Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Gemäss Art. 56 Abs. 1 des Baureglements der Stadt Arbon vom 21. Dezember 1999 (im Folgenden: Baureglement) erlässt der Stadtrat einen Plan zum Schutz und zur Pflege erhaltenswerter Natur- und Kulturobjekte. Nach Art. 57 Abs. 1 Baureglement sind die im Plan bezeichneten Naturobjekte für das Orts- und Landschaftsbild von besonderer Bedeutung und deshalb nach Möglichkeit zu erhalten. Das Fällen der aufgeführten Bäume untersteht der Bewilligungspflicht.
Im Schutzplan Natur- und Kulturobjekte 2000 vom 21. Dezember 1999 (im Folgenden: Schutzplan) ist die "Seufzer-Allee" - ein Bestand von über 90 Rosskastanien auf der Seeuferpromenade - erfasst. Dieses Gelände (Parzellen Nrn. 2153a und b) gehört der Politischen Gemeinde Arbon (im Folgenden: Gemeinde). Weiter sind im Schutzplan Parkbäume auf der landseitig angrenzenden Parzelle Nr. 2151 eingetragen, die im Eigentum der Saurer Hamel AG steht. Laut der zum Schutzplan gehörenden Liste der Natur- und Kulturobjekte sind auf dieser Parzelle (Bahnhofstrasse 61) als Parkbäume die Buchen geschützt.
Im Schutzplan Natur- und Kulturobjekte 2000 vom 21. Dezember 1999 (im Folgenden: Schutzplan) ist die "Seufzer-Allee" - ein Bestand von über 90 Rosskastanien auf der Seeuferpromenade - erfasst. Dieses Gelände (Parzellen Nrn. 2153a und b) gehört der Politischen Gemeinde Arbon (im Folgenden: Gemeinde). Weiter sind im Schutzplan Parkbäume auf der landseitig angrenzenden Parzelle Nr. 2151 eingetragen, die im Eigentum der Saurer Hamel AG steht. Laut der zum Schutzplan gehörenden Liste der Natur- und Kulturobjekte sind auf dieser Parzelle (Bahnhofstrasse 61) als Parkbäume die Buchen geschützt.
B. Auf der Parzelle Nr. 2151 befand sich ein Fabrikgebäude, in dem zuletzt das Saurer Ersatzteillager untergebracht war. Der Stadtrat Arbon hatte als kommunale Baubehörde der Generalunternehmung HRS Hauser Rutishauser Suter AG (im Folgenden: HRS AG) im November 2001 den Abbruch dieser Baute und eine Überbauung mit fünf Mehrfamilienhäusern bewilligt. In jenem Rahmen hatte die Baubehörde erstmals Nebenbestimmungen über Veränderungen an den geschützten Baumbeständen auf dieser Parzelle und der Seeuferpromenade getroffen. Infolge eines dagegen gerichteten Rekurses der Stiftung von WWF Schweiz und WWF Thurgau hob der Stadtrat diese Nebenbestimmungen im April 2002 wieder auf und wies deren Bewilligung in ein separates Verfahren. Im Übrigen erwuchs die Baubewilligung in Rechtskraft.
B. Auf der Parzelle Nr. 2151 befand sich ein Fabrikgebäude, in dem zuletzt das Saurer Ersatzteillager untergebracht war. Der Stadtrat Arbon hatte als kommunale Baubehörde der Generalunternehmung HRS Hauser Rutishauser Suter AG (im Folgenden: HRS AG) im November 2001 den Abbruch dieser Baute und eine Überbauung mit fünf Mehrfamilienhäusern bewilligt. In jenem Rahmen hatte die Baubehörde erstmals Nebenbestimmungen über Veränderungen an den geschützten Baumbeständen auf dieser Parzelle und der Seeuferpromenade getroffen. Infolge eines dagegen gerichteten Rekurses der Stiftung von WWF Schweiz und WWF Thurgau hob der Stadtrat diese Nebenbestimmungen im April 2002 wieder auf und wies deren Bewilligung in ein separates Verfahren. Im Übrigen erwuchs die Baubewilligung in Rechtskraft.
C. Am 31. März 2003 verabschiedete der Stadtrat Arbon ein überarbeitetes Projekt vom 20. März 2003 zur Allee-Erneuerung auf den Parzellen Nrn. 2153a, 2153b und 2151. Er wies die Bauverwaltung an, dafür ein Baugesuchsverfahren im Sinne von § 7 des Gesetzes zum Schutz und zur Pflege der Natur und der Heimat des Kantons Thurgau in der Fassung vom 16. August 1995 (NHG/TG; RB 450.1) einzuleiten. Das Projekt wurde vom 4. bis 23. April 2003 öffentlich aufgelegt. Als Gesuchstellerin trat die Gemeinde auf.
Das Vorhaben sah vor, die Seufzer-Allee im Abschnitt entlang der Grundstücksgrenze zur Parzelle Nr. 2151 neu zu gestalten. Dabei sollten 19 Kastanienbäume der landseitigen Baumreihe gefällt und an ihrer Stelle 15 Neupflanzungen vorgenommen werden. Dadurch würden die Abstände von rund 7 Meter auf 10,75 Meter vergrössert. Dieser Eingriff sollte die erste Etappe der gesamten Allee-Erneuerung bilden. Auf der Seeseite waren im Rahmen dieser Etappe keine Eingriffe an der Allee geplant. Ausserdem sollten laut dem Projekt vom 20. März 2003 fünf einzeln bezeichnete Parkbäume auf Parzelle Nr. 2151 zur Auslichtung des Bestands gerodet werden.
Das Vorhaben sah vor, die Seufzer-Allee im Abschnitt entlang der Grundstücksgrenze zur Parzelle Nr. 2151 neu zu gestalten. Dabei sollten 19 Kastanienbäume der landseitigen Baumreihe gefällt und an ihrer Stelle 15 Neupflanzungen vorgenommen werden. Dadurch würden die Abstände von rund 7 Meter auf 10,75 Meter vergrössert. Dieser Eingriff sollte die erste Etappe der gesamten Allee-Erneuerung bilden. Auf der Seeseite waren im Rahmen dieser Etappe keine Eingriffe an der Allee geplant. Ausserdem sollten laut dem Projekt vom 20. März 2003 fünf einzeln bezeichnete Parkbäume auf Parzelle Nr. 2151 zur Auslichtung des Bestands gerodet werden.
D. Die Stiftung WWF Schweiz vertreten durch die Sektion Bodensee/Thurgau erhob gegen das Gesuch Einsprache, um sich gegen das Fällen der Bäume zu wehren. Der Verkehrsclub der Schweiz, Sektion Thurgau, hatte eine Einsprache mit paralleler Zielsetzung eingelegt, aber nachträglich zurückgezogen. Die kommunale Baubehörde überwies das Verfahren zum Entscheid an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU), weil die Gemeinde in diesem Verfahren Parteistellung habe. Das DBU erweiterte den Kreis der Verfahrensparteien, in Anwendung von § 8 Abs. 2 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Thurgau vom 23. Februar 1981 (VRG/TG; RB 170.1), um die HRS AG und die Saurer Hamel AG, die als Verfahrensbeteiligte bezeichnet wurden.
Mit Entscheid vom 8. Oktober 2003 bejahte das DBU, gestützt auf § 109 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Thurgau vom 16. August 1995 (PBG/TG; RB 700), seine Zuständigkeit. Es wies die Einsprache der Stiftung WWF Schweiz ab, soweit es darauf eintrat (Dispositiv Ziffer 2). In Ziffer 3 des Dispositivs wurde die Bewilligung für die beantragten Eingriffe mit folgenden Auflagen erteilt:
"1. -:-
"2. -:-
"3. -:-
3.1 Naturobjekt "Seufzer-Allee":
"1. -:-
"2. -:-
"3. -:-
3.1.1 Die Verjüngung mit Rosskastanienbäumen hat mit mindestens vier Jahre alten Jungbäumen zu erfolgen.
3.1.2 Die Gesuchstellerin hat beim nächsten Verjüngungsschritt an der Allee ein Gesamtverjüngungskonzept vorzulegen, in welchem unter Berücksichtigung des Gesundheitszustandes der Alleebäume zeitlich und umfangmässig begrenzte Verjüngungsschritte vorzusehen sind.
3.2 Einzelbäume und Baumgruppen auf Parzelle Nr. 2151:
3.2.1 Für die Eingriffe in die geschützten Parkbäume am nördlichen Rand der Parzelle Nr. 2151 sind an geeigneter Stelle auf der ursprünglichen Parzelle oder an einer andern Stelle auf Gemeindegebiet artgerechte Ersatzbäume zu pflanzen, wobei eine Baumgrösse 2. Klasse anerkannt wird."
3.2.1 Für die Eingriffe in die geschützten Parkbäume am nördlichen Rand der Parzelle Nr. 2151 sind an geeigneter Stelle auf der ursprünglichen Parzelle oder an einer andern Stelle auf Gemeindegebiet artgerechte Ersatzbäume zu pflanzen, wobei eine Baumgrösse 2. Klasse anerkannt wird."
E. Die Stiftung WWF Schweiz reichte gegen den Entscheid des DBU Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau ein. Sie beantragte, in Aufhebung von Ziffern 2 und 3 des Dispositivs sei das Gesuch um teilweise Allee-Erneuerung auf den drei genannten Parzellen (mit Ausnahme von vier rotblühenden Rosskastanien) abzulehnen.
Beim Augenschein, den das Verwaltungsgericht am 4. Februar 2004 durchführte, wurde festgestellt, dass auf der Parzelle Nr. 2151 zwischenzeitlich mehrere Bäume gefällt worden waren, unter anderem eine geschützte Blutbuche. Daraufhin formulierte die Stiftung WWF Schweiz das Rechtsbegehren wie folgt neu:
1. Die Ziffern 2 und 3 des Entscheides des DBU vom 8. Oktober 2003 seien aufzuheben;
2. Es sei präzise anzuordnen, wo und bis wann die Verfahrensbeteiligten für die gefällten Bäume auf Parzelle Nr. 2151 artgerechte Ersatzbäume 2. Klasse pflanzen müssen;
3. Das Gesuch um eine 'teilweise Allee-Erneuerung' sei (mit Ausnahme der vier rotblühenden Rosskastanien) abzuweisen."
3. Das Gesuch um eine 'teilweise Allee-Erneuerung' sei (mit Ausnahme der vier rotblühenden Rosskastanien) abzuweisen."
F. Das Verwaltungsgericht erwog im Entscheid vom 16. Juni 2004, die Seufzer-Allee habe für das Orts- und Landschaftsbild eine hohe Bedeutung, ebenso für die Erholung der Bevölkerung. Eingriffe seien deshalb heikel und wollten wohlgeplant sein. Es gehe nicht an, einen Eingriff in einen Teil der Allee zu bewilligen, ohne dass ein Gesamtkonzept vorliege. Die Angelegenheit sei deshalb an die Gemeinde zurückzuweisen, der es überlassen bleibe, eine Gesamterneuerung mit etappenweiser Verwirklichung aufzulegen. Es sei jedoch klarzustellen, dass eine Gesamterneuerung der Allee nicht grundsätzlich nicht bewilligt werden könne, da die Allee als Ganzes und nicht deren Einzelbäume geschützt seien.
Bezüglich der Parkbäume auf Parzelle Nr. 2151 verneinte das Verwaltungsgericht die Zulässigkeit der Überweisung des Einspracheverfahrens von der kommunalen Baubehörde an das DBU. Durch dieses Vorgehen sei eine Instanz übersprungen worden, was die Stiftung WWF Schweiz zu Recht gerügt habe. Die Sache sei deshalb insofern an die kommunale Baubehörde zum Entscheid zurückzuweisen. Allerdings gehe es nun nicht mehr um die Bewilligung eines Eingriffs, sondern um die Regelung der Ersatzpflanzung.
Folglich entschied das Verwaltungsgericht wie folgt:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird Ziffer 3 des Entscheides des Departements für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau aufgehoben und die Sache an die Politische Gemeinde Arbon zurückgewiesen:
a) zur Ausarbeitung eines eventuellen Gesamtprojekts für die Erneuerung der "Seufzer-Allee" und
b) zum Entscheid über die Ersatzpflanzungen bezüglich Parzelle Nr. 2151.
2. Die Stiftung WWF Schweiz bezahlt eine reduzierte Verfahrensgebühr von Fr. 1'000.--, abzüglich Kostenvorschuss, total Fr. 500.--.
3. Die HRS Hauser Rutishauser Suter AG und die Saurer Hamel AG bezahlen eine reduzierte Verfahrensgebühr von je Fr. 500.--, unter solidarischer Haftbarkeit.
4. Die ausseramtlichen Kosten der Beschwerdeführerin und der beiden Verfahrensbeteiligten werden wettgeschlagen.
5. (Mitteilung)."
5. (Mitteilung)."
G. Die Stiftung WWF Schweiz führt gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts staatsrechtliche Beschwerde. Sie rügt eine Verletzung von <ref-law> (Willkürverbot) und <ref-law>. Beantragt wird die Aufhebung von Ziffern 2 und 4 des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache in diesem Umfang an das Verwaltungsgericht.
Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Stadtrat Arbon verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die HRS AG und die Saurer Hamel AG haben durch ihren Rechtsvertreter mitgeteilt, dass sie sich am vorliegenden Verfahren nicht zu beteiligen wünschen.
Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Stadtrat Arbon verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die HRS AG und die Saurer Hamel AG haben durch ihren Rechtsvertreter mitgeteilt, dass sie sich am vorliegenden Verfahren nicht zu beteiligen wünschen.
H. In einer unaufgefordert eingereichten Replik nimmt die Stiftung WWF Schweiz zur Vernehmlassung des Verwaltungsgerichts Stellung. Dieses hat sich, auf Einladung durch das Bundesgericht, seinerseits zur Replik geäussert.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob auf eine staatsrechtliche Beschwerde einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1 S. 228 mit Hinweisen).
1.1 Die angefochtene Kostenregelung stellt einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid dar, gegen den im Bund kein anderes Rechtsmittel als die staatsrechtliche Beschwerde zur Verfügung steht (Art. 84 Abs. 2 und Art. 86 Abs. 1 OG). Fraglich ist indessen, ob es sich um einen Endentscheid oder einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 87 Abs. 2 OG handelt.
1.1.1 Endentscheid im Sinne von Art. 87 OG ist jeder Entscheid, der ein Verfahren vorbehältlich der Weiterziehung an eine höhere Instanz abschliesst, sei es durch einen Entscheid in der Sache selbst, sei es aus prozessualen Gründen. Als Zwischenentscheide gelten demgegenüber jene Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen, sondern bloss einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid darstellen. Nach der Rechtsprechung sind Rückweisungsentscheide grundsätzlich Zwischenentscheide (<ref-ruling> E. 3.2 S. 316 f. mit Hinweisen). Dieser Grundsatz gilt ebenfalls hinsichtlich der Kostenverlegung, auch wenn der Kostenpunkt des Rückweisungsentscheids selbst nicht mehr Gegenstand eines kantonalen Entscheids bilden wird. Die Kostenregelung in einem solchen Zwischenentscheid hat keinen nicht wiedergutzumachenden Nachteil zur Folge, so dass auf die dagegen gerichtete staatsrechtliche Beschwerde nicht eingetreten werden kann (<ref-ruling> E. 1a/bb S. 42 f. mit Hinweisen).
1.1.2 Der vorliegende Rückweisungsentscheid besteht in der Sache, wie aus Dispositiv Ziffer 1 folgt, aus zwei Teilen.
Beim einen Naturobjekt, der Seufzer-Allee, wurde mit dem angefochtenen Entscheid die beantragte Neugestaltung nicht bewilligt. Damit ist das hängige Bewilligungsverfahren abgeschlossen worden. Die Rückweisung lässt der Gemeinde freilich die Möglichkeit offen, ihr Vorhaben im Rahmen eines allfälligen neuen Bewilligungsverfahrens wiederum zur Diskussion zu stellen. Dispositiv Ziffer 1 lit. a des angefochtenen Entscheids erweist sich damit als Endentscheid, gegen den die staatsrechtliche Beschwerde zur Verfügung steht.
Beim anderen Naturobjekt, den Parkbäumen auf Parzelle Nr. 2151, ist die Rückweisung hingegen ein Zwischenentscheid im Sinne von Art. 87 Abs. 2 OG. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin spielt es keine Rolle, dass auf der Gemeindeebene über die Ersatzpflanzungen noch kein Entscheid gefällt wurde. Vielmehr kommt es darauf an, dass die kommunale Behörde gemäss dem angefochtenen Entscheid die Zuständigkeit zu Unrecht verneint hatte und ihr Entscheid mit der Rückweisung nachgeholt werden soll. Bei der allfälligen Anordnung einer Ersatzpflanzung handelt es sich um einen Teilaspekt der Frage, ob ein geschützter Baum gefällt werden kann (vgl. <ref-law>/TG, Art. 57 Abs. 2 Baureglement). Mit Dispositiv Ziffer 1 lit. b des angefochtenen Entscheids wird die erste Instanz deshalb zur Entscheidung im Rahmen des noch nicht abgeschlossenen Bewilligungsverfahrens angewiesen. Insofern ist deshalb die staatsrechtliche Beschwerde nach der Rechtsprechung an sich nicht gegeben.
1.1.3 Das Verwaltungsgericht hat allerdings im angefochtenen Kostenpunkt eine einheitliche Regelung getroffen, die sich auf beide Teilaspekte der Rückweisung bezieht und sich nicht weiter aufschlüsseln lässt. Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden; die beabsichtigten Eingriffe an den beiden Naturobjekten sind im gleichen Bewilligungsverfahren unterbreitet worden. Demzufolge muss auch in der Eintretensfrage eine gesamtheitliche Betrachtungsweise Platz greifen. Dabei ist zu berücksichtigen, dass mit dem Bewilligungsverfahren hauptsächlich die Neugestaltung der Allee angestrebt worden ist, während die Auslichtung der Parkbäume im Vergleich dazu eine untergeordnete Bedeutung hat. Da bezüglich der Hauptfrage ein Endentscheid vorliegt, muss die staatsrechtliche Beschwerde gegen die Kostenregelung gesamthaft zulässig sein.
1.2 Die Legitimation zur staatsrechtlichen Beschwerde richtet sich unabhängig davon, ob dem Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren Parteistellung zugekommen ist, ausschliesslich nach Art. 88 OG; verlangt ist eine Beeinträchtigung in den eigenen rechtlich geschützten Interessen. Die Beschwerdeführerin rügt im Wesentlichen eine willkürliche Anwendung der kantonalen Bestimmungen über die Verfahrenskosten. Mit dem angefochtenen Entscheid wurden der Beschwerdeführerin Kosten von Fr. 1'000.-- auferlegt und eine Parteientschädigung verweigert. In dieser Hinsicht greift der angefochtene Entscheid in rechtlich geschützte Interessen der Beschwerdeführerin ein. Sie ist deshalb insoweit legitimiert, staatsrechtliche Beschwerde zu führen. Dagegen würde die Legitimation hinsichtlich des Entscheids des Verwaltungsgerichts in der Sache selbst fehlen, weil die Beschwerdeführerin am kantonalen Verfahren als Organisation mit ideellem Zweck teilgenommen hat und insofern nicht in eigenen rechtlich geschützten Interessen betroffen ist (Urteil 1P.551/1991 vom 24. September 1991, E. 2b, in: ZBl 1992 S. 24). Somit bleibt die verfassungsrechtliche Kontrolle auf den Kostenspruch als solchen beschränkt und kann nicht dazu führen, dass indirekt auch der Entscheid in der Sache überprüft wird. In diesem Zusammenhang zulässig ist die im vorliegenden Fall vorgebrachte Rüge, der Kostenspruch stehe im Widerspruch zum Ergebnis des Verfahrens (<ref-ruling> E. 2.2 S. 300). Folglich ist die Legitimation im Sinne von Art. 88 OG insoweit gegeben.
1.3 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
1.3 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Gemäss § 77 VRG/TG trägt in streitigen Verfahren in der Regel der Unterliegende die Kosten. Unterliegt ein Beteiligter nur teilweise, wird ihm ein entsprechender Teil der Kosten auferlegt. Von Kanton und Gemeinden wird in der Regel laut § 78 Abs. 3 VRG/TG keine Gebühr erhoben. § 80 Abs. 1 VRG/TG bestimmt, dass im Verfahren vor Verwaltungsgericht in der Regel Anspruch auf Ersatz der ausseramtlichen Kosten besteht. Nach § 80 Abs. 3 VRG/TG sind die unterliegende Partei oder das unterliegende Gemeinwesen zur Bezahlung der Entschädigung verpflichtet, wenn der Ersatz ausseramtlicher Kosten zugesprochen wird. § 75 der Zivilprozessordnung vom 6. Juli 1988 (ZPO/TG; RB 271) ist sinngemäss anzuwenden.
2.2 Das Verwaltungsgericht hat seinen Kostenspruch damit begründet, dass es die Beschwerde teilweise gutheisse. Die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerinnen seien beide teilweise unterlegen. Der Gemeinde würden keine Gebühren in Rechnung gestellt. Da die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerinnen ungefähr zu gleichen Teilen obsiegt hätten, könnten deren ausseramtliche Kosten wettgeschlagen werden.
In der Vernehmlassung an das Bundesgericht führt das Verwaltungsgericht aus, der Beschwerdeführerin sei es bezüglich der Allee darum gegangen, jegliche Teilerneuerung oder gar eine Gesamterneuerung (vorfrageweise) als rechtswidrig feststellen zu lassen und nur die Ersatzpflanzung kranker Einzelbäume zuzulassen. Es verweist dafür auf Antrag Nr. 3 des Rechtsbegehrens der Beschwerdeführerin. Diese Ansicht habe bereits das DBU verworfen. Auch das Verwaltungsgericht habe in den Erwägungen des Entscheids klargestellt, dass eine Gesamterneuerung in Etappen sinnvoll sei, wobei sich die Erneuerung nach dem Zustand der Bäume richten solle. Gemessen am materiellen Gehalt der Anträge sei die Beschwerdeführerin damit nur teilweise durchgedrungen. Hinzu komme, dass sie bezüglich des Antrags Nr. 2 voll unterlegen sei, habe doch das Verwaltungsgericht bezüglich Ersatzbäumen nichts angeordnet.
Die Beschwerdeführerin kritisiert diese Auffassung als willkürlich: Das Verwaltungsgericht habe Ziffern 2 und 3 des Entscheids des DBU vollumfänglich aufgehoben. Es habe festgestellt, dass eine Fällung von 19 Alleebäumen ohne Gesamtkonzept nicht in Frage komme. Bezüglich der ohne rechtskräftige Bewilligung gefällten Baumgruppe auf dem Baugrundstück habe es festgehalten, dass vorerst einmal die Gemeinde über konkrete Ersatzpflanzungen entscheiden müsse. Damit habe das Verwaltungsgericht den Anträgen der Beschwerdeführerin vollumfänglich entsprochen. Ferner sei es für die Kostenfolge bezüglich der Beschwerdeführerin irrelevant, wie viel die Beschwerdegegnerinnen unterlegen seien. Voll unterlegen sei jedenfalls das DBU, dessen Einspracheentscheid aufgehoben worden sei. Es sei daher nicht nachvollziehbar, weshalb das Verwaltungsgericht von einem teilweisen Unterliegen der Beschwerdeführerin spreche.
2.3 Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt sodann nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2.1 S. 275; <ref-ruling> E. 5a S. 70; je mit Hinweisen).
2.4 Mit seinem Kostenentscheid ist das Verwaltungsgericht davon ausgegangen, die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerinnen hätten etwa zur Hälfte obsiegt. Nicht ausdrücklich genannt wird dabei die Gemeinde, die das Verfahren als Gesuchstellerin ausgelöst hat. Die Beschwerdegegnerinnen und die Gemeinde hatten vor Verwaltungsgericht im Wesentlichen gleich lautende Anträge gestellt, die denjenigen der Beschwerdeführerin diametral gegenüberstanden. Der Frage der Kostenregelung im Hinblick auf die Gemeinde bzw. das DBU braucht jedoch nicht nachgegangen zu werden. Erweist sich die Annahme, die Beschwerdeführerin habe zur Hälfte obsiegt, als haltbar, dann ist auch der Kostenspruch für ihren Teil ohne weiteres gerechtfertigt: Die Halbierung der Verfahrenskosten und das Wettschlagen der Parteikosten entspricht der üblichen Kostenverlegung bei je hälftigem Obsiegen.
2.5 Einigkeit herrscht darüber, dass das Verwaltungsgericht mit seinem Entscheid Antrag Nr. 1 des Rechtsbegehrens, das die Beschwerdeführerin im Rahmen des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens formuliert hat, vollumfänglich gutgeheissen hat. Umstritten ist dagegen, ob dies auch für die Anträge Nrn. 2 und 3 zutrifft.
2.5.1 Mit Antrag Nr. 3 hatte die Beschwerdeführerin verlangt, das Gesuch um eine teilweise Allee-Erneuerung sei abzuweisen. Das Verwaltungsgericht weist zu Recht darauf hin, dass sie damit das Anliegen verfolgte, die fraglichen Alleebäume überhaupt vor der Rodung zu schützen. Demgegenüber erachtete das Verwaltungsgericht die geplante Neugestaltung der Allee im Rahmen eines Gesamtkonzepts grundsätzlich als zulässig. Wie seinen Darlegungen zu entnehmen ist, sollte mit der Rückweisung bewirkt werden, dass die beantragte Neugestaltung zwar nicht unmittelbar durchgeführt werden konnte, aber im Rahmen eines neuen Verfahrens - nach der Ausarbeitung eines Gesamtkonzepts - bewilligungsfähig blieb. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin hat der Entscheid indessen keine Bindungswirkung für die Bewilligung eines neu aufgelegten Projekts. Ob das Verwaltungsgericht bezüglich der Allee mit dem Rückweisungsentscheid an die Gemeinde prozessual das richtige Vorgehen für das von ihm angestrebte Ergebnis gewählt hat, ist nicht weiter zu erörtern. Der Beschwerdeführerin fehlt wie dargelegt die Legitimation, um den Entscheid in der Sache mit staatsrechtlicher Beschwerde anzufechten. Somit konnte das Verwaltungsgericht bezüglich Antrag Nr. 3 von einem teilweisen Obsiegen der Beschwerdeführerin ausgehen.
2.5.2 Antrag Nr. 2 des Rechtsbegehrens bezog sich auf die Parkbäume auf Parzelle Nr. 2151 und richtete sich an das Verwaltungsgericht. Er stand jedoch im Widerspruch zu der Rüge, die Gemeindeinstanz sei zu Unrecht übersprungen worden. Dieses Argument bildete die Begründung für den Antrag Nr. 1, soweit damit eine Aufhebung von Dispositiv Ziffer 3.2 des Entscheids des DBU verlangt wurde. Das Verwaltungsgericht konnte insofern nicht gleichzeitig beide Anträge gutheissen. Richtigerweise hätte die Beschwerdeführerin Antrag Nr. 2 als Eventualbegehren stellen müssen für den Fall, dass Antrag Nr. 1 im vorgenannten Umfang nicht gutgeheissen worden wäre. Da die Beschwerdeführerin eine Rangordnung unter den Anträgen des Rechtsbegehrens unterlassen hat, kann keine Rede davon sein, Antrag Nr. 2 sei vollumfänglich gutgeheissen worden. Vielmehr ist es folgerichtig, wenn das Verwaltungsgericht in diesem Punkt die Beschwerdeführerin als unterliegend betrachtet hat.
2.5.3 Im Rahmen der Eintretensprüfung wurde ausgeführt, dass den Eingriffen an den Parkbäumen im Vergleich zu denjenigen an der Allee eine untergeordnete Bedeutung zukommt. Die drei Anträge des Rechtsbegehrens können deshalb nicht als gleichwertig gewichtet werden. Insgesamt ist festzustellen, dass das Verwaltungsgericht in der Sache den Forderungen der Beschwerdeführerin bezüglich beider Naturobjekte nicht vollumfänglich gefolgt ist.
Der Schluss des Verwaltungsgerichts, die Beschwerdeführerin habe zur Hälfte obsiegt, erweist sich unter diesen Umständen nicht als offensichtlich unhaltbar. Zwar wäre es denkbar gewesen, ein Obsiegen der Beschwerdeführeren in einem Umfang von mehr als der Hälfte - jedenfalls aber nicht im vollen Umfang - zu bejahen. So hätte die Gutheissung von Antrag Nr. 1 des Rechtsbegehrens, der prozessual im Vordergrund stand, stärker gewichtet werden können. Angesichts des weiten Ermessensspielraums, der praxisgemäss kantonalen Gerichten bezüglich ihrer Kostenentscheide eingeräumt wird (Urteile 1P.668/2002 vom 12. Mai 2003, E. 4.2; 1P.229/2001 vom 2. Oktober 2001, E. 5b mit Hinweisen), hält der angefochtene Kostenspruch allerdings vor dem Willkürverbot stand. Die staatsrechtliche Beschwerde dringt in diesem Punkt demzufolge nicht durch.
Der Schluss des Verwaltungsgerichts, die Beschwerdeführerin habe zur Hälfte obsiegt, erweist sich unter diesen Umständen nicht als offensichtlich unhaltbar. Zwar wäre es denkbar gewesen, ein Obsiegen der Beschwerdeführeren in einem Umfang von mehr als der Hälfte - jedenfalls aber nicht im vollen Umfang - zu bejahen. So hätte die Gutheissung von Antrag Nr. 1 des Rechtsbegehrens, der prozessual im Vordergrund stand, stärker gewichtet werden können. Angesichts des weiten Ermessensspielraums, der praxisgemäss kantonalen Gerichten bezüglich ihrer Kostenentscheide eingeräumt wird (Urteile 1P.668/2002 vom 12. Mai 2003, E. 4.2; 1P.229/2001 vom 2. Oktober 2001, E. 5b mit Hinweisen), hält der angefochtene Kostenspruch allerdings vor dem Willkürverbot stand. Die staatsrechtliche Beschwerde dringt in diesem Punkt demzufolge nicht durch.
3. Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, der angefochtene Kostenspruch verstosse gegen den in <ref-law> verankerten Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung. Unter diesem Titel bringt sie vor, es gehe nicht an, der obsiegenden Beschwerdeführerin entgegen der klaren Vorschrift im Gesetz Gerichtskosten aufzuerlegen und eine Parteientschädigung vorzuenthalten.
<ref-law> gewährleistet den allgemeinen Grundsatz des fairen Verfahrens (<ref-ruling>5 E. 4.1 S. 88). Die Beschwerdeführerin tut nicht dar, dass der Gehalt dieses verfassungsmässigen Rechts im vorliegenden Zusammenhang über das Willkürverbot hinausgeht. Deshalb erübrigt sich die weitere Prüfung einer allfälligen Verletzung von <ref-law>.
<ref-law> gewährleistet den allgemeinen Grundsatz des fairen Verfahrens (<ref-ruling>5 E. 4.1 S. 88). Die Beschwerdeführerin tut nicht dar, dass der Gehalt dieses verfassungsmässigen Rechts im vorliegenden Zusammenhang über das Willkürverbot hinausgeht. Deshalb erübrigt sich die weitere Prüfung einer allfälligen Verletzung von <ref-law>.
4. Nach dem Gesagten erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde als unbegründet und ist daher abzuweisen. Gemäss dem Ausgang des staatsrechtlichen Beschwerdeverfahrens, in dem allein vermögensrechtliche Interessen geltend gemacht werden, ist die Gerichtsgebühr der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Die Beschwerdegegnerinnen haben in ihrer Eingabe vom 16. November 2004 sinngemäss auf eine Vernehmlassung zu der vorliegenden staatsrechtlichen Beschwerde verzichtet, weshalb ihnen keine Parteientschädigung zuzusprechen ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Arbon und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2004
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: