Sachverhalt:
A. Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG, Zweigstelle Deutschschweiz (nachfolgend: Auffangeinrichtung), schloss die Eigentümergemeinschaft D._ und C._ mit Verfügung vom 19. Juli 2007 rückwirkend per 1. Januar 2006 zwangsweise an die Auffangeinrichtung an. Aus der der Ausgleichskasse Bern im Januar 2007 eingereichten Lohnbescheinigung 2006 ergebe sich, dass die Eigentümergemeinschaft als Arbeitgeberin seit dem 1. Januar 2006 dem Obligatorium unterstellten Arbeitnehmern Löhne ausgerichtet habe. Der Nachweis, welcher einen Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung als nicht notwendig erscheinen lasse, sei nicht erbracht.
B. Die von C._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 12. November 2008 teilweise gut, indem es den Zwangsanschluss grundsätzlich bestätigte, diesen aber auf den 13. Februar 2006 festsetzte.
C. C._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Vorinstanz.
Während die Auffangeinrichtung auf Nichteintreten, eventualiter Abweisung der Beschwerde schliesst, beantragt die Vorinstanz die teilweise Gutheissung der Beschwerde in dem Sinne, dass der Anschluss an die Beschwerdegegnerin rückwirkend erst per 9. August 2006 erfolgen soll. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Zuständigkeit des Bundesverwaltungsgerichts und letztinstanzlich der II. sozialrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts in zeitlicher und sachlicher Hinsicht zum Entscheid über den Zwangsanschluss an die Stiftung Auffangeinrichtung ist gegeben (Art. 60 Abs. 2bis und Art. 74 Abs. 1 BVG, <ref-law> und Art. 35 lit. e des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BGerR]; Art. 31 und 33 lit. h VGG).
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen im Verfahren vor Bundesgericht nur vorgebracht werden, wenn erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Aus der Verbindlichkeit der vorinstanzlichen Tatsachenfeststellungen (<ref-law>) folgt, dass sog. unechte Noven, das heisst Tatsachen und Beweismittel, die bereits im Zeitpunkt des vorinstanzlichen Entscheides bestanden, aber im vorinstanzlichen Verfahren nicht vorgebracht wurden, unzulässig sind (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 3 zu <ref-law>; Ulrich Meyer, N 40 zu Art. 99, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008 [BSK BGG]), sofern nicht erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gegeben hat.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob der Zwangsanschluss der Beschwerdeführerin als Arbeitgeberin für die beiden Mitarbeiter R._ und E._ an die Stiftung Auffangeinrichtung BVG rückwirkend ab 13. Februar 2006 zu Recht erfolgte. Das Bundesverwaltungsgericht hat die dazu massgebenden Bestimmungen und Grundsätze, so zur obligatorischen Versicherung (Art. 2 Abs.1 und Art. 5 Abs. 1 BVG), zu den von der obligatorischen Versicherung ausgenommenen Arbeitnehmern (Art. 2 Abs. 4 BVG) und zum Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung (Art. 11 BVG) zutreffend dargelegt. Richtig ist insbesondere, dass Arbeitnehmer mit einem befristeten Arbeitsvertrag von höchstens drei Monaten der obligatorischen Versicherung nicht unterstellt sind (Art. 1 Abs. 1 lit. b der Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [BVV 2; SR 831.441.1] in der bis 31. Dezember 2008 gültig gewesenen, hier anwendbaren Fassung; seit 1. Januar 2005: Art. 1j Abs. 1 lit. b BVV 2). Darauf kann verwiesen werden.
4. 4.1 Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin habe bei den beiden Arbeitnehmern R._ und E._ anders als bei vier weiteren Mitarbeitern nicht nachweisen können, dass diese nur befristet für eine Zeitdauer von höchstens drei Monaten bei ihr angestellt gewesen seien und damit von der Versicherungspflicht ausgenommen wären. Zwar habe sie darauf hingewiesen, dass die entsprechenden Bestätigungen infolge Ferienabwesenheit der Arbeitnehmer nicht hätten beigebracht werden können, hierzu hätte sie jedoch auch nach Abweisung ihres Fristwiederherstellungsgesuches Gelegenheit gehabt.
Die Beschwerdeführerin legt letztinstanzlich die Bestätigungen der beiden Arbeitnehmer R._ und E._ vom 2. Oktober 2007 auf und führt unter Beilage einer Kopie eines Schreibens vom 12. Oktober 2008 aus, sie habe mit diesem Brief die beiden Bestätigungen mit A-Post an das Bundesverwaltungsgericht gesandt. Dass die Bestätigungen der Vorinstanz eingereicht wurden, ist aus dem Aktenzusammenhang plausibel, verwies die Beschwerdeführerin doch noch im Schreiben vom 6. Oktober 2008, mit welchem sie die Bestätigungen der anderen Arbeitnehmer einreichte, auf die Ferienabwesenheit der beiden fraglichen Arbeitnehmer. Kohärent zur Annahme, die fehlenden Bestätigungen seien bereits am 12. Oktober 2008 eingereicht worden, werden denn auch in ihrem Fristerstreckungsgesuch für die Replik vom 23. Januar 2008 die fehlenden Bestätigungen nicht mehr erwähnt oder in Aussicht gestellt, sondern die Beschwerdeführerin verlangt lediglich die Möglichkeit zur Replik bezüglich der von der Gegenpartei "verdrehten und falsch dargestellten" Sachverhalte. Es ist deshalb davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin die Bestätigungen des R._ und des E._ mit Schreiben vom 12. Oktober 2008 dem Bundesverwaltungsgericht eingereicht hat. Damit sind diese vorliegend zu berücksichtigen (vgl. E. 2.2 hievor), zumal auch die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung vom 3. April 2009 gestützt darauf eine teilweise Gutheissung der Beschwerde beantragt.
4.2 Der Arbeitnehmer R._ bestätigt, dass er vom 11. Februar bis 6. April 2006 bei D._ in einem befristeten Arbeitsverhältnis angestellt und dies von Anfang an so vereinbart war. Damit wird dargetan, dass ein befristeter Arbeitsvertrag von unter drei Monaten vorlag, weshalb R._ gemäss Art. 1j Abs. 1 lit. b Satz 1 BVV 2 (vgl. E. 2.1 hievor) von der obligatorischen Versicherung ausgenommen war. Der Zwangsanschluss erfolgte bezüglich R._ zu Unrecht.
4.3 Was den Arbeitnehmer E._ betrifft, bestätigte dieser, er sei vom 8. bis 30. Juni 2006 bei D._ sowie vom 9. August bis 2. Oktober 2006 und vom 3. bis 16. November 2006 bei C._ in einem befristeten Arbeitsverhältnis angestellt gewesen. Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, es sei hier von zwei verschiedenen Arbeitsverhältnissen auszugehen, da die Liegenschaft X._ zu 90% D._ und zu 10% ihr gehöre und sie eine schriftliche Vereinbarung für die Aufteilung der Liegenschaft hätten (das Restaurant gehöre ihr, das Wohnhaus und die Bar D._), kann ihr nicht gefolgt werden. Auf der der Ausgleichskasse eingereichten Lohnbescheinigung 2006 waren die Gesellschafter als "Eigentümergemeinschaft D._, C._" angegeben und traten demzufolge als ein einziger Arbeitgeber für die gleiche Liegenschaft gemäss <ref-law> auf. Nachdem in der beruflichen Vorsorge der Begriff des Arbeitgebers in Art. 2 Abs. 1 BVG im Sinne des AHV-Rechts zu verstehen ist (Urteil B 52/05 vom 9. Juni 2006 mit Hinweis auf SZS 1997 S. 55f. E. 3b), ist auch hier von einem einzigen Arbeitgeber auszugehen. Dies führt dazu, dass mit E._ ein Arbeitsverhältnis von über drei Monaten vorlag, nachdem angesichts der kurzen Unterbrüche jeweils eine Verlängerung des Arbeitsverhältnisses anzunehmen ist, wovon auch die Beschwerdeführerin in der Beschwerde ausgeht. Da indes bei einer Verlängerung des Arbeitsverhältnisses die obligatorische Versicherung gemäss Art. 1j Abs. 1 lit. c Satz 2 BVV 2 ab dem Zeitpunkt beginnt, da die Verlängerung vereinbart wurde, ist der Zeitpunkt des rückwirkenden Anschlusses neu auf den 9. August 2006 (Beginn der ersten Verlängerung) festzusetzen. Damit ist die Beschwerde teilweise begründet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 12. November 2008 und die Verfügung der Auffangeinrichtung BVG vom 19. Juli 2007 werden dahin abgeändert, dass die Beschwerdeführerin der Stiftung Auffangeinrichtung BVG rückwirkend ab 9. August 2006 angeschlossen wird. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 400.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 600.- auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 13. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke