Faits:
A. Le 30 avril 1993, Y._ a souscrit une assurance sur la vie auprès de X._. Il était notamment indiqué que « la présente assurance est régie par les conditions générales annexées et les conditions particulières du contrat ». L'art. 33 des conditions générales des assurances complémentaires régissant le contrat disposait qu'« en cas d'incapacité de travail pour cause de maladie ou d'accident, l'exonération des primes est accordée après un délai d'attente de nonante jours suivant la constatation médicale de l'incapacité de travail. Elle porte sur les primes ou fractions de primes correspondant à la durée et au degré de l'incapacité de travail prise en considération par la Compagnie ».
Gravement atteint dans sa santé, Y._ a eu un infarctus le 4 mars 2001. Son incapacité de gain a commencé le 1er janvier 2002. Dans un certificat du 2 novembre 2002, un médecin français a précisé que le patient était dans l'impossibilité totale et définitive de travailler en raison de ses problèmes cardiaques et rachidiens. Entre juin 2001 et octobre 2002, trois autres médecins français ont également établi des rapports attestant notamment la pathologie cardio-vasculaire dont souffrait Y._.
Les 27 mars et 3 avril 2002, les parties ont signé un « acte d'avance no 1 » prévoyant une avance d'un montant de 19'200 fr. et un taux d'intérêt de 4 1⁄2 % l'an de 864 fr., payable trimestriellement par 216 fr. les 1er mai, 1er août, 1er novembre et 1er février de chaque année. Le libellé de cet acte d'avance était un formulaire classique utilisé par X._. Les « conditions d'avance » jointes à l'acte étaient aussi régulièrement utilisées par X._. Sous le titre marginal « paiement des intérêts et taux », lesdites conditions disposaient que « les intérêts sont payables aux mêmes échéances que la prime; leur paiement est inséparable de celui de la prime. Le taux de l'intérêt peut être modifié par la Compagnie pour la prochaine échéance de prime moyennant simple avis écrit ». Elles comportaient également une clause « retard dans le paiement des intérêts », selon laquelle « le preneur d'assurance autorise X._ à procéder au rachat du contrat d'assurance et à compenser avec la valeur de rachat l'avance plus intérêts et frais éventuels, si les intérêts sont restés impayés bien que X._ ait sommé par écrit le débiteur de l'avance de payer les intérêts et les frais ou bien de restituer l'avance majorée des intérêts et des frais dans le délai de six mois dès la sommation ».
Le 21 novembre 2002, l'Office AI pour les assurés résidant à l'étranger a rendu une décision rejetant la demande de prestations de Y._, considérant qu'« il ressort du dossier qu'il n'y a pas une incapacité permanente de gain, ni une incapacité de travail moyenne suffisante pendant une année au sens des dispositions susmentionnées. Malgré l'atteinte à la santé, l'exercice d'une activité qui permettrait de réaliser un gain excluant le droit à une rente serait exigible ».
Par lettre du 25 novembre 2002, X._ a fait savoir à Y._ qu'il ne lui était pas possible de prendre sa demande de libération du paiement des primes en considération. Par courrier du 16 janvier 2003, l'assurance a informé son assuré qu'elle avait dû procéder à la réduction de son contrat suite au non-paiement de la prime du 1er mai 2002 et l'a invité à lui rembourser dans les six mois l'avance de 19'200 fr. qu'elle lui avait consentie, augmentée du montant des intérêts courus, faute de quoi elle compenserait son dû avec la valeur de rachat de son contrat. Par lettre du 22 août 2003, X._, se référant à ses rappels concernant les intérêts sur l'avance consentie, a rendu Y._ attentif au fait que ceux-ci étaient exigibles, même en cas de libération du paiement des primes pour incapacité de travail. Par courrier du 5 décembre 2003, l'assurance, constatant que le montant de l'avance n'était pas remboursé et les intérêts toujours impayés, a informé son assuré qu'elle avait procédé au rachat de sa police et qu'après versement du solde lui revenant, la police serait annulée et les prestations assurées éteintes avec effet immédiat.
Par avis du 2 juin 2004 et décision formelle du 30 juillet 2004 faisant suite au recours déposé par Y._, l'Office AI a finalement reconnu que celui-ci avait droit à une rente d'invalidité.
B. Par demande du 16 février 2004 dirigée contre X._, Y._ a conclu à ce qu'il soit prononcé que le rachat de sa police est nul et de nul effet (I), que le contrat d'assurance sur la vie est maintenu tel qu'il a été conclu en date et aux conditions du 30 avril 1993 (II) et qu'il est libéré du paiement des primes dès le début de son incapacité de gain, soit le 1er janvier 2001 - date ultérieurement modifiée en 1er janvier 2002 (III), conclusion que X._ a admise en plaidoirie.
Par jugement du 4 décembre 2006, le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne a rejeté les conclusions I et II de la demande (I) et libéré Y._ du paiement des primes dès le début de son incapacité de gain, le 1er janvier 2002 (II). Il a considéré en bref que comme Y._ n'avait pas réglé l'avance de 19'200 fr. et les intérêts échus, X._ était fondée à racheter la police d'assurance-vie et à l'annuler selon les conditions contractuelles qui liaient les parties.
Par arrêt du 31 octobre 2007, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours déposé par Y._, réformé et complété le jugement du 4 décembre 2006 en ce sens que le rachat de la police de Y._, signifié par lettre du 5 décembre 2003, est nul et de nul effet (I) et que le contrat d'assurance sur la vie entre Y._ et X._ est maintenu tel qu'il a été conclu en date et aux conditions du 30 avril 1993 (Ibis). Appliquant le principe de la confiance, elle a en substance considéré que l'indication des deux clauses « paiement des intérêts et taux » et « retard dans le paiement des intérêts » dans l'acte d'avance pouvait entraîner une confusion et qu'au vu du doute créé, ledit acte devait être interprété en faveur de Y._.
C. X._ (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à la réforme de l'arrêt du 31 octobre 2007 dans le sens de la confirmation du jugement du 4 décembre 2006, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, avec suite de frais et dépens. Elle présente également une demande d'effet suspensif au recours, qui a été accordé à titre superprovisoire le 16 avril 2008.
Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens. Il sollicite en outre sa mise au bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai, compte tenu des féries (art. 45 al. 1, 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF), et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), que le recours ne peut critiquer que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Il n'est lié ni par les moyens invoqués par les parties ni par l'argumentation juridique retenue par la juridiction cantonale; il peut dès lors admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par la partie recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 152; <ref-ruling> consid. 1.3).
3. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 18 CO en se fondant « sur de mauvais éléments pour justifier d'une appréciation selon le principe de la confiance ».
3.1 Les conditions générales, lorsqu'elles ont été incorporées au contrat, en font partie intégrante; elles doivent être interprétées selon les mêmes principes que les autres dispositions contractuelles. En présence d'un litige sur l'interprétation d'une disposition contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO); s'il y parvient, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'art. 105 LTF. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances; le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement (art. 106 al. 1 LTF); pour trancher cette question, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 681 s. et les arrêts cités). Les circonstances déterminantes sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté (<ref-ruling> consid. 2.2.1).
Lorsque l'assureur, au moment de conclure, présente des conditions générales, il manifeste la volonté de s'engager selon les termes de ces conditions. Lorsqu'une volonté réelle concordante n'a pas été constatée, il faut donc se demander comment le destinataire de cette manifestation de volonté pouvait la comprendre de bonne foi. Cela conduit à une interprétation objective des termes contenus dans les conditions générales, même si celle-ci ne correspond pas à la volonté intime de l'assureur; conformément au principe de la confiance, c'est à l'assureur qu'il incombe de délimiter la portée de l'engagement qu'il entend prendre et le preneur n'a pas à supposer des restrictions qui ne lui ont pas été clairement présentées (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 682).
3.2 En l'espèce, la cour cantonale a en particulier considéré que l'intimé était déjà gravement atteint dans sa santé et se trouvait en incapacité totale de gain lorsqu'il avait signé l'acte d'avance; vu les termes de la clause « paiement des intérêts et taux », l'intimé pouvait légitimement penser qu'à partir du moment où il était libéré du paiement des primes en raison de son incapacité constatée par plusieurs médecins, il était également libéré des intérêts litigieux, dont le sort, selon ladite clause, était « inséparable » de celui de la prime et dont le taux pouvait être modifié « pour la prochaine échéance de prime »; certes, quelques clauses plus loin, apparaissait la clause « retard dans le paiement des intérêts », laquelle prévoyait le rachat de la police en cas de non-paiement, notamment des intérêts sur l'avance; mais l'intimé qui était en incapacité totale de gain était tout à fait fondé à penser que cette clause ne s'appliquait pas à son cas et qu'elle visait plutôt, par exemple, des cas où un preneur, momentanément gêné, aurait pu solliciter une avance pour obtenir des liquidités; de fait, la clause « paiement des intérêts et taux », telle que formulée, n'avait pas sa place dans l'acte d'avance; certes, celui-ci avait un lien avec la police d'assurance initiale puisqu'il permettait, sous certaines conditions, d'accorder une avance dont le montant maximum dépendait de la valeur de rachat de l'assurance, mais il n'en constituait pas moins un contrat distinct, assorti de conditions propres; l'indication de ces deux clauses, dans l'acte d'avance, pouvait donc entraîner une confusion dans l'esprit d'une personne peu familiarisée avec le domaine des assurances, a fortiori gravement atteinte dans sa santé; la recourante ne pouvait donc pas ignorer le risque de confusion et aurait dû clarifier les choses d'avance; au vu du doute créé, l'acte d'avance devait ainsi être interprété en faveur de l'intimé; lorsque la recourante faisait valoir qu'elle avait adressé à l'intimé des avis et sommations pour lui préciser expressément que les intérêts sur l'avance n'étaient en aucun cas libérables, elle oubliait que ces écrits étaient intervenus près d'une année après la signature de l'acte d'avance, pour l'interprétation duquel ils étaient sans pertinence.
3.3 En l'occurrence, l'art. 33 des conditions générales des assurances complémentaires prévoit la libération du paiement des primes après un délai d'attente de nonante jours dès la constatation médicale de l'incapacité de travail d'un assuré. Il ressort des constatations souveraines de la cour cantonale que l'incapacité de gain de l'intimé a été médicalement établie avec effet au 1er janvier 2002 - raison pour laquelle la recourante reproche vainement aux précédents juges d'avoir évoqué à tort que l'intimé était en incapacité totale de gain au moment de la signature de l'acte d'avance, alors que son invalidité n'avait été reconnue que le 2 juin 2004. Ultérieurement, soit les 27 mars et 2 avril 2002, les parties ont signé un « acte d'avance » régi par des conditions propres, disposant notamment que le paiement des intérêts était « inséparable » de celui de la prime. Lesdites conditions, préformulées et régulièrement utilisées par la recourante, n'envisageaient pas spécifiquement l'hypothèse particulière où une avance est octroyée à un assuré qui, à l'instar de l'intimé, se trouve en incapacité de gain dûment établie au moment de la signature de l'acte d'avance et, partant, potentiellement exonéré du versement des primes. En l'espèce, la question de la libération du paiement de la prime se posait pour celle arrivant à échéance après nonante jours d'attente dès le 1er janvier 2002, soit pour celle du 1er mai 2002. A cet égard, il importe peu que, se fondant sur la décision de l'Office AI du 21 novembre 2002, la recourante ait dans un premier temps refusé d'exonérer l'intimé du paiement de ses primes, décision sur laquelle elle est d'ailleurs finalement revenue. Au contraire, dans ce contexte particulier, il incombait a fortiori à la recourante de présenter clairement à l'intimé les différents cas de figure susceptibles de se présenter. Or, il a été établi par témoin que lors de la souscription de l'avance, la recourante n'avait pas expliqué à son assuré que les intérêts devraient dans tous les cas être remboursés en cas de survenance d'un événement entraînant un cas d'invalidité. A ce propos, la recourante soutient que les déclarations du témoin en question ne pouvaient aboutir à la conclusion que la recourante et ses collaborateurs connaissaient le risque de confusion qui pouvait exister entre l'art. 33 des conditions générales des assurances complémentaires et les conditions de l'acte d'avance. Que la recourante ait eu ou non conscience du risque de confusion importe toutefois peu, dès l'instant où en l'absence de clarifications apportées par celle-ci, qui ne pouvait se contenter d'attendre que le client demande des explications, l'intimé était de bonne foi fondé à considérer que la clause des conditions d'avance selon laquelle le paiement des intérêts était « inséparable » de celui de la prime le libérait du paiement desdits intérêts, dès lors qu'il se trouvait dans une situation où il avait le droit d'être exonéré du versement de la prime.
Compte tenu de ce qui précède, l'on ne voit pas en quoi la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en retenant, après avoir procédé à une interprétation en application du principe de la confiance, qu'au vu des termes de la clause « paiement des intérêts et prime », l'intimé pouvait légitimement penser qu'à partir du moment où il était libéré du paiement des primes en raison de son incapacité constatée par plusieurs médecins, il était également libéré du paiement des intérêts, dont le sort, selon cette clause, était « inséparable » de celui de la prime et dont le taux pouvait être modifié « pour la prochaine échéance de prime ». Il convient de préciser que, dans la mesure où l'interprétation selon le principe de la confiance permettait de dégager le sens des clauses litigieuses, il n'y avait pas lieu de recourir à la règle d'interprétation « in dubio contra stipulatorem », qui revêt un caractère subsidiaire, sous peine de violation du droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2d; cf. également <ref-ruling> consid. 2.2.2.3 p. 69).
Cela étant, les arguments de la recourante ne résistent pas à l'examen. En particulier, celle-ci ne saurait être suivie lorsqu'elle soutient que les juges cantonaux ont inféré que l'état de santé de l'intimé une incidence sur la capacité de discernement de celui-ci en tant que telle. Il apparaît en effet que la cour cantonale a tout au plus considéré que cet état accroissait le devoir de l'assurance de clarifier une situation potentiellement confuse, en présence d'un assuré qui, de par son état, était susceptible de remplir les conditions de libération de l'obligation de verser les primes. Par ailleurs, l'argument de la recourante selon lequel il ne serait pas nécessaire d'être rompu aux affaires pour savoir que le fait d'emprunter de l'argent implique le paiement d'intérêts, ce qui serait un fait notoire, n'est pas davantage pertinent, s'agissant précisément du domaine particulier des assurances et des différentes conditions générales applicables, en l'occurrence contradictoires, en la matière.
Pour le surplus, la recourante, invoquant l'art. 97 al. 1 LTF, reproche à la cour cantonale un manquement dans l'établissement des faits en ce sens qu'elle n'a pas mentionné que le témoin avait par ailleurs répondu par l'affirmative à la question « est-il exact qu'en cas de carence de l'assuré bénéficiaire d'une avance, de défaut de paiement des intérêts dus, toute explication utile lui est donnée sur ses obligations et sur les conséquences de l'irrespect de ses obligations ? ». De même, elle fait grief aux précédents juges de ne pas avoir retenu en fait qu'une ordonnance avait été rendue par le Juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne le 18 août 2006 suite à une plainte déposée par l'intimé pour faux dans les titres, laquelle serait révélatrice de l'attitude de celui-ci quant au paiement des intérêts dus sur avance, puisqu'il contestait devoir les intérêts en raison de fausses allégations sur la validité du document qu'il avait signé. A supposer encore que ces éléments aient été allégués conformément aux exigences de procédure cantonale applicables en la matière, ils n'étaient de toute façon pas déterminants dans le cadre d'une interprétation en application du principe de la confiance, s'agissant de circonstances postérieures à la conclusion de l'acte d'avance litigieux (cf. consid. 3.1). Dans la mesure où ils n'étaient pas susceptibles de conduire la cour cantonale à modifier son opinion et, partant, d'avoir une incidence sur l'issue du litige, le complètement requis n'entre pas en ligne de compte.
3.4 Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté. Par conséquent, la demande d'effet suspensif devient sans objet.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF), qui versera en outre des dépens à l'intimé, dont la demande d'assistance judiciaire est dès lors sans objet (cf. art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 16 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz