A.- Mit Verfügung vom 3. Mai 1996 legte das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) die Einrichtungs- und Betriebsbeiträge der Invalidenversicherung für die Wohngemeinschaft C._ und die Wohngruppe D._ für das Jahr 1994 fest. Die für dieses Jahr gewährten Betriebsbeiträge machten mit Fr. 35'887. - für die Wohngemeinschaft C._ 98,57 % und mit Fr. 62'943. - für die Wohngruppe D._ 95,30 % des jeweiligen Betriebsdefizites aus.
AufeinvomVereinX. _ gestelltes Wiedererwägungsgesuch trat das BSV mit Wiedererwägungsverfügung vom 15. Juli 1997 zwar ein, lehnte jedoch das unter anderem gestellte Begehren, wonach die Beiträge für 1994 das gesamte
Betriebsdefizit zu decken hätten, ab.
B.- Die gegen die verfügte Beitragsgewährung für das Jahr1994vomVereinX. _ erhobene Beschwerde wies das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) mit Entscheid vom 15. Juni 1998 kostenfällig ab, soweit es darauf eintrat. Insbesondere lehnte es das Departement auch ab, die erst mit Verfügung vom 1. Dezember 1997 zugesprochenen und im Laufe des Beschwerdeverfahrens ebenfalls beanstandeten Betriebsbeiträge für die Jahre 1995 und 1996 in die Beurteilung mit einzubeziehen.
C.-DerVereinX. _ erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Begehren, die Verfügungen des BSV vom 3. Mai 1996 und 15. Juli 1997 sowie der Beschwerdeentscheid des EDI vom 15. Juni 1998 seien aufzuheben und die Invalidenversicherung sei zu verpflichten, für das Rechnungsjahr 1994 ungekürzte Betriebsbeiträge, nämlich zu Gunsten der Wohngemeinschaft C._ Fr. 36'409. - und zu Gunsten der Wohngruppe D._ Fr. 66'049. - auszurichten.
Sowohl das EDI als auch das BSV schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.-BeimVereinX. _ handelt es sich gemäss dessen eigenen Angaben in einem parallel laufenden Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht um einen Verein mit dem statutarischen Zweck, in der Region Y._ sozialpsychiatrische Einrichtungen in den Bereichen Arbeit, Wohnen, Beratung und Betreuung zu entwickeln und zu führen. Gemäss auf Anfrage des Eidgenössischen VersicherungsgerichtshinerteilterAuskunftvom11. September1998giltderVereinX. _ gegenüber dem BSV für die Wohngemeinschaft C._ und die Wohngruppe D._ als rechtlich unselbstständigen Einrichtungen als verantwortliche Trägerorganisation. Entgegen der Parteibezeichnung im angefochtenen Entscheid des EDI vom 15. Juni 1998 handelt der Verein somit in eigenem Namen und nicht in Vertretung der betroffenen Wohngemeinschaften. In den zur Diskussion stehenden Verfügungen des BSV wird denn auch der Verein als Adressat aufgeführt.
UnterdiesenUmständenistderVereinX. _ zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Eidgenössische Versicherungsgericht berechtigt (Art. 103 lit. a in Verbindung mit Art. 132 OG). Da auch die übrigen formellen Erfordernisse an eine rechtsgenügliche Verwaltungsgerichtsbeschwerde (Art. 106 Abs. 1 OG betreffend Beschwerdefrist und Art. 108 Abs. 1 und 2 OG betreffend Beschwerdeschrift, je in Verbindung mit Art. 132 OG) erfüllt sind, ist auf die vom Verein X. _ in eigenem Namen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
2.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Verein X._ richtet sich "gegen die Kürzung der massgeblichen Defizite und damit gegen die Kürzung des Betriebsbeitrages für die Wohngemeinschaften C._ und D._ für das Rechnungsjahr 1994". Ausdrücklich erklärt der Beschwerde führende Verein, "die übrigen Teile der Verfügung des BSV vom 3.5.96" würden nicht bestritten. Unbeanstandet blieben auch die den angefochtenen Erlassen rein rechnerisch zu Grunde liegenden einzelnen Operationen sowie die diesen als Ausgangslage dienenden betragsmässigen Annahmen.
3.- a) Im angefochtenen Entscheid des EDI vom 15. Juni 1998 sind die massgebenden Bestimmungen über die Voraussetzungen für die Gewährung von Beiträgen an die durch die dauernde oder vorübergehende Unterbringung von Invaliden entstehenden Betriebskosten dazu vorgesehener Institutionen (Art. 73 Abs. 2 lit. c IVG) und das bei der Bemessung solcher Beiträge einzuschlagende Vorgehen (Art. 106 Abs. 2 und 4 IVV in Verbindung mit Art. 75 IVG) zutreffend dargelegt worden, worauf verwiesen wird.
Nach Massgabe von Art. 106 Abs. 4 IVV sind im Rahmen der Bemessung des Betriebsbeitrages nach Art. 73 Abs. 2 lit. c IVG einerseits die durch die Unterbringung von Invaliden bedingten zusätzlichen Kosten der betroffenen Heime und andererseits deren anrechenbarer Ausgabenüberschuss beizuziehen. Die von der Invalidenversicherung gewährten Beiträge entsprechen grundsätzlich den genannten Mehrkosten, dürfen jedoch den Betrag des anrechenbaren Defizits nicht übersteigen.
b) Bereits diese durch Gesetz und Verordnung vorgegebene Ordnung zeigt klar, dass die von der Invalidenversicherung zu erbringenden Betriebsbeiträge ausschliesslich der Deckung von Mehrkosten dienen dürfen, die durch die Beherbergung invalider Heimbewohner verursacht werden. Um dies auch bei Einrichtungen zu gewährleisten, welche sowohl behinderte als auch nicht behinderte Personen aufnehmen, ist eine Ausscheidung des von Letzteren begründeten finanziellen Aufwandes unumgänglich. Die zu diesem Zeck vom BSV bei Heimen mit in diesem Sinne "gemischter" Struktur gehandhabte Praxis, wonach die zur Bestimmung der Beitragshöhe erforderlichen Grössen (Mehraufwand, Defizit) nach Massgabe des Verhältnisses von Aufenthaltstagen invalider und nichtinvalider Bewohner gekürzt werden, trägt dem verfolgten Ziel in geeigneter, sachgerechter und überdies einfach durchführbarer Weise Rechnung.
c) Bezüglich der Ermittlung des allein durch die Unterbringung Invalider verursachten Mehraufwandes wird dies auch vom Beschwerde führenden Verein nicht in Abrede gestellt. Er setzt sich einzig dagegen zu Wehr, dass eine solche Kürzung im Verhältnis der Aufenthaltsdauer invalider und nichtinvalider Personen auch hinsichtlich des den Betriebsbeitrag nach Art. 73 Abs. 2 lit. c IVG auf einen Maximalbetrag beschränkenden Defizits vorgenommen wird.
Was dagegen vorgebracht wird, hält einer Prüfung indessen nicht Stand. Schon vom Ansatz her unzutreffend ist die Überlegung, wonach es ausgeschlossen sei, dass durch einen Beitrag, der ein Defizit deckt, das kleiner als der "errechnete gekürzte Betriebsbeitrag" - mithin kleiner als der nur von Invaliden verursachte Mehraufwand - ist, Kosten für Nichtbehinderte übernommen würden. Da das Defizit aus einer Gegenüberstellung sämtlicher Einnahmen und Ausgaben resultiert, ist nicht einzusehen, weshalb ein Defizit, das kleiner als der von invaliden Bewohnern verursachte Mehraufwand ist, zum Vornherein nicht auch auf die Beherbergung nicht behinderter Bewohner zurückzuführende Aufwandposten mit enthalten sollte. Damit nicht auch solche durch die Betriebsbeiträge der Invalidenversicherung zumindest teilweise mit ausgeglichen werden, ist es sachlich sogar geboten, die vom BSV angewandte Kürzungspraxis auch bei der Festlegung des anrechenbaren Ausgabenüberschusses wirksam werden zu lassen.
Von einer rechtsungleichen Behandlung verschiedener Wohnheime kann dabei keine Rede sein. Dass eine Institution mit höherem Defizit in der Regel mit höheren Betriebsbeiträgen rechnen kann, ist lediglich Ausdruck des gesetzgeberischen Anliegens, die Invalidenversicherung an der Tragung der durch die Unterbringung Invalider verursachten Kosten zu beteiligen. Je grösser diese Kosten sind - und nicht anderweitig gedeckt werden können -, desto höher fallen die Betriebsbeiträge aus. Dabei handelt es sich um eine im Bereich des Subventionswesens häufig anzutreffende Auswirkung der gesetzlich vorgegebenen Ordnung. Durch ungerechtfertigte oder gar missbräuchliche Beeinflussung der Betriebsrechnung bewirkte Bezüge sind nicht zu befürchten, gilt doch eine wirtschaftliche Betriebsführung im Bestreben, Defizite möglichst gering zu halten, als Grundvoraussetzung für jegliche Beitragsgewährung. Eine nicht zu rechtfertigende Ungleichbehandlung verschiedener Institutionen kann demnach, entgegen der in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vertretenen Auffassung, nicht erblickt werden.
Auch dass ein sowohl invalide als auch nichtinvalide Personen beherbergendes Heim anders als ein Heim mit ausschliesslich invaliden Bewohnern vom ausgewiesenen Defizit in jedem Fall einen gewissen Teil selbst zu tragen hat, stellt keine Ungleichbehandlung dar, sondern ist einzig Folge davon, dass es eine Beteiligung der Invalidenversicherung an dem von Nichtinvaliden verursachten Aufwand zu vermeiden gilt. Zur Stützung des vom Beschwerde führenden Verein eingenommenen Standpunktes vermag dieser Umstand nichts beizutragen.
4.- a) Schliesslich wird in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde noch geltend gemacht, gemäss den von der Invalidenversicherung im Jahre 1991 aufgestellten Grundsätzen zur Beitragspraxis werde bei einem Anteil behinderter Heimbewohner von mehr als 90 % der Beitrag der Invalidenversicherung voll, d.h. zu 100 % gewährt. Diese ursprüngliche Praxis sei im Laufe der Jahre sukzessive verschärft worden. Dadurch, dass die Beiträge für die vorliegend zur Diskussion stehenden Wohngemeinschaften für 1994 erst im Jahre 1996 nach Massgabe der nunmehr strengeren Kriterien ermittelt wurden, seien diese Beitragsempfänger benachteiligt und gegenüber andern Leistungsbezügern rechtsungleich behandelt worden.
b) Wie schon im angefochtenen Entscheid vom 15. Juni 1998 führt das EDI in seiner Stellungnahme vom 31. August 1998 nach entsprechender Rückfrage beim BSV dazu aus, die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde angesprochene Praxis sei stets nur bezüglich Baubeiträgen, nicht aber bezüglich Betriebsbeiträgen angewendet worden. Gemäss Darstellung des Departements hat der Zeitpunkt der Beitragsfestsetzung deshalb nicht zu einer rechtsungleichen Behandlung führen können; im Bereich der Betriebsbeiträge sei immer entsprechend dem jeweiligen Anteil nicht behinderter Heimbewohner eine prozentuale Kürzung der für die Bestimmung der Beitragshöhe relevanten Grössen, nämlich der behinderungsbedingten Mehrkosten und des anrechenbaren Ausgabenüberschusses, vorgenommen worden.
c) Inwiefern diese Ausführungen nicht zutreffen sollten und in andern Fällen eine sich für die Beitragsbezüger günstiger auswirkende Berechnungsweise zur Anwendung gelangt sein soll, wird vom Beschwerde führenden Verein nicht dargetan und insbesondere auch nicht anhand eines konkreten Beispiels belegt. Es besteht deshalb kein Anlass, die Übereinstimmung der im angefochtenen Departementsentscheid vom 15. Juni 1998 geschilderten Sachlage mit den tatsächlichen Verhältnissen in Frage zu stellen. Im Übrigen ist dem EDI darin beizupflichten, dass sich der Berechnungsmodus für die streitigen Betriebsbeiträge ausschliesslich nach den sich aus Gesetz und Verordnung ergebenden Regeln zu richten hat. Der unter Bezugnahme auf die in einem Schreiben der Invalidenversicherung im Jahre 1991 festgehaltenen Grundsätze zur Beitragsgewährung erhobene Einwand ist demnach unbegründet.
5.- Weil nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen - mithin von Leistungen, über deren Rechtmässigkeit bei Eintritt eines Versicherungsfalles befunden wird (<ref-ruling> Erw. 1, 120 V 448 Erw. 2a/bb) - zu beurteilen war, ist das Verfahren kostenpflichtig (Umkehrschluss aus Art. 134 OG). Die Kosten sind von der unterliegenden Partei, vorliegend somit vom Beschwerde führenden Verein zu tragen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.DieGerichtskostenvonFr. 700.-werdendemVereinX. _ auferlegt. Sie sind durch den geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 1000. - gedeckt; der Differenzbetrag von Fr. 300. - wird zurückerstattet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Eidgenössischen Departement des Innern zugestellt.
Luzern, 18. Oktober 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: