Faits:
A. Par jugement du 31 août 2006, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a condamné X._, pour usure, violation par négligence des règles de l'art de construire, insoumission à une décision de l'autorité, infraction à l'art. 23 al. 2 de la loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE), violation simple des règles de la circulation routière, contravention à la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions et contravention à la loi cantonale sur les auberges et les débits de boisson, à 1 an d'emprisonnement et 2000 fr. d'amende. Il l'a en outre astreint au versement d'une créance compensatrice de 5000 fr.
Saisie d'un recours du condamné, qui concluait principalement à sa libération de l'infraction à l'art. 23 al. 2 LSEE, à un allégement des sanctions infligées et à une réduction du montant de la créance compensatrice, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 14 février 2007.
X._ a attaqué cet arrêt par un recours au Tribunal fédéral, qui l'a partiellement admis par arrêt 6B_458/2007 du 19 février 2008. En bref, le Tribunal fédéral a jugé que, pour une partie des faits qui avaient été considérés comme constitutifs d'infraction à l'art. 23 al. 2 LSEE, les conditions de cette infraction n'étaient pas réalisées. Il a dès lors renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision en sens ainsi que sur la peine et le montant de la créance compensatrice.
B. Statuant à nouveau le 2 juin 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a libéré le recourant d'une partie des infractions à l'art. 23 al. 2 LSEE conformément aux considérants de l'arrêt 6B_458/2007, réduit à 10 mois la durée de la peine privative de liberté et confirmé le jugement de première instance pour le surplus.
C. Cet arrêt retient, en résumé, ce qui suit.
C.a Entre le mois de novembre 2000 et le 16 août 2005, X._ a loué à des sans-papiers équatoriens des chambres dans des immeubles dont il est propriétaire, pour un loyer mensuel de 300 fr. par chambre. Il a ainsi encaissé un montant total de quelque 70'000 fr. Assez régulièrement mais non systématiquement, il remettait une copie des passeports de ses locataires équatoriens au contrôle communal des habitants, soit à la police municipale, qui a classé ces documents sans y donner suite.
Pour la mise à disposition de la soupente d'un immeuble lui appartenant, le prévenu a encaissé un loyer mensuel de 300 fr. entre les mois de juillet et de novembre 2004, alors que, dans l'état où elle se trouvait, la soupente était totalement inhabitable, au point qu'aucun loyer n'aurait dû être perçu. L'entier de ces loyers constituait ainsi un gain usuraire.
C.b La cour cantonale a libéré le prévenu de l'infraction réprimée par l'art. 23 al. 2 LSEE dans la mesure où, en remettant une copie des passeports de ses locataires à la police municipale, il avait communiqué à cette dernière l'identité et l'adresse de ceux-ci. En effet, selon l'arrêt 6B_458/2007, le recourant, autant qu'il avait procédé à cette communication, ne pouvait se voir reprocher d'avoir soustrait ses locataires au pouvoir d'intervention de l'autorité, l'infraction n'étant réalisée que pour les locataires qu'il n'avait pas déclarés.
D. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation du principe in dubio pro reo, une violation de l'<ref-law> en relation avec les <ref-law> et 23 al. 2 LSEE ainsi qu'une violation de l'<ref-law>, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.
Le Ministère public conclut au rejet du recours. L'autorité cantonale se réfère à son arrêt.

Considérant en droit:
1. Le recourant voit une violation du principe in dubio pro reo dans le fait que la cour cantonale n'a pas indiqué quels locataires équatoriens il n'avait pas déclarés; sa culpabilité n'étant ainsi pas établie de manière précise, il devait être acquitté. Dans le cadre de ce grief, il se plaint en outre de ce que la cour cantonale a relevé que la peine devait être fixée en tenant largement compte du fait que, dans un certain nombre de cas, il avait annoncé ses locataires. Selon lui, cela signifierait qu'elle l'a aussi condamné pour ces cas.
Ce grief est dépourvu de fondement. Dans la mesure où le recourant n'a pas déclaré ses locataires, il s'est rendu coupable de l'infraction réprimée par l'art. 23 al. 2 LSEE. Sa libération de cette infraction pour les cas dans lesquels il les a déclarés ne modifie donc pas le verdict de culpabilité. Elle ne peut avoir d'incidence que sur la fixation de la peine, à laquelle le principe in dubio pro reo n'est pas applicable.
Au reste, le recourant se méprend manifestement sur le sens de l'arrêt attaqué en tant que ce dernier relève qu'il y a lieu de tenir compte dans la fixation de la peine du fait que, dans certains cas, il a déclaré ses locataires. La cour cantonale a ainsi souligné que l'acquittement partiel du recourant de l'infraction litigieuse serait pris en considération en sa faveur dans la fixation de la peine. La phrase en question ne peut en aucun cas être comprise dans le sens que lui prête le recourant.
2. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law> en relation avec les <ref-law> et 23 al. 2 LSEE. Il reproche à la cour cantonale de l'avoir condamné à une peine privative de liberté, à l'exclusion d'une peine pécuniaire, pour avoir méconnu que, s'agissant de la sanction à prononcer, le nouveau droit lui est plus favorable.
2.1 L'<ref-law> délimite le champ d'application de la loi pénale dans le temps. Son alinéa 1 pose le principe de la non-rétroactivité de la loi pénale, en disposant que cette dernière ne s'applique qu'aux infractions commises après son entrée en vigueur. Son alinéa 2 fait exception à ce principe pour le cas où l'auteur est mis en jugement sous l'empire d'une loi nouvelle; en pareil cas, cette dernière s'applique si elle est plus favorable à l'auteur que celle qui était en vigueur au moment de la commission de l'infraction. L'<ref-law> ne permet en revanche pas à l'auteur de bénéficier, le cas échéant, d'une loi plus favorable qui n'était pas en vigueur au moment où il a commis l'infraction et qui ne l'est plus au moment où il est mis en jugement.
2.2 La détermination du droit le plus favorable s'effectue par une comparaison concrète de la situation de l'auteur, suivant qu'il est jugé à l'aune de l'ancien ou du nouveau droit. Doivent en principe être examinées au premier chef les conditions légales de l'infraction litigieuse. Lorsque le comportement est punissable tant en vertu de l'ancien que du nouveau droit, il y a lieu de procéder à une comparaison d'ensemble des sanctions encourues. L'importance de la peine maximale joue un rôle décisif. Toutes les règles applicables doivent cependant être prises en compte, notamment celles relatives à la prescription et, le cas échéant, au droit de porter plainte (<ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 87; <ref-ruling> consid. 2c p. 8 et les arrêts cités).
2.3 Le recourant a commis les faits qui lui sont reprochés entre novembre 2000 et le 16 août 2005. Ces faits étaient alors sanctionnés par l'art. 23 al. 2 LSEE dans sa teneur antérieure à l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de sa modification. Ils étaient donc passibles de l'emprisonnement, dont la durée était de 3 jours au moins et de 3 ans au plus (cf. art. 36 aCP), ou de l'amende jusqu'à 100'000 fr. La possibilité de prononcer une peine pécuniaire n'a été introduite qu'à partir du 1er janvier 2007, soit postérieurement à la commission des faits reprochés au recourant. Si ce dernier avait été jugé sous l'empire du droit en vigueur à l'époque des faits, il n'aurait donc pas pu bénéficier d'une peine pécuniaire.
2.4 L'arrêt attaqué ayant été rendu par une juridiction qui dispose d'un pouvoir de réforme, c'est à la date de son prononcé, le 2 juin 2008, que le recourant a été mis en jugement au sens de l'<ref-law> (cf. arrêt 6B_171/2007 consid. 5.1). Or, depuis le 1er janvier 2008, la LSEE a été remplacée par la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr, RS 142.20; cf. art. 125 LEtr et ch. I de l'annexe 2 à cette loi), qui contient aussi des dispositions pénales (cf. art. 115 ss LEtr). En particulier, l'art. 116 LEtr - qui réprime l'incitation à l'entrée, à la sortie ou au séjour illégaux - correspond à l'art. 23 al. 1 5ème phrase et al. 2 LSEE (cf. Message concernant la LEtr; FF 2002, 3469 ss, 3587). S'agissant plus précisément du comportement retenu à la charge du recourant, soit lorsque l'auteur a agi pour se procurer ou procurer à un tiers un enrichissement illégitime, il est sanctionné à l'art. 116 al. 3 let. a LEtr.
2.4.1 Selon le texte français de l'art. 116 al. 3 LEtr, la peine encourue pour les comportements réprimés par cette disposition est "une peine privative de liberté de cinq ans au plus additionnée d'une amende ou une amende". En revanche, les textes allemand et italien prévoient, respectivement, que "die Strafe ist Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe und mit der Freiheitsstrafe ist eine Geldstrafe zu verbinden" et que "la pena è una pena detentiva sino cinque anni o una pena pecuniaria, e con la pena detentiva è cumulata una pena pecuniaria".
Ainsi, le texte français de l'art. 116 al. 3 LEtr diverge des textes allemand et italien en cela qu'il utilise le terme d'amende - dont la traduction allemande est Busse et la traduction italienne multa -, alors que les deux autres textes utilisent le terme de peine pécuniaire (Geldstrafe, respectivement pena pecuniaria), les trois textes linguistiques étant pour le surplus identiques. Or, depuis la modification des dispositions de la partie générale du code pénal, entrée en vigueur le 1er janvier 2007, le terme de peine pécuniaire ne se confond plus avec celui d'amende. Dans la mesure où il n'est pas utilisé pour sanctionner des contraventions, il définit une peine en argent distincte, soit celle du jour-amende prévue à l'<ref-law>. Il y a donc lieu de rechercher lequel des textes légaux divergents exprime la volonté réelle du législateur et, partant, si, comme le soutient le recourant, une peine pécuniaire entre en considération comme sanction du comportement qui lui est reproché.
2.4.2 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu d'après sa lettre. Si le texte légal n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il faut rechercher la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales, de son contexte, du but poursuivi, de son esprit ainsi que de la volonté du législateur, telle qu'elle résulte notamment des travaux préparatoires. A l'inverse, lorsque le texte légal est clair, l'autorité qui applique le droit ne peut s'en écarter que s'il existe des motifs sérieux de penser que ce texte ne correspond pas en tous points au sens véritable de la disposition visée et conduit à des résultats que le législateur ne peut avoir voulus et qui heurtent le sentiment de la justice ou le principe de l'égalité de traitement. De tels motifs peuvent résulter des travaux préparatoires, du fondement et du but de la prescription en cause, ainsi que de sa relation avec d'autres dispositions (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 193; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 396 et les arrêts cités).
Il appartient à l'autorité de remédier à une éventuelle lacune apparente de la loi, lorsque celle-ci, même interprétée, n'apporte pas de solution sur un point qu'elle devrait régler, ou à une lacune occulte, lorsque le législateur a omis d'adjoindre, à une règle conçue de façon générale, la restriction ou la précision que le sens et le but de la règle considérée ou d'une autre règle légale imposent dans certains cas. L'autorité n'est en revanche pas autorisée à pallier l'absence d'une règle qui paraît simplement désirable (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 567 et les arrêts cités).
Les versions allemande, française et italienne du texte légal ont en principe la même valeur. Dans la réalité, celles-ci ne se recouvrent cependant pas toujours, soit en raison d'une erreur survenue au cours du processus d'élaboration de la loi, soit en raison de différences de signification apparues ultérieurement, soit encore en raison de nuances linguistiques. Il convient alors - en procédant conformément à la jurisprudence précitée - de déterminer laquelle des versions doit prévaloir (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 438; Martin Schubarth, Die Auslegung mehrsprachiger Gesetzestexte, in Rapports suisses présentés au XVIIe Congrès international de droit comparé, Genève 2006, p. 11 ss).
2.4.3 Selon le projet de loi sur les étrangers soumis à l'Assemblée fédérale, l'incitation à l'entrée, à la sortie ou au séjour illégaux était, dans les cas aggravés, passible de l'emprisonnement et d'une amende de 500'000 fr. au plus (cf. art. 111 al. 3 du projet; FF 2002, 3604 ss, 3640). Le message du Conseil fédéral accompagnant le projet se bornait à préciser que l'infraction en cause correspondait à l'art. 23 al. 1 5ème phrase et al. 2 LSEE et que la limite des peines avait été augmentée (cf. message du Conseil fédéral du 8 mai 2002 concernant la loi sur les étrangers; FF 2002, 3469 ss, 3587).
Dans l'arrêté du 16 décembre 2005 par lequel l'Assemblée fédérale a adopté la LEtr, l'incitation à l'entrée, à la sortie ou au séjour illégaux, figurant désormais à l'art. 116, était passible, dans les cas aggravés, d'une peine de réclusion de cinq ans au plus et d'une amende de 500'000 fr. au plus. En marge, il était précisé qu'avec l'entrée en vigueur des nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal, la peine serait modifiée. Selon le texte français, l'art. 116 al. 3 LEtr, sanctionnant les cas aggravés, aurait la teneur suivante: "la peine encourue est une peine privative de liberté de cinq ans au plus additionnée d'une amende ou une amende" (cf. FF 2006, 6885 ss, 6925, art. 116 al. 3 et note 38). La nouvelle teneur de cette disposition serait, selon le texte allemand, "die Strafe ist Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe und mit der Freiheitsstrafe ist eine Geldstrafe zu verbinden"(BBl 2005, 7365 ss, 7406) et, selon le texte italien, "la pena è una pena detentiva sino cinque anni o una pena pecuniaria, e con la pena detentiva è cumulata una pena pecuniaria" (FF 2005, 6545 ss, 6585). La loi est entrée en vigueur le 1er janvier 2008, après avoir été acceptée en votation populaire le 24 septembre 2006 (RO 2007, 5437 ss, 5477).
Il résulte de ce qui précède, que la différence entre le texte français, d'une part, et les textes allemand et italien, d'autre part, est apparue lorsqu'a été fixée la teneur qu'aurait l'art. 116 al. 3 LEtr avec l'entrée en vigueur des nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal. Manifestement, la modification que devait subir le texte légal adopté par le Parlement visait à adapter les peines encourues pour les infractions à la LEtr au nouveau régime des sanctions prévu par ces dispositions. Il s'agissait notamment de tenir compte de la possibilité de prononcer désormais dans certains cas la nouvelle sanction que constitue la peine pécuniaire sous la forme du jour-amende. Une interprétation fondée sur la genèse fait ainsi apparaître que les versions allemande et italienne du texte légal litigieux doivent prévaloir sur la version française, le législateur ayant souhaité que les comportements réprimés par l'art. 116 al. 3 LEtr puissent être sanctionnés, alternativement à une peine privative de liberté ou cumulativement avec cette dernière, par une peine pécuniaire au sens de l'<ref-law>.
2.4.4 Une analyse de la systématique de l'art. 116 LEtr tend à confirmer cette interprétation.
L'alinéa 1 de cette disposition, aussi bien selon son texte français que selon ses textes allemand et italien, sanctionne les cas ordinaires d'incitation à l'entrée, à la sortie ou au séjour illégaux par une peine privative de liberté d'un an au plus ou une peine pécuniaire (Geldstrafe, pena pecuniaria). Son alinéa 2, là encore selon les trois textes linguistiques, prévoit que, dans les cas de peu de gravité, la peine peut consister en une simple amende (Busse, multa).
Si, s'agissant de la peine punissant les cas aggravés, le texte français de l'art. 116 al. 3 LEtr devait prévaloir, il en résulterait que, dans ces cas, une simple amende pourrait être prononcée, alternativement à une peine privative de liberté additionnée d'une amende, alors que, dans les cas ordinaires, l'alternative serait une peine pécuniaire au sens de l'<ref-law>, soit une sanction pouvant être plus sévère. Il en résulterait également que les cas aggravés pourraient être punis de la même peine que les cas de peu de gravité. Autrement dit, les infractions aggravées seraient susceptibles d'être sanctionnées moins sévèrement que les infractions ordinaires et non moins légèrement que les infractions de peu de gravité. Or, on conçoit mal que le législateur ait voulu un tel résultat.
2.4.5 La préférence à accorder aux textes allemand et italien de la disposition litigieuse paraît trouver une confirmation supplémentaire dans le but poursuivi par le législateur, qui était de réprimer plus sévèrement les infractions graves, en durcissant les sanctions prévues par le droit en vigueur à l'époque où il a adopté la LEtr, en décembre 2005 (cf. supra, consid. 2.4.3). Or, si la version française de l'art. 116 al. 3 LEtr devait prévaloir, il en résulterait notamment que, ce dernier ne contenant pas de disposition contraire, le montant de l'amende susceptible d'être infligée ne pourrait excéder 10'000 fr. (cf. <ref-law>), alors que le droit en vigueur à l'époque de l'adoption de la LEtr permettait de prononcer une amende jusqu'à 100'000 fr. (cf. supra, consid. 2.3).
2.4.6 On peut encore observer que, dans le droit intermédiaire, soit celui qui a été en vigueur entre le 1er janvier 2007 - date à partir de laquelle les sanctions réprimant les infractions à la LSEE ont été adaptées aux nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal (cf. RO 2006, 3459 ss, 3535, ch. 1 al. 1 des dispositions transitoires; FF 1999, 1787 ss) - et le 1er janvier 2008 - date de l'entrée en vigueur de la LEtr -, l'infraction litigieuse était passible d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une "peine pécuniaire", la première de ces sanctions, le cas échéant, devant être cumulée avec la seconde. Le texte français lui-même n'utilisait donc pas le terme "amende".
2.4.7 Ainsi, la genèse, la systématique et le but de la loi conduisent à la conclusion que, s'agissant de la peine encourue pour les cas aggravés d'incitation à l'entrée, à la sortie ou au séjour illégaux, le texte légal français, en tant qu'il utilise le terme "amende", ne reflète pas la volonté du législateur. Celle-ci est exprimée correctement par les textes, convergents, allemand et italien, en tant qu'ils parlent, respectivement, de "Geldstrafe" et de "pena pecuniaria", soit de peine pécuniaire, ce terme désignant la peine de jour-amende prévue à l'<ref-law>. Le terme "amende" utilisé dans le texte français de l'art. 116 al. 3 LEtr doit donc être considéré comme erroné et être compris, conformément aux textes allemand et italien, comme "peine pécuniaire", au sens de l'<ref-law>. Subséquemment, il y a lieu d'admettre que la peine encourue pour les comportements réprimés par cette disposition est une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou une peine pécuniaire, la première de ces sanctions, si elle est prononcée, devant être cumulée avec la seconde.
2.5 De l'ensemble de ce qui précède, il découle que, selon l'ancien droit, à savoir le droit qui était applicable au moment où le recourant a commis les faits qui lui sont présentement reprochés, ces faits étaient passibles de l'emprisonnement, dont la durée était de 3 jours au moins et de 3 ans au plus, ou de l'amende jusqu'à 100'000 fr., alors que, selon le nouveau droit, en vigueur au moment où le recourant a été mis en jugement au sens de l'<ref-law>, ils sont passibles d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire, la première de celles-ci, si elle est prononcée, devant être cumulée avec la seconde.
Le nouveau droit est ainsi plus défavorable au recourant que l'ancien droit dans la mesure où il sanctionne l'infraction litigieuse d'une peine privative de liberté plus sévère, parce que d'une durée supérieure, et où il prévoit qu'une telle peine doit être additionnée d'une peine pécuniaire. Il peut en revanche lui être plus favorable en tant qu'il permet de prononcer, alternativement à la peine privative de liberté, une peine pécuniaire au lieu d'une amende. Ces dernières sont certes équivalentes dans la mesure où elles atteignent toutes deux l'auteur dans son patrimoine. Elles se distinguent toutefois en ce qui concerne la manière de les calculer, laquelle peut, dans certains cas, aboutir à ce que l'une d'elles soit plus favorable à l'auteur que la seconde. Au demeurant, la peine pécuniaire, contrairement à l'amende, peut être assortie d'un sursis partiel ou total, auquel cas, de par ses effets, elle apparaît plus douce, et cela quand bien même son montant maximum serait plus élevé que celui de l'amende (cf. arrêt 6B_447/2007, publié in SJ 2008 I p. 249, consid. 3.2 et les références citées). Pour déterminer ce qu'il en est, il y a lieu de procéder à une comparaison concrète (cf. supra, consid. 2.2).
2.6 La cour cantonale n'a pas exclu que le nouveau droit puisse être plus favorable au recourant. Elle a toutefois laissé la question ouverte, considérant que la priorité de la peine pécuniaire est avant tout valable pour les peines privatives de liberté de moins de 6 mois et que la peine à infliger au recourant ne saurait être inférieure à cette durée. En effet, compte tenu du concours d'infractions et de l'ensemble des circonstances, notamment de l'importante culpabilité du recourant résultant de sa persistance dans l'illégalité, une peine privative de liberté d'une durée de 10 mois était adéquate.
Ce raisonnement ne peut être suivi. La durée maximale de la peine pécuniaire est de 360 jours-amende (<ref-law>). Une telle peine entre donc en considération autant que la sanction envisagée est inférieure à cette durée. La cour cantonale, qui estimait qu'il se justifiait de prononcer une peine de 10 mois, ne pouvait donc exclure le prononcé d'une peine pécuniaire au motif que la durée de la sanction qu'elle considérait comme adéquate était supérieure à 6 mois. Dès lors que les deux peines entraient en considération, elle devait examiner si une peine pécuniaire ne permettait pas de sanctionner de manière équivalente la culpabilité du recourant, auquel cas elle devait, conformément au principe de la proportionnalité, accorder en principe la priorité à une telle peine, qui, en tant qu'elle porte atteinte au patrimoine de l'auteur, constitue une sanction moins lourde qu'une peine privative de liberté (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 101/102, 82 consid. 4.1 p. 85, 60 consid. 4.3 p. 65). Sur ce point, le recours est donc fondé et doit être admis.
3. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>. Il reproche à la cour cantonale de n'avoir pas réduit le montant de la créance compensatrice, nonobstant sa libération d'une partie des infractions à l'art. 23 al. 2 LSEE.
Les premiers juges avaient retenu que le total des gains illicites réalisés par le recourant en louant des locaux aux sans-papiers équatoriens ascendait à quelque 70'000 fr. Pour tenir compte des frais de justice à payer par le recourant, de ses charges de famille et du fait qu'il serait contraint de rendre ses immeubles conformes aux normes, ils ont toutefois arrêté à 5000 fr. le montant de la créance compensatrice. Invité à se déterminer avant que la cour cantonale ne statue à nouveau suite à l'arrêt 6B_458/2007, le recourant a demandé que le montant de la créance compensatrice soit réduit à 4500 fr., faisant valoir que ce montant correspondait aux gains usuraires, de 900 fr. par mois, qu'il avait réalisés durant les mois de juillet à novembre 2004. A cela, la cour cantonale a objecté que, même en suivant ce raisonnement, il faudrait ajouter au montant de 4500 fr. les gains tirés de l'hébergement illégal des Equatoriens durant la période allant du mois de décembre 2004 au mois d'août 2005; or, à raison d'un montant de 300 fr. par mois et par personne, le montant ainsi obtenu serait bien supérieur à celui de 5000 fr. arrêté par les premiers juges.
Le recourant conteste vainement ce raisonnement en faisant valoir que le montant de 5000 fr. a été fixé par les premiers juges en fonction du montant total, d'environ 70'000 fr., que lui avaient procuré les infractions retenues à sa charge dans la procédure précédente et que, vu sa libération d'une partie de ces infractions, le montant de 5000 fr. doit nécessairement être réduit. Ce dernier montant ne se trouve pas, par rapport à celui de quelque 70'000 fr., dans un rapport mathématique. Tenant compte de la situation du recourant, notamment de sa situation financière, les juges cantonaux ont arrêté un montant considérablement plus bas que celui des recettes brutes. Une revue à la baisse du montant total des gains illicites n'implique donc pas automatiquement une réduction du montant de la créance compensatrice. Il n'était en tout cas pas inadmissible de ne pas opérer une réduction en l'espèce, dès lors que le montant de 5000 fr. retenu demeure de toute manière bien inférieur au total des gains réalisés pouvant être pris en considération. Le grief est donc infondé.
4. Le recours doit ainsi être partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le recourant obtient gain de cause sur un point; pour le surplus, son recours était dénué de chances de succès. Sa requête d'assistance judiciaire ne sera donc que partiellement admise (<ref-law>). En conséquence, il devra supporter une partie des frais (<ref-law>) et se verra allouer une indemnité de dépens réduite (<ref-law>), à verser à son mandataire d'office par le canton de Vaud (<ref-law>).
La cause étant tranchée, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. La requête d'assistance judiciaire est partiellement admise et Me Pascal de Preux désigné comme avocat d'office du recourant. Elle est rejetée pour le surplus.
3. Une part des frais judiciaires, arrêtée à 1000 fr., est mise à la charge du recourant.
4. Une indemnité de 1500 fr., à verser à Me Pascal de Preux à titre de dépens réduits, est mise à la charge du canton de Vaud.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 10 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz