hat sich ergeben:
A.- Die aus Bulgarien stammende H._ (geb. 1970) reiste am 18. Oktober 1994 in die Schweiz ein, wo sie am 28. April 1995 den Schweizer Bürger R._ (geb. 1973) heiratete. Sie erhielt im Anschluss hieran eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei ihm. Mitte April 1998 trennten sich die Eheleute R._-H. _, wobei sie sich am 20. Mai 1998 auf ein Scheidungskonvenium einigten. In der Folge widersetzte sich H._ indessen der Scheidung.
B.- Am 11. August 2000 weigerte sich die Fremdenpolizei des Kantons Luzern (heute: Amt für Migration), die Aufenthaltsbewilligung von H._ zu verlängern, und wies die Gesuchstellerin aus dem Kanton weg; H._ berufe sich in rechtsmissbräuchlicher Weise auf ein rein formelles Fortbestehen ihrer Ehe mit einem Schweizer Bürger. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern bestätigte diesen Entscheid auf Beschwerde hin am 29. März 2001.
C.- H._ hat hiergegen am 3. Mai 2001 Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag, das angefochtene Urteil und die Verfügung des Amtes für Migration aufzuheben und ihre Aufenthaltsbewilligung "bis auf Weiteres, bzw. um die übliche Zeitdauer zu verlängern". Sie sei - bei pendentem Scheidungsverfahren - nach wie vor mit einem Schweizer verheiratet. Ihr Verhalten sei nicht rechtsmissbräuchlich; trotz ehewidrigem Verhalten ihres Ehemannes sei sie immer bereit und gewillt gewesen, "alles zu unternehmen, um ihre Ehe zu retten". In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Ausländerfragen beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Das Amt für Migration hat sich nicht vernehmen lassen.
D.- Mit Verfügung vom 30. Mai 2001 legte der Abteilungspräsident der Beschwerde aufschiebende Wirkung bei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach Art. 7 des Bundesgesetzes über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; SR 142. 20) hat der ausländische Ehegatte eines Schweizer Bürgers grundsätzlich Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung (Abs. 1 Satz 1). Für das Eintreten auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde (vgl. Art. 100 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 OG in Verbindung mit Art. 4 ANAG) ist lediglich entscheidend, ob formell eine eheliche Beziehung besteht; anders als bei Art. 8 EMRK ist nicht erforderlich, dass diese auch intakt ist und tatsächlich gelebt wird (<ref-ruling> E. 1b S. 266; <ref-ruling> E. 1b S. 292). Auf die gegen die Verweigerung der Aufenthaltsbewilligung gerichtete Eingabe der Beschwerdeführerin ist daher einzutreten. Die Frage, ob die Bewilligung verweigert werden darf, weil einer der in Art. 7 ANAG vorbehaltenen Ausnahmetatbestände oder ein Verstoss gegen das Rechtsmissbrauchsverbot vorliegt, berührt nicht das Eintreten, sondern bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1b S. 266; <ref-ruling> E. 2b S. 291).
2.- a) Nach Art. 7 Abs. 2 ANAG hat der ausländische Ehegatte eines Schweizer Bürgers keinen Anspruch auf Erteilung der ihm nach Absatz 1 grundsätzlich zustehenden Bewilligung, wenn die Ehe eingegangen worden ist, um die Vorschriften über Aufenthalt und Niederlassung von Ausländern zu umgehen. Erfasst wird davon insbesondere die so genannte "Scheinehe" bzw. "Ausländerrechtsehe", bei der die Ehegatten von vornherein keine echte eheliche Gemeinschaft beabsichtigen.
Auch wenn die Ehe nicht bloss zum Schein eingegangen wurde, heisst dies nicht zwingend, dass dem ausländischen Ehepartner der Aufenthalt ungeachtet der weiteren Entwicklung gestattet werden muss. Zu prüfen ist in diesem Fall, ob sich die Berufung auf die Ehe nicht anderweitig als rechtsmissbräuchlich erweist (<ref-ruling> E. 5a S. 56, mit Hinweisen).
b) Rechtsmissbrauch liegt vor, wenn ein Rechtsinstitut zweckwidrig zur Verwirklichung von Interessen verwendet wird, die es nicht schützen will (<ref-ruling> E. 3b S. 375; <ref-ruling> E. 4 S. 103). Im Zusammenhang mit Art. 7 ANAG ist dies der Fall, falls der Ausländer sich im fremdenpolizeilichen Verfahren auf eine Ehe beruft, welche nur noch formell besteht oder aufrechterhalten wird mit dem alleinigen Ziel, ihm eine Anwesenheitsbewilligung zu verschaffen.
Diese Absicht wird von Art. 7 ANAG nicht geschützt (<ref-ruling> E. 5a S. 56; <ref-ruling> E. 4 und 5 S. 50 ff.; <ref-ruling> E. 2 und 4 S. 100 f. bzw. 103 ff.). Ein Rechtsmissbrauch darf allerdings nicht leichthin angenommen werden, namentlich nicht schon deshalb, weil die Ehegatten nicht mehr zusammenleben oder ein Eheschutz- oder Scheidungsverfahren eingeleitet worden ist. Es bedarf auch in diesem Fall konkreter Hinweise dafür, dass sie nicht (mehr) eine eigentliche Lebensgemeinschaft führen wollen, sondern die Ehe nur aus fremdenpolizeilichen Überlegungen zur Umgehung der Vorschriften über Aufenthalt und Niederlassung aufrechterhalten.
c) Wie es sich damit verhält, entzieht sich in der Regel einem direkten Beweis und ist oft - wie bei der "Scheinehe" oder früher bei der "Bürgerrechtsehe" (vgl.
<ref-ruling> ff.) - nur durch Indizien zu erstellen. Feststellungen über das Bestehen von solchen Hinweisen können äussere Gegebenheiten, aber auch innere psychische Vorgänge betreffen (Wille der Ehegatten). In beiden Fällen handelt es sich um tatsächliche Feststellungen (<ref-ruling> E. 2a S. 6; vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 248), die das Bundesgericht binden, wenn eine richterliche Behörde oder Vorinstanz den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen ermittelt hat (Art. 105 Abs. 2 OG). Frei zu prüfen ist die Rechtsfrage, ob die festgestellten Tatsachen (Indizien) darauf schliessen lassen, das Aufrechterhalten der Ehe bezwecke allein die Umgehung fremdenpolizeilicher Vorschriften.
3.- Mit dem Verwaltungsgericht ist ein entsprechender Missbrauch vorliegend zu bejahen:
a) Am 14. April 1998 verliess der Gatte der Beschwerdeführerin die eheliche Wohnung und zog zu seinen Eltern. In der Folge kam es zu Verhandlungen zwischen den Eheleuten, welche am 20. Mai 1998 zu einem Scheidungskonvenium führten, in dessen Rahmen sie übereinstimmend feststellten, dass die Ehe "tief und unheilbar zerrüttet sei".
Die Parteien seien sich darüber "einig, dass es zum heutigen Zeitpunkt nicht mehr möglich und zumutbar" erscheine, "das in der Ehe übliche Zusammenleben als Ehemann und Ehefrau weiterzuführen". Sie kämen daher überein, ihre nicht mehr den gesetzlichen Zweck erfüllende Ehe einvernehmlich aufzulösen.
Dabei wurde auf Initiative der Beschwerdeführerin die Verpflichtung des Klägers in die Vereinbarung aufgenommen, "die Beklagte bei einem allfälligen Gesuch um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung in der Schweiz zu unterstützen, bzw. , bei einer Befragung durch die Fremdenpolizei nichts zu äussern, was den Erhalt einer solchen Bewilligung gefährden könnte". Im anschliessenden Scheidungsverfahren widersetzte sich die Beschwerdeführerin der Scheidung mit der Begründung, sie habe sich am 20. Mai 1998 insofern in einem Grundlagenirrtum befunden, als sie bei der Unterzeichnung des Konveniums angenommen habe, "mit der entsprechenden Unterstützung des Klägers werde es möglich sein, auch bei einer Scheidung vor Ablauf einer fünfjährigen Ehedauer die Aufenthaltsbewilligung behalten, bzw. erneuern zu können". Nach den entsprechenden Abklärungen bei der Fremdenpolizei müsse beim derzeitigen Stand der Dinge nunmehr aber davon ausgegangen werden, dass dies nicht ohne weiteres möglich sei.
Hätte sie dies gewusst, "hätte sie ihre Zustimmung weder zur Scheidung noch zu einem Konvenium gegeben". Seit dessen Unterzeichnung hätten sich die Verhältnisse insofern geändert, als sie inzwischen davon ausgehen müsse, dass sie "im Falle einer Scheidung vor Ablauf einer Ehedauer von fünf Jahren keine Aufenthalts- und Arbeitsbewilligung im Kanton Luzern, bzw. in der Schweiz mehr" erhalte. Anlässlich der Verhandlung vor dem Amtsgericht vom 5. März 1999 gab die Beschwerdeführerin zu Protokoll, keine gemeinsame Zukunft mehr mit ihrem Ehegatten zu sehen. Am 24. Februar 2000 erklärte sie der Fremdenpolizei gegenüber, sie habe sich damit einverstanden erklärt, das Scheidungsverfahren mit der Option zu sistieren, zu einem späteren Zeitpunkt, nicht vor April 2000, ihre Zustimmung doch noch zu geben.
b) Gestützt auf diese unbestrittenen Tatsachen durfte das Verwaltungsgericht, wie das Bundesgericht bereits in einem ähnlich gelagerten Entscheid erkannt hat (unveröffentlichtes Urteil vom 11. April 1997 i.S. T.), ohne Verletzung von Bundesrecht annehmen, der Beschwerdeführerin sei es mit ihrem Widerstand gegen die Scheidung nicht mehr um einen von Art. 7 ANAG geschützten Zweck, sondern ausschliesslich noch um die Aufrechterhaltung ihrer Aufenthaltsbewilligung gegangen. Insbesondere die Sistierung des Scheidungsverfahrens bis zum April 2000, dem Zeitpunkt, in dem die Beschwerdeführerin einen Bewilligungsanspruch aus eigenem Recht erworben hätte, weist deutlich in diese Richtung. Hierzu dient Art. 7 ANAG indessen nicht. Obschon die Aufenthaltsbewilligung weder vom gemeinsamen Wohnsitz der Ehegatten noch davon abhängt, dass die Ehe intakt ist, liegt der Gesetzeszweck doch primär darin, die Aufnahme des Familienlebens in der Schweiz zu ermöglichen und abzusichern (<ref-ruling> E. 5d S. 59). Wie sich aus den Akten ergibt, hat sich die Beschwerdeführerin - nachdem ihr bewusst geworden war, dass sie ihre Bewilligung verlieren könnte - darauf eingerichtet, die nur noch formell bestehende Ehe trotz inzwischen mehrjähriger faktischer Trennung bei fehlender Aussicht auf Wiedervereinigung allein zur Sicherung ihrer Anwesenheit in der Schweiz aufrecht zu erhalten. Auf eine derartige Beanspruchung des Aufenthaltsrechts des ausländischen Gatten ist Art. 7 ANAG nicht ausgerichtet. Dient die Ehe einzig noch dem Zweck, unter Umständen während Jahren bis zum Erwerb eines eigenständigen Bewilligungsanspruchs den Verbleib in der Schweiz zu sichern, ist die Berufung auf diese Bestimmung rechtsmissbräuchlich (<ref-ruling> E. 5d S. 59).
c) Was die Beschwerdeführerin hiergegen einwendet, überzeugt nicht: Soweit sie geltend macht, sie sei durch die plötzlich beabsichtigte Scheidung ihres Gatten überrascht und psychisch derart belastet gewesen, dass sie sich nicht auf eine Kampfscheidung habe einlassen wollen, übersieht sie, dass auch nach ihren eigenen Angaben die eheliche Beziehung bereits zuvor stark belastet war. Konkrete Schritte zu einer Wiederaufnahme der Beziehung hat sie zwar offenbar kurz nach dem Auszug ihres Gatten unternommen; in der Folge fand sie sich aber relativ rasch mit der Realität ab, wobei es ihr beim Festhalten an der Ehe, was sie im Scheidungsverfahren letztlich zugestand, nur noch um die Aufrechterhaltung der Bewilligung ging. Erst als sie sich bewusst geworden war, dass sie ihre Bewilligung verlieren könnte, hat sie begonnen, sich der Scheidung zu widersetzen und sich auf ihre nur noch auf dem Papier bestehende Beziehung zu ihrem schweizerischen Gatten zu berufen. Ist mit einer Wiederaufnahme der ehelichen Gemeinschaft - wie hier - offensichtlich nicht mehr zu rechnen, spielen die Gründe für das Scheitern der Ehe bei der Frage des Rechtsmissbrauchs, welche aus heutiger Sicht zu beurteilen ist, keine Rolle (<ref-ruling> E. 5d S. 59/60). Ob die Beschwerdeführerin am Scheitern der Ehe, wie sie einwendet, keine Schuld trifft, ist deshalb irrelevant. Es genügt, dass sie einen Anspruch aus einer Ehe ableiten will, die formell zwar mehr als fünf Jahre gedauert hat, welche aber zumindest seit dem dritten Ehejahr ohne Aussicht auf Wiedervereinigung, abgesehen von den damit verbundenen fremdenpolizeirechtlichen Auswirkungen, von beiden Seiten nicht mehr gewollt war. Zwar soll der Ausländer nicht der Willkür des schweizerischen Ehepartners ausgeliefert werden, worauf die Beschwerdeführerin zu Recht hinweist; dies gilt aber nur im Rahmen des Zwecks von Art. 7 ANAG. Auch wenn nach Art. 114 nZGB nunmehr faktisch die Vermutung besteht, dass erst nach einer vierjährigen Trennungsdauer von einer unheilbar zerrütteten Ehe auszugehen ist, hat die Beschwerdeführerin hier wiederholt - und vor Inkrafttreten des neuen Scheidungsrechts - selber anerkannt, dass dies bei ihrer Ehe bereits vorher der Fall war. Erst die fehlende Aufenthaltsbewilligung als "absolute Bedingung für das Zustandekommen des Konveniums" (so die Duplik der Beschwerdeführerin vom 18. Januar 1999 im Scheidungsverfahren, S. 5) liess sie sich offenbar eines Besseren besinnen.
4.- Nach dem Gesagten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde unbegründet und deshalb abzuweisen. Dem Verfahrensausgang entsprechend würde die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Da ihre Beschwerde jedoch - wie auch das Verwaltungsgericht angenommen hat - nicht als zum Vornherein aussichtslos bezeichnet werden kann und das Urteil vom 11. April 1997 unpubliziert geblieben bzw. <ref-ruling> ff. erst am 2. Mai 2001 veröffentlicht worden ist, womit die bedürftige Beschwerdeführerin bei Beschwerdeeinreichung hiervon noch keine Kenntnis haben konnte, rechtfertigt es sich, ihrem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu entsprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
a) Es werden keine Kosten erhoben.
b) Der Beschwerdeführerin wird Rechtsanwalt Michael Jahn, Kantonsstrasse 40, Horw, als unentgeltlicher Rechtsanwalt beigegeben. Diesem wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Amt für Migration und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie dem Bundesamt für Ausländerfragen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 12. September 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: