Sachverhalt:
A. A.a X._ beantragte am 26. Januar 2009 in der gegen sie geführten Betreibung auf Grundpfandverwertung beim Bezirksgerichtspräsidium Brugg als unterer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde unter anderem die Neuschätzung des Verfahrensgegenstand bildenden Grundstücks durch einen Sachverständigen.
Am 23. Februar 2009 beauftragte das Gerichtspräsidium Z._ als Experten. Dieser legte am 7. April 2009 seine Schätzung vor, wobei er den Verkehrswert des Grundstücks auf Fr. 1'980'000.-- bezifferte. Am 8. Juni 2009 erstattete er auf Aufforderung des Gerichtspräsidiums einen erläuternden Bericht zum Gutachten.
Mit Urteil vom 15. Juni 2009 wies das Gerichtspräsidium das Betreibungsamt A._ an, den Schätzwert des Grundstücks mit Fr. 1'980'000.-- einzusetzen.
A.b Dagegen führte X._ am 6. Juli 2009 Beschwerde an die Schuldbetreibungs- und Konkurskommission des Obergerichts des Kantons Aargau als obere betreibungsrechtliche Aufsichtsbehörde. Am 24. August 2009 hiess das Obergericht diese Beschwerde wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs teilweise gut, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung zurück.
Insoweit die Beschwerde abgewiesen worden war, erhob X._ am 11. September 2009 Beschwerde an das Bundesgericht, welche erfolglos blieb (Urteil 5A_588/2009 vom 20. Oktober 2009).
B. Mit Urteil vom 9. November 2009 wies das Gerichtspräsidium Brugg das Betreibungsamt A._ an, den Schätzwert der fraglichen Liegenschaft mit Fr. 1'980'000.-- einzusetzen.
Dagegen erhob X._ am 30. November 2009 Beschwerde an das Obergericht. Sie beantragte die Aufhebung des angefochtenen Urteils und des festgelegten Schätzwerts und die Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. Zudem lehnte sie die Vorinstanz als befangen ab und ersuchte um Bestimmung einer anderen Behörde, welche die Neubeurteilung vornehmen soll. Mit Entscheid vom 29. September 2010 wies das Obergericht die Beschwerde ab.
C. Am 15. November 2010 hat X._ (Beschwerdeführerin) Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie verlangt die Aufhebung des angefochtenen Urteils. Das Obergericht sei anzuweisen, das Urteil der unteren Aufsichtsbehörde, insbesondere den Schätzwert von Fr. 1'980'000.-- aufzuheben und das Verfahren zur Neubeurteilung an die untere Aufsichtsbehörde zurückzuweisen. Das Obergericht sei zudem anzuweisen, das Gerichtspräsidium Brugg für befangen zu erklären und den Fall einer anderen unteren Aufsichtsbehörde zuzuweisen. Eventualiter solle das Bundesgericht das Urteil der unteren Aufsichtsbehörde und insbesondere den Schätzwert selber aufheben und den Fall an die untere Aufsichtsbehörde zurückweisen sowie das Gerichtspräsidium Brugg für befangen erklären und den Fall einer anderen unteren Aufsichtsbehörde zur Beurteilung zuweisen.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegen den Entscheid der oberen Aufsichtsbehörde (Art. 75 Abs. 1 BGG) in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unabhängig vom Streitwert zulässig (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Sie ist binnen Frist erfolgt (Art. 100 Abs. 2 lit. a i.V.m. Art. 45 Abs. 1 BGG).
2. Nach Eingang des Verwertungsbegehrens ordnet der Betreibungsbeamte die Schätzung des grundpfandbelasteten Grundstücks an. Diese soll den mutmasslichen Verkehrswert des Grundstücks und seiner Zugehör bestimmen, unabhängig von einer allfälligen Kataster- oder Brandassekuranzschätzung (Art. 9 Abs. 1 der Verordnung des Bundesgerichts vom 23. April 1920 über die Zwangsverwertung von Grundstücken [VZG; SR 281.42] in Verbindung mit Art. 99 Abs. 1 VZG). Gegen Vorschuss der Kosten kann jeder Beteiligte innert zehn Tagen bei der Aufsichtsbehörde eine Neuschätzung durch einen Sachverständigen verlangen. Streitigkeiten über die Höhe der Schätzung werden endgültig durch die kantonale Aufsichtsbehörde beurteilt (Art. 9 Abs. 2 VZG in Verbindung mit Art. 99 Abs. 2 VZG). Das Bundesgericht kann einen derartigen Ermessensentscheid einzig daraufhin überprüfen, ob die kantonale Aufsichtsbehörde allenfalls bundesrechtliche Verfahrensvorschriften verletzt oder das ihr zustehende Ermessen überschritten oder missbraucht hat. Letzteres trifft dann zu, wenn Kriterien mitberücksichtigt worden sind, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht geblieben sind (<ref-ruling> E. 3 S. 43 mit Hinweisen).
In der Betreibung auf Pfandverwertung kommt der Schätzung bloss untergeordnete Bedeutung zu. Ihre Hauptfunktionen wie im Pfändungsverfahren (<ref-ruling> E. 1a S. 339) - nämlich Bestimmung des Deckungsumfangs (Art. 97 Abs. 1 SchKG), damit nicht mehr als nötig mit Beschlag belegt wird, und Orientierung des Gläubigers über das voraussichtliche Ergebnis der Verwertung (Art. 112 Abs. 1 SchKG) - entfallen hier weitgehend (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 105; <ref-ruling> E. 1 S. 34). Die Schätzung des zu versteigernden Grundstücks gibt den Interessenten lediglich einen Anhaltspunkt über das vertretbare Angebot, ohne etwas über den an der Versteigerung tatsächlich erzielbaren Erlös auszusagen (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 105; <ref-ruling> E. 4 S. 43; <ref-ruling> E. 3.1 S. 597; <ref-ruling> E. 1 S. 34).
3. Die Beschwerdeführerin greift in zahlreichen Einzelpunkten die Verkehrswertschätzung an (unten E. 5). Im Wesentlichen zielen ihre Rügen jeweils darauf ab, dass der Sachverständige seine Schlussfolgerungen nicht genügend begründet habe, die Aufsichtsinstanzen zu wenig auf ihre Argumente eingegangen seien und jene stattdessen - anstelle des Gutachters - Begründungen für die Bewertung nachgeschoben hätten. Dadurch sei ihr rechtliches Gehör verletzt worden und es sei zu Ermessensüberschreitungen bzw. -missbrauch gekommen.
4. Zum Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) ist vorauszuschicken, dass die Gerichte verpflichtet sind, die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anzuhören und bei der Entscheidfindung zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2 S. 242). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, muss es seinen Entscheid begründen. Die Begründung hat kurz die Überlegungen zu nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236; je mit Hinweisen). Zu berücksichtigen ist vorliegend überdies die beschränkte Bedeutung der Neuschätzung, welche eine knapp gehaltene Begründung nicht nur des angefochtenen Urteils, sondern auch des Verkehrswertgutachtens rechtfertigt.
5. Zu den einzelnen Kritikpunkten der Beschwerdeführerin ist Folgendes auszuführen:
5.1 Die Beschwerdeführerin moniert, dass der Realwert ihrer Liegenschaft mit 1.0 und der Ertragswert mit 0.0 gewichtet, d.h. einzig der Realwert berücksichtigt und der Verkehrswertermittlung kein gewichtetes Mittel zwischen Real- und Ertragswert zugrunde gelegt wurde. Die Vorinstanz hat diesbezüglich auf die Verkehrswertschätzung verwiesen. Danach sei der Markt sowohl für die Vermietung wie für den Verkauf des fraglichen Objekts eher bescheiden. Sie hat sich daraufhin die Auffassung der unteren Aufsichtsbehörde zu eigen gemacht, wonach es nachvollziehbar erscheine, dass einer Mietnutzung Ausnahmecharakter zukomme, da es um ein Wohnhaus gehobenen Standards in einem für die Vermietung teuren Preissegment gehe. Es sei deshalb gerechtfertigt, einzig auf den Realwert abzustellen.
Diese Begründung der Vorinstanz ist nachvollziehbar. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass für die Mietnutzung nur ein bescheidener Markt besteht. Dass die Vorinstanzen die im Gutachten knapp gehaltene Begründung ergänzt haben, ist entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht zu beanstanden, geht es doch um eine Frage, bei welcher den Gerichten eine gewisse Sachkunde zugeschrieben werden kann. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kann auch aus <ref-ruling> nicht abgeleitet werden, dass sich der Experte einlässlicher zur Wahl seiner Methode hätte äussern müssen. Somit sind weder Ermessensfehler noch eine Gehörsverletzung ersichtlich.
5.2 Die Beschwerdeführerin kritisiert die Annahme eines monatlichen Mietzinses von Fr. 4'500.-- durch den Experten für die Ermittlung des Ertragswerts. Die untere Aufsichtsbehörde hat festgehalten, gemäss dem erläuternden Bericht vom 8. Juni 2009 handle es sich um eine Grobschätzung unter Berücksichtigung der Lage des Objekts. Das Obergericht hat die Frage offen gelassen, da der Mietzins einzig für den Ertragswert relevant sei und dieser bei der Bestimmung des Verkehrswerts vorliegend keine Rolle spiele.
Der Ertragswert wurde bei der Berechnung des Verkehrswerts nicht berücksichtigt. Wie soeben ausgeführt, ist dadurch kein Bundesrecht verletzt worden. Das Obergericht hat mithin zu Recht auf eine Auseinandersetzung mit der Mietzinsschätzung verzichtet. Die Beschwerdeführerin geht weiterhin von der Massgeblichkeit des Ertragswerts aus. Auf ihre Ausführungen im Zusammenhang mit der Mietzinsschätzung ist deshalb nicht einzutreten. Die Mietzinsschätzung könnte nur insofern eine selbständige Rolle gespielt haben, als sie womöglich zur Feststellung des bloss bescheidenen Markts für die Vermietbarkeit beigetragen hat. Die Beschwerdeführerin behauptet aber selber nicht, dass eine Grobschätzung für diese Feststellung nicht ausreichen würde.
5.3 Die Beschwerdeführerin rügt, dass von einer Altersentwertung ihrer Liegenschaft von 25 % ausgegangen worden sei. Die untere Aufsichtsbehörde hat dazu ausgeführt, das Haus sei 1980 gebaut und in den Jahren 1994 bis 1996 ausgebaut worden. Für die Gesamtliegenschaft gehe der Experte jedoch von einem geschätzten Alter von 24 bis 26 Jahren aus. Er habe also eine Mischrechnung gemacht, wobei er offenbar etwas stärker auf das Alter des ursprünglichen Gebäudes als jenes des Ausbaus abgestellt habe. Die Vorinstanz hat diese Mischrechnung nicht beanstandet und insbesondere ausgeführt, es gebe keine Hinweise darauf, dass der Gutachter die Renovationen vernachlässigt habe, wäre doch sonst die Annahme eines Gebäudealters von 28 bis 29 Jahren zu erwarten gewesen.
Das Vorgehen der Vorinstanzen ist nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin begründet nicht, wieso dem Experten bzw. den Vorinstanzen versagt sein sollte, bei der Altersentwertung stärker auf den ursprünglichen Bau statt auf später erfolgte Ausbauten abzustellen. Sie geht auch nicht darauf ein, dass eine gewisse Berücksichtigung der Ausbauten stattgefunden hat. Mit ihrer abweichenden Berechnungsweise (basierend auf einem Vergleich der Kosten der Ausbauten mit dem aktuellen Gebäudeversicherungswert) kann sie nicht die Unhaltbarkeit der gewählten Methode dartun. Erst recht ist irrelevant, dass die Vorinstanz die Ausbauten als "Renovationen" bezeichnet hat, was die Beschwerdeführerin als aktenwidrig moniert (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG).
5.4 Des Weiteren wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die Einteilung ihrer Liegenschaft in die Lageklasse 2.9. Das Obergericht hat diesbezüglich ausgeführt, sowohl der Liegenschaftsbeschrieb im Gutachten als auch der verwendete Lageklassenschlüssel nach Naegeli/ Wenger seien für Laien verständlich. Mithin könne nachvollzogen werden, weshalb der Gutachter in den verschiedenen Bewertungskategorien welche Lageklasse gewählt und sich in der Gesamtwertung eine Lageklasse von 2.9 ergeben habe. Zudem wäre es der Beschwerdeführerin zuzumuten gewesen auszuführen, in welcher Kategorie sie die Liegenschaft höher oder tiefer bewertet sehen möchte.
Auch diese Ausführungen der Vorinstanz sind nachvollziehbar. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin kann im Verzicht auf eine eingehendere Begründung und in der Verpflichtung der Beschwerdeführerin, sich zur gewünschten Änderung der Einteilung inhaltlich zu äussern, weder eine Gehörsverletzung noch eine Rechtsverweigerung erblickt werden.
5.5 Die Beschwerdeführerin rügt ausserdem, dass der Experte einen Kubikmeterpreis von Fr. 700.-- angenommen habe. Die untere Aufsichtsinstanz hat hiezu festgehalten, gemäss dem erläuternden Bericht des Experten vom 8. Juni 2009 werde der Wert von Fr. 700.--/m3 für überdurchschnittliche Qualität sowie sorgfältigen und komfortablen Ausbau angewendet. Es handle sich um eine auf der Erfahrung des Experten beruhende Einschätzung. Das Obergericht führt aus, zwar sei das Gutachten in diesem Punkt summarisch, was jedoch ausreiche, wenn das Ergebnis der Schätzung ein vertretbarer Verkehrswert sei. Es seien keine methodischen Fehler des Gutachters ersichtlich und es gebe keine Hinweise darauf, dass der Verkehrswert wesentlich höher oder tiefer als geschätzt liegen müsse.
Wie bereits gesagt, kommt dem Verkehrswertgutachten in der Betreibung auf Grundpfandverwertung bloss beschränkte Bedeutung zu, was sich auch auf die Dichte der Begründung der Expertise auswirkt. Die bloss summarische Begründung ist deshalb vorliegend nicht zu beanstanden. Dass vielleicht auch ein anderer Kubikmeterpreis angemessen sein könnte, genügt nicht, um die Unhaltbarkeit des gewählten Ansatzes zu belegen.
5.6 Die Beschwerdeführerin beanstandet die Pauschalisierung der Umgebungskosten mit Fr. 80'000.-- und der Baunebenkosten mit 8 % des Neubauwerts. Die untere Aufsichtsbehörde hat ausgeführt, gemäss dem erläuternden Bericht vom 8. Juni 2009 handle es sich um pauschale Schätzungen. Es könne davon ausgegangen werden, dass der Experte über die erforderliche Erfahrung verfüge, um von realistischen Werten auszugehen. Das Obergericht hat das Gutachten in diesem Punkt wiederum als summarisch betrachtet, dies jedoch mit der soeben wiedergegebenen Begründung (oben E. 5.5) genügen lassen.
Wie ausgeführt, genügt eine summarische Begründung im vorliegenden Fall. Die Erfahrung des Experten als Liegenschaftsschätzer wird von der Beschwerdeführerin im Übrigen nicht bestritten.
5.7 Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin die Bewertung von Landwirtschaftsland durch den Experten mit Fr. 20.-- pro Quadratmeter. Die untere Aufsichtsbehörde hat ausgeführt, gemäss erläuterndem Bericht des Gutachters vom 8. Juni 2009 bewege sich der Quadratmeterpreis für Landwirtschaftsland in A._ zwischen Fr. 4.-- und Fr. 7.--. Dies erscheine realistisch. Dass für Landwirtschaftsland, welches für Arrondierungszwecke entfremdet werde, ein etwas höherer Preis bezahlt werde, beruhe offenbar auf Erfahrung des Experten. Das Obergericht hält auch hier das Gutachten für summarisch, lässt dies aber aus den oben genannten Gründen (E. 5.5) genügen.
Es kann auf bereits Gesagtes verwiesen werden. Ein Ermessensmissbrauch liegt nicht vor.
5.8 Somit hält das angefochtene Urteil bzw. das fragliche Verkehrswertgutachten, soweit es Gegenstand der Beschwerde bildet, vor Bundesrecht stand. Es sind insgesamt weder Ermessensmissbrauch bzw. -überschreitung noch Verletzungen des rechtlichen Gehörs ersichtlich. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist ebenso wenig zu beanstanden, dass die Vorinstanz von ihr eine Stellungnahme erwartet hat, ob sie den vom Gutachter ermittelten Verkehrswert für zu hoch oder zu tief hält. Zu Recht hat die Vorinstanz deshalb auch die Haltung der unteren Aufsichtsbehörde geschützt, das Fehlen einer solchen Äusserung - mangels Hinweisen auf Fehler des Sachverständigen - als Indiz für die Vertretbarkeit der vom Gutachter geschätzten Werte zu betrachten.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin macht ferner die Befangenheit des Gerichtspräsidiums Brugg als untere Aufsichtsbehörde geltend. Sie bringt zusammengefasst vor, dass das Verhalten der unteren Aufsichtsbehörde nicht mit einer unvoreingenommenen Verfahrensführung vereinbar sei. Die Behörde sei nicht willens, sich mit den Rügen der Beschwerdeführerin gegenüber dem Gutachten materiell zu befassen. Es bestehe der Anschein, dass die Behörde ihren Entscheid bereits vorgängig getroffen habe. Zudem habe sie von den Mängeln des Gutachtens abgelenkt. So habe sie Akten aus einem anderen Verfahren beigezogen, worin frühere Verkaufsbemühungen der Beschwerdeführerin hinsichtlich der fraglichen Liegenschaft dokumentiert seien, um ihre Glaubwürdigkeit zu unterminieren. Ausserdem habe sie ihr Nichtbeibringung von Akten zur Last gelegt, über welche sie offensichtlich nicht verfüge (betreffend Kosten Umgebungsarbeiten, Anschlussgebühren etc.), sowie unzulässige Auflagen wie die Erstellung eines Parteigutachtens (bezüglich Verkehrswert) gemacht.
6.2 Gemäss Art. 10 Abs. 1 Ziff. 4 SchKG dürfen Mitglieder von Aufsichtsbehörden keine Amtshandlungen in Sachen vornehmen, in denen sie befangen sein könnten. Es kann in diesem Zusammenhang auf die Praxis zu Art. 30 Abs. 1 BV abgestellt werden, wonach der Einzelne Anspruch darauf hat, dass seine Sache von einem unabhängigen und unparteiischen Gericht ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird (<ref-ruling> E. 2 S. 15 mit Hinweis). Die Garantie des verfassungsmässigen Richters ist verletzt, wenn bei objektiver Betrachtungsweise Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen (<ref-ruling> E. 2 S. 15; <ref-ruling> E. 3.4 S. 116 mit Hinweisen). Auf das bloss subjektive Empfinden einer Partei kann dabei nicht abgestellt werden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 240; <ref-ruling> E. 1.1 S. 25; je mit Hinweisen).
6.3 Solche objektiven Anhaltspunkte der Voreingenommenheit liegen nicht vor. Selbst wenn die untere Aufsichtsbehörde nicht auf jeden Kritikpunkt detailliert eingegangen sein sollte, kann daraus nicht auf mangelnde Offenheit geschlossen werden. Wie bereits im Rahmen des rechtlichen Gehörs ausgeführt (oben E. 4) genügt es, wenn eine Behörde bloss kurz die tragenden Erwägungen nennt, ohne jeden Parteistandpunkt ausdrücklich zu widerlegen. Ebenso wenig bewirkt einen objektiven Anschein der Befangenheit, wenn ein Gericht von einer Partei eine gewisse Substanziierung ihrer Vorbringen verlangt. So lässt nicht auf Voreingenommenheit schliessen, wenn ein Gericht aus der Nichteinreichung von Unterlagen, über welche die Partei nach Einschätzung des Gerichts verfügen dürfte, gewisse Rückschlüsse zieht. Dass die Beschwerdeführerin über die fraglichen Akten nicht verfügt, ist eine reine Parteibehauptung. Im Zusammenhang mit der Substanziierung der Bestreitung des Gutachtens hat die Vorinstanz festgehalten, dass von der Beschwerdeführerin womöglich nicht verlangt werden könne, selber einen exakten Verkehrswert anzugeben. Jedoch dürften zumindest Ausführungen dazu erwartet werden, ob der im Gutachten ermittelte Verkehrswert zu hoch oder zu tief ausgefallen sei. Wie es sich mit der gebotenen Begründungsdichte einer Eingabe verhält, braucht an dieser Stelle nicht geprüft zu werden. Selbst wenn die untere Aufsichtsbehörde diesbezüglich zu hohe Anforderungen an die Begründung gestellt haben sollte, genügt dies für den Anschein der Befangenheit nicht, da grundsätzlich weder falsche Verfahrensmassnahmen noch materiell falsche Entscheide einen solchen Verdacht zu begründen vermögen (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 158; <ref-ruling> E. 3b S. 404). Wie bereits die Vorinstanz dargelegt hat, kann auch aus dem Beizug der Akten durch die untere Aufsichtsbehörde über den für sie gerichtsnotorischen Umstand früherer Verkaufsbemühungen der Beschwerdeführerin nicht auf Befangenheit geschlossen werden.
6.4 Somit ist die Beschwerde auch in diesem Punkt unbegründet. Die Beschwerde ist folglich insgesamt abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
7. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Aargau, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission als obere betreibungsrechtliche Aufsichtsbehörde, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. März 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zingg