Faits:
A. Né en 1956, X._ a travaillé depuis 1986 comme aide ferblantier/couvreur; il est marié et n'a plus d'enfants à charge; il n'a pas de formation; il est droitier. Depuis quelques années, il était employé auprès de l'entreprise de A._ en étant payé à l'heure; il ne travaillait pas les jours de pluie; durant la saison morte, il était parfois mis à pied et timbrait au chômage. En 2001, son salaire horaire était de 26 fr. bruts, treizième salaire inclus.
En juin 2001, X._ a consulté son médecin traitant en raison d'une grosseur au poignet gauche; celui-ci a diagnostiqué un ganglion et a pris rendez-vous pour son ablation auprès du Dr Y._, spécialiste FMH en chirurgie. Convoqué le 8 octobre 2001, X._ a fait la connaissance du chirurgien en salle d'opération; à la suite de l'intervention, le patient s'est plaint de paresthésie et d'une baisse de sensibilité. Le 4 janvier 2002, le Dr Y._ lui a proposé une nouvelle intervention qui a eu lieu le 14 janvier suivant; par la suite, X._ a perdu toute sensibilité dans la région de la base supérieure du pouce gauche et du thénar et s'est plaint de l'apparition de douleurs au niveau du poignet au mouvement et de perte de force. Le Dr Y._ l'a opéré une troisième fois le 4 mars 2002.
X._ a été en incapacité de travail à 100 % du 1er octobre 2001 au 10 février 2002, à 50 % du 11 février au 3 mars 2002, à 100 % du 4 mars au 21 avril 2002, puis à 50 % dès le 22 avril 2002. De l'avis de son médecin traitant, il était cependant apte à travailler à plein temps dans une activité adaptée, à savoir dans un emploi qui ne nécessitait pas le port de charges excédant 4 à 5 kg au bras gauche et 10 kg en tout. Après un délai d'attente de trois jours, il a perçu jusqu'au 31 octobre 2003 de l'assurance-maladie des indemnités de perte de gain correspondant à une rémunération horaire de 19 fr. 52 nets. Le 31 juillet 2003, son employeur l'a licencié pour le 31 octobre 2003, mais l'a finalement occupé jusqu'à la fin de l'année. Depuis le 1er janvier 2004, X._ s'est inscrit au chômage à 50 % et a perçu des prestations jusqu'au 31 décembre 2005. De janvier à mars 2005, il a effectué un stage à 50 % dans un atelier de vélos et son travail a été apprécié. Du 12 mai au 23 décembre 2005, sous réserve du mois de septembre 2005, il a travaillé en qualité d'aide-couvreur auprès de A._ pour des travaux d'entretien et de manutention à taux variable, pour un salaire horaire brut de 24 fr. 20. Ces revenus n'étant pas suffisants pour subvenir à ses besoins, il a recouru à l'aide sociale.
X._ a fait une demande de prestations AI. Le 11 février 2005, l'AI a refusé son reclassement et l'aide au placement au motif que son manque à gagner n'atteignait pas le seuil exigé de 20 %. Par décision du 10 février 2005, confirmée tant sur opposition que sur recours, l'assurance a également refusé le versement d'une rente, considérant que X._ disposait d'une capacité totale dans une activité simple et répétitive évitant le port de charges lourdes avec les bras, que son degré d'invalidité n'atteignait que 12 % et qu'il ne présentait aucune limitation liée à son état de santé l'entravant dans sa recherche d'emploi.
Le 7 octobre 2005, l'assureur RC du Dr Y._ a versé 30'000 fr. à X._, à bien plaire et sans reconnaissance de responsabilité.
B. Le 30 avril 2008, X._ a ouvert une action tendant au paiement par le Dr Y._ de 478'226 fr. avec intérêts; il a été mis au bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure cantonale. Y._ a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 1er juillet 2010, la Cour civile II du Tribunal cantonal valaisan, retenant l'absence de consentement éclairé du patient et, partant, l'obligation du médecin de réparer le dommage, a condamné le Dr Y._ à verser à X._ les montants de 14'547 fr. 55 (perte de gain actuelle), 18'862 fr. 25 (perte de gain future), 15'115 fr. 10 (perte de rente), 5'000 fr. (tort moral), 7'000 fr. (frais extrajudiciaires), le tout avec intérêts, sous déduction des 30'000 fr. versés par l'assureur RC le 7 octobre 2007 (sic) (ch. 1); elle a en outre prononcé que les frais de procédure et de jugement, par 32'300 fr., étaient mis à la charge de X._ (ch. 2) et que celui-ci verserait au Dr Y._ un montant de 22'300 fr. à titre de remboursement d'avances et une indemnité de 24'350 fr. à titre de dépens (ch. 3).
C. X._ (le recourant) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à la réforme du chiffre 1 du jugement du 1er juillet 2010 en ce sens que le Dr Y._ est son débiteur du montant de 435'860 fr. avec intérêts, subsidiairement à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi du dossier pour nouveau jugement dans le sens des considérants, plus subsidiairement pour nouvelle fixation des frais et dépens; il a en outre présenté une demande d'assistance judiciaire qui a été admise par ordonnance du 16 novembre 2010, Me Anne-Sylvie Dupont étant désignée comme avocate d'office. Y._ (l'intimé) a proposé le rejet du recours pour autant qu'il soit recevable.
L'autorité précédente s'est référée aux considérants de son jugement.

Considérant en droit:
1. Interjeté par le recourant qui a partiellement succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, art. 46 al. 1 let. b et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>); il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>).
3. 3.1 Le recourant se plaint en substance de la mauvaise application des art. 42, 43, 44 et 46 CO; plus précisément, il reproche à la cour cantonale d'avoir déterminé ses pertes de gain actuelle et future en appliquant "la méthode utilisée pour déterminer son degré d'invalidité sous l'angle du droit des assurances sociales", alors qu'en responsabilité civile, le calcul de la perte de gain serait régi par des règles propres; il s'en prend également à l'argumentation des juges cantonaux selon laquelle il a violé l'obligation de diminuer le dommage qui lui incombait.
3.2 En vertu de l'<ref-law>, la victime de lésions corporelles a droit à la réparation du dommage qui résulte de son incapacité de travail totale ou partielle, ainsi que de l'atteinte portée à son avenir économique. La loi fait ainsi une distinction entre la perte de gain actuelle, qui est éprouvée au jour de la décision de la juridiction cantonale devant laquelle on peut alléguer pour la dernière fois des faits nouveaux (<ref-ruling> consid. 2c), et la perte de gain future, pour l'éventualité où l'incapacité de travail dure toujours parce que le lésé est devenu totalement ou partiellement invalide. Cette distinction n'a pas d'autre fonction que de faciliter le travail de calcul du juge, car il s'agit en fait de deux postes du même préjudice. Les principes présidant au calcul de ces deux postes du dommage sont donc les mêmes (arrêt 4A_481/2009 du 26 janvier 2010 consid. 3.2).
Le préjudice s'entend dans tous les cas au sens économique. Est déterminante la diminution de la capacité de gain. Le dommage consécutif à l'invalidité doit, autant que possible, être établi de manière concrète. Le juge partira du taux d'invalidité médicale (ou théorique) et recherchera ses effets sur la capacité de gain ou l'avenir économique du lésé, en se fondant sur la situation personnelle de l'intéressé, son métier et son avenir professionnel (arrêt 4C.197/2001 du 12 février 2002 consid. 3b et 3c, in SJ 2002 I p. 414); cette démarche l'amènera à estimer le gain que le lésé aurait obtenu dans son activité professionnelle s'il n'avait pas subi l'événement dommageable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 363; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 142); la perte de gain correspond à la différence entre le revenu de valide (revenu hypothétique sans l'acte dommageable) et le revenu d'invalide (revenu qui peut probablement être réalisé après l'acte dommageable) (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 223; arrêt 4C.324/2005 du 5 janvier 2006 consid. 3.2, in PJA 2006 p. 606; plus récemment arrêt 4A_481/2009 du 26 janvier 2010 consid. 3.2).
Si la situation salariale concrète de la personne concernée avant l'événement dommageable constitue ainsi la référence, le juge ne doit toutefois pas se limiter à constater le revenu réalisé jusqu'alors, car l'élément déterminant repose bien davantage sur ce que le lésé aurait gagné annuellement dans le futur. Il incombe en particulier au demandeur de rendre vraisemblables les circonstances de fait - à l'instar des augmentations futures probables de son salaire durant la période considérée - dont le juge peut inférer les éléments pertinents pour établir le revenu qu'il aurait réalisé sans l'accident (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 363). Savoir si le lésé pouvait compter avec une augmentation effective de son revenu (ou s'il devait s'attendre à une diminution de celui-ci) est un élément de la fixation du dommage et donc une question de fait (ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 141; cf. aussi 131 III 360 consid. 5.1). C'est en revanche une question de droit que de déterminer si la notion juridique du dommage a été méconnue et si l'autorité cantonale s'est fondée sur des bases de calcul admissibles pour le fixer (<ref-ruling> consid. 4 p. 366; <ref-ruling> consid. 3a).
4. En premier lieu, le recourant s'en prend à la manière dont la cour cantonale a arrêté son dommage actuel.
4.1 Sur ce point, les juges cantonaux ont constaté que du 8 octobre 2001 au 10 février 2002, ainsi que du 4 mars au 21 avril 2002, le recourant, qui se remettait de ses opérations, était totalement incapable de travailler. Du 11 février au 3 mars 2002, ainsi que dès le 22 avril 2002, il avait subi une incapacité de travail de 50 % dans sa profession en raison des douleurs et de la perte de force de la main gauche.
Durant ces périodes d'incapacité et cela jusqu'au 31 octobre 2003, le recourant avait perçu, après un délai d'attente de trois jours, des indemnités de l'assurance perte de gain correspondant à un revenu horaire de 19 fr. 52 nets; sans incapacité, il aurait perçu un salaire de 22 fr. nets; il en résultait une perte théorique de 22 fr. par heure durant les trois premiers jours, puis de 2 fr. 48 par heure; il n'était volontairement pas tenu compte du treizième salaire, l'employeur l'ayant versé dans son intégralité en 2001, 2002 et 2003.
Il ressortait cependant du dossier que le salaire du recourant fluctuait énormément selon la saison et le travail. Pour exemple, celui-ci n'avait perçu qu'un salaire de 927 fr. 95 nets en février 2001 et de 1'664 fr. 15 en mars 2001. Il avait comptabilisé 89 heures en janvier 2000 contre 157,5 heures en septembre 1999 ou 149 en avril 2000, mois durant lesquels l'employeur n'avait signalé aucune incapacité. La cour cantonale a envisagé de se fonder sur la durée de travail annuelle moyenne mais a dû constater qu'une telle estimation était impossible compte tenu des longues périodes d'incapacité que le recourant avait connues de 1998 à 2000. Ainsi, selon la première enquête économique réalisée par l'AI, le travail effectif de 1998 à 2000 correspondait à un taux de 60 %. On pouvait dès lors retenir que le taux d'activité moyen du recourant était supérieur à 60 %, mais inférieur à 100 %. Or, l'assurance perte de gain avait calculé les indemnités journalières, selon le taux d'incapacité, pour la totalité des jours ouvrables. Le recourant avait dès lors échoué à établir avoir subi une perte de gain du 8 octobre 2001 au 31 octobre 2003.
Par la suite, il était établi que le recourant était en mesure d'exercer une activité à plein temps adaptée à son handicap. Son médecin traitant et les experts judiciaires s'accordaient en effet pour lui reconnaître une pleine capacité dans une activité ne nécessitant pas le port de charges lourdes. Les quelque dix-neuf mois séparant la date de sa dernière opération de la fin de son droit aux indemnités perte de gain lui laissaient le temps nécessaire pour chercher une place de travail qui lui convenait. Au lieu de cela, il s'était inscrit à 50 % au chômage et avait travaillé dans le courant 2005 à temps réduit auprès de A._. En raison de l'obligation de diminuer le dommage qui lui incombait, il devait se laisser imputer le gain auquel il avait intentionnellement renoncé. Pour déterminer le dommage, il convenait dès lors de comparer le revenu qu'il aurait perçu sans l'atteinte à sa capacité de gain avec celui qu'il aurait pu gagner en déployant les efforts que l'on pouvait attendre de lui.
Il ressortait du dossier AI et de l'expertise qu'avant sa première opération, le recourant était rémunéré selon une base horaire brute de 26 fr., treizième salaire inclus, et qu'en 2008, son salaire brut se serait élevé à 26 fr. 85. Ces salaires étaient supérieurs à ceux de la Convention collective de travail de la ferblanterie, de la couverture et de l'installation sanitaire dans le canton de Vaud. Il ressortait cependant du dossier AI que les revenus du recourant fluctuaient d'année en année, celui-ci n'étant pas rémunéré durant les jours de pluie ou en cas de baisse de travail. De plus, il était parfois mis à pied durant la saison morte, où la masse de travail diminuait. On ne pouvait dès lors se fonder sur le salaire horaire relativement haut versé par l'entreprise A._, dès lors que, dans l'ensemble, les prestations offertes par cet employeur se révélaient en fait peu intéressantes financièrement. Dans son appel contre la décision AI, le recourant avait du reste fait valoir que son salaire au moment des faits était bien inférieur à celui retenu par l'AI. Considérant que, au vu de la précarité et des mauvaises conditions de son emploi auprès de A._, le recourant aurait à terme vraisemblablement trouvé un emploi d'aide ferblantier/couvreur auprès d'une autre entreprise, il convenait de se baser sur le salaire usuel prévu par la CCT. Converti en salaire mensuel, cela représentait des revenus bruts de 4'695 fr. 75 en 2007, 4'724 fr. 35 en 2008 et 4'840 fr. 55 en 2009.
La cour cantonale a enfin jugé que, selon le tableau TA1 de l'enquête suisse sur la structure des salaires de 2008 de l'Office fédéral de la statistique, le salaire mensuel brut pour les hommes occupés par des tâches simples et répétitives dans le secteur privé s'élevait à 4'806 fr. en 2008. Il convenait cependant de relever que ce salaire standardisé se basait généralement sur une durée de travail de 40 heures par semaine, ce qui était inférieur à l'horaire habituel moyen de travail de 41,6 heures dans les entreprises en 2008. Pour un horaire de travail hebdomadaire de 41,6 heures, le salaire se montait ainsi à 4'998 fr. 24 en 2008. Il était cependant à craindre qu'en raison de ses limitations, le recourant ne soit pénalisé sur le marché de l'emploi, de sorte qu'il convenait de réduire ce salaire usuel de 10 %, ce qui représentait 4'498 fr. 40. Comparé au revenu sans invalidité, la différence de revenu brut se chiffrait mensuellement à 225 fr. 95. Après déduction des charges sociales, la perte représentait un montant mensuel de 186 fr. 48 en 2008. Pour calculer la perte de salaire pour les années antérieures et postérieures à 2008, les juges cantonaux se sont fondés, par mesure de simplification, sur ce moment, adapté à l'indice suisse des prix à la consommation. La perte de gain se chiffrait ainsi à 350 fr. 65 du 1er novembre au 31 décembre 2003, 2'121 fr. 25 en 2004, 2'144 fr. 95 en 2005, 2'168 fr. 70 en 2006, 2'183 fr. 80 en 2007, 2'237 fr. 75 en 2008, 2'226 fr. 95 en 2009 et 1'113 fr. 50 du 1er janvier au 30 juin 2010. La perte de gain actuelle se montait dès lors à 14'547 fr. 55.
4.2 Concernant la détermination du revenu de valide, le recourant reproche à la cour cantonale de s'être basée sur une moyenne de trois mois dont un hivernal, calcul qui ne serait pas indicatif de la moyenne annuelle de travail. Les juges cantonaux auraient par ailleurs occulté le paramètre du chômage partiel; le fait qu'il était employé à temps complet les mois où l'entreprise travaillait à plein et percevait le chômage partiel pour les autres périodes signifierait d'une part que sa capacité de travail était entière, d'autre part que sa volonté de travailler portait sur un temps complet. Enfin, la cour cantonale aurait apprécié les preuves de manière arbitraire en écartant le résultat de l'expertise économique réalisée en cours d'instance sans en motiver les raisons; sur la base de celle-ci, les premiers juges auraient dû retenir que s'il avait pu continuer à travailler à 100 % dans sa profession, le recourant aurait réalisé un revenu annuel moyen non inférieur à 57'500 fr.
Ce raisonnement ne résiste pas à l'examen. A titre préalable, il y a lieu de relever que le recourant ne distingue pas clairement, comme l'a fait la cour cantonale, entre la période durant laquelle il a perçu des indemnités de l'assurance perte de gain, à savoir jusqu'au 31 octobre 2003, et la période postérieure, jusqu'au jour du jugement. Pour la première période, les juges cantonaux ont considéré que les indemnités versées, qui l'avaient été pour la totalité des jours ouvrables, couvraient ce que le recourant aurait perçu sans l'événement dommageable, car il ne travaillait alors pas tous les jours, en fonction de la saison et du travail qui pouvait lui être fourni.
Les juges cantonaux n'ont, quoi qu'en dise le recourant, pas établi de moyenne sur la base des trois mois susmentionnés, qu'ils ont seulement donnés à titre d'exemple des fluctuations de la durée mensuelle de travail; ils ont en outre relevé que l'on ne pouvait en l'occurrence pas établir une durée de travail annuelle moyenne, en raison du fait que le recourant avait connu de longues périodes d'incapacité de travail au cours des années précédentes. Dans ces circonstances, ils se sont appuyés sur les éléments de preuve en présence, soit en l'occurrence sur une enquête AI, pour établir le taux moyen d'activité du recourant pour la période de 1998 à 2000. Une telle base de calcul est admissible, et le recourant n'a pas formé de grief de constatation arbitraire des faits à l'encontre du taux moyen retenu par l'autorité précédente.
Par ailleurs, le reproche fait aux premiers juges d'avoir "occulté le paramètre du chômage partiel" et d'avoir fait abstraction de sa volonté et de sa capacité de travailler à 100 % n'est pas pertinent. En effet, d'une part, la cour cantonale a bien constaté en fait que lorsque le recourant était mis à pied, il timbrait au chômage. D'autre part, c'est bien le revenu effectif avant l'événement dommageable qui est en principe déterminant pour établir la perte de gain, laquelle a été niée du fait que les indemnité versées par l'assurance pour la période allant jusqu'au 31 octobre 2003 couvraient la rémunération que l'employé aurait perçue au cours de la période concernée. Au demeurant, il n'est pas établi qu'avant l'événement dommageable, le produit de l'activité lucrative cumulé avec d'éventuelles indemnités de chômage partiel (limitées à 70 ou 80 % du gain assuré, <ref-law> - RS 837.0) procuraient au recourant un revenu supérieur au montant des indemnités perte de gain, correspondant environ au 90 % de son salaire horaire effectif; le recourant lui-même ne le prétend pas. A cela s'ajoute que pour la période postérieure au 31 octobre 2003, l'autorité cantonale est partie du principe que le recourant aurait cherché et trouvé un emploi à 100 %.
Concernant cette période postérieure, le recourant reproche vainement à la cour cantonale de ne pas avoir repris en tant que tel le chiffre articulé dans l'expertise, étant au demeurant précisé que l'expert a indiqué dans son rapport que le chiffre de 57'500 fr. était une valeur théorique fondée, avant de préciser qu'il ne se prononçait ni sur les intentions personnelles du recourant quant à son désir ou non de travailler à 100 %, ni sur sa capacité physique réelle de travailler à plein temps, point qui ressortait d'une expertise médicale. Cela étant, la cour cantonale a précisément déterminé le revenu hypothétique sans l'événement dommageable en se fondant sur le salaire mensuel usuel ressortant de la Convention collective de travail applicable dans la branche de l'employé, procédé qui ne prête pas le flanc à la critique; au demeurant, le salaire ainsi arrêté, annualisé, correspond presque à celui mentionné dans l'expertise.
En rapport avec la détermination du revenu d'invalide, le recourant part à tort de l'idée que sa capacité de travail ne pouvait être au maximum que de 50 %, dès lors qu'il a au contraire été constaté, sans qu'il n'en démontre l'arbitraire, qu'il était en mesure d'exercer une activité à plein temps adaptée à son handicap. Dans un grief distinct, mais en rapport avec la même question, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'<ref-law> en considérant qu'il aurait dû réduire son dommage en cherchant une place de travail qui lui convenait au lieu de s'inscrire au chômage à 50 % et de travailler dans le courant de l'année 2005 à temps réduit auprès de son employeur; son argumentation repose toutefois derechef sur la prémisse erronée d'une capacité de travail réduite. Pour le surplus, l'exigence posée par la cour cantonale est conforme à la jurisprudence selon laquelle le devoir de diminuer le dommage implique que le lésé doit envisager un changement d'emploi ou de profession si cette mesure paraît équitablement exigible à l'issue d'une analyse approfondie de sa situation (cf. arrêt 4C.83/2006 du 26 juin 2006 consid. 4, in JdT 2006 I 475).
5. Le recourant critique ensuite la manière dont les juges cantonaux ont calculé son dommage futur.
5.1 A cet égard, la cour cantonale a considéré que, de l'avis des experts, la situation était stabilisée, de sorte qu'il ne fallait pas s'attendre à l'avenir à une péjoration de la capacité de gain du recourant, que sa perte de gain annuelle pouvait être estimée à 2'226 fr. 95 et que s'agissant d'un salarié, on pouvait, à défaut de preuve contraire, partir du principe que le recourant n'aurait pas poursuivi son activité lucrative principale au-delà de l'âge de la retraite; elle a capitalisé le montant susmentionné en conséquence.
5.2 Le recourant reproche aux juges cantonaux d'avoir repris à tort le montant auquel ils étaient parvenus dans le cadre du calcul de la perte de gain actuelle, au lieu de se référer au revenu annuel hypothétique, à savoir au salaire moyen qu'il aurait pu réaliser sur l'ensemble de sa carrière; à cet égard, il avance le chiffre de 58'500 fr. articulé par l'expert, tout en reprochant derechef à la cour cantonale de s'en être écartée sans motif; dans ce cadre, il expose en outre que l'affirmation des précédents juges selon laquelle il aurait de toute manière changé d'entreprise avant la fin de sa carrière ne reposerait sur rien et serait en contradiction totale avec les pièces au dossier.
Comme exposé au consid. 4.2 ci-dessus, la manière dont la cour cantonale a, à l'issue d'un raisonnement plus précis que le chiffre théorique figurant dans l'expertise, déterminé le revenu de valide et la perte de gain n'est pas critiquable. Le montant de la perte de gain pris en compte pour la capitalisation - en application d'un facteur que le recourant voudrait différent de celui retenu par les précédents juges, sans qu'il ne motive toutefois son point de vue, mais qu'il invoque semble-t-il en se fondant sur l'âge qu'il avait au moment du dépôt de la demande, tandis que la cour cantonale s'est à juste titre basée sur l'âge au moment du prononcé de la décision cantonale - est celui correspondant à l'année 2009, dernière année complète avant la date du jugement. Pour les années postérieures, le recourant ne prétend ni a fortiori ne démontre que son revenu aurait augmenté. Tout au plus reproche-t-il aux précédents juges d'avoir retenu qu'il aurait de toute manière changé d'entreprise avant la fin de sa carrière, mais il se limite à cet égard à tenter de faire prévaloir sa propre vision des faits sur celle de la cour cantonale, sans démontrer en quoi résiderait l'arbitraire; au demeurant, si les juges cantonaux sont partis de l'idée que le recourant changerait probablement d'emploi, c'est encore une fois dans l'optique d'en trouver un moins précaire et à de meilleures conditions; si le salaire offert par l'entreprise A._ était certes légèrement au-dessus de celui prévu par la Convention collective de travail, le taux d'occupation n'était quant à lui pas garanti; l'hypothèse retenue par la cour cantonale lui était donc globalement favorable. La critique du recourant est définitivement dénuée de pertinence.
6. Le recourant conteste encore le montant qui lui a été alloué à titre de dommage de rente.
6.1 Sur ce point, la cour cantonale a considéré qu'il était impossible de calculer ledit dommage de manière concrète, dès lors que le recourant ne touchait aucune rente des assurances sociales. L'expert judiciaire n'avait d'ailleurs pas été en mesure d'évaluer la perte de rente AVS. En ce qui concernait la rente LPP, il avait procédé à une estimation en capitalisant la différence entre l'expectative de rente au 1er janvier 2001 et au 1er janvier 2009. Ce calcul était erroné en ce sens qu'il ne tenait compte ni de l'augmentation de revenu dont le demandeur aurait bénéficié à l'avenir, ni de sa capacité de gain effective.
Un calcul concret de la perte de rente n'étant pas envisageable, il convenait de capitaliser les cotisations formatrices de rentes versées par l'employeur aux assurances sociales. Pour ce faire, il fallait partir du salaire annuel brut que le recourant aurait réalisé en 2010, soit 58'086 fr. 60. En raison de son atteinte physique, il ne pouvait effectivement gagner que 53'720 fr. 55 par an. La perte des cotisations AVS génératrices de rente pouvait ainsi être arrêtée à 366 fr. 75 bruts par an. Pour le deuxième pilier, il fallait tenir compte du fait que seul le montant compris entre 22'155 fr. et 75'960 fr. était soumis à cotisation. La différence de revenu soumis à cotisation avec ou sans invalidité représentait ainsi 4'366 fr. 05 et la perte de cotisations LPP s'élevait annuellement à 654 fr. 90 jusqu'en 2010 puis à 785 fr. 90.
Bien que les indemnités journalières versées par l'assurance perte de gain n'entraient pas dans le calcul du salaire déterminant soumis à cotisation AVS et n'avaient dès lors pas donné lieu à la perception de cotisations AVS et LPP, il fallait exclure du calcul du dommage de rente les périodes d'incapacité totales et partielles subies du 8 octobre 2001 au 31 octobre 2003. En effet, dès lors qu'il était impossible de déterminer quel revenu le recourant aurait perçu en continuant à travailler auprès de A._ en l'absence d'atteinte à la santé, il n'était pas possible de calculer la perte de cotisation. Après calcul, la cour cantonale a arrêté le montant de la perte de rente à 15'115 fr. 10.
6.2 Le recourant prend comme base un salaire annuel brut hypothétique de 58'500 fr., conformément à son argumentation précédente, qui ne résiste comme déjà exposé pas à l'examen. Il soutient ensuite derechef qu'il ne peut travailler qu'à 50 %, méconnaissant une fois encore le fait qu'une pleine capacité lui a été reconnue dans une activité adaptée. Cela scelle le sort du grief.
7. Le recourant reproche enfin à la cour cantonale d'avoir appliqué l'art. 252 de l'ancien code de procédure civile valaisan du 24 mars 1998 (CPC/VS; RS/VS 270.1) de manière arbitraire en mettant les frais et dépens intégralement à sa charge.
7.1 Aux termes de cette dernière disposition, en règle générale, les frais sont mis à la charge de la partie qui succombe. Lorsqu'aucune des parties n'a entièrement gain de cause, ils sont répartis proportionnellement entre elles (al. 1); Il peut être fait exception à cette règle, en particulier lorsque la partie qui succombe pouvait de bonne foi se croire fondée à procéder ou lorsque le demandeur ne pouvait pas chiffrer exactement la prétention dont le principe a été admis (al. 2).
Le législateur valaisan reconnaît au juge une certaine liberté d'appréciation; selon l'<ref-law>/VS, la répartition en fonction du résultat constitue une "règle générale" et l'al. 2 de ladite disposition permet de déroger au principe en particulier dans les hypothèses qu'il énumère (cf. Michel Ducrot, Le droit judiciaire privé valaisan, 2000, p.182).
7.2 En l'espèce, la cour cantonale a relevé que sur les 478'226 fr. réclamés, le recourant s'était vu allouer 30'524 fr. 90, soit moins de 7 % de ses prétentions; considérant qu'il succombait ainsi pour l'essentiel, elle a décidé de mettre les frais intégralement à sa charge.
7.3 Le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir procédé à aucun examen de la nature des prétentions qui étaient invoquées et soutient qu'il serait arbitraire de prétendre que seulement 7 % des prétentions lui ont été allouées, une telle affirmation revenant à ne prendre en compte que les seules prétentions relatives au calcul du dommage au détriment de la conclusion principale qui les sous-tendait, à savoir le principe de la responsabilité; il relève que sa situation serait ainsi assimilée arbitrairement à celle d'un plaideur totalement défaillant.
Le grief est fondé. En effet, quand bien même le juge dispose d'une grande marge d'appréciation en la matière, la cour cantonale ne pouvait pas, sans plus ample motivation, faire exception au principe de la répartition proportionnelle et mettre l'intégralité des frais et dépens à la charge du recourant, dès lors qu'il n'avait pas entièrement succombé, tandis que l'intimé avait succombé sur le principe d'une responsabilité. Elle a donc commis arbitraire et la cause doit lui être renvoyée pour nouvelle décision sur ce point.
8. Le recours est admis, mais seulement sur un point accessoire. Compte tenu de cette issue, il se justifie de répartir les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., à raison de trois quarts à la charge du recourant et d'un quart à celle de l'intimé (<ref-law>). Le recourant étant au bénéfice de l'assistance judiciaire, la part des frais mis à sa charge sera supportée par la Caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>), sous réserve de remboursement ultérieur (<ref-law>). Par ailleurs, la Caisse du Tribunal fédéral versera une indemnité à son avocat d'office (art. 64 al. 2 in fine LTF), également sous réserve de remboursement (<ref-law>).
La même clé de répartition de trois quarts/un quart sera appliquée au dépens, fixés à 8'000 fr., qui seront compensés dans cette mesure (<ref-law>). Dès lors que la partie au bénéfice de l'assistance judiciaire n'est pas dispensée du paiement des dépens de sa partie adverse (<ref-ruling> consid. 2c p. 324 s.), le recourant reste tenu de verser à l'intimé l'indemnité qui lui est due.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Les chiffres 2 et 3 du dispositif du jugement du 1er juillet 2010 sont annulés et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis pour trois quarts, soit 5'250 fr., à la charge du recourant et pour un quart, soit 1'750 fr., à celle de l'intimé. Le montant mis à la charge du recourant est supporté par la Caisse du Tribunal fédéral.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. La Caisse du Tribunal fédéral versera à Me Anne-Sylvie Dupont une indemnité de 8'000 fr. à titre d'indemnité d'avocat d'office.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 21 janvier 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Monti