Sachverhalt:
A. Nachdem es die ProTIP Personalvorsorgestiftung (im Folgenden: ProTIP) abgelehnt hatte, die von H._ geforderte Austrittsleistung an eine neue Vorsorgeeinrichtung zu überweisen, liess dieser am 12. November 2004 beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Vorsorgeeinrichtung Klage einreichen. Er beantragte, die ProTIP sei zu verpflichten, ihm eine Freizügigkeitsleistung in gerichtlich zu bestimmender Höhe (mindestens Fr. 373'159.95), zuzüglich Zins zu 5 % auf ein Konto bei der Pensionskasse X._ zu überweisen. Das Sozialversicherungsgericht, bei welchem drei weitere analoge Klagen eingegangen waren, vereinigte die vier Prozesse mit Verfügung vom 12. Juli 2005. Mit Entscheid vom 16. März 2009 verpflichtete es die ProTIP in teilweiser Gutheissung der Klage, die von H._ eingebrachte Freizügigkeitsleistung von Fr. 162'517.10 auf das auf seinen Namen geführte Konto bei seiner derzeitigen Vorsorgeeinrichtung zu übertragen, zuzüglich Zins zu 5 % seit 12. November 2004.
B. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Hauptantrag, unter teilweiser Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die ProTIP zu verpflichten, ihm die Freizügigkeitsleistung in gerichtlich festgestellter Höhe, mindestens jedoch Fr. 373'159.95, zuzüglich Verzugszins von 5 % seit 30. September 2004, an die Sammelstiftung Y._, Vertrag Nr. ..., eventuell auf ein neu zu eröffnendes Freizügigkeitskonto, zu überweisen. Ferner lässt H._ verschiedene Eventualanträge stellen.
Die ProTIP lässt zur Hauptsache auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen äussert sich zum Rechtsstreit, ohne einen Antrag zu stellen.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. 2.1 Es ist unbestritten, dass die A._ AG und die B._ AG, für welche der Beschwerdeführer seinen Angaben zufolge tätig war, für die Durchführung der beruflichen Vorsorge der ProTIP angeschlossen waren. Damit waren alle dem BVG unterstellten Arbeitnehmer dieser Unternehmen von Gesetzes wegen für die obligatorische berufliche Vorsorge bei der Beschwerdegegnerin versichert (Art. 2 Abs. 1 BVG und Art. 7 Abs. 1 BVV 2). Zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer selbst zum Kreis der Versicherten gehörte.
2.2 Obligatorisch für die berufliche Vorsorge versichert sind alle Arbeitnehmer, die bei einem Arbeitgeber einen Jahreslohn von mehr als dem Koordinationsabzug beziehen (Art. 7 Abs. 1 BVG). Dabei ist der Arbeitnehmerbegriff nach ahv-rechtlichen Kriterien zu verstehen, ohne dass jedoch der Entscheid über das AHV-Statut formell für die berufliche Vorsorge verbindlich wäre (SZS 1990 S. 181); der bvg-rechtlich relevante Lohn entspricht dem massgebenden Lohn im Sinne der AHV-Gesetzgebung (Art. 7 Abs. 2 BVG). Dies gilt auch für die überobligatorische Vorsorge, soweit das einschlägige Reglement auf den AHV-Lohn abstellt (SZS 1999 S. 388). Als massgebender Lohn im Sinne der AHV gilt jedes Entgelt für in unselbständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit (<ref-law>). Für die Qualifikation als unselbständige Tätigkeit im Sinne dieser Bestimmung ist die zivilrechtliche Qualifikation nur ein Indiz, aber nicht ausschlaggebend (<ref-ruling> E. 2a S. 283). Eine Arbeitnehmereigenschaft im Sinne des AHVG kann auch dann vorliegen, wenn zivilrechtlich kein Arbeitsvertrag, sondern z.B. ein Auftragsverhältnis besteht (<ref-ruling> E. 6a/aa S. 175). Auch der Begriff des Arbeitnehmers im Sinne des BVG ist somit weiter als derjenige im Sinne des Arbeitsvertragsrechts (SZS 2004 S. 566, B 75/03; SVR 2001 BVG Nr. 2 S. 5, B 11/00). Für die Höhe des versicherten Verdienstes ist bvg-rechtlich grundsätzlich derjenige Lohn massgebend, der effektiv verdient wurde, nicht derjenige, der - allenfalls rein fiktiv - vertraglich vereinbart wurde (SVR 2007 BVG Nr. 43 S. 154, B 67/06; SZS 2003 S. 53, B 11/01).
2.3 Die Vorinstanz hat die Abweisung der Klage damit begründet, es gebe keinen objektiven Hinweis dafür, dass der Beschwerdeführer mit der A._ AG und/oder der B._ AG einen Arbeitsvertrag abgeschlossen habe. Tatsächliche Lohnzahlungen dieser Gesellschaften an den Beschwerdeführer seien nicht belegt. Es sei daher als erstellt zu betrachten, dass zwischen dem Beschwerdeführer und diesen Gesellschaften kein sozialversicherungsrechtlich relevantes Arbeitsverhältnis bestanden hat; daraus folge, dass der Beschwerdeführer nicht bei der ProTIP für die berufliche Vorsorge versichert war; dementsprechend habe er keinen Anspruch auf Freizügigkeitsleistungen.
Diese Argumente sind nicht stichhaltig. Mit der primären Begründung hat die Vorinstanz nicht die rechtserhebliche Frage geprüft, da, wie dargelegt, für die Arbeitnehmerqualifikation nach BVG das Vorliegen eines Arbeitsvertrages nicht entscheidend ist. Sodann ist der tatsächliche Geldfluss, dessen Fehlen das kantonale Gericht im Weiteren feststellt, vor allem massgeblich für die Höhe des beitragspflichtigen Lohnes, aber nicht für die Frage, ob überhaupt ein Arbeitsverhältnis vorliegt. Namentlich kann der berufsvorsorgerechtliche Anspruch nicht dadurch vereitelt werden, dass der Arbeitgeber seine Abrechnungspflicht gegenüber der AHV nicht wahrnimmt (SZS 2000 S. 538, B 53/98). Auch ist nicht ausschlaggebend, wer dem Arbeitnehmer den Lohn auszahlt. Entscheidend ist letztlich, dass der Arbeitnehmer für eine bestimmte Arbeitgeberfirma eine unselbständige Tätigkeit ausübt und dafür ein Entgelt erhält.
2.4 Im vorliegenden Fall von entscheidender Bedeutung ist, dass der Beschwerdeführer unbestrittenermassen Verwaltungsratsmitglied der A._ AG und Verwaltungsratspräsident der B._ AG war. Dies reicht grundsätzlich zur Bejahung der Arbeitnehmereigenschaft im ahv- und bvg-rechtlichen Sinne aus (in ARV 1998 S. 13 ff. publizierte E. 5 von <ref-ruling>, C 51/94). Indem die Vorinstanz in tatbeständlicher Hinsicht, soweit die fragliche Anstellung des Beschwerdeführers betreffend, von allen in Betracht fallenden Kriterien einzig das Fehlen eines (schriftlichen) Arbeitsvertrages und eines tatsächlichen Geldflusses von einer der beiden Gesellschaften an den Beschwerdeführer als massgeblich erachtet hat, hat sie den rechtserheblichen Sachverhalt unvollständig und damit offensichtlich unrichtig festgestellt, weshalb das Bundesgericht diesen ergänzen kann (E. 1 hievor). Im interessierenden Zusammenhang sind verschiedene Indizien zu beachten, welche zeigen, dass der Beschwerdeführer von den beiden Gesellschaften tatsächlich immer als Arbeitnehmer (ahv- und bvg-rechtlich) behandelt wurde:
- Lohnsummenmeldung A._ AG für die Jahre 2002 (Eintritt 1. August 2002) und 2003 und B._ AG für die Jahre 2000 und 2001;
- Abrechnung Beschwerdegegnerin vom 30. September 2004 für eine Austrittsleistung über den Betrag von Fr. 373'159.95 unter Verrechnung eines gleich hohen Betrages unter dem Titel Schadenersatz;
- vom Beschwerdeführer für die beiden Gesellschaften unterzeichnete Korrespondenz und Verträge;
- Rückabwicklung des Versicherungsverhältnisses zumindest in einem Teilbetrag von Fr. 256'244.30.
3. 3.1 In quantitativer Hinsicht sind die gemeldeten Lohnsummen nicht bestritten und betragen bei der B._ AG von 2000 - 2002 je Fr. 240'000.- im Jahr, bei der A._ AG in den Jahren 2002 und 2003 ebenfalls Fr. 240'000.- wobei die Doppelmeldung für 2002 offensichtlich irrtümlich erfolgt war, sodass je von einem gemeldeten Jahreslohn von Fr. 240'000.- auszugehen ist. Laut Ziff. 3.1 des Reglements III der ProTIP entspricht der versicherte Lohn dem gemeldeten Jahreslohn zuzüglich allfälliger Sonderleistungen, vermindert um den Koordinationsabzug.
3.2 Die gemeldeten Löhne weichen allerdings vom AHV-Lohn gemäss individuellem Konto ab. Dieser beläuft sich für die Jahre 2000 und 2001 auf je Fr. 143'000.- (B._ AG), für Januar bis Juli 2002 auf Fr. 77'000.- (B._ AG) und für August bis Dezember 2002 auf Fr. 55'000.- (A._ AG).
Laut Art. 1 Abs. 2 BVG in der seit 1. Januar 2006 geltenden Fassung gemäss 1. BVG-Revision darf der in der beruflichen Vorsorge versicherbare Lohn das AHV-beitragspflichtige Einkommen nicht übersteigen. In der ursprünglichen Fassung des Gesetzes bestand in dieser Hinsicht keine ausdrückliche Einschränkung. Vorausgesetzt ist, dass der versicherte Lohn im Reglement genannt wird (Art. 50 Abs. 1 BVG; vgl. Urteile 2A. 279/2006 vom 26. Februar 2007 und 2A.45/2003 vom 29. Juli 2004). Dies trifft hier zu. Gemäss Reglement der Vorsorgeeinrichtung ist auf den gemeldeten Lohn abzustellen, unbesehen darum, ob dieser dem AHV-Lohn entspricht. Es wird ferner weder geltend gemacht noch ist ersichtlich, dass die ProTIP generell eine unangemessene Regelung aufweist mit der Folge, dass sie überhaupt nicht als Einrichtung der beruflichen Vorsorge anerkannt werden könnte (Urteil 2A.408/2002 vom 13. Februar 2004).
4. Bezüglich der Höhe der zu überweisenden Freizügigkeitsleistung ist von der Abrechnung der ProTIP vom 30. September 2004 auszugehen. Zu jenem Zeitpunkt belief sich die Austrittsleistung auf Fr. 373'159.95. Diese Summe wurde in der Klageantwort rein rechnerisch nicht bestritten. Die Klage ist in diesem Betrag, zuzüglich eines Verzugszinses von 5 % seit 30. September 2004, gutzuheissen. Für die Annahme, dass eine höhere Freizügigkeitsleistung zu überweisen wäre, was der Beschwerdeführer mit seinem Antrag auf gerichtliche Feststellung der Höhe der Freizügigkeitsleistung zumindest dem Sinne nach geltend macht, aber nicht begründet, bestehen keine Anhaltspunkte.
5. Die ProTIP hatte im vorinstanzlichen Verfahren eine Eventualwiderklage auf Bezahlung von Schadenersatz erhoben, nachdem sie zuvor ausserprozessual die Verrechnung der Schadenersatzforderung mit der Freizügigkeitsleistung geltend gemacht hatte. In Klageantwort und Duplik hielt sie an der Verrechnung fest. Die Vorinstanz trat mangels sachlicher Zuständigkeit auf die Widerklage gegen den Beschwerdeführer nicht ein, was seitens der ProTIP nicht angefochten wurde. Die Zulässigkeit der Verrechnung einer Schadenersatzforderung mit einem Freizügigkeitsanspruch ist damit nicht zu erörtern.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 16. März 2009 aufgehoben, soweit er den Beschwerdeführer betrifft. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, dem Beschwerdeführer eine Austrittsleistung in der Höhe von insgesamt Fr. 373'159.95, zuzüglich Zins zu 5 % seit 30. September 2004, an die Sammelstiftung Y._ Vertrag Nr. ..., zu überweisen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. März 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer