Faits:
A. Le 2 mai 2006, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rendu un arrêt en matière de partage successoral, par lequel, notamment, elle attribuait aux héritiers A._ et B._ deux immeubles en copropriété, chacun pour moitié.
B. Le 10 avril 2007, X._ et Y._, cohéritiers, ont déposé une action en révision de cet arrêt.
Le 11 juillet 2008, X._ a déposé une demande complémentaire en révision, datée du 10 juillet 2008.
Le 14 juillet 2008, le Président de la Cour a écarté du dossier et retourné au demandeur cette demande complémentaire et les annexes produites, au motif qu'il n'y a pas d'échange supplémentaire de mémoires dans la procédure de révision.
Le 18 juillet 2008, X._ a déposé, contre ce dernier juge, une demande de prise à partie - moyen de droit subsidiaire relevant du pouvoir de surveillance et permettant à l'autorité d'annuler un acte illégal -, concluant à l'annulation de sa décision et à ce que des instructions contraignantes lui soient données pour assurer le bon déroulement de la procédure en révision introduite le 10 juillet 2008. X._ invoquait que sa demande de révision complémentaire reposait sur des faits nouveaux et différents de la demande initiale, qui n'avaient pas pu être invoqués dans celle-ci.
Par courrier du 7 août 2008, X._ a demandé la jonction des deux demandes de révision, qui visent toutes deux l'arrêt du 2 mai 2006.
La Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté la prise à partie par arrêt du 9 septembre 2008.
C. Le 17 octobre 2008, X._ a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette dernière décision. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué, invoquant la protection contre l'arbitraire et celle de la bonne foi, consacrées par l'art. 9 Cst., ainsi que le droit à un procès équitable, garanti par l'art. 29 al. 1 Cst.
L'arrêt du 9 septembre 2008 ayant donné lieu à un échange d'écritures entre lui-même et le Président de la Cour civile, le recourant a complété son recours le 26 décembre 2008.
En faisant parvenir le dossier au Tribunal fédéral, la cour cantonale a communiqué qu'elle concluait au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée, prise en dernière instance cantonale (<ref-law>), refuse de recevoir une demande de révision cantonale, dirigée contre un arrêt rendu en matière successorale. Il s'agit ainsi d'une décision qui met fin à la procédure, à savoir une décision finale au sens de l'<ref-law>. La décision a par ailleurs été prise dans le cadre d'une affaire civile (<ref-law>), dont la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>). Interjeté en temps utile (<ref-law>), le recours en matière civile est donc recevable.
Le complément du recours, déposé au-delà du délai légal (<ref-law>), est quant à lui irrecevable.
2. 2.1 Saisie d'une demande de prise à partie, la cour cantonale a considéré qu'il était discutable de renvoyer la demande de révision complémentaire (nouveaux motifs de révision) en se fondant sur le fait que la phase d'échange des mémoires était terminée. Le demandeur doit en effet toujours pouvoir invoquer de nouveaux motifs de révision dans les trois mois après la découverte de ceux-ci et, si le juge entendait ne pas admettre de nouvel échange d'écritures, il pouvait aussi attendre le début de l'audience pour soumettre les nouveaux motifs aux défendeurs.
La cour cantonale a toutefois rejeté la demande de prise à partie, jugeant qu'une jonction de la demande de révision et de la demande complémentaire était impossible dans le cas particulier du fait de l'absence d'identité entre les parties intervenant dans les deux procédures. La première avait été introduite par X._ et Y._; la seconde par X._ seul, Y._ étant mentionné parmi les défendeurs. Or, Y._ ne s'était jamais retiré de la procédure, aucune pièce attestant de ce fait ne figurait au dossier et le recourant ne le prétendait pas. La Cour civile a ainsi estimé qu'une partie ne pouvait, dans une même procédure contentieuse et au même stade, être à la fois du côté du demandeur et du côté du défendeur.
La cour cantonale a ajouté que le demandeur pouvait faire valoir les faits nouveaux invoqués dans une nouvelle action, de sorte que, si celle-ci était recevable parce que les conditions en étaient remplies (art. 163 du code de procédure civile jurassien [ci-après CPC/JU] et 139 CO), il ne serait pas déchu du droit d'exposer ceux-ci.
2.2 Le recourant soutient que le rejet de la prise à partie au motif que la jonction n'est pas possible serait contraire à la constatation des faits et à l'appréciation des preuves et, partant, arbitraire. Il n'avait en effet pas demandé la jonction dans sa demande de révision du 10 juillet 2008, ni pris aucune conclusion dans ce sens; dans la prise à partie, il n'avait en outre parlé de jonction qu'au futur. En tant que la demande de jonction avait été déposée le 7 août 2008, à savoir postérieurement à l'ordonnance du 14 juillet 2008 et à la prise à partie elle-même, elle ne pouvait exercer aucune influence sur ces deux procédures. Le recourant prétend aussi que sa demande de révision du 10 juillet 2008 ne constituait pas un mémoire supplémentaire, mais une demande complémentaire, à savoir une seconde demande visant à la modification de l'arrêt du 2 mai 2006. Il en veut pour preuve le fait qu'il n'y a pas identité entre les parties, que la deuxième demande repose sur des faits et moyens entièrement nouveaux et que les conclusions de celle-ci ne sont pas identiques à celles de la première demande. Le juge instructeur n'aurait ainsi pas lu attentivement la seconde demande de révision. Le recourant estime également que la décision de l'autorité précédente est arbitraire en ce sens que celle-ci n'a pas contesté l'utilisation du terme complémentaire ni les faits nouveaux invoqués, admettant même que le renvoi des nouveaux motifs paraissait discutable; ce nonobstant, elle a rejeté la prise à partie en raison de la demande de jonction - qui n'avait du reste pas été formulée dans le cadre de la prise à partie. Sa condamnation aux frais serait par conséquent arbitraire, puisque motivée par le fait que la jonction était impossible. Le recourant reproche par ailleurs au juge instructeur d'avoir violé l'<ref-law>/JU en ne l'invitant pas à rectifier, modifier ou compléter son mémoire si celui-ci présentait un vice de forme; le magistrat avait, de plus, écarté sa nouvelle demande de révision sans attendre le début de l'audience de révision. Le recourant y voit un déni de justice puisque le juge a ainsi refusé d'entrer en matière sur son moyen de droit. Le recourant considère enfin que la prise à partie et le recours au Tribunal fédéral sont les seuls moyens pour pouvoir bénéficier du délai supplémentaire de l'<ref-law> et éviter la péremption de la demande en révision du 10 juillet 2008.
3. 3.1 Aux termes de l'art. 29 al. 1 Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 2a p. 142; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34). L'interdiction du formalisme excessif appartient ainsi aux garanties constitutionnelles d'ordre procédural.
3.2 En l'espèce, le juge instructeur a compris que le demandeur déposait une demande complémentaire, irrecevable selon lui puisque l'échange d'écritures dans la procédure de révision du 10 avril 2007 était terminé. La cour cantonale a écarté la prise à partie - le recours - jugeant que, même si une nouvelle révision était recevable, le requérant avait demandé la jonction, qui n'était pas possible dans le cas particulier.
Un tel mode de procéder est constitutif de formalisme excessif. En effet, puisqu'elle a admis que la demande du 10 juillet 2008 devait être recevable en tant que demande de révision nouvelle et indépendante, la cour cantonale ne pouvait confirmer qu'elle devait être renvoyée à son expéditeur au motif qu'elle ne pouvait être jointe à la première demande du 10 avril 2007, à charge pour le recourant de déposer une nouvelle demande, en se prévalant des <ref-law>/JU et 139 CO. Il était loisible à la cour cantonale de refuser la jonction, mais elle ne pouvait alors refuser de recevoir l'écriture litigieuse comme une nouvelle demande de révision, indépendante de la première.
4. Il n'est pas perçu de frais (<ref-law>). Le recourant n'étant pas assisté d'un mandataire professionnel, il ne lui est pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 18 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret