Fatti:
A. Nel 1993 C._, amministratore e azionista unico della C._SA, ha rimesso 45 azioni al portatore (su 100) a D._, il quale le ha depositate presso E._ con l'incarico di consegnarle, quando sarebbe morto, a A._, sua convivente. D._ è deceduto l'11 marzo 2001 e A._ ha ricevuto i titoli. L'amministratore della C._SA si è però rifiutato di riconoscerle la qualità di azionista, perché a suo dire le azioni erano state affidate ad D._ soltanto in pegno, a garanzia di un mutuo. Durante l'assemblea generale del 18 febbraio 2003 a A._ e al suo avvocato B._, al quale la donna aveva a sua volta ceduto 40 azioni, è perciò stato negato il diritto di partecipare alle deliberazioni.
B. L'8 aprile 2003 A._ e B._, dichiaratisi proprietari e possessori di 45 azioni, hanno avviato una causa civile contro la C._SA davanti al Pretore di Bellinzona: hanno chiesto che fosse annullata l'assemblea generale del 18 febbraio 2003, essendo loro stati privati del diritto di voto, e di accertare la nullità e quindi di riconvocare tutte le assemblee svoltesi dopo la morte di D._, durante le quali era stata accertata la presenza di tutti gli azionisti benché i titolari delle 45 azioni in discussione non fossero mai stati convocati.
La convenuta ha eccepito la nullità delle azioni, che non erano state firmate dall'amministratore della società, nonché il difetto di legittimazione attiva degli attori, avendo D._ detenuto i titoli solo in pegno e non essendo A._ né moglie né sua erede.
Il Pretore ha accolto l'eccezione e respinto la petizione con sentenza del 7 febbraio 2008. La successiva appellazione di A._ e B._ è stata a sua volta respinta il 28 luglio 2009 dalla II Camera civile del Tribunale di appello ticinese.
C. B._ e A._ insorgono davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 14 settembre 2009. Chiedono che l'assemblea generale del 18 febbraio 2003 sia annullata e che al consiglio di amministrazione sia ordinato di riconvocarla con il medesimo ordine del giorno; inoltre che sia accertata la nullità di tutte le assemblee generali svoltesi dopo l'11 marzo 2001 e che al consiglio di amministrazione sia ordinato di riconvocarle tutte per l'esame e l'approvazione dei conti dall'anno 2000 in poi.
La C._SA ha proposto di respingere il ricorso, nella misura in cui fosse ammissibile, con risposta del 28 ottobre 2009. L'autorità cantonale non si è espressa.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 pag. 216 con rinvii).
1.1 Il ricorso è presentato tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente nella sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) emanata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile (<ref-law>).
1.2 L'azione di annullamento delle deliberazioni dell'assemblea generale (<ref-law>) ha carattere pecuniario (<ref-ruling> consid. 1.3.2) e sottostà di conseguenza all'esigenza del valore litigioso minimo posta dall'<ref-law>. Non essendo chiesto il pagamento di una somma di denaro determinata, il Tribunale federale stabilisce secondo il suo apprezzamento il valore litigioso (<ref-law>). Esso corrisponde all'interesse della società al mantenimento delle decisioni contestate; di regola questo valore è superiore all'interesse personale dell'azionista istante (<ref-ruling> consid. 1.3.2).
Il Tribunale di appello ha stabilito che per la società convenuta l'effetto dell'annullamento delle assemblee generali contestate sarebbe "ampiamente superiore a fr. 30'000.--". I ricorrenti ricordano questa costatazione e aggiungono di essere portatori di 45 azioni del valore nominale di fr. 1'000.-- l'una. La società convenuta non prende posizione a questo proposito. Non v'è pertanto motivo di scostarsi dal valore litigioso superiore a fr. 30'000.-- stabilito dall'autorità cantonale.
Anche sotto questo profilo il ricorso è di conseguenza ammissibile (<ref-law>).
2. È opportuno ricordare preliminarmente l'estensione e i limiti del potere di esame del Tribunale federale e gli obblighi di motivazione di chi ricorre.
2.1 Il diritto federale è esaminato d'ufficio (<ref-law>), tenuto però conto dell'obbligo minimo di allegazione e motivazione sancito dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104). Le esigenze sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale. Il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescrive l'<ref-law>, che pone esigenze analoghe a quelle che vigevano per il ricorso di diritto pubblico secondo l'art. 90 cpv. 1 lett. b vOG (<ref-ruling> consid. 2.2).
2.2 In linea di principio il Tribunale federale fonda invece il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti effettuato dall'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (<ref-law>). Dato che la definizione di manifestamente inesatto corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 il 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'<ref-law>.
Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (<ref-law>; cfr. <ref-ruling> consid. 3).
2.3 Qualora sia lamentata la violazione del divieto d'arbitrio (<ref-law>) non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendovi semplicemente la propria opinione, come in una procedura d'appello; occorre invece dimostrare con un'argomentazione chiara e dettagliata ch'essa è manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling>). Per di più, trattandosi dell'apprezzamento delle prove o dell'accertamento dei fatti in genere, il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale. Chi invoca l'arbitrio deve pertanto dimostrare che la sentenza impugnata ha misconosciuto il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretando questi in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.1 e rif.).
3. Come il primo giudice, anche la Corte cantonale ha negato agli attori la legittimazione attiva per le azioni di annullamento o di accertamento della nullità delle deliberazioni assembleari secondo gli art. 706 e 706b CO. A proporre la prima sono legittimati, fra gli altri, gli azionisti; la seconda può essere promossa da ogni persona che abbia un interesse giuridico degno di protezione, in particolare dagli azionisti. I giudici cantonali hanno osservato che gli attori sostengono di agire nella loro qualità di azionisti, come lo era a suo tempo stato D._. Essi non possono tuttavia prevalersi della presunzione dell'<ref-law>, perché non hanno acquisito la proprietà delle azioni: gli attori non hanno infatti contestato l'assunto del Pretore, ritenuto peraltro giusto dalla Corte cantonale, secondo cui A._ non è erede né legataria di D._ e la disposizione per causa di morte della quale ella pretende di avere beneficiato è nulla secondo l'ordinamento civile italiano applicabile a quella successione.
L'autorità cantonale ne conclude che il semplice possesso delle azioni permetteva forse agli attori di esercitare i diritti societari durante le assemblee generali (<ref-law>), ma non li legittimava a proporre le azioni degli art. 706 e 706b CO.
Il capitolo finale della sentenza impugnata riguarda lo stralcio di alcuni passaggi delle osservazioni all'appello che B._ reputa ingiuriosi e offensivi. La questione non è più litigiosa davanti al Tribunale federale.
4. Con un'argomentazione piuttosto vaga i ricorrenti lamentano la violazione del diritto di essere sentiti e chiedono il completamento dello stato di fatto per riguardo alla mancanza della firma dell'amministratore sulle azioni ch'essi detengono. Queste censure sono irricevibili, perché la sentenza cantonale non si è affatto occupata della firma dei titoli; l'azione, come detto, è stata respinta solo per l'assenza di legittimazione attiva.
5. A questo proposito gli attori si dolgono della lesione degli art. 689a cpv. 2, 706 cpv. 1 e 706b CO. In forza del primo disposto - sostengono riproducendo ampi stralci di giurisprudenza e dottrina - chi detiene un'azione al portatore può partecipare all'assemblea generale e esercitare i diritti societari, senza che debba provare l'acquisizione regolare del titolo. Non permettere al medesimo azionista di contestare le deliberazioni assembleari che gli negano l'esercizio proprio di tali diritti sarebbe contraddittorio e lesivo delle norme citate. A maggior ragione quando, come nel loro caso, è in gioco la violazione del diritto di voto.
5.1 Le argomentazioni e le citazioni dei ricorrenti attengono più che altro all'<ref-law>, secondo il quale i diritti sociali insiti nell'azione al portatore possono essere esercitati da chi si legittima esibendo l'azione, a meno che il consiglio di amministrazione stabilisca un altro modo di provare il possesso.
La legittimazione per l'azione di contestazione delle deliberazioni assembleari è tuttavia regolata in modo diverso. Per l'art. 706 cpv. 1 ha diritto di promuovere quest'azione, tra gli altri, ogni azionista. La nozione di azionista - per opposizione a chi si legittima esibendo l'azione - è di per sé chiara. Nella <ref-ruling> (citata anche dai ricorrenti, ai quali sfugge verosimilmente la portata) il Tribunale federale ha confermato che, per poter contestare davanti ai giudici le decisioni dell'assemblea generale, l'attore deve provare la sua qualità di azionista (consid. 6; più esplicito il regesto, nelle tre lingue). In quella sentenza l'esame del requisito della legittimazione attiva era stato reputato superfluo, ma non perché colui che si prevale della violazione del diritto di voto all'assemblea generale deve necessariamente essere ammesso a contestarne le deliberazioni, come sostengono i ricorrenti; semplicemente perché anche l'esercizio del diritto di voto presuppone la qualità di azionista, per cui in quel caso l'esame della legittimazione attiva coincideva con quello del merito.
5.2 Contrariamente alla tesi dei ricorrenti, l'<ref-law>, così interpretato, non è affatto in contraddizione con l'<ref-law>.
Nella giurisprudenza recente il Tribunale federale ha in effetti limitato anche la portata di quest'ultima norma. L'apparenza di buon diritto attribuita all'esibizione dell'azione ha il solo scopo di avvantaggiare il vero azionista. L'<ref-law> non esclude perciò che sia fornita la contro-prova che il portatore non sia l'avente diritto. Di regola la società può verificare la legittimazione materiale del portatore dell'azione, ma non ne ha il dovere. La facoltà si tramuta però in obbligo qualora gli organi societari, accontentandosi della legittimazione formale, agirebbero con colpa qualificata, in dispregio della situazione giuridica materiale. In condizioni simili la società deve rifiutare l'esercizio dei diritti societari a chi esibisce l'azione (<ref-ruling> consid. 4d pag. 140, confermata nella sentenza 4C_275/2005 del 21 dicembre 2005, consid. 2.1).
In altre parole, chi si presenta all'assemblea generale come detentore formale di un'azione al portatore, senza averne manifestamente diritto, non può prevalersi della presunzione dell'<ref-law>. Al pari di quanto sancisce l'<ref-law> per la promozione dell'azione di contestazione delle deliberazioni.
5.3 La medesima soluzione s'impone per l'azione di accertamento della nullità delle deliberazioni assembleari, dal momento che i ricorrenti non fanno valere interessi dei quali potrebbero prevalersi anche i non-azionisti (cfr. DTF 115 III 468 consid 3b).
5.4 Ne viene che l'autorità cantonale ha applicato correttamente il diritto federale, in particolare gli art. 689a cpv. 2 e 706 cpv. 1 CO.
6. I requisiti della legittimazione attiva devono essere adempiuti nel momento in cui l'azione di contestazione è avviata (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4a ed. 2009, § 16 n. 104). È pertanto determinante sapere se gli attori erano azionisti quando hanno presentato la petizione al Pretore di Bellinzona.
6.1 Nel seguito del gravame - e per quasi una trentina di pagine - i ricorrenti si avventurano in una lunga discussione di testimonianze e documenti che dimostrerebbero che D._ aveva detenuto le azioni in proprietà, non in pegno come pretende la convenuta a loro giudizio pretestuosamente e tardivamente.
Questi argomenti sono inammissibili, per due motivi. In primo luogo i ricorrenti espongono il loro punto di vista liberamente, come se fossero in istanza d'appello, fondandosi su fatti che non emergono dalla sentenza impugnata e omettendo di contestare nelle dovute forme quelli ch'essa accerta (cfr. consid. 2.2 e 2.3). In secondo luogo essi non si avvedono che i giudici cantonali non hanno chiarito se D._ fosse stato o no proprietario delle azioni. Hanno al contrario lasciato la questione espressamente indecisa, osservando d'un canto che l'atto per causa di morte mediante il quale D._ aveva disposto delle azioni è nullo secondo il diritto italiano e, dall'altro, che gli attori non hanno contestato l'accertamento del Pretore secondo cui A._ non è erede né legataria del defunto.
6.2 L'unico argomento che i ricorrenti oppongono a questa motivazione è che D._ aveva in realtà trasmesso le azioni a A._ quando ancora era in vita, per donazione, tramite E._. Ma questa censura è nuova: davanti al Pretore gli attori si erano infatti prevalsi di un trapasso successorio, in modo peraltro assai vago (sentenza Pretore, consid. 4 a pag. 5), e nell'atto di appello del 28 febbraio 2008 essi hanno scritto che D._ aveva dato in custodia le azioni a E._ "con l'istruzione di consegnarle, per il caso di suo decesso, alla signora A._" (n. 2 a pag. 9).
La convenuta eccepisce pertanto con ragione l'inammissibilità di questo argomento (cfr. consid. 2.2).
6.3 Se ne deve concludere che, secondo gli accertamenti vincolanti dell'autorità cantonale, nel momento in cui gli attori hanno avviato le azioni degli art. 706 cpv. 1 e 706b non erano azionisti della convenuta e che di conseguenza la legittimazione attiva è stata loro negata con ragione.
7. Per i motivi che precedono il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, è infondato.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza: esse sono pertanto poste a carico dei ricorrenti (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico dei ricorrenti in solido, i quali rifonderanno all'opponente, pure con responsabilità solidale, la somma di fr. 3'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione alle parti e alla Seconda Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.