Fatti:
A. "Così incaricato dal Pretore giusta l'art. 34 cpv. 2 LOG", con sentenza del 14 giugno 2007 il Segretario assessore della Pretura del Distretto di Lugano avv. Adriano Bernasconi ha condannato A._ a versare a B._ fr. 2'200.--, oltre interessi al 5% a far tempo dal 1° maggio 2007, a titolo di restituzione di un mutuo.
B. Eccependo la nullità del predetto giudizio siccome non emanato dal pretore bensì dal segretario assessore, al quale difettano sia la competenza a decidere sia la necessaria indipendenza, trattandosi di un semplice funzionario amministrativo, l'11 luglio 2007 A._ ha presentato un ricorso per cassazione fondato sull'art. 327 lett. a e lett. g CPC/TI, che la Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto il 24 ottobre seguente.
I giudici della massima istanza ticinese hanno ammesso la competenza giurisdizionale del segretario assessore sulla base dell'art. 34 cpv. 1 (recte: 2) LOG, che prevede la possibilità di sostituire il pretore con il segretario assessore. Contrariamente a quanto preteso dal ricorrente - hanno osservato i giudici - questo disposto non è in contrasto con la Costituzione ticinese: se anche l'art. 75 Cost./TI non indica il segretario assessore fra i titolari della giurisdizione civile, l'art. 80 Cost./TI conferisce infatti al legislatore cantonale la facoltà di disciplinare l'organizzazione giudiziaria. Per il resto, hanno proseguito i giudici cantonali, il segretario assessore è sì un funzionario dell'amministrazione subordinato al Consiglio di Stato per gli aspetti di carattere amministrativo e disciplinare previsti dalla Legge del 15 marzo 1995 sull'ordinamento degli impiegati dello Stato e dei docenti (Lord/TI; RL 2.5.4.1), ma egli opera e agisce nella sua attività giurisdizionale in modo completamente indipendente dall'esecutivo cantonale, in conformità con il principio della separazione dei poteri previsto dall'art. 51 Cost./TI.
C. Prevalendosi della violazione di varie norme della Costituzione cantonale e di quella federale nonché della CEDU, A._ è tempestivamente insorto dinanzi al Tribunale federale con un "ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale".
Egli postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza pronunciata dalla Camera di cassazione civile nel senso di accogliere il suo ricorso e, di conseguenza, dichiarare assolutamente nulla sia la pronunzia del segretario assessore sia la procedura che l'ha preceduta; in via subordinata domanda il rinvio della causa al Pretore del Distretto di Lugano per nuovo giudizio.
L'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo è stata accolta in via supercautelare il 7 dicembre 2007.
Con scritto del 18 dicembre 2007 l'opponente ha proposto di respingere il ricorso, mentre il 4 gennaio 2008 l'autorità cantonale ha comunicato la rinuncia a presentare osservazioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia con pieno potere d'esame sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
1.1 Consapevole del mancato raggiungimento del valore litigioso minimo prescritto dall'<ref-law>, il ricorrente ritiene di poter ciononostante introdurre un ricorso in materia civile in virtù dell'<ref-law>, per il motivo che la controversia concerne il potere giurisdizionale civile del segretario assessore, ovverosia una "questione di diritto d'importanza fondamentale".
A sostegno dell'importanza della questione da lui sollevata egli rileva come attualmente i segretari assessori delle preture esercitino quotidianamente in qualità di giudice unico una parte considerevole della giurisdizione civile riservata ai pretori; presso tutte le preture del Cantone - spiega il ricorrente - vige infatti una ripartizione degli incarti tra pretore e segretario assessore in base alla quale, nelle cause che gli sono assegnate, il segretario assessore svolge tutti gli atti di procedura che si rendono necessari dall'inizio alla fine della causa, in modo autonomo rispetto al pretore. Né la controparte né l'autorità cantonale hanno formulato obiezioni a questo riguardo.
1.2 Ora, la possibilità di presentare un ricorso in materia civile nonostante il mancato raggiungimento del valore litigioso qualora il ricorso concerna una "questione giuridica d'importanza fondamentale" era già prevista nel Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001 (in: FF 2001 pag. 3865 segg., ad art. 70 AP-LTF). In esso si legge che questa riserva "garantisce che le questioni rilevanti per l'evoluzione del diritto continueranno a essere decise dal Tribunale federale, indipendentemente dal valore litigioso in causa" (FF 2001 pag. 3866 seg.).
Una definizione precisa a livello di legge della nozione di "questione giuridica d'importanza fondamentale" non è stata reputata opportuna, poiché il carattere fondamentale di una questione giuridica va valutato di caso in caso. Il legislatore ha tuttavia stabilito, a grandi linee, che per ammettere l'esistenza di una "questione giuridica d'importanza fondamentale" devono essere realizzati due presupposti: in primo luogo deve trattarsi di una questione concernente l'interpretazione di una norma la cui violazione è motivo di ricorso al Tribunale federale; in secondo luogo occorre che la questione meriti di essere giudicata dal Tribunale federale, o perché non è ancora mai stata decisa e la giurisprudenza delle autorità cantonali al riguardo è contraddittoria, o perché - pur essendo la questione già stata decisa - nel ricorso vengono proposti nuovi argomenti suscettibili di mettere in dubbio la fondatezza della giurisprudenza vigente oppure, infine, perché l'autorità inferiore si è discostata dalla giurisprudenza, che merita di essere confermata (FF 2001 pag. 3866 seg.).
Nel Messaggio non ci si è per contro occupati della relazione che può esservi tra il ricorso in materia civile concernente una "questione giuridica d'importanza fondamentale" - che, nella misura in cui le censure sollevate siano ammissibili, permette di ottenere il libero riesame della sentenza impugnata - e il ricorso sussidiario in materia costituzionale, dato che il rimedio sussidiario non era contemplato nell'avamprogetto di legge.
1.3 Il tema merita di essere approfondito.
1.3.1 Innanzitutto si osserva che, tenuto conto della sistematica della legge, la "questione di diritto d'importanza fondamentale" - "Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung", "question juridique de principe" - va intesa quale eccezione al requisito del valore litigioso minimo.
Mediante l'introduzione del requisito del valore litigioso minimo si è voluto limitare la possibilità di adire il Tribunale federale (FF 2001 pag. 3865). Non è infatti necessario che alla massima istanza giudiziaria elvetica possano venire sottoposti tutti i casi, anche quelli qualificabili come bagatelle (Bagatell-Fälle), che non hanno fondamentali ripercussioni nemmeno per le parti interessate.
Fanno eccezione, come già detto, quelli in cui si pone una questione giuridica così significativa che potrebbe creare un precedente giurisprudenziale.
1.3.2 In questi casi la possibilità di derogare eccezionalmente al requisito del valore litigioso minimo mira a garantire l'applicazione uniforme del diritto.
Nella fattispecie in rassegna non si vede come questo obiettivo potrebbe essere raggiunto, visto che la vertenza riguarda l'organizzazione giudiziaria, lasciata alla competenza ai cantoni (<ref-law>). La questione sottoposta al Tribunale federale può rivestire un'importanza fondamentale per il Ticino, ma non può essere estesa agli altri cantoni, organizzati diversamente, se non eventualmente per analogia.
1.3.3 In sintesi, la facoltà di inoltrare eccezionalmente il ricorso in materia civile nonostante il mancato raggiungimento del valore litigioso minimo è stata introdotta dal legislatore allo scopo di garantire che questioni di diritto suscettibili di costituire un precedente giurisprudenziale possano venir esaminate e giudicate dal Tribunale federale, cui spetta il compito di vegliare sull'applicazione uniforme del diritto. Ma se questa possibilità è comunque garantita, perché il ricorso sussidiario in materia costituzionale è proponibile, l'eccezione non ha più ragione d'essere. Ammetterla significherebbe estendere la possibilità d'impugnare i cosiddetti casi-bagatella in maniera incompatibile con il senso e lo scopo dell'introduzione del valore litigioso minimo.
Da quanto esposto si deve concludere che non è possibile ammettere una "questione di diritto d'importanza fondamentale" ai sensi dell'<ref-law> quando la stessa questione giuridica può essere sollevata nel quadro del ricorso sussidiario in materia costituzionale ed essere vagliata dal Tribunale federale con il medesimo potere cognitivo che avrebbe qualora entrasse nel merito del ricorso in materia civile.
1.4 Tale eventualità è realizzata nella fattispecie in esame. Giusta l'<ref-law> il Tribunale federale giudica infatti i ricorsi "in materia costituzionale" interposti contro le decisioni cantonali di ultima istanza.
Nel suo scritto il ricorrente si duole della violazione dell'<ref-law>, dell'art. 6 CEDU e dell'applicazione arbitraria del diritto cantonale; anche la censura concernente la violazione del diritto costituzionale cantonale rientra nel campo d'applicazione dell'<ref-law>. Il potere cognitivo di cui dispone il Tribunale federale per esaminare queste censure proposte con il rimedio sussidiario corrisponde a quello di cui disporrebbe qualora esse avessero potuto venir proposte con il rimedio ordinario: l'applicazione delle regole cantonali che disciplinano l'organizzazione giudiziaria e la procedura può venir rivista solo sotto il ristretto profilo dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 2.1.2.1 con rinvii), mentre il quesito di sapere se l'interpretazione non arbitraria delle norme del diritto cantonale sia conforme alle esigenze poste dall'<ref-law> può essere riesaminata liberamente (<ref-ruling> consid. 2.1.2.1; <ref-ruling> consid. 1.3.2).
1.5 Da tutto quanto esposto discende che in concreto non sono dati i presupposti per derogare eccezionalmente dal requisito del valore litigioso minimo per adire il Tribunale federale con il ricorso in materia civile e ammettere una "questione di diritto d'importanza fondamentale" ai sensi dell'<ref-law>.
Il ricorso in materia civile deve pertanto venir dichiarato inammissibile.
1.6 Può per contro essere esaminato nel merito il ricorso sussidiario in materia costituzionale, la cui ricevibilità non pone per il resto problemi, siccome interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law> combinato con l'<ref-law>).
2. Dinanzi al Tribunale federale il ricorrente ribadisce la nullità della sentenza di primo grado perché emanata dal segretario assessore, il quale non è un magistrato riconosciuto dall'ordinamento giuridico cantonale, dato che non figura fra le autorità legittimate ad esercitare la giurisdizione civile elencate esaustivamente dall'art. 75 Cost./TI, che sono i Giudici di pace, i Pretori e il Tribunale d'appello. Contrariamente a quanto ritenuto nella sentenza impugnata, la competenza giurisdizionale del segretario assessore non può essere dedotta dall'art. 34 cpv. 1 (recte: 2) LOG/TI; questa norma non permette infatti di introdurre un nuovo titolare del potere giurisdizionale civile, il segretario assessore appunto, allorquando questo non è previsto, ma anzi escluso dall'art. 75 Cost./TI.
La Camera di cassazione sbaglia - aggiunge il ricorrente - quando ritiene che la facoltà di sostituzione del pretore da parte del segretario assessore discende dall'art. 80 Cost./TI. Questa norma si limita infatti ad autorizzare il legislatore cantonale a regolamentare l'attività di quei magistrati che secondo l'art. 75 Cost./TI sono preposti all'esercizio della giurisdizione civile, non invece a derogare a quanto stabilito nell'art. 75 Cost./TI e ad aggiungere nuovi titolari del potere giurisdizionale civile.
Secondo il ricorrente, ammettendo la competenza giurisdizionale del segretario assessore sulla base dell'art. 34 cpv. 1 (recte: 2) LOG/TI, i giudici ticinesi hanno quindi violato la Costituzione cantonale, il diritto di ognuno a essere trattato senza arbitrio dagli organi dello Stato (<ref-law>), il principio della legalità sancito dall'<ref-law>, così come e soprattutto l'art. 10 Cost./TI, l'<ref-law> e l'art. 6 CEDU, che garantiscono a ognuno il diritto fondamentale di essere giudicato da un giudice regolarmente stabilito dalla legge.
3. Ora, l'<ref-law> stabilisce che l'organizzazione dei tribunali, la procedura giudiziaria e l'amministrazione della giustizia in materia civile competono ai Cantoni.
3.1 L'autonomia concessa ai Cantoni non è tuttavia assoluta; gli art. 29, 30 e 32 Cost. nonché l'art. 6 CEDU impongono infatti il rispetto di alcune garanzie procedurali minime. Fra queste quella prevista dall'<ref-law> - che sotto questo profilo ha la medesima portata dell'art. 6 n. 1 CEDU - per la quale ogni cittadino ha il diritto fondamentale di essere giudicato da un tribunale fondato sulla legge, competente nel merito, indipendente e imparziale. Allo scopo di evitare abusi o manipolazioni e garantire l'indipendenza necessaria, il diritto costituzionale a un processo equo impone che l'organizzazione giudiziaria sia fondata sulla legge e che la competenza dei tribunali, così come la loro composizione, sia regolata da norme generali e astratte (<ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 2.1.2.1 pag. 34; <ref-ruling> consid. 4.1, 335 consid. 1.3 pag. 338).
3.2 La questione di sapere se un'autorità giudiziaria ha statuito in una composizione conforme alla legge dev'essere in primo luogo esaminata sulla base delle regole cantonali che disciplinano l'organizzazione giudiziaria e la procedura (<ref-ruling> consid. 2.1.2.1 con rinvii). Su questo punto, come già detto, il potere d'esame del Tribunale federale è limitato all'arbitrio (sulla nozione di arbitrio cfr. <ref-ruling> consid. 2.1 con rinvii); esso esamina invece liberamente il quesito di sapere se l'interpretazione non arbitraria delle norme del diritto cantonale sia conforme alle esigenze poste dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.1.2.1; <ref-ruling> consid. 1.3.2).
4. L'attuale Costituzione ticinese è entrata in vigore il 1° gennaio 1998 (Cost./TI; RL 1.1.1.1). Essa rientra nella categoria delle costituzioni cosiddette "aperte", cioè dotate di un contenuto normativo ridotto che assicura un ampio margine di poteri e competenze a favore del legislatore (cfr. Rapporto del 9 giugno 1997 della Commissione speciale Costituzione e diritti politici sul messaggio 20 dicembre 1994 concernente il progetto di revisione totale della Costituzione ticinese, pubblicato nell'agosto 1997 in edizione speciale della RDAT, pag. 8).
Per quanto concerne in particolare il potere giudiziario, la nuova Costituzione si prefigge di disciplinare unicamente le questioni essenziali e di far prova di una certa flessibilità per non imporre l'iter di una revisione costituzionale ogniqualvolta si avvertano altri bisogni (cfr. Messaggio del 20 dicembre 1994 concernente il progetto di revisione totale della Costituzione ticinese del 4 luglio 1830, pubblicato nel gennaio 1995 in edizione speciale della RDAT, pag. 112 seg.).
4.1 L'art. 73 cpv. 1 Cost./TI stabilisce che il potere giudiziario è esercitato dai tribunali. Giusta l'art. 75 cpv. 1 Cost./TI la giurisdizione civile è esercitata dai Giudici di pace (lett. a), dai Pretori (lett. b) e dal Tribunale d'appello (lett. c); al cpv. 2 viene riservata la facoltà di assegnare - mediante legge - determinate competenze nel campo del diritto civile (controversie di diritto commerciale, del lavoro e di locazione) ad altri tribunali. Mentre il giudice di pace è eletto dal popolo (art. 35 cpv. 2 Cost./TI), i giudici del Tribunale d'appello e i Pretori vengono eletti dal Gran Consiglio (art. 36 cpv. 1 lett. a e lett. d Cost./TI); per tutti il periodo di nomina è di dieci anni (art. 81 cpv. 1 Cost./TI).
Diversamente dall'ordinamento precedente - che dedicava al potere giudiziario ben undici articoli (art. 39 - art. 49 vCost.) e regolava la materia in modo particolareggiato, segnatamente con descrizione delle funzioni e delle competenze - la nuova Costituzione non disciplina l'organizzazione interna delle autorità preposte all'esercizio della giurisdizione civile. Per esempio non stabilisce il loro numero né la loro sede, rispettivamente - per giudici di pace e pretori - la loro distribuzione sul territorio (Rapporto del 25 marzo 1986 della Commissione per lo studio della revisione totale della Costituzione cantonale, pubblicato nel 1986 in edizione speciale della RDAT, pag. 214-218). L'art. 80 Cost./TI conferisce al legislatore cantonale la facoltà di stabilire l'organizzazione giudiziaria, le competenze, le procedure, i requisiti di formazione professionale e l'età massima per i magistrati.
4.2 Tale facoltà si è concretizzata nella nuova legge sull'organizzazione giudiziaria del 10 maggio 2006, entrata in vigore il 14 luglio 2006 (LOG/TI), che disciplina l'organizzazione e il funzionamento delle autorità giudiziarie e si applica alle Giudicature di pace, alle Preture, alla Pretura penale, al Tribunale di appello, al Ministero pubblico, all'Ufficio del giudice dell'istruzione e dell'arresto, all'Ufficio del giudice dell'applicazione della pena, al Consiglio della magistratura e agli assessori-giurati (art. 1 cpv. 1 e 2 LOG/TI). Come già esposto, ad eccezione dei giudici di pace e dei loro supplenti, tutti i magistrati dell'ordine giudiziario sono eletti dal Gran Consiglio (art. 2 cpv. 1 LOG/TI) secondo la procedura prescritta dagli art. 3-7 LOG/TI. E se ogni cittadino attivo è eleggibile all'ufficio di giudice di pace e di suo supplente (art. 17 cpv. 2 LOG/TI), alla carica di magistrato dell'ordine giudiziario possono essere eletti solo i cittadini in possesso di un dottorato in giurisprudenza o titolo equivalente o del certificato di capacità per l'esercizio dell'avvocatura (art. 17 cpv. 1 LOG/TI).
4.3 L'organizzazione delle preture è disciplinata dagli art. 32-38 LOG/TI e dal Regolamento delle Preture dell' 11 novembre 2003 (RL 3.1.13). L'art. 32 LOG/TI stabilisce che vi è un pretore in ciascuno degli otto distretti ticinesi (elencati nell'art. art. 21 cpv. 1 Cost./TI), eccezion fatta per Lugano, in cui ve ne sono sei, e Locarno e Mendrisio, in cui ve ne sono due. L'organizzazione della Pretura del Distretto di Lugano è inoltre disciplinata in maniera specifica dagli art. 9-15 del citato Regolamento delle Preture.
A norma dell'art. 36 cpv. 1 LOG/TI il pretore giudica inappellabilmente, salvo ricorso in cassazione, le cause che eccedono la competenza del giudice di pace (fr. 2'000.--, cfr. art. 31 cpv. 1 LOG/TI) e non raggiungono il valore determinabile di fr. 8'000.--, nonché quelle che gli devono essere devolute come inappellabili indipendentemente dal loro valore; egli giudica inoltre, salvo appello, tutte le altre cause civili non espressamente devolute ad altre autorità (art. 36 cpv. 2 LOG/TI).
Nella sua attività il pretore è assistito da un segretario assessore e da un segretario nominati dal Consiglio di Stato (art. 33 cpv. 1 prima frase LOG/TI).
Il segretario assessore assiste e aiuta il pretore nelle sue incombenze e firma le citazioni in caso di impedimento o assenza (art. 38 LOG/TI). Ma non solo. Giusta l'art. 34 LOG/TI il segretario assessore sostituisce il pretore "in caso di impedimento legale o assenza" (art. 34 cpv. 1 LOG/TI) e, qualora lo esiga il funzionamento della pretura, "su richiesta e sotto responsabilità" del Pretore (art. 34 cpv. 2 LOG/TI).
5. La controversia in esame verte appunto sull'interpretazione e l'applicazione di quest'ultimo disposto e in particolare del secondo capoverso, che a mente dei giudici cantonali giustifica la competenza giurisdizionale civile del segretario assessore.
5.1 Per interpretare una norma di legge ci si riferisce in primo luogo al suo tenore letterale. Secondo la giurisprudenza ci si discosta dal senso letterale di un testo chiaro, facendo capo all'interpretazione, solamente qualora delle ragioni obiettive inducano a ritenere ch'esso non restituisce il vero significato della disposizione in esame. Simili ragioni possono emergere dai lavori preparatori, dallo scopo e dal senso della disposizione legale così come dalla sistematica della legge. Se il testo di una norma non appare completamente chiaro o si presta a diverse possibili interpretazioni, la sua portata viene dunque determinata tenendo conto dei lavori preparatori (interpretazione storica), del suo senso e scopo (interpretazione teleologica) nonché della sua relazione con altri disposti (interpretazione sistematica). Il Tribunale federale non privilegia, di principio, un metodo di interpretazione in particolare; per accedere al vero senso di una norma preferisce piuttosto ispirarsi a un pluralismo interpretativo (<ref-ruling> consid. 3.3.5 pag. 237, 532 consid. 3.2 pag. 535).
5.2 Giovi allora in primo luogo rilevare che l'art. 34 LOG/TI disciplina la "supplenza ordinaria". Ora, il dizionario della lingua italiana DEVOTO OLI definisce il termine "supplenza" come un "incarico temporaneo per la sostituzione di una persona"; il dizionario della lingua italiana De Mauro, consultabile gratuitamente su internet, indica che in diritto si tratta di un "istituto giuridico che prevede la sostituzione di persone o enti temporaneamente impossibilitati a esercitare le funzioni demandate loro per legge, con altra persona od organo che la legge stessa determina".
5.3 Che la sostituzione di cui all'art. 34 LOG/TI debba essere temporanea, di durata limitata, si evince anche dal fatto che lo stesso testo legislativo regolamenta in maniera specifica la "supplenza durevole" all'art. 24 LOG/TI, dove stabilisce che "in caso di vacanza di qualsiasi seggio giudiziario o di impedimento di carattere durevole, il Consiglio di Stato può designare un supplente a ricoprire l'ufficio fino alla sostituzione o alla cessazione dell'impedimento".
5.4 Occorre inoltre rammentare che il tenore dell'art. 34 LOG/TI corrisponde a quello dell'art. 11 vLOG/TI, che all'origine riconosceva al segretario la possibilità di sostituire il Pretore unicamente "in caso di impedimento legale o di assenza" (cpv. 1). Il secondo capoverso, al centro dell'attuale vertenza, è stato invece introdotto nella legislazione cantonale proprio a seguito di una decisione del Tribunale federale.
5.4.1 In breve, nella sentenza del 12 agosto 1991 (<ref-ruling>) il Tribunale federale è stato chiamato a pronunciarsi sull'interpretazione dell'art. 11 cpv. 1 vLOG/TI, giusta il quale - come appena scritto - il segretario assessore poteva sostituire il pretore in caso di "impedimento legale o di assenza". Nella fattispecie la lite era nata dalla mancata indicazione del motivo della sostituzione nel giudizio prolato dal segretario assessore in applicazione dell'art. 11 cpv. 1 vLOG/TI. Pur rilevando che la possibilità di sostituire il pretore mediante il segretario assessore era esplicitamente contemplata nell'art. 47 cpv. 2 vCost./TI, il Tribunale federale ha negato la possibilità d'interpretare estensivamente l'art. 11 cpv. 1 vLOG/TI, in considerazione della "ratio" di questa norma - che impone di precisare in ogni atto svolto dal segretario assessore la specifica ragione della supplenza, "affinché le parti possano verificare se la norma è stata rispettata" (DTF citata consid. 4c) - e del tenore "perfettamente chiaro e univoco" di questo articolo di legge (DTF citata consid. 4c). In coda alla sentenza il Tribunale federale si è detto consapevole che il tentativo di interpretare e applicare in modo estensivo l'art. 11 cpv. 1 vLOG/TI andava ricercato nell'eccessivo carico di parecchie preture ticinesi; ha tuttavia precisato che "de lege lata" non vi era spazio per un'interpretazione estensiva di questa norma (DTF citata consid. 5d).
5.4.2 Il legislatore ticinese ha pertanto provveduto a modificare l'art. 11 vLOG/TI, aggiungendo un nuovo capoverso 2, entrato in vigore il 15 febbraio 1993, giusta il quale "il segretario assessore sostituisce inoltre il Pretore, su richiesta e sotto responsabilità di quest'ultimo, quando lo esiga il funzionamento della pretura".
Stando a quanto indicato nel messaggio del Consiglio di Stato n. 3988 del 1° settembre 1992 "concernente l'estensione delle competenze del segretario assessore delle Preture", l'introduzione di questo capoverso è stata reputata compatibile con il testo costituzionale ticinese allora vigente, poiché l'art. 47 cpv. 2 vCost./TI prevedeva la possibilità di organizzare la supplenza dei pretori mediante i segretari assessori senza limitare in alcun modo il concetto di supplenza. Sia nel messaggio sia nel successivo rapporto della Commissione della legislazione sul messaggio, del 29 gennaio 1993, è stato comunque precisato che si trattava di una soluzione puntuale temporanea, in attesa di soluzioni maggiormente strutturate.
5.4.3 Il carattere temporaneo di questa misura è stato sottolineato anche dal Tribunale federale nella sentenza emanata il 18 marzo 1996 nella causa 5P.41/1996 (non pubblicata). All'origine del litigio vi era nuovamente la mancata indicazione del motivo della sostituzione nel giudizio prolato dal segretario assessore, ma stavolta in applicazione dell'art. 11 cpv. 2 vLOG/TI. Al consid. 4 della sua pronunzia, che viene qui riprodotto, il Tribunale federale ha considerato:
"Davanti ai giudici cantonali il ricorrente ha lamentato che il segretario assessore non aveva indicato la ragione per la quale suppliva il Pretore. Il giudizio impugnato, considerato il cambiamento legislativo intervenuto dopo la sentenza pubblicata in <ref-ruling>, ha rilevato che non appare necessario indicare il motivo della supplenza nei casi di cui all'art. 11 cpv. 2 LOG, perché trattasi per volontà del legislatore di un'attività generalizzata, legata solo alla necessità di garantire il funzionamento della Pretura. Il ricorrente sembra contestare codesta conclusione con argomentazioni peraltro quasi completamente nuove, ossia irricevibili. Sta comunque di fatto che la costituzione cantonale permette di provvedere alle supplenze del Pretore con il segretario assessore e che la legge, diversamente da prima della modifica del 15 febbraio 1993, non limita più le supplenze ai soli casi di impedimento legale e di assenza, ma li estende anche ai casi in cui il funzionamento della Pretura lo esiga. Per questi ultimi casi non esiste nessuna ragione, e nemmeno il ricorrente ne adduce qualcuna, per esigere che ne sia indicato il motivo. La legge infatti prevede che il segretario assessore interviene "su richiesta e sotto la responsabilità" del Pretore, al quale dunque esclusivamente spetta di decidere se il funzionamento della Pretura esiga una sua sostituzione temporanea. Si tratta peraltro di una misura adottata per far temporaneamente fronte agli eccessi di lavoro in capo al Pretore, che dovrebbe trovare una diversa soluzione in una nuova e meglio strutturata proposta legislativa allo studio. [...] Alla fin fine, nessuna ragione appare che possa far ritenere arbitraria l'applicazione dell'art. 11 cpv. 2 LOG da parte dei giudici cantonali, ossia che possa far apparire la procedura in concreto adottata manifestamente insostenibile, palesemente contraria alla situazione di fatto, o ancora lesiva in maniera urtante del sentimento di giustizia o equità [...]. Sulle altre censure, e in particolare su quella di violazione dell'art. 6 CEDU, proposte per la prima volta con il ricorso di diritto pubblico, siccome nuove, non mette conto di pronunciarsi [...]."
5.5 Sta di fatto che questa misura temporanea si è protratta sino ad oggi dato che, come già detto, la LOG/TI entrata in vigore il 14 luglio 2006 non ha apportato alcuna modifica a questo riguardo.
Nel frattempo, però, il disposto costituzionale che prevedeva esplicitamente la facoltà della sostituzione del pretore da parte del segretario assessore - l'art. 47 cpv. 2 vCO - è stato abrogato e l'attuale costituzione non contiene una norma analoga.
Nella sentenza impugnata i giudici ticinesi asseverano in sostanza che, nonostante l'abrogazione dell'art. 47 cpv. 2 vCost., l'art. 34 cpv. 1 (recte: 2) LOG/TI - che prevede la possibilità di sostituire il pretore con il segretario assessore - non può dirsi incostituzionale giacché l'art. 80 Cost./TI delega in ogni caso al legislatore cantonale la facoltà di disciplinare l'organizzazione giudiziaria, le competenze e le procedure.
5.5.1 Ora, dalla lettura dei materiali preparatori della nuova costituzione emerge che l'art. 80 Cost./TI è stato effettivamente concepito come una rielaborazione dell'art. 47 vCO, che tiene conto della concezione del nuovo testo costituzionale e per questo lascia al legislatore spazi più ampi di quanti ne lasciasse il testo costituzionale precedente (Rapporto del 25 marzo 1986 pag. 231 e Messaggio del 20 dicembre 1994 pag. 119).
Il ricorrente ha comunque ragione quando sostiene che questa norma non può avere la portata attribuitale nella sentenza impugnata. Il testo della disposizione costituzionale è chiaro: il legislatore è autorizzato a regolamentare l'organizzazione giudiziaria - ad esempio definire il numero dei pretori per distretto - le competenze e le procedure, ma non può evidentemente introdurre un nuovo titolare del potere giurisdizionale, laddove i detentori di tale potere sono chiaramente ed esaustivamente definiti nell'art. 75 Cost./TI. Non è possibile ammettere l'introduzione di un nuovo titolare della giurisdizione civile mediante una normativa di rango inferiore; oltretutto si tratterebbe di un "giudice ordinario" che non soggiace alle medesime modalità di nomina degli altri magistrati (cfr. quanto esposto al consid. 4).
5.5.2 E, in ogni caso, l'interpretazione dell'art. 34 cpv. 2 LOG/TI nel senso che autorizza in materia generale il segretario assessore a decidere in luogo e vece del Pretore è manifestamente insostenibile.
Una simile interpretazione sarebbe stata inaccettabile anche qualora l'art. 47 cpv. 2 vCost. fosse stato ancora in vigore. Come già esposto, con l'art. 34 cpv. 2 LOG/TI il legislatore non ha inteso riconoscere al segretario assessore una competenza giurisdizionale autonoma e indipendente, parallela a quella del pretore.
Il testo del disposto legale subordina chiaramente l'intervento del segretario assessore a una necessità per il funzionamento della pretura, a una richiesta in tale senso da parte del pretore e sotto la responsabilità di questi. Se, quindi, la sostituzione del pretore poteva aver luogo in determinate circostanze, essa non avrebbe comunque potuto venir adottata sistematicamente, in maniera generale (cfr., per analogia, <ref-ruling>).
5.5.3 Nella fattispecie in esame si rileva inoltre che l'unico accenno alla figura del pretore consiste nel richiamo all'art. 34 cpv. 2 LOG/TI in ingresso all'atto impugnato; il frontespizio della sentenza menziona infatti esclusivamente "Il Segretario assessore della Pretura di Lugano" ed è solo lui che l'ha firmata, a fianco della segretaria. In queste circostanze il cittadino non è in grado di verificare che il pretore si è assunto la responsabilità del giudizio che lo concerne. Diverso sarebbe stato il caso qualora il pretore avesse firmato la sentenza accanto al segretario assessore che l'ha elaborata.
5.5.4 Da tutto quanto esposto discende che la decisione dei giudici ticinesi di riconoscere, in pratica, al segretario assessore un potere giurisdizionale civile autonomo fondato sull'art. 34 cpv. 2 LOG/TI viola sia la Costituzione cantonale sia quella federale, nella misura in cui, come affermato nel gravame, sottrae il ricorrente al suo giudice costituzionale, nel senso di un giudice regolarmente fondato sulla legge. Il ricorso deve pertanto essere accolto.
5.6 Ancora una volta, come già nel 1991, l'estensione delle competenze del segretario assessore si spiega con la necessità di evadere in tempi ragionevoli le numerose pratiche presenti nelle preture, in particolare quelle cittadine. È allora bene precisare che con la presente sentenza non viene messa in discussione la competenza dei segretari assessori, giuristi di apprezzata esperienza, che in taluni casi hanno anche già svolto il ruolo di pretori supplenti. "De lege lata" non vi è tuttavia lo spazio per riconoscere loro un potere giurisdizionale autonomo, parallelo a quello del pretore.
6. Resta da esaminare quali siano gli effetti dell'accoglimento del ricorso.
6.1 In via principale il ricorrente postula l'annullamento di tutti gli atti di procedura svolti dal segretario assessore.
Una simile richiesta non può essere accolta. Se infatti l'art. 34 cpv. 2 LOG/TI non giustifica un potere giurisdizionale civile autonomo del segretario assessore, gli permette senz'altro di sostituire il pretore nel quadro delle udienze se così richiesto dal pretore per il buon funzionamento della pretura e sotto la sua responsabilità. Non va dimenticato che il compito principale del segretario assessore è per legge quello di assistere il pretore nelle sue incombenze.
6.2 Il ricorso può dunque essere accolto solamente nella sua richiesta subordinata, tendente all'annullamento della sentenza impugnata e al rinvio della causa all'autorità cantonale.
Considerato che la violazione dell'art. 34 LOG/TI viene sanzionata con l'annullamento della decisione impugnata (cfr. <ref-ruling> consid. 5, seppur riferita all'art. 11 vLOG/TI) il Tribunale federale può, in applicazione dell'art. 107 cpv. 2 seconda frase LTF, rinviare la causa alla Pretura del Distretto di Lugano. La Camera di cassazione civile dovrà invece emanare un nuovo giudizio sui costi della procedura cantonale (cfr. <ref-ruling> consid. 6, non pubblicato).
6.3 Le spese giudiziarie della procedura federale sono di regola addossate alla parte soccombente, ma il Tribunale federale può anche decidere di ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti (<ref-law>). Le circostanze particolari del caso concreto giustificano la rinuncia al prelievo di spese giudiziarie; il ricorso viene infatti accolto per motivi indipendenti della volontà dell'opponente e dagli atti si evince che il ricorrente non ha impugnato la decisione di primo grado nel merito.
Per quanto concerne il versamento di un'adeguata indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>), si osserva che il ricorrente - avvocato - ha stilato personalmente l'allegato. Per costante giurisprudenza, alla parte che non è patrocinata non viene di principio assegnata alcuna indennità per ripetibili della sede federale (<ref-ruling> consid. 6b con rinvii); in questi casi è infatti evidente che non vi possono essere spese di patrocinio (art. 2 Regolamento sulle spese ripetibili accordate alla parte vincente e sull'indennità per il patrocinio d'ufficio nelle procedure davanti al Tribunale federale, RS 173.110. 210.3). Un'indennità per i disborsi e per l'attività svolta dalla parte medesima in relazione con il ricorso (art. 1 lett. b Regolamento sulle spese ripetibili accordate alla parte vincente) può essere accordata solo in via eccezionale, a patto però che i costi siano rilevanti e dimostrati, ciò che non è il caso in concreto.
7. Con l'evasione del gravame la richiesta di effetto sospensivo è divenuta priva di oggetto.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile è inammissibile.
2. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è accolto. Di conseguenza, la sentenza emanata il 24 ottobre 2007 dalla Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino viene annullata e:
2.1 La causa viene rinviata alla Pretura del Distretto di Lugano per nuovo giudizio.
2.2 Alla Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino la causa è rinviata per nuova decisione sulle spese giudiziarie e ripetibili della sede cantonale.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. Comunicazione alle parti e alla Camera di cassazione civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.