Sachverhalt:
A. Die A._ GmbH, Hamburg/D (Beschwerdeführerin), ist Inhaberin der internationalen Marke Nr. 688 990. Die dreidimensionale Formmarke ist wie folgt registriert:
Sie wurde unter anderem für das Gebiet der Schweiz für folgende Waren beansprucht:
- Klasse 16: Matières pour emballage, notamment paquets de cigarettes.
- Klasse 34:Tabac, produits de tabac, notamment cigarettes; articles pour fumeurs, compris dans cette classe.
Das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE) verweigerte der Marke den Schutz am 26. März 1999 provisorisch, wogegen die Beschwerdeführerin am Schutz auch für die Schweiz festhielt.
B. Mit Verfügung vom 10. Januar 2005 verweigerte das IGE der internationalen Marke Nr. 688 990 den Schutz für die Schweiz gestützt auf Art. 6quinquies lit. B Ziff. 2 PVÜ (SR 0.232.04) und Art. 2 i.V.m. Art. 30 Abs. 2 lit. c MSchG für die beanspruchten Waren der Klassen 16 und 34. Die Beschwerdeführerin verzichtete am 2. Februar 2005 auf die Beanspruchung ihrer internationalen Marke für das Gebiet der Schweiz in Bezug auf die Waren der Klasse 16. Gegen die Schutzverweigerung für die in Klasse 34 beanspruchten Waren erhob sie Beschwerde bei der eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum.
C. Mit Entscheid vom 1. Februar 2006 wies die Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum die Beschwerde ab und bestätigte die angefochtene Verfügung bezüglich der Waren der Klasse 34. Die Rekurskommission erwog, es handle sich um eine im Verkehr technisch notwendige Form, weshalb sie gemäss Art. 2 lit. b MSchG vom Markenschutz ausgeschlossen sei. Für den Fall, dass ein absolutes Freihaltebedürfnis zu verneinen wäre, hielt sie ausserdem den Nachweis der Verkehrsdurchsetzung nicht für erbracht. Die Rekurskommission lehnte es auch ab, die Eintragungsfähigkeit der Formmarke wegen ihrer Zulassung im Ursprungsland Deutschland als Grenzfall zu qualifizieren und den Schutz im Zweifel zuzulassen. Nach Ansicht der Rekurskommission lag kein Grenzfall, sondern vielmehr ein eindeutiger Fall vor.
D. Mit Eingabe vom 2. März 2006 stellt die Beschwerdeführerin den Antrag, der Entscheid der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum vom 1. Februar 2006 sei aufzuheben und das IGE anzuweisen, die internationale Markeneintragung Nr. 688 990 (dreidimensionale Marke) für die Waren der Klasse 34 zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Sie hält dafür, die Zulassung im Ursprungsland Deutschland, in dem eine ähnlich strenge Praxis bestehe, müsse berücksichtigt werden und reicht erstinstanzliche Urteile der Niederlande und von Deutschland ein, welche die Gültigkeit ihrer Marke bestätigen. Die Beschwerdeführerin bekräftigt ihren Standpunkt, dass die Marke unterscheidungskräftig sei. Sie rügt als Verletzung des rechtlichen Gehörs, dass ihr die Vorinstanz keine Gelegenheit geboten habe, sich zum als entscheidend erachteten Sachverhalt zu äussern und die Vorinstanz auf eingereichte Beweismittel nicht eingegangen sei. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe die (ursprüngliche) Unterscheidungskraft der Formmarke zu Unrecht verneint und damit Art. 2 lit. a oder lit. b MSchG verletzt. Sie hält zudem daran fest, dass sich ihre Marke schon 1997 durch einen rund zwölfjährigen, intensiven Gebrauch im Verkehr durchgesetzt habe.
E. Das IGE und die Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum schliessen in ihren Vernehmlassungen auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgericht beurteilt gemäss Art. 97 Abs. 1 OG letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 5 VwVG, die unter anderem gegen Entscheide eidgenössischer Rekurskommissionen zulässig sind (Art. 98 lit. e OG). Ein Ausschlussgrund im Sinne der Art. 99 ff. OG liegt nicht vor. Auf die fristgerecht (Art. 106 OG) eingereichte Beschwerde der materiell und formell beschwerten Partei ist einzutreten.
1.1 Da die Rekurskommission für geistiges Eigentum eine richterliche Vorinstanz ist, binden deren Sachverhaltsfeststellungen das Bundesgericht nach Art. 105 Abs. 2 OG grundsätzlich. Eine Überprüfung ist nur insoweit zulässig, als die Feststellungen offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen zustande gekommen sind (<ref-ruling> E. 1 S. 456).
1.2 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe ihr das rechtliche Gehör verweigert. Sie beanstandet insofern die Feststellung der Vorinstanz, dass Zigarettenpackungen faktisch normiert seien. Sie verkennt, wie die Rekurskommission in der Vernehmlassung zutreffend bemerkt, dass Grösse und Gestalt der Packungen für jeweils 20 Zigaretten allgemein bekannt sind; notorische Tatsachen bedürfen keines Beweises (<ref-ruling> E. 2). Die Feststellung betrifft im Übrigen nicht die von der Beschwerdeführerin im Vergleich zur üblichen Form beanspruchte Änderung - das heisst die Abschrägung der Längskanten der Packung so, dass sie statt von einer viereckigen von einer achteckigen Formgebung ausgeht.
1.3 In welchem Zusammenhang das von der Beschwerdeführerin eingereichte Gutachten der Hochschule für angewandte Wissenschaften Hamburg entscheidrelevant hätte sein sollen, ist der Beschwerde nicht zu entnehmen (Art. 108 Abs. 2 OG). Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich insofern entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin keine Verpflichtung der Behörde, zu jedem einzelnen Vorbringen oder Beweismittel Stellung zu nehmen. Es ist erforderlich, aber auch ausreichend, dass sich die Behörde mit den für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkten auseinandersetzt (<ref-ruling> E. 2b S. 102 f. mit Verweisen). Diesen Anforderungen genügt die Begründung des angefochtenen Entscheids. Die Rüge der Gehörsverweigerung ist unbegründet.
2. Nach Art. 2 lit. b MSchG sind vom Markenschutz Formen absolut ausgeschlossen, die das Wesen der Ware ausmachen, und Formen der Ware oder Verpackung, die technisch notwendig sind. Vom Markenschutz absolut ausgeschlossen sind nach Art. 2 lit. a MSchG zudem allgemein Zeichen, die Gemeingut sind, sofern sie sich nicht als Marke für die Waren oder Dienstleistungen durchgesetzt haben, für die sie beansprucht werden.
2.1 Die besonderen Schutzausschlussgründe von Art. 2 lit. b MSchG konkretisieren spezifisch für Formmarken den Kern der absoluten Freihaltebedürftigkeit. Ihnen gegenüber kommt den allgemeinen Schutzausschlussgründen nach Art. 2 lit. a MSchG (für Zeichen im Gemeingut) insoweit keine selbständige Bedeutung zu, als sie bloss für Formmarken wiederholen, was in Art. 2 lit. a MSchG bereits allgemein geregelt wird. Eine technisch notwendige Waren- oder Verpackungsform ist für den Verkehr unentbehrlich und damit immer auch freihaltebedürftiges Gemeingut. Formen, die das Wesen der Ware ausmachen, sind entweder ebenfalls technisch notwendig oder es fehlt ihnen die Unterscheidungskraft, weil sie nicht geeignet sind, ein Produkt zu individualisieren. Die besondere Bedeutung der Ausschlussgründe nach Art. 2 lit. b MSchG liegt darin, dass das Schutzhindernis für die davon erfassten Formen nicht durch Verkehrsdurchsetzung überwunden werden kann und die markenrechtliche Monopolisierung der Formen daher auch ausgeschlossen ist, wenn sie sich im Verkehr durchgesetzt haben (<ref-ruling> E. 2.3 S. 517 f. mit Hinweisen). Technisch notwendig im Sinne von Art. 2 lit. b MSchG sind Formen, für welche überhaupt keine oder keine wirtschaftlich zumutbare Alternative zur Verfügung steht. Formen dagegen, die durch den Verwendungszweck bestimmt sind, fehlt die Unterscheidungskraft, sofern sie nicht ausnahmsweise durch ihre Originalität unterscheidungskräftig wirken oder sich im Verkehr als Markenzeichen durchgesetzt haben (<ref-ruling> E. 2.4.2/2.4.3). Technisch bedingte Formen sind nicht ohne weiteres absolut freihaltebedürftig.
2.2 Die Vorinstanz hat die von der Beschwerdeführerin beanspruchte Form für Tabakwaren(-Verpackungen) nicht in dem Sinne als technisch notwendig qualifiziert, dass überhaupt keine zumutbare Alternative zur Verfügung stände. Sie hat vielmehr erkannt, dass der Form für die beanspruchte Verwendung die Unterscheidungskraft fehlt, weil den abgeschrägten Längskanten der Tabakwaren-Verpackung die Originalität im Vergleich zur erwarteten üblichen Form der Verpackung abgeht. Diese Einschätzung ist entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht zu beanstanden. Die Abschrägung der Längskanten in der Weise, dass die rechteckige Form zur (ungleichmässigen) achteckigen wird, kann nicht als derart unerwartet und originell bezeichnet werden, dass sie durch ihre Eigenheiten auffallen würde, weil sie derart vom Gewohnten und Erwarteten abwiche, dass sie im Gedächtnis der Abnehmer haften bliebe (<ref-ruling> E. 3b S. 310).
Der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden, wenn sie die Ansicht vertritt, ihre Marke falle wegen der abgeschrägten Längskanten auf und diese bildeten ein exklusives Gestaltungsmittel, das als Herkunftshinweis im Sinne des Markenrechts verstanden werde. Die Abschrägung der Längskanten ist im Vergleich zu den üblichen Quaderformen der Zigaretten-Verpackungen derart unauffällig und wenig originell, dass sich die beanspruchte Form nicht kennzeichenkräftig vom Üblichen abzuheben vermag. Dass die Abnehmer als Raucher auf entsprechende Details achten würden, wie die Beschwerdeführerin vorbringt, ist jedenfalls nicht notorisch; es kann nach der allgemeinen Lebenserfahrung nicht davon ausgegangen werden, von diesem Adressatenkreis werde die Abschrägung als Gestaltungsmittel individualisierend wahrgenommen. Die Vorinstanz hat zutreffend erkannt, dass das Gestaltungsmittel der Abschrägung der Längskanten der beanspruchten Verpackungsform an sich nicht als derart originell erscheint, dass die Form Kennzeichencharakter beanspruchen könnte.
2.3 Die von der Beschwerdeführerin beanspruchte Form ist nicht in dem Sinne technisch notwendig, dass für sie überhaupt keine oder keine wirtschaftlich zumutbare Alternative zur Verfügung stände. Sie ist nicht absolut freihaltebedürftig (<ref-ruling> E. 4.4 S. 130 f.). Die Form ist vielmehr in dem Sinne technisch bedingt, dass sie mangels zureichender Originalität (oben E. 2.2) als individualisierendes Zeichen monopolisiert werden kann, wenn sie sich - obwohl ursprünglich zum Gemeingut gehörend - im Verkehr als Marke durchgesetzt hat (<ref-ruling> E. 6 S. 131). Die Vorinstanz hat jedoch auch verneint, dass die Beschwerdeführerin die Durchsetzung des Zeichens als Marke im Verkehr glaubhaft gemacht hat (<ref-ruling> E. 3.1 S. 332 f.). Sie hat dabei zutreffend berücksichtigt, dass der von der Beschwerdeführerin behauptete und mit entsprechenden Belegen bewiesene Gebrauch der beanspruchten Verpackungsform stets mit dem typischen Schriftzug und dem Namen der Zigaretten der Beschwerdeführerin und zudem in den typischen Farben abgebildet ist. Dass die Vorinstanz - auch unter Berücksichtigung der von der Beschwerdeführerin angeführten Verkaufszahlen - unter diesen Umständen nicht auf eine Durchsetzung der beanspruchten Form der Verpackung als Hinweis auf das Produkt der Beschwerdeführerin bei den Rauchern in der Schweiz schloss, ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Denn die beanspruchte Form der Beschwerdeführerin unterscheidet sich von der üblichen und erwarteten nur durch die Abschrägung der Längskanten und prägt sich somit in der Erinnerung der Adressaten kaum ein. An die Glaubhaftmachung der Verkehrsdurchsetzung sind unter diesen Umständen hohe Anforderungen zu stellen. Dies hat die Vorinstanz zutreffend erkannt, wenn sie es als nicht dargetan erachtete, dass das schweizerische Publikum im Zeitpunkt der Anmeldung allein aufgrund der beanspruchten Form die Herstellerin bzw. deren Produkte hätte identifizieren können (<ref-ruling> E. 3.4/3.5).
3. Die Vorinstanz hat der Formmarke der Beschwerdeführerin gestützt auf Art. 2 lit. a MSchG i.V.m. Art. 6quinquies lit. B Ziff. 2 PVÜ den Schutz für die Schweiz im Ergebnis zu Recht verweigert. Dass die Marke im Ursprungsland Deutschland registriert wurde, hat sie dabei zutreffend als unerheblich erachtet. Denn soweit wie hier kein Grenzfall vorliegt, besteht weder Raum für eine Eintragung im Zweifelsfall noch für eine - unter Umständen als Indiz zu beachtende - Berücksichtigung ausländischer Registrierungen (vgl. <ref-ruling> E. 5.5 S. 229). Die Beschwerdeführerin beanstandet zudem zu Recht nicht als bundesrechtswidrig, dass die Vorinstanz den Anspruch auf Gleichbehandlung mit den internationalen Registrierungen Nr. 656748, 640405 und 740002 wegen fehlender Vergleichbarkeit abgelehnt hat, da diese Marken zusätzlich über einen Farbanspruch verfügen.
4. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang ist die Gerichtsgebühr der Beschwerdeführerin zu auferlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Den Vorinstanzen, die sich haben vernehmen lassen, steht kein Anspruch auf Parteientschädigung zu (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum und der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Mai 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: