Sachverhalt:
A. Im Rahmen eines Verwaltungsstrafverfahrens wegen Widerhandlung gegen das Bundesgesetz vom 18. Dezember 1998 über Glücksspiele und Spielbanken (Spielbankengesetz, SBG; SR 935.52) beschlagnahmte die Eidgenössische Spielbankenkommission (ESBK) am 1. Oktober 2008 im Spielsalon Fullhouse in Spreitenbach das Gerät "Super Competition/Wettbewerb" Nr. 02103. Bei der Beschlagnahme bezeichnete sich Y._ als Eigentümer des Geräts.
Gegen die Beschlagnahmeverfügung reichten die X._ GmbH und Y._ beim Direktor der ESBK Beschwerde ein (vgl. Art. 26 Abs. 2 lit. b VStrR [SR 313.0]). Dieser berichtigte die Verfügung nicht, sondern leitete die Beschwerde mit seiner Stellungnahme an die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts weiter (vgl. Art. 26 Abs. 3 VStrR). Die mit der Sache befasste I. Beschwerdekammer wies das Rechtsmittel mit Entscheid vom 30. Januar 2009 ab, soweit sie darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 5. März 2009 beantragen die X._ GmbH und Y._ im Wesentlichen, der Entscheid der I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts sowie die Beschlagnahmeverfügung der ESBK seien aufzuheben. Für den Fall des Nichteintretens auf die Beschwerde von Y._ sei festzustellen, dass die ESBK diesen im Formular für die Beschlagnahmeverfügung als Eigentümer eingetragen habe, sodass er gezwungenermassen auch in eigenem Namen habe Rechtsmittel einlegen müssen. Dies sei im Entscheid über die Kosten- und Entschädigungsfolgen zu berücksichtigen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die ESBK nahm zum Gesuch um aufschiebende Wirkung und zur Sache Stellung. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Mit Präsidialverfügung vom 30. März 2009 hat das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführer um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen (<ref-law>). Angefochten ist ein Entscheid des Bundesstrafgerichtes über eine Beschlagnahme nach Art. 46 VStrR. Es handelt sich um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid über eine Zwangsmassnahme, gegen den die Beschwerde in Strafsachen gegeben ist.
1.2 Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; und b) ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Die Vorinstanz stellte fest, die Verfügung der ESBK vom 1. Oktober 2008 bezeichne Y._ als Eigentümer des beschlagnahmten Geräts. Beide Beschwerdeführer hätten demgegenüber geltend gemacht, dass die X._ GmbH Eigentümerin des Geräts sei und Y._ als deren Organ amtiere. Die Vorinstanz entschied die Frage der Beschwerdelegitimation letztlich nicht, da sie die Beschwerde ohnehin abwies. Auch im Verfahren vor Bundesgericht kann die Frage offen bleiben, wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt.
1.3 Nicht einzutreten ist auf den Antrag, es sei für den Fall des Nichteintretens auf die Beschwerde von Y._ festzustellen, dass die ESBK diesen im Formular für die Beschlagnahmeverfügung als Eigentümer eingetragen habe, sodass er gezwungenermassen auch in eigenem Namen habe Rechtsmittel einlegen müssen. Ein Interesse an einer derartigen Feststellung ist weder dargetan noch sonst ersichtlich (<ref-ruling> E. 1 S. 356 mit Hinweis).
1.4 Unzulässig ist der Antrag der Beschwerdeführer, die Verfügung der ESBK vom 1. Oktober 2008 sei aufzuheben. Diese ist durch den Entscheid der I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2009 ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 mit Hinweis).
1.5 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226 mit Hinweis). Die Beschwerdeführer reichten im bundesgerichtlichen Verfahren einen Prüfbericht über das Spiel "Tutti Frutti" ein, welches im beschlagnahmten Gerät installiert sein soll. Sie machen geltend, die Vorinstanz wäre wohl zu einem anderen Schluss gekommen, wäre ihr der Bericht vorgelegen. Damit zeigen sie nicht auf, inwiefern erst der Entscheid der Vorinstanz zu dem neuen Beweismittel Anlass gegeben hat. Das Beweismittel erweist sich als unzulässig. Dasselbe gilt für die mit der Stellungnahme vom 15. Juni 2009 dem Bundesgericht eingereichten Beilagen.
2. 2.1 In ihrer Vernehmlassung vom 22. April 2009 vertritt die ESBK den Standpunkt, die Beschwerdeführer hätten ihre Beschwerde an die Vorinstanz verspätet eingereicht. Die Beschwerdefrist betrage gemäss Art. 28 Abs. 3 VStrR drei Tage. Damit seien Kalendertage gemeint, was aus einem Vergleich mit Art. 26 Abs. 3 VStrR hervorgehe, wo im Gegensatz dazu ausdrücklich von Werktagen die Rede sei. Konkret habe die Frist am Mittwoch, dem 1. Oktober 2008 zu laufen begonnen und am Samstag, dem 4. Oktober 2008 geendet. Die Postaufgabe der Beschwerde sei erst am 6. Oktober 2008 und damit verspätet erfolgt.
2.2 Die Vorinstanz legte dar, Art. 31 Abs. 1 VStrR erkläre für die Berechnung der Fristen, die Fristverlängerung und die Wiederherstellung gegen die Folgen der Fristversäumnis die Art. 20 bis 24 VwVG (SR 172.021) für sinngemäss anwendbar. Die Fristen im gerichtlichen Verfahren andererseits richteten sich nach dem einschlägigen eidgenössischen oder kantonalen Recht (Art. 31 Abs. 2 VStrR). Das Beschwerdeverfahren vor der I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts sei ein gerichtliches Verfahren im Sinne dieser Bestimmung. Im Gegensatz zur früher zuständigen Anklagekammer des Bundesgerichts, für welche in verfahrensrechtlicher Hinsicht das heute aufgehobene Bundesrechtspflegegesetz (OG) gegolten habe, bestehe für die I. Beschwerdekammer kein eigenes Organisations- bzw. Verfahrensgesetz, welches die Frage der Fristberechnung ausdrücklich regle. Vielmehr verweise Art. 30 lit. a des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 2002 über das Bundesstrafgericht (Strafgerichtsgesetz, SGG; SR 173.71) wieder zurück auf das VStrR. Aus diesem Grund sei es angezeigt, für die Frage der Fristberechnung in den Beschwerdeverfahren nach Art. 25 ff. VStrR vor der I. Beschwerdekammer grundsätzlich Art. 20 bis 24 VwVG anzuwenden.
2.3 In seiner früheren Rechtsprechung wies das Bundesgericht darauf hin, dass für die Fristregelung im Rahmen von Beschwerden an die Anklagekammer des Bundesgerichts gemäss der Verweisung in Art. 31 Abs. 2 VStrR die Vorschriften des OG anwendbar seien (<ref-ruling> E. 2 S. 73 f. mit Hinweis). Art. 32 Abs. 2 OG sah vor, dass eine Frist am nächstfolgenden Werktag endigt, wenn ihr letzter Tag ein Sonntag oder ein vom zutreffenden kantonalen Recht anerkannter Feiertag ist. Diese Regelung galt gemäss Art. 1 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1963 über den Fristenlauf an Samstagen (SR 173.110.3) auch für den Fristablauf an einem Samstag (<ref-ruling> E. 2b S. 527 f.; Urteil U 249/00 vom 23. September 2002 E. 1a). Die Anklagekammer des Bundesgerichts besteht heute nicht mehr. Zuständig für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde ist stattdessen die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts, welche über kein eigenes Verfahrensgesetz verfügt. Das Strafgerichtsgesetz verweist in verfahrensrechtlicher Hinsicht auf das Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht zurück (Art. 30 lit. a SGG). Damit kommt zwar vorliegend entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht Art. 31 Abs. 1 VStrR mit seiner Verweisung auf das Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren zur Anwendung. Im Resultat ist der angefochtene Entscheid dennoch nicht zu beanstanden. In <ref-ruling> stellte das Bundesgericht nämlich fest, die Regelung, wonach sich Fristen bis zum nächsten Werktag verlängerten, wenn ihr letzter Tag auf einen Sonntag oder einen anerkannten Feiertag falle, habe in verschiedenen Bundesgesetzen, wie OG, BZP (SR 273), BStP (SR 312.0), SchKG, OR und ZGB, Aufnahme gefunden: Sie habe sich zumindest im Bereich des Bundesrechts so eingelebt, dass sie die Bedeutung eines allgemein gültigen Grundsatzes erlangt habe (a.a.O., S. 186). Die Gleichstellung des Samstags mit einem anerkannten Feiertag und damit eine Erstreckung dieses allgemein gültigen Grundsatzes erfolgte im erwähnten Bundesgesetz über den Fristenlauf an Samstagen (Urteil H 20/04 vom 19. August 2004 E. 2.4.2, in: AHI 2004 S. 257, VSI 2004 S. 257, Plädoyer 2004/6 S. 69).
Eine Ausnahme von dieser Regelung über den Fristenlauf, welche sich nach dem Gesagten für Sonn- und anerkannte Feiertage auf einen allgemein gültigen Rechtsgrundsatz, für Samstage auf das besagte Bundesgesetz stützt, bedürfte einer klaren gesetzlichen Grundlage. Entgegen der Ansicht der ESBK besteht eine solche im vorliegenden Fall nicht. Die von der ESBK zum Vergleich angeführte Bestimmung von Art. 26 Abs. 3 VStrR richtet sich an den Direktor oder Chef der beteiligten Verwaltung und stellt eine Ordnungsvorschrift dar. Es besteht kein direkter Zusammenhang zu Art. 28 Abs. 3 VStrR, der eine Beschwerdefrist festlegt. Deshalb sind unter dem Begriff "Tage" in Art. 28 Abs. 3 VStrR nicht Kalendertage (im Sinne einer Ausnahme von den dargelegten Grundsätzen) zu verstehen.
Die Dreitagesfrist, deren letzter Tag im vorliegenden Fall auf den Samstag, 4. Oktober 2008 fiel, endete am Montag, dem 6. Oktober 2008. Mit der an diesem Tag erfolgten Aufgabe der Beschwerde bei der schweizerischen Post wurde die Beschwerdefrist gewahrt.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt mit zahlreichen, sich teilweise überschneidenden Vorbringen die Rechtmässigkeit der Beschlagnahme.
3.2 Gegenstände, die gemäss Art. 46 Abs. 1 lit. a und b VStrR als Beweismittel von Bedeutung sein können oder die voraussichtlich der Einziehung unterliegen, können gemäss <ref-law> i.V.m. Art. 47 Abs. 1 VStrR beim jeweiligen Inhaber beschlagnahmt werden, unbekümmert darum, ob dieser auch Eigentümer des betreffenden Vermögenswerts oder Gegenstands ist (<ref-ruling> E. 1c S. 166).
Voraussetzung für die Einleitung eines Verwaltungsstrafverfahrens wie für die Beschlagnahme ist zunächst ein hinreichender Tatverdacht. Dabei genügt ein durch tatsächliche Anhaltspunkte objektiv begründeter Anfangsverdacht gegenüber dem Inhaber der beschlagnahmten Gegenstände und Vermögenswerte oder gegenüber Dritten, der es nach der Erfahrung als möglich erscheinen lässt, dass eine strafbare Handlung vorliegt. An die Bestimmtheit der Verdachtsgründe sind zu Beginn der Strafuntersuchung keine allzu hohen Anforderungen zu stellen. Das Bundesgericht hebt die Beschlagnahme nur auf, wenn die behauptete Rechtsverletzung offensichtlich ist (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 316; Urteil 1S.9/2006 vom 29. Juni 2006 E. 2.2).
3.3 Gemäss angefochtenem Entscheid besteht der hinreichende Verdacht des Verstosses gegen <ref-law>. Nach dieser Bestimmung wird mit Haft oder mit Busse bis zu Fr. 500'000.-- bestraft, wer Glücksspiele ausserhalb konzessionierter Spielbanken organisiert oder gewerbsmässig betreibt. Die ESBK begründete die Beschlagnahme im vorinstanzlichen Verfahren mit dem Argument, der Spielautomat "Super Competition/Wettbewerb" Nr. 02103 unterscheide sich nach bisherigen Erkenntnissen lediglich durch die Überschrift "Tutti Frutti" vom bereits durch das Bundesgericht als Glücksspiel qualifizierten Gerät "Tropical Shop" (vgl. Urteil 2C_442/2007 vom 19. November 2007 E. 4). Es bestehe deshalb der begründete Verdacht, dass es sich beim beschlagnahmten Gerät ebenfalls um einen Glücksspielautomaten handle, welcher im Sinne von <ref-law> ausserhalb einer konzessionierten Spielbank betrieben worden sei. Das Gerät sei zur Beweismittelsicherung beschlagnahmt worden (Art. 46 Abs. 1 lit. a VStrR).
3.4 Die Beschwerdeführer wenden ein, die ESBK sei seit dem August 2008 im Besitz eines Geräts der fraglichen Art. Ein kleiner "Test" hätte zeigen können, dass nicht das Spielbankengesetz, sondern das Bundesgesetz vom 8. Juni 1923 betreffend die Lotterien und die gewerbsmässigen Wetten (SR 935.51) anwendbar sei (<ref-law>).
3.5 Die Ausführungen der Vorinstanz sind nicht zu beanstanden. Die in den Verfahrensakten befindlichen Fotos des Geräts "Super Competition/Wettbewerb" und des Geräts "Tropical Shop" zeigen eine starke Ähnlichkeit. Mit diesem Indiz ist der Verdacht hinreichend begründet, dass die beschlagnahmten Spielautomaten in Verletzung des Spielbankengesetzes verwendet wurden (vgl. E. 3.2 hiervor). Dies gilt unbesehen des Umstands, dass die Beschwerdeführer den Tatverdacht unter anderem mit dem Einwand bestreiten, die in Frage stehende Strafbestimmung von <ref-law> sei wegen des Vorbehalts von <ref-law> nicht anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 316).
Nicht zutreffend ist die in diesem Zusammenhang aufgestellte Behauptung der Beschwerdeführer, die ESBK würde lediglich der Beschriftung des beschlagnahmten Geräts mit "Tutti Frutti" wegen unterstellen, dieses sei identisch mit dem Gerät "Tropical Fruit". Die Rüge der unrichtigen Feststellung des Sachverhalts ist deshalb unbegründet (<ref-law>).
Die Vorinstanz wies zudem richtigerweise darauf hin, der Umstand, dass bereits Geräte gleichen Typs beschlagnahmt und geöffnet worden seien, vermöge den Tatverdacht nicht zu beseitigen, zumal auch bei äusserlich identischen Geräten verschiedene Software verwendet werden könne. Ebenso geeignete, aber weniger einschneidende Massnahmen zur Sicherstellung des Geräts sind schliesslich nicht ersichtlich. Sie wären mit dem Risiko des Wegschaffens oder der Gerätemanipulation verbunden und sind daher ungeeignet. Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit wurde gewahrt.
Anzufügen ist, dass die Beschlagnahme lediglich eine vorläufige prozessuale Massnahme darstellt, die nicht ausführlich begründet werden muss. Sie ist aufzuheben, wenn sich der bestehende Verdacht im Laufe der Untersuchung als unbegründet erweist und die Gegenstände nicht eingezogen werden müssen (Urteil 1S.9/2006 vom 29. Juni 2006 E. 2.4).
Zusammenfassend ergibt sich, dass die strittige Beschlagnahme kein Bundesrecht verletzt.
4. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Sie haben keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Eidgenössischen Spielbankenkommission und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekam-mer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold