Sachverhalt:
A. A.a G._ meldete sich am 3. Juli 2003 bei der IV-Stelle des Kantons St. Gallen zum Leistungsbezug an, wobei er als Auszahlungsadresse das Konto bei der Bank X._ angab. Mit Abtretungserklärung vom 22. März 2005, bei der Sozialversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen (SVA) am 23. März 2005 eingegangen, trat er seine Ansprüche gegenüber der Invalidenversicherung ab 11. März 2005 bis auf Weiteres im Umfang von Fr. 1'955.- monatlich an das Sozialamt T._ ab. Mit Schreiben vom 24. Juni 2005 (Posteingang: 28. Juni 2005) teilte er sodann der SVA mit, allfällige weitere Zahlungen seien ausschliesslich auf das Konto bei der Bank Y._ zu überweisen. Mit Verfügung und Abrechnung vom 29. Juli 2005 teilte die IV-Stelle G._ mit, er habe für die Zeit vom 21. Juni bis 14. August 2005 Anspruch auf ein IV-Taggeld von insgesamt Fr. 7'606.20; die Verfügung enthielt den Vermerk, die Auszahlung erfolge auf das Konto bei der Bank X._. Dorthin wurde der Betrag am 26. Juli 2005 überwiesen und am 29. Juli 2005 gutgeschrieben.
Vom 27. Juli - 14. August 2005 war G._ landesabwesend. Nach seiner Rückkehr erstattete er Strafanzeige gegen Unbekannt, weil ihm seine Bankkontokarte für das Konto bei der Bank X._ gestohlen worden sei und von einer unbekannten Drittperson von diesem Konto Fr. 7'600.- abgehoben worden seien, und zwar durch insgesamt sechs Bancomat-Bezüge (mit Valuta vom 30. Juli, 31. Juli und 1. August 2005). Das Strafverfahren wurde mangels Hinweisen auf eine Täterschaft vorläufig eingestellt.
Nachdem sich das Sozialamt T._ nach dem Verbleib der abgetretenen Summe erkundigt hatte, teilte die SVA dem Sozialamt am 27. Oktober 2005 mit, die Abtretungserklärung sei bei der Auszahlung nicht berücksichtigt worden; sie bat das Sozialamt, dessen Vorschussleistung direkt beim Versicherten einzufordern. Das Sozialamt forderte daraufhin G._ mit Schreiben vom 22. November 2005 auf, Fr. 3'530.- zurückzuerstatten.
A.b Mit Schreiben vom 10. Februar 2006 liess G._ die SVA St. Gallen ersuchen, dem Sozialamt T._ den Betrag von 3'530.- und ihm den Betrag von Fr. 4'070.- (recte: Fr. 4076.20) nochmals zu überweisen, was mit Verfügung vom 15. Februar 2006 und Einspracheentscheid vom 28. August 2006 abgelehnt wurde.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 14. Dezember 2006 ab.
C. G._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, die SVA sei zu verpflichten, die ihm zustehenden Taggelder ein zweites Mal auszuzahlen, und zwar den Betrag von Fr. 3'530.- direkt an das Sozialamt T._, den Restbetrag in der Höhe von Fr. 4'076.20 an ihn. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die IV-Stelle beantragt Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem bis Ende 2006 in Kraft gestan-denen Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. 2.1 Mit Bezug auf die vom Beschwerdeführer vorinstanzlich u.a. beantragte direkte Zahlung des vom Sozialamt T._ zurückgeforderten Betrags von Fr. 3'530.- an dieses erwog das kantonale Gericht, die mit Schreiben vom 22. November 2005 verlangte Rückerstattung liege nicht im Streit, ebensowenig ein mögliches Rechtsverhältnis zwischen der IV-Stelle und dem Sozialamt betreffend irrtümlicher Nichtüberweisung der abgetretenen IV-Taggelder. Anfechtungs- und Streitgegenstand sei lediglich, ob die Beschwerdegegnerin mit befreiender Wirkung die Zahlung auf das Bankkonto des Beschwerdeführers bei der Bank X._ leisten konnte. Die Vorinstanz erkannte im Dispositiv ihres Entscheids allerdings nicht auf teilweises Nichteintreten auf die Beschwerde, sondern wies diese schlicht ab.
In seiner Beschwerde an das Bundesgericht beantragt der Beschwerdeführer zwar ebenfalls die Auszahlung des Betrags von Fr. 3'530.- direkt an das Sozialamt T._, setzt sich aber in der Begründung der Beschwerde einzig mit der Zahlung auf sein Bankkonto auseinander.
2.2 Unbestritten und aktenkundig hat der Beschwerdeführer seine Ansprüche gegenüber der Invalidenversicherung im Betrag von Fr. 1'955.- pro Monat dem Sozialamt T._ abgetreten, was - bezogen auf den hier zur Diskussion stehenden Zeitraum der Taggeldzahlung - den Betrag von (gerundet) Fr. 3'530.- ausmacht. Durch die Abtretung der Forderung geht diese auf den neuen Gläubiger (d.h. das Sozialamt) über. Der bisherige Gläubiger (d.h. der Beschwerdeführer) ist daran nicht mehr berechtigt und kann sie nicht einklagen (<ref-ruling> E. 3.4 S. 426). Er ist zwar zur Beschwerde legitimiert, wenn er die Gültigkeit der vorgenommenen Abtretung bzw. der Drittauszahlung bestreiten will (vgl. <ref-ruling>, nicht publ. E. 1). Ebenso sind der Schuldner und der Zessionar der abgetretenen Forderung in diesem Streit legitimiert, weil es dabei um ihre Zahlungspflicht bzw. um ihren Befriedigungsanspruch geht (<ref-ruling>, nicht publ. E. 1b). Ist jedoch - wie hier - die Gültigkeit der Abtretung nicht bestritten, kann der Zedent nicht vom Schuldner verlangen, an den Zessionar zu leisten. Mit Recht hat zwar der Beschwerdeführer vor der Vorinstanz ausgeführt, die IV-Stelle, welcher die Abtretung rechtzeitig angezeigt worden ist, habe nicht mit befreiender Wirkung an ihn leisten können (<ref-law>); sie hätte daher dem Sozialamt die Leistung, die sie bisher nicht befreiend erbracht hatte, erbringen müssen. Die SVA hat jedoch stattdessen das Sozialamt aufgefordert, beim Beschwerdeführer den Betrag einzufordern, was dieses auch getan hat, allerdings nach Lage der Akten nicht verfügungsweise, sondern mit einem einfachen Schreiben. Dieser vom Sozialamt geltend gemachten Rückforderung würde der Boden entzogen, wenn die IV-Stelle - wie dies der Beschwerdeführer beantragt - die Leistung an das Sozialamt erbrächte. Der Beschwerdeführer hat insofern zwar durchaus ein faktisches Interesse an dieser Zahlung. Dies ändert aber nichts daran, dass es sich dabei um eine Forderung des Sozialamtes handelt, welche einzig dieses geltend machen kann. Soweit der Beschwerdeführer beantragt, den Betrag von Fr. 3'530.- an das Sozialamt auszubezahlen, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdegegnerin dem Beschwerdeführer den verbleibenden, nicht dem Sozialamt abgetretenen Betrag von Fr. 4'076.20 nochmals bezahlen muss.
3.1 Sachverhaltlich steht fest, dass die Beschwerdegegnerin den fraglichen Betrag dem Beschwerdeführer ausbezahlt hat, jedoch nicht auf das Konto, welches dieser zuvor angegeben hatte. Fest steht auch, dass das Konto bei der Bank X._, auf welches die Zahlung erfolgte, nicht aufgehoben war, sondern im Zeitpunkt der Zahlung weiterhin auf den Namen des Beschwerdeführers lautend bestand; dies ergibt sich daraus, dass die Bank X._ dem Beschwerdeführer am 29. Juli 2005 eine Gutschriftsanzeige für die von der IV geleistete Zahlung zustellte, noch mit Valuta vom 5. August 2005 in seinem Auftrag eine Zahlung überwies und ihm einen Kontoauszug für die Zeit vom 28. Juli - 15. August 2005 zustellte. Weiter ist davon auszugehen, dass dieses Geld von einer unbekannten Person von jenem Konto abgehoben wurde, und zwar - wie sich aus dem Schreiben der Bank X._ vom 21. Oktober 2005 an den Beschwerdeführer ergibt - mit der Karte des Beschwerdeführers und unter auf Anhieb richtiger Eingabe der nur diesem bekannten PIN-Nummer. Unklar ist, weshalb der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin angewiesen hatte, den Betrag nicht auf das Konto bei der Bank X._, sondern auf jenes bei der Bank Y._ zu überweisen. Offensichtlich lag der Grund nicht darin, dass er den Verlust der Karte bemerkt hätte, hätte doch sonst die adäquate Reaktion darin bestanden, das Konto bei der Bank X._ zu sperren. Er hat in seiner Aussage bei der Polizei angegeben, die Karte im Juni noch im Besitz gehabt zu haben, und offenbar erst nach seiner Abreise in die Ferien den Verlust festgestellt.
3.2 Die Vorinstanz erwog, die Zahlung sei auf ein Konto des Beschwerdeführers und damit mit befreiender Wirkung erfolgt; sie prüfte sodann, ob die Beschwerdegegnerin dem Beschwerdeführer den Schaden aus Verantwortlichkeit zu ersetzen habe und verneinte dies, weil es an der adäquaten Kausalität zwischen dem fehlerhaften Überweisung und dem eingetretenen Schaden fehle. Der Beschwerdeführer bestreitet demgegenüber eine befreiende Leistung.
3.3 Geldschulden sind mangels abweichender Parteivereinbarung (<ref-law>) Bringschulden (<ref-law>). Beim bargeldlosen Zahlungsverkehr ist die Schuld dann erfüllt, wenn die Zahlung auf dem Konto des Gläubigers gutgeschrieben wird und dieser darüber verfügen kann (<ref-ruling> E. 2a S. 117; <ref-ruling> E. 2 S. 235). Grundsätzlich besteht kein Annahmezwang des Gläubigers für Buchgeld; gibt er jedoch ein Bankkonto an, so ist dieses gültige Zahlungsadresse (Rolf H. Weber, Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht [Berner Kommentar], Das Obligationenrecht, Artikel 68-96, 2. Aufl., Bern 2005, N 104 zu Art. 74; Marius Schraner, Kommentar zum Schweizerischen Zivilgesetzbuch [Zürcher Kommentar], Obligationenrecht, Die Erfüllung der Obligationen: Art. 68-96 OR, 3. Aufl., Zürich 2000, N 94 zu <ref-law>; Peter Gauch/Walter R. Schluep/Jörg Schmid/Heinz Rey, Obligationenrecht. Allgemeiner Teil, Bd. II, 8. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2003, S. 48 Rz. 2357-2358; vgl. bzgl. Postcheckkonto <ref-ruling> E. 2a). Eine solche Angabe kann grundsätzlich widerrufen werden.
3.4 Wird eine Leistung nicht oder nicht richtig erfüllt, so kann der Gläubiger in erster Linie Erfüllung der geschuldeten Leistung, in zweiter Linie Schadenersatz verlangen (<ref-law> bzw. im Bereich des Sozialversicherungsrechts <ref-law>). Die Zahlung auf ein falsches Bankkonto ist keine Nicht-Erfüllung, sondern eine nicht richtige Erfüllung. Diese hat zur Folge, dass der Schuldner die Gefahr einer Leistungsstörung trägt (Eugen Bucher, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil ohne Deliktsrecht, 2. Aufl., Zürich 1988, S. 304). Im hier zu beurteilenden Fall ist indessen die Leistung unbestritten erbracht worden: Sie ist auf ein auf den Namen des Beschwerdeführers lautendes Konto gutgeschrieben worden und damit in dessen Verfügungsbereich übergegangen. Die Frage einer Leistungsstörung stellt sich daher nicht mehr und eine erneute Erfüllung kann nicht gefordert werden. Zu prüfen bleibt hingegen die Schadenersatzpflicht der Beschwerdegegnerin für eine fehlerhafte Erfüllung (vgl. Gauch/Schluep/Schmid/Rey, a.a.O., S. 100 f.).
3.5 Der fragliche Betrag ist offenbar von einem Unberechtigten vom Bankkonto des Beschwerdeführers abgehoben worden. Grundsätzlich trägt die Bank das Risiko, wenn sie von einem Konto Geld an eine nicht ermächtigte Person ausbezahlt (<ref-ruling> E. 2 S. 452; Pra 2004 Nr. 116 E. 2). Der Beschwerdeführer könnte daher von der Bank die Auszahlung des streitigen Guthabens verlangen. Sie kann dies nur verweigern, wenn sie bzw. ihr Personal schuldlos oder - gültige Haftungswegbedingung vorausgesetzt (Art. 100 und Art. 101 Abs. 2 OR) - mit höchstens einfacher Fahrlässigkeit gehandelt hat (<ref-ruling> E. 2, 112 II 450 E. 3a). Hier hat die Bank eine Zahlung an den Beschwerdeführer abgelehnt, weil das Geld mittels Karte und PIN des Beschwerdeführers abgehoben worden sei. Sie ging somit davon aus, dass der Beschwerdeführer die Zahlung an den Unberechtigten selber verschuldet habe, was unter Umständen die Verweigerung einer Auszahlung an den Kontoinhaber rechtfertigen kann (<ref-ruling>), so z.B. wenn der Kontoinhaber der Bank einen festgestellten Verlust der Kontokarte nicht meldet oder die PIN-Nummer nicht ändert (Markus Steinmann, Kundenidentifikation durch Code und ihre rechtliche Bedeutung im Bankwesen, Diss. Zürich 1994, S. 220). Ob der Beschwerdeführer weitere Schritte gegen die Bank unternommen hat, ist nicht aktenkundig.
3.6 Bei dieser Sachlage ist der Schaden nicht unmittelbar dadurch entstanden, dass die Beschwerdegegnerin auf das falsche Konto einbezahlt hat, sondern dadurch, dass die Bank an einen Unberechtigten ausbezahlt hat. Dieser Schaden ist entweder von der Bank oder vom Beschwerdeführer selber zu vertreten. Wie die Vorinstanz richtig erwogen hat, hängt ein derartiges Ereignis nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung nicht mit der Überweisung auf ein falsches Konto zusammen. Der adäquate Kausalzusammenhang zwischen der fehlerhaften Zahlung durch die Beschwerdegegnerin und dem eingetretenen Schaden ist daher durch überwiegendes Dritt- oder Selbstverschulden unterbrochen worden.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 Satz 2 OG in der seit 1. Juli 2006 geltenden Fassung). Die unentgeltliche Rechtspflege kann jedoch gewährt werden (Art. 152 in Verbindung mit Art. 135 OG). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 900.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung werden sie einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 2. Mai 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: