Sachverhalt:
A. Mit Anklageschrift vom 1. Mai 2008 beschuldigte die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug X._ verschiedener Delikte, u.a. versuchter Anstiftung zu Erpressung, Gewalt und Drohung gegen Beamte und einfacher Körperverletzung.
Am 9. Mai 2008 liess die Präsidentin des Strafgerichts des Kantons Zug die Anklage zu, wies die Staatsanwaltschaft indessen an, sie zu ergänzen, da sie X._ Taten vorwerfe, die er teils vor, teils nach seiner Verurteilung durch das Strafgericht Zug vom 11. September 2006 begangen haben soll, ohne sich hinsichtlich der beantragten Sanktion zur retrospektiven Konkurrenz zu äussern.
Am 13. Mai 2008 wurde dem Verteidiger von X._ die Sitzungsliste mit der Besetzung des Gerichts (A._, B._, C._ und Gerichtsschreiberin D._) zugestellt.
Am 21. Mai 2008 ergänzte die Staatsanwaltschaft die Anklage vom 1. Mai 2008 und beantragte, X._ mit einer Zusatzstrafe zum Urteil des Strafgerichts vom 11. September 2006 zu bestrafen.
Der Verteidiger von X._ nahm dazu am 23. Mai 2008 Stellung und beantragte am 27. Mai 2008, C._ habe wegen Vorbefassung in den Ausstand zu treten, da sie im Verfahren, das zum Urteil vom 11. September 2006 geführt habe, als Staatsanwältin die Anklage vertreten habe.
Am 28. Mai 2008 beschloss das Strafgericht in der für die Hauptverhandlung vorgesehenen Besetzung, auf das Ausstandsgesuch wegen Verspätung nicht einzutreten. Es eröffnete den Beschluss zu Beginn der Hauptverhandlung vom 29. Mai 2008 mündlich und verurteilte X._ zu 12 Monaten Freiheitsstrafe, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil vom 11. September 2006, und als Zusatzstrafe zum Strafbefehl des Einzelrichteramts des Kantons Zug vom 23. März 2007, sowie mit einer Busse von 500 Franken. Es ordnete zudem eine ambulante Behandlung an, entliess ihn aus der Sicherheitshaft und richtete ihm für erstandene Überhaft eine Entschädigung von 5'000 Franken aus.
X._ beschwerte sich gegen das Nichteintreten des Strafgerichts auf sein Ausstandsgesuch bei der Justizkommission des Obergerichts. Diese wies die Beschwerde am 22. September 2008 ab. Sie hob zwar den Nichteintretensbeschluss des Strafgerichts als ungültig auf mit der Begründung, es hätte das Ausstandsbegehren ohne Mitwirkung der betroffenen Richterin materiell beurteilen müssen, wies indessen das Ausstandsbegehren gegen Strafrichterin C._ ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, dieses Urteil der Justizkommission aufzuheben und festzustellen, dass gegen Strafrichterin C._ ein Ausstandsgrund bestanden habe, oder die Sache eventuell an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Das Strafgericht und das Obergericht beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach § 41 Abs. 1 Ziff. 5 des Zuger Gesetzes über die Organisation der Gerichtsbehörden vom 3. Oktober 1940 (GOG) kann ein Richter sein Amt nicht ausüben und hat in den Ausstand zu treten, wenn er im Prozess als Richter unterer Instanz, als Schiedsrichter, Zeuge, Sachverständiger, Beistand oder Ratgeber bereits gehandelt hat oder noch zu handeln hat. Der Ankläger wird hier zwar nicht aufgeführt. Es ist indessen sachgerecht und ohne weiteres vertretbar, dass die Justizkommission die Aufzählung als beispielhaft und nicht abschliessend auslegt und den Staatsanwalt unter die nach § 41 Abs. 1 Ziff. 5 GOG ausstandspflichtigen Personen einreiht. Nach klarem Gesetzeswortlaut hat die von einem Ausstandsgrund nach § 41 GOG betroffene Person von sich aus in den Ausstand zu treten, ohne dass die Verfahrenspartei dies verlangen müsste. Im Gegensatz dazu müssen die Ablehnungs- und Ausstandsgründe nach § 42 GOG, wie etwa das Bestehen von Abhängigkeiten oder Feindschaften zwischen einer Partei und einer Justizperson, von der Partei geltend gemacht werden, wenn die Justizperson nicht selber in den Ausstand tritt.
1.2 C._ war am Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer, das zum Urteil des Strafgerichts des Kantons Zug vom 11. September 2006 führte, als Anklägerin, an jenem, welches zum Urteil des gleichen Gerichts vom 29. Mai 2008 führte, als Richterin beteiligt. Die Strafe der zweiten Verurteilung wurde nach Art. 49 Abs. 2 StGB teilweise als Zusatzstrafe zur ersten Strafe ausgesprochen. In einem solchen Fall sogenannter (teilweiser) retrospektiver Konkurrenz ist im zweiten Urteil zunächst von einer hypothetische Gesamtstrafe für alle Delikte auszugehen, von dieser ist die im ersten Urteil ausgesprochene sogenannte Einsatzstrafe abzuziehen und die so gefundene Zusatzstrafe auszusprechen. Es kann auf die insoweit zutreffenden Ausführungen der Justizkommision im angefochtenen Entscheid (S. 9 E. 4.4) und die nach wie vor weitergeltende (Entscheid des Bundesgerichts 6B_28/ 2008 vom 10. April 2008, E.3.3.2) Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 68 Ziff. 2 aStGB (<ref-ruling> mit Hinweisen) verwiesen werden. Bei diesem System bleibt zwar die im ersten Urteil ausgesprochene Einsatzstrafe bestehen. Die Strafzumessung bei der Festlegung der hypothetischen Gesamtstrafe muss indessen insgesamt neu vorgenommen werden, wobei einzelne Strafzumessungselemente gegebenenfalls anders zu werten sind als im ersten Verfahren, etwa wenn sich die persönlichen Verhältnisse des Angeklagten seit der ersten Verurteilung erheblich gewandelt haben (<ref-ruling> E. 2d/cc S. 103). Die beiden Strafverfahren überschneiden sich in dem für den Angeklagten zentralen Punkt der Strafzumessung. Es verhält sich ähnlich wie in dem vom Bundesgericht in <ref-ruling> beurteilten Fall, in welchem ein Ankläger in einem zu einer Freiheitsstrafe führenden Strafverfahren die Anklage vertrat und nachher Einsitz in die nach Art. 62d Abs. 2 StGB gebildete Kommission nahm, welche über die bedingte Entlassung des Verurteilten zu befinden hatte. Für das Bundesgericht war dieser Wechsel von der Rolle des parteilichen Anklägers in diejenige des Richters geeignet, objektive Zweifel an dessen Unparteilichkeit zu wecken (BGE a.a.O. E. 6.3). Derart eng zusammenhängende Verfahren sind in Bezug auf den Ausstand als Einheit zu betrachten, in denen ein solcher Rollenwechsel weder mit § 41 Abs. 1 Ziff. 5 GOG noch mit der verfassungsmässigen Garantie des unabhängigen Richters von Art. 30 Abs. 1 BV vereinbar ist. C._ hätte damit - und zwar nach § 41 Abs. 1 Ziff. 5 GOG von sich aus - in den Ausstand treten müssen.
1.3 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts sind Ablehnungs- und Ausstandsgründe unverzüglich geltend zu machen; es geht nach Treu und Glauben nicht an, sich auf das Verfahren einzulassen und sich bei ungünstigem Verlauf im Nachhinein geltend zu machen, es habe ein befangener Richter mitgewirkt (<ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2). Die Justizkommission ist der Auffassung, das Ausstandsbegehren des Beschwerdeführers sei verspätet und damit rechtsmissbräuchlich.
Aus der Sitzungsliste vom 13. Mai 2008 ergibt sich, dass C._ als Richterin am Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer mitwirken würde, und aus der Anklageergänzung vom 21. Mai 2008, dass die Staatsanwaltschaft eine Zusatzstrafe zum Urteil vom 11. September 2006 beantragte, an dessen Zustandekommen C._ als Anklägerin mitgewirkt hatte. Die Justizkommission hat zwar erwogen, mit Anklage vom 1. Mai 2008 würde dem Beschwerdeführer vorgeworfen, sowohl vor als auch nach dem Urteil vom 11. September 2006 delinquiert zu haben, weshalb sich bereits daraus ergebe, dass dieses auch im aktuellen Verfahren zu berücksichtigen sein würde. Dies trifft insoweit zu, als sich aus der Anklage vom 1. Mai 2008 ebenso wie aus der Verfügung der Strafgerichtspräsidentin vom 9. Mai 2008, mit welcher sie die Staatsanwaltschaft zur Ergänzung der Anklage anwies, ergibt, dass die Staatsanwaltschaft richtigerweise eine Zusatzstrafe zu diesem Urteil hätte beantragen müssen. Fristauslösend für die Stellung von Ausstands- und Ablehnungsgründen kann indessen nur die Zustellung der Anklageergänzung vom 21. Mai 2008 sein, mit welcher die Staatsanwaltschaft effektiv eine Zusatzstrafe beantragte. Erst damit stand fest, dass die Strafzumessung des ersten Urteils neu beurteilt werden würde und dementsprechend zum Verfahrensgegenstand des laufenden Verfahrens gehörte. Der Beschwerdeführer war nicht gehalten, sein Ausstandsbegehren früher zu stellen, quasi präventiv für den Fall, dass die Staatsanwaltschaft die Anklage in diesem Sinne ergänzen würde.
Damit ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer bzw. sein Verteidiger mit der Zustellung der Anklageergänzung den Ausstandsgrund erkannte bzw. hätte erkennen können und müssen. Nach der unbestrittenen Darstellung im angefochtenen Entscheid wurde die Anklageergänzung dem Verteidiger am 21. Mai 2008 per Fax und A-Post zugestellt. Da bei der Berechnung von Fristen der Tag der Zustellung nicht gezählt wird (vgl. § 92 GOG), reichte der Beschwerdeführer sein Ausstandsbegehren vom 27. Mai 2008 am 6. oder 7. Tag, bzw. am 3. oder 4. Arbeitstag ein, je nachdem ob die Fax-Zustellung als fristauslösend gelten kann oder nicht. Dieser Zeitbedarf erscheint so oder anders keineswegs übermässig. Das Begehren kann daher nach Treu und Glauben nicht als verspätet abgetan werden, zumal es - wenn auch knapp - vor der Hauptverhandlung beim Strafgericht einging und die betroffene Richterin, die nach § 44 GOG verpflichtet gewesen wäre, den Ausstandsgrund "rechtzeitig" selber zur Anzeige zu bringen, dies nicht nur spät, sondern gar nicht tat. Die Justizkommission hat im angefochtenen Entscheid das Ausstandsbegehren zu Unrecht abgewiesen. Die Rüge ist begründet.
2. Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG), und der Kanton Zug hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid der Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug vom 22. September 2008 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zug wird verpflichtet, RA Peter Hübner, für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi