Ritenuto in fatto :
A.- La X._ SA è proprietaria delle particelle n. XXX, YYY, ZZZ e QQQ di Monteggio (in località Molinazzo).
Sulle n. YYY e ZZZ stanno i fabbricati in cui la società, che dal 1970 si occupa della micronizzazione di sostanze solide, in particolare per uso farmaceutico, esercita l'attività. Sulla particella n. XXX sorge uno stabile che la società nel 1995 aveva trasformato senza autorizzazione in un fabbricato industriale; la licenza edilizia comunale, poi rilasciata in sanatoria, è stata tuttavia annullata dal Tribunale amministrativo del Cantone Ticino con una sentenza che la X._ SA aveva impugnato, senza successo, dinanzi al Tribunale federale (cfr. causa 1A.257/1999): l'opera era infatti stata ritenuta esorbitante dal concetto di trasformazione parziale secondo l'art. 24 cpv. 2 LPT e la normativa cantonale; una nuova procedura di licenza edilizia è tuttavia ancora pendente. L'ultima delle quattro citate particelle, la n. QQQ, è inedificata.
A._ è proprietaria delle vicine particelle n. WWW e KKK.
Il piano regolatore di Monteggio, approvato dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 26 ottobre 1977, aveva inserito i fondi della società in zona residua. Nel 1994 il Comune di Monteggio ha tuttavia avviato la revisione generale del piano. La procedura non è ancora conclusa, ma nel frattempo il Comune ha anticipato attraverso una variante, adottata dal Consiglio comunale il 2 ottobre 1998, la soluzione pianificatoria della località di Molinazzo, ove sta, tra le altre, l'industria qui in discussione. La variante inseriva l'area attorno agli stabilimenti della X._ SA, e comprendente anche i suoi fondi - insieme ad altre due separate aree - nella zona artigianale-industriale (Ar-I). Con la misura pianificatoria il Comune intendeva risolvere la situazione di tre importanti aziende situate, in località Molinazzo, fuori della zona edificabile, permettendo loro di programmare investimenti e di organizzarsi per il futuro.
Contro tale decisione A._ è insorta al Consiglio di Stato del Cantone Ticino il quale, con risoluzione del 10 novembre 1999, ha respinto il ricorso e approvato la zona artigianale-industriale, riguardante anche l'area in cui è insediata la X._ SA, ad eccezione del fondo n. KKK, di proprietà A._.
B.- Il Tribunale della pianificazione del territorio del Cantone Ticino (TPT), adito da A._, ne ha respinto il ricorso con sentenza del 7 settembre 2000. Ha osservato che l'odierna attività industriale, caratterizzata da apparati produttivi ridotti all'essenziale, tecnologicamente avanzati, impone scorte ridotte, ma trasporti veloci e sicuri; ha quindi ritenuto giustificata la soluzione pianificatoria, che permetteva di sanare una situazione inadeguata per le aziende insediate da anni nel Comune e considerato la zona in questione non affatto sovradimensionata.
La Corte cantonale ha infine ritenuto che la decisione governativa di assegnare i gradi di sensibilità al rumore solo nell'ambito della futura revisione generale del piano regolatore resisteva alle censure ricorsuali.
C.- A._ impugna questa sentenza dinanzi al Tribunale federale con un ricorso di diritto pubblico e un ricorso di diritto amministrativo, stesi in un solo allegato.
Con il ricorso di diritto pubblico chiede di annullare la sentenza impugnata; con quello di diritto amministrativo di annullare la variante di piano regolatore in quanto istituisce una zona industriale ad hoc per la X._ SA.
La ricorrente fa essenzialmente valere una violazione della garanzia della proprietà, un'applicazione arbitraria del diritto cantonale e un'elusione dell'art. 24 LPT. Lamenta inoltre la mancata attribuzione dei gradi di sensibilità al rumore, segnatamente riguardo alle due particelle di sua proprietà, confinanti con la zona artigianale-industriale litigiosa. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
D.- Il TPT ha rinunciato a presentare una risposta.
La Divisione cantonale della pianificazione territoriale e il Municipio di Monteggio chiedono di respingere i ricorsi. La X._ SA chiede di dichiarare inammissibili i ricorsi, subordinatamente di respingerli nella misura della loro ricevibilità.
Sono stati invitati a presentare osservazioni anche l'Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio (UFAFP) e l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (USTE), cui sono stati trasmessi i ricorsi e le risposte.
Secondo l'UFAFP il rinvio dell'assegnazione dei gradi di sensibilità al rumore viola il diritto federale.
L'USTE, pur senza formulare una precisa richiesta, ha ritenuto non convincente la valutazione degli interessi da parte dell'istanza inferiore e insufficienti le argomentazioni addotte dalla Corte cantonale.
Alle parti è stata concessa la possibilità di esprimersi sulle osservazioni delle Autorità federali. Di questa facoltà hanno fatto uso la ricorrente, il TPT, il Municipio di Monteggio e la X._ SA.
Il 21 settembre 2001 la ricorrente ha chiesto al Tribunale federale di conferire ai ricorsi l'effetto sospensivo, limitatamente alla validità del piano regolatore sulla particella n. XXX. La X._ SA e il Municipio di Monteggio chiedono la reiezione della domanda. Anche il TPT, senza però presentare una richiesta specifica, ritiene che l'istanza debba essere respinta. La Divisione cantonale della pianificazione territoriale si rimette invece al giudizio del Tribunale federale.

Considerando in diritto :
1.- Il ricorso di diritto pubblico e il ricorso di diritto amministrativo, stesi in un unico allegato, ciò che di principio è possibile, sono in stretta relazione tra di loro e riguardano la stessa fattispecie (DTF 126 I 377 consid. 1, 125 I 14 consid. 2a). Si giustifica quindi di trattarli congiuntamente, in un unico giudizio (<ref-ruling> consid. 1, 122 II 367 consid. 1a). Comunque, il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 2a, 126 I 257 consid. 1a, 126 III 485 consid. 1).
2.- Quando, come in concreto, la parte ricorrente agisce simultaneamente attraverso la via del ricorso di diritto pubblico e attraverso quella del ricorso di diritto amministrativo occorre, in base alla regola della sussidiarietà del ricorso di diritto pubblico enunciata all'art. 84 cpv. 2 OG, esaminare in primo luogo l'ammissibilità del ricorso di diritto amministrativo (<ref-ruling> consid. 2a, 126 I 50 consid. 1, 125 I 14 consid. 2a, 123 II 231 consid. 1).
a) Secondo gli art. 97 e 98 lett. g OG, combinati con l'<ref-law>, la via del ricorso di diritto amministrativo è aperta contro le decisioni delle autorità cantonali d'ultima istanza fondate sul diritto federale - o che vi si sarebbero dovute fondare - sempre che non sia realizzata nessuna delle eccezioni previste agli art. 99 a 102 OG o nella legislazione speciale (<ref-ruling> consid. 2a, 124 I 223 consid. 1a/aa, 231 consid. 1a, 124 II 409 consid. 1a e 1d/dd). Il ricorso di diritto amministrativo è pure ammissibile contro le decisioni cantonali basate nel medesimo tempo sul diritto federale e sul diritto cantonale, in quanto sia in discussione la violazione di norme di diritto federale direttamente applicabili (<ref-ruling> consid. 1a, 123 II 231 consid. 2 e rinvii). Realizzandosi una simile connessione tra le norme cantonali e quelle federali, il Tribunale federale esamina liberamente, nell'ambito del ricorso di diritto amministrativo, se il diritto cantonale sia conforme alle norme superiori federali (cfr. art. 104 lett. a OG; <ref-ruling> consid. 2, 121 II 39 consid. 2a, 72 consid. 1b). Per contro, è il rimedio del ricorso di diritto pubblico a essere dato contro decisioni fondate esclusivamente sul diritto cantonale e che non presentino alcuna connessione con l'applicazione del diritto federale (<ref-ruling> consid. 2, 252 consid. 1a, 125 II 10 consid. 2a, 124 II 409 consid. 1d/dd, 123 II 359 consid. 1a/aa, 121 II 72 consid. 1b).
b) Le decisioni cantonali di ultima istanza sui piani di utilizzazione sono impugnabili, di regola, mediante ricorso di diritto pubblico (art. 34 cpv. 3 LPT). Tuttavia, qualora sia contestata l'applicazione di norme fondate sul diritto sostanziale della Confederazione, segnatamente sulla protezione dell'ambiente o della natura, contenute nel piano di utilizzazione, o la loro mancata applicazione, la giurisprudenza del Tribunale federale considera ammissibile, eccezionalmente, il ricorso di diritto amministrativo.
Questo rimedio permette pure di sollevare censure concernenti l'applicazione del diritto sulla pianificazione del territorio, quando tali norme siano necessariamente in relazione con quelle del diritto sulla protezione della natura, né sussistano motivi di irricevibilità ai sensi dell' art. 99 segg. OG, in particolare secondo l'art. 99 cpv. 1 lett. c OG (<ref-ruling> consid. 1b, d ed f e rinvii, 125 II 18 consid. 4c/cc, 123 II 88 consid. 1a e 1a/cc-dd, 231 consid. 2, 289 consid. 1b e riferimenti, 359 consid. 1a/aa).
La ricorrente lamenta innanzitutto, ed essenzialmente, un'elusione dell'art. 24 LPT. Questa censura, insieme alle critiche di natura pianificatoria che le sono connesse, deve essere esaminata nell'ambito del ricorso di diritto amministrativo (<ref-ruling> consid. 1b e c, 117 Ib 9 consid. 2b, 124 II 391 consid. 1b inedito). Pure con questo rimedio può essere fatta valere la mancata attribuzione o determinazione, secondo gli art. 43 e 44 OIF, dei gradi di sensibilità al rumore (<ref-ruling> consid. 2, 121 II 72 consid. 1b, 235 consid. 1, 120 Ib 287 consid. 3). La violazione dei principi di informazione e di partecipazione democratica sancita dall'art. 4 LPT e la censura di asserita incompetenza del Consiglio di Stato ad approvare la variante di piano regolatore riguardano essenzialmente aspetti procedurali nell'ambito dell'applicazione del diritto della pianificazione del territorio, senza sufficiente connessione con il diritto sostanziale federale: queste critiche sono di massima proponibili con il ricorso di diritto pubblico (cfr. <ref-ruling> consid. 1a pag. 386; cfr. pure, riguardo all'informazione e alla partecipazione della popolazione, la sentenza del 15 marzo 1999 nella causa L., consid. 2 e 3, apparsa in RDAT II-1999 n. 23 pag. 79 segg.).
c) Con il ricorso di diritto amministrativo si può far valere la violazione del diritto federale, compreso l' eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento (art. 104 lett. a OG; <ref-ruling> consid. 2a, 508 consid. 3a, 114 Ib 180 consid. 3). Il Tribunale federale non può scostarsi invece, nel caso specifico, essendo l'istanza inferiore un' Autorità giudiziaria, dai fatti accertati, salvo che questi siano manifestamente inesatti o incompleti o siano stati constatati violando norme essenziali di procedura (art. 105 cpv. 2 OG; <ref-ruling> consid. 2d). Esso non può vagliare nemmeno la censura di inadeguatezza, non prevista dall' art. 34 LPT (art. 104 lett. c n. 3 OG).
d) La ricorrente, proprietaria di fondi confinanti con la prospettata zona artigianale-industriale, è legittimata a presentare un ricorso di diritto amministrativo (art. 103 lett. a OG; <ref-ruling> consid. 3a, 121 II 171 consid. 2b).
3.- a) Il diritto di interporre un ricorso di diritto pubblico spetta, secondo l'art. 88 OG, ai privati o agli enti collettivi che si trovano lesi nei loro diritti da decreti o decisioni che li riguardano personalmente o che rivestono carattere obbligatorio generale. L'art. 88 OG esclude l'azione popolare; il ricorso di diritto pubblico non è destinato infatti a salvaguardare interessi meramente fattuali o interessi pubblici di portata generale (<ref-ruling> consid. 2b, 120 Ia 110 consid. 1a, 118 Ia 46 consid. 3a, 229 consid. 2 e rinvii). Ne segue che, di massima, soltanto il proprietario di un fondo incluso nel perimetro di un piano delle zone, e unicamente nella misura in cui è in discussione l'attribuzione dei suoi fondi, può proporre un ricorso di diritto pubblico contro il piano (<ref-ruling> consid. 1b, 106 Ia 333 consid. 1). Al proprietario di un fondo vicino è invece riconosciuta la legittimazione unicamente qualora pretenda che la pianificazione lede i suoi diritti costituzionali perché annulla o modifica la portata di norme tendenti anche alla sua protezione o perché limita l'utilizzazione della sua proprietà.
In ogni caso, la legittimazione è data solo in quanto siano messi in discussione gli effetti del piano sul fondo del ricorrente (<ref-ruling> consid. 1b, 116 Ia 193 consid. 1b, 114 Ia 378 consid. 4a, 112 Ia 90 consid. 3).
In concreto, il provvedimento pianificatorio litigioso potrebbe comportare un aumento delle immissioni sui fondi della ricorrente e giustificare quindi, nella misura in cui essa si confronta con gli effetti del piano sulla sua proprietà, la sua legittimazione a presentare il ricorso di diritto pubblico (cfr. Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2a ed., Berna 1994, pag. 149, nota n. 148). Il quesito non deve tuttavia essere esaminato ulteriormente, viste le considerazioni che seguono.
b) Chiamato a statuire su un ricorso di diritto pubblico, il Tribunale federale non applica infatti d'ufficio il diritto, ma esamina solo le censure sollevate in modo chiaro e preciso. Secondo l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG il ricorso di diritto pubblico deve contenere, pena la sua inammissibilità, l'esposizione dei fatti essenziali e quella concisa dei diritti costituzionali o delle norme giuridiche che si pretendono violati, e precisare altresì in che consista tale violazione. Ciò significa che il gravame deve sempre contenere un'esauriente motivazione giuridica, dalla quale si possa dedurre se, ed eventualmente in quale misura, la decisione impugnata leda il ricorrente nei suoi diritti costituzionali (cfr. <ref-ruling> consid. 3c, 126 I 235 consid. 2a, 126 III 524 consid. 1c, 534 consid. 1b, 125 I 492 consid. 1b e rinvii).
Ove la ricorrente si limita ad accennare di avere pure fatto valere, in sede cantonale, un'insufficiente informazione della popolazione riguardo alla variante di piano regolatore, senza tuttavia più insistere su questo punto e senza in particolare confrontarsi con le motivazioni contenute nel giudizio impugnato, il gravame è inammissibile.
Né la ricorrente spiega, con una motivazione conforme ai requisiti posti dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG e dalla giurisprudenza, per quali ragioni la Corte cantonale sarebbe incorsa nell'arbitrio, non ritenendo nulla la risoluzione del Consiglio di Stato che approvava la variante: anche su questo punto il ricorso di diritto pubblico è inammissibile.
La censura sarebbe comunque infondata. Il TPT ha statuito dopo l'emanazione della sentenza 4 aprile 2000 di questa Corte che, non ritenendo realizzati motivi di ricusa del Governo, aveva respinto un ricorso di diritto pubblico presentato dalla ricorrente (cfr. causa n. 1P.39/2000, apparsa in RDAT II-2000, n. 62, pag. , 235 segg.); la decisione governativa di approvazione della variante sarebbe stata, se del caso, annullata dal Tribunale federale nell'ambito di quella procedura, secondo la richiesta formulata dalla ricorrente, qualora fosse stata ritenuta fondata la ricusazione (cfr. sentenza del 4 aprile 2000 citata, consid. 1d).
4.- Secondo la ricorrente l'adozione e poi l'approvazione della zona di utilizzazione litigiosa eluderebbero l'art. 24 LPT, perché autorizzerebbero attraverso una variante di piano regolatore la trasformazione di un edificio già negata nell'ambito della procedura edilizia; la misura perseguirebbe inoltre gli interessi di un unico proprietario, violando i principi pianificatori e l'art. 15 LPT.
a) Il fatto che una determinata fattispecie non adempie le condizioni per il rilascio di un'autorizzazione eccezionale secondo gli art. 24 segg. LPT, in vigore con un nuovo tenore dal 1° settembre 2000 (cfr. RU 2000 2042), non esclude di principio la facoltà di modificare il piano regolatore e di attribuire determinati fondi alla zona edificabile in vista di una loro edificazione concreta: una tale assegnazione non costituisce di per sé un'elusione dell'art. 24 LPT. Valesse il contrario, sarebbero possibili solo quegli ampliamenti della zona edificabile che adempiono le condizioni poste dall'art. 24 LPT, ciò che non corrisponde alle finalità della LPT. L'estensione di una zona edificabile per un progetto concreto non può essere ritenuta inammissibile per la semplice circostanza che non sono realizzate le esigenze dell'art. 24 LPT: occorre piuttosto esaminare se la misura pianificatoria che introduce questa estensione corrisponda agli obiettivi e ai principi della LPT. Se l'esito dell'esame sarà positivo, la misura è legale, né elude gli art. 24 LPT segg. LPT, quando pure non dovessero ricorrere le condizioni per il rilascio di un'autorizzazione eccezionale (cfr. <ref-ruling> consid. 2c pag. 394, concernente l'art. 24 LPT previgente; cfr. anche <ref-ruling> consid. 6e, 119 Ia 300 consid. 3b).
È vero d'altra parte che la pianificazione deve, se necessario, essere adattata alla situazione effettiva.
Certo è pure che l'inserimento di fondi in zona edificabile entra in considerazione solo se esso corrisponde agli obiettivi e ai principi della pianificazione locale: il solo fatto che una particella è da tempo utilizzata industrialmente e che lo sarà verosimilmente anche nel prossimo futuro non comporta necessariamente l'obbligo per l'Autorità di inserirla in zona edificabile (<ref-ruling> consid. 6b).
b) La Corte cantonale ha accertato che la zona artigianale-industriale litigiosa si estende, nella misura approvata dal Governo, su una superficie di m2 7272, e ch' essa si stacca dal comprensorio costruito. Questa circostanza era del resto stata considerata anche dal Tribunale federale, che aveva ritenuto la particella n. XXX - allora in discussione per il rilascio di una licenza edilizia eccezionale secondo l'art. 24 LPT - non inserita nel comprensorio già largamente edificato (cfr. sentenza 1A.257/2000 del 3 maggio 2000, consid. 2).
È incontestabile che quella in esame, misurando complessivamente m2 7272, è una zona edificabile di ridotta superficie, destinata dalla variante di piano regolatore all'attività industriale: la Corte cantonale medesima l'ha definita "piccola zona edificabile" (sentenza, consid. 9, pag. 17). Di massima, le piccole zone edificabili, isolate dal comprensorio edificato ed edificabile, contrastano con i principi della pianificazione e sono quindi contrarie alla legge (Alexandre Flückiger in: Aemisegger/Kuttler/Moor/ Ruch, editori, Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Zurigo 1999, n. 18 all'art. 15; Leo Schürmann/ Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 3a ed., Berna 1995, pag. 129 seg.).
c) Il divieto della formazione di piccole zone edificabili, disgiunte dal comprensorio edificato ed edificabile, non è tuttavia assoluto. Certo, non bisogna eludere, attraverso la loro istituzione - come pretende la ricorrente che su questa censura impernia il ricorso - l' applicazione dell'art. 24 LPT e rimediare in tal modo all' impossibilità di costruire per mancato adempimento dei severi requisiti posti dalla norma. Tuttavia, come già si è visto, la giurisprudenza riconosce che non elude l'art. 24 LPT l'ampliamento della zona edificabile in relazione con un progetto concreto, conforme agli scopi e ai principi della pianificazione del territorio, quand'anche un'autorizzazione eccezionale non avesse potuto essere rilasciata (<ref-ruling> consid. 2 pag. 394). In realtà, piccole zone edificabili sono inammissibili unicamente se tendono ad aggirare il divieto di costruire edifici in ordine sparso.
Ora, in concreto, non può essere trascurato il fatto, considerato da tutte e tre le istanze che nel Cantone si sono occupate del caso, e particolarmente sottolineato dalla Corte cantonale, che la zona artigianale-industriale contestata dalla ricorrente non è intatta, libera da ogni costruzione, ma ospita piuttosto, e da decenni, un'importante industria (vedi <ref-ruling> consid. 3 pag. 395; vedi pure sentenza del 12 aprile 2000 nella causa A. contro Cantone dei Grigioni, consid. 5). Per di più, questa zona non è lontana dalla zona edificata ed edificabile, così da costituire una sorta di isola, inopportuna e indesiderata, ed eventualmente inammissibile, all'interno di un comprensorio territoriale libero e vergine. La zona edificabile R3 sta a una ventina di metri soltanto (ad ovest) mentre, come si è rilevato, la zona qui litigiosa è già in parte edificata e adibita all'industria della controparte.
d) Attribuendo quest'ultimo comparto territoriale alla zona artigianale-industriale (e procedendo nello stesso modo per altri due comprensori nella stessa località di Molinazzo, però a sud della strada cantonale), il Comune di Monteggio, con l'approvazione del Governo e l'avallo del TPT, ha inteso dare un assetto pianificatorio a tre spazi del suo territorio, ove già da molti anni (nel caso della zona qui litigiosa da tre decenni) sorgono industrie. Con ciò, il Comune ha voluto anche sanare situazioni esistenti e acquisite, dando alle industrie lì presenti la possibilità di svilupparsi sul posto attraverso l'adattamento e l' ampliamento dei loro fabbricati. Il Tribunale federale ha già stabilito che la pianificazione deve, se necessario, essere adattata alla situazione effettiva (<ref-ruling> consid. 3, 121 I 245 consid. 6b). Occorre certo che un inserimento nella zona edificabile corrisponda ai principi e agli obiettivi della pianificazione locale: ora questi criteri risultano essere stati tenuti in conto, e rispettati.
Né va dimenticato, in siffatto contesto, il potere d'apprezzamento che, nel rispetto dei principi pianificatori, spetta alle autorità locali, segnatamente al Comune, in base all'art. 2 cpv. 3 LPT, secondo cui le autorità incaricate di compiti pianificatori badano di lasciare alle autorità loro subordinate il margine d'apprezzamento necessario per adempiere i loro compiti (cfr. Pierre Tschannen, in: Aemisegger/Kuttler/Moor/Ruch, editori, Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Zurigo 1999, n. 60 all' art. 2).
e) È vero che l'attuale piano regolatore - per altro in revisione - già conosce due aree dedicate all'attività lavorativa, e denominate zona artigianale-commerciale, nelle località Calanget e Fornasette, all'estremità occidentale del territorio comunale. Ora, risulta dal rapporto di pianificazione del giugno 1997 che quelle aree sono edificate già al 50 % e che dei 3,8 ettari di superficie considerata non sfruttata solo 1,8 ettari sono completamente liberi, i restanti 2 ettari facendo parte di proprietà già costruite anche se potenzialmente sfruttabili. D'altra parte, le tre nuove zone artigianali-industriali di Molinazzo anticipano la revisione generale in atto del piano regolatore comunale, della quale fanno già parte (cfr. sentenza impugnata, consid. 7.1, pagina 14).
5.- Quando elaborano i piani di utilizzazione, le Autorità di pianificazione devono considerare, promuovere e attuare gli obiettivi e i principi pianificatori fissati dal diritto federale e dal diritto cantonale (cfr. art. 1 e 3 LPT); devono tenere conto di tutti gli interessi, pubblici e privati, e ponderarli globalmente (<ref-ruling> consid. 4, 119 Ia 362 consid. 5a pag. 372 e rinvii). Spesso i Comuni, nell'ambito dell'art. 15 LPT, devono scegliere tra più aree ugualmente idonee all'edificazione: fintantoché questa scelta si fondi su criteri oggettivi, e i diversi interessi pubblici e privati vengano ponderati correttamente, la loro decisione ricade nell'apprezzamento, di cui dispongono in campo pianificatorio (cfr. art. 2 cpv. 3 LPT; <ref-ruling> consid. 5a pag. 372).
La X._ SA è attiva dal 1970 nel campo della micronizzazione di materie solide, essendosi specializzata negli ultimi anni nel trattamento di sostanze a uso farmaceutico, e avendo integrato nell'attività la progettazione e la costruzione di mulini e di apparecchiature di laboratorio.
La società occupa 25 dipendenti ed è un'impresa tecnologicamente avanzata, con una posizione dominante sul mercato internazionale, ove conta fra i suoi clienti multinazionali farmaceutiche; nel 1999 la società, secondo gli accertamenti della Corte cantonale, ha conseguito un fatturato globale di fr. 3'966'066.--, realizzato nella misura del 23% con il nuovo impianto. Secondo i Giudici cantonali il piano regolatore vigente non terrebbe conto delle importanti attività produttive insediate sul territorio comunale, per le quali un trasferimento nella zona artigianale commerciale prevista dal piano apparirebbe illusorio. La Corte cantonale ha poi rilevato che la soluzione pianificatoria litigiosa, pur non ideale, permetterebbe di sanare una situazione attualmente inadeguata; ha poi soggiunto che la zona litigiosa, di m2 7272, non è sovradimensionata per un'azienda in piena espansione come la X._ SA.
a) Nell'ambito di una valutazione globale degli interessi, tenuto conto delle considerazioni che precedono, riconosciuto al Comune il già riferito margine di manovra che, nell'ossequio dei principi pianificatori, gli spetta in materia di pianificazione del territorio, e richiamato il potere d'apprezzamento dell'Autorità cantonale, che ha avallato a due livelli la scelta comunale, bisogna concludere che la sentenza del TPT secondo cui la formazione della zona artigianale-industriale litigiosa rispetta l'ordinamento giuridico, regge.
La ricorrente adduce invero che la nuova zona artigianale-industriale di Molinazzo avrebbe una contenibilità di 410 posti di lavoro, laddove quelli attualmente occupati sono 190: vi sarebbe quindi un potenziale residuo eccessivo e inammissibile. Le tre aree istituite quale zona artigianale-industriale a Molinazzo comprendono già, su una superficie complessiva di poco superiore ai quattro ettari, industrie importanti e vitali e la loro destinazione è stata dettata anche dalla volontà di sanare situazioni esistenti.
Riguardo all'area, qui litigiosa, più a oriente, ove ha sede la X._ SA, già si è rimproverato dalla ricorrente all'Autorità di averla creata in modo pianificatoriamente inaccettabile, perché di ridotte dimensioni, e quindi catalogabile nella nozione di "piccola zona edificabile", di principio non ammessa. La Corte cantonale ha in ogni caso accertato che questa precisa zona, di m2 7272, non è per nulla sovradimensionata, ma adatta alla realtà del Comune e alla presenza di un'impresa "che ha il vento in poppa" e che si muove in "fase espansiva". Si rileva d'altra parte che il piano regolatore di Monteggio è allo stadio della revisione generale e che un discorso sulla sua contenibilità dovrà, al momento della sua adozione e della sua approvazione, essere comunque condotto.
b) Nelle osservazioni ai ricorsi di diritto pubblico e di diritto amministrativo l'USTE rileva che la situazione di fatto - l'esistenza dell'industria della controparte - avrebbe potuto essere riconosciuta attraverso l'istituzione di una zona di mantenimento. Tuttavia, come spiega la precedente istanza, in particolare nella presa di posizione sulle citate osservazioni, una siffatta zona sarebbe inidonea a considerare compiutamente e a risolvere ragionevolmente i problemi di un'industria, che non può essere imbrigliata in sedimi ristretti, ma che ha bisogno di "spazio per crescere". Certo, rimarrebbe, in teoria, la possibilità per l'industria di trasferirsi in zona edificabile.
In proposito, il surriferito Ufficio federale rileva tuttavia giustamente - anche se nega alla considerazione un'importanza determinante - che un siffatto trasferimento non rappresenterebbe "la soluzione ideale per un'azienda esistente (basta considerare i maggiori costi causati dal prezzo del terreno edificabile) e che non esiste la garanzia che l'azienda non vada ad insediarsi in un altro Comune".
Comunque sia, la precedente istanza ha operato una valutazione e avallato una scelta che resistono alle censure, segnatamente di violazione dell'art. 24 LPT, sollevate dalla ricorrente. Il ricorso di diritto amministrativo, in quanto diretto contro l'istituzione della zona artigianale-industriale litigiosa, non è quindi fondato.
6.- La ricorrente censura infine la mancata attribuzione dei gradi di sensibilità al rumore per quanto riguarda le due particelle di sua proprietà, confinanti con la prevista zona artigianale-industriale.
a) L'OIF elenca in modo esaustivo i gradi di sensibilità da assegnare alle differenti zone di utilizzazione.
In questo ambito, l'autorità competente deve esaminare quale delle definizioni dei gradi di sensibilità secondo l' <ref-law> - GS I per le zone che richiedono una protezione fonica elevata (lett. a), GS II per le zone in cui non sono ammesse aziende moleste (lett. b), GS III per le zone in cui sono ammesse aziende mediamente moleste (lett. c), GS IV per le zone in cui sono ammesse aziende fortemente moleste (lett. d) - far corrispondere alle differenti zone del diritto cantonale o comunale (<ref-ruling> consid. 3c/bb e rinvii).
Giusta l'art. 44 cpv. 1 e 2 OIF i gradi di sensibilità vanno attribuiti attraverso i regolamenti edilizi o i piani di utilizzazione, in occasione dell'adozione o della modificazione di queste normative, al più tardi però entro dieci anni dall'entrata in vigore dell'OIF. Questo compito è stato riservato dal legislatore ticinese in primo luogo ai Comuni: l'art. 28 cpv. 2 lett. q della legge cantonale di applicazione della LPT del 23 maggio 1990 prevede infatti che i piani regolatori comunali devono assegnare, fra l' altro, i gradi di sensibilità per la protezione dai rumori a ogni singola zona di utilizzazione.
Il termine decennale è scaduto il 1° aprile 1997 (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>) e, fino all'assegnazione formale, i gradi di sensibilità erano comunque stabiliti caso per caso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2b/aa). La variante litigiosa, che delimita una zona di utilizzazione secondo l'<ref-law>, doveva quindi comportare, in modo vincolante per le Autorità incaricate della pianificazione del territorio, l'attribuzione dei gradi di sensibilità (<ref-ruling> consid. 4; sentenze inedite del 24 aprile 1990 nella causa Comune di Sierre, consid. 2a e 3a; Markus Neff, Die Auswirkungen der LSV auf die Nutzungsplanung, tesi, Zurigo 1994, pag. 156 seg. ; Stefan Mesmer, Die Festlegung von Empfindlichkeitsstufen, edito dall'UFAFP, Berna 1993, pag. 33 seg.).
b) Ora, come risulta dall'art. 35bis delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), il grado di sensibilità ai rumori è stato attribuito dall'Autorità comunale alla zona artigianale-industriale qui litigiosa, al momento in cui l'ha istituita. Più precisamente, il quarto capoverso della norma (che poggia anche sul rapporto di pianificazione del giugno 1997, pagina 12), indica che "il grado di sensibilità (<ref-law>) stabilito (ndr: per la zona artigianale-industriale di Molinazzo) è il grado III".
Questo fatto, e questa attribuzione, sono riconosciuti dalla stessa ricorrente la quale, al punto 12 (a pagina 12) del gravame afferma che la citata norma "stabilisce ... che nella zona artigianale-industriale di Molinazzo il grado di sensibilità al rumore è il III". Lo stesso UFAFP rileva, nelle osservazioni del 13 febbraio 2001 al ricorso di diritto amministrativo (punto 3, pagina 2), che "il piano regolatore di Monteggio e la variante approvata prevedono il grado di sensibilità III per la particella XXX" e che tale grado è pure previsto per le particelle n. WWW e KKK della ricorrente.
Invero, nella decisione di approvazione della variante, del 10 novembre 1999, il Consiglio di Stato ha precisato che nell'intero comprensorio comunale l'assegnazione dei gradi di sensibilità al rumore non è ancora avvenuta, nonostante la decadenza, il 31 marzo 1997, del termine decennale, di cui già si è detto: ritenuto ch'era in corso a Monteggio la procedura di revisione generale del piano regolatore, il Governo cantonale ha concesso, quale termine inderogabile, che lo studio e l'attribuzione dei gradi di sensibilità avvenisse, per ragioni di opportunità, in tale ambito, e prescisso quindi dall'intervenire d'ufficio.
Per la zona artigianale-industriale litigiosa il grado di sensibilità al rumore (III) risulta comunque essere stato fissato dal Comune ed esplicitato nell'art. 35bis cpv. 4 NAPR, che il Consiglio di Stato ha approvato, insieme con la variante, il 10 novembre 1999.
c) Quando l'istituzione di una zona può comportare la costruzione di nuovi impianti o la sostanziale modifica di quelli esistenti, può imporsi di stabilire il grado di sensibilità al rumore per i fondi adiacenti (cfr. <ref-law> in relazione con l'<ref-law>; cfr. sentenza del 21 gennaio 2000 nella causa P., consid. 2d, apparsa in URP 2000/3, pag. 225 segg. ; Robert Wolf, Principi e questioni attuali del diritto in materia di lotta contro l'inquinamento fonico, in RDAT I-1996, pag. 233 segg. , in particolare pag. 236 seg. ; Mesmer, op. cit. , pag. 37).
Tuttavia, essendo le particelle della ricorrente, segnatamente la n. WWW su cui sorge la sua casa di abitazione, sita al di fuori della zona edificabile, come ha rilevato lo stesso UFAFP, che parla al riguardo di zona agricola, e ritenuto che questa collocazione, secondo quanto ha precisato la Corte cantonale, "verrà mantenuta per quanto è dato prevedere dalla revisione del PR", ci si troverebbe ancora in un comprensorio con grado di sensibilità III, nel quale rientrano le zone agricole, secondo l'art. 43 cpv. 1 lett. c OIF.
In tali circostanze, non ha violato il diritto federale il TPT, esprimendosi sull'attribuzione dei gradi di sensibilità nel senso indicato, e ritenendo che la fissazione generale e particolare di questi gradi può, per le ragioni già indicate dal Consiglio di Stato, essere differita alla revisione generale del piano regolatore, già in atto.
7.- Ne consegue che il ricorso di diritto pubblico deve essere dichiarato inammissibile, mentre il ricorso di diritto amministrativo è respinto. Le spese e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 e art. 159 cpv. 1 OG). L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto l'istanza di effetto sospensivo.

Per questi motivi
il Tribunale federale
pronuncia :
1. Il ricorso di diritto pubblico è inammissibile.
2. Il ricorso di diritto amministrativo è respinto.
3. La tassa di giustizia unica di fr. 5000.-- è posta a carico della ricorrente, la quale rifonderà alla X._ SA un'indennità di fr. 2000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Monteggio, al Consiglio di Stato, al Dipartimento del territorio (Divisione della pianificazione territoriale) e al Tribunale della pianificazione del territorio del Cantone Ticino, all'Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.