Faits:
A. M._ est né en 1941. Il a travaillé comme adjoint-responsable du service des ventes pour le compte de la société X._ du 10 septembre 1990 au 28 février 2003. Il a demandé à bénéficier de l'indemnité de chômage à partir du 1er mars 2003. Un délai-cadre (prolongé) d'indemnisation lui a été ouvert du 3 mars 2003 au 28 février 2006, soit jusqu'à la fin du mois précédant l'âge donnant droit à une rente ordinaire de l'AVS. Son gain assuré a été fixé à 8'900 fr. L'indemnité de chômage lui a été allouée sur cette base pour la période du 3 mars 2003 au 31 juillet 2005. Elle a été calculée en tenant compte de gains intermédiaires que l'intéressé a obtenus durant les périodes d'avril à octobre 2003 et d'avril à septembre 2004.
A l'occasion d'un contrôle interne pratiqué lors de l'examen du droit à l'indemnité pour le mois d'août 2005, la Caisse publique cantonale valaisanne de chômage (ci-après : la caisse) a constaté que l'assuré avait acquis durant le délai-cadre d'indemnisation ordinaire (du 3 mars 2003 au 2 mars 2005) une période de cotisation suffisante (12,26 mois), justifiant l'ouverture d'un nouveau délai-cadre d'indemnisation au 3 mars 2005. Le nouveau gain assuré devait être fixé à 7'607 fr.
Sur la base de ces éléments, la caisse a rendu une décision le 9 septembre 2005, confirmée sur opposition le 17 janvier 2006, par laquelle elle a fixé un nouveau délai-cadre d'indemnisation dès le 9 mars 2005 (une période de vacances du 4 au 8 mars n'étant selon elle pas indemnisable). En outre, elle a exigé la restitution de la somme de 5'813 fr. 25 représentant les indemnités compensatoires versées en trop pour la période du 9 mars au 31 juillet 2005.
B. Par jugement du 28 septembre 2006, la Commission cantonale de recours en matière de chômage du canton du Valais a très partiellement admis le recours formé par M._. Elle a annulé les décisions des 9 septembre 2005 et 17 janvier 2006 et a renvoyé la cause à la caisse pour nouvelle décision au sens des motifs. Selon la commission, la caisse avait retenu à tort que le nouveau délai-cadre ne pouvait pas s'ouvrir avant le 9 mars 2005 en raison de vacances que l'assuré avait prises en toute bonne foi alors qu'elle n'avait fait aucune réserve.
C. M._ interjette un recours de droit administratif contre ce jugement, en concluant à son annulation, au versement par la caisse d'indemnités sur la base d'un gain assuré de 8'900 fr., et, en conséquence, à la suppression de toute obligation de restituer des prestations.
Le Secrétariat d'Etat à l'économie (Seco) a renoncé à se déterminer sur le recours.

Considérant en droit:
1. La loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 1205, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 395).
2. 2.1 Selon l'<ref-law> (dans sa version en vigueur depuis le 1er juillet 2003), pour les assurés qui sont devenus chômeurs au cours des quatre ans qui précèdent l'âge donnant droit à une rente AVS et dont le placement est impossible ou très difficile, de manière générale ou pour des motifs inhérents au marché du travail, le Conseil fédéral peut augmenter le nombre des indemnités journalières de 120 au maximum et prolonger le délai-cadre de deux ans au maximum. Se fondant sur cette délégation de compétence, le Conseil fédéral a édicté l'<ref-law>.
Sous le titre « Délai-cadre et nombre d'indemnités journalières pour les assurés proches de l'âge de la retraite » et dans sa version en vigueur du 1er juillet 2003 au 30 juin 2006 (voir RO 2006 2741), cette disposition prévoyait ceci:
« 1L'assuré pour lequel un délai-cadre d'indemnisation fondé sur l'<ref-law> a été ouvert dans les quatre ans précédant l'âge donnant droit à une rente ordinaire AVS a droit à 120 indemnités journalières supplémentaires.
2 Le délai-cadre d'indemnisation est prolongé jusqu'à la fin du mois précédant celui du versement de la rente AVS. Le délai-cadre d'indemnisation n'est pas prolongé lorsque, pendant ce délai-cadre, l'assuré a acquis une période de cotisation suffisante pour qu'un nouveau délai-cadre soit ouvert.
3 (...) ».
Le Tribunal fédéral a jugé que cette disposition réglementaire, spécialement son alinéa 2, était conforme à la loi (arrêt du 25 octobre 2007, C 117/06).
2.2 En l'espèce, la caisse a tout d'abord ouvert un premier délai-cadre d'indemnisation dès le 3 mars 2003 sur la base d'un gain assuré de 8'900 fr. Le délai-cadre était prolongé jusqu'au 28 février 2006 en raison de la proximité de l'âge de l'assuré avec l'ouverture d'une rente de l'AVS. Pendant la période d'indemnisation, l'assuré a réalisé des gains intermédiaires (d'avril à octobre 2003 et d'avril à septembre 2004), soit une période de cotisation suffisante pour l'ouverture d'un nouveau délai-cadre conformément à l'<ref-law>. Cette circonstance justifiait l'ouverture d'un nouveau délai-cadre d'indemnisation à l'expiration du délai-cadre ordinaire selon l'<ref-law> (3 mars 2003 au 2 mars 2005). C'est ce que la caisse a fait par sa décision rectificative du 9 septembre 2005. Incontestablement, cette décision visait à rétablir une situation conforme à la réglementation précitée à partir du mois de mars 2005.
3. 3.1 Selon l'<ref-law>, l'assureur peut revenir sur les décisions ou les décisions sur opposition formellement passées en force lorsqu'elles sont manifestement erronées et que leur rectification revêt une importance notable. Cela vaut aussi pour les prestations qui ont été accordées sans avoir fait l'objet d'une décision formelle (décision implicite prise dans le cadre d'une procédure simplifiée au sens de l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 417).
3.2 Le recourant soutient qu'on ne saurait d'emblée considérer que la décision rendue initialement, à savoir celle par laquelle l'administration a arrêté la fin du délai-cadre d'indemnisation au 28 février 2006, était manifestement erronée. De plus, selon lui, la rectification ne revêtait pas, en l'occurrence, une importance notable.
Ce moyen n'est pas fondé. A l'origine, la caisse ne pouvait évidemment pas savoir que l'assuré réaliserait une période de cotisation suffisante pendant le délai-cadre ordinaire d'indemnisation. Le maintien d'un délai-cadre prolongé s'est révélé contraire au droit à partir du mois de mars 2005. Le non-respect d'une norme dans une situation de fait qui en commande clairement l'application relève de l'inexactitude manifeste et permet donc une reconsidération (Ueli Kieser, ATSG -Kommentar zum Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts vom 6. Oktober 2000, n. 20 ad art. 53; voir par exemple DTA 1996/97 n° 28 p. 158 consid. 3c et SVR 2005 ALV no 8 p. 26 consid. 3). Quant à la condition de l'importance notable, elle est également et sans conteste réalisée, eu égard au montant soumis à restitution et aux effets de la rectification sur le gain assuré à partir du mois de mars 2005 jusqu'au mois de février 2006 (voir sur l'importance notable de la rectification, Kieser, op. cit., n. 21 ad art. 53).
4. 4.1 Cette rectification a pour conséquence que le recourant a perçu des prestations indues au cours des mois de mars à juillet 2005. Sauf exception - non réalisée en l'espèce - la demande de restitution de prestations de l'assurance-chômage est régie par l'<ref-law> (<ref-law>). Selon cette disposition de la LPGA, les prestations indûment touchées doivent être restituées; la restitution ne peut pas être exigée lorsque l'intéressé était de bonne foi et qu'elle le mettrait dans une situation difficile (al. 1). Le droit de demander la restitution s'éteint un an après le moment où l'institution d'assurance a eu connaissance du fait, mais au plus tard cinq ans après le versement de la prestation (al. 2, première phrase). L'obligation de restituer suppose que soient remplies les conditions d'une reconsidération (ou d'une révision procédurale) de la décision - formelle ou non - par laquelle les prestations en cause ont été allouées (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 319 sv.). Comme on l'a vu, cette condition est remplie en l'espèce.
4.2 Le recourant soutient que le droit de la caisse de demander la restitution était périmé. Selon lui, la caisse aurait dû se rendre compte, dès le 1er septembre 2004 déjà, qu'il avait acquis une durée de cotisation suffisante pour l'ouverture d'un nouveau délai-cadre : ayant connaissance des revenus intermédiaires, la caisse n'a pas jugé bon d'effectuer avant le 9 septembre 2005 un contrôle quant à l'éventuelle ouverture d'un nouveau délai-cadre et d'un nouveau calcul des prestations.
Ce moyen n'est pas davantage fondé que le précédent. En effet, les prestations versées à tort l'ont été à partir du mois de mars 2005. C'est à cette époque seulement que le délai-cadre ordinaire d'indemnisation venait à échéance. L'erreur de la caisse a consisté dans l'omission d'ouvrir à ce moment déjà un nouveau délai-cadre. Elle été commise au plus tôt en février ou mars 2005. Auparavant la caisse ne pouvait pas faire application de l'<ref-law>. Au demeurant on ne conçoit pas que la caisse ait pu rendre en septembre 2004 une décision de restitution pour des prestations futures. Le délai de péremption d'une année n'avait donc pas expiré au moment où elle a rendu sa décision en restitution du 9 septembre 2005.
5. Vu ce qui précède, le recours est mal fondé. Demeure réservée la question - qui n'est pas litigieuse ici - d'une remise éventuelle de l'obligation de restituer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit administratif est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière de chômage du canton du Valais et au Secrétariat d'Etat à l'économie.
Lucerne, le 7 décembre 2007
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Ursprung Beauverd