Sachverhalt:
A. Die 1957 geborene O._ war als Heimleiterin des Alters- und Pflegeheims X._ bei den Elvia Versicherungen (heute: Allianz Suisse Versicherungen, nachstehend: die Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 5. Januar 2001 als Fussgängerin beim Überqueren eines Fussgängerstreifens von einem Auto angefahren und auf dessen Kühlerhaube geschleudert wurde. Das Spital Y._, in welches die Versicherte noch am Unfalltag gebracht wurde, diagnostizierte eine Commotio cerebri, ein HWS-Distorsionstrauma und multiple Kontusionen. Die Unfallversicherung anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Die Versicherte konnte am 11. Juni 2001 ihre bisherige Arbeit wieder aufnehmen, wobei sie sich aber nach eigenen Angaben bei gewissen Tätigkeiten schonte. Ab dem 13. März 2002 musste sie indessen ihre Arbeit im Alters- und Pflegeheim wieder niederlegen. Nach medizinischen Abklärungen sprach die Allianz der Versicherten mit Verfügung vom 3. April 2007 und Einspracheentscheid vom 13. Mai 2008 für die Zeit zwischen 13. März 2002 und 30. September 2006 Taggeldleistungen bei einem versicherten Tagesverdienst von Fr. 23.- zu; gleichzeitig verneinte sie einen Leistungsanspruch über den 30. Juni 2006 hinaus, da die anhaltend geklagten Beschwerden nicht mehr adäquat kausal durch das Unfallereignis vom 5. Januar 2001 verursacht worden seien.
B. Die von O._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 6. Januar 2010 in dem Sinne teilweise gut, als es die Sache betreffend der Höhe des für die Taggelder in der Zeit zwischen dem 13. März 2002 und dem 30. September 2006 massgebenden versicherten Verdienstes zu weiteren Abklärungen und anschliessendem erneuten Entscheid an die Allianz zurückwies. Im Übrigen, insbesondere die Leistungseinstellung auf den 30. September 2006 betreffend, wurde die Beschwerde abgewiesen, soweit das kantonale Gericht auf sie eintrat.
C. Mit Beschwerde beantragt die Allianz, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihr Einspracheentscheid vom 13. Mai 2008 zu bestätigen.
Während O._ auf Nichteintreten, eventuell Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das BGG unterscheidet in Art. 90 bis 93 zwischen End-, Teil- sowie Vor- und Zwischenentscheiden und schafft damit eine für alle Verfahren einheitliche Terminologie. Ein Endentscheid ist ein Entscheid, der das Verfahren prozessual abschliesst (<ref-law>), sei dies mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten, z.B. mangels Zuständigkeit. Der Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive und subjektive Klagehäufung) abschliessend befunden. Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiellrechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren. Vor- und Zwischenentscheide sind alle Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheid sind; sie können formell- und materiellrechtlicher Natur sein. Voraussetzung für die selbstständige Anfechtbarkeit materiellrechtlicher Zwischenentscheide ist gemäss <ref-law> zunächst, dass sie selbstständig eröffnet worden sind. Erforderlich ist sodann alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gut zu machenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Bezüglich des Taggeldanspruches fällte die Vorinstanz einen Zwischenentscheid: Sie stellte fest, der von der Beschwerdeführerin angenommene versicherte Verdienst sei klar zu tief, hob den Einspracheentscheid diesbezüglich auf und wies die Sache zu weiteren Abklärungen an die Allianz zurück. Hätte der vorinstanzliche Entscheid Bestand, so wäre die Versicherung gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige, leistungszusprechende Verfügung zu erlassen. Diese könnte sie in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, den allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrigen Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung führen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.). Auf ihre Beschwerde ist demnach einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Streitig ist der Taggeldanspruch in der Zeit zwischen 13. März 2002 und dem 30. September 2006. Während die Vorinstanz erwogen hat, die Beschwerdeführerin sei von einem zu tiefen versicherten Verdienst ausgegangen und die Sache zu weiteren Abklärungen betreffend dessen Höhe an die Versicherung zurückwies, bringt diese vor, bei richtiger Betrachtungsweise wäre in dieser Zeit gar kein Taggeld geschuldet gewesen, weshalb sich die korrekte Ermittlung des massgebenden Verdienstes erübrige.
4. 4.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin am 5. Januar 2001 als Fussgängerin von einem Personenwagen angefahren werden. Die geklagten Beschwerden waren spätestens ab dem 5. Juni 2001 nicht mehr auf im Sinne der Rechtsprechung (vgl. Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008 E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen) organisch hinreichend nachweisbare Verletzungen zurückzuführen. Rechtsprechungsgemäss hat die Unfallversicherung auch für die Folgen solcher Beschwerden so lange Taggeld- und Heilbehandlungsleistungen zu erbringen, als diese natürlich kausal durch das Unfallereignis verursacht worden sind und von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes der versicherten Person erwartet werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 113 f. mit weiteren Hinweisen; Urteil 8C_817/2007 vom 11. Dezember 2008 E. 5.3). An diesem Grundsatz hat auch das kürzlich ergangene Urteil 9C_510/2009 vom 30. August 2010 nichts geändert.
4. 4.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin am 5. Januar 2001 als Fussgängerin von einem Personenwagen angefahren werden. Die geklagten Beschwerden waren spätestens ab dem 5. Juni 2001 nicht mehr auf im Sinne der Rechtsprechung (vgl. Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008 E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen) organisch hinreichend nachweisbare Verletzungen zurückzuführen. Rechtsprechungsgemäss hat die Unfallversicherung auch für die Folgen solcher Beschwerden so lange Taggeld- und Heilbehandlungsleistungen zu erbringen, als diese natürlich kausal durch das Unfallereignis verursacht worden sind und von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes der versicherten Person erwartet werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 113 f. mit weiteren Hinweisen; Urteil 8C_817/2007 vom 11. Dezember 2008 E. 5.3). An diesem Grundsatz hat auch das kürzlich ergangene Urteil 9C_510/2009 vom 30. August 2010 nichts geändert.
4.2 4.2.1 Die Beschwerdeführerin anerkennt die natürliche Kausalität zwischen dem Unfallereignis vom 5. Januar 2001 und den zwischen dem 13. März 2002 und dem 30. September 2006 geklagten Beschwerden. Sie bringt allerdings vor, seit spätestens Juni 2001 sei von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung mehr zu erwarten gewesen, weshalb bei richtiger Betrachtungsweise bereits auf diesen Zeitpunkt hin eine Adäquanzprüfung hätte vorgenommen werden müssen und, da diese negativ ausfalle, die vorübergehenden Leistungen bereits auf dieses Datum hin hätten eingestellt werden müssen.
4.2.2 Der behandelnde Arzt der Versicherten, Dr. med. S._, FMH Innere Medizin, teilte der Beschwerdeführerin am 5. Juni 2001 mit, die Behandlung abgeschlossen zu haben. Eine vollständige Wiederaufnahme der Arbeit sei auf den 11. Juni 2001 vorgesehen. Zusätzlich merkte er an: "äusserst erfreulicher Verlauf nach initial schwerem Bild!". Am 31. August 2001 bestätigte die Versicherte gegenüber dem Schadeninspektor der Beschwerdeführerin, die Arbeit am 11. Juni 2001 wieder voll aufgenommen zu haben, wobei sie sich bei gewissen Arbeiten weiterhin schone. Es seien noch Restbeschwerden vorhanden; aufgrund der laufenden Therapie sei die Prognose jedoch als gut zu bezeichnen. Man einigte sich darauf, den Fall bis Ende Jahr (2001) pendent zu halten. In seinem Bericht vom 4. Juni 2002 bescheinigte Dr. med. S._ der Versicherten ab 13. März 2002 eine volle, ab 8. April 2002 eine 50 %-ige Arbeitsunfähigkeit. Gegenüber dem Schadeninspektor hielt die Versicherte am 19. Juni 2002 fest, auch nach Juni 2001 nie völlig beschwerdefrei gewesen zu sein. In seinem Gutachten vom 2. November 2004 attestiert Dr. med. W._, der Beschwerdegegnerin eine durchgehende 100 %-ige Arbeitsunfähigkeit seit dem Unfall; der Einsatz zwischen Juni 2001 und März 2002 sei als gescheiterter Arbeitsversuch zu betrachten.
4.2.3 Auch wenn, wie das kantonale Gericht zutreffend erwogen hat, das Gutachten von Dr. med. W._ in Bezug auf die Höhe der Arbeitsunfähigkeit nicht vollständig nachvollziehbar ist, so ist doch aufgrund der Aktenlage davon auszugehen, dass Dr. med. S._ am 5. Juni 2001 den Gesundheitszustand der Versicherten zu optimistisch einschätzte. Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin war der Gesundheitszustand der Versicherten zu jenem Zeitpunkt noch nicht stabil - von der Fortsetzung der Behandlung war weiterhin eine namhafte Besserung des Zustandes zu erwarten. Somit erweist es sich auch nachträglich betrachtet als richtig, dass der Fall pendent gehalten und nicht unter Prüfung der Adäquanz bereits im Juni 2001 abgeschlossen wurde. Daraus folgt wiederum, dass die Allianz der Versicherten in ihrer Verfügung vom 3. April 2007 zu Recht ein Taggeld für die Zeit nach der erneuten Verschlechterung zusprach.
4.3 Ist für die Zeit wischen 13. März 2002 und 30. September 2006 ein Taggeld geschuldet, so ist dieses nach dem versicherten Verdienst zu bemessen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen zu dessen Berechnung nicht auseinander, so dass die Beschwerde ohne weiteres abzuweisen ist.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Sie hat der Beschwerdegegnerin überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. Oktober 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer