Sachverhalt:
A. Mit Strafbefehlen vom 5. Juni 2007 verurteilte der Bezirksamtmann-Stellvertreter von Zurzach X._, Y._ und 22 Mitbeteiligte wegen Nötigung zu bedingten Geldstrafen zwischen 5 und 15 Tagen und Bussen. Er hielt erwiesen, dass sie am 25. Juli 2006 im Hinblick auf den "1'000. Tag seit der Einführung der illegalen Südanflüge" die Rheinbrücke bei Kaiserstuhl für rund eine Stunde für den Verkehr gesperrt und dadurch die Automobilisten gezwungen hatten, die festgelegte Demonstrationsdauer abzuwarten oder einen erheblichen Umweg in Kauf zu nehmen.
Sämtliche Bestraften erhoben Einsprache und wurden vom Bezirksgerichtspräsidenten von Zurzach am 14. November 2007 wegen Nötigung zu den bereits im Strafbefehl ausgesprochenen Strafen verurteilt.
Diese Urteile des Bezirksgerichtspräsidenten wurden wiederum von allen Betroffenen mit Berufung beim Obergericht des Kantons Aargau angefochten. Dieses bestätigte am 12. August 2008 sämtliche Verurteilungen im Schuldpunkt, hiess einen Teil der Beschwerden im Strafpunkt teilweise gut, senkte gewisse Bussen und legte die Höhe der Tagessätze und die Umwandlungssätze für den Fall der Nichtbezahlung der Bussen in einigen Fällen neu fest.
B. Mit Beschwerden in Strafsachen beantragen einerseits X._ (6B_793/2008) und anderseits Y._ und 22 Mitbeteiligte (6B_813/2008), die angefochtenen Urteile aufzuheben und sie freizusprechen oder eventuell die angefochtenen Urteile aufzuheben und die Sache zu ihrer Freisprechung ans Obergericht zurückzuweisen, unter entsprechenden Kosten- und Entschädigungsfolgen. Ausserdem beantragen sie, die Verfahren zu vereinigen und eine mündliche Verhandlung nach <ref-law> durchzuführen.
C. Die Staatsanwaltschaft verzichtet auf Vernehmlassung. Das Obergericht weist die von den Beschwerdeführern vorgebrachte Kritik an seinem Urteil zurück. Das Gerichtspräsidium Zurzach hat einen bei ihm angeforderten Bericht zur Frage eingereicht, nach welchen Grundsätzen es die Gerichtsgebühr festsetzte und wie sich die Kanzleigebühren und Auslagen zusammensetzen.

Erwägungen:
1. Das Verfahren vor Bundesgericht ist grundsätzlich schriftlich. Die Beschwerdeführer haben ihren Standpunkt in ihren Rechtsschriften ausführlich dargetan. Es ist daher nicht ersichtlich, inwiefern sich ausnahmsweise eine öffentliche Parteiverhandlung im Sinne von <ref-law> aufdrängen würde. Dies liegt umso weniger nahe, als die Beschwerdeführer an der bezirksgerichtlichen Hauptverhandlung die Gelegenheit hatten, sich persönlich zur Sache zu äussern, davon aber, mit Ausnahme von X._, keinen Gebrauch machten und die Aussage verweigerten.
2. 2.1 Das Obergericht geht im angefochtenen Entscheid davon aus, dass sich die Beschwerdeführer am 25. Juli 2006 auf der Fahrbahn der Rheinbrücke bei Kaiserstuhl während rund einer Stunde versammelten, den Rheinübergang auf diese Weise für den motorisierten Verkehr sperrten und die Automobilisten zwangen, entweder zu warten oder einen erheblichen Umweg zu fahren. Zweck der von X._ organisierten Demonstration war, gegen die nach Auffassung der Beschwerdeführer illegalen Südanflüge zu protestieren und "Deutschland" klarzumachen, dass man, wenn es keine über sein Gebiet führende Nordanflüge auf den Flughafen Kloten mehr zulasse, auch den Strassenverkehr aus dem Norden nicht mehr wolle.
2.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, das Obergericht habe in unhaltbarer Weise festgestellt, sie hätten den Rheinübergang von 06:04 - 07:08 Uhr gesperrt. Die Polizeipatrouille sei erst um 06:40 Uhr eingetroffen; es fehlten jegliche tatsächlichen Feststellungen, was zuvor passiert sei. Es könne also höchstens von einer 28-minütigen Sperre ausgegangen werden. Sie hätten zudem die Brücke auch gar nicht gesperrt. Sie hätten zwar eine Kette mit Transparenten über die Fahrbahn gehalten. Diese sei indessen nur auf einer Seite der Brücke befestigt und nicht gespannt gewesen, und sie wären jederzeit bereit gewesen, Fahrzeuge durchzulassen. Es sei zudem beweismässig nicht erstellt, dass überhaupt Fahrzeuge hätten passieren wollen.
2.3 Diese tatsächlichen Einwände sind nicht geeignet, die obergerichtliche Beweiswürdigung willkürlich erscheinen zu lassen. Sie grenzen vielmehr teilweise an Trölerei. So ergibt sich aus den Fotografien [Kantonale Akten, Bundesordner act. 37 ff.], auf die sich das Obergericht stützt und die unbestrittenermassen das Tatgeschehen wiedergeben, dass die Demonstranten die Brücke mit einer quer über die Fahrbahn gestellten und zumindest symbolisch mit einer Kette verstärkten "Menschenmauer" für den Durchgangsverkehr gesperrt haben. Dies entspricht auch der auf dem Flugblatt "FLUGSCHNEISE SÜD NEIN - 1000 Tage illegale Südanflüge" im Fettdruck erklärten Absicht: "Deutschland will keinen Verkehr vom Norden. Wenn dies für die Luft gilt, dann soll dies auch für die Strasse gelten." An der bezirksgerichtlichen Hauptversammlung hat X._ dazu ausgesagt, sie seien von 06:04 bis 07:08 Uhr auf der Brücke gestanden. Es ist offensichtlich, dass die Beschwerdeführer mit diesem Verhalten die Brücke während gut einer Stunde jedenfalls für den motorisierten Verkehr gesperrt haben. Ihr Einwand, sie hätten die Brücke nicht gesperrt, sondern lediglich darauf demonstriert, ist reine Wortklauberei. Und es konnte auch keinem von ihnen entgangen sein, dass sie mit dem gemeinsamen Verweilen auf der Fahrbahn die Brücke für den motorisierten Personenverkehr gesperrt hatten. Zu Recht als haltlos hat das Obergericht zudem den Einwand verworfen, es stehe nicht fest, dass während der Blockade überhaupt Fahrzeuge die Brücke hätten überqueren wollen, nachdem sich aus dem Polizeivideo das Gegenteil ergibt und es für die mit den lokalen Gegebenheiten vertrauten kantonalen Gerichte gerichtsnotorisch ist, dass die Brücke zur Zeit der Sperrung werktags von vielen Pendlern benutzt wird.
Zusammenfassend ist die tatsächliche Annahme des Obergerichts, dass die Demonstranten die Rheinbrücke bei Kaiserstuhl am 25. Juli 2006 von 06:04 - 07:08 Uhr bewusst für den motorisierten Verkehr sperrten, nicht bloss vertretbar, sondern offensichtlich zutreffend. Die Willkürrüge ist unbegründet.
2.4 Dieser Sachverhalt ist bereits aufgrund der eigenen Darlegungen der Beschwerdeführer - insbesondere derjenigen von X._, der an der bezirksgerichtlichen Hauptverhandlung als einziger aussagte, der Zugeständnisse aller Beschwerdeführer, an der Demonstration beteiligt gewesen zu sein, und dem erwähnten Flugblatt - sowie der Fotografien der Demonstration, deren Echtheit nicht bestritten ist, willkürfrei erstellt. Unter diesen Umständen waren die Strafverfolgungsbehörden verfassungsrechtlich nicht verpflichtet, die rapportierenden Polizeibeamten als Belastungszeugen einzuvernehmen. Da das Obergericht zudem ohne Willkür den offensichtlichen Schluss ziehen konnte, dass die Sperrung der Rheinbrücke zu einer Hauptverkehrszeit jedenfalls einigen Automobilisten deren Überquerung (bis zu einer Stunde) verunmöglichte, konnte sie auch in willkürfreier antizipierter Beweiswürdigung davon ausgehen, dass es sich nicht bei allen auf die Sperre aufgefahrenen Automobilisten um Sympathisanten der Demonstranten handelte, die die Brücke gar nicht überqueren wollten. Es ist unter diesen Umständen nicht zu beanstanden, dass keine Automobilisten als Zeugen befragt wurden. Dies verletzt die Unschuldsvermutung bzw. den Grundsatz "in dubio pro reo" keineswegs.
3. Eine Nötigung im Sinne von <ref-law> begeht, wer jemanden durch Gewalt oder Androhung ernstlicher Nachteile oder durch andere Beschränkung seiner Handlungsfreiheit nötigt, etwas zu tun, zu unterlassen oder zu dulden (zum Ganzen zuletzt <ref-ruling> betreffend die Sperrung des Baregg-Tunnels).
3.1 Die hier zur Diskussion stehende Tatbestandsvariante der "anderen Beschränkung der Handlungsfreiheit" ist aus rechtsstaatlichen Gründen restriktiv auszulegen. Tatbestandsmässig ist nur, das üblicherweise geduldete Mass an Beeinflussung in ähnlicher Weise eindeutig zu überschreiten, wie es für die im Gesetz ausdrücklich genannten Zwangsmittel der Gewalt und der Androhung ernstlicher Nachteile gilt. Die weite Umschreibung des Tatbestands hat zur Folge, dass auch unabhängig von Rechtfertigungsgründen nicht jedes tatbestandsmässige Verhalten rechtswidrig ist. Die Rechtswidrigkeit bedarf beim Nötigungstatbestand vielmehr einer besonderen, zusätzlichen Begründung. Nach der Rechtsprechung ist eine Nötigung unrechtmässig, wenn das Mittel oder der Zweck unerlaubt ist oder wenn das Mittel zum angestrebten Zweck nicht im richtigen Verhältnis steht oder wenn die Verknüpfung zwischen einem an sich zulässigen Mittel und einem erlaubten Zweck rechtsmissbräuchlich oder sittenwidrig ist. Bei der Beurteilung der Rechtswidrigkeit ist den verfassungsmässigen Rechten der Beteiligten Rechnung zu tragen (Zusammenfassung der Rechtsprechung in <ref-ruling> E. 4.1).
3.2 Die Beschwerdeführer haben durch die Bildung einer "Menschenmauer" eine Rheinbrücke für den motorisierten Verkehr gesperrt (Nötigungsmittel) und dadurch unbestimmt viele Automobilisten zum Warten bzw. Ausweichen gezwungen (Nötigungszweck).
Fussgänger, die auf der Fahrbahn verweilen, um den motorisierten Verkehr zu behindern, verstossen klarerweise gegen das Strassenverkehrsrecht (Art. 49 des Strassenverkehrsgesetzes, SR 741.01, Art. 46 Abs. 1 und 2 und Art. 47 Abs. 1 und 5 der Verkehrsregelnverordnung, SR 741.11). Die eigenmächtige Sperrung der Rheinbrücke durch die Beschwerdeführer - das Nötigungsmittel - war damit rechtswidrig. Auch wenn in der Untersuchung nicht im Einzelnen abgeklärt wurde, welche Autofahrer wie lange warten mussten, so hat das Obergericht jedenfalls festgestellt, dass die Sperrung zu einer Hauptverkehrszeit erfolgte, womit davon ausgegangen werden kann, dass bereits in einer frühen Phase Automobilisten auf die Sperre auffuhren und im Ergebnis bis zu rund einer Stunde an der Überfahrt gehindert wurden. Damit hat die Beschränkung ihrer Handlungsfähigkeit ein erhebliches, strafrechtlich verpöntes Mass erreicht. In <ref-ruling> hat das Bundesgericht bereits die 15-minütige Blockade eines Automobils als strafwürdige Beschränkung der von <ref-law> geschützten Handlungsfreiheit erkannt.
3.3 Das Fernziel bzw. das Motiv der Beschwerdeführer - sie wollten auf die für sie untragbare Lärmbelästigung ihrer Wohngebiete um die Forch und den Pfannenstiel durch die "illegalen" Südanflüge auf den Flughafen Kloten aufmerksam machen und auf Deutschland Druck ausüben, Nordanflüge wieder zuzulassen - sind im Unterschied zum Nötigungsmittel und zum Nötigungszweck keine Elemente des Tatbestands von <ref-law>. Allerdings ist nach der Rechtsprechung die Rechtswidrigkeit im Lichte der verfassungsmässigen Rechte der Beteiligten zu beurteilen. Die Beschwerdeführer berufen sich auf die Meinungs- und Informationsfreiheit (<ref-law>) und die Versammlungsfreiheit (<ref-law>), um ihre Aktion zu rechtfertigen.
Eine Demonstration auf öffentlichem Grund schränkt die übrigen Verkehrsteilnehmer zeitweise an der allgemeinen Nutzung von Strassen oder Plätzen ein. Ihre Durchführung stellt daher einen gesteigerten Gemeingebrauch dar. Nach konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts lässt sich aus bestimmten verfassungsmässigen Rechten, etwa der Wirtschaftsfreiheit, aber insbesondere aus ideellen Grundrechten wie der Versammlungsfreiheit und der Meinungs- und Informationsfreiheit, ein bedingter Anspruch auf gesteigerten Gemeingebrauch ableiten. Das bedeutet in diesem Zusammenhang, dass die zuständige Behörde beim Entscheid über ein Demonstrationsgesuch nicht allein dem öffentlichen Interesse am möglichst ungestörten Gemeingebrauch durch die Allgemeinheit zum Durchbruch verhelfen darf, sondern dem institutionellen Gehalt von Art. 16 und 22 BV Rechnung tragen und die Interessen der Gesuchsteller, ihre Anliegen öffentlich bekannt zu machen, angemessen berücksichtigen muss (<ref-ruling> E. 4d S. 140; <ref-ruling> E. 2a). Vorliegend haben die Beschwerdeführer indessen gar kein Gesuch für ihre Demonstration gestellt. Dies wäre ihnen ohne weiteres möglich und zumutbar gewesen, da sie diese am tausendsten Tag der Südanflüge und damit an einem lange zuvor feststehenden Datum durchführten. Für ihr eigenmächtiges Vorgehen können sie daher aus den angerufenen Grundrechten nichts zu ihren Gunsten ableiten.
3.4 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die Verurteilung der Beschwerdeführer wegen Nötigung nicht zu beanstanden ist.
4. 4.1 Die 23 Beschwerdeführer der Beschwerde 6B_813/2008 rügen, die bezirksgerichtliche Kostenverlegung verletze das Kosten- und das Äquivalenzprinzip sowie das Willkürverbot. Obwohl der Bezirksrichter für alle Verfahren nur eine einzige Hauptverhandlung durchgeführt habe, habe er formell für jeden Angeklagten ein eigenes Urteil gefällt und dabei jedem Gerichtsgebühren und Kosten von 1'146 Franken auferlegt, insgesamt 27'504 Franken. Zu Unrecht sei das Obergericht davon ausgegangen, sie hätten nur die eigentliche Gerichtsgebühr in Höhe von 500 Franken beanstandet, die Kanzleigebühren und Auslagen in Höhe von 646 Franken hingegen akzeptiert. Sie hätten in der Berufungsschrift klarerweise den Gesamtbetrag von 1'146 Franken als übersetzt bestritten. Da die Auslagen und Kanzleigebühren nur in ihrer Gesamthöhe ausgewiesen worden seien, sei es ihnen gar nicht möglich gewesen, sie substantiiert zu kritisieren. Es stehe jedoch fest, dass das Bezirksgericht unter diesem Titel insgesamt 14'858 Franken in Rechnung gestellt habe. Das Obergericht habe im Berufungsverfahren unter gleichem Titel 2'813. 50 Franken erhoben (122.30 Franken pro Beschuldigtem). Das Bezirksgericht habe zwar einen etwas höheren Aufwand gehabt, indem es die Vorladungen zur Hauptverhandlung habe zustellen und diese durchführen müssen, was aber niemals rechtfertige, unter dem Titel "Kosten und Kanzleigebühr" einen fünfmal höheren Betrag zu verrechnen als das Obergericht. Bei der Gerichtsgebühr verhalte sich die Sache ähnlich. Während das Bezirksgericht insgesamt 11'500 Franken für 23 Verfahren berechnet habe, habe das Obergericht für das Berufungsverfahren eine Gerichtsgebühr von 3'500 Franken - bloss 30 % der erstinstanzlichen Gebühren - erhoben, dies obwohl nach den §§ 17 und 18 des aargauischen Verfahrenskostendekrets vom 24. November 1987 (VKD) die maximale Gerichtsgebühr für bezirksgerichtliche Verfahren tiefer sei als für obergerichtliche Berufungsverfahren. Die bezirksgerichtliche Kostenregelung sei damit krass willkürlich.
4.2 Das Obergericht hat zu den bereits in der Berufung erhobenen Einwänden gegen die erstinstanzliche Kostenverlegung ausgeführt, diese richteten sich einzig gegen die Gerichtsgebühren. Gegen die Festsetzung der Kanzleigebühren und Auslagen würden keine Rügen vorgebracht, weshalb diese als unbestritten zu gelten hätten.
Die Beschwerdeführer haben in der Berufung ausgeführt, es seien "jedem einzelnen Angeklagten Gerichtsgebühren und Kosten im Betrag von Fr. 1'146.-- auferlegt worden. Das ergibt gesamthaft einen Betrag von über Fr. 26'000.--". Dies verstosse gegen das Kostendeckungs- und das Äquivalenzprinzip und sei unverhältnismässig. Damit haben die Beschwerdeführer klarerweise sowohl die Gerichtsgebühr als auch die Kanzleigebühren und Auslagen bestritten. Da beide im Urteil nicht im Detail, sondern nur im Gesamtbetrag ausgewiesen sind, konnten die Beschwerdeführer deren Festsetzung auch nicht im Einzelnen kritisieren. Entgegen der Auffassung des Obergerichts kann unter diesen Umständen nicht davon ausgegangen werden, dass die Festsetzung der Kanzleigebühren und Auslagen unbestritten geblieben sei.
5. Die Verfahrenskosten für Gerichtsverfahren vor aargauischen Gerichten setzen sich nach § 118a der Strafprozessordnung vom 11. November 1958 (StPO) aus der Gerichtsgebühr (§ 3 ff. VKD), einer Kanzleigebühr (§ 25 ff. VKD) und den Auslagen (§ 28 ff. VKD) zusammen.
5.1 Der Bezirksgerichtspräsident hat gegen jeden der Beschwerdeführer ein separates Urteil erlassen. Diese Urteile sind zwar weitgehend identisch, weshalb die Erledigung der Verfahren auch in einem Entscheid möglich gewesen wäre. Die Strafzumessung erfolgte indessen individuell. Die Urteile enthalten dementsprechend die für die Festsetzung der Geldstrafe nach Tagessätzen erforderlichen Ausführungen zu den finanziellen Verhältnissen der einzelnen Beschwerdeführer. Gründe des Persönlichkeitsschutzes sprechen somit gegen die Vereinigung. Es war daher jedenfalls vertretbar, für jeden der Beschwerdeführer ein separates Urteil zu erlassen, auch wenn dies mit höherem Aufwand und entsprechend höheren Kosten verbunden ist.
5.2 Nach dem Kostendeckungsprinzip sollen die Gesamteingänge den Gesamtaufwand für den betreffenden Verwaltungszweig nicht oder nur geringfügig überschreiten. Das Äquivalenzprinzip verlangt in Konkretisierung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes insbesondere, dass eine Gebühr nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert der bezogenen Leistung stehen darf und sich in vernünftigen Grenzen bewegen muss (im Allgemeinen: <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3a, je mit Hinweisen; im Speziellen für Gerichtsgebühren: <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
5.2.1 Die Gerichtsgebühr in Strafverfahren vor dem Bezirksgericht beträgt einschliesslich des Vorverfahrens zwischen 130 und 6'510 Franken (§ 17 Abs. 1 VKD), wobei die Obergrenze in besonders zeitraubenden Fällen oder bei mutwilligem Verhalten der Partei verdoppelt werden kann (§ 3 Abs. 2 VKD). Innerhalb dieses Rahmens ist die Gebühr nach dem Zeitaufwand und der Bedeutung der Sache festzulegen (§ 3 Abs. 1 VKD). Nach § 17 Abs. 2 VKD kann für eine polizeiliche Tatbestandsaufnahme zwischen 06:00 und 20:00 Uhr, wie sie hier erfolgte, zusätzlich eine Pauschale von 310 Franken für einen bis zu drei Stunden dauernden Einsatz berechnet werden.
Die Höhe der Gerichtsgebühr von 500 Franken ist nach beiden Prinzipien nicht zu beanstanden. Es ist gerichtsnotorisch, dass die Gerichtsgebühren die Kosten der Justiz, insbesondere der Strafjustiz, nicht decken (<ref-ruling> E. 3; Entscheid 4P.315/2006 vom 22. Juli 2007 E. 2.2.2). Auch wenn der Bezirksgerichtspräsident mit der Erhebung von 24 Gerichtsgebühren für 24 weitgehend gleichlautende Urteile wohl einen hohen Kostendeckungsgrad erreicht oder möglicherweise sogar mehr eingenommen hat, als die Verfahren gekostet haben, so ändert das nichts daran, dass die Strafjustiz ihre Gesamtkosten bei weitem nicht deckt. Das Kostendeckungsprinzip ist damit keineswegs verletzt. Eine Gerichtsgebühr von 500 Franken für ein bezirksgerichtliches Verfahren, in dem eine Hauptverhandlung durchgeführt und die mit einem ausführlich begründeten Urteil abgeschlossen wurde, erscheint keineswegs unangemessen hoch, zumal darin nach der § 17 Abs. 2 VKD auch die Kosten der polizeilichen Tatbestandsaufnahme enthalten sein können. Sie ist unter dem Gesichtspunkt des Äquivalenzprinzips nicht zu beanstanden.
5.2.2 Kanzleigebühren werden erhoben für die Ausfertigung und die Zustellung von End- und selbständigen Zwischenentscheiden. Gebührenpflichtig sind die Originalausfertigung für die entscheidende Behörde sowie je eine Kopie für die Partei, die Vertreter und die Vorinstanz bei Rechtsmittelverfahren, ferner die Umschläge für den Versand als Gerichtsurkunde (§ 25 Abs. 1 und 2 VKD). Nach § 1 der Verordnung des Regierungsrates über die Kanzleigebühren vom 14. Oktober 1991 betragen diese für die Ausfertigung von Schriftstücken 8 Franken pro Schreibmaschinenseite, für die Erstellung von Kopien auf technischem Weg 1 Franken pro A4-Seite. An Auslagen kommen vorliegend nur Barauslagen in Betracht. Darunter fallen nach § 28 VKD die im Verfahren entstandenen Kosten, namentlich für Porti, Telefone, Reisen und Verpflegung, Entschädigung an Zeugen und Sachverständige, Publikationskosten, Kosten der Untersuchungshaft usw.
Aus den Prozessakten ergibt sich, dass für jeden Beschwerdeführer rund 40 Seiten ausgefertigt wurden (Vorladungen, Beweisverfügung, Verhandlungsprotokoll, Urteilsdispositiv, begründeter Entscheid), was bei einem vertretbaren Ansatz von 8 Franken pro Seite rund 320 Franken ergibt. Dazu kommen die zum ebenfalls nicht zu beanstandenden Ansatz von 1 Franken berechneten Fotokopien, die in erheblicher Zahl - nur schon die sechsfache Ausfertigung des Urteilsdispositivs und des begründeten Urteils ergibt 144 Kopien - angefallen sind, sowie weitere Kosten und Auslagen, etwa für die Zustellung der Gerichtsurkunden. Insgesamt erscheint der für Kanzleigebühren und Auslagen erhobene Betrag von 646 Franken jedenfalls bei der auf eine Verfassungsrüge hin vorzunehmenden summarischen Prüfung nicht unhaltbar hoch. Übersetzt erscheint er nur, wenn man die Kosten der erstinstanzlichen Entscheide insgesamt an den obergerichtlichen Gerichtskosten misst. Dieser Vergleich ist indessen nicht zulässig, da nicht zu beanstanden ist, dass das Bezirksgericht für jeden Angeklagten ein eigenes Urteil fällte (oben E. 5.1).
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerden werden abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten der Beschwerde 6B_793/2008 von Fr. 2'000.-- werden X._ auferlegt, diejenigen der Beschwerde 6B_813/2008 von Fr. 4'000.-- mit solidarischer Haftbarkeit Y._ und den 22 Mitbeteiligten.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi