Faits:
A. X._, né en 1953, et dame X._, née en 1954, se sont mariés le 12 août 1982 sous le régime de la séparation de biens. Trois enfants sont issus de cette union: A._, né en 1983, B._, née en 1985, et C._, né le 26 décembre 1987.
B. Le 10 octobre 2002, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé le divorce des conjoints et statué sur les effets accessoires.
Par arrêt du 19 septembre 2003 rendu sur appel de l'époux et celui incident de l'épouse, la Chambre civile de la Cour de justice a notamment constaté l'entrée en force du jugement de première instance sur le prononcé du divorce et sur certains effets accessoires (autorité parentale et garde; droit de visite et curatelle éducative; réunion des dépens); elle l'a confirmé sur d'autres (copropriété et saisie de certificats d'actions et prononcé d'une interdiction d'aliéner ainsi que de son annotation; copropriété des époux sur les meubles garnissant l'ancien domicile conjugal); sur d'autres encore, elle l'a réformé formellement (copropriété des époux sur la parcelle no 3415 de la Commune de Y._; remboursement d'un prêt de 1'500'000 fr. par l'épouse, avec intérêts; rejet d'une contribution en faveur de la femme) ou simplement annulé avec renvoi au Tribunal de première instance " pour instruction et décision dans le sens des considérants " (fonds déposés en Australie et Nouvelle-Zélande; propriété de bijoux; prévoyance professionnelle; contribution en faveur de deux enfants); elle a, au surplus, fixé les aliments dus à titre provisionnel par le père pour l'entretien des deux plus jeunes enfants.
Par jugement sur renvoi du 15 novembre 2007, le Tribunal de première instance a notamment arrêté la contribution en faveur du cadet des enfants à 1'300 fr. par mois jusqu'à l'âge de 25 ans, condamné l'ex-épouse à verser 500'000 fr. représentant la moitié de la valeur des bijoux acquis pendant le mariage et 1'000'000 fr. au titre de la moitié des avoirs provenant des comptes australiens et néo-zélandais, chaque montant portant intérêts à 5% dès le 26 février 1999. Il a par ailleurs déclaré non fondée, à due concurrence, l'opposition formée par dame X._ à une poursuite notifiée le 18 mai 2007 et débouté, sous suite de dépens, les parties de toutes autres conclusions.
Par arrêt du 5 décembre 2008, la Chambre civile de la Cour de justice a confirmé ce jugement, sauf en tant qu'il refusait d'ordonner le partage des avoirs de prévoyance accumulés par les époux pendant le mariage, ordonné ledit partage par moitié et, statuant à nouveau, a transmis la procédure au Tribunal cantonal des assurances sociales dans le sens des considérants. Complétant le dispositif du jugement entrepris, elle a encore validé une ordonnance de saisie conservatoire provisionnelle rendue le 15 juin 2006 et confirmée le 6 septembre suivant. Elle a enfin débouté dame X._ de sa demande de provisio ad litem.
C. Par écriture du 9 janvier 2009, dame X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre les arrêts de la Cour de justice des 19 septembre 2003 et 5 décembre 2008. Principalement, elle conclut, d'une part, à l'annulation du premier arrêt en tant qu'il constate la copropriété des époux sur la parcelle no 3415 de la Commune de Y._ et maintient l'interdiction qui lui a été faite de disposer seule de ce bien-fonds ainsi que l'annotation de cette restriction au registre foncier, la condamne à payer à son mari 1'500'000 fr., avec intérêts dès le 26 février 1999, et confirme la copropriété du couple sur les meubles garnissant le domicile conjugal. Elle requiert, d'autre part, l'annulation de l'arrêt du 5 décembre 2008 sauf en ce qu'il concerne le partage des avoirs de prévoyance et transmet la procédure au Tribunal cantonal des assurances sociales. Subsidiairement, elle demande à la cour de céans d'annuler ces arrêts sur ces mêmes points et, " statuant à nouveau ", de prononcer qu'elle est l'unique propriétaire de la parcelle no 3415, de constater la copropriété des époux sur les biens meubles qui garnissaient le domicile conjugal à la date du départ de son mari en 1997, y compris sur les meubles emmenés par ce dernier, d'ordonner le versement d'une contribution d'entretien mensuelle en sa faveur de 10'000 fr. et en faveur de leur fils cadet de 4'200 fr., allocations familiales non comprises, jusqu'à l'âge de 25 ans en cas d'études sérieuses et non rémunérées.
L'intimé propose le rejet du recours; l'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
D. Par ordonnance du 5 février 2009, la Présidente de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a attribué l'effet suspensif au recours et rejeté la requête en fourniture de sûretés formée par X._.
Le 13 mai 2009, elle a déclaré irrecevable la demande de mesures provisionnelles déposée par dame X._.
Le 9 juin 2009, elle a rejeté la requête de suspension de la procédure de dame X._.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une affaire de divorce (<ref-law>) dont seuls des effets accessoires de nature pécuniaire d'une valeur d'au moins 30'000 fr. sont en jeu (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2b), le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2 La recourante s'en prend aussi à un arrêt rendu dans la même cause le 19 septembre 2003, qui avait fait l'objet d'un recours en réforme au Tribunal fédéral. Il avait alors été jugé que cette décision préjudicielle ou incidente au sens de l'art. 50 OJ (pour une qualification identique sous l'empire de la LTF: <ref-ruling> consid. 1.2 p. 428-429), ne pouvait pas faire l'objet d'un recours immédiat pour le motif qu'une décision finale mettant définitivement fin à la procédure sur tous les effets accessoires encore litigieux ne pouvait pas être rendue (arrêt 5C.234/2003 du 2 avril 2004). Cette dernière condition correspond à celle de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 332 et la référence). Conformément à l'<ref-law>, si un recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2, la décision préjudicielle ou incidente peut être attaquée par un recours contre la décision finale dans la mesure où elle influe sur le contenu de celle-ci. Le fait que le recours immédiat ait été interjeté dans un cas où celui-ci n'était pas ouvert n'y fait pas obstacle (cf. <ref-ruling> consid. 1b p. 92).
En tant qu'il conteste les questions tranchées dans la décision incidente, le présent recours est dès lors recevable.
2. La recourante entend produire à l'appui de son recours des pièces " qui n'ont pas été soumises à l'autorité cantonale " afin de " corroborer [...] le caractère absolument erroné de l'état de fait retenu " par l'autorité cantonale. Celles-là ne sauraient toutefois être prises en considération. Selon l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en effet être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (sur la portée de cette disposition: arrêt 4A_36/2008 du 18 février 2008, consid. 4.1).
3. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties. Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 152).
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-là ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 39; <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. De jurisprudence constante, l'appréciation des preuves est arbitraire lorsque le juge ne prend pas en considération, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'il se trompe manifestement sur son sens et sa portée ou encore lorsque, sur la base des éléments recueillis, il parvient à des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; voir aussi: <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62).
4. La recourante critique l'attribution en copropriété de la parcelle no 3415 de la Commune de Y._. Elle s'en prend tant aux faits constatés à cet égard qu'à l'application du droit.
4.1 Elle reproche ainsi à la Cour de justice d'avoir arbitrairement constaté que l'intimé bénéficiait d'un droit d'emption sur ce bien-fonds, qu'il avait été codébiteur solidaire de l'emprunt hypothécaire sur la villa qui s'y trouve et que les intérêts et amortissements du crédit hypothécaire lié à l'acquisition de cette dernière avaient été payés par les sociétés familiales. Elle se limite toutefois à prendre, de façon irrecevable (supra, consid. 3), le contre-pied de ces constatations ou à les préciser en se référant à des pièces pour la plupart nouvelles (supra, consid. 2) ou qui ne suffisent pas à en démontrer le caractère arbitraire.
4.2 S'agissant de l'application du droit, elle prétend que, mêmes établis, les éléments susmentionnés ne constituent pas des indices suffisants pour renverser la présomption de propriété posée par l'<ref-law>. Elle se plaint aussi d'une violation de l'<ref-law>.
4.2.1 En l'espèce, les époux se sont mariés sous le régime de la séparation de biens.
Selon l'<ref-law>, quiconque allègue qu'un bien appartient à l'un ou à l'autre des époux est tenu d'en établir la preuve (al. 1); à défaut de cette preuve, le bien est présumé appartenir en copropriété aux deux époux (al. 2). Cette disposition reprend mot pour mot l'art. 200 al. 1 et 2 CC. Elle est une règle particulière de fardeau de la preuve, dès lors qu'elle détermine les conséquences de l'échec de la preuve de l'appartenance d'un bien à l'un des époux. Ainsi, il incombe à toute personne qui prétend qu'un bien déterminé est la propriété d'un époux et non de l'autre, de l'établir. Cette règle, qui découle de l'<ref-law>, s'applique entre les époux, entre un époux et les héritiers de l'autre, entre un époux et des tiers, notamment les créanciers du conjoint. La preuve des faits constitutifs du droit et, par suite, leur conséquence juridique (c'est-à-dire la propriété) peut être apportée par tous moyens: production de pièces, témoignages, expertises, inventaires. Pour le reste, la preuve de la propriété est régie par les règles ordinaires, ce qui autorise le recours aux présomptions des art. 930 et 931 CC pour les choses mobilières et à celle de l'<ref-law> pour les immeubles. Les présomptions tirées de la possession et du registre foncier l'emportent ainsi sur la présomption de copropriété de l'<ref-law> (<ref-ruling>).
S'agissant en particulier des immeubles, les faits dont les inscriptions du registre foncier montrent l'existence bénéficient de la valeur probante accrue découlant de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2b p. 155); il appartient à celui qui les conteste de démontrer leur inexactitude (PAUL-HENRI STEINAUER, Le titre préliminaire du Code civil in: Traité de droit privé suisse, vol. II/1, 2009, nos 747 ss). Le droit inscrit (c'est-à-dire la propriété de la personne inscrite) existe toutefois en vertu de la présomption de l'<ref-law>, qui est réfragable; il incombe dès lors à celui qui met en cause la propriété de la personne inscrite d'établir l'invalidité du titre d'acquisition (ATF 58 II 333).
4.2.2 En l'espèce, la recourante est inscrite au registre foncier comme seule propriétaire de l'immeuble litigieux. Il appartenait donc à l'intimé d'alléguer et de prouver la nullité du contrat de vente à la base de l'inscription. A cet égard, le fait que celui-là ait contribué d'une quelconque manière financièrement à l'acquisition de la villa ne pouvait infirmer la validité de ce titre. Seule une convention interne entre les conjoints en vertu de laquelle l'épouse n'entendait être propriétaire qu'à l'égard des tiers et renonçait à faire valoir son droit envers son époux était de nature à apporter la preuve du contraire. En considérant comme suffisant que les époux aient été codébiteurs solidaires du prêt hypothécaire et que les intérêts et amortissements aient été payés par le débit des comptes des sociétés familiales qui appartenaient en copropriété aux conjoints, l'autorité cantonale est ainsi partie d'une fausse conception du droit. Si elle fait pertinemment référence à des " raisons fiscales " qui ont poussé l'intimé à faire apparaître la recourante comme seule propriétaire, cet élément ne peut toutefois être repris en l'état. Il se rapporte à " d'autres circonstances ", sans que l'on sache ce qu'il en est dans le cas particulier pour l'immeuble litigieux. Cela étant, il y a lieu d'admettre le recours sur la question de la propriété de la parcelle no 3415 et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour nouvel examen de la situation sous cet angle.
5. La recourante conteste sa condamnation à payer le montant de 1'500'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 26 février 1999, à titre de remboursement d'un prêt accordé par l'intimé en relation avec l'investissement dans la société D._ inc. Elle soutient en substance que celui-là a été financé en commun par l'intermédiaire des sociétés familiales et que l'intimé s'est impliqué de façon prépondérante dans sa gestion.
Sur cette question, l'autorité cantonale a retenu que les fonds transmis à la société D._ inc. l'ont été au nom de la recourante. Elle s'est fondée sur une déclaration - non contestée par cette dernière - du beau-frère dans une procédure américaine, dont il résulte que l'intéressée devait apporter tout le capital, ce qu'elle avait fait en son nom propre, et avait déclaré que son mari n'avait rien à dire dans cette affaire.
La recourante ne critique pas l'appréciation tirée de cette déclaration, alors même qu'elle cite le passage topique dans son écriture. A défaut de s'en prendre aux considérations décisives des juges cantonaux, son grief est dès lors irrecevable.
6. Dans ses conclusions, la recourante demande que soit constatée la copropriété des époux sur les biens meubles qui garnissaient le domicile conjugal à la date du départ de son mari en 1997, y compris sur les meubles emmenés par ce dernier. Il résulte toutefois de son mémoire, qu'elle revendique, sur la base des art. 248 et 930 CC, la propriété exclusive des meubles garnissant encore la demeure. Outre cette contradiction, sa critique n'est pas des plus limpides. Autant qu'on puisse la saisir, la recourante semble fonder sa position sur le fait que l'intimé aurait emporté la moitié des affaires en quittant le domicile conjugal, ce qui justifierait que celles qui y sont encore lui soient attribuées en pleine propriété. Or, il ne résulte pas de l'arrêt entrepris que l'intimé aurait emmené la moitié des objets mobiliers lors de son départ, sans que la recourante ne soulève de grief à ce sujet (supra, consid. 3). Sur cette question, la cour cantonale s'est en effet limitée à rapporter les allégations de la recourante. Dans ces conditions, le grief est irrecevable.
7. La recourante critique l'arrêt cantonal en tant qu'il lui refuse toute contribution d'entretien. De façon quelque peu contradictoire, elle prétend à l'allocation de 10'000 fr. par mois, tout en demandant une annulation de l'arrêt cantonal afin que l'état de fait soit complété s'agissant de la situation financière de l'intimé.
Pour autant qu'il est recevable, ce moyen est vain. L'autorité cantonale a considéré qu'une contribution d'entretien ne se justifiait pas en l'espèce. Elle s'est fondée sur la capacité de la recourante à poursuivre l'exercice d'une activité lucrative lui permettant de couvrir son entretien convenable, sur sa fortune encore appréciable et sur l'existence d'une prévoyance professionnelle et individuelle liée (3ème pilier A). Elle a en outre jugé que l'on ne pouvait imposer à l'intimé les conséquences du choix de l'intéressée de rester inactive, tout en continuant à vivre luxueusement aux dépens de sa fortune et des revenus de celle-ci, voire de celle de son ex-époux dans la mesure où elle pouvait en disposer. Elle s'est aussi référée à la situation financière quasiment équivalente des parties.
A ces considérations, la recourante se contente d'opposer de façon appellatoire (supra, consid. 3) que, contrairement à ce qui a été retenu, elle n'est pas en bonne santé. Quant au complément de l'état de fait qu'elle réclame par ailleurs, il porte sur un élément qui n'apparaît pas comme déterminant, dans la mesure où elle ne conteste pas, de façon motivée (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF), qu'elle peut subvenir elle-même à son entretien convenable en exerçant l'activité lucrative que l'on peut exiger d'elle (cf. <ref-law>).
8. La recourante se plaint d'une violation des art. 133 et 285 CC s'agissant de la contribution en faveur de l'enfant cadet, âgé de 20 ans. Elle reproche à la Cour de justice de ne pas avoir examiné l'ampleur des revenus et de la fortune de l'intimé et requiert l'annulation de l'arrêt cantonal afin que l'état de fait soit complété sur cette question. Toutefois, dans ses conclusions, elle demande aussi l'allocation d'un montant de 4'200 fr. par mois.
L'autorité cantonale a constaté que le budget de 4'075 fr. 60 allégué à cet égard devait être réduit de 1'500 fr., certains frais n'étant pas documentés, d'autres pouvant être réduits, voire supprimés. Elle a en outre considéré que, compte tenu de sa fortune, la mère pouvait participer à cet entretien, de telle sorte qu'il ne se justifiait pas de le mettre intégralement à la charge de l'intimé. Dans ces conditions, il apparaissait suffisant de condamner ce dernier à verser 1'300 fr. à titre d'aliments pour le jeune homme. Dans la mesure où la recourante ne critique pas le montant des besoins, dont dépend la quotité de la contribution (cf. <ref-law>), ni ne conteste la répartition de cette charge entre les parents et sa propre faculté d'en assumer une partie, sa critique fondée sur les ressources réelles de l'intimé tombe à faux.
9. Dans un dernier grief, la recourante s'en prend à sa condamnation à payer 1'000'000 fr. à titre de partage des avoirs bancaires issus de fonds initialement déposés en Australie et en Nouvelle Zélande, au nom des deux époux, ainsi que 500'000 fr. sur la valeur de bijoux acquis pendant le mariage. Elle critique les faits constatés à cet égard ainsi que l'application des art. 930 et 931 CC.
S'agissant des faits, elle se limite à opposer péremptoirement sa propre version ou à se référer, sans de plus amples précisions, aux pièces - irrecevables (supra, consid. 2) - " recueillies dans le cadre de la procédure pénale ", sans démontrer en quoi ceux retenus par l'autorité cantonale seraient arbitraires. Quant à la violation du droit, c'est en vain que l'on cherche un quelconque début de motivation. Il ne suffit en effet pas de dire que le droit fédéral a été violé; encore faut-il indiquer en quoi consiste cette violation au vu des faits constatés (<ref-law>).
En relation avec sa condamnation à verser les 1'000'000 fr., la recourante reproche encore à la Cour de justice d'avoir violé le principe " ne eat judex ultra petita partium" en validant l'ordonnance de saisie conservatoire provisionnelle du 15 juin 2006, confirmée le 6 septembre suivant, alors même que l'intimé n'aurait formulé aucun chef de conclusions à ce titre. L'autorité cantonale a justifié cette validation par le fait que le dispositif du jugement déféré avait omis de préciser ce point. Elle n'a dès lors pas statué ultra petita - à savoir n'a pas alloué plus ou autre chose que ce qui était demandé (cf. MAX GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3e éd. 1979, p.148) -, mais simplement comblé une lacune du dispositif.
10. Vu ce qui précède, le recours doit être partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité, l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il " constate la copropriété [des parties] sur la parcelle no 3415 de la commune de Y._, malgré l'inscription différente au Registre foncier ", et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur cette question. La recourante n'obtenant gain de cause que partiellement, il se justifie de mettre les frais de la procédure pour moitié à sa charge (<ref-law>). Les dépens seront compensés (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Il appartiendra enfin à l'autorité cantonale de statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il " constate la copropriété de X._ et dame X._ sur la parcelle no 3415 de la commune de Y._, malgré l'inscription différente au Registre foncier " et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur cette question.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis pour moitié à la charge de la recourante et pour moitié à la charge de l'intimé.
3. Les dépens sont compensés.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 5 février 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Jordan