Sachverhalt:
A. Die 1980 geborene S._ war bis zum 31. Oktober 2006 bei der B._ AG zu einem Pensum von 80 % als Assistentin eines Kadermitarbeiters angestellt. Im 2006 gebar sie ihr erstes Kind, wobei ein Dammschnitt durchgeführt wurde. Die Heilung der Wunde verursachte in der Folge persistierende Beschwerden. Am 9. Dezember 2008 reichte sie bei der Invalidenversicherung ein Leistungsgesuch zur Gewährung von beruflichen Massnahmen und Ausrichtung einer Invalidenrente ein. Im Rahmen der Durchführung einer polydisziplinären Untersuchung im Institut X._ wurde im Gutachten vom 12. Januar 2011 festgestellt, als Diagnose mit Auswirkung auf die Arbeits- und Leistungsfähigkeit liege eine Neuropathie des Nervus pudendum und N. cutaneus femoris posterior nach Episiotomie im 2006 vor. In der angestammten sowie in einer adaptierten Tätigkeit sei die Versicherte vollzeitig arbeitsfähig, wobei die Leistungsfähigkeit um maximal 30 % herabgesetzt sei. Mit Verfügungen vom 27. Mai 2011 verneinte die IV-Stelle des Kantons Thurgau einerseits einen Anspruch auf berufliche Eingliederungsmassnahmen (Umschulung und Berufsberatung) und andererseits einen solchen auf eine Invalidenrente, indem sie dies im Wesentlichen damit begründete, S._ sei in der angestammten Tätigkeit als kaufmännische Angestellte nie für eine längere Zeit zu mehr als 20 % eingeschränkt gewesen. Das bisher ausgeübte 80 %-ige Pensum sei somit weiterhin zumutbar, während die restlichen 20 % in den Aufgabenbereich entfallen würden, wobei im Bereich Haushalt keine Einschränkung bestehe.
B. S._ liess hiegegen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau einreichen und beantragen, die Sache sei zu einer Entscheidung betreffend Gewährung von beruflichen Massnahmen und Ausrichtung einer Invalidenrente an die Verwaltung zurückzuweisen. Das angerufene Gericht wies die Beschwerde mit Entscheid vom 16. Mai 2012 ab.
C. Die Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, der kantonale Gerichtsentscheid sei aufzuheben und die Sache sei zur Anordnung eines fachärztlichen Gutachtens an die Verwaltung zurückzuweisen, eventualiter sei das Kostendispositiv der Vorinstanz aufzuheben und der Beschwerdeführerin höchstens eine Gebühr von Fr. 600.- aufzuerlegen. Auf die Begründung der Beschwerde wird, soweit erforderlich, in den Erwägungen eingegangen.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>).
2. Das kantonale Gericht hat in den Erwägungen 2.1 - 2.3 des angefochtenen Entscheides die für die hier im Streit liegende Zusprechung von Leistungen der Invalidenversicherung massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen gemäss Gesetz und Rechtsprechung zutreffend dargelegt. Weiterungen erübrigen sich.
3. Die Vorinstanz hat festgestellt, die von den behandelnden Ärzten und von den Gutachtern des Instituts X._ übernommene Diagnose einer Neuropathie des Nervus pudendus nach Episiotomie im 2006 treffe gemäss dem im Beschwerdeverfahren eingereichten Bericht von Prof. Dr. med. P._ vom 15. September 2011 nicht zu. Ob die Beschwerden nicht dadurch, sondern durch eine "pelvic congestion" verursacht wurden, sei jedoch nicht entscheidend, weil es nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht auf die genaue Diagnose, sondern darauf ankomme, welche Auswirkungen eine Krankheit auf die Arbeitsfähigkeit hat (Urteil 9C_270/2011 vom 24. August 2011, E. 4.2). Aus den Akten gehe diesbezüglich hervor, dass die Beschwerdeführerin gegenüber sämtlichen Ärzten im Wesentlichen über dieselben Beschwerden geklagt habe. Es sei daher davon auszugehen, dass im Gutachten des Instituts X._ vom 12. Januar 2011, worauf abzustellen sei, die in allgemeininternistischer, rheumathologischer, neurologischer und psychiatrischer Hinsicht durchgeführten Untersuchungen die Auswirkungen dieser Beschwerden auf die Arbeitsfähigkeit unabhängig von deren Ursachen überzeugend und umfassend wiedergeben. Während in den angefochtenen Verfügungen gestützt auf die Beurteilung des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 20. Januar 2011, welche nicht zu überzeugen vermöge, lediglich von einer 20 %igen Arbeitsunfähigkeit ausgegangen wurde, bestehe kein Anlass, von der Arbeitsfähigkeitseinschätzung von 70 % gemäss Gutachten des Instituts X._ abzuweichen. Diese Beurteilung habe nach Bewertung der Gutachter bereits kurz nach der Geburt des ersten Kindes im 2006 gegolten. Auch wenn man sich bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades wegen der gesundheitlichen Einschränkungen im Haushalt auf die gemischte Methode stützen wollte, wäre die Beschwerdeführerin gesamthaft betrachtet nicht während eines Jahres durchschnittlich zu mindestens 40 % arbeitsunfähig gewesen, sodass sie keinen Rentenanspruch geltend machen könne. Nachdem ihr die angestammte Tätigkeit wie eine angepasste Tätigkeit im selben Umfang zumutbar sei, bestehe auch kein Anspruch auf berufliche Massnahmen.
4. 4.1 Zu den Rügen gegen die kantonale Invaliditätsbemessung ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin wie schon im vorinstanzlichen Verfahren erneut kritisiert, der massgebende Sachverhalt sei weitgehend und in unzulässiger Weise verkürzt worden. Es sei falsch und aktenwidrig, dass sie in ihrer angestammten Tätigkeit als kaufmännische Angestellte nie mehr als 30 % eingeschränkt gewesen wäre. Auf das Gutachten des Instituts X._ könne nicht abgestellt werden und insbesondere fehle es dem neurologischen Teilgutachten an der erforderlichen Tiefe. Die Annahme einer somatoformen Schmerzstörung sei nicht zulässig und es bestehe auch kein sekundärer Krankheitsgewinn. Damit wiederholt die Beschwerdeführerin lediglich Auszüge aus Berichten von Frau Dr. med. H._ und Dr. med. A._ aus dem Jahr 2009, verweist auf Ausführungen im Gutachten des Instituts X._ vom 12. Januar 2011 und wirft der Vorinstanz vor, es fehle im angefochtenen Entscheid an jeder Auseinandersetzung mit den erwähnten Einschätzungen, insbesondere weil sie davon ausgegangen sei, die Beurteilung der Schmerzproblematik gestalte sich aus neurologischer Sicht gleich wie aus gynäkologischer bzw. angiologischer Betrachtungsweise.
4.2 Mit den genannten Rügen macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, weil sie gestützt auf das unvollständige Gutachten des Instituts X._ im Ergebnis willkürliche tatsächliche Annahmen getroffen habe. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin handelt es sich um Tatfragen (vgl. E. 1), wobei eine Sachverhaltsfeststellung nicht schon dann offensichtlich unrichtig ist, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 44). Zudem liegt auch noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erschiene (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_967/2008 vom 5. Januar 2009 E. 5.1). Diese Grundsätze gelten auch in Bezug auf die konkrete Beweiswürdigung (Urteil 9C_999/2010 vom 14. Februar 2011 E. 1 und 9C_734/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 3; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.1 [nicht publiziert in: <ref-ruling>]).
Die Beschwerdeführerin legt über weite Strecken ihre eigene Sicht der Dinge dar. Auf rein appellatorische Kritik tritt das Bundesgericht, soweit Tatfragen betreffend, nicht ein. Dass es an einer gynäkologischen Beurteilung fehlt, hat sie selber zu verantworten. Wie die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat, wurde auf eine gynäkologisch-urologische Untersuchung verzichtet, weil die Beschwerdeführerin eine solche vehement abgelehnt hatte. Veranlassung für eine angiologische Zusatzabklärung bestand nicht, da sich die geschilderten Schmerzen, wie die Vorinstanz zu Recht erwogen hat, unabhängig von der Ursache nicht objektiv messen lassen und die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit deshalb nicht von der (genauen) Diagnose abhängt. Abgesehen davon stellt eine abweichende ärztliche Meinung zum Gutachten - auch in Bezug auf die Diagnose - nicht bereits einen hinreichenden Grund dar, dieses in Zweifel zu ziehen. Dies gilt hier umso mehr, als sowohl der Bericht des Prof. Dr. P._ von der Klinik H._ vom 15. September 2011 als auch derjenige der neuroradiologischen Abteilung vom 8. Januar 2012 nicht annähernd den Beweiswert des Gutachtens des Instituts X._ erreichen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a S. 352). Im Weiteren steht die diagnostizierte, sich nicht auf die Arbeitsfähigkeit auswirkende Schmerzverarbeitungsstörung nicht im Zusammenhang mit einer bestimmten Diagnose. Vielmehr gründet sie vor allem auf der Diskrepanz zwischen der subjektiven Schmerzausprägung und dem wahrnehmbaren Verhalten der Versicherten. Insgesamt hat die Vorinstanz aus dem massgeblichen Sachverhalt keine offensichtlich unhaltbaren Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder solche willkürlich ausser Acht gelassen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
5. 5.1 Im Sinne eines Eventualantrags, wenn die Beschwerde in der Hauptsache abgewiesen werden sollte, macht die Beschwerdeführerin eine nicht pflichtgemässe Ermessensausübung durch die Vorinstanz geltend, weil in Erwägung 4 und in Ziffer 2 des Dispositivs des angefochtenen Entscheides ohne nähere Begründung eine Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.- festgesetzt worden ist. Sie führt aus, wenn der Gesetzgeber einen Kostenrahmen festsetze, müssten besondere Voraussetzungen vorliegen, damit dessen Eckwerte zur Anwendung gelangen. Angesichts der gesamten Umstände resultiere die getroffene Entscheidung als stossend und im beanstandeten Übermass als sachlich nicht vollziehbar. Im Vergleich zu anderen Verfahren erscheine ein Betrag von höchstens Fr. 600.- noch als angemessen. Bundesrecht werde verletzt, weil ohne jede Begründung dem Äquivalenzprinzip nicht nachgelebt und die Beschwerdeführerin im Vergleich mit anderen Rechtssuchenden ungleich schlechter behandelt werde.
5.2 Hinsichtlich der Verfahrenskosten sieht <ref-law> vor, dass diese nach dem Verfahrensaufwand und unabhängig vom Streitwert im Rahmen von 200 - 1'000 Franken festgelegt werden. Mit dieser <ref-law> teilweise derogierenden Bestimmung wurde die Kostenpflicht im Rahmen der Verfahrensstraffung der Invalidenversicherung eingeführt, wobei der Kostenrahmen von 200 - 1'000 Franken den Kantonen verbindlich vorgegeben wird, <ref-law> aber abschliessenden Charakter aufweist und keine Kostenverteilungsregeln, also keine Anweisungen an die kantonalen Versicherungsgerichte enthält, nach welchen Grundsätzen sie die Verfahrenskosten festzulegen bzw. auf die Parteien aufzuteilen haben. Die Bestimmung schränkt die Kompetenz der Kantone zur Regelung des Verfahrens vor den kantonalen Versicherungsgerichten somit lediglich, aber immerhin, in Bezug auf den Grundsatz der Kostenpflicht an sich ein. Dass bei einem vollständigen Unterliegen der betreffenden Partei der Maximalbetrag von Fr. 1'000.- auferlegt wird, ist eine Frage des Ausmasses der Kostenpflicht, nicht der grundsätzlichen Kostenpflicht an sich (<ref-ruling> E. 2.2 S. 62).
Die Beschwerdeführerin macht eine nicht pflichtgemässe, d.h. willkürliche Ermessensausübung geltend. Indes kann nicht gesagt werden, die vorinstanzliche Kostenfestsetzung liege ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu den mit Blick auf den konkreten Fall erforderlichen gerichtlichen Bemühungen. Ebenso wenig verstösst sie in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl. Soweit in der Beschwerde ein Vergleich zu anderen Verfahren gezogen wird, verpasst es die Beschwerdeführerin darzutun, dass tatsächlich die gleichen Prämissen gegeben sind.
6. Die Beschwerde ist unbegründet und abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Dezember 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Scartazzini