Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerde in Strafsachen ist zulässig gegen Entscheide, die das kantonale Verfahren abschliessen (<ref-law>). Das Obergericht hat einen Entscheid der ersten Instanz aufgehoben und die Sache zur materiellen Beurteilung an diese zurückgewiesen. Der angefochtene Entscheid schliesst das kantonale Verfahren folglich nicht ab. Dass einer der Ausnahmefälle von <ref-law> erfüllt wäre, macht der Beschwerdeführer nicht geltend (zu den Begründungsanforderungen Urteil 5A_472/2007 vom 12. November 2007, E. 2.3). Dies springt auch nicht in die Augen, da in Bezug auf die Frage der Verjährung im kantonalen Verfahren unterschiedliche Ansichten herrschten (Beschwerde S. 5). Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten. Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos geworden.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Monn