Sachverhalt:
A. Die Y._ AG; Klägerin, Beschwerdeführerin und Beschwerdegegnerin) nahm im Jahr 2007 an ihrer Liegenschaft Z._strasse in Q._ Sanierungsarbeiten vor. Mit Schreiben vom 18. April 2008 zeigte die Klägerin A. und B. X._ (Beklagte, Beschwerdeführer und Beschwerdegegner) eine Nettomietzinserhöhung von Fr. 334.-- für die von ihnen in dieser Liegenschaft gemietete 4.5-Zimmerwohnung (recte 4-Zimmerwohnung) an, nämlich von bisher netto Fr. 1'377.-- auf netto Fr. 1'711.--, gültig ab 1. August 2008. Als Begründung wurden die Hypothekarzinssenkung mit einem Abzug von Fr. 147.50, ein Teuerungsausgleich von Fr. 45.15, die allgemeine Kostensteigerung von Fr. 54.50 sowie die umfassende Sanierung gemäss beiliegendem Schreiben von Fr. 382.-- aufgeführt. Darin wurden die Baukosten mit Fr. 553'338.85 beziffert und zu einem Überwälzungssatz von 60 % veranschlagt.
Die Beklagten beanstandeten diese Erhöhung bei der Schlichtungsstelle für Mietangelegenheiten. Es kam zu keiner Einigung.
B. Mit Klage vom 18. September 2008 beantragte die Klägerin beim Bezirksgericht Liestal, es sei festzustellen, dass der monatliche Nettomietzins für die von den Beklagten bei der Klägerin gemietete 4.5- Zimmerwohnung (recte 4-Zimmerwohnung), 1. OG, Liegenschaft Z._strasse, Q._, ab 1. August 2008 neu Fr. 1'711.-- (Kosten-Basis: Hypothekarzinssatz 3.25 %; Landesindex der Konsumentenpreise 114.8 Punkte per 31. März 2008; Allgemeine Kostensteigerung ausgeglichen bis 31. März 2008) beträgt und als Nebenkosten separat vereinbart sind: Heizung/Warmwasser, Radio/TV, Wasser, Abwasser, Hauswartung, allgemein Strom, Haus- und Gartendienst, Kehricht.
Mit Urteil vom 25. August 2009 hiess der Bezirksgerichtspräsident zu Liestal die Klage teilweise gut und stellte fest, dass der monatliche Nettomietzins für die gemietete Wohnung ab 1. Oktober 2008 neu Fr. 1'636.-- (Kosten-Basis: Hypothekarzinssatz 3.25 %; Landesindex der Konsumentenpreise 114.8 Punkte per 31. März 2008; Allgemeine Kostensteigerung ausgeglichen bis 31. März 2008) beträgt und als Nebenkosten separat vereinbart sind: Heizung/Warmwasser, Radio/TV, Wasser, Abwasser, Hauswartung, allgemein Strom, Haus- und Gartendienst, Kehricht. Der Bezirksgerichtspräsident anerkannte effektive Baukosten von Fr. 534'333.35 und davon einen wertvermehrenden Anteil von 50 %.
Gegen dieses Urteil appellierten die Beklagten an das Kantonsgericht Basel-Landschaft und beantragten, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Klage abzuweisen. Das Kantonsgericht, Abteilung Zivil- und Strafrecht, hiess die Appellation am 25. Mai 2010 teilweise gut und stellte fest, dass der monatliche Nettomietzins für die gemietete Wohnung ab 1. Oktober 2008 neu Fr. 1'600.15 (Kosten-Basis: Hypothekarzinssatz 3.25 %; Landesindex der Konsumentenpreise 114.8 Punkte per 31. März 2008; Allgemeine Kostensteigerung ausgeglichen bis 31. März 2008) beträgt und als Nebenkosten separat vereinbart sind: Heizung/Warmwasser, Radio/TV, Wasser, Abwasser, Hauswartung, allgemein Strom, Haus- und Gartendienst, Kehricht. Das Kantonsgericht anerkannte effektive Baukosten von Fr. 523'625.50 und davon einen wertvermehrenden Anteil von 45 %.
C. C.a Die Klägerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichts vom 25. Mai 2010 sei insoweit aufzuheben, als es die Appellation der Beklagten teilweise gutheisse, und die Appellation der Beklagten sei vollumfänglich abzuweisen. Demgemäss sei die vom Bezirksgerichtspräsidenten am 25. August 2009 getroffene Feststellung über den ab 1. Oktober 2008 geltenden Mietzins und die vereinbarten Nebenkosten zu bestätigen (Verfahren 4A_495/2010).
Die Beklagten und die Vorinstanz beantragen die Abweisung der Beschwerde.
C.b Die Beklagten erheben ihrerseits Beschwerde in Zivilsachen und beantragen, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass der monatliche Nettomietzins für die gemietete Wohnung ab 1. Oktober 2008 neu Fr. 1'329.15 (Kosten-Basis: Hypothekarzinssatz 3.25 %; Landesindex der Konsumentenpreise 114.8 Punkte per 31. März 2008; Allgemeine Kostensteigerung ausgeglichen bis 31. März 2008) beträgt und als Nebenkosten separat vereinbart sind: Heizung/Warmwasser, Radio/TV, Wasser, Abwasser, Hauswartung, allgemein Strom, Haus- und Gartendienst, Kehricht (Verfahren 4A_505/2010).
Die Klägerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Verfügung vom 11. Oktober 2010 wurde der Beschwerde der Beklagten (Verfahren 4A_505/2010) die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerden in den Verfahren 4A_495/2010 und 4A_505/2010 richten sich gegen das gleiche Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 25. Mai 2010 und betreffen das selbe Mietverhältnis. Es rechtfertigt sich demnach, die beiden Verfahren zu vereinigen und die beiden Beschwerden in einem einzigen Entscheid zu beurteilen.
2. Der angefochtene Entscheid ist in einer Zivilsache ergangen, so dass grundsätzlich die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (<ref-law>). Das Kantonsgericht hat als obere kantonale Instanz (<ref-law>) verfahrensabschliessend (<ref-law>) entschieden. Vor der Vorinstanz streitig war eine Mietzinserhöhung von Fr. 259.-- monatlich, also Fr. 3'108.-- jährlich, bei unbeschränkter Mietdauer. Der Kapitalwert dieser Leistung für die Streitwertberechnung entspricht dem zwanzigfachen Betrag der einjährigen Nutzung (<ref-law>), mithin Fr. 62'160.--. Er übertrifft damit den für die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen erforderlichen Betrag (<ref-law>).
3. 3.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1. S. 399).
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen im dargelegten Sinn missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem die freie Prüfung aller Tat- und Rechtsfragen zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b).
4. Im kantonalen Verfahren war einzig umstritten, um welchen Betrag der Mietzins als Folge der im Jahr 2007 durchgeführten Renovationsarbeiten erhöht werden kann.
4.1 Gemäss <ref-law> sind Mietzinse in der Regel nicht missbräuchlich, wenn sie durch Kostensteigerungen oder Mehrleistungen des Vermieters begründet sind. Als Mehrleistungen gelten nach Art. 14 der Verordnung vom 9. Mai 1990 über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen (VMWG; SR 221.213.11) u.a. wertvermehrende Verbesserungen (Abs. 1 Satz 1). Bei umfassenden Überholungen gelten in der Regel 50-70 % der Kosten als wertvermehrende Investitionen (<ref-law>). Mietzinserhöhungen wegen wertvermehrender Verbesserungen sind nicht missbräuchlich, wenn sie den angemessenen Satz für Verzinsung, Amortisation und Unterhalt der Investition nicht überschreiten (<ref-law>).
Die in <ref-law> enthaltene Sonderregelung für umfassende Überholungen bezweckt einerseits, den Vermieter durch eine vereinfachte und für ihn oft auch vorteilhafte Abrechnungsart zur Sanierung älterer Bauten zu ermuntern oder ihn wenigstens nicht davon abzuhalten. Anderseits soll die insbesondere bei grösseren Umbauarbeiten oft schwierige Unterscheidung zwischen reinen Unterhalts- und wertvermehrenden Arbeiten durch einen Pauschalansatz von 50-70 % erleichtert werden (<ref-ruling> E. 3a S. 417 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 408 [mit Bezug auf den seinerzeitigen Art. 10 VMM]). Dass bei einer umfassenden Überholung 50-70 % der Kosten als wertvermehrende Investitionen zu betrachten sind, stellt eine widerlegbare Vermutung dar. Wenn die einzelnen Arbeiten konkret als wertvermehrend oder werterhaltend qualifiziert werden können, gelangt der Pauschalansatz von 50-70 % nicht zur Anwendung. Eine Mietzinserhöhung ist in diesem Fall (nur) nach Massgabe der effektiven Mehrleistungen zulässig (<ref-ruling> E. 3a S. 417 f.; bestätigt in Urteil 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 2.3 mit weiteren Hinweisen).
4.2 Die Vorinstanz ging von einer umfassenden Überholung aus. Sie anerkannte effektive Baukosten von Fr. 523'625.50 und davon einen wertvermehrenden Anteil von 45 %. Gegen die entsprechende Mietzinserhöhung erheben beide Parteien unterschiedliche Einwendungen:
Beschwerde der Beklagten
5. Die Beklagten rügen eine Verletzung von <ref-law>, eine willkürliche Beweiswürdigung und eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts.
5.1 Sie erblicken eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs und des "Beweisrechts von <ref-law>" darin, dass die Vorinstanz auf die Durchführung eines eigenen Augenscheins in den Liegenschaften Z._strasse verzichtet habe, obwohl die Beklagten die Durchführung eines Augenscheins rechtzeitig beantragt hätten. In der Folge habe die Vorinstanz das Ergebnis des erstinstanzlichen Augenscheins nach eigenem Gutdünken erweitert, ohne eigene Abklärungen an Ort und Stelle vorgenommen zu haben.
<ref-law> gibt der beweispflichtigen Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 226; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601), wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (<ref-ruling> E. 2.6 S. 24 f.). <ref-law> schliesst eine vorweggenommene Beweiswürdigung nicht aus, verbietet dem Gericht also nicht, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder Tauglichkeit abzusprechen oder auf die Abnahme von Beweisen zu verzichten, wenn das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (BGE <ref-ruling> E. 5.4 S. 602; <ref-ruling> E. 2.6 S. 24 f.).
Die erste Instanz führte einen Augenschein durch und erstellte ein ausführliches Augenscheinprotokoll. Die Vorinstanz nahm an, durch einen erneuten Augenschein könnten keine zusätzlichen Erkenntnisse gewonnen werden, weshalb sie den entsprechenden Antrag ablehnte. Mit diesem Vorgehen verletzte sie weder den Beweisführungsanspruch nach <ref-law> noch das rechtliche Gehör, zumal die Beklagten nicht darlegen, welche weiteren Elemente, die nicht schon beim Augenschein der ersten Instanz ermittelt wurden, sie durch die Vornahme eines erneuten Augenscheins hätten beweisen wollen.
5.2 Die Beklagten machen geltend, die Vorinstanz habe ohne beweisrechtliche Grundlagen als wertvermehrende Investitionen aufgeführt: zwei zusätzliche Möbelelemente in der Küche, Leitungen mit besserer Schallisolation, Lamellenstoren mit besserer Verdunkelung, neuer Hitzeschutz bei den Dachflächenfenstern. Die Annahme, es seien zwei zusätzliche Möbelelemente in der Küche der Beklagten eingebaut worden, sei klar falsch und aus dem Sachverhalt zu streichen. Eine verbesserte Schallisolation bei den Wasserleitungen habe am Augenschein nicht festgestellt werden können. Die Feststellung, dass die neu verlegten Leitungen einen verbesserten Schallschutz aufwiesen, sei aktenwidrig. Sodann hätten die am Augenschein anwesenden Personen keine verbesserte Verdunkelung der Lamellenstoren feststellen können. Gleiches gelte für die behauptete Verbesserung der Fenster. Am Augenschein habe festgestellt werden können, dass die alten Fenster dreifach verglast gewesen seien, während die neuen zweifach verglast seien. Es sei willkürlich, bei dieser Aktenlage eine Verbesserung anzunehmen. Auch der Hitzeschutz bei den Dachfenstern sei nicht nachgewiesen. Ohnehin stellten die entsprechenden Posten für die Beklagten, deren Wohnung im 1. Obergeschoss liege, keine Mehrleistung dar.
Mit diesen Behauptungen zeigen die Beklagten nicht rechtsgenüglich auf, inwiefern die gerügten Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. Erwägung 3.2). Die Vorinstanz musste bei der Würdigung der Beweise nicht allein auf das Protokoll des Augenscheins abstellen, wie die Beklagten dies postulieren, sondern durfte auch die Aussagen des Zeugen C._ berücksichtigen. Aus dessen Aussagen geht hervor, dass in den Küchen zusätzliche Elemente eingebaut wurden, dass die Lamellenstoren insbesondere eine bessere Verdunkelung ermöglichen, dass die Wasserleitungen eine verbesserte Schallisolation aufweisen und der k-Wert der neuen Fenster besser ist als derjenige der alten. Gemäss den Aussagen des Zeugen C._ bedeutet der Umstand, dass die alten Fenster dreifach verglast waren, angesichts der Entwicklung in den vergangenen 23 Jahren nicht, dass der k-Wert besser gewesen sei als bei einer Zweifachverglasung der neuen Fenster. Wenn die Vorinstanz aufgrund dieser Zeugenaussagen von einem besseren k-Wert der neuen Fenster ausging und demnach die Kosten für die neuen Fenster als wertvermehrende Investitionen einstufte, verfiel sie nicht in Willkür. Dasselbe gilt hinsichtlich der mit dem Ersatz der Dachflächenfenster verbundenen Arbeiten für den neuen Hitzeschutz. Bei der Frage, inwiefern die entsprechenden Investitionen bei der Berechnung der zulässigen Mietzinserhöhung für die Wohnung der Beklagten im 1. Obergeschoss, die durch den neuen Hitzeschutz keine Qualitätssteigerung erfährt, zu berücksichtigen sind, handelt es sich überdies nicht um eine Frage der Sachverhaltsfeststellung, sondern um eine solche der Umlegung der Renovationskosten der Liegenschaft auf die einzelnen Wohnungen, welche die Beklagten indessen nicht mit hinreichend substanziierten Rügen anfechten (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a S. 186 f.; Urteil 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 7). Sodann entbehren auch die vorinstanzlichen Annahmen, dass die neuen Lamellenstoren besser verdunkeln als die alten und dass die Wasserleitungen eine verbesserte Schallisolation aufweisen, im Hinblick auf die diesbezüglichen Aussagen des Zeugen C._ nicht der beweisrechtlichen Grundlage. Das Gleiche gilt für die Feststellung der Vorinstanz hinsichtlich der zwei zusätzlichen Elemente in der Küche. Ohnehin erscheint der Umstand, ob die teilweise Neuanordnung auch in der Küche der Beklagten zu zwei zusätzlichen Möbelelementen geführt hat, nicht ausschlaggebend. Die Vorinstanz beurteilte allgemein, nicht allein bezogen auf die Küche der Beklagten, ob die Arbeiten an den Küchen als wertvermehrend zu beurteilen sind. In diesem Zusammenhang stellte sie fest, dass die Küchen vollständig erneuert worden seien mit neuen Küchenkombinationen, Kochherden, Kühlschränken, Mischbatterien und Backöfen. Zudem seien neue Bodenbeläge verlegt worden. Neu verfügten sie über eine Granitsteinabdeckung, die zwei - bestrittenen - zusätzlichen Möbelelemente sowie über einen V-Zug-Kühlschrank mit einem separaten Abteil mit drei Schubladen statt eines eintürigen Eisfachs. Die neuen Kühlschränke seien gerichtsnotorisch deutlich energieeffizienter als die alten. Inwiefern die Vorinstanz mit diesen Feststellungen bezüglich der Frage, ob die Küchenumbauten insgesamt einen Mehrwert schafften, eine willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen oder eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung getroffen haben soll, ist weder rechtsgenüglich dargetan noch ersichtlich.
6. Weiter rügen die Beklagten eine Verletzung von <ref-law> i.V.m. <ref-law>. Sie bestreiten das Vorliegen einer umfassenden Überholung im Sinne von <ref-law>. Die Beweiserleichterung nach <ref-law> dürfe nur gewährt werden, wenn ältere Bauten renoviert würden. Nur dann sei ein Mehrwert bzw. eine Komfortsteigerung für die Mieter zu vermuten. Bei einer erst 23-jährigen Liegenschaft sei von vornherein nicht damit zu rechnen, dass die Sanierung zu einer Wertvermehrung führe.
6.1 Umfassende Überholungsarbeiten dienen einerseits dem Unterhalt des Gebäudes, anderseits der Wertvermehrung, enthalten somit einerseits werterhaltende und anderseits wertvermehrende Investitionen (<ref-ruling> E. 3a). Sie unterscheiden sich von den gewöhnlichen Reparaturen oder dem laufenden Unterhalt vor allem mengenmässig und liegen vor, wenn ein Haus oder eine Wohnung in grösserem Umfang instand gestellt wird. Eine umfassende Überholung liegt in der Regel vor, wenn mehrere Teile der Gebäudehülle oder des Gebäudeinnern erneuert werden oder wenn ein Haus oder Gebäude total renoviert wird. Die Arbeiten gehen in der Regel über den normalen Unterhalt hinaus (Urteil 4C.104/1996 vom 6. September 1996 E. 3a). Unter dem Begriff der umfassenden Überholung sind demnach Arbeiten zu verstehen, die den laufenden Unterhalt deutlich übersteigen, wesentliche und in der Regel mehrere Bauteile einer Liegenschaft betreffen und dazu führen, deren Lebensdauer zu verlängern und zu modernisieren. Auch der Kostenumfang der getätigten Investitionen kann eine umfassende Überholung indizieren, wenn die Kosten im Verhältnis zum Mietertrag ein beträchtliches Ausmass erreichen (HIGI, Zürcher Kommentar, 4. Aufl. 1998, N. 350 f. zu <ref-law>; WEBER, Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. I, 4. Aufl. 2007, N. 12 zu <ref-law>; LACHAT et al., Das Mietrecht für die Praxis, 8. Aufl. 2009, S. 380; HANS BÄTTIG, Die Überwälzung der Kosten von umfassenden Überholungen auf den Mietzins, MRA 2009 1 ff., S. 8; SARAH BRUTSCHIN, Die Überwälzung von Mehrleistungen auf den Mietzins, mp 2005 129 ff., S. 138).
6.2 Die Vorinstanz erwog, an der Liegenschaft Z._strasse in Q._ seien im Jahr 2007 zahlreiche Arbeiten ausgeführt worden. So seien die Küchen, die Badezimmer, die separaten WC, die gesamten Sanitärinstallationen (inkl. Leitungsnetz), die Lüftungsinstallationen, die Wand- und die Bodenbeläge, die Elektroinstallationen sowie die Fenster und Storen erneuert worden. Die Auflistung der aufgeführten Arbeiten zeige, dass diese sehr umfangreich gewesen seien und wesentliche Gebäudeteile betroffen hätten, weshalb bereits der Umfang der Investitionen für das Vorliegen einer umfassenden Überholung sprechen würden. Mit der Renovation und insbesondere dem Ersatz der Küchen, der Badezimmer und der separaten WC sei die Lebensdauer der erneuerten Teile verlängert worden. Die Investitionen seien sodann in verschiedenen Bereichen wertvermehrend und gingen über den üblichen, regelmässig vorzunehmenden Unterhalt hinaus. Zu erwähnen seien zudem die hohen Kosten der Investitionen. Die Klägerin habe im Jahre 2007 für Bauarbeiten an der streitbetroffenen Liegenschaft rund Fr. 550'000.-- aufgewendet. Davon seien Fr. 520'000.-- für die Berechnung der Mietzinserhöhung zu berücksichtigen. Bei diesen Beträgen handle es sich um mehr als den fünffachen Betrag der jährlichen Nettomietzinseinnahmen von knapp Fr. 100'000.--, die vor der umfassenden Überholung erzielt worden seien. Dieses Verhältnis erscheine als hoch und stelle ein weiteres Indiz dar, dass eine umfassende Überholung getätigt worden sei.
6.3 Diese Erwägung der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Die Beklagten halten ihr nichts entgegen, was eine andere Beurteilung erheischen würde. Namentlich trifft es nicht zu, dass nur ältere Liegenschaften einer umfassenden Überholung zugänglich wären. Die Behauptung der Beklagten, die streitbetroffene Liegenschaft habe schon vor den Renovationsarbeiten im Jahre 2007 dem heutigen Standard entsprochen und wäre nicht renovationsbedürftig gewesen, wenn die Wasserleitungen richtig entkalkt worden wären, findet in den Feststellungen des angefochtenen Urteils keine Stütze. Der Zeitraum, der seit der Erstellung der Liegenschaft bzw. der letzten umfassenden Überholung verstrichen ist, kann bei der Festlegung des im konkreten Fall innerhalb des Rahmens von 50-70 % liegenden Mehrwertanteils berücksichtigt werden (wobei umstritten ist, inwiefern; vgl. HIGI, a.a.O., N. 388 zu <ref-law>; SVIT-Kommentar, Das Schweizerische Mietrecht, 3. Aufl. 2008, N. 71 zu <ref-law>, nach denen bei einem eher kurzen Zeitraum der Mehrwertanteil am oberen Ende der Bandbreite von 50-70 % anzusiedeln ist; anders: BÄTTIG, a.a.O., S. 25 f.; vgl. auch LACHAT et al., a.a.O., S. 380). Der Umstand, dass die streitbetroffene Liegenschaft im Zeitpunkt der Renovationsarbeiten erst 23 Jahre alt war, schliesst hingegen die Annahme einer umfassenden Überholung nicht aus. In der Regel kann nach dem Ersatz von mehr als zwanzigjährigen Einrichtungen, die wesentliche Bestandteile der Liegenschaft bilden, nicht mehr vom gleichen Standard gesprochen werden, sondern es ist davon auszugehen, dass die entsprechenden Investitionen - entsprechend der Regelung von <ref-law> - einen Mehrwert im Sinne von <ref-law> schaffen. So ist regelmässig anzunehmen, dass nach zwanzig Jahren ein technologischer Fortschritt zu verzeichnen ist, der zu höherwertigen, leistungsfähigeren, energiesparenderen Einrichtungen führt. Dies harmoniert mit der Rechtsprechung über die Berücksichtigung von Liegenschaften als Vergleichsobjekte bei der Ermittlung der quartierüblichen Mietzinse im Sinne von <ref-law>, nach der Liegenschaften mit einem Bauabstand von mehr als zwanzig Jahren nicht mehr als in die gleiche Bauperiode fallend zu betrachten und damit nicht zu berücksichtigen sind (<ref-ruling> E. 3.2.1).
6.4 Die Vorinstanz ging demnach zu Recht von einer umfassenden Überholung im Sinne von <ref-law> aus.
7. Bei umfassenden Überholungen gelten in der Regel 50-70 % der Kosten als wertvermehrende Investitionen (<ref-law>). Der Pauschalansatz von 50-70 % darf nur dann nicht angewendet werden, wenn der Mieter (bzw. der Vermieter) im Einzelnen nachweisen kann, dass der Anteil wertvermehrender Investitionen tiefer (bzw. höher) ist (Erwägung 4.1 vorne).
Dass die Beklagten den entsprechenden Nachweis angetreten und zu erbringen vermocht hätten, geht aus dem angefochtenen Urteil nicht hervor. Vielmehr stellte die Vorinstanz fest, dass nicht bloss einzelne wertvermehrende Arbeiten vorgenommen worden seien, die genau ausgeschieden werden könnten. Es nützt den Beklagten nichts, wenn sie in der Beschwerde an das Bundesgericht den wertvermehrenden Charakter der Arbeiten (ausser der Granitsteinabdeckung und der grösseren Kühlschränke) bestreiten und dabei den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt teilweise mit nicht rechtsgenüglich substanziierten Sachverhaltsrügen als unrichtig kritisieren bzw. erweitern. Damit können sie nicht gehört werden (vgl. Erwägung 3.2). Nach dem in vorstehender Erwägung 6.3 in fine Ausgeführten ist unabhängig davon nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz in Willkür verfallen wäre, indem sie davon ausging, der Ersatz von wesentlichen Gebäudeteilen, namentlich des ganzen Wasserleitungssystems, der Kücheneinrichtungen und der Fenster nach 23 Jahren sei als werterhöhend einzustufen. Es bleibt daher bei der Feststellung der Vorinstanz, dass nicht bloss einzelne wertvermehrende Arbeiten vorgenommen worden sind, die genau ausgeschieden werden könnten. Da die einzelnen Arbeiten nicht konkret als wertvermehrend oder werterhaltend qualifiziert werden konnten, gelangt der Pauschalansatz von 50-70 % zur Anwendung (vgl. Erwägung 4.1). Entsprechend überprüfte die Vorinstanz, ob der von der ersten Instanz angenommene Mehrwertanteil von 50 % gerechtfertigt sei oder nicht. In diesem Vorgehen ist keine Verletzung von <ref-law> i.V.m. <ref-law> zu erblicken. Die entsprechende Rüge der Beklagten erweist sich als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Ob das Ergebnis der vorgenommenen Überprüfung der Vorinstanz bundesrechtskonform ist, wird im Rahmen der Beurteilung der Beschwerde der Klägerin geprüft (dazu Erwägung 9).
8. Die Beklagten wiederholen ihre Argumentation, das angefochtene Urteil sei im Ergebnis auch willkürlich, weil der blosse Ersatz von bestehenden Einrichtungen den Mietern nochmals belastet werde. Sie hätten zusammen mit den Vormietern in den Jahren 1984 bis 2006 gemäss allgemein anerkannten Grundsätzen der Mietzinsgestaltung 12 % der Miete für den Unterhalt der bestehenden Einrichtungen und auch Amortisationen bezahlt. Unterhaltsarbeiten der Vermieterin seien für diese Jahre aber nicht behauptet und nicht bewiesen. Wenn nun die Renovationskosten auch nur teilweise auf die Mieter überwälzt würden, bezahlten sie wiederum 10 % der Miete für den Unterhalt und 4 % Amortisation pro Jahr. Diesen Argumenten sei die Vorinstanz mit der Berücksichtigung von nicht existenten Unterhaltsarbeiten ausgewichen. Sie verletze damit das rechtliche Gehör sowie <ref-law>.
Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor. Die Vorinstanz hat das erwähnte Argument der Beklagten behandelt. Sie verwarf es mit der Begründung, das Vorbringen der Beklagten, dass die ersetzten Einrichtungen zwar amortisiert, jedoch noch brauchbar gewesen seien, spreche dagegen, dass die Klägerin ihren Unterhaltspflichten nicht nachgekommen sei und den im Mietzins eingeschlossenen Unterhaltsbetrag nicht für den Unterhalt verwendet habe. Dass diese Überlegung willkürlich wäre oder von Grundsätzen, welche die Rechtsprechung zu <ref-law> aufgestellt hätte, abweichen soll, wird in der Beschwerde nicht rechtsgenüglich dargelegt.
Insgesamt erweist sich die Beschwerde der Beklagten als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
Beschwerde der Klägerin
9. Die Klägerin rügt, dass die Vorinstanz, obwohl ihr bezüglich der Unterschreitung des Pauschalansatzes von <ref-law> kein Ermessen zustehe, trotzdem den untersten Ansatz von 50 % unterschritten und auf 45 % reduziert habe. Damit habe sie <ref-law> und <ref-law> verletzt. Zudem verstosse sie gegen <ref-law>, indem sie die den Beklagten obliegende Beweislast in Bezug auf die konkrete Aufteilung von Werterhaltung und Wertvermehrung verkenne und die Beklagten nicht mit der Konsequenz der gegebenen Beweislosigkeit belaste.
9.1 Die Bestimmung des massgebenden pauschalen Anteils der wertvermehrenden Kosten bei einer umfassenden Sanierung beruht auf Ermessen (Urteile 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 4; 4A_416/2007 vom 9. Januar 2008 E. 3.3.3). Das Bundesgericht greift in derartige Ermessensentscheide nur mit Zurückhaltung ein und hebt sie nur auf, wenn sie Elemente unberücksichtigt lassen, die nicht unbeachtet hätten bleiben dürfen, auf Umstände abstellen, die nicht erheblich sind oder wenn sie sich als offensichtlich unbillig bzw. in stossender Weise als ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2 S. 123 f.; <ref-ruling> E. 5.5.2 S. 191, je mit Hinweisen).
Vorliegend ist nicht streitig, ob die Vorinstanz ihr Ermessen innerhalb des von <ref-law> vorgegebenen Rahmens von 50-70 % sachgerecht ausgeübt hat, sondern ob sie diesen Rahmen unterschreiten und den Mehrwertanteil auf 45 % festlegen durfte.
9.2 Diese Frage ist mit der Klägerin zu verneinen. Die Unterschreitung des genannten Rahmens ist zwar nicht ausgeschlossen, setzt aber voraus, dass der Mieter konkret nachweist, dass der wertvermehrende Anteil weniger als 50 % der Investitionskosten ausmacht (LACHAT et al., a.a.O., S. 381; BÄTTIG, a.a.O., S. 36; Erwägung 4.1 vorne). Die entsprechende Beweisführung bedingt aber wiederum, dass die einzelnen Arbeiten konkret als wertvermehrend oder werterhaltend qualifiziert werden können, in welchem Fall der Pauschalansatz von 50-70 % jedoch ohnehin nicht zur Anwendung gelangt und sich demnach die Frage einer Unterschreitung des Ansatzes gar nicht stellt. Im vorliegenden Fall entfällt die konkrete Berechnung, weil eine lückenlose Unterscheidung zwischen reinen Unterhalts- und wertvermehrenden Arbeiten nicht möglich ist (Erwägung 7 vorne). Damit muss der wertvermehrende Investitionsanteil innerhalb der Bandbreite von 50-70 % festgelegt werden und hatte die Vorinstanz keine Handhabe, um den von der ersten Instanz am unteren Ende des Rahmens angenommenen Mehrwertanteil von 50 % zu unterschreiten und auf 45 % festzulegen. Der entsprechende Entscheid verletzt <ref-law>.
10. Weiter beanstandet die Klägerin, dass die Vorinstanz die Bautreuhandkosten von Fr. 10'707.45 von den anrechenbaren Investitionskosten gestrichen hat.
10.1 Die Vorinstanz begründete die Streichung zum einen damit, dass die Position "Bautreuhand" Eigenleistungen der Klägerin betreffe, die nicht nachgewiesen seien. Zum anderen hielt sie dafür, der betreffende Aufwand könnte selbst dann nicht berücksichtigt werden, wenn er nachgewiesen wäre. Der geltend gemachte Aufwand solle bei der Kontrolle des Architekten angefallen sein, obwohl dieser bereits die Handwerker und deren Abrechnungen kontrolliert habe. Das vorliegende Revisionsprojekt sei einfach gewesen, weshalb eine Bautreuhand nicht notwendig gewesen sei und die fraglichen Kosten deshalb nicht auf die Mieter überwälzt werden könnten.
10.2
10.2.1 Die vorinstanzliche Annahme, der Aufwand für die Bautreuhand sei nicht nachgewiesen, rügt die Klägerin zu Recht. Zur entsprechenden Position Nr. 558 der Bauabrechnung wurde erstinstanzlich der Zeuge Architekt C._ befragt, der die entsprechende Projektbegleitung durch die Klägerin bestätigte und auch aussagte, dass die Bautreuhand bzw. das Controlling ausserhalb des Architektenvertrages häufig gemacht werde, manchmal auch durch eine komplett neutrale Stelle. Bei dieser Beweislage erscheint es jeglicher Grundlage entbehrend und daher willkürlich, wenn die Vorinstanz einfach annahm, der entsprechende Aufwand sei nicht nachgewiesen.
10.2.2 Anders verhält es sich mit der vorinstanzlichen Feststellung, der entsprechende Aufwand wäre vorliegend nicht nötig gewesen, weshalb die entsprechenden Kosten nicht auf die Mieter überwälzt werden könnten.
Die Klägerin bringt dazu vor, nach dem System der Kostenmiete (<ref-law>) seien alle beim Vermieter entstehenden Kosten für die Berechnung des Mietzinses relevant; die Frage, ob angefallene Kosten nötig seien oder nicht, stelle sich nicht, unter Vorbehalt des Rechtsmissbrauchs, andernfalls der Vermieter gehalten wäre, jegliche bauliche Massnahmen zu unterlassen, die über das hinausgingen, was absolut nötig sei. Damit argumentiert sie an der Sache vorbei. Denn es geht bei der hier in Frage stehenden Notwendigkeit der Kosten für die Bautreuhand nicht um die Frage, ob bauliche Massnahmen (deren Kosten im Umfang, in dem die Massnahmen zu einer Wertvermehrung führen, überwälzt werden dürfen) notwendig sind oder nicht. Die Vorinstanz prüfte vielmehr, ob die geltend gemachten Kosten zur Erzielung der - grundsätzlich zu einer Mietzinserhöhung berechtigenden - wertvermehrenden Verbesserungen des Gebäudes notwendig waren. Damit verletzte sie kein Bundesrecht. Vielmehr erscheint es als selbstverständlich, dass nur die für die getätigte Überholung des Gebäudes notwendigen und in diesem Sinn geschäftsmässig begründeten Kosten bei der Ermittlung der anrechenbaren Investitionen zu berücksichtigen sind (BÄTTIG, a.a.O., S. 39).
Ob die von der Klägerin für die Bautreuhand geltend gemachten Kosten für die vorliegend getätigte Überholung des Gebäudes notwendig sind, beschlägt eine Tatfrage. Die Klägerin lässt eine hinreichend begründete Rüge vermissen, in der sie dartun würde, dass die Vorinstanz geradezu in Willkür verfallen wäre, indem sie die Notwendigkeit vorliegend verneinte (Erwägung 3.2). Eine Bundesrechtsverletzung im Zusammenhang mit der Streichung der Bautreuhandkosten von den geltend gemachten Investitionen ist damit nicht dargetan.
11. Die Beschwerde der Beklagten ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, wohingegen die Beschwerde der Klägerin teilweise gutzuheissen ist, unter Aufhebung des angefochtenen Urteils. Dem materiellen Antrag der Klägerin ist grösstenteils stattzugeben. Dies führt weitgehend zur gleichen Entscheidung, wie sie der Bezirksgerichtspräsident traf. Demnach ist die Sache einzig zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang, bei dem die Klägerin fast vollumfänglich obsiegt, werden die Beklagten für beide bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren kosten- und entschädigungspflichtig, unter solidarischer Haftbarkeit (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG). Bei der Bemessung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung ist zu berücksichtigten, dass sich in den beiden Beschwerdeverfahren 4A_495/2010 und 4A_505/2010 im Wesentlichen die selbe Thematik mit umgekehrten Vorzeichen stellte und nur ein Entscheid zu fällen war. Für beide Verfahren zusammen erscheint eine Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- und eine Parteientschädigung von Fr. 3'500.-- als angemessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 4A_495/2010 und 4A_505/2010 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde der Beklagten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde der Klägerin wird teilweise gutgeheissen.
Das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, vom 25. Mai 2010 wird aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der monatliche Nettomietzins für die von den Beklagten bei der Klägerin gemietete 4-Zimmerwohnung, 1. OG, Liegenschaft Z._strasse, Q._, ab 1. Oktober 2008 neu Fr. 1'630.15 (Kosten-Basis: Hypothekarzinssatz 3.25 %; Landesindex der Konsumentenpreise 114.8 Punkte per 31. März 2008; Allgemeine Kostensteigerung ausgeglichen bis 31. März 2008) beträgt und als Nebenkosten separat vereinbart sind: Heizung/Warmwasser, Radio/TV, Wasser, Abwasser, Hauswartung, allgemein Strom, Haus- und Gartendienst, Kehricht.
4. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
5. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- (Verfahren 4A_495/2010 und 4A_505/2010) werden den Beklagten auferlegt, in solidarischer Haftbarkeit.
6. Die Beklagten haben die Klägerin für die bundesgerichtlichen Verfahren 4A_495/2010 und 4A_505/2010 mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen, in solidarischer Haftbarkeit.
7. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer