Sachverhalt:
A. Über das Vermögen der X._ GmbH (Insolvenzschuldnerin) wurde mit Beschluss des Amtsgerichts Bochum, Deutschland, vom 30. Oktober 2000 das Insolvenzverfahren eröffnet. Zum anfänglichen Insolvenzverwalter wurde Rechtsanwalt Dr. D._ (ehemaliger Kläger) ernannt. Dieser fordert von A._ (Beschwerdeführer 1) und von B._ (Beschwerdeführer 2) die Rückzahlung von unzulässigen Gewinnentnahmen, wogegen diese geltend machen, es sei dabei um Tätigkeitsentschädigungen gegangen.
B. Am 13. April 2004 gelangte der ehemaliger Kläger an das Bezirksgericht Meilen. Er beantragte mit im Laufe des Verfahrens geändertem Rechtsbegehren, die Beschwerdeführer seien zu verpflichten, ihm die Beträge von EUR 310'415.19 (Beschwerdeführer 1) und von EUR 312'116.-- (Beschwerdeführer 2) nebst Zins zu bezahlen. Das Bezirksgericht wies die Klage mit Urteil vom 5. Dezember 2008 mangels Aktivlegitimation des ehemaligen Klägers ab.
Auf Berufung des ehemaligen Klägers hin bejahte das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 28. Januar 2011 dessen Aktivlegitimation zur Klage. Entsprechend hob es das Urteil des Bezirksgerichts auf, soweit darin die Klage abgewiesen worden war, und wies die Sache zur materiellen Prüfung der mit der Klage verfolgten Ansprüche an das Bezirksgericht zurück.
Am 13. September 2010 war Rechtsanwalt Dr. C._ (Beschwerdegegner) als neu ernannter Insolvenzverwalter der Insolvenzschuldnerin anstelle des ehemaligen Klägers in den Prozess eingetreten.
C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerden in Zivilsachen vom 7. bzw. vom 16. März 2011, die Klage sei abzuweisen und die Gerichts- und Parteikosten des kantonalen Verfahrens entsprechend zu verlegen, eventuell die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt mit Beschwerdeantwort vom 2. Mai 2011, auf die Beschwerden nicht einzutreten, eventuell diese abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Am 16. Mai 2011 reichten die Beschwerdeführer unaufgefordert je eine Stellungnahme zur Beschwerdeantwort ein (Repliken). Der Beschwerdegegner duplizierte mit Eingabe vom 30. Mai 2011, wozu sich die Beschwerdeführer mit Eingabe vom 9. Juni 2011 äusserten.
Mit Präsidialverfügung vom 4. April 2011 wurde den Beschwerden die aufschiebende Wirkung gewährt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerden der Beschwerdeführer 1 und 2 richten sich gegen den gleichen Beschluss der Vorinstanz und sind weitestgehend identisch. Sie werden daher im gleichen Verfahren und im gleichen Urteil beurteilt.
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; <ref-ruling> E. 1); immerhin muss die Eingabe auch bezüglich der Eintretensvoraussetzungen hinreichend begründet werden (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 121).
2.1 Der angefochtene Beschluss weist die Sache zur materiellen Prüfung der mit der Klage verfolgten Ansprüche an das Bezirksgericht zurück. Ein Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab; es handelt sich dabei um einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG (BGE <ref-ruling> E. 1.2, 329 E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweis). Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG).
Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben. Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Voraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 in fine; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2; zu den Begründungsanforderungen vgl. <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1a S. 92 mit Hinweis).
Macht der Beschwerdeführer geltend, die Voraussetzung des Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, dass mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, sei erfüllt, ist zu differenzieren: Geht es bereits aus dem angefochtenen Urteil oder der Natur der Sache hervor, dass ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erforderlich sein wird, darf auf lange Ausführungen verzichtet werden. Andernfalls hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzutun, welche Tatfragen offen sind und welche weitläufigen Beweiserhebungen in welchem zeit- oder kostenmässigen Umfang erforderlich sind. Zudem hat er unter Aktenhinweisen darzulegen, dass er die betreffenden Beweise im kantonalen Verfahren bereits angerufen oder entsprechende Anträge in Aussicht gestellt hat (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1a S. 92 mit Hinweis; Urteil 4A_48/2010 vom 9. Juli 2010 E. 1.3.2).
Die Beschwerdeführer halten im vorliegenden Fall die Voraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 lit. a und auch nach lit. b BGG für erfüllt.
2.2 Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG muss nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung rechtlicher Natur sein, was voraussetzt, dass er durch einen späteren günstigen Entscheid nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (<ref-ruling> E. 4 S. 95; <ref-ruling> E. 2.1 S. 190; <ref-ruling> E. 2.3.1, je mit Hinweisen). Rein tatsächliche Nachteile, etwa die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens, fallen demgegenüber nicht in Betracht (<ref-ruling> E. 4 S. 95; <ref-ruling> E. 2.2). Immerhin muss sichergestellt werden, dass das Verfahren insgesamt dem verfassungsrechtlichen Gebot genügt, im Rahmen eines fairen Verfahrens innert angemessener Frist einen wirksamen Rechtsschutz zu gewähren (Art. 29 Abs. 1 BV; Art. 6 Ziff. 1 EMRK). Unter diesem Aspekt kann es ausnahmsweise verfassungsrechtlich geboten sein, bereits auf eine Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid einzutreten, wenn es rechtsstaatlich unzumutbar wäre, die Parteien auf die Anfechtung des Endentscheids zu verweisen (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 171 mit Hinweisen).
2.2.1 Die Beschwerdeführer machen unter Berufung auf den letztzitierten Entscheid geltend, das Verfahren habe bereits beinahe sieben Jahre gedauert und es sei abzusehen, dass noch beträchtliche Zeit bis zum Vorliegen eines Endentscheids vergehen werde; es wäre nicht zumutbar, dass sie auf eine Anfechtung des Endentscheids verwiesen würden und ihnen erst dann Gewissheit über die Frage der Aktivlegitimation des Beschwerdegegners verschafft würde; ein solcher Zustand wäre umso unhaltbarer, als die Verzögerungen des Verfahrens auf Versäumnisse des Beschwerdegegners zurückzuführen seien.
Damit vermögen die Beschwerdeführer nicht durchzudringen. Wie aus der vorstehend zitierten Erwägung 1.2.1 von <ref-ruling> deutlich hervorgeht, soll mit der betreffenden Rechtsprechung sichergestellt werden, dass insgesamt in einem fairen Verfahren innert angemessener Frist ein wirksamer Rechtsschutz gewährt wird. Entsprechend dem Grundsatz, dass eine Verzögerung des Verfahrens nicht als Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG in Betracht fällt, und entgegen dem Anschein, den eine isolierte Betrachtung des ersten Absatzes der E. 1.2.2 von <ref-ruling> erwecken könnte, genügt demnach der alleinige Umstand für die Annahme der Unzumutbarkeit eines Verweises auf die Anfechtung des Endentscheids nicht, dass das Verfahren schon lange gedauert hat und bis zur Fällung eines Endentscheids noch geraume Zeit vergehen wird, wobei letzteres von den Beschwerdeführern vorliegend ohnehin bloss ohne nähere Substanziierung behauptet und vom Beschwerdegegner bestritten wird. Für die Zulassung der Beschwerde sprachen in <ref-ruling> denn auch nicht bloss die lange bisherige und zu erwartende weitere Verfahrensdauer. Vielmehr wurde darüber hinaus berücksichtigt, dass es unter dem Gesichtspunkt des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) und des Anspruchs der Parteien auf gleiche und gerechte Behandlung (Art. 29 Abs. 1 BV) fragwürdig erschienen wäre, die Beschwerdeführer (die Begründetheit ihrer Beschwerde unterstellt) gemäss dem angefochtenen Entscheid vom weiteren Verfahren vor der Erstinstanz hinsichtlich gewisser Aspekte auszuschliessen, bezüglich der dann nur mit den weiteren Verfahrensbeteiligten eine Instruktion hätte stattfinden können (E. 1.2.2). Was den hier einzig in Frage stehenden Aspekt der Verfahrensdauer anbelangt, ist zudem zu beachten, dass die Anfechtung von selbständig eröffneten Zwischenentscheiden über sämtliche Instanzen gerade geeignet ist, das Verfahren zu verlängern. Gegen ungerechtfertigte Verfahrensverzögerungen steht überdies mit der Beschwerde wegen Rechtsverzögerung (Art. 94 BGG) ein spezieller Behelf zur Verfügung.
2.2.2 Die Beschwerdeführer weisen weiter darauf hin, dass die Bestimmungen von Art. 125 Bst. a ZPO und von § 116 der auf den 1. Januar 2011 aufgehobenen Zürcher Zivilprozessordnung (aZPO/ZH) vorsähen, dass das Gericht zur Vereinfachung des Prozesses das Verfahren auf einzelne Fragen beschränken könne. Sie halten dafür, diese Bestimmungen legten es nahe, dass Vorentscheide über Fragen, auf die das Verfahren beschränkt war, gestützt auf Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG Gegenstand der bundesgerichtlichen Prüfung sein könnten. Andernfalls würden diese Bestimmungen ihres Gehalts entleert.
Es ist zunächst nicht erkennbar, inwieweit mit dieser Argumentation ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG begründet werden könnte. Auch ansonsten kann ihr nicht gefolgt werden. Das vorinstanzliche Verfahren war bereits vor Inkrafttreten der ZPO am 1. Januar 2011 (AS 2010 1739 ff., 1836) rechtshängig, so dass der angefochtene Entscheid in Anwendung des "bisherigen" d.h. des kantonalen Verfahrensrechts erging (vgl. Art. 404 ZPO) und die Verfahrensbeschränkung auf die Frage der Aktivlegitimation sich nur auf solches stützen könnte. Eine kantonalrechtliche Verfahrensregelung ist aber nicht geeignet, eine bundesrechtliche Eintretensvoraussetzung aufzuweichen. Auch wenn die Bestimmungen der ZPO im vorliegenden Fall bei der Beurteilung der Eintretensvoraussetzungen zu berücksichtigen wären, würde dies den Beschwerdeführern vorliegend nicht weiterhelfen. Die Bestimmung von Art. 125 lit. a ZPO ist im Zusammenhang mit den Art. 237 sowie 308 bzw. 319 ZPO zu betrachten und will die Beschränkung des Verfahrens auf einzelne Fragen ermöglichen, deren Entscheidung zu einem sofortigen Endentscheid führen kann (REMO BORNATICO, in: Basler Kommentar, Zivilprozessordnung, 2010, N. 5 zu Art. 125 ZPO; vgl. dazu auch ADRIAN STAEHELIN, in: Sutter-Somm und andere [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 4 zu Art. 125 ZPO). Wenn ein solcher ergangen ist, unterliegt er nach Art. 90 f. BGG der Beschwerde an das Bundesgericht und ist damit geeignet, das Verfahren prozessökonomisch abzuschliessen, ohne dass über alle weiteren Fragen entschieden werden muss. In solchen Fällen kommt die mit der Beschränkung des Verfahrens auf gewisse Fragen angestrebte Verfahrensvereinfachung zum Tragen. Es kann damit nicht davon die Rede sein, dass die Bestimmung von Art. 125 lit. a ZPO ihres Gehaltes entleert würden, wenn in Fällen wie dem Vorliegenden, in denen das kantonale (Rechtsmittel)Verfahren nicht zu einem Endentscheid, sondern bloss zu einem Zwischenentscheid führt, dieser Zwischenentscheid nicht vor Bundesgericht angefochten werden kann, so dass ein rechtskräftiger Entscheid über die Teilfrage, auf die das Verfahren beschränkt war, vorerst ausbleibt. Da die Verfahrensbeschränkung auf einzelne Fragen voraussetzt, dass der Entscheid über diese zu einem Endentscheid führen kann (BORNATICO, a.a.O., N. 5 zu Art. 125 ZPO), steht zudem auch gegen einen in einem beschränkten Verfahren ergangenen Zwischenentscheid, die Beschwerde an das Bundesgericht offen, allerdings - um eine Entlastung des Bundesgerichts zu bewirken - nur unter den weiteren Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, auf die sich die Beschwerdeführer vorliegend denn auch berufen (vgl. auch die ähnlichen Voraussetzungen für die Fällung eines Zwischenentscheids durch die Erstinstanz nach Art. 237 ZPO).
2.2.3 Die Beschwerdevoraussetzung eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist somit zu verneinen.
2.3 Die erste Voraussetzung von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG, dass das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführer teilen, einen verfahrensabschliessenden Endentscheid fällen könnte, ist im vorliegenden Fall erfüllt. Die Beschwerdeführer verlangen im Hauptantrag die Abweisung der Klage des Beschwerdegegners, was sie mit dessen fehlenden Aktivlegitimation begründen. Bei Gutheissung dieses Standpunkts wäre die Klage in einem Endurteil abzuweisen.
Hinsichtlich der weiteren Voraussetzung, dass mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, bringen die Beschwerdeführer in ihren Beschwerdeschriften bloss vor, sie hätten im Laufe des Prozesses zahlreiche Beweise offeriert, die abgenommen werden müssten, wozu sie auf eine beigelegte Auflistung der von ihnen angebotenen Beweise verweisen. Damit legen sie aber nicht dar, welche offenen Tatfragen zu entscheiden und inwiefern dazu die beantragten Beweiserhebungen erforderlich sind und weshalb die Abnahme der angeführten Beweise einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten mit sich bringen soll. Sie haben damit die entsprechenden Voraussetzungen für ein Eintreten in ihren Beschwerdeschriften und den dazu eingereichten Aufstellungen nicht hinreichend begründet (Erwägungen 2 und 2.1 vorne). Soweit sie ihre Begründung in diesem Punkt in den Repliken ergänzen, kann dies nicht berücksichtigt werden. Denn eine Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig und rechtsgenügend begründet einzureichen (Art. 42 Abs. 1 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.4). Vor Bundesgericht findet zudem in der Regel nur ein Schriftenwechsel statt (Art. 102 Abs. 3 BGG). Reicht der Beschwerdeführer eine Replik ein (dazu <ref-ruling>), darf er diese nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4; <ref-ruling> E. 1d/aa, je mit Hinweisen). In Anbetracht der dargestellten Anforderungen nach Gesetz und publizierter Rechtsprechung an die Begründung der in Frage stehenden Sachurteilsvoraussetzung nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG in der Beschwerdeschrift (Erwägungen 2 und 2.1 vorne) kann nicht gesagt werden, erst die Bestreitung der Sachurteilsvoraussetzung in der Beschwerdeantwort habe dazu Anlass gegeben, diese näher und hinreichend zu begründen. Das Argument der Beschwerdeführer in der Triplik, sie hätten sich in der Replik bloss darauf beschränkt, von ihrem verfassungsmässig geschützten Recht Gebrauch zu machen, sich zu den Vorbringen des Beschwerdegegners in der Beschwerdeantwort zu äussern, stösst damit ins Leere.
Das Vorliegen der Zulässigkeitsvoraussetzungen der Beschwerde nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG ist damit nicht dargetan.
3. Zusammenfassend ist somit auf die Beschwerden nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden je zur Hälfte dem Beschwerdeführer 1 und dem Beschwerdeführer 2 auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer 1 und der Beschwerdeführer 2 haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juni 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer