Sachverhalt:
A.
Am 3. November 1959 erteilte der Landrat des Kantons Uri der Korporation Ursern, Andermatt, das Recht, das Wasser aus dem Oberalpsee und der Oberalpreuss im Kraftwerk Oberalp zum Zweck der Erzeugung elektrischer Energie zu nutzen, bis zum 31. Dezember 2040.
Das Wasser des Oberalpsees und der Oberalpreuss wird bei der Kote 1'885 m.ü.M. im Ausgleichsbecken Schöni gefasst und in einer Druckleitung der Zentrale des Kraftwerks Oberalp zugeführt, von wo es nach der Turbinierung wieder bei der Kote 1'466 m.ü.M in die Oberalpreuss eingeleitet wird.
B.
Mit Verfügung vom 22. Mai 2012 erliess das Amt für Umweltschutz Uri (AFU) eine Sanierungsverfügung, in der die Einhaltung gewisser Mindestdotierwassermengen (Sanierungsdotationen) angeordnet wurde. Diese führen nach den Berechnungen des AFU zu einer Produktionsminderung von 2.8 %.
Die vom AFU getroffenen Abklärungen zeigten, dass Seitengewässer aus den Gebieten Oberer Laub und Hintere Riederen der Wasserfassung Schöni über eine separate Druckleitung zugeführt werden, ohne dass hierfür eine Konzession oder eine Bewilligung vorliegt. Diese Gewässer wurden bei der Berechnung der Produktionsminderung nicht berücksichtigt.
C.
Gegen diese Verfügung erhoben die Korporation und das Elektrizitätswerk Ursern am 11. Juni 2012 Verwaltungsbeschwerde beim Regierungsrat des Kantons Uri. Der Regierungsrat wies die Beschwerde mit Beschluss vom 2. Oktober 2012 ab.
D.
Dagegen reichten die Korporation und das Elektrizitätswerk Ursern am 26. Oktober 2012 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Uri ein. Dieses wies die Beschwerde am 5. Juli 2013 ab.
E.
Dagegen haben die Korporation und das Elektrizitätswerk Ursern am 5. September 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Obergericht zurückzuweisen.
Es sei festzustellen, dass die Verfügung des AFU vom 22. Mai 2012 nichtig sei, soweit sie die Sanierungsdotation bei der Wasserfassung Schöni betreffe. Eventualiter sei die angefochtene Verfügung insoweit aufzuheben.
Die Beschwerdeführerinnen beantragen, dass vor Erlass einer neuen Sanierungsverfügung ein Verfahren betreffend die Nutzung der Seitengewässer Ober Laub/Hintere Riederen im Kraftwerk Oberalp durch den Regierungsrat zu eröffnen sei; ihnen sei dabei umfassende Möglichkeit zur Stellungnahme einzuräumen.
Eventualiter seien die Beschwerdeführerinnen in ihrem Vertrauen auf die rechtmässige Nutzung der Seitengewässer im Bereich Ober Laub/Hintere Riederen im Kraftwerk Oberalp zu schützen. Das AFU sei anzuweisen, bei der Umsetzung von Art. 80 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814.20) die Nutzung der Seitengewässer im Bereich Ober Laub/Hintere Riederen bei der Berechnung der resultierenden Produktionseinbusse mit zu berücksichtigen und die Dotierwassermenge bei der Wasserfassung Schöni so festzulegen, dass die Produktionseinbusse im gesamten Kraftwerk Oberalp 3.5 % nicht überschreitet.
F.
Die Vorinstanzen verweisen auf ihre Entscheide und verzichten auf eine weitere Stellungnahme.
Das BAFU teilt die Auffassung der Vorinstanzen, dass bei der Berechnung der Produktionsminderung und der damit einhergehenden Sanierungspflicht von der konzessionierten Wassermenge auszugehen sei, ohne Einbezug der Nebengewässer Ober Laub und Hintere Riederen. Es beanstandet, dass sich die Vorinstanzen mit einer absoluten Minimalvariante begnügt hätten, ohne zu prüfen, ob aufgrund der konkreten betrieblichen Verhältnisse des Werks eine weitergehende Produktionsminderung zumutbar wäre. Da die Expertenberichte und die Abklärungen zu den wirtschaftlichen Auswirkungen nicht vorlägen, könne dies nicht überprüft werden.
Den Parteien wurde Gelegenheit gegeben, sich zur Stellungnahme des BAFU zu äussern.

Erwägungen:
1.
Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Dagegen prüft es die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>). Eine Abänderung zu Lasten der Beschwerdeführerinnen (reformatio in peius) ist daher ausgeschlossen.
2.
Am 17. Mai 1992 hat das Schweizer Stimmvolk der Revision des Gewässerschutzgesetzes zugestimmt. Neue Wasserentnahmen aus einem Fliessgewässer sind seit dem lnkrafttreten des revidierten Gesetzes nur noch unter den Voraussetzungen von <ref-law> möglich, sie bedürfen einer entsprechenden Bewilligung. Für bestehende Wasserentnahmen trifft das Gesetz eine Übergangsregelung und verlangt, dass diese bis zum 31. Dezember 2012 saniert werden (<ref-law>).
<ref-law> verlangt, dass ein Fliessgewässer, welches durch Wasserentnahmen wesentlich beeinflusst wird, unterhalb der Entnahmestellen nach den Anordnungen der Behörde so weit saniert wird, als dies ohne entschädigungsbegründende Eingriffe in bestehende Wassernutzungsrechte möglich ist (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.7 und 2.8 S. 33 ff.). Die Behörde ordnet weitergehende Sanierungsmassnahmen an, wenn es sich um Fliessgewässer in Landschaften oder Lebensräumen handelt, die in nationalen oder kantonalen Inventaren aufgeführt sind, oder wenn dies andere überwiegende öffentliche Interessen fordern (Abs. 2; vgl. dazu <ref-ruling> E. 3 S. 42 ff. ).
Streitig ist vorliegend, ob bei der Berechnung der sanierungsbedingten Produktionsminderung nach <ref-law> nur von der konzessionierten Wassermenge, ohne Einbezug der Nebengewässer Ober Laub und Hintere Riederen, auszugehen ist, oder ob diese mitberücksichtigt werden müssen. Hierfür ist im Folgenden zu klären, ob es sich um "bestehende Wassernutzungsrechte" i.S.v. Art. 80 Abs. 1GSchG handelt.
3.
Oberalpsee und Oberalpreuss sind öffentliche Kantonsgewässer (Art. 3 des Urner Gewässernutzungsgesetzes vom 16. Februar 1992 [GNG; RB 40.4101]), deren Nutzung zur Energieerzeugung einer kantonalen Konzession bedarf (Art. 18 ff. GNG).
Dagegen steht das Verfügungsrecht über die Seitengewässer der Korporation Ursern zu (Art. 4 i.V.m. Art. 9 Bst. b GNG). Deren Nutzung zu Energiezwecken bedarf jedoch der Genehmigung des Regierungsrats (Art. 4 des Bundesgesetzes vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte [Wasserrechtsgesetz; WRG, SR 721.80]; Art. 15 Abs. 2 GNG).
Die kantonalen Instanzen gehen davon aus, dass zusätzlich zur regierungsrätlichen Genehmigung eine Erweiterung der Konzession erforderlich wäre, weil durch die Ableitung der Seitengewässer (in die Wasserfassung Schöni und von dort aus in die Kraftwerkszentrale) der Oberalpreuss (als Kantonsgewässer) Wasser entzogen wird (im Streckenabschnitt zwischen den natürlichen Einmündungen der Seitengewässer bis zum Ort der Rückgabe).
Dies wird von den Beschwerdeführerinnen nicht bestritten. Unstreitig ist auch, dass die Nutzung der Seitengewässer vom Wortlaut der Konzession 1959 nicht gedeckt ist. Streitig ist jedoch, ob die Beschwerdeführerinnen aus der langjährigen Duldung dieser Nutzung ein Recht ableiten können, das bei der Sanierungsverfügung berücksichtigt werden müsste (vgl. dazu unten, E. 5). Streitig ist ferner, ob das AFU vorfrageweise im Sanierungsverfahren über die Nutzungsberechtigung entscheiden durfte, oder ob hierfür ein Beschluss des Regierungsrates erforderlich gewesen wäre (unten E. 4).
4.
Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, zur Prüfung der Rechtmässigkeit der Nutzung der Seitenwässer sei einzig der Regierungsrat zuständig gewesen. Aufgrund der besonderen Umstände des vorliegenden Falls sei das AFU - als für den Erlass der Sanierungsverfügung zuständige Behörde - nicht befugt gewesen, vorfrageweise über die Nutzungsrechte an den Seitengewässern zu entscheiden:
Es handle sich um einen singulären Fall, so dass keine Praxis des eigentlich zuständigen Regierungsrates vorliege, an der sich das AFU hätte orientieren können. Die zu beurteilenden Fragen seien komplex und von erheblicher wirtschaftlicher und praktischer Relevanz. Das dem Regierungsrat zustehende Ermessen könne nur von diesem - und nicht vom AFU - ausgeübt werden. Hinzu komme, dass nur der Regierungsrat als hierarchisch übergeordnete Behörde in der Lage sei, das langjährige Verhalten anderer (dem AFU hierarchisch gleichgestellter) Fachstellen zu beurteilen.
Das AFU wäre daher verpflichtet gewesen, das Verfahren bis zum Entscheid des Regierungsrates auszusetzen. Es hätte auch die Möglichkeit gehabt, eine gestaffelte Sanierung zu verfügen, d.h. in einem ersten Schritt die unbestrittene Dotierwassermenge zu verfügen (mit einer Produktionseinbusse von 3.5 % der Gesamtproduktion), um in einem zweiten Schritt, nach dem Entscheid des Regierungsrats über die Rechtmässigkeit der Nutzung der Seitengewässer, gegebenenfalls eine weitergehende Sanierung anzuordnen.
In diesem Zusammenhang rügen sie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil der Regierungsrat nur geprüft habe, ob der Zuständigkeitsmangel zur Nichtigkeit der Sanierungsverfügung führe, ohne den Eventualantrag auf Aufhebung der Verfügung zu prüfen. Das Obergericht habe die Gehörsrüge abgewiesen, ohne sich mit der Argumentation der Beschwerdeführerinnen und der Vorinstanzen auseinanderzusetzen, und habe damit seinerseits das rechtliche Gehör und die Begründungspflicht verletzt.
4.1. Die aufgeworfenen kantonalrechtlichen Zuständigkeitsfragen prüft das Bundesgericht nicht frei, sondern lediglich unter dem Blickwinkel des Willkürverbots (<ref-law>). Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Instanz nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen).
Die Vorinstanzen gingen davon aus, dass die für die Hauptfrage zuständige Behörde (AFU) vorfrageweise auch die Rechtsfragen prüfen könne, zu deren Beurteilung eine andere Behörde (Regierungsrat) zuständig ist, und es unter dem Aspekt der Verfahrensökonomie und der Dringlichkeit der Sanierung gerechtfertigt gewesen sei, das Verfahren nicht bis zum Entscheid des Regierungsrats über die Nutzungsrechte an den Seitengewässern auszusetzen.
Diese Erwägungen lassen keine Willkür erkennen:
4.1.1. Mit den Vorinstanzen ist grundsätzlich von der Dringlichkeit der Sanierung auszugehen. Zum Zeitpunkt des Erlasses der Verfügung des AFU war die in <ref-law> vorgesehene Frist (31. Dezember 2012) schon fast abgelaufen. Die Sanierung erscheint auch materiell dringlich, da die Oberalpreuss durch die Wasserfassungen mit Nulldotation stark beeinträchtigt wird und auf den Restwasserstrecken zeitweise trocken ist.
4.1.2. Unter dem Blickwinkel der Verfahrensökonomie ist zu berücksichtigen, dass der Regierungsrat (als sachkompetente Behörde) zugleich erste Rechtsmittelbehörde gegen den Sanierungsentscheid des AFU ist (Art. 44 Abs. 1 der Verordnung über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. März 1994 [VRPV]). Die Beschwerdeführerinnen konnten somit den vorfrageweise gefällten Entscheid des AFU über die Rechtmässigkeit der Nutzung der Seitengewässer im Beschwerdeverfahren vom Regierungsrat (als sachkompetenter Behörde) mit freier Kognition (Art. 47 VRPV) überprüfen lassen.
Der Regierungsrat hat denn auch die von den Beschwerdeführerinnen geltend gemachten Rechte geprüft und verneint. Er gelangte zum Ergebnis, dass sich die Beschwerdeführerinnen nicht auf den Grundsatz des Vertrauensschutz berufen könnten. Es sei vielmehr ihre Sache, die erforderliche Genehmigung und die Erweiterung der bestehenden Gewässernutzungskonzession des Kantons in den dafür vorgesehenen Verfahren zu erlangen und hierfür die entsprechenden Unterlagen nachzureichen.
4.1.3. Unter diesen Umständen ist Willkür zu verneinen. Dies hat zur Folge, dass die Sanierungsverfügung nicht wegen Zuständigkeitsmängeln aufzuheben ist und sich (erst recht) nicht als nichtig erweist.
4.2. Das Obergericht verneinte eine Verletzung des rechtlichen Gehörs durch den Regierungsrat mit der Begründung, dieser sei eindeutig zum Schluss gelangt, dass das Vorgehen des AFU keinen Anlass zu Beanstandungen biete und habe auch die übrigen Argumente der Beschwerdeführerinnen für unbegründet erachtet.
Diese Begründung ist zwar sehr kurz, sie bringt jedoch den - für die Beurteilung des vorliegenden Fall - wesentlichen Gesichtspunkt zum Ausdruck, nämlich dass die Beschwerdeführerinnen auch beim gewählten Vorgehen (vorfrageweiser Entscheid des AFU über die Nutzungsrechte) eine gewässernutzungsrechtliche Beurteilung durch den Regierungsrat (im Beschwerdeverfahren) erhalten haben, und deshalb kein Grund vorliege, die Sanierungsverfügung wegen Zuständigkeitsmängeln aufzuheben.
Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist daher zu verneinen.
5.
Materiell-rechtlich ist umstritten, ob die langjährige Nutzung der Seitengewässer unter Duldung des Kantons ein Wassernutzungsrecht der Beschwerdeführerinnen begründet, das in der Sanierungsverfügung hätte berücksichtigt werden müssen.
5.1. Die Vorinstanzen räumten ein, dass der Kanton von der rechtswidrigen Ausnützung der Wasserkräfte der Seitengewässer Kenntnis hatte und sie nie beanstandet hat. Konzessionen und Bewilligungen als mitwirkungsbedürftige Verfügungen könnten jedoch nicht formlos, durch blosse Untätigkeit der Behörden, erworben werden. Ebenso wenig ergebe sich aus der Duldung des rechtswidrigen Zustands ein Rechtsanspruch auf Erteilung der Bewilligung oder auf Fortsetzung der Tätigkeit. Die Beschwerdeführerinnen machten selbst nicht geltend, dass sie die Rechtswidrigkeit nicht erkannt hätten. Gegenstand der Konzession bildeten staatliche Sonderrechte, die exklusiv dem Gemeinwesen zustehen. Eine Beanspruchung dieser Gewässer ohne aktives Zutun der zuständigen kantonalen Behörden wäre mit der staatlichen Monopolstellung in diesem Bereich unvereinbar. Ausserdem vertrage sich ein solches Vorgehen nicht mit der Zweckbestimmung der Kantonsgewässer als öffentliche Sachen im Gemeingebrauch, die allen Privaten offen zu halten seien. Insgesamt könne daher die Berufung auf den Vertrauensschutz dem Anliegen der Beschwerdeführerinnen nicht zum Durchbruch verhelfen.
5.2. Die Beschwerdeführerinnen machen dagegen geltend, dass der Kanton von Anfang an Kenntnis von der Fassung der Seitengewässer gehabt habe. Sie berufen sich auf einen Ausführungsplan aus dem Jahre 1963, aus dem die Fassung der Seitengewässer im Bereich Ober Laub und Hintere Riederen erkennbar sei; dieser sei dem Kanton gemäss Art. 15 der Konzession eingereicht worden. Die kantonalen Behörden hätten die Nutzung der Seitengewässer rund 50 Jahre lang nicht beanstandet, was beinahe zwei Drittel der gesamten Konzessionslaufzeit entspreche. Dies habe ein schützenswertes Vertrauen in die Rechtmässigkeit der Nutzung begründet, das bei der Festlegung der Dotierwassermenge berücksichtigt werden müsse.
Die Beschwerdeführerinnen berufen sich auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum Abbruch rechtswidriger Bauten. Dieser Anspruch könne verwirkt werden, wenn die Verletzung öffentlicher Interessen nicht schwer wiege und die Behörden den rechtswidrigen Zustand während sehr langer Zeit geduldet haben (BGE ZBl 81/1980 S. 73; HANS WYER, Rechtsfragen der Wasserkraftnutzung, Diss. Bern 2000, S. 25 in fine).
Sie bestreiten, bösgläubig gewesen zu sein; vielmehr seien sie von der Rechtsauffassung des AFU, wonach die Nutzung der Seitengewässer rechtswidrig sei, völlig überrascht worden. Es könne heute nicht mehr rekonstruiert werden, wie es zur Fassung der Seitengewässer gekommen sei. Die Konzession und die Baubewilligungen seien in den Fünfziger- und Sechzigerjahren erteilt worden, als die Verfahren weniger formalisiert und kontrolliert gewesen seien als heute. Es sei damals üblich gewesen, bei grossen Werken noch während des Baus Modifikationen vorzunehmen, die nicht immer den erteilten Bewilligungen entsprochen hätten. Es hätten jedoch zahlreiche kantonale Kontrollen, Besichtigungen, etc. stattgefunden. Da die Wassernutzung nie beanstandet worden sei, hätten weder die Vorfahren der Beschwerdeführerinnen noch diese selbst je Anlass gehabt, an deren Rechtmässigkeit zu zweifeln.
5.3. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung verwirkt der Anspruch der Behörden auf Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands bei materiell und formell rechtswidrigen Bauten im Interesse der Rechtssicherheit grundsätzlich nach 30 Jahren. Kürzere Verwirkungsfristen können sich aus Gründen des Vertrauensschutzes (<ref-law>) ergeben, insbesondere wenn die Baupolizeibehörden den rechtswidrigen Zustand über Jahre hinaus duldeten, obschon ihnen die Gesetzwidrigkeit bekannt war oder sie diese bei Anwendung der gebotenen Sorgfalt hätten kennen müssen. Darauf kann sich allerdings nur berufen, wer selbst in gutem Glauben gehandelt hat, d.h. angenommen hat und (unter Anwendung zumutbarer Sorgfalt) annehmen durfte, die von ihm ausgeübte Nutzung sei rechtmässig bzw. stehe mit der Baubewilligung in Einklang (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 6.3 S. 39 mit Hinweisen).
5.4. Diese Rechtsprechung kann jedoch nicht ohne Weiteres auf Fälle wie den Vorliegenden übertragen werden, in denen es um die Frage geht, ob eine von den Behörden geduldete rechtswidrige Ausbeutung eines Grundstücks oder Sondernutzung eines Gewässers trotz fehlender Bewilligung bzw. Konzession fortgesetzt oder (entschädigungslos) eingestellt werden muss. Zwar sind auch in diesen Fällen die Grundsätze der Verhältnismässigkeit und des Vertrauensschutzes zu beachten, d.h. die mit der Betriebseinstellung verbundenen Nachteile sind den öffentlichen Interessen gegenüber zu stellen, welche für die Herstellung des rechtmässigen Zustands sprechen. In der Regel kommt jedoch den öffentlichen Interessen an einem ordnungsgemässen Vollzug des Raumplanungs- und des Umweltrechts massgebendes Gewicht zu. Die ohne Bewilligung bzw. Konzession tätige Betreiberin muss in Kauf nehmen, dass aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Herstellung des gesetzmässigen Zustands, d.h. an der Einstellung der Nutzung, erhöhtes Gewicht beigelegt wird und die ihr allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigt werden.
5.4.1. Im Urteil 1C_276/2009 vom 26. Juli 2010 (E. 2.3.2 und 2.3.3) ordnete das Bundesgericht die Einstellung eines jahrelang ohne Bewilligung erfolgten Gesteinsabbaus ausserhalb der Bauzone an. Dieser stelle eine schwerwiegende Verletzung des Grundsatzes der Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet dar und verletze damit ein grundlegendes Prinzip des Raumplanungsrechts. Die Abweichung vom Gesetz könne keineswegs als geringfügig eingestuft werden. Das öffentliche Interesse an einem ordentlichen Vollzug des Bau-, Planungs- und Umweltrechts durch die Kantone und den Bund sei gebührend zu berücksichtigen. Die Betreiberin habe den Steinbruch seit Jahrzehnten ohne die erforderliche baurechtliche Bewilligung genutzt und den Abbau seit 2004 sogar noch intensiviert. Sie habe aus dieser Situation wirtschaftliche Vorteile gezogen, ohne die rechtlichen Vorgaben einzuhalten, die sich aus der Baubewilligungspflicht ergeben. Eine Beendigung dieser jahrelangen ungerechtfertigen Privilegierung sei ihr zuzumuten. Es stehe ihr frei, umgehend die baurechtliche Bewilligung der Abbautätigkeit zu beantragen. Das Raumplanungsrecht des Bundes könne nur ordnungsgemäss vollzogen werden, wenn in Fällen wie dem vorliegenden die Einstellung der nicht bewilligten Tätigkeit angeordnet werde.
5.4.2. Im Urteil 1P.651/2005 vom 17. Januar 2005 (E. 4) entschied das Bundesgericht, dass die bisherige Nutzung eines Grundstücks zur Ausbeutung von Sand und Kies, für die nie eine Konzession oder Bewilligung erteilt worden war, rechtswidrig sei und daher bei der Entschädigungsbemessung unberücksichtigt bleiben müsse. Daran würde sich selbst dann nichts ändern, wenn dem Beschwerdeführer seinerzeit tatsächlich mündlich die Kiesentnahme erlaubt worden wäre und er während Jahren unangefochten Material ausgebeutet hätte. Einerseits hätte eine solche formlose Erlaubnis angesichts der auch seinerzeit geltenden gesetzlichen Anforderungen nicht rechtsgültig sein können. Andererseits könnten Konzessionen und Bewilligungen als mitwirkungsbedürftige Verfügungen nicht durch Ersitzung erworben werden. Ebenso wenig könne aus einer unbeanstandet gebliebenen Ausübung einer bewilligungspflichtigen Tätigkeit ein Rechtsanspruch auf Erteilung der Bewilligung oder auf Fortsetzung der Tätigkeit hergeleitet werden.
5.5. Diese Erwägungen gelten auch für die vorliegend streitige Nutzung von Gewässern zur Energieerzeugung. Dies stellt, wie das Obergericht zutreffend dargelegt hat, eine Sondernutzung der Gewässer dar, die nach kantonalem Recht konzessionspflichtig ist (oben E. 3) und auch bundesrechtlich der Bewilligungspflicht unterliegt (<ref-law>; <ref-law>). Damit soll sichergestellt werden, dass die erforderlichen Schutzmassnahmen zugunsten der Umwelt angeordnet werden (Botschaft des Bundesrats vom 29. April 1987 zur Volksinitiative "zur Rettung unserer Gewässer" und zur Revision des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer; BBl 1987 II 1127 zu Art 29). Dazu gehört insbesondere die Sicherung angemessener Restwassermengen (Art. 31 ff. GSchV) als Voraussetzung für wichtige, im öffentlichen Interesse liegende Funktionen der Gewässer: als Landschaftselement und als Lebensraum für die davon abhängige Tier- und Pflanzenwelt, für die langfristige Erhaltung der Wasserqualität sowie eines ausgeglichenen Grundwasserhaushalts und die Sicherstellung der landwirtschaftlichen Bewässerung (vgl. <ref-law>).
Dagegen wiegen die Interessen der Beschwerdeführerinnen nicht schwer. Diese haben die Seitengewässer seit rund 50 Jahre nutzen können, ohne dafür eine Konzessionsgebühr gezahlt zu haben oder Schutzauflagen respektieren zu müssen. Es ist davon auszugehen, dass in diesem Zeitraum die Investitionskosten für die Fassung und Ableitung der Seitengewässer amortisiert worden sind. Insofern ist ihnen aus der langjährigen Untätigkeit der Behörden kein Nachteil entstanden, sondern sie haben, im Gegenteil, daraus einen wirtschaftlichen Vorteil gezogen.
Unter diesen Umständen haben die Beschwerdeführerinnen keinen Anspruch auf die weitere Nutzung der Seitengewässer im bisherigen Umfang bzw. mit blosser Sanierungsdotation (im Rahmen von <ref-law>). Es kann daher offen bleiben, inwieweit sich die Beschwerdeführerinnen als Korporation bzw. Anstalt des öffentlichen Rechts überhaupt auf den Grundsatz des Vertrauensschutzes berufen können.
5.6. Die zuständigen Behörden werden daher im dafür vorgesehenen Verfahren prüfen müssen, ob und unter welchen Auflagen die Nutzung der Seitengewässer erstmals genehmigt und konzessioniert werden kann. Dabei sind nicht die Bestimmungen über die Sanierung altrechtlicher Wassernutzungsrechte gemäss <ref-law> zugrunde zu legen, sondern die aktuellen Bestimmungen, insbesondere die <ref-law>.
Dies hat zur Folge, dass die nicht konzessionierte Nutzung der Seitengewässer bei der Berechnung der sanierungsbedingten Produktionseinbusse zu Recht nicht berücksichtigt wurde.
6.
Ob die angefochtene Sanierungsverfügung im Übrigen den Anforderungen des Bundesrechts entspricht, lässt sich nicht beurteilen, weil die massgeblichen Unterlagen nicht in den Akten liegen.
Wie das BAFU zutreffend ausgeführt hat, wurde für die Sanierung eine Minimalvariante gewählt, welche die gewässerökologischen Mindestanforderungen teilweise nicht mehr erfüllt und die Minimalanforderungen an den landschaftlichen Eigenwert des Gewässers nicht mehr erfüllt (vgl. Verfügung AFU S. 6), ohne anhand der konkreten betrieblichen Verhältnisse der Beschwerdeführerinnen darzulegen, weshalb Produktionseinbussen von mehr als 2,8 % nicht zumutbar seien. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kommen bereits bei durchschnittlichen Verhältnissen Produktions- bzw. Erlöseinbussen von bis zu 5 % in Betracht, ohne eine Entschädigungspflicht auszulösen; bei guter bis sehr guter Ertragslage und entsprechend abgeschriebenen Anlagen rechtfertigen sich noch weitergehende Sanierungsmassnahmen (<ref-ruling> E. 2.7.4 S. 36 f.).
Im Übrigen stellt sich die Frage, ob nicht weitergehende Sanierungsmassnahmen nach <ref-law> geboten sind. Das AFU hat dies zwar für das Flachmoor von nationaler Bedeutung "zu den Staflen" (Objekt 2561) im Abschnitt zwischen dem Oberalpsee und Schöni verneint (Verfügung S. 4), aber nicht geprüft, ob weitergehende Sanierungsmassnahmen zum Schutz der Oberalpreuss geboten sind, bei der es sich um ein kantonales Naturobjekt sowie ein wertvolles Landschaftselement und Fischgewässer handelt (Verfügung AFU S. 2 unten).
Die kantonalen Behörden werden daher anlässlich des Verfahrens zur Erweiterung der bestehenden Konzession auf die Seitengewässer weitere Erhöhungen der Dotationswassermengen auch für die bereits konzessionierte Wassernutzung prüfen müssen.
7.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführerinnen die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Regierungsrat und dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber