Sachverhalt:
A. Der 1975 geborene H._ war als Service Engineer der X._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als am 14. April 2003 in einem Tunnel ein Fahrzeug auf das Auto des Versicherten auffuhr. Im Spital Y._ wurde noch am gleichen Tag eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 29. Juli 2008 und Einspracheentscheid vom 15. November 2010 per 31. August 2008 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht mehr adäquat kausal durch das Unfallereignis vom 14. April 2003 verursacht worden seien.
B. Die von H._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. März 2012 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt H._, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihre Leistungen auch über den 31. August 2008 hinaus zu erbringen. Zudem sei ihm der Ersatz der Gutachtenskosten für das Gutachten vom 11. Februar 2010 im Umfang von Fr. 12'500.- zuzusprechen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Im kantonalen Entscheid werden die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law>) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule und bei schleudertraumaähnlichen Verletzungen (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der SUVA für die über den 31. August 2008 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden des Versicherten. Dabei wird zu Recht nicht geltend gemacht, diese Beschwerden seien auf einen im Sinne der Rechtsprechung organisch hinreichend nachweisbaren Gesundheitsschaden (vgl. Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008 E. 8.2) zurückzuführen.
4. 4.1 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 3.1). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Die entsprechende Qualifikation des Ereignisses vom 14. April 2003 durch die Vorinstanz ist somit nicht zu beanstanden. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre demnach nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
4.2 Das kantonale Gericht hat erwogen, von den massgeblichen Kriterien sei höchstens eines - jenes der erheblichen Beschwerden - erfüllt. Demgegenüber mach der Beschwerdeführer geltend, sowohl das Kriterium der erheblichen Beschwerden als auch jenes der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen sei ausgeprägt erfüllt. Er macht demgegenüber zu Recht nicht geltend, eines der übrigen fünf Kriterien sei erfüllt.
4.3 Die Erheblichkeit der Beschwerden im Sinne des einschlägigen Adäquanzkriteriums beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Zu diesem gehört auch das Arbeitsleben. Somit ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz aus der Eingliederung des Versicherten in den Arbeitsmarkt geschlossen hat, das Kriterium sei jedenfalls nicht in ausgeprägten Ausmass erfüllt.
4.4 Massgebend zur Beurteilung des Kriteriums der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen ist eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129). Somit muss zur Erfüllung des Kriteriums selbst nach ernsthaften Anstrengungen eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit übrig bleiben. Da der Versicherte nunmehr gut in den Arbeitsmarkt integriert und wieder teilzeitlich erwerbstätig ist, erscheint das Kriterium jedenfalls nicht in seiner ausgeprägten Form gegeben. Ob es in seiner einfachen Form erfüllt ist, kann vorliegend offenbleiben, da selbst dann, wenn man das Kriterium bejaht, ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang nicht als adäquat erscheint.
4.5 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zugunsten des Versicherten die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines allfälligen natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfall vom 14. April 2003 und den über den 31. August 2008 hinaus anhaltend beklagten Beschwerden zu verneinen. Der Einsprache- und der kantonale Gerichtsentscheid bestehen demnach zu Recht; die Beschwerde des Versicherten ist abzuweisen.
5. Die Kosten eines von der versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der Sachverhalt erst aufgrund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186, U 282/00 E. 5.1). Dies ist vorliegend nicht der Fall, so dass dem Antrag auf Übernahme der Kosten des Gutachtens vom 11. Februar 2010 durch die Beschwerdegegnerin nicht stattzugeben ist.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer