Faits:
A. A._, né en 1972, est en détention préventive depuis le 26 janvier 2011, sous l'inculpation de lésions corporelles graves et simples, injures, menaces et séquestration. Il lui est reproché d'avoir, durant la nuit du 20 au 21 décembre 2010, empêché sa concubine B._ de fuir le domicile alors qu'il la frappait, l'injuriait et lui versait de l'eau bouillante dessus ainsi que d'avoir, le 24 décembre 2010, menacé et frappé la prénommée de coups de poings.
A._ a fait l'objet de plusieurs condamnations pour des actes de violence, notamment des menaces et lésions corporelles simples (les 17 septembre 2003, 7 juin 2005, 18 août 2006 et 12 novembre 2009); en outre, le 6 juin 2008, il a été condamné à une peine de trois ans d'emprisonnement, avec traitement ambulatoire, pour délit manqué de meurtre sur la personne de B._.
B. La détention provisoire du prénommé a été prolongée à plusieurs reprises en raison notamment des risques de fuite et de réitération. Un rapport d'expertise, sollicité par le Ministère public du canton de Genève (ci-après: le Ministère public), a été remis le 21 juin 2011.
Le 16 août 2011, le Ministère public a saisi le Tribunal correctionnel du canton de Genève d'un acte d'accusation afin que l'intéressé soit jugé.
C. Par ordonnance du 22 août 2011, le Tribunal des mesures de contraintes (ci-après: le Tmc) a, à la demande du Ministère public, ordonné la mise en détention pour des motifs de sûreté de A._ jusqu'au 2 décembre 2011, en retenant l'existence de risques de récidive et de collusion. Par acte du 1er septembre 2011, A._ a formé recours contre cette ordonnance en concluant principalement à sa libération immédiate, subsidiairement à ce que sa détention soit ordonnée jusqu'au 11 novembre 2011. Par arrêt du 14 septembre 2011, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise (ci-après: la Cour de justice ou la cour cantonale) a partiellement admis le recours. Elle a confirmé l'existence des risques de réitération et de collusion justifiant le placement en détention de sûreté. En revanche, elle a estimé que la détention devait être ordonnée jusqu'au 22 novembre 2011, soit pour une durée 3 mois conformément aux art. 227 al. 7 et 229 al. 3 let. b CPP; le motif invoqué par le Tmc ne constituait pas un des cas exceptionnels justifiant une prolongation d'une durée supérieure à 3 mois. Enfin, la Cour de justice a mis les frais de la procédure cantonale de recours, arrêtés à 1'060 francs, à la charge de A._.
D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ conclut principalement à la libération des frais de procédure cantonale de recours, subsidiairement à leur réduction à 250 francs. A l'appui de ses conclusions, il invoque une violation de l'<ref-law>. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire gratuite et la désignation de Me Thomas Barth comme défenseur d'office.
Le Ministère public conclut au rejet du recours. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué est une décision rendue en matière pénale au sens de l'<ref-law>. En l'espèce, seul est litigieux le montant des frais judiciaires dus par le recourant pour la procédure cantonale de recours. La décision sur les frais de justice peut être entreprise par les mêmes voies de recours que la décision principale dont elle est l'accessoire (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 et les références). La voie ordinaire du recours en matière pénale est donc ouverte. Formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision prise en dernière instance cantonale (<ref-law>) et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est recevable.
2. Le recourant se plaint d'une violation de l'art. 428 al. 1 et al. 2 let. b CPP dans la mesure où la cour cantonale a mis l'intégralité des frais de la procédure de recours à sa charge.
2.1 Selon l'art. 428 al. 1 première phrase CPP, les frais de la procédure de recours sont mis à la charge des parties dans la mesure où elles ont obtenu gain de cause ou succombé. Pour déterminer si une partie succombe ou obtient gain de cause, il faut examiner dans quelle mesure ses conclusions sont admises (cf. THOMAS DOMEISEN, in Basler Kommentar StPO, 2011, n. 6 ad <ref-law>). L'alinéa 2 de cette disposition introduit des exceptions à cette règle générale en donnant la possibilité à l'autorité compétente de condamner une partie recourante, qui obtient une décision qui lui est favorable, au paiement des frais de la procédure si les conditions qui lui ont permis d'obtenir gain de cause n'ont été réalisées que dans la procédure de recours (let. a) ou si la modification de la décision est de peu d'importance (let. b). Cet alinéa 2 revêt le caractère d'une norme potestative (Kann-Vorschrift), dont l'application ne s'impose pas au juge mais relève de son appréciation. Celui-ci peut donc statuer, le cas échéant, selon le principe de l'équité (cf. message du Conseil fédéral du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1057 ss, spéc. 1312; YVONA GRIESSER, in Donatsch/Hansjakob/Lieber (éd.), Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, n. 9 ad art. 428; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung Praxiskommentar, 2009, n. 8 ad <ref-law>). La question de savoir si la modification de la décision est de peu d'importance s'apprécie selon les circonstances concrètes du cas d'espèce (DOMEISEN, op. cit., n. 21 ad <ref-law>).
2.2 L'arrêt entrepris indique que le recourant supportera les frais de la procédure de recours, en tant qu'il succombe sur l'essentiel et n'obtient en sa faveur qu'une modification de peu d'importance (art. 428 al. 1 et al. 2 let. b CPP). Le recourant soutient, quant à lui, que la modification de la décision opérée par la cour cantonale, qui a partiellement admis son recours, ne peut être qualifiée de peu d'importance au sens de l'<ref-law>. Une réduction de dix jours de la durée de sa détention constituerait, selon lui, une modification importante, ce d'autant plus qu'une violation du principe de la célérité avait déjà été admise par le Tribunal fédéral dans le cadre de la procédure de détention (cf. arrêt 1B_249/2011 du 7 juin 2011). Les frais de la procédure de recours ne pourraient par conséquent être mis intégralement à sa charge.
2.3 En l'occurrence, la cour cantonale a rejeté tous les griefs soulevés par le recourant à l'appui de sa conclusion principale tendant à sa libération immédiate. En revanche, elle a admis une violation de l'<ref-law>, alléguée par l'intéressé, dès lors que le motif invoqué par le Tmc pour prolonger la détention jusqu'au 2 décembre 2011 ne constituait manifestement pas un des cas exceptionnels justifiant une prolongation de la détention pour une durée supérieure à trois mois. L'autorité cantonale a, par conséquent, diminué de 10 jours la période de la détention de sûreté prononcée par le Tmc, admettant ainsi partiellement la conclusion subsidiaire du recourant tendant à la réduction de la durée de la détention jusqu'au 11 novembre 2011. Compte tenu du rejet de la conclusion principale et de l'admission partielle de la conclusion subsidiaire, la Cour de justice pouvait à juste titre considérer que le recourant avait succombé pour l'essentiel. En outre, elle pouvait également estimer peu importante la modification apportée à la décision de première instance. L'intéressé n'a en effet obtenu gain de cause que sur un point secondaire de son recours, la Cour de justice ayant confirmé son maintien en détention en raison de l'existence des risques de fuite et de récidive et du fait que la détention subie à ce jour était encore proportionnée à la peine encourue concrètement en cas de condamnation. De plus, la réduction d'une dizaine de jours de la durée de la détention fixée par le Tmc apparaît relativement légère eu égard à la durée de détention que le recourant aura finalement subie depuis son incarcération le 26 janvier 2011. Enfin, la violation du principe de célérité au sens des art. 5 par. 4 CEDH et 31 al. 4 Cst. constatée par le Tribunal de céans dans l'arrêt 1B_249/2011 est sans pertinence pour juger si, in casu, la modification de la décision du 22 août 2011 est de peu d'importance au sens de l'<ref-law>.
Par conséquent, la Cour de justice n'a pas outrepassé son pouvoir d'appréciation en estimant que les circonstances du cas d'espèce permettaient de mettre l'intégralité des frais de la procédure de recours à la charge de l'intéressé en application de l'<ref-law>.
3. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Dès lors que celui-ci apparaissait d'emblée dépourvu de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit également être rejetée (art. 64 al. 1 et 2 LTF). Le recourant, qui succombe, doit par conséquent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 29 février 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn