Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Bremgarten sprach am 23. Februar 2009 Y._ der mehrfachen vorsätzlichen Nichtverhinderung einer strafbaren Veröffentlichung sowie der mehrfachen Begünstigung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 60.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 1'000.--.
Gegen dieses Urteil erhoben Y._ sowie der Zivilkläger X._ Berufung ans Obergericht des Kantons Aargau. Die Staatsanwaltschaft reichte Anschlussberufung ein. Das Obergericht hiess die Berufung von Y._ sowie die Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft mit Urteil vom 15. Juli 2009 teilweise gut, sprach Y._ lediglich der Begünstigung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 60.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie einer Busse von Fr. 400.--.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und Y._ wegen mehrfacher Ehrverletzung, mehrfacher Verleumdung, mehrfacher Beschimpfung, mehrfacher Nichtverhinderung einer strafbaren Handlung sowie wegen mehrfacher Begünstigung zu verurteilen. Eventualiter seien das angefochtene Urteil aufzuheben und Y._ zu verpflichten, ihm Fr. 18'584.-- inkl. Verzugszins als Schadenersatz zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
Der Beschwerdegegner betreibt seit ca. Dezember 2004 die Internetplattform <www.xxxxxxxx.ch>. Diese Plattform bietet für die Benutzer die Möglichkeit, sich mit einem Pseudonym über verschiedene, meist lokalpolitische Themen anonym zu äussern. Dabei geriet auch der Beschwerdeführer als amtierender Vizeammann von Wohlen ins Schussfeld der Kritik. Verschiedene, mit Namen nicht bekannte Benutzer, liessen sich zu Ehrverletzungen, Verleumdungen und Beschimpfungen hinreissen, wobei der Beschwerdegegner für die Verbreitung dieser Texte die dafür notwendige Infrastruktur gratis zur Verfügung stellte.
2. 2.1 Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Da der Strafanspruch dem Staat zusteht, kommt dem Beschwerdeführer (soweit er blosser Geschädigter ist) kein rechtlich geschütztes Interesse im Sinne von <ref-law> zu. Dies gilt nicht nur, wenn sich die Beschwerde gegen einen Nichteröffnungs- oder Einstellungsbeschluss richtet, sondern auch, wenn ein freisprechendes Urteil Gegenstand der Beschwerde bildet (BGE 6B_540/2009 vom 22. Oktober 2009 E. 1, zur Publikation vorgesehen; ferner <ref-ruling> E. 2).
2.2 Der Beschwerdeführer beruft sich betreffend Beschwerdelegitimation auf Art. 81 Abs. 1 lit. a [recte: lit. b] Ziff. 4 und 5 BGG. Die Anklage werde im vorliegenden Ehrverletzungsverfahren im Zusammenhang mit Beamten wegen einer Spezialbestimmung in der aargauischen Strafprozessordnung von der Staatsanwaltschaft vertreten, und das ordentliche Strafverfahren finde Anwendung. In den anderen Ehrverletzungsfällen werde das Privatstrafverfahren durchgeführt. Gemäss Wortlaut von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG sei die Beschwerdelegitimation zwar zu verneinen. Es könne jedoch nicht angehen, dass Beamte wegen ihrer Beamteneigenschaft im Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht benachteiligt würden.
2.3 Ein Beschwerderecht steht der Privatklägerschaft zu, wenn sie nach dem kantonalen Recht die Anklage ohne Beteiligung der Staatsanwaltschaft vertreten hat (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG). Dies betrifft jene Fälle, in denen der Privatstrafkläger von Beginn weg an die Stelle des öffentlichen Anklägers tritt, weil die Verfolgung der Straftat wegen ihres geringen Unrechtsgehalts oder mit Rücksicht auf das vorwiegend private Interesse an der Bestrafung dem Geschädigten überlassen wird (prinzipales Privatstrafklageverfahren). Mit dieser Regelung ist sichergestellt, dass auch dort, wo der öffentliche Ankläger nach den Vorschriften des kantonalen Rechts überhaupt keine Parteirechte ausüben konnte, ein zur Beschwerde befugter Kläger vorhanden ist. Der Privatstrafkläger führt die Anklage auch nicht allein, wenn der öffentliche Ankläger beispielsweise von seinem Appellationsrecht keinen Gebrauch macht, sondern im Appellationsverfahren auf seine Parteirechte stillschweigend oder ausdrücklich verzichtet. Massgebend ist, ob der öffentliche Ankläger nach dem kantonalen Prozessrecht befugt und zuständig ist, darüber zu entscheiden, ob Anklage erhoben wird oder nicht. Nur wenn diese Entscheidung allein dem Privatstrafkläger zusteht, hat dieser selber und ohne Beteiligung des öffentlichen Anklägers die Anklage geführt (grundlegend zu Art. 270 lit. g aBStP, der mit Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 4 BGG inhaltlich identisch ist, <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen).
Die vom Beschwerdeführer angeführte allfällige Benachteiligung der Beamten vermag hieran nichts zu ändern. Sinn und Zweck der Beschwerdelegitimation des Privatstrafklägers bestehen darin, dass auch dort, wo der öffentliche Ankläger nach den Vorschriften des kantonalen Rechts überhaupt keine Parteirechte ausüben konnte, ein zur Beschwerde befugter Kläger vorhanden ist. Da die Staatsanwaltschaft nach aargauischem Recht vorliegend unbestrittenermassen Parteirechte ausüben konnte, bleibt für die Beschwerdelegitimation des Privatstrafklägers im bundesgerichtlichen Verfahren kein Raum.
2.4 Das Beschwerderecht steht dem Opfer zu, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Opfer ist jede Person, die durch eine Straftat in ihrer körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist (<ref-law>). Die Beeinträchtigung muss von einem gewissen Gewicht sein (zum Ganzen <ref-ruling> E. 2a/aa und 2e/bb mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer legt nicht weiter dar, inwiefern er Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes ist. Dies ist auch nicht ersichtlich. Der Beschwerdeführer ist daher zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen nicht legitimiert.
3. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller