Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Muri erteilte X._ am 3. Juni 2002 die Baubewilligung für den Neubau eines Boxenlaufstalls, eines Milchcenters, einer Jauchegrube, einer Remise, den Abbruch der bestehenden Scheune, die Umnutzung der Garage und die Terrainauffüllung auf zwei Parzellen. Die rechtskräftige Bewilligung enthält die Auflage zur Erstellung einer Grünrabatte oder eines Grünstreifens zwischen dem Radweg und den neuen Gebäuden.
B. Unter Androhung der Ersatzvornahme und Bestrafung wegen Ungehorsams verfügte der Gemeinderat am 26. September 2006 die Erstellung der Grünrabatte entsprechend der Baubewilligung bis zum 31. Oktober 2006.
Auf eine Baugesuchsänderung von X._ betreffend die Grünrabatte trat der Gemeinderat nicht ein. Eine von X._ dagegen geführte Beschwerde wies das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau ab. Die daraufhin von X._ erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau am 29. April 2008 ab.
C. Mit Nachtragsverfügung vom 25. August 2008 bewilligte der Gemeinderat ein Gesuch von X._ betreffend die Erstellung von Grünrabatten und die Gestaltung der Vorplätze. Er verfügte, die Grünrabatten seien mittels 15 cm hohem Stellriemen auf der der Strasse abgewandten Innenseite so zu gestalten, dass sie nicht überfahrbar seien. Die übrigen Bedingungen und Auflagen der Baubewilligung vom 3. Juni 2002 seien weiterhin verbindlich. Die Verfügung ist rechtskräftig.
D. Am 25. September 2009 verfügte der Gemeinderat, die Arbeiten für den Bau der Grünrabatte seien bis zum 27. November 2009 gemäss der Baubewilligung vom 10. (recte 3.) Juni 2002 bzw. dem Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. April 2008 abzuschliessen. Die Verfügung blieb unangefochten.
E. Unter Androhung der Ersatzvornahme (inklusive Kostenvorschuss) und der Bestrafung wegen Ungehorsams erliess der Gemeinderat am 6. Juli 2010 erneut eine Verfügung. Er schrieb für die Gestaltung der Grünrabatten eine Umrandung von Stellriemen oder Stellplatten von mindestens 12 cm Höhe ab fertig Terrain sowie die Bepflanzung mit Gras oder Bodendecker vor und setzte eine Frist bis zum 27. August 2010 zum Abschluss der Arbeiten.
Dagegen erhob X._ Beschwerde, welche das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 22. September 2010 abwies.
F. X._ führt Beschwerde beim Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts.
Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Gemeinderat hat keine Stellungnahme eingereicht.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist deshalb gegeben. Die unrichtige Bezeichnung des Rechtsmittels durch den Beschwerdeführer (als subsidiäre Verfassungsbeschwerde) schadet nicht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 382).
1.2 Die Vorinstanz hat als oberes kantonal letztinstanzliches Gericht entschieden. Gegen ihren Entscheid ist die Beschwerde zulässig (<ref-law>).
1.3 Die Legitimation des Beschwerdeführers ist zu bejahen (<ref-law>).
1.4 Das angefochtene Urteil schliesst das Verfahren ab. Es handelt sich um einen Endentscheid, gegen welchen die Beschwerde gemäss <ref-law> zulässig ist. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägungen einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Umrandung der Grünrabatte mit Stellriemen sei unverhältnismässig und willkürlich. Als er vor Jahresfrist die heutige Umrandung mit Pflastersteinen erstellt habe, habe er sich gutgläubig auf das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 29. April 2008 verlassen. Darin seien keine Stellriemen erwähnt.
2.2 Mit der Baubewilligung vom 3. Juni 2002 erging die Auflage, eine Grünrabatte oder einen Grünstreifen zwischen dem Radweg und den neuen Gebäuden zu erstellen. Der Gemeinderat hat mit Nachtragsverfügung vom 25. August 2008 rechtskräftig entschieden, die Grünrabatten seien mittels 15 cm hohen Stellriemen auf der der Strasse abgewandten Innenseite so zu gestalten, dass sie nicht überfahrbar seien. Mit Verfügung vom 25. September 2009 verlangte der Gemeinderat die Vollstreckung der genannten Anordnungen. Mit Verfügung vom 6. Juli 2010 hat er diese Vorkehren ergänzt und präzisiert. Danach ist die Umrandung der Grünrabatte mittels Stellriemen oder Stellplatten von mindestens 12 cm Höhe ab fertig Terrain sowie eine Bepflanzung mit Gras oder Bodendecker zu erstellen.
Diese Anordnungen stützen sich auf kantonales Recht. Dessen Verletzung kann grundsätzlich nicht gerügt werden, sondern nur seine willkürliche Anwendung (<ref-law>). Die Rüge von Grundrechtsverletzungen, namentlich des Willkürverbots, bedarf besonderer Begründung (<ref-law>). Es besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.).
2.3 Es mag zutreffen, dass die Sicherheit des Radwegs bzw. die Auflage der Baubewilligung vom 3. Juni 2002 anders als mit Stellriemen oder Stellplatten erreicht werden kann. Dies lässt den Entscheid der Vorinstanz aber nicht als willkürlich erscheinen. Das Vorbringen des Beschwerdeführers, er habe mit der Belegung der Rabatten mit gröberen Bollensteinen eine Massnahme getroffen, um den rechtmässigen Zustand herzustellen, stösst daher ins Leere. Unbegründet ist sodann die Rüge, die Gestaltung der Rabatten mit Stellriemen erfolge entgegen der Absprache mit dem Bauverwalter. Der Beschwerdeführer ist verpflichtet, die vom Gemeinderat verfügten Arbeiten auszuführen. Der Bauverwalter ist ebenfalls an die Anordnungen des Gemeinderats gebunden.
Der Beschwerdeführer reichte am 11. Juli 2008 ein Gesuch ein, das zur Verfügung vom 25. August 2008 des Gemeinderats führte. Danach muss die Grünrabatte mit Stellriemen auf der der Strasse abgewandten Innenseite so gestaltet sein, dass sie nicht überfahrbar ist. Der Beschwerdeführer hat die heutige Umrandung in Abweichung von dieser Verfügung mit Pflastersteinen erstellt. Der Einwand, er habe sich gutgläubig auf das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 29. April 2008 verlassen, ist unbegründet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Der Gemeinderat und die Vorinstanz hätten sich vor Ort kein Bild gemacht. Der Gemeinderat habe stets den Bauverwalter vorgeschickt. Er fühle sich nicht ernst genommen, wenn ihm die Vorinstanz entgegenhalte, nicht der Bauverwalter, sondern der Gemeinderat sei zuständig gewesen.
3.2 Was der Beschwerdeführer zur Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör vorbringt, genügt den Begründungsanforderungen nach <ref-law> nicht (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Der Beschwerdeführer konnte sich vor der Vorinstanz mehrmals äussern. Er hat ihr weder die Herstellung des rechtmässigen Zustands mit anderen Mitteln als mit Stellriemen oder Stellplatten angeboten, noch einen Augenschein beantragt. Weshalb ein Augenschein trotz der in den Akten liegenden Fotografien und Plänen notwendig gewesen sein soll, legt er nicht dar.
Die Vorinstanz erwog, der Beschwerdeführer habe aufgrund der Vorgeschichte zur Platzgestaltung gewusst, dass der Gemeinderat und nicht der Bauverwalter für das Baubewilligungsverfahren zuständig sei. Dies trifft zu. Der Beschwerdeführer legt zudem nicht dar, welche Zusicherungen oder Auskünfte er vom Bauverwalter erhalten haben soll.
4. Der Beschwerdeführer beantragt eventualiter die Durchführung eines bundesgerichtlichen Augenscheins. Der Antrag ist abzulehnen. Aus den Akten, insbesondere den darin enthaltenen Fotos und Plänen, ergibt sich der Sachverhalt mit hinreichender Klarheit.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Die von der Vorinstanz angesetzten Fristen zur Herstellung des rechtmässigen Zustands sind während des Beschwerdeverfahrens abgelaufen, weshalb dafür neue Fristen anzusetzen sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Die Arbeiten für die Gestaltung der Grünrabatten gemäss Ziff. 1 der Verfügung des Gemeinderats Muri vom 6. Juli 2010 sind bis zum 13. Mai 2011 abzuschliessen.
2.2 Die Frist zur Ausführung der Ersatzvornahme gemäss Ziff. 2 der Verfügung des Gemeinderats Muri vom 6. Juli 2010 wird auf den 23. Mai 2011 festgesetzt.
2.3 Die Frist zur Leistung des Kostenvorschusses gemäss Ziff. 3 der Verfügung des Gemeinderats Muri vom 6. Juli 2010 wird auf den 29. April 2011 festgesetzt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Muri und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Christen