Sachverhalt:
A. Um die Osteopathie und deren berufliche Anerkennung einheitlich zu regeln, erliess die Schweizerische Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektoren mit Beschluss vom 23. November 2006 ein Reglement für die interkantonale Prüfung von Osteopathen in der Schweiz (nachfolgend: Prüfungsreglement).
Die X._ mit Sitz in Gent, Belgien, bietet einen Ausbildungslehrgang für Osteopathie an und führt einen Teil der Kurse auch in einem Kongresszentrum in Morschach/SZ durch. Am 27. April 2009 ersuchte sie die interkantonale Prüfungskommission für Osteopathie festzustellen, dass Ärzte und Physiotherapeuten mit dem erfolgreichen Abschluss des von ihr angebotenen (berufsbegleitenden) Lehrganges und dem Titel "Bachelor of Science with Honours in Osteopathy" die formellen Erfordernisse für die Zulassung zur interkantonalen Prüfung für Osteopathen im Sinne von Art. 11 Abs. 1 lit. c und Abs. 2 lit. b des Prüfungsreglements erfüllen.
Mit Beschluss vom 7. Mai 2010 wies die Prüfungskommission das Gesuch ab.
Die gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies die Rekurskommission der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren und der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektoren (Rekurskommission EDK/GDK) mit Entscheid vom 11. April 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ dem Bundesgericht, den erwähnten Entscheid der Rekurskommission aufzuheben und die Sache zur (Neu-)Beurteilung an die zuständige (Vor-)Instanz zu weisen.
Die interkantonale Prüfungskommission in Osteopathie und die Rekurskommission EDK/GDK schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Rekurskommission EDK/GDK ist eine letzte kantonale Instanz, die als richterliche Behörde nach den sinngemäss anwendbaren Vorschriften des Verwaltungsgerichtsgesetzes die Anwendung von interkantonalem Recht prüft; ihre Entscheide können mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 24 Prüfungsreglement in Verbindung mit Art. 9 des Reglements vom 6. September 2007 über die Rekurskommission der EDK und der GDK sowie Art. 10 Abs. 2 der interkantonalen Vereinbarung vom 18. Februar 1993 über die Anerkennung von Ausbildungsabschlüssen; Urteil 2C_332/2011 vom 22. Juli 2011 E. 1).
2. 2.1 Die interkantonale Prüfungskommission hat das Feststellungsgesuch der Beschwerdeführerin mit der Begründung abgewiesen, dass weder sie noch die Gesundheitsdirektorenkonferenz über die Kompetenz verfüge, ausserhalb eines konkreten Zulassungsgesuches eines Bewerbers Ausbildungen anzuerkennen oder zu akkreditieren. Sie ist indessen auf das Gesuch "als allgemeines Prüfungszulassungsgesuch" eingetreten, weil sich eine Frage von grundsätzlicher Bedeutung stelle. In der Folge prüfte sie die theoretische Frage der Zulassung eines fingierten Kandidaten mit einem Bachelor in Osteopathie als "allgemeines Prüfungszulassungsgesuch". Dabei kam sie zum Ergebnis, dass in Anwendung von Art. 11 des Prüfungsreglements nur Kandidaten mit einem Master in Osteopathie zum zweiten Teil der Prüfung zugelassen würden; ein Bachelortitel oder eine berufsbegleitende Ausbildung seien ungenügend.
2.2 Die Vorinstanz hat diesen Entscheid zwar bestätigt. Sie ist jedoch davon ausgegangen, dass die Ausführungen der Prüfungskommission - welche sich materiell für unzuständig erklärt habe - bezüglich der Zulassung eines fingierten Kandidaten mit einem Bachelor in Osteopathie lediglich als obiter dictum zu qualifizieren seien, weshalb sie es ablehnte, diese Frage erneut zu prüfen. Die Zuständigkeit der Prüfungskommission beschränke sich auf die Organisation bzw. Abnahme der Prüfungen. Die Ausbildung sei erst zu prüfen, wenn sie die Unterlagen eines Kandidaten erhalte. Es bestehe weder eine kantonale, noch eine interkantonale oder eine Bundesbehörde, welche zuständig wäre, ein abstraktes Feststellungsbegehren materiell zu prüfen.
2.3 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine Rechtsverweigerung bzw. die Verletzung von <ref-law> und Art. 6 EMRK. Diese erblickt sie darin, dass die Vorinstanz es unterlassen habe, die ihres Erachtens insoweit bestehende Lücke im Prüfungsreglement zu schliessen und in Anwendung von <ref-law> eine zuständige Behörde zu bezeichnen, die die Prüfungskriterien - beschränkt auf die Ausbildungsvoraussetzungen - nicht nur im konkreten, sondern auch im abstrakten Fall prüft. Zudem sei es unzulässig, dass sich die Vorinstanzen materiell geäussert hätten, obwohl sie sich als nicht zuständig erachteten. Schliesslich habe die Vorinstanz das Verfahren unnötig verlängert und dadurch eine Rechtsverzögerung begangen.
3. 3.1 Zu den reglementierten Berufen - als solche gelten Berufe, deren Ausübung vom Besitz eines Diploms oder Ausweises abhängig gemacht wird und gesetzlich geregelt ist - zählt auch derjenige des Osteopathen; für die Anerkennung - vom ausländischen Staat ausgestellter oder anerkannter - ausländischer Diplome oder Ausweise zuständige Behörde ist die Gesundheitsdirektorenkonferenz (Liste des Bundesamtes für Berufsbildung und Technologie der reglementierten Berufe/Tätigkeiten in der Schweiz, Oktober 2011: www.bbt.admin.ch/ diploma).
Die Zuständigkeit der Gesundheitsdirektorenkonferenz ergibt sich aus der (revidierten) interkantonalen Vereinbarung vom 18. Februar 1993 über die Anerkennung von Ausbildungsabschlüssen. Diese regelt neben der Anerkennung kantonaler Ausbildungsabschlüsse in Anwendung nationalen und internationalen Rechts auch die Anerkennung ausländischer Ausbildungsabschlüsse (Art. 1 Abs. 1 und 2). Artikel 4 Abs. 1 legt fest, dass die Gesundheitsdirektorenkonferenz in ihrem Zuständigkeitsbereich Anerkennungsbehörde sei, sofern nicht der Bund zuständig ist. Letzteres ist in Bezug auf den Beruf des Osteopathen nicht der Fall (Anhang gemäss Art. 12ter Abs. 1). Entsprechend ist denn die Anerkennung von Ausbildungsabschlüssen (Diplomen) in Osteopathie, deren Ausbildungsgänge sie reglementiert und überwacht, auch gemäss Verordnung der Schweizerischen Sanitätsdirektorenkonferenz vom 20. November 1997 über die Anerkennung von ausländischen Ausbildungsabschlüssen der Gesundheitsdirektorenkonferenz übertragen (Art. 1 und Art. 3 Abs. 2, Anhang 2).
Aus dieser Regelung geht klar hervor, dass für die Anerkennung des hier in Frage stehenden Ausbildungsabschlusses die Gesundheitsdirektorenkonferenz zuständig ist. Die entsprechenden Anerkennungsentscheide können bei der Rekurskommission EDK/GDK angefochten werden (Art. 10 Abs. 2 der interkantonalen Vereinbarung).
3.2 Wie die Beschwerdeführerin bereits in ihrer Beschwerde an die Vorinstanz erklärt hat, bietet sie neben der berufsbegleitenden Ausbildung in Belgien seit über zehn Jahren auch eine Vollzeitausbildung zum Osteopathen an, wobei beide "qualitativ identisch" seien. Sie stellte jedoch auch klar, dass sie nicht die Anerkennung der Ausbildung verlange, sondern nur die Feststellung, dass diese den Erfordernissen des Prüfungsreglements entspreche.
3.3 Es geht der Beschwerdeführerin somit entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht um die formelle Anerkennung ihres Diploms, sondern um die Frage, ob jemand mit einer bestimmten Ausbildung zu den von der Prüfungskommission organisierten (schweizerischen) Prüfungen zugelassen wird. Dies betrifft nicht die förmliche Anerkennung der Ausbildung, sondern die Anwendung bzw. Auslegung des Prüfungsreglements, die in der Zuständigkeit der Prüfungskommission liegt. Die Beschwerdeführerin hat offensichtlich auch ein schutzwürdiges Interesse im Sinne von <ref-law> an der von ihr beantragten Feststellung, denn niemand besucht einen Ausbildungslehrgang, von dem er nicht weiss, ob er mit der erfolgreichen Absolvierung desselben schliesslich auch zur Prüfung zugelassen wird.
Die Prüfungskommission ist daher zu Recht auch materiell auf das Gesuch eingetreten. Diese materielle Beurteilung hätte die Vorinstanz somit überprüfen müssen. Indem sie dieser Prüfungspflicht nicht nachgekommen ist, ist ihr eine Rechtsverweigerung vorzuwerfen, weshalb ihr Entscheid aufzuheben und die Sache zur neuen bzw. materiellen Beurteilung an sie zurückzuweisen ist.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen gutzuheissen. Es werden keine Gerichtskosten erhoben (<ref-law>). Die Schweizerische Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektorinnen und -direktoren hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid der Rekurskommission EDK/GDK vom 11. April 2011 wird aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Schweizerische Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektorinnen und -direktoren hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und der Rekurskommission EDK/GDK schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Küng