Fatti:
A. Il 27 maggio 2009 la A._ GmbH ha chiesto all'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) il rilascio di un'autorizzazione per immettere in commercio una bevanda di nome "X._", domanda respinta il 28 luglio successivo. A sostegno del proprio rifiuto l'UFSP ha addotto che la commercializzazione della bibita in questione, la quale era aromatizzata con estratto di foglie di coca decocainizzato, non poteva essere autorizzata né sulla base della legge federale sugli stupefacenti del 3 ottobre 1951 (LStup; RS 812.121) né in applicazione della legge federale sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso del 9 ottobre 1992 (LDerr; RS 817.0) e rispettive ordinanze.
B. Adito il 13 agosto 2009 dalla A._ GmbH, il Tribunale amministrativo federale ne ha dichiarato il ricorso inammissibile per motivi procedurali il 31 agosto successivo, giudizio tuttavia annullato dal Tribunale federale il 12 gennaio 2010 (causa 2C_636/2009). Il 2 maggio 2011 il Tribunale amministrativo federale, a cui la causa era stata rinviata per il giudizio di merito, ha respinto il ricorso della società e confermato il rifiuto dell'UFSP sia dal profilo della LStup che da quello della LDerr.
C. Il 6 giugno 2011 la A._ GmbH ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la sentenza del 2 maggio 2011 sia annullata e che venga accertato che la bevanda "X._" non necessita di un'autorizzazione. In via subordinata domanda che la domanda di autorizzazione per la commercializzazione della bevanda sia accolta e, in via ancora più subordinata, che venga concessa un'autorizzazione provvisoria.
Chiamato a esprimersi, il Tribunale amministrativo federale ha rinunciato a formulare una risposta. Da parte sua l'UFSP, nelle osservazioni formulate il 30 agosto 2011, ha addotto che in seguito all'entrata in vigore, il 1° luglio 2011, tra l'altro, dell'ordinanza del DFI del 30 maggio 2011 sugli elenchi degli stupefacenti, delle sostanze psicotrope, dei precursori e dei coadiuvanti chimici (OEStup-DFI; RS 812.121.11; cfr. art. 3 cpv. 1 dell'ordinanza del 25 maggio 2011 sul controllo degli stupefacenti, OCStup; RS 812.121.1) e contemporanea abrogazione (cfr. <ref-law>) dell'ordinanza dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici sugli stupefacenti e le sostanze psicotrope del 12 dicembre 1996 (OStup-Swissmedic; RU 1997 273), l'estratto di foglie di coca decocainizzato, con un valore limite fissato nell'OEStup-DFI, poteva ora essere autorizzato come additivo. Ha quindi comunicato a questa Corte di avere effettuato una nuova valutazione della domanda del 27 maggio 2009 e di avere autorizzato, con decisione del 29 agosto 2011, l'estratto di foglie di coca decocainizzato nella bevanda "X._" quale additivo. A parere dell'UFSP il ricorso era ora privo d'oggetto, le spese e ripetibili delle istanze precedenti così come quelle dell'attuale procedimento rimanendo in ogni caso a carico della ricorrente.
D. Con scritto del 6 settembre 2011 la ricorrente ha ugualmente informato questa Corte dell'autorizzazione rilasciatale il 29 agosto 2011. Dopo averla definita irrilevante ai fini del giudizio dato che, a suo avviso, oggetto di disamina era il rifiuto dell'autorizzazione pronunciato il 28 luglio 2009 dall'UFSP, la ricorrente ne ha comunque chiesto l'assunzione quale mezzo di prova poiché a suo dire, determinati fatti ivi ammessi confortavano le proprie tesi. Infine ha dichiarato di restare in attesa dell'evasione del ricorso.
E. Invitata ad esprimersi sulle risposte delle controparti, la ricorrente ha nuovamente contestato, con scritto del 12 settembre 2011, l'opinione secondo cui il suo ricorso era ora privo d'oggetto nonché ha riaffermato di attendere un giudizio di merito da parte del Tribunale federale.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43; <ref-ruling> consid. 1 pag. 24; <ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 4; <ref-ruling> consid. 1 pag. 37 con rispettivi rinvii).
1.2 Di carattere finale (<ref-law>), la decisione litigiosa è stata emanata nell'ambito di una vertenza relativa alla concessione (negata) di un'autorizzazione per derrate alimentari (non specificate) fondata sulla legge federale sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso del 9 ottobre 1992 (LDerr; RS 817.0) e sulla legge federale sugli stupefacenti del 3 ottobre 1951 (LStup; RS 812.121) e rispettive ordinanze. Pronunciata dal Tribunale amministrativo federale (<ref-law>) in una causa di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>, la sentenza contestata può, di principio, essere impugnata mediante il rimedio ordinario del ricorso in materia di diritto pubblico.
1.3 In linea di principio, il Tribunale federale non può tener conto di fatti avvenuti dopo la pronuncia della sentenza impugnata e che modificano la fattispecie giudicata (<ref-law>; nova in senso proprio, <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 343; v. anche BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 13 ad <ref-law> e ULRICH MEYER, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, n. 43 ad <ref-law>). È fatta eccezione a questo principio, tra l'altro, quando si tratta di nova che hanno un influsso diretto sulla legittimazione a ricorrere oppure che intervengono sull'oggetto del litigio in maniera tale da privare il ricorso di ogni senso (CORBOZ, op. cit., n. 22 ad <ref-law>).
2. 2.1 Giusta l'art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF è legittimato a proporre il ricorso in materia di diritto pubblico chi è particolarmente toccato dalla decisione impugnata o ha un interesse degno di protezione - giuridico o di fatto - all'annullamento o alla modifica della stessa (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 289). Per consolidata prassi, l'interesse degno di protezione consiste nell'utilità pratica che procurerebbe al ricorrente l'accoglimento del ricorso ossia, in altri termini, nel fatto di evitare un pregiudizio di natura economica, ideale, materiale o di altro genere che la decisione impugnata gli occasionerebbe. L'interessato deve essere toccato in modo diretto e concreto e in una maniera e con un'intensità superiore alla maggioranza degli amministrati. L'interesse invocato, che non è necessariamente un interesse giuridico protetto, ma può essere un interesse di fatto, deve trovarsi, con l'oggetto del litigio, in un rapporto stretto, speciale e degno di essere preso in considerazione (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 404, 409 consid. 1.3 pag. 413; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 365, 587 consid. 2.1 pag. 588, 649 consid. 3.1 pag. 651). Infine va precisato che il ricorrente deve disporre di un interesse pratico attuale alla modifica o all'annullamento della decisione querelata sia quando adisce il Tribunale federale sia al momento in cui questo si pronuncia nel merito; il rimedio proposto non dovendo, in effetti, essere utilizzato per risolvere problemi giuridici astratti (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 157; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 365 e rispettivi riferimenti).
2.2 Oggetto del contendere è il quesito di sapere se la bevanda che la società ricorrente vuole distribuire in Svizzera sia da includere, come sostenuto dall'interessata, nelle derrate alimentari specificate per le quali non è necessaria un'autorizzazione dell'UFSP oppure se la stessa, come deciso da quest'ultima autorità, necessita di un'autorizzazione rilasciata in applicazione della LDerr per potere essere commercializzata. Senonché, come esposto in narrativa (cfr. consid. C, secondo paragrafo), il 29 agosto 2011 l'UFSP, in seguito ad una modifica legislativa (entrata in vigore il 1° luglio 2011 dell'OEStup-DFI) ha emanato una nuova decisione concernente la domanda di autorizzazione del 27 maggio 2009 e l'ha accolta, autorizzando l'utilizzazione dell'estratto di foglie di coca decocainizzato quale aroma nella bevanda "X._". Ne discende che riguardo alle conclusioni formulate in via subordinata ("...affinché accolga la domanda di autorizzazione per la commercializzazione del prodotto X._" e "affinché conceda al prodotto X._ un'autorizzazione provvisoria ai sensi dell'<ref-law>") la ricorrente non ha più un interesse degno di protezione, avendo ottenuto l'ambita autorizzazione. Al riguardo il gravame è quindi divenuto privo d'oggetto.
2.3 Rimane da appurare se, per quanto concerne la richiesta principale formulata dalla ricorrente, volta a determinare se la bevanda in questione va classificata nelle derrate alimentari specificate, motivo per cui non abbisognerebbe di un'autorizzazione per la sua messa in commercio, sussiste tuttora un interesse pratico attuale. Quesito che anche lui va risolto per la negativa. Infatti occorre rammentare che in caso di modifica legislativa e in assenza, come in concreto, di disposizioni particolari di diritto transitorio, il diritto applicabile è di principio quello in vigore al momento della realizzazione dello stato di fatto che dev'essere valutato giuridicamente o che esplica delle conseguenze giuridiche, non ricorrendo inoltre in concreto presupposti del tutto particolari che giustificherebbero un'applicazione immediata delle nuove disposizioni (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 390). In queste circostanze la ricorrente non dispone più di un interesse degno di protezione, dato che la sentenza verrebbe resa in base a disposizioni ora abrogate. Premesse queste considerazioni è quindi indubbio che il suo interesse pratico attuale è venuto meno nel corso della procedura, motivo per cui il gravame dev'essere stralciato dai ruoli in quanto diventato privo d'oggetto. Oltretutto l'impugnativa non solleva nessuna questione di principio, tale da imporre a questa Corte di eccezionalmente entrare nel merito del gravame anche in assenza di un interesse pratico attuale per le parti (causa 1C_127/2010 del 20 dicembre 2010 consid. 3.1 e rinvii, non pubblicato in <ref-ruling>).
3. 3.1 Quando una lite diventa senza oggetto o priva d'interesse giuridico per le parti, il Presidente della Corte, quale giudice unico (art. 32 cpv. 1 e 2 LTF), udite le parti, dichiara il processo terminato e statuisce con motivazione sommaria sulle spese, tenendo conto dello stato delle cose prima del verificarsi del motivo che termina la lite (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>). Nell'esame sommario del presumibile esito della procedura ricorsuale non occorre pronunciarsi in modo dettagliato su tutte le censure ricorsuali, la decisione sulle spese non essendo infatti equivalente ad un giudizio di merito e non dovendo definire o pregiudicare, a seconda delle circostanze, una questione giuridica delicata (sentenza 9C_6/2009 del 7 agosto 2009; <ref-ruling> consid. 4a pag. 495).
3.2 Nella presente fattispecie, l'esito della causa senza l'intervento del motivo che ha reso privo di oggetto il ricorso appare difficilmente prevedibile e richiederebbe invero un'attenta e approfondita disamina. In queste condizioni, viste le particolari circostanze del caso, appare fondato rinunciare eccezionalmente al prelievo di spese giudiziarie, nonché all'attribuzione di ripetibili (art. 66 cpv. 1 e 68 LTF).

Per questi motivi, il Presidente decreta:
1. Il ricorso è divenuto privo d'oggetto e la causa 2C_488/2011 è stralciata dai ruoli.
2. Non si prelevano spese e non si concedono ripetibili.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, all'Ufficio federale della sanità pubblica e al Tribunale amministrativo federale, Corte III.