Faits:
A. La société Les Bains de X._ SA (ci-après: la société), sise à Y._, a pour but l'exploitation d'un hôtel et d'un centre thermal, ainsi que toutes prestations sur le plan des activités annexes, telles que sportives et de santé. L'Administration communale de Y._ a notifié à la société un bordereau daté du 31 décembre 2004 concernant la taxe "égouts-épurations 2004" d'un montant total de 86'855 fr. 20 libellé comme il suit:
Quantité
Prix unitaire (fr.)
Montant
Taxe annuelle collecteurs par m2 de surface au sol
5'612
0.60
3'367.20
Taxe annuelle d'épuration par m3 d'eau consommée
166'976
0.50
83'488.--
Les Bains de X._ SA ont recouru contre ce bordereau en tant qu'il concernait la taxe d'épuration auprès de la Commission communale de recours en matière d'impôts de Y._ (ci-après: la Commission communale de recours), le prix unitaire ayant passé de 0 fr. 10 à 0 fr. 50 sans avis préalable.
Par bordereau du 31 décembre 2005, l'Administration communale de Y._ a réclamé à la société une taxe "égouts-épurations 2005" d'un total de 96'625 fr. 70. La "taxe annuelle collecteurs" se montait à 3'367 fr. 20 et la "taxe annuelle d'épuration" était de 93'258 fr. 50. Les Bains de X._ SA ont également recouru contre cette décision de taxation, dans la mesure où elle avait trait à la taxe d'épuration, auprès de la Commission communale de recours.
La Commission communale de recours a rejeté les recours à l'encontre des bordereaux 2004 et 2005 par décisions du 8 mai 2006. La société a attaqué celles-ci devant le Tribunal administratif du canton de Vaud (actuellement le Tribunal cantonal, Cour de droit administratif et public; ci-après: le Tribunal administratif).
B. Par arrêt du 26 novembre 2007, le Tribunal administratif, après avoir joint les causes, a rejeté les recours de la société Les Bains de X._ SA. Il a considéré en substance que, dans les dépenses à couvrir par la taxe d'épuration, au regard du principe de la couverture des frais, entraient en compte non seulement les frais directs et immédiats mais également les investissements à opérer et les amortissements des équipements en place. Or, la commune de Y._ prévoyait un lourd programme d'investissements échelonnés sur douze ans, soit de 2006 à 2018, portant sur près de trois millions (1'703'000 fr. pour la première étape de 2006 à 2010, 694'000 fr. pour la deuxième étape de 2011 à 2014 et 526'000 fr. pour la troisième étape de 2015 à 2018), destiné à rénover les canalisations de la commune. Dès lors, la taxe prélevée était justifiée.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Les Bains de X._ SA demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'admettre le présent recours, d'annuler l'arrêt attaqué, de constater que le taux prévu par l'art. 6 de l'annexe au règlement communal sur l'évacuation et l'épuration des eaux du 22 mai 2003 et appliqué aux fins de calculer la taxe d'épuration afférente aux exercices 2004 et 2005 est infondé et excessif, d'annuler les décisions de taxation rendues le 8 mai 2006 par la Commission communale de recours au titre de taxe annuelle d'épuration en relation avec les exercices 2004 et 2005 et de dire que Les Bains de X._ SA doivent au titre de taxe annuelle d'épuration, pour l'année 2004, une somme de 16'697 fr. 60 et, pour l'année 2005, une somme de 18'651 fr. 70. La recourante invoque que des faits ont été établis de façon manifestement inexacte et que le Tribunal administratif aurait violé les règles sur le fardeau de la preuve. Elle estime en outre que les principes de la légalité et de la couverture des coûts ont été violés, que le droit communal a été appliqué de façon arbitraire, que l'objet du litige a été indûment élargi et que, partant, son droit d'être entendue a été violé.
La Commission communale de recours et la Municipalité de Y._ concluent, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. Le Tribunal administratif s'en remet à justice.
D. Par ordonnance du 22 janvier 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42 LTF) contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF), qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, est en principe recevable, la recourante étant directement touchée par l'arrêt attaqué et ayant un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 al. 1 LTF).
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit suisse tel qu'il est délimité à l'art. 95 LTF, soit le droit fédéral (let. a), y compris le droit constitutionnel. Sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95 LTF, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466).
Aux termes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Cette disposition reprend le principe du grief (Rügeprinzip) que la pratique relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ (<ref-ruling> consid. 2 p. 591 ss). Selon cette pratique, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261/262, 26 consid. 2.1 p. 31 et les références). Selon l'art. 106 al. 2 LTF, il en va de même lorsque le recourant dénonce une violation du droit cantonal. En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (<ref-ruling> consid. 7a p. 312; <ref-ruling> consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée).
1.3 La conclusion de la recourante tendant à l'annulation des décisions du 8 mai 2006 de la Commission communale de recours est irrecevable, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal administratif (<ref-ruling> consid. 2a p. 302/303).
Par ailleurs, dans la mesure où la recourante demande que le Tribunal fédéral constate que le taux de la taxe d'épuration afférente aux exercices 2004 et 2005 est infondé et excessif, il s'agit d'une conclusion constatatoire irrecevable, du moment que l'autorité intimée pouvait rendre une décision formatrice, ce qu'elle a fait.
2. 2.1 La recourante estime que son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.; cf. sur cette notion <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277) a été violé. Selon elle, le Tribunal administratif a étendu l'objet du litige à la taxe annuelle d'entretien. Or, elle n'aurait jamais contesté cette taxe mais uniquement la taxe annuelle d'épuration (cf. consid. 4.3).
2.2 Il est exact que le Tribunal administratif fait référence dans sa motivation à la taxe d'entretien alors que la recourante n'a initialement contesté que la taxe d'épuration. Les deux taxes sont toutefois étroitement liées et la recourante elle-même prétend que les travaux de rénovation des canalisations en cause devraient être financés par ladite taxe et non par la taxe d'épuration. Dès lors, le Tribunal administratif pouvait, pour répondre aux arguments de la recourante, mentionner la taxe d'entretien. Le droit d'être entendue de l'intéressée n'a donc pas été violé.
3. 3.1 Le principe de la légalité gouverne l'ensemble de l'activité de l'Etat (cf. art. 36 al. 1 Cst.). Il revêt une importance particulière en droit fiscal où il est érigé en droit constitutionnel indépendant à l'art. 127 al. 1 Cst. Cette norme - qui s'applique à toutes les contributions publiques - prévoit en effet que les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, doivent être définis par la loi. Si cette dernière délègue à l'organe exécutif la compétence d'établir une contribution, la norme de délégation ne peut constituer un blanc-seing en faveur de cette autorité; elle doit indiquer, au moins dans les grandes lignes, le cercle des contribuables, l'objet et la base de calcul de cette contribution (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 353 ss; <ref-ruling> consid. 4 p. 193). Le Tribunal fédéral examine librement si la norme de délégation litigieuse satisfait à ces exigences (<ref-ruling> consid. 5a p. 311).
Ces dernières ont cependant été assouplies par la jurisprudence pour certaines contributions causales, notamment en ce qui concerne leur calcul, lorsque leur montant est limité par des principes constitutionnels contrôlables, tels que ceux de la couverture des frais et de l'équivalence, et où ce n'est pas seulement la réserve de la loi qui remplit cette fonction protectrice. Tel est le cas en particulier des contributions causales dépendant des coûts (<ref-ruling> consid. 2a p. 63 et la jurisprudence citée). Le principe de la légalité ne doit toutefois pas être vidé de sa substance ni appliqué avec une exagération telle qu'il entre en contradiction irréductible avec la réalité juridique et les exigences de la pratique (<ref-ruling> consid. 3a p. 275, 120 Ia 171 consid. 5 p. 179 et la jurisprudence citée).
3.2 Le principe de la couverture des frais s'applique aux contributions causales dépendant des coûts, qui n'ont pas de base légale formelle suffisamment déterminée ou pour lesquelles le législateur a exprimé clairement ou tacitement que la contribution dépend des coûts (<ref-ruling> consid. 3e p. 235). Ce principe implique que le produit de la taxe ne dépasse pas, ou seulement dans une mesure minime, l'ensemble des coûts engendrés par la branche, ou subdivision, concernée de l'administration, y compris, dans une mesure appropriée, les provisions, les amortissements et les réserves (<ref-ruling> consid. 3a/aa p. 188; <ref-ruling> consid. 6c p. 20). De telles réserves financières violent le principe de la couverture des coûts lorsqu'elles ne sont plus justifiées objectivement, c'est-à-dire lorsqu'elles excèdent les besoins futurs prévisibles estimés avec prudence (<ref-ruling> consid. 4b p. 325).
Selon le principe d'équivalence, qui concrétise ceux de la proportionnalité et de l'interdiction de l'arbitraire (art. 5 al. 2 et 9 Cst.), le montant de chaque redevance doit être en rapport avec la valeur objective de la prestation fournie et rester dans des limites raisonnables. La valeur de la prestation se mesure soit à son utilité pour le contribuable, soit à son coût par rapport à l'ensemble des dépenses administratives en cause, ce qui n'exclut pas un certain schématisme ni l'usage de moyennes d'expérience. Les contributions doivent toutefois être établies selon des critères objectifs et s'abstenir de créer des différences qui ne seraient pas justifiées par des motifs pertinents (<ref-ruling> consid. 4a p. 52 et les arrêts cités).
4. 4.1 L'art. 3a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20) dispose que celui qui est à l'origine d'une mesure en supporte les frais. A cet égard, l'art. 60a LEaux, relatif aux financements des mesures, prévoit que les cantons veillent à ce que les coûts de construction, d'exploitation, d'entretien, d'assainissement et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux concourant à l'exécution de tâches publiques soient mis, par l'intermédiaire d'émoluments ou d'autres taxes, à la charge de ceux qui sont à l'origine de la production d'eaux usées.
4.2 Dans le canton de Vaud, l'art. 66 de la loi du 17 septembre 1974 sur la protection des eaux contre la pollution (ci-après: LPEP; RSV 814.31) dispose que:
"1 Les communes peuvent percevoir, conformément à la loi sur les impôts communaux, un impôt spécial et des taxes pour couvrir les frais d'aménagement et d'exploitation du réseau des canalisations publiques et des installations d'épuration.
2 Elles peuvent également percevoir une taxe d'introduction et une redevance annuelle pour l'évacuation des eaux claires dans le réseau des canalisations publiques. La redevance annuelle est proportionnelle au débit théorique évacué dans les canalisations."
L'art. 4 de la loi vaudoise du 5 décembre 1956 sur les impôts communaux (ci-après: LICom; RSV 650.11) traite des taxes spéciales. Il prévoit que les communes peuvent percevoir des taxes spéciales en contrepartie de prestations ou avantages déterminés ou de dépenses particulières (al. 1). Ces taxes doivent faire l'objet de règlements soumis à l'approbation du chef de département concerné (al. 2). Elles ne peuvent être perçues que des personnes bénéficiant des prestations ou avantages ou ayant provoqué les dépenses dont elles constituent la contrepartie (al. 3). Leur montant doit être proportionné à ces prestations, avantages ou dépenses (al. 4).
4.3 Le règlement communal de Y._ sur l'évacuation et l'épuration des eaux approuvé par le Conseil d'Etat le 29 octobre 2003 (ci-après: REE ou le règlement communal sur l'évacuation et l'épuration des eaux), entré en vigueur le 29 octobre 2003, prévoit à son art. 40 al. 1 REE que les propriétaires d'immeubles bâtis et raccordés aux installations collectives d'évacuation et d'épuration des eaux participent aux frais de construction et d'entretien de ces installations en s'acquittant des trois taxes suivantes: la taxe unique de raccordement pour les eaux claires et les eaux usées, la taxe annuelle d'entretien des collecteurs ainsi que la taxe annuelle d'épuration.
4.3.1 L'art. 41 REE traite de la "Taxe unique de raccordement EU + EC":
"Pour tous les bâtiments nouvellement raccordés directement ou indirectement aux collecteurs publics d'eaux usées (EU) et d'eaux claires (EC), il est perçu conformément à l'annexe une taxe unique de raccordement. (...)"
L'art. 42 REE prévoit une taxe réduite pour les bâtiments nécessitant uniquement un raccordement aux collecteurs d'eaux claires. L'art. 43 REE instaure une "Taxe unique complémentaire EU et/ou EC" en cas de transformation, d'agrandissement ou de reconstruction d'un bâtiment déjà raccordé aux collecteurs publics d'eaux usées et/ou d'eaux claires.
L'art. 49 al. 1 REE, intitulé "Affectation - Comptabilité", prévoit que le produit des taxes et émoluments de raccordement est affecté à la couverture des dépenses d'investissement du réseau des collecteurs communaux EU et EC. La taxe unique de raccordement EU + EC ou EU (art. 41 REE) est fixée à 20 fr., mais au maximum à 40 fr., par mètre carré de surface brute de plancher utile (art. 2 al. 1 de l'annexe au règlement communal de Y._ sur l'évacuation et l'épuration des eaux [ci-après: l'annexe au règlement]). La taxe unique de raccordement EC (art. 42 REE) est fixée à 10 fr., mais au maximum à 20 fr., par mètre carré de surface brute de plancher utile (art. 3 al. 1 de l'annexe au règlement) et la taxe unique complémentaire (art. 43 REE) est calculée aux conditions de l'art. 2 de l'annexe susmentionné, le cas échéant à celles de l'art. 3 de l'annexe, sur l'augmentation de la surface brute de plancher utile résultant des travaux exécutés (art. 4 de l'annexe au règlement).
4.3.2 L'art. 44 REE, relatif à la "Taxe annuelle d'entretien des collecteurs EU et/ou EC" dispose:
"Pour tout bâtiment raccordé directement ou indirectement aux collecteurs EU et/ou EC, il est perçu du propriétaire une taxe annuelle d'entretien aux conditions de l'annexe."
Selon l'art. 49 al. 2 REE, le produit des taxes annuelles d'entretien est affecté à la couverture des dépenses d'intérêts, d'amortissement et d'entretien du réseau EU et EC. L'art. 5 al. 1 de l'annexe au règlement prévoit:
"La taxe annuelle d'entretien des collecteurs EU et/ou EC est calculée selon les deux critères cumulatifs ci-dessous; elle est fixée à:
a) fr. 0.60 (maximum fr. 1.00) par mètre carré de surface construite au sol, selon inscription au Registre foncier
b) fr. 0.10 (maximum fr. 0.50) par mètre cube d'eau consommée, selon le relevé du compteur effectué par le service des eaux."
4.3.3 L'art. 45 REE prévoit une taxe annuelle d'épuration. Ainsi, pour tout bâtiment dont les eaux usées aboutissent directement ou indirectement aux installations collectives d'épuration, il est perçu du propriétaire une taxe annuelle d'épuration aux conditions de l'annexe.
L'art. 49 al. 3 REE impose que le produit des taxes annuelles d'épuration et des taxes spéciales soit affecté à la couverture des frais qui découlent, pour la commune, de l'épuration par la STEP Z._ SA.
En outre, selon l'art. 49 al. 4 REE, les recettes des taxes et émoluments prélevés au titre de l'évacuation et de l'épuration des eaux doivent figurer, dans la comptabilité communale, dans un décompte des recettes affectées.
Les barèmes applicables pour la taxe d'épuration sont fixés par l'art. 6 de l'annexe au règlement:
"La taxe annuelle d'épuration est fixée comme suit:
6.1 - fr. 0.50 (maximum fr. 1.50) par mètre cube d'eau consommée, selon relevé du compteur effectué par le service des eaux. (...)
6.2 - Pour les cas particuliers, la taxe annuelle est fixée au cas par cas par la Municipalité, notamment:
a. Complexe thermal de la société Les Bains de X._: appareil de mesures spécifiques. (...)"
5. 5.1 En l'espèce, la recourante conteste uniquement les montants des taxes annuelles d'épuration 2004 et 2005, soit respectivement 83'488 fr. et 93'258 fr., qui lui sont réclamés. Ils n'auraient pas de base légale. L'intéressée soutient que l'interprétation que fait le Tribunal administratif de l'art. 49 al. 3 REE, lequel estime que cette disposition permet de couvrir les coûts des travaux de rénovation du réseau des canalisations avec les recettes de la taxe d'épuration, viole le principe de la légalité. Selon elle, les art. 41ss REE sont clairs et ne permettent pas une telle interprétation. La taxe annuelle d'épuration (art. 45 REE) servirait uniquement à couvrir les frais qui découlent, pour la commune, de l'épuration des eaux par la STEP Z._ SA (art. 49 al. 3 REE). Les frais d'investissement engendrés par le renouvellement des collecteurs d'eaux, tels que planifiés par la commune, devraient être financés par la taxe prévue à cet effet, soit la taxe annuelle d'entretien des collecteurs de l'art. 44 REE (p. 20-21 du recours). Les excédents constitués grâce à la taxe d'épuration ne pourraient pas servir à financer la rénovation et la mise aux normes du réseau de canalisations.
5.2 Selon le Tribunal administratif, les coûts engendrés par la STEP qui doivent être couverts par la taxe annuelle d'épuration s'étendraient au renouvellement des collecteurs. Les frais d'épuration incluraient donc les coûts découlant des canalisations. Les dépenses à couvrir, relativement au principe de la couverture des coûts, comprendraient également les investissements à opérer et les amortissements des équipements en place. Le Tribunal administratif en conclut que le programme d'investissements prévu par la commune de Y._ afin de renouveler les canalisations et portant sur près de trois millions de francs doit pouvoir être couvert par la taxe d'épuration.
5.3 Comme l'a retenu le Tribunal administratif, le règlement communal sur l'évacuation et l'épuration des eaux distingue clairement trois taxes, soit la taxe unique de raccordement, la taxe annuelle d'entretien des collecteurs et la taxe annuelle d'épuration. L'interprétation littérale de ces dispositions montre que la taxe unique de raccordement couvre les dépenses d'investissement du réseau des collecteurs communaux EU et EC, la taxe d'entretien des collecteurs, les frais découlant des intérêts, des amortissements et de l'entretien du réseau de canalisations et la taxe d'épuration sert à couvrir les frais engendrés par la STEP. Le texte de loi interprété selon sa lettre ne prévoit donc pas de couvrir les frais de renouvellement des canalisations autrement que par la taxe d'entretien.
Il n'est toutefois pas contesté que les frais, au regard du principe de la couverture des coûts, qui découlent, pour la commune, de l'épuration par la STEP comprennent les dépenses périodiques relatives au matériel et au personnel ainsi que, comme mentionné dans l'arrêt du Tribunal administratif, les amortissements, les intérêts de la dette et la constitution d'un fonds de réserve pour les travaux d'entretien et de renouvellement de la STEP elle-même (Marc-Olivier Buffat, Les taxes liées à la propriété foncière, en particulier dans le canton de Vaud, p. 149, 159 et 164; Adrian Hungerbühler, Grundsätze des Kausalabgabenrechts. Eine Übersicht über die neuere Rechtsprechung und Doktrin, in: ZBL 2003 p. 505 ss, spéc. p. 509 et 520 ss; Peter Karlen, Die Erhebung von Abwasserabgaben aus rechtlicher Sicht, in: Umweltrecht in der Praxis, 1999, p. 539 ss, spéc. p. 545, voir aussi p. 548).
D'un point de vue systématique, on doit admettre qu'effectivement, pour que la STEP fonctionne, l'eau doit bien y être acheminée. Il n'est ainsi pas arbitraire de considérer, comme l'a fait le Tribunal administratif, que les frais de la STEP incluent les frais découlant de l'amenée d'eau à la station. L'art. 49 al. 3 REE n'exclut pas qu'outre les factures de la STEP, la taxe d'épuration puisse couvrir les frais découlant des canalisations. Il y a dès lors un certain recoupement entre la taxe d'entretien et celle d'épuration, une partie des frais pouvant être couverts par l'une ou l'autre taxe. Ce recoupement ne viole pas en soi le principe de la couverture des coûts, dans la mesure où l'ensemble des recettes desdites taxes ne dépassent pas l'ensemble des frais y compris ceux de renouvellement des installations.
Par ailleurs, le mode de calcul des deux taxes et leur taux coïncidaient en 2004 et 2005, même si l'amplitude des taux n'est pas semblable. En effet, le taux minimum de la taxe d'épuration, soit 0.50 fr., correspond au taux maximum de la taxe d'entretien annuelle (cf. consid. 4.3.2 et 4.3.3). Dans la mesure où la recourante ne prétend pas avoir payé d'autre taxe que celle d'entretien fondée sur la surface au sol, les montants réclamés se tiennent à la fois dans les limites prévues par la taxe d'épuration et dans celles de la taxe d'entretien.
Au vu de ce qui précède, bien que l'interprétation des art. 45 et 49 al. 3 REE par le Tribunal administratif puisse être qualifiée d'extensive, celui-ci, en admettant qu'une partie des montants prélevés grâce à la taxe d'épuration soit affectée à la rénovation des canalisations de la commune, n'a pas fait preuve d'arbitraire.
6. 6.1 Le Tribunal administratif a considéré qu'un excédent avait été réalisé en 2004 grâce à la taxe d'épuration. Il a admis, bien qu'il ne disposait pas des comptes 2003, que cet excédent avait été versé au fonds de réserve égouts-épuration qui s'élevait à 513'903 fr. au 31 décembre 2004. Cette transaction aurait été comptabilisée par le débit de 78'222 fr. du compte de charges "versements sur fonds de réserve" et par le crédit du compte de réserve égouts-épuration. Le Tribunal administratif en conclut que cette dotation au fonds de réserve apparaît comme une réserve pour les investissements futurs, notamment en vue de la rénovation des canalisations. En ce qui concerne 2005, l'arrêt retient également l'existence d'un excédent et relève que "l'égalité des produits et des charges est réalisée par un versement de 77'957 fr. au compte imputations internes diverses (...) dont il n'est pas certain qu'il constitue une mise en réserve spécifique (...)". Le Tribunal administratif a considéré qu'un complément d'instruction n'était pas nécessaire, car la taxe prélevée respectait le principe de la couverture des coûts, ceux-ci comprenant non seulement les frais directs mais également les investissements à opérer et les amortissements des équipements en place.
6.2 La recourante critique le fait que les comptes de l'intimée ne permettraient pas de s'assurer que les excédents réalisés grâce à la taxe d'épuration ont bel et bien été alloués au fonds de réserve égouts-épuration. Selon elle, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal administratif, rien ne prouve que l'excédent 2004, à savoir 69'706 fr., a été affecté au fonds égouts-épuration; quant à l'excédent 2005, soit 77'986 fr. au vu des comptes, il est certain qu'il n'a pas été alloué audit fonds, ce qui constituerait une violation du principe de la couverture des coûts. Elle reproche au Tribunal administratif de n'avoir pas requis un complément d'instruction afin de déterminer ce qu'il était exactement advenu de ces surplus et d'avoir admis sans motif que la taxe prélevée respectait de toute façon le principe de la couverture des coûts.
6.3 L'art. 49 al. 4 REE exige que les recettes des taxes et émoluments prélevés au titre de l'évacuation et de l'épuration des eaux figurent, dans la comptabilité communale, dans un décompte des recettes affectées. En outre, selon l'art. 49 al. 3 REE, le produit des taxes annuelles d'épuration et spéciales est affecté à la couverture des frais qui découlent, pour la commune, de l'épuration par la STEP.
Il ressort des comptes des exercices 2004 et 2005 de la commune de Y._ les chiffres suivants:
Comptes au 31 décembre
2004
2005
fr. Taxe d'utilisation-épuration (revenu)
155'592.-
167'558.-
Frais épuration eaux usées (charge)
85'886.-
89'572.-
Fonds égouts-épuration (passif)
513'903.65
513'903.65
Comme relevé par la recourante, l'intimée a réalisé un excédent de 69'706 fr. (155'592 fr. ./. 85'886 fr.) en 2004 et de 77'986 fr. (167'558 fr. ./. 89'572 fr.) en 2005 sur la taxe d'épuration. Les sommes récoltées grâce à cette taxe se montent presque au double du montant des frais d'épuration. Les produits de la taxe d'épuration étant plus élevés que lesdits frais, le solde doit alimenter un fonds de réserve pour d'éventuels travaux et ne saurait passer dans le compte général de la commune.
Or, en l'espèce, rien ne permet de déterminer si l'excédent 2004, soit 69'706 fr., a bel et bien été affecté au fonds de réserve égouts-épuration. Ce fonds de réserve se montait à 513'903 fr. 65 au 31 décembre 2004. Seuls les comptes 2003, en particulier le montant dudit fonds au 31 décembre 2003, permettraient de vérifier si l'excédent de 69'706 fr. a été versé sur ce compte qui devrait avoir augmenté de 69'706 fr. au minimum entre le 31 décembre 2003 et le 31 décembre 2004. Or, le Tribunal administratif a mentionné qu'il ne disposait pas des comptes 2003, lesquels ne figurent effectivement pas au dossier. Le Tribunal administratif, en constatant que l'excédent 2004 a été versé au fonds de réserve, n'a fait qu'une supposition qui ne repose sur aucun élément concret. En procédant de la sorte, le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire.
En ce qui concerne l'excédent 2005, le Tribunal administratif reconnaît lui-même qu'il n'est pas certain que cet excédent a été affecté à une réserve spécifique. Les comptes de ladite année laissent penser qu'effectivement l'excédent n'a pas été alloué au fonds de réserve puisque le montant du fonds de réserve égouts-épuration était identique au 31 décembre 2004 et au 31 décembre 2005. Dès lors, l'excédent 2005 de 77'986 fr. n'a apparemment pas été versé sur ce compte de réserve. L'arrêt mentionne, en reprenant l'argument de l'intimée, que cet excédent aurait été attribué à un compte "Banques", soit le compte "xxx - épuration". Ce compte, qui semble être de l'épargne, figure toutefois à l'actif. Or, seule la comptabilisation de l'excédent sur un compte de passif, soit au compte de réserve pour l'épuration, en garantit l'affectation au but visé conformément aux al. 2 à 4 de l'art. 49 REE. Dès lors, les surplus encaissés grâce à la taxe d'épuration doivent être inscrits dans un compte de réserve spéciale qui figure forcément au passif. Le compte "xxx - épuration", qui est un compte à l'actif, ne remplit donc pas l'exigence de l'affectation à une réserve et il ne donne aucune garantie que les excédents ne se trouvent pas noyés dans le budget communal. L'art. 49 al. 4 REE exige d'ailleurs que soit fait un "décompte des recettes affectées", ce qui revient à imposer des comptes clairs. Les comptes de la commune ne remplissent pas cette exigence puisqu'il n'est pas possible de déterminer ce qu'il est advenu des excédents en cause sur la base des comptes 2004 et 2005.
Au vu de ce qui précède, le Tribunal administratif a retenu arbitrairement que l'excédent 2004, résultant notamment de la taxe 2004 facturée à la recourante, a été alloué au fonds de réserve égouts-épuration et a renoncé à établir ce qu'il était advenu de l'excédent 2005, résultant en partie de la taxe 2005 de la recourante. Or, déterminer si les excédents ont bel et bien été utilisés pour alimenter la réserve égouts-épuration est indispensable afin de pouvoir examiner si le principe de la couverture des coûts a été respecté.
6.4 Il convient donc de renvoyer le dossier au Tribunal administratif afin qu'il détermine, dans le cadre d'une instruction complémentaire, si l'excédent de l'exercice 2004 a effectivement été alloué au fonds de réserve égouts-épuration et ce qu'il est advenu de l'excédent 2005, la commune de Y._ devant établir clairement l'affectation des surplus. Ledit Tribunal devra exiger, le cas échéant, un ajustement des comptes communaux. Cela s'impose d'autant plus que l'intimée prétend financer en une douzaine d'années des installations dont la durée de vie est de 50 à 70 ans.
7. La recourante ne fait qu'évoquer le principe de l'équivalence individuelle (cf. consid. 3.2), sans expliquer, à suffisance de droit (cf. consid. 1.2) , en quoi celui-ci serait violé. Le grief est donc irrecevable. De toute façon, elle réclame, sans le motiver, d'être imposée à un autre taux que celui prévu par l'art. 6 de l'annexe au règlement, et elle reconnaît devoir une taxe de 16'697 fr. 60 pour 2004 et de 18'651 fr. 70 pour 2005, ce qui paraît dérisoire compte tenu du fait qu'elle produit, semble-t-il, la moitié des eaux usées de la commune de Y._.
8. Au vu de ce qui précède, le présent recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt rendu le 26 novembre 2007 par le Tribunal administratif est annulé. L'affaire est renvoyée pour une nouvelle décision au Tribunal administratif (art. 107 al. 2 LTF), qui réglera également à nouveau le sort des frais de la procédure cantonale.
La Municipalité de Y._, dont l'intérêt patrimonial est en cause, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Obtenant gain de cause, la recourante a droit à des dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt rendu le 26 novembre 2007 par le Tribunal administratif est annulé. L'affaire est renvoyée pour nouvelle décision au Tribunal administratif.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la Municipalité de Y._.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au mandataire de la Municipalité de Y._ ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Vaud.
Lausanne, le 29 juillet 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
T. Merkli E. Kurtoglu-Jolidon