Sachverhalt:
A. A.Y._ (Beschwerdegegner), geboren 1948, erlitt am 4. Juli 1971 eine unfallbedingte Verletzung, die im Jahre 1972 eine Meniskektomie am linken Knie erforderte. Dafür erbrachte die C._-Versicherung, bei welcher der Beschwerdegegner kollektivversichert war, Leistungen. Am 19. Juli 1985 verdrehte er bei einem Sprung in den Rhein das linke Kniegelenk, und im Jahre 1989 wurde wegen Beschwerden im linken Knie eine Arthroskopie durchgeführt. Im Anschluss an eine Magnetresonanztomographie im Jahre 1995 wurde dem Beschwerdegegner eine valgisierende Tibiakopfosteotomie empfohlen. Diese Operation fand am 20. November 2000 statt. In der Folge wurde im Dezember 2004 das Osteosynthesematerial entfernt. Der Beschwerdegegner ist für sich und das Personal der Y._ AG bei der X._ AG (Beschwerdeführerin) gestützt auf einen Kollektivversicherungsvertrag nach dem Versicherungsvertragsgesetz (VVG; SR 221.229.1) gegen Lohnausfall "im Krankheitsfall" für 80 % des Lohnes nach einer Wartefrist von 30 Tagen während einer maximalen Dauer von 730 Tagen taggeldversichert (Policen vom 3. Oktober 2005 bzw. 22. Dezember 2008 mit Gültigkeit bis zum 31. Dezember 2011).
B. Ab dem 15. Dezember 2008 war der Beschwerdegegner wegen Beschwerden im linken Knie zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Am 4. März 2009 wurde ihm eine Totalprothese eingesetzt. Am 8. Januar 2009 meldete er der Beschwerdeführerin seine Arbeitsunfähigkeit wegen Problemen mit dem linken Knie seit dem 15. Dezember 2008 an. Er hatte den "Fall" auch der "C._-Versicherung" gemeldet und erstattete am 12. Februar 2009 auch der SUVA eine Schadensmeldung. Sämtliche Angegangenen verweigerten die Erbringung von Leistungen, die Beschwerdeführerin mit der Begründung, die Arbeitsunfähigkeit sei auf den Unfall aus dem Jahre 1971 zurückzuführen. Versichert sei indessen lediglich Lohnausfall wegen krankheitsbedingter Arbeitsunfähigkeit.
C. Mit Eingabe vom 9. November 2009 reichte der Beschwerdegegner, vertreten durch B.Y._, beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Beschwerdeführerin Klage ein und verlangte im Wesentlichen, die Angelegenheit sei als Krankheit anzuerkennen und die Krankentaggeldleistungen seien nach VVG in vollem Umfang dem Versicherten in der Höhe von Fr. 57'617.80 bis Ende Oktober 2009 und später bis zum Ablauf der Leistungspflicht im Umfang des auf dem Krankenschein vermerkten Arbeitsunfähigkeitsgrades auszurichten. Das Gericht zog verschiedene Akten bei, zu welchen sich die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 28. November 2011 äusserte, während der Beschwerdegegner auf Stellungnahme verzichtete. In teilweiser Gutheissung der Klage betreffend den Anspruch des Beschwerdegegners für die Zeit bis Ende August 2009 verpflichtete das Sozialversicherungsgericht die Beschwerdeführerin am 30. Dezember 2011 zur Zahlung von Fr. 52'221.65.
D. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung des Urteils des Sozialversicherungsgerichts und die Abweisung der Klage. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner, nunmehr anwaltlich vertreten, schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des angefochtenen Urteils. Das Sozialversicherungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat von sich aus eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Streitig sind Leistungen aus einer Kollektiv-Krankentaggeldversicherung, mithin aus einer Zusatzversicherung zur sozialen Krankenversicherung. Derartige Zusatzversicherungen unterstehen gemäss Art. 12 Abs. 2 und 3 KVG dem VVG. Streitigkeiten aus solchen Versicherungen sind privatrechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 1.1 S. 3). Den angefochtenen Entscheid fällte das Versicherungsgericht als kantonalrechtlich einzige Instanz (<ref-law>). Die Beschwerde ans Bundesgericht ist daher ungeachtet des Streitwerts zulässig (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 5 mit Hinweisen).
2. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Grundsätzlich unzulässig sind Rügen, die sich gegen die tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Entscheides richten, sofern diese nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 545 E. 2.3 S. 550).
2.1 Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
2.2 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129 mit Hinweisen), was in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 3 S. 395). <ref-law> verbietet e contrario nicht, vor Bundesgericht eine neue rechtliche Argumentation vorzubringen, vorausgesetzt, dass dieser die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil zugrunde gelegt werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 4.4 S. 34 mit Hinweisen).
3. Die Vorinstanz kam in Würdigung der Beweise, namentlich der im Recht liegenden zahlreichen Arztberichte, zum Ergebnis, der Unfall aus dem Jahr 1971 habe eine Teilursache für die im Jahre 2008 aufgetretene Verstärkung der Beschwerden am linken Knie dargestellt, welche schliesslich aufgrund der Diagnose einer degenerativen Arthrose die Totalprothesenoperation erfordert habe. Daran ändere nichts, dass die SUVA entsprechende Leistungen verweigert habe.
3.1 Anschliessend prüfte die Vorinstanz im Lichte der Bestimmungen der AVB, Ausgabe 1. Juli 2005, auf die sich die Beschwerdeführerin berufen hatte, ob der Umstand, dass die Arbeitsunfähigkeit durch einen Unfall mitverursacht wurde, die Leistungspflicht der Beschwerdeführerin ausschliesse. Diese Bestimmungen lauten wie folgt:
"Die X._ AG deckt gemäss Vertragsbedingungen den Lohnausfall infolge Arbeitsunfähigkeit, sofern diese auf eine Krankheit zurückzuführen und von einem Arzt bescheinigt worden ist." (Ziff. 1).
"Krankheit ist jede medizinisch feststellbare Beeinträchtigung der körperlichen oder geistigen Gesundheit, die nicht zurückzuführen ist auf
einen Unfall im Sinne der Unfallversicherung gemäss UVG,
eine dem Unfall gleichgestellte Verletzung im Sinne der Unfallversicherung gemäss UVG,
eine von der Unfallversicherung gemäss UVG gedeckte Berufskrankheit
und die eine Arbeitsunfähigkeit zur Folge hat." (Ziff. 2.2).
3.2 Die Vorinstanz erwog, mit der Aufzählung der Sachverhalte, die nicht als Krankheit gelten, umschreibe die Klausel jene gesundheitsschädigenden Ereignisse, bei welchen keine Leistungspflicht bestehe. Ziff. 2.2 stelle somit eine Ausschlussklausel dar, bei deren Auslegung die Unklarheitsregel (<ref-law>) zum Zuge komme. Danach sei derjenigen Deutung der Vorzug zu geben, die für die versicherte Person am günstigsten sei, wenn die allgemeinen Auslegungsregeln zu verschiedenen ernsthaft vertretbaren Deutungen führen. Die Beschwerdeführerin verstehe unter "Unfall im Sinne der Unfallversicherung gemäss UVG" bzw. unter einer "dem Unfall gleichgestellten Verletzung im Sinne der Unfallversicherung gemäss UVG" einen Unfall oder eine einem solchen gleichgestellte Verletzung nach der Definition des UVG (SR 832.20), gleichviel, ob dieses Gesetz im Zeitpunkt des Unfalls bereits in Kraft stand oder nicht. Aufgrund des Wortlauts und des Satzbaus komme aber auch eine Auslegung in Betracht, gemäss welcher nur Unfälle ausgenommen seien, die sich unter der Herrschaft des am 1. Januar 1984 in Kraft getretenen UVG ereignet haben. Bei dieser Interpretation sei weiter danach zu fragen, ob jene Unfälle von der Ausnahme erfasst würden, für welche der Unfallversicherer nach UVG aufkommen müsse oder sogar nur jene, für welche dieser tatsächlich aufkomme, womit Unfälle, für die der Unfallversicherer die Leistungen zu Unrecht verweigere, nicht unter die Ausnahmeklausel fallen würden. Hierfür spreche die Formulierung von Ziff. 2.2 AVB, wo von einer "von der Unfallversicherung nicht gedeckten Berufskrankheit" die Rede sei. Es liege nahe anzunehmen, die drei Tatbestände, d. h. Unfall, dem Unfall gleichgestellte Verletzung und Berufskrankheit, würden unter denselben Bedingungen von der Leistungspflicht der Beschwerdeführerin ausgenommen. Umstände, die für einen weiter gehenden Ausschluss der Unfälle und gleichgestellter Verletzungen sprächen, seien nicht ersichtlich.
3.3 Die Vorinstanz schloss in systematischer Auslegung, die Annahme, nach welcher nur Unfälle vom Krankheitsbegriff ausgenommen seien, die sich nach Inkrafttreten des UVG ereignet hätten, liege näher als jene der Beschwerdeführerin und sei sachgerecht. Da diese Auslegung die Ausnahme einschränke und für die versicherte Person günstiger sei, hätte sich der Beschwerdegegner selbst dann darauf berufen dürfen, wenn sich diese Deutung als lediglich gleich vertretbar erwiesen hätte wie das Verständnis der Beschwerdeführerin.
4. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie, ohne den Parteien Gelegenheit gegeben zu haben, sich zu den für die Entscheidbegründung massgebenden Bestimmungen zu äussern, zu einer normativen Auslegung der AVB geschritten sei, obwohl die Parteien vor und während des Prozesses einzig über die Frage gestritten hätten, ob die Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdegegners Folge eines Unfalls oder einer Krankheit gewesen sei. Die Beschwerdeführerin habe daher davon ausgehen dürfen, dass ihre Pflicht zur Versicherungsdeckung nur bejaht würde, wenn sich ergäbe, dass die Arbeitsunfähigkeit krankheitsbedingt sei. In diesem Zusammenhang wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz zudem eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung vor. Sie ist der Meinung, aus dem Umstand, dass der Beschwerdegegner nicht behauptet hat, gemäss AVB sei auch Erwerbsausfall wegen Unfällen gedeckt, die sich vor Inkrafttreten des UVG ereigneten, hätte die Vorinstanz schliessen müssen, die Parteien seien sich über die Tragweite der fraglichen AVB-Bestimmungen tatsächlich einig gewesen. Die Beschwerdeführerin beanstandet alsdann die objektive Auslegung der AVB. Der Beschwerdegegner habe eine Kranken- und nicht eine Unfallversicherung abgeschlossen, so dass er schon aus diesem Grunde nicht darauf habe vertrauen dürfen, Unfälle würden gedeckt, wenn keine Klausel unmissverständlich darauf hinweise. Bei richtiger Anwendung der bundesrechtlichen Auslegungsregeln liege jene Interpretation am nächsten, gemäss welcher Versicherungsdeckung bei allen drei in Ziff. 2.2 AVB aufgeführten gesundheitlichen und körperlichen, durch Unfall oder einen einem solchen gleichgestellten Tabestand verursachten Beeinträchtigungen ausgeschlossen sei. Die Vorinstanz habe mit ihrem Verständnis der Wendung "gemäss UVG" eine verpönte Buchstabenauslegung vorgenommen.
4.1 AGB-Klauseln sind, wenn sie in Verträge übernommen werden, grundsätzlich nach denselben Prinzipien auszulegen wie andere vertragliche Bestimmungen (<ref-ruling> E. 2 S. 6; <ref-ruling> E. 2.2 S. 610, 675 E. 3.3 S. 681). Deren Inhalt bestimmt sich in erster Linie nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Wenn dieser unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien auf Grund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen). Bei vorformulierten Vertragsbestimmungen gelangt zudem die Unklarheitenregel zur Anwendung, sofern die übrigen Auslegungsmittel versagen. Danach sind mehrdeutige Wendungen in vorformulierten Vertragsbedingungen im Zweifel zu Lasten jener Partei auszulegen, welche sie verfasst hat (<ref-ruling> E. 2a S. 121; <ref-ruling> E. 1b S. 158). Gemäss <ref-law> haftet der Versicherer für alle Ereignisse, welche die Merkmale der Gefahr, gegen deren Folgen Versicherung genommen wurde, an sich tragen, es sei denn, dass der Vertrag einzelne Ereignisse in bestimmter, unzweideutiger Fassung von der Versicherung ausschliesst.
4.2 Die Beschwerdeführerin lässt in ihrer Argumentation gänzlich ausser Betracht, dass aus den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz eindeutig hervorgeht, dass die Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdegegners nicht ausschliesslich unfall-, mithin auch krankheitsbedingt ist (E. 3). Für derartige Konstellationen enthalten die AVB keine ausdrückliche Regelung. Ziff. 10 der AVB sieht zwar die Kürzung der Leistungen bei krankheitsfremden Gegebenheiten vor. Dass mit Blick auf den Unfall eine Kürzung nach Art. 10 AVB vorzunehmen wäre, macht die Beschwerdeführerin aber nicht geltend. Mit der krankheitsbedingten Komponente ist das Merkmal der Gefahr gegeben, gegen deren Folgen die Versicherung genommen wurde. Aufgrund der Versicherungsbedingungen darf der Versicherte darauf vertrauen, dass entweder ein Unfall oder aber eine Krankheit gegeben ist und der entsprechende Versicherungsschutz besteht. In den AVB werden nur die Fälle, bei denen die gesundheitliche Beeinträchtigung ausschliesslich auf einen Unfall zurückzuführen ist oder Leistungen durch die Unfallversicherung erbracht werden, unzweideutig von der Versicherung ausgeschlossen. Hätte die Beschwerdeführerin ihre Leistungspflicht für den Fall ausschliessen wollen, dass ein Zusammenspiel von Unfall und Krankheit die Arbeitsunfähigkeit verursacht, hätte sie dies klar zum Ausdruck bringen müssen (<ref-law>). Den angeführten Bestimmungen konnte der Beschwerdegegner nach Treu und Glauben einen derart weit reichenden Leistungsausschluss nicht entnehmen. Er musste nicht annehmen, bei einer zum Teil krankheitsbedingten Arbeitsunfähigkeit, für die ein Unfall (mit)kausal war, entfalle die Leistungspflicht, auch wenn die Unfallversicherung keine Leistungen erbringt. Wie die AVB-Definition des Unfalls zeitlich aufzufassen ist, namentlich ob darunter auch Ereignisse vor Inkrafttreten des UVG fallen, ist bei dieser Sachlage nicht entscheidrelevant.
5. Damit erweist sich die Beschwerde im Ergebnis als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, I. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juni 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak