(superprovisorische Beweismassnahmen), hat sich ergeben:
A.- Der Verein Selbstregulierungsorganisation der Finanzfachleute (im Folgenden: SRO-FIFA) ersuchte mit Eingabe vom 12. März 1999 um Anerkennung als Selbstregulierungsorganisation gemäss Art. 24 ff. des Bundesgesetzes vom 10. Oktober 1997 zur Bekämpfung der Geldwäscherei im Finanzsektor (Geldwäschereigesetz, GwG; SR 955. 0). Im Rahmen einer Rechtsverzögerungs- und Aufsichtsbeschwerde machte der SRO-FIFA in der Folge Befangenheit des Leiters der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei (im Folgenden: Kontrollstelle), Niklaus Huber, geltend. Das Eidgenössische Finanzdepartement hiess am 1. Februar 2000 das Ausstandsbegehren gut. Es ordnete an, über den Anerkennungsantrag des SRO-FIFA habe die dem Leiter der Kontrollstelle vorgesetzte Instanz, der Direktor der Eidgenössischen Finanzverwaltung, zu entscheiden, wobei die Instruktion durch eine vom Ausstand nicht betroffene Person der Kontrollstelle erfolgen müsse.
B.- Mit Entscheid vom 31. März 2000 verweigerte der Direktor der Eidgenössischen Finanzverwaltung dem SRO-FIFA die begehrte Anerkennung als Selbstregulierungsorganisation.
Dagegen reichte der SRO-FIFA am 3. Mai 2000 Beschwerde beim Eidgenössischen Finanzdepartement ein. Er brachte unter anderem vor, es bestehe der begründete Verdacht, der Leiter der Kontrollstelle habe den Nichtanerkennungsentscheid verfasst.
Im Hinblick darauf beantragte der SRO-FIFA Folgendes:
"In verfahrensrechtlicher Hinsicht sei superprovisorisch,
ohne vorgängige Ankündigung die EDV-Anlage
der Kontrollstelle dahingehend zu untersuchen, ob
Herr Niklaus Huber die Verfügung verfasst hat"
Mit Zwischenverfügung vom 23. Mai 2000 wies das Eidgenössische Finanzdepartement diesen Antrag ab.
C.- Der SRO-FIFA hat am 5. Juni 2000 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag:
"Es sei die Zwischenverfügung des Eidgenössischen
Finanzdepartementes vom 23. Mai 2000 aufzuheben und
das Finanzdepartement anzuweisen, die vorsorgliche
Beweissicherung sofort vorzunehmen.. "
D.- Das Eidgenössische Finanzdepartement schliesst auf Nichteintreten, eventualiter Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gemäss Art. 101 lit. a OG (e contrario) sind Zwischenverfügungen nur dann selbständig mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbar, wenn dieses Rechtsmittel auch gegen den Endentscheid offen steht. Diese Voraussetzung ist im vorliegenden Fall mit Blick auf <ref-law>, Art. 98 lit. b OG erfüllt; ein Ausnahmetatbestand gemäss Art. 99 ff. OG liegt nicht vor.
b) Weiter ist erforderlich, dass die Zwischenverfügung einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 97 OG in Verbindung mit Art. 5 und Art. 45 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren, Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG; SR 172. 021).
aa) Selbständig anfechtbar sind namentlich Verfügungen über die Ablehnung von Beweisanerbieten und vorsorgliche Massnahmen (Art. 45 Abs. 2 lit. f und g VwVG). Auch bei den in <ref-law> als selbständig anfechtbar bezeichneten Zwischenverfügungen gilt jedoch grundsätzlich als Voraussetzung der Zulässigkeit einer Beschwerde, dass der Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erleiden muss (<ref-ruling> E. 2a S. 619, mit Hinweis).
Als solcher gilt nicht nur ein Schaden, der auch durch einen für den Beschwerdeführer in der Hauptsache günstigen Endentscheid nicht behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 1c S. 355; <ref-ruling> E. 1a S. 416). Der Nachteil braucht nicht rechtlicher Natur zu sein, vielmehr genügt bereits ein tatsächliches schutzwürdiges Interesse an der sofortigen Aufhebung oder Abänderung der Zwischenverfügung.
Die Anfechtung einer Zwischenverfügung ist auch möglich aus wirtschaftlichen Interessen, sofern die Beschwerdeerhebung nicht lediglich zur Verhinderung einer Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens erfolgt (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 620; <ref-ruling> E. 1c S. 100, je mit Hinweis). Nach ständiger Rechtsprechung sind vorinstanzliche Entscheide, mit welchen Beweisanerbieten abgelehnt werden, in der Regel nicht geeignet, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zu bewirken, es sei denn, dass die Beweismittel gefährdet sind und erhebliche, bisher noch nicht abgeklärte Tatsachen betreffen (<ref-ruling> E. 4 S. 286 f.; Urteil des Bundesgerichts vom 17. Oktober 1975, publiziert in RSKV 1975 Nr. 232 S. 198 E. 1).
bb) Dem Beschwerdeführer geht es darum nachzuweisen, dass der in Ausstand versetzte Leiter der Kontrollstelle an der Abfassung des Nichtanerkennungsentscheids vom 31. März 2000 mitgewirkt habe, was zu dessen Nichtigkeit bzw. Anfechtbarkeit führen würde. Der Beschwerdeführer bringt hierzu vor, nur eine sofortige Untersuchung bezüglich der Benutzung des Computers gebe darüber Aufschluss; mit den Datenspuren könne festgestellt werden, wer die Daten bearbeitet habe; da der Beweis gelöscht werden könne, bestehe die Gefahr, dass die Beweiserhebung erheblich erschwert werde. Das Eidgenössische Finanzdepartement wendet dagegen ein, die Frage, ob der Leiter der Kontrollstelle Verfasser des angefochtenen Nichtanerkennungsentscheids sei und damit die Ausstandspflicht missachtet habe, könne auch ohne Durchführung der geforderten superprovisorischen Massnahme genügend geklärt werden. Es weist dafür auf die Möglichkeit von Stellungnahmen der Kontrollstelle und des Direktors der Eidgenössischen Finanzverwaltung hin. Im Bedarfsfalle lasse sich auch in einem späteren Zeitpunkt computertechnisch nachweisen, wer ein Dokument verfasst oder geändert habe.
Nach einer Aktennotiz des Eidgenössischen Finanzdepartementes wird zu jedem im betreffenden EDV-System angelegten Dokument eine History erstellt, die Auskunft darüber gibt, welcher Sachbearbeiter wann ein Dokument geöffnet, korrigiert oder gedruckt hat. Die History könne über lange Zeit, zu einem Dokument vom März 2000 noch in den nächsten Jahren zurückverfolgt werden. Der jeweilige Sachbearbeiter könne die History nicht manipulieren. Allerdings werde durch die Löschung eines Dokumentes auch die History gelöscht.
cc) Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ist ein nicht wieder gutzumachender Nachteil nicht schon stets dann gegeben, wenn eine beantragte vorsorgliche Beweissicherung nicht vorgenommen wird. Die abstrakte Möglichkeit, dass ein Beweismittel verloren gehen kann, genügt für die Annahme eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils nicht. Es muss vielmehr eine konkrete Gefahr für den Bestand bzw. die Erreichbarkeit des Beweismittels existieren. In diesem Sinne ist eine solche Gefährdung etwa bei einem Zeugen dann anzunehmen, wenn dieser sterbenskrank ist oder dessen endgültige Abreise in ein fernes Land, wo dessen Aufenthalt nur schwer ermittelbar ist, bevorsteht. Hiervon ausgehend begründet die theoretische Möglichkeit, ein Dokument und damit auch dessen History könne gelöscht werden, alleine keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil. Erst recht würde eine blosse (unbelegte) Behauptung, es habe eine befangene Person am streitigen Entscheid teilgenommen, nicht genügen. Zur Bejahung eines Nachteils im Sinne des <ref-law> müssen weitere Umstände hinzukommen, was vorliegend der Fall ist: Der Beschwerdeführer rügt, der Leiter der Kontrollstelle habe den Nichtanerkennungsentscheid vom 31. März 2000 verfasst.
Dieser wurde unstreitig auf der EDV-Anlage der Kontrollstelle redigiert, bevor er dem Direktor der Eidgenössischen Finanzverwaltung vorgelegt wurde. Der Leiter der Kontrollstelle war bereits mit Verfügung vom 1. Februar 2000 wegen Befangenheit in den Ausstand versetzt worden. In dem in der Basler Zeitung am 6. April 2000 publizierten Artikel heisst es dann aber, er (der Leiter der Kontrollstelle) habe entschieden, dass der Beschwerdeführer die gesetzlichen Vorgaben für eine Anerkennung als Selbstregulierungsorganisation nicht erfülle. Hiegegen wendet das Eidgenössische Finanzdepartement zwar ein, aus dieser Passage könne keineswegs abgeleitet werden, der Leiter der Kontrollstelle habe selber entschieden; gegenüber den Medien würde die Kontrollstelle durch ihren Leiter repräsentiert. Nachdem der Zeitungsartikel jedoch auf der Grundlage eines vom Leiter der Kontrollstelle selber abgegebenen Interviews abgefasst wurde, können etwaige wiedergegebene unpräzise bzw. missverständliche Äusserungen, die nicht offensichtlich falsch sind, nicht zu Lasten des Beschwerdeführers gehen; vielmehr muss sich die Behörde diese Pressewiedergabe unter den gegebenen Umständen zurechnen lassen. Sodann mag zwar eine Manipulation der History durch ein Mitglied der Kontrollstelle ausgeschlossen sein. Nicht von der Hand zu weisen ist jedoch die Gefahr, dass das Dokument bei vorheriger Anhörung der Kontrollstelle dort gelöscht würde, wenn der Verdacht des Beschwerdeführers zuträfe. Auch sind die verwaltungsinternen Modalitäten, in welchem Turnus bzw. nach welchen Massgaben Dokumente bei der Kontrollstelle gelöscht werden, ungewiss.
Das streitige Beweismittel betrifft eine entscheidungserhebliche, bisher noch nicht abgeklärte Tatsache. Dass das Eidgenössische Finanzdepartement im Beschwerdeverfahren bezüglich der Anerkennung des Beschwerdeführers als Selbstregulierungsorganisation volle Kognition hat und mit freiem Ermessen entscheiden kann, rechtfertigt es nicht, die vorliegende Beweisfrage offen zu lassen. Sollte sich nämlich herausstellen, dass der Entscheid vom 31. März 2000 entgegen der Ausstandsverfügung unter Mitwirkung des Leiters der Kontrollstelle zustande gekommen ist, hätte die Beschwerdeinstanz daraus entsprechende Folgerungen zu ziehen. Insbesondere müsste sie die im Rahmen der Untersuchungen von der Kontrollstelle getroffenen Einschätzungen in einem anderen Licht würdigen und gegebenenfalls den Sachverhalt durch nicht befangene Personen neu ermitteln.
Dass möglicherweise andere Beweismittel zur Verfügung stehen, ist hier nicht entscheidend. Von <ref-law> ausgehend hat eine Behörde die ihr von einer beweisbelasteten Partei angebotenen Beweise abzunehmen, wenn diese zur Abklärung des Sachverhalts tauglich erscheinen. Droht ein solches Beweismittel verloren zu gehen, darf sie nicht auf etwaige andere Beweismöglichkeiten verweisen. Das Eidgenössische Finanzdepartement führt zwar gewisse Zweifel an, ob mit der Überprüfung der EDV-Anlage der Beweis sicher geführt werden könne; offensichtlich untauglich ist dieses Beweismittel jedoch nicht.
dd) Auch wenn es sich vorliegend um einen Grenzfall handeln mag, so ist nach dem Gesagten von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne des <ref-law> auszugehen. Ob das Eidgenössische Finanzdepartement trotzdem aus anderen Gründen von der superprovisorischen Erhebung des Beweises absehen durfte, ist eine Frage die erst im Rahmen der Begründetheit der Beschwerde zu prüfen ist.
c) Der Beschwerdeführer ist als Betroffener zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Nachdem er die bei Zwischenverfügungen zehn Tage betragende Frist (Art. 106 und Art. 32 OG in Verbindung mit Art. 1 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1963 über den Fristenlauf an Samstagen, SR 173. 110.3) eingehalten hat, ist auf die formgerechte Beschwerde einzutreten.
2.- a) Gemäss <ref-law> kann eine Beschwerdeinstanz nach Einreichung einer Beschwerde von Amtes wegen oder auf Begehren einer Partei vorsorgliche Massnahmen ergreifen, um einen tatsächlichen oder rechtlichen Zustand einstweilen unverändert zu erhalten. Nähere Angaben dazu enthalten die Bestimmungen des Verwaltungsverfahrensgesetzes allerdings nicht. Vorsorgliche Massnahmen bezwecken, einen umfassenden und effektiven Rechtsschutz zu gewährleisten; sie sollen eigenmächtige Veränderungen der Sach- und Rechtslage verhindern und so die angestrebte tatsächliche Überprüfung von Rechtsverhältnissen sicherstellen (Thomas Merkli/ArthurAeschlimann/Ruth Herzog, Kommentar zum Gesetz vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern, 1997, Art. 27 N. 1; Gerold Steinmann, Vorläufiger Rechtsschutz im Verwaltungsbeschwerdeverfahren und im Verwaltungsgerichtsverfahren, ZBl 94/1993 S. 143). Sie tragen dem Zeitablauf eines Rechtsmittelverfahrens dort Rechnung, wo er sich zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für einen Beteiligten auswirken kann (Urteil des Bundesgerichts vom 6. März 1995, E. 6b, publiziert in Pra 85/1996 Nr. 11 S. 28, und in URP 1996 S. 233). Demnach sind irgendwelche diesem Zweck dienende Massnahmen denkbar (Steinmann, a.a.O.). Von <ref-law> werden daher auch vorläufige Beweissicherungsmassnahmen erfasst (vgl. <ref-law>; Merkli/Aeschlimann/Herzog, a.a.O., Art. 27 N. 6).
b) Das Verwaltungsverfahrensgesetz legt nicht näher fest, unter welchen Voraussetzungen solche Massnahmen zu treffen sind. Damit ein Beteiligter einen Anspruch auf vorläufigen Rechtsschutz geltend machen kann, muss ihm entsprechend der erwähnten Zielsetzung ein nicht oder zumindest schwer wieder gutzumachender Nachteil drohen (vgl. <ref-law>; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl. 1998, S. 121, N. 334). Dies hat er glaubhaft zu machen, nachdem über einstweiligen Rechtsschutz in der Regel ohne weitere Beweiserhebungen - aufgrund der Akten - entschieden wird (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 191; <ref-ruling> E. 2a S. 116).
Es genügt, wenn der Nachteil aufgrund summarischer Prüfung als wahrscheinlich erscheint, die Möglichkeit einer Fehlannahme aber nicht ausgeschlossen werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 364; <ref-ruling> E. 2a S. 72; Merkli/Aeschlimann/Herzog, a.a.O., Art. 27 N. 3). Unter Hinweis auf die Ausführungen in E. 1b ist diese Voraussetzung hier erfüllt.
c) Da den Interessen am Erlass vorsorglicher Massnahmen andere private oder öffentliche Interessen gegenüber- stehen können, ist über das Durchführen vorsorglicher Massnahmen aufgrund einer Interessenabwägung und unter Beachtung des Verhältnismässigkeitsprinzips zu entscheiden (vgl. nicht publiziertes Urteil des Bundesgerichts vom 9. Juni 1997 i.S. G., E. 2a; Merkli/Aeschlimann/Herzog, a.a.O., Art. 27 N. 12). Zwar verfügt die Behörde dabei prinzipiell über einen Ermessensspielraum (erwähntes Urteil vom 9. Juni 1997, E. 2a). Der Entscheid steht damit jedoch nicht in ihrem Belieben (vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 68; Merkli/Aeschlimann/ Herzog, a.a.O., Art. 27 N. 2). Vielmehr hat die Behörde die betroffenen Interessen sorgfältig gegeneinander abzuwägen.
Das Bundesgericht prüft in diesem Zusammenhang unter anderem, ob auf unerhebliche Umstände abgestellt oder entscheidende nicht berücksichtigt wurden (<ref-ruling> E. 5a S. 68).
aa) Die Beweislast für die Behauptung, der Leiter der Kontrollstelle habe seine Ausstandspflicht verletzt, trägt (grundsätzlich) der Beschwerdeführer. Als Pendant dazu gehört der aus <ref-law> (vgl. Art. 4 aBV) abgeleitete bundesrechtliche Anspruch auf Abnahme von rechtzeitig und formgültig angebotenen sowie erheblichen Beweisen (vgl.
BGE <ref-ruling> E. 4b S. 268 f., mit Hinweis; <ref-ruling> E. a S. 210). Auf ein beantragtes Beweismittel kann daher nur unter strengen Voraussetzungen verzichtet werden. Das ist der Fall, wenn der Sachverhalt, den eine Partei beweisen will, nicht rechtserheblich ist, wenn bereits Feststehendes bewiesen werden soll, wenn von vornherein gewiss ist, dass der angebotene Beweis keine Klärung herbeizuführen vermag, oder wenn die Behörde den Sachverhalt gestützt auf ihre eigene Sachkenntnis zu würdigen im Stande ist (BGE <ref-ruling> E. a S. 210 f., mit Hinweisen). Der Verzicht auf die Durchführung beantragter Beweismassnahmen ist auch zulässig, wenn die Behörde aufgrund bereits abgenommener Beweise oder gestützt auf die Aktenlage ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass diese Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht mehr geändert würde (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 223 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 269, je mit Hinweis).
Der mit dem gestellten Beweisantrag nachzuweisende Sachverhalt ist vorliegend rechtserheblich, das Beweismittel ist tauglich (vgl. auch E. 1b/cc). Das Eidgenössische Finanzdepartement ist allerdings der Meinung, dass sich die Frage der Autorenschaft der Nichtanerkennungsverfügung vom 31. März 2000 auf andere Weise ebenso wirksam klären lasse.
Dafür weist es in erster Linie auf eine im Hauptverfahren noch durchzuführende Befragung einer Mitarbeiterin der Kontrollstelle hin. Diese Annahme des Departementes kann zwar zutreffen. Nachdem es jene anderen Beweismittel jedoch nicht (vollständig) abgenommen hat und sich auf deren Grundlage daher auch nicht in willkürfreier Weise eine Überzeugung bilden konnte, muss es als verfehlt angesehen werden, bereits im jetzigen Stadium über den Verzicht auf ein potentiell geeignetes Beweismittel zu befinden. Erst das Ergebnis der Abnahme von Beweisen kann Aufschluss darüber geben, ob auf weitere Beweisangebote verzichtet werden kann. In diesem Zusammenhang ist zu beachten, dass der schriftlichen Stellungnahme des Direktors der Eidgenössischen Finanzverwaltung vom 23. Mai 2000 nichts Definitives zu entnehmen ist, ob der Leiter der Kontrollstelle an dem Nichtanerkennungsentscheid mitgewirkt hat oder nicht. Hiervon geht augenscheinlich auch das Departement aus, wenn es auf die noch ausstehende Befragung einer Mitarbeiterin der Kontrollstelle hinweist. Im Wege antizipierter Beweiswürdigung kann das Departement somit im Rahmen der angefochtenen Zwischenverfügung nicht auf das streitige Beweisanerbieten verzichten.
bb) Eine Beschränkung auf die in Art. 25 Abs. 2 OG vorgesehenen Beweismittel kommt nicht in Betracht. Abgesehen davon, dass diese Bestimmung jedenfalls nicht unmittelbar auf das Verfahren vor dem Eidgenössischen Finanzdepartement anwendbar ist und das Verwaltungsverfahrensgesetz keine derartigen Restriktionen vorsieht, geht es vorliegend nicht um die Begründung eines Ausstandsbegehrens, sondern darum ob gegen einen bereits verfügten Ausstand verstossen wurde.
cc) Wie das Eidgenössische Finanzdepartement zwar richtig bemerkt, sind superprovisorische Massnahmen grundsätzlich zurückhaltend zu handhaben, da sie ohne Anhörung der hierdurch betroffenen Beteiligten ergehen. Auf den konkreten Sachverhalt bezogen, ist das Departement der Ansicht, die Ergreifung einer Massnahme sei nicht ohne vorherige Gewährung des rechtlichen Gehörs gerechtfertigt. Damit meint es, die Kontrollstelle müsse vor einer etwaigen Überprüfung der EDV-Anlage auf jeden Fall Gelegenheit zur Äusserung erhalten.
Dies widerspräche aber zum einen dem Ziel, durch eine superprovisorische Massnahme einer möglichen Löschung des Dokumentes und damit der History zuvorzukommen. Dazu sei auf die Erwägungen zum nicht wieder gutzumachenden Nachteil verwiesen (vgl. E. 1b/cc). Zum anderen ist zumindest fraglich, ob sich die Kontrollstelle als Teil der eidgenössischen Verwaltung im vorliegenden Verfahren auf das rechtliche Gehör als Individualrecht berufen kann (vgl. statt aller MicheleAlbertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Diss.
Bern 2000, S. 140). Ausserdem wurde der Direktor der Eidgenössischen Finanzverwaltung, der die Kontrollstelle untersteht, bereits angehört. Schliesslich geht es auch nicht um private Daten bestimmter Mitarbeiter der Kontrollstelle, sondern nur darum, ob ihr Leiter auf einem vom Staat zur Verfügung gestellten Arbeitsinstrument die ihm auferlegte Ausstandspflicht verletzt hat, und damit um Daten im Verfahren des Beschwerdeführers. Folglich kann hier nicht die vorherige Anhörung der Mitarbeiter der Kontrollstelle zur Voraussetzung für die Überprüfung des Computers gemacht werden.
dd) Alsdann ist zu berücksichtigen, dass die streitige Beweismassnahme wertneutral ist; sie bedeutet nicht eine etwaige Vorbelastung oder Vorverurteilung; sie kann sowohl den Vorwurf bestätigen als auch entkräften. Der Aufwand und die Beeinträchtigungen, die bei den Behörden durch die begehrte superprovisorische Massnahme hervorgerufen werden, sind gering. Sie werden bei weitem durch den Gehörsanspruch des Beschwerdeführers (vgl. E. 2c/aa), das erhebliche Interesse an der Erforschung der Wahrheit und die verfassungsrechtliche Garantie auf einen Entscheid durch eine unparteiische und unvoreingenommene Verwaltungsbehörde (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 465; <ref-ruling> E. 2a S. 410) aufgewogen. Den beiden letzten Gesichtspunkten kommt im empfindlichen Bereich des Geldwäschereigesetzes besonderes Gewicht zu. Andere Interessen, welche der superprovisorischen Massnahme entgegenstehen, sind nicht ersichtlich. Damit fällt die Interessenabwägung zugunsten des Beschwerdeführers aus und die superprovisorische Überprüfung der EDV-Anlage erweist sich als einzige ermessensrichtige Entscheidung.
d) Nach dem Gesagten ist ein Anspruch des Beschwerdeführers auf Durchführung der begehrten Massnahme gegeben.
Die Zwischenverfügung des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 23. Mai 2000 ist demnach rechtswidrig. Von Art. 114 Abs. 2 OG ausgehend ist sie aufzuheben und das Eidgenössische Finanzdepartement anzuweisen, die vorsorgliche Beweissicherung durch Überprüfung der EDV-Anlage der Kontrollstelle sofort vorzunehmen.
3.- Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG). Das Eidgenössische Finanzdepartement hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 OG).
Ungeachtet des Ausgangs des Anerkennungsverfahrens in der Hauptsache ist der Beschwerdeführer vorliegend (jedenfalls noch) nicht als eine mit öffentlichrechtlichen Aufgaben betraute Organisation im Sinne des Art. 159 Abs. 2 OG anzusehen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, und die Zwischenverfügung des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 23. Mai 2000 wird aufgehoben.
b) Das Eidgenössische Finanzdepartement wird angewiesen, sofort und ohne vorgängige Ankündigung die EDV-Anlage der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei dahingehend zu untersuchen, ob Niklaus Huber die Verfügung der Eidgenössischen Finanzverwaltung vom 31. März 2000, Az. A11/2000/1, verfasst hat.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Das Eidgenössische Finanzdepartement hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Eidgenössischen Finanzdepartement schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 10. November 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: