Sachverhalt:
A. Das Bundesamt für Privatversicherungen (nachfolgend: Bundesamt) als Aufsichtsbehörde über die Privatversicherungen liess aus Sicherheitsgründen bei den Lebensversicherungen die so genannte Zillmerung jahrelang nicht bzw. nur beschränkt zu. Bei der Zillmerung handelt es sich um die Umlagerung des Abschlussaufwands der Lebensversicherung wie Provisionen oder Verwaltungskosten auf die Prämienzahlungen der ersten Jahre. Verboten waren insbesondere die Aktivierung nicht getilgter Abschlusskosten bzw. deren Abzug vom Deckungskapital. Im Jahre 2001 lockerte das Bundesamt seine Praxis. So erlaubte es mit Rundschreiben vom 9. Oktober 2001 die Aktivierung nicht amortisierter Abschlusskosten für Einzelversicherungen erstmals im Jahresabschluss 2001.
B. Die Pax Schweizerische Lebensversicherungs-Gesellschaft (im Folgenden: Pax) betreibt sowohl Einzel- als auch Kollektivversicherungsgeschäfte, unter anderem solche im Bereich der beruflichen Vorsorge gemäss dem Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831.40). Für die Jahre 2001 und 2002 aktivierte die Pax Abschlusskosten aus dem Einzelversicherungsgeschäft im Betrag von insgesamt 60 Millionen Franken. Sie glich damit im Wesentlichen die in den gleichen Jahren erlittenen Verluste bei den Kapitalerträgen im Kollektivversicherungsgeschäft aus. Einen Teil dieser Aktivierung (20 Millionen Franken) hat die Pax inzwischen bereits wieder abgeschrieben.
C. Am 1. April 2004 traten neue Gesetzesbestimmungen zur Berufsvorsorge in Kraft. Dabei wurden mit einer Revision des Lebensversicherungsrechts unter anderem alle Versicherungsunternehmen im Bereich der beruflichen Vorsorge verpflichtet, ab dem 1. Januar 2005 den Sicherungsfonds für die Lebensversicherung aufzuteilen in einen solchen für die berufliche Vorsorge und einen zweiten für das übrige Versicherungsgeschäft; auch die jährliche Betriebsrechnung ist seither in eine solche für die berufliche Vorsorge und eine zweite für das übrige Geschäft aufzugliedern (so genannte Transparenzbestimmungen; Art. 6a des Bundesgesetzes vom 18. Juni 1993 über die direkte Lebensversicherung, Lebensversicherungsgesetz, LeVG, AS 1993 3221, in der Fassung vom 3. Oktober 2003, AS 2004 1707). Diese Bestimmungen wurden später in Art. 37 des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 2004 betreffend die Aufsicht über Versicherungsunternehmen (Versicherungsaufsichtsgesetz, VAG; SR 961.01) integriert, dies unter gleichzeitiger Aufhebung des Lebensversicherungsgesetzes (vgl. dazu Ziff. I 5. des Anhangs zum VAG).
D. In der Folge reichte die Pax dem Bundesamt einen Plan zur Aufteilung des Sicherungsfonds ein, der von diesem am 28. Oktober 2004 genehmigt wurde. Hinsichtlich der jährlichen Betriebsrechnung für die berufliche Vorsorge (erstmals für 2005) ergab sich jedoch eine Meinungsverschiedenheit zwischen der Pax und dem Bundesamt. Die Pax sah eine anteilmässige Abschreibung der aktivierten Abschlusskosten zulasten des Kollektivversicherungsgeschäftes vor; sie begründete dies damit, sie habe die Abschlusskosten im Bereich der Einzelversicherung in den Jahren 2001 und 2002 hauptsächlich deshalb aktiviert, um in der beruflichen Vorsorge angesichts nicht kontrollierbarer Schwierigkeiten (Börseneinbruch, hoher BVG-Zinssatz) ein ausgeglichenes Ergebnis ausweisen zu können; es müsse daher auch möglich sein, diese Kosten im Geschäft der beruflichen Vorsorge innerhalb der Mindestausschüttungsquote (Legal Quote) anteilmässig abzuschreiben. Das Bundesamt stellte jedoch in Aussicht, dieser Abschreibung die Genehmigung zu verweigern, da nach seiner Auffassung die Abschreibung einer dem Individualgeschäft zuzuordnenden Position bei der Berufsvorsorge gegen die Transparenzvorschriften verstosse, und zwar unabhängig davon, dass die Aktivierung dem gesamten Geschäft, also auch dem Kollektivbereich, zugute gekommen sei.
Auf Gesuch der Pax hin traf das Bundesamt am 16. Dezember 2005 eine anfechtbare Verfügung, mit der es feststellte, dass Abschreibungen aktivierter Abschlusskosten im Bereich der beruflichen Vorsorge unzulässig seien. Zur Begründung wurde im Wesentlichen ausgeführt, bei der Kollektivversicherung (mangels Verwertbarkeit) nicht aktivierbare bzw. bei der Individualversicherung aktivierte Abschlusskosten dürften bei der beruflichen Vorsorge auch nicht abgeschrieben werden; das von der Pax beabsichtigte Vorgehen unterlaufe die gesetzliche Mindestquote und stelle einen Missbrauch dar, weshalb es von der Aufsichtsbehörde nicht gedeckt werden könne.
E. Gegen die Feststellungsverfügung des Bundesamtes reichte die Pax Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ein. Dieses hiess die Beschwerde am 3. Mai 2007 im Sinne der Erwägungen gut und hob die Verfügung des Bundesamtes vom 16. Dezember 2005 auf. In den Erwägungen führte es im Wesentlichen aus, massgeblich sei die Rechtslage vor dem Inkrafttreten der Transparenzbestimmungen. Der Bilanzsanierungsbedarf der Jahre 2001 und 2002 bei der Pax stamme nicht aus der Einzelversicherung, sondern aus dem Geschäftsbereich der Kollektivversicherung. Das Bundesamt habe die Nutzung der aktivierten Abschlusskosten als Überschusszuweisungen bei der beruflichen Vorsorge mehrere Jahre genehmigt und damit die Verwendung der aktivierten Abschlusskosten als Schwankungsreserven billigend in Kauf genommen. Die Pax habe daher in guten Treuen davon ausgehen dürfen, dass die Verwendung der in der Einzelversicherung aktivierten Abschlusskosten zum Ausgleich von Verlusten sowie für Überschusszuweisungen im Kollektivversicherungsgeschäft dem anwendbaren Aufsichtsrecht nicht widerspreche. Durch diesen Vorgang seien den Einzelversicherten Vermögenswerte entzogen und im Bereich der beruflichen Vorsorge eingesetzt worden. Eine verursachungsgerechte Überschussbeteiligung verlange, dass die aktivierten Abschlusskosten anteilmässig auch den Kollektivversicherten belastet würden, ansonsten sie gegenüber den Einzellebensversicherten bevorteilt wären. Ein anderes Vorgehen aufgrund der nachträglich eingeführten Transparenzbestimmungen führe zu einer ungerechtfertigten Ungleichbehandlung. Es müsse der Pax gestattet sein, die Vermögenswerte in diejenige Sparte zurückzuführen, in der das Vermögen gebildet worden sei. Die Verfügung des Bundesamts verstosse daher gegen Bundesrecht.
F. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 13. Juni 2007 an das Bundesgericht beantragt das Bundesamt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 3. Mai 2007 aufzuheben. Es begründet dies im Wesentlichen damit, bei der beruflichen Vorsorge sei es gesetzlich nicht erlaubt, die Abschlusskosten vom Deckungskapital abzuziehen, weshalb sowohl die Anrechnung als auch die Abschreibung von nicht getilgten Abschlusskosten bei der Kollektivversicherung unzulässig seien. Überdies handle es sich nicht um Schwankungsreserven (auf der Passivseite), sondern um Rechnungsabgrenzungsposten (auf der Aktivseite), die weder der Einzel- noch der Kollektivversicherung zugeordnet worden seien, da es insoweit gar keine Trennung der beiden Bereiche gegeben habe. Das geplante und vom Bundesverwaltungsgericht gebilligte Vorgehen der Pax führe zu einer rückwirkenden Änderung der Zuteilung der Abschlusskosten über die Betriebsrechnung, welche die Regelung über die Mindestausschüttungsquote (Legal Quote) unterlaufen könne. Im Ergebnis gehe es um Verluste, die nicht in die Betriebsrechnung übertragen werden dürften, sondern vom Kapitalgeber zu tragen seien, weshalb auch keine Benachteiligung bzw. Ungleichbehandlung der Individualversicherten vorliege.
Die Pax und das Bundesverwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid stützt sich auf öffentliches Recht des Bundes und unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 ff. BGG. Ein Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor.
1.2 Nach Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG sind unter anderem zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann. Das Bundesamt für Privatversicherung, das vorliegend als Aufsichtsbehörde erstinstanzlich entschieden hat, handelte in seinem Zuständigkeitsbereich und ist dem Eidgenössischen Finanzdepartement unterstellt. Nach Art. 5 in Verbindung mit Art. 24a der Organisationsverordnung vom 11. Dezember 2000 für das Eidgenössische Finanzdepartement (OV-EFD; SR 172.215.1) in der der neuen Bundesrechtspflege angepassten Fassung vom 8. November 2006 ist das Bundesamt zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254, mit Hinweisen).
2. 2.1 Angefochten ist ein Urteil des Bundesverwaltungsgerichts, mit dem dieses eine Feststellungsverfügung des Bundesamts für Privatversicherungen überprüfte. Beide Vorinstanzen gingen dabei übereinstimmend davon aus, die Beschwerdegegnerin habe ein schutzwürdiges Feststellungsinteresse gemäss Art. 25 Abs. 2 VwVG. Ob dies zutrifft, erscheint jedoch fraglich. In der Sache ist strittig, ob und wie bestimmte Positionen in der jährlichen Betriebsrechnung der Beschwerdegegnerin verbucht werden können. Die Meinungsverschiedenheit zwischen der Aufsichtsbehörde und der Beschwerdegegnerin ergab sich im Hinblick auf die erstmals nach neuem Recht zu erstellende Betriebsrechnung des Jahres 2005. Die erstinstanzliche Feststellungsverfügung datiert vom 16. Dezember 2005. Die Beschwerdegegnerin hätte jedoch durchaus wenig später die Betriebsrechnung des Jahres 2005 mit der von ihr vorgesehenen Abschreibung einreichen können, woraufhin das Bundesamt über die Genehmigung hätte entscheiden müssen und dabei konkret zu prüfen gehabt hätte, ob die vorgenommenen Abschreibungen zulässig seien. Das Feststellungsinteresse beschränkt sich vorliegend im Grunde genommen darauf, durch Vorziehen eines abstrakten Teilaspekts eine Nichtgenehmigung zu vermeiden. Dieses Interesse könnte an sich nur dann eine Feststellungsverfügung rechtfertigen, wenn sich sonst kein zeitgerechter Entscheid fällen liesse. Ein Zeitgewinn ergibt sich vorliegend aber nicht, denn das Bundesamt konnte die fragliche Jahres-Betriebsrechnung wie auch die nachfolgenden Abschlüsse bisher nicht genehmigen, solange die Teilfrage der Zulässigkeit geplanter Abschreibungen ungeklärt war.
2.2 Nun ist die Frage der Zulässigkeit des Feststellungsinteresses unter den Verfahrensbeteiligten aber nicht umstritten. Es scheint daher weder sinnvoll noch verhältnismässig, darauf von Amtes wegen zurückzukommen. Beide Vorinstanzen haben den Fall in der Sache geprüft und entschieden. Erst jetzt vor Bundesgericht das schutzwürdige Feststellungsinteresse zu verneinen, würde im Ergebnis zu einer unnötigen Verzögerung führen, weil das bisherige Verfahren obsolet würde und die umstrittene Rechtsfrage in der Sache offen zu bleiben hätte; die Beschwerdegegnerin müsste das Verfahren nochmals neu aufrollen, in erster Instanz die Genehmigung ihrer Betriebsrechnung beantragen und damit einen neuen Sachentscheid erwirken. Dies rechtfertigt sich jedoch nicht. Vielmehr ist der angefochtene Entscheid direkt in der Sache auf seine Vereinbarkeit mit dem Bundesrecht zu überprüfen.
3.1 Am 1. Januar 2006 ist das neue Versicherungsaufsichtsgesetz in Kraft getreten. Der vorliegende Fall betrifft jedoch altrechtliche Sachverhalte, so dass in der Sache grundsätzlich noch das alte Bundesgesetz betreffend die Aufsicht über die privaten Versicherungseinrichtungen vom 23. Juni 1978 (aVAG; AS 1978 1836) sowie das inzwischen aufgehobene Lebensversicherungsgesetz anzuwenden sind. Die Rechtslage dürfte allerdings unter altem und neuem Recht ohnehin weitgehend vergleichbar sein.
3.2 Nach Art. 1 aVAG übt der Bund, insbesondere zum Schutze der Versicherten, die Aufsicht über die privaten Versicherungseinrichtungen aus. Gemäss Art. 17 aVAG beaufsichtigt die Aufsichtsbehörde den gesamten Geschäftsbetrieb der Versicherungseinrichtung. Sie wacht darüber, dass die Solvenz erhalten bleibt, der genehmigte Geschäftsplan beachtet und die schweizerische Aufsichtsgesetzgebung befolgt wird. Hinsichtlich der Geschäftstätigkeit im Inland wacht sie zudem darüber, dass das schweizerische Recht über das private Versicherungswesen beachtet wird, und sie schreitet gegen Missstände ein, welche die Interessen der Versicherten gefährden.
3.3 Ursprünglich schrieb das Gesetz die strikte Trennung der Geschäftsbereiche der Kollektiv- und Individualversicherung nicht vor. Nachdem die Aufsichtsbehörde die Aktivierung von Abschlusskosten in der Einzel-Lebensversicherung 2001 zugelassen hatte, deckte die Beschwerdegegnerin auf diese Weise für die Jahre 2001 und 2002 Verluste, die sie vor allem aufgrund der Börsenlage im Kollektivbereich erlitten hatte. Mit dem Inkrafttreten der Transparenzbestimmungen ergab sich allerdings eine neue Rechtslage. Ab dem 1. Januar 2005 ist beim Sicherungsfonds für die Lebensversicherung sowie bei der jährlichen Betriebsrechnung streng zwischen Individual- und Kollektivversicherung zu unterscheiden. Das bestreitet auch die Beschwerdegegnerin nicht. Sie macht aber geltend, sie dürfe die in der Betriebsrechnung früher rechtmässig aktivierten Abschlusskosten, die beiden Sparten zugute gekommen seien, auch anteilmässig in beiden Bereichen abschreiben. Diese Auffassung wurde von der Vorinstanz entgegen dem Entscheid des Bundesamtes, das darin einen Verstoss gegen die Transparenzbestimmungen sieht, geschützt.
3.4 Abschlussaufwand entsteht bei jedem Vertragsabschluss sowohl in der Einzel- als auch in der Kollektivlebensversicherung. Lediglich in der Einzellebensversicherung wird er jedoch als spezielle Abschlusskostenkomponente in der Tarifprämie berücksichtigt. In der beruflichen Vorsorge ist es dagegen in analoger Anwendung von Art. 53e BVG nicht erlaubt, beim Vertragsende für die Abschlusskosten einen Abzug auf dem Deckungskapital vorzunehmen. Der entsprechende Aufwand gilt daher als nicht realisierbar und ist grundsätzlich vom Kapitalgeber zu tragen. Die Aufsichtsbehörde liess in einer jahrzehntelangen Praxis im Schweizergeschäft der Lebensversicherung die Aktivierung nicht amortisierter Abschlusskosten oder deren Abzug vom Deckungskapital aus Sicherheitsgründen generell nicht zu. Sie untersagte selbst nach der Lockerung dieser Praxis im Jahr 2001 die Anrechnung solcher Kosten an den Sicherungsfonds oder deren Ausschüttung als Gewinne. Auch nach der strikten Trennung von Kollektiv- und Individualversicherung ist die Zillmerung bzw. Aktivierung nicht getilgter Abschlusskosten selbst in der Einzellebensversicherung nur beschränkt zulässig (vgl. Art. 65 der Verordnung vom 9. November 2005 über die Beaufsichtigung von privaten Versicherungsunternehmen, Aufsichtsverordnung, AVO; SR 961.011).
3.5 Das Bundesamt anerkennt ausdrücklich, dass die Beschwerdegegnerin den durch die Aktivierung ihrer nicht amortisierten Abschlusskosten aus den Produktionsjahren 2000 und 2001 entstandenen ausserordentlichen Ertrag zur Deckung der Verluste aus der Kapitalmarktsituation beiziehen durfte. Es anerkennt überdies, dass es zulässig war, wenn die Beschwerdegegnerin auf diese Weise ihr Geschäft bei der beruflichen Vorsorge stützte, da damals keine strikte Trennung zwischen dem Einzel- und dem Kollektivversicherungsgeschäft bestand. Das Bundesamt bezeichnet die entsprechende Sanierung sogar als aufsichtsrechtlich angezeigt. Seit dem Inkrafttreten der Transparenzbestimmungen (Art. 6a LeVG bzw. Art. 37 VAG) sind solche Verbuchungen zugunsten der Kollektivversicherung allerdings nicht mehr möglich (vgl. im Zusammenhang mit den dem Sicherungsfonds zuteilbaren Werten auch Art. 24 der - inzwischen wieder aufgehobenen bzw. durch die neue Aufsichtsverordnung abgelösten - Verordnung vom 29. November 1993 über die direkte Lebensversicherung, LeVV; AS 1993 3230).
3.6 Im Grunde genommen stellt sich einzig die übergangsrechtliche Frage, ob zwischenzeitlich zulässige Aktivierungen von Abschlusskosten aus der Individualversicherung, die sich auch zugunsten des Kollektivgeschäfts auswirkten, selbst nach Inkrafttreten der Transparenzbestimmungen noch im Bereich der beruflichen Vorsorge abgeschrieben werden dürfen. Dabei ist unerheblich, wie die Abschreibung buchhalterisch genau zu erfolgen hat und wie die entsprechenden Positionen zu benennen sind. Entscheidend ist einzig, ob der Vorgang als solcher rechtmässig ist. Eine ausdrückliche übergangsrechtliche Regelung gibt es aber nicht. Die Rechtslage wird daher massgebend von den im Spiel stehenden Interessen sowie von den allgemeinen Grundsätzen staatlichen Handelns (vgl. insbesondere Art. 5 BV) bestimmt.
3.7 Das Bundesamt bezeichnet es angesichts des Fehlens einer bisherigen Trennung zwischen den beiden massgeblichen Geschäftsbereichen als unmöglich, die Herkunft der in den (letztlich insgesamt wesentlichen) Betriebsjahren 2001-2004 erfolgten Aktivierungen festzustellen; die Aufsichtsbehörde habe denn auch die fraglichen Aktivierungen bzw. die damit verbundenen Überschussausschüttungen nie gebilligt. Indessen lässt sich aus den internen Akten der Aufsichtsbehörde einiges Verständnis für den Standpunkt der Beschwerdegegnerin herauslesen, woraus auch geschlossen werden kann, dass die tatsächlichen Zusammenhänge dem Bundesamt durchaus bekannt gewesen sein dürften oder jedenfalls erkennbar waren. Die entsprechenden tatsächlichen Feststellungen des Bundesverwaltungsgerichts erweisen sich daher nicht als offensichtlich unrichtig, weshalb sie für das Bundesgericht verbindlich sind (vgl. Art. 97 BGG).
3.8 Es ist an sich nicht umstritten, dass die Abschlusskosten, soweit sie aktiviert wurden, aus der Individualversicherung stammten, weil die Berücksichtigung solcher Kosten aus der Kollektivversicherung gesetzlich ausgeschlossen war und der Beschwerdegegnerin kein entsprechender Gesetzesverstoss vorgeworfen und schon gar nicht nachgewiesen wird. Wohl wären nach den heute geltenden Vorschriften solche Quersubventionierungen der einzelnen Versicherungssparten nicht mehr zulässig. Waren die Transparenzvorschriften in den fraglichen Jahren aber weniger streng, so war es nicht zum vornherein ausgeschlossen, den aus der Aktivierung der Abschlusskosten bei der Einzellebensversicherung entstandenen Gewinn auch zugunsten der Kollektivversicherung zu verwenden. Die Kompensation der aktivierten Abschlusskosten mit Verlusten aus dem Bereich der Kollektivversicherung ermöglichte der Beschwerdegegnerin in diesem Sinne die Ausschüttung von Überschüssen im Bereich der beruflichen Vorsorge (vgl. dazu Art. 49b LeVV in der Fassung vom 24. März 2004; AS 2004 1615). Dagegen ist die Aufsichtsbehörde nicht eingeschritten. Im Gegenteil hat sie die Jahresabschlüsse sowie die Geschäftspläne unter Einschluss der Überschusspläne der Beschwerdegegnerin für die Jahre 2001-2004 vorbehaltlos akzeptiert und genehmigt.
Die Vorinstanz hat denn auch für das Bundesgericht verbindlich festgestellt (vgl. Art. 97 BGG), dass die Beschwerdegegnerin mit den erlaubterweise aktivierten Abschlusskosten im Wesentlichen die in den Jahren 2001 und 2002 bei den Kapitalerträgen im Kollektivversicherungsgeschäft erlittenen Verluste ausgeglichen hat. Unwidersprochen geblieben ist sodann die Argumentation der Beschwerdegegnerin, nur die Aktivierung der Abschlusskosten habe es erlaubt, in den Jahren 2002-2004 Überschusszuweisungen an die Kollektivversicherten vorzunehmen. Diese haben somit zulässigerweise von der Zillmerung aus dem Einzelversichungsgeschäft profitiert. Unter diesen Umständen müssen aber im entsprechenden Umfang nachträglich auch die Abschreibungen zulasten der Kollektiversicherung zugelassen werden, da sonst die Versicherten bei der Einzelversicherung benachteiligt würden.
3.9 Die Transparenzbestimmungen dienen nicht nur dem Schutz der Kollektivversicherten, sondern auch den Interessen der Einzellebensversicherten. Von einem einseitigen Missstand zulasten der beruflichen Vorsorge darf daher nicht ausgegangen werden. Genau genommen erlaubt sogar erst die Zulassung der fraglichen Abschreibung die erwünschte völlige Trennung der Geschäftsbereiche, indem dadurch die nicht mehr zulässige Quersubventionierung der Kollektivversicherung aus den früheren Jahren kompensiert wird und damit die beiden Geschäftszweige insoweit entflochten werden. Daran ändert nichts, dass allenfalls eine völlige Entflechtung aufgrund anderer Transaktionen mangels Transparenz nicht möglich ist; soweit eine Aufspaltung machbar erscheint, sollte sie auch durchgeführt werden. Dass die Beschwerdegegnerin die gesetzliche Mindestausschüttungsquote (Legal Quote) unterlaufen könnte, stellt lediglich eine Möglichkeit dar, und es ist nicht ersichtlich und wird auch nicht behauptet, dass vorliegend die Interessen der Versicherten in massgeblicher Weise gefährdet wären. Gewisse geringfügige Auswirkungen sind immerhin vorübergehend zwecks Vermeidung einer Benachteiligung des Individualgeschäfts in Kauf zu nehmen. Schliesslich ist entgegen der Befürchtung der Aufsichtsbehörde wenig wahrscheinlich, dass sich diese noch jahrelang mit der Behandlung solcher Querverrechnungen wird befassen müssen. Nachdem seit 2005 die Aktivierung des Abschlussaufwandes nicht mehr zulässig ist, dürfte sich die Frage nach Bereinigung der altrechtlich verbuchten Abschlusskosten in absehbarer Zeit nicht mehr stellen.
3.10 Es ist demnach nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz aus der Interessenlage, aus dem Grundsatz von Treu und Glauben gemäss Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV sowie aus dem Gleichbehandlungsgebot nach Art. 8 BV ableitete, der Beschwerdegegnerin müsse die Abschreibung der aktivierten Abschlusskosten im Bereich der beruflichen Vorsorge anteilmässig bewilligt werden. Der angefochtene Entscheid hält somit vor Bundesrecht stand.
4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang unterliegt das beschwerdeführende Bundesamt, weshalb keine Kosten zu erheben sind (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Hingegen hat dieses der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (vgl. Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Das Bundesamt für Privatversicherung hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Februar 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Uebersax