Sachverhalt:
A. X._ war am Nachmittag des 15. Februar 2009 am Steuer eines Personenwagens zwischen Bad Ragaz und Pfäfers mit rund 30 km/h unterwegs. In einer Rechtskurve bremste er auf der schneebedeckten und vereisten Fahrbahn leicht ab. Dabei schlitterte er auf die Gegenfahrbahn, wo er mit einem entgegenkommenden Personenwagen kollidierte.
Der über einen deutschen Führerausweis verfügende X._ wurde vom Untersuchungsamt Uznach am 7. April 2009 wegen Verletzung von Verkehrsregeln im Sinn von <ref-law> i.V.m. <ref-law> und Art. 4 Abs. 1 VRV mit Fr. 700.-- gebüsst.
B. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen eröffnete am 1. Mai 2009 ein Administrativverfahren gegen X._ und entzog ihm am 23. Juni 2009 den Führerausweis für einen Monat. Nachdem das Verwaltungsgericht diesen Entscheid am 16. Dezember 2010 aufgehoben hatte, verwarnte das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt X._ am 4. April 2011.
Die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen wies den Rekurs von X._ gegen diese Verwarnung am 15. August 2011 ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen wies die Beschwerde von X._ gegen diesen Rekursentscheid am 15. Dezember 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und von einer Verwarnung abzusehen.
D. Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Denselben Antrag stellt das Bundesamt für Strassen (ASTRA).
X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über eine Administrativmassnahme im Strassenverkehr. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, die Durchführung eines Straf- und eines Administrativverfahrens verletze den Grundsatz "ne bis in idem". Mangels einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage sei es unzulässig, einen über einen ausländischen Führerausweis verfügenden Automobilisten zu verwarnen. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt sehe zudem in langjähriger Praxis davon ab, Ausländer mit ausländischem Führerausweis zu verwarnen, womit es mit dem Rechtsgleichheitsgebot nicht zu vereinbaren sei, diese Massnahme gegen ihn als Schweizer mit ausländischem Führerausweis zu verhängen. Die Angelegenheit sei im Übrigen ohnehin verjährt, sodass der angefochtene Entscheid bereits aus diesem Grund aufgehoben werden müsse.
2.1 Der in der Replik vorgebrachte Einwand, die Sache sei nach <ref-law> verjährt, da seit dem Unfall vom 15. Februar 2009 mehr als drei Jahre vergangen seien, geht schon deswegen fehl, weil die strafrechtlichen Verjährungsfristen auf das hier zur Diskussion stehende Verwaltungsverfahren von vornherein nicht anwendbar sind. Der Beschwerdeführer übersieht zudem, dass die Verjährung nach der erstinstanzlichen Bussenverfügung vom 7. April 2009 ohnehin nicht mehr hätte eintreten können (Art. 97 Abs. 3 i.V.m. 104 StGB).
2.2 Der Beschwerdeführer macht unter Berufung auf S. 17 des Geschäftsberichts 2010 des Bundesgerichts geltend, es sei mit Art. 4 Ziff. 1 des Protokolls Nr. 7 zur EMRK (SR 0.101.07) nicht vereinbar, gegen ihn wegen des gleichen Vorfalls sowohl eine straf- als auch eine administrativrechtliche Sanktion zu verhängen.
Das Bundesgericht hat die Trennung des Straf- vom Verwaltungsverfahren in ständiger Praxis geschützt, auch wenn dies unter dem Gesichtspunkt des auch völkerrechtlich verankerten Grundsatzes "ne bis in idem" kontrovers diskutiert werden kann, weil der Betroffene regelmässig sowohl die strafrechtliche als auch die administrative Sanktion als Strafe wahrnimmt und sich "doppelt bestraft" vorkommen mag. Das Bundesgericht hat den Gesetzgeber im erwähnten Geschäftsbericht auf diese Problematik hingewiesen. In <ref-ruling> E. 2 ist es nun allerdings aufgrund einer vertieften Auseinandersetzung mit der Lehre und der Praxis der Organe der Menschenrechtskonvention - insbesondere mit dem Fall Zolotukhin gegen Russland, Urteil des Gerichtshofs für Menschenrechte vom 10. Februar 2009 - zum Ergebnis gekommen, dass der Grundsatz "ne bis in idem" durch die Kumulierung von straf- und verwaltungsrechtlicher Sanktion jedenfalls bei Verkehrsregelverletzungen nicht verletzt wird. Die Rüge ist unbegründet.
2.3 Ausländische Führerausweise können nach den gleichen Bestimmungen aberkannt werden, die für den Entzug des schweizerischen Führerausweises gelten (Art. 45 Abs. 1 Satz 1 der Verkehrszulassungsverordnung, VZV, SR 741.51). Bei diesen Bestimmungen handelt es sich um die <ref-law>, die selbstredend nicht nur den Führerausweisentzug als solchen, sondern auch den Verzicht auf eine Massnahme und die Verwarnung als Vorstufen dazu regeln (Art. 16 Abs. 2, Art. 16a Abs. 3 und 4 SVG). Die Auslegung von <ref-law> ergibt damit keineswegs, dass ein Besitzer eines ausländischen Führerausweises nicht verwarnt werden könnte. Es kann auf die Ausführungen des Verwaltungsgerichts im angefochtenen Entscheid (S. 8 ff.) verwiesen werden. Es ist auch nicht ersichtlich, dass dies völkerrechtlich unzulässig wäre, wie der Beschwerdeführer behauptet. Wenn ein Vertragsstaat nach Art. 42 Abs. 1 des Übereinkommens über den Strassenverkehr (SR 0.741.0) dem Inhaber eines ausländischen Führerausweises nach einer Verkehrsregelverletzung das Recht aberkennen kann, diesen auf seinem Hoheitsgebiet zu verwenden, so ist schlechterdings nicht einzusehen, weshalb er es in einem leichten Fall nicht mit einer Verwarnung soll bewenden lassen können. Die Rüge ist unbegründet.
2.4 Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt hat in seinem Amtsbericht vom 11. Juli 2011 zuhanden der Verwaltungsrekurskommission ausgeführt, <ref-law> würde auch auf ausländische Lenker angewendet. "Aus Gründen der Praktikabilität und der Verhältnismässigkeit" kämen entsprechende Massnahmen allerdings nur bei Lenkern in Betracht, die z.B. durch häufige berufliche Fahrten in der Schweiz einen Bezug zur Schweiz hätten. Bei Durchreisenden oder Touristen würde dagegen regelmässig auf das Verfügen von Verwarnungen verzichtet. Da das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt bei Verwarnungsfällen grundsätzlich nie abkläre, ob ein solcher Bezug zur Schweiz vorliege, sei es willkürlich und mit der Rechtsgleichheit nicht zu vereinbaren, ihm gegenüber eine Verwarnung auszusprechen, nur weil er Schweizer Bürger sei.
Das Verwaltungsgericht hat die Praxis des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts, bei (leichten) Verkehrsregelverletzungen von Lenkern mit ausländischen Führerausweisen aus Gründen der Opportunität von administrativen Sanktionen abzusehen, zu Recht für unzulässig erklärt (angefochtener Entscheid E. 4.3 S. 11 f.). Es ist daher davon auszugehen, dass das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt in Zukunft davon absehen wird, fehlbare Lenker mit ausländischen Ausweisen aus Opportunitätsgründen in problematischer Weise rechtsungleich zu behandeln. Damit brauchte das Obergericht entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keine weiteren tatsächlichen Abklärungen zur genauen Handhabung dieser nunmehr überholten Praxis zu machen.
Aus dem Grundsatz von Treu und Glauben bzw. dem Verbot widersprüchlichen Verhaltens (<ref-law>) ergibt sich unter diesen Umständen kein Anlass, die neue, gesetzeskonforme Praxis nicht bereits auf den Fall des Beschwerdeführers anzuwenden, die von der Rechtsprechung entwickelten Voraussetzungen für ein solches Vorgehen (<ref-ruling> E. 2.5.1; <ref-ruling> E. 6.1 S. 636; <ref-ruling> E. 4.1) sind nicht ansatzweise erfüllt.
3. Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer dessen Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi