Faits:
A. P._ est la nièce et la filleule de U._, laquelle l'a longtemps considérée comme sa fille et a été très généreuse avec elle. Ainsi, par acte notarié du 18 juin 1985, U._ a fait donation à P._ des parcelles nos 95, 535 et 536 de la commune de X._. La parcelle n° 95 comprend les bâtiments nos 216 et 236, soit une villa et un garage, et constituait le domicile principal de la donatrice au moment de l'acte. Les articles 5 et 6 de l'acte de donation ont la teneur suivante:
"La prise de possession, par la donataire, des immeubles qui lui sont ici donnés a lieu immédiatement; par contre, l'entrée en jouissance par elle desdits immeubles n'aura lieu que le jour du décès de la donatrice qui conserve sur ceux-ci - sa vie durant - l'usufruit total.
Cet usufruit sera inscrit au Registre foncier et s'exercera conformément aux dispositions légales en la matière, en particulier les articles sept cent quarante-cinq à sept cent septante-cinq du Code civil suisse.
6. Dès ce jour-là, les profits et les charges relatifs aux immeubles donnés passeront à la donataire."
En exécution de cet acte, P._ est devenue nue-propriétaire des immeubles précités et U._ usufruitière.
En 1988, les relations entre les deux femmes se sont détériorées, à tel point que U._ n'a plus jamais adressé la parole à sa nièce.
B. Le 19 mars 1997, le conseil de U._ a informé celui de P._ qu'il avait fait le nécessaire auprès de l'Établissement cantonal d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels du canton de Vaud (ci-après: l'ECA) et de l'assureur responsabilité civile (la Nationale Suisse Assurances) pour résilier les contrats, qu'il appartenait à P._ de prendre en charge ces frais et que U._ entendait récupérer plusieurs dizaines de milliers de francs, représentant l'ensemble des charges de l'immeuble pendant plusieurs années.
En février 1997, l'ECA a adressé deux avis de primes relatifs aux immeubles de X._ à P._, qui a payé ces factures par 448 fr. 10. A cet égard, il convient de compléter les constatations de l'autorité cantonale, en application de l'art. 64 al. 2 OJ, sur quelques points accessoires et néanmoins pertinents qui résultent clairement du dossier: ainsi, P._ a payé non seulement, le 2 juin 1997, les primes 1997, mais aussi, le 15 avril 1998, les primes 1998, toujours par 448 fr. 10; avant cela, son conseil avait écrit le 16 mai 1997 à l'ECA, avec copie au conseil de U._, qu'il avait invité sa mandante à régler les primes d'assurances litigieuses, sous réserve expresse d'un droit de recours contre U._.
C. Entre les mois d'avril et de juin 1997, U._ a fait notifier à P._ plusieurs commandements de payer pour un total de 33'834 fr. 50, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mai 1997. Elle lui a ainsi réclamé le remboursement des impôts fonciers pour les années 1987 à 1996 (7'650 fr.), de taxes communales (3'443 fr. 40), de primes d'assurances du bâtiment versées à la Nationale Suisse Assurances pour la période allant du 20 mars 1987 au 1er avril 1997 (4'845 fr. 20), de factures de jardinier payées en 1994 et 1995 (14'382 fr. 60) et enfin de factures relatives à des travaux de révision de citerne, d'entretien du brûleur et de ramonage payées entre octobre 1994 et janvier 1997 (3'513 fr. 30).
D. Le 15 avril 1998, P._ a ouvert action contre U._, en concluant à ce qu'il soit prononcé que les charges des parcelles nos 95, 535 et 536 de la commune de X._ incombent à la défenderesse (I), à ce que celle-ci soit déclarée débitrice des primes ECA (II) et à ce qu'elle soit condamnée à rembourser à la demanderesse les primes ECA afférentes aux années 1997 et 1998 payées par cette dernière, soit un montant total de 896 fr. 20 (III).
Par réponse du 27 mai 1998, U._ a conclu à ce qu'il soit prononcé que, en sa qualité de propriétaire, P._ doit supporter les profits et les charges relatifs à la parcelle n° 95 de la commune de X._ (I), à ce que la demanderesse soit reconnue sa débitrice d'un montant de 34'020 fr. 70 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er mai 1997 (II) et à ce que les oppositions formées par la demanderesse aux poursuites introduites entre avril et juin 1997 pour un total de 33'834 fr. 50 soient définitivement levées (III).
Dans sa réplique du 21 octobre 1998, la demanderesse a pris les conclusions suivantes, dont elle a précisé lors de l'audience préliminaire qu'elles remplaçaient les conclusions de la demande:
"I. U._ est la débitrice de la demanderesse, et lui doit prompt paiement de la somme de FS 896.20, payée par P._ à titre de primes annuelles d'assurance incendie pour les années 1997 et 1998.
II. U._ est la débitrice de P._ des frais de remise en état des immeubles, parcelles 95 (bâtiments 216, 236 A, 236 B), 535 et 536 de la Commune de X._, et lui doit prompt paiement de la somme de FS 50'000.--, sous réserve d'amplification.
III. Les charges, frais ordinaires d'entretien et les dépenses d'exploitation des immeubles, parcelles n° 95 (bâtiments 216, 236 A, 236 B), 535 et 536 de la Commune de X._, incombent à U._.
IV. U._, en sa qualité d'usufruitière, supporte notamment les impôts fonciers et les taxes communales relatives aux immeubles, parcelles n° 95 (bâtiments 216, 236 A, 236 B), 535 et 536.
V. U._, en sa qualité d'usufruitière, est notamment tenue d'assurer les immeubles sis sur la parcelle 95 (bâtiments 216, 236 A, 236 B) de la Commune de X._ contre l'incendie et les éléments naturels, contre les dégâts d'eau ainsi que de contracter une assurance chose, et supporte les primes d'assurance y afférentes.
VI. U._, en sa qualité d'usufruitière, est notamment tenue de chauffer l'immeuble sis sur la parcelle 95 (bâtiment 236 A) pendant l'hiver, d'entretenir les installations de chauffage et d'en supporter les frais.
VII. U._, en sa qualité d'usufruitière, est notamment tenue d'entretenir le jardin, les clôtures en bois et les haies vives et d'en supporter les frais.
VIII. Dans la mesure où U._ ne remplit pas ses obligations d'usufruitière, P._ est autorisée à faire exécuter les travaux d'entretien et d'exploitation au nom et pour le compte de U._, laquelle lui doit remboursement des frais ainsi engagés dans les trente jours à compter de la présentation des justificatifs de paiement.
IX. La défenderesse est déboutée de toutes les conclusions reconventionnelles de sa réponse et demande reconventionnelle du 27 mai 1998."
Par la suite, la défenderesse a retiré ses conclusions II et III mais a invoqué la compensation.
E. En cours d'instance, le juge instructeur de la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a désigné comme expert judiciaire l'architecte Y._. Il est ressorti de cette expertise que le jardin avait fait l'objet d'une attention insuffisante depuis 1996. Les mauvaises herbes avaient envahi les chemins, dalles, terrasses et escaliers accédant à la maison; les haies débordaient sur la route, les arbres, non élagués, obstruaient divers passages et les clôtures étaient en très mauvais état. L'expert a estimé qu'une première reprise complète et soignée du jardin était nécessaire et qu'ensuite, un entretien régulier et suivi devait être assuré pour un coût estimé à 12'000 fr. par an environ.
Quant à la villa, l'expert n'a pas estimé qu'elle était dans un état de délabrement total, et il n'a pas constaté de dégâts dus à une absence de chauffage en hiver. Des travaux d'entretien étaient toutefois nécessaires, consistant essentiellement en la réfection des peintures, le contrôle de la couverture, la réfection de la tête de la dalle du balcon et de la barrière nord de la propriété.
Dans l'ensemble, l'expert a estimé que malgré quelques travaux d'entretien essentiellement à l'extérieur de la villa, celle-ci présentait une usure normale par rapport à l'âge du bâtiment. Un entretien plus attentif et régulier de la villa aurait amélioré son image actuelle, mais n'aurait pas influencé sa nature et son type, déterminants dans l'évaluation de l'objet (dont la valeur a été estimée par l'expert, pour l'ensemble de la propriété, à 2'116'842 fr.).
L'expert a estimé les frais de la remise en état de la propriété (jardin et immeuble) à 34'340 fr., dont 4'250 fr. pour les papiers peints et non compris les travaux relatifs au clapet de fermeture du canal de fumée de la cheminée du salon. A l'audience de jugement, il a précisé que les frais de réparation dudit clapet de fermeture s'élevaient à 1'000 fr., et il a remplacé le montant de 4'250 fr. relatif à la réfection des papiers peints par la somme de 5'806 fr. 10.
F. Par jugement du 5 juin 2002, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a débouté les deux parties de toutes leurs conclusions et a compensé les dépens.
F.a Les juges cantonaux ont d'abord constaté que la réelle et commune intention des parties à l'acte de donation, constitutif de l'usufruit, était que la défenderesse assume les charges relatives aux immeubles donnés. Ils ont ainsi rejeté la thèse de la défenderesse, selon laquelle l'expression "ce jour-là" figurant à l'art. 6 de l'acte de donation se rapporterait au jour de l'inscription de l'usufruit au Registre foncier et non à celui de l'entrée en jouissance des immeubles par la demanderesse. L'art. 5 de l'acte de donation prévoit en effet expressément que les art. 745 à 775 CC sont applicables à l'usufruit de la défenderesse. Or parmi ces dispositions figure l'<ref-law> relatif aux obligations de l'usufruitier, qui est de droit dispositif et auquel les parties n'ont prévu formellement aucune dérogation. Au surplus, il est inconcevable, compte tenu des relations qui prévalaient entre les parties au moment de la donation, notamment de la générosité de la défenderesse à l'égard de sa filleule, que la défenderesse ait donné à sa nièce une maison qu'elle était censée habiter tout en la chargeant des frais de cet immeuble. Cela est confirmé par le comportement des parties après la signature de l'acte: la défenderesse a continué à assumer les charges des immeubles encore longtemps après la rupture entre les parties, et la demanderesse ne disposait pas de la clé de la maison. Force est donc de constater que la réelle et commune intention des parties était que la défenderesse supporte les profits et les charges de l'immeuble, les règles légales en la matière s'appliquant.
F.b En fonction de cette interprétation du contrat selon la réelle et commune intention des parties, la cour cantonale a ensuite examiné les conclusions I et II de la demanderesse, tendant au paiement de primes d'assurance incendie et des frais de remise en état des immeubles. Elle a rejeté ces conclusions pour les motifs suivants:
F.b.a Aux termes de l'<ref-law>, l'usufruitier a la possession, l'usage et la jouissance de la chose; il en a aussi la gestion, et il observe, dans l'exercice de ses droits, les règles d'une bonne administration. Le devoir de l'usufruitier de se comporter en administrateur diligent est sanctionné par sa responsabilité à l'extinction de l'usufruit selon l'<ref-law>. Le nu-propriétaire a deux moyens pour sauvegarder ses droits en cas d'excès de l'usufruitier dans l'usage ou la jouissance de la chose: un droit d'opposition selon l'<ref-law> et le droit d'exiger des sûretés selon l'<ref-law>, ce dernier droit n'existant toutefois pas vis-à-vis du donateur qui s'est réservé l'usufruit de la chose donnée (<ref-law>).
Selon Piotet (Traité de droit privé suisse, tome V/1/3, 1978, p. 100) et Steinauer (Les droits réels, tome III, 2e éd., 1996, n. 2452), le nu-propriétaire peut en outre mettre en oeuvre, par les voies ordinaires (<ref-law>), les droits personnels qu'il a contre l'usufruitier en vertu du rapport d'obligation légal qui s'ajoute au droit réel; il peut notamment mettre l'usufruitier en demeure de procéder à l'entretien et aux réparations ordinaires, voire faire exécuter ces travaux par un tiers aux frais de l'usufruitier (<ref-law>). Selon Baumann (Zürcher Kommentar, Bd. IV/2a, 1999, n. 19 ad <ref-law>), au contraire, les prétentions réciproques entre nu-propriétaire et usufruitier ne sont exigibles qu'à l'extinction de l'usufruit et il n'y a pas de place pour l'application des <ref-law>.
F.b.b La cour cantonale a estimé que si l'on devait suivre l'opinion de Piotet et Steinauer, on devrait distinguer entre le dommage résultant de l'utilisation de l'immeuble (<ref-law>) et celui résultant de l'inexécution d'une obligation légale, comme par exemple de l'inexécution de l'obligation d'entretien ordinaire de l'immeuble: dans le premier cas, le nu-propriétaire ne pourrait exiger des dommages-intérêts qu'à la fin de l'usufruit en vertu de l'<ref-law>, tandis que dans la seconde hypothèse, il pourrait exiger immédiatement des dommages-intérêts en vertu de l'<ref-law>. Il convenait ainsi de privilégier la solution préconisée par Baumann et d'admettre que l'ensemble des prétentions entre nu-propriétaire et usufruitier devaient se liquider à la fin de l'usufruit selon les art. 752 et 753 CC, ce qui permettrait une résolution globale, entre les parties, de tous les rapports découlant de l'usufruit.
Au demeurant, l'application des <ref-law> présupposait un dommage, consistant en une diminution du patrimoine. Or en l'espèce, on ne pouvait considérer que la demanderesse avait d'ores et déjà subi un dommage.
F.c Les juges cantonaux ont ensuite rejeté la conclusion VIII de la demanderesse, par laquelle celle-ci entendait selon eux s'approprier la gestion courante de l'immeuble. Ils ont en effet considéré que la loi ne prévoyait pas une telle possibilité, l'administration courante de l'usufruit appartenant selon l'<ref-law> à l'usufruitier.
F.d La cour cantonale a enfin examiné les conclusions III à VII de la demanderesse et I de la défenderesse. Elle a rappelé que selon la jurisprudence, l'action en constatation de droit suppose que le demandeur ait un intérêt digne de protection à une constatation immédiate, ce qui est le cas lorsqu'une incertitude plane sur les relations juridiques entre les parties et qu'une constatation judiciaire sur l'existence et l'objet du rapport en cause pourrait l'éliminer.
En l'espèce, si l'intérêt de la défenderesse à faire constater qui devait supporter les charges de l'immeuble était indéniable, sa conclusion I devait cependant être rejetée en raison de l'interprétation donnée à l'art. 6 de l'acte de donation. Les conclusions III à VII de la demanderesse devaient quant à elle être rejetées faute d'incertitude sur les relations juridiques entre les parties, puisque l'art. 5 de l'acte de donation déclarait applicables les art. 745 à 775 CC, régissant notamment les obligations de l'usufruitier (art. 764 à 767 CC).
G. Agissant par la voie du recours en réforme au Tribunal fédéral, la demanderesse conclut principalement, avec suite des dépens des instances cantonale et fédérale, à la réforme de ce jugement dans le sens de l'admission des conclusions de sa réplique du 21 octobre 1998, la conclusion II étant toutefois ramenée de 50'000 fr. à 41'236 fr. 10 (soit 34'430 fr. + 5'806 fr. 10 + 1'000 fr.). A titre subsidiaire, elle conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La défenderesse conclut avec suite de frais et dépens au rejet du recours et à la confirmation du jugement attaqué.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le jugement attaqué tranche une contestation civile portant sur des droits de nature pécuniaire, et les droits contestés dans la dernière instance cantonale atteignent manifestement une valeur d'au moins 8'000 fr. Formé en temps utile contre une décision finale prise par le tribunal suprême du canton de Vaud et qui ne peut pas être l'objet d'un recours ordinaire de droit cantonal, le recours en réforme est donc recevable au regard des art. 46, 48 al. 1 et 54 al. 1 OJ.
2. Dans son recours en réforme, la demanderesse reproche à la cour cantonale d'avoir enfreint les dispositions du droit fédéral sur les obligations de l'usufruitier, soit les art. 764 à 767 CC, ainsi que les <ref-law> sur les effets de l'inexécution des obligations, que la cour cantonale a refusé d'appliquer à l'usufruitière qui n'exécute pas ses obligations légales et contractuelles envers la nue-propriétaire.
2.1 La demanderesse soutient d'abord que les dispositions appliquées par l'autorité cantonale pour la débouter tant de sa conclusion I (en remboursement des primes d'assurance ECA) que de sa conclusion II (en paiement de 50'000 fr.) ne s'appliqueraient en tout cas pas à la conclusion I, au vu de la teneur expresse de l'<ref-law>. Selon elle, il n'y aurait "aucune raison, bonne ou mauvaise, et encore moins une quelconque disposition légale qui pourrait justifier le report de l'exigibilité de cette créance en remboursement des primes d'assurance payées par la nue-propriétaire à la date à laquelle l'usufruit prendra fin".
2.2 Quant à sa conclusion II, dont elle expose dans son recours qu'elle tend "au versement de l'indemnité pour dommages ou moins-value causés aux immeubles grevés de l'usufruit en raison de la violation par l'intimée de son devoir d'entretien", la demanderesse reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir suivi la doctrine dominante. Selon elle, l'argumentation de Baumann "ne pourrait, cas échéant, que l'emporter par rapport à la conclusion VIII qui à elle seule vise la "Ersatzvornahme" de l'<ref-law>". L'opinion de Baumann serait toutefois "insolite et inefficace s'il s'agit, comme dans le cas des primes d'assurance, d'une obligation légale claire qui débouche, à la fin du compte, sur une simple créance pécuniaire".
2.3 S'agissant enfin de ses conclusions III à VII en constatation de droit, la demanderesse reproche aux juges cantonaux de lui avoir dénié un intérêt à faire constater laquelle des parties devait supporter diverses charges (énoncées dans des conclusions séparées dans le but d'obtenir un jugement clair et sans ambiguïté). En déniant un tel intérêt à la demanderesse, les juges cantonaux se seraient mis en contradiction totale avec les considérations qu'ils venaient d'émettre par rapport à la conclusion opposée de la défenderesse, puisqu'ils avaient estimé que cette dernière avait un intérêt indéniable à faire constater qui devait supporter les charges de l'immeuble.
3. 3.1 Selon l'art. 755 al. 1 et 2 CC, l'usufruitier a la possession, l'usage et la jouissance de la chose, et il en a aussi la gestion. Le devoir fondamental de l'usufruitier ressort de l'alinéa 3 de cette disposition: il doit observer, dans l'exercice de ses droits, les règles d'une bonne administration. Ce devoir de se comporter en administrateur diligent est sanctionné par la responsabilité de l'usufruitier au moment de la restitution de la chose à l'extinction de l'usufruit (Paul-Henri Steinauer, Les droits réels, tome III, 2e éd., 1996, n. 2441), puisqu'il répond alors de la dépréciation de la chose dans la mesure où cette dépréciation ne résulte pas d'un usage normal (<ref-law>). Pour le reste, les art. 764 à 767 CC fixent les devoirs de l'usufruitier quant à l'entretien de la chose ainsi qu'à la manière de l'assurer; ils déterminent aussi comment se répartissent, entre l'usufruitier et le nu-propriétaire, les charges afférentes à la chose (Steinauer, op. cit., n. 2442 ss).
Ainsi, l'<ref-law> impose à l'usufruitier de conserver la substance de la chose et de faire lui-même les réparations et réfections ordinaires d'entretien. Selon l'<ref-law>, l'usufruitier supporte les frais ordinaires d'entretien et les dépenses d'exploitation de la chose, ainsi que les intérêts des dettes dont elle est grevée, et il est tenu d'acquitter les impôts et autres redevances, le tout en proportion de la durée de son droit (al. 1); si les impôts ou d'autres redevances sont acquittés par le propriétaire, l'usufruitier l'en indemnise dans la mesure indiquée (al. 2). En outre, en vertu de l'<ref-law>, l'usufruitier est tenu d'assurer la chose, dans l'intérêt du propriétaire, contre l'incendie et d'autres risques, en tant que cette mesure rentre d'après l'usage local dans celles que commande une bonne administration (al. 1); il paie les primes pour la durée de sa jouissance (al. 2).
3.2 La doctrine n'est pas unanime sur le point de savoir si, pendant la durée de l'usufruit, le nu-propriétaire peut, à côté des mesures spéciales prévues par les art. 759 à 763 CC, agir selon les <ref-law> contre l'usufruitier qui ne prend pas les mesures lui incombant, en particulier quant à l'entretien ordinaire.
3.2.1 Selon la doctrine dominante, le nu-propriétaire peut mettre en oeuvre, par les voies ordinaires (<ref-law>), les droits personnels qu'il a contre l'usufruitier en vertu du rapport d'obligation légal qui s'ajoute au droit réel; il peut notamment mettre l'usufruitier en demeure de procéder à l'entretien et aux réparations ordinaires, et se faire autoriser par le juge, en application de l'<ref-law>, à faire exécuter ces travaux par un tiers aux frais de l'usufruitier (Paul Piotet, Traité de droit privé suisse, tome V/1/3, 1978, p. 100; Steinauer, op. cit., n. 2452; Roland M. Müller, Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 2e éd., 2003, n. 3 ad <ref-law>; Pascal Simonius/Thomas Sutter, Schweizerisches Immobiliarsachenrecht, Bd. II, 1990, n. 65 p. 109; Hans Leemann, Berner Kommentar, Bd. IV/2, 1925, n. 4 ad <ref-law>).
3.2.2 L'opinion de la doctrine dominante est critiquée par Baumann, pour qui elle négligerait le fait que le nu-propriétaire n'est pas un créancier ordinaire de l'usufruitier, la relation entre nu-propriétaire et usufruitier se caractérisant au contraire par le fait que les prétentions réciproques (en restitution, en indemnisation pour les impenses faites par l'usufruitier et, le cas échéant, en dommages-intérêts) ne deviennent exigibles qu'à l'extinction de l'usufruit. Jusque-là, le nu-propriétaire n'aurait pas de prétentions exigibles en exécution contre l'usufruitier selon l'<ref-law>, ni le droit de se faire autoriser à une exécution par substitution aux frais de l'usufruitier selon l'<ref-law> (Max Baumann, Zürcher Kommentar, Bd. IV/2a, 1999, n. 19 ad <ref-law>).
A l'appui de son opinion, Baumann avance en outre les motifs suivants (Baumann, op. cit., n. 20 ad <ref-law>): En premier lieu, la gestion de la chose soumise à l'usufruit incombe au seul usufruitier en vertu de l'<ref-law>. Deuxièmement, le droit suisse ne prévoit pas qu'en cas d'abus, l'usufruit puisse être retiré à son bénéficiaire ou racheté par le nu-propriétaire. Troisièmement, la possibilité pour le nu-propriétaire de se faire autoriser à accomplir des actes de gestion omis par l'usufruitier pourrait trop facilement conduire à des conflits d'intérêts sérieux; il ne faudrait pas oublier que l'usufruit est une institution de prévoyance ("Versorgungsinstitut") et que, même en cas d'inaction ou d'incapacité de la part de l'usufruitier, ce sont avant tout les intérêts de ce dernier et non ceux du nu-propriétaire qui doivent être protégés. Quatrièmement, la possibilité pour le nu-propriétaire de se faire autoriser à accomplir des actes de gestion serait susceptible de poser nombre de problèmes pratiques, notamment s'agissant de tracer la limite entre les travaux d'entretien véritablement nécessaires et ceux qui seraient seulement souhaitables, ou entre les travaux incombant à l'usufruitier selon l'<ref-law> et ceux qui incombent au nu-propriétaire selon l'<ref-law>.
3.3 L'argumentation de Baumann n'emporte pas la conviction. Si certaines prétentions entre nu-propriétaire et usufruitier - comme celle du propriétaire en restitution de la chose (<ref-law>) ou en dommages-intérêts pour la perte ou la dépréciation de la chose (<ref-law>), de même que la prétention de l'usufruitier en indemnisation de ses impenses (<ref-law>) - ne deviennent exigibles qu'à l'extinction de l'usufruit en raison de leur nature même et de la loi, tel n'est pas le cas des prétentions visées par les art. 764 à 767 CC.
Or il n'existe aucun motif valable d'interdire au nu-propriétaire d'agir en exécution de ces prétentions pendant la durée de l'usufruit. Au contraire, il est important que le nu-propriétaire - particulièrement lorsqu'il ne peut réclamer de sûretés à l'usufruitier dont il a reçu la chose en donation (cf. art. 760 et 761 al. 1 CC) - puisse sauvegarder son intérêt à la conservation de la substance de la chose au cours de l'usufruit, sans devoir s'accommoder de la violation par l'usufruitier de ses obligations légales. Il convient ainsi d'admettre, avec la doctrine dominante (cf. consid. 3.2.1 supra), que, comme créancier de l'usufruitier, le nu-propriétaire peut mettre ce dernier en demeure de prendre des mesures qui lui incombent et, en cas d'inexécution, obtenir l'autorisation du juge à l'exécution par substitution, conformément à l'<ref-law>.
Ce faisant, l'intérêt de l'usufruitier n'est pas ignoré, car pour octroyer cette autorisation, le juge tiendra compte des intérêts des deux parties en appliquant les règles du droit et de l'équité: en particulier, l'exécution par substitution ne doit pas apparaître disproportionnée par rapport à l'intérêt réel du créancier (Rolf H. Weber, Berner Kommentar, Bd. VI/1/5, 2000, n. 71 ad <ref-law>).
En outre, comme l'autorisation du juge à l'exécution par substitution présuppose que l'existence d'une obligation de faire du débiteur soit établie, il faut que ce point ait été tranché préalablement au regard de prétentions précises et concrètes du créancier. Les problèmes pratiques évoqués par Baumann seront donc tranchés judiciairement, et le juge autorisera l'exécution par substitution des seules prétentions établies, de sorte qu'il n'y a pas à craindre que le nu-propriétaire se substitue à l'usufruitier dans la gestion de la chose.
3.4 En définitive, il y a lieu d'admettre que si, pendant la durée de l'usufruit, l'usufruitier ne prend pas les mesures lui incombant en vertu des art. 764 à 767 CC, le nu-propriétaire peut le mettre en demeure d'exécuter ses obligations, notamment de procéder à l'entretien et aux réparations ordinaires, et se faire autoriser par le juge, en application de l'<ref-law>, à faire exécuter ces travaux par un tiers aux frais de l'usufruitier. Dans ce cadre, le nu-propriétaire peut aussi exiger que l'usufruitier lui avance les frais des travaux, une telle avance devant toutefois être subordonnée à certaines modalités, comme l'obligation d'affecter le montant reçu aux travaux, de restituer l'éventuel excédent après l'exécution des travaux et de restituer le montant intégral si les travaux ne sont pas exécutés dans un certain délai (cf. <ref-ruling>).
4. Il convient maintenant d'examiner, à la lumière de ce qui vient d'être exposé, si le rejet par la cour cantonale de toutes les conclusions de la demanderesse est conforme au droit fédéral.
4.1 La conclusion I de la demanderesse tend au remboursement des primes d'assurance ECA payées par cette dernière pour les années 1997 et 1998, pour un total de 896 fr. 20.
4.1.1 Comme on l'a vu (cf. consid. 3.1 supra), l'usufruitier a l'obligation d'assurer la chose, dans l'intérêt du propriétaire, contre l'incendie et d'autres risques - en tant que cette mesure rentre d'après l'usage local dans celles que commande une bonne administration, ce qui est incontestablement le cas lorsque la loi cantonale prévoit l'assurance obligatoire des bâtiments contre l'incendie et les éléments naturels (cf. Müller, op. cit., n. 2 ad <ref-law>) - et de payer les primes pour la durée de sa jouissance (<ref-law>).
4.1.2 Si l'usufruitier n'exécute pas son obligation d'assurer la chose selon l'<ref-law>, le nu-propriétaire peut se faire autoriser par le juge, conformément à l'<ref-law>, à assurer lui-même la chose (Müller, op. cit., n. 9 ad <ref-law>). Le nu-propriétaire a toutefois aussi le choix de procéder selon les <ref-law>. Il peut ainsi renoncer à obtenir l'exécution par l'usufruitier, se procurer la prestation autrement et faire valoir le coût de l'obtention de la prestation à titre de dommages-intérêts (cf. Wolfgang Wiegand, Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 3e éd., 2003, n. 8 ad <ref-law>; Gauch/Schluep/ Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil II, 8e éd., 2003, n. 3285; Ingeborg Schwenzer, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 3e éd., 2003, n. 61.02). C'est en ce sens que doit être comprise l'affirmation, certes implicite en ce qui concerne le fondement juridique de la créance, de certains auteurs (Leemann, op. cit., n. 12 ad <ref-law>; Carl Wieland, Les droits réels dans le Code civil suisse, 1913, n. 5 ad <ref-law> p. 581) selon lesquels le nu-propriétaire qui acquitte lui-même les primes d'assurance ensuite de l'inexécution de ses obligations par l'usufruitier peut réclamer à ce dernier le remboursement des primes payées.
4.1.3 Le créancier ne peut en principe renoncer à l'exécution et réclamer des dommages-intérêts pour cause d'inexécution que si, le débiteur étant en demeure, il lui avait fixé un délai convenable pour s'exécuter (<ref-law>). Toutefois, l'interpellation du débiteur pour le mettre en demeure selon l'<ref-law> et la fixation d'un délai selon l'<ref-law> ne sont pas nécessaires, conformément à l'<ref-law>, lorsque le débiteur déclare d'avance son refus clair et définitif de s'exécuter (<ref-ruling> consid. 1b; <ref-ruling> consid. 5 et 6; 69 II 243; cf. <ref-ruling>, consid. 3a non publié). En l'occurrence, la défenderesse, par son comportement et notamment par sa lettre du 19 mars 1997, avait clairement manifesté qu'elle ne s'exécuterait pas. La demanderesse était dès lors en droit, sans devoir interpeller la défenderesse ni lui fixer un délai pour s'exécuter, de renoncer à l'exécution - ce qu'elle a annoncé à la défenderesse en lui envoyant copie de sa lettre du 16 mai 1997 à l'ECA - et, après avoir assuré elle-même l'immeuble pour sauvegarder ses intérêts, de réclamer à la défenderesse, à titre de dommages-intérêts, le remboursement des primes d'assurance obligatoire qu'elle a ainsi dû payer.
4.1.4 Il résulte de ce qui précède que la cour cantonale a violé le droit fédéral en rejetant la conclusion I de la demanderesse pour le motif erroné que la créance de la demanderesse en remboursement des primes d'assurance qu'elle a dû payer ensuite de l'inexécution par la défenderesse de ses obligations n'était exigible qu'à l'extinction de l'usufruit. Partant, le recours doit être admis sur ce point et le jugement attaqué réformé en ce sens que la défenderesse est condamnée, en admission de la conclusion I de la demanderesse, à payer à celle-ci la somme de 896 fr. 20.
4.2 La conclusion II de la demanderesse tend au paiement par la défenderesse d'une somme que la demanderesse a réduite en instance fédérale à 41'236 fr.
4.2.1 Au regard de ce qui a été exposé plus haut sur l'exécution par substitution (cf. consid. 3.4 supra), on pourrait se demander si cette conclusion peut être interprétée comme tendant à la condamnation de la défenderesse à avancer les frais de la remise en état de la propriété sur la base de l'estimation opérée par l'expert judiciaire. Toutefois, une telle interprétation apparaît exclue en l'espèce. En effet, la demanderesse a toujours exposé elle-même (cf. consid. 2.2 supra) que la somme visée par sa conclusion II représente des dommages-intérêts pour les dommages ou la moins-value causés aux immeubles grevés de l'usufruit en raison de la violation par la défenderesse de son devoir d'entretien. D'ailleurs, elle n'a formulé aucune conclusion tendant à être autorisée à procéder à une exécution par substitution des travaux visés par l'expertise (cf. consid. 4.4 infra en ce qui concerne sa conclusion VIII tendant à obtenir une autorisation générale et abstraite à l'exécution par substitution en cas d'inexécution éventuelle par la défenderesse de ses obligations futures).
4.2.2 La conclusion II de la demanderesse ne peut ainsi être comprise que comme tendant au paiement de dommages-intérêts pour la dépréciation (moins-value) des immeubles grevés de l'usufruit en raison de la violation par la défenderesse de son devoir d'entretien. Or la dépréciation de la chose en raison d'un défaut d'entretien fautif de la part de l'usufruitier ne peut être déterminée qu'à l'extinction de l'usufruit, soit au moment où la chose doit être restituée, et ce n'est qu'à ce moment que le nu-propriétaire est à même de formuler des prétentions en dommages-intérêts à l'encontre de l'usufruitier qui ne peut pas restituer la chose en bon état (art. 751 et 752 CC). Dès lors, c'est à bon droit que la cour cantonale a rejeté la conclusion II de la demanderesse, en soulignant qu'on ne pouvait pas considérer que celle-ci avait d'ores et déjà subi un dommage.
4.3 Les conclusions III à VII de la demanderesse tendent en substance à faire constater judiciairement l'applicabilité entre les parties, relativement aux immeubles grevés de l'usufruit, de la réglementation des art. 764 à 767 CC sur les obligations de l'usufruitier, notamment l'obligation de celui-ci de supporter les frais ordinaires d'entretien et les dépenses d'exploitation de la chose (cf. <ref-law>; conclusion III), de payer les impôts et autres redevances qui sont en relation avec le rendement économique de la chose (cf. <ref-law>; conclusion IV), d'assurer la chose contre l'incendie et d'autres risques et de payer les primes y afférentes (cf. <ref-law>; conclusion V).
4.3.1 Selon la jurisprudence, l'action en constatation d'un rapport juridique relevant du droit fédéral est recevable lorsque le demandeur a un intérêt de fait ou de droit majeur et digne de protection à la constatation immédiate. En règle générale, un tel intérêt fait défaut lorsque le demandeur peut immédiatement exiger une prestation exécutoire en sus de la simple constatation. Cet intérêt peut exister, en revanche, lorsqu'une incertitude plane sur les relations juridiques des parties et qu'une constatation judiciaire touchant l'existence et l'objet du rapport de droit pourrait l'éliminer. Il ne suffit pas cependant d'une quelconque incertitude; encore faut-il que la persistance de celle-ci entrave le demandeur dans sa liberté de décision au point d'en devenir insupportable pour lui (<ref-ruling> consid. 1a; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités).
4.3.2 En l'occurrence, il existait certes une incertitude sur les relations juridiques entre les parties, dans la mesure où la défenderesse contestait qu'il lui appartînt de payer les charges relatives aux immeubles grevés de l'usufruit. Sur la base d'une certaine interprétation de l'acte constitutif de l'usufruit, la défenderesse a d'ailleurs même réclamé à la demanderesse le remboursement d'impôts fonciers, de taxes communales, de primes d'assurances du bâtiment versées à la Nationale Suisse Assurances, de factures de jardinier et, enfin, de factures relatives à des travaux de révision de citerne, d'entretien du brûleur et de ramonage.
Toutefois, la demanderesse n'avait pas d'intérêt digne de protection à une constatation judiciaire sur ce point, dès lors qu'elle disposait des actions condamnatoires décrites plus haut en cas d'inexécution par la défenderesse de ses obligations (cf. consid. 3.2 à 3.4 supra).
Il s'ensuit que les juges cantonaux, tout en retenant que la réelle et commune intention des parties était que les profits et les charges de l'immeuble soient supportés par la défenderesse conformément aux règles légales, pouvaient sans violer le droit fédéral débouter la demanderesse de ses conclusions en constatation, puisque, comme on vient de le voir, il lui était loisible d'actionner la défenderesse en exécution de ses obligations.
4.4 La conclusion VIII de la demanderesse tend en substance à l'autoriser, dans la mesure où la défenderesse ne remplit pas ses obligations d'usufruitière, à faire exécuter les travaux d'entretien et d'exploitation au nom et pour le compte de cette dernière.
Quoique la demanderesse reprenne formellement cette conclusion devant le Tribunal fédéral, elle ne soutient à juste titre pas que la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en la déboutant sur ce point. En effet, si l'exécution par substitution n'est pas exclue lorsque l'usufruitier ne remplit pas ses obligations, elle ne saurait prendre la forme d'une autorisation générale et abstraite, telle que visée par la conclusion VIII de la demanderesse, qui serait donnée au nu-propriétaire pour le cas de l'inexécution éventuelle par l'usufruitier de ses obligations futures (cf. consid. 3.3 in fine supra).
5. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être partiellement admis et le jugement attaqué réformé en ce sens que la défenderesse est condamnée à payer à la demanderesse la somme de 896 fr. 20 (cf. consid. 4.1 supra). Le recours doit en revanche être rejeté pour le surplus (cf. consid. 4.2 à 4.4 supra). Vu l'admission partielle du recours, la cause doit être renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
Devant le Tribunal fédéral, la demanderesse n'obtient gain de cause que pour une partie relativement minime de ses conclusions. Elle supportera dès lors les quatre cinquièmes des frais judiciaires (art. 156 al. 3 OJ) et versera à la défenderesse une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens réduits (art. 159 al. 3 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et le jugement attaqué est réformé en ce sens que la défenderesse est condamnée à payer à la demanderesse la somme de 896 fr. 20. Pour le surplus, le recours est rejeté.
2. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
3. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis pour quatre cinquièmes à la charge de la demanderesse et pour un cinquième à la charge de la défenderesse.
4. La demanderesse versera à la défenderesse une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure fédérale.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 5 février 2004
Au nom de la IIe Cour civile
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: