Sachverhalt:
A. Der 1977 geborene H._ war seit 1. Januar 2006 bei der Firma B._ AG als Bauarbeiter angestellt und damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 28. April 2006 erlitt er einen Arbeitsunfall, bei dem ihm ein Rollgerüst auf den Kopf fiel. Am 28./29. April 2006 war er im Universitätsspital X._ hospitalisiert, wo seine Halswirbelsäule (HWS) und sein Schädel radiologisch abgeklärt wurden. Es wurden folgende Diagnosen gestellt: Commotio cerebri, Schürfwunden hochtemporal rechts, Distorsion der HWS I° (Bericht vom 5. Mai 2006). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld) und zog diverse Arztberichte bei. Es erfolgten Hospitalisationen des Versicherten vom 26. Juni bis 24. Juli 2006 in der RehaClinic Y._ und vom 25. Januar bis 14. März 2007 in der Rehaklinik A._. Mit Verfügung vom 11. Juni 2007 stellte die SUVA die Versicherungsleistungen auf den 30. Juni 2007 ein. Dagegen erhoben der Versicherte und sein Krankenversicherer Einsprache. Letzterer zog sie in der Folge zurück. Am 11. September 2007 erstattete der Neurologe Dr. med. M._ einen Bericht. Mit Entscheid vom 28. November 2007 wies die SUVA die Einsprache des Versicherten ab. Es lägen keine organischen Unfallfolgen mehr vor. Er leide an psychischen Störungen, die nicht adäquat unfallkausal seien.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 15. Juli 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm weiterhin die gesetzlich geschuldeten Leistungen, insbesondere die Taggeldzahlungen, zu gewähren. Eventuell sei die Sache an die SUVA zur weiteren Sachverhaltsabklärung zurückzuweisen. Er ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege vor Bundesgericht.
Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (nicht publ. E. 1.1 des Urteils <ref-ruling>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und <ref-law>).
2. Die Vorinstanz hat die rechtlichen Grundlagen über den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers (<ref-law>) vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Gesundheitsschaden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.), die erforderliche Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181), bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116, 115 V 133) sowie Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma oder äquivalenter Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt betreffend den Untersuchungsgrundsatz (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.), den im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125) und den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> f. E. 5.1). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob der Versicherte bezüglich des Unfalls vom 28. April 2006 für die Zeit ab 1. Juli 2007 weiterhin Anspruch auf Versicherungsleistungen hat.
3.1 Das Universitätsspital X._ diagnostizierte im Bericht vom 5. Mai 2006 eine Commotio cerebri, Schürfwunden hochtemporal rechts, Distorsion der HWS I°.
3.2 Die RehaClinic Y._ diagnostizierte im Austrittsbericht vom 3. August 2006 unter anderem ein leichtes Schädelhirntrauma am 28. April 2006 mit/bei zervikozephalem Syndrom rechts und lumbospondylogenem Syndrom links, TH12- und L1 und L1/2 minimen abortiven Scheuermann-Residuen, Höhe L4/5 überlastungsbedingten Zeichen der Intervertebralgelenke, im Segment L5/S1 minim hyperplastischen Verhältnissen (tief gelegener LWK-5 mit groben grossen Rippenfortsätzen), keine Neurokompression (MRI LWS vom 7. Juni 2006), Dekonditionierung; Status nach Meniskusoperation; Status nach Otitis media links während der Hospitalisation, wobei diese problemlos abgeheilt sei. Weiter wurde unter anderem ausgeführt, der Versicherte befinde sich in einem ausgeprägten Angst-Vermeidungs-Verhalten; starke Angst vor Schmerzzunahme habe zu zunehmender Passivität geführt. Aktuell sei der Versicherte aus physischer und psychischer Sicht zu 100 % arbeitsunfähig.
3.3 Dr. med. R._, Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation Rheumatologie, der den Versicherten am 14. November 2006 untersucht hatte, diagnostizierte im Bericht vom 15. November 2006 einen Status nach leichtem Schädelhirntrauma am 28. April 2006 mit/bei erheblichem Verdacht auf Unfallverarbeitungsstörung respektive posttraumatische Belastungsstörung mit/bei katatonem, regressivem Verhaltensmuster, zervikovertebralem Syndrom mit/bei abortiven Scheuermannresiduen, leichten degenerativen Veränderungen; Status nach Meniskusoperation. Er habe keine spezifischen posttraumatischen Befunde, weder in der HWS noch im Bereich der Brustwirbel- und Lendenwirbelsäule gefunden. Es fielen auch keine neurologischen Herdbefunde auf. Der Versicherte brauche dringend eine spezifische psychotherapeutische Begleitung. Im Bericht vom 5. Dezember 2006 führte Dr. med. R._ aus, aus seiner Sicht sei der Versicherte primär dringend psychiatrisch behandlungsbedürftig und im Moment gar nicht fähig für eine Trainingstherapie.
3.4 Dr. med. E._, Neurologie FMH, Oberarzt, Rehaclinic Y._, gab im Bericht vom 20. November 2006 an, im Vordergrund stehe für ihn eine Chronifizierung des bereits früher beschriebenen Beschwerdebildes in Form eines zervikozephalen Syndroms rechts und lumbospondylogenen Syndroms links; ferner zeige sich eine Symptomausweitung mit Beschwerden im linken Arm sowie einer deutlich ausgeprägten Depression. Die neurologische Untersuchung zeige keine kooperationsunabhängigen Auffälligkeiten; weitere Abklärungen somatische Art seien fakultativ.
3.5 Die Rehaklinik A._, wo der Versicherte somatisch und psychiatrisch abgeklärt wurde, stellte im Austrittsbericht vom 21. März 2007 folgende Diagnosen: A. Unfall vom 28. April 2006: Kopfkontusion durch ein stürzendes Rollgerüst bei der Arbeit mit leichter traumatischer Hirnverletzung (MTBI) und HWS-Distorsion Grad I; A1: gehemmt depressives Störungsbild (ICD-10: F32.1) mit zumindest verdachtsweise erheblichen dissoziativen Elementen; B. Status nach Kniearthroskopie rechts mit Teilmeniskektomie vor Jahren. Zusätzlich zu den muskuloskelettal bedingten Einschränkungen bestehe eine Leistungsminderung infolge einer psychischen Störung mit Krankheitswert. Es fänden sich keine Hinweise auf organisch bedingte Funktionseinschränkungen im Bereich des Bewegungsapparates. Ebenfalls bestünden keine Anhaltspunkte für eine fokale Schädigung des zentralen oder peripheren Nervensystems. Eindeutig im Vordergrund stehe die psychische Problematik mit zahlreichen psychosomatischen Beschwerden. Eine Arbeitsfähigkeit im angestammten Beruf sei psychiatrischerseits nicht gegeben. Ein Zumutbarkeit aus psychiatrischer Sicht sei im jetzigen Zeitpunkt nicht zu formulieren.
3.6 Der Neurologe Dr. med. M._ beschrieb im Bericht vom 11. September 2007 in der Beurteilung eine ungewöhnliche Symptomatik. Wahrscheinlich sei alles psychosomatisch, wie von der Rehaklinik A._ beurteilt. Wahrscheinlich seien die Beschwerden durch ein posttraumatisches Stresssyndrom bedingt. DD: Grunderkrankung, durch den Unfall symptomatisch geworden, demaskiert. Eventuell sei ein Teil der Beschwerden medikamentös. Anamnese und Status sprächen gegen eine traumatische Dissektion von Halsarterien. Falls keine Lösung des Problems durch Labor und Ausschleichen der Medikamente erreicht werde, sei eventuell ein Schädel-MRI wegen Tremor, Gangstörung und Verhaltensauffälligkeit durchzuführen.
4.1 4.1.1 Die Vorinstanz hat gestützt auf die medizinischen Akten mit einlässlicher Begründung, auf die verwiesen wird, zutreffend erkannt, dass bei Fallabschluss am 30. Juni 2007 und im Zeitpunkt des Einspracheentscheides am 28. November 2007 (<ref-ruling> E. 1 S. 169) beim Versicherten überwiegend wahrscheinlich keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen bestanden, bei denen sich die natürliche und adäquate Kausalität weitgehend decken würden (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 112).
4.1.2 Weiter hat die Vorinstanz aufgrund der medizinischen Akten zu Recht erwogen, dass im Anschluss an den Unfall vom 28. April 2006 eine erhebliche psychische Fehlentwicklung ihren Anfang nahm und die psychische Problematik im Zeitraum bis zum Fallabschluss bzw. Einspracheentscheid überwiegend wahrscheinlich sehr ausgeprägt bzw. dominant war.
Unter den gegebenen Umständen kann nicht davon ausgegangen werden, dass die psychischen Befunde lediglich Teil des (grundsätzlich gleichwertigen) Gemenges physischer und psychischer Symptome bilden, wie es auch die auf schleudertraumaähnliche Unfallmechanismen zurückzuführenden Verletzungsbilder kennzeichnet. Vielmehr liegt ein eigenständiges psychisches Geschehen vor, das die übrigen Gesundheitsstörungen im gesamten Verlauf eindeutig dominierte. Entscheidwesentlich ist, dass der Beschwerdeführer psychisch nicht in der Lage war, den einigermassen glimpflich verlaufenen Unfall vom 28. April 2006 in adäquater Weise zu verarbeiten, es vielmehr zu einer erheblichen psychischen Fehlentwicklung kam. Hierfür zeichnet indes nicht der Umstand verantwortlich, dass es beim besagten Vorfall zu schleudertraumaähnlichen Verletzungen gekommen ist. Würden psychische Beschwerden, die im Anschluss an einen derartigen Unfall auftreten, ungeachtet ihrer Pathogenese stets nach den Kriterien gemäss <ref-ruling> auf ihre Adäquanz hin überprüft, bestünde die Gefahr, identische natürlich kausale psychische Unfallfolgen adäquanzrechtlich allein deshalb unterschiedlich zu beurteilen, je nachdem, ob beim Unfall zusätzlich ein Schleudertrauma der HWS bzw. ein äquivalenter Verletzungsmechanismus auftrat oder nicht, was nicht angeht. Demnach ist die adäquate Kausalität - der Vorinstanz folgend - nach der Praxis zu den psychischen Unfallfolgen, mithin unter Ausschluss psychischer Aspekte, zu prüfen (<ref-ruling> ff.; vgl. auch Urteil 8C_249/2009 vom 3. August 2009 E. 6.3 mit Hinweisen).
Im Weiteren hat die Vorinstanz in Prüfung der Unfallschwere und der Adäquanzkriterien richtig entschieden, dass die adäquate Kausalität zwischen dem Unfall und den psychischen Beschwerden des Versicherten zu verneinen ist.
4.2 Der Beschwerdeführer bringt dagegen letztinstanzlich keine stichhaltigen Einwendungen vor.
4.2.1 Er reicht neu einen Bericht des Dr. med. R._, Stv. Chefarzt, Reha E._, vom 19. Juni 2009 ein und macht im Wesentlichen geltend, gestützt darauf sei die Ursache seines Tremors und die Frage, ob er organischer oder psychischer Natur sei, noch nicht geklärt. Gleiches gelte für die Frage, ob der Tremor ganz oder teilweise auf den Unfall vom 28. April 2006 zurückzuführen sei. Die Klärung dieses Punkts sei entscheidend für die Frage, nach welchen Kriterien die Adäquanzprüfung vorzunehmen sei. Diesbezüglich sei ein Gutachten anzuordnen.
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen auch im Rahmen des Verfahrens um Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung (<ref-law>) nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling>), was von der beschwerdeführenden Partei näher darzulegen ist. Diese ist grundsätzlich gehalten, alle rechtsrelevanten Tatsachen und Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen zu nennen. Sie kann dem Bundesgericht nicht erstmals Tatsachen oder Beweismittel unterbreiten, die vorzutragen oder einzureichen sie vorinstanzlich einerseits prozessual Gelegenheit und anderseits nach Treu und Glauben Anlass hatte (Urteil 8C_492/2009 vom 21. Dezember 2009 E. 3 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid datiert vom 15. Juli 2009. Der Versicherte legt indes nicht dar, dass ihm die vorinstanzliche Beibringung des Berichts des Dr. med. R._ vom 19. Juni 2009 trotz hinreichender Sorgfalt prozessual unmöglich und objektiv unzumutbar war. Dieser Arztbericht kann mithin nicht berücksichtigt werden (vgl. auch Urteil 8C_492/2009 E. 3). Demnach kann offenbleiben, ob neue Tatsachen und Beweismittel gestützt auf die in <ref-ruling> verankerte Rechtsprechung im Rahmen von <ref-law> vorgebracht werden können (vgl. auch Urteil 9C_979/2008 vom 16. Juli 2009 E. 3.3).
Hievon abgesehen könnte der Versicherte aus dem Bericht des Dr. med. R._ vom 19. Juni 2009 nichts zu seinen Gunsten ableiten, da dieser unter anderem ausführte, es falle ihm schwer, die komplexe Bewegungsstörung sowohl phänomenologisch als auch ätiologisch zuzuordnen. Es liege keine klar erkennbare extrapyramidale oder cerebelläre Symptomatik vor; alle Bereiche der Bewegungsstörung seien sowohl bezüglich Ausprägung wie auch Lokalisation sehr variabel und wiesen eine Tendenz zur Zunahme bei der Untersuchung und Abnahme bei Ablenkung oder Konzentration auf. Diese Elemente liessen am ehesten an eine psychogene Bewegungsstörung denken. In der kranialen und zervikalen Kernspintomographie fänden sich keine strukturellen Läsionen, welche für zumindest einen Teil der komplexen Symptomatologie verantwortlich gemacht werden könnten. Gestützt auf diese Angaben des Dr. med. R._ kann nicht gesagt werden, der vom Versicherten ins Feld geführte Tremor sei überwiegend wahrscheinlich organisch bedingt. Hieran ändert nichts, dass Dr. med. R._ gleichzeitig darlegte, er denke, dass zumindest ein Teil der Symptomatik sogenannt "psychogen" sei, wobei man sich fragen müsse, ob initial eine organische Grundursache im Sinne einer erhöhten Vulnerabilität frontaler, motorische Systeme durch den Unfall sich zur aktuellen Symptomatik entwickelt habe. Nicht gefolgt werden kann deshalb dem Einwand des Versicherten, in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes sei nicht geklärt, ob hauptsächlich somatische oder psychische Beschwerden vorlägen und ob überhaupt ein natürlicher Kausalzusammenhang bestehe, weshalb nicht entscheiden werden könne, ob die Adäquanzprüfung nach <ref-ruling> oder <ref-ruling> vorzunehmen sei.
4.2.2 Die vorinstanzliche Beurteilung der Unfallschwere und der Adäquanzkriterien nach <ref-ruling> E. 6c S. 140 f. ist unbestritten und nicht zu beanstanden, sodass es damit sein Bewenden hat.
5. Der unterliegende Versicherte trägt die Gerichtskosten (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden, da Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht von vornherein als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung notwendig war (<ref-law>; Urteil 8C_126/2008 vom 11. November 2008 E. 8; vgl. auch <ref-ruling> E. 5b S. 372). Er wird der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Markus Zimmermann wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Januar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar