Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen den Zirkulationsbeschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 28. Januar 2009, mit welchem das obergerichtliche Verfahren als durch Rückzug erledigt abgeschrieben wurde, weil es der Beschwerdeführer schuldhaft versäumt habe, die erforderlichen Berufungsanträge im Sinne von § 421, 423 und 431 StPO/ZH zu stellen und zu begründen (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 3 mit Hinweis auf die obergerichtliche Präsidialverfügung vom 7. Januar 2009 Ziff. 1-3). Dass und inwiefern das Obergericht das kantonale Strafprozessrecht willkürlich angewendet haben sollte, geht aus der Beschwerde nicht hervor, zumal darin lediglich von "diversen Verstösse gegen die StPO" die Rede ist, die während des Verfahrens begangen worden sein sollen. Insoweit fehlt es der Beschwerde an einer für die materielle Beurteilung des Rechtsmittels hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 1 BGG). Darauf ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten. Soweit sich die Beschwerde im Übrigen gegen das Urteil der Einzelrichterin in Strafsachen des Bezirks Pfäffikon richtet, kann darauf schon deshalb nicht eingetreten werden, weil Anfechtungsobjekt einzig der obergerichtliche Zirkulationsbeschluss ist (<ref-law>).
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill