Sachverhalt:
A. Am 14. Mai 2008 ersuchte die X._ Inc. (Beschwerdeführerin) das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE) um Eintragung der Wortmarke "Zacapa", die für "Rum, Rumspirituosen, Liköre aus Rum, Cocktails aus Rum sowie Rum enthaltende alkoholische Getränke" der Klasse 33 beansprucht wird (Gesuch Nr. 111._).
Mit Schreiben vom 19. August 2008 beanstandete das IGE das angemeldete Zeichen mit der Begründung, es stelle Gemeingut dar, sei irreführend und verstosse gegen geltendes Recht. Denn "Zacapa" bezeichne ein Departement der Republik Guatemala und den gleichnamigen Hauptort des Departements. Die Region "Zacapa" sei vor allem für die Herstellung von Zuckerrohrschnaps respektive wegen seiner Rumprodukte bekannt, weshalb davon auszugehen sei, dass "Zacapa" zumindest von Fachkreisen als geografische Angabe verstanden werde. Das Zeichen verstosse zudem gegen das TRIPS-Abkommen.
Die Beschwerdeführerin beantragte in ihrer Stellungnahme vom 17. Oktober 2008, der Marke "Zacapa" sei vollumfänglich Schutz zu erteilen. Zur Begründung brachte sie vor, "Zacapa" sei ein in der Schweiz unbekanntes, unbedeutendes Städtchen. Es sei daher davon auszugehen, dass der Name "Zacapa" vom durchschnittlichen Konsumenten in der Schweiz nicht als geografische Bezeichnung verstanden werde oder aber - wenn "Zacapa" als geografischer Name erkannt werde - nicht lokalisiert werden könne, denn in Honduras und Kolumbien existierten gleichnamige Ortschaften. Zudem stehe ein anderer Sinngehalt - nämlich das für seine Rumprodukte bekannte Unternehmen "Zacapa" - im Vordergrund. Im Weiteren bestehe auch keine Täuschungsgefahr, da eine solche nur anerkannt werden könne, wenn der fragliche Begriff als wirkliche geografische Herkunftsangabe und nicht wie hier als blosses Fantasiewort aufzufassen sei. Die Marke "Zacapa" verstosse auch nicht gegen das TRIPS-Abkommen, da feststehe, dass die geografische Bezeichnung weder die Eigenschaften der Ware präge noch ihr einen besonderen Ruf verleihe.
Mit Schreiben vom 23. Dezember 2008 hielt das IGE an der Rückweisung des angemeldeten Zeichens fest.
Die Beschwerdeführerin rügte mit Eingabe vom 29. Mai 2009, das IGE sei nicht auf die von ihr vorgebrachte Mehrdeutigkeit der geografischen Angabe "Zacapa" eingegangen. Zudem werde die angemeldete Marke nicht vom Schutz des TRIPS-Abkommens erfasst, da die darunter vertriebenen Spirituosen nach international bekannten Herstellungsmethoden aus Rohstoffen verschiedenster Herkunft gebrannt werden könnten, ohne dass sich Qualität oder andere Eigenschaften änderten. Schliesslich berief sich die Beschwerdeführerin auf die Ausnahmebestimmungen von Art. 24 Abs. 4 und 9 TRIPS.
Am 4. September 2009 teilte das IGE der Beschwerdeführerin mit, dass es an der Schutzverweigerung aufgrund von Art. 2 lit. a, c und d MSchG festhalte. Zur Begründung brachte es vor, im guatemaltekischen Departement "Zacapa" werde, im Gegensatz zu den weiteren Ortschaften namens "Zacapa", nachweislich Rum produziert. Die Qualität von Rum werde entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin von seiner geografischen Herkunft, insbesondere von der Herstellungsmethode und den Ausgangsstoffen in den jeweiligen Ursprungsregionen beeinflusst. Deshalb gelte das vorliegende Zeichen im Zusammenhang mit Rum und rumhaltigen alkoholischen Getränken als geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS, und könne in Verbindung mit Art. 23 Abs. 2 TRIPS nur für solche alkoholische Getränke aus dem Departement Zacapa in Guatemala als Marke zugelassen werden. Ohne Einschränkung der Waren auf diese Herkunft verstosse das Zeichen demnach gegen Art. 23 Abs. 2 TRIPS und müsse gemäss dieser Bestimmung sowie gemäss Art. 2 lit. d MSchG zurückgewiesen werden. Die von der Beschwerdeführerin angerufenen Ausnahmebestimmungen seien im vorliegenden Fall nicht anwendbar. Zudem wiederholte das IGE, weshalb das Zeichen "Zacapa" auch aufgrund von Art. 2 lit. a und c MSchG zurückzuweisen sei.
Die Beschwerdeführerin wies mit Eingabe vom 5. März 2010 ein weiteres Mal darauf hin, dass der Name "Zacapa" drei verschiedene geografische Bedeutungen habe und somit mehrdeutig sei. Alle drei Orte befänden sich in Gebieten, in denen Rum hergestellt werde. Aufgrund der Mehrdeutigkeit handle es sich beim Zeichen "Zacapa" weder um eine Herkunftsangabe im Sinne von Art. 47 MSchG, noch um eine geografische Angabe im Sinne des TRIPS-Abkommens.
Mit Verfügung vom 9. Juni 2010 wies das IGE das Markeneintragungsgesuch Nr. 111._ "ZACAPA" vollumfänglich zurück.
B. Gegen diese Verfügung gelangte die Beschwerdeführerin an das Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und die Marke "Zacapa" in der Schweiz für sämtliche beanspruchten Waren der Klasse 33 zum Schutz zuzulassen. Mit Urteil vom 10. November 2010 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 10. November 2010 aufzuheben und die Marke "Zacapa" (Eintragungsgesuch Nr. 111._) vollumfänglich zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Eventualiter sei die Marke "Zacapa" (Eintragungsgesuch Nr. 111._) mit der Einschränkung "alle Waren aus Guatemala stammend" vollumfänglich zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Subeventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Das IGE beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. In der vorliegenden Registersache ist nach Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG die Beschwerde in Zivilsachen das zulässige Rechtsmittel. Als Vorinstanz hat das Bundesverwaltungsgericht entschieden (Art. 75 Abs. 1 BGG). Der Entscheid erging nicht im Rahmen des Widerspruchsverfahrens (Art. 73 BGG). Die Beschwerdeführerin ist mit ihrem Begehren vor der Vorinstanz unterlegen und damit formell zur Beschwerde legitimiert (Art. 76 Abs. 1 lit. a BGG). Da sie den gewünschten Markenschutz für ihr Zeichen nicht erhalten hat, ist sie auch materiell beschwert (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren betreffend das Eintragungsgesuch Nr. 111._ ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (Art. 90 BGG). Die Beschwerdefrist von 30 Tagen (Art. 100 Abs. 1 BGG) wurde eingehalten. Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG; <ref-ruling> E. 3). Auf die Beschwerde ist demnach - unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2. Nach Art. 2 lit. d des Bundesgesetzes vom 28. August 1992 über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben (Markenschutzgesetz, MSchG, SR 232.11), sind Zeichen, die gegen die öffentliche Ordnung, die guten Sitten oder geltendes Recht verstossen, vom Markenschutz ausgeschlossen. Als rechtswidrige Zeichen gelten namentlich Zeichen, deren Eintragung durch Bundesrecht oder Staatsvertragsrecht untersagt ist.
Art. 22 Abs. 3 des Abkommens über handelsbezogene Aspekte der Rechte an geistigem Eigentum (TRIPS), das Bestandteil des Abkommens vom 15. April 1994 zur Errichtung der Welthandelsorganisation ist (WTO-Abkommen, SR 0.632.20, Anhang 1C, für die Schweiz seit 1. Juli 1995 in Kraft), verpflichtet die Mitglieder, die Eintragung einer Marke abzulehnen, "die eine geographische Angabe enthält oder aus ihr besteht, für Waren, die ihren Ursprung nicht in dem angegebenen Gebiet haben [...], wenn die Verwendung der Angabe in der Marke für solche Waren im betreffenden Mitgliedstaat geeignet ist, die Öffentlichkeit hinsichtlich des wahren Ursprungsorts irrezuführen."
Werden geografische Angaben im Zusammenhang mit Weinen oder Spirituosen verwendet, greift der weitergehende Schutz nach Art. 23 Abs. 2 TRIPS. Danach sind die Mitglieder verpflichtet, von Amtes wegen die Eintragung abzulehnen "einer Marke für Weine, die eine geografische Angabe enthält oder aus ihr besteht, durch die Weine gekennzeichnet werden, oder einer Marke für Spirituosen, die eine geografische Angabe enthält oder aus ihr besteht, durch die Spirituosen gekennzeichnet werden, in Bezug auf Weine oder Spirituosen, die diesen Ursprung nicht haben." Die Verwendung von nicht zutreffenden geografischen Angaben für Weine oder Spirituosen ist unabhängig von einer Irreführungsgefahr zu untersagen. Somit ist es unerheblich, ob die geografische Angabe den schweizerischen Abnehmern bekannt ist. Die Vorschrift von Art. 23 Abs. 2 TRIPS beruht auf dem Ursprungslandprinzip, nicht auf dem Schutzlandprinzip (SEVEREN STRAUCH, in: Busche/Stoll [Hrsg.], TRIPs Internationales und europäisches Recht des geistigen Eigentums, Kommentar, Köln/Berlin/München 2007, N. 4 und 5 zu Art. 23 TRIPS; ALESCH STAEHELIN, Das TRIPs-Abkommen, 2. Aufl. 1999, S. 114; ROLAND KNAAK, The Protection of Geographical Indications according to the TRIPs Agreement, in: Beier/Schricker [Hrsg.], From GATT to TRIPs, München 1996, S. 117 ff., S. 132; MEISSER/ ASCHMANN, Herkunftsangaben und andere geographische Bezeichnungen, in: Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht [SIWR], Bd. III/ 2, 2. Aufl. 2005, S. 244).
3. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die Marke "Zacapa" (Gesuch Nr. 111._) nach Art. 2 lit. d MSchG i.V.m. Art. 23 Abs. 2 TRIPS gegen geltendes Recht verstösst und das IGE ihr daher zu Recht den Schutz in der Schweiz verweigert hat. Die Beschwerdeführerin ficht dies als unzutreffend an.
3.1 Sie stellt zunächst in Abrede, dass es sich beim Zeichen "Zacapa" um eine geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS handelt.
3.2 Geografische Angaben im Sinne des TRIPS-Abkommens sind Angaben, die eine Ware als aus dem Hoheitsgebiet eines Mitglieds oder aus einer Region oder aus einem Ort in diesem Hoheitsgebiet stammend kennzeichnen, wenn eine bestimmte Qualität, ein bestimmter Ruf oder ein anderes bestimmtes Merkmal der Ware im Wesentlichen seinem geografischen Ursprung zuzuschreiben ist (Art. 22 Abs. 1 TRIPS).
Die Begriffsbestimmung von Art. 22 Abs. 1 TRIPS umfasst demnach drei Elemente (dazu STRAUCH, a.a.O., N. 2-15 zu Art. 22 TRIPS; KNAAK, a.a.O., S. 128):
- Es muss sich um eine Ware handeln; Dienstleistungen sind nicht erfasst.
- Geschützt sind Angaben, "die eine Ware als aus dem Hoheitsgebiet eines Mitglieds oder aus einer Region oder aus einem Ort in diesem Hoheitsgebiet stammend kennzeichnen", also lokale Ortsbezeichnungen wie auch Ländernamen, aber auch mittelbare Angaben, durch die sich ein Bezug zu dem Gebiet herstellen lassen.
- Zwischen der Ware und der geografischen Herkunft muss ein Zusammenhang bestehen in dem Sinn, dass "eine bestimmte Qualität, ein bestimmter Ruf oder ein anderes bestimmtes Merkmal der Ware im Wesentlichen" auf ihrer geografischen Herkunft beruht.
3.3 Die ersten beiden Elemente sind vorliegend klarerweise gegeben. Das Gesuch betrifft "Rum, Rumspirituosen, Liköre aus Rum, Cocktails aus Rum sowie Rum enthaltende alkoholische Getränke" und damit Waren im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS. Sodann ist unangefochten festgestellt, dass "Zacapa" der Name einer Ortschaft in Guatemala mit zirka 35'000 Einwohnern respektive der Name eines Departements in Guatemala mit Hauptort Zacapa ist.
Das IGE bejaht das dritte Element aufgrund des engen Bezugs zwischen der geografischen Herkunft und der Qualität bzw. der Beschaffenheit von Weinen und Spirituosen immer dann, wenn der Nachweis erbracht werden kann, dass am entsprechenden Ort Weine oder Spirituosen hergestellt werden (Schreiben des IGE vom 23. Dezember 2008 S. 6). Das ist hier der Fall, nachdem unangefochten festgestellt ist, dass die Y._ S.A. in Zacapa Rum für die Beschwerdeführerin produziert.
Die Vorinstanz fasste das dritte Element für Spirituosen enger. Unter Bezugnahme auf die Meinung von MEISSER/ASCHMANN (a.a.O., S. 244) erwog sie, da viele Spirituosen nach international bekannten Herstellungsmethoden aus Rohstoffen verschiedenster Herkunft gebrannt würden, ohne dass sich Qualität oder andere Eigenschaften änderten, beschränke sich hinsichtlich Spirituosen der Schutz des TRIPS auf jene geografischen Bezeichnungen, die einen bestimmten Ruf besässen und jene Produkte, die durch lokale Verhältnisse geprägt seien. Sie gelangte in der Folge zum Schluss, dass vorliegend diese Voraussetzung erfüllt sei, da Rum zu den Spirituosen zähle, die durch lokale Verhältnisse geprägt seien. Hinzu komme, dass der von der Y._ S.A. in Zacapa produzierte "Ron Zacapa Centenario" als einer der besten Rums der Welt bezeichnet werde und so, zusammen mit weiteren Rums der Herstellerin (z.B. "Ron Zacapa Etiqueta Negra"), Zacapa einen bestimmten Ruf verleihe als Ort, an dem qualitativ hochwertiger Rum produziert werde respektive worden sei. Sie erachtete damit auch die erforderliche Verbindung zwischen Ware und geografischer Herkunft als erfüllt und bejahte das Vorliegen einer geografischen Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS.
3.4 Diese Beurteilung ist nicht zu beanstanden. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, verfängt nicht:
3.4.1 Sie macht geltend, die Vorinstanz gehe davon aus, dass "Zacapa" eine einfache geografische Herkunftsangabe sei. Bereits diese Grundannahme sei jedoch unrichtig. Dieser Einwand entbehrt der Grundlage, hat die Vorinstanz doch gerade geprüft, ob eine qualifizierte Herkunftsangabe vorliege. Dies bejahte sie gestützt auf die tatsächliche Feststellung, dass die geografische Herkunft bestimmte Eigenschaften der Ware präge oder ihr einen besonderen Ruf verleihe.
3.4.2 Auf die in diesem Zusammenhang von der Beschwerdeführerin erhobenen Sachverhaltsrügen kann mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht eingetreten werden.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert aufzeigen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre. Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f.; 393 E. 7.1 S. 398; 462 E. 2.4 S. 466 f.; II 249 E. 1.4.3; Urteile 4A_385/2010 vom 12. Januar 2011, E. 1.4, nicht publ. in: BGE 137 III xxx; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Die Beschwerdeführerin missachtet diese Anforderungen, indem sie lediglich vorbringt, das Bundesverwaltungsgericht erwähne nicht, dass es noch Ortschaften mit demselben Namen "Zacapa" in Honduras und Kolumbien gebe. Soweit das Bundesgericht dies für relevant halte, werde eine wesentlich unvollständige Feststellung des Sachverhalts gerügt. In der gleichen unsubstanziierten Art trägt sie vor, die Vorinstanz erwähne den Gebrauch des Namens "Zacapa" durch die Beschwerdeführerin seit 1976 nicht. Soweit das Bundesgericht dies für relevant halte, werde eine wesentlich unvollständige Feststellung des Sachverhalts gerügt. Die Beschwerdeführerin belegt nicht mit Aktenhinweisen, dass sie die entsprechenden Behauptungen vor der Vorinstanz eingebracht hat, und vor allem zeigt sie nicht auf, dass die Berücksichtigung dieser Umstände für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnte. Deren Entscheiderheblichkeit ist denn auch nicht ersichtlich. Eine Sachverhaltsergänzung hat daher zu unterbleiben.
3.4.3 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz sodann eine willkürliche und zirkuläre Begründung vor, indem sie wegen der Bekanntheit des Zeichens "Zacapa" gleichwohl sogar eine qualifizierte geografische Herkunftsangabe angenommen habe. Der von der Beschwerdeführerin aufgebaute Ruf sei als Ruf des Markeninhabers und nicht als Ruf der geografischen Herkunft aufzufassen. Der gute Ruf des "Zacapa"-Rums sei nicht dem geografischen Ursprung, sondern (produktionstechnischen und marketingmässigen) Anstrengungen der Beschwerdeführerin zuzuschreiben.
Die Vorinstanz stützte sich für ihre Feststellung, dass der von der Y._ S.A. in Zacapa produzierte "Ron Zacapa Centenario" als einer der besten Rums der Welt bezeichnet werde und so, zusammen mit weiteren Rums dieser Herstellerin (z.B. "Ron Zacapa Etiqueta Negra"), Zacapa einen bestimmten Ruf verleihe als Ort, an dem qualitativ hochwertiger Rum produziert werde respektive worden sei, auf einen von der Beschwerdeführerin vor der Vorinstanz eingereichten Ausdruck einer Wikipedia Webseite mit entsprechenden Angaben. Mit Blick auf diese Angaben erscheint die Annahme der Vorinstanz nicht willkürlich, dass der gute Ruf der genannten "Zacapa"-Rums mit der Herkunft aus Zacapa verbunden werde. Die Beschwerdeführerin gesteht selbst zu, dass der angeblich von ihr für ihre Marke aufgebaute hervorragende Ruf auf die Provinz Zacapa "abgefärbt" habe.
Unbegründet ist schliesslich der Vorwurf, die Schutzverweigerung sei "im Lichte der teleologischen Bindung der TRIPS-Regelungen an den Schutz im Heimatland unsinnig". Die Vorinstanz verkannte nicht, dass die Regelung von Art. 23 Abs. 2 TRIPS auf dem Ursprungslandprinzip beruht. Entsprechend prüfte sie die Ausnahme nach Art. 24 Abs. 9 TRIPS, wonach die Verpflichtung zum Schutz einer Herkunftsangabe entfällt, die im Ursprungsland nicht oder nicht mehr geschützt ist oder dort nicht mehr verwendet wird (dazu Erwägung 4.3). Die Argumentation der Beschwerdeführerin baut zudem auf ihrer nicht erhärteten Behauptung auf, es bestehe vorliegend lediglich eine Verbindung zwischen der Ware und ihrem Hersteller, nicht aber zwischen der Ware und ihrem geografischen Ursprung. Diese Behauptung hat sich als unzutreffend erwiesen, stellte die Vorinstanz doch gegenteils in nicht willkürlicher Weise fest, dass Zacapa einen bestimmten Ruf als Ort geniesst, an dem qualitativ hochwertiger Rum produziert wird resp. wurde. Auch hielt sie fest, dass Rum zu den Spirituosen gehöre, die durch örtliche Gegebenheiten geprägt werden (dazu Erwägung 3.4.4). Die Vorinstanz bejahte mithin einen Zusammenhang zwischen Ware und geografischer Herkunft. Dem Zweck der Regelung von Art. 22-24 TRIPS, der Gewährleistung eines internationalen Schutzes geografischer Herkunftsangaben, wurde daher mit dem angefochtenen Urteil nachgelebt und nicht zuwidergehandelt. Der ohnehin zu wenig konkretisierte Vorwurf, die Vorinstanz habe Art. 22 Abs. 1 TRIPS und Art. 23 Abs. 2 TRIPS "falsch" bzw. "zu extensiv" ausgelegt, kann ebenfalls nicht nachvollzogen werden. In der Lehre wird zwecks Sicherstellung des internationalen Schutzes von geografischen Angaben gerade umgekehrt gefordert, die Anforderungen an den erforderlichen Zusammenhang zwischen Ware und geografischer Herkunft möglichst tief anzusetzen (KNAAK, a.a.O., S. 129). Es bestehen überdies Pläne, den Anwendungsbereich von Art. 23 TRIPS künftig generell auszudehnen (ADDOR/GRAZIOLI, Geographical Indications beyond Wines and Spirits, The Journal of World Intellectual Property, 2002, S. 865 ff., 891). Eine zu extensive Auslegung von Art. 22 Abs. 1 TRIPS und Art. 23 Abs. 2 TRIPS ist nicht erkennbar.
Die Einwände gegen die vorinstanzliche Annahme, dass der gute Ruf des "Zacapa"-Rums (auch) mit seiner Herkunft verbunden werde, erweisen sich demnach als nicht stichhaltig.
3.4.4 Weiter bestreitet die Beschwerdeführerin, dass Rum zu den Spirituosen gehöre, die durch lokale Verhältnisse geprägt seien.
Die Vorinstanz führte gestützt auf Unterlagen des IGE (Beilagen 5-7 zur Stellungnahme des IGE vom 4. September 2009) aus, mit dem Wort "Rum" (engl.: rum; französ.: Rhum; span. und portug.: Ron) werde international eine Spirituose bezeichnet, die schon seit etwa 350 Jahren unter diesem Begriff als ein alkoholisches Produkt aus Zuckerrohr bekannt sei. Kaum eine andere Spirituose zeige derartig unterschiedliche Typen und Qualitäten wie der Rum. Die jeweiligen regionalen Bedingungen, die in jeder Rumbrennerei andersartige Verfahrensweise und [die] spezifischen Rohstoffe sowie die landeseigenen Trinkgewohnheiten und besondere Verbrauchererwartungen liessen eine Vielzahl einzelner Rumtypen und -qualitäten entstehen. Gemeinsam seien jedoch all diesen Erzeugnissen die wichtigsten Ausgangsstoffe: Zuckerrohr bzw. Melasse als Nebenprodukt der Zuckergewinnung aus Zuckerrohr. Daraus erhelle, dass Rum wie Whisky zu den Spirituosen zähle, die durch lokale Verhältnisse geprägt seien. Tatsache sei, dass Rum einerseits auf der Grundlage eines landwirtschaftlichen Produkts (Zuckerrohr) produziert werde, dessen Qualität vom örtlichen Klima und der Bodenbeschaffenheit abhänge, und dass die Herstellungsweise von Ort zu Ort differieren könne bzw. tatsächlich differiere, was sich in den unterschiedlichen Rumtypen ausdrücke.
Die Beschwerdeführerin vermag diese Feststellungen der Vorinstanz nicht als willkürlich auszuweisen. Sie beruhen entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin auf Belegen, namentlich auf der Abhandlung von ERICH KOLB, Spirituosen-Technologie, Hamburg 2004, S. 56 (Beilage 6 zur Stellungnahme des IGE vom 4. September 2009).
Die Beschwerdeführerin behauptet in diesem Zusammenhang, es sei durch die Erklärung des Bürgermeisters von Zacapa bereits vor dem IGE nachgewiesen worden, dass die Provinz Zacapa weder besonders viel Zuckerrohr herstelle, noch Zuckerrohr von besonderer Qualität. In der Übergehung bzw. Nichtberücksichtigung dieses Umstands sowie der entsprechenden Erklärung des Bürgermeisters von Zacapa liege ebenfalls eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung. Dem kann nicht gefolgt werden, denn die Beschwerdeführerin belegt nicht mit Aktenhinweisen, dass sie vor dem IGE einen entsprechenden Nachweis erbracht hätte, der von der Vorinstanz unbeachtet geblieben wäre. Im Weiteren bringt die Beschwerdeführerin erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren vor, sie bzw. die mit ihr verbundenen Unternehmen hätten seit jeher vor allem mit Zuckerrohr aus anderen Provinzen produziert, sodass das verwendete Zuckerrohr aus der Provinz Zacapa mit Sicherheit keinen prägenden Einfluss auf die Qualität ihrer Produkte ausgeübt haben könne, wofür sie jeden Beweis antrete, insbesondere ein Gutachten. Mit diesen neuen Tatsachenbehauptungen und Beweisanträgen ist die Beschwerdeführerin ausgeschlossen (Art. 99 Abs. 1 BGG). Zu deren Vorbringen hat nicht erst der angefochtene Entscheid Anlass gegeben, bildete doch die Frage, ob eine geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS vorliegt, und damit diejenige nach dem hinlänglichen Zusammenhang zwischen der Ware und ihrer geografischen Herkunft von Anfang an Gegenstand des Verfahrens. Die Beschwerdeführerin hatte damit schon vor dem Urteil der Vorinstanz Anlass, die besagten Behauptungen vorzubringen, wenn sie ihnen Relevanz für die Entscheidung der aufgeworfenen Frage beimass.
Weiter rügt die Beschwerdeführerin einen Verstoss gegen Art. 6quinquies B PVÜ und Art. 15 TRIPS sowie eine "willkürliche Verletzung" von Art. 8 ZGB, indem die Vorinstanz ihr den Beweis dafür auferlegt habe, dass die Verlegung ihrer Produktionsstätten ohne Auswirkungen auf die Qualität und den Geschmack des von ihr produzierten Rums geblieben sei. Diese Rüge basiert auf einem unzutreffenden Verständnis des angefochtenen Entscheids. Die Vorinstanz erachtete den Umstand, dass Rum durch die lokalen Verhältnisse geprägt wird, gestützt auf die vom IGE angeführten Belege für erwiesen. Diesen Nachweis vermochte die Beschwerdeführerin durch ihre blosse unsubstanziierte Behauptung, die Verlegung der Produktionsstätte sei ohne Auswirkung auf die Qualität und den Geschmack des von ihr produzierten Rums geblieben, nicht zu widerlegen. Die Vorinstanz auferlegte mithin nicht der Beschwerdeführerin die Beweislast für die hinlängliche Verbindung zwischen Ware und ihrer Herkunft, sondern erachtete den Gegenbeweis für nicht erbracht. Darin liegt keine rechtswidrige Verteilung der Beweislast.
Wenn die Beschwerdeführerin schliesslich vorbringt, auf die "Wikipedia-Beweismittel" und die übrigen Internetausdrücke könne nicht abgestellt werden, da sich in der Wikipedia zahlreiche Fehler finden würden, übergeht sie, dass sie die Wikipedia-Angaben, auf die sich die Vorinstanz stützte, teilweise selber ins Recht legte. Sodann tut sie weder dar noch behauptet sie, dass die Informationen auf den von der Vorinstanz konkret berücksichtigten Beweismitteln fehlerhaft seien.
Zusammenfassend erweist sich die Feststellung der Vorinstanz, dass Rum zu den Spirituosen gehört, die durch lokale Verhältnisse geprägt sind, als nicht willkürlich.
3.4.5 "Der Vollständigkeit halber" beanstandet die Beschwerdeführerin die Begründung der Vorinstanz als nicht ausreichend, da sie sich nicht dazu geäussert habe, was als wesentliche oder unwesentliche Elemente in der jeweiligen Herkunftsregion anzusehen sei. Im Vordergrund stünden aber nicht geografisch gebundene Tätigkeiten, weshalb auch in diesem Lichte keine geografische Herkunftsbezeichnung im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS begründet werden könne.
Nach der Begriffsumschreibung von Art. 22 Abs. 1 TRIPS muss eine bestimmte Qualität, ein bestimmter Ruf oder ein anderes bestimmtes Merkmal der Ware im Wesentlichen seinem geografischen Ursprung zuzuschreiben sein. Aus dem von der Beschwerdeführerin behaupteten Umstand, dass die Qualität eines Rums auch von Faktoren mitbestimmt wird, die von den örtlichen Gegebenheiten losgelöst sind, kann nicht gefolgert werden, dass die lokalen Verhältnisse keinen wesentlichen Einfluss besitzen. Indem die Vorinstanz namentlich das Grundprodukt (Zuckerrohr), auf dessen Grundlage Rum produziert wird und dessen Qualität vom örtlichen Klima und der Bodenbeschaffenheit abhängt, erwähnte sowie auf dessen örtlich differierende Herstellungsweise hinwies, begründete sie hinlänglich, dass sie von einem im Wesentlichen vorliegenden Konnex zur geografischen Herkunft ausging.
3.5 Zusammenfassend hat die Vorinstanz im Zeichen "Zacapa" zu Recht eine geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS erblickt.
3.6 Liegt aber eine geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS vor, ist die Eintragung als Marke für "Rum, Rumspirituosen, Liköre aus Rum, Cocktails aus Rum sowie Rum enthaltende alkoholische Getränke", die nicht den entsprechenden Ursprung haben, mithin nicht aus der Provinz Zacapa stammen, nach Art. 23 Abs. 2 TRIPS zu untersagen.
Weder im Verfahren vor dem IGE noch vor der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin für ihr Eintragungsgesuch eine Einschränkung des Warenverzeichnisses formuliert. Erstmals vor Bundesgericht stellt sie das Eventualbegehren, es sei die Marke "Zacapa" (Eintragungsgesuch Nr. 111._) mit der Einschränkung "alle Waren aus Guatemala stammend" vollumfänglich zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Darauf kann nicht eingetreten werden. Das Bundesgericht überprüft im Beschwerdeverfahren, ob das IGE bzw. die Vorinstanz das Markeneintragungsgesuch, so wie es von der Beschwerdeführerin gestellt wurde, zu Recht oder zu Unrecht abgelehnt hat. Das Gesuch wurde aber nicht auf "Waren aus Guatemala" beschränkt. Im Übrigen begründet die Beschwerdeführerin ihr Eventualbegehren in der Beschwerdeschrift mit keinem Wort.
4. Die Beschwerdeführerin macht ausserdem geltend, die Vorinstanz habe durch ihr Urteil die Ausnahmebestimmungen von Art. 24 Abs. 4 und 5 sowie insbesondere Abs. 9 TRIPS zum Schutz geografischer Angaben (Art. 22 und 23 TRIPS) verletzt.
4.1 Die Ausnahmebestimmung von Art. 24 Abs. 4 TRIPS wandte die Vorinstanz nicht an, da sie nur für Angehörige des Schutzlandes, d.h. vorliegend der Schweiz, gilt, die Beschwerdeführerin ihren Sitz aber in Z._ hat. Inwiefern die Vorinstanz dadurch Art. 24 Abs. 4 TRIPS verletzt haben soll, begründet die Beschwerdeführerin nicht. Auf diese Rüge ist daher nicht einzutreten.
4.2 Art. 24 Abs. 5 TRIPS lautet wie folgt: Wurde eine Marke gutgläubig angemeldet oder eingetragen oder wurden Rechte an einer Marke durch gutgläubige Benutzung erworben, a) bevor diese Bestimmungen in diesem Mitgliedstaat im Sinne von Teil VI Anwendung finden oder b) bevor die geografische Angabe in ihrem Ursprungsland geschützt ist, so dürfen die zur Umsetzung dieses Abschnitts getroffenen Massnahmen die Eintragungsfähigkeit oder die Gültigkeit der Eintragung einer Marke oder das Recht auf Benutzung einer Marke nicht aufgrund der Tatsache beeinträchtigen, dass die Marke mit einer geografischen Angabe identisch oder ihr ähnlich ist.
Diese Ausnahmebestimmung gewährt den Weiterbestand gutgläubig erworbener Marken, die eine geografische Angabe eines Mitgliedstaates enthalten oder ihr ähnlich sind. Nebst dem Erfordernis der Gutgläubigkeit ist vorausgesetzt, dass das Markenrecht erworben wurde, bevor die Bestimmungen des TRIPS in diesem Mitgliedstaat im Sinne von Teil VI Anwendung fanden oder bevor die geografische Angabe in ihrem Ursprungsland geschützt wurde (KNAAK, a.a.O., S. 136; STRAUCH, a.a.O., N. 17 zu Art. 24 TRIPS; STAEHELIN, a.a.O., S. 118 f.). Dabei genügt für die Alternative, die auf den Zeitpunkt des Schutzes der betreffenden geografischen Angabe abstellt, dass ein Schutz von geografischen Angaben generell gewährt wird (STRAUCH, a.a.O., N. 24 zu Art. 24 TRIPS).
Die Vorinstanz erachtete die Voraussetzungen für die Anwendung dieser Ausnahmebestimmung als nicht erfüllt. Sie verwarf zum einen die Meinung der Beschwerdeführerin, dass die Bezeichnung "Zacapa" in Guatemala nicht geschützt sei. Dabei betrachtete sie als wesentlich, dass Guatemala seit dem 1. November 2000 mit den Artikeln 78-80 des Gesetzes zum Schutz des geistigen Eigentums ein Instrument zur Verfügung habe, um die Benutzung irreführender geografischer Herkunftsangaben zu verbieten und insofern geografische Herkunftsangaben wie "Zacapa" generell zu schützen. Zum anderen verneinte sie auch die Gutgläubigkeit der Beschwerdeführerin bei Eintragung ihrer Marke. Sie erwog, da "Zacapa" nicht nur der Name einer Stadt, sondern auch eines Departementes sei, sei nicht anzunehmen, dass diese Bezeichnung in Guatemala keine Herkunftsassoziation wecke, zumal in Zacapa Rum produziert werde. Die Beschwerdeführerin habe daher bei Eintragung ihrer Marke nicht gutgläubig davon ausgehen dürfen, dass es sich bei "Zacapa" nicht um eine Herkunftsbezeichnung handle, die einem Markenschutz entgegenstehen könne.
Die Beschwerdeführerin kritisiert diese Erwägungen der Vorinstanz als rechtlich unhaltbar und auf willkürlichen Feststellungen des Sachverhalts beruhend. Was sie zur Begründung dieser Vorwürfe vorträgt, erfüllt indessen die Anforderungen an eine hinlänglich begründete Sachverhaltsrüge (vgl. Erwägung 3.4.2) nicht. Ebenso wenig kann ihren Ausführungen eine klar motivierte Rüge einer Rechtsverletzung entnommen werden. Sie behauptet, qualifizierte geografische Herkunftsangaben, wie sie durch Art. 23 Abs. 2 TRIPS geschützt würden, seien in Guatemala von Gesetzes wegen Staatseigentum. Sie will aus dem Umstand, dass die guatemaltekischen Behörden der Beschwerdeführerin im Jahre 2005 die Markenanmeldung zugelassen haben, ableiten, dass es sich bei "Zacapa" nicht um eine geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS handeln könne. Denn es wäre undenkbar, dass der Staat Guatemala der Beschwerdeführerin die Eintragung ihrer Wortmarke "Zacapa" gestattet hätte, wenn es sich dabei um eine geografische Herkunftsangabe im Sinne von Art. 23 Abs. 2 TRIPS und damit um Staatseigentum handeln würde. Weiter hätten die guatemaltekischen Behörden mit der Markeneintragung zum Ausdruck gebracht, dass im Jahre 2005 keine besondere Qualitätserwartung mit dem Zeichen "Zacapa" verbunden gewesen sei und kein absoluter Ausschlussgrund vorgelegen habe. Auch dies bestätige die bisherigen Darlegungen, wonach "Zacapa" keine geografische Herkunftsangabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS darstelle. Zudem folge daraus, dass die Markenanmeldungen der Beschwerdeführerin gutgläubig gewesen seien.
Aus diesen Ausführungen ergibt sich keine Verletzung von Art. 24 Abs. 5 TRIPS durch die Vorinstanz. Zum einen ist die Behauptung der Beschwerdeführerin, dass nur im Staatseigentum stehende Bezeichnungen geografische Angaben im Sinne von Art. 22 Abs. 1 bzw. Art. 23 Abs. 2 TRIPS seien, neu und daher unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG). Sie ist ohnehin durch nichts belegt, sondern vielmehr durch die Nachforschungen des IGE widerlegt (vgl. die Angaben des IGE in seiner Vernehmlassung Ziff. 11). Die Argumentation, die auf dieser Behauptung aufbaut, entbehrt daher der Grundlage. Sodann sind die Gründe, die zur Eintragung der Marke in Guatemala im Jahre 2005 führten, nicht bekannt. Aus dieser Eintragung muss daher nicht auf einen Verzicht auf den Schutz geografischer Angaben geschlossen werden. Auch folgt daraus nicht ohne weiteres, dass die Markenanmeldungen gutgläubig erfolgten. Wie in Erwägung 3 dargetan, handelt es sich entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin bei "Zacapa" um eine geografische Angabe im Sinne von Art. 22 Abs. 1 TRIPS. Die Vorinstanz erwog zutreffend, dass die Beschwerdeführerin dies bei der Markenanmeldung nicht ausschliessen durfte. So sei nicht anzunehmen gewesen, dass diese Beziehung in Guatemala keine Herkunftsassoziation wecke, da "Zacapa" nicht nur der Name einer Stadt, sondern auch eines Departementes sei, in dem Rum produziert werde. Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang wiederum einen Verstoss gegen Art. 6quinquies B PVÜ und Art. 15 TRIPS sowie eine willkürliche Verletzung von Art. 8 ZGB, weil die Vorinstanz ihr sinngemäss den Beweis dafür auferlegt habe, dass die Bezeichnung "Zacapa" in Guatemala keine Herkunftsassoziation betreffend Rum wecke. Die Rüge ist nicht nachvollziehbar. Die Vorinstanz auferlegte nicht der Beschwerdeführerin den entsprechenden Beweis, sondern zog aus den unbestrittenen Tatsachen, dass "Zacapa" eine Stadt und ein Departement in Guatemala bezeichnet und dass dort Rum produziert werde, den Schluss, dass nicht anzunehmen sei, diese Bezeichnung wecke in Guatemala keine Herkunftsassoziation. Inwiefern dieser Schluss willkürlich sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf.
4.3 Nach Art. 24 Abs. 9 TRIPS besteht keine Verpflichtung, geografische Angaben zu schützen, die in ihrem Ursprungsland nicht oder nicht mehr geschützt sind oder in diesem Land ungebräuchlich geworden sind.
Die Vorinstanz verneinte auch das Vorliegen einer entsprechenden Ausnahme von der Schutzverpflichtung. Die Beschwerdeführerin macht eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung geltend, indem die Vorinstanz aus "blossen eigenen Spekulationen" abgeleitet habe, "Zacapa" sei im Sinne des Rechts von Guatemala als geografische Herkunftsangabe im Sinne des TRIPS geschützt. Diese Rüge ist nicht nur unzulänglich begründet, sie entbehrt auch der Grundlage, hat die Vorinstanz den beanstandeten Schluss doch nicht aus "blossen eigenen Spekulationen" gezogen, sondern sich zutreffend auf die Artikel 78-80 des guatemaltekischen Gesetzes zum Schutz des geistigen Eigentums gestützt.
Schliesslich argumentiert die Beschwerdeführerin, der fehlende Schutz im Herkunftsland könne nicht nur auf der rechtlichen, sondern auch auf der faktischen Ebene liegen, wie der Ausdruck "ungebräuchlich" zeige. Nun stehe fest, dass die Beschwerdeführerin seit dem Jahre 2005 über eine Wortmarke "Zacapa" in Guatemala für die hier strittigen Waren verfüge. Sie habe somit das Recht, jeden Dritten vom Gebrauch dieses Zeichens auszuschliessen. Die Beschwerdeführerin benütze die Marke markenmässig, jedenfalls nicht als Herkunftsbezeichnung. Somit werde dieses Zeichen zumindest seit dem Jahre 2005 von niemanden (mehr) in Guatemala als geografische Herkunftsangabe genutzt, sodass sie zumindest als "ungebräuchlich" im Sinne von Art. 24 Abs. 9 TRIPS eingestuft werden müsse.
Art. 24 Abs. 9 TRIPS will insbesondere verhindern, dass im Herkunftsland zu blossen Gattungsbezeichnungen degenerierte Herkunftsangaben in anderen Ländern geschützt werden müssen (KNAAK, a.a.O., S. 132 und 138; STRAUCH, a.a.O., N. 4 zu Art. 23 TRIPS). Dass dies hier zutreffen soll, ist nicht dargetan und folgt nicht aus dem Eintrag der Marke "Zacapa" in Guatemala. Vielmehr ist mit der Vorinstanz anzunehmen, dass ein erheblicher Teil des Adressatenkreises in Guatemala mit der Bezeichnung "Zacapa" noch einen Herkunftshinweis verbindet. Gestützt auf die vom IGE eingereichten Unterlagen, wonach der "Ron Zacapa" unter Kennern wohlbekannt ist und mit zahlreichen Preisen bedacht wurde und der "Ron Zacapa Centenario" von vielen Kritikern sogar als der beste Rum der Welt bezeichnet wird, schloss die Vorinstanz, unter Rum-Liebhabern insbesondere in Guatemala dürfte "Zacapa" als Bezeichnung für Rum mit einem bestimmten Ursprung zumindest heute noch bekannt sein, weshalb es sich bei "Zacapa" nicht um eine in Guatemala ungebräuchliche geografische Angabe handle. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist dieser Schluss der Vorinstanz nicht willkürlich, sondern nachvollziehbar.
4.4 Zusammenfassend erweisen sich die Einwände der Beschwerdeführerin gegen die Verneinung der Ausnahmetatbestände von Art. 24 Abs. 4, 5 und 9 TRIPS als unbegründet, soweit auf diese eingetreten werden kann.
5. Die Vorinstanz hat somit zu Recht erkannt, dass die Marke "Zacapa" (Gesuch-Nr. 111._) im Sinne von Art. 2 lit. d MSchG i.V.m. Art. 23 Abs. 2 TRIPS gegen geltendes Recht verstösst und ihr daher der Schutz in der Schweiz zu verweigern ist. Damit erübrigte sich eine Prüfung, ob das Markeneintragungsgesuch auch gestützt auf Art. 2 lit. a und c MSchG abzulehnen wäre. Der in diesem Zusammenhang gestellte Subeventualantrag der Beschwerdeführerin auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz entfällt damit ebenfalls.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zu sprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. April 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Hotz