Faits:
A. Le 31 octobre 2003, A._ a démissionné de sa fonction de président de l'Association Y._ (ci-après: Y._), association à but non-lucratif, qui lui reprochait des actes de gestion déloyale. Depuis lors, le vice-président X._, avocat de profession, a assumé la fonction de président ad interim jusqu'à l'assemblée générale du 3 juin 2004, lors de laquelle il a été élu président.
Du mois d'octobre 2003 au mois de mars 2004, X._ a tenté de trouver une solution transactionnelle dans une affaire opposant Y._ à A._, lequel a mandaté un avocat pour le représenter, mettant fin à toute conciliation.
Lors de la séance de comité du 6 avril 2004, X._ a informé les membres de l'échec des discussions, en précisant qu'il convenait de déposer une plainte pénale et d'introduire une action civile, ce qu'il se chargeait de faire. Un membre du comité a alors relevé que X._ devrait être rétribué pour cette activité. Cependant, cette remarque n'a suscité aucune réaction des autres membres du comité et la question d'une éventuelle rémunération est restée indécise.
A la suite de cette réunion, X._ a établi un décompte pour les activités déployées dans le cadre du litige opposant Y._ à A._. Le 28 juin 2004, il a fait parvenir à la secrétaire générale de l'association copie des lettres rédigées dans ce contexte.
A l'occasion d'une réunion de comité du 28 septembre 2004, X._ a avisé les membres du comité qu'il avait pratiquement terminé son travail, tout en les rendant attentifs aux coûts d'une procédure civile. Un autre membre du comité a alors suggéré de se limiter à une procédure pénale gratuite, ce qui a été admis.
Par lettre du 7 octobre 2004, X._ a informé Y._ de sa décision de démissionner de ses fonctions de président avec effet immédiat et de révoquer le mandat qui lui avait été confié pour la défense des intérêts de l'association à l'encontre de A._. Il a indiqué que les dossiers étaient à la disposition de Y._ au secrétariat de son étude.
Le 28 octobre 2004, X._ a fait parvenir à Y._ sa note de frais et honoraires pour un montant de 5'977 fr. 20.
Le 20 avril 2005, X._ a déposé une demande auprès de la Commission de taxation des honoraires d'avocat. Le 14 juin 2005, celle-ci a suspendu la procédure jusqu'à droit jugé préjudiciellement sur le caractère onéreux ou gratuit du mandat confié.
B. Le 12 décembre 2005, X._ a assigné Y._ en paiement de 5'977 fr. 20 avec intérêt à 5 % l'an dès le 12 novembre 2004, concluant à ce que le Tribunal dise que le mandat qui lui a été confié avait un caractère onéreux, puis retourne le dossier à la Commission de taxation pour qu'elle statue sur la quotité des honoraires.
Par jugement du 25 janvier 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a débouté X._ de toutes ses conclusions. En bref, il a retenu qu'en l'absence d'une réelle et commune volonté des parties de s'engager, les faits ne permettaient pas d'admettre la conclusion tacite d'un contrat de mandat. Aussi, les membres du comité agissant à titre bénévole, aucune rémunération n'était due pour le travail effectué dans le cadre de l'activité de président de l'association.
Statuant sur appel de X._ par arrêt du 16 novembre 2007, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement du 25 janvier 2007. Elle a considéré que la prestation fournie par X._, que ce soit comme président de l'association ou comme avocat, visait à rendre un service, ce qui impliquait l'existence d'un contrat de mandat entre les parties. Dès lors, il s'agissait de déterminer si X._ avait conclu avec Y._ un contrat spécifique de mandat en qualité d'avocat ou si, au contraire, son intervention dans le dossier concerné s'inscrivait dans le cadre de ses fonctions présidentielles, ce qui, en l'espèce, revenait à déterminer si son intervention avait un caractère onéreux ou non. X._ ne s'était jamais assuré que les membres du comité de Y._ lui confiaient un mandat externe pour défendre les intérêts de l'association en sa qualité d'avocat, et non en tant que président, alors que sa qualité d'avocat lui permettait d'être attentif à l'ambiguïté de la situation. A cet égard, il ressortait du dossier que, lorsque X._ avait été invité à représenter Y._ en justice, les démarches à entreprendre n'avaient pas été spécifiées, étant laissées à sa discrétion en tant que président de l'association. En outre, lors des séances du comité, X._ était intervenu en qualité de président de l'association et n'avait pas informé les membres du comité de l'avancement de la procédure ni du contenu de son activité. Il était également établi que ce n'était que le 28 octobre 2004, date à laquelle X._ avait quitté ses fonctions de président de l'association, que celui-ci avait fait parvenir à l'association un relevé de ses honoraires, alors qu'il avait tenté de trouver une solution transactionnelle depuis le mois d'octobre 2003, lorsqu'il occupait la fonction de président ad interim. Par ailleurs, il ressortait des témoignages, mais également de la demande civile et de la plainte pénale rédigées par X._, qu'il était d'usage que chaque membre du comité agisse à titre bénévole dans le domaine de ses compétences particulières. De plus, dans la mesure où le comité avait souhaité se limiter à une procédure pénale gratuite après avoir été avertie des coûts d'une procédure civile, le fait que la question de la rémunération ait été soulevée, une seule fois, par un membre du comité, sans qu'aucun autre membre n'y ait répondu, ne démontrait pas que X._ aurait dû être rémunéré pour ses services. Enfin, la décision du comité visant à indemniser la secrétaire générale de l'association pour son travail démontrait qu'une rémunération ou indemnisation n'était offerte qu'exceptionnellement et sur décision spécifique du comité. A ce sujet, il ressortait du dossier que X._ n'avait jamais évoqué la question d'une éventuelle rémunération pour la représentation de l'association et la défense de ses intérêts, lors des séances du comité. Il apparaissait ainsi que X._ était libre d'organiser son travail comme il l'entendait et que rien ne permettait d'imaginer qu'il rendait le service en question à titre professionnel. En définitive, X._ n'ayant pas démontré qu'un mandat d'avocat lui avait été confié pour la défense de l'association dans le conflit qui l'opposait à son ancien président, le premier juge n'avait pas procédé à une appréciation arbitraire des éléments se trouvant au dossier. Il convenait de rappeler à ce stade qu'une solution même discutable ne conférait pas à la décision concernée un caractère insoutenable et que, partant, une telle décision ne violait pas la loi. Le jugement attaqué devait par conséquent être confirmé par substitution partielle de motifs.
C. X._ (le recourant) interjette le présent recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, auquel il demande d'annuler l'arrêt du 16 novembre 2007 et de dire que le mandat qui lui a été confié par Y._ avait un caractère onéreux, avec suite de frais et dépens. Y._ (l'intimée) propose le rejet du recours, sous suite de dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu en matière civile (<ref-law>). La valeur litigieuse n'atteint pas le minimum légal de 30'000 fr. du recours ordinaire en matière civile (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). La cause ne correspond en outre à aucun des cas de dispense prévus par la loi (<ref-law>). Partant, elle n'est susceptible que du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>), à l'exclusion du recours ordinaire. Le recours est dirigé contre une décision finale et de dernière instance cantonale (cf. les art. 75 al. 1 et 90 LTF, auxquels renvoient respectivement les art. 114 et 117 LTF). Le recourant a pris part à l'instance précédente et il a succombé dans ses conclusions (<ref-law>). Déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 45 al. 1, 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 en liaison avec l'<ref-law>) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours constitutionnel soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable.
1.2 Le recours constitutionnel ne peut être exercé que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne se saisit que des griefs soulevés et motivés de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il doit statuer sur la base des faits constatés dans la décision attaquée; il ne peut rectifier ou compléter que les constatations de fait auxquelles l'autorité précédente est parvenue en violation des droits constitutionnels (<ref-law>), pour autant que la partie recourante mette en évidence, dans le détail, les constatations prétendument viciées (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398, 439 consid. 3.2 p. 445).
2. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'application du droit fédéral.
2.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1). Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, s'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, s'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore si, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
2.2 Lorsque, comme en l'espèce, le pouvoir d'examen de l'autorité cantonale de dernière instance était limité à l'arbitraire, le Tribunal fédéral examine librement la manière dont celle-ci a fait usage de sa cognition restreinte, en recherchant si c'est à tort que cette autorité a nié l'arbitraire de l'appréciation critiquée. En effet, on ne saurait admettre une double limitation du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral (« arbitraire au carré »; <ref-ruling> consid. 2b p. 71 s.; <ref-ruling> consid. 1 p. 351). Cependant, comme la décision entreprise est celle qui a été rendue par l'autorité cantonale de dernière instance et non pas le jugement à elle déféré, ce libre examen ne saurait être opéré de manière plus approfondie que celui auquel l'autorité cantonale de dernière instance s'est elle-même livrée (<ref-ruling> consid. 3b p. 170).
2.3 Le recourant soutient que les affirmations de la cour cantonale selon lesquelles d'une part il ne se serait jamais assuré que les membres du comité de l'intimée lui confiaient un mandat externe pour défendre les intérêts de l'association en sa qualité d'avocat et non en tant que président, alors que sa qualité d'avocat lui permettait d'être attentif à l'ambiguïté de la situation, d'autre part il n'aurait pas informé les membres du comité de l'avancement de la procédure, ni du contenu de son activité, seraient contredites par les faits et les pièces produites. A cet égard, il expose avoir transmis à l'intimée sur son papier à entête d'avocat copie de ses interventions auprès du conseil de l'ancien président de l'association; par ailleurs, dans une lettre du 9 avril 2004, il avait informé la Poste qu'il représentait les intérêts de l'association, laquelle déclarait faire élection de domicile en son Etude.
D'emblée, il convient de relever que ce dernier élément ne ressort pas de l'état de fait constaté dans l'arrêt entrepris et que le recourant ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait arbitrairement omis d'en tenir compte. Peu importe, toutefois. En effet, que le recourant ait le cas échéant employé son papier à lettre professionnel et se soit signalé comme avocat à l'attention de tiers ne signifie pas encore que la cour cantonale devait obligatoirement en inférer qu'il revêtait également cette qualité vis-à-vis de l'intimée, qui lui aurait spécifiquement confié un mandat d'avocat. Au contraire, il a en particulier été retenu qu'il était d'usage que chaque membre du comité agisse à titre bénévole dans le domaine de ses compétences particulières. Les éléments soulevés par le recourant ne font ainsi nullement apparaître en quoi la cour cantonale aurait commis arbitraire en considérant, à l'issue de l'appréciation de l'ensemble des preuves en présence, qu'il n'était pas établi que l'intimée ait confié un mandat d'avocat au recourant, dont l'intervention dans le dossier concernant l'ancien président de l'intimée s'inscrivait au contraire dans le cadre de ses fonctions présidentielles.
2.4 Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir violé de manière arbitraire l'<ref-law>. Il estime qu'il appartenait à l'intimée d'apporter la preuve du caractère gratuit du mandat qui lui avait été confié.
Aux termes de l'<ref-law>, une rémunération est due au mandataire si la convention ou l'usage lui en assure une. Le fardeau de la preuve d'un accord sur une rémunération incombe à la partie qui s'en prévaut (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 522). Lorsque les parties n'ont pas passé d'accord à ce sujet, l'usage veut que des services fournis à titre professionnel soient rémunérés (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 147; plus récemment arrêt 4C.158/2001 du 15 octobre 2001, reproduit in SJ 2002 I p. 204, consid. 1b p. 206). C'est alors au mandant qui conteste le caractère onéreux du mandat de prouver que les services rendus l'ont été à titre gratuit (Werro, Commentaire romand, n. 40 ad <ref-law>).
En l'occurrence, la cour cantonale a acquis la conviction, à l'issue d'une appréciation des preuves qui n'a pas été taxée d'arbitraire, que le recourant n'avait pas oeuvré dans le cadre de son activité spécifique d'avocat, mais dans celui de ses fonctions présidentielles. Il en résulte que le recourant n'est pas intervenu à titre professionnel, de sorte que la présomption selon laquelle la fourniture de services professionnel revêt un caractère onéreux n'entrait purement et simplement pas en ligne de compte. Reposant sur une prémisse erronée, l'argumentation du recourant selon laquelle l'intimée n'aurait pas rapporté la preuve du caractère gratuit du mandat est ainsi dénuée de fondement.
Cela étant, c'est bien au recourant qu'il incombait de prouver l'existence d'une convention de rémunération. Or, à l'issue de l'appréciation des preuves, les juges cantonaux ont considéré qu'il avait échoué à le faire. A cet égard, le recourant souligne en vain que lors d'une séance de comité, un membre avait relevé qu'il devrait être rétribué pour cette activité et que cette remarque n'avait suscité aucune réaction, ce qui signifierait selon lui à l'évidence que les autres membres approuvaient le principe d'une rémunération. En effet, le silence des membres du comité ne saurait être interprété comme valant accord avec une indemnisation, dès lors qu'il a au contraire été établi qu'une rémunération ou indemnisation n'était offerte qu'exceptionnellement et sur décision spécifique du comité. Pour le surplus, on rappellera qu'il était d'usage que chaque membre du comité agisse à titre bénévole dans le domaine de ses compétences particulières.
2.5 Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
3. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recou-rant.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 28 mars 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz