Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1982) reichte trotz Aufforderung und zweimaliger Mahnung durch das Gemeindesteueramt Bottighofen nach Ablauf der Frist für die Einreichung (31. Mai 2005) keine Steuererklärung für das Jahr 2004 ein. Am 7. Februar 2006 auferlegte ihm die Veranlagungsbehörde des Kantons Thurgau deswegen eine Busse von Fr. 600.--; gleichzeitig eröffnete sie ihm die Ermessensveranlagungen des Gemeindesteueramtes Bottighofen für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 (steuerbares Einkommen: Fr. 33'900.--; steuerbares Vermögen: Fr. 0.--) sowie die direkte Bundessteuer (steuerbares Einkommen: Fr. 36'800.--). Die eingeschriebene Sendung konnte X._ nicht zugestellt werden; der Abholungseinladung leistete er innert der am 17. Februar 2006 abgelaufenen Abholfrist keine Folge. Die Veranlagungsverfügungen und die Bussenverfügung wurden ihm am 27. Februar und 7. März 2006 nochmals mit gewöhnlicher Post zugestellt.
Per E-Mail vom 10. März 2006 machte X._ bei der Gemeindeverwaltung Bottighofen geltend, er habe die Verfügungen wegen Auslandsaufenthalten erst jetzt erhalten. Zugleich brachte er vor, die Veranlagungsentscheide seien falsch; er habe in der in Frage stehenden Periode kein Einkommen erzielt. Weiter erachte er die Busse als markant zu hoch.
Mit E-Mail vom 13. März 2006 wies das Gemeindesteueramt Bottighofen X._ darauf hin, dass die Einsprachefrist seit dem 18. Februar 2006 laufe. Seine E-Mail betreffend die Veranlagungen 2004 und die Bussenverfügung werde zwar als Einsprache anerkannt; die versäumten Mitwirkungshandlungen, in seinem Fall die Einreichung der vollständigen und unterzeichneten Steuererklärung 2004, seien innerhalb der Einsprachefrist nachzuholen. Falls diese Unterlagen bis spätestens 20. März 2006 dem Gemeindesteueramt nicht eingereicht worden seien, werde auf die Einsprache nicht eingetreten.
Nachdem X._ darauf hin erneut per E-Mail erklärt hatte, er werde bis 23. März 2006 wiederum im Ausland weilen, stellte ihm das Gemeindesteueramt noch am 13. März 2006 einen Auszug aus der Steuerpraxis betreffend die Fristwiederherstellung mit ausführlicher Darstellung der Wiederherstellungsgründe (StP 164 Nr. 2) zu.
Am 18. April 2006 ging die Steuererklärung von X._ beim Gemeindesteueramt ein.
Am 25. Juli 2006 wies das Gemeindesteueramt Bottighofen das Fristwiederherstellungsgesuch als unbegründet ab. Auf die (wegen Nichteinreichens der Steuererklärung innert der Einsprachefrist) verspätete Einsprache wurde nicht eingetreten.
Mit Einsprache vom 17. August 2006 anerkannte X._, dass er zu Recht gebüsst worden sei; die Busse sei jedoch markant zu hoch. Gegen die Steuerveranlagung 2004 wandte er ein, diese sei falsch; die korrekten Faktoren habe er in den Gemeindebriefkasten geworfen. Nach drei vergeblich angesetzten Einspracheverhandlungen wies das Gemeindesteueramt Bottighofen am 14. November 2006 die Einsprache gegen den Fristwiederherstellungsentscheid vom 25. Juli 2006 ab; auf die Einsprache gegen die Ermessensveranlagung 2004 wurde nicht eingetreten.
Einen Rekurs von X._ gegen den Einspracheentscheid vom 14. November 2006 wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 13. August 2007 ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess die von X._ gegen diesen Entscheid gerichtete Beschwerde am 7. November 2007 teilweise in dem Sinne gut, als die Steuerbehörde angewiesen wurde, auf die Einsprache gegen die Bussenverfügung und die Ermessenstaxation 2004 einzutreten.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 7. November 2007 aufzuheben und die Veranlagung gemäss dem Einspracheentscheid (des Gemeindesteueramtes Bottighofen) vom 14. November 2006 zu bestätigen.
X._ und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Gutheissung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist in Anwendung von kantonalem öffentlichem Recht (Gesetz vom 23. Februar 1981 über die Verwaltungsrechtspflege [VRG/TG]; Gesetz vom 14. September 1992 über die Staats- und Gemeindesteuern [Steuergesetz; StG/TG]) ergangen. Er kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (<ref-law>; Art. 73 Abs. 1 StHG). Die Beschwerdeführerin ist als Partei des vorinstanzlichen Verfahrens zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>; Art. 73 Abs. 2 StHG).
1.2 Vor dem Hintergrund der teilweise unvollständigen bzw. verwirrlichen Darstellung in den vorinstanzlichen Entscheiden ist nach den entsprechenden Feststellungen und den Akten für die Beurteilung von folgendem Sachverhalt auszugehen:
Die kantonale Steuerverwaltung auferlegte dem Steuerpflichtigen am 7. Februar 2006 wegen Verletzung von Verfahrenspflichten im Veranlagungsverfahren (Nichteinreichen der Steuererklärung 2004 trotz Mahnung) gestützt auf § 207 StG/TG und Art. 174 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) eine Busse von Fr. 600.--.
Gleichentags erliess das Gemeindesteueramt die Ermessensveranlagungen sowohl für die Staats- und Gemeindesteuern (§ 162 StG/TG) als auch für die direkte Bundessteuer (<ref-law>) des Jahres 2004. Alle drei Verfügungen waren gemäss den Rechtsmittelbelehrungen mit schriftlicher Einsprache beim Gemeindesteueramt anfechtbar.
Mit E-Mail vom 10. März 2006 bezeichnete der Steuerpflichtige die Veranlagungsentscheide, d.h. beide Verfügungen, als falsch; er habe in der fraglichen Periode kein Einkommen erzielt, sondern lediglich Studienunterstützungszahlungen erhalten; Erträge aus Wertschriften oder Guthaben habe er keine zu verzeichnen. Weiter beanstandete er die ihm auferlegte Busse von Fr. 600.-- als markant zu hoch. Obwohl diese E- Mail dem Erfordernis der Schriftlichkeit mangels eigenhändiger Unterschrift offensichtlich nicht zu genügen vermag (vgl. Urteil 1P.254/2005 vom 30. August 2005 E. 2.3), anerkannte das Gemeindesteueramt mit E- Mail vom 13. März 2006 ("Betreff: Bussenverfügung StE 200/Veranlagungen 2004") diese als Einsprache. Bezüglich der Ermessensveranlagungen wies es unter Bezugnahme auf § 164 Abs. 2 StG/TG darauf hin, dass insofern auch die versäumten Mitwirkungshandlungen innerhalb der (ab 18. Februar 2006 laufenden) Einsprachefrist, d.h. bis spätestens am 20. März 2006 nachzuholen seien.
Die drei Verfügungen konnten dem Beschwerdeführer mit eingeschriebener Post (aufgegeben am 8. Februar 2006) nicht zugestellt werden; sie gelten deshalb mit Ablauf der Abholfrist am 17. Februar 2006 als zugestellt (vgl. <ref-ruling> E. 2a/aa); die Einsprachefrist (von 30 Tagen) begann somit am 18. Februar 2006 zu laufen und endete (da der letzte Tag der Frist, der 19. März 2006, ein Sonntag war) am 20. März 2006. Dies wird von keiner Seite bestritten.
Da der Steuerpflichtige die Steuererklärung erst am 18. April 2006 einreichte, erachtete das Gemeindesteueramt die Einsprache als verspätet, weshalb darauf nicht mehr eingetreten werden könne, und nahm die E-Mail vom 10. März 2006 als Fristwiederherstellungsgesuch entgegen, welches sie am 25. Juli 2006 abwies. Die Einsprache des Steuerpflichtigen vom 17. August 2006 gegen diesen Fristwiederherstellungsentscheid wies das Gemeindesteueramt am 14. November 2006 ab; zugleich stellte es fest, dass auf die Einsprache gegen die Ermessensveranlagung nicht eingetreten werde.
Die Steuerrekurskommission ging in ihrem Entscheid "betreffend Staats- und Gemeindesteuern 2004 - Fristwiederherstellung" offensichtlich davon aus, dass das Verfahren nur die Staats- und Gemeindesteuern betreffe. Als Anfechtungsobjekt bezeichnete sie einzig der Einspracheentscheid betreffend die abgelehnte Fristwiederherstellung; sie prüfte indessen - allerdings nur unter Bezugnahme auf § 164 Abs. 1 StG/TG - zu Recht auch, ob die E-Mail vom 10. März 2006 eine frist- und formgerechte Einsprache darstelle.
Die Beschwerdeführerin geht ihrerseits auch davon aus, dass die Einsprache "die Ermessensveranlagungen 2004", also beide Steuern umfasste (Beschwerde S. 13, Ziff. 6).
2. 2.1 Streitgegenstand bildete somit im kantonalen Verfahren die Frage, ob die Einsprache des Beschwerdegegners vom 10. März 2006 rechtsgültig erhoben wurde und ob andernfalls die Wiederherstellung der Einsprachefrist hätte gewährt werden müssen.
2.2 Die Vorinstanz ist dabei zu Recht davon ausgegangen, dass die Einsprache des Steuerpflichtigen sowohl gegen die Veranlagungsverfügung - hier erwähnt sich jedoch nur die Staats- und Gemeindesteuern 2004 - als auch gegen die Bussenverfügung gerichtet war. Ob die direkte Bundessteuer damit nicht mehr Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens bildete, kann offenbleiben, da die Beschwerde in Bezug auf deren ermessensweise Veranlagung ohnehin aus den folgenden Erwägungen ebenfalls gutzuheissen wäre.
3. 3.1 Gemäss § 164 Abs. 1 StG/TG (entsprechend Art. 48 Abs. 1 StHG) und <ref-law> kann der Steuerpflichtige gegen den Veranlagungsentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei der zuständigen Behörde bzw. bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben (Abs. 1).
Eine Einschätzung bzw. Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (§ 164 Abs. 2 StG/TG [entsprechend Art. 48 Abs. 2 StHG] und <ref-law>).
3.2 Im kantonalen Verfahren ist unbestritten geblieben, dass die E-Mail vom 10. März 2006, nachdem sie von der Gemeindesteuerbehörde trotz fehlender eigenhändiger Unterschrift als Einsprache anerkannt wurde, als rechtzeitig eingereicht gilt. Diese Auffassung wird auch von der Vorinstanz geteilt; sie ist denn auch nicht bestritten.
3.3 Die Vorinstanz hat dargelegt, der Steuerpflichtige habe mit seiner Einsprache sowohl die Bussenverfügung als auch die beiden Ermessensveranlagungen angefochten. Dies machte dieser bereits vor der Steuerrekurskommission geltend (deren Urteil E. 3).
Die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe insoweit ihrem Entscheid einen offensichtlich unrichtigen bzw. aktenwidrigen Sachverhalt zu Grunde gelegt, ist unbegründet. Ihre Annahme, der Steuerpflichtige habe bereits im Rekursverfahren den Fristwiederherstellungsentscheid in Bezug auf die Bussenverfügung nicht mehr angefochten, ist unbehelflich. Der Beschwerdegegner hat in seinem Rekurs an die Steuerrekurskommission beantragt, seine schriftliche Einsprache vom 10. März 2006 als rechtsgültig zu erklären. Es trifft zwar zu, dass er die Busse nicht mehr grundsätzlich in Frage stellte; er hat dies indessen bereits in seiner Einsprache nicht getan: Er hat lediglich die Höhe der Busse beanstandet. Es bezieht sich denn auch in seiner Rekursbegründung zur Einhaltung der Einsprachefrist klar auf die Veranlagungsentscheide und die Bussenverfügung. Es geht nicht an, ohne eine klare und unzweifelhafte Anerkennung des Bussenbetrages "konkludent" einen Verzicht auf die Anfechtung der Bussenverfügung anzunehmen. Davon, dass die Bussenverfügung bereits rechtskräftig geworden sei, kann deshalb entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin, die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung geteilt wird, nicht die Rede sein.
3.4 Die Vorinstanz hat in diesem Zusammenhang zunächst erkannt, dass nach § 164 Abs. 1 in Verbindung mit § 217 StG/TG an die Einsprache gegen die Bussenverfügung keine besonderen Begründungsanforderungen gestellt würden; insoweit genüge sogar eine nicht begründete Einsprache.
Dieser Auffassung ist zuzustimmen. Sie entspricht sowohl der klaren Absicht des Bundesgesetzgebers (vgl. Botschaft des Bundesrates vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer, BBl 1983 III S. 134 f. und S. 211) als auch der Lehre (Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N. 39 f. zu <ref-law>; Martin Zweifel, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/1, Hrsg. Martin Zweifel/Peter Athanas, 2. Auflage, Basel 2002, N. 18 zu Art. 48 StHG; Martin Zweifel, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2. Aufl., Hrsg. Martin Zweifel/Peter Athanas, Basel 2008, N. 18 zu <ref-law>; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., Zürich 2006, N. 50. f. zu § 140 StG/ZH).
Die Vorinstanz durfte deshalb, ohne Bundesrecht zu verletzen, zum Schluss kommen, die Einsprache des Steuerpflichtigen gegen die Bussenverfügung sei frist- und formgerecht erfolgt, weshalb die Steuerbehörde anzuweisen sei, auf die Einsprache einzutreten, soweit diese die Höhe der verhängten Steuerbusse betrifft.
3.5 Die Beschwerde ist somit in diesem Punkt abzuweisen.
4. 4.1 Die Steuerrekurskommission hat zu § 164 Abs. 2 StG/TG erkannt, der durch den Steuerpflichtigen zu erbringende Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der Ermessensveranlagung - wenn diese wie hier mit der Nichterfüllung der Mitwirkungspflichten im Veranlagungsverfahren begründet werde - setze das Nachholen der versäumten Mitwirkungshandlung, insbesondere die Einreichung der Steuererklärung während der nicht erstreckbaren gesetzlichen Einsprachefrist voraus. Nur wenn dies aus besonderen Gründen nicht möglich sei, genügten bereits ausreichend substanziierte Vorbringen; solche Gründe seien jedoch nicht erkennbar. Da der Steuerpflichtige die Steuererklärung erst nach Ablauf der Einsprachefrist eingereicht habe, sei das Gemeindesteueramt deshalb zu Recht auf die Einsprache nicht eingetreten.
Die Vorinstanz ist demgegenüber zum Schluss gekommen, eine solche Auffassung ergebe sich nicht aus dem Wortlaut von § 164 Abs. 2 StG/TG. Das Einreichen der vollständigen und unterzeichneten Steuererklärung innert der Einsprachefrist sei keine gesetzliche Verpflichtung; sie entspreche nur der bundesgerichtlichen Praxis. Mit diesem Erfordernis würden indessen zu hohe Anforderungen gestellt. Zumindest habe der Steuerpflichtige mit E-Mail vom 19. März 2006, d.h. noch vor Ablauf der Einsprachefrist, darauf hingewiesen, dass er unfreiwillig im Ausland weilen werde.
4.2 Die Bestimmung von § 164 Abs. 2 StG/TG stimmt mit <ref-law> und Art. 48 Abs. 2 StHG überein. Ist die Ermessensveranlagung die Folge davon, dass der Steuerpflichtige seine Mitwirkungspflichten im Veranlagungsverfahren nicht erfüllt hat, muss dieser für den nach diesen Bestimmungen erforderlichen Unrichtigkeitsnachweis nach feststehender Praxis des Bundesgerichts zuallererst - mit der Einsprache - die versäumten Mitwirkungshandlungen nachholen, namentlich die Steuererklärung einreichen; dieser Nachweis hat zudem umfassend zu sein; blosse Teilnachweise genügen nicht. Es handelt sich bei diesem qualifizierten Nachweiserfordernis nicht nur um eine Ordnungsvorschrift, sondern um eine Prozessvoraussetzung, bei deren Fehlen auf die Einsprache nicht eingetreten wird (<ref-ruling> E. 2.3, mit Hinweisen). Diese Auffassung entspricht dem eindeutigen Willen des Gesetzgebers (Botschaft des Bundesrates vom 25. Mai 1983 zu den Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer [BBl 1983 III S. 210]). Sie wird überdies von der Lehre ohne Einschränkung geteilt (Martin Zweifel, a.a.O., N. 51 f. zu Art. 48 StHG; derselbe, a.a.O., N. 44 f. zu <ref-law>; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, a.a.O., N. 68 zu § 140 StG/ZH; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, a.a.O., N. 59 f. zu <ref-law>; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Zürich 1995, Art. 132, S. 419).
4.3 Es sind keine Gründe ersichtlich, die ein Abweichen von dieser gefestigten Praxis rechtfertigen könnten. Es ist deshalb daran festzuhalten. Die Steuerrekurskommission hat daher bundesrechtskonform entschieden, die Einsprache gegen die Ermessensveranlagung sei verspätet.
5. 5.1 Die Steuerrekurskommission hat dargelegt, aus welchen Gründen das Gesuch um Wiederherstellung der Einsprachefrist zur Anfechtung der Ermessensveranlagung abzuweisen war. Die Vorinstanz hat sich mit dieser Begründung nicht näher auseinandergesetzt, nachdem sie bereits der Auffassung war, dass die Steuererklärung auch noch später eingereicht werden durfte. Der vage Hinweis auf die §§ 25 und 26 VRG/TG genügt nicht. Eine Fristerstreckung zur Nachreichung der Steuererklärung "im Sinne von § 25 VRG/TG" kommt von vornherein nicht in Frage, da die Einsprachefrist eine gesetzliche Verwirkungsfrist darstellt, die nicht verlängert werden kann. In Bezug auf § 26 VRG/TG (Wiederherstellung einer Frist) genügt es entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht, dass vom Steuerpflichtigen per E-Mail mitgeteilt wird, er werde unfreiwillig im Ausland weilen, und dieser zugleich anfragt, ob er der "Mitwirkungspflicht nach Rückkehr noch gerecht werde". Der Steuerrekurskommission ist darin beizupflichten, dass der Steuerpflichtige mit diesen unbelegten Vorbringen keine erheblichen Gründe dargelegt hat, die ihn an der Einhaltung der Frist für die Einsprache bzw. Nachreichung der - in seinem Fall überdies äusserst einfachen - Steuererklärung gehindert hätten; das Fristversäumnis sei vielmehr seiner Nachlässigkeit zuzuschreiben. Dieser Schluss, den die Vorinstanz nicht wiederlegt, verletzt nicht Bundesrecht. Es bleibt anzufügen, dass der Beschwerdeführer auf Grund der Tatsache, dass er nun (nach den Jahren 2000 und 2001) bereits zum dritten Mal nach Ermessen veranlagt worden ist und wegen seiner häufigen, geschäftlich bedingten Auslandsabwesenheit nach den Mahnungen der Veranlagungsbehörde mit entsprechenden Zustellungen rechnen musste. Dass er dennoch keine entsprechenden Vorkehren traf, muss er sich entgegenhalten lassen. Schwierigkeiten bei der Postzustellung wegen eines Auflandaufenthaltes genügen für sich allein grundsätzlich nicht, um ein unverschuldetes Hindernis darzutun (Urteil 2P.156/2002 vom 19. Juli 2002 E. 2), wie dies <ref-law>, der jedenfalls in Bezug auf die direkte Bundessteuer auch für das kantonale Verfahren gilt (Urteil 2A.70/2006 vom 15. Februar 2006 E. 3), und § 26 VRG/TG voraussetzen.
5.2 Soweit die Vorinstanz erkannt hat, dem Steuerpflichtigen hätte in Gutheissung des ihres Erachtens zwar verfrühten, aber gültigen Fristwiederherstellungsgesuches Gelegenheit geboten werden müssen, die Steuererklärung noch nach Ablauf der Einsprachefrist nachzureichen, kann ihr demzufolge nicht gefolgt werden.
5.3 Die Beschwerde ist daher gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben, soweit er die Beschwerde des Steuerpflichtigen auch in Bezug auf die Ermessensveranlagung gutheisst und die Steuerbehörde anweist, auf die Einsprache gegen die Ermessensveranlagung einzutreten. Damit bleibt es in diesem Punkt beim Entscheid der Steuerrekurskommission.
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben der Kanton Thurgau und der Beschwerdegegner je die Hälfte der Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).
Dem nicht durch einen Anwalt vertretenen Beschwerdegegner ist keine Parteientschädigung für das bundesgerichtliche Verfahren zuzusprechen.

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau aufgehoben, soweit die Steuerbehörde angewiesen wird, auf die Einsprache gegen die Ermessenstaxation 2004 einzutreten, und die Ermessensveranlagung 2004 des Gemeindesteueramtes Bottighofen vom 7. Februar 2006 bestätigt. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden je zur Hälfte, d.h. je zu Fr. 1'000.--, dem Kanton Thurgau und dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng