Sachverhalt:
A. Die Z._ AG als Bestellerin schloss am 22. März 2010 mit der X._ AG und mit der Y._ AG, welche als einfache Gesellschaft "V._" auftraten, einen Werkvertrag, welcher namentlich folgende Klausel enthielt: "Gerichtsstand ist das Bezirksgericht Zürich". Die beiden Unternehmerinnen verpflichteten sich im Vertrag, für die Bestellerin in U._ Arbeiten auf einem Grundstück auszuführen, das im Miteigentum von A._, der Pensionskasse Q._, der Pensionskasse R._, der Pensionskasse S._ und der Personalvorsorgestiftung T._ stand.
Infolge Divergenzen mit der Bestellerin über die Leistung von Akontozahlungen an den Werklohn erwirkten die Unternehmerinnen die provisorische Eintragung von Bauhandwerkerpfandrechten auf den Grundstücksanteilen der fünf Miteigentümer. Es wurde den Unternehmerinnen Frist gesetzt, um Klage auf Feststellung der Forderung als Pfandsumme und definitive Eintragung der Pfandrechte zu erheben.
B. Am 26. Mai 2011 reichten die Unternehmerinnen beim Bezirksgericht Zürich Klage gegen die Bestellerin und die fünf Drittpfandeigentümer ein; sie schlossen dahin, es sei die Bestellerin zu verurteilen, ihnen Fr. 560'000.-- plus Verzugszins zu bezahlen, und es seien die fünf provisorischen Bauhandwerkerpfandrechte definitiv einzutragen. Eine Klageantwort wurde nicht eingeholt. Mit Urteil und Beschluss vom 22. August 2011 lehnte es das Bezirksgericht ab, auf die Forderungsklage gegen die Bestellerin sowie auf die Klage auf definitive Eintragung gegen die vier Pensionskassen einzutreten. Es setzte den Unternehmerinnen sodann Frist, um mitzuteilen, ob sie an der Klage gegen den fünften Drittpfandeigentümer A._ festhielten oder diese zurückzögen, und stellte ansonsten eine Sistierung in Aussicht bis zur definitiven Erledigung der Hauptklage und der andern Prosequierungsklagen durch das Handelsgericht; die Klage gegen A._ wurde in der Folge zurückgezogen.
Das Bezirksgericht hielt fest, die sachliche Zuständigkeit liege ausserhalb der Dispositionsfreiheit der Parteien; für die Prorogation eines sachlich unzuständigen Gerichts bleibe nach der neuen eidgenössischen ZPO kein Raum. Für die Forderungsklage gegen die Bestellerin sei nach dem neuen Recht ausschliesslich das Handelsgericht zuständig; der unter dem alten Recht geschlossenen anderslautenden Prorogationsklausel komme keine Rechtswirkung mehr zu. Sodann seien die vier beklagten Pensionskassen institutionelle Anleger, weshalb die Klage auf Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts gegen sie ebenfalls zwingend in die Zuständigkeit des Handelsgerichts falle.
C. Am 30. August 2011 reichten die Unternehmerinnen beim Handelsgericht Klage ein gegen die Bestellerin auf Bezahlung von Fr. 560'000.-- plus Verzugszins und gegen die fünf Drittpfandeigentümer auf definitive Eintragung der Bauhandwerkerpfandrechte für Pfandsummen zwischen Fr. 67'200.-- und Fr. 201'600.--. Die sechs Beklagten äusserten die Auffassung, das Bezirksgericht sei zuständig. Mit Beschluss vom 11. Dezember 2011 lehnte es das Handelsgericht unter Kosten- und Entschädigungsfolge ab, auf die Klage einzutreten.
Das Handelsgericht ging zunächst davon aus, dass die im Werkvertrag vereinbarte Gerichtsstandsklausel weiterhin gültig und das Handelsgericht folglich für die Forderungsklage gegen die Bestellerin sachlich nicht zuständig ist. Es folgerte, dass an sich das Bezirksgericht für die Klage gegen die Bestellerin sowie gegen die Drittpfandeigentümer A._ und Pensionskasse S._ (mangels Eintrags im Handelsregister) zuständig wäre und es selber für die Klage gegen die drei andern (im Handelsregister eingetragenen) Drittpfandeigentümer. Doch dränge es sich auf, für (einfache und notwendige) Streitgenossen von einer einheitlichen sachlichen Zuständigkeit auszugehen. Deshalb müsse die sachliche Zuständigkeit bei passiver einfacher (und wohl auch notwendiger) Streitgenossenschaft beim ordentlichen Bezirksgericht liegen, sobald für mindestens einen passiven Streitgenossen die sachliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts, nicht aber jene des Handelsgerichts gegeben ist.
D. Die beiden Unternehmerinnen (nachfolgend: Beschwerdeführerinnen) reichten Beschwerde in Zivilsachen ein. Sie schliessen hauptsächlich dahin, es sei der Beschluss vom 11. Dezember 2011 vollständig aufzuheben und das Handelsgericht für die Durchführung des Prozesses gegen die Bestellerin und gegen alle fünf Drittpfandeigentümer zuständig zu erklären; subsidiär schliessen sie dahin, es sei der Beschluss soweit aufzuheben, als ihnen Kosten und Parteientschädigungen auferlegt werden. Sodann ersuchen sie um die Anweisung an das Grundbuchamt, die vorläufig eingetragenen Bauhandwerkerpfandrechte bis zum rechtskräftigen Entscheid des zuständigen kantonalen Gerichts nicht zu löschen.
Die Bestellerin und die fünf Drittpfandeigentümer (nachfolgend: Beschwerdegegner) haben eine gemeinsame Vernehmlassung eingereicht. Sie schliessen hauptsächlich auf Abweisung der Beschwerde; eventualiter beantragen sie, es sei ausdrücklich das Bezirksgericht Zürich zuständig zu erklären. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit bei ihm eingereichter Beschwerden von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
1.1 Die Beschwerde in Zivilsachen steht grundsätzlich nur gegen Entscheide offen, die von einem oberen kantonalen Gericht auf Rechtsmittel hin in zweiter Instanz gefällt werden (Grundsatz der "double instance cantonale"). Dieses Erfordernis der doppelten kantonalen Instanz gilt aber nicht ausnahmslos; so steht es den Kantonen namentlich offen, Fachgerichte für handelsrechtliche Streitigkeiten, sogenannte Handelsgerichte, als einzige kantonale Instanz einzusetzen (Art. 75 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b BGG; <ref-law>).
Was eine handelsrechtliche Streitigkeit in diesem Sinn ist, bestimmt allein das Bundesrecht. Eine Streitigkeit gilt als handelsrechtlich, wenn die geschäftliche Tätigkeit mindestens einer Partei betroffen ist - womit die charakteristische Leistung im Rahmen der geschäftlichen Tätigkeit der Partei gemeint ist (ALEXANDER BRUNNER, in: Brunner und andere [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, 2011, N. 20 zu <ref-law>) - , gegen den Entscheid die Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht offensteht und die Parteien im schweizerischen Handelsregister oder in einem vergleichbaren ausländischen Register eingetragen sind (<ref-law>).
Ist nur die beklagte Partei im schweizerischen Handelsregister oder in einem vergleichbaren ausländischen Register eingetragen, sind aber die übrigen Voraussetzungen erfüllt, hat die (im Handelsregister nicht eingetragene) klagende Partei die Wahl zwischen dem Handelsgericht oder dem ordentlichen Gericht (<ref-law>). Die Kantone können das Handelsgericht überdies zuständig erklären für Streitigkeiten, für die das Bundesrecht eine einzige kantonale Instanz vorschreibt (Art. 6 Abs. 4 lit. a i.V.m. <ref-law>), sowie für Streitigkeiten aus dem Recht der Handelsgesellschaften und Genossenschaften (<ref-law>).
Der Kanton Zürich hat von der Möglichkeit, in diesem Rahmen ein Handelsgericht zu schaffen, Gebrauch gemacht. Er hat es zuständig erklärt sowohl für handelsrechtliche Streitigkeiten (im Sinn von Art. 6 Abs. 2 und 3 ZPO) als auch für Streitigkeiten aus dem Recht der Handelsgesellschaften und Genossenschaften (im Sinn von <ref-law>), sofern deren Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (§ 44 lit. b GOG/ZH, Zürcher Gesetz vom 10. Mai 2010 über die Gerichts- und Behördenorganisation im Zivil- und Strafprozess, LS 211.1), ferner - mit Ausnahme der Klagen gegen den Bund (<ref-law>) - für Streitigkeiten, für die das Bundesrecht eine einzige kantonale Instanz vorschreibt (Art. 5 Abs. 1 lit. a - e und h ZPO; § 44 lit. a GOG/ZH; vgl. auch <ref-law> i.V.m. § 45 lit. a GOG/ZH). Es ist somit ein Handelsgericht im Sinn des Bundesrechts (<ref-law>, <ref-law>), dessen Entscheide direkt an das Bundesgericht weitergezogen werden können.
1.2 Der angefochtene Beschluss beendet das Verfahren vor dem Handelsgericht; der Streitwert liegt bei Fr. 560'000.--. Die formellen Voraussetzungen an eine Beschwerde sind erfüllt. Auf vorliegende Beschwerde in Zivilsachen ist damit grundsätzlich einzutreten.
1.3 Die Beschwerdeführerinnen ersuchen um Anweisung an das Grundbuchamt, die vorläufig eingetragenen Pfandrechte bis zum rechtskräftigen Entscheid des zuständigen kantonalen Gerichts nicht zu löschen. Darin ist ein Gesuch um aufschiebende Wirkung für die vorliegende Beschwerde zu sehen. Da bei Ablauf der Klagefrist der Verlust des Pfandrechts droht, ist dem Gesuch stattzugeben.
2. Die Beschwerdeführerinnen haben mehrere Klagen gegen verschiedene Beklagte gehäuft. Einerseits verlangen sie Werklohn von der Bestellerin (werkvertraglicher Anspruch), andererseits ersuchen sie um die Eintragung von Bauhandwerkerpfandrechten gegen die Miteigentümer des Grundstücks, auf welchem sie die bestellten Arbeiten geleistet haben (sachenrechtlicher Anspruch). Diese Klagen müssen von Gesetzes wegen nicht verbunden werden: so kann der Gläubiger gegen den Drittpfandeigentümer auf definitive Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts klagen, ohne gleichzeitig den Schuldner auf Bezahlung des Werklohns einzuklagen (<ref-ruling> E. 3 S. 469 ff.).
Es ist im Folgenden zu prüfen, welche kantonale Instanz zur Beurteilung der einzelnen Klagebegehren je zuständig wäre und, falls es nicht dieselbe Instanz ist, ob eine Klagenhäufung möglich ist und gegebenenfalls mit welchen Folgen hinsichtlich der Zuständigkeit.
3. Die Beschwerdeführerinnen verlangen von der Bestellerin Fr. 560'000.-- Werklohn aus dem am 22. März 2010 geschlossenen Werkvertrag.
3.1 Die Beschwerdeführerinnen und die Bestellerin sind im Handelsregister eingetragen und im Baugewerbe tätig. Die Streitigkeit um die eingeklagte Forderung aus Werkvertrag ist damit offensichtlich handelsrechtlicher Natur; das ist im Übrigen unbestritten. Ein solches Klagebegehren fällt in die Zuständigkeit des Handelsgerichts (<ref-law>).
Die sachliche Zuständigkeit der Gerichte (vgl. <ref-law>) ist der Disposition der Parteien entzogen (vgl. FABIENNE HOHL, Procédure civile, Bd. II, 2. Aufl. 2010, Rz. 130; CHRISTOPH LEUENBERGER/BEATRICE UFFER-TOBLER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, Rz. 2.129). Diese können nicht vereinbaren, einen Streit einem andern als dem vom Gesetz bezeichneten staatlichen Gericht zu unterbreiten, es sei denn, das Gesetz sehe eine Wahlmöglichkeit vor, was für den vorliegenden Fall, in dem alle Parteien im Handelsregister eingetragen sind, nicht zutrifft (vgl. <ref-law>). Zwar können die Parteien gemäss <ref-law> Gerichtsstandsvereinbarungen schliessen (élection de for, proroga di foro); diese Bestimmung steht unter dem Titel "Örtliche Zuständigkeit" (<ref-law>) und wurde wörtlich von Art. 9 Abs. 1 aGestG (Bundesgesetz vom 24. März 2000 über den Gerichtsstand in Zivilsachen, AS 2000 2355) übernommen (Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, BBl 2006 7264 Ziff. 5.2.2 zu Art. 16 E-ZPO), welcher sich nur auf die örtliche Zuständigkeit bezog (vgl. Art. 1 Abs. 1 aGestG); Vereinbarungen über die sachliche Zuständigkeit der Gerichte lassen sich nicht darauf stützen (vgl. ULRICH HAAS/MICHAEL SCHLUMPF, in: Oberhammer [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2010, N. 1 zu Art. 4 und N. 2 zu <ref-law>; DOMINIK VOCK, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 5 zu <ref-law>; RAINER WEY, in: Sutter-Somm und andere [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 7 zu <ref-law>; THEODOR HÄRTSCH, in: Stämpflis Handkommentar ZPO, 2010, N. 8 zu <ref-law> und N. 26 zu <ref-law>; DANIEL FÜLLEMANN, in: Brunner und andere [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, 2011, N. 8 zu <ref-law>; JACQUES HALDY, in: Bohnet und andere [Hrsg.], Code de procédure civile commenté, 2011, N. 2 zu <ref-law>).
3.2 Die Beschwerdeführerinnen und die Bestellerin haben im Werkvertrag vom 22. Mai 2010 vereinbart, Gerichtsstand sei das Bezirksgericht Zürich. Das Handelsgericht ist - wie auch das Bezirksgericht - der Auffassung, unter der Geltung des bei Vertragsabschluss noch anwendbaren kantonalen Prozessrechts sei es zulässig gewesen, die grundsätzlich gegebene Kompetenz des damaligen Handelsgerichts wegzubedingen; es hat demzufolge festgehalten, die Vertragsparteien hätten bei Vertragsabschluss rechtsgültig die sachliche Kompetenz des Bezirksgerichts begründet. Diesen auf kantonalem Recht fussenden Schluss stellen die Beschwerdeführerinnen nicht in Frage; sie erheben in diesem Zusammenhang insbesondere keine Rüge einer Verletzung des verfassungsmässigen Willkürverbots. Die Frage ist damit der Überprüfung durch das Bundesgericht entzogen (Art. 95 und 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.3 und 4.4.1).
3.3 Das Handelsgericht ist der Auffassung, die unter dem altem Recht vereinbarte Wegbedingung seiner Kompetenz sei nach Inkrafttreten der Schweizerischen Zivilprozessordnung weiterhin gültig. Es beruft sich auf <ref-law>, wonach sich die Gültigkeit einer Gerichtsstandsvereinbarung nach dem Recht bestimmt, das zur Zeit ihres Abschlusses gegolten hat; es bezieht diese Regel nicht nur auf Vereinbarungen über die örtliche, sondern auch auf solche über die sachliche Zuständigkeit. Das Bezirksgericht war in Anlehnung an einen Entscheid des Zürcher Obergerichts anderer Auffassung. Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Verletzung von <ref-law>; nach ihrem Dafürhalten bezieht sich diese Bestimmung ausschliesslich auf die örtliche Zuständigkeit.
<ref-law> hat nach dem klaren Willen des Gesetzgebers die zuvor geltende Regelung des Art. 39 aGestG übernommen (BBl 2006 7407 Ziff. 5.26.2 zu Art. 403 E-ZPO); diese galt nur für Vereinbarungen über die örtliche Zuständigkeit (Art. 1 Abs. 1 GestG). Nichts deutet darauf hin, dass der Begriff Gerichtsstandsvereinbarung (élection de for, proroga di foro) in den Art. 406 und 17 ZPO verschieden sein sollte und in <ref-law> einen über die gewöhnliche Bedeutung hinausgehenden Sinn hätte. Entgegen der Auffassung des Handelsgerichts erheischt das Bedürfnis der Parteien nach Vertragstreue, nach Vertrauen in die Rechtsordnung und nach Rechtssicherheit keine andere Auslegung von <ref-law>; denn es ist nicht ersichtlich, inwiefern dieses Bedürfnis der Parteien dadurch in Frage gestellt wäre, dass sie eine Klage vor jenem staatlichen Gericht einreichen müssen, das gemäss neuem Recht zuständig ist. Anders liegen die Dinge in Bezug auf Klagen, die noch unter dem alten Recht eingereicht worden sind und für welche das angerufene staatliche Gericht auch unter dem neuen Recht weiterhin zuständig bleibt (<ref-law>), sowie bei Schiedsvereinbarungen, durch welche ein Streit der staatlichen Gerichtsbarkeit entzogen wurde (<ref-law>); darum geht es vorliegend nicht.
3.4 Die Rüge einer falschen Auslegung von <ref-law> ist begründet. Es ist somit festzuhalten, dass das Handelsgericht grundsätzlich zuständig wäre, die Klage der Beschwerdeführerinnen gegen die Bestellerin auf Bezahlung von Fr. 560'000.-- zu beurteilen.
4. Die Beschwerdeführerinnen beantragen sodann gegen die fünf Miteigentümer des Grundstücks, das sie im Rahmen der Erfüllung des Werkvertrags mit der Bestellerin überbaut haben, die definitive Eintragung von Bauhandwerkerpfandrechten.
Die Zuständigkeit des Handelsgerichts setzt voraus, dass die zu beurteilende Streitigkeit die geschäftliche Tätigkeit mindestens einer Partei betrifft (<ref-law>). Bauarbeiten sind charakteristische Leistung eines Bauunternehmers, weshalb Streitigkeiten um den Werklohn des Bauunternehmers dessen geschäftliche Tätigkeit betreffen. Dasselbe muss auch in Bezug auf das Bauhandwerkerpfandrecht gelten, da dieses bloss eine akzessorische Sicherheit für den Werklohnanspruch ist; das Bauhandwerkerpfandrecht hängt eng mit der Werklohnforderung und damit mit der typischen geschäftlichen Tätigkeit des Bauunternehmers zusammen (RAINER SCHUMACHER, Das Bauhandwerkerpfandrecht - Ergänzungsband zur 3. Auflage, 2011, Rz. 568 und 699; vgl. VOCK, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>; offen gelassen in <ref-ruling> E. 3.4 S. 568). Es ist im Übrigen aus prozessökonomischen Überlegungen gerechtfertigt, die Zuständigkeit des gleichen Gerichts zur Beurteilung beider Ansprüche des Bauunternehmers gegen Besteller und Drittpfandeigentümer nicht ohne zwingenden Grund zu verunmöglichen.
Das Handelsgericht ist allerdings nur zuständig, wenn die beklagte Partei im Handelsregister eingetragen ist (<ref-law>). Nach den nicht angefochtenen und damit für das Bundesgericht verbindlichen tatsächlichen Feststellungen des Handelsgerichts ist das nur für die Pensionskasse Q._, die Pensionskasse R._ und die Personalvorsorgestiftung T._ (Beklagte 3, 4 und 6) der Fall, nicht aber für A._ (den Beklagten 2) und die Pensionskasse S._ (Beklagte 5).
5. Das Handelsgericht ist damit an sich für die Klage gegen die Bestellerin und drei Drittpfandeigentümer zuständig, nicht aber für die Klagen gegen die zwei übrigen Drittpfandeigentümer.
5.1 Die Klage gegen die Bestellerin auf Bezahlung des Werklohns und die Klagen gegen die Drittpfandeigentümer auf definitive Eintragung der Bauhandwerkerpfandrechte können getrennt eingereicht werden (<ref-ruling> E. 3 S. 469 ff.), genauso wie die einzelnen Klagen auf definitive Eintragung der Teilpfandsummen (SCHUMACHER, a.a.O., Rz. 742). Es liegt somit keine notwendige passive Streitgenossenschaft vor.
Eine einfache passive Streitgenossenschaft setzt voraus, dass Rechte und Pflichten zu beurteilen sind, die auf gleichartigen Tatsachen oder Rechtsgründen beruhen (<ref-law>); das ist vorliegend der Fall. Sodann muss für die einzelnen Klagen die gleiche Verfahrensart anwendbar sein (<ref-law>); auch diese Voraussetzung ist vorliegend erfüllt, da der Streitwert der einzelnen Klagen über Fr. 30'000.-- liegt und folglich das ordentliche Verfahren für alle gilt (vgl. <ref-law>). Schliesslich muss die gleiche sachliche Zuständigkeit für alle eingeklagten Ansprüche gelten. Das setzt <ref-law> stillschweigend voraus; was für die Klagenhäufung gegen dieselbe Partei gilt (vgl. <ref-law>), muss umso mehr für Klagen gegen eine einfache Streitgenossenschaft gelten (vgl. PETER RUGGLE, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 17 zu <ref-law>; NICOLAS JEANDIN, in: Bohnet und andere [Hrsg.], Code de procédure civile commenté, 2011, N. 8 zu <ref-law>; STAEHELIN/SCHWEIZER, in: Sutter-Somm und andere [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 9 zu <ref-law>; a.M. ISAAK MEIER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2. Aufl. 2012, S. 62).
Im Rahmen seiner Kompetenz zur Regelung der sachlichen Zuständigkeit der Gerichte (<ref-law>) muss dem Kanton erlaubt sein, aus prozessökonomischen Gründen und zur Vermeidung widersprüchlicher Urteile (vgl. <ref-ruling> E. 2.1) eine einheitliche sachliche Zuständigkeit für einfache passive Streitgenossenschaften vorzusehen. Wäre für gewisse Streitgenossen das Handelsgericht sachlich zuständig und für andere das ordentliche Gericht, kann er die Zuständigkeit zwar nicht gesamthaft dem Handelsgericht übertragen; denn dessen Zuständigkeit ist durch das Bundesrecht begrenzt und kann nicht auf weitere Fälle (insbesondere auf beklagte Personen, die nicht im Handelsregister eingetragen sind) ausgedehnt werden (Art. 4 Abs. 1 und <ref-law>; a.M. ANNE-CATHERINE HAHN, in: Stämpflis Handkommentar ZPO, 2010, N. 7 zu <ref-law>). Hingegen spricht nichts dagegen, die Zuständigkeit des Handelsgerichts für solche Fälle aufzuheben und das ordentliche Gericht für alle Klagen zuständig zu erklären (TANJA DOMEJ, in: Oberhammer [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2010, N. 6 zu <ref-law>; vgl. auch MEIER, a.a.O., S. 62; a.M. wohl DAVID RÜETSCHI, in: Sutter-Somm und andere [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 42 zu <ref-law>). Die Regelung der handelsgerichtlichen Zuständigkeit nach <ref-law> bezweckt nicht, in ihrem Anwendungsbereich die einfache Streitgenossenschaft (<ref-law>) zu verhindern. Es ist dem Kanton - dem es freisteht, die Handelsgerichtsbarkeit überhaupt einzuführen (<ref-law>) - vielmehr zuzugestehen, mit seiner Regelung der sachlichen Zuständigkeit der Gerichte zu ermöglichen, Streitgenossen vor dem gleichen Gericht einzuklagen.
5.2 Das Handelsgericht hat eine (stillschweigende) kantonale Regelung angenommen, nach welcher das Bezirksgericht sachlich zuständig ist, alle vorliegenden Klagen zu beurteilen. Die Beschwerdeführerinnen rügen keine Verletzung des verfassungsmässigen Willkürverbots bei der Auslegung des kantonalen Rechts, sodass die Frage der Überprüfung durch das Bundesgericht entzogen ist (Art. 95 und 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.3 und 4.4.1).
6. Der Nichteintretensentscheid des Handelsgerichts ist damit im Ergebnis nicht zu beanstanden. Das Bezirksgericht hat sich zu Unrecht sachlich unzuständig erklärt.
Wird eine Eingabe, auf die mangels örtlicher oder sachlicher Zuständigkeit nicht eingetreten wurde, innert eines Monats seit dem Nichteintretensentscheid beim zuständigen Gericht neu eingereicht, so gilt als Zeitpunkt der Rechtshängigkeit das Datum der ersten Einreichung (<ref-law>). Diese Regel gilt - Fälle von Rechtsmissbrauch vorbehalten - auch, wenn sich nach einem ersten Nichteintretensentscheid das als zweites angerufene Gericht ebenfalls unzuständig erklärt (MARKUS MÜLLER-CHEN, in: Brunner und andere [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, 2011, N. 16 zu <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.3.2 S. 210 f., in dem die Frage offengelassen wurde, ob der Gläubiger ein zweites Mal den Schutz von <ref-law> beanspruchen kann).
Jede Person hat bei Rechtsstreitigkeiten einen grundsätzlichen verfassungsrechtlichen Anspruch auf Beurteilung durch eine richterliche Behörde (<ref-law>). Im vorliegenden Fall hat das sachlich zuständige Bezirksgericht seine Zuständigkeit zu Unrecht verneint und die Beschwerdeführer dazu gebracht, vor dem unzuständigen Handelsgericht zu klagen, welches aber nicht verpflichtet werden kann, auf eine Klage einzutreten, zu deren Behandlung es nicht zuständig ist. Damit stünde kein Gericht zur Verfügung, um die Klage zu beurteilen. Einem Kläger kann kein Vorwurf gemacht werden, wenn er den Nichteintretensentscheid des ersten Gerichts nicht systematisch weiterzieht, um seinen verfassungsrechtlichen Anspruch auf Zugang zu einem Gericht zu sichern für den Fall, dass das vom ersten Gericht als zuständig erachtete zweite Gericht doch nicht zuständig wäre. <ref-law> ist verfassungsmässig auszulegen in dem Sinn, dass im Rahmen des Beschwerdeverfahrens gegen die Verneinung der sachlichen Zuständigkeit durch das zweite Gericht eine Bindung an den Nichteintretensentscheid des ersten Gerichts nicht besteht, dass dem Entscheid des ersten Gerichts keine Rechtskraft zukommt (vgl. <ref-law>, <ref-ruling> E. 1).
Es stellt sich sodann die Frage, ob die dreissigtägige Frist ab formeller Rechtskraft des Nichteintretensentscheids (MÜLLER-CHEN, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>; FRANÇOIS BOHNET, in: Bohnet und andere [Hrsg.], Code de procédure civile commenté, 2011, N. 21 ff. zu <ref-law>; DOMINIK INFANGER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 15 zu <ref-law>; vgl. auch THOMAS SUTTER-SOMM/MARTIN HEDINGER, in: Sutter-Somm und andere [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 11 zu <ref-law>) oder nicht vielmehr ab Zustellung des letzten, nicht angefochtenen oder nicht mehr anfechtbaren Entscheids (STEPHEN V. BERTI, in: Oberhammer [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2010, N. 13 zu <ref-law>) läuft. Da der Nichteintretensentscheid des Handelsgerichts mit Beschwerde angefochten und dieser aufschiebende Wirkung erteilt wurde, kann die Frage mangels formeller Rechtskraft des angefochtenen Entscheids offengelassen werden und es braucht auch diejenige nach der Rechtsnatur der Beschwerde in Zivilsachen nicht weiter vertieft zu werden. Die dreissigtägige Frist läuft damit ab Zustellung des vorliegenden Entscheids.
Die Klage kann folglich wieder beim Bezirksgericht eingereicht werden. Beschwerdeführerinnen und Beschwerdegegner stimmen dem im Ergebnis zu für den Fall, dass das Handelsgericht nicht zuständig ist.
7. Die Beschwerdeführerinnen ersuchen für den Fall, dass das Bezirksgericht als zuständig erachtet würde, die ihnen im angefochtenen Beschluss auferlegten Partei- und Gerichtskosten dem Kanton Zürich zu überbinden.
Das Verfahren vor Handelsgericht und die entsprechenden Gerichts- und Parteikosten von Fr. 11'000.-- und Fr. 6'700.-- sind die Folge des unzutreffenden Entscheids des Bezirksgerichts, den dieses von Amtes wegen gefällt hat. Die beklagten Parteien haben weder vor Bezirksgericht noch vor Handelsgericht unbegründete Anträge gestellt. Die Gerichts- und Parteikosten im kantonalen Verfahren sind somit nicht von den Parteien veranlasst worden. Es rechtfertigt sich folglich, sie dem Kanton aufzuerlegen (<ref-law>).
Infolge des negativen Kompetenzkonflikts waren die Beschwerdeführerinnen gezwungen, den Beschluss des Handelsgerichts vor Bundesgericht anzufechten; die Beschwerdegegner haben hier obsiegt. Der Kanton Zürich hat die beteiligten Parteien für das Verfahren vor Bundesgericht zu entschädigen (Art. 68 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>). Dagegen sind ihm keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Der Beschwerde wird aufschiebende Wirkung erteilt.
2. Der angefochtene Beschluss vom 11. Dezember 2011 wird bestätigt, soweit die Zuständigkeit des Handelsgerichts verneint wird.
3. Der angefochtene Beschluss vom 11. Dezember 2011 wird dahin gehend geändert, dass die Gerichtskosten von Fr. 11'000.-- und die Parteientschädigung von Fr. 6'700.-- an die Beschwerdegegner dem Kanton Zürich auferlegt werden.
4. Für das Verfahren vor Bundesgericht werden keine Kosten erhoben.
5. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführerinnen eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 9'000.-- und den Beschwerdegegnern eine solche von insgesamt Fr. 5'000.-- zu bezahlen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann