Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich (im Folgenden: Staatsanwaltschaft) führte eine Strafuntersuchung gegen den aus dem Kosovo stammenden X._ (geb. 1972) wegen des Verdachts des sexuellen Missbrauchs seiner Stieftochter.
Am 7. Februar 2009 versetzte ihn der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich in Untersuchungshaft.
Am 23. September 2009 erhob die Staatsanwaltschaft Anklage.
Am 4. März 2010 bestrafte das Bezirksgericht B._ X._ wegen mehrfacher Vergewaltigung, mehrfacher sexueller Nötigung, mehrfacher Handlungen mit einem Kind bzw. Versuchs dazu sowie wegen mehrfacher Pornografie zu 9 Jahren Zuchthaus; dies als Zusatzstrafe zu verschiedenen Urteilen. Es erachtete es als erwiesen, dass er seine Stieftochter jahrelang missbraucht hatte.
Dagegen erhob X._ Berufung.
B. Am 29. April 2011 ersuchte er um Haftentlassung.
Mit Verfügung vom 10. Mai 2011 hiess der Vorsitzende der II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich (Oberrichter Schätzle) das Gesuch gut und entliess X._ aus der Haft. Als Ersatzmassnahme zur Bannung von Kollusionsgefahr auferlegte er ihm ein Kontaktverbot zu verschiedenen Personen; als solche zur Bannung von Fluchtgefahr eine wöchentliche Meldepflicht bei einem Polizeiposten. Für den Fall, dass X._ den Ersatzmassnahmen zuwiderhandeln sollte, drohte ihm der Vorsitzende die umgehende Rückversetzung in Sicherheitshaft und die Bestrafung wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung nach <ref-law> an.
C. Mit Urteil vom 23. Oktober 2012 trat die II. Strafkammer des Obergerichts auf die Anklage betreffend mehrfache Pornografie nicht ein. Es erkannte X._ schuldig der mehrfachen Vergewaltigung, der mehrfachen sexuellen Nötigung, der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind bzw. des Versuchs dazu und auferlegte ihm eine Freiheitsstrafe von 5 1⁄2 Jahren, unter Anrechnung der Untersuchungs- und Sicherheitshaft von 822 Tagen. In verschiedenen Anklagepunkten sprach es ihn frei. Das obergerichtliche Urteil liegt erst im Dispositiv vor; die schriftliche Begründung steht noch aus.
Gleichentags versetzte der Vorsitzende der II. Strafkammer (Oberrichter Spiess) X._ wegen Fluchtgefahr erneut in Sicherheitshaft.
D. Am 25. Oktober 2012 ersuchte X._ um Haftentlassung.
Am 30. Oktober 2012 übertrug der Vorsitzende der II. Strafkammer (Oberrichter Spiess) die Verfahrensleitung für die Prüfung des Gesuchs dem mit dem Verfahren bisher nicht befassten Oberrichter Glur.
Mit Präsidialverfügung vom 1. November 2012 wies dieser das Haftentlassungsgesuch ab. Er bejahte Fluchtgefahr. Ersatzmassnahmen erachtete er als unzureichend.
E. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, die Präsidialverfügung vom 1. November 2012 sei aufzuheben. Die Sache sei allenfalls an die Vorinstanz zurückzuweisen, um den Beschwerdeführer nach Anordnung von Ersatzmassnahmen unverzüglich aus der Haft zu entlassen.
F. Oberrichter Glur hat auf Gegenbemerkungen verzichtet und dem Bundesgericht eine Stellungnahme der Mitglieder der II. Strafkammer eingereicht, die das Berufungsurteil gefällt haben.
Die Staatsanwaltschaft hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen.
X._ hat eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Gegen den angefochtenen Entscheid ist gemäss <ref-law> die Beschwerde in Strafsachen gegeben.
Ein Rechtsmittel nach der Schweizerischen Strafprozessordnung steht nicht zur Verfügung (Art. 232 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Die Beschwerde ist daher gemäss <ref-law> zulässig.
Der Beschwerdeführer ist nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 1 BGG zur Beschwerde befugt.
Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Haftanordnung vom 23. Oktober 2012 sei in verschiedener Hinsicht nichtig. Schon deshalb sei er aus der Haft zu entlassen (Beschwerde S. 5-11).
Das Vorbringen braucht nicht geprüft zu werden. Träfe es zu, bliebe es bei den vom Vorsitzenden der II. Strafkammer am 10. Mai 2011 angeordneten Ersatzmassnahmen. Die folgenden Erwägungen führen zum gleichen Ergebnis.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wendet ein, es bestehe keine Fluchtgefahr. Er sei nach der Haftentlassung am 10. Mai 2011 nicht geflohen, obwohl der Vollzug der vom Bezirksgericht ausgesprochenen Freiheitsstrafe von 9 Jahren gedroht habe. Das Obergericht habe die Strafe auf 5 1⁄2 Jahre herabgesetzt. Damit habe er umso weniger Grund zur Flucht (Beschwerde S. 12 ff.).
3.2 Gemäss <ref-law> ist Sicherheitshaft zulässig, wenn die beschuldigte Person eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und ernsthaft zu befürchten ist, dass sie sich durch Flucht dem Strafverfahren oder der zu erwartenden Sanktion entzieht.
Nach der Rechtsprechung genügt für die Annahme von Fluchtgefahr die Höhe der dem Angeschuldigten drohenden Freiheitsstrafe für sich allein nicht. Fluchtgefahr darf nicht schon angenommen werden, wenn die Möglichkeit der Flucht in abstrakter Weise besteht. Vielmehr müssen konkrete Gründe dargetan werden, die eine Flucht nicht nur als möglich, sondern als wahrscheinlich erscheinen lassen. Die Höhe der drohenden Freiheitsstrafe kann immer nur neben anderen, eine Flucht begünstigenden Tatsachen herangezogen werden (<ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen).
Sicherheitshaft darf nur als "ultima ratio" angeordnet werden. Wo sie durch mildere Ersatzmassnahmen ersetzt werden kann, muss von ihrer Anordnung oder Fortdauer abgesehen werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 73 mit Hinweisen). Als Ersatzmassnahme kommt gemäss <ref-law> namentlich die Auflage an den Beschuldigten in Betracht, sich regelmässig bei einer Amtsstelle zu melden.
Sicherheitshaft darf nur als "ultima ratio" angeordnet werden. Wo sie durch mildere Ersatzmassnahmen ersetzt werden kann, muss von ihrer Anordnung oder Fortdauer abgesehen werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 73 mit Hinweisen). Als Ersatzmassnahme kommt gemäss <ref-law> namentlich die Auflage an den Beschuldigten in Betracht, sich regelmässig bei einer Amtsstelle zu melden.
3.3 3.3.1 Mit Verfügung vom 10. Mai 2011 entliess der Vorsitzende der II. Strafkammer den Beschwerdeführer aus der Sicherheitshaft. Um der Fluchtgefahr entgegenzuwirken, ordnete er eine wöchentliche Meldepflicht bei einem Polizeiposten an. Ausserdem drohte er dem Beschwerdeführer die Bestrafung nach <ref-law> an, falls er die Auflage missachte. Eine Schriftensperre ordnete der Vorsitzende - entgegen dem Vorbringen des Beschwerdeführers (Beschwerde S. 12 Ziff. 1.1) - nicht an.
3.3.2 Der Vorsitzende begründete seinen Entscheid wie folgt:
Fluchtgefahr könne aufgrund der Lebensverhältnisse des Beschwerdeführers durchaus bejaht werden. Er sei im Kosovo aufgewachsen und im Alter von 18 Jahren in die Schweiz gekommen. Im Kosovo lebten noch seine Mutter und eine Schwester und es stehe dort sein Elternhaus. Seine weiteren Geschwister lebten vorwiegend in Österreich. Eine Schwester wohne in A._. Ein Auslandsbezug liege somit grundsätzlich vor.
Am 3. März 2009 habe der Beschwerdeführer zudem seiner jetzigen (zweiten) Ehefrau anlässlich eines Besuches gesagt, sie solle schauen, dass sie beide für immer nach Österreich gehen könnten, sobald er aus dem Gefängnis entlassen sei; er habe genug von der Schweiz.
Die Fluchtgefahr werde jedoch durch mehrere Faktoren relativiert. Der Beschwerdeführer lebe seit 1991 in der Schweiz. Er sei bis im Jahr 2003 mit einer Schweizerin verheiratet gewesen; dies mit einem Unterbruch von 4 Jahren, da er diese zweimal geheiratet habe und sich von ihr zweimal habe scheiden lassen. Mit dieser ersten Ehefrau habe er zwei Kinder, nämlich den 15-jährigen Sohn Y._ und die 17-jährige Tochter Z._. Diese seien beide in der Schweiz aufgewachsen und hier fest verwurzelt. Aus den Akten sei ersichtlich, wieviel dem Beschwerdeführer Y._ und Z._ bedeuteten. Er und sein Verteidiger schilderten die jetzige Situation der Kinder als schwierig. Z._ brauche dringend Unterstützung, insbesondere bei der Suche nach einer Lehrstelle. Y._ halte sich seit ein paar Wochen mit seiner Mutter und ihrem neuen Ehemann in Tunesien auf. Davor sei er seit März 2009 nicht mehr zur Schule gegangen und in die Kriminalität abgeglitten. Bis zur Verhaftung des Beschwerdeführers habe Y._ beim diesem gewohnt, wobei der Beschwerdeführer ihm zur Unterstützung einen Beistand organisiert habe. Der Beschwerdeführer habe anlässlich der Haftverhandlung glaubhaft deutlich gemacht, dass es ihm sehr wichtig sei, die Kinder zu unterstützen und er diese bei sich und seiner neuen Ehefrau aufnehmen würde.
Der Vorsitzende führte weiter aus, die zweite Ehefrau des Beschwerdeführers, die er im Sommer 2007 geheiratet habe, stamme zwar ebenfalls aus dem Kosovo. Bis zur Verhaftung des Beschwerdeführers hätten sie zusammen in der Schweiz gelebt. Danach sei die Ehefrau in der Schweiz geblieben. Sie habe den Beschwerdeführer im Gefängnis besucht und sich vorerst noch um Y._ gekümmert. Mittlerweile habe sie eine Anstellung gefunden und arbeite regelmässig in der Küche eines Restaurants. Dies deute darauf hin, dass auch die neue Ehefrau durchaus einen Bezug zur Schweiz habe.
Hinsichtlich des oben genannten Vorfalls vom 3. März 2009 sei festzuhalten, dass die Ehefrau ihr Aufenthaltsrecht in Österreich mittlerweile verloren habe. Diese Option (gemeint: der Umzug nach Österreich) stehe dem Ehepaar somit zumindest vorläufig nicht mehr offen.
Seit einem Unfall im Jahr 1997 habe der Beschwerdeführer Schmerzen in den Händen. Er beziehe eine IV-Rente von 50 % und erhalte zusätzlich eine entsprechende Rente der Pensionskasse sowie Zusatzleistungen. Eine Flucht würde weitere Auszahlungen dieser Leistungen, von welchen der Beschwerdeführer abhängig sei, verunmöglichen. Somit sei es auch aus wirtschaftlicher Sicht eher unwahrscheinlich, dass sich der Beschwerdeführer ins Ausland absetzen würde.
Eine allfällige Flucht nach Österreich wäre sodann voraussichtlich von kurzer Dauer. Der Beschwerdeführer hätte mit seiner Auslieferung zu rechnen. Im Kosovo habe er auch keine gesicherte Lebensgrundlage. Seine Mutter sei an Krebs erkrankt und schon zweimal in Österreich operiert worden. Offenbar verbringe diese ihre Zeit meistens in Österreich. Das Haus im Kosovo, in dem sie noch wohne, sei beschädigt.
Sodann sei das Verhalten des Beschwerdeführers in Bezug auf den Fluchtversuch von Mithäftlingen zu berücksichtigen. Aus den beigezogenen Akten gehe hervor, dass der Beschwerdeführer bei der Vereitelung der Fluchtplanung eine wesentliche Rolle gespielt habe, indem er die Aufseherin informiert habe. Diese hätte bei der Flucht offenbar als Geisel genommen werden sollen. Der Beschwerdeführer habe ihr detailliert erzählt, wie die geplante Flucht hätte vonstattengehen sollen. Zwar sei die Untersuchung des Vorfalles noch nicht abgeschlossen. Jedoch sei das Verhalten des Beschwerdeführers unter jeglichen Gesichtspunkten als aussergewöhnlich vorbildlich zu qualifizieren. In seiner Situation wäre es eher nachvollziehbar gewesen, wenn er sich den Fluchtplänen seiner Mithäftlinge angeschlossen hätte.
Zusammengefasst könne die Gefahr, dass sich der Beschwerdeführer dem weiteren Verfahren und dem Vollzug der drohenden Freiheitsstrafe durch Flucht entziehen könnte, nicht vollumfänglich verneint werden. Ein Bezug zum Ausland sei durchaus zu bejahen. Jedoch werde diese Gefahr durch die genannten Faktoren wesentlich relativiert, weshalb sich eine Weiterführung der Haft im Rahmen der Verhältnismässigkeit auch unter dem Gesichtspunkt der Fluchtgefahr nicht rechtfertigen lasse (E. 4).
Zusammengefasst könne die Gefahr, dass sich der Beschwerdeführer dem weiteren Verfahren und dem Vollzug der drohenden Freiheitsstrafe durch Flucht entziehen könnte, nicht vollumfänglich verneint werden. Ein Bezug zum Ausland sei durchaus zu bejahen. Jedoch werde diese Gefahr durch die genannten Faktoren wesentlich relativiert, weshalb sich eine Weiterführung der Haft im Rahmen der Verhältnismässigkeit auch unter dem Gesichtspunkt der Fluchtgefahr nicht rechtfertigen lasse (E. 4).
3.4 3.4.1 Zwischen der Haftentlassung vom 10. Mai 2011 und der neuerlichen Inhaftierung am 23. Oktober 2012 sind über 17 Monate verstrichen. Der Beschwerdeführer ist nicht geflohen und hat seine Meldepflicht stets erfüllt; dies insgesamt ca. 70-mal. Die Vorladung zur obergerichtlichen Verhandlung hat er befolgt. Er hat somit das in ihn mit der Haftentlassung vom 10. Mai 2011 gesetzte Vertrauen erfüllt und gewissermassen den Tatbeweis dafür erbracht, dass er sich den schweizerischen Strafbehörden zur Verfügung hält.
Entscheidend ist damit, ob sich mit dem obergerichtlichen Berufungsurteil vom 23. Oktober 2012 die Situation so verändert hat, dass man nunmehr annehmen muss, der Beschwerdeführer werde fliehen.
3.4.2 Die Vorinstanz erwägt, nach dem obergerichtlichen Urteil bestehe eine veränderte Ausgangslage. Dieses sei noch nicht rechtskräftig und die Unschuldsvermutung gelte nach wie vor. Aber die Chancen des Beschwerdeführers, einen vollumfänglichen Freispruch zu erreichen, seien wegen der eingeschränkten Prüfungsbefugnis im zu erwartenden bundesgerichtlichen Rechtsmittelverfahren grundsätzlich schlechter als zuvor (angefochtener Entscheid E. 7 i.V.m. E. 3).
Dem ist zuzustimmen. Der Beschwerdeführer wird das obergerichtliche Urteil, wie er in der Beschwerde darlegt, sicher an das Bundesgericht weiterziehen. Dessen Prüfungsbefugnis ist in sachverhaltsmässiger Hinsicht auf Willkür beschränkt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 39). Damit wird es für ihn grundsätzlich schwieriger, einen vollumfänglichen Freispruch mangels Nachweises des Missbrauchs der Stieftochter zu erreichen. Die Erfolgsaussichten der Beschwerde in Strafsachen können hier nicht ernsthaft beurteilt werden, da die schriftliche Begründung des obergerichtlichen Urteils noch aussteht. Ohnehin darf das Urteil der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts in keiner Weise präjudiziert werden. Der Beschwerdeführer wird, wie er in der Beschwerde vorbringt, vor Bundesgericht die Beweiswürdigung rügen. Ausserdem wird er formelle Einwände erheben. Zu erwarten ist zudem, dass er sich im Eventualstandpunkt ebenso gegen die Strafzumessung richten wird. Wie sich den Akten entnehmen lässt, erachtet der Verteidiger das Urteil des Obergerichts als unhaltbar. Er hat dies insbesondere im Haftentlassungsgesuch vom 25. Oktober 2012 (act. 197) deutlich zum Ausdruck gebracht. Angesichts dessen wird der Beschwerdeführer hoffen, vor Bundesgericht zumindest einen Teilerfolg zu erzielen, zumal das bereits im Berufungsverfahren der Fall war, in welchem ihn das Obergericht in einzelnen Anklagepunkten freigesprochen und eine deutlich tiefere Strafe verhängt hat als das Bezirksgericht. Zu berücksichtigen ist auch, dass es keine unmittelbaren Tatzeugen gibt. Es geht um ein "Vier-Augen-Delikt". Bei solchen ist die Beweiswürdigung regelmässig heikel. Der Beschwerdeführer kann sich deshalb bessere Chancen ausrechnen, mit der Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung durchzudringen, als dies bei einem durch zahlreiche Beweismittel gesicherten Beweisergebnis der Fall wäre. Dass der in der Anklageschrift geschilderte Sachverhalt nicht in jeder Hinsicht von vornherein feststeht, zeigen im Übrigen die teilweisen Freisprüche durch das Obergericht. Gesamthaft ist damit davon auszugehen, dass es für den Beschwerdeführer nach dem obergerichtlichen Urteil zwar enger geworden ist. Er hat aber noch eine Chance, ein für ihn günstiges Urteil - sei es einen Freispruch oder zumindest eine spürbare Strafreduktion - zu erwirken. Damit steht auch noch nicht fest, dass nach rechtskräftigem Abschluss des Strafverfahrens seine Niederlassungsbewilligung widerrufen wird (vgl. <ref-ruling>). Die Fluchtgefahr hat sich damit zwar erhöht, aber nicht massiv.
Die Vorinstanz übergeht Folgendes: Der Beschwerdeführer hat ca. 27 Monate Untersuchungshaft erstanden. Unter Annahme der bedingten Entlassung nach zwei Drittel der Strafdauer (<ref-law>) drohte ihm nach dem bezirksgerichtlichen Urteil der Vollzug einer Reststrafe von ca. 45 Monaten. Trotzdem ist er nicht geflohen. Nach dem obergerichtlichen Urteil droht ihm unter der gleichen Annahme nur noch der Vollzug einer Reststrafe von ca. 17 Monaten. Daraus ergibt sich eine deutliche Verringerung der Fluchtgefahr.
Mit dem obergerichtlichen Urteil hat sich damit insgesamt die Situation für den Beschwerdeführer nicht wesentlich verändert. Der Erhöhung der Fluchtgefahr aufgrund des Umstands, dass er sich jetzt nur noch an eine Instanz mit beschränkter Prüfungsbefugnis wenden kann, steht die Verringerung der Fluchtgefahr wegen der Reduktion der drohenden Reststrafe gegenüber. Die beiden Gesichtspunkte halten sich etwa die Waage.
Der angefochtene Entscheid überzeugt daher nicht.
3.4.3 Die Fluchtgefahr ist heute als eher geringer einzustufen als bei der Haftentlassung am 10. Mai 2011. Der Vorsitzende der II. Strafkammer ging damals noch davon aus, dass die Mutter und eine Schwester des Beschwerdeführers im Kosovo leben. Demgegenüber stellt die Vorinstanz fest, dass er nunmehr im Kosovo keine näheren Verwandten mehr hat. Zwei seiner Schwestern leben in der Schweiz, die übrigen Geschwister und die Mutter in Österreich. Die Verbindung zum Kosovo hat sich somit weiter abgeschwächt. Auch die Vorinstanz nimmt im Übrigen an, dass der Beschwerdeführer, der seit über 20 Jahren in der Schweiz lebt, hier gut integriert ist. Sie erachtet es als glaubhaft, dass er sich als Papier-Kosovare fühlt und seine Zukunft in der Schweiz sieht. Dass seine Beziehung zu den beiden aus erster Ehe stammenden, in der Schweiz verwurzelten Kindern eng ist, zeigte sich sodann am Schluss der Berufungsverhandlung. Nach Eröffnung der Sicherheitshaft musste zur Betreuung der Kinder ein Notfallpsychiater herbeigerufen werden (Verhandlungsprotokoll S. 61 und act. 241).
Die Vorinstanz lässt ausser Acht, dass sich der Beschwerdeführer den Fluchtplänen von Mithäftlingen nicht nur nicht angeschlossen, sondern sie vereitelt hat. Diesem Gesichtspunkt, der klar gegen Fluchtgefahr spricht, hat der Vorsitzende im Entscheid vom 10. Mai 2011 zu Recht erhebliches Gewicht beigemessen. Dass dessen Würdigung der Fluchtgefahr auch sonst zutraf, belegt die Tatsache, dass der Beschwerdeführer nach der Haftentlassung nicht geflohen ist.
3.4.4 Zusammengefasst ergibt sich Folgendes: Die Flucht ist zwar weiterhin möglich. Sie kann angesichts des Umstandes, dass der Beschwerdeführer das mit der Haftentlassung in ihn gesetzte Vertrauen erfüllt hat und sich die Verhältnisse mit dem obergerichtlichen Urteil insgesamt nicht wesentlich zu seinen Ungunsten verändert haben, jedoch nicht als wahrscheinlich bezeichnet werden. Die Sicherheitshaft rechtfertigt sich nach der dargelegten Rechtsprechung daher nicht.
Die in der Verfügung vom 10. Mai 2011 angeordneten Ersatzmassnahmen haben sich bewährt. Es darf erwartet werden, dass dies auch in Zukunft der Fall sein wird. Der Beschwerdeführer wird daher unter Fortführung der damals angeordneten Ersatzmassnahmen aus der Sicherheitshaft entlassen.
4. Der Beschwerdeführer obsiegt. Es werden daher keine Kosten erhoben (<ref-law>). Der Kanton hat dem Vertreter des Beschwerdeführers eine Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist damit hinfällig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Verfügung des Vorsitzenden der II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich vom 1. November 2012 aufgehoben.
2. Der Beschwerdeführer wird unter Fortführung der vom Vorsitzenden der II. Strafkammer mit Verfügung vom 10. Mai 2011 angeordneten Ersatzmassnahmen aus der Sicherheitshaft entlassen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Kanton Zürich hat dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Dr. Bruno Steiner, eine Entschädigung von Fr. 2'500.-- (inkl. Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Härri