A.- Mit Verfügung vom 19. November 1998 verneinte die IV-Stelle Basel-Stadt gestützt auf umfangreiche medizinische Unterlagen, u.a. eine Expertise des Zentrums für Medizinische Begutachtung (ZMB) vom 9. Juli 1998, einen Anspruch der S._ auf Leistungen der Invalidenversicherung.
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde wies die Kantonale Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV-Stellen Basel-Stadt mit Entscheid vom 16. Dezember 1999 ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt S._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente beantragen. Eventualiter sei eine psychiatrische Oberexpertise einzuholen.
Weiter wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht.
Die IV-Stelle Basel-Stadt schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die kantonale Rekurskommission hat die massgebenden gesetzlichen Bestimmungen über die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>), die Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (vgl. auch <ref-ruling> Erw. 2 mit Hinweisen) und zur richterlichen Würdigung von medizinischen Berichten und Gutachten (vgl. auch <ref-ruling> Erw. 3 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
2.- a) Streitig ist die Festsetzung des Invaliditätsgrades, wobei die Beschwerdeführerin den von Vorinstanz und IV-Stelle berücksichtigten Umfang der ihr zumutbaren Arbeitsfähigkeit von 80 % bestreitet und sich dabei auf Widersprüche in den medizinischen Unterlagen beruft.
b) IV-Stelle und Vorinstanz haben bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit zu Recht auf das massgebende, in sich schlüssige Gutachten des Zentrums für Medizinische Begutachtung (ZMB) vom 9. Juli 1998 abgestellt, wonach die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin in der angestammten Tätigkeit als Hilfsarbeiterin aufgrund ihres Gesundheitszustandes insgesamt zu 20 % eingeschränkt ist.
c) Daran vermögen die - grösstenteils bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgebrachten - Einwände in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nichts zu ändern.
Bezüglich des Haupteinwandes der mangelnden Unabhängigkeit des Gutachtens des ZMB ist darauf hinzuweisen, dass das Zentrum für medizinische Begutachtung eine Medizinische Abklärungsstelle der Invalidenversicherung (MEDAS) ist. Für Sachverständige gelten grundsätzlich die gleichen Ausstands- und Ablehnungsgründe, wie sie für das Gericht vorgesehen sind (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>, Art. 22 und 23 OG), weshalb die Rechtsprechung zur Verfahrensgarantie der Art. 4 und 58 Abs. 1 aBV, soweit es um die richterliche Unabhängigkeit geht, sinngemäss auf das Erfordernis der Unabhängigkeit und Unparteilichkeit des Sachverständigen angewendet wird (<ref-ruling> Erw. 3a; vgl. auch RKUV 1999 Nr. U 332 S. 193 mit Hinweisen). In konstanter Rechtsprechung bejaht das Eidgenössische Versicherungsgericht denn auch - wie bereits im kantonalen Entscheid ausgeführt - die Unabhängigkeit und Unparteilichkeit der Gutachterinnen und Gutachter der MEDAS und hält fest, es handle sich bei diesen Institutionen um spezialisierte Abklärungsstellen, die den Durchführungsorganen in keiner Weise untergeordnet sind, sondern medizinische Abklärungen vornehmen, die einzig nach bestem Wissen und Gewissen zu erstatten sind (<ref-ruling>; AHI 1997 S. 120, je mit Hinweisen). Diese von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze gelten auch unter der Herrschaft der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Bundesverfassung (Art. 30 Abs. 1; nicht veröffentlichte Urteile G. vom 16. Juni 2000, U 304/99, und J. vom 19. Mai 2000, U 161/98). Die Europäische Kommission für Menschenrechte hat sodann eine gegen das in <ref-ruling> ff. veröffentlichte Urteil betreffend die Unabhängigkeit der medizinischen Abklärungsstellen der Invalidenversicherung (MEDAS) erhobene Konventionsbeschwerde mit Entscheid vom 20. April 1998 (39759/98) nicht zugelassen und es mit Art. 6 Ziff. 1 EMRK als vereinbar bezeichnet, dass die durch die entscheidende Instanz beauftragten Experten einer Partei untergeordnet sind (VPB 1998 Nr. 95 S. 917). Aufgrund der Akten bestehen denn auch keine Anhaltspunkte, die im konkreten Fall gegen die Unabhängigkeit und Unparteilichkeit der Abklärungsstelle sprechen.
Die Berufung auf die von der Schlussfolgerung des Gutachtens abweichende Beurteilung im Kurzzeugnis der Psychiatrischen Klinik X._ vom 22. Mai 1997 ist sodann nicht geeignet, Zweifel an den überzeugenden und schlüssigen Ergebnissen der polydisziplinären Begutachtung aufkommen zu lassen. Das Gutachten ZMB setzt sich mit dem erwähnten Zeugnis auseinander und begründet einleuchtend, weshalb darauf nicht abgestellt werden kann. Auch die vom Hausarzt Dr. K._ ohne weitere medizinische Begründung attestierte 100%ige Arbeitsunfähigkeit ab 17. Oktober 1994 ist nicht geeignet, zu einer anderen Beurteilung zu führen.
3.- Das Begehren um unentgeltliche Rechtspflege im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten ist gegenstandslos, weil im Verfahren über die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen keine Verfahrenskosten auferlegt werden (Art. 134 OG).
Dem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung kann entsprochen werden, da die hiefür nach Gesetz (Art. 152 in Verbindung mit Art. 135 OG) und Rechtsprechung (<ref-ruling> Erw. 4a mit Hinweisen) erforderlichen Voraussetzungen erfüllt sind. Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstige Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwalt Dr. Roland Ilg, Zürich, für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht
aus der Gerichtskasse eine Entschädigung (Honorar,
Auslagenersatz und Mehrwertsteuer) von Fr. 2500.- ausgerichtet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV- Stellen, Basel, und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 30. November 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: