Sachverhalt:
A. X._ erhielt von der Gesundheits- und Sozialdirektion des Kantons Nidwalden am 12. November 2003 die Bewilligung zur selbständigen Ausübung der Tätigkeit als medizinischer Masseur. Am 6. März 2006 wurde er wegen sexueller Belästigung im Sinne von <ref-law> zum Nachteil einer Patientin zu einer Busse von Fr. 500.-- verurteilt. Gegen den Strafbefehl erhob X._ zunächst Einsprache, zog diese aber später zurück, womit der Strafbefehl in Rechtskraft erwuchs.
Im Februar 2007 teilte die Kantonspolizei Nidwalden der Gesundheits- und Sozialdirektion mit, dass gegen X._ weitere Strafverfahren unter anderem wegen sexueller Belästigung von Patientinnen hängig seien. Daraufhin hörte die Gesundheits- und Sozialdirektion X._ im Hinblick auf einen allfälligen Entzug der Berufsausübungsbewilligung persönlich an. Der Anhörung wohnten auch der zuständige Regierungsrat, der Kantonsarzt sowie der Direktionssekretär und Vorsteher des Gesundheitsamtes bei. In der Folge entzog die Gesundheits- und Sozialdirektion des Kantons Nidwalden X._ die Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung mit Verfügung vom 10. April 2007 auf unbestimmte Zeit.
B. Hiergegen beschwerte sich X._ erfolglos beim Regierungsrat des Kantons Nidwalden. Bereits zuvor war sein Rechtsmittel gegen den sofortigen Entzug der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ebenfalls ohne Erfolg geblieben. Eine Beschwerde an das Verwaltungsgericht gegen den Entzug der Berufsausübungsbewilligung hiess das Gericht mit Urteil vom 23. Juni 2008 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs (Unterlassung der Einsichtsgewährung in beigezogene Strafakten) zwar in einem ersten Umgang gut, wies die Beschwerde gegen den in der Folge erneut ungünstig ausgefallenen Entscheid des Regierungsrates aber mit Urteil vom 2. Juni 2009 in der Sache ab.
C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 2. Juni 2009 führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Er beantragt im Wesentlichen, dieses Urteil aufzuheben und den Entzug der Berufsausübungsbewilligung - eventuell nur in Bezug auf männliche Patienten - zu widerrufen bzw. die Unrechtmässigkeit des Entzugs festzustellen. Im Weiteren sei das Zurückkommen auf den Entzug im Amtsblatt zu publizieren.
Die Staatskanzlei des Kantons Nidwalden beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die kantonale Gesundheits- und Sozialdirektion schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1).
1.1 Das angefochtene Urteil ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid eines oberen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen der Ausschlussgründe von <ref-law> fällt. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten steht deshalb grundsätzlich offen (<ref-law>).
1.2 Zur Beschwerdeerhebung ist freilich nur befugt, wer unter anderem ein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung seiner Eingabe hat (<ref-law>). Ein solches Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 252; <ref-ruling> E. 1b S. 36). Das schutzwürdige Interesse muss somit grundsätzlich aktuell sein und dem Beschwerdeführer einen praktischen Nutzen einbringen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 673 f.); dieser muss ihm direkt zukommen und genügend konkret sein (<ref-ruling> E. 3 S. 202 f.). Dass sich der Beschwerdeführer aus der beantragten Aufhebung oder Änderung des Entscheids indirekt Vorteile erhofft, genügt nicht.
1.3 Das Verwaltungsgericht hat festgehalten, nach dem bereits in Kraft getretenen neuen nidwaldnerischen Gesundheitsgesetz vom 30. Mai 2007 gehöre der Beschwerdeführer als medizinischer Masseur nicht mehr zu den Gesundheitsfachpersonen, die einer Berufsausübungsbewilligung bedürften. Er könne seinen Beruf nunmehr wieder ungehindert ausüben. Das hat auch die Gesundheits- und Sozialdirektion des Kantons Nidwalden in ihrer Vernehmlassung vom 20. November 2009 bestätigt. Der Beschwerdeführer stellt dies nicht in Abrede. Damit aber ist davon auszugehen, dass er bereits bei Einreichung der Beschwerde kein aktuelles praktisches Interesse an der Beurteilung des im Jahre 2006 ausgesprochenen Bewilligungsentzugs mehr hatte.
1.4 Der Beschwerdeführer bringt zwar vor, er habe durch den Entzug der Berufsausübungsbewilligung mit Publikation im Amtsblatt einen erheblichen Schaden in seinem beruflichen Ansehen erlitten; einige Patienten hätten deswegen ihre Behandlung bei ihm abgebrochen und anderweitig fortgesetzt. Die Feststellung, dass der Entzug nicht gerechtfertigt gewesen sei, könne seine Situation verbessern.
Es dürfte durchaus zutreffen, dass der Entzug der Berufsausübungsbewilligung dem beruflichen Ansehen des Beschwerdeführers geschadet hat. In erster Linie und zur Hauptsache aber waren für sein berufliches Fortkommen die strafrechtliche Verurteilung und die weiteren angehobenen Strafuntersuchungen gegen ihn wegen sexueller Belästigung von Patientinnen sowie der Entzug des Qualitätslabels durch die Berufsorganisation Eskamed AG (dazu E. 1.5 hiernach) nachteilig. Der Beschwerdeführer hat im Zusammenhang mit den Strafverfolgungen selber durch alle Instanzen von einer "Verschwörung" namentlich ihm ungünstig gesinnter ehemaliger Patientinnen gesprochen. Die negative Publizität, die mit dem Strafbefehl und den weiteren Strafuntersuchungen gegen ihn verbunden war, kann der Beschwerdeführer nicht mehr ungeschehen machen, und auch eine Aufhebung des Entzugs der Berufsausübungsbewilligung durch das Bundesgericht könnte daran nichts Grundlegendes ändern, selbst wenn das Urteilsdispositiv im Amtsblatt publiziert würde. Die strafrechtlich relevanten Geschehnisse blieben davon gänzlich unberührt. Es erscheint sogar fraglich, ob die erneute öffentliche Bezugnahme auf die damaligen Ereignisse selbst in Form der Publikation eines für den Beschwerdeführer günstigen Verfahrensausgangs für diesen letztendlich wirtschaftlich nicht nachteiliger wäre als die heutige Situation; zurzeit dürfte ihm nämlich zugute kommen, dass nach der Lebenserfahrung auch Nachteiliges durch Zeitablauf zunehmend in den Hintergrund und in Vergessenheit gerät. Jedenfalls ist nicht daran zu zweifeln, dass die seinerzeit gegen den Beschwerdeführer eingenommenen Personen und deren Bekanntenkreis wegen der strafrechtlich relevanten Vorkommnisse das nötige Vertrauen in den Beschwerdeführer verloren haben und sich selbst nach einem günstig lautenden Urteil zum Bewilligungsentzug nicht mehr zu ihm in Behandlung begeben werden. Auf die verbliebenen Patienten aber, die ihn als korrekt und zuverlässig beschrieben haben, hatten die erwähnten Ereignisse ohnehin keinen Einfluss und bliebe auch ein günstiger Verfahrensausgang vor dem Bundesgericht ohne Wirkung. Damit wird deutlich, dass die wirtschaftliche Situation des Beschwerdeführers selbst bei Aufhebung des Entzugsentscheids bzw. bei einer Feststellung seiner Unzulässigkeit mit Publikation des Urteils kaum in massgeblicher Weise direkt in einem für ihn günstigen Sinn beeinflusst würde. Er kann aus einem bundesgerichtlichen Urteil heute keinen nennenswerten unmittelbaren praktischen Nutzen mehr ziehen. Die persönliche Genugtuung, in letzter Instanz zu obsiegen, vermag aber von vornherein kein hinreichendes Rechtsschutzinteresse im Sinne von <ref-law> abzugeben, das ein dahingefallenes aktuelles Interesse zu ersetzen vermöchte.
1.5 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, die Eskamed AG habe ihm im Nachgang zum Bewilligungsentzug das von ihr ausgestellte EMR-Qualitätslabel (EMR = erfahrungsmedizinisches Register) entzogen. Dies habe nicht nur zu einem Rückgang der Patienten geführt, sondern auch den Verlust der Kostenvergütung durch die Krankenversicherer nach sich gezogen. Er habe gegen die Aberkennung des Labels das verbandsinterne Rekursverfahren durchlaufen und sei hernach an das Zivilgericht Basel-Stadt gelangt. Das Zivilgericht habe das Verfahren bis zur Erledigung der Administrativangelegenheit eingestellt. Auch daraus ergebe sich ein schutzwürdiges Anfechtungsinteresse.
Es ist nicht festgestellt und wird vom Beschwerdeführer auch nicht dargetan, aufgrund welcher Kriterien die Berufsorganisation Eskamed AG Qualitätslabel verleiht und entzieht. Aus den Akten ergibt sich, dass offenbar die strafrechtliche Verurteilung des Beschwerdeführers im Vordergrund stand. Jedenfalls können die Verleihung und der Entzug des Labels nicht bloss davon abhängen, ob der Ansprecher im Besitz einer Berufsausübungsbewilligung ist, schon nur, weil eine solche Bewilligung nicht überall nötig ist und auch im Kanton Nidwalden nicht mehr vorausgesetzt wird. Entscheidet aber die Eskamed aufgrund eigener Kriterien und grundsätzlich unabhängig von den kantonalrechtlichen Bewilligungsanforderungen über die Verleihung ihrer Qualitätslabel und können die diesbezüglichen Entscheide separat angefochten werden, so vermöchte auch ein günstig lautendes bundesgerichtliches Urteil dem Beschwerdeführer keinen unmittelbaren Vorteil zu verschaffen. Es wäre für ihn höchstens indirekt nützlich, weil er den mit dem Label befassten Instanzen darlegen könnte, dass das Bundesgericht die ihm vorgeworfenen Handlungen aus gesundheitspolizeilicher Sicht nicht so streng beurteilt wie dies die kantonalen Behörden tun. Ein derartiges mittelbares Interesse kann jedoch nicht als schutzwürdig im Sinne von <ref-law> gelten. Es ist den Verbandsorganen und den angerufenen zivilrichterlichen Instanzen unbenommen, die hier umstrittenen gesundheitspolizeilichen Anordnungen der nidwaldnerischen Behörden selbständig zu würdigen und in den Kontext der weiteren Kriterien zu stellen, die für ihre Beurteilung massgebend sind. Eines höchstrichterlichen Urteils über den Bewilligungsentzug bedarf es hierzu nicht.
1.6 Das Gleiche gilt sinngemäss für die Kostenvergütung durch die Krankenversicherungen. Die Kostengutsprache hängt nach den Ausführungen des Beschwerdeführers davon ab, ob er im Besitz des Qualitätslabels ist. Der Entscheid über diese Frage aber ist - wie dargelegt - keine direkte Folge des Ergebnisses des vorliegenden Verfahrens.
1.7 Damit wird deutlich, dass der Beschwerdeführer nicht über ein schutzwürdiges Interesse an der Behandlung seiner Beschwerde durch das Bundesgericht verfügt. Auf diese ist nicht einzutreten.
2. Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gesundheits- und Sozialdirektion des Kantons Nidwalden, dem Regierungsrat des Kantons Nidwalden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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