Sachverhalt:
A. X._ ist teilweise als selbständiger Landwirt auf seinem Betrieb in Z._ tätig und bezieht zudem eine Invalidenrente sowie ein Taggeld nach UVG. Er lebt von seiner Ehefrau getrennt und das Scheidungsverfahren ist bereits im Gang. Seine beiden Kinder, geboren in den Jahren 1991 und 1992, leben bei der Mutter.
B. Mit Eingabe vom 24. April 2008 an das Kantonsgericht Appenzell Ausserrhoden erklärte sich X._ für zahlungsunfähig und beantragte die Konkurseröffnung über sein Vermögen. Nach Einholung verschiedener Unterlagen wies der Einzelrichter das Gesuch am 23. Mai 2008 ab. Er bejahte die Aussicht auf eine Schuldenbereinigung und erachtete das Gesuch überdies als rechtsmissbräuchlich.
C. Daraufhin gelangte X._ an das Obergericht von Appenzell Ausserrhoden, welches seine Appellation am 1. September 2008 abwies. Der Einzelrichter verneinte zwar die Aussicht auf eine Schuldenbereinigung, beurteilte indessen das Gesuch als offensichtlich rechtsmissbräuchlich.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 6. Oktober 2008 beantragt X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheides und die Eröffnung des Konkurses über sein Vermögen.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Gegen Entscheide des Konkursrichters ist die Beschwerde in Zivilsachen gegeben. Sie ist an keinen Streitwert gebunden (Art. 74 Abs. 2 lit. d BGG). Die Abweisung des Konkursbegehrens stellt einen Endentscheid dar (Art. 90 BGG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 689). Damit kann der Beschwerdeführer sämtliche Beschwerdegründe vorbringen und das Bundesgericht ist nicht auf die Prüfung der verfassungsmässigen Rechte beschränkt (Art. 95 ff. BGG).
2. Der Schuldner kann die Konkurseröffnung selber beantragen, indem er sich beim Gericht zahlungsunfähig erklärt (Art. 191 Abs. 1 SchKG). Der Richter eröffnet den Konkurs, wenn keine Aussicht auf eine Schuldenbereinigung nach Art. 333 ff. besteht (Art. 191 Abs. 2 SchKG). Diese Voraussetzung wurde von der Vorinstanz als gegeben erachtet. Damit ist im vorliegenden Fall nur mehr strittig, ob das Gesuch des Beschwerdeführers offensichtlich rechtsmissbräuchlich erfolgt ist.
2.1 Anlässlich der SchKG-Revision von 1994 wurden die Voraussetzungen für die Eröffnung eines Insolvenzverfahrens strenger gefasst. Nunmehr genügt die Erklärung des Schuldners nicht mehr, um den Konkurs zu bewirken. Der Richter prüft den Antrag und entscheidet, ob der Konkurs auszusprechen ist. Wenn dies auch in vielen Fällen weiterhin die Regel sein dürfte, so stellt die Neufassung von Art. 191 SchKG doch klar, dass der Richter - wie bisher in der Praxis bereits gehandhabt - rechtsmissbräuchliche Gesuche ablehnen muss (Botschaft vom 8. Mai 1991 über die Änderung des Bundesgesetzes über Schuldbetreibung und Konkurs, BBl 1991 III 117 Ziff. 205.31; DOMINIK GASSER, Nachlassverfahren, Insolvenzerklärung und Feststellung des neuen Vermögens, ZBJV 1996, S. 14 f.; HANS ULRICH HARDMEIER, Änderungen im Konkursrecht, AJP 1996, S. 1432). Statt der von der Lehre teilweise gewünschten Konkretisierungen wird der Richter hier nach wie vor auf das Verbot des Rechtsmissbrauchs verwiesen (ISAAK MEIER, Konkursrecht: Revisionspunkte und aktuelle Fragen, ZSR 1996 I, S. 283). Somit ist der Konkurs demjenigen Schuldner zu verwehren, der nicht einen wirtschaftlichen Neubeginn anstrebt, sondern völlig andere Ziele verfolgt (PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N. 30 zu Art. 191; ALEXANDER BRUNNER, in: Basler Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 6 und 15 zu Art. 191, je mit Hinweisen). Allein der Umstand, dass der Schuldner mit der Abgabe der Insolvenzerklärung auch eigennützige Zwecke verfolgt, lässt diese jedoch noch nicht rechtsmissbräuchlich werden. Bezweckt er hingegen einzig, die Zugriffsrechte seiner Gläubiger zunichte zu machen, so ist ihm die Konkurseröffnung zu verweigern (Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, § 38 Rz. 25; FLAVIO COMETTA, in: Commentaire Romand, Poursuite et faillite, N. 11 zu Art. 191; BEAT LANTER, Die Insolvenzerklärung als Mittel zur Abwehr von Pfändungen, Diss. Zürich 1976, S. 49 ff.). Ein Schuldner verhält sich beispielsweise rechtsmissbräuchlich, wenn er einen Konkurs im Wissen darum anstrebt, dass die Konkursmasse keine Aktiven aufweisen würde, oder wenn er auf diesem Wege zum Nachteil der Gläubiger eine Lohnpfändung abschütteln möchte (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 404).
2.2 Die Vorinstanz stellte fest, dass die Liegenschaft des Beschwerdeführers für ein ihm und seiner Ehefrau seinerzeit gewährtes Darlehen im Umfang von Fr. 225'000.-- von seinen Schwiegereltern gepfändet wurde, nachdem in der Betreibung Nr. 20809748 kein Rechtsvorschlag erhoben worden war. Der Beschwerdeführer wolle einzig seine Liegenschaft dem Zugriff der Schwiegereltern entziehen, hingegen strebe er keinen wirtschaftlichen Neubeginn an. Damit erweise sich sein Insolvenzbegehren als offensichtlich rechtsmissbräuchlich.
2.3 Der Beschwerdeführer stellt nicht in Abrede, dass er die von seinen Schwiegereltern verlangte Zwangsverwertung seiner Liegenschaft verhindern möchte. Er wolle sich aber durch die Konkurseröffnung auch die nötige Ruhe verschaffen, um sich wirtschaftlich erholen zu können. Dies komme allenfalls erst in der Appellationserklärung mit der wünschenswerten Deutlichkeit zum Ausdruck. Indessen müsse ihm zugestanden werden, dass er im Verlaufe des Verfahrens seine Motive überdenke und allenfalls anpasse. Indem die Vorinstanz seine Ergänzungen nicht berücksichtigt und einen offensichtlichen Rechtsmissbrauch angenommen habe, verletze sie Art. 2 Abs. 2 ZGB und Art. 191 Abs. 2 SchKG.
2.4 Welche Absicht der Beschwerdeführer mit der Abgabe der Insolvenzerklärung verbunden hatte, beschlägt eine innere Tatsache, die sich im vorliegenden Fall einzig aufgrund seiner Äusserungen feststellen lässt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.1 S. 456). Das Bundesgericht ist an die diesbezüglichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden und überprüft deren Beweiswürdigung nur auf Willkür (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Davon zu unterscheiden ist die Rechtsfrage, ob die Absicht sachfremd und damit offensichtlich rechtsmissbräuchlich ist. Die hier massgebliche Norm von Art. 2 Abs. 2 ZGB stellt Bundesrecht dar, welches aufgrund einer Beschwerde in Zivilsachen frei geprüft wird (Art. 95 lit. a BGG). Unter der bis Ende 2006 geltenden Herrschaft des OG prüfte das Bundesgericht im Rahmen einer staatsrechtlichen Beschwerde hingegen auch Rechtsfragen bei der Konkurseröffnung nur auf Willkür (vgl. <ref-ruling> E. 1 und 2 S. 55).
2.5 Die vom Beschwerdeführer vorgenommene Auslegung seiner Eingabe vom 24. April 2008 an die Erstinstanz lässt die tatsächliche Feststellung der Vorinstanz, dass er einzig seine Liegenschaft vor dem Zugriff der Schwiegereltern bewahren möchte und keinen wirtschaftlichen Neubeginn anstrebe, nicht als willkürlich erscheinen. Darin weist er zwar auf seine prekäre finanzielle Lage hin, welche den Schwiegereltern bekannt sei und ihnen erlaube, auf seine Liegenschaft zu greifen. Die Absicht eines wirtschaftlichen Neubeginns wird indessen - entgegen der Darlegung im vorliegenden Verfahren - nicht einmal angedeutet. Ob die vom Beschwerdeführer in seiner Appellationserklärung geschilderte Absicht eines wirtschaftlichen Neustarts von der Vorinstanz überhaupt berücksichtigt werden musste (vgl. Art. 174 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 194 SchKG), ist vorliegend nicht zu erörtern. Sie besteht einzig in einer entsprechenden Behauptung. Insoweit genügt der Beschwerdeführer seiner Begründungspflicht in keiner Weise. Entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG hätte er nämlich klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheides darzulegen müssen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt sein sollen (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 6 S. 397). Damit bleibt es bei der Feststellung der Vorinstanz, dass es dem Beschwerdeführer bei der Abgabe seiner Insolvenzerklärung einzig um die Abwehr der von seinen Schwiegereltern verlangten Pfändung und nicht um einen wirtschaftlichen Neubeginn gehe. Dass darin ein rechtsmissbräuchliches Verhalten zu erblicken ist, welches zur Abweisung des Konkursantrages führen muss, wird vom Beschwerdeführer als solches zu Recht nicht in Frage gestellt.
3. Nach dem Dargelegten ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht von Appenzell Ausserrhoden, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Levante