Sachverhalt:
A. Am 14. Oktober 2011 liess die Motorfahrzeugkontrolle des Kantons Solothurn das Fahrzeug Volvo FL-240 4x2 Fahrgestell-Nummer YV2TN12AOBB578915, Stammnummer 313.098.904 (im Folgenden: Kanalsanierungsfahrzeug Volvo) der X._ AG (im Folgenden: X.) als Lastwagen (Transportmotorwagen) mit weissen Kontrollschildern zu, nicht als Arbeitsmotorwagen mit blauen Verkehrsschildern, wie die X. beantragt hatte.
Am 4. April 2012 wies das Departement des Innern des Kantons Solothurn die Beschwerde der X. gegen diese Verfügung ab.
Am 18. September 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn die Beschwerde der X. gegen diese Departementalverfügung ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X., dieses Urteil aufzuheben und das Kanalsanierungsfahrzeug Volvo als Arbeitsmotorwagen im Sinn von Art. 13 der Verordnung vom 19. Juni 1995 über die technischen Anforderungen an Strassenfahrzeuge (SR 741.41; VTS) mit blauen Kontrollschildern zuzulassen.
C. Das Verwaltungsgericht und das Departement des Innern beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts betrifft die Zulassung eines Motorfahrzeugs zum Strassenverkehr als Transportmotorwagen mit weissen Kontrollschildern im Sinn von <ref-law> bzw. als Transportmotorwagen im Sinn von <ref-law>. Die Beschwerde richtet sich mithin gegen den Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Entscheide über die Einreihung in eine bestimmte Fahrzeugkategorie nach Art. 82 der Verkehrszulassungsverordnung vom 27. Oktober 1986 (VZV; SR 741.51) fallen nicht unter die Ausnahmebestimmung von <ref-law> oder eine andere Ziffer des Ausnahmenkatalogs von <ref-law> (Thomas Häberli in: Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, 2. A. 2011, N. 239 ff. zu Art. 83). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit zulässig, und die Beschwerdeführerin ist als Adressatin des für sie ungünstigen Immatrikulationsentscheids befugt, sie zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 "Transportmotorwagen" nach <ref-law> sind Motorwagen zum Personen- oder Sachentransport sowie Motorwagen zum Ziehen von Anhängern. Motorwagen, deren Aufbau als Nutzraum (Werkstatt, Verkaufsladen, Ausstellungslokal, Büro, Laboratorium usw.) dient, sind den Sachentransportmotorwagen gleichgestellt. Motorwagen, bei denen mindestens drei Viertel des zur Verfügung stehenden Volumens (inkl. Führer- und Gepäckraum) als Wohnraum und zum Personentransport eingerichtet ist, sind den Personentransportmotorwagen gleichgestellt und gelten mit bis zu neun Sitzplätzen (einschliesslich Führer und Führerin) als Wohnmotorwagen.
"Arbeitsmotorwagen" nach <ref-law> sind Motorwagen, mit denen keine Sachentransporte ausgeführt werden, sondern die zur Verrichtung von Arbeiten (wie Sägen, Fräsen, Spalten, Dreschen, Heben und Verschieben von Lasten, Erdbewegungen, Schneeräumung usw.) gebaut sind und höchstens einen geringen Tragraum für Werkzeuge und Betriebsstoffe aufweisen. Ihr Motor kann neben dem Antrieb der Arbeitsgeräte auch für die Fortbewegung des Fahrzeugs dienen. Nach Abs. 2 dieser Bestimmung sind den Arbeitsmotorwagen gleichgestellt:
a. Motorwagen nach Absatz 1, die eine Möglichkeit zur vorübergehenden Aufnahme von zu bearbeitendem Gut während des Arbeitsprozesses aufweisen;
b. Motorwagen mit Lademulden, die zur Erdbewegung auf Bau- und Arbeitsplätzen dienen und auf öffentlichen Strassen nur leer überführt werden;
c. Motorwagen mit Arbeitsgeräten, die über kurze Distanzen ein Ladegut befördern, das sie beim Unterhalt der Strasse auf der Fahrt aufnehmen oder abgeben;
d. Feuerwehrmotorwagen, die so eingerichtet sind, dass mindestens ein Drittel der Nutzlast oder des Laderaumvolumens von stets mitgeführten Feuerwehrgeräten beansprucht wird. Daneben können Einrichtungen zum Transport von Mannschaftsangehörigen oder Brandbekämpfungsmitteln vorhanden sein.
2.2 Die Beschwerdeführerin führt Kanalsanierungen mittels UV-Technologie durch. Dabei werden schadhafte Leitungsbereiche mit einem folienbeschichteten Glasgewebe (sogenannten UV-Inlinern) ausgekleidet, welches anschliessend mit UV-Licht gehärtet werden muss. Das Kanalsanierungsfahrzeug Volvo dient der Aushärtung dieser UV-Inliner. Es handelt es sich um einen Lastwagen mit einem Fahrgestell 10-18 Tonnen, auf welchem ein 6,5 m langer, 2,4 m breiter und 2,1 m hoher, in einen Maschinen- und einen Bedienerraum unterteilter kastenförmiger Aufbau fest montiert ist. Darin befinden sich im Wesentlichen ein Verdichter, eine UV-Aushärtetrommel mit 200 m Kabel und den entsprechenden Steuerungs- und Überwachungsstationen, ein Stromaggregat, eine Werkbank, Behälter mit Werkzeugen und Stoffen für den Betrieb und den Unterhalt der UV-Anlage sowie Einrichtungen für den Aufenthalt des Personals wie Küche mit Einbauschränken, Mikrowelle, Kühlschrank, Sitzbank mit Tisch, Klimaanlage und Standheizung.
2.3 Kanalsanierungsfahrzeuge sind zurzeit teils mit blauen, teils mit weissen Nummernschildern immatrikuliert, wobei es sich der Kenntnis des Bundesgerichts entzieht, inwieweit sie alle unter dem Gesichtspunkt ihrer Einstufung als Transportmotorwagen bzw. Arbeitsmotorwagen mit dem hier zu beurteilenden Fahrzeug der Beschwerdeführerin effektiv vergleichbar sind. Die Motorfahrzeugkontrolle des Kantons Solothurn liess verlauten, sie habe Kanalsanierungsfahrzeuge "früher" mit blauen Schildern immatrikuliert. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) habe die Rechtslage nunmehr in einem den Kanton Basel-Landschaft betreffenden Entscheid vom 7. Juli 2006, auf den sich auch das ASTRA beruft, dahin gehend geklärt, dass Kanalsanierungsfahrzeuge als Transportmotorwagen zugelassen werden müssten. Es gelte nunmehr, die Praxis in diesem Sinn zu vereinheitlichen, und es plane, nach der letztinstanzlichen Klärung der Frage durch das Bundesgericht, auch die bereits mit blauen Schildern zum Verkehr zugelassenen Kanalsanierungsfahrzeuge für die Zukunft als Transportmotorwagen zu immatrikulieren. Das Verwaltungsgericht hat die Einstufung des Kanalisierungsfahrzeugs der Beschwerdeführerin als Transportmotorwagen auch unter dem Gesichtspunkt der Praxisänderung geprüft und für rechtens befunden.
2.4 In seinem Entscheid vom 7. Juli 2006, auf den sich die kantonalen Behörden ebenso wie das ASTRA berufen, hatte das UVEK (nach damals geltendem Recht letztinstanzlich) über die Immatrikulation eines Kanalsanierungsfahrzeugs zu befinden, von welchem aus ein Kanalroboter in den Kanal eingeführt und gesteuert werden konnte, der in der Lage war, schadhafte Stellen zu reparieren, etwa Wurzeleinwachsungen wegzufräsen und Löcher mit Epoxydharzkleber zu schliessen.
2.4.1 Das UVEK (E. 10 f.) hat zunächst die allgemeine Rechtslage für die Abgrenzung von Transport- und Arbeitsmotorwagen nach den Art. 11 und 13 VTS dargestellt und anschliessend letztere wie folgt analysiert:
"Aufgrund näherer Analyse lassen sich die Arbeitsmotorwagen in zwei Gruppen einteilen.
Arbeitsmaschinen werden konstruktiv für die Verrichtung einer spezifischen Arbeit gebaut. Fahrzeugchassis mit Motor und Arbeitsmaschine bilden eine Einheit, wie dies bei den Dreschmaschinen (sog. Mähdreschern), Frontgabelhubstaplern, selbstfahrenden SVG-zugelassenen Baggern, Ladern, Schneeschleudern usw. der Fall ist. Sie werden in der Regel durch einen einzigen Motor angetrieben.
Bei den Arbeitsgeräteträgern hat das Fahrzeugchassis nur die Funktion eines Trägers für ein Arbeitsgerät. Der Motor kann sowohl der Fortbewegung des Fahrzeugs als auch dem Antrieb des Arbeitsgeräts dienen. Beispiele dafür sind die auf einem Fahrzeug fest aufgebau ten Holzsäge- oder Spaltmaschinen, mobile Holzschnitzelmaschinen u.a.m. Die beiden Funktionen Arbeitsgerätetransportmittel und Arbeitsgerät bilden wie bei den Arbeitsmaschinen eine Einheit.
Charakteristisch für die Arbeitsmotorwagen ist ihre auf eine spezialisierte Arbeitsverrichtung ausgerichtete Einsatzmöglichkeit, wobei aus den vorstehenden Erörterungen hervorgeht, dass es sich dabei zum einen um Arbeiten mit dem Fahrzeug als Arbeitsgerät (Arbeitsmaschine) und zum andern vom Typus der Arbeit her um eine mit Hilfe des Fahrzeugs mobile arbeitsgerätespezifische, spezialisierte Tätigkeit handelt. Eine andere als dem Arbeitsgerät entsprechende spezifische Nutzung des Fahrzeugs ist aufgrund seiner Bauart oder Ausrüstung nicht möglich."
Weiter führt das UVRK aus, dass <ref-law> für die Beurteilung von Kanalsanierungsfahrzeugen nicht einschlägig ist.
Diese Darstellung der Rechtslage durch das UVEK ist zutreffend und kann auch für die Beurteilung des vorliegenden Falls Geltung beanspruchen.
2.4.2 Bei der Anwendung dieser Regelung auf den von ihm zu beurteilenden Einzelfall ist das UVEK zum Schluss gekommen, das Fahrzeug sei ein Transport-, kein Arbeitsmotorwagen (E. 12). Zur Begründung führte es an, es transportiere Arbeitsgeräte von einem Einsatzort zum anderen, führe aber selber keine mechanischen Arbeiten wie Sägen, Fräsen, Spalten, Dreschen etc. oder diesen vergleichbare Arbeiten aus, wie es bei den in <ref-law> aufgeführten Arbeitsfahrzeugen der Fall sei. Das Fahrzeug selber habe nur die Funktion, die für die Kanalsanierung benötigten Ausrüstungen und Gerätschaften zu transportieren und dem Operator den für die Steuerung des Roboters erforderlichen Arbeitsplatz bereit zu stellen. Die Qualifizierung als Arbeitsmotorwagen setze voraus, dass die Arbeitsmaschine oder der Arbeitsgeräteträger ausschliesslich für eigentliche Arbeitsverrichtungen eingesetzt werden könne, dies sei beim zu beurteilenden Kanalsanierungsfahrzeug nicht der Fall, weshalb es nicht als Arbeitsmotorwagen qualifiziert werden könne.
2.5 Das vorliegend zu beurteilende Fahrzeug der Beschwerdeführerin ist unter dem Gesichtspunkt der Immatrikulierung als Transport- bzw. Arbeitsmotorwagen mit dem vom UVEK beurteilten weitgehend identisch. Das Fahrzeugchassis hat nur die Funktion eines Trägers für das Arbeitsgerät. Im mit dem Chassis fest verbundenen Aufbau sind die für die Aushärtung der UV-Inliner erforderlichen Apparaturen mitsamt den Steuerungs- und Überwachungsgeräten fest installiert. Aufgrund seiner Ausstattung ist das Kanalsanierungsfahrzeug Volvo zwar einzig für die vorgesehene arbeitsgerätespezifische, spezialisierte Arbeitsverrichtung einsetzbar. Entscheidend aber ist, dass es selber keine mechanischen Arbeiten wie Sägen, Fräsen, Spalten, Dreschen etc. oder diesen vergleichbare Arbeiten ausführt, sondern nur die Funktion hat, die für die Kanalsanierung benötigten Ausrüstungen und Gerätschaften sowie den Arbeitsplatz des Operators und den Aufenthaltsraum für die Mannschaft zu transportieren. Es ist daher nicht bundesrechtswidrig, das Kanalsanierungsfahrzeug der Beschwerdeführerin als Transportmotorwagen einzustufen. Aus Gründen der Rechtssicherheit und der Rechtsgleichheit ist es zudem wichtig, die Betreiber von Kanalsanierungsfahrzeugen als Konkurrenten gleich zu behandeln und nicht die einen durch die Immatrikulation ihrer Fahrzeuge mit weissen Schildern mit der Schwerverkehrsabgabe zu belasten und die anderen durch die Abgabe von blauen Schildern davon zu befreien. Es drängt sich daher auf, die Beurteilung des UVEK zu übernehmen und alle vergleichbaren Kanalsanierungsfahrzeuge als Transportmotorwagen zu immatrikulieren.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Motorfahrzeugkontrolle des Kantons Solothurn, dem Departement des Innern des Kantons Solothurn und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi