Sachverhalt:
A. X._ (Beschwerdeführerin) war im Jahre 1982 in Portugal wegen eines Cholesteatoms im rechten Ohr operiert worden. Am 16. Juni 1995 konsultierte sie in Wetzikon Dr. med. Y._ (Beschwerdegegner). Dieser stellte fest, dass das Cholesteatom nicht vollständig entfernt worden und seit der Operation wieder gewachsen war. Er schlug der Beschwerdeführerin eine erneute Operation zur Entfernung des Restcholesteatoms vor.
Am 28. August 1995 führte der Beschwerdegegner am Ohr der Beschwerdeführerin eine modifizierte Radikalhöhlenoperation mit Cholesteatomausräumung durch. Dabei kam es zu einer Läsion des Gesichtsnervs und zur Eröffnung des lateralen Bogengangs. Am 29. August 1995 wurde die Beschwerdeführerin notfallmässig ins Universitätsspital Zürich eingeliefert. Dort wurde am 30. August 1995 eine Revisionsoperation durchgeführt. Diese verlief insofern erfolgreich, als sich die Gesichtslähmung teilweise zurückbildete. Zurück blieb weiter eine Schallleitungsschwerhörigkeit, welche ein ähnliches Ausmass aufweist wie die schon vor der Operation bestehende Schwerhörigkeit. Im Laufe der Jahre entwickelten sich invalidisierende Schwindelbeschwerden, ein depressiver Zustand und epilepsieartige Anfälle von Bewusstseinsstörung. Seit dem 1. Dezember 1998 ist die Beschwerdeführerin wegen chronischen Schwindelbeschwerden, Müdigkeit, Kopfschmerzen und Gleichgewichtsstörungen mit Stürzen sowie depressiver Entwicklung zu 100 % arbeitsunfähig. Im Jahre 2011 wurde ihr rückwirkend auf den 1. Dezember 1999 eine ordentliche IV-Rente zugesprochen.
B. Am 19. März 2004 beantragte die Beschwerdeführerin dem Bezirksgericht Hinwil, der Beschwerdegegner sei zu verpflichten, ihr eine Teilgenugtuung von Fr. 40'000.-- zuzüglich Schadenszins zu 5 % seit 23. August 1995 zu bezahlen. Es sei davon Vormerk zu nehmen, dass es sich um eine Teilklage handelt. Der Beschwerdegegner erhob für den Fall, dass auf die Klage eingetreten wird, Widerklage, mit der er um Feststellung ersuchte, dass er der Beschwerdeführerin nichts schuldet. Das Bezirksgericht hiess die Klage am 27. August 2009 nach Durchführung eines Beweisverfahrens teilweise - im Umfang von Fr. 7'500.-- nebst Zins - gut und wies sie im Mehrbetrag ab. Mit Beschluss gleichen Datums trat es auf die Eventualwiderklage nicht ein.
Gegen das Urteil des Bezirksgerichts erhoben beide Parteien Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich, wobei die Beschwerdeführerin an ihrem erstinstanzlichen Begehren festhielt und der Beschwerdegegner die Abweisung der Klage beantragte. Mit Urteil vom 20. Juni 2011 wies das Obergericht die Klage ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, in Aufhebung des Urteils des Obergerichts vom 20. Juni 2011 sei der Beschwerdegegner zu verpflichten, ihr eine Genugtuung von Fr. 40'000.-- zuzüglich Schadenszins zu 5 % seit 23. August 1995 zu bezahlen. Es sei davon Vormerk zu nehmen, dass es sich um eine Teilklage handelt. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese nach Ergänzung des Beweisverfahrens in der Sache selber entscheidet.
Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Sodann übersteigt der Streitwert von Fr. 40'000.-- die Grenze nach <ref-law>. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen, und der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substantiiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2, 467 E. 3.1). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn vom Sachrichter gezogene Schlüsse nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2b). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b).
3. 3.1 Der Arztvertrag wird als Auftrag im Sinne von <ref-law> mit den daran anküpfenden Haftungsfolgen qualifiziert (<ref-ruling> E. 3.1). Als Beauftragter schuldet der Arzt dem Patienten nicht die Wiederherstellung der Gesundheit, sondern lediglich eine darauf ausgerichtete Behandlung nach den Regeln der ärztlichen Kunst. Die Anforderungen an die ärztliche Sorgfaltspflicht lassen sich nicht allgemeingültig festlegen; sie richten sich vielmehr nach den Umständen des Einzelfalles, namentlich nach der Art des Eingriffs oder der Behandlung, den damit verbundenen Risiken, dem Ermessensspielraum und der Zeit, die dem Arzt zur Verfügung steht, sowie nach Ausbildung und Leistungsfähigkeit, die objektiv von ihm zu erwarten sind. Zu beachten ist, dass die Haftung des Arztes nicht auf grobe Verstösse gegen Regeln der ärztlichen Kunst beschränkt ist. Er hat Kranke vielmehr stets fachgerecht zu behandeln, zum Schutz ihres Lebens oder ihrer Gesundheit die nach den Umständen gebotene und zumutbare Sorgfalt aufzuwenden und grundsätzlich für jede Pflichtverletzung einzustehen. Die Beweislast für einen Verstoss gegen die ärztliche Sorgfaltspflicht trägt der geschädigte Patient. Ist ein Verstoss gegen die Regeln der ärztlichen Kunst nachgewiesen, obliegt es dem Arzt zu beweisen, dass ihn kein Verschulden trifft (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2c).
3.2 Die Vorinstanz verneinte eine Sorgfaltspflichtverletzung des Beschwerdegegners bei der Vorbereitung und bei der Durchführung der Operation. Namentlich hielt sie dafür, aus dem Umstand, dass zwei mit der Operation verbundene Risiken eingetreten seien (Läsion des Gesichtsnervs und Eröffnung des lateralen Bogengangs), könne nicht auf eine Sorgfaltspflichtverletzung geschlossen werden. Was die gerügte Unterlassung einer computertomographischen Untersuchung vor der Operation anbelangt, stellte die Vorinstanz darauf ab, dass gemäss gerichtlichem Gutachten von Prof. Z._ die Durchführung eines CT's vor der Cholesteatomoperation nach den Regeln der ärztlichen Kunst weder 1995 als geboten gegolten habe noch dies heute sei. Sie hielt auch fest, gemäss dem Gutachter sei der otologische Chirurg immer darauf gefasst, dass das Cholesteatom in Kontakt mit dem freigelegten Gesichtsnerv stehen könne, so auch der Beschwerdegegner.
3.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet letztere Feststellung als aktenwidrig und willkürlich und überdies die Verhandlungsmaxime verletzend. Zu Unrecht. Die Rüge der Verletzung der Verhandlungsmaxime scheitert bereits daran, dass nicht der Beschwerdegegner die Beachtung seiner Sorgfaltspflicht behaupten und beweisen musste, sondern die Beschwerdeführerin deren Missachtung. Auch Willkür oder Aktenwidrigkeit ist nicht dargetan. Die Vorinstanz stützte sich auf die Aussagen des Beschwerdegegners vor dem Bezirksgericht, wonach bei jeder operativen Entfernung eines Cholesteatoms eine Gefährdung des Gesichtsnervs bestehe. Aus dieser Aussage konnte die Vorinstanz ohne Willkür schliessen, dass die gutachterliche Ausführung, der otologische Chirurg sei immer darauf gefasst, dass das Cholesteatom in Kontakt mit dem freigelegten Gesichtsnerv stehen könne, auch für den Beschwerdegegner galt. Diesen Schluss vermag die Beschwerdeführerin nicht umzustossen, indem sie andere Aussagen des Beschwerdegegners herausgreift und daraus ableiten will, er habe nicht gewusst, dass das Cholesteatom in Kontakt mit dem Gesichtsnerv stehen könne. Dem Gutachter waren die protokollierten Aussagen des Beschwerdegegners ebenfalls bekannt, ohne dass er darin eine Ignoranz der Gesichtsnervproblematik durch den Beschwerdegegner erkennen konnte. Dieser sagte denn auch an anderer Stelle aus, der Gesichtsnerv sei immer ein Problem in der Ohrenchirurgie und verdiene grossen Respekt. Die Vorinstanz durfte demnach gestützt auf das Gutachten und die Aussagen des Beschwerdegegners davon ausgehen, dieser sei darauf gefasst gewesen, dass der Gesichtsnerv gefährdet sein könnte. Damit entbehrt die Argumentation der Beschwerdeführerin, die gestützt auf die gegenteilige Behauptung eine Sorgfaltspflichtverletzung konstruiert, der tatsächlichen Grundlage und kann nicht gehört werden.
3.4 Die Beschwerdeführerin wirft dem Beschwerdegegner vor, er hätte gemäss den vom Gutachter dargelegten Regeln der ärztlichen Kunst den Nerv frühzeitig an bekannten anatomischen Punkten identifizieren und mit behutsamen chirurgischen Gesten unter dem Cholesteatomgewebe verfolgen müssen. Dies habe er nicht getan, weshalb die Vorinstanz auf eine Sorgfaltspflichtverletzung hätte erkennen müssen. Zudem habe er in der Nähe des lateralen Bogenganges nicht sorgfältig operiert. Auch damit habe er eine Sorgfaltspflichtverletzung begangen.
Die Beschwerdeführerin greift damit Vorbringen auf, mit denen sie von der Vorinstanz nicht gehört wurde, weil sie unzulässige Noven darstellten. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass es sich bei diesen Vorbringen um Noven gehandelt habe. Sie habe sich in der Stellungnahme zum Beweisergebnis unter Ziffer 3 ausführlich mit den von Prof. Z._ aufgestellten Operationsgrundsätzen auseinandergesetzt und explizit ausgeführt, inwiefern der Beschwerdegegner aufgrund von Operationsberichten und aufgrund seiner eigenen Aussagen diese geforderten Operationsgrundsätze nicht eingehalten habe. Die Vorinstanz hielt demgegenüber fest, die Behauptungen der Beschwerdeführerin seien neu, bestritten und nicht zum Beweis verstellt worden. Dass diese Feststellung der Vorinstanz aktenwidrig oder willkürlich ist, vermag die Beschwerdeführerin mit dem pauschalen Verweis auf die seitenlangen Ausführungen unter Ziffer 3 der Stellungnahme zum Beweisergebnis (S. 9-21) nicht schlüssig aufzuzeigen. Einzig folgende, in der Beschwerde wiedergegebene Ausführung aus der Stellungnahme zum Beweisergebnis könnte gegen die Novenqualität sprechen: "Entgegen den Empfehlungen des medizinischen Gutachters, hat der Beklagte es unterlassen, vorgängig den Fazialisnerv zu orten, zu präparieren bzw. freizulegen." Auch diese Ausführung ist aber zu wenig eindeutig, als dass damit die Handhabung des kantonalen Novenrechts geradezu als willkürlich ausgewiesen würde.
3.5 Die Beschwerdeführerin vermag somit mit ihren Einwänden gegen die Verneinung einer Sorgfaltspflichtverletzung bei der Vorbereitung und bei der Durchführung der Operation nicht durchzudringen. Die Frage, ob die Abdeckung des eröffneten Bogenganges mit weichem Material eine Sorgfaltspflichtverletzung darstellt, wird in Erwägung 6 behandelt.
4. Wie schon das Bezirksgericht verneinte auch die Vorinstanz, dass den Beschwerdegegner ein Übernahmeverschulden treffe. Sie begründete dies einlässlich unter Berücksichtigung der Vorbringen der Beschwerdeführerin. Diese beharrt auch vor Bundesgericht auf einem Übernahmeverschulden des Beschwerdegegners. Sie setzt sich aber mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz nicht auseinander und verfehlt mit ihrer blossen, stichwortartigen Aufzählung, weshalb ihrer Auffassung nach ein Übernahmeverschulden vorliege, die Begründungsanforderungen (vgl. Erwägung 2.1). Sie kann damit nicht gehört werden.
5. Die Beschwerdeführerin begründete die Haftung des Beschwerdegegners ausser mit Sorgfaltspflichtverletzungen mit der Verletzung der Aufklärungspflicht. Die Vorinstanz hielt es nicht für zweifelsfrei erstellt, dass die behauptete Aufklärung der Beschwerdeführerin den rechtlichen Anforderungen genügte. Sie bejahte hingegen die hypothetische Einwilligung der Beschwerdeführerin.
5.1 Liegt keine Einwilligung des Patienten vor, ist der Arzt beweispflichtig, dass der Patient auch eingewilligt hätte, wenn er über die Risiken aufgeklärt worden wäre. Vom Patienten kann jedoch verlangt werden, dass er glaubhaft macht oder zumindest behauptet, weshalb er bei gehöriger Aufklärung die Einwilligung zur Vornahme des Eingriffes insbesondere aus persönlichen Gründen verweigert hätte. Wirkt der Patient nicht mit, kann nach objektiviertem Massstab darauf abgestellt werden, ob die Ablehnung des Eingriffs vom Standpunkt eines vernünftigen Patienten aus verständlich wäre (<ref-ruling> E. 4.1.3 S. 130; <ref-ruling> E. 5).
5.2 Die Vorinstanz gelangte in Übereinstimmung mit dem Bezirksgericht in eingehender Würdigung der Beweise und sämtlicher Umstände zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin auch bei ordnungsgemässer Aufklärung in die Operation eingewilligt hätte. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, verfängt nicht:
5.2.1 Sie wiederholt den schon vor der Vorinstanz vorgetragenen Einwand, es sei bloss auf allgemein mögliche Gesundheitsbeschwerden verwiesen und darauf abgestellt worden, was theoretisch alles passieren könnte. Massgebend sei jedoch einzig die konkrete gesundheitliche Situation der Beschwerdeführerin. Die Vorinstanz befasste sich eingehend mit diesem Einwand. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht wirklich mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander, sondern begnügt sich damit, diese als falsch und willkürlich zu bezeichnen, wobei sie im Wesentlichen ihre im kantonalen Verfahren vorgetragenen Ausführungen rekapituliert. Darauf ist nicht weiter einzugehen (vgl. Erwägung 2). Im Übrigen legte die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten von Prof. Z._ überzeugend dar, dass es sich beim Cholesteatom um eine "medizinische Zeitbombe" handle, welche Einschätzung auch konkret mit Bezug auf die Beschwerdeführerin nicht anders sei. Gemäss Gutachten von Prof. Z._ gefährdet ein Cholesteatom im Ohr die Gesundheit des Patienten in schwerwiegender Weise. Cholesteatome haben die Tendenz, sich zu vergrössern. Dies führt zunächst zu chronisch rezidivierenden eitrigen Entzündungen, die üble Gerüche zur Folge haben, ausserdem eine Mittelohrschwerhörigkeit durch progressive Zerstörung des Trommelfells und der Gehörknöchelchen. Mit zunehmender Entwicklung kann es zu einer Innenohrvereiterung mit Taubheit und zu einer nachfolgenden Meningitis kommen. Letztere verläuft in 50% der Fälle tödlich. Cholesteatome können auch die Knochen zerstören und ins Schädelinnere wachsen, wo sie gefährliche Hirnabszesse bewirken können. Schliesslich können sie in den Kanal des Gesichtsnervs einwachsen, was zu einer Gesichtslähmung führen kann. Wann genau es im natürlichen Verlauf zu lebensgefährlichen Komplikationen komme, lasse sich im Einzelfall kaum voraussagen. Gestützt hierauf stellte die Vorinstanz fest, wie sich der Krankheitsverlauf bei der Beschwerdeführerin konkret entwickelt hätte, habe sich kaum voraussagen lassen. Die Beschwerdeführerin vermag diese Feststellung nicht als unhaltbar auszuweisen, indem sie aus der Antwort von Prof. Z._ betreffend den seines Erachtens möglichen Krankheitsverlauf bei der Beschwerdeführerin zitiert. Mit Blick auf die eindeutigen Ausführungen des Gutachters zur Unberechenbarkeit des Eintritts der schwerwiegenden gesundheitlichen Folgen eines nicht operierten Cholesteatoms ("medizinische Zeitbombe") ist die vorinstanzliche Feststellung, der konkrete Krankheitsverlauf bei der Beschwerdeführerin habe sich kaum voraussagen lassen, nicht willkürlich. Auch kann angesichts der gutachterlichen Ausführungen zur Schwere und Unvoraussehbarkeit der möglichen Folgen eines nicht operierten Cholesteatoms entgegen der anderslautenden Behauptung der Beschwerdeführerin ein abwartendes Vorgehen nicht als vertretbar bezeichnet werden.
Weiter hielt die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten von Prof. Z._ fest, hingegen könne gesagt werden, dass das Risiko des plötzlichen Auftretens einer schwerwiegenden Komplikation "nicht gering" sei, und nicht oder zu spät behandelte Cholesteatome auch in der Schweiz manchmal tödliche Folgen hätten und in vielen Fällen Gesichtsnervenlähmungen oder Taubheit bewirkten. So sei im Inselspital Bern das Risiko einer schwerwiegenden Komplikation durch ein nicht operiertes Cholesteatom zehn Mal grösser als das Risiko einer chirurgischen Komplikation. Die beschriebenen Gefahren seien dem Beschwerdegegner bekannt gewesen, und er hätte bei einer rechtsgenüglichen Aufklärung die Beschwerdeführerin auch über diese Gefahren aufgeklärt.
Die Beschwerdeführerin hält dies für falsch mit der Begründung, dass nur von der konkreten Situation der Beschwerdeführerin auszugehen sei. Da jedoch nach dem oben Gesagten die Vorinstanz willkürfrei annahm, dass der konkrete Krankheitsverlauf bei der Beschwerdeführerin kaum vorausgesagt werden konnte und dass die Ausführungen des Gutachters zu den schwerwiegenden gesundheitlichen Folgen eines Cholesteatoms im Ohr auch für die Beschwerdeführerin Geltung hatten, ist die Folgerung der Vorinstanz nicht zu beanstanden, dass der Beschwerdegegner bei einer rechtsgenüglichen Aufklärung die Beschwerdeführerin auch über diese Gefahren informiert hätte.
5.2.2 Die Beschwerdeführerin beharrt auf dem schon vor der Vorinstanz eingenommenen Standpunkt, sie hätte wegen ihrer Ängstlichkeit nicht nur die krankheitsbedingten Komplikationen gefürchtet, sondern im gleichen Ausmass auch die operationsbedingten. Sie folgert, dass sie dadurch in einen schwerwiegenden Entscheidungskonflikt geraten wäre und die Operation zumindest aufgeschoben hätte, was die Annahme der hypothetischen Einwilligung ausschliesse. Auch in diesem Punkt setzt sie sich mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz nicht hinreichend auseinander und verfehlt die Begründungsanforderungen an die Rüge willkürlicher Beweiswürdigung (vgl. Erwägung 2). Ihrer Argumentation kann ohnehin nicht gefolgt werden.
Sie unterstellt, der Beschwerdegegner habe der Beschwerdeführerin gesagt, die Operation sei gleich wie diejenige im Jahr 1982 in Porto. Gemäss Gutachten habe es sich demgegenüber um eine schwerwiegende Revisionsoperation gehandelt. Der Beschwerdegegner habe der Beschwerdeführerin mithin die Unwahrheit gesagt und sie in eine falsche Sicherheit versetzt und damit bewirkt, dass sie ihm blindlings vertraute. Die Behauptung, der Beschwerdegegner habe der Beschwerdeführerin gesagt, dass die Operation gleich sei wie diejenige im Jahr 1982 in Porto, ist nicht nur neu und daher unzulässig (<ref-law>), sie geht auch so aus der zitierten Aussage des Beschwerdegegners nicht hervor. Danach sagte er ihr vielmehr, dass die "Sanierung des Befundes das Gleiche sei wie 1982 in Porto, nämlich ein operativer Eingriff". Es wurde also lediglich angegeben, dass auch diesmal operiert würde. Dass aber die Gefahren der Revisionsoperation gleich seien wie diejenigen der Operation in Porto, ist damit nicht gesagt. Entsprechend greift auch die darauf gestützte Argumentation der Beschwerdeführerin nicht. Namentlich kann nicht gesagt werden, das sichere Gefühl, welches die Beschwerdeführerin laut ihren eigenen Angaben beim Beschwerdegegner empfunden hatte, sei auf unwahre Äusserungen des Beschwerdegegners zurückzuführen.
Die Vorinstanz gelangte in Würdigung der Aussagen der Beschwerdeführerin, ihres Ehemannes und des befreundeten Zeugen W._ zum Schluss, insgesamt entstehe ganz klar der Eindruck, dass die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner, der ihr empfohlen worden sei, vollumfänglich vertraut habe und für sie diskussionslos klar gewesen sei, dass die vom Beschwerdegegner empfohlene Operation durchzuführen sei. An diesem grossen Vertrauen in den Beschwerdegegner und an der mehrfach zum Ausdruck gebrachten Haltung, dass eine Operation durchzuführen sei, wenn der Arzt dazu rate, hätte sich - so die Vorinstanz - auch nichts geändert, wenn der Beschwerdegegner die Beschwerdeführerin hinreichend aufgeklärt hätte.
Die Beschwerdeführerin hält dem bloss entgegen, dass bei Aufklärung über den Umstand, dass es sich um eine "schwerwiegende Revisionsoperation" gehandelt habe, die Angst das Vertrauen überstiegen hätte und sie die Operation aufgeschoben hätte. Damit zeigt sie keine willkürliche Beweiswürdigung auf. Die Vorinstanz berücksichtigte durchaus, dass die einer Cholesteatomoperation inhärenten Risiken, die gemäss Gutachten im Promillebereich (Facialisparese) bzw. unter einem Prozent (Eröffnung des lateralen Bogenganges) liegen, bei einer Revisionsoperation höher sind als bei einer Erstoperation. Zu Recht zog sie aber andererseits auch in Betracht, dass der Beschwerdegegner die Beschwerdeführerin überdies über die Risiken eines nicht operierten Cholesteatoms aufgeklärt hätte, bei denen sich nicht habe voraussagen lassen, ob und wann sie bei der Beschwerdeführerin aufgetreten wären, deren Verwirklichung vom gerichtlichen Gutachter aufgrund eigener Erfahrung aber als zehn Mal höher eingestuft worden sei als das Risiko einer chirurgischen Komplikation. Bei gehöriger Aufklärung wären mithin diese höheren Risiken einer Nichtoperation gegen die immer noch geringeren Risiken einer Revisionsoperation gegeneinander abzuwägen gewesen. Dass die Beschwerdeführerin bei dieser Ausgangslage in einen echten Entscheidungskonflikt gekommen wäre, erscheint nicht plausibel. Darin ist der Vorinstanz zuzustimmen. Sie begründete ihren Schluss, die Beschwerdeführerin hätte in Kenntnis eines möglichen höheren Risikos bei nicht operiertem Cholesteatom der Operation zugestimmt, mit Umständen des konkreten Einzelfalles. So verwies sie auf den Umstand, dass die Beschwerdeführerin der Operationsempfehlung des Beschwerdegegners absolut vertraut habe und weiter darauf, dass die Beschwerdeführerin als nach eigener Darstellung einfache, ungebildete Frau ihre Entscheidungen gefühlsmässig getroffen habe. Damit, dass sie bei so gearteter Aufklärung in grosse Angst versetzt worden wäre, so dass sie das Vertrauen in den Beschwerdegegner mit Sicherheit verloren und die Operation aufgeschoben hätte, sei gerade nicht zu rechnen, umso mehr als sie bereits eine Operation in Portugal habe machen lassen, die gut verlaufen sei, und aufgrund ihrer Persönlichkeit davon auszugehen sei, dass sie diese Erfahrung auch auf eine Revisionsoperation übertragen hätte. Die Beschwerdeführerin vermag diese nachvollziehbaren Erwägungen nicht als unhaltbar darzustellen, indem sie bloss gegenteilig behauptet, die Beschwerdeführerin hätte das Vertrauen verloren. Neu und nicht erstellt ist überdies die Behauptung, das Vertrauen der Beschwerdeführerin in den Beschwerdegegner und die Zustimmung zur Operation seien nur zustande gekommen, weil der Beschwerdegegner auch die Operation als Ganzes erheblich verharmlost habe. Es bleibt somit dabei, dass es der Beschwerdeführerin nicht gelungen ist, plausibel zu machen, dass sie bei gehöriger Aufklärung aus damaliger Sicht in einen echten Entscheidungskonflikt geraten wäre und die Operation abgelehnt oder aufgeschoben hätte.
5.3 Die Vorbringen der Beschwerdeführerin gegen die Annahme einer hypothetischen Einwilligung durch die Vorinstanz erweisen sich demnach als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. Die Vorinstanz stellte fest, dass der Beschwerdegegner die Eröffnung des lateralen Bogenganges (Bogengangfistel) während der Operation mit Bindegewebe abdeckte. Laut Vorinstanz konnte die Frage, ob die Abdeckung mit weichem Material, namentlich mit Bindegewebe, eine Sorgfaltspflichtverletzung darstellt, gestützt auf die Akten nicht beantwortet werden, da die Beschwerdeführerin einen solchen Vorwurf vor Bezirksgericht nicht erhoben hatte und dieser demnach nicht zum Beweis verstellt worden war. Die Vorinstanz liess die Frage offen, da es selbst bei Vorliegen eines Behandlungsfehlers am notwendigen Kausalzusammenhang fehlen würde.
Zum natürlichen Kausalzusammenhang erwog die Vorinstanz, Prof. Z._ führe in seinem Gutachten aus, wenn ein Cholesteatom entfernt werde, sei es möglich, dass ein schon durch das Cholesteatom vorgängig arrondierter Bogengang freigelegt und eröffnet werde, so dass Luft ins Innenohr eindringen könne. Dadurch könne die Innenohrfunktion, d.h. das Gleichgewichtsorgan und das Hörorgan, beschädigt werden. Wenn eine derartige Bogengangfistel sofort und mit einer harten Masse (Knochenwachs, Knochenmehl, Knochenzement) abgedeckt werde, könne häufig die Innenohrfunktion erhalten werden und es komme nur zu vorübergehendem Schwindel. Einleitend habe der Gutachter festgestellt, dass die Innenohrfunktion bei der Beschwerdeführerin durch die Revisionsoperation vom 30. August 1995 erhalten geblieben sei. Daraus, so erwog die Vorinstanz, könnte geschlossen werden, die Abdeckung der Bogengangfistel bei der Beschwerdeführerin habe zu keiner bleibenden Schädigung geführt.
Andernorts - so die Vorinstanz weiter - führe der Gutachter an, die Beschwerdeführerin habe wegen des Cholesteatoms im rechten Ohr schon präoperativ eine Schallleitungsschwerhörigkeit gehabt, die nach dem Revisionseingriff praktisch gleich geblieben sei. Da die Bogengangsfistel nur mit Weichgewebe überdeckt worden sei, sei es nach Auffassung des Gutachters möglich, dass das Dröhnen, das Echo und die Lärmempfindlichkeit im rechten Ohr weiterhin durch den nicht hart abgedeckten Bogengang bedingt seien (sog. "Tulliophänomen").
Da der Gutachter Prof. Z._ entgegen dem Operationsbericht von Prof. V._ vom 30. August 1995, gemäss dem die Bogengangfistel anlässlich der Revisionsoperation im Universitätsspital Zürich jedenfalls auch mit Knochenmehl erfolgte, fälschlicherweise davon ausging, Prof. V._ habe bei der Revisionsoperation wiederum nur mit weichem Material abgedeckt, stellte die Vorinstanz die darauf gestützten Ausführungen des Gutachters in Frage. So die Ausführung, wonach dies (Abdeckung mit weichem Material) teilweise erklären könnte, weshalb in der Folge die Schwindel nicht wie üblich sistierten, sondern seit Jahren weiterbestanden, bzw. es möglich sei, dass das Dröhnen, das Echo und die Lärmempfindlichkeit im rechten Ohr weiterhin durch den nicht hart abgedeckten Bogengang bedingt seien , bzw. wonach die persistierenden Schwindel durch eine noch immer bestehende Fistel des lateralen Bogengangs bedingt sein könnten.
Die Vorinstanz schloss, die Bogengangfistel sei gemäss den Akten höchstens während der Zeit nach der Operation des Beschwerdegegners (28. August 1995) und der Revisionsoperation durch Prof. V._ (30. August 1995), d.h. während rund zwei Tagen, nur mit weichem Material abgedeckt gewesen. Dafür, dass die Abdeckung der Bogengangfistel mit weichem Material während rund zwei Tagen die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Beschwerden bewirkt hätten, lägen keine Beweise vor, und dies erscheine auch eher unwahrscheinlich. Bereits anlässlich der Untersuchung in der neurologischen Poliklinik des Universitätsspitals Zürich vom 2. Dezember 1998 hätten sich keine Hinweise für vestibuläre (d.h. den Gleichgewichtssinn betreffende) Ursachen der Schwindelbeschwerden ergeben (Bericht Universitätsspital Zürich vom 2. Dezember 1998 und Zusatzexpertise Prof. U._ vom 1. Dezember 2008). Der natürliche Kausalzusammenhang zwischen der Abdeckung der Bogengangfistel mit weichem Material während zwei Tagen und zumindest einem Teil der Beschwerden der Beschwerdeführerin bestehe daher nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt.
6.1 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst die Feststellung der Vorinstanz, Prof. Z._ habe irrtümlich angenommen, dass Prof. V._ die Bogengangfistel ebenfalls mit Bindegewebe abgedeckt habe, als aktenwidrig und willkürlich. Zu Unrecht. Die Ausführungen des Gutachters Prof. Z._ zur Frage 49 bezogen sich klarerweise auf die durch Prof. V._ ausgeführte Revisionsoperation, was sich schon aus der Formulierung der Frage ergibt, aber auch aus der Beschreibung betreffend die Revision des Gesichtsnervs, die nur bei der Revisionsoperation vorgenommen wurde. Es ist daher weder aktenwidrig noch willkürlich, wenn die Vorinstanz die dort enthaltene Ausführung des Gutachters, im Operationsbericht sei vermerkt, dass die Bogengangfistel mit Bindegewebe und nicht mit hartem Material (Knochenwachs, Knochenmehl, Hydroxiappatitzement) verschlossen worden sei, ebenfalls auf die Revisionsoperation bezog und darin mit Blick auf den eindeutig anderslautenden Operationsbericht von Prof. V._ einen Irrtum des Gutachters erkannte.
Ebensowenig ist es willkürlich, wenn die Vorinstanz die Ausführungen des Gutachters, die er gestützt auf jenen Irrtum machte, bei der Kausalitätsfrage nicht berücksichtigte, und es hilft der Beschwerdeführerin nicht, wenn sie sich weiterhin auf diese Ausführungen beruft.
6.2 Entgegen der ohnehin nicht weiter substantiierten Rüge der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz auch begründet, weshalb sich aus den bei den Akten liegenden Gutachten von PD Dr. T._ vom 9. November 1999 und von Prof. Dr. S._ vom 28. April 1999 nichts hinsichtlich des Kausalzusammenhangs zwischen der Abdeckung der Bogengangfistel mit weichem Material während zwei Tagen und (einem Teil) der Beschwerden der Beschwerdeführerin ableiten lasse. Diese Gutachten würden sich - so die Vorinstanz - nicht zur Frage äussern, ob die Abdeckung der Bogengangfistel mit weichem Material während nur zwei Tagen Ursache der von der Beschwerdeführerin behaupteten Beschwerden sei. Dass dies unzutreffend wäre, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Der von ihr hervorgehobene Umstand, dass die genannten Ärzte die Beschwerdeführerin selber untersucht hätten, besagt nichts dazu, ob sich die Gutachten zu jener Frage äusserten oder nicht.
Die Beweiswürdigung der Vorinstanz ist demnach auch nicht deshalb willkürlich, weil sie den beiden genannten Gutachten nichts zur hier zu entscheidenden Kausalitätsfrage betreffend Abdeckung der Bogengangfistel mit weichem Material während zwei Tagen und (einem Teil) der klägerischen Beschwerden entnehmen konnte. Zu Recht hielt die Vorinstanz fest, dass die beiden Gutachten allenfalls einen Zusammenhang zwischen den eingetretenen Komplikationen (Durchtrennung des Gesichtsnervs, Eröffnung des lateralen Bogenganges) und den geltend gemachten Beschwerden darzutun vermöchten. Da diese Komplikationen für sich aber nicht als Sorgfaltspflichtverletzungen zu qualifizieren seien, sei dies für die hier zu beantwortende Kausalitätsfrage nicht weiterführend. Diese zutreffende Erwägung der Vorinstanz lässt die Beschwerdeführerin ausser Acht, wenn sie sich weiterhin auf die Gutachten von PD Dr. T._ und Prof. S._ beruft und daraus zitiert. Auch vor Bundesgericht hilft ihr dies nicht weiter. Mit den für die hier zu beurteilende Kausalitätsfrage nicht einschlägigen Zitaten weist sie die Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht als willkürlich aus.
6.3 Mangels hinreichender Begründung kann auf die unsubstantiierten Vorwürfe der Verletzung des rechtlichen Gehörs und von <ref-law> nicht eingetreten werden. Ohnehin trifft nicht zu, dass die Vorinstanz den medizinischen Sachverhalt "mit hypothetischen Annahmen" ergänzt hätte. Vielmehr stützte sie sich hinsichtlich des bejahten Irrtums von Prof. Z._ über die Abdeckung der Bogengangfistel bei der Revisionsoperation durch Prof. V._ auf den aktenkundigen, klaren Operationsbericht von Prof. V._. Die Vorinstanz ging nicht "unbesehen" vom Fehlen des Kausalzusammenhangs aus. Auch konnte sie sich für ihre Annahme, der Kausalzusammenhang erscheine eher unwahrscheinlich, insbesondere auf den Bericht des Universitätsspitals Zürich vom 2. Dezember 1998 und die Zusatzexpertise von Prof. U._ vom 1. Dezember 2008 beziehen, wonach sich bereits anlässlich der Untersuchung in der neurologischen Poliklinik des Universitätsspitals Zürich vom 2. Dezember 1998 keine Hinweise für vestibuläre (d.h. den Gleichgewichtssinn betreffende) Ursachen der Schwindelbeschwerden ergeben hatten. Dies lässt die Beschwerdeführerin unwidersprochen.
6.4 Nach dem Gesagten ist es nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Frage, ob die Abdeckung der Bogengangfistel mit weichem Material einen Behandlungsfehler darstellt, offen liess, da es jedenfalls am natürlichen Kausalzusammenhang zum heutigen Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin fehlen würde.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz