Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Grundlagen (Art. 5, <ref-law>) und die dazu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling> Erw. 1b, 105 V 229 Erw. 3a) zutreffend dargelegt, sodass darauf verwiesen wird.
2.- a) Die Rechtmässigkeit der einspracheentscheidweise verfügten, vorinstanzlich aufgehobenen und letztinstanzlich strittigen Leistungskürzung (die gemäss <ref-law> anzuordnen ist, wenn die versicherte Gesundheitsschädigung nur teilweise auf Einwirkungen während des Dienstes zurückgeht) hängt davon ab, dass die Spondylolyse (in deren Gefolge sich später die Spondylolisthesis entwickelte) sicher vordienstlich ist oder sicher nicht während des Dienstes verursacht werden konnte (<ref-law>).
b) Diesen Sicherheitsbeweis vermag das BAMV bei der gegebenen Aktenlage nicht zu erbringen, woran zusätzliche Abklärungen nichts zu ändern vermöchten: Es ist in den gesamten medizinischen Unterlagen kein durch Krankheitsgeschichte, Gutachten, ärztlicher Bericht oder sonstwie erhobener Befund ersichtlich, aus welchem mit medizinisch-praktischer Sicherheit auf das Vorliegen einer Spondylolyse schon in der Zeit vor 1988 zu schliessen wäre. Insbesondere vermag das Beschwerde führende Bundesamt die fachärztliche Feststellung des Dr. med. Z._, Oberarzt an der Orthopädischen Klinik X._, im Bericht vom 4. März 1997 nicht zu entkräften, wonach aufgrund der vom 9. März 1976 datierenden AP-seitlichen Röntgenaufnahmen "eine eindeutige Lyse nicht diagnostiziert werden kann". Was an im Kindheitsalter aufgetretenen Rückenbeschwerden dokumentiert ist oder vom Beschwerdegegner beschrieben wurde, weist nicht spezifisch auf eine Spondylolyse hin. Dagegen spricht auch, dass der Versicherte vordienstlich während 12 Jahren (1976-1988) beschwerdefrei war und während dieser Zeitspanne insgesamt 371 Diensttage ohne Beschwerden seitens des Rückens absolvierte (versicherungsmedizinische Beurteilung durch Dr. med. K._, BAMV, vom 27. März 1997). Was das BAMV in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde unter Hinweis auf die Diskussion zur Pathogenese der Spondylolyse im Allgemeinen und auf Schlussfolgerungen medizinischer Fachexperten in anderen Begutachtungsfällen vorträgt, ist nicht dermassen eindeutig, dass sich im Falle des Beschwerdegegners die Annahme einer dienstlichen Verursachung schlechthin verböte. Die Darlegungen des Bundesamtes vermögen die Vordienstlichkeit der Spondylolyse allenfalls als überwiegend wahrscheinlich, jedoch nicht als sicher erscheinen zu lassen.
3.- Bei diesem Verfahrensausgang hat das BAMV dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Bundesamt für Militärversicherung hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 1500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu
bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zugestellt.
Luzern, 5. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Vorsitzende der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: