Faits :
A.
B.X._, né en 1933, et A.X._ sont domiciliés dans le canton de Genève. En 1994, la banque Y._ SA (ci-après : la Banque) a octroyé à B.X._ et à six autres personnes - formant entre elles une société simple en vue de réaliser une promotion immobilière - un prêt et une avance, garantis par la remise d'une cédule hypothécaire, d'un montant de 2'840'000 fr. Le prêt et l'avance, ainsi que la cédule hypothécaire, ont été dénoncés par la Banque le 24 décembre 1996. Le 15 février 2001, la Banque et B.X._ ont conclu une convention, qui faisait suite à une poursuite en réalisation de gage immobilier qui avait abouti à la délivrance, en faveur de la Banque, d'un certificat d'insuffisance de gage pour un montant de 1'327'329 fr. 45. Aux termes de la convention, la Banque acceptait d'abandonner à l'égard de B.X._, débiteur solidaire, un montant de 1'327'329 fr. 45, moyennant le paiement de 75'000 fr. par chacun des sept débiteurs (soit 525'000 fr. au total). Ceci représentait un abandon de créance de 114'618 fr. par débiteur. B.X._ devait s'acquitter de 10'000 fr. à la signature de l'accord; le solde, soit 65'000 fr., était payable au plus tard un an à compter de la signature de la convention.
Le 2 juin 2003, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a notifié un bordereau relatif aux impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC) 2001-B qui s'élevait à 28'217 fr. 50, pour un revenu et une fortune imposables de 140'024 fr., respectivement 200'055 fr. Celui de l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) se montait à 7'375 fr., pour un revenu imposable de 147'700 fr.
En annexe à leur déclaration fiscale 2003, les contribuables ont produit une lettre du 21 septembre 2004 de la Banque concernant la "Convention du 15 février 2001" qui mentionnait que B.X._ avait reconnu être débiteur de 75'000 fr. et qui l'invitait à s'acquitter de 65'000 fr. Dans un courrier du 11 octobre 2004, adressé à l'Administration fiscale cantonale, les contribuables ont exposé que la promotion immobilière s'était mal terminée et que la Banque leur réclamait le versement de 65'000 fr.; les époux X._ demandaient quelle année devait supporter la déduction de 65'000 fr. La lettre indiquait que la convention du 15 février 2001 était jointe en annexe. Il ressort du dossier que, le 29 avril 2005, l'Administration fiscale cantonale leur a demandé une copie de la convention.
Le 11 avril 2008, l'Administration fiscale cantonale a ouvert à l'encontre des contribuables une procédure en rappel et en soustraction d'impôt pour la période 2004: conformément à la convention, ceux-ci avaient bénéficié d'un abandon de créance en 2004, lequel constituait un revenu imposable se montant, en ce qui concernait les époux X._, à 114'618 fr. Cette procédure s'est terminée par un jugement du 12 octobre 2011 du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) admettant le recours des époux X._ au motif que la convention avait été conclue en 2001 et qu'imputer ce revenu à l'année 2004 constituait une violation du principe de l'étanchéité des exercices fiscaux.
Après avoir ouvert une nouvelle procédure pour la période fiscale 2001-B, l'Administration fiscale cantonale a notifié aux contribuables, le 25 novembre 2011, des bordereaux de rappel d'impôt, ainsi que deux bordereaux d'amende qui arrêtaient les montants suivants:
Revenu imposable Fortune imposable Supplément d'impôt Amende Intérêt de retard ICC 248'876.00 200'055.00 34'300.20 25'725.00 9'056.70 IFD 255'500.00 14'911.00 11'183.00 5'315.55 Total 49'211.20 36'908.00 14'372.25
La soustraction avait été commise par négligence et l'Administration fiscale cantonale a fixé la quotité de l'amende à 0,75 fois les droits éludés.
Le 9 janvier 2012, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation des époux X._.
B.
Par jugement du 8 avril 2013, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours des époux X._. Les contribuables n'avaient pas mentionné le revenu relatif à l'abandon de créance dans leur déclaration fiscale 2001-B. Ils n'avaient transmis la convention à l'Administration fiscale cantonale qu'ultérieurement, dans le cadre de leur taxation 2003. Rien, à la lecture de la déclaration fiscale 2001-B, ne démontrait que celle-ci contenait des inexactitudes flagrantes; elle ne permettait pas au fisc de déterminer que les contribuables avaient obtenu l'abandon de créance litigieux. Les reprises étaient justifiées et les bordereaux de rappel d'impôt du 25 novembre 2011 devaient être confirmés.
Toutefois, en ce qui concernait l'amende, dès lors que la soustraction avait été commise par négligence, il fallait retenir, comme sanction de base, une amende équivalant à un tiers des droits soustraits; les connaissances professionnelles du contribuable, patron d'une fiduciaire, ainsi que les montants soustraits, constituaient des circonstances aggravantes; la quotité de l'amende pour l'IFD 2001-B devait dès lors être portée à 0,6 fois l'impôt éludé, au lieu de 0,75 fois. Quant à l'amende pour l'ICC 2001-B, le Tribunal administratif a estimé qu'elle devait être annulée, la prescription de l'action pénale étant acquise.
C.
Par arrêt du 4 février 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours de l'Administration fiscale cantonale qui contestait la prescription de l'amende, admis partiellement le recours des époux X._, annulé le jugement du Tribunal administratif du 8 avril 2013 en ce qu'il admettait le principe de l'amende relative à l'IFD 2001-B, annulé le bordereau d'amende pour cet impôt du 25 novembre 2011 et confirmé le jugement attaqué pour le surplus. Le rappel d'impôt était justifié dans son principe et sa quotité n'était pas contestée. Contrairement à ce qu'avait retenu l'autorité précédente, l'amende relative à l'ICC 2001-B n'était pas prescrite. Cependant, les époux, en ne déclarant pas l'abandon de créance en 2001-B, n'avaient pas commis de faute, même par négligence. La Cour de justice a donc annulé l'amende relative à l'IFD 2001 et n'a pas rétabli celle infligée pour l'ICC, bien qu'elle ait constaté qu'elle n'était pas prescrite.
D.
Agissant par la voie du recours en matière public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 4 février 2014 de la Cour de justice et de rétablir les amendes relatives à l'IFD et l'ICC 2001-B infligées par bordereaux du 25 novembre 2011 et confirmées par décisions sur réclamation du 9 janvier 2012.
Les époux X._ ont déposé des observations qui ne contiennent pas de conclusions. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours.

Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt concernant les rappels d'impôts et les amendes pour la période fiscale 2001-B s'agissant de l'IFD et de l'ICC. Partant, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir présenté une seule écriture et pris des conclusions valant pour les rappels et les amendes tant en matière d'IFD et d'ICC, d'autant qu'elle a divisé son argumentation entre les deux impôts (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_277/2014), l'autre l'ICC (2C_276/2014). Comme l'état de fait et la question juridique sont identiques, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2.
Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile ( cf. art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) par l'Administration fiscale cantonale qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 2 let. d LTF; art. 146 2e phrase de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11] et art. 73 al. 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]), il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. <ref-law>, <ref-law> et <ref-ruling> consid. 1.3 p. 188 s.).
3.
La recourante se plaint d'une appréciation des preuves arbitraire.
3.1. L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables. Il appartient au recourant de démontrer le caractère arbitraire par une argumentation répondant aux exigences de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234 et les arrêts cités).
3.2. Les juges précédents ont relevé que l'intimé exploitait une fiduciaire; le papier en-tête mentionnait "comptabilité-fiscalité" et précisait que l'entité était membre de l'Union suisse des fiduciaires. Ils poursuivent en estimant que, malgré ce domaine professionnel, au vu de son parcours, il paraissait peu probable que B.X._ (ci-après: l'intimé) disposait de connaissances pointues dans le domaine de la fiscalité.
La recourante reproche à la Cour de justice de s'être fondée sur le curriculum vitae de l'intimé sans retenir que ce document remontait à 1968 alors que les faits à juger datent de 2001; les juges précédents n'auraient pas tenu compte de l'évolution de la carrière de l'intimé durant cette période. De plus, ils n'auraient pas pris en considération le fait que les comptes commerciaux de la fiduciaire de l'intimé, joints à la déclaration fiscale 2001, montraient un chiffre d'affaires de 179'197 fr. composé d'honoraires fiduciaire, ainsi que d'honoraires fiscalité. En outre, l'intimé avait travaillé pour une société qui avait compté jusqu'à 140 personnes et il mentionnait dans son curriculum vitae qu'il avait notamment entretenu des rapports avec les bureaux officiels de la caisse de compensation, des assurances et des contributions publiques. Avec un tel acquis, considérer que l'intimé n'avait pas de connaissances fiscales relevait de l'arbitraire.
3.3. Comme susmentionné, la Cour de justice a estimé qu'il était peu probable que l'intimé ait des connaissances pointues dans le domaine de la fiscalité; elle n'a pas dit que celui-ci ne possédait pas de telles connaissances. Dès lors, même si l'on devait arriver à la conclusion que l'intimé en dispose, la position de la Cour ne saurait être tenue pour arbitraire et le grief d'appréciation arbitraire des preuves doit être rejeté sur ce point.
3.4. La recourante reproche aussi à la Cour de justice de n'avoir pas tenu compte du fait que l'intimé avait lui-même admis, dans son recours auprès de cette autorité, avoir manqué de diligence en complétant sa déclaration d'impôt.
Le recours du 16 mai 2013 de A.X._ et B.X._ auprès de la Cour de justice mentionne effectivement que "par son manque de qualification pointue et de formation continue portant sur le domaine de la fiscalité, le recourant admet avoir manqué de diligence en complétant sa déclaration". De plus, comme s'en plaint la recourante, la Cour de justice n'a pas pris cet élément en considération dans son arrêt. Or, ne pas tenir compte de la propre appréciation de l'intimé sur son comportement pour juger si la condition de la négligence est remplie et pour arriver à la conclusion que tel n'est pas le cas relève de l'arbitraire.
3.5. Ainsi, le grief relatif à l'appréciation arbitraire des preuves doit être admis.
I. Impôt fédéral direct
4.
Le litige concerne l'amende infligée aux intimés par la recourante pour soustraction fiscale concernant la période fiscale 2001-B. La Cour de justice l'a annulée au motif que la condition subjective de l'infraction, soit la négligence, n'était pas réalisée, ce que conteste la recourante. Elle invoque une violation de l'<ref-law>.
4.1. Selon l'<ref-law>, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2).
Pour qu'il y ait soustraction au sens de cette disposition, il faut donc qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier.
4.2. En l'espèce, la déclaration d'impôt 2001-B des intimés était incomplète au sens de l'<ref-law>, puisqu'elle ne mentionnait pas, à titre de revenu, l'abandon de créance de 114'618 fr. consenti au contribuable par la Banque lors de la signature de la convention du 15 février 2001. En 2005, les autorités fiscales se sont aperçues de l'absence de cet élément de revenu après que la taxation définitive 2001-B fut entrée en force. Par conséquent, les éléments objectifs de la soustraction réprimée à l'<ref-law> sont réunis, la base d'imposition ayant été indûment réduite et, par conséquent, l'impôt acquitté étant insuffisant, ce qui n'est au demeurant pas contesté.
4.3.
4.3.1. L'infraction de l'<ref-law> comprend un élément subjectif: elle doit avoir été commise intentionnellement ou par négligence. Comme susmentionné, la recourante maintient que l'intimé s'est montré coupable de négligence en ne déclarant pas l'abandon de créance en cause.
4.3.2. La notion de négligence de l'<ref-law> est identique à celle de l'<ref-law> (dans sa version applicable depuis le 1er janvier 2008) : commet un crime ou un délit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 91 et les références citées).
Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>; ). En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur la notion exacte d'intention (ou de négligence) est une question de droit que le T ribunal fédéral revoit librement (RDAF 2012 II 324, 2C_908/2011 consid. 3.1; RDAF 2011 II 153, 2C_447/2010 consid. 3.2 et les arrêts cités).
4.3.3. En l'espèce, l'intimé a une fiduciaire et a été actif dans la promotion immobilière. L'opération immobilière en cause a entraîné des pertes. La Banque a alors proposé un abandon de créance d'un montant de 1'327'329 fr., soit 114'618 fr. pour l'intimé, conditionné au versement 75'000 fr. par chacun des sept débiteurs (525'000 fr. au total).
En ce qui concerne les connaissances en comptabilité et fiscalité de l'intimé, on constate que l'intimé est à la tête de sa propre fiduciaire. Or, compte tenu du fait qu'il s'agit d'une petite fiduciaire, que celui-ci déclare sur son papier en-tête des prestations en fiscalité et que les comptes comportent un poste intitulé "Honoraires fiscalité", on ne peut que déduire de ces éléments qu'il possède, outre un bagage comptable, des notions de fiscalité. Ainsi, avec ses connaissances, l'intimé devait comprendre qu'avec l'abandon de créance hypothécaire d'un montant bien supérieur au paiement de la somme requise en contre-partie, son patrimoine ne serait pas diminué comme il l'aurait été sans cet abandon. S'il avait un doute quant à savoir si un abandon de créance constitue un revenu imposable, il lui incombait de se renseigner auprès du fisc; il a d'ailleurs demandé à cette autorité, dans un courrier du 11 octobre 2004, sur quelle période fiscale les 65'000 fr. dus à la Banque pouvaient être déduits. Il devait agir de manière identique pour l'abandon de créance. Ne pas mentionner ce revenu dans la déclaration fiscale 2001-B est donc constitutif à tout le moins de négligence. Il en va d'ailleurs de même de l'oubli consistant à ne pas annexer la convention en cause à la lettre susmentionnée du 11 octobre 2004. Que cette convention ait été remise avec la déclaration du frère de l'intimé ne change en rien la qualification du comportement de celui-ci. De même, on ne saurait retenir l'argument des intimés selon lequel ils ne se seraient pas enrichis dans cette affaire, puisqu'il est admis qu'un abandon de créance de la part d'une banque en faveur d'un client débiteur constitue un revenu imposable (RDAF 2009 II 34 = StE 2009 B 21.1 no 18, 2C_120/2008 consid. 2.2; RDAF 2009 II 555 = StE 2009 B 28 no 8, 2C_224/2008 consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4b p. 272). Au demeurant, si la promotion immobilière en elle-même a été déficitaire, les contribuables ont bénéficié de l'abandon de créance et ils ont eux-mêmes déclarés qu'il avait permis de résorber la perte de la promotion (arrêt attaqué consid. 14 p. 4). Finalement, comme relevé ci-dessus (consid. 3.4), l'intimé a lui-même déclaré avoir fait preuve de négligence en remplissant sa déclaration d'impôt.
Compte tenu de ce qui précède, la négligence est établie. En considérant, dans ces circonstances, que tel n'était pas le cas, la Cour de justice a violé la nature juridique de la négligence et, partant, l'<ref-law>. Toutes les conditions de la soustraction fiscale sont remplies et l'amende infligée initialement aux intimés est justifiée dans son principe.
4.4. La recourante ne s'en prend pas au montant de l'amende. Elle demande, cependant, que soit rétablie l'amende fixée dans le bordereau du 25 novembre 2011, confirmée par décision sur réclamation du 9 janvier 2012; le montant de celle-ci s'élevait alors à 0,75 fois l'impôt soustrait. Or, dans son jugement du 8 avril 2013, le Tribunal administratif a réduit l'amende pour l'IFD de la période fiscale 2001-B à 0,6 fois le montant de l'impôt soustrait en expliquant les raisons de cette diminution. Puis, la recourante n'a attaqué cet arrêt qu'en tant qu'il constatait que l'amende pour l'ICC 2001-B était prescrite; elle ne s'en est pas pris au montant des amendes fédérale et cantonale. Dès lors, l'interdiction de la reformatio in pejus a pour conséquence que l'amende sera rétablie pour un montant équivalent à 0,6 fois l'impôt soustrait (cf. <ref-law>).
II. Impôts cantonal et communal
5.
5.1. Le Tribunal fédéral examinant la question de la prescription d'office (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 171; pour les ICC cf. arrêt 2C_999/2014 du 15 janvier 2015 consid. 4.1), il faut constater que c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé que l'<ref-law> s'appliquait à la période fiscale 2001-B (arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 7, non publié in <ref-ruling> ). Il peut être renvoyé aux considérants de l'arrêt attaqué à cet égard, ainsi qu'en ce qui concerne les dispositions applicables.
Le délai de la prescription commence à courir à la fin de la période fiscale 2001. Le délai de prescription relative a été valablement interrompu une première fois le 11 avril 2008 avec l'ouverture de la procédure en soustraction et la prescription relative de dix ans n'est donc pas atteinte. Il en va de même de la prescription absolue de quinze ans qui arrive à échéance le 31 décembre 2016.
5.2. L'<ref-law> réprime la soustraction et fixe le montant minimum et maximum de l'amende; il contient des règles similaires à l'art. 175 al. 1 et 2 LIFD. Conformément à l'<ref-law>, l'art. 69 al. 1 et 2 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; RS/GE D 3 17) reprend cette exigence. Dès lors, les considérations développées ci-dessus en matière d'IFD s'appliquent mutatis mutandis aux ICC.
5.3. Le recours est ainsi également admis en tant qu'il concerne l'amende prononcée en lien avec les ICC pour la période fiscale 2001-B. Le montant de l'impôt sera fixé, comme pour l'IFD, à 0,6 fois l'impôt soustrait.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent à admettre le recours. L'arrêt du 4 février 2014 de la Cour de justice est partiellement annulé, soit dans la mesure où il porte sur les amendes relatives à l'IFD et aux ICC de la période fiscale 2001-B. Celles-ci sont fixées à 0,6 fois les droits éludés. L'arrêt est confirmé pour le surplus. Il appartiendra à l'Administration fiscale cantonale d'établir diligemment de nouveaux bordereaux et la cause lui est renvoyée en ce sens.
Succombant, les intimés supporteront les frais judiciaires solidairement entre eux (art. 65 et 66 al. 1 et 5 LTF). L'Administration fiscale cantonale n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).
La Cour de céans ne fera pas usage de la faculté prévue à l'<ref-law> et la cause sera renvoyée à la Cour de justice, afin qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_276/2014 et 2C_277/2014 sont jointes.
2.
Le recours concernant l'impôt fédéral direct 2001-B est admis. L'arrêt du 4 février 2014 de la Cour de justice est annulé en tant qu'il porte sur l'amende pour soustraction d'impôt et celle-ci est fixée à 0,6 fois l'impôt soustrait. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus. La cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision concernant l'amende relative à l'impôt fédéral direct 2001-B.
3.
Le recours concernant les impôts cantonal et communal 2001-B est admis. L'arrêt du 4 février 2014 de la Cour de justice est annulé en tant qu'il porte sur l'amende pour soustraction d'impôt et celle-ci est fixée à 0,6 fois l'impôt soustrait. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus. La cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision concernant l'amende relative aux impôts cantonal et communal 2001-B.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des intimés solidairement entre eux.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 22 janvier 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière : Jolidon