Faits:
Faits:
A. A.a F._, née en 1951, exerçait à plein temps la profession de secrétaire comptable et elle était assurée à ce titre contre le risque d'accidents auprès de la Suisse Assurances (ci-après: la Suisse), lorsqu'elle a été victime d'un accident de la circulation routière survenu le 6 juin 1994. Alors que le véhicule qu'elle conduisait se trouvait à l'arrêt sur la chaussée, il a été percuté à l'arrière par une automobile.
Depuis lors, F._ présente un status après distorsion cervicale et souffre de tendomyogélose cervico-dorso-brachiale, ainsi que de troubles psychiques de nature cognitive (pertes de la mémoire et de la concentration, fatigabilité) et adaptative (dépression) (rapports du 19 août 1994 du docteur A._ [médecin traitant de l'assurée], du 14 février 1995 du docteur H._ [neurologue], du 22 août 1996 du professeur R._ et du docteur O._ [neurologues], du 29 janvier 2001 du docteur S._ [psychiatre] et du 7 juin 2001 du docteur C._ [neuropsychologue]). En raison de ces affections, elle a alterné les périodes d'incapacité entière et partielle de travail à partir du 1er juillet 1994 et perdu son emploi au cours du mois de juin 1995. Dès le 1er juin 1996, elle a repris à 20 %, l'exercice d'une activité lucrative en qualité de secrétaire.
La Suisse a pris en charge le cas. En outre, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud a mis l'intéressée au bénéfice d'une demi-rente à partir du 1er juillet 1995, puis d'une rente entière à compter du 1er octobre suivant, fondées sur un degré d'invalidité de 52 %, respectivement 80 % (décisions du 11 juillet et du 12 août 1997).
A.b Par décision sur opposition du 23 janvier 1997, la Suisse a mis fin au versement de ses prestations avec effet au 30 juin 1995, au motif que les troubles dont l'assurée souffrait encore au-delà de cette date, ne présentaient plus de lien de causalité adéquate avec l'accident survenu le 6 juin 1994. Le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'intéressée contre cette décision (jugement du 21 janvier 1999). Par arrêt du 27 décembre 1999 (U 204/99), le Tribunal fédéral des assurances a partiellement admis le recours de droit administratif interjeté par l'intéressée contre ce jugement et renvoyé l'affaire à la Suisse pour nouvelle décision après complément d'instruction. En bref, le tribunal a considéré que sans expertise psychiatrique, il n'était pas possible de déterminer si les troubles dont l'assurée souffrait au-delà du 30 juin 1995 se trouvaient ou non en lien de causalité adéquate avec l'accident survenu le 6 juin 1994. Se fondant sur les conclusions du rapport établi consécutivement le 29 janvier 2001 par le docteur S._, la Suisse a derechef mis un terme au versement de ses prestations avec effet au 30 juin 1995, confirmant la rupture du lien de causalité adéquate à compter de cette date (décision du 10 avril 2001 confirmée sur opposition le 25 janvier 2002).
A.b Par décision sur opposition du 23 janvier 1997, la Suisse a mis fin au versement de ses prestations avec effet au 30 juin 1995, au motif que les troubles dont l'assurée souffrait encore au-delà de cette date, ne présentaient plus de lien de causalité adéquate avec l'accident survenu le 6 juin 1994. Le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'intéressée contre cette décision (jugement du 21 janvier 1999). Par arrêt du 27 décembre 1999 (U 204/99), le Tribunal fédéral des assurances a partiellement admis le recours de droit administratif interjeté par l'intéressée contre ce jugement et renvoyé l'affaire à la Suisse pour nouvelle décision après complément d'instruction. En bref, le tribunal a considéré que sans expertise psychiatrique, il n'était pas possible de déterminer si les troubles dont l'assurée souffrait au-delà du 30 juin 1995 se trouvaient ou non en lien de causalité adéquate avec l'accident survenu le 6 juin 1994. Se fondant sur les conclusions du rapport établi consécutivement le 29 janvier 2001 par le docteur S._, la Suisse a derechef mis un terme au versement de ses prestations avec effet au 30 juin 1995, confirmant la rupture du lien de causalité adéquate à compter de cette date (décision du 10 avril 2001 confirmée sur opposition le 25 janvier 2002).
B. Par jugement du 5 mars 2003, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'assurée contre la décision sur opposition du 25 janvier 2002 de la Suisse.
B. Par jugement du 5 mars 2003, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'assurée contre la décision sur opposition du 25 janvier 2002 de la Suisse.
C. F._ interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont elle requiert l'annulation en concluant, sous suite de dépens, à l'octroi des prestations d'assurance-accidents au-delà du 30 juin 1995, en particulier des indemnités journalières, puis successivement d'une rente fondée sur un degré d'invalidité de 75 %.
De leur côté, la Suisse conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales (intégré, depuis le 1er janvier 2004, à l'Office fédéral de la santé publique) a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
Considérant en droit:
1. Le droit aux prestations découlant d'un accident assuré suppose entre l'événement dommageable de caractère accidentel et l'atteinte à la santé, un rapport de causalité naturelle et adéquate.
1.1 En l'espèce, le Tribunal fédéral des assurances a admis, par arrêt du 27 décembre 1999 l'existence d'un lien de causalité naturelle entre l'accident survenu le 6 juin 1994 et les troubles que la recourante présente depuis lors. Pour motif, il a exposé, à l'instar de la juridiction cantonale, que l'assurée avait été victime d'un "whiplash" cervical, sans atteinte structurelle du système nerveux, ni lésion traumatique osseuse ou ligamentaire, et qu'elle présentait le tableau clinique caractéristique des victimes d'accident de type "coup du lapin", notamment des cervicalgies, des migraines cervicales, des céphalées, ainsi que certains troubles psychiques (diminution de la concentration et dépression).
1.2 Il convient dès lors d'examiner la nature adéquate du lien de causalité entre les troubles que la recourante présente au-delà du 30 juin 1995 et l'accident survenu le 6 juin 1994.
1.2.1 En l'occurrence, les premiers juges ont nié l'existence d'un tel lien. En substance, ils ont considéré que l'accident ne s'était manifestement pas déroulé dans des circonstances dramatiques ou impressionnantes, qu'il avait occasionné à l'assurée une distorsion cervicale qualifiée de bénigne et que le traitement médical suivi ne s'était pas révélé de nature particulièrement lourde. En outre, ils ont constaté que la première incapacité de travail subie n'était intervenue que trois semaines après l'accident et qu'elle avait duré une dizaine de jours seulement. Enfin, ils ont observé que sur l'ensemble des périodes d'incapacité de travail que la recourante avait présentées à partir du 1er août 1994, seules quatre d'entre elles s'étaient élevées à 100 %, l'une durant un peu moins d'un mois et les trois autres, quatre à six jours seulement. Sur le vu de l'ensemble de ces circonstances, ils ont considéré que les troubles présentés par la recourante au-delà du 30 juin 1995, en particulier l'incapacité de travail de 75 %, ne présentaient plus de lien de causalité adéquate avec l'accident survenu le 6 juin 1994.
1.2.2 La recourante conteste ce point de vue. En bref, elle est d'avis que les affections subies au-delà du 30 juin 1995 présentent un lien de causalité adéquate avec l'accident, compte tenu de la durée des traitements médicaux suivis, de la persistance des affections somatiques (en particulier des migraines), de l'état dépressif devenu permanent et des séquelles neuropsychologiques (troubles mnésiques et de l'attention, fatigabilité) qu'elle présente. En outre, elle se prévaut des conclusions ressortant du rapport d'expertise du docteur S._ qui n'a établi aucun trouble psychique pré-existant à l'accident.
1.2.2 La recourante conteste ce point de vue. En bref, elle est d'avis que les affections subies au-delà du 30 juin 1995 présentent un lien de causalité adéquate avec l'accident, compte tenu de la durée des traitements médicaux suivis, de la persistance des affections somatiques (en particulier des migraines), de l'état dépressif devenu permanent et des séquelles neuropsychologiques (troubles mnésiques et de l'attention, fatigabilité) qu'elle présente. En outre, elle se prévaut des conclusions ressortant du rapport d'expertise du docteur S._ qui n'a établi aucun trouble psychique pré-existant à l'accident.
2. 2.1 La loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales (LPGA) du 6 octobre 2000, entrée en vigueur au 1er janvier 2003, n'est pas applicable au présent litige, dès lors que le juge des assurances sociales n'a pas à prendre en considération les modifications du droit ou de l'état de fait postérieures à la date déterminante de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 1, 121 V 366 consid. 1b).
2.2 La causalité est adéquate si, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le fait considéré était propre à entraîner un effet du genre de celui qui s'est produit, la survenance de ce résultat paraissant de façon générale favorisée par une telle circonstance (<ref-ruling> consid. 3.2, 405 consid. 2.2, 125 V 461 consid. 5a et les références).
2.3 Lors de troubles d'ordre psychique consécutifs à un accident, l'appréciation de la causalité adéquate se fonde sur des critères différents selon que l'assuré a été victime ou non d'un traumatisme de type "coup du lapin" à la colonne cervicale, d'un traumatisme analogue (SVR 1995 UV no 23 p. 67 consid. 2, précité) ou d'un traumatisme cranio-cérébral. En effet, lorsque l'existence d'un tel traumatisme est établie, il faut, si l'accident est de gravité moyenne, examiner le caractère adéquat du lien de causalité en se fondant sur les critères énumérés aux <ref-ruling> sv. consid. 6a et 382 sv. consid. 4b, sans qu'il soit décisif de savoir si les troubles dont est atteint l'assuré sont plutôt de nature somatique ou psychique (<ref-ruling> consid. 6a, dernier paragraphe; RAMA 1999 no U 341 p. 408 sv. consid. 3b). En revanche, dans les autres cas, l'examen du caractère adéquat du lien de causalité doit se faire, pour un accident de gravité moyenne, sur la base des critères énumérés aux <ref-ruling> consid. 6c/aa et 409 consid. 5c/aa.
Si les lésions appartenant spécifiquement au tableau clinique des suites d'un traumatisme de type "coup du lapin" à la colonne cervicale, d'un traumatisme analogue ou d'un traumatisme cranio-cérébral, bien qu'en partie établies, sont toutefois reléguées au second plan par rapport aux problèmes d'ordre psychique, ce sont les critères énumérés aux <ref-ruling> consid. 6c/aa et 409 consid. 5c/aa, et non pas ceux énumérés aux <ref-ruling> sv. consid. 6a et 382 sv. consid. 4b, qui doivent fonder l'appréciation de la causalité adéquate (<ref-ruling> consid. 2a; RAMA 1995 p. 115 ch. 6).
Si les lésions appartenant spécifiquement au tableau clinique des suites d'un traumatisme de type "coup du lapin" à la colonne cervicale, d'un traumatisme analogue ou d'un traumatisme cranio-cérébral, bien qu'en partie établies, sont toutefois reléguées au second plan par rapport aux problèmes d'ordre psychique, ce sont les critères énumérés aux <ref-ruling> consid. 6c/aa et 409 consid. 5c/aa, et non pas ceux énumérés aux <ref-ruling> sv. consid. 6a et 382 sv. consid. 4b, qui doivent fonder l'appréciation de la causalité adéquate (<ref-ruling> consid. 2a; RAMA 1995 p. 115 ch. 6).
3. 3.1 En l'espèce, le docteur S._ a posé les diagnostics suivants en se référant aux critères du Manuel diagnostique et statistique des troubles mentaux DSM-IV édité par l'Association des psychiatres américains qui préconise l'évaluation multiaxiale. Sur l'axe I, ce médecin a indiqué que la recourante présentait plusieurs épisodes de troubles de l'adaptation avec humeur dépressive (309.0), ainsi que des troubles cognitifs (294.9). Sur l'axe II, il a posé un diagnostic différé (799.9) et, sur l'axe III, mentionné un traumatisme cervical indirect (avec possible/probable traumatisme cérébral léger indirect) survenu au cours du mois de juin 1994 et assorti d'un syndrome algique chronifié et de troubles cognitifs. Sur l'axe IV, il a relevé l'existence d'une problématique relationnelle entre la recourante et sa deuxième fille pré-adolescente, de problèmes financiers et professionnels, ainsi que d'un conflit assécurologique prolongé en raison notamment d'une procédure judiciaire. Enfin, il a signalé, sur l'axe V, un fonctionnement professionnel modifié compte tenu des troubles cognitifs dont la recourante souffre.
Selon l'expert, les affections psychiques et émotionnelles constatées ne constituent pas des troubles mentaux ou du comportement, pas plus qu'elles ne leur sont assimilables et l'intéressée ne présentait pas de telles affections avant l'accident survenu le 6 juin 1994. En effet, les troubles cognitifs ont été signalés pour la première fois un peu moins d'une année après l'accident, les troubles intermittents de l'adaptation de type dépressif l'ayant été probablement dans le même intervalle.
3.2 Dès lors que la recourante ne présente donc pas de problématique psychique dominante reléguant au second plan les lésions spécifiques au tableau clinique typique d'un traumatisme du "coup du lapin", il convient d'examiner le caractère adéquat du lien de causalité litigieux en application des critères valables en cas d'atteinte à la santé psychique consécutive à un tel traumatisme, en particulier sans qu'il soit décisif de savoir si les troubles dont est atteinte l'assurée sont plutôt de nature somatique ou psychique (cf. consid. 2.3 supra).
3.2 Dès lors que la recourante ne présente donc pas de problématique psychique dominante reléguant au second plan les lésions spécifiques au tableau clinique typique d'un traumatisme du "coup du lapin", il convient d'examiner le caractère adéquat du lien de causalité litigieux en application des critères valables en cas d'atteinte à la santé psychique consécutive à un tel traumatisme, en particulier sans qu'il soit décisif de savoir si les troubles dont est atteinte l'assurée sont plutôt de nature somatique ou psychique (cf. consid. 2.3 supra).
4. 4.1 Lorsque - tel qu'en l'occurrence - l'accident est de gravité moyenne, se situant à la limite des accidents de peu de gravité, l'existence ou l'inexistence d'un rapport de causalité adéquate ne peut être déduite de la seule gravité objective de l'accident. Conformément à la jurisprudence précitée (<ref-ruling> consid. 6a), il convient, dans un tel cas, de se référer en outre, dans une appréciation globale, à d'autres circonstances objectivement appréciables, en relation directe avec l'accident ou apparaissant comme la conséquence directe ou indirecte de celui-ci. En matière d'accident de type «coup du lapin», les critères les plus importants sont les suivants:
- les circonstances concomitantes particulièrement dramatiques ou le caractère particulièrement impressionnant de l'accident;
- la gravité ou la nature particulière des lésions physiques;
- la durée anormalement longue du traitement médical;
- les douleurs persistantes;
- les erreurs dans le traitement médical entraînant une aggravation notable des séquelles de l'accident;
- les difficultés apparues au cours de la guérison et les complications importantes;
- le degré et la durée de l'incapacité de travail.
Tous ces critères ne doivent pas être réunis pour que la causalité adéquate soit admise. Ainsi, en présence d'un accident se situant à la limite d'un accident de peu de gravité, les circonstances à prendre en considération doivent se cumuler ou revêtir une intensité particulière pour que le caractère adéquat de l'accident puisse être admis.
Tous ces critères ne doivent pas être réunis pour que la causalité adéquate soit admise. Ainsi, en présence d'un accident se situant à la limite d'un accident de peu de gravité, les circonstances à prendre en considération doivent se cumuler ou revêtir une intensité particulière pour que le caractère adéquat de l'accident puisse être admis.
4.2 4.2.1 En l'espèce, les circonstances de l'accident ne sauraient être qualifiées de dramatiques ou particulièrement impressionnantes. Les lésions subies par la recourante (distorsion cervicale simple) ne sont pas particulièrement graves et il n'apparaît pas à la lecture du dossier que celle-ci aurait été victime d'erreurs dans le traitement médical entraînant une aggravation notable des séquelles de l'accident.
4.2.2 En revanche, la durée du traitement médical s'est avérée anormalement longue, les mesures thérapeutiques (AINS, infiltrations, physiothérapie de mobilisation, chiropratique, manipulation cervicale, myorelaxants) n'ayant entraîné aucune rémission de la symptomatologie douloureuse, l'aggravant même dans un premier temps.
4.2.3 En outre, la recourante souffre depuis l'accident et de manière persistante, de cervicalgies hautes irradiant en casque, associées à des hémi-cranies dans le territoire des 2ème et 3ème branches du tri-jumeau gauche, apparaissant brusquement durant un ou deux jours. L'intervalle maximum sans douleurs dure une semaine. S'y associent des cervico-brachialgies et des paresthésies dans le territoire des 7ème et 8ème vertèbres cervicales droit, sans parésie. Il persiste également des troubles de la concentration, de la mémoire et de labilité émotionnelle (rapport du 1er avril 1998 de la doctoresse D._, neurologue).
Près de sept années après l'accident, le docteur C._ évoque, d'une part, des céphalées et des cervicalgies chroniques et des douleurs scapulo-humérales gauches irradiant dans la partie proximale du membre supérieur gauche. D'autre part, il fait état, sur le plan cognitif, de troubles amnésiques portant sur les faits récents entraînant des difficultés dans la vie quotidienne et les relations sociales, des problèmes d'organisation dus aux fréquents oublis et au manque du mot, de fatigabilité intellectuelle et physique, de diminution des capacités de l'attention et de la concentration ainsi que d'un ralentissement important, d'épisodes migraineux avec nausée et vomissement, de troubles du sommeil et d'absence d'appétit (rapport du 7 juin 2001, recevable dans la présente procédure, dans la mesure où il se réfère à des constatations médicales qui sont étroitement liées à l'objet du litige et de nature à en influencer l'appréciation au moment où la décision attaquée a été rendue [<ref-ruling> et les arrêts cités]).
4.2.4
4.2.4.1 En ce qui concerne la durée et l'intensité de l'incapacité de travail, les premiers juges ont retenu à juste titre que, durant la période courant du 1er août 1994 jusqu'au 29 avril 1995, la recourante avait globalement présenté une incapacité de travail de 50 %. Dans un rapport daté du 22 mai 1995, le docteur J._ a toutefois précisé qu'une capacité résiduelle de travail de 50 % ne pourrait persister qu'à condition que l'intéressée aménage son temps de travail de manière à s'éviter tout stress professionnel, notamment en répartissant son taux d'occupation sur l'ensemble de la journée de travail.
4.2.4.2 A partir du mois d'octobre suivant, la capacité de travail de la recourante s'est toutefois abaissée à 25 % (certificat médical du 22 décembre 1995 du médecin traitant). Dans un rapport d'expertise daté du 22 août 1996, le professeur R._ et le docteur O._ ont indiqué que celle-ci n'était pas capable d'exercer son métier dans une mesure de 75 %. En outre, la doctoresse D._ a constaté, dans un rapport daté du 1er avril 1998, que le tableau clinique présenté par l'assurée réduisait sa capacité résiduelle de travail à 30 %.
Certes, le professeur R._ et le docteur O._ précisent-ils que la migraine post-traumatique et les céphalées tensionnelles dont l'assurée souffre, constituent la conséquence naturelle et adéquate du traumatisme subi et ainsi, attribuent-ils à l'accident, 25 % seulement de l'incapacité de travail qu'ils constatent, cela pendant les cinq années suivant le traumatisme (rapport du 22 août 1996). Cependant, l'incapacité de travail en cause ne saurait être déterminée en regard des seuls troubles somatiques constatés par ces médecins, mais également des affections psychiques développées par l'assurée à la suite du traumatisme cervical qu'elle a subi (rapport du 29 janvier 2001 du docteur S._). Dès lors, les conclusions du professeur R._ et du docteur O._ ne sauraient prévaloir.
Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de retenir que près de quatre années après l'accident, la recourante subissait encore une incapacité de travail significative.
4.2.4.3 L'ensemble de ces circonstances - la persistance des douleurs, la durée du traitement médical et de l'incapacité de travail ainsi que l'intensité de celle-ci - permettent d'admettre l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre l'accident et les atteintes à la santé dont la recourante souffrait au-delà du 30 juin 1995. Aussi l'intimée n'était-elle pas en droit de mettre un terme au versement de ses prestations à compter de cette date.
5. Sur le vu de ce qui précède, le jugement entrepris n'est pas conforme au droit fédéral et le recours se révèle bien fondé.
5. Sur le vu de ce qui précède, le jugement entrepris n'est pas conforme au droit fédéral et le recours se révèle bien fondé.
6. 6.1 Vu la nature du litige, il n'y a pas lieu de percevoir de frais de justice (art. 134 OJ).
6.2 Représentée par un avocat, la recourante, qui obtient gain de cause, a droit à une indemnité de dépens à charge de l'intimée (art. 159 al. 1 en relation avec l'art. 135 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
1. Le recours est admis en ce sens que le jugement du Tribunal des assurances du canton de Vaud du 5 mars 2003, ainsi que la décision sur opposition de la Suisse Assurances du 25 janvier 2002 sont annulés.
1. Le recours est admis en ce sens que le jugement du Tribunal des assurances du canton de Vaud du 5 mars 2003, ainsi que la décision sur opposition de la Suisse Assurances du 25 janvier 2002 sont annulés.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
3. La Suisse Assurances versera à la recourante la somme de 2'500 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour la procédure fédérale.
3. La Suisse Assurances versera à la recourante la somme de 2'500 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour la procédure fédérale.
4. Le Tribunal des assurances du canton de Vaud statuera sur les dépens de première instance au vu du résultat du procès de dernière instance.
4. Le Tribunal des assurances du canton de Vaud statuera sur les dépens de première instance au vu du résultat du procès de dernière instance.
5. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 14 janvier 2005
Au nom du Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IVe Chambre: La Greffière: