Fatti:
A. B._ ha escusso A._ per l'incasso di fr. 84'953.80 con un precetto esecutivo notificato il 5 ottobre 2006. Il 23 marzo 2007 B._ ha incoato una prima procedura di rigetto provvisorio dell'opposizione interposta dall'escussa che la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha dichiarato nulla il 9 novembre 2007. Il 21 dicembre 2007 la procedente ha nuovamente introdotto una domanda di rigetto provvisorio dell'opposizione accolta dal Pretore della giurisdizione di Locarno-Città il 19 febbraio 2008.
B. Con sentenza 7 luglio 2008 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto un rimedio dell'escussa. La Corte cantonale ha segnatamente ritenuto che il precetto esecutivo non era perento, perché il termine di un anno previsto dall'<ref-law> era rimasto sospeso durante la prima procedura di rigetto dell'opposizione.
C. Con ricorso in materia civile dell'8 settembre 2008 A._ postula la riforma della sentenza cantonale nel senso che l'istanza di rigetto provvisorio dell'opposizione sia respinta. Afferma che il precetto esecutivo era perento, perché la prima procedura di rigetto dell'opposizione era stata dichiarata nulla dalla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e non poteva quindi esplicare alcun effetto per la sospensione del predetto termine annuale.
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Diritto:
1. La sentenza impugnata, emanata in materia di rigetto dell'opposizione, costituisce una decisione finale nel senso dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2) ed è stata pronunciata dall'autorità di ultima istanza del Cantone Ticino (<ref-law>) in una causa che supera il valore di lite minimo di fr. 30'000.-- previsto dall'<ref-law>. Il presente ricorso in materia civile presentato dal debitore che ha partecipato al procedimento innanzi all'autorità inferiore è in linea di principio pure ammissibile dal profilo degli art. 72 cpv. 2 lett. a e 76 cpv. 1 LTF e, atteso che non è stata impugnata una decisione in materia di misure cautelari (<ref-ruling> consid. 1.5), non entra in linea di conto la limitazione dei motivi di ricorso di cui all'<ref-law>.
2. Giusta l'<ref-law> il diritto del creditore di chiedere la continuazione dell'esecuzione si estingue decorso un anno dalla notificazione del precetto; se è stata fatta opposizione, il termine resta sospeso tra il giorno in cui è stata promossa l'azione giudiziaria o amministrativa e la sua definizione. La giurisprudenza include nella nozione di azione giudiziaria anche la procedura di rigetto dell'opposizione (DTF 79 III 58 consid. 1). Spetta in linea di principio all'autorità di vigilanza determinare se l'esecuzione è perenta; tuttavia, se l'estinzione dell'esecuzione è manifesta, l'eccezione fondata su tale fatto è ricevibile nella procedura di rigetto dell'opposizione (<ref-ruling> consid. 3a). In concreto l'eccezione di perenzione può essere esaminata nell'ambito della presente procedura, perché se da un lato è manifesto che la - seconda - domanda di rigetto dell'opposizione non è stata inoltrata entro il termine di un anno dalla notifica del precetto, la ricorrente non contesta a giusta ragione che qualora la prima istanza di rigetto dell'opposizione abbia sospeso il termine di cui all'<ref-law>, l'esecuzione non sarebbe a quel momento stata perenta.
3. 3.1 La ricorrente indica che con la sentenza del 9 novembre 2007 la Corte cantonale ha dichiarato nulla sia la sentenza pretorile sia l'istanza di rigetto dell'opposizione del 23 marzo 2007. Ella sostiene poi che una procedura di rigetto dell'opposizione nulla non esplica alcun effetto e non può quindi nemmeno sospendere un termine come quello dell'<ref-law>.
3.2 Nella sentenza del 9 novembre 2007 la Corte cantonale aveva indicato che la procedente era rappresentata da una persona giuridica a cui non compete - giusta la legge processuale cantonale - di esercitare una rappresentanza processuale e aveva per tale motivo dichiarato nulla l'istanza di rigetto dell'opposizione e gli atti processuali che l'hanno seguita.
3.3 Ora, la perenzione dell'esecuzione, prevista dall'<ref-law>, è la sanzione per l'inazione del creditore (<ref-ruling> consid. 3 pag. 55). Nella fattispecie in esame non è possibile affermare che l'opponente sia rimasta inattiva per un anno, atteso che ella ha incaricato una società anonima di chiedere il rigetto dell'opposizione. Tale società ha però proceduto in maniera irrita, non essendo abilitata alla rappresentanza processuale in base al codice di procedura cantonale. Sennonché la mancanza di una valida rappresentanza viene annoverata fra i cosiddetti vizi rimediabili dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3b pag. 511), norma pure applicabile per analogia alle azioni dell'esecuzione forzata (<ref-ruling> consid. 2b con rinvii). L'applicazione di tale articolo ha per conseguenza che pure una tempestiva domanda, che si rivela inefficace a causa di un vizio riparabile, esplica un effetto con riferimento al decorso dei termini previsti dalla LEF: essa permette alla parte che è incorsa in un siffatto vizio di rifare l'atto viziato, nonostante il fatto che il termine sia già scaduto. In altre parole, finché alla parte che ha agito in modo non corretto non viene comunicato che il suo atto è inficiato da un vizio riparabile, il termine non può considerarsi estinto. Così stando le cose, la ricorrente non può essere seguita laddove afferma che in concreto la prima procedura di rigetto dell'opposizione non avrebbe sospeso il termine dell'<ref-law>, perché essa non avrebbe esplicato alcun effetto. Giova poi rilevare che la domanda di rigetto dell'opposizione non soggiace ad un termine breve come ad esempio l'azione di disconoscimento del debito, motivo per cui non si giustifica ridurre il termine di 60 giorni previsto dall'<ref-law>: ne segue che la seconda domanda di rigetto dell'opposizione, interposta poco più di un mese dopo la decisione che ha dichiarato nulla la prima procedura, si rivela ancora essere tempestiva.
4. Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa infondato e come tale dev'essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>), mentre non occorre assegnare ripetibili all'opponente, che non essendo stata invitata a produrre una risposta, non è incorsa in spese per la procedura federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.