Faits:
A. X._SA est une société de placement de personnel, qui a son siège à .... Elle possède une succursale à ... et fait partie d'une holding, qui emploie 50'000 personnes en Europe.
A.a Par contrat du 11 juillet 2000, X._SA, succursale de ..., a engagé pour une durée indéterminée Y._, avec effet dès le 10 avril 2000. Le salaire mensuel brut était fixé à 5'000 fr. durant la période d'essai, puis à 5'500 fr., les frais de déplacement étant payés en sus. Un intéressement sur le chiffre d'affaires annuel était prévu en cas de réalisation des objectifs et marges, selon des critères devant faire l'objet d'avenants annuels. Une clause de non-concurrence a également été convenue entre les parties.
A.b Le 6 juin 2001, un nouveau contrat de travail a été signé, lequel annulait et remplaçait le précédent. Y._ était engagé en qualité de conseiller en personnel et responsable médical, avec effet dès le 1er juin 2001. Une clause de non-concurrence était convenue pour toute la durée du contrat, ainsi que pour les trois années suivant son expiration. Aucune condition salariale ne figurait dans le contrat.
Le 1er juin 2001, les parties avaient déjà signé un avenant prévoyant, dès le 1er juin 2001, un salaire mensuel brut de 5'500 fr., versé 12 fois l'an, auquel s'ajoutaient 500 fr. à titre de frais fixes - forfaitaires - mensuels. Dans ce salaire était comprise une indemnité pour la clause de non-concurrence. Une commission de 10% sur chacun des placements stables et de 0,5 fr. sur chaque heure facturée en placements temporaires était prévue, à condition que l'objectif mensuel soit atteint. L'avenant prévoyait aussi la possibilité pour l'employé de bénéficier d'un bonus fixé et discuté avec la direction, « en fin d'année, si tous les termes de ses objectifs » étaient respectés.
Deux documents, intitulés « objectifs 2001 » et « objectifs 2002 », ont également été signés par les parties au litige.
B. Le 27 mars 2003, Y._ a ouvert action contre X._SA devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève. La Caisse Z._ est intervenue à la procédure en qualité de créancière subrogée pour un total de 10'016 fr.90, correspondant aux indemnités de chômage versées à Y._ durant les mois de février à avril 2003.
Le jugement prononcé le 6 juillet 2005 par la juridiction des prud'hommes a été annulé le 25 avril 2006 par la Cour d'appel. Ce jugement a été, à son tour, annulé par arrêt du Tribunal fédéral du 25 septembre 2006. Le 17 janvier 2007, la Cour d'appel a rendu un nouveau jugement. Le 22 juin 2007, le Tribunal fédéral a, pour la seconde fois, annulé le jugement rendu par la Cour d'appel.
Statuant le 22 février 2008, l'autorité cantonale a condamné X._SA à verser à Y._ la somme de 31'836 fr.80, avec intérêts au taux légal de 5% dès le 27 mars 2003, prononcé que la Caisse Z._ était subrogée dans les droits de Y._ à concurrence des prestations versées, condamné Y._ à verser à X._SA une indemnité de 5'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 26 janvier 2004, autorisé les parties à compenser leurs prétentions à due concurrence et, enfin, condamné X._SA à établir en faveur de la partie adverse un certificat de travail simple et un autre circonstancié, dont la teneur a été reproduite dans le dispositif du jugement. La motivation du jugement querellé sera détaillée ci-après, dans la mesure utile à l'examen du recours.
C. C.a X._SA exerce un recours en matière civile à l'encontre de l'arrêt du 22 février 2008. Elle propose l'annulation de l'arrêt et invite le Tribunal fédéral à débouter Y._ de ses conclusions tendant au paiement d'un bonus pour les années 2001 et 2002, à débouter la Caisse Z._ de ses conclusions, à confirmer au surplus l'arrêt rendu le 22 février 2008, à condamner Y._ et la Caisse Z._ en tous les dépens de la procédure de recours auprès du Tribunal fédéral et à débouter les intimés de toutes autres ou contraires conclusions. A titre subsidiaire, elle demande à ce que la cause soit renvoyée à la juridiction cantonale pour nouvelle décision sur la question des bonus que réclame Y._ pour les années 2001 et 2002 et qu'elle soit confirmée pour le surplus.
Y._ propose de débouter X._SA de toutes ses conclusions. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire s'agissant de la réponse au recours. La Caisse Z._ (l'intervenante) s'en remet à l'appréciation du Tribunal fédéral. Quant à l'autorité cantonale, elle se réfère à son arrêt du 22 février 2008, dans les termes duquel elle persiste.
C.b Le recours en matière civile interjeté parallèlement par Y._ a été retiré le 14 août 2008. Par ordonnance du 25 août 2008, la cause 4A_169/2008 a été rayée du rôle.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a partiellement succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire en matière de droit du travail dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (<ref-law>), le présent recours en matière civile est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1). Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. La cour cantonale a constaté que l'intimé a bien atteint l'objectif fixé en 2001 pour avoir réalisé un chiffre d'affaires de 1'741'689 francs. Pour l'année 2002, respectivement la période de travail effectif, la cour a indiqué que les objectifs ont également été atteints, sur la base de l'arrêt du Tribunal fédéral du 22 juin 2007.
2.1 La recourante fait grief à l'autorité cantonale de ne pas avoir pris en compte la pièce 31, produite subséquemment à l'arrêt du Tribunal fédéral du 22 juin 2007, et de ne pas avoir motivé le jugement sur ce point; selon la recourante, la pièce 31 permettrait de démontrer que la marge brute indiquée à la pièce 18 p. 4 du dossier, à concurrence de 1'205'812 fr.38, est erronée. La recourante reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir retenu que l'intimé avait droit à un bonus pour les années 2001 et 2002. Elle dénonce une appréciation arbitraire des faits et des éléments de preuve, une violation du droit fédéral, sous l'angle de l'<ref-law> et de l'<ref-law> « en tant qu'il fait dépendre de la volonté des parties le droit à un bonus », ainsi qu'un défaut de motivation s'agissant de l'allocation des bonus 2001-2002.
2.2 Il découle du consid. 6.2 de l'arrêt du Tribunal fédéral du 22 juin 2007 - qui lie l'instance cantonale et le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 4.2) - que, pour l'année 2001, les objectifs posés ont été réalisés, indépendamment du fait qu'ils aient été fixés en terme de chiffre d'affaires ou de marge brute ou nette. Sur la base de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, l'autorité cantonale ne pouvait que considérer que les objectifs 2001 ont été atteints et donc retenir que l'employé avait droit à un bonus.
De surcroît, la critique relative à la pièce 31, qui relève manifestement du droit de procédure cantonal, est insuffisamment motivée, dès lors que la recourante se contente de dire que la pièce litigieuse a été produite de façon tout à fait conforme à la procédure civile genevoise, selon l'article 301 LPC/GE. Pareille argumentation ne permet en aucun cas de démontrer une éventuelle application arbitraire du droit de procédure cantonal.
2.3 Dans l'arrêt de renvoi du 22 juin 2007, le Tribunal fédéral a dit clairement qu'en 2001 les objectifs posés ont été réalisés en terme de chiffre d'affaires et de résultat (ou marge) brut(e) ou net(te) et que, pour les deux années litigieuses, les comparaisons opérées sur la base des marges brutes en % étaient dénuées de pertinence. Le Tribunal fédéral a également indiqué que, pour l'année 2002, le document « résultat » ne pouvait justifier la non-réalisation des objectifs fixés, dès lors qu'il concerne les résultats de l'ensemble de l'année.
Il est par ailleurs constant qu'après l'entrée en vigueur des contrat et avenant de juin 2001, les parties n'ont pas fait une lecture différenciée des objectifs 2001. Cela montre bien que les parties n'ont pas envisagé un changement de modalités entre les deux régimes contractuels, notamment en ce qui concerne la réalisation des objectifs. Pour l'année 2002 - contrairement à l'année 2001 -, les objectifs ne font ressortir aucun montant chiffré en terme de marge brute ou nette. Sur les trois critères de comparaison mentionnés dans l'arrêt de renvoi, seul le chiffre d'affaires figure dans les objectifs 2001 et 2002. Il en découle que les parties n'ont pu que prévoir que les résultats devaient être atteints du seul point de vue du chiffre d'affaires. La déposition du témoin A._, mise en exergue dans l'arrêt de renvoi, abonde dans ce sens.
Pour 2002, le chiffre d'affaires mensuel à atteindre est de 180'300 fr., soit de 1'472'450 fr. jusqu'au 5 septembre 2002 (1'442'400 + [180'300 : 30 x 5]). Ce chiffre est réalisé, puisque, sous l'angle des seuls placements temporaires, le chiffre de vente ascende à 1'597'353 fr.26. La cour cantonale pouvait donc considérer que les objectifs 2002 ont été atteints et que l'employé avait droit à un bonus pour cette année.
2.4 Au regard de ce qui précède, la recourante n'est pas fondée à soutenir, en lien avec l'octroi des bonus 2001 et 2002, que l'autorité cantonale s'est livrée à une appréciation arbitraire des faits et des preuves et qu'elle a consacré un défaut de motivation. Par ailleurs, sur le vu des faits retenus, les magistrats n'avaient pas à appliquer le principe de la confiance pour déterminer en quels termes les objectifs devaient être réalisés. Il ne saurait donc leur être reproché de ne pas avoir déterminé « correctement la teneur du contrat sur lequel les parties s'étaient mises d'accord » au sens des art. 18 et 322a CO.
3. En dernier lieu, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir fixé, de manière arbitraire, la participation au chiffre d'affaires, pour la période du 1er janvier au 31 mai 2001, à 3% de ce chiffre. La recourante dénonce aussi un défaut de motivation.
Le grief d'arbitraire est fondé. Il est en effet insoutenable pour la cour cantonale de s'être référée, pour déterminer la quotité de la participation au chiffre d'affaires, au pourcentage sollicité par l'intimé, et d'avoir omis de prendre en considération la déposition du témoin B._, propre à modifier la décision. Ce témoin s'est en effet exprimé clairement sur la question, puisqu'il a affirmé que « le paragraphe relatif à un bonus de fin d'année correspond à un treizième salaire si les chiffres étaient atteints ». Le fait que l'intimé ait conclu pour la période postérieure à juin 2001 au versement prorata temporis d'un treizième salaire confirme du reste que, pour les parties, la participation au chiffre d'affaires devait se calculer sur la base de l'octroi d'un treizième salaire et non pas en pourcentage du chiffre d'affaires réalisé.
Pour les mois de janvier à mai 2001, l'intimé a donc droit à un capital de 3'334 fr. ([8'000 : 12] x 5), en lieu et place de 21'770 fr.80, les bonus octroyés pour la période s'étendant du 1er juin 2001 au 5 septembre 2002 (4'666 + 5'400) demeurant inchangés. L'arrêt attaqué sera dès lors réformé en ce sens que la recourante est condamnée à verser à l'intimé la somme de 13'400 fr. (3'334 + 4'666 + 5'400), avec intérêts au taux de 5% l'an dès le 27 mars 2003, le dies a quo des intérêts n'ayant fait l'objet d'aucune discussion.
Cela étant, le grief dénonçant un défaut de motivation peut demeurer indécis.
4. L'intervenante s'est subrogée pour des indemnités versées à l'intimé durant les mois de février à mars 2003, soit pour une période postérieure à celle concernée par les prétentions litigieuses et pour laquelle l'intimé n'avait plus de prétentions salariales contre la recourante, cette dernière question - tranchée par les juges précédents - n'ayant pas été remise en cause devant le Tribunal fédéral. Dans cette mesure, l'intervenante n'a pas à être subrogée dans les droits de l'intimé. L'arrêt attaqué sera réformé en ce sens.
5. Les considérants qui précèdent commandent l'admission partielle du recours dans la mesure de sa recevabilité.
6. L'intimé requiert l'octroi de l'assistance judiciaire pour la réponse déposée dans le cadre du présent recours. Les conditions de l'<ref-law> étant réalisées, il convient de lui accorder l'assistance judiciaire. Me Joanna Bürgisser est désignée comme avocate d'office.
7. 7.1 La recourante, qui demandait le déboutement de l'intimé de ses conclusions tendant au paiement d'un bonus pour les années 2001 et 2002, obtient une réduction de plus d'un tiers du montant alloué à ce titre, soit environ le tiers de ses conclusions.
Sur le vu de ce résultat, les frais judiciaires doivent être répartis à raison de deux tiers à la charge de la recourante et d'un tiers à celle de l'intimé, la part de ce dernier étant prise en charge par la Caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>), sous réserve de remboursement ultérieur (<ref-law>).
7.2 La partie au bénéfice de l'assistance judiciaire, dans la mesure où elle perd le procès, peut être condamnée aux dépens de sa partie adverse (<ref-ruling> consid. 2c). Cela étant, l'intimé versera à la recourante des dépens réduits de deux tiers.
Quant aux dépens de l'intimé, ils seront supportés par la Caisse du Tribunal fédéral, qui versera une indemnité à son avocate d'office (<ref-law>). L'<ref-law> est également réservé.
7.3 L'intervenante, qui n'est pas représentée par un avocat, n'est pas prise en considération dans la répartition des frais et dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité.
L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que:
- X._SA est condamnée à verser à Y._ la somme de 13'400 fr., avec intérêts au taux de 5% l'an dès le 27 mars 2003;
- la Caisse Z._ n'est pas subrogée dans les droits de Y._ à concurrence des prestations versées.
Pour le surplus, le dispositif de l'arrêt attaqué est maintenu.
2. La demande d'assistance judiciaire de Y._ est admise pour répondre au recours déposé par X._SA. Me Joanna Bürgisser est désignée comme avocate d'office.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont répartis à raison de 1'400 fr. à la charge de X._SA et de 600 fr. à la charge de Y._. La part des frais judiciaires incombant à Y._ est supportée par la Caisse du Tribunal fédéral.
4. Une indemnité de 900 fr., à payer à X._SA à titre de dépens réduits, est mise à la charge de Y._.
5. La Caisse du Tribunal fédéral versera à Me Joanna Bürgisser une indemnité de 2'500 fr. à titre d'indemnité d'avocate d'office.
6. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Caisse Z._ et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 2 octobre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Juge présidant: La Greffière:
Klett Crittin