Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 28. November 2000 wegen Gehilfenschaft zur Veruntreuung sowie mehrfacher Widerhandlung gegen Art. 46 Abs. 1 lit. a und d des Bankengesetzes zu 25 Monaten Gefängnis. Den Angeklagten A._ verurteilte es gleichentags wegen Veruntreuung im gleichen Tatkomplex wie X._ zu vier Jahren Gefängnis.
B. Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte am 26. Februar 2002 das Urteil des Bezirksgerichts Zürich gegen X._. Bei A._ bestätigte es dieses weitgehend und bestrafte ihn mit 3 1⁄2 Jahren Gefängnis.
C. X._ stellte am 11. Juli 2005 ein Revisionsgesuch, welches die Revisionskammer des Obergerichts des Kantons Zürich abwies, soweit es darauf eintrat. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hiess die Nichtigkeitsbeschwerde hiergegen gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurück, welches das Revisionsgesuch in der Folge am 19. Dezember 2006 in Sachen X._ und am 21. Januar 2008 in Sachen A._ guthiess und sein Urteil vom 26. Februar 2002 aufhob. Es wies die Sache an das Bezirksgericht Zürich zurück und beauftragte dieses, die Verhandlung soweit als erforderlich zu wiederholen und ein neues Urteil zu fällen.
D. Am 13. Dezember 2007 verurteilte das Bezirksgericht Zürich X._ wegen Gehilfenschaft zur Veruntreuung sowie mehrfacher Widerhandlung gegen Art. 46 Abs. 1 lit. a und d des Bankengesetzes zu 26 1⁄2 Monaten Freiheitsstrafe als Zusatzstrafe zu einem Urteil des Obergerichts des Kantons Bern. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob das Gericht im Umfang von 14 1⁄2 Monaten bei einer Probezeit von zwei Jahren auf und ordnete für die restlichen zwölf Monate (unter Anrechnung von 204 Tagen erstandener Haft) den Vollzug an.
Am 7. Mai 2008 bestätigte das Bezirksgericht Zürich die ursprüngliche Verurteilung gegen A._ und verurteilte ihn unter Anrechnung von 613 Tagen erstandener Haft zu einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren.
E. X._ und A._ erhoben gegen diese Urteile Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich. Sie verlangten im Laufe des Verfahrens einen Vorbeschluss darüber, ob die strafrechtlichen Vorwürfe gemäss Anklageschriften vom 30. September 1999 und 14. Juli 2000 verjährt seien.
Das Obergericht hielt mit Beschluss vom 4. Dezember 2009 fest, dass die Vorwürfe gemäss den Anklageschriften nicht verjährt seien.
F. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, den vorinstanzlichen Entschluss aufzuheben, und er sei freizusprechen. Eventualiter sei das Strafverfahren gegen ihn einzustellen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, welche weder die Zuständigkeit noch Ausstandsbegehren betreffen (<ref-law>), ist die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können, oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Bei der Beurteilung der Anfechtbarkeit eines Zwischenentscheids ist vom Grundsatz auszugehen, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis). Zwischenentscheide betreffend Fragen, die dem Bundesgericht auch noch später, im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid, unterbreitet werden können, sind deshalb nur ausnahmsweise und unter den genannten engen Voraussetzungen anfechtbar.
1.2 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, welche weder die Zuständigkeit noch Ausstandsbegehren betreffen (<ref-law>), ist die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können, oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Bei der Beurteilung der Anfechtbarkeit eines Zwischenentscheids ist vom Grundsatz auszugehen, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis). Zwischenentscheide betreffend Fragen, die dem Bundesgericht auch noch später, im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid, unterbreitet werden können, sind deshalb nur ausnahmsweise und unter den genannten engen Voraussetzungen anfechtbar.
1.3 1.3.1 Das Bundesgericht hat im Rahmen der früheren Nichtigkeitsbeschwerde in Strafsachen gemäss Art. 268 aBStP einen Entscheid des erkennenden Richters über den Ausgang der Sache vorausgesetzt, es allerdings nicht als erforderlich erachtet, dass dieser Entscheid das Verfahren abschliesst. Vielmehr konnte es sich auch um einen Zwischenentscheid handeln, vorausgesetzt, dass eine für den Ausgang der Sache präjudizielle Frage (Strafantrag, Verjährung, Zurechnungsfähigkeit des Angeklagten usw.) endgültig entschieden wird und darauf später nicht mehr zurückgekommen werden kann (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
1.3.2 In Bezug auf den Eintretensgrund von <ref-law> ist die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme, die mit Zurückhaltung zu handhaben ist (<ref-ruling> E. 2.2). Dies gilt umso mehr, als die Parteien nach neuer Rechtslage keiner Rechte verlustig gehen, wenn sie einen Zwischenentscheid nicht anfechten, können sie dies doch auch noch mit dem Endentscheid tun, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>).
1.4 Die Vorinstanz erachtet im vorliegenden Fall <ref-law> deshalb als erfüllt, weil die Untersuchungsergänzungen unter anderem eine schwierige Befragung von Personen im Ausland nach sich ziehen würden. Gestützt hierauf sei ein erneutes Urteil zu fällen, was mit bedeutendem Aufwand und Kosten verbunden wäre. Bei einer allfälligen Gutheissung der Beschwerde könne dieser Aufwand eingespart werden.
1.5 Die Vorinstanz geht zu Recht davon aus, dass sofort ein Endentscheid herbeigeführt werden könnte, wenn das Bundesgericht im vorliegenden Fall bei einem gutheissenden Beschwerdeentscheid die Verjährung bejahen würde. <ref-law> verlangt jedoch darüber hinaus, dass durch dieses Vorgehen ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren eingespart würde.
Die Vorinstanz erwähnt in diesem Zusammenhang lediglich die schwierige Befragung von Personen im Ausland. Gemäss Aktenlage umfasst diese Personenbefragung zwei Personen, die mutmasslich ihren Wohnsitz in Deutschland haben. Es ist daher nicht einsichtig, inwiefern ein weitläufiges Beweisverfahren im Raume stehen würde. Weder bedarf es eines langwierigen und ungewissen Rechtshilfeverfahrens noch sind eine Vielzahl von Personen zu befragen oder zusätzliche Gutachten einzuholen. Entsprechend entstünde durch die Vorabentscheidung der Verjährungsfrage auch keine wesentliche Einsparung an Zeit und Kosten, weshalb die Voraussetzungen von <ref-law> zur Anfechtung eines selbständig eröffneten Vor- oder Zwischenentscheids nicht gegeben sind. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
2. Unter den gegebenen Umständen rechtfertigt es sich, ausnahmsweise auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten, da die vorinstanzliche Begründung der Zulässigkeit der Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht unzutreffend war und der Beschwerdeführer im Vertrauen auf deren Zulässigkeit das Rechtsmittel erhoben hat (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller