Faits:
A. Par ordonnance pénale du 21 juin 2011, A._, ressortissant roumain, a été condamné pour cambriolage à 60 jours-amende, sous déduction d'un jour-amende correspondant à un jour de détention avant jugement, le montant du jour-amende étant fixé à 30 francs et le bénéfice du sursis lui étant accordé pendant trois ans. Cette ordonnance, contestée, a été transmise au Tribunal pénal du canton de Genève.
B. Le 24 août 2011, A._ et un comparse ont été interpellés par la police genevoise, à la suite d'une tentative de cambriolage. Ils ont été relaxés, sans avoir été mis en détention préventive. La procédure pénale, ouverte pour ces faits, porte le numéro P/12264/2011.
Le 10 octobre 2011, une tentative de cambriolage a été commise à Meyrin. Dans un véhicule retrouvé à proximité des lieux, la police a découvert un téléphone portable appartenant à B._, ressortissant roumain, défavorablement connu des services de police pour cambriolages. Trois jours plus tard, A._ a été arrêté à proximité d'un lieu où une tentative de cambriolage a été dénoncée. Ne pouvant être directement impliqué, il a été relâché.
A._ a été interpellé une nouvelle fois le 17 octobre 2011. Il a été prévenu de vol, de dommage à la propriété et de violation de domicile pour avoir, de concert avec des tiers, cambriolé une station-service à Meyrin en y emportant un coffre-fort contenant environ 8'000 francs ainsi que trois cartouches de cigarettes. Un chien policier avait suivi une trace et avait retrouvé le prénommé. Une analyse des traces de chaussures concluait qu'il était possible que la trace prélevée sur les lieux du cambriolage ait été laissée par la chaussure gauche portée par l'intéressé lors de son interpellation. Une procédure pénale a été ouverte pour ces faits, sous la référence P/14657/2011.
Par ordonnance du 20 octobre 2011, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève (ci-après: le Tmc) a ordonné la détention provisoire du prénommé pour une durée initiale courant jusqu'au 30 novembre 2011, en raison d'un risque de collusion et de fuite (P/14657/2011).
La page de garde du dossier de procédure mentionne que la procédure P/14657/2011 a été jointe à la procédure P/12264/2011 le 27 octobre 2011. La formule de jonction se trouve deux feuillets après ladite page de garde.
Le 1er décembre 2011, le Tmc a rendu une ordonnance de prolongation de la détention provisoire, en raison des risques de collusion et de fuite, dans la cause P/12264/2011. Statuant sur recours de l'intéressé, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a confirmé cette ordonnance par arrêt du 22 décembre 2011. Elle a considéré en substance que les charges étaient suffisantes, qu'il existait des risques de fuite et de collusion, qu'aucune mesure de substitution n'était à même de pallier. Elle a également relevé que la jonction des procédures P/12264/2011 et P/14657/2011 pouvait être rendue selon un formalisme limité.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice, d'ordonner sa mise en liberté immédiate et de prononcer toute mesure de substitution que le Tribunal de céans jugerait utile. Il requiert en outre l'octroi de l'assistance judiciaire.
Le Ministère public du canton de Genève conclut au rejet du recours. La Cour de justice se réfère aux considérants de l'arrêt attaqué et renonce à formuler des observations. Le recourant a répliqué par courrier du 2 février 2012.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF) est en principe ouvert contre une décision relative au maintien en détention provisoire au sens des art. 212 ss du code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (CPP; RS 312.0). Dès lors que l'acte de procédure litigieux ne met pas un terme à la procédure pénale (art. 90 s. LTF), il s'agit d'une décision incidente prise séparément au sens de l'art. 93 al. 1 LTF. La décision ordonnant la mise en détention provisoire du prévenu étant susceptible de lui causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, elle peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 1 LTF, l'accusé a qualité pour agir. Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF.
2. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Il fait valoir, pour la première fois devant le Tribunal fédéral, qu'il n'a pas été entendu par le juge de la détention.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique. A lui seul, l'art. 29 al. 2 Cst. ne confère pas aux parties le droit d'être entendu oralement par l'autorité (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 s.).
L'art. 227 CPP régit la procédure de prolongation de la détention provisoire. Son alinéa 6 prévoit qu'en règle générale la procédure se déroule par écrit; toutefois, le Tribunal des mesures de contrainte peut ordonner une audience, qui se déroule à huis clos.
2.2 En l'occurrence, le recourant perd de vue que l'objet du litige est l'ordonnance de prolongation de la détention provisoire du 1er décembre 2011 et non pas l'ordonnance de mise en détention du 20 octobre 2011. Or, la procédure de prolongation de la détention provisoire se déroule en règle générale par écrit (art. 227 al. 6 CPP). Le recourant, assisté d'un avocat, aurait dû faire valoir cet argument en attaquant l'ordonnance de mise en détention du 20 octobre 2011. Il aurait également pu demander à être entendu lors de la procédure de prolongation de la détention. Le grief est donc tardif et partant irrecevable.
3. Dans un second grief de nature formelle, le recourant se plaint de ce qu'aucune ordonnance de jonction des procédures P/14657/2011 et P/12264/2011 n'ait été rendue par écrit, motivée et notifiée aux parties, conformément à l'art. 80 CPP.
3.1 L'art. 29 al. 1 let. a CPP prévoit que les infractions sont poursuivies et jugées conjointement lorsqu'un prévenu a commis plusieurs infractions. A teneur de l'art. 30 CPP, si des raisons objectives le justifient, le ministère public et les tribunaux peuvent ordonner la jonction ou la disjonction de procédures pénales.
Conformément à l'art. 80 al. 1 CPP, les prononcés qui tranchent des questions civiles ou pénales sur le fond revêtent la forme de jugements. Les autres prononcés revêtent la forme de décisions, lorsqu'ils émanent d'une autorité collégiale, ou d'ordonnances, lorsqu'ils sont rendus par une seule personne. Les dispositions régissant la procédure de l'ordonnance pénale sont réservées. L'alinéa 2 de cette disposition précise que les prononcés sont rendus par écrit et motivés. Ils sont signés par la direction de la procédure et par le préposé au procès-verbal et sont notifiés aux parties. L'art. 80 al. 3 prévoit cependant que les décisions et ordonnances simples d'instruction ne doivent pas nécessairement être rédigées séparément ni être motivées; elles sont consignées au procès-verbal et notifiées aux parties de manière appropriée.
3.2 En l'occurrence, la Cour de justice a considéré que, par ordonnance simple du 27 octobre 2011 - figurant en annexe à la page de garde et répertoriée sur celle-ci -, la jonction des deux procédures avait été opérée, sous le plus ancien numéro, ainsi qu'il est d'usage à Genève. Une telle ordonnance répondait au principe de l'unité de la procédure et cette décision, de nature purement formelle, n'affectait aucun droit du prévenu et pouvait être rendue selon un formalisme limité. Ainsi, l'ordonnance de mise en détention, rendue avant la jonction, porte le numéro P/14657/2011, alors que l'ordonnance de prolongation de la détention, rendue après la jonction, contient la référence P/12264/2011. L'instance précédente a précisé, à juste titre, que ces décisions concernaient le même dossier et la même personne, qu'il n'y avait pas eu rupture de la légalité de la détention du recourant et que celui-ci ne pouvait en déduire aucun droit au regard de son recours contre la prolongation de celle-ci.
Le recourant affirme que seule figure au dossier la séparation intitulée "Jonction de la P/14657/2011" et que l'on ne peut "se contenter d'une jonction matérielle". Il est vrai que les deux procédures ont été jointes sans qu'une ordonnance formelle ait été notifiée aux parties. Le recourant n'expose cependant pas en quoi l'absence de notification formelle de l'ordonnance de jonction aurait engendré pour lui un dommage. En effet, il ne conteste pas avoir eu accès au dossier dans son entier (P/12264/2011 et P/14657/2011) et n'allègue pas avoir été privé de la possibilité de recourir contre la jonction en question. Il se borne à avancer, de manière spécieuse, que "dès lors qu'aucune mise en détention n'a été ordonnée dans la procédure P/12264/2011, elle ne saurait être prolongée". Cet argument se révèle aussi être sans consistance.
3.3 Le grief doit donc être rejeté, dans la mesure où l'irrégularité formelle dénoncée n'a eu de conséquence ni pour les droits de la défense, ni pour la prolongation de la détention provisoire litigieuse.
4. Sur le fond, le recourant ne met pas en cause la base légale de sa détention. Il conteste en revanche les faits qui lui sont reprochés et nie l'existence de charges suffisantes à son encontre.
4.1 Une mesure de détention provisoire n'est compatible avec la liberté personnelle (art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH) que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'art. 221 CPP. Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.; <ref-ruling> consid. 2c p. 270). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, un risque de fuite ou un danger de collusion ou de réitération (cf. art. 221 al. 1 let. a, b et c CPP). Préalablement à ces conditions, il doit exister à l'égard de l'intéressé des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité (art. 221 al. 1 CPP; art. 5 par. 1 let. c CEDH; arrêt 1B_63/2007 du 11 mai 2007 consid. 3 non publié in <ref-ruling>).
Le Tribunal fédéral examine librement ces questions, sous réserve toutefois de l'appréciation des faits, revue sous l'angle restreint des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 73 s. et les références).
4.2 Pour qu'une personne soit placée en détention préventive, il doit exister à son égard des charges suffisantes ou des indices sérieux de culpabilité, c'est-à-dire des raisons plausibles de la soupçonner d'avoir commis une infraction. L'intensité des charges propres à motiver un maintien en détention préventive n'est pas la même aux divers stades de l'instruction pénale; si des soupçons, même encore peu précis, peuvent être suffisants dans les premiers temps de l'enquête, la perspective d'une condamnation doit apparaître vraisemblable après l'accomplissement des actes d'instruction envisageables (<ref-ruling> consid. 3c p. 146 et les références citées).
Appelé à se prononcer sur la constitutionnalité d'une décision de maintien en détention préventive, le Tribunal fédéral n'a pas à procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge, ni à apprécier la crédibilité des éléments de preuve mettant en cause le prévenu. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justifiant une telle mesure (<ref-ruling> consid. 3c p. 146).
4.3 En l'espèce, le recourant prétend que rien ne permettrait, dans les pièces du dossier, d'établir un lien entre le cambriolage du 17 octobre 2011 et le fait que le chien policier ait repéré le prévenu dormant dans un abri de fortune où il avait l'habitude de se retrouver, situé à moins de dix minutes à pied des lieux de l'infraction; selon le rapport de police du 17 octobre 2011, la trace suivie par le chien commencerait à plusieurs dizaines de mètres de la station-service; l'état dans lequel se trouvait le prévenu, sous l'emprise de la drogue et de l'alcool, ne serait pas compatible avec le déroulement exposé du cambriolage; il serait de surcroît invraisemblable que le prénommé fût resté aussi longtemps à proximité du lieu du délit et qu'il s'y fût de plus tranquillement endormi.
L'intéressé avance également que le coffre-fort volé et l'argent qu'il aurait contenu n'ont été retrouvés ni en possession du recourant, ni aux alentours de son abri de fortune. En outre, le fait que son téléphone portable ait activé une antenne se trouvant à 500 m du lieu du cambriolage n'établit d'aucune façon sa position sur les lieux de l'infraction, puisqu'il pouvait se trouver à n'importe quel endroit dans le champ couvert par cette antenne. Par ailleurs, les nombreux contacts téléphoniques entre le recourant et B._ découleraient de ce qu'ils seraient amants. Enfin, si le rapport de la Brigade de police technique et scientifique (BPTS) du 19 octobre 2011 établit qu'il est possible que la semelle gauche du prévenu corresponde à une trace trouvée sur les lieux du cambriolage, il précise que la qualité de la trace ne permet aucune certitude.
Partant, le recourant perd de vue qu'il n'appartient pas au juge de la détention provisoire d'examiner en détail ces considérations de fait, pas plus que de faire une appréciation complète des éléments à charge et à décharge; il lui incombe uniquement de vérifier, sous l'angle de la vraisemblance, que le maintien en détention avant jugement repose sur des indices de culpabilité suffisants. Or, le fait que le recourant ait été interpellé le 24 août et les 13 et 17 octobre 2011 à proximité de lieux où des cambriolages ou des tentatives de cambriolages, venaient d'être commis et que les explications du prévenu quant à sa présence en ces endroits étaient confuses, voire contradictoires avec celle de personnes arrêtées en même temps que lui constitue un indice parmi d'autres, compte tenu notamment de l'antécédent du recourant. S'ajoute à cela la somme de 5'600 francs que le recourant a envoyée en Roumanie entre le 7 et le 10 octobre 2011. Enfin, la Cour de justice a indiqué que l'enquête se poursuivait, notamment pour déterminer la provenance de l'argent envoyé en Roumanie et pour expliquer pourquoi le recourant s'est retrouvé souvent en contact avec B._, à proximité de lieux où des cambriolages ont été commis.
C'est donc en vain que le recourant discute minutieusement le déroulement des faits et de l'enquête, car c'est au juge du fond qu'il appartiendra d'apprécier, le cas échéant, les éléments à charge et à décharge et de déterminer dans quelle mesure le recourant est impliqué dans les actes qui ont fait l'objet de l'instruction. A ce stade de l'enquête, on peut donc admettre, à l'instar de la Cour de justice, qu'il existe des charges suffisantes à son encontre pour justifier un maintien en détention provisoire.
4.4 Quant à l'état actuel d'avancement des opérations d'investigation, le recourant se plaint implicitement d'une violation du principe de la célérité, en exposant qu'il n'a pas été entendu par le Ministère public depuis le 17 octobre 2011. Sur ce point, il convient de rappeler aux autorités de poursuite de mener à terme leurs procédures pénales sans retard injustifié (art. 5 al. 1 CPP). En outre, lorsqu'un prévenu est placé en détention provisoire, la procédure doit être conduite en priorité (art. 5 al. 2 CPP). En l'espèce, le rythme de l'enquête s'est certes ralenti après les premières investigations, mais une violation du principe de la célérité n'apparaît pas d'emblée réalisée. Cela étant, afin d'échapper à toute critique, il incombera au Ministère public de faire à nouveau progresser l'enquête ou de la clore rapidement.
5. Ensuite, le recourant conteste sommairement l'existence des risques de fuite, de collusion et de réitération.
5.1 Selon la jurisprudence, le risque de fuite au sens de l'art. 221 al. 1 let. a CPP doit s'analyser en fonction d'un ensemble de critères tels que le caractère de l'intéressé, sa moralité, ses ressources, ses liens avec l'Etat qui le poursuit ainsi que ses contacts à l'étranger, qui font apparaître le risque de fuite non seulement possible, mais également probable (<ref-ruling> consid. 4a p. 70 et la jurisprudence citée). La gravité de l'infraction ne peut pas, à elle seule, justifier la prolongation de la détention, même si elle permet souvent de présumer un danger de fuite en raison de l'importance de la peine dont le prévenu est menacé (<ref-ruling> consid. 3a p. 62, 117 Ia 69 consid. 4a p. 70, 108 Ia 64 consid. 3 p. 67).
5.2 En l'occurrence, le recourant, ressortissant roumain, ne fait valoir aucune attache en Suisse et le dossier ne permet pas de lui attribuer le moindre lieu de résidence. Ses moyens d'existence sont d'ailleurs totalement inconnus. De plus, l'intéressé ne conteste pas que, vu la peine menace qui pèse sur lui, une mise en liberté immédiate aurait très vraisemblablement pour conséquence qu'il quitterait le pays et ne pourrait être valablement convoqué. L'ensemble de ces éléments apparaît suffisant pour retenir un risque élevé de fuite. L'arrêt attaqué ne prête pas le flanc à la critique sur ce point.
Au regard de l'intensité des risques de fuite, aucune mesure de substitution (art. 237 CPP) n'est susceptible de pallier lesdits risques et de garantir la présence du prévenu à l'audience de jugement.
5.3 L'affirmation d'un risque de fuite dispense d'examiner s'il existe aussi un danger de collusion et de réitération, au sens de l'art. 221 al. 1 let. b et let. c CPP.
6. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Dès lors que le recourant est dans le besoin et que ses conclusions ne paraissaient pas d'emblée vouées à l'échec, l'assistance judiciaire doit lui être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant requiert la désignation de Me Philippe Currat en qualité d'avocat d'office. Il y a lieu de faire droit à cette requête et de fixer d'office les honoraires de l'avocat, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (art. 64 al. 2 LTF). Le recourant est en outre dispensé des frais judiciaires (art. 64 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Philippe Currat est désigné comme avocat d'office du recourant et ses honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 francs.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 13 février 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller