Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 3. November 2008 entzog die Vormundschaftsbehörde A._ der Kindsmutter Z._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) die ihr mit Eheschutzurteil des Gerichtspräsidiums Laufenburg vom 14. November 2007 zugewiesene elterliche Obhut über ihren aus der Ehe mit X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) stammenden Sohn Y._, geb. 2004, und platzierte Y._ durch die Institution "S._" bei der Familie T._ in B._. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen.
B. Dagegen führte die Beschwerdegegnerin mit Eingabe vom 5. November 2008 an das Bezirksamt Rheinfelden Beschwerde mit dem prozessualen Antrag, die aufschiebende Wirkung wieder herzustellen. Mit Zwischenentscheid vom 7. November 2008 wurde dieser Antrag abgewiesen.
C. Dagegen erhob die Beschwerdegegnerin mit Postaufgabe vom 21. November 2008 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Aargau. Mit Verfügung vom 27. November 2008 hiess der Präsident der Kammer für Vormundschaftswesen des Obergerichts vorsorglich das Gesuch gut und erteilte der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Das Obergericht bestätigte diese Präsidialverfügung mit Entscheid vom 18. Dezember 2008 und erkannte der Beschwerde mit Bezug auf den Obhutsentzug und die Fremdplatzierung die aufschiebende Wirkung zu.
D. Mit Beschwerde vom 14. Januar 2009 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheids, den Entzug der aufschiebenden Wirkung in Bezug auf jegliche Beschwerde und die umgehende sowie bis auf Weiteres andauernde Fremdplatzierung des Sohnes Y._ bei der bisherigen Pflegefamilie, eventualiter die Zurückweisung an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung.
Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung vom 2. Februar 2009 auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die aufschiebende Wirkung in einem Rechtsmittelverfahren auf dem Gebiet des Kindesschutzes, sodass die Beschwerde in Zivilsachen insoweit gegeben ist (Art. 75 Abs. 1 und Art. 72 Abs. 2 Ziff. 7 BGG).
1.1 Der strittige Entscheid kann als selbständig eröffneter Zwischenentscheid angefochten werden, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 196). Dies ist vorliegend angesichts der vom Beschwerdeführer geltend gemachten angeblichen Gefährdung des Kindeswohls der Fall. Der angefochtene Entscheid stellt zudem eine vorsorgliche Massnahme dar, womit einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.5 S. 196 f.). Das Bundesgericht prüft deren Verletzung nur auf rechtsgenüglich begründete Rüge hin, was bedeutet, dass anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheides klar und einlässlich darzulegen ist, inwiefern dies der Fall sein sollte (<ref-ruling> E. 3.2 S. 88).
1.2 Fraglich ist, ob der Beschwerdeführer gemäss <ref-law> zur Beschwerde berechtigt ist. Der Beschwerdeführer macht in diesem Zusammenhang neben seiner Stellung als Verfahrensbeteiligter seine Eigenschaft als Vater von Y._ und somit als Inhaber der elterlichen Sorge geltend.
Die Beschwerdegegnerin bringt dagegen vor, dass der Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren nicht Partei, sondern lediglich Verfahrensbeteiligter sei. Ausserdem fehle es am rechtlich geschützten Interesse des Beschwerdeführers, da die Frage der aufschiebenden Wirkung nur mittelbar mit dem Kindeswohl zu tun habe und sich der Beschwerdeführer nicht auf das Kindeswohl stützen könne. Dem ist entgegenzuhalten, dass gegen Beschlüsse der Vormundschaftsbehörde nach Art. 420 Abs. 1 i.V.m. Abs. 2 ZGB der Bevormundete sowie jedermann, der ein Interesse hat, binnen zehn Tagen nach deren Mitteilung bei der Aufsichtsbehörde Beschwerde führen kann. Der Dritte ist zur Beschwerdeführung insofern legitimiert, als er sich auf Interessen der schutzbedürftigen Person beruft oder die Verletzung eigener Rechte oder Interessen geltend macht (<ref-ruling> E. 2a S. 3). Insoweit ist die Berechtigung des Beschwerdeführers gemäss <ref-law> gegeben.
Sodann macht die Beschwerdegegnerin geltend, das Bezirksamt Rheinfelden habe mit Entscheid vom 5. Januar 2009 ihre Beschwerde gegen die Fremdplatzierung unterdessen gutgeheissen. Dabei ist festzuhalten, dass in den Erwägungen dieses Entscheides zwar ausgeführt wird, es sei im Interesse des Kindeswohls von einer erneuten Fremdplatzierung abzusehen und das von der Vormundschaftsbehörde verfügte Gutachten des KPJD Bern abzuwarten. Indes nimmt der Entscheid in Rubrum und Sachverhalt auf die Beschwerde der Beschwerdegegnerin vom 5. November 2008 Bezug, in welcher sich diese gegen den Entzug der aufschiebenden Wirkung durch die Vormundschaftsbehörde richtet. Die Beschwerde vom 13. November 2008, mit welcher der - ebenfalls durch die Vormundschaftsbehörde am 3. November 2008 verfügte - Obhutsentzug angefochten wird, ist im Entscheid vom 5. Januar 2009 nicht erwähnt. Auch insoweit erscheint die Berechtigung des Beschwerdeführers daher als gegeben.
2. Das Obergericht erwog, dass die bis zum angefochtenen Beschluss der Vormundschaftsbehörde A._ bekannten Arztberichte als Gefährdungspotential die Beeinflussung von Y._ durch beide Elternteile beschrieben hätten. Im erst als Reaktion auf die vorsorgliche Wiedererteilung der aufschiebenden Wirkung erstatteten Bericht des Dr. U._ vom 7. Dezember 2008 werde diese Einschätzung erstmals durch die Nennung einer akuten Gefährdung ergänzt, welche die "Unberechenbarkeit" der Beschwerdegegnerin "in Form von massiven Gefühlsschwankungen" und "ihre verzerrte Wahrnehmung im Bezug auf die Bedürfnisse von Y._" darstelle, ohne dass diese Ergänzung allerdings näher konkretisiert sei. Im Mail-Bericht des Oberarztes Dr. V._ vom 3. Dezember 2008 würden demgegenüber keine neuen und über die bereits bestehenden beschriebenen Gefährdungsmomente der Instrumentalisierung und des Einbezugs von Y._ in den elterlichen Konflikt hinausgehenden Gefährdungsaspekte dargetan, namentlich keine solchen, die in der Beziehung zwischen dem Kind und der Beschwerdegegnerin begründet wären. Daher erscheine die Beibehaltung der Obhutszuteilung für die Dauer des Verfahrens gerechtfertigt, mit welchem unter Anhörung der Parteien und weiterer Fachpersonen die Situation von Y._ bis zur Erstattung des Gutachtens über die Erziehungsfähigkeit der Kindseltern abzuklären sei.
3. Der Beschwerdeführer rügt, dass die von ihm vorinstanzlich beantragte Erkundigung bei Herrn Dr. U._ oder Frau R._ von der Vormundschaftsbehörde bzw. ein Aktenbeizug das Fehlverhalten der Beschwerdegegnerin bestätigt hätten. Er führt an, dass die Vorinstanz aufgrund der Untersuchungsmaxime zur entsprechenden Beweisabnahme verpflichtet gewesen wäre und macht in diesem Zusammenhang eine unzulässige antizipierte Beweiswürdigung und damit eine Verletzung von <ref-law> durch die Vorinstanz geltend.
Im Bereich des Kindesschutzes, wo die uneingeschränkte Untersuchungsmaxime gilt, kann die zuständige Behörde nach eigenem Ermessen Beweise erheben und von sich aus Berichte einholen, auch wenn das im kantonalen Verfahrensrecht nicht ausdrücklich vorgesehen ist; massgebend ist in erster Linie das Wohl des Kindes (<ref-ruling> E. 4a S. 55; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 413 f.). Kann der massgebliche Sachverhalt auf andere Weise abgeklärt werden, so erweist sich der Verzicht auf die Anordnung eines Gutachtens nicht als bundesrechtswidrig. Die Geltung der Untersuchungsmaxime schliesst eine willkürfreie antizipierte Beweiswürdigung nicht aus (<ref-ruling> E. 2b S. 201).
Im Rahmen einer antizipierten Beweiswürdigung kann der Richter weitere Beweismassnahmen ablehnen, wenn er aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und zur Auffassung gelangen durfte, dass weitere Beweisvorkehren an der Sachlage bzw. an der Würdigung der bereits abgenommenen Beweise voraussichtlich nichts mehr ändern würden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 429; <ref-ruling> E. 4a S. 211). Die antizipierte Beweiswürdigung ist ein Teil der Beweiswürdigung, die vom Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft werden kann, was entsprechend substanziierte Willkürrügen voraussetzt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 4b S. 11 f.). Erweist sich die antizipierte Beweiswürdigung als willkürfrei, liegt in ihr keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 5b S. 101).
In der Beschwerde finden sich keine substanziierten Ausführungen, inwiefern der angefochtene Entscheid diesbezüglich unhaltbar und damit willkürlich sein soll. Der Beschwerdeführer führt auch nicht weiter aus, weshalb die von ihm beantragten Beweise zur Annahme einer Gefährdung des Kindeswohls geführt hätten. Vielmehr hätte die Erkundigung bei Herrn Dr. U._ bzw. Frau R._ gemäss den Ausführungen des Beschwerdeführers lediglich die Schwierigkeiten in der Kommunikation mit der Beschwerdegegnerin bzw. deren mangelnde Kooperationsbereitschaft belegen sollen. Hat der Beschwerdeführer seine Willkürrüge nicht genügend begründet und ist somit davon auszugehen, dass die Vorinstanz willkürfrei von der Abnahme der betreffenden Beweise absehen durfte, bleibt für die Gehörsrüge nach dem Gesagten kein Raum.
4. Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) in Bezug auf die Sachverhaltsfeststellung und in der Anwendung von <ref-law>.
4.1 Er macht zunächst geltend, die Vorinstanz habe willkürlich ausser Acht gelassen, dass die in den Arztberichten dargelegte Verschlechterung des Zustandes von Y._ nicht Gegenstand des Eheschutzverfahrens gewesen sei, und sie habe das Eheschutzurteil nicht über das Kindeswohl stellen dürfen.
Dabei verkennt der Beschwerdeführer, dass die Vorinstanz nicht auf das Eheschutzverfahren, sondern auf das Beschwerdeverfahren betreffend die Fremdplatzierung Bezug genommen hat, indem es ausgeführt hat, dass vorliegend nicht über den Beschwerdegegenstand des Obhutsentzugs zu entscheiden sei, sondern es lediglich um die Frage gehe, ob die bisherige Platzierung von Y._ bei der obhutsberechtigten Mutter während der Dauer des Verfahrens aufrecht erhalten bleiben könne. Insofern geht der Einwand des Beschwerdeführers an der obergerichtlichen Argumentation vorbei und ist auf ihn nicht einzutreten.
4.2 Sodann beruft sich der Beschwerdeführer auf die angeblich problematische Beziehung zwischen der Beschwerdegegnerin und Y._. Er macht dabei geltend, Dr. U._ führe in seinem Bericht vom 7. September 2008 aus, dass die akute Verschlechterung des Zustandsbildes von Y._ mit den bisher bekannten Faktoren (problematische Elternkommunikation und Instrumentalisierung) nicht erklärbar sei und viele Fragen einer Antwort harrten. Dem gleichen Bericht sei zu entnehmen, dass Anzeichen einer problematischen Beziehung zur Mutter bestünden. So habe Y._ in der Therapiesitzung vom 28. August 2008 nicht Schutz bei seiner Mutter gesucht, sondern bei Dr. U._, als er im Praxisraum einen Modellhelikopter habe fliegen lassen. Dies habe sich auch nicht geändert, als Dr. U._ Y._ eingeladen habe, Schutz bei seiner Mutter zu suchen, er habe sich stattdessen nur noch fester an ihn geklammert. Dr. U._ habe bei Y._ an diesem Tag auch eine sichtbare Beule an der Stirn festgestellt, für welche die Beschwerdegegnerin keine nachvollziehbare Erklärung habe geben können. Dem Bericht von Dr. U._ vom 22. Oktober 2008 sei ferner zu entnehmen, dass von Seiten der Beschwerdegegnerin im Kindesschutzverfahren zum Wohl von Y._ keine vertrauensbildenden Massnahmen wie "Wege aus der Sackgasse" nach Daniel Pfister stattgefunden hätten.
Die vom Beschwerdeführer angeführten Hinweise in den ärztlichen Berichten, wonach etwa die Verschlechterung des Zustands von Y._ nicht erklärbar sei, viele Fragen einer Antwort harrten und die Beschwerdegegnerin keine vertrauensbildenden Massnahmen unternommen habe, vermögen jedoch nicht zu begründen, dass der vorinstanzliche Entscheid unhaltbar ist. Vielmehr erweisen sich die diesbezüglichen Einwände des Beschwerdeführers als rein appellatorische Kritik am obergerichtlichen Urteil, sodass auf die Beschwerde auch insofern nicht einzutreten ist.
4.3 Weiter führt der Beschwerdeführer an, es bestünden Missbrauchs- und Tätlichkeitsvorwürfe gegenüber dem Lebenspartner der Beschwerdegegnerin, welche noch ungeklärt seien. Er stützt sich dabei im Wesentlichen auf Aussagen von Y._ im Rahmen einer Befragung sowie auf den Hinweis im Bericht von Dr. U._ vom 7. September 2008, wonach die Verschlechterung des Zustandsbildes von Y._ mit den bisher bekannten Faktoren nicht erklärbar sei und viele Fragen einer Antwort harrten. Solange nicht erstellt sei, dass die Aussagen von Y._ nicht zutreffen, sei es willkürlich, darauf nicht abzustellen.
Wie der Beschwerdeführer jedoch selbst einräumt, wird in einem anderen ärztlichen Bericht von Dr. V._ vom 3. Juli 2008 betreffend die Aussagen von Y._ ausgeführt, dass verschiedene Hinweise aus den Akten, insbesondere fehlende inhaltliche Details, auf nicht wahrheitsgemässe Aussagen hindeuteten und diese mit grosser Vorsicht zu geniessen seien. Ausserdem seien einzelne Fragen im Rahmen dieser Befragung nicht klar gestellt worden.
Eine Sachverhaltsfeststellung ist insbesondere dann willkürlich, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Versehen beruht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 178). Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges Beweismittel, das für den Entscheid wesentlich sein könnte, unberücksichtigt gelassen hat oder wenn es auf Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen getroffen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Dass die Ergebnisse des Beweisverfahrens auch Schlüsse gestatten, die nicht mit den vom Sachgericht gezogenen übereinstimmen, bedeutet hingegen nicht schon Willkür (<ref-ruling> E. 2b S. 88).
Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers genügt der blosse Hinweis auf eine nicht erklärbare Verschlechterung des Zustands von Y._ nicht für die Annahme einer Gefährdung durch Missbrauch oder Tätlichkeiten. Steht den Aussagen von Y._ ausserdem ein Gutachten gegenüber, welches deren Wahrheitsgehalt in Zweifel stellt, so ist der Vorinstanz nach dem oben Gesagten keine Willkür vorzuwerfen, wenn sie der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt hat.
5. Schliesslich beruft sich der Beschwerdeführer auf Äusserungen von Y._ vom 5. Januar 2009 bzw. ein Schreiben vom 23. Dezember 2008. Aus diesen soll hervorgehen, dass Y._ seitens des Lebenspartners der Beschwerdegegnerin misshandelt worden sei.
Die auf Tonband aufgezeichneten Äusserungen und das Schreiben datieren von einem Zeitpunkt nach dem angefochtenen Entscheid des Obergerichts. Im Rahmen einer Beschwerde können jedoch nur Tatsachen, die anlässlich des vorinstanzlichen Entscheides bereits bestanden haben, ans Bundesgericht getragen werden (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, Bbl 2001 4340 Ziff. 4.1.4.3). Somit handelt es sich um neue und damit unzulässige Tatsachen (<ref-law>).
6. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Kammer für Vormundschaftswesen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp