sowie Art. 11 EMRK (Weisung des Haftrichters), hat sich ergeben:
A.-Die Bezirksanwaltschaft Winterthur ermittelt seit 1997 gegen A._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Er wird beschuldigt, als verantwortlicher Aktuar des Vereins zur sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen in Turbenthal und als Geschäftsführer verschiedener Hanfläden in Zürich alkaloidhaltige Pflanzen bzw. Hanfkraut zur Gewinnung von Betäubungsmitteln anzubauen, zu verarbeiten und in den Handel zu bringen. Am 27. Oktober 1999 erfolgte im Hanfladen "X._", dessen Geschäftsführer A._ ist, eine Hausdurchsuchung und am 29. Oktober 1999 wurde A._ festgenommen. Die Bezirksanwaltschaft beantragte die Anordnung der Untersuchungshaft, eventualiter die Auferlegung einer Weisung. Der Haftrichter am Bezirksgericht Winterthur verfügte am 1. November 1999 die Freilassung des Angeschuldigten und auferlegte ihm die Weisung,
"inskünftig jegliche Mitwirkung oder Tätigkeit
im Zusammenhang mit der Herstellung und dem Vertrieb/Verkauf
von Cannabisprodukten, insbesondere
Hanfduftsäcke und Hanfharzmünzen beziehungsweise
Haschischtaler im Zusammenhang mit dem Verein zur
sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen im Turbenthal
beziehungsweise mit dem Verkaufsgeschäft
"X._ GmbH" in Zürich oder mit irgendeinem
anderen Verkaufsgeschäft in Winterthur, Zürich
oder einem anderen Ort zu unterlassen. "
Im Falle der Nichtbefolgung wurde ihm Inhaftierung wegen Fortsetzungsgefahr angedroht.
B.-Gegen die diese Weisung enthaltende Ziffer 2 des Dispositivs des haftrichterlichen Entscheids führt A._ staatsrechtliche Beschwerde und beantragt, sie sei wegen Verletzung von Art. 4, 31 und 56 aBV bzw. Art. 11 EMRK sowie der Meinungsäusserungsfreiheit aufzuheben.
Die Bezirksanwaltschaft und das Bezirksgericht Winterthur verzichten auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Die Beschwerde richtet sich gegen eine Weisung, mit welcher sich der Beschwerdeführer gemäss Protokoll der Haftprüfungsverhandlung vom 1. November 1999 einverstanden erklärt hat. Er fügte an, er könne nicht mehr weitermachen und sei mit den Nerven am Ende.
a) Der angefochtene Entscheid ist ein erstinstanzlicher und gleichzeitig letztinstanzlicher. Der Haftrichter musste das Recht - trotz des Einverständnisses des Betroffenen - von Amtes wegen anwenden und hatte volle Überprüfungsbefugnis. Daher sind die neuen rechtlichen Vorbringen des Beschwerdeführers, wonach die Weisung verschiedene Grundrechte verletze, grundsätzlich zulässig (<ref-ruling> E. 1a S. 90 f.).
b) Von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, sind neue Vorbringen tatsächlicher Art in einer staatsrechtlichen Beschwerde unzulässig (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 7; <ref-ruling> E. 5a S. 26).
Der Beschwerdeführer hat vor dem Haftrichter ausgeführt, er sei schon seit mehr als dreiviertel Jahren nicht mehr im "Verein zur sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen" tätig und werde in nächster Zeit auch aus dem Verkaufsgeschäft austreten, da er ein Restaurant eröffnen wolle. In der Beschwerde qualifiziert er die angefochtene Weisung als Berufsverbot und führt aus, dieses beraube ihn jeglicher Grundlage seiner wirtschaftlichen Existenz. Er kritisiert auch, dass es unverhältnismässig sei, ihm nicht wenigstens die Weiterführung des unbestrittenermassen legalen Teils seiner bisherigen Tätigkeit zu erlauben. Der Beschwerdeführer hat somit offensichtlich seine Pläne geändert und bringt neue Tatsachen vor, die der Haftrichter, insbesondere bei der Beurteilung der Verhältnismässigkeit der angefochtenen Massnahme, nicht berücksichtigen konnte. Daher kann auf diese im vorliegenden Verfahren nicht eingegangen werden. Die neuen Tatsachen muss der Beschwerdeführer zuerst vor dem Haftrichter geltend machen. Er kann - wie im Falle einer Untersuchungshaft - jederzeit eine Aufhebung der angefochtene Ersatzmassnahme beantragen, weil ihre Voraussetzungen weggefallen seien, ihr Zweck mit milderen Massnahmen erreicht werden könne oder weil sie unverhältnismässig geworden sei (vgl. § 74 in Verbin- dung mit §§ 58 Abs. 3, 64 und 65 des Zürcher Gesetzes betreffend den Strafprozess vom 4. Mai 1919 [StPO/ZH, LS 321] und Andreas Donatsch/Niklaus Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1996, N. 12-16 zu § 74).
c) Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten, soweit sie nicht auf neuen tatsächlichen Vorbringen beruht.
2.- Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit, die in Art. 31 aBV und Art. 27 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV), die am 1. Januar 2000 in Kraft getreten ist (AS 1999 2555), gewährleistet wird. Da seine frühere Tätigkeit eine privatwirtschaftliche war, die der Erzielung eines Erwerbseinkommens diente, fällt sie unter den Schutz dieses Grundrechts (<ref-ruling> E. 2a S. 337 mit Hinweisen). Es kann offen bleiben, ob das angefochtene Verbot, die frühere Tätigkeit während der Strafuntersuchung auszuüben, angesichts der Vorbringen vor dem Haftrichter, wonach er sie nicht mehr ausübte bzw. auszuüben gedachte, einen schweren Eingriff in dieses Grundrecht darstellt. Diesfalls würde das Bundesgericht mit freier Kognition prüfen, ob die dafür notwendige gesetzliche Grundlage besteht, andernfalls nur mit Willkürkognition. Wie zu zeigen ist, erscheint die gesetzliche Grundlage für die angefochtene Massnahme selbst bei freier Prüfung als genügend. In jedem Falle prüft das Bundesgericht frei, ob die Einschränkung im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (<ref-ruling> E. 3a S. 217 mit Hinweisen; vgl. zu den Voraussetzungen für Einschränkungen von Grundrechten auch <ref-law>).
a) Nach <ref-law>/ZH können einem Angeschuldigten Weisungen hinsichtlich seiner beruflichen Tätigkeit erteilt werden. Dabei handelt es sich um eine Ersatzanordnung anstelle einer Untersuchungshaft (vgl. <ref-law>/ZH). Wie diese darf sie daher nur angeordnet werden, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ausserdem noch einer der speziellen Haftgründe der Flucht-, Fortsetzungs-, Ausführungs- oder Kollusionsgefahr gegeben ist (vgl. <ref-ruling>).
aa) Der Beschwerdeführer gibt zu, Cannabisprodukte hergestellt und damit, insbesondere mit Hanfduftsäcken, Hanfharzmünzen und Haschischtalern gehandelt zu haben. Er bestreitet indes, dass dies strafbar gewesen sei, und verneint damit insoweit das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts. Er bringt vor, nach Art. 19 Ziff. 1 Abs. 1 des Betäubungsmittelgesetzes (BetmG, SR 812. 121) sei der Anbau von alkaloidhaltigen Pflanzen nur strafbar, wenn er in der Absicht der Gewinnung von Betäubungsmitteln erfolge, und nach <ref-law> sei nur der vorsätzliche Verkauf von Betäubungsmitteln strafbar. Entsprechend dem Namen des Vereins beabsichtige er eine legale Verwendung der alkaloidhaltigen Pflanzen und auf den Duftsäcken befinde sich auch ein ausdrücklicher Hinweis, sie seien nicht zum Drogenkonsum zu verwenden. Da ihm die Behörden nach jeder Untersuchungshandlung während der zweijährigen Strafuntersuchung erlaubt hätten, seine Tätigkeit fortzuführen und keine Anklage erhoben worden sei, habe er davon ausgehen können, seine Tätigkeit sei nicht illegal.
Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des dringenden Tatverdachtes keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Auch der subjektive Tatbestand, vorliegend etwa der Wille der Gewinnung von Betäubungsmitteln, braucht entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht "nachgewiesen" zu werden. Macht ein Angeschuldigter geltend, gegen ihn würden ohne ausreichenden Tatverdacht strafprozessuale Massnahmen ergriffen, ist zu prüfen, ob genügend konkrete Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer eine Straftat begangen hat, die kantonalen Behörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften (<ref-ruling> E. 3c S. 146). Auch die Prüfung der rechtlichen Qualifikation der vorgeworfenen Handlungen kann nur in derart eingeschränkter Weise erfolgen. Andernfalls würde das Bundesgericht der kantonalen Strafjustiz vorgreifen, gegen deren Endentscheide erst die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegeben ist. Mit staatsrechtlicher Beschwerde kann im Übrigen, auch wenn die Nichtigkeitsbeschwerde nach Art. 268 BStP mangels kantonalen Endurteils nicht gegeben ist, keine Verletzung von Bundesstrafrecht gerügt werden, sondern nur eine solche verfassungsmässiger Rechte (vgl. Art. 84 OG).
Der Haftrichter verweist bezüglich des dringenden Tatverdachts auf die Angaben der Bezirksanwaltschaft. Diese führt - ohne dass dies in der Beschwerde bestritten würde - aus, die vom Beschwerdeführer hergestellten Hanfduftsäcke und Hanfharzmünzen würden einen Tetrahydrocannabinolgehalt (THC) von 2 bis über 10 % aufweisen. Objektiv fallen diese damit unter den Begriff der Betäubungsmittel (vgl. zu THC als betäubendem Wirkstoff <ref-ruling> E. 2f/cc S. 322; <ref-ruling> E. 2 S. 258 ff. und zu Duftsäcken unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 26. November 1997 i.S. W. E. 3c). Das Bundesgericht hat schon Hanfblätter mit einem THC-Gehalt von 0,1% als Betäubungsmittel ange- sehen (vgl. unveröffentlichtes Urteil vom 16. November 1994 i.S. E.). Der Beschwerdeführer hat vor dem Haftrichter anerkannt, dass der grösste Teil seiner Kunden seine Produkte als Rauschmittel verwende. Damit konnte der Haftrichter auch vom dringenden Verdacht ausgehen, der Beschwerdeführer nehme die Bestimmung als Betäubungsmittel zumindest eventualvorsätzlich in Kauf.
Aus der Tatsache, dass die Behörden gegen seine Tätigkeit während des Strafverfahrens bisher nicht eingeschritten waren, kann der Beschwerdeführer auch nichts gegen die angefochtene Weisung ableiten. Er macht nicht geltend, dass er sich bei den zuständigen Behörden über die Zulässigkeit des Geschäftes mit den Cannabisprodukten konkret erkundigt hätte oder dass diese ihm eine entsprechende Zusicherung gegeben hätten. Er wusste im Gegenteil, dass deswegen ein Strafverfahren gegen ihn lief. Allein der Umstand, dass die Behörden nicht früher gegen den Verkauf gewisser Produkte eingeschritten sind, lässt die Weisung nicht als Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2c S. 479 mit Hinweisen) erscheinen.
bb) Das Vorliegen einer Fortsetzungsgefahr, des speziellen Haftgrundes, auf den sich der angefochtene Entscheid stützt, bestreitet der Beschwerdeführer nicht ausdrücklich. Immerhin können Untersuchungshaft oder Ersatzmassnahmen gegen einen Angeschuldigten nur dann wegen Fortsetzungsgefahr angeordnet werden, wenn er zahlreiche Verbrechen oder erhebliche Vergehen verübt hat und befürchtet werden muss, dass er erneut solche Straftaten begehen werde (vgl. <ref-law>/ZH). Der Beschwerdeführer stuft das öffentliche Interesse an der Verhinderung einer Wiederholung seiner Taten als gering ein. Damit bestreitet er sinngemäss auch, dass es sich nach geltendem Recht um genügend schwere Taten handelt, um Ersatzmassnahmen wegen Fortsetzungsgefahr zu rechtfertigen. Auch bei der Beurteilung dieser Frage, ob die vorgeworfenen Delikte genügend schwer sind, darf das Bundesgericht nicht der Beurteilung der Delikte durch den Sachrichter vorgreifen. Im angefochtenen Entscheid finden sich keinerlei Ausführungen über die Schwere der vorgeworfenen Delikte. Der Beschwerdeführer rügt dies aber nicht als Verletzung der aus Art. 4 aBV und 29 Abs. 2 BV fliessenden Begründungspflicht. Zwar können die ihm vorgeworfenen Handlungen nicht schon deshalb als schwerer Fall einer Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz angesehen werden, weil sie im Sinne von <ref-law> die Gesundheit vieler Menschen in Gefahr bringen könnten. Dies trifft für den Handel mit Cannabisprodukten nicht zu (<ref-ruling> E. 2 S. 315 ff.; <ref-ruling> E. 2 S. 258 ff.). Hingegen konnte der Haftrichter angesichts der Vorwürfe der Bezirksanwaltschaft einen schweren Fall nach <ref-law> wegen gewerbsmässigen Handels mit einem grossen Umsatz annehmen. Der Vorwurf eines solchen Verbrechens (vgl. <ref-law> und <ref-law>) kann nach <ref-law>/ZH Ersatzmassnahmen wegen Fortsetzungsgefahr rechtfertigen, solange diese verhältnismässig bleiben.
cc) Im Weiteren bringt der Beschwerdeführer vor, <ref-law>/ZH könne jedenfalls nicht als gesetzliche Grundlage dazu dienen, ihm auch den unbestrittenermassen legalen Teil seiner bisherigen Tätigkeit zu verbieten. Dieser Auslegung kann nicht gefolgt werden. So verstanden hätte die Bestimmung keinen Sinn, da sich die "Weisung", keine Straftaten zu begehen, schon aus der übrigen Rechtsordnung ergibt. Auch die im Gesetz ebenfalls erwähnten Weisungen hinsichtlich des Aufenthaltsortes, einer ärztlichen Behandlung oder einer regelmässigen Meldung bei den Behörden betreffen ein Verhalten, das ohne die entsprechende Weisung nicht vorgeschrieben wäre. Im Hinblick auf die zu bannende Fortsetzungsgefahr scheint es durchaus sinnvoll, einem Angeschuldigten während des Strafverfahrens eine an sich legale Berufstätigkeit zu verbieten, die im Grenzbereich zu den ihm vorgeworfenen Straftaten angesiedelt ist (vgl. Sylva Fisnar, Ersatzanordnungen für Untersuchungshaft und Sicherheitshaft im zürcherischen Strafprozess, Zürich 1997, S. 63-65; André Hänni, Ersatzmassnahmen für Untersuchungshaft, 1980, S. 99). Auch die Weisungen, die nach <ref-law> dem zu einer bedingten Freiheitsstrafe Verurteilten während der Probezeit erteilt werden dürfen, können etwa einem wegen Handels mit unzüchtigen Gegenständen Verurteilten vorschreiben, "während der Probezeit kein Geschäft mit Sexartikeln zu betreiben oder betreiben zu lassen" (<ref-ruling>), obwohl ein solches an sich nicht rechtswidrig ist.
b) Der Beschwerdeführer anerkennt, dass es im öffentlichen Interesse liege, den verbotenen Anbau und Verkauf von Betäubungsmitteln zu verhindern. Dass ein Vernehmlassungsverfahren zu einer vorgeschlagenen Entkriminalisierung von Cannabisprodukten durchgeführt wurde (vgl. BBl 1999 7306), ändert nichts am öffentlichen Interesse, die gegenwärtige Rechtsordnung durchzusetzen.
c) Der Beschwerdeführer kritisiert, die angefochtene Weisung sei unverhältnismässig.
aa) Er anerkennt zwar, dass sie geeignet sei, ihn vom verbotenen Anbau und Handel von Betäubungsmitteln abzuhalten. Dass - wie er geltend macht - andere trotz der Weisung an den Beschwerdeführer die genannten Tätigkeiten fortsetzen, kann die Weisung auch faktisch nicht als ungeeignet erscheinen lassen, zumindest die von ihm ausgehende Fortsetzungsgefahr zu bannen. Es wird nicht behauptet, die Behörden seien nicht gewillt, gegen diese anderen einzuschreiten.
bb) Der Beschwerdeführer rügt hauptsächlich, die Weisung gehe zu weit und sei nicht erforderlich. Es würde genügen, ihm bloss den Verkauf der von den Strafverfolgungsbehörden als illegal betrachteten Produkte zu verbieten. Der Anbau und die Verarbeitung betreffen jedoch einen Grundstoff, der zur Herstellung von legalen und von illegalen Produkten dient. Auch der GmbH, deren Geschäftsführer der Beschwerdeführer war, wird vorgeworfen, Beides gemeinsam zu vertreiben. Es ist nicht ersichtlich, wie der Beschwerdeführer nur für den Vertrieb der einen Produktelinie verantwortlich sein könnte und wie dies kontrolliert werden könnte. Auch darf berücksichtigt werden, dass der Beschwerdeführer, wenn er legale Hanfprodukte vertreiben dürfte, in Gefahr kommen würde, im Grenzbereich aus Erwerbstrieb, Überzeugung oder weil ihm die Sache über den Kopf wachsen würde, falsch zu entscheiden. Aufgrund der bisherigen Erfahrungen durfte der Haftrichter ernsthaft hiermit rechnen. Ein auf Betäubungsmittel beschränktes Verbot erschien somit nicht als geeignete Massnahme und eine mildere als die erlassene Weisung, die den Zweck erreicht hätte, ist nicht ersichtlich.
cc) Das Gebot der Verhältnismässigkeit im engeren Sinne ruft der Beschwerdeführer sinngemäss dadurch an, dass er die angefochtene Weisung als umfassendes Berufsverbot qualifiziert, das seine wirtschaftliche Existenz schwer gefährde. Womöglich missversteht er dabei die angefochtene Weisung, die rein grammatikalisch mehrdeutig und unklar formuliert ist. Die dem Beschwerdeführer untersagten Tätigkeiten "im Zusammenhang mit" der Herstellung und dem Vertrieb von Cannabisprodukten, "im Zusammenhang mit" dem umstrittenen Verein "beziehungsweise mit" Verkaufsgeschäf- ten können rein sprachlich als drei verschiedene Alternativen verstanden werden, deren jede ihm untersagt ist. Gemeint sein und von ihm verlangt werden kann aber nur, dass er nicht an der Herstellung, am Vertrieb oder Verkauf von Cannabisprodukten beteiligt sein dürfe und zwar im Zusammenhang mit dem Verein, dessen Aktuar er ist, oder mit irgend einem Verkaufsgeschäft. Obwohl ihr Wortlaut auch bedeuten könnte, dass ihm jegliche Mitwirkung im fraglichen Verein und an irgend einem Verkaufsgeschäft an irgend einem Ort verboten wäre, kann die Weisung verfassungsmässig und ihrem Zweck entsprechend ausgelegt nicht so verstanden werden.
Wenn der wirtschaftliche Erfolg des Geschäfts, das der Beschwerdeführer leitete, hauptsächlich auf dem Verkauf legaler Produkte beruhte, ist nicht ersichtlich, warum der Beschwerdeführer nicht auch in selbständiger oder unselbständiger Stellung beim Vertrieb anderer Naturprodukte erfolgreich sein könnte. Seine Angabe vor dem Haftrichter, er plane, ein Restaurant zu betreiben, weist in diese Richtung. Der Haftrichter musste somit zwischen dem öffentlichen Interesse abwägen, die nicht sehr schweren Delikte, die vom Beschwerdeführer zu befürchten sind, zu verhindern, und dem privaten Interesse des Beschwerdeführers, eine Tätigkeit fortzusetzen, die er sowieso aufgegeben hatte bzw. aufgeben wollte (vgl. vorne E. 1b). Bei dieser Abwägung überwiegen die öffentlichen Interessen zugunsten der angefochtenen Weisung gegenüber den ihr entgegenstehenden privaten Interessen. Sie ist daher nicht unverhältnismässig. Damit ist noch nicht entschieden, wie die Abwägung ausfallen muss, falls der Haftrichter in einem neuen Entscheid die neue Tatsache, dass der Beschwerdeführer seine frühere Tätigkeit, allenfalls wenigstens beschränkt auf die unbestritten legalen Produkte, fortsetzen will, berücksichtigen muss.
3.- Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung weiterer verfassungsmässiger Rechte, die jedoch im vorliegenden Fall neben der Wirtschaftsfreiheit keine selbständige Bedeutung haben.
a) Zunächst beruft er sich auf die in Art. 56 aBV (<ref-law>) und Art. 11 EMRK geschützte Vereinigungsfreiheit. Wenn sie, wie vorstehend erwähnt, ausgelegt wird, verbietet die angefochtene Weisung, obwohl ihr Wortlaut auch jede "Mitwirkung ... im Zusammenhang mit dem Verein" abdecken könnte, dem Beschwerdeführer nicht, dem "Verein zur sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen" anzugehören und sich für dessen ideelle Ziele einzusetzen. Sie hindert ihn einzig daran, an der wirtschaftlichen Produktions- und Vertriebstätigkeit des Vereins teilzunehmen. Solches wirtschaftliches Handeln eines Vereins fällt unter den Schutzbereich der Wirtschaftsfreiheit (vgl. Giorgio Malinverni, Kommentar BV, Art. 56, Rz. 8; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Auflage, 1999, S. 341; Jean-François Aubert, Traité de droit constitutionnel suisse, 1967, Band 2, S. 747 f.). Es ist weder dargetan noch ersichtlich, inwiefern die erhobenen Rügen Schutzbereiche betreffen, die nur von der Vereinsfreiheit erfasst werden. Somit braucht nicht gesondert geprüft zu werden, ob der angefochtene Entscheid die Vereinigungsfreiheit verletzt.
b) Der Beschwerdeführer ruft ebenfalls die Meinungsäusserungsfreiheit (bisher ungeschriebenes verfassungsmässiges Recht und neu <ref-law>) an. Die angefochtene Weisung verbietet ihm jedoch nicht, sich zur Entkriminalisierung von Cannabisprodukten eine Meinung zu bilden und diese verbal und nicht-verbal zu äussern. Die Meinungsfreiheit schützt zwar auch Meinungen, die eine Änderung der Rechtsordnung verlangen. Aus ihr kann sich jedoch kein Anspruch ergeben, sich entsprechend einer solchen Meinung zu verhalten, bevor die Rechtsordnung geändert wird. Soweit sich die Meinung des Beschwerdeführers schliesslich darin äussert, dass er legale Cannabisprodukte herstellen und vertreiben will, würde diese Äusserung kommerziellen Zwecken dienen und damit einzig in den Schutzbereich der vorne behandelten Wirtschaftsfreiheit fallen (vgl. Jörg Paul Müller, Kommentar BV, Meinungsfreiheit, Rz. 8; Aubert, a.a.O., S. 710 f.). Die Meinungsäusserungsfreiheit enthält demnach keine weiterführenden Gesichtspunkte, die nicht bereits im Lichte der Wirtschaftsfreiheit zu berücksichtigen gewesen wären (<ref-ruling> E. 2e S. 18).
c) Auch die auf Art. 4 aBV (<ref-law>) gestützte Rüge der Willkür hat neben den bereits behandelten Aspekten keine selbständige Bedeutung mehr (<ref-ruling> E. 6c S. 202). Da die angefochtene Weisung auch bei freier Prü- fung eine genügende gesetzliche Grundlage hat (vgl. vorne, E. 2a), kann letztere durch den angefochtenen Entscheid nicht willkürlich angewandt worden sein (<ref-ruling> E. 4a S. 314). Da sie im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (vgl. vorne E. 2b und c), kann sie auch nicht in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen.
4.- Die Beschwerde ist somit als unbegründet abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer stellt das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Die gesetzlichen Voraussetzungen dafür sind erfüllt (Art. 152 OG). Namentlich erschien die Beschwerde nicht zum Vornherein aussichtslos, und auch die Bedürftigkeit des Beschwerdeführers ist ausreichend glaubhaft gemacht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben.
b) Rechtsanwältin Michal Hasler wird als unentgeltlicher Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit einem Honorar von Fr. 1'500. -- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bezirksanwaltschaft sowie dem Bezirksgericht Winterthur schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 13. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: