Sachverhalt:
A. Der 1948 geborene K._ ist gelernter Steinbildhauer und war selbstständig erwerbstätig, als ihm im Jahr 1989 ein Stein auf den linken Fuss fiel. Im August 2007 meldete er sich wegen Beschwerden am linken Fuss und Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Vorbescheid vom 13. Februar 2008 und Verfügung vom 2. April 2008 verneinte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen einen Anspruch auf Invalidenrente.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde von K._ hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 8. Dezember 2009 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle zurück.
C. Mit Beschwerde lässt die IV-Stelle die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Bestätigung der Verfügung vom 2. April 2008 beantragen.
K._ beantragt, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten. Eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt Gutheissung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007, E. 1.1 mit Hinweisen), um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1. 1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007, E. 1.1 mit Hinweisen), um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2 1.2.1 Rechtsprechungsgemäss bewirkt ein Rückweisungsentscheid in der Regel keinen irreversiblen Nachteil im Sinne von <ref-law>, da der Rechtsuchende ihn später zusammen mit dem neu zu fällenden Endentscheid wird anfechten können (vgl. <ref-law>). Anders verhält es sich allerdings für die Verwaltung bzw. den Versicherungsträger, wenn diese durch den Rückweisungsentscheid gezwungen werden, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu treffen. Diesfalls kann bereits dieser Entscheid angefochten und braucht nicht der Endentscheid abgewartet zu werden (<ref-ruling> E. 5.2, 5.2.1 - 5.2.4 S. 483 ff.).
1.2.2 Im Umstand, dass der vorinstanzliche Entscheid materiell verbindliche Anordnungen hinsichtlich der Invaliditätsbemessung (insbesondere Bestimmung des Valideneinkommens) enthält, welche die IV-Stelle verpflichten, eine nach ihrer Auffassung ungerechtfertigte Leistungszusprache zu erlassen, ist offenkundig ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne des <ref-law> zu erblicken. Denn die Verwaltung sähe sich ausserstande, ihre eigene Verfügung anzufechten, und die Gegenpartei wird in der Regel kein Interesse haben, dem zu ihren Gunsten lautenden Endentscheid zu opponieren, sodass der kantonale Vor- oder Zwischenentscheid nicht mehr korrigiert werden könnte (SVR 2010 AlV Nr. 2 S. 3, 8C_269/2009 E. 1.2.2 mit Hinweisen). Auf die Beschwerde der IV-Stelle ist daher einzutreten.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
3. Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet der Anspruch des Beschwerdegegners auf eine Rente der Invalidenversicherung. Zu prüfen ist hierbei die Beurteilung des Invaliditätsgrades, insbesondere, nach welchen Regeln das Valideneinkommen zu bestimmen ist. Nicht zu beurteilen sind hingegen Massnahmen beruflicher Art (Art. 8 und Art. 15 ff. IVG), da hierüber keine Verfügung erlassen wurde (fehlender Anfechtungsgegenstand; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 1a S. 414 mit Hinweisen).
3.1 Nach der Rechtsprechung ist bei Selbstständigerwerbenden u.a. dann nicht auf das zuletzt erzielte tiefe Einkommen abzustellen, wenn aufgrund der Umstände mit überwiegender Wahrscheinlichkeit anzunehmen ist, der Versicherte hätte im Gesundheitsfall seine nicht einträgliche Tätigkeit aufgegeben und eine besser entlöhnte Arbeit gesucht und ausgeübt. Dieser Tatbestand ist nicht gegeben, wenn die versicherte Person, auch als ihre Arbeitsfähigkeit noch nicht beeinträchtigt war, über mehrere Jahre hinweg sich mit einem bescheidenen Einkommen begnügt hatte. In einem solchen Fall ist dieser Verdienst für die Festlegung des Valideneinkommens massgebend, selbst wenn besser entlöhnte Erwerbsmöglichkeiten bestanden hätten (<ref-ruling> E. 3.4.6 S. 64 f.; <ref-ruling> E. 5c/bb S. 157; je mit Hinweisen.).
3.2 Gemäss Feststellung des kantonalen Gerichts realisierte der Beschwerdegegner bei seiner selbstständigen Erwerbstätigkeit ein weit unterdurchschnittliches Einkommen. In den Jahren 1983 bis 1989 betrug das Jahreseinkommen im Durchschnitt ca. Fr. 20'000.- (vgl. IK-Auszug vom 23. August 2007). Trotz einzelner höherer Einkommen von Fr. 43'000.- in den Jahren 1992, 1993 und Fr. 40'300.- im Jahr 1996, blieb das Einkommen auch nach dem Unfallereignis im Jahr 1989 weit unterdurchschnittlich tief. Die Vorinstanz hielt daher fest, der Beschwerdegegner mache nicht den Eindruck eines geschäftstüchtigen, nach Gewinn strebenden Unternehmers. Insgesamt ist davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner im Gesundheitsfall seine selbstständige Tätigkeit mit weit unterdurchschnittlichem Einkommen nicht aufgegeben und etwa eine Anstellung in seinem erlernten Beruf als Steinbildhauer angenommen hätte. Vielmehr ergibt sich aus den Akten, dass er sich freiwillig mit einem bescheidenen Einkommen begnügen wollte.
Das kantonale Gericht verstösst daher gegen Bundesrecht, wenn es zur Ermittlung des Valideneinkommens den Lohn eines angestellten Steinbildhauers mit der gleichen Berufserfahrung wie des Beschwerdegegners und nicht das tatsächlich erzielte Einkommen als massgebend beurteilte.
Massgebliches Valideneinkommen ist das effektiv erzielte, tiefe Einkommen des Beschwerdegegners. Selbst wenn man vom höchsten je erzielten Verdienst im Jahr 1993 von Fr. 43'000.- ausginge und der Nominallohnentwicklung bis zum Jahr 2008 anpassen würde (Bundesamt für Statistik, Schweizerischer Lohnindex, Tabelle T1.1.93, Nominallohnindex, Männer, 1993 - 2009, Abschnitt D), resultierte ein Valideneinkommen von lediglich Fr. 51'041.- pro Jahr.
3.3 Entgegen der Auffassung der Vorinstanz beruht das versicherte Risiko in der Invalidenversicherung nicht im Verlust der Erwerbsmöglichkeiten, sondern in der effektiven, gesundheitlich bedingten Einbusse im Erwerbseinkommen. Nützt der Versicherte im Gesundheitsfall sein wirtschaftliches Potenzial nicht voll aus, so ist dieser nicht verwertete Teil der Erwerbsfähigkeit nicht versichert (<ref-ruling> E. 3.4.1 S. 61; <ref-ruling> E. 5.1.2 S. 53, <ref-ruling> E. 5b/bb S. 157). Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> bereits umfassend zur abweichenden Auffassung der Vorinstanz Stellung genommen und diese verworfen. Es kann auf die dort gemachten Ausführungen verwiesen werden.
4. Im Hinblick auf die Beurteilung des Invalideneinkommens ergibt sich aus den Akten das Folgende:
4.1 Der Hausarzt Dr. med. A._, Facharzt für Allgemeine Medizin, beurteilte den Beschwerdegegner im Arztbericht vom 24. September 2007 unter Berücksichtigung der vorhandenen Fuss- und Rückenbeschwerden in einer wechselbelastenden Tätigkeit, bei welcher keine gebückte Haltungen und längere Zeit stehende Positionen eingenommen werden müssen, für vollzeitlich arbeitsfähig ohne relevante Einschränkung der Leistungsfähigkeit. Auf diese Beurteilung verwies der Beschwerdegegner selber in seiner Stellungnahme zum Vorbescheid am 31. März 2008. Auch Dr. med. B._ vom Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD) bestätigte in seiner Stellungnahme vom 4. Februar 2008 eine volle Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit. Bei der Abklärung an Ort und Stelle in der Werkstätte des Beschwerdegegners am 14. Dezember 2007 gab dieser zudem an, er arbeite bis zu 70 Stunden wöchentlich für seine aktuell hobbymässig betriebene Kreativwerkstatt.
Soweit die Vorinstanz somit zum Schluss kam, es fehle an einer verlässlichen medizinischen Arbeitsfähigkeitsbeurteilung bezogen auf eine adaptierte Hilfsarbeit, liegt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung vor. Der Beschwerdegegner ist aufgrund der medizinischen Unterlagen und seinen eigenen Angaben in einer angepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig.
4.2 Die im vorinstanzlichen Verfahren eingereichten Berichte des Spitals X._ vom 26. November 2008 und des Pneumologen Dr. med. C._ vom 26. Januar sowie vom 5. März 2009 beziehen sich auf Befunde, die nach dem Erlass der angefochtenen Verfügung vom 2. April 2008 auftraten. Sie sind im vorliegenden Verfahren daher nicht zu berücksichtigen, da die Verfügung vom 2. April 2008 verfahrensmässig den Endzeitpunkt des für den Sachverhalt relevanten Geschehens markiert (<ref-ruling> E. 1 S. 169).
4.3 Zur Ermittlung des hypothetischen Invalideneinkommens sind die Tabellenlöhne gemäss der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) heranzuziehen (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475). Anhand der Tabellenlöhne der LSE 2008, Tabelle TA1, Anforderungsniveau 4, monatlicher Bruttolohn von Männern in allen Wirtschaftszweigen des privaten Sektors ("Total" = Fr. 4'806.-) ergibt sich umgerechnet auf die betriebsübliche wöchentliche Arbeitszeit von 41.6 Stunden im Jahr 2008 (Bundesamt für Statistik, Betriebsübliche Arbeitszeit nach Wirtschaftsabteilungen, in Stunden pro Woche, 1990 - 2008, "Total") ein hypothetisches Jahreseinkommen von Fr. 59'978.90. Die Beschwerdeführerin erwähnte in ihrer Verfügung vom 2. April 2008 einen Abzug vom Tabellenlohn (vgl. <ref-ruling>) in der Höhe von 10 %. Da selbst mit einem maximal zulässigen Abzug von 25 % bei der Gegenüberstellung mit dem höchst möglichen Valideneinkommen von Fr. 51'041.- kein rentenbegründender Invaliditätsgrad von mindestens 40 % resultieren würde, kann auf weitere Ausführungen hierzu verzichtet werden.
5. Die Abweisung des Anspruchs auf eine Invalidenrente in der Verfügung vom 2. April 2008 ist insgesamt nicht zu beanstanden. In Gutheissung der Beschwerde führt dies zur Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides.
6. Dem Prozessausgang entsprechend hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten (<ref-law>) zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 8. Dezember 2009 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Juli 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner