Sachverhalt:
A. X._ (geboren am 19. Oktober 1959, nachfolgend: Beschwerdeführer) und Y._ (geboren am 15. November 1967, nachfolgend: Beschwerdegegnerin) heirateten am 7. Dezember 1990. Sie haben drei gemeinsame Kinder, A._ (geboren am 14. Februar 1991), B._ (geboren am 11. Februar 1993), und C._ (geboren am 31. Januar 1996). Seit Mitte Februar 2006 leben die Parteien getrennt.
B. Mit Eingabe vom 1. Mai 2006 stellten die Parteien ein gemeinsames Scheidungsbegehren nach Art. 112 ZGB.
Am 19. April 2007 fällte das Amtsgericht Luzern-Land, II. Abteilung, das Scheidungsurteil, welches in Bezug auf den Ehegatten- und Kinderunterhalt folgende Regelung enthielt:
"3. Der Gesuchsteller hat der Gesuchstellerin ab Rechtskraft des Scheidungsurteils für die drei Kinder monatliche, vorauszahlbare und ab Verfall je zu 5% verzinsliche Unterhaltsbeiträge von Fr. 490.00 zuzüglich Kinder- und Ausbildungszulagen je Kind zu bezahlen.
(Indexierung)
4. Das Begehren der Gesuchstellerin um einen persönlichen Unterhaltsbeitrag wird abgewiesen."
C. Mit Eingaben vom 2. Mai/4. Juni 2007 reichte die Beschwerdegegnerin gegen dieses Urteil beim Obergericht des Kantons Luzern Appellation ein und beantragte im Wesentlichen, es sei ihr in Aufhebung von Ziff. 4 des angefochtenen Urteils ein monatlicher Unterhaltsbeitrag von Fr. 400.-- für die Dauer von fünf Jahren, danach für weitere fünf Jahre von Fr. 800.-- und danach bis zu ihrem gesetzlichen AHV-Alter von Fr. 1'200.-- zuzusprechen. Mit Urteil vom 6. August 2007 hiess das Obergericht die Appellation teilweise gut und änderte Ziff. 4 des vorinstanzlichen Urteils wie folgt:
"4. Der Gesuchsteller hat der Gesuchstellerin ab Rechtskraft des Urteils für sie persönlich folgende, monatliche, vorauszahlbare und ab Verfall je zu 5% verzinsliche Unterhaltsbeiträge zu bezahlen:
- bis 28. Februar 2009 Fr. 200.--,
- danach bis 28. Februar 2011 Fr. 700.--,
- danach bis 31. Januar 2012 Fr. 1'000.--,
- danach bis 31. Januar 2017 Fr. 400.--.
(Indexierung)
Es wird festgestellt, dass die Gesuchstellerin bis Ende Februar 2009 einen Fehlbetrag von Fr. 470.-- und danach bis Ende Januar 2012 von Fr. 245.-- bzw. Fr. 240.-- aufweist. Sie wird im Sinne von Art. 129 Abs. 3 ZGB berechtigt, innerhalb von fünf Jahren eine Erhöhung ihres für die ersten drei Phasen festgelegten Unterhaltsbeitrags zu verlangen, falls sich die wirtschaftlichen Verhältnisse des Gesuchstellers entsprechend verbessern."
D. Mit Beschwerde vom 12. September 2007 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des Urteils des Obergerichts, seine Befreiung von jeglichen nachehelichen Unterhaltsbeiträgen an die Beschwerdegegnerin und die Streichung des Vorbehalts gestützt auf Art. 129 Abs. 3 ZGB. Sodann ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Mit Verfügung vom 11. Oktober 2007 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Es wurde keine Vernehmlassung eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist der in einem kantonal letztinstanzlichen Scheidungsurteil festgesetzte nacheheliche Unterhalt in einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Umfang; auf die Beschwerde ist somit einzutreten (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
Das Bundesgericht prüft frei, ob die behaupteten Rechtsverletzungen gegeben sind (Art. 106 Abs. 1 BGG). Demgegenüber kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Gemäss den vorinstanzlichen und für das Bundesgericht verbindlichen (Art. 105 Abs. 1 BGG) Feststellungen führten die Parteien während 15 Jahren eine Ehe, aus welcher drei Kinder hervorgegangen sind. Die Parteien pflegten eine klassische Rollenteilung, bei der die Beschwerdegegnerin die Kinder grosszog. Seit Dezember 2006 arbeitet sie in einer Bäckerei mit einem Pensum von rund 50%.
Das Obergericht ist zutreffend von einer lebensprägenden Ehe ausgegangen. Demgemäss berechnet sich der nacheheliche Unterhalt gemäss Art. 125 ZGB in folgenden drei Schritten (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil 5A_513/2007 vom 18. Dezember 2007, E. 4): Vorab ist der gebührende Unterhalt zu bestimmen, wofür die massgebenden Lebensverhältnisse der Parteien festzustellen sind; bei lebensprägender Ehe bemisst sich der gebührende Unterhalt an dem in der Ehe zuletzt gemeinsam gelebten Standard (zuzüglich scheidungsbedingter Mehrkosten), auf dessen Fortführung bei genügenden Mitteln beide Teile Anspruch haben (<ref-ruling> E. 3.2 S. 594 f.), der aber gleichzeitig auch die Obergrenze des gebührenden Unterhalts bildet (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 8; <ref-ruling> nicht publizierte E. 2.2). Sodann ist zu prüfen, inwiefern die Ehegatten diesen Unterhalt je selber finanzieren können; der Vorrang der Eigenversorgung ergibt sich direkt aus dem Wortlaut von Art. 125 Abs. 1 ZGB. Ist diese einem Ehegatten vorübergehend oder dauerhaft nicht möglich bzw. zumutbar, so dass er auf Unterhaltsleistungen des anderen angewiesen ist, muss in einem dritten Schritt dessen Leistungsfähigkeit ermittelt und ein angemessener Unterhaltsbeitrag festgesetzt werden; dieser beruht auf dem Prinzip der nachehelichen Solidarität (vgl. <ref-ruling> E. 2a/aa S. 291; zur Stufenfolge s. auch Urteil 5C.244/2006 vom 13. April 2007, E. 2.4.1).
3. Der Beschwerdeführer erzielt unbestrittenermassen einen Lohn von monatlich Fr. 4'540.-- (einschliesslich 13. Monatslohn). Das Obergericht hat ausgeführt, dass diesem Betrag bis zur Mündigkeit der ältesten Tochter ein Notbedarf von Fr. 2'751.-- sowie Kinderunterhaltsbeiträge von je Fr. 490.-- gegenüberstünden, sodass dem Beschwerdeführer ein Überschuss von Fr. 319.-- verbleibe.
Ebenfalls unbestritten sind die derzeitigen Einkünfte der Beschwerdegegnerin, welche aus Kinderunterhaltsbeiträgen und Kinderzulagen von insgesamt Fr. 2'110.-- sowie Lohn von Fr. 1'450.-- bestehen und sich somit auf Fr. 3'560.-- belaufen. Es wurde vorinstanzlich festgestellt, dass der Notbedarf der Beschwerdegegnerin insgesamt Fr. 4'080.-- betrage, sodass ihr ein Fehlbetrag von mindestens Fr. 520.-- erwachse.
4. Strittig ist, ob das Obergericht bei der Festlegung der Ausgaben der Beschwerdegegnerin zu Recht auch die Krankenkassenprämien für sie und die drei Kinder berücksichtigt hat. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Beschwerdegegnerin hätte angesichts der Mangelsituation offensichtlich Anspruch auf Prämienverbilligung, sodass sie ihren Notbedarf praktisch decken könnte. Er rügt in diesem Zusammenhang ebenfalls einen Verstoss gegen das Willkürverbot sowie gegen die Untersuchungsmaxime.
Der Beschwerdeführer beruft sich in diesem Zusammenhang auf eine Äusserung der Beschwerdegegnerin im Eheschutzverfahren, wonach ihre damalige Prämienverbilligung zwischen Fr. 4'000.-- und Fr. 4'500.-- betragen habe und sie zum Umfang der Prämienverbilligungen im Jahre 2006 keine Angaben habe machen können. In der Klageantwort vor Amtsgericht machte der Beschwerdeführer ebenfalls geltend, die Beschwerdegegnerin werde in den Genuss einer vollen Prämienverbilligung kommen. Das Amtsgericht bejahte jedoch in seinem Urteil vom 19. April 2007 die Anrechenbarkeit der Krankenkassenprämien. Auch die Beschwerdegegnerin machte in der Appellationsschrift vom 4. Juni 2007 einen Notbedarf von rund Fr. 4'080.-- geltend, in welchem zufolge Verweisung auf die Klage die Krankenkassenprämien enthalten waren. Gleichwohl unterliess es der damalige Anwalt des Beschwerdeführers, in seiner Stellungnahme vor Obergericht vom 4. Juli 2007 auf den angeblichen Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Prämienverbilligung hinzuweisen. Entgegen seinen Ausführungen ist das Verfahren betreffend die Festsetzung des Ehegattenunterhalts nicht von der Untersuchungsmaxime, sondern von der Verhandlungsmaxime beherrscht (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 414). Im Übrigen entbindet die Untersuchungsmaxime nicht von der Mitwirkungspflicht (<ref-ruling> E. 2a/aa S. 80; <ref-ruling> nicht publizierte E. 2b/aa; <ref-ruling> E. 5.4 S. 511, 607 nicht publizierte E. 6.2 und 6.3). Entsprechend den erstinstanzlichen Feststellungen und den Vorbringen der Beschwerdegegnerin ist die Vorinstanz davon ausgegangen, dass die Krankenkassenprämien hinzuzurechnen seien. Da es der Beschwerdeführer unterlassen hat, die diesbezüglichen Vorbringen vorinstanzlich geltend zu machen, obwohl er dazu durchaus veranlasst gewesen wäre, handelt es sich um neue und somit unzulässige Tatsachen (Art. 99 Abs. 1 BGG). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
5. Strittig ist sodann, ob die Vorinstanz den Betrag für die Tochter A._nach deren Mündigkeit im richtigen Umfang abgezogen hat. Die Vorinstanz ist von einem Notbedarf von nunmehr Fr. 3'665.--, somit von einem Abzug von Fr. 415.-- ausgegangen. Demgegenüber macht der Beschwerdeführer geltend, es hätte der für die Tochter eingesetzte Grundbetrag von Fr. 500.-- sowie, wenn man mit der Vorinstanz die Krankenkassenprämien hinzurechne, der entsprechende Anteil der Tochter von Fr. 80.--, somit insgesamt der Betrag von Fr. 580.-- abgezogen werden müssen.
Dieser Einwand stösst ins Leere: Bei der Berechnung des Notbedarfs der Beschwerdegegnerin hat die Vorinstanz u.a. auf die Grundbeträge für die drei Kinder abgestellt. Da der Sohn C._ im Zeitpunkt der Mündigkeit der ältesten Tochter A._ das 12. Lebensjahr überschritten haben wird, hat sie in Bezug auf die Grundbeträge offensichtlich und zu Recht nicht nur Fr. 500.-- abgezogen, sondern zusätzlich die Erhöhung des Grundbetrags des Sohnes von Fr. 350.-- um Fr. 150.-- auf Fr. 500.-- berücksichtigt. Dies führt zu einem Abzug betreffend die Grundbeträge von insgesamt Fr. 350.--. Somit beträgt der zusätzliche Abzug für die Krankenkassenprämien der Tochter A._lediglich Fr. 65.--. Dieser Betrag erscheint als durchaus angemessen, zumal er von der seitens des Beschwerdeführers geltend gemachten Summe von Fr. 80.-- nur geringfügig abweicht.
6. Umstritten ist weiter der Betrag des anrechenbaren hypothetischen Einkommens der Beschwerdegegnerin.
Diesbezüglich führt das Obergericht aus, dass der Beschwerdegegnerin eine Teilzeitarbeit zuzumuten sei, da sie die drei Kinder im Alter von 11 1/2 bis 16 1/2 Jahre betreue, diese ihre Eltern zwar nicht dauernd beanspruchten, teilweise aber noch stark der elterlichen Betreuung und Zuwendung bedürften. Die Beschwerdegegnerin schöpfe ihre Eigenversorgungskapazität mit ihrer gegenwärtigen Tätigkeit zu 50% genügend aus. Ab 2012, wenn das jüngste Kind das 16. Altersjahr erreicht habe, sei es ihr zumutbar, ihr Arbeitspensum auf 100% zu erhöhen und damit einen Nettolohn von Fr. 3'200.-- zu erzielen.
Der Beschwerdeführer führt dagegen an, es sei der Beschwerdegegnerin ab März 2009 ein hypothetisches Einkommen von mindestens Fr. 2'200.-- anzurechnen, da sie ab diesem Zeitpunkt von den Betreuungspflichten weitgehend entlastet sei. Ab März 2011 sei der Beschwerdegegnerin ein volles Pensum anzurechnen, da dann das jüngste Kind bereits 15-jährig sei. Für die Zeit ab dem Jahre 2012 macht der Beschwerdeführer ein hypothetisches Einkommen der Beschwerdegegnerin von Fr. 4'200.-- geltend. Er begründet dies damit, dass sie als Damen- und Herrencoiffeuse ausgebildet und ausserdem gesund sei.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung betreffend die Anrechnung eines hypothetischen Einkommens kann demjenigen Ehegatten, welcher die Kinder betreut, die Aufnahme einer vollen Erwerbstätigkeit erst von dem Zeitpunkt an zugemutet werden, in welchem das jüngste Kind das 16. Altersjahr zurückgelegt hat (<ref-ruling> E. 5b S. 289; <ref-ruling> E. 3c S. 10). Das jüngste Kind des Beschwerdeführers wird erst im Jahre 2012 das 16. Altersjahr vollendet haben. Vor diesem Hintergrund ist nicht ersichtlich, weshalb die Vorinstanz bei der Berechnung des hypothetischen Einkommens Bundesrecht verletzt haben soll, wenn sie bis zu diesem Zeitpunkt von einer Eigenversorgungskapazität von 50% ausgegangen ist (vgl. Schwenzer, FamKomm Scheidung, Bern 2005, N. 59 zu Art. 125 ZGB).
Was die Höhe des hypothetischen Einkommens ab dem Jahre 2012 anbelangt, ist auf die Rechtsprechung zu verweisen, wonach Annahmen kantonaler Instanzen über hypothetische Geschehensabläufe, die auf Schlussfolgerungen aus konkreten Anhaltspunkten (vorliegend insbesondere Gesundheitszustand und Arbeitsmarktlage) beruhen, nicht als Rechtsfrage, sondern als Ergebnis von Beweiswürdigung gelten (<ref-ruling> E. 2a S. 12). Annahmen betreffend hypothetische Einkommen sind deshalb für das Bundesgericht verbindlich, wenn sie nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung beruhen und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist. Weshalb diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen, ist nicht ersichtlich: Die Vorinstanz hat bei der Berücksichtigung des hypothetischen Einkommens auf die derzeitige Tätigkeit der Beschwerdegegnerin abgestellt; der blosse Hinweis auf ihre frühere Ausbildung vermag diese Beweiswürdigung - insbesondere unter Berücksichtigung der Wiedereinstiegschancen der Beschwerdegegnerin - nicht zu entkräften. Insofern erweist sich die Beschwerde als unsubstanziiert und ist auf sie nicht einzutreten.
7. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, dass Steueraufwendungen zu berücksichtigen seien, soweit er einen Überschuss erziele.
Wie bereits ausgeführt, ist das Obergericht betreffend die Zeit bis Ende Februar 2009 von einem Fehlbetrag der Beschwerdegegnerin von Fr. 520.-- und einem Überschuss des Beschwerdeführers von Fr. 319.-- ausgegangen (s. oben, E. 3). Es hat weiter festgehalten, dass sich der Fehlbetrag der Beschwerdegegnerin nach Abzug des Kindesunterhalts für die Tochter A._bis Ende Februar 2011 auf Fr. 795.-- belaufe , während der Überschuss des Beschwerdeführers rund Fr. 800.-- betrage.
Diesen knappen finanziellen Verhältnissen der Parteien ist - wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat - Rechnung zu tragen. Der Beschwerdeführer verkennt, dass die Steuerlast bei engen finanziellen Möglichkeiten unberücksichtigt zu bleiben hat (<ref-ruling> E. 1a/aa S. 356; <ref-ruling> E. 2b S. 70, 289 E. 2a/bb S. 292). Somit liegt keine Verletzung von Bundesrecht vor, wenn die Vorinstanz die Steuern im Rahmen der Berechnung der Unterhaltsbeiträge bis Ende Februar 2011 nicht berücksichtigt hat. Ab März 2011 hat sie beim Beschwerdeführer einen Betrag für Steueraufwendungen von Fr. 250.-- und bei der Beschwerdeführerin einen Betrag von Fr. 150.-- (bis Ende Januar 2012) bzw. Fr. 250.-- (ab Februar 2012) eingesetzt. Auch diese Einwände stossen somit ins Leere.
8. Der Beschwerdeführer wendet sich ferner gegen die Verpflichtung, bis 31. Januar 2017 eine Rente von monatlich Fr. 400.-- auszurichten. Das Obergericht begründete diese Verpflichtung damit, dass die Beschwerdegegnerin aufgrund ihres tiefen Einkommens sowie ihrer Teilzeitarbeit ihre Vorsorge weniger auszubauen vermöge und es sich um eine lebensprägende Ehe handle. Der Beschwerdeführer sieht darin einen Verstoss gegen das Prinzip des "clean break". Er rügt, dass der gesamte an die Beschwerdegegnerin zu leistende Betrag im Vergleich zum eigenen Vorsorgeaufbau, welchen er realisieren könne, übersetzt sei.
Der Beschwerdeführer verkennt, dass bei der Festsetzung der Unterhaltsbeiträge das Prinzip der nachehelichen Solidarität gilt (s. oben, E. 2). Vor diesem Hintergrund ist nicht ersichtlich, weshalb das Obergericht Bundesrecht verletzt haben soll, zumal die vorinstanzlich festgestellten Auslagen der Beschwerdegegnerin eher knapp bemessen sind.
9. Strittig ist schliesslich der Vorbehalt nach Art. 129 Abs. 3 ZGB. Der Beschwerdeführer rügt die vorinstanzlich Feststellung eines Fehlbetrags von Fr. 470.-- bis Ende Februar 2009. Er tut jedoch nicht dar, inwieweit diese Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen soll und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein soll. Auch diesbezüglich erweist sich die Beschwerde als unsubstanziiert und ist auf sie nicht einzutreten.
9. Strittig ist schliesslich der Vorbehalt nach Art. 129 Abs. 3 ZGB. Der Beschwerdeführer rügt die vorinstanzlich Feststellung eines Fehlbetrags von Fr. 470.-- bis Ende Februar 2009. Er tut jedoch nicht dar, inwieweit diese Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen soll und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein soll. Auch diesbezüglich erweist sich die Beschwerde als unsubstanziiert und ist auf sie nicht einzutreten.
10. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Ausführungen zeigen, konnte der Beschwerde von Anfang an kein Erfolg beschieden sein, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (Art. 64 Abs. 1 BGG) und das betreffende Gesuch abzuweisen ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp