Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 2. März 2010 sicherte der Regierungsrat des Kantons Solothurn die amtliche Mitwirkung zu für die Gründung einer Flurgenossenschaft Breitenbach-Büsserach sowie für die Durchführung einer umfassenden Güterregulierung.
Die Akten zur Gründung der Flurgenossenschaft lagen in den Gemeindeverwaltungen von Breitenbach und Büsserach je vom 4. Februar 2011 bis 7. März 2011 öffentlich auf. Die geplante Gründungsversammlung und die Durchführung der Güterregulierung Breitenbach-Büsserach wurden zudem durch Veröffentlichungen u.a. im Amtsblatt vom 28. Januar 2011 sowie per eingeschriebenem Brief an die betroffenen Grundeigentümer im Beizugsgebiet bekannt gemacht.
B. Am 10. Januar 2011 beschloss der Gemeinderat Büsserach, dass die für die nächsten sechs bis 8 Jahre Jahre prognostizierten Kosten von jährlich Fr. 350.-- für die Einwohnergemeinde und jährlich Fr. 1'500.-- für die Bürgergemeinde Büsserach in die Entscheidungskompetenz des Gemeinderates und nicht der Gemeindeversammlung fielen. Er verzichtete daher auf die Genehmigung der Kosten an einer ausserordentlichen Gemeindeversammlung und beauftragte den Leiter der Arbeitsgruppe Büsserach, für die Flächen der Einwohner- und Bürgergemeinde Büsserach für die Gründung der Flurgenossenschaft zu stimmen. Dagegen führte die Bürgergemeinde Breitenbach eine ausserordentliche Versammlung der Bürgergemeinde zur Genehmigung der prognostizierten Kosten von jährlich Fr. 300.-- durch.
An der Gründungsversammlung vom 5. Mai 2011 wurde die Flurgenossenschaft Breitenbach-Büsserach angenommen. Dagegen wurden die Statuten mit grossem Mehr abgelehnt. Über die übrigen Traktanden (Wahl des Präsidenten und der übrigen Vorstandsmitglieder) wurde deshalb nicht mehr abgestimmt.
C. Gegen die Gründung der Flurgenossenschaft Breitenbach-Büsserach erhob u.a. X._ Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Solothurn. Er machte geltend, den Stimmberechtigten der Einwohner- und Bürgergemeinde Büsserach hätte das Recht eingeräumt werden müssen, in einer Gemeindeversammlung über die Stimmabgabe zum Beitritt zur Flurgenossenschaft abzustimmen; der Gemeinderat Büsserach sei hierfür nicht allein zuständig gewesen. Ohne dessen Zustimmung wäre die Flurgenossenschaft nicht zustande gekommen, da die privaten Eigentümer mehrheitlich gegen die Gründung gestimmt hätten.
Der Regierungsrat wies die Beschwerde am 29. November 2011 ab.
Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn am 28. März 2012 ab.
D. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts hat X._ am 11. Mai 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht zu neuer Beurteilung.
E. Das Verwaltungsgericht und das Volkswirtschaftsdepartement Solothurn schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne.
F. In seiner Replik vom 26. Juni 2012 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG).
1.1 Gegen die Gründung der Flurgenossenschaft (bzw. den sie bestätigenden Entscheid des Verwaltungsgerichts) kann Beschwerde in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts erhoben werden (Art. 82 lit. a BGG). Hierzu ist der Beschwerdeführer als von der Flurgenossenschaft betroffener Grundeigentümer befugt (Art. 89 Abs. 1 BGG).
Überdies ist er als Stimmberechtigter der Einwohner- und der Bürgergemeinde Büsserach grundsätzlich berechtigt, Beschwerde betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und Abstimmungen zu erheben (Art. 82 lit. c und Art. 89 Abs. 3 BGG).
1.2 Fraglich ist, in welchem Verfahren die vorliegende Beschwerde zu behandeln ist. Diese Frage ist vor allem für die Kognition des Bundesgerichts von Bedeutung (vgl. unten E. 1.3).
Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, der Gemeinderat Büsserach habe seine Kompetenzen überschritten; richtigerweise hätte das Geschäft der Gemeindeversammlung der Einwohner- und der Bürgergemeinde vorgelegt werden müssen. Diese Rüge betrifft die unmittelbare Ausübung politischer Rechte von Stimmberechtigten durch Abstimmung in der Gemeindeversammlung und ist daher grundsätzlich mit Stimmrechtsbeschwerde i.S.v. Art. 82 lit. c BGG zu erheben.
Allerdings ist der Beschluss der Gründung der Flurgenossenschaft Breitenbach-Büsserach kein Akt der Einwohner- oder Bürgergemeinde, der mit Stimmrechtsbeschwerde angefochten werden könnte. Fraglich ist daher, ob die Stimmabgabe des Vertreters der Gemeinde Büsserach an der Gründungsversammlung ein zulässiges Anfechtungsobjekt ist, oder ob im Beschwerdeverfahren gegen den Gründungsbeschluss die vorfrageweise Überprüfung des Beschlusses des Gemeinderats Büsserach vom 10. Januar 2011 mit Stimmrechtsbeschwerde verlangt werden kann.
Die Vorinstanzen gingen davon aus, dass eigentlich Beschwerde gegen den Gemeinderatsbeschluss vom 10. Januar 2011 hätte erhoben werden müssen; gleichwohl überprüften sie vorfrageweise, ob der Vertreter der Einwohner- und der Bürgergemeinde Büsserach an der Gründungsversammlung vom richtigen Organ (Gemeinderat oder Gemeindeversammlung) instruiert worden sei (vgl. dazu unten E. 2).
Letztlich kann die Frage offen bleiben, wenn die Beschwerde sich selbst bei freier Prüfung als unbegründet erweist.
1.3 Im Verfahren der Stimmrechtsbeschwerde kann nicht nur die Verletzung von Bundesrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten i.S.v. Art. 95 lit. a und c BGG gerügt werden, sondern das Bundesgericht beurteilt auch die kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen mit voller Kognition (Art. 95 lit. d BGG).
Allerdings ist auch im Verfahren der Stimmrechtsbeschwerde das Rügeprinzip gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG zu beachten: Danach prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist.
2. Der Beschwerdeführer beanstandet in erster Linie die Argumentation des Verwaltungsgerichts, wonach er und die übrigen Stimmberechtigten der Einwohner- und Bürgergemeinde Büsserach die Möglichkeit gehabt hätten, den Gemeinderatsbeschluss vom 10. Januar 2011 mit Beschwerde innert 10 Tagen anzufechten (E. 3.2 S. 4 des angefochtenen Entscheids). Dies treffe nicht zu: Dieser Beschluss sei nicht traktandiert gewesen und sei zudem getroffen worden, bevor die Grundeigentümer offiziell über die geplante Flurgenossenschaft informiert gewesen seien. Die Einladung zur Gründungsversammlung sei erst mit Schreiben vom 25. Januar 2011 erfolgt; zu diesem Zeitpunkt sei der Beschluss des Gemeinderats bereits rechtskräftig gewesen.
Die vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Fragen können jedoch offenbleiben, weil sie für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend sind. Zwar hat das Verwaltungsgericht auf die Beschwerdemöglichkeit gegen den Gemeinderatsbeschluss hingewiesen; es hat jedoch - wie schon zuvor der Regierungsrat - materiell geprüft, ob der Gemeinderat allein entscheiden durfte oder ob der Beitritt zur Flurgenossenschaft einen Beschluss der Gemeindeversammlung erfordert hätte. Insofern spielte die Frage, ob der Gemeinderatsbeschluss vom 10. Januar 2011 bereits rechtskräftig geworden war und ob dieser vom Beschwerdeführer hätte angefochten werden können oder müssen, im Ergebnis keine Rolle.
3. Der Beschwerdeführer rügt weiter, der Gemeinderat habe seine Finanzkompetenz auf § 36 Abs. 2 des Entwurfs der Statuten der Flurgenossenschaft Büsserach-Breitenbach betreffend "reduzierte Akontozahlungen" gegründet. Dieser Entwurf sei jedoch zum Zeitpunkt des Gemeinderatsbeschlusses noch nicht öffentlich aufgelegt gewesen. Der Statutenentwurf sei überdies von der Gründungsversammlung abgelehnt worden und nie in Kraft getreten. Der Beschwerdeführer verdächtigt den Gemeinderat, einen Gemeindeversammlungsbeschluss bewusst umgangen zu haben. Er weist darauf hin, dass die vorbereitende Arbeitsgruppe von den Gemeinderäten Breitenbach und Büsserach gewählt worden sei und überwiegend aus Gemeinderäten bestanden habe.
3.1 Gemäss § 56 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 des Solothurner Gemeindegesetzes vom 16. Februar 1992 (GG) sind Geschäfte, deren Auswirkungen einen in der Gemeindeordnung zu bestimmenden Betrag übersteigen, der Gemeindeversammlung vorbehalten; gleiches gilt (gemäss Ziff. 6) für den Beschluss über die Gründung, Erweiterung oder Aufhebung von Anstalten und Unternehmungen sowie die Beteiligung an gemischtwirtschaftlichen oder privaten Unternehmungen, sofern der finanzielle Aufwand einen in der Gemeindeordnung zu bestimmenden Betrag übersteigt.
In der Bürgergemeinde Büsserach liegt die Finanzlimite bei Fr. 10'000.-- für jährlich einmalige und Fr. 2'000.-- für jährlich wiederkehrende Auslagen (§ 19 lit. b Ziff. 3 und 9 sowie § 23 lit. a der Gemeindeordnung der Bürgergemeinde); in der Einwohnergemeinde liegt die Grenze bei Fr. 100'000.-- für einmalige und Fr. 20'000.-- für jährlich wiederkehrende Auslagen (§ 20 lit. b Ziff. 3 und 9 sowie § 24 lit. a der Gemeindeordnung der Einwohnergemeinde vom 25. Mai 2009).
3.2 Der Gemeinderat ging davon aus, dass der Beitritt zur Flurgenossenschaft jährlich wiederkehrend zu einer Restkostenbeteiligung von ca. Fr. 1'500.-- für die Bürgergemeinde und von ca. Fr. 350.-- für die Einwohnergemeinde führen werde und damit innerhalb seiner Finanzkompetenzen liege. Er stützte sich hierfür auf eine Kostenschätzung, die von der Vorbereitungskommission zusammen mit einem Experten getroffen worden war.
3.3 Das Verwaltungsgericht hielt zwar die Zweifel des Beschwerdeführers an den geschätzten Kosten für nachvollziehbar. Im Gründungsstadium fehlten jedoch genauere Erhebungen. Es sei den involvierten Stellen daher nicht vorzuwerfen, wenn sie anhand der überarbeiteten Besitzstandsverzeichnisse auf Erfahrungswerte aus Nachbargemeinden abgestellt hätten, zumal die vorbereitende Arbeitsgruppe einen Experten mit der Berechnung der Beiträge beauftragt habe. Dass dieser ungeeignet oder befangen gewesen wäre, sei weder ersichtlich noch rechtsgenüglich dargetan. Die Unterstellung, der Gemeinderat habe die Finanzkompetenz der Gemeindeversammlung bewusst umgehen wollen, sei durch keinerlei Fakten belegt.
3.4 Diese Erwägungen sind nicht zu beanstanden. Zwar trifft es zu, dass sich die Kostenschätzung auf § 36 Abs. 2 des Statutenentwurfs stützte, wonach bei grossflächig arrondierten und gut erschlossenen Grundeigentumsverhältnissen im Hinblick auf die zu erwartenden geringen Verbesserungen im Rahmen der Güterregulierung die Erhebung einer auf 30 % reduzierten Akontozahlung auf den im Beizugsgebiet liegenden Flächen erfolge. Diese Regelung entspricht jedoch dem Grundsatz, wonach sich die Kostenverteilung nach den allgemeinen Vorteilen und den besonderen Vor- und Nachteilen richtet, die dem Pflichtigen aus der Bodenverbesserung erwachsen (§ 50 Abs. 2 der solothurnischen Verordnung vom 24. August 2004 über die Bodenverbesserungen in der Landwirtschaft; BoVo). Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass die Einwohner- und die Bürgergemeinde Büsserach über grosses, bereits arrondiertes und erschlossenes Grundeigentum verfügen, weshalb es plausibel erscheint, dass sie von der Flurgenossenschaft deutlich weniger profitieren werden als andere Grundeigentümer. Dieser Umstand darf bei der Festsetzung der Akontozahlungen berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer legt auch nicht dar, dass der Abzug von 70 % offensichtlich überhöht wäre.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 BGG), die in Stimmrechtssachen praxisgemäss tief angesetzt werden (<ref-ruling> E. 4.1 S. 143).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Die Gerichtsschreiberin: Gerber