A.- L'Association X._ (ci-après : l'association) est affiliée en qualité d'employeur à la Caisse cantonale genevoise de compensation (ci-après : la caisse).
Le 1er décembre 1988, elle a engagé B._, ressortissante française, épouse d'un fonctionnaire international au service de l'Organisation Y._ et titulaire d'une autorisation accessoire de travail limitée à 10 heures par semaine, renouvelable chaque année. L'association a régulièrement payé les cotisations aux assurances sociales de cette employée.
Lors d'un entretien téléphonique avec la caisse, en juin 1990, B._ a été informée que son salaire n'était pas soumis à cotisations. Par décision du 29 août 1990, la caisse a remboursé à l'association les cotisations versées sur les salaires de la prénommée en 1988 et 1989.
Depuis lors, l'employeur n'a plus retenu, ni versé des cotisations sur la rémunération de sa collaboratrice. Lors de deux contrôles ultérieurs, la caisse n'a procédé à aucune rectification.
Par décision du 12 décembre 1996, faisant suite à un nouveau contrôle d'employeur, la caisse a réclamé à l'association la somme de 8878 fr. 75, à titre de cotisations paritaires AVS/AI/APG/AC et d'intérêts moratoires, sur les salaires versés à B._, de janvier 1991 à décembre 1994.
B.- Par jugement du 3 mars 2000, la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'AVS/AI a rejeté le recours formé par l'association contre cette décision.
C.- L'association interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont elle demande implicitement l'annulation. Elle conclut, principalement, à l'annulation de la décision de la caisse du 12 décembre 1996 et à la constatation qu'elle n'est pas débitrice de la somme réclamée. Subsidiairement, elle sollicite le renvoi de la cause à la caisse pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle fait valoir, notamment, qu'elle est une association à but non lucratif, reconnue d'utilité publique, qu'elle dépend entièrement d'une recherche de fonds intensive pour couvrir son budget, que les bailleurs de fonds sont de plus en plus exigeants quant à l'utilisation des sommes octroyées et qu'un "trou" de 9000 fr. dans la caisse ne peut que lui porter un préjudice certain. Par ailleurs, elle soutient que compte tenu du petit salaire versé à son employée, il serait difficile d'exiger de la part de cette dernière un remboursement global immédiat.
La caisse conclut implicitement au rejet du recours.
Pour sa part, B._ souscrit aux conclusions de l'association et explique qu'à la suite de la décision de non-assujettissement à l'AVS prise par la caisse en 1990, elle s'est constituée un troisième pilier aux Rentes Z._. Elle invoque le fait que sa rente AVS sera de toute façon minimale, de sorte qu'elle ne subira pas de préjudice si son employeur ne verse pas les cotisations réclamées. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.- Est litigieux le point de savoir si les rémunérations versées par la recourante à B._ en 1991, 1992, 1993 et 1994 doivent être soumises à la perception de cotisations AVS/AI/APG/AC.
2.- Comme aucune prestation d'assurance n'est litigieuse, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si le jugement de première instance viole le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus du pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
3.- La juridiction cantonale a exposé correctement les règles légales et jurisprudentielles applicables en matière d'assujettissement aux assurances sociales suisses du conjoint d'un fonctionnaire international étranger, de sorte qu'il suffit de renvoyer sur ce point au jugement entrepris.
4.- La recourante soutient que la décision de la caisse du 12 décembre 1996 n'est pas motivée et n'indique pas de base légale.
Il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur ce grief, dès lors qu'il a déjà été soulevé dans le recours cantonal et que la recourante ne conteste pas que malgré l'insuffisance de motivation dont elle se plaint, elle a pu défendre correctement ses droits devant la juridiction cantonale de recours. Par ailleurs, elle ne prétend pas que le jugement attaqué est insuffisamment motivé.
5.- Cela étant, il apparaît que la décision de la caisse de ne pas prélever de cotisations sur les salaires versés par la recourante à B._ - selon l'information téléphonique donnée en juin 1990 à cette dernière et la décision de restitution des cotisations du 29 août 1990 - était manifestement erronée. Aussi l'intimée était-elle en droit de révoquer cette décision en se fondant sur les règles relatives à la reconsidération des décisions passées en force dont les conditions sont en l'espèce réalisées, ainsi que l'ont retenu à juste titre les premiers juges (<ref-ruling> consid. 2b et les références).
6.- a) Il convient encore d'examiner si le mode de faire de la caisse viole le principe de la bonne foi, comme le soutient la recourante. Celui-ci permet au citoyen, à certaines conditions cumulatives (cf. <ref-ruling> consid. 2a et les références), d'exiger de l'autorité qu'elle respecte ses promesses et qu'elle évite de se contredire. Il faut notamment que l'administré se soit fondé sur un renseignement erroné de l'autorité - en l'es- pèce, la décision de ne pas prélever de cotisations sur les salaires versés par la recourante à B._ - pour prendre des dispositions qu'il ne saurait modifier sans subir de préjudice. Selon la jurisprudence, la protection de la bonne foi ne suffit pas, cependant, à justifier le fait que des éléments du revenu n'aient pas été soumis à cotisation, à tort, et ce, parfois pendant plusieurs années. Au contraire, l'exécution correcte du droit objectif, de même que le principe de l'égalité de traitement exigent que les cotisations qui n'ont pas été payées ou l'ont été insuffisamment soient perçues dans la mesure où elles ne sont pas prescrites, conformément à l'<ref-law> (<ref-ruling> sv. consid. 6d). Ces règles s'appliquent aussi en matière de reconsidération, lorsque, comme en l'espèce, la décision originelle est sans nul doute erronée et que sa rectification revêt une importance notable (cf. consid. 5 ci-dessus).
b) Des considérations purement financières, comme le fait pour la recourante de n'avoir pas constitué de provisions en vue du paiement des cotisations litigieuses ne justifient pas que l'on s'écarte de cette règle.
Il n'y a dès lors pas lieu de retenir une violation du principe de la bonne foi au détriment de la recourante.
Dans ces circonstances, le recours est mal fondé.
7.- La procédure n'est pas gratuite, s'agissant d'un litige qui ne porte pas sur l'octroi ou le refus de prestations d'assurance (art. 134 OJ a contrario). Les frais de la cause seront mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 156 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est rejeté.
II. Les frais de justice, d'un montant de 1000 fr., sont mis à la charge de la recourante et sont compensés avec l'avance de frais qu'elle a versée.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-vieillesse, survivants et invalidité, à
B._, et à l'Office fédéral des assurances
sociales.
Lucerne, le 17 novembre 2000
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIIe Chambre :
La Greffière :