Faits:
A. A._, né en 1958, et dame A._, née en 1960, se sont mariés le 16 février 1981, sans conclure de contrat de mariage. Trois enfants, aujourd'hui majeurs, sont issus de leur union.
Les parties se sont séparées en juillet 2002. A cette occasion, elles ont convenu, le 5 juillet 2002, d'adopter le régime de la séparation de biens. Elles ont toutefois exclu du contrat liquidant le régime de la participation aux acquêts les avoirs de prévoyance individuelle liée (pilier 3a) de l'époux, en reportant à plus tard la liquidation de ce patrimoine.
Le 27 janvier 2006, l'époux a ouvert action en divorce.
B. Statuant le 12 décembre 2007, le juge du district de Monthey a prononcé le divorce et, entre autres points, refusé de procéder au partage en faveur de l'épouse de la prévoyance individuelle liée (3ème pilier A) accumulée par le mari pendant le mariage.
Sur appel de l'épouse, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal valaisan a, le 29 juillet 2009, réformé ce jugement. Statuant sur le partage de la prévoyance individuelle liée, elle a ordonné le transfert sur le compte de prévoyance professionnelle de l'épouse, par le débit des comptes d'épargne ouverts par le mari à la Banque cantonale du Valais (ci-après : BCV), d'une part, et de l'assurance-vie conclue auprès de l'Allianz Suisse d'autre part, des montants respectifs de 107'891 fr. 60 et de 21'636 fr. 90.
C. Le 14 septembre 2009, le mari a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il a conclu principalement à l'annulation du jugement entrepris en tant qu'il ordonne le transfert en faveur de l'épouse des montants précités au titre du partage de la prévoyance liée et au renvoi de la cause pour instruction complémentaire et nouvelle décision. Subsidiairement, il a demandé à pouvoir décider librement de la manière dont il honorera sa créance de 129'528 fr. 50 (107'891 fr. + 21'636 fr. 90), contestant l'ordre donné à la banque et à l'assureur de transférer les montants dus.
L'intimée a conclu au rejet du recours et la cour cantonale s'est référée aux considérants de son jugement.

Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton du Valais (<ref-law>), dans une affaire civile de nature pécuniaire (<ref-law>) dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (<ref-law>), de sorte que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. Le recourant ne conteste pas le principe d'un partage de la prévoyance individuelle liée acquise pendant la période durant laquelle les parties étaient soumises au régime ordinaire de la participation aux acquêts. En revanche, il prétend que ce partage doit s'opérer selon les règles de la liquidation du régime matrimonial (<ref-law>) et non selon les dispositions applicables au partage de la prévoyance professionnelle (<ref-law>). Il en déduit que la valeur des avoirs de prévoyance doit être estimée au moment où les parties ont passé au régime de la séparation de biens, soit au 5 juillet 2002.
2. Le recourant ne conteste pas le principe d'un partage de la prévoyance individuelle liée acquise pendant la période durant laquelle les parties étaient soumises au régime ordinaire de la participation aux acquêts. En revanche, il prétend que ce partage doit s'opérer selon les règles de la liquidation du régime matrimonial (<ref-law>) et non selon les dispositions applicables au partage de la prévoyance professionnelle (<ref-law>). Il en déduit que la valeur des avoirs de prévoyance doit être estimée au moment où les parties ont passé au régime de la séparation de biens, soit au 5 juillet 2002.
2.1 2.1.1 La prévoyance individuelle liée - qu'il s'agisse d'un contrat d'assurance spécial de capital et de rente sur la vie ou en cas d'invalidité ou de décès, ou encore d'un contrat spécial d'épargne auprès d'une fondation bancaire (art. 1 al. 2 et 3 OPP 3) - doit être partagée selon les règles du régime matrimonial auquel sont soumis les époux (<ref-ruling> consid. 3.2 et les réf. citées).
Dans le régime ordinaire de la participation aux acquêts, la prévoyance liée constitue un élément du patrimoine de l'époux et, à ce titre, elle doit être attribuée à l'une ou à l'autre des masses (cf. <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3a; DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, Les effets du mariage, 2ème éd., 2009, n° 1025). Les acquêts et les biens propres de chaque époux sont disjoints dans leur composition au jour de la dissolution du régime (<ref-law>), à savoir, en cas de changement de régime matrimonial, au jour du contrat adoptant l'autre régime (cf. <ref-law>). Lorsque l'époux contractant n'a pas encore reçu de prestations à la dissolution du régime, la prévoyance liée, qu'il s'agisse d'un capital d'épargne bancaire ou de l'épargne sous forme d'assurance, doit être comptabilisée dans les biens propres et/ou les acquêts selon les règles sur le remploi (<ref-law>; DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, op. cit., nos 1025c et 1025f; URSULA WIEDMER, Scheidung und private Vorsorge in : FamPra.ch 2008 p. 142 ss, 144; HAUSHEER/REUSSER/GEISER, Commentaire bernois, n. 17 ad <ref-law>).
2.1.2 Dans la phase suivante de liquidation, il faut estimer le compte d'acquêts de chaque époux afin de déterminer s'il se solde par un bénéfice ou un déficit. Si la date de la dissolution du régime est déterminante pour l'attribution des avoirs de prévoyance à l'une ou l'autre masse (consid. 2.1.1), l'estimation des actifs du compte d'acquêts aura lieu, en règle générale, à l'époque de la liquidation (<ref-law>). En cas de procédure judiciaire, il s'agit du jour où le jugement est rendu (ATF <ref-ruling> consid. 3a).
Il convient de distinguer clairement le moment déterminant pour la composition des masses et le moment déterminant pour l'estimation de la valeur de ces masses. En effet, il faudra tenir compte de l'augmentation ou de la diminution de la valeur des biens qui composent le compte d'acquêts entre la dissolution et la liquidation. En revanche, sont exclues les modifications dans la composition du compte d'acquêts. Après la dissolution, il ne peut plus y avoir de formation de nouveaux acquêts ou accroissement de ceux-ci, ni de modification du passif du compte d'acquêts (<ref-ruling> consid. 5.2).
Appliqués aux avoirs de prévoyance liée, ces principes signifient que les revenus d'avoirs qui sont postérieurs à la dissolution du régime matrimonial ne modifient pas la valeur des actifs ou des passifs du compte d'acquêts (REGINA AEBI-MÜLLER, Säulen 3a und 3b in der Scheidung in : Jusletter du 22 février 2010, Rz 38; HAUSHEER/REUSSER/GEISER, op. cit., n. 17 ad art. 207; cf. arrêt 5C.229/2002 du 7 février 2003 consid. 3.1.3 in : FamPra.ch 2003 p. 653). En d'autres termes, les intérêts d'un compte bancaire ou d'une assurance-vie postérieurs à la dissolution n'augmentent pas la valeur d'estimation de ces biens; ils ne peuvent être pris en considération en raison de l'interdiction de modifier la composition des acquêts (HAUSHEER/REUSSER/GEISER, op. cit., n. 17 ad <ref-law>; REGINA AEBI-MÜLLER, op. cit., Rz 43). En outre, si des primes sont versées pour l'assurance-vie - au moyen d'acquêts - entre la dissolution et la liquidation, la valeur de rachat va augmenter. Il ne sera donc pas tenu compte de ces primes et de la nouvelle valeur de rachat dans l'estimation des masses déterminantes (REGINA AEBI-MÜLLER, op. cit., Rz 41; URSULA WIEDMER, op. cit., p. 145). En revanche, les fluctuations de valeur des avoirs de prévoyance liée intervenues entre la dissolution et la liquidation doivent être prises en considération pour l'estimation du compte d'acquêts (cf. <ref-ruling> consid. 5.2).
Appliqués aux avoirs de prévoyance liée, ces principes signifient que les revenus d'avoirs qui sont postérieurs à la dissolution du régime matrimonial ne modifient pas la valeur des actifs ou des passifs du compte d'acquêts (REGINA AEBI-MÜLLER, Säulen 3a und 3b in der Scheidung in : Jusletter du 22 février 2010, Rz 38; HAUSHEER/REUSSER/GEISER, op. cit., n. 17 ad art. 207; cf. arrêt 5C.229/2002 du 7 février 2003 consid. 3.1.3 in : FamPra.ch 2003 p. 653). En d'autres termes, les intérêts d'un compte bancaire ou d'une assurance-vie postérieurs à la dissolution n'augmentent pas la valeur d'estimation de ces biens; ils ne peuvent être pris en considération en raison de l'interdiction de modifier la composition des acquêts (HAUSHEER/REUSSER/GEISER, op. cit., n. 17 ad <ref-law>; REGINA AEBI-MÜLLER, op. cit., Rz 43). En outre, si des primes sont versées pour l'assurance-vie - au moyen d'acquêts - entre la dissolution et la liquidation, la valeur de rachat va augmenter. Il ne sera donc pas tenu compte de ces primes et de la nouvelle valeur de rachat dans l'estimation des masses déterminantes (REGINA AEBI-MÜLLER, op. cit., Rz 41; URSULA WIEDMER, op. cit., p. 145). En revanche, les fluctuations de valeur des avoirs de prévoyance liée intervenues entre la dissolution et la liquidation doivent être prises en considération pour l'estimation du compte d'acquêts (cf. <ref-ruling> consid. 5.2).
2.2 2.2.1 En l'espèce, l'époux a constitué pendant le mariage une prévoyance liée. Au moment de la dissolution du régime de la participation aux acquêts, soit le 5 juillet 2002, ses avoirs de prévoyance liée comportaient deux comptes bancaires ainsi qu'une assurance-vie. Selon les constatations du jugement attaqué, cette prévoyance a été constituée par des prélèvements sur le salaire du mari. Il en résulte qu'elle fait partie de ses acquêts (<ref-law>).
2.2.2 Il convient ainsi de déterminer le bénéfice du compte d'acquêts, dont la moitié doit revenir à l'épouse (<ref-law>).
L'estimation de la valeur des avoirs de prévoyance liée doit être opérée au jour de la liquidation, soit au 29 juillet 2009, date du prononcé du jugement cantonal. S'agissant de l'assurance-vie, il ne faut toutefois pas tenir compte des modifications de la valeur de rachat dues au paiement de nouvelles primes entre la dissolution et la liquidation. La cour cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral en incluant dans le bénéfice du compte d'acquêts du mari le montant de la valeur de rachat à la date de la dissolution, soit 43'273 fr. 80. En ce qui concerne les deux comptes bancaires, les juges précédents ont estimé les montants à partager au 31 décembre 2008. Or, il aurait convenu de tenir compte des montants déposés au 5 juillet 2002, auxquels il fallait ajouter ou déduire les éventuelles fluctuations de valeur jusqu'à la liquidation, l'un des comptes étant constitué de titres (BCV Epargne ...); en revanche, les intérêts courus entre la dissolution et la liquidation devaient être exclus; enfin, il fallait encore examiner dans quelle mesure la charge fiscale latente devait être prise en considération dans l'estimation de ces avoirs (arrêt 5A_673/2007 du 24 avril 2008 consid. 3.6.3). L'état de fait ne permettant pas de discerner si la cour cantonale a correctement appliqué ces principes, il y a lieu d'annuler le jugement attaqué et de lui renvoyer la cause pour complètement des faits sur ce point et nouvelle décision.
3. Le recourant reproche encore aux juges cantonaux d'avoir ordonné à l'Allianz et à la BCV, en application de l'art. 4 al. 3 1ère phrase de l'ordonnance du 13 novembre 1985 sur les déductions admises fiscalement pour les cotisations versées à des formes reconnues de prévoyance (ci-après : OPP 3; RS 831.461.3), de transférer sur le compte de prévoyance professionnelle de l'épouse les montant dus au titre du partage du pilier 3a. Le recourant est d'avis qu'il doit pouvoir décider librement de la manière dont il réglera cette dette. Il explique que le mode de paiement prévu par l'arrêt cantonal l'expose à de nombreux inconvénients (difficulté de reconstituer la couverture d'assurance, conclusion d'un nouveau contrat d'assurance et constitution de nouveaux comptes d'épargne à des conditions moins favorables).
3.1 S'il résulte de la liquidation qu'un époux a une créance de participation au bénéfice de son conjoint, la totalité ou une partie des droits aux prestations de vieillesse peut être cédée par le preneur de prévoyance à son conjoint ou être attribuée à ce dernier par le juge (art. 4 al. 3 OPP 3 1ère phrase). Sous réserve de l'art. 3 OPP 3 qui vise des hypothèses non réalisées en l'espèce, l'institution du preneur de prévoyance doit verser le montant à transférer à l'institution au sens de l'art. 1 al. 1 OPP 3, indiquée par le conjoint ou à une autre institution de prévoyance (art. 4 al. 3 OPP 3 2ème phrase).
Selon la jurisprudence constante, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5.1 et les arrêts cités). Lorsqu'il est appelé à interpréter une loi, le Tribunal fédéral adopte une position pragmatique en suivant une pluralité de méthodes, sans soumettre les différents éléments d'interprétation à un ordre de priorité (<ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 2.4.4 et les arrêts cités). Au besoin, une norme dont le texte est à première vue clair peut être peut être étendue par analogie à une situation qu'elle ne vise pas (extension téléologique) ou, au contraire, si sa teneur paraît trop large au regard de sa finalité, elle ne sera pas appliquée à une situation par interprétation téléologique restrictive (réduction téléologique).
Selon la jurisprudence constante, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5.1 et les arrêts cités). Lorsqu'il est appelé à interpréter une loi, le Tribunal fédéral adopte une position pragmatique en suivant une pluralité de méthodes, sans soumettre les différents éléments d'interprétation à un ordre de priorité (<ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 2.4.4 et les arrêts cités). Au besoin, une norme dont le texte est à première vue clair peut être peut être étendue par analogie à une situation qu'elle ne vise pas (extension téléologique) ou, au contraire, si sa teneur paraît trop large au regard de sa finalité, elle ne sera pas appliquée à une situation par interprétation téléologique restrictive (réduction téléologique).
3.2 3.2.1 Pris à la lettre, le libellé de l'art. 4 al. 3 OPP 3 confère au juge le pouvoir de décider de la modalité d'exécution de la créance de participation, en optant pour l'attribution des droits du preneur de prévoyance contre les institutions. C'est le sens que lui a donné l'autorité cantonale. Selon l'interprétation défendue par le recourant, également compatible avec la lettre de la disposition, l'art. 4 al. 3 OPP 3 ne fait qu'introduire une modalité de paiement supplémentaire mais ne permet pas au juge de l'imposer à un débiteur qui souhaite exécuter sa créance par un autre mode de paiement. Afin de départager ces deux opinions, il convient d'examiner la disposition litigieuse à la lumière des autres méthodes d'interprétation.
3.2.2 Il ressort de la systématique de la loi que l'art. 4 OPP 3, intitulé « cession, mise en gage et compensation » doit être mis en relation avec l'art. 39 de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité du 25 juin 1982 (ci-après : LPP; RS 831.40). L'al. 1 de l'art. 4 OPP 3 renvoie en effet expressément à l'<ref-law> qui pose le principe de l'interdiction de cession, de mise en gage et de compensation des droits aux prestations. Les deux alinéas suivants contiennent chacun une exception à ce principe de l'interdiction. L'al. 2 admet une première exception en cas d'acquisition d'un logement au moyen de la prévoyance professionnelle. Quant à l'al. 3, entré en vigueur le 1er janvier 1997, il permet une seconde exception en cas de dissolution du régime matrimonial pour une cause autre que le décès.
3.2.3 Au moment de la révision du droit du divorce, le Conseil fédéral avait signalé l'absence de possibilité de céder entre conjoints les droits aux prestations de vieillesse du pilier 3a. En cas de partage de la prévoyance liée à la suite de la dissolution du régime matrimonial, cette situation était peu satisfaisante puisqu'elle impliquait que le conjoint débiteur qui ne disposait pas d'autres éléments de fortune sollicite des délais de paiement (<ref-law>) ou demande un prêt pour s'acquitter de sa dette. Le Conseil fédéral avait manifesté son intention de résoudre le problème par le biais d'une modification de l'OPP 3 qui introduirait une nouvelle modalité de paiement (FF 1996 I 105 ch. 233.43). L'al. 3 de l'art. 4 OPP 3 a ainsi été ajouté afin d'assouplir l'interdiction de céder les droits aux prestations de vieillesse de type pilier 3a (OFAS, Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 37 du 11 décembre 1996 p. 6 ch. 2). Le but de cette modification était ainsi d'élargir l'éventail des moyens financiers de l'époux débiteur (MARTA TRIGO TRINDADE, Prévoyance professionnelle, divorce et succession in : SJ 2000 II p. 467 ss, note 44 p. 475; THOMAS GEISER, Die Säule 3a kann im Scheidungsverfahren aufgeteilt werden in : RSJB 1997 p. 141 ss, 144 in initio, 146), mais non de créer de nouvelles prérogatives afférentes au droit du mariage (OFAS, op. cit., p. 6) qui sont réglées, en cas de dissolution du régime matrimonial, aux <ref-law>. Il ne ressort en effet pas des travaux préparatoires que le législateur ait voulu déroger au principe qui veut que le droit de chaque époux à une part du bénéfice de son conjoint consiste en une créance pécuniaire dont le règlement doit intervenir en espèces (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2b; arrêt 5C.271/2005 du 23 mars 2006 consid. 8.2; DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, op. cit., n° 1367-1367a; HAUSHEER/REUSSER/ GEISER, op. cit., n. 22 ad <ref-law>; DANIEL STECK in : FamKomm Scheidung, vol. I, 2ème éd., 2011, n. 2 ad <ref-law>).
3.2.4 En résumé, il s'avère que l'art. 4 al. 3 de l'OPP 3 ne fait qu'introduire une modalité supplémentaire d'exécution de la créance de participation au bénéfice lorsque celui-ci est constitué par de l'épargne ou une assurance liées. Comme le principe demeure le versement d'espèces, le juge ne peut imposer le transfert des droits à un débiteur qui souhaite s'acquitter de son obligation au moyen de liquidités dont il dispose en suffisance.
3.3 Dans le cas particulier, selon l'état de fait de l'arrêt attaqué, le recourant dispose de ressources mensuelles de 16'255 fr. et d'une fortune immobilière estimée en 2002 à 960'000 fr. (parcelle n° 4890 de la commune de B._ : 500'000 fr.; parcelles nos 602 et 2762 de la commune de C._ : 400'000 fr.; quote-part d'un tiers des immeubles nos 2047 et 2052 de la commune de B._ : 60'000 fr.). Il ressort du dossier qu'en cours de procédure, il avait offert le paiement d'un montant en espèces pour liquider la créance de participation au bénéfice constitué par sa prévoyance liée. S'agissant d'une créance pécuniaire, les juges cantonaux ne pouvaient dès lors lui imposer le transfert de ses droits contre les institutions de prévoyance. Le recours doit par conséquent être admis et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
L'admission du recours sur ce point rend superflu l'examen du grief pris de l'application arbitraire de la maxime de disposition.
4. Vu le sort du litige, les frais seront mis à la charge de l'intimée, qui succombe (<ref-law>). Elle versera une indemnité de dépens au recourant (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de dépens de 3'500 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile II du Tribunal cantonal valaisan.
Lausanne, le 25 août 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Rey-Mermet