Faits:
A. A.a X._ SA, de siège à ..., est active dans l'importation, l'exportation, le commerce, la représentation et la fabrication de tous produits d'hygiène, cosmétiques, de parfumerie et pharmaceutiques. Elle distribue en Suisse les produits cosmétiques du groupe français V._, auquel elle appartient.
Le 1er août 2005, X._ SA a engagé Y._ en qualité de vendeuse. Celle-ci était chargée de visiter des salons de beauté en Suisse allemande, afin de vendre et de promouvoir les produits V._. Son salaire mensuel était composé d'un montant fixe de 1'000 fr. et de commissions. Le contrat prévoyait des frais de déplacement composés d'une indemnité voiture de 2'000 fr. par mois et de 35 fr. par jour.
A la suite d'une perte commerciale de quelque 100'000 fr. réalisée en 2007, X._ SA a dû, sur injonction du groupe V._, réduire ses coûts, notamment en licenciant une partie de son personnel et en engageant de nouveaux collaborateurs à des conditions salariales inférieures. C'est ainsi qu'une voyageuse de commerce pour la Suisse allemande a été engagée, avec effet dès le mois de février 2008.
Au cours de la réunion de travail agendée le 18 février 2008 dans les locaux de l'entreprise, trois employées de la société, dont Y._, ont été licenciées; une lettre, datée du même jour et qui faisait état de la résiliation du contrat de travail, leur a été remise. Les employées ont été libérées de l'obligation de travailler durant le délai de préavis et ont dû restituer les ordinateurs portables jusque-là mis à leur disposition.
La date d'échéance du contrat de Y._ était fixée au 30 avril 2008 et le motif du licenciement tenait à ce que le conseil d'administration avait pris la décision de restructurer le service commercial, faute de résultats de l'entreprise.
A.b Le 16 février 2008, Y._ a glissé sur une plaque de verglas. Elle a été blessée au genou droit et à l'épaule droite. Aucun médecin n'a été consulté dans les heures qui ont suivi la chute.
Y._ a fait part, à son employeuse, de son accident l'après-midi de son licenciement.
Le Dr A._, médecin-traitant de Y._, a été consulté le 19 février 2008 et a délivré un certificat d'incapacité totale de travail à compter de la date de l'accident jusqu'au 27 février 2008. Ce certificat a été, par la suite, renouvelé à plusieurs reprises. A partir du 13 mars 2008, la capacité de travail de Y._ a été de 50% et ce jusqu'au 21 avril 2008. A cette date, l'employée a recouvré sa pleine capacité de travail.
Par courrier du 25 avril 2008, le licenciement de Y._ a été confirmé pour le 30 juin 2008, "sous réserve que les congés [donnés] précédemment soient nuls".
Les salaires des mois de mars et avril 2008 ont été versés à l'employée.
A.c L'employeuse a annoncé l'accident à l'assurance W._, assureur LAA, et a, par courrier du 4 mars 2008, prié cette dernière d'enquêter sur les causes du cas d'assurance. Après avoir rencontré l'employée le 7 avril 2008, l'inspecteur sinistre de l'assurance a établi un rapport.
B. B.a Le 4 juillet 2008, Y._ a saisi la juridiction des prud'hommes du canton de Genève. Elle concluait à ce que X._ SA soit condamnée à lui verser la somme de 30'000 fr., avec intérêts, totalisant les différences de salaire des mois de février à juin 2008, les frais de voiture de mars à juin 2008, les jours fériés non pris et l'indemnité pour licenciement abusif; elle sollicitait également la remise d'un certificat de travail corrigé et individualisé. La défenderesse a conclu au rejet de la demande et, à titre reconventionnel, à la condamnation de la partie adverse à lui payer le montant de 529 fr.20, représentant une facture demeurée impayée.
Par jugement du 11 mai 2009, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné X._ SA à payer à Y._ la somme brute de 15'789 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 23 juin 2008, à titre de solde de salaire pour les mois de février, mars et avril 2008 (1'057 fr.40) et de salaire pour les mois de mai et juin 2008 (14'731 fr.60), et à lui remettre un certificat de travail, conforme à ce qui a été décidé sous considérant 8; la partie qui a la charge d'opérer les déductions sociales et légales usuelles a été invitée à le faire. Le Tribunal a par ailleurs condamné Y._ à payer à X._ SA la somme nette de 529 fr.20, avec intérêts à 5% l'an dès le 25 septembre 2008, et débouté les parties de toute autre conclusion.
B.b Le 21 avril 2010, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a, sur appel de l'employeuse, annulé le jugement entrepris. Statuant à nouveau, elle a condamné X._ SA à verser à Y._ le montant brut de 14'731 fr.60, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2008, correspondant aux salaires des mois de mai et juin 2008; elle a donné acte à X._ SA de ce qu'elle reconnaît devoir à Y._ le montant brut de 37 fr.10, plus intérêts à 5% l'an dès le 1er mai 2008 et l'a condamnée en tant que de besoin à payer cette somme; elle a condamné Y._ à verser à X._ SA le montant net de 529 fr.20, plus intérêts à 5% l'an dès le 25 septembre 2008 et dit que les montants précités seront compensés à due concurrence; elle a condamné X._ SA à remettre Y._ un certificat de travail mentionnant que les rapports de travail ont pris fin le 30 juin 2008, invité la partie qui en a la charge à effectuer les déductions sociales et légales, mis à la charge de X._ SA l'indemnité de 100 fr. versée au témoin A._ et débouté les parties de toute autre conclusion.
C. Ayant reçu cet arrêt le 23 avril 2010, X._ SA (ci-après: la recourante) a déposé dans un bureau de poste suisse, le 24 mai 2010, un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle dénonce un "établissement irrégulier des faits", une appréciation arbitraire des preuves, de même qu'une violation des art. 336c al. 1 let. b, 336c al. 2 et 324a CO, subsidiairement des art. 82 et 324 CO; elle se plaint également d'une application arbitraire du droit cantonal. La recourante conclut, sous suite de dépens, à la réforme de l'arrêt entrepris, en ce sens que, d'une part, la demande en paiement des salaires des mois de mai et juin 2008 pour le montant brut de 14'731 fr.60, plus intérêts, est entièrement rejetée et que, d'autre part, la date de la fin des rapports de travail figurant sur le certificat de travail à délivrer est le 30 avril 2008. Elle demande le renvoi de la cause à la Cour d'appel pour qu'elle annule sa condamnation à payer l'indemnité pour le témoin A._ et sollicite, pour le surplus, la confirmation des autres points du dispositif.
Y._ (ci-après: l'intimée) conclut, sous suite de dépens, au rejet du recours et à la confirmation du jugement entrepris.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le jugement attaqué a été rendu en matière civile (<ref-law>) par l'autorité judiciaire cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse, qui correspond aux montants encore litigieux devant l'autorité précédente (<ref-law>), atteint le seuil de 15'000 fr. fixé en matière de droit du travail (<ref-law>). Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>), le recours est en principe recevable puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; <ref-ruling> consid. 8.1. p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Il incombe à la partie recourante, qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente, d'expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287 s. et consid. 6.2 p. 288).
1.4 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. Dans un premier grief, la recourante critique les constatations de fait cantonales (<ref-law>).
2.1 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir omis de constater deux faits pertinents pour la solution du litige. L'autorité cantonale aurait dû préciser que l'activité professionnelle de l'employée est de conduire un véhicule automobile afin de rendre visite et prendre les commandes des clients; elle aurait également dû retenir qu'un trajet aller-retour Berne-Genève de 340 km a été effectué par l'employée au volant de son véhicule, alors que celle-ci était au bénéfice d'une incapacité totale de travail depuis moins de 10 jours.
La recourante ne remet pas en cause la fonction de vendeuse de son employée; elle ne conteste en particulier pas que celle-ci était chargée de la vente et de la promotion des produits V._ et devait dans ce but visiter des salons de beauté en Suisse allemande. Dans la mesure où il est manifeste qu'une telle activité ne se résume pas à la conduite d'un véhicule automobile, la critique est vaine. En outre, il apparaît clairement, à la lecture du jugement entrepris, que l'employée faisait usage, dans le cadre de son activité professionnelle, d'un véhicule automobile, puisqu'il ressort de l'état de fait cantonal qu'une indemnité voiture de 2'000 fr. par mois et de 35 fr. par jour était prévue pour les frais de déplacement.
S'agissant du trajet aller-retour Berne-Genève effectué par l'employée, les juges cantonaux ne l'ont pas occulté. Les magistrats ont en effet dûment relevé, dans le cadre de l'examen de la valeur probante des certificats médicaux établis par le Dr A._, que le fait, pour l'employée, de "conduire son véhicule automatique doté d'un dispositif tip tronic" ne remettait pas en cause l'appréciation médicale d'un praticien chevronné. L'autorité cantonale a en outre expressément relevé que l'employée s'était rendue, au volant de sa voiture, dans les locaux de l'entreprise, afin de restituer le matériel en sa possession.
Cela étant, il n'y a pas matière à compléter l'état de fait cantonal.
2.2 La recourante prétend par ailleurs que les caractéristiques techniques du véhicule utilisé par l'employée auraient été fixées en violation de l'<ref-law>, à défaut de toute preuve avancée sur le sujet.
En arrêtant que le véhicule de l'employée était automatique et disposait d'un dispositif particulier, les juges cantonaux ont établi une donnée factuelle, qu'il convenait de critiquer sous l'angle de l'arbitraire. C'est donc en vain que la recourante argue d'une violation de l'<ref-law>.
2.3 La recourante observe enfin que la date correspondant au jour du déplacement de Berne à Genève - indiquée comme étant le 26 avril 2008 en lieu et place du 26 février 2008 - est erronée.
Il ne peut être contesté que, sur cette question, le jugement contient bien une inexactitude. Celle-ci ne porte toutefois pas à conséquence; en effet, contrairement à ce que soutient la recourante, la date du déplacement de Berne à Genève n'a joué aucun rôle dans l'appréciation faite par les juges cantonaux de cet événement. Le point discuté est donc sans influence sur l'issue du litige (cf. <ref-law>). Il n'y a donc pas lieu d'accueillir favorablement le moyen soulevé par la recourante.
3. Sous l'intitulé "griefs quant à l'application du droit", la recourante se livre à une critique du droit et des faits, puisqu'elle dénonce, en sus d'une violation des art. 336c al. 1 let. b, 336c al. 2 et 324a CO, une appréciation arbitraire des preuves.
3.1 La recourante prétend que l'autorité cantonale ne pouvait pas admettre l'incapacité de travail de l'intimée sur la seule base de certificats médicaux, confirmés en audience par leur auteur, le Dr A._, sans commettre une appréciation arbitraire des preuves.
Elle soutient que l'intimée ne pouvait pas, d'une part, être incapable de travailler et, d'autre part, être en mesure de conduire son véhicule pour se rendre de Berne à Genève. Elle précise que même la conduite d'un véhicule automatique muni d'un système tiptronic impliquait que la conductrice utilise la jambe droite, prétendument blessée. Elle oppose par ailleurs l'appréciation médicale, dite subjective, aux déclarations des témoins B._ et C._, qui ont affirmé que le jour du licenciement l'employée marchait normalement et ne s'est pas plainte de douleurs. Elle souligne encore l'absence de visite médicale le jour de l'accident.
3.2 Dire si un employé est apte à travailler relève de l'établissement des faits. Il incombe à ce dernier d'apporter la preuve d'un empêchement de travailler (<ref-law>; arrêt 4C.346/2004 du 15 février 2005 consid. 4.1 et les références). En cas de maladie ou d'accident, le travailleur aura le plus souvent recours à un certificat médical, qui se définit comme un document destiné à prouver l'incapacité de travailler d'un patient pour des raisons médicales. Le certificat médical ne constitue pas un moyen de preuve absolu (arrêt 4A_227/2009 du 28 juillet 2009 consid. 3.1.3).
On ne saurait déduire du fait que l'intimée a, le 26 février 2008, conduit son véhicule automobile pour se rendre de Berne à Genève qu'elle était apte à travailler. Ce fait est ponctuel et semble, au regard de la déposition du médecin-traitant de l'employée, avoir été possible grâce à la prise d'analgésiques. L'aptitude de l'intimée à effectuer le trajet en question ne signifie pas encore que celle-ci était apte à assurer les déplacements journaliers nécessaires à son activité, qui, comme on l'a vu, consistait à visiter des salons de beauté dans le but de vendre et de promouvoir des produits d'une marque déterminée. Dans ces circonstances, il est sans pertinence de tenter de démontrer, comme le fait la recourante, que les caractéristiques techniques du véhicule - automatique et muni d'un système tiptronic - n'ont pas pu empêcher l'intimée d'utiliser sa jambe droite pour conduire le véhicule. Au demeurant, il ne faut pas perdre de vue que le travail de l'employée impliquait d'autres tâches que celles rattachées à la conduite d'un véhicule automobile.
Pour le surplus, les dépositions des deux employés de la société recourante B._ et C._, qui ont indiqué que l'intimée marchait normalement le jour de son licenciement, ne sauraient à elles seules faire douter de la force probante des certificats médicaux querellés. La teneur de ces derniers a été confirmée à deux reprises par leur auteur et aucun indice concret ne permet de douter de l'intégrité de ce dernier.
C'est donc sans arbitraire que la cour cantonale a retenu, sur la base des certificats médicaux produits, que l'employée était incapable de travailler du 16 février au 21 avril 2008.
La conclusion juridique qu'en a tiré l'autorité cantonale est exempte de tout reproche. Cette autorité a jugé, à bon droit, que les congés signifiés durant les périodes d'incapacité étaient inefficaces au sens de l'<ref-law> et considéré, au regard du licenciement notifié le 25 avril 2008 pour le 30 juin 2008, que les relations contractuelles avaient pris fin à cette dernière date.
On ne discerne aucune violation du droit fédéral dans le raisonnement de la cour cantonale.
4. A titre de motivation subsidiaire, la recourante invoque une violation des art. 82 et 324 CO.
La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir fait supporter à l'employée le risque d'une absence d'offre de services, mais, par contre, d'avoir fait supporter à l'employeuse le risque du paiement du salaire. Elle soutient que la cour cantonale ne pouvait pas retenir que l'employée était fondée à ne pas offrir ses services, au motif qu'une autre voyageuse de commerce avait été engagée. Elle relève ne pas avoir exprimé, d'une manière ou d'une autre, le refus d'accepter la prestation de l'employée, alors que celle-ci a, durant la période d'incapacité partielle de travail, manifesté sans équivoque le refus d'offrir sa prestation de travail.
4.1 La nullité du licenciement sur la base de l'<ref-law> ne modifie pas les droits et obligations des parties. Le travailleur doit fournir sa prestation de travail alors que l'employeur reste tenu de payer le salaire (art. 319 et 324 CO; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 357). S'il n'exécute pas sa prestation de travail sans être empêché par un motif reconnu, le travailleur est en demeure (<ref-law>) et l'employeur peut alors refuser de payer le salaire (<ref-law>). De même, l'employeur peut être en demeure. Si ce dernier empêche par sa faute l'exécution du travail ou se trouve en demeure de l'accepter pour d'autres motifs, il doit payer le salaire sans que le travailleur doive encore fournir sa prestation (<ref-law>).
La demeure de l'employeur suppose en principe que le travailleur ait offert ses services (<ref-ruling> précité; <ref-ruling> consid. 5a p. 444). Le travailleur ne peut toutefois se voir reprocher de n'avoir pas offert ses services lorsque l'employeur l'a valablement libéré de l'obligation de travailler jusqu'au terme du délai de congé ou lorsqu'il n'aurait de toute manière pas accepté la prestation de travail offerte (<ref-ruling> précité et les références).
4.2 Il ressort du jugement entrepris que l'employeuse a clairement manifesté qu'elle n'avait plus de tâches à confier à l'employée, sans qu'aucun grief d'arbitraire ne soit soulevé. Compte tenu de cette circonstance, on ne saurait faire grief à l'employée d'avoir refusé d'offrir ses services.
En soutenant ne pas avoir exprimé, d'une manière ou d'une autre, le refus d'accepter la prestation de l'employée, la recourante s'éloigne de l'état de fait souverain. Dès lors, son argumentation ne peut que tomber à faux.
5. La recourante dénonce, en dernier lieu, une application arbitraire de l'art. 76 al. 1 de la loi sur la juridiction des prud'hommes (LJP; RS/GE E 3 10). Selon cette disposition, le juge peut mettre les dépens et les frais de justice à la charge de la partie qui plaide de manière téméraire.
La recourante réfute avoir plaidé de manière téméraire, puisqu'elle affirme que la demande d'audition du témoin A._ était légitime. Cela étant, elle conteste devoir supporter l'indemnité versée au témoin par 100 francs.
Dans la mesure où la cour cantonale a fait supporter l'indemnisation contestée à la partie appelante par application de l'art. 78 al. 1 LJP, qui prévoit que les indemnités aux témoins sont en principe mis à la charge de la partie qui succombe - et non pas par application de la disposition dénoncée -, la critique est vaine.
6. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Au regard de ce résultat, il ne se justifie pas de répartir différemment les frais de la procédure antérieure (<ref-law>).
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 27 juillet 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin