Grundeigentümerhaftung, hat sich ergeben:
A.-Die Fintransverwag ist Eigentümerin des Grundstücks Interlaken, GBBl-Nr. 209, an der Bahnhofstrasse 1 in Interlaken, welches in der Ecke Bahnhofstrasse/Zentralstrasse liegt.
In der Bahnhofstrasse/Höhenstrasse bzw. Höhenweg verläuft eine Kanalisationsleitung, der sog. Hauptsammelkanal. Dieser Kanal war ursprünglich als undichte Kanalisationsleitung konzipiert.
Löcher auf der unteren Seite der Leitung ermöglichten das Eindringen von Grundwasser zwecks Reinigung des Kanalisationsrohrs.
In den Jahren 1976/77 dichtete die Gemeinde Interlaken den Hauptsammelkanal ab. Dies hatte zur Folge, dass fortan kein Grundwasser mehr durch den Hauptsammelkanal abgeleitet wurde. Im Frühjahr 1990 wurde auch die Kanalisationsnebenleitung in der Centralstrasse saniert, welche nahe an der Liegenschaft der Fintransverwag vorbei verläuft und in der Bahnhofstrasse/Höhenstrasse in den Hauptsammelkanal mündet.
Im Unterschied zum Hauptsammelkanal handelte es sich bei der Kanalisationsnebenleitung um eine ursprünglich dicht konzipierte Leitung, die aber im Verlaufe der Jahre zunehmend leck geworden war. Die Abdichtung dieser Leitung hatte zur Folge, dass auch durch die Kanalisationsnebenleitung kein Grundwasser mehr abfliessen konnte. Nach Abschluss der Arbeiten am 6. April 1990 drang am 12. April 1990 Grundwasser ins Untergeschoss der Liegenschaft der Fintransverwag ein. Auch später soll es zu weiteren kleineren und grösseren Wassereinbrüchen und übermässigen Feuchtigkeitserscheinungen gekommen sein.
B.-Am 27. Mai 1992 erhob die Fintransverwag gegen die Gemeinde Interlaken beim Appellationshof des Kantons Bern Klage und verlangte einerseits die Anordnung sichernder Massnahmen zur Verhinderung künftiger Wassereinbrüche, Überschwemmungen und Feuchtigkeitserscheinungen sowie für den Fall der Nichterfüllung die Ermächtigung zur Ersatzvornahme; andrerseits machte sie Schadenersatz geltend und berief sich diesbezüglich auf Art. 58/59 OR und Art. 679/684 ZGB. Mit Zwischenentscheid vom 19. Dezember 1996/21. Juli 1997 bejahte der Appellationshof des Kantons Bern die Haftung der Gemeinde Interlaken. Dagegen erhob die Gemeinde Interlaken sowohl staatsrechtliche Beschwerde als auch Berufung. Mit Urteil vom 28. September 1997 trat das Bundesgericht weder auf das eine noch das andere Rechtsmittel ein, weil die Kostenvorschüsse nicht rechtzeitig bezahlt worden waren.
C.-Mit Endentscheid vom 30. November 1999/2. Juni 2000 verurteilte der Appellationshof die Gemeinde Interlaken, der Fintransverwag Fr. 406'588. 60 zu bezahlen; im Übrigen wurde die Klage abgewiesen (Ziff. 1). Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 256'804. 70 wurden zu einem Fünftel der Fintransverwag und zu vier Fünfteln der Gemeinde Interlaken überbunden (Ziff. 2), und die Gemeinde Interlaken wurde verpflichtet, der Fintransverwag einen Parteikostenbeitrag von Fr. 80'000.-- zu bezahlen (Ziff. 3). Schliesslich wurde die Gemeinde Interlaken verurteilt, der Fintransverwag die Gerichtskosten der vorsorglichen Beweisführung von Fr. 60'889. 10 zu ersetzen und ihr den Parteikostenvorschuss von Fr. 2'500.-- zurückzuerstatten (Ziff. 4).
D.-Die Gemeinde Interlaken gelangt erneut sowohl mit staatsrechtlicher Beschwerde als auch mit Berufung ans Bundesgericht.
Mit Urteil vom heutigen Tag hat das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde insoweit gutgeheissen, als damit die Kosten- und Entschädigungsregelung beanstandet wurde; im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit überhaupt darauf einzutreten war. Mit ihrer Berufung beantragt die Gemeinde Interlaken dem Bundesgericht, das Urteil des Appellationshofs des Kantons Bern vom 30. November 1999/
2. Juni 2000 und den selbständigen Zwischenentscheid vom 19. Dezember 1996/21. Juli 1997 aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Die Fintransverwag beantragt dem Bundesgericht in ihrer Berufungsantwort, die Berufung abzuweisen.
E.-Auch die Fintransverwag führt gegen das Urteil des Appellationshofs des Kantons Bern vom 30. November 1999/
2. Juni 2000 sowohl staatsrechtliche Beschwerde als auch Berufung.
Mit Urteil vom heutigen Tag hat das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war. In ihrer Berufung beantragt die Fintransverwag, in Abänderung von Ziff. 1 des Urteils des Appellationshofs, die Gemeinde Interlaken zu verpflichten, Schadenersatz in der Höhe von Fr. 468'271. 40 - anstatt Fr. 406'588. 60 - zu bezahlen.
Die Gemeinde Interlaken beantragt, auf die Berufung nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
I. Vereinigung der Berufungen
1.-Beide Berufungen beziehen sich auf den selben Sachverhalt, richten sich gegen die selben Entscheide des Appellationshofes des Kantons Bern, und die Parteien sind identisch.
Die in den beiden Verfahren zu behandelnden Rechtsfragen sind eng miteinander verknüpft. Namentlich könnte das Urteil vom 30. November 1999/2. Juni 2000 nur bestätigt werden, wenn sich beide Berufungen als unbegründet erweisen sollten. Es rechtfertigt sich daher aus Zweckmässigkeitsgründen, die beiden Verfahren zu vereinigen (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 394; <ref-ruling> E. 1 S. 271 f. und 108 Ia 22 E. 1 S. 24 f.).
Die Berufung der Beklagten richtet sich gegen einen End- und einen Zwischenentscheid eines oberen kantonalen Gerichtes (Art. 48 OG). Die Berufung ist insbesondere auch zulässig gegen den Zwischenentscheid vom 19. Dezember 1996/21. Juli 1997. Obwohl auf eine erste dagegen erhobene Berufung mangels fristgerechter Bezahlung des Kostenvorschusses nicht eingetreten wurde, ist die erneute Berufung zulässig, weil sich eine Berufung gegen den Endentscheid auch auf den Zwischenentscheid bezieht, wenn dieser nicht schon bereits materiell beurteilt wurde (Art. 48 Abs. 3 OG). Im Übrigen ist auch der Streitwert von Fr. 8'000.-- erreicht (Art. 46 OG).
II. Beklagtische Berufung
2.-In Bezug auf die beklagtische Berufung ist vorweg festzuhalten, dass diese insoweit unbegründet ist, als geltend gemacht wird, dass die von der Klägerin eingeklagten Ansprüche verjährt seien.
a) Der Haftungsanspruch gemäss <ref-law> gegen den Grundeigentümer ist ausservertraglicher Natur. Er unterliegt gemäss <ref-law> einerseits der einjährigen relativen Verjährungsfrist, die von dem Tag an läuft, an welchem der Geschädigte Kenntnis vom Schaden hat, und andererseits der 10-jährigen absoluten Verjährungsfrist, die am Tag der schädigenden Handlung zu laufen beginnt (<ref-ruling> E. 3 S. 420 m.w.H.).
b) Soweit die Klägerin die Schäden auf die Abdichtung des Hauptsammelkanals in den Jahren 1976/77 zurückführt, sind allfällige Ersatzansprüche längst absolut verjährt.
Daran änderte auch ein viel späterer Schadenseintritt nichts.
Es ist zwar davon auszugehen, dass bereits die Abdichtung des Hauptsammelkanals eine Erhöhung des Grundwasserspiegels bewirkt hatte, ohne dass es aber in der Folge zu Grundwassereinbrüchen in die klägerische Liegenschaft gekommen war. Der Appellationshof spricht im angefochtenen Entscheid davon, dass die Beklagte durch Abdichten des Hauptsammelkanals einen "ständigen Immissionsherd" geschaffen habe. Nach den Feststellungen der Vorinstanz bewirkte indessen erst die Abdichtung der Kanalisationsnebenleitung im Jahre 1990 den entscheidenden Anstieg des Grundwasserspiegels, welcher zum Grundwassereinbruch und zu verstärkten Feuchtigkeitsproblemen in der klägerischen Liegenschaft führte. Schädigendes Ereignis ist daher die Abdichtung der Nebenleitung im Frühjahr 1990. Diesbezüglich ist weder die relative noch absolute Verjährung eingetreten. Abgesehen davon erklärte die Beklagte den Verzicht auf die Einrede der Verjährung hinsichtlich aller Ansprüche, bezüglich denen die Verjährung nicht bereits am 27. März 1991 eingetreten ist. Die Ansprüche der Klägerin sind nicht verjährt.
3.-Die Beklagte macht geltend, dass der Appellationshof beim Nachweis des natürlichen Kausalverlaufs vom falschen Massstab (Beweismass) ausgegangen sei.
a) Nach den allgemeinen Regeln von <ref-law> hat der Geschädigte zu beweisen, dass zwischen dem behaupteten schädigenden Verhalten und dem Eintritt des Schadens ein Kausalzusammenhang besteht. Kann der Natur der Sache nach kein direkter Beweis geführt werden, genügt, dass der Richter die Überzeugung gewinnt, dass eine überwiegende Wahrscheinlichkeit für den Kausalverlauf spricht (<ref-ruling> E. 5 S. 363; <ref-ruling> E. 5a S. 447 f. und E. 6a S. 449 f.).
Keine natürliche Kausalität liegt dagegen vor, wenn nach den besonderen Umständen des Falles weitere Möglichkeiten bestehen, die neben der behaupteten Ursachenfolge ebenso ernsthaft infrage kommen oder sogar näher liegen (<ref-ruling> E. 1b S. 273 m.w.H.).
b) Die Beklagte wirft dem Appellationshof nicht vor, statt eines strikten Beweises nur den Wahrscheinlichkeitsbeweis verlangt zu haben. Vielmehr macht sie geltend, die Vorinstanz habe aufgrund einer blossen "Vermutung", gestützt auf "eine blosse Möglichkeit", den natürlichen Kausalzusammenhang bejaht und damit Bundesrecht verletzt. Damit rügt sie im Grunde genommen, dass die Vorinstanz den Wahrscheinlichkeitsbeweis für den infrage stehenden Kausalverlauf als erbracht erachtet habe. Dies beschlägt aber die Beweiswürdigung, die nicht mit Berufung, sondern nur mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 3c S. 223 f. m.w.H.).
c) Ebenso wenig ist auf die Berufung einzutreten, als die Beklagte rügt, dass sich die Vorinstanz für den Nachweis des natürlichen Kausalzusammenhangs mit blossen Mutmassungen zufrieden gegeben und nicht einen Nachweis der überwiegenden Wahrscheinlichkeit verlangt habe, womit faktisch die Beweislast umgekehrt und damit <ref-law> verletzt worden sei. Auch diese Rüge beschlägt die Beweiswürdigung. Von einer Beweislastumkehr kann keine Rede sein.
d) Die Abweisung verschiedener Beweisanträge - Antrag auf eine Oberexpertise, keine Betrachtung der Videokassette "Kanalfernsehen", keine Anhörung von Dr. Häfeli bzw.
Hans Boss, Verzicht auf das beantragte Parteiverhör bzw. die beantragten Zeugeneinvernahmen - betrifft nicht das Recht auf Beweis (<ref-law>). Vielmehr liegt darin eine antizipierte Beweiswürdigung, die nur mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 3c S. 223 f.
m.w.H.).
4.-Die Beklagte wirft der Vorinstanz weiter vor, zu Unrecht nicht berücksichtigt zu haben, dass der Klägerin ein grobes Selbstverschulden anzulasten sei; diesbezüglich habe sie nicht nur den Rechtsbegriff des adäquaten Kausalzusammenhangs verkannt, sondern auch gegen <ref-law> verstossen.
a) Unbegründet ist der Vorwurf der Verletzung des Rechts auf Beweis (<ref-law>), weil die Vorinstanz in Bezug auf das behauptete grobe Selbstverschulden Feststellungen nur im Zusammenhang mit der Schadenersatzbemessung, nicht aber mit einer allfälligen Unterbrechung des adäquaten Kausalzusammenhangs getroffen habe. Die Beklagte bestreitet nicht, dass über die Frage des Selbstverschuldens Feststellungen getroffen wurden.
b) Soweit die Beklagte geltend macht, dass die Klägerin ein grobes Selbstverschulden treffe, weil sie nicht selbst Schutzvorkehren gegen steigendes Grundwasser getroffen habe, erweist sich die Berufung ebenfalls als unbegründet.
Zwar hatten die Eigentümer der klägerischen Liegenschaft schon seit längerem mit Feuchtigkeitsproblemen zu kämpfen, doch gibt es keine Anhaltspunkte dafür, dass es vor der Abdichtung der Kanalisationsnebenleitung und der dadurch bewirkten Erhöhung des Grundwasserspiegels - abgesehen vom Heizungskeller - zum Einbruch von Grundwasser in die Kellerräume der betroffenen Liegenschaft gekommen wäre. Wenn die Beklagte unter diesen Umständen keine Schutzvorkehren gegen einen steigenden Grundwasserspiegel getroffen hatte, wie dies andere Grundeigentümer in Interlaken getan haben sollen, ist ihr dies nicht als rechtsrelevantes Selbstverschulden anzulasten.
Insbesondere musste die Klägerin nicht damit rechnen, dass die Beklagte ohne kompensatorische Massnahmen den Grundwasserspiegel beeinflussende Vorkehren treffen würde, obwohl der hohe Grundwasserstand und die damit verbundenen Probleme in der Gemeinde Interlaken nach den eigenen Ausführungen der Beklagten offenbar bestens bekannt waren. Kann aber von einem Selbstverschulden der Klägerin keine Rede sein, ist auch keine Unterbrechung des Kausalzusammenhangs gegeben. Es besteht namentlich kein Anlass, dem von der Beklagten in diesem Zusammenhang gestellten Antrag, die Sachverhaltsfeststellung nach Massgabe von Art. 64 OG ergänzen zu lassen, stattzugeben.
c) Unzulässig ist die Berufung sodann insoweit, als die Beklagte geltend macht, die Feststellung sei "gänzlich unhaltbar", dass die Leitungssanierung in der Centralstrasse zu einem Anstieg des Grundwasserspiegels geführt habe. Im parallelen Beschwerdeverfahren wurde ausführlich begründet, weshalb diese Feststellung nicht willkürlich ist. Die willkürfreien Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz sind im vorliegenden Verfahren für das Bundesgericht verbindlich (Art. 63 Abs. 2OG).
d) Soweit die Beklagte in diesem Zusammenhang schliesslich geltend macht, die Feststellung der Vorinstanz, sie (die Beklagte) habe nicht behauptet, dass das Selbstverschulden der Klägerin kausalitätsunterbrechend gewesen sei, stelle ein offensichtliches Versehen im Sinn von Art. 63 OG dar, ist die Berufung ebenfalls unbegründet. Ob ein Selbstverschulden kausalitätsunterbrechend ist oder nicht, ist nicht Tat-, sondern Rechtsfrage. Von einer versehentlichen Feststellung kann keine Rede sein.
5.-Der Appellationshof vertritt die Auffassung, dass der Anstieg des Grundwasserspiegels um ca. 10 cm, der durch die Abdichtung der Kanalisationsnebenleitung verursacht wurde, eine übermässige Immission im Sinn von <ref-law> darstelle. Die Beklagte sei daher gemäss <ref-law> für den durch den Grundwassereintritt verursachten Schaden haftbar.
Die Beklagte wirft der Vorinstanz vor, zu Unrecht eine Haftung gemäss Art. 684/679 ZGB bejaht zu haben.
a) <ref-law> verbietet einem Grundeigentümer in genereller Weise übermässige Einwirkungen auf ein benachbartes Grundstück. Nebst diesem Grundtatbestand sieht das Gesetz für verschiedene Spezialfälle Sonderregelungen vor, welche das nachbarrechtliche Verhältnis regeln. Bezüglich des Wasserablaufs bestimmt <ref-law>, dass jeder Grundeigentümer verpflichtet ist, das Wasser aufzunehmen, das von dem oberhalb liegenden Grundstück natürlicherweise abfliesst (Abs. 1); der natürliche Ablauf darf nicht zum Schaden des Nachbarn verändert werden (Abs. 2); schliesslich darf das für das untere Grundstück nötige Abwasser nur insoweit entzogen werden, als es für das obere Grundstück unentbehrlich ist (Abs. 3). Zunächst ist zu prüfen, ob die Spezialregelung von <ref-law> auf den hier zu beurteilenden Fall anwendbar ist, oder ob die allgemeine Regel von <ref-law> massgebend ist.
aa) In der Literatur wird die Meinung vertreten, dass <ref-law> in Bezug auf das "natürlicherweise auf oder in der Erde vorhandene Wasser, soweit dieses keine Bäche formt", anwendbar sei (Arthur Meier-Hayoz, Berner Kommentar, N. 6 zu Art. 689/690 ZGB). Dieser Formulierung scheint die Annahme zugrunde zu liegen, dass sich <ref-law> auch auf Grundwasser bezieht, eine Sichtweise, die sich auch in einer älteren Dissertation findet: <ref-law> unterscheide nicht zwischen Oberflächen- und Grundwasser und sei auch auf Grundwasser anwendbar (Adolf E. Altherr, Die rechtliche Behandlung des Grundwassers, Diss. Zürich 1934, S. 73). Nach einer anderen Auffassung soll sich <ref-law> nur auf das Oberflächenwasser beziehen und wäre daher im vorliegenden Fall nicht anwendbar (Peter Liver, Das Eigentum, in: Schweizerisches Privatrecht, Bd. V/1, S. 254, Fn. 9; Heinz Rey, Basler Kommentar, N. 1 zu Art. 689 f. ZGB, mit Hinweis auf Liver).
Beide Autoren verweisen zur Begründung ihrer Auffassung auf BGE 64 II 340 ff., in welchem Entscheid das Bundesgericht ausführe, dass sich <ref-law> ausschliesslich auf Oberflächenwasser beziehe, während das Grundwasser in <ref-law> den Quellen gleichgestellt werde (a.a.O., E. 2 S. 342; vgl. auch BGE 48 II 322).
bb) Die Regelung des Wasserablaufs in <ref-law> bezieht sich in erster Linie auf das Oberflächenwasser; dies ergibt sich schon aus dem Wortlaut des Gesetzes, der als Beispiele namentlich Regenwasser, Schneeschmelze und Wasser von nicht gefassten Quellen erwähnt. Auch aus den Materialien ergibt sich, dass der historische Gesetzgeber in erster Linie an Oberflächenwasser dachte (Erläuterungen zum Vorentwurf des EJPD, Drittes Heft, Das Sachenrecht, Bern 1902, S. 94 f.; BBl 1904 IV, S. 66 betreffend Art. 679 VE; Sten. Bull. 1906 N S. 544, 548 f.). Allerdings schliessen weder Wortlaut noch Wortsinn von <ref-law> aus, diese Bestimmung ebenfalls auf Grundwasser anzuwenden. Wie Oberflächenwasser fliesst auch das Grundwasser von einem Grundstück zum anderen. Im vorliegenden Fall hat der Appellationshof gestützt auf die gutachterlichen Erkenntnisse sogar ausdrücklich festgehalten, dass das Grundwasser an der fraglichen Stelle gegen die klägerische Liegenschaft hin fliesse. Es mag als eher ungewöhnlich erscheinen, im Zusammenhang mit Grundwasser, das von einem Grundstück auf ein anderes fliesst, von einem "oberhalb liegenden" (vgl. <ref-law>) und einem unteren Grundstück zu sprechen. Fliesst aber Grundwasser - wie Oberflächenwasser - von einem Grundstück zum anderen, ist es durchaus sachgerecht, auch diesbezüglich von einem "oberhalb liegenden" und einem "unteren Grundstück" zu sprechen. Nichts anderes kann für stehendes Grundwasser gelten, sind doch Veränderungen des Grundwasserspiegels zwangsläufig mit dem Zu- bzw. Abfluss von Wasser verbunden.
cc) Aus BGE 64 II 340 ff. bzw. BGE 48 II 319 ff.
ergibt sich entgegen den sich darauf berufenden Autoren Liver und Rey keineswegs, dass <ref-law> in Bezug auf das Grundwasser prinzipiell nicht anwendbar sei. In diesen Entscheiden hielt das Bundesgericht fest, dass der Quelleigentümer über sein Quellwasser frei verfügen könne, ohne dass der Eigentümer des unteren Grundstückes, auf welches das Wasser abfliesse, sich dagegen wehren könne; insbesondere könne er sich nicht auf <ref-law> berufen, weil sich diese Bestimmung nur auf Oberflächenwasser beziehe (BGE 64 II 340 E. 2 S. 342; 48 II 319 E. 4 S. 322). In beiden Fällen ging es ausschliesslich um die Anwendung des Absatzes 3 von <ref-law>. <ref-law> findet auf Grundwasser deshalb keine Anwendung, weil gemäss den Vorschriften von Art. 704 Abs. 1 und 3 ZGB der Quelleigentümer über das Quell- und Grundwasser frei verfügen kann. Es handelt sich hinsichtlich des Grundwassers um eine <ref-law> derogierende Spezialvorschrift.
Anders verhält es sich in Bezug auf Art. 689 Abs. 1 und 2 ZGB. Die Spezialvorschriften zum Quellenrecht äussern sich nicht zur Frage, ob der Quelleigentümer sein Wasser ohne weiteres auf das unten gelegene Grundstück abfliessen lassen darf. Diesbezüglich ist vielmehr <ref-law> massgebend, welche Bestimmung den Grundeigentümer des unteren Grundstücks verpflichtet, das vom oberhalb liegenden Grundstück abfliessende Wasser, namentlich jenes nicht gefasster Quellen, aufzunehmen. Dass dieses Problem systematisch hier und nicht beim Quellrecht geregelt wurde, hat seinen Grund darin, dass es dabei eben nicht unmittelbar um die Quelle geht, sondern um das aus dieser abfliessende Wasser (Erläuterungen zum Vorentwurf, a.a.O., S. 95). Das Problem stellt sich beim Abfliessen von Quellwasser nicht anders als beim Abfluss von anderem Wasser, namentlich Grundwasser.
b) Aus diesen Gründen ist im vorliegenden Fall Art. 689 Abs. 1 und 2 ZGB und nicht <ref-law> anwendbar.
Der Grundeigentümer ist verpflichtet, das von einem benachbarten Grundstück ab- bzw. zufliessende Grundwasser aufzunehmen (<ref-law>), während beide Nachbarn verpflichtet sind, den natürlichen Ablauf nicht zum Schaden des anderen zu verändern (<ref-law>). <ref-law> verbietet namentlich Veränderungen des Wasserablaufs (nachfolgend lit. aa), die auf künstliche Eingriffe zurückzuführen sind (nachfolgend lit. bb) und die nicht mit der ordentlichen Bewirtschaftung des Grundstückes in Zusammenhang stehen (nachfolgend lit. cc) (Meier-Hayoz, a.a.O., N. 19 zu Art. 689/690 ZGB).
aa) Die Sanierung der im Verlauf der Jahre leck gewordenen Kanalisationsnebenleitung bewirkte nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, dass vermehrt Grundwasser in Richtung der klägerischen Liegenschaft floss und dort eine Erhöhung des Grundwasserspiegels um ca. 10 cm verursachte und insoweit zu einer "Veränderung des Wasserablaufs" im Sinn von <ref-law> führte. Daran ändert der auf den ersten Blick bestechend erscheinende Einwand nichts, die Sanierung einer allmählich leck gewordenen Kanalisationsleitung könne letztlich nicht zu einem höheren Grundwasserspiegel führen, als dies der Fall wäre, wenn die Leitung nicht leck geworden wäre. Vor der allmählich einsetzenden Drainagewirkung hatte der Grundwasserspiegel nicht bis zum Kellergeschoss der beklagtischen Liegenschaft gereicht.
Dass es nach der Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes der Leitung zum Wassereinbruch gekommen ist, ist darauf zurückzuführen, dass seit dem Verlegen der Kanalisationsnebenleitung (1906) von den verschiedensten Grundeigentümern - auch von der Beklagten - immer wieder den Grundwasserspiegel beeinflussende bauliche Massnahmen unterschiedlichster Art getroffen wurden. Dazu zählt u.a. die 1976/77 erfolgte Abdichtung des Hauptsammelkanals. Als sich dann die Beklagte im Frühjahr 1990 anschickte, die Nebenleitung in der Centralstrasse zu verdichten, handelte sie in einem - im Vergleich zur Zeit, als diese verlegt worden war - völlig veränderten Umfeld. Sie durfte die vorausgegangenen Veränderungen nicht einfach ignorieren und sich so verhalten, als ginge es nur gerade um die Wiederherstellung eines ehedem unbedenklichen Zustandes. Jeder Eingriff, der ein Absenken oder Anheben des Grundwasserspiegels zur Folge hat, ist eine Veränderung des Ablaufs im Sinn von <ref-law>. Verfehlt ist daher die Argumentation der Beklagten, die Gemeinde sei nicht öffentlichrechtlich verpflichtet, Grundwasser abzuführen.
Entscheidend ist, dass sie in ihrer Eigenschaft als Grundeigentümerin keine Vorkehren treffen darf, welche den Grundwasserspiegel zum Nachteil der Nachbarn verändern. In diesem Zusammenhang ist auch das Argument der Beklagten unbegründet, dass die Abdichtung der Leitung nur den Wegfall einer negativen Immission (Ableitung von Grundwasser) bewirkt habe und dass der Wegfall einer Immission von vornherein keine Haftpflicht nach <ref-law> auslösen könne. Zum einen findet im vorliegenden Fall <ref-law> als lex specialis Anwendung, zum andern handelt es sich sehr wohl um das Auftreten und nicht den Wegfall einer Immission, wenn sich der Grundwasserspiegel nach der Leitungssanierung anhebt und auf das Grundeigentum schädliche Einwirkungen hat.
bb) Fraglich ist, ob durch den Eingriff der "natürliche Ablauf" des Wassers verändert wurde. Der Wasserablauf bzw. Grundwasserspiegel war insoweit längst nicht mehr "natürlich", als er seit Jahrzehnten durch senkende und hebende Massnahmen beeinflusst worden war (E. 5b/aa). Gleichwohl kann ein erneuter Eingriff, der ein Absenken oder Anheben des Grundwasserspiegels bewirkt, eine Veränderung des "natürlichen Ablaufs" im Sinn von <ref-law> bedeuten. Wenn <ref-law> von natürlicherweise abfliessendem Wasser spricht und Abs. 2 Veränderungen des natürlichen Ablaufs zum Schaden des Nachbarn verbietet, so ist dies nicht so zu verstehen, dass ein nicht mehr ursprünglicher (insoweit nicht mehr natürlicher) Abwasserablauf oder ein längst künstlich beeinflusster Grundwasserspiegel den Grundeigentümer aller Rücksichtnahme entheben würde und dieser sich um einen bereits beeinflussten Grundwasserspiegel nicht mehr zu kümmern hätte und beliebige Veränderungen zum Nachteil der Nachbarn vornehmen könnte. Entscheidend ist, ob der Ablauf bzw. der Grundwasserspiegel künstlich verändert wird (in diesem Sinn Meier-Hayoz, a.a.O., N. 21 zu Art. 689/690 ZGB). Bei der zur Diskussion stehenden Abdichtung der Kanalisationsleitung handelt es sich um einen solchen künstlichen Eingriff. Insoweit liegt durchaus eine Veränderung des natürlichen Ablaufs im Sinn von <ref-law> vor.
cc) Bleibt die Frage, ob die künstliche Veränderung nicht mit der ordnungsgemässen Bewirtschaftung des Grundstückes im Zusammenhang steht (Meier-Hayoz, a.a.O., N. 22 zu Art. 689/690 ZGB). Gewiss gehört die Sammlung und Ableitung der Abwässer durch Verlegen einer Kanalisationsleitung zur ordentlichen Bewirtschaftung eines Strassengrundstückes. Ohne weiteres kann der Beklagten auch zugestimmt werden, dass sie aus gewässerpolizeilichen Gründen verpflichtet war, die lecke Kanalisationsleitung abzudichten, damit das Abwasser nicht weiterhin durch Sauberwasser verdünnt wurde (Art. 7 Abs. 2 und Art. 12 Abs. 3 GSchG [SR 814. 20]). Dies enthob sie aber nicht der Verantwortung als Grundeigentümerin. Vielmehr hatte sie alles Zumutbare vorzukehren, um mögliche schädliche Auswirkungen eines Eingriffs abzuklären. Lassen sich schädliche Auswirkungen nicht ausschliessen, hat entweder der Eingriff zu unterbleiben oder sind Vorkehren ins Auge zu fassen, um die Auswirkungen aufzufangen oder zu minimieren. Sind solche Vorkehren möglich und nicht unverhältnismässig teuer, wird der Eigentümer im Unterlassungsfall zivilrechtlich verantwortlich (<ref-law>). Sind sie hingegen unmöglich oder kommen sie unverhältnismässig teuer zu stehen, erfolgt die Schadensliquidation auf dem Expropriationsweg (<ref-ruling> E. 7a S. 490 f.). Die Beklagte hat bei der Sanierung der Kanalisation keine den Anstieg des Grundwasserspiegels kompensierenden Massnahmen getroffen, obwohl der Einfluss einer solchen baulichen Massnahme auf den prekären Stand des Grundwasserspiegels bekannt war. Ihr Einwand, es würden ihr als Gemeinwesen Vorkehren zugemutet, die in keinem Verhältnis zu ihren "finanziellen und logistischen Kapazitäten" stünden, ist nicht substantiiert, so dass darauf nicht einzutreten ist (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
c) Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Abdichtung der Kanalisationsnebenleitung zu einer unzulässigen Veränderung des Grundwasserspiegels und in der Folge zu einer Schädigung der Klägerin geführt hat. Dieser steht daher - unabhängig von einem Verschulden der Beklagten - aus Art. 679 in Verbindung mit <ref-law> ein Anspruch auf Schadenersatz bzw. Wiederherstellung des früheren Zustandes zu (MeierHayoz, a.a.O., N. 12 und 23 zu Art 689/690 ZGB). Dass es sich bei den Folgen des angehobenen Grundwasserspiegels - nach den verbindlichen Feststellungen kam es in der klägerischen Liegenschaft zu Wassereinbrüchen und übermässigen Feuchtigkeitserscheinungen - nicht um blosse (allenfalls zu duldende) Belästigungen, sondern um eine Schädigung im Sinn von Art. 689 Abs. 2 bzw. <ref-law> handelt, braucht nicht näher erläutert zu werden. Unerheblich ist, dass nach den Feststellungen der Vorinstanz die Grundwassereinbrüche und Feuchtigkeitserscheinungen durch einen Grundwasseranstieg von bloss ca.
10 cm verursacht wurden. Die Vorinstanz hat die grundsätzliche Haftbarkeit der Beklagten zu Recht bejaht. Die beklagtische Berufung ist daher abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten ist.
d) Da die Haftbarkeit der Beklagten bereits gestützt auf die Art. 689 in Verbindung mit <ref-law> zu bejahen ist, kann dahingestellt bleiben, ob die Beklagte auch in ihrer Eigenschaft als Werkeigentümerin haftpflichtig wird.
III. Klägerische Berufung
6.-Die Klägerin beanstandet in ihrer Berufung die Höhe des ihr zugesprochenen Schadenersatzes. Der Appellationshof hat sich in diesem Zusammenhang zu verschiedenen Schadenspositionen geäussert. Zunächst wurde im angefochtenen Urteil festgehalten, dass für Schäden an der Baustruktur Fr. 68'300.-- einzusetzen seien; davon abzuziehen seien Fr. 12'211. 40, welchen Betrag die Klägerin bereits von der Berner Versicherung ausbezahlt erhalten habe. Sodann sei für den Mietzinsausfall gerundet Fr. 65'000.-- und für den Scha-denszins Fr. 15'500.-- zu berücksichtigen. Schliesslich sei für die Sanierung gemäss der Variante "Mini" der Betrag von Fr. 270'000.-- einzusetzen.
a) Die Klägerin macht zunächst geltend, dass die Vorinstanz zu Unrecht von der Sanierungsvariante "Mini" mit Kosten von Fr. 270'000.-- anstatt von der Sanierungsvariante "Mini+" mit Kosten von Fr. 325'000.-- ausgegangen sei.
aa) Zur Begründung macht sie geltend, dass der Appellationshof versehentlich festgestellt habe, dass mit der Sanierungsvariante "Mini" nicht nur künftige Grundwassereinbrüche verhindert, sondern auch der kapillare Feuchtigkeitsanstieg behoben werden könnten. Auf diesen Einwand ist nicht einzutreten. Die Versehensrüge deckt sich mit der Willkürrüge im konnexen Beschwerdeverfahren. In diesem hat sich ergeben, dass die beanstandeten Feststellungen des Appellationshofes keineswegs willkürlich sind. Das Bundesgericht ist daran gebunden (Art. 63 Abs. 2 OG). Die dagegen gerichteten Ausführungen sind unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
bb) Die Berufung erweist sich auch insoweit als unbegründet, als die Klägerin geltend macht, aus dem Rechtsanspruch auf vollumfänglichen Schadenersatz folge, dass der seit 1976 verstärkt aufgetretene kapillare Feuchtigkeitsanstieg zurückzubinden sei. Der Appellationshof hat festgestellt, dass die Leitungssanierung im Frühjahr 1990 zu Grundwassereinbrüchen geführt habe. Dass die betreffende Leitungsabdichtung auch zu einer Verschärfung der kapillarenFeuchtigkeitsprobleme geführt habe, ist dem angefochtenen Urteil nicht zu entnehmen. Vielmehr geht die Klägerin selbst davon aus, dass diese Probleme auf den sukzessiven Anstieg des Grundwasserspiegels zurückzuführen sind, welcher u.a.
durch die Sanierung des Hauptsammelkanals in den Jahren 1976/77 verursacht wurde. Schadenersatzansprüche, die sich aus schädigenden Handlungen in den Jahren 1976/77 ergeben, sind aber längst absolut verjährt (siehe E. 2b). Die entsprechende Verjährungseinrede hat die Beklagte sowohl im kantonalen Verfahren als auch im Verfahren vor Bundesgericht erhoben.
b) Weiter wirft die Klägerin dem Appellationshof vor, versehentlich festgestellt zu haben, dass im Zusammenhang mit den Schäden an der Baustruktur Versicherungsleistungen in der Höhe von Fr. 12'211. 40 abzuziehen seien; tatsächlich seien nur Abzüge im Umfang von Fr. 5'528. 60 gerechtfertigt.
Auch diese Versehensrüge deckt sich mit der Willkürrüge im konnexen Beschwerdeverfahren. In diesem hat sich ergeben, dass die beanstandeten Feststellungen des Appellationshofes keineswegs willkürlich sind, weshalb das Bundesgericht an diese Feststellungen gebunden ist (Art. 63 Abs. 2 OG) und die dagegen gerichteten Ausführungen unzulässig sind (Art. 55 Abs. 1 lit. cOG).
IV. Kosten- und Entschädigungsfolgen
7.-Zusammenfassend ergibt sich, dass beide Berufungen abzuweisen sind, soweit darauf einzutreten ist, und dass Ziff. 1 des Urteils des Appellationshofs des Kantons Bern vom 30. November 1999/2. Juni 2000 zu bestätigen ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden beide Parteien in Bezug auf das von ihnen erhobene Rechtsmittel kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG), wobei die Entschädigungsansprüche zu verrechnen sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die beiden Berufungen 5C.164/2000 und 5C.165/2000 werden vereinigt.
2.- Sowohl die beklagtische als auch die klägerische Berufung werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und Ziff. 1 des Urteils des Appellationshofs des Kantons Bern vom 30. November 1999/2. Juni 2000 wird bestätigt.
3.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- bezüglich des Verfahrens 5C.165/2000 wird der Beklagten auferlegt. In Bezug auf das Verfahren 5C.164/2000 hat die Klägerin eine Gerichtsgebühr von Fr. 3'500.-- zu bezahlen.
4.-Die Beklagte wird verpflichtet, die Klägerin mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
5.-Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Appellationshof des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 4. April 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: