Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin 1) ist Inhaberin des Schweizer Teils des EP 111._ und des gestützt darauf erteilten ergänzenden Schutzzertifikates 222._ (nachstehend "A._-SPC" [Supplementary Protection Certificate]) mit einer Schutzdauer vom 12. Februar 2011 bis 27. August 2011. Die Y._ AG (Beschwerdeführerin 2) ist bezüglich dieser Schutzrechte exklusive Lizenznehmerin der Beschwerdeführerin 1.
Die Z._ AG (Beschwerdegegnerin) gehört zum Konzern des Unternehmens Z. Q._ Ltd., einem Generikaanbieter. Am 16. März 2010 erteilte Swissmedic der Beschwerdegegnerin die Marktzulassung für A._-IHCT-Z._ in den Dosierungen 80I12.5 mg, 160I12.5 mg und 160I25 mg. Dieses Medikament fällt nach Auffassung der Beschwerdeführerinnen in den Schutzbereich des A._-SPC.
Die Beschwerdeführerinnen gingen davon aus, dass die Beschwerdegegnerin das Medikament vor Ablauf des A._-SPC auf den Markt bringen werde. Die vorprozessuale Korrespondenz erbrachte auf die Anfrage der Beschwerdeführerinnen keine Unterlassungserklärung der Beschwerdegegnerin.
B. Die Beschwerdeführerinnen gelangten daher am 15. Oktober 2010 an das Handelsgericht des Kantons Zürich mit folgendem Massnahmebegehren:
"1. Es sei der Gesuchsgegnerin unter Androhung der Bestrafung der verantwortlichen Organe im Widerhandlungsfall nach <ref-law> (Busse) und der Zwangsvollstreckung vorsorglich zu verbieten, das von Swissmedic unter der Nummer 333._ zugelassene Arzneimittel mit dem Namen A._-IHCT-Z._ in den Dosierungen 80I12.5 mg, 160I12.5 mg und 160I25 mg in der Schweiz herzustellen, zu lagern, anzubieten, zu verkaufen oder auf andere Weise in Verkehr zu bringen, in die Schweiz einzuführen oder aus der Schweiz auszuführen oder bei einer dieser Handlungen mitzuwirken;
2. Es sei das Verbot gemäss Rechtsbegehren 1 in jedem Fall vor dem 12. Februar 2011 zu erlassen, falls nötig ohne vorgängige Anhörung der Gesuchsgegnerin;
3. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Gesuchsgegnerin."
Die Beschwerdegegnerin beantragte in ihrer Antwort die Abweisung des Gesuchs, soweit darauf einzutreten sei. Der Einzelrichter des Handelsgerichts machte die Beschwerdegegnerin mit der Fristansetzung zur Duplik u.a. darauf aufmerksam, dass die Behauptung der Beschwerdeführerinnen, sie gingen davon aus, dass sich die Beschwerdegegnerin entschlossen habe, ihr Generikum zu B._® [d.h. A._-IHCT-Z._] vor dem Ablauf des A._-SPC auf dem Schweizer Markt zu lancieren, als anerkannt gelte, solange die Beschwerdegegnerin nicht konkret (will heissen, ohne um den Brei herumzureden) bestreite, diesen Entschluss gefasst zu haben. Daraufhin legte die Beschwerdegegnerin in der Duplik dar, sie habe nie die Absicht gehabt, A._-IHCT-Z._ vor Ablauf der Schutzdauer des A._-SPC in der Schweiz zu vermarkten. Vielmehr sei schon am 16. April 2010 als Launch Date der 28. August 2011 festgelegt worden.
Gestützt auf diese Erklärung der Beschwerdegegnerin, dass sie A._-IHCT-Z._ erst am 28. August 2011, mithin nach Ablauf des ergänzenden Schutzzertifikates für A._-SPC, auf den Markt bringen wird, erachtete es die Vorinstanz für nicht glaubhaft gemacht, dass die Beschwerdegegnerin eine patentverletzende Handlung vorzunehmen beabsichtige. Sie wies daher das Massnahmebegehren mit Verfügung vom 7. Februar 2011 ab (Dispositiv-Ziffer 1). Die Gerichtsgebühr setzte sie auf Fr. 28'000.-- fest (Dispositiv-Ziffer 2). Die Kosten auferlegte sie den Parteien je zur Hälfte und sprach keine Parteientschädigungen zu (Dispositiv-Ziffern 3 und 4).
C. Die Beschwerdeführerinnen beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, die Dispositiv-Ziffern 3 und 4 der angefochtenen Verfügung aufzuheben. Die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens in Höhe von Fr. 28'000.-- seien vollumfänglich der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, den Beschwerdeführerinnen für das vorinstanzliche Verfahren eine Prozessentschädigung in Höhe von insgesamt Fr. 27'600.-- (zuzüglich MwSt. von Fr. 2'098.--) zu bezahlen. Eventuell sei die Sache in Bezug auf Ziffern 3 und 4 des Dispositivs zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Schreiben vom 18. bzw. 21. April 2011 reichten die Parteien Replik und Duplik ein. Am 28. April 2011 nahmen die Beschwerdeführerinnen Stellung zur Duplik.

Erwägungen:
1. Angefochten ist einzig die Kosten- und Entschädigungsregelung in einem Endentscheid über vorsorgliche Massnahmen. Die Vorinstanz hat als einzige kantonale Instanz im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 76 Abs. 1 aPatG (nunmehr <ref-law>) entschieden. Die Beschwerde in Zivilsachen ist daher unabhängig vom Streitwert zulässig (<ref-law>).
In der Hauptsache geht es um den Erlass vorsorglicher Massnahmen. Nach <ref-law> kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Diese Beschränkung der Beschwerdegründe gilt auch, wenn lediglich die Kostenregelung eines Entscheides über vorsorgliche Massnahmen angefochten ist. Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) und des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Sie erheben damit zulässige Beschwerdegründe.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Nach § 64 Abs. 2 Satz 1 der auf den 1. Januar 2011 aufgehobenen, im vorinstanzlichen Verfahren aber noch anwendbaren Zivilprozessordnung des Kantons Zürich (aZPO/ZH) werden die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Von dieser Regel kann nach Abs. 3 insbesondere dann abgewichen werden, wenn die unterliegende Partei sich in guten Treuen zur Prozessführung veranlasst sah (so auch <ref-law>). Nach § 68 Abs. 1 aZPO/ZH hat jede Partei in der Regel die Gegenpartei im gleichen Verhältnis zu entschädigen, wie ihr Kosten auferlegt werden.
Gestützt auf § 64 Abs. 3 aZPO/ZH erachtete es das Obergericht des Kantons Zürich beispielsweise als richtig, den (obsiegenden) Beklagten für das vor dem örtlich unzuständigen Gericht eingeleitete Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig zu erklären, weil dieser es unterlassen hatte, in der Sühneverhandlung seine neue Wohnadresse bekanntzugeben. Die dadurch entstandenen Kosten hätten vermieden werden können (ZR 83 Nr. 94; vom Kassationsgericht des Kantons Zürich bestätigt). Dasselbe Gericht hatte es etwa auch als Prozessführung in guten Treuen qualifiziert, als der Beklagte nach mehrfachem Anfragen eines Klägers, wie sich die Beklagte zur Qualifizierung der fraglichen Urheberrechtsverletzung stelle, nicht reagierte (SJZ 80/1984 S. 97 f.).
Nach einer Lehrmeinung ist bei Prozessführung in guten Treuen im Sinne von § 64 Abs. 3 aZPO/ZH ein fehlerhaftes Verhalten der Gegenpartei entscheidend für den Umfang der Verschiebung der Kosten- und Entschädigungsfolgen. Ein fehlerhaftes Verhalten der Gegenpartei rechtfertige, ihr mehr oder alle Kosten zu überbinden (samt entsprechender Entschädigungsfolge), im Unterschied zum Fall, in welchem ihr Verhalten fehlerfrei gewesen sei (MICHAEL RIEMER, Prozessführung in guten Treuen, in: Festschrift 125 Jahre Kassationsgericht des Kantons Zürich, 2000, S. 279 ff., S. 288; zurückhaltender FRANK/STRÄULI/MESSMER, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 1997, N. 26a zu <ref-law>/ZH mit Hinweisen auf ältere Rechtsprechung).
2.2 Die Vorinstanz stützte die von ihr getroffene Kosten- und Entschädigungsregelung auf § 64 Abs. 3 aZPO/ZH. Sie prüfte einlässlich die vorprozessuale Korrespondenz und stellte dazu fest, es könne keine Rede davon sein, dass die Beschwerdegegnerin für klare Verhältnisse gesorgt hätte. Sie habe im Gegenteil herumlaviert und sich offensichtlich nicht festlegen wollen, was sich sogar in der Massnahmeantwort noch fortgesetzt habe. Nun sei die Beschwerdegegnerin als direkte Konkurrentin der Beschwerdeführerinnen diesen nicht zur Auskunft über ihre Absichten verpflichtet gewesen. Sie hätte ihnen also auch durchaus mitteilen können, sie informiere die Konkurrenz grundsätzlich über gar nichts. Sie sei aber nicht so vorgegangen; vielmehr habe sie zuerst erklärt, sie pflege nicht zu verletzen, dann aber, hier gehe es gar nicht um eine Verletzung; trotz sinniger Erläuterung der Beschwerdeführerinnen, weshalb Klärungsbedarf bestehe, habe sie diesen in der Folge verneint. Damit habe sie dafür gesorgt, dass die Beschwerdeführerinnen in guten Treuen davon hätten ausgehen können, wenn die Beschwerdegegnerin die an sich simple Unterlassungserklärung nicht abgebe, dann wohl eben deshalb, weil sie beabsichtige, A._-IHCT-Z._ während der Laufzeit des A._-SPC auf den Markt zu bringen. Das habe, so die Vorinstanz weiter, die Beschwerdeführerinnen nicht des Risikos enthoben, dass sich im Verfahren etwas anderes herausstellen und sie unterliegen würden. Nachdem aber die Beschwerdegegnerin mit ihrem Lavieren die Beschwerdeführerinnen zur Klageeinleitung veranlasst habe, scheine es in Berücksichtigung aller Umstände angemessen, die Kosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und entsprechend keine Prozessentschädigung zuzusprechen.
2.3 Nach Ansicht der Beschwerdeführerinnen ist die Vorinstanz damit bei der Ausübung ihres Ermessens nach § 64 Abs. 3 i.V.m. § 68 Abs. 1 aZPO/ZH in Willkür verfallen.
Die Vorinstanz habe festgestellt, dass die Beschwerdeführerinnen das Verfahren nicht leichtfertig und voreilig eingeleitet hätten, sondern im Gegenteil alles ihnen Zumutbare unternommen hätten, um eine unnötige Bemühung des Gerichts zu vermeiden. Die Beschwerdeführerinnen seien durch das vorprozessuale Verhalten der Beschwerdegegnerin direkt zur Klageeinleitung veranlasst worden. Nach diesen Feststellungen sei der einen Partei (den Beschwerdeführerinnen), die vorprozessual alles unternommen habe, um einen Prozess zu verhindern, eine andere Partei (die Beschwerdegegnerin) gegenübergestanden, die umherlavierend bewusst für unklare Verhältnisse gesorgt und dadurch ein gerichtliches Verfahren provoziert habe. Bereits diese Feststellungen liessen es als in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen, wenn die Beschwerdegegnerin für ihr Verhalten dann aber dadurch belohnt werde, dass ihr nur die Hälfte der Kosten des ausschliesslich von ihr verursachten Verfahrens auferlegt und sie von der Bezahlung einer Prozessentschädigung befreit werde.
Noch stossender werde der Entscheid dadurch, dass sich die Beschwerdegegnerin in der Vorkorrespondenz nicht etwa mangels, sondern wider besseres Wissen in Ausflüchten verloren habe. Wie sie in der Massnahmeduplik ausgeführt habe, hatte sie den Entschluss, ihr Generikum erst nach Ablauf des A._-SPC zu lancieren, bereits am 16. April 2010 gefasst, also eine Woche vor ihrer ersten Stellungnahme zum Abmahnschreiben der Beschwerdeführerinnen. Das hätte sie den Beschwerdeführerinnen vorprozessual ohne Weiteres mitteilen können. Indem sie sich stattdessen für ein Katz-und-Maus-Spiel entschieden habe und dadurch ein gerichtliches Verfahren veranlasst habe, habe sie in eklatanter Weise gegen das in § 50 Abs. 1 aZPO/ZH (und in <ref-law>) sowie in <ref-law> statuierte Gebot des Handelns nach Treu und Glauben verstossen.
2.4 Die Willkürrüge ist begründet.
Die Vorinstanz bejahte, dass die Beschwerdeführerinnen das Massnahmegesuch in guten Treuen eingereicht haben, weil sie aufgrund des Verhaltens der Beschwerdegegnerin in der vorprozessualen Korrespondenz davon ausgehen konnten, dass diese eine patentverletzende Handlung beabsichtigte. Es lag mithin ein klarer Fall von Prozessführung in guten Treuen im Sinne von § 64 Abs. 3 aZPO/ZH vor.
Die Beschwerdegegnerin bestreitet eine Prozessführung in guten Treuen mit dem Argument, die Beschwerdeführerinnen hätten durch einfache Anfrage bei dem für die Spezialitätenliste zuständigen Bundesamt für Gesundheit (BAG) abklären können, ob die Beschwerdegegnerin die Aufnahme des streitgemässen Generikums in die Spezialitätenliste beantragt habe, was nicht der Fall gewesen sei. In der angefochtenen Verfügung finden sich zu dieser Thematik jedoch keine Feststellungen. Zudem stellen die Beschwerdeführerinnen substanziiert - unter Beilage einer entsprechenden Email-Auskunft bzw. unter der Anrufung von Auskunftspersonen (zuständigen Mitarbeitern des BAG) - in Abrede, dass das BAG über hängige oder nicht gestellte Gesuche um Aufnahme in die Spezialitätenliste an Dritte Auskunft erteilt. Bei dieser Sachlage ist die Beschwerdegegnerin mit ihrem neuen Vorbringen von vornherein nicht zu hören und es bleibt bei der klaren Bejahung der Vorinstanz, dass die Beschwerdeführerinnen das Massnahmeverfahren in guten Treuen einleiteten. Die Vorinstanz brachte demnach § 64 Abs. 3 aZPO/ZH zu Recht zur Anwendung und verlegte die Kosten abweichend vom Erfolgsprinzip.
Bei der masslichen Abweichung verfiel sie indessen in Willkür, indem sie eine bloss hälftige Kostenbelastung der Beschwerdegegnerin vornahm. Sie begründete dies einzig damit, dass die Beschwerdeführerinnen nicht des Risikos enthoben gewesen seien, dass sich im Verfahren etwas anderes herausstellen und sie unterliegen würden. Die Beschwerdeführerinnen kritisieren diese Argumentation zu Recht als widersprüchlich. Auf der einen Seite attestierte die Vorinstanz den Beschwerdeführerinnen mit eindeutigen Worten, dass sie aufgrund des vorprozessualen Verhaltens der Beschwerdegegnerin in guten Treuen davon ausgehen konnten, dass die Beschwerdegegnerin beabsichtigte, A._-IHCT-Z._ während der Laufzeit des A._-SPC auf den Markt zu bringen. Wenn dies die Beschwerdeführerinnen aber annehmen durften, ist nicht nachvollziehbar, dass sie damit rechnen mussten, im Verfahren würde sich etwas anderes herausstellen. Vielmehr war anzunehmen, dass die beantragte Massnahme ausgesprochen worden und die Beschwerdegegnerin somit vollständig unterlegen wäre, wenn sie weiterhin bei ihrer unklaren Haltung, die sie noch in der Gesuchsantwort beibehalten hatte, geblieben wäre. Erst die unmissverständliche Aufforderung des Vorderrichters, dass die behauptete Verletzungsabsicht als anerkannt gelte, wenn die Beschwerdegegnerin sie nicht konkret bestreite, mithin aufhöre, "um den Brei herumzureden", veranlasste die Beschwerdegegnerin, in der Duplik eine entsprechende Erklärung abzugeben, die dann zur Abweisung des Gesuchs führte. Auch diesbezüglich bemerken die Beschwerdeführerinnen zu Recht, dass mit einer solchen richterlichen Intervention in einem Verfahren mit Verhandlungsmaxime nicht zu rechnen war bzw. dass dieses Vorgehen im Rahmen der Kostenverteilung nicht dem Verlustrisiko der Beschwerdeführerinnen anzulasten ist.
Der Umstand, dass die Beschwerdegegnerin in der Duplik die zuvor beharrlich verweigerte Unterlassungserklärung schliesslich abgab bzw. endlich Klarheit schaffte, ändert nichts daran, dass allein sie durch ihr vorprozessuales Verhalten das Massnahmeverfahren veranlasst hatte. Letzteres hielt die Vorinstanz selber klar fest. Konsequenterweise hätte sie bei dieser Ausgangssituation, bei der einseitig ein fehlerhaftes Verhalten der Gegenpartei vorliegt, diese vollumfänglich mit den Kosten des von ihr unnötigerweise verursachten Verfahrens und entsprechend mit einer Prozessentschädigung an die Beschwerdeführerinnen belasten müssen. Die bloss hälftige Kostenaufteilung entbehrt der sachlichen Begründung und stösst sich am Gerechtigkeitsgedanken. Sie kann deshalb nicht geschützt werden.
Da sich die Willkürrüge demnach als begründet erweist, erübrigt es sich, zur weiteren Rüge der Beschwerdeführerinnen, die Vorinstanz habe ihre Begründungspflicht (<ref-law>) verletzt, Stellung zu nehmen.
3. Dies führt zur Gutheissung der Beschwerde. Demgemäss sind die Dispositiv-Ziffern 3 und 4 der angefochtenen Verfügung aufzuheben und die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Weiter ist den Beschwerdeführerinnen für das vorinstanzliche Verfahren eine Prozessentschädigung in der beantragten Höhe, die von der Beschwerdegegnerin betragsmässig nicht bestritten wird, zuzusprechen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin vor Bundesgericht kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Die Dispositiv-Ziffern 3 und 4 der Verfügung des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 7. Februar 2011 werden aufgehoben und durch folgende Bestimmungen ersetzt:
"3. Die Kosten werden der Beklagten auferlegt.
4. Die Beklagte wird verpflichtet, den Klägerinnen eine Prozessentschädigung in Höhe von insgesamt Fr. 27'600.-- (zuzüglich MwSt. in Höhe von Fr. 2'098.--) zu bezahlen."
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren insgesamt mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Mai 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Hotz