A.- Après avoir passé l'examen des 3/4 d'une licence ès lettres à l'Université X_ en 1985, puis interrompu ses études, S._ les a reprises dès le mois de septembre 1994, avant de les interrompre à nouveau en septembre 1996 et de faire contrôler son chômage.
La Caisse cantonale genevoise d'assurance-chômage (la caisse) lui a versé des indemnités à partir du 3 septembre 1996, en se fondant sur un gain assuré d'un montant forfaitaire de 102 francs par jour.
Du 1er septembre 1997 au 27 février 1998, S._ a travaillé comme documentaliste dans le cadre d'un emploi temporaire fédéral pour un salaire de 3'100 francs par mois. Elle a ensuite à nouveau perçu des indemnités de chômage, qui ont derechef été calculées sur la base d'un gain assuré de 102 francs par jour.
Le 23 mars 1998, l'assurée a contesté le montant du gain assuré ainsi pris en compte, en soutenant que celui-ci devait correspondre à un montant forfaitaire de 127 francs par jour pour la période du 3 septembre 1996 au 31 août 1997 et que, dès le 1er mars 1998, il devait être redéfini en fonction du revenu qu'elle avait perçu dans le cadre de son emploi temporaire.
Par décision du 19 juin 1998, le Groupe réclamations de l'Office cantonal de l'emploi a rejeté la réclamation de l'assurée.
B.- Cette dernière a recouru contre cette décision.
Par jugement du 3 septembre 1998, la Commission cantonale de recours en matière d'assurance-chômage de la République et canton de Genève a partiellement admis le recours de l'assurée, en ce sens qu'elle lui a reconnu le droit à la prise en compte d'un gain assuré de 127 francs par jour dès le 3 septembre 1996.
Pour l'essentiel, l'autorité cantonale a jugé illégal le changement de pratique administrative découlant d'une nouvelle directive de l'Office fédéral du développement économique et de l'emploi (OFDE) préconisant de calculer, dès le 1er janvier 1996, l'indemnité de chômage des personnes au bénéfice d'une maturité et libérées des conditions relatives à la période de cotisation sur la base d'un montant forfaitaire de 102 francs par jour, au lieu de 127 francs comme jusque-là.
C.- L'OFDE, aujourd'hui intégré dans le Secrétariat d'Etat à l'économie (seco), interjette recours de droit administratif contre ce jugement, en concluant à son annulation.
S._ conclut au rejet du recours.
Considérantendroit :
1.- En instance fédérale, le litige porte uniquement sur le montant forfaitaire fixé comme gain assuré pour le calcul de l'indemnité de chômage à laquelle l'intimée a eu droit dès le mois de septembre 1996 (<ref-law> et <ref-law>).
2.- a) En vertu de l'<ref-law>, la caisse verse, en règle générale dans le courant du mois suivant, les indemnités pour la période de contrôle écoulée (al. 1). L'assuré reçoit un décompte écrit (al. 2).
Bien que dépourvus des caractéristiques formelles d'une décision, les décomptes d'indemnités de chômage en ont le contenu et sont susceptibles d'être attaqués comme tels devant une autorité de recours (<ref-ruling> consid. 2 et les références). Par ailleurs, conformément aux principes développés en matière d'assurance-maladie sous le régime de la LAMA (cf. RAMA 1989 no K 793 p. 18, 1986 no K 690 p. 391 sv. consid. 3c), lorsque des prestations d'assurance-chômage ont été accordées sans avoir fait l'objet d'une décision formelle, elles acquièrent force de chose décidée - c'est-à-dire que leur versement échappe aux moyens juridictionnels ordinaires - si l'assuré n'a pas, dans un délai d'examen et de réflexion convenable, manifesté son désaccord avec la solution adoptée par l'administration et exprimé sa volonté de voir statuer sur ses droits dans un acte administratif susceptible de recours (<ref-ruling> consid. 3).
b) En l'espèce, l'intimée a reçu son premier décompte d'indemnisation - portant sur le mois de septembre 1996 - dans le courant du mois d'octobre 1996. Il s'est donc écoulé dix-huit mois environ avant qu'elle ne le conteste par la saisine, le 23 mars 1998, du Groupe réclamations de l'Office cantonal de l'emploi. Un tel délai n'est assurément pas convenable au sens de la jurisprudence précitée.
Toutefois, l'intimée a déclaré devant la juridiction cantonale qu'elle avait "réclamé verbalement très rapidement" au guichet de la caisse en "(sollicitant) une réponse écrite", sans qu'on l'informât de son droit de recourir contre les décomptes litigieux. Non contestés en procédure cantonale, ni devant la Cour de céans, ces allégués peuvent être tenus pour avérés.
Partant, il convient d'admettre, comme l'a implicitement fait la juridiction cantonale, que l'intimée a contesté en temps utile les décomptes d'indemnité litigieux.
3.- a) Aux termes de l'<ref-law>, pour les assurés qui, au terme d'un apprentissage, touchent des indemnités de chômage, ainsi que pour les personnes qui sont libérées des conditions relatives à la période de cotisation, le Conseil fédéral fixe des montants forfaitaires comme gain assuré. Il tient compte en particulier de l'âge, du niveau de formation ainsi que des circonstances qui ont amené à la libération des conditions relatives à la période de cotisation (<ref-law>).
Faisant usage de cette délégation de compétence, le Conseil fédéral a édicté l'<ref-law> dont l'alinéa premier dispose ce qui suit :
"1 Le gain assuré des personnes qui sont libérées des conditions relatives à la période de cotisation ou qui sont au termed'unapprentissageoud'unepériodeconsacréeàl'éducationd'enfantsdemoinsde16ansestfixéauxmontantsforfaitairessuivants :
a. 153 francs par jour pour les personnes qui ont suivi une formation complète au sein d'une haute école, d'une école technique supérieure (ETS), d'une école normale, d'une école supérieure de cadres pour l'économie et l'administration (ESCEA) ou qui disposent d'une formation équivalente; b. 127 francs par jour pour les personnes qui ont terminé leur apprentissage ou qui ont acquis une formation équivalente dans une école professionnelle ou un établissement similaire; c. 102 francs par jour pour toutes les autres personnes si elles ont plus de 20 ans et 40 francs par jour si elles ont moins de 20 ans. "
b) Afin de garantir une application simple et uniforme de cette disposition, l'organe de compensation de l'assurance-chômage (<ref-law>) a édicté une directive (Bulletin AC 98/2 fiches 2/8 et 2/9) assortie d'une annexe (A3) qui fixe les montants forfaitaires et les délais d'attente applicables aux différentes catégories d'assurés selon les critères de l'âge, du niveau de formation, de la situation familiale (avec ou sans enfant) et du motif de libération de l'obligation de cotiser.
Selon ce texte, les personnes libérées de l'obligation de cotiser pour cause de formation, qui ont plus de 25 ans et sont sans enfant, peuvent prétendre un montant forfaitaire de 2'213 francs par mois (ou 102 francs par jour) si elles sont sans formation ou ont interrompu leurs études ou si elles sont au bénéfice d'une maturité.
c) Le recourant soutient que c'est sur la base de cette directive qu'il convient de calculer les indemnités de chômage revenant à l'intimée à partir du mois de septembre 1996. Attendu que cette dernière, libérée des conditions relatives à la période de cotisation, n'a pas terminé ses études universitaires et n'est qu'au bénéfice d'un certificat de maturité, le recourant en déduit que son gain assuré se monte à 102 francs par jour, conformément au montant forfaitaire prévu à l'art. 41 al. 1 let. c OACI.
Pour leur part, les premiers juges ont écarté l'interprétation contenue dans la directive précitée et suivi celle qui figurait dans une précédente circulaire qui s'appliquait jusqu'au 31 décembre 1995 (avant l'entrée en vigueur de la révision partielle de la LACI du 23 juin 1995), au motif que la nouvelle directive avait été édictée sans modification de l'OACI et qu'elle ne reposait pas sur des raisons valables.
4.- a) La circulaire sur laquelle les premiers juges se sont fondés (Circulaire relative à l'indemnité de chômage éditée par l'office fédéral de l'industrie, des arts et métiers et du travail [OFIAMT]; dès le 1er janvier 1998: OFDE; dèsle1erjuillet1999:seco; CirculaireIC1. 92)pourtrancherlelitigeexposecequisuitàsonchiffre155 :
"Pour les personnes ayant acquis une formation dans une école professionnelle ou dans un établissement d'enseignement, qui peut être assimilée à un apprentissage, on appliquera le montant forfaitaire de 127 francs par jour (...). Par formation dans une école professionnelle, il faut également entendre par exemple une formation dans un collège ou un gymnase qui se termine par un examen de maturité.
Les divers types de maturité ne jouent aucun rôle. Ainsi, les diplômés d'une école de commerce sont assimilés aux personnes qui ont terminé leur apprentissage. Cemontantforfaitairepeutégalementêtreappliquéauxpersonnesquiontterminéuneécoledecommercesansdiplômedematurité(. ..)".
b) Ainsi, au contraire de la nouvelle directive (consid. 3b), qui met sur le même pied les personnes au bénéfice d'une maturité et celles qui sont sans formation ou ont interrompu leurs études (art. 41 al. 1 let. c OACI), l'ancienne pratique administrative assimilait les personnes au bénéfice d'une maturité à celles porteuses d'un certificat fédéral de capacité et leur appliquait le montant forfaitaire de 127 francs par jour prévu à l'<ref-law>.
c) Comme l'ont relevé les premiers juges et comme en convient le recourant, parmi les critères dont dépend le montant forfaitaire fixé comme gain assuré, celui du niveau de formation a été, sous réserve de quelques modifications d'ordre rédactionnel, repris tel quel de l'ancien droit (<ref-law> dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 1995).
Dès lors, la prise en compte, à partir du 1er janvier 1996, d'un montant forfaitaire de 102 francs par jour comme gain assuré pour les personnes (libérées des conditions relatives à la période de cotisation) au bénéfice d'une maturité, au lieu de 127 francs par jour précédemment, constitue un changement de pratique administrative dont il convient maintenant d'examiner la conformité au droit.
5.- a) Pour être compatible avec le principe de l'égalité de traitement que l'art. 8 al. 1 Cst. a repris de l'art. 4 al. 1 aCst. sans en modifier la portée matérielle (Message du Conseil fédéral relatif à une nouvelle constitution fédérale du 20 novembre 1996, FF 1997 I 144; arrêt H. du 21 janvier 2000, destiné à la publication, C 301/98, consid. 3b), un changement de pratique administrative doit - de la même manière qu'un revirement de jurisprudence décidé par une autorité judiciaire (RCC 1987 p. 623 consid. 2b; Moor, Droit administratif, vol. I, 2ème éd., Berne 1994, p. 76 et les références) - reposer sur des motifs objectifs, à savoir une connaissance plus approfondie de l'intention du législateur, un changement des circonstances extérieures ou l'évolution des conceptions juridiques. Une pratique qui se révèle erronée ou dont l'application a conduit à des abus répétés ne peut être maintenue (<ref-ruling> consid. 6a, 387 consid. 4c et les références; voir aussi <ref-ruling> consid. 4c/aa).
b) Le recourant justifie ce changement de pratique par le fait que la révision partielle de la LACI (et de son ordonnance d'application), entrée en vigueur le 1er janvier 1996, avait notamment pour but "d'inciter les assurés à acquérir ou à achever une formation de base reconnue sur le marché du travail". Il en veut pour preuve le sensible renforcement des dispositions relatives aux délais d'attente et l'adoption de critères plus stricts concernant les montants forfaitaires applicables aux personnes libérées des conditions relatives à la période de cotisation.
c) Il est vrai que, contrairement à sa version valable jusqu'au 31 décembre 1995, qui disposait simplement que le Conseil fédéral devait fixer à titre de gain assuré des montants forfaitaires "appropriés", l'<ref-law>, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 1996, impose désormais à l'autorité exécutive de fixer lesdits montants forfaitaires en tenant compte en particulier des critères "de l'âge, du niveau de formation, ainsi que des circonstances qui ont amené à la libération des conditions relatives à la période de cotisation".
Toutefois, contrairement à ce qu'allègue le recourant, l'introduction de ces critères dans la loi ne visait pas, dans l'esprit du législateur, à encourager les assurés à achever leur formation, mais à faire des économies et à éviter des abus résultant notamment du fait que les jeunes ayant terminé leur apprentissage pouvaient prétendre des indemnités de chômage d'un montant largement supérieur à celui de leur dernier salaire d'apprenti, car leurgainassuréétaitfixéenfonctiondusalairequ'ilspouvaientespérerobtenirsurlemarchédutravail(Nussbaumer, Arbeitslosenversicherung, in : Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], ch. 307 et les références aux débats parlementaires). Le Conseil fédéral a du reste concrétisé l'objectif de lutte contre les abus à l'<ref-law>, qui prévoit une diminution de 50 % du montant forfaitaire pris comme gain assuré pour les personnes âgées de moins de 25 ans qui sont au terme de leur apprentissage ou de leur formation scolaire et qui n'ont pas d'enfant à charge.
Partant, le changement de pratique administrative décidé par l'organe de compensation de l'assurance-chômage ne repose pas sur des motifs pertinents et n'est pas compatible avec le principe de l'égalité de traitement. Cela d'autant moins que le Conseil fédéral n'a, comme on l'a vu, pas modifié à l'<ref-law> le critère relatif au niveau de formation des assurés, lors même que la pratique administrative suivie - et codifiée - pour les personnes au bénéfice d'un certificat de maturité lui était connue.
Au demeurant, à supposer que le changement de pratique administrative préconisé par le recourant reposât sur des motifs suffisants, il ne serait de toute façon pas compatible avec le texte de l'<ref-law>. En effet, cette disposition prévoit que le montant forfaitaire pris comme gain assuré doit être fixé en tenant compte, entre autres critères, du niveau de formation des assurés. Or, en traitant de la même manière les assurés sans formation (ou qui ont interrompu leurs études) et ceux qui sont au bénéfice d'une maturité, la nouvelle directive fait tout simplement fi de ce critère, sans que l'<ref-law> l'y autorise, aucune exception à la prise en compte du niveau de formation des assurés n'étant prévue dans cette disposition légale.
d) On relèvera d'ailleurs que, depuis peu, le seco lui-même se réfère sans restriction, ce qui contredit les arguments développés dans son recours, à l'ancienne pratique administrative qui découlait de la circulaire IC de janvier 1992, toujours en vigueur, en indiquant que la deuxième révision de la LACI "n'a modifié en rien les critères d'appréciation de la formation" (Bulletin MT/AC 99/4, fiche 6).
6.- Il suit de ce qui précède que le jugement entrepris n'est pas critiquable et doit être confirmé, étant précisé, ce que les premiers juges ont omis de faire, que la cause doit être renvoyée à la caisse pour nouveau calcul des indemnités journalières dues à l'intimée sur la base d'un montant forfaitaire de 127 francs par jour comme gain assuré.
Le recours est mal fondé.


Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est rejeté au sens des considérants.
II.Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière d'assurance-chômage de la République et canton de Genève, et à la Caisse cantonale genevoise d'assurance-chômage.
Lucerne, le 23 février 2000
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la Ière Chambre :
Le Greffier :