Faits:
A.
La société Société X._ SA (ci-après: la Société), dont le siège social est à A._, a pour but l'exploitation d'un café-restaurant, d'un casino à gain, d'un dancing et d'une discothèque. B._ (ci-après: l'administrateur) en est l'actionnaire et l'administrateur unique.
La Société est propriétaire d'un bâtiment abritant une discothèque, le C._, qu'elle loue à B._. Ce dernier sous-loue à son tour le local à un exploitant.
B.
En septembre 2010, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a procédé à un contrôle des comptes des exercices 2006 à 2009 de la Société. Le rapport d'expertise du 7 février 2011 établi à la suite de ce contrôle préconisait d'effectuer des reprises pour un montant total de 415'000 fr. Les reprises effectuées correspondaient à la différence entre les revenus locatifs nets perçus par B._ pour la sous-location de l'immeuble et les locations versées par ce dernier à la Société.
Dans ses bordereaux du 11 mai 2011 portant sur l'IFD et l'ICC, la Commission d'impôt des personnes morales du canton du Valais (ci-après: la Commission d'impôt) a suivi les conclusions du rapport d'expertise. Elle a fixé les reprises à 47'000 fr. pour 2006, 68'000 fr. pour 2007, 108'000 fr. pour 2008 et 192'000 fr. pour 2009, sur la base des calculs suivants:
2006 2007 2008 2009 Locations encaissées de l'exploitation 162'354 fr. 166'465 fr. 166'500 fr. 251'202 fr. à déduire: Conciergerie - 3'000 fr. Réparation - 14'545 fr. - 11'560 fr. - 2'169 fr. - 4'318 fr. Achats matériels - 2'118 fr. - 4'911 fr. Assurance - 159 fr. - 1'442 fr. ESR A._ - 34'807 fr. - 10'295 fr. - 10'777 fr. - 12'877 fr. Honoraires juridiques - 16'000 fr. Part aux frais généraux et mise à disposition de l'immobilier - 5'884 fr. - 5'610 fr. - 5'484 fr. - 5'566 fr. Revenu locatif net de B._ 102'000 fr. 123'000 fr. 143'000 fr. 227'000 fr. Locations versées à Société X._ SA 55'000 fr. 55'000 fr. 35'000 fr. 35'000 fr. Différence 47'000 fr. 68'000 fr. 108'000 fr. 192'000 fr.
Par décision du 28 octobre 2011, la Commission d'impôt a partiellement admis la réclamation de la Société, en ce sens qu'elle a accepté une réduction annuelle de 6'000 fr. sur les reprises pour tenir compte des honoraires d'administrateur de B._. Elle a calculé le bénéfice imposable sur cette base.
La Société a recouru contre cette décision auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours), en concluant à l'annulation des reprises à l'exception d'un montant de 20'000 fr. pour les années 2008 et 2009.
Par décision du 26 septembre 2012, la Commission de recours a partiellement admis le recours tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal. Elle a confirmé l'existence d'un cas de distribution dissimulée de bénéfices. Les juges ont en revanche considéré qu'il convenait de tenir compte du fait que la location de B._ à l'exploitant comprenait aussi bien des objets mobiliers que des places de parc appartenant à l'administrateur. Pour ce faire, la Commission de recours a diminué les reprises retenues dans le rapport d'expertise d'un montant équivalant au 25 % du loyer global. Tenant compte en outre des honoraires de l'administrateur fixés à 6'000 fr. par année, la Commission de recours a arrêté le montant des reprises à 400 fr. pour 2006, 20'400 fr. pour 2007, 60'400 fr. pour 2008 et 117'800 fr. pour 2009. Ensuite de ces nouveaux calculs, le bénéfice net imposable de la Société au titre de l'impôt fédéral direct et de l'impôt cantonal et communal a été fixé à - 89'647 fr. pour 2006, - 64'007 fr. pour 2007, 6'582 fr. pour 2008 et 126'446 fr. pour 2009.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Société X._ SA demande au Tribunal fédéral de réformer partiellement l'arrêt attaqué en ce sens que les prestations à l'actionnaire sont réduites à 0 fr. pour les exercices 2006 et 2007 et se montent à 20'000 fr. pour les exercices 2008 et 2009. La Société conclut à ce que les décisions de taxation soient revues en conséquence. Subsidiairement, elle demande l'annulation de la décision et le renvoi à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens de ses conclusions.
Le Service cantonal propose de rejeter le recours sous suite de frais. La Commission de recours renonce à déposer des observations et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie à la décision attaquée. La recourante a déposé des observations complémentaires.

Considérant en droit:
1.
La Commission de recours a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir, dans son recours au Tribunal fédéral, formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.).
Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues lorsque l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal sont en jeu, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers (causes 2C_60/2013 et 2C_61/2013). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [RS 273]).
2.
2.1. L'arrêt attaqué concerne le calcul du bénéfice imposable de la Société durant les périodes fiscales 2006 à 2009. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. S'agissant des impôts cantonal et communal, l'imposition du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'<ref-law>.
2.2. Au surplus, déposé en temps utile (cf. <ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 et art. 219bis al. 1 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF; RS/VS 642.1]). Par ailleurs, il a été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. <ref-law>). Il convient donc en principe d'entrer en matière.
3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (<ref-law>). Toutefois, à moins que la décision attaquée ne contienne des vices juridiques manifestes, il s'en tient aux arguments juridiques soulevés dans le recours (cf. art. 42 al. 1 et 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 105).
I. Griefs concernant les faits
4.
La recourante se plaint à plusieurs reprises, à différents endroits de son mémoire, d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, le recourant ne peut critiquer les constatations des faits que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law> qui autorise également le Tribunal fédéral à compléter ou rectifier d'office l'état de fait à ces conditions) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Le grief tiré de la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'<ref-law> revient à démontrer que celui-ci a été établi de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 450).
L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables, ce qu'il appartient au recourant de démontrer (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62).
Le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits est en effet soumis à des règles de motivation accrues (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 3 p. 104; <ref-ruling> consid 1.4 et 1.5 p. 400; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254 s.).
4.2. La recourante soutient que l'autorité cantonale aurait procédé à une appréciation arbitraire des preuves en déduisant de l'absence de contrat de bail écrit entre la Société et son administrateur un indice révélant un caractère inhabituel de la prestation, ce qui confirmerait le bien-fondé des reprises. L'arrêt attaqué se limite toutefois à constater que la recourante n'a pas fourni de contrat écrit passé entre la Société et son administrateur, ce que la recourante ne conteste pas. Les juges ont tenu compte de cet élément, parmi d'autres, pour démontrer que la recourante n'avait pas fourni d'explications, malgré leur demande, sur la construction juridique mise en place avec son administrateur en relation avec le bail conclu avec ce dernier et la sous-location subséquente. Dès lors qu'un contrat écrit aurait permis d'éclaircir notamment l'étendue de l'objet loué et les engagements des parties, on ne voit pas qu'en soulignant l'absence de production d'un tel document écrit l'autorité cantonale soit tombée dans l'arbitraire.
4.3. La recourante fait grief à l'instance précédente de n'avoir pas tenu compte de ses explications au sujet de l'évolution du montant du loyer exigé de B._, qui a été ramené de 130'000 fr. à 55'000 fr. dès 2006. Elle explique que la réduction fait suite à une décision de l'Etat du Valais n'autorisant l'exploitation de locaux que comme discothèque, et non plus comme cabaret. Cette décision aurait entraîné une baisse de rendement très importante pour les établissements concernés. Il appartenait cependant à la recourante d'invoquer l'arbitraire et de démontrer, par une motivation circonstanciée, en quoi la Commission de recours n'a pas tenu compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier sa décision. Au demeurant, on comprend mal comment cette baisse de rendement en 2006, qui, selon la recourante, justifiait désormais que B._ lui verse un loyer de 55'000 fr., permet d'expliquer qu'un exploitant ait pu accepter de louer ces mêmes locaux au montant de plus de 162'000 fr. en 2006, même en tenant compte du mobilier et de places de parc mis directement à disposition par l'administrateur.
4.4. Pour autant qu'on puisse la comprendre, la recourante semble aussi reprocher à l'instance précédente d'avoir retenu que l'administrateur a pris en charge d'importants frais d'énergie, alors que ce fait ne trouverait " aucun ancrage dans le dossier " (cf. mémoire de recours p. 5). L'arrêt cantonal mentionne certes ce point, tout en relevant que le contrat de sous-location met expressément les frais d'énergie à charge du sous-locataire. La recourante se contente toutefois d'invoquer l'arbitraire sans expliquer en quoi la correction du vice dans le sens qu'elle propose serait susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce qui rend le grief irrecevable.
4.5. La recourante conteste l'assertion de la Commission de recours selon laquelle il serait " possible " que certaines factures se rapportent non au C._, mais à un établissement adjacent appelé le " D._ ". Il ressort de l'arrêt attaqué que l'administrateur exploite les deux établissements, ce que la recourante ne conteste pas. Or, comme l'a relevé l'autorité précédente, aussi bien le " C._ " que le " D._ " peuvent générer des frais d'entretien et de réparation. Dans ces conditions, il appartenait à la recourante de démontrer que les factures produites se rapportaient bien au C._, et non à l'établissement voisin, ce qu'elle n'a pas fait. Partant, on ne voit pas qu'en soulignant le risque de confusion des factures l'autorité serait tombée dans l'arbitraire.
4.6. La recourante se plaint ensuite de ce que la Commission de recours se serait arbitrairement fondée sur les chiffres retenus par l'expertise. Elle ne développe toutefois aucune argumentation expliquant précisément en quoi l'instance précédente aurait fait preuve d'arbitraire en retenant ces chiffres, mais se contente de se référer à l'argumentation soutenue en instance cantonale, ce qui ne suffit pas à démontrer l'arbitraire.
4.7. La recourante reproche enfin à la Commission de recours d'être tombée dans l'arbitraire en considérant qu'il était inhabituel pour des propriétaires d'éléments distincts (immobilier et mobilier) de passer avec des tiers des contrats de location mentionnant uniquement un loyer global. Ce faisant, la recourante se plaint en réalité de l'appréciation juridique opérée par l'autorité cantonale de données factuelles dûment constatées dans l'arrêt attaqué, grief qui sera examiné au considérant 6.3 ci-après.
4.8. Les critiques concernant l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves sont, dans la mesure où elles répondent aux exigences de l'<ref-law>, sans fondement. Dans la suite du raisonnement, la Cour de céans se fondera donc sur les constatations de l'arrêt attaqué (<ref-law>; cf. arrêt 2C_1146/2012 du 21 juin 2013 consid. 3.7).
II. Griefs de nature formelle
5.
Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante se prévaut du droit à l'administration des preuves pertinentes ainsi que du droit d'obtenir une décision motivée.
5.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 469).
Dans le cas particulier, la recourante soutient que l'autorité cantonale a violé son droit à l'administration des preuves pertinentes en laissant ouverte la question de l'admission des factures produites le 27 mars 2013. Il ressort toutefois de la décision attaquée que ces pièces ont été examinées par la Commission de recours, mais que celle-ci les a écartées en raison de leur défaut de pertinence. La motivation de l'instance cantonale repose sur deux constatations: d'une part, il était possible que certaines factures produites par la recourante concernent le " D._ " et non le " C._ " et, d'autre part, la prise en charge des frais d'énergie par l'administrateur ne correspondait pas au contrat de bail conclu avec le sous-locataire, lequel mettait expressément les frais d'énergie à charge de ce dernier. Or, la recourante ne démontre pas qu'il était insoutenable de considérer que certaines factures se rapportaient au " D._ " et non au " C._ " (cf. supra consid. 4.4), ni ne conteste que les frais d'énergie incombaient au sous-locataire. Le moyen est donc mal fondé.
5.2. La recourante ne peut pas davantage être suivie lorsqu'elle affirme que la Commission de recours n'a pas examiné en quoi les éléments constitutifs d'une distribution dissimulée de bénéfice étaient réalisés. Le droit d'être entendu implique certes pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision, mais ne lui impose pas d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties; l'autorité peut, au contraire, se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents pour fonder sa décision (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 677; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté (arrêt 2C_908/2010 du 7 avril 2011 consid. 3.1). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 2C_724/2012 du 25 juillet 2012 consid. 5.1).
5.3. En l'occurrence, la recourante n'indique pas précisément quel élément n'aurait pas été suffisamment motivé par l'instance précédente, de sorte que la recevabilité de son grief paraît d'emblée douteuse. Quoi qu'il en soit, force est de constater que la motivation de la Commission de recours ne consacre aucune violation du droit d'être entendu. On parvient à saisir pour quels motifs l'instance cantonale a confirmé l'existence d'une prestation appréciable en argent. La Commission de recours se fonde essentiellement sur l'importance de la différence entre la valeur vénale de l'immeuble et celle du mobilier - propriété de B._, qui ne peut justifier une différence du simple au triple entre le loyer versé à la recourante par son administrateur et le loyer perçu par ce dernier auprès de l'exploitant du dancing -, sur l'absence de risque supporté par l'administrateur, ainsi que sur le caractère inhabituel du contrat passé avec l'exploitant de la discothèque. Or, sur la base de ces éléments, la recourante pouvait comprendre en quoi les conditions d'une prestation appréciable en argent, au demeurant dûment rappelées dans l'arrêt attaqué (cf. arrêt, p. 8), étaient réalisées dans le cas concret. Il convient de préciser que le point de savoir si les éléments retenus permettent d'admettre l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfices relève du fond et non du droit d'être entendu. Mal fondé, ce grief doit également être rejeté.
III. Impôt fédéral direct
6.
Le litige porte sur quatre reprises d'un montant total de 199'000 fr. à titre de bénéfice non comptabilisé sur la location d'une discothèque. Ce montant correspond à la différence entre les revenus locatifs nets perçus par l'administrateur de 2006 à 2009 et les loyers versés par ce dernier à la recourante, sous déduction d'un montant de 6'000 fr. par année à titre d'honoraires de l'administrateur et de 25% du loyer global pour tenir compte des objets loués appartenant à B._ (mobilier et places de parc). La recourante ne conteste pas les conditions du rappel d'impôt et le Tribunal fédéral ne voit pas que celles-ci ne seraient pas réalisées en l'espèce. Il reste donc à examiner si les reprises correspondent à des prestations appréciables en argent.
6.1. En droit fiscal suisse, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (<ref-law>). Les comptes annuels de la société anonyme sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce; ils doivent être complets, clairs et faciles à consulter (art. 662a et 959 CO). Si ces principes ne sont pas respectés et que le compte de résultats ne reflète pas le bénéfice réel de la société anonyme, le résultat doit être corrigé en faveur comme au détriment du contribuable (Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und Bilanz im Steuerrecht, in: Archives 37, p. 137 ss, p. 142).
Aux termes de l'<ref-law>, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'<ref-law>, le bénéfice net imposable comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, au nombre desquels figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (<ref-ruling> consid. 5 p. 607 ss; <ref-ruling> consid. 2 p. 119; arrêt 2C_708/2012 du 21 décembre 2012 consid. 4.3, non publié in <ref-ruling>).
En ce qui concerne les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires, c'est en principe à l'autorité fiscale qu'il appartient de les prouver. Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (arrêts 2C_567/2012 du 15 mars 2013 consid. 6.3; 2C_76/2009 du 23 juillet 2009 consid. 2.2).
6.2. Dans le cas particulier, on doit admettre avec la recourante que l'arrêt attaqué manque de clarté sur le lien entre les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfices posées par la jurisprudence et le cas d'espèce. Cela ne suffit toutefois pas à admettre le recours. Le Tribunal fédéral applique en effet le droit d'office, sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 et 106 al. 1 LTF).
6.3. Il ressort des constatations cantonales que, de 2006 à 2009, l'administrateur a encaissé des revenus locatifs nets allant jusqu'à six fois les loyers versés à son tour à la société. Certes, l'arrêt attaqué retient que, jusqu'au début de juin 2007, il n'y a pas eu de sous-location au sens juridique. En effet, jusqu'à cette date, un seul contrat de bail était passé, liant d'une part le locataire et d'autre part la recourante pour la partie immobilière et B._ pour les éléments à caractère mobilier (arrêt attaqué, p. 11 let. f). La situation était cependant dans les faits identique à celle de juin 2007 où B._ sous-louait les locaux qu'il louait à la recourante. En effet, il ressort du Protocole de l'assemblée générale du 18 avril 2006 (<ref-law>) de même que des constatations cantonales que B._ percevait, depuis 2006 au moins, le total des loyers versés par l'exploitant, dont il n'en rétrocédait qu'une partie à la recourante. Ainsi, cette année-là, il a encaissé 162'354 fr., alors qu'il n'en a versé que 55'000 fr. à la recourante.
En tenant compte des déductions comptabilisées dans le rapport d'expertise, des honoraires dus à l'administrateur, de la mise à disposition des places de parc ainsi que de la location des éléments mobiliers, la Commission de recours aboutit à un solde totalisant 199'000 fr. pour les années 2006 à 2009. Or, il faut convenir avec l'autorité précédente que le montant ainsi obtenu ne repose sur aucune justification commerciale. En diminuant les revenus locatifs d'un montant correspondant à 25 % du loyer global, l'arrêt attaqué tient déjà suffisamment compte des investissements consentis par l'administrateur en 1983 ainsi que des places de parc mises à disposition du sous-locataire. La prestation accordée à l'administrateur n'est pas davantage justifiée par le risque inhérent à la sous-location, dans la mesure où, comme l'a retenu l'arrêt attaqué, l'administrateur est libre de faire modifier la répartition des recettes de la location. Quant aux frais d'entretien invoqués par la recourante, ils reposent sur des factures ayant été écartées par l'autorité cantonale, sans que le droit à l'administration des preuves pertinentes n'ait été violé (cf. supra consid. 5.1). Au demeurant, la prestation a été effectuée en faveur de l'administrateur de la société et, au vu des montants en jeu, il y a lieu d'admettre que les organes de la recourante devaient se rendre compte de l'avantage disproportionné qu'ils accordaient. La prestation accordée était d'autant plus évidente que B._ était l'actionnaire et l'administrateur unique de la société. Enfin, il faut admettre avec l'autorité précédente que le procédé consistant à fixer un loyer global pour la location d'éléments appartenant à des propriétaires distincts, comme l'a fait l'administrateur envers l'exploitant, est pour le moins inhabituel, renforçant d'autant plus le caractère reconnaissable de la prestation.
6.4. La recourante reproche à l'instance précédente de n'avoir pas prouvé que la société aurait obtenu des conditions plus avantageuses en louant ses immeubles à des tiers et non à son administrateur. Se référant à l'arrêt publié aux <ref-ruling>, la recourante soutient qu'il incombait à l'administration de déterminer la valeur locative de marché de l'immeuble, tenant compte des éléments caractéristiques des locaux et de l'état du marché immobilier. La jurisprudence citée par la recourante impose certes à l'administration d'estimer le loyer que la société aurait pu encaisser en concluant avec des tiers (<ref-ruling> consid. 4 p. 332; cf. arrêts 2P.250/2004 du 13 juin 2005 consid. 3.3; 2A.39/2003 du 26 novembre 2003 consid. 3.3). Elle concerne toutefois les situations dans lesquelles la société met l'objet à disposition d'un actionnaire ou d'un proche afin que celui-ci utilise le bien pour lui-même. A partir du moment où l'immeuble est sous-loué non à un proche de la société mais à un tiers, il n'est plus nécessaire de déterminer la valeur du marché. Il suffit, dans ce cas, de comparer le loyer principal encaissé par la société avec le loyer versé par le tiers pour la sous-location de l'immeuble. Il est vrai que, dans le cas d'espèce, contrairement au bail principal, la sous-location porte sur un local équipé et comprend la location de places de parc extérieures dont l'administrateur est propriétaire. Les situations à comparer ne sont donc pas totalement identiques. La Commission de recours a toutefois constaté, de manière à lier le Tribunal fédéral, que la valeur marchande de l'équipement et du mobilier était fort limitée. Admettant que la valeur de rendement de ces équipements pouvait s'avérer " quelque peu plus élevée " et tenant compte de la location des places de parc, la Commission de recours a retranché du loyer perçu par l'administrateur un montant équivalent à 25 % du loyer global. Le loyer ainsi obtenu correspond donc à celui auquel aurait consenti un tiers pour la location d'un local sans équipement, ni places de parc. Ainsi, contrairement à ce que prétend la recourante, la Commission de recours a bien apporté la preuve que la société aurait pu obtenir des conditions plus avantageuses en louant l'immeuble non à son administrateur unique mais à un tiers. L'argument de la recourante doit dès lors être rejeté.
6.5. Au vu de ce qui précède, la Commission de recours a retenu à bon droit que tous les éléments caractéristiques d'une prestation appréciable en argent étaient réunis. Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
IV. Impôts cantonal et communal
7.
Conformément à l'<ref-law>, l'art. 81 al. 1 let. b LF contient la même règle que l'art. 58 al. 1 let. b 5e tiret LIFD en ce qui concerne la réintégration dans le bénéfice imposable des distributions dissimulées de bénéfice. Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer à l'impôt cantonal et communal relatif aux périodes fiscales sous examen. Il suffit donc d'y renvoyer.
Le recours doit par conséquent être rejeté, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
V. Frais et dépens
8.
Succombant en tous points, la recourante doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C_60/2013 et 2C_61/2013 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 14 août 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: McGregor