Sachverhalt:
A. Mit Anklageschrift vom 18. März 2005 erhob die Staatsanwaltschaft Zürich/Limmat Anklage gegen X._ wegen Schändung im Sinne von <ref-law>. X._ wird zur Last gelegt, er habe am 17. März 2004 in seiner Praxis für Physiotherapie A._ sexuell missbraucht, indem er der nackt und auf dem Bauch liegenden Patientin bei einer Massage mit einem oder zwei Fingern in die Vagina gegriffen habe. Dabei habe er sich mit seinem Oberkörper über die Patientin gelehnt und sie auf ihre linke Halsseite geküsst. Die völlig überrumpelte A._ habe sich während ein paar Sekunden gegen die ungewollte sexuelle Handlung des Therapeuten nicht zur Wehr setzen können.
B. Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ mit Urteil vom 21. Juni 2005 der Ausnützung einer Notlage gemäss <ref-law> schuldig und bestrafte ihn mit 12 Monaten Gefängnis unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges. Zudem verpflichtete es ihn, A._ eine Genugtuung von 2000 Franken zu bezahlen.
C. Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte am 6. Februar 2006 im Berufungsverfahren das Urteil des Bezirksgerichts im Schuldpunkt, reduzierte jedoch die erstinstanzlich ausgefällte Strafe auf 8 Monate Gefängnis und setzte die Genugtuung auf 4000 Franken fest.
D. X._ führt gegen das obergerichtliche Urteil vom 6. Februar 2006 eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. A._ beantragt Abweisung der Beschwerde im Zivilpunkt.
Das Bundesgericht hat den Parteien mit Schreiben vom 21. Dezember 2006 Gelegenheit gegeben, sich zur Anwendung von <ref-law> zu äussern.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Da das angefochtene Urteil vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz [BGG]; SR 173.110) am 1. Januar 2007 ergangen ist, ist noch das bisherige Verfahrensrecht anwendbar (<ref-law>, e contrario). Massgebend sind hier somit die Art. 268 ff. des Bundesgesetzes über die Bundesstrafrechtspflege vom 15. Juni 1934 (BStP; SR 312.0) über die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, seine Verurteilung wegen Ausnützung einer Notlage nach <ref-law> sei bundesrechtswidrig. Die Vorinstanz nehme zu Unrecht das Bestehen eines Abhängigkeitsverhältnisses an. Inhalt, Art und Dauer der physiotherapeutischen Behandlung sowie der Tatablauf lasse nicht erkennen, dass er eine vorbestehende Abhängigkeit der Patientin ausgenützt habe. Der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht auch bei der Bemessung der Genugtuung.
3. 3.1 Die Vorinstanz erachtet den massgebenden Anklagesachverhalt als vollumfänglich erstellt und stützt sich dabei insbesondere auf die glaubhaften Aussagen der Beschwerdegegnerin. Sie stellt in tatsächlicher Hinsicht für den Kassationshof verbindlich fest (Art. 277bis BStP), die Beschwerdegegnerin leide seit Jahren unter einer angeschlagenen Gesundheit. Ab Januar 2004 habe sie sich beim Beschwerdeführer wegen starker Nackenschmerzen sowie einer Muskelzerrung im rechten Unterschenkel einer physiotherapeutischen Behandlung unterzogen. Im Rahmen der Therapie hätten auch persönliche Gespräche zwischen dem Therapeuten und seiner Patientin stattgefunden. Anlässlich der Behandlung vom 17. März 2004 habe er sie aufgefordert, sich für die gewünschte Massage freizumachen, worauf sie sich bäuchlings und nur mit einem Slip bekleidet auf den Behandlungstisch gelegt habe. Der Therapeut habe mit der Massage im Nacken- und Schulterbereich, an den Beinen und am Rücken begonnen. Die Patientin habe ihm gesagt, sie möge es nicht, wenn er sie am Steissbein massiere, worauf er ihr zur Antwort gegeben habe, das gehöre zur Behandlung und sie solle sich entspannen. Auch habe sie ihn gewähren lassen, als er ihr den Slip auszog, weil sie seine Erklärung für überzeugend gehalten habe, es sei wegen des Massageöls. Sie habe dem Therapeuten vertraut und nicht abschätzen können, was zur Behandlung gehöre, bei der man die Augen schliesse und eine Entspannung erwarte. Im Verlaufe der fortgesetzten Massage sei der Beschwerdeführer plötzlich mit einem oder zwei Fingern in ihre Vagina eingedrungen und darin für kurze Zeit verharrt. Die Patientin habe sich verkrampft. Sie sei überrumpelt, ganz perplex und vor Überraschung wie weggetreten gewesen, da er sie gleichzeitig am Hals geküsst habe. Für ein paar Sekunden habe sie sich nicht zur Wehr setzen können.
3.2 Die Vorinstanz nimmt die rechtliche Würdigung des Sachverhalts in Übereinstimmung mit der ersten kantonalen Instanz vor und schliesst unter Verweis auf deren Urteil zunächst die Tatbestände der sexuellen Nötigung (<ref-law>) und der Schändung (<ref-law>) als nicht gegeben aus. Hingegen hält sie dafür, das Verhalten des Beschwerdeführers sei als Ausnützung der Notlage im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Zur Begründung führt sie aus, angesichts des seit Jahren angeschlagenen Gesundheitszustandes der Beschwerdegegnerin, des guten Therapieverlaufes und des persönlichen Austausches zwischen dem Physiotherapeuten und seiner Patientin sei ein Vertrauens- und Abhängigkeitsverhältnis zu bejahen. Dieses habe der Therapeut ausgenützt. Die Patientin sei mit dem Massieren am Steissbein und dem Ausziehen der Unterhose nicht einverstanden gewesen. Trotz des geäusserten Unmutes habe der Beschwerdeführer die Massage gegen ihren Willen fortgesetzt und ihr schliesslich in die Vagina gegriffen. Damit habe er das ihm entgegengebrachte Vertrauen missbraucht, denn es sei ihm bewusst gewesen, dass die Patientin sich vertrauensvoll in jene Lage begeben habe (nackt und bäuchlings auf dem Behandlungstisch liegend), in der es ihr unmöglich gewesen sei, den Übergriff zu verhindern bzw. rechtzeitig zu reagieren.
4. Das Gesetz regelt in seiner Systematik der strafbaren Handlungen gegen die sexuelle Integrität unter der Überschrift 'Angriff auf die sexuelle Freiheit und Ehre' vorab die sexuellen Nötigungstatbestände (Art. 189 und 190 StGB), die Schändung (<ref-law>) sowie die Tatbestände der Ausnützung einer Abhängigkeit oder Notlage (Art. 192 und 193 StGB).
Bei der Ausnützung von Abhängigkeitsverhältnissen macht sich der Täter eine erheblich eingeschränkte Entscheidungsfreiheit oder Abwehrfähigkeit der abhängigen Person und ihre dadurch gegebene Gefügigkeit bewusst im Hinblick auf ein sexuelles Entgegenkommen zunutze (<ref-ruling> E. 1 S. 118). In der Regel wird das Ausnützen einer Notlage bzw. Abhängigkeit durch die besagten Strafnormen abschliessend erfasst. Nur in den Fällen, in denen der vom Täter ausgeübte Druck die Intensität einer Nötigung erreicht, kommen die Tatbestände der sexuellen Nötigung und Vergewaltigung in Betracht (<ref-ruling> E. 3b S. 113).
Die sexuellen Nötigungstatbestände gelten als Gewaltdelikte und sind damit prinzipiell als Akte physischer Aggression zu verstehen. Nicht jeder beliebige Zwang, nicht schon jedes den Handlungserfolg bewirkende kausale Verhalten, auf Grund dessen es zu einer ungewollten sexuellen Handlung kommt, stellt eine sexuelle Nötigung dar (<ref-ruling> E. 3.1 S. 170). Die Tatbestände schützen vor Angriffen auf die sexuelle Freiheit nur insoweit, als der Täter den zumutbaren Widerstand des Opfers überwindet oder ausschaltet. Das blosse Ausnützen vorbestehender gesellschaftlicher oder privater Machtverhältnisse ist noch keine zurechenbare Nötigungshandlung. Erforderlich ist eine "tatsituative Zwangssituation". Es genügt allerdings, wenn das Opfer zunächst in dem ihm möglichen Rahmen Widerstand leistet und der Täter in der Folge den Zwang aktualisiert (<ref-ruling> E. 2.4 S. 111 f.).
Der Tatbestand der Schändung nach <ref-law> (frz.: actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance; ital.: atti sessuali con persone incapaci di discernimento o inette a resistere) ergänzt den strafrechtlichen Schutz, indem er den Missbrauch einer vorbestehenden Urteils- oder Widerstandsunfähigkeit unter Strafe stellt, und ist insofern im Verhältnis zu den Nötigungsdelikten subsidiär. Diese gehen vor, sobald der Täter einen Rest von Widerstand überwindet, um das Opfer sexuell zu missbrauchen (vgl. <ref-ruling> E. 3a).
5. 5.1 Wer eine Person veranlasst, eine sexuelle Handlung vorzunehmen oder zu dulden, indem er eine Notlage oder eine durch ein Arbeitsverhältnis oder eine in anderer Weise begründete Abhängigkeit ausnützt, wird nach <ref-law> mit Gefängnis bestraft.
5.2 Das Opfer ist abhängig im Sinne des Tatbestandes, wenn es auf Grund eines im Gesetz genannten Umstandes nicht ungebunden bzw. frei ist und damit objektiv oder auch nur subjektiv auf den Täter angewiesen ist. Soweit es um ein Abhängigkeitsverhältnis geht, muss dieses die Entscheidungsfreiheit wesentlich einschränken. Für die Bestimmung des Ausmasses der Abhängigkeit sind die konkreten Umstände des Einzelfalles massgebend. Dem Abhängigkeitsverhältnis liegt in der Regel eine besondere Vertrauensbeziehung und immer ein ausgeprägtes Machtgefälle zu Grunde. Die Vorinstanz referiert ausführlich die in <ref-ruling> E. 1 dargelegte Rechtsprechung. Darauf kann verwiesen werden.
5.3 Nach einhelliger Auffassung steht bei der "in anderer Weise" (als durch ein Arbeitsverhältnis oder eine Notlage) begründeten Abhängigkeit der sexuelle Missbrauch durch Psychotherapeuten im Vordergrund (<ref-ruling> E. 3b S. 112). In der Psychotherapie vertraut sich der psychisch leidende Patient einseitig mit all seinen Problemen, Sorgen und Schwächen dem Behandelnden an und legt dabei ganz persönliche Gefühle, Phantasien, Ängste und Wünsche offen. Daraus kann sich im Verlaufe der Therapie eine ausserordentlich intime Situation entwickeln, die zu einer hohen Verletzlichkeit des Patienten führt (<ref-ruling> E. 2c/cc mit zahlreichen Hinweisen; <ref-ruling> E. 3b S. 112). In der Regel ist die therapeutische Beziehung zwischen einem Psychotherapeuten und seinem Patienten von einem intensiven Vertrauensverhältnis geprägt. Auch führen die Therapien häufig, jedoch nicht zwingend, zu einem Machtgefälle und zu therapietypischen inneren Vorgängen, die einen für die Tat nach <ref-law> hinreichenden Kontroll- und Autonomieverlust beim Patienten bewirken (<ref-ruling> E. 1 S. 117).
Sexuelle Übergriffe in professionellen Beziehungen sind auch in anderen Berufsgruppen bekannt. Bei der Behandlung durch Angehörige der Medizinal- und Pflegeberufe wie etwa Physiotherapeuten, Chiropraktiker oder Zahnärzte wird dem Berufsvertreter nicht zuletzt wegen seines Wissensvorsprungs und der fachlichen Stellung vielfach grosses Vertrauen entgegengebracht (Werner Tschan, Missbrauchtes Vertrauen, 2. Aufl., Basel 2005, S. 1 ff., 107 ff.). Auch kann ein Patient aufgrund seiner körperlichen Leiden objektiv oder subjektiv auf eine bestimmte Fachperson angewiesen sein. Doch seine Entscheidungsfreiheit wird durch die physische Behandlung kaum je wesentlich eingeschränkt. Eine besondere psychische Verletzlichkeit und Intimität wird dadurch nicht herbeigeführt oder verstärkt, weshalb ein wesentlicher Unterschied zur Psychotherapie besteht. Im Allgemeinen ist daher die Beziehung zwischen Therapeut und Patient bei einer medizinischen Pflegebehandlung, namentlich der Physiotherapie, nicht geeignet, ein hinreichend starkes Abhängigkeitsverhältnis im Sinne von <ref-law> zu begründen (Peter Hangartner, Selbstbestimmung im Sexualbereich, Diss. St. Gallen 1997, S. 224).
5.4 Ausgehend vom verbindlich festgestellten Sachverhalt ist nicht zu erkennen, dass die physiotherapeutische Behandlung die Patientin in ihrer Entscheidungsfreiheit (wesentlich) eingeschränkt haben soll. Dass sie seit Jahren unter einer angeschlagenen Gesundheit litt, die Physiotherapie gut verlief und ein persönlicher Austausch mit dem Therapeuten stattgefunden hat, lässt entgegen der Auffassung der Vorinstanz einen solchen Schluss nicht zu. Wohl ist nicht zu übersehen, dass sie dem Beschwerdeführer als Physiotherapeuten vertraute, doch ist ein Vertrauensverhältnis weder notwendig noch hinreichend für die Annahme eines Abhängigkeitsverhältnisses im Sinne von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 117). Ein ausgeprägtes Machtgefälle wie in <ref-ruling> E. 2c geschildert, auf Grund dessen die Patientin als abhängig erschiene, liegt nicht vor, was die Beschwerde zu Recht geltend macht. Der Missbrauch kann somit nicht auf eine in der Person der Beschwerdegegnerin begründete Abhängigkeit und eine dadurch gegebene Gefügigkeit zurückgeführt werden. Der Beschwerdeführer hat sich vielmehr ihre konkrete Situation während der Massage zunutze gemacht.
6. 6.1 Eine sexuelle Nötigung nach <ref-law> begeht, wer eine Person zur Duldung einer beischlafsähnlichen oder einer anderen sexuellen Handlung nötigt, namentlich indem er sie bedroht, Gewalt anwendet, sie unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht.
6.2 Nach den insoweit zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid hat der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin nicht genötigt. Die Vorinstanz stellt verbindlich fest, die Patientin habe sich nach ihrer Unmutsreaktion nicht weiter zur Wehr gesetzt, weil sie sich davon überzeugen liess, die Massage am Steissbein sei durch die Behandlung geboten und das Ausziehen der Unterhosen wegen des Massageöls notwendig. Diese irrtümliche Annahme beruhte offenkundig auf der täuschenden Ankündigung des Beschwerdeführers, die Handlungen würden zur Massage gehören und sie solle sich entspannen, sowie auf ihrem Vertrauen in seine Fachkraft und Seriosität als Physiotherapeuten. Die (täuschende) Einflussnahme weist jedoch nicht die Erheblichkeit auf, die für die Annahme einer Nötigungshandlung erforderlich ist und eine mit Gewaltanwendung oder Bedrohung vergleichbare Intensität erreichen muss (<ref-ruling> E. 2.4, 167 E. 3.1; <ref-ruling> E. 2b mit ausführlicher Begründung und Hinweisen). Ebenso wenig lässt sich eine Nötigung im gewaltsamen Einführen der Finger in die Vagina erblicken. Die begriffliche Fassung des Tatbestandes spricht dafür, dass von einer logischen Differenz auszugehen ist zwischen der Nötigung und dem Vollzug der sexuellen Handlung, die in der Folge auf Grund der Nötigung geduldet werden muss. Im vorliegenden Fall fällt das Eindringen in die Vagina aber mit der Vornahme der sexuellen Handlung zeitlich zusammen. Da feststeht, dass die Beschwerdegegnerin keine Gegenwehr leistete und auch nicht leisten konnte, hat der Beschwerdeführer überhaupt keinen Widerstand überwunden. Damit scheidet eine sexuelle Nötigung nach <ref-law> aus.
7. 7.1 Gemäss <ref-law> wird wegen Schändung mit Zuchthaus bis zu zehn Jahren oder mit Gefängnis bestraft, wer eine urteilsunfähige oder eine zum Widerstand unfähige Person in Kenntnis ihres Zustandes zum Beischlaf, zu einer beischlafsähnlichen oder einer anderen sexuellen Handlung missbraucht.
7.2 Widerstandsunfähig ist, wer nicht im Stande ist, sich gegen ungewollte sexuelle Kontakte zu wehren. Die Bestimmung schützt somit Personen, die einen zur Abwehr ausreichenden Willen zum Widerstand gegen sexuelle Übergriffe nicht oder nicht sinnvoll bilden, äussern oder betätigen können. Dabei genügt, dass das Opfer nur vorübergehend zum Widerstand unfähig ist. Die Gründe für die Widerstandsunfähigkeit können dauernder oder vorübergehender, chronischer oder situationsbedingter Natur sein, also ebenso in schweren psychischen Defekten wie in einer hochgradigen Intoxikation durch Alkohol oder Drogen, in körperlicher Invalidität wie in einer Fesselung, in der besonderen Lage der Frau in einem gynäkologischen Stuhl (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3a S. 232 mit Hinweis) oder auch in einer Summierung von Schläfrigkeit, Alkoholisierung und einem Irrtum über die Identität des für den Ehemann gehaltenen Sexualpartners liegen (<ref-ruling> E. 3a). Erforderlich ist nur, dass die Widerstandsfähigkeit gänzlich aufgehoben und nicht nur in irgendeinem Grad beeinträchtigt oder eingeschränkt ist. Bei blosser - z.B. alkoholbedingter - Herabsetzung der Hemmschwelle ist keine Widerstandsunfähigkeit gegeben (<ref-ruling> E. 3a). Missbrauch liegt vor, wenn der Täter die Schutzlosigkeit des Opfers ausnützt.
7.3 In <ref-ruling> hat das Bundesgericht die Widerstandsunfähigkeit von Patientinnen bejaht, die auf einem gynäkologischen Untersuchungsstuhl lagen. Es führte aus, die Willensbetätigung der Frauen sei beeinträchtigt gewesen, weil sie wegen ihrer Lage auf dem Untersuchungsstuhl nicht sehen konnten, was mit ihnen geschah. In der Tat hänge eine willensmässige Reaktion von einer vorgängig durch die Sinne vermittelten äusseren Wahrnehmung ab. Falle aber das Sehen weg, so verbleibe den Frauen als anderweitige Wahrnehmung nur das körperliche Empfinden im Bereich des Geschlechtsteils. Das aber bedeute nichts anderes, als dass sie erst reagieren konnten, als der Täter bereits im Begriff war, sie zu missbrauchen (BGE, a.a.O., S. 166).
7.4 Der vorliegende Fall ist gleich zu entscheiden. Die nackt und auf dem Bauch liegende Patientin konnte wegen ihrer Lage auf dem Behandlungstisch ebenfalls nicht sehen, was mit ihr geschah. Den sexuellen Übergriff nahm sie erst wahr, als sie seine Finger an ihrem Geschlechtsteil spürte und sich verkrampfte, also zu einem Zeitpunkt, als der Beschwerdeführer bereits begonnen hatte, sie zu missbrauchen. Die Vorinstanz nimmt insoweit zu Recht an, dass es der Patientin unmöglich war, den Angriff auf ihre geschlechtliche Integrität von vornherein abzuwehren. Soweit sie indessen das Vorliegen der Widerstandsunfähigkeit unter Hinweis auf die am Anfang erfolgte verbale Abwehr verneint, ist ihr nicht beizupflichten. Der Umstand, dass die Patientin anfänglich ihren Unmut kundtat und die Fortsetzung der Massage alsdann gewähren liess, vermag den Beschwerdeführer nicht zu entlasten. Wie oben bereits dargelegt (E. 6.2), nahm die Beschwerdegegnerin in Bezug auf die dem Übergriff vorangehenden Handlungen des Therapeuten irrtümlich an, diese gehörten zur Behandlung, und vertraute ihm, weshalb sie mit einem Eingriff in ihre Intimsphäre nicht rechnete. Dies mag mit ein Grund dafür gewesen sein, dass sie ihren Abwehrwillen erst verspätet bilden konnte, doch ist dies hier für die Frage der Widerstandsunfähigkeit im Tatzeitpunkt nicht von Bedeutung. Entscheidend ist vielmehr, dass der Täter sich zum Missbrauch anschickte im Wissen darum, dass sie den Angriff überhaupt nicht erkennen konnte, und damit ihre vorbestehende Wehrlosigkeit ausgenützt hat. Als sich die Beschwerdegegnerin Rechenschaft geben konnte, dass er in ihre Vagina eingedrungen war, war die Tat bereits vollendet. Ohne Belang bleibt daher, dass sie sich gegen die ungewollte sexuelle Handlung für ein paar Sekunden nicht zur Wehr setzte, weil sie vom Übergriff völlig überrumpelt wurde, ganz perplex und vor Überraschung wie weggetreten war. Denn eine vorübergehende Widerstandsunfähigkeit - wie hier - genügt für die Erfüllung des Tatbestandes.
8. Zusammenfassend ergibt sich, dass der Beschwerdeführer sich nicht der Ausnützung einer Notlage (<ref-law>), sondern der Schändung (<ref-law>) schuldig gemacht hat. Die Beschwerde ist demnach im Schuld- bzw. Strafpunkt gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache im Sinne der vorstehenden Erwägungen zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei der Neubeurteilung wird sie der höheren Strafandrohung in <ref-law> nicht Rechnung tragen dürfen, da dem das Verbot der reformatio in peius entgegensteht. Die Beschwerde im Zivilpunkt ist mit der Aufhebung des angefochtenen Entscheides gegenstandslos geworden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben und ist dem Beschwerdeführer sowie der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Nichtigkeitsbeschwerde im Strafpunkt wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, I. Strafkammer, vom 6. Februar 2006 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Die Nichtigkeitsbeschwerde im Zivilpunkt wird als gegenstandslos geworden am Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dem Beschwerdeführer wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
4. Der Beschwerdegegnerin, A._, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Februar 2007
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: