Faits:
A. A._, né en 1976, travaille en qualité de chef de produit au service de X._. A ce titre, il est assuré contre le risque d'accidents professionnels et non-professionnels par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA).
Le 21 décembre 2006, l'employeur a rempli une déclaration d'accident-bagatelle LAA (non signée) concernant un événement survenu le 26 octobre 2006, lors d'un match de football, à B._. Il a indiqué ce qui suit: « Le soir, après le match, M. A._ a commencé à sentir des douleurs au niveau de l'aine. Ces douleurs ont continué et ont nécessité une visite auprès du médecin ».
Le 30 janvier 2007, le docteur S._, spécialiste en chirurgie orthopédique, a indiqué qu'un examen IRM (standard) du bassin du 22 novembre 2006 ne montrait ni fracture, ni lésions labrales, mais bien un possible épanchement intra-articulaire coxo-fémoral gauche, soit une lésion sous l'angle clinique, voire une irritation labrale dans le cadre d'un traumatisme en abduction de la hanche gauche. Il a proposé de procéder à une arthro-IRM de la hanche gauche avec des clichés radiologiques standard pour mieux évaluer les lésions labrales, voire cartilagineuses. Il a toutefois attiré l'attention de l'assuré sur le fait que tous ces examens sous-estiment les lésions cartilagineuses, telles que les lambeaux cartilagineux. Selon lui, une évaluation intra-articulaire arthroscopique pouvait apporter une solution thérapeutique et un diagnostic.
Le 7 février 2007, le docteur G._, spécialiste en radiologie, a procédé à des radiographies standard du bassin de face (position couchée) ainsi que de la hanche gauche en axiale et en faux profil de Lequesne. Il a conclu à une légère hypoplasie du cotyle gauche par rapport au côté droit avec un défaut de recouvrement de la tête fémorale gauche et un syndrome bilatéral de la surcharge cotyloïdienne sans signes actuels de coxarthrose.
Le 7 février 2007, également, A._ a subi une arthro-IRM de la hanche gauche, laquelle a mis en évidence un discret phénomène d'épaulement à la jonction tête-col fémoral associé à un petit kyste à la jonction tête-col fémoral dans sa partie antérieure. Par ailleurs, en regard, le labrum, dans sa partie antéro-supéro-latérale présentait des altérations-lésions (rapport du 8 février 2007 du docteur R._, médecin-chef adjoint au département de radiologie de l'Hôpital Y._).
Invité par la CNA à donner des précisions sur l'événement en cause, l'assuré a répondu, le 1er mars 2007, que lors d'un match de football à B._, le 26 octobre 2006, il avait glissé et senti une douleur. Il a précisé qu'il avait continué à jouer jusqu'à la fin du match.
Le 15 mars 2007, la CNA a indiqué à l'assuré qu'au vu des documents en sa possession, elle ne pouvait retenir l'existence d'un d'accident. Elle lui a recommandé de déclarer le cas à l'assurance-maladie.
A._ a manifesté son désaccord avec cette manière de procéder, si bien que la CNA a requis un complément d'informations de sa part. Le 3 avril 2007, l'assuré a déclaré, notamment, ce qui suit:
« Lors d'un match de football à B._, le 26 octobre 2006, j'ai glissé, je suis tombé et j'ai senti une légère douleur à la hanche gauche. Etant donné que j'étais 'chaud', j'ai pu continuer à jouer jusqu'à la fin du match, sans trop de problème (environ 10 minutes). Une fois arrivé chez moi vers 22h-22h30, j'ai vraiment commencé à ressentir une forte douleur à la hauteur de la hanche et de l'aine gauche (difficile à cerner à quel endroit précis). Le lendemain matin, je n'arrivais plus à plier ma jambe. Par exemple, je ne pouvais plus m'accroupir ou m'habiller tout simplement ».
Le 13 avril 2007, le docteur S._ a procédé à la levée du conflit coxo-fémoral par voie arthroscopique de la hanche gauche (synovectomie, plastie de réduction du toit acétabulaire avec réinsertion labrale et ostéoplastie de sphérisation à la jonction tête et col). Il a constaté une lésion au labrum ainsi qu'une chondropathie de stade I-II dans la portion asphérique. Il a conclu que l'assuré présentait une coxarthrose à interligne conservé de la hanche gauche sur conflit coxo-fémoral de type mixte: pincer avec rétroversion de la partie supérieure du cotyle et CAM sur tête fémorale asphérique de type phallique.
Le docteur C._, spécialiste en chirurgie orthopédique et médecin d'arrondissement de la CNA, a été invité à se prononcer sur la question de savoir si les troubles présentés par l'assuré pouvaient être considérés comme une lésion assimilée à un accident. Ce médecin a indiqué que les affections de l'assuré étaient dues à une dysplasie (anomalie) dans l'articulation de la hanche et non à un événement assimilé à un accident (rapport du 10 mai 2007).
Par décision du 16 mai 2007, confirmée sur opposition le 30 août 2007, la CNA a refusé toute prestation à raison de l'événement du 26 octobre 2006, considérant que celui-ci ne répondait pas à la définition de l'accident et que la lésion subie à cette occasion ne pouvait pas non plus être assimilée à un accident.
B. A._ a recouru contre la décision sur opposition devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud en concluant à l'octroi de prestations de l'assurance-accidents.
En cours d'instruction, la juridiction cantonale a entendu A._, lequel a expliqué ce qui suit:
« Vers la fin du match un joueur du FC B._ a fait un centre. Plusieurs joueurs, dont lui-même, ont sauté afin de réceptionner le ballon de la tête, mais il ne l'a pas touché. En retombant sur le sol, il a glissé et sa jambe gauche est partie en arrière. C'est au moment où il s'est retrouvé assis par terre avec la jambe pliée, qu'il a ressenti une douleur au niveau de l'aine. C'est à partir de la fin du match que la douleur s'est intensifiée ».
Statuant le 3 avril 2008, la juridiction cantonale a admis le recours, annulé la décision attaquée et retourné le dossier à la CNA afin qu'elle procède conformément aux considérants, à savoir qu'elle détermine la nature et la quotité des prestations à servir à l'intéressé et rende une nouvelle décision.
C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation en concluant à ce que la cause lui soit renvoyée pour nouvelle instruction.
A._ conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le litige porte sur le droit de l'intimé à des prestations de la CNA à raison de l'événement du 26 octobre 2006.
Dans la procédure de recours concernant l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'état de fait constaté par la juridiction inférieure (<ref-law>).
2. 2.1 Les premiers juges ont tout d'abord admis que les déclarations successives de l'assuré ne se contredisaient pas, mais se complétaient. Ils ont ensuite retenu que l'événement du 26 octobre 2006 était constitutif d'un accident au sens de l'<ref-law> (saut pour attraper le ballon suivi d'une glissade sur un terrain gras et enfin chute). Par ailleurs, se fondant, notamment, sur le rapport du docteur S._, les premiers juges ont retenu que les atteintes à la santé de l'assuré étaient imputables à cet événement. Ils ont écarté le rapport du docteur C._, au motif que l'appréciation de ce médecin reposait sur une anamnèse erronée et qu'elle était la seule à faire état de lésions dégénératives. Ils ont estimé, en particulier, que l'avis du docteur C._ ne contenait pas d'explications sur la présence de telles lésions chez un homme de trente ans, sportif et en bonne santé.
2.2 Dans son recours, la CNA ne conteste pas le jugement attaqué en tant qu'il retient l'existence d'un accident au sens de l'<ref-law>. Il n'y a pas lieu de remettre en cause sur ce point les considérants des premiers juges. Selon la recourante, la question à examiner est donc celle de savoir si les lésions constatées par le docteur S._ sont en relation de causalité avec l'accident ou non. La CNA relève que les avis des docteurs S._ et C._ divergent sur ce point sans qu'il soit possible de déterminer si l'une ou l'autre opinion doit l'emporter. La recourante en conclut que cette situation aurait dû conduire les juges cantonaux à requérir un complément d'instruction ou à lui renvoyer la cause pour instruction complémentaire.
3. 3.1 En l'espèce, il ressort du protocole opératoire du 13 avril 2007 du docteur S._ que l'intimé présente une coxarthrose à interligne conservé de la hanche gauche sur conflit coxo-fémoral de type mixte: pincer avec rétroversion de la partie supérieure du cotyle et CAM sur tête fémorale asphérique de type phallique.
Au cours de l'intervention du 13 avril 2007, le docteur S._ a constaté une lésion de la face profonde du labrum allant de 8 h à midi avec des lésions juxta-labrales cartilagineuses sous forme d'une bulle cartilagineuse de 9 h à midi, allant jusqu'à 5-10 mm de profondeur. Il ne s'est toutefois pas prononcé sur l'origine, accidentelle ou non, de cette lésion. Il n'a pas non plus précisé si les atteintes diagnostiquées sont attribuables à l'accident (au moins en partie) ou à des affections dégénératives. Certes le docteur S._ avait-il évoqué, dans son rapport du 30 janvier 2007, lors de l'examen de l'IRM du 22 novembre 2006, un possible épanchement intra-articulaire coxo-fémoral gauche dans le cadre d'un traumatisme en abduction de la hanche gauche. Cependant, on ne saurait rien tirer de cette déclaration. En effet, le docteur S._ n'a pas confirmé par la suite son appréciation. Par ailleurs et surtout, ce médecin n'a précisé à aucun moment que le traumatisme en question était dû à un événement tel que décrit par l'assuré.
Le docteur C._, pour sa part, a résumé les conclusions du docteur S._ en exposant que l'assuré présentait un conflit coxo-fémoral avec synovite et altérations du toit acétabulaire. Il a précisé que l'ensemble des lésions constatées (par son confrère) traduisait des altérations dégénératives débutantes sur tête fémorale asphérique de type phallique entraînant un conflit coxo-fémoral avec atteinte labrale. Selon les conclusions du docteur C._, ces troubles consistaient en des altérations consécutives à une dysplasie de la tête fémorale.
On doit admettre que le docteur S._ ne s'est pas prononcé de manière probante sur l'origine des lésions présentées par l'intimé. Dès lors, contrairement à ce qu'ont retenu les premiers juges, le point de savoir si l'accident est à l'origine des troubles constatés ne peut pas être tranché de manière définitive sur la base des pièces du dossier. A cet égard, il y a lieu de se montrer d'autant plus circonspect que l'accident a été annoncé seulement deux mois après sa survenance et que l'intimé semble avoir attendu environ un mois avant de consulter un médecin. Par ailleurs, le seul avis du docteur C._, qui va dans le sens d'une origine maladive, n'est pas non plus suffisant pour écarter l'hypothèse d'une origine accidentelle des lésions. En effet, ce médecin a uniquement répondu à la question de savoir si les troubles de l'assuré pouvaient être imputés à un événement assimilé à un accident. En l'absence d'élément convaincant et décisif qui permettrait de statuer dans un sens ou dans un autre, il se justifie d'annuler le jugement attaqué ainsi que la décision sur opposition et de renvoyer la cause à la recourante pour qu'elle mette en oeuvre une nouvelle expertise et rende une nouvelle décision.
4. L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Pour le même motif, il n'a pas droit aux dépens qu'il prétend (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis en ce sens que le jugement du 3 avril 2008 du Tribunal des assurances du canton de Vaud et la décision sur opposition du 30 août 2007 sont annulés, la cause étant renvoyée à la CNA pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 8 janvier 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Ursprung Berset