Fatti:
A. In seguito a una denuncia del 10 novembre 2006, il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha aperto un procedimento penale a carico di A._, che è stato arrestato il 23 aprile 2007 ed è rimasto in detenzione preventiva fino al 26 settembre 2007. Il procedimento è sfociato in un atto di accusa del 18 novembre 2009 per i titoli di truffa aggravata, infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti, falsità in certificati, ripetuta disobbedienza a decisioni dell'autorità, violazione della legge federale sugli agenti terapeutici e della legge federale sulla protezione dell'ambiente. All'accusato, che non avrebbe una formazione in medicina, è in sostanza rimproverato di avere esercitato abusivamente la professione di medico, praticando terapie invasive quali ozonoterapia e terapia neurale in condizioni igieniche precarie, ingannando i pazienti e mettendone in pericolo la salute. Il dibattimento dinanzi al Tribunale penale cantonale non è ancora stato svolto.
B. Il 24 febbraio 2010 il PP ha aperto un ulteriore procedimento penale a carico di A._ in relazione a un suo "intervento medico" eseguito nel mese di novembre del 2009 su una paziente che avrebbe in seguito contratto una grave infezione, tale da esporla a pericolo della salute. Risultando che l'interessato aveva continuato a svolgere un'attività medica abusiva, egli è stato nuovamente arrestato il 6 aprile 2011. Un'istanza di carcerazione preventiva del PP è stata evasa l'8 aprile 2011 dal giudice dei provvedimenti coercitivi: in luogo della carcerazione sono state ordinate, quali misure sostitutive, il blocco dei documenti di identità e di legittimazione svizzeri e serbi, l'obbligo di non abbandonare il territorio ticinese, quello di annunciarsi giornalmente presso un posto di polizia stabilito dal PP, il divieto di avere contatti con pazienti "storici" e "potenziali", nonché i divieti di esercitare qualsiasi tipo di arte medica, tra cui l'ozonoterapia e la terapia neuronale, e di praticare iniezioni di ogni genere. Un reclamo presentato dal PP contro la decisione del giudice dei provvedimenti coercitivi è stato respinto dal Presidente della Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) con decisione del 13 aprile 2011.
A seguito di un'ulteriore istanza di carcerazione preventiva presentata dal PP e dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 27 febbraio 2012 la CRP ha confermato le predette misure sostitutive e, quale misura sostitutiva aggiuntiva, ha vietato all'imputato di possedere, direttamente o indirettamente per il tramite di terzi, ogni e qualsiasi materiale sanitario in senso lato, ossia farmaci, strumenti medici o altri oggetti utilizzati per praticare l'arte medica.
C. Con ordine di perquisizione e sequestro del 9 febbraio 2012, il PP ha disposto la perquisizione del domicilio dell'imputato, compresi tutti i locali a lui accessibili, in particolare i veicoli intestati ed in uso all'imputato, non presenti in occasione della perquisizione del 5 dicembre 2011. Ha contestualmente ordinato il sequestro di tutti gli oggetti rinvenuti che potessero avere importanza per l'istruzione del processo come mezzi di prova, quale garanzia dei costi del procedimento, da restituire ai danneggiati o soggetti a confisca. Il PP ha specificato che il provvedimento verteva su ogni oggetto e documentazione attestante l'esercizio di terapie invasive a danno di persone che lo credono un medico, quali materiale sanitario, strumenti per le terapie, attività di vendita di pastiglie dimagranti e documentazione bancaria relativa a conti su cui avrebbe occultato il provento dei reati. Il magistrato inquirente ha altresì precisato che occorreva sequestrare due autovetture appartenenti all'imputato, in considerazione dell'elevato rischio di recidiva e del fatto che il 7 febbraio 2012 la Sezione della circolazione gli aveva revocato la licenza di condurre a tempo indeterminato con effetto immediato.
D. Contro l'ordine di perquisizione e di sequestro, l'imputato ha adito la CRP che, con sentenza del 27 marzo 2012, ha accolto in quanto ricevibile il reclamo. Ha annullato il provvedimento ed ha disposto l'immediato dissequestro delle due autovetture che frattanto, in esecuzione dell'ordine litigioso, erano state requisite dalla polizia cantonale. La Corte cantonale ha ritenuto abusivo il provvedimento siccome in realtà fondato sul fatto che l'autorità amministrativa aveva revocato all'interessato la licenza di condurre per la sua inidoneità alla guida.
E. Il PP impugna il giudizio della CRP con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di modificarlo nel senso di confermare l'ordine del 9 febbraio 2012 e di mantenere sotto sequestro i due veicoli. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale.
F. Invitati ad esprimersi sul ricorso, la CRP si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre l'imputato chiede di respingere il gravame.

Diritto:
1. 1.1 La sentenza impugnata annulla l'ordine di perquisizione e di sequestro e impone di dissequestrare immediatamente due autovetture appartenenti all'opponente. Si tratta di una decisione resa in materia penale, che di massima è quindi impugnabile con il rimedio del ricorso in materia penale ai sensi dell'<ref-law>.
1.2 Essa concerne un provvedimento coercitivo ai sensi dell'art. 196 segg. CPP e, poiché non pone fine al procedimento penale (art. 90 seg. LTF), costituisce una decisione incidentale notificata separatamente ai sensi dell'<ref-law>. Avverso la stessa, il ricorso è ammissibile soltanto alle condizioni dell'art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF, ossia, in particolare, quando può causare un pregiudizio irreparabile. Il ricorrente si limita ad addurre che la decisione impugnata potrebbe comportare un simile pregiudizio, siccome lo priverebbe della possibilità di ottenere in seguito la confisca dei beni sequestrati. Non sostanzia per contro un grave rischio di perdere mezzi di prova o l'impossibilità di chiarire i reati perseguiti. È quindi quantomeno dubbio che il dissequestro delle automobili possa cagionare un danno irreparabile. Visto l'esito del ricorso, la questione non deve tuttavia essere approfondita oltre. Anche l'aspetto della legittimazione a ricorrere giusta l'<ref-law>, che presuppone l'esistenza di un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata, può pertanto rimanere qui indeciso.
1.3 L'<ref-law> non è applicabile nell'ambito dei ricorsi contro provvedimenti coercitivi ai sensi dell'<ref-law> (cfr. <ref-ruling> consid. 2.4, 122 consid. 2; sentenza 1B_277/2011 del 28 giugno 2011 consid. 1.2).
2. La Corte cantonale ha interamente annullato l'ordine di perquisizione e di sequestro del 9 febbraio 2012. Dai considerandi del giudizio impugnato risulta tuttavia che il provvedimento è stato eseguito lo stesso giorno presso il domicilio dell'opponente e che il rapporto di esecuzione della polizia cantonale dà atto che nulla di rilevante è stato rinvenuto all'interno delle autovetture, le quali sono state poste sotto sequestro e trasferite altrove. L'oggetto del litigio è quindi sostanzialmente circoscritto al sequestro delle due automobili, aspetto su cui vertono del resto le argomentazioni contenute nella decisione della CRP e le contestazioni sollevate dal PP.
3. 3.1 Il ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere accertato in modo arbitrario i fatti, per avere ritenuto che il vero motivo alla base del provvedimento risiederebbe nella revoca della licenza di condurre da parte della Sezione della circolazione. Sostiene che questa deduzione costituirebbe un processo alle intenzioni: il provvedimento era in realtà destinato a rintracciare eventuale materiale sanitario ed era giustificato dall'elevato rischio di recidiva. A suo dire, la concomitanza con la notificazione della decisione di revoca della licenza di condurre sarebbe una pura coincidenza.
3.2 Con queste critiche, il ricorrente non si confronta puntualmente con le constatazioni della Corte cantonale, spiegando con una motivazione conforme alle esigenze degli <ref-law>, per quali ragioni esse sarebbero manifestamente inesatte, in chiaro contrasto con gli atti, e quindi arbitrarie, e perché l'eliminazione del vizio potrebbe essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). La CRP ha infatti stabilito che il motivo effettivo alla base del provvedimento era la revoca della licenza di condurre, fondandosi sulle circostanze temporali della sua emanazione, sull'esistenza nota da tempo delle autovetture dell'imputato e sul contenuto delle osservazioni del PP al reclamo. Il ricorrente non dimostra che la CRP, riconducendo il sequestro alla revoca della licenza di condurre, avrebbe considerato questi elementi in modo manifestamente insostenibile. La questione non deve comunque essere approfondita oltre poiché anche gli ulteriori motivi addotti dal ricorrente per giustificare il provvedimento sono inconferenti.
4. 4.1 A suo dire, il sequestro delle automobili si giustificherebbe siccome esse sarebbero state utilizzate per commettere i reati e soggiacerebbero quindi alla confisca, nonché alla garanzia delle spese giudiziarie. Adduce inoltre un rischio di recidiva, poiché l'imputato potrebbe recarsi nella Svizzera interna con i citati veicoli allo scopo di riprendere a praticare sui suoi pazienti terapie vietate.
4.2 Giusta l'<ref-law>, all'imputato e a terzi possono essere sequestrati oggetti e valori patrimoniali se questi saranno presumibilmente utilizzati come mezzi di prova (lett. a); utilizzati per garantire le spese procedurali, le pene pecuniarie, le multe e le indennità (lett. b); restituiti ai danneggiati (lett. c); confiscati (lett. d).
L'<ref-law>, dal titolo marginale "confisca di oggetti pericolosi", prevede che il giudice, indipendentemente dalla punibilità di una data persona, ordini la confisca degli oggetti che hanno servito o erano destinati a commettere un reato o che costituiscono il prodotto di un reato se tali oggetti compromettono la sicurezza delle persone, la moralità o l'ordine pubblico.
4.3 Ora, la confisca di un veicolo quale oggetto pericoloso ai sensi della suddetta disposizione può di massima entrare in considerazione nel caso di un contravventore inveterato alle norme della circolazione stradale, nella misura in cui permette di ritardare o di rendere più difficile la commissione di ulteriori infrazioni alla LCStr (<ref-ruling> consid. 4). Simili estremi non sono tuttavia realizzati nella fattispecie, non essendo in discussione ripetuti reati in materia di circolazione stradale. Quanto all'ipotesi del sequestro a copertura delle spese procedurali (art. 263 cpv. 1 e art. 268 CPP), il ricorrente si limita ad addurre che non vi sarebbero limiti temporali per ordinare il provvedimento. Non spiega tuttavia per quali ragioni il provvedimento a garanzia di tali spese sarebbe presumibilmente necessario in concreto e rispettoso del principio di proporzionalità. In particolare, il ricorrente non adduce elementi tali da fare ritenere che l'imputato potrebbe sottrarsi ai suoi obblighi di pagamento. Disattende altresì di avere riconosciuto che il valore attuale delle autovetture è pressoché nullo (cfr. FELIX BOMMER/PETER GOLDSCHMID, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n. 9 all'art. 268).
Ribadendo infine il pericolo di recidiva, il ricorrente non fa valere specifici motivi di sequestro ai sensi dell'<ref-law>, riferendosi piuttosto ad eventuali misure sostitutive della carcerazione preventiva (cfr. art. 221 cpv. 1 lett. c, <ref-law>), le quali tuttavia, se del caso, avrebbero potuto essere proposte in quello specifico contesto. Il ricorrente non ha peraltro impugnato la decisione del 27 febbraio 2012 della CRP, sostenendo che le misure sostitutive adottate dai giudici cantonali sarebbero insufficienti per evitare che l'imputato metta ulteriormente in pericolo la vita e la salute dei pazienti commettendo altri reati.
5. 5.1 Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua inammissibilità. L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo.
5.2 Non si prelevano spese giudiziarie a carico del ricorrente, che si è rivolto al Tribunale federale nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (<ref-law>). Lo Stato del Cantone Ticino è comunque tenuto a versare all'opponente un'indennità a titolo di ripetibili di questa sede (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà al patrocinatore dell'opponente un'indennità di fr. 600.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al ricorrente, al patrocinatore dell'opponente e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.