Sachverhalt:
A. A.a B._ (Beklagter, Beschwerdegegner) vertrat A._ (Kläger, Beschwerdeführer) als Rechtsanwalt in einer Streitigkeit vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich. Die Klage richtete sich gegen die Z._ AG. Mit Urteil vom 26. Juni 2007 hiess das Handelsgericht die Klage im Umfang von Fr. 39'663.-- nebst Zins gut und wies sie im Übrigen ab. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 13'950.-- auferlegte es dabei zu drei Vierteln dem Kläger und verpflichtete ihn, der Z._ AG eine reduzierte Prozessentschädigung von Fr. 10'900.-- zu bezahlen.
A.b Nachdem auf einen Weiterzug des Urteils des Handelsgerichts verzichtet und das Mandat abgeschlossen worden war, stellte B._ seinem Klienten A._ am 4. September 2007 Rechnung für einen Restsaldo von Fr. 10'705.80. Dieser empfahl seinem Anwalt in der Folge, seine Haftpflichtversicherung zu informieren, da ihm durch seinen Anwaltsfehler unnötige Prozesskosten in der Höhe von ca. Fr. 20'000.-- entstanden seien.
B. B.a Am 19. April 2010 erhob A._ beim Bezirksgericht Luzern Klage gegen B._ und beantragte, dieser sei zu verpflichten ihm Fr. 38'611.15 nebst Zins zu bezahlen und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx im selben Umfang zu beseitigen sowie die definitive Rechtsöffnung zu gewähren. B._ verlangte widerklageweise die Zahlung von Fr. 10'705.80 nebst Zins und die Beseitigung des Rechtsvorschlages in der Betreibung Nr. yyy im selben Umfang.
Mit Urteil vom 7. Dezember 2011 wies das Bezirksgericht Luzern die Klage ab. In teilweiser Gutheissung der Widerklage verpflichtete es den Kläger, dem Beklagten Fr. 10'695.35 nebst 5 % Zins seit dem 4. Dezember 2007 zu bezahlen.
B.b Gegen dieses Urteil erhob der Kläger Berufung an das Obergericht des Kantons Luzern mit dem Antrag, es sei das Urteil des Bezirksgerichts Luzern vom 7. Dezember 2011 aufzuheben, die Klage gutzuheissen und die Widerklage abzuweisen. Mit Entscheid vom 19. Juli 2012 wies das Obergericht des Kantons Luzern die Klage ab und verpflichtete den Kläger, dem Beklagten Fr. 10'695.35 nebst 5 % Zins seit dem 4. Dezember 2007 zu bezahlen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 19. Juli 2012 sei in sämtlichen Punkten aufzuheben, eventualiter zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beklagte beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Der Beschwerdeführer hat unaufgefordert eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
1.1 Der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Luzern ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der für die Beschwerde in Zivilsachen bei vermögensrechtlichen Angelegenheiten erforderliche Streitwert nach <ref-law> ist gegeben.
1.2 Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich der Beschwerdeführer in der Regel nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Der Beschwerdeführer muss demnach angeben, welche Punkte des Entscheides angefochten und welche Abänderungen beantragt werden. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig.
Die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers enthalten keinen materiellen Antrag. Er beantragt, "die Beschwerde in Zivilsachen sei vollumfänglich gutzuheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 19. Juli 2012 sei in sämtlichen Punkten aufzuheben, eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen". Aus seiner Beschwerdebegründung geht jedoch hervor, dass er die Gutheissung seiner Klage beantragt. Ob der Beschwerdeführer damit den hievor dargelegten gesetzlichen Anforderungen genügt, kann offen gelassen werden, da sich erweisen wird, dass die Beschwerde ohnehin unbegründet ist.
2. 2.1 Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398).
2.3 Diese Grundsätze verkennt der Beschwerdeführer, soweit er der Vorinstanz eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) vorwirft, indem sie ihrer Begründungspflicht nicht nachgekommen sein soll; dabei begnügt sich der Beschwerdeführer vorzubringen, die Vorinstanz habe nicht begründet, weshalb im Verfahren vor dem Handelsgericht "keine übereinstimmende Streitwertangabe" durch die Parteien vorgelegen habe, wie sie auf die Feststellung gelangt sei, dass die Parteien von einem Schaden in der Höhe von Fr. 350'000.-- ausgegangen seien, und weshalb sie sich nicht mit seinen Vorbringen bezüglich der vom Beschwerdegegner geltend gemachten Honorarforderung auseinandergesetzt habe, ohne jedoch darzulegen, inwiefern ihm diese (ungenügende) Begründung eine sachgerechte Anfechtung des Entscheids verunmöglicht hätte. Damit kommt der Beschwerdeführer den strengen Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht nach, weshalb auf diese Rügen nicht einzutreten ist.
Auch nicht gehört werden kann der Beschwerdeführer, soweit sich seine Ausführungen in appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid erschöpfen und er in verschiedenen Punkten von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht oder diese gar erweitert, ohne hinreichende Sachverhaltsrügen zu erheben. Seine diesbezüglichen Ausführungen haben daher - unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Rügen - unbeachtet zu bleiben.
2.4 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Soweit der Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren vorbringt, dass der Beschwerdegegner ihn hätte darauf hinweisen müssen, dass das Gericht bei der Ermittlung der Gerichtskosten auf den höheren Streitwert abstellt, handelt es sich um ein neues Vorbringen (<ref-law>), womit er nicht zu hören ist.
3. Unbestritten ist, dass der Beschwerdegegner als Anwalt des Beschwerdeführers dem Handelsgericht Zürich eine Stufenklage eingereicht hat, mit dem Begehren "die Beklagte (Z._ AG) habe dem Kläger (Beschwerdeführer) Schadenersatz in noch abschliessend zu beziffernder, den Betrag von CHF 8'000.00 übersteigender Höhe aus Vermögensverwaltungsauftrag zu bezahlen". In Ziffer 4 der Begründung der Klage führte er sodann aus, dass in diesem Stadium des Verfahrens der Streitwert vorerst einmal mit Fr. 8'000.-- übersteigend beziffert werde, wobei die Weisung des Friedensrichters den Passus enthalte, dass der Rechtsanwalt des Klägers den Streitwert mit Fr. 200'000.-- übersteigend beziffere.
Der Beschwerdeführer macht geltend, dass ihm als Folge dieser sorgfaltswidrigen Streitwertangabe bzw. mit dem Hinweis auf den Weisungsschein unnötige Prozesskosten entstanden seien, wofür der Beschwerdegegner einzustehen habe.
4. Der Beschwerdeführer rügt eine falsche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz und eine Verletzung von <ref-law>.
4.1 Er bringt vor, entgegen der Feststellung der Vorinstanz, habe er die Klage des Beschwerdegegners gegen die Z._ AG nicht unkommentiert zur Kenntnis genommen und sich erst recht nicht ausdrücklich damit einverstanden erklärt. Nach einem Gespräch zwischen den Parteien vor der Klageeinreichung habe er den Beschwerdegegner aufgefordert, den Streitwert mit Fr. 8'000.-- übersteigend anzugeben. Dem sei der Beschwerdegegner zwar nachgekommen, habe aber eigenmächtig - ohne das Wissen und die Einwilligung des Beschwerdeführers - noch den Teilsatz mit dem Verweis auf den Weisungsschein eingefügt.
4.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdegegner den Beschwerdeführer vor Klageeinreichung über den Stand seiner Tätigkeit ordnungsgemäss auf dem Laufenden gehalten habe; der selber rechtskundige Beschwerdeführer habe die Klage und deren Inhalt nicht nur unkommentiert zur Kenntnis genommen, sondern sich damit ausdrücklich einverstanden erklärt bzw. Korrekturen am Entwurf vorgenommen. Soweit der Beschwerdeführer vorbringe, er habe den Beschwerdegegner vor Klageeinreichung angewiesen die Streitwertangabe "Fr. 200'000.-- übersteigend" in der Klage zu streichen, habe er den Nachweis nicht erbracht. Das Vorgehen des Beschwerdegegners erweise sich somit als gesetzeskonform und regelrecht.
4.3 Der Beschwerdeführer verkennt, dass die Vorinstanz sehr wohl festgestellt hat, dass vor der Klageeinreichung Korrekturen an dem vom Beschwerdegegner erarbeiteten Klageentwurf vorgenommen wurden. Soweit der Beschwerdeführer jedoch vorbringt, dass der Beschwerdegegner vor der Klageeinreichung eigenmächtig den Teilsatz mit dem Verweis auf den Weisungsschein des Friedensrichters eingefügt habe, stösst sein Vorbringen ins Leere. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdeführer den Nachweis für ein instruktionswidriges Verhalten des Beschwerdegegners bzw. dass der Beschwerdeführer den Beschwerdegegner vor Einreichung der Klage telefonisch angewiesen habe, die Streitwertangabe "Fr. 200'000.-- übersteigend" zu streichen, nicht erbracht habe; er habe sich weder mit der Beweiswürdigung der Vorinstanz auseinandergesetzt, noch habe er neue Beweismittel vorgelegt. Der Beschwerdeführer setzt sich damit nicht eingehend auseinander und macht insbesondere nicht geltend, dass er vor der Vorinstanz die Beweiswürdigung des erstinstanzlichen Gerichts genügend gerügt und den Nachweis für ein instruktionswidriges Verhalten des Beschwerdegegners erbracht hätte. Er bringt lediglich vor, dass für das Einreichen neuer Beweismittel keine Notwendigkeit bestanden habe, da aufgrund anderer Beweismittel erwiesen sei, dass der Beschwerdegegner die Streitwertangabe von Fr. 200'000.-- übersteigend eigenmächtig eingefügt habe. Damit genügt der Beschwerdeführer den Begründungsanforderungen offensichtlich nicht.
4.4 Der Beschwerdeführer bringt sodann vor, mit dem Hinweis auf den Weisungsschein des Friedensrichters habe der Beschwerdegegner explizit auf den Mindeststreitwert von Fr. 200'000.-- hingewiesen; ohne diesen Hinweis hätte das Handelsgericht für die Berechnung der Gerichtskosten einzig auf den Streitwert von Fr. 8'000.-- übersteigend abgestellt. Damit habe der Beschwerdegegner seine Sorgfaltspflicht verletzt, denn es habe ihm klar sein müssen, dass das Gericht auf diese Angabe abstellen werde, sofern diese Tatsachenbehauptung von der Gegenpartei nicht bestritten werde.
4.5 Auf das Verfahren vor dem Handelsgericht war noch das alte zürcherische Verfahrensrecht anwendbar, nach diesem erfolgte auch die Bemessung der Gerichts- und Parteikosten. Danach war der Streitwert die Grundlage für die Kostenfestsetzung und die Kostenverlegung. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass das Handelsgericht den Streitwert nicht gestützt auf das Rechtsbegehren in der Klage habe bestimmen können, da in einer Stufenklage noch kein abschliessend beziffertes Rechtsbegehren gestellt werden konnte und die definitive Klageforderung noch nicht feststand; in der Klage vom 20. April 2005 sei ausdrücklich darauf hingewiesen worden, dass der Streitwert erst nach der Auskunftserteilung beziffert werden könne. Demnach habe das Handelsgericht den Streitwert frei festlegen können. Das Vorbringen des Beschwerdeführers, das Handelsgericht habe den Streitwert einzig wegen des Hinweises in der Klageschrift auf die Weisung des Friedensrichters auf Fr. 200'000.-- festgesetzt, sei nicht schlüssig; es sei davon auszugehen, dass das Handelsgericht den Streitwerthinweis von Fr. 200'000.-- in der Weisung des Friedensrichters auch ohne den Hinweis in der Klageschrift erkannt hätte.
4.6 Es ist unbestritten, dass aus dem Weisungsschein des Friedensrichters der Streitwert von Fr. 200'000.-- hervorging. Dieser Weisungsschein musste zusammen mit der Klage beim Handelsgericht eingereicht werden, um den Rechtsstreit rechtshängig zu machen. Es ist daher mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass das Handelsgericht - auch ohne den Hinweis in der Klageschrift - den Streitwert von Fr. 200'000.-- im Weisungsschein erkannt hätte. Der letztlich beanstandete Verweis auf die Weisung des Friedensrichters ist nicht sorgfaltswidrig, weshalb alle diesbezüglichen Sachverhaltsrügen ohne Einfluss auf das Verfahren sind (<ref-law>).
Die Vorinstanz hat zu Recht erwogen, dass sich das Vorgehen des Beschwerdegegners als gesetzeskonform und regelrecht erweist. Die Rüge der Verletzung von <ref-law> ist unbegründet.
5. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze