Faits:
A. A._ a été mis en prévention le 21 juin 2011 pour discrimination raciale. Il lui est reproché d'avoir publié sur son site internet, entre janvier 2010 et avril 2011, 34 articles ou commentaires incitant à la haine de la communauté juive et visant à minimiser grossièrement voire nier des crimes contre l'humanité, en particulier les crimes commis durant la Deuxième Guerre mondiale par les forces allemandes à l'encontre des populations juives.
Le 30 juin 2011, il a été mis en prévention, à titre complémentaire, de calomnie, voire diffamation, pour avoir, dans différents articles ou commentaires publiés sur son site Internet entre le 15 février 2010 et le 8 avril 2011, accusé la CICAD (coordination intercommunautaire contre l'antisémitisme et la diffamation) et ses dirigeants de tenir une conduite contraire à l'honneur et porté des accusations à leur encontre portant atteinte à leur considération. A l'issue de cette audience, le prévenu, qui avait été arrêté sur ordre du Ministère public le 29 juin 2011, a été remis en liberté, après avoir été mis en garde de ne plus rédiger d'article au contenu contraire à la législation pénale.
L'intéressé a été une nouvelle fois prévenu, le 25 août 2011, de discrimination raciale ainsi que de calomnie, subsidiairement de diffamation, pour avoir publié sur son site, entre mai et août 2011, 8 articles ou commentaires incitant à la haine raciale à l'encontre de la communauté juive. Lors de l'audience, il a craché sur la Procureur en charge du dossier. Le même jour, le Ministère public a sollicité du Tribunal des mesures de contrainte (ci-après: le Tmc) la mise en détention provisoire du prévenu, au motif que celui-ci n'avait tenu aucun compte de l'avertissement qui lui avait été donné à l'issue de l'audience du 30 juin 2011 et récidivé depuis lors.
B. Par ordonnance du 26 août 2011, le Tmc a refusé la mise en détention provisoire de A._. Il a considéré que, s'il existait un risque de réitération concret, l'intéressé ne compromettait toutefois pas sérieusement la sécurité d'autrui au sens de l'art. 221 al. 1 let. c CPP.
Le Ministère public a recouru auprès de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) qui, par arrêt du 16 septembre 2011, a annulé l'ordonnance précitée au sens des considérants. Statuant à nouveau, la Cour de justice a par ailleurs fait interdiction à A._, à titre de mesure de substitution à sa détention (<ref-law>), de tenir, jusqu'au terme de la présente procédure, tout propos, sous quelque forme que ce soit, susceptible de tomber sous le coup de l'<ref-law> (discrimination raciale). Le prénommé a en outre été informé qu'en cas de non-respect de cette obligation, il s'exposait, pour ce seul motif, à être mis en détention provisoire ou en détention à titre de sûreté (<ref-law>).
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 16 septembre 2011, de confirmer le refus de sa mise en détention provisoire et d'annuler les mesures de substitution. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt et n'a pas d'observations à formuler. Le Ministère public propose le rejet du recours. Le recourant a répliqué le 10 novembre 2011.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale (<ref-law>) est en principe ouvert contre une décision relative à la mise en détention pour des motifs de sûreté au sens de l'<ref-law>. Dès lors que l'acte de procédure litigieux ne met pas un terme à la procédure pénale ouverte contre le recourant (art. 90 s. LTF), il s'agit d'une décision incidente prise séparément au sens de l'<ref-law> (cf. arrêt 1B_623/2011 du 28 novembre 2011 consid. 1).
2. En vertu de l'<ref-law>, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation (cf. <ref-law>) ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière pénale que si elles sont susceptibles de causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
L'objectif poursuivi par cette disposition est de décharger le Tribunal fédéral en faisant en sorte que, dans la mesure du possible, celui-ci soit amené à trancher l'ensemble du litige dans une seule décision (<ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 34). Les exceptions permettant de recourir contre une décision préjudicielle ou incidente doivent donc être appréciées restrictivement, ce d'autant que les parties n'en subissent en principe pas de préjudice, puisqu'elles peuvent encore attaquer la décision préjudicielle ou incidente avec la décision finale en vertu de l'<ref-law> (arrêt 8C_817/2008 du 19 juin 2009 consid. 4.2.1).
2.1 Dans le cas particulier, l'<ref-law> est manifestement inapplicable, car le sort de la mesure de substitution litigieuse est sans effet sur la procédure au fond. Il y a donc lieu d'examiner si le recours est recevable en application de l'<ref-law>.
2.2 Le prévenu ne peut s'en prendre à la décision attaquée que si celle-ci l'expose à un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>. En matière pénale, il doit s'agir d'un dommage de nature juridique non susceptible d'être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 4 p. 95). Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 632 et les références).
En l'espèce, le recourant n'allègue ni ne démontre que la décision attaquée lui ferait courir un risque de préjudice irréparable. Or, un tel préjudice n'est de loin pas évident. Il apparaît en effet que la Cour de justice ayant renoncé à placer le recourant en détention provisoire, celui-ci se trouve en liberté. Par ailleurs, la mesure de substitution qui lui interdit de commettre une infraction ne saurait lui causer de préjudice, puisque l'obligation de se conformer à la loi s'adresse à tout citoyen et va en réalité de soi. A cela s'ajoute qu'en cas de récidive, une mise en détention devrait de toute façon répondre aux exigences du CPP et faire l'objet d'une nouvelle procédure. La décision attaquée n'est ainsi pas de nature à causer un préjudice irréparable de nature juridique au recourant, si bien que le recours est également irrecevable au regard de l'<ref-law>.
3. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être déclaré irrecevable. Compte tenu des circonstances, le présent arrêt sera rendu sans frais (<ref-law>) et il y a exceptionnellement lieu de de mettre le recourant au bénéfice de l'assistance judiciaire (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Pascal Junod est désigné comme avocat d'office du recourant et ses honoraires, supportés par la caisse du Tribunal fédéral, sont fixés à 1'500 francs.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 11 janvier 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard