Sachverhalt:
A.
X._ wurde mit Urteil des Gerichtskreises III Aarberg-Büren-Erlach vom 7. Juni 2010 der mehrfachen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte, der einfachen Körperverletzung, der mehrfachen Tätlichkeiten, Sachbeschädigungen, des mehrfachen unanständigen Benehmens, des Hausfriedensbruchs, der mehrfachen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz, der Widerhandlung gegen das Abfallgesetz und der einfachen Verkehrsregelverletzung schuldig erklärt und unter Anordnung einer vollzugsbegleitenden ambulanten Massnahme zu einer Freiheitsstrafe von 7 1⁄2 Monaten und zu einer Busse von Fr. 1'200.-- verurteilt. Am 10. Juli 2010 wurde er unter Anordnung einer Probezeit von einem Jahr bedingt entlassen. Am 10. September 2010 wurde er aufgrund erneuter Gewalttätigkeiten in den Strafvollzug zurückversetzt. Die ambulante Massnahme wurde am 27. Oktober 2010 von der Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug wegen Aussichtslosigkeit aufgehoben. Am 9. Februar 2011 verurteilte das Regionalgericht Berner Jura-Seeland X._ wegen einfacher Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, Tätlichkeit, Sachbeschädigung und Irreführung der Rechtspflege zu einer Freiheitsstrafe von 11 Monaten. Der Vollzug der Strafe wurde zugunsten einer stationären Massnahme aufgeschoben. Das Obergericht bestätigte mit Urteil vom 24. Juni 2011 die erstinstanzlichen Schuldsprüche mit der Modifikation, dass es X._ der falschen Anschuldigung statt der Irreführung der Rechtspflege schuldig sprach, und verurteilte ihn unter Zubilligung einer Verminderung der Zurechnungsfähigkeit in mittlerem Grade zu einer Freiheitsstrafe von 14 Monaten, die es zugunsten einer stationären Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB aufschob, sowie zu einer Busse von Fr. 800.--.
B.
B.a. Nach Aufenthalten in den Regionalgefängnissen Bern und Thun wurde X._ per 18. November 2011 zum Vollzug der stationären Massnahme in die Anstalten Thorberg eingewiesen. Dort befand er sich zunächst in der Sicherheitsabteilung 1, wurde dann mit Verfügung der Anstalten Thorberg vom 22. Dezember 2011 in die Sicherheitsabteilung 2 und per 19. März 2012 in den Normalvollzug versetzt. Ab 12. Juni 2012 befand er sich bis zum 27. Juli 2012 in der Therapieabteilung (TAT). Am 12. August 2012 musste er nach Vollzug einer 16-tägigen Arreststrafe in die Sicherheitsabteilung 1 versetzt werden, da er einem Mitarbeiter der TAT einen massiven Schlag an den Kopf versetzt hatte. Aufgrund dieses Vorfalls wurde X._ am 27. September 2012 mit einer Freiheitsstrafe von 30 Tagen bestraft und schlossen die Anstalten Thorberg seine Rückkehr in die TAT aus. Am 15. April 2013 wurde X._ auf die Sicherheitsabteilung 2 verlegt. Am 30. Juli 2013 wurde er wegen eines Angriffs auf das Anstaltspersonal in die Sicherheitsabteilung 1 zurückversetzt. Nach einer zwischenzeitlichen Verlegung in die Sicherheitsabteilung 2 befand sich X._ zufolge Bedrohung einer Mitarbeiterin ab dem 16. Januar 2014 bis Mitte März 2015 wieder in der Sicherheitsabteilung 1 respektive A. Danach wurde er in die Justizvollzugsanstalt Lenzburg verlegt, wo er sich auch zurzeit befindet.
B.b. Die beiden im Mai und Dezember 2010 über X._ erstellten forensisch-psychiatrischen Gutachten nennen als Diagnosen eine kombinierte Persönlichkeitsstörung mit paranoiden und emotional instabilen Anteilen sowie einen schädlichen Konsum von Alkohol und Cannabis. X._ zeige eine erhebliche Tendenz zur Frustrationsintoleranz, eine Impulsstörung und keinerlei Krankheitseinsicht.
Die X._ behandelnde Therapeutin äusserte im Oktober 2012 den Verdacht auf das Vorliegen eines Asperger-Syndroms und empfahl eine Neubegutachtung. Daher gab die Abteilung für Straf- und Massnahmenvollzug am 31. Januar 2013 ein neues Gutachten in Auftrag. Dieses lag am 24. September 2013 vor. Es kam zu folgenden Diagnosen: Kombinierte Persönlichkeitsstörung mit emotional instabilen, dissozialen, paranoiden und narzisstischen Anteilen, schizotype Störung, Status nach schädlichem Gebrauch von Alkohol und Cannabis. Im Gutachten wird ausgeführt, die Therapieprognose erscheine angesichts des bisherigen Verlaufs und nachdem X._ seit September 2012 den Kontakt zum Forensisch-Psychiatrischen Dienst verweigere, als ausgesprochen ungünstig. Ein nochmaliger Ansatz zur Fortsetzung der Massnahme unter veränderten Bedingungen, insbesondere über eine Veränderung des Settings, könne wegen der neuen diagnostischen Erkenntnisse zwar Sinn machen, doch seien die Erfolgsaussichten gering. Die neu gestellte Diagnose einer schizotypen Störung biete Erklärungsmöglichkeiten für das bisherige Scheitern der Therapie und habe Auswirkungen auf eine allfällige Therapieplanung. Medikamentösen, psychoedukativen und supportiven Interventionen komme nach den neuen Erkenntnissen eine grössere Bedeutung zu, während ein auf der aktiven Mitarbeit X._s basierender psychotherapeutischer Ansatz bis auf Weiteres in den Hintergrund trete. Eine grundsätzliche Aussichtslosigkeit der Massnahme könne wegen der bestehenden Therapieoptionen nicht sicher bejaht werden. Unter Ausschluss der Möglichkeit einer erzwungenen medikamentösen Intervention und im Falle eines anhaltenden Widerstandes X._s gegen eine Behandlung selbst unter optimierten Bedingungen müsste in der Tat von Aussichtslosigkeit gesprochen werden. Der Versuch eines Neustarts der stationären Massnahme unter veränderten Umgebungs- und Therapiebedingungen sei aus gutachterlicher Sicht die einzige verbleibende Option, um doch noch einen gewissen legalprognostischen Fortschritt zu ermöglichen.
B.c. Bereits am 31. Juli 2012 hatte die Abteilung für Straf- und Massnahmenvollzug (ASMV) die Klinik Rheinau um Aufnahme von X._ ersucht. Die Klinik hatte dies abgelehnt, da X._ mit seinem (damals diagnostizierten) Störungsbild nicht dem Schwerpunkt der Klinik - psychisch kranke Straftäter mit Erkrankungen aus dem schizophrenen Formenkreis - entspreche. Am 7. November 2013 ersuchte die ASMV unter Hinweis auf die neue Diagnose die Klinik Rheinau erneut um Aufnahme von X._. Nachdem die rechtlichen Abklärungen betreffend eine allfällige Zwangsmedikation vorlagen, erklärte die Klinik am 20. Mai 2014, sie sei zur Aufnahme von X._ bereit. Sie wies darauf hin, dass allerdings eine mehrmonatige Wartefrist bestehe. Am 10. Juni 2014 teilte X._ der ASMV mit, dass er mit einer Verlegung in die Klinik Rheinau durchaus einverstanden sei. Ähnlich äusserte er sich am 30. Juni 2014, nunmehr durch einen Rechtsanwalt vertreten: Er habe nichts gegen einen vorläufigen Verbleib auf der Sicherheitsabteilung A der Anstalten Thorberg einzuwenden, doch sei es ihm ein Anliegen, möglichst schnell in eine geeignete Institution überwiesen zu werden.
C.
C.a. Am 17. September 2014 stellte X._, vertreten durch seinen Rechtsanwalt, den Antrag, die stationäre Massnahme sei unverzüglich aufzuheben und er sei unverzüglich aus der Haft zu entlassen. Am 23. Oktober 2014 beantragte er zudem, es sei festzustellen, dass es zu einer Verletzung des Beschleunigungsgebots gekommen sei, und es sei ihm eine angemessene Entschädigung in Höhe von Fr. 163'350.-- zuzusprechen. Zudem beantragte er, es seien die von der ASMV mit Leuchtstift oder sonst wie bearbeiteten Unterlagen aus seinen Akten zu entfernen und durch unveränderte Originale zu ersetzen.
Die ASMV wies mit Verfügung vom 4. November 2014 sämtliche Anträge ab.
C.b. X._ erhob Beschwerde bei der Polizei- und Militärdirektion (POM) des Kantons Bern. Er stellte unter anderem die Anträge, die Verfügung der ASMV vom 4. November 2014 sei vollumfänglich aufzuheben; die mit Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 24. Juni 2011 angeordnete stationäre Massnahme sei aufzuheben; er sei unverzüglich aus der Haft zu entlassen; eventualiter sei er bedingt aus der Haft zu entlassen; es sei festzustellen, dass es im vorliegenden Verfahren zu einer Verletzung des Beschleunigungsgebots gekommen sei; es sei ihm eine angemessene Entschädigung im Umfang von Fr. 150.-- pro Tag ab 1. August 2011 auszurichten; eventualiter sei ihm eine angemessene Entschädigung im Umfang Fr. 163'350.-- zuzüglich Fr. 150.-- pro Tag ab Ende Oktober 2014 zuzusprechen; es seien sämtliche mit Leuchtstift oder sonst wie bearbeiteten Unterlagen aus den amtlichen Akten zu entfernen und durch unveränderte Originale zu ersetzen.
Die Polizei- und Militärdirektion hiess mit Entscheid vom 19. März 2015 den Antrag betreffend die Bearbeitung von Akten (teilweise) gut. Im Übrigen wies sie die Beschwerde ab.
C.c. Am 20. April 2015 reichte X._ gegen den Entscheid der Polizei- und Militärdirektion Beschwerde beim Obergericht des Kantons Bern Beschwerde ein.
C.d. Mit Eingabe vom 27. September 2015 erhob X._ Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht (Verfahren 6B_1001/2015). Er beantragte, es sei festzustellen, dass es im Verfahren SK 15 114, welches in den Händen des Obergerichts des Kantons Bern liege, zu einer Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung gekommen sei; das Obergericht des Kantons Bern sei anzuweisen, unverzüglich eine anfechtbare Verfügung zu erlassen.
Dazu reichten das Obergericht und die POM am 6. Oktober 2015 Vernehmlassungen ein. X._ nahm mit Eingabe vom 14. Oktober 2015 dazu Stellung.
C.e. Das Obergericht des Kantons Bern, I. Strafkammer, hiess mit Entscheid vom 6. Oktober 2015 die Beschwerde gegen den Entscheid der Polizei- und Militärdirektion insofern gut, als das Markieren von Textstellen mit Leuchtstift und das Anbringen von Bemerkungen und Verweisen in den amtlichen Akten der ASMV eine widerrechtliche Bearbeitung darstellten und die Folgen dieser Bearbeitung zu beseitigen seien, indem die bearbeiteten Dokumente der amtlichen Akten durch unbearbeitete Exemplare beziehungsweise Kopien zu ersetzen seien. Die bearbeiteten Dokumente beziehungsweise Originaldokumente seien getrennt von den amtlichen Akten aufzubewahren.
Zudem entschied das Obergericht, die stationäre Massnahme werde mangels Verfügbarkeit eines Therapieplatzes aufgehoben und der Beschwerdeführer aus der Massnahme entlassen, sofern er nicht bis spätestens 29. Februar 2016 in die Klinik Rheinau oder eine andere geeignete Institution eintreten könne. Im Übrigen wies das Obergericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Es stellte fest, das Beschleunigungsgebot sei nicht verletzt worden.
D.
X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen (Verfahren 6B_1147/2015). Er beantragt, der Entscheid des Obergerichts vom 6. Oktober 2015 sei aufzuheben; die mit Urteil vom 24. Juni 2011 angeordnete stationäre Massnahme sei unverzüglich aufzuheben; eventualiter sei er unverzüglich bedingt zu entlassen; subeventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückweisen. Es sei festzustellen, dass es zu einer Verletzung des Beschleunigungsgebots gekommen sei. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Generalstaatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Bern haben auf Vernehmlassung zu dieser Beschwerde verzichtet. Die POM beantragt die Abweisung der Beschwerde. X._ hat zur Vernehmlassung der POM eine Stellungnahme eingereicht.

Erwägungen:
1.
Die Verfahren 6B_1001/2015 und 6B_1147/2015 werden miteinander vereinigt.
2.
2.1. Die Beschwerde vom 27. September 2015 wegen Rechtsverweigerung/Rechtsverzögerung (Verfahren 6B_1001/2015) ist gegenstandslos geworden, soweit der Beschwerdeführer darin verlangt, das Obergericht des Kantons Bern sei anzuweisen, im Verfahren SK 15 114 unverzüglich eine anfechtbare Verfügung zu erlassen. Das Obergericht des Kantons Bern hat am 6. Oktober 2015 einen Entscheid in der Sache gefällt. Eine Weisung an das Obergericht im beantragten Sinne fällt damit ausser Betracht.
2.2. Auf die Beschwerde im Verfahren 6B_1001/2015 ist nicht einzutreten, soweit der Beschwerdeführer darin geltend macht, das kantonale Verfahren betreffend sein Gesuch um Aufhebung der stationären Massnahme beziehungsweise bedingte Entlassung aus der Massnahme habe zu lange gedauert. Der Beschwerdeführer kann diese Rüge auch in der Beschwerde gegen das Urteil des Obergerichts vom 6. Oktober 2015 (Verfahren 6B_1147/2015) erheben. Er macht denn auch in dieser Beschwerde eine Verletzung des Beschleunigungsgebots geltend.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, es stelle sich die Frage, inwiefern eine geeignete Einrichtung im Sinne von Art. 62c Abs. 1 lit. c StGB zu seiner Behandlung bestehe. Spätestens seit dem neuen psychiatrischen Gutachten vom 24. September 2013 sei klar, dass die Anstalten Thorberg nicht geeignet seien. Dort sei er nur während seines etwas über einmonatigen Aufenthalts in der Therapieabteilung behandelt worden; in der übrigen Zeit habe er sich in der Sicherheitsabteilung 1 oder 2 befunden. Auch die Justizvollzugsanstalt Lenzburg, in welcher er sich zurzeit befinde, sei keine geeignete Einrichtung, da dort gar keine Therapiemöglichkeit angeboten werde. Zwar habe die Klinik Rheinau ihm am 20. Mai 2014 zugesichert, dass sie ihn aufnehmen werde. Doch sei dort immer noch kein Platz frei. Seit Beginn des Massnahmenvollzugs am 18. November 2011 habe er sich bis März 2015 in den Anstalten Thorberg befunden, wo nie eine adäquate Therapie stattgefunden habe. Falls es überhaupt zum Übertritt in die Klinik Rheinau kommen werde, bleibe bis zur Maximaldauer der Massnahme von fünf Jahren nur noch ein halbes Jahr Zeit, was nicht ausreiche, um ihn adäquat zu behandeln.
3.2. Die Massnahme wird aufgehoben, wenn eine geeignete Einrichtung nicht oder nicht mehr existiert (Art. 62c Abs. 1 lit. c StGB). Das Gericht ordnet eine Massnahme in der Regel nur an, wenn eine geeignete Einrichtung zur Verfügung steht (Art. 56 Abs. 5 StGB). Die sachverständige Begutachtung äussert sich über die Möglichkeiten des Vollzugs der Massnahmen (Art. 56 Abs. 3 lit. c StGB). Die Kantone errichten und betreiben die in diesem Gesetz für den Massnahmenvollzug vorgesehenen Einrichtungen (Art. 377 Abs. 3 StGB). Art. 62c Abs. 1 lit. c StGB "darf nicht dazu einladen, den Auftrag zum Vollzug einer Massnahme leichthin aus der Hand zu geben" (MARIANNE HEER, Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. Aufl. 2013 N. 24 zu Art. 62c StGB). Schuldüberschreitende Massnahmen sind nur zulässig, wenn damit neben dem Sicherungsinteresse auch tatsächlich eine adäquate Behandlung verbunden ist (siehe GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allg. Teil II, Strafen und Massnahmen, 2. Aufl. 2006 § 8 N. 9). Art. 62c Abs. 1 lit. c StGB ist nicht nur anwendbar, wenn überhaupt keine geeignete Einrichtung (mehr) besteht, sondern auch dann, wenn für den Betroffenen kein Platz in einer geeigneten Einrichtung frei ist (TRECHSEL/PAUEN BORER, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, N. 5 zu Art. 62c StGB).
Gemäss dem neuen psychiatrischen Gutachten vom 24. September 2013 leidet der Beschwerdeführer auch an einer schizotypen Störung. In Anbetracht dieser neuen Diagnose waren die Anstalten Thorberg respektive deren Therapieabteilung keine geeignete Einrichtung. Hingegen wurde nun die Klinik Rheinau zu einer geeigneten Einrichtung zur Behandlung des Beschwerdeführers, da diese Klinik auf Krankheiten aus dem schizophrenen Formenkreis spezialisiert ist. Die ASMV hält in ihrer Verfügung vom 4. November 2014 fest, dass die Klinik Rheinau aktuell wohl die einzige geeignete Einrichtung für die Behandlung des Beschwerdeführers sei. Die Klinik Rheinau erklärte sich denn auch am 20. Mai 2014 bereit, den Beschwerdeführer aufzunehmen, nachdem sie dies im Jahre 2012 noch abgelehnt hatte, da die Gutachten aus dem Jahr 2010 beim Beschwerdeführer nicht auch eine schizotype Störung diagnostiziert hatten. Allerdings verzögert sich die Aufnahme des Beschwerdeführers in die Klinik Rheinau aus Gründen der Kapazität. Im Mai 2014 befand sich der Beschwerdeführer auf Platz 6 der Warteliste. Gemäss einer Mitteilung der Klinik Rheinau vom Mai 2015 befand er sich zu jenem Zeitpunkt weit oben auf der Warteliste und sei mit einer Aufnahme im Juli/August 2015 zu rechnen. Der Beschwerdeführer befand sich indessen auch noch im Zeitpunkt der Ausfällung des hier angefochtenen Entscheids am 6. Oktober 2015 nicht in der Klinik Rheinau, sondern in der Justizvollzugsanstalt Lenzburg. Gleichwohl lehnte es die Vorinstanz ab, die Massnahme per Urteilsdatum mangels einer geeigneten Einrichtung aufzuheben. Sie setzte - auch im wohlverstandenen Interesse des Beschwerdeführers - gleichsam eine letzte Frist bis zum 29. Februar 2016. Sie hob die Massnahme für den Fall, dass der Beschwerdeführer nicht bis spätestens 29. Februar 2016 in die Klinik Rheinau oder in eine andere geeignete Institution eintreten kann, mangels Verfügbarkeit eines Therapieplatzes im Sinne von Art. 62c Abs. 1 lit. c StGB auf. Dieses Vorgehen hält sich im Rahmen des der Vorinstanz zustehenden Beurteilungsspielraums. Die Vorinstanz verletzte kein Bundesrecht, indem sie die Verfügbarkeit einer geeigneten Einrichtung nicht schon für den Zeitpunkt der Urteilsfällung, sondern unter der genannten Voraussetzung erst, aber immerhin per 29. Februar 2016 verneinte.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer rügt, der Grundsatz der Verhältnismässigkeit sei verletzt. Er sei durch den Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 27. Juni 2011 zu einer Freiheitsstrafe von 14 Monaten verurteilt worden, deren Vollzug zugunsten einer stationären Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB aufgeschoben worden sei. Schuldüberschreitende Massnahmen bei behandlungsbedürftigen Tätern liessen sich nur rechtfertigen, wenn mit einem solchen Freiheitsentzug neben der Wahrung des Sicherungsinteresses auch tatsächlich eine adäquate Behandlung verbunden sei. Dies sei hier nicht der Fall. Der stationäre Massnahmenvollzug müsse (bei gesamthafter Betrachtung der Umstände des Einzelfalles) noch in einem vernünftigen zeitlichen Verhältnis zur aufgeschobenen Freiheitsstrafe stehen.
4.2. Der Vollzug der durch Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 27. Juni 2011 angeordneten Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB begann im November 2011. Er dauerte im Zeitpunkt der Ausfällung des hier angefochtenen Entscheids vom 6. Oktober 2015 knapp vier Jahre und ist damit bereits rund dreieinhalb Mal so lang, wie die ausgefällte Freiheitsstrafe von 14 Monaten. Die Anordnung einer Massnahme setzt voraus, dass der mit ihr verbundene Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Täters im Hinblick auf die Wahrscheinlichkeit und Schwere weiterer Straftaten nicht unverhältnismässig ist (Art. 56 Abs. 2 StGB). Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit gilt nicht nur für die Anordnung von Massnahmen, sondern beispielsweise auch für deren Vollzug. Er beansprucht im gesamten Massnahmenrecht sowohl bei der Anordnung als auch bei Folgeentscheidungen wie etwa der Nichtaufhebung beziehungsweise Weiterführung der Massnahme uneingeschränkt Geltung. Es sind die einander widerstreitenden Interessen abzuwägen, das heisst insbesondere die Grösse der Gefahr, der die Massnahme begegnen soll, und die Schwere des Eingriffs in die Rechte des Betroffenen, der mit ihr verbunden ist. Eine unverhältnismässige Massnahme darf nicht aufrecht erhalten werden. Dem Verhältnismässigkeitsprinzip kommt insofern ähnlich dem Schuldprinzip Begrenzungsfunktion zu (Urteil 6B_798/2014 vom 20. Mai 2015 E. 2.2). Im vorliegenden Fall ist die Weiterführung der Massnahme in Anbetracht der konkreten Umstände (Behandlungsbedürftigkeit des Beschwerdeführers, Wahrscheinlichkeit und Schwere weiterer Straftaten) nicht unverhältnismässig.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Durch- oder Fortführung der Massnahme erscheine im Sinne von Art. 62c Abs. 1 lit. a StGB als aussichtslos. Da eine adäquate Therapie nie stattgefunden habe, sei es verständlich, dass er sich darauf nicht eingelassen habe. Nach nunmehr vier Jahren ohne adäquate Therapie werde er sich zufolge fehlenden Vertrauens in die Justiz auf keine Therapie mehr einlassen. Eine Therapieeinsicht oder Therapiemotivation werde nicht mehr wiederhergestellt werden können. Eine Behandlung in der Klinik Rheinau hätte nach der Einschätzung des Gutachters dann eine gewisse Aussicht, wenn entweder mittels einer Zwangsmedikation oder aufgrund eines teilweisen Einlenkens des Beschwerdeführers ein therapeutischer Ansatzpunkt geschaffen werden könnte. Der Gutachter stehe einer Zwangsmedikation sehr kritisch gegenüber. Bereits die ASMV habe festgehalten, dass einer allfälligen Beschwerde gegen eine Zwangsmedikation die aufschiebende Wirkung wohl nicht zu entziehen wäre und ein Gericht eine Zwangsmedikation mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit ablehnen würde. Die Vorinstanz halte fest, es sei zurzeit nicht geklärt, inwiefern eine solche Behandlung in einer spezialisierten Klinik wie Rheinau möglich sei.
5.2. Die Massnahme wird aufgehoben, wenn deren Durch- oder Fortführung als aussichtslos erscheint (Art. 62c Abs. 1 lit. a StGB). Die Massnahme muss sich definitiv als undurchführbar erweisen. Davon ist nur auszugehen, wenn die Massnahme nach Lage der Dinge keinen Erfolg verspricht (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen). Das Scheitern einer Massnahme darf nicht leichthin angenommen werden (Urteil 6B_473/2014 vom 20. November 2014 E. 1.5.2).
Der Beschwerdeführer befand sich seit dem 18. November 2011 in den Anstalten Thorberg im Massnahmenvollzug. Dabei konnten keine Erfolge erzielt werden. Die Gründe hiefür liegen unter anderem darin, dass einerseits der Beschwerdeführer nicht therapiemotiviert war und andererseits damals seine psychische Erkrankung noch nicht richtig beziehungsweise nicht vollständig diagnostiziert war. Damals war noch nicht bekannt, dass er auch an einer schizotypen Störung leidet. Gemäss dem psychiatrischen Gutachten vom 24. September 2013 vermag die neu diagnostizierte schizoptype Störung den bisher unbefriedigenden Therapieverlauf zu erklären. Allerdings ist laut dem Gutachten eine Therapie in der Klinik Rheinau nur unter ganz bestimmten Voraussetzungen nicht aussichtslos. Entweder werde mittels Zwangsmedikation ein therapeutischer Ansatzpunkt geschaffen oder der Beschwerdeführer sei unter den optimierten Bedingungen in der Klinik Rheinau doch noch für eine Behandlung motiviert. Der Vollzug der Massnahme in der Klinik Rheinau hat somit entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers nicht nur unter den Voraussetzungen einer Zwangsmedikation - welcher der Gutachter sehr kritisch gegenübersteht - gewisse Aussichten. Es ist daher unerheblich, ob eine Zwangsmedikation überhaupt in Betracht kommen kann. Unter Berücksichtigung des Umstandes, dass der Beschwerdeführer bis anhin noch gar nicht in einem seinem psychischen Störungsbild adäquaten Setting behandelt wurde und in Anbetracht der Ausführungen im Gutachten vom 24. September 2013 kann nicht gesagt werden, dass eine Behandlung des Beschwerdeführers im Sinne von Art. 62c Abs. 1 lit. a StGB aussichtslos sei, zumal die kategorisch ablehnende Haltung des Beschwerdeführers gegen eine Therapie teilweise damit erklärt werden kann, dass dieser bis anhin noch nie adäquat behandelt wurde.
6.
6.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe sich in ihrem Entscheid vom 24. Juni 2011 mit der ersten Instanz für eine kurze stationäre Massnahme im Sinne von Art. 59 Abs. 2 StGB ausgesprochen. Die ASMV habe ihn stattdessen gemäss Art. 59 Abs. 3 StGB in eine Strafanstalt eingewiesen, ohne eine entsprechende Verfügung zu erlassen, welche sich auf Art. 59 Abs. 3 StGB stütze. Er habe daher nie die Möglichkeit gehabt, die Anordnung der Massnahme im Sinne von Art. 59 Abs. 3 StGB gerichtlich überprüfen zu lassen. Er hätte gar nie in die Anstalten Thorberg beziehungsweise in eine geschlossene Einrichtung gemäss Art. 59 Abs. 3 StGB eingewiesen werden dürfen, da eine solche Vollzugsänderung nie rechtmässig angeordnet worden sei. Der Vollzug der Massnahme sei deshalb aufzuheben.
6.2. Mit Verfügung vom 17. November 2011 entschied die ASMV unter anderem (kant. Akten p. 470 ff.), der Beschwerdeführer werde am 18. November 2011 in die Anstalten Thorberg eingewiesen und habe für unbestimmte Zeit zum Vollzug der mit Urteil des Obergerichts des Kantons Bern am 24. Juni 2011 ausgesprochenen Massnahme gemäss Art. 59 StGB dort zu verbleiben. Aus Sicherheitsgründen und zur Aufrechterhaltung der Anstaltsordnung sei der Beschwerdeführer vorerst in der Sicherheitsabteilung 1 der Anstalten Thorberg unterzubringen. Die Leitung der Anstalten Thorberg und der für die Anstalten zuständige Forensisch-Psychiatrische Dienst (FPD) wurden beauftragt, die Behandlung durchzuführen. Vor Erlass dieser Verfügung war dem Beschwerdeführer mit Schreiben vom 17. November 2011 das rechtliche Gehör gewährt worden (kant. Akten p. 468), worauf er unterschriftlich erklärte, er habe keine Bemerkungen (kant. Akten p.469). Die Verfügung vom 17. November 2011 war mit einer Rechtsmittelbelehrung versehen (kant. Akten p. 471). Dass in der Verfügung zwar Art. 59 StGB, aber nicht ausdrücklich auch Art. 59 Abs. 3 StGB erwähnt wurde, bedeutet nicht, dass die Behandlung in einer geschlossenen Einrichtung beziehungsweise in einer Strafanstalt, im konkreten Fall in den Anstalten Thorberg, nicht rechtmässig angeordnet worden sei.
7.
7.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei ihm zu Unrecht die bedingte Entlassung aus der Massnahme gemäss Art. 62 Abs. 1 StGB verweigert worden. Die ungünstige Prognose, mit welcher die Vorinstanz ihre Weigerung begründe, werde eben gerade durch seine nicht adäquate Behandlung verursacht.
7.2. Der Täter wird aus dem stationären Vollzug der Massnahme bedingt entlassen, sobald sein Zustand es rechtfertigt, dass ihm Gelegenheit gegeben wird, sich in der Freiheit zu bewähren (Art. 62 Abs. 1 StGB). Dieses Erfordernis wird im Gesetz nicht näher definiert. Voraussetzung ist, dass der Betroffene gelernt hat, mit seinen Defiziten zu leben, so dass man eine günstige Prognose stellen kann (<ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen). Diese Voraussetzung ist vorliegend nicht erfüllt, was auch der Beschwerdeführer einräumt. Dass die ungünstige Prognose gemäss der Behauptung des Beschwerdeführers gerade durch seine nicht adäquate Behandlung verursacht worden sei, trifft im Übrigen nicht zu. Die Prognose war schon bei Ausfällung des Urteils des Obergerichts des Kantons Bern vom 27. Juni 2011 ungünstig. In diesem Urteil (kant. Akten p. 379 ff.) wird ausgeführt, der Beschwerdeführer sei aufgrund der mangelnden Impulskontrolle, der fehlenden Krankheitseinsicht und der hohen Rückfallgefahr gefährlich und stark behandlungsbedürftig (kant. Akten p. 424).
8.
8.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Beschleunigungsgebots. Es sei Aufgabe der Vollzugsbehörde, eine geeignete Anstalt für den Vollzug richterlich angeordneter Massnahmen zu suchen und zu bestimmen. Dass die einen Anstalten seine Aufnahme abgelehnt hätten und in einer aufnahmebereiten Anstalt noch kein Platz frei sei, berechtige die Vollzugsbehörde nicht, ihn jahrelang in einer Strafvollzugsanstalt in Sicherheitsabteilungen festzuhalten. Die Behörden hätten bis heute keinen geeigneten Vollzugsplatz gefunden und sich nie ernsthaft darum bemüht. Es genüge offensichtlich nicht, Anstalten anzuschreiben und es bei einer negativen Antwort bewenden zu lassen. Der Beschwerdeführer sieht eine Verletzung des Beschleunigungsgebots darin, dass er erst am 12. Juni 2012 und damit sieben Monate nach dem Beginn des Massnahmenvollzugs in die Therapieabteilung der Anstalten Thorberg verlegt worden sei. Das Beschleunigungsgebot sei auch in der Zeit von Juli 2012 bis Oktober 2012 verletzt worden, womit sich die Vorinstanz in Missachtung ihrer Begründungspflicht nicht befasst habe. Es sei sodann in der Zeit von Anfang Oktober 2012 bis Ende Januar 2013 verletzt worden, woran nichts ändere, dass in dieser Zeit der Auftrag zur Erstattung eines neuen Gutachtens erteilt worden sei, ganz abgesehen davon, dass der Gutachtensauftrag erst mit Schreiben vom 31. Januar 2013 erteilt worden sei. Auch in der Zeit zwischen dem Gutachtensauftrag im Januar 2013 und der Erstellung des neuen Gutachtens im September 2013 hätten nach dem Beschleunigungsgebot Bemühungen zur Findung eines geeigneten Therapieplatzes unternommen werden müssen, zumal längst bekannt gewesen sei, dass das Setting in den Anstalten Thorberg zu seiner Behandlung ungeeignet sei. Auch in der Zeit von November 2013 bis Januar 2014 sei die Behörde in Verletzung des Beschleunigungsgebots untätig geblieben, woran nichts ändere, dass in dieser Zeit rechtliche Abklärungen zur Frage der Zwangsmedikation getroffen worden seien. Auch danach seien die Behörden bis zum 20. Mai 2014 untätig geblieben, als die Klinik Rheinau ihre grundsätzliche Bereitschaft zu seiner Aufnahme erklärt habe. Auch seither hätten die Behörden nichts unternommen. Er sei daher wegen Verletzung des Beschleunigungsgebots unverzüglich aus der Haft zu entlassen.
8.2. Aufgrund der Gutachten aus dem Jahr 2010 durfte die zuständige Behörde die Anstalten Thorberg als geeignete Einrichtung zur Behandlung des Beschwerdeführers betrachten. Dass er nicht bereits im November 2011, sondern erst im Juli 2012 in deren Therapieabteilung aufgenommen wurde, ist in seiner Gewaltbereitschaft begründet, die sich bereits in seinen vorgängigen Aufenthalten in den Regionalgefängnissen Bern und Thun manifestiert hatte. Der Aufenthalt des Beschwerdeführers in der Therapieabteilung der Anstalten Thorberg im Juni/Juli 2012 scheiterte, weil der Beschwerdeführer hier offensichtlich überfordert war. Bereits am 31. Juli 2012 ersuchten die Behörden die Klinik Rheinau, den Beschwerdeführer aufzunehmen. Die Klinik lehnte dies am 10. August 2012 ab, da der Beschwerdeführer mit seinen Leiden (kombinierte Persönlichkeitsstörung und schädlicher Substanzkonsum) nicht der schwerpunktmässigen Ausrichtung der Klinik auf Behandlung von Krankheiten aus dem schizophrenen Formenkreis entsprach. Am 27. August 2012 leitete die zuständige Behörde das alljährliche Verfahren gemäss Art. 62d StGB betreffend bedingte Entlassung oder Aufhebung der Massnahme ein. Anfang Oktober 2012 empfahl der Forensisch-Psychiatrische Dienst eine neue Begutachtung des Beschwerdeführers, da der Verdacht bestand, er leide am Asperger-Syndrom. Der Beschwerdeführer erklärte, er wolle nicht in die Station Etoine versetzt werden, sondern während der Begutachtung lieber in den Sicherheitsabteilungen beziehungsweise im Normalvollzug der Anstalten Thorberg bleiben. Am 5. November 2012 wurde das Verfahren betreffend bedingte Entlassung im Sinne von deren Ablehnung abgeschlossen. Am 31. Januar 2013 wurde das neue Gutachten in Auftrag gegeben, nachdem dem Beschwerdeführer und der behandelnden Therapeutin Gelegenheit gegeben worden war, Ergänzungsfragen zu formulieren. Das neue Gutachten wurde am 24. September 2013 erstattet. Im vorstehend beschriebenen Zeitraum wurde das Beschleunigungsgebot nicht verletzt. Es war im Besonderen auch sinnvoll, vor der weiteren Suche nach einer anderen Einrichtung zur Behandlung des Beschwerdeführers das neue Gutachten abzuwarten.
Am 7. November 2013 wurde das am 23. August 2013 eingeleitete jährliche Verfahren zur Prüfung der bedingten Entlassung beziehungsweise Aufhebung der Massnahme im Sinne eines negativen Entscheids abgeschlossen. Gleichentags ersuchte die ASMV die Klinik Rheinau unter Hinweis auf die im Gutachten vom 24. September 2013 neu diagnostizierte schizotype Störung um Aufnahme des Beschwerdeführers. Am 16. Januar 2014 erklärte die Klinik Rheinau, sie sei grundsätzlich bereit, den Beschwerdeführer aufzunehmen. Unabdingbare Voraussetzung hiefür sei jedoch die Klärung der rechtlichen Grundlage für eine Zwangsmedikation, falls eine solche notwendig werden sollte. Nachdem das Ergebnis der diesbezüglichen juristischen Abklärungen vorlag, teilte die Klinik Rheinnau am 20. Mai 2014 mit, sie sei zur Aufnahme des Beschwerdeführers bereit. Auch für diesen Zeitraum liegt keine Verletzung des Beschleunigungsgebots vor.
Der Eintritt des Beschwerdeführers in die Klinik Rheinau verzögert sich aus Gründen der beschränkten Kapazitäten. Insoweit ist den Behörden jedoch nicht eine Verletzung des Beschleunigungsgebots vorzuwerfen, sondern stellt sich die Frage, ob im Sinne von Art. 62c Abs. 1 lit. c StGB eine geeignete Einrichtung zur Behandlung des Beschwerdeführers besteht (siehe dazu E. 3 hievor).
8.3. Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist (Art. 29 Abs. 1 BV). Jede Person, die festgenommen oder der die Freiheit entzogen ist, hat das Recht zu beantragen, dass ein Gericht innerhalb kurzer Frist über die Rechtmässigkeit des Freiheitsentzugs entscheidet und ihre Entlassung anordnet, wenn der Freiheitsentzug nicht rechtmässig ist (Art. 5 Ziff. 4 EMRK).
Die Frage, innerhalb welcher Frist über die Rechtmässigkeit der Freiheitsentziehung entschieden werden muss, kann nicht abstrakt beurteilt werden. Der Entscheid hängt vielmehr von der Würdigung der konkreten Umstände des Einzelfalles ab. Der Anspruch auf einen raschestmöglichen Entscheid wird nicht verletzt, wenn der Behörde auf Grund der Umstände des Falles ein früherer Entscheid vernünftigerweise nicht möglich war. Der Richter hat eine Verletzung des Beschleunigungsgebots im Urteilsdispositiv ausdrücklich festzuhalten und gegebenenfalls darzulegen, inwiefern er der Verletzung, beispielsweise in den Kostenfolgen, Rechnung trägt (<ref-ruling> E. 2.2; Urteil 6B_109/2013 vom 19. Juli 2013 E. 5.3).
Das Bundesgericht verneinte eine Verletzung des Beschleunigungsgebots bei einer Verfahrenslänge von insgesamt neun Monaten für die Entscheidung über die bedingte Entlassung aus einer Verwahrung (Urteil 6B_232/2011 vom 17. November 2011 E. 4). Es verneinte eine solche auch bei einer Gesamtverfahrensdauer von 18 Monaten und wies darauf hin, dass es bis zur definitiven Entscheidung der Frage, ob ein Betroffener aus einer stationären Massnahme entlassen werden könne, unter Umständen lange dauern könne, insbesondere wenn Gutachten einzuholen und gegebenenfalls weitere Abklärungen zu treffen seien und dem Betroffenen das rechtliche Gehör zu gewähren sei (Urteil 6A.63/2001 vom 6. August 2001 E. 1). Hingegen beurteilte das Bundesgericht eine Gesamtverfahrensdauer von 31 Monaten als zu lang, auch wenn nicht nur schnell, sondern richtig zu urteilen sei (n.p. E. 2 von <ref-ruling>). Es erachtete auch eine Verfahrensdauer von 30 Monaten, welche zwischen der Einreichung des Gesuchs um bedingte Entlassung aus der Verwahrung bis zum letztinstanzlichen kantonalen Entscheid verstrichen waren, als zu lang (Urteil 6B_109/2013 vom 19. Juli 2013 E. 5.5).
Der Beschwerdeführer beantragte am 17. September 2014 unter anderem, die stationäre Massnahme sei aufzuheben. Die ASMV wies den Antrag mit Verfügung vom 4. November 2014 ab. Dagegen erhob der Beschwerdeführer am 8. Dezember 2014 Beschwerde bei der POM. Diese wies die Beschwerde, soweit unter anderem die Aufhebung der Massnahme betreffend, mit Entscheid vom 19. März 2015 ab. Dagegen erhob der Beschwerdeführer mit Eingabe vom 20. April 2015 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Bern. Dieses wies die Beschwerde, soweit unter anderem die Aufhebung der stationären Massnahme betreffend, am 6. Oktober 2015 ab. Das Verfahren dauerte damit sowohl vor den einzelnen Instanzen als auch insgesamt nicht übermässig lange.
Auch das Beschwerdeverfahren vor dem Obergericht im Besonderen dauerte nicht übermässig lange. Die Beschwerde des Beschwerdeführers gegen den Entscheid der POM ging am 21. April 2015 beim Obergericht ein. Dessen Verfahrensleitung eröffnete tags darauf ein Beschwerdeverfahren. Die Stellungnahme der POM zur Beschwerde ging am 13. Mai 2015 beim Obergericht ein. Mit Verfügung vom 15. Mai 2015 erhielt die Generalstaatsanwaltschaft die Gelegenheit, zur Beschwerde und zur Vernehmlassung der POM Stellung zu nehmen. Am 26. Mai 2015 reichte die Generalstaatsanwaltschaft ihre Vernehmlassung ein. Am 28. Mai 2015 erhielt der Beschwerdeführer Gelegenheit zur Replik. Diese traf am 23. Juni 2015 beim Obergericht ein. Dieses räumte hierauf der POM und der Generalstaatsanwaltschaft die Gelegenheit zur Duplik ein. Die Duplik der POM und das Schreiben der Generalstaatsanwaltschaft, worin diese auf Duplik verzichtete, wurden am 8. Juli 2015 der jeweils anderen Partei zur Kenntnis gegeben. Am 6. Oktober 2015 erliess das Obergericht seinen Entscheid.
9.
9.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, seine Inhaftierung verstosse gegen Art. 3 EMRK, wonach niemand der Folter oder unmenschlicher oder erniedrigender Strafe oder Behandlung unterworfen werden darf. Aufgrund seiner psychischen Krankheit benötige er eine intensive Therapie. Er sei indessen nur während rund eines Monats therapiert und im Übrigen ohne Erlass einer anfechtbaren Verfügung während vier Jahren in Sicherheitsabteilungen weggesperrt worden. Der Beschwerdeführer rügt im Weiteren eine Verletzung von Art. 5 Abs. 1 Satz 2 lit. e EMRK betreffend Freiheitsentzug bei psychisch Kranken. Dieser setze neben der eindeutigen Feststellung einer psychischen Störung auch voraus, dass ein Zusammenhang zwischen dem Zweck der Freiheitsentziehung und der Einrichtung bestehe, in welcher der Betroffene untergebracht sei. Der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte akzeptiere zwar einen übergangsweisen Aufenthalt in einem Gefängnis während der Suche nach einer geeigneten Einrichtung, doch dürfe dieser nicht zu lange Zeit dauern. Seine Unterbringung in Sicherheitsabteilungen sei reiner Selbstzweck gewesen, um ihn nicht behandeln zu müssen. Ein therapieorientierter Massnahmenvollzug mit der Perspektive auf Entlassung habe nicht stattgefunden.
9.2. Die Anstalten Thorberg waren auf der Grundlage der damals aktuellen psychiatrischen Gutachten aus dem Jahr 2010 als geeignete Einrichtung im Sinne von Art. 62c Abs. 1 lit. c StGB anzusehen. Der Beschwerdeführer befand sich allerdings nur kurze Zeit in der Therapieabteilung der Anstalten Thorberg. Aufgrund seines aggressiven Verhaltens gegenüber Angestellten und Mitinsassen musste er für die meiste Zeit in den Sicherheitsabteilungen der Anstalten untergebracht werden. Dies war rechtmässig. Gemäss Art. 90 Abs. 1 StGB darf eine Person, die sich im Vollzug einer Massnahme nach den Artikeln 59 - 61 befindet, unter anderem dann ununterbrochen von den anderen Eingewiesenen getrennt untergebracht werden, wenn dies unerlässlich ist (b.) zum Schutze des Eingewiesenen oder Dritter oder (c.) als Disziplinarmassnahme. Nach seinem kurzzeitigen Aufenthalt in der therapeutischen Abteilung der Anstalten Thorberg, in welcher er offensichtlich überfordert war, lehnte der Beschwerdeführer therapeutische Gespräche, welche ihm vom Forensisch-Psychiatrischen Dienst mehrfach angeboten wurden, schroff ab. Nach Vorliegen des neuen psychiatrischen Gutachtens vom 24. September 2013, aus dem sich ergab, dass der Beschwerdeführer auch an einer schizotypen Störung leidet, welche in den Gutachten aus dem Jahr 2010 noch nicht diagnostiziert worden war, bemühte sich die zuständige Behörde sogleich erneut um die Aufnahme des Beschwerdeführers in die nunmehr zu dessen Behandlung geeignete Klinik Rheinau, welche nach rechtlichen Abklärungen betreffend eine allfällige Zwangsmedikation am 20. März 2014 zugesichert wurde, wobei der Beschwerdeführer sich damals auf Platz 6 der Warteliste befand. Inwiefern die Unterbringung des Beschwerdeführers in den Sicherheitsabteilungen der Anstalten Thorberg und seit März 2015 in der Justizvollzugsanstalt Lenzburg unter den gegebenen Umständen als Folter beziehungsweise unmenschliche oder erniedrigende Strafe anzusehen ist, wird in der Beschwerde nicht dargelegt und ist nicht ersichtlich. Dass der Beschwerdeführer im Rahmen dieser Unterbringung nicht die nach dem neuen Gutachten adäquate Behandlung erhielt, bedeutet nicht, dass die Unterbringung gegen Art. 3 EMRK verstösst. Sie verstösst auch nicht gegen Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK, da Wartezeiten bis zur Aufnahme in einer geeigneten Klinik in Anbetracht der beschränkten Kapazitäten hinzunehmen sind und die zulässige Wartezeit im vorliegenden Fall noch nicht überschritten worden ist.
10.
10.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Grundsatzes des fairen Verfahrens. Gegen diesen Grundsatz verstosse die Führung einer sogenannten "Watch-Liste". Diese werde ohne gesetzliche Grundlage geführt. Die Akten enthielten keine Hinweise auf diese Liste, was gegen die Aktenführungspflicht verstosse. Die Führung dieser "Watch-Liste" ziele darauf ab, Menschen, deren Strafverfahren in den Medien thematisiert worden sei, von Vollzugslockerungen auszuschliessen. Gegenstand und Inhalt der Liste seien ihm nur insoweit bekannt, als darüber in der Presse berichtet worden sei. Er sei von den Behörden nicht informiert worden. Indem die Vorinstanz auf seine Rügen betreffend die "Watch-Liste" nicht eingetreten sei, habe sie ihre Begründungspflicht verletzt.
10.2. Die Vorinstanz wies den Antrag des Beschwerdeführers, es sei die sogenannte "Watch-Liste" der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern zu edieren und zu den Akten zu nehmen, mit der Begründung ab, es sei nicht ersichtlich, inwiefern diese Liste für das vorliegende Verfahren von Bedeutung sei. Die Behauptung des Beschwerdeführers, er werde nur deshalb nicht aus der Haft entlassen, da erneute deliktische Tätigkeit medienwirksam wäre, sei unbegründet. Wie ausführlich dargelegt, seien die Voraussetzungen der Entlassung vorliegend - unabhängig vom Bestehen einer "Watch-Liste" - nicht erfüllt. Die Fragen, ob beziehungsweise durch wen dem Beschwerdeführer Einsicht in die "Watch-Liste" zu gewähren und ob das Führen einer solchen Liste rechtlich zulässig sei, sei nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens, weshalb darauf nicht weiter eingegangen werden müsse (angefochtener Entscheid S. 19).
Diesen Erwägungen ist uneingeschränkt zuzustimmen. Nichts deutet darauf hin, dass die Entscheide der Behörden, die im vorliegenden Verfahren relevant sind, irgendwie davon mitbeeinflusst worden sein könnten, das der Beschwerdeführer allenfalls auf einer "Watch-Liste" figuriert. Die Zulässigkeit einer solchen Liste ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
11.
11.1. Die Vorinstanz hat die Beschwerde betreffend das Bearbeiten der Akten der ASMV insofern gutgeheissen, als das Markieren von Textstellen mit Leuchtstift und das Anbringen von Bemerkungen und Verweisen in den amtlichen Akten der ASMV eine widerrechtliche Bearbeitung darstellten und deren Folgen zu beseitigen seien, indem die bearbeiteten Dokumente der amtlichen Akten durch unbearbeitete Exemplare beziehungsweise Kopien zu ersetzen seien. Die Vorinstanz ordnete ausserdem an, die bearbeiteten Dokumente beziehungsweise Originaldokumente seien getrennt in den amtlichen Akten aufzubewahren. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe sich im angefochtenen Entscheid in Verletzung ihrer Begründungspflicht nicht mit seinen Vorbringen auseinandergesetzt, dass die gerügte Aktenbearbeitung sich auf das bisherige Verfahren ausgewirkt und sämtliche Entscheide der Behörden und Gutachter beeinflusst habe, was gegen den Grundsatz des "fair trial" verstosse.
11.2. Durch die Markierungen wurden die Akten weder unvollständig noch inhaltlich falsch. Die Vorinstanz hält fest, das Anbringen von Notizen und die Hervorhebung gewisser Textpassagen durch Markierungen mit Leuchtstift in den Akten sei zumindest geeignet, den Leser und damit die entscheidende Instanz zu beeinflussen. Dass dies tatsächlich geschehen sei, werde aber weder vom Beschwerdeführer geltend gemacht, noch ergebe sich dies aus den Akten (angefochtener Entscheid S. 20). Die Vorinstanz hat sich demnach mit der Frage der tatsächlichen Beeinflussung befasst. Im Übrigen kann ohne weiteres davon ausgegangen werden, dass Mitglieder von Behörden und Sachverständige in der Lage sind, Akten ungeachtet und unbeeinflusst von lästigen Markierungen und handschriftlichen Randbemerkungen zu lesen. Der Beschwerdeführer zeigt nicht ansatzweise auf, woraus sich ergibt, dass sich ein Sachverständiger oder ein Behördenmitglied durch diese oder jene konkrete Markierung hätte beeinflussen lassen können.
12.
12.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 56 Abs. 6 StGB, wonach eine Massnahme, für welche die Voraussetzungen nicht mehr erfüllt sind, aufzuheben ist. Dies gelte a fortiori auch dann, wenn die Voraussetzungen für die Massnahme von Anfang an gar nie vorgelegen hätten. Dabei gehe es nicht um eine Korrektur des in Rechtskraft erwachsenen Massnahmeentscheids, sondern die Überprüfung der Weiterführung der Massnahme.
12.2. Die Voraussetzungen für die Weiterführung der Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB sind nach wie vor erfüllt. Der Beschwerdeführer ist psychisch schwer gestört, behandlungsbedürftig und sozialgefährlich.
13.
13.1. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe sich mit diversen Vorbringen, die er in der Beschwerdeschrift auflistet, nicht beziehungsweise nicht hinreichend befasst. Dadurch habe sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und ihre Begründungspflicht verletzt.
13.2. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen; Urteil 6B_115/2015 vom 22. April 2015 E. 5).
Der angefochtene Entscheid genügt offensichtlich diesen Anforderungen. Die Vorinstanz befasst sich mit allen wesentlichen Gesichtspunkten. Ihre Erwägungen sind hinreichend klar und vollständig, um eine sachgerechte Anfechtung zu ermöglichen. Der Beschwerdeführer verkennt, dass sich die Behörden beziehungsweise Gerichte nicht mit allen Parteistandpunkten auseinandersetzen und nicht jedes Vorbringen explizit widerlegen müssen.
14.
14.1. Die Vorinstanz hat die auf eine Pauschalgebühr von Fr. 1'000.-- bestimmten Kosten des Beschwerdeverfahrens zu 75 %, ausmachend Fr. 750.--, dem Beschwerdeführer auferlegt. Dieser macht geltend, weder der Betrag von Fr. 1'000.-- noch sein Kostenanteil von 75 % werde im angefochtenen Entscheid ausreichend begründet.
14.2. Die Pauschalgebühr von Fr. 1'000.-- liegt im unteren Bereich des gesetzlichen Rahmens, und ihre Festsetzung bedarf keiner besonderen Begründung. Die Auferlegung von drei Vierteln dieser Gebühr zu Lasten des Beschwerdeführers ergibt sich ohne weiteres daraus, dass dieser, wie aus dem angefochtenen Urteil ersichtlich ist, lediglich in Bezug auf die Bearbeitung der Akten durch die ASMV obsiegt hat und im Übrigen unterlegen ist.
15.
Der Beschwerdeführer ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Seine Beschwerde war im Hauptpunkt, d.h. betreffend Aufhebung der stationären Massnahme, nicht von vornherein aussichtslos. Das Gesuch ist daher gutzuheissen. Somit werden keine Kosten erhoben und wird dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Julian Burkhalter, Aarau, eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 6B_1001/2015 und 6B_1147/2015 werden vereinigt.
2.
Auf die Beschwerde im Verfahren 6B_1001/2015 wird, soweit sie nicht gegenstandslos geworden ist, nicht eingetreten.
3.
Die Beschwerde im Verfahren 6B_1147/2015 wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
5.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
6.
Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Julian Burkhalter, Aarau, wird eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
7.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Dezember 2015
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Näf