Sachverhalt:
A. Die Zanox.de AG (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der am 8. Juli 2004 aufgrund einer in Deutschland eingetragenen Basismarke registrierten internationalen Marke Nr. 844 225 "AdRank". Sie beantragte für dieses Zeichen eine Schutzausdehnung auf die Schweiz für folgende Dienstleistungen:
Klasse 35:
Publicité; conseils en gestion; analyse de marché; expertises en productivité; analyse du potentiel de marché; traitement de données numériques; traitement de données électroniques pour le compte de tiers; mise à disposition d'informations sur l'internet en matière de recherches de marché, d'expertises en productivité et d'analyses du potentiel de marché.
Klasse 38:
Télécommunications; courrier électronique; services de courrier électronique; transmission de messages et images assistée par ordinateur; services d'une base de données, notamment transmission d'informations.
Klasse 42:
Services scientifiques et technologiques et services de recherche et développement y relatifs; conception et mise au point de matériel et logiciels informatiques; ingénierie en matière de logiciels; conception d'arts graphiques; recherche et développement pour le compte de tiers; conception d'animations informatiques; études scientifiques; mise à disposition de plates-formes sur l'internet.
Das Institut für Geistiges Eigentum (IGE) erliess am 24. März 2006 eine partielle provisorische Schutzverweigerung mit der Begründung, dass das Zeichen bezüglich der beanspruchten Dienstleistungen beschreibend und daher nicht unterscheidungskräftig sei und an ihm ein Freihaltebedürfnis bestehe, davon ausgenommen die Dienstleistungen "Télécommunications; courrier électronique; services de courrier électronique; transmission de message et images assistée par ordinateur; services d'une base de données, notamment transmission d'informations" in Klasse 38 und "conception et mise au point de matériel et logiciels informatiques; ingénierie en matière de logiciels; conception d'arts graphiques; mise à disposition de plates-formes sur l'internet" in Klasse 42.
Mit Stellungnahme vom 16. Juli 2006 bestritt die Beschwerdeführerin den Gemeingutcharakter des Zeichens AdRank. Die sich aus den beiden jeweils mehrdeutigen Bestandteilen "ad" und "rank" zusammengesetzte Wortkombination finde sich in keinem Wörterbuch. Auch sei die Marke im Ausland für die beanstandeten Dienstleistungen registriert worden.
Mit Schreiben vom 18. Dezember 2006 hielt das IGE an der teilweisen Zurückweisung des Zeichens fest. Es handle sich dabei um einen Fachbegriff aus dem Bereich der Internetwerbung. Dieser werde in Zusammenhang mit den strittigen Dienstleistungen im Sinne von "Anzeigenrang" verstanden. Das Zeichen erschöpfe sich demnach in einer beschreibenden Angabe, weshalb ihm die erforderliche konkrete Unterscheidungskraft fehle und es freihaltebedürftig sei.
Mit Eingabe vom 19. Februar 2007 machte die Beschwerdeführerin geltend, dass es sich bei der Marke AdRank um ein Fantasiewort handle, dem es, selbst wenn darin ein Zusammenzug der beiden Begriffe "advertisement" und "ranking" erblickt würde, nicht an der erforderlichen minimalen Unterscheidungskraft mangelte.
B. Mit Verfügung vom 23. August 2007 gewährte das IGE der internationalen Registrierung Nr. 844 225 "AdRank" für folgende Dienstleistungen den Schutz in der Schweiz:
Klasse 38: Télécommunications; courrier électronique; services de courrier électronique; transmission de messages et images assistée par ordinateur; services d'une base de données, notamment transmission d'informations.
Klasse 42: Conception et mise au point de matériel et logiciels informatiques; ingénierie en matière de logiciels; conception d'arts graphiques; mise à disposition de plates-formes sur l'internet.
Dagegen verweigerte sie dem Zeichen für die weiteren beanspruchten Dienstleistungen mangels Kennzeichnungskraft den Schutz in der Schweiz.
C. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdeführerin am 21. September 2007 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, die definitive teilweise Schutzverweigerung zurückzunehmen und die Marke uneingeschränkt zu registrieren.
Mit Urteil vom 3. September 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab.
D. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. September 2008 aufzuheben und die IR-Marke Nr. 844 225 "AdRank" in der Schweiz vollumfänglich zum Schutz zuzulassen. Das IGE sei anzuweisen, die IR-Marke Nr. 844 225 "AdRank" in der Schweiz für alle beanspruchten Waren und Dienstleistungen einzutragen.
Das Bundesverwaltungsgericht und das IGE verzichten unter Hinweis auf die Begründung des angefochtenen Urteils bzw. der Verfügung vom 23. August 2007 auf eine Stellungnahme und beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. In der vorliegenden Registersache ist nach Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG die Beschwerde in Zivilsachen das zulässige Rechtsmittel. Als Vorinstanz hat das Bundesverwaltungsgericht entschieden (<ref-law>). Der Entscheid erging nicht im Rahmen des Widerspruchsverfahrens (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Begehren vor der Vorinstanz unterlegen und damit formell zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Da sie den gewünschten Markenschutz für ihr Zeichen nicht für alle beanspruchten Dienstleistungen erhalten hat, ist sie auch materiell beschwert (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren betreffend die Internationale Registrierung Nr. 844 225 ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (<ref-law>). Die Beschwerdefrist von 30 Tagen (<ref-law>) wurde eingehalten. Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3). Auf die Beschwerde ist demnach einzutreten.
2. Strittig ist, ob das IGE der internationalen Marke "AdRank" den Schutz in der Schweiz auch für die von ihm abgelehnten der von der Beschwerdeführerin beanspruchten Dienstleistungen gewähren muss. Die Vorinstanz verneinte dies mit der Begründung, dass das Zeichen "AdRank" dem Gemeingut zuzurechnen sei.
Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung von Art. 1 und 2 MSchG (SR 232.11), des Gleichbehandlungsgebots (<ref-law>) und eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung.
3. Nach <ref-law> weist das IGE ein Eintragungsgesuch zurück, wenn absolute Ausschlussgründe vorliegen.
3.1 Für die Beurteilung der beantragten Schutzausdehnung für die international registrierte Marke mit Ursprungsland Deutschland gelten das Madrider Abkommen über die internationale Registrierung von Marken (MMA; SR 0.232.112.3) und die Pariser Verbandsübereinkunft zum Schutz des gewerblichen Eigentums, (PVÜ; SR 0.232.04), beide revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967. Nach Art. 5 Abs. 1 MMA darf ein Verbandsland einer international registrierten Marke den Schutz nur verweigern, wenn nach den in der PVÜ genannten Bedingungen ihre Eintragung in das nationale Register verweigert werden kann. Dies ist laut Art. 6quinquies lit. B Ziffer 2 PVÜ namentlich der Fall, wenn die Marken jeder Unterscheidungskraft entbehren oder ausschliesslich aus Zeichen oder Angaben zusammengesetzt sind, die zum Gemeingut zählen, da sie im Verkehr zur Bezeichnung der Art, der Beschaffenheit, der Menge, der Bestimmung, des Wertes, des Ursprungsortes der Erzeugnisse oder der Zeit der Erzeugung dienen können, oder da sie im allgemeinen Sprachgebrauch oder in redlichen und ständigen Verkehrsgepflogenheiten der Schweiz üblich sind. Dieser Ausschlussgrund entspricht demjenigen nach <ref-law>, wonach Zeichen vom Markenschutz ausgeschlossen sind, die Gemeingut sind, es sei denn, dass sie sich als Marke für die Waren oder Dienstleistungen durchgesetzt haben, für die sie beansprucht werden (vgl. <ref-ruling> E. 2).
3.2 Als Gemeingut im Sinne von <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung namentlich Zeichen, die sich in Angaben über die Beschaffenheit der gekennzeichneten Waren oder Dienstleistungen erschöpfen und daher die zu deren Identifikation erforderliche Kennzeichnungs- und Unterscheidungskraft nicht aufweisen. Der beschreibende Charakter solcher Hinweise muss vom angesprochenen Publikum ohne besondere Denkarbeit und ohne Fantasieaufwand unmittelbar erkennbar sein. Dabei genügt, dass dies in einem Sprachgebiet der Schweiz zutrifft (<ref-ruling> E. 5 S. 503; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 1.5, je mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich als Rechtsfrage frei, wie der massgebende Adressatenkreis für die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen abzugrenzen ist und wie die Adressaten aufgrund der erwarteten Aufmerksamkeit das Zeichen wahrnehmen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 551; <ref-ruling> E. 4 S. 347 mit Hinweisen).
4. 4.1 Die Vorinstanz befasste sich zunächst mit dem Sinngehalt des Zeichens "AdRank". Sie erwog, dieses setze sich aus den beiden englischen Wörtern "ad" und "rank" zusammen. Beim ersten handle es sich um die Kurzform von "advertisement", was mit Anzeige, Inserat bzw. Annonce übersetzt werden könne. Das zweite lasse sich mit Reihe, Linie bzw. Rang übersetzen. Die Marke könne daher im Sinne von "Anzeigenrang" verstanden werden. Die Meinung der Beschwerdeführerin, dass der Marke ebensogut die Bedeutung "an der Wegbiegung" zugeschrieben werden könne, verwarf die Vorinstanz, da ein solches Verständnis unter Berücksichtigung der in Frage stehenden Waren (bzw. Dienstleistungen) als fernliegend erscheine. Die Dienstleistungen richteten sich sowohl an Durchschnittsabnehmer als auch an Fachleute. Zumindest letztere verfügten über die erforderlichen Englischkenntnisse, um der Marke den Sinn "Anzeigenrang" beizumessen.
Unter Hinweis auf einschlägige Internetseiten führte die Vorinstanz sodann aus, unter "adrank" werde eine Bezeichnung für die Positionierung von Internetwerbung und somit ein Gattungsbegriff verstanden. So bezeichne Google das Positionieren der Anzeigen in ihrer Werbeplattform Google AdWords als "ad ranking" und die vorgenommene Positionierung als "ad rank".
4.2 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Abrede, dass das aus den beiden englischen Ausdrücken "ad" und "rank" zusammengesetzte Zeichen die Bedeutung als "Anzeigenrang" haben kann. Dies ist denn auch durch Wörterbücher belegt (vgl. z.B. PONS Grosswörterbuch, 2002, S. 10 und 729). Sie vertritt jedoch die Meinung, der Deutschschweizer folge seinem Spontaninstinkt und spreche das Wort auf Deutsch "ADRANK" aus. In deutschen Wörterbüchern werde "ad", das lateinisch "zu" bedeute, als Vorsilbe zu Fremdwörtern erklärt. "Rank" werde als Substantiv für Wegbiegung, Kurve, Kniff, Trick oder Lösung verstanden. Geläufig seien Wendungen wie "rank und schlank", "fit und rank". Der Wortneuschöpfung "ADRANK" werde in der Schweiz kein spezifischer Sinn zugeordnet, weil Bedeutungen wie "zum Rank", "zur Kurve", "zur Lösung", "zu schlank" nicht allzu einprägend oder sinnmachend seien. Der Schweizer Durchschnittsabnehmer werde dem Fanatsiebegriff "ADRANK" keine bestimmte Bedeutung zumessen.
4.3 Der Sichtweise der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden. Ob einem Zeichen markenrechtlicher Schutz zu gewähren ist, ist im Hinblick auf die konkret beanspruchten Waren oder Dienstleistungen und der davon angesprochenen Abnehmerkreise zu beurteilen. Vorliegend betrifft die Zurückweisung Dienstleistungen aus den Bereichen Betriebswirtschaft, Marketing, wissenschaftliche Forschung und Informatik (Klasse 35: Publicité; conseils en gestion; analyse de marché; expertises en productivité; analyse du potentiel de marché; traitement de données numériques; traitement de données électroniques pour le compte de tiers; mise à disposition d'informations sur l'internet en matière de recherches de marché, d'expertises en productivité et d'analyses du potentiel de marché. Klasse 42: Services scientifiques et technologiques et services de recherche et développement y relatifs; recherche et développement pour le compte de tiers; conception d'animations informatiques; études scientifiques). In Berücksichtigung dieser Dienstleistungen ist der Vorinstanz beizupflichten, dass die angesprochenen Abnehmerkreise das Zeichen "AdRank" in seiner Bedeutung als "Anzeigenrang", "Anzeigen rangieren" wahrnehmen und nicht als Fantasiebegriff ohne Bedeutung. Dabei erleichtert, ja indiziert die Schreibweise mit dem "R" als Grossbuchstaben die Wahrnehmung des Zeichens als eine Kombination aus zwei Wortelementen. Dass die beiden Wörter "ad" und "rank" dem englischen Grundwortschatz angehören, dürfte zu bejahen sein, kann letztlich aber offen bleiben. Denn die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass sich die beanspruchten Dienstleistungen auch an die entsprechenden Fachkreise richten. Bei diesen ist von erhöhten Englischkenntnissen auszugehen. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz annimmt, sie verfügten über die erforderlichen Englischkenntnisse, um der Marke den Sinn "Anzeigenrang" beizumessen.
4.4 Die Beschwerdeführerin rügt, die Ausführung der Vorinstanz, im Internet seien ebenfalls die zusammengeschriebenen Bezeichnungen "adranking" und "adrank" zu finden, sei neu, und der Sachverhalt sei - da bloss auf ausländische Webseiten Bezug genommen werde - falsch festgestellt. Zur Korrektur dieser "offensichtlich falschen Sachverhaltsfeststellung" reicht die Beschwerdeführerin diverse Internet-Recherche-Resultate betreffend Schweizer Websites ein.
Auf die Rüge offensichtlich falscher Sachverhaltsfeststellung kann nicht eingetreten werden, da die Beschwerdeführerin nicht ausführt, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist auch nicht ersichtlich. Die kritisierte Feststellung bildet keine entscheidende Begründungsstütze für das oben dargelegte Verständnis des Zeichens "AdRank" und seine Zurechnung zum Gemeingut. Der Beschwerdeführerin kann daher auch nicht gefolgt werden, wenn sie ausführt, auf die Bedeutung "Anzeigenrang" kämen die massgebenden Verkehrskreise in der Schweiz erst nach einem bedeutenden Gedanken- und Fantasieaufwand und zwar nach einer Recherche von ausländischen Websites. Dies trifft nicht zu. Vielmehr folgt dieses Verständnis - wie dargelegt (Erwägung 4.3) - unmittelbar aus der Übersetzung der beiden kombinierten englischen Wörtern "ad" und "rank".
5. Die Beschwerdeführerin macht einen Verstoss gegen <ref-law> wegen Ungleichbehandlung sowie eine willkürliche Rechtsanwendung (<ref-law>) geltend. Die Unterscheidung der Dienstleistungen, für die dem Zeichen Markenschutz gewährt werde, und derjenigen, für die der Markenschutz verweigert werde, sei nicht nachvollziehbar und erscheine willkürlich. Es könne nicht sein, dass die Fachleute hinsichtlich der beanspruchten Dienstleistungen in Klasse 38 keinen Bezug zu "AdRank" im angeblichen Wortsinn "Anzeigenrang" herstellen sollten, die Fachleute im Werbebereich hinsichtlich Klasse 35 und im Forschungs- und Informatikbereich hinsichtlich eines Teils der beanspruchten Dienstleistungen der Klasse 42 aber schon. Mit dieser pauschalen Behauptung wird sie jedoch den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge nicht gerecht und es kann nicht darauf eingetreten werden. Ebenso wenig hilft ihr die Berufung auf den Grundsatz weiter, dass "Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich zu behandeln" sei. Bei den zugelassenen und den zurückgewiesenen Dienstleistungen handelt es sich nicht um die gleichen Dienstleistungen und es wird auch nicht aufgezeigt, aus welchen Gründen sie trotzdem gleich zu behandeln wären.
6. "Lediglich nebenbei" erwähnt die Beschwerdeführerin, dass Google sein Werbetool "ADWORDS" in der Schweiz als Wortmarke für verschiedene Dienstleistungen in den Klassen 16, 35, 38 und 42 registriert habe. Zu erwähnen seien auch die Schweizer Marken ADLEGAL, AdLink, ADBASE, AdsClick, adscreen, adlook und adverter. Sie erwähnt diese Marken unter dem Titel "Ungleichbehandlung mit anderen Markeneintragungen". Würde "AdRank" in der Schweiz tatsächlich als beschreibende Bezeichnung für "Anzeigenrang" verstanden, so hätten auch die erwähnten Marken als beschreibend zurückgewiesen werden müssen.
Auf diese Rüge kann nicht eingetreten werden. Die Vorinstanz hat zu den erwähnten Markeneintragungen keine tatsächlichen Feststellungen getroffen und die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, die Vorinstanz habe den Sachverhalt insoweit im Sinne von <ref-law> in einer Bundesrecht verletzenden Weise unvollständig festgestellt. Das Bundesgericht kann daher nicht prüfen, ob es sich dabei effektiv um vergleichbare Fälle handelt. Nachdem sich ergeben hat, dass die Vorinstanz das Zeichen "AdRank" für die umstrittenen Dienstleistungen bundesrechtskonform dem Gemeingut zugeordnet hat, könnte mit der Rüge, das Gleichbehandlungsgebot sei verletzt worden, ohnehin nur noch die Gleichbehandlung im Unrecht verlangt werden. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung wird der Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht ausnahmsweise anerkannt, wenn eine ständige gesetzwidrige Praxis einer rechtsanwendenden Behörde vorliegt und die Behörde zu erkennen gibt, dass sie auch in Zukunft nicht von dieser Praxis abzuweichen gedenke (<ref-ruling> E. 3a S. 2 f.; Urteil 4A.5/2004 vom 25. November 2004 E. 4.3, in: sic! 2005 S. 278 ff.). Solches wird vorliegend nicht geltend gemacht.
7. Die Beschwerdeführerin bringt schliesslich vor, dass das Zeichen "AdRank" in verschiedenen Ländern, namentlich in Deutschland, den USA, Australien, Japan und als Gemeinschaftsmarke eingetragen worden sei.
Dies durfte die Vorinstanz jedoch zu Recht als unerheblich betrachten. Denn auch nach der Beurteilung des Bundesgerichts liegt kein Grenzfall vor, weshalb weder Raum für eine Eintragung im Zweifelsfall noch für eine - unter Umständen als Indiz zu beachtende - Berücksichtigung ausländischer Registrierungen besteht (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.2 S. 118 f.; <ref-ruling> E. 5.5; <ref-ruling> E. 2c; Urteil 4A.8/2006 vom 23. Mai 2006 E. 3).
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zu sprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer