Sachverhalt:
A. S._, geboren 1969, wurde am 14. September 2000 als Fahrradfahrerin von einem Automobilisten angefahren. Dabei erlitt sie eine Kontusion der Lendenwirbelsäule mit Hypästhesie am rechten Bein und musste eine Woche lang im Kantonsspital X._ hospitalisiert werden. Dort wurde auch der Verdacht auf Commotio cerebri erhoben. Am 22. Januar 2002 meldete sich S._ mit Hinweis darauf, dass sie seit ihrem Unfall unter Beschwerden an Hals- und Lendenwirbelsäule leide, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Luzern holte die Akten des Unfallversicherers, darunter ein Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle MEDAS vom 9. Mai 2006, sowie einen Bericht des Hausarztes Dr. med. Z._, Allgemeine Medizin FMH (vom 11. Februar 2002, bei der IV-Stelle eingegangen am 31. Mai 2002), ein und klärte die erwerbliche Situation sowie die Einschränkung im Haushalt (Bericht vom 4. Oktober 2006) ab. Mit Verfügung vom 10. Mai 2007 sprach sie S._ mit Wirkung ab 1. September 2001 eine bis zum 30. November 2003 befristete halbe Invalidenrente zu unter Annahme, dass ihr ab September 2003 in einer leidensangepassten Tätigkeit eine volle Arbeitsfähigkeit zuzumuten sei.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 11. August 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihr auch über den 1. Dezember 2003 hinaus eine halbe Rente zuzusprechen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) und zur Rentenrevision (<ref-law>) unter Hinweis auf die angefochtene Verfügung zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig ist, ob die der Versicherten zugesprochene Rente zu Recht bis Ende November 2003 befristet wurde. In Abweichung von der Einschätzung der Ärzte der MEDAS, wo die Beschwerdeführerin bei einem stationären Aufenthalt vom 15. bis zum 19. August 2005 begutachtet und eine Arbeitsfähigkeit von 50 % in einer leidensangepassten Tätigkeit attestiert worden war, sind Verwaltung und Vorinstanz davon ausgegangen, dass der Versicherten ab September 2003 eine volle Arbeitsleistung zuzumuten sei. Dabei stützen sie sich auf einen Protokolleintrag des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 25. Juli 2006, wonach die gutachterliche Einschätzung der Restarbeitsfähigkeit nicht nachvollziehbar sei. Dagegen richtet sich die vorliegend zu beurteilende Beschwerde.
4. 4.1 Zu prüfen ist damit, wie es sich mit der Beweiskraft von RAD-Berichten verhält beziehungsweise ob ein solcher Bericht die anlässlich einer MEDAS-Begutachtung abgegebene Stellungnahme zu dem noch vorhandenen Leistungsvermögen zu entkräften vermag.
4.2 Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> erkannt hat, haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsrichter die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Für das Beschwerdeverfahren bedeutet dies, dass das Sozialversicherungsgericht alle Beweismittel, unabhängig davon, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten. Insbesondere darf es bei einander widersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, warum es auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellt. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind. Ausschlaggebend für den Beweiswert ist grundsätzlich somit weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
4.3 Den im Rahmen des Verwaltungsverfahrens durch die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) und durch UVG-Privatversicherer eingeholten Gutachten von externen Spezialärzten, welche aufgrund eingehender Beobachtungen und Untersuchungen sowie nach Einsicht in die Akten Bericht erstatten und bei der Erörterung der Befunde zu schlüssigen Ergebnissen gelangen, ist bei der Beweiswürdigung volle Beweiskraft zuzuerkennen, solange nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 353).
4.4 Die Rechtsprechung hat sich auch zum Beweiswert eines RAD-Berichts verschiedentlich geäussert. So wurde im Urteil I 142/07 vom 20. November 2007 erkannt, dass der Beweiswert eines psychiatrischen RAD-Untersuchungsberichtes mangels Facharztausbildung des untersuchenden Arztes in Psychiatrie (sowie wegen dessen Titelanmassung) geschwächt sei und daher das kantonale Gericht seine Beurteilung nicht hauptsächlich darauf habe abstützen dürfen (E. 3.2.3, 3.4 und 5). Mit Urteil I 143/07 vom 14. September 2007 wurde festgestellt, dass interne Berichte des RAD nach <ref-law> eine andere Funktion haben als die medizinischen Gutachten (Ar. 44 ATSG) oder die Untersuchungsberichte des RAD im Sinne von <ref-law>. Sie erheben nicht selber medizinische Befunde, sondern würdigen die vorhandenen Befunde aus medizinischer Sicht. Aufgrund dieser unterschiedlichen Funktion können und müssen sie nicht die an ein medizinisches Gutachten gestellten inhaltlichen Anforderungen erfüllen. Es kann ihnen aber nicht jegliche Aussen- oder Beweiswirkung abgesprochen werden. Sie sind vielmehr entscheidrelevante Aktenstücke. Ihre Funktion besteht darin, aus medizinischer Sicht - gewissermassen als Hilfestellung für die medizinischen Laien in Verwaltung und Gerichten, welche in der Folge über den Leistungsanspruch zu entscheiden haben - den medizinischen Sachverhalt zusammenzufassen und zu würdigen, wozu namentlich auch gehört, bei widersprüchlichen medizinischen Akten eine Wertung vorzunehmen und zu beurteilen, ob auf die eine oder die andere Ansicht abzustellen oder aber eine zusätzliche Untersuchung vorzunehmen sei (I 143/07 E. 3.3). Die genannte Bestimmung von <ref-law> stand bis zum 31. Dezember 2007 in Kraft und wurde dann aufgehoben. Auf den 1. Januar 2008 wurde <ref-law> eingeführt, wonach die regionalen ärztlichen Dienste den IV-Stellen zur Beurteilung der medizinischen Voraussetzungen des Leistungsanspruchs zur Verfügung stehen und die für die Invalidenversicherung nach <ref-law> massgebende funktionelle Leistungsfähigkeit der Versicherten festsetzen, eine zumutbare Erwerbstätigkeit oder Tätigkeit im Aufgabenbereich auszuüben. Eine ähnliche Bestimmung fand sich bisher schon und, in leicht geänderter Fassung seit dem 1. Januar 2008, nach wie vor in <ref-law>. Immer noch in Kraft steht <ref-law>, wonach die regionalen ärztlichen Dienste bei Bedarf selber ärztliche Untersuchungen von Versicherten durchführen können.
5. 5.1 Die Begutachtung in der MEDAS beruht auf Untersuchungen der Versicherten während eines mehrtägigen stationären Aufenthaltes und umfasst den Allgemeinstatus, orthopädische, neurologische, psychiatrische sowie neuropsychologische Abklärungen, die in einer Kommission für medizinische Begutachtung ausgewertet wurden. Diese kam zum Schluss, dass die Versicherte bei ihrem Unfall vom 14. September 2000 kein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule erlitten habe. Es liege heute eine Pathologie insbesondere im Bereich der Lendenwirbelsäule vor, darüber hinaus im Sinne einer Migräne sowie einer Chondropathia patellae beidseits. Es sei davon auszugehen, dass das Unfallereignis einen symptomlosen Vorzustand aktiviert habe. Es bestünden degenerative Veränderungen der Lendenwirbelsäule (Schmorl'sche Knötchen [Th5 und im Bereich der LWS], eine Dehydration der Bandscheibe L5/S1 sowie auf dieser Höhe eine mediane Diskusprotrusion ohne Wurzelkontakt sowie degenerative Veränderungen der Intervertebralgelenke), wobei auf die Begutachtung durch den Orthopäden verwiesen wird. Gemäss dessen Einschätzung besteht bei Status nach Kontusionen der Lendenwirbelsäule ein persistierendes lumbosakrales Schmerzsyndrom mit tiefcervikalen Schmerzen und Chondropathia patellae beidseits. Rein orthopädisch sei die gesamte Wirbelsäule vermindert belastbar; es bestehe eine 50%ige Arbeitsfähigkeit für leichte Tätigkeiten ohne Belastung des Achsenskeletts. Die Kommission geht weiter davon aus, dass, wie häufig bei solchen Traumata, auch eine affektive Reaktion erfolgt sei. Heute könne aus psychiatrischer Sicht aber lediglich noch die Verdachtsdiagnose einer persistierenden Anpassungsstörung im Sinne eines vermehrten Schmerzerlebens gestellt werden; andere psychische Störungen würden nicht vorliegen. Insbesondere seien anlässlich der neuropsychologischen und psychiatrischen Abklärung keinerlei Hinweise für das Vorliegen von neurokognitiven Störungen gefunden worden. Schliesslich liege bei der Versicherten eine Migräne ohne Aura vor, welche geeignet sei, einen Teil der von der Versicherten beklagten Beschwerden zu erklären.
Damit darf ohne Weiteres davon ausgegangen werden, dass das Gutachten auf allseitigen Untersuchungen beruht, die geklagten Beschwerden berücksichtigt und für die streitigen Belange - auch angesichts des Umfangs von 60 Seiten - umfassend ist. Die medizinischen Zusammenhänge und die medizinische Situation werden eingehend erörtert und die Schlussfolgerungen sind begründet.
5.2 Der Protokolleintrag des RAD vom 25. Juli 2006, auf den Verwaltung und Vorinstanz sich stützen, fasst zunächst die Erkenntnisse der Gutachter der MEDAS zusammen. Aus den anschliessenden Überlegungen der RAD-Ärztin - bei der es sich, wie aus der vorinstanzlichen Vernehmlassung der IV-Stelle hervorgeht, um Frau Dr. med. Y._, Fachärztin für Allgemeinmedizin, handelt - geht hervor, dass sich der Gesundheitszustand in den Jahren 2002 und 2003 vor allem aus psychischen Gründen vorübergehend verschlechtert hatte. In der Folge vertritt die RAD-Ärztin die Auffassung, dass die Beurteilung der Restarbeitsfähigkeit durch die Gutachter im Widerspruch zur Aktenlage stehe beziehungsweise zu Dokumenten, welche den Gutachtern nicht zur Verfügung gestanden hätten.
Zunächst bestehen keine Anhaltspunkte dafür, dass die von Frau Dr. med. Y._ genannten Berichte ("Kreisarzt September 2000", Dr. med. C._ vom 12. Dezember 2000 sowie von "B._ Juli 2001") den Gutachtern der MEDAS nicht zur Verfügung gestanden hätten, wurde dieses Gutachten doch zuhanden der SUVA erstellt und ist nicht ersichtlich, weshalb sich ein Bericht des SUVA-Kreisarztes nicht bei den Akten der SUVA hätte befinden sollen; der Bericht des Dr. med. C._, Kantonsspital X._, Abteilung Rheumatologie, vom 12. Dezember 2000 wird in der Anamnese ausdrücklich aufgeführt, und schliesslich wird auch der Austrittsbericht der Rheuma- und Rehabilitationsklinik B._ vom 24. Juli 2001 erläutert. Dass diesbezüglich keine Kenntnis der Vorakten bestanden hätte, ist demnach nicht stichhaltig, indessen auch nicht relevant, geht es hier doch um die Frage des Rentenanspruchs ab Dezember 2003 und nicht um den Gesundheitszustand in den Jahren 2000 und 2001. Die RAD-Ärztin führt des Weiteren einen Bericht des Dr. med. Z._ vom Mai 2002 an, aus welchem indessen eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % seit dem 3. Dezember 2001 hervorgeht, was hinsichtlich des hier zu beurteilenden Zeitraums unwesentlich ist und bezüglich des Umfangs der attestierten Arbeitsunfähigkeit dem Gutachten der MEDAS nicht widerspricht. Schliesslich stützt sich Frau Dr. med. Y._ auf zwei Berichte der Frau Dr. med. A._, wobei mit Blick auf den hier zu beurteilenden Zeitraum ab September 2003 einzig derjenige vom 16. September 2003 zu berücksichtigen ist. Die Fachärztin für Rheumatologie führte damals aus, dass die Patientin für leichte Arbeit in wechselnder Körperstellung prinzipiell arbeitsfähig sei.
Damit beschränkt sich die Kritik der RAD-Ärztin letztlich darauf, dass für die Allgemeinärztin die Einschätzung einer 50%igen Arbeitsfähigkeit durch die Gutachter der MEDAS, welche primär orthopädisch begründet wird, nicht nachvollziehbar ist.
5.3 Beim fraglichen RAD-Bericht, der ohnehin unter der alten gesetzlichen Ordnung verfasst wurde, handelt es sich nicht um eine Stellungnahme im Sinne von <ref-law>, kann er sich doch nicht auf eigene Untersuchungen stützen. Es sind damit keine medizinischen Befunde erhoben worden, sondern die vorhandenen Befunde wurden aus medizinischer Sicht von einer Fachärztin für Allgemeinmedizin gewürdigt. Damit handelt es sich um eine Empfehlung zur weiteren Bearbeitung des Leistungsbegehrens aus medizinischer Sicht im Sinne von a<ref-law>. Der RAD-Bericht vermag somit lediglich dazu Stellung zu nehmen, ob auf die eine oder die andere Ansicht abzustellen oder aber eine zusätzliche Untersuchung vorzunehmen sei (oben E. 4.4).
Hier jedoch vertrat die RAD-Ärztin selber eine von der Einschätzung der MEDAS-Gutachter abweichende Meinung. Dabei wurden einzig die Schlussfolgerungen der MEDAS-Gutachter als nicht einleuchtend kritisiert. Ein solcher RAD-Bericht vermag allenfalls Zweifel an der Richtigkeit des MEDAS-Gutachtens zu erwecken. Dies allein genügt indessen nicht, um das Gutachten schlüssig zu entkräften.
5.4 Das MEDAS-Gutachten genügt den für den Beweiswert von Arztberichten massgebenden Anforderungen in jeder Hinsicht (oben E. 5.1). Insbesondere haben die Ärzte der MEDAS zu den Gründen für die von ihnen genannten Einschränkungen, insbesondere zur zeitlichen Limitierung, ausdrücklich Stellung genommen. Die von der RAD-Ärztin dagegen erhobene Kritik ist nicht geeignet, die Richtigkeit dieser Schlussfolgerungen zu bezweifeln. Dem Bericht der RAD-Ärztin ist daher kein höheres Gewicht beizumessen als dem MEDAS-Gutachten. Vielmehr ist, nachdem sich das Ausmass der Arbeitsfähigkeit der Versicherten gestützt auf das Gutachten der MEDAS schlüssig bestimmen lässt, darauf abzustellen.
5.5 Nach dem Gesagten haben Verwaltung und Vorinstanz die der Versicherten zugesprochene Rente zu Unrecht gestützt auf den RAD-Bericht befristet. Damit besteht ein Anspruch auf eine Invalidenrente auch über den 1. Dezember 2003 hinaus.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 11. August 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Luzern vom 10. Mai 2007 werden insoweit abgeändert, als die Beschwerdeführerin mit Wirkung ab 1. September 2001 Anspruch auf eine halbe, unbefristete Invalidenrente hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse Luzern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo