Fatti:
A. A.a A seguito di un controllo dei conteggi salariali eseguito in data 7 novembre 2002 presso la S._, la Cassa di compensazione del Cantone Ticino ha proceduto, mediante decisione 23 dicembre 2002, a una tassazione d'ufficio - per ripresa di provvigioni e salari non notificati (fr. 413'802.-) - fissando in fr. 69'879.90 (comprensivi degli interessi di mora [fr. 6'768.90]) i contributi AVS/AI/IPG/AD e AF dovuti dalla ditta per il periodo dal 1998 al 2001.
A.b Contro il provvedimento amministrativo la S._ è insorta con gravame al Tribunale cantonale delle assicurazioni, contestando le posizioni relative a C._ (ripresa di fr. 131'450.- dal 1998 al 2001), M._ (ripresa di fr. 19'665.- dal 2000 al 2001), F._ (ripresa di fr. 16'276.- per l'anno 2001), V._ (ripresa di fr. 183'071.- dal 1999 al 2001) e D._ (ripresa di fr. 19'421.- dal 1998 al 2001). A motivazione della propria domanda essa ha rilevato che tali importi corrispondevano alle commissioni corrisposte ad agenti esterni alla società che sopportavano il rischio tipico di un imprenditore e non erano in alcun modo subordinati a S._, né per l'impiego del proprio tempo, né per l'organizzazione del proprio lavoro.
Con pronuncia del 15 dicembre 2003 l'autorità giudiziaria cantonale ha respinto il gravame negando alle persone interessate la qualità di lavoratori indipendenti. Adito su ricorso, il Tribunale federale delle assicurazioni, ravvisando un accertamento lacunoso dei fatti e una violazione del diritto di essere sentito, ha per contro annullato la pronunzia cantonale (nella misura in cui era riferita ai contributi di diritto federale) e ha rinviato l'incarto all'istanza precedente per complemento istruttorio (sentenza del 2 maggio 2005 [H 14/04]).
B. Completata l'istruttoria, la Corte cantonale con pronuncia 29 novembre 2006 ha essenzialmente riconfermato nel merito il suo primo giudizio.
C. Con il patrocinio dell'avv. Paolo Sauvain, la società interessata ha nuovamente interposto ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale), al quale chiede, in via principale, l'annullamento della pronunzia impugnata e la modifica della decisione 23 dicembre 2002 con conseguente stralcio delle posizioni relative a C._, M._, F._, V._ e D._, come pure della pretesa per interessi di mora. In via subordinata postula la rettifica degli importi relativi a F._ e M._ nonché lo stralcio della pretesa relativa agli interessi di mora. Dei motivi invocati si dirà, per quanto occorra, nei considerandi di diritto.
La Cassa propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi, al pari dei cointeressati C._, M._, F._, V._ e D._, invitati ad esprimersi sul gravame.

Diritto:
1. La legge sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110) è entrata in vigore il 1° gennaio 2007 (RU 2006 1205, 1241). Poiché il giudizio impugnato è stato pronunciato precedentemente a questa data, la procedura resta disciplinata dall'OG (art. 132 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 395).
2. La presente vertenza concerne la determinazione e la pretesa di contributi paritetici e non già l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative. Il Tribunale federale deve pertanto limitarsi ad esaminare se il giudizio di primo grado abbia violato il diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso di potere d'apprezzamento, oppure se l'accertamento dei fatti sia manifestamente inesatto, incompleto o avvenuto violando norme essenziali di procedura (art. 132 OG in relazione agli art. 104 lett. a e b e 105 cpv. 2 OG). Si ricorda inoltre che in materia di contribuzioni pubbliche la Corte non è vincolata dai motivi sollevati dalle parti e può scostarsi dalle conclusioni invocate a loro vantaggio o pregiudizio (art. 114 cpv. 1 OG).
Secondo la giurisprudenza, commette un abuso del potere di apprezzamento ai sensi dell'art. 104 lett. a OG l'autorità che, pur rispettando i limiti di tale suo potere, si lascia guidare da considerazioni non pertinenti, estranee allo scopo della normativa applicabile, oppure viola principi generali del diritto, quali in particolare il divieto di arbitrio e della disparità di trattamento nonché le regole della buona fede e della proporzionalità (<ref-ruling> consid. 2 pag. 152 con riferimenti; SVR 2002 AlV no. 3 pag. 6 consid. 4b con riferimenti [C 130/99]).
3. 3.1 Oggetto del contendere è la qualifica (dipendente o indipendente) dell'attività esercitata per la società ricorrente nel periodo dal 1° gennaio 1998 al 31 dicembre 2001 da C._, M._ (nel frattempo deceduto), F._, V._ e D._.
3.2 In materia di AVS l'obbligo contributivo di persone esercitanti un'attività lucrativa dipende, tra l'altro, dal reddito da esse realizzato durante un determinato periodo di tempo con attività dipendente o indipendente (art. 5 e 9 LAVS, art. 6 segg. OAVS). Secondo l'art. 5 cpv. 2 LAVS il salario determinante comprende qualsiasi retribuzione del lavoro a dipendenza d'altri per un tempo determinato o indeterminato. Per l'art. 9 cpv. 1 LAVS il reddito proveniente da un'attività lucrativa indipendente comprende qualsiasi reddito che non sia mercede per lavoro a dipendenza d'altri.
Per quanto concerne la qualifica dell'attività esercitata da un assicurato, il Tribunale federale (delle assicurazioni) ha precisato che gli accordi, le dichiarazioni delle parti, la natura dal profilo del diritto civile del contratto vincolante un assicurato a un datore di lavoro non costituiscono, in materia di AVS, elementi decisivi per stabilire se una persona eserciti un'attività lucrativa a titolo dipendente o indipendente.
Di principio si deve ammettere sussistere un'attività dipendente secondo l'art. 5 LAVS quando una delle parti, rispetto all'altra, è subordinata per quanto concerne l'impiego del tempo o l'organizzazione del lavoro e non sopporta il rischio economico a carico del datore di lavoro.
Questi principi non comportano comunque, da soli, soluzioni uniformi. Le manifestazioni della vita economica infatti possono assumere forme diverse e impreviste, così che è necessario lasciare alla prassi delle autorità amministrative e alla prudenza dei giudici il compito di stabilire in ogni caso particolare se ci si trovi di fronte ad attività indipendente o dipendente. La decisione sarà determinata generalmente dalla priorità di certi elementi, quali il rapporto di subordinazione o il rischio sopportato rispetto ad altri che militano in favore di soluzioni diverse (<ref-ruling> consid. 1 pag. 162; <ref-ruling> consid. 3a pag. 171; <ref-ruling> consid. 2 e la giurisprudenza ivi citata).
4. 4.1 I primi giudici hanno ritenuto predominanti gli elementi in favore di un'attività dipendente rispetto a quelli di segno contrario. In particolare, essi hanno rilevato l'esistenza di una clausola di concorrenza che imponeva ai collaboratori in parola di svolgere le proprie funzioni, con attinenza alla vendita di prodotti tipici commercializzati dalla società, esclusivamente per la ricorrente, ma soprattutto l'assenza di un tipico rischio imprenditoriale.
4.2 Per parte sua, la ricorrente contesta queste conclusioni. Relativizza in particolare la clausola di concorrenza e fa notare che l'attività interessata era unicamente di natura accessoria, gli interessati svolgendo già un altro lavoro principale. Rileva inoltre l'esistenza di un tipico rischio imprenditoriale dei suoi collaboratori, consistente nella circostanza per cui in caso di inadempienza nel pagamento della merce da parte del cliente, l'agente non aveva diritto ad alcun compenso, dovendosi invece sobbarcare le spese affrontate. L'insorgente invoca quindi una violazione del principio della buona fede perché, con la decisione emanata, la Cassa avrebbe modificato la sua prassi con effetto retroattivo. Osserva in particolare che in occasione dei precedenti controlli l'amministrazione mai avrebbe sollevato il problema, l'ultima revisione effettuata nell'ottobre 1998 avendo unicamente determinato l'inserimento tra i dipendenti della società ricorrente di due collaboratori (B._e K._), senza per contro nulla eccepire sulla posizione degli altri collaboratori esterni considerati indipendenti. In via subordinata, contesta l'importo preteso dalla Cassa perché non terrebbe debitamente conto delle "spese speciali" che due collaboratori (F._ per l'anno 2001 e M._ per gli anni 2000 e 2001) avrebbero dovuto sopportare per il deposito del caffé della società. Per il resto, la ricorrente si oppone al pagamento degli interessi di mora, non da ultimo perché applicati su delle somme che non le erano mai state chieste in precedenza, bensì semplicemente fissate retroattivamente in contrasto con il principio della buona fede.
5. 5.1 Secondo giurisprudenza, è di per sé irrilevante, ai fini della determinazione dello statuto lavorativo e contributivo nelle assicurazioni sociali, il fatto che i rapporti di servizio siano retti da un contratto d'agenzia ai sensi del CO. In generale, gli agenti dispongono di un'ampia libertà nell'impiego del loro tempo e nell'organizzazione del loro lavoro. Per contro, è raro che debbano sopportare un rischio economico uguale a quello di un imprenditore. In effetti il rischio incorso si limita il più delle volte al fatto che il guadagno dipende dal successo personale degli affari realizzati. Di conseguenza, l'utile conseguito si può per principio considerare come quello di un indipendente solo se l'agente ha dovuto operare investimenti di una certa importanza o retribuire egli stesso del personale (RDAT 2003 I no. 30i pag. 437, consid. 3b/aa con riferimenti [H 311/01]).
5.2 Per quanto concerne lo statuto dipendente dei collaboratori F._, D._ e M._, esso può, nel suo principio, essere confermato, l'unico aspetto che depone in favore di un'attività indipendente essendo costituito dalla loro libertà di gestirsi dal profilo temporale e organizzativo.
Con particolare riferimento a F._, gli accertamenti messi in atto hanno così mostrato che egli ha iniziato la collaborazione con la ricorrente nel 2001 ed era impiegato del ristorante W._ in modo tale che il compenso percepito per le prestazioni effettuate per la ricorrente veniva integrato nel suo salario quale impiegato del ristorante. Per il resto egli ha dato atto di non avere dovuto effettuare investimenti per svolgere la sua attività per la ricorrente né di avere fatto capo a personale proprio.
Similmente ha risposto pure l'agente D._ (collaboratore della ricorrente dal 1998 al 2001), di professione lattoniere-idraulico, il quale ha riferito non avere dovuto sostenere alcun investimento. Per quanto concerne l'agente M._ - nel frattempo deceduto -, non vi è stata possibilità di procedere al complemento istruttorio. Nondimeno dalla documentazione agli atti si evince che ha iniziato la collaborazione con la società insorgente a partire dal 2000 emettendo fatture trimestrali per "spese di rappresentanza" e per "spese + deposito" (queste ultime stabilite in un importo forfetario di fr. 500.-- mensili).
Orbene, alla luce dei principi giurisprudenziali suesposti, sebbene F._, D._ e M._ potessero anche aver gestito la loro attività in modo autonomo dal profilo organizzativo e temporale, i diversi elementi indicano in termini affidabili che gli stessi non hanno per contro assunto alcun rischio aziendale ed economico tipico di ogni imprenditore né spese per conseguire l'attività, il "solo" rischio di vedersi onorato o meno il proprio lavoro in funzione dell'(in)successo (pagamento) dell'affare non bastando per contro ancora a qualificare l'attività di agente di natura indipendente.
5.3 Per quanto concerne il collaboratore C._, questa Corte è invece dell'avviso che debba essere considerato come un indipendente, perché si realizzano i presupposti riconosciuti dalla prassi per riconoscerne tale qualifica (v. pure VSI 1993 pag. 228 consid. 3b). Così dalla documentazione agli atti risulta che l'interessato, che dal 1991 collabora con la società ricorrente, opera nel settore delle macchine per caffè in modo autonomo e utilizza carta intestata propria, è soggetto all'IVA ed è iscritto quale indipendente alla Cassa AVS del Canton B._ dal 1990. A ciò si aggiunge la constatazione che negli anni 1998-2000 ha pagato degli affitti annui varianti da fr. 17'840.90 a fr. 19'691.95, ha incassato provvigioni varianti da fr. 34'806.80 a fr. 51'161.-, pari a ca. il 10% sul totale dei ricavi nei corrispettivi anni, ha allibrato costi nell'ordine di fr. 300'000.- circa, e ha versato stipendi varianti tra fr. 31'500.-- e fr. 69'000.--.
Ciò dimostra che la società ricorrente è solo una dei vari clienti della ditta X._. D'altra parte C._ - contrariamente ad altri collaboratori della ricorrente - non richiedeva il "rimborso spese", aveva personale proprio alle sue dipendenze, sopportava i costi per affitto attorno a fr. 1'500.-- mensili nonché tutte le spese per il funzionamento di una ditta. Dai dati contabili si può concludere in termini convincenti per la piena autonomia e indipendenza economico-finanziaria dell'interessato nel senso che, quand'anche la ricorrente non avesse onorato gli impegni assunti o avesse disdetto il contratto, la ditta di X._ sarebbe stata in grado di continuare la propria attività lucrativa.
Ne consegue che l'attività in esame dell'agente C._ deve essere considerata come indipendente ai sensi dell'art. 9 LAVS perché gli elementi in tal senso prevalgono nel loro complesso in termini apprezzabili.
5.4 Infine, anche la posizione lavorativa di V._ - seppure in modo non così pronunciato come per C._, segnatamente per la mancanza del supporto dei conti aziendali - presenta aspetti che consentono di ritenere prevalenti le connotazioni di natura indipendente. Dall'attestazione della fiduciaria Z._ SA - fatto peraltro indiziante la natura indipendente dell'attività svolta, atteso che in linea di principio si ricorre ai lumi di una fiduciaria se si deve allestire una contabilità aziendale relativamente complessa (v. d'altronde in questo senso la documentazione relativa a C._) - risulta infatti che V._ dal 1999 esercita un'attività indipendente nella vendita di macchine da caffè ed è affiliato alla Cassa AVS F._. Per l'anno 1998 le prestazioni erano per contro state accreditate alla società E._ Sarl pure affiliata alla medesima Cassa AVS. Dalla documentazione inoltrata in occasione del complemento istruttorio e dalle risposte alle domande poste in sede cantonale risulta quindi che l'attività svolta da V._ era soggetta all'IVA. Allo stesso modo risulta che se egli non ha dovuto effettuare alcun investimento ciò era anche dovuto al fatto che disponeva già di un proprio atelier-magazzino, per le cui spese di affitto riceveva una partecipazione di circa fr. 500.-- mensili.
Va qui precisato che per essere assoggettato all'IVA il contribuente deve svolgere un'attività indipendente e conseguire una cifra d'affari annua di almeno fr. 75'000.-- (cfr. art. 21 LIVA; RS 641.20). Nel caso di specie la ripresa della Cassa per l'anno 1999 è stata di fr. 53'135.--, per il 2000 di fr. 57'639.-- e per il 2001 di fr. 72'297.--. Si deve di conseguenza presumere che V._ abbia avuto, negli anni entranti in linea di conto, altre controparti contrattuali oltre la ricorrente, ritenuto che l'amministrazione federale preposta al controllo e all'incasso dell'IVA è particolarmente accorta e diligente nel valutare i presupposti legali connessi all'assoggettamento e alla sua prosecuzione.
Inoltre, in ragione delle complicazioni che potrebbero sorgere in caso di modifica retroattiva dei conteggi e per il fatto che, in casi limite, non si dovrebbe, senza necessità, scostarsi dalla valutazione dell'autorità fiscale, il fatto di aver pagato l'IVA, pur non essendo da solo un criterio decisivo, non permette di non qualificare a titolo di indipendente un'attività, che manifesta importanti caratteristiche in tal senso (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni H 155/04 del 14 febbraio 2005, consid. 4.5 con riferimento).
È anche per questo motivo che questa Corte - pur tenendo conto del fatto che in sostanza sono presenti sia fattori che farebbero propendere per un'attività lavorativa quale dipendente che caratteristiche di segno opposto - si orienta per la prevalenza nel caso di specie degli aspetti di lavoro autonomo. V._ deve pertanto essere considerato ai fini contributivi quale lavoratore indipendente.
6. La ricorrente è inoltre dell'avviso che la Cassa, con la decisione 23 dicembre 2002, per avere operato un'improvvisa modifica della propria prassi con effetto retroattivo avrebbe violato il principio della buona fede. La questione deve essere vagliata solo per quanto concerne F._, D._ e M._, la cui qualità di dipendenti della società insorgente è stata confermata anche da questa Corte (consid. 5.2).
6.1 Il principio della buona fede, sancito dall'art. 9 Cost., tutela la legittima fiducia dell'amministrato nei confronti dell'autorità amministrativa e gli permette in particolare di esigere che l'amministrazione rispetti le promesse fatte ed eviti di contraddirsi. Così, un'informazione o una decisione erronea possono obbligare l'amministrazione a concedere a un amministrato un vantaggio contrario alla legge se, ossequiate determinate condizioni, egli abbia agito conformemente alle istruzioni o alle dichiarazioni della stessa autorità (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 636; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 170; <ref-ruling> consid. 3a pag. 387 con riferimenti).
La tutela della buona fede non presuppone tuttavia sempre l'esistenza di un'informazione o di una decisione sbagliate. Il diritto alla tutela della buona fede può così anche essere invocato con successo in presenza, semplicemente, di rassicurazioni o di un comportamento dell'amministrazione suscettivi di fare nascere nell'amministrato determinate aspettative (<ref-ruling> consid. 4; cfr. pure RAMI 1999 no. KV 97 pag. 525 consid. 4b). Dal principio della buona fede è infatti dedotto il divieto dell'abuso di diritto e del comportamento contraddittorio (vedi fra altre sentenza 2A.261/2001 del 29 ottobre 2001, consid. 2d/aa).
6.2 Dagli atti emerge che la Cassa aveva già effettuato vari controlli salariali presso la ricorrente, in particolare nell'autunno 1994 (per il periodo 1° gennaio 1990 - 31 dicembre 1993), senza tuttavia riscontrare errori o differenze, e nell'ottobre 1998 (per il periodo 1° gennaio 1994 - 31 dicembre 1997), nella quale occasione l'amministrazione aveva effettuato una ripresa per un importo complessivo di fr. 35'517.-- riferito a provvigioni di vendita di due collaboratori (B._e K._).
Va pure evidenziato che la Cassa in occasione del controllo del 1998 non aveva operato alcuna ripresa per provvigioni né per C._ né per V._, già collaboratori della S._ dal 1991 per le regioni di loro competenza (B._, rispettivamente L._), esattamente come lo sarebbero poi divenuti D._ a partire dal 1998, M._ dal 2000 e F._ dal 2001.
Orbene, in occasione dei controlli, gli ispettori intervenuti mai avevano reso attenta o quantomeno comunicato alla ricorrente che l'amministrazione intendeva cambiare la prassi in uso, ormai da quasi un decennio, per quanto riferito al rapporto contrattuale tra la S._ e i collaboratori che da sempre considerava lavoratori indipendenti dal profilo delle assicurazioni sociali e che per giunta svolgevano altre attività lavorative nei cantoni dove risedevano.
È solo a margine della contestata decisione del 23 dicembre 2002 che la ricorrente è venuta per la prima volta a conoscenza del cambiamento di prassi dell'amministrazione provvedendo in seguito cautelativamente - in attesa della decisione giudiziaria definitiva - ad iscrivere i suoi collaboratori come salariati a decorrere dal 1° gennaio 2003.
In considerazione di quanto sopra alla ricorrente va riconosciuta la tutela della buona fede per il periodo fino al dicembre 2002.
7. In esito alle suesposte considerazioni, il gravame deve essere accolto senza che occorra decidere in merito alle altre censure, ormai divenute prive di oggetto.
8. Non trattandosi in concreto di una lite avente per oggetto l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, la procedura non è gratuita (art. 134 OG a contrario). Le spese processuali, che seguono la soccombenza, devono pertanto essere messe a carico della Cassa opponente (art. 135 in relazione con l'art. 156 cpv. 1 OG). Vincente in lite, la ricorrente, patrocinata da un legale, ha diritto a ripetibili (art. 159 cpv. 1 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso di diritto amministrativo è accolto; di conseguenza il giudizio 29 novembre 2006 del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino è annullato, mentre la decisione 23 dicembre 2002 della Cassa è riformata, con riferimento ai contributi di diritto federale, nel senso che le riprese relative a C._, M._, F._, V._ e D._ sono stralciate.
2. Le spese giudiziarie, fissate in fr. 4'000.--, sono poste a carico della Cassa opponente.
3. La Cassa rifonderà alla ricorrente fr. 3'000.-- a titolo di indennità di parte per la procedura federale.
4. Il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino statuirà sulla questione delle spese ripetibili di prima istanza, tenuto conto dell'esito del procedimento in sede federale.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali nonché ai cointeressati C._, D._, V._, F._, e M._ (per esso ai suoi eredi).