Erwägungen:
1.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, I. Abteilung, erhob am 3. April 2013 in der Strafuntersuchung gegen X._ Anklage beim Einzelrichter am Strafgericht des Kantons Zug. Die Staatsanwaltschaft beantragte, X._ sei der mehrfachen und der versuchten sexuellen Handlungen mit Kindern gemäss Art. 187 Ziff. 1 al. 1 StGB sowie der mehrfachen Schändung gemäss <ref-law> schuldig zu sprechen und dafür mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 23 Monaten sowie mit einer Busse von Fr. 3'300.-- zu bestrafen. Die Staatsanwaltschaft führte in der Anklageschrift sodann aus, der Sachverhalt betreffend Körperverletzung, Verbreiten menschlicher Krankheiten und Pornografie sei zwecks separater Beurteilung abgetrennt worden.
2.
Mit Schreiben vom 31. Mai 2013 liess X._ der Staatsanwaltschaft mitteilen, die Abtrennung dieser Sachverhalte zwecks separater Beurteilung verstosse gegen den Grundsatz der Verfahrenseinheit im Sinne von <ref-law>. Er beantrage deshalb, sämtliche drei nach Auffassung der Staatsanwaltschaft noch hängigen Verfahren unverzüglich einzustellen oder aber beim Strafgericht zur Anklage zu bringen. Die Staatsanwaltschaft teilte X._ am 12. Juni 2013 mit, sie sehe keine Veranlassung, den Tatvorwurf des Verbreitens menschlicher Krankheiten und der Körperverletzung vorab weiter zu prüfen oder gar einzustellen. Das Gebot der Verfahrensbeschleunigung lege nahe, den angeklagten Tatvorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern und der Schändung gesondert zur Anklage zu bringen. Ausserdem wirke der Verfahrensausgang betreffend sexuelle Handlungen mit Kindern und Schändung im Sinne einer beweisrelevanten Vorfrage für die Beurteilung des Vorwurfs des Verbreitens menschlicher Krankheiten und der Körperverletzung präjudizierend.
X._ beantragte am 17. Juni 2013 bei der Staatsanwaltschaft erneut die Einstellung des Verfahrens betreffend Körperverletzung und Verbreitung menschlicher Krankheiten. Sollte keine Einstellung erfolgen, handle es sich bei der Verfahrensabtrennung um einen staatsanwaltschaftlichen Entscheid, welcher in die Form einer beschwerdefähigen und begründeten Verfügung gekleidet werden müsse. Die Staatsanwaltschaft hielt mit Schreiben vom 18. Juni 2013 an ihren Ausführungen vom 12. Juni 2013 fest. Am 25. Juni 2013 ersuchte X._ im Zusammenhang mit der Abtrennung des Verfahrens erneut um Erlass einer beschwerdefähigen Verfügung. Die Staatsanwaltschaft kam diesem Ersuchen nicht nach und verwies mit Schreiben vom 2. Juli 2013 auf den bisherigen Schriftverkehr.
3.
X._ erhob am 15. Juli 2013 Rechtsverweigerungsbeschwerde und stellte u.a. den Antrag, die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, eine beschwerdefähige Verfügung zu erlassen. Das Obergericht des Kantons Zug wies mit Urteil vom 29. Oktober 2013 die Beschwerde ab. Es führte zusammenfassend aus, dass keine Rechtsverweigerung der Staatsanwaltschaft vorliege. Die Staatsanwaltschaft habe dem Beschwerdeführer mit Schreiben vom 12. Juni 2013 ihre Auffassung mitgeteilt. Dem Beschwerdeführer wäre es offen gestanden, innerhalb von 10 Tagen seit Kenntnis des Schreibens eine Beschwerde einzureichen.
4.
X._ führt mit Eingabe vom 2. Dezember 2013 Beschwerde in Strafsachen gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Zug vom 29. Oktober 2013. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
5.
Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht abschliesst.
5.1. Gemäss <ref-law> kann gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines anfechtbaren Entscheids Beschwerde geführt werden. <ref-law> bezieht sich auf Fälle, in denen der Entscheid, dessen Verweigerung oder Verzögerung geltend gemacht wird, unmittelbar beim Bundesgericht anfechtbar ist. Dieses Erfordernis ist vorliegend nicht erfüllt. Wenn sich die Weigerung einer Behörde, einen Entscheid zu treffen, aus einem formellen Entscheid ergibt, liegt ebenfalls keine Rechtsverweigerung oder -verzögerung im Sinne dieser Bestimmung vor, sondern ein nach Massgabe der einschlägigen Bestimmungen anfechtbarer Entscheid.
5.2. Daraus folgt, dass der vom Obergericht gefällte Zwischenentscheid nur nach Massgabe von <ref-law> angefochten werden kann. Der angefochtene Zwischenentscheid ist somit nur anfechtbar, falls er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt (<ref-law>) oder, was hier von vornherein nicht in Betracht fällt, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen kann und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart (<ref-law>).
5.3. Nach konstanter Rechtsprechung hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach <ref-law> erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 4 je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer äussert sich zu den Beschwerdevoraussetzungen gemäss <ref-law> überhaupt nicht. Er legt nicht dar, inwiefern ihm durch das angefochtene Urteil ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> drohen sollte; solches ist auch nicht ersichtlich. Auf die Beschwerde ist deshalb mangels einer hinreichenden Begründung nicht einzutreten.
6.
Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich aussichtslos, weshalb das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege unter Beiordnung eines Rechtsbeistandes abzuweisen ist (<ref-law>). Auf eine Kostenauflage ist indessen zu verzichten (<ref-law>).
Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache selbst wird das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, I. Abteilung, und dem Obergericht des Kantons Zug, I. Beschwerdeabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli