Sachverhalt:
A. AX._ und BX._ waren Eigentümer sämtlicher Aktien der C._ AG (nachfolgend Immo AG) und der D._ AG (nachfolgend Auto AG). Im Geschäftsjahr 2001 gewährte die Immo AG der Auto AG einen Kontokorrent, der sich Ende Jahr auf Fr. 390'054.85 belief. Die Auto AG war zu diesem Zeitpunkt massiv überschuldet. Bei der Veranlagung der Immo AG für die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2001 verbuchte das Kantonale Steueramt Aargau eine Minusreserve von Fr. 350'000.--, sah aber mangels Abschreibung der Forderung gegenüber der Auto AG von einer Gewinnaufrechnung ab. Im Geschäftsjahr 2002 erhöhte die Immo AG das der Schwestergesellschaft Auto AG gewährte Darlehen um Fr. 86'583.40 auf Fr. 476'638.25 per Ende 2002.
B. Für die Kantons- und Gemeindesteuern rechnete das Steueramt Baden am 19. August 2005 bei AX._ und BX._ für die Steuerperiode 2001 eine verdeckte Gewinnausschüttung seitens der Immo AG von Fr. 350'000.-- und für die Steuerperiode 2002 von Fr. 85'000.-- auf. Während des Einspracheverfahrens verstarb AX._, und an seine Stelle traten BX._ sowie der Sohn Y._. Deren Vertreter informierte das Steueramt Baden, die Neue Aargauer Bank (NAB) sei mit einer Umfinanzierung einverstanden, sofern diese von der Steuerbehörde anerkannt werde. Die Umfinanzierung bestand in einer Kreditgewährung von Fr. 500'000.-- an BX._ sowie Y._. Diese Mittel würden sie der Auto AG zur Verfügung stellen, welche ihre Schuld gegenüber der Immo AG begleichen und diese ihre Schuld gegenüber der NAB im gleichen Umfang reduzieren würde. Die Steuerkommission Baden bestätigte am 7. März 2007, dass auf die aufgerechnete verdeckte Gewinnausschüttung verzichtet werde, sofern die NAB ein Privatdarlehen gewähre, welches für die Rückzahlung der Schuld der Auto AG an die Immo AG verwendet werde und lediglich die im Zeitraum 2001/2002 vorhandenen Vermögenswerte der Eheleute X._, d.h. insbesondere die Beteiligung an der Immo AG, als Sicherheiten für den betreffenden Kredit herangezogen werden. Zwischen den Erben des AX._und der NAB kam am 30. Juli 2007 ein "Rahmenvertrag Grundpfandkredit" über 1 Mio. Franken zustande. Als Sicherheit wurde das der Immo AG gehörende Wohn- und Geschäftshaus, S._ mit weiteren Grundpfandrechten belastet. Am 26. September 2006 wies die Steuerkommission Baden die Einsprachen gegen die Veranlagungen für die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperioden 2001 und 2002 ab. Die Voraussetzungen für einen Verzicht auf die Aufrechnungen waren ihrer Ansicht nach mit den vereinbarten Kreditverträgen nicht erfüllt. Die Rekurse an das Steuerrekursgericht sowie die anschliessenden Beschwerden an das Verwaltungsgericht blieben erfolglos.
C. Vor Bundesgericht beantragen BX._ sowie Y._, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 1. Dezember 2010 aufzuheben, das steuerbare Einkommen auf Fr. 87'000-- (2001) und Fr. 114'900.-- (2002) herabzusetzen, eventuell die Sache zur nochmaligen Durchführung des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen und der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu gewähren. Sie rügen eine Verletzung von Treu und Glauben (<ref-law>).
D. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf eine Stellungnahme verzichtet, beantragen das Kantonale Steueramt Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung die Abweisung der Beschwerde.
E. Mit Verfügung vom 31. Januar 2011 wies der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.

Erwägungen:
1. 1.1 Die gleich lautenden Beschwerden beziehen sich zwar auf unterschiedliche Steuerperioden, betreffen aber die gleichen Parteien, richten sich gegen übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um kantonale letztinstanzliche Entscheide über die direkten Steuern des Kantons. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 73 StHG (SR. 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit <ref-law> legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um kantonale letztinstanzliche Entscheide über die direkten Steuern des Kantons. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 73 StHG (SR. 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit <ref-law> legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 1.3.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen gilt nicht, soweit eine Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht geltend gemacht wird (vgl. <ref-law>). In diesem Fall müssen die Beschwerdeführer in ihrer Eingabe präzise und in Auseinandersetzung mit den Ausführungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid widerrechtlich sein soll ("qualifizierte Rügepflicht"; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287). Das Bundesgericht legt seinem Urteil zudem den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (<ref-law>).
1.3.2 Eine diesen Anforderungen (Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law>) genügende Begründung liegt hier nur insoweit vor, als ein Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben gerügt wird. Bezüglich der Vorfrage, ob die Aufrechnung einer verdeckten Gewinnausschüttung aufgrund eines simulierten Darlehens an eine Schwestergesellschaft rechtens sei, fehlt es an einer hinreichend vorgebrachten und begründeten Rüge. Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Nach Art. 29 Abs. 1 lit. c des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG, SAR 651.100) sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen steuerbar insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Diese Bestimmung harmoniert mit Art. 7 Abs. 1 StHG sowie mit <ref-law> (SR 642.11). Die hierzu ergangene Rechtsprechung ist auch für die Anwendung des entsprechenden kantonalen Rechts massgebend (Urteil 2C_442/2010 vom 24. November 2010 E. 2.2). Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderen auch die so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten, denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich. Als Indizien, die dafür sprechen, dass ein Dritter einen Kredit nicht gewährt hätte und damit ein simuliertes Darlehensverhältnis vorliegt, fallen diverse Kriterien in Betracht (Urteil 2C_764/2008 vom 5. März 2009 E. 2, mit Hinweisen). Diese ursprünglich für Darlehen an Aktionäre herausgearbeiteten Kriterien (Urteil A.124/1982 vom 25. November 1983 E. 3 ff., in: ASA 53, S. 54 ff., 58 ff.) sind nicht tale quale für die Beurteilung von Darlehen zwischen Schwestergesellschaften relevant. Zudem ist zu differenzieren zwischen ursprünglich und nachträglich simulierten Darlehensverhältnissen (Urteil 2C_764/2008 vom 5. März 2009 E. 2 i.f. mit umfassenden Hinweisen auf die Literatur).
2.2 Vorliegend ging die Steuerbehörde offenbar von einem ursprünglich simulierten Darlehen der Immo AG an die Auto AG aus. Gleichzeitig nahm sie verdeckte Gewinnausschüttungen an die Beschwerdeführer an. Bei geldwerten Leistungen zwischen Schwestergesellschaften fliesst der Vorteil an sich unmittelbar von einer Schwestergesellschaft zur anderen. Die an den Gesellschaften beteiligten Aktionäre sind mittelbar betroffen, indem der Wert der Beteiligung an der leistenden Gesellschaft abnimmt, während sich der Wert der empfangenden Gesellschaft entsprechend erhöht. Eine solche geldwerte Leistung zwischen Schwestergesellschaften fusst regelmässig auf dem gemeinsamen Beteiligungsverhältnis, weshalb sich Zuwendungen an Schwestergesellschaften als (verdeckte) Gewinnausschüttungen an die Aktionäre einerseits und als (verdeckte) Kapitaleinlagen der Aktionäre an die empfangende Gesellschaft andererseits erweisen, d.h. es gilt die Dreieckstheorie (vgl. Urteil 2P.64/2005, 2A.93/2005 vom 25. August 2005 E. 3 mit Hinweisen). Auch bei dieser Konstellation wird aufgrund eines Drittvergleichs untersucht, ob die der dem Beteiligungsinhaber nahe stehenden Person zugehaltene Leistung im Vergleich zu üblichem Geschäftsgebaren derart ungewöhnlich ist, dass der Schluss nahe liegt, sie wäre so nicht erbracht worden, wenn der Leistungsempfänger dem Anteilsinhaber nicht nahe stehen würde (Urteil 2P.280/2001, 2A.475/2001 vom 30. April 2002 E. 2.3, in: StR 65, S. 558 ff., 560 f.). Aufgrund der vorliegenden Indizien ist die Annahme einer verdeckten Gewinnausschüttung an die Beschwerdeführer aufgrund eines simulierten Darlehens an eine Schwestergesellschaft durch die aargauischen Steuerbehörden durchaus vertretbar. Im Übrigen mangelt es diesbezüglich der Beschwerde an den Begründungsanforderungen (vgl. E. 1.4).
3. 3.1 Vorliegend ist damit nur noch strittig, ob die Beschwerdeführer aufgrund der schriftlichen Zusage der Steuerkommission Baden vom 7. März 2007 in berechtigter Weise davon ausgehen durften, aufgrund der vorgenommenen Umfinanzierung werde von einer Aufrechnung der Fr. 350'000.-- pro 2001 bzw. Fr. 85'000.-- pro 2002 abgesehen. Sie stützen sich dabei auf den Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law>). Diese Zusage hat - soweit hier relevant - den Folgenden Wortlaut:
"Mit Schreiben vom 25. Januar 2005 haben sie mitgeteilt, dass die Neue Aargauer Bank sich bereit erklärt habe, eine Umfinanzierung vorzunehmen (Gewährung eines Kredites an die Eheleute X._), womit das der D._ AG von der C._ AG gewährte Darlehen zurückbezahlt werden könnte. Voraussetzung wäre allerdings, dass die Steuerbehörde diese Umfinanzierung akzeptiert und auf die Aufrechnung der verdeckten Gewinnausschüttung im Umfang der von der C._ AG gewährten Darlehen verzichtet.
Die Steuerkommission hat den Fall beraten und bestätigt Ihnen hiermit, dass auf die im Veranlagungsverfahren aufgerechnete verdeckte Gewinnausschüttung von Fr. 350'000 pro 2001 sowie Fr. 85'000 pro 2002 für die an die D._ AG gewährten Darlehen verzichtet wird, sofern die NAB den Erben von Herrn X._ sowie Frau X._ ein Privatdarlehen gewährt, welches für die Rückzahlung der Schuld der D._ AG an die C._ AG verwendet wird. Vorausgesetzt wird indessen, dass lediglich die im Zeitraum 2001/2002 vorhandenen Vermögenswerte der Eheleute X._, d.h. insbesondere die Beteiligung an der C._ AG, als Sicherheiten für den betreffenden Kredit herangezogen werden."
Gestützt auf diese Zusage schlossen die Beschwerdeführer die Kreditverträge mit der NAB ab und legten diese Ende Juli 2007 der Steuerbehörde vor. Weil aber die Umfinanzierung nicht den Auflagen im Schreiben vom 7. März 2007 entsprach, lehnte die Steuerbehörde ein Zurückkommen auf die verdeckten Gewinnausschüttungen 2001/2002 ab und hielten im Einspracheentscheid vom 26. September 2007 daran fest. Dieses Vorgehen schützten die Rechtsmittelinstanzen.
3.2 Beantwortet die Steuerbehörde auf Anfrage einer steuerpflichtigen Person, wie sie einen bestimmten Steuersachverhalt bei dessen (späteren) Verwirklichung steuerlich behandeln werde, liegt eine Auskunft oder Zusage der Steuerbehörde vor. Deren Verbindlichkeit beurteilt sich nach dem Grundsatz von Treu und Glauben gemäss <ref-law>. Dieser Grundsatz statuiert ein Verbot widersprüchlichen Verhaltens und verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Die sieben hierzu notwendigen Voraussetzungen (vgl. BGE 2C_450/2009 vom 10. Februar 2011 E. 6.3.2) müssen hier nicht geprüft werden, da - wie die Vorinstanzen richtig erkannt haben - die Beschwerdeführer einen gegenüber dem Schreiben vom 7. März 2007 abweichenden Sachverhalt verwirklicht bzw. die darin enthaltene Auflage nicht beachtet haben. Die Beschwerdeführer setzten nämlich gerade nicht ihr Privatvermögen zur Sicherstellung des Kredits der NAB ein, sondern belasteten gegenteils eine Liegenschaft der Immo AG. Genau dies wollte aber die Steuerbehörde nicht zulassen, wenn auf die Besteuerung einer geldwerten Leistung eben dieser Gesellschaft verzichtet werden sollte. Damit liegt keine Bindung mehr an die seitens der Steuerbehörde erteilte, an eindeutige Voraussetzungen geknüpfte Zusage vor. Von einem Verstoss gegen Treu und Glauben kann keine Rede sein.
4. Zusammenfassend ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden, weshalb die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_84/2011 und 2C_85/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Mai 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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