Sachverhalt:
A. A.a Am 23. Dezember 2005 reichten X._ und Y._ dem Gerichtspräsidium A._ das gemeinsame Scheidungsbegehren samt einer vollständigen Vereinbarung über die Scheidungsfolgen ein. Y._ gab in der Folge die Erklärung ab, dass er sich nicht an die Vereinbarung halte und stellte die entsprechenden Anträge.
A.b Gestützt auf eine Insolvenzerklärung eröffnete der Gerichtspräsident von A._ am 23. Oktober 2006 den Konkurs über das Vermögen von Y._. Das Konkursamt B._ teilte dem Bezirksgericht am 17. Januar 2007 mit, dass das Scheidungsverfahren ungeachtet der Konkurseröffnung weiterzuführen und insbesondere die güterrechtliche Auseinandersetzung vorzunehmen sei.
A.c Mit Urteil vom 29. Januar 2008 sprach das Bezirksgericht die Scheidung aus und regelte die Nebenfolgen. Dabei sprach es X._ einen monatlichen Unterhaltsbeitrag bis und mit Januar 2020 von Fr. 6'950.-- zu, teilte die Austrittsleistung der beruflichen Vorsorge auf und nahm die güterrechtliche Auseinandersetzung vor.
A.d Gegen dieses erstinstanzliche Urteil gelangte Y._ mit Appellation vom 11. Januar 2009 an das Obergericht des Kantons Aargau. Er beantragte insbesondere, auf einen nachehelichen Unterhaltsbeitrag an X._ zu verzichten und stellte eine Reihe von Begehren hinsichtlich der güterrechtlichen Auseinandersetzung. X._ schloss am 22. Januar 2009 auf Abweisung der Appellation.
Mit Beschluss vom 26. Mai 2009 verwies das Obergericht die güterrechtliche Auseinandersetzung ad separatum. Am 23. Juni 2009 hiess das Obergericht die Appellation von Y._ teilweise gut und legte den nachehelichen Unterhaltsbeitrag von X._ auf monatlich Fr. 6'950.-- bis 31. Dezember 2009 und danach auf Fr. 4'550.-- bis 31. Januar 2020 fest. Im Übrigen wurde die Appellation abgewiesen, soweit das Verfahren betreffend Güterrecht nicht hängig bleibe.
B. X._ (fortan: Beschwerdeführerin) gelangt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 26. August 2009 an das Bundesgericht. Sie schliesst auf Aufhebung des obergerichtlichen Urteils und verlangt sinngemäss die Zusprechung eines Unterhaltsbeitrages im Umfang des erstinstanzlichen Entscheides. Y._ (fortan: Beschwerdegegner) schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die nacheheliche Unterhaltspflicht, mithin eine Zivilsache mit Vermögenswert (<ref-law>). Die gesetzliche Streitwertgrenze ist offensichtlich überschritten (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen gegen diesen Endentscheid (<ref-law>) ist gegeben.
2. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt die Bemessung des nachehelichen Unterhaltes. Hingegen ist der Anspruch der Beschwerdeführerin als solcher unbestritten. Beim Entscheid über die Höhe des Unterhaltsbeitrages sind unter anderem das Einkommen und das Vermögen der Ehegatten zu berücksichtigen (<ref-law>). Zum Vermögen gehört das Ergebnis der güterrechtlichen Auseinandersetzung. Daher darf deren Durchführung in der Regel nicht in ein separates Verfahren verwiesen werden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 428 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 544 f.). Die Vorinstanz hat ungeachtet dem Grundsatz der Einheit des Scheidungsurteils einen derartigen Beschluss gefällt und in der Folge mit Blick auf die strittige Unterhaltsregelung ein als Teilurteil bezeichneten Entscheid gefällt, der nun vor Bundesgericht angefochten ist. Daraus geht nicht hervor, weshalb die Festlegung des nachehelichen Unterhalts losgelöst von der güterrechtlichen Auseinandersetzung erfolgen kann. Die im kantonalen Verfahren gestellten Anträge lassen denn auch keineswegs auf zu vernachlässigende Vermögenswerte der Prozessparteien schliessen. Beim Antrag um Zusprechung eines nachehelichen Unterhaltsbeitrages handelt es sich daher nicht um ein Begehren, welches im konkreten Fall unabhängig von einem anderen, nämlich demjenigen um Festlegung eines güterrechtlichen Anspruchs, beurteilt werden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 429). Daran ändert auch der Umstand nichts, dass über das Vermögen des Beschwerdegegners nach Anhängigmachung der Scheidungsklage der Konkurs ausgesprochen worden ist. Zwar hat der Beschwerdegegner dadurch für die Dauer des Konkursverfahrens das Verfügungsrecht über sein Vermögen verloren. Er bleibt aber Eigentümer der auf seinen Namen lautenden Vermögenswerte. Eine Einstellung des Verfahrens gestützt auf <ref-law> ist überdies nicht angeordnet worden (vgl. dazu: BGE 5A_346/2009 vom 12. August 2009 E. 2.3 und E. 2.4).
3. Die Vorinstanz hat bereits im jetzigen Zeitpunkt über die nachehelichen Unterhaltsbeiträge befunden und damit den Grundsätzen der nachehelichen Unterhaltsbemessung nicht Rechnung getragen. Darin liegt eine Verletzung von Bundesrecht, welche zur Aufhebung des angefochtenen Urteils führen muss. Erst wenn das Ergebnis der güterrechtlichen Auseinandersetzung vorliegt, wird die Vorinstanz in Berücksichtigung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit der Parteien den nachehelichen Unterhaltsbeitrag an die Beschwerdeführerin festsetzen können. In diesem Sinne wird die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückgewiesen.
4. Zwar dringt die Beschwerdeführerin mit ihrem Aufhebungsantrag durch. Indes bleibt der Ausgang des Verfahrens im Moment offen. Daher ist eine Aufteilung der Gerichtskosten angebracht (<ref-law>). Zudem trägt jede Partei ihrer eigenen Anwaltskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, Dispositiv-Ziffer 1.1 des Urteils des Obergerichts des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, vom 23. Juni 2009 wird aufgehoben und die Sache wird zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Obergericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Dezember 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut Kägi