Erwägungen:
1. Die Regionale Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland nahm mit Verfügung vom 23. August 2012 die Anzeige von X._ gegen Gerichtspräsident Y._ wegen Amtsmissbrauchs und Betrugs nicht an die Hand. Dagegen erhob X._ Beschwerde, auf welche die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern mit Beschluss vom 27. September 2012 wegen Prozessunfähigkeit nicht eintrat. Zur Begründung führte die Beschwerdekammer zusammenfassend aus, dass dem Beschwerdeführer in einem Strafverfahren gegen Beamte oder Behördenmitglieder bereits mit Entscheid der damaligen Anklagekammer vom 18. Januar 2010 die Prozessfähigkeit aberkannt worden sei. Im Entscheid vom 3. August 2011 habe die Beschwerdekammer ausgeführt, dass ein grosser Anteil der vom Beschwerdeführer in den letzten Jahren eingereichten Strafanzeigen gegen Beamte oder Behördenmitglieder gerichtet waren, welche nicht genau in seinem Sinne entschieden hatten. Die Kammer werde in ähnlichen Fällen die Prozessfähigkeit erneut prüfen. Die Prozessunfähigkeit des Beschwerdeführers manifestiere sich auch im vorliegenden Fall. Gerichtspräsident Y._ verfügte im Rahmen zweier Zivilverfahren Parteientschädigungen von Fr. 40.-- und Fr. 60.--, welche der Beschwerdeführer zu bezahlen habe. Diese Verfügungen hätten den Beschwerdeführer veranlasst, eine Strafanzeige gegen den Gerichtspräsidenten zu erheben. Dies zeige, dass der Beschwerdeführer wieder im alten Verhaltensmuster gefangen sei, weshalb ihm im vorliegenden Fall die Prozessfähigkeit abgesprochen werden müsse.
2. X._ führt mit Eingabe vom 15. Oktober 2012 (Postaufgabe: 16. Oktober 2012) Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Bern. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den Ausführungen der Beschwerdekammer nicht rechtsgenüglich auseinander und vermag mit seinem Hinweis auf Art. 11 ff. ZGB und Art. 67 ZPO nicht aufzuzeigen, inwiefern ihm die Beschwerdekammer in rechts- bzw. verfassungswidriger Weise die Urteils- und damit die Prozessfähigkeit abgesprochen haben sollte. Er legt nicht dar, inwiefern der angefochtene Beschluss bzw. die ihm zugrunde liegende Erwägung rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. in diesem Zusammenhang <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen) nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
4. Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich aussichtslos, weshalb dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege nicht gewährt werden kann (Art. 64 BGG). Die Gerichtskosten sind dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Regionalen Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland sowie der Generalstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli