Sachverhalt:
A. A.a Die Staatsanwaltschaft Zug ermittelte gegen mehrere Personen, darunter X._, im Zusammenhang mit Vermögens- und Urkundendelikten zum Nachteil des A._Verbands und weiterer Geschädigter.
A.b Das Strafgericht des Kantons Zug sprach X._ am 26. Juni 2008 wegen Veruntreuung gemäss <ref-law> zum Nachteil der B._SA schuldig und verurteilte ihn, als Zusatzstrafe zum Urteil des Einzelrichteramtes des Kantons Zug vom 29. September 2004, zu einer bedingten Geldstrafe von 240 Tagessätzen zu Fr. 350.--. Vom Vorwurf der mehrfachen Veruntreuung (<ref-law>), ev. des mehrfachen Betrugs (<ref-law>) zum Nachteil des A._Verbands, des Betrugs zum Nachteil der W._Inc., der mehrfachen Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung (<ref-law>), des betrügerischen Konkurses (<ref-law>), der mehrfachen Urkundenfälschung (<ref-law>) und der mehrfachen Erschleichung einer Falschbeurkundung (<ref-law>) sprach es ihn frei. Es auferlegte X._ Untersuchungskosten von Fr. 39'561.80 sowie Gerichtskosten im Umfang von Fr. 5'995.05 (19,6 %) und sprach ihm eine Prozessentschädigung von gesamthaft Fr. 128'000.-- zu, welche es mit den auferlegten Untersuchungs- und Gerichtskosten verrechnete.
A.c Gegen dieses Urteil reichte X._ Berufung und die Staatsanwaltschaft Anschlussberufung ein. Das Obergericht des Kantons Zug bestätigte am 17. November 2009 das erstinstanzliche Urteil im Schuld- und Strafpunkt. Es auferlegte X._ Untersuchungskosten von Fr. 19'780.90, die erstinstanzlichen Gerichtskosten von Fr. 5'995.05 sowie die Hälfte der Kosten des Berufungsverfahrens, d.h. Fr. 3'553.--. Es entschädigte diesen für das Untersuchungs- und vorinstanzliche Verfahren mit Fr. 162'804.40 (inkl. MWSt.) und für das Berufungsverfahren mit Fr. 12'083.10 (inkl. MWSt.), wobei es die Entschädigungen mit den auferlegten Kosten verrechnete.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil des Obergerichts vom 17. November 2009 aufzuheben, ihn vom Vorwurf der Veruntreuung freizusprechen, die Untersuchungskosten sowie die erst- und zweitinstanzlichen Gerichtskosten vollumfänglich auf die Staatskasse zu nehmen und ihm eine Prozesskostenentschädigung von Fr. 592'162.50 sowie eine Entschädigung für die verbüsste Untersuchungshaft von acht Tagen auszurichten. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Verurteilung wegen Veruntreuung liegt folgende Sachverhaltsfeststellung zugrunde:
Um sog. Rechteerwerbskosten (Parallelzahlungen im Zusammenhang mit dem Kauf und Verkauf von Rechten) bezahlen zu können, wurden Geldmittel von der C._AG/D._ AG auf die E._Stiftung bzw. die B._SA ausgelagert. Auf diese Weise wurden ab dem Konto der B._SA in der Zeit vom 3. Juni 1999 bis zum 15. Januar 2001 Beträge von insgesamt rund Fr. 18 Mio. an natürliche und juristische Personen, welche den Rechtserwerb der D._Gruppe begünstigt hatten, überwiesen. Mit Valuta vom 28. November 2000 liess der Beschwerdeführer zusammen mit dem Beschuldigten F._ Fr. 90'000.-- vom Konto der B._SA auf sein Privatkonto bei der G._Bank überweisen. Die Vorinstanz hält für erwiesen, dass der Beschwerdeführer die Fr. 90'000.-- durch die Überweisung auf sein Privatkonto zweckwidrig für sich abzweigen wollte.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Anklagegrundsatzes (Beschwerde Rz. 16 ff., 96 und 161 ff.). Da weder das Strafgericht noch das Obergericht auf die Rüge eingegangen seien, sei auch sein Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden (Beschwerde Rz. 25).
2.2 Aus dem in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK verankerten Anklagegrundsatz ergibt sich ein Anspruch, in der Anklage sowohl über den zugrunde gelegten Sachverhalt als auch über die rechtliche Würdigung informiert zu werden. Die Anklageschrift hat die Person des Angeklagten und die ihm zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe im objektiven und subjektiven Bereich genügend konkretisiert sind (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b).
2.3 Die Rüge der Verletzung des Anklagegrundsatzes ist unbegründet. In der Anklageschrift wird zum Vorwurf der Veruntreuung zum Nachteil der B._SA zusammengefasst ausgeführt, dem Beschwerdeführer seien die Gelder (bzw. Forderungen) auf dem Konto der B._SA anvertraut gewesen. Er habe diese allein für enger umschriebene Zwecke einsetzen dürfen. Durch die Überweisung auf sein Privatkonto habe er die Fr. 90'000.-- dem Zugriff der Berechtigten entzogen. Anhaltspunkte, dass dieses Geld anschliessend zweckmässig verwendet worden sei, bestünden keine. Der Beschwerdeführer habe gewusst, dass ihm die auf dem Konto der B._SA liegenden Gelder bloss anvertraut waren und nur für bestimmte Zwecke eingesetzt werden durften. Dennoch habe er sich den Betrag für eigene Zwecke und zum Schaden der B._SA auf sein Konto überweisen lassen. Er sei offensichtlich nicht gewillt gewesen, die zweckwidrig verwendeten Beträge an den Treugeber zurückzuführen (Anklageschrift S. 180 f.).
Entgegen den Ausführungen in der Beschwerde wird demnach nicht nur der Vorwurf der Überweisung der Fr. 90'000.--, sondern auch die fehlende zweckgebundene Verwendung und die Absicht des Beschwerdeführers, diesen Betrag zweckwidrig zu entwenden, ausreichend präzise umschrieben.
2.4 Nach der Rechtsprechung kann eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs in einem Rechtsmittelverfahren vor einer oberen Instanz geheilt werden, wenn dieser die gleiche bzw. eine nicht engere Überprüfungsbefugnis wie der unteren Instanz zusteht (<ref-ruling> E. 3d/aa; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2d; je mit Hinweisen). Ob die Rüge der Verletzung des Anklageprinzips im vorinstanzlichen Verfahren rechtsgenüglich vorgebracht wurde, kann dahingestellt bleiben. Das Bundesgericht prüft die Anwendung von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK mit voller Kognition (Art. 95 lit. a und b BGG). Eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs in diesem Punkt kann im bundesgerichtlichen Verfahren daher als geheilt gelten. Eine Verletzung von § 37 der Strafprozessordnung des Kantons Zug (StPO/ZG), welcher die Anforderungen an die Anklageschrift konkretisiert, rügt der Beschwerdeführer nicht.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung geltend. Der Geldfluss vom Konto der B._SA zu den Endempfängern sei aus Gründen der Vertraulichkeit regelmässig über mehrere Stationen (Gesellschaften und Personen) erfolgt, wobei bis zum Eingang der Zahlung beim Endbegünstigten mehrere Monate hätten verstreichen können. Die erste Überweisung vom Konto der B._SA weg habe meist keine Hinweise auf den Empfänger geliefert. Vorgaben, auf welchem Weg die Zahlung an den Endempfänger gelangen sollte, habe es nicht gegeben. Der Umstand, dass eine Überweisung auf sein Privatkonto erfolgt sei, lasse daher nicht den Schluss zu, er habe diesen Betrag für sich abzweigen wollen (Beschwerde Rz. 60 ff.). Auch am 15. Dezember 1999 seien Fr. 100'000.-- auf sein Konto überwiesen worden. Dieses Geld sei anschliessend rechtmässig und zweckentsprechend weitergeleitet worden. Im selben Vorgang könne daher im Falle der Fr. 90'000.-- keine Zweckentfremdung gesehen werden (Beschwerde Rz. 66 f., 78 f., 92 ff.). Seine Aussage, er könne sich nicht mehr erinnern, weshalb die Zahlung von Fr. 90'000.-- über sein Konto gelaufen sei, er glaube aus Dringlichkeitsgründen, sei zu Unrecht als nicht glaubhaft abgetan worden (Beschwerde Rz. 114 ff.).
3.2 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie willkürlich im Sinne von <ref-law> ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerdeschrift anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und begründet werden, ansonsten darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2).
Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 5.4 mit Hinweisen).
3.3 Die Vorinstanz erwägt im angefochtenen Entscheid, durch die Überweisung der Fr. 90'000.-- auf sein Privatkonto habe der Beschwerdeführer zum Ausdruck gebracht, dass er diesen Betrag nicht zweckentsprechend verwenden, sondern für sich abzweigen wolle. In den Akten befänden sich keinerlei Belege oder sonstige Hinweise, wonach die vom Konto der B._SA auf das Konto des Beschwerdeführers transferierten Fr. 90'000.-- anschliessend für sog. Rechteerwerbskosten der D._-Gruppe an eine Drittperson oder Gesellschaft weitergeleitet worden wären. Ebensowenig seien Hinweise auszumachen, dass es sich hierbei um einen Ausgleich für eine oder mehrere zuvor aus eigenen Mitteln vorfinanzierte Zahlungen für solche Rechteerwerbskosten gehandelt habe. Aus der früheren Überweisung von Fr. 100'000.-- auf sein Konto könne der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten ableiten, da für jene Überweisung eine zeitnahe und nachvollziehbare Weiterleitung der Geldmittel erkennbar sei (angefochtener Entscheid E. 2.3.4). Die Vorinstanz verweist sodann auf die Ausführungen des Strafgerichts, wonach die Begründung des Beschwerdeführers, die Zahlung von Fr. 90'000.-- sei möglicherweise aus Dringlichkeitsgründen über sein Konto gelaufen, als unglaubhaft und völlig unplausibel einzustufen sei. Diesbezüglich wird argumentiert, der Beschwerdeführer wolle sonst alle Begünstigten und Rechteerwerbskosten über Jahre hinweg gekannt und exakt abgewickelt haben. Dass er sich genau im Spezialfall, in welchem das Geld über sein Konto gelaufen sei, nicht mehr an die Hintergründe erinnern könne, sei nicht glaubhaft. Ausserdem sei keine Situation denkbar, welche die Zahlung derart dringlich erscheinen lassen könnte, dass sie entgegen jeglicher Gepflogenheiten den Weg über das Privatkonto des "Geldkuriers" nehmen müsste (Entscheid des Strafgerichts S. 134).
3.4 Diese Argumentation ist nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz durfte mangels Anhaltspunkten für eine Weiterüberweisung willkürfrei zum Schluss kommen, die Erklärung des Beschwerdeführers, er sei nicht Endbegünstigter der Fr. 90'000.-- gewesen, sei eine blosse Schutzbehauptung. Die Einwände des Beschwerdeführers lassen die vorinstanzlichen Ausführungen nicht willkürlich erscheinen.
3.5 Auch die übrigen Vorbringen sind nicht geeignet, Willkür darzutun. Der Beschwerdeführer verkennt, dass die Sachverhaltsfeststellung auch im Ergebnis willkürlich sein muss. Es genügt nicht, wenn er in der Beschwerde darlegt, weshalb einzelne Beweiselemente anders zu würdigen gewesen wären. Nicht einzutreten ist daher auf die Ausführungen zu seiner finanziellen Lage und zu den Geldflüssen auf seinen Konten (Beschwerde Rz. 68 ff. und 107 ff.). Die Vorinstanz erwägt, der Minussaldo auf dem Gutschriftenkonto des Beschwerdeführers zum Zeitpunkt der Überweisung lasse eher den Schluss zu, dass es sich bei den Fr. 90'000.-- um einen willkommenen Geldeingang ohne jegliches Ausgabenäquivalent gehandelt habe. Der Minussaldo spricht gemäss der Vorinstanz mithin eher gegen eine zweckgebundene Weiterleitung dieses Betrages bzw. gegen eine Rückzahlung für einen entsprechenden Vorschuss. Dass sich der Beschwerdeführer damals in finanziellen Schwierigkeiten befand, wird von der Vorinstanz nicht behauptet.
An der Sache vorbei geht die Argumentation, die Kontounterlagen seien zu Unrecht nur für die Zeit vom 31. Mai 1999 bis Ende 2000 auf Anzeichen für eine zweckgebundene Verwendung untersucht worden. Die Vorinstanz lasse ausser Acht, dass eine Weiterleitung auch nach Ende 2000 oder gar nach der Eröffnung des Konkurses über die D._AG am 21. Mai 2001 zulässig gewesen wäre (Beschwerde Rz. 100 ff.). Dass eine solche nach dem von der Vorinstanz untersuchten Zeitraum tatsächlich stattfand, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Der Einwand, welcher ausschliesslich den Gang der Untersuchung betrifft, ist unbehelflich.
Wie der Beschwerdeführer selber ausführt, liess die Vorinstanz offen, ob weitere Beträge über insgesamt Fr. 5'873'224.--, welche dieser über die H._Anstalt bar in Empfang genommen haben soll, zweckentsprechend verwendet wurden. Fehl geht somit die Rüge, die Vorinstanz habe diesen Vorwurf in Verletzung der Unschuldsvermutung im Rahmen der Urteilsbegründung als Beweiselement beigezogen (Beschwerde Rz. 118 ff.).
Nichts am vorinstanzlichen Beweisergebnis zu ändern vermögen schliesslich die Einwände, die Vorinstanz habe fälschlicherweise angenommen, das Geld auf dem Konto der B._SA hätte nur für fällige Rechteerwerbskosten verwendet werden dürfen und seine Beweisanträge zu dieser Frage seien zu Unrecht abgewiesen worden (Beschwerde Rz. 81 ff.). Der Beschwerdeführer behauptet nicht, diese Gelder seien auch für ihn bestimmt gewesen. Die Vorinstanz durfte daher in antizipierter Beweiswürdigung zum Schluss kommen, dass weitere Abklärungen zum Verwendungszweck am Beweisergebnis nichts zu ändern vermöchten (vgl. <ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 3). Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, welche rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträge in Verletzung seiner Verfahrensrechte nicht abgenommen wurden. Die Beschwerde genügt in diesem Punkt den Begründungsanforderungen nicht.
4. Der Beschwerdeführer sieht die Unschuldsvermutung als Beweislastregel und das Aussageverweigerungsrecht verletzt (Beschwerde Rz. 127 ff.).
4.1 Als Beweislastregel bedeutet der Grundsatz in dubio pro reo, dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen. Der Grundsatz ist verletzt, wenn der Strafrichter einen Angeklagten (einzig) mit der Begründung verurteilt, er habe seine Unschuld nicht nachgewiesen bzw. er habe bestimmte Entlastungsbeweise nicht beigebracht (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweis). Die Behörden würdigen die Beweise jedoch frei (Art. 249 BStP). Der Richter kann aus der Weigerung des Beschuldigten, nähere Angaben zum Sachverhalt zu machen, seine Schlüsse ziehen, sofern eine Erklärung des Beschuldigten angesichts der belastenden Beweiselemente vernünftigerweise erwartet werden dürfte und dieser sich nicht zu Recht auf ein Zeugnisverweigerungsrecht beruft. Weigert sich der Beschuldigte, zu seiner Entlastung erforderliche Angaben zu machen und fehlen Anhaltspunkte für die Richtigkeit seiner entlastenden Behauptungen, darf das Gericht in freier Beweiswürdigung zum Schluss kommen, dessen Vorbringen seien als unglaubhaft zu qualifizieren. Darin liegt weder eine Verletzung des Aussageverweigerungsrechts des Beschuldigten noch eine verfassungswidrige Umkehr der Beweislast (Urteile des Bundesgerichts 1P.684/2001 vom 3. Juni 2002 E. 2.2; 1P.641/2000 vom 24. April 2001, publ. in: Pra 90/2001 Nr. 110, E. 3 und 4 mit Hinweisen; 1P.496/1993 vom 12. November 1993 E. 3b).
Da keine Hinweise für eine Weiterleitung der Fr. 90'000.-- oder eine Vorfinanzierung von Rechteerwerbskosten in diesem Umfang auszumachen sind, durfte die Vorinstanz die unsubstanziierte Behauptung des Beschwerdeführers, dieser Betrag sei nicht für ihn bestimmt gewesen, in freier Würdigung der Beweise als unglaubhafte Schutzbehauptung qualifizieren, und davon ausgehen, er habe die Fr. 90'000.-- durch die Überweisung auf sein Privatkonto in Wirklichkeit für sich abzweigen wollen (vgl. supra E. 3.4). Eine Verletzung der Unschuldsvermutung oder des Aussageverweigerungsrechts des Beschwerdeführers liegt nicht vor.
4.2 Soweit der Beschwerdeführer auch unter diesem Titel geltend macht, es bestünden keine genügenden Anhaltspunkte, welche nach einer Erklärung verlangt hätten (Beschwerde Rz. 133 ff.), belastende Beweise würden fehlen und die Untersuchung sei unvollständig geführt worden (Beschwerde Rz. 150 ff.), wiederholt er, was er bereits im Zusammenhang mit der Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung vorbrachte. Darauf ist nicht mehr einzugehen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer ficht die ihm von der Vorinstanz im Umfang des Freispruchs zugesprochene Prozessentschädigung an. Die zu vergütenden Stunden wie auch der Stundenansatz seien zu tief angesetzt worden. Zudem seien Nebenkosten im Zusammenhang mit zwei Gutachten sowie die Kopierkosten nicht bzw. nicht vollständig entschädigt worden (Beschwerde Rz. 179).
5.2 Wird der Beschuldigte freigesprochen, so trägt gemäss Art. 56bis Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zug vom 3. Oktober 1940 (StPO/ZG) in der Regel der Staat die Untersuchungs- und Gerichtskosten. Werden dem Freigesprochenen keine Kosten auferlegt, so ist ihm - wenn ihm durch das Strafverfahren wesentliche Kosten und Umtriebe erwachsen sind - eine Entschädigung zulasten des Staates auszurichten (<ref-law>/ZG). Das von den Justizbehörden festzulegende Honorar für die Parteivertretung durch Rechtsanwälte vor den Strafgerichten sowie vor den Untersuchungs- und Anklagebehörden ist im Kanton Zug in der Verordnung des Obergerichts vom 3. Dezember 1996 über den Anwaltstarif (AnwT) geregelt. Danach bemisst sich das Honorar in Strafsachen nach dem angemessenen Zeitaufwand des Rechtsanwalts (§ 15 Abs. 1 AnwT). Es wird festgesetzt, nachdem der Rechtsanwalt eine spezifizierte Aufstellung über seine Tätigkeit und die Barauslagen vorgelegt hat. Wird die spezifizierte Rechnung nicht rechtzeitig vor der Fällung des Entscheids eingereicht, kann das Gericht die Entschädigung nach Ermessen festsetzen (§ 15 Abs. 2 i.V.m. § 14 Abs. 3 AnwT). Nicht zu entschädigen sind nutzlose, überflüssige und verfahrensfremde Aufwendungen (<ref-ruling> E. 4b).
Das Bundesgericht prüft die Anwendung der kantonalen Kostenbestimmungen nur auf Willkür (<ref-law>; <ref-law>). Die Rüge der Verletzung kantonalen Rechts unterliegt den qualifizierten Begründungsanforderungen von <ref-law>.
Das Bundesgericht prüft die Anwendung der kantonalen Kostenbestimmungen nur auf Willkür (<ref-law>; <ref-law>). Die Rüge der Verletzung kantonalen Rechts unterliegt den qualifizierten Begründungsanforderungen von <ref-law>.
5.3 5.3.1 Der Beschwerdeführer macht für das Untersuchungs- und Hauptverfahren Verteidigungskosten inklusive Auslage von Fr. 562'363.85 geltend. Das Strafgericht führt dazu aus (S. 163), dieser Betrag sei zwar (ab September 2003) mittels Kopien der im Laufe der Zeit ausgestellten Honorarnoten sowie der zugehörigen Leistungsübersichten teilweise dokumentiert. Indessen sei nicht ersichtlich, für welche spezifische Tätigkeit die aufgelisteten Zeitaufwendungen erfolgt seien. Nachdem somit keine genügend spezifizierte Entschädigungsforderung vorliege, und ein dem Verfahren angepasster notwendiger Verteidigungsaufwand in dieser Höhe unter keinem Titel auch nur ansatzweise plausibel erscheine, müsse die Entschädigung gerichtlich festgesetzt werden. Das Strafgericht erachtete für das Untersuchungs-, Überweisungs- und Hauptverfahren einen Aufwand von insgesamt 680 Stunden für angemessen. Die Vorinstanz verweist auf die Ausführungen des Strafgerichts.
5.3.2 Der Beschwerdeführer beanstandet, der verrechnete Aufwand von 1'184.95 Stunden lasse sich angesichts der chronologischen Zuordnung auf den eingereichten Honorarnoten und den beiliegenden Tabellen durchaus den einzelnen Verfahrensstadien zuordnen. Der geltend gemachte Zeitaufwand sei plausibel und angemessen. Die Detaillierung der Honorarnote unterliege dem Anwaltsgeheimnis und hätte vom Gericht gar nicht verlangt werden dürfen (Beschwerde Rz. 219 ff.). Die von der Vorinstanz als angemessen erachteten Aufwendungen seien willkürlich und ungenügend begründet. Inwiefern der von der Verteidigung geltend gemachte Stundenaufwand unangemessen bzw. unverhältnismässig sein solle, gehe aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor. Ebensowenig werde der von der Vorinstanz veranschlagte Stundenaufwand begründet (Beschwerde Rz. 202 und 221 ff.).
5.3.3 Das Anwaltsgeheimnis ist in Art. 13 des Bundesgesetzes vom 23. Juni 2000 über die Freizügigkeit der Anwältinnen und Anwälte (Anwaltsgesetz, BGFA; SR 935.61) geregelt. Es gilt auch gegenüber Gerichten und Behörden (<ref-ruling> E. 2b/dd; <ref-ruling>). Es bezweckt den Schutz des Vertrauens des Mandanten in seinen Rechtsanwalt und stellt eine unverzichtbare Voraussetzung für eine umfassende und vorbehaltlose Information des Anwalts im Interesse einer wirksamen Verteidigung dar. Es bildet notwendiger Bestandteil für eine ordnungsgemässe Ausübung des Anwaltsberufes und die Rechtsstaatlichkeit der Rechtspflege (<ref-ruling> E. 6a mit Hinweisen; KASPAR SCHILLER, Schweizerisches Anwaltsrecht, 2009, N. 376 ff. S. 89 f.; FRANÇOIS BOHNET/VINCENT MARTENET, Droit de la profession d'avocat, 2009, N. 1805 f. S. 744 f.; MICHAEL PFEIFER, in: Kommentar zum Anwaltsgesetz, 2005, N. 4 f. zu <ref-law>). Geheimnisherr ist der Mandant. Dieser kann seine Geheimnisse selber an Dritte weitergeben oder den Anwalt von der Schweigepflicht entbinden (<ref-ruling> E. 4.5.6). Grundsätzlich kann er dazu jedoch nicht gezwungen werden. Könnte der freigesprochene Angeschuldigte den ihm zustehenden Entschädigungsanspruch gegen den Staat nur unter Verzicht auf das Anwaltsgeheimnis (vollumfänglich) geltend machen, wäre dieses seines Sinns und Zwecks entleert.
5.3.4 Zu den Tatsachen, welche vom Anwaltsgeheimnis erfasst werden, gehört schon der Umstand des Bestehens eines Mandats zwischen dem Rechtsanwalt und seinem Klienten (vgl. Urteile 2C_508/2007 vom 27. Mai 2008 E. 2.1; 1S.5/2006 vom 5. Mai 2006, publ. in: SJ 2006 I S. 489, E. 5.3.1). Ist das Mandatsverhältnisses, wie im Zusammenhang mit der Entschädigungsfrage bei einem Freispruch, schon bekannt, fällt allerdings nicht jede Information über erbrachte Verteidigungsleistungen unter das Anwaltsgeheimnis, wenn daraus keine Schlüsse auf deren materiellen Inhalt oder die Verteidigungsstrategie gezogen werden können (Urteil 1S.5/2006 vom 5. Mai 2006 E. 5.3.1). Unproblematisch ist es daher, wenn vom Freigesprochenen im Zusammenhang mit der Beurteilung der Prozessentschädigung verlangt wird, dass die Rechnungspositionen in den eingereichten Honorarnoten auch nach der Art der Tätigkeit (Aktenstudium, Korrespondenz, Besprechung, Telefonate, Verfassen von Rechtsschriften, juristische Recherchen, Teilnahme an Verhandlungen, Reisezeit etc.) spezifiziert werden. Der Freigesprochene wird damit nicht zur Preisgabe von Informationen gezwungen, welche dem Anwaltsgeheimnis unterliegen. Allzu detaillierte Angaben über Art, Ort und Zeit der Vornahme bestimmter Leistungen, welche Rückschlüsse z.B. auf das Verhalten des Beschuldigten oder die Verteidigungsstrategie zulassen, dürfen hingegen nicht verlangt werden (vgl. Urteil 1S.5/2006 vom 5. Mai 2006 E. 5.3.1).
5.3.5 Aus den vom Beschwerdeführer eingereichten Honorarnoten ergibt sich der pro Tag (Datum) erfolgte Zeitaufwand in Stunden unter Angabe des Kürzels des Anwalts und des Honorars in Schweizerfranken. Obschon auch mit Blick auf das Anwaltsgeheimnis zumutbar, fehlen Erläuterungen zur Art der Tätigkeit gänzlich. Dem Gericht war es somit nicht möglich, den geltend gemachten Stundenaufwand, welcher sich als ausgesprochen hoch erweist, auf seine Verhältnismässigkeit und allfällige unnütze oder verfahrensfremde Aufwendungen zu überprüfen. Unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden ist deshalb die Auffassung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe keine spezifizierte Honorarrechnung eingereicht, weshalb die Entschädigung durch das Gericht in Anwendung von § 15 Abs. 2 i.V.m. § 14 Abs. 3 AnwT nach Ermessen festzusetzen sei.
5.3.6 Die Vorinstanz begründet die gerichtliche Festsetzung der Prozessentschädigung zwar knapp, jedoch genügend. Sie nimmt auf die verschiedenen Verfahrensabschnitte (Untersuchungs-, Überweisungs- und Hauptverfahren) sowie die im jeweiligen Zusammenhang erfolgten Tätigkeiten (Aktenstudium, Einvernahmen, Hauptverhandlung inklusive Vorbereitung, Besprechung mit Klient und Reisezeit, Verfassen von Rechtsschriften) und allfällige besondere Schwierigkeiten Bezug. Dabei setzt sie für die Hauptverhandlung und die rechtshilfeweisen Einvernahmen in Brasilien und Japan Tagespauschalen ein und präzisiert die für die verfassten Rechtsschriften sowie weitere Tätigkeiten jeweils zu honorierende Stundenzahl. Zudem vergleicht sie den von den fünf Mitbeschuldigten geltend gemachten Aufwand bzw. die tatsächlich ausgerichteten Entschädigungen miteinander. Der Beschwerdeführer setzt sich mit den vorinstanzlichen Ausführungen nicht auseinander und legt nicht dar, weshalb diese willkürlich sein sollen.
5.3.6 Die Vorinstanz begründet die gerichtliche Festsetzung der Prozessentschädigung zwar knapp, jedoch genügend. Sie nimmt auf die verschiedenen Verfahrensabschnitte (Untersuchungs-, Überweisungs- und Hauptverfahren) sowie die im jeweiligen Zusammenhang erfolgten Tätigkeiten (Aktenstudium, Einvernahmen, Hauptverhandlung inklusive Vorbereitung, Besprechung mit Klient und Reisezeit, Verfassen von Rechtsschriften) und allfällige besondere Schwierigkeiten Bezug. Dabei setzt sie für die Hauptverhandlung und die rechtshilfeweisen Einvernahmen in Brasilien und Japan Tagespauschalen ein und präzisiert die für die verfassten Rechtsschriften sowie weitere Tätigkeiten jeweils zu honorierende Stundenzahl. Zudem vergleicht sie den von den fünf Mitbeschuldigten geltend gemachten Aufwand bzw. die tatsächlich ausgerichteten Entschädigungen miteinander. Der Beschwerdeführer setzt sich mit den vorinstanzlichen Ausführungen nicht auseinander und legt nicht dar, weshalb diese willkürlich sein sollen.
5.4 5.4.1 Der Beschwerdeführer wendet ein, aus <ref-law>/ZG ergebe sich ein Anspruch auf volle Entschädigung. Es sei daher der zwischen ihm und seinem Rechtsvertreter vereinbarte Stundenansatz von Fr. 400.-- verbindlich. Es sei notorisch, dass die Stundenansätze von spezialisierten Strafverteidigern über Fr. 300.-- lägen bzw. Fr. 400.-- nicht unüblich seien. Das Beharren auf den tiefen Ansätzen gemäss Verordnung verletzte das Recht auf freie Wahl des Verteidigers nach Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK. Müsse der Beschuldigte davon ausgehen, dass im Falle eines Freispruchs lediglich ein reduzierter Stundenansatz von Fr. 250.-- oder gar Fr. 180.-- ersetzt werde und ihm damit auch bei vollständigem Obsiegen ein erheblicher haftpflichtrechtlicher Vermögensschaden erwachse, werde er faktisch in seiner Wahlfreiheit verfassungswidrig eingeschränkt, da er nur aus einer kleinen Minderheit von Strafverteidigern auswählen könne, die bereit seien, für den reduzierten Stundenansatz zu arbeiten (Beschwerde Rz. 229 ff.).
5.4.2 § 15 Abs. 2 AnwT sieht einen Stundenansatz von Fr. 180.-- bis Fr. 300.-- vor. Für die Bestimmung des Honoraransatzes ist im Einzelfall auf die allgemeinen Regeln von § 2 AnwT zurückzugreifen, wonach die Honorare innerhalb der im Tarif festgelegten Grenzen nach der Schwierigkeit des Falles sowie nach dem Umfang und der Art der angemessenen Bemühungen festzulegen sind. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers gilt dies auch für private Mandate mit einem vereinbarten Honoraransatz (Urteil des Bundesgerichts 6B_497/2007 vom 13. November 2007 E. 2.5.1). Die Vorinstanz führt zusammengefasst aus, es handle sich vorliegend zwar um ein Verfahren im Bereich der Wirtschaftskriminalität. Dennoch sei der Fall weder als besonders komplex noch als sehr anspruchsvoll einzustufen. Der Minimalsatz von Fr. 180.-- bzw. (seit dem 1. Januar 2007) Fr. 200.-- decke nicht nur leichte, sondern bis zu einem gewissen Grad auch anspruchsvollere Fälle ab. Da auch weniger anspruchsvolle Tätigkeiten wie Reisen und Teilnahme an Einvernahmen abzugelten seien und auch der amtliche Verteidiger mit Fr. 200.-- pro Stunde entschädigt werde, sei ein Stundenansatz von Fr. 250.-- angemessen (angefochtener Entscheid E. 5.3.2). Diese Ausführungen sind entgegen den Einwänden des Beschwerdeführers nicht willkürlich.
Zwar kann dies im Ergebnis zur Folge haben, dass der Freigesprochene einen Teil seiner privaten Verteidigungskosten aufgrund des mit seinem Anwalt vereinbarten höheren Stundenansatzes selber tragen muss. Zu berücksichtigen ist jedoch, dass den Beschuldigten auch eine gewisse Schadensminderungspflicht trifft, weshalb er mit seinem Verteidiger nicht einen beliebigen, vom Staat zu entschädigenden Stundenansatz vereinbaren kann. Der Stundenansatz von Fr. 250.-- ist im Verhältnis zu den heute unter Strafverteidigern im freien Dienstleistungsverkehr teilweise (zu Recht oder Unrecht) praktizierten Ansätzen eher tief. Das Bundesgericht erachtete im Entscheid <ref-ruling> E. 7 einen Ansatz in der Grössenordnung von Fr. 150.-- pro Stunde als kostendeckend, womit dem anwaltlichen Vertreter beim angewendeten Satz von Fr. 250.-- pro Stunde ein dem Berufsstand angemessener Verdienst verbleibt. Dem Beschuldigten sollte es daher auch zu diesen Bedingungen möglich sein, einen Anwalt seiner Wahl zu mandatieren. Ein Stundenansatz von Fr. 250.-- in Fällen mittlerer Komplexität bzw. von Fr. 200.-- oder Fr. 220.-- in weniger komplexen Verfahren wurde auch in unlängst ergangenen Entscheiden als mit dem Willkürverbot vereinbar erklärt (vgl. etwa Urteile des Bundesgerichts 6B_668/2009 vom 5. März 2010 E. 3.2 mit Hinweis; 6B_347/2009 vom 10. September 2009 E. 2; 6B_194/2008 vom 11. August 2008 E. 3.3.2 sowie <ref-ruling> E. 7 für das Sozialversicherungsrecht).
5.4.3 Der Angeschuldigte hat Anspruch darauf, sich durch einen Verteidiger seiner Wahl verteidigen zu lassen (Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK). Das Recht auf freie Verteidigung kann der Angeklagte nur beanspruchen, wenn er diesen bezahlen kann (HANS-HEINER KÜHNE, Internationaler Kommentar zur Europäischen Menschenrechtskonvention, 11. Aufl. 2009, N. 546 zu Art. 6 EMRK; WOLFGANG PEUKERT, Europäische Menschenrechtskonvention, 3. Aufl. 2009, N. 300 zu Art. 6 EMRK). Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK statuiert bei Mittellosigkeit des Angeklagten einen Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung, regelt im Übrigen jedoch die Kostenfolge der Verteidigung beispielsweise im Falle eines Freispruchs nicht. Reichen die dem Angeschuldigten zur Verfügung stehenden Mittel lediglich aus, um einen Rechtsanwalt mit einem durchschnittlichen oder relativ tiefen Stundenansatz zu mandatieren, kann ihm dies nicht schaden. Bietet auch dieser Gewähr für eine wirksame Verteidigung, kann darin keine Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK gesehen werden, nachdem auch der gänzlich mittellose Angeschuldigte seinen amtlichen Verteidiger nicht frei wählen kann. Die Entschädigung eines tieferen Stundenansatzes als den mit dem privaten Verteidiger vereinbarten verstösst nicht gegen Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK.
5.4.3 Der Angeschuldigte hat Anspruch darauf, sich durch einen Verteidiger seiner Wahl verteidigen zu lassen (Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK). Das Recht auf freie Verteidigung kann der Angeklagte nur beanspruchen, wenn er diesen bezahlen kann (HANS-HEINER KÜHNE, Internationaler Kommentar zur Europäischen Menschenrechtskonvention, 11. Aufl. 2009, N. 546 zu Art. 6 EMRK; WOLFGANG PEUKERT, Europäische Menschenrechtskonvention, 3. Aufl. 2009, N. 300 zu Art. 6 EMRK). Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK statuiert bei Mittellosigkeit des Angeklagten einen Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung, regelt im Übrigen jedoch die Kostenfolge der Verteidigung beispielsweise im Falle eines Freispruchs nicht. Reichen die dem Angeschuldigten zur Verfügung stehenden Mittel lediglich aus, um einen Rechtsanwalt mit einem durchschnittlichen oder relativ tiefen Stundenansatz zu mandatieren, kann ihm dies nicht schaden. Bietet auch dieser Gewähr für eine wirksame Verteidigung, kann darin keine Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK gesehen werden, nachdem auch der gänzlich mittellose Angeschuldigte seinen amtlichen Verteidiger nicht frei wählen kann. Die Entschädigung eines tieferen Stundenansatzes als den mit dem privaten Verteidiger vereinbarten verstösst nicht gegen Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK.
5.5 5.5.1 Die Nebenkosten entschädigt die Vorinstanz mit einer Pauschale von 2.5%, was bei einem Aufwand von 680 Stunden zu Fr. 250.-- eine Entschädigung von Fr. 4'250.-- ergibt. Der Beschwerdeführer macht für die Kopie der Verfahrensakten Kosten von Fr. 8'525.15 geltend. Er rügt, der vorinstanzliche Entscheid sei ungenügend begründet sowie willkürlich und unverhältnismässig (Beschwerde Rz. 246 ff.).
5.5.2 Die Kopierkosten sind nur ungenügend ausgewiesen. Die Vorinstanz durfte diese daher pauschal entschädigen. Weshalb die Kleinspesenpauschale von 2.5% willkürlich sein soll, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Dieser verlangte im vorinstanzlichen Verfahren erneut eine volle Rückerstattung der geltend gemachten Kosten von Fr. 8'252.15, focht den angewendeten Satz von 2.5% für die pauschale Entschädigung jedoch nicht explizit an. Der Vorinstanz kann in diesem Punkt daher auch keine Verletzung der Begründungspflicht vorgeworfen werden.
5.6 Der Beschwerdeführer verlangt die Rückerstattung der Kosten von Fr. 4'950.-- für ein bei Prof. I._ in Auftrag gegebenes Rechtsgutachten. Die Vorinstanz erwägt dazu unter Verweis auf die Ausführungen des Strafgerichts, die Aufwendungen für das Rechtsgutachten würden keine Auslagen darstellen, welche im Zusammenhang mit einer angemessenen Verteidigung notwendig und angebracht gewesen seien. Das Gutachten habe keinerlei Erkenntnisse oder Neuigkeiten zu Tage gebracht, welche nicht auch sonst - beispielsweise mittels eigener einschlägiger Recherchen der Verteidiger - hätten erhoben werden können. Zudem müsse einem Gericht zugemutet werden können, dass es das massgebliche Recht kenne und auch ohne Rechtsgutachten anzuwenden vermöge oder bei weiteren Problemfeldern und Fragestellungen selbst bzw. von Amtes wegen ein Rechtsgutachten anordne. Die Kosten des Rechtsgutachtens seien daher nicht zu erstatten (angefochtener Entscheid E. 5.3.2; Urteil des Strafgerichts S. 151 f.).
Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, mit der gleichen Begründung könnten alle rechtlichen Ausführungen von Verteidigern im Strafverfahren für obsolet und nicht entschädigungswürdig taxiert werden, wenn das Gericht zum selben Schluss wie der Strafverteidiger komme. Eine solche retrospektive Beurteilung sei unzulässig. Der a.o. Untersuchungsrichter und der Staatsanwalt hätten das Recht in der Überweisungsverfügung bzw. in der Anklage falsch wiedergegeben. Die anklägerische These sei mit einem Gutachten von Prof. J._ begründet worden. Es widerspreche daher dem Prinzip der Waffengleichheit, das Gutachten der Verteidigung im Nachhinein als unnötig zu bezeichnen (Beschwerde Rz. 250 ff.)
Dem kann nicht gefolgt werden. Auch wenn die Anklage ihre rechtlichen Ausführungen ihrerseits auf ein Rechtsgutachten stützte, so ist die Auffassung der Vorinstanz, wonach das Gericht das Recht von Amtes wegen anwendet und gegebenenfalls bei Unklarheiten auf Antrag der Parteien oder von Amtes wegen selber ein Gutachten hätte einholen können, unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden. Wendet das Gericht das Recht falsch an, stehen den Betroffenen zudem die gesetzlichen Rechtsmittel zur Verfügung.
Dem kann nicht gefolgt werden. Auch wenn die Anklage ihre rechtlichen Ausführungen ihrerseits auf ein Rechtsgutachten stützte, so ist die Auffassung der Vorinstanz, wonach das Gericht das Recht von Amtes wegen anwendet und gegebenenfalls bei Unklarheiten auf Antrag der Parteien oder von Amtes wegen selber ein Gutachten hätte einholen können, unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden. Wendet das Gericht das Recht falsch an, stehen den Betroffenen zudem die gesetzlichen Rechtsmittel zur Verfügung.
5.7 5.7.1 Die Gesamtkosten von Fr. 100'000.-- für das von den fünf Beschuldigten in Auftrag gegebene Gutachten K._/L._ zur Frage der Illiquidität und Überschuldung erstattet die Vorinstanz im Umfang von insgesamt Fr. 25'000.--, d.h. von Fr. 5'000.-- pro Angeschuldigter. Sie erwägt mit dem Strafgericht, im Rahmen der zentralen und sicher nicht einfachen Frage einer möglichen Überschuldung und Illiquidität sei durchaus ein gewisser Berateraufwand angezeigt gewesen. Indessen sei die selbständige Einholung eines vollständigen und umfassenden Gutachtens nicht notwendig gewesen. Eine Expertenmeinung zur grundsätzlichen Fragestellung und gegebenenfalls ein anschliessender Beweisantrag an das Gericht hätten genügt (angefochtener Entscheid E. 5.3.2; Urteil des Strafgerichts S. 152).
5.7.2 Entgegen den Einwänden des Beschwerdeführers ist auch diesbezüglich keine unzulässige retrospektive Beurteilung oder eine Verletzung des Prinzips der Waffengleichheit auszumachen. Hätte das Gericht das Gutachten, beschränkt auf die rechtserheblichen Fragen, selbst eingeholt, ist anzunehmen, dass sich die Kosten dafür nicht auf Fr. 100'000.-- belaufen hätten. Nicht willkürlich ist es, den Beschuldigten nur die mutmasslichen Kosten eines gerichtlichen Gutachtens zu erstatteten. Der Beschwerdeführer beanstandet, im angefochtenen Entscheid werde nicht dargelegt, inwiefern das Gutachten K._/L._ irrelevante Fragen behandle bzw. welche Teile davon nicht notwendig gewesen wären (Beschwerde Rz. 256 ff.). Damit verkennt er, dass es grundsätzlich an ihm ist, seinen Schaden zu substanziieren (<ref-ruling> E. 3e; <ref-ruling> E. 5) und somit auch darzulegen, weshalb das eingeholte Gutachten und die damit einhergehenden Kosten notwendig waren. Der Vorinstanz kann nicht zum Vorwurf gemacht werden, dass sie im angefochtenen Entscheid nicht im Detail aufzeigt, in welchen Punkten eine Kosteneinsparung möglich gewesen wäre.
6. Der Antrag auf Entschädigung für die ausgestandene Untersuchungshaft wird nicht näher begründet (Beschwerde Rz. 261), weshalb darauf nicht einzutreten ist.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juni 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld