Sachverhalt:
A. X._ lenkte am 4. September 2004 um etwa 07.30 Uhr ihren Personenwagen von der Autobahn A1 herkommend auf der Murtenstrasse (Gemeindegebiet Frauenkappelen BE) in Richtung Heggidorn. Mit der Absicht zu wenden fuhr sie zunächst in die rechts neben der Fahrbahn befindliche Haltebucht der Bushaltestelle "Längägerten" und führte dann unter Querung einer Sicherheitslinie das Wendemanöver durch. Ein in der Gegenrichtung fahrender Motorradlenker kollidierte alsdann mit der rechten Seite des im Wenden begriffenen Personenwagens. Dabei erlitt er schwere Verletzungen, an welchen er später verstarb. Am Motorrad und am Personenwagen der Beschwerdeführerin entstand Sachschaden.
Wegen des Vorfalls vom 4. September 2004 wurde X._ am 12. April 2005 von der Strafabteilung des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen wegen fahrlässiger Tötung im Sinne von Art. 117 StGB zu einer Gefängnisstrafe von 15 Tagen verurteilt. Es wurde ihr der bedingte Strafvollzug gewährt unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren. Das Urteil ist in Rechtskraft erwachsen.
In der Folge verfügte die Direktion für Soziales und Sicherheit, heute Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich (Strassenverkehrsamt, Abteilung Administrativmassnahmen), gegen X._ am 27. Januar 2006 einen Entzug des Führerausweises für die Dauer von sechs Monaten.
B. Gegen diesen Entscheid reichte X._ Rekurs beim Regierungsrat des Kantons Zürich ein. Sie verlangte eine Herabsetzung des Ausweisentzugs auf zwei Monate. Der Regierungsrat wies den Rekurs mit Entscheid vom 27. Februar 2008 ab.
Gegen diesen Rekursentscheid erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragte erneut die Reduktion der Dauer des Ausweisentzugs auf zwei Monate. Mit Entscheid vom 21. Mai 2008 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und legte die Entzugsdauer auf vier Monate fest. Es erwog, das Verschulden von X._ sei als ausgesprochen schwer zu beurteilen. Indessen rechtfertige es sich die Dauer des Führerausweisentzugs um einen Monat zu reduzieren, da die Vorinstanz den Umstand des langjährigen ungetrübten automobilistischen Leumunds der Fahrzeugführerin nicht angemessen berücksichtigt habe. Das Verwaltungsgericht reduzierte die Dauer der Massnahme zudem um einen weiteren Monat, weil der Regierungsrat im Rekursverfahren die Pflicht zur Verfahrensbeschleunigung verletzt habe.
C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 21. Mai 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 4. Juli 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Herabsetzung der Dauer des Entzugs des Führerausweises auf zwei Monate. Sie rügt sinngemäss eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts, eine Verletzung des Gleichbehandlungsgebots, da eine Auseinandersetzung mit ähnlich gelagerten Fällen unterblieben sei, sowie eine bundesrechtswidrige Missachtung der beruflichen Massnahmeempfindlichkeit.
D. Mit Präsidialverfügung vom 3. September 2008 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
E. Das Verwaltungsgericht und die Sicherheitsdirektion beantragen in ihren Vernehmlassungen Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Den Parteien ist Gelegenheit gegeben worden, sich zur Stellungnahme des Bundesamts zu äussern.

Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 82 ff. BGG sind erfüllt. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er indessen nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Die mit dem Bundesgesetz vom 14. Dezember 2001 geänderten Bestimmungen des SVG über den Entzug von Führerausweisen sind am 1. Januar 2005 in Kraft getreten. Da die hier zu beurteilende Widerhandlung am 4. September 2004 und somit vor Inkrafttreten der neuen Bestimmungen begangen wurde, gelangt das am Tag der Widerhandlung geltende Recht zur Anwendung (vgl. Schlussbestimmung der Änderung vom 14. Dezember 2001).
3. Nach den massgeblichen Bestimmungen hängt die Dauer des Entzugs des Führerausweises vor allem von der Schwere des Verschuldens, vom automobilistischen Leumund und der beruflichen Notwendigkeit ein Motorfahrzeug zu führen ab (aArt. 17 Abs. 1 SVG in Verbindung mit aArt. 33 Abs. 2 VZV). Sie beträgt mindestens einen Monat (aArt. 17 Abs. 1 lit. a SVG). Die genannten Umstände sind gesamthaft zu würdigen, und die Entzugsdauer ist im Einzelfall so festzusetzen, dass die mit der Massnahme beabsichtigte erzieherische und präventive Wirkung am besten erreicht wird (<ref-ruling> E. 4b S. 178; <ref-ruling> E. 1 S. 46). Bei der Bemessung der Entzugsdauer steht den kantonalen Behörden ein weiter Ermessensspielraum zu. Das Bundesgericht greift daher nur ein, wenn dieses Ermessen überschritten oder missbraucht wurde. Dies ist namentlich der Fall, wenn die kantonalen Behörden einzelne Umstände zu Unrecht ganz ausser Acht lassen oder in einer unhaltbaren Weise gewichten (<ref-ruling> E. 4b S. 178; <ref-ruling> E. 3 S. 166).
3. Nach den massgeblichen Bestimmungen hängt die Dauer des Entzugs des Führerausweises vor allem von der Schwere des Verschuldens, vom automobilistischen Leumund und der beruflichen Notwendigkeit ein Motorfahrzeug zu führen ab (aArt. 17 Abs. 1 SVG in Verbindung mit aArt. 33 Abs. 2 VZV). Sie beträgt mindestens einen Monat (aArt. 17 Abs. 1 lit. a SVG). Die genannten Umstände sind gesamthaft zu würdigen, und die Entzugsdauer ist im Einzelfall so festzusetzen, dass die mit der Massnahme beabsichtigte erzieherische und präventive Wirkung am besten erreicht wird (<ref-ruling> E. 4b S. 178; <ref-ruling> E. 1 S. 46). Bei der Bemessung der Entzugsdauer steht den kantonalen Behörden ein weiter Ermessensspielraum zu. Das Bundesgericht greift daher nur ein, wenn dieses Ermessen überschritten oder missbraucht wurde. Dies ist namentlich der Fall, wenn die kantonalen Behörden einzelne Umstände zu Unrecht ganz ausser Acht lassen oder in einer unhaltbaren Weise gewichten (<ref-ruling> E. 4b S. 178; <ref-ruling> E. 3 S. 166).
3.1 3.1.1 Das Verschulden der Beschwerdeführerin wird vom Verwaltungsgericht als ausgesprochen schwer eingestuft. Es erwägt, das Durchführen eines Wendemanövers über eine Sicherheitslinie hinweg stelle bereits eine grobe Nachlässigkeit dar. Überdies habe die Beschwerdeführerin die lokalen Verhältnisse falsch eingeschätzt. Sie hätte erkennen müssen, dass sie ein aus der Gegenrichtung herannahendes Fahrzeug erst beim Auftauchen unmittelbar hinter der Geländekuppe und somit erst auf kürzeste Entfernung überhaupt würde sehen können. Zudem hätte sie bedenken müssen, dass das Wendemanöver eine gewisse Zeit benötige, und dass ein entgegenkommendes Fahrzeug mit der am Ort zulässigen Geschwindigkeit von 80 km/h die für sie überblickbare, rund 120 m lange Strecke innerhalb einer kurzen Zeitspanne zurücklegen würde.
3.1.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe übersehen, dass der Motorradfahrer offensichtlich mit übersetzter Geschwindigkeit gefahren sei. Der aus Reaktions- und Bremsweg bestehende Anhalteweg betrage bei einer Geschwindigkeit von 80 km/h 71 m. Wäre der Motorradfahrer mit dieser Geschwindigkeit unterwegs gewesen, wäre er somit bei einer überblickbaren Strecke von 120 m rund 50 m vor dem Fahrzeug der Beschwerdeführerin zum Stehen gekommen. Es treffe ihn somit ein grobes Selbstverschulden. Ausserdem sei die Sicherheitslinie einige Meter weiter in der ursprünglichen Fahrtrichtung der Beschwerdeführerin unterbrochen gewesen. Ein Wendemanöver wäre dort mithin erlaubt gewesen, obwohl die für den Motorradfahrer überblickbare Strecke und der zur Verfügung stehende Anhalteweg kürzer gewesen wären. Angesichts dieser Umstände komme der Beschwerdeführerin kein Verschulden zu.
3.1.3 Das Verwaltungsgericht hat das Fehlverhalten der Beschwerdeführerin, aufgrund dessen es von einem schweren Verschulden ausging, im angefochtenen Entscheid detailliert umschrieben. Für das Gericht bestand dabei kein Anlass hinsichtlich der Geschwindigkeit des Motorradfahrers oder der Bedeutung der unterbrochenen Sicherheitslinie für die Beurteilung des Verschuldens der Beschwerdeführerin weitere Abklärungen vorzunehmen, wie dies die Beschwerdeführerin und das Bundesamt für Strassen (ASTRA) verlangen. Vielmehr durfte es davon ausgehen, dass der massgebliche Sachverhalt durch die Strafabteilung des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen hinreichend abgeklärt und gewürdigt worden sei, zumal dort ein ordentliches Strafverfahren durchgeführt worden ist. Dass der Beschwerdeführerin im Strafverfahren keine hinreichenden Möglichkeiten gewährt worden wären, ihre Verteidigungsrechte wahrzunehmen, wird von ihr nicht geltend gemacht. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind zudem die Behörden, die über den Entzug eines Führerausweises entscheiden, grundsätzlich an die Sachverhaltsfeststellungen im Strafurteil, das zum fraglichen Vorfall ergangen ist, gebunden. Die Entzugsbehörde hat vor allem dann auf die Tatsachen im Strafurteil abzustellen, wenn dieses - wie hier - im ordentlichen Verfahren durch ein Gericht gefällt wurde (<ref-ruling> E. 1c/aa S. 106; <ref-ruling> E. 3c/aa S. 103 f.; je mit Hinweisen). Die der Beurteilung des Verschuldens der Beschwerdeführerin zugrunde liegende Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz erweist sich somit nicht als offensichtlich mangelhaft. Auf die entsprechende Rüge der Beschwerdeführerin ist daher nicht weiter einzugehen.
3.1.4 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe sich nicht mit dem Entscheid <ref-ruling> auseinandergesetzt, bei dem die Behörden in einem vergleichbaren Fall auf einen Führerausweisentzug verzichtet hätten, obwohl auch dort der in den Verkehrsunfall involvierte Verkehrsteilnehmer getötet worden sei.
Im Verfahren, das dem Entscheid <ref-ruling> zugrunde lag, wurde der Fahrzeugführer vom Strafrichter wegen fahrlässiger Tötung (Nichtgewähren des Vortrittsrechts gegenüber einer Fussgängerin auf einem Fussgängerstreifen) mit einer Busse von Fr. 1'000.-- bestraft. Aufgrund dieser Strafe gelangte das Bundesgericht zum Schluss, dass der Strafrichter das Verschulden des Fahrzeugführers als leicht bewertete; denn bei fahrlässiger Tötung sei die Strafdrohung Gefängnis bis zu drei Jahren, Haft oder Busse, und in der Praxis werde nur bei leichtem Verschulden ausschliesslich eine Busse ausgesprochen (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 567 f.). Im vorliegenden Fall wurde die Beschwerdeführerin vom Strafrichter mit einer bedingten Gefängnisstrafe von 15 Tagen und nicht lediglich mit einer Busse bestraft. Hinsichtlich Strafart und -ausmass unterscheidet er sich somit erheblich von dem in <ref-ruling> beurteilten Fall. Die Vorinstanz hat das Gleichbehandlungsgebot demzufolge nicht verletzt, als sie im angefochtenen Entscheid nicht analog zu <ref-ruling> auf leichtes Verschulden erkannt hat.
Die beiden anderen von der Beschwerdeführerin erwähnten Bundesgerichtsentscheide (Urteil 6A.9/2004 vom 23. April 2004 und Urteil 6A.35/2004 vom 1. September 2004) unterscheiden sich ebenfalls erheblich vom vorliegenden Fall. In beiden Fällen wurde dem Fahrzeugführer ein Nichtbeherrschen des Fahrzeugs verbunden mit einem Nichtanpassen der Geschwindigkeit an die Umstände (6A.9/2004) bzw. einem Überschreiten der signalisierten Höchstgeschwindigkeit (6A.35/2004) vorgeworfen. Aus den genannten Bundesgerichtsurteilen ergibt sich nichts, was für die Beurteilung des Verschuldens der Beschwerdeführerin unter dem Gesichtspunkt des Gleichbehandlungsgrundsatz von Bedeutung wäre. Die Rüge der Verletzung des Gleichbehandlungsgebots geht somit auch im Hinblick auf diese beiden Urteile fehl.
3.2 Bei der Beurteilung der Massnahmeempfindlichkeit ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit Rechnung zu tragen und deshalb zu berücksichtigen, in welchem Mass der Fahrzeugführer infolge beruflicher Angewiesenheit auf ein Motorfahrzeug stärker als andere Fahrer vom Entzug des Führerausweises betroffen ist (<ref-ruling> E. 2.4 S. 289; <ref-ruling> E. 2c S. 574 f.).
3.2.1 Das Verwaltungsgericht hielt fest, die Beschwerdeführerin sei Gesellschafterin und Geschäftsführerin einer im Juli 2003 gegründeten Firma, welche die Herstellung und den Vertrieb von Badebekleidungsartikeln bezweckt. In dieser Funktion besuche sie Lieferanten von Stoffen bzw. von Zubehör sowie die Kunden der Firma, wobei sie vor allem bei Kundenbesuchen ein Sortiment an Bademodeartikeln mitführen müsse. Ausserdem fahre sie an Bademodemessen in der Schweiz und im Ausland. Eine Angewiesenheit der Beschwerdeführerin auf ein Motorfahrzeug sei damit zu bejahen. Allerdings sei ihre Massnahmeempfindlichkeit weniger stark massnahmemindernd zu veranschlagen, als dies etwa bei einem Berufschauffeur der Fall wäre.
3.2.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet, aus dem angefochtenen Entscheid gehe nicht hervor, in welchem Umfang ihre berufliche Massnahmeempfindlichkeit massnahmemindernd berücksichtigt worden sei. Ausserdem sei nicht beachtet worden, dass ihr bei einem Ausweisentzug von mehreren Monaten verunmöglicht würde wichtige Lieferanten und vor allem Kunden zu besuchen. Dies komme einem Berufsstillstand gleich und führe faktisch dazu, dass ihr Unternehmen zu Grunde gehe.
3.2.3 Das Verwaltungsgericht hält nicht in Zahlen oder Prozentwerten fest, um wie viel die Dauer des Führerausweisentzugs aufgrund der beruflichen Massnahmeempfindlichkeit der Beschwerdeführerin herabgesetzt worden ist. Trotzdem ist nachvollziehbar, wie das Verwaltungsgericht den fraglichen Umstand gewichtet hat. So erhellt aus den entsprechenden Erwägungen, dass das Gericht eine erhöhte Massnahmeempfindlichkeit annimmt, diese aber weniger stark massnahmemindernd veranschlagt, als dies bei einem Berufschauffeur der Fall wäre. Auch hält es fest, dass der Beschwerdeführerin die Ausübung ihres Berufs durch den Führerausweisentzug nicht verboten werde. Diese Argumentation ist vertretbar und genügt den bundesrechtlichen Anforderungen an die Begründung des Massnahmeentscheids. Das Verwaltungsgericht hat zudem auch dem Umstand, dass Lieferanten- und Kundenbesuche einen wesentlichen Bestandteil der Berufstätigkeit der Beschwerdeführerin darstellen, Rechnung getragen. Indem es diesem Element aber nicht das von der Beschwerdeführerin verlangte zusätzliche Gewicht einräumte, hat es sein Ermessen nicht überschritten. Die Beschwerde erweist sich somit auch hinsichtlich der beruflichen Massnahmeempfindlichkeit der Beschwerdeführerin als unbegründet.
3.3 Die Beschwerdeführerin macht im vorliegenden Verfahren neben dem Verschulden und der Massnahmeempfindlichkeit keine weiteren Umstände geltend, welche die von ihr beantragte Herabsetzung der Entzugsdauer auf zwei Monate begründen könnten. Somit ergibt sich, dass die Vorinstanz sämtliche massgebenden Umstände berücksichtigt hat und bei deren Würdigung im Rahmen des ihr zustehenden Ermessens geblieben ist. Die von ihr festgesetzte Entzugsdauer von vier Monaten erweist sich somit als bundesrechtskonform.
4. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Art. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Sicherheitsdirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler