Sachverhalt:
A. Das Steinfabrikareal liegt in der Hafenzone und der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen der Gemeinde Freienbach. 1994 kaufte die Korporation Pfäffikon einen grossen Teil der zu diesem Areal gehörenden Grundstücke. Sie räumte X._ ein Kaufsrecht für eine Baurechtsparzelle auf dem Areal ein.
Nachdem die Stimmberechtigten der Gemeinde Freienbach eine Einzelinitiative zur Umzonung des Steinfabrikareals im November 2006 angenommen hatten, legte der Gemeinderat Freienbach am 2. November 2007 einen Teilzonenplan sowie eine Änderung des Baureglements auf. Im Wesentlichen sollte damit das bisher der Hafenzone zugeordnete Areal der Zone für öffentliche Parkanlagen zugewiesen werden.
Eine gegen diese Zonenplanänderung von X._ eingereichte Einsprache hiess der Gemeinderat teilweise gut und wies das Steinfabrikareal teilweise der Hafenzone und teilweise der Zone für öffentliche Parkanlagen zu. Eine dagegen gerichtete Beschwerde von X._ wies der Regierungsrat des Kantons Schwyz am 30. Juni 2009 ab. X._ gelangte an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, das seine Beschwerde mit Entscheid vom 22. Dezember 2009 abwies. Am 24. Dezember 2009 stellte er beim Verwaltungsgericht ein Ausstands- und Ablehnungsbegehren gegen die Gerichtsschreiberin des Verwaltungsgerichts Prisca Reichlin Brügger. Am 8. Januar 2010 versandte das Verwaltungsgericht den Entscheid vom 22. Dezember 2009.
B. Im Februar 2010 legte der Gemeinderat den abgeänderten Teilzonenplan auf. Eine Einsprache von X._ wies er am 27. Mai 2010 ab. Dagegen führte X._ am 29. Juni 2010 Beschwerde beim Regierungsrat und erneuerte gleichzeitig sein Ausstands- und Ablehnungsbegehren gegen die Gerichtsschreiberin vom 24. Dezember 2009. Der Regierungsrat überwies die Beschwerde als Sprungbeschwerde dem Verwaltungsgericht. Dieses wies das Ausstands- und Ablehnungsbegehren mit Zwischenentscheid vom 28. Juli 2010 ab. Eine dagegen gerichtete Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil 1C_409/2010 vom 20. Januar 2011 ab, soweit es darauf eintreten konnte.
Mit Urteil vom 6. Juli 2011 trat das Verwaltungsgericht auf die Beschwerde von X._ gegen den Einspracheentscheid des Gemeinderats vom 27. Mai 2010 im Sinne der Erwägungen nicht ein. Aus den Erwägungen (E. 1.5) ergibt sich, dass der Beschwerdeführer seine Interessen bereits im Rechtsmittelverfahren gegen den am 2. November 2007 aufgelegten Teilzonenplan habe wahrnehmen können. Die im Rahmen des Rechtsmittelverfahrens erlassenen Pläne vom 29. April 2008 und (in berichtigter Form) vom 7. Mai 2008 (welcher mit dem am 12. Februar 2010 aufgelegten Plan identisch sei), habe das Verwaltungsgericht im Rahmen der gestellten Anträge kantonal letztinstanzlich mit Verwaltungsgerichtsentscheid vom 22. Dezember 2009 geprüft. Der Rechtsmittelweg gegen diesen Entscheid ans Bundesgericht stehe noch offen. Er werde nach einem allfälligen positiven Beschluss über den revidierten Zonenplan durch die Gemeindeversammlung und einer Genehmigung durch den Regierungsrat durch die Neueröffnung des Entscheids vom 22. Dezember 2009 oder durch den Erlass eines neuen Entscheids aufgrund einer inhaltlichen Koordination mit dem Genehmigungsbeschluss förmlich eröffnet. Durch den vorliegend angefochtenen Einspracheentscheid des Gemeinderats vom 27. Mai 2010 werde der Beschwerdeführer nicht zusätzlich oder anders beschwert. Gegenstand der Neuauflage sei lediglich eine Reduktion der Zone für öffentliche Parkanlagen um zwei Drittel der ursprünglich vorgesehenen Fläche, was der Beschwerdeführer nicht beanstande.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. September 2011 beantragt X._ im Wesentlichen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 6. Juli 2011 sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Zudem sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung beizulegen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt (<ref-law>).

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft die Revision eines Nutzungsplans im Sinne von Art. 14 ff. RPG (SR 700). Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1).
1.2 Der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law> unterliegen Endentscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>). Unter bestimmten Voraussetzungen können Teil-, Vor- und Zwischenentscheide selbstständig angefochten werden (Art. 91-93 BGG). Auf Beschwerden gegen Rechtsmittelentscheide über die Festsetzung von Nutzungsplänen tritt das Bundesgericht grundsätzlich nur ein, wenn ein Genehmigungsentscheid der zuständigen kantonalen Behörde im Sinne von Art. 26 Abs. 1 RPG vorliegt (<ref-ruling> E. 1.2.1 mit Hinweisen).
Die hier umstrittene Zonenplanänderung wurde noch nicht genehmigt. Die Vorinstanz führt im angefochtenen Entscheid aus, dass sowohl der Beschluss der Gemeindeversammlung über die Planänderung als auch die Genehmigung des Regierungsrats noch ausstünden. Das Verwaltungsgericht prüfe die Angelegenheit soweit nötig nach Vorliegen der genannten Entscheide. Dannzumal könne die Sache mit Beschwerde gegen das verwaltungsgerichtliche Urteil an das Bundesgericht weitergezogen werden.
Das vom Verwaltungsgericht in Aussicht gestellte Vorgehen ist mit dem Bundesrecht und der in <ref-ruling> publizierten Rechtsprechung vereinbar. Die vorliegende Beschwerde ist verfrüht. Das Bundesgericht kann erst angerufen werden, nachdem der durch die zuständige kantonale Instanz genehmigte Planfestsetzungsbeschluss vom Verwaltungsgericht beurteilt wurde. Es ist somit nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz auf die Beschwerde nicht eingetreten ist. Die vorliegende Beschwerde ist somit abzuweisen. Mit diesem Entscheid wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
2. Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dem Beschwerdeführer steht keine Parteientschädigung zu (<ref-law>). Den in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden Behörden ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Freienbach, der weiteren Beteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag