Sachverhalt:
A. R._, geboren 1961, erlitt gemäss Unfallmeldung der Arbeitslosenkasse am 13. März 2006 einen Auffahrunfall und klagte in der Folge über Kopf- und Rückenschmerzen. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher R._für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach, schloss den Fall indessen mit Verfügung vom 14. Oktober 2008 und Einspracheentscheid vom 9. Januar 2009 per 31. Oktober 2008 ab und stellte ihre Versicherungsleistungen ein.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 20. August 2009 ab.
C. R._lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache an die Vorinstanz, eventualiter an die SUVA zurückzuweisen; eventualiter seien ihr Taggeldleistungen, Pflegeleistungen und Kostenvergütungen, ab dem 1. November 2008 eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 % sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 50 % zuzusprechen.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen (<ref-ruling>), sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat nach einlässlicher und sorgfältiger Würdigung der medizinischen Akten zutreffend erwogen, dass keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen mit dem erforderlichen Beweisgrad nachgewiesen werden konnten und die Adäquanz gestützt auf die Rechtsprechung zu den Unfallfolgen bei Schleudertraumen der Halswirbelsäule (HWS; <ref-ruling>) zu prüfen ist. Dies wird auch von der Beschwerdeführerin nicht bestritten.
4. Gemäss <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. ist zu prüfen, ob, ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf, ein leichter, mittlerer oder schwerer Unfall vorliegt. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte beziehungsweise indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden.
5. 5.1 Einfache Auffahrunfälle werden rechtsprechungsgemäss in der Regel als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen qualifiziert (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2 mit Hinweisen). Die von der Beschwerdeführerin diesbezüglich vorgebrachten Einwände vermögen zu keiner anderen Beurteilung Anlass zu geben.
5.2 Sie beruft sich dabei auf die biomechanische Kurzbeurteilung der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik vom 3. November 2006. Dazu ist zunächst anzumerken, dass die Qualifikation eines Unfalles als leicht, mittelschwer oder schwer eine Rechtsfrage ist und als solche nicht durch den Unfallanalytiker, sondern durch den rechtsanwendenden Unfallversicherer oder gegebenenfalls das Sozialversicherungsgericht zu entscheiden ist (SVR 2009 UV Nr. 18 S. 69, 8C_744/2007 E. 5.2). Ohnehin könnte die Beschwerdeführerin aus der Unfallanalyse nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die Polizei war beim Unfall nicht beigezogen worden und die Haftpflichtversicherung der Unfallverursacherin hatte mangels Benachrichtigung vor der Reparatur keine Expertise und keine Fotos erstellen können, sodass den Unfallanalytikern lediglich eine Reparaturrechnung für das von der Beschwerdeführerin gelenkte Fahrzeug vorlag. Anhand eines Vergleichs mit Crash-Tests gingen sie davon aus, dass die kollisionsbedingte Geschwindigkeitsänderung (delta-v) unterhalb oder innerhalb eines Bereichs von 10-15 km/h gelegen habe, welche Werte aus unfallanalytischer und biomechanischer Sicht noch im Rahmen der für Auffahrkollisionen im Normalfall geltenden Harmlosigkeitsgrenze liegen.
5.3 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, dass sie sich beim Unfall eine Zahnschädigung zugezogen habe. Die SUVA hat diesbezüglich am 11. Oktober 2006 Kostengutsprache erteilt. Aus diesem Umstand kann indessen keine Qualifikation des Ereignisses als Unfall im eigentlichen mittleren Bereich begründet werden, zumal gemäss Erhebungsblatt für die Abklärung von HWS-Fällen, in welchem die Angaben der Versicherten durch die SUVA am 9. Mai 2006 dokumentiert worden waren, lediglich ein Anprall mit dem Hinterkopf an der Kopfstütze erwähnt wird, die Versicherte erst anlässlich eines ambulanten Assessments in der Rehaklinik X._ am 13. Juli 2006 angab, es sei durch den Unfall zu einer Lockerung der Zahnimplantate gekommen, und der behandelnde Zahnarzt erst am 30. November 2006 mitteilt, es habe sich nach dem Demontieren der Brückenteile ein Gerüstbruch, eine Wurzelfraktur und eine Zahnkontusion gezeigt. Die Zahnverletzung, deren Unfallkausalität hier nicht zu beurteilen ist, vermag damit jedenfalls an der Qualifikation des Ereignisses als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen nichts zu ändern.
5.4 Die Adäquanz wäre daher zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> E. 6b S. 367 f.; bestätigt in <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f.).
6. Zu prüfen ist somit im Weiteren, ob die im Bereich der mittleren Unfälle beizuziehenden Kriterien erfüllt sind (<ref-ruling> E. 10 S. 126 ff.); die Vorinstanz hat dies bezüglich aller Merkmale verneint.
6.1 Es bestehen keine Anhaltspunkte dafür, dass besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls vorliegen; dabei ist allein eine objektive Betrachtungsweise massgebend (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 209 E. 3b/cc; vgl. auch RKUV 2000 Nr. U 394 S. 313, U 248/98 E. 4 und 5).
6.2 Gemäss <ref-ruling> genügt die Annahme eines Schleudertraumas der HWS für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der dafür typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 6, U 339/06 E. 5.3; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.2.3 mit Hinweisen).
Solche Umstände liegen hier nicht vor. Die für das Schleudertrauma typischen Beschwerden allein genügen entgegen der Auffassung der Versicherten nicht zur Begründung des Kriteriums. Gleiches gilt bezüglich der geltend gemachten Zahnverletzung, vermöchte sie doch das Beschwerdebild des Schleudertraumas nicht in besonderer Weise zusätzlich zu beeinflussen. Die geklagte Gehörverminderung und Hyposensibilität der rechten Gesichtshälfte wurden mittels MRI-Untersuchung abgeklärt; es konnte indessen kein pathologischer Befund erhoben werden.
6.3 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128), ob nach dem Unfall fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Vorliegend beschränkte sich die Behandlung im Wesentlichen auf physiotherapeutische Massnahmen, Chiropraktik und Akupunktur; Schmerzmittel wurden praktisch keine eingenommen. Eine Rehabilitation wurde der Beschwerdeführerin empfohlen, jedoch nicht durchgeführt. Die Bejahung des zu prüfenden Kriteriums ist damit nicht gerechtfertigt, da aus den durchgeführten Therapien keine erhebliche - im Sinne einer sich allein daraus ergebenden zusätzlichen - Mehrbelastung resultiert. Ärztliche Untersuchungen und Kontrollen beim Hausarzt gelten nicht als regelmässige, zielgerichtete Behandlung (Urteile 8C_278/2008 vom 18. August 2008 E. 3.4; U 219/05 vom 6. März 2006 E. 6.4.2), und auch eine regelmässig durchgeführte Physiotherapie bedeutet keine erhebliche Mehrbelastung (Urteil 8C_95/2008 vom 10. September 2008).
6.4 Das präzisierte Kriterium der erheblichen Beschwerden beurteilt sich rechtsprechungsgemäss nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Das kantonale Gericht hat diesbezüglich erwogen, dass anhand der Akten keine einschneidenden Beeinträchtigungen im Lebensalltag ersichtlich seien.
6.5 Eine ärztliche Fehlbehandlung liegt nicht vor und wird auch nicht geltend gemacht.
6.6 Von einem schwierigen Heilungsverlauf kann ebenfalls nicht gesprochen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1). Die Beschwerdeführerin substantiiert nicht, worin die von ihr geltend gemachten besonderen Gründe bestehen sollen, und solche Umstände sind auch aus den Akten nicht ersichtlich.
6.7 Schliesslich hat das kantonale Gericht auch das Merkmal der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als nicht erfüllt erachtet. Es ist in diesem Zusammenhang anzumerken, dass der Hausarzt Dr. med. S._, Allgemeine Medizin FMH, ab 2. Oktober 2006, somit ein halbes Jahr nach dem Unfall, eine 50%ige Arbeitsfähigkeit attestierte. SUVA-Kreisarzt Dr. med. K._ ging anlässlich seiner Untersuchung vom 12. Februar 2007 davon aus, dass in einer leidensangepassten Tätigkeit keine zeitlichen Einschränkungen bestünden. Die Versicherte nahm im Oktober 2007 eine Tätigkeit als Geschäftsführerin in einer Bar mit einem 50 %-Pensum auf.
6.8 Zusammengefasst fällt höchstens das Kriterium der erheblichen Beschwerden in Betracht. Die Adäquanz allfälliger noch vorhandener unfallbedingter Beschwerden ist daher bei dem erlittenen mittelschweren Unfall im Grenzbereich zu den leichten Ereignissen zu verneinen.
7. Auf eine Befragung der von der Beschwerdeführerin angeführten Zeugen und die Einholung weiterer Berichte der behandelnden Ärzte konnte daher in antizipierter Beweiswürdigung verzichtet werden (vgl. SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4 S. 28; zu Art. 4 Abs. 1 aBV ergangene, weiterhin geltende Rechtsprechung: <ref-ruling> E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162, je mit Hinweisen).
Es wird in diesem Zusammenhang des Weiteren geltend gemacht, dass die medizinischen Abklärungen durch die SUVA-Ärzte nicht unparteilich und objektiv seien. Es wird indessen nicht geltend gemacht, inwiefern die gerügten Berichte diesbezüglich unrichtig sein sollen. Rechtsprechungsgemäss kommt auch Berichten und Gutachten versicherungsinterner Ärzte Beweiswert zu, sofern sie als schlüssig erscheinen, nachvollziehbar begründet sowie in sich widerspruchsfrei sind und keine Indizien gegen ihre Zuverlässigkeit bestehen. Die Tatsache allein, dass der befragte Arzt in einem Anstellungsverhältnis zum Versicherungsträger steht, lässt nicht schon auf mangelnde Objektivität und auf Befangenheit schliessen. Es bedarf vielmehr besonderer Umstände, welche das Misstrauen in die Unparteilichkeit der Beurteilung objektiv als begründet erscheinen lassen (<ref-ruling> f. E. 5b/ee; SZIER 2001 S. 346, U 4/00 E. 1a), wofür hier indessen keine Anhaltspunkte bestehen.
Mangels adäquaten Kausalzusammenhangs der noch geklagten Beschwerden mit dem Auffahrunfall vom 13. März 2006 entfällt damit eine weitere Leistungspflicht des Unfallversicherers.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo