Sachverhalt:
A. A._ (Kläger, Beschwerdeführer) leidet an einer Lungen-Sarkoidose und bezieht seit Dezember 1997 eine ganze Invalidenrente der eidgenössischen Invalidenversicherung.
Am 4. März 2000 wurde A._ in eine Massenauffahrkollision verwickelt. Für den Unfall verantwortlich war ein bei der Rechtsvorgängerin der X._ Versicherungen AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) Haftpflichtversicherter. Seit dem Unfall leidet A._ zusätzlich an einer somatoformen Schmerzstörung.
B. B.a Mit Klage vom 26. Juli 2006 beantragte A._ dem Bezirksgericht Aarau, die X._ Versicherungen AG sei zu verpflichten, ihm einen Betrag von Fr. 23'525.-- zuzüglich Zins zu 5 % ab dem 1. Januar 2002 (Haushalt- und Betreuungsschaden für den Zeitraum vom 4. März 2000 bis zum 31. Dezember 2001 inkl. Schadenszins per 31. Dezember 2001) zu bezahlen; mit präzisiertem Rechtsbegehren behielt sich A._ eine Mehrforderung vor.
Das Bezirksgericht Aarau hiess die Klage mit Urteil vom 20. Oktober 2010 teilweise gut und verurteilte die Beklagte, dem Kläger Fr. 18'181.60 zuzüglich Zins von 5 % ab dem 4. August 2000 auf Fr. 4'166.40 sowie ab dem 3. Juli 2001 auf Fr. 14'015.20 zu bezahlen.
B.b In Gutheissung der Appellation der Beklagten, hob das Obergericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. März 2012 das Urteil des Bezirksgerichts vollständig auf und wies die Klage ab. Im Wesentlichen hielt das Obergericht fest, dass ein Haushaltschaden bereits vor dem Unfallereignis vom 4. März 2000 bestanden habe, für welchen die Beklagte nicht einzustehen habe. Der Kläger habe den Nachweis einer zusätzlichen Beeinträchtigung bei der Haushaltsarbeit durch den Unfall nicht erbracht, weshalb ihm kein weiterer Haushaltschaden entstanden sei.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt der Kläger dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 13. März 2012 sei aufzuheben und das Urteil des Bezirksgerichts Aarau vom 20. Oktober 2010 sei zu bestätigen.
Die Beklagte beantragt die Abweisung der Beschwerde; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Der Beschwerdeführer hat dem Bundesgericht unaufgefordert eine Replik, die Beschwerdegegnerin eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
2. 2.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) in einer Zivilsache (<ref-law>). Der Beschwerdeführer, der mit seinen Anträgen vor der Vorinstanz unterlegen ist (<ref-law>), hat die Beschwerde rechtzeitig eingereicht (<ref-law>).
2.2 Die Beschwerde in Zivilsachen ist in vermögensrechtlichen Angelegenheiten nur zulässig, wenn der Streitwert Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>). Vorliegend beträgt der Streitwert jedoch nur Fr. 18'181.60. Somit erreicht der Streitwert den massgebenden Betrag nicht, weshalb sich die Beschwerde in Zivilsachen insofern als unzulässig erweist.
2.3 Die Beschwerde in Zivilsachen ist in diesem Fall nach <ref-law> dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, so ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer beruft sich auf diese Bestimmung und behauptet, es würden sich zwei Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung stellen.
2.3.1 Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung ist sehr restriktiv auszulegen. Soweit es bei der aufgeworfenen Frage lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht, handelt es sich nicht um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4; <ref-ruling> E. 1.2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.1 und 1.2 S. 495 f.). Die Voraussetzung ist hingegen erfüllt, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen. Eine neue Rechtsfrage kann vom Bundesgericht sodann beurteilt werden, wenn dessen Entscheid für die Praxis wegleitend sein kann, namentlich wenn von unteren Instanzen viele gleichartige Fälle zu beurteilen sein werden. Auch eine vom Bundesgericht bereits entschiedene Rechtsfrage kann unter der Voraussetzung von grundsätzlicher Bedeutung sein, dass sich die erneute Überprüfung aufdrängt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 mit Hinweisen).
2.3.2 Der Beschwerdeführer hält dafür, die "Behauptung des Obergerichts, wonach Menschen mit einem Vorzustand grundsätzlich keinen neuen Schaden erleiden können", müsse als Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Verfahren der Beschwerde in Zivilsachen beurteilt werden. Die Vorinstanz gehe damit davon aus, dass jemand, der vor einem Unfallereignis bereits einen Haushaltschaden erlitten habe, nicht zusätzlich einen weitergehenden Haushaltschaden erleiden könne. Dabei weiche die Vorinstanz von der bundesgerichtlichen Praxis ab (<ref-ruling>), womit die Vorinstanz Anlass gegeben habe, die bisherige Praxis des Bundesgerichts zu überprüfen.
Der Beschwerdeführer weist in seiner Beschwerdeschrift selbst darauf hin, dass es sich bei der Frage, ob Menschen mit einem Vorzustand einen neuen Schaden erleiden können, bereits um eine entschiedene Rechtsfrage handelt, von welcher nicht abzuweichen sei. Seine Auffassung, wonach die Vorinstanz grundsätzlich gesagt hätte, dass ein jeder Vorzustand einen neuen Schaden ausschliessen würde, findet im angefochtenen Entscheid keine Stütze. Dem Beschwerdeführer kann nicht gefolgt werden und es ist im übrigen auch nicht erkennbar, inwiefern das Obergericht der Auffassung gewesen wäre, die bundesgerichtliche Praxis grundsätzlich in Frage zu stellen oder dass sonst ein Grund bestanden hätte, die ständige Praxis zu überprüfen.
2.3.3 Sodann bringt der Beschwerdeführer vor, die "Behauptung des Obergerichts, wonach die Betreuung eines Kleinkindes nicht anstrengender sei, als die Haushaltführung im engeren Sinne", sei als Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung zu verstehen. Die Vorinstanz stütze sich bei dieser Behauptung weder auf ein Gutachten noch auf statistische Werte. Es handle sich dabei um eine neue Rechtsfrage, die höchstrichterlich noch nie entschieden worden sei und somit einer Klärung für künftige gleichartige Fälle bedürfe.
Der Beschwerde kann nicht entnommen werden, inwiefern sich in diesem Zusammenhang eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellen soll. Mit dem Hinweis darauf, dass die Vorinstanz die angebliche Behauptung als gerichtsnotorisch angesehen und daraus Folgerungen aufgrund der allgemeinen Lebenserfahrung getroffen habe, weist der Beschwerdeführer selbst darauf hin, dass es sich dabei um eine tatsächliche Frage und nicht um eine Rechtsfrage handelt. Wenn der Beschwerdeführer sinngemäss behaupten wollte, das Obergericht habe damit eine Normhypothese aufgestellt, weist er nicht nach, dass und inwiefern die Auswirkungen einer derartigen Hypothese von allgemeiner Tragweite sein könnten.
2.4 Da die vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Rechtsfragen nicht von grundsätzlicher Bedeutung sind, kann auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht eingetreten werden. Zulässig ist allein die subsidiäre Verfassungsbeschwerde (<ref-law>).
3. Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann ausschliesslich die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechts nur prüfen, wenn eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. <ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Auf unzureichend begründete Beschwerden ist nicht einzutreten.
3.1 Der Beschwerdeführer beruft sich in erster Linie auf das Willkürverbot (<ref-law>) und rügt eine willkürliche Rechtsanwendung sowie eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz.
Da der Beschwerdeführer Tat- und Rechtsfragen nicht auseinanderhält und sich seine Ausführungen weitgehend in appellatorischer Kritik erschöpfen, erscheint es höchst fraglich, ob auf die Rüge überhaupt eingetreten werden kann; die Rüge ist jedenfalls nur insoweit zu behandeln, als wenigstens sinngemäss ersichtlich ist, inwiefern Willkür vorliegen soll.
3.1.1 Die konstitutionelle Prädisposition der geschädigten Person kann nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung als mitwirkender Zufall zu einer Kürzung des Ersatzanspruchs führen und insofern die Schadensberechnung (<ref-law>) oder die Bemessung des Schadenersatzes (Art. 43/44 OR) beeinflussen (<ref-ruling> E. 1b S. 90). Eine vorbestehende Gesundheitsschädigung, die sich auch ohne das schädigende Ereignis ausgewirkt hätte, ist bei der Schadensberechnung zu berücksichtigen; dem Haftpflichtigen ist nur der tatsächlich auf das Ereignis zurückzuführende Schaden zurechenbar, für den er haftet. Wäre der Schaden dagegen ohne den Unfall voraussichtlich überhaupt nicht eingetreten, so bleibt der Haftpflichtige dafür auch dann voll verantwortlich, wenn der krankhafte Vorzustand den Eintritt des Schadens begünstigt oder dessen Ausmass vergrössert hat; dem Anteil der Prädisposition kann in diesem Fall im Rahmen von <ref-law> Rechnung getragen werden (<ref-ruling> E. 4 S. 14 mit Hinweisen). Es ergibt sich aus dieser Praxis ohne weiteres, dass der Haftpflichtige auch bei vorbestehender Gesundheitsschädigung den tatsächlich auf das Ereignis zurückzuführenden Schaden zu ersetzen hat.
Ob die - weitgehend schwer verständlichen - Erwägungen im angefochtenen Entscheid gegenteilig zu verstehen sind, wie dies der Beschwerdeführer vorbringt, kann offen bleiben, da sich die möglicherweise falsche Rechtsauffassung der Vorinstanz auf das Ergebnis nicht ausgewirkt hat.
3.1.2 Der Beschwerdeführer beansprucht den Ersatz von Haushalt- und Betreuungsschaden, welcher ihm aufgrund des Unfalls vom 4. März 2000 entstanden ist.
Nach der Rechtsprechung kann nur diejenige Person Ersatz des entsprechenden Schadens beanspruchen, welche ohne den Unfall überhaupt eine Haushaltstätigkeit ausgeübt oder Kinder betreut hätte (vgl. Urteil 4A_463/2008 vom 20. April 2010 E. 4.8.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 4C.166/2006 vom 25. August 2006 E. 5.1). Zur Substanziierung des Haushaltschadens sind daher konkrete Vorbringen zum Haushalt, in dem der Geschädigte lebt, und zu den Aufgaben, die ihm darin ohne den Unfall zugefallen wären, unerlässlich (vgl. Urteil 4C.166/2006 vom 25. August 2006 E. 5.1); dies hat die ansprechende Person mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachzuweisen.
3.1.3 Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang die Würdigung der Zeugenaussage seiner Ehefrau bezüglich seiner Haushaltstätigkeit als willkürlich. Er bringt insbesondere vor, die Vorinstanz habe einseitig auf die Aussagen seiner Ehefrau abgestellt und damit in willkürlicher Weise einen Haushaltschaden verneint. Er bringt jedoch nicht vor, dass er die konkreten Haushalts- und Betreuungsarbeiten im Einzelnen prozesskonform behauptet und zum Beweis verstellt habe, welche er ohne den Unfall vom 4. März 2000 erledigt hätte.
3.1.4 Das erstinstanzliche Gericht hielt es für erwiesen, dass der Beschwerdeführer vor dem Unfallereignis im behaupteten Umfang Haushaltsarbeiten ausgeführt habe; er habe im Haushalt mitgeholfen, geputzt, zusammen mit seiner Ehefrau Wäsche gewaschen, gebügelt und habe sowohl im Garten wie auch im Haus Arbeiten als Hauswart wahrgenommen. Gestützt auf das vom Beschwerdeführer eingereichte private Gutachten über die Beeinträchtigung im Haushalt, sah sich das erstinstanzliche Gericht in der Lage, die Beeinträchtigung im Haushalt und der Betreuung des nach dem Unfall geborenen Kindes zu bemessen.
Dieser Beweiswürdigung ist die Vorinstanz jedoch nicht gefolgt. Sie hat insbesondere das vom Beschwerdeführer eingereichte Haushaltsgutachten nicht als überzeugend und schlüssig erachtet. Sie hat berücksichtigt, dass der Beschwerdeführer nach diesem Gutachten auch nach dem Unfall vom 4. März 2000 - wenn auch langsamer - mehr oder weniger alle Haushaltsarbeiten habe verrichten können und zwar auch schwerere wie Betten beziehen, Putzarbeiten, Wäschetransport und Aufhängen grosser Wäschestücke. Ebenso sei er imstande gewesen, seine damals 16 kg schwere Tochter ins Auto und auf Spielgeräte zu heben. Einzig bezüglich des Einölens des Holzbodens im Wohnzimmer, der Vorhangpflege und des Schneidens von Efeu auf der Leiter sowie gewisser Gartenarbeiten wurde festgehalten, dass der Kläger diese Arbeiten (überhaupt) nicht mehr vornehmen könne, wobei zumindest hinsichtlich schwerer handwerklicher Arbeiten vermerkt wurde, dass der Beschwerdeführer diese bereits aufgrund seines vorbestehenden Lungenleidens nur noch eingeschränkt habe bewältigen können.
So hielt die Vorinstanz auch gestützt auf die wörtlich zitierte Zeugenaussage der Ehefrau des Beschwerdeführers fest, dass der Beschwerdeführer bereits vor dem Unfall wegen seiner Lungenkrankheit und den damit verbundenen Atemproblemen bei der Haushaltstätigkeit nicht unerheblich eingeschränkt gewesen sei. Er habe jedenfalls die anstrengenderen Tätigkeiten nur unter Einlegung von Pausen bzw. mit grösserem Zeitaufwand zu erledigen vermögen.
Unter Würdigung der vom Beschwerdeführer eingereichten Haushaltsabklärung einerseits und der Zeugenaussage seiner Ehefrau andererseits hat die Vorinstanz sodann geschlossen, dass der Beschwerdeführer den Nachweis einer durch den Unfall vom 4. März 2000 vergrösserten Einschränkung in der Haushaltstätigkeit nicht erbracht habe, woran nichts ändere, dass sein Kind erst nach dem Unfall geboren wurde.
3.1.5 Der Beschwerdeführer vermengt in der Begründung seiner Rechtsschrift die Erwägungen der Vorinstanz zur konkreten Beweiswürdigung (E. 6.1) und die in E. 6.2 obiter dictum angefügten, schwer verständlichen allgemeinen Überlegungen, wenn er versucht, einen Widerspruch zu konstruieren. Entgegen seiner Auffassung ist die Würdigung der Beweise durch die Vorinstanz nicht schon deshalb einseitig, weil sie zu seinen Lasten ausfällt, und es kann aus der problematischen Beifügung der allgemeinen Überlegungen zum Haushaltschaden weder ein innerer Widerspruch konstruiert, noch auf eine einseitige Würdigung der konkreten Beweise geschlossen werden.
Der Rüge des Beschwerdeführers ist insbesondere nicht zu entnehmen, inwiefern nicht vertretbar sein sollte, aus der im angefochtenen Entscheid wörtlich wiedergegebenen Aussage seiner Ehefrau zu schliessen, dass er bereits vor dem Unfall, aufgrund seiner Lungenkrankheit, keine anstrengenderen Arbeiten habe ausführen können. Die Vorinstanz hat diesbezüglich verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführer, sowohl nach dem von ihm eingereichten Haushaltsgutachten wie auch nach den Aussagen seiner Ehefrau, schwere Haushaltsarbeiten überhaupt nicht mehr und die leichteren nur verlangsamt bzw. unter Einschaltung von Pausen habe verrichten können. Wenn das Gericht dabei der Aussage seiner Ehefrau über den Vorzustand mehr Gewicht eingeräumt hat als der Beurteilung der Privatgutachterin - deren Aufgabe im übrigen die Feststellung der Ursache nicht umfassen konnte -, kann diese Würdigung nicht als geradezu nicht mehr vertretbar angesehen werden.
Die Vorinstanz ist nicht in Willkür verfallen, wenn sie den Nachweis der zusätzlichen Beeinträchtigung des Beschwerdeführers bei der Haushaltsarbeit und der Kinderbetreuung durch den Unfall vom 4. März 2000 nicht als erbracht ansah.
3.2 Der Beschwerdeführer macht sodann geltend, die Vorinstanz habe die Begründungspflicht und damit den verfassungsmässigen Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt. Er bringt vor, die Vorinstanz habe im angefochtenen Entscheid angefügt, dass die Aussage seiner Ehefrau "einigermassen zu bezweifeln sei" ohne jedoch auszuführen, weshalb dies der Fall sein sollte.
Die Vorinstanz hat in der obiter dictum angefügten Erwägung 6.2 unter anderem bemerkt, dass die Aussagen der Ehefrau in der Zeugenbefragung, wonach der Beschwerdeführer während der ganzen Ehe nie gearbeitet habe bzw. IV-Rentner gewesen sei und natürlich in dieser Zeit im Haushalt geholfen habe, einigermassen zu bezweifeln seien. Der Beschwerdeführer weist jedoch nicht aus, inwiefern diese überflüssige Bemerkung der Vorinstanz für den Ausgang des Verfahrens von Bedeutung sein könnte (<ref-law>). Die vom behauptungs- und beweisbelasteten Beschwerdeführer beigebrachten Beweise zur Beeinträchtigung der Haushalts- und Kinderbetreuungstätigkeit hat die Vorinstanz in Erwägung 6.1 des angefochtenen Entscheids konkret gewürdigt ohne in Willkür zu verfallen. Der angefochtene Entscheid verletzt im Ergebnis das Willkürverbot nicht und ist im entscheiderheblichen Teil - mit dem sich die Beschwerde nicht auseinandersetzt - hinreichend begründet.
4. Nach dem Gesagten erweist sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 2 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze