Faits:
A. A.a Les époux A._ se sont mariés le 20 août 1999. Aucun enfant n'est issu de leur union.
Le 4 juin 2009, l'époux a ouvert action devant le Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte, concluant au prononcé du divorce et à la liquidation du régime matrimonial des époux. L'épouse a conclu au rejet de la demande, alléguant que les parties n'étaient pas séparées depuis deux ans au moment de l'introduction de la procédure.
A.b Lors de l'audience préliminaire qui s'est déroulée le 24 novembre 2009, l'épouse a conclu "à ce que la question de la durée de la séparation fasse l'objet d'un jugement réglant cette question préalable", en application de l'art. 285 du Code de procédure civile vaudois du 14 décembre 1966 (RSV 270.11; CPC/VD).
Par ordonnance sur preuves du 1er avril 2010, le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a, entre autres points, rejeté la "requête d'instruction et de jugement séparé d'une question préjudicielle". Le 22 avril 2010, l'épouse a sollicité la motivation de cette décision; le 28 avril suivant, le président a indiqué qu'il n'y avait pas de motivation d'une ordonnance sur preuves.
A.c Par arrêt du 14 mai 2010, la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud a déclaré irrecevable le recours déposé par l'épouse contre cette décision, pour le motif que l'ordonnance de disjonction de l'<ref-law>/VD n'est pas susceptible de recours immédiat, selon l'<ref-law>.
B. L'épouse interjette le 12 mai 2010 un "recours" au Tribunal fédéral contre l'ordonnance sur preuves du 1er avril 2010, concluant à sa réforme en ce sens que sa requête tendant à ce que la question de la durée de la séparation des parties (avant le dépôt de la demande en divorce) fasse l'objet d'un jugement réglant cette question préalable est admise et qu'une ordonnance de disjonction est rendue; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de la décision attaquée, le dossier étant renvoyé au Président du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'une application arbitraire de l'<ref-law>/VD.
L'intimé conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. Le président du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte ne s'est pas déterminé dans le délai qui lui a été imparti à cet effet.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité du recours qui lui est soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3).
1.1 La décision attaquée rejette, dans une ordonnance sur preuves, une requête de disjonction. Il s'agit d'une décision préjudicielle ou incidente qui, dès lors qu'elle ne concerne pas la compétence ou la récusation (cf. <ref-law>), ne peut faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral que si l'une des deux hypothèses prévues par l'<ref-law> est réalisée, à savoir si elle peut causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b). Le préjudice irréparable de l'<ref-law> est de nature juridique: il faut qu'il ne puisse pas être ultérieurement réparé ou entièrement réparé par une décision finale favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 2 p. 190; arrêt 4A_85/2007 du 11 juin 2007 consid. 3.1; cf. pour l'ancien droit, <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 110). Selon la jurisprudence, si la décision préjudicielle ou incidente peut être revue avec la décision finale, il n'y a en principe pas de préjudice irréparable. En l'espèce, le refus de disjoindre la question de la durée de la séparation des parties ne pourra pas être revu dans le cadre d'un recours dirigé contre le jugement final de divorce. Il y a donc lieu d'admettre que la décision incidente attaquée cause un préjudice irréparable à la recourante.
1.2 La voie de recours contre la décision incidente est celle qui est ouverte contre la décision principale finale (arrêts 5A_108/2007 du 11 mai 2007 consid. 1.2; 5A_218/2007 du 7 août 2007 consid. 2.1; 5A_352/2007 du 7 septembre 2007 consid. 1.1; 5A_373/2008 du 7 juillet 2008 consid. 1; 5A_590/2008 du 8 janvier 2009 consid. 1.2). Rendue dans le cadre d'une procédure de divorce, non pécuniaire au stade de la première instance, la décision attaquée est susceptible d'un recours en matière civile (<ref-law>). Conformément à l'<ref-law>/VD, il n'y a pas de recours contre les ordonnances de disjonction; par conséquent, la décision entreprise a été rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>). Interjeté par une partie qui a succombé devant l'autorité cantonale (<ref-law>), dans un délai de 30 jours (<ref-law>), le présent recours est recevable.
1.3 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit suisse tel qu'il est délimité à l'<ref-law>, à savoir le droit fédéral - y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 1 p. 95) - (let. a), le droit international (let. b) et le droit intercantonal (let. e). En revanche, sous réserve des hypothèses visées à l'art. 95 let. c et d LTF, la violation du droit cantonal n'est pas un motif de recours. Toutefois, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, parce qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466).
1.4 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 211; <ref-ruling> consid. 2 p. 61). En ce qui concerne la façon dont le droit cantonal a été appliqué, il ne faut pas confondre arbitraire et violation de la loi; une violation doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à examiner quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement dire si l'interprétation qui a été faite est défendable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 219). Il appartient au recourant d'établir la réalisation de ces conditions, par une argumentation précise répondant aux exigences de l'<ref-law> (principe d'allégation). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261; <ref-ruling> consid. 1b p. 495).
2. La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'<ref-law>/VD. Aux termes de cette disposition, lorsque le procès soulève des questions exceptionnelles ou de fond susceptibles d'être instruites séparément et dont la solution est de nature à mettre fin au litige ou à le simplifier considérablement, le juge instructeur, après avoir interpellé les parties, peut décider de disjoindre l'instruction et le jugement de ces questions (al. 1); il est tenu d'ordonner cette disjonction lorsqu'elle présente des avantages évidents, en évitant des procédés longs et coûteux (al. 2). La recourante fait valoir que, dans la mesure où l'action en divorce de l'intimé est fondée sur l'<ref-law> et, partant, sur une prétendue séparation des parties de deux ans au moins, ce qu'elle conteste, un jugement qui serait limité à la question de savoir si le principe du divorce est acquis et qui répondrait par la négative à cette question, en particulier sous l'angle du délai de séparation, éviterait des procédés longs et coûteux. Conformément à l'ordonnance sur preuves, le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a, en effet, prévu l'audition de huit témoins, la plupart domiciliés en Suisse allemande ou à l'étranger, et ordonné la mise en oeuvre d'une expertise judiciaire portant sur la liquidation des rapports patrimoniaux entre les parties. Outre son coût - une première avance de frais de 6'500 fr. a été requise -, cette expertise nécessiterait plus d'une année, voire plus vraisemblablement plusieurs années pour être rendue. Or, le jugement séparé qui refuserait le principe du divorce parce que les conditions de l'<ref-law> ne seraient pas remplies, constituerait un jugement final qui mettrait immédiatement fin à toute la procédure de divorce et éviterait ainsi une procédure longue et coûteuse. Selon la recourante, conformément à l'<ref-law>/VD, le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte avait l'obligation d'ordonner la disjonction, car les avantages seraient évidents.
3. L'intimé fait valoir que le principe d'unité du jugement de divorce doit amener le juge à statuer sur le divorce et sur les effets accessoires dans un seul et unique jugement. Si le demandeur a pris le risque d'ouvrir action en divorce avant l'échéance du délai de deux ans, il sera alors sanctionné par des dépens et par un renvoi "à la case départ". En revanche, s'il a ouvert action alors qu'il y avait en tout cas deux ans de séparation, il est en droit d'exiger de la justice un jugement rendu dans les meilleurs délais, lequel statuerait tant sur les conditions de l'<ref-law> que sur l'ensemble des effets accessoires du divorce. Enfin, l'intimé réfute l'argument relatif au coût de l'expertise ordonnée en vue de la liquidation du régime matrimonial, dans la mesure où cette expertise sera dans tous les cas utile, que ce soit dans le cadre de l'action ouverte par hypothèse après le délai de deux ans ou dans le cadre d'une action qui serait ouverte ultérieurement, après le rejet de la première.
4. 4.1 Nonobstant ce qu'elle laisse entendre dans son recours, la recourante n'a pas conclu à ce que l'autorité de première instance statue à titre préjudiciel sur le principe du divorce, mais uniquement à ce que la question de la durée de la séparation des parties, au moment de l'introduction de la demande en divorce par l'intimé, fasse l'objet d'une instruction et d'un jugement préalables. Par conséquent, la question de savoir si une décision préjudicielle rendue sur le principe du divorce violerait le principe de l'unité du jugement de divorce posé par le droit fédéral, selon lequel le juge qui prononce le divorce doit régler dans le même jugement les effets accessoires de celui-ci - principe qui est resté applicable après la révision du Code civil de 1998/2000 (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 545) et qui est repris à l'art. 283 al. 1 du Code de procédure fédéral du 19 décembre 2008, qui entrera en vigueur le 1er janvier 2011 - peut demeurer indécise.
4.2 En l'espèce, l'instruction séparée et préalable de la question de savoir si les parties étaient séparées depuis deux ans au moins au moment de l'introduction de la demande en divorce présente des avantages évidents, dans la mesure où, s'il devait y être répondu par la négative, le jugement qui serait rendu au fond devrait rejeter la demande en divorce, rendant ainsi inutile la mise en oeuvre de mesures d'instruction relatives aux effets accessoires du divorce, en particulier l'expertise, coûteuse et longue, ordonnée en l'espèce en rapport avec la liquidation des rapports patrimoniaux des parties. Le fait que cette expertise puisse, le cas échéant, être utilisée dans le cadre d'une procédure ultérieure - incertaine - n'est pas de nature à modifier cette appréciation. On ne saurait, en effet, contraindre la recourante à participer à toute la procédure de divorce, y compris celle d'expertise, si la condition du délai de séparation de deux ans n'est pas remplie. En refusant la requête de disjonction de la recourante, le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a ainsi appliqué de manière arbitraire l'<ref-law>/VD.
5. Vu ce qui précède, le recours doit être admis et le chiffre I de l'ordonnance attaquée réformé en ce sens que la requête de disjonction de la recourante, tendant à ce que la question de la durée de la séparation des parties avant le dépôt de la demande en divorce fasse l'objet d'une instruction et d'un jugement préalables, est admise. L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>) et versera des dépens à la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le chiffre I de l'ordonnance attaquée est réformé en ce sens que la requête de disjonction de dame A._ est admise.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte.
Lausanne, le 15 octobre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet