Faits :
A. X._ SA (ci-après: la Société ou la recourante), société anonyme de siège à A._, est immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. Selon l'inscription au registre du commerce, elle a pour but "la création de sociétés, le financement ainsi que la prise et la détention de participations au capital social d'autres sociétés et l'exercice de direction de sociétés et ce dans le sens d'une société holding".
B. Les 13 et 18 décembre 2000, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale) a effectué auprès de la Société un contrôle fiscal portant sur la période allant du 1er janvier 1995 au 30 septembre 2001 (du 1er trimestre 1995 au 3ème trimestre 2001). A la suite de ce contrôle, l'Administration fédérale a établi le décompte complémentaire no 139'514 d'un montant de 68'982 fr., portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1996 au 4ème trimestre 2000, ainsi que le décompte complémentaire no 139'515 d'un montant de 17'679 fr., se rapportant aux périodes fiscales allant du 1er trimestre au 3ème trimestre 2001. La reprise portait sur des prestations de services fournies à la société Y._ SA, à B._ (Espagne). La Société avait déclaré ces prestations comme étant exonérées de TVA. Toutefois, elle n'avait pas fourni les pièces justificatives requises pour bénéficier de l'exonération.
Les décomptes complémentaires ont été confirmés par décisions du 9 décembre 2004 et par décisions sur réclamation du 17 mars 2005. La Société a interjeté recours contre ces prononcés auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours).
Par décision du 10 octobre 2006, la Commission de recours a rejeté les recours. Elle a considéré que les documents fournis par la Société n'étaient pas de nature à justifier l'exonération, faute de contenir des indications précises sur le genre et l'utilisation des prestations de services en cause. En particulier, les documents établis a posteriori étaient dépourvus de valeur probante. La Commission de recours a également rejeté l'argumentation de la recourante qui, invoquant le droit à la protection de la bonne foi, soutenait qu'en établissant ces pièces après coup, elle n'avait fait que donner suite aux requêtes de l'administration fiscale. Enfin, la Commission de recours a estimé que la recourante ne pouvait se prévaloir de l'art. 45a de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (OLTVA; RS 641.201), car la reprise litigieuse n'était pas due à un simple vice de forme, mais à un défaut de preuve, de sorte que cette disposition n'était pas applicable.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Société demande au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et de dire que les prestations en cause sont exonérées de la TVA, sous suite de frais et dépens. Elle se plaint d'une constatation inexacte des faits pertinents et d'un excès du pouvoir d'appréciation et dénonce une violation des art. 9, 29 et 30 Cst., 12 et 16 de l'ordonnance fédérale du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 p. 1464 et les modifications ultérieures), 14 et 20 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20) et 45a OLTVA.
La Commission de recours a renoncé à déposer des observations. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours avec suite de frais.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 La loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 p. 1205 ss, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (ci-après: OJ; <ref-law>).
1.2 Dirigé contre une décision finale qui a été prise par une commission fédérale de recours (art. 98 lettre e OJ) et qui est fondée sur le droit public fédéral, le présent recours, qui a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, est en principe recevable en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que des <ref-law> et 66 al. 1 LTVA.
1.3 La recourante demande l'audition du président de son conseil d'administration ainsi que du président du conseil d'administration de B._ SA.
-:-
La Cour de céans s'estime toutefois suffisamment renseignée au sens de l'art. 95 al. 1 OJ (applicable par analogie en vertu de l'art. 113 OJ), si bien qu'il sied d'écarter cette requête.
2. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi fédérale du même nom, du 2 septembre 1999, entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'<ref-law>, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, en tant qu'il porte sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1996 au 4ème trimestre 2000. Au surplus, la loi du même nom est applicable pour ce qui est des périodes fiscales allant du 1er au 3ème trimestre 2001.
3. En tant qu'impôt ayant pour objet la dépense de consommation des particuliers, la TVA doit être prélevée au moment et au lieu où la prestation est consommée. C'est pourquoi, lorsque la prestation est fournie dans un pays (pays d'origine) et consommée dans un autre (pays de destination), la TVA doit être prélevée dans ce dernier (principe du pays de destination, aussi appelé "principe de l'imposition dans le pays de destination"). Ce principe peut être mis en oeuvre de deux manières. Selon la première méthode, les biens et les services sont assujettis à la taxe, mais font l'objet d'une exonération proprement dite (détaxation), soit d'une imposition au taux zéro, dans le pays d'origine; leur exportation donne droit à la déduction de la charge fiscale préalable. Les biens et services sont imposés dans le pays de destination. L'autre méthode consiste à définir le lieu de l'opération imposable de telle manière que celle-ci soit soumise à la souveraineté fiscale du pays de destination. L'opération n'est alors passible de la TVA que dans ce pays, qui est également celui de la consommation des biens et services; l'impôt préalable peut néanmoins être déduit dans le pays d'origine (Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 3, 22, 259).
4. 4.1 L'<ref-law> soumet à l'impôt notamment les prestations de services fournies à titre onéreux sur territoire suisse (lettre b).
Intitulé "Lieu des prestations de services", l'<ref-law> dispose ce qui suit:
"Sous réserve du 2e alinéa, est réputé lieu d'une prestation de services l'endroit où le prestataire a son siège social ou un établissement stable à partir duquel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement stable, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité."
L'<ref-law> règle les exceptions, soit les prestations de services qui se rapportent à un bien immobilier, les prestations de transport ainsi que les activités accessoires aux transports, dont le lieu est fixé respectivement à l'endroit de la construction, dans le pays où le parcours est effectué et au lieu où l'activité est à chaque fois effectivement exercée.
En vertu des art. 4 et 12 al. 1 OTVA, les prestations de services qu'un prestataire suisse fournit à un destinataire ayant son siège ou son domicile à l'étranger sont, en principe, localisées en Suisse et, partant, imposables.
Parmi les opérations qui sont exonérées de l'impôt, avec droit à la déduction de l'impôt préalable, l'<ref-law> mentionne " d'autres prestations de services [que celles énumérées aux lettres précédentes] imposables qui sont fournies à un destinataire ayant son siège social ou son domicile à l'étranger, à condition qu'elles soient utilisées ou exploitées à l'étranger " (al. 2 lettre l). Cette disposition réalise le principe du pays de destination en suivant la première des deux méthodes décrites ci-dessus (consid. 3).
4.2 Le lieu d'utilisation ou d'exploitation des prestations de services visées par l'art. 15 al. 2 lettre l OTVA est réglé par les Instructions à l'usage des assujettis TVA (ch. 557a ss des Instructions 1997) et, de manière plus détaillée, par la notice no 13 de l'Administration fédérale concernant l'exonération de certaines prestations de services fournies à l'étranger ou acquises de l'étranger (ci-après: la notice no 13; ch. 2). Quatre catégories de prestations de services doivent être distinguées.
La première catégorie est formée des prestations fournies en relation avec des immeubles, qui sont utilisées au lieu de situation de l'immeuble. La deuxième catégorie comprend notamment les prestations de services culturelles, artistiques, sportives, scientifiques, d'enseignement et de divertissement; celles-ci sont utilisées au lieu où elles sont effectivement fournies. Le troisième groupe se compose des prestations de services dites immatérielles (Xavier Oberson, Qualification et localisation des services internationaux en matière de TVA, Archives 69 p. 403 ss, 415), qui sont utilisées à l'endroit où leur destinataire a son siège ou son domicile (principe du domicile). Le quatrième groupe est formé de toutes les autres prestations de services, qui n'appartiennent à aucune des trois catégories précitées; ces prestations sont utilisées au lieu où elles sont localisées par l'<ref-law>, c'est-à-dire en principe à l'endroit où leur prestataire a son siège ou son domicile.
Dans le cas des prestations de services dites immatérielles, la seconde condition posée par l'art. 15 al. 2 lettre l OTVA, celle de l'utilisation à l'étranger, se confond avec la première, qui veut que leur destinataire ait son siège ou son domicile à l'étranger. S'agissant de ces prestations, l'Administration fédérale admet ainsi de manière générale la franchise d'impôt dès lors qu'il est établi que le destinataire a son siège ou son domicile à l'étranger, en présumant que les prestations sont utilisées au même endroit (Oberson, op. cit., p. 414 s.). Au nombre des prestations dites immatérielles figurent celles appelées " services de management ", qui sont définies comme " la fourniture, contre paiement d'une contre-prestation ('Management fees'), de prestations de services relevant des domaines de la publicité, de la fourniture ou de l'obtention d'informations, du traitement des données, des expertises comptables, des révisions, du controlling, des conseils juridiques, économiques et techniques ou de prestations de services similaires " (notice no 13 dans sa teneur du 31 janvier 1997).
4.3 Selon l'art. 16 al. 1 2ème phrase OTVA, le droit à l'exonération des prestations de services fournies à l'étranger doit être prouvé par des documents comptables et des pièces justificatives. Le Département fédéral des finances décide de quelle manière l'assujetti doit fournir la preuve (art. 16 al. 2 1ère phrase OTVA). Dans la mesure où elle met le fardeau de la preuve à la charge de l'assujetti, cette règle correspond au principe général selon lequel il appartient au fisc de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale (Xavier Oberson/Annie Rochat Pauchard, La jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de TVA rendue en 2001, Archives 72 p. 27 ss, 33).
Les exigences en matière de preuve sont précisées dans les Instructions, qui prescrivent les pièces à produire, ainsi que les indications que celles-ci doivent comporter. Au chapitre 6, intitulé " Opérations exonérées de la TVA, avec droit à la déduction de l'impôt préalable; preuve ", les Instructions 1997 disposent ce qui suit (ch. 567):
" Sont réclamés à titre de preuves:
a. des copies de factures, des pièces justificatives du paiement et
b. des procurations écrites (fiduciaires, avocats, notaires, etc.), des contrats et mandats, pour autant que ceux-ci aient été établis ou conclus.
Les indications suivantes ressortiront clairement des documents précités, à savoir: le nom/la raison sociale, l'adresse et le lieu de domicile/du siège de l'acquéreur ou du client, ainsi que des indications détaillées sur le genre et l'utilisation des prestations fournies. "
Les Instructions 1994 à l'usage des assujettis TVA avaient la teneur suivante (ch. 567):
" Il est réclamé en tant que preuves:
a. Des mandats écrits, des contrats écrits ou une procuration écrite (fiduciaires, avocats, notaires, etc.), des copies de factures, ainsi que des documents prouvant le paiement, desquels ressortiront avec clarté le nom/la maison, l'adresse et le lieu de domicile/siège de l'acquéreur ou du client et par ailleurs des indications détaillées sur le genre et l'utilisation des prestations fournies.
[...]
b. [...] ".
Matériellement, ces prescriptions sont donc sensiblement les mêmes qu'il s'agisse des éditions 1994 ou 1997: de manière générale, l'assujetti doit fournir des factures (en copies), des pièces attestant le paiement ainsi que des contrats, pour autant que ceux-ci aient été établis par écrit; les documents en question doivent permettre d'identifier clairement le destinataire des prestations (nom ou raison sociale, domicile ou siège, adresse) et de connaître de manière détaillée la nature et l'utilisation de celles-ci. L'indication précise de la nature des prestations revêt une importance particulière compte tenu du fait que la détermination du lieu d'utilisation ou d'exploitation des prestations (cf. ci-dessus consid. 4.2) et, partant, leur exonération en dépendent.
S'agissant en particulier des services de management, la notice no 13 dans sa teneur du 31 janvier 1997 précise ce qui suit (p. 5):
" Toutefois, l'exonération fiscale implique que des documents adéquats attestent avec clarté la nature des prestations de services concernées par ces chiffres d'affaires fournis à l'étranger. Le prestataire de services domicilié en Suisse qui fournit de telles prestations de services à un destinataire domicilié à l'étranger doit donc impérativement:
a) soit détailler précisément dans ses factures la nature des prestations de services concernées;
b) soit, si dans sa facture il n'est question que de « management fees » sans précision aucune par rapport à la nature des prestations de services fournies, faire au moins un renvoi au contrat en vertu duquel les services sont fournis et qui contient une description détaillée de ces prestations de services. "
La lettre b constitue un assouplissement des exigences relatives aux indications qui doivent figurer sur les factures (cf. 2A.507/2002, RF 59/2004 p. 569, RDAF 2004 II p. 136, consid. 4).
5. 5.1 L'<ref-law> soumet à l'impôt notamment les prestations de services fournies à titre onéreux sur territoire suisse (lettre b).
Intitulé "Lieu de la prestation de services", l'<ref-law> dispose ce qui suit à son alinéa 1:
"Sous réserve des al. 2 et 3, est réputé lieu de la prestation de services l'endroit où le prestataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable à partir duquel la prestation de services est fournie ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité."
L'<ref-law> règle d'abord, d'une manière analogue à l'<ref-law>, le lieu des prestations de services qui se rapportent à un bien immobilier, des prestations de transport ainsi que des activités accessoires aux transports. Il définit ensuite le lieu des prestations artistiques, scientifiques, didactiques, sportives, récréatives et des prestations analogues (lettre d) ainsi que des prestations dans le domaine de la coopération internationale au développement et de l'aide humanitaire (lettre e).
L'<ref-law> établit une liste de prestations de services - dites immatérielles (Oberson, op. cit., p. 414) - qui sont localisées à l'endroit "où le destinataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable pour lequel les prestations de services sont fournies ou, à défaut d'un tel siège ou d'un tel établissement, le lieu de son domicile ou l'endroit à partir duquel il exerce son activité". Cette liste équivaut dans les grandes lignes à celle des prestations de services dont la notice no 13 fixe le lieu d'utilisation à l'endroit où le destinataire a son siège ou son domicile. Elle est largement inspirée de l'art. 9 al. 2 lettre e de la Sixième directive du Conseil de l'Union européenne du 17 mai 1977 en matière d'harmonisation des législations des Etats membres relatives aux taxes sur le chiffre d'affaires, de manière à éviter la double imposition et les lacunes d'imposition (cf. Initiative parlementaire "Loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée [Dettling]", Rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national du 28 août 1996, FF 1996 V 701 ss, ad art. 13, p. 30 s. du tiré à part).
Ainsi, l'<ref-law> conserve la règle générale de l'<ref-law>, selon laquelle le lieu des prestations de services se détermine en fonction de leur prestataire. Il allonge toutefois la liste des exceptions, en y incluant notamment les prestations de services immatérielles, au point que la règle générale devient pour celles-ci en réalité l'exception (Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 74). La notice no 6 de l'Administration fédérale concernant les prestations de services transfrontalières et la délimitation entre livraison et prestation de services, valable depuis l'entrée en vigueur de la loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée le 1er janvier 2001 (ci-après: la notice no 6), contient des précisions sur les catégories de prestations de services de l'<ref-law> et énumère certaines d'entre elles de manière exemplative (ch. 3.2).
S'agissant des prestations de services immatérielles, l'<ref-law> fait exception à la règle générale: le lieu de la prestation se détermine en fonction du destinataire et non du prestataire. Dès le moment où leur destinataire se trouve à l'étranger, les prestations visées à l'<ref-law> sont ainsi localisées à l'étranger et, partant, ne sont pas imposables en Suisse, conformément au principe du pays de destination qui est ici mis en oeuvre à l'aide de la seconde des méthodes décrites ci-dessus (consid. 3). Comme il s'agit d'opérations qui seraient imposables si l'assujetti les effectuait sur territoire suisse, celui-ci peut, en vertu de l'<ref-law>, déduire l'impôt préalable grevant les biens et les services utilisés pour fournir ces prestations. On aboutit ainsi à un même résultat que dans le cas d'une imposition suivie d'une exonération proprement dite (Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 291). Par rapport au régime de l'art. 15 al. 2 lettre l OTVA, celui de l'<ref-law> présente l'avantage de renoncer à la condition de l'utilisation ou de l'exploitation à l'étranger, qui s'était avérée difficilement praticable, du fait que, pour certains services, le lieu d'utilisation est impossible à déterminer avec précision (Oberson, op. cit., p. 414).
5.2 S'agissant des exigences de preuve, l'art. 20 al. 1 3ème phrase LTVA dispose que "pour les prestations de services fournies à l'étranger, le droit à l'exonération doit être prouvé par des documents comptables et des pièces justificatives". Le Département fédéral des finances règle les modalités de la preuve que l'assujetti doit rapporter pour obtenir la reconnaissance de la fourniture de prestations de services à l'étranger (<ref-law>).
Les Instructions 2001 contiennent des précisions (ch. 388) qui sont en substance identiques à celles des Instructions 1997. Les documents doivent notamment renseigner de manière détaillée sur le genre des prestations fournies, ce qui revêt une importance particulière dans la mesure où cela détermine leur rattachement local et, partant, leur soumission à la TVA suisse: leur localisation dépend du point de savoir si elles entrent dans l'une des catégories des alinéas 2 et 3 de l'<ref-law> ou si elles tombent sous le coup de la règle générale de l'alinéa 1.
On peut affirmer ainsi que le passage du système de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée à celui de la loi du même nom n'a pas apporté de modification du point de vue des exigences de preuve. En particulier, l'indication de la nature des prestations de services dans les factures et autres documents, qui était nécessaire pour déterminer leur lieu d'utilisation - critère dont l'ordonnance faisait dépendre leur exonération -, demeure indispensable sous l'empire de la loi, puisqu'elle permet de les localiser et de déterminer par là si elles sont, ou non, imposables en Suisse.
6. 6.1 La novelle du 24 mai 2006 (RO 2006 p. 2353) de l'ordonnance relative à la loi sur la TVA a introduit une section 14a intitulée "Traitement des vices de forme", qui comporte le seul article 45a. La teneur de cette disposition est la suivante:
« Un vice de forme n'entraîne pas à lui seul une reprise d'impôt s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou par la présente ordonnance sur l'établissement de justificatifs. »
Outre cette disposition générale, la novelle contient deux autres règles formelles de portée plus limitée. D'une part, elle a introduit un art. 15a, disposition unique de la section 7a, intitulée "Facturation". Selon cette disposition, les factures et documents assimilés qui ne satisfont pas aux exigences de l'art. 37 al. 1 lettres a et b LTVA concernant l'indication du nom et de l'adresse du fournisseur et du destinataire de la prestation sont néanmoins admis, à condition que les indications qui y figurent suffisent à "identifier formellement les personnes concernées". D'autre part, la novelle a modifié l'art. 14 al. 2 OLTVA, qui fait partie des dispositions sur l'imposition de la marge, en lui ajoutant une seconde phrase. Selon la première phrase de cette disposition, l'assujetti qui, en violation de l'<ref-law>, mentionne l'impôt sur les factures ou les documents analogues doit l'impôt sur la totalité de la contre-prestation et non pas seulement sur la marge. La seconde phrase ajoutée par la novelle réduit la portée de la première: lorsque les documents précités, tout en mentionnant l'impôt, indiquent qu'il s'agit d'un cas d'imposition de la marge, ce mode d'imposition est admis "s'il apparaît ou si l'assujetti prouve qu'en dépit de ce vice, la Confédération n'a subi aucun préjudice financier".
La novelle est entrée en vigueur le 1er juillet 2006. Selon un communiqué de presse du Département fédéral des finances du 24 mai 2006, elle est applicable dès son entrée en vigueur à tous les cas pendants. Au demeurant, le Département fédéral des finances se réfère dans son communiqué à la motion 05.3743 intitulée "Rappels d'impôts au titre de la TVA. Halte au formalisme fiscal", déposée le 30 novembre 2005 par le Conseiller national Philipp Müller et dont le Conseil fédéral a proposé l'acceptation. La novelle répondrait aux attentes exprimées dans cette motion.
6.2 Dans une communication du 27 octobre 2006 intitulée "Traitement des vices de forme", l'Administration fédérale a précisé, exemples à l'appui, la portée des nouvelles dispositions de l'ordonnance relative à la loi sur la TVA. Cette communication comprend trois parties correspondant aux trois dispositions mentionnées ci-dessus.
Parmi les "cas concrets d'application" se rapportant à l'art. 45a OLTVA, l'Administration fédérale mentionne la preuve en cas de fourniture de prestations de services à l'étranger, au sens de l'<ref-law> (ch. 2.3.1). Elle décrit sa pratique y relative antérieure à la novelle du 24 mai 2006 comme suit:
"Pour examiner si les prestations de services fournies sont régies par l'article 14 alinéa 3 LTVA, une désignation précise de la prestation dans la facture ou dans le contrat est nécessaire. Jusqu'à présent, l'exonération n'était d'emblée pas admise si la désignation de la prestation n'était pas suffisamment précise dans la facture. Il était insuffisant p. ex. de désigner les prestations de services sous les termes de 'prestations de services de management' sans que la facture eût décrit plus en détail les prestations fournies concrètement ou renvoyé au contrat contenant les détails."
En se fondant sur la novelle du 24 mai 2006, l'Administration fédérale a modifié sa pratique dans le sens suivant:
"Désormais, si, compte tenu de l'ensemble des circonstances (p. ex. correspondance, contrats, mandats, décomptes, procurations, etc.), on peut tenir pour vraisemblable que la prestation facturée à l'étranger constitue une prestation de services au sens de l'article 14 alinéa 3 LTVA, l'exonération de l'impôt est possible même si la désignation de la prestation est imprécise dans la facture."
L'Administration fédérale donne ensuite deux exemples. Le premier est celui d'une entreprise suisse qui facture à une entreprise anglaise des prestations désignées par les termes "diverses prestations de services de management". Il ressort cependant des rapports de travail des employés de l'entreprise suisse qu'il s'agissait de tâches dans le domaine de la comptabilité et de l'administration ainsi que de l'établissement de statistiques sur l'évolution du chiffre d'affaires et du développement du marketing. Les rapports de travail permettent de ranger les prestations de services en cause dans celles qui sont visées à l'<ref-law>, de sorte qu'elles peuvent être localisées au siège du destinataire à l'étranger et, partant, ne sont pas soumises à la TVA suisse. Dans le second exemple, une entreprise suisse qui fournit à la fois des prestations de surveillance des personnes et des biens et de conseil sur des questions de sécurité adresse à une entreprise française une facture libellée "nos prestations de services pour la période du 3 au 10 août 2006". La facture ne permet pas de déterminer s'il s'agit de prestations de conseil relevant de l'<ref-law> ou de prestations de surveillance tombant sous le coup de la règle générale de l'<ref-law>. Comme il n'existe pas d'autres documents fournissant des précisions sur la nature des prestations en cause, la preuve de la localisation à l'étranger n'est pas rapportée et les prestations sont soumises à la TVA suisse au taux normal.
7. 7.1 En l'espèce, il est constant que la recourante est liée à la société Y._ SA par un contrat oral. Aux fins de justifier l'exonération des prestations de services fournies à cette dernière, la recourante a produit cinq factures d'honoraires d'un montant de 20 millions de pesetas chacune, datées du 15 mars 2002, pour l'ensemble des prestations fournies durant chacune des années 1997 à 2001. Ces factures énumèrent les activités exercées pour le compte de la société espagnole: présentation de celle-ci à des investisseurs institutionnels, réunions avec des banquiers du groupe, négociations avec des partenaires ou des autorités, suivi des investissements, etc. Par ailleurs, la recourante a fourni une attestation du président du conseil d'administration de Y._ SA datée du 6 juillet 2002, selon laquelle durant les années en question la recourante a exécuté de nombreuses tâches pour le compte de cette société espagnole. Les "missions" de la recourante consistaient principalement à rechercher et à négocier de nouvelles acquisitions dans divers pays, à développer son marché d'exportation et à poursuivre les investissements déjà réalisés dans divers pays. Pour ses prestations, la recourante était rémunérée à hauteur de 20 millions de pesetas par année, les frais de déplacement etc. étant remboursés en sus. Par ailleurs, la recourante a produit un décompte des remboursements par Y._ SA des frais de voyage et de représentation pour les années 1997 à 2001, des notes de frais et des avis de crédit y relatifs ainsi que des copies des agendas du président de son conseil d'administration.
7.2 La recourante soutient d'abord qu'à partir du moment où l'autorité intimée a retenu - d'une manière qui lie le Tribunal de céans - que les prestations de services en cause ont été fournies à une société étrangère et, partant, exportées, elles doivent être exonérées. La discussion sur les moyens de preuve n'aurait ainsi plus lieu d'être.
Cette argumentation méconnaît le fait que, sous le régime de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, l'exonération ne dépend pas de la seule condition que les prestations de services soient fournies à un destinataire ayant son siège ou son domicile à l'étranger. En effet, l'art. 15 al. 2 lettre l OTVA la fait dépendre de la condition supplémentaire que ces prestations soient utilisées ou exploitées à l'étranger. Le lieu d'utilisation ou d'exploitation dépend du genre des prestations de services en cause. Il est vrai que, dans le cas des prestations dites immatérielles, qui sont utilisées au lieu où le destinataire a son siège ou son domicile (principe du domicile), la pratique de l'Administration fédérale est d'admettre de manière générale la franchise d'impôt dès lors qu'il est établi que le destinataire a son siège ou son domicile à l'étranger, en présumant que les prestations sont utilisées au même endroit (consid. 4.2). Toutefois, cela présuppose que l'on ait affaire de manière prouvée à des prestations immatérielles telles que définies.
Sous l'empire de la loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée, il ne suffit pas non plus que les prestations de services soient fournies à un destinataire à l'étranger pour qu'elles ne soient pas imposables en Suisse. Il faut encore que cette circonstance conduise à localiser les prestations à l'étranger, de sorte qu'elles ne soient pas imposables en Suisse. Tel est bien le cas des prestations dites immatérielles qui sont rattachées à l'endroit où leur destinataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable, ou encore son domicile ou le lieu à partir duquel il exerce son activité (<ref-law>). En revanche, pour d'autres types de prestations, l'art. 14 al. 2 et 3 LTVA retient d'autres critères de rattachement et selon la règle générale de l'<ref-law>, les prestations sont localisées à l'endroit où leur prestataire a le siège de son activité économique ou un établissement stable, ou encore son domicile ou le lieu à partir duquel il exerce son activité. Ainsi, le fait que les prestations sont fournies à un destinataire à l'étranger n'exclut pas qu'elles soient localisées en Suisse et, partant, imposables dans ce pays. Ici aussi, il est donc essentiel que la nature des prestations de services soit clairement établie.
Or, dans le cas particulier, les documents produits par la recourante ne suffisent pas à établir le genre de prestations dont il s'agit. En effet, la preuve de l'exportation de biens et de prestations de services est soumise à des exigences particulièrement rigoureuses, compte tenu du fait qu'il n'est en général pas possible d'effectuer un contrôle auprès du destinataire sis à l'étranger. En Europe, les cas où des exportations de biens ou de prestations de services ont été exonérées indûment - parfois à la suite de manoeuvres frauduleuses - sont nombreux. Pour ces raisons, des pièces établies après coup, à la suite d'un contrôle fiscal, ne peuvent être prises en considération (2A.546/2003, Archives 75 p. 311, RF 60/2005 p. 620, RDAF 2005 II p. 346, consid. 2.6 et 3.3). Ainsi, les factures du 15 mars 2002 et l'attestation du 6 juillet 2002 - dont on peut au demeurant se demander si elles contiennent des indications suffisamment précises sur la nature des prestations de services en cause - sont dépourvues de valeur probante. Quant aux autres documents produits, s'ils sont contemporains aux opérations litigieuses, ils ne parviennent pas plus à en établir la nature.
7.3 La recourante soutient aussi que les exigences en matière de preuve de l'exportation des prestations de services qui ressortent de la jurisprudence du Tribunal de céans (arrêt 2A.507/2002 du 31 mars 2004 et décisions ultérieures) sont postérieures aux périodes fiscales litigieuses, de sorte qu'on ne pourrait lui reprocher de les avoir méconnues.
Contrairement à ce que semble admettre la recourante, la jurisprudence du Tribunal fédéral à laquelle elle se réfère n'a pas posé d'exigences nouvelles en matière de preuve de l'exportation des prestations de services. Ainsi, l'exigence de moyens de preuve écrits ressort de l'art. 16 al. 1 2ème phrase OTVA. Déjà dans leur édition de 1994, les Instructions ont précisé qu'il devait s'agir de factures et de pièces attestant le paiement et que ces documents devaient contenir des indications détaillées sur le genre et l'utilisation des prestations fournies. La recourante pouvait et devait donc connaître ces exigences lors des périodes fiscales en cause.
7.4 La recourante se prévaut ensuite de l'art. 45a OLTVA. Elle conteste l'avis de l'autorité intimée selon lequel il ne s'agit pas en l'espèce d'un simple vice de forme, mais d'un "défaut de preuve", de sorte que cette disposition ne serait pas applicable.
Il ressort de la communication de l'intimée du 27 octobre 2006 que l'art. 45a OLTVA a vocation à s'appliquer en matière de preuve de l'exportation de prestations de services: le fait que les documents produits à titre de moyens de preuve ne satisfont pas aux exigences de forme posées par la loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée (ou l'ordonnance du même nom) constitue un vice de forme au sens de cette disposition. Selon celle-ci, l'Administration fédérale ne peut effectuer une reprise d'impôt pour des motifs purement formels; une telle reprise doit être justifiée matériellement, par l'existence d'un "préjudice financier" pour la Confédération. En vue d'éviter une reprise, l'assujetti peut démontrer l'absence d'un tel préjudice. Lorsque c'est la preuve de certains faits qui n'est pas apportée en la forme prescrite, l'Administration fédérale ne peut sans autre examen considérer que ces faits ne sont pas établis et reprendre l'impôt de ce chef. Elle doit rechercher la "vérité matérielle" à la lumière de l'ensemble des documents pertinents (cf. la communication concernant la pratique précitée, ch. 2.1, 2.3.1, 2.9). On peut s'interroger sur la légalité de cette disposition qui déroge notamment aux art. 20 et 37 LTVA et se demander si le Conseil fédéral était habilité à dispenser l'assujetti, à certaines conditions, de respecter des prescriptions de forme expressément prévues par la loi. Dans le cas particulier, cette question peut demeurer indécise, car l'art. 45a OLTVA n'est de toute manière d'aucun secours à la recourante. En effet, s'agissant de l'exportation de prestations de services, l'art. 45a OLTVA ne change rien au fait que la nature des prestations doit être établie et que la preuve en incombe à l'assujetti qui soutient qu'elles sont exonérées (au sens de l'<ref-law>) ou ne sont pas imposables en raison de leur localisation à l'étranger (en vertu notamment de l'<ref-law>); la règle selon laquelle la preuve de l'exportation de prestations de services ne peut être rapportée à l'aide de documents établis après coup, à la suite d'un contrôle fiscal, ne s'en trouve pas affectée non plus.
En l'espèce, on a vu que les factures datées du 15 mars 2002 et l'attestation du 6 juillet 2002 ne peuvent être prises en considération et qu'à la lumière de l'ensemble des (autres) pièces du dossier il n'est pas possible de déterminer clairement la nature des prestations de services que la recourante a fournies à Y._ SA. Dans ces conditions, les chiffres d'affaires correspondants ne sauraient être exonérés (sous le régime de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée) ni échapper à l'imposition en Suisse (sous l'empire de la loi du même nom), le fait que les prestations ont été fournies à un destinataire sis à l'étranger ne suffisant pas à cet égard (cf. consid. 7.2).
8. La recourante prétend finalement qu'elle a établi les factures datées du 15 mars 2002 à la demande de l'Administration fédérale et soutient que, dans ces conditions, en vertu du principe de la protection de la bonne foi (art. 9 Cst.), il y a lieu de les prendre en considération et d'admettre qu'elles suffisent à prouver l'exportation des prestations de services en cause.
L'Administration fédérale n'a fait qu'indiquer à la recourante le genre de moyens de preuve que celle-ci devait lui remettre (cf. son courrier du 18 décembre 2001, pièce no 6 du dossier de l'Administration fédérale). Elle ne lui a donné aucune assurance qui pourrait être interprétée en ce sens que l'exportation de prestations de services pourrait être prouvée à l'aide de pièces établies après coup. Dès lors, la recourante ne peut rien tirer à son profit du principe de la protection de la bonne foi.
9. Faute de motivation, les griefs de constatation inexacte des faits pertinents, d'excès du pouvoir d'appréciation et de violation des art. 29 et 30 Cst. se confondent avec ceux tirés d'une violation du droit fédéral et doivent être rejetés.
9. Faute de motivation, les griefs de constatation inexacte des faits pertinents, d'excès du pouvoir d'appréciation et de violation des art. 29 et 30 Cst. se confondent avec ceux tirés d'une violation du droit fédéral et doivent être rejetés.
10. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, la recourante supporte les frais judiciaires (art. 156 al. 1 OJ) et n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et à la Commission fédérale de recours en matière de contributions.
Lausanne, le 16 mai 2007
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: