Sachverhalt:
A. R._, geboren 1952, meldete sich am 20. Mai 2003 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 11. März 2005 und Einspracheentscheid vom 30. September 2005 lehnte die IV-Stelle Luzern den Anspruch auf berufliche Massnahmen gestützt auf ein Gutachten der Frau Dr. med. H._, Psychiatrie Psychotherapie FMH, vom 17. Dezember 2004 ab mit der Begründung, dass sich einzig die Alkoholabhängigkeit des Versicherten auf die Arbeitsfähigkeit auswirke, ein invalidisierendes psychisches Leiden indessen nicht vorliege.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 28. November 2006 in dem Sinne gut, als es die Sache an die IV-Stelle zurückwies zur Durchführung eines Einkommensvergleichs unter Zugrundelegung einer 60%igen Arbeitsfähigkeit.
C. Die IV-Stelle führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
Während R._ auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurden das Eidgenössische Versicherungsgericht und das Bundesgericht in Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, S. 10 Rz. 75) und es wurde die Organisation und das Verfahren des obersten Gerichts umfassend neu geregelt. Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Gerichtsentscheid am 28. November 2006 und somit vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Gemäss Art. 132 Abs. 2 OG in der seit 1. Juli 2006 in Kraft stehenden Fassung (Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, AS 2006 2003) in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG ist in Streitigkeiten, die Leistungen der Invalidenversicherung betreffen, nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde.
3. Das kantonale Gericht hat die gesetzliche Bestimmung und die Grundsätze zum Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), insbesondere bei geistigen Gesundheitsschäden (<ref-ruling> E. 4c in fine S. 298, <ref-ruling>), unter Hinweis auf den Einspracheentscheid zutreffend dargelegt.
4. In sachverhaltlicher Hinsicht hat die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten der Frau Dr. med. H._ festgestellt, der Versicherte leide an einem Alkoholabhängigkeitssyndrom mit gegenwärtigem Substanzgebrauch (ICD 10 F10.24). Aus der Einschätzung der Psychiaterin, wonach zur Zeit eine Arbeitsfähigkeit von 60 % bestehe, bei vollständiger Alkoholabstinenz steigerbar, sowie den von ihr veranlassten testpsychologischen Untersuchungen, welche gegenüber den Abklärungen im Therapiezentrum X._ im Sommer 2003 "eher eine Verschlechterung", "verminderte Konzentrationsfähigkeit und Ausdauer sowie milde Einschränkung der kognitiven Leistungen" zeigten, schloss sie, dass der Versicherte auch in einer leidensangepassten Tätigkeit aufgrund seiner Alkoholabhängigkeit grundsätzlich nur noch im Umfang von 60 % arbeitsfähig sei.
5. 5.1 Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts begründet Alkoholismus (wie auch Drogensucht und Medikamentenabhängigkeit) für sich allein keine Invalidität im Sinne des Gesetzes. Vielmehr wird er invalidenversicherungsrechtlich erst relevant, wenn er eine Krankheit oder einen Unfall bewirkt hat, in deren Folge ein körperlicher, geistiger oder psychischer (vgl. Urteil B. vom 5. April 2006, I 750/04, E. 1.2 mit Hinweisen), die Erwerbsfähigkeit beeinträchtigender Gesundheitsschaden eingetreten ist, oder wenn er selber Folge eines körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheitsschadens ist, dem Krankheitswert zukommt (<ref-ruling> E. 3c S. 268; <ref-ruling>; <ref-ruling> f. E. 2; AHI 2002 S. 29 f. [I 454/99] E. 2; Urteil O. vom 8. August 2006, I 169/06, E. 2.2).
5.2 Daran fehlt es vorliegend. Die begutachtende Psychiaterin konnte kein invalidisierendes Leiden mit Krankheitswert diagnostizieren. Nebst dem Alkoholabhängigkeitssyndrom führte sie - anamnestisch - eine depressive Störung auf, wobei gegenwärtig die Diagnosekriterien nach ICD 10 nicht erfüllt seien, sowie eine narzisstische Persönlichkeitsstörung (ICD 10 F60.8). Dementsprechend stellte sie fest, dass die aus ihrer Sicht um 40 % eingeschränkte Arbeitsfähigkeit bei vollständiger Alkoholabstinenz steigerbar sei. Zu erwähnen ist in diesem Zusammenhang, dass der Vorwurf des Beschwerdegegners, er sei von Frau Dr. med. H._ nur ungenügend abgeklärt worden, angesichts ihres eingehenden und schlüssigen Gutachtens unberechtigt ist. Somit ist die Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit allein durch den Alkoholabusus verursacht, welcher indessen für sich allein, wie ausgeführt, keine Invalidität begründet: Fehlt es an einem invalidisierenden psychischen Leiden, welches Ursache oder Folge des Alkoholsyndroms bildet, liegt keine Invalidität im Sinne des Gesetzes vor. Dabei setzt die Annahme des Gesundheitsschadens eine Diagnosestellung im psychiatrischen Gutachten lege artis gestützt auf ein anerkanntes Klassifikationssystem voraus (<ref-ruling>). Aus <ref-ruling> E. 4c S. 298, wonach eine Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit unabhängig von der Diagnose und grundsätzlich unbesehen der Ätiologie ausgewiesen und in ihrem Ausmass bestimmt sein muss, kann der Versicherte nichts zu seinen Gunsten ableiten, wurde dort doch umgekehrt gesagt, dass eine fachärztlich festgestellte psychische Krankheit nicht ohne weiteres gleichbedeutend ist mit dem Vorliegen einer Invalidität.
5.3 Zu ergänzen ist, dass nach den Feststellungen des kantonalen Gerichts auch kein somatisches Leiden mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit vorliegt. Es besteht diesbezüglich kein Anlass zur Berichtigung (Art. 105 Abs. 2 OG). Hausarzt Dr. med. P._, FMH für Innere Medizin speziell Herzkrankheiten, erwähnte in seinem Bericht vom 16. Juli 2003 unter den entsprechenden Diagnosen zwar eine arterielle Hypertonie mit hypertensiver Herzkrankheit. Ob noch eine Tätigkeit zugemutet werden könne, machte er allerdings einzig von der bevorstehenden Suchtbehandlung in Y._ abhängig. Gemäss Bericht des Therapiezentrums X._ vom 1. September 2003 hat die arterielle Hypertonie keine Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit.
5.4 Entscheidend ist somit, dass beim Versicherten kein invalidisierendes psychisches Leiden diagnostiziert wurde, der Leistungsansprecher somit nicht invaliditätsbedingt im Sinne des Gesetzes in seiner Arbeitsfähigkeit eingeschränkt ist. Es besteht daher kein Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung. Die Beschwerdeführerin rügt diesbezüglich zutreffend eine Rechtsverletzung durch das kantonale Gericht, weshalb der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und der Einspracheentscheid der IV-Stelle Luzern zu bestätigen ist.
6. Mit der Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann das Begehren um aufschiebende Wirkung (Art. 111 Abs. 2 OG) als erledigt gelten.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 OG in der seit 1. Juli 2006 in Kraft stehenden Fassung; Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, AS 2006 2003). Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung zugunsten der obsiegenden Beschwerde führenden IV-Stelle wird gemäss Art. 159 Abs. 2 OG nicht zugesprochen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 28. November 2006 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 500.- wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse Luzern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 23. Oktober 2007
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
i.V.