<ref-law> (Strafverfahren), hat sich ergeben:
A.- Das Bezirksgericht Zürich verurteilte am 20. März 1998 L.S._, den Sohn von S.S._, hauptsächlich wegen des Verkaufs von mehreren Kilo Heroin, zu 7 1/2 Jahren Zuchthaus und 12 Jahren Landesverweisung. Am 1. Juli 1998 beschloss es:
"1. Der mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich
vom 26. Februar 1996 bzw. 21. März 1996 bei der
Bank X._ auf dem Konto Nr. ...., lautend
auf S.S._, gesperrte und gemäss Verfügung
der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 10. Januar
1997 eingezogene und bei der Kasse des Bezirksgerichts
liegende Betrag von Fr. 65'000.-- samt
Zinsen wird definitiv eingezogen und nach Eintritt
der Rechtskraft des Urteils gegen
L.S._ vom 20. März 1998 sowie des vorliegenden
Entscheides zur Deckung der dem Angeklagten
L.S._ auferlegten Verfahrens- und
Strafvollzugskosten herangezogen.
2. Ein nach Deckung der Verfahrens- und Strafvollzugskosten
allfällig verbleibender Mehrbetrag
wird dem Angeklagten L.S._ herausgegeben.
(..)"
Zur Begründung führte es an, es sei erstellt, dass die auf diesem Konto eingezogenen Gelder dem Vermögen von L.S._ zuzurechnen seien. Einer Einziehung nach § 83 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO) bzw. <ref-law> zur Deckung der Prozess- und allfälligen Vollzugskosten stehe daher nichts im Wege, gleichgültig darum, ob die Gelder aus Drogen- oder allenfalls legalen Geschäften stammten.
Auf Rekurs von S.S._ hin beschloss das Obergericht des Kantons Zürich am 11. Mai 1999:
"1. Der mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Zürich
vom 26. Februar 1996 bzw. 21. März 1996 bei der
Bank X._ auf dem Konto Nr. ...., lautend
auf S.S._, gesperrte und gemäss Verfügung
der Bezirksanwaltschaft Zürich vom 10. Januar
1997 eingezogene und bei der Kasse des Bezirksgerichts
liegende Betrag von Fr. 65'000.-- samt
Zinsen wird im Umfang von Fr. 23'000.-- samt
Zinsen an den Drittansprecher S.S._
herausgegeben und im Umfang von Fr. 42'000.-- samt Zinsen eingezogen.
(..)"
Es erwog (Urteil vom 11. Mai 1999 S. 78 ff.), die Beschlagnahme und die nachfolgende Einziehung und Verwertung nach § 83 in Verbindung mit <ref-law> falle nur für Vermögensgegenstände des Angeklagten in Betracht; eine mögliche wirtschaftliche Berechtigung an Vermögensgegenständen eines Dritten genüge nicht. Der obligatorische Anspruch auf Rückzahlung der auf dem Konto geäufneten Gelder stehe unbestrittenermassen S.S._ als Kontoinhaber zu. Diese könnten daher nicht als Vermögen von L.S._ betrachtet werden, auch wenn dieser über eine Vollmacht für das Konto verfügt habe. Eine Einziehung nach § 83 in Verbindung mit <ref-law> falle daher ausser Betracht. Hingegen sei eine Einziehung nach <ref-law> zulässig, falls die geäufneten Gelder durch eine strafbare Handlung erlangt worden seien. Es kam in der Folge zum Schluss, für Gelder im Betrag von Fr. 23'000.-- könne nicht mit der erforderlichen Bestimmtheit widerlegt werden, dass sie tatsächlich (legal erworbene) eigene Vermögenswerte von S.S._ darstellten.
Für die über diesen Betrag hinaus auf dem fraglichen Konto liegenden Gelder könnten dagegen keine substanziellen Zweifel daran bestehen, dass sie aus dem von L.S._ betriebenen Drogenhandel stammten, weshalb sie einzuziehen seien.
B.- S.S._ focht diesen Entscheid mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht des Kantons Zürich an, wobei er unter anderem geltend machte, das Obergericht habe ihm den Beweis dafür auferlegt, dass die beschlagnahmten Gelder von ihm stammten, obwohl es an der Staatsanwaltschaft gewesen wäre, den Nachweis zu erbringen, dass es sich dabei um Drogenerlös handle. Damit habe das Obergericht die Beweisregeln verletzt und seine Parteirechte im Sinne von <ref-law> wesentlich beeinträchtigt.
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies die Nichtigkeitsbeschwerde S.S._s gegen den obergerichtlichen Entscheid am 30. September 2000 ab. Auf die Rüge, das Obergericht habe ihm zu Unrecht die Beweislast auferlegt, trat es nicht ein mit der Begründung, die Beweislastverteilung sei im Rahmen von <ref-law> ausdrücklich geregelt und somit eine Frage des materiellen Bundesrechts, welche mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Bundesgericht, aber nicht mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde gerügt werden könne.
Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 9. November 2000 wegen Verletzung von <ref-law> beantragt S.S._, den Entscheid des Kassationsgerichts aufzuheben.
C.- Staatsanwaltschaft und Kassationsgericht verzichten auf Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Beim angefochtenen Urteil des Kassationsgerichts handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 OG). Der Beschwerdeführer ist durch die Einziehung der auf seinem Konto liegenden Gelder in seinen rechtlich geschützten Interessen berührt (Art. 88 OG), weshalb er befugt ist, die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten geltend zu machen. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.- a) Das Kassationsgericht ist auf die vom Beschwerdeführer erhobene Rüge, das Obergericht habe die verfassungsrechtliche Beweislastregelung verletzt und dadurch seine Parteirechte wesentlich beeinträchtigt, nicht eingetreten.
Allerdings bringt es dies im Dispositiv, welches auf Abweisung der Beschwerde lautet, versehentlich nicht zum Ausdruck. Das ändert indessen nichts daran, dass es die Rüge nicht prüfte. Es ist daher im Folgenden zu prüfen, ob es dadurch eine formelle Rechtsverweigerung begangen hat, wie der Beschwerdeführer sinngemäss geltend macht. Seiner in diesem Zusammenhang erhobenen Rüge, das Kassationsgericht sei wegen einer willkürlichen Auslegung von <ref-law> auf seine Rüge nicht eingetreten, kommt keine selbständige Bedeutung zu, da das Bundesgericht frei prüft, ob eine formelle Rechtsverweigerung vorliegt (<ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2b/aa; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a).
b) Nach <ref-law> ist die Nichtigkeitsbeschwerde ans Kassationsgericht zulässig "wegen Verletzung gesetzlicher Prozessformen zum Nachteil des Nichtigkeitsklägers, insbesondere (..) wesentliche Beeinträchtigung der Parteirechte (..)".
Entgegen der Auffassung des Kassationsgerichts ist die Beweislastverteilung bei der Einziehung von Vermögenswerten nach <ref-law> keineswegs eine Frage des materiellen Bundesrechts, die es nicht prüfen dürfte (§§ 430 i.V.m. 430b StPO e contrario). Der Bundesgesetzgeber hat zwar in <ref-law> die Beweislastverteilung für einen (hier nicht zur Diskussion stehenden) Spezialfall - die Einziehung von Vermögenswerten, die der Verfügungsmacht einer kriminellen Organisation im Sinne von <ref-law> unterliegen - abweichend vom allgemeinen Grundsatz geregelt und statuiert, dass bei Vermögenswerten einer Person, die sich an einer kriminellen Organisation beteiligt oder sie unterstützt hat, die Verfügungsmacht der kriminellen Organisation bis zum Beweis des Gegenteils vermutet wird. Damit hat er aber offensichtlich keine erschöpfende Regelung der Beweislastverteilung bei der Einziehung getroffen. Aus dem Umstand, dass der eidgenössische Gesetzgeber die Beweislast in diesem speziellen Fall, in dem er es zur Durchsetzung des materiellen Strafrechts für unabdingbar hielt, abweichend von der allgemein geltenden verfassungsrechtlichen Regelung verteilte, lässt sich nicht ableiten, die Frage der Beweislastregelung bei der Einziehung von Vermögenswerten sei durchwegs eine Frage des materiellen Bundesstrafrechts.
c) Damit erweist sich der einzige Grund, den das Kassationsgericht für sein Nichteintreten auf die vom Beschwerdeführer erhobene Rüge, das Obergericht habe die verfassungsrechtliche Beweislastregelung verletzt und dadurch seine Parteirechte wesentlich beeinträchtigt, anführt, als nicht stichhaltig. Andere Gründe für diesen Nichteintretensentscheid sind nicht ersichtlich. Das Kassationsgericht hat daher eine formelle Rechtsverweigerung begangen, die Rüge ist begründet.
3.- Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und der angefochtene Entscheid, soweit er den Beschwerdeführer belastet, aufzuheben, ohne dass die weiteren Rügen zu prüfen wären.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG). Hingegen hat der Kanton Zürich dem obsiegenden Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Zürcher Kassationsgerichts vom 30. September 2000 aufgehoben, soweit er die Nichtigkeitsbeschwerde von S.S._ abwies, bzw. darauf nicht eintrat.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 26. Januar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: