Sachverhalt:
A. Der US-Bundesanwalt für den District of Columbia führt ein strafrechtliches Ermittlungsverfahren gegen A._, B._, C._, D._, E._ und F._ wegen Wertpapierbetrugs und Geldwäscherei.
Am 4. Februar 2005 sandte das Justizdepartement der Vereinigten Staaten der Zentralstelle USA des Bundesamtes für Justiz (im Folgenden: Zentralstelle) ein vom 14. Januar 2005 datiertes Rechtshilfeersuchen des zuständigen US-Bundesanwalts.
Dem Ersuchen liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Die Firma G._ sei eine Gesellschaft mit Hauptsitz in H._. Ihre Aktien würden in den USA an der Over-the-Counter Bulletin Board Börse unter dem Kürzel I._ gehandelt. Ihre Wertpapiere seien bei der Börsenaufsichtsbehörde Securities an Exchange Commission (SEC) registriert. Das Geschäftsziel der Firma G._ bestehe in der Entwicklung von Technologien, welche namentlich der Früherkennung von Krankheiten dienten.
Im Mai 2004 habe die Firma G._ insgesamt 4,5 Millionen frei gehandelte Aktien an drei Partner ausgegeben, nämlich (1) eine Million Aktien an die Firma K._, (2) anderthalb Millionen Aktien an die Firma L._ und (3) zwei Millionen Aktien an die Firma M._. Die Firmen K._, L._ und M._ seien im US-Bundesstaat Delaware registriert. F._ und B._ übten durch den Strohmann E._ die Kontrolle über sie aus.
F._, B._ und E._ hätten die Aktien auf Broker-Konten, die auf die Firmen K._, L._ und M._ lauteten, bei der N._ Inc. mit Sitz in Florida überwiesen. In der Folge hätten sie den Eigentümer der N._ Inc., C._, zur Mitarbeit gewonnen. Dieser sollte ihnen helfen, den Kurs der Aktien der Firma G._ durch verschiedene manipulative Handelsaktivitäten künstlich aufrecht zu erhalten und/oder in die Höhe zu treiben. Nachdem der Kurs der Aktien der Firma G._ künstlich in die Höhe getrieben worden sei, habe C._ dem F._, dem B._ und dem E._ auch bei der Durchführung von Verkäufen von G._ Aktien geholfen, die in den Broker-Konten für die Firmen K._, L._ und M._ gehalten worden seien.
Im Rahmen der Aktienmanipulation seien D._ und A._ bezahlt worden, um einen betrügerischen Werbeplan auszuführen, der darauf abgezielt habe, den Kurs der Aktien der Firma G._ künstlich in die Höhe zu treiben. Der betrügerische Werbeplan, den D._ und A._ in der Zeit von ungefähr dem 11. bis zum 18. August 2004 entwickelt und ausgeführt hätten, habe die Verwendung von Computer-Software und automatischen telefonischen Wählvorrichtungen ("Dialer") beinhaltet; dies mit dem Zweck, Millionen von falschen und irreführenden Voicemail-Nachrichten in Bezug auf die Firma G._ auf den Telefonbeantwortern (Voicemail-Maschinen) von potentiellen Anlegern in den gesamten Vereinigten Staaten zu hinterlassen. Diese Nachrichten seien allesamt unerwünscht gewesen und schienen von Personen hinterlassen worden zu sein, die den Besitzern der Telefonbeantworter unbekannt gewesen seien. Die Nachrichten hätten zu einem deutlichen Anstieg des Handelsvolumens und des Kurses der Aktien der Firma G._ geführt.
Bei der SEC seien mehr als 850 Beschwerden von Personen in den Vereinigten Staaten eingegangen, die ähnliche Nachrichten auf ihren Telefonbeantwortern erhalten hätten. In einer dieser Nachrichten habe eine Frau namens "O._" versucht, einem guten Bekannten einen "heissen Aktientipp" zu geben. "O._" habe die Nachricht auf dem Telefonbeantworter der Empfänger hinterlassen und bei diesen den Eindruck erweckt, sie hätten den "Aktientipp" aus Versehen erhalten.
Der Inhalt der Voicemail-Nachricht von "O._" sei Folgender gewesen:
"Hallo Steph, hier ist O._. Ich habe nach deiner alten Nummer gesucht und konnte sie nicht finden, aber Brady meint, das hier ist deine neue Nummer. Ich hoffe, es ist die richtige Nummer. Wie dem auch sei, weisst du noch, Evan, der tolle Typ von der Börse, mit dem ich ausgehe? Er hatte doch meinem Vater im Juni den heissen Börsentipp zu P._ gegeben und die Aktie stieg in zwei Wochen von einem Dollar auf fünf Dollar oder so an und du warst sauer, weil ich nicht angerufen habe. OK, jetzt rufe ich dich also an. Da ist diese neue Firma, die angeblich ein zig Millionen Dollar Krebstest-Ding entwickelt hat und die Aktien werden diese Woche ziemlich in die Höhe gehen - irgendso ein Patent-Dings, ich weiss nicht genau, was das ist. Wie dem auch sei, das Aktienkürzel ist I._ und er sagt, es werde billig zu einem Eröffnungskurs von um die 2.50 Dollar zu haben sein (...). Sie steht jetzt bei 2.50 Dollar und wird nach diesem Wochenende abheben. Besorg dir also soviel du kannst. Ruf mich auf mein Handy an, OK (...). Mein Vater und ich werden morgen einen ganzen Haufen kaufen und die einzigen Leute, denen ich was darüber erzählt habe, sind Sam und Ellen. Es ist ein ziemliches Geheimnis. OK, ruf mich also an oder schick mir ein E-Mail (...)."
Während D._ und A._ den betrügerischen Telefon-Werbeplan ausgeführt hätten, habe C._ Millionen von G._ Aktien von den Brokerkonten der Partner verkauft, die unter der Kontrolle von F._, B._ und E._ gestanden seien, und damit einen Gewinn von Millionen von Dollar erzielt. C._ habe die Erlöse aus diesen Aktienverkäufen auf verschiedene Bankkonten in H._ überwiesen, die auf die Namen der Firmen K._, L._ und M._ gelautet hätten. Danach hätten F._, B._ und E._ die Überweisung von Dollarbeträgen in Millionenhöhe von den Bankkonten in H._ auf ein Konto der X._ Ltd. bei der Bank Q._ in Zürich veranlasst.
Der US-Bundesanwalt ersuchte die schweizerischen Behörden um die Herausgabe von Unterlagen zu diesem Konto bei der Bank Q._ und die Einvernahme von Angestellten dieser Bank als Zeugen.
B. Mit Verfügung vom 25. Mai 2005 entsprach die Zentralstelle dem Rechtshilfeersuchen. Sie beauftragte die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich (im Folgenden: Staatsanwaltschaft) mit der Erhebung der Kontounterlagen. Zudem forderte sie die Staatsanwaltschaft auf, die Zeugeneinvernahmen zu einem späteren, noch zu bestimmenden Zeitpunkt durchzuführen.
C. Die dagegen von der Y._ Ltd. in Liquidation und der X._ Ltd. erhobene Einsprache wies die Zentralstelle am 26. September 2008 ab. Sie ordnete die Herausgabe von Kontounterlagen an die ersuchende Behörde an.
D. Die Y._ Ltd. in Liquidation und die X._ Ltd. führen Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, die Verfügungen der Zentralstelle vom 25. Mai 2005 und 26. September 2008 seien aufzuheben und die Rechtshilfe zu verweigern. Eventualiter seien diese Verfügungen aufzuheben und die Zentralstelle anzuweisen, in den USA den Stand des Verfahrens zu erfragen und alsdann neu zu entscheiden.
E. Das Bundesamt für Justiz hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Für die Rechtshilfe zwischen der Schweiz und den Vereinigten Staaten von Amerika sind der am 25. Mai 1973 zwischen diesen Staaten insoweit abgeschlossene Staatsvertrag (RVUS; SR 0.351.933.6) und das dazugehörige Bundesgesetz vom 3. Oktober 1975 (BG-RVUS; SR 351.93) massgebend. Soweit sich diesem Staatsvertrag und Bundesgesetz keine Regelung entnehmen lässt, sind das Bundesgesetz vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen (IRSG; SR 351.1) und die dazugehörige Verordnung vom 24. Februar 1982 (IRSV, SR 351.11) anwendbar (<ref-ruling> E. 1a, mit Hinweis).
1.2 Das BG-RVUS ist am 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Januar 2007, geändert worden.
Gemäss <ref-law> richten sich Einsprache- und Beschwerdeverfahren gegen Verfügungen, die in erster Instanz vor dem Inkrafttreten dieser Änderung getroffen worden sind, nach dem bisherigen Recht.
Die Vorinstanz hat die Eintretensverfügung am 25. Mai 2005 und damit vor dem 1. Januar 2007 erlassen. Das vorliegende Verfahren richtet sich deshalb nach dem bisherigen Recht (Urteile 1A.65/2007 vom 13. November 2007 E. 1 und 1A.61/2007 vom 5. Oktober 2007 E. 1).
1.3 Die Verfügung, mit der die Vorinstanz die Rechtshilfe gemäss <ref-law> gewährt und eine Einsprache nach Art. 16 aBG-RVUS abweist, kann gemäss Art. 17 Abs. 1 aBG-RVUS mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (<ref-ruling> E. 1b S. 126, mit Hinweis).
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist hier somit gegeben.
1.4 Die Beschwerdeführerinnen sind Inhaber der Bankkonten, über die der ersuchenden Behörde Unterlagen herausgegeben werden sollen. Sie sind nach <ref-law> und <ref-law> zur Beschwerde befugt.
1.5 Die Beschwerdeführerinnen können insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - wozu auch das Staatsvertragsrecht gehört - rügen (Art. 104 lit. a OG).
1.6 Das Bundesgericht ist an die Begehren der Parteien nicht gebunden (Art. 25 Abs. 6 aIRSG). Es prüft die bei ihm erhobenen Rügen grundsätzlich mit freier Kognition. Es ist aber nicht verpflichtet, nach weiteren der Rechtshilfe allenfalls entgegenstehenden Gründen zu forschen, die aus der Beschwerde nicht hervorgehen (<ref-ruling> E. 1d S. 136 f.; <ref-ruling> E. 2d S. 372, mit Hinweisen).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerinnen bringen (S. 7 ff.) vor, Voraussetzung der Rechtshilfe sei ein hängiges Strafverfahren im ersuchenden Staat (Art. 1 Ziff. 1 RVUS). In den USA werde kein Strafverfahren mehr geführt, das einen Bezug zur Schweiz habe. Die ursprünglich in der Schweiz gesuchten Beweismittel würden in den USA nicht mehr benötigt. Zumindest bestünden ernstliche Zweifel, dass in den USA noch ein Strafverfahren geführt werde. Indem die Vorinstanz bei dieser Sachlage entgegen dem von den Beschwerdeführerinnen gestellten Antrag bei den Behörden der USA keine entsprechende Rückfrage vorgenommen habe, habe sie ihr Ermessen überschritten und unverhältnismässig gehandelt.
2.2 Gemäss Art. 1 Ziff. 1 lit. a RVUS verpflichten sich die Vertragsparteien, gemäss den Bestimmungen dieses Vertrages einander Rechtshilfe zu leisten in Ermittlungs- und Gerichtsverfahren wegen strafbarer Handlungen, deren Ahndung unter die Gerichtsbarkeit des ersuchenden Staats oder eines seiner Gliedstaaten fällt.
Das Rechtshilfeersuchen wird gegenstandslos, wenn es der ersuchende Staat ausdrücklich zurückgezogen hat (Urteile 1A.218/2003 vom 17. Dezember 2003 E. 3.5; 1A.418/1996 vom 12. März 1997 E. 2 mit Hinweis); ebenso wenn das ausländische Verfahren durch ein rechtskräftiges Urteil abgeschlossen worden ist (<ref-ruling> E. 5a S. 166; ROBERT ZIMMERMANN, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 2. Aufl. 2004, S. 175 N. 168).
Die ersuchende Behörde hat das vorliegende Rechtshilfeersuchen unstreitig nicht zurückgezogen. Die Beschwerdeführerinnen räumen sodann (S. 8 Ziff. 29) selber ein, dass das Strafverfahren in den USA noch nicht durch ein rechtskräftiges Urteil abgeschlossen worden ist. Es besteht daher insoweit kein Rechtshilfehindernis.
Bereits vor Vorinstanz hatten die Beschwerdeführerinnen eingeräumt, das Strafverfahren in den USA sei noch nicht abgeschlossen (angefochtene Verfügung S. 5 E. IV. B. 1). Damit hatte die Vorinstanz auch keinen Grund zu einer entsprechenden Rückfrage bei der ersuchenden Behörde.
Die Beschwerde ist im vorliegenden Punkt unbegründet.
2.3 Soweit die Beschwerdeführerinnen (S. 8 Ziff. 27 ff.) in der Sache rügen, die Rechtshilfe sei unverhältnismässig, ist die Beschwerde offensichtlich unbegründet. Die Vorinstanz hat (angefochtene Verfügung S. 7) zur Verhältnismässigkeit Stellung genommen. Ihre Erwägungen, auf die verwiesen werden kann (Art. 36a Abs. 3 OG), verletzen kein Bundesrecht.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerinnen machen (S. 9 ff.) geltend, es fehle an der beidseitigen Strafbarkeit. Der Tatbestand der Kursmanipulation nach <ref-law> sei entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht erfüllt.
3.2 Nach Art. 4 Ziff. 2 RVUS dürfen Zwangsmassnahmen bei Ausführung eines Rechtshilfeersuchens nur angewendet werden, wenn die Handlung, auf die sich das Ersuchen bezieht, die objektiven Merkmale eines Straftatbestandes erfüllt, nach dem Recht des ersuchten Staates, falls dort begangen, strafbar wäre und einen Tatbestand darstellt, welcher auf der dem Vertrag beigefügten Liste strafbarer Tatbestände enthalten ist. Der Entscheid darüber, ob die Voraussetzungen nach Art. 4 Ziff. 2 RVUS erfüllt sind, soll vom ersuchten Staat nur aufgrund seines eigenen Rechts getroffen werden (Art. 4 Ziff. 4 RVUS).
Das Bundesgericht prüft frei, ob der im Rechtshilfeersuchen dargestellte Sachverhalt die objektiven Voraussetzungen eines schweizerischen Straftatbestands erfüllt (<ref-ruling> E. 7a S. 181 mit Hinweisen).
3.3 Gemäss <ref-law> wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer in der Absicht, den Kurs von in der Schweiz börslich gehandelten Effekten erheblich zu beeinflussen, um daraus für sich oder für Dritte einen unrechtmässigen Vermögensvorteil zu erzielen: (1) wider besseren Wissens irreführende Informationen verbreitet oder (2) Käufe und Verkäufe von solchen Effekten tätigt, die beidseitig direkt oder indirekt auf Rechnung derselben Person oder zu diesem Zweck verbundener Personen erfolgen.
<ref-law> enthält somit zwei Tatbestandsvarianten, nämlich einerseits die Verbreitung irreführender Informationen ("Informationsdelikt") und anderseits den Abschluss von Scheingeschäften mit Effekten ("Transaktionsdelikt"). Im vorliegenden Fall geht es um die erste Variante.
Die Beschwerdeführerinnen wenden (S. 14 ff. Ziff. 55 ff.) ein, es fehle am Tatbestandsmerkmal der irreführenden Informationen. Bei der auf den Telefonbeantwortern hinterlassenen Nachricht handle es sich um wichtigtuerisches Geschwätz, bestenfalls um einen Aufruf zum Glücksspiel. Die Firma G._ habe zudem zu jener Zeit verbreitet, man erwarte die Patenterteilung für eine revolutionäre Krebserkennungsmethode und im dritten Quartal 2004 den Start der klinischen Phase. Damit sei die Nachricht nicht falsch bzw. irreführend gewesen.
Dem kann nicht gefolgt werden. Die angeblich von einer "O._" stammende Nachricht hat unstreitig die Ehefrau des Beschuldigten A._, R._, hinterlassen. "O._" gibt es somit nicht. Folglich existiert auch der "tolle Typ von der Börse", mit dem "O._" nach der Nachricht angeblich ausgeht, nicht. Ebenso wenig gibt es den Vater von "O._", dem der "Typ von der Börse" im Juni einen "heissen Börsentipp zu P._" zukommen lassen haben soll. Existiert der "Typ von der Börse" nicht, konnte er auch kein Insider-Wissen zur Firma G._ haben und dazu keinen weiteren "heissen Börsentipp" geben. Mit der von "O._" hinterlassenen Nachricht wird zu alldem ein unwahrer Sachverhalt vorgespiegelt, der die Empfänger zum Kauf von Aktien der Firma G._ veranlassen sollte und dies - wie der deutliche Anstieg des Handelsvolumens und des Kurses dieser Aktien zeigt - auch getan hat. Die unwahre Darstellung von Tatsachen und ihre Verbreitung wird von <ref-law> erfasst (vgl. BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, Vol. I, 2002, S. 439 N. 6; TRECHSEL/JEAN-Richard, in: Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, <ref-law> N. 5; STRATENWERTH/JENNY, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I, 6. Aufl. 2003, S. 454 f. N. 36 f.; AMSTUTZ/REINERT, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, <ref-law> N. 16 f.; Trippel/Urbach, in: Basler Kommentar, Börsengesetz, 2007, <ref-law> N. 12 f.). Das Vorbringen der Beschwerdeführerinnen, die Firma G._ habe zu jener Zeit tatsächlich bekannt gegeben, man erwarte die Patenterteilung für eine revolutionäre Krebserkennungsmethode, hilft ihnen nicht. Verhält es sich so, war auch noch die Angabe von "O._" falsch, es handle sich um ein "ziemliches Geheimnis".
Wurden nach dem Rechtshilfeersuchen somit irreführende Informationen verbreitet, ist der Tatbestand der Kursmanipulation gemäss <ref-law> objektiv erfüllt. Mehr ist nach dem (E. 3.2) Gesagten nicht erforderlich.
Die Vorinstanz hat zu Recht die beidseitige Strafbarkeit bejaht.
Die Beschwerde ist auch im vorliegenden Punkt unbegründet.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführerinnen die Kosten (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen je zur Hälfte auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen und dem Bundesamt für Justiz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri