Sachverhalt:
A. Am 9. Juli 2001 reichten 35 Krankenversicherer beim Schiedsgericht in Sozialversicherungsstreitigkeiten des Kantons Zürich gegen Dr. med. S._, Facharzt FMH für allgemeine Medizin, Klage ein. Sie forderten von ihm wegen unwirtschaftlicher Behandlungsweise im Jahr 1999 die Rückerstattung eines gerichtlich zu bestimmenden Betrags. Das Schiedsgericht verpflichtete den Arzt mit Entscheid vom 5. Juli 2004 dazu, den Klägern wegen unwirtschaftlicher Behandlungsweise im Jahr 1999 den Betrag von Fr. 118'574.- zu bezahlen. Die dagegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der Entscheid des Schiedsgerichts sei aufzuheben und die Klagen seien abzuweisen, hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil K 97/04 vom 22. Dezember 2004 wegen eines Formfehlers im vorangegangenen Sühneverfahren teilweise gut; es wies die Sache zur Wiederholung des Sühneverfahrens und Neubeurteilung an das Schiedsgericht zurück.
B. Bereits vor dem erwähnten Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts, am 15. Juni 2003 (recte: 2004; Poststempel vom 17. Juni 2004, Eingang am 18. Juni 2004), erhoben 28 Krankenversicherer vor Schiedsgericht Klage gegen Dr. med. S._ wegen unwirtschaftlicher Behandlungsweise im Jahr 2002. Nach Vereinigung der beiden Prozesse am 3. Februar 2005 durch das leitende Mitglied des Schiedsgerichts und Durchführung einer Sühneverhandlung am 9. März 2005, an der es zu keiner gütlichen Einigung kam, verfügte das leitende Mitglied des Schiedsgerichts, der Endentscheid in den vereinigten Prozessen werde mit denselben (im Dispositiv genannten) Schiedsrichtern gefällt, die am (aufgehobenen) Urteil vom 5. Juli 2004 im ersten Prozess mitgewirkt hätten (Verfügung vom 13. November 2006). Die dagegen vom Arzt erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil K 142/06 vom 19. Januar 2007 ab, soweit darauf einzutreten war.
C. Nachdem das leitende Mitglied des Schiedsgerichts wegen des Ablaufs der Amtsdauer der bestellten Schiedsrichter (auf den 30. Juni 2007) am 12. September 2007 die Verfügung vom 13. November 2006 wiedererwägungsweise aufgehoben hatte, verfügte es am 10. Oktober 2007 die Nomination des wiedergewählten bisherigen und dreier neuer Mitglieder des Schiedsgerichts zur Entscheidfindung. Das vom Arzt gestellte Ausstandsbegehren gegen zwei der vier Schiedsrichter wiesen das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Dezember 2007 und das Bundesgericht auf Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hin mit Urteil 9C_132/2008 vom 20. Juni 2008 ab.
D. Mit Entscheid vom 1. April 2009 verpflichtete das Schiedsgericht in Sozialversicherungsstreitigkeiten des Kantons Zürich Dr. med. S._, den Klägerinnen Fr. 149'685.- wegen unwirtschaftlicher Behandlungsweise im Jahr 1999 sowie Fr. 232'470.- wegen unwirtschaftlicher Behandlungsweise im Jahr 2002, gesamthaft Fr. 382'155.-, und eine Parteientschädigung von Fr. 25'000.- zu bezahlen. Zudem wurden ihm die Gerichtskosten von Fr. 20'000.- auferlegt.
E. Dr. med. S._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Abweisung der Klagen. Prozessual ersucht er um einen zweiten Schriftenwechsel und eine öffentliche Verhandlung vor dem Bundesgericht. Mit Eingabe vom 22. Juni 2009 ersucht er um Sistierung des Verfahrens, eventualiter um Fristansetzung zur Ergänzung der Beschwerde.
Die Krankenversicherer schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann; der Antrag auf Verfahrenssistierung und auf Ergänzung der Beschwerde sei abzuweisen. Vorinstanz und Bundesamt für Gesundheit verzichten auf Vernehmlassung.
Mit Verfügung vom 7. Oktober 2009 weist das Bundesgericht das Gesuch um Sistierung und Beschwerdeergänzung ab.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) mit Antrag, Begründung und Angabe der Beweismittel (<ref-law>) einzureichen. Ein zweiter Schriftenwechsel findet nur ausnahmsweise auf Anordnung des Gerichts statt (<ref-law>). Dazu besteht vorliegend kein Anlass.
Die Rechtsprechung hat darüber hinaus aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK und <ref-law> ein Recht auf Replik abgeleitet, das aber nur darin besteht, sich zu den von der Gegenpartei eingereichten Stellungnahmen zu äussern (<ref-ruling> E. 4.3 S. 102 f.), was auch dem Beschwerdeführer zustand und von ihm wahrgenommen wurde. Dieses Recht gewährt aber keinen Anspruch darauf, ausserhalb der Beschwerdefrist Aspekte vorzutragen, die bereits mit der Beschwerde hätten vorgebracht werden können. Soweit die nach Ablauf der Beschwerdefrist eingereichten späteren Eingaben des Beschwerdeführers vom 22. Juni, 27. Juli, 24. September und 28. Oktober 2009 über eine Stellungnahme zu den Beschwerdevernehmlassungen hinausgehen, sind sie unbeachtlich.
2. Die Voraussetzungen für eine öffentliche Verhandlung vor Bundesgericht (Art. 57 - 59 BGG) sind nicht erfüllt. Die durch Art. 6 Ziff. 1 EMRK gewährleistete Öffentlichkeit der Verhandlung ist primär im erstinstanzlichen Verfahren zu gewährleisten. Dabei setzt nach der Rechtsprechung die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung im Sozialversicherungsprozess einen - im erstinstanzlichen Verfahren zu stellenden - klaren und unmissverständlichen Parteiantrag voraus (<ref-ruling> E. 3a S. 55 mit weiteren Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 2 S. 38). Versäumt eine Partei die rechtzeitige Geltendmachung des Anspruchs auf öffentliche Verhandlung, hat dieser grundsätzlich als verwirkt zu gelten (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 56 mit Hinweisen). Nur so bleibt der geforderte einfache und rasche Verfahrensablauf gewährleistet (zur Rechtslage bisher sowie unter dem neuen BGG siehe auch: Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, Art. 59 N 5 f., Niggli/Uebersax/ Wiprächtiger [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Art. 59 N 1-6 und 35-41). Zwar macht der Beschwerdeführer ohne nähere Angaben geltend, er habe bereits vor der Vorinstanz die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung verlangt; in den Akten finden sich jedoch keine Hinweise darauf. Der Anspruch ist daher verwirkt. Davon abgesehen ist es nicht Sache des Bundesgerichts, in den zahllosen, oft umfangreichen, zum Teil unaufgefordert eingereichten Eingaben (mitsamt Beilagen) an die Vorinstanz nachzuforschen, ob, wann und wo ein rechtsgenüglicher und rechtzeitiger, somit prozessual zulässiger Verfahrensantrag gestellt wurde. Dazu präzise Angaben zu machen obliegt dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer im Rahmen seiner Mitwirkungspflicht.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten prüft es nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen im Verfahren vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
4. Voraussetzung für die Übernahme der Kosten der im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung erbrachten Leistungen ist nach <ref-law> neben Wirksamkeit und Zweckmässigkeit auch ihre Wirtschaftlichkeit. Nach <ref-law> muss sich der Leistungserbringer in seinen Leistungen auf das Mass beschränken, das im Interesse der Versicherten liegt und für den Behandlungszweck erforderlich ist (Abs. 1). Für Leistungen, die über dieses Mass hinausgehen, kann die Vergütung verweigert werden. Eine nach diesem Gesetz dem Leistungserbringer zu Unrecht bezahlte Vergütung kann zurückgefordert werden (Abs. 2). Der die Sanktionierung der Verletzung der Anforderungen bezüglich Wirtschaftlichkeit und Qualität der Leistungen regelnde <ref-law> in der auf 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Fassung (AS 2005 1071; BBl 2004 4259) ist hier intertemporalrechtlich nicht anwendbar.
5. Der Beschwerdeführer bestreitet die Aktivlegitimation der Krankenversicherer mit der Begründung, sie würden nur zum Scheine klagen, materiell wolle der Branchenverband Kläger sein. Der Gesetzgeber habe jedoch mit der Gemeinsamen Einrichtung eine spezielle Organisation geschaffen, in deren Zuständigkeit er nach <ref-law> Aufgaben von gemeinsamem Interesse der Krankenversicherer übertragen habe.
Nach der Rechtsprechung ist im Rückforderungsprozess die Vertretung der im Kollektiv klagenden Versicherer durch den Branchenverband zulässig (<ref-ruling> E. 5d S. 286). Daran ändert <ref-law> nichts. Die Gemeinsame Einrichtung hat zwar bestimmte gesetzlich vorgesehene Aufgaben in verschiedenen Bereichen der Durchführung der Krankenversicherung (Risikoausgleich, Insolvenzfonds, Leistungsaushilfe, Prämienverbilligung etc.; Art. 18 Abs. 2 - 2sexies und Abs. 3 KVG). Darüber hinaus können ihr die Versicherer bestimmte weitere Aufgaben zuweisen (<ref-law>). Dies ist jedoch fakultativ und schliesst nicht aus, dass die Versicherer andere Aufgaben, namentlich die Prozessvertretung in Klageverfahren nach <ref-law>, durch ihren Verband wahrnehmen. Zudem muss die interne Aufteilung des Rückforderungsbetrages unter den klagenden Kassen nicht in der Klage spezifiziert sein (<ref-ruling> nicht publ. E. 3.3). Es ist deshalb auch unerheblich, wenn im Rubrum der Klage und des angefochtenen Urteils allenfalls Kassen aufgeführt sind, die inzwischen zu existieren aufgehört haben. Insoweit gehen die mit dem vorliegenden Urteil begründeten Rechte und Pflichten auf die Rechtsnachfolger der im Rubrum aufgeführten Krankenversicherer über. Soweit unterschiedliche Parteibezeichnungen bloss auf einen Namenswechsel der klagenden Kassen zurückgehen, liegt darin von vornherein kein rechtlich relevanter Parteiwechsel.
6. Zu den Rügen formeller Mängel des vorinstanzlichen Verfahrens ist Folgendes festzustellen:
6.1 Soweit mit dem Vorwurf der Befangenheit des Schiedsgerichts eine Ausstandspflicht einzelner seiner Mitglieder gefordert wird, ist darauf nicht einzugehen: Das Ausstandsbegehren gegen die Richter B._ und C._ wurde vom Bundesgericht mit Urteil 9C_132/2008 vom 20. Juni 2008 abschlägig entschieden. Zu Richter D._ war dem Beschwerdeführer seit den Verfügungen der Vorinstanz vom 13. November 2006 und 10. Oktober 2007 bekannt, dass dieser mitwirkt; deshalb hätte ein Ausstandsbegehren früher gestellt werden müssen und ist heute verwirkt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3.1).
6.2 Zur Rüge der unzureichenden Begründung des angefochtenen Entscheides bzw. ungenügenden Auseinandersetzung mit Argumenten des Beschwerdeführers ist darauf hinzuweisen, dass die Begründungspflicht nicht eine Auseinandersetzung mit sämtlichen beschwerdeführerischen Argumenten verlangt (<ref-ruling> E. 2b). Die allgemeine Kritik am Pauschalbeanstandungsverfahren widerspricht der ständigen Bundesgerichtspraxis (siehe unten E. 7.1), sodass die Vorinstanz sich darauf beschränken konnte, auf diese zu verweisen.
6.3 Was den Vorwurf der Verweigerung eines zweiten Schriftenwechsels betrifft, so konnte der Beschwerdeführer sich in der Klageantwort vom 29. Mai 2006 zu den Ausführungen in der Klage äussern. Nachdem die Vorinstanz keine Replik der Klägerschaft eingeholt hat, bestand auch kein Anlass, dem Beklagten zwecks Wahrung des rechtlichen Gehörs die Möglichkeit zu einer Duplik zu eröffnen. Soweit der Beschwerdeführer rügt, infolge des bloss einmaligen Schriftenwechsels seien rechtserhebliche Fakten nicht berücksichtigt worden, ist dies Sache der materiellen Beurteilung des vorinstanzlichen Entscheides.
6.4 Die Rüge der Verweigerung des Beweisverfahren ist unbegründet, da trotz Untersuchungsgrundsatz vom beklagten Arzt aufgrund der Mitwirkungspflicht und von Treu und Glauben verlangt ist, dass er im Klageverfahren Praxisbesonderheiten und Anzeichen für Mangelhaftigkeit der Statistik geltend macht (<ref-ruling> nicht publ. E. 5.1). Selbst wenn zwar an diese Geltendmachung keine übermässigen Anforderungen gestellt werden dürfen, hat der Beschwerdeführer bzw. sein Rechtsvertreter sich im vorinstanzlichen Verfahren weitgehend auf die unbegründete allgemeine Kritik am Verfahren beschränkt, aber keine konkreten Aspekte substanziiert geltend gemacht, welche zur Durchführung zusätzlicher Beweismassnahmen hätten führen müssen. Der Beschwerdeführer macht denn auch vor Bundesgericht nicht konkret geltend, welche Beweismassnahmen hätten durchgeführt werden müssen. Die blossgelegten Mängel der Statistik 2006 betreffen nicht die hier zur Diskussion stehenden Jahre 1999 und 2002.
7. Zu den behaupteten Verstössen gegen Verfassungsrecht ist folgendes anzumerken:
7.1 Die Kritik des Beschwerdeführers an dem von ihm als Sammelklageverfahren ohne gesetzliche Grundlage bezeichneten Pauschalbeanstandungsverfahren fällt zusammen mit dem Vorwurf einer unrichtigen Anwendung von Bundesrecht. Wie das Bundesgericht zu analogen Vorbringen des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers in früheren Beschwerdeverfahren (Urteil 9C_393/2007 vom 8. Mai 2008 E. 4.4; siehe auch Urteil 9C_773/2008 vom 12. Dezember 2008 E. 6) festgehalten hat, existierte das Verfahren zur Geltendmachung von Rückforderungen wegen unwirtschaftlicher Behandlung nach <ref-law> in der beanstandeten Form bereits unter der Herrschaft des bis 31. Dezember 1995 in Kraft gestanden Art. 23 KUVG. Es bildete bei der Schaffung des KVG keinen Diskussionspunkt. Daraus ist zu folgern, dass der Gesetzgeber die Pauschalbeanstandung als rechtmässig erachtete, ohne hiefür eigens eine Vorschrift erlassen zu müssen (vgl. <ref-ruling> E. 5d S. 286). Der Einwand der fehlenden gesetzlichen Grundlage für das Pauschalbeanstandungsverfahren ist somit unbegründet (siehe auch <ref-ruling> nicht publ. E. 6). Das eben Gesagte gilt ebenso für die beschwerdeführerische Kritik an der Organisation des kantonalen Schiedsgerichts. Auch hier hat sich das Bundesgericht zu analogen Vorbringen des Rechtsvertreters in früheren Verfahren bereits geäussert (eben genannte Urteile 9C_773/2008 E. 4 und 9C_393/2007 E. 3).
7.2 Auch ist der Vorwurf unbegründet, die klagenden Versicherer hätten das rechtliche Gehör verweigert, da sie dem Beschwerdeführer die Teilnahme am Verwaltungsabklärungsverfahren verweigert hätten: Das Gesetz sieht für solche Streitigkeiten ein Klageverfahren vor (<ref-law>), und das, was die klägerische Seite zur Vorbereitung der Klage vornimmt, ist kein Verwaltungsverfahren. Zudem ist nicht ersichtlich, weshalb die Kläger ihren Branchenverband nicht mit der Vorbereitung des Prozessstoffs sollten beauftragen können.
7.3 Die Rüge eines verfassungswidrigen Verzichts auf die Anwendung der Regeln des Rechtsuntergangs durch Zeitablauf (d.h. Verwirkung) ist keine Verfassungsrüge, sondern eine solche der unrichtigen Gesetzesanwendung: Wie in <ref-ruling> E. 4.1 S. 582 ausgeführt erlischt nach <ref-law> der Rückforderungsanspruch mit dem Ablauf eines Jahres, nachdem die Versicherungseinrichtung davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber mit dem Ablauf von fünf Jahren nach Entrichtung der einzelnen Leistung. Dasselbe galt nach aArt. 47 Abs. 2 Satz 1 AHVG, in welcher Bestimmung zwar von einer Verjährungsfrist die Rede war, welche aber vom Eidg. Versicherungsgericht in ständiger Praxis als Verwirkungsfrist betrachtet wurde (<ref-ruling> E. 3a S. 433). Die gleiche Verwirkungsfrist findet auch Anwendung, soweit der Rückforderungsanspruch statt auf <ref-law> auf <ref-law> gestützt wird (vgl. zum Verhältnis zwischen dieser Bestimmung und <ref-law> bzw. aArt. 47 AHVG: Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts K 25/02 vom 23. September 2002, publ. in: RKUV 2002 Nr. KV 230 S. 468, E. 2.2), weil rechtsprechungsgemäss auch auf die dort geregelte Rückforderung die Verwirkungsfrist von aArt. 47 Abs. 2 AHVG (bzw. neu <ref-law>) analog angewendet wird (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts K 9/00 vom 24. April 2003, publ. in: RKUV 2003 Nr. KV 250 S. 216, E. 2.1). Hier wurde die Rechnungsstellerstatistik 1999 am 25. Juli 2000 zugestellt und mit der Klage vom 9. Juli 2001 die Frist gewahrt. Die Statistik für das Jahr 2002 wurde am 18. Juni 2003 aufbereitet, und darum mit der Klage vom 17. Juni 2003 (recte 2004) die Frist ebenfalls gewahrt.
7.4 Was die weiteren vorgebrachten Verletzungen von Grundrechten betrifft, fehlt eine substanziierte Rüge. Da <ref-law> in solchen Fällen eine qualifizierte Begründungspflicht vorschreibt, und das Bundesgericht hier Verletzungen nur insofern prüft, als eine solche Rüge vorgebracht und begründet worden ist, ist hier nicht weiter darauf einzugehen.
8. Zu dem, was in materieller Hinsicht vorgebracht wird, ist Folgendes festzuhalten:
8.1 Die Vorinstanz hat für den Beschwerdeführer einen Indexwert von 166 Punkten (für 1999) bzw. 237 Punkten (für 2002) festgestellt. Es handelt sich dabei um eine verbindliche Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>), die vom Beschwerdeführer nicht substanziiert in Frage gestellt wird.
8.2 Die Rüge der Diskriminierung der Akupunktur ist unbegründet. Die ärztliche Therapiefreiheit umfasst ebenfalls die Akupunktur, die auch zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung abgerechnet werden kann, soweit die Voraussetzungen nach Ziff. 10 Anhang 1 der Verordnung über Leistungen in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (Krankenpflege-Leistungsverordnung, KLV) erfüllt sind. Das befreit aber nicht von der Einhaltung der für alle Behandlungsarten gleichermassen geltenden Bestimmungen über die Wirtschaftlichkeit. Entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz nicht eine besondere Rechtfertigung für die Akupunkturbehandlung als solche verlangt, sondern - mit Recht - eine besondere Rechtfertigung für die dadurch generierten Mehrkosten. Das ist nicht diskriminierend; denn es gilt unabhängig von der angewandten Therapieform in gleicher Weise für jeden Arzt mit überhöhten Kosten. Die Vorinstanz hat auch nicht verlangt, dass die Akupunktur günstiger sein müsse als die schulmedizinische Behandlung, sondern - wiederum mit Recht - dass sie nicht (erheblich) teurer sein dürfe. Nicht die Vorinstanz behandelt die Akupunktur schlechter als die Schulmedizin, sondern der Beschwerdeführer strebt im Gegenteil für die Akupunktur eine bevorzugte Behandlung an, was unbegründet ist. Bei einer solchen Betrachtungsweise würden diejenigen Ärzte, welche nicht Akupunktur anwenden, diskriminiert gegenüber denjenigen, die Akupunktur anwenden, indem Letzteren ein höherer Therapieaufwand zugestanden würde. Unbehelflich ist der Hinweis, es sei nach wie vor umstritten, wie die Wissenschaftlichkeit der Komplementärmedizin zu beurteilen sei; diese Diskussion bezieht sich auf die Frage, ob bestimmte komplementärmedizinische Behandlungen überhaupt kassenpflichtig sein sollen. Auch wenn dies bejaht wird (was in Bezug auf die hier hauptsächlich zur Diskussion stehende Akupunktur der Fall ist), muss aber der Einsatz komplementärmedizinischer Therapien im Einzelfall wirtschaftlich sein.
8.3 Der Beschwerdeführer bestreitet die Vergleichbarkeit des Patientenguts seiner Praxis mit der gewohnten Klientel des Grundversorgers in der Allgemeinpraxis. Die Grundfrage ist demnach, ob die Vorinstanz den Beschwerdeführer mit Recht an der Vergleichsgruppe der Allgemeinpraktiker/Grundversorger gemessen hat. Diese hat dazu ausgeführt, der Beschwerdeführer habe keine überprüfbaren Anhaltspunkte für ein spezielles Patientengut geliefert. In rechtlicher Hinsicht fusst diese Beurteilung auf der zutreffenden Überlegung, dass sich eine besondere Gruppenbildung nicht schon deshalb rechtfertigt, weil der Arzt eine besondere Therapie verwendet (würde dies doch auf eine ungerechtfertigte Privilegierung dieser Therapieform hinauslaufen), sondern nur dann, wenn der Arzt ein besonderes Patientengut hat, welches aufgrund seiner gesundheitlichen Besonderheiten einen erhöhten Therapiebedarf aufweist. Dass der Beschwerdeführer diesbezüglich keine überprüfbaren Anhaltspunkte geliefert habe, ist eine Sachverhaltsfeststellung, die von ihm nicht substanziiert in Frage gestellt wird. Er betont nur, dass es eine in keiner Weise belegte Behauptung sei und verkennt damit, dass es seine Aufgabe gewesen wäre, Besonderheiten seines Patientenguts geltend zu machen. Es wäre ihm zumutbar gewesen, eine besondere Behandlungsbedürftigkeit seiner Patienten mit gestellten Diagnosen und Entsprechendem zu begründen, was er aber nicht getan hat. Dass die Kantonale Paritätische Kommission (KPK) ihn nicht mit der Gruppe der Allgemeinpraktiker vergleicht, ist nicht eine von der Vorinstanz zu Unrecht nicht berücksichtigte Tatsache, sondern eine für das Bundesgericht nicht massgebliche rechtliche Beurteilung durch die KPK.
8.4 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Statistik der Versicherer enthalte auch Nichtpflichtleistungen. Dabei handelt es sich um Nova. Er legt nicht dar, dass und inwiefern erst das vorinstanzliche Urteil Anlass zum Vorbringen dieses Aspekts gegeben haben soll. Dabei handelt es sich indes um einen grundlegenden Einwand, der im vorinstanzlichen Verfahren hätte vorgebracht werden müssen, und auf den hier nicht einzugehen ist (<ref-law>). Zudem betrifft ein einziger der geltend gemachten Fälle die hier massgebenden Jahre 1999 und 2002. Auch die Diskussion in der Replik zu den mit Schreiben vom 18. Juni 2009 vom Beschwerdeführer eingereichten Daten betrifft die Jahre 2004 und folgende und ist hier nicht relevant.
9. Der Beschwerdeführer hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und den anwaltlich vertretenen Krankenversicherern eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>; Urteil K 150/03 vom 18. Mai 2004 E. 9 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 9000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Schiedsgericht in Sozialversicherungsstreitigkeiten des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Dezember 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz