Erwägungen:
1. X._ erhob am 30. August 2010 Beschwerde und Klage beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern; er verlangte die Bezahlung von Fr. 3'000'000.-- zuzüglich Zins von 5% seit dem 17. Oktober 1969 sowie eine öffentliche Entschuldigung gegenüber seiner Mutter und ihm. Der Grund der Beschwerde bzw. Klage lag darin, dass er ab 1969 in einem Kinderheim in Luzern zu Unrecht untergebracht, ihm und seiner Familie durch die Behörden unermessliches Leid zugefügt worden sei und insofern verschiedene Menschenrechte verletzt worden seien. Mangels Zuständigkeit des Verwaltungsgerichts erhob er am 16. September 2010 vor dem Amtsgericht Luzern-Stadt (heute: Bezirksgericht Luzern) dieselbe Klage gegen die Stadt Luzern und die Einwohnergemeinde Biberist.
Das Bezirksgericht Luzern verlangte von X._ einen Kostenvorschuss von Fr. 60'000.--, den er vor dem Obergericht des Kantons Luzern erfolglos anfocht.
Vor Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 8. April 2011 und somit den Gerichtskostenvorschuss von Fr. 60'000.-- aufzuheben sowie die gerichtliche Zuständigkeit festzustellen.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen nach <ref-law>, welche als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegen zu nehmen ist, ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach <ref-law> mit summarischer Begründung abgewiesen wird.
2.1 Im Kanton Luzern bestimmt sich die Staatshaftung nach dem Haftungsgesetz vom 13. September 1988 (Haftungsgesetz; SRL Nr. 23). Dessen § 7 verweist für die Zuständigkeit und das Verfahren solcher Haftungsfälle auf die Zivilprozessordnung. Danach richtet sich der Kostenvorschuss nach dem Streitwert.
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, es hätte öffentliches Verfahrensrecht angewendet werden sollen: Er habe eine Verletzung von Art. 5 Abs. 1, Art. 8 Abs. 1 und 2, Art. 10 Abs. 2, Art. 13 Abs. 1 und Art. 14 BV sowie Art. 5, 8 und 14 EMRK gerügt. Infolgedessen handle es sich bei seiner Forderung um eine öffentlich-rechtliche, welche nicht von Zivilgerichten beurteilt werden könne.
Zu Recht geht der Beschwerdeführer davon aus, dass verfassungsmässige Rechte dem öffentlichen Recht zugeordnet werden. Allerdings folgt daraus nicht notwendig, dass auch ein Verwaltungs- oder "Staats"gericht für die Beantwortung dieser und allenfalls daraus folgenden Staatshaftungsfragen zuständig ist. Zwar trifft es in der Regel zu, dass zivilrechtliche Streitigkeiten vor dem Zivilrichter in einem zivilprozessrechtlichen Verfahren und öffentlich-rechtliche Streitigkeiten vor dem öffentlich-rechtlichen Richter in einem öffentlich-rechtlichen Verfahren beurteilt werden. Es findet sich indes keine Bundesverfassungsnorm, welche die Kantone anhält, Staatshaftungsprozesse nicht in einem Zivilverfahren vor einem Zivilrichter zu entscheiden. Auch die vom Beschwerdeführer gerügten Grundrechtsnormen sehen nichts dergleichen vor. Selbst auf Bundesebene richtet sich das Klageverfahren der Staatshaftung für gewisse Fälle nach dem Zivilprozessrecht (vgl. Art. 120 Abs. 1 lit. c i.V.m. Abs. 3 BGG, der auf das Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess [SR 273] verweist). Somit spricht nichts dagegen, wenn der kantonale Gesetzgeber die Beurteilung einer öffentlich-rechtlichen Forderung einem Zivilgericht überantwortet.
2.3 Gerichtskosten richten sich in einer Zivilprozessordnung in aller Regel nach dem Streitwert. Inwiefern eine solche Bemessung nicht zulässig sein sollte, ist weder ersichtlich, insbesondere spricht dagegen keine Bundesverfassungsnorm, noch bringt der Beschwerdeführer entsprechende Gründe vor.
3. Die Umstände rechtfertigen es, für das bundesgerichtliche Verfahren auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juni 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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