Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 20. Februar 2008 und Einspracheentscheid vom 3. April 2008 lehnte die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) ihre Leistungspflicht für die im Jahre 2007 beim 1935 geborenen M._ diagnostizierte Malleolarfraktur Typ Weber A rechts ab, da diese nicht überwiegend wahrscheinlich durch das Unfallereignis vom 21. Februar 1956 verursacht worden sei.
B. Die von der SWICA Gesundheitsorganisation als Krankenversicherung des M._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 22. Januar 2009 im Sinne der Erwägungen gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zu ergänzenden Abklärungen und anschliessender Neuverfügung an die SUVA zurück. In den Erwägungen hielt das kantonale Gericht fest, die SUVA habe, sollten die angeordneten Abklärungen zu keinem Ergebnis führen, die Folgen einer Beweislosigkeit zu tragen.
C. Mit Beschwerde beantragt die SUVA, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihr Einspracheentscheid zu bestätigen. Eventuell sei der kantonale Entscheid in Bezug auf die gerichtlichen Vorgaben zur Beweislastverteilung aufzuheben und festzustellen, dass die Folgen einer allfälligen Beweislosigkeit M._ bzw. seine Krankenversicherung zu tragen habe.
Während die SWICA Gesundheitsorganisation beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, verzichten M._ und das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit der bei ihm erhobenen Rechtsmittel von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 188 mit Hinweisen, 133 II 249 E. 1.1 S. 251).
1.2 Der als Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne des BGG zu qualifizierende (<ref-ruling> E. 4.2 S. 482) kantonale Rückweisungsentscheid vom 22. Januar 2009 kann nur unter den Voraussetzungen des <ref-law> angefochten werden. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde gegen andere (d.h. nicht die Zuständigkeit oder Ausstandsbegehren betreffende [vgl. <ref-law>]) selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig: a) wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können; oder b) wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
1.3 Soweit der kantonale Rückweisungsentscheid für den Fall, dass der fehlende Kausalzusammenhang zwischen Unfallereignis und der Malleolarfraktur nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nachgewiesen werden kann, anordnet, die Folgen der Beweislosigkeit gehe zu Lasten der SUVA, weshalb eine Leistungspflicht diesfalls bestehen würde, enthält er eine Vorgabe, an welche die Beschwerdeführerin gebunden ist. Diesbezüglich hat er für die Verwaltung einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> zur Folge, wäre sie doch unter Umständen gezwungen, eine ihrer Ansicht nach rechtswidrige Kostengutsprache zu erlassen und könnte der darauf beruhende rechtswidrige Endentscheid praktisch nicht angefochten und das falsche Ergebnis nicht mehr korrigiert werden (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.4 S. 485). In diesem Umfang ist auf die Beschwerde demnach einzutreten.
1.4 Anders verhält es sich, soweit sich die Beschwerde gegen die von der Vorinstanz angeordnete Rückweisung zur Vornahme weiterer Abklärungen richtet. Denn ein Rückweisungsentscheid, mit welchem die Sache zur neuen Abklärung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law>, führt er doch bloss zu einer dieses Kriterium nicht erfüllenden (vgl. Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N. 8 zu Art. 93) Verlängerung des Verfahrens. Ebenso wenig ist die Eintretensvoraussetzung gemäss <ref-law> erfüllt, wonach die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (in <ref-ruling> nicht publizierte E. 1.1; siehe auch <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 483).
2. Zu beurteilen ist demnach einzig die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht anordnete, die Beschwerdeführerin habe dann für die Folgen der 2007 diagnostizierten Malleolarfraktur aufzukommen, wenn die weiteren Abklärungen nicht den Nachweis erbringen, dass die Malleolarfraktur nicht durch den Unfall vom 21. Februar 1956 verursacht worden sind.
3. 3.1 Massgebende Ursachen im Rahmen des natürlichen Kausalzusammenhangs sind alle Umstände, ohne deren Vorhandensein die gesundheitliche Beeinträchtigung nicht oder nicht in gleicher Weise oder nicht zur gleichen Zeit eingetreten wäre. Daher ist nicht erforderlich, dass ein Unfall die alleinige oder unmittelbare Ursache gesundheitlicher Störungen ist, sondern reicht es aus, dass das versicherte Ereignis zusammen mit anderen Faktoren für die Schädigung verantwortlich ist. Mit anderen Worten ist der natürliche Kausalzusammenhang gegeben, sobald der Unfall nicht weggedacht werden kann, ohne dass auch die eingetretene gesundheitliche Störung entfiele (Conditio sine qua non; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen).
Ob zwischen einem schädigenden Ereignis und einer gesundheitlichen Störung ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht, ist eine Tatfrage, worüber die Verwaltung bzw. im Beschwerdefall das Gericht im Rahmen der ihm obliegenden Beweiswürdigung nach dem im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit zu befinden hat. Die blosse Möglichkeit eines Zusammenhangs genügt für die Begründung eines Leistungsanspruchs nicht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen).
3.2 Im Sozialversicherungsprozess tragen die Parteien in der Regel eine Beweislast nur insofern, als im Falle der Beweislosigkeit der Entscheid zuungunsten jener Partei ausfällt, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wollte. Diese Beweisregel greift allerdings erst Platz, wenn es sich als unmöglich erweist, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes aufgrund einer Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326, U 180/93 und Nr. U 189 S. 138, U 119/92).
3.3 Versicherungsleistungen werden gemäss <ref-law> auch für Rückfälle und Spätfolgen gewährt. Diesbezüglich kann der Unfallversicherer nicht auf der Anerkennung des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhanges beim Grundfall und bei früheren Rückfällen behaftet werden, weil die unfallkausalen Faktoren durch Zeitablauf wegfallen können. Es obliegt vielmehr dem Leistungsansprecher, das Vorliegen eines natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhanges zwischen dem als Rückfall oder Spätfolge geltend gemachten Beschwerdebild und dem Unfall nachzuweisen. Nur wenn die Unfallkausalität mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt ist, entsteht eine erneute Leistungspflicht des Unfallversicherers; dabei sind an den Wahrscheinlichkeitsbeweis umso strengere Anforderungen zu stellen, je grösser der zeitliche Abstand zwischen dem Unfall und dem Auftreten der gesundheitlichen Beeinträchtigung ist (SVR 2005 MV Nr. 1 S. 1, M 1/02 E. 1.2; RKUV 1997 Nr. U 275 S. 188, U 93/96 E. 1c am Ende; Urteil U 360/02 vom 9. Oktober 2003 E. 4.2).
3.4 Die SUVA hat die Arthrose im rechten Fuss des Versicherten, welche am 3. September 2003 zum Einsatz einer OSG Totalprothese führte, als Spätfolge des Unfalles vom 21. Februar 1956 anerkannt. Aus den dargelegten Grundsätzen folgt jedoch, dass die Beschwerdeführerin bezüglich der Malleolarfraktur nicht auf dieser Anerkennung behaftet werden kann. Die Beweislast für den natürlichen Kausalzusammenhang trägt demnach der Versicherte. Sollten die von der Vorinstanz angeordneten Abklärungen zu keinem Resultat führen und mithin ein Zustand der Beweislosigkeit eintreten, so besteht entgegen den Erwägungen im kantonalen Entscheid keine Leistungspflicht der Unfallversicherung. Die Beschwerde ist demnach im Sinne der Erwägungen gutzuheissen, soweit auf sie einzutreten ist.
4. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>). Da sich zwei Sozialversicherungsträger gegenüberstehen, gilt hierbei der ordentliche Rahmen nach <ref-law>, während <ref-law> keine Anwendung findet (Urteil 8C_241/2008 vom 25. März 2009 E. 9 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 1000.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 1000.- auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer