Faits:
A.
A.a. A._ SA ne s'étant pas acquittée de dépens au paiement desquels elle avait été condamnée par différents jugements, B._ SA a obtenu le séquestre, par ordonnance du 6 novembre 2012, des avoirs de cette société à hauteur de 49'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1 er mars 2012.
A.b. Sur requête de B._ SA, un commandement de payer, poursuite n° xxxx, portant sur 49'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1 er mars 2012 et d'autres frais et dépens a été notifié le 31 janvier 2013 à A._ SA.
La poursuivie a formé opposition.
A.c. B._ SA a requis la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de 49'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er mars 2012. La poursuivie a opposé, en compensation, une créance d'un montant total de 3'000'000 fr. environ, fondée sur une sentence arbitrale rendue à Paris le 31 mai 2012 par la Cour internationale d'arbitrage de la CCI.
Par jugement du 27 août 2013, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé à concurrence de 49'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er mars 2012 la mainlevée définitive de l'opposition formée par A._ SA au commandement de payer précité. S'agissant de la créance compensatrice, le juge a considéré qu'il n'était pas établi que la sentence arbitrale pût être reconnue en Suisse, de sorte que cette décision ne pouvait pas être assimilée à un titre susceptible d'être opposé en compensation à la créance mise en poursuite.
B.
Par acte du 9 septembre 2013, A._ SA a formé un recours contre cette décision devant la Cour de justice du canton de Genève, concluant, préalablement, à ce que l'effet suspensif soit accordé en ce sens que le caractère exécutoire de la décision attaquée soit suspendu, puis, principalement, à la réforme de la décision attaquée en ce sens que l' exequatur de la sentence arbitrale du 31 mai 2012 soit prononcé, que la compensation à hauteur du montant de 49'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er mars 2012 soit admise, et que la mainlevée définitive de l'opposition soit refusée, et, subsidiairement, à ce que la cause soit renvoyée au tribunal de première instance pour nouvelle décision.
Par acte du 16 septembre 2013, transmis par le greffe à la poursuivie par lettre recommandée du 17 septembre 2013, la poursuivante s'est déterminée sur la requête d'effet suspensif en concluant au rejet.
Par arrêt du 17 septembre 2013, l'autorité cantonale a rejeté la requête tendant à la suppression de l'effet exécutoire attaché au jugement de première instance, au motif que la poursuivie n'avait pas démontré qu'elle encourait un préjudice difficilement réparable.
Par acte du 19 septembre 2013, reçu au greffe le même jour, la poursuivie a répliqué à la réponse sur la requête d'effet suspensif.
Le 20 septembre 2013, l'arrêt précité a été notifié à la poursuivie.
C.
Par acte posté le 24 septembre 2013, A._ SA exerce un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut, principalement, à sa réforme en ce sens que le caractère exécutoire du jugement du 27 août 2013 soit suspendu jusqu'à droit connu sur le fond, et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, elle invoque la violation des art. 29 Cst. et 6 CEDH (droit à la réplique).
Par acte posté le 7 octobre 2013, l'intimée a spontanément présenté ses observations sur le fond de la cause, concluant, principalement, à l'irrecevabilité du recours en matière civile et, subsidiairement, au rejet de ce recours.
D.
Par ordonnance du 15 octobre 2013, la suspension de l'effet exécutoire attaché au jugement de première instance du 27 août 2013 a été accordée à titre de mesure provisoire.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1 et les références).
1.1. La décision attaquée refuse de suspendre l'effet exécutoire attaché au jugement de première instance prononçant la mainlevée définitive de l'opposition formée par la recourante. Il s'agit d'une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1 et les références) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>).
Sous réserve des décisions incidentes qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation - qui doivent être attaquées immédiatement - (<ref-law>), les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément ne peuvent faire l'objet d'un recours immédiat que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>).
Le "préjudice irréparable" au sens de l'<ref-law> doit être de nature juridique et ne pas pouvoir être, en tant que tel, réparé ultérieurement par une décision finale favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références). Lorsqu'il n'est pas évident que le recourant soit exposé à un préjudice irréparable, il lui incombe d'expliquer dans son recours en quoi il serait exposé à un tel préjudice et de démontrer ainsi que les conditions de recevabilité de son recours sont réunies (<ref-ruling> consid. 1.3 et la référence).
La décision par laquelle le tribunal cantonal supérieur refuse l'effet suspensif (<ref-law>) requis à l'appui d'un recours contre une décision de première instance prononçant la mainlevée définitive de l'opposition, en force et exécutoire (<ref-law>), de sorte que le débiteur est obligé de s'acquitter immédiatement du montant dû en mains de son créancier, est une décision sur mesures conservatoires. De jurisprudence constante, le fait d'être exposé au paiement d'une somme d'argent n'entraîne, en principe, aucun préjudice au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où l'intéressé peut s'acquitter du montant et pourra en obtenir la restitution s'il obtient finalement gain de cause (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références). Il appartient donc à la partie recourante de démontrer qu'à défaut d'effet suspensif, elle est exposée à d'importantes difficultés financières ou qu'elle ne pourra pas obtenir le remboursement du montant payé au cas où il obtiendrait gain de cause au fond.
1.2. En l'espèce, la recourante se borne à affirmer que son préjudice de nature pécuniaire est irréparable en faisant une analogie dépourvue de pertinence avec un arrêt fédéral rendu en matière de sûretés pour les dépens; elle ne présente pas la moindre explication sur le risque qu'elle subit dans le cas concret en payant la somme litigieuse.
Il s'ensuit que le recours doit être déclaré irrecevable.
2.
En conclusion, le recours est irrecevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de le recourante, qui succombe (<ref-law>). L'intimée, qui a répondu spontanément sur le fond sans y être invitée et qui a succombé à la requête d'effet suspensif, n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 14 mai 2014
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Achtari