Sachverhalt:
A. Der deutsche Staatsangehörige R._ arbeitete im Jahre 2006 für die X._ AG. Bis am 30. April 2006 wohnte er in Zürich. Als ausländischer Angestellter ohne Niederlassungsbewilligung unterlag er der Quellensteuer. Am 1. Mai 2006 verlegte R._ seinen Wohnsitz nach Doha (Katar), wo er weiterhin für die X._ AG tätig war. Die X._ AG zog für den Zeitraum vom 1. Mai bis zum 30. Juni 2006 von seinem Lohn die Quellensteuer ab und überwies sie den Steuerbehörden. Später stellte sie sich auf den Standpunkt, ihr Arbeitnehmer sei ab dem 1. Mai 2006 nicht mehr quellensteuerpflichtig gewesen, und verlangte deshalb die Rückerstattung des für die Monate Mai und Juni 2006 bezahlten Quellensteuerbetrags von Fr. 2'786.60. Das Steueramt des Kantons Zürich befand, R._ unterliege für das ganze Jahr der Quellensteuerpflicht, und wies das Gesuch am 24. Januar 2007 ab. Eine Einsprache gegen diese Verfügung blieb erfolglos.
Die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich stellte demgegenüber mit Urteil am 11. Juli 2007 fest, dass R._ vom 1. Mai bis zum 31. Dezember 2006 im Kanton Zürich bzw. in der Schweiz nicht quellensteuerpflichtig sei; dementsprechend ordnete sie die Rückerstattung der bereits abgelieferten Quellensteuer an.
Das in der Folge vom kantonalen Steueramt angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich gelangte in seinem Entscheid vom 23. Januar 2008 zum Schluss, dass das Einkommen von R._ vom 1. Mai bis 30. Juni 2006 in der Schweiz nur besteuert werden könne, wenn er in diesem Zeitraum seinen tatsächlichen Arbeitsort in der Schweiz hatte. Da es jedoch die Sachverhaltsermittlung in dieser Hinsicht für unvollständig hielt, wies es die Sache an die Steuerrekurskommission I zurück.
Auf eine Beschwerde des Kantonalen Steueramtes Zürich trat das Bundesgericht am 27. März 2009 nicht ein, weil es sich um einen nicht anfechtbaren Zwischenentscheid handelt (Urteil 2C_258/2008).
Mit Entscheid vom 13. Juli 2009 bestätigte die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich ihren Entscheid vom 11. Juli 2007 und hiess die Beschwerde der X._ AG erneut gut. Eine Beschwerde des Kantonalen Steueramtes Zürich wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 7. Juli 2010 ab.
B. Hiergegen führt das Kantonale Steueramt Zürich Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, die Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Januar 2008 und 7. Juli 2010 seien aufzuheben und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 12. April 2007 sei zu bestätigen.
Die Beschwerdegegnerin und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung, die Eigenössische Steuerverwaltung auf Gutheissung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Eintreten auf die Beschwerde wirft keine besonderen Fragen auf: Die Quellenbesteuerung ist in Art. 83 ff. des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) und für das harmonisierte kantonale Recht im vierten Titel des Steuerharmonisierungsgesetzes (StHG; SR 642.14) geregelt. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts über die Quellensteuer ist zulässig (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> und Art. 73 Abs. 1 StHG); das Kantonale Steueramt ist gemäss <ref-law> und Art. 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit <ref-law> zur Beschwerde legitimiert (<ref-ruling> E. 2.6.3; s. auch <ref-ruling> E. 1.2).
1.2 Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft nach <ref-law> frei, ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt, einschliesslich der von der Schweiz abgeschlossenen internationalen Verträge (vgl. <ref-ruling> E. 2). Soweit sich die Besteuerung nach kantonalem Recht richtet, prüft es dessen Anwendung nur unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten, namentlich auf Willkür (<ref-law>) hin. Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht nach <ref-law>. Vom Beschwerdeführer kann in diesem Zusammenhang als Bundesrecht insbesondere auch das Willkürverbot nach <ref-law> angerufen werden (<ref-ruling> E. 3.4), doch erhebt er keine solche Rüge.
2. Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet die Frage, ob einer Person, die im Ausland für einen in der Schweiz domizilierten Arbeitgeber eine unselbständige Erwerbstätigkeit ausübt, gemäss <ref-law> bzw. dem gleich lautenden § 4 Abs. 2 lit. a des Zürcher Steuergesetzes (StG/ZH) der Steuerpflicht untersteht.
Die Vorinstanz ist der Ansicht, dass in der Schweiz nach den genannten Normen nur steuerpflichtig sei, wer hier den tatsächlichen Arbeitsort habe. R._ sei demnach vom 1. Mai bis zum 31. Dezember 2006 nur quellensteuerpflichtig, wenn er in diesem Zeitraum seine Arbeit in der Schweiz bzw. - mit Blick auf die Staats- und Gemeindesteuern - im Kanton Zürich ausgeübt habe. Sollte dies zutreffen hätte die Beschwerdegegnerin keinen Anspruch auf Rückerstattung der für die Monate Mai und Juni 2006 bereits bezahlten Quellensteuern.
Das Beschwerde führende kantonale Steueramt vertritt dagegen die Ansicht, für die Bejahung einer beschränkten Steuerpflicht gemäss <ref-law> bzw. § 4 Abs. 2 lit. a StG/ZH sei eine physische Anwesenheit in der Schweiz resp. im Kanton nicht erforderlich. Es sei die frühere Praxis, die zum Bundesratsbeschluss über die direkte Bundessteuer vom 9. Dezember 1940 (BdBSt) entwickelt worden sei, weiterzuführen. Andernfalls würde das Erwerbseinkommen von Arbeitnehmern, die für Schweizer Arbeitgeber in Staaten ohne oder nur mit unbedeutender Einkommenssteuer tätig sind, ganz oder weitgehend steuerfrei bleiben.
3. Gemäss <ref-law> sind natürliche Personen kraft persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sie ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz haben. Es handelt sich um die unbeschränkte Steuerpflicht. Ein steuerrechtlicher Aufenthalt setzt voraus, dass eine Person in der Schweiz bei Ausübung einer Erwerbstätigkeit mindestens 30 Tage - bzw. ohne Ausübung einer Erwerbstätigkeit 90 Tage - verweilt (<ref-law>). Handelt es sich um ausländische Arbeitnehmer ohne fremdenpolizeiliche Niederlassungsbewilligung, die jedoch in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben, so sind sie gemäss <ref-law> (in Verbindung mit <ref-law>) für ihre Einkünfte aus dem Arbeitsverhältnis einem Steuerabzug an der Quelle unterworfen.
Art. 4 und 5 DBG regeln demgegenüber (gleich wie § 4 StG/ZH für das kantonale Recht) die beschränkte Steuerpflicht aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit. Abs. 1 lit. a von <ref-law> erklärt natürliche Personen ohne steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz als steuerpflichtig, wenn sie hier eine Erwerbstätigkeit ausüben. So verhält es sich, wenn sich eine Person während weniger als 30 Tagen in der Schweiz zu Erwerbszwecken aufhält oder wenn sie als Grenzgänger oder Wochenaufenthalter in der Schweiz erwerbstätig ist. In diesen Fällen ist auf dem Erwerbseinkommen von Arbeitnehmern die Quellensteuer zu erheben (<ref-law>).
Das Doppelbesteuerungsabkommen zwischen der Schweiz und Katar vom 24. September 2009 (AS 2011 63) findet im vorliegenden Fall noch keine Anwendung.
4. Der Wortlaut von <ref-law> ist klar, wie die Vorinstanz zu Recht festhält. Voraussetzung der beschränkten Steuerpflicht ist eine Erwerbstätigkeit, die in der Schweiz ausgeübt wird, das heisst, bei welcher der tatsächliche Arbeitsort in der Schweiz liegt. Nach dem Text in den anderen beiden Amtssprachen ist ebenfalls erforderlich, dass die Personen "exercent une activité lucrative en Suisse" bzw. "esercitano un'attività lucrativa in Svizzera".
Der Beschwerdeführer stellt das nicht in Frage, macht aber geltend, die Rechtsprechung habe den ganz ähnlich lautenden früheren Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt ("Personen, [die ...] in der Schweiz eine persönliche Tätigkeit ausüben") in einem weiteren Sinn ausgelegt und keine persönliche Anwesenheit in der Schweiz bei Ausübung der fraglichen Erwerbstätigkeit verlangt. Am Urteil 2C_215/2009 des Bundesgerichts vom 1. Oktober 2009 (StR 65/2010 S. 133 E. 2.1 = StE 2010 A 32 Nr. 14 = RDAF 2010 II 451) könne nicht festgehalten werden, weil sich das Bundesgericht zu dieser Frage lediglich in einem obiter dictum geäussert und sich auch nicht mit den im vorliegenden Verfahren vorgebrachten Argumenten vertieft auseinandergesetzt habe. Die bisherige Praxis sei daher auch für <ref-law> zu bestätigen, zumal diese Norm eher weiter gefasst sei als der früher geltende Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt.
5. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung legte die fragliche Bestimmung des früheren Bundesratsbeschlusses so aus, dass zur Bejahung einer beschränkten Steuerpflicht alle wirtschaftlichen Anknüpfungspunkte der Tätigkeit in der Schweiz liegen müssen, hingegen eine persönliche Anwesenheit des Steuerpflichtigen in der Schweiz nicht immer erforderlich sei. So könne eine persönliche Tätigkeit in der Schweiz auch dann vorliegen, wenn jemand bloss telefonisch oder schriftlich mit seinen Partnern in der Schweiz verkehre, namentlich wenn er sie als Kunden und Vertragspartner für eine Unternehmung in der Schweiz anwerbe und dies in enger Zusammenarbeit mit Leitung und Personal am schweizerischen Geschäftsort des Unternehmens mache (Urteil vom 2. Dezember 1988, ASA 59 S. 471 E. 4b).
In einem weiteren Urteil bestätigte das Bundesgericht, dass eine persönliche Tätigkeit, nicht aber eine persönliche Anwesenheit in der Schweiz für die Anwendung von Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt erforderlich sei. Zusätzlich führte es aus, dass die beschränkte Steuerpflicht - im Unterschied zur unbeschränkten, die sich aus Wohnsitz und Aufenthalt ergebe - durch Sachen und Rechte, die mit dem betreffenden Gemeinwesen wirtschaftlich verbunden seien, bestimmt werde. Es ging um den Handel von Liegenschaften in der Schweiz (Urteil vom 29. Januar 1996, ASA 65 S. 822 E. 2a).
In einem Fall, in dem bereits das DBG anzuwenden war, hat das Bundesgericht sodann beiläufig auf die frühere Praxis zu Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt verwiesen, wonach eine persönliche Anwesenheit des Steuerpflichtigen in der Schweiz nicht erforderlich gewesen sei. Es hat aber - entgegen den Ausführungen in der Beschwerde - nicht ausdrücklich geprüft, ob diese Praxis fortzuführen sei, weil die fragliche Vergütung (es ging um eine Bonuszahlung) "direkt auf die im Jahre 1996 in Zürich geleistete Arbeit" zurückzuführen war (Urteil vom 15. Februar 2001, ASA 71 S. 389 E. 4b).
Im bereits erwähnten, vom Beschwerdeführer kritisierten Urteil vom 1. Oktober 2009 hat das Bundesgericht im Falle eines Grenzgängers demgegenüber erkannt, dass die Erwerbstätigkeit in der Schweiz gemäss <ref-law> eine persönliche Anwesenheit voraussetze. Soweit der im Ausland ansässige Steuerpflichtige sich tagsüber zur Arbeit in die Schweiz begebe, bestehe daher eine beschränkte Steuerpflicht in der Schweiz bzw. im Kanton, nicht jedoch für die zu Hause erbrachte Arbeit (E. 2.1 und 2.2).
In der Tat hat das Bundesgericht die fragliche Bestimmung des früheren Bundesratsbeschlusses in einem Sinn ausgelegt, der bereits eine Tätigkeit in der Schweiz ohne persönliche Anwesenheit genügen liess. Die vom Beschwerdeführer am zuletzt genannten Entscheid geübte Kritik gibt Anlass, diese Rechtsprechung zu prüfen.
6. Vorab ist zu bemerken, dass allein die Tatsache, dass der vorliegende Entscheid bedeutende fiskalische und wirtschaftliche Auswirkungen haben kann, wie der Beschwerdeführer geltend macht, für die Auslegung der massgeblichen Gesetzesbestimmungen nicht bedeutsam sein kann. Sinn und Bedeutung von <ref-law> ist nach anerkannter Auslegungsmethode zu ermitteln, wobei bereits erläutert wurde, dass der Wortlaut die physische Anwesenheit in der Schweiz verlangt. Auch die Lehre zu Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt interpretierte diese Norm wesentlich restriktiver als das Bundesgericht und verlangte, dass der Steuerpflichtige für die Tätigkeit in die Schweiz kommen müsse (ERNST KÄNZIG, Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], 2. Aufl. 1982, N. 20 zu Art. 3 BdBSt; JEAN-MARC RIVIER, Droit fiscal suisse, 1980, S. 77; WALTER RYSER, Introduction au droit fiscal international de la Suisse, 1980, S. 47). Es ist daher zu prüfen, ob unter dem neuen Recht weiterhin triftige Gründe bestehen, die nach der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3.2) ein Abweichen vom Wortlaut rechtfertigen.
7. Nach Auffassung des Beschwerdeführers spricht vor allem die Entstehungsgeschichte von <ref-law> für eine Fortführung der zu Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt ergangenen Praxis. Es liegt zwar nahe, bei der Auslegung von <ref-law> an die frühere, zum Bundesratsbeschluss über die direkte Bundessteuer ergangene Praxis (vgl. oben E. 5) anzuknüpfen, zumal aus der Entstehungsgeschichte der Norm, wie die Vorinstanz bereits im ersten Entscheid dargestellt hat, nicht klar hervorgeht, dass der Gesetzgeber diesbezüglich eine Änderung herbeiführen wollte. Immerhin ergibt sich aber, dass der Gesetzgeber bei der Regelung der Art. 4 und 5 DBG die zum Bundesratsbeschluss ergangene Praxis nicht unverändert weitergeführt hat. So hat er beispielsweise mit <ref-law> den Handel mit in der Schweiz gelegenen Grundstücken in Anwendung der vom Bundesgericht aus Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt abgeleiteten Anknüpfung (vgl. das bereits zit. Urteil vom 29. Januar 1996, ASA 65 S. 822 E. 2c) nunmehr separat geregelt. Zudem hat er in Art. 5 Abs. 1 lit. b und f spezifische Tatbestände vorgesehen, wo sich ein Arbeitnehmer regelmässig im Ausland aufhält. Diese Änderungen scheinen zu gewichtig, als dass gesagt werden könnte, der Gesetzgeber habe die bisherige Praxis unverändert fortgeführt (vgl. HÖHN/WALDBURGER, Steuerrecht, Band I, 9. Aufl. 2001, S. 278 Fn. 43 in fine; BAUER-BALMELLI/OMLIN, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 6 zu <ref-law>).
Auch die Rechtssystematik spricht für diese Auslegung. Die erwähnten Sonderregelungen in Art. 5 Abs. 1 lit. b und f DBG hätten sich erübrigt, wenn bereits <ref-law> Erwerbseinkünfte von Arbeitnehmern mit tatsächlichem Aufenthalt im Ausland erfassen würde. Da die Fälle, bei denen eine Tätigkeit in der Schweiz nicht erforderlich ist, in Art. 4 Abs. 1 lit. d und Art. 5 Abs. 1 lit. b und f DBG abschliessend (vgl. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 1 zu Art. 4 und N. 1 zu Art. 5) aufgezählt sind, dürfen nicht auf dem Weg der Auslegung weitere Fälle der Erwerbstätigkeit ohne hiesige Anwesenheit der Steuerpflicht unterworfen werden. Das gilt umso mehr, als der Wortlaut von <ref-law> klar ist. Die einhellige Lehre vertritt ebenfalls diese Auffassung (AGNER/JUNG/STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 1 zu <ref-law>; BAUER-BALMELLI/OMLIN, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; HÖHN/ WALDBURGER, a.a.O., S. 278 Rz. 31 und Fn. 43; LOCHER, a.a.O., N. 5 f. zu <ref-law> für Unselbständigerwerbende; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3. Aufl. 2007, § 6 N. 20 S. 67 f.; ANDREA PEDROLI, Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 5 zu Art. 91; RICHNER/FREI/ KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 17 zu Art. 5).
In der Literatur ist zwar umstritten, ob die Anknüpfungen von <ref-law> sich auf die Quellensteuertatbestände der <ref-law> beschränken oder darüber hinausgehen (vgl. die Hinweise bei LOCHER, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>). Die Frage kann hier aber offenbleiben. Selbst wenn <ref-law> über einen gegenüber den <ref-law> erweiterten Anwendungsbereich verfügen würde, wie der Beschwerdeführer geltend macht, könnte die extensive Auslegung von <ref-law> steuersystematisch noch keine Quellensteuerpflicht begründen. Das wäre jedoch erforderlich, um die aus schweizerischer Quelle fliessenden Einkünfte der nicht in der Schweiz ansässigen Personen erfassen zu können.
8. Die beschränkte Steuerpflicht gemäss den in Art. 4 und 5 DBG geregelten Tatbeständen hat ihren Grund in der wirtschaftlichen Zugehörigkeit des Steuerobjekts zur Schweiz. Das Bundesgericht hat in seiner bisherigen Rechtsprechung die Objektsbezogenheit dieser Art der Besteuerung betont und ausgeführt, dass der Wertzufluss aus Sachen und Rechten, die mit der Schweiz wirtschaftlich verbunden sind, erfasst werden solle (Urteil vom 29. Januar 1996, ASA 65 S. 822 E. 2b). Es handelt sich dabei um eine zusammenfassende Deutung von einzelnen Tatbeständen, für die das Gesetz eine beschränkte Steuerpflicht vorsieht. So knüpft diese in den meisten Fällen tatsächlich bloss an das Vorhandensein bestimmter Sachen und Rechte (vgl. <ref-law>: Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten, Grundeigentum usw.) an und unterwirft das daraus fliessende Einkommen der Steuerpflicht, ohne dass es darauf ankommt, ob der Steuerpflichtige die damit zusammenhängende Tätigkeit in der Schweiz ausübt. <ref-law> unterscheidet sich jedoch von den genannten Tatbeständen, da er eine Tätigkeit in der Schweiz gerade voraussetzt. Das Bundesgericht hat dies bei der Begründung seiner früheren Rechtsprechung zu Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt nicht übersehen, sondern war lediglich bestrebt, die erforderliche persönliche Tätigkeit nicht zu eng zu umschreiben (Urteil vom 2. Dezember 1988, ASA 59 S. 471 E. 4b, wo die Sache denn auch zur näheren Ermittlung der fraglichen Tätigkeit an die Vorinstanz zurückgewiesen wurde). Erst später ging es ohne nähere Begründung dazu über, sich vom Wortlaut von Art. 3 Ziff. 3 lit. e BdBSt ganz zu lösen und eine beschränkte Steuerpflicht auch für die Tätigkeiten ohne Anwesenheit in der Schweiz zu bejahen. Erfasst werden sollte vor allem die Vermittlung von schweizerischen Liegenschaften für in der Schweiz wohnhafte Personen, auch wenn diese vom Ausland aus erfolgte (Urteil vom 29. Januar 1996, ASA 65 S. 822 E. 2b).
Es kann offenbleiben, ob an dieser Sichtweise heute noch festgehalten werden kann, da <ref-law> nun die Vermittlung und den Handel von in der Schweiz gelegenen Grundstücken ausdrücklich der Steuerpflicht unterwirft. Ausserdem erklären auch Art. 5 Abs. 1 lit. b und f DBG weitere Erwerbstätigkeiten als steuerpflichtig, bei denen eine Anwesenheit in der Schweiz nicht erforderlich ist. Das belegt, dass der Gesetzgeber die Erwerbstätigkeiten, die auch ohne physische Anwesenheit in der Schweiz der Steuerpflicht unterstellt werden sollen, ausdrücklich nennt. Die Vorinstanz gelangte daher zu Recht zum Schluss, dass eine unselbständige Erwerbstätigkeit gemäss <ref-law> nur bei Anwesenheit in der Schweiz hier der Steuerpflicht unterliegt.
9. Der Beschwerdeführer wendet ein, dass eine solche Auslegung zu Schwierigkeiten bei der Anwendung des Doppelbesteuerungsabkommens mit Deutschland (DBA-D; SR 0.672.913.62) führen und die dazu entwickelte Praxis in Frage stellen könnte.
Nach Art. 15 Abs. 4 dieses Abkommens kann eine natürliche Person, die in einem Vertragsstaat ansässig, aber als Vorstandsmitglied, Direktor, Geschäftsführer oder Prokurist einer in einem anderen Vertragsstaat ansässigen Kapitalgesellschaft tätig ist, mit den Einkünften aus dieser Tätigkeit in diesem anderen Staat besteuert werden, sofern ihre Tätigkeit nicht so abgegrenzt ist, dass sie lediglich Aufgaben ausserhalb dieses anderen Staates umfasst. Zu dieser Bestimmung bestätigte der deutsche Bundesfinanzhof in einem neueren Urteil vom 25. Oktober 2006 (publiziert bei LOCHER/MEIER/VON SIEBENTHAL/KOLB, Doppelbesteuerungsabkommen Schweiz-Deutschland, B 15.4 Nr. 30 E. 2b), dass die Tätigkeit eines in Deutschland ansässigen leitenden Angestellten für eine schweizerische Kapitalgesellschaft auch dann als "in der Schweiz ausgeübt" gelte, wenn sie tatsächlich überwiegend ausserhalb der Schweiz verrichtet wird. Der Beschwerdeführer macht geltend, dass dieses staatsvertraglich zugesicherte Besteuerungsrecht durch eine restriktive Auslegung von <ref-law> nicht mehr voll ausgeschöpft werden kann. Dazu ist aber in Erinnerung zu rufen, dass die Besteuerung solcher Einkünfte leitender Angestellter teilweise bereits durch Art. 5 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit <ref-law> abgedeckt ist. Leitende Angestellte, deren Aufgabenfeld mindestens teilweise in der Schweiz liegt, werden zudem zur Ausübung ihrer Funktion hier auch regelmässig anwesend sein müssen.
Dazu kommt, dass mit Verständigungsvereinbarung vom 18. September 2008 (abgedruckt bei LOCHER/MEIER/VON SIEBENTHAL/KOLB, a.a.O., B 15.4 Nr. 34) der Anwendungsbereich der staatsvertraglichen Norm eingeschränkt wurde. Auch die Gefahr der doppelten Nichtbesteuerung lässt sich abwenden, zumal Art. 15 Abs. 3 des Abkommens ein subsidiäres Besteuerungsrecht vorsieht.
10. Das Steuerharmonisierungsgesetz enthält hinsichtlich der beschränkten Steuerpflicht aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit und der Quellensteuerpflicht der natürlichen Personen ohne steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz eine den Art. 4 und 5 sowie 91 ff. DBG entsprechende Regelung (vgl. Art. 4 und 35 StHG). Namentlich macht Art. 3 Abs. 1 StHG den steuerrechtlichen Aufenthalt von der gleichen Verweildauer in der Schweiz abhängig wie <ref-law>, und auch Art. 4 Abs. 2 lit. a StHG setzt für die beschränkte Steuerpflicht von Personen ohne steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt in der Schweiz voraus, dass diese im Kanton eine Erwerbstätigkeit ausüben (analog <ref-law>). Es gelten mithin nach dem Steuerharmonisierungsgesetz vergleichbare Vorschriften, weshalb sie im gleichen Sinn auszulegen sind.
11. Die Beschwerde ist sowohl hinsichtlich der Quellensteuer des Bundes wie auch der kantonalen Quellensteuer abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt, kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Dieser hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann