A.- La société anonyme X._ SA a été inscrite au registre du commerce le 9 mai 1989. Elle a pour but l'exécution d'opérations afférentes à la construction d'immeubles, la surveillance en matière de bâtiments et la réalisation de mandats dans ces domaines. Elle a perçu des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail pour les périodes du 1er novembre 1991 au 29 février 1992, du 1er septembre 1992 au 28 février 1993 et du 2 janvier 1995 au 30 avril 1995. Le montant total des indemnités versées à ce titre s'est élevé à 157 314 fr. 40.
Faisant suite à une demande de la Caisse cantonale genevoise de chômage du 22 mars 1996, l'Office cantonal genevois de l'emploi a ouvert une enquête pour déterminer si la perte de travail avait été suffisamment contrôlable durant les périodes en cause. L'office cantonal de l'emploi a établi un rapport le 18 juin 1997.
Se fondant sur ce rapport, la caisse de chômage a rendu une décision, le 10 juillet 1997, par laquelle elle a réclamé à la société la restitution du montant précité de 157 314 fr. 40. Cette décision était motivée par le fait que la réduction de l'horaire de travail dans l'entreprise n'avait pas pu être contrôlée, en l'absence de cartes de "pointage" ou de relevés permettant de vérifier la perte de travail : cette dernière était simplement reportée sur le rapport concernant les heures perdues à partir des plans de chômage établis par l'entreprise. En outre, les plans de chômage de l'entreprise n'avaient pas été respectés par les employés. Ainsi, des frais professionnels avaient été remboursés par l'employeur pour des dates qui correspondaient à des jours annoncés comme étant chômés. Enfin, un salarié de la société avait déclaré avoir fait des heures supplémentaires que la société n'avait pas déduites des heures perdues. Il avait affirmé que le volume de travail était suffisant et que la réduction de l'horaire de travail était destinée, en réalité, à compenser le manque de liquidités de la société.
B.- La société a recouru contre cette décision devant le Groupe Réclamations de l'office cantonal de l'emploi.
Statuant le 24 avril 1998, celui-ci a partiellement admis le recours en ramenant à 101 843 fr. 50 le montant des indemnités soumis à restitution. Il a considéré, en bref, que la caisse était en droit de réclamer les indemnités perçues par la société, mais seulement dans les limites du délai quinquennal de péremption. Par conséquent, seule pouvait être exigée la restitution des indemnités versées entre le 1er septembre 1992 et le 30 avril 1995, ce qui représentait le montant de 101 843 fr. 50.
C.- X._ SA a déféré cette décision à la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage. Après avoir procédé à diverses mesures d'instruction, la commission a rejeté le recours par jugement du 25 jan- vier 2001.
D.- X._ SA interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut, sous suite de dépens, à l'annulation du jugement attaqué, ainsi que de la décision de la caisse du 10 juillet 1997, et demande au tribunal de constater qu'elle n'est pas tenue de restituer le montant de 101 843 fr. 50. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la commission de recours pour instruction complémentaire et nouvelle décision.
La caisse de chômage conclut au rejet du recours.
Quant au Secrétariat d'Etat à l'économie (seco), il ne s'est pas déterminé à son sujet.

Considérant en droit :
1.- Les premiers juges ont cité de manière complète et exacte les règles et les principes jurisprudentiels applicables aux obligations de l'employeur en matière de contrôle de la perte de travail pour laquelle les indemnités de l'assurance-chômage sont demandées. Il en va de même en ce qui concerne l'obligation à la charge de l'employeur de restituer les indemnités versées, s'il apparaît, après coup, que la réduction de l'horaire de travail n'était pas suffisamment contrôlable.
Ces règles ont été exposées par le Tribunal fédéral des assurances dans un arrêt du 12 mai 2000 en la cause M. SA (C 367/99). Les considérants principaux de cet arrêt sont reproduits in extenso dans le jugement attaqué. C'est pourquoi on se contentera de rappeler ici que l'obligation de contrôle par l'employeur de la perte de travail résulte de la nature même de l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail : du moment que le facteur déterminant est la réduction de l'horaire de travail (<ref-law>) et que celle-ci se mesure nécessairement en proportion des heures normalement effectuées par les travailleurs (<ref-law>), l'entreprise doit être en mesure d'établir, de manière précise et si possible indiscutable, à l'heure près, l'ampleur de la réduction donnant lieu à l'indemnisation pour chaque assuré bénéficiaire de l'indemnité (cf. aussi l'<ref-law>). Aussi bien la perte de travail pour laquelle l'assuré fait valoir ses droits n'est réputée suffisamment contrôlable que si les heures effectives de travail peuvent être contrôlées pour chaque jour : c'est la seule façon de garantir que les heures supplémentaires qui doivent être compensées pendant la période de décompte soient prises en considération dans le calcul de la perte de travail mensuelle (DTA 1999 n° 34 p. 200; voir aussi Gerhards, Kommentar zum Arbeitslosenversicherungsgesetz [AVIG] vol. I, note 33 ad art. 31).
Par ailleurs, le caractère contrôlable de la perte de travail est une condition de fond du droit à l'indemnité.
Ou bien cette condition légale est réalisée, ou bien elle fait défaut. Lorsque la réduction n'est pas suffisamment contrôlable, l'octroi de prestations apparaît donc comme sans nul doute erroné et justifie une restitution selon l'<ref-law>. Vouloir émettre des doutes à ce sujet revient à inverser le fardeau de la preuve qui, sur ce point particulier, incombe clairement à l'employeur (DTA 1998 n° 35 p. 200 consid. 4b, 1996/1997 n° 28 p. 157 sv.
consid. 3).
2.- En l'espèce, on constate, sur la base, notamment, du rapport de l'office cantonal de l'emploi du 18 juin 1997 et des témoignages recueillis par la commission de recours, qu'il y a bien eu une réduction de l'horaire de travail durant les périodes considérées, que des plans de réduction de l'horaire de travail ont été établis préalablement aux périodes chômées et portés à la connaissance des employés intéressés. Certains travailleurs ont été contraints de déroger aux plans de chômage. La caisse en a été avisée par la société, dans certains cas tout au moins, car il n'est pas possible de vérifier si toutes les dérogations ont ou non été annoncées. Il est également établi que des frais professionnels ont été remboursés à des salariés pour des jours chômés selon la planification du temps de travail.
En définitive, tous les témoins entendus se sont accordés pour déclarer qu'il n'y avait pas de véritable contrôle. En fait, l'employeur faisait confiance à chaque salarié pour respecter l'horaire de travail réduit. Mais il n'y a pas eu de contrôle interne, à l'heure près, de la réduction effective du temps de travail.
La recourante fait certes valoir qu'elle a suivi scrupuleusement les instructions de la caisse. Pourtant, comme le relèvent les premiers juges, la recourante a reçu une note "info-service", dans le cadre d'une information destinée aux chefs d'entreprises et qui concernait les indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail. Il y est rappelé que les travailleurs dont la réduction de l'horaire de travail ne peut pas être déterminée ou dont l'horaire de travail n'est pas suffisamment contrôlable n'ont pas droit à l'indemnité. Pour que ce droit soit reconnu, l'attention de l'employeur est précisément attirée sur la nécessité d'instaurer un système de contrôle des temps de présence (p. ex. cartes de timbrage, rapports des heures, etc.).
Dans une note qu'il a envoyée à la recourante en décembre 1994, l'Office cantonal de l'emploi a encore insisté sur l'obligation de mettre en place un contrôle précis (enregistrement mécanique, carnet de travail ou, à défaut, "planning hebdomadaire" indiquant les heures d'arrivée et de départ du personnel le matin et l'après-midi). La recourante devait donc savoir qu'un plan de réduction préalable de l'horaire de travail n'était à cet égard pas suffisant.
On ajoutera que les circonstances de l'espèce sont en tous points semblables à celles qui prévalaient dans l'affaire M. SA susmentionnée, dans laquelle le Tribunal fédéral des assurances a retenu que la perte de travail n'était pas suffisamment contrôlable. La recourante n'avance aucun argument propre à justifier une autre appréciation du cas en l'espèce.
Dans ces conditions, on doit admettre, avec la commission de recours, que l'une des conditions mises au versement de l'indemnité pendant les périodes litigieuses, savoir le caractère contrôlable de la perte de travail, n'était pas remplie en l'occurrence. Les prestations ayant été versées à tort, elles doivent être restituées, conformément à l'<ref-law>.
Il suit de là que le recours est mal fondé.
3.- Pour le reste, il n'y a pas lieu, à ce stade, d'examiner la question de la remise de l'obligation de restituer (<ref-law>). Comme l'a relevé à ce propos le Groupe Réclamations, il appartiendra à l'autorité cantonale compétente, soit la section "assurance-chômage" de l'office cantonal de l'emploi, de statuer sur une éventuelle demande de remise qui serait présentée par la recourante.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est rejeté.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière d'assurance-chômage, à l'Office cantonal genevois de
l'emploi, Groupe Réclamations, et au Secrétariat
d'Etat à l'économie.
Lucerne, le 12 juin 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIIe Chambre :
Le Greffier :