Sachverhalt:
A. A.a M._, geboren 1962, bezog für die dauerhaften Restfolgen eines 1993 erlittenen, nach UVG obligatorisch bei der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Allianz) versicherten Unfalles mit Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) seit 1. September 1999 eine Invalidenrente aufgrund einer unfallbedingten Erwerbseinbusse von 8,5 %; zudem richtete ihm die Allianz eine Integritätsentschädigung auf der Basis einer ihm dauerhaft verbleibenden Beeinträchtigung der gesundheitlichen Unversehrtheit von 15 % aus.
A.b Vom 15. Juli 1998 bis 30. September 2006 war M._ mit einem Vollzeitpensum als Magaziner/Lagermitarbeiter bei der Firma Q._ S.A. angestellt und in dieser Eigenschaft bei der AXA Winterthur Versicherungen AG (nachfolgend: AXA oder Beschwerdegegnerin) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert. In Bezug auf die Folgen eines Auffahrunfalles mit HWS-Distorsion vom 24. Juni 2005 anerkannte die AXA ihre Leistungspflicht gemäss UVG. Nach diesem Unfall war der Versicherte bis zum 24. Juli 2005 zu 100 % und seither zu 50 % arbeitsunfähig. Am 4. August 2006 meldete er sich wegen anhaltender Rückenbeschwerden bei der IV-Stelle Luzern zum Leistungsbezug an. Nach einem stationären Ergonomie-Training in der Rehaklinik X._ vom 19. Juni bis 28. Juli 2006 zum Zwecke der Steigerung der Arbeitsfähigkeit im Auftrag der AXA, einem mehrtägigen Aufenthalt in der Beruflichen Abklärungsstelle (nachfolgend: BEFAS) und dem erfolglosen Abschluss der Arbeitsvermittlung verneinte die IV-Stelle einen Rentenanspruch bei einem Invaliditätsgrad von 26 % (Verfügung vom 17. Februar 2009). Letztinstanzlich hob das Bundesgericht diese Verfügung sowie den diese bestätigenden kantonalen Gerichtsentscheid auf und wies die Sache zur Durchführung einer interdisziplinären Abklärung an die IV-Stelle zurück (Urteil 8C_420/2010 vom 27. Oktober 2010). Letztere veranlasste sodann das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 6. Oktober 2011 (nachfolgend: MEDAS-Gutachten). Mit Verfügung vom 6. April 2010, bestätigt durch Einspracheentscheid vom 11. August 2010, verneinte die AXA den natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang der über den 31. Juli 2009 hinaus geklagten Beschwerden mit dem Unfall vom 24. Juni 2005 und schloss den Fall folgenlos ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des M._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 16. Februar 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ unter Aufhebung des kantonalen Gerichts- und des Einspracheentscheides beantragen, die AXA habe ihm die gesetzlichen Leistungen nach UVG auszurichten, insbesondere habe sie ihm "bis heute weiterhin ein mindestens 50%-UVG-Taggeld auszurichten und die Heilungskosten zu übernehmen"; eventualiter sei "anstelle des Taggeldes eine Rente von nicht unter 50% und die Integritätsentschädigung festzulegen." Zudem "seien der MEDAS Zusatzfragen zur (Teil-) Unfallkausalität zu unterbreiten."
Während die AXA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, soweit darauf einzutreten sei, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder der Unfallversicherung ist das Bundesgericht - anders als in den übrigen Sozialversicherungsbereichen (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) - nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen).
2. Streitig ist, ob die vom Versicherten über den 31. Juli 2009 hinaus geklagten Beschwerden weiterhin in einem anspruchsbegründenden, natürlich und adäquat kausalen Zusammenhang mit dem bei der AXA versicherten Unfall vom 24. Juni 2005 stehen.
3. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid den für einen Leistungsanspruch erforderlichen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen Unfall und eingetretenem Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) zutreffend umschrieben. Ebenfalls richtig dargelegt hat sie die Rechtsprechung über den zusätzlich zum natürlichen erforderlichen adäquaten Kausalzusammenhang. Danach spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers bei organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen praktisch keine Rolle, weil sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112, 127 V 102 E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die dabei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (SVR 2010 UV Nr. 30 S. 120, 8C_537/2009 E. 5.3 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nach Schweregrad des Unfalles weitere unfallbezogene Kriterien mit einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 366 ff. und 369 E. 4 S. 382 ff., 115 V 133 E. 6 S. 138 ff.). Bei nach einem Unfall auftretenden psychischen Fehlentwicklungen werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen (<ref-ruling> E. 6a S. 367) und äquivalenten Verletzungen der Halswirbelsäule (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67, U 183/93 E. 2) sowie bei Schädelhirntraumen (<ref-ruling> E. 4b S. 383) auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird. Dies, weil für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhanges als einer Rechtsfrage nicht entscheidend ist, ob die im Anschluss an eine solche Verletzung auftretenden Beschwerden medizinisch eher als organischer und/oder psychischer Natur bezeichnet werden, zumal diese Differenzierung angesichts des komplexen, vielschichtigen Beschwerdebildes in heiklen Fällen gelegentlich grosse Schwierigkeiten bereiten würde (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 116 f. in fine; vgl. zum Ganzen auch <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 und SVR 2007 UV Nr. 8 S. 27, U 277/04 E. 2, je mit Hinweisen). Korrekt sind schliesslich auch die vorinstanzlichen Ausführungen zum Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des Status quo sine vel ante (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9, 8C_354/2007 E. 2.2 mit Hinweisen), zu dem im Sozialversicherungsrecht bei der Beantwortung von Tatfragen üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 1c S. 160 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Der Versicherte hatte im vorinstanzlichen Verfahren seine Beschwerde gegen den von der AXA verfügten folgenlosen Fallabschluss bereits bei der zuständigen Abteilung des kantonalen Gerichts eingereicht, als dieses im Verfahren betreffend Leistungen der Invalidenversicherung vom bundesgerichtlichen Rückweisungsurteil 8C_420/2010 vom 27. Oktober 2010 an die IV-Stelle zur interdisziplinären Neubegutachtung Kenntnis erhielt. Dennoch stellte die Vorinstanz im hier angefochtenen Entscheid vom 16. Februar 2012 - offenbar in Unkenntnis des zwischenzeitlich erstellten MEDAS-Gutachtens vom 6. Oktober 2011 - gestützt auf die bisherige medizinische Aktenlage des Unfallversicherers fest, das Impingement an der linken Schulter und das chronische lumbospondylogene Syndrom rechts seien ebenso wenig wie die übrigen, anhaltend geklagten Rücken- und Schulterbeschwerden natürlich unfallkausal. Es verneinte organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolgen, welche über den 31. Juli 2009 hinaus einen Anspruch auf Leistungen nach UVG zu begründen vermöchten. Im Übrigen stünden die seither geklagten Beschwerden nach der hier unbestritten anwendbaren sogenannten "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling>) nicht in einem adäquat kausalen Zusammenhang mit dem Unfall vom 24. Juni 2005.
4.2 Demgegenüber hält der Beschwerdeführer die im Zeitpunkt des Erlasses des Einspracheentscheides vom 11. August 2010 massgebende medizinische Aktenlage (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 446 mit Hinweisen) für ungenügend, um gestützt darauf am folgenlosen Fallabschluss per 31. Juli 2009 festzuhalten. Er stellte deshalb schon im vorinstanzlichen Verfahren den Eventualantrag, es sei ein unabhängiges medizinisches Gutachten einzuholen. Vor Bundesgericht ersuchte er darum, es seien der MEDAS Zusatzfragen zur (Teil-)-Unfallkausalität zu unterbreiten. Aus dem MEDAS-Gutachten schliesst der Versicherte, dass er zumindest teilursächlich als natürlich und adäquat kausale Folge des Unfalles vom 24. Juni 2005 anhaltend zu 50 % arbeitsunfähig sei. Die MEDAS-Gutachter hätten zumindest teilweise unfallkausale somatische Befunde erhoben. Diesbezüglich lasse sich die Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin nicht über den Weg der Adäquanzprüfung verneinen. Zudem seien das Cervicobrachialsyndrom und das PHS (Periarthropathia humeroscapularis Syndrom) gemäss MEDAS-Gutachten noch einer weiteren Heilbehandlung zugänglich. Soweit die ab 1. August 2009 fortgesetzt geklagten Beschwerden organisch nicht objektiv ausgewiesen seien, müsse deren Unfalladäquanz nach der Schleudertrauma-Praxis bejaht werden.
5. 5.1 Vorweg ist klarzustellen, dass das MEDAS-Gutachten ausschliesslich im Auftrag der IV-Stelle veranlasst wurde und demzufolge sämtliche im Zusammenhang mit dem von der AXA angestrebten Fallabschluss relevanten unfallversicherungsrechtlichen Fragen betreffend Kausalität (insbesondere: richtunggebende Verschlimmerung des degenerativen Vorzustandes oder nur vorübergehende Verschlimmerung mit Erreichen des Status quo sine), Heilbehandlungsabschluss und allfälligem Anspruch auf Langfristleistungen (Integritätsentschädigung und Invalidenrente nach UVG) nicht Gegenstand der fachärztlichen Erörterungen bildeten. Insofern kommt dem MEDAS-Gutachten hinsichtlich des hier strittigen folgenlosen Fallabschlusses eine sehr beschränkte Aussagekraft zu.
5.2 Sodann ist festzuhalten, dass der Beschwerdeführer laut anamnestischen Angaben in zahlreichen medizinischen Unterlagen wiederholt tatsachenwidrig behauptete, vor dem hier interessierenden, bei der AXA versicherten zweiten Unfall vom 24. Juni 2005 beschwerdefrei gewesen zu sein. Vielmehr stand er seit 15. Juni 2005 wegen chronischer zervikaler Beschwerden beim Chiropraktor Dr. B._ in chiropraktischer und physiotherapeutischer Behandlung, weshalb ihm dieser Therapeut auch bereits ab 15. Juni 2005 - also schon neun Tage vor der zweiten HWS-Distorsion vom 24. Juni 2004 - Arbeitsunfähigkeit bescheinigte. Vor der Behandlung bei Dr. B._ liess sich der Versicherte nach Verordnung des Dr. med. G._ bereits vom 12. Oktober 2004 bis 4. Januar 2005 infolge belastungsabhängiger lumbaler Schmerzen und Schulterverspannungen physiotherapeutisch behandeln. Laut Berichten des medizinischen Zentrums Y._ klagte der Beschwerdeführer schon am 3. Oktober 2004 über eine belastungsbedingt aufgetretene beidseitige Blockade des Iliosakralgelenks und am 29. Mai 2005 über Drehschwindel bei HWS-Syndrom, eine Rotationsblockierung der oberen HWS und einen linksseitigen schmerzhaften Muskelhartspann. Es trifft somit nicht zu, dass der Versicherte - wie er es auch anlässlich der Untersuchungen im Rahmen der MEDAS-Begutachtung behauptete - beim Unfall vom 24. Juni 2005 "voll arbeitsfähig und völlig beschwerdefrei" gewesen war. Jedenfalls vermag er diesbezüglich aus dem im Auftrag der Invalidenversicherung erstellten MEDAS-Gutachten nichts zu seinen Gunsten abzuleiten. Denn entgegen seiner Argumentation vor Bundesgericht vermochten die Gutachter rückwirkend den genauen Zeitpunkt des Eintrittes der von ihnen aus Sicht der Invalidenversicherung zu berücksichtigenden Arbeitsunfähigkeit zeitlich eben gerade nicht am Unfallereignis vom 24. Juni 2005 anzuknüpfen. Zudem hatten sich die MEDAS-Gutachter bisher auftragsgemäss nicht zur Unfallkausalität der untersuchten Gesundheitsstörungen zu äussern.
6. 6.1 Das Bundesgericht hatte die medizinische Aktenlage, welche im Wesentlichen auf der von der AXA nach dem Unfall vom 24. Juni 2005 übernommenen Heilbehandlung sowie auf Arztberichten zum Vorzustand und dessen Behandlung basierte, bereits im Verfahren betreffend Leistungen der Invalidenversicherung unabhängig von der Kausalitätsfrage hinsichtlich der rechtserheblichen Tatsachenfeststellungen zu würdigen und gelangte dabei mit Urteil 8C_420/2010 vom 27. Oktober 2010 E. 4 zur Auffassung, dass der Sachverhalt offensichtlich unrichtig und unvollständig festgestellt sei. Es fehle an einer den praxisgemässen Anforderungen (<ref-ruling> E. 3a S. 352) genügenden (insbesondere neurologischen, rheumatologischen und psychiatrischen) Abklärung aller geklagter Beschwerden unter Mitberücksichtigung der vollständigen medizinischen Aktenlage (einschliesslich der Unterlagen zum ersten Unfall vom 5. Juli 1993). Die geforderte umfassende interdisziplinäre Begutachtung habe durch mit diesen Verletzungsarten (HWS-Distorsionen mit zusätzlichem Einfluss degenerativer Veränderungen an der Wirbelsäule) besonders vertraute Spezialärzte zu erfolgen und den allgemein gültigen Anforderungen an beweiskräftige medizinische Berichte und Gutachten zu entsprechen (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 f., 231 f. E. 5.1; Urteil 8C_65/2010 vom 6. September 2010 E. 3.2).
6.2 Entgegen Verwaltung und Vorinstanz fehlt es auch hinsichtlich der unfallversicherungsrechtlich ausschlaggebenden Fragen (vgl. E. 5.1 hievor) nach dem Kausalzusammenhang der anhaltend über den folgenlosen Fallabschluss per 31. Juli 2009 hinaus geklagten Beschwerden zum Unfall vom 24. Juni 2005 an den erforderlichen rechtserheblichen Tatsachenfeststellungen. Angesichts der aus fachmedizinischer Sicht umstrittenen Kausalitätsbeurteilungen, des erheblichen degenerativen Vorzustandes an der Wirbelsäule sowie der bereits vor dem Unfall vom 24. Juni 2005 vorbestehenden Beschwerdesymptomatik mit Arbeitsunfähigkeit genügt es nicht (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 i.f. S. 470), auf das versicherungsinterne reine Aktengutachten des Dr. med. H._ vom 6. Juli 2009 sowie auf eine allgemeine medizinische Erfahrungstatsache zum Regelverlauf des Heilungsprozesses nach HWS-Distorsion bei vorbestehenden degenerativen Erkrankungen der Wirbelsäule zu verweisen (Urteil 8C_476/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 7.2.4 mit Hinweisen). Dem kantonalen Gericht ist unter den gegebenen Umständen nicht beizupflichten, soweit es mit angefochtenem Entscheid die Auffassung vertrat, mit Blick auf die genannte Erfahrungstatsache seien von weiteren spezialmedizinischen Erhebungen keine entscheidrelevanten neuen Aufschlüsse zu erwarten. Denn in Bezug auf die bei Fallabschluss bekannten und darüber hinaus geklagten Beschwerden (vgl. dazu zum Beispiel den Bericht des Spitals Z._ vom 23. Juni 2009 sowie das MEDAS-Gutachten S. 32 f.) ist weder allein gestützt auf das reine Aktengutachten des Dr. med H._ noch basierend auf der erwähnten Erfahrungstatsache darauf zu schliessen, dass sich unter den diagnostizierten Gesundheitsstörungen mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit keine organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden finden, welche aufgrund eines zumindest teilweise natürlich kausalen Zusammenhangs mit dem Unfall vom 24. Juni 2005 vorübergehend stärker symptomatisch oder gar richtunggebend verschlimmert wurden. Diese Fragestellung war bisher im Rahmen der umfassenden interdisziplinären Begutachtung nicht Gegenstand der medizinisch fachärztlichen Untersuchungen. Zudem empfahlen die MEDAS-Gutachter - ohne sich bisher zur Kausalität dieses Gesundheitsschadens geäussert zu haben - weitergehende Abklärungen (in Bezug auf eine allfällige Indikation zur operativen Sanierung) der Impingementsymptomatik an der linken Schulter, da diese mit dem seit Jahren geklagten Zervikobrachialsyndrom interferiere.
6.3 Die Sache ist deshalb unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-ruling> E. 4.4.1.4 S. 264), damit sie bei der MEDAS unter Bereitstellung der vollständigen Aktenlage zu beiden Unfällen von 1993 und 2005 die relevanten Fragen (vgl. E. 5.1 hievor) im Zusammenhang mit dem von der Beschwerdegegnerin angestrebten folgenlosen Fallabschluss per 31. Juli 2009 abklären lasse. Sollten aus fachärztlicher Sicht der MEDAS-Gutachter organisch objektiv ausgewiesene, (zumindest teilweise) natürlich kausale Folgen des Unfalles vom 24. Juni 2005 per 31. Juli 2009 nicht mit dem erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit auszuschliessen sein, wird die Vorinstanz die Sache zur weiteren Leistungsfestsetzung unter Beachtung von <ref-law> an die AXA zurückweisen.
6.4 Steht aus medizinischer Sicht nach Abschluss der ausstehenden Abklärungen mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit fest, dass der Versicherte ab 31. Juli 2009 nicht mehr an unfallkausalen, organisch objektiv ausgewiesenen Beschwerden litt, bleibt es hinsichtlich der ab 1. August 2009 geklagten Beschwerden organisch nicht objektivierbarer Natur bei der vom kantonale Gericht mit angefochtenem Entscheid zu Recht verneinten Unfalladäquanz dieser Beeinträchtigungen. Dies aus folgenden Gründen:
6.4.1 Mit Verwaltung und Vorinstanz ist der hier zur Diskussion stehende Auffahrunfall vom 24. Juni 2005 mit einer unbestrittenen, durch den Heckanstoss bedingten Geschwindigkeitsänderung (Delta-v) von 10-13 km/h unter den gegebenen Umständen als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Ereignissen zu qualifizieren, so dass praxisgemäss für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs vier Kriterien erfüllt sein müssen, sofern nicht einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind (SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100, 8C_897/2009 E. 4.5 mit Hinweisen).
6.4.2 Besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalles sind unbestritten zu verneinen.
6.4.3 Nicht erfüllt ist auch das Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hätte. Entgegen dem Versicherten finden sich weder im angeführten Verweis auf das MEDAS-Gutachten noch in den übrigen Akten Anhaltspunkte für eine solche Fehlbehandlung mit entsprechenden Auswirkungen.
6.4.4 Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden - welche im Rahmen der spezifischen Adäquanzkriterien zu berücksichtigen sind - darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden; es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1 mit Hinweisen). Solche Gründe legt der Beschwerdeführer nicht dar. Die von ihm angeführten Umstände sind vielmehr im Rahmen der spezifischen Adäquanzkriterien zu prüfen. Ein schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen sind zu verneinen.
6.4.5 Zwar verweist der Versicherte mit Blick auf das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit auf die Tatsache, dass er trotz anhaltender Arbeitsunfähigkeit von 50 % zunächst solange weitergearbeitet habe, bis ihm die angestammte Stelle gekündigt worden sei. Dass er dabei in Nachachtung der ihm obliegenden Schadenminderungspflicht eine übermässige Anstrengung unternommen hätte, welche ihm nach ärztlicher Einschätzung nicht ohnehin zumutbar war (vgl. Urteil 8C_369/2007 vom 6. Mai 2008 E. 4.3.2), wird nicht geltend gemacht. Das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit ist nicht erfüllt.
6.4.6 Obwohl der Beschwerdeführer schon vor dem Unfall vom 24. Juni 2005 an erheblichen Beschwerden litt und deswegen arbeitsunfähig war (vgl. E. 5.2 hievor), ist nicht daran zu zweifeln, dass er nach diesem Unfall durch einen starken Schmerzschub von unbekannter Dauer zusätzlich beeinträchtigt war. Das Kriterium ist aufgrund der dokumentierten Umstände mit dem Versicherten als erfüllt anzunehmen, aber nicht in besonders ausgeprägter Form, da er abgesehen von wenigen stationären Rehabilitationsaufenthalten und dem ersten Monat nach dem Unfall zu 50 % arbeitsfähig blieb sowie kurze Spaziergänge zu unternehmen und einfache Haushaltsarbeiten zu verrichten vermochte (vgl. Urteil 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.4 mit Hinweisen). Ob es sich bei den gesundheitsbedingten Beeinträchtigungen, wie von der Beschwerdegegnerin moniert, zur Hauptsache um unfallfremde Beschwerden handelt, kann dahingestellt bleiben (vgl. Urteil 8C_31/2008 vom 2. Juli 2008 E. 5.2.1.2).
6.4.7 Gemäss <ref-ruling> genügt die Annahme eines HWS-Schleudertraumas für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der dafür typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06, E. 5.3; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04, E. 5.2.3 mit Hinweisen). Eine HWS-Distorsion, welche eine bereits durch einen früheren versicherten Unfall erheblich vorgeschädigte HWS betrifft, ist demnach speziell geeignet, die typischen Symptome hervorzurufen, und deshalb als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren (SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1, U 39/04 E. 3.4.2). Fest steht, dass es beim zweiten Unfall mit HWS-Distorsion zu einer Verstärkung der Symptomatik kam (vgl. Urteil 8C_266/2008 vom 22. August 2008 E. 4.2.3). Das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung ist mit Verwaltung und Vorinstanz als in einfacher Form erfüllt zu qualifizieren.
6.4.8 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist, ob nach dem Unfall bis zum Fallabschluss eine fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende Behandlung notwendig war (<ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128). Die Behandlung bestand unmittelbar nach der zweiten HWS-Distorsion vom 24. Juni 2005 in erster Linie in ambulanten, physiotherapeutischen und chiropraktischen Massnahmen. Eine Behandlungsbedürftigkeit (in Form medikamentöser Schmerz- und Physiotherapie) während zwei bis drei Jahren nach einem HWS-Schleudertrauma respektive äquivalenten Verletzungen mit ähnlichem Beschwerdebild ist durchaus üblich (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.2.4 in fine, U 380/04; Urteil 8C_402/2007 vom 23. April 2008, E. 5.2.3). Auch Begutachtungen, manualtherapeutische und medikamentöse Behandlung sowie Verlaufskontrollen vermögen dieses Kriterium nicht zu erfüllen (Urteile 8C_614/2007 vom 10. Juli 2008 E. 5.2.2 und 8C_500/2007 vom 16. Mai 2008 E. 5.4). Abgesehen vom knapp sechswöchigen Aufenthalt in der Rehaklinik X._ ein Jahr nach dem Unfall war der Beschwerdeführer zusätzlich noch zweimal gut eine Woche zur stationären Rehabilitation hospitalisiert. Infiltrationen erfolgten ambulant.
6.4.9 Auch wenn das zuletzt genannte Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung (E. 6.4.8 hievor) unter den gegebenen Umständen als drittes Adäquanzkriterium in allenfalls nicht besonders ausgeprägter Form als erfüllt anerkannt werden könnte, bleibt es dabei, dass Verwaltung und Vorinstanz die Unfalladäquanz der über den 31. Juli 2009 hinaus geklagten, organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beeinträchtigungen praxisgemäss angesichts von bloss drei erfüllten Kriterien (vgl. E. 6.4.1 i.f.) zu Recht verneint haben.
6.5 Zusammenfassend ist demnach festzuhalten, dass sich die zusätzlich erforderlichen Abklärungen (vgl. E. 6.3 f.) auf organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden beschränken.
7. Die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht oder an den Versicherungsträger zur erneuten Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt praxisgemäss (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235 mit Hinweisen) für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung grundsätzlich als volles Obsiegen im Sinne von Art. 86 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie überhaupt beantragt, oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder Eventualantrag gestellt wird (Urteil 8C_956/2011 vom 20. Juni 2012 E. 6 mit Hinweisen). Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG) von der AXA als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>). Dem Beschwerdeführer als aufgrund der angeordneten Rückweisung obsiegenden Partei (<ref-ruling> E. 6.2) steht gegenüber der AXA eine Parteientschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 16. Februar 2012 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Oktober 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Hochuli