Sachverhalt:
A. Die X._ AG, Bülach, ist Eigentümerin der Grundstücke Nrn. 5631 und 5632 an der Erachfeldstrasse in Bülach. Die Baugrundstücke sind nach der geltenden Bau- und Zonenordnung der Stadt Bülach (BZO) der Besonderen Erholungszone C (Familiengartenareal) zugeschieden.
Die Baugrundstücke liegen im nordwestlichen Bereich des Gebiets "Erachfeld", das im kantonalen Richtplan als Bauentwicklungsgebiet festgesetzt ist. Der grösste Teil dieses Gebiets befindet sich gegenwärtig in der Reservezone; im südlichen Bereich, im Gebiet "Hagenbuechen", sind die Grundstücke Nrn. 5623-5626 der Besonderen Erholungszone B (Sport- und Freizeitanlage) zugeteilt.
B. Am 27. November 2006 reichte die X._ AG ein Baugesuch für die Errichtung einer Familiengarten-Anlage ein; hierfür soll das Bauareal (Gesamtfläche 30'848 m2) in 105 Parzellen mit einer Grösse von ca. 240 m2 aufgeteilt und auf jeder Parzelle ein Gartenhaus errichtet werden.
Der Ausschuss Bau und Infrastruktur des Stadtrates Bülach verweigerte am 28. Februar 2007 die baurechtliche Bewilligung für dieses Bauvorhaben infolge fehlender planungsrechtlicher Baureife, gestützt auf § 234 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG). Die Stadt Bülach plane im Gebiet Erachfeld/Gringglen die Errichtung eines Sport- und Erholungsparks. Allerdings bewillige die Baudirektion bis zum Abschluss des laufenden Verfahrens Sachplan Infrastruktur Luft (SIL) zum Flughafen Zürich keine Richtplanänderung und keine zusätzlichen Einzonungen, sondern lediglich einen flächengleichen Abtausch rechtskräftig festgesetzter Zonen. In einer ersten Etappe sei daher geplant, die Flächen der bestehenden Erholungsflächen B und C zu einer einheitlichen Zone für Sport- und Freizeitanlagen im südlichen Teil des Gebiets Erachfeld zusammenzufassen; im Abtausch dafür müssten u.a. die Baugrundstücke von der Besonderen Erholungszone C (Familiengartenareal) in die Reservezone umgezont werden. Der Stadtrat habe dem Gemeinderat der Stadt Bülach (Legislative) am 6. September 2006 unter dem Titel "Planung Erachfeld/Gringglen; Zielsetzung und Planungskonzept; Rahmenkredit" Antrag und Weisung gestellt und damit die konkreten nutzungsplanerischen Absichten öffentlich bekannt gemacht. Am 28. September 2006 seien die Medien und am 3. und 16. November 2006 die betroffenen Grundeigentümer informiert worden. Die Baueingabe sei später, am 27. November 2006 erfolgt. Am 11. Dezember 2006 habe der Gemeinderat den erforderlichen Planungskredit gesprochen.
C. Gegen die Bauverweigerung erhob die X._ AG am 5. April 2007 Rekurs an die Baurekurskommission IV des Kantons Zürich. Diese wies den Rekurs am 13. Dezember 2007 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde der X._ AG wurde am 21. Mai 2008 vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich abgewiesen.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ AG am 11. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Ausschuss Bau und Infrastruktur des Stadtrates Bülach sei einzuladen, die nachgesuchte Baubewilligung für Familiengärten zu erteilen. Eventualiter sei die Spruchgebühr im Disp.-Ziff. II des Rekursentscheids, entsprechend der Erwägung Ziff. 6, auf Fr. 3'500.-- festzusetzen.
E. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Stadt Bülach schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Im zweiten Schriftenwechsel hielten die Parteien an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid, der die Verweigerung der Baubewilligung bestätigt, steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG).
Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.1 Die Beschwerdeführerin begründet ihren Eventualantrag auf Herabsetzung der Spruchgebühr der Baurekurskommission in keiner Weise, weshalb auf diesen Antrag nicht einzutreten ist.
1.2 Es erscheint auch fraglich, ob die Beschwerdebegründung im Übrigen den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG genügt, wiederholt sie doch im Wesentlichen die Beschwerdebegründung im kantonalen Verfahren, ohne sich im Einzelnen mit den Erwägungen des Verwaltungsgerichts auseinanderzusetzen. Die Frage kann jedoch offen bleiben, weil sich die Beschwerde als unbegründet erweist.
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) durch die willkürliche Anwendung von § 234 PBG sowie die Verletzung von Art. 21 RPG.
2.1 Durch die Verweigerung der Baubewilligung für das unbestritten zonenkonforme Projekt wird die Eigentumsfreiheit (Art. 26 BV) der Beschwerdeführerin eingeschränkt. Eine solche Einschränkung ist nur zulässig, wenn sie sich auf eine gesetzliche Grundlage stützt, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (Art. 36 BV). Im vorliegenden Fall wurde die Baubewilligung gestützt auf § 234 PBG wegen fehlender planungsrechtlicher Baureife verweigert. Dieses Instrument der Plansicherung kann einem Bauvorhaben grundsätzlich nur drei Jahre entgegengehalten werden (§ 235 PBG) und stellt daher keinen schweren Eingriff in die Eigentumsfreiheit dar. Das Bundesgericht prüft daher die Anwendung von § 234 PBG nicht frei, sondern nur auf Willkür hin (Urteil 1P.602/1999 vom 11. Juli 2000 E. 3e/aa).
2.2 Die Beschwerdeführerin macht in erster Linie geltend, dass zum Zeitpunkt der Bauverweigerung noch keine durch die Gemeindeexekutive (d.h. den Stadtrat) beantragte planungsrechtliche Festlegung i.S.v. § 234 PBG vorgelegen habe. In Antrag und Weisung des Stadtrates an den Gemeinderat vom 6. September 2006 betreffend Planung "Erachfeld/Gringglen"/Zielsetzung und Planungskonzept/Rahmenkredit werde mit keinem Wort erwähnt, dass der Stadtrat die Baugrundstücke in die Reservezone umzonen wolle. Auch der vom Stadtrat genehmigte "Masterplan Erachfeld/Gringglen" erfülle die Anforderungen einer rechtsgenügend beantragten Zonenplanänderung offensichtlich nicht. Die Stadt hätte daher zur Sicherung ihrer Planungsabsichten eine Planungszone gemäss § 346 PBG beantragen müssen.
2.2.1 Gemäss § 234 PBG ist ein Grundstück baureif, wenn es erschlossen ist und wenn durch die bauliche Massnahme keine noch fehlende oder durch den Gemeinderat (d.h. die Gemeindeexekutive) beantragte planungsrechtliche Festlegung nachteilig beeinflusst wird. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die Voraussetzung, wonach Planänderungen von der Gemeindeexekutive beantragt sein müssen, nicht zu eng ausgelegt werden dürfe. Dieses Erfordernis ziele darauf ab, die Verhinderung von missliebigen Bauvorhaben durch nachträglich eingeleitete planungsrechtliche Massnahmen zu unterbinden; sie wolle aber nicht die Möglichkeit schaffen, Planungsabsichten des Gemeinwesens durch Bauvorhaben zu "torpedieren". Planungsabsichten der Gemeinde müssten daher auch dann als beantragt i.S.v. § 234 PBG gelten, wenn sie - wie vorliegend - von der Exekutive auf Grund eines Konzepts (Machbarkeitsstudie, Masterplan, usw.), eventuell zusammen mit einem Kreditbeschluss der Legislative, zur Genehmigung bzw. zum Beschluss unterbreitet werden. Gerade bei Planungen mit grossem konzeptionellen Inhalt und/oder mit einem hohen Koordinations- oder Finanzbedarf müsse es der Exekutive möglich sein, die grundsätzliche Zustimmung der Legislative einzuholen, ohne befürchten zu müssen, dass die weiteren Planungsschritte durch nachträglich eingereichte Bauvorhaben beeinträchtigt oder verunmöglicht werden. Selbstverständlich müsse auch in solchen Fällen die Planänderung hinreichend konkretisiert sein und ernsthafte Realisierungschancen haben. Zum massgeblichen Zeitpunkt der Bauverweigerung habe der Gemeinderat bereits auf Antrag des Stadtrats die Zielsetzungen der Planungen zum Projekt "Erachfeld/Gringglen" auf der Grundlage der Machbarkeitsstudie und des stadträtlichen Planungskonzepts gutgeheissen und für die Umsetzung der Planungen einen Rahmenkredit von Fr. 750'000.-- bewilligt. Damit habe ein hinreichend konkretisierter Antrag auf Änderung der planungsrechtlichen Festlegung i.S.v. § 234 PBG vorgelegen.
2.2.2 Die Auslegung des Verwaltungsgerichts lässt keine Willkür erkennen. Sie stützt sich auf Sinn und Zweck dieser Norm und ist mit deren Wortlaut nicht unvereinbar. Das Bundesgericht hat bereits in anderem Zusammenhang entschieden, dass § 234 PBG zwar eine hinreichend konkretisierte Planungsabsicht verlange, hierfür aber verschiedene Planungsstadien in Betracht kommen, und nicht einzig ein nach § 7 PBG publizierter Planentwurf (bzw. der Antrag hierzu) massgeblich sei (<ref-ruling> E. 4a S. 512; Urteil 1P.602/1999 vom 11. Juli 2000 E. 3e/dd mit Hinweisen). Für den Schutz von (konkreten und realisierbaren) Planungsabsichten kann bereits in einem früheren Verfahrensstadium ein Bedürfnis bestehen, namentlich wenn die Nutzungsplanung - wie im vorliegenden Fall - mit Planungen des Kantons (SIL-Verfahren; Änderung des kantonalen Richtplans), der Region (Planungsgruppe Zürcher Unterland betreffend regionale Bedeutung der Sportanlagen) und der Nachbargemeinde (hier: Planung der Nachbargemeinde Bachenbülach betreffend publikumsintensive Einrichtungen in der Industrie- und Gewerbezone unmittelbar südlich des Gebiets Erachfeld) koordiniert werden muss.
2.2.3 Zwar wird in Antrag und Weisung des Stadtrates vom 6. September 2006 nicht erwähnt, dass die Grundstücke der Beschwerdeführerin in der 1. Etappe der Reservezone zugewiesen werden sollen. Dies ergibt sich jedoch aus dem Masterplan vom 22. November 2006 (S. 11 und 12), der vom Stadtrat genehmigt und dem Gemeinderat noch vor seinem Beschluss vom 11. Dezember 2007 unterbreitet wurde. Ziff. 3 dieses Beschlusses nimmt ausdrücklich auf den Masterplan Bezug. Unter diesen Umständen durfte das Verwaltungsgericht ohne Willkür davon ausgehen, dass der Antrag des Stadtrates auch den Masterplan umfasste, und dass dieser die Planungsabsichten des Stadtrats hinsichtlich der Baugrundstücke hinreichend konkretisierte.
2.3 Die Beschwerdeführerin ist weiter der Auffassung, das Planungskonzept der Stadt habe keine ernsthaften Realisierungschancen. Die Baugrundstücke seien erst vor neun Jahren rechtskräftig umgezont worden, weshalb der Grundsatz der Planbeständigkeit (Art. 21 RPG) einer erneuten Umzonung entgegenstehe. Sodann habe die geplante Sportanlage aufgrund der Ungewissheit rund um den Fluglärm keine Verwirklichungschance.
2.3.1 Das Verwaltungsgericht nahm an, die Planungsvorstellungen des Stadtrates hätten ernsthafte Realisierungschancen und würden bis heute zügig weiterverfolgt. In der Tat hat der Stadtrat Bülach am 12. Dezember 2007 die Gesamtvorlage zur Revision der kommunalen Richt- und Nutzungsplanung zuhanden der öffentlichen Auflage verabschiedet, einschliesslich der Zonenänderungen im Gebiet des künftigen "Sport- und Erholungsparks Erachfeld" mit der Umzonung der streitbetroffenen Grundstücke in die Reservezone. Die öffentliche Auflage und Anhörung gemäss § 7 PBG fand vom 4. Januar bis 4. März 2008 statt.
2.3.2 Es ist auch nicht ersichtlich, dass Art. 21 Abs. 2 RPG die Realisierung der beabsichtigten Zonenplanung ausschliessen würde: Die Grundstücke der Beschwerdeführerin sind letztmals im Rahmen der BZO-Revision 1996 umgezont worden. Zwischen dem Beschluss des Gemeinderats 1996 und dem Antrag des Stadtrats für ein neues Planungskonzept liegen somit 10 Jahre; bis die Zonenplanung beschlossen und genehmigt werden kann, werden weitere Jahre vergehen. Eine Neubeurteilung nach einer solchen Zeitspanne entspricht dem normalen Planungsprozess. Die Stadt Bülach macht öffentliche Interessen für die Errichtung des Sport- und Erholungsparks im Erachfeld geltend (Bedarf für Sportanlagen von regionaler Bedeutung; Erholungspark Erachfeld als "grünes Zimmer" in dem durch starke Bautätigkeit und Verkehrszunahme geprägten Grenzgebiet zwischen Bülach und Bachenbülach) und ist der Auffassung, dass kein Bedarf mehr für Familiengärten bestehe. Dies wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten.
2.3.3 Die Unsicherheit hinsichtlich der Fluglärmentwicklung (hängiges SIL-Verfahren) betrifft vor allem die im Gebiet "Gringglen" geplante Wohnüberbauung. Diese Überbauung hängt insofern mit der Planung des Sport- und Erholungsparks Erachfeld zusammen, als die Sportanlagen mit dem Erlös aus dem Verkauf dieser städtischen Grundstücke finanziert werden sollen. Da mit einer Überschreitung der Immissionsgrenzwerte für Fluglärm zu rechnen ist, wird das Vorhaben auf eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 31 Abs. 2 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) angewiesen sein; diese wurde am 11. Juli 2006 vom kantonalen Amt für Raumordnung und Vermessung (ARV) in Aussicht gestellt.
Die Beschwerdeführerin verweist auf den Artikel "Fluglärm schafft Problem um Baulücke in Bülach" (NZZ vom 19. Mai 2008 S. 27). Danach sei die Überbaubarkeit des in der Wohn- bzw. Wohn- und Gewerbezone gelegenen städtischen Areals "Gringglen" gefährdet, falls sich der Bund im laufenden SIL-Verfahren mit seinem Wunsch nach einer raumplanerischen Sicherung für eine Parallelpiste durchsetzen sollte. Zwischenzeitlich hat der Bund diese Forderung jedoch fallen gelassen (Medienmitteilung des Bundesamts für Zivilluftfahrt vom 3. Juli 2008). Die Beschwerdeführerin legt nicht substantiiert dar, inwiefern die noch zur Diskussion stehenden Betriebsvarianten für den Flughafen Zürich die Planung Erachfeld/Gringglen verhindern könnten.
2.4 Nach dem Gesagten verletzt die Auslegung und Anwendung von § 324 PBG durch die Vorinstanzen weder das Willkürverbot noch Art. 21 RPG. Unter diesen Umständen erweist sich auch die Rüge der Verletzung der Eigentumsgarantie als unbegründet.
3. Schliesslich wirft die Beschwerdeführerin der Stadt Bülach widersprüchliches Verhalten vor und rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Treu und Glauben (Art. 5 und 9 BV). 1990 habe der Stadtrat mit der Beschwerdeführerin Kaufverhandlungen geführt, um auf den Grundstücken Sportplätze zu erstellen. 1996 seien die Baugrundstücke von der Freihaltezone Typ C (Sport) in die Besondere Erholungszone C (Familiengartenareal) umgezont worden, weil der Stadtrat behauptete, es bestehe grosser Bedarf an Familiengartenland. Nun vertrete die Stadt den genau gegenteiligen Standpunkt, wonach Bülach keine weiteren Familiengärten mehr benötige. Würden die Grundstücke der Reservezone zugeteilt, werde der Beschwerdeführerin noch der letzte Rest an Baumöglichkeiten genommen. Die Beschwerdeführerin vermutet, die Stadt wolle sie mit dieser "Salamitaktik" vollständig enteignen.
3.1 Sowohl die Baurekurskommission als auch das Verwaltungsgericht bezeichneten es zwar als befremdlich, dass bei der letzten Zonenplanänderung der Beschwerdeführerin entgegengehalten worden sei, es bestehe ein Bedürfnis für Familiengärten, während dieses Bedürfnis zehn Jahre später verneint werde. Die Richtigkeit der neuen Analyse der Bedürfnissituation könne aber nicht in Frage gestellt werden, und es sei für den Planungsprozess essentiell, eine frühere Fehlanalyse korrigieren zu können.
Die Stadt Bülach betont, dass auch die besonderen Erholungszonen B und C keine Bauzonen seien, sondern darin nur äusserst beschränkte zweckgebundene Bautätigkeiten erlaubt seien. Es gehe der Stadt nicht um die Enteignung der Beschwerdeführerin, sondern um eine den öffentlichen Bedürfnissen entsprechende Zonierung. Die Stadt weist darauf hin, dass die Beschwerdeführerin am 21. Dezember 2006 Ansprüche aus materieller Enteignung wegen der Umzonung in die Besondere Erholungszone C (Familiengartenareal) durch die BZO 1996 erhoben und eine Entschädigung von Fr. 316/m2 verlangt habe. Dieses Verfahren sei noch hängig.
3.2 Der Beschwerdeführerin wurde unstreitig keine Zusicherung erteilt, dass ihr Land in der Besonderen Erholungszone C (Familiengartenareal) bleiben soll. Sie macht auch nicht geltend, erhebliche Aufwendungen im Vertrauen auf diese Zonierung getätigt zu haben; die Grundstücke wurden bis heute landwirtschaftlich genutzt. Insofern ist nicht ersichtlich, dass die jetzt geplante Zuweisung der Grundstücke der Beschwerdeführerin in die Freihaltezone gegen Treu und Glauben verstösst.
Ob die erste Zonierung 1996 oder die jetzt geplante Zuweisung der Grundstücke zur Freihaltezone eine materielle Enteignung darstellt, ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Im Übrigen handelt es sich bei der Zuweisung in die Freihaltezone um eine Zwischenlösung. Längerfristig (nach Abschluss des SIL-Verfahrens und Anpassung der kantonalen Richtplanung) sollen alle Parzellen im Gebiet Erachfeld, einschliesslich der Grundstücke der Beschwerdeführerin, der Erholungszone B (Sportanlagen) zugewiesen werden, um die weiteren Etappen des Sport- und Erholungsparks Erachfeld zu realisieren.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Stadt Bülach ist praxisgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Ausschuss Bau und Infrastruktur des Stadtrates Bülach und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber