Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) und die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) schlossen im Oktober 2003 einen Vertrag über die Lieferung und Montage einer Aufbereitungsanlage für Strassensammlerschlämme sowie Wischgut und im Juni 2004 einen Vertrag über die Lieferung und Montage einer Sortieranlage für Baustellenabfälle. Die Beschwerdegegnerin lieferte und montierte beide Anlagen. Während die Beschwerdeführerin den Preis für die Aufbereitungsanlage vollständig bezahlte, entrichtete sie den Preis für die Sortieranlage nur teilweise und machte Mängel an beiden Anlagen geltend.
B. Am 31. August 2005 erhob die Beschwerdegegnerin beim Amtsgericht Luzern-Land Klage mit dem Antrag, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 96'033.-- nebst 5 % Zins seit dem 16. November 2004 zu bezahlen, entsprechend dem Restbetrag des Preises für die Sortieranlage.
Mit Urteil vom 6. August 2007 hiess das Amtsgericht Luzern-Land die Klage im Umfang von Fr. 96'033.-- nebst 5 % Zins seit 30. November 2004 gut mit der Begründung, dass weder hinsichtlich der Aufbereitungsanlage noch der Sortieranlage Mängel auszumachen seien. Die von der Beschwerdeführerin erhobene Widerklage wies es ab.
Die Beschwerdeführerin erhob Appellation gegen den Entscheid des Amtsgerichts Luzern-Land vom 6. August 2007, die das Obergericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 24. April 2008 abwies, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 30. Mai 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Luzern vom 24. April 2008 aufzuheben und den Fall zur Sachverhaltsergänzung sowie zur Abnahme der dazu erforderlichen Beweismittel an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig stellte sie das Begehren, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Mit dem Entscheid in vorliegender Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
2. Die vorliegende Beschwerde hat einen Entscheid in Zivilsachen zum Gegenstand (<ref-law>). Sie betrifft eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert von mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit <ref-law>). Die Vorinstanz hat als letzte kantonale Instanz endgültig entschieden (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die rechtzeitig eingereichte Beschwerde (<ref-law>) ist grundsätzlich zulässig. Unter Vorbehalt zulässiger Rügen (<ref-law>) sowie gehöriger Begründung (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
3. 3.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Unerlässlich ist, dass auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingegangen und im Einzelnen dargetan wird, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 287; vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
3.2 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen.
3.3 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Urteil verneint, dass die von der Beschwerdegegnerin gelieferten Anlagen mangelhaft sind. Mangelhaft ist der Leistungsgegenstand sowohl beim Kauf wie beim Werkvertrag, wenn er vom Vertrag abweicht, wenn ihm eine zugesicherte oder nach dem Vertrauensprinzip vorausgesetzte und voraussetzbare Eigenschaft fehlt (<ref-ruling> E. 5a/aa S. 244). Die Beschwerdeführerin behauptet nicht, die Vorinstanz habe ihrem Urteil einen unzutreffenden Begriff des Mangels zugrunde gelegt. Sie rügt vielmehr, die Vorinstanz sei insgesamt aufgrund einer unzutreffenden Vertragsauslegung zum Schluss gelangt, dass die von der Beschwerdegegnerin gelieferten Anlagen nicht mangelhaft seien. Die Beschwerdeführerin missachtet das Ziel der Vertragsauslegung, wenn sie sich auf den Standpunkt stellt, es sei unabdingbar, durch Expertise zu klären, ob Mängel beständen. Welche Leistungen sich die Beschwerdeführerin vertraglich von der Beschwerdegegnerin hat versprechen lassen, hängt primär von ihrem Wissen und Willen ab, die sie selbst kennen muss. Es wäre ihr insofern oblegen zu begründen, inwiefern die Vorinstanz den tatsächlichen Willen der Parteien willkürlich festgestellt oder den Vertrauensgrundsatz verkannt hat, indem sie die von ihr an die Anlagen gestellten Anforderungen den vertraglichen Abreden nicht entnommen hat (vgl. zur Vertragsauslegung <ref-ruling> E. 4.1 und E. 4.2 S. 611 f. mit Hinweisen). Soweit die Ausführungen in der Beschwerde nur punktuelle Kritik an einzelnen Erwägungen oder Schlüssen im angefochtenen Urteil enthalten, ohne dass daraus hervorgeht, welche Eigenschaften der Anlagen der Beschwerdeführerin vertraglich zugesichert worden sein sollen oder von ihr nach Treu und Glauben bei Vertragsschluss vorausgesetzt werden durften, genügt die Begründung den Anforderungen von <ref-law> nicht.
4. Die Anwendung und Auslegung kantonalen Prozessrechts kann im Beschwerdeverfahren nicht gerügt werden (<ref-law>). Soweit der Beschwerde nicht wenigstens sinngemäss zu entnehmen ist, inwiefern die Vorinstanz Grundrechte verletzt haben soll, ist die Beschwerdeführerin mit ihren Vorbringen nicht zu hören.
4.1 Die Beschwerdeführerin macht mehrfach eine Verletzung der aus <ref-law> abgeleiteten Begründungspflicht durch die Vorinstanz geltend. Zudem rügt die Beschwerdeführerin, der Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt, weil die Vorinstanz im angefochtenen Urteil auf die eingereichten Rechtsschriften und Akten mittels Abkürzungen Bezug nehme, ohne dem Urteil ein Verzeichnis beizulegen, welche Eingaben und Beweisstücke mit den entsprechenden Bezeichnungen gemeint seien.
Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, wobei es nicht erforderlich ist, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann (vgl. 134 I 83 E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 4.3 S. 540; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236 mit Hinweis).
Diese Begründungsanforderungen erfüllt der angefochtene Entscheid. Die Vorinstanz hat sich hinreichend klar und vollständig geäussert, um die Tragweite und Begründung des Urteils zu verstehen. Insbesondere kann aus den Minimalgarantien von <ref-law> kein Anspruch auf ein dem Urteil beigelegtes Verzeichnis abgeleitet werden. Die Beschwerdeführerin macht überdies nicht geltend, kantonale prozessrechtliche Normen seien willkürlich angewendet worden oder die Vorinstanz habe ihr die Einsicht in die Akten verweigert. Eine Gehörsverletzung liegt mithin nicht vor.
4.2 Die Vorinstanz ist auf die Rüge der Beschwerdeführerin nicht eingetreten, dass das Amtsgericht fälschlicherweise von einem Bagger statt einem Pneulader ausgegangen sei und hat deshalb den Sachverhalt insofern nicht festgestellt. Sie hat dabei der Beschwerdeführerin vorgehalten, dass sie nicht dartue, inwieweit dieser Umstand zu einer anderen Entscheidung führen sollte. Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Abrede, dass sie dazu nach dem kantonalen Prozessrecht verpflichtet gewesen wäre. Soweit sie sinngemäss rügt, ihre Ausführungen auf Seite 17 ff. der Appellationsschrift seien willkürlich ausgelegt worden, wenn darin keine Begründung für die Rechtserheblichkeit der Beanstandung gesehen werde, kann ihr nicht gefolgt werden. Die Bemerkung, dass mit einem Pneulader die dosierte Beschickung des Aufgabebunkers unmöglich sei, kann willkürfrei als nicht hinreichende Begründung für die Relevanz dieses Umstandes für den Verfahrensausgang verstanden werden.
4.3 Die Vorinstanz hat die neue Behauptung der Beschwerdeführerin, es sei ihr von der Beschwerdegegnerin nachträglich in der Betriebsanleitung eine Förderleistung von 130 - 150 m3 Baustellenabfälle pro Stunde bei einem Mindestpersonalbestand von vier Mitarbeitenden zugesichert worden, mit der Begründung verworfen, die angegebene Förderleistung beruhe auf einer gewissen Bandgeschwindigkeit, und die Beschwerdeführerin behaupte nicht, dass sie die Geschwindigkeit gemäss den Vorgaben dieser Betriebsanleitung eingestellt habe. Den Ausführungen in der Beschwerde ist nicht zu entnehmen, inwiefern die Vorinstanz Rechtsnormen verletzt haben könnte (<ref-law>), wenn sie die neue Rüge der Beschwerdeführerin allein auf die Kapazität der Sortieranlage bezog.
4.4 Die Vorinstanz hat festgestellt, die amtsgerichtliche Feststellung sei gänzlich unangefochten geblieben, dass sich weder aus der Auftragsbestätigung noch aus dem Aufstellungsplan oder früheren Angeboten der Schluss auf einen automatischen Anlagebetrieb ableiten lasse. Bestritten war nach den Erwägungen im angefochtenen Entscheid von der Beschwerdeführerin, dass sie eine "händische Sortierung" voraussetzen musste. Dazu hielt die Vorinstanz fest, es leuchte selbst einem Laien ein, dass dem Sortiergreifer auch einmal etwas entgehen könne oder sich ein Material als doch zu gross erweise, so dass zur Vermeidung einer Verdichtung oder Verstopfung letztlich von Hand einzugreifen sei. Die Beschwerdeführerin habe über diese Vorsortierung "händisch und mit Bagger" nicht im Zweifel sein können, die sie bei der Besichtigung von Referenzanlagen gesehen habe. Die Vorinstanz vermochte den Ausführungen der Beschwerdeführerin nicht zu entnehmen, wie sie den Vertragsinhalt ursprünglich verstanden hatte. Inwiefern die Vorinstanz damit in Willkür verfallen sein könnte, ist den Ausführungen der Beschwerde nicht zu entnehmen und auch nicht ersichtlich. Die Vorinstanz hat jedenfalls die bundesrechtlichen Anforderungen an die Substanziierung nicht verkannt.
4.5 Die Vorinstanz hat die neue Bestreitung der Beschwerdeführerin, dass die Anlage bei einer von der Klägerin vorgeschriebenen Beschickung funktioniere, mit der Begründung verworfen, der Punkt des Steckenbleibens von Material im Aufgabebunker sei zu vage, weil die Beschwerdeführerin nicht darlege, dass sie den Wasseranteil am zu transportierenden Material gering halte; zu viel Wasser im Aufnahmebunker verunmögliche aber einen einwandfreien Betrieb. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass sie zum Wasser im Aufnahmebunker keine detaillierten Behauptungen vorbrachte; jedenfalls ist die Vorinstanz nicht in Willkür verfallen, wenn sie den von der Beschwerdeführerin unter dem Titel "Einschränkung des vorausgesetzten Betriebs" wiedergegebenen Beschreibungen keine hinreichend konkreten Vorbringen zu entnehmen vermochte. Dass die Beschwerdeführerin im Übrigen im Verfahren vor der Vorinstanz keine Ausführungen zur Einschränkung der Wirtschaftlichkeit gemacht hatte, bestreitet die Beschwerdeführerin nicht mit Aktenhinweisen. Sie hält allein den Vorwurf für unbegründet mit der sinngemässen Behauptung, die Einschränkung ergebe sich angesichts der vielen Mängel von selbst. Die Vorinstanz hat mit ihrer Würdigung entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin auch die bundesrechtliche Substanziierungspflicht nicht verletzt. Ein Anspruch auf Beweisführung besteht nur in Bezug auf Tatsachen, die prozesskonform vorgetragen worden sind (<ref-ruling> E. 2.6 S. 24 f.). Das Beweisverfahren soll grundsätzlich nicht dazu dienen, unvollständige Parteivorbringen zu vervollständigen (<ref-ruling> E. 3 S. 341; vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 369).
4.6 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Beschwerdegegnerin in die Entscheidfindung, wozu die Aufbereitungsanlage verwendet werde, nicht einbezogen war. Die Beschwerdeführerin könne sich daher weder darauf berufen, dass sie verwertbare Endprodukte habe erwarten dürfen noch könne sie einen rechtlichen Mangel geltend machen, weil sie über keine Bewilligung zur Entsorgung von Sonderabfällen verfüge. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht rechtsgenüglich mit diesen Ausführungen auseinander und legt insbesondere nicht dar, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben soll mit der Annahme, dass verwertbare Endprodukte nicht zugesichert worden seien bzw. dass kein rechtlicher Mangel vorliege.
5. Die Beschwerdeführerin rügt insbesondere im Zusammenhang mit den bauseitigen Anforderungen eine Verletzung von <ref-law> durch die Vorinstanz.
5.1 <ref-law> regelt für das Bundeszivilrecht einerseits die Beweislastverteilung und gibt anderseits der beweispflichtigen Partei einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299; <ref-ruling> E. 2.3 S. 226, je mit Hinweisen). <ref-law> ist daher insbesondere verletzt, wenn das kantonale Sachgericht unbewiesene Behauptungen einer Partei unbekümmert darum, dass sie von der Gegenpartei bestritten worden sind, als richtig hinnimmt, oder über rechtserhebliche Tatsachen überhaupt nicht Beweis führen lässt (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f., je mit Hinweisen). Wo der Richter allerdings in Würdigung von Beweisen zur Überzeugung gelangt, eine Tatsachenbehauptung sei bewiesen oder widerlegt, ist die Beweislastverteilung gegenstandslos. Diesfalls liegt freie Beweiswürdigung vor, die bundesrechtlich nicht geregelt ist, auch nicht durch <ref-law>. Eine beschränkte Beweisabnahme verletzt <ref-law> daher nicht, wenn der Richter schon nach deren Ergebnis von der Sachdarstellung einer Partei überzeugt ist, gegenteilige Behauptungen also für unbewiesen hält (BGE <ref-ruling> E. 5.4 S. 602 mit Hinweisen). <ref-law> schreibt dem Richter zudem nicht vor, mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären und wie das Ergebnis zu würdigen ist. Bundesrechtlich ist auch eine antizipierte Beweiswürdigung nicht ausgeschlossen (BGE <ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f. mit Hinweisen).
5.2 Die Vorinstanz setzte sich eingehend mit den von der Beschwerdeführerin angerufenen Belegen auseinander und gelangte zum Schluss, dass die bauseitigen Anforderungen für die Abwasseraufbereitung zum Zeitpunkt der Klageeinleitung nicht erfüllt gewesen seien. Die Beschwerdeführerin legt zudem nicht dar, dass die von ihr geltend gemachte Tatsache rechtserheblich sei, dass bereits seit 1999 eine Anlage zur Behandlung von Strassensammlerschlämmen vorhanden gewesen sei, die bei Aufnahme des Probebetriebs der Aufbereitungsanlage funktionsbereit zur Verfügung gestanden habe. Eine Verletzung von <ref-law> liegt somit nicht vor.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, I. Kammer als Appellationsinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. August 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann