Sachverhalt:
A. Die Würth Immobilien AG, Altenrhein, ist Eigentümerin des Grundstücks Nr. 2035, Grundbuch Thal. Dieses liegt kurz vor der Mündung des Alten Rheins in den Bodensee. Der westliche Teil der Parzelle ist nach dem Zonenplan der Gemeinde Thal (genehmigt am 22. Dezember 1998) der Intensiverholungszone Tourismus, der östliche Teil der Grünzone Freihaltung zugeteilt (Art. 14bis und Art. 15 des Baureglements der Politischen Gemeinde Thal; BauR).
B. Vor rund 40 Jahren eröffnete der damalige Eigentümer, Hans Rudolf Würth, auf der Parzelle Nr. 2035 einen Bootsbetrieb. Dieser umfasste eine Bootsvermietung, eine Motorboot- und Segelbootfahrschule, einen Shop für Zubehör im einige Jahre zuvor erstellten Einfamilenhaus, eine Seetankstelle, einen Kiosk mit Snack-Bar und einen kleinen Park. Aus diesem Betrieb entwickelte sich im Lauf der Jahre das Restaurant "Paradiesli" mit gedeckter Terrasse, Abwaschhaus und Aussenküche (Grill).
In der Folge kam es zu Konflikten mit Gallus und Vera Gobbo-Roth, Eigentümer des knapp 30 m südlich gelegenen Grundstücks Nr. 622, wegen Lärm- und Geruchsimmissionen des Restaurants. Diese führten zu einer Vielzahl von Verfahren, die teils das Gastwirtschaftspatent und teils die nachträgliche Bewilligung von bestehenden Bauten und Anlagen des Restaurants "Paradiesli" betrafen.
C. Am 21. September 2009 beschloss der Gemeinderat Thal, dass folgende Bauten und Anlagen nicht bewilligt werden könnten und zurückzubauen seien:
- Leergutlager und Getränkebox,
- Gedeckte Gartenwirtschaft und Aussenkochstelle,
- Gartenwirtschaft innerhalb des Gewässerabstands,
- Bootsfahrschul-Häuschen.
Dagegen erhob die Würth Immobilien AG Rekurs beim Baudepartement des Kantons St. Gallen. Gegen den Beschluss rekurrierten auch Gallus und Vera Gobbo-Roth an das Baudepartement, u.a. mit dem Antrag, die Aufzählung wie folgt zu ergänzen:
- Fischerhütte Assek.-Nr. 1886,
- Kiosk Assek.-Nr. 2414,
- Entsorgungsstation.
Am 30. Dezember 2009 wies das Baudepartement den Rekurs der Würth Immobilien AG ab, soweit es darauf eintrat, und hiess den Rekurs von Gallus und Vera Gobbo-Roth teilweise gut. Es änderte den Beschluss des Gemeinderats dahingehend ab, dass auch der Kiosk (Assek.-Nr. 2414) nicht bewilligt werde und zurückzubauen sei, und setzte hierfür eine Frist von drei Monaten nach Rechtskraft der Verfügung.
D. Gegen diesen Entscheid erhob die Würth Immobilien AG am 18. Januar 2010 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Das Verwaltungsgericht führte einen Augenschein durch. Am 16. November 2010 wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
E. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die Würth Immobilien AG am 10. Januar 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, die Rückbauverpflichtung für den Kiosk Assek.-Nr. 2414 (ohne Getränkebox) sei aufzuheben und ihrer Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren.
F. Mit Eingabe vom 28. Januar 2011 beantragten Vera und Gallus Gobbo-Roth, das Gesuch um aufschiebende Wirkung sei abzuweisen. Sie reichten u.a. die zweite Seite des Auszugs aus dem Protokoll des Gemeinderats Thal vom 27. Januar 1997 zu den Akten, aus dem sich klar ergebe, dass ein Neubau des Kiosks nicht bewilligt worden sei.
Mit Eingabe vom 29. Januar 2011 machte die Beschwerdeführerin geltend, sie habe nur die erste Seite dieses Protokollauszugs vom Bauamt Thal erhalten. Die zweite Seite sei ihr bisher unbekannt gewesen; aus dieser gehe jedoch hervor, dass der Protokollauszug nur dem Bauamt Thal und nicht dem Rechtsvorgänger der Beschwerdeführerin zugestellt worden sei.
G. Der Gemeinderat Thal, das Verwaltungsgericht sowie Vera und Gallus Gobbo-Roth beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin an ihrem Antrag fest.
H. Mit Verfügung vom 8. Februar 2011 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten.
Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und (rechtsgenügend) begründet worden ist (<ref-law>).
Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. Vor Bundesgericht ist nur noch die Rückbauverfügung betreffend den Kiosk streitig.
Irgendwann zwischen 1973 und 1977 errichtete Hans Rudolf Würth einen Kiosk mit Snack-Bar für Selbstbedienung. Es ist unstreitig, dass der ursprüngliche Kiosk nie bewilligt wurde und nach der damals geltenden Zonenplanung auch nicht hätte bewilligt werden können. Unstreitig ist weiter, dass der bestehende Kiosk nach der heute geltenden Zonenplanung der Gemeinde Thal nicht bewilligungsfähig ist.
Die Beschwerdeführerin beruft sich jedoch auf eine von der Gemeinde Thal am 27. Januar 1997 erteilte Bewilligung zur Sanierung des Kiosks. Sie ist der Auffassung, aufgrund dieser Baubewilligung sei der Kiosk in seinem Bestand geschützt.
2.1 Das Baudepartement und das Verwaltungsgericht gingen davon aus, dass 1997 einzig die Sanierung des Kiosks bewilligt worden sei. Der damalige Eigentümer habe jedoch den alten Kiosk vollständig abgebrochen und wieder aufgebaut. Dies sei nicht von der Baubewilligung gedeckt gewesen. Die Beschwerdeführerin könne sich somit nicht auf Bestandesschutz berufen.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, mit der Baubewilligung vom 27. Januar 1997 sei ihrem Rechtsvorgänger gestattet worden, "den bestehenden, sanierungsbedürftigen Kiosk [...] durch einen in der Dimension gleichen Holz-Stück-Bau zu ersetzen". Genau dies habe der damalige Eigentümer gemacht und sich damit an die erteilte Bewilligung gehalten.
Die Beschwerdeführerin rügt, es sei willkürlich, den Begriff der "Erneuerung" nur im Sinne der Sanierung zu verstehen; vielmehr umfasse dieser grundsätzlich auch den Ersatz einer Baute. Wäre es nur darum gegangen, einzelne Balken auszuwechseln, wäre gar keine Baubewilligung erforderlich gewesen. Im Übrigen sei es bei einem Blockhaus nicht möglich, einzelne Elemente zu ersetzen, ohne das ganze Blockhaus zu demontieren und wieder zusammenzubauen.
Der Protokollauszug des Gemeinderats Thal vom 27. Januar 1997, auf den sich das Verwaltungsgericht und die Beschwerdegegner stützten, sei nur dem Bauamt Thal zugestellt worden. Es handle sich somit um eine verwaltungsinterne Vorprüfung, die nicht Bestandteil der Baubewilligung geworden sei. Der damalige Grundeigentümer habe einzig den als "Baubewilligung Nr. 97.002" bezeichneten Protokollauszug erhalten, der am 17. Februar 1997 versandt worden sei. Darin habe der Gemeinderat sein Baugesuch ohne Einschränkungen genehmigt.
2.3 Die Beschwerdegegner verweisen auf das Baugesuch, in dem von einer "Sanierung" die Rede gewesen sei. Unter der Rubrik "Baumaterial und Konstruktion" sei auf das bestehende Fundament aus Stein hingewiesen und damit suggeriert worden, dieses Steinfundament werde bestehen bleiben. Wie dem Bild in der Rorschacher Zeitung vom 27. Januar 1997 entnommen werden könne, sei aber auch das Fundament vollständig neu in Beton gegossen worden. Damit habe es sich nicht um eine Erneuerung gehandelt, sondern um einen kompletten Neubau.
Die Beschwerdegegner gehen davon aus, das Protokoll des Gemeinderats vom 27. Januar 1997 sei dem damaligen Grundeigentümer zusammen mit der Baubewilligung zugestellt worden. Ansonsten sei anzunehmen, dass dieser zumindest telefonisch oder persönlich über die Rechtswidrigkeit eines Neubaus orientiert worden sei. Für die Bösgläubigkeit des damaligen Eigentümers spreche auch, dass dieser den Abbruch und den Neubau des Kiosks an die Hand genommen habe, bevor überhaupt eine Baubewilligung vorgelegen habe.
2.4 Das Baudepartement und das Verwaltungsgericht stellten auf die in den Bauakten der Gemeinde Thal liegenden Protokollauszüge des Gemeinderats vom 27. Januar 1997 und der Baukommission vom 20. Januar 1997 ab. Aus diesen Unterlagen ergibt sich klar, dass der Neubau des Kiosks nicht bewilligt werden sollte, sondern lediglich eine Erneuerung des bestehenden Kiosks, im Sinne des Auswechselns von schadhaften Teilen. In den Protokollen wird festgehalten, dass die geplante Baute zonenfremd sei und gegen Grenz-, Gebäude- und Gewässerabstände verstosse. Sie wäre daher auf mehrere Ausnahmebewilligungen angewiesen, deren Erteilung - auch aus präjudizieller Sicht - kaum vertretbar wäre. Der beabsichtigte Neubau des Kiosks könne daher erst geprüft werden, wenn die neue Ortsplanung rechtskräftig und das III. Nachtragsgesetz zum Baugesetz in Kraft getreten sei. Dementsprechend beschloss der Gemeinderat am 27. Januar 1997: "Aufgrund der jetzigen Situation und unter Berücksichtigung des III. Nachtrags zum Baugesetz kann eine Erneuerung, jedoch kein Neubau des Kiosks bewilligt werden".
Allerdings ist ungewiss, ob diese Protokollauszüge dem Baugesuchsteller zugestellt worden sind oder ob dieser mündlich darüber orientiert wurde, dass der beabsichtigte Neubau des Kiosks erst zu einem späteren Zeitpunkt geprüft werden könne. Zwar findet sich ein entsprechender Auftrag an das Bauamt im Protokoll der Baukommission vom 20. Januar 1997; in den Akten gibt es jedoch keinen Hinweis auf ein solches Gespräch.
2.5 Stellt man deshalb ausschliesslich auf die "Baubewilligung Nr. 97.002" (versandt am 17. Februar 1997) und die Baugesuchsunterlagen ab, so lässt sich in der Tat die Auffassung vertreten, die Gemeinde habe die vollständige Erneuerung, im Sinne eines Ersatzes des bisherigen durch einen neuen Kiosk, bewilligt.
Das Dispositiv der Baubewilligung lautete: "Die Bewilligung für die Erneuerung des Kiosks im bisherigen Umfang wird erteilt". Unter der Rubrik "Bedingungen und Auflagen" finden sich lediglich Hinweise zur Versickerung des Dachwassers und allfälligen Kanalisationsanschlüssen; dagegen gibt es keine Auflagen hinsichtlich des Umfangs der Erneuerung. Die Baubewilligung verweist einleitend auf das Baugesuch zur "Erneuerung des Paradiesli-Kiosks" und hält fest, dass die Bauherrschaft beabsichtige, den bestehenden, sanierungsbedürftigen Kiosk durch einen in den Dimensionen gleichen Holz-Stück-Bau "zu ersetzen". Auch in der Bauanzeige vom 8. Januar 1997 ist vom "Ersatz" des Paradisli-Kiosks ohne Änderung der Abmessungen die Rede. Insofern durfte die Baubewilligung dahin verstanden werden, dass sie den vollständigen Abbruch und Wiederaufbau des bestehenden Holz-Stück-Baus bewillige.
Bei dieser Auslegung läge eine Überschreitung der Baubewilligung allenfalls insoweit vor, als auch das zuvor bestehende Steinfundament abgebrochen und durch neue Betonfundamente ersetzt wurde, die in den Bauplänen nicht enthalten sind.
3. Wie es sich damit verhält, kann jedoch offen bleiben, weil sich die Beschwerdeführerin bereits aus einem anderen Grund nicht auf den Bestandesschutz berufen kann.
3.1 Das Verwaltungsgericht hielt in seinem Entscheid fest, dass der Kiosk bereits 1997 im Gewässerabstand zum Alten Rhein lag und die Baubewilligung deshalb der Zustimmung der zuständigen kantonalen Stelle bedurft hätte. Diese Zustimmung sei nie erteilt worden. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die kommunale Baubewilligung ohne die erforderliche Zustimmung des Kantons keine Rechtswirkung entfalten konnte (E. 6.4.3 S. 28/29 des angefochtenen Entscheids).
3.2 Dies wird von der Beschwerdeführerin nicht grundsätzlich bestritten. Sie macht aber geltend, der damalige Eigentümer habe nicht über juristische Kenntnisse verfügt und habe daher die baurechtlichen Vorschriften und die Konsequenzen der fehlenden Zustimmung des Kantons nicht gekannt; er könne sich daher auf den Grundsatz des Vertrauensschutzes berufen (vgl. dazu unten, E. 4).
3.3 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ergibt sich aus der verfassungsmässigen Eigentumsgarantie in Verbindung mit dem Rückwirkungsverbot eine Besitzstandsgarantie im öffentlichen Baurecht. Danach dürfen neue, restriktive Bestimmungen auf Bauten, die gemäss altem Recht bewilligt wurden, nur dann angewendet werden, wenn wichtige öffentliche Interessen es verlangen und das Prinzip der Verhältnismässigkeit gewahrt bleibt (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 122). Die Besitzstandsgarantie wird für bestehende Bauten ausserhalb der Bauzone durch die Art. 24c ff. RPG konkretisiert. Für Bauten innerhalb der Bauzone sind in erster Linie die kantonalen Bestimmungen massgeblich. Im Kanton St. Gallen ist die Besitzstandsgarantie in Art. 77bis des kantonalen Baugesetzes vom 6. Juni 1972 (BauG/SG) geregelt. Danach sind Bestand und Erneuerung rechtmässig erstellter Bauten und Anlagen, die den geltenden Vorschriften oder Plänen widersprechen, gewährleistet (Abs. 1). Umbauten, Zweckänderungen und Erweiterungen sind zulässig, soweit dadurch die Rechtswidrigkeit weder vermehrt noch wesentlich verstärkt wird (Abs. 2).
Voraussetzung für die Anwendbarkeit dieser Bestimmungen ist grundsätzlich, dass die Baute unter altem Recht rechtmässig erstellt wurde. Liegt eine rechtskräftige Baubewilligung vor, so gilt die Baute als rechtmässig erstellt, weshalb sich ihr Eigentümer ebenfalls auf die Besitzstandsgarantie berufen kann.
Nach den insoweit unstreitigen Erwägungen des Verwaltungsgerichts ist vorliegend davon auszugehen, dass mangels Zustimmung der zuständigen kantonalen Stelle nie eine rechtswirksame Baubewilligung vorgelegen hat. Unstreitig ist weiter, dass der 1997 errichtete Kiosk auch materiell dem damals geltenden Bau- und Planungsrecht widersprach. Unter diesen Umständen widerspricht es weder der Eigentumsgarantie noch dem Willkürverbot, der Beschwerdeführerin die Berufung auf die Besitzstandsgarantie zu versagen.
4. Zu prüfen ist noch, ob der Grundsatz von Treu und Glauben dem Abriss des Kiosks entgegensteht. Dies ist sowohl unter dem Blickwinkel des Vertrauensschutzes (E. 4.1) als auch der Verwirkung (E. 4.2) zu prüfen.
4.1 Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Vorausgesetzt ist weiter, dass die Person, die sich auf Vertrauensschutz beruft, berechtigterweise auf diese Grundlage vertrauen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 170 mit Hinweisen).
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass dem damaligen Eigentümer die Rechtsgrundlagen bekannt waren, d.h. dieser wusste oder jedenfalls hätte wissen müssen, dass der Kiosk im Gewässerabstand lag und eine Ausnahme nur mit Zustimmung des Kantons bewilligt werden konnte. Diese Annahme erscheint nicht willkürlich, zumal schon in den Jahren 1990/1991 gewisse Baugesuche des Restaurantpächters (Überdachung, Windschutz) am Gewässerabstand gescheitert waren.
Im Übrigen hat der Rechtsvorgänger der Beschwerdeführerin auch keine nachteiligen, nicht wieder rückgängig zu machenden Dispositionen im Vertrauen auf die vom Gemeinderat (ohne Zustimmung des Kantons) erteilte Baubewilligung getroffen: Wie das in den Akten liegende Foto der Rorschacher Zeitung vom 27. Januar 1997 dokumentiert, hatte er den ursprünglichen Kiosk bereits vollständig abgebrochen und neue Fundamente gegossen, noch bevor die Baubewilligung erteilt worden war (vgl. auch die diesbezügliche Bemerkung des Gemeinderats im Protokollauszug vom 27. Januar 1997, S. 2). Damit handelte er gerade nicht im Vertrauen auf die Baubewilligung, sondern unabhängig von dieser. Er bzw. die Beschwerdeführerin als seine Rechtsnachfolgerin können sich daher nicht auf den Schutz von Treu und Glauben berufen.
4.2 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung verwirkt der Anspruch der Behörden auf Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im Interesse der Rechtssicherheit grundsätzlich nach 30 Jahren. Kürzere Verwirkungsfristen können sich aus Gründen des Vertrauensschutzes ergeben. Dies ist namentlich dann der Fall, wenn die Baupolizeibehörden zwar vor Ablauf der 30-jährigen Frist einschreiten, den baurechtswidrigen Zustand aber über Jahre hinaus duldeten, obschon ihnen die Gesetzwidrigkeit bekannt war oder sie diese bei Anwendung der gebotenen Sorgfalt hätten kennen müssen (<ref-ruling> E. 7 und 7.1 S. 365 mit Hinweisen).
Vorliegend sind seit der Erstellung des neuen Kiosks im Jahr 1997 noch keine 30 Jahre vergangen.
Es gibt auch keine Anhaltspunkte dafür, dass der neue Kiosk der zuständigen kantonalen Stelle bekannt war und von dieser geduldet wurde.
Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, dem Baudepartement sei der Vorwurf zu machen, seiner Aufsichts- und Kontrollpflicht nicht oder nur ungenügend nachgekommen zu sein: Dieses hätte sich bei den Gemeinden periodisch über den Stand der im Amtsblatt ausgeschriebenen Baugesuche für "zonenfremde Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzone" erkundigen müssen, wenn nicht innerhalb einer gewissen Zeit um Zustimmung zur Baubewilligung ersucht worden sei.
Im vorliegenden Fall hätte jedoch das Baudepartement, selbst wenn es die Bauakten eingesehen hätte, nicht erkennen können, dass der Gemeinderat den Neubau eines Kiosks im Gewässerabstand bewilligt hatte. Vielmehr hätte es aufgrund des Protokollauszugs vom 27. Januar 1997 davon ausgehen müssen, die Baubewilligung sei nur für die Sanierung des (schon vor der Einführung des Gewässerabstands 1983) bestehenden Kiosks erteilt worden (vgl. oben, E. 2.4).
Damit liegt kein Verwirkungstatbestand vor.
4.3 Soweit der Beschwerdeführer mit einem Satz eine Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips rügt, ist darauf schon mangels genügender Begründung nicht einzutreten (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat Vera und Gallus Gobbo-Roth für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Thal, dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. April 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Fonjallaz Gerber