Faits:
A. F._, née en 1963, veuve et mère de trois enfants, souffre d'une épilepsie idiopathique généralisée depuis l'âge de 15 ans. Le 24 septembre 1984, elle a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité, tendant à une orientation professionnelle et à un placement. L'assurée a bénéficié de mesures de réadaptation accordées par l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (OCAI), notamment la prise en charge d'une formation de secrétaire médicale. Après avoir obtenu son diplôme en 1989, elle a travaillé à mi-temps chez un médecin. Par décision du 8 novembre 1990, l'OCAI a reconnu que F._ présentait un degré d'invalidité de 50 % et lui a octroyé une demi-rente à compter du 1er juin 1989. A l'issue d'une première procédure de révision, le droit à la demi-rente a été reconduit par communication du 8 avril 1994.
Une deuxième procédure de révision a été initiée le 19 mars 2003 et l'OCAI a confié un mandat d'expertise neurologique au docteur L._. Sur la base des conclusions de ce spécialiste (rapport du 24 novembre 2003), lesquelles rejoignaient celles émises précédemment par le docteur J._ (rapport d'expertise du 28 mai 1990), l'OCAI a supprimé par la voie de la reconsidération le droit à la demi-rente, motif pris que la décision du 8 novembre 1990 était manifestement erronée (décision du 19 janvier 2004). L'opposition formée par l'assurée a été rejetée par décision du 24 février 2004, laquelle est entrée en force faute d'avoir été contestée.
Le 5 septembre 2005, l'assurée a déposé une nouvelle demande de rente, alléguant que son état de santé s'était fortement dégradé. Après avoir interpellé le médecin traitant, l'OCAI a confié un nouveau mandat d'expertise neurologique au docteur L._ (rapport du 2 avril 2007) et un mandat d'expertise psychiatrique au docteur K._ (rapport du 22 août 2007). Par décision du 30 novembre 2007, l'OCAI a rejeté la demande, considérant qu'il n'y avait pas eu de faits nouveaux depuis la suppression du droit à la demi-rente.
B. Statuant le 18 juin 2008 sur le recours formé par l'assurée contre cette décision, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève l'a rejeté.
C. F._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation, en concluant, avec suite de frais et dépens, à l'octroi d'une rente d'invalidité d'au moins 50 % à compter du 1er septembre 2005.
L'OCAI conclut au rejet du recours et à la confirmation de sa décision, alors que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et suivants LTF. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>) et peut rectifier ou compléter d'office les constatations de celle-ci si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. Le litige porte sur le droit de la recourante à une rente d'invalidité, singulièrement sur l'existence d'une aggravation de son état de santé et d'une incapacité de gains corrélative depuis la décision du 24 février 2004 supprimant le droit à une demi-rente. A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les règles légales et les principes jurisprudentiels relatifs aux notions d'invalidité et de révision de la rente, appliqués par analogie dans le cas d'une nouvelle demande (<ref-law>), ainsi que la jurisprudence sur la valeur probante de rapports médicaux. Il suffit d'y renvoyer.
3. 3.1 Les premiers juges ont examiné la situation de la recourante au moment de la décision de suppression du droit à la rente au regard des avis médicaux alors au dossier, en particulier les conclusions du docteur L._ (rapport d'expertise du 24 novembre 2003). Ils ont ensuite analysé l'évolution intervenue depuis lors à la lumière des précisions apportées par le docteur K._ (rapport d'expertise psychiatrique du 22 août 2007), par le docteur G._, médecin-traitant (rapports des 19 septembre 2005, 23 janvier et 6 septembre 2006), et par le docteur L._ (deuxième expertise neurologique du 2 avril 2007). A l'examen de ce dernier rapport, ils ont retenu qu'il fallait admettre une aggravation de l'état de santé de la recourante en raison de l'augmentation de la fréquence des crises. Toutefois, si durant certaines périodes de grandes crises une activité à 50 % aurait été difficile à tenir, il y avait des périodes beaucoup plus sereines; le docteur G._ faisant mention de grandes crises généralisées les 3 janvier, 20 février, 17 juin et 18 juillet 2005 et l'expert indiquant que la dernière avait eu lieu en janvier 2007 et la précédente neuf mois auparavant, les premiers juges ont retenu que la capacité de travail n'avait été réduite que de façon temporaire mais en aucun cas durant trois mois consécutifs. En évoquant une capacité de travail de 50 % ou limitée à l'après-midi, les premiers juges ont considéré que le docteur L._ avait pris en compte la constellation psychologique de la recourante, alors que de son côté l'expert psychiatre n'avait retenu aucun trouble susceptible de limiter la capacité de travail; aussi, les premiers juges ont considéré qu'il convenait plutôt de retenir la conclusion de l'expert neurologue selon laquelle une diminution de la capacité de travail moyenne de 20 % était admissible depuis 2004 et perdurait encore. Insuffisante pour ouvrir le droit à une rente, les conditions d'une révision au sens de l'<ref-law> n'étaient pas dès lors réalisées.
3.2 F._ fait grief à la juridiction cantonale d'avoir mal appliqué le droit fédéral et lui reproche d'avoir fait preuve d'arbitraire dans l'appréciation des preuves.
Toutefois, la recourante se méprend lorsqu'elle fait valoir qu'en soi la modification de son état de santé était suffisante pour justifier une révision du droit à la rente. Certes, les premiers juges ont admis que l'état de santé de celle-ci s'était modifié depuis la décision du 19 janvier 2004; toutefois, s'ils ont considéré que les conditions de la révision n'étaient pas remplies, c'est parce que l'invalidité qui en découlait ne permettait pas d'ouvrir le droit à une rente. Au demeurant, on soulignera que la modification de l'état de santé n'entraîne pas de manière réflexe une modification du taux d'invalidité.
Pour le reste, contrairement à ce qu'invoque la recourante, notamment au regard des précisions apportées par son médecin traitant, le dossier ne permet pas de retenir que les crises d'épilepsie surviennent de manière quasi continue et, ainsi, de faire apparaître les éléments retenus par les premiers juges sur ce point comme manifestement inexacts. En outre, ceux-ci ont expliqué de manière circonstanciée les raisons qui les ont amenés à retenir une incapacité de travail de 20 % et non une capacité de travail limitée à l'après-midi, le docteur L._ ayant précisé sur ce point qu'il avait pris en compte les migraines présentées par la recourante - qui apparaissaient toutefois de manière assez floue dans l'anamnèse - et sa constellation psychologique - alors que l'expert psychiatre n'avait fait état d'aucun diagnostic psychiatrique ou de trait de caractère prégnant susceptibles d'interférer sur la capacité de travail; dans ce contexte, les premiers juges ont également relevé que selon le docteur L._ l'épilepsie de la recourante avait gardé les mêmes caractéristiques que celles qu'il avait décrites précédemment et qui l'avait amené alors à ne pas reconnaître d'incapacité de travail sauf, peut-être de 20 %, lors de la période de crise, et que la recourante savait généralement anticiper et traiter ses crises, éléments qui ressortent aussi de l'anamnèse effectuée par l'expert psychiatre.
En conséquence, il n'y a pas lieu de s'écarter des faits retenus par la juridiction cantonale, lesquels n'ont pas été constatés de façon manifestement inexacte, ni de l'appréciation qu'elle en a faite. Partant, les juges de première instance ont considéré à juste titre que les conditions d'une révision au sens de l'<ref-law>, appliquée par analogie, n'étaient pas réalisées.
4. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais de justice (art. 66 al. 1, première phrase LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, à la Caisse cantonale genevoise de compensation et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 14 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Scartazzini