mehrfache Vergewaltigung (<ref-law>), hat sich ergeben:
A.- Das Kantonsgericht Schaffhausen (I. Strafkammer) sprach X._ am 10. Dezember 1998 der mehrfachen Vergewaltigung von zwei früheren, intimen Freundinnen schuldig und verurteilte ihn zu 21⁄2 Jahren Zuchthaus.
Das Strafverfahren wegen Tätlichkeiten zum Nachteil der beiden Opfer wurde wegen Eintritts der absoluten Verfolgungsverjährung eingestellt.
B.-Mit Urteil vom 2. Dezember 1999 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen eine Berufung von X._ in vollumfänglicher Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheides ab.
C.-X._ führt staatsrechtliche Beschwerde sowie eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde, je mit den Anträgen, es sei das Urteil des Obergerichtes des Kantons Schaffhausen vom 2. Dezember 1999 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
D.-a) Die Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen ersucht in ihrer Vernehmlassung um Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde. Sie äussert sich zur Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebotes und verzichtet auf weitere Gegenbemerkungen. Das Obergericht enthält sich eines Antrages, reicht aber im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren Gegenbemerkungen ein.
b) Im Nichtigkeitsbeschwerdeverfahren verzichtet das Obergericht auf eine Vernehmlassung unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid. Die Staatsanwaltschaft beantragt Abweisung der Nichtigkeitsbeschwerde und verweist ihrerseits auf die Begründung des angefochtenen Urteils.
c) Die Beschwerdegegnerin 2 C.I._ verzichtet auf eine Vernehmlassung zu den beiden Beschwerden.
Die Beschwerdegegnerin 1 E.G._ hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
I. Staatsrechtliche Beschwerde
1.- a) Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK durch Befragung von Zeuginnen in Abwesenheit des Angeschuldigten (Beschwerde, S. 3 - 9 Ziff. III). Er macht geltend, man habe ihn nicht nur von der persönlichen Befragung der Beschwerdegegnerinnen ausgeschlossen, sondern ihm auch verwehrt, der Befragung quasi-unmittelbar, also lediglich akustisch oder durch technische Übertragung, zu folgen. Die belastenden Aussagen von E.G._ und C.I._ seien indessen einziges Beweismittel.
Unter Hinweis auf Literatur und Rechtsprechung führt der Beschwerdeführer aus, es sei heute eine rechtsstaatliche Selbstverständlichkeit, dass ein Angeklagter grundsätzlich Anspruch darauf habe, den Einvernahmen von Zeugen beizuwohnen und an diese Fragen zu stellen. Das müsse jedenfalls gelten, wenn das fragliche Zeugnis - wie vorliegend - einziger oder ausschlaggebender Beweis darstelle und darüber hinaus keine zwingenden Gründe die Konfrontation ausschlössen. Werde dem Angeklagten die direkte Anwesenheit verwehrt, so müsse er der Zeugenbefragung mindestens akustisch beiwohnen können. Unbehelflich sei der Hinweis des Obergerichtes, eine akustische Übertragung der Einvernahme in einen Nebenraum des Gerichts sei technisch nicht möglich. Die vom Obergericht aufgeworfene Frage, ob Art. 4 und 5 OHG erlaube, auch eine akustische Übertragung auszuschliessen, inwieweit also Art. 5 Abs. 4 und 5 OHG den Anspruch eines Angeschuldigten auf ein faires Verhalten im Sinne von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK verletze, könne vorliegend offen gelassen werden. Das konkrete Vorgehen des Obergerichtes sei ohnehin nicht von den genannten Bestimmungen gedeckt. Auch bei einem Sexualdelikt im Sinne von <ref-law> sei die Konfrontation zwischen Opfer und Angeschuldigtem nicht von Amtes wegen, sondern nur zu vermeiden, wenn das Opfer dies verlange. Den Akten sei kein Antrag der Beschwerdegegnerinnen zu entnehmen, eine Konfrontation oder gar die akustische Übertragung der Befragung zu vermeiden; es sei davon auszugehen, dass solches nicht geschehen sei. Im Übrigen bestehe das schützenswerte Interesse des Opfers in erster Linie darin, direkte Begegnungen mit dem Angeschuldigten zu verhindern. Hingegen werde von der Opferseite nicht geltend gemacht, dass die Befragung nicht audiovisuell aufgenommen und übertragen werden dürfe, und es sei auch nicht ersichtlich, was gegen eine solche Übertragung sprechen könnte. Die persönliche Anwesenheit der Verteidigung bei der Befragung eines Opfers habe bei weitem nicht dieselbe "kompensierende" Wirkung wie eine audiovisuelle Übertragung. Im Übrigen hätte sich die Verteidigung auch mit einer akustischen Übertragung begnügt.
Mit der rigorosen Aussperrung des Beschwerdeführers sei die Vorinstanz erheblich weiter gegangen, als es den berechtigten Interessen der Beschwerdegegnerinnen entsprochen habe, als es das OHG erlaube und als es das Verhältnismässigkeitsprinzip gebiete.
Nach Auffassung des Beschwerdeführers entbehrt sein Ausschluss von den Befragungen der Beschwerdegegnerinnen des Weiteren einer rechtlichen Grundlage. Die im Hinblick auf das Inkrafttreten des OHG erfolgte Revision der StPO/SH ermächtige den kantonalen Richter nicht, einen Angeklagten von einzelnen Zeugeneinvernahmen auszuschliessen.
b) An der Berufungsverhandlung vom 2. Dezember 1999 erklärte der Präsident des Obergerichtes einleitend, die beiden Zeuginnen hätten beantragt, in Abwesenheit des Angeklagten befragt zu werden. Daraufhin schlug der Verteidiger vor, der Angeklagte solle wohl den Raum verlassen, der Befragung aber akustisch beiwohnen können, wie das im Kanton Zürich üblich sei. Der Antrag wurde abgewiesen mit der Begründung, es sei technisch nicht möglich, eine akustische Übertragung durchzuführen.
Gemäss Art. 4 und 5 des Opferhilfegesetzes sei es zudem nicht sicher, ob nicht auch eine akustische Übertragung ausgeschlossen werden könnte. Zudem wäre es wünschenswert gewesen, wenn der Verteidiger den entsprechenden Antrag früher gestellt hätte. Der Angeklagte habe daher während der Zeugeneinvernahmen den Saal zu verlassen. Demgegenüber sei es der Sekretärin des Verteidigers erlaubt, die Zeugeneinvernahmen zu protokollieren.
Der Verteidiger habe sodann das Recht, eine Unterbrechung der Einvernahme zu verlangen, sofern er dies benötige, um den Angeklagten portionenweise über die Aussagen der Zeuginnen zu informieren.
In seiner Vernehmlassung ans Bundesgericht verweist das Obergericht auf <ref-law>/SH. Diese kantonale Vorschrift erklärt ausdrücklich, dass dem Opfer gemäss <ref-law> die im Opferhilfegesetz genannten Rechte zustehen. Das Obergericht führt aus, es sei genau nach der Bestimmung von <ref-law> vorgegangen.
Bei der Terminabsprache seien sowohl E.G._ als auch C.I._ gefragt worden, ob sie eine Begegnung mit dem Beschwerdeführer vermieden haben wollten. Es möge zutreffen, dass dieser Vorgang hätte aktenkundig gemacht werden sollen. Der sachkundig vertretene Beschwerdeführer habe indessen keine Zweifel daran gehabt, dass die beiden Zeuginnen dies tatsächlich auch verlangt hätten. Denn andernfalls hätte er deren Befragung dazu verlangen können und nach Treu und Glauben auch müssen.
Darauf aber habe er verzichtet und sich für eine bestmögliche Mitwirkung bei der Befragung eingesetzt. Mit Ausnahme einer Direktübertragung sei ihm das Gericht entgegengekommen: Es habe die Zeuginnen befragt, der Verteidiger habe Fragen stellen können - wovon er denn auch Gebrauch gemacht habe - und nach der Befragung habe der Verteidiger Gelegenheit gehabt, den Beschwerdeführer zu informieren, und dieser habe die ihm nötig erscheinenden Zusatzfragen stellen lassen können. Auch diese Möglichkeit habe der Verteidiger genutzt. Es habe also eine direkte Befragung stattgefunden, und der Beschwerdeführer habe darauf - freilich in indirekter Form - reagieren können. Damit sei dem Verteidigungsanspruch in genügender Form Rechnung getragen worden. Hingegen würde dem Opferhilfeanspruch von <ref-law> mit einer audiovisuellen Übertragung kaum Genüge getan. Denn den Opfern würde zugemutet, mindestens in mittelbarer Gegenwart des Beschwerdeführers auszusagen; sie müssten sich bewusst sein, dass er sie sieht und hört, was angesichts des heiklen Einvernahmethemas und des früher aussergewöhnlichen Abhängigkeitsverhältnisses zu einer ähnlich starken (Zusatz-)Belastung führen könne wie die direkte Konfrontation, die das Opferhilfegesetz auf Verlangen des Opfers gerade vermeiden wolle. Dasselbe gelte für eine bloss akustische Teilnahme, sei es durch Übertragung, sei es durch Anwesenheit in einem abgeschirmten Teil des Raums. Anzumerken sei, dass der Beschwerdeführer erst an der Verhandlung selbst die Übertragung verlangt habe, obwohl seinem Vertreter aus den Akten bekannt gewesen sei, dass er von den früheren Befragungen der Opfer stets ausgeschlossen gewesen sei und nie eine Übertragung stattgefunden habe. Wer erst derart spät eine technische Einrichtung verlange, nehme in Kauf, dass sie nicht sofort zur Verfügung gestellt werden könne (Vernehmlassung OG, S. 1 - 3 unter Hinweis auf Maurer, Opferhilfe zwischen Anspruch und Wirklichkeit, ZBJV 2000, S. 314 f.).
c) aa) Vorab ist festzuhalten, dass die Befragung der beiden Geschädigten vorliegend für die Verurteilung des Beschwerdeführers - entgegen seinen Behauptungen - nicht das einzige, wenn auch ein sehr wichtiges Beweismittel war. Wohl trifft es zu, dass das Obergericht den Aussagen der Zeuginnen grössere Glaubwürdigkeit als jenen des Beschwerdeführers beimass und dass die Darstellung und Würdigung der beiden Beschwerdegegnerinnen im angefochtenen Urteil viel Raum einnehmen.
Das Obergericht hat aber schon mit Verfügung vom 15. Oktober 1999 in teilweiser Gutheissung der Beweisergänzungsanträge des Beschwerdeführers zusätzlich die Unterlagen des Kantonsspitals Aargau im Zusammenhang mit der Untersuchung von C.I._, die vom Angeklagten eingereichten Schreiben und eine Checkbestätigung zu den Akten genommen. An der Berufungsverhandlung selber nahm es einen vom Beschwerdeführer eingereichten Arztbericht sowie ein Zwischenzeugnis der Arbeitgeberin entgegen (Urteil OG, S. 6 Ziff. L). Diese Urkunden wurden nebst den Aussagen der Zeuginnen dem Schuldspruch zu Grunde gelegt und gerade im Zusammenhang mit der Frage der Glaubwürdigkeit der Parteien vom Obergericht ausführlich gewürdigt (vgl. etwa Urteil OG, S. 17 f. Ziff. bb und cc; S. 22 f. Ziff. cc; S. 24 Ziff. dd und ee; S. 26; S. 27 Ziff. bb).
Damit wird die Rüge der Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK durch Befragung von Zeuginnen in Abwesenheit des Angeschuldigten erheblich entschärft.
Der Anspruch auf Konfrontation gilt umso stärker, je gewichtiger und massgebender die betreffende Zeugenaussage ist. Uneingeschränkt besteht der Anspruch auf Befragung von Belastungszeugen nur, wenn das streitige Zeugnis den einzigen oder den ausschlaggebenden Beweis darstellt (<ref-ruling> E. 6c/dd, S. 135 f.). Vorliegend hat das Obergericht die Aussagen der beiden Opfer notwendigerweise gewichten müssen - geht es doch um Vergewaltigungen -. Daneben hat es aber die Sachdarstellung des Beschwerdeführers und seiner Verteidiger eingehend gewürdigt und - wie aufgezeigt - auch mehrere und unterschiedliche Urkunden berücksichtigt.
bb) Mit dem aus dem Anspruch auf ein faires Verfahren und der Wahrung der Verteidigungsrechte fliessenden Anspruch auf Befragung von Belastungszeugen soll ausgeschlossen werden, dass ein Strafurteil auf Aussagen von Zeugen abgestützt wird, ohne dass dem Beschuldigten wenigstens einmal angemessene und hinreichende Gelegenheit gegeben wird, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Zeugen zu stellen (<ref-ruling> E. 6b, S. 133, mit zahlreichen Hinweisen). Dabei genügt grundsätzlich eine einmalige Gelegenheit des Beschuldigten, einen Belastungszeugen zu befragen; es besteht grundsätzlich kein Anspruch auf eine weitere Befragung (a.a.O., E. 6c/ee, S. 136). Ferner genügt es nach allgemeiner Auffassung, dass der Befragung des Zeugen der Verteidiger des Angeschuldigten beiwohnt: Der Ausschluss des Angeklagten von der mündlichen Verhandlung zwecks Anhörung eines bestimmten Zeugen, dem die Anwesenheit des Angeklagten nicht zugemutet werden kann, ist zulässig, wenn Gründe für die Annahme vorliegen, dass andernfalls eine vollständige Aussage nicht zu erhalten ist.
Allerdings ist von dieser Möglichkeit nur in begrenztem Rahmen Gebrauch zu machen und nur, wenn das Fragerecht durch einen anwesenden Verteidiger für den Angeklagten wahrgenommen werden kann (Frohwein/Peukert, EMRK-Kommentar,
2. Auflage, S. 311 N 201 und Fn 858). Es ist mit Art. 6 Abs. 1 EMRK vereinbar, wenn der Beschuldigte während der Befragung des Zeugen den Saal verlässt, solange der Anwalt Fragen stellen kann (Villiger, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention, 2. Aufl. , S. 305 f.
N 478 mit zahlreichen Hinweisen). Das Recht des Angeschuldigten besteht darin, Fragen an die Belastungszeugen zu stellen oder durch einen Rechtsbeistand stellen zu lassen (<ref-ruling> E. 6c/ee, S. 137 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3c; a.M. Dorrit Schleiminger, Konfrontation im Strafprozess: Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK mit besonderer Berücksichtigung des Verhältnisses zum Opferschutz im Bereich von Sexualdelikten gegen Minderjährige, Diss. Freiburg 2000; Basel usw. 2001, S. 311 f.). Konnte der Angeklagte beim Zeugenverhör nicht anwesend sein, hat er das Recht, das Aussageprotokoll einzusehen und schriftlich Ergänzungsfragen zu stellen (Häfliger/Schürmann, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2. Auflage, S. 239; Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, S. 149; beide Autoren mit Hinweisen auf die Rechtsprechung des Bundesgerichtes; vgl. ferner Niklaus Schmid, Strafprozessrecht,
2. Auflage, N 654).
Diese Voraussetzungen sind hier klar erfüllt.
Der Beschwerdeführer anerkennt, dass sein damaliger amtlicher Verteidiger bei der Zeugeneinvernahme von E.G._ vor Untersuchungsrichter anwesend, bei der Zeugeneinvernahme von C.I._ teilweise anwesend war. Vor Kantonsgericht Schaffhausen erklärte sich der Beschwerdeführer ausdrücklich damit einverstanden, während der Befragung der beiden Beschwerdegegnerinnen den Gerichtssaal zu verlassen, während sein Verteidiger anwesend war. Damit waren ein faires Verfahren im Sinne von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK garantiert und die Verteidigungsrechte des Beschwerdeführers gewahrt. Das Gleiche gilt für die Hauptverhandlung vor Obergericht, an welcher dem Verteidiger das Recht eingeräumt wurde, die Zeugeneinvernahmen durch seine Sekretärin protokollieren zu lassen, Unterbrechungen der Einvernahme zu verlangen, seinen Mandanten zu informieren und nach Wiederaufnahme des Verfahrens Ergänzungsfragen zu stellen.
Ausserdem ist nicht ersichtlich, weshalb es dem Beschwerdeführer zugebilligt werden müsste, für die Obergerichtsverhandlung auf seinen Verzicht auf das Konfrontationsrecht zurückzukommen.
Zu Recht weist das Obergericht in seiner Vernehmlassung diesbezüglich darauf hin, dem Vertreter des Beschwerdeführers sei aus den Akten bekannt gewesen, dass der Beschwerdeführer in sämtlichen Verhandlungsstadien den Einvernahmen der Beschwerdegegnerinnen nicht direkt beiwohnen konnte, sondern sich durch seinen Verteidiger vertreten lassen musste. Technische Einrichtungen irgendwelcher Art hätten daher rechtzeitig und nicht erst, Treu und Glauben widersprechend, unmittelbar vor der Obergerichtsverhandlung verlangt werden müssen und verlangt werden können.
Hingegen vermag die Begründung des Obergerichts nicht zu überzeugen, dass eine simultane Übertragung der Zeugenaussagen nicht machbar sei, weil die technische Infrastruktur dazu nicht zur Verfügung stehe. Unter dem Regime des Opferhilfegesetzes, aber auch im Zusammenhang mit V-Personen ist damit zu rechnen, dass in gerichtlichen Hauptverhandlungen, zumal vor erster Instanz, Befragungen nur mit Hilfe technischer Einrichtungen zur simultanen Übertragung in Nebenräume durchgeführt werden können, weil eine persönliche Konfrontation von befragten Personen und Angeklagten vermieden werden muss. Die Kantone sind deshalb verpflichtet, die nötige Infrastruktur zur Verfügung zu halten, da diese in gewissen Konstellationen Voraussetzung dafür ist, dass ein Verfahren überhaupt unter Einhaltung der verfassungsmässigen Garantien durchgeführt werden kann.
cc) Nach geltender Lehre und Rechtsprechung hat das Obergericht durch sein Vorgehen keine Verfahrensrechte verletzt (gleich ist die Praxis im Kanton Bern:
Maurer, Opferhilfe zwischen Anspruch und Wirklichkeit, ZBJV 2000, S. 314 f. Ziff. 4.2). Die staatsrechtliche Beschwerde ist in diesem Punkt daher abzuweisen.
d) Gemäss <ref-law> vermeiden die Behörden eine Begegnung des Opfers mit dem Beschuldigten, wenn das Opfer dies verlangt. Sie tragen dem Anspruch des Beschuldigten auf rechtliches Gehör in anderer Weise Rechnung. Eine Begegnung kann angeordnet werden, wenn der Anspruch des Beschuldigten auf rechtliches Gehör oder ein überwiegendes Interesse der Strafverfolgung sie zwingend erfordert. <ref-law> bestimmt, dass bei Straftaten gegen die sexuelle Integrität eine Konfrontation gegen den Willen des Opfers nur angeordnet werden darf, wenn der Anspruch des Beschuldigten auf rechtliches Gehör sie zwingend erfordert.
Nach dem Gesagten ist - wie der Beschwerdeführer selber zutreffend festhält - offen zu lassen, ob und inwieweit Art. 5 Abs. 4 und 5 OHG den Anspruch eines Angeschuldigten auf ein faires Verhalten im Sinne von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK verletzt, wiewohl festzuhalten ist, dass der Ausbau von Opferrechten grundsätzlich in einem konfliktträchtigen Spannungsverhältnis zu den Verteidigungsrechten eines Angeklagten stehen kann. Offen bleiben kann ferner auch die Frage, ob es dem Beschwerdeführer im Ergebnis nicht um eine nach geltendem Recht unzulässige Überprüfung von Bundesrecht auf seine Verfassungsmässigkeit hingeht.
2.-a) Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, es habe die ihm obliegende Sachaufklärungspflicht missachtet. Es habe zwar den Antrag der Verteidigung auf Befragung von L.T._ als Zeugin gutgeheissen, dann aber auf die notwendigen Massnahmen für die Durchführung der Befragung verzichtet. Die Verteidigung habe gerügt, dass die abhanden gekommene Aufklärungsmöglichkeit nicht zu Lasten des Beschwerdeführers gehen dürfe. Das Obergericht habe sich mit diesen Rügen nicht auseinander gesetzt.
Nach der Rechtsprechung in mehreren Kantonen sei in einem solchen Fall davon auszugehen, dass die unbekannt abwesende Zeugin sich in einer für den Angeklagten günstigen Weise geäussert hätte.
Der Beschwerdeführer sieht in der Unterlassung der Zeugenbefragung L.T._ eine Verletzung des Beschleunigungsgebots, des Anspruchs auf rechtliches Gehör sowie des Rechts auf Ladung und Vernehmung von angerufenen Entlastungszeugen.
b) In der Verfügung vom 15. Oktober 1999 hat der Präsident des Obergerichts angeordnet, L.T._ sei zur Sache zu befragen, da sie die erste gewesen sei, welche C.I._ nach der behaupteten Vergewaltigung gesprochen habe. Der Präsident forderte den Angeklagten auf, dem Gericht die Adresse von L.T._ bekannt zu geben. Dieser liess das Gericht ohne nähere Begründung und Ausführungen wissen, die verlangte Adresse sei ihm nicht bekannt. In der Folge unterblieb die Beweisabnahme.
In der Vernehmlassung an das Bundesgericht führt das Obergericht aus, L.T._ habe nicht mehr befragt werden können, da ihr Aufenthaltsort unbekannt sei. Im Übrigen wäre diese Befragung nur ein weiteres Element der Sachverhaltsfeststellung gewesen, deren Fehlen die Würdigung des ganzen übrigen Beweisergebnisses nicht in Frage stellen könne. Zudem hätte L.T._ nur zum Verhalten von C.I._ nach dem in Frage stehenden Vorfall aussagen können. Das Obergericht habe auf eine nähere Auseinandersetzung mit der Rüge verzichtet, weil es geboten gewesen sei, diesem Punkt neutral zu begegnen.
c) aa) Nicht einzutreten ist auf die am Rande aufgeworfene, mit keinem Wort begründete Rüge, das Obergericht sei in Willkür verfallen, weil die Beweiswürdigung für die Urteilsfindung wesentliche Mängel des Strafverfahrens gänzlich ausser Acht lasse.
bb) Während dem Anspruch, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, ein absoluter Charakter zukommt, ist das Recht, Entlastungszeugen zu laden und zu befragen, nur von relativer Natur. Der Richter hat nur solche Beweisbegehren, Zeugenladungen und Fragen zu berücksichtigen und zuzulassen, die nach seiner Würdigung rechts- und entscheidungserheblich sind. Der Gerichtshof verlangt gestützt auf Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK nicht die Befragung jedes Entlastungszeugen; die Bestimmung bezweckt, wie der Hinweis auf "dieselben Bedingungen" zeigt, die Herstellung der vollen Waffengleichheit auch im Bereiche der Entlastungszeugen. In diesem Sinne lässt auch das Bundesgericht die Abweisung von Beweisbegehren und Zeugenbefragungen wegen Untauglichkeit oder in antizipierter Beweiswürdigung zu (<ref-ruling> E. 6c/cc, S. 135 mit zahlreichen Hinweisen). Die Konventionsorgane können auf Ermessensmissbrauch und Verletzung von Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK nur erkennen, wenn ein Beschwerdeführer nachweist, dass eine Frage nicht zugelassen oder ein Entlastungszeuge nicht gehört wurde, obwohl die Erheblichkeit der Frage beziehungsweise der zu erwartenden Aussage dem Tatrichter nach den Umständen des Falles ersichtlich war oder sein musste, und diese damit seiner sich aus Art. 6 ergebenden Verpflichtung zuwider gehandelt hat, die Verhandlung in unvoreingenommener und fairer Weise mit dem Ziel der Ermittlung des wahren Sachverhalts zu führen. Eine solche Zuwiderhandlung folgt in der Regel nicht bereits daraus, dass die Anhörung eines Zeugen ohne Begründung verweigert wurde (Frohwein/Peukert, a.a.O., S. 312 N 202).
Das Obergericht hat das Fairnessgebot und damit die angerufene Konventionsbestimmung nicht verletzt. Es hat den Antrag des Beschwerdeführers auf Einvernahme von Frau L.T._ an der Hauptverhandlung gutgeheissen, weil diese Frau, mit welcher eine der Beschwerdegegnerinnen nach der Vergewaltigung Kontakt hatte, früher nicht befragt worden war. Niemand war indessen in der Lage, die Adresse der ins Ausland abgereisten Zeugin ausfindig zu machen. Das Obergericht hat daher ohne Verletzung einer Verfahrensbestimmung auf diese Zeugenbefragung verzichtet. In der Tat bildete dieses angerufene Beweismittel nur einen Stein im ganzen Mosaik.
Das Obergericht konnte sich auch ohne die Aussagen von Frau L.T._ ein Bild vom Sachverhalt machen. Über die Zulässigkeit und Verwertung von Zeugenaussagen entscheiden die innerstaatlichen Behörden selbst (Villiger, a.a.O., N 486 und 527). Nicht jeder Zeuge, den der Beschuldigte nennt, muss auch gehört werden (Villiger, a.a.O., N 527). Dieser Grundsatz, aus dem auch die Möglichkeit antizipierter Beweiswürdigung fliesst, wird vom Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung bestätigt.
cc) Abzuweisen ist auch die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 2a/aa; <ref-ruling> E. 3a und 241 E. 2, je mit Hinweisen). Diesem Recht entspricht die Pflicht der Behörde, die Argumente und Verfahrensanträge der Parteien entgegenzunehmen, sie zu prüfen und zu würdigen, soweit sie für die Entscheidfindung bedeutsam sind, sowie die ihr rechtzeitig und formrichtig angebotenen Beweismittel abzunehmen, es sei denn, diese betreffen eine nicht erhebliche Tatsache oder seien offensichtlich untauglich, über die streitige Tatsache Beweis zu erbringen (<ref-ruling> E. 4a zu Art. 4 aBV). An der Tragweite dieses verfassungsmässigen Rechts hat sich durch <ref-law> nichts geändert.
Das Obergericht hat den Beschwerdeführer aufgefordert, dem Gericht die Adresse von L.T._ mitzuteilen.
Der Beschwerdeführer antwortete mit der lapidaren Bemerkung, die verlangte Adresse sei ihm nicht bekannt. Die Sachaufklärungspflicht des Gerichtes und die Gewährung des rechtlichen Gehörs bedeuten nun aber grundsätzlich nicht, dass ein Gericht verpflichtet ist, die in einem fremden Land verloren gegangenen Spuren einer vom Angeklagten angerufenen Zeugin mit allen Mitteln, also auch mit unverhältnismässigem Aufwand, nachzugehen.
Wie weit die betreffende Pflicht der Untersuchungsbehörden im Einzelfall geht, muss an dieser Stelle nicht näher geprüft werden, handelt es sich doch vorliegend - wie dargelegt - nur um eines von mehreren Beweismitteln, das für das Ergebnis keine ausschlaggebende Bedeutung haben konnte.
d) Damit ist die Beschwerde auch in diesem Punkt abzuweisen.
3.-a) Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs sowie willkürliche antizipierte Beweiswürdigung vor, weil es die beantragten Glaubwürdigkeitsgutachten nicht eingeholt und seinen Verzicht nicht begründet hat. Er beruft sich auf einen verfassungsmässigen Anspruch auf Kenntnisgabe der Gründe, weshalb die Voraussetzungen von <ref-law>/SH nicht gegeben sein sollen. Erscheine dem Richter die Glaubwürdigkeit einer wichtigen Zeugenaussage auf Grund besonderer Umstände als zweifelhaft, habe er weitere Beweise, allenfalls ein psychologisches Sachverständigengutachten, einzuholen. Die Begründung des Obergerichtes enthalte Erwägungen, die sich nicht mehr allein im Rahmen der richterlichen Beweiswürdigung bewegten, sondern psychologische Deutungen beinhalteten, die ein entsprechendes Fachwissen voraussetzten. Ferner seien Hinweise auf eine mögliche Fremdbeeinflussung gegeben, die wiederum eine Begutachtung verlangten.
b) Das Obergericht verweist in seiner Vernehmlassung darauf hin, die Frage der Glaubwürdigkeit der Aussagen der beiden Zeuginnen nehme im angefochtenen Urteil den wichtigsten Raum ein. Die Glaubwürdigkeit sei bejaht worden. Dabei handle es sich um eine in richterlicher Würdigung erlangte Überzeugung. Das Gericht sei hiezu nicht auf gutachterliche Hilfe angewiesen gewesen, wie dies etwa bei Äusserungen von Kindern oder psychisch Abnormen der Fall sein könne. Das gehe - wenn auch nicht ausdrücklich, so doch implizit - aus den umfassenden, alle Gesichtspunkte beleuchtenden Erwägungen hervor.
Selbstverständlich sei der Antrag auf Begutachtung nicht einfach ignoriert, sondern diese nicht als nötig erachtet worden.
c) aa) Das Bundesgericht hat in dem vom Beschwerdeführer mehrfach angerufenen Entscheid 118 Ia 28 festgehalten, dass für die Beurteilung der Glaubwürdigkeit eines Zeugen dessen geistige und körperliche Verfassung wichtig ist. Dabei sind auch pathologische Zustände, Frische und Ermüdung, emotionale Affekte oder psychische Einstellung zu beachten. Nach der Praxis gelten Menschen mit geistigen Störungen insoweit als zeugentüchtig, als ihre Wahrnehmungsfähigkeit dadurch nicht beeinträchtigt wird. Erscheint dem Richter die Glaubwürdigkeit einer wichtigen Zeugenaussage auf Grund besonderer Umstände zweifelhaft, hat er weitere Beweise zu deren Klärung zu erheben. Die Mitwirkung von Sachverständigen drängt sich insbesondere auf bei Anzeichen ernsthafter geistiger Störungen, welche die Aussageehrlichkeit des Zeugen beeinträchtigen könnten, oder falls Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Zeuge einer Beeinflussung durch Drittpersonen ausgesetzt ist. Das Abstellen auf eine unglaubwürdige Zeugenaussage bzw. der Verzicht auf den gebotenen Beizug einer Expertise zur Beurteilung schwerwiegender medizinischer oder psychologischer Zweifel an der Glaubwürdigkeit einer Zeugenaussage kann einen Verstoss gegen <ref-law> beinhalten (<ref-ruling> E. 1c, S. 31 f.). Das Bundesgericht bejahte eine Verletzung von Art. 4 aBV, weil die Zeugin schwer drogensüchtig war, unter akutem Drogenentzug litt, während rund acht Stunden nichts gegessen hatte und unter dem Einfluss von starken Medikamenten stand.
Es ging von der Vermutung aus, dass jedenfalls die kombinierte Wirkung von Drogensucht, Entzugserscheinungen und einer starken Dosis von Beruhigungsmitteln auf das Bewusstsein, die Wahrnehmungsfähigkeit und die Willensbildung der Zeugin einen erheblichen Einfluss gehabt haben könnte (a.a.O., S. 34).
bb) Solche Rahmenbedingungen stehen vorliegend ausserhalb jeder Diskussion. Keine der beiden als Zeuginnen befragten Geschädigten litten im Zeitpunkt der Einvernahmen an einer physischen oder psychischen Erkrankung, welche ihre Wahrnehmungsfähigkeiten und Willensbildung hätte entscheidend beeinflussen können. Es lag auch weder Drogensucht noch übermässiger Medikamentenkonsum vor. Gewisse Erinnerungslücken und Widersprüche in Detailangaben von E.G._ sind nach Auffassung des Obergerichtes darauf zurückzuführen, dass es dem Opfer schwer fiel, über den Vorfall zu sprechen, dass es diesen in keiner Weise verarbeitet haben dürfte, sondern vielmehr versuchte, ihn zu vergessen und zu verdrängen (Urteil OG, S. 9). Im Übrigen hat sich das Obergericht mit allen Einwänden der Verteidigung ausführlich auseinander gesetzt. Es gelangt zum überzeugenden Schluss, dass der Beschwerdegegnerin 1 E.G._ sowohl bei Würdigung der verschiedenen Einzelheiten für sich allein als auch im Zusammenhang die grössere Glaubwürdigkeit als dem Beschwerdeführer zukommt (Urteil OG, S. 18). Es kann auf die gründlichen und schlüssigen Überlegungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Urteil OG, S. 7 - 18, Ziff. 3).
Im Zusammenhang mit C.I._ zeigt das Obergericht auf, dass die Geschädigte ebenso wenig wie E.G._ einen stichhaltigen Grund hatte, den Beschwerdeführer zu Unrecht zu belasten. Nach gründlichem Abwägen aller Für und Wider - wobei das Obergericht gewisse Zweifel nicht übergeht, sondern diese widerlegt - gelangt die Berufungsinstanz zur Überzeugung, dass die Zeugenaussagen von C.I._ wiederum glaubwürdiger sind als jene des Beschwerdeführers. Auch hier ist auf den angefochtenen Entscheid zu verweisen (Urteil OG, S. 18 - 28, Ziff. 4).
cc) Es ist ureigenste Aufgabe und Pflicht der Strafgerichte, Aussagen und Beschuldigungen auf ihre Glaubwürdigkeit zu prüfen (nicht publizierter Entscheid des Bundesgerichtes vom 6.5.1999, 6P.48/1999). Dabei besitzt die kantonale Instanz ein weites Ermessen (<ref-ruling> E. 4b). Ist die Glaubhaftigkeit der Aussage zweifelhaft und kommt ihr entscheidende Bedeutung zu, so kann gemäss <ref-law>/SH eine ambulante Untersuchung und Begutachtung des Zeugen durch einen Sachverständigen erfolgen. Diese kantonale Prozessvorschrift geht nicht weiter als Art. 4 aBV, der - wie aufgezeigt - vorliegend nicht verletzt ist. Weder dem angefochtenen Entscheid noch den Akten sind Elemente zu entnehmen, welche nach einem Glaubwürdigkeitsgutachten über die beiden Zeuginnen rufen. Es liegen keine besonderen Umstände vor, welche die Zeugenaussagen als zweifelhaft erscheinen lassen. Daran ändert der Umstand nichts, dass der Beschwerdeführer einzelne Passagen aus dem angefochtenen Entscheid herausreisst und dabei übergeht, dass das Obergericht in einer gründlichen Gesamtwürdigung zum angefochtenen Ergebnis gelangt.
dd) Abzuweisen ist ferner der Vorwurf möglicher Fremdbeeinflussung. Der Beschwerdeführer wirft den beiden Beschwerdegegnerinnen ausdrücklich kein bewusstes Komplott vor, sondern macht geltend, nach der allgemeinen Lebenserfahrung liege in Anbetracht der aktenkundigen Diskussionen zwischen den ehemaligen Freundinnen des Beschwerdeführers eine gewisse gegenseitige Beeinflussung nahe, deren Relevanz ein Gutachter zu beurteilen habe. Das ist nicht der Fall. Zwischen den beiden Frauen liegt kein Abhängigkeitsverhältnis vor - wie etwa zwischen Mutter und sexuell geschädigtem Kind -. Der Einfluss von Diskussionen zwischen zwei erwachsenen Opfern des gleichen Täters kann vom Richter - Ausnahmefälle vorbehalten - ohne Beizug eines Gutachters gewürdigt werden. In dem auch in diesem Zusammenhang angerufenen <ref-ruling> hatte der begleitende Polizist der Drogensüchtigen und unter akutem Drogenentzug stehenden Zeugin Tabletten abgegeben, deren Einfluss auf die Einvernahmefähigkeit medizinisch abzuklären war. Davon kann vorliegend keine Rede sein.
ee) Durfte das Obergericht die Glaubwürdigkeit der beiden Opfer willkürfrei bejahen, so stellt sich das Problem der Verweigerung des rechtlichen Gehörs mangels Begründung des Verzichts auf Einholung von Glaubwürdigkeitsgutachten nicht mehr. Im Übrigen geht aus dem Berufungsentscheid mit aller Deutlichkeit hervor, weshalb das Obergericht eine Begutachtung nicht als notwendig erachtete.
4.- a) Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Das gesamte Strafverfahren habe zu lange gedauert.
Zwei Phasen müssten als unannehmbar bezeichnet werden.
Vom 15. September 1995 bis 20. Februar 1996 habe der zuständige Untersuchungsrichter keine wesentlichen verfahrensbefördernden Handlungen vorgenommen. In der Zeit vom 15. November 1996 bis 31. März 1998, also während 141⁄2 Monaten, sei die Staatsanwaltschaft gänzlich untätig geblieben. Sowohl die relativ geringe Schwierigkeit bzw.
Komplexität des Falles, das anstandslose Verhalten des Angeklagten wie auch die Schwere des Schuldvorwurfs hätten eine besonders zügige Verfahrensabwicklung geboten.
Die Verfahren vor Kantonsgericht und Obergericht seien ebenfalls nicht in einem Tempo abgewickelt worden, das die eklatanten Phasen der Untätigkeit hätte ausgleichen können.
b) aa) Das Obergericht macht in seiner Vernehmlassung geltend, der Beschwerdeführer lege nicht dar, welche konkreten Schlüsse er aus der behaupteten Verletzung des Beschleunigungsgebotes gezogen haben wolle.
Damit sei auch nicht zu sehen, inwiefern dies dem angefochtenen Urteil hätte zu Grunde gelegt werden müssen.
Jedenfalls wäre eine Berücksichtigung im Sinne von Art. 64 al. 8 StGB nach der Rechtsprechung noch ausgeschlossen.
bb) Die Staatsanwaltschaft bestreitet in ihrer Vernehmlassung, während 141⁄2 Monaten "gänzlich untätig" geblieben zu sein. Einer Anklageerhebung liege vor allem in bestrittenen Fällen ein genaues Aktenstudium zu Grunde, verbunden nicht zuletzt auch mit der Vorbereitung der mündlichen Anklagebegründung. Solche Vorbereitungen hätten vorliegend nicht erst am letzten Märztag 1998 stattgefunden. Ferner sei die Staatsanwaltschaft bis zum Februar 1997 als "Einmannbetrieb" zunehmend überlastet gewesen. Der Pendenzenabbau mit Hilfe eines zweiten Staatsanwaltes im Halbamt habe eine ganze Reihe von Tötungs- und qualifizierten Vermögensdelikten umfasst.
Unter solchen Bedingungen leide jeder einzelne Fall, vor allem wenn es nicht um eine Haftsache gehe. Alles in allem könne aber vorliegend nicht von einer unzulässig langen Verfahrensdauer gesprochen worden.
c) Der Beschwerdeführer gibt die einschlägige Literatur und Rechtsprechung richtig wieder, zieht aber daraus unzutreffende Schlüsse. Vorab ist auf <ref-ruling> E. 2c, S. 142, zu verweisen, wonach sich die Frage, ob das Beschleunigungsgebot verletzt worden ist, vor allem auf Grund einer Gesamtwürdigung der geleisteten Arbeit entscheidet, wobei der Komplexität des Falles, dem Verhalten des Angeklagten sowie demjenigen der zuständigen Behörden Rechnung zu tragen ist. Der Beschwerdeführer betont insbesondere das letzte Moment, nämlich die von den Untersuchungsbehörden benötigte Zeit. Die weiteren Phasen sind auch nach seinem Verständnis nicht übermässig lang. Das eigene Verhalten lässt der Beschwerdeführer aus dem Spiel. In diesem Zusammenhang ist aber zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer im Mai 1999 einen Verteidigerwechsel vorgenommen hat, was zur Verschiebung der auf den 21. Mai 1999 angesetzten Verhandlung vor Obergericht führte. Am 31. Mai 1999 teilte Rechtsanwalt Matthias Brunner dem Obergericht mit, er vertrete neu die Interessen des Beschwerdeführers. Am 6. Oktober, also mehr als vier Monate später, reichte er umfangreiche Beweisanträge ein, welchen das Obergericht in der Folge teilweise stattgab. Der Verteidigerwechsel führte zur Verzögerung des Verfahrens, welche nicht den kantonalen Behörden zur Last gelegt werden kann.
Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers liegt hier nicht ein Fall von relativ geringer Komplexität vor. Das ergibt sich schon aus der 33-seitigen Eingabe an das Obergericht mit zusätzlichen Beweisanträgen.
Zudem geht es um zwei in allen Punkten bestrittene Vergewaltigungen mit zwei verschiedenen Opfern.
Berücksichtigt man ferner die Tatsache der damaligen, offensichtlich unverhältnismässig starken Belastung der Staatsanwaltschaft mit Haft- sowie weiteren grösseren Fällen als ausserordentlichen Umstand (vgl.
dazu nicht publizierten Entscheid des Bundesgerichtes vom 15.9.1998, 6P.76/1998), so kann die Verfahrensdauer von nicht ganz 41⁄2 Jahren von der Untersuchungseröffnung bis zur Zustellung des Obergerichtsentscheides als gerade noch vertretbar bezeichnet werden. Allerdings ist festzuhalten: Zeiten, in denen das Verfahren stillsteht, sind zwar unumgänglich, und solange keine einzelne solche Zeitspanne stossend wirkt, greift die Gesamtbetrachtung (<ref-ruling>). Wäre die über vierjährige Dauer eines Verfahrens von mittlerer Komplexität, wie es vorliegend zur Beurteilung steht, jedoch auf chronische Überlastung und personelle Unterdotierung der befassten Amtsstellen zurückzuführen, müsste eine diesbezügliche Beschwerde gutgeheissen werden.
d) Zusammenfassend steht somit fest, dass eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK durch Missachtung des Beschleunigungsgebotes nicht vorliegt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
5.- a) Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Verletzung des Grundsatzes in dubio pro reo bezüglich der inkriminierten Geschehnisse mit E.G._. Er macht geltend, die Mischung aus massiven Erinnerungslücken und sehr gravierenden, erstmals vor Kantonsgericht erhobenen Anschuldigungen seien offensichtlich besondere Umstände, die zu Zweifeln Anlass geben müssten.
Das Obergericht habe diese Zweifel durch eigene Interpretationen des Gefühlslebens der Beschwerdegegnerin 1 aus dem Weg geräumt. Anhand mehrerer Beispiele zeigt der Beschwerdeführer auf, dass nach seinem Verständnis die bei objektiver Würdigung des Beweisergebnisses fortbestehenden Zweifel offensichtlich erheblich und schlechterdings nicht zu unterdrücken sind. Seines Erachtens ist bei willkürfreier Würdigung der Aussagen von E.G._ davon auszugehen, dass grosse Skepsis an den geltend gemachten Erinnerungslücken angebracht ist, dass ihre Aussagen massivste Widersprüche und eine krasse Eskalationstendenz aufweisen, und dass sie ihn mehrfach eines Verhaltens beschuldigt, welches den Naturgesetzen und der Lebenserfahrung zuwiderläuft. Ein Schuldspruch, der sich einzig auf diese Aussagen zu stützen vermöge, sei unhaltbar.
b) Das Obergericht geht in seiner Vernehmlassung auf die Vorwürfe des Beschwerdeführers ein und hält diesem entgegen, er greife einzelne Erwägungselemente heraus und kritisiere diese. Dadurch unterbreche er den Bezug zum Kontext, welcher zum Verständnis der gerügten Passagen nötig sei. Das Verdrängungsverhalten von E.G._ sei an der Berufungsverhandlung auch für Laien deutlich erkennbar zum Ausdruck gekommen. Es sei nichts Aussergewöhnliches, dass in einer Beziehung eine Ablösungszeit notwendig werde, weshalb der Umstand, dass die Geschädigte noch drei Monate nach dem inkriminierten Geschehnis mit dem Beschwerdeführer zusammen gewohnt habe, ihren Willen, möglichst nicht mehr mit ihm konfrontiert zu werden, keineswegs in Frage stelle. Die Auseinandersetzung um den Begriff "Schlagen" habe sich vor Obergericht geklärt. Im Übrigen habe der Beschwerdeführer selber in einzelnen Verfahrensstadien ausdrücklich zugestanden, dass Gewalt herrschte; später habe er alles wieder bestritten. Im Zusammenhang mit dem Vorfall auf dem Balkon diene es der Wahrheitsfindung nicht, wenn der Beschwerdeführer dem gegen ihn erhobenen Vorwurf gleichsam Schlüsselfunktion zumessen wolle; vor allem dürfe dies nicht von der Hauptfrage ablenken.
c) aa) Gemäss dem aus Art. 4 aBV fliessenden und in Art. 6 Ziff. 2 EMRK - sowie nun auch in <ref-law> - verankerten Grundsatz "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis seiner Schuld zu vermuten, dass der wegen einer strafbaren Handlung Angeklagte unschuldig ist. Als - hier einzig interessierende - Beweiswürdigungsregel besagt die Maxime, dass sich der Strafrichter nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Die Beweiswürdigungsregel ist verletzt, wenn der Strafrichter an der Schuld des Angeklagten hätte zweifeln müssen. Dabei sind bloss abstrakte und theoretische Zweifel nicht massgebend, weil solche immer möglich sind und absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann. Es muss sich um erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel handeln, d.h. um solche, die sich nach der objektiven Sachlage aufdrängen. Bei der Beurteilung von Fragen der Beweiswürdigung beschränkt sich das Bundesgericht auf eine Willkürprüfung. Es kann demnach nur eingreifen, wenn der Sachrichter den Angeklagten verurteilte, obgleich bei objektiver Würdigung des ganzen Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an dessen Schuld fortbestanden. Willkür liegt nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichtes vor, wenn der angefochtene kantonale Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
bb) Das Obergericht hat sich auf rund zwölf Seiten mit dem Vorwurf der Vergewaltigung von E.G._, mit den Personen und Aussagen von Opfer und Angeklagtem sowie mit dem gesamten Umfeld auseinander gesetzt. Es gelangt zum Schluss, es bestünden keine unüberwindbaren Zweifel daran, dass der Beschwerdeführer E.G._ an einem Sonntagmorgen im Juni 1994 zum Geschlechtsverkehr gezwungen hat (Urteil OG, S. 7 - 18, Ziff. 3). Der Beschwerdeführer greift einzelne Punkte der umfangreichen Urteilsbegründung heraus und macht anhand von einigen Beispielen Willkür geltend. Er nimmt aber nicht Stellung zum Gesamtbild, welches die Würdigung des Obergerichtes ergibt. Insbesondere geht er mit keinem Wort auf die differenzierten Überlegungen des Obergerichtes zu seinem eigenen Verhalten während des Strafverfahrens ein (Urteil OG, S. 15 ff., Ziff. c; vgl. auch S. 13, Ziff. dd).
Damit übergeht der Beschwerdeführer die konstante Rechtsprechung, wonach eine materielle Rechtsverweigerung nicht schon gegeben ist, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erschiene, sondern nur, wenn das Ergebnis schlechterdings mit vernünftigen Gründen nicht zu vertreten ist (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a, je mit Hinweisen).
cc) Der Willkürvorwurf ist abzuweisen, weil der Entscheid im Ergebnis durchaus haltbar ist. Es erübrigt sich daher, auf die einzelnen Vorwürfe des Beschwerdeführers und die entsprechenden Erwägungen des Obergerichts in der Vernehmlassung separat einzugehen.
6.- a) Auch im Zusammenhang mit C.I._ rügt der Beschwerdeführer eine willkürliche Verletzung des Grundsatzes in dubio pro reo bzw. die Verletzung des rechtlichen Gehörs (Beschwerde, S. 26 - 30, Ziff. IX).
Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass es in der Nacht vom 27. auf den 28. Juli 1995 zu tätlichen Auseinandersetzungen und zum Geschlechtsverkehr kam. Er wirft indessen die Frage auf, ob die Art der Auseinandersetzung die Annahme zulasse, die Beschwerdegegnerin 2 sei im Zeitpunkt des Geschlechtsverkehrs derart unter psychischem Druck gestanden, dass sie sich in einer ausweglosen Situation befunden habe. Er verneint die Frage mit der Begründung, die Feststellung des Obergerichtes sei unhaltbar, C.I._ habe die Geschehnisse in der fraglichen Nacht im Wesentlichen stets in übereinstimmender Weise dargestellt. Überdies habe das Obergericht in ebenso haltloser Weise unterstellt, die Beschwerdegegnerin 2 habe sich im Zeitpunkt des Beischlafs in einer Zwangssituation befunden, weil sie mit einer Gewalteskalation habe rechnen müssen. Der angefochtene Entscheid stehe in verschiedener Hinsicht im Widerspruch zu den Akten, und die Beweiswürdigung sei im Ergebnis als in stossender Weise ungerecht zu qualifizieren.
b) Das Obergericht weist in seiner Vernehmlassung darauf hin, dem inkriminierten Vorfall sei ein rund siebenstündiger Streit mit massiven Handgreiflichkeiten auf beiden Seiten vorangegangen. Es könne nicht im Ernst erwartet werden, dass die Beteiligten die Auseinandersetzung bis in die Einzelheiten schildern könnten, zudem in verschiedenen Befragungen und zum Teil noch Jahre danach.
Die markantesten Momente mögen in Erinnerung bleiben.
Aus der widersprüchlichen Schilderung von Einzelheiten auf die Unglaubwürdigkeit der Schilderung des anschliessend Erlebten und allein strafrechtlich zu Würdigenden schliessen zu wollen, gehe zu weit. Wäre es anders, würde eine freie Beweiswürdigung ausgeschlossen.
Es müsse eine Gesamtwürdigung möglich sein, wie sie das Obergericht zum erwähnten Streit vorgenommen habe. Ohne Bedeutung sei schliesslich, was C.I._ der Versicherungsgesellschaft beschrieben habe. Mit Zurückhaltung sei auch die Schilderung bei der ärztlichen Untersuchung zu würdigen gewesen, sei doch die Art der Fragestellung ebenso unbekannt wie die Aufzeichnung der Antworten. Dagegen ergebe eine gesamthafte Würdigung der Aussagen vor Polizei, Untersuchungsbehörden und Gerichten durchaus ein geschlossenes Bild vom Streit und zwar unbekümmert darum, dass C.I._ vor dem Kantonsgericht keine Schläge erwähnt habe. Es sei nicht zu sehen, weshalb diese Würdigung unhaltbar sein sollte.
c) Diesen Ausführungen des Obergerichtes ist nichts beizufügen. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass es in der fraglichen Nacht zu tätlichen Auseinandersetzungen gekommen ist. Ebenso wenig bestreitet er die Dauer des Streites von fast sieben Stunden. Unbestritten bleiben auch die Tatsachen, dass sich C.I._ gegen 05.00 Uhr völlig erschöpft und weinend im Schlafzimmer auf ihr Bett legte, dass ihr der Beschwerdeführer nachging, an die Brüste griff und als sie ablehnte, mit ihm zu schlafen, die Hose vom Leib riss und den Beischlaf vollzog (Urteil OG, S. 19). Ebenso wenig rügt der Beschwerdeführer die Feststellung des Obergerichtes, die Beziehung zum Opfer sei von Gewalt, Jähzorn und Eifersucht geprägt gewesen (Urteil OG, S. 27 f). Er bezeichnet lediglich die angebliche vorinstanzliche These, die Beschwerdegegnerin 2 habe wegen einer befürchteten Gewalteskalation auf Widerstand verzichtet, als reine Spekulation. Hingegen anerkennt er, C.I._ habe in Übereinstimmung mit früheren Aussagen auch vor Obergericht bestätigt, sie habe sich nicht mehr wehren können. Damit erweist sich die Schlussfolgerung des Obergerichtes, die Geschädigte habe sich in einer ausweglosen Situation befunden, was auch für den Beschwerdeführer erkennbar sein musste, als nicht willkürlich.
Die Frage, ob das Verhalten des Beschwerdeführers als Nötigung im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist, ist im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde zu prüfen.
7.- Zusammenfassend ist die staatsrechtliche Beschwerde kostenfällig abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
II. Nichtigkeitsbeschwerde
8.- a) Gemäss <ref-law> wird mit Zuchthaus bis zu zehn Jahren bestraft, wer eine Person weiblichen Geschlechts zur Duldung des Beischlafs nötigt, namentlich indem er sie bedroht, Gewalt anwendet, sie unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht.
Zum Begriff der sexuellen Nötigung im Sinne des Gesetzes verweist die Vorinstanz auf <ref-ruling> f.
E. 3b sowie Philipp Maier, Das Tatbestandsmerkmal des Unter-psychischen-Druck-Setzens im Schweizerischen Strafgesetzbuch, ZStr. 1999, S. 418. Sie legt dar, dass im Lichte der zitierten Meinungen der objektive Tatbestand von <ref-law> auch im Falle von C.I._ erfüllt ist. Die Vorinstanz führt dazu aus, die Geschädigte habe erklärt, keinen Geschlechtsverkehr gewünscht, sich aber nicht mehr gewehrt zu haben, weil sie dazu nicht mehr in der Lage gewesen sei. Unter den vorliegenden Umständen sei der Verzicht auf eine Gegenwehr verständlich.
Die Geschädigte habe während des vorhergehenden Streites diverse Gewalttätigkeiten über sich ergehen lassen müssen. Der Beschwerdeführer habe insofern eine Zwangssituation geschaffen, als er seine Gewaltbereitschaft, die er gegenüber C.I._ praktisch die ganze Nacht hindurch und auch schon während der ganzen Beziehung immer wieder offenbart hatte, unmittelbar vor der sexuellen Handlung erneut gezeigt habe, indem er ihr die Kleider vom Leib gerissen und gesagt habe, er hole sich jetzt, was ihm zustehe. Unter diesen Umständen habe C.I._, die dem Beschwerdeführer an Körperkraft klar unterlegen gewesen sei, damit rechnen müssen, dass es bei einer Gegenwehr zu einer Gewalteskalation kommen könnte, neige der Angeklagte doch zu Jähzornanfällen.
Durch die geschaffene Zwangssituation, welche keine Gegenwehr mehr habe erwarten lassen, habe er die Beschwerdegegnerin 2 gezwungen, den Beischlaf zu erdulden (Urteil OG, S. 29 ff. Ziff. 5b).
b) aa) Der Beschwerdeführer beanstandet die rechtliche Würdigung mit Bezug auf E.G._ nicht.
Hingegen bestreitet er die Vergewaltigung zum Nachteil von C.I._ (Beschwerde, S. 2 Ziff. I).
bb) Der Beschwerdeführer zeigt die nach seiner Meinung massgebende Lehre und Rechtsprechung zum Nötigungsmittel des psychischen Drucks im Sinne von <ref-law> auf. Er leitet daraus ab, dass die Vorinstanz von einem falschen Verständnis dieser Gesetzesvorschrift ausgeht. Er macht geltend, die im angefochtenen Urteil genannten Umstände seien nicht hinreichend gewichtig, um die straftatbestandsmässige Ausweglosigkeit der Situation anzunehmen. Insbesondere sei die erforderliche Zweckverknüpfung zwischen Nötigungshandlung (Streit mit Gewalttätigkeiten) und sexueller Handlung offensichtlich nicht gegeben. Die Behauptung der Beschwerdegegnerin 2, sie habe um ihr Leben gefürchtet, könnte nur dann von Relevanz sein, wenn es sich um eine objektiv begründete Furcht handle, was nicht der Fall sei. Der blosse allgemeine Hinweis auf Gewaltbereitschaft sei nicht geeignet, eine ausweglose Situation im Sinne von <ref-law> zu begründen. Der Umstand, dass der Beschwerdegegnerin 2 vom Beschwerdeführer die Kleider vom Leib gerissen worden seien mit der Bemerkung, er hole sich jetzt, was ihm zustehe, sei zweifellos als Übergriff zu werten, habe aber nicht die nötige Intensität, wie sie zur Schaffung eines psychischen Druckes erforderlich sei. Schliesslich verletze die Auffassung Bundesrecht, wonach die Furcht vor jedwelcher Form weiterer Gewaltanwendungen tatbestandsmässig im Sinne von <ref-law> sei (Beschwerde, S. 5 - 9, Ziff. III). Da verschiedene pauschale Erwägungen der Vorinstanz nicht erkennen liessen, welche Tatbestände dem Urteil zu Grunde gelegt worden seien, sei die Sache im Sinne von Art. 277 BStP an die Vorinstanz zurückzuweisen.
c) aa) Sexuelle Nötigung im Sinne von Art. 189 und 190 StGB begeht namentlich, wer bedroht, Gewalt anwendet, unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht. Damit wird im Gegensatz zum früheren Recht nicht mehr eine Widerstandsunfähigkeit vorausgesetzt.
Immer ist aber eine erhebliche Einwirkung erforderlich (<ref-ruling> E. 3a, S. 128 mit Hinweis).
Die sexuellen Nötigungstatbestände verbieten den Angriff auf die sexuelle Freiheit und Ehre. Sie gelten als Gewaltdelikte und sind damit prinzipiell als Akte physischer Aggression zu verstehen. Dabei stellt aber die Tatbestandsvariante des Unter-psychischen-Druck-Setzens klar, dass sich die tatbestandsmässige Ausweglosigkeit der Situation auch ergeben kann, ohne dass der Täter eigentliche Gewalt anwendet, dass dem Opfer vielmehr eine Widersetzung unter solchen Umständen nicht zuzumuten ist. Auch eine kognitive Unterlegenheit oder emotionale wie soziale Abhängigkeit können einen ausserordentlichen psychischen Druck erzeugen. Ob die tatsächlichen Verhältnisse die tatbeständlichen Anforderungen eines Nötigungsmittels erfüllen, lässt sich erst auf Grund einer umfassenden Würdigung der relevanten konkreten Umstände entscheiden. Im neueren Begriff der strukturellen Gewalt ist die Polarität von körperlichem Zwang und von Verletzungen einerseits und von nichtgewaltsam-unaggressiven Handlungen andererseits einer differenzierteren Betrachtung gewichen (<ref-ruling> E. 3b, S. 129, und <ref-ruling> E. 3b mit sehr umfassenden Hinweisen auf Literatur und Rechtsprechung).
Diese ursprünglich auf dem Hintergrund von sexuellem Kindsmissbrauch entwickelte Rechtsprechung (<ref-ruling>; <ref-ruling>) gilt gemäss dem neusten publizierten Entscheid (<ref-ruling>) auch im Erwachsenenstrafrecht.
<ref-law> schützt die sexuelle Freiheit von Personen weiblichen Geschlechts allgemein und in gleicher Weise (<ref-ruling> E. 3d, S. 130, Vergewaltigung in der Ehe). Damit hat sich das Bundesgericht auch zum Tatbestandsmerkmal des psychischen Drucks gegenüber erwachsenen Opfern bereits geäussert.
bb) Im Lichte dieser Praxis ist die Frage, ob eine dem Sexualakt vorangehende mehrstündige physische Gewalteinwirkung auf das Opfer zur tatbestandsmässigen Ausweglosigkeit führt, klar zu bejahen. Die Tatbestandsvariante des Unter-psychischen-Druck-Setzens ist erfüllt.
Vorliegend steht auf Grund der tatsächlichen Ausführungen des Sachrichters, an welche das Bundesgericht gebunden ist, fest, dass es zwischen dem Beschwerdeführer und C.I._ auf Grund einer nichtigen Ursache - das Opfer hatte einen BH getragen, den man sehen konnte - zu einem mehrstündigen Streit gekommen war, während dem das Opfer diverse Gewalttätigkeiten über sich ergehen lassen musste. Wegen des Verhaltens des Beschwerdeführers fürchtete C.I._ während der Auseinandersetzung um ihr Leben. Der Beschwerdeführer hat das Opfer, welches bereits im Bett war, herausgezerrt, es als Hure tituliert, an den Haaren gerissen, an die Wand gedrückt, ins Gesicht geschlagen und Ähnliches mehr. Als es sich nach sieben Stunden weinend ins Bett legte und den Geschlechtsverkehr ablehnte, riss er ihm die Gerätehose samt der Unterhose vom Leib, schob das T-Shirt nach oben und drang in es ein, wobei er sich "wie ein Tier verhalten hat" (Urteil OG, S. 18 ff.
Ziff. 4a und b, 30 f.).
Aus dieser Schilderung ergibt sich, dass die physische und psychische Widerstandskraft des Opfers nach der siebenstündigen gewalttätigen Auseinandersetzung total gebrochen war. C.I._ war körperlich wie seelisch völlig erschöpft. Sie hatte keine Kraft mehr, um dem bis zuletzt rücksichtslosen und gewaltanwendenden Beschwerdeführer weiteren Widerstand entgegenzubringen.
Das Opfer kannte den Beschwerdeführer als jähzornig und musste daher mit einer Eskalation der Gewalt rechnen. Wer - wie vorliegend festgestellt - Angst um sein Leben hat, ist psychisch derart unter Druck, dass er keinen Widerstand mehr leisten kann.
Es ist zynisch, in einem solchen Fall zu behaupten, es bestehe kein finaler Zusammenhang zwischen nötigendem Verhalten und einer späteren sexuellen Handlung. Abgesehen davon, dass man die gesamte Situation nicht in Einzelaspekte zerlegen kann, gibt der Beschwerdeführer zu, C.I._ die Kleider vom Leib gerissen und gesagt zu haben, er hole sich jetzt, was ihm zustehe.
Entscheidend ist indessen, dass die damalige Freundin des Beschwerdeführers - womit entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers auch eine emotionale Abhängigkeit gegeben war - psychisch unter Druck und damit nicht mehr in der Lage war, in der ihr ausweglos erscheinenden Situation Gegenwehr zu leisten. Zusammen mit der auch im letzten Moment noch angewendeten Gewalt sind die Voraussetzungen für eine Annahme der Nötigung im Sinne von <ref-law> erfüllt.
Vom Opfer wird nämlich nicht ein "Widerstand" verlangt, der über eine mögliche und zumutbare Abwehr hinausgehen würde. Erforderlich ist eine ausweglose Situation, sodass dem Opfer eine Widersetzung unter solchen Umständen nicht zuzumuten ist, dass es ausser Stande gesetzt wird, sich zu widersetzen. Sein Nachgeben muss unter den konkreten Umständen verständlich erscheinen.
Bereits im früheren Recht war Vergewaltigung anzunehmen, wenn die Frau unter dem Druck des ausgeübten Zwangs zum Voraus auf Widerstand verzichtet oder ihn nach anfänglicher Abwehr aufgegeben hat. Das neue Recht stellt keine strengeren Anforderungen (<ref-ruling>, E. 3c, S. 130).
Es versteht sich von selbst, dass diese Überlegungen nicht nur bezüglich C.I._, sondern für jede Frau in der gleichen Situation Gültigkeit haben.
9.- Erfüllt ist entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers auch der subjektive Tatbestand. Wer eine nach stundenlanger Gewaltanwendung erschöpfte und weinende Frau als Strassenhure betitelt, ihr die Kleider vom Leib reisst und sich nicht nur verbal, sondern auch tatsächlich holt, was ihm angeblich zusteht, und wer sich damit auch über den ausdrücklichen Willen gegen den Geschlechtsverkehr hinwegsetzt, kann nicht allen Ernstes behaupten, er habe die ausweglose Situation des Opfers nicht erkannt.
10.- Damit ist die Nichtigkeitsbeschwerde abzuweisen.
III. Kosten und aufschiebende Wirkung
11.- Gemäss Art. 156 Abs. 1 OG und Art. 278 Abs. 1 BStP sind die Kosten dem Beschwerdeführer zu überbinden.
12.- Mit dem Entscheid in der Sache werden die beiden Gesuche um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 4'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
--------- Lausanne, 10. April 2001
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: