Sachverhalt:
A. Am 8. Januar 2010 wurde der Personenwagen Ford Ka 1.3, Kontrollnummer BE 000000, von X._ beim Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern (SVSA) einer amtlichen periodischen Nachprüfung unterzogen. Dabei stellte der Experte des SVSA diverse Mängel am Fahrzeug fest. Er beanstandete insbesondere das Abblendlicht (fehlerhafte Einstellung), das Beleuchtungsglas vorne links, die Kontrollschildbeleuchtung rechts, die Dichtheit von Motor und Auspuffanlage sowie die Bremsscheiben (Mindestdicke und Rost); auch fehlte das Abgas-Wartungsdokument. Der Experte versah den Fahrzeug-Prüfbericht mit den handschriftlichen Bemerkungen "FZ nicht prüfbereit" und "Mängel nicht abschl.". Weiter setzte er den Stempel "Prüfungstermin erforderlich" sowie die Bemerkung "ganze Prüfung" darunter.
Dagegen erhob X._ am 15. Januar 2010 Einsprache und verlangte, es sei zu verfügen, dass nur die im Prüfbericht vermerkten Mängel einer Nachprüfung unterliegen. Mit Einspracheentscheid vom 5. Februar 2010 wies das SVSA die Einsprache ab, bestätigte das Ergebnis der Fahrzeugprüfung vom 8. Januar 2010 und ordnete für das Fahrzeug eine neue vollständige Nachprüfung an. Einer allfälligen Beschwerde entzog es die aufschiebende Wirkung.
Am 24. Februar 2010 erhob X._ bei der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern Beschwerde und beantragte die Aufhebung des Einspracheentscheids vom 5. Februar 2010. Zudem ersuchte sie um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung und eventualiter um den Erlass einer vorsorglichen Massnahme, wonach ihr Fahrzeug nur bezüglich der im Fahrzeug-Prüfbericht vermerkten Mängel einer Nachprüfung zu unterziehen sei. Mit Zwischenentscheid vom 19. März 2010 wies die Polizei- und Militärdirektion das Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung und um Anordnung vorsorglicher Massnahmen ab. In der Folge bot das SVSA X._ für den 26. April 2010 zu einer neuen vollständigen Nachprüfung auf, welche das Fahrzeug erneut nicht bestand. Mit Entscheid vom 28. Mai 2010 wies die Polizei- und Militärdirektion die Beschwerde ab, soweit sie darauf eintrat.
Eine gegen den Entscheid vom 28. Mai 2010 der Polizei- und Militärdirektion gerichtete Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 17. Dezember 2010 beantragt X._ die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts.
Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Polizei- und Militärdirektion schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Bei der amtlichen periodischen Nachprüfung eines zugelassenen Fahrzeugs nach <ref-law> i.V.m. Art. 33 der Verordnung vom 19. Juni 1995 über die technischen Anforderungen an Strassenfahrzeuge (VTS; SR 741.41) handelt es sich um eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit. Die Beschwerde nach <ref-law> ist somit das zutreffende Rechtsmittel.
1.2 Die Erteilung des Fahrzeugausweises (<ref-law>) ist eine Polizeibewilligung. Die amtliche Nachprüfung dient der Feststellung des Sachverhalts im Hinblick auf den Entzug oder Nichtentzug dieser Polizeibewilligung. Das Aufgebot zu einer (erstmaligen oder erneuten) Nachprüfung schliesst deshalb das Verfahren nicht ab; es stellt einen verfahrensleitenden Zwischenentscheid dar. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts ist damit die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss <ref-law> nur zulässig, wenn es einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b; <ref-ruling> E. 1.4 und 1.5 S. 373 f. mit Hinweisen). Da der mit der Nachprüfung verbundene Aufwand, einmal erbracht, nicht rückgängig zu machen ist und der Beschwerdeführerin der Entzug des Fahrzeugausweises droht, falls sie der Aufforderung nicht nachkommt (Art. 106 Abs. 1 lit. b der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr [Verkehrszulassungsverordnung, VZV; SR 741.51]), ist die Voraussetzung von <ref-law> erfüllt.
1.3 Nach <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nur legitimiert, wer ein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung seiner Eingabe hat. Dieses muss nicht nur bei der Beschwerdeeinreichung, sondern auch noch im Zeitpunkt der Urteilsfällung aktuell und praktisch sein. Fällt das schutzwürdige Interesse im Laufe des Verfahrens dahin, wird die Sache als erledigt erklärt; fehlte es schon bei der Beschwerdeeinreichung, ist auf die Eingabe nicht einzutreten. Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen können, eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre und die Beantwortung wegen deren grundsätzlicher Bedeutung im öffentlichen Interesse liegt (zur Publ. vorgesehenes Urteil 2C_823/2009 vom 19. Oktober 2010 E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 1.1 S. 103; je mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin kritisiert, dass sie vom SVSA zu einer vollständigen (statt nur zu einer teilweisen) neuen Nachprüfung aufgeboten worden ist. Da die beanstandete vollständige neue Prüfung am 26. April 2010 bereits stattgefunden hat, besteht kein aktuelles praktisches Interesse mehr an der Beurteilung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat indessen dargelegt, dass es bei periodischen Nachprüfungen jederzeit vorkommen kann, dass das Strassenverkehrsamt eine vollständige neue Prüfung anordnet. Die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene Frage nach der Zulässigkeit dieses Vorgehens kann sich somit unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen. Die vorgebrachten Rügen lassen sich zudem wegen der Dauer des Beschwerdeverfahrens kaum je rechtzeitig überprüfen. Aus Gründen der Verkehrssicherheit werden Nachkontrollen relativ kurzfristig angesetzt und es wird damit nicht bis zum Abschluss eines Beschwerdeverfahrens zugewartet. Schliesslich handelt es sich auch um eine grundsätzliche Frage, so dass insgesamt die Voraussetzungen für den Verzicht auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses erfüllt sind.
1.4 Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, so dass auf die Beschwerde im Grundsatz einzutreten ist.
Nicht einzutreten ist allerdings auf die Rüge, der angefochtene Entscheid verletze das Kostendeckungs- und das Äquivalenzprinzip. Das Zuwarten mit der Geltendmachung dieser Rüge der Verletzung von Bundesverfassungsrecht bis zum bundesgerichtlichen Verfahren verstösst gegen Treu und Glauben (<ref-ruling> E. 2 S. 640; <ref-ruling> E. 4.1 S. 55 f.; je mit Hinweisen). Zudem bringt die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang neue Tatsachen vor, zu denen nicht der angefochtene Entscheid Anlass gegeben hat und die deshalb unzulässig sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2 und 3.3 S. 364 f. mit Hinweisen).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, der Experte habe am 8. Januar 2010 sehr wohl eine vollständige Nachprüfung über sämtliche Prüfpunkte durchgeführt. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung sei insofern zu korrigieren.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, muss er geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-law>). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 3 S. 104 f.; <ref-ruling> E. 1.5 S. 129 f.; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; je mit Hinweisen).
2.3 Zur Frage des tatsächlichen Umfangs der am 8. Januar 2010 durchgeführten Prüfung erwog das Verwaltungsgericht, es liege auf der Hand, dass die Prüfung eines Fahrzeugs mehr Zeit in Anspruch nehme, wenn zahlreiche Mängel zum Vorschein kommen, auch weil der Experte in diesem Fall zusätzliche Abklärungen durchführen müsse, etwa hinsichtlich des Ursprungs, der Tragweite und der Folgen des Mangels. Aufgrund der Anzahl und der Art der am Fahrzeug der Beschwerdeführerin festgestellten Mängel scheine ohne weiteres plausibel zu sein, dass es dem Experten nicht möglich war, das Fahrzeug in den zur Verfügung stehenden 20 Minuten vollständig zu prüfen. Es möge zwar sein, dass der Experte sein Augenmerk kurz auf das gesamte Fahrzeug beziehungsweise alle zu kontrollierenden Teile gerichtet habe. Damit habe er sich aber nicht begnügen dürfen, verlange doch das gewichtige Interesse der öffentlichen (Verkehrs-)Sicherheit ein vertieftes und gewissenhaftes Prüfen aller relevanten Einrichtungen und Anlagen. Das Verwaltungsgericht sah deshalb keinen Anlass, an der glaubwürdigen Darstellung der Fachbehörde zu zweifeln, wonach das Fahrzeug am 8. Januar 2010 nicht vollständig geprüft worden war.
2.4 Die Beschwerdeführerin sieht zunächst einen Widerspruch zwischen der Annahme, dass das Fahrzeug nicht vollständig geprüft worden sei, und der Einräumung des Verwaltungsgerichts, es möge sein, dass der Experte sein Augenmerk kurz auf das gesamte Fahrzeug beziehungsweise alle zu kontrollierenden Teile gerichtet habe. Dem ist nicht so, denn offensichtlich besteht ein Unterschied zwischen einer vorschriftsgemässen Kontrolle und einem oberflächlichen Anschauen.
Weiter behauptet die Beschwerdeführerin, dass die Glaubwürdigkeit des Strassenverkehrsamts massiv in Zweifel zu ziehen sei, weil es sich zu seinem eigenen Schutz zur erfundenen Behauptung verstiegen habe, ihr Rechtsvertreter sei zu spät zur Prüfung erschienen. Diese Behauptung sei denn auch im Laufe des Verfahrens aufgegeben worden. Auch in dieser Hinsicht vermag die Beschwerdeführerin keine unrichtige Sachverhaltsfeststellung aufzuzeigen; dies schon deshalb nicht, weil aus dem Umstand, dass das Strassenverkehrsamt im Laufe des Verfahrens darauf verzichtete, auf die angebliche Verspätung hinzuweisen, nicht geschlossen werden kann, dass dieses Vorbringen erfunden beziehungsweise falsch war.
Die Beschwerdeführerin weist zudem darauf hin, dass an der zweiten Prüfung kein zusätzlicher Mangel aufgetaucht sei. Auch aus diesem Umstand kann jedoch offensichtlich nicht geschlossen werden, dass die erste Prüfung vollständig war.
Schliesslich rechnet die Beschwerdeführerin vor, dass sich bei einer Prüfungszeit von 20 Minuten und acht bemängelten Punkten eine Prüfzeit von durchschnittlich 150 Sekunden ergebe. Diese Überlegung geht von der unzutreffenden Annahme aus, dass neben den bemängelten Punkten überhaupt nichts mehr geprüft worden sei. Dies wird im angefochtenen Entscheid jedoch nicht so gesagt und geht auch an der Sache vorbei. Massgeblich ist einzig, dass die Prüfung nicht vollständig war. Dafür, dass die Feststellung dieses Umstands durch die Vorinstanz offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht, sind nach dem Gesagten keine Anzeichen ersichtlich.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, aus <ref-law> erwachse ihr ein Anspruch darauf, ihr Fahrzeug anlässlich einer einzigen Nachprüfung kontrollieren zu lassen. Insbesondere sehe diese Bestimmung lediglich zwei Voraussetzungen vor: das Fahrzeug müsse zugelassen sein und es müsse über Kontrollschilder verfügen. Es sei nicht so, dass die Fahrzeuge anlässlich der Nachprüfung bereits den Vorschriften entsprechen müssen. <ref-law>, wonach auf Wunsch des Halters oder der Halterin jedes Fahrzeug auch ausserhalb der üblichen Prüfungsintervalle nachgeprüft werden könne, wäre sonst obsolet. Entsprechendes lasse sich für <ref-law> sagen. Die Weigerung der Behörde, eine vollständige Prüfung vorzunehmen, sei unverhältnismässig und willkürlich und stelle zudem eine formelle Rechtsverweigerung dar (Art. 5 Abs. 2, Art. 9 und Art. 29 Abs. 1 BV).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, aus <ref-law> erwachse ihr ein Anspruch darauf, ihr Fahrzeug anlässlich einer einzigen Nachprüfung kontrollieren zu lassen. Insbesondere sehe diese Bestimmung lediglich zwei Voraussetzungen vor: das Fahrzeug müsse zugelassen sein und es müsse über Kontrollschilder verfügen. Es sei nicht so, dass die Fahrzeuge anlässlich der Nachprüfung bereits den Vorschriften entsprechen müssen. <ref-law>, wonach auf Wunsch des Halters oder der Halterin jedes Fahrzeug auch ausserhalb der üblichen Prüfungsintervalle nachgeprüft werden könne, wäre sonst obsolet. Entsprechendes lasse sich für <ref-law> sagen. Die Weigerung der Behörde, eine vollständige Prüfung vorzunehmen, sei unverhältnismässig und willkürlich und stelle zudem eine formelle Rechtsverweigerung dar (Art. 5 Abs. 2, Art. 9 und Art. 29 Abs. 1 BV).
3.2 3.2.1 Gemäss <ref-law> darf der Fahrzeugausweis nur erteilt werden, wenn das Fahrzeug den Vorschriften entspricht, verkehrssicher ist und wenn die vorgeschriebene Haftpflichtversicherung besteht. Gemäss <ref-law> schreibt der Bundesrat regelmässige Nachprüfungen der Fahrzeuge vor. Diesem Gesetzgebungsauftrag ist der Bundesrat mit dem Erlass von <ref-law> nachgekommen. Diese Bestimmung legt insbesondere die Prüfungsintervalle fest (Abs. 2) und umschreibt, welche Funktionen, Vor- und Einrichtungen von der Nachprüfung umfasst werden (Abs. 1bis).
Der Begriff Verkehrssicherheit im Sinn von <ref-law> deckt sich mit jenem der Betriebssicherheit im Sinn von <ref-law> (Urteil 6B_1099/2009 vom 16. Februar 2010 E. 3.1 mit Hinweisen). Betriebssicherheit bedeutet, dass Fahrzeuge so beschaffen und unterhalten sein müssen, dass die Verkehrsregeln befolgt werden können und dass Führer, Mitfahrende und andere Strassenbenützer nicht gefährdet und die Strassen nicht beschädigt werden (<ref-law>). Wer ein Fahrzeug führt, von dem er weiss oder bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit wissen kann, dass es den Vorschriften nicht entspricht, wird mit Busse bestraft (<ref-law>; HANS MAURER, in: Kommentar Schweizerisches Strafgesetzbuch, 18. Aufl. 2010, <ref-law> S. 722 ff.).
3.2.2 Mithin hat ein Fahrzeug jederzeit verkehrs- beziehungsweise betriebssicher zu sein (Art. 11 Abs. 1 und Art. 16 Abs. 1 SVG) und der Fahrzeughalter hat sich dessen zu vergewissern (im Falle des Gebrauchs des Fahrzeugs unter Strafandrohung: vgl. neben Abs. 1 auch Abs. 2 von <ref-law>). Daraus ergibt sich ohne weiteres, dass Fahrzeuge bei der Nachprüfung - wie im Prinzip jederzeit - prüfungsbereit zu sein haben. Somit hat die Prüfungsbehörde entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin keineswegs eine weitere, ungesetzliche (gegen <ref-law> verstossende) Voraussetzung aufgestellt.
Ob der Fahrzeughalter seiner Obliegenheit aufgrund eigener Fachkenntnisse selber oder mit Hilfe eines Garagenbetriebs nachkommt, ist ihm überlassen. Jedenfalls obliegt es nicht den Behörden - und kann namentlich nicht aus deren Nachprüfungsfunktion abgeleitet werden -, Fahrzeuge auf ihre Prüfungsbereitschaft beziehungsweise nicht prüfungsbereite Fahrzeuge auf ihre Mängel zu kontrollieren. Es ist nicht Sinn der Nachprüfung, den Zustand eines Fahrzeugs umfassend zu untersuchen, damit der Halter anschliessend die festgestellten Mängel beheben lassen kann. Soweit die Beschwerdeführerin sinngemäss etwas anderes geltend macht, geht sie fehl. Im Übrigen ist nicht ersichtlich, weshalb diese Gesetzesauslegung dazu führen sollte, dass <ref-law> und <ref-law> ihres Sinns entleert werden, wie dies die Beschwerdeführerin geltend macht.
3.2.3 Sind die Abweichungen vom Soll-Zustand des betriebssicheren Fahrzeugs gering, so gebietet es der Grundsatz der Verhältnismässigkeit (<ref-law>), dass sich die Behörde auf die Auflistung der festgestellten Mängel und die nachfolgende Kontrolle von deren Behebung beschränkt. Lässt hingegen der Betriebszustand eines Fahrzeuges darauf schliessen, dass ein Fahrzeughalter sich nicht oder nur ungenügend um die Prüfungsbereitschaft des Fahrzeuges gekümmert hat, ist es nicht Sache der Behörde, dies an Stelle des Fahrzeughalters zu tun, zumal die dabei erforderliche intensive Prüfung auch unverhältnismässig viel Zeit in Anspruch nehmen würde. Vielmehr ist es in einem solchen Fall durchaus angezeigt, den Fahrzeughalter unter Hinweis auf die festgestellten Mängel zu einer zweiten umfassenden Prüfung aufzubieten und ihm so Gelegenheit zu geben, das Fahrzeug zunächst einmal prüfungsbereit zu machen.
Ob sich die Behörde darauf beschränkt, allfällig festgestellte Mängel abschliessend aufzulisten und deren Behebung durch eine weitere behördliche Nachkontrolle beziehungsweise aufgrund einer blossen Meldung durch einen Garagenbetrieb zu kontrollieren, oder ob sie eine weitere, umfassende Nachkontrolle ansetzt, hängt von den konkreten Umständen ab. Der Entscheid steht im pflichtgemässen Ermessen der Behörde, welche dabei insbesondere den Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu wahren hat.
3.2.4 Vorliegend hat der Experte nicht nur zahlreiche Mängel, sondern darunter auch solche gravierender Natur festgestellt. Unter diesen Umständen war es nicht willkürlich oder unverhältnismässig, die Nachprüfung abzubrechen und die Beschwerdeführerin für einen späteren Termin erneut einzuladen. Irrelevant ist, dass bei der zweiten Nachprüfung keine weiteren als die anlässlich der ersten Nachprüfung festgestellten Mängel zum Vorschein gekommen sein sollen.
Von einem <ref-law> missachtenden, willkürlichen oder unverhältnismässigen Vorgehen der Prüfungsbehörde beziehungsweise von einer Rechtsverweigerung kann nicht die Rede sein.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin kritisiert schliesslich, sie sei rechtsungleich behandelt worden, da in zwei anderen Fällen statt einer vollständigen neuen Nachprüfung nur eine beschränkte Nachkontrolle angeordnet worden sei (<ref-law>).
4.2 Die Vorinstanz führte zu dieser Rüge aus, die beiden Vergleichsfahrzeuge hätten offenbar anlässlich der ersten Nachprüfung vollständig geprüft werden können, während die Zeit für eine vollständige Kontrolle des Fahrzeugs der Beschwerdeführerin am 8. Januar 2010 nicht ausreichte. Die Sachverhalte unterschieden sich daher in einem wesentlichen Punkt und der Vorwurf der rechtsungleichen Behandlung stosse schon aus diesem Grund ins Leere.
Die Beurteilung der Vorinstanz entspricht dem in E. 3.2 hiervor Ausgeführten und bedarf keiner Ergänzung. Eine Verletzung von <ref-law> liegt nicht vor.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Sie hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Polizei- und Militärdirektion, Beschwerdedienst, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Dold