Sachverhalt:
A.
X._ erstattete am 18. Januar 2011 Strafanzeige und Strafantrag gegen Y._ und Z._ sowie weitere, unbekannte Täter wegen des Verdachts auf Betrug.
Die Strafanzeige stand im Zusammenhang mit den seit längerer Zeit andauernden - auch gerichtlich ausgetragenen - Differenzen zwischen X._ sowie Y._ und Z._. Zwecks Beilegung dieser Differenzen schlossen die Parteien am 26. Februar 2010 eine Vereinbarung ab, wonach sich X._ verpflichtete, der A._ GmbH, deren Alleineigentümer Y._ ist, seine Aktien der B._ AG zu veräussern und die Appellationen in den gegen die A._ GmbH und Z._ vor dem Obergericht des Kantons Aargau hängigen Widerspruchsverfahren zurückzuziehen. Zugunsten von X._ hielt die Vereinbarung als Gegenleistung ein von der A._ GmbH zu bezahlendes Entgelt von EUR 850'000.-- fest. Weiter enthielt sie folgende Klausel: "Die A._ GmbH versucht, mit C._ eine Einigung über die vom Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 15. April 2004 rechtskräftig festgestellte Forderung von Fr. 800'000.-- zu erzielen und die aktuell gestützt darauf gegen X._ hängigen Betreibungsverfahren mit bereits vollzogenen Pfändungen zu erledigen. Die A._ GmbH gibt diesbezüglich im Rahmen des vorliegenden Verfahrens keinerlei Zusicherung ab. Eine Einigung mit Frau C._ ist vom vorliegenden Vertrag nicht erfasst." X._ erfüllte sämtliche für die Leistung der Entschädigung von EUR 850'000.-- erforderlichen Bedingungen. Die A._ GmbH hatte sich bereits am 15. Februar 2010 die Forderung von C._ über Fr. 800'000.-- gegenüber X._ abtreten lassen, worüber Letzterer nicht informiert wurde. Die A._ GmbH erklärte am 14. Dezember 2010 die Verrechnung der Entschädigung von EUR 850'000.-- mit dem ehemals C._ geschuldeten Betrag von Fr. 800'000.--.
B.
Die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten verfügte am 2. November 2010 die Nichtanhandnahme der Strafanzeige. Die Nichtanhandnahme wurde von der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau am 12. November 2012 genehmigt. Das Obergericht des Kantons Aargau wies die von X._ dagegen erhobene Beschwerde am 25. Februar 2013 ab.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, den Entscheid vom 25. Februar 2013 aufzuheben und die Angelegenheit an die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten mit der Anweisung zurückzuweisen, das mit Strafanzeige vom 18. Januar 2011 angeregte Strafverfahren an die Hand zu nehmen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege sowie um Bezahlung der Gutachterkosten von Prof. D._ von Fr. 2'400.--.

Erwägungen:
1.
Die Privatklägerschaft ist nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wenn sie vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Dabei wird grundsätzlich verlangt, dass sie bereits adhäsionsweise Zivilforderungen geltend gemacht hat. Ausnahmsweise, bei Nichtanhandnahme oder Einstellung des Strafverfahrens, ist auf diese Voraussetzung zu verzichten. Erforderlich ist jedoch, dass im Verfahren vor Bundesgericht dargelegt wird, auf welche Zivilansprüche sich der angefochtene Entscheid auswirken kann (<ref-ruling> E. 1.3.1). Die Beschwerde genügt diesen Anforderungen, weshalb darauf einzutreten ist.
2.
Die Staatsanwaltschaft verfügt nach Art. 310 Abs. 1 lit. a StPO die Nichtanhandnahme, wenn aufgrund der Strafanzeige feststeht, dass die fraglichen Straftatbestände eindeutig nicht erfüllt sind. Dies ist etwa der Fall bei rein zivilrechtlichen Streitigkeiten. Eine Nichtanhandnahme darf nur in sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen ergehen. Es muss sicher feststehen, dass der Sachverhalt unter keinen Straftatbestand fällt. Im Zweifelsfall - wenn die Sach- und/oder die Rechtslage nicht von vornherein klar sind - ist eine Untersuchung zu eröffnen (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen).
3.
3.1. Die Staatsanwaltschaft nahm die Strafanzeige gestützt auf Art. 310 Abs. 1 lit. a StPO nicht an die Hand, da die Tatbestandsvoraussetzungen des Betrugs gemäss Art. 146 Abs. 1 StGB eindeutig nicht gegeben seien. Die Vorinstanz schützt diese Auffassung im angefochtenen Entscheid. Sie verneint die für die Erfüllung des Betrugstatbestands erforderlichen objektiven Merkmale der Arglist und des Vermögensschadens. Bezüglich des Vermögensschadens führt sie aus, der Beschwerdeführer habe nicht bekommen, was er sich versprochen habe. Er habe nicht (Bar-) Geld erhalten, sondern seine Forderung sei mit der Schuld von Fr. 800'000.-- verrechnet worden. Die Tatsache, dass die Vertragspartner den Beschwerdeführer über die vorgängige Abtretung der Forderung von C._ nicht informiert hätten, sei zivilrechtlich zwar nicht unproblematisch (Art. 24 und 28 OR; Grundsatz von Treu und Glauben). Strafrechtlich sei aber nicht ersichtlich, dass dem Beschwerdeführer dadurch ein Vermögensschaden entstanden wäre. Durch die Verrechnung mit der fälligen Forderung von C._ werde er von einer Schuld befreit. Er müsse nicht zweimal bezahlen (Entscheid E. 3.5 S. 14).
3.2. Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, er habe davon ausgehen dürfen und müssen, dass er die versprochenen EUR 850'000.-- erhalten und zudem von der Forderung von C._ befreit würde. Da die angezeigten Personen bereits beim Abschluss der Vereinbarung vom 26. Februar 2010 keinerlei Absicht gehabt hätten, ihm die EUR 850'000.-- zu bezahlen, sei der Vermögensschaden bereits im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses vorhanden gewesen. Die obergerichtliche Argumentation orientiere sich zu stark an einer rein buchhalterischen Betrachtungsweise, sei doch der Wert der Forderung von C._ nicht abgeklärt worden. Es sei davon auszugehen, dass sie nur einen Bruchteil der tatsächlichen Forderungssumme erhalten habe. Nicht geklärt worden sei zudem der Wert seiner Gegenleistung. Die Differenz zwischen dem von C._ empfangenen Betrag und der zur Verrechnung gebrachten Forderung stelle zugleich die Bereicherung seiner Vertragspartner dar.
3.3.
3.3.1. Den Tatbestand des Betrugs im Sinne von Art. 146 Abs. 1 StGB erfüllt, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt. Als Täuschung gilt jedes Verhalten, das darauf gerichtet ist, bei einem andern eine von der Wirklichkeit abweichende Vorstellung über objektiv feststehende, vergangene oder gegenwärtige Tatsachen hervorzurufen, wobei auch gegenwärtige innere Tatsachen täuschungsrelevant sein können (<ref-ruling> E. 5.1 mit Hinweisen).
Dem Beschwerdeführer wurde keine (Bar-) Geldzahlung zugesichert. Die Begleichung der Forderung von EUR 850'0000.-- durch Verrechnung lag im Bereich des Möglichen, da die Parteien kein Verrechnungsverbot vereinbarten. Diesbezüglich liegt demnach keine Täuschung vor. Der Beschwerdeführer wurde von seinen Vertragspartnern hingegen insofern getäuscht, als ihm in der Vereinbarung vom 26. Februar 2010 vorgespielt wurde, die A._ GmbH werde versuchen, mit C._ eine Einigung, d.h. einen Erlass der vom Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 15. April 2004 rechtskräftig festgestellten Forderung von Fr. 800'000.-- zu erzielen, obschon eine solche Einigung gar nicht mehr möglich war, da C._ im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses nicht mehr Gläubigerin der Forderung war.
3.3.2. Der Tatbestand des Betruges setzt zudem eine irrtumsbedingte Vermögensdisposition des Getäuschten voraus, wodurch dieser sich selbst bzw. das seiner tatsächlichen Verfügung unterliegende Vermögen eines Dritten unmittelbar schädigt (Urteil 6B_173/2011 vom 23. Dezember 2011 E. 1.4). Für die Beurteilung, ob ein Vermögensschaden im Sinne von Art. 146 Abs. 1 StGB vorliegt, ist grundsätzlich auf eine objektiv-wirtschaftliche Betrachtungsweise abzustellen (ausführlich dazu Gunther Arzt, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 3. Aufl. 2013, N. 22 und 144 ff. zu Art. 146 StGB). Ein solcher Vermögensschaden ist vorliegend nicht gegeben. Der Beschwerdeführer konnte bezüglich der Befreiung von der Schuld gegenüber C._ keinerlei Rechtsansprüche aus der Vereinbarung vom 26. Februar 2010 ableiten. Es ist daher davon auszugehen, dass sich seine Leistung (Übereignung der Aktien, Rückzug der hängigen Rechtsmittel) und die Gegenleistung seiner Vertragspartner (Bezahlung der EUR 850'000.--) wirtschaftlich entsprachen. Gegenteiliges wird vom Beschwerdeführer nicht behauptet. Er weist vielmehr selber darauf hin, dass der Wert seiner Gegenleistungen erheblich war, "ansonsten dafür keine EUR 850'000.-- bezahlt worden wären" (Beschwerde S. 22). In der Nichtbefreiung von der Forderung mit C._ liegt mangels Rechtsanspruch kein Schaden, auch nicht, wenn diese darauf zurückzuführen wäre, dass gar nie ein entsprechender Einigungsversuch unternommen wurde. Nicht gefolgt werden kann dem Beschwerdeführer zudem, wenn er argumentiert, es sei nicht von einer rein buchhalterischen Betrachtungsweise auszugehen, da die abgetretene Forderung nicht Fr. 800'000.-- wert gewesen sei. Spätestens mit der Bezahlung der EUR 850'000.-- hätte die offene Forderung von C._ wieder an Werthaltigkeit gewonnen. Dass der Schaden in der Differenz zwischen den EUR 850'000.-- und den Fr. 800'000.-- bestehen könnte, war nicht Gegenstand der Strafanzeige. Der Beschwerdeführer äussert sich nicht dazu, ob diese Differenz beglichen wurde. Er stört sich ausschliesslich an der Verrechnung.
3.3.3. Unklar ist, wie viel die A._ GmbH C._ für die Abtretung der Forderung bezahlte. Liess sich die A._ GmbH die Forderung für weniger als Fr. 800'000.-- abtreten, könnte sich der Beschwerdeführer in zivilrechtlicher Hinsicht allenfalls auf den Standpunkt stellen, es sei eine Einigung mit C._ zustande gekommen, welche sich angesichts der Vereinbarung vom 26. Februar 2010 zu seinen Gunsten auswirken müsse. Fraglich ist, ob die Verrechnung im Umfang von Fr. 800'000.-- für diesen Fall zulässig war. Wie es sich damit verhält, ist durch Vertragsauslegung zu ermitteln. Insofern geht es nicht um ein strafrechtliches, sondern um ein rein zivilrechtliches Problem. In der möglicherweise unzulässigen Verrechnung kann kein betrügerisches Verhalten gesehen werden. Dem Beschwerdeführer steht auch insofern der Zivilweg offen.
3.3.4. Damit durfte die Staatsanwaltschaft die Strafanzeige gestützt auf Art. 310 Abs. 1 lit. a StPO ohne Verletzung von Bundesrecht mit einem Nichtanhandnahmeentscheid erledigen. Die Rüge des Beschwerdeführers ist unbegründet.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Staatsanwaltschaft habe während der 21 Monate, die sie für den Erlass des Nichtanhandnahmeentscheids benötigt habe, lediglich eine Befragung des Strafanzeigers durchgeführt. In einem rechtsstaatlichen Verfahren wäre die beantragte Hausdurchsuchung spätestens am Tag nach dem Eingang der Strafanzeige erfolgt. Sodann wären die angezeigten Personen innert maximal zwei Monaten zu befragen gewesen. Die Staatsanwaltschaft habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und auf ein faires Verfahren sowie den Untersuchungsgrundsatz von Art. 6 StPO missachtet. Die Vorinstanz habe sich mit der Rüge der Verfahrensverschleppung in Verletzung seines rechtlichen Gehörs nicht auseinandergesetzt.
4.2. Dem Beschwerdeführer ist zwar beizupflichten, dass die Dauer von 21 Monaten für den Erlass einer Nichtanhandnahmeverfügung übermässig lange erscheint. Wie vorstehend ausgeführt, verletzt die Nichtanhandnahme kein Bundesrecht, weshalb der Staatsanwaltschaft auch nicht zum Vorwurf gemacht werden kann, dass sie die beantragte Hausdurchsuchung nicht vornahm und die von der Anzeige betroffenen Personen nicht einvernahm. Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung des Anspruchs auf ein faires Verfahren sowie des Untersuchungsgrundsatzes rügt, ist seine Beschwerde unbegründet. Eine allfällige Missachtung des rechtlichen Gehörs durch die Vorinstanz hat mit dem vorliegenden Entscheid als geheilt zu gelten (vgl. <ref-ruling> E. 2.6.1; <ref-ruling> E. 3d/aa; <ref-ruling> E. 2; je mit Hinweisen).
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer legt in der Beschwerde über weite Strecken dar, weshalb das Verhalten der Vertragspartner seines Erachtens arglistig war (Beschwerde S. 11-21). Ob die Tatbestandsvoraussetzung der Arglist erfüllt ist, kann jedoch offenbleiben, da bereits der Vermögensschaden zu verneinen ist. Die diesbezügliche Behauptung des Beschwerdeführers, ihm sei eine Befreiung von der Forderung von C._ versprochen worden, geht angesichts des klaren Vertragstextes offensichtlich fehl. Gleiches gilt für den Einwand, die gerichtlich festgestellte Forderung von C._ sei nicht Fr. 800'000.-- wert gewesen. Entscheidend war in dieser Hinsicht nicht, wie viel die Vertragspartner des Beschwerdeführers für die Zession der Forderung bezahlten. Damit ist das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Seiner finanziellen Lage ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. August 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld