Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner) befand sich bis Ende 2002 in einem Arbeitsverhältnis zur X._ AG (Beschwerdeführerin). In der Folge konnten sich die Parteien über die noch offen gebliebenen Forderungen des Arbeitnehmers nicht einigen. Deshalb klagte der Beschwerdegegner mit Weisung des Friedensrichteramtes Weinfelden vom 16. September 2004 gegen die Beschwerdeführerin auf Bezahlung von Fr. 25'930.50 zuzüglich 5 % Zins. Geltend gemacht wurde ein Bonus für das Jahr 2002 in der Höhe von Fr. 18'591.70, ein Ferienguthaben für das Jahr 2002 von Fr. 4'386.40 und Spesen für die Monate Oktober bis Dezember 2002 von Fr. 2'952.40. Die Beschwerdeführerin bestritt teilweise die Ansprüche und machte Verrechnungsforderungen mindestens in der Höhe der eingeklagten Forderung geltend.
B. Mit Urteil vom 23. Juni 2006 schützte die Bezirksgerichtliche Kommission Weinfelden die Klage des Beschwerdegegners und verpflichtete die Beschwerdeführerin, diesem Fr. 25'930.50 zuzüglich 5 % Zins seit dem 1. Januar 2003 zu bezahlen. Darin ist ein Betrag von Fr. 18'591.70 an Bonuszahlung enthalten.
Auf kantonalrechtliche Berufung der Beschwerdeführerin hin reduzierte das Obergericht des Kantons Thurgau mit Urteil vom 22. März 2007 den geschuldeten Betrag auf Fr. 25'075.85, weil es für den Bonus einen Betrag von Fr. 17'737.05 errechnete.
C. Die Beschwerdeführerin gelangt gegen dieses Urteil mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids sowie die Abweisung der Klage, soweit es um die Bonusforderung geht (Ziffern 1 und 2a). Im Weiteren macht sie einen Rückerstattungsanspruch über Fr. 17'737.05 geltend (Ziffer 2b).
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Auch die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn ein bestimmter Streitwert erreicht ist. In arbeitsrechtlichen Streitigkeiten, wie dem vorliegenden, beträgt dieser Fr. 15'000.-- (<ref-law>). Richtet sich die Beschwerde gegen einen Endentscheid, so bestimmt sich der Streitwert nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren (<ref-law>). Wie vor Bundesgericht bestritt die Beschwerdeführerin auch vor der Vorinstanz, einen Bonus zu schulden. Streitig waren somit mehr als Fr. 15'000.-- und der notwendige Streitwert für die Beschwerde in Zivilsachen ist gegeben.
1. 1.1 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn ein bestimmter Streitwert erreicht ist. In arbeitsrechtlichen Streitigkeiten, wie dem vorliegenden, beträgt dieser Fr. 15'000.-- (<ref-law>). Richtet sich die Beschwerde gegen einen Endentscheid, so bestimmt sich der Streitwert nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren (<ref-law>). Wie vor Bundesgericht bestritt die Beschwerdeführerin auch vor der Vorinstanz, einen Bonus zu schulden. Streitig waren somit mehr als Fr. 15'000.-- und der notwendige Streitwert für die Beschwerde in Zivilsachen ist gegeben.
1.2 1.2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 mit Hinweisen). Eine allfällige Verletzung von Grundrechten und von kantonalen und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur dann, wenn entsprechende Rügen in der Beschwerdeschrift präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>).
1.2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>).
1.3 Beim Antrag der Beschwerdeführerin auf Rückerstattung von Fr. 17'737.05 (Ziffer 2b der Rechtsbegehren) handelt es sich um ein neues Begehren, das nach <ref-law> unzulässig ist. Darauf ist nicht einzutreten.
Nicht beachtlich sind zudem die Ausführungen in der Beschwerdeschrift, soweit sie sich gegen das Urteil der Bezirksgerichtlichen Kommission Weinfelden vom 23. Juni 2006 richten, da es sich bei diesem Entscheid nicht um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid im Sinne von <ref-law> handelt.
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe in willkürlicher Weise verneint, dass der tatsächliche Vertragswille der Parteien dahin gegangen sei, die Debitorenverluste vollumfänglich vom für die Berechnung massgeblichen minimalen Deckungsbeitrag abzuziehen. Sie verweist dafür auf die bereits vor Vorinstanz ins Recht gelegte Aufstellung der Debitorenrückstellungen, die nach Darstellung der Beschwerdeführerin an einem Verkaufsmeeting vom 7. Dezember 2001 bekannt gegeben worden sei und den Hinweis enthält, dass die Debitorenverluste für das neue Jahr den betreffenden Aussendienstmitarbeitern bei der Bonuszahlung Ende Jahr brutto in Abzug gebracht werden. Diese Darstellung sei vom Beschwerdegegner nicht bestritten worden.
Die Beschwerdeführerin verkennt damit allerdings, dass es im vorliegenden Rechtsstreit um die Auslegung einer vertraglichen Vereinbarung geht. Voraussetzung für das Zustandekommen eines Vertrages sind übereinstimmende Willensäusserungen. Die Erklärung nur einer Partei zu einer bestimmten Frage ist deshalb niemals geeignet, das Zustandekommen eines bestimmten Vertragsinhalts zu beweisen. Damit von einem tatsächlichen übereinstimmenden Vertragswillen hätte ausgegangen werden müssen, wäre es notwendig gewesen, die Zustimmung des Beschwerdegegners zu diesem Vertragsinhalt nachzuweisen. Dies hat aber die Beschwerdeführerin nicht getan. Sie hat nicht einmal aufgezeigt, worin die Zustimmung hätte bestehen sollen. Daher ist es keineswegs willkürlich, wenn die Vorinstanz in diesem Dokument keinen Beweis für einen entsprechenden übereinstimmenden Parteiwillen gesehen hat und deshalb auch nicht näher darauf eingegangen ist.
Soweit die Beschwerdeführerin Willkür darin erblicken will, dass die Vorinstanz <ref-law> offensichtlich verletzt habe und der Entscheid in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken widerspreche, geht es nicht um eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung, sondern um die Frage einer willkürlichen Anwendung von Bundesrecht. Da die Frage der richtigen Anwendung des Bundesrechts aber ohnehin Gegenstand der Beschwerde in Zivilsachen ist (<ref-law>), kommt einer Willkürrüge insofern keine selbständige Bedeutung zu. Es braucht deshalb auch nicht gesondert darauf eingetreten zu werden.
3. Streitig ist vorliegend nur noch die Bonuszahlung.
Ausgangspunkt bildet diesbezüglich der Anstellungsvertrag vom 25. Oktober 2005. In diesem wurde das Salär folgendermassen geregelt:
"Art. 4. Salär
Die Bruttobezüge des Angestellten setzen sich zusammen aus:
4.1. Salär: CHF 8'000.-- p/Monat & 13. Monatslohn = Jahresgehalt CHF 104'000.--
4.2 Bonus: Sofern der Deckungsbeitrag grösser als CHF 200'000.-- ist, gemäss folgender Tabelle:
bis DB CHF 250'000.-- 10 %
bis DB CHF 300'000.-- 11 %
bis DB CHF 350'000.-- 12 %
bis DB CHF 400'000.-- 13 %
bis DB CHF 450'000.-- 14 %
ab DB CHF 450'000.-- 15 %
4.3. Sozialleistungen 50/50 (gemäss OR)."
Mit Schreiben vom 16. Oktober 2001 wurde der Bonus angepasst und es wurde vereinbart, dass ab Fr. 300'000.-- ein Bonus von 5 % geschuldet sei. Die Parteien sind sich einig, dass es sich um eine Provision im Sinne von <ref-law> handelt und nur dann eine Provision geschuldet wird, wenn der Arbeitnehmer mit seinen Geschäften den Deckungsbeitrag überschreitet. Unbestritten ist auch, dass der Deckungsbeitrag nicht mit dem Umsatz gleichzusetzen ist, sondern nur einen Teil davon ausmacht.
Für die Berechnung des Deckungsbeitrags ist nun die Vorinstanz von einem Dokument ausgegangen, das mit "Soll/Ist-Vergleich" überschrieben ist und für den Beschwerdegegner im Budget 2002 von einem Bruttoumsatz von Fr. 3'000'000.-- ausgeht und einen Deckungsbeitrag von Fr. 600'000.-- vermerkt. Die Vorinstanz hat auf Grund dieser Zahlen errechnet, dass der Deckungsbeitrag 20 % des Umsatzes ausmache. Aus dieser Aufstellung ist auch ersichtlich, dass der Beschwerdegegner 2002 einen Bruttoumsatz von Fr. 1'629'341.-- erreicht habe, was einen Deckungsbeitrag von Fr. 371'834.-- ergebe. Die Vorinstanz stellt sodann fest, die Beschwerdeführerin habe auf den vom Beschwerdegegner vermittelten Geschäften nachweislich Debitorenverluste im Betrag von Fr. 85'465.95 hinnehmen müssen. Diese seien nun aber nicht einfach vom Deckungsbeitrag abzuziehen. Vielmehr handle es sich dabei um den Bruttoumsatz, von dem - wie beim übrigen Bruttoumsatz - nur 20 % als Deckungsbeitrag angesehen werden könne. Entsprechend seien nur Fr. 17'093.19 in Abzug zu bringen, was einen Deckungsbeitrag von Fr. 354'741.-- ergebe. Dieser Betrag liege noch immer über dem vereinbarten Mindestdeckungsbeitrag, so dass ein Bonus geschuldet sei. Er betrage 5 % von Fr. 354'741.--, was Fr. 17'737.05 ergebe. Entsprechend kürzte die Vorinstanz den zugesprochenen Betrag gegenüber dem erstinstanzlichen Urteil.
Die Beschwerdeführerin ist demgegenüber der Meinung, dass der Debitorenverlust im Betrag von Fr. 85'465.95 vollumfänglich vom errechneten Deckungsbeitrag von Fr. 371'834.-- abzuziehen sei, so dass der Beschwerdegegner den Mindestbetrag von Fr. 300'000.-- nicht erreicht und damit auch keinen Bonusanspruch habe. Es fragt sich somit, wie die Bonusvereinbarung auszulegen ist.
4. 4.1 Der Inhalt eines Vertrages bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Nur wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Während das Bundesgericht die objektivierte Vertragsauslegung als Rechtsfrage prüfen kann, beruht die subjektive Vertragsauslegung auf Beweiswürdigung, die vorbehaltlich der Ausnahmen von Art. 105 Abs. 2 und 3 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung im Beschwerdeverfahren entzogen ist. Der Vorrang der subjektiven vor der objektivierten Vertragsauslegung ergibt sich aus <ref-law> als Auslegungsregel (<ref-ruling> E. 1.1). Auch bei der objektivierten Auslegung von Willenserklärungen ist das Bundesgericht allerdings an die Feststellungen des kantonalen Gerichts über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten gebunden (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611, je mit Hinweisen). Ergibt die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip, dass die Parteien über eine zu regelnde Frage keine inhaltliche Einigung erzielt haben, so liegt eine Vertragslücke vor, die richterlich nach dem hypothetischen Parteiwillen zu ergänzen ist (<ref-ruling> E. 4 S. 487 f.).
Vorliegend hat die Vorinstanz keinen übereinstimmenden tatsächlichen Willen festgestellt, sondern den Vertrag mit Blick auf die Bestimmungen des Arbeitsvertragsrechts nach Treu und Glauben ausgelegt. Es handelt sich somit um eine Rechtsanwendung, die das Bundesgericht im vorliegenden Verfahren überprüfen kann.
Vorliegend hat die Vorinstanz keinen übereinstimmenden tatsächlichen Willen festgestellt, sondern den Vertrag mit Blick auf die Bestimmungen des Arbeitsvertragsrechts nach Treu und Glauben ausgelegt. Es handelt sich somit um eine Rechtsanwendung, die das Bundesgericht im vorliegenden Verfahren überprüfen kann.
4.2 4.2.1 Auszugehen ist davon, dass die Parteien eine Provision vereinbart haben, so dass die entsprechenden Bestimmungen des Obligationenrechts anwendbar sind, soweit die Parteien nicht zulässigerweise etwas Abweichendes vereinbart haben. Die Provisionsabrede sieht vor, dass der Arbeitnehmer einen bestimmten, meist in Prozenten ausgedrückten Anteil an den von ihm vermittelten oder abgeschlossenen Geschäften erhält (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 176; <ref-ruling> E. 2 S. 486). Sie hängt im Gegensatz zum Anteil am Geschäftsergebnis nach <ref-law> nicht vom wirtschaftlichen Gesamtergebnis der Geschäfte ab (Adrian Staehelin, Zürcher Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Dafür setzt die Provision stets eine Kausalität zwischen dem Handeln des Arbeitnehmers und dem Zustandekommen des Geschäfts voraus, soweit nichts anderes vereinbart ist (BGE 128 Ill 174 E. 2b S. 176 f.; vgl. Rémy Wyler, Droit du travail, 2. Aufl., Bern 2008, S. 163).
Gemäss <ref-law> entsteht der Anspruch auf Provision, sobald das Geschäft mit dem Dritten rechtsgültig abgeschlossen ist. Er fällt allerdings nachträglich dahin, wenn das Geschäft durch die Arbeitgeberin ohne ihr Verschulden nicht ausgeführt wird oder der Dritte seinen Verbindlichkeiten nicht nachkommt (<ref-law>). Zu beachten ist, dass diesfalls <ref-law> als Rechtsfolge nur das Dahinfallen der Provision, nicht aber eine Haftung für den Ausfall oder den Schaden vorsieht. Eine Haftung für den entsprechenden Schaden kann sich nur auf <ref-law> stützen, der insofern wesentlich strengere Voraussetzungen kennt, als eine Haftung in jedem Fall eine Vertragsverletzung und ein Verschulden des Arbeitnehmers voraussetzt. Während die Bestimmung über den Wegfall der Provision dispositiv ist, gehört die Haftungsnorm zu den einseitig zwingenden Bestimmungen des Arbeitsvertragsrechts. Daraus ergibt sich, dass zwar bei weiteren Tatbeständen der Wegfall der Provision vereinbart werden kann (Staehelin, a.a.O. N. 18 zu <ref-law>; Manfred Rehbinder, Berner Kommentar, N. 8 zu <ref-law>), dass aber diese Bestimmung keinerlei Handhabe bietet, eine insofern weitergehende Sanktion für den Arbeitnehmer vorzusehen, dass dieser auch für den Ausfall bzw. einen Schaden haftet, ohne dass die strengeren Voraussetzungen von <ref-law> gegeben sind.
Fraglich erscheint, ob es bei einem gewöhnlichen Arbeitsverhältnis analog zu <ref-law> zulässig ist, den Arbeitnehmer teilweise für die Debitorenausstände haften zu lassen. Beim Handelsreisendenvertrag ist eine solche Haftung ausdrücklich nur in beschränktem Umfang und unter eingeschränkten Voraussetzungen zulässig. Diese Bestimmung ist relativ zwingend (Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2006, N. 8 zu <ref-law>). Eine solche analoge Anwendung und damit Durchbrechung der relativ zwingenden Norm zur Haftung des Arbeitnehmers (<ref-law>) hätte jedenfalls zur Voraussetzung, dass auch die entsprechenden Einschränkungen gelten müssten.
4.2.2 Die Frage nach der analogen Anwendung von <ref-law> kann allerdings vorliegend offen bleiben, denn eine entsprechende Vereinbarung ist in keiner Weise nachgewiesen. Die Parteien behaupten nicht einmal, es sei eine Haftung für die Ausfälle vereinbart worden. Es wären auch die Voraussetzungen von <ref-law> nicht erfüllt. Es bleibt somit dabei, dass ausschliesslich die Voraussetzungen für das Ent- und Bestehen der Provision vertraglich geregelt wurden.
4.3 Auszugehen ist damit von der Regel, dass die Provision nachträglich entfällt, wenn der Dritte seinen Verpflichtungen nicht nachkommt. Diese Regel hat die Vorinstanz aber auch angewendet. Sie hat die Geschäfte, die von den Dritten nicht erfüllt worden sind, von den provisionsberechtigten Beträgen abgezogen. Sie ist davon ausgegangen, dass sich die Provision von 5 % auf 20 % des Bruttoumsatzes berechnet. Sie hat sodann vom Bruttoumsatz die nicht honorierten Geschäfte abgezogen und auf 20 % dieses Betrages die Provision errechnet. Dies entspricht der in <ref-law> vorgesehenen Regel und der von den Parteien getroffenen Vereinbarung.
4.4 Demgegenüber hätte die Berechnung der Beschwerdeführerin zur Folge, dass nicht nur die Provision auf den entsprechenden Geschäften entfiele, sondern der Beschwerdegegner auch noch einen Teil der Debitorenverluste mittragen müsste. Die Beschwerdeführerin will nämlich die Bruttobeträge der nicht einbringlichen Debitoren vom Deckungsbeitrag abziehen. Damit werden aber unterschiedliche Dinge miteinander vermischt. Soweit es um die Provisionsberechnung und nicht um den Ersatz eines Schadens bzw. ein Einstehen für Debitorenverluste geht, sind jeweils die Bruttobeträge miteinander zu vergleichen oder die Deckungsbeiträge (entsprechend 20 % der Bruttobeträge). Es kann aber nicht angehen, die Bruttobeträge der nicht durchgeführten Geschäfte von den Deckungsbeiträgen der abgeschlossenen Geschäfte abzuziehen. Das hätte nichts mehr mit einer Provisionsrechnung zu tun, sondern mit einer Verlegung des Schadens bzw. einem Einstehen des Arbeitnehmers für das Delcredere. Eine solche weitergehende Vereinbarung ist aber - wie ausgeführt - nicht dargetan und ihre Zulässigkeit wäre auch zweifelhaft. Es gehört zu den Grundregeln des Arbeitsvertragsrechts, dass das Unternehmerrisiko bei der Arbeitgeberin und nicht beim Arbeitnehmer liegt. Dazu gehört grundsätzlich auch das Kreditrisiko.
Es liegt auf der Hand, dass die Vereinbarung, so wie sie die Parteien abgeschlossen haben, darauf hinausläuft, dass der Arbeitnehmer eine Provision von 1 % auf dem Bruttobetrag seiner Geschäfte erhält, sofern er mindestens Geschäfte im Umfang von Fr. 1,5 Mio. gültig vermittelt hat. Hätten die Parteien wirklich gewollt, dass die allgemeinen Unkosten zuerst gedeckt sein müssen, wäre nicht eine blosse Prozentrechnung möglich gewesen. Vielmehr hätten dann diese Kosten genauer definiert und die Rechnungslegung genau umschrieben werden müssen. Solches ist aber nicht erfolgt. Sie haben sich vielmehr auf eine Prozentrechnung geeinigt, die aber nicht nur für die Entstehung der Provision (<ref-law>) gelten kann, sondern auch für deren Wegfall nach <ref-law> anwendbar sein muss.
5. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Beschwerdeführerin trägt die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren und hat den Beschwerdeführer dafür zu entschädigen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 700.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Leemann