Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Invalidenversicherung, IV-Stelle Bern, sprach X._ mit Verfügung vom 24. März 2006 rückwirkend auf den 1. Mai 2003 eine ganze Invalidenrente zu. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2006 sprach die Stiftung Auffangeinrichtung BVG, Zweigstelle Deutschschweiz, X._ zusätzlich eine ganze Invalidenrente sowie zwei Kinderrenten aus beruflicher Vorsorge zu, welche ebenfalls ab dem 1. Mai 2003 zu laufen begann. Die beiden Verfügungen führten im Jahre 2006 zu einer Rentennachzahlung von insgesamt Fr. 127'455.--, welche direkt an die Sozialdirektion Burgdorf überwiesen wurde. Letztere saldierte das für X._ geführte Sozialhilfekonto und überwies X._ den Überschuss von Fr. 3'466.55.
B. Am 10. Juli 2007 wurde X._ von der Steuerverwaltung des Kantons Bern, Kreis Emmental-Oberaargau, für die Staats- und Gemeindesteuern 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 107'395.-- (satzbestimmendes Einkommen Fr. 13'992.--) und für die direkte Bundessteuer 2006 mit einem solchen von Fr. 115'245.-- (satzbestimmendes Einkommen Fr. 22'692.--) eingeschätzt.
Die gegen diese Veranlagung erhobene Einsprache wies die Steuerverwaltung des Kantons Bern mit Entscheid vom 10. Juni 2008 ab. Vorgängig hatte sie X._ mit Schreiben vom 8. April 2008 mitgeteilt, die Rentenzahlungen würden in dem Jahr besteuert, in dem sie ausbezahlt wurden. Rückzahlungen an die Sozialdirektion könnten nicht abgezogen werden. Das Steuererlassverfahren bleibe vorbehalten.
Den gegen den Einspracheentscheid erhobenen Rekurs (bzw. die Beschwerde) hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern mit Entscheid vom 18. August 2009 teilweise gut. Sie setzte das steuerbare Einkommen für die Staats- und Gemeindesteuern auf Fr. 97'870.-- (satzbestimmend Fr. 4'317.--) und für die direkte Bundessteuer auf Fr. 105'720.-- (satzbestimmend Fr. 13'167.--) fest. Die Abweichung zum Einspracheentscheid ergab sich durch einen Abzug für Alimente/Unterhaltsbeiträge.
Die gegen diesen Entscheid erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, mit Urteil vom 16. Februar 2010 betreffend die Staats- und Gemeindesteuer ab (Dispositiv Ziff. 1). Betreffend die direkte Bundessteuer erfolgte die Abweisung, soweit auf die Beschwerde einzutreten war (Ziff. 2). Die Kosten des Verfahrens von Fr. 2'500.-- wurden dem Beschwerdeführer auferlegt, wobei sie vorerst - infolge Gutheissung des Gesuchs um unentgeltliche Prozessführung (Ziff. 3) - vom Kanton getragen werden, unter Vorbehalt der Nachzahlungspflicht (Ziff. 4). Der beigeordnete Rechtsbeistand wurde - ebenso unter Vorbehalt der Nachzahlungspflicht - aus der Gerichtskasse entschädigt (Ziff. 5).
C. Mit Eingabe vom 22. März 2010 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, Ziff. 1 und 4 des Urteils des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die vom Beschwerdeführer im Jahr 2006 geleisteten Rückzahlungen an den Sozialdienst Burgdorf bei den Kantons- und Gemeindesteuern vollumfänglich vom Einkommen abzuziehen und folglich nicht zu besteuern. Im Weiteren wird für das Verfahren vor Bundesgericht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersucht.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, die Steuerverwaltung des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft sowohl die Staats- und Gemeindesteuern als auch die direkte Bundessteuer. Gemäss explizitem Antrag des Beschwerdeführers richtet sich die Beschwerde jedoch ausschliesslich gegen das Urteil soweit die Staats- und Gemeindesteuern betroffen sind, sowie gegen die Kostenfestsetzung des Verwaltungsgerichts.
1.2 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR. 642.14]). Der Beschwerdeführer ist gemäss <ref-law> zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert.
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann - unter Vorbehalt vorliegend nicht relevanter Ausnahmen (vgl. <ref-law>) - nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Normen des Bundesrechts (<ref-law>), hier namentlich über die Steuerharmonisierung. Inwiefern das der Fall sein soll, ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen (<ref-law>), auch wenn das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet (<ref-law>). Im Übrigen kann die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts lediglich im Lichte der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, namentlich des Willkürverbots (<ref-law>), oder der kantonalen verfassungsmässigen Rechte (<ref-law>) geprüft werden (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 158; <ref-ruling> E. 3 S. 351). Solche Rügen sind ausdrücklich zu erheben (<ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 3 S. 351 f.).
2. 2.1 Gemäss Art. 26 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 (StG/BE; BSG 661.11) sind als Einkünfte aus Vorsorge alle Einkünfte aus der Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung, aus Einrichtungen der beruflichen Vorsorge und aus anerkannten Formen der gebundenen Selbstvorsorge einschliesslich der Kapitalabfindungen und Rückzahlungen von Einlagen, Prämien und Beiträgen steuerbar. Steuerfrei sind u.a. nach Art. 29 lit. d StG/BE die Unterstützungen aus öffentlichen oder privaten Mitteln. Bei der Ermittlung des Reineinkommens nicht in Abzug gebracht werden können u.a. nach Art. 39 lit. c StG/BE die Aufwendungen für Schuldentilgung.
2.2 Die Vorinstanz hat in Anwendung der genannten Gesetzesbestimmungen erkannt, dem Beschwerdeführer sei durch den Erwerb des festen Rechtsanspruches auf die Invalidenrenten steuerbares Einkommen zugeflossen, woran nichts ändere, dass ein (grösserer) Teil der Renten direkt an den Sozialdienst - zur Rückerstattung von vorgeschossenen Sozialhilfebeträgen - überwiesen worden sei.
Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, der angefochtene Entscheid bzw. die Normen des Steuergesetzes des Kantons Bern, auf welche er sich abstützt, würden gegen das Steuerharmonisierungsgesetz verstossen. Hingegen bringt er vor, der Entscheid bedeute einen Eingriff in das Grundrecht auf Existenzsicherung (<ref-law>). Er verstosse zudem gegen den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (<ref-law>), den Grundsatz der Gleichmässigkeit der Besteuerung (<ref-law>) sowie gegen die Rechtsgleichheit (<ref-law>).
2.3 Nach <ref-law> sind Bundesgesetze und Völkerrecht für das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden massgebend. Damit kann Bundesgesetzen weder im Rahmen der abstrakten noch der konkreten Normenkontrolle die Anwendung versagt werden. Zwar handelt es sich dabei um ein Anwendungsgebot und kein Prüfungsverbot (<ref-ruling> E. 5.4 S. 721; <ref-ruling> E. 5.4 S. 263, mit Hinweisen; Yvo Hangartner, in: Ehrenzeller/Mastronardi/ Schweizer/Vallender [Hrsg.], Die schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, 2. Aufl. 2008, Bd. 2, N. 8 zu <ref-law>), und es kann sich rechtfertigen, vorfrageweise die Verfassungswidrigkeit eines Bundesgesetzes zu prüfen; wird eine solche festgestellt, muss das Gesetz aber angewandt werden, und das Bundesgericht kann lediglich gegebenenfalls den Gesetzgeber einladen, die fragliche Bestimmung zu ändern (<ref-ruling> E. 3.5.2 S. 130).
2.4 Nach <ref-law> hat wer in Not gerät und nicht in der Lage ist, für sich zu sorgen, Anspruch auf Hilfe und Betreuung und auf die Mittel, die für ein menschenwürdiges Dasein unerlässlich sind. Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> - noch zur alten BV - festgehalten, wenn schon ein - damals ungeschriebenes - Recht auf eine positive staatliche Leistung auf Existenzsicherung anerkannt werde (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 370 ff.), möge es folgerichtig scheinen, auch ein entsprechendes Abwehrrecht anzuerkennen gegenüber staatlichen Eingriffen in die zur Deckung der elementaren Lebensbedürfnisse unabdingbaren finanziellen Mittel. Es begründete dies damit, es wäre widersprüchlich, einerseits den Staat zu verpflichten, einem Bedürftigen die zur Existenzsicherung notwendigen Mittel zu gewähren, ihm andererseits die Möglichkeit zu geben, in die gleichen Mittel wieder abgaberechtlich einzugreifen. Umgekehrt könne aus dem (heute in <ref-law> verankerten) Grundsatz der Allgemeinheit der Besteuerung auch gefolgert werden, dass alle Einwohner entsprechend ihrer finanziellen Leistungsfähigkeit einen - wenn auch unter Umständen bloss symbolischen - Beitrag an die staatlichen Lasten zu leisten hätten (<ref-ruling> E. 2b/cc S. 104; vgl. auch Urteile 2P.78/1995 vom 24. Mai 1996, in: StR 51/1996 S. 436, E. 3c, sowie 2P.223/1995 vom 22. Januar 1998 E. 3b).
2.5 Der Beschwerdeführer sieht das Grundrecht auf Existenzsicherung als verletzt, weil ihm vom insgesamt von den Sozialversicherungen ausgerichteten Gesamtbetrag von Fr. 127'455.-- lediglich Fr. 3'466.55 ausbezahlt worden seien und der Restbetrag mit den ihm von der Sozialhilfe erbrachten Leistungen verrechnet worden sei. Trotzdem sei ihm in der Steuerveranlagung der Gesamtbetrag als Einkommen angerechnet und zum Rentensatz besteuert worden.
2.5.1 Aufgrund der Ausführungen des Beschwerdeführers ergibt sich nicht, ob und gegebenenfalls in welchem Masse er das verfassungsmässige Recht auf Hilfe in Notlagen (<ref-law>) bereits dadurch als verletzt erachtet, dass die Leistungen der Sozialversicherungen grundsätzlich - anders als etwa Unterstützungen durch den Sozialdienst - der Besteuerung unterliegen. Bereits aus diesem Grunde ist auf die Frage nicht näher einzugehen. Abgesehen davon ergibt sich aufgrund der zwingenden Vorgaben des Bundesrechts - konkret aus den Regelungen des Steuerharmonisierungsgesetzes -, dass Leistungen aus Vorsorgeeinrichtungen, worunter auch Invalidenrenten aus der ersten (IVG) und der zweiten Säule (BVG) fallen, grundsätzlich vollumfänglich steuerbar sind (Art. 7 Abs. 1 StHG). Bezüglich der Einkünfte aus der ersten Säule hat der Gesetzgeber einzig in Art. 7 Abs. 4 lit. k StHG eine Ausnahme vorgesehen für die Einkünfte aufgrund der Bundesgesetzgebung über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen und Invalidenversicherung (vgl. zum Ganzen MARKUS REICH, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. 2002, N 60 ff. zu Art. 7 StHG). Der in Art. 7 Abs. 4 StHG enthaltene Katalog der steuerfreien Einkünfte ist abschliessend, wie sich bereits aus dem Wortlaut ergibt, wonach nur die dort aufgeführten Einkünfte steuerfrei sind. Harmonisierungsrechtlich wäre es den kantonalen Gesetzgebern daher untersagt, weitere Einkünfte als nicht steuerbar zu erklären (vgl. REICH, a.a.O., N 76 f. zu Art. 7 StHG, mit Hinweisen). Da sich diese Bestimmungen aus einem Bundesgesetz ergeben, hat sie das Bundesgericht anzuwenden (vgl. E. 2.3). Abgesehen davon vermag das Bundesgericht keine Verfassungswidrigkeit der genannten Bestimmungen zu erblicken. Es ist unter dem Aspekt der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit (vgl. <ref-law>) zweifellos richtig, dass die Versicherungsleistungen nicht von der Besteuerung ausgenommen sind. Systemwidrig ist vielmehr, dass Sozialhilfeleistungen gemäss Art. 7 Abs. 4 lit. f StHG von der Steuer befreit sind. Systemkonform wäre der Einbezug von Unterstützungsleistungen in die Bemessungsgrundlage, wobei dann der Bedürftigkeit des Einkommensempfängers hernach auf der tariflichen Ebene durch eine angemessene Freistellung des Existenzminimums Rechnung zu tragen wäre (vgl. Markus Reich, Steuerrecht, Zürich 2009, S. 309, N 236; ders., in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, N 96 zu Art. 7 StHG).
2.5.2 Den Ausführungen des Beschwerdeführers lässt sich entnehmen, dass er das Recht auf Hilfe in Notlagen als verletzt erachtet, weil ihm einerseits von dem durch die Sozialversicherungen ausgerichteten Gesamtbetrag lediglich ein kleiner Teil effektiv zur Verfügung stand, andererseits der Besteuerung jedoch der Gesamtbetrag zugrunde gelegt wurde.
Auch diesen Ausführungen kann nicht gefolgt werden. Gemäss Art. 9 Abs. 1 StHG werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgerechnet. Die allgemeinen Abzüge sind in Art. 9 Abs. 2 StHG abschliessend geregelt. Zum einen sind andere Abzüge als diejenigen, die in Art. 9 StHG vorgesehen sind, - mit Ausnahme von vorliegend nicht relevanten Kinderabzügen und anderen Sozialabzügen des kantonalen Rechts - nicht zulässig (Art. 9 Abs. 4 StHG). Zum anderen müssen die Kantone die in Art. 9 Abs. 2 StHG aufgezählten Abzüge auch tatsächlich gewähren (<ref-ruling> E. 4b S. 71). Mit den allgemeinen Abzügen wird effektiven Ausgaben, welche die Steuerpflichtigen getätigt haben, Rechnung getragen (REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, N 23 zu Art. 9 StHG).
Die von den Auszahlungen der Sozialversicherungen in Abzug gebrachten Leistungen an die Sozialhilfebehörden stellen offensichtlich keine Gewinnungskosten im Sinne von Art. 9 Abs. 1 StHG dar und können demnach nicht unter diesem Titel berücksichtigt werden. Sie fallen andererseits jedoch auch weder unter den Katalog der allgemeinen, abschliessend geregelten Abzüge nach Art. 9 Abs. 2 StHG, noch sind es allenfalls zulässige kantonale Sozialabzüge. Vielmehr handelt es sich bei diesem Abzug, wie von der Vorinstanz zu Recht festgestellt, um nicht abziehbare Aufwendungen für Schuldentilgung. Auch die Bestimmungen des Steuergesetzes des Kantons Bern, welche die zulässigen Abzüge regeln, sowie die explizite Bestimmung, wonach bei der Ermittlung des Reineinkommens die Aufwendungen für Schuldentilgung nicht in Abzug gebracht werden können (Art. 39 lit. c StG/BE), halten sich an die vom Steuerharmonisierungsgesetz vorgegebene Regelung. Daraus ergibt sich für den vorliegenden Fall die harmonisierungsrechtlich zwingende Vorgabe, dass der Steuerberechnung der Gesamtbetrag der Leistungen der Sozialversicherungen zugrunde gelegt werden muss, weshalb sie das Bundesgericht anzuwenden hat (vgl. E. 2.3). Abgesehen davon kann das Bundesgericht keine Verfassungswidrigkeit im Umstand erblicken, dass die Nichtberücksichtigung der Tilgung von Schulden bei der Bestimmung des steuerbaren Einkommens nicht berücksichtigt wird. Die Schuldentilgung führt nicht zu einem Reinvermögensabgang, sondern lediglich zu einer Vermögensumschichtung, indem in der Höhe des Mittelabflusses Verpflichtungen getilgt werden (vgl. Markus Reich, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. 2008, N 16 zu <ref-law>; Yves Noël, in: Yersin/Noël [Hrsg.], Impôt fédéral direct, Commentaire Romand, 2008, N 11 zu Art. 34 LIFD). Hat die Tilgung von Schulden zur Konsequenz, dass dem Steuerpflichtigen nicht mehr genügend (flüssige) Mittel zur Existenzsicherung und Bezahlung der geschuldeten Steuern zur Verfügung stehen, so bedeutet das daher nicht, dass die Besteuerung ursächlich ist für einen allfälligen Eingriff in das Existenzminimum. Vielmehr ist ein allfälliger solcher Eingriff Folge der - allenfalls falsch vorgenommenen - Mittelverwendung. Daraus ergibt sich, dass eine allfällige Korrektur nicht dadurch erfolgen kann, dass von der Besteuerung abgesehen wird, würde doch andernfalls der Fiskus zugunsten jedes anderen Gläubigers von vorneherein zurücktreten müssen. Fehlen zufolge Schuldentilgung die notwendigen (flüssigen) Mittel zur Existenzsicherung, so ist dem daher nicht durch deren Berücksichtigung bei der Bemessung des steuerbaren Einkommens Rechnung zu tragen, sondern mittels Gewährung eines Steuererlasses - soweit dies gesetzlich vorgesehen ist (vgl. Reich, Steuerrecht, § 5 N 88 ff.) - oder im Rahmen der betreibungsrechtlichen Sicherung des existenznotwendigen Bedarfs.
Da es vorliegend um die Frage geht, wie die Verrechnung der ausbezahlten Sozialleistungen mit der Rentennachzahlung steuerlich zu berücksichtigen ist, steht demnach auch nicht ein tarifliches Problem zur Diskussion. Es erübrigt sich daher vorliegend zu prüfen, ob allenfalls - entgegen <ref-ruling> - der kantonale Fiskus verpflichtet werden könnte, den Tarif so auszugestalten, dass dieser erst einsetzen dürfte, wenn das Existenzminimum gewährleistet ist.
2.6 Der Beschwerdeführer rügt im Weiteren, die unterschiedliche Besteuerung der Leistungen, je nachdem ob sie als Sozialhilfeleistungen entrichtet worden seien oder von den Sozialversicherungen stammten, verletze den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit, den Grundsatz der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie die Rechtsgleichheit. Es wurde bereits darauf hingewiesen, dass es unter dem Aspekt der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zweifellos richtig ist, dass die Versicherungsleistungen nicht von der Besteuerung ausgenommen sind. Der Beschwerdeführer führt bezüglich der Verletzung des Grundsatzes der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit u.a. aus, diesem könne eventuell auch so Rechnung getragen werden, dass der Sozialhilfebehörde eine Verrechnung nur nach Abzug der geschuldeten Steuern gestattet werde. Dieser Hinweis ist richtig: Wohl sieht das bernische Sozialhilfegesetz vom 11. Juni 2001 (SHG/BE; BSG 860.1) eine Rückerstattungspflicht für im Hinblick auf bevorstehende Versicherungsleistungen bezogene wirtschaftliche Hilfe vor, sobald diese Leistungen fällig werden, wobei der zuständige Sozialdienst auch gesetzlich ermächtigt wird, beim Versicherer die Auszahlung an ihn zu verlangen (Art. 40 Abs. 3 SHG/BE). Es erscheint indessen in einer solchen Konstellation geboten, dass bei einer Verrechnung der vereinnahmten Versicherungsleistungen mit Rückforderungsansprüchen aus erbrachter Sozialhilfe der Frage Rechnung getragen wird, welcher Teil von allfälligen Einkommenszuflüssen der betreffenden Person effektiv zur freien Verwendung verbleibt. Billigkeitsüberlegungen könnten in einem solchen Fall dafür sprechen, von einer Verrechnung des Bruttobetrages der Rentennachzahlung abzusehen und - unter Berücksichtigung der steuerlichen Belastung dieser Renten und den finanziellen Möglichkeiten des Betroffenen - von einer Rückerstattung zumindest partiell abzusehen (vgl. zur möglichen Befreiung von der Rückerstattungspflicht im bernischen Sozialhilferecht: Art. 43 Abs. 2 SHG/BE).
Darauf ist jedoch hier nicht weiter einzugehen und es ist auch nicht zu prüfen, ob und inwieweit die Sozialhilfebehörde auf die Rückforderung zurückkommen muss, nachdem vorliegend nicht die von ihr vorgenommene Verrechnung, sondern allein die steuerliche Behandlung der dem Beschwerdeführer zugesprochenen und rückwirkend geleisteten Invalidenrenten zur Beurteilung steht. Soweit der Beschwerdeführer in der Folge schliesst, falls abweichend von diesen Überlegungen eine vollumfängliche Verrechnung - ohne Berücksichtigung der Steuerlast - mit den (Vor-)Leistungen der Sozialhilfebehörden erfolge, sei dem bei der Besteuerung der Leistungen Rechnung zu tragen, kann ihm nicht gefolgt werden. Es kann diesbezüglich auf das bereits Ausgeführte verwiesen werden, wonach die steuerliche Behandlung der Auszahlung nicht zu beanstanden ist.
3. Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen.
Dem Verfahrensausgang entsprechend wären grundsätzlich die Verfahrenskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (vgl. <ref-law>). Der Beschwerdeführer beantragt jedoch die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Das Bundesgericht befreit eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (<ref-law>). Wenn es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, bestellt das Bundesgericht der Partei einen Anwalt oder eine Anwältin. Der Anwalt oder die Anwältin hat Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus einer zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann (<ref-law>).
Die fehlenden Mittel des Beschwerdeführers sind offenkundig. Mit Blick darauf, dass sich das angefochtene Urteil ausführlich mit der vom Beschwerdeführer gerügten Verfassungswidrigkeit der vorgenommenen Besteuerung auseinandersetzte, musste der Beschwerdeführer sodann angesichts seiner teilweise nachvollziehbaren Rügen nicht davon ausgehen, seine Rechtsbegehren seien aussichtslos. Dem Beschwerdeführer werden daher keine Kosten auferlegt. Fürsprecher Gerhard Hauser-Schönbächler, Bern, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers im Verfahren bestellt, und es wird ihm aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 2'800.-- ausgerichtet. Der Beschwerdeführer wird auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Fürsprecher Gerhard Hauser-Schönbächler, Bern, wird für das bundesgerichtliche Verfahren als unentgeltlicher Rechtsanwalt eingesetzt und aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 2'800.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern (Verwaltungsrechtliche Abteilung) und der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Januar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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