Faits:
A. Lors de la construction de la N16, de nombreux nouveaux chemins forestiers ont dû être aménagés sur le territoire des communes bourgeoises de Sonceboz-Sombeval, La Heutte, Bienne et Péry. Ces chemins ont été financés et construits par la Confédération et le canton de Berne, puis cédés aux communes. Pour compenser les frais supplémentaires liés à l'entretien des nouveaux chemins forestiers, l'Office des ponts et chaussées du canton de Berne a alloué aux communes bourgeoises précitées une indemnité unique de CHF 500'000.- pour solde de tout compte. Ce montant avait été calculé par le bureau d'ingénieurs Agriforest SA sur la base d'une période de 40 ans. Il a été versé le 14 décembre 1998 sur un compte de la commune bourgeoise de Bienne et placé sur un fonds d'entretien des chemins géré par cette commune. Selon la clé de répartition établie par Agriforest SA sur la base des mètres courants de chemins forestiers à entretenir, le droit de la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval au fonds d'entretien s'élevait à CHF 160'450.-.
B. La commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval n'a pas déclaré comme revenu sa part au fonds d'entretien précité. Le 1er octobre 2004, l'Intendance des impôts du canton de Berne (ci-après l'Intendance des impôts) a ouvert à ce sujet une procédure en rappel et en soustraction d'impôt. Par décision sur réclamation du 20 février 2007, l'Intendance des impôts a rejeté la réclamation de la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval du 5 octobre 2005 et condamné cette dernière à verser, au titre du rappel d'impôt 1998-1999, le montant de CHF 11'203.- et, à titre d'amende, CHF 3'697.-, plus CHF 2'678.70 d'intérêts moratoires pour l'impôt fédéral direct (ci-après IFD), ainsi que de CHF 18'843.85 de rappel d'impôt, CHF 6'218.55 d'amende et CHF 4'776.85 d'intérêts moratoires pour les impôts cantonaux.
Par acte du 26 mars 2007, la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval a recouru contre cette décision devant la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne (ci-après la Commission des recours). Par décision du 6 décembre 2011, celle-ci a rejeté ce recours.
C. Par acte du 9 janvier 2012, la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval a déposé un recours au Tribunal administratif du canton de Berne. En ce qui concerne l'IFD, elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision du 6 décembre 2011 soit annulée et à ce qu'il soit renoncé à une amende pour cet impôt, les conditions de la soustraction d'impôt n'étant pas réalisées. Subsidiairement, elle requiert la réduction du montant de l'amende.
Le 29 mai 2012, le Tribunal administratif du canton de Berne a transmis le recours de la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence dans la mesure où il portait sur l'IFD pour les années 1998 et 1999.
La Commission des recours propose le rejet du recours. L'Intendance des impôts a renoncé à se déterminer. L'Administration fédérale des contributions s'en est remise à justice quant aux suites à donner au recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 472 et les arrêts cités).
1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le fait que la recourante ait déposé un recours cantonal adressé au Tribunal administratif qui l'a transmis au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence ne saurait lui nuire si les conditions propres à cette voie de droit sont remplies (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 496).
1.2 Le recours de la commune bourgeoise de Sonceboz-Sombeval contre la décision de la Commission des recours du 6 décembre 2011 a été déposé auprès du Tribunal administratif du canton de Berne qui l'a transmis à la Cour de céans dans la mesure où il porte sur l'IFD pour les années 1998 et 1999.
Jusqu'à l'année fiscale 2000, la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne statuait en qualité d'instance cantonale unique sur les recours de son ressort en vertu du droit fédéral (cf. art. 9 al. 2 de l'ordonnance d'exécution de l'impôt fédéral direct du 18 octobre 2000 [OIFD; ROB 668.11]). La décision attaquée a par conséquent été rendue par une autorité cantonale de dernière instance au sens de l'art. 86 al. 1 let. d LTF.
L'obligation des cantons de prévoir une deuxième instance judiciaire cantonale pour les recours en matière d'IFD (cf. <ref-law>; RS 642.11) lorsqu'une double instance cantonale est prévue pour les impôts directs cantonaux n'est pas applicable à la présente affaire. Le délai accordé aux cantons pour adapter leur législation aux dispositions harmonisées n'était pas encore échu dans la période fiscale en cause (cf. art. 72 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). L'<ref-law> représente la base légale spéciale nécessaire en application de l'<ref-law> pour admettre à titre exceptionnel, pendant le délai transitoire, un recours en matière de droit public dirigé contre une décision d'une autorité cantonale inférieure (cf. arrêt 2C_137/2011 du 30 avril 2012 consid. 1.2 non publié aux <ref-ruling> et les renvois).
1.3 La recourante a par ailleurs participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir comme un particulier, son statut de collectivité publique n'étant sous cet angle pas déterminant (cf. <ref-law>; arrêt 2C_614/2009 du 20 janvier 2010 consid. 1.1). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et <ref-law>), le recours est par conséquent recevable en tant qu'il porte sur l'IFD pour les années 1998 et 1999.
1.4 Dans la mesure où il concerne l'impôt cantonal pour les années 1998 et 1999, le recours reste de la compétence du Tribunal administratif du canton de Berne.
2. Dans la décision attaquée, la Commission des recours a retenu que la recourante n'était pas une collectivité territoriale exonérée de l'impôt en application de l'art. 56 let. c LIFD et qu'au surplus, elle n'avait pas présenté de demande dans ce sens. La recourante fait valoir que c'est à tort que l'exonération de l'IFD lui a été refusée.
2.1 Aux termes de l'art. 56 let. c LIFD, sont exonérées de l'impôt les communes, les paroisses et les autres collectivités territoriales des cantons, ainsi que leurs établissements. La notion de collectivité territoriale des cantons est définie par opposition à celle de collectivité de personnes, dont elle se différencie par le fait que la qualité de membre dépend du domicile à l'intérieur d'un territoire déterminé, et non de qualités liées à la personne. Le libellé de la loi fait ressortir que le législateur considérait que les communes religieuses faisaient aussi partie des collectivités territoriales. Elles recèlent toutefois des éléments personnels en plus de leurs aspects territoriaux, et représentent de ce fait une forme mixte entre corporations territoriales et de personnes. Elles sont néanmoins considérées comme des collectivités territoriales (cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 125; <ref-ruling> consid. 3a p. 179). Il en découle que la notion de collectivité territoriale des cantons au sens de l'art. 56 let. c LIFD ne se limite pas aux collectivités purement territoriales, mais vise toutes les corporations de droit public qui présentent un élément territorial. Sont uniquement exclues de l'exonération les corporations auxquelles, en vertu du droit cantonal, tout lien avec un territoire déterminé, défini par la répartition politique territoriale cantonale, fait complètement défaut (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 179 et les références citées).
2.2 Les communes bourgeoises, à la différence des communes politiques, n'ont pas de souveraineté territoriale à proprement parler. Leur tâche réside principalement dans l'administration et l'utilisation de leur patrimoine, ainsi que dans l'engagement de leurs ressources pour des buts d'ordre culturel, social ou d'intérêt public, fréquemment en collaboration avec les communes des habitants. Hormis le domaine des droits de bourgeoisie, la promulgation de réglementations propres et, le cas échéant, l'exécution de certaines tâches dans le domaine des tutelles ou curatelles et de l'assistance aux indigents, elles ne possèdent en général pas d'attributs de souveraineté. Toutefois, il en va de même pour les paroisses, que l'art. 56 let. c LIFD exclut néanmoins entièrement de l'assujettissement. Une autre particularité différencie les bourgeoisies des communes municipales ou d'habitants ainsi que des paroisses: elles ne disposent pas de la souveraineté fiscale. Ceci s'explique sans autre par le fait que les bourgeoisies possèdent généralement un patrimoine réservé à leurs besoins et d'autres actifs qui génèrent des revenus en conséquence, et ne dépendent de ce fait pas de recettes fiscales. L'administration et la mise en valeur de leurs avoirs constituent également une part importante de leurs tâches. Ce faisant, elles peuvent verser partiellement, selon les limitations légales applicables, des revenus à des bourgeois déterminés. Cette spécialité des communes bourgeoises n'exclut toutefois pas à elle seule une exception à l'assujettissement à l'IFD. Dans la mesure où une commune bourgeoise est tenue par la loi de consacrer sa fortune en premier lieu à des buts de service public et ne procède pas à des distributions excessives à ses membres, il n'y a pas lieu de la traiter différemment, sous l'angle de l'art. 56 let. c LIFD, des autres catégories de communes (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3c p. 181 s.).
2.3 Dans un arrêt récent, le Tribunal fédéral a analysé la qualification des communes bourgeoises du canton de Berne en relation avec la perception d'un impôt sur les gains immobiliers (cf. arrêt 2C_614/2009 du 20 janvier 2010). Il a retenu que, de manière générale, ces communes bourgeoises étaient des collectivités de droit public disposant d'une personnalité juridique propre et qu'elles faisaient partie des quatre types de communes reconnues dans le canton de Berne. Elles sont composées de l'ensemble des personnes disposant du droit de bourgeoisie et sont par conséquent considérées comme des collectivités de personnes. Dans la mesure où, selon le droit cantonal, le droit de vote en matière bourgeoise appartient en principe aux bourgeoises et bourgeois domiciliés dans la commune bourgeoise concernée (cf. art. 113 al. 1 de la loi du 16 mars 1998 sur les communes [LCo/BE; ROB 170.11]; elles disposent cependant également d'un élément de nature territoriale, typique des collectivités territoriales (cf. arrêt 2C_614/2009 du 20 janvier 2010 consid. 3.2; voir également MARCEL BISCHOF, Ende der Besteuerung der Burgergemeinden, in L'expert comptable suisse 1999 p. 742).
Il n'y a pas lieu de revenir sur cette jurisprudence. En effet, la commune bourgeoise comporte un élément territorial dès lors qu'elle s'étend sur le même territoire que la commune municipale et que le droit de bourgeoisie est lié au fait d'être originaire de ce territoire. Aux termes de l'art. 113 al. 2 LCo/BE, le règlement d'organisation de la commune bourgeoise peut certes accorder le droit de vote également aux bourgeoises et bourgeois qui résident hors de la commune. Cette possibilité n'est cependant pas déterminante et ne saurait enlever à la notion de commune bourgeoise du canton de Berne - même si elle en a fait usage - son lien territorial, ce qui est suffisant pour l'application de l'art. 56 let. c LIFD. On remarquera à cet égard que la Confédération suisse est également une collectivité territoriale exonérée de l'impôt, bien qu'elle accorde le droit de vote aux Suisses de l'étranger (cf. art. 1 et 40 al. 2 Cst.; <ref-law>; art. 3 al. 1 de la loi fédérale sur les droits politiques des Suisses de l'étranger du 19 décembre 1975 [RS 161.5]).
Dans l'arrêt 2C_614/2009, le Tribunal fédéral a également retenu que les communes bourgeoises du canton de Berne, qui n'ont pas de souveraineté fiscale, couvrent leurs besoins financiers avec le revenu de leur fortune, qui se compose principalement de biens fonciers. De par la loi, elles pourvoient au bien public dans la mesure de leurs moyens (cf. art. 119 al. 1 de la Constitution du canton de Berne du 6 juin 1993; ROB 101.1 et art. 112 al. 1 LCo/BE). Traditionnellement, elles interviennent dans les secteurs social, de la tutelle et de la culture (cf. arrêt précité consid. 3.2 et les références citées).
Enfin, la loi sur les communes du canton de Berne, bien qu'elle ne l'exclue pas, ne prévoit pas de distribution de revenus, par la commune bourgeoise, aux bourgeoises et aux bourgeois. Elle se distingue en cela de la législation du canton du Valais qui autorise expressément une telle distribution, mais qui a néanmoins été considérée comme ne faisant pas obstacle à l'exonération en matière d'IFD, la distribution étant limitée à certaines prestations de peu d'importance (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3c in fine p. 182).
Au vu de la jurisprudence qui précède et sur la base du droit cantonal bernois, il convient par conséquent de traiter les communes bourgeoises du canton de Berne comme des collectivités exonérées de l'IFD au sens de l'art. 56 let. c LIFD.
2.4 Par ailleurs, les personnes morales qui remplissent les conditions pour être exonérées le sont ex lege; elles ont un droit à l'exonération sans qu'un acte administratif constitutif ne soit nécessaire (<ref-ruling> consid. 5b p. 63).
2.5 La recourante est une commune bourgeoise soumise à la réglementation en vigueur dans le canton de Berne. En application de la jurisprudence précitée, elle doit par conséquent être considérée comme une "autre collectivité territoriale des cantons" exonérée de l'IFD conformément à l'art. 56 let. c LIFD. En outre, la Commission de recours ne pouvait pas refuser d'en tenir compte au motif que la recourante n'avait pas déposé de demande en ce sens (cf. supra consid. 2.4). Il importe également peu de savoir si la recourante a ou non fait usage, dans son règlement, de la possibilité que lui offre l'art. 113 al. 2 LCo/BE et accordé un droit de vote aux bourgeoises et bourgeois résidant hors de la commune. Le fait que ce droit appartient de toute façon aux bourgeoises et bourgeois domiciliés sur le territoire de la commune en vertu de l'art. 113 al. 1 LCo/BE institue un lien territorial suffisant au regard de l'art. 56 let. c LIFD.
Cette conclusion s'impose a fortiori dès lors que la commune bourgeoise de La Heutte, qui a également bénéficié d'une partie du montant de CHF 500'000.- versé le 14 décembre 1998, a été exonérée de l'IFD en application de l'art. 56 let. c LIFD.
La recourante étant exonérée en matière d'IFD, elle ne saurait faire l'objet d'un rappel d'impôt ou être condamnée pour soustraction fiscale en relation avec l'IFD. Le recours, considéré comme un recours en matière de droit public, doit par conséquent être admis et la décision attaquée annulée dans la mesure où elle porte sur l'IFD pour les années 1998 et 1999.
3. Succombant, le canton de Berne, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. arrêt 2C_648/2009 du 29 mars 2010 consid. 6 non publié à l'<ref-ruling>), doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 et 4 LTF). Il versera en outre à la recourante, qui agit comme un particulier (cf. supra consid. 1.3), une indemnité à titre de dépens (cf. <ref-law>; BERNARD CORBOZ, in BERNARD CORBOZ/ALAIN WURZBURGER/PIERRE FERRARI/JEAN-MAURICE FRÉSARD/FLORENCE AUBRY GIRARDIN, Commentaire de la LTF, 2009, n° 28 ad <ref-law> et n° 28 ad <ref-law>; HANSJÖRG SEILER, in HANSJÖRG SEILER/NICOLAS VON WERDT/ ANDREAS GÜNGERICH, Handkommentar zum BGG, 2007, nos 50 s. ad art. 66 et n° 26 ad <ref-law>; THOMAS GEISER, in MARCEL NIGGLI/PETER UEBERSAX/HANS WIPRÄCHTIGER (ÉD.), Basler Kommentar zum BGG, 2e éd. 2011, n° 29 ad <ref-law>). Enfin, l'affaire sera renvoyée à la Commission des recours afin qu'elle fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (cf. <ref-law> a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. La décision de la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne du 6 décembre 2011 est annulée dans la mesure où elle porte sur l'IFD pour les années 1998 et 1999.
3. La cause est renvoyée à la Commission des recours afin qu'elle fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure menée devant elle.
4. Les frais judiciaires, fixés à CHF 2'000.-, sont mis à la charge du canton de Berne.
5. Le canton de Berne versera à la recourante une indemnité de CHF 2'000.- à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Intendance des impôts du canton de Berne, à la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 16 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti