Sachverhalt:
A. Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts verurteilte X._ am 11. Dezember 2008 wegen Gehilfenschaft zur qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 12 Monaten.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, den Entscheid vom 11. Dezember 2008 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Bundesstrafgericht zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde erfolgt wegen angeblich bundesrechtswidriger Würdigung der Tatvorwürfe.
1.1 Der Beschwerdeführer beging sämtliche Taten vor Inkrafttreten des revidierten Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches am 1. Januar 2007. Die Vorinstanz geht zutreffend von der Anwendbarkeit des neuen als für den Beschwerdeführer milderen Rechts aus (<ref-law>; angefochtener Entscheid Ziff. II S. 6 f.).
1.1 Der Beschwerdeführer beging sämtliche Taten vor Inkrafttreten des revidierten Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches am 1. Januar 2007. Die Vorinstanz geht zutreffend von der Anwendbarkeit des neuen als für den Beschwerdeführer milderen Rechts aus (<ref-law>; angefochtener Entscheid Ziff. II S. 6 f.).
1.2 1.2.1 Nach Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3 und 4 BetmG macht sich strafbar, wer unbefugt Betäubungsmittel lagert, versendet, befördert, ein-, aus- oder durchführt bzw. unbefugt anbietet, verteilt, verkauft, vermittelt, verschafft, verordnet, in Verkehr bringt oder abgibt. Eine eigenständige Vorschrift, die von den allgemeinen Bestimmungen des Strafgesetzbuches abweicht, enthält das Betäubungsmittelgesetz in <ref-law>. Danach wird bestraft, wer zu einer Tat nach Art. 19 Ziff. 1 Abs. 1-5 BetmG Anstalten trifft. Damit wird zum einen der Versuch von Handlungen im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 1-5 BetmG als selbständige Straftat erfasst. Zum anderen erlaubt die Bestimmung die Bestrafung von gewissen qualifizierten Vorbereitungshandlungen, welche der Täter zwecks Begehung eines Delikts gemäss Art. 19 Ziff. 1 Abs. 1-5 BetmG ausführt, soweit dieses tatbestandsmässig nicht erfüllt ist (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.1). Anstalten treffen im Sinne von <ref-law> kann nur, wer nach seinem Plan eine Straftat gemäss Art. 19 Ziff. 1 Abs. 1-5 BetmG selber als Täter oder zusammen mit anderen Personen als Mittäter verüben will. Wer diesen Plan nicht hegt, trifft keine Anstalten zu einer Tat, da er diese weder versucht noch vorbereitet. Er ist allenfalls Gehilfe (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.2.2).
1.2.2 Gehilfe im Sinne von <ref-law> ist, wer zu einem Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich Hilfe leistet. Als Hilfeleistung gilt jeder kausale Beitrag, der die Tat fördert, so dass sich diese ohne Mitwirkung des Gehilfen anders abgespielt hätte. Der Gehilfe fördert eine Tat, wenn er sie durch einen untergeordneten Tatbeitrag unterstützt bzw. wenn er die Ausführung der Haupttat durch irgendwelche Vorkehren oder durch psychische Hilfe erleichtert (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen). Die allgemeinen Bestimmungen des Strafgesetzbuches finden auch im Betäubungsmittelstrafrecht Anwendung, soweit das Betäubungsmittelgesetz nicht selbst Bestimmungen aufstellt (<ref-law>). <ref-law> umschreibt nahezu alle Unterstützungshandlungen als selbständige Handlungen. Unterstützende Tatbeiträge sind daher nicht über die Regeln der Mittäterschaft, Anstiftung oder Gehilfenschaft in die eigentliche Tat einzubeziehen. Gehilfenschaft im Sinne von <ref-law> liegt jedoch vor, wenn die objektive Mitwirkung an der Tat eines anderen sich auf einen untergeordneten, vom Gesetz nicht als selbständiges Delikt erfassten Beitrag beschränkt (<ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen). Nicht strafbar ist die versuchte Gehilfenschaft (BGE <ref-ruling> E. 2.4).
1.2.2 Gehilfe im Sinne von <ref-law> ist, wer zu einem Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich Hilfe leistet. Als Hilfeleistung gilt jeder kausale Beitrag, der die Tat fördert, so dass sich diese ohne Mitwirkung des Gehilfen anders abgespielt hätte. Der Gehilfe fördert eine Tat, wenn er sie durch einen untergeordneten Tatbeitrag unterstützt bzw. wenn er die Ausführung der Haupttat durch irgendwelche Vorkehren oder durch psychische Hilfe erleichtert (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen). Die allgemeinen Bestimmungen des Strafgesetzbuches finden auch im Betäubungsmittelstrafrecht Anwendung, soweit das Betäubungsmittelgesetz nicht selbst Bestimmungen aufstellt (<ref-law>). <ref-law> umschreibt nahezu alle Unterstützungshandlungen als selbständige Handlungen. Unterstützende Tatbeiträge sind daher nicht über die Regeln der Mittäterschaft, Anstiftung oder Gehilfenschaft in die eigentliche Tat einzubeziehen. Gehilfenschaft im Sinne von <ref-law> liegt jedoch vor, wenn die objektive Mitwirkung an der Tat eines anderen sich auf einen untergeordneten, vom Gesetz nicht als selbständiges Delikt erfassten Beitrag beschränkt (<ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen). Nicht strafbar ist die versuchte Gehilfenschaft (BGE <ref-ruling> E. 2.4).
1.3 1.3.1 Am 29. April 2004 entdeckten deutsche Zollbeamte an der deutsch-österreichischen Grenze bei der Kontrolle eines mazedonischen Sattelmotorfahrzeugs unter der legalen, für einen Abnehmer in Deutschland bestimmten Fracht rund 43 kg Heroingemisch. Der Fahrzeuglenker F._, der nach seinen Angaben über die illegale Ladung nicht im Bilde war, wurde nach der Sicherstellung der Betäubungsmittel in Koordination zwischen deutschen und schweizerischen Polizeistellen angewiesen, den Lastwagen nach Entladung der legalen Fracht wie ursprünglich vorgesehen, in die Schweiz zu führen. Am Abend des 30. April 2004 fuhr der Chauffeur bei Basel in die Schweiz ein und lenkte den Lastwagen, unter polizeilicher Beobachtung und gemäss telefonischer Anweisung seiner Auftraggeber, auf den Parkplatz der Autobahnraststätte Pratteln-Süd. Die Kontaktaufnahme mit den Organisatoren des Drogentransports scheiterte, da diese Verdacht schöpften. Die Ermittlungen ergaben, dass F._ im Auftrag von G._ und H._ handelte. Besteller eines Teils der Droge war I._. Dieser hätte die Droge zusammen mit H._ und dessen Bruder J._ am Abend des 30. April 2004 in der Schweiz in Empfang nehmen sollen. In den Drogentransport involviert war auch K._, der Bruder des Beschwerdeführers. Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts sprach I._, H._, J._ und G._ am 5. April 2007 und K._ am 26. September 2007 im Zusammenhang mit dem versuchten Import der rund 43 kg Heroingemisch der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig.
1.3.2 In Bezug auf den Beschwerdeführer führt die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid aus, dessen Tatbeiträge würden nicht den Grad eines mittäterschaftlichen Handelns erreichen. Sein Beitrag erschöpfe sich in einer Unterstützung zur versuchten Besitznahme bzw. zum versuchten Erlangen der Droge. Objektiv habe der Beschwerdeführer den Tatbestand der Gehilfenschaft zum Anstaltentreffen erfüllt, indem er J._ und H._ in der Nacht auf den 30. April 2004 in seiner Wohnung übernachten liess. Er habe sich zudem bereit erklärt, ihnen die Wohnung auch für die kommende Nacht der geplanten Drogenlieferung wieder zur Verfügung zu stellen und die zwei Mädchen, welche sich zu diesem Zeitpunkt in der Wohnung befanden, später wegzubringen. Am Abend des 30. April 2004 habe er I._ nach dem Nachtessen auf den Zeitpunkt der erwarteten Drogenlieferung hin nach Möhlin zum Treffpunkt im Restaurant "R._" eskortiert. Dies sei ähnlich dem "Schmiere stehen" als Hilfeleistung zu werten. Durch seine Anwesenheit im Restaurant "R._" habe er I._ bei der Tat bestärkt, was eine psychische Hilfeleistung darstelle. Als H._ ihnen gegen 22 Uhr mitgeteilt habe, dass die Empfangnahme der Drogenlieferung gescheitert sei, habe der Beschwerdeführer diesen in Begleitung von J._ in Kaiseraugst abgeholt und die Brüder in seine Wohnung gebracht. Das Verstecken von J._ und H._ in seiner Wohnung falle zeitlich in die Phase nach der versuchten Empfangnahme der Drogen und sei daher nicht tatbestandsmässig, da die Handlung lediglich darauf abgezielt habe, nicht von der Polizei ergriffen zu werden (angefochtener Entscheid S. 18 f.). Zwischen sämtlichen Beteiligten bestünden enge verwandtschaftliche Beziehungen. Der Beschwerdeführer sei regelmässig in Kontakt mit I._ und weiteren Mitangeklagten gestanden, wobei im Telefon- und SMS-Verkehr teilweise verschlüsselt kommuniziert worden sei. Der Beschwerdeführer habe gewusst, dass eine grosse Drogenlieferung unmittelbar bevorstand und Kenntnis vom Eintreffen einer Person aus dem Ausland mit dem Decknamen "Tourist" gehabt (angefochtener Entscheid S. 19), weshalb in subjektiver Hinsicht von Vorsatz auszugehen sei. Er habe sich somit der Gehilfenschaft zum Anstaltentreffen zum unbefugten Erlangen der rund 43 kg Heroingemisch im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 19 Ziff. 1 Abs. 5 und 6 BetmG schuldig gemacht.
1.3.2 In Bezug auf den Beschwerdeführer führt die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid aus, dessen Tatbeiträge würden nicht den Grad eines mittäterschaftlichen Handelns erreichen. Sein Beitrag erschöpfe sich in einer Unterstützung zur versuchten Besitznahme bzw. zum versuchten Erlangen der Droge. Objektiv habe der Beschwerdeführer den Tatbestand der Gehilfenschaft zum Anstaltentreffen erfüllt, indem er J._ und H._ in der Nacht auf den 30. April 2004 in seiner Wohnung übernachten liess. Er habe sich zudem bereit erklärt, ihnen die Wohnung auch für die kommende Nacht der geplanten Drogenlieferung wieder zur Verfügung zu stellen und die zwei Mädchen, welche sich zu diesem Zeitpunkt in der Wohnung befanden, später wegzubringen. Am Abend des 30. April 2004 habe er I._ nach dem Nachtessen auf den Zeitpunkt der erwarteten Drogenlieferung hin nach Möhlin zum Treffpunkt im Restaurant "R._" eskortiert. Dies sei ähnlich dem "Schmiere stehen" als Hilfeleistung zu werten. Durch seine Anwesenheit im Restaurant "R._" habe er I._ bei der Tat bestärkt, was eine psychische Hilfeleistung darstelle. Als H._ ihnen gegen 22 Uhr mitgeteilt habe, dass die Empfangnahme der Drogenlieferung gescheitert sei, habe der Beschwerdeführer diesen in Begleitung von J._ in Kaiseraugst abgeholt und die Brüder in seine Wohnung gebracht. Das Verstecken von J._ und H._ in seiner Wohnung falle zeitlich in die Phase nach der versuchten Empfangnahme der Drogen und sei daher nicht tatbestandsmässig, da die Handlung lediglich darauf abgezielt habe, nicht von der Polizei ergriffen zu werden (angefochtener Entscheid S. 18 f.). Zwischen sämtlichen Beteiligten bestünden enge verwandtschaftliche Beziehungen. Der Beschwerdeführer sei regelmässig in Kontakt mit I._ und weiteren Mitangeklagten gestanden, wobei im Telefon- und SMS-Verkehr teilweise verschlüsselt kommuniziert worden sei. Der Beschwerdeführer habe gewusst, dass eine grosse Drogenlieferung unmittelbar bevorstand und Kenntnis vom Eintreffen einer Person aus dem Ausland mit dem Decknamen "Tourist" gehabt (angefochtener Entscheid S. 19), weshalb in subjektiver Hinsicht von Vorsatz auszugehen sei. Er habe sich somit der Gehilfenschaft zum Anstaltentreffen zum unbefugten Erlangen der rund 43 kg Heroingemisch im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 19 Ziff. 1 Abs. 5 und 6 BetmG schuldig gemacht.
1.4 1.4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei am 30. April 2004 gegen Mittag aus dem Spital entlassen worden. Er habe erst im Nachhinein erfahren, dass I._ während seines Spitalaufenthalts zwei ihm bis anhin unbekannte Personen (H._ und J._) in seiner Wohnung übernachten liess. Es fehle daher am Vorsatz (Beschwerde Ziff. 1 S. 3 f.).
1.4.2 Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft so genannte innere Tatsachen (<ref-ruling> E. 2.3.2; <ref-ruling> E. 3c S. 252, mit Hinweisen), welche vor Bundesgericht nur gerügt werden können, wenn sie offensichtlich unrichtig und damit willkürlich sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers geht die Vorinstanz davon aus, dieser habe gewusst, dass I._ während seiner Abwesenheit mit weiteren Personen, welche ebenfalls in den Drogenimport involviert waren, am Vortag der geplanten Lieferung in seiner Wohnung übernachten werde. Inwiefern die Vorinstanz damit in Willkür verfiel, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Dass ihm nicht bekannt war, wer genau in seiner Wohnung übernachtete, und er H._ und J._ zuvor nicht kannte, tut nichts zur Sache. Entscheidend ist, dass er wissentlich und willentlich I._ seine Wohnung zur Verfügung stellte, damit dieser auf die geplante Drogeneinfuhr hin mit den Personen, welche ihm beim Empfang der Droge behilflich sein sollten, dort übernachten konnte.
1.4.2 Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft so genannte innere Tatsachen (<ref-ruling> E. 2.3.2; <ref-ruling> E. 3c S. 252, mit Hinweisen), welche vor Bundesgericht nur gerügt werden können, wenn sie offensichtlich unrichtig und damit willkürlich sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers geht die Vorinstanz davon aus, dieser habe gewusst, dass I._ während seiner Abwesenheit mit weiteren Personen, welche ebenfalls in den Drogenimport involviert waren, am Vortag der geplanten Lieferung in seiner Wohnung übernachten werde. Inwiefern die Vorinstanz damit in Willkür verfiel, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Dass ihm nicht bekannt war, wer genau in seiner Wohnung übernachtete, und er H._ und J._ zuvor nicht kannte, tut nichts zur Sache. Entscheidend ist, dass er wissentlich und willentlich I._ seine Wohnung zur Verfügung stellte, damit dieser auf die geplante Drogeneinfuhr hin mit den Personen, welche ihm beim Empfang der Droge behilflich sein sollten, dort übernachten konnte.
1.5 1.5.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, er habe die zwei Mädchen erst aus seiner Wohnung gebracht, als bereits klar war, dass der Drogentransport gescheitert war. Diesbezüglich liege daher keine Gehilfenschaft vor. Eine vorherige versuchte Gehilfenschaft zum Anstaltentreffen sei straflos (Beschwerde Ziff. 2a S. 4 f.).
1.5.2 Die Vorinstanz geht zutreffend davon aus, dass das Verstecken von H._ und J._ in seiner Wohnung am Abend des 30. April 2004 nicht tatbestandsmässig im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> ist. Hingegen hielt sie die zuvor gegenüber I._ geäusserte Bereitschaft, ihnen die Wohnung an jenem Abend wieder zur Verfügung zu stellen und die zwei Mädchen von dort wegzubringen, als strafbar. Die Bereitschaft bzw. Zusicherung etwas zu tun, stellt eine Bekundung des Tatentschlusses für eine künftige Tat dar. Kommt es in der Folge nicht zur Hilfeleistung, bleibt es an sich höchstens bei einer versuchten Gehilfenschaft, welche gemäss <ref-law> nicht strafbar ist (BGE <ref-ruling> E. 2.4). Die Zusicherung einer Hilfeleistung kann jedoch als psychische Gehilfenschaft strafbar sein.
1.5.3 Psychische Hilfe leistet, wer den Täter in irgendeiner Form zur Tat ermutigt, seine Tatentschlossenheit stützt oder bestärkt, dadurch etwa, dass er Hilfe zusagt, letzte Zweifel und Hemmungen des Täters beseitigt oder ihn davon abhält, den gefassten Entschluss wieder aufzugeben (BGE 79 IV 145 S. 147; 70 IV 12 E. 3; Urteil des Bundesgerichts 6P.40/2005 vom 1. September 2005 E. 2.1). Den Tatentschluss bestärken kann auch die blosse Zusicherung von Hilfe nach der Tat, z.B. Fluchthilfe oder anderer Begünstigung nach erfolgter Tat (Marc Forster, Basler Kommentar, 2. Aufl. 2007, N. 24 zur <ref-law>; Bernhard Sträuli, Commentaire romand, Code pénal I, 2009, N. 15 zu <ref-law>; Hans Schultz, Einführung in den allgemeinen Teil des Strafrechts, Bd. I, 4. Aufl. 1982, S. 296; Trechsel/Noll, Allgemeine Voraussetzungen der Strafbarkeit, 6. Aufl. 2004, S. 220). Vorliegend ergibt sich aus den von der Vorinstanz wiedergegebenen Telefonüberwachungsprotokollen, dass die Verfügbarkeit der Wohnung aus der Sicht von I._ für das Gelingen seines Vorhabens wichtig war. Die Wohnung sollte H._ und J._ auch für den Fall des Scheiterns der Drogenübergabe als Versteck zur Verfügung stehen. Der Beschwerdeführer erleichterte durch die Zusicherung seiner Unterstützung die Vorbereitung der Drogeneinfuhr. Unter diesen Umständen ist die Annahme der Vorinstanz, schon die Bereitschaft des Beschwerdeführers, seine Wohnung zur Verfügung zu stellen, sei als Gehilfenschaft strafbar, nicht bundesrechtswidrig.
1.5.3 Psychische Hilfe leistet, wer den Täter in irgendeiner Form zur Tat ermutigt, seine Tatentschlossenheit stützt oder bestärkt, dadurch etwa, dass er Hilfe zusagt, letzte Zweifel und Hemmungen des Täters beseitigt oder ihn davon abhält, den gefassten Entschluss wieder aufzugeben (BGE 79 IV 145 S. 147; 70 IV 12 E. 3; Urteil des Bundesgerichts 6P.40/2005 vom 1. September 2005 E. 2.1). Den Tatentschluss bestärken kann auch die blosse Zusicherung von Hilfe nach der Tat, z.B. Fluchthilfe oder anderer Begünstigung nach erfolgter Tat (Marc Forster, Basler Kommentar, 2. Aufl. 2007, N. 24 zur <ref-law>; Bernhard Sträuli, Commentaire romand, Code pénal I, 2009, N. 15 zu <ref-law>; Hans Schultz, Einführung in den allgemeinen Teil des Strafrechts, Bd. I, 4. Aufl. 1982, S. 296; Trechsel/Noll, Allgemeine Voraussetzungen der Strafbarkeit, 6. Aufl. 2004, S. 220). Vorliegend ergibt sich aus den von der Vorinstanz wiedergegebenen Telefonüberwachungsprotokollen, dass die Verfügbarkeit der Wohnung aus der Sicht von I._ für das Gelingen seines Vorhabens wichtig war. Die Wohnung sollte H._ und J._ auch für den Fall des Scheiterns der Drogenübergabe als Versteck zur Verfügung stehen. Der Beschwerdeführer erleichterte durch die Zusicherung seiner Unterstützung die Vorbereitung der Drogeneinfuhr. Unter diesen Umständen ist die Annahme der Vorinstanz, schon die Bereitschaft des Beschwerdeführers, seine Wohnung zur Verfügung zu stellen, sei als Gehilfenschaft strafbar, nicht bundesrechtswidrig.
1.6 1.6.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, die Fahrt zum Restaurant "R._" könne weder als Versuch noch als qualifizierte Vorbereitungshandlung bewertet werden, da kein genügender Konnex zur Haupttat gegeben sei. Im "R._" sei lediglich gewartet, gegessen und getrunken worden. Es sei nicht darum gegangen, die Betäubungsmittel dort in Empfang zu nehmen. Die Teilnahme an einfachen Vorbereitungshandlungen sei straflos. Auch die psychische Gehilfenschaft setze eine kausale Förderung der Haupttat voraus. Blosse passive Anwesenheit genüge nicht (Beschwerde Ziff. 2 S. 5 f.).
1.6.2 Nach Auffassung der Vorinstanz bestand sehr wohl ein Konnex zwischen der Fahrt zum Restaurant "R._" und der Drogenlieferung, da es zu diesem Zeitpunkt darum ging, die rund 43 kg Heroingemisch vom Lastwagen wegzutransportieren und der Beschwerdeführer sowie die weiteren Beteiligten nicht zum Nachtessen nach Möhlin fuhren. Die Vorbereitungen im Zusammenhang mit dem beabsichtigten Wegtransport sind als Anstaltentreffen zur Besitznahme und Beförderung der rund 43 kg Heroingemisch zu qualifizieren. Der Beschwerdeführer begleitete I._ offensichtlich nach Möhlin, um ihn dabei zu unterstützen. Nicht unhaltbar ist die vorinstanzliche Feststellung, der Beschwerdeführer habe bestärkend auf I._ eingewirkt. Durch seine Anwesenheit machte er sich daher auch der psychischen Gehilfenschaft strafbar (vgl. E. 1.5.3).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Anklageprinzips gemäss Art. 169 Abs. 1 BStP. Der Vorwurf des Freihaltens der Wohnung am Abend der geplanten Drogeneinfuhr werde in der Anklageschrift nicht erwähnt. Auch die Fahrt zum Restaurant "R._" und das angebliche Ausschauhalten nach Verfolgern werde nicht beschrieben (Beschwerde Ziff. 2a S. 4 und Ziff. 1 S. 5)
2.1 Gemäss Art. 169 Abs. 1 BStP hat das Gericht nur die Taten zu beurteilen, auf die sich die Anklage bezieht. Es berücksichtigt die während des Vorverfahrens und in der Hauptverhandlung gemachten Feststellungen (Art. 169 Abs. 2 BStP). Die Anklageschrift hat das strafbare Verhalten, dessen der Angeklagte beschuldigt wird, nach seinen tatsächlichen und gesetzlichen Merkmalen zu bezeichnen (Art. 126 Abs. 1 Ziff. 2 BStP). Sie hat die dem Angeklagten zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzis zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind (<ref-ruling> E. 6.3; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b, je mit Hinweisen).
2.2 Die Anklage wirft dem Beschwerdeführer mittäterschaftliches Handeln beim Befördern/Befördern lassen sowie Anstaltentreffen zur Einfuhr der rund 43 kg Heroingemisch vor. Sie führt in der Anklageschrift u.a. aus, I._, H._ und J._ hätten auf den 30. April 2004 in der Wohnung des Beschwerdeführers übernachtet. Am Abend des 30. April 2004 hätten sich H._ und K._ zum Parkplatz bei Pratteln/Kaiseraugst begeben, um die im Lastwagen transportierten Drogen in Empfang zu nehmen. In der Folge habe K._ an I._ und H._ an J._ die Meldung erteilt, mit der Drogenlieferung sei alles in Ordnung. K._ sei anschliessend zurück nach Möhlin gefahren, um sich im Restaurant "R._" mit I._ und dem Beschwerdeführer zu treffen, während sich H._ mit F._ traf. K._ habe sich bei seiner Ehefrau und L._ nach Koffern erkundigt, da er nach einer Transportmöglichkeit gesucht habe, die illegalen Betäubungsmittel vom Lastwagen fortzubringen. In der Zwischenzeit habe H._ anlässlich des Treffens mit F._ bemerkt, dass dieser unter Polizeibegleitung war und dies J._ mitgeteilt. Daraufhin habe der Beschwerdeführer J._ und H._ zu seiner Wohnung in Rheinfelden chauffiert (Anklageschrift S. 33 f.).
2.3 Dem Beschwerdeführer wird somit vorgeworfen, an der geplanten Drogeneinfuhr beteiligt gewesen zu sein. Er begab sich laut der Anklageschrift mit I._ zum Treffpunkt in Möhlin. Sein Tatbeitrag ergibt sich aus seiner Anwesenheit im Restaurant "R._". Daraus lässt sich implizit ableiten, dass er beschuldigt wird, bei der Einfuhr der Drogen, als es darum ging, diese vom Lastwagen fortzubringen, unterstützend mitgewirkt zu haben. Die Anklageschrift ist in diesem Punkt genügend präzise. Nicht verlangt werden kann, dass sie sich im Detail zu jeder einzelnen Tathandlung eines jeden Beteiligten äussert. Mit dem Anklageprinzip vereinbar ist es daher, wenn vorliegend die dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Unterstützungshandlungen anhand der Akten, insbesondere der Telefonüberwachungsprotokolle, konkretisiert werden. Eine Verletzung des Anklageprinzips liegt nicht vor.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld