Sachverhalt:
A. Am 4. September 1992 gewährten die eingangs aufgeführten Kantonalbanken sowie die Solothurner Kantonalbank der "Swissair" Schweizerischen Luftverkehrs-Aktiengesellschaft (nachfolgend: Swissair) einen Konsortialkredit über Fr. 30 Mio. mit einer festen Laufzeit von zehn Jahren. Der Kredit war jährlich per 15. September zu 73⁄4 % zu verzinsen. Die Zürcher Kantonalbank hatte seitens der Gläubiger die Federführung für diesen Kredit inne. Der Kreditanteil der Solothurner Kantonalbank wurde am 16. September 1994 von der Zürcher Kantonalbank übernommen. Die SAirGroup AG (nachfolgend: SAir) entstand im Jahre 1997 als Rechtsnachfolgerin der Swissair und war ab 1998 Schuldnerin des Konsortialkredites. Am 17. September 2001 leistete die SAir die fällige Zinszahlung von Fr. 2'337'916.65.
B. Am 2. Oktober 2001 musste die SAir ihren Flugbetrieb einstellen (sogenanntes Grounding). Auf deren Ersuchen bewilligte das Bezirksgericht Zürich der SAir am 5. Oktober 2001 die provisorische Nachlassstundung. Der vorgeschlagene Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung wurde am 20. Juni 2003 bestätigt, welche Verfügung am 26. Juni 2003 in Rechtskraft erwachsen ist.
C. Mit Zirkularbeschluss vom 23. März 2005 verzichtete der Gläubigerausschuss der SAir auf die Geltendmachung der Anfechtungsansprüche gegen die eingangs aufgeführten Kantonalbanken und trat sie im Betrag der Zinszahlung vom 17. September 2001 an 50 Obligationäre ab, welche sie ihrerseits an die IG Swissair Obligationäre GmbH (nachfolgend: IG) abtraten.
D. Am 12. September 2005 reichte die IG beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Zürcher Kantonalbank gestützt auf <ref-law> eine Forderungsklage über Fr. 2'337'916.64 ein, eventualiter sei diese und die weiteren eingangs aufgeführten Kantonalbanken für ihren jeweiligen Konsortialanteil an der erhaltenen Zinszahlung solidarisch zur Rückzahlung zu verpflichten. Die Forderung sei zu 5 % seit dem 17. September 2001 zu verzinsen. Mit Urteil vom 27. September 2007 wies das Handelsgericht die Klage ab. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde am 8. Oktober 2008 ab, soweit darauf einzutreten war.
E. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 31. Oktober 2008 ist die IG (nachfolgend: Beschwerdeführerin) an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt die Aufhebung des handelsgerichtlichen Urteils und erneuert die im kantonalen Verfahren erhobenen Forderungsbegehren gegen die eingangs aufgeführten Kantonalbanken (nachfolgend: Beschwerdegegnerinnen). Eventualiter wird die Rückweisung an die Vorinstanz verlangt. Die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen mit einem Streitwert über Fr. 30'000.--, womit die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Er wurde vom Handelsgericht des Kantons Zürich gefällt, welches Fachgericht als einzige kantonale Instanz amtet, und erweist sich als letztinstanzlich, soweit die Beschwerdeführerin die Verletzung von Bundesrecht rügt (Art. 75 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b BGG sowie <ref-law>/ZH). Nicht angefochten ist der anschliessend ergangene Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts des Kantons Zürich.
1.2 Das Bundesgericht ist an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Folglich ist es weder an die in der Beschwerde vorgetragenen Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann die Beschwerde auch aus einem andern als dem angerufenen Grund gutheissen und mit einer andern Begründung als derjenigen der Vorinstanz abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Die Anfechtungsklage gemäss <ref-law> ist ein im Dienst der Gläubigergleichbehandlung stehendes Instrument, bei dem es um die Rückführung von aus vollstreckungsrechtlicher Sicht unrechtmässig entäussertem Substrat geht, indem bestimmte Handlungen des Schuldners, die während einer gesetzlich festgelegten Verdachtsperiode vorgenommen worden sind, auf der vollstreckungsrechtlichen Ebene unbeachtlich bleiben, wenn tatsächlich der Konkursfall eingetreten ist oder ein Gläubiger einen Pfändungsverlust erlitten hat. Die betreffenden Rechtsgeschäfte bleiben zwar zivilrechtlich gültig, aber die übertragenen Vermögenswerte werden der Zwangsvollstreckung zugeführt (vgl. Art. 285 Abs. 1 und Art. 291 Abs. 1 SchKG).
Durch die Rückführung von Vollstreckungssubstrat in die Masse wird die dem Insolvenzrecht zugrunde liegende Maxime der Gläubigergleichbehandlung (<ref-law>, unter Vorbehalt von <ref-law>) gewissermassen auf die Verdachtsperiode vorverlagert. In diesem Stadium kann jedoch die Gleichbehandlung der Gläubiger weder absolute Maxime noch Selbstzweck sein; insofern handelt es sich bei der Anfechtungsklage um einen Ausnahmetatbestand, der seiner Natur nach restriktiv zu handhaben ist. Es darf insbesondere nicht aus den Augen verloren gehen, dass zivilrechtliches Handeln immer auch vor dem Hintergrund der Insolvenzbeständigkeit vor sich geht. Es ist im Geschäftsverkehr einerlei, ob ein Rechtsgeschäft durch eine allfällige Anfechtungsklage zivilrechtlich dahinfällt oder ob lediglich die Vollstreckung in die empfangenen Vermögenswerte zu dulden ist; unabhängig von der rechtlichen Ausgestaltung des Institutes der Anfechtung bzw. von der technischen Umsetzung ist das Vertrauen in die Beständigkeit zivilrechtlich gültig geschlossener Verträge und damit die Rechtssicherheit betroffen.
In diesem Sinn geht es beim Institut der Anfechtungsklage nicht darum, den Schuldner faktisch seiner Handlungsfähigkeit zu berauben und ihn zu immobilisieren, zumal damit in der Regel seine sofortige Konkursreife herbeigeführt würde, was selten im Interesse der Gläubigergesamtheit liegen dürfte. Dem Schuldner muss mit anderen Worten selbst in schwierigen Zeiten bzw. bei finanziell angespannter Lage eine normale Geschäftstätigkeit möglich sein (Urteil 5A_386/2008, E. 4.3), und auch sachlich motivierte Entscheide des Schuldners im Rahmen dieser Tätigkeit können naturgemäss eine Ungleichbehandlung der Gläubiger beinhalten. Die Anfechtungsklage soll dort greifen, wo es um unlautere Machenschaften geht, wie es namentlich der Fall ist, wenn Vollstreckungssubstrat beiseite geschafft worden ist, das sich bei normalem Geschäftsgebaren in der Masse noch vorgefunden hätte.
3. Vorliegend wird die Absichtspauliana gemäss <ref-law> angerufen. Nach dieser Norm sind alle Rechtshandlungen anfechtbar, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Pfändung oder Konkurseröffnung in der dem andern Teile erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen. Der Absichtsanfechtung unterliegen gemäss <ref-law> auch Rechtshandlungen, die der Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommen hat.
Neben der Schädigungsabsicht und deren Erkennbarkeit setzt die Absichtsanfechtung zudem voraus, dass die angefochtene Handlung des Schuldners die Gläubiger auch tatsächlich schädigt. Denn die Anfechtung bezweckt, Vermögenswerte der Zwangsvollstreckung zuzuführen, die ihr durch eine Rechtshandlung gemäss Art. 286-288 SchKG entzogen worden ist (<ref-law>). Mit andern Worten, es geht um die Wiedergutmachung eines den Gläubigern zugefügten wirtschaftlichen Nachteils (so bereits <ref-ruling> E. 3 S. 33). Alle drei Voraussetzungen hat zu beweisen, wer aus der Erfüllung des Tatbestandes Rechte ableitet, in der Regel also der Anfechtungskläger und hier die Beschwerdeführerin (<ref-ruling> E. 2 S. 454). Ist dies der Fall, so wird das in Frage stehende Rechtsgeschäft keineswegs ungültig. Hingegen hat der Anfechtungsbeklagte die Verwertung seiner Sache zu dulden. Geht es im konkreten Fall um einen Geldbetrag, so läuft es auf eine Rückzahlung des Empfangenen hinaus (<ref-ruling> E. 3 S. 268).
An einer Schädigung fehlt es in der Regel, wenn die angefochtene Rechtshandlung im Austausch gleichwertiger Leistungen besteht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 455; <ref-ruling> E. 6.1.2 S. 280). Das Bundesgericht hat den Austausch von Leistungen mit Blick auf die Wahrung des Vollstreckungssubstrates zumeist aufgrund der zeitlichen Abfolge beurteilt. Erfolgte die Leistung vorgängig oder gleichzeitig, so liegt in der Regel keine Gläubigerschädigung vor, wenn sie gleichwertig ist. Dies wurde im Hinblick auf die Gewährung eines Darlehens bei Bestellung eines Pfandes (BGE 53 III 79) sowie beim Verkauf einer Sache (BGE 79 III 175) entschieden. Eine nachträgliche Leistung wird hingegen meist nicht als gleichwertige Gegenleistung betrachtet. So befand das Bundesgericht bei der Zahlung von bereits gelieferter Ware (BGE <ref-ruling> E. 6.3) und der Begleichung von schon beanspruchten Dienstleistungen (<ref-ruling> E. 4). Der erwähnte zeitliche Zusammenhang ist in der Lehre nicht ohne Kritik geblieben (Vogt, Krisenmanagement unter dem Damoklesschwert der paulianischen Anfechtung, GesKR 2009, S. 176). Gleichwohl kann dieser Ansatz durchaus hilfreich sein bei der Umschreibung der gleichwertigen Gegenleistung und dient damit einer vertretbaren Erfassung der Gläubigerschädigung.
4. Die Vorinstanz hat die Frage der Gläubigerschädigung aufgeworfen und für den konkreten Fall bejaht. Zwar schliesst sich die Beschwerdeführerin diesem Standpunkt ohne weitere Begründung an. Das Bundesgericht hat indes das Recht von Amtes wegen anzuwenden und entsprechend die Anspruchsvoraussetzungen einer Anfechtung von sich aus zu prüfen (<ref-law>).
Die Beschwerdegegnerinnen setzen sich in ihrer Vernehmlassung denn auch eingehend mit dem Tatbestandselement der Gläubigerschädigung auseinander, weshalb ihr rechtliches Gehör gewahrt bleibt bzw. es an einem unfairen "Überraschungsmoment" fehlt, wenn das Bundesgericht den vorliegenden Fall unter diesem Gesichtspunkt beurteilt.
4.1 Nach Ansicht der Vorinstanz besteht beim entgeltlichen Darlehen ein Austauschverhältnis, indem der Darleiher dem Borger Geld zur Verfügung stelle und der Borger dafür als Entgelt einen Zins leiste. Der Zins stelle jedoch keine gleichwertige Gegenleistung dar, womit das Vollstreckungssubstrat durch dessen Zahlung gemindert werde. Dass die Nichtleistung des Zinses zur Darlehenskündigung geführt hätte, sei hier nicht massgeblich. Die Nichtkündigung stelle nämlich keine Gegenleistung dar. Dem angefochtenen Urteil kann im Grunde genommen nicht entnommen werden, weshalb die Zinszahlung keine gleichwertige Gegenleistung darstellen sollte und sie zur Gläubigerschädigung führe. Die Vorinstanz weist lediglich darauf hin, dass unter Umständen etwas anderes gelten könnte, wenn ein Borger mit dem Darlehen einen Ertrag in der Höhe der geschuldeten Zinsen erwirtschafte und dadurch die Aktiven zu Gunsten der Gläubiger vermehre. Ein solcher Spezialfall kann allenfalls bei einem Privaten oder einer Unternehmung eintreten, der sich bei der Bank für ein konkretes Vorhaben Geld leiht und damit einen wirtschaftlichen Erfolg erzielt. Bei einem Unternehmenskredit zur Finanzierung laufender Geschäfte wird jedoch kaum je feststellbar sein, ob der Darlehensbetrag gewinnbringend verwendet worden ist. Nach Ansicht der Vorinstanz führt die Zinszahlung für einen solchen Unternehmenskredit zu einer Vermögensverminderung und stellt daher eine Gläubigerschädigung dar. Ob dadurch allenfalls eine gleichwertige Gegenleistung erbracht wird, wird gleichsam stillschweigend verneint.
4.2 Das Bundesgericht hat die Darlehensrückzahlung an den Gläubiger, dem weder ein Konkursprivileg noch ein dingliches Vorrecht zusteht, als Schädigung der übrigen Gläubiger beurteilt, da das Vollstreckungssubstrat vermindert und der befriedigte Gläubiger gegenüber dem verbleibenden Gläubiger begünstigt werde. Dass die Rückzahlung in Erfüllung einer vertraglichen Verpflichtung erfolgte, lasse sie gleichwohl nicht zur Gegenleistung für die Gewährung des Darlehens werden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 455 m.H.). Nicht entschieden wurde bisher, ob und inwieweit die Leistung von Darlehenszinsen zu einer Rückzahlung aufgrund einer Anfechtungsklage nach <ref-law> führen kann. Hier ist die zeitgerechte Überweisung von fälligen Darlehenszinsen von der nachträglichen Zahlung aufgelaufener Zinsen zu unterscheiden. Ebenso wird die Leistung gar höherer Zinsen als ursprünglich von den Parteien vereinbart einer speziellen Prüfung allenfalls im Lichte von <ref-law> zu unterziehen sein. Dabei wird das bereits erwähnte Kriterium des zeitlichen Zusammenhangs auch in Betracht zu ziehen sein (E. 3).
4.3 Die Zahlung von Zinsen bewirkt zwar einen Abfluss finanzieller Mittel und mindert daher das Vermögen des Schuldners. Damit ist aber noch nicht gesagt, dass dieser Vorgang die Gläubigerrechte schädigt und der Empfänger daher zu einer Rückzahlung verpflichtet ist. Zwar stellt die Verabredung eines Zinses kein begriffsnotwendiges Element für den Abschluss eines Darlehensvertrages dar, da dieser entgeltlich oder unentgeltlich ausgestaltet werden kann. Typischerweise hat der Borger für die Überlassung des Wertes und damit die Entbehrung anderer Verwendungsmöglichkeiten jedoch eine Entschädigung in Form eines Darlehenszinses zu leisten (Higi, Zürcher Kommentar, Vorbemerkungen zu Art. 312-318 OR N. 16, <ref-law> N. 3 und N. 16; Schärer/Maurenbrecher, Basler Kommentar, <ref-law> N. 4a). Aus schuldrechtlicher Sicht stellt der Darlehenszins somit eine Gegenleistung dar, welche von den Parteien nach marktüblichen Ansätzen festgelegt wird und aus dieser Sicht gleichwertig ist. Indes kommt dieser Betrachtungsweise nur hilfsweise Bedeutung zu. Massgebend ist schliesslich der vollstreckungsrechtliche Aspekt der Beeinträchtigung der Exekutionsrechte der Gläubiger (E. 3).
4.4 Im vorliegenden Fall geht es um die Zahlung des laufenden Zinses aufgrund eines Darlehensvertrages mit fester Laufzeit. Sowohl das Fälligkeitsdatum wie die Höhe des Zinses standen demnach von vornherein fest und führten zu keinen Diskussionen oder gar Abreden unter den Parteien. Der nunmehr angefochtene Vorgang wurde - wie in den Jahren zuvor - nicht nur vertragsgemäss, sondern gleichsam routinemässig abgewickelt. Der in Frage stehende Konsortialkredit beruht auf einem langjährigen Dauerschuldverhältnis, welches von beiden Seiten immer respektiert wurde. Mit der Überweisung des fälligen Zinses kurz vor der Gewährung der Nachlassstundung ist die SAir einzig ihrer Verpflichtung zur Zahlung des Entgeltes für den gewährten Kredit nachgekommen. Sie hat nicht eine nachträgliche sondern eine gleichzeitige Leistung erbracht. Die Kantonalbanken ihrerseits haben die Überweisung entgegengenommen und den Kredit aufrechterhalten. In Anbetracht der konkreten Ausgestaltung und Abwicklung des langjährigen Kreditverhältnisses ist die Zahlung des fälligen Zinses als gleichwertige Gegenleistung der Schuldnerin für das Zurverfügungstellen von betriebsnotwendigen finanziellen Mitteln zu betrachten.
Nach dem Gesagten liegen insbesondere keine Zinsmachenschaften vor, welche definitionsgemäss von unlauteren Absichten getragen sind und in der Regel der Begünstigung bestimmter Gläubiger dienen; vielmehr geht es um die automatische Begleichung fälliger Zinsen im Rahmen eines langjährigen Kreditvertrages, was unter anfechtungsrechtlichen Gesichtspunkten unbedenklich ist. Infolge Weiterführung des Kredites wurde im Übrigen die Nachlassmasse nicht durch Rückzahlung desselben geschmälert und verliert die Beschwerdeführerin bereits die Kapitalforderung bzw. erhält sie hierfür nur eine Konkursdividende, weshalb vor dem Hintergrund des Zwecks der Anfechtungsklage (vgl. E. 2) nicht einsichtig wäre, weshalb der Gläubiger die Darlehenszinsen zurückgeben soll.
4.5 Damit erübrigt sich die Prüfung der subjektiven Tatbestandvoraussetzungen von <ref-law>. Ebenso kann offen gelassen werden, ob die von den Parteien hiezu gemachten Vorbringen den Begründungsanforderungen genügen (<ref-law>).
5. Nach dem Gesagten ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss trägt die Beschwerdeführerin die Verfahrenskosten und schuldet den Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons Zürich und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli