Sachverhalt:
A. Mit öffentlich beurkundetem Vertrag vom 7. Juli 1992 verkauften die Ehegatten A.X._ und B.X._ (nachstehend Eltern) die Liegenschaft Grundbuch Q._ Nr. xx, bestehend aus einem Hausplatz, Hofraum und Garten mit Wohnhaus Nr. yy, an ihren Sohn C.X._ (nachstehend: Sohn). Gemäss Vertrag sollte der Kaufpreis von Fr. 575'000.-- wie folgt beglichen werden:
"Fr. 302'400.-- wird verrechnet als Gegenleistung für das Wohn- und Nutzniessungsrecht,
Fr. 150'000.-- übernimmt der Erwerber an Stelle des Veräusserers an der bestehenden Hypothekarschuld bei der Bank Z._ gemäss dem vorne vorgestellten Grundpfandrecht per nominell
Fr. 150'000.-- im ersten Range
Fr. 65'000.-- im zweiten Range
als seine alleinige persönliche Schuld zu den ihm bekannten Zins- und Kündigungsbestimmungen, mit Schuld- und Zinspflicht ab Antrittstag,
Fr. 122'600.-- als lebzeitige Zuwendung der Veräusserer gegenüber dem Erwerber (Erbenvorbezug) auf Anrechnung an seinen Erbteil am künftigen elterlichen Nachlass. Diese Zuwendung ist im Sinne von <ref-law> auszugleichen zum heutigen Betrag von Fr. 122'600.--."
Weiter wurde im Vertrag vereinbart:
"Die Ehegatten B.X._ und A.X._, [...], haben an der Liegenschaft Grundbuch Q._ Nr. xx, Wohnhaus Nr. yy, das lebenslängliche Wohn- und Nutzniessungsrecht, im Sinne der Vorschriften des Schweizerischen Zivilgesetzbuches.
Im Rahmen des Wohn- und Nutzniessungsrechtes haben die Ehegatten X._ das Recht, die 6 1/2-Zimmerwohnung mit Estrich, Keller, Werkstatt Sitzplatz und Autoabstellplatz, im bisherigen Rahmen zu benützen.
Sie haben das Recht auf den vollen Gebrauch und die volle Nutzung der vorgenannten Räume und Anlagen, andererseits die Pflicht, die Auslagen für die Bewirtschaftung und den gewöhnlichen Unterhalt der Sache, Zinsen von Kapitalschulden, Steuern, Versicherungsprämien und Abgaben und weitere ordentliche Kosten zu übernehmen. Für ausserordentlichen Aufwand bleibt dagegen der Eigentümer verantwortlich."
Nachdem der Sohn im Grundbuch als Eigentümer eingetragen worden war, übertrug die Bank Z._ die Hypothekarschuld unter Entlassung der Eltern aus der Schuld- und Zinspflicht auf den Sohn, der in der Folge die ihm in Rechnung gestellten Hypothekarzinsen bezahlte.
Nach der Scheidung der Eltern im Jahr 1999 wurde die Mutter alleinige Nutzniesserin. In der Folge verlangte der Sohn von ihr Ersatz für die von ihm geleisteten Hypothekarzinsen von insgesamt Fr. 33'877.-- nebst 5 % Zins seit 19. November 1999 und liess die Mutter in diesem Umfang mit Zahlungsbefehl vom 25. November 2004 betreiben. Zur Begründung gab er an, gemäss dem Kaufvertrag hätten die Eltern die Zinsen der Hypothek von Fr. 150'000.-- bezahlen müssen.
B. Nach erfolglosem Sühneverfahren klagte der Sohn (Kläger) am 25. September 2005 beim Kantonsgericht Schaffhausen gegen seine Mutter (Beklagte) auf Zahlung von Fr. 33'788.-- zuzüglich 5 % Zins ab 18. November 2004. An der Beweisverhandlung vom 23. November 2010 reduzierte der Kläger seine Forderung auf Fr. 28'835.70. Das Kantonsgericht wies mit Urteil vom 27. Januar 2011 die Klage ab. Dagegen erhob der Kläger am 9. März 2011 beim Obergericht Schaffhausen Berufung mit den Anträgen, das erstinstanzliche Urteil aufzuheben und die Beklagte zu verpflichten, ihm Fr. 33'788.- zuzüglich Zins zu 5 % ab dem 30. November 2004 zu bezahlen.
Am 17. September 2011 verstarb die Beklagte. Sie hinterliess als Erben neben dem Kläger drei Töchter. Diese teilten dem Obergericht am 18. Mai 2012 mit, sie würden als beklagte Parteien am Prozess teilnehmen.
Mit Entscheid vom 21. Dezember 2012 schrieb das Obergericht das Verfahren zufolge Rückzugs der Klage im Betrag von Fr. 4'952.30 als erledigt ab und wies im Übrigen die Klage und die Berufung ab.
C. Der Kläger (Beschwerdeführer) erhebt subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit den Anträgen, den Entscheid des Obergerichts vom 21. Dezember 2012 aufzuheben und die Beschwerdegegnerinnen solidarisch zu verpflichten, ihm Fr. 28'835.70 zuzüglich Zins zu 5 % ab dem 30. November 2004 zu bezahlen.
Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Beklagten (Beschwerdegegnerinnen) schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Präsidialverfügung vom 20. Februar 2013 wurde das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Da im vorliegenden Fall der Streitwert gemäss <ref-law> nicht erreicht wird und der Beschwerdeführer nicht geltend macht, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, ist die Beschwerde in Zivilsachen ausgeschlossen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG). Demnach ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde grundsätzlich zulässig, zumal die weiteren Eintretensvoraussetzungen gegeben sind.
1.2 Mit der Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Verletzung solcher Rechte nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Die Begründung ist in der Beschwerdeschrift selber vorzubringen, weshalb insoweit der Verweis des Beschwerdeführers auf seine Ausführungen in der kantonalen Berufung unbeachtlich ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f.).
2. 2.1 Der Inhalt eines Vertrages ist durch Auslegung der Willenserklärungen der Parteien zu bestimmen. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen). Im Rahmen der Beweiswürdigung kann aus dem nachträglichen Parteiverhalten auf einen tatsächlichen Willen der Parteien geschlossen werden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen).
2.2 Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, gemäss dem subjektiven Erklärungswillen der Parteien beim Abschluss des Kaufvertrages hätte der Beschwerdeführer die Hypothekarzinsen bezahlen müssen. Zur Begründung führte es an, der Vater des Beschwerdeführers habe glaubhaft ausgesagt, die Parteien seien davon ausgegangen, der Beschwerdeführer habe die Hypothekarzinsen zu bezahlen. Die Angaben des Beschwerdeführers seien hingegen widersprüchlich gewesen. So widerspreche seine Aussage, wonach die Eltern von Anfang an mündlich versprochen hätten, ihn schadlos zu halten und er darauf vertraut habe, seinen Ausführungen in der Klageschrift, wonach seine Forderung erst im Frühjahr 2003 zu Tage gekommen sei. Zudem habe der Beschwerdeführer während rund 11 Jahren anstandslos die Hypothekarzinsen bezahlt. Gemäss diesem nachträglichen Verhalten habe er im Zeitpunkt des Vertragsschlusses den Kaufvertrag so verstanden, dass er ihm keinen Ersatzanspruch gibt. Die Hypothekarzinssätze seien zu hoch gewesen, als dass sie der Beschwerdeführer in seiner Situation jahrelang anstandslos bevorschusst hätte.
2.3 Das Obergericht führte aus, das Kantonsgericht habe die festgestellte Abweichung des Parteiwillens gegenüber dem Vertragstext überzeugend begründet und dabei namentlich das nachträgliche Parteiverhalten umfassend gewürdigt. Dem Kantonsgericht sei beizupflichten, dass die Aussagen des Beschwerdeführers widersprüchlich seien. So habe er vor dem Friedensrichter und in der Klageschrift geltend gemacht, im Frühjahr 2003 sei eine offene Forderung zu Tage gekommen. An der Hauptverhandlung vom 5. September 2006 habe er präzisiert, nachdem ihn der Grundbuchverwalter in einem Gespräch im Jahr 2003 darauf aufmerksam gemacht habe, dass die Eltern die Hypothekarzinsen zu bezahlen hätten, sei er stutzig geworden. An der Beweisverhandlung vom 23. November 2010 habe der Beschwerdeführer dagegen ausgesagt, die Eltern hätten ihm bei Vertragsabschluss mündlich zugesichert, er würde nichts verlieren, weil alles (d.h. die Hypothekarzinsen) ausgeglichen würden, worauf er vertraut habe. Das Obergericht ging mit dem Kantonsgericht davon aus, der Beschwerdeführer habe sich diese Aussage nachträglich zurechtgelegt.
2.4 Der Beschwerdeführer rügt, die Beweiswürdigung der kantonalen Instanzen sei willkürlich. Daraus, dass er von seinem Vater nicht sofort die Bezahlung der Hypothekarzinsen verlangt habe, könne nicht geschlossen werden, die vertragliche Schuld der Eltern zur Zahlung der Hypothekarzinsen habe nicht bestanden, zumal auch eine nachlässige Vertragspartei sich nachträglich auf die korrekte Erfüllung des Vertrages berufen könne, solange sie sich nicht offensichtlich rechtsmissbräuchlich verhalte. Der angebliche Widerspruch seiner Parteiaussagen führe bei einer Gesamtwürdigung der Beweise zu keinem anderen Ergebnis. So stehe ein Gespräch mit dem Grundbuchverwalter im Jahre 2003, der damals erklärte, die dienstbarkeitsberechtigten Eltern hätte die Zinsen der Hypothek über Fr. 150'000.-- zu bezahlen, im Einklang mit der Aussage des Beschwerdeführers, er habe ein Vertrauensverhältnis mit seinen Eltern gehabt, welche ihm zugesichert hätten, alles auszugleichen. Soweit der Beschwerdeführer bei seiner Befragung im Jahr 2010 ausgesagt habe, seine Eltern hätten sich im Jahre 1992 mündlich zur Bezahlung der Hypothekarzinsen verpflichtet, würde dies nur die Richtigkeit des schriftlich Vereinbarten bestätigen. Demnach sei es willkürlich, seine Aussagen wegen des angeblichen Widerspruchs so zu würdigen, dass der schriftliche Vertrag nicht mit dem Parteiwillen übereinstimme.
2.5 Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er im Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 153 mit Hinweisen). Zudem steht dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu. Die Beweiswürdigung ist daher nur willkürlich, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, indem es zum Beispiel offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht oder erhebliche Beweise übersieht (<ref-ruling> E. 2.1. S. 9; <ref-ruling> E. 4b S. 40; je mit Hinweisen).
2.6 Die nachträgliche Angabe des Beschwerdeführers, wonach er auf eine mündliche Zusicherung seiner Eltern bezüglich des Ausgleichs der Hypothekarzinsen vertraute, steht im Widerspruch zu seiner früheren Aussage, wonach er im Jahr 2003 aufgrund der Mitteilung des Grundbuchverwalters, die Eltern hätten die Hypothekarzinsen zu bezahlen, stutzig geworden sei. Demnach sind die kantonalen Instanzen nicht in Willkür verfallen, wenn sie der Behauptung der mündlichen Vereinbarung einer Ersatzpflicht der Eltern keinen Glauben schenkten. Unter diesen Umständen konnten die kantonalen Instanzen daraus, dass der Beschwerdeführer jahrelang die Hypothekarzinsen bezahlte, ohne Ersatzansprüche gegenüber den Eltern geltend zu machen, willkürfrei schliessen, er habe den Vertrag ursprünglich tatsächlich so verstanden, dass kein Ersatzanspruch bestehe.
2.7 Demnach kommt den zusätzlichen Erwägungen des Obergerichts zur Beweiswürdigung hinsichtlich des tatsächlichen Parteiwillens, namentlich seinen Ausführungen zur Berechnung des Wertes der Dienstbarkeit und zur Glaubwürdigkeit der Zeugenaussagen des Vaters, keine entscheiderhebliche Bedeutung zu. Auf die dagegen gerichtete Kritik des Beschwerdeführers und die in diesem Zusammenhang gestellten Begehren um Zulassung von neuen Beweismitteln ist deshalb nicht einzutreten.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wird der Beschwerdeführer dafür kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Mai 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer