Erwägungen:
1. X._ erstattete in den Monaten Mai und Juni 2011 verschiedene Strafanzeigen, dies namentlich gegen die Sozialversicherungsanstalt Zürich, das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, das Bundesamt für Sozialversicherungen, ein Mitglied des Bezirksgerichts Zürich sowie gegen weitere Behörden und Einzelpersonen.
Mit Verfügung vom 27. Juni 2011 nahm die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich die verlangte Untersuchung nicht an Hand.
Hiergegen gelangte X._ mit einer Beschwerde ans Obergericht des Kantons Zürich. Dessen III. Strafkammer ist auf die Beschwerde mit Beschluss vom 13. September 2011 nicht eingetreten, da sie diese als den gesetzlichen Erfordernissen nicht genügend erachtet hat.
2. Gegen diesen Beschluss führt X._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht.
Das Bundesgericht hat davon abgesehen, Stellungnahmen einzuholen.
3. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung - unab-hängig von der Art des nach BGG offen stehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. auch <ref-law>; zudem <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53 und 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer kritisiert den angefochtenen Beschluss sowie insbesondere die Sozialversicherungsbehörden auf ganz allgemeine Weise. Er setzt sich indes nicht mit den dem Nichteintretensbeschluss zugrunde liegenden Erwägungen auseinander und legt nicht im Einzelnen dar, inwiefern durch den Beschluss Recht im Sinne von <ref-law> verletzt worden sein soll.
Auf die Beschwerde ist daher schon aus diesem Grund nicht einzutreten, weshalb es sich erübrigt, auch noch die weiteren Eintretensvoraussetzungen - namentlich die Frage der Beschwerdebefugnis (<ref-law>) - zu erörtern.
Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die vorliegende Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Bei den gegebenen Verhältnissen rechtfertigt es sich, für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten zu erheben.

Demnach wird erkannt:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Bopp