Fatti:
A. Secondo un estratto del registro delle esecuzioni rilasciato il 16 maggio 2012 dall'Ufficio di esecuzione e fallimenti (UEF) di Locarno, a carico di A._ risultano quattro attestati di carenza di beni. Tre di questi sono stati rilasciati a favore dello Stato del Cantone Ticino, il primo in data 18 febbraio 1963 e gli altri in data 29 settembre 1980 per gli importi di fr. 26.80 rispettivamente di fr. 1'216.-- ciascuno.
B. Con sentenza del 22 agosto 2012, la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CEF), quale autorità di vigilanza, ha respinto il ricorso di A._ volto a contestare il rifiuto dell'UEF di cancellare dal suo registro i tre attestati succitati.
C. Avverso questa sentenza, A._ insorge al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 31 agosto 2012, postulando la radiazione degli attestati di carenza di beni rilasciati a favore dello Stato del Cantone Ticino.
Con decreto del 5 settembre 2012, è stata respinta la domanda di effetto sospensivo presentata contestualmente al gravame.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1. 1.1 Il ricorso è stato interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 2 lett. a LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2) pronunciata, in materia di esecuzione e fallimento (art. 72 cpv. 2 lett. a LTF), dall'autorità ticinese di ultima (unica) istanza (art. 75 LTF e art. 10 cpv. 1 della legge ticinese di applicazione della legge federale sulla esecuzione e sul fallimento del 12 marzo 1997, LALEF/TI, RL 3.5.1.1; MARCO LEVANTE, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. I, 2a ed. 2010, n. 19 ad art. 19 LEF). Trattandosi di una decisione dell'autorità cantonale di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento, il valore di causa è privo di rilievo (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF; <ref-ruling> consid. 1.2). Il ricorso in materia civile risulta pertanto in linea di principio ammissibile alla luce dei citati disposti.
1.2 Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Ciò nondimeno, giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF, nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Ciò significa che il ricorrente deve almeno confrontarsi brevemente con i considerandi della sentenza impugnata pena l'inammissibilità del gravame (<ref-ruling> consid. 2.1). Le esigenze di motivazione sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali. II Tribunale federale esamina queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'art. 106 cpv. 2 LTF. Ne discende che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati, precisando altresì in che consista tale violazione (<ref-ruling> consid. 2.2).
Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Esso può scostarsene solo se è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF), ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
2. Il creditore partecipante al pignoramento riceve per l'ammontare rimasto scoperto del suo credito un attestato di carenza di beni (art. 149 cpv. 1 primo periodo LEF). Tale attestato è menzionato nel registro delle esecuzioni, prescritto dal diritto federale (v. art. 8 cpv. 1 n. 2 del regolamento del 5 giugno 1996 sui formulari e registri da impiegare in tema d'esecuzione e di fallimento e sulla contabilità; Rform; RS 281.31), con le iniziali RS per significare una realizzazione che lascia uno scoperto totale o parziale (art. 10 Rform), e qualora il diritto cantonale lo preveda, nel registro degli attestati di carenza di beni (v. PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. I, 1999, n. 28 ad art. 8 LEF). Il debitore può sempre estinguere il debito versandone l'ammontare all'ufficio d'esecuzione che ha rilasciato l'attestato di carenza di beni (art. 149a cpv. 2 primo periodo LEF). Dopo il pagamento dell'intero debito, l'iscrizione dell'attestato di carenza di beni è cancellata (d'ufficio, v. JAMES T. PETER, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. I, 2a ed. 2010, n. 29 ad art. 8a LEF) dal registro (art. 149a cpv. 3 primo periodo LEF) rispettivamente le iniziali RS sono sostituite con la lettera P per significare l'estinzione del credito mediante pagamento del debitore all'ufficio (art. 10 Rform; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, op. cit., vol. II, 2000, n. 28 segg. ad art. 149a LEF). Della cancellazione viene dato atto al debitore che lo richieda (art. 149a cpv. 3 secondo periodo LEF). Il creditore deve, per mezzo dell'ufficiale, restituire quitanzati al debitore i titoli dei crediti intieramente soddisfatti (art. 150 cpv. 1 LEF). Per titolo di credito s'intende ogni documento probatorio relativo al credito, compreso l'attestato di carenza di beni (<ref-ruling> consid. 1 pag. 45).
Giusta l'art. 8 cpv. 3 LEF, l'ufficio d'esecuzione rettifica d'ufficio o su domanda della persona toccata le iscrizioni erronee. Mediante la rettifica l'ufficiale o l'organo d'esecuzione modifica lo stato delle iscrizioni in qualsiasi libro, registro, verbale o documento che è incaricato di tenere o conservare, per adeguarlo alla realtà fattuale o giuridica esistente (PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, op. cit., vol. I, 1999, n. 41 ad art. 8 LEF).
In quanto pubblici documenti (v. art. 9 cpv. 1 CC), i verbali e i registri fanno fede fino a prova contraria (art. 8 cpv. 2 LEF). L'onere della prova, che non è soggetta ad alcuna forma speciale (art. 9 cpv. 2 CC), incombe dunque alla persona che contesta la correttezza di un'iscrizione.
3. In concreto la vertenza è limitata alla prova dell'inesattezza del registro delle esecuzioni / degli attestati di carenza di beni rispettivamente della realizzazione dei presupposti per una loro rettifica, e meglio alla prova dell'estinzione dei debiti oggetto degli attestati di carenza di beni.
3.1 Il ricorrente sostiene di aver onorato i debiti oggetto degli attestati di carenza di beni direttamente all'UEF. Questo avrebbe dovuto farsi consegnare i titoli dal creditore e quindi cancellarli. Posto come siano trascorsi ormai trent'anni, egli non disporrebbe più delle ricevute. A sostegno della sua richiesta di cancellazione, avrebbe comunque prodotto due diverse dichiarazioni dello stesso UEF, datate rispettivamente 27 febbraio 1989 e 18 settembre 1990, secondo le quali non risultavano attestati di carenza di beni a suo carico. Questa circostanza sarebbe pure confermata da uno scritto del 20 settembre 1990, sempre allegato alla sua richiesta, in cui l'Amministrazione cantonale delle contribuzioni certificava l'inesistenza di debiti dell'insorgente a titolo d'imposta.
3.2 Premesso che gli incarti relativi alle esecuzioni nei confronti del ricorrente non erano più reperibili in ragione del superamento dei termini previsti per la loro conservazione (v. art. 2 del regolamento del 5 giugno 1996 sulla conservazione dei documenti relativi alle esecuzioni e ai fallimenti; RCDoc; RS 281.33), la CEF ha ritenuto che l'insorgente non avesse dimostrato di aver pagato gli importi oggetto degli attestati di carenza di beni menzionati nei registri, presupposto necessario alla loro cancellazione in forza dell'art. 149a cpv. 3 LEF. Gli scritti prodotti dal ricorrente non sono stati considerati dalla CEF prova dell'estinzione dei suoi debiti. Da un lato, le dichiarazioni dell'UEF erano viziate da un errore consecutivo alla mancata ripresa nel sistema informatico dei dati fissati su supporto cartaceo in occasione dell'informatizzazione degli uffici di esecuzione e fallimenti negli anni 1990. I tre attestati di carenza di beni sono successivamente stati (re)iscritti sulla scorta degli originali prodotti dal creditore. Peraltro, ha rilevato la CEF, il fatto stesso che gli originali degli attestati di carenza di beni fossero ancora in mano al creditore indicava che i relativi importi non erano stati saldati, perché conformemente all'art. 150 cpv. 1 LEF, prima di versare al creditore le somme pagate, l'UEF esige la restituzione degli attestati al fine di consegnarli quitanzati al debitore (supra consid. 2). Dall'altro lato, neppure la dichiarazione dell'Amministrazione cantonale delle contribuzioni soccorreva al ricorrente, nella misura in cui è stata rilasciata con la menzione "salvo errori o omissioni". La CEF ha quindi escluso un annullamento convenzionale del debito ai sensi dell'art. 115 CO.
3.3 Con queste dettagliate considerazioni il ricorrente non si confronta minimamente, limitandosi ad affermare di aver pagato i suoi debiti. Rileva come sia strano che nello stesso periodo due diversi uffici abbiano commesso lo stesso errore di controllo e ipotizza che l'UEF abbia omesso di chiedere al creditore la restituzione degli attestati di carenza di beni contestati. Sennonché non lamenta e ancor meno sostanzia arbitrio di sorta nell'accertamento dei fatti o nella valutazione delle prove (sulla cui nozione v. <ref-ruling> consid. 7.1), ma propone una sua personale interpretazione dei documenti agli atti in modo appellatorio e quindi inammissibile (v. <ref-ruling> consid. 3).
Poiché l'insorgente, a cui incombeva l'onere probatorio, non ha dimostrato di aver estinto i debiti oggetto degli attestati di carenza di beni, il rifiuto della CEF di ordinare la cancellazione della loro iscrizione dal registro è conforme al diritto (v. art. 149a cpv. 3 LEF a contrario e art. 8 cpv. 2 LEF).
4. Da quanto precede discende che il ricorso va respinto nella misura in cui risulta ammissibile.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF) e sono pertanto poste a carico del ricorrente. Non si accordano ripetibili (art. 68 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 300.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, all'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Locarno e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.