Erwägungen:
1. Das Kantonale Steueramt Zürich nahm am 30. September 2011 im zweiten Rechtsgang die Steuerausscheidung zwischen der Stadt A._, den Gemeinden B._, C._ und D._ sowie der Stadt E._ bezüglich den Reingewinn und das Eigenkapital der X._ AG für das Jahr 2000 nach den Vorgaben gemäss Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich vom 6. Mai 2010 vor. Ein Rekurs an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich blieb erfolglos (Entscheid vom 17. Februar 2012), und mit Urteil vom 12. Dezember 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die von der Stadt A._ gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde ab. Die Stadt A._ gelangte dagegen mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 28. Februar 2013 an das Bundesgericht.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen). Ist jedoch die Zulässigkeit eines Rechtsmittels zweifelhaft, beschlägt die der Beschwerde führenden Partei obliegende Begründungspflicht gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG grundsätzlich auch die Sachurteils- bzw. Eintretensvoraussetzungen (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.3 S. 48; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356, 400 E. 2 S. 404). Zu den Sachurteilsvoraussetzungen gehört die Frage der Beschwerdeberechtigung (Legitimation).
Gemäss Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wer durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat. Art. 89 Abs. 2 BGG erklärt ferner zur Beschwerde berechtigt Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt (lit. c); Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt (lit. d).
2.2 Die Beschwerdeführerin beruft sich (zu Recht) nicht auf Art. 89 Abs. 2 BGG. Hingegen soll sich ihre Legitimation aus Art. 89 Abs. 1 BGG ergeben. Sie macht geltend, ein Gemeinwesen sei zur Beschwerde befugt, wenn es durch den angefochtenen Akt in seinen hoheitlichen Befugnissen berührt werde und ein schutzwürdiges eigenes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids habe; durch die Festsetzung des Anteils an der einfachen Steuer sei sie direkt betroffen.
Gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel von Art. 89 Abs. 1 BGG dürfen Gemeinwesen nur restriktiv zur Beschwerdeerhebung zugelassen werden (<ref-ruling> E. 2.1.1 S. 509; für Näheres dasselbe Urteil E. 2 S. 508 ff.). Grosse Zweifel an der Legitimation der Beschwerdeführerin nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerdeführung betreffend die interkommunale Aufteilung der Steuerkompetenz in Bezug auf einen Steuerpflichtigen bestehen namentlich angesichts von <ref-ruling> (insbesondere E. 4 S. 278 ff.). Die Beschwerdeführerin genügt mit den wenigen allgemein gehaltenen Ausführungen zur Legitimation ihrer Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG offensichtlich nicht, um ihre Beschwerdeberechtigung und damit die Zulässigkeit der von ihr erhobenen Beschwerde in der vorliegenden Angelegenheit darzutun.
2.3 Damit ist nach Art. 108 Abs. 1 lit. a und b BGG mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2.4 Die Gerichtskosten (Art.65 BGG) sind entsprechend dem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin, um deren Vermögensinteresse es sich beim Rechtsstreit handelt, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz und Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. März 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller