Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich erliess am 4. April 2007 eine neue Verordnung über die Gerichtsgebühren (GebV/ZH). § 2 regelt deren Bemessungsgrundlage; er lautet wie folgt:
1Grundlage für die Festsetzung der Gebühren bilden der Streitwert bzw. das tatsächliche Streitinteresse, der Zeitaufwand des Gerichts und die Schwierigkeit des Falls.
2Bei offensichtlichem Missverhältnis zwischen Streitwert und tatsächlichem Streitinteresse bemisst sich die Gebühr nach dem höheren der beiden Werte.
3In den Gerichts- und Staatsgebühren sind die Schreib- und Zustellgebühren, die Gebühren für die Vorladungen und die Kosten für Telekommunikation enthalten.
Der Zürcher Kantonsrat genehmigte am 12. November 2007 die Verordnung und lehnte gleichzeitig einen Minderheitsantrag auf Nichtgenehmigung mit 88 gegen 79 Stimmen ab. Im Rat wurde unter anderem Kritik an der neuen Regelung von § 2 Abs. 2 geäussert; diese würde zu einer Aushöhlung des Instituts der Teilklage führen.
Die Verordnung wurde am 21. Dezember 2007 publiziert; sie trat am 1. Januar 2008 in Kraft.
B. Renata Grünenfelder und David Husmann beantragen dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Februar 2008, § 2 Abs. 1 und 2 der Verordnung des Obergerichts über die Gerichtsgebühren vom 4. April 2007 aufzuheben. Sie machen geltend, die beiden Bestimmungen weichten das prozessuale Institut des Streitwerts auf und höhlten jenes der Teilklage aus, wodurch eidgenössisches und kantonales Recht sowie Völkerrecht verletzt werde.
Das Obergericht und der Kantonsrat Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde.
C. Im zweiten Schriftenwechsel halten die Beschwerdeführer an ihrem Antrag fest. Das Obergericht und der Kantonsrat haben auf eine weitere Stellungnahme verzichtet.
D. Am 3. April 2009 hat die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts die Angelegenheit an einer publikumsöffentlichen Sitzung beraten (vgl. Art. 57, 58 Abs. 1 und 59 BGG).

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer fechten im Verfahren der sog. abstrakten Normenkontrolle eine Bestimmung einer kantonalen Verordnung an. Insoweit steht gemäss <ref-law> die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zur Verfügung. Nach <ref-law> kann gegen kantonale Erlasse direkt an das Bundesgericht gelangt werden, wenn kein kantonales Rechtsmittel zur Verfügung steht. Im Gegensatz zu kantonalen Entscheiden im Sinne von <ref-law> verlangt das Bundesgerichtsgesetz kein oberes kantonales Gericht entsprechend <ref-law> als Vorinstanz des Bundesgerichts. Zwar sieht Art. 79 Abs. 2 der neuen Zürcher Kantonsverfassung vom 27. Februar 2005 (KV/ZH; SR 131.211) vor, dass kantonale Verordnungen bei einem vom Gesetz zu bezeichnenden obersten Gericht anfechtbar sind. Der Gesetzgeber hat nach Inkrafttreten der Verfassung indes fünf Jahre Zeit, um ein solches Rechtspflegeverfahren einzurichten (Art. 138 Abs. 1 lit. b KV/ZH). Zurzeit besteht gegen die fragliche Verordnung des Obergerichts noch kein Rechtsmittelweg an ein kantonales Gericht; eine Vorlage zur Anpassung der Rechtspflegeerlasse ist erst in Vorbereitung. Vor Ablauf der fünfjährigen Anpassungsfrist verleiht Art. 79 Abs. 2 KV/ZH keinen direkten Anspruch auf eine Normenkontrolle durch eine kantonale Instanz (Art. 138 Abs. 2 KV/ZH). Die Verordnung des Obergerichts ist deshalb direkt beim Bundesgericht anfechtbar. Die Beschwerdeführer sind zur Beschwerde berechtigt (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 290). Die Beschwerdefrist von 30 Tagen ab Publikation des Erlasses - am 21. Dezember 2007 - wurde mit Blick auf den Fristenstillstand vom 18. Dezember bis und mit 2. Januar eingehalten (vgl. Art. 101 in Verbindung mit <ref-law>).
2. § 2 Abs. 1 GebV/ZH zählt die Kriterien auf, nach denen die Gerichtsgebühren zu bemessen sind; massgeblich sind der Streitwert bzw. das tatsächliche Streitinteresse, der Zeitaufwand des Gerichts und die Schwierigkeit des Falls. Die Beschwerdeführer behaupten, die Erwähnung des tatsächlichen Streitinteresses widerspreche kantonalem und eidgenössischem Recht sowie Völkerrecht. Sie begründen diese Rüge indessen überhaupt nicht näher. Sie behaupten zwar, die genannte Bestimmung höhle das Instrument der Teilklage aus, zeigen indessen nicht auf, inwiefern dies der Fall sein soll. Ihre Kritik gilt vielmehr allein Abs. 2 von § 2 GebV/ZH, wonach bei einem offensichtlichen Missverhältnis zwischen Streitwert und tatsächlichem Streitinteresse auf den höheren der beiden Werte abzustellen ist.
Auf die Beschwerde ist daher mangels genügender Begründung nicht einzutreten, soweit sie sich gegen § 2 Abs. 1 GebV/ZH richtet (vgl. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 6 S. 397).
3. Nach Auffassung der Beschwerdeführer bewirkt § 2 Abs. 2 GebV/ZH, dass die Gerichtsgebühren bei Teilklagen nicht mehr nach dem Streitwert, sondern immer nach dem höheren tatsächlichen Streitinteresse bemessen werden müssen. Dadurch würden das Instrument der Teilklage ausgehöhlt und der Anspruch auf ein rasches und wohlfeiles Verfahren (Art. 18 Abs. 1 KV/ZH), der Gleichbehandlungsgrundsatz (<ref-law> und Art. 14 EMRK), die Verfahrensgarantien von Art. 29 und 29a BV sowie Art. 6 und 13 EMRK bzw. Art. 14 UNO-Pakt II (SR 0.103.2) und abgaberechtliche Grundsätze (<ref-law>) verletzt. Ausserdem verstosse die erwähnte Bestimmung gegen die bundes- und kantonalrechtlich gewährleistete Dispositionsmaxime, den Grundsatz des sozialen Zivilprozesses und die Streitwertregelung gemäss § 18 Abs. 1 der Zürcher Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 (ZPO/ZH).
Zur Illustration ihrer Rügen verweisen die Beschwerdeführer auf einen komplexen Haftpflichtfall mit Dauerinvalidität und unklarer Haftungsgrundlage. Es müsse dem Kläger möglich sein, die Grundfrage der Haftung mit einer Teilklage gerichtlich beurteilen zu lassen, ohne das Kostenrisiko tragen zu müssen, das beim Einklagen des gesamten Anspruchs bestehe. Zu Letzterem führe aber § 2 Abs. 2 GebV/ZH, der aufgrund seiner apodiktischen Formulierung in einem solchen Fall eine Gebührenfestsetzung nach dem Streitwert der Teilklage nicht zulasse, sondern ein Abstellen auf das tatsächliche Streitinteresse verlange.
4. Soweit die Beschwerdeführer die Verletzung von einfachem kantonalem Recht rügen, ist darauf nicht einzutreten, da dieses gemäss <ref-law> nicht zu den statthaften Beschwerdegründen gehört.
5. Im Rahmen der abstrakten Normenkontrolle hebt das Bundesgericht eine kantonale Norm nur auf, wenn sie sich einer Auslegung entzieht, die mit dem angerufenen höherrangigen Recht vereinbar ist. Erscheint eine generell-abstrakte Regelung unter normalen Verhältnissen als zulässig, so vermag die ungewisse Möglichkeit, dass sie sich in besonders gelagerten Einzelfällen als rechtswidrig auswirken könnte, ein Eingreifen des Bundesgerichts im Stadium der abstrakten Normenkontrolle nicht zu rechtfertigen. Die Betroffenen haben die Möglichkeit, eine allfällige Rechtswidrigkeit bei der Anwendung im Einzelfall geltend zu machen (<ref-ruling> E. 2 S. 295; <ref-ruling> E. 2.1 S. 86, je mit Hinweisen).
6. Im zürcherischen Prozessrecht wird bei Rechtsverhältnissen, für welche die Dispositionsmaxime gilt (vgl. § 54 Abs. 2 und 3 ZPO/ZH), die sog. Teilklage als zulässig angesehen. Die Dispositionsmaxime - und damit auch die Teilklage - wird ausschliesslich vom kantonalen Prozessrecht geregelt (<ref-ruling> E. 5d S. 460). Mit diesem Instrument klagt der Rechtsuchende nur einen Teil der von ihm behaupteten Gesamtforderung ein. Die Befugnis zur Teilklage findet nach der Praxis des Zürcher Obergerichts eine Schranke grundsätzlich nur im Verbot des Handelns gegen Treu und Glauben (Urteil vom 15. Februar 1984 E. 2, publ. in: Blätter für zürcherische Rechtsprechung [ZR] 83/1984 Nr. 104 S. 254 ff.).
7. Den Beschwerdeführern geht es darum, mit einer Teilklage den Streitwert und damit das Kostenrisiko zu begrenzen. Es fragt sich, ob die von den Beschwerdeführern angerufenen Verfassungsrechte diese Möglichkeit der Beschränkung des Kostenrisikos überhaupt gewährleisten. Jedenfalls hat das Bundesgericht der Gegenpartei, gegen die eine Teilklage erhoben wird, ein rechtliches Interesse zuerkannt, durch Widerklage den Nichtbestand des ganzen behaupteten Anspruchs oder Schuldverhältnisses feststellen zu lassen (als sog. negative Feststellungsklage). Der für die Berechnung der Gerichtskosten und Parteientschädigungen massgebende Betrag bestimmt sich dann nach dem gesamten Wert des in Abrede gestellten Rechtsverhältnisses. Der Kläger hat insoweit hinzunehmen, dass das Motiv für die Erhebung der Teilklage - nämlich das geringere Kostenrisiko - im Ergebnis durchkreuzt wird (Urteil 5C.252/2006 vom 1. Mai 2007 E. 5.1 und 5.2).
Immerhin sieht auch die neue - noch nicht in Kraft getretene - eidgenössische Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 (ZPO) in Art. 86 die Teilklage zur Reduzierung der Prozesskosten vor (vgl. Referendumsvorlage in BBl 2009 21 ff.; Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, BBl 2006 7288 zu Art. 84 E-ZPO). Eine Verringerung der Verfahrenskosten durch eine Teilklage kann zudem im Interesse sowohl des Klägers als auch des Beklagten liegen.
Ob die Teilklage den Schutz der von den Beschwerdeführern angerufenen Bestimmungen geniesst, kann aber offen gelassen werden. Denn die Beschwerde erweist sich bereits aus anderen Erwägungen als unbegründet, soweit auf sie einzutreten ist.
8. 8.1 Gemäss § 2 Abs. 1 GebV/ZH bildet der Streitwert neben weiteren Kriterien Grundlage für die Festsetzung der Gerichtsgebühren. Diese berechnen sich zunächst nach dem Streitwert und können je nach Zeitaufwand und Schwierigkeit des Falles bis auf das Doppelte erhöht oder auf die Hälfte herabgesetzt werden (§§ 4, 9 und 10 GebV/ZH; vgl. auch Urteil 4P.315/2006 vom 22. Mai 2007 E. 2.2.2). Der Streitwert richtet sich gemäss <ref-law>/ZH nach dem Rechtsbegehren des Klägers zur Zeit des Eintritts der Rechtshängigkeit (vgl. auch <ref-law>). Gemäss der hier interessierenden Bestimmung des § 2 Abs. 2 GebV/ZH bemessen sich die Gebühren "bei offensichtlichem Missverhältnis zwischen Streitwert und tatsächlichem Streitinteresse" nach dem höheren der beiden Werte. Es ist indes nicht zum Vornherein klar, was genau unter offensichtlichem Missverhältnis einerseits und tatsächlichem Streitinteresse anderseits zu verstehen ist. Beide Begriffe werden weder in der Verordnung noch in anderen Erlassen näher erläutert.
8.2 Auf den ersten Blick könnte § 2 Abs. 2 GebV/ZH tatsächlich so verstanden werden, wie es die Beschwerdeführer tun und denn auch beanstanden (E. 3 hievor). Demnach käme es für die Bemessung der Gerichtsgebühren bei einer Teilklage regelmässig nicht auf das eigentliche Klagebegehren an, sondern darauf, was bzw. wieviel der Anspruchsteller über die Teilklage hinaus insgesamt zu fordern beabsichtigt, falls er mit dieser durchdringt.
8.3 Eine solche Auslegung der neuen Norm widerspricht jedoch der bisherigen Rechtsprechung. Das Bundesgericht hatte sich bereits zu einer vergleichbaren Bestimmung im Kanton Luzern zu äussern, in der statt des Begriffs des tatsächlichen Interesses derjenige des wirtschaftlichen Interesses verwendet wird. Es hat festgehalten, dass das wirtschaftliche Interesse bei Geltendmachung einer ersten Rate einer Kaufpreisforderung nicht auch die restlichen Raten umfasst, wenn über diese kein verbindlicher Entscheid gefällt wird; die gegenteilige Auffassung sei willkürlich. Dass der Entscheid über die Teilforderung eine "gewisse präjudizielle Wirkung" - im Sinne einer Prognose - für weitere strittige Ansprüche haben könne, rechtfertige unter den erwähnten Umständen nicht, für die Bestimmung der Höhe der Gerichtskosten auf die letztgenannten Ansprüche abzustellen (Urteil 4A_43/2008 vom 4. März 2008 E. 3.4-3.6, in: Pra 2008 Nr. 121 S. 756). Die Beschwerdeführer verweisen ausserdem selber auf ein Urteil des Zürcher Obergerichts, in dem dieses erklärt, bei Teilklagen bemesse sich die Gerichtsgebühr nach dem Streitwert gemäss Rechtsbegehren und nicht nach einem angeblichen wirtschaftlichen Interesse (Urteil vom 15. Februar 1984 E. 2c und 4, in: ZR 83/1984 Nr. 104 S. 254 ff.).
An dieser Auslegung, wonach sich bei Teilklagen das tatsächliche Interesse grundsätzlich nicht auf den Gesamtbetrag des Anspruchs erstreckt, ist festzuhalten. Denn der Kläger erhält beim Obsiegen mit einer Teilklage nur einen Titel über den entsprechenden Teilanspruch. Wegen der weitergehenden Forderungen, die nicht Gegenstand der Teilklage waren, wird er möglicherweise zusätzlich klagen müssen, ohne dass er Gewissheit haben kann, auch mit diesen erfolgreich zu sein. Dabei werden erneut Kosten anfallen. Die Gerichte sind in Bezug auf die erst später geltend gemachten Forderungen nicht an ihre Erwägungen im Urteil über die Teilklage gebunden. Aufgrund neuer Erkenntnisse - sei es in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht - können sie einen Sachverhalt bzw. Rechtsfragen anders beurteilen. In Rechtskraft erwächst bei einem Urteil über eine Teilklage lediglich der eingeklagte Teilanspruch (vgl. BGE 42 II 696 E. 4 S. 702; Urteil C.214/1987 vom 21. Juni 1988 E. 1d, in: SJ 1988 S. 609). Auch die Verjährung wird bei einer Teilklage regelmässig nur bezüglich des eingeklagten Teilanspruchs unterbrochen (<ref-ruling> E. 9c S. 203 mit Hinweisen).
8.4 Auch aus der Entstehungsgeschichte von § 2 Abs. 2 GebV/ZH geht nicht - wie von den Beschwerdeführern behauptet - hervor, dass bei Teilklagen regelmässig der Gesamtanspruch zur Bemessung der Gerichtsgebühren herangezogen werden soll. So ist vielmehr nur in Ausnahmefällen zu verfahren, wenn die mit der Erhebung einer Teilklage angestrebte Reduktion des Kostenrisikos missbräuchlich erscheint und die Klage nach der Zürcher Praxis (E. 6 in fine) nicht bereits gegen Treu und Glauben verstösst. In diesem Sinne ist der in § 2 Abs. 2 GebV/ZH verwendete Ausdruck des offensichtlichen Missverhältnisses zu verstehen.
Die Erhebung einer Teilklage - namentlich in Haftpflichtsachen - erscheint nicht bereits deshalb missbräuchlich, weil der Teilanspruch erheblich geringer ist als die Gesamtforderung. Ein Rechtsmissbrauch liegt erst dann vor, wenn ein Rechtsinstitut zweckwidrig zur Verwirklichung von Interessen verwendet wird, die dieses Rechtsinstitut nicht schützen will (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 151, je mit Hinweisen). Rechtsmissbrauch wird unter anderem angenommen, wenn ein Recht ohne schützenswertes Interesse ausgeübt wird oder wenn dessen Ausübung zu einem krassen Missverhältnis berechtigter Interessen führt (vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 118; <ref-ruling> E. 5.1 S. 497, je mit Hinweisen). In welchen Einzelfällen wegen des Einklagens "ganz kleiner Streitwerte" - so die Formulierung des Präsidenten des Obergerichts (im Protokoll des Zürcher Kantonsrats der Sitzung vom 12. November 2007, KR-Nr. 137a/2007, S. 1411) - ein offensichtliches Missverhältnis gegeben und deshalb für die Gebührenfestsetzung auf einen höheren Interessenwert abzustellen ist, werden die Zürcher Justizbehörden aufgrund der jeweiligen Gesamtumstände zu prüfen haben. Dabei ist auch die nach § 9 GebV/ZH eingeräumte Möglichkeit zu berücksichtigen, bei grösserem Aufwand höhere Gebühren festzusetzen, ohne dass bereits von einem Missbrauch die Rede zu sein braucht.
9. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG). Parteientschädigungen werden nicht geschuldet (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte und unter solidarischer Haftbarkeit für den gesamten Betrag auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonsrat Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Merz