Sachverhalt:
A. B.Y._ schloss mit der selbständig praktizierenden Hebamme X._ einen Hausgeburtsvertrag ab. Am 19. April 2001 um 08.00 Uhr rief sie nach erfolgtem Blasensprung X._ an. Diese untersuchte B.Y._ um ca. 14.00 Uhr ein erstes Mal vaginal und stellte dabei keine Besonderheiten fest. Eine weitere vaginale Untersuchung um 22.00 Uhr ergab eine kindliche Herzfrequenz von 190 Schlägen pro Minute (nachfolgend SpM) und eine Öffnung des Muttermundes von 1 cm. Um 02.00 Uhr war der Muttermund bereits 8.5 bis 9 cm geöffnet, die Geburt ging jedoch nicht weiter voran. Obwohl die laufenden Kontrollen eine kindliche Herzfrequenz von 190 SpM ergaben, blieb X._ untätig. Sie nahm die Herztonmessungen lediglich mit einem Stethoskop vor. Erst um 04.37 Uhr alarmierte sie die Ambulanz. B.Y._ wies beim Eintritt ins Kantonsspital Aarau eine Körpertemperatur von 36,8 °C auf. Die kindliche Herzfrequenz betrug zwischen 190 und 200 SpM. A.Y._ kam am 20. April 2001 um 05.54 Uhr mit Hilfe einer Vakuumentbindung in stark reduziertem Allgemeinzustand zur Welt. Seither leidet sie an einer schweren Behinderung in Form einer cerebralen Lähmung und ist bei ihren alltäglichen Verrichtungen vollständig auf fremde Hilfe angewiesen.
B.Y._ und Z._ erstatteten am 1. Dezember 2005 Strafanzeige gegen X._ wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung und Urkundenfälschung.
B. Das Bezirksgericht Baden, 3. Abteilung, sprach X._ mit Urteil vom 15. April 2008 vom Vorwurf der Urkundenfälschung (<ref-law>) frei. Es sprach sie der fahrlässigen schweren Körperverletzung schuldig und verurteilte sie zu einer bedingten Geldstrafe von 150 Tagessätzen zu Fr. 110.-- und zu einer Busse von Fr. 6'000.--. Die Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche der Zivilkläger wies das Bezirksgericht dem Grundsatz nach gut und verwies sie im Übrigen auf den Zivilweg. Die von X._ gegen dieses Urteil erhobene Berufung hiess das Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, mit Urteil vom 25. August 2008 teilweise gut. Es sah von einer Verbindungsbusse ab. Im Übrigen wies es die Berufung ab.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und sie sei vom Vorwurf der fahrlässigen schweren Körperverletzung freizusprechen. Die Zivilklage sei vollumfänglich abzuweisen.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zu begründen. Die Begründung hat in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>, <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweis). Soweit die vorliegende Beschwerdeschrift, die in weitschweifiger Weise zahlreiche Rügen durcheinander mischt, diesen Begründungsanforderungen nicht genügt, ist darauf nicht einzutreten.
Die Begründung hat in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf kantonale Akten ist unzulässig (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweis). Auf die Verweise der Beschwerdeführerin auf die kantonale Berufung ist nicht einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts (<ref-law>). Die kantonalen Instanzen hätten den medizinischen Sachverhalt gestützt auf das gerichtliche Gutachten falsch festgestellt. Es handle sich um einen Scheinsachverhalt, welcher für das Bundesgericht nicht bindend sein könne. Das gerichtliche Gutachten befasse sich nicht mit dem medizinisch relevanten Sachverhalt, sondern mit einer vom Gutachter postulierten These. Dieser verzichte auf die Darlegung der grundsätzlich medizinisch relevanten Verhältnisse der Streptokokken B-Infektion. Er postuliere eine medizinisch unmögliche Kausalität zwischen der Infektion und der vorgeburtlichen Sauerstoffarmut und der Übersäuerung. Zudem postuliere der Gutachter medizinisch Abwegiges, nämlich die Unmöglichkeit einer Streptokokken B-Infektion vor Blasensprung und die Unzulässigkeit einer Untersuchung durch die Hebamme nach dem Blasensprung, bzw. die Verursachung der Infektion durch manuelle Untersuchung. Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, sie habe ihre Klienten stundenlang informiert, die Abklärungen mit dem Doptongerät hätten eine normale Herztontätigkeit des Fötus ergeben und die Mutter habe während der Hausgeburt weder erhöhte Temperatur noch Fieber gehabt.
Die Vorinstanz erachtet den Sachverhalt als hinlänglich und eingehend abgeklärt und verzichtet auf eine Ergänzung des Beweisverfahrens (angefochtenes Urteil E. 2.2 S. 19). Die Beschwerdeführerin stellt dieser Beweiswürdigung ihre eigenen Tatsachenbehauptungen gegenüber, ohne zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 178 mit Hinweisen). Ihre Vorbringen erschöpfen sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil und genügen folglich den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht (<ref-ruling> a.a.O.). Auf die Rüge des offensichtlich unrichtigen Sachverhalts ist deshalb nicht einzutreten.
3. Die Beschwerdeführerin rügt eine fehlerhafte Eröffnung des vorinstanzlichen Urteils (Art. 112 Abs. 1 lit. a und c BGG). Das Dispositiv fehle, da es nur die neugefassten Ziffern 3 und 6 enthalte. Zudem sei wesentlich und deshalb festzuhalten, ob der Tatbestand der schweren Körperverletzung durch den lebensbedrohlichen Zustand unmittelbar nach der Geburt oder aufgrund lebenslanger Behinderung erfüllt sei. Weiter sei das Urteil unvollständig, weil es ihre im erstinstanzlichen Verfahren gestellten Verfahrens- und Beweisanträge nur sehr lückenhaft wiedergebe (Beschwerde E. 2.2 S. 14 ff.).
Das vorinstanzliche Dispositiv hält fest, die Berufung der Beschwerdeführerin werde abgesehen von Ziffer 3 und 6 abgewiesen. Weil das angefochtene Urteil das Dispositiv des erstinstanzlichen Urteils enthält, ergibt sich das vollständige Dispositiv somit aus den Erwägungen. Dasselbe gilt für die erstinstanzlich gestellten Anträge der Beschwerdeführerin. Für eine Rückweisung der Sache zur Ergänzung des Dispositivs (<ref-law>) besteht unter den dargelegten Umständen kein Anlass.
4. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die strafrechtliche Verjährung sei bereits im erstinstanzlichen Gerichtsverfahren eingetreten. Die Verjährung werde erst durch Eröffnung des Urteils in den gesetzlichen Formen unterbrochen (Beschwerde E. 2.3.3 S. 25 ff.).
Gemäss <ref-law> tritt die Verjährung nicht mehr ein, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist. Die Verjährung endet grundsätzlich bereits mit der Fällung und nicht erst mit der Eröffnung des erstinstanzlichen Urteils (<ref-ruling> E. 2.3 S. 105). Die Vorinstanz führt zutreffend aus, dass das Urteil am 15. April 2008 und somit vor Ablauf der Verjährungsfrist von sieben Jahren (<ref-law>) gefällt wurde (vgl. angefochtenes Urteil E. 3.1 S. 20).
5. Weiter rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Anklagegrundsatzes. Aus der Anklageschrift ergebe sich nicht, welche Körperverletzung welchen Handlungen oder Unterlassungen zugeordnet werde und warum diese Zuordnung vorgenommen werden könne. Die Vorinstanz hält fest, die Anklage enthalte den wesentlichen Sachverhalt und äussere sich auch zur Kausalität, zur Voraussehbarkeit des Schadens und zur Nichteinhaltung der Regeln der medizinischen Wissenschaft (angefochtenes Urteil E. 3.2 S. 22). Auf die vorinstanzlichen Ausführungen kann verwiesen werden (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht mit diesen Erwägungen auseinander. Im Übrigen legt sie nicht genügend dar, inwiefern eine Verletzung von Bundesrecht vorliegt (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>). Auf die mangelhaft begründete Rüge ist nicht einzutreten.
6. Die Beschwerdeführerin rügt Befangenheit und Abhängigkeit der beiden kantonalen Gerichte. Die Richter seien derart auf die "fristgerechte" Erledigung der Angelegenheit fixiert gewesen, dass sie die Verfahrensrechte vergessen hätten (Beschwerde E. 2.3.4 S. 29 f.). Das erstinstanzliche Verfahren bildet nicht Anfechtungsobjekt (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin legt nicht näher dar, inwiefern im Berufungsverfahren ihr Anspruch auf unbefangene und unabhängige Richter verletzt worden ist. Auf ihre Rüge ist mangels hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) nicht einzutreten.
7. Die Beschwerdeführerin macht eine "Verletzung der Justizgarantie" durch die erste Instanz und im Berufungsverfahren geltend. Die Rügen zum erstinstanzlichen Verfahren seien in der Berufungsschrift detailliert dargelegt worden. Die Vorinstanz sei bereits in Willkür verfallen, indem sie diese nicht zur Kenntnis genommen habe (Beschwerde E. 2.9 S. 50).
7.1 Die Beschwerdeführerin rügt folgende Verletzungen im erstinstanzlichen Verfahren: Verfassungswidrige Besetzung des Gerichts und Auswechslung eines Richters (Beschwerde E. 2.10.1.1 S. 55 f.); Phantomberatungen des Gerichts (Beschwerde E. 2.10.1.2 S. 56 f.); Verweigerung mündlicher Urteilseröffnung (Beschwerde E. 2.10.1.3 S. 57 f.); Wechsel der Gerichtsschreiberin und gesetzeswidrige Unterschrift des Urteils (Beschwerde E. 2.10.1.4 S. 58 ff.); Ausschluss von der persönlichen Teilnahme an der Hauptverhandlung (Beschwerde E. 2.10.1.5 S. 60 f.); Verletzung des Anklagegrundsatzes (Beschwerde E. 2.10.1.6 S. 61 f.); Verweigerung gesetzlicher Protokollführung und fehlende Zugänglichkeit (Beschwerde E. 2.10.1.7 S. 62 f.); Ungenügende Zeit für gewillkürten Vertreter (Beschwerde E. 2.10.1.8 S. 63 f.).
Die Vorinstanz ist auf sämtliche Vorbringen eingegangen. Sie führt aus, für den Beizug eines gesetzlich vorgesehenen Ersatzrichters hätten sachliche Gründe bestanden (angefochtenes Urteil E. 3.7 S. 27). Es würden keine substantiierten Hinweise vorliegen, dass das erstinstanzliche Urteil ohne Beratung gefällt worden sei (angefochtenes Urteil E. 3.8 S. 28). Eine schriftliche Eröffnung des Urteils sei die Ausnahme, jedoch gemäss <ref-law> AG nicht ausgeschlossen Auch gemäss Praxis des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte reiche es aus, das Urteil den Verfahrensbeteiligten schriftlich zuzustellen (angefochtenes Urteil E. 3.3 S. 22 f.). Die unterzeichnende Gerichtsschreiberin sei berechtigt, das Urteil bei Abwesenheit der mitwirkenden Gerichtsschreiberin in Vertretung zu unterzeichnen (angefochtenes Urteil E. 3.9 S. 28 f.). Die Beschwerdeführerin sei nicht von der Hauptverhandlung ausgeschlossen worden, sondern habe aus in ihrer Person liegenden Gründen nicht daran teilgenommen. Ihr sei daraus kein Nachteil entstanden (angefochtenes Urteil E. 3.4 S. 23 f.). Eine Verletzung des Anklageprinzips liege nicht vor (s. E. 5 hiervor). Das Bezirksgericht habe alle verfahrensrelevanten Schritte aktenkundig dokumentiert. Es bestehe keine Pflicht, ein zusammenhängendes Protokoll zu führen. Die Tonbandaufnahme einer Aussage ersetze nicht das Protokoll und müsse der Partei nicht herausgegeben werden (angefochtenes Urteil E. 3.6 S. 26 f.). Dass der erste Verteidiger der Beschwerdeführerin ihre Verteidigungsrechte nur ungenügend wahrgenommen habe, werde weder substantiiert noch sei es aus den Akten ersichtlich. Dem neuen Verteidiger sei durch die Festsetzung eines zweiten Verhandlungstermins zusätzliche Zeit für die Vorbereitung ermöglicht worden (angefochtenes Urteil E. 3.5 S. 24 f.).
Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht in rechtsgenügender Weise mit diesen Erwägungen auseinander. Ihre appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil genügt den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht. Auf ihre Rügen ist deshalb nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht in rechtsgenügender Weise mit diesen Erwägungen auseinander. Ihre appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil genügt den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht. Auf ihre Rügen ist deshalb nicht einzutreten.
7.2 7.2.1 Betreffend das Berufungsverfahren bringt die Beschwerdeführerin vor, sie habe eine mündliche Berufungsverhandlung mit Beweisverfahren verlangt. Die Vorinstanz habe dies verweigert und dadurch ihren Anspruch auf angemessene Mitwirkung verletzt. Dies gelte insbesondere, weil sie - die Beschwerdeführerin - keine Möglichkeit gehabt habe, an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung teilzunehmen. Zudem sei die Vorinstanz von einer wesentlichen Neubeurteilung ausgegangen, weil sie nicht mehr die Hirnschädigung als relevante Körperverletzung betrachte, sondern den tiefen "Apgar Score" im Zeitpunkt der Geburt (Beschwerde E. 2.10.2.1 S. 65 ff.). Weiter habe sie nach Urteilseröffnung vergeblich die Vorlage von Aktenverzeichnis und Verfahrensprotokoll verlangt (Beschwerde E. 2.10.1.2 S. 67). Sie habe Beweisofferten vorgelegt, welche zeigen würden, dass die Kritik am Obergutachten sehr gut begründet sei (Beschwerde E. 2.10.2.3 S. 68). Die Akten des behandelnden Arztes, der Kantonsspitäler Baden und Aarau sowie des Kinderspitals Zürich seien für die Beurteilung des Gesundheitzustandes und für die Beurteilung der Ursachen und Zusammenhänge der diagnostizierten Gesundheitsbeeinträchtigungen und Normabweichungen unerlässlich. Die Vorinstanz habe unter offensichtlich rechtsmissbräuchlichem Verweis auf antizipierte Beweiswürdigung auf diese Aktenergänzung verzichtet (Beschwerde E. 2.10.2.4 S. 69). Weiter habe die Vorinstanz darauf verzichtet, trotz förmlichen Antrags auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung, einen förmlichen Gerichtsbeschluss zu fällen (Beschwerde E. 2.10.2.5 S. 70). Die Vorinstanz habe zwar ihre umfassende Kognition und Überprüfungspflicht formell anerkannt. Daraus habe sie aber zu Unrecht abgeleitet, dass ihr - der Beschwerdeführerin - aus den Grundrechtsverletzungen in den vorausgehenden Verfahren kein rechtsrelevanter Nachteil erwachsen sei, und ihr somit materiell das Berufungsverfahren verweigert (Beschwerde E. 2.10.3 S. 71 ff.).
7.2.2 Die Vorinstanz führt zutreffend aus, dass die Beschwerdeführerin angesichts der ausgesprochenen Sanktion kein Anspruch auf Durchführung einer Parteiverhandlung im Sinne von <ref-law> AG hat (angefochtenes Urteil E. 2.1 S. 19). Weiter hält die Vorinstanz den Sachverhalt als erstellt und eine Ergänzung des Beweisverfahrens aufgrund der durchgeführten Ermittlungen sowie der anlässlich der Hauptverhandlung durchgeführten Zeugen- und Sachverständigeneinvernahmen als unnötig, weil dies zu keinem anderem als dem bereits ermittelten Ergebnis führen würde. Die Beschwerdeführerein habe ihre Auffassung im Untersuchungsverfahren, vor Bezirksgericht und in ihrer Berufung sehr ausführlich dargetan. Ihre Beweisanträge seien deshalb abzuweisen (angefochtenes Urteil E. 2.2 S. 19). Gestützt auf diese Ausführungen durfte die Vorinstanz in vorweggenommener Beweiswürdigung auf die Abnahme von Beweisen verzichten, weil sie aufgrund bereits abgenommener Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür annehmen konnte, ihre Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (<ref-ruling> 5.3 mit Hinweisen). Im Übrigen hat die Beschwerdeführerin aus in ihrer Person liegenden Gründen nicht an der Hauptverhandlung teilgenommen (s. E. 7.1 hiervor). Schliesslich hat die Vorinstanz zu Recht eine umfassende Protokollführungs - und Herausgabepflicht verneint. Auf ihre Ausführungen kann verwiesen werden (<ref-law> und E. 7.1 hiervor).
Somit erweisen sich alle Rügen der Beschwerdeführerin als unbegründet, soweit darauf überhaupt (mangels hinreichender Begründung) einzutreten ist.
8. Betreffend den Tatbestand der fahrlässigen schweren Körperverletzung rügt die Beschwerdeführerin eine Verkennung des Begriffs der schweren Körperverletzung und der Pflichtverletzung sowie eine Verletzung des Kausalitätsbegriffs.
8.1 Wer fahrlässig einen Menschen am Körper oder an der Gesundheit schädigt, wird, auf Antrag, mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>). Fahrlässig begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (<ref-law>).
Eine Sorgfaltspflichtverletzung ist nur anzunehmen, wenn der Täter eine Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte voraussehen bzw. erkennen können und müssen. Für die Beantwortung dieser Frage gilt der Massstab der Adäquanz. Danach muss das Verhalten des Täters geeignet sein, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Damit der Eintritt des Erfolgs dem Täter zuzurechnen ist, genügt seine blosse Vorhersehbarkeit nicht. Vielmehr stellt sich die weitere Frage, ob er auch vermeidbar war. Dazu wird ein hypothetischer Kausalverlauf untersucht und geprüft, ob der Erfolg bei pflichtgemässem Verhalten des Täters ausgeblieben wäre. Dabei genügt es für die Zurechnung des Erfolgs, wenn das Verhalten des Täters mindestens mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit oder mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolgs bildete (<ref-ruling> E. 7.3 mit Hinweisen).
8.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, nach Ansicht der Vorinstanz stelle der tiefe "Apgar Score" des Neugeborenen die relevante Gesundheitsbeeinträchtigung dar. Die Vorinstanz habe weder die Gesundheitsbeeinträchtigungen erwähnt noch dargestellt, sondern lediglich auf einen Messwert verwiesen. Damit verkenne sie den Begriff der Gesundheitsbeeinträchtigung, welcher mit dem Skalawert Apgar nicht umschrieben werden könne (Beschwerde E. 2.10.4.5 S. 75 f.). Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe die relevante Pflichtverletzung weder konkret geprüft noch rechtlich beurteilt. Anstelle der Pflichtverletzung habe die Vorinstanz die "Voraussehbarkeit des Erfolgs" (falsch) beurteilt und dies erst noch unter Berufung auf die (falsch verstandenen) Regeln des Kausalzusammenhanges (Beschwerde E. 2.10.4.2 S. 74). Die Vorinstanz habe den Begriff der Kausalität völlig verkannt und die gebräuchlichen Formulierungen zur Kausalitätsüberlegung der Problematik der Pflichtverletzung zugeordnet (Beschwerde E. 2.10.4.3 S. 74).
8.3 Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz das Vorliegen einer schweren Körperverletzung nicht nur aufgrund des tiefen "Apgar Score" (Herzfrequenz, Atmung, Farbe der Haut, Auslösbarkeit von Reflexen und Tonus der Muskulatur) begründet, sondern auch ausgeführt, A.Y._ habe sich gemäss dem Gutachten des IRM Bern bei der Geburt in Lebensgefahr befunden. Es sei ein schwerer Sauerstoffmangel unter der Geburt diagnostiziert worden und ihr "Apgar Score" habe bloss 2 von 10 Punkten betragen. Neugeborene mit einem Wert unter 5 würden als akut lebensgefährdet gelten. Die Vorinstanz hat damit ausreichend begründet, wieso A.Y._ eine lebensgefährliche Schädigung i.S.v. <ref-law> erlitt (s. angefochtenes Urteil E. 4.2 S. 31).
Auch die Sorgfaltspflichtverletzung hat die Vorinstanz rechtlich geprüft und beurteilt. Sie führt dazu aus, zwischen Blasensprung und Einsetzen der Wehen seien mehr als elf Stunden vergangen. Deshalb hätte die Beschwerdeführerin neben der Herzfrequenzkontrolle beim Kind eine stündlichen Kontrolle der Temperatur der Mutter vornehmen müssen, um eine Infektion sofort zu erkennen. Auch hätte die Beschwerdeführerin bei gebotener Sorgfalt damit rechnen müssen, dass durch die vorgenommene Vaginaluntersuchung das Risiko der Verschleppung von Keimen in die nach dem Blasensprung geöffnete Fruchtblase bestanden habe. Wenn eine Hebamme bei einer Hausgeburt nach erfolgtem Blasensprung mehrfach manuelle Vaginaluntersuchungen vornehme, ohne vorher abzuklären, ob eine Besiedelung mit Streptokokken B vorliege, so handle sie nicht lege artis. Zudem habe die Beschwerdeführerin die Herzfrequenz des ungeborenen Kindes entweder falsch gemessen oder auf die Messresultate falsch reagiert. Bei einem reifen Fötus liege bei einer Herzfrequenz von 160 bis 180 SpM eine "leichte Tachkyardie" und bei einer Frequenz von mehr als 180 SpM eine "schwere Tachkyardie" vor. Die Beschwerdeführerin hätte die Gefahr einer Infektion erkennen müssen (s. angefochtenes Urteil E. 4.3.1 S. 32 f.).
Schliesslich ist weder ersichtlich noch näher dargelegt, dass die Vorinstanz den Begriff der Kausalität verkennt. Zur Voraussehbarkeit des Erfolgs führt sie aus, die Infektion und der Sauerstoffmangel hätten sich bereits vor dem Spitaleintritt zu entwickeln begonnen und seien für den eingetretenen lebensgefährlichen Zustand kausal gewesen. Die Infektion hätte bei regelmässiger Temperaturkontrolle der Mutter und sachkundiger Interpretation der Herzfrequenz des Fötus erkannt werden können und müssen. Dies wiederum hätte eine sofortige Spitaleinweisung zur Folge haben müssen. Die Lebensgefährdung wäre bei einem Verhalten lege artis vermeidbar gewesen, oder hätte sich zumindest nicht in diesem Umfang ausgewirkt (s. angefochtenes Urteil E. 4.4.4 S. 39).
Zusammengefasst ist festzuhalten, dass die Vorinstanz zutreffend begründet, wieso das pflichtwidrige Verhalten der Beschwerdeführerin für die eingetretene Lebensgefahr kausal war, die Lebensgefahr für die Beschwerdeführerin voraussehbar und bei Anwendung pflichtgemässer Sorgfalt vermeidbar gewesen wäre. Die Rüge der Verletzung von <ref-law> erweist sich als unbegründet.
9. Die Beschwerdeführerin begründet ihren Antrag auf Abweisung der Zivilklage nicht, weshalb nicht darauf einzutreten ist (<ref-law>).
10. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz