Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 26. Mai 2004 genehmigte der Bundesrat den westlichen Teil des generellen Projekts Nationalstrasse SN 1.4.1. Das Projekt im Westen der Stadt Zürich umfasst die Teilabschnitte "Hardhof" und "Pfingstweidstrasse" und beinhaltet eine Umklassierung der Bernerstrasse/A1 und der Pfingstweidstrasse zur Nationalstrasse 3. Klasse. Der östliche Bereich des generellen Projekts mit den Teilabschnitten "Hardbrücke" und "Sihlquai" wurde zurückgestellt.
B. Nach erfolgter Vorprüfung durch das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragte der Kanton Zürich dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) am 28. Februar 2005 die Erteilung der Plangenehmigung für das Ausführungsprojekt "Nationalstrasse SN 1.4.1 Zürich-Westast, Umbau Pfingstweidstrasse und Bernerstrasse/A1".
Gleichzeitig ersuchte die Stadt Zürich (bzw. die Verkehrsbetriebe Zürich [VBZ]) das Bundesamt für Verkehr (BAV) am 14. Februar 2005 um Genehmigung des Plans für eine neue Tramlinie zwischen dem Escher-Wyss-Platz und dem Bahnhof Altstetten (Tram Zürich West). Im Teilabschnitt "Pfingstweidstrasse" verläuft die geplante Tramlinie auf der nördlichen Seite entlang der geplanten Nationalstrasse SN 1.4.1.
C. Das UVEK ordnete für das Ausführungsprojekt SN 1.4.1 die Durchführung des ordentlichen Plangenehmigungsverfahrens an und erteilte dem Kanton Zürich den Auftrag, das Gesuch auszustecken, zu publizieren und öffentlich aufzulegen. Die öffentliche Auflage der beiden Projekte SN 1.4.1 und Tram Zürich West wurde mit einer gemeinsamen Publikation angezeigt und vom 4. April bis 3. Mai 2005 koordiniert durchgeführt. Mit Plangenehmigung vom 15. Mai 2007 bewilligte das UVEK das Ausführungsprojekt SN 1.4.1 unter mehreren Auflagen. Es hiess sieben Einsprachen dagegen insofern gut, als es die an den Knoten Technoparkstrasse führende neue Turbinenstrasse nicht genehmigte, weil offensichtlich alternative Strassenführungen zum Anschluss Technoparkstrasse möglich seien, die das Eigentum der betroffenen Grundeigentümer weniger stark beanspruchen würden als das Auflageprojekt. Der Kanton Zürich wurde angewiesen, die Planung in dieser Hinsicht zu überarbeiten und als Projektänderung zur Genehmigung einzureichen.
Gleichentags bewilligte das BAV die neue Tramlinie unter mehreren Auflagen.
D. Gegen die Plangenehmigung des UVEK gelangten sechs Beschwerdeführer ans Bundesverwaltungsgericht; deren vier erhoben gleichzeitig Beschwerde gegen die Plangenehmigung der Tramlinie. Zu den Beschwerdeführern gehörte auch X._, welcher im Verfahren gegen das Strassenprojekt als "Beschwerdeführer 4" und im Verfahren gegen die Tramlinie als "Beschwerdeführer 1" bezeichnet wurde.

Das Bundesverwaltungsgericht behandelte die beiden Beschwerdeverfahren getrennt. Mit "Zwischenverfügung und Teilentscheid" vom 7. November 2007 zu den Beschwerden gegen das Ausführungsprojekt SN 1.4.1 (Geschäfts-Nr. A-4010/2007) entschied es u.a. in Ziff. 1 des Dispositivs, auf die in Erwägung 2.3 des Entscheids genannten Rügen der Beschwerdeführenden 2, 4 und 6 nicht einzutreten. In Ziff. 5 des Dispositivs hiess es das Gesuch des Kantons Zürich um Entzug der aufschiebenden Wirkung für die Beschwerden gegen die Plangenehmigung des UVEK teilweise gut. Es entzog die aufschiebende Wirkung der Beschwerde für den Teilabschnitt "Hardhof" (Los 1), nicht jedoch für den Teilabschnitt "Pfingstweidstrasse" (Los 3 und 4).
E. Im Beschwerdeverfahren gegen die Tramlinie (Geschäfts-Nr. 1-4122/2007) entschied das Bundesverwaltungsgericht ebenfalls am 7. November 2007. In Ziff. 1 des Dispositivs trat das Bundesverwaltungsgericht wiederum nicht auf die in Erwägung 2.3 seines Entscheids genannten Rügen der Beschwerdeführenden 1, 2 und 4 ein. Sodann hiess es in Ziff. 4 des Dispositivs den Antrag der Stadt Zürich um Entzug der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde gegen die Plangenehmigung des BAV teilweise gut. Die aufschiebende Wirkung der Beschwerde wurde für die Teilabschnitte "Aargauerstrasse" (Los 2) und "Hardstrasse" (Los 5) entzogen, nicht jedoch für den Teilabschnitt "Pfingstweidstrasse" (Los 3 und 4).
F. Mit Eingaben vom 12. Dezember 2007 erhebt X._ je Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen die beiden Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts zur Nationalstrasse SN 1.4.1 (Beschwerdeverfahren 1C_444/2007) und zum Tram Zürich West (Verfahren 1C_446/2007). Er beantragt die Aufhebung der angefochtenen Entscheide, soweit das Bundesverwaltungsgericht jeweils nicht auf seine Beschwerden eingetreten ist (je Dispositiv Ziff. 1 der angefochtenen Entscheide) und soweit die aufschiebende Wirkung entzogen wurde (Dispositiv Ziff. 5 im Entscheid zur Nationalstrasse und Dispositiv Ziff. 4 im Entscheid zur Tramlinie). Das Bundesverwaltungsgericht sei anzuweisen, auf die je in E. 2.3 der angefochtenen Entscheide genannten Rügen einzutreten und die aufschiebende Wirkung sei auch für die Teilabschnitte "Hardhof", "Aargauerstrasse" und "Hardstrasse" nicht zu entziehen.
Im Beschwerdeverfahren 1C_444/2007 verzichtet das UVEK auf eine Stellungnahme. Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich beantragt, auf die Beschwerde mangels Legitimation des Beschwerdeführers nicht einzutreten. Eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Das BAV sieht im Verfahren 1C_446/2007 von einer Vernehmlassung ab, während die Stadt Zürich Antrag auf Abweisung der Beschwerde stellt, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht beantragt ebenfalls die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
1. 1.1 Da sich bei beiden Beschwerden die gleichen Rechtsfragen stellen, rechtfertigt es sich, die Verfahren 1C_444/2007 und 1C_446/2007 zu vereinigen.
Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerden von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerden von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
1.2 1.2.1 Das Bundesverwaltungsgericht hat seine beiden Entscheide vom 7. November 2007 jeweils als "Zwischenverfügung und Teilentscheid" bezeichnet. Der Beschwerdeführer vertritt den Standpunkt, indem das Bundesverwaltungsgericht auf die Rügen zur vorfrageweisen Überprüfung des generellen Projekts (Geschäfts-Nr. A-4010/2007 betr. Nationalstrasse) resp. zur vorfrageweisen Überprüfung der Infrastrukturkonzession (Geschäfts-Nr. A-4122/2007 betr. Tram) nicht eingetreten sei, habe es einen selbständigen Teilentscheid im Sinne von Art. 91 lit. a BGG getroffen.
1.2.2 Gemäss Art. 91 lit. a BGG ist die Beschwerde zulässig gegen einen Entscheid, der nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können. Teilentscheide schliessen also das Verfahren vor der Vorinstanz nicht vollständig ab, sondern regeln lediglich einen Teil des Streitgegenstands endgültig (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 221; <ref-ruling> E. 1 S. 324; <ref-ruling> E. 1b S. 99; <ref-ruling> E. 1b S. 327; Botschaft BGG, BBl 2001, 4332; Regina Kiener, Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in: Pierre Tschannen (Hrsg.), Neue Bundesrechtspflege, BTJP 2006, Bern 2007, S. 229; Heinz Aemisegger, Der Beschwerdegang in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in: Bernhard Ehrenzeller/Rainer J. Schweizer (Hrsg.), Die Reorganisation der Bundesrechtspflege - Neuerungen und Auswirkung in der Praxis, St. Gallen 2006, S. 123 f.; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Auflage, Zürich 1998, S. 184 f.). Streitgegenstand in den hängigen Verfahren sind einzig die Plangenehmigungen des UVEK respektive des BAV. Das Bundesverwaltungsgericht hat es abgelehnt, das dem Ausführungsprojekt SN 1.4.1 zu Grunde liegende, vom Bundesrat genehmigte generelle Projekt respektive die vom Bundesrat erteilte Infrastrukturkonzession, welche Anfangs- und Endpunkt der Infrastruktur sowie die wichtigsten Knotenpunkte der Tramlinie festlegt, in diesem Zusammenhang zu überprüfen; damit werden die Verfahren gegen die jeweiligen Plangenehmigungen, welche vorliegend allein Streitgegenstand bilden, in keinem Punkt im Sinne von Art. 91 lit. a BGG materiell endgültig erledigt. Das generelle Projekt resp. die Infrastrukturkonzession können zudem indirekt im Hauptverfahren noch insofern beanstandet werden, als sich die geltend gemachten Mängel in den Ausführungsprojekten niedergeschlagen haben.
1.2.3 Art. 91 lit. b BGG gelangt hier nicht zur Anwendung. Es handelt sich demnach bei den jeweiligen Ziff. 1 der Entscheiddispositive nicht um Teil-, sondern um Zwischenentscheide, welche lediglich unter den Voraussetzungen von Art. 93 BGG selbständig anfechtbar wären. Letztere sind vorliegend offensichtlich nicht erfüllt, weshalb auf die entsprechenden Rügen nicht einzutreten ist.
1.3 Insoweit sich die Beschwerden gegen die Entziehung der aufschiebenden Wirkung richten, vermag der Beschwerdeführer nicht darzutun, inwiefern ihm ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 lit. a BGG erwachsen soll. Der Baulärm ist lediglich vorübergehender Natur und das Risiko, die Bauarbeiten im Falle der Gutheissung der Beschwerden rückgängig zu machen, trägt nicht der Beschwerdeführer. Dass ein Fall von Art. 93 lit. b BGG vorliegen würde, macht der Beschwerdeführer zu Recht nicht geltend. Demzufolge ist auf die Beschwerden auch in diesem Punkt nicht einzutreten.
2. Auf die Beschwerden in den Verfahren 1C_444/2007 und 1C_446/2007 ist demnach nicht einzutreten, weil keine Teilentscheide im Sinne von Art. 91 BGG vorliegen. Bei diesem Verfahrensausgang trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine auszurichten (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1C_444/2007 und 1C_446/2007 werden vereinigt.
2. Auf die Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), der Stadt Zürich, Departement der Industriellen Betriebe, dem Bundesamt für Verkehr (BAV) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer