Sachverhalt:
A. Am 23. Februar 2006 verurteilte das Strafgericht Basel-Stadt X._ wegen mehrfacher einfacher Körperverletzung, Diebstahls und weiteren Delikten zu einer Gefängnisstrafe von 12 Monaten, unter Anrechnung des Polizeigewahrsams vom 17. November 2005 bis 18. November 2005 sowie der Untersuchungshaft vom 13. Juni 2004 bis 21. Juni 2004, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Strafgerichts Basel-Stadt vom 11. August 2004. Die mit dem letztgenannten Urteil ausgefällte bedingt vollziehbare Strafe von 75 Tagen Gefängnis erklärte es als vollziehbar.
B. Auf Appellation von X._ und nach Einholung eines psychiatrischen Gutachtens bestätigte das Appellationsgericht Basel-Stadt mit Kontumaz-Urteil vom 19. November 2008 das erstinstanzliche Urteil im Schuld- und Strafpunkt vollumfänglich.
C. X._ erhebt gegen dieses Urteil Beschwerde in Strafsachen. Er wendet sich gegen die unbedingt ausgesprochene Freiheitsstrafe und den Widerruf des bedingten Strafvollzugs und beantragt, den Vollzug der ausgesprochenen Freiheitsstrafe mit einer Probezeit von 2 Jahren aufzuschieben sowie auf die Vollziehbarerklärung der mit Urteil des Strafgerichts Basel-Stadt vom 11. August 2004 ausgesprochenen Gefängnisstrafe von 75 Tagen zu verzichten. Ausserdem stellt er ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
D. Die Staatsanwaltschaft beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 15. April 2009 die vollumfängliche Abweisung der Beschwerde.
Das Appellationsgericht Basel-Stadt verweist in der Vernehmlassung vom 27. April 2009 auf seine Urteilsbegründung und führt zur Ergänzung aus, es sei gestützt auf das Gutachten der Universitären Psychiatrischen Kliniken sowie das andauernde deliktische Verhalten von X._ von einer ungünstigen Prognose ausgegangen. Das Gutachten sei nach wie vor aktuell. Deshalb fehle es an den Voraussetzungen für eine mildere Strafart, d.h. eine Geldstrafe, und für die Gewährung des bedingten Strafvollzugs. Es schliesst auf eine Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie ihm zu Unrecht den bedingten Strafvollzug für die ausgesprochene Freiheitsstrafe von 12 Monaten verweigere. Für die Frage der Gewährung des bedingten Strafvollzugs sei <ref-law> als milderes Recht nach dem Inkrafttreten des neuen Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches anwendbar. Danach werde eine Strafe von mindestens sechs Monaten und höchstens zwei Jahren in der Regel aufgeschoben, wenn eine unbedingte Strafe nicht notwendig erscheine, um den Täter von der Begehung weiterer Verbrechen oder Vergehen abzuhalten. Im Gegensatz zum alten Recht genüge es zur Gewährung des bedingten Strafvollzugs nach neuem Recht, dass eine ungünstige Prognose fehle. Er habe seit der erstinstanzlichen Verurteilung nicht mehr in wesentlicher Weise delinquiert und seine persönliche Situation (Arbeit, Wohnsituation, Suchtmittelkonsum) habe sich gebessert, weshalb von einer günstigen Prognose auszugehen sei. Die Vorinstanz begründe nicht weiter, weshalb sie von einer schlechten Prognose ausgehe.
Der Beschwerdeführer rügt mit seiner Argumentation sinngemäss eine Verletzung der aus <ref-law> fliessenden Begründungspflicht, indem er vorbringt, die Vorinstanz begründe die Verweigerung des bedingten Strafvollzugs nicht weiter und verletze <ref-law>, da sie ihm zu Unrecht eine schlechte Prognose stelle.
1.2 Nach <ref-law> hält das Gericht in der Begründung die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung fest, wenn es ein Urteil zu begründen hat.
1.3 Die Vorinstanz verweist im Strafpunkt in ihrem Kontumaz-Urteil vom 19. November 2008 vollumfänglich auf das erstinstanzliche Urteil vom 23. Februar 2006, ohne weitere Ausführungen zu seither eingetretenen Änderungen zu machen. Am 1. Januar 2007 ist der neue Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches in Kraft getreten, welcher unter anderem den bedingten Strafvollzug betrifft. Die Vorinstanz bezieht in ihrer Urteilsbegründung keine Stellung zur Frage, ob das alte oder das neue Recht als milderes Recht anwendbar sei, obwohl sich die Bestimmungen betreffend den bedingten Strafvollzug wesentlich geändert haben und sie nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gehalten ist, anhand eines konkreten Vergleichs bei der Strafzumessung zu prüfen, welches als milderes Recht anwendbar ist (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 87).
Auch zu den vom Beschwerdeführer geltend gemachten, seit der Ausfällung des erstinstanzlichen Urteils eingetretenen Änderungen in seiner persönlichen Situation äussert sich die Vorinstanz nicht. Damit verkennt sie, dass bei der konkreten Strafzumessung die aktuellen persönlichen Umstände des Beschwerdeführers massgebend sind und Änderungen seit Ausfällung des erstinstanzlichen Urteils berücksichtigt werden müssen (<ref-ruling> E. 3a S. 199). Der Verweis auf das erstinstanzliche Urteil genügt den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht. Die Beschwerde ist demzufolge gutzuheissen und die Sache zur neuen Entscheidung betreffend den bedingten Strafvollzug der neuen Strafe an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze durch den Widerruf der Vorstrafe <ref-law>. Die Verletzung des Bundesrechts erfolge aus denselben Gründen, wie bei der Verweigerung des bedingten Strafvollzugs. Die Voraussetzungen nach neuem Recht für das Absehen von einem Widerruf seien weniger streng. Nach altem Recht habe eine begründete Aussicht auf Bewährung bestehen müssen, während das neue Recht lediglich das Fehlen einer ungünstigen Prognose verlange. Diese Voraussetzung sei erfüllt, weshalb auf einen Widerruf zu verzichten sei.
Der Beschwerdeführer macht sinngemäss eine Verletzung der aus <ref-law> fliessenden Begründungspflicht geltend, indem er auf seine Ausführungen betreffend die Verweigerung des bedingten Strafvollzugs verweist, worin er die fehlende Begründung durch die Vorinstanz beanstandet.
2.2 Die Vorinstanz erwägt, die erstinstanzlich ausgesprochene und nicht substanziiert angefochtene Vollziehbarerklärung der Vorstrafe sei zu bestätigen.
Indem die Vorinstanz das erstinstanzliche Urteil bestätigt, tritt sie trotz der von ihr als nicht substanziiert befundenen Rüge auf die Appellation ein und weist diese ab. Mit der Abweisung nimmt sie mithin eine materielle Beurteilung der Rüge vor und bestätigt implizit die Begründung der ersten Instanz.
2.3 Der pauschale Verweis der Vorinstanz auf die Urteilsbegründung der ersten Instanz genügt zur Frage des Widerrufs der Vorstrafe den Begründungsanforderungen von <ref-law> ebenfalls nicht (vgl. E. 1.3), da die in der Zwischenzeit eingetretene Gesetzesänderung sowie die neue persönliche Situation des Beschwerdeführers zu berücksichtigen sind. Die Beschwerde ist auch in diesem Zusammenhang gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verletzt, indem sie sich nicht mit den vorgebrachten Einwänden auseinandergesetzt habe. Da die Beschwerde bereits wegen der Verletzung der aus dem Bundesrecht (<ref-law>) fliessenden Begründungspflicht gutzuheissen ist, erübrigen sich Ausführungen zum rechtlichen Gehör.
4. Das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird zufolge Gutheissung der Beschwerde gegenstandslos.
5. Die Beschwerde ist gutzuheissen, und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>), hingegen hat der Kanton Basel-Stadt dem obsiegenden Beschwerdeführer eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Kontumaz-Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 19. November 2008 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Basel-Stadt wird verpflichtet, dem Vertreter des Beschwerdeführers, Christian Kummerer, Advokat, eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch