A.- G._, geb. 1949, trat am 1. April 1993 im Restaurant des Zentrums X._ eine Stelle als Serviceangestellte und Gerantstellvertreterin an. Bis anfangs Juni 1995 arbeitete sie mit einem Beschäftigungsgrad von 80 %. Zufolge gesundheitlicher Probleme konnte sie anschliessend nur noch Einsätze als Serviceangestellte leisten.
Am 11. September 1996 meldete sich G._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Thurgau mit Verfügung vom 13. Mai 1998 ab 1. Juni 1996 eine bis zum 31. Januar 1997 befristete ganze
Invalidenrente zu, dies auf der Basis eines Invaliditätsgrads von 100 %.
B.- Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau hiess eine gegen die Befristung der Rente erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 28. Dezember 1998 in dem Sinne teilweise gut, als die angefochtene Verfügung, soweit sie die Befristung der Rente bis 31. Januar 1997 festlegte, aufgehoben und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Thurgau zurückgewiesen wurde, damit diese G._ mit Wirkung ab 1. Februar 1997 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung ausrichte.
C.- G._ lässt gegen diesen Entscheid Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, es sei ihr mit Wirkung ab 1. Februar 1997 mindestens eine halbe Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen; eventuell sei die Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Während die Vorinstanz und die IV-Stelle die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen, lässt sich das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Im Beschwerdeverfahren um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen ist die Überprüfungsbefugnis des Eidgenössischen Versicherungsgerichts nicht auf die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens beschränkt, sondern sie erstreckt sich auch auf die Angemessenheit der angefochtenen Verfügung; das Gericht ist dabei nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden und kann über die Begehren der Parteien zu deren Gunsten oder Ungunsten hinausgehen (Art. 132 OG; erweiterte Kognition; <ref-ruling> Erw. 1c, 120 V 448 Erw. 2a/aa, je mit Hinweisen).
2.- Streitig und zu prüfen ist einzig, ob die Beschwerdeführerin ab 1. Februar 1997 Anspruch auf eine halbe oder eine Viertelsrente der Invalidenversicherung hat.
3.- Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen über die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 1bis IVG), die Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) und die Festlegung des Invaliditätsgrads bei teilerwerbstätigen Personen (<ref-law> in Verbindung mit Art. 27 und 27bis IVV) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist, dass bei rückwirkender Zusprechung einer abgestuften oder befristeten Invalidenrente die für die Rentenrevision geltenden Bestimmungen (<ref-law>, <ref-law>) analog anwendbar sind (<ref-ruling> Erw. 4a; AHV-Praxis 1998 S. 121 Erw. 1b).
4.- Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid begründet, dass bei der Beschwerdeführerin - in Abweichung von der Auffassung der Verwaltung - im erwerblichen Bereich ein Invaliditätsgrad zwischen 50 % und 55,7 % besteht, was nicht angefochten wird. Im Weitern ist nicht streitig, dass die Voraussetzungen von <ref-law> für eine Herabsetzung oder Aufhebung der Rente Ende Januar 1997 gegeben sind. Aufgrund der Akten ist dies nicht zu beanstanden. Davon ist im Folgenden auszugehen.
5.- a) Streitig ist dagegen, ob die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der revisionsweisen Herabsetzung der Invalidenrente als voll oder teilweise erwerbstätige Person einzustufen ist und, davon abgeleitet, welche Methode zur Invaliditätsbemessung anwendbar ist.
b) Die Beschwerdeführerin hat für ihre Stelle als Serviceangestellte und Gerantstellvertreterin im Restaurant des Zentrums X._ mit ihrer Arbeitgeberin ein 80 %-Anstellungsverhältnis vereinbart und in diesem Umfang bis zum Eintritt ihrer gesundheitlichen Beeinträchtigung anfangs Juni 1995 auch tatsächlich gearbeitet. In den Berichten vom 18. Dezember 1997 und 6. Januar 1998 der Berufsberaterin wird festgehalten, dass die Beschwerdeführerin ohne Gesundheitsschaden ab 1. Februar 1996 an ihrem bisherigen Arbeitsplatz eine Vollzeitstelle angenommen hätte und deshalb ab diesem Zeitpunkt voll erwerbstätig gewesen wäre. Die IV-Stelle stellte in der Folge einfach auf die Tatsache ab, dass die Beschwerdeführerin vor Eintritt der Behinderung zu 80 % erwerbstätig war, und stufte diese ohne weitere Begründung auch weiterhin als 80 % erwerbstätige Person ein.
Die Vorinstanz schloss sich dieser Betrachtungsweise an im Wesentlichen mit folgender Begründung. Die Beschwerdeführerin habe nach der Ehescheidung im Jahr 1988 bis zum 31. März 1993 eine vollzeitliche Erwerbstätigkeit ausgeübt. Die Reduktion des Pensums bei Antritt der Stelle im Alterszentrum Kreuzlingen sei aus privaten Gründen erfolgt. Jedenfalls bestehe kein Zusammenhang mit den gesundheitlichen Beschwerden, die erst im Februar 1995 aufgetretenen seien. Dass sie per 1. Februar 1996 wieder eine Vollzeitstelle habe übernehmen wollen, stehe in einem engen Zusammenhang mit den Arbeitsbedingungen der konkreten Arbeitsstelle. Daraus sei zu schliessen, dass sie auch ohne Gesundheitsschaden nicht bedingungslos wieder eine vollzeitliche Beschäftigung angenommen hätte, sondern höchstens dann, wenn der zeitliche Mehraufwand durch die besonderen Arbeitsbedingungen, z.B. eine weniger anforderungsreiche Tätigkeit, aufgewogen worden wäre. Unter diesen Gegebenheiten könne nicht davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführerin ohne Gesundheitsschaden in jedem Fall wieder zu 100 % erwerbstätig wäre.
c) Die Beschwerdeführerin reicht mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde eine Bestätigung vom 26. Januar 1999 des Leiters des Restaurants des Zentrums X._ ein. Darin bestätigt dieser, dass die Beschwerdeführerin ihn im Herbst 1995 auf die Möglichkeit der Erhöhung ihres Arbeitspensum auf 100 % angesprochen habe. Ihr Einkommen reiche für die Bestreitung des Lebensunterhaltes nicht aus, weshalb sie dringend auf einen Zusatzverdienst angewiesen sei. Da in jenem Zeitpunkt keine weitere Arbeit zu vergeben gewesen sei, habe er sie auf den nächsten bekannten Abgang aus dem Personal (Pensionierung) im Frühjahr 1996 vertrösten müssen. Er habe ihr damals versprochen, dannzumal zusätzlich 20 % Arbeit zuzuteilen. Durch den Unfall und die Krankheit der Beschwerdeführerin sei es dann aber nie zu dieser vorgesehenen Umverteilung gekommen.
d) Der Vorinstanz ist zwar darin zuzustimmen, dass die Pensumsreduktion beim Stellenantritt im Alterszentrum Kreuzlingen nicht auf die erst ab Februar 1995 auftretenden gesundheitlichen Beschwerden zurückgeführt werden kann. Durch die Berichte der Berufsberaterin und des Zentrumsleiters wird jedoch klar bestätigt, dass die Beschwerdeführerin ihr Arbeitspensum wieder aufstocken wollte. Dass es sich dabei nicht um den blossen Ausdruck eines Wunsches geht, belegt insbesondere die Bestätigung des Leiters. Darin wird dargelegt, dass es die Beschwerdeführerin war, die sich um eine Erhöhung ihres Arbeitspensums bemüht hatte und dass ihr zugesagt worden war, ihr dies bei nächster sich bietender Gelegenheit zu ermöglichen. Gegen die Glaubwürdigkeit dieser Darstellung spricht auch die Tatsache nicht, dass sich die Beschwerdeführerin bereits im Sommer 1995, also vor dieser Kontaktnahme, einer Diskushernienoperation hat unterziehen müssen. Wie sich den medizinischen Akten nämlich entnehmen lässt, hatten die behandelnden Ärzte stets die Hoffnung, dank der eingeleiteten Therapien die Beschwerdeführerin wieder in einen weitgehend schmerzfreien Zustand und damit auch zu voller Arbeitsfähigkeit führen zu können. Dass sie nach einem weiteren Unfall im Februar 1996 gesundheitlich erneut zurückgeworfen werde, konnte im Herbst 1995 noch nicht vorausgesehen werden. Aus den Akten ergeben sich keine Anhaltspunkte dafür, dass seitens der Beschwerdeführerin nicht die ernsthafte Absicht bestanden hatte, das Arbeitspensum auf 100 % zu erweitern. Der Vorinstanz kann darin nicht gefolgt werden, dass es nur die besonderen Arbeitsbedingungen am bisherigen Arbeitsort gewesen seien, welche die Beschwerdeführerin veranlassten, das Arbeitspensum wieder aufzustocken, weshalb nicht davon ausgegangen werden könne, die Beschwerdeführerin wäre ohne Gesundheitsschaden in jedem Fall wieder zu 100 % erwerbstätig. Massgebend kann nicht sein, ob die Beschwerdeführerin an jeder beliebigen anderen Stelle ebenfalls ein volles Arbeitspensum übernommen hätte. Entscheidend ist vielmehr, dass sie im Herbst 1995 in einem stabilen Arbeitsverhältnis mit dem Alterszentrum Kreuzlingen stand (und offenbar auch heute noch steht), dass sie damals ernsthaft die Absicht hatte, ihr Arbeitspensum auf 100 % zu erweitern, und dass diese Absicht mit ihrem damaligen Chef besprochen worden und eine Umsetzung auf das Frühjahr 1996 konkret vorgesehen war.
e) Dass die Beschwerdeführerin die Feststellungen der IV-Stelle über das Ausmass der Erwerbstätigkeit nicht schon im Vorbescheid- oder im Beschwerdeverfahren vor der Vorinstanz gerügt hat, vermag ihr nicht zu schaden. Sie war in jenem Verfahrensstadium nicht anwaltlich vertreten. Es ist verständlich, dass ein rechtlicher Laie, der schwerlich die verschiedenen Methoden der Invaliditätsbemessung kennt, sich in einem Beschwerdeverfahren nicht auf diese Problemstellung konzentriert, sondern auf die seiner Meinung nach unzutreffenden Feststellungen zur noch bestehenden Arbeitsfähigkeit.
f) Aus diesen Gründen ist die Beschwerdeführerin als ganztägig erwerbstätige Person einzustufen, womit der Invaliditätsgrad ausschliesslich aufgrund des Einkommensvergleichs zu bestimmen ist. Da aufgrund der Erwägungen der Vorinstanz feststeht, dass im erwerblichen Bereich ein Invaliditätsgrad von rund 50 % besteht, hat die Beschwerdeführerin ab 1. Februar 1997 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird Dispositiv-Ziff. 1 des Entscheids der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 28. Dezember 1998 insoweit abgeändert als festgestellt wird, dass die Beschwerdeführerin mit Wirkung ab 1. Februar 1997 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente hat.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 7. März 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: