Faits:
A.
Par jugement du 17 octobre 2011, le Tribunal régional Jura bernois-Seeland a condamné Y._ pour violation de domicile, l'a exempté de toute peine, l'a condamné au paiement des frais et d'une indemnité pour les dépenses occasionnées par la procédure en faveur de X._ de 3085 fr. 20.
B.
Statuant sur l'appel de Y._, la 2 ème Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne l'a admis. Elle a classé la procédure ouverte contre ce dernier, mis les frais de première et deuxième instances, par respectivement 985 fr. et 2000 fr., à la charge de X._ et a condamné cette dernière à verser à Y._ une indemnité pour ses frais de défense de 2893 fr. 20 pour la première instance et de 1800 fr. pour la deuxième instance.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que les frais et l'indemnité due à Y._ relatifs à la première instance sont mis à la charge du canton de Berne, subsidiairement, à la mise à la charge du canton de Berne des frais et de l'indemnité due à Y._ relatifs à la deuxième instance également. Elle conclut à la constatation pour le surplus de l'entrée en force du jugement de première instance.

Considérant en droit:
1.
Aux termes de l'<ref-law>, quiconque a participé à la procédure de dernière instance cantonale ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée est habilitée à recourir au Tribunal fédéral. En l'occurrence, la recourante, en qualité de partie plaignante, se plaint de ce que les frais et dépens de première et deuxième instances ont été mis à sa charge. Elle est touchée par la décision entreprise et a un intérêt juridique au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 250). Elle a qualité pour former un recours en matière pénale.
2.
Invoquant une violation de l'<ref-law>, la recourante conteste la mise à sa charge des frais de première instance.
2.1. Selon l'<ref-law>, en cas d'infractions poursuivies sur plainte, les frais de procédure peuvent être mis à la charge de la partie plaignante ou du plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou rendu celle-ci plus difficile lorsque la procédure est classée ou le prévenu acquitté (let. a) et le prévenu n'est pas astreint au paiement des frais conformément à l'art. 426 al. 2 (let. b).
Dans ce contexte, le plaignant doit être compris comme la personne qui a déposé une plainte pénale et qui a renoncé à user des droits qui sont les siens au sens de l'<ref-law>, étant précisé que cette renonciation ne vaut pas retrait de la plainte pénale (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 252).
Contrairement à la version française, les versions allemande et italienne opèrent une distinction entre la partie plaignante (« Privatklägerschaft »; « accusatore privato ») et le plaignant (« antragstellende Person »; « querelante »). Ainsi la condition d'avoir agi de manière téméraire ou par négligence grave et de la sorte entravé le bon déroulement de la procédure ou rendu celle-ci plus difficile ne s'applique qu'au plaignant. En revanche, cette condition ne s'applique pas à la partie plaignante à qui les frais peuvent être mis à charge sans autre condition (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 252). La personne qui porte plainte pénale et qui prend part à la procédure comme partie plaignante doit assumer entièrement le risque lié aux frais, tandis que la personne qui porte plainte mais renonce à ses droits de partie ne doit supporter les frais qu'en cas de comportement téméraire (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 253). La jurisprudence a toutefois précisé que les frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie plaignante ayant déposé une plainte pénale qui, hormis le dépôt de la plainte, ne participe pas activement à la procédure que dans des cas particuliers (<ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 254 s.).
La règle de l'<ref-law> a un caractère dispositif; le juge peut donc s'en écarter si la situation le justifie. La loi est muette sur les motifs pour lesquels les frais sont ou non mis à la charge de la partie plaignante. Le juge doit statuer selon les règles du droit et de l'équité (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2.4 p. 254). A cet égard, il dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral ne substitue qu'avec retenue sa propre appréciation à celle de la juridiction cantonale. Il n'intervient que si la décision s'écarte sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence, repose sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou encore ne tient pas compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération. En outre, il redresse un résultat manifestement injuste ou une iniquité choquante (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 123 et les références citées).
2.2. En substance, la cour cantonale a retenu que la recourante ne s'était pas limitée à porter plainte, mais elle s'était expressément constituée partie plaignante sur le plan pénal et civil. Elle avait pris une part active à la procédure, assistant aux audiences. En déclenchant, vraisemblablement par esprit de vengeance, une procédure pénale dans les circonstances du cas d'espèce, la recourante avait fait de toute manière preuve de négligence, voire de témérité.
2.3. La recourante soutient que dans le cadre de l'application de l'<ref-law>, la cour cantonale aurait dû tenir compte du fait que l'intimé avait été condamné en première instance et du principe selon lequel c'est à l'Etat qu'incombe la responsabilité de l'action pénale. Il appartiendrait ainsi à l'Etat d'assumer les frais relatifs à la condamnation de l'intimé en première instance dès lors que c'est lui qui était à l'origine de ces frais.
La violation de domicile, infraction reprochée à l'intimé, se poursuit uniquement sur plainte (<ref-law>). Il n'est pas contesté que la recourante s'est constituée partie plaignante et qu'elle a activement pris part à la procédure. Par conséquent, les frais pouvaient, en principe, être mis à sa charge sans autre condition en application de l'<ref-law>, comme l'a retenu la cour cantonale. Elle n'a pas ignoré que l'intimé avait été condamné en première instance, mais elle a estimé que la recourante avait, en déclenchant, vraisemblablement par esprit de vengeance, une procédure pénale dans les circonstances du cas d'espèce, fait de toute manière preuve de négligence, voire de témérité. Elle a donc fait usage, dans le cadre du large pouvoir d'appréciation dont elle dispose, de la possibilité offerte par l'<ref-law>. Lorsque la recourante prétend que l'Etat est responsable de la condamnation de l'intimé, elle perd de vue que l'infraction ne se poursuivait que sur plainte. En se constituant partie plaignante et en participant activement à la procédure dans le cadre d'une infraction qui ne se poursuit pas d'office, la recourante a pris le risque d'une mise des frais à sa charge. Le fait que l'intimé n'ait été libéré de l'infraction qu'en deuxième instance n'y change rien. Si l'autorité de première instance avait acquitté l'intimé, elle aurait pu mettre les frais de première instance à la charge de la recourante. C'est bien plutôt les frais de deuxième instance qui auraient pu être évités dans ce cas. Par conséquent, la cour cantonale n'a pas violé son large pouvoir d'appréciation en mettant les frais de première instance à la charge de la recourante.
2.4. S'agissant des frais de deuxième instance, la recourante se contente de soutenir, à titre subsidiaire, qu'ils ne doivent pas être mis à sa charge si les frais de première instance le sont. Elle ne formule ainsi aucun grief recevable au regard des exigences minimales de motivation posées par l'<ref-law>.
Au demeurant, en application de l'<ref-law>, les frais dans la procédure de recours sont mis à la charge des parties dans la mesure où elles ont obtenu gain de cause ou succombé. Pour déterminer si une partie succombe ou obtient gain de cause, il faut examiner dans quelle mesure ses conclusions sont admises (cf. THOMAS DOMEISEN, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n o 6 ad <ref-law>). En l'espèce, la recourante a conclu, sous suite de frais et dépens, à la confirmation du jugement de première instance. En se déterminant, elle a pris le risque que les frais soient mis à sa charge. Dès lors qu'elle a entièrement succombé, la cour cantonale pouvait, en application de l'<ref-law>, mettre l'entier des frais de deuxième instance à sa charge. Supposé recevable, le grief de la recourante serait infondé.
3.
Invoquant une violation de l'<ref-law>, la recourante conteste la mise à sa charge de l'indemnité de dépens en faveur de l'intimé.
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque le prévenu obtient gain de cause sur la question de sa culpabilité et que l'infraction est poursuivie sur plainte, la partie plaignante ou le plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou a rendu celle-ci plus difficile peut être tenu d'indemniser le prévenu pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure.
La formulation de cette disposition est similaire à celle de l'<ref-law>. Elle doit par conséquent être interprétée de la même manière et les remarques formulées supra au consid. 2.1 valent mutatis mutandis (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 i. f. p. 257). Par le renvoi de l'<ref-law>, elle s'applique également à la deuxième instance.
3.2. La recourante ne formule pas de critiques différentes que celles qu'elle soulève à l'appui de son grief relatif à l'application de l'<ref-law>. Par conséquent, il peut être renvoyé à la motivation exposée au consid. 2.3 supra. Son grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.3. La conclusion de la recourante selon laquelle l'indemnité de dépens de deuxième instance ne devrait pas être mise à sa charge ne fait l'objet d'aucun développement dans son mémoire. Elle ne formule ainsi aucun grief conforme au devoir de motivation de l'<ref-law> et sa conclusion est irrecevable.
4.
Dans la mesure où la recourante ne formule aucune critique s'agissant de la libération de l'intimé, il ne sera pas entré en matière sur sa conclusion en constatation de l'entrée en force du jugement de première instance (<ref-law>).
5.
Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens au ministère public (<ref-law>), ni à l'intimé qui n'a pas été invité à procéder (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, Section pénale, 2 ème Chambre pénale.
Lausanne, le 18 juillet 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet