Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf Krankentaggeld (Art. 67 und 72 KVG) und die Bindungswirkung eines Rückweisungsentscheides (<ref-ruling> Erw. 1a mit Hinweis, 117 V 241 Erw. 2a; RKUV 1999 Nr. U 331 S. 127 Erw. 2) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
2.- a) Streitig ist vorliegend der Anspruch des Beschwerdegegners auf Taggelder für die Zeit vom 1. Februar 1998 bis 14. Januar 1999.
b) Entgegen der Auffassung der Concordia ist dem unangefochten in Rechtskraft erwachsenen kantonalen Rückweisungsentscheid vom 6. November 1998 klar zu entnehmen, dass die Arbeitsunfähigkeit des Versicherten vom 6. Januar 1997 mindestens bis zum Zeitpunkt dieses Entscheids dauerte; eine Rückweisung erfolgte, weil nicht genügend erstellt war, ob der Beschwerdegegner dauernd arbeitsunfähig bleibt (Erw. 2c/cc), und die Vorinstanz somit die Frage der Zumutbarkeit der Aufnahme einer anderen als der angestammten Tätigkeit im Sinne der Schadenminderung nicht beurteilen konnte (Erw. 2c/dd). Die Concordia wäre somit gehalten gewesen, abzuklären, ob die Arbeitsunfähigkeit des Versicherten von derart langer Dauer war, dass ihm unter Berücksichtigung seines Alters, seiner Ausbildung, der Dauer der bisherigen Erwerbstätigkeit, der Verbundenheit mit dem Beruf und des Gesundheitszustandes zuzumuten wäre, eine andere Arbeit aufzunehmen; gegebenenfalls hätte sie dann einen Einkommensvergleich vornehmen müssen, um festzustellen, ob er in dieser anderen Tätigkeit nicht mehr als die Hälfte des bisherigen Verdienstes erzielen würde, in welchem Falle er weiterhin Anspruch auf (teilweise) Krankentaggelder hätte (<ref-ruling>; RKUV 1998 Nr. KV 45 S. 430). Die mindestens bis zum Zeitpunkt des Entscheids anhaltende Arbeitsunfähigkeit war jedoch für die Concordia eine auf Grund der Rechtskraft des Rückweisungsentscheides vom 6. November 1998 verbindliche Feststellung, welche sie nicht mehr in Frage stellen durfte. Der Beschwerdegegner hat demzufolge Anspruch auf Krankentaggelder vom 1. Februar 1998 bis 6. November 1998.
c) Mit der Vorinstanz ist davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner auch nach Erlass des Entscheides vom 6. November 1998 bis zur Wiederaufnahme seiner selbstständigen Erwerbstätigkeit am 15. Januar 1999 arbeitsunfähig war. Die Concordia hat dem Versicherten somit auch für die Zeit vom 7. November 1998 bis 14. Januar 1999 Krankentaggelder auszurichten.
3.- Der obsiegende Beschwerdegegner verlangt für das Verfahren vor Eidgenössischem Versicherungsgericht eine Parteientschädigung. Dieses Begehren beurteilt sich nach Art. 159 f. OG in Verbindung mit den Tarifen über die Entschädigungen an die Gegenpartei für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht vom 16. November 1992 bzw. dem Bundesgericht vom 9. November 1978.
Der Versicherte ist nicht vertreten, weshalb eine Entschädigung im Sinne des Art. 2 des Tarifs des Eidgenössischen Versicherungsgerichts (Anwaltshonorar) entfällt. Gemäss Art. 2 Abs. 1 des Bundesgerichtstarifs umfasst die Parteientschädigung den Ersatz der Auslagen. Er wird einer Partei ohne Vertreter in der Regel praxisgemäss nur zugesprochen, wenn die Aufwendungen erheblich und nachgewiesen sind. Letzteres trifft im vorliegenden Fall nicht zu. Ferner ist nach der Rechtsprechung für persönlichen Arbeitsaufwand und Umtriebe (vgl. Art. 2 Abs. 2 des Bundesgerichtstarifs) einer unvertretenen Partei grundsätzlich keine Parteientschädigung zu gewähren, ausser wenn besondere Verhältnisse vorliegen. Hiezu ist u.a. vorausgesetzt, dass die Interessenwahrung einen Arbeitsaufwand erfordert, welcher die normale (z.B. erwerbliche) Betätigung während einiger Zeit erheblich beeinträchtigt (<ref-ruling> Erw. 7, 135). Diese Voraussetzung kann beim Beschwerdegegner ebenfalls nicht als erfüllt betrachtet werden. Da zudem keine erheblichen Auslagen ausgewiesen sind, besteht auch kein Anspruch auf Auslagenersatz (<ref-ruling>, 136).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Begehren des Beschwerdegegners um Zusprechung einer Parteientschädigung wird abgewiesen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 18. Mai 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: