Sachverhalt:
A. Z._, geboren 2005, ist kleinwüchsig und wird mit Wachstumshormonen behandelt. Ihre Eltern ersuchten am 16. August 2011 bei der Invalidenversicherung um Gewährung medizinischer Massnahmen. Nach Einholung eines Berichtes der Frau Prof. Dr. med. L._, Leitende Ärztin Endokrinologie/Diabetologie am Spital X._ vom 31. August 2011 lehnte die IV-Stelle des Kantons Thurgau den Anspruch mit Verfügung vom 16. Februar 2012 ab mit der Begründung, dass kein Geburtsgebrechen vorliege.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Juni 2012 ab.
C. Die Swica Krankenversicherung AG führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung.
Das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau und das Bundesamt für Sozialversicherungen schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann (unter anderem) die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>).
2. Versicherte bis zum vollendeten 20. Altersjahr haben gemäss <ref-law> Anspruch auf die zur Behandlung von Geburtsgebrechen (<ref-law>) notwendigen medizinischen Massnahmen. Diese umfassen gemäss <ref-law> namentlich die Abgabe der vom Arzt verordneten Arzneien.
3. Streitig ist, ob die Invalidenversicherung im Rahmen ihrer Leistungspflicht bei Geburtsgebrechen das bei der Versicherten angewendete Medikament (Norditropin) abzugeben hat. Der Beschwerde führende Krankenversicherer macht geltend, dass die Behandlung mit diesem Medikament gemäss der vom Bundesamt für Gesundheit (BAG) geführten Spezialitätenliste zulässig, eine Übernahme durch die Invalidenversicherung gemäss Kreisschreiben des Bundesamts für Sozialversicherungen (BSV) über die medizinischen Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung (KSME) indessen seiner Auffassung nach zu Unrecht nicht vorgesehen sei.
Unbestrittenermassen leidet die Versicherte nicht unter einem Geburtsgebrechen. Frau Prof. Dr. med. L._ hatte die entsprechende Frage in ihrem Arztbericht vom 31. August 2011 an die IV-Stelle ausdrücklich verneint und die Diagnose eines primordialen Kleinwuchses gestellt. Insbesondere weil eine entsprechende qualifiziert begründete Verfassungsrüge (<ref-law>) nicht vorgebracht wurde, fällt eine Prüfung der Frage, ob der primordiale (intrauterine) Kleinwuchs zu Unrecht im Anhang der vom Bundesrat gestützt auf <ref-law> erlassenen Verordnung über Geburtsgebrechen (GgV) nicht aufgelistet sei, von vornherein ausser Betracht und ist darauf nicht näher einzugehen.
Die Voraussetzungen für eine medizinische Massnahme im Sinne von <ref-law> sind damit nicht gegeben und eine Leistungspflicht der Invalidenversicherung gestützt auf diese Bestimmung fällt von vornherein ausser Betracht.
Weitere Voraussetzungen für die Gewährung medizinischer Massnahmen bei Geburtsgebrechen wie insbesondere das Erfordernis, dass das Arzneimittel nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sei (<ref-law>; Urteil I 19/03 vom 29. Januar 2004 E. 2.4), sind bei diesem Ergebnis nicht entscheidwesentlich und daher nicht zu prüfen. Auf den erwähnten einzigen Einwand der Diskrepanz zwischen KSME und Spezialitätenliste ist deshalb nicht weiter einzugehen.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerde führenden Krankenversicherer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, Z._, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo