Sachverhalt:
A. Mit Anklageschrift vom 16. August 2005 erhob die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat Anklage gegen A._ unter anderem wegen folgender Handlungen:
A.a Gewerbsmässiger Betrug / Urkundenfälschung:
Ab Juni 2002 begann sich der Angeklagte in seiner Funktion als Vizedirektor der X._ Bank und Kundenbetreuer am Vermögen der Kunden zu vergreifen. In den meisten Fällen spiegelte er den Mitarbeitern im Zahlungsverkehr oder an der Kasse vor, der von ihm betreute Privatkunde habe telefonisch einen Vergütungsauftrag zu Lasten seines Kontos erteilt, der ausgeführt werden müsse, obschon in Tat und Wahrheit nie ein solcher Auftrag erteilt worden war. Damit der Angeklagte die unrechtmässigen Transaktionen überhaupt auslösen konnte, musste er via interner Post Dutzende Vergütungs- und Zahlungsaufträge sowie Kassenbelege fälschen. Mit diesen Urkunden täuschte er die Bankangestellten über die tatsächlichen Abläufe hinweg. Die Mitarbeiter veranlassten so zu Lasten der Kunden bzw. zum Nachteil der X._ Bank Überweisungen zu Gunsten des Angeklagten, womit er sich oder andere im Umfang von ca. Fr. 14.5 Millionen unrechtmässig bereicherte.
A.b Veruntreuung zum Nachteil von C._:
Am 26. Juli 2002 schloss der Angeklagte einen Darlehensvertrag mit C._ über den Betrag von Euro 97'549.86. Dabei gab er der Darlehensgeberin an, er sei in der Lage, das Geld während eines Jahres zu einem Zins von 15 %, mit Verlängerungsoption zu einem Zins von 8 %, anzulegen. Statt das erhaltene Darlehen vereinbarungsgemäss anzulegen, behielt er das Geld für sich, um es in seinem persönlichen Interesse zu verwenden, wobei er keine hinreichend begründete Aussicht hatte, das Geld zurückzubezahlen. Ein Jahr nach Erhalt des Darlehens verschlimmerte sich seine finanzielle Lage weiter. Anstelle einer Rückzahlung machte er der Darlehensgeberin ein Investment in das Produkt D._ Investment bei der Firma E._ schmackhaft. Es wurde vereinbart, die fälligen Darlehenszinsen zum Kapital zu schlagen bzw. dieses auf Euro 100'000.-- aufzustocken und den Rest an die Darlehensgeberin auszuzahlen. Da der Angeklagte nicht in der Lage war, das versprochene D._ Investment für C._ zu tätigen, belastete er kurzerhand das Konto eines unbeteiligten Bankkunden mit Euro 100'000.-- und überwies den Betrag an die E._ mit dem Verwendungszweck "a/c C._".
A.c Veruntreuung zum Nachteil von B._:
Auch B._ war am Finanzprodukt D._ Investment interessiert, welches der Angeklagte propagiert hatte. Er übergab ihm am 18. September 2003 in den Räumlichkeiten der X._ Bank den Betrag von Euro 100'000.-- in bar, worauf der Angeklagte den Erhalt in eigenem Namen quittierte. Statt den Betrag vereinbarungsgemäss anzulegen, verwendete er das Geld in seinem persönlichen Interesse. Um seiner Verpflichtung gegenüber B._ doch noch nachzukommen, belastete der Angeklagte kurzerhand das Konto eines weiteren unbeteiligten Kunden mit Euro 100'000.-- und transferierte den Betrag an die E._ mit dem Verwendungszweck "Hr. B._".
B. Das Bezirksgericht Zürich sprach mit Urteil vom 25. November 2005 A._ des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen Veruntreuung sowie der mehrfachen Urkundenfälschung schuldig und verurteilte ihn zu drei Jahren Zuchthaus. Es nahm ferner davon Vormerk, dass A._ die Schadenersatzbegehren u.a. von C._ und B._ anerkannt hatte. Das Schadenersatzbegehren der X._ Bank verwies es vollumfänglich auf den Weg des ordentlichen Zivilprozesses.
Schliesslich befand das Bezirksgericht über die mit Verfügung der damaligen Bezirksanwaltschaft Zürich am 25. Februar 2004 gesperrten Konten bei der F._. Es beschloss, sämtliche Vermögenswerte in der Höhe von Euro 100'000.-- auf dem Konto Nr. XXXXXXXX (Rubrik "C._") würden eingezogen und nach Eintritt der Rechtskraft der Geschädigten X._ Bank zu unbeschwertem Eigentum herausgegeben. In genau gleichem Sinn befand es über die Vermögenswerte auf dem Konto Nr. YYYYYYYY (Rubrik "B._").
C. Das Obergericht des Kantons Zürich stellte mit Entscheid vom 3. Juli 2007 fest, dass der Schuldspruch sowie die Vormerknahme betreffend die Schadenersatzbegehren in Rechtskraft erwachsen sind. Es bestrafte A._ mit drei Jahren Freiheitsstrafe, unter Gewährung des teilbedingten Strafvollzugs, und verpflichtete ihn, der Geschädigten X._ Bank Fr. 8'702'750.85 zu bezahlen.
Mit Beschluss gleichen Datums hob das Obergericht die mit Verfügung der damaligen Bezirksanwaltschaft Zürich vom 25. Februar 2004 angeordnete Sperre der Konten Nr. XXXXXXXX (Rubrik "C._") und Nr. YYYYYYYY (Rubrik "B._") auf und gab die beschlagnahmten Vermögenswert in der Höhe von je Euro 100'000.-- frei (Ziff. 1 und 2 des Beschlusses).
D. Die X._ Bank führt gegen den Beschluss des Obergerichts vom 3. Juli 2007 Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, Ziff. 1 und 2 des angefochtenen Beschlusses seien aufzuheben und ihr sämtliche auf den beiden Konten befindlichen Vermögenswerte zu unbeschwertem Eigentum herauszugeben.
Die Oberstaatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Zürich sowie A._ verzichten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. B._ und C._ lassen sich mit dem Antrag auf Abweisung der Beschwerde vernehmen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Der Begriff "Entscheide in Strafsachen" umfasst sämtliche Entscheidungen, denen materielles Strafrecht oder Strafprozessrecht zu Grunde liegt. Mit anderen Worten kann grundsätzlich jeder Entscheid, der die Verfolgung oder Beurteilung einer Straftat betrifft und sich auf Bundesrecht oder kantonales Recht stützt, mit der Beschwerde in Strafsachen angefochten werden. Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Freigabe einer strafprozessualen Beschlagnahme bzw. Kontosperre in einem Strafurteil. Die Beschwerde in Strafsachen ist insoweit gegeben.
1.2 Die Vorinstanz hat als Rechtsmittelinstanz kantonal letztinstanzlich entschieden. Es handelt sich bei ihr um ein oberes kantonales Gericht. Die Beschwerde ist somit nach <ref-law> zulässig.
1.3 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>, mit welchem das kantonale Verfahren sowohl im Schuld- und Strafpunkt wie auch im Einziehungspunkt definitiv und endgültig zum Abschluss kommt. Die Beschwerde richtet sich mithin gegen ein taugliches Anfechtungsobjekt.
1.4 Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; und b) ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat, insbesondere die in Ziff. 1-6 genannten Personen. Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzliche Verfahren als Geschädigte teilgenommen. Sie fällt indessen unter keine der in Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 1-6 BGG ausdrücklich genannten Beschwerdeberechtigten, namentlich ist sie nicht Opfer im Sinne von Art. 2 Abs. 1 des Opferhilfegesetzes bzw. Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG. Es stellt sich daher die Frage, ob sie ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat.
Die Liste gemäss <ref-law> ist, wie sich aus dem Wort "insbesondere" ergibt, nicht abschliessend (<ref-ruling> E. 2.3 S. 230 mit Hinweis). Nach der Rechtsprechung ist der Geschädigte, dem keine Opferstellung zukommt, zur Beschwerde in Strafsachen nicht legitimiert, soweit es um den staatlichen Strafanspruch geht. Dieser steht dem Staat zu. Der Geschädigte hat an der Bestrafung des Täters nur ein tatsächliches und kein rechtlich geschütztes Interesse (<ref-ruling> E. 2).
Der Beschwerdeführerin geht es jedoch nicht um den Strafpunkt. Sie wendet sich ausschliesslich gegen die Aufhebung der Kontosperre und verlangt, die beschlagnahmten Vermögenswerte seien ihr in Anwendung von <ref-law> (bzw. Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB) herauszugeben. Diese Bestimmungen - in ähnlicher Weise auch <ref-law> (bzw. Art. 60 Abs. 1 aStGB) - gewähren den Geschädigten, soweit die darin genannten Voraussetzungen erfüllt sind, ein Recht auf Zusprechung eingezogener Vermögenswerte (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 100). Mit Blick darauf ist ein rechtlich geschütztes Interesse der Beschwerdeführerin an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu bejahen. Die Beschwerdelegitimation ist somit gegeben.
1.5 Da auch die übrigen Beschwerdevoraussetzungen erfüllt sind, die Beschwerde insbesondere unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) eingereicht wurde, ist auf sie einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde vorgetragene Begründung der Rechtsbegehren noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde mithin auch aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von den rechtlichen Überlegungen der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht darf indes nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>).
2.2 Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, die Voraussetzungen für eine Einziehung gemäss <ref-law> bzw. Art. 59 Ziff. 1 aStGB seien nicht erfüllt und die gesperrten Konten daher freizugeben. Sie begründet ihren Entscheid im Wesentlichen wie folgt: Auszugehen sei von den zwei betrügerischen und damit deliktischen Überweisungen von je Euro 100'000.-- auf ein Konto der E._ bei der F._, wie sie in der Anklageschrift umschrieben und vom Angeklagten eingestanden worden sei. Bei der E._ handle es sich um eine Drittperson und Hinweise, dass sie am Delikt beteiligt oder bösgläubig gewesen sei, lägen keine vor. Die erste Überweisung sei im Namen der Geschädigten C._ erfolgt und habe der Erfüllung des Treuhandvertrags zwischen ihr und der E._ gedient. Danach sei die E._ verpflichtet gewesen, im eigenen Namen, aber auf Rechnung der Treugeberin die Vermögenswerte bei D._ Investment zu investieren. Mit der schriftlichen Bestätigung der E._ an die Geschädigte, sie habe den Betrag von Euro 100'000.-- gemäss deren Investitionsinstruktionen an die D._ Investment Ltd. überwiesen, habe sich die E._ einerseits im Umfang der getätigten Investition verpflichtet, und anderseits zugleich den Angeklagten von der Rückzahlungspflicht gegenüber C._ befreit. Diese sei gutgläubig und habe faktisch insofern eine gleichwertige Gegenleistung erbracht, als ihre Rückzahlungsforderung gegen den Angeklagten mit der Überweisung getilgt worden sei. Ebenso, aber noch eindeutiger verhalte es sich beim Geschädigten B._, der dem Angeklagten den Geldbetrag in bar übergeben habe.
2.3 Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die Kontoguthaben seien zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ihr als Geschädigten im Sinne von <ref-law> bzw. Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB herauszugeben. Gemäss eingestandenem Sachverhalt habe der Angeklagte die Darlehenshingabe der Privatpersonen C._ und B._ veruntreut, indem er die Gelder, statt sie vereinbarungsgemäss anzulegen, in seinem persönlichen Interesse verwendet habe. Um seinen Verpflichtungen später doch noch nachzukommen, habe er unrechtmässig die Konten zweier unbeteiligter Kunden der Beschwerdeführerin mit je Euro 100'000.-- belastet und die Beträge an die Gesellschaft E._ überwiesen. Die aus der Straftat stammenden Vermögenswerte seien auf den gesperrten Konten noch vorhanden, wobei es sich um unechte Surrogate der vom Angeklagten betrügerisch erlangten Kundengelder handle. Im Gegensatz dazu habe der Angeklagte die von den Privatpersonen empfangenen Gelder nachweislich verbraucht.
Bezüglich der Veruntreuungshandlungen des Angeklagten seien allenfalls die Privatpersonen C._ und B._ als Geschädigte zu betrachten. Die darauf folgenden Betrugshandlungen seien jedoch zu Lasten der Beschwerdeführerin gegangen, da die Einzahlungen an die E._ von Kundenkonten stammten, die der Angeklagte unrechtmässig belastet habe. Die Beschwerdeführerin sei dadurch am Vermögen geschädigt worden, da sie für den Schaden ihrer Bankkunden aufzukommen habe. Der Schaden sei bereits entstanden, als der Angeklagte die Vermögenswerte abdisponiert habe und aufgrund seiner Eigenschaft als Hilfsperson die Beschwerdeführerin aus dem Girovertrag bzw. dem Vermögensverwaltungsvertrag (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) gegenüber den geschädigten Kunden haftbar geworden sei. Sie habe sämtliche Bankkunden schadlos gehalten.
Wie die erste kantonale Instanz richtig erkannt habe, seien die Privatpersonen C._ und B._ nicht nach <ref-law> (bzw. Art. 59 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB) zu schützen. Diese Bestimmung sei nur auf den nachträglich, also nach der Straftat, erwerbenden Dritten anwendbar. Die Darlehenshingaben seien aber - wenn man diese überhaupt als Gegenleistung betrachten wollte - unbestrittenermassen vor der strafbaren Handlung des Angeklagten erbracht worden. Auch eine Forderung der Privatpersonen gegen die Gesellschaft E._ wäre nicht zu schützen, da es einen gutgläubigen Erwerb von Forderungen nicht gebe. Aus diesen Gründen habe die Vorinstanz die bundesrechtlichen Bestimmungen über die Einziehung verletzt.
3. 3.1 Mit der Revision des Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches vom 13. Dezember 2002, in Kraft seit 1. Januar 2007 (AS 2006 S. 3459), sind die Bestimmungen über die Einziehung neu geordnet worden. Der hier zu beurteilende Einziehungsvorgang ereignete sich vor dem Inkrafttreten des revidierten Rechts. Die Beurteilung ist somit in Anwendung von <ref-law> nach altem Recht vorzunehmen.
3.2 Gemäss <ref-law> verfügt der Richter die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine strafbare Handlung erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, eine strafbare Handlung zu veranlassen oder zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden (Ausgleichseinziehung). Sinn und Zweck der Einziehung besteht im Ausgleich deliktischer Vorteile (<ref-ruling> E. 2.2.4 S. 327 mit Hinweisen; Florian Baumann, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch I, Basel 2003, Art. 59 N. 3; vgl. auch Niklaus Schmid, Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen und Geldwäscherei, Bd. I, Zürich 1998, Art. 59 N. 10). Die Einziehungsbestimmungen wollen verhindern, dass der Täter - der Begünstigte oder, unter Vorbehalt von <ref-law>, auch ein Dritter (Baumann, a.a.O., Art. 59 N. 46/47) - im Genuss eines durch eine strafbare Handlung erlangten Vermögensvorteils bleibt. Strafbares Verhalten soll sich nicht lohnen. Deliktisch erlangte Vermögenswerte werden daher abgeschöpft (<ref-ruling> E. 2.2.4, S. 327; <ref-ruling> E. 2 a/aa; <ref-ruling> E. 2a, je mit Hinweisen).
3.3 Bei Delikten gegen Individualinteressen ist die Einziehung von Vermögenswerten allerdings nur zulässig, wenn diese nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden (Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 letzter Satzteil StGB). Verletzter im Sinne dieser Bestimmung ist der strafrechtlich Geschädigte, also diejenige Person, welcher durch das eingeklagte strafbare Verhalten unmittelbar ein Schaden zugefügt wurde oder zu erwachsen drohte. Das ist in der Regel der Träger des Rechtsgutes, welches durch die fragliche Strafbestimmung vor Verletzung oder Gefährdung geschützt werden soll (vgl. <ref-ruling> E. 2a).
Die Bestimmung von Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 letzter Satzteil StGB will dem Verletzten die ihm entzogenen Vermögenswerte direkt, d.h. ohne Einziehung und ohne Umweg über die Verwendung eingezogener Vermögenswerte zu Gunsten des Geschädigten gemäss <ref-law> wieder verschaffen. Der Rückerstattungsanspruch des Verletzten geht der Einziehung von Vermögenswerten vor, der Staat soll sich nicht zu Lasten der strafrechtlich Geschädigten bereichern. Die Einziehung erfolgt bei Eigentums- und Vermögensdelikten somit im Interesse des Geschädigten (<ref-ruling> E. 2.2.4 S. 327 f. mit Hinweisen; Schmid, a.a.O., Art. 59 N. 66/70).
Der Rückerstattungsanspruch bezieht sich in erster Linie auf direkt aus dem Vermögen eines Geschädigten stammende Deliktsgegenstände und zielt insofern auf eine Wiederherstellung absoluter Rechte ab (Rückgabe des gestohlenen Deliktsguts; für eine Beschränkung auf diese rein dingliche Betrachtungsweise Baumann, a.a.O. Art. 59 N. 42 ). Daneben kommen für eine direkte Herausgabe auch weitere Vermögenswerte in Betracht wie Bargeld, Guthaben oder andere Forderungen unter Einschluss unechter Surrogate, soweit jedenfalls die Herkunft der beschlagnahmten Vermögenswerte und deren Bewegungen klar festgestellt sind (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 374 f.; ferner <ref-ruling> E. 3 c/cc S. 106 f.; Schmid, a.a.O., Art. 59 N. 70).
3.4 Im zu beurteilenden Fall ist unbestritten, dass die Guthaben auf den gesperrten Konten auf die betrügerisch veranlassten Überweisungen des Angeklagten zurückgehen und damit Deliktserlös darstellen. Die Überweisungen erfolgten zu Lasten unbeteiligter Kunden der Beschwerdeführerin. Unmittelbar geschädigt durch die Betrugshandlungen des Angeklagten sind somit die Bankkunden, in deren Forderungszuständigkeit eingegriffen wurde, und nicht etwa die beschwerdeführende Bank. Denn Guthaben auf Kundenkonten der Bank sind nicht als bankeigenes, sondern bankfremdes Vermögen zu betrachten. Zwar ist der Beschwerdeführerin durch die betrügerischen Machenschaften des Angeklagten ebenfalls ein Schaden entstanden, nämlich insofern, als sie aufgrund der vertraglichen Beziehung zu den Direktgeschädigten ihnen gegenüber haftbar wurde (sog. Haftungsinteresse). Dieser Vermögensschaden ergibt sich jedoch als blosser Reflex und besteht darin, dass das Vermögen der Bank mit Schadenersatzansprüchen der Bankkunden belastet wurde. Als indirekt Geschädigte ist die Beschwerdeführerin aber nicht Verletzte und steht ihr kein Rückerstattungsanspruch im Sinne von Art. 59 Ziff. 1 Abs. 1 letzter Satzteil StGB zu. Eine direkte Aushändigung der beschlagnahmten Vermögenswerte nach Massgabe der zitierten Bestimmung fällt deshalb ausser Betracht.
Demzufolge unterliegen die deliktischen Vermögenswerte grundsätzlich der Einziehung, es sei denn, der Einziehung stehe ein geschützter Dritterwerb im Sinne von <ref-law> entgegen, wie das die Vorinstanz annimmt.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> ist die Einziehung ausgeschlossen, wenn ein Dritter die Vermögenswerte in Unkenntnis der Einziehungsgründe erworben hat und soweit er für sie eine gleichwertige Gegenleistung erbracht hat oder die Einziehung ihm gegenüber sonst eine unverhältnismässige Härte bedeuten würde. Als Dritterwerber im Sinne von <ref-law> gilt diejenige natürliche oder juristische Person, die einen konkreten deliktisch erlangten Vermögenswert nach der Tat erwirbt. Der Dritterweber ist somit weder Täter noch Direktbegünstigter, sondern erwirbt die Vermögenswerte von diesen im Rahmen eines Rechtsübergangs ohne Konnex zur Tathandlung (Baumann, a.a.O., Art. 59 N. 47).
Der Schutz des Dritterwerbs umfasst - der zivilrechtlichen Regelung folgend - zunächst dingliche Rechtspositionen, darüber hinaus aber auch die dem Eigentumsrecht angenäherten Verfügungsrechte (z. B. über Kontoguthaben; Schmid, a.a.O., Art. 59 N. 81). Vorab geschützt ist der Erwerb von Vermögenswerten im Rahmen synallagmatischer Rechtsgeschäfte. Nach Schmid soll auch derjenige gutgläubige Leistungsempfänger geschützt sein, der den Vermögenswert zur Abgeltung einer Verpflichtung, z.B. als angemessene vertragliche Gegenleistung, als familienrechtlicher Unterhaltsbeitrag oder als öffentlichrechtliche Leistung empfängt. Dieser Auffassung zufolge, die von einer Gesetzeslücke ausgeht, wären offenbar auch Dritterwerber geschützt, welche die Vermögenswerte nicht als Entgelt für eine synallagmatische Gegenleistung (gestützt auf ein und denselben Vertrag), sondern zur Tilgung eines anderweitigen Zahlungsanspruchs entgegennimmt (vgl. Schmid, a.a.O., Art. 59 N. 89).
4.2 Aufgrund der tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz steht fest, dass die beiden vom Angeklagten veranlassten Überweisungen je eine Gutschrift von Euro 100'000.-- auf einem Konto der Treuhandgesellschaft E._ zur Folge hatten. Die Vorinstanz bejaht einen Dritterwerb durch die E._, ohne sich allerdings zum Erwerbsgrund näher zu äussern. Die erforderliche Gegenleistung für die Gutschriften sieht sie einerseits in der Verpflichtung der E._, die Gelder auf Rechnung der ursprünglich durch Veruntreuung Geschädigten C._ bzw. B._ zu investieren, und andererseits darin, dass der Angeklagte ihnen gegenüber von seiner "Rückzahlungspflicht" befreit worden sei.
4.2 Aufgrund der tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz steht fest, dass die beiden vom Angeklagten veranlassten Überweisungen je eine Gutschrift von Euro 100'000.-- auf einem Konto der Treuhandgesellschaft E._ zur Folge hatten. Die Vorinstanz bejaht einen Dritterwerb durch die E._, ohne sich allerdings zum Erwerbsgrund näher zu äussern. Die erforderliche Gegenleistung für die Gutschriften sieht sie einerseits in der Verpflichtung der E._, die Gelder auf Rechnung der ursprünglich durch Veruntreuung Geschädigten C._ bzw. B._ zu investieren, und andererseits darin, dass der Angeklagte ihnen gegenüber von seiner "Rückzahlungspflicht" befreit worden sei.
4.3 4.3.1 Die Vorinstanz nimmt zutreffend an, dass ein Vermögenserwerb von C._ bzw. B._ in eigener Person ausser Betracht fällt. Weder ist festgestellt noch auszumachen, dass ihnen ein dem Eigentumsrecht angenähertes Verfügungsrecht über die Kontoguthaben zustünde. Die Rechtszuständigkeit daran liegt allein bei der E._. In Frage steht daher nur, ob die Treuhandgesellschaft die Vermögenswerte gestützt auf ein Rechtsgeschäft erworben hat. In dieser Hinsicht ist zunächst festzuhalten, dass sich die Überweisung jedenfalls nicht auf einen Rechtsgrund im Verhältnis zum Angeklagten zurückführen lässt. Anhaltspunkte dafür, dass zwischen ihm und der E._ überhaupt ein vertragliches Verhältnis bestanden habe, sind dem angefochtenen Entscheid nicht zu entnehmen. Daher ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Treuhandgesellschaft gegen den Angeklagten einen Zahlungsanspruch gehabt hätte bzw. als Gegenleistung verpflichtet gewesen wäre, ihn von einer Verbindlichkeit zu befreien. Vielmehr war die E._ aus der deliktischen Vermögensverschiebung Direktbegünstigte. Insoweit kann sie nicht Dritterwerberin im Sinne von <ref-law> sein.
4.3.2 Die Vorinstanz scheint die (Gegen-)Leistung für die Zuwendung allerdings in einem Dreiecksverhältnis zu sehen, jedenfalls was die Überweisung im Namen von C._ betrifft. Im Rahmen etwa einer Anweisung auf Schuld (<ref-law>) wäre grundsätzlich zwar denkbar, dass mit der Überweisung sowohl eine "Rückzahlungspflicht" des Angeklagten gegenüber C._ als auch eine mögliche Verbindlichkeit dieser gegenüber der Treuhandgesellschaft hätten getilgt werden sollen. Die Anweisung ist jedoch blosses Mittel, auf Rechnung des Anweisenden eine (im Deckungs- oder Valutaverhältnis gründende) Leistung zu erbringen. Grund und Zweck der Leistung umfasst sie nicht (<ref-ruling> E. 1b S. 239 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 106).
Im Deckungsverhältnis (zwischen C._ und dem Angeklagten) lässt sich von vornherein kein Rechtsgrund finden, auf den sich der Erwerb der E._ stützen könnte. An diesem Rechtsverhältnis war sie nicht beteiligt. Davon abgesehen hilft auch die Annahme nicht weiter, der Angeklagte sei ermächtigt gewesen, auf Rechnung von C._ an die Treuhandgesellschaft zu leisten. Das hat er nicht getan. Vielmehr hat er zur Leistungserbringung über Konten unbeteiligter Bankkunden verfügt, wozu er nicht berechtigt war. Die Verbindlichkeit gegenüber C._ blieb deshalb von der faktisch erbrachten Leistung an die E._ unberührt und es kann keine Rede davon sein, dass er durch die Überweisung von seiner "Rückzahlungspflicht" befreit worden wäre.
Was das Valutaverhältnis (zwischen C._ und der E._) anbelangt, so liesse sich allenfalls annehmen, dass durch die Überweisung eine Verbindlichkeit von C._ gegenüber der Treuhandgesellschaft, so eine solche bestand, getilgt worden ist. Die Leistung im Rechtssinne wäre dann von der Treugeberin an die Treuhandgesellschaft E._ erbracht worden. Ein Erwerbsgrund wäre zwar insoweit gegeben, doch fehlte es noch immer an einer angemessenen Gegenleistung im Sinne von <ref-law>. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz kann eine solche in der blossen Verpflichtung, die Gelder für ein Investment zu verwenden, nicht erblickt werden (vgl. Schmid, a.a.O., Art. 59 N. 82).
4.3.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass an den Kontoguthaben der Treuhandgesellschaft E._ kein (schützenswerter) Dritterwerb erfolgte. Nachdem die E._ von der deliktischen Herkunft der Gelder erfahren hatte, wollte sie damit nichts mehr zu tun haben, weshalb die Einziehung ihr gegenüber auch keine unverhältnismässige Härte darstellt. Der Verzicht der Vorinstanz, die beschlagnahmten Vermögenswerte einzuziehen, verletzt deshalb Bundesrecht.
Nachfolgend bleibt zu prüfen, ob der Beschwerdeführerin der Weg über <ref-law> offen steht und die eingezogenen Vermögenswerte allenfalls zu ihren Gunsten zu verwenden sind.
5. 5.1 Gemäss <ref-law> spricht der Richter demjenigen, der durch ein Verbrechen oder ein Vergehen einen Schaden erleidet, der nicht durch eine Versicherung gedeckt ist, und wenn anzunehmen ist, dass der Schädiger den Schaden nicht ersetzen wird, auf dessen Verlangen bis zur Höhe des gerichtlich oder durch Vergleich festgesetzten Schadenersatzes u.a. die eingezogenen Vermögenswerte oder deren Verwertungserlös unter Abzug der Verwertungskosten (lit. b) zu, wenn der Geschädigte den entsprechenden Teil seiner Forderung an den Staat abtritt (Art. 60 Abs. 1 und 2 StGB). Diese Regelung bezweckt, dem Geschädigten bei der Durchsetzung seiner Schadenersatzforderung zu helfen, indem der Staat auf einen ihm zustehenden Anspruch verzichtet (Schmid, a.a.O., Art. 60 N. 10).
5.2 Anspruch auf eine Zuwendung hat grundsätzlich allein der direkt Geschädigte, dem ein (deliktischer) Schadenersatzanspruch nach <ref-law> zusteht. Denn die Bestimmung von <ref-law> setzt einen direkten Konnex zwischen dem Anlassdelikt und dem dadurch Geschädigten voraus (Schmid, a.a.O., Art. 60 N. 14/15). Durch die Betrugshandlungen des Angeklagten sind vorliegend die Kunden der beschwerdeführenden Bank geschädigt worden. Die Beschwerdeführerin selbst ist dagegen nicht strafrechtlich Geschädigte, sondern bloss Reflexgeschädigte (E. 3.4). Die ihr gegen den Angeklagten zustehenden Schadenersatzansprüche sind vertraglicher Natur. Aus Deliktsrecht stünde ihr indessen ein Anspruch nur zu, wenn die Vermögensschädigung auf einen Verstoss gegen eine Verhaltensnorm zurückginge, die dem Schutz vor solchen Schädigungen dient (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 324 f. mit Hinweisen). Das ist nicht der Fall. Namentlich kann sich die Beschwerdeführerin nicht auf den Tatbestand des Betrugs als Schutznorm berufen, da dieser nicht das Täuschungsopfer (die Beschwerdeführerin bzw. ihre Mitarbeiter im Zahlungsverkehr), sondern den Inhaber des Vermögens (die Bankkunden) schützt. Als indirekt Geschädigte ohne Schadenersatzanspruch aus <ref-law> kann die Beschwerdeführerin aber nicht ohne Weiteres direkte Deckung aus den vom Staat eingezogenen Geldern verlangen.
5.3 Das Bundesgericht hat in einem unveröffentlichten Entscheid allerdings erwogen, es sei - über den Wortlaut von <ref-law> hinaus - allenfalls auch denkbar, dem Reflexgeschädigten selbst ein Recht auf Zusprechung der eingezogenen Gelder einzuräumen (Urteil des Kassationshofs 6S.709 und 6S.710/2000 vom 26. Mai 2003, E. 7 am Ende). Ein solches Vorgehen kommt in Betracht, wenn der strafrechtlich Geschädigte vollständig befriedigt ist und keine besseren Ansprüche an den eingezogenen Vermögenswerten bestehen. Zu denken ist insbesondere an die Konstellation, dass der Reflexgeschädigte den Schaden des strafrechtlich Geschädigten übernommen hat, weil er neben dem Täter (im Aussenverhältnis) solidarisch haftet. Beruht die Haftung aus verschiedenen Rechtsgründen, so ist unechte Solidarität anzunehmen, und das Rückgriffsrecht unter den Schuldnern (im Innenverhältnis) richtet sich nach <ref-law>. Der Ersatzpflichtige, der den Schaden übernimmt, tritt diesfalls nicht in die Rechtsstellung des Geschädigten ein, sondern es steht ihm gegenüber dem Mitverpflichteten ein Ausgleichsanspruch aus eigenem Recht zu, der mit der Zahlung an den Geschädigten entsteht (<ref-ruling> E. 6c S. 266; <ref-ruling> E. 2a S. 48). Unter den Voraussetzungen von Art. 60 Abs. 1 und 2 StGB ist es aber gleichwohl gerechtfertigt, den Reflexgeschädigten in solchen Fällen dem Geschädigten gleichzustellen. Denn es ist klarerweise nicht der Sinn der Einziehung, eine Bereicherung des Staates auf Kosten des - direkt oder indirekt - Geschädigten herbeizuführen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2; Urteil des Kassationshofs, a.a.O., E. 7).
5.4 Die Vorinstanz hat den Angeklagten im angefochtenen Urteil verpflichtet, der Beschwerdeführerin Schadenersatz im Gesamtbetrag von Fr. 8'702'750.-- zu bezahlen. Darin eingeschlossen sind die beiden Teilbeiträge von je Euro 100'000.--, die der Beschwerdeführerin indirekt durch die Betrugshandlungen ihres Angestellten entstanden sind. Da der Zivilpunkt unangefochten blieb, ist die Höhe der Schadenersatzforderung der Beschwerdeführerin im Innenverhältnis rechtskräftig bestimmt. Um sie den strafrechtlich Geschädigten gleichzustellen, wird die Vorinstanz aber noch zu prüfen haben, ob ihre Behauptung, sie habe die beiden direkt geschädigten Bankkunden im Aussenverhältnis schadlos gehalten, zutrifft. Ferner wird zu klären sein, ob der Reflexschaden vom Angeklagten voraussichtlich nicht ersetzt wird und durch keine Versicherung gedeckt ist. Unter diesen Voraussetzungen sind die Kontoguthaben der Beschwerdeführerin gegen Abtretung ihrer Forderungen zuzuweisen.
5.5 Anzumerken bleibt, dass der Anspruch des Geschädigten auf Zuweisung nach <ref-law> nur solche Vermögenswerte beschlägt, die das Ergebnis einer - zumindest indirekt - gegen ihn gerichteten Straftat darstellen (<ref-ruling> E. III/2b). Vorliegend ist einzig über die Guthaben zu entscheiden, die aus den Betrugshandlungen des Angeklagten herrühren und auf den gesperrten Konten noch vorhanden sind. Demgegenüber hat der Angeklagte die ihm von C._ bzw. B._ anvertrauten Gelder nachweislich verbraucht. Die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte sind somit ohne Konnex zu den Veruntreuungshandlungen, weshalb die dadurch Geschädigten C._ bzw. B._ keine besseren Ansprüche daran haben. Eine Verwendung der eingezogenen Guthaben zu ihren Gunsten scheidet daher aus.
6. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und im Sinne der Erwägungen zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>). Für die Gerichtskosten und die Entschädigung der Beschwerdeführerin haben die unterliegenden Parteien aufzukommen (Art. 66 Abs. 1 und 68 Abs. 1 BGG), wobei der auf den Kanton Zürich (Oberstaatsanwaltschaft) entfallende Kostenanteil nicht zu verlegen ist (<ref-law>). Die übrigen Kosten sind den privaten Beschwerdegegnern 2 und 3, welche die Abweisung der Beschwerde beantragen, je zur Hälfte und unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen. Die Entschädigung der obsiegenden Beschwerdeführerin ist, je zur Hälfte, vom Kanton Zürich sowie den unterliegenden privaten Beschwerdegegnern zu tragen (Urteil des Bundesgerichts 6S.588/2007 vom 11. April 2007 E. 5.4 - 5.3). Die privaten Beschwerdegegner tragen unter sich die Entschädigung wiederum je zur Hälfte bei solidarischer Haftbarkeit.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Strafkammer, vom 3. Juli 2007 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägung zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Den privaten Beschwerdegegnern, B._ und C._, werden Gerichtskosten von je Fr. 500.-- bei solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen. Die privaten Beschwerdegegner B._ und C._ werden verpflichtet, der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von je Fr. 750.-- unter solidarischer Haftbarkeit zu entrichten. Bei Uneinbringlichkeit wird die Beschwerdeführerin aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juli 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Willisegger