Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens, hat sich ergeben:
A.- Die Stiftung X._ (im Folgenden abgekürzt: die Stiftung) mit Sitz in E._ wurde im Jahre 1984 von B._ gegründet. A._ gehörte dem Stiftungsrat als Präsident, B._ als Mitglied und Aktuar an, beide mit Einzelunterschrift. Die Stiftung verfügte zunächst über keine eigenen Grundstücke und führte ihren Therapiebetrieb in drei Liegenschaften in W._, E._ und O._, die im Eigentum der von B._ beherrschten Y._ AG standen. In den Jahren 1991 und 1992 erwarb die Stiftung von der Y._ AG die beiden bisher gemieteten Liegenschaften in E._ und W._ zu den von C._ erstellten Schätzungswerten. Nachdem gegen die Leitung der Stiftung der Vorwurf finanzieller Unregelmässigkeiten erhoben worden war, setzte die kanto- nale Behörde einen kommissarischen Stiftungsrat ein, der am 28. Februar und 31. März 1995 Bericht erstattete. Aufgrund dieser Berichte wurde im August 1995 gegen B._ und A._ eine Strafuntersuchung wegen Verdachts ungetreuer Geschäftsbesorgung und Veruntreuung eröffnet.
Im Oktober 1997 wurde ein von diesem (Haupt)- Strafverfahren abgetrenntes Verfahren gegen C._, B._ und A._ angehoben, das sich auf Vorwürfe betreffend Urkundenfälschung, Betrug und Veruntreuung im Zusammenhang mit dem Kauf der Liegenschaft in W._ bezog. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau stellte dieses Verfahren mit Verfügung vom 18. Februar 1999 ein.
Hinsichtlich der Kosten verfügte sie Folgendes:
"2. Die Kosten im Betrage von Fr. 1'379. -- gehen
gemäss <ref-law> mit je 2/5 (gleich
je Fr. 551. 60) zu Lasten der Beschuldigten
B._ und A._. 1/5 (gleich
Fr. 275. 80) geht zu Lasten des Verfahrens
C._. "
Mit einer an das Obergericht des Kantons Aargau gerichteten Beschwerde stellte B._ das Begehren, Ziff. 2 der Einstellungsverfügung sei aufzuheben und es seien die ihm auferlegten Kosten auf die Staatskasse zu nehmen. Das Obergericht wies die Beschwerde am 3. Mai 1999 ab.
B.- B._ reichte gegen diesen Entscheid staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht ein. Er beantragt, das angefochtene Urteil des Aargauer Obergerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen.
C.- Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Aargau stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Seit 1. Januar 2000 ist nicht mehr die alte Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874 (aBV), sondern die neue Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) in Kraft (AS 1999 2555).
2.- Gemäss § 139 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau (StPO) trägt in der Regel der Staat die Kosten der eingestellten Untersuchung. Die Staatsanwaltschaft kann sie jedoch ganz oder teilweise dem Beschuldigten auferlegen, wenn er durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen die Untersuchung verschuldet oder ihre Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Der Beschwerdeführer macht geltend, es verstosse gegen Art. 6 Ziff. 2 EMRK (Grundsatz der Unschuldsvermutung) und gegen Art. 4 aBV (Willkürverbot), dass ihm Kosten des eingestellten Strafverfahrens überbunden worden seien.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung, wenn dem Angeschuldigten in der Begründung des Entscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> ff.).
Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung des Grundsatzes der Unschuldsvermutung mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob der Text des Kostenentscheids direkt oder indirekt den Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld enthält. Nur auf Willkür hin untersucht es dagegen, ob der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und durch dieses Benehmen das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Es geht insoweit nicht mehr um den Schutzbereich von Art. 6 Ziff. 2 EMRK, welche Bestimmung den guten Ruf des Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf schützen will, ihn treffe trotz Freispruch oder Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden demgegenüber durch die kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben, und in diesem Bereich greift ausschliesslich <ref-law> Platz, wonach die betreffenden Gesetzesbestimmungen nicht willkürlich angewendet werden dürfen (BGE <ref-ruling> E. 2f, zu Art. 4 aBV, mit Hinweisen).
3.- a) Die dem Beschwerdeführer in der Einstellungsverfügung vom 18. Februar 1999 auferlegten Kosten entstanden in einem Verfahren, das gegen C._, A._ und den Beschwerdeführer wegen Verdachts strafbarer Handlungen im Zusammenhang mit einem Liegenschaftskauf der Stiftung eingeleitet worden war. Diese hatte Ende 1992 von der Y._ AG die von ihr bisher mietweise genutzte Liegenschaft in W._ gekauft. Die Finanzierung dieses Kaufs erfolgte über die Aargauische Kantonalbank (AKB). Das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) sicherte der Stiftung mit Verfügung vom 18. Januar 1993 einen Subventionsbeitrag von Fr. 300'000. -- für den Erwerb der Liegenschaft in W._ zu. Der inzwischen verstorbene C._ hatte in einer ersten Schätzung den Wert dieser Liegenschaft mit Fr. 1'095'000. --, in einer zweiten Schätzung mit Fr. 1'138'000. -- angegeben.
aa) C._ wurde Urkundenfälschung zur Last gelegt, da er den Schätzungswert für die Liegenschaft in W._ auf Intervention des Beschwerdeführers hin nachträglich verändert habe. Dem Beschwerdeführer wurde vorgeworfen, er habe C._ zu diesem Delikt angestiftet. A._ wurde verdächtigt, eine Urkundenfälschung dadurch begangen zu haben, dass er gegenüber der kreditgewährenden
Bank, der AKB, die manipulierte Schätzungsurkunde verwendet habe.
bb) Im Weiteren wurden der Beschwerdeführer und A._ der Veruntreuung beschuldigt, weil sie im März und April 1993 zweckwidrig über eine Bundessubvention verfügt hätten. b) Die Staatsanwaltschaft auferlegte dem Beschwerdeführer den vollen Anteil (zwei Fünftel) der Kosten des eingestellten Verfahrens. Sie begründete dies damit, der Beschwerdeführer habe die Strafuntersuchung in beiden Punkten durch ein unkorrektes Verhalten verursacht; er habe aus Eigeninteresse eine höhere Schätzung der Liegenschaft W._ bei C._ bewirkt (Vorwurf der Anstiftung zu Urkundenfälschung), und er habe zweckwidrig über eine Bundessubvention verfügt (Vorwurf der Veruntreuung).
4.- a) Das Obergericht stützte sich bei der Auslegung des <ref-law> auf seine in AGVE 1990 Nr. 29 S. 102 publizierte Rechtsprechung. Es hielt fest, ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen im Sinne dieser Vorschrift sei ein Verhalten, das in einer pflichtwidrigen Unvorsichtigkeit bestehe und so schwerwiegend oder ungeschickt sei, dass es "als Folge für den Beschuldigten voraussehbarermassen das gegen ihn eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen konnte". Ein solches Verhalten liege jedenfalls dann vor, wenn es den Bereich strafrechtlicher Belanglosigkeit überschreite und, ohne dass ein Rechtfertigungsgrund (<ref-law>) vorläge, einen Straftatbestand in objektiver Hinsicht ganz oder teilweise erfülle.
b) Bei der Anwendung des <ref-law> auf den vorliegenden Fall gelangte das Obergericht - im Gegensatz zur Staatsanwaltschaft - zum Schluss, die Untersuchung wegen Verdachts der Anstiftung zu Urkundenfälschung sei nicht durch ein fehlerhaftes Verhalten des Beschwerdeführers verursacht worden.
Im anderen Punkt war es der Ansicht, der Beschwerdeführer habe die Strafuntersuchung durch ein Fehlverhalten veranlasst. Das Obergericht führte aus, mit der vom Beschwerdeführer veranlassten Verwendung der Subventionsmittel für einen anderen als den im Zusicherungsentscheid bezeichneten Zweck habe er als Geschäftsleiter das Strafverfahren wegen Veruntreuung fahrlässig verursacht, zumal damit auch eine von ihm für die Z._ Consulting AG vorgenommene Kaufrechtszahlung zurückvergütet worden und mit der Festgeldanlage bei der Tessiner Kantonalbank eine Verwendung im Interesse der Stiftung nicht von vornherein ersichtlich gewesen sei. Der Beschwerdeführer hätte sich als Geschäftsführer über die Zweckbindung der Subventionsmittel beim kaufmännischen Leiter A._ rückversichern müssen. Er hätte nicht ohne einlässliche Rücksprache darüber disponieren dürfen und habe damit pflichtwidrig unvorsichtig gehandelt. Dass diesbezüglich der Veruntreuungstatbestand nicht erfüllt gewesen sei, habe sich erst aufgrund eingehender Befragungen insbesondere des zuständigen Sachbearbeiters der kreditierenden AKB ergeben.
Das Obergericht hielt abschliessend fest, da hauptsächlich mit diesem vorerst unklaren Sachverhalt Untersuchungshandlungen hätten vorgenommen werden müssen, während die Untersuchung betreffend Anstiftung zu Urkundenfälschung keine besonderen Kosten verursacht habe, sei die Auferlegung von 2/5 der gesamten Untersuchungskosten gemäss Ziff. 2 der angefochtenen Verfügung im Ergebnis angemessen und zu bestätigen.
5.- Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, es habe bei der Auslegung und Anwendung des <ref-law> gegen die Unschuldsvermutung und gegen das Willkürverbot verstossen.
a) Nach der erwähnten Rechtsprechung des Bundesgerichts setzt die Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens voraus, dass der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen hat (BGE <ref-ruling> ff.). Das Obergericht ging auf diese Voraussetzungen nicht ein. Es stützte sich auf seine eigene Praxis (AGVE 1990 Nr. 29 S. 102), die mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht im Einklang steht. Wie im Urteil BGE <ref-ruling> betont wird, muss der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise eine Verhaltensnorm verletzt haben; es geht um ein Verschulden im Sinne des Zivilrechts, d.h. um ein Verhalten, das von dem unter den gegebenen Verhältnissen als angebracht geltenden Durchschnittsverhalten abweicht (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 169/170). Demgegenüber scheint das Obergericht vom Verschuldensbegriff im Sinne des Strafrechts auszugehen, indem es von "pflichtwidriger Unvorsichtigkeit" spricht und damit die in <ref-law> enthaltene Definition des Begriffs der Fahrlässigkeit verwendet. Dies ist mit der Garantie der Unschuldsvermutung nicht vereinbar, schützt diese doch den Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf, ihn treffe trotz Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Im Weiteren ist nach der Auffassung des Obergerichts ein Verhalten dann verwerflich oder leichtfertig im Sinne von <ref-law>, wenn es - "ohne dass ein Rechtfertigungsgrund (<ref-law>) vorläge" - einen Straftatbestand in objektiver Hinsicht ganz oder teilweise erfülle; ausserdem müsse das Verhalten "für den Beschuldigten voraussehbarermassen" das eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen. Diese Umschreibung entspricht den im Urteil BGE <ref-ruling> ff. aufgestellten Kriterien nicht und ist sachlich nicht vertretbar.
Die Auslegung der Vorschrift von <ref-law>, wie sie vom Obergericht vorgenommen wird, verletzt demnach sowohl den Grundsatz der Unschuldsvermutung als auch das Willkürverbot.
b) Was die Anwendung der genannten Vorschrift auf den vorliegenden Fall angeht, so macht der Beschwerdeführer mit Recht geltend, im angefochtenen Entscheid finde sich kein Hinweis darauf, welche Norm er durch sein Verhalten verletzt haben solle.
Hinsichtlich des Verhaltens des Beschwerdeführers, das Anlass zur Untersuchung wegen Verdachts der Veruntreuung gegeben hatte, beschränkte sich das Obergericht im Wesentlichen auf die Feststellung, der Beschwerdeführer habe mit der von ihm veranlassten Verwendung der Subventionsmittel für andere Zwecke als den im Zusicherungsentscheid bezeichneten Zweck das Strafverfahren wegen Verdachts der Veruntreuung fahrlässig verursacht, zumal damit auch eine von ihm für die Z._ Consulting AG vorgenommene Kaufrechtszahlung zurückvergütet worden und mit der Festgeldanlage bei der Tessiner Kantonalbank eine Verwendung im Interesse der Stiftung nicht von vornherein ersichtlich gewesen sei. Es wird nicht ausgeführt, inwiefern der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen habe.
Die Begründung, mit der das Obergericht Ziff. 2 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft geschützt hat, hält demnach vor dem Willkürverbot und vor dem Grundsatz der Unschuldsvermutung nicht stand.
6.- Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist ein mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochtener Entscheid erst dann aufzuheben, wenn er im Ergebnis gegen die Verfassung oder gegen die EMRK verstösst, nicht schon dann, wenn sich die Begründung als verfassungs- oder konventionswidrig erweist. Das Bundesgericht hat somit die Möglichkeit, die Motive des umstrittenen Entscheids zu ersetzen (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 5). Von dieser Möglichkeit ist indessen nur dann Gebrauch zu machen, wenn der massgebliche Sachverhalt aus den Akten hinreichend ersichtlich ist und die rechtliche Situation als klar erscheint (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 1b).
a) In der staatsrechtlichen Beschwerde wird geltend gemacht, das Obergericht habe in willkürlicher Weise erklärt, der Beschwerdeführer habe Subventionsmittel für einen anderen als den im Zusicherungsentscheid bezeichneten Zweck verwendet. Willkürlich sei auch die Darstellung des Obergerichts, aus den Subventionsmitteln sei eine vom Beschwerdeführer für die Z._ Consulting AG vorgenommene Kaufrechtszahlung zurückvergütet worden.
Kritisiert wird ausserdem die Feststellung des Obergerichts, die Untersuchung betreffend Anstiftung zu Urkundenfälschung habe keine besonderen Kosten verursacht. Es wird vorgebracht, in der Einstellungsverfügung seien C._, gegen den nur wegen Verdachts der Urkundenfälschung ermittelt worden sei, 1/5 der Kosten auferlegt worden. Daraus sei zu schliessen, dass die Strafuntersuchung wegen Urkundenfälschung Kosten verursacht habe. Wenn im angefochtenen Entscheid argumentiert werde, die dem Beschwerdeführer auferlegten 2/5 der gesamten Untersuchungskosten seien ausschliesslich wegen Untersuchungshandlungen im Zusammenhang mit der Veruntreuung entstanden, so sei dies aktenwidrig und widerspreche "der eigenen Argumentation des Obergerichts im parallelen Verfahren gegen C._".
Ob die Subventionsmittel anderweitig als im Zusicherungsentscheid vorgesehen verwendet wurden, ist aus den Akten nicht hinreichend ersichtlich. Das Gleiche gilt für die Frage, in welchem Umfang Kosten für die Untersuchung betreffend Anstiftung zu Urkundenfälschung entstanden sind, welche Kosten dem Beschwerdeführer nicht auferlegt werden dürfen. Bei dieser Situation kann eine Substitution der
Motive nicht vorgenommen werden. Der angefochtene Entscheid des Aargauer Obergerichts muss daher aufgehoben werden.
b) Was die rechtliche Situation angeht, so ist den Akten zu entnehmen, dass das Bundesamt für Sozialversicherung der Stiftung mit Schreiben vom 18. Januar 1993 gestützt auf Art. 73 des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) einen Beitrag von Fr. 300'000. -- für den Erwerb und die Bereitstellung der Liegenschaft in W._ für ein Wohnheim für Drogengeschädigte zugesichert hatte. Die Zusicherung war an die "Allgemeinen Bedingungen und Auflagen für die Gewährung von Baubeiträgen der IV" geknüpft. In Ziff. 7 der Bedingungen wird gesagt, vor einer Änderung der Zweckbestimmung oder einer Übertragung der Güter auf einen anderen Rechtsträger sei das BSV zu benachrichtigen.
Der Beschwerdeführer ist der Meinung, die Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens setze die Verletzung einer Norm voraus, die "im Rechtsetzungsverfahren ergangen" sei. Dies sei bei dem hier in Frage stehenden "Merkblatt des BSV" nicht der Fall. Dem kann nicht beigepflichtet werden. Wie dem Urteil BGE <ref-ruling> zu entnehmen ist, kann es sich um eine geschriebene oder ungeschriebene Norm handeln, d.h. um einen Grundsatz des ungeschriebenen Rechts oder um eine Vorschrift, die in einem Gesetz, einer Verordnung, einem Reglement, einem Vertrag oder sonst in einem Dokument enthalten ist. Entscheidend ist, dass es sich um eine Verhaltensnorm handeln muss, d.h. um eine Norm, die den Rechtsunterworfenen direkt oder indirekt zu einem bestimmten Tun oder Unterlassen verpflichtet (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 170). Das Obergericht wird abzuklären haben, ob die Ziffer 7 der Allgemeinen Bedingungen, mit denen die Subventionsgewährung des BSV verknüpft war, eine solche Verhaltensnorm darstellt, und - falls dies bejaht würde - ob der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen diese Norm klar verstossen habe.
7.- Nach dem Gesagten ist die staatsrechtliche Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben.
Gemäss Art. 156 Abs. 2 OG sind keine Kosten zu erheben. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 3. Mai 1999 aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 3. Juli 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: