A.- S._ (geboren 1953) war seit Jahren als Primarlehrer und Schulleiter tätig. Am 17. Juli 1996 erlitt er einen Auffahrunfall. In seinem Bericht vom 16. Dezember 1997 hielt der Schadeninspektor des zuständigen Unfallversicherers, der Y._ Versicherungen AG, fest, S._ habe vor dem Unfallereignis mit seiner Arbeitgeberin vereinbart, die Schulleitung im Hinblick auf eine Weiterbildung im Herbst 1997 abzugeben. Mit Anmeldung vom 23. April 1998 ersuchte S._ um Leistungen der Invalidenversicherung.
Die Erziehungsdirektion des Kantons Bern gab als Beschäftigung vor dem Unfall "Primarlehrer und Schulleiter" sowie einen Verdienst ohne Eintritt des Gesundheitsschadens von Fr. 116'565. 15 (1998) und von Fr. 117'613. 40 (1999) an. PD Dr. med. M._, Medizinische Begutachtungsstelle, Medizinisches Zentrum R._ (MZR) diagnostizierte ein cervicocephales Syndrom mit Blockierung des rechten Kopfgelenkes (C0/C1), eine muskuläre Dysbalance bei Status nach HWS-Distorsion sowie neuropsychologische Defizite im Sinne einer posttraumatischen Belastungsstörung (ICD-10: F 43.1) und bezeichnete S._ in seinem Beruf als Primarlehrer und Schulleiter zur Zeit der Begutachtung als 30 %, ab Ende 1999 als 50 % arbeitsfähig (Gutachten vom 17. August 1999). Frau Dr. med.
H._ erachtete in ihrem Schreiben vom 23. Februar 2000 ein Arbeitspensum von 30 % nach wie vor als oberstes Limit; die Prognose des MZR-Gutachtens habe sich nicht erfüllt.
Mit Verfügung vom 14. Juni 2000 sprach die IV-Stelle Bern S._ ab 1. Juli 1997 eine Viertels-, ab 1. November 1998 eine halbe, ab 1. August 1999 eine ganze und ab
1. April 2000 eine halbe Invalidenrente zu.
B.- S._ liess hiegegen Beschwerde führen und die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab 1. April 2000 beantragen. Er stützte sich dabei auf verschiedene Berichte der Frau Dr. med. H._ sowie auf das Gutachten des Dr. med. C._, Facharzt für Neurologie, vom 25. Oktober 2000, welcher eine reduzierte Arbeitsfähigkeit als Lehrer feststellte, die mit 30 % kompensiert sei und S._ auslaste; die unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit betrage 50 % und sei voraussichtlich dauernd. In seinem Schreiben vom 23. Oktober 2000 hielt PD Dr. med. M._ an der im MZR-Gutachten genannten Arbeitsfähigkeit fest.
Mit Entscheid vom 2. Mai 2001 sprach das Verwaltungsgericht des Kantons Bern S._ ab 1. November 1998 eine Viertels- und ab 1. August 1999 eine halbe Invalidenrente zu.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt S._ beantragen, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm ab 1. Juli 1997 eine Viertels-, ab
1. November 1998 eine halbe und ab 1. August 1999 eine ganze Invalidenrente, zuzüglich entsprechender Zusatz- und Kinderrenten, zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) und die Bemessung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Bedeutung ärztlicher Stellungnahmen für die Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> Erw. 4 mit Hinweisen) und die Rentenrevision (<ref-law>, <ref-law>). Darauf wird verwiesen.
Zu ergänzen bleibt, dass hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichts entscheidend ist, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Unterlagen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet und nachvollziehbar sind (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweis).
2.- Das kantonale Gericht hat gestützt auf <ref-ruling> auch die den Zeitraum vor dem 1. April 2000 betreffenden Rentenansprüche einer Beurteilung unterzogen. Dieses Vorgehen war zulässig und angezeigt, da nicht von einer Teilrechtskraft der Verfügung vom 14. Juni 2000 für diese früheren Renten ausgegangen werden kann.
3.- a) Die von der Vorinstanz vorgenommene reformatio in peius basiert für die Bestimmung des Valideneinkommens auf dem Gehalt als Primarlehrer. Der Invaliditätsgrad wurde dadurch ermittelt, dass die vom Versicherten geleistete Lektionenzahl in Beziehung gesetzt wurde mit jener eines Vollpensums. Das kantonale Gericht leitet die alleinige Berücksichtigung der Tätigkeit als Lehrer aus dem Bericht des Schadeninspektors des Unfallversicherers ab, wonach der Beschwerdeführer vor dem Unfallereignis mit der Schule vereinbart habe, er werde die Schulleitung im Herbst 1997 abgeben.
b) Von der Erziehungsdirektion des Kantons Bern war als Beschäftigung vor Eintritt des Gesundheitsschadens "Primarlehrer und Schulleiter" und das dementsprechend beide Aufgaben entschädigende Gehalt angegeben worden. Der Versicherte hatte diese Funktionen unbestrittenermassen vor dem Unfall vom 17. Juli 1996 bereits mehrere Jahre ausgeübt.
Eine Kündigung des Arbeitsverhältnisses als Lehrer und Schulleiter lag im Zeitpunkt des Unfalles weder seitens des Versicherten noch seitens der Schule vor. Bei der langjährigen Tätigkeit als Lehrer und Schulleiter handelt es sich somit um jene, die für den Beschwerdeführer ohne Eintritt der Behinderung auch in Zukunft möglich gewesen wäre. Wenn ein hypothetischer Berufsaufstieg im Gesundheitsfall bei der Bestimmung des Valideneinkommens Berücksichtigung zu finden hat (vgl. Meyer-Blaser, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, Zürich 1997, S. 206), so gilt dies a fortiori für eine bereits ausgeübte Tätigkeit. Blosse Absichtserklärungen, die im Übrigen nicht einmal direkt vom Beschwerdeführer stammen, genügen nicht, um eine nicht weiter konkretisierte berufliche Veränderung anzunehmen und dementsprechend das Valideneinkommen auf einen erheblich tieferen Wert herabzusetzen. Da der Versicherte seine Funktion als Schulleiter bereits während Jahren vor dem Unfall ausübte, gehört diese Tätigkeit auch zu seinem normalerweise erzielbaren Verdienst und somit zum Valideneinkommen (vgl. Meyer-Blaser, a.a.O., S. 207).
Der Vergleich mit dem Unfallversicherungsrecht zeigt, dass dort für die Bestimmung des hypothetischen Einkommens ohne Unfall regelmässig geleistete Überstunden im Rahmen eines Durchschnittswertes miteinbezogen werden (RKUV 2000 Nr. U 400 S. 381). In Anbetracht der Einheitlichkeit des Sozialversicherungsrechts, insbesondere bei der Bemessung des Invaliditätsgrades, wo eine entsprechende Bindungswirkung des einen Sozialversicherers an die Entscheide des andern gegeben ist (<ref-ruling>), gilt dies auch im Bereich der Invalidenversicherung.
c) Nach dem Gesagten ist die von der Vorinstanz vorgenommene reformatio in peius aufzuheben und der Ermittlung des Invaliditätsgrades das Gesamteinkommen aus beiden Tätigkeiten zugrunde zu legen.
4.- a) Der Beschwerdeführer beansprucht eine ganze Invalidenrente auch nach dem 1. April 2000. Er macht dabei geltend, dass sich die Erwartungen des PD Dr. med.
M._ im MZR-Gutachten bezüglich der Steigerung seiner Arbeitsfähigkeit nicht erfüllt hätten.
b) Beim MZR-Gutachten vom 17. August 1999 handelt es sich um eine umfassende polydisziplinäre Abklärung, die auch nach Ansicht des Beschwerdeführers eine taugliche Grundlage für die Beurteilung des Invaliditätsgrades liefert.
Gestützt auf die darin als eher bescheiden taxierten objektivierbaren Befunde, welche sich in der jüngsten Vergangenheit nicht verändert haben (vgl. den Bericht der Frau Dr. med. H._ vom 23. Februar 2000, wonach das Krankheitsbild unverändert sei), hielt PD Dr. med. M._ an der im Gutachten dargelegten Arbeitsfähigkeit fest (Schreiben vom 23. Oktober 2000). Eine allfällige Verschlechterung wäre zudem nicht in diesem Verfahren, sondern gegebenenfalls im Rahmen einer Rentenrevision gemäss <ref-law> zu prüfen.
c) Im Gegensatz zum polydisziplinären Gutachten des MZR, dem nebst der Einschätzung des PD Dr. med. M._ auch konsiliarisch eingeholte Berichte einer Rheumatologin und eines Psychiaters zugrunde liegen, gibt Dr. med.
C._ lediglich seine eigene Beurteilung zum Ausdruck.
Dabei ist ungewiss, mit welchem Prozentwert er die Arbeitsfähigkeit beziffert. Er bemerkt nur, dass der Versicherte mit der von ihm ausgeübten Tätigkeit im Umfange von 30 % die Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit kompensiere und ausgelastet sei. Ob dies aber dem maximal möglichen Wert entspricht, erläutert er nicht. Die unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit beurteilt er mit 50 %, führt aber als Ausmass der unfallbedingten bleibenden Behinderung in medizinisch theoretischer Art 25 % an. Ebenso unklar ist sein Gutachten bezüglich der Art der Tätigkeit, die dem Beschwerdeführer aus medizinischer Sicht nicht mehr, nur noch teilweise oder vollständig zumutbar sei. Bei der Antwort auf diese Frage ist nicht erkennbar, in welchem Umfang die Möglichkeit des Unterrichtens nicht mehr gegeben sein soll. Insgesamt zeigt sich, dass das Gutachten des Dr. med. C._ erheblich weniger Aussagekraft besitzt als das polydisziplinäre Gutachten des MZR. Es ist deshalb nicht als Grundlage zur Ermittlung eines über die Erkenntnisse des MZR-Gutachtens hinausgehenden Invaliditätsgrades geeignet.
Bezüglich der Äusserungen der Frau Dr. med. H._ in ihren Berichten vom 23. Februar, 29. Juni und 13. November 2000 hat die Vorinstanz zu Recht berücksichtigt, dass diese die weitere Einschränkung der Arbeitsfähigkeit auf 10 Wochenlektionen nicht begründet, vor allem die subjektiven Schilderungen des Beschwerdeführers wiedergibt und zudem als Hausärztin des Versicherten zu gelten hat (<ref-ruling> Erw. 3b/cc mit Hinweisen). Ihre Einschätzungen vermögen deshalb die Aussagen des MZR-Gutachtens nicht in Frage zu stellen.
d) Mit Vorinstanz und Verwaltung ist somit für die Ermittlung des Invaliditätsgrades ab 1. April 2000 von einer zumutbaren Arbeitsfähigkeit von 50 % auszugehen.
5.- Nachdem - abgesehen von der zumutbaren Arbeitsfähigkeit ab 1. April 2000 - keine Einwände gegen die von der IV-Stelle ihrer Bemessung zugrunde gelegten Werte vorliegen und aus den Akten keinerlei Anhaltspunkte ersichtlich sind, wonach diese unzutreffend wären, sind die mit Verfügung vom 14. Juni 2000 festgelegten Renten zu bestätigen.
6.- Da es um Versicherungsleistungen geht, ist von der Erhebung von Gerichtskosten abzusehen (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend ist dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
wird der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Bern vom 2. Mai 2001 aufgehoben und es
wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer ab
1. Juli 1997 Anspruch auf eine Viertels-, ab 1. November
1998 auf eine halbe, ab 1. August 1999 auf eine
ganze und ab 1. April 2000 auf eine halbe Invalidenrente
hat.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle Bern hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 1500.- (einschliesslich
Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
V. Dieses Urteil ist den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung,
der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem
Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 17. Dezember 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: