Sachverhalt:
A. X._ wird vorgeworfen, an seiner Stieftochter über einen Zeitraum von 2 1⁄2 Jahren unzählige Male sexuelle Handlungen vorgenommen zu haben. Die ihm zur Last gelegten Übergriffe reichen vom Anfassen der Scheide über orale Praktiken und Onanie bis hin zum mehrmaligen Geschlechtsverkehr. Seine Stieftochter stand zu Beginn der sexuellen Handlungen kurz vor ihrem zwölften Geburtstag.
B. Das Bezirksgericht Baden sprach X._ am 13. September 2007 schuldig der mehrfachen sexuellen Handlung mit einem Kind im Sinne von <ref-law> (Dispositiv-Ziffer 1) und verurteilte ihn hierfür in Anwendung von <ref-law> zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren (Dispositiv-Ziffer 2). Ferner beurteilte es die Zivilforderungen der Privatklägerschaft (Dispositiv-Ziffer 3).
C. Gegen dieses Urteil erhoben X._ und die Geschädigte - beschränkt auf den Straf- und den Zivilpunkt - Berufung bzw. Anschlussberufung, welche das Obergericht des Kantons Aargau am 16. September 2008 im Berufungsverfahren teilweise guthiess bzw. abwies. In Aufhebung und Neufassung der Dispositiv-Ziffern 1 und 2 des vorinstanzlichen Urteils hielt es fest, dass X._ der mehrfachen sexuellen Handlung mit einem Kind im Sinne von Art. 187 Ziff. 1 aStGB schuldig zu sprechen und in Anwendung von Art. 63 ff. aStGB mit einer Zuchthausstrafe von vier Jahren zu bestrafen sei. Die obergerichtlichen Verfahrenskosten von insgesamt Fr. 2'112.-- auferlegte es zu zwei Dritteln X._und zu einem Drittel der Geschädigten.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, er sei wegen mehrfacher sexueller Handlung mit einem Kind in Anwendung des neuen Rechts zu einer im Umfang von sechs Monaten vollziehbaren Freiheitsstrafe von maximal drei Jahren bei einer Probezeit von fünf Jahren zu verurteilen. Die Verfahrenskosten vor Obergericht seien im Falle der Gutheissung der Beschwerde neu zu verlegen. Eventuell sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die vorliegende Sache ans Obergericht zur neuen Beurteilung zurückzuweisen.
E. Vernehmlassungen wurde keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Die vorliegende Beschwerde richtet sich ausschliesslich gegen die Strafzumessung.
1. Die vorliegende Beschwerde richtet sich ausschliesslich gegen die Strafzumessung.
1.1 1.1.1 Der Beschwerdeführer rügt vorab, die Vorinstanz habe sein Verhalten zu Unrecht nicht als aufrichtige Reue im Sinne von Art. 64 Abs. 7 aStGB bzw. <ref-law> beurteilt und die Strafe nicht entsprechend gemildert. Seine Selbstanzeige bei der Polizei zeuge von einer erheblichen Einsicht, auch wenn in deren Zeitpunkt das Vorliegen allfälliger Straftaten bereits nach aussen gedrungen sei. Überdies sei er, abgesehen von kleineren und insoweit belanglosen Widersprüchen in seinen Aussagen, vollumfänglich geständig gewesen, habe sich während des gesamten Verfahrens kooperativ gezeigt und sich aus freien Stücken einer Therapie unterzogen. Von Anfang an habe er sich auch um Wiedergutmachung bemüht. Er kümmere sich um seine ausserhalb des Haushalts lebende Stieftochter, soweit das überhaupt erwünscht sei, und komme für ihren Unterhalt auf, insbesondere was Miet-, Krankenkassen- und Schulkosten anbelange. Seine Leistungen gingen weit über die in <ref-law> statuierte Unterstützungspflicht gegenüber vorehelichen Kindern des Ehegatten hinaus und seien mithin aussergewöhnlich.
1.1.2 Der Strafmilderungsgrund der aufrichtigen Reue im Sinne von Art. 64 Abs. 7 aStGB, der mit <ref-law> unverändert in das neue Recht überführt wurde, kommt zur Anwendung, wenn der Täter aufrichtige Reue betätigt, namentlich den Schaden, soweit es ihm zuzumuten war, ersetzt hat. Die Strafmilderung wegen aufrichtiger Reue betrifft das Verhalten des Täters nach der Tat. Das Gesetz verlangt eine besondere Anstrengung seitens des Fehlbaren, die er freiwillig und uneigennützig, weder nur vorübergehend noch allein unter dem Druck des drohenden oder hängigen Strafverfahrens, zu erbringen hat. Er muss Einschränkungen auf sich nehmen und alles daran setzen, das geschehene Unrecht wiedergutzumachen bzw. auszugleichen. Aufrichtige Reue setzt voraus, dass der Täter die Schwere seiner Verfehlung einsieht und die Tat gesteht. Leugnen wirkt sich hier stets negativ aus. Selbst ein späteres (Teil)-Geständnis kann nicht mehr als aufrichtige Reue im Sinne einer Strafmilderung anerkannt werden (vgl. <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2; TRECHSEL/AFFOLTER-EIJSTEN, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, Art. 48 N. 19 und 20; WIPRÄCHTIGER, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl., 2007, Art. 48 N. 28 und 29).
1.1.3 Die Vorinstanz hat vorliegend eine Strafmilderung als Ausfluss aufrichtiger Reue abgelehnt. Wohl hat sie nicht übersehen, dass sich der Beschwerdeführer bei der Polizei selber angezeigt hat. Sie führt hierzu im angefochtenen Entscheid jedoch relativierend aus, dass sich der Beschwerdeführer nicht unabhängig und aus eigenem Antrieb der Polizei gestellt hat, zumal das Verfahren im Zeitpunkt der Selbstanzeige bereits eingeleitet worden war und der Beschwerdeführer - nach den insoweit unangefochten gebliebenen Feststellungen der Vorins-tanz - davon zumindest in den Grundzügen Kenntnis hatte. Mit seiner Anzeige sei er deshalb lediglich entsprechend zu erwartenden Verfahrensschritten zuvor gekommen. Unter diesen Umständen hat die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen dürfen, dass in der Selbstanzeige des Beschwerdeführers keine aufrichtige Reue im Sinne von Art. 64 Abs. 7 aStGB (bzw. von <ref-law>) zu erkennen ist.
Ebenso zutreffend ist die Vorinstanz zum Schluss gelangt, dass auch das weitere Verhalten des Beschwerdeführers im Verfahren nicht strafmildernd zu berücksichtigen ist. Zwar hat sich dieser - worauf im angefochtenen Entscheid hingewiesen wird - insoweit kooperativ und geständig verhalten, als er die Vornahme von sexuellen Handlungen an der Geschädigten zugegeben hat. Er hat seine Taten jedoch massiv verharmlost. So hat er die gravierendsten Übergriffe - den Vaginalverkehr - bis zuletzt abgestritten, der Geschädigten im Ermittlungsverfahren und im Verfahren vor der ersten Instanz eine Mitverantwortung zuzuschieben versucht, indem er geltend gemacht hat, sie habe die sexuellen Handlungen provoziert und gewollt, und überdies vorgebracht, es sei lediglich zu ungefähr zwei bis fünf nächtlichen Übergriffen gekommen, wiewohl er die Geschädigte während der gut 2 1⁄2 Jahre dauernden Delinquenz unzählige Male nachts in ihrem Schlafzimmer aufgesucht und sexuell missbraucht hat. Wenn die Vorinstanz unter diesen Umständen eine ausserordentliche Kooperation bzw. eine vollumfängliche Geständigkeit des Beschwerdeführers verneint und ihm namentlich gestützt auf sein Aussageverhalten eine weitergehende Einsicht in die Schwere seiner Taten und damit aufrichtige Reue abspricht, ist das bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
Namentlich in Anbetracht der grundsätzlich fehlenden Reue und Einsicht in die Schwere seiner Verfehlung im geschilderten Sinn vermag sich deshalb nach zutreffender Ansicht der Vorinstanz von vornherein nicht strafmildernd auszuwirken, dass sich der Beschwerdeführer freiwillig in eine psychotherapeutische Therapie begeben hat und er sich nach seinen Angaben weiterhin um die Geschädigte, insbesondere in finanzieller Hinsicht, kümmert. Im Übrigen reichte dieses Verhalten für sich genommen (noch) nicht aus, um als eine unter Einschränkungen erbrachte, besondere Anstrengung des Beschwerdeführers im Sinne aufrichtiger Reue bezeichnet werden zu können. Denn zum Einen ist er als Stiefvater der Geschädigten zivilrechtlich ohnehin dazu verpflichtet, seiner Ehegattin bzw. der Mutter der Geschädigten bei der Erfüllung der Unterhaltspflicht gegenüber der Letzteren beizustehen (<ref-law>), wobei ihn entgegen seiner Ansicht nicht entlastet, dass die Geschädigte ausserhalb der Hausgemeinschaft lebt, zumal diese als Folge seiner sexuellen Handlungen fremdplaziert werden musste (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 16 und 19). Zum Anderen ist nicht ersichtlich, und macht der Beschwerdeführer im Übrigen auch nicht geltend, dass er das ihm Zumutbare getan hat, um der Geschädigten die seelische Aufarbeitung des erlittenen Traumas zu ermöglichen. Es verletzt mithin kein Bundesrecht, dass die Vorinstanz eine Strafmilderung wegen aufrichtiger Reue nicht vorgenommen hat.
1.2 Der Beschwerdeführer kritisiert alsdann, die Vorinstanz habe diverse Strafzumessungsfaktoren gar nicht oder nur ungenügend gewichtet. Er beantragt eine teilbedingte, im Umfang von sechs Monaten vollziehbare Freiheitsstrafe von maximal drei Jahren.
1.2.1 Der Richter misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu; er berücksichtigt die Beweggründe, das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse des Schuldigen (Art. 63 aStGB). Das Bundesgericht hat die Strafzumessungsgrundsätze und die an sie gestellten Anforderungen wiederholt dargelegt. Darauf kann hier verwiesen werden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f.; <ref-ruling> E. 6.1 S. 20 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 105, je mit Hinweisen).
1.2.2 Die Vorinstanz ist zutreffend von einem theoretisch erweiterten Strafrahmen (wegen Mehrfachbegehung) von drei Tagen Gefängnis bis siebeneinhalb Jahren Zuchthaus ausgegangen. Der obere Strafrahmen ist dabei nach altem und neuem Recht identisch (vgl. Art. 68 Abs. 1 aStGB, <ref-law>). Innerhalb dieses Strafrahmens hat sie die Strafzumessung nach Art. 63 aStGB vorgenommen. Unter Verweis auf die Ausführungen im erstinstanzlichen Urteil hat sie das objektive und subjektive Verschulden des Beschwerdeführers - insbesondere angesichts der Art und Intensität der sexuellen Übergriffe, des weit über zwei Jahre hinweg sich erstreckenden Deliktszeitraums, des krass egoistischen Motivs der eigenen Triebbefriedigung, des skrupellosen Missbrauchs des Vertrauensverhältnisses, der Drohung, die Geschädigte in die Dominikanische Republik zurückzuschicken, wenn die Polizei bzw. jemand anderes von seinen Taten erfahren sollte, sowie der Auswirkungen auf das Leben der Geschädigten - zu Recht als überaus schwer eingestuft und damit eine Strafe am oberen Rand bzw. zumindest im obersten Drittel des maximalen Strafrahmens in Betracht gezogen.
Diese (Einsatz-)Strafe hat die Vorinstanz - wenn auch in geringerem Ausmass als die erste Instanz - wegen der zwar gegebenen, nicht aber als umfassend zu bezeichnenden Kooperation, Einsicht und Reue des Beschwerdeführers gemindert. Davon, dass das insoweit als positiv beurteilte Verhalten des Beschwerdeführers, wozu im Übrigen auch die Umstände zu zählen sind, dass er sich freiwillig in eine Therapie begeben hat und die Geschädigte weiterhin finanziell unterstützt, nicht Eingang in die Strafzumessung gefunden haben sollte, kann mithin entgegen der Beschwerde nicht gesprochen werden. Ebenfalls zu dessen Gunsten sind die persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers bewertet worden. Seine Strafempfindlichkeit hat die Vorinstanz als mittelgradig erhöht eingestuft, weil die Verbüssung der Strafe dem Beschwerdeführer die Fortführung der selbständigen Erwerbstätigkeit (bis auf weiteres) verunmöglichen und der Familie grösstenteils die finanzielle Lebensgrundlage entziehen würde. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers wird seine Situation damit keineswegs bagatellisiert. Die Auswirkungen, die ihn treffen, sind zunächst die allgemeine und gesetzliche Folge des Vollzugs von längeren Freiheitsstrafen und können insoweit nicht bereits zu einer Strafminderung führen. Im Einzelfall ist aber die persönliche Situation zu prüfen, damit nicht der Einzelne wegen einer besonderen Strafempfindlichkeit durch die gleiche Sanktion ungleich schwerer getroffen wird. Die Vorinstanz hat diese Strafempfindlichkeit des Beschwerdeführers (Selbständigerwerbender und Familienvater, der mit seinem Einkommen die Familie ernährt) sorgfältig geprüft und ihr hinreichend Rechnung getragen. Zu einer stärkeren Berücksichtigung war sie nicht verpflichtet.
Damit hat die Vorinstanz den massgeblichen Strafzumessungskriterien bundesrechtskonform Rechnung getragen. Die Annahme eines sehr schweren Verschuldens ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Die ausgefällte Zuchthausstrafe von vier Jahren liegt angesichts der mehr als einen Drittel unterschrittenen maximalen Freiheitsstrafe im weiten Ermessen der Vorinstanz, und sie erscheint - auch wenn es sich um eine empfindliche Sanktion handelt - im Ergebnis nicht als übertrieben hart. Ausgehend von dieser Strafdauer hat die Vorinstanz zu Recht die Gewährung des teilbedingten Vollzugs ausgeschlossen und das neue Recht nicht als milder beurteilt. Dies, nachdem sie auch unter dem Gesichtspunkt spezialpräventiver Überlegungen ohne Bundesrechtsverletzung dargelegt hat, dass eine Freiheitsstrafe von drei Jahren, welche den teilbedingten Strafvollzug unter neuem Recht nach <ref-law> zuliesse, dem ausserordentlich schweren Verschulden des Beschwerdeführers nicht angemessen wäre, und er mithin auch unter neuem Recht in jedem Fall mit einer vierjährigen Freiheitsstrafe bestraft worden wäre. Bei diesem Ergebnis ist auf die weiteren Rechtsbegehren hinsichtlich einer teilbedingten Freiheitsstrafe nicht einzutreten.
2. Die angefochtene Entscheidung verletzt nach dem Gesagten kein Bundesrecht. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer trägt die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill