Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind seit 1993 Eigentümer eines Einfamilienhauses in R._, das eine 51⁄2- sowie eine 21⁄2-Zimmer-Wohnung umfasst. Da die kleinere Wohnung bei der allgemeinen Neuschätzung 1993 noch nicht voll ausgebaut und nicht vermietet war, bestimmte die kantonale Liegenschaftsschätzungskommission den Eigenmietwert für das gesamte Einfamilienhaus auf Fr. 28'500.--; dieser Wert wurde mit Verfügung vom 25. November 1998 für die Steuerperiode 1999/2000 auf Fr. 29'800.-- angehoben. Nachforschungen der Steuerbehörde ergaben in der Folge, dass die Eheleute X._ - Y._ für die inzwischen ausgebaute 21⁄2-Zimmer-Wohnung ab dem Jahr 2006 aus gewerbsmässiger Vermietung einen Bruttomietertrag von Fr. 22'590.-- erzielt hatten. Mit Schätzungsverfügung vom 16. Januar 2008 wurde der Gesamteigenmietwert auf die beiden Wohnungen aufgeschlüsselt; dies ergab für die 51⁄2-Zimmer-Wohnung einen Wert von Fr. 21'500.--und für die 21⁄2-Zimmer-Wohnung einen Wert von Fr. 8'300.--. Die Steuerpflichtigen erhoben gegen die rückwirkende Anwendung dieser Aufteilung ab 1. Januar 1997 Einsprache; im Rahmen des Einspracheverfahrens einigte man sich darauf, dass die Aufteilung "für den Fall einer Vermietung" gelten solle. Gestützt auf diese Einigung zogen die Eheleute X._ - Y._ die Einsprache zurück und das Einspracheverfahren konnte am 11. März 2008 als erledigt abgeschrieben werden.
B. Entgegen ihrer Selbstdeklaration für die Steuerperiode 2006 wurden X._ und Y._ mit Veranlagungsverfügung vom 16. November 2007 auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 46'100.-- bei der Staats- und Gemeindesteuer sowie von Fr. 53'100.-- bei der direkten Bundessteuer veranlagt. Dabei kürzte die Veranlagungsbehörde insbesondere den deklarierten Gesamteigenmietwert von Fr. 28'900.-- um den Eigenmietwert der vermieteten Wohnung von Fr. 8'300.-- und erfasste andererseits die um 20 % verminderten Mietzinseinnahmen im Betrage von Fr. 18'072.--. Gleichzeitig behielt sie ein Verfahren wegen versuchter Steuerhinterziehung ausdrücklich vor. Die hiergegen erhobene Einsprache hiess die kantonale Steuerkommission mit Entscheid vom 9. April 2008 insoweit teilweise gut, als durch Anrechnung eines Garagenanteils bei der 21⁄2-Zimmer-Wohnung (Erhöhung des Eigenmietwertes um Fr. 900.--) das steuerbare Einkommen auf Fr. 45'400.-- bei der Staats- und Gemeindesteuer sowie auf Fr. 52'400.-- bei der direkten Bundessteuer herabgesetzt wurde.
Die dagegen an das Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, erhobenen Beschwerden hiess dieses am 8. Mai 2009 mit separaten Urteilen für die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuern gut und wies die Sache an das Amt für Steuern Uri zum Entscheid im Sinne der Erwägungen zurück. Das Obergericht hielt dafür, das Ergebnis der Zwischenschätzung vom 16. Januar 2008 dürfe nicht bereits für die Steuerperiode 2006 berücksichtigt werden; es sei für die Bemessung der Liegenschaftseinkünfte noch auf den Gesamteigenmietwert abzustellen.
C. Gegen diese Urteile des Obergerichts des Kantons Uri vom 8. Mai 2009 (versandt am 2. Juni 2009) erhebt das Amt für Steuern Uri mit Eingaben vom 1. Juli 2009 Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Es beantragt, die Urteile des Obergerichts des Kantons Uri vom 8. Mai 2009 seien aufzuheben und die Einspracheentscheide der Kantonalen Steuerkommission Uri vom 9. April 2008 zu bestätigen.
D. Während das Obergericht des Kantons Uri auf eine Vernehmlassung verzichtet, schliessen die Beschwerdegegner auf Abweisung der Beschwerden, währenddem die Eidgenössische Steuerverwaltung deren Gutheissung beantragt.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um letztinstanzliche kantonale Entscheide in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die angefochtenen Entscheide beenden das Verfahren zwar nicht, sondern die Sache geht zu neuem Entscheid an das kantonale Steueramt zurück. Solche Entscheide sind nach dem Bundesgerichtsgesetz Zwischenentscheide, die nur unter der Voraussetzung von <ref-law> anfechtbar sind, etwa wenn ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht (<ref-law>). Der nicht wieder gutzumachende Nachteil wird aber in einem Fall wie dem vorliegenden bejaht, weil die Behörde den nach den Vorgaben der oberen Instanz zu erlassenden, ihrer Auffassung widersprechenden Endentscheid mangels Beschwer nicht anfechten könnte (<ref-ruling> E. 1.2 S. 412; Urteil 2C_598/2007 vom 2. Juli 2008 E. 1, in: StR 63/2008 S. 864 mit Hinweis).
Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden des gemäss Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) bzw. Art. 73 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) in Verbindung mit Art. 89 Abs. 2 Bst. d BGG legitimierten Beschwerdeführers ist einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Steuerbar sind nach <ref-law> die Erträge aus unbeweglichem Vermögen, insbesondere alle Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung (lit. a) sowie der Mietwert von Liegenschaften oder Liegenschaftsteilen, die dem Steuerpflichtigen aufgrund von Eigentum oder eines unentgeltlichen Nutzungsrechts für den Eigengebrauch zur Verfügung stehen (lit. b). Vermietet der Eigentümer eine Liegenschaft, stellt der Mietzins bei ihm grundsätzlich Einkommen nach <ref-law> dar. Bewohnt er die Liegenschaft selber, hat er den Eigenmietwert nach <ref-law> zu versteuern (Urteil 2A.535/2003 vom 28. Januar 2005 E. 2.1, in: ASA 76 S. 204; vgl. auch Urteil 2A.683/2004 vom 15. Juli 2005 E. 2, in: ASA 77 S. 161).
Dabei steht dem Eigentümer der Liegenschaft kein Wahlrecht zu: Erzielt er Erträge aus Fremdvermietung, sind diese von Gesetzes wegen anzugeben, und gleichzeitig entfällt für diese Wohnung die Pflicht zur Deklaration des Eigenmietwertes. Im Einkommenssteuerrecht gilt damit in Bezug auf Liegenschaften der Grundsatz, dass bei Eigengebrauch der Eigenmietwert und bei Vermietung die Mietzinseinnahmen massgebend sind. Wird beispielsweise eine Wohnung vom Eigentümer zeitweise vermietet und zeitweise selbst bewohnt, reduziert sich der Eigenmietwert für die Dauer, in welcher sie dem Eigentümer nicht zur Verfügung steht, pro rata temporis (DIETER EGLOFF, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, Rz. 64 zu § 30 StG/AG; ERNST KÄNZIG, Wehrsteuer, I. Teil, 2. Aufl. 1982, N. 95 in fine zu Art. 21 Abs. 1 lit. b BdBSt). Gleich muss es sich verhalten, wenn ein festgesetzter Eigenmietwert mehrere Wohnungen umfasst und die eine vermietet und die andere selbst genutzt wird: Hier muss der Gesamteigenmietwert um den Anteil der fremdgenutzten Wohnung reduziert und an seiner Stelle das vereinnahmte Nutzungsentgelt deklariert werden. Entsprechend sieht das Formular 3.06 für "Einkünfte aus Liegenschaften" des Kantons Uri vor, dass alle im Jahre 2006 erzielten Miet- und Pachtzinsen einzutragen seien; falls im amtlich festgelegten Eigenmietwert eine Kleinwohnung oder ein Studio enthalten ist, sei bei deren Vermietung der Mietwert für die eigene Wohnung bei der Abteilung Grundstückschätzungen zu erfragen.
2.2 Das Amt für Steuern Uri rechnete hier bei der Veranlagung der Beschwerdegegner anstelle des deklarierten Gesamteigenmietwertes von Fr. 29'800.-- nur einen reduzierten Eigenmietwert von Fr. 21'500.-- (zusätzlich Fr. 900.-- für die Garage und Fr. 1'500.-- für einen Stall) für die selbst genutzte Wohnung auf und erfasste andererseits die um 20 % verminderten Bruttoerträge aus Fremdvermietung im Betrag von Fr. 18'072.--. Im Einspracheverfahren wurde die Aufteilung des Gesamteigenmietwertes auf die beiden Wohnungen bestätigt, nämlich Fr. 21'500.-- für die 51⁄2-Zimmer-Wohnung und Fr. 8'300.-- für die 21⁄2-Zimmer-Wohnung. Mit dieser Aufteilung fanden sich die Beschwerdegegner ab, nachdem in einem Vergleich präzisiert worden war, dass sie "für den Fall einer Vermietung" gelte. Auch wenn es sich bei dieser Aufteilung des Gesamteigenmietwertes um eine Zwischenschätzung im Sinne von Art. 56 Abs. 3 lit. c des Gesetzes vom 17. Mai 1992 über die direkten Steuern im Kanton Uri (StG/UR; RB 3.2211) handeln soll, bestätigt diese nur, was schon der Veranlagungsverfügung zugrunde gelegt worden war. Gemäss der Vorinstanz dürfte nicht bereits für die Steuerperiode 2006 auf diese Zwischenschätzung vom 11. März 2008 abgestellt werden; damit gälte aber nicht weiterhin der von der Vorinstanz berücksichtigte Gesamteigenmietwert von Fr. 29'800.--, sondern müsste die Aufschlüsselung schätzungsweise vorgenommen werden. Daraus ergibt sich, dass die Vorinstanz das Wesen dieser "Zwischenschätzung" verkennt, wenn sie diese nicht rückwirkend anwenden will. Dadurch wird nämlich kein neuer Schätzungswert bestimmt, sondern ein bestehender einfach auf die - bereits vorhandenen - Objekte aufgeschlüsselt. Weil der Wert des Grundstücks an sich unverändert bleibt, ist es fraglich, ob überhaupt eine Zwischenschätzung im Sinne von Art. 56 Abs. 3 lit. c StG/UR vorliegt.
2.3 Somit zielen die Ausführungen der Beschwerdegegner bezüglich einer "ex-tunc-Anwendung" der Zwischenschätzung ebenso ins Leere. Weder verletzt die Aufteilung der Eigenmietwerte in der Steuerperiode 2006 nach der später erfolgten Aufteilung durch eine Fachbehörde das Legalitätsprinzip noch das Prinzip von Treu und Glauben, den Grundsatz des Vertrauensschutzes, das Verbot widersprüchlichen Verhaltens oder die Rechtssicherheit. Vielmehr haben die Beschwerdeführer in Zukunft ihre Deklarationspflicht ordnungsgemäss zu erfüllen und entsprechend den behördlichen Anordnungen auf den amtlichen Formularen vorzugehen.
3. Damit erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkten Bundessteuer 2006 als begründet und ist gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und der Einspracheentscheid der kantonalen Steuerkommission Uri vom 9. April 2008 zu bestätigen. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Obergericht zurückgewiesen.
III. Staats- und Gemeindesteuern
4. 4.1 Art. 25 Abs. 1 StG/UR entspricht Art. 7 Abs. 1 StHG bzw. <ref-law>. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer ebenfalls für die kantonalen Steuern analog massgebend sind. Somit ergibt sich für die Staats- und Gemeindesteuern dasselbe Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
4.2 Damit erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuer 2006 ebenfalls als begründet und ist gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und der Einspracheentscheid der kantonalen Steuerkommission Uri vom 9. April 2008 ist zu bestätigen. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Obergericht zurückgewiesen.
IV. Kosten und Entschädigung
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdegegnern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_431/2009 und 2C_432/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Uri vom 8. Mai 2009 aufgehoben und der Einspracheentscheid der kantonalen Steuerkommission Uri vom 9. April 2008 bestätigt.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Uri vom 8. Mai 2009 aufgehoben und der Einspracheentscheid der kantonalen Steuerkommission Uri vom 9. April 2008 bestätigt.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
5. Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens hat das Obergericht des Kantons Uri neu zu entscheiden.
6. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger