Sachverhalt:
Im Rahmen des beim Gerichtspräsidium Bremgarten hängigen Scheidungsverfahrens verlangte X._ die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 17. Februar 2009 wies der Präsident I des Bezirksgerichts Bremgarten das Gesuch ab. Die hiergegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. März 2009 ab.
Gegen diesen Entscheid hat X._ am 18. Mai 2009 eine als "subsidiäre Verfassungsbeschwerde" betitelte Eingabe gemacht mit dem Begehren um dessen Aufhebung und Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das kantonale Verfahren. Sodann wird auch für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege verlangt. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid (<ref-law>), mit dem die unentgeltliche Rechtspflege in einem zivilrechtlichen Verfahren verweigert worden ist. Dabei handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 131).
Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache (Urteil 5A_108/2007, E. 1.2). Diese ist eine Scheidungsklage, die streitwertunabhängig der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt (<ref-law>). Damit ist auch gegen den angefochtenen Entscheid über die unentgeltliche Rechtspflege die Beschwerde in Zivilsachen gegeben und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist somit nicht möglich (vgl. <ref-law>). Die so betitelte Eingabe ist deshalb als Beschwerde in Zivilsachen entgegenzunehmen.
Im Rahmen des verfassungsmässigen Anspruches auf unentgeltliche Rechtspflege prüft das Bundesgericht frei, ob die Kriterien zur Bestimmung der Bedürftigkeit zutreffend gewählt worden sind, während seine Kognition in Bezug auf die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Behörde auf Willkür beschränkt ist (<ref-ruling> E. 3a S. 12; <ref-ruling> E. 2.1 S. 133). Daran hat auch das neue Bundesgerichtsgesetz nichts geändert: Die im kantonal letztinstanzlichen Entscheid getroffenen Sachverhaltsfeststellungen sind für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>); diesbezüglich kann nach wie vor einzig vorgebracht werden, sie seien offensichtlich unrichtig und für den Ausgang des Verfahrens entscheidend (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398).
2. Das Obergericht ist von einem monatlichen Einkommen von Fr. 6'361.-- und von einem erweiterten zivilprozessualen Existenzminimum von Fr. 5'512.-- bis Ende Juni 2009 und danach von Fr. 4'952.-- ausgegangen, weil es befand, die Kosten für eine 41⁄2-Zimmer-Wohnung von Fr. 1'760.-- seien für eine Einzelperson übersetzt und deshalb per nächstmöglichem Kündigungstermin auf Fr. 1'200.-- herabzusetzen.
Bei der Berechnung des erweiterten Existenzminimums liess das Obergericht, wie bereits der erstinstanzliche Richter, einen geltend gemachten Betrag von Fr. 900.-- für die in Russland lebende ex-Frau ausser Betracht, weil es entsprechende Zahlungen als nicht nachgewiesen bzw. unglaubhaft erachtete. Es erwog, vor dem Erstrichter habe der Beschwerdeführer vorgebracht, es gebe hierfür keine Belege, weil er mit seiner ex-Frau die Sonderlösung getroffen habe, dass er keine Zahlungen leiste, sondern Rückstellungen treffe und ein Flugticket kaufe, damit sie mit ihren Kindern im Sommer 2009 auf seine Kosten in die Schweiz zu Besuch kommen könne. Sodann habe er geltend gemacht, auch Naturalleistungen zu erbringen; so habe er ein Nahrungsmittelpaket für Fr. 250.-- nach Russland geschickt. Die ex-Frau habe in einer e-Mail bestätigt, die Alimente vollständig erhalten zu haben. Im Rahmen der Beschwerde habe er eine Quittung der ex-Frau vorgelegt, wonach die Alimente für Oktober 2008 bis Februar 2009 vollumfänglich bar bezahlt worden seien. Dies stehe aber im Widerspruch zu seinen Ausführungen gegenüber der Erstinstanz, wonach er Rückstellungen für die Ermöglichung von Besuchen statt Zahlungen mache. Es sei auch nicht ersichtlich, wie der Beschwerdeführer seiner ex-Frau in bar habe bezahlen können, ohne dazu einen Übermittlungsweg zu benutzen, für den es Belege gebe.
3. Mit Bezug auf den angeblichen monatlichen Aufwand von Fr. 900.-- für die ex-Frau in Russland macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, indem ihn das Obergericht zur Erwägung, die oberinstanzlich vorgelegte Quittung der ex-Ehefrau sei unglaubwürdig, nicht vorgängig habe vernehmen lassen. Ansonsten hätte er dem Obergericht erklären können, dass er vom 12. bis 22. Februar 2009 nach A._ geflogen sei, um dort die Unterhaltszahlungen für die Monate Oktober 2008 bis Februar 2009 in bar zu übergeben. Es sei einzuräumen, dass das auf der Quittung angegebene Datum vom 8. Februar 2009 - also die Quittierung für den Erhalt des Geldes, bevor er überhaupt in A._ gewesen sei - ungenau sei. Dies verhalte sich deshalb so, weil er das Dokument in der Schweiz vorbereitet habe; allerdings sei es erst nach der Geldübergabe von seiner ex-Frau unterzeichnet worden.
Es ist keine Gehörsverletzung ersichtlich: Grundsätzlich obliegt es dem Gesuchsteller, seine Einkommens- und Vermögensverhältnisse bereits bei der Gesuchseinreichung und von sich aus umfassend darzustellen und soweit möglich auch zu belegen (<ref-ruling> E. 3a S. 181); kommt der Gesuchsteller diesen Obliegenheiten nicht nach, ist das Gesuch abzuweisen (<ref-ruling> E. 4a S. 165). Dabei dürfen umso höhere Anforderungen an eine umfassende und klare Darstellung der finanziellen Situation gestellt werden, je komplexer diese Verhältnisse sind (<ref-ruling> E. 3a S. 182; <ref-ruling> E. 4a S. 164); ein besonderer Erklärungsbedarf in diesem Sinne liegt insbesondere auch vor, wenn eine ungewöhnliche Zahlungsweise behauptet wird. Verstärkt hat - zumal anwaltlich vertreten - derjenige von sich aus die nötigen Erklärungen zu liefern, der vor oberer Instanz unter relativ abenteuerlichen Umständen eine Zahlungsquittung nachreicht, die in offensichtlichem Widerspruch zur erstinstanzlichen Behauptung steht, es seien Rückstellungen statt Zahlungen gemacht worden; das Gericht ist diesfalls nicht verpflichtet, den Beschwerdeführer vorgängig darauf hinzuweisen, dass es die Quittung vor diesem Hintergrund als nicht glaubhaft ansehe.
4. In der Sache selbst geht es um die Frage, ob die angeblichen Zahlungen belegt bzw. glaubhaft sind; dies ist eine Frage der Beweiswürdigung und damit der Sachverhaltsfeststellung, die nur auf Willkür hin überprüft werden kann (dazu E. 1).
Das Vorbringen des Beschwerdeführers, er habe die Alimente an seine russische ex-Frau stets gezahlt und dies sei nie von jemandem in Frage gestellt worden, ist appellatorischer Natur und somit nicht geeignet, mit Bezug auf die beweiswürdigende Sachverhaltsfeststellung, eben diese Behauptung sei nicht oder jedenfalls nicht in glaubhafter Weise belegt, Willkür aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 1b S. 495; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262).
Die nunmehr vor Bundesgericht vorgetragene Version bzw. Erklärung, auf welche Weise es angeblich zur Barzahlung gekommen ist und weshalb die Quittung ein früheres Datum trägt als die angeblichen Barzahlungen, ist neu und damit nicht zu hören (<ref-law>). Ohnehin wäre sie nicht geeignet, die Glaubwürdigkeit der Quittung bzw. der tatsächlichen Zahlung zu erhöhen oder gar eine willkürliche Beweiswürdigung zu belegen.
Soweit der Beschwerdeführer schliesslich geltend macht, er sei unbestrittenermassen verpflichtet, seiner ex-Frau monatlich Fr. 900.-- zu zahlen, und Verpflichtungen aus der Vergangenheit könnten jederzeit auf dem Betreibungsweg eingefordert werden, sei er (wie bereits vom Obergericht) darauf hingewiesen, dass für die Ermittlung der Bedürftigkeit keine Verpflichtungen, sondern nur tatsächlich geleistete und belegte Zahlungen zu berücksichtigen sind (<ref-ruling> E. 3b S. 22 f.). Gleiches gilt im Übrigen für Steuern, deren Zahlung nicht belegt ist, die der Beschwerdeführer aber sinngemäss dennoch in seinem Existenzminimum aufgenommen haben möchte.
5. Im Zusammenhang mit der Herabsetzung des anrechenbaren Mietzinses auf den nächstmöglichen Kündigungstermin macht der Beschwerdeführer geltend, die veranschlagten Fr. 1'200.-- stünden im Gegensatz zu den vom erstinstanzlichen Richter im Eheschutzverfahren eingesetzten Fr. 1'300.-- und das Obergericht liefere keine sachliche Begründung für die Reduktion auf Fr. 1'200.--.
Das Obergericht hat ausgeführt, weshalb es einen Betrag von Fr. 1'200.-- als für die Wohnkosten angemessen erachte: Normalerweise würden für eine Einzelperson Auslagen von Fr. 1'000.-- berücksichtigt; beim Beschwerdeführer sei ein etwas höherer Betrag anzuerkennen, weil er zwar einen Einpersonenhaushalt führe, aber insofern einen erhöhten Raumbedarf habe, als das Besuchsrecht mit den Kindern in seiner Wohnung ausgeübt werde. Weder setzt sich der Beschwerdeführer mit diesen Erwägungen auseinander noch legt er dar, dass sich für den Betrag von Fr. 1'200.-- im Raum B._ keine Wohnung finden liesse, welche die vom Obergericht umschriebenen Bedürfnisse abdecke. Im Übrigen zeigt der Beschwerdeführer auch nicht auf, was eine Erhöhung der Wohnauslagen um Fr. 100.--, womit die disponible Quote Fr. 1'309.-- statt 1'409.-- betrüge, an der Feststellung ändern würde, dass er damit die anfallenden Prozesskosten aus eigener Kraft finanzieren könne.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss sie als von Anfang an aussichtslos gelten, womit es an den materiellen Voraussetzungen für die unentgeltliche Rechtspflege mangelt (<ref-law>) und das betreffende Gesuch abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Eingabe vom 18. Mai 2009 wird als Beschwerde in Zivilsachen entgegen genommen. Diese wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juli 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli