Fatti:
A. Con decisione del 5 ottobre 2007 la Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni del Canton Ticino, fondandosi su un rapporto di polizia, ha inflitto a A._ una multa di fr. 400.-- per aver eseguito, il 14 luglio 2007 in territorio di Minusio, una manovra di svolta a sinistra, collidendo con un motoveicolo sopraggiungente da tergo in fase di sorpasso.
B. L'interessato è insorto dinanzi al Presidente della Pretura penale, che con giudizio del 9 febbraio 2009 ne ha respinto il ricorso.
C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di proscioglierlo da colpa e pena.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 L'atto di ricorso è redatto in tedesco (<ref-law>). In concreto non vi è tuttavia motivo di scostarsi dalla regola generale, secondo cui la sentenza è redatta nella lingua della decisione impugnata (<ref-law>).
1.3 La sentenza del Presidente della Pretura penale, relativa a una contravvenzione, è definitiva (cfr. art. 14 cpv. 2 della legge cantonale di procedura per le contravvenzioni, del 19 dicembre 1994) ed è quindi di ultima istanza cantonale (<ref-law>). Il ricorso, presentato dall'imputato, le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 lett. a e lett. b n. 1 LTF), tempestivo (art. 100 cpv. 1 cpv. 1 LTF) e diretto contro una decisione finale (<ref-law>) resa in materia penale (<ref-law>), è, di massima, ammissibile.
1.4 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto federale e dei diritti costituzionali (art. 95 lett. a e c). e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling>). Inoltre, quando il ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali e di disposizioni di diritto cantonale, giusta l'<ref-law> il Tribunale federale esamina le censure soltanto se sono state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2.2). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove, come in concreto, il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> e del diritto federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii).
2. 2.1 L'istanza precedente ha rilevato che la decisione della Sezione della circolazione si fonda sul rapporto di polizia allestito dagli agenti sopraggiunti sul posto dopo la collisione, i quali, sulla base delle dichiarazioni dei conducenti e sulla scorta dei loro accertamenti, hanno constatato che il ricorrente rallentava allo scopo di iniziare la manovra di svolta a sinistra. Da tergo sopraggiungeva una motocicletta in fase di sorpasso, che non si avvedeva della manovra di svolta del ricorrente, collidendo con la parte anteriore del motoveicolo contro la portiera anteriore sinistra della vettura. Sul sedime stradale non vi era nessuna traccia e nessun testimone ha assistito alla collisione. Essa ha poi precisato che, secondo il ricorrente, la colpa dell'incidente sarebbe da ascrivere al comportamento imprudente del motociclista, che avrebbe intrapreso il sorpasso nonostante egli avesse il segnale di direzione sinistro inserito e la manovra fosse già in fase di esecuzione. Sosteneva altresì di aver controllato negli specchietti retrovisori e osservato l'angolo morto prima di svoltare, appellandosi poi al principio dell'affidamento. Il motociclista ha per contro sostenuto che, vedendo l'automobile procedere a velocità ridotta, pensava che intendesse fermarsi sulla destra, per cui iniziava la manovra di sorpasso sulla sinistra: all'altezza della portiera posteriore sinistra la vettura avrebbe poi iniziato la manovra di svolta verso sinistra, provocando la collisione.
L'autorità precedente, rilevato che la visibilità era buona, ha ritenuto che vi è motivo di credere che invero il ricorrente non abbia controllato rigorosamente il traffico da tergo prima di cambiare direzione o, ammettendo per avventura che lo abbia fatto, che non l'ha controllato con sufficiente attenzione, poiché altrimenti non poteva non accorgersi del motoveicolo che circolava dietro di lui (peraltro di grossa cilindrata e di colore appariscente) e che si accingeva a superarlo. Essa ha inoltre stabilito che il ricorrente neppure ha spiegato per quali altri motivi non avrebbe potuto scorgerlo, ritenuto che dagli atti istruttori non risultano indizi che lascino dubitare della velocità dichiarata dal centauro (20-30 km/h).
2.2 Il ricorrente si limita in sostanza a richiamare l'<ref-law>, inerente al dovere di diligenza quando vi siano indizi per ritenere che un utente della strada non si comporti correttamente, l'<ref-law>, secondo il quale il conducente che vuole cambiare la direzione di marcia deve badare ai veicoli che giungono in senso inverso e a quelli che seguono, l'<ref-law>, che vieta di sorpassare un veicolo quando il conducente indica l'intenzione di voltare a sinistra e infine l'<ref-law>, indicante che la segnalazione non svincola il conducente dall'obbligo di usare la necessaria prudenza.
Richiamando semplicemente queste norme, egli non dimostra tuttavia ch'esse sarebbero state lese nella fattispecie. In effetti, egli adduce solamente, in maniera del tutto generica e quindi inammissibile sotto il profilo dell'<ref-law>, senza riferirsi alle concrete circostanze del caso in esame, che i controlli da lui effettuati prima di svoltare a sinistra sarebbero stati sufficienti a norma delle citate disposizioni. Egli, scostandosi dai fatti descritti nella decisione impugnata, asserisce infatti che dopo aver iniziato la svolta a sinistra sarebbe inaspettatamente apparso il motociclista.
2.3 Con queste affermazioni egli neppure tenta di dimostrare che l'accertamento del giudice cantonale, secondo cui doveva accorgersi della motocicletta che circolava dietro di lui a velocità moderata e che si accingeva a superarlo, sarebbe addirittura insostenibile e quindi arbitrario (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3; <ref-ruling> consid. 6.2). Questo accertamento è quindi vincolante per il Tribunale federale. Né egli critica l'ulteriore argomento dei giudici cantonali, secondo cui non ha spiegato perché non avrebbe potuto scorgere il motociclista. Ora, quando, come nella fattispecie, la decisione impugnata si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>).
2.4 Quest'ultima conclusione vale pure per gli accenni ricorsuali all'invocato principio dell'affidamento, segnatamente sotto il profilo del dovere di diligenza (su questo tema cfr. <ref-ruling> consid. 3c/aa; <ref-ruling> consid. 2a pag. 136, 225 consid. 2c pag. 229). In effetti, anche al riguardo, il ricorrente non si confronta del tutto con i motivi posti a fondamento del criticato giudizio, secondo cui anche un'eventuale manovra scorretta del motociclista non lo esimeva dall'obbligo impostogli dall'<ref-law>. Egli neppure si pronuncia o critica, contrariamente a quanto impostogli dall'<ref-law>, l'argomento addotto dal giudice cantonale secondo cui nel quadro del principio dell'affidamento non esiste una compensazione delle colpe (al riguardo vedi sentenza 6P.137/2003 del 7 gennaio 2004 consid. 2.5 e 4, in RtiD 2005 II pag. 342).
3. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere quindi respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>)

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino, al Presidente della Pretura penale, all'Ufficio federale delle strade e, per conoscenza, all'Ufficio della circolazione del Cantone Glarona.