Sachverhalt:
A. A.a Z._ war bei der seit dem 25. Februar 1985 im Handelsregister eingetragenen X._ AG Delegierter des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift. Nach dem 2. Oktober 2002 war er als Präsident und Delegierter des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift eingetragen. Am 30. November 2004 schied er aus dem Verwaltungsrat aus, blieb jedoch einzelzeichnungsberechtigt und in der Geschäftsleitung. Am 2. Mai 2005 wurde Z._ per 31. August 2005 gekündigt und gleichzeitig freigestellt.
A.b Am 31. August 2005 wurde über die X._ AG der Konkurs eröffnet. Im Konkursverfahren machte Z._ eine Lohnforderung von Fr. 16'000.-- für den Monat August 2005 sowie einen Entschädigungsanspruch von Fr. 112'500.-- für nicht bezogene Ferien im Umfang von 148 Tagen geltend. Mit Verfügung des Konkursamtes Aargau, Amtsstelle Brugg, vom 16. März 2006 wurde die ganze Lohnforderung und die Ferienentschädigung im Umfang von Fr. 54'725.-- in der dritten Klasse kolloziert; im Übrigen wurde die Forderung abgewiesen mit der Begründung, dass insoweit das Ferienguthaben während der Freistellungszeit kompensiert sei.
B. Am 10. April 2006 klagte Z._ beim Bezirksgericht Brugg gegen die Konkursmasse X._ AG und verlangte die Kollokation der eingegebenen Forderungen in der ersten Klasse und im gesamten Umfang. Mit Urteil vom 22. Mai 2007 hiess das Bezirksgericht die Kollokationsklage teilweise gut und ordnete an, dass die gesamte Lohnforderung (Fr. 16'000.--) und die Ferienentschädigung im Umfang von Fr. 54'725.-- in der ersten Klasse zu kollozieren sind. Gegen dieses Urteil appellierte die Konkursmasse X._ AG beim Obergericht des Kantons Aargau und verlangte die Kollokation der Forderungen in der dritten Klasse. Das Obergericht wies die Appellation mit Urteil vom 16. Oktober 2008 ab.
C. Die Konkursmasse der X._ AG führt mit Eingabe vom 28. November 2008 Beschwerde in Zivilsachen. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht, es seien die Urteile des Obergerichts und des Bezirksgerichts aufzuheben, und es sei die Klage auf Zulassung der von Z._ (Beschwerdegegner) eingegebenen Forderungen von Fr. 16'000.-- und Fr. 54'725.-- in der ersten Klasse abzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Präsidialverfügung vom 12. Dezember 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Entscheid über die Kollokation einer Forderung in eine bestimmte Klasse stellt eine Zwangsvollstreckungssache dar. Steht nicht der Rang, sondern eine Forderung aus Bundeszivilrecht zur Beurteilung, so liegt eine Zivilsache vor (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 453, Urteil 5A_720/2007 vom 24. April 2008, E. 2.1). Die gegen den letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG) eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich zulässig.
1.2 Der Streitwert berechnet sich nach der Differenz zwischen der Dividende, welche gemäss Kollokationsplan auf die Forderung des Beschwerdegegners entfällt, und derjenigen, welche sich ergibt, wenn die Klage gutgeheissen würde (<ref-ruling> E. 1 S. 201; <ref-ruling> E. 1.1 S. 453). Das Konkursamt hat in der angefochtenen Verfügung eine Dividende von 100 % für Forderungen erster Klasse und von ca. 20 % für Forderungen dritter Klasse in Aussicht gestellt. Die Dividende nach der von der Beschwerdeführerin vor Obergericht beantragten Kollokation beläuft sich auf Fr. 14'145.-- (20 % von 16'000.-- und von Fr. 54'725.--). Demgegenüber verlangte der Beschwerdegegner vor Obergericht die Abweisung der Appellation bzw. die Bestätigung der Kollokation ihrer Forderungen in der ersten, zu 100 % gedeckten Klasse (Dividende insgesamt Fr. 70'725.--). Nach den vor der Vorinstanz streitig gebliebenen Begehren beträgt der Streitwert Fr. 56'580.-- (Differenz der mutmasslichen Dividenden), und die Streitwertgrenze ist überschritten (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 74 Abs. 1 BGG).
1.3 Mit Beschwerde können alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG vorgebracht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), was heisst, dass es unter Berücksichtigung der Begründungspflicht der Beschwerde (<ref-law>) die geltend gemachten Rechtsverletzungen mit freier Kognition prüft (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Hingegen ist es an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>). Zulässig ist einzig die Rüge, dass eine Tatsachenfeststellung auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhe oder eine Tatsache offensichtlich unrichtig festgestellt worden sei (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398 mit Hinweisen).
1.4 Soweit die Beschwerdeführerin die Aufhebung des erstinstanzlichen Urteils verlangt, ist ihr Antrag unzulässig. Es gibt keinen Anhaltspunkt, dass die Voraussetzungen zur Mitanfechtung des Urteils des Bezirksgerichts gegeben wären (vgl. <ref-law>).
2. 2.1 Das Obergericht hat im Wesentlichen erwogen, dass der Beschwerdegegner im November 2004 aus dem Verwaltungsrat ausgeschieden und danach einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer der X._ AG gewesen sei. Er sei dem Gesamtverwaltungsrat tatsächlich unterstellt gewesen, welcher ihm umfangreiche und detaillierte Weisungen erteilt habe. Dies habe sich insbesondere in der schwierigen Phase Ende 2004/Anfang 2005 gezeigt, als der Beschwerdegegner vom Verwaltungsrat den Auftrag erhalten habe, ein Papier mit operativen Massnahmenvorschlägen als Reaktion auf den gefährlichen Bestellungseinbruch zu schicken, ohne jedoch über die (Nicht-)Umsetzung entscheiden zu können. Wohl habe der Beschwerdegegner als einer von zwei Geschäftsführern eingehend über den Geschäftsgang, Projekte, Personelles etc. dem Verwaltungsrat Bericht erstattet, jedoch könne nach seinem Ausscheiden aus dem Verwaltungsrat nicht (mehr) von einer arbeitgeberähnlichen Stellung gesprochen werden. Am tatsächlichen Unterordnungsverhältnis ändere auch der Aktienbesitz des Beschwerdegegners nichts, zumal dieser eine beherrschende Stellung der X._ AG nicht erlaubt habe. Dem Beschwerdegegner sei daher für die in den letzten sechs Monaten vor Konkurseröffnung entstandenen Forderungen das Arbeitnehmerprivileg zuzugestehen.
2.2 Die Beschwerdeführerin wirft dem Obergericht eine Verletzung der Rangordnung der Gläubiger bzw. von Art. 219 Abs. 4 Erste Klasse lit. a SchKG vor. Sie macht im Wesentlichen geltend, der Beschwerdegegner sei ungeachtet der zweigeteilten Geschäftsführung hinreichend unabhängig gewesen und habe Einsicht in die Geschäftsunterlagen gehabt. Massgebend sei, dass der Beschwerdegegner auch nach seinem Ausscheiden aus dem Verwaltungsrat durch die Vorbereitung der Verwaltungsratssitzungen grossen Einfluss auf die Firmenpolitik und den Geschäftsgang habe nehmen können, zumal er die Firma während 20 Jahren aufgebaut habe und nach wie vor einzelzeichnungsberechtigt sowie Aktionär gewesen sei. In dieser Position komme ihm eine arbeitgeberähnliche Stellung zu. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz könne aus dem Umstand der am 2. Mai 2005 erfolgten Freistellung des Beschwerdegegners nichts für das Arbeitnehmerprivileg abgeleitet werden.
3. Es steht fest, dass der Beschwerdegegner seit dem 30. November 2004 nicht mehr im Verwaltungsrat der X._ AG, sondern Geschäftsführer mit Einzelzeichnungsberechtigung war. Nicht umstritten ist, dass zwischen Beschwerdegegner und der X._ AG ein Arbeitsverhältnis bestand. Umstritten ist hingegen, ob aufgrund der weiteren tatsächlichen Verhältnisse die Voraussetzungen gegeben sind, um dem Beschwerdegegner für seine Forderungen das Arbeitnehmerprivileg zuzugestehen.
3.1 Zur Rangordnung der Konkursgläubiger bestimmt <ref-law>, dass die Forderungen von Arbeitnehmern aus dem Arbeitsverhältnis, die in den letzten sechs Monaten vor der Konkurseröffnung entstanden oder fällig geworden sind, in der ersten Klasse (lit. a) zu kollozieren sind. Voraussetzung ist das Bestehen eines rechtlichen und tatsächlichen Unterordnungsverhältnisses des Gläubigers zum Gemeinschuldner (<ref-ruling> E. 3a S. 51). Das Arbeitnehmerprivileg kann nicht einfach auf alle formell unter den Begriff des Arbeitnehmers ausgedehnt werden (Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, § 42 Rz. 73; HJ. PETER, in: Basler Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 31 zu Art. 219). Nicht erfasst ist nach der Rechtsprechung z.B. ein Arbeitnehmer, welcher nicht nur Geschäftsführer, sondern auch Mitglied des Verwaltungsrates der in Konkurs gefallenen Gesellschaft war und dem Organstellung zukam (<ref-ruling> ff.).
3.2 Das Obergericht hat ausgeführt, dass der Beschwerdegegner mit der Kündigung vom 2. Mai 2005 freigestellt worden sei und daher bis zur Konkurseröffnung ohnehin keinen Einfluss auf den Geschäftsgang und die Firmenpolitik habe ausüben können. Es ist richtig davon ausgegangen, dass die Lohnforderungen des Arbeitnehmers aufgrund einer Freistellung ebenfalls das Konkursprivileg geniessen. Die Beschwerdeführerin kritisiert hingegen zu Recht, dass aus der Freistellung als solcher kein Arbeitnehmerprivileg abgeleitet werden kann, andernfalls jede Forderung - ungeachtet der bisherigen tatsächlichen Stellung des Arbeitnehmers - während der Freistellungszeit privilegiert wäre. Entscheidend ist in diesem Zusammenhang, ob die in der massgeblichen Zeit entstandenen oder fällig gewordenen Forderungen von einem Arbeitnehmer im Sinne von Art. 219 Abs. 4 Erste Klasse lit. a SchKG geltend gemacht werden. Dies ist im Folgenden zu prüfen.
3.2.1 Nach dem Gesetz sind nicht nur die Arbeitnehmerforderungen privilegiert, die sechs Monate vor Konkurseröffnung entstanden sind, sondern auch diejenigen, welche in dieser Zeit fällig geworden sind. Vorliegend geht es nach dem angefochtenen Urteil um Forderungen, welche in der Privilegierungszeit entstanden sind. Mit Blick auf das Arbeitnehmerprivileg sind demnach in erster Linie die tatsächlichen Verhältnisse während der letzten sechs Monate vor der Konkurseröffnung (31. August 2005) bzw. ab dem 28. Februar 2005 massgebend.
3.2.2 Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass der Beschwerdegegner während 20 Jahren die Firma aufgebaut habe und auch nach Ausscheiden aus dem Verwaltungsrat nach wie vor einzelzeichnungsberechtigt gewesen sei. Das Obergericht hat festgestellt (<ref-law>), dass sich die Stellung des Beschwerdegegners nach seinem Ausscheiden aus dem Verwaltungsrat am 30. November 2004 massgeblich verändert hatte. Aus dem angefochtenen Urteil geht hervor, dass der Beschwerdegegner als Geschäftsführer wohl einzelzeichnungsberechtigt war, aber tatsächlich konkrete und detaillierte Weisungen des Gesamtverwaltungsrates entgegenzunehmen hatte und über die von ihm auszuarbeitenden Vorschläge nicht entscheiden konnte. Dass der Beschwerdegegner früher erheblichen Einfluss auf die Gesellschaft ausgeübt hatte, vermag nichts daran zu ändern, dass er im massgeblichen Zeitpunkt in ein tatsächliches Unterordnungsverhältnis zurückgestuft war. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin zum Zweck der Co-Geschäftsführung ("Aufbau eines Geschäftsführers-Nachfolgers") finden in den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen keine Grundlage (<ref-law>). Es bestehen im Weiteren keine Anhaltspunkte, dass der Beschwerdegegner über andere (vertragliche oder familiäre) Beziehungen zu den Mitgliedern des Verwaltungsrates oder zum anderen Geschäftsführer derart Einfluss nehmen konnte, um die Willensbildung der Gesellschaft weiterhin massgeblich zu beeinflussen (vgl. ROLAND BACHMANN, Das Arbeitsverhältnis im Konkurs des Arbeitgebers, Diss. Zürich 2005, S. 225; ROLAND MÜLLER, Konkursprivileg für leitende Arbeitnehmer, SJZ 2004 S. 561).
3.2.3 Die Beschwerdeführerin stellt sodann zu Recht nicht in Frage, dass der Aktienbesitz als solcher dem Arbeitnehmerprivileg nicht entgegensteht (<ref-ruling> E. 3a S. 51), spricht aber von einem "grossen" Aktienbesitz des Beschwerdegegners. Genaue Angaben zum Umfang der im Besitz des Beschwerdegegners stehenden Aktien gehen aus dem angefochtenen Urteil nicht hervor. Dass in diesem Zusammenhang im Verfahren vor dem Obergericht frist- und formgerecht vorgebrachte Tatsachenvorbringen übergangen worden seien, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Das Obergericht hat festgestellt, der Beschwerdegegner habe durch seine Aktien die X._ AG weder kapital- noch stimmenmässig beherrscht, und geschlossen, er habe daher das formelle Unterordnungsverhältnis nicht übergehen können. Der Einwand der Beschwerdeführerin, dass die arbeitgeberähnliche Stellung des Beschwerdegegners durch den "grossen Aktienbesitz erhärtet" sei, findet in tatsächlicher Hinsicht keine Stütze (<ref-law>) und ist daher unbehelflich.
3.2.4 Nach dem Dargelegten ist nicht zu beanstanden, wenn das Obergericht angenommen hat, nach dem Ausscheiden des Beschwerdegegners aus dem Verwaltungsrat am 30. November 2004 - und somit auch nach dem 28. Februar 2005 - habe ein rechtliches und tatsächliches Unterordnungsverhältnis bestanden. Die Höhe der Lohnforderung (Fr. 16'000.--) für den Monat August 2005 ist unbestritten. Weil sie in letzten sechs Monaten vor der Konkurseröffnung entstanden ist, erfolgte die Kollokation in der ersten Klasse zu Recht.
3.3 Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, dass es sich bei der Ferienentschädigung (Fr. 54'725.--) teilweise um Ansprüche für Ferien handle, die der Beschwerdegegner während seiner Zeit als Verwaltungsrat der X._ AG nicht bezogen habe.
3.3.1 Das Bezirksgericht hat (mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 4 S. 279 ff.) entschieden, dass der Beschwerdegegner 76 Tage des gesamten Ferienguthabens mit seiner Freistellungszeit zu kompensieren hat und nur der entsprechende Abgeltungsanspruch für das restliche Ferienguthaben von 72 Tagen in der ersten Klasse zu kollozieren sei. Das Obergericht hat in diesem Zusammenhang gestützt auf <ref-ruling> ff. erwogen, dass der Abgeltungsanspruch des Beschwerdegegners für nicht bezogene Ferien erst per Ende August 2005 entstanden sei, weil zu diesem Zeitpunkt die Ferien nicht mehr in natura hätten gewährt werden können; daran ändere nichts, dass es sich zum Teil noch um Ferien handle, die der Beschwerdeführer als Verwaltungsrat nicht bezogen habe. Auch diese Forderung sei privilegiert, weil sie in der Privilegierungsfrist entstanden sei.
3.3.2 Nach der vom Obergericht zitierten Rechtsprechung entsteht der Abgeltungsanspruch für nicht bezogene Ferien, wenn feststeht, dass diese nicht mehr in natura gewährt werden können (<ref-ruling> E. 2.2 S. 454 mit Hinweisen). An dieser Rechtsprechung ist festzuhalten. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich auf den Einwand, dass es sich um Ferienansprüche handle, welche der Beschwerdegegner noch in seiner Eigenschaft als Verwaltungsrat nicht bezogen habe. Sie stellt jedoch die Auffassung der Vorinstanz, wonach erst Ende August 2005 feststand, dass der Beschwerdegegner (nach der Kompensation) verbleibende Ferienguthaben nicht mehr in natura habe beziehen können und zu diesem Zeitpunkt ein entsprechender arbeitsrechtlicher Abgeltungsanspruch entstanden sei, nicht in Frage. Insoweit kann auf die nicht hinreichend begründete Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-law>).
3.4 Damit bleibt es beim Ergebnis der Vorinstanz, dass die Kollozierung der vom Beschwerdegegner eingegebenen Forderungen (Lohnforderung von Fr. 16'000.-- und die Ferienentschädigung im Umfang von Fr. 54'725.--) in der ersten Klasse mit <ref-law> vereinbar ist.
4. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. März 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Levante