Sachverhalt:
A. X._ verletzte am 5. Mai 2007 A._ beim Abladen von Schotter auf einer Baustelle. Dabei stand er auf der Lastwagenmulde, von wo aus er einen auf dem Lastwagen aufgebauten Kran steuerte. Er hob mittels des am Kran angebrachten Schalengreifers eine erste Ladung Schotter auf das Vordach und bewegte den Greifer auf und zu, damit der Schotter möglichst langsam herausfiel. A._, welcher sich auf dem Vordach befand, griff mit der rechten Hand in den Schalengreifer, um den sich nach seiner Ansicht nicht lösenden Schotter herauszunehmen. Dabei schloss sich der Greifer und klemmte ihm den rechten Arm ein. A._ zog sich einen offenen Bruch zu, die beiden Schlagadern sowie drei Nerven wurden durchtrennt. Es ist mit einer bleibenden Einschränkung der Beweglichkeit von Handgelenk und Fingern zu rechnen.
B. Das Bezirksgericht Bremgarten sprach X._ am 12. März 2009 vom Vorwurf der fahrlässigen schweren Körperverletzung frei. Das Obergericht des Kantons Aargau gelangte dagegen am 14. Dezember 2009 im Berufungsverfahren zu einem Schuldspruch und bestrafte X._ mit einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 40.-- bei einer Probezeit von 2 Jahren sowie mit einer Busse von Fr. 150.--. Zum Entscheid im Zivilpunkt sowie betreffend Parteikostenersatz des Zivilklägers A._ wies es die Sache an die erste Instanz zurück.
C. Gegen dieses Urteil wendet sich X._ mit Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt einen Freispruch. Die Zivilforderungen von A._ seien auf den Zivilweg zu verweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie zu Unrecht eine Sorgfaltspflichtverletzung bzw. die Voraussehbarkeit und Vermeidbarkeit des Unfalls bejahe. Auf Baustellen sei es nicht vermeidbar, dass Arbeiter, die in den Arbeitsvorgang involviert seien, sich in der Nähe von Maschinen aufhielten. Der Beschwerdegegner, ein erfahrener Baufachmann, habe beim Abladen des Schotters vom Lastwagen geholfen. Er wäre auch in der Nähe gewesen, wenn die Steine an einem andern Ort als auf dem Vordach abgeladen worden wären. Es sei zwar voraussehbar gewesen, dass eine gewisse Gefährdung des Beschwerdegegners durch den Aufenthalt in der unmittelbaren Nähe des Greifers eintreten könne. Dieses Risiko sei aber kalkulierbar gewesen. Indessen sei das Fehlverhalten des Beschwerdegegners, der unvermittelt mit der Hand in den Schalengreifer hineingefasst habe, nicht voraussehbar gewesen.
1.2 Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe gewusst, dass sich der Beschwerdegegner und B._ auf das Vordach begeben hätten. Angesichts der engen und unübersichtlichen Verhältnisse hätte er diese spätestens nach der Einweisung des Schalengreifers wegschicken müssen. Hätte er dies getan, so wäre der Unfall vermieden worden. Keinesfalls hätte er bei fehlendem Sichtkontakt, der ihm verunmöglichte, das Verhalten der beiden Personen zu kontrollieren, den Greifer betätigen bzw. auf dem Vordach Schotter abladen dürfen. Es sei voraussehbar gewesen, dass sich eine der Personen im Gefahrenbereich falsch verhalten oder sich bei den Manipulationen des Greifers verletzen könnte. Der Beschwerdeführer habe eine Gefahr für andere geschaffen und sei verpflichtet gewesen, alles Zumutbare vorzukehren, um eine Verletzung fremder Rechtsgüter zu vermeiden. Er habe gegen den allgemeinen Gefahrensatz verstossen.
1.3 Wer fahrlässig einen Menschen am Körper oder an der Gesundheit schädigt, wird, auf Antrag, mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>). Ist die Schädigung schwer, so wird der Täter von Amtes wegen verfolgt (Abs. 2). Fahrlässig begeht ein Verbrechen oder ein Vergehen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (<ref-law>). Eine Sorgfaltspflichtverletzung ist nur anzunehmen, wenn der Täter eine Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte voraussehen bzw. erkennen können und müssen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 64 f. mit Hinweisen).
1.4 In zutreffender Weise geht die Vorinstanz von einer Verletzung der Sorgfaltspflicht aus und verweist auf den allgemeinen Gefahrensatz. Der Beschwerdeführer wusste nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, dass sich der Beschwerdegegner in unmittelbarer Nähe des Schalengreifers auf dem Vordach befand, um beim Abladen zu helfen. Angesichts dieser erkennbaren Selbstgefährdung des Beschwerdegegners durfte er nicht mehr auf dessen korrektes Verhalten vertrauen, sondern er hatte eine erhöhte Sorgfalt zu wahren (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 285 ff. mit Hinweisen). Dies gilt umso mehr, als er keinen Sichtkontakt zum Beschwerdegegner hatte und nicht auf dessen Handlungen reagieren konnte. Trotzdem lud er Schotter mit dem Schalengreifer auf dem Vordach ab, indem er diesen auf und zu bewegte, im Vertrauen darauf, es werde nichts passieren. Das Verhalten des Beschwerdeführers wird von der Vorinstanz zu Recht als erhebliche Fehleinschätzung und als sorgfaltswidriges Verhalten eingestuft. Er hat damit ein unerlaubt hohes Risiko für den Beschwerdegegner geschaffen. Es verletzt daher kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz die Sorgfaltspflichtverletzung, die Voraussehbarkeit und Vermeidbarkeit der eingetretenen Verletzungen bejaht.
1.5 Nichts abzuleiten vermag der Beschwerdeführer aus dem Umstand, dass der Beschwerdegegner auch vor Ort gewesen wäre, wenn der Schotter nicht auf dem Vordach abgeladen worden wäre. Denn die Frage, was sich bei pflichtgemässem Verhalten ereignet hätte (hypothetische Kausalität), ist eine Tatfrage (vgl. <ref-ruling> E. 5d S. 456 mit Hinweisen). In diesem Punkt genügt die Beschwerde den qualifizierten Rügeanforderungen nicht, weshalb auf die Rüge nicht einzutreten ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, für die Frage der adäquaten Kausalität sei nicht nur auf die Wahrscheinlichkeit von Geschehensabläufen, sondern auch darauf abzustellen, welche Risiken nach allgemeiner Auffassung, unter dem Aspekt der sozialen Adäquanz, in Kauf genommen würden. Der Beschwerdegegner sei als erfahrener Baufachmann beim Abladen des Schotters behilflich und voll auf die Bewegungen des Greifers fokussiert gewesen. Deshalb sei die adäquate Kausalität zwischen seinem (des Beschwerdeführers) Handeln und der eingetretenen Körperverletzung zu verneinen bzw. diese werde durch das Verhalten des Beschwerdegegners unterbrochen, welcher in den Schalengreifer des Krans fasste. Das grobfahrlässige Verhalten des Beschwerdegegners dränge andere Ursachen der Verletzung vollständig in den Hintergrund. Damit habe er (der Beschwerdeführer) nicht rechnen müssen.
2.2 Die Vorinstanz erwägt, das Verhalten des Beschwerdegegners sei zwar völlig falsch und grobfahrlässig gewesen, weil er ohne Verständigung mit dem Beschwerdeführer und ohne Gewissheit, dass dieser keine Manipulationen am Greifer vornehme, hineingegriffen habe. Indessen könne nicht gesagt werden, dass der Beschwerdeführer mit der Handlung des Beschwerdegegners nicht habe rechnen müssen und sein Fehlverhalten dadurch völlig in den Hintergrund gedrängt werde. Der adäquate Kausalzusammenhang werde durch das Fehlverhalten des Beschwerdegegners nicht unterbrochen.
2.3 Ob der adäquate Kausalzusammenhang gegeben ist, entscheidet sich anhand des Verhaltens des Täters, welches geeignet sein muss, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Die Adäquanz ist nur zu verneinen, wenn ganz aussergewöhnliche Umstände, wie das Mitverschulden des Opfers beziehungsweise eines Dritten oder Material- oder Konstruktionsfehler, als Mitursache hinzutreten, mit denen schlechthin nicht gerechnet werden musste und die derart schwer wiegen, dass sie als wahrscheinlichste und unmittelbarste Ursache des Erfolgs erscheinen und so alle anderen mitverursachenden Faktoren, namentlich das Verhalten des Angeschuldigten, in den Hintergrund drängen (vgl. <ref-ruling> E. 2 und 3 S. 63 ff.; <ref-ruling> E. 7.3 S. 204; je mit Hinweisen).
Das Verhalten des Geschädigten oder eines Dritten vermag im Normalfall den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen Schaden und Verhalten des Schädigenden nicht zu beseitigen, selbst wenn das Verschulden des Geschädigten oder des Dritten dasjenige des Schädigers übersteigt. Auch wenn neben die erste Ursache andere treten und die Erstursache in den Hintergrund drängen, bleibt sie adäquat kausal, solange sie im Rahmen des Geschehens noch als erheblich zu betrachten ist, solange nicht eine Zusatzursache derart ausserhalb des normalen Geschehens liegt, derart unsinnig ist, dass damit nicht zu rechnen war. Entscheidend ist die Intensität der beiden Kausalzusammenhänge. Erscheint der eine bei wertender Betrachtung als derart intensiv, dass er den andern gleichsam verdrängt und als unbedeutend erscheinen lässt, wird eine sogenannte Unterbrechung des andern angenommen (<ref-ruling> E. 4b S. 524 mit Hinweisen; vgl. zur Unterbrechung des Kausalzusammenhangs auch <ref-ruling> E. 4.4.2 S. 265 f. mit Hinweisen).
2.4 Nicht einzutreten ist auf die Ausführungen des Beschwerdeführers, soweit er einen anderen Sachverhalt darlegt, als von der Vorinstanz festgestellt wurde (insbesondere, der Beschwerdegegner habe sich voll auf die Bewegungen des Greifers fokussiert). Denn er erhebt diesbezüglich weder die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung noch begründet er eine solche näher (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen).
Den Beschwerdegegner trifft nach den zutreffenden vorinstanzlichen Erwägungen ein erhebliches Mitverschulden an seiner Verletzung, denn der Griff in eine sich bewegende Maschine durch einen Baufachmann ist als leichtfertig zu bezeichnen. Das Mitverschulden ist jedoch nicht derart gross, dass das Verhalten des Beschwerdeführers vollständig in den Hintergrund rückt und als unbedeutend bezeichnet werden könnte. Vielmehr haben sowohl der Beschwerdeführer als auch der Beschwerdegegner zum Unfallgeschehen beigetragen, indem sie beide bei ihrer Handlung nicht auf das Tun des anderen achteten: der eine betätigte den Schalengreifer, ohne Sichtkontakt zu den unmittelbar in der Nähe befindlichen Menschen zu haben, der andere fasste ohne Vorwarnung in den Schalengreifer hinein. Die Vorinstanz durfte ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen, dass das Verhalten des Beschwerdeführers nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens geeignet ist, die eingetretenen Verletzungen zu bewirken.
3. Soweit der Beschwerdeführer beantragt, die Zivilforderungen seien auf den Zivilweg zu verweisen, mangelt es an einem letztinstanzlichen kantonalen Entscheid. Denn die Vorinstanz hat die Beurteilung der Zivilforderungen an die erste Instanz zurückgewiesen. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (vgl. <ref-law>).
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. April 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch