Faits :
A.
La société B._ SA, promettante-acquéreur des parcelles nos 512 et 994 de la commune de Sainte-Croix, a déposé une demande de permis de construire en vue de la réalisation d'un complexe résidentiel sur ces deux biens-fonds. La parcelle n° 512, d'une superficie de 1'446 m2, est située dans le prolongement des locaux industriels de la fabrique de boîtes à musique C._ SA, qui en est propriétaire; la parcelle contiguë n° 512, d'une superficie de 6'075 m2, longée en sa limite est par le chemin des Anémones, appartient à la fondation "D._ SA". Ces terrains sont classés en zone d'affectation de forte densité régie par le règlement communal sur le plan d'affectation et la police des constructions du 5 novembre 1993 (RPA).
Le projet comprend la construction de cinq immeubles résidentiels de deux types différents (trois de type A dans la partie ouest et deux de type B le long du chemin des Anémones), comprenant chacun dix logements et six niveaux habitables. Le projet prévoit trois voies d'accès aux immeubles de type A perpendiculaires au chemin des Anémones; chacune de ces voies dessert des places de stationnement couvertes (57 au total) et non couvertes (12 au total).
Mis à l'enquête publique, ce projet a soulevé de nombreuses oppositions dont celle d'A._, propriétaire de la parcelle n° 528 contiguë en contrebas de la parcelle n° 994.
B.
Par décision du 6 juillet 2012, la Municipalité de Sainte-Croix a délivré le permis de construire et levé les oppositions. Saisie d'un recours d'A._ contre cette décision, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) a tenu une audience à Sainte-Croix et procédé à une inspection locale en décembre 2012. Par ordonnance du 5 janvier 2013, elle a sollicité l'avis de la Commission cantonale consultative d'urbanisme et d'architecture (CCUA) qui, en vertu de l'art. 16 al. 1 de la loi vaudoise du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11), peut être requise par le Conseil d'Etat, ses départements, les municipalités ou l'autorité de recours de donner son avis sur toute question relevant de l'urbanisme ou de l'architecture, notamment en matière de développement des localités, de plan d'affectation ou de protection des sites. Dans son rapport du 10 juin 2013, la CCUA a émis un préavis négatif pour divers motifs liés à la qualité générale du projet, à son esthétique et à son intégration au site.
Par arrêt du 21 octobre 2013, la CDAP a admis le recours et annulé la décision communale. Elle a par ailleurs alloué une indemnité de dépens de 1'500 fr. à la recourante, à la charge des propriétaires des parcelles nos 512 et 994 et laissé les frais de justice à la charge de l'Etat. En substance, la cour cantonale s'est référée au préavis de la CCUA et a considéré que celle-ci s'était fondée sur des constats objectifs (implantation, négation de la pente, étalement des places de parc en surface, mouvements de terre importants) de sorte qu'il n'existait pas de motifs pour s'écarter de son avis.
C.
A._, la constructrice B._ SA (en consorité avec C._ SA et le D._ SA) et la commune de Sainte-Croix déposent chacune un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre cet arrêt.
A._ demande l'annulation du chiffre III du dispositif et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les dépens (cause 1C_849/2013). La commune, les constructrices et la cour cantonale concluent au rejet de ce recours.
Dans leurs recours respectifs (causes 1C_853/2013 et 1C_855/2013), les constructrices et la commune de Sainte-Croix concluent principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que la décision d'octroi du permis de construire est confirmée, subsidiairement à l'annulation et au renvoi de la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. La cour cantonale conclut au rejet de ces recours et se réfère aux considérants de son arrêt. La commune et les constructrices déclarent adhérer au recours les unes des autres. L'opposante A._ conclut à leur rejet. Les parties confirment leur position dans un deuxième échange d'écritures.

Considérant en droit :
1.
Les trois recours ont trait à la même procédure. Ils sont dirigés contre le même arrêt cantonal. Il se justifie dès lors de joindre les causes 1C_849/2013, 1C_853/2013 et 1C_855/2013, pour des motifs d'économie de procédure, et de statuer à leur sujet dans un seul arrêt (cf. art. 24 PCF applicable par analogie vu le renvoi de l'art. 71 LTF).
2.
Les recours sont dirigés contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF) et aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée.
L'arrêt attaqué annule le permis de construire sans renvoyer le dossier à la commune pour nouvel examen. Il y a donc lieu de considérer qu'il met définitivement fin à la procédure au sens de l'art. 90 LTF.
Les recourantes A._ ainsi que B._ SA et consorts ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Elles sont toutes particulièrement touchées par l'arrêt attaqué qui accorde des dépens à l'une et annule l'autorisation de construire délivrée aux autres. Elles ont donc qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. La commune de Sainte-Croix, qui invoque une violation de l'autonomie dont elle bénéficie en matière de police des constructions, a qualité pour agir en vertu de l'art. 89 al. 2 let. c LTF.
Les autres conditions de recevabilité des recours sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
3.
Outre une application arbitraire du droit cantonal, la commune se plaint d'une violation de son autonomie communale.
3.1.
3.1.1. Aux termes de la clause d'esthétique contenue à l'art. 86 LATC, la municipalité veille à ce que les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1). Elle refuse le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou culturelle (al. 2). L'art. 87 RPA, qui règle l'intégration, a une portée comparable. Il prévoit que "la municipalité veille à un aménagement harmonieux du territoire communal", que "tous travaux susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site ou d'un groupe de constructions sont interdits" et que la municipalité peut "imposer une implantation, une pente du toit ou une orientation des faîtes, notamment pour tenir compte des caractéristiques des bâtiments voisins".
Selon la jurisprudence, l'application d'une clause d'esthétique ne doit pas aboutir à ce que, de façon générale, la réglementation sur les zones en vigueur soit vidée de sa substance. En droit vaudois, un projet de construction peut être interdit sur la base de l'art. 86 LATC quand bien même il satisferait à toutes les autres dispositions cantonales et communales en matière de police des constructions. Cependant, une intervention des autorités dans le cas de la construction d'un immeuble réglementaire qui ne serait pas en harmonie avec les bâtiments existants, ne peut s'inscrire que dans la ligne tracée par la loi elle-même et par les règlements communaux, qui définissent en premier lieu l'orientation que doit suivre le développement des localités. Ainsi, lorsqu'un plan de zones prévoit que des constructions d'un certain volume peuvent être édifiées dans tel secteur du territoire, une interdiction de construire fondée sur l'art. 86 LATC ne peut se justifier que par un intérêt public prépondérant. Il faut que l'utilisation des possibilités de construire réglementaires apparaisse déraisonnable (<ref-ruling> consid. 3d p. 119; 363 consid. 3a p. 366/367; 370 consid. 5 p. 377; <ref-ruling> consid. 6c p. 222 s.).
3.1.2. Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Une commune bénéficie de la protection de son autonomie dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive, mais qu'il laisse en tout ou partie dans la sphère communale, conférant par là aux autorités municipales une liberté de décision relativement importante. L'existence et l'étendue de l'autonomie communale dans une matière concrète sont déterminées essentiellement par la constitution et la législation cantonales (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 172-173; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 244; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 142).
Une commune reconnue autonome dans un domaine spécifique peut dénoncer tant les excès de compétence d'une autorité cantonale de recours que la violation par celle-ci des règles du droit fédéral, cantonal ou communal qui régissent la matière (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 173; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 244).
Il appartient en premier lieu aux autorités locales de veiller à l'aspect architectural des constructions (arrêt 1C_442/2010 du 16 septembre 2011 consid. 3.3, in RtiD 2012 I 39). Lorsqu'une autorité communale apprécie les circonstances locales dans le cadre de l'octroi d'une autorisation de construire ou de l'adoption d'un plan de quartier, elle bénéficie ainsi d'une liberté d'appréciation particulière, que l'autorité de recours contrôle avec retenue. Dans la mesure où la décision communale repose sur une appréciation soutenable des circonstances pertinentes, l'instance de recours doit la respecter. En dépit de son pouvoir d'examen complet, elle ne peut intervenir et, cas échéant, substituer sa propre appréciation à celle des autorités communales que si celle-ci n'est objectivement pas soutenable ou contrevient au droit supérieur (arrêts 1C_150/2014 du 6 janvier 2015 consid. 2.2; 1C_629/2013 du 5 mai 2014 consid. 7.1). Si l'autorité de recours a outrepassé son pouvoir d'examen, la jurisprudence considère qu'elle a fait preuve d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 397; arrêt 1P.678/2004 du 21 juin 2005 consid. 4.3, in ZBl 107/2006 p. 430).
Le Tribunal fédéral examine librement la décision de l'instance cantonale de recours, dès lors qu'il y va de l'application du droit constitutionnel fédéral ou cantonal. Il contrôle ainsi librement si l'autorité judiciaire cantonale a respecté la latitude de jugement découlant de l'autonomie communale (<ref-ruling> consid. 2 p. 397; arrêt 1P.678/2004 du 21 juin 2005 consid. 4.3, in ZBl 107/2006 p. 430).
En droit cantonal vaudois, les communes jouissent d'une autonomie maintes fois reconnue lorsqu'elles définissent, par des plans, l'affectation de leur territoire, et lorsqu'elles appliquent le droit des constructions (art. 139 al. 1 let. d Cst./VD; cf. notamment <ref-ruling> consid. 3d p. 118 s.; arrêt 1C_365/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2, in Pra 2011 n° 60 p. 428). Cela ressort en particulier de l'art. 2 al. 2 LATC, selon lequel l'Etat laisse aux communes la liberté d'appréciation nécessaire à l'accomplissement de leurs tâches.
3.2. La cour cantonale s'est fondée sur l'avis de la Commission cantonale consultative d'urbanisme et d'architecture dont elle a fait sienne l'appréciation. Ce sont ainsi essentiellement l'implantation des bâtiments projetés (non conforme aux lignes dominantes des constructions existantes), l'étalement des parkings en surface et les importants mouvements de terre qui ont dicté l'annulation de l'autorisation de construire.
La cour cantonale a indiqué avoir sollicité l'avis de la CCUA "précisément pour ne pas substituer sa propre appréciation à celle de la municipalité". Relevant que cette commission est composée de spécialistes compétents et indépendants, elle a considéré que son avis est l'expression de professionnels éprouvés et peut valoir avis d'expert. Selon l'arrêt attaqué, la CCUA a analysé l'intégration du projet par rapport à la topographie du terrain, pour examiner ensuite l'intégration dans le grand paysage, puis les aménagements extérieurs et enfin l'esthétique elle-même des constructions projetées.
La cour cantonale a relevé que les critiques formulées par la CCUA étaient fondées sur des constats objectifs et que l'accumulation de différents défauts affectant le projet avait conduit à un préavis négatif. Ces défauts consistent selon la CCUA en une implantation biaisée par rapport aux courbes de niveaux et s'écartant de l'implantation de la majorité des constructions de la ville, en une prédominance critiquable des espaces réservés au stationnement des véhicules, en une banalité du traitement architectural, en un impact important des nouveaux bâtiments ainsi qu'en d'éventuels importants mouvements de terre commandés par l'orientation des bâtiments. La cour cantonale a repris ces remarques à son compte et a également critiqué l'échelle au 1:200 utilisée pour les façades, ce qui minimiserait l'importance du projet. Elle a tenu pour non déterminantes les explications données par l'architecte du projet pour répondre à ces critiques. Celui-ci évoquait en particulier la nature du sol qui rendrait la création d'un garage collectif souterrain inappropriée au vu des risques techniques et économiques que cela impliquait. L'arrêt attaqué retient à cet égard que des solutions alternatives ou intermédiaires auraient pu être étudiées.
3.3. Fondée sur les constatations qui précèdent, la cour cantonale a considéré que le projet compromettait l'aspect du site, de sorte qu'il devait être refusé. Ce faisant, elle a substitué l'appréciation de la CCUA à celle de la commune. Aussi, si la cour cantonale a indiqué faire preuve d'une certaine retenue dans l'appréciation de l'esthétique du projet, tel n'est pas le cas de la CCUA, à l'évaluation de laquelle elle s'est pourtant entièrement référée. Les critiques formulées par la commission reposent certes sur certains éléments objectifs (orientation atypique des bâtiments et dimension des parkings extérieurs notamment); d'autres relèvent toutefois d'une appréciation purement subjective (banalité du traitement architectural ou l'impact général des bâtiments sur l'environnement bâti). La CCUA n'a pas tenu compte de l'importante liberté d'appréciation dont bénéficie la commune en l'espèce. Elle a critiqué le projet sans se limiter à l'examen de savoir s'il était acceptable dans le site en question. Il ressort d'ailleurs du rapport de la CCUA que son appréciation relève de la complète opportunité. Faute d'avoir donné à la commission des instructions en ce sens, la cour cantonale devait procéder à une appréciation distincte de celle de la commission, tenant compte de son propre pouvoir d'examen et des limites de celui-ci. Or, pour les motifs dégagés par la CCUA, la cour cantonale a simplement constaté que le projet était critiquable du point de vue de son intégration.
Ainsi, il n'apparaît pas, à la lecture de l'arrêt attaqué, que le projet serait affecté de défauts tels qu'il ne pourrait être admis. Les constructions prévues respectent le règlement communal. Celui-ci n'impose pas d'orientation précise des bâtiments et laisse précisément une importante marge d'appréciation à la municipalité à cet égard. Le rapport de la CCUA relève au demeurant que la topographie des lieux est complexe et que la courbure du terrain varie. Il ressort de plus de manière constante du dossier que le site ne présente pas de caractéristiques qui mériteraient une protection particulière, mais est au contraire composé de constructions peu homogènes et sans valeur spéciale. L'arrêt ne fait pas non plus état de circonstances que la commune aurait omis de prendre en considération. Pareille lacune semble plutôt être le fait de l'appréciation de la CCUA et de la cour cantonale, lorsqu'elles dénient toute pertinence aux intérêts, tant privés des constructrices que publics, à la construction de logements à coûts raisonnables. Ainsi, en indiquant que des solutions alternatives intermédiaires à un parking souterrain pourraient être étudiées, les premiers juges écartent la variante retenue sans pour autant constater qu'elle serait insoutenable. En définitive, si l'esthétique du projet peut déplaire, il n'apparaît pas que celui-ci heurte des intérêts prépondérants et soit inconcevable dans le site en question.
3.4. Dans ces circonstances, il faut constater que la cour cantonale a outrepassé son pouvoir d'examen: elle a substitué à l'appréciation de la commune celle de la commission cantonale, laquelle s'est en réalité exprimée en pleine opportunité sur le projet, sans nuancer sa critique; la cour cantonale est ainsi intervenue de manière arbitraire dans l'évaluation que la commune a opérée de l'esthétique du projet de construction.
4.
Il résulte de ce qui précède que le recours de la commune de Sainte-Croix doit être admis. Il en va de même du recours de B._ SA et consorts, qui ont pris les mêmes conclusions. L'arrêt de la cour cantonale doit dès lors être annulé et la cause renvoyée à cette autorité pour qu'elle statue sur les aspects du litige qui ont été laissés indécis. Le recours de l'opposante, dirigé contre les dépens qui lui ont été alloués dans l'arrêt cantonal, devient dès lors sans objet.
L'opposante, qui succombe, supportera les frais de la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 66 al. 1 LTF). Elle versera en outre des dépens aux constructrices, qui obtiennent gain de cause avec l'aide d'un avocat (art. 68 al. 1 LTF). La Commune de Sainte-Croix, qui a agi dans l'exercice de ses attributions officielles, n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 1C_849/2013, 1C_853/2013 et 1C_855/2013 sont jointes.
2.
Les recours de B._ SA et consorts (1C_853/2013) ainsi que de la Commune de Sainte-Croix (1C_855/2013) sont admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, pour nouvelle décision.
3.
Le recours d'A._ est sans objet.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge d'A._.
5.
A._ versera à B._ SA et consorts la somme de 2'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 24 février 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Sidi-Ali