Faits:
A. Par prononcé du 14 février 2008, le Préfet du Jura-Nord vaudois a condamné A._ à 120 fr. d'amende. Selon le rapport de la gendarmerie vaudoise du 8 janvier 2008, A._ circulait sur l'autoroute A5 entre Vaumarcus et Onnens, à environ 80 km/h avec une remorque attelée à son automobile, en suivant un véhicule lourd à une distance variant entre 5 et 15 m, soit un intervalle nettement insuffisant pour lui permettre de réagir en cas de freinage du véhicule qui le précédait.
Invité à se déterminer sur une éventuelle sanction administrative, A._ contesta l'infraction, en indiquant qu'il avait suivi le poids lourd en respectant la limitation de vitesse et sans trop s'approcher. Pour les policiers qui le suivaient, il était difficile voire impossible d'évaluer la distance entre les véhicules, vu la taille de sa remorque. L'amende n'avait pas été contestée "afin d'éviter une perte de temps disproportionnée".
Le 31 mars 2008, le Service cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Neuchâtel (SCAN) a retiré le permis de conduire de A._ pour quatre mois, considérant l'infraction comme moyennement grave et tenant compte de trois antécédents en 1998 (avertissement), 2000 (retrait de deux mois) et 2006 (retrait d'un mois) pour excès de vitesse.
Cette décision a été confirmée le 3 septembre 2008 par le Chef du Département cantonal de la gestion du territoire.
B. Par arrêt du 30 janvier 2009, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé par A._. La jurisprudence considérait comme moyennement grave la faute consistant à suivre un véhicule à une distance de 8 m (respectivement 5 à 10 m) à une vitesse de 85 km/h (respectivement 87 km/h). Cela correspondait à la faute commise par l'intéressé, selon les constatations faites par la police, lesquelles constituaient une preuve suffisante. Même si le véhicule de A._ avait une puissance de freinage nettement supérieure au poids lourd qui le précédait, sa remorque ne pouvait qu'accroître sa propre distance de freinage. Compte tenu de la faute et des antécédents, la durée du retrait correspondait au minimum légal.
C. A._ forme un recours en matière de droit public assorti d'une demande d'effet suspensif. Il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision, subsidiairement à l'exemption de toute mesure ou au prononcé d'un retrait d'un mois.
Le Tribunal cantonal et le SCAN concluent au rejet du recours.
L'effet suspensif a été accordé par ordonnance du 26 mars 2009.
L'OFROU s'est prononcé dans le sens du rejet du recours.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des <ref-law>, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale au sujet d'une mesure administrative de retrait du permis de conduire. Le recourant a qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 let. a et b LTF. Le recours est formé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral; il est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. Le recourant se plaint d'une constatation arbitraire des faits par la cour cantonale. Il n'aurait pas reconnu sans réserve les faits retenus dans le rapport de police. Par ailleurs, l'estimation de la distance par les policiers qui l'ont suivi serait sujette à caution, car sa remorque rendait quasiment nulle la visibilité. Rien ne permettrait d'affirmer que les policiers se seraient déplacés sur la piste de gauche. Dans ces circonstances, le simple témoignage des policiers ne serait pas une preuve suffisante.
2.1 Selon la pratique constante, les autorités administratives appelées à prononcer un retrait du permis de conduire ne peuvent en principe pas s'écarter des constatations de fait d'un jugement pénal entré en force (<ref-ruling> consid. 3c/aa p. 104; <ref-ruling> consid. 3c/aa p. 164; <ref-ruling> consid. 1 p. 204; <ref-ruling> consid. 4 p. 774105 Ib 18 consid. 1a p. 19; <ref-ruling> consid. 1b p. 273 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 774 s.). Cela vaut également lorsque la décision pénale a été rendue, comme en l'espèce, à l'issue d'une procédure sommaire, en se fondant uniquement sur le rapport de police, notamment lorsque la personne impliquée savait ou aurait dû prévoir, en raison de la gravité des faits qui lui sont reprochés, qu'il y aurait également une procédure de retrait de permis. Dans cette situation, la personne impliquée est tenue, en vertu des règles de la bonne foi, de faire valoir ses moyens dans le cadre de la procédure pénale, le cas échéant en épuisant les voies de recours à sa disposition. Elle ne peut pas attendre la procédure administrative pour exposer ses arguments (<ref-ruling> consid. 3c/aa p. 104; <ref-ruling> consid. 3a p. 217 s.).
2.2 En l'occurrence, le recourant n'a pas contesté le prononcé préfectoral du 14 février 2008. Celui-ci est entièrement fondé sur le rapport de la gendarmerie, dans lequel il est relevé que le recourant avait "reconnu les faits, tout en les minimisant". Se fondant sur le même rapport, le SCAN a interpellé le recourant par lettre du 13 février 2008 en indiquant que l'infraction paraissait entraîner un retrait de permis, ou pour le moins un avertissement. Le recourant devait dès lors contester le prononcé pénal s'il entendait revenir sur la constatation des faits. C'est dans ce cadre uniquement qu'il pouvait remettre en cause la crédibilité des constatations de la gendarmerie. Ne l'ayant pas fait, il devait se voir opposer la force de chose jugée au pénal, et ses contestations ne pouvaient être prises en considération.
2.3 La cour cantonale s'est livrée à sa propre appréciation des preuves, laissant indécise la question de savoir si elle était liée par le jugement pénal. Dans son résultat, cette manière de faire n'aboutit pas en l'espèce à une constatation manifestement inexacte ou à une violation du droit au sens de l'<ref-law>, puisque les faits finalement retenus sont, à juste titre, les mêmes que ceux établis au pénal. Le grief doit par conséquent être écarté.
3. Le recourant conteste ensuite que la distance entre son véhicule et celui qui le précédait ait été insuffisante au sens des <ref-law> et 12 al. 1 OCR. Il estime qu'il y avait lieu également de tenir compte des caractéristiques des deux véhicules en cause. Or, la distance de freinage serait nettement supérieure pour un véhicule lourd que pour une automobile légère. La cour cantonale aurait aussi considéré à tort que la remorque attelée au véhicule du recourant allongeait dans une mesure correspondante la distance de freinage de celui-ci. Le recourant avait en effet produit un descriptif d'un véhicule analogue au sien, décrivant le système de freinage comme "particulièrement performant". Subsidiairement, pour les mêmes raisons, le recourant considère que sa faute serait bénigne: la distance admissible, calculée selon la règle [distance entre véhicules x 3,4 / vitesse] ne s'appliquerait qu'à des véhicules ayant les mêmes caractéristiques de freinage, et il y aurait lieu de tenir compte des conditions favorables quant à la visibilité, la circulation et l'état de la route.
3.1 Selon l'<ref-law>, le conducteur observera une distance suffisante envers tous les usagers de la route, notamment pour croiser, dépasser et circuler de front ou lorsque des véhicules se suivent. Selon l'art. 12 al. 1 OCR, lorsque des véhicules se suivent, le conducteur se tiendra à une distance suffisante du véhicule qui le précède, afin de pouvoir s'arrêter à temps en cas de freinage inattendu.
Il n'existe pas de règle absolue sur ce qu'il faut entendre par "distance suffisante" au sens de ces dispositions; cela dépend des circonstances concrètes, notamment des conditions de la route, de la circulation et de la visibilité, de même que de l'état des véhicules impliqués. La jurisprudence n'a pas fixé de distances minimum à respecter au-delà desquelles il y aurait infractions, simple ou grave, à la LCR. La règle des deux secondes ou du "demi compteur" (correspondant à un intervalle de 1,8 s) sont des standards minimum habituellement reconnus (<ref-ruling> consid. 3.1). Prenant en compte la pratique allemande et la doctrine, la jurisprudence du Tribunal fédéral a considéré que le cas peut être grave lorsque l'intervalle entre les véhicules est inférieur à 0,8 voire 0,6 s (même arrêt, consid. 3.2.2). Ainsi, le conducteur commet en tout cas une faute moyennement grave lorsque, à une vitesse de 85 km/h, il suit un autre usager à une distance de 8 m (<ref-ruling>), ou lorsqu'à une vitesse de 87 km/h, il suit un véhicule à une distance de 5 à 10 m (arrêt 6A.54/2004 du 3 février 2005).
3.2 La présente espèce est en tous points comparable aux deux derniers arrêts cités. Selon les constatations liant l'autorité administrative, le recourant a suivi à 80 km/h environ, sur plusieurs centaines de mètres, le camion qui le précédait, à une distance située entre 5 et 15 m. Dans le cas le plus favorable, l'intervalle est de moins de 0,7 s, soit moins de la moitié de l'intervalle à respecter en vertu des règles de prudence rappelées ci-dessus. Contrairement à ce que soutient le recourant, un tel intervalle constitue une faute moyennement grave, même lorsque les conditions de visibilité et de trafic sont favorables. Le recourant estime également à tort qu'il y avait lieu de prendre en considération les capacités de freinage réduite du véhicule poids lourd qui le précédait. Une puissance de freinage réduite peut être prise comme circonstance aggravante pour le conducteur du véhicule qui en suit un autre (cf. JdT 2006 I p. 445-446). En revanche, celui qui suit un poids lourd ne saurait spéculer sur une capacité de freinage réduite de celui-ci, alors qu'il ne connaît précisément ni les caractéristiques du véhicule (notamment son système de freinage), ni le poids de son éventuel chargement. Le recourant pouvait d'autant moins se livrer à de telles conjectures que son véhicule tirait lui-même une remorque, ce qui avait forcément pour effet d'accroître sa distance de freinage. Le conducteur qui suit un poids lourd de trop près prend d'ailleurs un risque supplémentaire car, en raison de la visibilité réduite, il ne peut généralement pas anticiper un freinage d'urgence du véhicule qui le précède.
3.3 S'agissant de la durée du retrait de permis, l'autorité s'en est tenue au minimum légal de quatre mois, applicable compte tenu de la faute moyennement grave et des antécédents du recourant (<ref-law>). La conclusion subsidiaire tendant au prononcé d'un retrait pour un mois doit par conséquent être écartée.
4. La mesure confirmée par la cour cantonale apparaît ainsi conforme au droit fédéral. Le recours doit être rejeté, aux frais de son auteur (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, au Département de la gestion du territoire, Service des automobiles et de la navigation, et au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 26 mai 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz