Sachverhalt:
A. Das Ehepaar X._ und Y._ deklarierte in der Steuererklärung 2004 ein steuerbares Einkommen von Fr. 40'400.-- sowie ein steuerbares Vermögen von Fr. 3'550'831.--, was gegenüber dem Vorjahr einer Vermögensvermehrung von Fr. 725'351.-- entsprach.
Eine Untersuchung im Rahmen des Einschätzungsverfahrens durch die Steuerverwaltung ergab, dass X._ im Jahr 2004 Kursgewinne auf Wertschriftenvermögen im Umfang von Fr. 938'750.-- realisiert hatte, die primär auf die erfolgreiche Tätigkeit eines beauftragten Vermögensverwalters zurückzuführen waren. In der Folge gelangte die Steuerverwaltung zum Schluss, dass X._ als gewerbsmässiger Wertschriftenhändler zu qualifizieren sei und schätzte mit Entscheid vom 22. Januar 2007 das Ehepaar X._ und Y._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 873'000.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 3'465'000.-- für das Steuerjahr 2004 ein. Das kantonale Steueramt wies eine dagegen erhobene Einsprache am 20. August 2007 ab.
Die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich hiess einen hiergegen erhobenen Rekurs in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern am 23. November 2007 teilweise gut und schätzte die Eheleute X._ und Y._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 867'000.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 3'465'000.-- ein. Sie bestätigte die Qualifikation von X._ als gewerbsmässiger Wertschriftenhändler.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, hiess eine hiergegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 22. Oktober 2008 gut und schätzte das Ehepaar X._ und Y._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 48'880.-- ein. Das Verwaltungsgericht führte aus, es habe in konstanter Rechtsprechung weit höhere Anforderungen an die Bejahung einer selbständigen Erwerbstätigkeit als nebenberuflicher gewerbsmässiger Wertschriftenhändler gestellt als dies das Bundesgericht für die direkte Bundessteuer für Liegenschaften- und Wertschriftenhändler getan habe; es kam zum Schluss, es liege hier kein gewerbsmässiger Wertschriftenhandel vor.
B. Gegen diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts erhebt das Steueramt des Kantons Zürich mit Eingabe vom 2. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Es beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Bestätigung des Entscheides der Steuerrekurskommission I. Das Steueramt macht geltend, es lägen mehrere, zum Teil deutlich für die Annahme einer selbständigen Tätigkeit sprechende Umstände vor.
C. Die Beschwerdegegner und das Verwaltungsgericht stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde, während sich die Eidgenössische Steuerverwaltung den Anträgen des Beschwerdeführers anschliesst.
Am 1. Dezember 2008 ist X._ verstorben.
D. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 23. Oktober 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkten Steuern des Kantons und der Gemeinde. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und § 154 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit <ref-law> legitimierten Behörde eingereicht worden. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, soweit er nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Streitig ist, ob die von den Beschwerdegegnern im Jahr 2004 erzielten Gewinne aus dem Handel mit Wertschriften steuerbares Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von § 18 Abs. 1 und 2 StG/ZH oder steuerfreie private Kapitalgewinne im Sinne von § 16 Abs. 3 StG/ZH darstellen.
Dabei ist vorab festzuhalten, dass die Regelung des Zürcher Steuergesetzgebers von der Lösung, wie sie im Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vorgesehen ist, nicht abweicht: § 18 Abs. 1 und 2 StG/ZH und Art. 18 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) - ebenso wie Art. 7 und 8 StHG - verwenden dieselben Begriffe und haben im Wesentlichen den gleichen Inhalt. Der Begriff der selbständigen Erwerbstätigkeit kann unter dem Geltungsbereich des Steuerharmonisierungsgesetzes im kantonalen Recht daher grundsätzlich nicht anders ausgelegt werden als auf dem Gebiet der direkten Bundessteuer. Eine andere Auslegung würde dem Anliegen der vertikalen Steuerharmonisierung zuwiderlaufen und die mit dem Erlass des Steuerharmonisierungsgesetzes angestrebte Vereinfachung der Rechtsanwendung vereiteln (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 71 f.; Urteil 2A.224/2004 vom 26. Oktober 2004 E. 5 bis 7, in: ASA 75 S. 253; vgl. dazu auch HANS-JÜRG NEUHAUS/PETER AGNER/GOTTHARD STEINMANN, Der gewerbsmässige Liegenschaften- und Wertschriftenhandel nach dem Stabilisierungsprogramm 1998, ST 1999 S. 593, wonach die Bestimmungen im StHG über die Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Grundsatz gleich wie im DBG geregelt sind; a.M. MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], N. 41 f. zu Art. 1 StHG, der für eine "föderalistische Zurückhaltung" plädiert).
2.2 Nach § 16 Abs. 1 StG/ZH resp. <ref-law> unterliegen "alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte" der Einkommenssteuer. Der Gesetzgeber hat damit an dem bereits in Art. 21 Abs. 1 des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt) enthaltenen Grundsatz der Gesamtreineinkommensbesteuerung festgehalten. Steuerfrei sind nach § 16 Abs. 3 StG/ZH resp. <ref-law> die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen. Damit bestätigt das Gesetz ausdrücklich, was schon unter dem Bundesratsbeschluss über die Erhebung einer direkten Bundessteuer Gültigkeit hatte. § 18 Abs. 1 StG/ZH resp. <ref-law> bestimmt, dass alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit steuerbar sind. Zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit gehören nach § 18 Abs. 2 StG/ZH resp. <ref-law> auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen (<ref-ruling> E. 4a S. 119).
Wie das Bundesgericht erkannt hat, wollte der Gesetzgeber die Besteuerung der Einkünfte aus Erwerbstätigkeit, namentlich aus Liegenschaften- oder Wertschriftenhandel, im Vergleich zum früheren Recht nicht einschränken. Er hat vielmehr bewusst eine Erweiterung gegenüber dem bisherigen Recht vorgenommen, indem er die Kapitalgewinnsteuerpflicht aufgrund des § 18 Abs. 2 StG/ZH resp. <ref-law> auf den gesamten Bereich der selbständigen Erwerbstätigkeit, d.h. auf alle Gegenstände des Geschäftsvermögens, ausgedehnt hat, während sie nach bisherigem Recht aufgrund von Art. 21 Abs. 1 lit. d und f BdBSt auf buchführungspflichtige Unternehmen beschränkt war (<ref-ruling> E. 5c S. 121 f. mit Hinweis).
2.3 Nach bisheriger und ständiger Praxis des Bundesgerichts zu Art. 21 Abs. 1 lit. a BdBSt unterliegen Gewinne aus der Veräusserung von Vermögensgegenständen - namentlich Liegenschaften, Wertpapieren, Edelmetallen und Devisen - als Erwerbseinkommen der direkten Bundessteuer, wenn dabei eine Tätigkeit entfaltet wird, die in ihrer Gesamtheit auf Erwerb gerichtet ist (vgl. statt vieler: <ref-ruling> E. 3 mit Hinweisen). Diese Praxis gilt grundsätzlich auch für das Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (<ref-ruling> E. 5 S. 120 ff.). Demnach sind steuerfreie private Kapitalgewinne im Sinne von § 16 Abs. 3 StG/ZH resp. <ref-law> nur diejenigen Gewinne, die im Rahmen der schlichten Verwaltung privaten Vermögens entstehen, also ohne besondere, in ihrer Gesamtheit auf Erwerb gerichtete Tätigkeit des Steuerpflichtigen, oder bei einer sich zufällig bietenden Gelegenheit (<ref-ruling> E. 5e S. 123; Urteile 2A.486/2002 vom 31. März 2002 E. 2.3, in: StE 2003 B 23.1 Nr. 55; 2A.4/1998 vom 2. Dezember 1999 E. 2a, in: ASA 69 S. 788; je mit Hinweisen).
2.4 Ob einfache Vermögensverwaltung oder auf Erwerb gerichtete Tätigkeit vorliegt, ist unter Berücksichtigung der gesamten Umstände des Einzelfalls zu beurteilen. Als Indizien für eine selbständige Erwerbstätigkeit fallen nach der bisherigen Praxis etwa in Betracht: Systematische oder planmässige Art und Weise des Vorgehens, Häufigkeit der Transaktionen, kurze Besitzdauer, enger Zusammenhang mit der beruflichen Tätigkeit der steuerpflichtigen Person, Einsatz spezieller Fachkenntnisse oder erheblicher fremder Mittel zur Finanzierung der Geschäfte, Verwendung der erzielten Gewinne bzw. deren Wiederanlage in gleichartige Vermögensgegenstände (vgl. dazu Urteil 2A.4/1998 vom 2. Dezember 1999 E. 2a, in: ASA 69 S. 788 mit Hinweisen). Jedes dieser Indizien kann zusammen mit andern, unter Umständen jedoch auch allein zur Annahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit im Sinne von § 18 StG/ZH resp. <ref-law> ausreichen. Dass einzelne typische Elemente einer selbständigen Erwerbstätigkeit im Einzelfall nicht erfüllt sind, kann durch andere Elemente kompensiert werden, die besonders ausgeprägt vorliegen (vgl. zur Gewichtung der einzelnen Kriterien jedoch E. 2.7). Entscheidend ist, dass die Tätigkeit in ihrem gesamten Erscheinungsbild auf Erwerb ausgerichtet ist (<ref-ruling> E. 3c S. 118 f.; Urteile 2A.4/1998 vom 2. Dezember 1999 E. 2a, in: ASA 69, S. 788; 2A.425/2001 vom 12. November 2002 E. 3.3, in: ASA 73 S. 299; 2A.419/2001 vom 13. November 2002 E. 2.3, in: ASA 73 S. 473 sowie 2A.486/2002 vom 31. März 2003 E. 2.4, in: StE 2003 B 23.1 Nr. 55).
Ob der Steuerpflichtige die Wertschriftengeschäfte selber oder durch einen bevollmächtigen Dritten abwickelt, ist im Übrigen nicht von entscheidender Bedeutung; das Wertschriftengeschäft erfordert in der Regel ohnehin den Beizug fachkundiger Personen, deren Verhalten dem Steuerpflichtigen zugerechnet wird (<ref-ruling> E. 3b S. 450 mit Hinweis).
2.5 Die Vorinstanz kritisiert die Rechtsprechung des Bundesgerichts zum gewerbsmässigen Wertpapierhandel und hält fest, sie habe in konstanter Rechtsprechung weit höhere Anforderungen an die Bejahung einer selbständigen Erwerbstätigkeit als nebenberuflicher gewerbsmässiger Wertschriftenhändler gestellt als das Bundesgericht. Die Vorinstanz legt dar, dass ihre Praxis - im Gegensatz zur bundesgerichtlichen - nicht wiederholt in der Lehre kritisiert worden sei.
Diese Sichtweise ist weder neu noch rechtfertigt sie eine grundsätzliche Abkehr von der bisherigen langjährigen Rechtsprechung (vgl. zur Kritik: Urteile 2A.425/2001 vom 12. November 2002 E. 3.4, in: ASA 73 S. 299; 2A.419/2001 vom 13. November 2002 E. 2.4, in: ASA 73 S. 473; je mit Hinweisen; vgl. auch Kreisschreiben Nr. 8 der Eidgenössischen Steuerverwaltung [ESTV] vom 21. Juni 2005 betreffend gewerbsmässiger Wertschriftenhandel, in: ASA 74 S. 643). Insbesondere der Hinweis der Vorinstanz auf die Botschaft vom 22. Juni 2005 zum Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen (Unternehmenssteuerreformgesetz II; BBl 2005 4803 ff., Ziff. 2.6.5) ist unbehelflich, wurde doch die vorgesehene gesetzliche Regelung zur selbständigen Erwerbstätigkeit bei Veräusserung von Wertpapieren, weil politisch zu umstritten, fallengelassen ("aus der Reform herausgelöst"; vgl. AB 2007 S 12 f.; AB 2007 N 309 f.).
Die Vorinstanz hält zu Recht fest, dass die Abgrenzung zwischen selbständiger Erwerbstätigkeit und privater Vermögensverwaltung im Einzelfall nicht einfach ist. Die Erwägungen im angefochtenen Entscheid beschränken sich aber auf die Feststellung, dass die bundesgerichtliche Rechtsprechung in der Lehre kritisiert worden sei. Die Vorinstanz legt denn auch nicht näher dar, inwiefern die Praxis des zürcherischen Verwaltungsgerichts, welche an die Annahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit als gewerbsmässiger Wertschriftenhändler höhere Anforderungen stellt als das Bundesgericht, vorzuziehen sei.
2.6 Die Frage, ob schlichte (gewöhnliche) Verwaltung des privaten Vermögens oder gewerbsmässiger Wertschriftenhandel vorliegt, ist somit weiterhin aufgrund mehrerer Indizien und unter Würdigung sämtlicher konkreter Umstände des Einzelfalls zu beantworten. Das schematische Vorgehen verschiedener kantonaler Steuerverwaltungen, wonach beim Vorliegen bestimmter Kennzahlen auf eine Gesamtwürdigung verzichtet werden bzw. selbständige Erwerbstätigkeit als ausgeschlossen gelten könne, führt nur in denjenigen Fällen zu einem sachgerechten Ergebnis, bei denen die Verhältnisse klar und eindeutig sind. In den übrigen Fällen ist die Tätigkeit jeweils nach wie vor in ihrem gesamten Erscheinungsbild rechtlich zu beurteilen.
2.7 In der Literatur wurde teilweise Kritik geäussert, die bisherige bundesgerichtliche Praxis gewährleiste weder Rechtssicherheit noch Gleichbehandlung, da sie mehr auf subjektiven als auf objektiven Kriterien beruhe. Als Lösung wurde darum vorgeschlagen, quantifizierbare Alternativkriterien zu formulieren (vgl. etwa XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3. Aufl. 2007, S. 96; Botschaft vom 22. Juni 2005 zum Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen [Unternehmenssteuerreformgesetz II; BBl 2005 4808 ff.]). Dagegen liesse sich grundsätzlich einwenden, dass sich jeder Versuch, ein für allemal "eindeutige" Abgrenzungskriterien für den Begriff der selbständigen Erwerbstätigkeit zu entwickeln, als problematisch erweist (PETER LOCHER, Kommentar zum DGB, I. Teil, 2001, Art. 18 N. 4).
Allerdings ist durchaus einzuräumen, dass in den letzten Jahren bestimmte Kriterien durch eine dynamische Entwicklung an den Finanzmärkten, welche in immer schnellerem Rhythmus neue und moderne Finanzprodukte anbieten, an Bedeutung verloren haben, währenddem sich andere Kriterien oder Indizien gleichzeitig als gewichtiger und entscheidender erwiesen haben: So ist nicht von der Hand zu weisen, dass sich das Kriterium der "systematischen und planmässigen Vorgehensweise" bei näherer Betrachtung als nicht mehr sehr zeitgemäss erweist; diese Voraussetzung dürfte heute fast jede Person erfüllen, die sich - privat oder gewerbsmässig - mit Wertschriftenhandel befasst. Das Gleiche gilt für die "speziellen Fachkenntnisse". Diese beiden Kriterien können bei der Beurteilung des gewerbsmässigen Wertschriftenhandels nur noch eine untergeordnete Bedeutung haben, namentlich im Sinne von Ausschlusskriterien.
Dagegen treten die beiden Kriterien der "Höhe des Transaktionsvolumens" (betragsmässige Summe aller Käufe und Verkäufe; vgl. schon Kreisschreiben Nr. 8 der ESTV, a.a.O, Ziff. 2, wonach die Grenze beim Fünffachen des Wertschriften- und Guthabenbestands pro Kalenderjahr liegen soll) sowie der "Einsatz erheblicher fremder Mittel zur Finanzierung der Geschäfte" (vgl. Kreisschreiben Nr. 8 der ESTV, a.a.O, Ziff. 2 und 3.3), in den Vordergrund und sind fortan stärker zu gewichten. Die beiden letztgenannten Kriterien beruhen auf objektiven und quantifizierbaren Gegebenheiten, was ihre Anwendung wesentlich erleichtert. Zudem werden diese beiden Voraussetzungen von der Praxis - wenn auch mit Vorbehalten - als die tauglichsten erachtet (vgl. etwa FRITZ MÜLLER, Der Quasi-Wertschriftenhandel, ST 2007 S. 406).
3. 3.1 Nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz verfügten die Beschwerdegegner Ende 2003 über Wertschriften und Guthaben in der Höhe von Fr. 2'227'619.-- (im Einzelnen: Bankkonto Fr. 2'000'000.--; Aktien 70'000.--; Obligation Fr. 50'000.--; Anlagefonds Fr. 5'000.-- sowie WIR-Geld Fr. 40'000.--). Per Ende 2004 betrug der Saldo von Wertschriften und Guthaben Fr. 3'314'751.--, wovon sich Fr. 3'000'000.-- auf Festgeld und der Rest auf Anlagefonds, Bank- und Postkonti sowie WIR-Geld verteilten.
Aus dem angefochtenen Urteil ergibt sich weiter, dass die Beschwerdegegner im Jahr 2004 mit Aktien von neun zum damaligen Zeitpunkt dem Swiss Market Index (SMI) angehörenden Schweizer Unternehmen insgesamt 32 Transaktionen durchgeführt haben (15 Käufe und 17 Verkäufe), wobei die Haltedauer durchschnittlich nicht länger als einen Monat, einmal gar nur einen Tag betrug. Dazu wurde eine Obligation verkauft. Gesamthaft ergab sich daraus bei einem umgesetzten Volumen von Fr. 2'800'000.-- ein Kapitalgewinn von Fr. 143'000.--. Daneben handelten die Beschwerdegegner insgesamt 69 Mal (Käufe und Verkäufe) mit Call- und Put-Optionen auf Aktien sowie Futures auf dem SMI, wobei sie Fr. 1'850'000.-- umsetzten und einen Gewinn von Fr. 407'245.-- realisierten. Weiter investierten die Beschwerdegegner in Devisengeschäfte, wobei sie mit 82 Käufen und Verkäufen bei einem Umsatz von rund Fr. 30'000'000.-- einen Gewinn von Fr. 359'982.-- erzielten. Sämtliche Geschäfte wurden von der A._ AG getätigt. Mitte 2004 wurden schliesslich die Hypothek auf dem Eigenheim der Beschwerdegegner um Fr. 300'000.-- erhöht und die in liquide Form gebrachten Mittel ebenfalls - zumindest teilweise - eingesetzt.
3.2 Die Beschwerdegegner haben somit im Steuerjahr 2004 insgesamt mindestens 184 Transaktionen (d.h. jeden zweiten Tag eine Transaktion) durchgeführt und ein Volumen von Fr. 35'000'000.-- umgesetzt, was dem zehnfachen Wert des Vermögens der Beschwerdegegner (Stand Ende 2004) entspricht. Die Beschwerdegegner haben in erster Linie kurzfristige Wertschriftengeschäfte durchgeführt. Der Handel mit Derivaten diente zudem weniger der Absicherung des Aktienvermögens, sondern war spekulativer Natur und es wurde im Verhältnis zum Gesamtvermögen ein grosses Volumen umgesetzt. Auch die Transaktionen mit Devisen waren mit beträchtlichen Risiken verbunden, fanden sehr kurzfristig statt und der Umsatz von Fr. 30'000'000.-- erscheint im Verhältnis zum Vermögen als sehr hoch. Dazu kommt, dass auch - in verhältnismässig bescheidenem Umfang - Fremdmittel (Erhöhung der Hypothek) eingesetzt wurden. Es erhellt damit ohne Weiteres, dass im vorliegenden Fall die oben erwähnten Kriterien, insbesondere ein sehr hohes Transaktionsvolumen (vgl. E. 2.4 und 2.7), für die Annahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit im Sinne der bisherigen bundesgerichtlichen Rechtssprechung erfüllt sind. Daran ändert auch nichts, wenn zutrifft, dass - wie die Vorinstanz in E. 3.4.2. ausführt - Derivate und strukturierte Produkte ebenso wie Anteile an Hedge Fonds mittlerweile auch bei Privatanlegern weit verbreitet seien, wie die umfangreiche einschlägige Werbung in seriösen Tageszeitungen zeige, und Optionen auch in ein "normales" Portefeuille gehören dürften. Der Optionshandel kann auf gewerbsmässiges Vorgehen hindeuten, wenn die Optionen nicht in erster Linie zur Absicherung von Risiken verwendet wurden, was vorliegend gerade nicht der Fall war (vgl. Urteil 2A.486/2002 vom 31. März 2003 E. 3, in: StE 2003 B 23.1 Nr. 55). Entscheidend ist hier aber, dass es sich um ein sehr hohes Transaktionsvolumen handelt und recht zahlreiche spekulative und kurzfristige Geschäfte getätigt wurden.
3.3 Das Festhalten an der bisherigen Praxis bedeutet aber nicht, dass es etwa einem Steuerpflichtigen nicht möglich sein sollte, in seiner Freizeit neben der Ausübung der (im vollen Pensum verrichteten) Haupterwerbstätigkeit sein Vermögen nach modernen Anlagestrategien und mithilfe moderner Anlageformen zu verwalten, ohne als selbständig Erwerbstätiger qualifiziert zu werden. Die private Vermögensverwaltung beschränkt sich nicht auf Obligationen und Beteiligungsrechte und unterliegt nicht einem Gebot, diese in aller Regel zu halten oder nur selten zu verkaufen (vgl. dazu etwa ANDRI MENGIARDI, Die Besteuerung der Investition in derivative Anlageprodukte ["strukturierte Anlageprodukte"] nach Schweizer Recht, 2008, S. 144). Im vorliegenden Fall sprechen jedoch vor allem das grosse Umsatzvolumen und der Einsatz von Fremdkapital für die Annahme einer selbständigen Erwerbstätigkeit.
3.4 Die Vorinstanz ist der Auffassung, die Beschwerdegegner hätten weder eigene Arbeitsleistung eingesetzt noch seien sie nach aussen aufgetreten. Damit fehle es bereits am zentralen Element der selbständigen Erwerbstätigkeit gemäss § 18 StG/ZH. Damit verkennt die Vorinstanz jedoch, dass nach der bundesgerichtlichen Praxis nicht entscheidend ist, ob die Steuerpflichtigen die Wertschriftengeschäfte selber oder durch einen bevollmächtigten Dritten abwickeln. Das Verhalten einer beigezogenen Fachperson wird der pflichtigen Person angerechnet (vgl. E. 2.4 in fine).
3.5 Die Einwendungen der Beschwerdegegner, es sei eine Zumutung, einen todkranken Pensionär und eine Hausfrau als gewerbsmässige Wertschriftenhändler einzustufen, vermögen aus deren subjektiver Sicht zwar verständlich erscheinen, ändern aber an der rechtlichen Qualifikation aufgrund der vorhandenen Indizien nichts. Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegner kann auch nicht gesagt werden, die vorliegenden Transaktionen hätten in der Form eines einzelnen Fonds vorgenommen werden können, womit das "Thema gewerbsmässiger Wertschriftenhändler" nie aufgekommen wäre; die Einfluss- und Reaktionsmöglichkeiten eines Investors auf einzelne Ereignisse ist auf dem Finanzmarkt viel grösser als bei Transaktionen, die in einem einzigen Fonds gebündelt sind.
Soweit die Beschwerdegegner in ihrer Vernehmlassung sinngemäss den Eventualantrag stellen, dass für das Jahr 2004 eine "Ausfallreserve von mindestens 15 bis 20 % des Grundvermögens" gebildet werden soll, ist dieser Antrag abzuweisen. Die Beschwerdegegner hätten die Begründetheit dieser "Ausfallreserven" als steuermindernde Tatsache sowie ihren Bestand und Umfang nachzuweisen gehabt, was aber bereits vor den Vorinstanzen nicht der Fall war. Soweit die Beschwerdegegner ihren Antrag für die "Folgejahre" stellen, kann darauf nicht eingetreten werden, da Gegenstand des vorliegenden Verfahrens nur das Steuerjahr 2004 bildet.
4. Zusammengefasst ergibt sich im vorliegenden Fall nicht das Bild einer blossen bzw. gewöhnlichen Verwaltung eigenen, privaten Vermögens. Insbesondere die kurze Besitzdauer und der relativ hohe jährliche Umsatz sowie der Einsatz von Fremdkapital zeigen, dass die Beschwerdegegner ihren Wertschriftenbestand nicht bloss dynamisch bewirtschaftet haben, wie dies auch im Rahmen einer gewöhnlichen Vermögensverwaltung möglich ist, sondern gezielt, mit erheblichem Mitteleinsatz und auch mit hohem Risiko versucht haben, die Börsenentwicklung auszunützen. Ein solches Vorgehen kann insgesamt und unter Würdigung der gesamten konkreten Umstände - entgegen der Auffassung der Vorinstanz - nicht mehr als gewöhnliche Vermögensverwaltung bezeichnet werden, sondern stellt eine selbständige Erwerbstätigkeit dar. Die im Jahr 2004 erzielten Gewinne sind damit als steuerbares Erwerbseinkommen im Sinne von § 18 StG/ZH zu qualifizieren.
5. 5.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit gutzuheissen, und das angefochtene Urteil der Vorinstanz ist aufzuheben. Der Entscheid der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich vom 23. November 2007 ist zu bestätigen.
5.2 Die Gerichtskosten sind den Beschwerdegegnern aufzuerlegen (Art. 65, 66 Abs. 1 und 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>). Über die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens wird das Verwaltungsgericht in einem Zusatzentscheid zu diesem Entscheid befinden müssen (Art. 67, 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. Oktober 2008 aufgehoben und der Entscheid der Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich vom 23. November 2007 bestätigt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Die Angelegenheit wird zu neuem Entscheid hinsichtlich der Kostenregelung für das kantonale Verfahren an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdegegnern, dem Steueramt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger