Faits:
A. X._, né en 1967, et Dame X._, née en 1972, se sont mariés le *** 2005. Un enfant est issu de leur union : A._, né le *** 2006.
Dame X._ est également la mère de deux enfants nées de précédentes unions : B._, née en juin 2005, et C._, née en 1998.
B. Par convention du 14 mars 2008 ratifiée le même jour par la présidente du Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois pour valoir prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale, les époux ont convenu de vivre séparés pour une durée de six mois et d'attribuer la garde de leur enfant à la mère, le père bénéficiant d'un droit de visite libre et large. Dite convention prévoyait que l'époux contribuerait à l'entretien des siens par le versement d'un montant mensuel de 2'170 fr., allocations familiales en sus.
Le 5 septembre 2008, le mari a requis l'attribution de la garde sur l'enfant et la suppression de toute contribution d'entretien. De son côté, l'épouse a conclu au rejet de ces conclusions et à ce que la contribution d'entretien soit augmentée à 3'500 fr. par mois, allocations familiales en sus. Par prononcé de mesures protectrices du 5 décembre 2008, la présidente du Tribunal d'arrondissement a rejeté la requête tendant à l'attribution de la garde au père et a fixé la contribution d'entretien mensuelle à 2'700 fr., allocations familiales non comprises, payable dès le 1er septembre 2008.
Le Tribunal d'arrondissement a rejeté l'appel formé contre ce prononcé par le mari.
C. Contre cet arrêt, X._ a interjeté deux recours. Il a d'une part déposé un recours en nullité cantonal auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois pour appréciation arbitraire des preuves et violation d'une règle essentielle de procédure. D'autre part, le 8 avril 2009, il a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il y conclut principalement à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que la contribution due pour l'entretien des siens soit réduite, dès le 1er septembre 2008, à 1'800 fr. par mois, allocations familiales en sus. A titre subsidiaire, il demande l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi de la cause à l'autorité compétente.
L'intimée a conclu au rejet du recours.
D. Par ordonnance du 14 avril 2009, la requête de mesures provisionnelles du mari a été rejetée. Le 1er mai 2009, la présidente de la cour de céans a suspendu l'instruction de la cause jusqu'à droit connu sur le recours en nullité cantonal.
Le 5 juin 2009, la Chambre des recours a "écarté" le recours en nullité cantonal en ce sens qu'elle n'est pas entrée en matière. X._ a interjeté un second recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt en concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité compétente pour que celle-ci entre en matière. Par arrêt de ce jour (5A_468/2009), le Tribunal fédéral a rejeté ce recours.

Considérant en droit:
1. La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2). Elle est finale selon l'<ref-law>, car elle tranche définitivement, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et les effets accessoires (<ref-ruling> consid. 4). Le recours a en outre pour objet une décision rendue dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>, <ref-law>). Il a par ailleurs été déposé en temps utile (<ref-law>). Le recours en matière civile est dès lors recevable au regard de ces dispositions.
1.1 Selon l'<ref-law>, le recours n'est recevable qu'à l'encontre des décisions prises en dernière instance cantonale, ce qui signifie que les griefs soulevés devant le Tribunal fédéral ne doivent plus pouvoir faire l'objet d'un recours ordinaire ou extraordinaire de droit cantonal (<ref-ruling> consid. 1.3). Dans le canton de Vaud, l'arrêt sur appel en matière de mesures protectrices de l'union conjugale ne peut faire l'objet d'un recours en nullité que pour les motifs prévus par l'art. 444 al. 1 ch. 1 et 2 CPC/VD (<ref-law>/VD; arrêt de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois du 15 janvier 1998, publié in JdT 1998 II 53), soit lorsque le déclinatoire aurait dû être prononcé d'office (ch. 1) et pour absence d'assignation régulière ou pour violation de l'<ref-law>/VD lorsque le jugement a été rendu par défaut (ch. 2). Interjeté non pour ces motifs, mais pour arbitraire (art. 9 Cst.), le recours est donc en principe recevable selon l'<ref-law>, le Tribunal d'arrondissement s'étant prononcé en dernière instance cantonale.
1.2 Les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5, 585 consid. 3.3 et la jurisprudence citée), de sorte que seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités).
Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités). Il ne suffit pas qu'une solution différente apparaisse concevable, voire préférable; la décision attaquée n'étant de surcroît, annulée que si elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.1 et les arrêts cités), le Tribunal fédéral peut procéder à une substitution de motifs pour autant que la nouvelle motivation n'ait pas été réfutée expressément par l'autorité cantonale et qu'elle résiste, à son tour, au grief d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4c/aa).
1.3 Quant à l'appréciation des preuves et la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les arrêts cités). Sa retenue est d'autant plus grande lorsque le juge cantonal n'examine la cause que d'une manière sommaire et provisoire (<ref-ruling> consid. 3.3 et les arrêts cités). Ainsi en va-t-il dans le domaine des mesures protectrices de l'union conjugale, qui sont ordonnées à la suite d'une procédure sommaire, avec administration restreinte des moyens de preuve et limitation du degré de la preuve à la simple vraisemblance (<ref-ruling> consid. 2b/bb et les références).
1.4 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3).
2. Pour statuer sur le principe et le montant de la contribution d'entretien, le Tribunal d'arrondissement a retenu que l'époux réalisait un revenu mensuel net de 9'732 fr. 47 provenant de son activité d'installateur en chauffage qu'il exerce à titre indépendant. Ses charges ont été fixées à 4'798 fr. 90. En ce qui concerne l'épouse, les juges précédents ont constaté qu'elle pouvait compter sur des ressources de 4'477 fr. 30. Quant à ses charges mensuelles, elles ont été arrêtées à 5'191 fr. 10.
Se fondant sur ces chiffres, le Tribunal d'arrondissement a appliqué la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent à raison de 60 % pour l'épouse qui a la garde de l'enfant et de 40 % en faveur du mari. Elle a déduit des revenus cumulés des parties, soit 14'209 fr. 77 (9'732 fr. 47 + 4'477 fr. 30) leurs charges de 9'990 fr. (4'798 fr. 90 + 5'191 fr. 10), obtenant ainsi un excédent de 4'219 fr. 77. Elle a ensuite réparti ce solde à raison de 60 % (2'531 fr. 86) en faveur de l'épouse qui a la garde de l'enfant et de 40 % en faveur du mari. Estimant que l'épouse avait droit en sus de cet excédent de 2'531 fr. 86 au montant nécessaire pour couvrir ses charges, soit 713 fr. 80 (4'477 fr. 30 - 5'191 fr. 10), les juges ont confirmé la contribution de 2'700 fr. fixée en première instance au motif qu'elle n'entamait pas le minimum vital de l'époux et ne laissait pas apparaître d'iniquité en sa défaveur.
3. Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir versé dans l'arbitraire dans la détermination de son revenu en se fondant sur ses dépenses et non sur le bénéfice d'exploitation de son entreprise.
3.1 Le revenu d'un indépendant est constitué par son bénéfice net. Pour obtenir un résultat fiable en cas de revenus fluctuants, il convient de tenir compte en général du bénéfice net moyen réalisé durant plusieurs années (arrêt 5P.342/2001 du 20 décembre 2001 consid. 3a; FRANÇOISE BASTONS BULLETTI, L'entretien après divorce, Méthodes de calcul, montant, durée et limites in : SJ 2007 p. 77 ss, 80-81 et note 19 p. 81; INGEBORG SCHWENZER, FamKomm Scheidung, 2005, n. 17 ad <ref-law>). Plus les fluctuations de revenus sont importantes et les données fournies par l'intéressé sont incertaines, plus la période de comparaison doit être longue (SUTTER/FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, n. 42 ad <ref-law>). Ce n'est que lorsque les allégations sur le montant des revenus ne sont pas vraisemblables et que les pièces produites ne sont pas convaincantes - comme par ex. lorsque les comptes de résultat manquent -, qu'il convient de se fonder sur le niveau de vie des époux durant la vie commune. Les prélèvements privés constituent alors un indice permettant de déterminer ce train de vie (cf. arrêt 2P.29/2007 du 31 mai 2007 consid. 2.4; VERENA BRÄM, Commentaire zurichois, n. 76 ad <ref-law>).
3.2 Le Tribunal d'arrondissement s'est fondé sur un « tableau comparatif du revenu d'exploitation (salaire net), des dépenses privées et de l'évolution de la fortune » établi par la fiduciaire mandatée par le recourant pour la tenue de sa comptabilité. Sans fournir aucune explication sur les raisons concrètes qui lui faisaient douter de la fiabilité de ces chiffres, il a considéré qu'il fallait s'écarter du bénéfice d'exploitation mentionné dans le tableau pour le motif que celui-ci ne reflétait pas nécessairement la situation financière de l'exploitant. L'autorité précédente a relevé qu'en revanche, les dépenses privées constituaient une forme de revenu car elles avaient permis au recourant de s'acquitter de ses charges personnelles et quotidiennes. Pour établir le revenu de celui-ci, le Tribunal d'arrondissement a par conséquent fait la moyenne des dépenses privées des trois dernières années, aboutissant ainsi à un revenu mensuel net de 9'732 fr. 47.
3.3 Ce mode de détermination du revenu est en l'occurrence arbitraire. Le Tribunal d'arrondissement s'est écarté par principe du bénéfice d'exploitation de l'entreprise, alors même qu'il n'y avait pas d'éléments indiquant que ce poste ne reflétait pas la réalité. Dans le cas particulier, il ne faut en outre pas perdre de vue que, pour les années prises en compte, les dépenses privées sur lesquelles les magistrats précédents se sont fondés étaient financées non seulement par le salaire du mari, mais également par celui de l'épouse ainsi que, pour l'année 2007, par le bénéfice réalisé sur la vente de la villa (60'240 fr.). L'ensemble de ces ressources a contribué aux dépenses privées du ménage. En tout état de cause, en l'absence d'indications concrètes établissant que les allégations et documents présentés par le recourant n'étaient pas fiables, il était arbitraire de ne pas s'en tenir au bénéfice d'exploitation.
En conclusion, le recours doit être admis, l'arrêt entrepris annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
4. Au vu du résultat du recours, l'intimée supportera les frais judiciaires (<ref-law>) et versera au recourant une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'arrondissement de l'Est vaudois.
Lausanne, le 22 mars 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet