Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 28. August 2008 verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich einen Anspruch des F._ (geb. 1959) auf eine Invalidenrente (Invaliditätsgrad: 21 %).
B. Auf die vom Versicherten mit dem Antrag auf Feststellung eines Invaliditätsgrades von 34 % erhobene Beschwerde trat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 13. November 2008 nicht ein.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und das Rechtsbegehren stellen, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und ein Invaliditätsgrad von 34 % festzustellen. Eventualiter sei die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz zu Recht mit der Begründung fehlenden Rechtsschutzinteresses (vgl. <ref-law>) nicht auf die Beschwerde vom 29. September 2008 eingetreten ist. Da die Vorinstanz sich in ihrem Nichteintretensentscheid auch nicht im Rahmen einer Eventualbegründung zur Höhe des Invaliditätsgrades geäussert hat, kann einzig die prozessuale Frage des vorinstanzlichen (Nicht-)Eintretens Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens sein. Auf den materiellrechtlichen Antrag, es sei festzustellen, dass ein Invaliditätsgrad von 34 % bestehe, ist deshalb nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Begriff des schutzwürdigen Interesses für das kantonale Beschwerdeverfahren (<ref-law>) ist materiellrechtlich gleich auszulegen wie derjenige nach Art. 103 lit. a des bis 31. Dezember 2006 in Kraft gewesenen Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) für das bundesrechtliche Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren (<ref-ruling> E. 2.2 S. 390 f., 560 E. 3.2 S. 563, je mit Hinweisen), an welcher Definition sich auch unter der Herrschaft des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgerichtsgesetzes (BGG) nichts geändert hat, so dass im Rahmen von <ref-law> die Rechtsprechung zu Art. 103 lit. a OG weitergeführt wird (<ref-ruling> E. 2.1 S. 122, 133 II 400 E. 2.2 S. 404 f.; SVR 2008 UV Nr. 20 S. 74, 8C_146/2008 E. 1.2).
2.2 Als schutzwürdig im Sinne von Art. 103 lit. a OG gilt jedes praktische oder rechtliche Interesse, welches eine von der Verfügung betroffene Person an deren Änderung oder Aufhebung geltend machen kann. Das schutzwürdige Interesse besteht im praktischen Nutzen einer Gutheissung der Beschwerde oder - anders ausgedrückt - im Umstand, einen Nachteil wirtschaftlicher, ideeller, materieller oder anderweitiger Natur zu vermeiden, welchen der angefochtene Entscheid mit sich bringen würde (<ref-ruling> E. 2.1 S. 365 f. mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung zu Art. 103 lit. a OG wird das Rechtsschutzinteresse verneint, wenn sich die Beschwerde nur gegen die Begründung der angefochtenen Verfügung richtet, ohne dass eine Änderung des Dispositivs verlangt wird. Bei einer Verfügung über Versicherungsleistungen bildet grundsätzlich einzig die Leistung Gegenstand des Dispositivs. Die Beantwortung der Frage, welcher Invaliditätsgrad der Rentenzusprechung zugrunde gelegt wurde, dient demgegenüber in der Regel lediglich der Begründung der Leistungsverfügung. Sie könnte nur dann zum Dispositiv gehören, wenn und insoweit sie Gegenstand einer Feststellungsverfügung ist. Da in jedem Fall nur das Dispositiv anfechtbar ist, muss bei Anfechtung der Motive einer Leistungsverfügung im Einzelfall geprüft werden, ob damit nicht sinngemäss die Abänderung des Dispositivs beantragt wird. Sodann ist zu untersuchen, ob die beschwerdeführende Person allenfalls ein schutzwürdiges Interesse an der sofortigen Feststellung hinsichtlich des angefochtenen Verfügungsbestandteils hat (SVR 2007 IV Nr. 3 S. 8, I 808/05 E. 1.3 mit Hinweis).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht ein schutzwürdiges Interesse an der Feststellung eines höheren Invaliditätsgrades als 21 % geltend mit der Begründung, dass die Vorsorgeeinrichtung, bei welcher er im Rahmen der zweiten Säule gegen Invalidität versichert sei, die BVG-Sammelstiftung der Rentenanstalt Zürich, Vorsorgewerk der X._AG, auf den von der Invalidenversicherung ermittelten Invaliditätsgrad abstelle und auch bei einem zwischen 25 und 39 % liegenden Invaliditätsgrad eine Teilinvalidenrente ausrichte.
3.2 Nach der Rechtsprechung sind die Vorsorgeeinrichtungen im Bereich der gesetzlichen Mindestvorsorge an die Feststellungen der IV-Organe gebunden. Dies gilt, soweit die invalidenversicherungsrechtliche Betrachtungsweise auf Grund der gesamthaften Prüfung der Akten nicht als offensichtlich unhaltbar erscheint. Des Weitern entfällt eine Bindungswirkung, wenn die Vorsorgeeinrichtung nicht ins invalidenversicherungsrechtliche Verfahren einbezogen wird. Denn den Versicherern nach BVG steht in diesem Verfahren ein selbstständiges Beschwerderecht zu. Deshalb ist die IV-Stelle verpflichtet, eine Rentenverfügung allen in Betracht fallenden Vorsorgeeinrichtungen von Amtes wegen zu eröffnen. Unterbleibt ein solches Einbeziehen der Vorsorgeeinrichtung, ist die invalidenversicherungsrechtliche Festsetzung des Invaliditätsgrades berufsvorsorgerechtlich nicht verbindlich. Hält sich die Vorsorgeeinrichtung demgegenüber im Rahmen des Verfügten, kommt ohne Weiterungen die vom Gesetzgeber gewollte, in den Art. 23 ff. BVG zum Ausdruck gebrachte Verbindlichkeitswirkung des Entscheids der Invalidenversicherung zum Zuge. Stellt die Vorsorgeeinrichtung auf die invalidenversicherungsrechtliche Betrachtungsweise ab, muss sich die versicherte Person dies entgegenhalten lassen, soweit diese für die Festlegung des Anspruchs auf eine Rente entscheidend war, und zwar ungeachtet dessen, ob die Vorsorgeeinrichtung im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren beteiligt war oder nicht; auch hier bleibt die offensichtliche Unhaltbarkeit der Invaliditätsbemessung durch die IV-Stelle vorbehalten (SVR 2007 IV Nr. 3 S. 8, I 808/05 E. 3 mit Hinweisen).
Da sich die Verbindlichkeitswirkung nur in Bezug auf Feststellungen und Beurteilungen der IV-Organe entfalten kann, die im IV-rechtlichen Verfahren für die Festlegung des Anspruches auf eine Invalidenrente entscheidend waren (vgl. Urteil B 63/04 vom 28. Dezember 2004 E. 3.1 und B 79/99 vom 26. Januar 2001 E. 6 [betreffend Eintritt der Arbeitsunfähigkeit]; vgl. auch Hürzeler, Invaliditätsproblematiken in der beruflichen Vorsorge, 2006, S. 232 Rz. 546), besteht namentlich keine Bindungswirkung an einen von der IV-Stelle ermittelten Invaliditätsgrad, welcher die gesetzliche Mindestgrenze von 40 % (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG) nicht erreicht, weil in diesem unterhalb der Erheblichkeitsschwelle liegenden Bereich für die Organe der Invalidenversicherung keine Veranlassung besteht, eine genaue Bestimmung des Invaliditätsgrades vorzunehmen (Urteil B 62/00 vom 19. Juli 2001 E. 3a; vgl. auch Hürzeler, a.a.O., S. 207 Rz. 491 f.).
3.3 Wie der Beschwerdeführer zutreffend geltend macht, stellt Art. 5 Abs. 1 des Reglements für das Vorsorgewerk der X._ AG in der ersten Variante auf den Invaliditätsbegriff der Invalidenversicherung ab und lässt sich aus Art. 5 Abs. 2 des Reglements, wonach bei "teilweiser Invalidität von weniger als einem Viertel" kein Anspruch auf Leistungen besteht, schliessen, dass bereits bei tieferen Invaliditätsgraden als der in Art. 24 Abs. 1 lit. d BVG (in Anlehnung an <ref-law>) vorgesehenen Erheblichkeitsschwelle von 40 % reglementarische Invalidenrenten ausgerichtet werden. Nach dem Gesagten (E. 3.2) und entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung ist die Vorsorgeeinrichtung indessen nicht an den Entscheid der IV-Stelle gebunden, weil diese in der Verfügung vom 28. August 2008 mit 21 % einen unterhalb des gesetzlichen Mindestmasses von <ref-law> liegenden Invaliditätsgrad ermittelt hat. Entfaltet die Rentenverfügung mithin für die berufliche Vorsorge keine Bindungswirkung, ist ein schutzwürdiges Interesse des Versicherten an der Anfechtung derselben und an der Feststellung eines höheren Invaliditätsgrades auch im Hinblick auf die Zusprechung einer Rente der beruflichen Vorsorge zu verneinen, weshalb die Vorinstanz auf die Beschwerde zu Recht nicht eingetreten ist.
4. Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Keel Baumann