Sachverhalt:
A. T._, geboren 1953, meldete sich am 26. Juni 2003 unter Hinweis auf Depressionen nach langjährigem Lumbovertebral- und Armschultersyndrom bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an, nachdem ihr die Stelle als Mitarbeiterin bei der C._ AG auf den 28. Februar 2003 gekündigt worden war. Gestützt auf das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle MEDAS vom 9. Februar 2006 und nach Einholung von Verlaufsberichten auf den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 5. Juni 2008 hin sprach ihr die IV-Stelle Luzern am 20. Juli 2011 für die Zeit vom 1. Oktober 2003 bis zum 30. November 2004 eine halbe und ab dem 1. Dezember 2004 eine ganze, bis zum 31. Januar 2006 befristete Invalidenrente zu.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 3. Mai 2012 insoweit teilweise gut, als T._ zusätzlich für die Zeit vom 1. bis zum 28. Februar 2006 eine ganze Invalidenrente zugesprochen wurde; im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen.
C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei ihr ab dem 1. Oktober 2003 und über den 28. Februar 2006 hinaus eine ganze Rente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen und seien ihr Eingliederungsmassnahmen zu gewähren. Des Weiteren ersucht sie um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 67 f., 134 V 250 E. 1.2 S. 252, je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung der Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 315, 65 E. 1.3 S. 67 f., je mit Hinweisen). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 196 ff.). Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01 E. 4b/cc) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Beschwerdeführerin hat im vorinstanzlichen Verfahren den Antrag auf Durchführung von Eingliederungsmassnahmen gestellt, worauf das kantonale Gericht nicht eingetreten ist, weil die IV-Stelle darüber nicht verfügt hatte. Das Begehren wird letztinstanzlich erneuert, jedoch nicht weiter begründet. Es ist darauf deshalb nicht weiter einzugehen. Gleiches gilt hinsichtlich der Rüge, dass das kantonale Gericht auf die Beschwerde insoweit nicht eingetreten sei, als sie die Zusprechung von nicht näher bezeichneten gesetzlichen Leistungen anbegehrt habe, nachdem sich die Beschwerdeführerin auch dazu nicht weitergehend äussert.
4. Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss im Wesentlichen eine seit dem Rentenbeginn bestehende und auch weiterhin anhaltende 100%ige Arbeitsunfähigkeit geltend, wobei sie sich insbesondere auf ihren Hausarzt sowie darauf beruft, dass die psychiatrische Begutachtung durch die MEDAS unzulänglich sei.
5. Dem Einwand, dass die Beschwerdeführerin schon bei Rentenbeginn zu 100% arbeitsunfähig gewesen sei, kann nicht gefolgt werden.
Entscheidwesentlich ist diesbezüglich, dass der Hausarzt Dr. med. A._ gemäss Bericht vom 18. Juli 2003 zwar den angestammten Beruf als unzumutbar, eine leidensangepasste Tätigkeit jedoch als möglich erachtete, wobei die Beschwerdeführerin anfänglich sicher ein Halbtagspensum zu verrichten vermöchte. Nach Lage der Akten hatte die Arbeitgeberin der Beschwerdeführerin die Stelle am 30. September 2002 wegen Schliessung der Strickerei und Umstrukturierung der Näherei gekündigt. Ab dem 22. Oktober 2002 attestierte Dr. med. A._ im genannten Bericht die erwähnte Arbeitsunfähigkeit. Die Beschwerdeführerin habe schon seit Jahren unter Rückenschmerzen, später auch unter Schulterbeschwerden gelitten, wobei es im Oktober 2002 zu einem noch andauernden Schub und in der Folge im April 2003 zu einer massiven reaktiven Depression gekommen sei. Der Hausarzt wies sie deshalb in die Psychiatrische Klinik des Spitals X._ ein. Zuverlässige Angaben über die Hospitalisation vom 7. Mai bis zum 4. Juli 2003 waren in der Psychiatrischen Klinik X._ nicht erhältlich zu machen. Die Beschwerdeführerin wurde dort indessen weiterhin ambulant betreut, und gemäss Stellungnahme vom 1. Oktober 2003 diagnostizierten Dr. med. F._ und Frau Dr. med. W._ eine leichte depressive Episode (ICD-10 F32.0), nachdem es im Juli 2003 zu einer Verbesserung gekommen sei, und die Beschwerdeführerin war ihrer Auffassung nach in der Leistungsfähigkeit zu 50% eingeschränkt. Die Angaben wurden am 9. Februar 2004 bestätigt. Auch wenn es im Mai/Juni 2004 gemäss Bericht des Dr. med. F._ und der Frau Dr. med. W._ vom 31. August 2004 zu einer vorübergehenden Verschlechterung der psychischen Gesundheit gekommen ist, handelt es sich dabei nicht um eine andauernde rentenerhebliche Veränderung (vgl. <ref-law>). Dr. med. A._ attestierte zwar am 15. November 2004 eine weiterhin andauernde 100%ige Arbeitsunfähigkeit seit dem 22. Oktober 2002, ohne sich jedoch zu seiner am 18. Juli 2003 erwähnten Präzisierung zu äussern; insbesondere wird nicht dargelegt, inwiefern die seit Januar 2004 zunehmend stärkeren Beschwerden im Bereich des linken Fusses, herrührend von einer residuellen, im frühen Säuglingsalter insuffizient behandelten Klumpfusssituation, die Ausübung einer leichteren Tätigkeit mit einem 50%-Pensum nunmehr verunmöglichen würden. Es ist darauf daher nicht abzustellen. Von den geltend gemachten vier Hospitalisationen in den Jahren 2003 und 2004 fällt keine in den Zeitraum zwischen dem Rentenbeginn am 1. Oktober 2003 nach Ablauf des Wartejahrs (<ref-law> in der ab 1. Januar 2003 gültig gewesenen Fassung) und der mit Datum der Fussoperation vom 17. September 2004 eingetretenen 100%igen Arbeitsunfähigkeit. Diese war im Übrigen gemäss <ref-law> erst ab dem 1. Dezember 2004 zu berücksichtigen.
Dass die Beschwerdeführerin vom Zeitpunkt des Rentenbeginns am 1. Oktober 2003 bis zu ihrer Fussoperation am 17. September 2004, welche zur Annahme einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit bis zur Untersuchung durch die MEDAS geführt hat, mit Blick auf diese anstehende Operation nicht eingliederungsfähig und damit auch nicht erwerbsfähig gewesen wäre, findet in den Akten nach dem Gesagten ebenfalls keine Stütze. Im Übrigen hätte die Gewährung beruflicher Massnahmen den Invaliditätsgrad nicht zu erhöhen vermögen, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist.
6. Gerügt wird weiter die psychiatrische Begutachtung durch die MEDAS. Es wurde dort eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10 F45.4) diagnostiziert, wobei eine psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Intensität, Ausprägung und Dauer nicht vorlag und hinsichtlich der von der Praxis alternativ zum Vorliegen einer psychischen Komorbidität umschriebenen Kriterien, welche eine adäquate Schmerzbewältigung objektiv konstant und intensiv behindern können, lediglich ein primärer Krankheitsgewinn gegeben war (<ref-ruling> E. 2.2.3 S. 353 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f.). Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, dass sie schon seit dem Jahr 2003 und auch weiterhin unter erheblichen psychischen Beschwerden leide, welche von den MEDAS-Gutachtern unterschätzt worden seien. Dieser Einwand ist indessen mit Blick auf die Berichte der behandelnden Psychiaterin Frau Dr. med. W._, welche regelmässig, zuletzt am 2. März 2011, und daher von einer anhaltenden, jedoch nur leichten depressiven Symptomatik ausging, unberechtigt, kann eine Invalidisierung unter diesen Umständen doch rechtsprechungsgemäss nicht angenommen werden und ergeben sich aus ihren Stellungnahmen mit Attestierung einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit deshalb keine hinreichend konkreten Indizien, die gegen die Zuverlässigkeit des versicherungsexternen Gutachtens sprechen würden (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227; <ref-ruling> E. 4.4 S. 470; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353). Es ist zufolge der psychischen Beschwerden zwar nach der Kündigung der Arbeitsstelle eine Hospitalisation vom 7. Mai bis zum 4. Juli 2003 erforderlich geworden und es kam, wie erwähnt (oben E. 5), im darauf folgenden Jahr zu einer vorübergehenden Verschlechterung. Seither jedoch berichtet Frau Dr. med. W._ zwar jeweils von einem fluktuierenden Verlauf, ohne dass sich indessen in ihrer Diagnosestellung eine Änderung ergeben hätte. Dass es sich entgegen den Stellungnahmen selbst der behandelnden Ärztin um ein schwereres Leiden handeln würde, ist auch aufgrund der eingehenden Schilderung der Aktivitäten der Versicherten im MEDAS-Gutachten, wonach sie rege soziale Kontakte pflege und subjektiv zwar im Haushalt eingeschränkt, anamnestisch jedoch in der Lage sei, die anfallenden Arbeiten weitgehend selbstständig zu erledigen, nicht anzunehmen. Auf die Einwände hinsichtlich der vom MEDAS-Gutachter angenommenen, jedoch schon damals nicht mehr aktuellen Anpassungsstörung (ICD-10 F43.21) ist nicht weiter einzugehen.
Die Einschätzung der MEDAS-Gutachter, dass bei diesem psychischen Beschwerdebild und Einschränkung der Arbeitsfähigkeit aus rheumatologischer Sicht um ebenfalls 20% insgesamt keine darüber hinaus gehende Leistungseinbusse bestehe, ist nicht zu beanstanden. Es kann diesbezüglich im Übrigen auf die eingehenden und zutreffenden Erwägungen des kantonalen Gerichts verwiesen werden.
7. Die Beschwerdeführerin beruft sich schliesslich auf neuere Arztberichte, welche einen ungünstigen Verlauf belegen sollen. In allen wird jedoch festgehalten, dass sich seit der MEDAS-Begutachtung keine wesentlichen Veränderungen ergeben hätten (Berichte des Dr. med. A._ vom 16. November 2008 sowie der Frau Dr. med. W._ vom 2. Februar 2009 und vom 30. Juli 2010). Zur Arbeitsfähigkeit äussern sich die behandelnde Psychiaterin Frau Dr. med. W._ und der neue Hausarzt Dr. med. B._ zuletzt am 25. Februar 2011 und am 2. März 2011 gar nicht; am 23. August 2011 und somit nach dem für die richterliche Überprüfung massgebenden Zeitpunkt der angefochtenen Verfügung (<ref-ruling> E. 1 S. 169) berichtet Dr. med. B._, obwohl er ausdrücklich auf den unveränderten Zustand seit der Begutachtung hinweist, dass sich insbesondere an der 50%igen Arbeitsfähigkeit aus somatischer Sicht und 50%igen Arbeitsfähigkeit aus psychischer Sicht nichts geändert habe, was jedoch dem MEDAS-Gutachten widerspricht und wozu sich der Hausarzt nicht weiter äussert. Es kann darauf deshalb für den hier zu beurteilenden Zeitraum nicht abgestellt werden. Auch die Stellungnahme der Frau Dr. med. W._ vom 12. September 2011 kann mit Blick auf den massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses nicht berücksichtigt werden. Dass sich zwischenzeitlich, wie vom rheumatologischen Gutachter Dr. med. J._ damals befürchtet, ein Fibromyalgiesyndrom mit weitergehender Einschränkung der Arbeitsfähigkeit entwickelt hätte, findet in den Akten, soweit sie hier (bis zur Rentenverfügung) zu berücksichtigen sind, keine Stütze. Die Rüge, dass weiterer Abklärungsbedarf bestehe, ist damit unbegründet.
8. Zusammengefasst lässt sich unter Berücksichtigung der eingeschränkten Kognition des Bundesgerichts und mit Blick auf die erhobenen Rügen eine offensichtliche Unrichtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung oder eine Rechtsverletzung hinsichtlich der Erwägungen zum Gesundheitszustand, welche sich im Wesentlichen auf das MEDAS-Gutachten stützen, nicht ausmachen. Den Einwänden der Beschwerdeführerin, wonach ihr seit dem 1. Oktober 2003 und auch über den 1. März 2006 hinaus wegen davon abweichender Stellungnahmen der behandelnden Ärzte und unzulänglicher psychiatrischer Begutachtung in der MEDAS eine ganze Invalidenrente zustehe, kann daher nicht gefolgt werden.
9. Was die erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitsschadens betrifft, wird - neben der massgeblichen Arbeitsunfähigkeit - im Wesentlichen die Gewährung des höchstzulässigen leidensbedingten Abzuges auf Seiten des Invalideneinkommens anstelle der von der Vorinstanz berücksichtigten 5% beantragt (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.), wobei es sich jedoch um eine typische Ermessensfrage handelt, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
Die diesbezüglich vorgebrachten Einwendungen vermögen eine solche Korrektur nicht zu rechtfertigen. Aus dem von der Beschwerdeführerin angeführten Urteil 8C_404/2007 vom 4. August 2008 (E. 4.2.2), in welchem der Fall einer stellvertretenden Leiterin der Pflege-Abteilung eines Alters- und Pflegezentrums zu beurteilen war, welche nur noch körperlich leichte, wechselbelastende Tätigkeiten ausüben konnte, lässt sich nichts zu ihren Gunsten ableiten, zumal der Beschwerdeführerin die angestammte Tätigkeit als Kontrolleurin in der Konfektion deshalb nicht mehr zuzumuten ist, weil sie stehend zu verrichten und schulterbelastend war; eine entsprechende Arbeit ohne diese körperlichen Anforderungen könnte sie jedoch weiterhin bewältigen. Allein der Umstand, dass sie in diesem Beruf seit 1985 und bei der gleichen Arbeitgeberin tätig war, vermag nicht zu einer ausschlaggebenden anderen Beurteilung zu führen. Soweit sich die Beschwerdeführerin auf ihr Alter sowie die langjährige Abwesenheit vom Arbeitsmarkt beruft, ist darauf hinzuweisen, dass sie zu dem für den Einkommensvergleich massgeblichen Zeitpunkt des Rentenbeginns im Jahr 2003 (<ref-ruling>; <ref-ruling>) erst 50jährig und nur wenige Monate ohne Stelle gewesen war.
Andere Einwände, wie namentlich bezüglich des von der Vorinstanz ermittelten Valideneinkommens für das Jahr 2005, sind im Ergebnis nicht von Belang, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist.
Schliesslich wäre der Beschwerdeführerin die Wiederaufnahme einer Erwerbstätigkeit aus gesundheitlichen Gründen jedenfalls spätestens nach der MEDAS-Begutachtung zuzumuten gewesen, was ihr mit Vorbescheid vom 20. Juni 2006 auch mitgeteilt wurde (vgl. Urteil 8C_880/2011 vom 21. März 2012 E. 5.3 u. 5.4); dass es in der Folge auf Anordnung der Vorinstanz gemäss Entscheid vom 5. Juni 2008 zu weiteren Abklärungen gekommen ist, ist diesbezüglich nicht massgebend, zumal diese den weiteren Verlauf nach der Begutachtung betroffen haben. Der Einwand, die Verwertung der Restarbeitsfähigkeit sei nicht mehr zumutbar, ist daher ebenfalls unberechtigt (vgl. Urteil 9C_427/2010 vom 14. Juli 2010 E. 2.4 u. 2.5).
10. Die Beschwerde kann ohne Durchführung des Schriftenwechsels (<ref-law>) erledigt werden.
11. Gemäss <ref-law> wird einer Partei die unentgeltliche Rechtspflege nur gewährt, wenn sie bedürftig ist und ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (zum Erfordernis der Nichtaussichtslosigkeit auch bei der unentgeltlichen Verbeiständung: Urteil 8C_258/2009 vom 24. August 2009 E. 7 mit Hinweisen). Das kantonale Gericht hat die Sachverhalts- und Rechtslage einlässlich dargelegt und seinen Entscheid eingehend begründet. Die erhobenen Rügen vermochten ihn nicht ernsthaft in Zweifel zu ziehen. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann daher zufolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 f.) nicht entsprochen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. August 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo