Sachverhalt:
A. X._ und Y._ bewohnen eine Einfamilienhaussiedlung in A._. Auf ihrem Grundstück befindet sich eine Gasheizungsanlage, an welche auch andere Häuser angeschlossen sind. Nachdem schon seit längerem Streitigkeiten um diese Heizung bestehen, beantragten dreizehn betroffene Hauseigentümer beim Bezirksgericht A._ den Erlass eines Befehls, wonach X._ und Y._ die gemeinsame Heizung wieder in Betrieb zu nehmen, die Kläger mit Heizwärme zu beliefern sowie ihnen den Zutritt zum Heizungsraum zu gewähren haben. Vorsitzender im Prozess ist Gerichtspräsident Z._.
B. Am 7. Juni 2009 lehnten X._ und Y._ den Gerichtspräsidenten ab. Mit Beschluss vom 19. Juni 2009 trat die Verwaltungskommission des Obergerichts des Kantons Zürich auf das Ablehnungsbegehren nicht ein und auferlegte X._ und Y._ die Gerichtsgebühr von Fr. 850.--.
Die dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Zirkulationsbeschluss vom 10. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat. Zudem auferlegte es X._ und Y._ die Kosten des Kassationsverfahrens von Fr. 500.--.
C. Mit Eingabe vom 16. Oktober 2009 haben X._ und Y._ (fortan: Beschwerdeführer) gegen den Beschluss des Kassationsgerichts Beschwerde erhoben. Sinngemäss beantragen sie die Aufhebung desselben und des obergerichtlichen Beschlusses im Kostenpunkt.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft den Ausstand eines Richters. Mithin liegt ein selbständig eröffneter Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> vor. Bei einem Zwischenentscheid folgt der Rechtsweg demjenigen der Hauptsache (<ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.). In der Hauptsache geht es um die Ausübung einer Dienstbarkeit, konkret um die Prosekution von vorsorglichen Massnahmen im Zusammenhang mit der Benutzung der Heizungsanlage, und demgemäss um eine Zivilsache mit Vermögenswert. Das Bezirksgericht A._ geht von einem Streitwert von Fr. 44'000.-- aus, womit die Streitwertgrenze gemäss <ref-law> erreicht ist. Der angefochtene Entscheid ist letztinstanzlich (<ref-law>) und die Beschwerde wurde fristgemäss (<ref-law>) erhoben.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Neue Tatsachen dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.3 Mit der Beschwerde nach <ref-law> kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht, inklusive derjenigen von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Wird wie vorliegend die Verletzung von Grundrechten geltend gemacht, gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 3.2 S. 88; je mit Hinweisen). Es muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt werden, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397 mit Hinweis); auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399; <ref-ruling> E. 2 S. 591 f.).
2. Nach <ref-law> hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unabhängigen und unparteiischen Gericht ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird (<ref-ruling> E. 2 S. 15 mit Hinweis). Die Garantie des verfassungsmässigen Richters ist verletzt, wenn bei objektiver Betrachtungsweise Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen (<ref-ruling> E. 2 S. 15; <ref-ruling> E. 3.4 S. 116 mit Hinweisen). Auf das bloss subjektive Empfinden einer Partei kann bei dieser Beurteilung nicht abgestellt werden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 240).
3. Das Kassationsgericht hat im Unterschied zum Obergericht befunden, das Ablehnungsbegehren sei nicht verspätet erfolgt. Es hat im Weiteren mit dem Obergericht dafürgehalten, das Ablehnungsbegehren sei in der Sache unbegründet. Gemäss Beschluss des Obergerichts sei der Vorwurf nicht haltbar, der Beschwerdegegner habe in seinem Schreiben vom 10. Januar 2007 eine frühere Auskunft vom 7. November 2006 über die Rechtsnatur eines abgeschlossenen Verfahrens widerrufen. Die Beschwerdeführer hätten die Auskunft vom 7. November 2006 falsch verstanden. Ebenso unbegründet sei der Vorwurf, der Beschwerdegegner habe im Schreiben vom 10. Januar 2007 eine falsche Auskunft betreffend die richterliche Orientierung der Parteien über den Verhandlungsablauf erteilt. Die von den Beschwerdeführern vorgebrachten Befangenheitsgründe entsprächen einzig ihrer subjektiven Überzeugung, während von einem objektiven Standpunkt aus gesehen keinerlei Anhaltspunkte für eine Befangenheit des abgelehnten Richters bestünden. Auf diese obergerichtlichen Erwägungen seien die Beschwerdeführer in der Nichtigkeitsbeschwerde nicht eingegangen. Die im Übrigen gegen den Vizepräsidenten B._ in der Nichtigkeitsbeschwerde erhobenen Vorwürfe bildeten nicht Verfahrensgegenstand.
4. Die Beschwerdeführer schildern in der Beschwerdeschrift den Ablauf ihrer vor Bezirksgericht hängigen bzw. hängig gewesenen Prozesse über die Heizungsbenützung und erheben Vorwürfe gegen verschiedene Personen und Amtsstellen, insbesondere gegen den Vizepräsidenten B._, der in früheren Verfahren mitgewirkt habe. Sie machen geltend, es sei zu vermuten, dass dieser in ihrer Sache "federführend" sei und auch das Sagen bei andern Gerichtsangestellten, namentlich beim Beschwerdegegner, habe. Sie wiederholen ihre Ausführungen zur Rechtzeitigkeit ihrer Ablehnungserklärung und ihr Vorbringen, der Beschwerdegegner habe seine Aussage betreffend den Charakter eines früheren Verfahrens widerrufen. Schliesslich kritisieren sie die Führung des hängigen Verfahrens. Insbesondere sei ihnen der Ablauf nicht erklärt worden und der Beschwerdegegner habe versucht, rechtswidrig einen Vergleich zu erzielen. Der Beschwerdegegner sei auch als Mitwisser der angeblichen Verfehlungen von Vizepräsident B._ und als dessen Vorgesetzter befangen. Schliesslich kritisieren sie in allgemeiner Weise die Geschäftsführung des Bezirksgerichts A._.
5. 5.1 Nicht mehr einzugehen ist auf die erneut aufgeworfene Frage der Rechtzeitigkeit der Ablehnungserklärung. Das Kassationsgericht hat bereits zugunsten der Beschwerdeführer entschieden, dass die Ablehnung nicht verspätet erfolgt sei.
Mit den übrigen Erwägungen des angefochtenen Beschlusses setzen sich die Beschwerdeführer nicht auseinander. Im Gegenteil: ihre Beschwerde an das Bundesgericht entspricht weitgehend wortwörtlich ihrer Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht. Die Beschwerdeführer wiederholen demgemäss bloss ihre bisherigen Vorwürfe an den Beschwerdegegner, er habe eine ihnen erteilte Auskunft widerrufen. Sie äussern sich nicht zu den vom Kassationsgericht übernommenen obergerichtlichen Ausführungen, wonach keine objektiven Anzeichen von Befangenheit vorlägen, ebensowenig zur kassationsgerichtlichen Beurteilung, dass bereits die Nichtigkeitsbeschwerde ungenügend begründet sei und das Verhalten von Vizepräsident B._ nicht Verfahrensgegenstand bilde.
Soweit die Beschwerdeführer schliesslich das Verhalten des Beschwerdegegners an der Hauptverhandlung vom 16. Juni 2009 kritisieren, bringen sie zum einen neue und damit grundsätzlich unzulässige Tatsachen (<ref-law>) vor; zum anderen wäre hiedurch aber nicht im Ansatz aufgezeigt, inwiefern das Verhalten des Beschwerdegegners seine Befangenheit demonstrieren könnte. Dass der Beschwerdegegner ein Mitwisser der angeblichen Verfehlungen von Vizepräsident B._ sei, stellt eine Sachverhaltsbehauptung dar, auf welche bereits mangels entsprechender vorinstanzlicher Feststellungen nicht eingegangen werden kann (vgl. <ref-law>). Schliesslich sind die allgemeinen Vorwürfe über angebliche Missstände am Bezirksgericht A._ nicht geeignet, einen Ablehnungsgrund gegenüber einer bestimmten Gerichtsperson zu belegen.
Damit entsprechen die erhobenen Rügen insgesamt nicht den eingangs dargelegten Begründungsanforderungen. Auf sie kann somit nicht eingetreten werden.
5.2 Die Beschwerdeführer fechten die Kostenauflage durch Ober- und Kassationsgericht ausdrücklich mit an. Sie erheben allerdings keine selbständige Rüge, denn sie begründen nicht, wieso die angefochtenen Kostenschlüsse an sich, d.h. unabhängig vom übrigen Verfahrensausgang, willkürlich sein sollen. Auf diese Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
6. Auf die Beschwerde kann somit nicht eingetreten werden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens unter solidarischer Haftung (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Dezember 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Escher Zingg