Fatti:
A. Il 3 gennaio 2011 A._ ha inviato uno scritto all'Ufficio federale dell'informatica e delle telecomunicazioni (UFIT) asserendo di essere a conoscenza dell'esistenza di un satellite americano ad esso collegato che, senza il suo consenso, lo filmerebbe giorno e notte, registrando tutte le sue conversazioni. Detta asserita connessione permetterebbe di assistere e partecipare a "demenziali, crudeli e odiose torture realvirtuali". Il 19 gennaio 2011 l'UFIT ha comunicato all'interessato l'insussistenza del preteso collegamento e di non essere a conoscenza dell'esistenza di un siffatto satellite. Ha nondimeno trasmesso lo scritto, per competenza, all'Incaricato federale della protezione dei dati e della trasparenza (IFPDT). Con lettera del 26 gennaio 2011, l'IFPDT ha rilevato di non essere a conoscenza di un tale satellite.
B. Il 7 febbraio 2011 A._ si è rivolto al Tribunale amministrativo federale (TAF), che l'ha invitato ad avviare una procedura ricorsuale sulla base di una decisione impugnabile. Con scritto del 28 febbraio 2011, l'IFPDT ha comunicato all'insorgente di non poter emanare una decisione formale, poiché non effettua il trattamento degli asseriti dati. Il 2 marzo 2011 l'insorgente ha presentato al TAF un ricorso per denegata giustizia, dichiarato irricevibile con sentenza del 7 luglio 2011.
C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso al Tribunale federale. Censura il ritardo nello statuire e chiede che l'IFPDT apra un'inchiesta volta a interrompere la pretesa violazione dei suoi dati personali.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Se la giurisdizione adita nega o ritarda indebitamente la pronuncia di una decisione impugnabile, come sostenuto in concreto dal ricorrente, giusta l'<ref-law> può essere interposto ricorso al Tribunale federale. In un simile caso, per determinare il tipo di rimedio effettivamente esperibile, occorre fondarsi sulla materia in cui rientrerebbe la decisione asseritamente ritardata o negata ingiustificatamente. In concreto, la decisione oggetto del preteso ritardo concerne la protezione dei dati e rientra quindi nel campo del diritto pubblico. Il gravame è pertanto ricevibile quale ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1).
1.2 Il TAF ha ricordato che, secondo l'<ref-law> (RS 172.021), un ricorso per denegata o ritardata giustizia è ricevibile soltanto qualora l'insorgente abbia diritto all'emanazione di una decisione impugnabile ai sensi dell'<ref-law>. Ha poi illustrato le pretese e la procedura fissate dall'art. 25 della legge federale del 19 giugno 1992 sulla protezione dei dati (LPD), indicando le competenze legali di sorveglianza dell'IFPDT sugli organi federali (<ref-law>), segnatamente quella di aprire un'inchiesta e di emanare raccomandazioni, non spettandogli per contro l'adozione di misure vincolanti. Ha stabilito, richiamando il relativo messaggio, che l'IFPDT non deve occuparsi di tutti i casi sottopostigli, per cui chi sostiene una violazione reale o presunta di una norma sulla protezione dei dati non deve necessariamente attendersi un risultato, e precisato che la citata raccomandazione non costituisce una decisione ai sensi dell'<ref-law>. Ne ha concluso che in concreto non sussiste alcun diritto dell'insorgente a un intervento dell'incaricato, che nell'ambito della vigilanza in materia di protezione dei dati usufruisce di piena indipendenza circa l'apertura di eventuali inchieste. D'altra parte, un suo mancato intervento non gli preclude la possibilità di denunciare, secondo la procedura prevista dall'<ref-law>, un eventuale trattamento incorretto di suoi dati personali. Ne ha quindi dichiarato inammissibile il ricorso.
1.3 Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Ora, il ricorrente si limita in sostanza ad addurre che al TAF, aspettando quattro mesi per dichiarare irricevibile il gravame, sarebbe imputabile un "clamoroso" ritardo. D'altra parte, poiché il TAF ha proceduto a uno scambio di scritti, il ricorso non sembrava inammissibile di primo acchito.
1.4 L'obbligo di pronunciarsi entro una scadenza ragionevole, sancito dall'<ref-law>, impone all'autorità competente di statuire entro un termine che risulti essere giustificato dalla natura del litigio e dall'insieme delle circostanze del caso. Elementi questi che generalmente richiedono una valutazione globale: devono in particolare essere considerati la portata e le difficoltà della causa, il modo con il quale è stata trattata dall'autorità, l'interesse delle parti e il loro comportamento nella procedura (<ref-ruling> consid. 3.3.3; <ref-ruling> consid. 3.1, sulle esigenze di motivazione vedi <ref-ruling> consid. 2 e rinvii).
1.5 Il TAF, dopo aver proceduto a uno scambio di scritti, specificamente inteso a possibilmente creare le premesse per un suo giudizio, si è compiutamente espresso sui compiti e sulle competenze dell'IFPDT, concludendo che in concreto il ricorrente non aveva diritto a un suo intervento. Ora quest'ultimo non contesta questa conclusione, rilevando semplicemente che anche qualora l'intervento dell'IFPDT non avesse carattere vincolante né costituisse una decisione impugnabile, ciò non potrebbe legittimarne "l'inoperosità". È tuttavia manifesto, in assenza di una specifica competenza, che il TAF non poteva arrogarsi prerogative che non gli competono. D'altra parte, la risposta dell'IFPDT è stata tempestiva, né il termine entro il quale ha statuito il TAF costituisce un diniego di giustizia.
Infine, neppure l'accollamento di una tassa di giustizia di fr. 500.-- al ricorrente, soccombente, viola l'<ref-law>, norma con la quale egli non si confronta del tutto.
2. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, all'Incaricato federale della protezione dei dati e della trasparenza e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.