zieht das Bundesgericht in Erwägung:
1.- Namentlich gestützt auf die Aussagen von H._ und B._ (nachfolgend: die Auskunftspersonen I und II) sprach das Bezirksgericht Zofingen S._ am 28. Januar 1999 der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig. S._ erhob dagegen Berufung beim Obergericht des Kantons Aargau, das das Rechtsmittel am 27. Januar 2000 abwies. Er führt gegen dieses Urteil staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs, willkürlicher Beweiswürdigung sowie Verstosses gegen den Grundsatz "in dubio pro reo".
2.- Der Beschwerdeführer ist durch das angefochtene, kantonal letztinstanzliche Endurteil in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und insbesondere zur Erhebung der Willkürbeschwerde legitimiert (Art. 88 OG; Näheres dazu in <ref-ruling> E. 1a S. 44; <ref-ruling> E. 3c/aa S. 280; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 47; <ref-ruling> E. 1a S. 255, mit Hinweisen; siehe auch für die am 1. Januar 2000 in Kraft getretene Bundesverfassung vom 18. April 1999 [BV] das zur Publikation vorgesehene Urteil vom 3. April 2000). Da - unter folgendem Vorbehalt - auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die staatsrechtliche Beschwerde einzutreten.
Soweit der Beschwerdeführer Widersprüche und Besonderheiten im Aussageverhalten der Auskunftspersonen I und II geltend macht (Beschwerdeschrift Ziffer 3.7), genügt seine Beschwerdeschrift dagegen den Begründungsanforderungen gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG nicht (<ref-ruling> E. 1b S. 495).
3.- Der Beschwerdeführer macht geltend, das Obergericht habe sowohl gegen die Beweislast- als auch gegen die Beweiswürdigungsregel verstossen, welche beide aus dem Grundsatz "in dubio pro reo" fliessen. Ausserdem habe es zu Unrecht seinem Beweisantrag nicht entsprochen und damit sein rechtliches Gehör verletzt.
a) Konkret wirft der Beschwerdeführer dem Obergericht vor, die Aussagen der beiden Auskunftspersonen, die letztlich zum Schuldspruch geführt hätten, willkürlich gewürdigt zu haben: So soll die Auskunftsperson I gemäss eigenem Kundtun ab Juni 1995 mehrmals wöchentlich in der Wohnung des Beschwerdeführers an der M._-Strasse 128 in Zürich gewesen sein und Drogen in Empfang genommen haben. Das widerspreche jedoch den aktenkundigen Aufenthalts- und Wohnsitzverhältnissen des Beschwerdeführers zu jenem Zeitpunkt: Er, der Beschwerdeführer, sei erst im Dezember 1995 nach Zürich gezogen. Seinen Vormieter an der M._-Strasse habe er nicht gekannt. Die Einwendung des Obergerichts, wonach er sich bereits vor Dezember 1995 "ohne ausdrückliche Vereinbarung" dort aufgehalten haben könne, sei nicht ausgewiesen und willkürlich. Bei dieser Sachlage hätte das Obergericht mit Blick auf seinen Anspruch auf rechtliches Gehör die drei vorgeschlagenen Zeugen (den Mieter der Wohnung an der M._-Strasse bzw. Vermieter des Zimmers des Beschwerdeführers, seinen Vormieter sowie den damaligen Hauswart) anhören müssen. Für die Zeit vor Dezember 1995 könnten die Behauptungen der beiden Auskunftspersonen auf keinen Fall wahr sein. Ferner hätten die elf erwachsenen Bewohner der Liegenschaft an der M._-Strasse 128 die beiden Auskunftspersonen nie gesehen, obwohl diese betont hätten, sie hätten sich bei ihren zahlreichen Besuchen nicht versteckt.
b) Ausserdem habe die Auskunftsperson II behauptet, sie habe ihn, den Beschwerdeführer, jeweils am Nachmittag und am Abend an der M._-Strasse aufgesucht. Er habe jedoch nachweislich vor allem in der zweiten Tageshälfte, d.h. am Nachmittag und am Abend, gearbeitet. Das stelle die Glaubwürdigkeit der Auskunftsperson II stark in Frage. Nicht glaubwürdig sei sie ferner mit Bezug auf den einzigen Drogentransport, dessen Datum die Strafbehörden dem Angeklagten hätten konkret vorwerfen können: Die Untersuchungsbehörden hätten sich dabei auf eine polizeiliche Radarfotografie gestützt, auf welcher die Auskunftsperson II ersichtlich sei.
Diese habe sich angeblich bei dieser Fahrt zu ihm - dem Beschwerdeführer - begeben. An jenem Tag habe er jedoch nachweislich gearbeitet und ihr daher unmöglich Drogen übergeben können. Im Übrigen hätten die kantonalen Instanzen allgemein keine Bemühungen zur Feststellung der konkreten Daten und Tageszeiten der angeblichen Transportfahrten unternommen.
Das Obergericht habe ferner die Tatsache übergangen, dass gegen die Auskunftsperson I im Zusammenhang mit einem Verkehrsunfall eine Anklage wegen Irreführung der Rechtspflege erhoben worden sei.
c) Als weitere Ungereimtheit an der obergerichtlichen Beweiswürdigung nennt der Beschwerdeführer die Tatsache, dass der Wissenschaftliche Dienst der Stadtpolizei Zürich beim Betreten seines Zimmers unmittelbar nach seiner Verhaftung im November 1996 festgestellt habe, dass dieses sehr schmutzig sei, ohne jedoch - trotz aufwendigen Analysen - Rückstände von Heroin oder Kokain gefunden zu haben.
Die Annahme des Obergerichts, wonach die fehlenden Drogenspuren nicht zum Vornherein gegen die Schuld des Beschwerdeführers sprächen, sei nicht vertretbar. Denn es sei nicht möglich, ein Lokal nur mit Bezug auf Heroin oder Kokain zu reinigen und dabei den restlichen Schmutz zu belassen. Weiter dürften die widersprüchlichen Aussagen, die er, der Beschwerdeführer, betreffend den in seiner Wohnung sichergestellten Geldbetrag gemacht habe, nicht schwer ins Gewicht fallen. Gemäss den Akten habe er dieses Geld wohl am 6. Juli 1996 von seinem Bankkonto abgehoben. Im Dezember 1996 habe er ausgesagt, er wisse nicht mehr, wann er diesen Betrag bezogen habe. Anlässlich der erstinstanzlichen Verhandlung habe er zunächst das Gleiche wiederholt. Erst nachdem die Frage mehrmals gestellt worden sei, habe er einen mutmasslichen Tag des Geldbezugs angegeben. Wegen dieses (geringen) Widerspruchs dürfe nichts Negatives hinsichtlich seiner Glaubwürdigkeit abgeleitet werden.
4.-Gemäss der aus Art. 4 der Bundesverfassung vom 29. April 1874 (aBV) fliessenden und in Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Maxime "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis seiner Schuld zu vermuten, dass der wegen einer strafbaren Handlung Angeklagte unschuldig ist (<ref-ruling> E. 2a S. 87 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 35). Nach der Praxis des Bundesgerichts stellt dieser Grundsatz sowohl eine Beweiswürdigungs- als auch eine Beweislastregel dar (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 37). Das gilt auch für die Unschuldsvermutung, wie sie in <ref-law> verankert ist.
a) Als Beweiswürdigungsregel besagt die Maxime, dass sich der Strafrichter nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Die Beweiswürdigungsregel ist verletzt, wenn der Strafrichter an der Schuld des Angeklagten hätte zweifeln müssen. Dabei sind bloss abstrakte und theoretische Zweifel nicht massgebend, weil solche immer möglich sind und absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann.
Es muss sich um erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel handeln, d.h. um solche, die sich nach der objektiven Sachlage aufdrängen (<ref-ruling> E. 2a S. 88; <ref-ruling> E. 2c S. 37; Robert Hauser/Erhard Schweri, Schweizerisches Strafprozessrecht, 3. Aufl. , S. 211 f. Rz. 12).
b) Bei der Beurteilung von Fragen der Beweiswürdigung beschränkt sich das Bundesgericht auf eine Willkürprüfung.
Es kann demnach nur eingreifen, wenn der Sachrichter den Angeklagten verurteilte, obgleich bei objektiver Würdigung des ganzen Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an dessen Schuld fortbestanden (<ref-ruling> E. 2a S. 88; <ref-ruling> E. 2d S. 38). Willkür liegt nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichtes vor, wenn der angefochtene kantonale Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4a S. 5; <ref-ruling> E. 3a S. 114; <ref-ruling> E. 1b S. 30; <ref-ruling> E. 2b S. 88). Eine materielle Rechtsverweigerung ist nicht schon dann gegeben, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erschiene, sondern nur dann, wenn das Ergebnis schlechterdings mit vernünftigen Gründen nicht zu vertreten ist (<ref-ruling> E. 2a S. 88). Der Sachrichter verfällt insbesondere nicht in Willkür, wenn seine Schlüsse nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen (BGE <ref-ruling> E. 2b S. 88).
c) Als Beweislastregel bedeutet der Grundsatz "in dubio pro reo", dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen, und nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss. Die Maxime ist verletzt, wenn der Strafrichter einen Angeklagten mit der Begründung verurteilt, er habe seine Unschuld nicht nachgewiesen (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 37). Ob der Sachrichter diese Beweislastregel verletzt hat, prüft das Bundesgericht frei (BGE <ref-ruling> E. 2e S. 38).
d) Der Anspruch auf rechtliches Gehör, der nun ausdrücklich in <ref-law> verankert ist, umfasst das Recht, Beweisanträge zu stellen und - als Korrelat - die Pflicht der Behörde zur Beweisabnahme, soweit die Beweise formgerecht und rechtzeitig angeboten wurden sowie geeignet sind, zur Klärung einer erheblichen Tatsache beizutragen (<ref-ruling> E. 2a/aa S. 16; <ref-ruling> E. 3b S. 383 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1c; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2b). Auf ein beantragtes Beweismittel kann demnach beispielsweise verzichtet werden, wenn der Sachverhalt, den eine Partei beweisen will, nicht rechtserheblich ist oder wenn das Gericht den Sachverhalt gestützt auf seine eigene Sachkenntnis zu würdigen imstande ist (zur sog. antizipierten Beweiswürdigung siehe <ref-ruling> E. 4a S. 211 mit Hinweisen). Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK, worauf sich der Beschwerdeführer ebenfalls beruft und wonach der Angeklagte das Recht hat, Fragen an die Belastungszeugen zu stellen und die Ladung und Vernehmung von Entlastungszeugen unter denselben Bedingungen wie die der Belastungszeugen zu erwirken, verleiht in Bezug auf die Zulässigkeit antizipierter Beweiswürdigung unter dem Gesichtspunkt des rechtlichen Gehörs keine weitergehenden Rechte, als sie die Rechtsprechung aus der Bundesverfassung hergeleitet hat (<ref-ruling> E. 2b S. 164, mit Hinweisen). Der Angeklagte hat keinen unbedingten Anspruch auf Befragung von Entlastungszeugen. Auf deren Ladung und Vernehmung kann der Strafrichter vielmehr verzichten, wenn er, ohne in Willkür zu verfallen, zur Auffassung gelangen durfte, die Vernehmung weiterer Zeugen werde an der Würdigung der bereits abgenommenen Beweise voraussichtlich nichts mehr ändern (<ref-ruling> E. 4a S. 211; 274 E. 5b S. 285; <ref-ruling> E. 2b S. 163; <ref-ruling> E. 1b S. 308 f., mit Hinweisen; Frowein/Peukert, EMRK-Kommentar, Kehl 1985, N. 138 zu Art. 6 EMRK).
5.- Hinsichtlich der aus der Unschuldsvermutung fliessenden Beweislastregel ist die Rüge des Beschwerdeführers offensichtlich unbegründet: Das angefochtene Strafurteil beruht keineswegs darauf, dass der Beschwerdeführer seine Unschuld nicht habe nachweisen können. Vielmehr stützt das Obergericht sein Urteil auf zahlreiche konkrete Sachverhaltselemente, welche gegen die behauptete Unschuld des Beschwerdeführers sprechen.
6.- Die von der Unschuldsvermutung abgeleitete Beweiswürdigungsregel ist ebenfalls nicht verletzt. Wie nachfolgend darzulegen ist, kann dem Obergericht weder eine willkürliche Beweiswürdigung vorgeworfen werden, noch bestehen nach einer gesamthaften Betrachtung der als willkürfrei zu bezeichnenden, den Beschwerdeführer belastenden Momente erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel an seiner Schuld:
a) Mit Bezug auf die Aufenthalts- und Wohnsitzverhältnisse des Beschwerdeführers zwischen Juni und Dezember 1995 ist dem Beschwerdeführer zuzugestehen, dass die diesbezügliche Annahme des Obergerichts auf einem dünnen Boden beruht.
Sie ist dennoch nicht schlechthin unhaltbar, da sich das Obergericht dabei auf die Aussagen von zwei Auskunftspersonen stützt; die vom Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang angerufenen Beweisstücke belegen nur, dass er sein Zimmer offiziell erst ab Dezember 1995 bezogen hat. Das bedeutet jedoch, wie es das Obergericht angenommen hat, nicht, dass er das Zimmer nicht bereits vorher für den Drogenumsatz benutzt haben könnte, wie es beide Auskunftspersonen übereinstimmend behaupten. Letztere hätten zum Vornherein nicht beurteilen können, ob die Zimmereinrichtung ihm gehört habe, so dass ihre Aussagen auch richtig gewesen wären, wenn das besagte Zimmer zwischen Juni und Dezember 1995 sowohl formell als auch faktisch von einer anderen Person als vom Angeklagten bewohnt gewesen wäre. Ausserdem schliesst die Tatsache, dass sich die erwachsenen Bewohner des Wohnblocks des Beschwerdeführers an beide Auskunftspersonen nicht zu erinnern vermochten, nicht zum Vornherein aus, dass sich diese dennoch dorthin begeben haben. Die Aussagen der beiden Auskunftspersonen müssen nicht schon deshalb als falsch betrachtet werden.
b) Das Obergericht durfte ferner, ohne in Willkür zu verfallen, annehmen, dass sich die Auskunftsperson II am Tag, an dem sie bei einer polizeilichen Radarkontrolle abgelichtet wurde, zur Wohnung des Beschwerdeführers begab.
Denn der Beschwerdeführer streitet nicht ab, dass beide Auskunftspersonen ausgesagt haben, dass er nicht bei jedem Drogentransport in der Wohnung anwesend gewesen sei. In diesem Zusammenhang macht er nur geltend, dass der Inhalt dieser Aussagen falsch sei. Das Obergericht durfte die Aussagen der Auskunftspersonen als glaubhafter bewerten als jene des Beschwerdeführers.
Mit Bezug auf den Zeitpunkt, zu welchem die Auskunftsperson II aussagt, Drogen bei ihm, dem Beschwerdeführer, abgeholt zu haben, behauptet dieser nicht, er habe immer, d.h. jeden Nachmittag und jeden Abend, gearbeitet.
Damit sind ihre Behauptungen keineswegs unmöglich, so dass sich das Obergericht davon überzeugen lassen durfte. Das gilt umso mehr, als beide Auskunftspersonen übereinstimmend aussagen, dass der Angeklagte beim Drogentransport nicht immer dabei gewesen sei.
c) Wie es mit dem vom Beschwerdeführer behaupteten, vom Obergericht aber nicht erwähnten Strafverfahren gegen die Auskunftsperson I steht, und ob der Beschwerdeführer diese Einwendung vor dem Obergericht überhaupt vorgetragen hat, kann offen bleiben. Denn das Obergericht hat die Aussagen der Auskunftspersonen nicht blind übernommen, sondern jeweils auf vertretbare Weise begründet, weshalb diese zu überzeugen vermochten. Ausserdem hat es die äusseren Umstände erwähnt, welche die Glaubwürdigkeit der beiden Auskunftspersonen beeinträchtigen könnten, und dazu willkürfrei Stellung genommen: Die Aussagen der beiden Frauen würden zahlreiche Realitätskriterien aufweisen. Es bestünden keinerlei Beweggründe dafür, dass sie unwahre Angaben machen sollten, zumal sie sich mit ihren Aussagen selber massiv belasten würden. Sie hätten auch nach ihrer Freilassung, d.h. ohne den Druck der Inhaftierung, an ihren Darstellungen festgehalten. Schliesslich sei gemäss den psychiatrischen Gutachten ihre Wahrnehmungsfähigkeit auch während der Drogensucht nicht beeinträchtigt gewesen.
d) Die Annahme, dass bei der gelegentlichen Öffnung von Drogenpaketen die Täter mit grösster Vorsicht gehandelt hätten, was das Fehlen von Drogenspuren erkläre, ist vertretbar trotz der Tatsache, dass die Wohnung des Angeklagten bei der Ankunft des Wissenschaftlichen Dienstes der Stadtpolizei Zürich besonders schmutzig gewesen sein soll: So ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdeführer nicht hätte nur den Ort reinigen können, an welchem die Drogenpakete geöffnet wurden.
e) Wie die widersprüchlichen Aussagen des Beschwerdeführers mit Bezug auf das in seinem Zimmer gefundene Bargeld zu bewerten sind, kann offen bleiben, denn das Obergericht hat nicht auf den Widerspruch an und für sich Gewicht gelegt. Vielmehr hat es dargelegt, dass es die im Berufungsverfahren angegebene Version des Beschwerdeführers für unglaubwürdig halte und einen anderen Ablauf als glaubhafter betrachte. Die diesbezüglichen Widersprüche des Beschwerdeführers im erstinstanzlichen Verfahren erwähnt das Obergericht ausdrücklich nur "nebenbei". So lautet der angefochtene Entscheid (E. 2d S. 14): "Nur nebenbei sei erwähnt, dass sich der Angeklagte anlässlich der vorinstanzlichen Hauptverhandlung in neue Widersprüche verstrickte, indem er ausführte, (...)".
f) Zusammenfassend ist Folgendes festzuhalten: Der angefochtene Schuldspruch beruht weitgehend auf den Aussagen der Auskunftspersonen I und II, von deren Glaubwürdigkeit sich das Obergericht ohne Verstoss gegen das Willkürverbot überzeugen lassen durfte. Der Beschwerdeführer hat zwar gewisse Sachverhaltselemente hervorgehoben, die nicht mit absoluter Sicherheit nachgewiesen sind, so dass seinen Unschuldsbekräftigungen nur Behauptungen der Auskunftspersonen entgegenstehen. Es trifft insbesondere zu, dass nicht restlos abgeklärt ist, inwiefern er über das Zimmer an der M._-Strasse während der Zeit vor seinem offiziellen Einzug dort tatsächlich verfügte. Ausserdem stehen zu den jeweiligen Drogentransporten weder genaue Zeitangaben noch konkrete Daten fest. Das begründet jedoch keine offensichtlich erheblichen und schlechterdings nicht zu unterdrückenden Zweifel an der Schuld des Beschwerdeführers. Schliesslich brauchte das Obergericht unter diesen Umständen die vom Beschwerdeführer angebotenen Zeugen nicht anzuhören. Diese hätten im besten Fall bezeugen können, dass das Zimmer an der M._-Strasse zwischen Juni und Dezember 1995 nicht dem Angeklagten gehört habe, und vielleicht sogar, dass er nie dort gewesen sei. Selbst dann hätte das Obergericht auf vertretbare Weise die Version der beiden Auskunftspersonen als glaubhafter einstufen dürfen. Diese Instanz durfte daher in antizipierter Beweiswürdigung auf die Anhörung der angebotenen Zeugen verzichten, ohne das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers zu verletzen.
7.- Nach dem Gesagten ist die Beschwerde als unbegründet abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da er mittellos ist und seine Beschwerde nicht zum Vornherein aussichtslos war (Art. 152 Abs. 1 und 2 OG). Dementsprechend sind keine Gerichtsgebühren zu erheben, und Rechtsanwalt Markus Weber ist als unentgeltlicher Verteidiger einzusetzen und aus der Bundesgerichtskasse angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.- Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es wird keine Gerichtsgebühr erhoben.
b) Fürsprecher Markus Weber, Aarau, wird als unentgeltlicher Verteidiger eingesetzt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau,
1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Juni 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: