Sachverhalt:
A. Die X._ mit Sitz in A._ ist eine Genossenschaft im Sinne von <ref-law>. Sie bezweckt gemäss ihren Statuten die aktive Förderung der sparsamen und rationellen Energienutzung in den Bereichen Wohnen, Gewerbe, Landwirtschaft, Industrie, Dienstleistungen und Verwaltung; die Realisierung von Energiesparmassnahmen sowie die Errichtung von oder die Beteiligung an Energieerzeugungsanlagen und deren Planung, Verwaltung, Betrieb und Unterhalt aus dem Bereich der erneuerbaren Energien sowie zukünftiger Technologien, die ganz oder teilweise zu den erneuerbaren Energien gehören und einen sinnvollen Beitrag zur rationellen Energienutzung leisten; die Aufklärung und sachgerechte Information über das Energiesparen und den Einsatz erneuerbarer Energieformen sowie zukünftiger Technologien in Zusammenarbeit mit interessierten Stellen und Behörden; ferner die Förderung der Zusammenarbeit mit interessierten Kreisen (Bund, Kanton, Gemeinden, Lehranstalten, Elektrizitätswerke, Verbänden u.a.). Für grössere Projekte kann die X._ eigene Projektgesellschaften gründen oder sich daran beteiligen.
Mitglieder der X._ können natürliche und juristische Personen sowie Körperschaften des öffentlichen Rechts werden, sofern sie einen Genossenschaftsanteil von (ursprünglich) mindestens Fr. 50.-- übernehmen. Jeder Genossenschafter ist zur Leistung eines Jahresbeitrags verpflichtet, dessen Höhe von der Generalversammlung festgelegt wird. Die Mitglieder haben gegenüber der Genossenschaft diejenigen Rechte, die ihnen Statuten und Reglement einräumen. Insbesondere können sie im Rahmen des Reglements und der Zeichnungsprospekte auch anlagebezogene Anteilscheine erwerben und Darlehen gewähren. Zudem hat jedes Mitglied Anspruch auf Unterstützung im Sinne des Zweckartikels, vor allem bezüglich konkreter Energiesparmassnahmen.
B. Die X._ ist seit dem 1. Januar 1999 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen. Im Januar 2002 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) bei ihr eine Kontrolle durch. Für die Steuerperioden 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000 resultierte daraus eine Nachbelastung von Fr. 42'853.--, für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2001 eine solche von Fr. 28'584.--. Grund hierfür war, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung die X._ als gewinnstrebige Einrichtung erachtete, weshalb die Ausnahmebestimmung von Art. 14 Ziff. 11 der Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 (MWSTV) bzw. Art. 18 Ziff. 13 des Bundesgesetzes über die Mehrwertsteuer vom 2. September 1999 (MWSTG; SR 641.20) nicht zum Tragen komme; die von der X._ vereinnahmten Mitgliederbeiträge seien vielmehr als steuerbares Entgelt zu betrachten. Ausserdem verkürzte sie den geltend gemachten Vorsteuerabzug aufgrund der vom Bundesamt für Energie für bestimmte Investitionen ausgerichteten Beiträge.
Mit Verfügungen vom 23. September 2002 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung diese Nachforderungen. Die dagegen erhobenen Einsprachen wies sie mit Entscheiden vom 29. Dezember 2006 ab.
C. Gegen die Einspracheentscheide führte die X._ Beschwerden an das Bundesverwaltungsgericht. Sie machte damit im Wesentlichen geltend, sie sei eine nichtgewinnstrebige Einrichtung, weshalb die Mitgliederbeiträge von der Mehrwertsteuer auszunehmen seien. Unabhängig davon seien jedenfalls die Gönnerbeiträge und Spenden von der Steuer auszunehmen. Mit zwei im Wesentlichen gleich lautenden Entscheiden vom 9. November 2007 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerden im Sinne der Erwägungen teilweise gut, hob die Einspracheentscheide auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück. Das Gericht gelangte zum Ergebnis, die X._ habe als gewinnstrebig zu gelten, dies insbesondere deswegen, weil die Genossenschafter aus der angestrebten Verzinsung der Anteilscheine direkte materielle Vorteile aus der Tätigkeit der Genossenschaft erzielen könnten und auch erzielen sollten. Die Voraussetzung der Steuerausnahme nach <ref-law> bzw. <ref-law> sei folglich in dieser Hinsicht nicht erfüllt. Dennoch sei die Beschwerde aus einem anderen Grund teilweise gutzuheissen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung habe die Mitgliederbeiträge der Genossenschafter allein deswegen der Mehrwertsteuer unterstellt, weil sie die X._ - zu Recht - als gewinnstrebig betrachtet habe. Sie habe aber nicht ermittelt, inwieweit sich die Beiträge mangels eines Leistungsaustauschs dem Geltungsbereich der Mehrwertsteuer entzögen und damit echte Mitgliederbeiträge darstellten oder ob es sich um unechte Mitgliederbeiträge handle, denen ein Leistungsaustausch zugrundeliege.
D. Gegen diese Entscheide hat die Eidgenössische Steuerverwaltung beim Bundesgericht zwei separate Beschwerden erhoben (2C_743/2007 betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2001; 2C_ 744/2007 betreffend die Steuerperioden 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000). Sie beantragt die Vereinigung der beiden Verfahren und stellt im Übrigen folgende Rechtsbegehren:
"2. Ziff. 1 des Dispositivs des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. November 2007 sei in Bezug auf die teilweise Gutheissung und Rückweisung an die ESTV aufzuheben und Ziff. 2 und 3 des Dispositivs des Einspracheentscheides der ESTV vom 29. Dezember 2006 seien zu bestätigen.
3. Eventualiter:
Es sei festzustellen, dass die von der X._ allfälligerweise vereinnahmten "echten" Mitgliederbeiträge eine verhältnismässige Vorsteuerkürzung nach sich ziehen.
Gleichzeitig sei Ziff. 1 des Dispositivs des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. November 2007 in Bezug auf die Rückweisung an die ESTV und die damit verbundenen Weisungen aufzuheben. Die Sache sei zu neuer Entscheidfindung an die Vorinstanz zurückzuweisen, mit der Auflage, das Bundesverwaltungsgericht habe sich verbindlich über die von der ESTV zu treffenden Vorkehrungen zu äussern."
Das Bundesverwaltungsgericht hat ausdrücklich auf Vernehmlassung zu den beiden Beschwerden verzichtet, während sich die X._ nicht äusserte.

Erwägungen:
1. In beiden Beschwerden geht es um die gleiche Rechtsfrage. Die angefochtenen Entscheide unterscheiden sich diesbezüglich nur insofern, als im einen die Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 (für die Mehrwertsteuern der Perioden 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000), im andern das Mehrwertsteuergesetz (für die Mehrwertsteuern der Perioden 1. Quartal 2001 bis 3. Quartal 2001) anwendbar ist (vgl. Art. 93 Abs. 1 und Art. 94 Abs. 1 MWSTG). Materiell hat sich die Rechtslage aber nicht verändert. Es rechtfertigt sich daher, die beiden Verfahren in sinngemässer Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> zu vereinigen (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 394; <ref-ruling> E. 1 S. 271 f.) und über die Beschwerden in einem Urteil zu befinden.
2. 2.1 Die Beschwerden richten sich gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme gemäss <ref-law> ist nicht gegeben. Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind daher grundsätzlich zulässig (Art. 82 und 86 Abs. 1 lit. a BGG).
2.2 Die Vorinstanz hat die Sache in den angefochtenen Urteilen zur Neubeurteilung an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen. Da Rückweisungsentscheide das Verfahren nicht abschliessen, handelt es sich dabei um Zwischenentscheide, gegen welche die Beschwerde an das Bundesgericht nur unter den in <ref-law> erwähnten Voraussetzungen zulässig ist. Nach der Rechtsprechung können Rückweisungsentscheide, welche die Verwaltung anweisen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu treffen, wie dies hier der Fall ist, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken. Sie sind daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anfechtbar (<ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.). Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist zu deren Erhebung legitimiert (<ref-law> in Verbindung mit Art. 5 und 17 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 11. Dezember 2000, SR 172.215.1).
2.3 Auf die Beschwerden kann jedoch insoweit nicht eingetreten werden, als darin eventualiter ein Feststellungsbegehren gestellt wird, da über die streitige Mehrwertsteuern bzw. den Vorsteuerabzug durch Leistungsverfügung entschieden werden kann, weshalb kein schutzwürdiges Interesse an der verlangten Feststellung besteht; ein Fall von <ref-law> bzw. <ref-law> liegt offensichtlich nicht vor. Allerdings hat das Begehren ohnehin keine selbständige Bedeutung, da im vorliegenden Entscheid gegebenenfalls auch darüber zu befinden ist, welchen Sinn die von der Vorinstanz angeordnete Rückweisung hat und was die Beschwerdeführerin neu zu prüfen haben wird.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> sowie <ref-law> sind die Umsätze, die nichtgewinnstrebige Einrichtungen mit politischer, gewerkschaftlicher, wirtschaftlicher, religiöser, patriotischer, weltanschaulicher, philanthropischer, kultureller oder staatsbürgerlicher Zielsetzung ihren Mitgliedern gegen einen statutarisch festgesetzten Beitrag erbringen, von der Steuer ausgenommen; die Steuer auf den Lieferungen und Einfuhren von Gegenständen sowie auf den Dienstleistungen, die zwecks Erzielung eines solchen Umsatzes verwendet werden, dürfen nicht als Vorsteuer abgezogen werden (<ref-law>, <ref-law>).
3.2 Die Vorinstanz hat die Beschwerdegegnerin entgegen deren Auffassung als gewinnstrebige Einrichtung qualifiziert, weshalb die Mitgliederbeiträge nicht von der Steuer ausgenommen seien. Die Beschwerdegegnerin führe einen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb; sie plane und errichte Energieerzeugungsanlagen wie Photovoltaikanlagen, an denen sie sich auch beteiligen könne. Ausserdem verlease sie Sonnenkollektoren und Solarmobile mit entsprechendem Ertrag; sie übernehme sodann Beratungsaufträge im Energiebereich, aus denen sie Beratungshonorare generiere. Offensichtlich versuche sie, systematisch Gewinne zu erzielen, selbst wenn sie diese (neben der Verzinsung des Anteilscheinkapitals ihrer Mitglieder) zur weiteren Verwendung im Sinne ihrer Zweckbestimmung wieder investiere. Die Beschwerdegegnerin sei damit gewinnstrebig, was sich in ihren Beziehungen zu den Genossenschaftern und Anteilscheininhabern äussere, die direkte materielle Vorteile aus der Tätigkeit der Genossenschaft erzielen könnten und auch erzielen sollten.
3.3 Die Beschwerdegegnerin hat den vorinstanzlichen Entscheid insoweit nicht angefochten. Sie hätte dies auch nicht tun können, da ihr gegenüber die Voraussetzungen von <ref-law> nicht erfüllt gewesen wären (vgl. E. 2.2 hievor). Sie hat aber auch die Gelegenheit nicht wahrgenommen, in der Vernehmlassung dazu Stellung zu nehmen, und sich damit stillschweigend mit der Qualifikation der Vorinstanz abgefunden. Im Hinblick auf den Ausgang des Verfahrens hat das Bundesgericht keinen Anlass, diese Frage von Amtes wegen aufzugreifen.
4. 4.1 Die Vorinstanz ist der Auffassung, auch wenn die Beschwerdegegnerin als gewinnstrebige Einrichtung zu gelten habe und sie sich deshalb nicht auf den Steuerbefreiungsgrund von <ref-law> bzw. <ref-law> berufen könne, müsse dennoch geprüft werden, inwieweit sich die Mitgliederbeiträge der Genossenschafter mangels eines Leistungsaustauschs dem Geltungsbereich der Mehrwertsteuer entzögen und damit echte Mitgliederbeiträge darstellten oder ob es sich um unechte Mitgliederbeiträge handle, denen ein Leistungsaustausch zugrundeliege. Demgegenüber wird in der Beschwerde geltend gemacht, statutarisch festgelegte Mitgliederbeiträge würden grundsätzlich vom Geltungsbereich der Mehrwertsteuer erfasst, seien jedoch unter gewissen, hier nicht gegebenen Voraussetzungen von der Steuer ohne Vorsteuerabzugsrecht ausgenommen. Daneben gebe es keine Kategorie von "echten", ausserhalb des Geltungsbereichs der Mehrwertsteuer stehenden Mitgliederbeiträgen.
4.2 Gemäss <ref-law> und <ref-law> unterliegen - abgesehen von der Steuer auf dem Eigenverbrauch - nur die gegen Entgelt erbrachten Lieferungen und Dienstleistungen der Mehrwertsteuer. Die Steuer wird gemäss <ref-law> bzw. <ref-law> vom Entgelt berechnet. Die Entgeltlichkeit der Leistung setzt einen Austausch durch Erbringung einer Lieferung oder Dienstleistung voraus, wofür als Gegenleistung ein Entgelt erbracht wird. Damit ein Leistungsaustausch vorliegt, muss zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung gegeben sein (ASA 75 S. 234 E. 2.1; <ref-ruling> E. 6a S. 451). Nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer fallen demgegenüber Operationen, die nicht auf einem Leistungsaustausch beruhen (so genannte Nichtumsätze). Als solche gelten etwa Schenkungen, Erbschaften, Schadenersatzleistungen, Konventionalstrafen, Garantieleistungen, Subventionen und Spenden sowie Dividenden (<ref-ruling> E. 4.3 S. 358 f., mit Hinweisen). Dass es solche Nichtumsätze gibt, geht heute ausdrücklich aus <ref-law> hervor, worin vorgesehen ist, dass insbesondere "nicht als Umsätze geltende" Tätigkeiten nicht zum Vorsteuerabzug berechtigen.
4.3 Auch für die mehrwertsteuerliche Behandlung von Mitgliederbeiträgen ist entscheidend, ob Leistungen im Rahmen eines Leistungsaustauschs erbracht werden. Erhält das einzelne Mitglied für den von ihm geleisteten Beitrag eine konkrete Gegenleistung, so handelt es sich um so genannte "unechte" Beiträge. Werden dagegen statutarisch festgelegte Beiträge dem Vereinszweck entsprechend eingesetzt und kommen damit verbundene Leistungen allen Mitgliedern zugute, liegen "echte" Mitgliederbeiträge vor. Massgebend ist, ob das Mitglied eine Gegenleistung für eine im eigenen individuellen Interesse (oder gegebenenfalls im Interesse eines Dritten) stehende Leistung erbringt. Sofern die Vereinigung tätig wird, um den statutengemässen Zweck umzusetzen, leistet sie nicht an ein einzelnes Mitglied. Als Indizien, die für die Annahme eines echten Mitgliederbeitrags ohne Leistungsaustausch sprechen, werden etwa genannt, dass die Beiträge gleich hoch sind oder nach einem für alle Mitglieder gültigen und allgemein verbindlichen Bemessungsschema erhoben werden oder dass die Vereinstätigkeit sich an einen unbestimmten, nicht individualisierten Adressatenkreis richtet, was bei der Erbringung von statutarischen Leistungen, die nicht an einzelne Mitglieder gehen, vermutet wird (Urteil des Bundesgerichts 2A.334/2003 vom 30. April 2004, publiziert in ASA 754 S. 234, E. 2.2; Urteil 2A.191/2006 vom 9. Oktober 2006, publiziert in StR 62/2007 S. 232, E. 2.2).
4.4 Fehlt es in diesem Sinne an einem Leistungsaustausch, so geben die Mitgliederbeiträge nach dem bereits erwähnten <ref-law> auch keinen Anspruch auf Vorsteuerabzug. Dass Nichtumsätze zu einer Kürzung des Vorsteuerabzugs führen, galt aber schon unter der Herrschaft der Mehrwertsteuerverordnung (Urteil des Bundesgerichts 2A.650/2005 vom 15. August 2006, publiziert in StR 62/2007 S. 230, E. 3.3). Es spielt daher entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch beim Fehlen einer Steuerausnahme gemäss <ref-law> bzw. <ref-law> sehr wohl eine Rolle, ob ein echter oder ein unechter Mitgliederbeitrag vorliegt. Nur wenn letzteres der Fall ist und es sich um eine gewinnstrebige Einrichtung handelt, ist eine Besteuerung des betreffenden Umsatzes möglich.
Echte Mitgliederbeiträge, also solche ohne konkrete Gegenleistung, sind damit immer steuerbefreit. Bei gewinnstrebigen Vereinigungen stützt sich die Ausnahme von der Steuerpflicht auf <ref-law> und die entsprechende Rechtsprechung, bei den nichtgewinnstrebigen Einrichtungen auf <ref-law> bzw. <ref-law>. Es fragt sich, ob dies dem Sinn des Gesetzes tatsächlich entspricht. Wortlaut und Systematik des Gesetzes sind jedoch widersprüchlich und enthalten keine klare Vorgabe für die Auslegung. Auch der Gesetzeszweck erscheint nicht gänzlich eindeutig, doch spricht die gesetzliche Privilegierung echter Mitgliederbeiträge bei nichtgewinnstrebigen Vereinigungen aus einer ganzheitlichen Sicht eher für deren Steuerbefreiung auch bei Organisationen mit Erwerbszweck. Es fragt sich, ob insofern eventuell internationale Standards bei der Auslegung weiterhelfen.
4.5 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das schweizerische Mehrwertsteuerrecht orientiere sich vorrangig an der Sechsten Richtlinie des Rates der Europäischen Gemeinschaften vom 17. Mai 1977 (77/388/EWG). Art. 13 lit. A Abs. 1 lit. l dieser Richtlinie (heute: Art. 132 Abs. 1 lit. l der Richtlinie 2006/112/EG vom 28. November 2006) sehe nämlich vor, dass Dienstleistungen, die Einrichtungen ohne Gewinnstreben, welche politische, gewerkschaftliche, religiöse, patriotische, weltanschauliche, philanthropische oder staatsbürgerliche Ziele verfolgen, an ihre Mitglieder in deren gemeinsamen Interesse gegen einen satzungsgemäss festgelegten Beitrag erbringen, von der Steuer befreit sind. Das Gemeinschaftsrecht gehe damit - entgegen der in Deutschland vorherrschenden Meinung - von der grundsätzlichen Steuerbarkeit der Leistungen des Vereins aus, ordne allerdings deren Steuerfreiheit an. Die Beschwerdeführerin beruft sich in diesem Zusammenhang auf das Urteil des Gerichtshofs der Europäischen Gemeinschaften vom 21. März 2002 i.S. Kennemer Golf & Country Club (Rechtssache D-174/00), wo entschieden wurde, dass die Jahresbeiträge der Mitglieder eines Golfclubs die Gegenleistung für die von diesem erbrachten Dienstleistungen (d.h. die Zurverfügungsstellung der Golfanlage) darstellen können, obwohl auch diejenigen Mitglieder, die die Einrichtungen des Clubs nicht oder nicht regelmässig nutzen, verpflichtet sind, ihren Jahresbeitrag zu bezahlen.
Es trifft zu, dass die Umsatzsteuerrechte der Europäischen Gemeinschaft und ihrer Mitgliedstaaten eine nicht zu vernachlässigende Erkenntnisquelle und Interpretationshilfe für das schweizerische Mehrwertsteuerrecht darstellen können, soweit der schweizerische Gesetzgeber nicht ausdrücklich und bewusst von der EU-Regelung abweicht (Urteil des Bundesgerichts 2A.334/2003 vom 30. April 2004, publiziert in ASA 75 S. 234, E. 2.3; <ref-ruling> E. 6a. S. 203 f.). Der Wortlaut von <ref-law> bzw. <ref-law> stimmt denn auch weitgehend mit der entsprechenden Bestimmung des Gemeinschaftsrechts überein, worauf im Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats zur Parlamentarischen Initiative Dettling vom 28. August 1996 (BBl 1996 V 747) ausdrücklich hingewiesen wurde. Wie diese Norm zu interpretieren ist und ob dann, wenn die Voraussetzungen für eine Steuerbefreiung nicht gegeben sind, stets ein der Steuer unterworfener Leistungsaustausch anzunehmen ist, ergibt sich aus der Richtlinie indessen nicht. Die Beschwerdeführerin legt selbst dar, dass in den Mitgliedstaaten der Europäischen Union hinsichtlich der Besteuerung von Mitgliederbeiträgen unterschiedliche Vorstellungen herrschen. Der Gesetzgeber hat wohl am ehesten die deutsche und die österreichische Lehre im Auge gehabt hat. Diese folgen insofern (und zwar auch nach dem Inkrafttreten der Sechsten Richtlinie) mehrheitlich der traditionellen Auffassung, wonach Leistungen, die Vereine in Erfüllung der statutarischen Vereinsaufgaben im Interesse der Gesamtheit der Mitglieder erbringen, nicht zu einem Leistungsaustausch führen, weil die Abhängigkeit von Leistung und Gegenleistung fehle; anders verhalte es sich, wenn der Verein Sonderleistungen gegenüber einzelnen Mitgliedern erbringe und hierfür eine entsprechende Gegenleistung erhalte. Es wird damit grundsätzlich in gleicher Weise wie in der Schweiz zwischen echten und unechten Mitgliederbeiträgen unterschieden (vgl. die einschlägigen Hinweise im Urteil 2A.334/2004, publiziert in ASA 75 S. 234, E. 2.3; ferner Husmann, in: Rau/Dürrwächter, Kommentar zum Umsatzsteuergesetz, 8. Aufl., Köln 1997 ff., N 305 ff. zu § 1). Ob und wieweit diese Auffassung noch mit dem von der Beschwerdeführerin zitierten Urteil des Gerichtshofs der Europäischen Gemeinschaften i.S. Kennemer Golf & Country Club vereinbar ist, braucht hier nicht geprüft zu werden. Die Schweiz ist an dieses Urteil nicht gebunden. Das Bundesgericht hat denn auch im Urteil 2A.594/2006 vom 9. November 2007 (Golf Club Gerre Losone), das ebenfalls einen Golfclub betraf, anders entschieden und die statutarischen Beiträge der Mitglieder, welche diese zum Beitritt zum Verein und zur Benutzung des Golfplatzes berechtigen (diritti di gioco), von der Steuer ausgenommen. Im Übrigen ging es im erwähnten Urteil des Gerichtshofs der Europäischen Gemeinschaften vor allem um die Frage, ob zwischen dem Vereinsbeitrag und dem Recht zur Benutzung des Golfplatzes der für die Annahme eines Leistungsaustauschs erforderliche unmittelbare Zusammenhang bestand. Wie es sich verhält, wenn der Verein seinen Mitgliedern keine eigenen Einrichtungen zur Verfügung stellt, wie dies namentlich bei Sportvereinen der Fall sein kann, sondern er seine Leistungen in Erfüllung seines statutarischen Zweckes, namentlich eines solchen idealen Charakters, vorwiegend Dritten erbringt, lässt sich dem Urteil nicht entnehmen. Der angefochtene Entscheid steht damit nicht im Widerspruch zum Recht der Europäischen Gemeinschaft.
4.6 Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, dass für die Versteuerung echter Mitgliederbeiträge nicht optiert werden könnte (vgl. dazu <ref-law>), falls es zutreffen sollte, dass solche Beiträge nicht als steuerbare Umsätze gelten würden; die Option sei nämlich nur dann möglich, wenn der entsprechende Umsatz innerhalb des Mehrwertsteuerrechts gelegen sei.
Fehlt es bei echten Mitgliederbeiträgen an einem Leistungsaustausch, so wäre es an sich nicht erforderlich gewesen, die entsprechenden Umsätze unter bestimmten Voraussetzungen ausdrücklich von der Steuer auszunehmen, wie dies in <ref-law> bzw. <ref-law> geschehen ist. Solche Umsätze unterliegen ohnehin nicht der Mehrwertsteuer, und sie berechtigen nach <ref-law> auch nicht zum Vorsteuerabzug. Am Ergebnis würde sich daher nichts ändern, wenn der Gesetzgeber sie nicht in die Liste der Steuerausnahmen aufgenommen hätte. In der Lehre wird deshalb die Auffassung vertreten, <ref-law> bzw. <ref-law> habe hinsichtlich der echten Mitgliederbeiträge nur deklaratorische Bedeutung (Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2003, N 349). Immerhin dient die Norm der Klarstellung, indem keine Zweifel darüber offen gelassen werden, dass echte Mitgliederbeiträge von nicht gewinnstrebigen Einrichtungen nicht der Steuer unterliegen, aber auch nicht zum Vorsteuerabzug berechtigen. Ein eigenständiger Sinn kann ihr sodann wenigstens insoweit abgewonnen werden, als durch die ausdrückliche Aufnahme der betreffenden Umsätze in die Liste der Steuerausnahmen in <ref-law> die Möglichkeit der Option der Versteuerung eröffnet wird, was sonst nicht möglich gewesen wäre. Der von der Beschwerdeführerin hervorgehobene Widerspruch besteht somit tatsächlich, doch ist er so zu lösen, dass die Optierung für die Steuerpflicht nach der ausdrücklichen Anordnung des Gesetzgebers ausnahmsweise als zulässig erachtet werden muss, obwohl es sich bei den echten Mitgliederbeiträgen um Nichtumsätze handelt (vgl. dazu Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., N 753 und 759). Im Übrigen bildet die Frage der Option nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
5. Es ist somit nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Sache zur Prüfung der Frage, ob es sich bei den streitigen Zahlungen der Genossenschafter um echte oder um unechte Mitgliederbeiträge handelt, an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen hat. Sollte sich im Rückweisungsverfahren ergeben, dass die Beiträge als echte zu qualifizieren sind, wie es aufgrund der vorliegenden Akten den Anschein macht, wären sie der Steuer nicht unterworfen; sie würden diesfalls aber auch nicht zum Vorsteuerabzug berechtigen bzw. dieser wäre verhältnismässig zu kürzen, wie das nach <ref-law> bei Spenden zutrifft, die nicht einzelnen Umsätzen des Empfängers als Gegenleistung zugeordnet werden können (vgl. dazu auch <ref-ruling> E. 8 S. 458 ff.). Das Bundesgericht kann diese Prüfung nicht vorwegnehmen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin würde es immerhin für die Annahme eines Leistungsaustauschs nicht genügen, dass jedes Mitglied gemäss Art. 6 Abs. 3 der Statuten Anspruch auf Unterstützung im Sinne des Zweckartikels, vor allem bezüglich konkreter Energiesparmassnahmen, hat, zumal es sich bei diesen Beratungen lediglich um einen Nebenaspekt der Tätigkeit der Beschwerdegegnerin handeln dürfte. Auch kann darin, dass jedem Mitglied das Recht eingeräumt wird, Anteilscheine zu erwerben, offensichtlich keine Gegenleistung für den Mitgliederbeitrag erblickt werden.
6. Die Beschwerden sind demzufolge abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_743/2007 und 2C_744/2007 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Uebersax