Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdegegnerin für das Herzleiden des Beschwerdeführers die gesetzlichen Leistungen zu dessen Diagnostizierung und Behandlung nach Massgabe des <ref-law> zu erbringen hat. In sachverhaltsmässiger Hinsicht ist unbestritten und steht auf Grund der Akten fest, dass der Beschwerdeführer an einem grossen Defekt im Vorhofseptum leidet, zu dessen definitiver Diagnostizierung noch eine Herzkatheteruntersuchung durchgeführt werden muss (Bericht des Dr. med. R._ vom 10. Januar 1998). Die Verfahrensbeteiligten stimmen zu Recht darin überein, dass dieses Herzleiden unter Ziff. 313 des Anhanges zur Geburtsgebrechensverordnung (angeborene Herz- und Gefässmissbildungen) fällt und die Pflicht der Invalidenversicherung, hiefür medizinische Massnahmen nach <ref-law> zu leisten, einzig daran scheitert, dass der anfangs September 1997 in die Schweiz eingereiste, damals knapp zweijährige Beschwerdeführer, die versicherungsmässigen Voraussetzungen, somit die Versicherungsklausel nach <ref-law>, nicht erfüllt. Denn das Kind, bei welchem ärztlicherseits am 9. Januar 1998 der beschriebene Defekt festgestellt wurde, hat sich bei Eintritt seiner Invalidität weder ununterbrochen während mindestens zehn Jahren in der Schweiz aufgehalten, noch während mindestens eines vollen Jahres Beiträge geleistet (<ref-law>, in der seit 1. Januar 1997 geltenden Fassung). Der in der genannten Bestimmung vorbehaltene <ref-law> führt ebenfalls nicht zur Erfüllung der Versicherungsklausel, weil der Beschwerdeführer weder in der Schweiz invalid geboren wurde noch sich bei Eintritt der Invalidität seit mindestens einem Jahr in der Schweiz aufgehalten hatte (lit. b), noch Eltern hat, welche die gesetzlichen Erfordernisse (lit. a) erfüllen.
2.- Nach <ref-law> übernimmt die obligatorische Krankenpflegeversicherung bei Geburtsgebrechen, die nicht durch die Invalidenversicherung gedeckt sind, die Kosten für die gleichen Leistungen wie bei Krankheit. Anders als in weiteren vom Gesetz umschriebenen Leistungsbereichen ist die Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung im Rahmen von <ref-law> nicht näher konkretisiert worden, insbesondere nicht allgemein in der Krankenpflege-Leistungsverordnung (KLV), bezieht sich doch deren Art. 19a ausschliesslich auf die Übernahme der Kosten zahnärztlicher Behandlungen, die durch ein Geburtsgebrechen nach Abs. 2 Ziff. 1-53 unter den Voraussetzungen der lit. a und b des Abs. 1 bedingt sind. Während Vorinstanz und Beschwerdegegnerin aus dieser Rechtslage und namentlich unter Verweis auf die Materialien zu <ref-law> sowie die Gesetzessystematik schliessen, mangelnde Versicherteneigenschaft nach IVG stehe einer Leistungspflicht nach KVG entgegen, vertreten Beschwerdeführer und BSV die Auffassung, die obligatorische Krankenpflegeversicherung sei in Fällen wie dem hier zu beurteilenden leistungspflichtig. Sie stützen sich dabei insbesondere auf den Wortlaut des <ref-law>, berufen sich weiter auf die Entstehungsgeschichte dieser Norm und machen schliesslich geltend, das von ihnen vertretene Auslegungsergebnis trage dem Gleichbehandlungsgrundsatz Rechnung.
3.- Das Gesetz ist in erster Linie nach seinem Wortlaut auszulegen. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente, namentlich des Zwecks, des Sinnes und der dem Text zu Grunde liegenden Wertung. Wichtig ist ebenfalls der Sinn, der einer Norm im Kontext zukommt. Vom klaren, d.h. eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, u.a. dann nämlich, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Vorschriften ergeben (<ref-ruling> Erw. 3a, 244 Erw. 5a, 125 V 130 Erw. 5, 180 Erw. 2a, je mit Hinweisen).
Im Rahmen verfassungskonformer oder verfassungsbezogener Auslegung ist sodann, soweit mit den erwähnten normunmittelbaren Auslegungselementen vereinbar, rechtsprechungsgemäss der Gleichbehandlungsgrundsatz zu beachten, wobei der klare Sinn einer Gesetzesnorm nicht durch eine verfassungskonforme Auslegung beiseite geschoben werden darf (<ref-ruling> Erw. 5, 119 V 130 Erw. 5b, je mit Hinweisen). Begründet wird die verfassungskonforme Auslegung hauptsächlich mit der Einheit der Rechtsordnung und der Überordnung der Verfassung (Ulrich Häfelin, Die verfassungskonforme Auslegung und ihre Grenzen, in: Recht und Prozess als Gefüge, Festschrift für Hans Huber zum 80. Geburtstag, Bern 1981, S. 241-259, insbes. S. 242). Da die neue Bundesverfassung am Stufenbau der landesinternen Rechtsordnung grundsätzlich nichts geändert hat (Georg Müller, Formen der Rechtssetzung, in: Ulrich Zimmerli [Hrsg], Die neue Bundesverfassung, Konsequenzen für Praxis und Wissenschaft, Berner Tage für die juristische Praxis [BTJP] 1999, Bern 2000, S. 249-266, insbes. S. 250; vgl. auch <ref-law>), sind die Normen auch unter Geltung der neuen Bundesverfassung so auszulegen, dass sie mit deren Grundwerten übereinstimmen.
a) Der Wortlaut des deutschen Textes von <ref-law>, namentlich die Formulierung "bei Geburtsgebrechen, die nicht durch die Invalidenversicherung gedeckt sind", weist nach dem gewöhnlichen Sprachverständnis darauf hin, dass bei einem weniger als zwanzig Jahre alten Leistungsansprecher, der an einem anerkannten Geburtsgebrechen leidet, die Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung nicht deswegen entfällt, weil er die Versicherungsklausel gemäss <ref-law> nicht erfüllt. Mit Blick darauf, dass bei der grammatikalischen Auslegung von der grundsätzlichen Gleichwertigkeit der drei Amtssprachen auszugehen ist (Art. 9 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 21. März 1986 über die Gesetzessammlungen und das Bundesblatt; SR 170. 512) und dass diesem Auslegungselement nur untergeordnete Bedeutung zukommt, wenn die drei verschiedenen sprachlichen Versionen nicht vollständig übereinstimmen oder sich gar widersprechen (<ref-ruling> Erw. 4a mit Hinweis), ist zu prüfen, wie es sich mit der französischen und der italienischen Fassung verhält. Die französische Version lautet: "En cas d'infirmité congénitale non couverte par l'assurance-invalidité. ..". Der italienische Wortlaut ist wie folgt: "Per le infermità congenite che non sono coperte dall'assicurazione invalidità. ..". Die französische wie die italienische Fassung weisen somit wie die deutsche Version in die von Beschwerdeführer und BSV vertretene Richtung. Auf Grund der Übereinstimmung der drei sprachlichen Fassungen ist von einem hohen Indizwert für die Richtigkeit der entsprechenden Interpretation auszugehen. Es gilt indes zu berücksichtigen, dass der Wortlaut in allen drei sprachlichen Fassungen den von Vorinstanz und Beschwerdegegnerin angenommenen Rechtssinn nicht geradezu ausschliesst und dass sich namentlich aus dem historischen Auslegungselement (Erw. 3b hienach) einiges für deren abweichenden Standpunkt ergibt. Da die vom Gesetzgeber gewählte Formulierung jedenfalls nicht in erkennbarer Weise auf eine bewusste Ablehnung der von kantonalem Gericht und Beschwerdegegnerin vertretenen Auffassung hinweist und der Gesetz gewordene Text deren Schlussfolgerung nicht ausdrücklich verneint, ist der Auslegungsvorgang fortzusetzen, obwohl der Wortlaut in erheblicher Weise dafür spricht, dass bei einem weniger als zwanzig Jahre alten Leistungsansprecher, der an einem anerkannten Geburtsgebrechen leidet, die (subsidiäre) Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung nicht schon an der Versicherungsklausel gemäss <ref-law> scheitert.
b) Zu prüfen ist, ob die Materialien zuverlässigen Aufschluss über die vorliegend strittige Auslegung des <ref-law> geben. Nach ständiger Rechtsprechung stellen sie, gerade bei jüngeren Gesetzen, ein wichtiges Erkenntnismittel dar, von dem im Rahmen der Auslegung stets Gebrauch zu machen ist (<ref-ruling> Erw. 5 in fine mit Hinweisen). Nach ebenso gefestigter Rechtsprechung sind sie aber für sich allein nicht geeignet, direkt auf den Rechtssinn einer Gesetzesbestimmung schliessen zu lassen, weil das Gesetz mit seinem Erlass sich von seinen Schöpfern löst und ein eigenständiges rechtliches Dasein entfaltet (<ref-ruling> Erw. 3a). Insbesondere hat es die Rechtsprechung wiederholt abgelehnt, einer mit den Materialien übereinstimmenden Auslegung den Vorzug zu geben, wenn eine Lösung vom Bundesrat, in den vorberatenden Kommissionen oder in den Räten diskutiert worden ist, jedoch im Gesetz gewordenen Text keinen Niederschlag gefunden hat. Schliesslich sind die Materialien als Auslegungshilfe nicht dienlich, wo sie keine klare Antwort geben (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweisen).
aa)In der bundesrätlichen Botschaft über die Revision der Krankenversicherung vom 6. November 1991 (BBl 1992 I 93 ff., 154 f.) heisst es u.a.:
"Die obligatorische Krankenversicherung übernimmt die
Kosten der erforderlichen Leistungen, sobald das Geburtsgebrechen
nicht mehr unter die Invalidenversicherung
fällt, sei es, weil der Versicherte volljährig
wird (...) oder weil das Geburtsgebrechen als geringfügig
gilt und daher aus der GgV gestrichen worden ist
(<ref-law>). Diese letztere Bestimmung gilt
für minderjährige Versicherte. Mit anderen Worten, die
obligatorische Krankenpflegeversicherung löst in zwei
Fällen die Invalidenversicherung ab, wovon der eine
hypothetischen Charakter hat, aber trotzdem geregelt werden muss. "
Vorinstanz und Beschwerdegegnerin haben aus dem Umstand, dass in der Botschaft nur zwei Sachverhalte genannt werden, in denen die obligatorische Krankenpflegeversicherung nach <ref-law> leistungspflichtig ist, geschlossen, es gäbe keine weiteren anspruchsbegründende Geschehnisse.
Fälle wie der vorliegende seien nach dem Willen des historischen Gesetzgebers durch <ref-law> nicht abgedeckt.
bb) Die Botschaft bezweckt mit der Darlegung der beiden Sachverhalte ausdrücklich, die neu auf Gesetzesstufe und nicht mehr wie bisher auf Verordnungsebene (Art. 14 Abs. 1 der Verordnung III vom 15 Januar 1965 über die Krankenversicherung betreffend die Leistungen der vom Bund anerkannten Krankenkassen und Rückversicherungsverbände [VO III; SR 832. 140]) geregelte Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung bei Geburtsgebrechen zu verdeutlichen (BBl 1992 I 154 f.). Ob ihr dabei - wofür der Wortlaut des Textes spricht - die Auffassung zu Grunde liegt, andere anspruchsbegründende Geschehnisse als die von ihr genannten seien ausgeschlossen, braucht nicht abschliessend erörtert zu werden. Selbst wenn dem so wäre, ist zu berücksichtigen, dass aus den nachfolgenden Beratungen in den Kommissionen der Räte ein entsprechender, einschränkender Wille nicht ersichtlich ist: Auf die Auslegung der in Frage stehenden Bestimmung angesprochen, erklärte der Vertreter des BSV anlässlich der Sitzung der Kommission des Nationalrates vom 1. und 2. April 1993 in unbestimmter Weise, "es könnte Fälle geben, die nicht (durch die Invalidenversicherung) gedeckt (sind), aber trotzdem als Krankheit zu definieren sind" (Protokoll der Sitzung vom 1. und 2. April 1993, S. 30). Anlässlich der Kommissionssitzung vom 12. und 13. Oktober 1992 votierte ein Ständerat dafür, es sei zweitrangig, welcher Sozialversicherungsträger leistungspflichtig werde, vorrangig sei, dass im Bereich der Geburtsgebrechen keine Leistungslücken bestünden (Protokoll der Sitzung vom 12. und 13. Oktober 1992, S. 42). Ob daraus - in den Räten gab der Art. 21, welcher dem heutigen <ref-law> entspricht, keinen Anlass zu weiteren Diskussionen (Amtl. Bull. 1992 S 1300 und N 1842) - mit dem BSV zu folgern ist, dass in sämtlichen denkbaren Konstellationen bei Geburtsgebrechen, die durch die Invalidenversicherung nicht gedeckt sind, die obligatorische Krankenpflegeversicherung die Kosten für die gleichen Leistungen wie bei Krankheit zu übernehmen hat, braucht vorliegend nicht entschieden zu werden. Da die Materialien in ihrer Gesamtheit hinsichtlich der vorliegend massgeblichen Frage, ob die nicht erfüllte Versicherungsklausel gemäss <ref-law> bei einer minderjährigen Person, die an einem anerkannten Geburtsgebrechen leidet, der Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung entgegensteht, keine klare Antwort geben, sind sie in casu als Auslegungshilfe nicht dienlich (<ref-ruling> ERw. 3a mit Hinweisen). Hätte seitens der gesetzgebenden Organe der Wille bestanden, die Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung im Leistungsbereich der Geburtsgebrechen auf die beiden in der bundesrätlichen Botschaft erwähnten Tatbestände zu beschränken, hätte dies zudem auch bei einer - vorliegend nicht gegebenen - klaren Lage der Materialien überdies im Gesetz gesagt werden müssen (<ref-ruling> ERw. 3a).
c) Der im 1. Abschnitt (Umschreibung des Leistungsbereichs) des 3. Kapitels des Gesetzes (Leistungen) unter der Marginalie "Geburtsgebrechen" stehende <ref-law> bezweckt, die Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung bei Geburtsgebrechen zu regeln. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird mit Recht geltend gemacht, die Betrachtungsweise der Vorinstanz und der Beschwerdegegnerin würde bedeuten, dass ein geburtsgebrechliches, folglich schon zur Zeit seiner Einreise in die Schweiz mit diesem Leiden behaftetes Kind von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung ausgeschlossen wäre, dies im Gegensatz zu einem Kind, das - vor oder nach seiner Einreise in die Schweiz - an einem nach der Geburt erworbenen Gebrechen leidet, für welches die Krankenkasse fraglos aufzukommen hätte. Damit würde die vom historischen Gesetzgeber durch <ref-law> angestrebte Besserstellung der Geburtsgebrechlichen in ihr Gegenteil verkehrt, indem allein das Kriterium des Angeborenseins der Schädigung zum Anlass genommen würde, sie aus dem Kreise der leistungsbegründenden Krankheiten auszugrenzen. Sinn und Zweck des <ref-law> liegt nicht darin, bei einem weniger als zwanzig Jahre alten Leistungsansprecher, der an einem anerkannten Geburtsgebrechen leidet, die Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung deswegen zu verneinen, weil er die Versicherungsklausel gemäss <ref-law> nicht erfüllt.
d) Die in <ref-law> statuierte Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung bei Geburtsgebrechen wird weder auf Gesetzes- noch auf Verordnungsstufe näher konkretisiert (Erw. 2 hievor). Die Systematik ist insoweit vorliegend kein taugliches Auslegungselement. Bedeutungslos ist, wenn Vorinstanz und Beschwerdegegnerin darauf hinweisen, gemäss Art. 10a Abs. 2 aAsylverordnung 2 über Finanzierungsfragen vom 22. Mai 1991, in Kraft gestanden bis 30. September 1999 (SR 142. 312), trage der Bund ungedeckte Krankenpflegekosten von Asylbewerbern. Diese Verpflichtung lässt keinen Rückschluss auf die hier allein interessierende Antwort auf die Frage zu, unter welchen Voraussetzungen in einem bestimmten Leistungsbereich der Krankenpflegeversicherung eine Leistungslücke entsteht. Dafür ist allein auf die massgeblichen krankenversicherungsrechtlichen Grundlagen gemäss KVG, KVV und KLV abzustellen. In systematischer Hinsicht würde es sich weiter anbieten, auf die bisher einschlägige Bestimmung des Art. 14 Abs. 1 VO III und die hiezu ergangene Rechtsprechung zurückzukommen, da gemäss der Botschaft <ref-law> an der bisher auf Verordnungsstufe geregelten Normierung nichts ändern sollte (BBl 1992 I 154 f.). Unter dem bisherigen Recht war die vorliegend strittige Frage indes weder ausdrücklich geregelt noch höchstrichterlich zu entscheiden gewesen.
4.- Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die bisher geprüften, normunmittelbaren Auslegungselemente die auf den Wortlaut des <ref-law> gestützte Auslegung weit überwiegend stützen. Dieses Auslegungsergebnis wird durch die Grundsätze der verfassungskonformen oder verfassungsbezogenen Auslegung bestätigt, da die von Vorinstanz und Beschwerdegegnerin vertretene Interpretation zu einer sachlich nicht gerechtfertigten krankenversicherungsrechtlichen Ungleichbehandlung führen würde zwischen einem Kind, das mit einem Geburtsgebrechen in die Schweiz einreist und einem Kind, das - vor oder nach seiner Einreise in die Schweiz - an einem nach der Geburt erworbenen Gebrechen leidet (Erw. 3c hievor).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden
der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons
Bern vom 3. Dezember 1998 und der Einspracheentscheid
vom 29. April 1998 aufgehoben mit der Feststellung,
dass die Konkordia Schweizerische Kranken- und Unfallversicherung
für das Geburtsgebrechen des Beschwerdeführers
aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung
leistungspflichtig ist.
II.Die Sache wird an die Konkordia Schweizerische Kranken- und Unfallversicherung zurückgewiesen, damit sie in masslicher und zeitlicher Hinsicht über den Leistungsanspruch befinde.
III. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
IV.Die Beschwerdegegnerin hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
V.Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
VI.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 18. April 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: