Sachverhalt:
A. Der im Januar 1998 geborene S._ leidet seit Geburt an einem infantilen POS (Ziffer 404 GgV) und einer hyperkinetischen Störung. Am 28. September 2001 meldeten seine Eltern und gesetzlichen Vertreter ihn bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. In der Folge sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem Versicherten verschiedene Versicherungsleistungen zu, namentlich medizinische Massnahmen, Massnahmen der Sonderschulung und heilpädagogische Früherziehung. Am 29. Februar 2008 ersuchte die Mutter des Versicherten um Zusprechung einer Hilflosenentschädigung. Nach Abklärungen über den Umfang der Hilflosigkeit stellte die IV-Stelle mit Vorbescheid vom 4. November 2008 die Zusprechung einer Hilflosenentschädigung für leichte Hilflosigkeit mit Wirkung ab März 2007 in Aussicht. Entgegen der Einwände der Mutter des Versicherten vom 24. November 2008 betreffend Zusprechung einer Entschädigung für eine mittlere Hilflosigkeit, hielt die IV-Stelle mit Verfügung vom 15. April 2009 an ihrem Vorbescheid fest und sprach dem Versicherten mit Wirkung ab 1. März 2007 eine Entschädigung für leichte Hilflosigkeit zu.
B. Die von der Mutter des Versicherten dagegen erhobene Beschwerde, womit die Zusprechung einer Entschädigung für eine mittlere Hilflosigkeit vom frühest möglichen Zeitpunkt an beantragt wurde, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 25. Januar 2011 ab.
C. Der durch seine Mutter gesetzlich vertretene S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm eine Hilflosenentschädigung ab dem frühest möglichen Zeitpunkt zuzusprechen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die teilweise Gutheissung der Beschwerde im Sinne der Zusprechung der Hilflosenentschädigung leichten Grades bereits mit Wirkung ab Januar 2007. Zur Frage der allgemeinen Abklärungspflicht der Verwaltung hinsichtlich des Zeitpunktes, ab welchem eine Hilflosenentschädigung auszurichten ist, verzichtet sie auf eine Stellungnahme und beantragt die Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>).
2. Streitig und zu prüfen ist der Beginn des Anspruchs auf eine Entschädigung für leichte Hilflosigkeit.
3. 3.1 Das Gesuch um Zusprechung einer Hilflosenentschädigung datiert vom 29. Februar 2008, der Anspruch auf die Entschädigung entstand jedoch vor dem 1. Januar 2008. In intertemporalrechtlicher Hinsicht sind die bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Bestimmungen anwendbar, dies entsprechend dem Grundsatz, wonach diejenigen Rechtssätze massgebend sind, die bei Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes Geltung hatten, zumal die Schlussbestimmungen zur Änderung des IVG vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision) für den vorliegenden Fall keine abweichende Regelung kennen (Urteil 9C_1033/2010 vom 31. März 2011 E. 2.1).
3.2 <ref-law> in der vorliegend anwendbaren, bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung bestimmte, dass der Anspruch auf Nachzahlung mit dem Ablauf von fünf Jahren seit Ende des Monats erlischt, für welchen die Leistung geschuldet war (Abs. 1). Meldet sich jedoch ein Versicherter mehr als 12 Monate nach Entstehen des Anspruchs an, so werden die Leistungen lediglich für die 12 der Anmeldung vorangehenden Monate ausgerichtet. Weitergehende Nachzahlungen werden erbracht, wenn der Versicherte den anspruchsbegründenden Sachverhalt nicht kennen konnte und die Anmeldung innert 12 Monaten seit Kenntnisnahme vornimmt (Abs. 2).
3.3 Nach der Rechtsprechung wahrt die versicherte Person mit ihrer Anmeldung nicht nur jene Ansprüche, die sie ausdrücklich auf dem Anmeldeformular aufzählt. Vielmehr umfasst eine Anmeldung alle Ansprüche, die nach Treu und Glauben mit dem angemeldeten Risikoeintritt in Zusammenhang stehen. Die im Anschluss an ein Leistungsgesuch durchzuführenden Abklärungen der Verwaltung erstrecken sich jedoch nur auf die vernünftigerweise mit dem vorgetragenen Sachverhalt und allfälligen bisherigen oder neuen Akten in Zusammenhang stehenden Leistungen. Wird später geltend gemacht, es bestehe noch Anspruch auf eine andere Versicherungsleistung, so ist nach den gesamten Umständen des Einzelfalles im Lichte von Treu und Glauben zu prüfen, ob jene frühere ungenaue Anmeldung auch den zweiten, allenfalls später substanziierten Anspruch umfasst (<ref-ruling> E. 4.3 S. 296, 121 V 195 E. 2 S. 196 f.; Urteile 8C_233/2010 vom 7. Januar 2011 E. 5.1, 9C_92/2008 vom 24. November 2008 E. 3, 8C_236/2008 vom 14. Oktober 2008 E. 7.1, M 12/06 vom 23. November 2007 E. 5.4 und I 581/05 vom 6. Januar 2006 E. 1).
Übersieht ein Versicherungsträger eine hinreichend substanziierte Anmeldung, werden nur die Leistungen der letzten fünf Jahre vor der Neuanmeldung nachbezahlt, weiter zurückliegende sind untergegangen. Diese Rechtsprechung gilt im Rahmen von <ref-law> und aArt. 48 Abs. 2 IVG, die insofern eine absolute Verwirkungsfrist beinhalten (<ref-ruling> E. 7. S. 438, 121 V 195 E. 5d S. 202; Urteile 8C_233/2010 vom 7. Januar 2011 E. 5.1, 9C_92/2008 E. 3 und M 12/06 vom 23. November 2007 E. 5.3).
4. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Bejahung der Frage auf einem von Frau Dr. med. R._ am 6. Februar 2006 ausgefüllten Fragebogen, ob ein behinderungsbedingter Mehraufwand an Hilfeleistung oder persönlicher Überwachung im Vergleich zu einem Nichtbehinderten gleichen Alters besteht, mache nur dann Sinn, wenn sie zum Anlass genommen werde, gegebenenfalls bei der behandelnden Ärztin oder den Eltern nachzufragen, warum diese Frage bejaht wurde und eben entsprechende Abklärungen einzuleiten.
IV-Stelle und Vorinstanz vertreten die Auffassung, bei der erwähnten Frage nach einem behinderungsbedingten Mehraufwand an Hilfeleistung oder persönlicher Überwachung handle es sich um eine Standardfrage, die nur mit Ja oder Nein beantwortet werden könne. Das blosse Bejahen dieser Standardfrage in anderem Zusammenhang verpflichte die Beschwerdegegnerin nicht zu weiteren Abklärungen, zumal medizinische Massnahmen Grund für das Einholen des Berichts gewesen seien.
4.1 Der Versicherte wurde am 28. September 2001 bei der IV-Stelle zum Leistungsbezug und zur Gewährung medizinischer Massnahmen angemeldet. In Arztberichten vom 12. November 2001 und 7. Dezember 2001 wurde von Dr. med. W._, Kinder- und Jugendpsychiatrie und -psychotherapie FMH, die bereits am 30. April 2001 gestellte Diagnose 404 (POS) bestätigt. Es wurde in diesen und weiteren Berichten auf massive Verhaltensauffälligkeiten auch im familiären Umfeld und Verzögerungen in der Sprachentwicklung, in der feinmotorischen Koordination, in der Erfassungsspanne sowie in der Wahrnehmung hingewiesen. Die IV-Stelle übernahm verschiedene Versicherungsleistungen, insbesondere medizinische Massnahmen, Massnahmen der Sonderschulung und heilpädagogische Früherziehung. So wurden mit Verfügung vom 8. Januar 2002 erstmals medizinische Massnahmen und mit Verfügung vom 4. Juli 2002 erstmals heilpädagogische Früherziehung zugesprochen. Die Eltern des Versicherten wiesen mit Schreiben vom 5. April 2005 darauf hin, dass eine Abklärung betreffend Autismus eingeleitet wurde. In einem Schreiben des Spitals X._ vom 23. September 2005 wurde ausgeführt, dass der Versicherte auch in der Kleinstklasse mit nur vier Schülern, die durch den ganzen Schulalltag eine 1:1-Betreuung durch Erwachsene brauchten, massiv überfordert sei. In einem Arztbericht vom 6. Februar 2006 bejahte Frau Dr. med. R._ die Frage nach einem behinderungsbedingten Mehraufwand an Hilfeleistung oder persönlicher Überwachung im Vergleich zu einem Nichtbehinderten gleichen Alters. Dazu führte sie aus, der Beschwerdeführer könne auch jetzt, im Alter von 8 Jahren, praktisch keine Minute allein gelassen werden. Am 26. Oktober 2007 hielt sie fest, der Beschwerdeführer sei mittlerweile 9 1/2 Jahre alt und könne weder schwimmen, Velo oder Trottinett fahren, noch Schuhe richtig binden und nicht richtig mit Besteck essen. In einem Arztbericht vom 13. Juni 2008 wurde festgehalten, es bestehe ein behinderungsbedingter Mehraufwand an Hilfeleistungen oder persönlicher Überwachung seit der Säuglingszeit.
4.2 In Anbetracht des Dargelegten steht fest, dass bereits die erste Anmeldung des Versicherten vom 28. September 2001 nach Treu und Glauben auch eine allfällige spätere Hilflosenentschädigung umfasste. Wenn auch damals die Behandlung des Geburtsgebrechens im Sinne von medizinischen Massnahmen im Vordergrund stand und es auch im Jahre 2005 im Rahmen der Überprüfung, ob und inwieweit weiterhin medizinische Massnahmen gewährt werden sollen, hauptsächlich darum ging, bestanden nach dem in E. 4.1 Gesagten genügend Anhaltspunkte, welche die IV-Stelle in Nachachtung des Untersuchungsgrundsatzes hätten veranlassen müssen, auch die Hilfsbedürftigkeit des Versicherten zu prüfen. Dies gilt umso mehr, als sie ausschliesslich auf das Geburtsgebrechen zurück zu führen ist. Spätestens mit dem Bericht der sonderpädagogisch-therapeutischen Tagesschule des Spitals X._ vom 23. September 2005 und dem Arztbericht von Frau Dr. med. R._ vom 6. Februar 2006 lag eine hinreichende Substanziierung vor.
4.3 Die Neuanmeldung für die Hilflosenentschädigung datiert vom 28. Februar 2008. Eine Nachzahlung ist grundsätzlich für die letzten fünf Jahre, somit für die Zeit von Februar 2003 bis Februar 2008 geschuldet. Es ist unbestritten, dass die Anspruchsvoraussetzungen ab Januar 2005 erfüllt waren. Demzufolge besteht Anspruch auf eine Entschädigung für leichte Hilflosigkeit seit 1. Januar 2005.
5. Die unterliegende IV-Stelle hat die Gerichtskosten zu tragen und dem Versicherten eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG). Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist somit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. Januar 2011 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 15. April 2009 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer ab 1. Januar 2005 Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung wegen leichter Hilflosigkeit hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. August 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Scartazzini