Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Luzern sprach X._ am 29. März 2001 im Zusammenhang mit einem Tötungsdelikt an ihrem Ehemann wegen Unzurechnungsfähigkeit von Schuld und Strafe frei, ordnete jedoch die Verwahrung nach Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB an. In Anwendung des neuen Rechts hob es am 13. September 2007 die altrechtliche Verwahrung auf und erliess stattdessen eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law>. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil vom 4. März 2008 ab, soweit es darauf eintrat (6B_623/2007).
B. Im Rahmen der jährlichen Überprüfung lehnten die Vollzugs- und Bewährungsdienste des Kantons Luzern (VBD) am 26. Mai 2010 eine bedingte Entlassung aus der stationären therapeutischen Massnahme und eine Versetzung von X._ in eine Aussenwohngruppe ab. Sie gewährten ihr jedoch weiterhin Vollzugslockerungen in Form von unbegleiteten Ausgängen und Urlauben. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wiesen das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern am 24. März 2011 und das Bundesgericht mit Urteil 6B_329/2011 vom 12. Juli 2011 ab, soweit sie darauf eintraten.
C. Im Rahmen einer erneuten jährlichen Überprüfung sahen die VBD mit Entscheid vom 24. Oktober 2011 von einer bedingten Entlassung aus dem stationären Massnahmenvollzug und einer Versetzung von X._ in die Aussenwohngruppe A._ wiederum ab.
Das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Luzern (JSD) wies die von X._ erhobenen Ausstandsbegehren gegen den Amtsleiter der VBD und die Vollzugsverantwortliche am 8. Februar 2012 ab.
Gegen die Entscheide der VBD vom 24. Oktober 2011 und des JSD vom 8. Februar 2012 wandte sich X._ je mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern. Dieses vereinigte die beiden Verfahren und wies die Beschwerden am 30. April 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 30. April 2012 sei aufzuheben. Sie sei in ein Wohnheim zu versetzen und nach einem Jahr bedingt zu entlassen. Das psychiatrische Gutachten vom 8. November 2011 sei aus dem Recht zu weisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Der Präsident der Strafrechtlichen Abteilung erteilte der Beschwerde am 29. Juni 2012 die aufschiebende Wirkung. Von einer Überweisung der Beschwerdeführerin in die psychiatrische Klinik B._ sei während des bundesgerichtlichen Verfahrens abzusehen.

Erwägungen:
1. Anfechtungsobjekt ist ausschliesslich das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 30. April 2012. Auf die Kritik der Beschwerdeführerin an früheren verwaltungsgerichtlichen Urteilen, an unterinstanzlichen Verfügungen oder am Urteil des Kriminalgerichts des Kantons Luzern vom 8. Mai 2000 ist nicht einzugehen (vgl. Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 6, 8, 9; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 2, 6).
Streitgegenstand bildet die Verweigerung der bedingten Entlassung aus dem Massnahmenvollzug und der Versetzung in eine Wohngruppe, hingegen nicht die vorgesehene Unterbringung der Beschwerdeführerin in die psychiatrische Klinik B._ mit allfälliger medikamentöser Behandlung. Die Vorinstanz hat sich hierzu denn auch nur im Zusammenhang mit der Behandlung des Gesuchs um aufschiebende Wirkung der Beschwerde geäussert. Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin und ihre Kritik am Vorgehen der VBD ist nicht einzugehen (Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 14 f.).
Die massgeblichen Ausführungen müssen in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein (vgl. <ref-ruling> E. 3.2). Soweit die Beschwerdeführerin zur Beschwerdebegründung auf frühere Rechtsschriften oder Schreiben im kantonalen Verfahren verweist (vgl. Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 2, 6, 7; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 2, 9), ist auf die Beschwerde nicht einzugehen. Das gilt auch, soweit die Beschwerdeführerin das vor Vorinstanz nicht aufrechterhaltene Ausstandsbegehren gegen den Amtsleiter der VBD im bundesgerichtlichen Verfahren unzulässigerweise erneuert (<ref-law>; Entscheid, S. 5, 9; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 3 ff.), sie sich nicht sachbezogen äussert (vgl. Beschwerde vom 3. Juni 2012, beispielsweise S. 11 f. zum Gesundheitszustand ihres Sohnes) oder sie der Vorinstanz in rein appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid eine willkürliche Beweiswürdigung vorwirft (vgl. Beschwerde vom 3. Juni 2012, beispielsweise S. 7 ff. zur Zellenordnung und Körperhygiene). Die Beschwerde genügt den Begründungsanforderungen von <ref-law> insoweit nicht. Das ist auch der Fall, soweit die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht keine weiteren Auskunftspersonen (Betreuerinnen) oder den früheren Gutachter zwecks Richtigstellung unrichtiger Behauptungen des aktuellen Sachverständigen befragt (Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 7 f., 12). Die Beschwerdeführerin zeigt weder auf, dass sie der Vorinstanz diesbezüglich Anträge gestellt hätte, noch legt sie dar, dass die Vorinstanz die Befragungen von Amtes wegen hätte durchführen müssen.
2. Die Vorinstanz setzt sich im angefochtenen Entscheid mit sämtlichen Ausstandsbegehren der Beschwerdeführerin sorgfältig und eingehend auseinander (Entscheid, S. 7 ff., S. 13 f., S. 21 ff.; vgl. aber Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 3). Die Beschwerdeführerin beschränkt sich vor Bundesgericht darauf, ihre von der Vorinstanz mit überzeugenden Argumenten verworfenen Standpunkte zu den geltend gemachten Befangenheiten zu wiederholen. Es kann daher ohne weitere Ausführungen auf die vorinstanzlichen Urteilserwägungen verwiesen werden Das gilt insbesondere hinsichtlich der von der Beschwerdeführerin erhobenen Befangenheitsvorwürfe gegen die Spruchkörper der VBD und der JSD als solche sowie einzelne ihrer Mitglieder (Entscheid, S. 6 ff., S. 9 f.), gegen die frühere Therapeutin Dr. med. C._ (Entscheid, S. 13 f.; siehe auch Urteil 6B_329/2011 E. 2) sowie gegen den aktuellen Gutachter (Entscheid, S. 21 ff.). Dieser hat nach den unangefochten gebliebenen Feststellungen der Vorinstanz weder die Beschwerdeführerin noch ihren Sohn je gesehen, behandelt oder begutachtet (Entscheid, S. 21-23). Objektive Anhaltspunkte dafür, dass er nur deshalb beauftragt wurde, weil er ein Gutachten nach Wunsch oder Gutdünken der VBD verfassen würde, sind nicht erkennbar (vgl. Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 5). Davon ist auch auszugehen, wenn man mit der Beschwerdeführerin annimmt, ursprünglich sei Prof. Dr. D._ für die Gutachtenerstellung vorgesehen gewesen (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 4, 6; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 5, 6, 7). Das Vorbringen der Beschwerdeführerin ist nicht geeignet, eine irgendwie geartete Befangenheit des aktuellen Gutachters aufzuzeigen, sondern ist im vorliegenden Kontext vielmehr irrelevant. Die Vorinstanz durfte deshalb auch ohne Verfassungsverletzung auf die beantragte Zeugenbefragung der früheren Vollzugsverantwortlichen verzichten. Wegen mangelnder Relevanz brauchte sie der Frage, wem der Gutachtenauftrag anfänglich erteilt wurde, nicht nachzugehen (Entscheid, S. 23; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 6, 7).
3. Die Beschwerdeführerin rügt in verschiedenen Kontexten eine Gehörsverweigerung. Sie moniert, es sei zu Unrecht keine mündliche Hauptverhandlung durchgeführt und sie sei nicht persönlich angehört worden (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 3, 4; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 12). Weiter macht sie geltend, die VBD hätten ihr das rechtliche Gehör zum Protokoll des Standortgesprächs vom 16. Juni 2011 nicht gewährt (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 2). Schliesslich bringt sie vor, sie habe nicht im Sinne von <ref-law> vorgängig zur Person des Sachverständigen Stellung nehmen können (Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 6).
3.1 Die Vorinstanz sah von einer mündlichen Hauptverhandlung ab. Sie führte das Verfahren schriftlich durch mit einem doppelten Rechtsschriftenwechsel zur Frage der bedingten Entlassung. Inwiefern die Vorinstanz das hier anwendbare kantonale Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege (VRG/LU) willkürlich angewendet haben könnte, indem sie keine mündliche Hauptverhandlung anordnete, legt die Beschwerdeführerin weder dar noch ist solches ersichtlich (vgl. Entscheid, S. 12; siehe Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 3, 4; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 7). Ihr diesbezüglicher Einwand, bei einer mündlichen Verhandlung hätte die Vorinstanz erkennen können, dass sie keine Schizophreniesymptome aufweise und nicht an einer solchen Krankheit leide, geht fehl. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass ein Gericht eine solche Beurteilung auch im Rahmen einer mündlichen Verhandlung nicht vornehmen kann. Hierfür ist einzig eine Fachperson kompetent. Dass die Vorinstanz die Beschwerdeführerin nicht persönlich anhörte, ist entgegen ihrer Ansicht auch nicht geeignet, eine Verletzung des rechtlichen Gehörs im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> sowie <ref-law> zu begründen. Mit dem angefochtenen Entscheid wird der Beschwerdeführerin nicht erstmals die Freiheit entzogen. Es geht hier einzig um Fragen des Massnahmenvollzugs. Ein grundrechtlicher Anspruch auf persönliche Anhörung entfällt damit (vgl. <ref-ruling> E. 3c und d; <ref-ruling> E. 2a; siehe auch Urteil des Bundesgerichts 1B_124/2009 vom 18. Juni 2009 E. 5 und 6 mit zahlreichen Hinweisen). Der Anspruch auf schriftliche Stellungnahme wurde gewahrt.
3.2 Die Vorinstanz stellt fest, die Beschwerdeführerin sei über den Termin des Standortgesprächs am 16. Juni 2011 informiert worden. Sie habe am Gespräch jedoch nicht teilnehmen und auch nicht mit der Vollzugsverantwortlichen sprechen, sondern das rechtliche Gehör schriftlich wahrnehmen wollen (Entscheid, S. 10 f.). Die Vorinstanz hält weiter fest, das Standortgesprächsprotokoll sei der Beschwerdeführerin (und ihrem Anwalt) im Oktober 2011 zugestellt worden (Entscheid, S. 11). Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, sie hätte sich vor dem Entscheid der VBD nicht spontan zum Inhalt des Protokolls äussern können. Welcher Aspekt des Anspruchs auf rechtliches Gehör unter diesen Umständen verletzt sein könnte, spezifiziert sie nicht und ist auch nicht ersichtlich. Die Beschwerde genügt den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht. Das gilt auch, soweit die Beschwerdeführerin pauschal rügt, die VBD hätten ihr zu "mehreren Sachverhalten" das rechtliche Gehör nicht gewährt (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 2).
3.3 Ohne Erfolg bleibt auch die Rüge, es sei das rechtliche Gehör im Zusammenhang mit der Einholung des Gutachtens verletzt worden (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 3; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 6 ff.). Bei der Einholung von Gutachten hat der Betroffene zumindest das Recht, nachträglich zur Person und zum Gutachten eines Sachverständigen Stellung zu nehmen und gegebenenfalls Ergänzungsfragen zu stellen (<ref-ruling> E. 4b S. 337; <ref-ruling> E. 1c S. 362; vgl. auch 119 Ia 260 E. 6c). Dieses Recht der Beschwerdeführerin wurde mit der im vorinstanzlichen Verfahren replikweise gewährten Möglichkeit zur umfassenden Stellungnahme zum Gutachten und zur Person des Gutachters gewahrt. <ref-law> ist nicht verletzt. Dass die VBD der Beschwerdeführerin keine Gelegenheit gaben, vorgängig des Gutachtensauftrags Einwendungen gegen die Person des Sachverständigen vorzubringen, trifft zwar zu. Sie orientierten die Beschwerdeführerin aber mit der Zustellung des Gutachtensauftrags am 16. Mai 2011 über die Person des Gutachters und die konkrete Fragestellung (kantonale Akten, act. 2.35 i.V.m. act. 4.158). Die Beschwerdeführerin erhielt somit noch vor der vorgesehenen Begutachtung Kenntnis von der Person des Gutachters und hatte die Gelegenheit, entsprechende Einwendungen zu erheben, was sie auch tat (vgl. Eingaben vom 1. Juni 2011). Eine allfällige Verletzung von <ref-law> könnte daher (sofern diese im Administrativverfahren nicht einschlägige Bestimmung sinngemäss anwendbar wäre) als geheilt gelten (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b und c S. 363). Eine Zeugenbefragung des früheren Vollzugsleiters (Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 6) ist unter diesen Umständen nicht notwendig.
4. Die Beschwerdeführerin kritisiert das Gutachten vom 8. November 2011. Sie macht formelle und materielle Mängel geltend (Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 6). Abgesehen davon stellt sie sich auf den Standpunkt, ein neues Gutachten wäre nicht nötig gewesen, weil sich die Ausgangslage seit der Begutachtung vom 25. Oktober 2005 nicht gewandelt habe (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 5 ff.). Das aktuelle Gutachten sei aus dem Recht zu weisen (Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 12).
4.1 Das Gericht würdigt Gutachten grundsätzlich frei. In Fachfragen darf es davon indessen nicht ohne triftige Gründe abweichen, und Abweichungen müssen begründet werden. Umgekehrt kann das Abstellen auf nicht schlüssige Gutachten unter Verzicht auf die gebotenen zusätzlichen Beweiserhebungen gegen das Willkürverbot und gegen Verfahrensrechte der Parteien verstossen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 547 f. mit Hinweisen).
4.2 Die Vorinstanz erwägt, das letzte Gutachten über die Beschwerdeführerin datiere vom 25. Oktober 2005. Im Urteilszeitpunkt wäre es rund 6 1⁄2 Jahre alt gewesen. Angesichts seines Alters sowie der ungünstigen Entwicklung im Vollzugsverlauf und der offenen Fragen insbesondere zur Aktualität der Legalprognose sei eine neue Beurteilung angezeigt gewesen (Entscheid, S. 15 f.). Hinweise dafür, dass das neue Gutachten aus sachfremden Gründen angeordnet worden wäre, sind nicht ersichtlich. Die Vorinstanz belegt anhand objektiver Gegebenheiten (Abbruch der Gespräche beim Forensisch-Psychiatrischen Dienst [FPD] der Uni Bern, Verweigerung weiterer Ausgänge, Verwahrlosungstendenzen, fehlende Weiterentwicklung im Vollzug), dass die Einschätzung im Gutachten vom 25. Oktober 2005 nicht mehr zutreffen könnte. Hinzu kommt, dass Gefährlichkeitsprognosen generell lediglich für den Zeitraum eines Jahres relativ zuverlässig gestellt werden können (<ref-ruling> E. 3.4; Urteil 6B_368/2008 vom 4. September 2008 E. 3.2) und vorliegend ausserdem die Fünfjahresfrist gemäss <ref-law> ausläuft (Entscheid, S. 16). Soweit die Beschwerdeführerin behauptet, die Verhältnisse hätten sich seit dem früheren Gutachten vom 25. Oktober 2005 nicht geändert, und sie damit geltend macht, das (als günstiger empfundene) bisherige Gutachten sei nach wie vor taugliche Entscheidgrundlage, stellt sie den vorinstanzlichen Erwägungen zu den veränderten Verhältnissen in tatsächlicher Hinsicht lediglich ihre eigene abweichende Einschätzung entgegen.
4.3 Die Vorinstanz verneint formelle Mängel des Gutachtens (Entscheid, S. 23 ff.). Dem Gutachter seien sämtliche für die Beurteilung relevanten Unterlagen zur Verfügung gestellt worden. Die Beschwerdeführerin habe sich einer persönlichen Untersuchung widersetzt und eine Mitwirkung an der Begutachtung verweigert. Beim Gutachten vom 8. November 2011 handle es sich deshalb um ein Aktengutachten. Ob sich ein solches verantworten lasse, habe in erster Linie der angefragte Sachverständige zu beurteilen (vgl. <ref-ruling> E. 2f). Der Gutachter habe diese Frage bejaht. Er weise darauf hin, dass es vorliegend um die Bedeutung und Beurteilung chronischer Störungen gehe. Das Störungsbild der Beschwerdeführerin und ihre Verhaltensbereitschaften seien mit mehreren Begutachtungen und unzähligen Berichten über viele Jahre hinweg dokumentiert. Ebenso seien die wesentlichen wegweisenden Befunde in der Vergangenheit deutlich erfasst und festgehalten worden. Einem Aktengutachten stehe vor diesem Hintergrund nichts entgegen (Entscheid, S. 25; Gutachten, S. 25/26, 29). Was an dieser Beurteilung gegen das Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnte, ist nicht ersichtlich. Die Kritik der Beschwerdeführerin, das Gutachten stütze sich auf unvollständige Justizakten, dringt nicht durch (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 6 f., 9; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 12). Ob dem Gutachter die Hauptverhandlungsakten aus dem Jahre 1999, namentlich das Protokoll der Hauptverhandlung, vorlagen oder nicht, spielt im Ergebnis keine Rolle, da das fragliche Protokoll für die aktuelle Beurteilung der Fragen zum Massnahmenvollzug nicht massgeblich ist (Entscheid, S. 26).
4.4 Die Vorinstanz hält das Gutachten vom 8. November 2011 auch in materieller Hinsicht für überzeugend (Entscheid, S. 26). Der Gutachter arbeitete die diagnostischen und prognostischen Beurteilungen der vergangenen Jahre umfassend auf. Er bestätigte unter eingehender Auseinandersetzung mit den früheren Begutachtungen die Diagnose einer Schizophrenie. Die Diagnosestellung ist sorgfältig und transparent. Die Schlussfolgerungen sind breit abgestützt, begründet und schlüssig. Der Gutachter kommt in Übereinstimmung mit den andern Berichten und insbesondere mit dem Gutachten vom 25. Oktober 2005 zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin - bei einer bedingten Entlassung oder einer Versetzung in eine Wohngruppe - mit den Belastungen eines weniger strukturierten Umfelds überfordert wäre. Das würde laut dem Gutachter wahrscheinlich dazu führen, dass positive Schizophreniesymptome wie Halluzinationen und Wahn wieder aufflackern und handlungsleitend würden. In diesem Fall wäre das Risiko für erneute Gewalthandlungen beachtenswert (Entscheid, S. 33).
Die Beschwerdeführerin vermag keine gewichtigen Umstände darzutun, welche die Überzeugungskraft des Gutachtens in Frage stellen könnten (Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 7 ff.; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 9). Sie bestreitet die Schlussfolgerungen des Gutachters, beispielsweise die Diagnosestellung (Gutachten, S. 28, 41), oder die als notwendig beurteilte medikamentöse Behandlung, welche mit zahlreichen früheren ärztlichen Einschätzungen korrespondiert (vgl. Gutachten, S. 7, 8, 29), und setzt dabei ihre eigene Sichtweise der Dinge an die Stelle der gutachterlichen Erkenntnisse (vgl. Beschwerde vom 10. Mai 2012, S. 4; Beschwerde vom 3. Juni 2012, S. 9). Damit kann Willkür nicht begründet werden. Bei ihrer Kritik verkennt die Beschwerdeführerin namentlich, dass in nahezu allen sachverständigen Beurteilungen oder psychiatrischen Berichten - wenn nicht von einer Schizophrenie - so doch von einer schweren psychischen (Wahn-)Erkrankung die Rede war (vgl. Gutachten, S. 5 f.) und eine Rückfallgefahr stets, also auch im Gutachten vom 25. Oktober 2005, bejaht wurde (vgl. hierzu Entscheid 6B_623/2007 vom 4. März 2008 E. 4.3). Die Vorinstanz hat die im bundesgerichtlichen Verfahren wiederholten Vorbringen der Beschwerdeführerin stichhaltig verworfen. Darauf kann verwiesen werden. Nicht ersichtlich ist, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben könnte. Die Beschwerdeführerin macht solches auch nicht geltend.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill