Sachverhalt:
A. Der pakistanische Staatsangehörige X._ (geb. 1981) reiste am 4. Februar 2005 in die Schweiz ein, wo ihm vom Migrationsamt des Kantons Aargau eine Aufenthaltsbewilligung zum Zweck des Studiums erteilt wurde. In der Folge ersuchte X._ um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung im Kanton Zürich. Das Migrationsamt des Kantons Zürich verweigerte ihm jedoch den Kantonswechsel mit Verfügung vom 11. April 2006.
B. Am 29. November 2006 heiratete X._ eine 17 Jahre ältere peruanische Staatsangehörige, die sich seit 1997 in der Schweiz aufhält und eine Aufenthaltsbewilligung für den Kanton Zürich besitzt, die ihr ursprünglich aufgrund ihrer früheren Ehe mit einem in der Schweiz niederlassungsberechtigten Landsmann erteilt worden war. Das von X._ am 7. Dezember 2006 gestützt auf die Heirat gestellte Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung wies das Migrationsamt des Kantons Zürich mit Verfügung vom 14. März 2008 ab und setzte dem Betroffenen Frist zum Verlassen des zürcherischen Kantonsgebiets bis zum 14. April 2008.
X._ rekurrierte dagegen erfolglos an den Regierungsrat des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich trat mit Beschluss vom 6. Mai 2009 auf die Beschwerde gegen den Regierungsratsbeschluss nicht ein
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. Juli 2009 beantragt X._, den Beschluss des Verwaltungsgerichts vom 6. Mai 2009 aufzuheben und das Verwaltungsgericht anzuweisen, auf die Beschwerde gegen die Verweigerung des Familiennachzuges einzutreten. Zudem stellt er das Begehren, vorsorglich sei ihm der Aufenthalt im Kanton Zürich zu gestatten.
Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten beigezogen, jedoch darauf verzichtet, Vernehmlassungen einzuholen.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit eines Rechtsmittels von Amtes wegen mit freier Kognition (<ref-law>; s. auch <ref-ruling> E. 2 S. 188 mit Hinweisen).
1.1 Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig gegen Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt.
1.2 Nach Art. 126 Abs. 1 des neuen Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20), welches am 1. Januar 2008 in Kraft getreten ist, bleibt für Gesuche, die vor diesem Zeitpunkt gestellt worden sind, das bisherige Recht anwendbar. Damit ist im vorliegenden Fall noch das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; BS 1 121) massgeblich.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Dass die Ehegattin des Beschwerdeführers, nachdem der angefochtene Beschluss ergangen ist, eine Invalidenrente beantragt hat, kann im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden, vermöchte allerdings am Ausgang des Verfahrens ohnehin nichts zu ändern.
2. 2.1 Die peruanische Ehefrau des Beschwerdeführers besitzt lediglich eine Aufenthaltsbewilligung. Diese verschafft dem Beschwerdeführer gemäss Art. 17 Abs. 2 ANAG - der für den Familiennachzug das Bestehen einer Niederlassungsbewilligung voraussetzt (<ref-ruling> E. 1b S. 93) - keinen Anspruch auf Nachzug zu seiner Ehefrau. Zwar lebt die Ehefrau nun schon über elf Jahre in der Schweiz, doch hat sie nie über eine Niederlassungsbewilligung verfügt und hat darauf keinen Anspruch, weshalb der Beschwerdeführer aus Art. 17 Abs. 2 ANAG nichts zu seinen Gunsten abzuleiten vermag (<ref-ruling> E. 2.2 S. 284; <ref-ruling> E. 2a S. 382).
2.2 Ein Anspruch auf Familiennachzug zu seiner Ehefrau könnte sich demzufolge einzig aus dem in Art. 8 EMRK (bzw. mit gleicher Tragweite in <ref-law>) verankerten Recht auf Achtung des Privat- und Familienlebens ergeben.
2.2.1 Hat ein Ausländer nahe Verwandte in der Schweiz und ist diese familiäre Beziehung intakt und wird sie tatsächlich gelebt, kann es das in Art. 8 Ziff. 1 EMRK bzw. in <ref-law> garantierte Recht auf Achtung des Familienlebens verletzen, wenn ihm die Anwesenheit in der Schweiz untersagt wird. Der sich hier aufhaltende Angehörige muss dabei über ein gefestigtes Anwesenheitsrecht verfügen. Dies ist der Fall, wenn er das Schweizer Bürgerrecht oder eine Niederlassungsbewilligung besitzt oder über eine Aufenthaltsbewilligung verfügt, die ihrerseits auf einem gefestigten Rechtsanspruch beruht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 285 f. mit Hinweisen).
2.2.2 Die Ehegattin des Beschwerdeführers besitzt wie erwähnt lediglich eine Aufenthaltsbewilligung. Sie kann sich demnach nur dann auf Art. 8 EMRK berufen, wenn sie zumindest im Grundsatz über einen Anspruch auf Verlängerung dieser Aufenthaltsbewilligung und in dem Sinne über ein gefestigtes Anwesenheitsrecht verfügt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 286).
Ein solches kann sich aus dem Schutz des Privatlebens, d.h. wiederum aus Art. 8 EMRK bzw. <ref-law> ergeben. Nach der Rechtsprechung bedarf es hierfür indessen besonders intensiver, über eine normale Integration hinausgehender privater Bindungen gesellschaftlicher oder beruflicher Natur bzw. entsprechend vertiefter sozialer Beziehungen zum ausserfamiliären bzw. ausserhäuslichen Bereich (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 286; <ref-ruling> E. 4c/aa S. 432, 377 E. 2c/aa S. 385; <ref-ruling> E. 3b S. 22). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers trifft es nicht zu, dass das Bundesgericht bei mehrjähriger Verlängerung der Anwesenheitsbewilligung des Ehegatten des Gesuchstellers auf das Vorliegen besonders intensiver Beziehungen zur Schweiz verzichtet hätte. An diesem Erfordernis hat es auch im Urteil, auf das sich der Beschwerdeführer beruft, ausdrücklich festgehalten (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 286 f. mit Hinweisen). Aus dem Umstand, dass es in Ausnahmefällen nicht verlangte, dass notwendigerweise die Bedingungen für einen sich allein aus dem Schutz des Privatlebens ergebenden Bewilligungsanspruch vorliegen müssten, kann der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten ableiten, da auch bei der Gesamtwürdigung der Situation im Lichte des kombinierten Schutzbereichs des Privat- und Familienlebens keineswegs ausschliesslich die Aufenthaltsdauer massgebend ist und bereits zur Annahme eines faktischen Anwesenheitsrechts führt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 289).
2.2.3 Die peruanische Ehegattin des Beschwerdeführers ist im Alter von fast 33 Jahren illegal in die Schweiz eingereist, wo ihr in der Folge gestützt auf die Heirat mit einem hier niederlassungsberechtigten Landsmann eine Aufenthaltsbewilligung erteilt wurde. Wohl ging die Ehegattin während einer gewissen Zeit einer Erwerbstätigkeit nach, seit 2005 arbeitet sie jedoch nicht mehr. Die Feststellung der Vorinstanz, die Ehegattin sei weder beruflich noch sozial besonders integriert, ist daher nicht zu beanstanden. Dass sie aussergewöhnlich intensive private Bindungen zur Schweiz hätte, wird auch vom Beschwerdeführer nicht behauptet. Im Übrigen hat die Ehegattin den Kontakt zu ihrem Heimatland nicht abgebrochen, weshalb die Aufenthaltsdauer bei der Würdigung des Privatlebens auch nicht wegen Fehlens einer namhaften Beziehung zu einem anderen Staat allenfalls stärker zu gewichten wäre (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 289). Entgegen der Annahme des Beschwerdeführers kann folglich nicht von einem gefestigten Anwesenheitsrecht der Ehegattin ausgegangen werden, weshalb er aufgrund der ehelichen Beziehung auch nach Art. 8 EMRK keinen Anspruch auf eine Anwesenheitsbewilligung in der Schweiz hat. Dass er gestützt auf sein eigenes Privatleben aus Art. 8 EMRK einen Bewilligungsanspruch ableiten könnte, macht er zu Recht nicht geltend.
2.3 Mangels Anspruchs auf eine Aufenthaltsbewilligung erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unzulässig.
3. 3.1 Als bundesrechtliches Rechtsmittel fällt somit allein die subsidiäre Verfassungsbeschwerde in Betracht. Zu dieser ist nur berechtigt, wer ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (<ref-law>). Der Beschwerdeführer, der keinen Rechtsanspruch auf Erteilung einer Bewilligung hat, ist durch die Verweigerung einer solchen nicht in rechtlich geschützten Interessen betroffen, und es fehlt ihm mithin die Legitimation, den negativen Bewilligungsentscheid in materieller Hinsicht, namentlich wegen Verletzung des Willkürverbots, mit Verfassungsbeschwerde anzufechten (<ref-ruling> E. 7 S. 200).
3.2 Trotz fehlender Legitimation in der Sache selber ist der Beschwerdeführer berechtigt, die Verletzung von Parteirechten zu rügen, deren Missachtung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft (<ref-ruling> E. 6.2 S. 198 f.). Solche Rügen werden vorliegend nicht erhoben. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist somit nicht einzutreten.
4. 4.1 Auf die unzulässige Beschwerde ist somit nicht einzutreten. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch, dem Beschwerdeführer vorsorglich den Aufenthalt zu gestatten, gegenstandslos.
4.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs