Sachverhalt:
Die deutsche Staatsangehörige X._, geboren am 18. Januar 1965, beantragte am 1. Juni 2009 die Einbürgerung. Das Einbürgerungsgesuch wurde von der Bürgerrechtsbehörde Meilen mit Beschluss vom 12. Mai 2010 abgelehnt.
A. Dagegen erhob X._ am 21. Juni 2010 Rekurs an den Bezirksrat Meilen. Dieser wies den Rekurs am 14. Oktober 2010 aufgrund der Eintragungen im Betreibungsregister ab.
B. Gegen den Rekursentscheid erhob X._ am 29. November 2010 Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 1. Juni 2011 ab.
C. Dagegen hat X._ am 24. August 2011 subsidiäre Verfassungsbeschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und ihr Einbürgerungsgesuch sei gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Gemeinde Meilen beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Rechtsbegehren fest.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law> ist gemäss <ref-law> gegen Entscheide über die ordentliche Einbürgerung ausgeschlossen. Eine andere ordentliche Beschwerde fällt nicht in Betracht. Damit ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law> im Grundsatz gegeben.
Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>); es gilt das Rügeprinzip (Art. 117 i.V.m. <ref-law>). Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung des Grundsatzes der Verhältnismässigkeit gemäss <ref-law> sowie einen Verstoss gegen das Willkürverbot gemäss <ref-law>.
1.1 Das Verhältnismässigkeitsprinzip (<ref-law>) ist ein allgemeiner rechtsstaatlicher Grundsatz und stellt kein verfassungsmässiges Recht i.S.v. <ref-law> dar (GIOVANNI BIAGGINI, Basler-Kommentar, 2011, 2. Auflage, Art. 116 N. 16; so schon die ständige bundesgerichtliche Rechtsprechung zur staatsrechtlichen Beschwerde, der die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nachgebildet ist; vgl. <ref-ruling> E. 10 S. 11 mit Hinweisen).
Im Übrigen deckt sich die Rüge der Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips bei der Anwendung von kantonalem Recht mit der Willkürrüge, weil das Bundesgericht ausserhalb von Grundrechtseingriffen (<ref-law>) nur einschreitet, wenn die kantonalrechtliche Anordnung offensichtlich unverhältnismässig ist und damit gleichzeitig gegen das Willkürverbot verstösst (<ref-ruling> E. 4 S. 156 ff.).
1.2 Näher zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin nach <ref-law> zur Willkürrüge legitimiert ist.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung setzt dies voraus, dass sich die beschwerdeführende Person auf eine durch das Gesetz oder ein spezielles Grundrecht geschützte Rechtsstellung berufen kann (<ref-ruling> ff.). Vorliegend ist unstreitig, dass die Beschwerdeführerin keinen Anspruch auf Einbürgerung nach § 21 Abs. 2 oder 3 des Zürcher Gemeindegesetzes vom 6. Juni 1926 (GG) hat, sondern die Einbürgerung im Ermessen der Gemeinde liegt (§ 22 Abs. 1 GG). Sie beruft sich auch nicht auf ein spezielles Grundrecht.
Sie ist daher nicht zur Rüge berechtigt, der angefochtene bzw. zugrunde liegende Entscheid verletze das Willkürverbot nach <ref-law>. Dieser Ausschluss bezieht sich sowohl auf die Anwendung des kantonalen Rechts als auch auf die Würdigung der massgeblichen Sachverhaltselemente (Urteil 1D_17/2007 vom 2. Juli 2008 E. 1.2, in AJP 2008 S. 1286; ZBl 110/2009 S. 114; RDAF 2010 I S. 315).
2. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gemeinde Meilen hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Meilen und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber