hat sich ergeben:
A.- Mit Verfügung vom 3. August 1998 bewilligte das Bundesamt für Zivilschutz gemäss Art. 60 Abs. 1 der Zivilschutzverordnung vom 19. Oktober 1994 (ZSV; SR 520. 11) dem Kanton St. Gallen die Aufhebung des Zivilschutz-Ausbildungszentrums Altstätten. Zugleich verlangte es die Rückzahlung des seinerzeit an den Landerwerb ausgerichteten Bundesbeitrags in der Höhe von Fr. 177'302. --. Das Amt für Zivilschutz des Kantons St. Gallen erhob dagegen am 14. August 1998 vorsorglich Beschwerde an die Eidgenössische Rekurskommission für Zivilschutzangelegenheiten (im Folgenden: Rekurskommission). Gleichzeitig ersuchte es das Bundesamt festzustellen, dass sich der Bund an den Kosten der Beseitigung von Altlasten auf dem ehemaligen Ausbildungszentrum mit einem angemessenen Anteil zu beteiligen habe. Mit Verfügung vom 3. September 1998 lehnte das Bundesamt diesen Antrag ab.
Das Amt für Zivilschutz des Kantons St. Gallen erhob dagegen wiederum Beschwerde an die Rekurskommission.
B.- Mit Entscheid vom 9. November 1999 vereinigte die Rekurskommission die beiden Beschwerden und wies die erste Beschwerde (gegen die Verpflichtung zur Rückerstattung des Landerwerbskostenbeitrags) ab. Demgegenüber hiess es in Ziff. 2 des Dispositivs die zweite Beschwerde gut und stellte fest, dass sich der Bund mit einem angemessenen Anteil an den Kosten der Beseitigung der Altlasten des Zivilschutz-Ausbildungszentrums Altstätten (Grundstück Nr. 3408, Grundbuch Altstätten) zu beteiligen habe.
C.- Das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport erhob am 17. Dezember 1999 Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, Ziff. 2 des Entscheides der Rekurskommission aufzuheben.
D.- Das Amt für Zivilschutz des Kantons St. Gallen beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Rekurskommission verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das zur Stellungnahme eingeladene Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft vertritt die Ansicht, die Vorinstanz habe zu Unrecht eine Kostenbeteiligungspflicht des Bundes festgestellt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Über Ansprüche vermögensrechtlicher Natur gegen den Bund, die sich auf das Zivilschutzrecht stützen, entscheidet das Bundesamt für Zivilschutz (Art. 65 Abs. 3 des Zivilschutzgesetzes vom 17. Juni 1994, ZSG, SR 520. 1). Entscheide des Bundesamtes unterliegen der Beschwerde an die Eidgenössische Rekurskommission für Zivilschutzangelegenheiten; gegen deren Entscheide ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (Art. 98 lit. e OG; Art. 65 Abs. 4 ZSG). Vorliegend geht es nicht um Ansprüche, die sich auf das Zivilschutzrecht stützen, denn dieses sieht keine Bundesbeiträge vor für die Beseitigung von Altlasten auf dem Areal von Zivilschutzanlagen. Die Kostentragung für die Sanierung belasteter Standorte richtet sich vielmehr nach <ref-law>, auf den sich die Rekurskommission mit Recht gestützt hat. Zwar ist diese Bestimmung in erster Linie auf private Verursacher zugeschnitten, doch steht nichts entgegen, sie auch auf Bund und Kantone anzuwenden (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 12. Februar 1986, ZBl 1987 301, E. 2). Die Frage der Kostenverteilung stellt sich aber vorliegend im Zusammenhang mit einer Zivilschutz-Anlage, die in bestimmter Hinsicht einer zivilschutzrechtlichen Regelung unterliegt, welche teilweise durch den Bund vollzogen wird (Art. 47 und 55 ZSG; Art. 51, 59 und 60 ZSV). Insoweit hat die zuständige Bundesbehörde auch das Umweltschutzgesetz zu vollziehen (<ref-law>), so dass das zivilschutzrechtliche Verfahren auch dem Vollzug der Kostenregelung des USG dienen kann (<ref-law>). Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zulässig. Das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. b OG).
b) Die Pflicht des Kantons St. Gallen zur Rückerstattung des Bundesbeitrags an die Landerwerbskosten ist nicht mehr umstritten. Zur Diskussion steht einzig noch die Frage der Kostenbeteiligung des Bundes an der Altlastenbeseitigung. Es kann sich fragen, ob daran überhaupt ein aktuelles Rechtsschutzinteresse besteht. Einerseits ist noch ungewiss, ob der Standort überhaupt sanierungsbedürftig ist und ob Kosten der Altlastenbeseitigung anfallen werden. Andererseits hat die Vorinstanz nur entschieden, dass sich der Bund "mit einem angemessenen Anteil" an den (allfälligen) Kosten zu beteiligen habe, ohne jedoch diesen Anteil festzusetzen. Sie hat bloss - und offensichtlich irrtümlich - in den Erwägungen auf Art. 55 ZSG als Grundlage für die Kostenaufteilung hingewiesen. Es steht somit nicht fest, ob überhaupt und allenfalls in welchem Umfang der Bund kostenpflichtig sein wird. Angesichts der grundsätzlichen Bedeutung der Fragestellung rechtfertigt es sich aber trotzdem, auf die Beschwerde einzutreten.
2.- a) Die Rekurskommission erwog, gemäss <ref-law> sei der Kanton St. Gallen als Betreiber des Ausbildungszentrums als Störer in Bezug auf die Verunreinigung des Bodens kostenpflichtig. Die Errichtung und der Betrieb der Zivilschutz-Ausbildungszentren seien jedoch nach Vorschriften und Weisungen des Bundes erfolgt. In diesen Weisungen seien keine Umweltschutzmassnahmen erwähnt gewesen. Vielmehr sei darin das ungehinderte Abfliessen und Versickern von Löschwasser vorgeschrieben worden. Der Bund habe zudem den Vollzug der Bundesvorschriften durch die Kantone überwacht und die Einhaltung dieser Vorschriften auch durch die Subventionierung sichergestellt. Mit dem Erlass und der Durchsetzung von Vorschriften insbesondere im Hinblick auf das Abfliessen von Wasser sei der Bund zusammen mit dem Kanton St. Gallen als Mit-Störer bzw. Mit-Verursacher im Sinne von <ref-law> zu betrachten.
b) Gemäss <ref-law> trägt der Verursacher die Kosten der Sanierung belasteter Standorte. Das Gesetz legt nicht näher fest, wer als Verursacher zu betrachten ist. Vor dem Inkrafttreten von <ref-law> wurde die Kostentragung für die Sanierung belasteter Standorte nach <ref-law> bzw. <ref-law> beurteilt. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung hat dabei für die Umschreibung des Verursacherbegriffs weitgehend auf den polizeirechtlichen Störerbegriff abgestellt und sowohl den Zustands- als auch den Verhaltensstörer kostenpflichtig erklärt (<ref-ruling> E. 17a/bb S. 413; <ref-ruling> E. 3b S. 410; Urteil des Bundesgerichts vom 26. Februar 1998 in URP 1998 152, E. 4c-e). Bei einer Mehrheit von Verursachern sind die Kosten nach den objektiven und subjektiven Anteilen an der Verursachung zu verteilen, wobei die Grundsätze der Kostenaufteilung im Innenverhältnis zwischen mehreren Haftpflichtigen (<ref-law>) analog heranzuziehen sind. Mit der Regelung von <ref-law> wollte sich der Gesetzgeber an diese bundesgerichtliche Praxis anlehnen (Urteil des Bundesgerichts vom 26. Februar 1998 in URP 1998 152, E. 4d mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5 S. 209 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 417 ff.; Hans W. Stutz, Die Kostentragung der Sanierung - <ref-law>, URP 1997 S. 767).
c) Die natürliche Kausalität reicht für sich allein nicht aus, um die Verursachereigenschaft bzw. eine Kostenpflicht zu begründen. Zur Begrenzung der Kostenpflicht hat die Praxis im Rahmen von <ref-law> bzw. <ref-law> das Erfordernis der Unmittelbarkeit aufgestellt (BGE <ref-ruling> E. 4c S. 415; <ref-ruling> E. 2a S. 48). Die Lehre stellt teilweise in Anlehnung an das Haftpflichtrecht auf die Adäquanz der Kausalität ab (Paul-Henri Moix, Atteintes à l'environnement et remise en état, RVJ 1997 S. 325-349, 338 f.; Paul-Henri Moix, La prévention ou la réduction d'un préjudice, Les mesures prises par un tiers, l'Etat ou la victime, Freiburg 1995, S. 386 f.; Pierre Moor, Droit administratif, Bd. II, Bern 1991, S. 73 ff.). In vielen Fällen führt die Adäquanztheorie zum gleichen Ergebnis wie die Unmittelbarkeitstheorie (<ref-ruling> E. 5c; Claude Rouiller, L'exécution anticipée d'une obligation par équivalent, Mélanges Grisel, Neuchâtel 1983, S. 597 ff.).
d) Das Gemeinwesen kann gleich wie ein Privater als Verhaltens- oder Zustandsverursacher kostenpflichtig sein, z.B. als Eigentümer eines Grundstücks oder als Betreiber einer Anlage (BGE <ref-ruling> E. 7 S. 421; Urteile des Bundesgerichts vom 26. Februar 1998 in URP 1998 152, E. 4c/aa und bb; vom 15. Juni 1994 in URP 1994 501, E. 4g/bb; vom 12. Februar 1986 in ZBl 1987 301, E. 2 und 3). Es kann auch für sein hoheitliches Handeln als Verursacher betrachtet werden, so namentlich bei einer rechtswidrigen Verletzung seiner Aufsichtspflicht (Urteile des Bundesgerichts vom 26. Februar 1998 in URP 1998 152, E. 4c/cc; vom 12. Oktober 1990 in ZBl 1991 212, E. 5b). Eine solche ist aber nicht immer schon dann anzunehmen, wenn eine bestimmte Schädigung mit einer entsprechenden Aufsichtstätigkeit vermeidbar gewesen wäre, sondern - in Anlehnung an das allgemeine Staatshaftungsrecht - erst dann, wenn eine wesentliche Amtspflicht verletzt, eine zwingend vorgeschriebene konkrete Aufsichtsmassnahme unterlassen oder der Ermessensspielraum fehlerhaft oder in Missachtung allgemeiner Rechtsgrundsätze ausgeübt wurde (BGE 114 Ib E. 2c.dd S. 53; <ref-ruling> E. 4b S. 240; Urteile des Bundesgerichts vom 26. Februar 1998 in URP 1998 152, E. 4c/cc; vom 12. Oktober 1990 in ZBl 1991 212, E. 5d/bb; Pierre Tschannen, Kommentar USG, N 23 zu Art. 32c; vgl. die Praxis zum Staatshaftungsrecht <ref-ruling> E. 4d/ff S. 583 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 249; <ref-ruling> E. 2 S. 164, je mit Hinweisen).
3.- Die Verursachereigenschaft des Bundes für die vorliegende allfällige Altlast ist nach den dargelegten Grundsätzen zu beurteilen.
a) Inhaber des Zivilschutz-Ausbildungszentrums Altstätten ist der Kanton St. Gallen. Dieser ist damit Zustandsstörer und als solcher grundsätzlich kostenpflichtig. Eine anteilmässige Kostenpflicht des Bundes kommt nur aufgrund von Verhaltensverursachung durch hoheitliches Handeln in Frage.
b) Bau und Betrieb von Zivilschutzausbildungsanlagen sind bundesrechtlich vorgeschrieben (Art. 47 ZSG). Insofern kann die eidgenössische Zivilschutzgesetzgebung als natürlich kausal für die allfällige Belastung betrachtet werden. Das allein vermag jedoch keine Kostenpflicht des Bundes zu begründen. Der blosse Umstand, dass das Bundesrecht Kantonen, Gemeinden oder Privaten bestimmte Tätigkeiten vorschreibt, führt nicht dazu, dass der Bund generell als Verursacher für alle Umweltbelastungen zu betrachten wäre, die sich aus diesen Tätigkeiten ergeben. Vielmehr liegt es grundsätzlich in der Verantwortung des Verpflichteten, die vorgeschriebenen Tätigkeiten so auszuführen, dass daraus keine unzulässigen Umwelteinwirkungen entstehen. Eine Kostenpflicht des Bundes könnte sich höchstens dann ergeben, wenn die vom Bund vorgeschriebene Art und Weise der Durchführung nach dem allgemeinen Lauf der Dinge unweigerlich zu der fraglichen Umwelteinwirkung bzw. Bodenbelastung geführt hat oder wenn der Bund in rechtswidriger Verletzung seiner Aufsichtspflicht eine Bodenbelastung nicht vermieden hat, die er hätte vermeiden müssen.
c) Zivilschutzausbildungsanlagen sind zwar vom Bund vorgeschrieben, werden aber - abgesehen von hier nicht in Frage stehenden bundeseigenen Anlagen - von den Kantonen oder Gemeinden errichtet und betrieben (Art. 47 ZSG). Der Bund erlässt Weisungen über die Errichtung und den Betrieb (<ref-law>). Das bedeutet jedoch nicht, dass die Anlagen - wie etwa die militärischen Bauten und Anlagen (Art. 126 ff. des Militärgesetzes vom 3. Februar 1995, SR 510. 10) - einer abschliessenden bundesrechtlichen Beurteilung unterliegen. Vielmehr unterstehen sie der normalen kantonalen baurechtlichen Regelung (<ref-ruling> E. 3b S. 573 f.). Demgemäss wird auch das Gewässer- und Umweltschutzrecht bei Zivilschutzausbildungsanlagen grundsätzlich durch die Kantone vollzogen (<ref-law>, <ref-law>). Das war bereits unter der Regelung des alten Bundesgesetzes vom 8. Oktober 1971 über den Schutz der Gewässer gegen Verunreinigungen (aGSchG, AS 1972 950) der Fall (Art. 5 aGSchG; Urteil des Bundesgerichts vom 12. Oktober 1990 in ZBl 1991 212, E. 5b/aa). Ausdrücklich hielt Art. 6 der Allgemeinen Gewässerschutzverordnung vom 19. Juni 1972 (AGSchV, AS 1972 967) sogar fest, dass vorbehältlich besonderer Bundesgesetze auch die Anstalten und Betriebe des Bundes der kantonalen Gewässerschutzaufsicht unterstehen. Um so mehr muss das gelten für die Anlagen des Zivilschutzes, die von den Kantonen selber errichtet und betrieben werden. Nach <ref-law> in der Fassung vom 7. Oktober 1983 bzw. <ref-law> in der geltenden Fassung war und ist es Sache der Kantone, bei Gefährdungen oder Beeinträchtigungen der Bodenfruchtbarkeit verschärfte Emissionsbegrenzungen festzulegen oder die Verwendung von Stoffen im erforderlichen Mass zu beschränken.
Die vom Bundesamt für Zivilschutz gemäss <ref-law> erlassenen Weisungen über die Errichtung und den Betrieb von Zivilschutzausbildungsanlagen können unter diesen Umständen von vornherein nicht eine abschliessende Regelung für diese Anlagen darstellen und auch nicht zur Folge haben, dass das Bundesamt Aufsichtsbehörde bezüglich sämtlicher Gesichtspunkte des Umweltschutzes ist. Vielmehr regeln die Weisungen nur zivilschutzspezifische Fragen. Die Aufsicht, welche das Bundesamt darüber ausübt (Art. 5 Abs. 2 lit. b ZSG), kann sich nur auf solche Punkte beziehen. Daneben sind für den Bau und Betrieb von Zivilschutzausbildungsanlagen die einschlägigen Vorschriften der Umwelt- und Gewässerschutzgesetzgebung anwendbar und durch die ordentlichen (kantonalen) Vollzugsbehörden zu vollziehen. Die Verantwortung für allfällige Verletzungen der Aufsichtspflicht hinsichtlich des Umweltschutzes liegt daher bei den Kantonen.
d) In den Weisungen des Bundesamtes vom 24. Dezember 1969 betreffend die Erstellung von Ausbildungszentren der Kantone und Gemeinden ist unter anderem die Errichtung von Brandanlagen vorgeschrieben, in denen die Brandbekämpfung geübt werden kann. Die Vorinstanz legt entscheidendes
Gewicht darauf, dass in diesen Weisungen eine Entwässerung des Brandhauses vorgeschrieben werde, ohne dass zugleich Umweltschutzmassnahmen erwähnt seien. Es trifft zu, dass in den Richtlinien für die Erstellung der Übungsstation und Übungspisten (Anhang I der Weisungen) unter Station 16 (zweistöckiges Brandhaus) und 16a (einfaches Brandhaus) vorgeschrieben ist, für eine "gute Entwässerung" des Brandhauses zu sorgen. Indessen wird damit nicht gesagt, wie diese Entwässerung auszusehen hat, geschweige denn vorgeschrieben, die Entwässerung ohne Gewässer- oder Bodenschutzmassnahmen durchzuführen. Es versteht sich, dass die Entwässerung unter Beachtung aller einschlägiger Gesetze durchzuführen ist, ohne dass das in den Zivilschutzweisungen ausdrücklich gesagt werden müsste. Nach Art. 14 Abs. 2 aGSchG war es verboten, verunreinigende Stoffe durch Versickernlassen in den Untergrund zu beseitigen. Ausnahmen mussten durch die zuständigen kantonalen Behörden bewilligt werden. Art. 16 aGSchG verpflichtete die Kantone, alle verunreinigenden Einleitungen und Versickerungen innert zehn Jahren seit Inkrafttreten des Gesetzes den Erfordernissen der Gewässerschutzgesetzgebung anzupassen. Bei Anlagen ohne Anschluss an eine zentrale Reinigungsanlage mussten die Massnahmen zur Abwasserbeseitigung mit Rücksicht auf die Gefährdung von Grundwasser getroffen werden (Art. 19 AGSchV). Wie die Vertreter des Kantons St. Gallen am Augenschein vor der Vorinstanz ausführten, wurden denn auch trotz fehlender Hinweise in den Weisungen des Bundesamtes für Zivilschutz bei neueren Ausbildungszentren Auffangeinrichtungen für Löschwasser errichtet.
e) Es ergibt sich somit, dass die Vermeidung allfälliger Boden- oder Gewässerbelastungen Aufgabe des Kantons war. Der Bund kann nicht als (Mit-)Verursacher der Bodenbelastung betrachtet werden.
4.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist damit begründet. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Weitergehende Anordnungen erübrigen sich; es verbleibt bei der Verfügung des Bundesamtes für Zivilschutz vom 3. September 1998. Die Gerichtskosten sind dem Kanton St. Gallen, um dessen Vermögensinteressen es geht, aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, und der Entscheid der Eidgenössischen Rekurskommission für Zivilschutzangelegenheiten vom 9. November 1999 wird aufgehoben.
2.- Die Gerichtskosten von Fr. 4'000. -- werden dem Kanton St. Gallen auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kanton St. Gallen und der Eidgenössischen Rekurskommission für Zivilschutzangelegenheiten sowie dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 27. September 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: