Sachverhalt:
A. Im Juni 1999 ersuchte der Kanton Zürich als damaliger Flughafenhalter die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, um Eröffnung formeller Enteignungsverfahren zur Beurteilung der eingegangenen Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen. Diese Forderungen betreffen unter anderem zahlreiche Grundstücke in Opfikon-Glattbrugg, die im Bereich der Abflugschneise der Piste 16 liegen. Am 25. Mai 2001 wurde die unique zurich airport Flughafen Zürich AG (im Folgenden: Flughafen Zürich AG) als neue Flughafenhalterin auf ihr Gesuch hin unter Zuerkennung der Parteistellung zum Verfahren beigeladen.
Der Kanton Zürich und die Flughafen Zürich AG erhoben als Flughafenhalter und Enteigner in den Fällen von Opfikon-Glattbrugg die Einrede der Verjährung und verlangten, dass über diese in einem Teilentscheid befunden werde. Die Verjährungseinrede wurde vom Präsidenten der Schätzungskommission am 11. Juni 2003 abgewiesen. Das Bundesgericht wies die hierauf von den Enteignern ergriffene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 27. Juni 2004 ab (<ref-ruling>).
In der Folge bestimmten die Parteien und der Präsident der Schätzungskommission 18 Verfahren, die als sog. Pilotfälle vorweg behandelt werden sollten. Zu diesen zählt das Verfahren um das X._ gehörende Grundstück Kat.-Nr. 6477 (GBBl. 3026 Opfikon), Dorfstrasse 31, das eine Fläche von 1'589 m2 aufweist und auf dem ein denkmalgeschütztes ehemaliges Bauernhaus sowie zwei Schöpfe stehen.
B. Die Einigungsverfahren in den 18 Verfahren verliefen im November 2005 erfolglos. Nach Durchführung eines weiteren Schriftenwechsels wurde die Schätzungsverhandlung auf den 29. März 2006 angesetzt. An dieser forderte X._ eine Minderwertsentschädigung von 35 % des Verkehrswertes ihrer Liegenschaft nebst Zins zu den üblichen Zinssätzen. Allenfalls sei ihr eine Entschädigung für vorübergehende Überschreitung der Immissionsgrenzwerte zuzuerkennen. Die Enteigner beantragten, die Entschädigungsforderung abzuweisen; allenfalls sei der Grundeigentümerin - unter bestimmten Vorbehalten und Auflagen - eine Entschädigung nur für den Boden zuzusprechen.
Mit Entscheid vom 20. November 2006 wies die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, das Entschädigungsbegehren von X._ ab. Die Verfahrenskosten wurden den Enteignern auferlegt und diese zudem verpflichtet, der Grundeigentümerin eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
C. X._ hat beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und verlangt, dass ihr eine Minderwertsentschädigung von 30 % des Verkehrswerts ihrer Liegenschaft zugesprochen werde, wobei die Aufwendungen für die Schallschutzmassnahmen anzurechnen seien. Die Entschädigung sei als einmalige Zahlung zu leisten und ab dem dies aestimandi zu verzinsen. Im Übrigen sei die zugesprochene pauschale Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- angemessen zu erhöhen. In prozessualer Hinsicht verlangt die Beschwerdeführerin, es sei ein zweiter Schriftenwechsel, ein Augenschein durch eine Delegation des Bundesgerichts und eventualiter eine mündliche Verhandlung durchzuführen. Ausserdem habe die Oberschätzungskommission den Minderwert der Liegenschaft zu schätzen.
Die Enteigner beantragen Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Eventualiter sei lediglich eine Inkonvenienzentschädigung wegen vorübergehender Überschreitung der Immissionsgrenzwerte zuzusprechen. Subeventualiter sei der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von höchstens Fr. 43'200.-- zuzuerkennen. Die Entschädigungszahlung sei im Grundbuch einzutragen und die Zinsforderung abzuweisen.
Im zweiten Schriftenwechsel haben die Parteien an ihren Begehren und ihren Standpunkten festgehalten.
Die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, hat Antrag auf Abweisung der Beschwerde gestellt und auf weitere Bemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, ist im Jahr 2006 ergangen. Das Rechtsmittelverfahren bestimmt sich daher noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; vgl. Art. 132 des Bundesgesetzes über das Bundesgericht, AS 2006 S. 1205).
2. Wie bereits erwähnt (Sachverhalt lit. A), sind von zahlreichen Eigentümern von Grundstücken in der Gemeinde Opfikon-Glattbrugg Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen erhoben worden (vgl. auch <ref-ruling> Sachverhalt S. 398). Im Einvernehmen mit den Parteien hat daher die Schätzungskommission 18 Verfahren ausgewählt, um wegweisende Entscheide zu fällen, welche (nach altem Verfahrensrecht) allenfalls direkt dem Bundesgericht unterbreitet werden könnten. In diesen 18 Fällen geht es um Liegenschaften unterschiedlicher Natur, so um Einfamilienhäuser, Mehrfamilienhäuser, Geschäftshäuser, öffentliche Gebäude, landwirtschaftliche Bauten und unüberbauten Boden. In all den Verfahren sind aber vor Bundesgericht prinzipielle Rechtsfragen aufgeworfen worden, von denen - unabhängig von den besonderen Eigenschaften der einzelnen Grundstücke - die Anerkennung der Entschädigungspflicht überhaupt oder das Vorgehen bei der Entschädigungsfestsetzung abhängt. Das Bundesgericht hat über den Grossteil dieser Fragen im Leitentscheid vom 8. Februar 2008 befunden. Soweit die dort angestellten Überlegungen hier nur zusammengefasst wiedergegeben werden, kann auf jenes Urteil verwiesen werden (<ref-ruling>).
3. Die Beschwerdeführerin hat den formellen Beweisantrag gestellt, dass ein Experte der EMPA beauftragt werde, die durch FLULA2 (Fluglärmsimulationsprogramm) für den alten Dorfkern Opfikon ermittelte Lärmbelastung nochmals zu überprüfen. Dieser Antrag ist im Laufe des bundesgerichtlichen Verfahrens zurückgezogen worden. Auch die Vornahme weiterer Instruktionsmassnahmen, wie sie von beiden Seiten verlangt worden sind, erweist sich gemäss den folgenden Erwägungen als nicht notwendig.
4. Wie in den übrigen Fällen ist hier zunächst umstritten, ob die Liegenschaft der Beschwerdeführerin durch direkte Überflüge betroffen werde und sich schon aus dieser Eigentumsverletzung ein Entschädigungsanspruch ergebe. Die Schätzungskommission hat einen solchen Anspruch verneint, da - wie das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3.2 S. 149 dargelegt habe - die Abflüge nicht zu den gleichen Einwirkungen wie die Landeanflüge führten. Im Weiteren werde bei der hier fraglichen Liegenschaft die kritische Höhe für einen eigentlichen Überflug klar überschritten.
Die Enteigner stimmen den Ausführungen der Schätzungskommission zu und bezeichnen die Entschädigungsforderung für Überflug zudem als verjährt. Die Beschwerdeführerin bringt vor, eine Entschädigung sei schon dann geschuldet, wenn ein Grundstück nur selten oder sogar bloss einmal überflogen werde, wobei auch nahe seitliche Vorbeiflüge mit in Betracht zu ziehen seien. Sie bestreitet ausserdem, dass die von der Flughafenhalterin vorgelegten Aufzeichnungen der Flugspuren repräsentativ und zuverlässig seien.
4.1 Das Bundesgericht spricht vom enteignungsrechtlich relevanten "eigentlichen Überflug" (Überflug stricto sensu), wenn die Flugzeuge derart tief unmittelbar über ein Grundstück fliegen, dass der nach <ref-law> dem Grundeigentum zuzurechnende Luftraum verletzt wird (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 332; <ref-ruling> E. 4 S. 352 ff.; <ref-ruling> E. 8 S. 494; <ref-ruling> E. 5d S. 557; <ref-ruling> E. 2 S. 74 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 145). Geht es somit um ein direktes Eindringen in das Grundeigentum und nicht um eine im Sinne von <ref-law> mit übermässigen Einwirkungen verbundene Nutzung eines Nachbargrundstücks, so spielen die in der Rechtsprechung für diesen Fall aufgestellten Voraussetzungen der Unvorhersehbarkeit und der Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des Schadens keine Rolle. Ein enteignungsrechtlicher Entschädigungsanspruch für Überflug erwächst dem Grundeigentümer indes nur dann, wenn die Flugzeuge tatsächlich in die Luftsäule über seinem Grundstück eindringen und dies in einer derart geringen Höhe, dass seine schutzwürdigen Interessen an der ungestörten Nutzung seines Eigentums betroffen werden. Zudem wird in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine gewisse Regelmässigkeit solchen Eindringens in den zum Grundeigentum gehörenden Luftraum verlangt ("passage régulier" vgl. BGE <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355 und <ref-ruling> E. 2.2 S. 75). Nur vereinzelte Überflüge ("atteinte trop occasionnelle" vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 151) lassen keinen enteignungsrechtlichen Entschädigungsanspruch entstehen.
4.2 Gemäss bundesgerichtlicher Praxis kann somit nur von einem eigentlichen Überflug die Rede sein, wenn ein Flugzeug ganz oder teilweise (etwa mit einem Flügel) in die Luftsäule über dem fraglichen Grundstück eindringt. Bei seitlichen Vorbeiflügen - so beeindruckend diese auch sein mögen - wird das Grundeigentum nicht berührt und sind die Einwirkungen nur unter dem Gesichtswinkel einer Nachbarrechtsverletzung zu prüfen.
Der Auffassung der Beschwerdeführerin, wonach die Häufigkeit der Ausübung einer Dienstbarkeitsberechtigung für die Entschädigungspflicht zivilrechtlich nicht massgeblich sei und eine solche auch hier schon bei einem einzigen Durchflug entstehe, ist ebenfalls nicht zu folgen. Wohl hat das Bundesgericht die Inanspruchnahme des zum Grundeigentum gehörenden Luftraums beim eigentlichen Überflug mit der Belastung durch ein Durch- oder Überflugsservitut verglichen (vgl. etwa BGE <ref-ruling> E. 2.8 S. 80 "assimiler en quelque sorte"). Es ist jedoch immer klargestellt worden, dass dieser Eingriff in das Grundeigentum - da er durch ein mit dem Enteignungsrecht ausgestattetes Unternehmen erfolgt - nicht zivilrechtliche, sondern enteignungsrechtliche Folgen habe. So fallen die im ZGB dem Grundeigentümer oder dem Nachbarn zur Verfügung gestellten Abwehrrechte dahin und richtet sich auch der Entschädigungsanspruch nach den enteignungsrechtlichen und nicht nach den zivilrechtlichen Regeln. Der Hinweis der Beschwerdeführerin auf die zivilrechtlichen Prinzipien über die Ausübung und Abgeltung von Dienstbarkeiten geht demnach an der Sache vorbei.
4.3 Die Beschwerdeführerin vertritt nebenbei die Auffassung, als Überflugkorridor müsse das ganze Gebiet gelten, in welchem Randwirbelschleppen aufträten und deshalb die Dachziegel verklammert worden seien. Auf dieses Vorbringen ist schon deshalb nicht einzugehen, weil Randwirbelschleppen nur bei Landeanflügen entstehen. Im Streite liegt aber im vorliegenden Fall allein die Frage, ob und welche Entschädigung für die mit den Abflügen ab Piste 16 verbundenen Beeinträchtigungen geschuldet sei.
4.4 Die Enteigner ersuchen das Bundesgericht, die kritische Flughöhe für den eigentlichen Überflug ein für allemal zu bestimmen.
Nach <ref-law> erstreckt sich das Eigentum an Grund und Boden nach oben und unten auf den Luftraum und das Erdreich, soweit für die Ausübung des Eigentums ein Interesse besteht. Wie gross diese räumliche Ausdehnung ist, lässt sich nicht in allgemein gültiger Weise festlegen, sondern bestimmt sich von Fall zu Fall nach den konkreten Umständen und dem schutzwürdigen Interesse des Eigentümers, diesen Raum selbst zu nutzen oder zu beherrschen und das Eindringen anderer abzuwehren. Das Bundesgericht hat es daher - in der zivilrechtlichen und in der enteignungsrechtlichen Praxis - stets abgelehnt, generell zu bestimmen, auf welcher Höhe ein Flugzeug in die Interessenssphäre der Grundeigentümer und damit in das Grundeigentum selbst eindringe. Dies hange von der Nutzung und Lage der konkret betroffenen Liegenschaft, aber auch von der Art und Grösse der Flugzeuge und den entsprechenden Auswirkungen des Überflugs ab (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 146, E. 3.2.2 und 3.2.3 S. 150 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 76; <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355; <ref-ruling> E. 2 S. 89 f., je mit Hinweisen). Indessen lässt sich aufgrund der bereits ergangenen Entscheide die kritische Höhe des Überflugs über Wohngebieten etwas eingrenzen. Eigentliche Überflüge sind bei landenden Grossraumflugzeugen bejaht worden, welche Wohnliegenschaften in der Höhe von 125 m oder darunter überqueren (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 147 mit Hinweisen). Dagegen ist festgestellt worden, dass Überflüge solcher Maschinen in der Höhe von mindestens 400 m das Grundeigentum nicht verletzen (BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150 und E. 3.2.3 S. 151; s.a. BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495). Ebenfalls zu keinem Eingriff führten vereinzelte Flüge insbesondere kleinerer Maschinen in der Höhe von etwa 220 m bzw. 250 m (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150). Anhand dieser Kriterien lässt sich im vorliegenden Fall die Frage des Überflugs stricto sensu beantworten und besteht kein Anlass zu weiteren Abgrenzungen.
4.5 Die von der Beschwerdeführerin kritisierten Aufzeichnungen der Flugspuren der Starts ab Piste 16 in der Woche vom 16. bis 22. Mai 2006 sind im bundesgerichtlichen Verfahren durch die Überflugsdaten zweier weiterer Wochen (9. bis 16. Januar 2006 und 17. bis 23. Juli 2006) ergänzt worden. Für die Darstellung der Überflugsituation wurden gemäss den Ausführungen der Enteigner die Multilaterationsdaten des Bodenradars SAMAX verwendet. Die Daten stammen von Skyguide und sind zur Auswertung direkt dem Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR) übermittelt worden. Die Beschwerdeführerin bestreitet weiterhin, dass die Aufzeichnungen genau und aussagekräftig seien. Entgegen ihrer Meinung kann jedoch auf die ermittelten Flugspuren abgestellt werden, da diese im Lichte der anwendbaren Kriterien ein genügendes Bild der Überflugsituation abgeben und gewisse Messunsicherheiten ohnehin nicht ausgemerzt werden können.
4.6 Das Grundstück der Beschwerdeführerin liegt, um rund 700 m von der Pistenachse verschoben, über 2 km vom Ende der Piste 16 entfernt. In diesem Bereich sind die Abflüge der nach Osten abdrehenden Flugzeuge gemäss den Aufzeichnungen der Flugspuren bereits breit gestreut. Das Grundstück der Beschwerdeführerin wird nur gelegentlich direkt überflogen. Der Grossteil der Flugzeuge erreicht hier eine Höhe von über 500 m oder jedenfalls - bei sehr hohen Temperaturen - von über 400 m. Nur vereinzelt werden auch Flüge in einer Höhe zwischen 200 und 400 m verzeichnet. Im vorliegenden Fall kann somit, wie die Schätzungskommission zu Recht erkannt hat, von eigentlichen Überflügen - d.h. wie dargelegt von regelmässigen direkten Überflügen in geringer Höhe - nicht die Rede sein. Daran ändert auch nichts, wenn hier, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, einzelne tiefere Abflugspuren auf Starts von schlechter steigenden Grossflugzeugen zurückzuführen sind. Dem Begehren um Zusprechung einer Entschädigung für eigentlichen Überflug kann demnach nicht stattgegeben werden. Die Prüfung der Verjährungsfrage erübrigt sich.
5. Zu untersuchen bleibt, ob der Beschwerdeführerin ein Entschädigungsanspruch für die Unterdrückung ihrer nachbarlichen Abwehrrechte gegenüber Lärmeinwirkungen zustehe. Ein solcher setzt nach der Rechtsprechung voraus, dass - kumulativ - die drei Bedingungen der Unvorhersehbarkeit der Lärmimmissionen, der sog. Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des immissionsbedingten Schadens gegeben sind (vgl. etwa BGE <ref-ruling> E. 7 S. 490 ff.; <ref-ruling> E. 7.1 S. 402, E. 9.2 S. 410, E. 12 S. 414, je mit Hinweisen).
Die Schätzungskommission hält diese Voraussetzungen nur zum Teil für erfüllt. Im angefochtenen Entscheid wird ausgeführt, dass die Liegenschaft Dorfstrasse 31 seit 1933 im Eigentum zunächst des Vaters und danach der Mutter der heutigen Beschwerdeführerin gestanden habe und von dieser 2002 im Rahmen der Erbteilung übernommen worden sei. Damit sei die Voraussetzung der Unvorhersehbarkeit der Lärmimmissionen im Sinne der Rechtsprechung erfüllt. Nicht erfüllt sei dagegen die Voraussetzung der Spezialität der Einwirkungen, sei doch im vorliegenden Fall der massgebende Immissionsgrenzwert nur vorübergehend, das heisst während gut fünf Jahren, überschritten worden. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung müssten bloss vorübergehende Einwirkungen entschädigungslos geduldet werden; allerdings sei nicht definiert worden, ab welcher Dauer eine Entschädigungspflicht entstehe. Der hier fragliche Zeitraum von etwas über fünf Jahren könne jedoch nach Überzeugung der Schätzungskommission nicht als dauerhaft gelten und begründe daher keinen Entschädigungsanspruch. Im Übrigen liege auch kein schwerer Schaden vor. Bei der hier umstrittenen Liegenschaft handle es sich in zweifacher Hinsicht um einen Spezialfall. Einerseits sei der Umschwung derart gross, dass eine selbständige Parzelle abgetrennt und als Bauland genutzt werden könne. Andererseits stehe das ehemalige Bauernhaus, das zwei Wohnungen aufweise, seit 1987 unter Denkmalschutz. Die beiden Wohnungen seien räumlich nicht getrennt und würden von Familienangehörigen der Beschwerdeführerin genutzt. Mietverträge seien nicht vorhanden. Umbauten, um Mehrnutzungen zu erzielen, seien unter der Schutzverfügung nur sehr beschränkt möglich. Durch die vorübergehend übermässigen Lärmimmissionen sei jedenfalls der Gesamtwert der Liegenschaft nicht erheblich beeinträchtigt worden. Die Ausnützung der Baulandreserve könne grundsätzlich jederzeit erfolgen, werde aber namentlich durch die denkmalpflegerischen und nutzungsplanerischen Rahmenbedingungen sehr stark eingeschränkt. Der Fluglärm stelle jedoch kein Hindernis dar. Demnach sei auch die Voraussetzung des Eintritts eines schweren Schadens nicht erfüllt.
Die Beschwerdeführerin wendet gegen diese Überlegungen ein, dass bei der Beurteilung der Spezialität der Immissionen und damit des Entschädigungsanspruchs nicht auf die am Stichtag herrschende, sondern auf die geplante künftige Schallbelastung abzustellen sei. Selbst wenn dem nicht so wäre, sei ihr wenigstens für die temporäre übermässige Belastung eine Entschädigung geschuldet.
6. Die Voraussetzung der Spezialität ist nach ständiger Praxis insbesondere dann gegeben, wenn die Lärmimmissionen eine Intensität erreichen, die das Mass des Üblichen und Zumutbaren übersteigt. Dies ist nach neuerer Rechtsprechung regelmässig anzunehmen, falls die in der eidgenössischen Umweltschutzgesetzgebung festgelegten Immissionsgrenzwerte überschritten sind (vgl. etwa <ref-ruling> E. 12.2 S. 415 mit Hinweisen).
Es wird von der Beschwerdeführerin nicht mehr bestritten und darf als erwiesen gelten, dass die Lärmbelastung im fraglichen Gebiet ab 1999 abgenommen hat und im Jahre 2002 unter den Immissionsgrenzwert von 65 dB(A) gefallen ist, der im Anhang 5 zur Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) für die ES III während des Tages (06.00 bis 22.00 Uhr) festgelegt wird. Die Beschwerdeführerin bringt jedoch wie gesagt vor, dass nicht auf die effektive Schallbelastung, sondern auf die Planungen der Flughafenhalterin, nämlich auf die im Umweltverträglichkeitsbericht zum "Vorläufigen Betriebsreglement" wiedergegebenen Lärmbelastungen abzustellen sei. Nach diesen Karten werde in Zukunft in weiten Teilen von Opfikon der Immissionsgrenzwert für die ES III überschritten. Die Enteigner weisen darauf hin, dass die Lärmkurven-Karten auf Prognose-Werten beruhten und das Eintreten dieser Belastungen noch keineswegs sicher sei.
6.1 Die von der Beschwerdeführerin zu den Akten gegebenen Lärmbelastungs-Karten des Umweltverträglichkeitsberichts zum "Vorläufigen Betriebsreglement" vermögen angesichts des kleinen Massstabes (1:150'000) keinen genauen Aufschluss über die erwartete künftige Lärmbelastung im Gebiet um den alten Ortskern von Opfikon zu geben. Insofern erscheint die Behauptung, die Flughafenhalterin rechne selbst mit erneuten Lärmbelastungen über 65 dB(A), als nicht belegt. Allerdings bestünde für die Flughafenhalterin durchaus die Möglichkeit, das Enteignungsverfahren auf nachbarliche Abwehrrechte gegenüber künftigen stärkeren Lärmimmissionen auszudehnen, die infolge betrieblicher Änderungen aller Voraussicht nach eintreten werden (vgl. sinngemäss Art. 4 lit. a des Bundesgesetzes über die Enteignung [EntG; SR 711]). Ein solches Vorgehen böte den Vorteil, die nachbarrechtliche Auseinandersetzung endgültig zu erledigen und die Enteigneten mit der Zahlung der Entschädigung abschliessend zu verpflichten, übermässige Einwirkungen zu dulden (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 351; <ref-ruling> E. 13.2 S. 71 f.). Andererseits ist weder der Enteigner noch der Enteignungsrichter gehalten, bei der Ermittlung des für die Entschädigung massgebenden Lärmpegels einer künftigen Zu- oder Abnahme übermässiger Immissionen Rechnung zu tragen, deren Eintritt nicht mit Sicherheit oder grösster Wahrscheinlichkeit feststeht (<ref-ruling> E. 13.3 und 13.4 S. 72 f.). Nun ist das vorliegende Enteignungsverfahren im Anschluss an die Einführung der sog. 4. Welle (von Abflügen ab Piste 16) im Herbst 1996 angehoben (vgl. <ref-ruling> E. 12.3.1 S. 420 f.) und das Betriebsreglement für den Flughafen Zürich seither mehrmals provisorisch geändert worden. Wie sich der künftige Betrieb abspielen wird, steht angesichts des immer noch nicht abgeschlossenen Sachplanverfahrens (Sachplan für Infrastruktur der Luftfahrt SIL), wie die Enteigner zu Recht geltend machen, noch keineswegs fest. Es kann daher im vorliegenden Verfahren nicht mit hinreichender Sicherheit davon ausgegangen werden, dass die Lärmbelastung im fraglichen Gebiet den Immissionsgrenzwert der ES III in Zukunft erneut und andauernd überschreiten werde.
6.2 Demzufolge ist bei der Ermittlung der für den Entschädigungsanspruch massgebenden Lärmbelastung auch im vorliegenden Fall grundsätzlich von der Situation im Schätzungszeitpunkt auszugehen und sind nur Tatsachen zu berücksichtigen, die in diesem Zeitpunkt bereits gegeben oder voraussehbar waren bzw. in naher Zukunft eingetreten sind (<ref-ruling> E. 13.3 S. 72). Wie bereits dargelegt, hat die Lärmbelastung relativ kurze Zeit nach dem Stichtag abgenommen und ist nach rund fünf Jahren unter den für die ES III massgeblichen Immissionsgrenzwert gefallen. Es handelt sich somit bei der Lärmabnahme um eine Tatsache, die sich aus der Sicht des Schätzungszeitpunktes in naher Zukunft - noch während des Schätzungsverfahrens - ergeben hat. Dieser Tatsache darf und muss bei der Beurteilung des Entschädigungsanspruchs Rechnung getragen werden. Es ist demnach festzustellen, dass im vorliegenden Fall die Voraussetzung der Spezialität der Lärmeinwirkungen nur vorübergehend, während rund fünf Jahren, erfüllt war.
Soweit die Beschwerdeführerin übrigens geltend macht, der alte Dorfkern von Opfikon müsste eigentlich der ES II zugeordnet werden, ist darauf hinzuweisen, dass nach Art. 9 der Bau und Zonenordnung der Stadt Opfikon vom 24. September 1995 in der Kernzone Läden, Gaststätten, Wohnungen, landwirtschaftliche Betriebe und mässig störendes Gewerbe zugelassen sind und für solche Quartiere gemäss <ref-law> die ES III gilt.
7. Das Bundesgericht hat sich mit der Frage, welche Entschädigungsgrundsätze bei vorübergehenden Beeinträchtigungen durch den Bau oder Betrieb öffentlicher Werke zu gelten haben, schon verschiedentlich auseinandergesetzt. Die meisten dieser Fälle betreffen Störungen, die von Bauarbeiten herrühren. Seltener sind die Entscheide über vorübergehende Beeinträchtigungen durch den Werkbetrieb.
7.1 Nach ständiger Praxis haben die Nachbarn öffentlicher Werke vorübergehende Störungen, die sich aus Bauarbeiten ergeben, in der Regel entschädigungslos hinzunehmen. Ersatz ist nur zu leisten, wenn die Einwirkungen ihrer Art, Stärke und Dauer nach aussergewöhnlich sind und zu einer beträchtlichen Schädigung der Nachbarn führen (<ref-ruling> mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3 S. 357 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2 S. 16 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 436). Dagegen gelten die Voraussetzungen der Unvorhersehbarkeit und der Spezialität der Einwirkungen, die für die Abgeltung von Immissionen aus dem Betrieb öffentlicher Werke verlangt werden (vgl. oben E. 5), für die Beeinträchtigungen durch Baustellen nicht (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 16 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 435).
7.2 Im Urteil E.8/1981 vom 16. Juli 1984 ging es um die Entschädigungsforderung für vorübergehend übermässigen Lärm einer Nationalstrasse, die nachträglich mit einer Lärmschutzwand ausgestattet wurde (vgl. <ref-ruling> E. 4b/aa S. 571). Das Bundesgericht wies auf die erwähnte Rechtsprechung über Bauarbeiten hin und erwog, dass grundsätzlich das Gleiche gelten müsse, wenn sich die vorübergehenden Beeinträchtigungen aus dem normalen Betrieb eines öffentlichen Werks ergäben: Sei die Frist bis zur Ergreifung der Schutzmassnahmen relativ kurz, könne den Nachbarn zugemutet werden, die vorübergehende Störung entschädigungslos zu dulden. Dauerten die Beeinträchtigungen dagegen länger an und seien sie übermässig, so müssten für die vorübergehende Unterdrückung der nachbarlichen Abwehrrechte die gleichen Entschädigungsregeln angewandt werden wie bei der definitiven Enteignung. Der Eigentümer einer Strasse oder einer Bahn werde demnach für die bis zum Bau von Schutzvorrichtungen vorübergehend auftretenden Immissionen entschädigungspflichtig, wenn diese während längerer Zeit andauerten, für den Nachbarn nicht voraussehbar gewesen seien, ihn in spezieller Weise träfen und einen schweren Schaden verursachten.
Die Frage, ob eine Einbusse von 10 % des jährlichen Mietertrags während höchstens zwei bis drei Jahren genüge, um im Hinblick auf den Gesamtwert der Liegenschaft einen schweren Schaden anzunehmen, ist im Entscheid vom 16. Juli 1984 offen gelassen worden, da auch dieser Schaden nicht nachgewiesen wurde.
7.3 In <ref-ruling> E. 4b/aa S. 570 f. hat das Bundesgericht angesichts der eingeführten umweltschutzrechtlichen Lärmbekämpfungs- und Sanierungsvorschriften dargelegt, dass die Nachbarn öffentlicher Anlagen Lärmeinwirkungen über dem Immissionsgrenzwerten während den vom Bundesrat festgelegten Sanierungsfristen zu dulden hätten. Der Betreiber einer öffentlichen Anlage - im konkreten Fall einer Nationalstrasse - könne daher vor Ablauf dieser Frist grundsätzlich auch nicht zu einer Enteignungsentschädigung verpflichtet werden. Seit Erlass der Umweltschutzgesetzgebung müsse sich das für die Entschädigungspflicht massgebende Kriterium der Dauer der Einwirkungen nach den Sanierungsvorschriften im Umweltschutzgesetz und in der Lärmschutz-Verordnung richten. Solange die Sanierungsfrist noch laufe, könne im allgemeinen nicht gesagt werden, die Einwirkungen seien im enteignungsrechtlich relevanten Sinne ihrer Dauer nach aussergewöhnlich.
Allerdings ist das Bundesgericht bei diesen Erwägungen davon ausgegangen, dass die Frist zur lärmschutzrechtlichen Sanierung der Nationalstrassen im Jahre 2002 auslaufe. Mit allfälligen entschädigungsrechtlichen Folgen von Fristverlängerungen hat es sich nicht befasst. Dagegen ist in <ref-ruling> E. 10 S. 412 f. präzisiert worden, dass ein enteignungsrechtlicher Entschädigungsanspruch unter Umständen auch während einer noch laufenden umweltschutzrechtlichen Sanierungsfrist entstehen könne. Die bevorstehende Sanierung einer Verkehrsanlage vermöge das Entstehen eines solchen Anspruchs nur zu hemmen, wenn feststehe oder höchst wahrscheinlich sei, dass durch Massnahmen an der Quelle übermässige Immissionen vollständig beseitigt werden könnten und damit eine dauernde Unterdrückung der nachbarlichen Abwehrrechte vermieden werden könne. Sei dagegen klar, dass im laufenden oder noch durchzuführenden Sanierungsverfahren Erleichterungen gewährt und passive Schallschutzmassnahmen angeordnet werden müssen, werde der enteignungsrechtliche Anspruch nicht verdrängt. Die Zusprechung einer enteignungsrechtlichen Entschädigung falle insoweit in Betracht, als die lärmbetroffenen Liegenschaften auch nach der (umweltschutzrechtlichen) Lärmisolierung der Bauten lärmbedingt entwertet bleiben.
7.4 Im hier umstrittenen Fall ist die Tatsache, dass die übermässigen Einwirkungen nur vorübergehend aufgetreten sind, nicht auf bauliche Schutzmassnahmen, sondern auf Änderungen bzw. Schwankungen des Flugverkehrs zurückzuführen (das umweltschutzrechtliche Sanierungsverfahren wurde im Zusammenhang mit dem Ausbau des Flughafens Zürich eingeleitet und ist teils schon abgeschlossen; vgl. <ref-ruling> E. 50 S. 597; <ref-ruling> E. 8.3 S. 409 f.). Aus der bisherigen Praxis lässt sich jedoch auch für Streitigkeiten wie der vorliegenden ableiten, dass den Nachbarn öffentlicher Werke in der Regel zugemutet werden darf, vorübergehende übermässige Einwirkungen während längerer Zeit entschädigungslos hinzunehmen. Wie lange die Unterdrückung der nachbarlichen Abwehrrechte dauern muss, um abgeltbar zu werden, kann nicht in genereller Weise bestimmt werden. Ob und wann ein Entschädigungsanspruch entsteht, hängt - wie in der Rechtsprechung zu den Bauarbeiten ausgeführt worden ist - nicht nur von der Dauer, sondern auch von der Art und Stärke der Beeinträchtigung wie auch vom Ausmass des bleibenden Schadens ab. Es bleibt daher zu prüfen, ob die vorübergehende Immissionsbelastung die Nutzung der Liegenschaft des Beschwerdeführers schwer beeinträchtigt und eine erhebliche Vermögenseinbusse verursacht hat.
8. Die Beschwerdeführerin hat weder im Verfahren vor der Schätzungskommission noch im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren nähere Angaben darüber gemacht, welcher Schaden ihr konkret durch die fünfjährige übermässige Lärmbelastung ihrer Liegenschaft entstanden sei. Es ist auch nie behauptet worden, dass durch die vorübergehende Beeinträchtigung bessere Nutzungen des Grundstücks behindert oder Verkaufsabsichten durchkreuzt worden wären. Ist aber eine Vermögenseinbusse in keiner Weise belegt, so ist die Entschädigungsforderung der Beschwerdeführerin in Bestätigung des Entscheides der Schätzungskommission als unbegründet zu bezeichnen.
9. Die Beschwerdeführerin ficht schliesslich auch die von der Schätzungskommission getroffene Kosten- und Entschädigungsregelung an und stellt Antrag auf angemessene Erhöhung der ihr zugesprochenen Parteientschädigung von Fr. 4'000.--. Bei der Überprüfung der für das enteignungsrechtliche Entschädigungsverfahren festgesetzten Parteientschädigung übt das Bundesgericht jedoch nach ständiger Praxis Zurückhaltung, weil die Schätzungskommission oder deren Präsident besser in der Lage ist, die Bemühungen und Leistungen des Anwaltes zu beurteilen und den örtlichen Gebräuchen Rechnung zu tragen. Das Gericht ändert deshalb den zugesprochenen Betrag nur dann, wenn dieser als offensichtlich ungenügend oder unverhältnismässig hoch erscheint (<ref-ruling> E. 5 S. 112 mit Hinweisen).
Im angefochtenen Entscheid wird eingeräumt, dass die Führung des Verfahrens mit erheblichem Aufwand verbunden gewesen sei. Allerdings habe bis zum Entscheid der Schätzungskommission über die Verjährung vom 27. Juli 2004 der gleiche Anwalt sämtliche Enteigneten in Opfikon-Glattbrugg vertreten, welche eine Entschädigung für die Lärmbelastung durch die Abflüge ab Piste 16 verlangten. Dadurch sei der Aufwand im Einzelfall beträchtlich vermindert worden. Mit Rücksicht auf die Vielzahl der Fälle und angesichts des Umstandes, dass die kantonalen Anwaltstarife nicht anwendbar seien, rechtfertige es sich, in jedem Fall unabhängig von der Höhe der gestellten Begehren eine Pauschalentschädigung von Fr. 4'000.-- zuzuerkennen. Dieser Betrag erscheint angesichts der Besonderheit des vorliegenden Falles und der weiteren Pilotverfahren zwar als eher niedrig, aber nicht als offensichtlich ungenügend. Die Beschwerde ist auch insofern unbegründet.
Im angefochtenen Entscheid wird eingeräumt, dass die Führung des Verfahrens mit erheblichem Aufwand verbunden gewesen sei. Allerdings habe bis zum Entscheid der Schätzungskommission über die Verjährung vom 27. Juli 2004 der gleiche Anwalt sämtliche Enteigneten in Opfikon-Glattbrugg vertreten, welche eine Entschädigung für die Lärmbelastung durch die Abflüge ab Piste 16 verlangten. Dadurch sei der Aufwand im Einzelfall beträchtlich vermindert worden. Mit Rücksicht auf die Vielzahl der Fälle und angesichts des Umstandes, dass die kantonalen Anwaltstarife nicht anwendbar seien, rechtfertige es sich, in jedem Fall unabhängig von der Höhe der gestellten Begehren eine Pauschalentschädigung von Fr. 4'000.-- zuzuerkennen. Dieser Betrag erscheint angesichts der Besonderheit des vorliegenden Falles und der weiteren Pilotverfahren zwar als eher niedrig, aber nicht als offensichtlich ungenügend. Die Beschwerde ist auch insofern unbegründet.
10. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit in allen Punkten abzuweisen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Regel von Art. 116 Abs. 1 EntG entsprechend den Enteignern aufzuerlegen. Diese sind zudem zu verpflichten, dem Enteigneten für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Bei der Bemessung der Parteientschädigung darf dem Umstand Rechnung getragen werden, dass die Rechtsschriften der Grundeigentümer in den Pilotfällen über weite Teile gleich lauten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den beiden Enteignern unter solidarischer Haftbarkeit je zur Hälfte auferlegt.
3. Die beiden Enteigner haben der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer