Sachverhalt:
A. Das Strafgericht des Kantons Basel-Landschaft sah am 30. August 2011 von der Rückversetzung X._s in die mit Urteil vom 1. Juli 2004 angeordnete stationäre Massnahme ab. Das Honorar des amtlichen Verteidigers von Fr. 5'403.80 und die Verfahrenskosten, bestehend aus einer pauschalen Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.--, nahm es auf die Staatskasse.
B. Gegen die Festsetzung der Entschädigung für die amtliche Verteidigung legte X._ beim Kantonsgericht Basel-Landschaft Beschwerde ein. Er beantragte, es sei ihm anstelle des zugesprochenen Honorars von Fr. 5'403.80 eine Parteientschädigung von Fr. 7'361.80 auszurichten. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft trat am 6. Dezember 2011 auf die Beschwerde X._s wegen fehlender Beschwerdelegitimation nicht ein. Sein Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung wies es ab.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, die Beschlüsse des Kantonsgerichts vom 6. Dezember 2011 und des Strafgerichts vom 30. August 2011 seien aufzuheben. Anstelle des Honorars des amtlichen Verteidigers in der Höhe von Fr. 5'403.80 sei ihm eine Parteientschädigung von Fr. 7'361.80 zuzusprechen. Eventualiter sei der Beschluss des Kantonsgerichts aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung, insbesondere zur Festsetzung der Parteientschädigung, an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz ist auf die Beschwerde des Beschwerdeführers wegen fehlender Beschwerdelegitimation nicht eingetreten. Dieser ist nach <ref-law> im Verfahren vor Bundesgericht zur Rüge berechtigt, dass bei Obsiegen die Entschädigung nicht dem amtlichen Verteidiger, sondern ihm selbst zusteht und die Vorinstanz auf seine Beschwerde, mit welcher er eine Erhöhung des Honorars verlangte, zu Unrecht mangels Legitimation nicht eingetreten ist.
1.1 Die Vorinstanz wendet die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung an (da der strafgerichtliche Entscheid vom 30. August 2011 datiert; siehe <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1. S. 221 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer ficht dies zu Recht nicht an.
1.2 Die Grundsätze zur Entschädigung der amtlichen Verteidigung sind in <ref-law> geregelt. Rechtsgrundlage für die Entschädigung bildet das öffentlich-rechtliche Verhältnis zwischen dem Kanton und dem von ihm ernannten amtlichen Verteidiger. Dieser wird für seine Bemühungen unabhängig vom Verfahrensausgang entschädigt (WALTER HAEFELIN, Die amtliche Verteidigung im schweizerischen Strafprozessrecht, Zürich/St. Gallen 2010, S. 291). Für die Entschädigung, welche sich nach dem Anwaltstarif des Bundes oder des verfahrenführenden Kantons berechnet (Art. 135 Abs. 1), haftet alleine der Staat. Unter Vorbehalt von <ref-law> kann der Verteidiger von seinem Mandanten keine weitere Vergütung verlangen (vgl. <ref-ruling>; NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, Zürich/St. Gallen 2009, § 56 Rz. 751). Die Festsetzung der Höhe der Entschädigung betrifft grundsätzlich nur die eigenen Interessen des amtlichen Verteidigers. Er ist demnach zur Beschwerdeerhebung befugt (<ref-law>; SCHMID, a.a.O., § 56 Rz. 752 Fn 240; DERSELBE, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, Zürich/St. Gallen 2009, Art. 135 Abs. 3 Rz. 6; VIKTOR LIEBER, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Zürich 2010, Art. 135 Rz. 15; HAEFELIN, a.a.O., S. 297 Fn 43; siehe in diesem Zusammenhang Urteile 6B_856/2009 vom 9. November 2009 E. 1 sowie 6B_226/2009 vom 16. Juli 2009 E. 1 mit zahlreichen weiteren Hinweisen auf die Rechtsprechung). Die amtlich verteidigte Partei ist hingegen durch eine behaupteterweise zu tief festgesetzte Entschädigung nicht in ihren eigenen Rechten betroffen, weshalb es ihr an einem rechtlich geschützten Interesse an der Erhöhung der Entschädigung fehlt. Sie ist nicht zur Rüge legitimiert, das dem amtlichen Verteidiger zugesprochene Honorar sei zu niedrig bemessen Die Grundsätze in der StPO entsprechen der konstanten Rechtsprechung des Bundesgerichts (vgl. Urteil 1P.302/2006 E. 2.3, 6B_6/2007 vom 30. Mai 2007 E. 3, Urteil 6B_17/2008 vom 7. März 2008 E. 2.2; Urteil 700/2009 vom 26. November 2009 E. 1; Urteil 1B_94/2010 vom 22. Juli 2010 E. 6).
1.3 Die Vorinstanz legt ihrem Entscheid diese Grundsätze zugrunde. Sie erwägt, dass der Beschwerdeführer kein eigenes Interesse an der Erhöhung der Entschädigung für seinen amtlichen Verteidiger geltend machen kann. Zur Beschwerdeerhebung sei gemäss <ref-law> allein Letzterer befugt. Weil die Verfahrenkosten im Strafurteil vom 30. August 2011 dem Staat auferlegt wurden, könnte der Beschwerdeführer selbst bei einer Verbesserung seiner finanziellen Verhältnisse nicht dazu verpflichtet werden, dem Verteidiger eine allfällige Differenz zwischen der amtlichen Entschädigung und dem vollen Honorar zu erstatten. Eine solche Verpflichtung bestehe gemäss <ref-law> nur, wenn die beschuldigte Person zu den Verfahrenskosten verurteilt werde. Die Vorinstanz kommt daher zum Schluss, dass sich (auch) aus <ref-law> kein aktuelles, unmittelbares rechtlich geschütztes Interesse des Beschwerdeführers an der Anfechtung des dem amtlichen Verteidiger zugesprochenen Honorars herleiten lasse. Der Beschwerdeführer sei durch die Festsetzung des Honorars nach dem für die amtliche Verteidigung üblichen Tarif nicht beschwert, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten sei (Beschluss, S. 5). Auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz kann vollumfänglich verwiesen werden.
1.4 Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind unbehelflich. Dieser hält den vorinstanzlichen Nichteintretensbeschluss für falsch und sich persönlich für beschwerdelegitimiert, weil ihm infolge Obsiegens im Rückversetzungsverfahren eine Parteientschädigung geschuldet sei, welche an die Stelle des amtlichen Honorars trete. Es könne daher offen bleiben, ob der unterzeichnende Anwalt in seiner Funktion als amtlicher Verteidiger allenfalls zusätzlich gestützt auf <ref-law> Beschwerde hätte erheben können (Beschwerde, S. 6). Mit dieser Rechtsauffassung verkennt der Beschwerdeführer, dass die amtliche Verteidigung bei Obsiegen nicht gegenstandslos wird. Das öffentlich-rechtliche Verhältnis zwischen dem Staat und dem von ihm ernannten amtlichen Verteidiger wandelt sich nicht in ein privates Rechtsverhältnis zwischen dem amtlichen Verteidiger und dessen Mandanten, sobald dieser mit dem Rechtsmittel durchdringt (Urteil 6B_183/2007 vom 5. September 2007 E. 3.2). Die Honorierung des amtlichen Verteidigers ist - unabhängig vom Verfahrensausgang - Sache des Staates und die Bemessung der Entschädigung eine Angelegenheit zwischen diesem und dem von ihm ernannten Anwalt. Auch bei Obsiegen ist das Honorar dem amtlichen Verteidiger geschuldet, welcher die Honorarfestsetzung persönlich und in eigenem Namen anfechten kann. Der Ausgang des Verfahrens wirkt sich nicht auf die Rechtsnatur der Verteidigung aus. Dass die Gleichstellung des amtlichen Honorars mit demjenigen für die private Verteidigung tendenziell anzustreben ist (HAEFELIN, a.a.o., S. 296 mit weiteren Hinweisen; PHILIPPE WEISSENBERGER, Zum Anspruch des amtlichen Rechtsbeistandes auf Parteientschädigung im Beschwerdeverfahren gegen Honorarentscheide am Beispiel des baselstädtischen Rechts, BJM 5/2000, S. 221 ff., 225; vgl. auch 6B_63/2010 vom 6. Mai 2010 E. 2.4), ändert nichts daran, dass der Entschädigungsanspruch alleine dem amtlichen Verteidiger zusteht.
Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung des rechtlichen Gehörs rügt (Beschwerde, S. 6 f. Ziff. 3), tut er das ohne Grund. Die Vorinstanz begründet einlässlich, weshalb ihm keine Parteientschädigung zusteht und er zur Beschwerde nicht legitimiert ist. Nicht ersichtlich ist, weshalb sie eine solche Verletzung im angefochtenen Beschluss hätte feststellen müssen. Denn die erste Instanz hat den Antrag des Beschwerdeführers auf Ausrichtung einer Parteientschädigung implizit behandelt und abgewiesen, indem sie die Entschädigung dem amtlichen Verteidiger zusprach.
1.5 Ebenfalls unbegründet ist der Einwand des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe ihm zu Unrecht die unentgeltliche Verbeiständung verweigert (Beschwerde, S. 8 E. 5). Die Vorinstanz erwägt zutreffend, weshalb eine solche gemäss <ref-law> nicht zur Diskussion steht (Entscheid, S. 6 f. E. 4.2). Sie prüft sodann, ob dem Beschwerdeführer die amtliche Verteidigung im Sinne von <ref-law> bewilligt werden könnte, was sie in der Folge verneint (Entscheid, S. 7 E. 4.3). Auf ihre Ausführungen kann verwiesen werden. Es sind auf Seiten des Beschwerdeführers in der Tat keine Interessen erkennbar, die gewahrt werden müssten, da er kein eigenes, unmittelbares Interesse an der Beschwerde betreffend Festsetzung des amtlichen Honorars geltend machen kann. Zur Anfechtung des Entschädigungsentscheids ist allein der amtliche Verteidiger legitimiert. Aus dem Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 16. Dezember 2011, worauf er sich beruft (Beschwerde S. 8, Beschwerdebeilage 10), kann er nichts für die vorliegende Sache ableiten, weil es dort um materielle Aspekte der Honorarbemessung geht und die hier einzig interessierende Frage der Beschwerdelegitimation bei amtlicher Verteidigung nicht thematisiert wird.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (<ref-law>). Der Beschwerdeführer wird damit kostenpflichtig. Auf eine Kostenauflage kann ausnahmsweise verzichtet werden, weil die Beschwerde an Trölerei grenzt, das anwaltliche Verhalten dem Beschwerdeführer aber nicht zuzurechnen ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill