aktienrechtliche Verantwortlichkeit, hat sich ergeben:
A.- D._ war seit spätestens 1986 Aktionär und vom 25. Februar 1987 bis 1. März 1991 Geschäftsführer der F._ AG. Diese Gesellschaft erwarb am 24. November 1988 sämtliche Aktien der E._ Holding AG, welche ihrerseits seit dem 10. Dezember 1987 alle Aktien der E._ AG hielt.
Am 12. Dezember 1988 schlossen die F._ AG, die E._ AG und die Bank C._ eine Vereinbarung zur Sanierung der E._ AG. Darin verpflichtete sich die F._ AG unter anderem, die Software der E._ AG zum Preis von Fr. 3'000'000.-- zu kaufen. Der Kaufpreis war zur Hälfte bis Ende 1988 zu bezahlen, für die übrigen Fr. 1'500'000.-- sollte die E._ AG der F._ AG ein langfristiges Darlehen gewähren. Die F._ AG und die E._ AG schlossen dementsprechend am 15. Dezember 1988 einen Kauf- und Lizenzvertrag sowie einen Darlehensvertrag.
Danach sollte das Darlehen von Fr. 1'500'000.-- in jährlichen Raten von Fr. 300'000.-- amortisiert werden, erstmals per 30. November 1989.
Am 5. Juli 1990 wurde über die E._ AG und über die E._ Holding AG infolge einer Überschuldungsanzeige nach Art. 192 aSchKG der Konkurs eröffnet. Der F._ AG wurde am 28. Juni 1991 eine Nachlassstundung gewährt. Der Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung wurde am 3. Dezember 1991 richterlich genehmigt.
B.- Die Bank A._ und B._ sind Gläubigerinnen der E._ AG. Im Verlauf des Jahres 1991 liessen sie sich von der Konkursmasse die Verantwortlichkeitsansprüche gegen die Organe der konkursiten E._ AG abtreten.
Die Gläubigerinnen reichten am 2. September 1993 Klage beim Amtsgericht Luzern-Stadt ein. Sie verlangten im Wesentlichen die Verurteilung von vier Beklagten, unter ihnen D._, zur Bezahlung von Fr. 3'000'000.-- nebst Zins gestützt auf Art. 754 Abs. 1 und Art. 759 aOR. Das Amtsgericht Luzern-Stadt wies die Klage gegen D._ am 21. Dezember 1998 ab. Das Gericht verneinte dessen Passivlegitimation wegen fehlender Organeigenschaft. Mit Urteil vom 18. April 2001 wies das Obergericht des Kantons Luzern auf Appellation der Klägerinnen hin die Klage aus den im Wesentlichen gleichen Gründen ebenfalls ab.
C.- Die Klägerinnen haben gegen das Urteil des Obergerichts Luzern sowohl staatsrechtliche Beschwerde wie Berufung eingereicht. Mit Urteil vom heutigen Tag hat das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist. Die Klägerinnen beantragen in ihrer Berufung die teilweise Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Anweisung an das Obergericht, auf die gegen den Beklagten gerichtete Appellation vollumfänglich einzutreten und einen neuen Sachentscheid zu fällen. Der Beklagte schliesst in der Antwort auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Klägerinnen berufen sich auf <ref-law> und rügen, der Grundsatz der derogatorischen Kraft des Bundesrechts sei verletzt worden, weil die beanstandete Anwendung kantonalen Verfahrensrechts die Durchsetzung materieller Bundesrechtsnormen verhindere oder erschwere. Diese Rüge ist zulässig (<ref-ruling> E. 2). Sie ist jedoch unbegründet.
Die Durchsetzung materiellen Bundesrechts wird durch das Erfordernis der Begründung einer kantonalen Appellation nicht erschwert und die Vorinstanz hat die dienende Funktion des Verfahrensrechts nicht verkannt, wenn sie entsprechend <ref-law>/LU von den Klägerinnen verlangte darzulegen, was sie an den Sachverhaltsfeststellungen oder den Rechtserörterungen des angefochtenen erstinstanzlichen Entscheids beanstandeten.
2.- a) Das Bundesgericht hat seiner Entscheidung im Berufungsverfahren die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, diese beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das Sachgericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm entscheidwesentliche Behauptungen und Beweisanerbieten dazu prozesskonform unterbreitet worden waren (Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, hat das Vorliegen derartiger Ausnahmen im Einzelnen darzutun und mit Aktenhinweisen zu belegen (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 5c/aa).
b) Das Bundesgericht leitet aus <ref-law> als Korrelat zur Beweislast insbesondere das Recht der beweisbelasteten Partei ab, zum ihr obliegenden Beweis zugelassen zu werden. Dieser bundesrechtliche Beweisführungsanspruch besteht allerdings nur für rechtserhebliche Tatsachen und setzt voraus, dass die beweisbelastete Partei im kantonalen Verfahren form- und fristgerechte Beweisanträge gestellt hat (<ref-ruling> E. 3c). Die Klägerinnen rügen eine Verletzung von <ref-law>. Sie sehen ihren Anspruch auf Beweis dadurch verletzt, dass ihr Antrag auf Beizug der Buchhaltung der konkursiten E._ AG abgelehnt wurde. Sie halten dafür, diese Unterlagen hätten ihr ermöglicht zu zeigen, dass dem Berufungsbeklagten spätestens seit dem 19. Mai 1989 (auch) für die E._ AG Organqualität zugekommen sei.
c) Wie sich aus dem angefochtenen Urteil ergibt, haben die Klägerinnen den Beweisantrag auf Beizug "der Buchhaltung" der konkursiten Gesellschaft gestellt. Im vorinstanzlichen Urteil wird jedoch nicht festgestellt, welche Behauptungen die Klägerinnen mit ihrem Beweisantrag hätten belegen wollen. Dass sie mit diesen Buchungsbelegen insbesondere den Beweis für die tatsächliche Umsetzung des Beschlusses des Exekutivausschusses vom 19. Mai 1989 hätten erbringen wollen und den entsprechenden Antrag im kantonalen Verfahren form- und fristgerecht gestellt haben, wurde von den Klägerinnen auch nicht mit den erforderlichen Aktenhinweisen belegt. Das entsprechende Vorbringen der Klägerinnen hat als neu und demzufolge unzulässig zu gelten (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
3.- Die Klägerinnen beanstanden, dass der Beklagte von der Vorinstanz nicht als faktisch mit der Geschäftsführung der konkursiten E._ AG befasstes Organ angesehen worden ist.
a) Die Organhaftung nach Art. 754 aOR erfasst nicht nur die Mitglieder des Verwaltungsrates, sondern alle mit der Geschäftsführung betrauten Personen. Als mit der Verwaltung oder Geschäftsführung betraut im Sinne dieser Bestimmung gelten nicht nur Entscheidungsorgane, die ausdrücklich als solche ernannt worden sind. Auch Personen, die tatsächlich Organen vorbehaltene Entscheide treffen oder die eigentliche Geschäftsführung besorgen und so die Willensbildung der Gesellschaft massgebend mitbestimmen, fallen in den Anwendungsbereich der genannten Bestimmung (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 5a). In jedem Fall ist erforderlich, jedoch nicht ausreichend, dass die tatsächlich als Organ handelnde Person den durch die Verletzung einer entsprechenden Pflicht eingetretenen Schaden verhindern kann (BGE <ref-ruling> E. 2b mit Verweis auf <ref-ruling> E. 2a, wo die formelle Eintragung im Handelsregister ohne diese Möglichkeit für die Haftung als nicht ausreichend angesehen wurde). Für die Organverantwortlichkeit ist zudem erforderlich, dass die nach der internen Organisation tatsächlich mit der Leitung der Gesellschaft befasste Person in eigener Entscheidbefugnis die sich daraus ergebenden Pflichten zu erfüllen hat, sie also selbständig und eigenverantwortlich handelt. Eine blosse Mithilfe bei der Entscheidung genügt demgegenüber für eine Organstellung nicht (<ref-ruling> E. 3). Diese Grundsätze entsprechen der herrschenden Lehre, wobei im Einzelnen umstritten ist, ob allein die oberste, der Verwaltung direkt unterstellte Geschäftsleitung als Organ in Frage kommt oder die tatsächliche Geschäftsführung unter Umständen auch durch das Kader unterhalb der Direktion wahrgenommen werden kann (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, S. 442; Böckli, Schweizer Aktienrecht, 2. Aufl.
Zürich 1996, S. 1072; Maya R. Pfrunder-Schiess, Zur Differenzierung zwischen dem Organbegriff nach ZGB 55 und dem verantwortlichkeitsrechtlichen Organbegriff in: Schweizerische Zeitschrift für Wirtschaftsrecht (SZW) 1993 S. 126; Bär, Die privatrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 1991, ZBJV 129/1993, S. 379). In der Lehre wird überwiegend verlangt, dass jedenfalls eine dauernde Zuständigkeit für gewisse, das Alltagsgeschäft generell übersteigende Entscheide in eigener Verantwortung wahrgenommen wird, die sich spürbar auf das Geschäftsergebnis auswirken. Personen in untergeordneter und abhängiger Stellung, wie sie etwa der eines Prokuristen entspricht, können danach höchstens in Ausnahmefällen noch als Organe bezeichnet werden. BGE <ref-ruling>, in dem eine Prokuristin, die auf Weisung ihres Vorgesetzten eine Zweitunterschrift leistete, als Organ qualifiziert wurde, wird in der Lehre daher mit beachtlichen Gründen kritisiert (Hütte, Anmerkungen zu BGE <ref-ruling>, in:
AJP 1992 S. 516 f.; Böckli, a.a.O., S. 1072, Fn. 120, Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., S. 442; Rita Trigo Trindade, La responsabilité des organes de gestion de la société anonyme dans la jurisprudence récente du Tribunal Fédéral, in: Semaine judiciaire (SJ) 1998 S. 23/24; Peter V. Kunz, Rechtsnatur und Einredeordnung der aktienrechtlichen Verantwortlichkeit, Diss. Bern 1993, S. 186 f.). Angestellte auf einer hierarchisch untergeordneten Stufe kommen jedenfalls auch dann nicht als Organe in Betracht, wenn sie im Rahmen von Entschlussvorbereitungen oder -ausführungen Entscheide von erheblicher Bedeutung fällen (Urs Bertschinger, Arbeitsteilung und aktienrechtliche Verantwortlichkeit, Zürich 1999, S. 58 ff.; Forstmoser, Der Organbegriff im aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsrecht, in Festschrift Meier-Hayoz, Bern 1982, S. 141 ff.).
b) Der Beklagte war nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz nicht formelles Organ der E._ AG. Er war formell Geschäftsführer der F._ AG. Die Zusammenlegung des Managements der F._ AG und der E._ AG oder die Finanzplanung dieser beiden Gesellschaften lag nicht in der Entscheidungskompetenz des Beklagten.
Er hatte allein den Auftrag, alternative Unternehmenskonzepte auszuarbeiten und dem Exekutivausschuss zur Entscheidung vorzulegen. Dieser Exekutivausschuss (bzw.
dieses Exekutivkomitee) besass nach den Statuten der F._ AG erhebliche Kompetenzen und stand hierarchisch zwischen Verwaltungsrat und Geschäftsleitung. Der Ausschuss hatte unter anderem die Geschäftspolitik der F._ AG festzusetzen, die Geschäftsleitung zu instruieren, das von der Geschäftsleitung vorgelegte Budget zu genehmigen sowie zu einer Reihe nicht durch das Budget gedeckter Massnahmen die Zustimmung zu erteilen. Die Geschäftsleitung der F._ AG war diesem Exekutivausschuss untergeordnet, so dass die Vorinstanz gar in Frage stellt, ob die formelle Bezeichnung des Beklagten als Geschäftsführer der F._ AG der tatsächlichen Stellung überhaupt entsprach. Die E._ AG ihrerseits verfügte nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil über eine eigene Geschäftsleitung, wobei in Protokollen des Exekutivausschusses zwischen den Mitgliedern der Geschäftsleitung der F._ AG und derjenigen der E._ AG unterschieden wurde. Der Ausschuss entschied zwar am 10. März 1989, die Geschäftsleitung der E._ AG abzubauen, aber nach den Feststellungen der Vorinstanz waren die Mitglieder der Geschäftsleitung der E._ AG zumindest in beschränktem Umfang auch nach diesem Entscheid weiterhin für die E._ AG tätig. Der Exekutivausschuss der F._ AG beschloss zudem am 19.
Mai 1989, dass sämtliche Verträge und rechtsverbindliche Korrespondenz der E._ AG mit Kunden nur nach einer internen Abstimmung und Gegenzeichnung durch drei Mitglieder der Gesamtgeschäftsleitung (F._ AG und E._ AG) - deren Vorsitzender der Beklagte sein sollte - abgegeben werden können, wobei die entsprechenden Weisungen vom Beklagten zu verfügen und von der Geschäftsleitung insgesamt durchzusetzen seien. Dieser Beschluss wurde nach den Feststellungen der Vorinstanz jedoch nicht in die Tat umgesetzt.
Dagegen war der Beklagte nach den verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil aufgrund speziell erteilter Vollmachten in Einzelfällen für die E._ AG tätig, unterzeichnete beispielsweise am 29. Juni 1989 die Bilanzerklärung für das Geschäftsjahr 1988 und bestätigte gleichentags die Richtigkeit und Vollständigkeit der Aufstellung über die angefangenen Arbeiten für den Jahresabschluss 1988.
Im September 1989 unterzeichnete er zudem eine Abtretungserklärung zugunsten der Bank A._ zur Sicherung eines Kredites an die G._ GmbH.
c) Die Vorinstanz ist zutreffend davon ausgegangen, dass eine faktische Organstellung nur einer Person zukommt, die in eigener Verantwortung eine dauernde Zuständigkeit für gewisse das Alltagsgeschäft übersteigende und das Geschäftsergebnis beeinflussende Entscheide wahrnimmt. Weder ein Handeln im Einzelfall noch eine bloss hilfsweise Tätigkeit in untergeordneter Stellung vermag hingegen die spezifische Organhaftung zu begründen. Die Vorinstanz hat dem Beklagten aufgrund der verbindlichen tatsächlichen Feststellungen über dessen Stellung und Aufgaben die Eigenschaft eines faktischen Organs der E._ AG abgesprochen, was bundesrechtlich nicht zu beanstanden ist. Denn nach den Feststellungen der Vorinstanz beschränkte sich der Aufgabenbereich des Beklagten auf die Vorbereitung und Umsetzung der Entscheide, welche der Exekutivausschuss fällte. Zwar nahm der Beklagte in einzelnen Fällen Handlungen vor, welche, wie beispielsweise die Unterzeichnung von Bilanz und Erfolgsrechnung, der Geschäftsleitung vorbehalten sind (vgl. Karl Käfer, Berner Kommentar, N 37 zu <ref-law>). Die Vornahme einzelner Handlungen, die dem Bereich der Geschäftsführung zugerechnet werden können, begründet jedoch keine faktische Organstellung. Dass der Beklagte aber generell die Geschäfte der E._ AG in einem besonderen Zuständigkeitsbereich dauernd wahrgenommen hätte, ist den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nicht zu entnehmen. Im angefochtenen Urteil wird im Gegenteil festgehalten, dass die eigentliche Geschäftsführung der F._ AG vom Exekutivausschuss selbst wahrgenommen wurde. Weiter stellte die Vorinstanz fest, dass gewisse Beschlüsse des Ausschusses, die unter Umständen zu einer dauernden Zuständigkeit des Beklagten in gewissen Bereichen für die E._ AG hätten führen können, nicht in die Tat umgesetzt wurden. Bei dieser Sachlage hat die Vorinstanz zu Recht erkannt, dass der formell nicht als Geschäftsführer der E._ AG bestellte Beklagte auch faktisch deren Geschäfte nicht besorgt hat und daher der besonderen Organverantwortlichkeit nicht untersteht. Die Frage stellt sich daher nicht, ob der Beklagte - wenn er tatsächlich Geschäftsführer der konkursiten E._ AG gewesen wäre - mit den von den Klägerinnen beanstandeten Handlungen entsprechende Pflichten eines Organs der E._ AG verletzt hätte.
4.- Die Berufung ist abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Dem Verfahrensausgang entsprechend haben die Klägerinnen die Gerichtskosten zu tragen und dem Beklagten eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 156 und 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern (I. Kammer) vom 18. April 2001 wird bestätigt.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 15'000.-- wird den Klägerinnen unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.- Die Klägerinnen haben den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 18'000.-- zu entschädigen.
4.- Diese Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern (I. Kammer) schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 29. Oktober 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: