Faits:
A. Un litige portant sur la réparation du dommage résultant du non-paiement de cotisations sociales par la société X._ SA opposait B._, A._ et C._, anciens administrateurs de la société, à la Caisse interprofessionnelle d'assurance-vieillesse et survivants de la Fédération romande des syndicats patronaux (aujourd'hui, la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes; ci-après: la caisse) devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève. A l'occasion d'une audience de comparution personnelle des parties tenue le 11 juin 2009, la caisse a accepté que B._ et A._ lui paient solidairement, pour solde de tout compte et de toute prétention en relation avec leur responsabilité comme administrateurs de X._ SA et au plus tard le 19 juin 2009, un montant de 6'000 fr. Après avoir disjoint la procédure dirigée par la caisse contre C._, le tribunal cantonal a, par jugement du 2 juillet 2009, ratifié les termes de l'accord ainsi passé entre la caisse, B._ et A._.
B. L'Office fédéral des assurances sociales interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il requiert l'annulation, en concluant au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle rende un nouveau jugement motivé.
La caisse s'est exprimée sur le déroulement de l'audience du 11 juin 2009, tandis que B._ et A._ s'en remettent à justice. De son côté, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève s'est déterminé par écriture du 7 septembre 2009.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, les litiges portant sur des prestations d'assurances sociales peuvent être réglés par transaction (al. 1). L'assureur est tenu de notifier la transaction sous la forme d'une décision sujette à recours (al. 2). Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie à la procédure d'opposition ainsi qu'à la procédure de recours (al. 3).
Dans un arrêt récent (<ref-ruling> consid. 1 p. 67 ss), le Tribunal fédéral a reconnu qu'une transaction est admissible sous l'empire de la LPGA dans le cadre d'une procédure judiciaire de recours relative - comme dans le cas particulier - à une créance en réparation du dommage au sens de l'<ref-law>.
2. 2.1 Dans l'arrêt précité, le Tribunal fédéral a précisé et développé sa jurisprudence relative au contrôle, par le juge appelé à se prononcer sur une transaction, de la conformité de la convention avec l'état de fait et la loi (voir par exemple, arrêt H 105/99 du 2 décembre 1999, in SVR 2000 AHV n° 23 p. 73). Il a ainsi jugé que la décision par laquelle le juge raye la cause du rôle à la suite d'une transaction judiciaire doit contenir à tout le moins une motivation sommaire qui explique en quoi la transaction est conforme à l'état de fait et de droit (<ref-ruling> consid. 2.1 à 2.6 p. 71 ss).
Ces exigences déduites du devoir de contrôle du juge et de son corrélat, le devoir de motivation de la décision tiré du droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 72), s'appliquent également - quoi qu'en dise la juridiction cantonale - lorsque le juge ne rend pas une décision de radiation du rôle, mais un jugement au fond qui a pour objet la ratification de la transaction et dont le dispositif reprend les termes de celle-ci afin de donner à la décision un caractère exécutoire (voir aussi le consid. 2.7 p. 73 de l'<ref-ruling>).
Ces exigences déduites du devoir de contrôle du juge et de son corrélat, le devoir de motivation de la décision tiré du droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 72), s'appliquent également - quoi qu'en dise la juridiction cantonale - lorsque le juge ne rend pas une décision de radiation du rôle, mais un jugement au fond qui a pour objet la ratification de la transaction et dont le dispositif reprend les termes de celle-ci afin de donner à la décision un caractère exécutoire (voir aussi le consid. 2.7 p. 73 de l'<ref-ruling>).
2.2 A l'instar du recourant, le Tribunal fédéral considère en l'espèce que le jugement entrepris ne satisfait pas aux exigences de motivation précitées. En effet, dans son prononcé du 2 juillet 2009, le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales se réfère simplement aux différentes étapes de la procédure et constate qu'il n'y a pas de motif s'opposant à l'homologation de l'accord intervenu entre les parties. Ces considérations ne permettent pas d'expliquer en quoi la transaction est conforme à l'état de fait et au droit, ce d'autant moins que le jugement attaqué n'indique aucune norme légale ou aucun élément de fait susceptibles de situer le litige dans un cadre juridique. Le recourant est ainsi empêché d'exercer son devoir de surveillance à l'égard de la caisse de compensation, ce qui suffit à lui reconnaître un intérêt à recourir, contrairement à ce que voudrait la juridiction cantonale (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 72).
Le jugement attaqué se révèle par conséquent contraire au droit, de sorte qu'il y a lieu de l'annuler et de renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision conforme à l'obligation de motivation dégagée par la jurisprudence.
3. Compte tenu des circonstances, il convient de renoncer à percevoir des frais judiciaires (<ref-law>), le recourant ne pouvant par ailleurs prétendre des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 2 juillet 2009 est annulé, la cause lui étant renvoyée pour qu'il procède conformément aux considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève.
Lucerne, le 16 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Moser-Szeless