A.- A._ est propriétaire de la parcelle n° XXX du cadastre de V._; ce bien-fonds, classé en 4ème zone B protégée au sens des art. 19 al. 2 let. b et 28 de la loi genevoise d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987, supporte deux bâtiments, soit le bâtiments X._ et Y._.
Le 13 juin 1996, le bureau d'architectes B._, C._, D._ et E._, à Genève (ci-après: le bureau d'architectes B._ et consorts ou les mandataires du constructeur), a déposé, pour le compte du propriétaire, deux demandes définitives en autorisation de construire, la première visant à transformer le bâtiment X._ et à aménager un parking de six places, la seconde tendant à démolir et à reconstruire le bâtiment Y._, pour y créer cinq logements. Selon les demandes, les fenêtres des deux bâtiments devaient être dotées de menuiseries en bois à l'instar de celles qui étaient déjà en place.
B.- Le 25 septembre 1996, le Département des travaux publics et de l'énergie du canton de Genève, devenu par la suite le Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: le Département), a accordé à A._ l'autorisation de construire relative au bâtiment X._. Cette autorisation était notamment subordonnée, sous chiffre 4, à la condition que le propriétaire soumette les détails d'exécution ainsi que le choix des matériaux et des teintes à l'approbation du Service des monuments et des sites, avant commande. Elle était également assortie, sous chiffre 6, de la condition suivant laquelle le propriétaire devait choisir en temps utile, d'entente avec le Service cantonal des monuments et des sites, une des deux variantes préconisées par le bureau F._ SA dans sa lettre du 9 août 1996, concernant les mesures à prendre pour pallier aux nuisances de la route Z._. La variante 1, "ventilation naturelle", consistait en la pose d'écrans acoustiques en verre transparent devant les fenêtres qui devaient être munies de doubles vitrages et de menuiseries possédant un coefficient R'w supérieur ou égal à 35 dB. La variante 2, "ventilation mécanique", envisageait la pose d'aérateurs avec isolation phonique dans les chambres exposées au bruit et de fenêtres fixes à doubles joints, dotées de doubles vitrages et de menuiseries possédant un coefficient R'w supérieur ou égal à 42 dB.
Le 14 janvier 1997, le Département a délivré l'autorisation de construire relative au bâtiment Y._; selon le chiffre 5 de celle-là, le propriétaire devait soumettre au Service des monuments et des sites le choix des matériaux et des teintes.
Faisant suite à une réunion de chantier tenue le 10 novembre 1997, le Service des monuments et des sites a exigé, le 12 novembre 1997, que les nouvelles fenêtres soient réalisées en bois dans la mesure où la réparation des châssis existants se révélait impossible. Le 18 novembre 1997, les mandataires du constructeur ont répondu qu'ils avaient choisi de remplacer les vitrages existants par des vitrages en bois-métal isolés, en cours de fabrication.
C.- Par lettre recommandée du 26 novembre 1997, le Département a ordonné au bureau d'architectes B._ et consorts de se conformer aux autorisations de construire et de présenter les règles des fenêtres au Service des monuments et des sites, en rappelant qu'elles devaient être exécutées en bois.
Agissant pour le compte de A._, le bureau d'architectes B._ et consorts a saisi, le 22 décembre 1997, la Commission cantonale de recours instituée par la loi sur les constructions et installations diverses (ci-après: la Commission de recours), d'un recours contre cette décision en faisant valoir que le choix des fenêtres en bois-métal à doubles joints avec des verres isolants appropriés avait été retenu d'entente avec le Service cantonal de l'habitabilité et l'Office cantonal financier du logement.
Constatant que les mandataires du constructeur avaient passé outre aux directives énoncées en posant des fenêtres en bois-métal, le Département leur a imparti, le 30 janvier 1998, un délai de soixante jours pour remplacer les fenêtres litigieuses par des fenêtres conformes aux exigences du Service des monuments et des sites et leur a infligé une amende administrative de 5'000 fr.
D.- Statuant le 22 mai 1998, la Commission de recours a déclaré irrecevable le recours formé contre la décision du Département du 26 novembre 1997 au motif que celle-ci était une décision d'exécution des autorisations de construire délivrées les 25 novembre 1996 et 14 janvier 1997, non sujette à recours.
Le 25 juin 1998, A._ et le bureau d'architectes B._ et consorts ont recouru contre cette décision au Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif ou la cour cantonale) en concluant notamment à l'annulation de la décision attaquée et du prononcé d'amende du 30 janvier 1998. A titre de moyens de preuve, ils sollicitaient une inspection locale et l'audition de trois témoins.
Par arrêt du 11 avril 2000, le Tribunal administratif a rejeté le recours en tant qu'il était recevable. Il a considéré en substance que la lettre du Département du 26 novembre 1997 était une pure mesure d'exécution, au sens de l'art. 59 let. b de la loi genevoise sur la procédure administrative, du 12 septembre 1985 (LPA gen.), qui n'imposait aucune obligation nouvelle au constructeur et n'était pas susceptible d'un recours. Il a également retenu que la décision du Département du 30 janvier 1998 infligeant une amende administrative aux membres du bureau d'architectes B._ et consorts était entrée en force et ne pouvait plus faire l'objet d'un recours. Il a au surplus estimé que le recours aurait de toute manière dû être rejeté sur ce point quant au fond, s'il avait été recevable.
E.- Agissant par la voie du recours de droit public pour violation de l'art. 9 Cst. , A._ ainsi que B._, C._, D._ et E._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils reprochent à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire en considérant la lettre du Département du 26 novembre 1997 non pas comme une décision au sens de l'art. 4 LPA gen. susceptible d'être déférée auprès du Tribunal administratif, mais comme une mesure d'exécution non sujette à recours. Ils voient également une violation de leur droit d'être entendus dans le refus d'ordonner une inspection locale et l'audition de témoins déterminants.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Département conclut au rejet du recours. La Commission de recours n'a pas déposé d'observations.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 83 et les arrêts cités).
a) En tant que partie à la procédure de recours de dernière instance, A._ est personnellement touché par l'arrêt litigieux qui déclare son recours irrecevable faute de décision attaquable. Il a qualité pour recourir, au regard de l'art. 88 OJ, indépendamment de sa vocation pour agir au fond (<ref-ruling> consid. 1 p. 173 et les arrêts cités). On peut se demander si les membres du bureau d'architectes B._ et consorts peuvent aussi se prévaloir d'un intérêt juridiquement protégé à contester l'arrêt attaqué dans la mesure où l'autorité intimée a laissé ouverte leur qualité de parties à la procédure cantonale (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 21 et les arrêts cités). La qualité pour agir étant de toute façon donnée pour l'un des recourants, cette question peut demeurer indécise.
b) L'objet du litige consiste exclusivement dans l'arrêt du Tribunal administratif du 11 avril 2000 en tant qu'il confirme l'irrecevabilité du recours interjeté auprès de la Commission de recours contre la décision du Département du 26 novembre 1997. En pareil cas, le recourant ne peut s'en prendre qu'aux motifs ayant conduit l'autorité à constater l'irrecevabilité du pourvoi et n'est pas habilité à invoquer des griefs de fond; de même, il ne peut se plaindre du rejet de ses moyens de preuve fondée sur une appréciation anticipée des preuves, car l'examen de cette question ne se laisse pas distinguer du fond (<ref-ruling> consid. 1b p. 255; <ref-ruling> consid. 2a p. 159, 220 consid. 2a p. 221/222, 227 consid. 1 p. 230 et les arrêts cités). Le recours est par conséquent irrecevable en tant qu'il dénonce une prétendue violation du droit d'être entendu tirée du fait que la cour cantonale aurait refusé d'administrer les moyens de preuve requis (RDAT 1999 I n° 11 p. 40 consid. 2c p. 43 et les arrêts cités; cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 502).
Saisi d'un recours pour déni de justice formel, le Tribunal fédéral examine librement si les garanties consacrées par le droit constitutionnel fédéral ont été respectées; il vérifie en revanche sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation et l'application du droit cantonal de procédure (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 170; <ref-ruling> consid. 3a p. 223; <ref-ruling> consid. 1d p. 79).
2.- a) Nul ne conteste que les autorisations de construire des 25 septembre 1996 et 14 janvier 1997 sont entrées en force et exécutoires faute pour les recourants de les avoir contestées en temps utile (cf. Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 1991, p. 214; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4e éd. Bâle 1991, p. 248).
Une décision qui se fonde sur une précédente décision entrée en force ne peut pas être attaquée lorsqu'elle ne comporte pas de droits ou d'obligations autres que ceux qui sont déjà contenus dans la décision de base et qu'elle ne modifie pas la situation juridique de son destinataire (cf. <ref-ruling> consid. 3c/cc p. 499; <ref-ruling> consid. 2b p. 212; <ref-ruling> consid. 1a p. 333/334; ZBl 101/2000 p. 30 consid. 2b p. 31 et les références citées).
La question litigieuse est donc essentiellement celle de savoir si la lettre du Département du 26 novembre 1997 ordonnant au bureau d'architectes B._ et consorts de présenter les règles des fenêtres au Service des monuments et des sites, en rappelant que celles-ci devaient être exécutées en bois, constitue une mesure d'exécution des autorisations de construire entrées en force non sujette à recours, comme le soutient le Tribunal administratif, ou s'il s'agit d'une décision "ayant pour effet de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations" au sens de l'art. 4 al. 1 let. a LPA gen. La réponse à cette question dépend du point de savoir si ces autorisations contraignaient déjà leur bénéficiaire de poser des fenêtres en bois ou s'il s'agit d'une obligation nouvelle susceptible d'être contestée devant l'autorité de recours.
b) L'autorisation de construire relative au bâtiment X._ Suisse délivrée le 25 septembre 1996 était notamment subordonnée, sous chiffre 4, à la condition que le propriétaire soumette les détails d'exécution ainsi que le choix des matériaux et des teintes à l'approbation du Service des monuments et des sites avant commande. Elle était également assortie, sous chiffre 6, de la condition suivant laquelle le propriétaire devait choisir en temps utile, d'entente avec le Service cantonal des monuments et des sites, une des deux variantes préconisées par le bureau F._ SA dans sa lettre du 9 août 1996, concernant les mesures à prendre pour pallier aux nuisances de la route Z._.
La première condition se limite à exiger du propriétaire qu'il soumette les détails d'exécution ainsi que le choix des matériaux et des teintes au Service des monuments et des sites, avant commande; on ne saurait déduire de cette clause que les fenêtres du bâtiment devaient impérativement être réalisées en bois; elle laisse au contraire une certaine liberté d'appréciation au constructeur quant au choix des matériaux et des teintes et suppose une décision ultérieure du service concerné contre laquelle un recours doit être possible, si celle-ci devait ne pas recueillir l'assentiment du propriétaire. En effet, on ne saurait exiger de ce dernier qu'il conteste par avance la légalité de cette clause. Le fait que les recourants auraient passé outre en commandant des fenêtres en bois-métal avant d'avoir obtenu l'aval du Service des monuments et des sites ne change rien à la nature de la décision et, partant, à la possibilité de l'attaquer.
L'obligation de poser des fenêtres en bois ne résulte pas plus de la condition assortie au chiffre 6 de l'autorisation de construire du 26 septembre 1996, laquelle se borne à obliger le propriétaire de choisir, d'entente avec le Service des monuments et des sites, l'une des deux variantes préconisées par le bureau d'acousticiens dans son rapport du 9 août 1996. Or, ces variantes définissent des moyens de ventilation et de protection contre le bruit (pose d'écrans acoustiques ou d'aérateurs avec isolation phonique dans les chambres exposées au bruit) et préconisent des fenêtres fixes munies de doubles vitrages et de menuiseries possédant un haut coefficient R'w, sans préciser le matériau dans lequel les fenêtres doivent être réalisées.
L'autorisation de construire délivrée le 14 janvier 1997 en relation avec le bâtiment Y._ réserve également l'accord préalable du Service des monuments et des sites, s'agissant du choix des matériaux et des teintes.
Pour les raisons évoquées ci-dessus, le Tribunal administratif ne pouvait déduire de cette clause l'obligation pour le propriétaire ou pour ses mandataires de réaliser des fenêtres en bois. On ne saurait tirer cette conséquence de la "lettre des mandataires du 15 novembre 1996 relative aux mesures prises afin de prémunir les pièces habitables côté route Z._ contre le bruit" à laquelle se réfère le permis de construire; ce document se borne à rappeler l'engagement pris par le bureau d'architectes B._ et consorts de prendre les mesures adéquates de lutte contre le bruit en se référant au rapport du bureau F._ SA du 9 août 1996. Or, comme cela a été rappelé plus haut, le rapport des ingénieurs acousticiens n'indique pas la matière dans laquelle les fenêtres doivent être construites.
c) En indiquant que celles-ci doivent être exécutées en bois, la décision du Département du 26 novembre 1997 ne se limite dès lors pas à rappeler ou à préciser les exigences, les termes et les conditions auxquels le bureau d'architectes B._ et consorts devait se conformer pour respecter les autorisations de construire des 25 septembre 1996 et 14 janvier 1997, comme l'a retenu l'autorité intimée. Elle impose au contraire une nouvelle obligation au constructeur, que celui-ci devait être habilité à contester par le biais d'un recours. En lui déniant cette possibilité, la Commission de recours, puis le Tribunal administratif ont commis un déni de justice formel prohibé par les art. 4 aCst. et 29 al. 1 Cst.
3.- Le recours doit par conséquent être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt attaqué être annulé.
Conformément à l'art. 156 al. 2 OJ, aucun émolument judiciaire ne sera mis à la charge de l'Etat de Genève; ce dernier versera en revanche une indemnité de dépens aux recourants, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un homme de loi (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Admet le recours dans la mesure où il est recevable.
2. Annule l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 11 avril 2000.
3. Dit qu'il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
4. Dit que l'Etat de Genève versera aux recourants, pris solidairement, une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
5. Communique le présent arrêt en copie au mandataire des recourants, au Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement, à la Commission de recours instituée par loi sur les constructions et installations diverses ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Genève.
_
Lausanne, le 15 août 2000 PMN
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,