Sachverhalt:
A. Mit Schreiben vom 19. Januar und 17. April 2009 teilte die Ausgleichskasse Grosshandel + Transithandel der ihr angeschlossenen Firma P._ AG mit, sie könne dem Gesuch um Rückerstattung zuviel bezahlter Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 613'850.55 und um Wiedererwägung der diesbezüglichen rechtskräftigen Beitragsverfügungen nicht nachkommen.
B. Auf die Beschwerde der Firma P._ AG mit dem hauptsächlichen Antrag, die Ausgleichskasse sei zu verpflichten, ihr Fr. 613'850.55 zuzüglich Vergütungszins von 5 % auf Fr. 401'547.50 ab 29. Dezember 2006 und auf Fr. 212'303.05 ab 20. April 2007 zu bezahlen, trat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. Juni 2009 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein und überwies die Akten an die Verwaltung zum Erlass einer Verfügung im Sinne der Erwägungen. Ein Erläuterungsgesuch zu diesem Erkenntnis wies das Gericht mit Beschluss vom 2. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Die Firma P._ AG lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 24. Juni 2009 sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz, eventualiter an die Ausgleichskasse zurückzuweisen.
Das kantonale Sozialversicherungsgericht, die Verbandsausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs durch die Vorinstanz, ohne indessen darzulegen, inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Ebenfalls macht sie eine Rechtsverweigerung durch die Ausgleichskasse und die Vorinstanz geltend, stellt jedoch diesbezüglich keine bestimmten Begehren. Darauf ist daher nicht weiter einzugehen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Die Vorinstanz hat ihre sachliche Unzuständigkeit damit begründet, bei den Schreiben der Ausgleichskasse vom 19. Januar und 17. April 2009 handle es sich um im formlosen Verfahren nach <ref-law> gefällte Entscheide, wogegen nach der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3.2 und 5.1 S. 147 ff.) nicht direkt, sondern erst nach Erlass einer Verfügung gemäss <ref-law> Beschwerde oder Einsprache erhoben werden könne. Mit der Überweisung der Akten an die Verwaltung zum Erlass einer Verfügung über die beantragte Beitragsrückerstattung wird das Verfahren nicht abgeschlossen, sondern in den gesetzlich vorgesehenen Weg gelenkt unter Wahrung der Rechtshängigkeit der Beschwerde, wie das kantonale Sozialversicherungsgericht im Beschluss vom 2. September 2009 betreffend das Erläuterungsgesuch der Beschwerdeführerin zum Dispositiv des angefochtenen Entscheids festgehalten hat.
3. Der vorinstanzliche Entscheid ist somit nicht ein Endentscheid im Sinne von <ref-law>, sondern ein - selbständig eröffneter - Vor- oder Zwischenentscheid nach <ref-law>. Aus dem in der Beschwerde erwähnten <ref-ruling> ergibt sich nichts anderes. Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit u.a. voraus, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann oder dass deren Gutheissung sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. a und b BGG).
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Ausgleichskasse könne weiterhin den Erlass einer Verfügung verweigern, da die Vorinstanz nicht als Rechtsmittelinstanz in einem Rückweisungsentscheid verbindliche Weisungen erteilt habe. Dieses Vorbringen ist nicht stichhaltig, soweit damit ein nicht wieder gutzumachender Nachteil dargetan werden soll. Der vorinstanzliche Entscheid - ungeachtet des gewählten Terminus der Überweisung statt der Rückweisung - verpflichtet die Ausgleichskasse, nach seinem wirklichen rechtlichen Gehalt, auf den es praxisgemäss ankommt (<ref-ruling> E. 1a S. 497), über die Rückerstattung der angeblich zuviel bezahlten Beiträge - ob auf im November und Dezember 2006 ergangenen Verfügungen beruhend oder mit Nachtragsabrechnungen vom 11. April 2007 formlos erhoben - eine anfechtbare Verfügung zu erlassen. Inwiefern die tatbeständlichen Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, legt die Beschwerdeführerin nicht dar (Urteil 4A_196/2007 vom 5. Dezember 2008 E. 2.4).
4. Auf die materiellen Vorbringen in der Beschwerde, insbesondere zur Frage der zweifellosen Unrichtigkeit der Beitragsverfügungen von November und Dezember 2006, ist nicht näher einzugehen.
5. Die Beschwerde, soweit nicht unzulässig, ist unbegründet.
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Dezember 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler