Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 10. Dezember 2004 sprach die IV-Stelle des Kantons Aargau der 1967 geborenen C._ bei einem Invaliditätsgrad von 62 % (Status: 50 % Haushalt und 50 % Erwerbstätigkeit) ab 1. Juni 2002 eine halbe Rente und ab 1. Januar 2004 eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zu. Nach Durchführung eines ersten Revisionsverfahrens bestätigte die IV-Stelle mit Mitteilung vom 22. Oktober 2007 den Rentenanspruch der Versicherten. Ein weiteres Revisionsverfahren ergab eine Änderung des Status. Nach Durchführung des Vorbescheidsverfahrens stellte die IV-Stelle die Rente mit Verfügung vom 18. Oktober 2011 bei einem Invaliditätsgrad von 35 % (Status: 20 % Haushalt und 80 % Erwerbstätigkeit) auf den ersten Tag des zweiten der Zustellung der Verfügung folgenden Monats ein.
B. Die von C._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. Juni 2012 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt C._, es sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides auf die Einstellung der Leistungen zu verzichten. In prozessualer Hinsicht beantragt C._, es sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen; gleichzeitig stellt sie ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, als sie die Einstellung der laufenden Rente der Versicherten auf den zweiten der Zustellung der Verfügung vom 18. Oktober 2011 folgenden Monat bestätigte.
3. 3.1 Ändert sich der Invaliditätsgrad eines Rentenbezügers erheblich, so wird gemäss <ref-law> die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben. Dies gilt auch für andere formell rechtskräftig zugesprochene Dauerleistungen, deren Sachverhaltsgrundlage sich nachträglich erheblich verändert hat. Die Frage der wesentlichen Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen beurteilt sich durch Vergleich des Sachverhalts, wie er im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung bestanden hat, mit demjenigen zur Zeit der streitigen Revisionsverfügung. Eine rechtskräftige Revisionsverfügung gilt - im Hinblick auf eine weitere Revision - ihrerseits als (neue) Vergleichsbasis, wenn sie auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Durchführung eines Einkommensvergleichs (bei Anhaltspunkten für eine Änderung in den erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitszustands) beruht (<ref-ruling>).
3.2 Anlass zur Revision einer Invalidenrente im Sinne von <ref-law> gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen. Ein Revisionsgrund ist unter Umständen auch dann gegeben, wenn eine andere Art der Bemessung der Invalidität zur Anwendung gelangt (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349), wobei allerdings nicht ohne zwingende Notwendigkeit von den der ursprünglichen Invaliditätsschätzung zu Grunde gelegten Bemessungskriterien abgewichen werden soll. So hat das Bundesgericht wiederholt entschieden, dass die in einem bestimmten Zeitpunkt massgebende Methode der Invaliditätsschätzung die künftige Rechtsstellung der Versicherten nicht präjudiziert, sondern dass die Kriterien der Erwerbsunfähigkeit einerseits und der Unmöglichkeit der Betätigung im nichterwerblichen Aufgabenbereich anderseits (<ref-law> und <ref-law>) im Einzelfall einander ablösen können (<ref-ruling> E. 1a S. 275).
3.3 Steht das Vorliegen eines Revisionsgrundes für ein Sachverhaltselement fest, so können im Revisionsverfahren auch die anderen Elemente der Anspruchsberechtigung frei überprüft werden. So konnte im Revisionsverfahren eines Versicherten, dessen Gesundheitszustand sich verschlechtert hatte, auch die Höhe des Valideneinkommens ohne Bindung an die ursprüngliche Verfügung neu festgesetzt werden (AHI 2002 S. 164, I 652/00 E. 2a).
3.4 Es ist unbestritten, dass die Versicherte in der Zeit nach Oktober 2011 zu mehr als 50 % ausserhäuslich erwerbstätig wäre: Während Vorinstanz und Verwaltung von einem Status von 80 % Erwerbstätigkeit und 20 % Haushaltstätigkeit ausgehen, macht die Versicherte selber geltend, sie wäre ohne Gesundheitsschaden nunmehr zu 100 % erwerbstätig. Da die ursprüngliche Verfügung vom 10. Dezember 2004 auf einem Status von 50 % Erwerbstätigkeit und 50 % Haushalt basiert, liegt somit ein Revisionsgrund vor. Damit ist der Rentenanspruch der Versicherten in seiner Gesamtheit neu zu prüfen.
4. Streitig ist zunächst, in welchem Umfang die Versicherte in der Zeit ab Oktober 2011 ohne Gesundheitsschaden ausserhäuslich erwerbstätig wäre.
4.1 Die unter den Verfahrensbeteiligten umstrittene Frage, in welchem Ausmass die Beschwerdeführerin ohne gesundheitliche Beeinträchtigung erwerbstätig wäre, ist nach der Rechtsprechung mit Rücksicht auf die gesamten Umstände, so die persönlichen, familiären, sozialen und erwerblichen Verhältnisse, zu beantworten (in <ref-ruling> nicht publizierte E. 3.3, 125 V 146 E. 2c S. 150 mit Hinweisen). Dabei handelt es sich zwangsläufig um eine hypothetische Beurteilung, die auch hypothetische Willensentscheidungen der versicherten Person berücksichtigen muss, welche indessen als innere Tatsachen einer direkten Beweisführung nicht zugänglich sind und in aller Regel aus äusseren Indizien erschlossen werden müssen. Die Beurteilung hypothetischer Geschehensabläufe ist eine Tatfrage, soweit sie auf Beweiswürdigung beruht, selbst wenn darin auch Schlussfolgerungen aus der allgemeinen Lebenserfahrung mitberücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 5b S. 448; SVR 2010 IV Nr. 35 S. 111, 9C_559/2009 E. 3). Ebenso sind Feststellungen über innere oder psychische Tatsachen Tatfragen, wie beispielsweise was jemand wollte oder wusste (<ref-ruling> E. 8.5 S. 62; <ref-ruling> E. 2a/aa S. 436; <ref-ruling> E. 3 S. 184). Rechtsfragen sind hingegen Folgerungen, die ausschliesslich - losgelöst vom konkreten Sachverhalt - auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt werden (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399; SVR 2010 IV Nr. 35 S. 111, 9C_559/2009 E. 3), oder die Frage, ob aus festgestellten Indizien mit Recht auf bestimmte Rechtsfolgen geschlossen worden ist (z.B. auf Rechtsmissbrauch, vgl. Urteil 2A.545/1999 vom 31. Januar 2000 E. 2b).
4.2 Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der persönlichen Situation der Beschwerdeführerin für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass die Versicherte ohne Gesundheitsschaden zu 80 % ausserhäuslich erwerbstätig wäre. Was die Beschwerdeführerin gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Insbesondere ist eine Beweiswürdigung nicht bereits dann willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (<ref-ruling> E. 2b S. 56; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.). Solches vermag die Versicherte in ihrer Beschwerde nicht darzutun. Dass die Tochter der Beschwerdeführerin nicht nur Betreuung durch ihren Vater, sondern auch durch ihre Mutter bedarf, steht mit der tatsächlichen Situtation nicht in einem klaren Widerspruch. Da die vorinstanzliche Beweiswürdigung zudem nicht am Geschlecht der Beschwerdeführerin anknüpft, kann dem kantonalen Gericht nicht vorgeworfen werden, seine Feststellung beruhe auf einer Geschlechterdiskriminierung. Somit hat die Vorinstanz nicht gegen Bundesrecht verstossen, als sie zur Invaliditätsbemessung von einem Status von 20 % Haushalt und 80 % Erwerbstätigkeit ausgegangen ist.
4.3 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, die ihr verbleibende medizinisch-theoretische Arbeitsfähigkeit sei auch auf dem theoretisch ausgeglichenen Arbeitsmarkt nicht verwertbar. Beim ausgeglichenen Arbeitsmarkt handelt es sich um eine theoretische Grösse, so dass eine Unverwertbarkeit der verbliebenen Leistungsfähigkeit nicht leichthin angenommen werden kann. So geht die Gerichtspraxis etwa davon aus, dass gar für funktionelle Einarmige auf diesem Arbeitsmarkt genügend realistische Betätigungsmöglichkeiten bestehen (vgl. etwa Urteil 8C_1050/2009 vom 28. April 2010 E. 3.4), oder dass selbst ein auf 25 % beschränktes Pensum verwertbar ist (Urteil 8C_489/2007 vom 28. Dezember 2007 E. 4.1). Praxisgemäss rechtfertigt es sich auch, im Bereich des Sozialversicherungsrecht einen strengeren Massstab an die Unverwertbarkeit als im Haftpflichtrecht anzulegen (vgl. erwähnte Erwägung 4.1 im Urteil 8C_489/2007 vom 28. Dezember 2007). Im Lichte dieser Rechtsprechung hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt, als sie von der grundsätzlichen Verwertbarkeit der medizinisch-theoretischen Leistungsfähigkeit der Versicherten ausgegangen ist. So hielten die Experten des Instituts X._ in ihrem Gutachten vom 22. August 2011 fest, denkbar sei etwa eine Tätigkeit an einer Kasse bei einem Grossverteiler. Auch die im Vorbescheidverfahren aufgelegten Fotos einer Beispielkasse vermögen diese Erwerbsmöglichkeit nicht als unrealistisch erscheinen zu lassen, wobei offen bleiben kann, ob eine Tätigkeit an genau dieser Kasse möglich wäre.
4.4 Die Vorinstanz hat weiter erwogen, vom nach den Tabellen der LSE zu bestimmenden Invalideneinkommen sei ein Abzug im Sinne von <ref-ruling> E. 5b/cc S. 80 in der Höhe von maximal 10 % vorzunehmen. Da die Frage nach der Höhe des Abzuges nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung eine Ermessensfrage darstellt, deren Beantwortung einer bundesgerichtlichen Korrektur nur mehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399), die Beschwerdeführerin eine solche rechtsfehlerhafte Ermessensausübung nicht aufzuzeigen vermag, muss es bei diesem Abzug sein Bewenden haben.
4.5 Hat die Vorinstanz demnach nicht gegen Bundesrecht verstossen, als sie die Einstellung der laufenden Rente der Beschwerdeführerin auf den zweiten der Zustellung der Verfügung vom 18. Oktober 2011 folgenden Monat bestätigte, so ist die Beschwerde der Versicherten abzuweisen.
5. 5.1 Mit diesem Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, gegenstandslos.
5.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Ihrem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwältin Claudia Rohrer wird als unentgeltliche Anwältin bestellt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Der Anwältin der Beschwerdeführerin wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Januar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Holzer