Faits:
A. T._ SA est propriétaire de dix parcelles de vigne, d'une surface totale de 56'903 m2, situées sur le territoire de trois communes, dont celle de B._. Ces terres sont affermées à la société anonyme Y._ pour une période de douze ans, du 1er novembre 2001 au 31 octobre 2013.
Y._ SA s'est portée acquéresse desdits immeubles pour le prix de 1'422'575 fr. N'étant pas exploitante à titre personnel, elle a fait publier, le 3 octobre 2003, un appel d'offres public pour un prix égal ou supérieur au montant précité.
Le 16 octobre suivant, X._, viticulteur à B._, a déposé une offre d'achat de 1'425'000 fr. La municipalité de B._, qui souhaitait voir les vignerons de la commune acquérir du terrain, l'avait sollicité pour qu'il fasse cette offre et lui avait accordé, dans ce cadre, un prêt de 1'550'000 fr. Le 26 avril 2004, le viticulteur a fait, avec l'accord de la municipalité, un appel de souscription pour l'achat des vignes auprès des vignerons de B._.
B. Le 14 juillet 2004, la Commission foncière rurale a octroyé à Y._ SA l'autorisation d'acquérir, considérant que les conditions de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR étaient remplies dès lors qu'aucun exploitant à titre personnel n'avait formulé d'offre dans le délai imparti; elle a considéré que l'offre de X._ ne pouvait être prise en considération, car celui-là avait agi comme prête-nom pour la commune de B._, qui n'était elle-même pas exploitante à titre personnel.
Statuant le 16 décembre 2005 sur le recours de X._, le Tribunal administratif du canton de Vaud a confirmé cette décision.
C. X._ interjette un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants; il demande subsidiairement que son offre soit acceptée, le cas échéant aux conditions fixées à dire de justice, et que l'autorisation d'acquérir de Y._ SA soit rejetée.
Y._ SA propose le rejet du recours et la confirmation de l'arrêt attaqué.
L'Office fédéral de la justice, auquel le recours a été communiqué pour observations (<ref-law>; RS 211.412.110), conclut à l'admission du recours, pour autant qu'il soit recevable, et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 573 et les arrêts cités).
1.1 Selon les art. 97 et 98 let. g OJ, en relation avec l'<ref-law>, la voie du recours de droit administratif est ouverte contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance qui sont fondées sur le droit fédéral - ou auraient dû l'être -, pour autant qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ, ou dans la législation spéciale, ne soit réalisée. Tel est le cas en l'espèce. L'<ref-law> prévoit d'ailleurs expressément cette voie de droit contre les décisions sur recours prises par les autorités cantonales de dernière instance au sens des art. 88 al. 1 et 90 let. f LDFR. Déposé en temps utile, le présent recours est aussi recevable au regard de l'art. 106 al. 1 OJ.
1.2 Aux termes de l'<ref-law>, les parties contractantes peuvent interjeter un recours devant l'autorité cantonale de recours (<ref-law>) contre le refus d'autorisation, l'autorité cantonale de surveillance, le fermier et les titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution, contre l'octroi de l'autorisation.
Selon la jurisprudence, l'<ref-law> ne contient pas, malgré sa formulation restrictive, une énumération exhaustive des personnes ayant qualité pour recourir contre l'octroi de l'autorisation. Il doit être interprété conformément à l'intention du législateur, lequel voulait avant tout assurer un droit de recours au fermier ainsi qu'aux titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution en les mentionnant expressément, tout en excluant du cercle des personnes ayant qualité pour recourir les voisins, les organisations de protection de la nature et de l'environnement ainsi que les organisations professionnelles comme les associations paysannes (<ref-ruling> consid. 1c p. 276).
L'exploitant à titre personnel qui a fait une offre à la suite de l'appel d'offres public publié en application de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR n'appartenant pas à ce cercle restreint, sa qualité pour recourir doit être admise.
1.3 Les conclusions subsidiaires du recourant tendant à ce que son offre soit acceptée sont irrecevables dans la présente procédure, dont l'objet est uniquement de décider si une autorisation peut être accordée à l'intimée. En effet, l'exploitant à titre personnel qui a fait une offre à la suite de l'appel d'offres public publié en application de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR n'a pas un droit à l'acquisition de l'entreprise ou de l'immeuble agricole (Bandli/Stalder, Commentaire de la loi fédérale sur le droit foncier rural du 4 octobre 1991, Brugg 1998 [ci-après: Commentaire LDFR], n. 37 ad <ref-law>); si les conditions de la disposition précitée ne sont pas remplies, l'autorité compétente ne peut que refuser au tiers l'autorisation d'acquérir.
2. Selon l'art. 104 let. a OJ, le recours de droit administratif au Tribunal fédéral peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral, qui englobe notamment les droits constitutionnels des citoyens. Comme il n'est pas lié par les motifs invoqués par les parties (cf. art. 114 al. 1 in fine OJ), il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer l'arrêt attaqué pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 318 et les références citées). Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 105 al. 2 OJ).
3. 3.1 Selon le Tribunal administratif, le recourant n'avait pas la volonté d'exploiter personnellement au sens des art. 64 et 9 LDFR. Il ressortait en effet des pièces du dossier que son offre résultait d'un montage économique et juridique mis sur pied par la municipalité de B._, initiatrice du projet, laquelle ne pouvait pas se porter elle-même acquéresse. La commune, qui devait gérer le prêt, supporter tous les frais, y compris ceux relatifs à l'acquisition du domaine et à sa redistribution, et conduire les opérations de répartition, assumait la gestion financière et administrative de toute l'opération. Elle détiendrait en outre tous les droits et obligations liés au contrat de bail à ferme, à savoir les devoirs et prérogatives d'un propriétaire et non d'un simple cessionnaire de loyers. Elle était donc en réalité l'auteure de l'offre - le recourant n'apparaissant que comme son intermédiaire - alors qu'elle n'avait pas la qualité d'exploitant à titre personnel. A cela s'ajoutait qu'au vu du but final de l'opération (redistribution des terres aux vignerons de la commune), le recourant ne travaillerait pas personnellement toutes les parcelles concernées, en sorte qu'il n'avait pas la volonté de s'engager de manière durable et effective à les exploiter à titre personnel.
L'autorité cantonale a enfin jugé qu'il ne lui appartenait pas d'examiner si la commune de B._, bien que non exploitante à titre personnel, aurait pu être autorisée à acquérir, dès lors qu'elle envisageait, à terme, de revendre à des exploitants à titre personnel. Elle devait se contenter de vérifier si l'acheteuse pouvait être mise au bénéfice de l'exception de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR et non choisir entre deux acquéreurs non exploitants.
3.2 Le recourant reproche à la cour cantonale de lui avoir dénié la qualité d'exploitant à titre personnel, motif pris qu'il ne travaillera pas personnellement toutes les parcelles, lesquelles seront en partie redistribuées à des viticulteurs de la commune; on ne saurait exiger de lui qu'il démontre d'emblée sa capacité à exploiter personnellement la totalité d'un domaine qui ne sera libre de bail que dans dix ans, au terme de la durée du fermage. Le recourant soutient par ailleurs que l'offre aurait dû prévoir la possibilité d'acquérir séparément chacun des immeubles du domaine, éventuellement sous la condition que la totalité de ceux-là trouvent acquéreurs. L'offre présentée, qui portait sur dix parcelles distinctes situées sur le territoire de trois communes différentes, était en effet de nature à paralyser considérablement, et contrairement au but et à l'esprit de la LDFR, une acquisition par de modestes exploitants à titre individuel. Enfin, le délai de quinze jours imparti pour présenter une offre serait, à son avis, trop bref vu le nombre de terres en jeu et l'importance du prix; le temps à disposition pour trouver d'éventuels partenaires également exploitants à titre individuel pour faire une offre commune en temps utile serait insuffisant.
3.2 Le recourant reproche à la cour cantonale de lui avoir dénié la qualité d'exploitant à titre personnel, motif pris qu'il ne travaillera pas personnellement toutes les parcelles, lesquelles seront en partie redistribuées à des viticulteurs de la commune; on ne saurait exiger de lui qu'il démontre d'emblée sa capacité à exploiter personnellement la totalité d'un domaine qui ne sera libre de bail que dans dix ans, au terme de la durée du fermage. Le recourant soutient par ailleurs que l'offre aurait dû prévoir la possibilité d'acquérir séparément chacun des immeubles du domaine, éventuellement sous la condition que la totalité de ceux-là trouvent acquéreurs. L'offre présentée, qui portait sur dix parcelles distinctes situées sur le territoire de trois communes différentes, était en effet de nature à paralyser considérablement, et contrairement au but et à l'esprit de la LDFR, une acquisition par de modestes exploitants à titre individuel. Enfin, le délai de quinze jours imparti pour présenter une offre serait, à son avis, trop bref vu le nombre de terres en jeu et l'importance du prix; le temps à disposition pour trouver d'éventuels partenaires également exploitants à titre individuel pour faire une offre commune en temps utile serait insuffisant.
3.3 3.3.1 Celui qui entend acquérir une entreprise ou un immeuble agricole doit obtenir une autorisation (<ref-law>), sous réserve des exceptions prévues par l'<ref-law>. Le but de l'assujettissement à autorisation est de garantir que le transfert de propriété corresponde aux objectifs du droit foncier rural, au premier rang desquels figure la concrétisation du principe de l'exploitation à titre personnel fondé sur la politique de la propriété (Beat Stalder, in Commentaire LDFR, remarques préalables aux art. 61-69 LDFR, n. 8 s.). L'autorisation doit ainsi, en principe, être refusée notamment lorsque l'acquéreur n'est pas exploitant à titre personnel (<ref-law>). Elle est néanmoins accordée si ce dernier prouve l'existence d'un juste motif au sens de l'<ref-law>. Tel est en particulier le cas lorsque, malgré une offre publique à un prix qui ne soit pas surfait (cf. <ref-law>), aucune demande n'a été faite par un exploitant à titre personnel (art. 64 al. 1 let. f LDFR).
L'exception de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR a pour but de sauvegarder, sous l'angle de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), les intérêts de l'agriculteur désireux de vendre, dont l'offre n'est suivie d'aucune demande de la part d'un exploitant à titre personnel (Bandli/Stalder, in Commentaire LDFR, n. 36 ad <ref-law>). Si, en procédure d'autorisation, le propriétaire qui veut vendre fournit la preuve qu'à la suite de la publication de l'appel d'offres, aucune offre ou seulement des offres insuffisantes ont été présentées par des exploitants à titre personnel, l'acquéreur qui n'est pas exploitant à titre personnel obtiendra l'autorisation d'acquérir, pour autant que le prix convenu ne soit pas surfait (art. 63 al. 1 let. b et <ref-law>; cf. Bandli/Stadler, in Commentaire LDFR, n. 38 ad <ref-law>). Dans le cas contraire, l'autorisation devra être refusée (supra consid. 1.3).
3.3.2 La loi ne règle pas le contenu de l'appel d'offres public. Il faut toutefois partir du principe que ce dernier doit préciser si l'aliénation porte sur des immeubles agricoles isolés (<ref-law>) ou sur des immeubles qui font partie d'une entreprise agricole (art. 7 et 8 LDFR). Cette distinction constitue en effet le fondement même du champ d'application du droit foncier rural (<ref-law>) et est déterminante pour la fixation du prix. Ce n'est en effet que dans l'hypothèse où est en jeu une entreprise agricole que l'on peut envisager une vente en bloc des parcelles à un prix global, qui ne devra, de surcroît, pas être surfait (<ref-law>).
3.3.3 En l'espèce, l'appel d'offres publié se contente d'indiquer que les parcelles litigieuses "ont trouvé un acquéreur qui n'est pas exploitant viticole, pour un montant de 1'422'575 fr." et que leur vente aura lieu en bloc. Dans ces conditions, une autorisation exceptionnelle au sens de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR ne pouvait, en l'état, être délivrée à l'intimée.
4. Cela étant, l'intimée, qui a conclu au rejet du recours, supportera les frais de la procédure (art. 156 al. 1 OJ) et versera des dépens au recourant, qui a procédé avec l'assistance d'un avocat (art. 159 al. 1 OJ). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'Office fédéral de la justice.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la requête d'autorisation d'acquérir est rejetée dans le sens des considérants.
2. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis à la charge de l'intimée.
3. L'intimée versera au recourant une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Tribunal administratif du canton de Vaud et au Département fédéral de justice et police.
Lausanne, le 28 avril 2006
Au nom de la IIe Cour civile
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière: