Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Hinwil verurteilte X._ am 12. Mai 2005 u.a. wegen mehrfachen Diebstahls und mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern zu einer unbedingten Gefängnisstrafe von 18 Monaten. X._ verbüsste diese Strafe zusammen mit diversen anderen Freiheitsstrafen im Umfang von insgesamt 46 Monaten und 16 Tagen in der Strafanstalt Saxerriet seit dem 2. Juli 2004. Am 16. August 2007 entliess ihn das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich per 12. September 2007 bedingt aus dem Strafvollzug bei einer der Reststrafe entsprechenden Probezeit von 645 Tagen bis 18. Juni 2009.
Am Tag der bedingten Entlassung wurde X._ wegen Verdachts auf sexuelle Handlungen mit einem Kind vorübergehend in Untersuchungshaft genommen. Das Kreisgericht Obertoggenburg-Neutoggenburg verurteilte ihn am 11. September 2008 wegen mehrfacher sexueller Handlungen mit einem Kind und mehrfacher Schändung zu einer Freiheitsstrafe von dreieinhalb Jahren, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Bezirksgerichts Hinwil vom 12. Mai 2005. Das Kantonsgericht St. Gallen wies die dagegen gerichtete Berufung am 8. Juni 2010 ab. Die kantonalen Gerichte hielten für erstellt, dass X._ seine Tochter während des Strafvollzugs anlässlich von Hafturlauben zwischen dem 12. September 2004 und dem 2. November 2006 mehrfach sexuell missbrauchte. Das Bundesgericht wies die von X._ dagegen erhobene Beschwerde am 14. April 2011 ab (Verfahren 6B_793/2010).
Am 25. Mai 2011 verurteilte das Bezirksgericht Hinwil X._ u.a. wegen mehrfachen Diebstahls, begangen von April bis August 2010, zu einer Freiheitsstrafe von 9 Monaten, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 8. Juni 2010.
X._ verbüsst derzeit die Freiheitsstrafen gemäss den Urteilen des Kantonsgerichts St. Gallen vom 8. Juni 2010 und des Bezirksgerichts Hinwil vom 25. Mai 2011 (vgl. Verfahren 6B_715/2014).
B.
Am 11. September 2013 widerrief das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich die bedingte Entlassung vom 16. August 2007 und ordnete den Vollzug der Reststrafe von 645 Tagen an.
Den dagegen erhobenen Rekurs von X._ hiess die Justizdirektion des Kantons Zürich am 6. Februar 2014 teilweise gut. Sie bestätigte den Widerruf der bedingten Entlassung, hob den Entscheid des Amts für Justizvollzug aber insofern auf, als damit der Vollzug der Reststrafe angeordnet wurde.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die dagegen gerichtete Beschwerde am 28. Juli 2014 teilweise gut, soweit es darauf eintrat. In Abänderung des Entscheids vom 6. Februar 2014 verpflichtete es die Justizdirektion, den Rechtsvertreter von X._ für seine Bemühungen mit Fr. 3'819.90 aus der Staatskasse zu entschädigen. Im Übrigen wies es die Beschwerde in Bestätigung des Entscheids der Justizdirektion ab.
C.
X._ wendete sich mit einer übermässig weitschweifigen Beschwerde an das Bundesgericht. Mit Verfügung des Instruktionsrichters vom 8. Oktober 2014 wurde er zu deren Verbesserung aufgefordert. Am 13. Dezember 2014 reichte er fristgerecht eine verbesserte Beschwerdeeingabe ein. Er beantragt im Wesentlichen, es sei vom Widerruf der bedingten Entlassung abzusehen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht überdies um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Amt für Justizvollzug schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
Das Verfahren vor Bundesgericht ist grundsätzlich schriftlich (Art. 58 Abs. 2 und Art. 102 BGG). Eine mündliche Parteiverhandlung findet nur ausnahmsweise statt (<ref-law>). Dass und weshalb vorliegend nach übergeordnetem Recht die Durchführung einer mündlichen und parteiöffentlichen Verhandlung geboten wäre, wird vom Beschwerdeführer nicht dargetan und ist auch nicht ersichtlich. Die Sache kann aufgrund der Akten entschieden werden. Der Beschwerdeführer hat seinen Standpunkt in seiner Rechtsschrift ausführlich aufgezeigt.
2.
2.1. Die Vorinstanz bestätigt den Widerruf der bedingten Entlassung. Sie stützt sich auf die allgemeinen Grundsätze des Verwaltungsrechts zum Widerruf von Verwaltungsakten. Die Verfügung vom 16. August 2007 sei ursprünglich fehlerhaft. Sie beruhe auf einer falschen Sachverhaltsfeststellung. Bei Kenntnis der Straftaten, welche der Beschwerdeführer anlässlich seiner Hafturlaube während des Strafvollzugs begangen habe, wäre ihm keine günstige Legalprognose gestellt und er nicht bedingt entlassen worden. Der Beschwerdeführer habe um die Fehlerhaftigkeit der Verfügung gewusst. Die begangenen Straftaten seien schwer und die betroffenen Rechtsgüter hochwertig. Nicht massgebend sei, dass bis zum Widerruf der bedingten Entlassung vom 11. September 2013 mehr als sechs Jahre vergangen seien. Die Interessen am Vollzug der Reststrafe seien höher zu gewichten als die Interessen des Beschwerdeführers an einer früheren Entlassung (Urteil, S. 20 ff.).
2.2. Der Beschwerdeführer erhebt eine Vielzahl von Rügen der Verletzung von Verfassungs- und Gesetzesrecht. Er macht insbesondere geltend, die Vorinstanz verstosse gegen <ref-law>, missachte das Willkürverbot, den Grundsatz von Treu und Glauben, den Vertrauensschutz sowie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Überdies sei das Rechtsverzögerungsverbot verletzt. Unter anderem bringt er vor, dass ein Widerruf der bedingten Entlassung nach über sechs Jahren seit Erlass der ursprünglichen Verfügung nicht mehr zulässig sei. Der Beschwerdegegner habe die Frist zur Rekurseinreichung gegen die Verfügung vom 16. August 2007, die allfällig anwendbare 90-tägige Frist zur Einreichung eines Revisionsgesuchs sowie die dreijährige Maximalfrist nach Ablauf der Probezeit gemäss <ref-law> ungenutzt verstreichen lassen.
3.
3.1. Gemäss <ref-law> ist der Gefangene, der zwei Drittel seiner Strafe, mindestens aber drei Monate verbüsst hat, durch die zuständige Behörde bedingt zu entlassen, wenn es sein Verhalten im Strafvollzug rechtfertigt und nicht anzunehmen ist, er werde weitere Verbrechen oder Vergehen begehen. Dem bedingt Entlassenen wird eine Probezeit auferlegt, deren Dauer dem Strafrest entspricht. Sie beträgt jedoch mindestens ein Jahr und höchstens fünf Jahre (<ref-law>). Begeht der bedingt Entlassene während der Probezeit ein Verbrechen oder Vergehen, so ordnet das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht die Rückversetzung an (<ref-law>).
3.2. Nach dem klaren Wortlaut von <ref-law> kann eine neue Straftat nur dann zum Widerruf der bedingten Entlassung und zur Rückversetzung in den Strafvollzug führen, wenn sie in die Probezeit fällt. Für Taten, die vor Beginn oder nach Ablauf der Probezeit verübt wurden, enthält <ref-law> keine Regelung. Das geltende Recht beschränkt den Widerruf wegen erneuter Straffälligkeit somit ausschliesslich auf Straftaten, die innerhalb der dem bedingt Entlassenen auferlegten Bewährungszeit liegen. Ein Widerruf nach <ref-law> kommt mit anderen Worten nicht in Betracht, wenn der bedingt Entlassene ausserhalb des massgebenden Zeitraums der Probezeit straffällig wird.
3.3. Der Beschwerdeführer beging die Straftaten, welche Anlass zum Widerruf der bedingten Entlassung vom 6. August 2007 gaben, nicht während der ihm auferlegten Probezeit, sondern anlässlich von Hafturlauben während des Strafvollzugs zwischen dem 12. September 2004 und dem 2. November 2006. Es geht hier folglich nicht um ein zu sanktionierendes Bewährungsversagen während des massgebenden Zeitraums der Probezeit und damit offensichtlich nicht um einen Widerruf der bedingten Entlassung im Sinne von <ref-law>. Die Vorinstanz stellt sich unter diesen Umständen grundsätzlich zu Recht auf den Standpunkt, dass die für den Widerruf der bedingten Entlassung massgebenden Bestimmungen im StGB nicht zur Anwendung kommen (Urteil, S. 20 f.).
3.4.
3.4.1. Der Sache nach geht es vorliegend um die Frage der Zulässigkeit des Widerrufs einer als ursprünglich fehlerhaft erkannten Verfügung. Nach dem Dafürhalten der Vorinstanz wäre der Beschwerdeführer nicht bedingt entlassen worden, wenn man im Verfügungszeitpunkt um seine Straftaten gewusst hätte, die er während des Strafvollzugs verübte. Damit lägen revisionsähnliche Gründe vor, die es auch ohne ausdrückliche Gesetzesregelung erlaubten, auf die zu Unrecht gewährte bedingte Entlassung zurückzukommen. Dass bis zum Widerruf der bedingten Entlassung vom 11. September 2013 mehr als sechs Jahre vergangen seien, stehe einer Rücknahme der Verfügung nicht entgegen (Urteil, S. 22 ff.).
3.4.2. Verfügungen werden nach unbenutztem Ablauf der Rechtsmittelfrist oder nach Abschluss des Rechtsmittelverfahrens formell rechtskräftig und damit grundsätzlich unabänderlich. Nach Lehre und Rechtsprechung des Bundesgerichts kann auf eine als materiell fehlerhaft erkannte Verfügung dennoch insbesondere wegen unrichtiger Sachverhaltsfeststellung, fehlerhafter Rechtsanwendung oder nachträglicher Änderung der Sach- oder Rechtslage zurückgekommen werden, sofern wichtige öffentliche Interessen berührt sind. Fehlen positivrechtliche Bestimmungen über die Möglichkeit einer Änderung einer Verfügung, so ist darüber anhand einer Interessenabwägung zu befinden, bei welcher das Interesse an der richtigen Anwendung des objektiven Rechts dem Interesse am Vertrauensschutz gegenüberzustellen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 ff.; <ref-ruling> E. 7a; <ref-ruling> E. 2b-c; siehe ANNETTE GUCKELBERGER, Der Widerruf von Verfügungen im schweizerischen Verwaltungsrecht, ZBl 6/2007 S. 293 ff.; KÖLZ/HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3. Aufl. 2013, Rz. 712; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, Rz. 994 ff. und Rz. 997 ff.; TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl. 2009, S. 287).
3.4.3. Die Vorinstanz stützt ihre Entscheidung auf diese Grundsätze. Beim Widerruf einer Verfügung über die bedingte Entlassung handelt es sich indessen nicht um eine reine Administrativmassnahme. Es geht um die Strafvollstreckung, wobei über die für den Betroffenen folgenschwere Frage entschieden wird, ob ihm die Freiheit erneut entzogen wird und er die Strafe doch noch verbüssen muss. Es geht damit um schwerwiegende Eingriffe in das Grundrecht der persönlichen Freiheit. Ob vor diesem Hintergrund ein Widerruf der bedingten Entlassung auf der Grundlage von allgemeinen verwaltungsrechtlichen Prinzipien überhaupt zulässig ist bzw. insofern nicht vielmehr eine ausdrückliche Gesetzesgrundlage mit expliziter Verfahrensregelung notwendig wäre, ist fraglich, kann hier allerdings offenbleiben, weil sich der zu beurteilende Verfügungswiderruf aus dem nachfolgenden Grund als unzulässig erweist.
3.4.4. Der Widerruf einer Verfügung, gestützt auf welche ein Verurteilter bedingt entlassen wird, hat weitreichende Konsequenzen. Er führt wie der Widerruf einer bedingten Entlassung nach <ref-law> im Ergebnis zu einer Rückversetzung in den Strafvollzug. Der Betroffene ist mit einem erneuten Freiheitsentzug konfrontiert. Im Hinblick auf die Bedeutung des Entscheids für den Betroffenen ist ein Widerruf daher nicht unbeschränkt zuzulassen, es sind ihm vielmehr feste zeitliche Grenzen zu setzen. Das legen Rechtssicherheitserwägungen und Vertrauensschutzgesichtspunkte, aber auch Überlegungen zum Legalitäts- und Verhältnismässigkeitsprinzip nahe. Der Betroffene soll nicht über Gebühr mit der Ungewissheit eines Widerrufs belastet bleiben. Es ist darüber sobald wie möglich innerhalb eines bestimmten Zeitraums zu entscheiden. Angesichts derselben einschneidenden Konsequenzen, die ein Verfügungswiderruf und ein Widerruf der bedingten Entlassung nach <ref-law> zur Folge haben, rechtfertigt es sich deshalb, die Fristenregelung, wie sie das StGB für den Widerruf bzw. die Rückversetzung in den Strafvollzug vorsieht, analog anzuwenden.
3.4.5. Das StGB in der Fassung von 1937 hat die Rückversetzung in den Strafvollzug zeitlich unbeschränkt zugelassen. Aufgrund der daraus sich ergebenden offenkundigen Härten für die Betroffenen hat die Teilrevision von 1971 die Möglichkeit des Widerrufs auf eine Maximalfrist von 5 Jahren seit Ablauf der Probezeit beschränkt. Die jetzige Revision des StGB hat diese Zeit auf drei Jahre verkürzt (<ref-law>; vgl. Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, Strafen und Massnahmen, 2. Aufl. 2006, § 4 Rz. 92; Cornelia Koller, in Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. Aufl. 2013, Art. 89 Rz. 8; vgl. auch <ref-law>, welcher für den Widerruf des bedingten Strafvollzugs die gleiche Fristenregelung kennt).
3.4.6. Der Widerruf einer Verfügung, mit welcher einem Verurteilten die bedingte Entlassung gewährt wird, hat sich somit an der zeitlichen Grenze von <ref-law> zu orientieren (vgl. zur Anwendbarkeit der Bestimmungen des neuen Rechts über das Vollzugsregime für Täter, die nach bisherigem Recht verurteilt wurden: <ref-ruling> E. 2.1; Urteil 6B_303/2007 vom 6. Dezember 2007; <ref-law> und Ziff. 1 Abs. 3 der Schlussbestimmungen der Änderungen vom 13. Dezember 2002). Danach kommt ein Widerruf bzw. eine Rückversetzung in den Strafvollzug drei Jahre nach Ablauf der Probezeit nicht mehr in Frage. In diesem Zeitraum muss ein entsprechender Entscheid vorliegen, andernfalls ein Widerruf unzulässig wird (vgl. <ref-ruling> E. 5b). Es handelt sich dabei um einen Zeitraum, welcher ausreichend Gelegenheit zur Korrektur einer als ursprünglich fehlerhaft eingestuften Verfügung gibt. Diese zeitliche Grenze wurde vorliegend nicht eingehalten. Die dem Beschwerdeführer mit der Entlassungsverfügung vom 16. August 2007 auferlegte Probezeit von 645 Tagen endete am 18. Juni 2009. Gestützt auf die analog anwendbare Fristenregelung von <ref-law> war ein Widerruf folglich bis am 18. Juni 2012 möglich und zulässig. Der Beschwerdegegner kam erst am 11. September 2013 auf seine Verfügung betreffend bedingte Entlassung zurück. Weshalb er mit dem Widerruf derart lange zuwartete, ist nicht ersichtlich. Das Strafverfahren, welches wegen der während des Strafvollzugs begangenen Straftaten des Beschwerdeführers durchgeführt wurde, war in diesem Zeitpunkt bereits rechtskräftig abgeschlossen (vgl. Urteil 6B_793/2010 vom 14. April 2011). Dass der Beschwerdegegner davon keine Kenntnis gehabt hat, stellt die Vorinstanz nicht fest. Sie geht im Gegenteil davon aus, dieser habe nach Eintritt der Rechtskraft der Verurteilung ungerechtfertigterweise zwei Jahre bis zum Widerruf verstreichen lassen, und wirft ihm insofern eine Rechtsverzögerung vor (vgl. Urteil, S. 26). Die Entscheidung über den Widerruf wurde damit ungebührlich lange hinausgezögert und erfolgte (zudem) nicht innerhalb des massgebenden Zeitraums von drei Jahren seit Ablauf der Probezeit. Der Widerruf der bedingten Entlassung erweist sich daher als bundesrechtswidrig.
4.
Die Beschwerde ist gutzuheissen und das Urteil aufzuheben. Bei diesem Verfahrensausgang erübrigt es sich, auf die weiteren Rügen einzugehen. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Damit wird sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Praxisgemäss ist die Entschädigung dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. Juli 2014 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Daniel Kaiser, für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2015
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill