Sachverhalt:
A. A._ mit Wohnsitz in Arbon züchtet gewerbsmässig Papageien. Mit Vertrag vom 30. Juni 2000 kaufte er von B._ mit Wohnsitz in Sorens sechs Mülleramazonen-Papageien zum Preis von Fr. 4'800.--. Diese Papageien waren beim Verkäufer während mehreren Monaten in Quarantäne. Nach ihrer Einstallung beim Käufer erkrankten und verstarben die sechs Papageien und in der Folge fast der gesamte weitere Zuchtbestand des Käufers. Mit Schreiben vom 2. August 2000 erklärte der Käufer die Wandelung des Kaufvertrages. Die Parteien liessen bezüglich der Erkrankung der Vögel mehrere Gutachten erstellen. Diese kamen zum Ergebnis, es sei wahrscheinlich, dass einer der vom Verkäufer gelieferten Papageien mit dem Pacheco-Virus infiziert gewesen sei und die Krankheit durch den Stress der Neueinstallung zum Ausbruch gekommen sei, worauf das Virus auf den gesamten Vogelbestand des Käufers übergegriffen habe. In der Folge verlangte der Käufer vom Verkäufer die Rückerstattung des Kaufpreises und den Ersatz des durch die Krankheit der gekauften Papageien verursachten Schadens. Der Verkäufer verweigerte die Zahlung, worauf der Käufer ihn mit Zahlungsbefehl Nr. 1._ des Betreibungsamtes Bulle vom 11. September 2003 über Fr. 2'000'000.-- nebst 5 % Zins seit 2. August 2000 betreiben liess. Der Verkäufer erhob keinen Rechtsvorschlag.
B. Am 5. November 2003 klagte der Verkäufer (nachstehend: Kläger) beim Bezirksgericht Arbon nach <ref-law> auf Feststellung, dass die vom Käufer (nachstehend: Beklagter) in Betreibung gesetzte Forderung von Fr. 2'000'000.-- nicht bestehe und verlangte die vorläufige Einstellung der Betreibung Nr. 1._ des Betreibungsamtes Bulle.
Das Bezirksgericht ging davon aus, der Kläger habe dem Beklagten auf Grund der Wandelung des Kaufvertrages den Kaufpreis von Fr. 4'800.-- zurückzuerstatten und gemäss <ref-law> die unmittelbar mit der Vertragsrückabwicklung und der Feststellung der Schadensursache angefallenen Kosten von insgesamt Fr. 2'175.10 zu ersetzen. Mangels eines Verschuldens habe der Kläger jedoch nicht für den Mangelfolgeschaden in der Form des Verlusts des restlichen Vogelbestandes aufzukommen. Mit Urteil vom 4. März/9. August 2004 stellte das Bezirksgericht demnach fest, die in Betreibung gesetzte Forderung bestehe nur im Betrag von Fr. 6'975.10 nebst 5 % Zins seit 2. August 2000.
Am 9. August 2004 wurde über den Kläger der Konkurs ausgesprochen. Auf Berufung des Beklagten hin hob das Obergericht des Kantons Thurgau, in Unkenntnis des Konkurses des Klägers, das erstinstanzliche Urteil am 10. Februar 2005 auf und wies die Klage im Wesentlichen ab, indem es feststellte, dass die in Betreibung gesetzte Forderung von Fr. 2'000'000.-- nebst 5 % Zins seit 2. August 2000 im Fr. 1'990'925.10 nebst 5 % Zins seit 2. August 2000 übersteigenden Betrag nicht bestehe. In diesem Umfang stellte das Obergericht die Betreibung Nr. 1._ des Betreibungsamtes Bulle ein.
C. Der Kläger erhob am 13. Mai 2005 eidgenössische Berufung mit den Anträgen, das Urteil des Obergerichts vom 10. Februar 2005 sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die in Betreibung gesetzte Forderung von Fr. 2'000'000.-- nebst 5 % Zins seit 2. August 2000 im Fr. 6'975.10 nebst Zins zu 5 % seit 2. August 2000 übersteigenden Betrag nicht bestehe, und die Betreibung Nr. 1._ des Betreibungsamtes Bulle sei in diesem Umfang einzustellen. Mit Antwort vom 11. Juli 2005 schloss der Beklagte auf Abweisung der Berufung.
Mit Schreiben vom 29. Juli 2005 teilte das Kantonale Konkursamt des Kantons Freiburg dem Bundesgericht mit, der Gerichtspräsident des Greyerzbezirks habe mit Urteil vom 9. August 2004 über den Kläger den Konkurs ausgesprochen und der Beklagte habe in diesem Konkurs am 11. März 2005 die in Betreibung gesetzte Forderung von Fr. 2'000'000.-- nebst Zins eingegeben. Nach der Einholung von Vernehmlassungen der Parteien zur Frage der Auswirkung des Konkurses des Klägers auf das Berufungsverfahren wurde dieses vom Bundesgericht mit Beschluss vom 18. November 2005 gemäss <ref-law> sistiert.
Mit Schreiben vom 4. August 2006 teilte das Kantonale Konkursamt des Kantons Freiburg dem Präsidenten der I. Zivilabteilung mit, der Konkurs des Klägers werde im summarischen Verfahren durchgeführt, der Kollokationsplan sei vom 30. Juni bis 20. Juli 2006 aufgelegt gewesen und die Konkursmasse wünsche, den Prozess an Stelle des Klägers weiterzuführen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Wurde ein Prozess gemäss <ref-law> sistiert, so kann er bei der Durchführung des Konkurses im summarischen Verfahren frühestens 20 Tage nach Auflegung des Kollokationsplanes wieder aufgenommen werden (<ref-law>). Diese Frist ist abgelaufen, weshalb dem Antrag der Konkursmasse auf Weiterführung des Berufungsverfahrens stattzugeben ist. Mit diesem Antrag hat die Konkursmasse die vom Kläger nach seinem Konkurs erhobene Berufung genehmigt (vgl. <ref-ruling> E. 3e S. 289).
1.2 Der angefochtene Entscheid ist berufungsfähig, da damit materiellrechtlich über die vom Beklagten geltend gemachte Forderung entschieden wurde, welche eine Zivilrechtsstreitigkeit mit einem Streitwert von über Fr. 8'000.-- betrifft. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Berufung ist daher grundsätzlich einzutreten. Zu beachten ist jedoch, dass die Betreibung Nr. 1._ des Betreibungsamtes Bulle, welche Anlass für die negative Feststellungsklage des Klägers bildete, mit seinem Konkurs gemäss <ref-law> dahingefallen und ein Wiederaufleben wegen Einstellung des Konkurses gemäss <ref-law> ausgeschlossen ist. Demnach ist die Berufung als gegenstandslos abzuschreiben, soweit damit die Einstellung der genannten Betreibung verlangt wird. Dennoch besteht weiterhin ein aktuelles Feststellungsinteresse, da die Konkursmasse mit dem Begehren um Fortführung des Prozesses zum Ausdruck brachte, dass sie die umstrittene Forderung des Beklagten nicht anerkennt und damit die von ihm verlangte Kollokation ablehnt.
2. 2.1 Das Obligationenrecht sieht bei vollständiger Entwehrung und der Wandelung eine verschuldensunabhängige Haftung des Verkäufers für den durch die Entwehrung bzw. durch die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursachten Schaden vor (<ref-law> und <ref-law>). In beiden Fällen ist der Verkäufer verpflichtet, den weiteren Schaden zu ersetzen, sofern er nicht beweist, dass ihm keinerlei Verschulden zur Last falle (<ref-law> und <ref-law>). Das Bundesgericht hat in einem Entscheid aus dem Jahre 1953 dem Sinne nach ausgeführt, die kausale Haftung gemäss Art. 195 Abs. 1 und <ref-law> sei als Ausnahme von der allgemeinen verschuldensabhängigen vertraglichen Haftung des Schuldners einschränkend auszulegen. Gerechtfertigt sei, dass der Verkäufer auch ohne Verschulden den eingetretenen Schaden (damnum emergens) zu ersetzen habe. Jedoch könne der Käufer nicht mehr als das negative Vertragsinteresse verlangen. Es wäre übertrieben, ihm gestützt auf Art. 195 Abs. 1 und <ref-law> einen Anspruch auf den entgangenen Gewinn einzuräumen (BGE 79 II 376 E. 3 S. 380 f.).
In Übereinstimmung mit diesem Entscheid nimmt ein Teil der Lehre an, der unmittelbare Schaden erfasse nur das negative Vertragsinteresse bzw. den eingetretenen Schaden (Giger, Berner Kommentar, 2. Aufl., N. 38 zu <ref-law>; Guhl/Koller, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl., S. 388 Rz. 40; Pierre Engel, Contrats de droit suisse, 2. Aufl. S. 43; Pierre Cavin, Kauf, Tausch und Schenkung, SPR, VII/1, S. 101; vgl. auch Oser/Schönenberger, Zürcher Kommentar, 2. Aufl., N. 7 f. zu <ref-law> und N. 5 zu <ref-law>; Peter Baldi, Über die Gewährleistungspflicht des Verkäufers von Aktien, insbesondere beim Verkauf aller Aktien einer Gesellschaft, Diss. Zürich 1975, S. 54). Die Mehrheit der Lehre vertritt dagegen die Meinung, bezüglich der Unterscheidung zwischen unmittelbarem und mittelbarem Schaden sei auf die Nähe bzw. die Intensität des Kausalzusammenhangs zwischen der Schadensursache und dem eingetretenen Schaden abzustellen. Ein unmittelbarer Schaden liege demnach vor, wenn er ohne Hinzutreten weiterer Schadensursachen in direkter Folge der fehlerhaften Lieferung entstanden sei. Dagegen werde mittelbarer Schaden durch zusätzliche Teilursachen verursacht, so dass er als entfernte Folge der Lieferung mangelhafter Ware erscheine (Schönle/Higi, Zürcher Kommentar, 3. Aufl., N. 67 f. und N. 78 zu <ref-law>; Keller/Siehr, Kaufrecht, 3. Aufl., S. 63 und 90; Silvio Venturi, Commentaire Romand, N. 11 zu <ref-law>; Eugen Bucher, Obligationenrecht Besonderer Teil, 3. Aufl., S. 104 f.; Guhl/Merz/Kummer, Das Schweizerische Obligationenrecht, 7. Aufl., S. 61; Herbert Schönle, Remarques sur la responsabilité causale du vendeur selon les Art. 195 al. 1 et 208 al. 2 C.O., SJ 1977, S. 465 ff., S. 484; Willi Fischer, Der unmittelbare und der mittelbare Schaden im Kaufrecht, eine dogmatische Untersuchung unter besonderer Berücksichtigung der Entstehungsgeschichte sowie der Funktion der Gewährleistungsinstitute, Diss. Zürich 1984, S. 286 ff.; Guy Stanislas, Le droit de résolution dans le contrat de vente, Sanction de l'inexécution des obligations contractuelles, Diss. Genf 1979, S. 139; Franz Burki, Produktehaftpflicht nach schweizerischem und deutschem Recht, Diss. Bern 1975, S. 34; Rolf Furrer, Beitrag zur Lehre der Gewährleistung im Vertragsrecht, Diss. Zürich 1973, S. 27 und 68; Markus Neuenschwander, Die Schlechterfüllung im schweizerischen Vertragsrecht, Diss. Bern 1970, S. 79 f.; Alfred Schubiger, Verhältnis der Sachgewährleistung zu den Folgen der Nichterfüllung oder nicht gehörigen Erfüllung OR 197 ff. - OR 97 ff., Diss. Bern 1957, S. 76 f.; vgl. ferner August Simonius, Über den Ersatz des "aus dem Dahinfallen des Vertrages" erwachsenen Schadens, ZSR 37/1918 S. 225 ff. S. 265 f.).
Auch Honsell geht davon aus, die Abgrenzung zwischen unmittelbarem und weiterem Schaden in <ref-law> beziehe sich auf die Länge der Kausalkette. Er erachtet diese Abgrenzung jedoch als "unbrauchbar", da man nicht angeben könne, wo die Grenze im Einzelnen zu ziehen sei. Die Einschränkung auf die Schäden, die ohne weitere Schadensursachen in direkter Folge der Mangelhaftigkeit entstanden sind, sei "wertlos", weil die meisten Mangelfolgeschäden nichts weiter voraussetzten als den späteren Gebrauch der Sache durch den Käufer oder einen Dritten. Trotzdem könne man Mangelfolgeschäden unter den weiteren Schaden im Sinne des Abs. 3 subsumieren, denn die Kausalkette sei relativ lang. Für diese Subsumtion spreche auch die Verwandtschaft der Fälle zur so genannten positiven Vertragsverletzung nach <ref-law>, die ebenfalls Verschulden voraussetzten. So würden auch im Mietrecht Mangelfolgeschäden nur bei Verschulden ersetzt, weshalb für den Kauf nichts anderes gelten sollte. Auch das Produktehaftpflichtgesetz sehe eine verschuldensunabhängige Haftung nur für den Hersteller und Importeur vor. Es wäre ungereimt, den Verkäufer, der nicht selbst hergestellt hat und den auch sonst kein Verschulden trifft, für Mangelfolgeschäden kausal haften zu lassen (Heinrich Honsell, Obligationenrecht Besonderer Teil, 8. Aufl., S. 106 ff.; derselbe, Basler Kommentar, 3. Aufl., N. 8 f. zu <ref-law>). Von Büren vertritt die Meinung, bei einem durch ein defektes Automobil bewirkten Erwerbsausfall, Unfall oder entgangenem Weiterverkaufsgewinn brauche die Kausalität keine langen Wege zu gehen, weshalb von unmittelbaren Schäden gesprochen werden könnte. Indessen seien solche Schädigungen nicht unmittelbar im Sinne von <ref-law>, weil für den Verkäufer eine kausale Haftung für Schäden solcher Art völlig unerträglich wäre. Gerechtfertigt sei eine kausale Haftung bloss für die Umtriebe, die der Käufer im Zusammenhang mit der Wandelung oder Minderung gehabt habe (Bruno von Büren, Obligationenrecht, Besonderer Teil, S. 41 f.).
2.2 Das Obergericht führte dem Sinne nach aus, der Beklagte habe beweisen können, dass zumindest eine der gekauften Mülleramazonen das Pacheco-Virus in sich getragen habe, das sich später auf den übrigen Vogelbestand des Beklagten übertragen habe. Die Lieferung des Klägers sei damit mit einem Mangel im Sinne von <ref-law> behaftet gewesen. Der Kläger habe zugestanden, dass nach einer Quarantäne beim Verkäufer eine weitere Quarantäne beim Käufer nicht nötig sei und er keine Kollegen kenne, die eine solche vorsehen würden. Dem Beklagten könne daher nicht als ein den adäquaten Kausalzusammenhang unterbrechendes Selbstverschulden angelastet werden, dass er die gekauften Papageien nicht nochmals in Quarantäne gesetzt habe. Demnach sei der Beklagte als Käufer berechtigt gewesen, die Wandelung bzw. Rückgängigmachung des Kaufvertrages zu verlangen. Der Verkäufer habe mithin gemäss <ref-law> den bezahlten Kaufpreis samt Zinsen zurückzuerstatten und überdies die Prozesskosten, die Verwendungen und den Schaden zu ersetzen, der dem Käufer durch die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursacht wurde. Gemäss <ref-law> sei der Verkäufer zudem verpflichtet, den weiteren Schaden zu ersetzen, sofern er nicht beweist, dass ihm keinerlei Verschulden zur Last falle. Da den Kläger unbestrittenermassen kein Verschulden treffe, habe er dem Beklagten lediglich den durch die Lieferung der mangelhaften Ware unmittelbar verursachten Schaden zu ersetzen. Die erste Instanz sei der insbesondere von Honsell vertretenen Meinung gefolgt, wonach Mangelfolgeschäden nicht als unmittelbare Schäden im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren seien, da von der Sachmängelhaftung abgesehen überall im Vertragsrecht für Schadenersatz wegen Nicht- oder Schlechterfüllung ein Verschulden gefordert werde. Diese Argumentation vermöge nicht zu überzeugen. Zwar sei dem Umstand, dass im übrigen Schuldrecht für die Haftung ein Verschulden vorausgesetzt werde, dadurch Rechnung zu tragen, dass der Begriff des unmittelbaren Schadens restriktiv ausgelegt werde. Dies dürfe aber nicht zur Folge haben, dass <ref-law> praktisch keine Anwendung mehr finde. Zur Abgrenzung sei auf die Länge der Kausalkette abzustellen. Schäden könnten daher nur als "unmittelbar" verursacht gelten, wenn sie ohne Hinzutreten weiterer Schadensursachen in direkter Folge der Mangelhaftigkeit entstanden seien. Dies treffe bei entgangenem Gewinn nicht zu, weil die Kausalkette hier zu lang sei. Dagegen seien als unmittelbare Folge des Mangels bzw. der Viren der gekauften Vögel beim Käufer ausgewachsene, junge und erst in befruchteten Eiern vorhandene Papageien gestorben, ohne dass noch weitere Ursachen hinzugetreten seien. Der Beklagte habe daher den entsprechenden Schaden zu ersetzen. Der Kläger anerkenne ausdrücklich, dass die verstorbenen ausgewachsenen Tiere einen Wert von Fr. 1'839'950.-- gehabt hätten. Dass die vom Virus befallenen Eier und Jungtiere einen Wert von Fr. 144'000.-- gehabt hätten, sei ausgewiesen und werde vom Kläger auch nicht substanziiert bestritten. Demnach habe der Kläger dem Beklagten zusätzlich zum bereits von der ersten Instanz zugesprochenen Betrag von Fr. 6'975.10 als Entschädigung für die verstorbenen ausgewachsenen Papageien Fr. 1'839'950.-- und für die befruchteten Eier und Jungtiere Fr. 144'000.-- zu bezahlen, was einen Gesamtbetrag von Fr. 1'990'925.10 ergebe.
2.3 Der Kläger rügte in der von der Konkursmasse genehmigten Berufung, das Obergericht habe Mangelfolgeschäden zu Unrecht als unmittelbare Schäden im Sinne von <ref-law> qualifiziert. Zur Begründung führte der Kläger zusammengefasst aus, nach dem allgemeinen Sprachgebrauch sei nur ein an der Kaufsache selber entstandener Schaden als unmittelbarer Schaden zu qualifizieren. Mangelfolgeschäden könnten demgegenüber keinen ummittelbaren Schaden darstellen, weil sie mittelbar durch die Mangelhaftigkeit der Kaufsache verursacht würden. Alsdann sei zu beachten, dass das alte Obligationenrecht die vertragliche Haftung bei leichtem Verschulden grundsätzlich auf den unmittelbaren Schaden beschränkte. Bei der Revision des Obligationenrechts sei diese Beschränkung im allgemeinen Teil gestrichen worden, weil sie in vielen Fällen zu spitzfindigen und willkürlichen Entscheiden geführt habe. Gleichwohl habe der Gesetzgeber diese Beschränkung für die Bestimmung der Schadenersatzpflicht des Verkäufers beibehalten. Für diese unterschiedliche Vorgehensweise lasse sich in den Materialien keine Erklärung finden. Jedoch sei der Wille des Gesetzgebers zu berücksichtigen, willkürliche Abgrenzungen von unmittelbarem und mittelbarem Schaden zu vermeiden, weshalb <ref-law> eng auszulegen sei. Den Fall des kranken Tieres, das den Tierbestand des Käufers anstecke, habe schon das römisch-gemeine Recht gekannt. Die Haftung sei freilich auf die Fälle der Arglist oder Zusicherung seitens des Verkäufers beschränkt gewesen. Diese Regelung sei in Deutschland zunächst übernommen worden. Dass der schweizerische Gesetzgeber eine weitergehende Kausalhaftung für Mangelfolgeschäden habe einführen wollen, könne nicht angenommen werden. In systematischer Hinsicht sei zu beachten, dass Mangelfolgeschäden bei anderen Verträgen über Sachleistungen nur bei Verschulden ersetzt werden müssten. Dies zeige, dass eine auf den Kaufvertrag beschränkte verschuldensunabhängige Haftung für Mangelfolgeschäden gemäss der zutreffenden Meinung von Honsell systemwidrig wäre. Zudem gehe von Büren zutreffend davon aus, der Gesetzgeber habe mit der Haftung gemäss <ref-law> bezweckt, die Wirksamkeit der verschuldensunabhängigen Wandelung zu gewährleisten. Dies habe vorausgesetzt, dass dem Käufer die Umtriebe, die er im Zusammenhang mit der Wandelung gehabt habe, ebenfalls verschuldensunabhängig zu ersetzen seien. Dazu gehörten die Ablade- und Lagerkosten, nicht jedoch die Mangelfolgeschäden. Rechtsvergleichend sei zu beachten, dass sowohl in Deutschland als auch in Österreich eine Haftung für Mangelfolgeschäden nur bei Verschulden des Verkäufers vorgesehen sei. Alle Auslegungselemente würden damit zum Schluss führen, dass Mangelfolgeschäden nicht als "unmittelbare" Schäden im Sinne von <ref-law> qualifiziert werden könnten.
2.4 Die Auslegung des Gesetzes ist auf die Regelungsabsicht des Gesetzgebers und die von ihm erkennbar getroffenen Wertentscheidungen auszurichten (<ref-ruling> E. 3b S. 41). Ausgangspunkt der Auslegung einer Norm bildet ihr Wortlaut. Vom daraus abgeleiteten Sinne ist jedoch abzuweichen, wenn triftige Gründe dafür bestehen, dass der Gesetzgeber diesen nicht gewollt haben kann. Solche Gründe können sich insbesondere aus der Entstehungsgeschichte der Norm, aus ihrem Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben. Insoweit wird vom historischen, teleologischen und systematischen Auslegungselement gesprochen. Bei der Auslegung einer Norm sind daher neben dem Wortlaut diese herkömmlichen Auslegungselemente zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4 S. 82; <ref-ruling> E. 4.2 S. 71; <ref-ruling> E. 2b, mit Hinweisen). Ergibt die Auslegung eines Bundesgesetzes auf eine Rechtsfrage eine eindeutige Antwort, so ist diese gemäss <ref-law> für das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden massgebend. Diese dürfen daher nicht mit der Begründung von Bundesrecht abweichen, es sei verfassungswidrig oder entspreche nicht dem (künftig) wünschbaren Recht (BGE <ref-ruling> E. 4.2 S. 71 f.; <ref-ruling> E. 5.4 S. 263, je mit Hinweisen). Eine Abweichung von einer Gesetzesnorm ist jedoch zulässig, wenn der Gesetzgeber sich offenkundig über gewisse Tatsachen geirrt hat oder sich die Verhältnisse seit Erlass des Gesetzes in einem solchen Masse gewandelt haben, dass die Anwendung einer Vorschrift rechtsmissbräuchlich wird (<ref-ruling> E. 5 S. 404 f.; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 448; <ref-ruling> E. 2g S. 61).
2.5 <ref-law> bestimmt:
"1 Wird der Kauf rückgängig gemacht, so muss der Käufer die Sache nebst dem inzwischen bezogenen Nutzen dem Verkäufer zurückgeben.
2 Der Verkäufer hat den gezahlten Kaufpreis samt Zinsen zurückzuerstatten und überdies, entsprechend den Vorschriften über die vollständige Entwehrung, die Prozesskosten, die Verwendungen und den Schaden zu ersetzen, der dem Käufer durch die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursacht worden ist.
3 Der Verkäufer ist verpflichtet, den weiteren Schaden zu ersetzen, sofern er nicht beweist, dass ihm keinerlei Verschulden zur Last falle."
<ref-law> lautet in der französischen und italienischen Version:
"Le vendeur doit restituer à l'acheteur le prix payé, avec intérêts, et, comme en matière d'éviction totale, le frais de procès et les impenses; il indemnise, en outre, l'acheteur du dommage résultant directement de la livraison de marchandise défectueuse."
"Il venditore deve restituire il prezzo pagato con gli interessi e risarcire inoltre, in conformità alle disposizioni sull'evizione totale, le spese di causa, i disborsi ed i danni direttamente cagionati al compratore con la consegna della merce difettosa."
2.5.1 <ref-law> geht von Schäden aus, welche dem Käufer durch die Lieferung fehlerhafter Ware verursacht wurden. Darunter fallen vom Wortlaut her auch durch die Fehler- bzw. Mangelhaftigkeit der Ware hervorgerufene Schäden. Betreffen diese nicht die Sache selbst, sondern andere Rechtsgüter des Käufers, so wird von Mangelfolgeschäden gesprochen (Honsell, Basler Kommentar, 3. Aufl., N. 9 zu <ref-law>; Rolf Doerig, Ersatz sogenannter "Mangelfolgeschäden" aus Kaufvertrag [<ref-law>], Diss. Zürich 1985, S. 92 ff.). Ob solche Schäden als unmittelbare oder mittelbare Schäden zu qualifizieren sind, hängt davon ab, wie diese Unterscheidung verstanden wird. Nach dem allgemeinen Sprachgebrauch bedeutet der Begriff "unmittelbar", ohne räumlichen oder zeitlichen Abstand, ohne vermittelndes Glied (vgl. Duden, Das Bedeutungswörterbuch, 3. Aufl.; Mannheim 2002, S. 944, Wahrig, Deutsches Wörterbuch, Hrsg.: Renate Wahrig-Burfeind, Gütersloh 1996, S. 1631) bzw. "directement", en ligne directe, sans détour, sans intermédiaire (Grand Dictionnaire Encyclopédique Larousse, Bd. 3, Paris 1982, S. 3278). Entsprechend geht die Lehre allgemein davon aus, die Unterscheidung zwischen unmittelbarem und mittelbarem Schaden beziehe sich auf die Länge bzw. die "Intensität" der Kausalkette. Der unmittelbare Schaden sei innerhalb der Kausalkette direkte Folge des schädigenden Ereignisses, während mittelbarer Schaden erst durch das Hinzutreten weiterer Schadensursachen bewirkt werde (Anton K. Schnyder, Basler Kommentar, 3. Aufl., N. 7 zu <ref-law>; Heinz Rey, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 2. Aufl., S. 75 Rz. 334; Heinrich Honsell, Schweizerisches Haftpflichtrecht, 4. Aufl. S. 11 Rz. 44; Franz Werro, La responsabilité civile, S. 31 f. Rz. 106 ff.; Max Keller/Carole Schmied-Syz, Haftpflichtrecht, 5. Aufl., S. 16; vgl. auch BGE 12 S. 165 E. 6 S. 171 und die Hinweise unter E. 2.1). Demnach ist gemäss dem Wortlaut von <ref-law> davon auszugehen, die Haftung des Verkäufers für die dem Käufer durch die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursachten Schäden erfasse auch durch Mängel der Ware hervorgerufene Schäden, soweit sie innerhalb der Kausalkette als direkte Folge des Mangels erscheinen.
2.5.2 Bezüglich der Entstehungsgeschichte von Art. 208 Abs. 2 und 3 OR ist zu beachten, dass die Unterscheidung zwischen unmittelbarem und mittelbarem bzw. direktem und indirektem Schaden bereits im gemeinen Recht vorgenommen wurde (Giger, Berner Kommentar, N. 24 zu <ref-law>; Doerig, a.a.O., S. 20 ff.). Als Beispiel eines direkten Schadens nannte Pothier (1699-1772), dass ein Bauer eine kranke Kuh erwirbt und seine weiteren Tiere zu Folge der Übertragung der Krankheit eingehen; eine weiter entfernte und indirektere Folge (une suite plus éloignée et plus indirecte) liege dagegen vor, wenn der Bauer auf Grund der Erkrankung seiner (Zug-)Ochsen seine Felder nicht bearbeiten und er in der Folge seine Schulden nicht mehr bezahlen könne (Robert-Joseph Pothier, Traité des Obligations, Rz. 166 f., abgedruckt in: Oeuvres de Pothier, Hrsg. M. Siffrein, Paris 1821, Bd. 1 S. 189 f.). In Anlehnung an die Doktrin des gemeinen Rechts begrenzte der französische Code Civil von 1804 die vertragliche Haftung des Schuldners bei Nichterfüllung des Vertrages in Art. 1150 auf den Schaden, der zur Zeit des Vertragsschlusses vorausgesehen wurde oder vorauszusehen war, soweit der Schuldner den Vertrag nicht vorsätzlich (par son dol) nicht erfüllte. Auch bei vorsätzlicher Nichterfüllung hat der Schuldner gemäss Art. 1151 CCfr. den Schaden nur zu ersetzen, soweit dieser eine unmittelbare und direkte Folge (une suite immédiate et directe) der Nichterfüllung ist. In der französischen Lehre wird zur Abgrenzung der Unmittelbarkeit zum Teil auf Pothier verwiesen (Jean Carbonnier, Droit civil, 4. Les Obligations, Paris 15. Aufl. 1991, S. 291 Rz. 157; Henri Motulsky, Die Zurechenbarkeit des Kausalzusammenhangs im französischen Schadenersatzrecht, RabelsZ 25/1960, S. 242 ff., S. 248). Auch das von Bluntschli verfasste Privatrechtliche Gesetzbuch für den Kanton Zürich von 1855 (PGB) stellte auf die Unterscheidung zwischen unmittelbarem und mittelbarem Schaden ab. Gemäss § 1004 PGB haftete der Schuldner in Fällen der leichten Fahrlässigkeit nur für das unmittelbare, nicht aber auch für das mittelbare Interesse, das in § 997 PGB als Schaden definiert wurde, welcher nur in Verbindung mit anderweitigen Umständen den Gläubiger betroffen hat. Bluntschli umschrieb das mittelbare Interesse als den Schaden, der "um des Zusammenhangs willen, in dem die Sache zu anderen vermögensrechtlichen Verhältnissen des Gläubigers steht, diesen betroffen hat" und nannte als Beispiel den entgangenen Gewinn (Johann C. Bluntschli, Privatrechtliches Gesetzbuch für den Kanton Zürich, Zürich 1855 Bd. 3, S. 67). Das alte Obligationenrecht von 1881 (aOR) beschränkte in Anlehnung an § 1004 PGB und Art. 1150 f. CCfr. die allgemeine vertragliche Schadenersatzpflicht bei leichtem Verschulden auf den Schaden, der bei Eingehung des Vertrages als unmittelbare Folge der Nichterfüllung oder der nicht gehörigen Erfüllung des Vertrages vorhergesehen werden konnte (Art. 110 und Art. 116 Abs. 1 aOR). Für Schaden in weiterem Umfang war nur bei schwerem Verschulden und nach richterlichem Ermessen Ersatz zu leisten (Art. 116 Abs. 3 aOR). Bei vollständiger Entwehrung oder Wandelung sah das alte Obligationenrecht bezüglich des dem Käufer durch die Entwehrung bzw. die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursachten Schadens eine Kausalhaftung vor (Art. 241 Abs. 1 Ziff. 4 und Art. 253 aOR). Bei Verschulden des Verkäufers war dieser verpflichtet, auch weiteren Schaden zu vergüten (Art. 241 Abs. 2 und Art. 253 aOR mit Verweis auf Art. 241 aOR). Die Mehrheit der Doktrin zum alten Obligationenrecht stellte bezüglich der Unterscheidung zwischen unmittelbarem und mittelbarem Schaden auf die Intensität des Kausalzusammenhangs ab und nahm an, entgangener Gewinn gehöre zum mittelbaren Schaden (vgl. Fischer, a.a.O., S. 168 f. und S. 171 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat den entgangenen Gewinn zunächst ebenfalls als mittelbaren Schaden qualifiziert (BGE 14 S. 654 E. 2 S. 656). In späteren Entscheiden nahm es jedoch unter Einbezug von Art. 116 aOR an, entgangener Gewinn könne unmittelbarer Schaden sein, wenn voraussehbar sei, dass das Interesse des Käufers sich auf einen durch Weiterverkauf der Ware erstrebten Gewinn erstrecke (BGE 23 II 1092 E. 4 S. 1100 f.; 24 II 62 E. 10 S. 70 f.; vgl. auch BGE 26 II 739 E. 8 S. 749 f.). Hinsichtlich der geplanten Revision des alten Obligationenrechts schlug Burckhardt vor, die Regelung der allgemeinen Vertragshaftung an die ausservertragliche Haftung anzupassen und daher auf die Unterscheidung zwischen unmittelbarem und mittelbarem Schaden zu verzichten, zumal sich die Praxis insoweit mit verschwimmenden Massstäben "abgequält" habe (C. Chr. Burckhardt, Die Revision des Schweizerischen Obligationenrechts in Hinsicht auf das Schadenersatzrecht, ZSR 22/1903, S. 469 ff., S. 500). In der Folge hat der Gesetzgeber bei der Revision des Obligationenrechts von 1911 darauf verzichtet, die allgemeine vertragliche Haftung in <ref-law> auf den unmittelbaren Schaden zu begrenzen (vgl. Schönle/Higi, a.a.O., N. 72 zu <ref-law>; Schubiger, a.a.O., S. 66 f.). Dagegen hat der Gesetzgeber diese Haftungsbegrenzung bei der kausalen Haftung des Verkäufers bei vollständiger Entwehrung und Wandelung in Art. 195 Abs. 1 Ziff. 4 und <ref-law> beibehalten. Damit hat der Gesetzgeber zum einen zum Ausdruck gebracht, dass er bei der Wandelung an der verschuldensunabhängigen Haftung des Verkäufers für den unmittelbar durch die Lieferung fehlerhafter Ware hervorgerufenen Schaden festhielt und insoweit keine Anpassung an Rechte anderer Staaten gewollt war, welche keine solche Haftung kannten. Zum anderen hat er gezeigt, dass er die verschuldensunabhängige Haftung des Verkäufers weiterhin auf unmittelbar verursachte Schäden begrenzen und in diesem Rahmen die vom alten Recht her bekannten Abgrenzungsschwierigkeiten in Kauf nehmen wollte. Dafür, dass der Gesetzgeber der Unterscheidung zwischen unmittelbarem und mittelbarem Schaden eine gegenüber dem alten Recht geänderte Bedeutung geben wollte, bestehen keine Anhaltspunkte. Demnach bestätigt das historische Auslegungselement, dass bezüglich dieser Unterscheidung gemäss der gemeinrechtlichen Tradition auf die Länge des Kausalzusammenhangs zwischen Schadensursache und Schaden abzustellen ist.
Die Regelung des Kaufrechts wurde seit 1911 nicht revidiert. Eine Anpassung an die seitherige internationale Rechtsentwicklung ist daher nicht erfolgt.
2.5.3 In systematischer Hinsicht ist zu beachten, dass der Käufer bei der Wandelung die Sache nebst dem inzwischen bezogenen Nutzen dem Verkäufer zurückgeben muss und dieser den gezahlten Kaufpreis samt Zinsen zurückzuerstatten hat (Art. 208 Abs. 1 und 2 OR). Demnach trifft der so genannte Mangelschaden, d.h. die durch den Mangel bewirkte Wertverminderung der gelieferten Sache, bei der Wandelung den Verkäufer und nicht den Käufer (Honsell, Schweizerisches Obligationenrecht Besonderer Teil, 8. Aufl., S. 104 f.). Entgegen der Annahme des Klägers kann sich daher der in <ref-law> genannte unmittelbare Schaden des Käufers nicht auf den Mangelschaden beziehen.
Weiter fällt in Betracht, dass die kausale Haftung des Verkäufers für den durch die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursachten Schaden in <ref-law> nach der im gleichen Absatz geregelten Verpflichtung des Verkäufers zum Ersatz der Prozesskosten und der Verwendungen entsprechend den Vorschriften über die vollständige Entwehrung genannt wird. Aus diesem Zusammenhang könnte geschlossen werden, der Gesetzgeber habe - da bei der Entwehrung die Kaufsache keinen Mangel aufweist - mit dem durch die Lieferung fehlerhafter Ware verursachten Schaden nicht die durch die Mängel verursachten Schäden, sondern nur die mit der Rückgabe der Ware verbundenen Unkosten gemeint. Indessen stellt die nebenordnende Konjunktion "und" bzw. "en outre" klar, dass der Schadenersatz für den durch die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursachten Schaden zusätzlich zum Ersatz der Prozesskosten und den Verwendungen geschuldet ist. Dies entspricht auch der inhaltlich übernommenen Regelung in Art. 253 aOR. Danach war der Verkäufer bei der Wandelung verpflichtet, den gezahlten Kaufpreis samt Zinsen zurückzuerstatten und überdies dem Käufer den Schaden zu ersetzen, welcher demselben durch die Lieferung fehlerhafter Ware unmittelbar verursacht worden ist. Erst anschliessend sah Art. 253 aOR vor, dass im Übrigen die Bestimmungen des Art. 241 (bezüglich des Kostenersatzes bei der vollständigen Entwehrung) entsprechende Anwendung finden. Demnach kann aus der Haftung für die Prozesskosten und die Verwendungen gemäss den Vorschriften über die vollständige Entwehrung nicht geschlossen werden, die Haftung für den durch die Lieferung fehlerhafter Ware verursachten Schaden erfasse nur die mit der Rückabwicklung des Kaufvertrages verbundenen Kosten des Käufers.
2.5.4 Nach dem Gesagten ergeben sich weder aus der Entstehungsgeschichte noch dem systematischen Zusammenhang triftige Gründe dafür, dass der Gesetzgeber den aus dem Wortlaut von <ref-law> abzuleitenden Sinn nicht gewollt habe. Demnach sieht diese Bestimmung für den dem Käufer durch die Lieferung fehlerhafter Ware verursachten Schaden eine verschuldensunabhängige Haftung vor, wobei bezüglich der Beschränkung auf den unmittelbar verursachten Schaden auf die Länge der Kausalkette zwischen der Lieferung fehler- bzw. mangelhafter Ware und dem eingetretenen Schaden abzustellen ist (vgl. E. 2.5.1 hiervor).
Daran vermag nichts zu ändern, dass in der Lehre geltend gemacht wird, die kausale Haftung für Mangelfolgeschäden gemäss <ref-law> stelle auch bei der Beschränkung auf die unmittelbare Verursachung im Vergleich zur allgemeinen verschuldensabhängigen Vertragshaftung und zur Schadenersatzpflicht bei anderen Verträgen über Sachleistungen eine systemwidrige, sachlich nicht gerechtfertigte Ausnahmeregelung dar (vgl. die Hinweise in E. 2.1; Bucher, a.a.O., S. 104 f.; Fischer, a.a.O., S. 287, vgl. ferner Schönle, a.a.O., S. 485 f.). Ob diese rechtspolitische Kritik berechtigt ist, haben gemäss dem Prinzip der Gewaltenteilung die gesetzgebenden und nicht die rechtsanwendenden Behörden zu entscheiden (vgl. E. 2.4 hiervor). Dass ein Abweichen von <ref-law> ausnahmsweise zulässig sei, weil der Gesetzgeber beim Erlass dieser Bestimmung einem offensichtlichen Versehen erlegen oder ihre Anwendung auf Grund veränderter Umstände als rechtsmissbräuchlich zu qualifizieren sei, macht der Kläger nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
2.6 Zusammenfassend ergibt sich, dass das Obergericht kein Bundesrecht verletzte, wenn es davon ausging, <ref-law> erfasse auch dem Käufer durch die Mängel der gelieferten Sache unmittelbar verursachte Schäden.
3. 3.1 Der Kläger macht für den Fall, dass das Bundesgericht Mangelfolgeschäden nicht grundsätzlich vom Anwendungsbereich von <ref-law> ausschliesst, geltend, dass die Einstallung der gekauften Papageien und die dadurch verursachte Stresssituation zum Ausbruch der Krankheit geführt habe. Der Schaden an der Zucht des Beklagten sei daher nicht ohne Hinzutreten weiterer Schadensursachen in direkter Folge der Mangelhaftigkeit entstanden. Vielmehr sei die Kausalkette lang, weshalb der Mangelfolgeschaden nicht mehr als "unmittelbar" im Sinne von <ref-law> qualifiziert werden könne.
3.2 Gemäss der vorstehenden Erwägung liegt im Sinne von <ref-law> ein unmittelbarer Schaden vor, der innerhalb der Kausalkette direkt durch die Lieferung fehlerhafter Ware und nicht erst durch das Hinzutreten weiterer Schadensursachen verursacht wurde. Wo im Einzelfall die Abgrenzung vorzunehmen ist, beurteilt sich nach richterlichem Ermessen (Schönle/Higi, a.a.O., N. 70 f. zu <ref-law>; vgl. auch Honsell, Basler Kommentar, 3. Aufl., N. 8 zu <ref-law>). Ermessensentscheide prüft das Bundesgericht grundsätzlich frei, es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig erweisen (<ref-ruling> E. 2.2.5 S. 121; <ref-ruling> E. 4.1 S. 32, je mit Hinweisen).
Als Beispiel eines unmittelbaren Schadens wird in der Lehre unter Verweis auf Pothier der Verlust des Viehbestands des Käufers zufolge der Übertragung einer Krankheit der gekauften Kuh angeführt (von Tuhr/Peter, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, 3. Aufl. 1. Bd., S. 89 Fn. 10; vgl. auch Hans-Peter Katz, Sachmängel beim Kauf von Kunstgegenständen und Antiquitäten, Diss. Zürich 1973, S. 75, der die Übertragung von Holzwürmern von der gekauften Antiquität auf andere Objekte des Käufers als direkten Schaden qualifiziert). Weiter wird in der Lehre ein unmittelbarer Schaden angenommen, wenn die Mangelhaftigkeit einer Geschirrspülmaschine dazu führt, dass Wasser ausläuft und den Boden des Käufers beschädigt. Dagegen erscheine als Folge einer hinzutretenden Schadensursache, wenn das auslaufende Wasser in elektrische Installationen eindringe und hierdurch einen Kurzschluss mit Brand bewirke (Keller/Siehr, a.a.O., S. 90). Diese Beispiele zeigen, dass ein Mangelfolgeschaden nicht bereits deshalb als entfernte Folge eines Mangels zu qualifizieren ist, weil sich dieser erst beim normalen Gebrauch der Sache im Rahmen des üblichen oder vereinbarten Verwendungszwecks schädigend auswirkte (Schönle, a.a.O., S. 484).
3.3 Im vorliegenden Fall hat sich die Krankheit der gekauften Papageien direkt auf den Vogelbestand des Käufers übertragen, weshalb insoweit ein unmittelbarer Kausalzusammenhang vorliegt. Daran vermag nichts zu ändern, dass die Übertragung erst durch die Einstallung und den damit verbundenen Stress möglich wurde, zumal die neue Einstallung zwingend mit dem Verkauf verbunden war und damit zur üblichen Verwendung gehörte, welche nicht als selbständige hinzutretende Schadensursache zu betrachten ist. Demnach hat das Obergericht das ihm bei der Beurteilung der Unmittelbarkeit der Schadensverursachung zustehende Ermessen nicht überschritten, wenn es annahm, der Verlust des Vogelbestandes des Beklagten sei als unmittelbarer Schaden zu qualifizieren.
4. Nach dem Gesagten ist die Berufung abzuweisen, soweit sie nicht gegenstandslos geworden ist (vgl. E. 1.2 hiervor). Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und 159 Abs. 2 OG). Bei der Bemessung der Parteientschädigung wird die Mehrwertsteuer im Rahmen des geltenden Tarifs pauschal berücksichtigt (Urteil 2P.69/1996 E. 2, SJ 1996, S. 275).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird als gegenstandslos abgeschrieben, soweit damit die Aufhebung der Betreibung Nr. 1._ des Betreibungsamtes Bulle im Fr. 6'975.10 nebst Zins zu 5 % seit 2. August 2000 übersteigenden Betrag verlangt wird. Im Übrigen wird die Berufung abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 16'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 18'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: