Faits:
A. Le 30 juin 2000, la Commission foncière du canton de Vaud, section II (ci-après: la Commission foncière), a autorisé Y._, de nationalité polonaise, à acquérir à titre de logement de vacances la parcelle no **** de la Commune de B._, à la réunir en un seul bien-fonds de 2'414 m2 à la parcelle no **** de la même commune, déjà propriété de sa belle-fille, A.X._, de nationalité allemande, et à constituer avec cette dernière sur ce nouveau bien-fonds une propriété par étages (PPE) de deux lots, le lot 1 au rez-de-chaussée devenant propriété de Y._ et le lot 2 à l'étage devenant propriété de A.X._. La Commission foncière a soumis cette autorisation à différentes conditions et charges, notamment à l'obligation d'entreprendre la construction du chalet selon le projet présenté dans un délai échéant le 30 juin 2001 et de requérir son consentement pour toute modification importante du projet.
Le 26 octobre 2000, les parcelles nos **** et **** ont été réunies et le nouveau bien-fonds a été constitué en PPE de deux lots portant les nos ****-1 et ****-2.
Par décision du 6 octobre 2006, la Commission foncière a rejeté la requête déposée le 5 avril 2002 par le fils de A.X._, C.X._, né le 2 avril 1990, d'acquérir le lot de PPE no ****-2, par donation de Y._, cette dernière se réservant un droit d'usufruit à vie sur l'immeuble. La Commission foncière a considéré que cette donation constituait un abus de droit ou une fraude à la loi et qu'elle tombait sous le coup de l'art. 12 let. b, c et d de la loi fédérale du 16 décembre 1983 sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger (LFAIE; RS 211.412.41). Elle a également constaté que la construction réalisée ne correspondait pas aux plans déposés au registre foncier et a complété sa décision du 30 juin 2000 en imposant les charges suivantes:
"- obligation de créer deux logements clairement séparés selon de nouveaux plans à produire à la Commission de céans pour approbation par une nouvelle décision et ce dans un délai de trois mois dès la présente décision définitive et exécutoire;
- obligation de réaliser les transformations intérieures nécessaires à la création des deux logements précités selon les plans approuvés et ce dans un délai de six mois dès la décision définitive et exécutoire d'approbation des nouveaux plans;
- obligation de produire à la Commission de céans une attestation de la Municipalité de B._ constatant la conformité des travaux de transformation aux nouveaux plans approuvés et ce dans un délai de deux mois dès la réalisation desdits travaux;
- obligation de constituer une nouvelle propriété par étages de deux logements correspondant aux nouveaux plans précités, l'acte correspondant devant être produit à la Commission de céans pour vérification dans un délai de deux mois dès la décision définitive et exécutoire approuvant lesdits nouveaux plans."
La Commission foncière a ajouté que la nouvelle propriété par étages à constituer comprendrait deux lots, à savoir un lot principal (lot 1), sis au rez et au premier étage, attribué à A.X._ et un lot secondaire (lot 2), sis au premier étage et aux combles, attribué à Y._. Cette autorité a également relevé qu'elle avait soulevé la question de savoir si l'autorisation délivrée le 30 juin 2000 ne devait pas être révoquée dès lors que Y._ avait été présentée comme une simple voisine sans lien de parenté avec A.X._, alors qu'il s'agissait en fait de sa belle-mère et que les charges n'avaient pas été respectées. Le Département de l'économie du canton de Vaud avait toutefois renoncé à cette mesure administrative.
Par ordonnance du 10 octobre 2006, le Juge d'instruction cantonal du canton de Vaud, statuant sur la dénonciation de A.X._ et Y._ pour violation de la LFAIE, a prononcé un non-lieu en faveur de ces dernières. Il a considéré que "l'absence de porte palière séparant les deux logements de l'escalier reliant les deux étages du chalet ne constitu[ait] pas en soi la preuve que ces appartements n'en form[ai]ent en réalité qu'un seul".
Le 24 août 2007, la Commission foncière a approuvé les plans de transformation du chalet produits par Y._ et A.X._ et leur a imparti un délai de six mois pour réaliser ces travaux.
B. Par courrier du 14 janvier 2009, complété par lettre du 3 mars 2009, le mandataire de A.X._ et de Y._ a informé la Commission foncière que la première nommée voulait s'installer en Suisse avec son fils, alors étudiant aux Etats-Unis, et désirait acquérir la part de PPE de la seconde qui, âgée de 84 ans et atteinte d'un cancer, ne pouvait pratiquement plus se déplacer hors de Pologne. Il a précisé que l'acquisition du lot de PPE devait s'opérer par un contrat mixte de donation vente, soumis à la condition que sa cliente obtienne un permis de séjour en Suisse et que l'acte de vente devait prévoir la suppression de la PPE. Il a requis la Commission foncière de lui confirmer que, dès l'obtention de son titre de séjour, A.X._ ne serait plus soumise à la LFAIE et que le fait qu'elle établisse sa résidence en Suisse constituerait un acte guérisseur, qui la dispenserait des charges imposées dans les décisions des 6 octobre 2006 et 24 août 2007.
Par décision du 6 mars 2009 (datée du 7 avril et notifiée le 9), la Commission foncière a rejeté cette requête et mis Y._ et A.X._ formellement en demeure de respecter les charges suivantes:
"- obligation de créer deux logements clairement séparés selon les plans de transformation du chalet Z._, à B._, établis le 27 mars 2007 par le bureau d'architecture [...] et approuvés par décision de la Commission de céans du 24 août 2007;
- obligation de réaliser les transformations intérieures nécessaires à la création des deux logements précités selon les plans approuvés et ce dans un délai échéant le 30 septembre 2009;
- obligation de produire à la Commission de céans une attestation de la Municipalité de B._ constatant la conformité des travaux de transformation aux nouveaux plans approuvés et ce dans un délai échéant le 31 octobre 2009;
- obligation de constituer une nouvelle propriété par étages de deux logements conforme aux nouveaux plans précités, l'acte correspondant devant être produit à la Commission de céans pour vérification dans un délai échéant au 31 octobre 2009."
La Commission foncière a notamment relevé que si l'obtention d'une autorisation de séjour pouvait, le cas échéant, justifier un changement d'affectation, par exemple d'un logement de vacances en logement principal, ce n'était que pour autant que l'immeuble acquis ait d'abord été utilisé conformément à l'autorisation et aux charges correspondantes, soit pour autant que les charges imposées aient été respectées, à défaut de quoi il y avait abus de droit et fraude à la loi. Elle a rappelé qu'en l'espèce, la situation de fait n'avait jamais pleinement correspondu aux exigences légales, de sorte que l'obtention du permis de séjour par A.X._ ne pouvait la dispenser de respecter les charges imposées par les décisions rendues. Elle a également relevé que la révocation des charges était soumise à la condition qu'existent des motifs impérieux, soit une modification des circonstances qui rende l'exécution des charges impossibles ou insupportables pour l'acquéreur. Or, selon elle, ces conditions n'étaient pas réalisées en l'espèce.
Le 13 mai 2009, A.X._ et Y._ ont conclu un contrat de vente à terme conditionnelle, qui prévoit l'achat par la première du lot de PPE no ****-1 appartenant à la seconde au prix de 1'100'000 fr., à la condition que les restrictions LFAIE portées au registre foncier soient levées.
Le 19 mai 2009, Y._ et A.X._ ont recouru contre la décision du 6 mars 2009 devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), en prenant les conclusions suivantes:
"I. Réformer la décision de la Commission foncière du 7 avril [recte: 6 mars] 2009 en ce sens:
- Qu'il est constaté que Mme A.X._ n'est plus assujettie à la LFAIE;
- Que toutes les charges imposées par la Commission foncière à Mme A.X._ concernant la parcelle no ****-2 [recte: ****-2] sont sans objet, subsidiairement sont révoquées sur la parcelle no ****-2 [recte: ****-2];
- Que toutes les charges imposées par la Commission foncière à Mme Y._ concernant la parcelle no ****-1 sont sans objet, subsidiairement sont révoquées dans la mesure où cette parcelle est vendue à Mme A.X._;
- Qu'ordre est donné au Registre Foncier de supprimer les restrictions LFAIE sur la parcelle no ****-2 [recte: ****-2];
- Qu'ordre est donné au Registre Foncier de supprimer les restrictions LFAIE sur la parcelle no ****-1 [recte: ****-1] sous la condition que cette parcelle soit acquise par Mme A.X._;
Subsidiairement:
II. Réformer la décision de la Commission foncière du 7 avril [recte: 6 mars] 2009 en ce sens:
- Qu'il est constaté que Mme A.X._ ne sera plus assujettie à la LFAIE dès sa prise de résidence en Suisse;
- Que toutes les charges imposées par la Commission foncière à Mme A.X._ concernant la parcelle no ****-2 [recte: ****-2] seront sans objet, subsidiairement sont révoquées sur la parcelle no ****-2 [recte: ****-2] dès la prise de résidence en Suisse de Mme A.X._;
- Que toutes les charges imposées par la Commission foncière à Mme Y._ concernant la parcelle no ****-1 sont sans objet, subsidiairement révoquées, dans la mesure où cette parcelle est vendue à Mme A.X._;
- Qu'ordre est donné au Registre Foncier de supprimer les restrictions LFAIE sur la parcelle no ****-2 [recte: ****-2] dès la prise de résidence en Suisse de Mme A.X._;
- Qu'ordre est donné au Registre Foncier de supprimer les restrictions LFAIE sur la parcelle no ****-1 sous la condition que cette parcelle soit acquise par Mme A.X._;
Plus subsidiairement:
III. Annuler la décision de la Commission foncière du 7 avril [recte: 6 mars] 2009 et renvoyer la cause à l'autorité intimée pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants".
A l'appui de leur pourvoi, Y._ et A.X._ ont notamment produit une attestation du contrôle des habitants de B._ certifiant que celle-ci était établie dans la commune depuis le 7 mai 2009 au bénéfice d'une autorisation de séjour à l'année (permis B CE/AELE), une attestation de l'Administration cantonale des impôts selon laquelle elle était domiciliée à B._ et soumise en Suisse à l'impôt selon la dépense depuis son arrivée dans le canton de Vaud le 7 mai 2009.
Le 19 mai 2009 également, Y._ et A.X._ ont adressé à la Commission foncière une requête tendant à ce qu'elle constate que la seconde n'était plus assujettie à la LFAIE, puisque domiciliée dans la Commune de B._ depuis le 7 mai 2009. Elles reprenaient en substance les conclusions principales de leur recours au Tribunal cantonal.
L'instruction du recours a été suspendue jusqu'à droit connu sur cette requête.
Par décision du 13 novembre 2009, la Commission foncière a rejeté la requête du 19 mai 2009 en considérant qu'on ne saurait dispenser l'acquéreur de mauvaise foi de respecter les conditions ou les charges dont la décision était assortie au moment de son prononcé, sous prétexte que la situation avait changé. Cela s'imposait d'autant plus lorsque le fait nouveau invoqué n'était, comme en l'espèce, pas purement objectif, soit extérieur à la sphère de la requérante, mais dépendait de sa volonté. La Commission foncière a également relevé que même si la requérante était de bonne foi, elle devait respecter les charges car "la domiciliation réelle en Suisse d'une ressortissante européenne la fait sortir aussi du champ d'application de la LFAIE, mais [...] cela n'a aucune influence sur le respect des charges, qui font au surplus l'objet d'une mise en demeure formelle".
Par acte du 7 janvier 2010, Y._ et A.X._ ont recouru contre cette décision au Tribunal cantonal, en prenant les conclusions suivantes:
"I. La décision de la Commission foncière, Section II, du 13 novembre 2009 est réformée en ce sens qu'il est prononcé:
I. A.X._ n'est plus une personne à l'étranger au sens de la Loi fédérale sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger (LFAIE).
II. L'acquisition par A.X._ de l'immeuble n° ****-1 du cadastre de la commune de B._ n'est pas soumise à autorisation au sens de la LFAIE.
III. Les charges grevant les immeubles n° ****-1 et n° ****-2 du cadastre de la commune de B._ au sens de la LFAIE, en particulier en vertu des décisions de la Commission foncière, Section II, des 30 juin 2000, 6 octobre 2006 et 24 août 2007, sont sans objet et sont révoquées."
Par jugement du 21 septembre 2010 rendu après avoir joint les causes, le Tribunal cantonal a rejeté le recours contre la décision de la Commission foncière du 6 mars 2009, mais admis celui dirigé contre la décision de la même autorité du 13 novembre 2009 et renvoyé le dossier à cette dernière pour qu'elle statue à nouveau sur la requête du 19 mai 2009, le tout sous suite de frais et dépens à charge du canton de Vaud. En substance, il a estimé que la Commission foncière avait à tort rejeté la requête du 19 mai 2009, dans la mesure où cette dernière tendait à la constatation que A.X._ n'était plus assujettie à la LFAIE. L'autorité administrative ne pouvait en effet pas retenir qu'il était inutile d'instruire la question de la réalité du domicile de la prénommée en Suisse pour le motif que "cette domiciliation, réelle ou non, ne jouait aucun rôle dans l'appréciation du cas". Ce faisant, la Commission foncière avait perdu de vue que si A.X._ était effectivement domiciliée en Suisse, elle pouvait acquérir librement la part de PPE de Y._ et que, lorsque les deux parts auraient été réunies en ses mains, elle pourrait obtenir la radiation des charges LFAIE qui ont pour seul objectif de garantir le respect de cette loi. Dès lors que les immeubles passent dans leur entier aux mains d'une personne qui n'est plus assujettie à cette législation, les charges perdent en effet leur raison d'être.

C. Par écriture parvenue au Tribunal fédéral le 2 novembre 2010, le Département de l'économie du canton de Vaud, agissant par son Secrétariat général, a formé un recours en matière de droit public contre ce jugement. En substance, il considère que le comportement abusif des parties dans le cadre de la procédure LFAIE justifie, à titre punitif, d'exiger de A.X._ qu'elle exécute les charges - et donc procède à toutes les modifications architecturales énoncées dans les décisions administratives - avant de pouvoir détruire ce qu'elle aura ainsi construit.
A.X._ et Y._ concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet, sous suite de frais et dépens. Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral de la justice ont renoncé à se déterminer.
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3).
1.1 L'autorité recourante estime que le jugement entrepris constitue une décision partielle au sens de l'<ref-law>, du moment que le Tribunal cantonal "statue sur plusieurs des conclusions présentées par les requérantes". Cette qualification est de toute évidence inexacte, dès lors que l'autorité précédente a tranché tous les points faisant l'objet du litige, rejetant certaines conclusions et en acceptant d'autres.
1.2 Le jugement entrepris ne peut donc constituer qu'une décision finale (<ref-law>) ou une décision incidente au sens de l'<ref-law>. La question de sa nature doit s'analyser dans le contexte particulier d'une décision de renvoi à l'autorité de première instance, qui peut, selon les circonstances, relever de l'une ou de l'autre de ces catégories.
1.2.1 Si l'autorité inférieure appelée à statuer à nouveau ne dispose d'aucune marge de manoeuvre, une décision de renvoi peut constituer une décision finale et ainsi faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral (Heinz Aemisegger, Le recours en matière de droit public au Tribunal fédéral: particularités dans le domaine du droit de l'aménagement du territoire, des constructions et de l'environnement, in Territoire et environnement, 2008, p. 7). Il en va ainsi, par exemple, du renvoi de la cause à l'administration fiscale cantonale pour nouveau calcul de l'impôt sur le gain immobilier (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 127) et du renvoi à l'autorité communale pour octroi de l'autorisation de bâtir (arrêt 1C_13/2009 du 23 novembre 2009 consid. 1.1). Dans les autres cas, une décision de renvoi conserve son caractère incident et n'est donc susceptible de recours - notamment par l'autorité - qu'aux strictes conditions de l'<ref-law>.
En l'espèce, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours et renvoyé la cause à la Commission foncière en l'invitant à statuer sur la demande tendant à constater que A.X._ n'est plus une personne à l'étranger au sens de la LFAIE et que l'acquisition par celle-ci de la parcelle no ****-1 du cadastre de B._ n'est pas soumise à autorisation. Il n'a par contre nullement donné d'indication contraignante sur le sort qui devrait être réservé à cette requête et il incombera au contraire à l'autorité de première instance d'analyser les circonstances pour décider de la soumission de la requérante au régime de la LFAIE. Il ne saurait donc s'agir d'une décision finale au sens de l'<ref-law>.
1.2.2 Seul peut ainsi être envisagé le cas du recours direct au Tribunal fédéral contre une décision incidente. L'<ref-law> fait dépendre la recevabilité d'un tel recours de l'existence d'un préjudice irréparable (let. a) ou de motifs d'économie de procédure (let. b). La réalisation de ces conditions alternatives doit être admise de manière restrictive, du moment que la norme en question constitue une exception au système mis en place par le législateur dans l'optique, notamment, de décharger le Tribunal fédéral en lui imposant de ne se prononcer qu'une seule fois sur une cause, en rendant le jugement final. En principe, le fait que les parties ne puissent pas recourir directement contre la décision incidente ne leur cause pas de préjudice, puisqu'elles peuvent la contester dans le recours contre la décision finale en vertu de l'<ref-law> (cf. arrêt 2C_687/2009 du 17 février 2010 consid. 1.3.2 et la référence).
Des cas de renvoi causant un préjudice irréparable se présentent par exemple lorsque l'administration est tenue par une décision de renvoi de rendre un prononcé - selon elle - contraire au droit, car celle-ci ne pourra plus par la suite contester sa propre décision (<ref-ruling> consid. 5 p. 482 ss; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 412; arrêt 2C_687/2009, précité, consid. 1.3.3). Il n'en va pas ainsi en l'occurrence, puisque le présent recours n'a pas été interjeté par l'autorité à qui la cause a été renvoyée, à savoir la Commission foncière, mais par le Département de l'économie, agissant par son Secrétariat général, qui est l'autorité compétente pour recourir en vertu des dispositions cantonales d'exécution de la LFAIE (cf. art. 3 du règlement du 17 février 1987 d'exécution de la loi d'application de la loi fédérale sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger [RLVLFAIE; RS/VD 211.51.1]).
Une autre hypothèse est celle où la cause n'est pas renvoyée directement à l'autorité en droit de recourir, mais que, selon la procédure applicable, cette dernière serait dans l'impossibilité de recourir devant les instances inférieures à l'encontre de la décision sur renvoi (arrêt 2C_687/2009, précité, consid. 1.3.3 et les références). Tel n'est également nullement le cas en l'espèce.
En conclusion, le Secrétariat général du Département de l'économie pourra ultérieurement recourir, dans la mesure où il le jugera nécessaire, contre une nouvelle décision du Tribunal cantonal qui admettrait selon lui à tort que A.X._ n'est plus une personne à l'étranger au sens de la LFAIE et que l'acquisition par celle-ci de la parcelle no ****-1 du cadastre de B._ n'est pas soumise à autorisation. En l'état, le jugement du 21 septembre 2010 ne lui cause ainsi aucun préjudice irréparable, de sorte que le recours se révèle irrecevable de ce point de vue. Cela vaut d'autant plus que le Tribunal cantonal n'a nullement préjugé du sort à réserver à la question de savoir si A.X._ bénéficiait ou non d'un domicile en Suisse.
2. De toute manière, à supposer que le Tribunal fédéral ait pu entrer en matière sur le recours, il aurait dû le rejeter. En effet, le mécanisme punitif prévu par la Commission foncière, consistant à contraindre un acquéreur non soumis à la LFAIE, au regard de son comportement abusif passé, à procéder à des aménagements qu'il pourra détruire dès leur réalisation, ne trouve aucun ancrage dans la loi. Il faut plutôt relever que, depuis le 30 juin 2000, la Commission foncière a eu tout le temps nécessaire pour s'assurer du respect des charges qu'elle avait ordonnées et qu'elle disposait pour ce faire de moyens que la loi met expressément à sa disposition. Ainsi, selon l'<ref-law>, "l'autorisation est révoquée d'office, lorsque l'acquéreur l'a obtenue frauduleusement en fournissant des indications inexactes ou lorsque, malgré une mise en demeure, il ne respecte pas une charge". L'<ref-law> prévoit par ailleurs que quiconque, intentionnellement, ne respecte pas une charge, est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Si l'auteur a agi par négligence, la peine sera l'amende jusqu'à 50'000 fr. La peine sera l'amende jusqu'à 20'000 fr. si, après coup, la charge est révoquée ou si l'auteur la respecte. En outre, selon l'<ref-law>, quiconque ne donne pas suite à l'injonction de fournir des renseignements ou de produire des documents à lui notifiée par l'autorité compétente sous la menace des peines prévues par cette disposition, est puni de l'amende jusqu'à 50'000 fr. A cela s'ajoute que les délais de prescription de l'<ref-law> sont suffisamment longs pour permettre une mise en oeuvre efficace du droit. Dès lors, en dehors de toute nullité, laquelle n'est à juste titre invoquée par aucun des participants à la procédure, il n'y avait pas matière à refuser d'instruire la question de la soumission de la requérante au régime de la LFAIE puis d'en tirer les conséquences exposées par le Tribunal cantonal.
3. Au vu de ce qui précède, le recours est déclaré irrecevable. Le canton de Vaud ayant agi dans l'exercice de ses attributions officielles sans que son intérêt patrimonial ne soit en cause, il ne sera pas astreint à payer des frais de justice (cf. <ref-law>), mais bien à verser une indemnité de dépens aux intimées, créancières solidaires (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
3. Le canton de Vaud versera à Y._ et A.X._, créancières solidaires, une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au Secrétariat général du Département de l'économie du canton de Vaud, au mandataire des intimées, à la Commission foncière, section II et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 1er mars 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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