Werkvertrag; Vereinbarung, hat sich ergeben:
A.- Am 20. März 1992 unterzeichneten Willi Kaufmann für die Kaufmann & Co. (Beklagte) als Unternehmer und Freddy Schwegler, damals einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsrat der G. Schwegler AG (heute G. Schwegler AG in Konkurs, nachfolgend Klägerin), einen Werkvertrag über Baumeisterarbeiten in der Überbauung Bauholz in Wittenbach. Mit Vereinbarung vom 10. Juli 1992 verpflichtete sich die Beklagte sodann, einen Teilbetrag ihres Werklohnes stehen zu lassen.
Dieser Stehbetrag von Fr. 400'000.-- gelte als Rückhaltegeld zur Auslösung von einschlägigen Arbeitsleistungen der Klägerin gegenüber der Beklagten, deren Beteiligungsfirmen oder befreundeten Unternehmen und könne in Teilbeträgen oder gesamt jederzeit abgegolten werden. Die Stehbetragssumme sollte mit den erteilten Gegengeschäften um den jeweiligen Betrag verringert werden.
In der Folge schlossen die Beklagte selbst oder andere, mit ihr verbundene Unternehmen verschiedene Gegengeschäfte mit der Klägerin, wobei der jeweilige Werklohn vom Guthaben von ursprünglich Fr. 400'000.-- in Abzug gebracht wurde. Am 12. Juli 1995 wurde der Klägerin vom Bezirksgericht Unterrheintal die Nachlassstundung bewilligt. Gestützt auf eine Auftragsbestätigung vom 15. September 1995 lieferte sie der Beklagten in der Zeit zwischen September und November 1995 Fenster und stellte hierfür am 27. November 1995 einen Betrag von insgesamt Fr. 46'327.-- in Rechnung. Am 5. Februar 1996 fiel die Klägerin schliesslich in Konkurs.
B.-Am 9. Oktober 1998 belangte die Klägerin die Beklagte beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen auf Bezahlung von Fr. 46'327.-- nebst Zins. Das Handelsgericht wies die Klage am 19. Januar 2000 ab. Auf Berufung der Klägerin erkannte das Bundesgericht, Freddy Schwegler als handelndes Organ der Klägerin habe diese nur gültig vertreten können, sofern kein für die Beklagte erkennbarer Interessenkonflikt zwischen ihm und der Klägerin bestand. Ein Interessenkonflikt sei indes ausgeschlossen, wenn das handelnde Organ Alleinaktionär gewesen sei, mithin das abgeschlossene Geschäft den Interessen allfälliger Minderheitsaktionäre nicht zuwiderlaufe. Da das angefochtene Urteil keine tatsächlichen Feststellungen zur Zusammensetzung des Aktionariats enthielt, wies das Bundesgericht die Sache zur weiteren Abklärung an das Handelsgericht zurück, welches die Klage mit Entscheid vom 29. September 2000 erneut abwies.
C.- Mit Berufung an das Bundesgericht beantragt die Klägerin, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Beklagte zu verpflichten, den Betrag von Fr. 46'327.-- nebst Zins zu bezahlen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung; eventuell beantragt sie die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht zu neuer Entscheidung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Das Handelsgericht verzichtete auf die Abnahme weiterer Beweise, da keine Partei im kantonalen Verfahren hinreichend substanziierte Angaben zur Zusammensetzung des Aktionariats gemacht habe. Es führte aus, die Klägerin, welche das Geschäft nicht gegen sich gelten lassen wolle, trage die Beweislast für den Interessenkonflikt und habe somit die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen.
2.- Die Klägerin wirft dem Handelsgericht diverse Verletzungen von Art. 66 Abs. 1 OG vor, da es auf Fragen zurückgekommen sei, die das Bundesgericht bereits abschliessend entschieden habe.
a) Nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist in der Berufungsschrift kurz darzulegen, welche Bundesrechtssätze der angefochtene Entscheid verletzt und inwiefern er gegen sie verstösst. Nicht zu hören sind dagegen Rügen, die sich gegen die tatsächlichen Feststellungen und gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz richten (<ref-ruling> E. 2b S. 12; 59 E. 2a S. 65). Unzulässig sind ferner das Vorbringen neuer Tatsachen, neue Einreden, Bestreitungen und Beweismittel sowie Erörterungen über die Verletzung von kantonalem Recht (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
b) Wenn das Bundesgericht das angefochtene Urteil aufhebt und an die kantonale Instanz zurückweist, so hat diese die Erwägungen, mit denen die Rückweisung begründet wird, ihrem neuen Entscheid zugrunde zu legen (Art. 66 OG).
Diese Regelung beruht auf dem Gedanken, dass die betreffende Rechtsfrage für den konkreten Streitfall als endgültig entschieden zu gelten habe, wie dies auch bei einem Endurteil des Bundesgerichts der Fall wäre. Wird der neue Entscheid der unteren Instanz wiederum weitergezogen, so ist dann auch das Bundesgericht an die Erwägungen gebunden, mit denen es die Rückweisung begründet hat (<ref-ruling> E. 2 S. 95; <ref-ruling> E. 2 S. 388). Das kantonale Gericht hat sich nicht dem Buchstaben nach, wohl aber nach dem Sinn und Zweck an die bundesgerichtlichen Vorgaben zu halten (<ref-ruling> E. 2b S. 309).
c) Das Bundesgericht hat die Sache zur Klärung der Frage zurückgewiesen, ob neben den Interessen des handelnden Organs Interessen von Minderheitsaktionären betroffen waren, die jenen des Hauptaktionärs zuwiderliefen. Das Handelsgericht hat hierauf festgehalten, die Akten böten keinerlei entsprechende Hinweise, und Beweisanträge zu dieser Frage lägen nicht vor. Alsdann entschied es zu Lasten der seiner Meinung nach behauptungs- bzw. beweisbelasteten Klägerin.
Damit ist es der rechtlichen Beurteilung des Bundesgerichts entgegen der Auffassung der Klägerin grundsätzlich gefolgt.
Indem die Klägerin einzelne Aussagen des bundesgerichtlichen Entscheides aus dem Zusammenhang reisst, vermag sie keinen Verstoss gegen Art. 66 OG aufzuzeigen. Namentlich bedeutet der Umstand, dass das Bundesgericht bestimmte tatbeständliche Voraussetzungen für die Annahme eines Interessenkonflikts bejahte, gerade nicht, dass die Klägerin auch die übrigen Voraussetzungen im kantonalen Verfahren prozesskonform vorgebracht hätte. Dieser Frage nachzugehen wurde vielmehr dem Handelsgericht mit dem Rückweisungsentscheid erst aufgegeben. Soweit die Klägerin der Meinung ist, das Handelsgericht hätte aufgrund der vorhandenen Feststellungen zum Ergebnis gelangen müssen, an der Gesellschaft sei mehr als ein Aktionär beteiligt gewesen, übt sie unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung.
3.- a) Auch in Bezug auf die Beweislastverteilung hat das Handelsgericht nach Ansicht der Klägerin Art. 66 OG verletzt und sich nicht an die Massgaben des Bundesgerichts gehalten.
Da dieses zunächst die Erkennbarkeit des Interessenkonflikts geprüft und bejaht habe, sei es Sache der Beklagten zu beweisen, dass das Geschäft ausnahmsweise dennoch gültig sei. Aus der Reihenfolge, in der das Bundesgericht die verschiedenen Voraussetzungen für die Annahme eines Interessenkonflikts geprüft hat, lässt sich indessen nicht auf die Verteilung der Beweislast schliessen. Feststellungen zum Aktionariat hätten sich im vorliegenden Falle erübrigt, sofern die Beklagte einen allfälligen Interessenkonflikt von vornherein nicht hätte erkennen oder sich das abgeschlossene Geschäft nur zum Vorteil der Klägerin hätte auswirken können.
Daher hat das Bundesgericht diese Punkte vorab geprüft.
Zur Beweislastverteilung hat es sich damit nicht geäussert, so dass keine entsprechende Vorgaben missachtet werden konnten.
b) Gemäss Art. 8 ZGB hat derjenige eine Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet. Auf die konkrete Frage, wer die Zusammensetzung des Aktionariats zu beweisen hat, lässt sich dieser Formel indes keine eindeutige Antwort entnehmen. Das Vorhandensein mehrerer Aktionäre ist Voraussetzung für die Ungültigkeit der Vereinbarung, wogegen sich die Gültigkeit des Rechtsgeschäfts aus der Kontrolle des handelnden Organs über die Gesamtheit der Aktien ergibt. Zu beachten ist jedoch, dass der Zusammensetzung des Aktionariats keine selbständige rechtliche Bedeutung zukommt. Ausschlaggebend ist vielmehr, ob ein Interessenkonflikt vorliegt oder nicht. Sind neben den Interessen des handelnden Organs keinerlei Interessen anderer Aktionäre betroffen, entfällt die Möglichkeit eines Konflikts zufolge der Identität der Gesellschafts- und der Aktonärsinteressen. Das Bestehen unterschiedlicher Aktionärsinteressen ist eine notwendige Bedingung für die Annahme eines Interessenkonflikts.
Diese sind von jener Partei zu behaupten und zu beweisen, die sich auf den Interessenkonflikt beruft, vorliegend also von der Klägerin. Insoweit ist der Entscheid des Handelsgerichts bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
4.- Die Klägerin macht geltend, der Gesetzgeber gehe in Art. 625 OR davon aus, dass mehrere Aktionäre vorhanden seien. Insoweit bestehe eine gesetzliche Vermutung zu Gunsten der Klägerin, weshalb ihr der entsprechende Beweis nicht hätte überbunden werden dürfen. Zudem müsse nach Art. 707 Abs. 1 OR jeder Verwaltungsrat auch Aktionär sein. Daraus ergebe sich ebenfalls eine Vermutung zu Gunsten der Klägerin, da die Beklagte zugestanden habe, dass neben dem handelnden Organ noch ein weiterer Verwaltungsrat für die Klägerin tätig gewesen sei. Somit hätte die Beklagte beweisen müssen, dass das handelnde Organ Alleinaktionär gewesen sei.
a) So wenig wie die tatsächliche Vermutung, kann, was als regelmässig Gegebenes erscheint, eine Umkehr der Beweislast bewirken (Kummer, Berner Kommentar, N. 143 zu Art. 8 ZGB). Wenngleich es für eine Umkehr der Beweislast nicht in allen Fällen einer ausdrücklichen gesetzlichen Grundlage bedarf, sondern auch richterliche Lückenfüllung als Grundlage genügt (Vogel, Grundriss des Zivilprozessrechts, 6.
Aufl. , Bern 1999 S. 264 f.), begründet nicht jede Ordnungsvorschrift eine Umkehr der Beweislast. Art. 625 OR vermag hiefür offensichtlich nicht zu genügen, zieht doch nach Art. 625 Abs. 2 OR das Absinken der Aktionärszahl unter drei Personen keinerlei Konsequenzen nach sich, sofern niemand die Wiederherstellung des gesetzlichen Zustandes verlangt (Baudenbacher, Basler Kommentar, N 8 zu Art. 625 OR). Das Vorbringen, es seien mehrere Aktionäre vorhanden, ist indes, da es dem gesetzlichen Regelfall entspricht, in der Behauptung, es liege ein Interessenkonflikt vor, implizit enthalten und muss von Bundesrechts wegen nur gesondert behauptet und bewiesen werden, wenn es von der Gegenpartei bestritten wird (Kummer, a.a.O., N. 44 ff. zu Art. 8 ZGB; Brönnimann, Die Behauptungslast, in Leuenberger [Hrsg. ], Der Beweis im Zivilprozess, Bern 2000, S. 60). Die Beklagte hat sich auf die wirtschaftliche Beherrschung der Klägerin durch das handelnde Organ berufen und damit das Vorliegen eines Interessenkonflikts bestritten. Das Handelsgericht konnte daher ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, das Vorliegen divergierender Interessen sei hinreichend bestritten, auch wenn die Beklagte den handelnden Verwaltungsrat nicht ausdrücklich als Alleinaktionär bezeichnete. Damit oblag es der Klägerin, den entsprechenden Beweis zu führen (Kummer, a.a.O., N. 143 zu Art. 8 ZGB).
b) Zwar hat die Beklagte nach dem angefochtenen Urteil zugestanden, dass es neben dem handelnden Organ einen weiteren Verwaltungsrat gab. Sie hat jedoch zugleich geltend gemacht, dieser sei nicht einmal fiduziarischer Eigentümer einer Pflichtaktie gewesen. Selbst wenn man davon ausgehen wollte, Art. 707 OR vermöge in Bezug auf den Aktienbesitz der Verwaltungsräte zu einer Umkehr der Beweislast zu führen, würde dies der Klägerin nichts nützen. Dass neben dem handelnden Organ weitere Aktionäre vorhanden sind, ist eine notwendige, jedoch keine hinreichende Bedingung für das Vorliegen eines Interessenkonflikts. Mit Blick darauf ist der Aktienbesitz nur so weit relevant, als er die Möglichkeit eröffnet, andere als die Interessen des Mehrheitsaktionärs zu verfolgen. Soll aber nur einer Ordnungsvorschrift Genüge getan werden, und ist der Aktienbesitzer allenfalls fiduziarisch verpflichtet, sich den Interessen des handelnden Organs unterzuordnen, ist ein Interessenkonflikt ebenfalls ausgeschlossen. Das Handelsgericht hat mithin den Entscheid des Bundesgerichts richtig verstanden, wenn es den Interessenkonflikt nicht allein nach der Anzahl der Aktionäre, sondern nach den damit verbundenen Auswirkungen auf die Interessenlage des Aktionariats beurteilte. Damit ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass das Handelsgericht aus dem Zugeständnis der Beklagten, es habe zwei Verwaltungsräte gegeben, nicht auf das Vorhandensein mehrerer Aktionäre mit divergierenden Interessen schloss, zumal die Beklagte Letzteres ausdrücklich bestritt. Da die Klägerin nicht substanziiert darlegt, sie habe vor Handelsgericht konkret auf ein Eigeninteresse dieses Verwaltungsrates hingewiesen, hat eine Rückweisung zur Beweisergänzung in diesem Punkte zu unterbleiben.
Was zugestanden ist, muss zwar vom Prozessgegner nicht behauptet werden, reicht aber auch nicht weiter als das Zugeständnis selbst.
5.- Der Klägerin misslingt der Nachweis eines für die Beklagte erkennbaren Interessenkonflikts zwischen der Gesellschaft und deren handelndem Organ, und es ist davon auszugehen, dass das abgeschlossene Geschäft gültig war. Die Berufung erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Klägerin die Gerichtskosten zu tragen und der Beklagten eine Parteientschädigung zu entrichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 29. September 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 8. Februar 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: