Sachverhalt:
A. Die 1971 geborene J._ war als Mitarbeiterin in einem Restaurant der Genossenschaft Migros bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen Unfallfolgen versichert, als sie am 21. September 2001 als Lenkerin eines Personenwagens einen Auffahrunfall erlitt. Der am 24. September 2001 erstmals wegen Nacken- und Schulterbeschwerden aufgesuchte Hausarzt Dr. med. S._, Innere Medizin und Rheumatologie, diagnostizierte eine Distorsion der Hals- und Brustwirbelsäule (Zeugnis vom 9. Oktober 2001). Nach einer Begutachtung durch die Medizinische Abklärungsstation (MEDAS) am Spital X._ (Gutachten vom 30. August 2005) stellte die SUVA ihre bis dahin erbrachten Versicherungsleistungen (Heilbehandlung und Taggeld) mit Verfügung vom 19. Januar 2006 auf Ende September 2005 ein, da es am natürlich und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den noch geklagten Beschwerden und dem Unfallereignis mangle. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 10. August 2006).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. April 2008 ab.
C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zu neuer Beurteilung an die SUVA zurückzuweisen. Ferner wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht.
D. Mit Verfügung vom 26. September 2008 hat das Bundesgericht das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege mangels Bedürftigkeit abgewiesen.
Die SUVA beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law> [in Verbindung mit <ref-law>]) und die einzelnen Leistungsarten im Besonderen (<ref-law> [zweckmässige Heilbehandlung], <ref-law> [Taggeld]) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt für die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht der Unfallversicherung vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zur im Weiteren erforderlichen Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweisen) sowie bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall (<ref-ruling>) und nach der für nicht mit organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen verbundenen Schleudertraumen (<ref-ruling>), äquivalenten Verletzungen der HWS (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) und Schädel-Hirntraumen (<ref-ruling>) geltenden sog. Schleudertrauma-Praxis im Besonderen. Richtig sind schliesslich die Ausführungen zu dem im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis). Darauf wird verwiesen.
In <ref-ruling> hat das Bundesgericht die Schleudertrauma-Praxis in zweierlei Hinsicht präzisiert. Zum einen wurden die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung dieser Praxis bei der Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs rechtfertigt, erhöht. Zum anderen wurden die Kriterien, welche abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls in die Adäquanzbeurteilung einzubeziehen sind, teilweise modifiziert (<ref-ruling> E. 9 und 10 S. 121 ff.). Die bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall geltenden Grundsätze liess das Bundesgericht hingegen unverändert bestehen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116; vgl. auch Urteil 8C_28/2008 vom 28. Juli 2008, E. 1).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin aus dem Unfall vom 21. September 2001 über den 30. September 2005 hinaus Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung hat. Dabei ist umstritten, ob der Unfall in einem rechtserheblichen Zusammenhang zu den noch vorhandenen gesundheitlichen Beschwerden steht.
3.1 Nach Lage der medizinischen Akten ist davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin anlässlich des Verkehrsunfalles vom 21. September 2001 ein HWS-Distorsionstrauma ohne organisch nachweisbares Substrat erlitt, was auch unter den Parteien nicht streitig ist.
3.2 Die Vorinstanz hat eine weitere Leistungspflicht des Unfallversicherers mit der Begründung verneint, es sei kein adäquater Kausalzusammenhang zwischen Unfall und noch vorhandenem Beschwerdebild mehr gegeben. Sie hat das Bestehen einer natürlichen Teilkausalität als fraglich befunden, was entgegen der Vorbringen in der Beschwerde nicht zu beanstanden ist, bedarf dieser Aspekt doch dann keiner abschliessenden Klärung, wenn ohnehin der adäquate Kausalzusammenhang zu verneinen ist (Urteile 8C_135/2007 vom 25. April 2008 E. 3, und 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2 [Ingress] mit Hinweisen). Im Übrigen erweist sich die Beantwortung der Frage, ob und bejahendenfalls inwieweit die über den 30. September 2005 hinaus noch bestandenen Beschwerden natürlich kausal mit der beim Unfall erlittenen HWS-Distorsion zu erklären sind, als schwierig. Auch wenn die Diagnose einer HWS-Distorsion unbestritten ist und innerhalb einer dreitägigen Latenzzeit nach dem Unfall zumindest ein Teil des schleudertraumatypischen, bunten Beschwerdebildes (Kopf- Nacken- und Rückenschmerzen) auftrat (vgl. SVR 2007 UV Nr. 23 S. 75, U 215/05, E. 5 mit Hinweisen; RKUV 2000 Nr. U 359 S. 29, U 264/97, E. 5; Urteil 8C_9/2008 vom 17. September 2008 E. 5), liegen doch auch psychische Komponenten vor, bei denen nicht einfach zu beurteilen ist, ob sie dem erlittenen HWS-Distorsionstrauma zuzurechnen sind. Mit Blick auf die Prüfung der adäquaten Kausalität erscheint es aber zumindest fraglich, ob - gemäss Vorinstanz - kurz nach dem Unfall die psychische Problematik eindeutige Dominanz aufwies und im Verlauf der ganzen Entwicklung vom Unfall bis zum Beurteilungszeitpunkt die physischen Beschwerden nur eine sehr untergeordnete Rolle gespielt haben (vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb, 123 V 99 E. 2a; RKUV 2002 Nr. U 465 S. 437, U 164/01), zumal in der Folge keine weiteren psychiatrischen Diagnosen gestellt werden konnten und einzig der behandelnde Psychiater Dr. med. A._ erst nach einem zweiten, offenbar am 13. Dezember 2005 erlittenen, nicht bei der SUVA versicherten Unfallereignis, von einer krankheitswertigen Anpassungsstörung (ICD-10 F43.23) ausging (Bericht vom 13. Februar 2006). Abschliessend muss dies aber dann nicht beurteilt werden, wenn der adäquate Kausalzusammenhang auch nach der Schleudertrauma-Praxis zu verneinen wäre. Diesfalls kann praxisgemäss auf weitere Beweisvorkehren zur natürlichen Kausalität verzichtet werden, woran sich mit <ref-ruling> nichts geändert hat (Urteile 8C_623/2007 vom 22. August 2008 E. 6.2, und 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2 mit Hinweisen). Der in diesem Zusammenhang erhobene Vorwurf des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe die Frage der natürlichen Kausalität zu wenig thematisiert und sich mit den Vorbringen hinsichtlich der fehlenden Beweistauglichkeit des im Rahmen der interdisziplinären Abklärung am Spital X._ erstellten psychiatrischen Zusatzgutachtens des Dr. med. F._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 22. April 2005, nicht rechtsgenüglich auseinandergesetzt, was eine Verletzung der Begründungspflicht als Ausfluss des Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> darstelle, ist insoweit unbegründet.
4. 4.1 Für die Adäquanzbeurteilung ist an das (objektiv erfassbare) Unfallereignis anzuknüpfen, wobei zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte bzw. indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere gegeben sein (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. mit Hinweisen).
4.2 Massgebend für die Beurteilung der Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1, U 2/07; Urteil 8C_536/2007 vom 11. Juni 2008 E. 6.1). Der Unfall vom 21. September 2001 ist entsprechend der Rechtsprechung zu den Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug den mittelschweren Ereignissen im Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen (vgl. RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2, U 380/04). Es sind keine Faktoren ersichtlich, welche zu einer anderen Beurteilung veranlassen würden. Die Adäquanz des Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 6 S. 366 ff., 369 E. 4b S. 382 f. und E. 4c S. 384).
4.3 Der Auffahrunfall vom 21. September 2001 ereignete sich weder unter besonders dramatischen Begleitumständen noch ist er - objektiv betrachtet (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207 E. 3b/cc, U 287/97) - von besonderer Eindrücklichkeit. Das diesbezügliche - unverändert gebliebene (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.1 S. 127) - Kriterium ist ohne weiteres zu verneinen.
4.4 Was das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen anbelangt, hat das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 präzisiert, dass die Diagnose eines Schleudertraumas der HWS dieses für sich allein nicht zu begründen vermag. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Verletzungsbild typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können. Es kann sich dabei beispielsweise um eine beim Unfall eingenommene spezielle Körperhaltung und die dadurch bewirkten Komplikationen handeln (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.2.3 mit Hinweisen, U 380/04; SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 E. 5.3, U 339/06). Derartige Umstände sind hier nicht auszumachen. Die für ein HWS-Distorsionstrauma charakteristischen Beschwerden liegen zudem nur teilweise und nicht in akzentuierter Form vor. Es sind in diesem Zusammenhang auch keine erheblichen Verletzungen ausgewiesen, welche sich die Versicherte neben der HWS-Distorsion zuzog.
4.5 Nicht gegeben sind die Kriterien der ärztlichen Fehlbehandlung sowie des schwierigen Heilungsverlaufs oder erheblicher Komplikationen. Entgegen dem Vorbringen in der Beschwerde liegt kein schwieriger Heilungsverlauf vor. Es müssten hiefür besondere Gründe gegeben sein, die die Heilung beeinträchtigt haben (vgl. SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5, U 479/05; Urteil 8C_803/2007 vom 3. September 2008 E. 3.4.1). Solche Gründe sind weder geltend gemacht noch aus den Akten ersichtlich. Dass Beschwerden trotz medizinischer Behandlung anhalten, genügt nicht (Urteile 8C_691/2007 vom 1. September 2008 E. 2.3.3; 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1 mit Hinweis).
4.6 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist gemäss <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128, ob nach dem Unfall eine fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Dafür bestehen entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin keine Anhaltspunkte. Den medizinischen Unterlagen ist zu entnehmen, dass zwar in den Wintermonaten 2002/2003 eine Verschlimmerung der Beschwerden zu einer erneuten Behandlung in der Rehaklinik Y._ mit einem Spezialprogramm für Patienten mit erlittener Schleudertrauma-Verletzung führte, wobei die Ärzte ein chronisches zervikospondylogenes Syndrom beidseits diagnostizierten und feststellten, dass es trotz interdisziplinärer Therapie und psychologischen Gesprächen zu keiner Verbesserung der subjektiven Schmerzangabe gekommen sei; die Rehabilitationsfähigkeit sei durch eine stark reduzierte psychophysische Belastbarkeit nicht gegeben (Austrittsbericht vom 10. März 2003). Anschliessend waren die therapeutischen Massnahmen aber weitestgehend erschöpft (Schreiben des Dr. med. R._, Leitender Arzt Schmerzzentrum an der Klinik B._ vom 2. April 2003; Kreisärztliche Untersuchung des Dr. med. O._, Orthopädische Chirurgie FMH, vom 17. April 2003, Schreiben des Dr. med. H._, Facharzt FMH für Neurologie, Computer-Tomografie, vom 1. Oktober 2004). Einzig hinsichtlich der psychisch bedingten Leiden ist die Beschwerdeführerin seit dem 31. Oktober 2003 bei Dr. med. A._, Spezialarzt für Psychiatrie und Psychotherapie, in Behandlung, der auch mit Schreiben vom 13. Februar 2006 eine weitere Therapie der von ihm diagnostizierten Anpassungsstörung für notwendig hielt. Dementgegenstehend liegt gemäss MEDAS-Expertise vom 30. August 2005 kein krankheitswertiger psychischer Befund vor, weshalb aus psychiatrischer Sicht des begutachtenden Dr. med. F._, therapeutische Massnahmen als hinfällig bezeichnet wurden. Die Behandlung beschränkte sich somit auf die Instruktion von Kräftigungs- und Dehnübungen, Physiotherapie, hausärztliche Verlaufskontrollen, sowie später auf eine ambulante Psychotherapie. Dies stellt jedoch keine spezifische und die Versicherte speziell belastende ärztliche Behandlung im Sinne dieses Kriteriums dar (vgl. Urteile 8C_609/2007 vom 22. August 2008 E. 4.2.2 und 8C_144/2008 vom 8. August 2008 E. 7.3).
4.6 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist gemäss <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128, ob nach dem Unfall eine fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Dafür bestehen entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin keine Anhaltspunkte. Den medizinischen Unterlagen ist zu entnehmen, dass zwar in den Wintermonaten 2002/2003 eine Verschlimmerung der Beschwerden zu einer erneuten Behandlung in der Rehaklinik Y._ mit einem Spezialprogramm für Patienten mit erlittener Schleudertrauma-Verletzung führte, wobei die Ärzte ein chronisches zervikospondylogenes Syndrom beidseits diagnostizierten und feststellten, dass es trotz interdisziplinärer Therapie und psychologischen Gesprächen zu keiner Verbesserung der subjektiven Schmerzangabe gekommen sei; die Rehabilitationsfähigkeit sei durch eine stark reduzierte psychophysische Belastbarkeit nicht gegeben (Austrittsbericht vom 10. März 2003). Anschliessend waren die therapeutischen Massnahmen aber weitestgehend erschöpft (Schreiben des Dr. med. R._, Leitender Arzt Schmerzzentrum an der Klinik B._ vom 2. April 2003; Kreisärztliche Untersuchung des Dr. med. O._, Orthopädische Chirurgie FMH, vom 17. April 2003, Schreiben des Dr. med. H._, Facharzt FMH für Neurologie, Computer-Tomografie, vom 1. Oktober 2004). Einzig hinsichtlich der psychisch bedingten Leiden ist die Beschwerdeführerin seit dem 31. Oktober 2003 bei Dr. med. A._, Spezialarzt für Psychiatrie und Psychotherapie, in Behandlung, der auch mit Schreiben vom 13. Februar 2006 eine weitere Therapie der von ihm diagnostizierten Anpassungsstörung für notwendig hielt. Dementgegenstehend liegt gemäss MEDAS-Expertise vom 30. August 2005 kein krankheitswertiger psychischer Befund vor, weshalb aus psychiatrischer Sicht des begutachtenden Dr. med. F._, therapeutische Massnahmen als hinfällig bezeichnet wurden. Die Behandlung beschränkte sich somit auf die Instruktion von Kräftigungs- und Dehnübungen, Physiotherapie, hausärztliche Verlaufskontrollen, sowie später auf eine ambulante Psychotherapie. Dies stellt jedoch keine spezifische und die Versicherte speziell belastende ärztliche Behandlung im Sinne dieses Kriteriums dar (vgl. Urteile 8C_609/2007 vom 22. August 2008 E. 4.2.2 und 8C_144/2008 vom 8. August 2008 E. 7.3).
4.7 4.7.1 Das Kriterium der Arbeitsunfähigkeit wurde in der mit <ref-ruling> modifizierten Rechtsprechung neueren Erkenntnissen angepasst. Es ist dem Umstand Rechnung zu tragen, dass bei leichten bis mittelschweren Schleudertraumen der HWS (und hinsichtlich Adäquanzbeurteilung gleich zu behandelnden Verletzungen) ein längerer oder gar dauernder Ausstieg aus dem Arbeitsprozess vom medizinischen Standpunkt aus als eher ungewöhnlich erscheint. Nicht die Dauer der Arbeitsunfähigkeit ist massgebend, sondern eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt. Darin liegt der Anreiz für die versicherte Person, alles daran zu setzen, wieder ganz oder teilweise arbeitsfähig zu werden. Gelingt es ihr trotz solcher Anstrengungen nicht, ist ihr dies durch Erfüllung des Kriteriums anzurechnen. Konkret muss ihr Wille erkennbar sein, sich durch aktive Mitwirkung raschmöglichst wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern. Solche Anstrengungen können sich insbesondere in ernsthaften Arbeitsversuchen trotz allfälliger persönlicher Unannehmlichkeiten manifestieren. Dabei ist auch der persönliche Einsatz im Rahmen von medizinischen Therapiemassnahmen zu berücksichtigen. Sodann können Bemühungen um alternative, der gesundheitlichen Einschränkung besser Rechnung tragende Tätigkeiten ins Gewicht fallen. Nur wer in der Zeit bis zum Fallabschluss nach <ref-law> in erheblichem Masse arbeitsunfähig ist und solche Anstrengungen auszuweisen vermag, kann das Kriterium erfüllen (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129).
4.7.2 Rund zwei Monate nach dem Unfall war die Beschwerdeführerin wieder zu 50% arbeitsfähig. Wegen starker Schmerzen reduzierte sie kurz darauf das Arbeitspensum erneut auf 30%, dann war, gemäss eigenen Angaben, eine Steigerung auf 70% möglich. Ein im September 2002 versuchter Arbeitseinsatz im Kundendienst scheiterte allerdings, wie auch eine vom 3. bis 28. Mai 2004 im Rahmen eines Case-Managements durchgeführte berufliche Abklärung (Abschlussbericht Case Management vom 11. Juni 2004). Anzurechnen ist ihr, dass sie sich innert nützlicher Frist nach dem Unfall um die Wiederaufnahme ihrer Erwerbstätigkeit bemühte und auch bereit war, in einem neuen, ihrem Gesundheitszustand entsprechend geeigneten Tätigkeitsgebiet (Kundendienst) eingesetzt zu werden. In der Folge sind jedoch keinerlei Anstrengungen ihrerseits um Reintegration in den Arbeitsprozess ersichtlich. Demnach ist dieses Kriterium erfüllt, aber nicht in besonders ausgeprägter Weise.
4.8 Ohne den Aspekt der erheblichen Beschwerden (<ref-ruling> E. 10.2.4. S. 128) näher zu prüfen, ist zusammenfassend weder eines der für die Adäquanzbeurteilung massgebenden Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt noch sind die für die Beurteilung geltenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise gegeben, da bei höchstens zwei Kriterien nicht von einer Häufung gesprochen werden kann. Die Adäquanz ist zu verneinen, womit die von der SUVA in Zusammenhang mit dem Unfall vom 21. September 2001 vorgenommene Leistungseinstellung auf den 30. September 2005 rechtens ist.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten von der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla