Faits:
A. A.a X._ SA était propriétaire de l'intégralité du capital-actions de la société A._ SA, elle-même propriétaire de l'Hôtel A._.
Le 23 janvier 2006, X._ SA a signé un contrat de vente d'actions et de cession de créance aux termes duquel elle vendait à la société C._ SA et à D._ la société A._ SA, pour le prix de 38'700'000 fr. Par demande déposée le 13 septembre 2006 devant le Tribunal cantonal vaudois, X._ SA a ouvert à l'encontre des acheteurs une action en exécution de ce contrat.
A.b Dans l'intervalle, le 6 juin 2006, X._ SA a conclu avec Y._ un contrat de mandat ayant pour but la vente des actions de A._ SA, au prix indicatif de 60'000'000 fr.
Par contrat du 13 août 2007, X._ SA a vendu ces actions à F._ SA que lui avait présentée Y._. Pour ce service d'intermédiaire, celui-ci a reçu une commission de 1'700'000 fr. versée par X._ SA.
A.c Par la suite F._ SA a revendu les actions de A._ SA à la société G._ SA. Cette dernière société est détenue par D._.
B. Le 20 décembre 2007, X._ SA a requis du Juge de paix du district de Vevey le séquestre à son profit, à concurrence de 1'700'000 fr., du compte xxx ouvert au nom de Y._ auprès de la Banque cantonale Vaudoise à Montreux. Elle alléguait qu'en cours de mandat, elle avait clairement informé Y._ qu'elle ne voulait pas vendre les actions de A._ SA à D._, C._ SA ou toute autre entité appartenant à D._. Selon elle, la vente à F._ SA n'avait été qu'une façade et Y._ avait violé le contrat de courtage du 6 juin 2006 en organisant une vente en mains d'un acheteur fictif, pour le compte d'acheteurs avec lesquels elle ne voulait pas contracter. Elle prétendait qu'en application de l'<ref-law>, Y._ était déchu de son droit à une commission et qu'elle disposait d'une créance en remboursement du montant de 1'700'000 fr. qu'elle lui avait versé.
Le 21 décembre 2007, le Juge de paix a ordonné le séquestre requis, en vertu de l'<ref-law>.
C. Le 22 janvier 2008, il a rejeté l'opposition formée par le séquestré. En bref, il a considéré que le cas de séquestre de l'<ref-law> était réalisé, car la requérante avait rendu vraisemblable l'existence de la créance et établi que le séquestré n'était pas domicilié en Suisse.
Par arrêt du 28 août 2008, notifié le 31 octobre 2008, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours du séquestré, admis l'opposition et levé le séquestre.
D. X._ SA forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement au rejet de l'opposition et au maintien du séquestre et, à titre subsidiaire, à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Par ordonnance du 17 décembre 2008, le Président de la cour de céans a accordé l'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. La décision sur opposition au séquestre rendue par l'autorité judiciaire supérieure au sens de l'<ref-law> est une décision finale au sens de l'<ref-law>, prise en dernière instance cantonale (<ref-law>), qui peut faire l'objet d'un recours en matière civile selon l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1), pour autant que la valeur litigieuse soit supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), ce qui est manifestement le cas en l'espèce. Créancière séquestrante, la recourante a la qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (<ref-law>).
2. Il s'agit d'une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2). Seule peut par conséquent être invoquée la violation des droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>). Celui-ci doit donc exposer de manière claire et détaillée en quoi des droits constitutionnels auraient été violés (<ref-ruling> consid. 6).
3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels par l'autorité cantonale, ce qui correspond à la solution prévue dans le recours constitutionnel subsidiaire (<ref-ruling> consid. 7.1). Il faut également que le recourant démontre que la violation du droit soit susceptible d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure (<ref-ruling> consid. 7.1).
4. La recourante dénonce une application arbitraire de l'art. 58 al. 8 de la loi d'application dans le canton de Vaud de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite du 18 mai 1955 (ci-après : LVLP/VD; RSV 280.05) au motif que l'autorité précédente a refusé d'admettre une partie des pièces nouvelles qu'elle a déposées en seconde instance cantonale.
4.1 Aux termes de l'art. 58 al. 8 LVLP/VD, dans un recours dirigé contre une décision rendue sur opposition à une ordonnance de séquestre, les parties peuvent alléguer des faits nouveaux (<ref-law>), pour autant qu'ils se soient produits postérieurement à la décision du juge sur l'opposition.
La cour cantonale a observé que cette disposition ne permet que l'allégation de faits nouveaux proprement dits (vrais nova), soit ceux survenus après la décision sur opposition de première instance. Elle a toutefois considéré que les parties pouvaient, sur la base du droit fédéral, soit de l'<ref-law>, alléguer des faits nouveaux improprement dits (pseudo-nova), soit ceux survenus avant la décision du juge sur l'opposition mais que l'opposant ou le créancier séquestrant n'a pas pu produire plus tôt. Les magistrats précédents en ont conclu qu'à l'appui de ces faits nouveaux (proprement dits ou improprement dits), les parties pouvaient offrir des preuves nouvelles à condition qu'elles n'aient pas pu être produites plus tôt. Appliquant ces principes au cas d'espèce, la cour cantonale a refusé de verser en cause les pièces nouvelles qui étaient antérieures à la décision attaquée dans la mesure où il n'apparaissait pas qu'elles n'auraient pas pu être produites en première instance déjà et que la recourante n'indiquait rien à ce sujet.
4.2 En l'espèce, la question de savoir si l'<ref-law> concerne également les pseudo-nova ne doit pas être tranchée, dès lors que le pouvoir d'examen de la cour de céans se limite au grief invoqué (<ref-law>), à savoir l'application arbitraire de l'art. 58 al. 8 LVLP/VD. La recourante admet expressément que les pièces produites devant la cour cantonale étaient antérieures à la décision attaquée et se référaient donc nécessairement à des pseudo-nova. Elle ne conteste pas non plus la jurisprudence cantonale selon laquelle de telles pièces ne sont recevables en seconde instance que si elles ne peuvent être produites plus tôt. Partant, dès lors qu'il ressort de l'arrêt attaqué qu'elle n'a pas indiqué devant la cour cantonale pourquoi elle n'avait pas été en mesure de les produire en première instance - constatation qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>) - , le refus de les verser en cause ne procède pas d'une interprétation arbitraire de l'art. 58 al. 8 LVLP.
5. La recourante voit également dans le refus d'admettre ces pièces une violation de son droit d'être entendue.
5.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique, en particulier, le droit de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision à prendre (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 4a et la jurisprudence citée). Le droit de fournir des preuves a pour corollaire l'obligation pour l'autorité cantonale de donner suite aux offres de preuve présentées en temps utile et dans les formes requises (<ref-ruling> consid. 7.1), à moins qu'elles soient inaptes à établir le fait à prouver ou que ce fait soit sans pertinence (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2b).
5.2 Le grief apparaît dénué de fondement dès lors que la cour cantonale a jugé, sans verser dans l'arbitraire, que les pièces n'étaient pas admissibles au regard du droit de procédure applicable.
6. La recourante estime avoir rendu vraisemblable que l'intimé a violé les instructions données dans le cadre du mandat du 6 juin 2006, ce qui justifie le remboursement de la commission versée en application de l'<ref-law>; en refusant de tenir pour vraisemblables sa créance et le cas de séquestre de l'<ref-law>, l'autorité cantonale serait tombée dans l'arbitraire.
6.1 Le séquestre est ordonné, entre autres exigences, si le requérant a rendu vraisemblables sa créance et un cas de séquestre (art. 272 al. 1 LP; cf. déjà: <ref-ruling> consid. 1). Il suffit ainsi que l'autorité, se fondant sur des éléments objectifs, acquière l'impression que les faits pertinents se sont produits, mais sans qu'elle doive exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (STOFFEL, Kommentar zum SchKG, vol. III, n. 3 ad <ref-law>; pour les mesures provisionnelles en général: <ref-ruling> consid. 4a).
6.2 Le point de savoir si le degré de vraisemblance requis par le droit fédéral est atteint dans le cas particulier ressortit à l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5 et les arrêts cités). Dans ce domaine, le Tribunal fédéral reconnaît une ample latitude aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables; encore faut-il que la décision attaquée en soit viciée dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2a et la jurisprudence citée).
6.3 Examinant si l'existence de la créance avait été rendue vraisemblable, la cour cantonale a constaté qu'il ne ressortait pas du dossier, en particulier du contrat de mandat conclu le 6 juin 2006 ou des courriers électroniques (pièces 10 à 12) que des instructions avaient été données au courtier en relation avec la personne de l'acheteur. Par ailleurs, il n'apparaissait pas que la recourante ait émis des réserves quant à la personne de l'acheteur lorsqu'elle a été approchée par G._ SA en juillet 2007. Les magistrats précédents ont relevé que le contrat de vente conclu finalement avec F._ SA le 13 août 2007 prévoyait au contraire que l'acheteur se réservait le droit de transférer les actions de la société à n'importe quel tiers (« any third party »). Se fondant sur ces constatations, ils ont estimé que la recourante n'avait pas rendu vraisemblable que le courtier avait reçu des instructions en relation avec la personne de l'acheteur ou qu'il avait agi à l'encontre des intérêts de la recourante. Il n'apparaissait donc pas qu'il avait violé ses obligations de mandataire et perdu ainsi son droit à la commission. La recourante n'ayant pas démontré, sous l'angle de la vraisemblance, qu'elle disposait d'une créance contre l'intimé, il y avait par conséquent lieu d'admettre l'opposition au séquestre.
6.4 En l'espèce, l'argumentation de la recourante tend à démontrer que l'intimé savait qu'elle ne voulait pas vendre le capital-actions de la société à D._ ou à une entité appartenant à celui-ci. Elle estime que les courriers électroniques versés au dossier sous pièces 10 à 12 rendent vraisemblable cette circonstance de fait. La recourante cite les passages suivants : « Je pense qu'il faut proposer à H._ et I._ [sic] de maintenir la réunion et de faire un draft avec un acompte non refundable sauf en cas de perte de cette instance avant le 30 mai 2007 (...) » et « Je pense qu'il ne faut pas céder au T._ qui réagit en avocat. Je les avait (sic) informés de la situation en décembre et ils ont continué en connaissance de cause. Ils connaissent l'histoire de D._ et connaissent J._. Ce n'est pas un fait nouveau. » Ces courriels, très vagues, démontrent tout au plus que l'intimé avait connaissance d'une action en justice et d'une « histoire » avec D._. Même sous l'angle de la vraisemblance, on ne saurait en déduire, la volonté d'exclure D._ comme cocontractant d'une vente. Il n'était en tous les cas pas arbitraire de ne pas en tirer la constatation voulue par la recourante.
Pour le reste, afin d'expliquer que l'intimé connaissait sa volonté d'exclure D._ de la vente, la recourante se prévaut presque exclusivement de faits nouveaux (par ex. l'activité de conseil déployée par l'intimé pour D._ lors de la première vente, une action introduite à l'encontre de la recourante par C._ Sàrl et D._, la création de G._ SA le 19 juillet 2007, le contrat de fiducie conclu entre G._ SA et F._ SA et les mensonges de l'intimé en vue d'obtenir l'insertion de la clause de cessibilité en vertu de laquelle F._ SA se réservait le droit de transférer les actions à n'importe quel tiers), sans pour autant invoquer que ces faits ont été méconnus en violation de droits constitutionnels (cf. consid. 3 supra). Un tel procédé n'est pas admissible (<ref-law>). En définitive, la recourante échoue à démontrer qu'en refusant de tenir pour vraisemblable que l'intimé connaissait son refus de vendre les actions à D._ ou G._ SA, l'autorité précédente a apprécié les preuves dont elle disposait de manière arbitraire.
7. La cour cantonale a également admis l'opposition au séquestre au motif que l'intimé avait rendu vraisemblable qu'il était domicilié en Suisse et que, partant, le cas de séquestre de l'<ref-law> n'était pas réalisé. Bien que la recourante conteste également cette question, il est superflu d'examiner son grief, puisque la vraisemblance de l'existence de la créance a été niée (cf. consid. 6 supra).
8. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais sont mis à la charge de la recourante (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'octroyer des dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à répondre sur le fond et a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 30 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet