Sachverhalt:
A. X._ (Beschwerdeführerin) erlitt in den Jahren 1973 bis 1976 drei Unfälle, die dazu führten, dass ihr wegen eines Rückenleidens ab 1. Oktober 1978 eine Invalidenrente zugesprochen wurde. Anlässlich der Rentenrevision 1983 klagte sie über zunehmende Schmerzen. Über eine Verschlimmerung klagte sie auch bei der Rentenrevision 1985. Bei der Rentenrevision 1988 bezeichnete der Arzt ihren Gesundheitszustand als "sich verschlechternd". Bei der Rentenrevision 1991 klagte sie über eine Verschlimmerung seit Herbst 1990. Verschlimmerungen des Gesundheitszustandes machte sie auch bei den Rentenrevisionen 1993 und 1995 geltend.
Am 5. Oktober 1997 erlitt sie einen Verkehrsunfall. Ein entgegenkommendes Fahrzeug geriet auf die Gegenfahrbahn und kollidierte seitlich mit dem Fahrzeug, in welchem die Beschwerdeführerin auf dem vorderen Beisitz mitfuhr. Der am Folgetag konsultierte Arzt diagnostizierte eine "HWS-Distorsion mit Ausstrahlung in den linken Arm, Ellbogenkontusion links, Gurtenschmerzen, Thorax- und Bauchschmerz, Hypaesthesien linker Arm, Kopfschmerzen, Ohrensausen" und Nackenschmerzen. Er bescheinigte bis auf Weiteres eine Arbeitsunfähigkeit zu 100%. Gleichentags wurde eine radiologische Untersuchung durchgeführt. Bald im Anschluss wurde auch eine reaktive Depression auf das Unfallereignis diagnostiziert. Die von der Beschwerdeführerin geklagten Beschwerden besserten nicht. Daraufhin wurden verschiedene medizinische Abklärungen getätigt und ein stationärer Therapieaufenthalt in einer Rehabilitationsklinik durchgeführt. Eine Verbesserung des geklagten Zustandes resultierte nicht.
Am 7. Oktober 2002 beauftragte die A._ Versicherungs-Gesellschaft als Haftpflichtversicherer des Unfallverursachers die B._ mit der Erstattung eines Gutachtens zum Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin. Das Gutachten wurde von einem polydisziplinären Ärzteteam am 15. April 2004 erstattet. Die A._ Versicherungs-Gesellschaft leistete der Beschwerdeführerin aufgrund des Unfalls Zahlungen von Fr. 45'000.--.
B. Am 5. Oktober 2005 belangte die Beschwerdeführerin die A._ Versicherungs-Gesellschaft beim Kreisgericht Gaster-See und begehrte im Sinne einer Teilklage den Betrag von Fr. 570'669.--. Das Gericht holte zur Frage der Kausalität des Unfalls für die aktuellen gesundheitlichen Beeinträchtigungen der Beschwerdeführerin ein gerichtliches Gutachten ein. Dieses wurde im Einverständnis mit den Parteien bei dem bereits aussergerichtlich tätig gewordenen Ärzteteam der B._ in Auftrag gegeben, das seinen Bericht am 22. Juni 2007 im Sinne eines Ergänzungsgutachtens zum Gutachten vom 15. April 2004 erstattete.
Mit Entscheid vom 17. Dezember 2007 wies das Kreisgericht die Klage ab. Es verneinte primär das Vorliegen des natürlichen Kausalzusammenhangs. Zudem befand es, dass die Beschwerdeführerin ohnehin das Bestehen eines Erwerbs- und Haushaltsschadens nicht dargetan habe und ihr mit Blick auf die Geringfügigkeit der beim Unfall erlittenen Verletzungen auch kein Anspruch auf Genugtuung zustünde.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen und hielt an ihrem Klagbegehren fest. Ferner beantragte sie die unentgeltliche Rechtspflege für das Berufungsverfahren.
Mit Entscheid vom 13. August 2008 wies das Kantonsgericht, III. Zivilkammer (Vizepräsident), das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ab. Es beurteilte die Berufung als aussichtslos, da der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 5. Oktober 1997 und der Verschlimmerung des Gesundheitszustandes der Beschwerdeführerin aufgrund der Gutachten zu verneinen sei.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, der Entscheid des Kantonsgerichts vom 13. August 2008 sei aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, der Beschwerdeführerin im Verfahren BZ.2008.29-K3 die unentgeltliche Rechtspflege zu bewilligen.
Ferner ersucht sie um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege im Verfahren vor Bundesgericht.
Die kantonalen Akten wurden beigezogen. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Entscheid, mit dem die unentgeltliche Rechtspflege verweigert wurde. Dabei handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>; Urteil 4A_350/2007 vom 3. Oktober 2007 E. 2; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.1).
Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache (<ref-ruling> E. 2.2). Vorliegend geht es in der Hauptsache um eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert von Fr. 570'669.--. Gegen den Endentscheid ist daher die Beschwerde in Zivilsachen zulässig (<ref-law>). Diese steht damit auch gegen den Zwischenentscheid über die unentgeltliche Rechtspflege offen (<ref-law>).
2. Die Vorinstanz hat das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege abgewiesen, weil es deren Prozessbegehren als aussichtslos beurteilte. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe mit diesem Entscheid ihren Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege nach <ref-law> verletzt.
Nach dieser Verfassungsbestimmung hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt und deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege. Falls es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Als aussichtslos sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Prozessbegehren anzusehen, bei denen aufgrund einer summarischen Prüfung nach den Verhältnissen zur Zeit, zu der das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt wird, die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Die Rüge einer Verletzung von <ref-law> prüft das Bundesgericht in rechtlicher Hinsicht frei. Soweit es um tatsächliche Feststellungen der kantonalen Instanz geht, ist seine Prüfungsbefugnis auf Willkür beschränkt (<ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 5, je mit Hinweisen).
Dabei ist es allerdings nicht seine Aufgabe, dem Sachgericht vorgreifend zu prüfen, ob das vom Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren gestellte Begehren zu schützen sei oder nicht. Bei der Abklärung, ob die fehlende Aussichtslosigkeit als Voraussetzung für einen grundrechtlichen Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege gegeben ist, hat das Bundesgericht lediglich zu prüfen, ob der vom Bedürftigen verfolgte Rechtsstandpunkt im Rahmen des sachlich Vertretbaren liegt bzw. nicht von vornherein unbegründet erscheint (<ref-ruling> E. 3a). Die prognostische Beurteilung der Erfolgsaussichten eröffnet dem Sachgericht einen Beurteilungsspielraum, in den das Bundesgericht auch bei freier Prüfung der Rechtsfragen nur mit Zurückhaltung eingreift. Erforderlich ist, dass das Sachgericht von anerkannten Rechtsgrundsätzen abgewichen ist, dass es Umstände berücksichtigt hat, die für die Prognose im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen oder umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 S. 211; <ref-ruling> E. 12.2.2; <ref-ruling> E. 3.1 S. 220).
3. Im Hauptverfahren ist streitig, ob zwischen der Verschlimmerung des Gesundheitszustandes der Beschwerdeführerin und dem Unfall vom 5. Oktober 1997 ein natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist oder nicht.
Die Vorinstanz stützte sich zur Beantwortung dieser Frage im Rahmen ihrer Beurteilung der Prozessaussichten auf die in den Gutachten vom 15. April 2004 und 22. Juni 2007 dazu enthaltenen Aussagen der medizinischen Gutachter. Sie erblickte darin eine klare gutachterliche Stellungnahme: Die Gutachter bescheinigten für eine Teilursächlichkeit des Unfalls eine blosse Wahrscheinlichkeit, die sie mit 51% bezifferten. Damit sei nicht mit der für das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erforderlichen Bestimmtheit nachgewiesen, dass die Verschlimmerung des Zustands der Beschwerdeführerin auf den Unfall zurückzuführen sei.
4. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Darlegungen der Vorinstanz zu den Einwendungen der Beschwerdeführerin gegenüber dem erstinstanzlichen Entscheid seien nicht überzeugend. Die Vorinstanz habe die Beweismassfrage (in Verletzung von <ref-law>) beantwortet und die vorliegenden Beweismittel anders interpretiert als die Beschwerdeführerin. Wer letztlich recht habe, stehe in diesem Verfahren nicht zur Debatte. Hier gehe es ausschliesslich darum, ob die Sache der Beschwerdeführerin aussichtslos sei.
Letzteres trifft zwar zu. Um jedoch beurteilen zu können, ob die Vorinstanz die Erfolgsaussichten der kantonalen Berufung zu Recht als nicht ernsthaft bezeichnet hat, muss geprüft werden, ob ihre Würdigung der vorhandenen Gutachten zur streitigen Frage der natürlichen Kausalität standhält, und sie demzufolge die anderslautende Interpretation der Beschwerdeführerin als aussichtslos betrachten durfte.
4.1 Dies ist zu bejahen. Den Gutachtern wurde vom Gericht die Frage gestellt, in welchem Umfang die seit dem Unfall eingetretene Verschlimmerung - neue Beschwerden und Verstärkung der vorbestehenden Beschwerden - auf das Unfallereignis vom 5. Oktober 1997 als Allein- oder Teilursache zurückzuführen sei und mit welchem Grad der Wahrscheinlichkeit (fast 100%; 70-80%; 51%; weniger als 49%) welche Verschlimmerungen auf das Unfallereignis zurückzuführen seien. Diese Frage beantworteten die Gutachter im gerichtlichen Gutachten vom 22. Juni 2007 wie folgt (S. 3):
"Wir Gutachter sind der Meinung, dass die seit dem Unfallgeschehen eingetretene Verschlimmerung mit neuen Beschwerden und Verstärkung der vorbestehenden Beschwerden auf das Unfallereignis vom 5.10.1997 mit 51% Wahrscheinlichkeit als Teilursache zurückzuführen ist. Als Teilursache deshalb, weil in der Gesamtbeurteilung unfallfremde Faktoren mitzuberücksichtigen sind, die wir unter Frage 5 unseres Gutachtens, datiert vom 15. April 2004, detailliert beschrieben haben".
Diese gutachterliche Aussage ist klar und durfte von der Vorinstanz ohne weiteres so aufgefasst werden, dass der Unfall vom 5. Oktober 1997 für die Verschlimmerung der Beschwerden zwar als Teilursache in Betracht fällt, dies aber nicht mit der erforderlichen überwiegenden Wahrscheinlichkeit, sondern eben nur mit 51% Wahrscheinlichkeit. Es trifft wohl zu, dass der Unfall nicht die einzige oder unmittelbare Ursache bilden muss; es genügt, wenn er eine Teilursache bildet (<ref-ruling> E. 4.4.2 S. 470 mit Hinweisen). Indessen muss dies mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zutreffen. Das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit gilt nach ständiger Rechtsprechung namentlich für den natürlichen Kausalzusammenhang (<ref-ruling> E. 4.4.2 S. 470 mit Hinweisen).
4.2 Die Beschwerdeführerin interpretiert die Gutachten in der Weise, dass die Gutachter ausgesagt hätten, der Verschlimmerungsschaden sei zu 51% als Teilursache auf das Unfallereignis zurückzuführen, in diesem Ausmass aber sicher. Dem kann nicht gefolgt werden. Die Gutachter wurden im gerichtlichen Gutachten vom 22. Juni 2007 klar nach dem Grad der Wahrscheinlichkeit gefragt. Sie haben diese Frage mit der Angabe von 51% beantwortet und somit den Grad der Wahrscheinlichkeit angegeben und nicht den Ursachenanteil.
4.3 Dass die Vorinstanz ihrer Beurteilung ein unzutreffendes bundesrechtliches Beweismass zugrunde gelegt hätte, vermag die Beschwerdeführerin nicht darzutun. Sie vertritt zwar die Auffassung, eine 51%-ige Wahrscheinlichkeit sei überwiegend. Sie beruft sich auf ein Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 19. Oktober 2001 (U.50/2001). Die zitierte Judikatur sei sozialversicherungsrechtlich, müsse aber auch haftpflichtrechtlich gelten, weil sonst der Regress des Unfallversicherers in Frage gestellt wäre.
Aus dem zitierten Urteil muss nicht abgeleitet werden, dass eine 51%-ige Wahrscheinlichkeit als überwiegend zu betrachten ist. In diesem Fall kamen drei Möglichkeiten als Ursache für die Erkrankung in Betracht. Das EVG erwog, in einer solchen Situation sei jener Sachverhaltsdarstellung zu folgen, die das Gericht von allen möglichen Geschehensabläufen als die Wahrscheinlichste würdige, wobei diese nicht notwendigerweise mindestens 50% (bzw. mehr als 50%) zu betragen habe (Erwägung 2b). In jenem Kontext ging es mithin um ein Gegenüberstellen mehrerer möglicher Geschehensabläufe und nicht um die Definition des Beweismasses der überwiegenden Wahrscheinlichkeit. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gilt ein Beweis nach dem Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als erbracht, wenn für die Richtigkeit der Sachbehauptung nach objektiven Gesichtspunkten derart gewichtige Gründe sprechen, dass andere denkbare Möglichkeiten vernünftigerweise nicht massgeblich in Betracht fallen (<ref-ruling> E. 3.1. S. 720; <ref-ruling> E. 3.3 S. 325). Dass die Vorinstanz das so definierte Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit unrichtig angewendet hätte, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Im Übrigen haben vorliegend die Gutachter an anderer Stelle klar festgehalten, dass sie der Auffassung seien, ein kausaler Zusammenhang des jetzigen Beschwerdebildes der Beschwerdeführerin mit dem Unfall vom 5. Oktober 1997 sei wahrscheinlich, "jedoch nicht überwiegend wahrscheinlich" (Gutachten vom 15. April 2004 S. 64).
4.4 Die Beschwerdeführerin wendet schliesslich ein, die Aussage der Gutachter im Gutachten vom 15. April 2004, S. 72, wonach sie den Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den gesundheitlichen Beeinträchtigungen der Versicherten mit wahrscheinlich, d.h. zirka 50% beurteilten, sei nicht einschlägig, da sich diese Beurteilung nicht auf den Verschlimmerungsschaden, sondern auf den Zustand der Beschwerdeführerin insgesamt, also auch auf den Vorzustand, beziehe. Die vage Antwort erkläre sich aus der unrichtigen Frage der Beklagten.
Die Vorinstanz hat zu diesem Einwand überzeugend Stellung genommen, namentlich indem sie ihn in den Kontext der weiteren Aussage der Gutachter stellte, wonach es ihnen nicht möglich sei, einen Zeitpunkt für einen status quo ante vel sine festzulegen, dies vor dem Hintergrund des Problems, dass nach den Gutachtern bereits vor dem Unfall ein chronifizierter Beschwerdekomplex mit psychischer Überlagerung festzustellen war, auf den sich die nach dem Unfall geklagten zusätzlichen Beschwerden bei ähnlicher Symptomatik und ebenso vorhandener psychischer Überlagerung aufgepfropft hätten. Vor allem führt die Vorinstanz zu Recht an, dass die Gutachter im gerichtlichen Gutachten auf die präzisere Frage des Gerichts explizit erklärten, dass sie auch eine Teilkausalität des Unfalls für die Verschlimmerung des Leidens der Beschwerdeführerin nur mit einer Wahrscheinlichkeit von 51% bewerteten. Diese Aussage bezieht sich mithin klar auf den Verschlimmerungsschaden.
5. Sofern die Beschwerdeführerin mit ihrem Vorbringen, die Vorinstanz habe sich mit ihrer Argumentation "nur marginal und wenig überzeugend" auseinandergesetzt, eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör rügen will, kann ihr nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat sich eingehend zu den Vorbringen der Beschwerdeführerin geäussert. Dass sie damit die Beschwerdeführerin nicht zu überzeugen vermochte, bedeutet keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör.
Es ist schliesslich auch unbehelflich, wenn die Beschwerdeführerin verschiedene Stellen aus den medizinischen Gutachten zitiert und in der Folge ohne weitere Begründung behauptet, der natürliche Kausalzusammenhang sei (danach) erstellt. Damit vermag sie von vornherein nicht darzutun, dass die Vorinstanz die beweisbildenden Gutachen in sachlich nicht vertretbarer Weise gewürdigt hätte, indem sie aufgrund derselben den Kausalzusammenhang als nicht mit der für das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlich erforderlichen Bestimmtheit nachgewiesen betrachtete.
6. Es besteht kein Grund, und die Beschwerdeführerin zeigt auch keinen solchen auf, um in die Beurteilung der Vorinstanz einzugreifen (vgl. Erwägung 2 hiervor). Die Vorinstanz hat mithin <ref-law> nicht verletzt, indem sie zufolge Aussichtslosigkeit der Begehren der Beschwerdeführerin die unentgeltliche Rechtspflege abwies.
7. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen. Die Beschwerdeführerin hat auch für das bundesgerichtliche Verfahren um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht. Das Bundesgericht befreit eine bedürftige Partei, deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint, auf Antrag von der Bezahlung der Gerichtskosten und von der Sicherstellung der Parteientschädigung. Nötigenfalls ist ihr ein Rechtsanwalt beizugeben (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).
Aus den vorstehenden Erwägungen ergibt sich, dass die Beschwerde aussichtslos ist. Da es bereits an der Erfolgsaussicht mangelt, erübrigt sich die Prüfung der weiteren Voraussetzungen. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht ist abzuweisen. Die Gerichtskosten sind damit von der unterliegenden Beschwerdeführerin zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. September 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer