Faits:
A. Par ordonnance du 12 juillet 2007, le Président du tribunal de police du district de La Chaux-de-Fond a fixé à 3334 fr. 55 (frais compris, TVA en sus), plus 191 francs de débours effectifs, l'indemnité due à X._ en qualité de défenseur d'office de Y._, dans la procédure pénale l'opposant à Z._. Le tarif horaire retenu était de 75 francs pour la période du 2 mai au 31 décembre 2005. X._ était alors avocat-stagiaire. Ce montant a été porté à 125 francs pour les interventions effectuées en tant que collaborateur breveté du 1er janvier 2006 au 30 janvier 2007.
B. Saisie d'un recours de l'avocat, la Cour de droit public du Tribunal administratif du canton de Neuchâtel l'a partiellement admis. Elle a réformé l'ordonnance litigieuse en ce sens que l'indemnité a été portée à 3467 fr. 10, TVA non comprise, plus 191 francs, non soumis à la TVA, compte tenu d'un tarif horaire de 80 francs pour un avocat-stagiaire et de 130 francs pour un collaborateur.
C. X._ forme un recours « en matière de droit public » contre cet arrêt. Il conclut à son annulation et à la fixation à 5312 fr. TVA non comprise, plus 191 fr. non soumis à la TVA, de l'indemnité due en sa faveur par le canton de Neuchâtel.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF). Le recourant est habilité à le former en sa qualité d'avocat d'office de l'accusé (<ref-law>). L'intitulé erroné du mémoire de recours ne porte pas préjudice au recourant. Son écriture remplit en effet les conditions formelles de la voie de droit ouverte (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 302/303, 308 consid. 4.1 p. 314). La cour de droit pénal est compétente pour examiner le recours (<ref-law>).
2. La fixation de l'indemnité allouée à l'avocat d'office pour son activité devant les juridictions cantonales relève en principe du droit cantonal (<ref-ruling> consid. 7.2 et 7.3 p. 205 et 206; <ref-ruling> consid. 1b p. 362). L'avocat d'office a cependant droit au remboursement intégral de ses débours ainsi qu'à une indemnité s'apparentant aux honoraires perçus par le mandataire plaidant aux frais de son client. Pour fixer cette indemnité, l'autorité doit tenir compte de la nature et de l'importance de la cause, des difficultés particulières que celle-ci peut présenter en fait et en droit, du temps que l'avocat lui a consacré, de la qualité de son travail, du nombre des conférences, audiences et instances auxquelles il a pris part, du résultat obtenu ainsi que de la responsabilité assumée. A condition d'être équitable, il est admis que la rémunération de l'avocat d'office puisse être inférieure à celle du mandataire choisi. Elle doit non seulement couvrir les frais généraux de l'avocat (d'ordinaire 40% au moins du revenu professionnel brut, voire la moitié de celui-ci; cf. <ref-ruling> consid. 3a et 3c p. 2 et 3 et les références citées; voir aussi <ref-ruling> consid. 3b p. 325). Selon la jurisprudence la plus récente, elle doit aussi lui permettre de réaliser un gain modeste et non seulement symbolique (<ref-ruling> consid. 8.6, p. 217).
L'autorité compétente dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans l'application des normes cantonales relatives à l'indemnisation de l'avocat d'office. Le Tribunal fédéral n'intervient que si cette autorité a abusé du pouvoir d'appréciation qui lui est accordé ou si elle l'a excédé. Il en est ainsi lorsque la décision repose sur une appréciation insoutenable des circonstances, qu'elle est inconciliable avec les règles du droit et de l'équité, qu'elle omet de tenir compte de tous les éléments de fait propres à fonder la décision, ou encore lorsqu'elle prend au contraire en considération des circonstances qui ne sont pas pertinentes (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 3a p. 2 et les arrêts cités). Enfin, il ne suffit pas que l'autorité ait apprécié de manière erronée un poste de l'état des frais ou qu'elle se soit fondée sur un argument déraisonnable. Le montant global alloué à titre d'indemnité doit se révéler arbitraire (sur cette notion: <ref-ruling> consid. 5.4 et les arrêts cités p. 148, 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les références).
3. Dans le canton de Neuchâtel, l'indemnisation de l'avocat d'office est réglée par une loi sur l'assistance pénale, civile et administrative du 27 juin 2006 (LAPCA; RS/NE 161.3). Le recourant ne conteste pas qu'en application de l'art. 46 al. 1 de cette loi, les dispositions de cette dernière s'appliquent même à ses interventions antérieures à l'entrée en vigueur de ce texte.
Conformément à l'art. 31 LAPCA, l'avocat d'office a droit à une rémunération selon le tarif arrêté par le Conseil d'Etat et au remboursement de ses débours. En application de cette délégation de compétence, le Conseil d'Etat neuchâtelois a édicté un Règlement d'exécution de la loi sur l'assistance pénale civile et administrative, du 20 décembre 2006 (RELAPCA; RS/NE 161.31). L'art. 10 en précise que cette rémunération est limitée à l'activité nécessaire à la défense des intérêts qui ont été confiés à l'avocat, en tenant compte de la nature, de l'importance et de la difficulté de la cause ainsi que de la responsabilité que ce dernier a été appelé à assumer. La rémunération de l'avocat est calculée à un tarif horaire différent selon que l'activité a été fournie par un avocat indépendant, un collaborateur titulaire du brevet d'avocat ou un avocat-stagiaire (art. 11 RELAPCA). Dans sa teneur en vigueur depuis le 15 février 2008, cette disposition fixe un tarif horaire de 180 francs pour l'avocat indépendant, 130 francs pour l'avocat collaborateur et 80 francs pour l'avocat-stagiaire. La cour cantonale a jugé ce tarif applicable même aux opérations réalisées avant cette date, pour tenir compte de la jurisprudence publiée aux <ref-ruling> (v. infra consid. 6).
4. Dans un premier moyen, le recourant conteste la légalité du tarif différencié institué par l'art. 11 RELAPCA.
Ce grief d'ordre constitutionnel est soulevé pour la première fois en instance fédérale. Il est ainsi en principe irrecevable faute d'épuisement des instances cantonales, à tout le moins en tant qu'il se confond avec le grief d'arbitraire (<ref-law>). Au demeurant, la légalité constitue un principe constitutionnel dont la violation ne peut être invoquée séparément (<ref-ruling> et les références). Le recourant doit l'invoquer en relation avec la violation d'autres principes ou droits fondamentaux, ce qui suppose un grief et une motivation exprès (<ref-law>), soit un exposé clair et détaillé des droits fondamentaux ou des principes constitutionnels en cause et de la violation prétendue (<ref-ruling> consid. 2 p. 591). En l'espèce, le recours satisfait à cette obligation en ce qui concerne le principe de la légalité. En revanche, le recourant n'invoque expressément, du moins de façon suffisamment claire, aucun autre principe constitutionnel ou droit fondamental en relation directe avec le principe de la légalité. Le seul fait de mentionner, sans aucune autre précision, que le Conseil d'Etat neuchâtelois aurait outrepassé ses compétences en édictant le règlement sur lequel repose le tarif horaire différencié ne constitue pas une argumentation suffisante pour admettre que le recourant invoquerait le principe de la séparation des pouvoirs. Pour le surplus, on examinera ci-après les autres violations du droit constitutionnel invoquées de manière indépendante par le recourant.
5. Ce dernier soutient que la distinction entre les différentes catégories de défenseurs d'office violerait le principe de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.). Il relève que la compétence et l'expérience du défenseur d'office ne dépendent pas du statut d'indépendant ou de collaborateur de l'avocat. Seuls ces deux critères seraient pertinents, cependant que celui du statut ne le serait plus depuis que les études d'avocats peuvent être constituées en sociétés anonymes, tous les avocats travaillant au sein d'une telle entreprise étant des collaborateurs. Il ne serait pas admissible que le bénéficiaire de l'assistance judiciaire doive rembourser un montant différent en fonction de l'avocat d'office qui lui a été désigné, notamment s'il n'a pu le choisir. La structure des coûts entre les charges horaires d'un avocat indépendant et celle d'un avocat collaborateur ne pourrait pas être distinguée lorsque la rémunération est versée à l'étude. De nombreux collaborateurs seraient en outre rémunérés en fonction du chiffre d'affaires réalisé et leur situation serait péjorée par le fait d'assumer des mandats d'office. Ce système conduirait certains avocats indépendants à signer en leur propre nom le travail effectué par leurs collaborateurs.
5.1 Ce grief se confond avec celui de violation de l'art. 14 CEDH (interdiction de discrimination) également soulevé par le recourant.
5.2 Pour l'essentiel, ces questions ont déjà été traitées dans un arrêt du 15 juin 2000 (Ordre des avocats neuchâtelois c. Règlement d'exécution de la loi neuchâteloise sur l'assistance judiciaire et administrative, adopté le 1er décembre 1999 par le Conseil d'Etat du canton de Neuchâtel; 1P.28/2000), qui avait trait au règlement neuchâtelois remplacé par le RELAPCA. Le Tribunal fédéral avait alors jugé qu'en matière d'assistance judiciaire un tarif horaire différencié selon que l'avocat est chef d'étude, collaborateur ou stagiaire n'est pas arbitraire et ne viole pas le principe constitutionnel de l'égalité de traitement. Cet arrêt relève que le chef d'étude assume la responsabilité financière de l'entreprise, avec toutes les responsabilités supplémentaires que comporte le statut d'indépendant (absences dues à la maladie, service militaire, vacances, risque d'insolvabilité de certains clients, mesures de prévoyance en vue d'une retraite convenable). Il est chargé de la rétribution de ses collaborateurs, en tenant compte dans une certaine mesure des frais généraux que ceux-ci occasionnent. Il est d'ailleurs fréquent que le tarif horaire facturé soit plus élevé que celui des collaborateurs. Ces derniers ont un statut de salarié, et ne participent pas aux risques financiers de l'étude. Lorsque le mandat d'office est confié au collaborateur, l'indemnité allouée ne saurait couvrir l'intégralité des frais généraux, puisqu'il n'en est tenu compte que partiellement dans la rétribution ordinaire. Quant à la rémunération de l'avocat-stagiaire, qui se trouve en formation et perçoit une rétribution modeste, elle peut être sensiblement inférieure à celle des avocats brevetés. Le stagiaire ne supporte pas les frais généraux de son étude, et son inexpérience peut le contraindre à passer un temps anormalement long à certaines démarches (arrêt 1P.28/2000 précité consid. 4c et la réf. à <ref-ruling> consid. 3e p. 112 s.).
L'argumentation du recourant ne justifie pas de s'écarter de ces considérations dans le cas d'espèce. Comme cela ressort de la jurisprudence précitée, la compétence et l'expérience de l'avocat ne sont pas les seuls critères déterminants pour la fixation de ses honoraires de défenseur d'office. Il faut au contraire examiner l'étendue de sa responsabilité et surtout les charges économiques qu'il assume, de façon à ce que l'indemnité accordée couvre non seulement ces dernières mais offre également une rémunération qui ne soit pas symbolique. Par ailleurs, le recourant ne tente pas de démontrer qu'il exercerait son activité au sein d'une société anonyme ou qu'il serait lui-même rémunéré en fonction du chiffre d'affaires réalisé au sein de l'étude. Dans cette mesure, la critique qu'il développe n'a qu'une portée générale et est dirigée plus contre le règlement neuchâtelois que contre la décision entreprise. Le recourant perd ainsi de vue que si le Tribunal fédéral peut, à l'occasion d'un examen concret, se pencher préjudiciellement sur la constitutionnalité d'une règle cantonale, il ne procède pas à l'étude de toutes les hypothèses envisageables. Il restreint son examen à la situation concrète visée par la décision entreprise (cf. à propos du recours de droit public: <ref-ruling> consid. 2.2 p. 315; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 274 et les arrêts cités; à propos du recours en matière de droit public: arrêt A. A. c. Commune de Lutry du 30 mai 2008, 2C_608/2007, consid. 4 et 6.3). Il en va de même de l'argumentation que le recourant entend déduire de l'obligation du bénéficiaire de l'assistance judiciaire de rembourser les indemnités versées par l'Etat et de son argumentation relative à la pratique de certains avocats indépendants qui signeraient les écritures de leurs collaborateurs, le recourant s'écartant au demeurant de manière inadmissible sur ce point des constatations de fait de l'arrêt cantonal (art. 105 al. 1 et 2 LTF).
5.3 Le recourant conteste de même, sous cet angle, la rémunération qui lui a été accordée comme avocat stagiaire. Il reproche à la cour cantonale d'avoir appliqué un tarif horaire inférieur (80 francs au lieu de 180 francs) sans pour autant augmenter la durée du travail retenue ni prendre en considération les heures de supervision du maître de stage. Il soutient de même qu'un forfait unique de 15 minutes par correspondance au tarif de 80 francs de l'heure violerait l'égalité de traitement avec les avocats indépendants et collaborateurs, pour lesquels chaque correspondance est rémunérée sur une base de 15 minutes, mais à un tarif plus élevé.
A temps de travail égal, le cas échéant déterminé de manière forfaitaire pour les correspondances, le tarif horaire inférieur accordé à l'avocat stagiaire, est justifié par son inexpérience, susceptible de l'amener à consacrer un temps plus long à ses opérations, la correspondance en particulier. A ce facteur s'ajoute la différence liée aux charges encourues, qui ne justifie pas la même indemnisation que celle accordée aux avocats indépendants et collaborateurs. En se référant à la jurisprudence, qui justifie notamment le tarif inférieur alloué à l'avocat stagiaire par le fait qu'il ne supporte pas de frais généraux (arrêt entrepris, consid. 4b, p. 6 et la réf. à <ref-ruling> consid. 3e), la cour cantonale a implicitement fondé sa décision sur cette constatation de fait, qui lie partant la cour de céans (<ref-law>). Le recourant n'a apporté en procédure aucun élément concret justifiant de s'en écarter dans son cas. Dans ces conditions, prendre en considération, comme le souhaiterait le recourant, une durée supérieure pour les avocats stagiaires (cas échéant sous la forme d'un forfait de plus de 15 minutes par correspondance) reviendrait à les privilégier en compensant par un temps plus long la diminution du tarif horaire. Toutes choses étant égales par ailleurs (notamment s'agissant des frais) une telle tarification serait, dans son principe, contraire à l'égalité de traitement. Elle assurerait à l'avocat stagiaire pour quatre lettres, par exemple, une rémunération de plus de 80 francs de l'heure, sans qu'il ait à supporter de frais généraux. L'avocat indépendant ne percevrait quant à lui guère qu'une cinquantaine de francs de l'heure pour les mêmes correspondances après déduction des frais généraux (cf. <ref-ruling> consid. 8.7, p. 217). Le grief est infondé.
5.4 Pour le surplus, le recourant invoque encore une discrimination par rapport à d'autres professions (médecins, dentistes, enseignants et notaires), dont les revenus ne seraient pas affectés par la situation financière de leurs clients. A supposer ce grief suffisamment motivé (art. 42 al. 2 en corrélation avec l'<ref-law>), il serait irrecevable. L'argumentation du recourant repose sur la prémisse que le tarif horaire auquel il a été indemnisé ne couvrirait pas les frais de l'avocat collaborateur ou du stagiaire. Cette affirmation s'écarte de manière inadmissible des constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 et 2 LTF; v. supra consid. 5.3 et infra consid. 7). Par ailleurs, dans la mesure où elle tendrait à remettre en cause l'obligation de l'avocat d'assumer des défenses d'office, l'argumentation du recourant se heurte à l'art. 190 Cst. (cf. art. 12 let. g LLCA).
6. Le recourant soutient ensuite que le tarif horaire minimal devrait être de 180 francs. Il se réfère à l'arrêt publié aux <ref-ruling>. Il en déduit, d'une part, que la jurisprudence qui admet un tarif différencié (arrêt 1P.28/2000 précité) ne serait plus applicable et, d'autre part, que si la distinction entre les différentes catégories d'avocats d'office devait encore être admissible, le tarif le plus bas appliqué devrait être de 180 fr.
Pour déterminer l'indemnisation accordée à l'avocat d'office de manière à lui permettre de réaliser un gain modeste et non seulement symbolique, il y a lieu de partir d'un tarif horaire de l'ordre de 180 francs comme règle de base (<ref-ruling> consid. 8.6 et 8.7 p. 217 s.). Ce montant a été fixé sur la base de données statistiques relatives aux frais généraux d'avocats indépendants (arrêt précité, consid. 7.5.2 p. 212 et 8.7 p. 217 et les références à URS FREY/HEIKO BERGMANN, Bericht: Studie Praxiskosten des Schweizerischen Anwaltsverbandes, Schweizerisches Institut für Klein- und Mittelunternehmen des Universität St. Gallen, 2005 ainsi que BRUNO PELLEGRINI, Umfrage bei des Schweizer Anwältinnen und Anwälten zu den Praxiskosten, in: Anwaltsrevue 2005, p. 315). Il s'ensuit que cette jurisprudence, dans laquelle la question des tarifs différenciés ne se posait pas, ne remet pas en question le principe de tels tarifs admis dans l'arrêt 1P.28/2000. Par voie de conséquence, cette jurisprudence ne s'oppose pas non plus à la rémunération des avocats collaborateurs et stagiaires, qui ne supportent pas les mêmes charges que l'avocat indépendant, à un tarif horaire inférieur à 180 fr.
7. En se référant à la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et à la liberté économique (art. 27 Cst.), le recourant soutient qu'en obligeant les avocats à travailler à perte, le législateur cantonal porte atteinte à la liberté économique et à la prospérité. Il y aurait non seulement gain manqué, mais diminution de fortune. Le recourant soutient dans ce contexte que la rémunération horaire de 130 francs accordée à l'avocat collaborateur ne couvrirait pas ses coûts horaires. Il soutient par ailleurs qu'une telle indemnisation violerait l'interdiction du travail forcé au sens de l'art. 4 CEDH.
Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de constater que la garantie de la propriété, qui ne protège pas le patrimoine en tant que tel, ne pouvait être invoquée dans ce contexte (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 205). Pour le surplus, l'argumentation du recourant repose sur la prémisse que les frais supportés par un avocat collaborateur ou un stagiaire, qu'il estime à 130 francs de l'heure en moyenne en se référant aux données ressortant de la jurisprudence, ne seraient même pas couverts par les indemnités accordées à ces deux catégories de défenseur d'office par le droit cantonal. Il oublie ce faisant que les coûts horaires sur lesquels se fonde la jurisprudence ont été déterminés pour des avocats indépendants (v. supra consid. 6). Cette référence n'est donc pas pertinente pour la situation des avocats dépendants et stagiaires. Le recourant n'a par ailleurs pas produit en procédure des données concrètes permettant d'établir que les frais horaires supportés dans le canton de Neuchâtel par ces deux catégories de défenseurs d'office seraient au moins égaux à ceux d'un avocat indépendant, ce qui est pour le moins douteux. Il n'a jamais tenté non plus d'apporter des éléments concrets sur sa propre situation en tant que stagiaire, puis collaborateur. Il n'y a dès lors aucun motif de s'écarter de la décision entreprise qui ne constate rien de tel, de sorte que le recourant ne démontre pas en quoi, concrètement, la décision entreprise violerait les droits fondamentaux qu'il invoque.
8. Le recourant succombe. Il supporte les frais de la procédure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 francs, sont à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel, Cour de droit public.
Lausanne, le 16 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat