Faits:
A. Le 22 juin 2006, le Grand Conseil de la République et canton de Genève a partiellement validé l'initiative populaire intitulée "Fumée passive et santé" (IN 129). Celle-ci portait sur l'introduction, dans la Constitution genevoise (Cst./GE), d'un nouvel article 178B intitulé "Protection de l'hygiène publique et de la santé; Fumée passive". Tel qu'il a été validé, le texte de cette disposition était ainsi libellé:
Art. 178B
1 Vu l'intérêt public que constitue le respect de l'hygiène publique et la protection de la santé, le Conseil d'Etat est chargé de prendre des mesures contre les atteintes à l'hygiène et à la santé de la population résultant de l'exposition à la fumée du tabac, dont il est démontré scientifiquement qu'elle entraîne la maladie, l'invalidité et la mort.
2 Afin de protéger l'ensemble de la population, il est interdit de fumer dans les lieux publics intérieurs ou fermés, tout particulièrement dans ceux qui sont soumis à une autorisation d'exploitation.
3 Sont concernés:
a) tous les bâtiments ou locaux publics dépendant de l'Etat et des communes ainsi que toutes autres institutions de caractère public;
b) tous les bâtiments ou locaux ouverts au public, notamment ceux affectés à des activités médicales, hospitalières, para-hospitalières, culturelles, récréatives, sportives ainsi qu'à des activités de formation, de loisirs, de rencontres, d'exposition;
c) tous les établissements publics au sens de la législation sur la restauration, le débit de boissons et l'hébergement;
d) les transports publics et les autres transports professionnels de personnes;
e) les autres lieux ouverts au public tels que définis par la loi.
Par arrêt du 28 mars 2007 (cause 1P.541/2006, <ref-ruling>), le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé contre cette décision de validation. Laissant ouverte la question de savoir si le fait de fumer relevait de la liberté personnelle, il a notamment considéré que l'initiative poursuivait un but incontestable d'intérêt public; l'interdiction générale de fumer dans les lieux publics fermés devrait être assortie d'exceptions, en particulier pour les détenus et les pensionnaires d'établissements médicaux, ainsi que pour les lieux publics à usage privatif. Le Grand Conseil avait déjà envisagé de tels assouplissements dans la perspective de la législation d'application.
L'IN 129 a été acceptée en votation populaire le 24 février 2008, par près de 80% des votants.
B. Le 3 mars 2008, le Conseil d'Etat genevois a adopté un règlement d'exécution relatif à l'interdiction de fumer dans les lieux publics. Celui-ci a toutefois été annulé par arrêt du Tribunal fédéral du 5 décembre 2008, pour défaut de base légale (<ref-ruling>).
C. Le 22 janvier 2009, le Grand Conseil genevois a adopté la loi sur l'interdiction de fumer dans les lieux publics (ci-après: LIF, RS/GE: K 1 18). Celle-ci reprend le principe de l'interdiction de fumer dans les lieux publics ou accessibles au public, intérieurs ou fermés (art. 2). Son champ d'application est défini de la manière suivante:
Art. 3 Champ d'application
L'interdiction concerne notamment:
a) les bâtiments et locaux publics dépendant de l'Etat et des communes ainsi que toutes autres institutions de caractère public;
b) les hôpitaux et les autres institutions de santé, au sens de la loi sur la santé, du 7 avril 2006;
c) les établissements de formation, les écoles et les garderies;
d) les bâtiments ou locaux dédiés à la culture, au sport, aux loisirs, aux rencontres et aux expositions;
e) les maisons de jeux;
f) les commerces, les centres commerciaux et les galeries marchandes;
g) les établissements d'exécution des peines et des mesures;
h) les véhicules de transports publics et les autres transports professionnels de personnes;
i) les établissements au sens de la loi sur la restauration, le débit de boissons et l'hébergement, du 17 décembre 1987.
La loi prévoit également les exceptions suivantes à son article 4:
Art. 4 Exceptions
Lieux privatifs
1 Des exceptions à l'interdiction de fumer peuvent être prévues pour les lieux à caractère privatif suivants, pour autant qu'ils soient isolés, ventilés de manière adéquate et désignés comme tels:
a) les fumoirs clos et correctement ventilés installés dans les établissements et lieux publics sont autorisés pour autant que ceux-ci soient isolés et qu'aucun service n'y soit effectué;
b) les cellules de détention et d'internement;
c) les chambres d'hôtels et d'autres lieux d'hébergement;
d) les chambres d'hôpitaux, de cliniques et d'autres lieux de soins, dans lesquels les patients séjournent de manière prolongée et dont ils ne peuvent aisément sortir compte tenu de leur état de santé.
2 L'exploitant ou le responsable de ces lieux soumet pour approbation au département en charge de la santé (ci-après: département) les modalités d'application des exceptions qu'il entend prévoir.
Cercles
3 Les cercles ne sont pas soumis à l'interdiction de fumer, pour autant qu'ils remplissent les conditions du droit fédéral.
Commerces spécialisés dans la vente de tabac
4 L'exploitant d'un lieu de vente spécialisé dans le domaine du tabac est autorisé à aménager un local de dégustation réservé aux clients consommateurs de tabac, à la condition qu'il soit isolé, ventilé de manière adéquate et désigné comme tel.
Aéroport international de Genève
5 L'Aéroport international de Genève est autorisé à exploiter un fumoir isolé dans la zone de transit, à la condition que le local soit ventilé de manière adéquate et désigné comme tel.
La LIF définit encore le rôle des exploitants (art. 6), les procédures de contrôle (art. 7) et les sanctions (art. 8). Une demande de référendum ayant abouti, la loi a été soumise au vote populaire. Elle a été acceptée, le 29 septembre 2009, par près de 81,7% des votants. Elle est entrée en vigueur le 31 octobre 2009, le lendemain de sa promulgation dans la Feuille d'avis officielle.
Le 7 octobre 2009, le Conseil d'Etat genevois a adopté le règlement d'application relatif à la LIF (ci-après: le RIF, RS/GE: K 1 18.01). Il comporte notamment les dispositions suivantes, s'agissant des exceptions à l'interdiction.
Art. 2 Approbation des modalités d'application des exceptions à l'interdiction de fumer
1 L'exploitant ou le responsable des lieux décrits à l'article 4, alinéa 1, de la loi soumet au préalable et par écrit à la direction générale la demande d'approbation des modalités d'aménagement du lieu à caractère privatif fumeur prévue par l'article 4, alinéa 2, de la loi.
2 Cette demande doit être accompagnée des plans d'aménagement, du descriptif du système de ventilation et de toutes les pièces permettant le contrôle du respect des prescriptions de la loi et du présent règlement.
3 La direction générale statue sur l'approbation de ces modalités d'aménagement.
4...
Art. 3 Conception des locaux fumeurs
1 Les locaux fumeurs au sein de lieux publics au sens des articles 4, alinéas 1, lettre a, 4 et 5 de la loi doivent:
a) être dotés de portes à fermeture automatique, être séparés hermétiquement des pièces contiguës et ne pas constituer un lieu de passage;
b) disposer d'un système de ventilation mécanique séparé de celui du reste du bâtiment; ce dernier doit permettre un renouvellement d'air minimal conformément à la norme SIA 382/1 et être entretenu régulièrement et conformément à l'état de la technique;
c) être maintenus en dépression continue d'au moins 5 pascals par rapport aux pièces communicantes, pendant les heures d'ouverture de l'établissement.
2 Dès la mise en service, leur exploitant doit être en mesure de produire sur toute réquisition de l'autorité compétente une attestation émanant d'un spécialiste en dispositifs de ventilation, certifiant que l'installation est conforme aux dispositions du présent article.
3 Les locaux fumeurs doivent être signalés, de manière visible, notamment à leur entrée.
D. Par acte du 13 novembre 2009, Alain Wenger et Verena Graf forment un recours en matière de droit public dirigé contre les art. 4 LIF et 3 RIF, dont ils demandent l'annulation. Dans leur recours, ainsi que dans une demande formée le 14 novembre 2009, ils requièrent l'effet suspensif à l'égard de l'art. 4 al. 1, 3 et 5 LIF.
Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. Le Conseil d'Etat conclut à l'irrecevabilité du recours en tant qu'il est dirigé contre l'art. 3 RIF, et se réfère pour le surplus aux observations du Grand Conseil.
La demande d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 4 janvier 2010.
Un deuxième échange d'écritures a eu lieu, au terme duquel les parties ont persisté dans leurs conclusions respectives.
E. La loi fédérale sur la protection contre le tabagisme passif, adoptée le 3 octobre 2008, est entrée en vigueur le 1er mai 2010 (RO 2009 6285). Elle s'applique notamment aux établissements d'hôtellerie et de restauration (art. 1 al. 2 let. h). Elle permet la création de locaux fumeurs spécialement aménagés, isolés des autres espaces, désignés comme tels et dotés d'une ventilation adéquate. Les employés ne peuvent pas y travailler, sauf autorisation exceptionnelle et avec l'accord de ceux-ci (art. 2 al. 2). Des établissements fumeurs peuvent aussi être autorisés (art. 3). Les cantons peuvent édicter des dispositions plus strictes pour la protection de la santé (art. 4).

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, le Tribunal fédéral connaît des recours dirigés directement contre les actes normatifs cantonaux.
1.1 Ni la loi, ni le règlement attaqués ne peuvent, en droit genevois, faire l'objet d'un recours cantonal, de sorte que recours est directement ouvert (<ref-law>).
1.2 Selon l'<ref-law>, le recours contre un acte normatif doit être interjeté dans un délai de 30 jours à compter de sa publication selon le droit cantonal. Lorsque la loi est soumise, comme en l'espèce, au référendum facultatif, ce délai commence à courir non pas avec sa publication en vue de l'exercice du droit de référendum, mais avec la publication de la décision de promulgation (<ref-ruling> consid. 1 p. 288 et les arrêts cités). En l'occurrence, les recourants ont agi en temps utile tant à l'encontre du règlement que de la loi, publiés respectivement le 14 et le 20 octobre 2009 dans la Feuille d'avis officielle.
1.3 L'<ref-law> confère la qualité pour former un recours en matière de droit public à quiconque est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Lorsque l'acte attaqué est un acte normatif, l'intérêt personnel requis peut être simplement virtuel; il suffit qu'il existe un minimum de vraisemblance que le recourant puisse se voir un jour appliquer les dispositions contestées. Un intérêt de fait est suffisant (<ref-ruling> consid. 2.1 non publié; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 290).
Les recourants sont domiciliés dans le canton de Genève, et sont ainsi susceptibles d'être touchés par les effets de la réglementation attaquée. Cela suffit pour admettre leur qualité pour agir (arrêt 1C_155/ 2008 du 5 septembre 2008, consid. 1.3 non publié in <ref-ruling>).
1.4 Selon l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celles de dispositions du droit cantonal que si ce grief est invoqué et motivé par les recourants. En l'occurrence, si l'on trouve une motivation suffisante à l'encontre de l'art. 4 LIF, les recourants ne soulèvent aucun grief particulier contre les dispositions du règlement. Le recours est dès lors irrecevable dans la mesure où il tend à l'annulation de l'art. 3 RIF.
2. Les recourants s'en prennent à l'art. 4 LIF, en tant qu'il prévoit de nombreuses exceptions à l'interdiction de fumer dans les lieux publics, en particulier dans les chambres d'hôtel, les chambres individuelles des établissements hospitaliers et les cellules de détention, ainsi qu'à l'Aéroport. Les recourants invoquent l'interdiction de l'arbitraire, ainsi que le respect de la volonté populaire.
2.1 Sur ce dernier point, le recours n'est pas recevable. En effet, le recours prévu à l'art. 82 let. c LTF permet à l'électeur de se plaindre d'une violation des dispositions cantonales légales et constitutionnelles qui définissent le contenu et l'étendue des droits politiques des citoyens (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 394 et les références). La violation du droit de vote doit toutefois résulter directement de l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 228; <ref-ruling> consid. 6b p. 46 et les références; STEINMANN, Basler Kommentar BGG, n° 87 ad art. 82). Lorsqu'il est prétendu qu'une loi viole la constitution cantonale, il est toujours possible de reprocher au législateur d'avoir violé la volonté du constituant ou celle des auteurs du projet d'article constitutionnel. Cela ne saurait toutefois suffire pour permettre aux recourants d'agir par la voie de l'art. 82 let. c LTF, sans quoi la voie du recours pour violation du droit de vote serait ouverte chaque fois qu'un acte normatif en viole un autre, soumis à un régime différent du point de vue des droits politiques (<ref-ruling> consid. 2.2-2.3 et les arrêts cités). Dans la mesure où la norme attaquée n'a matériellement aucun rapport direct avec les votations ou élections cantonales (cf. <ref-ruling> consid. 1.1130 I 226 consid. 1.2 p. 228; <ref-ruling> consid. 6b p. 46 et les références), le recours fondé - implicitement - sur l'art. 82 let. c LTF est irrecevable. Les moyens soulevés relèvent exclusivement de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 390).
2.2 Selon l'<ref-law>, le recours peut être formé pour violation du droit fédéral - y compris le droit constitutionnel (let. a).
A juste titre, les recourants ne se prévalent pas de la loi fédérale du 3 octobre 2008 sur la protection contre le tabagisme passif (RO 2009 6285), entrée en vigueur le 1er mai 2010. Les dispositions qu'elle contient prévoient en effet expressément la création de locaux fumeurs "isolés des autres espaces, désignés comme tels et dotés d'une ventilation adéquate" (art. 2), ainsi que des autorisations d'établissements fumeurs aux restaurants remplissant certaines conditions (art. 3). L'art. 178B Cst./GE fait ainsi partie des dispositions plus strictes que les cantons peuvent adopter, conformément à l'art. 4 de la loi fédérale.
2.3 S'agissant du droit cantonal, le recours peut être formé pour violation "de droits constitutionnels cantonaux" (art. 95 let. c LTF), de dispositions sur le droit de vote et sur les élections et votations (let. d.) ainsi que du droit intercantonal (let. e). Le législateur a entendu maintenir le principe selon lequel, afin de préserver l'autonomie cantonale, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de contrôler l'interprétation ou l'application de l'ensemble du droit constitutionnel cantonal, mais seulement des droits fondamentaux (Message LTF, FF 2001 4133). La notion de droits constitutionnels cantonaux, au sens de l'art. 95 let. c LTF (ou de l'<ref-law>, concernant le recours constitutionnel subsidiaire) ne s'étend donc pas à n'importe quelle disposition constitutionnelle cantonale, mais seulement à celles qui garantissent des droits individuels aux citoyens et sont, à ce titre, directement applicables (<ref-ruling>; HÄFELIN/HALLER/KELLER, Schweizeriches Bundesstaatsrecht, Zurich 2008, p. 592; SCHOTT, Kommentar BGG, n° 56 ad art. 95). Tel était le cas sous l'empire de la loi fédérale d'organisation judiciaire (art. 84 al. 1 let. a OJ; <ref-ruling> consid. 3a p. 269 et les références citées; <ref-ruling> consid. 2b p. 286), et le législateur n'a pas voulu changer la pratique suivie jusque-là.
2.4 Les recourants ne prétendent pas, à juste titre, que l'art. 178B Cst./GE consacrerait un droit fondamental. Cette disposition constitue en effet une norme générale de protection de la santé qui tend à préserver le public dans son ensemble des effets de la fumée passive (<ref-ruling> consid. 4.5 p. 117). Comme l'a déjà relevé le Tribunal fédéral, il ne s'agit pas d'une norme d'application immédiate. Celle-ci doit être concrétisée par une loi au sens formel, telle la loi attaquée, prévoyant notamment les mesures de contrôle, les sanctions et les dérogations (même arrêt consid. 6.2 p. 122). On ne saurait par conséquent y voir un droit dont les particuliers pourraient directement se prévaloir, le cas échéant devant un juge, mais une norme de type programmatique dans la concrétisation de laquelle, on le verra, le législateur dispose d'une certaine liberté. Au demeurant, même la loi attaquée, qui vient concrétiser la disposition constitutionnelle, s'analyse davantage comme une norme d'interdiction (assortie de contrôle et de sanctions) que comme un droit que l'individu pourrait faire valoir à l'encontre de l'Etat.
Il en résulte que les recourants ne sont pas recevables à invoquer directement une violation de l'art. 178B Cst./GE.
2.5 En dehors des griefs mentionnés à l'art. 95 let. c et d LTF, la violation du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours (<ref-ruling> consid. 1.2). Les recourants peuvent donc uniquement se plaindre de ce que la violation du droit cantonal par l'autorité précédente consacrerait simultanément une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.2.1). C'est ce que font les recourants en se plaignant d'arbitraire.
3. Les recourants soutiennent que les exceptions prévues à l'art. 4 LIF iraient à l'encontre de l'art. 178B Cst./GE, dont le but est l'interdiction complète de la fumée dans les lieux publics. Ces exceptions, qui concernent l'ensemble des chambres d'hôtels, des chambres d'établissements hospitaliers et des cellules de détention, ainsi que les cercles, auraient un caractère généralisé et reposeraient sur des motifs de pure convenance. Or, dans son arrêt concernant l'IN 129 (<ref-ruling>), le Tribunal fédéral avait relevé que des exceptions devaient être aménagées afin de respecter le principe de la proportionnalité, mais uniquement pour les lieux qui ont caractère purement privatif ou dont on ne peut pas aisément sortir pour fumer. L'objectif de santé public poursuivi par la disposition constitutionnelle serait ainsi compromis, puisque seule une interdiction totale de la fumée offrirait une protection suffisante contre la fumée passive, et que le changement de comportement imposé aux fumeurs ne serait pas disproportionné. Les recourants se réfèrent à l'avis de droit déposé au Grand Conseil à l'occasion de la décision de validation de l'IN 129, selon lequel seul un contre-projet à l'initiative permettait d'autoriser des salles fumeurs dans les espaces publics. Or, le Grand Conseil avait renoncé à présenter un tel contre-projet, de sorte que les exceptions admissibles à l'interdiction de fumer devraient être autorisées de cas en cas, et limitées à des locaux hermétiquement fermés et suffisamment ventilés.
3.1 Un arrêté de portée générale viole le principe de l'interdiction de l'arbitraire s'il ne repose pas sur des motifs objectifs sérieux ou s'il est dépourvu de sens et de but (<ref-ruling> consid. 3b p. 299 et la jurisprudence citée). Le législateur cantonal, organe politique soumis à un contrôle démocratique, doit se voir reconnaître une grande liberté dans l'élaboration des lois (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 138 et les arrêts cités). Il dispose d'un pouvoir formateur étendu, en particulier dans les domaines qui dépendent très largement de facteurs politiques (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 7; <ref-ruling> consid. 3a p. 91). Le Tribunal fédéral n'a pas à revoir l'opportunité des choix effectués dans ce cadre. Il n'annulera pas une disposition légale au motif que d'autres solutions lui paraîtraient envisageables, voire même préférables (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
Par ailleurs, le principe de la proportionnalité, bien qu'étant de rang constitutionnel n'est pas un droit constitutionnel ayant une portée propre (<ref-ruling> consid. 5b p. 120; <ref-ruling> consid. 2b p. 163). Ainsi, lorsque ce principe constitutionnel est invoqué dans le cadre d'un recours pour violation de l'art. 9 Cst., le Tribunal fédéral n'examine ce moyen que sous l'angle restreint de l'arbitraire; autrement dit, ce grief se confond lui aussi avec celui de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7a p. 32).
3.2 La rédaction de l'art. 178B Cst./GE a été légèrement modifiée par le Grand Conseil, dans sa décision d'invalidation partielle de l'IN 129, afin précisément de tenir compte des réserves d'interprétation qui avaient été formulées, sur la base d'un avis de droit demandé par le Grand Conseil au Professeur Martenet. Le Tribunal fédéral a confirmé la position du Grand Conseil genevois, en considérant que, pour être conforme au principe de la proportionnalité, l'interdiction de fumer devait être assortie de dérogations et d'exceptions afin de tenir compte des situations particulières dans lesquelles la personne désireuse de fumer est appelée à rester durant un certain temps dans un espace fermé dont elle ne peut sortir, notamment les détenus ou pensionnaires d'établissements médicaux; le cas des lieux publics à usage privatif (chambres d'hôtel) devait aussi être réservé (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 122 et 7.3 p. 125). Ces considérations n'excluent nullement que d'autres exceptions ou aménagements puissent être prévus, pour des raisons différentes, par le législateur cantonal.
3.3 L'art. 178B Cst./GE pose certes le principe de l'interdiction de fumer. Toutefois, en tant que principe général assorti d'un mandat législatif, il ne présente pas un caractère normatif absolu (AUBERT, Notion et fonction de la Constitution, in: Thürer/Aubert/Müller, Droit constitutionnel suisse, Zurich 2001 p. 12). Il autorise au contraire des exceptions, que le législateur peut prévoir afin de ménager au mieux les intérêts en présence. Seule apparaîtrait arbitraire, dans un tel contexte, une loi qui, par le nombre d'exceptions prévues, viderait pratiquement de son sens le principe posé par la disposition constitutionnelle, ou en compromettrait la réalisation (cf. concernant l'institution du référendum financier, <ref-ruling> consid. 2c p. 295).
Tel n'est assurément pas le cas en l'occurrence.
3.4 L'art. 4 LIF est consacré aux exceptions à l'interdiction de fumer. S'agissant des lieux privatifs définis à l'alinéa 1 let. a à d, la loi prévoit que des exceptions peuvent être prévues, et que ces lieux doivent être isolés, ventilés de manière adéquate et désignés comme tels. Par ailleurs, selon l'art. 4 al. 2 LIF, l'exploitant ou le responsable soumet pour approbation au Département cantonal de la santé les exceptions qu'il entend prévoir. On ne saurait, sur la base du texte légal déjà, affirmer que les exceptions seront accordées de manière généralisée pour l'ensemble des lieux privatifs concernés. La loi prévoit une procédure d'autorisation, ainsi que des mesures techniques destinées à réduire les désagréments de la fumée pour l'entourage. S'agissant des établissements médicaux, la loi tient compte des objections des recourants puisque seuls sont mis au bénéfice de l'exception les patients en séjour prolongé et ne pouvant aisément sortir compte tenu de leur état de santé.
3.5 Appelé à s'interroger sur la constitutionnalité d'une norme de droit cantonal, le Tribunal fédéral doit tenir compte de la manière dont le texte sera vraisemblablement appliqué, le cas échéant sur le vu des travaux préparatoires de l'acte litigieux (<ref-ruling> consid. 2.5 non publié; SJ 2001 241; <ref-ruling> consid. 2c p. 338). En l'occurrence, la LIF a fait l'objet d'un règlement d'application (RIF), adopté le 7 octobre 2009 et entré en vigueur en même temps que la loi. Bien qu'ils concluent formellement à l'annulation de l'art. 3 RIF, les recourants ne présentent, comme on l'a vu, aucune argumentation à l'encontre de cette disposition. Or, le RIF définit de manière très stricte la procédure d'autorisation prévue à l'art. 4 al. 2 de la loi. La demande est adressée à la direction générale de la santé (art. 2 al. 1 RIF). Elle doit être accompagnée des plans d'aménagement, du descriptif du système de ventilation et de toutes les pièces permettant le contrôle du respect des prescriptions légales et réglementaires (al. 2). Compte tenu de ces exigences, les craintes des recourants que les exceptions se généralisent ou soient accordées à la légère, apparaissent sans fondement.
3.6 Les recourants soutiennent que les exceptions autorisées par l'art. 178B Cst./GE ne devraient être accordées qu'en fonction de certaines personnes, ce qui exclurait la création de lieux où la fumée est autorisée de manière générale. Une telle restriction, au demeurant impraticable, ne ressort toutefois nullement du texte constitutionnel, dont le but est la protection contre la fumée passive, et non une interdiction de fumer imposée de manière générale.
3.7 Les recourants estiment que la loi n'imposerait pas un cloisonnement suffisant des fumoirs. Le texte légal prévoit toutefois clairement que ces locaux doivent être clos. Quant au règlement, il précise que les locaux doivent être dotés de portes à fermetures automatiques, être séparés hermétiquement des pièces contiguës et ne pas constituer un lieu de passage (art. 3 al. 1 let. a RIF). Le système de ventilation doit être séparé de celui du reste du bâtiment et permettre un renouvellement d'air minimal conforme à la norme SIA 382/1; il doit être entretenu régulièrement (art. 3 al. 1 let. b RIF). Le local doit être maintenu en dépression d'au moins 5 pascals par rapport aux pièces communicantes pendant les heures d'ouverture de l'établissement (art. 3 al. 1 let. c RIF). Dès la mise en service, l'exploitant doit pouvoir produire une attestation d'un spécialiste certifiant la conformité de l'installation (art. 3 al. 2 RIF). Ces exigences, en particulier celles qui concernent la ventilation et celles qui sont destinées à empêcher la fumée de s'échapper du local, ne sont nullement critiquées par les recourants. Elles paraissent au demeurant suffisamment contraignantes, d'un point de vue technique et économique, pour éviter une multiplication incontrôlée des établissements dotés de fumoirs.
3.8 Quant à l'exception en faveur des cercles, elle se justifie par le fait que ces endroits sont par définition de caractère privé. Les cercles sont en effet définis, à l'art. 17 al. 1 let. c de la loi genevoise sur les débits de boisson et l'hébergement (LRDBH, RS/GE I 2 21), comme des établissements à caractère privé où sont servis des mets et des boissons aux membres d'associations de personnes physiques poursuivant un but idéal commun et gérés par ces derniers. Selon l'art. 38 al. 2 à 4 LRDBH, l'exploitation d'un cercle ne peut constituer le but de l'exploitation; un cercle ne doit en aucune façon pouvoir être assimilé, confondu ou substitué à un établissement d'une autre catégorie. L'admission de nouveaux membres dans l'association ne peut être décidée à l'entrée dans l'établissement. Par ailleurs, la présence d'invités est exceptionnelle (art. 27 al. 3 du règlement d'application de la LRDBH - RRDBH, RS/GE I 2 21 01), la publicité et les enseignes sont interdites (art. 31 et 32 al. 1 LRDBH), et l'exploitation simultanée d'un café-restaurant et d'un cercle n'est pas possible (art. 31 al. 2 RRDBH). L'ensemble de ces dispositions permet d'éviter que la loi ne soit contournée, et que des cercles privés ne soient utilisés comme des établissements publics fréquentés par les fumeurs. Compte tenu du caractère privé des cercles, il n'y a pas d'inégalité de traitement avec les établissements publics.
3.9 Quant au fumoir de l'Aéroport international, il est soumis aux mêmes conditions techniques que les autres fumoirs (art. 3 RIF). Il se situe dans la zone de transit, et est destiné aux voyageurs en transit qui ne peuvent pas quitter les bâtiments et qui, en raison de l'interdiction de fumer applicable durant les vols, pourraient se voir privés de la possibilité de fumer durant de nombreuses heures. Une telle exception n'est pas critiquable au regard du principe de la proportionnalité.
3.10 Les recourants invoquent aussi la Convention-cadre de L'OMS pour la lutte antitabac, du 21 mai 2003 - signée mais non encore ratifiée par la Suisse -, qui constituerait selon eux un instrument d'interprétation de l'art. 178B Cst./GE, dont la teneur reprend celle de l'art. 8 de la Convention. Ils estiment que cet instrument international ne tolèrerait aucune exception à l'interdiction de fumer dans les lieux publics. A supposer qu'ils entendent en faire un grief distinct (l'argument ne figure que dans la partie en fait du recours), les recourants méconnaissent que la Convention ne contient pas de disposition directement applicable, mais impose aux Etats membres l'adoption de mesures, notamment législatives, prévoyant une protection contre l'exposition à la fumée du tabac dans les lieux publics (cf. FF 2007 5863). La Suisse a déjà satisfait à cette exigence en adoptant le 3 octobre 2008 la loi fédérale sur la protection contre la fumée passive, et le droit cantonal genevois contient, comme on l'a vu, des dispositions plus strictes. L'argument doit dès lors lui aussi être écarté.
3.11 La LIF procède en définitive d'une pesée des intérêts en présence et de choix d'opportunité, afin de permettre aux fumeurs de ne pas se trouver systématiquement exclus des établissements publics, sans pour autant compromettre le but de santé public qui est à la base de l'art. 178B Cst./GE. Elle ne saurait être qualifiée d'arbitraire. Les conditions formelles et matérielles posées par la loi et le règlement pour permettre des exceptions, apparaissent suffisamment strictes, de sorte que la disposition constitutionnelle ne se trouve pas vidée de son sens.
4. Le recours doit, par conséquent être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants qui succombent. Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge des recourants. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Grand Conseil et au Conseil d'Etat du canton de Genève.
Lausanne, le 2 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz