Sachverhalt:
A. Y._ war Eigentümer des Grundstücks Nr. xxx, einer Stockwerkeinheit in der damaligen Gemeinde Littau/LU (heute: Stadt Luzern). Am 25. April 2007 wurde über ihn der Konkurs eröffnet und dieser in der Folge im summarischen Verfahren abgewickelt. In der Zwangsvollstreckung gelangte die Stockwerkeinheit am 26. November 2007 zum freihändigen Verkauf. Der Zuschlag ging zum Preis von Fr. yyy zu je hälftigem Miteigentum an die Eheleute Xa._ und Xb._.
Nach Tilgung aller angemeldeten Forderungen - aber vor Entrichtung der Grundstückgewinnsteuer - ergab sich gemäss Schlussrechnung und Verteilungsliste des Konkursamts Luzern-Land vom 13. Mai 2008 ein Aktivenüberschuss von rund Fr. 76'000.--. Mit Blick darauf widerrief der Amtsgerichtspräsident III des Amtsgerichts Luzern-Land am 18. Juni 2008 den Konkurs. Das Konkursamt Luzern-Land liess am 7. Juli 2008 dem Gemeinschuldner den "Überschuss des Konkursverfahrens" von rund Fr. 76'000.-- zukommen, ohne zuvor die Grundstückgewinnsteuer abzurechnen.
B. Noch vor der Verteilung, am 10. März 2008, hatte die Gemeinde Littau das Grundstückgewinnsteuerverfahren eröffnet und Y._ die Steuererklärung zugestellt. Dieser blieb untätig, worauf das Steueramt der Stadt Luzern am 16. April 2010 die Grundstückgewinnsteuer ermessensweise auf Fr. 27'404.-- festsetzte. Die Veranlagungsverfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
C. Der einstige Gemeinschuldner kam neben der Mitwirkungs- auch der Zahlungspflicht nicht nach. Er begründete dies damit, dass er nicht in der Lage sei, die Steuer zu bezahlen. Ohne weitere Inkassoschritte zu unternehmen, wandte sich das Steueramt der Stadt Luzern mit Schreiben vom 21. Juli 2010 an die Eheleute Xa._ und Xb._ (hiernach: die Grundpfandeigentümer). Es führte aus, der Steigerungsüberschuss sei gemäss Ausführungen des Konkursamtes an den Gemeinschuldner ausbezahlt worden, und "die zu diesem Zeitpunkt noch nicht veranlagte Grundstückgewinnsteuer [sei] vom Konkursamt nicht sichergestellt worden". In ihrer Eigenschaft als Grundpfandeigentümer hätten sie die Möglichkeit, gegen die rechtskräftige Veranlagungsverfügung vom 16. April 2010 innerhalb von 30 Tagen Einsprache zu erheben.
In einem Schreiben vom 3. August 2010 an die Grundpfandeigentümer, die zuvor der Zahlungsaufforderung entschieden entgegengetreten waren, begründete das Konkursamt Luzern-Land sein Vorgehen damit, dass die Steuerbehörde mehrmals von der Verwertung der Liegenschaft Kenntnis erhalten, die Grundstückgewinnsteuer aber dennoch nicht geltend gemacht habe. Die Grundpfandeigentümer erhoben am 10. August 2010 Einsprache gegen die Veranlagungsverfügung vom 16. April 2010. Das Steueramt der Stadt Luzern wies diese am 19. August 2010 ab, worauf das hiergegen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 24. August 2011 auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 1. September 2010 erkannte.
D. Gegen dieses Urteil führen die Grundpfandeigentümer mit Eingabe vom 29. September 2011 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern schliessen in ihren Vernehmlassungen auf Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Stellungnahme verzichtet.
Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat über die Beschwerde am 24. August 2012 öffentlich beraten.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1).
1.2 Angefochten ist ein letztinstanzlicher (End-)Entscheid einer oberen kantonalen Gerichtsbehörde in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, 83, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, 90 BGG).
1.3 Die mit einem Steuergrundpfandrecht beschwerten Eigentümer des Grundpfandes müssen die Möglichkeit haben, in gleicher Weise wie die steuerpflichtige Person gegen die drohende Inanspruchnahme vorzugehen (Urteile 2C_636/2007 vom 7. April 2008 E. 3 und 2P.332/2001 vom 30. April 2002 E. 6). Dementsprechend sieht das Steuerrecht des Kantons Luzern vor, dass die Grundpfandeigentümer zur nachträglichen Einsprache gegen die Veranlagungsverfügung berechtigt sind, sobald das Steuerpfandverfahren eröffnet ist (§ 28 Abs. 3 des Gesetzes [des Kantons Luzern] vom 31. Oktober 1961 über die Grundstückgewinnsteuer [GGStG/LU; SRL 647]).
Als (Mit-)Eigentümer des pfandbelasteten Grundstücks sind die beiden Ehegatten auch vor Bundesgericht je selbständig zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert (<ref-law>; Urteile 2C_674/2011 vom 7. Februar 2012 E. 1.1 [Grundstückgewinnsteuer des Kantons Graubünden], in: StR 67/2012 S. 357; 2C_636/2007 vom 7. April 2008 E. 1.1 [Grundstückgewinnsteuer des Kantons Basel-Stadt]; 2P.93/1996 vom 5. November 1997 E. 1b [Liquidationsgewinnsteuer des Kantons Graubünden]).
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist einzutreten.
1.4 Soweit die Anwendung kantonalen (Gesetzes-)Rechts gerügt wird, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht (<ref-law>), hier namentlich gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze (<ref-ruling> E. 1.2 S. 145; <ref-ruling> E. 3 S. 351). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur unter Rüge- und Begründungsvorbehalt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen im Sinne von <ref-law> gilt insofern nicht.
Die bundesgerichtliche Praxis verlangt, dass die Verfassungsverletzung klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt wird (<ref-ruling> E. 6 S. 397 mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.8 S. 494; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.6, in: StR 67/2012 S. 522 und StE 2012 B 44.12.3 Nr. 6).
1.5 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen, soweit rechtserheblich, können nur gerügt werden, falls sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Dies ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden ist (<ref-law>) oder die Sachverhaltsfeststellungen unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze zustande gekommen sind (<ref-ruling> E. 8.1 S. 153; Urteil 2C_383/2012 vom 6. September 2012 E. 1.5). Zudem muss aufgezeigt werden, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. 2.1 Das Steuerrecht des Kantons Luzern folgt im Bereich der Besteuerung von Grundstückgewinnen dem sog. dualistischen System. Dementsprechend unterliegen der Grundstückgewinnsteuer ausschliesslich die Gewinne aus Veräusserung von Grundstücken des Privatvermögens oder von Anteilen an solchen (Art. 12 Abs. 1 i.V.m. Abs. 4 e contrario des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]; § 1 Abs. 1 GGStG/LU). Die Grundstückgewinnsteuer wird gemäss § 1 Abs. 3 GGStG/LU gemeinsam vom Kanton und der Einwohnergemeinde erhoben, in welcher das Grundstück gelegen ist. Der Steuerertrag steht den beiden Gemeinwesen je hälftig zu (§ 49 Abs. 1 GGStG/LU).
2.2 Die Veräusserung im Rahmen der Zwangsverwertung - hier Freihandverkauf gemäss <ref-law> - fällt unter die zivilrechtlichen Handänderungen im Sinne von Art. 12 Abs. 1 StHG (BERNHARD ZWAHLEN, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, StHG, 2. Aufl., 2002, N. 31 zu Art. 12 StHG). Wird die Handänderung durch eine betreibungs- oder konkursamtliche Handlung ausgelöst, ist der Anspruch der öffentlichen Hand auf die Grundstückgewinnsteuer nach den Regeln des Bundesgesetzes vom 11. April 1889 über Schuldbetreibung und Konkurs (SchKG; SR 281.1) in besonderer Weise zu befriedigen: Sowohl gemäss <ref-law> (Betreibung auf Grundpfandverwertung; <ref-ruling> E. 5b S. 248) als auch nach <ref-law> (Betreibung auf Konkurs; <ref-ruling> E. 4.3 S. 41) wird die bei der Zwangsverwertung entstehende Grundstückgewinnsteuer vorweg vom Erlös in Abzug gebracht. Im Konkursfall stellt die aufgrund des Konkursverfahrens entstandene Grundstückgewinnsteuer dementsprechend keine blosse Konkursforderung (dette du failli), sondern eine Masseschuld (dette de la masse) dar. Die Grundstückgewinnsteuer ist mithin noch vor der Befriedigung der Pfandgläubiger zu tilgen (THOMAS KOLLER, Gesetzliche Grundpfandrechte zur Sicherung von Steuerforderungen - Probleme für Grundstückkäufer und Banken, in: Wolfgang Wiegand [Hrsg.], Theorie und Praxis der Grundpfandrechte, 1996, S. 58; DOMINIQUE RIGOT, Le recouvrement forcé des créances de droit public selon le droit de poursuite pour dettes et la faillite, 1991, N. 298 und 316) und erst recht vor der Rückzahlung eines allfälligen Überschusses an den Gemeinschuldner. Gleichermassen als Masseverbindlichkeiten gelten die Handänderungssteuer (Urteil 2C_792/2008 vom 19. Februar 2009 E. 3.2, in: StE 2009 B 73.14 Nr. 3), die Liquidationsgewinnsteuer (<ref-ruling> E. 4 S. 224 ff.), früher die Warenumsatzsteuer (<ref-ruling> E. 3 S. 247 f.) und heute die Mehrwertsteuer (<ref-ruling> E. 2 S. 201; <ref-ruling> E. 1b S. 295 f.; Urteil 7B.73/2005 vom 12. August 2005 E. 1 f.; <ref-ruling> E. 6.5 S. 151 zum Vorsteuerüberhang als Masseforderung).
Konkursrechtliche Masseschulden müssen weder im Kollokationsplan noch im Lastenverzeichnis aufgeführt werden. Sie sind lediglich in die Schlussrechnung aufzunehmen (<ref-ruling> E. 2c S. 157; Urteil 7B.41/2001 vom 12. März 2001 E. 2b). Ein anderes Vorgehen als die Vorwegtilgung der Verwertungskosten ist bundesrechtswidrig (Urteile 5A_229/2009 vom 14. Juli 2009 E. 4; 5A_54/2008 vom 30. April 2008 E. 2.1).
2.3 Massgebender Zeitpunkt für die Entstehung der Steuerforderung ist bei zivilrechtlichen Handänderungen der Eigentumsübergang. In der Regel ist hierzu der Grundbucheintrag erforderlich (Art. 656 Abs. 1, Art. 971 Abs. 1 und Art. 972 Abs. 2 ZGB; Urteil 5A_846/2009 vom 12. März 2010 E. 3.1, in: RNRF 92/2011 S. 112). Anders verhält es sich bei Aneignung, Erbgang, Enteignung, Zwangsvollstreckung oder gerichtlichem Urteil, in welchen Fällen der Erwerber schon vor der Eintragung, also ausserbuchlich, das Eigentum erlangt (<ref-law>; Art. 65 Abs. 1 lit. d der Grundbuchverordnung vom 23. September 2011 [GBV; SR 211.432.1]; <ref-ruling> E. 2.1 f. S. 587 f.). Vorliegend erfolgte der Freihandverkauf am 26. November 2007. Zu diesem Zeitpunkt entstand die Grundstückgewinnsteuerforderung.
3. 3.1 Gemäss dem hier massgebenden Steuerrecht des Kantons Luzern besteht für die (Grundstückgewinn-)Steuerforderung samt Verzugszins ab dem Zeitpunkt der Veräusserung ein den übrigen Pfandrechten im Rang vorgehendes gesetzliches Pfandrecht (§ 32 Abs. 1 GGStG/LU). Praktische Bedeutung erlangt das Steuergrundpfandrecht freilich nur, soweit die Grundstückgewinnsteuerforderung nicht getilgt wird. Das Steuerpfandrecht ist von den Behörden in einem solchen Fall zwingend in Anspruch zu nehmen. Das Legalitätsprinzip, welches das Steuerrecht beherrscht (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 35; <ref-ruling> E. 5.1 S. 348 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 159; <ref-ruling> E. 3.1), gebietet, eine Steuer zu erheben, wo deren Tatbestand erfüllt ist. Die Nichterhebung der Steuer im Einzelfall bedarf einer gesetzlichen Grundlage (zum Einzelfallverzicht MICHAEL BEUSCH, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 259; PETER STÄHLI, Das Steuergrundpfandrecht, 2006, N. 4.630 S. 278). Fehlt es an einem Entschliessungsermessen der Steuerbehörde darüber, ob die Steuer geltend zu machen sei, steht es ihr auch nicht frei, die gesetzlich vorgesehenen Mittel zur Sicherung der Steuer zu beanspruchen.
3.2 Als unmittelbares gesetzliches Grundpfandrecht entsteht das luzernische Steuergrundpfandrecht ausserbuchlich und gleichzeitig mit der zu sichernden Steuerforderung (zum Ganzen Urteil 2C_674/2011 vom 7. Februar 2012 E. 3.4.1, in: StR 67/2012 S. 357; STÉPHANE ABBET, L'hypothèque légale en garantie des créances de droit public, in: RDAF 65/2009 S. 405, insb. 407; CHRISTIAN MATTLI, Die gesetzlichen Grundpfandrechte des kantonalen Rechts unter besonderer Berücksichtigung des bündnerischen Rechts, 1992, S. 16; ARMIN ZUCKER, Das Steuerpfandrecht in den Kantonen, 1988, S. 54; TONI HESS, Das gesetzliche Steuerpfandrecht des bündnerischen Einführungsgesetzes zum Zivilgesetzbuch, in: ZGRG 13/1994 S. 89, insb. 96). Im vorliegenden Fall wurde das Grundpfandrecht - als Folge der gleichzeitig entstandenen Grundstückgewinnsteuerforderung - am 26. November 2007 wirksam.
4. 4.1 Es stellt sich die Frage nach dem Verhältnis zwischen dem kantonalrechtlichen Steuergrundpfandrecht (§ 32 Abs. 1 GGStG/LU) und der bundesrechtlichen Regelung über die bevorzugte Behandlung von Grundstückgewinnsteuern im Konkurs (<ref-law>).
4.2 Ausgangspunkt bildet <ref-law>. Danach bedürfen die gesetzlichen Grundpfandrechte des kantonalen Rechtes aus öffentlich-rechtlichen oder andern für die Grundeigentümer allgemein verbindlichen Verhältnissen, wo es nicht anders geordnet ist, zu ihrer Gültigkeit keiner Eintragung im Grundbuch (Fassung vom 10. Dezember 1907). Im Laufe des bundesgerichtlichen Verfahrens ist auf den 1. Januar 2012 der revidierte <ref-law> in Kraft getreten. Für das Bundesgericht ist grundsätzlich die Rechtslage massgebend, wie sie bestand, als der angefochtene Entscheid erging (Urteil 2C_674/2011 vom 7. Februar 2012 E. 3.4.1, in: StR 67/2012 S. 357; <ref-ruling> E. 5e/aa S. 598). Dies entspricht <ref-law>, wonach als Grundsatz die Nichtrückwirkung einer Gesetzesänderung gilt (Urteil 4A_189/2012 vom 2. Oktober 2012 E. 3.3, zur Publ. bestimmt; MARKUS VISCHER, in: Basler Kommentar, ZGB, 4. Aufl., 2011, N. 2 zu <ref-law>). Intertemporal ist <ref-law> in der vorrevidierten Fassung anwendbar.
4.3 <ref-law> lässt sich nichts entnehmen, was näheren Aufschluss zur Frage der Abgrenzung von Steuergrundpfandrecht und Betreibungs- bzw. Konkursrecht vermittelt. Bei <ref-law> handelt es sich ohnehin um einen unechten Vorbehalt des Bundeszivilrechts (<ref-ruling> E. 1e S. 354; <ref-ruling> E. 2 S. 100 f.; Urteil 2P.173/1992 vom 23. April 1993 E. 2b, in: ASA 62 S. 570). Deswegen ist kraft <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> in jedem Fall das kantonale öffentliche Recht massgebend (KOLLER, a.a.O., S. 33 ff., insb. 39; STÄHLI, a.a.O., N. 3.17 und 3.128). Das StHG, das diesem als Bundesrecht vorginge, enthält keine Bestimmungen über den Steuerbezug, sieht man von Art. 78 zum Steuerarrest ab (FERDINAND FESSLER, in: Zweifel/Athanas, a.a.O., N. 1 zu Art. 78 StHG). Anders als das materielle Grundstückgewinnsteuerrecht (Art. 12 StHG; <ref-ruling> E. 3.2 S. 132; <ref-ruling> E. 2.1 S. 723) ist das Steuergrundpfandrecht auch nicht dem Grundsatze nach harmonisiert (Urteil 2C_674/2011 vom 7. Februar 2012 E. 3.4.1, in: StR 67/2012 S. 357). Bei den in den kantonalen Steuergesetzen anzutreffenden Steuergrundpfandrechten handelt es sich um nicht harmonisiertes kantonales Recht. Solches prüft das Bundesgericht nur auf die Verletzung von Bundesrecht hin, namentlich auf Verstösse gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze (E. 1.4 hiervor).
4.4 Das Steuerrecht des Kantons Luzern spricht sich ebenso wenig wie <ref-law> zur fraglichen Abgrenzung gegenüber dem Konkursrecht aus. In einem Fall, welcher das Steuerrecht des Kantons Zürich betraf, äusserte sich das Bundesgericht freilich dahingehend, dass das kantonale Steuergrundpfandrecht in seinem Bestand nicht von der Bundesrechtskonformität des betreibungsrechtlichen Verfahrens abhänge (Urteil 2P.348/2005 vom 26. Mai 2006, in: StR 62/2007 S. 34). Unter Willkürgesichtspunkten hat es das Bundesgericht als haltbar bezeichnet, dass die betreffende Zürcher Gemeinde das Steuergrundpfandrecht beanspruchte, wenngleich das Betreibungsamt davon abgesehen hatte, den Erlös der Betreibung auf Grundpfandverwertung vorweg für die Deckung der Verwertungskosten zu verwenden. Keine Rolle spielte unter Willkürgesichtspunkten die Tatsache, dass die steuerpflichtige Person, die der Zahlungspflicht nicht nachgekommen war, lediglich gemahnt, nicht aber betrieben worden war (zitiertes Urteil, insb. E. 2.3 und 2.4). Auch unter dem Aspekt der funktionalen Trennung von Steuer- und Betreibungsamt wies das Bundesgericht die Beschwerde ab (E. 3.2.3).
5. Die Grundpfandeigentümer werfen der Vorinstanz in verschiedenerlei Hinsicht Willkür vor.
5. Die Grundpfandeigentümer werfen der Vorinstanz in verschiedenerlei Hinsicht Willkür vor.
5.1 5.1.1 Willkür erblicken sie zunächst darin, dass die damals für die Erhebung der Steuer zuständige Gemeinde Littau das Grundstückgewinnsteuerverfahren durch Zustellung an den Gemeinschuldner eröffnet hat. Sie gehen davon aus, die Zustellung der Steuererklärung an das Konkursamt hätte dazu beitragen können, dieses an die Grundstückgewinnsteuer "zu erinnern". Die Vorinstanz erklärt dazu, das Steuergrundpfandrecht sei von Gesetzes wegen wirksam und stehe lediglich unter dem Vorbehalt des Rechtsmissbrauchs. Wenn auch die Steuererklärung dem Gemeinschuldner zugestellt worden sei, vermöge dies allein keinen Rechtsmissbrauch zu begründen.
5.1.2 Die Grundpfandeigentümer bemängeln zwar die fehlerhafte Eröffnung des Steuerverfahrens, tragen im Übrigen aber nicht vor, die Ermessensveranlagung beruhe hinsichtlich Bestand und Höhe der Steuer auf willkürlicher Anwendung des kantonalen Steuerrechts. Eine möglicherweise fehlerhafte Zustellung der Steuererklärung hat auf den Bestand der Grundstückgewinnsteuerforderung freilich keinen Einfluss. Ausschlaggebend ist vielmehr, dass die Grundstückgewinnsteuerforderung von Bundesrechts wegen unmittelbar und ohne Weiteres im Zeitpunkt der zivilrechtlichen Handänderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 StHG). Den Grundpfandeigentümern ist darin zuzustimmen, dass die Zustellung der Steuererklärung unter konkursrechtlichen Gesichtspunkten an das Konkursamt (als Konkursverwaltung) vorzunehmen gewesen wäre. Infolge Wegfalls der materiellrechtlichen Verfügungsbefugnis des Gemeinschuldners (<ref-law>) war zu diesem Zeitpunkt einzig das Konkursamt zur Verfügung über den Verwertungserlös befugt. Die Adressierung der Steuererklärung an den Gemeinschuldner verletzt dementsprechend keine steuerrechtliche Gültigkeitsvorschrift und steht der Entstehung der Steuer mit dem Freihandverkauf vom 26. November 2007 nicht entgegen.
5.1.3 Im Übrigen bleibt nicht nur die Steuerforderung als solche, sondern gleichermassen auch das sich daran anschliessende Steuergrundpfandrecht von der Frage der Zustellung der Steuererklärung unberührt. Die gesetzlichen Steuergrundpfandrechte des kantonalen Rechts fallen grundbuchrechtlich unter die Grundpfandverschreibungen (<ref-law>). Diesen ist das Akzessorietätsprinzip eigen. Danach ist die Grundpfandverschreibung abhängig vom Bestand der zu sichernden Forderung (Urteil 5C.13/2002 vom 19. März 2002 E. 2a, in: ZBGR 84/2003 S. 45). Der Anwendungsbereich des Akzessorietätsprinzips geht über die ausschliesslich bundesrechtlich geregelten Grundpfandverhältnisse hinaus. Insbesondere herrscht es auch im Bereich der kantonalen Steuergrundpfandrechte (STÄHLI, a.a.O., N. 2.10 und insb. N. 4.630). Auf diese Weise ist das Steuergrundpfandrecht an die Grundstückgewinnsteuerforderung geknüpft. Die von Gesetzes wegen entstandene Steuerforderung erlischt primär infolge von Tilgung, Erlass und Verjährung (STÄHLI, a.a.O., N. 4.630 S. 277; detailliert dazu BEUSCH, a.a.O., insb. S. 89 ff.). Reflexweise gilt Gleiches für das Steuergrundpfandrecht, wobei dieses darüber hinaus aus pfandrechtlichen Gründen untergehen kann, so beispielsweise aufgrund der versäumten Eintragungsfrist oder der verstrichenen Höchstdauer (STÄHLI, a.a.O., N. 4.630 S. 278). Ob das Veranlagungsverfahren korrekt eingeleitet wurde oder nicht, ist hingegen für den Bestand der Steuerforderung und damit auch des Steuergrundpfandrechts von keiner Bedeutung.
5.1.3 Im Übrigen bleibt nicht nur die Steuerforderung als solche, sondern gleichermassen auch das sich daran anschliessende Steuergrundpfandrecht von der Frage der Zustellung der Steuererklärung unberührt. Die gesetzlichen Steuergrundpfandrechte des kantonalen Rechts fallen grundbuchrechtlich unter die Grundpfandverschreibungen (<ref-law>). Diesen ist das Akzessorietätsprinzip eigen. Danach ist die Grundpfandverschreibung abhängig vom Bestand der zu sichernden Forderung (Urteil 5C.13/2002 vom 19. März 2002 E. 2a, in: ZBGR 84/2003 S. 45). Der Anwendungsbereich des Akzessorietätsprinzips geht über die ausschliesslich bundesrechtlich geregelten Grundpfandverhältnisse hinaus. Insbesondere herrscht es auch im Bereich der kantonalen Steuergrundpfandrechte (STÄHLI, a.a.O., N. 2.10 und insb. N. 4.630). Auf diese Weise ist das Steuergrundpfandrecht an die Grundstückgewinnsteuerforderung geknüpft. Die von Gesetzes wegen entstandene Steuerforderung erlischt primär infolge von Tilgung, Erlass und Verjährung (STÄHLI, a.a.O., N. 4.630 S. 277; detailliert dazu BEUSCH, a.a.O., insb. S. 89 ff.). Reflexweise gilt Gleiches für das Steuergrundpfandrecht, wobei dieses darüber hinaus aus pfandrechtlichen Gründen untergehen kann, so beispielsweise aufgrund der versäumten Eintragungsfrist oder der verstrichenen Höchstdauer (STÄHLI, a.a.O., N. 4.630 S. 278). Ob das Veranlagungsverfahren korrekt eingeleitet wurde oder nicht, ist hingegen für den Bestand der Steuerforderung und damit auch des Steuergrundpfandrechts von keiner Bedeutung.
5.2 5.2.1 Die Grundpfandeigentümer beanstanden weiter, dass das Konkursamt zu Unrecht davon abgesehen habe, Inkassomassnahmen gegenüber dem Gemeinschuldner zu ergreifen (Steuerforderung von rund Fr. 27'000.--), wenngleich ihm ein Schlussbetreffnis von rund Fr. 76'000.-- zugekommen sei. Die Vorinstanz führt dazu sinngemäss aus, es habe keine Rechtspflicht zur Verrechnung bestanden.
5.2.2 Im Urteil 2P.348/2005 vom 26. Mai 2006 kam das Bundesgericht bei ebenfalls auf Willkürprüfung beschränkter Kognition zum Schluss, die betreibungsrechtswidrig unterlassene Vorwegtilgung der Grundstückgewinnsteuer ändere nichts an der Zulässigkeit des Steuergrundpfandrechts. § 208 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1), um welchen es in diesem Präjudiz ging, entspricht nach Wort- und Normsinn der luzernischen Pfandrechtsbestimmung (§ 32 Abs. 1 GGStG/LU). Es besteht kein Anlass, im vorliegenden Fall, der auch in tatsächlicher Hinsicht weitgehende Parallelen zur seinerzeitigen Konstellation aufweist, von der bisherigen Praxis abzurücken. Wohl ging es damals um <ref-law>, während hier <ref-law> zur Diskussion steht. Dessen ungeachtet ist festzustellen, dass das Betreibungs- und Konkursrecht insgesamt eine andere Zielsetzung verfolgen als das kantonale Steuergrundpfandrecht. Beide vermögen sie dieses nicht derart zu beeinflussen, dass das Grundpfandrecht geradezu von der bundesrechtskonformen Abwicklung des SchKG-Verfahrens abhängt.
5.2.3 Gegenteils existieren das SchKG- und das Steuergrundpfandverfahren weitgehend unabhängig voneinander. Das Steuergrundpfandrecht entsteht ausserbuchlich mit der Handänderung und bleibt - eine etwaige zeitliche Begrenzung des kantonalen Rechts vorbehalten - bis zur Tilgung der Grundstückgewinnsteuerforderung aufrecht. Kommt es bereits im Betreibungs- oder Konkursverfahren zur Tilgung der öffentlich-rechtlichen Forderung, was im Einklang mit Art. 157 Abs. 1 bzw. <ref-law> stünde, geht das Pfandrecht aufgrund des Akzessorietätsprinzips gleichsam zu diesem Zeitpunkt unter. Bleibt die Tilgung trotz durchgeführten Betreibungs- oder Konkursverfahrens aus, besteht die Steuerforderung entsprechend weiter und existiert damit nach dem Akzessorietätsprinzip auch das Pfandrecht noch. Dementsprechend vermag das Grundpfandrecht in einer solchen Konstellation das Betreibungs- oder Konkursverfahren durchaus zu "überleben".
5.3 Als unbillig empfinden die Grundpfandeigentümer schliesslich die zeitliche Abwicklung des Verfahrens, indem zwischen dem 10. März 2008 (Steuererklärung) und 16. April 2010 (Veranlagungsverfügung) über zwei Jahre verstrichen waren, worauf die Grundpfandeigentümer in der Folge innerhalb von Tagen ins Recht gefasst wurden. An der geschilderten Rechtslage ändert auch dies nichts. Die blosse Untätigkeit einer Behörde, von welcher die Grundpfandeigentümer hier ausgehen und auf die sie sich sinngemäss berufen, kann in aller Regel keinen Vertrauenstatbestand schaffen (<ref-ruling> E. 8.1 S. 45 mit Hinweisen). Ob die Behörde infolge Untätigkeit ausnahmsweise einen solchen geschaffen hat, bestimmt sich grundsätzlich danach, ob ihr Stillschweigen bei objektiver Betrachtungsweise geeignet war, bei der betroffenen Person eine entsprechende Erwartung zu wecken (<ref-ruling> E. 2.2 S. 25 f.; Urteil 2C_277/2012 vom 11. Mai 2012 E. 5.2). Im vorliegenden Fall gaben die Steuerbehörden keinen Anlass zur Vermutung, auf die Geltendmachung der Grundstückgewinnsteuer werde verzichtet. Aus der gut zweijährigen Dauer der Veranlagungstätigkeit lässt sich nichts in dieser Hinsicht ableiten. Ebenso wenig zu beanstanden ist, dass das Pfandrechtsverfahren bald nach Vorliegen der Veranlagungsverfügung eingeleitet wurde.
6. 6.1 Damit ist das angefochtene Urteil unter allen gerügten Aspekten haltbar, die Beschwerde unbegründet und damit abzuweisen. Die Koordination zwischen den verschiedenen Ämtern muss in der Tat als wenig geglückt bezeichnet werden. Es wäre zu erwarten gewesen, dass die Behörden untereinander das Gespräch suchen und eine verhältnismässige Lösung finden. Dies blieb aus, beschränkten sich die Ämter doch weitgehend darauf, den Fehler andernorts zu vermuten.
6.2 Sollte das Steueramt auf einer Verwertung des Grundpfandes beharren, wird sich immerhin die Frage nach einer Staatshaftungsklage (<ref-law>) stellen (dazu Urteile 5A_229/2009 vom 14. Juli 2009, insb. E. 5; 5A_54/2008 vom 30. April 2008 E. 2 ff.; vgl. vorne E. 2.2). Zuvor wird im Verwertungsverfahren freilich zu klären sein, wie es sich mit der Zwei-Jahres-Frist gemäss § Abs. 1 GGStG/LU verhält.
6.3 Bei diesem Ausgang haben die Grundpfandeigentümer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht unter solidarischer Haftbarkeit zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Dem obsiegenden Kanton Luzern, der Vermögensinteressen wahrnimmt, ist keine Entschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt der Stadt Luzern, der Dienststelle Steuern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. August 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher