Sachverhalt:
A. Die 1949 geborene O._ war als Sachbearbeiterin der Firma I._ AG bei der Winterthur Versicherungen (heute: AXA Winterthur) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 4. Dezember 2001 einen Auffahrunfall erlitt. Die Versicherte wurde für vier Tage im Spital U._ hospitalisiert, wo eine Commotio Cerebri und ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert wurden. Die Versicherung anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. In der Zeit zwischen dem 16. Juni und dem 13. August 2005 wurde die Versicherte von Privatdetektiven überwacht. Mit Verfügung vom 14. März 2006 und Einspracheentscheid vom 18. September 2006 stellte die Versicherung ihre Leistungen rückwirkend per 15. Juni 2005 ein und forderte den Betrag von Fr. 9'841.- für zu viel ausbezahlte Taggelder zurück.
B. Die von O._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. August 2008 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt O._, ihr seien unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides auch über den 15. Juni 2005 hinaus Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung zu erbringen. Gleichzeitig beantragt sie für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Prozessführung.
Während die AXA Winterthur auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
1.3 Gemäss <ref-law> sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig (vgl. zur Geltung dieses Grundsatzes im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung: BGE 135 194 E. 3.4 S. 199). Die Voraussetzungen, unter denen die von der Beschwerdeführerin neu eingereichten Unterlagen ausnahmsweise zulässig wären, sind vorliegend nicht erfüllt, so dass diese unbeachtet bleiben müssen.
2. Im kantonalen Entscheid werden die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law> [SR 832.20]) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule und bei schleudertraumaähnlichen Verletzungen (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist vorerst die Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin für die von der Versicherten über den 15. Juni 2005 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden.
4. Es ist zu Recht unbestritten, dass die über den 15. Juni 2005 hinaus geklagten Beschwerden nicht durch einen im Sinne der Rechtsprechung organisch nachweisbaren Unfallschaden (vgl. dazu das Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen) verursacht worden sind. Somit ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen dem Ereignis vom 4. Dezember 2001 und den geklagten Beschwerden speziell zu prüfen. Inwieweit die geklagten Beschwerden natürlich kausal durch das Unfallereignis verursacht wurden bzw. wie weit sie auf das vorbestehende Herzleiden zurückzuführen sind, braucht vorliegend entgegen den Ausführungen der Versicherten nicht näher geprüft zu werden, da - wie nachstehende Prüfung zeigt - ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang nicht adäquat und damit nicht rechtsgenüglich wäre (vgl. etwa die Urteile des Bundesgerichts 8C_80/2009 vom 5. Juni 2009 E. 5 und 8C_698/2008 vom 27. Januar 2009 E. 3).
5. 5.1 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Die Vorinstanz qualifizierte das Ereignis vom 4. Dezember 2001 als einen im engeren Sinne mittelschweren Unfall. Mit Blick auf die durch die Rechtsprechung entwickelten Massstäbe scheidet eine Einordnung im Grenzbereich zu den schweren Unfällen, entgegen der von der Beschwerdeführerin vertretenen Auffassung, klarerweise aus. Autounfälle, die mit vergleichbaren oder jedenfalls nicht mit geringeren Krafteinwirkungen verbunden sind, werden in Übereinstimmung mit der vorinstanzlichen Betrachtungsweise regelmässig dem mittleren Bereich zugeordnet. Zu erwähnen sind etwa Unfälle, bei welchen das Fahrzeug mit der versicherten Person bei einem Überholmanöver mit ca. 100 km/h abrupt abgebremst wurde, dabei ins Schleudern geriet, gegen einen Strassenwall prallte, sich überschlug und auf der Fahrerseite zu liegen kam (Urteil 8C_169/2007 vom 5. Februar 2008 E. 4.2), einen Lastwagen beim Überholen touchierte und sich überschlug (Urteil 8C_743/2007 vom 14. Januar 2008 Sachverhalt und E. 3), von der Strasse abkam und sich überschlug (Urteil U 213/06 vom 29. Oktober 2007 Sachverhalt und E. 7.2), auf der Autobahn in einer Kurve ins Schleudern geriet, sich überschlug und auf dem Dach liegend zum Stillstand kam (Urteil U 258/06 vom 15. März 2007 Sachverhalt und E. 5.2) oder sich bei einer Geschwindigkeit von ca. 90 km/h auf einer Autobahn über eine Mittelleitplanke hinweg überschlug - wobei die versicherte Person hinausgeschleudert wurde - und mit Totalschaden auf der Gegenfahrbahn auf dem Dach zu liegen kam (Urteil U 492/06 vom 16. Mai 2007 E. 4.2). Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der in <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. angeführten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
5.2 Die Beschwerdeführerin macht zu Recht nicht geltend, das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen oder jenes der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmerten, seien erfüllt.
5.3 Das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalles ist objektiv zu beurteilen und nicht auf Grund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls der versicherten Person (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207, U 287/97 E. 3b/cc; Urteil U 56/07 vom 25. Januar 2008 E. 6.1). Zu beachten ist, dass jedem mindestens mittelschweren Unfall eine gewisse Eindrücklichkeit eigen ist, welche somit noch nicht für eine Bejahung des Kriteriums ausreichen kann (vgl. Urteil 8C_39/2008 vom 20. November 2008 E. 5.2). In jüngerer Zeit bejahte das Bundesgericht dieses Kriterium etwa bei einer Massenkarambolage auf einer Autobahn (Urteil 8C_623/2007 vom 22. August 2008 E. 8.1; vgl. auch Urteil 8C_633/2007 vom 7. Mai 2008 E. 6.3), bei einem Zusammenstoss zwischen einem Personenwagen und einem Lastwagen in einem Autobahntunnel mit mehreren sich anschliessenden Kollisionen mit der Tunnelwand (Urteil 8C_257/2008 vom 4. September 2008 E. 3.3.3), bei einem Zusammenprall zwischen einem Sattelschlepper und einem Personenwagen, wobei der Fahrer des Sattelschleppers die Kollision zunächst nicht bemerkte und den Personenwagen der versicherten Person noch auf einer längeren Distanz vor sich herschob, und die Insassen des Personenwagens verzweifelt versuchten, den Unfallverursacher auf sie aufmerksam zu machen (Urteil 8C_508/2008 vom 22. Oktober 2008 E. 5.3), bei einem Unfall mit hoher Geschwindigkeit auf einer Autobahn, bei dem das Fahrzeug des Versicherten bei starkem Verkehr mehrmals über die Fahrbahn geschleudert wurde und sich dabei wiederholt überschlug (Urteil 8C_799/2008 vom 11. Februar 2009 E 3.2.3) oder bei einem in der 29. Woche schwangeren Unfallopfer (Urteil 8C_590/2008 vom 3. Dezember 2008 E. 5.3). Solche oder auch nur bloss ähnliche Umstände lagen beim Ereignis vom 4. Dezember 2001 nicht vor, so dass das Kriterium zu verneinen ist.
5.4 Ebenfalls nicht erfüllt ist das Kriterium der fortgesetzten spezifischen und belastenden ärztlichen Behandlung. Zwar musste sich die Beschwerdeführerin im massgebenden Zeitraum wiederholt in stationäre ärztliche Behandlung begeben, diese dienten jedoch - mit Ausnahme eines viertägigen Aufenthaltes in der Klinik R._ im November 2003 - nicht der Behandlung der Unfallfolgen, sondern waren auf das vorbestehende Herzleiden zurückzuführen.
5.5 Die beiden Teilaspekte des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben. Solche sind vorliegend nicht ersichtlich; das Kriterium ist demgemäss zu verneinen.
5.6 Was schliesslich die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft gilt festzustellen, dass selbst wenn diese bejaht werden könnten, sie jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben sind.
5.7 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zugunsten der Versicherten die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 4. Dezember 2001 und den über den 15. Juni 2005 hinaus anhaltend geklagten, organisch nicht im Sinne der Rechtsprechung hinreichend nachweisbaren Beschwerden zu verneinen. Somit war die rückwirkende Leistungseinstellung auf dieses Datum hin rechtens (vgl. auch <ref-ruling>).
6. Mit Verfügung vom 14. März 2006 und Einspracheentscheid vom 18. September 2006 forderte die Beschwerdegegnerin auch den Betrag von Fr. 9'841.- für das in der Zeit vom 15. Juni bis 30. November 2005 erbrachte Taggeld zurück. Rechtsprechungsgemäss steht einer Rückforderung von Leistungen, welche über ein rückwirkend festgelegtes Einstellungsdatum hinaus geleistet wurden, unter Umständen der Gesichtspunkt des Vertrauensschutzes entgegen (<ref-ruling> E. 6.8 S. 65; vgl. auch Urteil U 406/06 vom 22. Oktober 2007 E. 4). Die Beschwerdegegnerin hat weder in ihrer Verfügung vom 14. März 2006 noch im Einspracheentscheid vom 18. September 2006 näher begründet, weshalb im vorliegenden Fall eine Rückforderung ausnahmsweise zulässig sein soll. Auch wenn die Observation durch Privatdetektive grundsätzlich zulässig war (vgl. BGE 8C_807/2008 E. 4 und 5), entbindet dies den Versicherungsträger nicht von seiner Pflicht, die Verfügung, mit der den Begehren der Versicherten nicht voll entsprochen wurde, zu begründen (vgl. <ref-law>).
7. Zusammenfassend ist die rückwirkende Leistungseinstellung auf den 15. Juni 2005 hin nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist jedoch teilweise gutzuheissen und Einsprache- und kantonaler Gerichtsentscheid sind aufzuheben, soweit damit eine Rückerstattung bereits erbrachter Leistungen angeordnet wurde. Die Sache ist an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen damit diese - insoweit sie an der Rückforderung festhalten will - darüber eine begründete Verfügung erlässt.
8. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin überdies eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>). Dem Gesuch der Versicherten um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. August 2008 und der Einspracheentscheid der Winterthur Versicherungen vom 18. September 2006 werden aufgehoben, soweit damit eine Rückerstattung bereits erbrachter Leistungen angeordnet wird. Die Sache wird zum diesbezüglichen Neuentscheid an die AXA Winterthur zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 375.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 375.- auferlegt. Der Anteil der Beschwerdeführerin wird vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1400.- zu entschädigen.
5. Rechtsanwalt Christoph Lerch, Zürich, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1400.- ausgerichtet.
6. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer