Sachverhalt:
A. Die C._ AG (Verkäuferin), vertreten durch A.X._, und die D._ GmbH (Käuferin), vertreten durch dessen Ehefrau B.X._, schlossen am 31. Januar 2001 einen Kaufvertrag über eine Liegenschaft in Uetendorf für Fr. 1,88 Mio. ab. Am 5. November 2001 wurde ein neuer Kaufvertrag zwischen der C._ AG und der D._ GmbH verurkundet, welcher den Kaufvertrag vom 31. Januar 2001 ersetzte und rückwirkend auf den 1. Juli 2001 einen Kaufpreis von Fr. 1,15 Mio. vorsah. Über die C._ AG wurde am 30. August 2002 der Konkurs eröffnet.
B. Das Kreisgericht Thun sprach A.X._ am 22. April 2010 vom Vorwurf der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung frei. Die Zivilklage der Y._ AG wies es zurück.
C. Das Obergericht des Kantons Bern erklärte A.X._ auf Appellation der Y._ AG hin der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 90.-- sowie zur Bezahlung von Fr. 59'522.-- (zzgl. Zins) Schadenersatz an die Y._ AG.
Das Obergericht hält für erwiesen, dass der Wert der Liegenschaft in Uetendorf mindestens Fr. 1,45 Mio. betrug, dass A.X._ davon Kenntnis hatte und dass er spätestens ab dem 30. Oktober 2000 mit dem Konkurs der C._ AG rechnete. Durch den Verkauf der Liegenschaft an die D._ GmbH, einer im gleichen Sektor wie die C._ AG tätigen Gesellschaft von ihm und seiner Ehegattin, habe er diese aus der Konkursliquidation ausnehmen wollen.
D. A.X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, ihn von der Anschuldigung der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung freizusprechen und die Zivilklage der Y._ AG abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er stellt ein Gesuch um aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Beweiswürdigung. Er wendet sich gegen die Feststellungen der Vorinstanz, der Verkehrswert der Liegenschaft in Uetendorf habe mindestens Fr. 1,45 Mio. betragen, und er habe um den bevorstehenden Konkurs gewusst.
1.2 Der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung macht sich u.a. der Schuldner strafbar, der zum Schaden der Gläubiger sein Vermögen vermindert, indem er Vermögenswerte gegen eine Leistung mit offensichtlich geringerem Wert veräussert, wenn über ihn der Konkurs eröffnet wird (<ref-law>). In subjektiver Hinsicht setzt der Tatbestand Vorsatz voraus, wobei Eventualvorsatz genügt (Art. 12 Abs. 1 und 2 StGB). Verlangt wird, dass der Täter im Bewusstsein des drohenden Vermögenszusammenbruchs handelt, d.h. sich bereits in einer bedrängten Vermögenslage befand, welche die konkrete Möglichkeit der Zwangsvollstreckung voraussehen liess (BGE 74 IV 33; Urteil 6B_415/2011 vom 13. Oktober 2011 E. 4.2).
1.2 Der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung macht sich u.a. der Schuldner strafbar, der zum Schaden der Gläubiger sein Vermögen vermindert, indem er Vermögenswerte gegen eine Leistung mit offensichtlich geringerem Wert veräussert, wenn über ihn der Konkurs eröffnet wird (<ref-law>). In subjektiver Hinsicht setzt der Tatbestand Vorsatz voraus, wobei Eventualvorsatz genügt (Art. 12 Abs. 1 und 2 StGB). Verlangt wird, dass der Täter im Bewusstsein des drohenden Vermögenszusammenbruchs handelt, d.h. sich bereits in einer bedrängten Vermögenslage befand, welche die konkrete Möglichkeit der Zwangsvollstreckung voraussehen liess (BGE 74 IV 33; Urteil 6B_415/2011 vom 13. Oktober 2011 E. 4.2).
1.3 1.3.1 Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich (<ref-law>) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Dem vom Beschwerdeführer angerufenen Grundsatz in dubio pro reo kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 5.4; je mit Hinweisen).
1.3.2 Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
2. 2.1 Die Vorinstanz stellt u.a. auf folgende Beweise bzw. Zahlen ab: Die von der Bank G._ in Auftrag gegebene Verkehrswertschätzung vom 14. April 2000 beziffert den Wert der Liegenschaft in Uetendorf auf Fr. 1,4 Mio. Der amtliche Wert für 1999/2000 betrug rund Fr. 1,68 Mio., der Brandversicherungswert Fr. 2'015'900.--. In der Buchhaltung der C._ AG wurde die Liegenschaft mit einem Wert von Fr. 1'934'768.-- geführt. Der Experte E._ gelangte in seiner Verkehrswertschätzung vom November 2000 zu einem Wert von Fr. 2,4 Mio. In einem vom Beschwerdeführer unterzeichneten Schreiben vom 11. Dezember 2000 an die Bank F._ betreffend Finanzierungsofferte wurde der Wert der Liegenschaft mit Verweis auf eine beiliegende Schätzung ebenfalls auf Fr. 2,4 Mio. veranschlagt. Die F._ gewährte der D._ GmbH für den Kauf der Liegenschaft in Uetendorf am 2. Februar 2001 ein Hypothekardarlehen über Fr. 1 Mio. Dieses Darlehen erhöhte sie schliesslich auf Fr. 1,15 Mio. (Urteil E. 2.3 S. 11 f. und E. 3.2 S. 13 f.).
2.2 Gestützt darauf gelangt die Vorinstanz zur Überzeugung, der Wert der Liegenschaft in Uetendorf habe weit über Fr. 1,15 Mio. gelegen. Sie erwägt, der im Kaufvertrag vom 31. Januar 2001 festgelegte Kaufpreis über Fr. 1,88 Mio. entspreche dem Buchwert der Liegenschaft und liege knapp über dem festgestellten amtlichen Wert von Fr. 1,68 Mio. In der Regel liege der amtliche Wert einer Liegenschaft weit unter deren Verkehrswert, was dem Beschwerdeführer, der in der Lage gewesen sein wollte, den Wert der Liegenschaft selber zu berechnen, sicherlich bekannt gewesen sei. Auch das Gutachten E._ vom November 2000, welches die Liegenschaft auf Fr. 2,4 Mio. schätze, spreche für einen höheren Wert. Nicht glaubhaft sei die Behauptung des Beschwerdeführers, er habe dieses Gutachten nicht gekannt, da er der F._ in seinem Schreiben vom 11. Dezember 2000 genau diesen Schatzungswert von Fr. 2,4 Mio. mitgeteilt habe. Hätte er gegenüber der F._ einen Verkehrswert von Fr. 1,15 Mio. angegeben, wäre diese kaum bereit gewesen, den Kaufpreis zu 100 % zu finanzieren (Urteil S. 14 f.). Einzig das Gutachten der G._ über Fr. 1,4 Mio. komme dem Wert von Fr. 1,15 Mio. näher. Zu beachten sei jedoch, dass dieses durch die Recovery-Abteilung der G._ in Auftrag gegeben worden sei. Ziel dieser Abteilung dürfte gewesen sein, die Liegenschaft so schnell wie möglich zu verkaufen, um möglichst wenig Verlust zu erleiden. Auffallend sei zudem, dass der von der F._ an die G._ überwiesene Betrag nicht weit unter der Gesamtforderung der G._ gelegen habe (Urteil S. 14). Die Argumentation des Beschwerdeführers, die Steuerverwaltung habe für die Berechnung der Grundstückgewinnsteuer den Kaufpreis von Fr. 1,15 Mio. anerkannt, verwirft die Vorinstanz mit der Begründung, diese habe nicht aufgrund eigener Erhebungen entschieden (Urteil S. 15). Die Vorinstanz geht in dubio pro reo von einem Wert der Liegenschaft von mindestens Fr. 1,45 Mio. aus.
2.3 Die Vorinstanz weist darauf hin, dass sich durch den Verkauf der Liegenschaft für Fr. 1,15 Mio. für die C._ AG ein Buchverlust von Fr. 736'000.-- ergab. Als nicht glaubhaft stuft sie die Erklärung des Beschwerdeführers ein, durch den Verkauf habe eine Sanierung der C._ AG bewirkt werden sollen. Diese Aussage stehe auch im Widerspruch zum Jahresprotokoll der C._ AG vom 13. Oktober 2000, wonach beschlossen worden sei, sämtliche Zweige der C._ AG zu schliessen, alle Immobilien zu verkaufen und die C._ AG schliesslich aufzulösen. Erstellt sei, dass der Beschwerdeführer von der bevorstehenden Liquidation bereits vor der Veräusserung der Liegenschaft Kenntnis hatte (Urteil S. 15 f.).
3. 3.1 Die vorinstanzlichen Ausführungen sind nicht willkürlich. Die Vorinstanz durfte gestützt auf die Beweise davon ausgehen, die Liegenschaft hätte auch bei einem Kaufpreis von Fr. 1,45 Mio. einen Käufer gefunden. Sie legt zudem dar, weshalb der Beschwerdeführer angesichts des Protokolls vom 13. Oktober 2000 um die bevorstehende Liquidation bzw. die Möglichkeit eines Konkurses wusste.
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe auf die Verkehrswertschätzung der G._ abstellen dürfen. Der Preis von Fr. 1,4 Mio. beinhalte auch die später abparzellierte Liegenschaft H._-strasse xx. Diese sei im Oktober 2000 für Fr. 400'000.-- (und nicht wie von der G._ fälschlicherweise ausgeführt lediglich Fr. 375'000.--) verkauft worden, was für das verbleibende Grundstück einen Wert von rund Fr. 1 Mio. ergebe. Sachliche Gründe für ein Abweichen von der Verkehrswertschätzung der G._ lägen nicht vor (Beschwerde S. 5 ff. und 10). Diese Argumentation geht bereits deshalb fehl, weil aus dem Wert vor der Abparzellierung und dem Kaufpreis für die abparzellierte Liegenschaft nicht ohne Weiteres auf den Wert der verbleibenden Parzelle geschlossen werden kann. Auch erklärt dies insbesondere nicht, weshalb die Liegenschaft (auch nach der Abparzellierung) in der Buchhaltung der C._ AG und im Gutachten E._, auf welches sich der Beschwerdeführer gegenüber der F._ selber berief, einen bedeutend höheren Wert aufwies. Die Vorinstanz legt dar, weshalb nicht einzig auf das Gutachten der G._ abgestellt werden kann. Der Beschwerdeführer setzt sich damit nicht auseinander. Er behauptet pauschal, der Buchwert, der Versicherungswert und das Gutachten E._ vom November 2000 seien nicht massgeblich bzw. zur Schätzung des Verkehrswerts ungeeignet (Beschwerde S. 9 f.), ohne hierfür jedoch eine nachvollziehbare Begründung zu liefern. Auf diese rein appellatorische Kritik ist nicht einzutreten.
3.3 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, ein Verkehrswert von mindestens Fr. 1,45 Mio. sei gutachterlich nicht belegt. Sie habe es unterlassen, ein gerichtliches Gutachten einzuholen und masse sich an, den Verkehrswert ohne die hierfür notwendigen Fachkenntnisse selber berechnen zu können (Beschwerde S. 5 f. und 10). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, er habe im kantonalen Verfahren die Einholung eines gerichtlichen Gutachtens beantragt. Er kann der Vorinstanz daher nicht zum Vorwurf machen, dass sie ein solches nicht beizog. Dies war auch nicht von Amtes wegen erforderlich, da die Vorinstanz über verschiedene Schätzungen verfügte, die Aufschluss über den Wert der Liegenschaft gaben.
3.3 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, ein Verkehrswert von mindestens Fr. 1,45 Mio. sei gutachterlich nicht belegt. Sie habe es unterlassen, ein gerichtliches Gutachten einzuholen und masse sich an, den Verkehrswert ohne die hierfür notwendigen Fachkenntnisse selber berechnen zu können (Beschwerde S. 5 f. und 10). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, er habe im kantonalen Verfahren die Einholung eines gerichtlichen Gutachtens beantragt. Er kann der Vorinstanz daher nicht zum Vorwurf machen, dass sie ein solches nicht beizog. Dies war auch nicht von Amtes wegen erforderlich, da die Vorinstanz über verschiedene Schätzungen verfügte, die Aufschluss über den Wert der Liegenschaft gaben.
3.4 3.4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, durch den Verkauf der Liegenschaft sei ein Sanierungserfolg von Fr. 73'000.-- erzielt worden. Bei einem Kaufpreis von Fr. 1,88 Mio. wäre zwar der Verkaufserlös um Fr. 730'000.-- höher ausgefallen, hingegen hätte die G._ nicht auf einen Teil ihrer Forderungen verzichtet. Eine Vermögensminderung zulasten eines Dritten (schon gar nicht der Beschwerdegegnerin 1) liege demnach nicht vor. Einzig die G._ und er selber hätten im Rahmen der Sanierung der C._ AG Vermögenseinbussen auf sich nehmen müssen (Beschwerde S. 7 f., 11 f. und 14 f.). Angesichts dieses Sanierungserfolgs könne ihm nicht vorgeworfen werden, er habe um den bevorstehenden Konkurs gewusst (Beschwerde S. 15).
3.4.2 Die Vorinstanz trug dem Einwand des Beschwerdeführers Rechnung. Sie geht mit dem Beschwerdeführer von einem Sanierungserfolg von Fr. 73'000.-- aus. Sie ergänzt jedoch, dass dieser beim höheren Verkaufspreis ebenfalls höher ausgefallen wäre (Urteil S. 15).
3.4.3 <ref-law> schützt das Vermögen der Gläubiger, wenn dem Schuldner der Vermögensverfall droht oder ein solcher bereits eingetreten ist (vgl. STRATENWERTH/JENNY/BOMMER, Schweizerisches Strafrecht, Bes. Teil I, 7. Aufl. 2010, N. 1 S. 516). Das strafbare Verhalten richtet sich - wie auch beim Tatbestand von <ref-law> - gegen den Zugriff der Gläubiger auf das Exekutionssubstrat. Tatobjekt können daher nur Vermögenswerte sein, die der Zwangsvollstreckung unterliegen. Die Vertragsfreiheit des Schuldners ist einzig insoweit eingeschränkt, als er grundsätzlich keine Verträge eingehen darf, die dieses Exekutionssubstrat zum Nachteil von Gläubigern vermindern (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1c; vgl. auch STRATENWERTH/JENNY/BOMMER, a.a.O., N. 8 S. 519 und N. 19 S. 523; TRECHSEL/OGG, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 4 zu <ref-law>).
3.4.4 Auf den Einwand des Beschwerdeführers, es seien keine Gläubiger zu Schaden gekommen, wäre näher einzugehen gewesen, wenn die G._ gegenüber der C._ AG grundpfandgesicherte Forderungen in der Höhe des Marktwerts der Liegenschaft Uetendorf gehabt hätte. Fraglich wäre, ob bei dieser Konstellation eine Gläubigerschädigung im Sinne von <ref-law> nicht zu verneinen wäre, da ein Mehrerlös aus dem Verkauf der Liegenschaft der G._ (welche in den tiefen Verkaufspreis einwilligte) und nicht den übrigen Gläubigern zugutegekommen wäre (vgl. Art. 198 und Art. 219 Abs. 1 SchKG). Wie es sich damit verhält, kann offenbleiben, da der Beschwerdeführer nicht behauptet, die G._ habe über Vorzugsrechte in dieser Höhe verfügt. Solches ergibt sich auch nicht ohne Weiteres aus den Akten. Der Beschwerdeführer zeigt nicht substanziiert auf, weshalb die Berechnungen der Vorinstanz offensichtlich falsch sind und der Verkauf der Liegenschaft nicht zum Schaden der übrigen Gläubiger erfolgte. Dass ein gewisser Sanierungserfolg erzielt wurde, schliesst eine Schädigung der Gläubiger und ein Wissen des Beschwerdeführers um den bevorstehenden Konkurs nicht aus.
3.5 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe unberücksichtigt gelassen, dass er unter existenziellem Druck gestanden sei, da er die Bedingungen der G._ habe erfüllen müssen (Beschwerde S. 11 f.). Die Vorinstanz verneint eine besondere Drucksituation. Dies ist nicht zu beanstanden. Ohnehin ist nicht ersichtlich, wie der vom Beschwerdeführer empfundene existenzielle Druck das Beweisergebnis der Vorinstanz hätte beeinflussen müssen.
3.6 Auch die übrigen Einwände des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, Willkür aufzuzeigen. An der Sache vorbei geht namentlich das Argument, die F._ sei durch die 100 %-ige Finanzierung des Kaufpreises nicht geschädigt worden. Der Beschwerdeführer weist selber darauf hin, dass im Überweisungsbeschluss kein entsprechender Vorwurf erhoben wurde (Beschwerde S. 13). Seine Rügen sind unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
4. Seiner rechtlichen Argumentation legt der Beschwerdeführer lediglich eigene, von der willkürfreien Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz abweichende Tatsachenbehauptungen zugrunde, indem er erneut geltend macht, der Wert der Liegenschaft in Uetendorf habe nur rund Fr. 1 Mio. betragen, er habe berechtigterweise von diesem Wert ausgehen dürfen, und er habe mit dem Konkurs der C._ AG nicht rechnen müssen. Darauf ist nicht einzutreten (<ref-law>).
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird mit dem Entscheid in der Sache gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld