Sachverhalt:
A. Die Gemeindeversammlung der Einwohnergemeinde (EG) Saanen beschloss am 4. Dezember 2009 die "Überbauungsordnung Nr. 57.2; Wanderweg kantonal, Abschnitt Grund, Verbindung zwischen Weganlagen Grienbrücke und Grund, Parz. Nr. 1577 und Nr. 6071" (ÜO Wanderweg Grund), bestehend aus dem Überbauungsplan, dem Technischen Bericht (beide vom 20. April 2001) und dem Variantenplan (Varianten 1-4) vom April 2001, alle überarbeitet mit Datum vom 9. Januar 2009.
B. Das Amt für Gemeinden und Raumordnung (AGR) des Kantons Bern genehmigte die ÜO Wanderweg Grund am 7. Mai 2010 und wies die dagegen erhobene Einsprache der Eheleute X._ ab.
C. Die unterlegenen Einsprecher gelangten am 4. Juni 2010 an die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK). Diese wies die Beschwerde am 27. April 2011 ab, soweit sie darauf eintrat.
D. Das hierauf angerufene Verwaltungsgericht schützte den Entscheid der JGK mit Urteil vom 9. Januar 2012, soweit es auf die Beschwerde eintrat.
E. In ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. Februar 2011 (recte 2012) beantragen die Eheleute X._ dem Bundesgericht die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 9. Januar 2012. Der ÜO Nr. 57.2, Wanderweg Grund, sei die Genehmigung zu verweigern. Gleichzeitig ersuchen die Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die EG Saanen stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Auch die JGK und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern schliessen je auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) gelangt nach Prüfung der Angelegenheit zum Schluss, es handle sich ausschliesslich um die Anwendung des Bundesgesetzes über Fuss- und Wanderwege vom 4. Oktober 1985 (FWG; SR 704). Dafür sei das Bundesamt für Strassen (ASTRA) zuständig. Letzteres hält die Erwägungen des angefochtenen Urteils für richtig und beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Mit Verfügung vom 5. März 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid ist hauptsächlich in Anwendung des FWG und der kantonalen Ausführungsbestimmungen ergangen. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zur Verfügung (<ref-law>). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> besteht nicht. Angefochten ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Die Beschwerdeführer haben vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen. Sie sind als Eigentümer eines von der neuen Wegführung betroffenen Grundstücks (Nr. 1006) durch den Entscheid der Vorinstanz besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (<ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist darum grundsätzlich - unter dem Vorbehalt rechtsgenüglicher Begründung - einzutreten.
2. Die umstrittene ÜO Wanderweg Grund sieht für die Wanderwegführung die Variante 2 von insgesamt vier diskutierten Lösungen vor. Diese Route verläuft auf der Parzellengrenze der Grundstücke Nrn. 655 und 1006. Die Beschwerdeführer als Eigentümer des Grundstücks Nr. 1006 wehren sich gegen diese Linienführung, welche aus ihrer Sicht die Eigentumsgarantie verletzt. Zunächst stellen sie in Abrede, dass eine genügende gesetzliche Grundlage für den Eingriff bestehe.
2.1 Seiner in <ref-law> statuierten Pflicht, Grundsätze für die Fuss- und Wanderwegnetze festzulegen, ist der Bund mit Erlass des FWG nachgekommen. Gemäss Art. 4 Abs. 1 FWG sorgen die Kantone dafür, dass (a) bestehende und vorgesehen Fuss- und Wanderwegnetze in Plänen festgehalten werden und (b) die Pläne periodisch überprüft und nötigenfalls angepasst werden. Fusswegnetze umfassen nach Art. 2 Abs. 2 FWG untereinander zweckmässig verbundene Fusswege, Fussgängerzonen, Wohnstrassen und ähnliche Anlagen. Das FWG verpflichtet die Kantone des Weitern, dafür zu sorgen, dass Fuss- und Wanderwege angelegt, unterhalten und gekennzeichnet werden, diese Wege frei und möglichst gefahrlos begangen werden können und der öffentliche Zugang rechtlich gesichert ist (Art. 6 Abs. 1 FWG). Bei der Erfüllung ihrer übrigen Aufgaben nehmen die Kantone auf die Fuss- und Wanderwege Rücksicht (Art. 6 Abs. 2 FWG). Das kann namentlich bedeuten, dass sie bei der Durchführung einer kantonalen Aufgabe gleichzeitig Fuss- und Wanderwegstücke verbessern oder allenfalls ergänzen (Urteile 1C_376/2010 vom 1. Februar 2011 E. 11.2 und 1A.44/1988 vom 3. November 1988 E. 4a). Für angemessenen Ersatz durch vorhandene oder neu zu schaffende Wege ist zu sorgen, wenn die in den Plänen enthaltenen Fuss- und Wanderwegnetze oder Teile davon aufgehoben werden müssen (Art. 7 Abs. 1 FWG). Dies gilt beispielsweise, wenn solche Wege nicht mehr frei begehbar sind, unterbrochen werden, auf einer grösseren Strecke stark befahren bzw. für den allgemeinen Fahrverkehr geöffnet oder mit Belägen versehen werden, die für die Fussgänger ungeeignet sind (vgl. Art. 7 Abs. 2 FWG).
2.2 Der Kanton Bern hat entsprechende Regelungen im Strassengesetz vom 4. Juni 2008 (SG/BE; BSG 732.11) und der Strassenverordnung vom 29. Oktober 2008 (SV/BE; BSG 732.111.1) getroffen. Nach Art. 44 Abs. 2 SG/BE erlässt der Regierungsrat den Sachplan des Wanderroutennetzes. Dieser zeigt gemäss Art. 25 Abs. 4 SV/BE auf, welche Wanderwege neu zu erstellen, zu verlegen oder aufzuheben sind. Die Gemeinden planen, bauen und unterhalten die Fuss- und Wanderwege (Art. 44 Abs. 2 SG/BE). Sie legen das Fuss- und Wanderwegnetz in ihrer Richt- oder Nutzungsplanung fest (Art. 27 Abs. 1 SV/BE). Dazu hält das kantonale Baugesetz vom 9. Juni 1985 (BauG/BE; BSG 721.0) in Art. 116 Abs. 2 lit. a fest, dass das Wanderwegnetz gemäss den Grundsätzen des Bundes seiner Zweckbestimmung erhalten, nötigenfalls wiederhergestellt oder ergänzt werden soll. Als Planungsgrundlagen dienen den Gemeinden namentlich die Fuss- und Wanderweggesetzgebung, der kantonale Sachplan des Wanderroutennetzes sowie die Ziele und Konzepte der eigenen Ortsplanung (vgl. Art. 27 Abs. 2 SV/BE). Die Pläne sind regelmässig veränderten Verhältnissen anzupassen (Art. 29 SV/BE). Schliesslich sind erhebliche Eingriffe ins Fuss- und Wanderwegnetz baubewilligungspflichtig, sofern diese nicht in einer Überbauungsordnung festgelegt werden (Art. 33 Abs. 1 SV/BE).
2.3 Diese auch vom Verwaltungsgericht vorgenommene Darlegung der rechtlichen Ausgangslage macht klar, dass die gesetzliche Grundlage für den von den Beschwerdeführern bemängelten Eigentumseingriff gegeben ist. Gestützt auf Art. 4 und Art. 6 Abs. 1 FWG in Verbindung mit Art. 44 Abs. 2 SG/BE sowie Art. 88 Abs. 1 lit. a und Art. 128 Abs. 1 lit. c BauG/BE war die Gemeinde befugt, die neue Wegführung in der ÜO festzulegen. Die Beschwerdeführer begründen denn auch nicht näher, warum diese Normen nicht genügen sollen. Zwar liegt der kantonale Sachplan Wanderroutennetz noch nicht vor. Wie dem angefochtenen Entscheid zu entnehmen ist, lag der Entwurf dazu vom 15. Juni bis 14. Juli 2001 zur öffentlichen Mitwirkung im Sinn von Art. 58 BauG/BE öffentlich auf. Bis zum Inkrafttreten des Sachplans und der überarbeiteten kommunalen Richt- und Nutzungsplanung gelten die Wanderwege gemäss kantonalem Richtplan als Bestandteile des Wanderroutennetzes (Art. 61 Abs. 1 lit. a SV/BE). Gemäss Stellungnahme des Tiefbauamts vom 29. November 2011 im vorinstanzlichen Verfahren (act. 11 des Verwaltungsgerichts) ist momentan im Entwurf des Sachplans noch das aktuell signalisierte Wanderroutennetz eingetragen. Das heisst, dass im Bereich Gstaad-Grund die heutige provisorische Wegführung entlang der Gsteigstrasse (mit zweimaliger Querung der Hauptstrasse und mit Belag) verzeichnet ist (Variante 4 der geprüften Lösungen). Sobald die ÜO Wanderweg Grund rechtskräftig sei, werde der Entwurf des Sachplans nachgeführt und die neue Route im Feld signalisiert. Im kommunalen Richtplan aus dem Jahr 2002 ist dagegen noch die Variante 1 vermerkt, eine Linienführung in südöstlicher Richtung quer durch die Liegenschaft der Beschwerdeführer. Dieser Weg wird seit Jahren nicht mehr benutzt, da sich die Beschwerdeführer dagegen zur Wehr gesetzt hatten. Aus diesen offensichtlich revisionsbedürftigen Plänen bzw. Entwürfen können die Beschwerdeführer nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die gesetzlichen Grundlagen für eine Neuüberarbeitung des Wanderwegnetzes sind in jedem Fall gegeben. Indem die Beschwerdeführer dies kategorisch in Abrede stellen, kommen sie ihrer Begründungspflicht nicht nach (<ref-law>).
3. Die Beschwerdeführer verneinen denn auch ein öffentliches Interesse an der von der Gemeinde gewählten Lösung. Dabei verkennen sie, dass dem Verwaltungsgericht bei der Prüfung der verschiedenen Varianten im Rahmen seiner Rechtskontrolle (Art. 80 lit. b des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 23. Mai 1989 [VRPG/BE; BSG 155.21]) eine beschränkte Kognition zustand. Ermessensmissbrauch ist nur gegeben, wenn die Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür und von rechtsungleicher Behandlung, das Gebot von Treu und Glauben sowie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 615; <ref-ruling> E. 2 S. 152; je mit Hinweisen).
3.1 Die Vorinstanz hat sich eingehend mit den zur Diskussion stehenden Linienführungen auseinander gesetzt und nicht einfach die Meinung vertreten, es müsse für jeden aufgehobenen Weg ein neuer erstellt werden. Zunächst sei zu prüfen, ob der aufgehobene Teil des Wegnetzes auf schon bestehende Wege umgelegt werden könne. Erst wenn eine solche Umlegung zu keiner befriedigenden Lösung führe, sei die Schaffung eines neuen Wegs anzustreben. In der Folge hat es die verschiedenen Lösungen miteinander verglichen, insbesondere die von der Gemeinde gewählte Variante 2 und die von den Beschwerdeführern bevorzugte, momentane Variante 4.
3.1.1 Das Verwaltungsgericht nimmt dabei vorab Bezug auf den Beschwerdeentscheid der JGK vom 27. April 2011. Die Direktion hatte darin erwogen, dem Fachbericht des Tiefbauamts vom 24. Februar 2010 sei zu entnehmen, dass der gemäss Variante 2 geplante, 1.2 m breite und mit einem Naturbelag versehene Wanderweg den Anforderungen an die Wanderweggesetzgebung vollumfänglich entspreche. In der Steigung von knapp 18 % an einer Stelle des Wegs erblicke das Tiefbauamt keinen Hinderungsgrund für die vorgesehene Wegführung. Die von der Gemeinde gewählte Linienführung sei attraktiver als die seit einigen Jahren provisorisch markierte Variante 4; letztere führe entlang der Hauptstrasse, die zudem zweimal überquert werden müsse. Neben den damit verbundenen Gefahren für Kinder, sei das Trottoir durchgehend mit Hartbelag versehen und habe für die Wandernden einen zwar geringen, aber unattraktiven Umweg zur Folge. Die Variante 4 werde daher im Gegensatz zu Variante 2 den Anforderungen der Gesetzgebung nicht gerecht. Gegen die Variante 3 entlang der Saane spreche der damit verbundene Eingriff in den geschützten Uferbereich. Der erforderliche Pufferstreifen zwischen Ufer und Wanderweg habe eine Entwertung des Landwirtschaftslands zur Folge. Da die Beschwerdeführer den freien Zugang ihrer Pferde zur Saane nicht hätten einschränken wollen und sich gegen eine aus Sicherheitsgründen gebotene Abzäunung des Wanderwegs gewehrt hätten, habe die Gemeinde diese Variante nicht weiter verfolgt.
3.1.2 Im Rahmen seiner anschliessenden Rechtskontrolle lässt das Verwaltungsgericht den Einwand der Beschwerdeführer, wonach der Weg nach Variante 2 mit einer Breite von 1.2 m zu schmal sei, nicht gelten: Das ASTRA sehe in seinem Handbuch "Bau und Unterhalt von Wanderwegen" bei gelb markierten Wanderwegen eine Trasseebreite von 1-1.2 m vor (ASTRA/Schweizer Wanderwege [Hrsg.], Bau und Unterhalt von Wanderwegen, Handbuch, Vollzugshilfe Langsamverkehr Nr. 9, Bern 2009, S. 25). Es werde nicht in Abrede gestellt, dass ein Teilstück des Wegs eine Steigung von rund 18% aufweise und damit rund 3 % höher ausfalle als die bei gelb markierten Wanderwegen grundsätzlich anzustrebende Längsneigung von maximal 15% (Handbuch ASTRA a.a.O., S. 15). Diese geringe Abweichung lasse die Variantenwahl der Gemeinde nicht als unsachlich bzw. rechtsfehlerhaft erscheinen, zumal es sich lediglich um einen Richtwert handle und nur eine kurze Strecke von rund 26 m betroffen sei. Der Weg werde an dieser Stelle gemäss Normalprofil Nr. 2 der schrägen Beschaffenheit des Geländes angepasst. Er werde einen Kieskoffer mit Mergel aufweisen und mit Querabschlägen für das Oberflächenwasser ausgestattet, welche zusätzlichen Halt für die Wandernden böten.
3.1.3 Bei der heute provisorisch markierten Variante 4 gelte es zu bedenken, dass laut Untersuchungen und Erfahrungen Hartbeläge (Bitumen, Beton usw.) für Wanderwege ungeeignet seien. Namentlich die Problematik der zunehmenden Asphaltierung von Wanderwegen sei Ausgangspunkt gewesen für die Schaffung von Art. 37quater aBV(heute <ref-law>). Ideal seien Wanderwege ohne Hartbeläge und ohne allgemeinen Fahrverkehr (BBl 1983 IV 1 ff., S. 5, 8 und 11). Dass mit Hartbelägen versehene Strassen als Wanderwege ungeeignet seien, ergebe sich aus Art. 6 der Verordnung über die Fuss- und Wanderwege vom 26. November 1986 (FWV; SR 704.1) in Verbindung mit Art. 7 Abs. 2 FWG. Die Linienführung über das asphaltierte Trottoir auf der Gsteigstrasse sei schon aus diesem Grund nachteilig. Hinzu komme, dass die zweimalige Überquerung der Hauptstrasse sowie das dort höhere Verkehrsaufkommen speziell für Kinder aus Sicherheitsgründen problematisch wäre. Gegen die Variante 4 spreche auch, dass sie nicht dem Grundsatz der möglichst direkten Linienführung folge (ASTRA/Wanderwege Schweiz [Hrsg.], Qualitätsziele Wanderwege Schweiz, Materialien Langsamverkehr Nr. 113, Bern 2007, S. 13, sowie Handbuch, a.a.O., S. 15).
3.2 Diese Ausführungen sind überzeugend und belegen ein öffentliches Interesse an der neuen Wegführung, welche diverse Vorteile gegenüber der heutigen provisorischen Route aufweist. Dies zeigt ein Blick auf den Plan Nr. 2000.356.2, Varianten 1-4, 1:2000 vom April 2001, zuletzt geändert am 9. Januar 2009. Demgegenüber bringen die Beschwerdeführer auch im bundesgerichtlichen Verfahren lediglich appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid vor, ohne darzutun, inwiefern der Vorinstanz eine Rüge wegen Verletzung von Bundes- oder Verfassungsrecht zu machen wäre. Selbst wenn sie ihre Lösung für zweckmässiger erachten, bedeutet dies nicht, dass die kommunale Variante rechtswidrig wäre. Bei seiner Beurteilung durfte sich das Verwaltungsgericht zur Berücksichtigung der Praxis durchaus auf das Handbuch des ASTRA stützen, dient dieses doch als Hilfe beim Vollzug der gesetzlichen Vorgaben. So hält insbesondere Art. 6 FWV ausdrücklich fest, dass namentlich alle bitumen-, teer- oder zementgebundenen Deckbeläge für Wanderwege ungeeignet im Sinne von Art. 7 Abs. 2 lit. d FWG sind. Entsprechend empfiehlt das ASTRA in seiner Vollzugshilfe zu Art. 7 FWG denn auch mit Blick auf die kantonalen Rechtsprechungen, die Ersatzpflicht bei Belagseinbauten so zu handhaben, dass das Wanderwegnetz weitgehend frei von ungeeigneten Belägen bleibe, weil aus vielen kürzeren Wegstrecken im Verlaufe der Zeit grössere Wegstrecken mit bitumen- oder zementgebundenen Belägen entstünden (ASTRA/Schweizer Wanderwege [Hrsg.], Ersatzpflicht für Wanderwege, Vollzugshilfe zu Art. 7 FWG, Bern 2012, S. 27).
Den Sicherheitsaspekt nennt im Übrigen Art. 6 Abs. 1 lit. b FWG: Danach sorgen die Kantone dafür, dass die Wege frei und möglichst gefahrlos begangen werden können. Es liegt auf der Hand, dass der Verzicht auf die heute notwendige zweimalige Querung der Hauptstrasse eine Steigerung der Fussgänger-Sicherheit mit sich bringt. Schon der Bundesrat hat in seiner Botschaft zum FWG festgehalten:
"Im Gegensatz zu den Fusswegnetzen dienen die Wanderwegnetze hauptsächlich der Erholung. Diese Funktion bedingt bestimmte technischen Anforderungen. Als ideal kann ein Wanderwegnetz angesehen werden, das aus Wegen ohne Hartbeläge und ohne allgemeinen Fahrverkehr besteht. Heute ist allerdings festzustellen, dass die Wanderwegnetze auch weniger geeignete Elemente wie Trottoirs und dem allgemeinen Fahrverkehr geöffnete Strassen enthalten. Ein wichtiges Anliegen ist, zu verhüten, dass die heutige Situation sich verschlechtert."
(BBl 1983 IV S. 8). Das öffentliche Interesse an der mit der neuen Wegführung einhergehenden Verbesserung ist demnach offensichtlich.
3.3 Die Ausführungen der Beschwerdeführer zu anderen möglichen Routen sind insgesamt unbehelflich. Das Verwaltungsgericht hatte lediglich zu prüfen, ob seine Vorinstanzen ihr Ermessen überschritten hatten. Die dargelegten Gründe für ein überwiegendes Interesse an der gewählten Variante 2 sind nachvollziehbar. Weder die kommunalen noch die kantonalen Instanzen sind in Willkür verfallen, zumal das öffentliche Interesse an der Variante 2 auch bei einer freien Prüfung zu bejahen ist.
4. 4.1 Zur Verhältnismässigkeit der umstrittenen Wegführung zieht das Verwaltungsgericht in Erwägung, die Beschwerdeführer müssten 55 m2 ihrer 14'675 m2 grossen Parzelle Nr. 1006 mittels Dienstbarkeit zur Verfügung stellen; dies stelle gegenüber den Varianten 1, 3 und namentlich der von ihnen eingebrachten Lösung auf der bestehenden Pferdegaloppstrecke einen kleineren Eingriff in ihre Eigentumsrechte dar und erscheine angesichts des öffentlichen Interesses ohne Weiteres zumutbar. Die ÜO Wanderweg Grund sei sowohl geeignet als auch erforderlich, um das angestrebte Ziel der Wanderwegverbindung zu erreichen. Der von der Planung verfolgte Zweck lasse sich nicht mit einer weniger einschneidenden Massnahme erreichen.
4.2 Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, überzeugt nicht. Sie wiederholen wiederum ihre Vorbehalte gegenüber dem öffentlichen Interesse an Variante 2. Hinsichtlich des zu beurteilenden Eigentumseingriffs sind aber diejenigen Einschränkungen von Relevanz, welche die Beschwerdeführer selber zu gewärtigen haben, nicht die Kosten, welche allenfalls auf das Gemeinwesen zukommen. Zudem stützen sich die Beschwerdeführer bei den zu erwartenden kommunalen Aufwendungen auf vage Berechnungen. Auch die Befürchtungen, ihre privaten Brunnen könnten als Hundebäder benutzt oder ihre Pferde von Wandern unsachgemäss gefüttert werden, sind nicht belegt, zumal sich ein solcher Missbrauch durch geeignete Massnahmen verhindern lässt. Das öffentliche Interesse daran, eine zweimalige Strassenquerung zu verhindern, überwiegt solche Einschränkungen bei Weitem. Die von den Beschwerdeführern behaupteten Gefahren hätten im Übrigen auch bei der Linienführung auf der Reitstrecke bestanden (siehe E. 5.3.5 des angefochtenen Urteils), ganz abgesehen von der Gefährdung der Wanderer durch galoppierende Pferde.
5. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang haben die Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Einwohnergemeinde Saanen, der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie dem Bundesamt für Umwelt und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juli 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber