A.- Der 1963 geborene K._ bezog ab 1. Februar 1992 eine ganze Invalidenrente. Mit Verfügung vom 22. April 1994 setzte die IV-Stelle Nidwalden diese auf eine halbe herab. Am 24. Juni 1996 ersuchte K._ um revisionsweise Erhöhung auf eine ganze Rente. Die IV-Stelle lehnte dieses Gesuch mit Verfügung vom 4. Dezember 1996 ab und hob zudem die halbe Rente auf Ende Januar 1997 auf. Eine daraufhin erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 11. August 1997 ab. Die hiegegen geführte Verwaltungsgerichtsbeschwerde hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 12. Juni 1998 in dem Sinne gut, dass es die Sache zu näheren Abklärungen an die IV-Stelle zurückwies.
Die IV-Stelle holte ein Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 5. Juli 1999 ein und lehnte die Ausrichtung einer Rente mit Verfügung vom 29. September 1999 erneut ab.
B.- Die dagegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 2. Oktober 2000 ab.
C.- K._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, es sei ihm ab 1. Juni 1996 eine ganze Invalidenrente auszurichten. Zudem ersucht er um unentgeltliche Verbeiständung.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherung sich nicht vernehmen lässt.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Versicherungsgericht hat die gesetzlichen Bestimmungen zum Rentenanspruch in der Invalidenversicherung (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG) und zur Rentenrevision (<ref-law>; <ref-law>) richtig dargelegt, worauf verwiesen wird.
2.- Streitig und zu prüfen ist der Invaliditätsgrad.
a) Die Vorinstanz stützte sich zur Begründung ihres Entscheides auf das Gutachten der MEDAS vom 5. Juli 1999, gemäss welchem der Beschwerdeführer aus orthopädischer, neurologischer und psychiatrischer Sicht in der zuletzt ausgeübten Tätigkeit als Bauhilfsarbeiter sowie in jeglicher anderen Hilfsarbeit zu 100 % einsatzfähig sei. Zwar bestehe gemäss einem vom Beschwerdeführer in Auftrag gegebenen psychiatrischen Privatgutachten von Dr. med.
H._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 11. März 2000 aus psychiatrischen Gründen eine Arbeitsunfähigkeit von 75 %. Das kantonale Gericht kam jedoch zum Schluss, dass nicht auf das Privatgutachten, sondern auf die Expertise der MEDAS abzustellen sei, weshalb es einen Rentenanspruch verneinte.
b) Dagegen lässt der Beschwerdeführer einwenden, laut Privatgutachten von Dr. H._ liege eine chronifizierte somatoforme Schmerzstörung mit Krankheitswert vor. Diese Expertise erscheine schlüssig und nachvollziehbar. Der psychiatrische Gutachter der MEDAS habe die selbe Diagnose gestellt und mute dem Beschwerdeführer heute keine Arbeit mehr zu. Er sehe indessen die Ursache für diese Arbeitsunfähigkeit in invaliditätsfremden Faktoren. Die Vorinstanz habe nicht schlüssig begründet, weshalb sie dem Gutachten der MEDAS den Vorzug gegeben habe. Es gehe nicht an, der Privatexpertise einzig deswegen nicht zu folgen, weil Dr.
H._ sich mit dem Beschwerdeführer in deutscher Sprache unterhalten habe, während die MEDAS eine Kroatin als Dolmetscherin beigezogen habe. Der Beschwerdeführer sei albanischer Muttersprache, und diese Sprache unterscheide sich stark von der kroatischen, weshalb die Verständigung bei der MEDAS nicht besser geklappt habe als bei Dr.
H._.
c) Nach Angaben der MEDAS konnte der untersuchende Psychiater lediglich eine somatoforme Schmerzstörung feststellen, welche die theoretische Arbeitsfähigkeit nicht einschränke. Übereinstimmend mit früheren psychiatrischen Berichten sei keine seelische Krankheit feststellbar, welche zu begründen vermöchte, weshalb der Beschwerdeführer den Wiedereinstieg ins Berufsleben nicht geschafft habe.
Demnach lasse sich die Erwerbslosigkeit weiterhin nicht psychiatrisch begründen. Die lange Abwesenheit vom Arbeitsmarkt und die schlechte soziokulturelle Integration liessen jedoch keine gute Prognose zu.
d) Demgegenüber diagnostiziert Dr. H._ in seinem Gutachten eine chronische anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10 F44. 4), eine dissoziative Bewegungs- und Sensibilitätsstörung (ICD-10 F44. 4/6) sowie eine narzisstische Persönlichkeitsstörung. Der Beschwerdeführer verfüge nicht über die intellektuellen oder psychosozialen Ressourcen, um von einer differenzierten therapeutischen Behandlung profitieren zu können. Die Schmerzsymptome engten sein ganzes soziales Umfeld sowie die berufliche und familiäre Situation ein. Diese Problematik sei "vollkommen chronifiziert". Selbst wenn eine Simulation angenommen würde, müsste diese im Rahmen einer schweren Persönlichkeitsstörung mit Krankheitswert interpretiert werden.
e) Zur Bedeutung des soziokulturellen Umfeldes bei der Invaliditätsbemessung hat sich das Eidgenössische Versicherungsgericht in dem zur Publikation in BGE 127 V vorgesehenen Urteil B. vom 5. Oktober 2001 (I 724/99) eingehend geäussert.
Demnach versichert <ref-law> zu Erwerbsunfähigkeit führende Gesundheitsschäden, worunter jedoch keine soziokulturellen Umstände zu verstehen sind. Zur Annahme einer Invalidität braucht es in jedem Fall ein medizinisches Substrat, das (fach)ärztlicherseits schlüssig festgestellt wird und nachgewiesenermassen die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit wesentlich beeinträchtigt. Je stärker psychosoziale oder soziokulturelle Faktoren im Einzelfall in den Vordergrund treten und das Beschwerdebild mitbestimmen, desto ausgeprägter muss eine fachärztlich festgestellte psychische Störung mit Krankheitswert vorhanden sein. Das bedeutet, dass das klinische Beschwerdebild nicht einzig in Beeinträchtigungen bestehen darf, welche von den belastenden soziokulturellen Faktoren herrühren, sondern davon psychiatrisch zu unterscheidende Befunde umfassen muss, zum Beispiel eine von depressiven Verstimmungszuständen klar unterscheidbare andauernde Depression im fachmedizinischen Sinne oder einen damit vergleichbaren psychischen Leidenszustand.
Solche von der soziokulturellen Belastungssituation unterscheidbare und in diesem Sinne verselbstständigte psychische Störungen mit Auswirkungen auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit sind unabdingbar, damit überhaupt von Invalidität gesprochen werden kann. Wo Gutachter dagegen im Wesentlichen nur Befunde erheben, welche in den psychosozialen und soziokulturellen Umständen ihre hinreichende Erklärung finden, gleichsam in ihnen aufgehen, ist kein invalidisierender psychischer Gesundheitsschaden gegeben (erwähntes Urteil B., Erw. 5a; vgl. AHI 2000 S. 153 Erw. 3).
Ist anderseits eine psychische Störung von Krankheitswert schlüssig erstellt, kommt der Frage zentrale Bedeutung zu, ob und inwiefern, allenfalls bei geeigneter therapeutischer Behandlung, von der versicherten Person trotz des Leidens willensmässig erwartet werden kann, dass sie arbeite und einem Erwerb nachgehe (Urteil B., Erw. 5a in fine mit Hinweisen).
f) Würde auf das Gutachten der MEDAS abgestellt, müsste eine Invalidität aus psychischen Gründen verneint werden.
Bei der Expertise von Dr. H._ ergäbe sich ein anderes Resultat. Dieser Arzt nennt drei psychiatrische Diagnosen (Erw. d hievor), die sich im Sinne der soeben dargelegten Rechtsprechung von der soziokulturellen Situation verselbstständigen lassen. Dass sich die - bereits von Dr. med. V._, Spezialarzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, im Bericht vom 13. Dezember 1993 und im Psychiatrischen Konsilium des MEDAS-Gutachtens vom 24. Mai 1991 erwähnte - Persönlichkeitsstörung im Laufe mehrerer Jahre chronifiziert habe, die psychischen Leiden nunmehr Krankheitswert aufwiesen und keiner Erfolg versprechenden Therapie mehr zugänglich seien, ist nicht von vornherein auszuschliessen. Demnach stehen sich mit dem Gutachten der MEDAS und demjenigen von Dr. H._ zwei Expertisen gegenüber, welche beide die psychischen Beschwerden in Kenntnis der Vorakten und auf Grund einer persönlichen Untersuchung des Versicherten eingehend abhandeln, an sich schlüssig und überzeugend erscheinen, jedoch zu unterschiedlichen Resultaten gelangen. Da beide Gutachten als gleichwertig einzustufen sind, sieht sich das Gericht ausserstande, ein Urteil zu fällen. Dass die Vorinstanz der Expertise der MEDAS wegen der bei der Untersuchung benützten Sprache den Vorzug gab, vermag nicht zu überzeugen. Es ist daher unumgänglich, ein Obergutachten einzuholen, welches sich zu den psychischen Leiden des Beschwerdeführers und insbesondere zu den Widersprüchen zwischen den zwei erwähnten Expertisen äussert. Zu diesem Zweck wird die Sache an das kantonale Gericht zurückgewiesen, welches das erwähnte Gutachten unter Wahrung des rechtlichen Gehörs einholen und hernach über die Beschwerde des Versicherten erneut befinden wird.
3.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Nidwalden vom 2. Oktober 2000
aufgehoben und die Sache an dieses zurückgewiesen
wird, damit es im Sinne der Erwägungen verfahre.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle Nidwalden hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich
Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, der Ausgleichskasse des Schweizerischen Baumeisterverbandes und dem Bundesamt
für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 26. Oktober 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: