Sachverhalt:
A. Für den Bau der vom Bundesamt für Verkehr am 27. Januar 2004 bewilligten Stadtbahn Glattal beanspruchen die Verkehrsbetriebe Glattal (VBG) unter anderem Teile des Grundstücks Kat.-Nr. 4818, Plan Nr. 49, Blatt 230, Grundbuch Seebach-Zürich. Zu Lasten dieses Grundstücks war am 20. Dezember 1993 ein selbständiges und dauerndes Baurecht zu Gunsten der Aral (Schweiz AG) begründet worden. Dieses Recht wurde am 12. Dezember 1996, nachdem die Baubewilligung für einen Tankstellenneubau erteilt worden war, im Grundbuch als selbständiges und dauerndes Baurecht eingetragen und in der Folge an die Migrol Genossenschaft (heute Migros AG) verkauft (GB Blatt 3108). Das Baurecht gilt für eine Tankstellenanlage und dauert bis 31. Dezember 2026.
B. Auf dem Grundstück Kat.-Nr. 4818 bestehen verschiedene öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen. So wurde im Rahmen einer Baubewilligung zur Änderung der Tankstellenüberdachung und des Zapfsäulensockels vom 24. Dezember 1971 in Ziff. 2 festgehalten:
- Bei einem allfälligen Ausbau der Thurgauerstrasse bis zur Baulinie, oder wenn andere öffentliche Interessen dies erfordern, ist der jeweilige Eigentümer des Grundstücks Kat.-Nr. 4818 verpflichtet, die am 24. Dezember 1971 von der Bausektion II des Stadtrates bewilligten Bauten (Zapfsäulensockel und Vordach) auf erstes Verlangen des Vorstandes des Bauamtes I auf eigene Kosten und ohne Entschädigungsansprüche gegenüber der Stadt zu beseitigen."
Die Aral Schweiz AG erhielt am 3. September 1996 die Baubewilligung zum Neubau einer Tankstelle mit Selbstbedienungsshop und Waschportal sowie für fünf zum Teil im Vorgartengebiet liegende Parkplätze. Ziff. 2 des Beschlusses lautete:
- Die jeweilige Eigentümerschaft der Parzelle Kat.-Nr. 4818 ist verpflichtet, bei einer Verbreiterung der Schärenmoos- und/oder Thurgauerstrasse bzw. einer Inanspruchnahme des Baulinienbereichs entlang des Katzenbachs die vor der Baulinie erstellten Anlagen (Ein- und Ausfahrten, Parkplätze, Versorgungsleitungen, Zapfstellen, Serviceeinrichtungen, Dachvorsprünge, Beleuchtungsmast usw.) auf eigene Kosten und ohne Anspruch auf Minderwertsentschädigung zu beseitigen bzw. den neuen Verhältnissen anzupassen (§ 100 PBG). Sofern aufgrund solcher Massnahmen die beiden Pflichtparkplätze ganz oder teilweise aufgehoben werden müssen, ist die Abstellplatzverpflichtung anderweitig zu erfüllen bzw. eine entsprechende Ersatzabgabe zu bezahlen (§§ 244 ff. PBG)."
Dieser Revers wurde am 4. Oktober 1996 im Grundbuch als neue Ziff. 9 angemerkt.
C. Für den Bau der Glattalbahn wird vom Grundstück Kat.-Nr. 4818 eine Teilfläche von 232 m2 für die Erstellung des neuen Fuss- und Radweges entlang der Thurgauerstrasse benötigt. Die Pläne lagen in den Standortgemeinden vom 2. Mai 2002 bis 5. Juni 2002 öffentlich auf. Im Rahmen der Plangenehmigung des Projektes "Stadtbahn Glattal" vom 27. Januar 2004 hiess das Bundesamt für Verkehr (BAV) die Einsprachen des Grundeigentümers und der Baurechtsnehmerin im Sinne der Erwägungen teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es erteilte der VBG das Enteignungsrecht "für die Realisierung einer ebenerdigen Stadtbahn" im Bereich der Parzelle Kat.-Nr. 4818. Die VBG wurde verpflichtet, im Rahmen der Ausführungsprojektierung im Einvernehmen mit den Einsprechern ein Zu- und Wegfahrtsregime vorzusehen, welches die Interessen der Einsprecher so gut als möglich berücksichtige. Im Streitfall sei der Streitgegenstand dem BAV zum Entscheid vorzulegen. Im Übrigen wurden die Einsprachen abgewiesen.
D. Nachdem Vergleichsverhandlungen zwischen den Parteien gescheitert waren, übermittelte das BAV der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, am 8. März 2005 die Unterlagen zur Durchführung des Schätzungsverfahrens. Vor den Schranken erklärten die Migrol Genossenschaft und die VBG am 29. August 2006, sie hätten sich über die Entschädigung für den vorübergehenden Ertragsausfall und die Beanspruchung während der Bauphase, insbesondere bezüglich der vorübergehenden Strassensperrung und Inanspruchnahme einer Installationsfläche, bereits aussergerichtlich geeinigt, respektive ständen kurz davor. Im Übrigen beantragte die Migrol Genossenschaft als Enteignete, die VBG als Enteignerin sei zu einer vollen Entschädigung zu verpflichten. Demgegenüber schloss die VBG auf Abweisung sämtlicher Entschädigungsforderungen.
Mit Entscheid vom 29. August 2006 wies die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, die Entschädigungsbegehren der Enteigneten ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden waren. Die Verfahrenskosten wurden der VBG auferlegt.
E. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 6. September 2007 beantragt die Migros AG (vormals Migrol Genossenschaft) dem Bundesgericht, den Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, vom 29. August 2006 aufzuheben und die VBG zu einer vollen Entschädigung von Fr. 966'687.-- an die Enteignete zu verpflichten. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die VBG als Beschwerdegegnerin stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat in ihrer Replik zu den Ausführungen der Beschwerdegegnerin Stellung genommen und sinngemäss an ihren Anträgen festgehalten.

Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 sind die Bundesgesetze vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (BGG) und über das Bundesverwaltungsgericht (VGG) in Kraft getreten. Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren in Anwendung von <ref-law> und Art. 53 Abs. 1 VGG noch nach dem bisherigen Recht.
Gemäss Art. 77 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Enteignung (EntG; SR 711) in der bisherigen Fassung vom 18. März 1971 (AS 1972, 904) unterliegen die Entscheide der Schätzungskommission der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Mit dem Rechtsmittel kann nicht nur die Verletzung von Bundesrecht sowie unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhaltes (Art. 104 lit. a und b OG), sondern - da eine erstinstanzliche Verfügung über öffentlich-rechtliche Entschädigungen angefochten wird - auch Unangemessenheit gerügt werden (Art. 104 lit. c Ziff. 1 OG).
Dem Bundesgericht steht in Bezug auf den Sachverhalt ebenfalls volle Prüfungsbefugnis zu; die Entscheide der Schätzungskommissionen können nach der Rechtsprechung trotz Art. 105 Abs. 2 OG auch in tatsächlicher Hinsicht frei überprüft werden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 432 mit Hinweisen).
1.2 Die Beschwerdegegnerin beansprucht im Rahmen des Baus der Glattalbahn eine Fläche von 232 m2 des Grundstücks Kat.-Nr. 4818. Die Beschwerdeführerin ist als Baurechtsnehmerin für eine Tankstellenanlage auf dem betroffenen Grundstück zur Beschwerde befugt. Auf die rechtzeitig und formgerecht eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den in <ref-law> sowie in Art. 16 EntG verankerten Grundsatz der vollen Entschädigung zu verletzen. Desgleichen rügt sie eine Verletzung der Art. 19 ff. EntG, wonach bei der Festsetzung der Entschädigung alle Nachteile zu berücksichtigen sind.
Sie macht geltend, der Revers gelange nur bei einer "Verbreiterung der Schärensmoos- und/oder Thurgauerstrasse" bzw. "einer Inanspruchnahme des Baulinienbereichs entlang des Katzenbachs" zur Anwendung. Im Rahmen des Projekts Glattalbahn würden diese Voraussetzungen nicht erfüllt. Im Bereich der Thurgauerstrasse erfolge eine Strassenverlegung (das Gleistrassee komme in die Mitte der Thurgauerstrasse zu liegen und die Fahrbahnen für den Motorfahrzeugverkehr würden verlegt). Im Bereich des Baurechtsgrundstücks werde die Thurgauerstrasse indes nicht verbreitert. Entsprechend könne sich die Beschwerdegegnerin - selbst wenn man von einer Geltung des Revers zu ihren Gunsten ausgehen würde - nicht unter Berufung auf den Revers von ihrer Pflicht zur Leistung einer vollen Entschädigung befreien. Im vorliegenden Fall sei ein Bahnprojekt realisiert worden; der Revers betreffe aber auch vom Wortlaut her lediglich ein Strassenprojekt.
2.2 Gemäss § 99 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) dürfen innerhalb der Baulinien grundsätzlich nur Bauten und Anlagen erstellt werden, die dem Zweck der Baulinien nicht widersprechen. Im Baulinienbereich besteht demnach grundsätzlich ein Bauverbot. Dazu ist vorab ergänzend festzuhalten, dass Strassen- und Baulinien nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung im Allgemeinen nicht zu einem besonders schweren Eingriff in das Eigentum führen (<ref-ruling> E. 3 S. 117 ff. mit Hinweisen). Baulinien beschränken das Grundeigentum in ähnlicher Weise wie dies der Grenz- oder Gebäudeabstand tut, wofür auch keine Entschädigung beansprucht werden kann (<ref-ruling> E. 3b S. 118 mit Hinweis). Im vorliegenden Fall wurde zusätzlich ein Revers nach § 100 PBG/ZH im Grundbuch eingetragen. Abs. 1 der zitierten Bestimmung sieht vor, dass einzelne oberirdische Gebäudevorsprünge bis zu 1.5 m über Verkehrsbaulinien und Baulinien für Versorgungsleitungen und Industriegeleise hinausragen dürfen, jedoch entschädigungslos beseitigt werden müssen, sobald die Ausführung des Werks oder der Anlage, wofür die Baulinie festgesetzt worden ist, dies erfordert. Sodann bestimmt § 100 Abs. 3 PBG/ZH, dass weitergehende und andersartige Beanspruchungen des Baulinienbereichs mit der baurechtlichen Bewilligung, nötigenfalls unter sichernden Nebenbestimmungen, gestattet werden können. Der Revers stellt eine vorsorgliche Rechtsvorkehr dar, die eine eingeräumte Befugnis - die Ausnahmebewilligung, im Baulinienabstand zu bauen - zu einem blossen Provisorium abschwächt: Als zukunftsorientierte Nebenbestimmungen sind Reverse im Unterschied zu den gewöhnlichen Nebenbestimmungen, die nur vor oder während der Bauausführung aktuell sind, auf eine nähere oder fernere Zukunft gerichtet (Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltrecht, 4. Auflage, Bern 2002, S. 325; David Fries, Reverse in der zürcherischen Baurechtspraxis, Dissertation Zürich 1990, S. 100 ff.). Mit anderen Worten stellt ein Beseitigungsrevers die Bedingung dar, unter welcher eine Baubewilligung, die an sich zu verweigern wäre, ausnahmsweise doch erteilt wird. Gegenüber der Verweigerung stellt die mit einer solchen Bedingung verbundene Erteilung der Baubewilligung den milderen Eingriff dar und ist insoweit ohne weiteres verhältnismässig (<ref-ruling> E. 6 S. 489).
2.3 Nicht mehr streitig ist im anhängigen Verfahren, dass der Revers nicht nur gegenüber dem Grundeigentümer, sondern auch gegenüber der Beschwerdeführerin als Baurechtsnehmerin und Eigentümerin der Bauten und Anlagen im Baulinienbereich wirkt. Die Beschwerdeführerin stellt jedoch in Abrede, dass der Bau der Glattalbahn und die damit für sie verbundenen Einschränkungen durch den Wortlaut des Revers mitumfasst werden.
3. 3.1 Die Vorinstanz hält der Argumentation der Beschwerdeführerin im angefochtenen Entscheid entgegen, das Projekt Stadtbahn Glattal mit Schienen in der Mitte habe zu einer Verschiebung der Thurgauerstrasse auf beide Seiten geführt, insgesamt also zu einer Verbreiterung der Thurgauerstrasse. Dies werde vom Revers mitumfasst. Dabei sei zu berücksichtigen, dass Baulinien häufig Jahre oder Jahrzehnte vor einem konkreten Strassenprojekt festgelegt würden, ohne dass ihre Zweckbestimmung auf ein konkretes Projekt hin definiert werde.
3.2 Auch die Beschwerdegegnerin stellt sinngemäss klar, dass die Thurgauerstrasse entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin verbreitert worden sei. Im Bereich des Grundstücks Kat.-Nr. 4818 habe die Strasse vor dem Umbau eine Breite von 19.5 m aufgewiesen. Heute liege die Strassenbreite zwischen 22 und 34 m und die Thurgauerstrasse verfüge nun über eine Rechtsabbiegespur in die neu erstellte Glattparkstrasse. Bei diesem Umbau der Thurgauerstrasse handle es sich klarerweise um eine Verbreiterung im Sinne des Reverses. Die Beseitigungspflicht komme zum Zuge, wenn die Thurgauerstrasse verbreitert werde. Der Revers sei nicht unklar abgefasst.
3.3 Diesen Ausführungen ist zu folgen. Der Revers von 1996 war zukunftsgerichtet und konnte nicht jede Detailsituation in allen Einzelheiten regeln. Dennoch ist der darin vorgesehene Fall eingetreten, indem die Thurgauerstrasse durch das Bahnprojekt beidseitig eine massgebliche Verbreiterung erfährt. Die Verkehrsfläche wird erheblich ausgedehnt. Der Wortlaut des Reverses steht dem nicht entgegen, ist die entschädigungslose Beseitigungspflicht doch an keinen spezifischen Grund für eine Strassenverbreiterung geknüpft. Es ist der Vorinstanz darum nicht vorzuwerfen, wenn sie davon ausgegangen ist, dass der Revers zur Anwendung gelangt. Aus <ref-ruling> kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Im zitierten Fall war die Formulierung des Reverses viel offener und unbestimmter, wurde doch als Anwendungsfall "der Ausbau der Strasse oder andere wichtige Gründe" genannt. Das Bundesgericht hat ausdrücklich festgehalten, dass die Formulierung "oder andere wichtige Gründe" zu weit gehe (<ref-ruling> E. 6 S. 489). Eine solche Wortwahl findet sich vorliegend nicht.
3.4 In einem ersten Zwischenresultat lässt sich festhalten, dass die Vorinstanz aus dem Wortlaut des Reverses folgern durfte, die heute zur Diskussion stehende Verbreiterung der Thurgauerstrasse sei davon erfasst.
4. 4.1 Weiter vertritt die Beschwerdeführerin die Auffassung, der Revers sei einzig zu Gunsten der Stadt Zürich eingetragen worden. Die Beschwerdegegnerin als Enteignerin könne daraus keine eigenen Rechte ableiten. Sie sei eine von der Stadt Zürich unabhängige Dritte. Die Stadt Zürich sei nur eine von zahlreichen Aktionärinnen der Beschwerdegegnerin. Hinzu komme, dass im Vergleich, den der Grundeigentümer von Kat.-Nr. 4818 mit der Beschwerdegegnerin abgeschlossen habe, die beanspruchte Landfläche dieser - und nicht etwa der Stadt Zürich - übertragen worden sei.
4.2 Der Revers ist als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung im Grundbuch eingetragen. Ein Begünstigter wird nicht genannt. Die Verpflichtung zum entschädigungslosen Rückbau der Bauten und Anlagen im Baulinienbereich ist einzig vom Ausbau der Schärenmoos- und/ oder Thurgauerstrasse bzw. einer Inanspruchnahme des Baulinienbereichs entlang des Katzenbachs abhängig. Wie gesehen wurde die Thurgauerstrasse mit dem Bau der Glattalbahn verbreitert. Der im Revers vorgesehene Anwendungsfall ist eingetreten. Es ist nicht ersichtlich, weshalb die Beseitigungspflicht nur bestehen sollte, wenn die Stadt Zürich Bauherrin ist. Das Eigentum an der Thurgauerstrasse verbleibt bei der Stadt. Mit dem "enteignungsrechtlichen Vergleich" vom 30. März 2005 ging auch das Eigentum an der für den Strassenbau benötigten Abtretungsfläche an die Stadt Zürich über. Die Beschwerdeführerin beruft sich demgegenüber auf eine erste Vereinbarung vom 30. März 2004, welche jedoch mit derjenigen vom Frühling 2005 widerrufen wurde (so ausdrücklich in Vorbemerkung 1 des Teilvergleichs vom 30. März 2005). Des Weitern hat der Stadtrat von Zürich am 5. Juli 2000 festgestellt, dass die Realisierung der Stadtbahn Glattal im Interesse der Stadt Zürich liege. Diese stimme der Inanspruchnahme des Strassenraumes durch die Stadtbahn im Sinne von § 37 des Gesetzes über den Bau und den Unterhalt der öffentlichen Strassen vom 27. September 1981 (Strassengesetz, StrG/ZH; LS 722.1) zu. Damit wurde der Beschwerdegegnerin die Konzession für die Benützung der entsprechenden Strassenstücke erteilt. Überdies ist die Stadt Zürich Aktionärin der Beschwerdegegnerin, was die Vorinstanz zu Recht zu bedenken gibt.
4.3 Insgesamt wird daraus deutlich, dass es bei der Glattalbahn um ein Projekt im Interesse und unter Beteiligung der öffentlichen Hand geht, zu dessen Realisierung die Beseitigung der baulichen Anlagen im Baulinienabstand auf Kat.-Nr. 4818 notwendig sind. Genau zu solchen Zwecken wurde der Revers eingetragen. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht zu überzeugen. Demnach liegt ein vom Revers geregelter Anwendungsfall vor.
5. Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, der Revers habe einzig zur Folge, dass die Enteignete Bauteile, welche in den Baulinienbereich hineinragen, auf eigene Kosten anpassen respektive beseitigen müsse. Ein Revers dürfe nach feststehender Praxis keinem anderen Zweck dienen, als dem Zweck der mit der (grundsätzlich zulässigen) Bauverweigerung verfolgt werde. Soweit die Enteignete indes - als kausale Folge der Enteignung - anderweitig in ihren Rechten am Baurechtsgrundstück tangiert werde, insbesondere Ertragsausfälle erleide, werde die Enteignerin nicht von ihrer Entschädigungspflicht gemäss Art. 16 ff. EntG befreit. Die Entschädigungspflicht der Enteignerin im Falle einer formellen Enteignung könne nicht durch einen Revers wegbedungen werden.
5.1 Schon der Wortlaut des Revers steht einer solchen Interpretation entgegen, wird doch ausdrücklich festgehalten, dass die vor der Baulinie erstellten Anlagen "auf eigene Kosten und ohne Anspruch auf Minderwertsentschädigung zu beseitigen bzw. den neuen Verhältnissen anzupassen" sind. Eine Minderwertsentschädigung wird somit ausgeschlossen. Im Baulinienbereich besteht - wie in E. 2.2 hiervor gesehen - ein grundsätzliches Bauverbot. Die Baubehörde hätte die Baubewilligung für Bauten und Anlagen im Baulinienbereich gänzlich verweigern können, ohne dass dies grundsätzlich eine Entschädigungspflicht des Gemeinwesens zur Folge gehabt hätte. Hat sie eine solche in Verbindung mit einem Revers, welcher dem Bewilligungsempfänger zugute kam, dennoch erteilt, kann das Gemeinwesen dadurch nicht schlechter gestellt werden als ohne Entgegenkommen dem Baugesuchsteller gegenüber. Der Revers bildet das "Korrelat einer Vergünstigung", welche dem Eigentümer in Form der Baubewilligung zuteil wird (Fries, a.a.O., S. 232 mit Hinweis). Auch Fries erachtet einen solchen so genannten Mehrwertsrevers demnach als zulässig, wenn er in Verbindung mit der entsprechenden Baubewilligung als "minus" einer sonst möglichen gänzlichen Bauverweigerung verstanden werden kann (Fries, a.a.O., S. 231). Trotz Kausalzusammenhang zwischen Schaden und Rechtsverlust ist eine Entschädigung nicht geschuldet, wenn sie durch einen Revers wegbedungen wurde (Heinz Hess/Heinrich Weibel, Kommentar zum Enteignungsrecht des Bundes, Band I, Bern 1986, N. 37 zu Art. 19).
5.2 Der Ausschluss einer Entschädigungspflicht entspricht im Übrigen auch der gesetzlichen Regelung, welche sich in § 101 PBG/ZH findet. Danach dürfen baulinienwidrige Bauten und Anlagen im Baulinienbereich entsprechend dem bisherigen Verwendungszweck unterhalten und modernisiert werden (Abs. 1). Weiter gehende Vorkehren sind nur zu bewilligen, wenn die Baulinie in absehbarer Zeit nicht durchgeführt werden soll und wenn mit sichernden Nebenbestimmungen zur baurechtlichen Bewilligung ausgeschlossen wird, dass das Gemeinwesen bei Durchführung der Baulinie den entstandenen Mehrwert zu entschädigen hat (Abs. 2). Der umstrittene Revers stellt eine solche, in § 101 Abs. 2 PBG/ZH genannte "sichernde Nebenbestimmung" dar.
6. Demzufolge ist die Beschwerde abzuweisen. Die bundesgerichtlichen Kosten sind trotz dieses Ausgangs des Verfahrens, entsprechend der Regel von Art. 116 EntG, der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen; diese hat der Beschwerdeführerin zudem eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer