Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Bern sprach X._ am 12. Oktober 2004 in Bestätigung des Urteils des Kreisgerichts II Biel-Nidau vom 11. März 2004 der sexuellen Nötigung zum Nachteil von A._ schuldig. Es verurteilte ihn deswegen sowie unter Berücksichtigung der in Rechtskraft erwachsenen erstinstanzlichen Schuldsprüche wegen teilweise qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz zu 4 1⁄2 Jahren Zuchthaus.
Das Bundesgericht hob am 27. April 2005 dieses Urteil in teilweiser Gutheissung der von X._ eingereichten staatsrechtlichen Beschwerde auf und wies die Sache zur Beweisergänzung an das Obergericht des Kantons Bern zurück.
B. Nachdem das Strafverfahren betreffend sexuelle Nötigung von A._ eingestellt worden war, setzte das Obergericht des Kantons Bern am 15. Oktober 2008 gestützt auf die in Rechtskraft erwachsenen Schuldsprüche des Kreisgerichts II Biel-Nidau vom 11. März 2004 das Strafmass fest und verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 30 Monaten. Es rechnete ihm 242 Tage Untersuchungshaft und den vorzeitigen Strafantritt vom 2. Dezember 2003 bis 11. Mai 2005 an die Strafe an.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen, mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 15. Oktober 2008 sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer in ihrem ersten Urteil vom 12. Oktober 2004 zu 4 1⁄2 Jahren Zuchthaus verurteilt. Sie musste nach Wegfall des Schuldspruchs wegen sexueller Nötigung die Strafe neu bemessen. Sie hatte dabei auch zu prüfen, ob das in der Zwischenzeit in Kraft getretene neue Sanktionenrecht im konkreten Fall milder als das alte Recht sei.
1.1 Die Vorinstanz legt ihrer Strafzumessung die in Rechtskraft erwachsenen Schuldsprüche des Urteils des Kreisgerichts II Biel-Nidau vom 11. März 2004 zugrunde. Dieses verurteilte den Beschwerdeführer wegen teilweise qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz durch Verkauf und Gehilfenschaft zum Verkauf von Heroin, wegen Konsums einer unbestimmten Menge Heroingemisch und Cannabis, des Führens eines Personenwagens in angetrunkenem Zustand, des Überschreitens der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit innerorts sowie des fahrlässigen Überlassens eines Personenwagens an eine Person ohne gültigen Führerausweis.
1.2 Nach Auffassung der Vorinstanz ist das alte Recht anwendbar. Das neue Recht sei nicht milder, weil im konkreten Fall ein (teil)bedingter Strafvollzug ausgeschlossen sei (angefochtenes Urteil S. 20). Die auszusprechende Freiheitsstrafe von 30 Monaten übersteige den Bereich von 18 Monaten nach altem Recht bzw. 24 Monaten nach neuem Recht, in welchem der vollbedingte Vollzug der Freiheitsstrafe noch in Frage komme. Ein teilbedingter Strafvollzug nach neuem Recht falle ausser Betracht, da der Beschwerdeführer nach seiner Haftentlassung am 11. Mai 2005 erneut straffällig geworfen sei, indem er sich am 22. Januar 2007 einer groben Verkehrsregelverletzung durch Überschreiten der Höchstgeschwindigkeit innerorts um 42 km/h sowie der Nichtabgabe von Ausweisen und Kontrollschildern trotz behördlicher Aufforderung in der Zeit vom 3. bis 14. April 2007 strafbar gemacht habe. Er sei in einem Gebiet rückfällig geworden, in welchem er zahlreiche Vorstrafen aufweise. Gemäss dem Leumundsbericht würden zudem polizeiliche Ermittlungen gegen den Beschwerdeführer wegen Einschleichdiebstahls sowie Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz und das Betäubungsmittelgesetz laufen. Derzeit seien die persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers instabil. Während er bis im Mai 2008 noch arbeitstätig gewesen sei und in einer intakten Ehe gelebt habe, sei er heute stellenlos, beziehe Sozialhilfe, lebe von seiner Ehefrau getrennt und weise Verlustscheine im Betrag von Fr. 38'043.60 auf (angefochtenes Urteil S. 26 ff.).
1.3 Die Vorinstanz bejaht eine Verletzung des Beschleunigungsgebots, da zwischen dem 30. Januar 2006 und dem 13. August 2007, d.h. während 1 1⁄2 Jahren keine Untersuchungshandlungen mehr vorgenommen worden seien, obwohl diese gemäss dem Bundesgerichtsurteil präzise umschrieben und nicht umfangreich gewesen seien und eine gewisse zeitliche Dringlichkeit aufgrund des Zeitablaufs erkennbar gewesen sei. Die Verletzung wiege jedoch nicht besonders schwer, da von der Untersuchungsbehörde nicht verlangt werden könne, sich ständig um jede einzelne Angelegenheit zu kümmern. Die Vorinstanz trägt der Verletzung des Beschleunigungsgebots durch eine Reduktion des Strafmasses um 20% Rechnung (angefochtenes Urteil S. 21 ff.).
1.4 Bei der Strafzumessung geht die Vorinstanz von der in ihrem ersten Urteil vom 12. Oktober 2004 ausgefällten Freiheitsstrafe von 4 1⁄2 Jahren (54 Monaten) aus. Sie hält fest, dass bei der Bemessung der neuen Strafe von den teilweise qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz auszugehen ist und die übrigen Delikte nach dem Asperationsprinzip aufzurechnen sind. Sie führt unter Verweis auf ihre Praxis zu den Sexualdelikten aus, dass der nunmehr weggefallene Vorwurf des erzwungenen und erniedrigenden Analverkehrs alleine kaum eine Freiheitsstrafe von weniger als zwei Jahren nach sich gezogen hätte, da es sich um einen gewichtigen Vorwurf handle. Dies bedeute allerdings nicht, dass die ursprüngliche Strafe von 4 1⁄2 Jahren infolge Wegfalls der Anschuldigung der sexuellen Nötigung um 2 Jahre herabzusetzen sei. Denn bei der Festsetzung der Strafe von 4 1⁄2 Jahren sei von den teilweise qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz als schwerste Taten ausgegangen worden und seien die übrigen Straftaten, unter anderem die sexuelle Nötigung, nach dem Asperationsprinzip aufgerechnet worden. Ausgehend von einem "durchschnittlichen Asperationsanrechnungsfaktor" und unter Abzug einer Asperationsstrafe für die sexuelle Nötigung erachtet die Vorinstanz - unter zusätzlicher Berücksichtigung einer Reduktion von 20% wegen der Verletzung des Beschleunigungsgebots - ein Strafmass von 30 Monaten Freiheitsstrafe als angemessen (angefochtenes Urteil S. 24 ff.).
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, die ausgefällte Freiheitsstrafe von 30 Monaten sei zu hoch und verstosse gegen Bundesrecht. Die Vorinstanz habe eine nicht nachvollziehbare Abrechnung vorgenommen, die Schuldsprüche und den weggefallenen Vorwurf der sexuellen Nötigung unzutreffend gewichtet und der Verletzung des Beschleunigungsgebotes zu wenig Rechnung getragen. Der Beschwerdeführer geht davon aus, dass bei der im ersten Urteil des Obergerichts ausgefällten Freiheitsstrafe von 4 1⁄2 Jahren Zuchthaus deutlich über die Hälfte der Strafe auf den Schuldpunkt der sexuellen Nötigung zurückzuführen sei. Für die Verletzung des Beschleunigungsgebots verlangt er eine Reduktion der Strafe um mindestens 50%. Er meint, die Vorinstanz habe durch Ausfällung einer Freiheitsstrafe von über 26 Monaten die Zahlung einer Haftentschädigung vermeiden wollen.
Durch das hohe Strafmass habe die Vorinstanz zu Unrecht das alte Strafrecht als milderes Recht herangezogen und ihm den bedingten bzw. den teilbedingten Strafvollzug verweigert. Er habe sich mit Ausnahme der Verletzung des Strassenverkehrsgesetzes im Jahr 2007 in den letzten sechs Jahren wohl verhalten. Es sei unzulässig, das Ermittlungsverfahren im Sommer 2008 zu seinen Ungunsten zu werten. Der dortige Anfangsverdacht habe sich nicht erhärtet und zu keiner Verurteilung geführt. Seine persönliche und berufliche Situation sei bis im Frühjahr 2008 intakt gewesen. Von der zwischenzeitlich instabilen Lage habe er sich aufgefangen. Es sei unbillig, die im Jahr 2006 und 2007 bestehenden günstigen persönlichen Verhältnisse ausser Acht zu lassen und die vorübergehende schwierige Situation derart schwer zu gewichten, weil die Vorinstanz bei unterbliebener Verletzung des Beschleunigungsgebotes von den günstigen Umständen hätte ausgehen müssen. Er habe sich nach mehr als zwei Jahren Haft trotz des weiterlaufenden Strafverfahrens aufgefangen und eine feste Anstellung erworben. Er habe geheiratet und sich mit Ausnahme einer Busse wegen der Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz im Jahr 2007 wohl verhalten. Die Prognose sei unter diesen Umständen entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht schlecht.
3. 3.1 Die Bestimmungen des Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches sind durch Bundesgesetz vom 13. Dezember 2002 teilweise revidiert worden und das neue Recht ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten. Der Beschwerdeführer hat die Taten vor dem 1. Januar 2007 verübt. Das angefochtene Urteil ist nach diesem Zeitpunkt ergangen. Der Täter wird grundsätzlich nach dem Gesetz beurteilt, das im Zeitpunkt der Tat gegolten hat. Ist jedoch das im Zeitpunkt der Beurteilung geltende neue Gesetz das mildere, so ist dieses anzuwenden (<ref-law> alte und neue Fassung). Ob das neue im Vergleich zum alten Gesetz milder ist, beurteilt sich gestützt auf einen konkreten Vergleich. Der Richter hat die Tat sowohl nach altem als auch nach neuem Recht hypothetisch zu prüfen und durch Vergleich der Ergebnisse festzustellen, nach welchem der beiden Rechte der Täter besser wegkommt (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 87). Die Sanktionen (Hauptstrafen) sind nach der Qualität der Strafart zu vergleichen. Bei gleicher Strafart entscheidet sich der Vergleich aufgrund der Strafvollzugsmodalität. Bei gleicher Strafart und Strafvollzugsmodalität kommt es auf das Strafmass an. Bei Gleichheit der Hauptstrafe sind allfällige Nebenstrafen zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 7.1 S. 89 mit Hinweisen).
3.2 Wird eine Freiheitsstrafe von mehr als 18 Monaten bis zu drei Jahren ausgefällt, ist das neue Recht milder, weil allein nach diesem Recht im konkreten Einzelfall ein bedingter bzw. teilbedingter Strafvollzug überhaupt möglich und daher von den Behörden zu prüfen ist. Das neue Recht bleibt auch anwendbar, wenn eine Instanz im konkreten Fall zum Ergebnis gelangt, nach neuem Recht falle ein teilbedingter Vollzug für eine Freiheitsstrafe von drei Jahren ausser Betracht, weil die Prognose ungünstig ist (Urteil 6B_538/2007 vom 2. Juni 2008 E. 2.3 und 2.4, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Im vorliegenden Fall ist somit entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht das alte, sondern das neue Recht anwendbar. Daran ändert nichts, dass nach der Ansicht der Vorinstanz der allein nach dem neuen Recht mögliche (teil)bedingte Strafvollzug wegen ungünstiger Prognose ausser Betracht fällt. Die Anwendung des neuen Rechts führt jedoch bezüglich der angefochtenen Punkte der Strafzumessung zu keinen Änderungen des vorinstanzlichen Urteils (vgl. nachfolgende E. 4 ff.), weshalb die Beschwerde diesbezüglich abzuweisen ist.
4. 4.1 Das Bundesgericht greift in die Strafzumessung nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat. Nach <ref-law> hat der Richter, sofern er sein Urteil zu begründen hat, die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten. Diese Begründungspflicht entspricht der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum alten Recht, wonach der Richter die Überlegungen, die er bei der Bemessung der Strafe vorgenommen hat, in den Grundzügen wiedergeben muss, so dass die Strafzumessung nachvollziehbar ist. Besonders hohe Anforderungen an die Begründung der Strafzumessung werden unter anderem gestellt, wenn die ausgesprochene Strafe ungewöhnlich hoch oder auffallend milde ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen).
Bei der Strafzumessung ist im vorliegenden Fall unstreitig von der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz auszugehen (<ref-law>). Dafür droht das Gesetz altrechtlich Zuchthaus oder Gefängnis von mindestens einem Jahr an, womit eine Busse bis zu 1 Mio Franken verbunden werden kann (aArt. 19 Ziff. 1 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG). Unter neuem Recht lautet die Strafdrohung auf Freiheitsstrafe von nicht unter einem Jahr, womit eine Geldstrafe verbunden werden kann (Art. 19 Ziff. 1 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG).
Bei der Strafzumessung ist im vorliegenden Fall unstreitig von der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz auszugehen (<ref-law>). Dafür droht das Gesetz altrechtlich Zuchthaus oder Gefängnis von mindestens einem Jahr an, womit eine Busse bis zu 1 Mio Franken verbunden werden kann (aArt. 19 Ziff. 1 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG). Unter neuem Recht lautet die Strafdrohung auf Freiheitsstrafe von nicht unter einem Jahr, womit eine Geldstrafe verbunden werden kann (Art. 19 Ziff. 1 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG).
4.2 4.2.1 Der Beschwerdeführer macht eine ermessensverletzende Gewichtung des Beschleunigungsgebotes im Rahmen der Strafzumessung geltend. Er führt aus, die Verletzung des Beschleunigungsgebots wiege entgegen der Auffassung der Vorinstanz - welche sie als nicht besonders schwerwiegend würdigte und mit einer Strafreduktion von 20% berücksichtigte - schwer. Es seien seit der Anordnung weiterer Untersuchungshandlungen durch das Bundesgericht am 29. Juli 2005 mehr als drei Jahre bis zur Einstellung des Strafverfahrens betreffend sexuelle Nötigung vergangen. Insbesondere sei mit dem Beizug der Akten und den vier Zeugenbefragungen sechs Monate zugewartet worden. Anschliessend seien mehr als 1 1⁄2 Jahre verstrichen, bis das Kurzgutachten in Auftrag gegeben worden sei, obwohl die Untersuchungsbehörden dies problemlos zwei Jahre vorher im August 2005 hätten vornehmen können. Bei speditiver Erledigung der Beweisergänzung hätte diese bereits im Januar 2006 abgeschlossen werden können. Der Beschwerdeführer habe indessen drei Jahre bis zur Einstellung des Verfahrens warten müssen. Dies stelle eine gravierende Verletzung des Beschleunigungsgebotes dar, welche auf die Säumnis der Strafverfolgungsbehörden zurückzuführen sei. Dieser Verletzung sei mit einer Reduktion des Strafmasses um mindestens 50% Rechnung zu tragen.
4.2.2 Die Verletzung des Beschleunigungsgebotes wurde von der Vorinstanz bejaht und ist unbestritten. Zu prüfen ist einzig die Schwere der Verletzung und deren Gewichtung bei der Strafzumessung.
Das Strafverfahren wurde im Jahr 2002 angehoben und dauerte bis zum ersten Bundesgerichtsentscheid vom 27. Juli 2005, in welchem weitere Untersuchungshandlungen angeordnet wurden, rund vier Jahre. Dabei befand sich der Beschwerdeführer während 242 Tagen in Untersuchungshaft und vom 2. Dezember 2003 bis am 11. Mai 2005 im vorzeitigen Strafvollzug. Wie der Beschwerdeführer unter Hinweis auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (angefochtenes Urteil S. 22 f.) ausführt, ist es in der Folge zu einer halbjährigen, dann zu einer eineinhalbjährigen und sodann zu einer mehrmonatigen Verfahrensverzögerung gekommen, ohne dass die Behörden in dieser Zeit Untersuchungshandlungen vorgenommen hätten. Die Vorinstanz hat zutreffend festgehalten, dass die Vorgaben im Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts präzise waren und keine umfangreichen Ermittlungen erforderten. Ebenso hat sie richtig erkannt, dass aufgrund des bisherigen Verfahrensablaufs eine zeitliche Dringlichkeit gegeben war, dies insbesondere deshalb, weil das Verfahren bereits mehrere Jahre in Anspruch genommen hat.
Die Verzögerung des Verfahrens wiegt unter den gegebenen Umständen nicht mehr leicht. Entgegen den Argumenten des Beschwerdeführers ist sie aber auch nicht als schwer zu gewichten. Die Strafreduktion von 20% erscheint vertretbar und liegt innerhalb des Ermessens der Vorinstanz, weshalb die Beschwerde in diesem Punkt abzuweisen ist.
Die Verzögerung des Verfahrens wiegt unter den gegebenen Umständen nicht mehr leicht. Entgegen den Argumenten des Beschwerdeführers ist sie aber auch nicht als schwer zu gewichten. Die Strafreduktion von 20% erscheint vertretbar und liegt innerhalb des Ermessens der Vorinstanz, weshalb die Beschwerde in diesem Punkt abzuweisen ist.
4.3 Die vorinstanzlichen Strafzumessungskriterien sind nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz hat die Strafzumessungskriterien zu den Tat- und Täterkomponenten unter Verweis auf ihr Urteil vom 12. Oktober 2004 und das erstinstanzliche Urteil vom 11. März 2004 zutreffend und ausführlich dargelegt. Sie hat das Verschulden des Beschwerdeführers gestützt auf die gehandelte Drogenmenge von 190 Gramm reinem Heroin (wobei die Grenze für den qualifizierten Fall gemäss <ref-ruling> E. 2/d S. 185 bei 12 g reinem Heroin liegt), die grosse verkaufte Drogenmenge innert kürzester Zeit und die Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz zutreffenderweise als schwer eingestuft. Die einschlägigen Vorstrafen im Drogenhandel und im Strassenverkehr hat sie als deutlich straferhöhend gewichtet. Strafmindernd hat sie die schwierige Jugend des Beschwerdeführers und die leichte Verminderung der Zurechnungsfähigkeit bezüglich der Betäubungsmitteldelikte gewertet. Die Vorinstanz hat sämtliche relevanten Strafzumessungsfaktoren in ihre Beurteilung einfliessen lassen; eine ermessensverletzende Gewichtung der Faktoren ist nicht ersichtlich.
5.1 Während nach dem alten Recht für die Gewährung des bedingten Strafvollzugs eine günstige Prognose erforderlich war, genügt nach dem neuen Recht das Fehlen einer ungünstigen Prognose (<ref-law>). Die Gewährung des bedingten Strafaufschubs setzt mit anderen Worten nicht die positive Erwartung voraus, der Täter werde sich bewähren, sondern es genügt die Abwesenheit der Befürchtung, dass er es nicht tun werde. Der Strafaufschub ist deshalb die Regel, von der grundsätzlich nur bei ungünstiger Prognose abgewichen werden darf. Er hat im breiten Mittelfeld der Ungewissheit den Vorrang Auch die bloss teilbedingte Strafe gemäss <ref-law> setzt das Fehlen einer ungünstigen Prognose voraus. Dies ergibt sich zwar nicht aus dem Wortlaut, aber aus Sinn und Zweck der Bestimmung. Wenn und soweit die Legalprognose nicht schlecht ausfällt, muss der Vollzug zumindest eines Teils der Strafe bedingt aufgeschoben werden. Andererseits ist bei einer schlechten Prognose auch ein bloss teilweiser Aufschub der Strafe ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 5 f. und E. 5.3.1 S. 10 mit Hinweisen; Urteil 6B_538/2007 vom 2. Juni 2008 E. 3.1.2. und 3.1.3., nicht publ. in: <ref-ruling>).
5.2 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer eine schlechte Prognose ausgestellt und den teilbedingten Strafvollzug verweigert (vgl. E. 1.2). Dabei hat sie die Vorstrafen, die erneute Straffälligkeit im Strassenverkehrsbereich trotz der ausgestandenen Untersuchungshaft bzw. des vorzeitigen Strafantritts und die aktuell schwierigen finanziellen und persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers berücksichtigt. Weiter hat sie darauf abgestellt, dass ein Ermittlungsverfahren gegen den Beschwerderführer wegen Einschleichdiebstahls sowie Widerhandlungen gegen das Strassenverkehrsgesetz und das Betäubungsmittelgesetz hängig ist (angefochtenes Urteil S. 27 f.).
5.2.1 Die Vorinstanz hat für die Frage der Prognose unter anderem auf ein hängiges Ermittlungsverfahren abgestellt. Dies ist unzulässig, weil der Verfahrensausgang nicht feststeht. Im Ergebnis ist der Mangel jedoch unbeachtlich, da die Annahme einer schlechten Prognose aus nachstehenden Gründen nicht gegen Bundesrecht verstösst.
5.2.2 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer gestützt auf die zahlreichen, einschlägigen Vorstrafen eine schlechte Prognose gestellt. Der Beschwerdeführer weist mehrere einschlägige Vorstrafen im Betäubungsmittel- und Strassenverkehrsbereich auf, auf welche die Vorinstanz verwiesen hat (Vorakten Bd. V act. 63 ff.). So wurde er am 9. Februar 2000 wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz, Diebstahls, Hehlerei und Sachbeschädigung zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von 16 Monaten bei einer Probezeit von zwei Jahren verurteilt. Nur gerade einen Monat nach Ablauf dieser Probezeit ist der Beschwerdeführer wieder in den Drogenhandel eingestiegen und hat er Widerhandlungen gegen das Bestäubungsmittelgesetz verübt, die neben anderen Straftaten Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bilden. Nach der Untersuchungshaft bzw. der Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug hat er erneut im Strassenverkehrsbereich Delikte begangen, wofür er am 22. Januar 2007 zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 60.-- verurteilt wurde (Vorakten Bd. V act. 66 f.). Bei der Prognosestellung hat die Vorinstanz zu Recht die persönlichen Verhältnisse im Zeitpunkt des Entscheides berücksichtigt (<ref-ruling> E. 3/a S. 199). Unerheblich ist in diesem Zusammenhang, dass ohne Verletzung des Beschleunigungsgebotes der neue Entscheid in einem früheren Zeitpunkt ausgefällt worden wäre, in dem die Verhältnisse des Beschwerdeführers noch günstiger waren. Die Verweigerung des teilbedingten Strafvollzugs verletzt somit kein Bundesrecht.
6. Aus den genannten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 3. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch