Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in St. Gallen (Klägerin), vertreten durch einen FIFA-Agenten, schloss am 16. August 1999 mit der Y._ mit Sitz in A._ (Beklagte), einer griechischen Aktiengesellschaft, einen Vertrag über den Transfer eines von der Klägerin vertretenen Spielers. Gemäss dieser Vereinbarung sollte die Klägerin zunächst USD 15'000.--, zahlbar bis 30. September 1999, erhalten, sodann weitere USD 15'000.--, zahlbar bis 30. Dezember 1999, sofern der Arbeitsvertrag zwischen der Beklagten und dem Spieler bis zum 30. Juni 2000 verlängert würde, und schliesslich USD 30'000.--, zahlbar bis 30. Dezember 2000, und nochmals USD 30'000.--, zahlbar bis 30. Dezember 2001, sofern das Arbeitsverhältnis um weitere zwei Jahre verlängert würde.
B. Am 5. Februar 2003 reichte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen Klage ein und verlangte von der Beklagten "US$ 15'000.-- nebst 5 % Zins seit 30.09.99", "US$ 15'000.-- nebst 5 % Zins seit 30.12.99" und "US$ 30'000.-- nebst 5 % Zins seit 30.12.00". Die Beklagte beteiligte sich nicht am Verfahren und reichte keine Klageantwort ein. Das Handelsgericht wies die Klage ab. Gegen dieses Urteil führt die Klägerin Berufung beim Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und hält an den bereits vor Handelsgericht gestellten Anträgen fest. Die Beklagte hat keine Berufungsantwort eingereicht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. In Art. 3 des Vertrages vom 16. August 1999, auf welchen die Klägerin ihre Forderung stützt, haben die Parteien bestimmt, ihre Vereinbarung solle den FIFA-Regeln und dem Schweizer Recht unterstehen ("This agreement is governed by FIFA rules and Swiss law").
Die Vorinstanz hat diese Vertragsklausel als kumulative Rechtswahl in dem Sinne interpretiert, dass die FIFA-Regeln dem nationalen schweizerischen Recht als lex specialis vorgehen sollten. Sie hat das Reglement angewendet, das die FIFA speziell für Spielervermittlungen am 10. Dezember 2000 erlassen hat und das ein Verfahren für Streitigkeiten vorsieht. Danach sind unter anderem Rechtsvorkehren spätestens zwei Jahre nach den zugrunde liegenden Vorfällen den zuständigen Organen einzureichen. Die Vorinstanz hat diese Bestimmung als Verwirkungsfrist interpretiert und die Klage mit der Begründung abgewiesen, im Zeitpunkt der Klageeinreichung sei die zweijährige Verwirkungsfrist bereits abgelaufen gewesen.
Die Klägerin rügt, die Vorinstanz habe Art. 116 Abs. 1 IPRG verletzt, denn das FIFA-Reglement könne nicht Gegenstand einer Rechtswahl sein.
1.1 Nach Art. 116 Abs. 1 IPRG untersteht der Vertrag dem gewählten Recht. Die Rechtswahl als kollisionsrechtliche Verweisung hat zur Folge, dass sowohl die dispositiven als auch die zwingenden Normen der gewählten Rechtsordnung zur Anwendung gelangen und die Bestimmungen des ohne Rechtswahl (im Rahmen einer "objektiven" Anknüpfung nach Art. 117 IPRG) anwendbaren Vertragsstatuts ersetzen (Keller/Kren Kostkiewicz, Zürcher Kommentar, N. 7 zu Art. 116 IPRG, Amstutz/Vogt/Wang, Basler Kommentar, N. 11 zu Art. 116 IPRG mit Hinweisen). Dagegen lässt die materiellrechtliche Verweisung die gewählten Normen zum Vertragsinhalt werden. Sie ermöglicht den Parteien, ihre Rechtsbeziehung in den Schranken des anwendbaren Sachrechts frei zu gestalten (Amstutz/Vogt/Wang, Basler Kommentar, N. 11 zu Art. 116 IPRG; Keller/Kren Kostkiewicz, Zürcher Kommentar, N. 8 und 83 ff. zu Art. 116 IPRG).
1.2 Ob die Parteien im Rahmen von Art. 116 Abs. 1 IPRG nur staatliche Rechtsordnungen wählen können oder ob auch die Wahl anationaler Normen zulässig ist, geht aus dem Wortlaut der Bestimmung nicht eindeutig hervor (Bucher/Bonomi, Droit international privé, 2. Aufl., Basel/Genf/München 2004, S. 258 f.; Vischer/Huber/Oser, Internationales Vertragsrecht, 2. Auflage, Bern 2000, S. 69), worauf schon in der Vernehmlassung zum Gesetzesentwurf hingewiesen wurde (vgl. Bundesgesetz über das internationale Privatrecht, Darstellung der Stellungnahmen auf Grund des Gesetzesentwurfs der Expertenkommission und des entsprechenden Begleitberichts, Bundesamt für Justiz 1980, S. 380 f.). Obwohl in der Botschaft im Vergleich zum Gesetzesentwurf der Expertenkommission eine minime redaktionelle Änderung vorgenommen wurde (vgl. BBl 1983 I S. 498, Art. 113; Eidg. Justizabteilung, Bundesgesetz über das internationale Privatrecht [IPR-Gesetz] Gesetzesentwurf der Expertenkommission und Begleitbericht, S. 29, Art. 117), erfolgte diesbezüglich keine Klarstellung. Die Expertenkommission selbst ging davon aus, die Wahl nichtstaatlicher Rechte sei ausgeschlossen (Vischer, in Freiburger Kolloquium über den Entwurf zu einem Bundesgesetz über das internationale Privatrecht, Zürich 1979, S. 49).
In der Lehre ist die Frage umstritten (zum deutschen Recht vgl. Reithmann/Martiny, Internationales Vertragsrecht, 6. Auflage Köln 2004, S. 79 ff.). Ein Teil der Lehre spricht sich generell gegen die Gültigkeit kollisionsrechtlicher Verweisungen auf anationales Recht aus (Schwander, Einführung in das internationale Privatrecht, Zweiter Band: Besonderer Teil, St. Gallen/Lachen 1997, N. 489, S. 227 f.; Vincent Brulhart, Le choix de la loi applicable - questions choisies, Habil. St. Gallen, Bern 2004, S. 254; Karrer, Basler Kommentar, N. 60 zu Art. 187 IPRG, allerdings unter anderem mit Hinweis auf Heini, IPRG-Kommentar, N. 7 zu Art. 187 IPRG, der die entsprechende Passage in der neuen Auflage des Kommentars nicht beibehalten hat, vgl. Heini, Zürcher Kommentar, 2. Auflage, N. 7 zu Art. 187 IPRG; zweifelnd: Knoepfler/Schweizer/Othenin-Girard, Droit international privé suisse, 3. Auflage, Bern 2005, S. 254, N. 499). Andere befürworten die Zulässigkeit generell (Patocchi, Das neue internationale Vertragsrecht der Schweiz, in Internationales Privatrecht/Lugano-Abkommen, Zürich 1989, S. 36), in Bezug auf internationale Handelsbräuche (Amstutz/Vogt/Wang, Basler Kommentar, N. 21 zu Art. 116 IPRG; vgl. auch Bucher/Bonomi, a.a.O., S. 258) oder zumindest in Bezug auf bestimmte wissenschaftliche Regelungswerke, die bezüglich Ausgewogenheit, Anerkennung, und Regelungsdichte mit staatlichen Rechtsordnungen vergleichbar sind (Vischer/Huber/Oser, a.a.O., S. 67 ff.; Vischer, Die kollisionsrechtliche Bedeutung der Wahl einer nichtstaatlichen Ordnung für den staatlichen Richter am Beispiel der Unidroit Principles of International Commercial Contracts, in Schwenzer/Hager [Hrsg.], Festschrift für Peter Schlechtriem zum 70. Geburtstag, Tübingen 2003, S. 445 ff. insbesondere S. 451 f.; Bernard Dutoit, Droit international privé suisse: commentaire de la loi fédérale du 18 décembre 1987, 4. Auflage, Basel 2005, N. 12 zu Art. 116 IPRG, S. 384 f.; Bucher/Bonomi, a.a.O., S. 258; Amstutz/Vogt/Wang, Basler Kommentar, N. 21 zu Art. 116 IPRG; vgl. auch Kurt Siehr, Die Parteiautonomie im internationalen Privatrecht, in Forstmoser/Giger/Heini/Schluep [Hrsg.], Festschrift für Max Keller zum 65. Geburtstag, Zürich 1989, S. 501 f.).
1.3 Nach der Praxis des Bundesgerichts kommt Regelwerken privater Organisationen auch dann nicht die Qualität von Rechtsnormen zu, wenn sie sehr detailliert und ausführlich sind wie beispielsweise die SIA-Normen (<ref-ruling> E. 9d S. 391 mit Hinweisen) oder die Verhaltensregeln des internationalen Skiverbandes (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 20; <ref-ruling> E. 3a S. 352, je mit Hinweisen). Von privaten Verbänden aufgestellte Bestimmungen stehen vielmehr grundsätzlich zu den staatlichen Gesetzen in einem Subordinationsverhältnis und können nur Beachtung finden, soweit das staatliche Recht für eine autonome Regelung Raum lässt (Jérôme Jaquier, La qualification juridique des règles autonomes des organisations sportives, Diss. Neuenburg 2004, Rz. 212). Sie bilden kein "Recht" im Sinne von Art. 116 Abs. 1 IPRG und können auch nicht als "lex sportiva transnationalis" anerkannt werden, wie dies von einer Lehrmeinung befürwortet wird (Jérôme Jaquier, a.a.O., Rz. 293 ff.). Die Regeln der (internationalen) Sportverbände können nur im Rahmen einer materiellrechtlichen Verweisung Anwendung finden und daher nur als Parteiabreden anerkannt werden, denen zwingende nationalrechtliche Bestimmungen vorgehen (Keller/Kren Kostkiewicz, Zürcher Kommentar, N. 84 zu Art. 116 IPRG).
1.4 Die Vorinstanz hat dem Verweis auf die FIFA-Regeln in Art. 3 des Vertrages vom 16. August 1999 bundesrechtswidrig die Bedeutung einer Rechtswahl zuerkannt. Dem Verweis auf das FIFA-Reglement kann nur die Bedeutung einer materiellrechtlichen Verweisung, d.h. einer (globalen) Übernahme in den Vertrag der Parteien zukommen. Dies widerspricht übrigens der Regelungsabsicht der FIFA nicht, weist doch die Präambel des FIFA-Reglements über die Spielervermittlungen vom 10. Dezember 2000 die Nationalverbände an, gestützt auf die Richtlinien verbandsinterne Reglemente zu erstellen (Ziffer 2) und bei deren Ausarbeitung die nationale Gesetzgebung und die internationalen Staatsverträge zu berücksichtigen (Ziffer 3). Die FIFA anerkennt damit die Subordination ihrer Verbandsregelung unter die massgebende nationalstaatliche Rechtsordnung mitsamt den internationalen Verträgen. Die Bestimmung in Ziffer 3 des Vertrages der Parteien ist als materiellrechtliche Verweisung zu verstehen, während die Rechtswahl sich allein auf die schweizerische Rechtsordnung bezieht, deren zwingende Normen somit Anwendung finden.
2. Nach herrschender Meinung verbietet Art. 129 OR eine vertragliche Verkürzung der Verjährungsfrist (von Tuhr/Escher, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, 3. Auflage, Zürich 1974, Bd. II S. 217; Spiro, Die Begrenzung privater Rechte durch Verjährungs-, Verwirkungs-, und Fatalfristen, Bern 1975, Bd. 1 S. 867 f.; Däppen, Basler Kommentar, 3. Aufl., N. 5 zu Art. 129 OR; Engel, Traité des obligations en droit suisse: Dispositions générales du CO, 2. Aufl. Bern 1997, S. 809; Pichonnaz, Commentaire romand, N. 5 zu Art. 129 CO; Gauch/Schluep/Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 8. Auflage, Rz. 3566 mit Verweis auf BGE 63 II 180). Dies schliesst zwar nicht aus, dass eine Forderung von einer Resolutivbedingung abhängig gemacht werden kann. Allerdings ist eine Bedingung, wonach die Forderung binnen bestimmter Frist irgendwie gerichtlich einzuklagen sei, der Abkürzung der Verjährungsfrist gleichzustellen. Indem die Vorinstanz Art. 22 Abs. 3 des FIFA-Reglements im Ergebnis als Abkürzung der gesetzlichen Verjährungsfrist (Art. 127 OR) ausgelegt hat, hat sie die zwingende Norm von Art. 129 OR des schweizerischen Rechts missachtet, das die Parteien in Ziffer 3 des Vertrages gewählt haben. Der angefochtene Entscheid ist aus diesem Grund aufzuheben. Da die Vorinstanz keine Feststellungen zur materiellen Begründetheit der eingeklagten Forderung getroffen hat, ist die Sache zur Neubeurteilung gestützt auf Art. 64 Abs. 1 OG an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache ist gestützt auf Art. 64 Abs. 1 OG zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Da der Ausgang des Prozesses offen ist, rechtfertigt es sich praxisgemäss, die Prozesskosten zu halbieren und die Parteikosten wettzuschlagen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird zur Hälfte der Klägerin und zur Hälfte der Beklagten auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2005
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: