Ritenuto in fatto :
A.- Il 25 agosto 1995 il Dipartimento di giustizia del Cantone di Basilea-Città, quale Autorità di vigilanza sulle fondazioni, in particolare sulla Fondazione per la previdenza del personale della P._ AG di Basilea, ha denunciato A._ per i reati di appropriazione indebita, subordinatamente amministrazione infedele. La querela si riferisce al fallimento della D._ AG di Lugano-Castagnola. Secondo il Dipartimento, A._ avrebbe illecitamente rinunciato, a danno dei beneficiari della P._ AG, al credito vantato nella graduatoria da quest'ultima nei confronti della D._ AG, omettendo pure di richiedere la necessaria autorizzazione al denunciante stesso, quale Autorità di vigilanza.
B.- Con decreto del 5 agosto 1998 il Procuratore pubblico ha decretato il non luogo a procedere. Ha ritenuto non ravvisabili un danno nei confronti di terzi né l'ottenimento di un indebito profitto, e rilevato che dagli atti non emergevano seri indizi di colpevolezza a carico della denunciata.
Avverso questo decreto il Dipartimento di Giustizia di Basilea-Città, costituitosi parte civile, ha presentato, il 17 agosto 1998, un'istanza di promozione dell'accusa alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP). Questa, statuendo il 12 giugno 2001, ritenuto che l'insorgente non era legittimato a presentarla, l'ha dichiarata irricevibile.
C.- Il Dipartimento di giustizia di Basilea-Città, impugna questa decisione con un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale; indica "in subordine", quale ricorrente, anche la P._ AG. Con il ricorso si chiede che, concesso al gravame effetto sospensivo, l'impugnato giudizio sia annullato e la causa rinviata all'Autorità cantonale affinché statuisca ai sensi dei considerandi.
A._ e il Procuratore pubblico propongono di respingere il gravame. La CRP si rimette al giudizio del Tribunale federale.

Considerando in diritto :
1.- a) Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere d'esame l'ammissibilità dei rimedi sottopostigli, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti o dalle conclusioni delle parti (<ref-ruling> consid. 1, 127 II 198 consid. 2).
b) Il gravame, tempestivo (art. 89 cpv. 1 OG), interposto contro una decisione emanata dall'ultima istanza cantonale, adempie il requisito dell'esaurimento del corso delle istanza cantonali (art. 86 cpv. 1 OG).
c) Il ricorso di diritto pubblico ha, eccettuati casi qui non realizzati, funzione puramente cassatoria.
Nella misura in cui è chiesto di più del semplice annullamento della decisione impugnata, segnatamente d'invitare l'Autorità cantonale a prendere una nuova decisione ai sensi dei considerandi esposti nel gravame, l'impugnativa è inammissibile (<ref-ruling> consid. 8c pag. 395, 125 I 104 consid. 1b, 124 I 327 consid. 4a-c).
2.- a) Secondo l'art. 88 OG il diritto di presentare un ricorso di diritto pubblico spetta ai privati che si trovano lesi nei loro diritti da decisioni che li riguardano personalmente o che rivestono carattere obbligatorio generale. È irrilevante la circostanza ch'essi avessero qualità di parte nella sede cantonale (DTF 125 Ia 253 consid. 1b, 123 I 279 consid. 3b). I ricorsi presentati per salvaguardare l'interesse generale, o tendenti a tutelare semplici interessi fattuali, sono inammissibili (<ref-ruling> consid. 3b, 43 consid. 1a). Per costante giurisprudenza, il denunciante, la parte lesa o la parte civile, cui manca la qualità di vittima ai sensi della legge federale concernente l'aiuto alle vittime di reati del 4 ottobre 1991, non sono, di massima, legittimati a impugnare nel merito decisioni concernenti procedimenti penali nei quali essi abbiano tale qualità; essi non sono segnatamente legittimati a impugnare i giudizi con cui è stato pronunciato l'abbandono di un procedimento penale o è stata respinta la loro istanza di apertura dell'istruzione formale o di promozione dell'accusa.
La pretesa punitiva spetta unicamente allo Stato e il leso o la parte civile non può quindi prevalersi di un interesse giuridico secondo l'art. 88 OG (<ref-ruling> consid. 1a, 125 I 253 consid. 1b, 120 Ia 101 consid. 1a, 157 consid. 2a/aa). Le citate persone non possono pertanto rimproverare all'autorità cantonale di aver violato la costituzione, segnatamente il divieto dell'arbitrio nell'applicare la legge, nell'accertare i fatti, nel valutare le prove o nell'apprezzarne la rilevanza (<ref-ruling> consid. 1b). Questa giurisprudenza è stata mantenuta anche dopo l'entrata in vigore, il 1° gennaio 2000, dell'art. 9 Cost.
(sentenza inedita del 16 agosto 2000 in re H., consid. 1a/aa; <ref-ruling> consid. 3-6).
b) Indipendentemente dalla carenza di legittimazione nel merito, il leso o il denunciante può tuttavia censurare la violazione delle garanzie procedurali che il diritto cantonale o gli art. 29 seg. Cost. e 6 CEDU gli conferiscono quale parte, sempreché tale inosservanza equivalga a un diniego di giustizia formale. Il leso o il denunciante può pertanto far valere, ad esempio, che il ricorso non sarebbe stato esaminato a torto nel merito, ch' egli non sarebbe stato sentito, che gli sarebbe stata negata la possibilità di offrire mezzi di prova o di consultare gli atti o che non gli sarebbe stata riconosciuta, a torto, la qualità di danneggiato (<ref-ruling> consid. 1b, 121 IV 317 consid. 3b, 120 Ia 220 consid. 2a).
c) Il ricorrente sostiene che la CRP, interpretando e applicando in maniera arbitraria gli art. 69 e 70 CPP/TI, e violando il principio della forza derogatoria del diritto federale, gli avrebbe negato a torto la legittimazione a presentare l'istanza.
aa) Come si è visto, l'interessato è legittimato a prevalersi del fatto che la qualità di danneggiato gli sarebbe stata negata a torto nel corso della procedura cantonale (<ref-ruling> consid. 2a, 119 Ia 4 consid. 1).
Secondo l'art. 186 cpv. 1 CPP/TI la parte civile può presentare alla CRP, entro dieci giorni dalla notificazione del decreto di non luogo a procedere, istanza motivata di promozione dell'accusa. La Corte cantonale, richiamato l'art. 69 cpv. 1 CPP/TI concernente la costituzione di parte civile, ha rilevato che la legittimazione a presentare tale istanza compete unicamente alla parte civile, ossia alla persona danneggiata moralmente o materialmente dal reato. La CRP ha ritenuto che secondo la dottrina e la giurisprudenza può costituirsi parte civile solo la persona fisica o giuridica attualmente, direttamente e personalmente lesa nel suo bene giuridico (cfr. Michele Rusca/Edy Salmina/Carlo Verda, Commento del Codice di Procedura Penale ticinese, Lugano 1997, n. 1-6 ad art. 69; <ref-ruling> consid. 2b). Ne ha concluso che il Dipartimento, in assenza di un suo pregiudizio diretto, non era legittimato a presentare l'istanza e che l'eventuale danno causato dalla denunciata avrebbe colpito direttamente solo il patrimonio della Fondazione: solo quest'ultima sarebbe stata legittimata a costituirsi parte civile.
bb) Secondo il ricorrente la D._ AG, che contava tra gli attivi la particella n. XXX RFD di Lugano- Castagnola, avrebbe avuto tra il suo personale destinatari degli averi della P._ AG; aggiunge che nella graduatoria il credito della P._ AG sarebbe stato ammesso per fr. 200'738. 45: il fallimento sarebbe stato tuttavia revocato dal Tribunale d'appello nel 1994 perché i crediti ammessi nella graduatoria erano stati pagati, la denunciata avendo rinunciato al credito insinuato, senza ottenere l' autorizzazione del Dipartimento.
d) Le censure ricorsuali, di natura appellatoria, ossequiano solo parzialmente le esigenze di motivazione dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG e della relativa giurisprudenza, secondo cui l'atto di ricorso deve contenere l'esposizione dei fatti essenziali e quella concisa dei diritti costituzionali o delle norme giuridiche che si pretendono violati, precisando in che consista la lesione (<ref-ruling> consid. 3c e 4, 125 I 71 consid. c, 492 consid. 1b).
aa) L'atto di ricorso è stato presentato, in via subordinata, anche dalla P._ AG. Secondo l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, il ricorrente deve fornire, pena l'inammissibilità del gravame, i fatti sui quali fonda la sua legittimazione (<ref-ruling> consid. la; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1d/bb pag. 165). Al riguardo il ricorrente si limita ad addurre che la CRP, in violazione del principio della buona fede, non avrebbe ritenuto, formalmente, la P._ AG quale parte civile (ricorso pag. 7). Premesso che il ricorso della Fondazione sarebbe inammissibile per mancato esaurimento delle istanze cantonali (art. 86 cpv. 1 OG), visto ch'essa, come si vedrà, non ha inoltrato un'istanza di promozione dell'accusa, l'assunto ricorsuale non regge. In effetti, nel giudizio impugnato la CRP ha ritenuto che l'unico leso legittimato a costituirsi parte civile sarebbe stata proprio la P._ AG (consid. 3 pag. 3 in fine). Del resto, la P._ AG non fa valere che il decreto di non luogo a procedere non le sarebbe stato notificato direttamente (art. 184 cpv. 2 CPP/TI) e ch'essa non avrebbe potuto, se del caso previa costituzione formale di parte civile, proporre un'istanza di promozione dell'accusa (cfr. Rusca/Salmina/Verda, op.
cit. , n. 12 ad art. 67). Né essa dimostra perché la decisione di inammissibilità pronunciata nei confronti di un terzo, segnatamente del Dipartimento, la toccherebbe personalmente (art. 88 OG).
Certo, il Dipartimento sostiene che i fatti oggetto della sua denuncia del 25 agosto 1995, ove si menziona che l'avv. Dieter Troxler sarebbe stato nominato quale "kommissarischer Verwalter" della Fondazione, riguarderebbero esclusivamente le vicissitudini di quest'ultima. Da una citazione del 3 febbraio 1997 del Ministero pubblico (che nelle osservazioni al presente gravame l'ha peraltro definita non corretta) risulterebbe che questo legale sarebbe stato citato a comparire per essere interrogato come denunciante; il ricorrente rileva inoltre che quel legale rappresenterebbe sia il Dipartimento che la Fondazione; aggiunge infatti che in un verbale d'interrogatorio del 21 febbraio 1997 l'avv. Troxler precisava di rispondere sia in qualità di amministratore della Fondazione, nel cui nome si associava alla denuncia, sia quale legale del Dipartimento.
Il ricorrente ne conclude che l'avv. Troxler sarebbe sempre stato considerato parte attiva nel procedimento e che il concreto diniego di legittimazione violerebbe il principio della buona fede e costituirebbe un formalismo eccessivo.
bb) Commette un eccesso di formalismo, costitutivo di un diniego formale di giustizia, l'autorità che applica una regola di procedura con rigidità esagerata, ponendo esigenze eccessive, non giustificate da alcun interesse degno di protezione, sì da dare alla regola procedurale un fine in sé, complicando in maniera inammissibile la realizzazione del diritto materiale o ostacolando in modo inammissibile l'accesso ai tribunali. L'eccesso di formalismo vietato dall'art. 29 cpv. 1 Cost. (e in precedenza dall' art. 4 vCost.) può risiedere sia nella regola di comportamento imposta dal diritto cantonale all'interessato, sia nella sanzione che vi è collegata (<ref-ruling> consid. 2a/bb e 3a, 125 I 166 consid. 3a, 121 I 177 consid. 2b/aa e rinvii; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3a ed., Berna 1999, pag. 500 segg.). Tuttavia, non ogni applicazione rigorosa e severa di norme cantonali o comunali costituisce un formalismo eccessivo, ma soltanto una esagerata rigidità, che non abbia un'intrinseca giustificazione e sfoci nell'impedimento della realizzazione del diritto materiale (Karl Spühler, Die Praxis der staatsrechtlichen Beschwerde, Berna 1994, pag. 129 n. 408 seg.). Il divieto del formalismo eccessivo, in quanto sanzioni un comportamento riprovevole dell'autorità nei rapporti con gli amministrati, persegue gli stessi scopi del principio della buona fede, desumibile dall'art. 9 Cost. (e in precedenza dall'art. 4 vCost.); il Tribunale federale esamina liberamente questa censura (<ref-ruling> consid. 2b/aa).
La denuncia penale non è stata presentata dalla Fondazione bensì dal Dipartimento, che con atto del 12 gennaio 1996 si era costituito parte civile. Nel decreto di abbandono è stato indicato espressamente che contro di esso la parte civile poteva inoltrare istanza di promozione dell'accusa. Ora, questa istanza, ove si precisa che "l'importo complessivo di fr. 200'738. 45 è di esclusiva spettanza della Fondazione" (pag. 4 in alto), è stata presentata a nome del Dipartimento, rappresentato dall'avv.
Troxler e per il suo tramite dall'avv. Marazzi. La CRP non ha pertanto violato il principio della buona fede, né è incorsa in un formalismo eccessivo, dichiarandola irricevibile poiché non presentata dal leso. Si può infatti esigere che le parti, differenti e distinte, e la loro eventuale volontà di presentare un'istanza, siano indicate con la dovuta precisione, tanto più ch'erano rappresentate da legali (cfr. <ref-ruling> consid. 2b/aa). Non si può pertanto rimproverare un eccesso di formalismo alla CRP per non aver ritenuto che l'avv. Troxler, indicato quale rappresentante del Dipartimento e quindi dell'Autorità di vigilanza, rappresentasse altresì, nel contempo e implicitamente - se del caso con un'eventuale collisione d'interessi - pure la Fondazione.
Visto che l'istanza litigiosa è stata presentata solo dal Dipartimento, che peraltro non ha sostenuto d'essere stato direttamente leso dall'agire della ricorrente, la CRP poteva ritenerla, senza violare la Costituzione, irricevibile (cfr. Rusca/Salmina/Verda, op. cit. , n. 10 e 12 ad art. 67), né ha applicato in maniera insostenibile e quindi arbitraria agli art. 69 e 70 CPP/TI (sulla nozione di arbitrio v. 127 I 60 consid. 5a pag. 70, 38 consid. 2b pag. 41, 54 consid. 2b, 125 II 10 consid. 3a).
La tesi ricorsuale, secondo cui l'avv. Troxler avrebbe formulato precise richieste al Procuratore pubblico, che potrebbero essere intese unicamente, al dire del ricorrente, quali prese di posizione di parte civile, non è decisiva, né il ricorrente è legittimato a far valere l'asserita lesione di diritti di terzi. Certo, la normativa ticinese non pone severe esigenze alla costituzione di parte civile, lasciando tale facoltà ad ogni persona danneggiata moralmente o materialmente da un reato (art. 69 cpv. 1 CPP/TI; Rusca/Salmina/Verda, op. cit. , n. 3 e 4 ad art. 70). Tale costituzione può avvenire in qualunque stadio del procedimento, prima però della conclusione dell'istruzione dibattimentale (art. 70 cpv. 1 CPP/TI): chi intende costituirsi parte civile deve farne dichiarazione scritta, essendo sufficiente l'annotazione a verbale (cpv. 2). Il ricorrente disattende però che la CRP non ha negato la qualità di parte civile alla Fondazione, ma al Dipartimento, rilevando ch'era la Fondazione, come danneggiata (su questa nozione v. <ref-ruling> consid. 2a con numerosi riferimenti), a potersi costituire parte civile. La CRP non doveva però stabilire se questa costituzione da parte della Fondazione fosse, effettivamente e per atti concludenti, avvenuta: quest'ultima, rappresentata e patrocinata da legali, non è infatti insorta alla CRP.
cc) La violazione del principio della buona fede risulterebbe dalla circostanza che il Procuratore pubblico, secondo il ricorrente, avrebbe formalmente inglobato, in un'unica definizione, l'Autorità di vigilanza e la Fondazione.
L'assunto è ininfluente. Il ricorrente misconosce infatti che oggetto del litigio dinanzi alla CRP non era la questione di sapere se la Fondazione si fosse o no costituita parte civile, bensì quella di sapere se poteva esserlo il Dipartimento, unica parte ad aver inoltrato un'istanza di promozione dell'accusa. A torto il ricorrente sostiene quindi che la CRP non avrebbe ritenuto la Fondazione quale parte integrante del procedimento penale (ricorso, pag. 6 in alto). La Corte cantonale ha in effetti stabilito che il Dipartimento non era legittimato a presentare l' istanza litigiosa, visto che la legittimazione a costituirsi parte civile sarebbe spettata a "colei che ha subito direttamente l'illecito, vale a dire la Fondazione P._ AG" (consid. 3): con questa conclusione la CRP ha rettamente interpretato la nozione di leso (v. <ref-ruling> consid. 2a). La questione di sapere se la Fondazione, che non ha inoltrato un'istanza di promozione dell' accusa né ha proposto un atto di accusa secondo l'art. 216 CPP/TI, si fosse costituita parte civile non si poneva.
3.- La Corte cantonale, richiamando il Commentario bernese, ha nondimeno esaminato, sebbene ciò non risultasse né dall'intestazione dell'istanza né dai motivi posti a suo fondamento, se il Dipartimento avesse potuto agire anche a nome della Fondazione. Al riguardo, la CRP ha rilevato che se all'Autorità di vigilanza sulle fondazioni è riconosciuta la facoltà di compiere determinati atti, che di per sé competono alla Fondazione, tale capacità non comprende tuttavia, di regola, quella di agire in qualità di organo o in rappresentanza della Fondazione, ciò che costituirebbe la premessa per poter formulare l'istanza litigiosa (Riemer, n. 103 e 116-118 ad art. 84 CC).
Il ricorrente adduce che tale conclusione violerebbe la forza derogatoria del diritto federale, segnatamente riguardo all'applicazione degli art. 84 CC e 61 LPP. Il principio della forza derogatoria del diritto federale (art. 49 cpv. 1 Cost. , art. 2 Disp. trans. vCost. ; sul suo contenuto v. <ref-ruling> e rinvii) può essere invocato, anche dopo l'entrata in vigore della nuova Costituzione, quale diritto costituzionale individuale (<ref-ruling> consid. 4a e riferimenti).
Il ricorrente si limita tuttavia a sostenere che la CRP avrebbe limitato le facoltà concesse dal diritto federale all'Autorità di sorveglianza, che prevede un controllo globale delle fondazioni. Egli non fa però valere d'essere stato personalmente e direttamente leso dall'agire della denunciata, né dimostra, con una motivazione conforme alle esigenze dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, d'aver inoltrato l'istanza litigiosa in nome o in rappresentanza della Fondazione.
Certo, il ricorrente rileva che la mancata possibilità di agire quale organo o rappresentante prevede un' eccezione, segnatamente in caso di misura sostitutiva: non dimostra tuttavia che tale eccezione sarebbe realizzata in concreto (cfr. <ref-ruling> consid. 5 pag. 500; sulla portata dell'art. 84 CC e 61 LPP v. <ref-ruling> consid. 3a pag. 501 e riferimenti, 124 IV 211 consid. 2b e 2e, 112 II 97 consid. 3, 471 consid. 2). Il ricorrente precisa infatti d'aver proceduto alla destituzione degli organi della Fondazione e alla "nomina di un amministratore nella persona dell'avv. Troxler, con l'incarico preciso di provvedere al recupero degli averi della P._ AG". Egli non tenta però di spiegare perché la Fondazione, per il tramite del suo amministratore, non avrebbe potuto presentare, quale danneggiata, un'istanza di promozione dell'accusa e si sarebbe imposta, in concreto, un'esecuzione surrogatoria, comunque non indicata del tutto nell'istanza litigiosa.
Il ricorrente accenna poi al fatto che la dottrina riconoscerebbe all'autorità di vigilanza numerose misure repressive, tra cui la facoltà di introdurre cause di risarcimento (Harold Grüninger, in: Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht, edito da Heinrich Honsell/Nedim Peter Vogt/Thomas Geiser, Basilea 1996, n. 13 ad art. 84; Riemer, op. cit. , n. 54 e 88 ad art. 84), deducendone che non si potrebbe precludere all'autorità di vigilanza la facoltà di costituirsi parte civile per la Fondazione, limitandole tale diritto in applicazione dell'art. 69 CPP/TI. Ora, come si è visto, dagli atti non risulta che il ricorrente abbia agito quale rappresentante della Fondazione. La censura dev'essere pertanto disattesa.
4.- Ne segue che il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere respinto.
L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.
Le spese e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 e 159 cpv. 1 OG).

Per questi motivi
il Tribunale federale
pronuncia :
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 3'000.-- è posta a carico del ricorrente, che rifonderà alla controparte un' indennità di fr. 1'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.