Sachverhalt:
A. Am 29. Mai 2008 fand vor der Bezirksgerichtlichen Kommission Arbon die Hauptverhandlung im Strafverfahren gegen Z._ wegen Drohung und mehrfacher Tierquälerei statt. Gegen diesen hatte der Verein gegen Tierfabriken Schweiz (VgT) Strafanzeige erhoben.
Zuvor waren bereits zwei Verhandlungen angesetzt worden. Am Tag der ersten Verhandlung erschien der Angeklagte zwar, verliess aber das Gerichtsgebäude nach eineinhalbstündiger Wartezeit wieder, nachdem sich die vorhergehende Verhandlung unerwartet in die Länge gezogen hatte. Der Vorladung zur zweiten Verhandlung leistete er keine Folge. Als die bezirksgerichtliche Kommission über das weitere Vorgehen beriet, betrat Erwin Kessler, Präsident des VgT, eigenmächtig den Gerichtssaal und verlangte, dass der Angeklagte polizeilich vorgeführt werde. Das Gericht entschied anders und beschloss, den Angeklagten unter dem Druck polizeilicher Vorführung zu einem "freiwilligen" Erscheinen zu einer dritten Hauptverhandlung zu bewegen. Bei der öffentlichen Verkündung und Begründung dieses Beschlusses protestierten die Zuschauer gegen dieses Vorgehen; sie unterbrachen das Gericht mehrfach und befolgten die Aufforderung zum Verlassen des Sitzungssaals erst, als die Polizei herbeigerufen wurde.
An der dritten Verhandlung wurden die Zuschauer auf Anordnung des Gerichtspräsidenten vor Einlass in den Saal nach Waffen durchsucht, ihre Ausweise kontrolliert und ihre Personalien auf einer Liste registriert. An der Verhandlung wurde eine Zuhörerin wegen Zwischenrufen des Saals verwiesen; ansonsten verlief die Verhandlung störungsfrei.
B. Am 30. Mai 2008 erhob der Verein gegen Tierfabriken Schweiz (VgT) Beschwerde an das Obergericht des Kantons Thurgau und beantragte die Feststellung, dass die anlässlich der Verhandlung gegen Z._ veranlasste Personenkontrolle und Registrierung der Zuschauer das Öffentlichkeitsgebot gemäss Art. 6 EMRK verletzt hätten. Am 23. Juni 2008 wies das Obergericht die Beschwerde ab.
C. Gegen den obergerichtlichen Entscheid hat Erwin Kessler namens des VgT strafrechtliche Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventualiter sei durch das Bundesgericht festzustellen, dass die Kontrolle und Registrierung der Zuhörer das Öffentlichkeitsgebot gemäss Art. 6 EMRK verletzt habe.
D. Der Präsident des Bezirksgerichts Arbon beantragt Abweisung der Beschwerde. Er führt aus, dass die Namen der Besucher ausschliesslich zu sitzungspolizeilichen Zwecken festgehalten worden seien und die Liste inzwischen vernichtet worden sei. Das Obergericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne.
Der Beschwerdeführer hat die ihm eingeräumte Möglichkeit zur Replik nicht genutzt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, der eine Verletzung des Öffentlichkeitsprinzips an einer Strafverhandlung verneint.
1.1 Fraglich ist, ob dieser Entscheid der Beschwerde in Strafsachen oder der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterliegt.
Die Beschwerde wird vom VgT erhoben, dem im Strafverfahren keine Parteistellung zukommt; die Beschwerde bezweckt auch nicht die Wahrnehmung von Parteirechten im Strafverfahren. Dies spricht für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (vgl. zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil 1C_302/2007 vom 2. April 2008 E. 1.1 und Urteil 1C_252/2008 vom 4. September 2008 E. 1). Gegenstand der Beschwerde ist jedoch eine sitzungspolizeiliche Verfügung des Gerichtspräsidenten während eines hängigen Strafverfahrens, die sich auf § 36 Abs. 1 der Thurgauer Strafprozessordnung vom 30. Juni 1970 (StPO/TG), eine strafprozessuale Norm, stützt. Diese Umstände sprechen für eine strafrechtliche Qualifikation der Beschwerde. Die Frage kann jedoch offen bleiben, wenn auf die Beschwerde, unabhängig von ihrer Qualifikation als öffentlich- oder strafrechtlich, einzutreten ist, zumal die I. öffentlich-rechtliche Abteilung in beiden Fällen zuständig ist (vgl. Art. 29 Abs. 3 des Bundesgerichtsreglements vom 20. November 2006 [BGerR; SR 173.110.131]).
1.2 Aus Sicht der Parteien des Strafverfahrens handelt es sich um einen verfahrensleitenden Entscheid und damit um einen Zwischenentscheid i.S.v. <ref-law>. Für den Beschwerdeführer und die Besucher der Sitzung vom 29. Mai 2008, die nicht Partei des Strafverfahrens sind, handelt es sich dagegen um einen isolierten Entscheid, der als Endentscheid zu qualifizieren ist.
1.3 Zwar wurde nicht der VgT (als juristische Person), sondern dessen Präsident und mehrere Mitglieder beim Besuch der Hauptverhandlung kontrolliert und registriert. Der VgT hatte jedoch Strafanzeige gegen den Angeklagten erhoben und hatte insofern ein besonderes Interesse daran, sich durch Teilnahme an der öffentlichen Strafverhandlung über Verlauf und Ausgang des Strafverfahrens zu informieren (vgl. zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil 1C_302/2007 vom 2. April 2008 E. 5 und 6 betr. die Eröffnung von Einstellungsbefehlen). Hierfür war er auf die Zulassung seiner Organe bzw. seiner Mitglieder an der Sitzung angewiesen. Insofern hat er ein besonderes, auch rechtlich (durch <ref-law> bzw. Art. 6 Ziff. 1 EMRK) geschütztes Interesse an der Öffentlichkeit der Verhandlung und ist deshalb diesbezüglich zur Beschwerde legitimiert, gleich, ob hierfür <ref-law> oder <ref-law> herangezogen wird.
Dagegen erscheint es fraglich, ob der VgT auch berechtigt wäre, eine Verletzung des Rechts der Zuschauer auf Achtung ihres Privatlebens nach Art. 8 EMRK zu rügen, zumal er nicht darlegt, inwiefern die beanstandeten Massnahmen ihn (als juristische Person) besonders berührt haben. Die Frage kann jedoch offen bleiben, weil diese Frage nicht Streitgegenstand ist (vgl. unten E. 1.5).
1.4 Nachdem die Hauptverhandlung bereits stattgefunden hat und auch die Namensliste zwischenzeitlich vernichtet wurde, besteht kein aktuelles Interesse mehr an der Aufhebung der Verfügung des Bezirksgerichtspräsidenten oder an besonderen Anordnungen zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands.
Das Bundesgericht sieht indessen vom Erfordernis des aktuellen Interesses dann ab, wenn sich die mit der Beschwerde aufgeworfenen grundsätzlichen Fragen jeweils unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnten, ohne dass im Einzelfall rechtzeitig eine höchstrichterliche Prüfung stattfinden könnte (<ref-ruling> E. 1.2 S. 674 mit Hinweisen). Dies ist hier der Fall: Es besteht die Möglichkeit, dass die gleichen oder ähnliche Kontrollmassnahmen auch in Zukunft gegenüber Mitgliedern des VgT angeordnet werden, ohne dass je rechtzeitig eine Aufhebung der sitzungspolizeilichen Anordnung erwirkt werden könnte. Insofern hat der VgT ein schutzwürdiges Interesse an einem Entscheid im vorliegenden Fall.
Zwar ist es unter den genannten Voraussetzungen zulässig, die Aufhebung der gegenstandslos gewordenen Verfügung zu verlangen (vgl. z.B. <ref-ruling> E. 1.2 S. 673). Da die Aufhebung für den Beschwerdeführer keinen praktischen Nutzen mehr hat, kann er sich aber auch auf einen Feststellungsantrag beschränken (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 365; vgl. auch Urteil 1P.338/2000 vom 23. Oktober 2000 E. 4, in Pra 2001 Nr. 3 S. 12).
1.5 Im vorliegenden Fall ist zu beachten, dass der Beschwerdeführer schon vor Obergericht beantragt hat, es sei die Verletzung des Öffentlichkeitsgebots gemäss Art. 6 EMRK festzustellen. Damit hat er den Streitgegenstand auf diese Rüge eingeschränkt, weshalb auch das Obergericht nur diese Frage geprüft hat. Dies hat zur Folge, dass andere mögliche Verletzungen von Verfassungs- und Konventionsrecht, namentlich das Recht der Zuschauer auf Achtung des Privatlebens nach Art. 8 EMRK, nicht selbständig geprüft werden können, sondern nur insoweit, als sie einen Konnex zum Öffentlichkeitsprinzip aufweisen.
1.6 Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung des Obergerichts (<ref-law>). Dieses ging im angefochtenen Entscheid (Ziff. 5b S. 8) davon aus, dass die Präsenz von Polizeibeamten während der gesamten Verhandlung mit einem bedeutend grösseren Aufwand an Personen und Zeit und damit letztlich an Kosten verbunden gewesen wäre als die blosse Eingangskontrolle samt Registrierung. Das Obergericht nahm somit an, dass die Polizei nur bei der Eingangskontrolle präsent gewesen sei und nicht mehr im Sitzungssaal. Der Beschwerdeführer rügt dies als falsch: Die Polizei sei während der gesamten Verhandlung durch mehrere Beamten präsent gewesen.
Der Präsident des Bezirksgerichts Arbon bestätigt dies in seiner Vernehmlassung: Während der Gerichtsverhandlung seien im Gerichtssaal dauernd zwei bis vier Polizeibeamten anwesend gewesen.
2.1 Das Obergericht macht in seiner Vernehmlassung geltend, der Beschwerdeführer habe diese Tatsache in seiner Beschwerdeschrift vom 30. Mai 2008 nicht erwähnt. Den Hinweis in der Replik des Beschwerdeführers vom 11. Juni 2008 (Ziff. 10) habe das Obergericht als blossen rechtlichen Hinweis verstanden und - angesichts der Systematik der Replik - auch verstehen dürfen, in dem Sinne, dass die Präsenz der Polizei im Gerichtssaal ein milderes Mittel zur Verhinderung von Störungen gewesen wäre.
2.2 Der entsprechende Hinweis ist im Indikativ verfasst ("Eine geeignete Massnahme war die Anwesenheit mehrerer Polizeibeamter") und folgt auf einen Absatz, in dem dargelegt wird, weshalb die (unstreitig durchgeführte) Ausweiskontrolle kein geeignetes Mittel zur Vermeidung von Störungen war. Diese Passage enthält nicht nur rechtliche Hinweise zum Verhältnismässigkeitsprinzip, sondern auch Erwägungen tatsächlicher Art. Insofern konnte auch der nachfolgende Hinweis zur Polizeipräsenz durchaus als tatsächliche Behauptung verstanden werden.
Im Übrigen hatte der Beschwerdeführer keine Veranlassung, sich in Beschwerdeschrift oder Vernehmlassung näher mit der Polizeipräsenz im Sitzungssaal zu befassen, nachdem diese Massnahme von ihm nicht beanstandet worden war. Insofern kann ihm nicht vorgeworfen werden, seine Mitwirkungspflicht vor Obergericht verletzt zu haben. Vielmehr hätte das Obergericht, das den Sachverhalt frei prüfen musste (<ref-law>), beim Bezirksgerichtspräsidium oder der Polizei nachfragen müssen, ob Polizisten an der Gerichtsverhandlung anwesend waren, wenn es dies für wesentlich erachtete.
2.3 Das Obergericht hat allerdings in seiner Vernehmlassung klar zum Ausdruck gebracht, dass die Polizeipräsenz im Saal nichts an seiner rechtlichen Würdigung der Situation ändern würde, d.h. es sich seines Erachtens nicht um einen Mangel handelt, der gemäss <ref-law> für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnte. Unter diesen Umständen würde die Rückweisung nicht zu einem für den Beschwerdeführer günstigen obergerichtlichen Entscheid führen.
Deshalb ist, entsprechend dem Eventualantrag des Beschwerdeführers, vor Bundesgericht zu prüfen, ob die beanstandeten Massnahmen das Öffentlichkeitsprinzip verletzten. Zugrunde zu legen ist der durch die Sachverhaltsrügen des Beschwerdeführers und die Ausführungen des Bezirksgerichtspräsidenten berichtigte bzw. ergänzte Sachverhalt (<ref-law>).
3. Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung des Öffentlichkeitsgebots gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
3.1 Diese Bestimmung räumt das Recht ein, dass u.a. in Strafsachen öffentlich verhandelt wird. Der Öffentlichkeitsgrundsatz soll nicht nur Personen, die am Prozess beteiligt sind, eine korrekte Behandlung gewährleisten; vielmehr will er auch der Allgemeinheit ermöglichen, festzustellen, wie das Recht verwaltet und die Rechtspflege ausgeübt wird, und liegt insoweit auch im öffentlichen Interesse (<ref-ruling> E. 8.1 S. 107 mit Hinweisen).
Die Öffentlichkeit des Verfahrens kann aus den in Art. 6 Ziff. 1 Satz 2 EMRK genannten Gründen eingeschränkt werden. Diese Bestimmung enthält einen unmittelbar anwendbaren Vorbehalt, d.h. es bedarf keiner gesetzlichen Regelung, um die Zulässigkeit der Beschränkung der Öffentlichkeit durch nationale Gerichte zu begründen. Dies schliesst nicht aus, dass der Gesetzgeber dennoch Regelungen trifft; diese dürfen jedoch nicht über den Tatbestand von Art. 6 hinausgehen (CHRISTOPH GRABENWARTER, Europäische Menschenrechtskonvention, 3. Aufl., § 24 Rz. 75 S. 347 f.).
Dient der Ausschluss der Öffentlichkeit den Interessen der Rechtspflege, so darf er nur "unter besonderen Umständen" und "nur in dem nach Auffassung des Gerichts erforderlichen Umfang" verfügt werden. Das Interesse der Rechtspflege erfasst u.a. die Wahrung der Ordnung im Verhandlungssaal zur Gewährleistung eines störungsfreien Verhandlungsverlaufs (GRABENWARTER, a.a.O., Rz. 88 S. 353).
Der Ausschluss der Öffentlichkeit muss dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit entsprechen, d.h. er muss geeignet und erforderlich sein, um eines der in Art. 6 Abs. 1 Satz 2 EMRK genannten Ziele zu verfolgen, und es muss ein angemessenes Verhältnis zwischen den Gründen für den Ausschluss der Öffentlichkeit einerseits und dem Interesse an der öffentlichen Verhandlung andererseits bestehen (EGMR, Urteil vom 28. Juni 1984 i.S. Campbell u. Fell c, Grossbritannien, Série A Nr. 80 § 87, = EuGRZ 1985 S. 541; GRABENWARTER, a.a.O. Rz. 79 S. 349 f.).
3.2 Gemäss <ref-law>/TG sind die Verhandlungen vor Gericht mündlich und öffentlich. Die Öffentlichkeit ist u.a. auszuschliessen, wenn Ordnung und Sittlichkeit es erfordern (Abs. 2). Einschränkungen dieses Grundsatzes können sich auch aus den sitzungspolizeilichen Befugnissen des Gerichtspräsidenten gemäss <ref-law>/TG ergeben: Danach sorgt der Gerichtspräsident für Ruhe und Ordnung in der Sitzung. Er kann störende Personen wegweisen und ihnen überdies eine Ordnungsbusse von bis zu Fr. 200.-- auferlegen. Nötigenfalls kann er die Öffentlichkeit der Verhandlung zeitweise aufheben.
Wie das Obergericht im angefochtenen Entscheid ausgeführt hat (E. 2b, mit Hinweis auf THOMAS ZWEIDLER, Die Praxis der thurgauischen Strafprozessordnung, 2005, § 36 N. 1), gilt dies nicht erst ab Sitzungsbeginn, sondern schon bei der Vorbereitung der Verhandlung. Werden ernsthafte Störungen oder Gefährdungen befürchtet, entscheidet der Gerichtspräsident nach pflichtgemässem Ermessen, welche Sicherheitsvorkehren im Einzelfall notwendig und angemessen sind.
3.3 Soweit ersichtlich, haben weder das Bundesgericht noch der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte bisher entschieden, ob und inwiefern Eingangskontrollen und Sicherheitsmassnahmen das Öffentlichkeitsprinzip verletzen können.
In der französischen Gerichtspraxis ist anerkannt, dass der Gerichtspräsident eine polizeiliche Kontrolle von Personen vor dem Gerichtssaal anordnen darf, um die Sicherheit von Personen und einen ungestörten Verhandlungsverlauf sicherzustellen. Zu diesem Zweck kann er auch störende Elemente wegweisen, ohne das Öffentlichkeitsprinzip zu verletzen. Dagegen ist es dem Gericht verboten, eine vorherige Auswahl des Publikums vorzunehmen (MICHEL REDON, Encyclopédie Dalloz Pénal, Cour d'Assises, Rz. 209 und 249 mit Hinweisen).
Nach der Praxis des deutschen Bundesgerichtshofs (BGH) in Strafsachen ist eine ungestörte Verhandlung ebenso wesentlich wie die Kontrolle des Verfahrensgangs durch die Allgemeinheit. Daraus folgert er, dass Massnahmen, die den Zugang zu einer Gerichtsverhandlung nur unwesentlich erschweren und dabei eine Auswahl der Zuhörerschaft nach bestimmten persönlichen Merkmalen vermeiden, nicht ungesetzlich sind, wenn für sie ein die Sicherheit im Gerichtsgebäude berührender verständlicher Anlass besteht (Urteil des BGH vom 6. Oktober 1976, in: BGHSt 27, 13 ff., S. 15).
Welche Massnahmen im Einzelfall ergriffen werden, müsse dem pflichtgemässen Ermessen des die Sitzungspolizei ausübenden Vorsitzenden überlassen bleiben. Eine Beschränkung auf das Allernotwendigste könne bei geringfügigen Erschwerungen nicht gefordert werden, weil diese den Grundsatz der Öffentlichkeit in Wahrheit unberührt liessen. Der mit einer solchen Beschränkung verbundene Aufwand und die mit ihr notwendig verbundene geringe Aussicht, die Sicherheit im Gerichtsgebäude zu gewährleisten, würden der gleichrangigen Bedeutung der kollidierenden Prinzipien - Öffentlichkeit und ungestörte Durchführung der Verhandlung - nicht gerecht werden (BGHSt 27, 13 ff., S. 15).
Auch durch polizeiliche Massnahmen im Gerichtsgebäude darf kein psychisch wirkender Druck - beispielsweise durch Fotografieren oder Filmen aller Zuhörer - ausgeübt werden, der dazu führt, dass einzelne von einer Teilnahme absehen. Jedoch kommt nach Auffassung des BGH nicht jede möglicherweise als psychologische Hemmschwelle wirkende Massnahme einer Verwehrung des Zutritts zur Hauptverhandlung gleich (Entscheid vom 11. Juli 1979, in: NJW 1980, 249 f.).
Der BGH hielt eine Ausweiskontrolle verbunden mit einer Registrierung der Zuhörer im Hinblick auf das Öffentlichkeitsprinzip für unbedenklich (BGHSt 27, 16): Jeder Person, die sich ausweisen könne, werde unterschiedslos der Zutritt gestattet. Zwar treffe es zu, dass niemand verpflichtet sei, seinen Personalausweis stets bei sich zu führen. Das bedeute indes nicht, dass niemandem Nachteile daraus erwachsen dürfen, dass er sich nicht ausweisen könne (so auch OLG Karlsruhe, Urteil vom 31. Juli 1975, NJW 1875 S. 2080 ff.; OTTO HELMUT SCHMITT, Öffentlichkeit der Sitzung und Ausweiskontrolle, DRiZ 1971 20 f.).
Das Oberlandesgericht Karlsruhe erachtete es auch mit dem Grundsatz der Öffentlichkeit der Verhandlung für vereinbar, wenn in Strafverfahren, in denen schwerwiegende Störungen der Hauptverhandlung zu befürchten sind, der Zutritt zum Sitzungssaal für Zuhörer davon abhängig gemacht wird, dass sie ihren Personalausweis für die Dauer ihres Aufenthalts im Sitzungssaal an eine Gerichtsstelle abgeben (Urteil vom 31. Juli 1975, in: NJW 1975 2080 ff.). Zwar sei die psychologische Belastung dessen, der seinen Personalausweis gegen Erhalt einer numerierten Einlasskarte abgeben müsse und somit für eine gewisse Zeit "registriert" sei, grösser, als wenn es bei dem blossen Vorzeigen des Ausweises sein Bewenden habe, und es könne deshalb sein, dass mancher Eintrittswillige, weil er die Registrierung seiner Person scheue, auf die Teilnahme an einer Sitzung als Zuhöher verzichten werde. Diese Massnahme sei daher bei gewöhnlichen Strafverfahren, in denen kein Störungsrisiko bestehe, unzulässig. Sei jedoch eine Störung der Verhandlung ernstlich zu befürchten, so handle es sich um eine unter dem Gesichtspunkt der Öffentlichkeit unbedenkliche sitzungspolizeiliche Massnahme. Diese sei erforderlich und geeignet, die meist gruppenweise auftretenden Störer rasch zu identifizieren. Wer nicht störend in Erscheinung trete, habe vom Einbehalten seines Ausweises keine Nachteile zu befürchten: Während der Verhandlung bedürfe er seiner nicht und nach ihrer Beendigung oder wenn er sie vor der Zeit endgültig verlassen wolle, erhalte er ihn ohne Umschweife zurück (a.a.O., S. 2082).
In der Literatur werden die genannten Entscheide überwiegend zustimmend kommentiert (vgl. THOMAS WICKERT, in: Löwe/Rosenberg, GVG-Kommentar, 25. Aufl., 2003, § 169 N. 33 mit weiteren Literaturhinweisen). WICKERT (a.a.O.) hält es insbesondere auch für zulässig, bei Vorliegen konkreter Verdachtsmomente für eine Störung der Hauptverhandlung den Zugang zum Gerichtssaal davon abhängig zu machen, dass die Personalien der Zuhörer in einer Liste festgehalten werden oder der die Personalien enthaltende Teil ihres Personalausweises fotokopiert wird.
3.4 Im vorliegenden Fall ging auch das Obergericht davon aus, dass nicht jede möglicherweise als psychologische Hemmschwelle wirkende Sicherheitsmassnahme einer Verweigerung des Zugangs gleichkomme. Es müsse jedoch im Einzelfall sorgfältig zwischen der drohenden Gefahr von Störungen einerseits und der Wichtigkeit des Öffentlichkeitsgrundsatzes andererseits abgewogen werden.
Hier sei der Gerichtspräsident aufgrund des Tumults am zweiten Verhandlungstag gezwungen gewesen, Massnahmen zur Wahrung von Ruhe und Ordnung an der dritten Verhandlung zu ergreifen. Bei der zweiten Verhandlung hätten Erwin Kessler und weitere Zuschauer den Gerichtsvorsitzenden mehrmals unterbrochen und das Gericht als "Mafia" und dessen Vorgehen als "Schweinerei" bezeichnet. Erst als die Polizei herbeigerufen wurde, hätten sich Erwin Kessler und die weiteren Störer zurückgezogen, wobei ersterer die Tür des Gerichtssaals in unkontrollierter Wut zugeschlagen habe. Es habe keinerlei Veranlassung bestanden, darauf zu hoffen, Erwin Kessler und die weiteren Tierschützer würden sich angesichts ihres offensichtlichen Hasses gegenüber dem Gericht und dem Angeklagten in ihrem Auftritt mässigen; aufgrund der zu Tage tretenden Wut habe nicht einmal ausgeschlossen werden können, dass sich die Aggressivität auch gegen den Angeklagten richten könnte. Diese Einschätzung sei durch die allgemein bekannten Leserbriefe in der Thurgauer Tagespresse bestätigt worden, in denen in gehässigem Ton nicht nur die Amtsenthebung des Gerichtspräsidenten gefordert, sondern auch verlangt worden sei, den Angeklagten hinter Gitter zu bringen.
Die vom Gerichtspräsidenten angeordnete Registrierung der Zuschauer habe den beiden zu berücksichtigenden Interessen - Ruhe und Ordnung einerseits und Öffentlichkeit andererseits - angemessen Rechnung getragen. Diese Massnahme sei offensichtlich geeignet gewesen, präventiv für Ruhe und Ordnung zu sorgen und habe Gewähr dafür geboten, im Fall eines erneuten Tumults den Kreis der Beteiligten entscheidend eingrenzen zu können. Die Massnahme habe sich ohne weiteres innerhalb des dem Gerichtsvorsitzenden zustehenden Ermessens bewegt.
Davon, dass mit der Registrierung faktisch der Zutritt verwehrt worden sei, könne schon deshalb keine Rede sein, weil kein einziger Zuschauer von der Beobachtung des Prozesses Abstand genommen habe. Schliesslich diene Art. 6 Ziff. 1 EMRK in erster Linie der Garantie eines fairen Verfahrens und dies vor allem auch im Interesse des Angeklagten. Auch unter diesem Blickwinkel sei die angeordnete Registrierung mit dem Öffentlichkeitsprinzip absolut vereinbar.
3.5 Der Beschwerdeführer räumt ein, dass die Durchsuchung der Besucher nach Waffen sowie die Anwesenheit von Polizeibeamten im Sitzungssaal rechtmässige Sicherheitsmassnahmen gewesen seien. Dagegen hält er die Ausweiskontrolle und die namentliche Erfassung der Zuschauer für unverhältnismässig. Die Fichierung von Besuchern eines Prozesses könne Personen davon abschrecken, eine öffentliche Gerichtsverhandlung zu besuchen, insbesondere wenn daraus Rückschlüsse auf ihre politischen Interessen gezogen werden könnten. Er weist darauf hin, dass sich viele Tierschützer in der Rolle einer oppositionellen politischen Minderheit sähen; sie würden vom Staat z.T. als "Öko-Terroristen" bezeichnet.
Die Ausweiskontrolle und das Erstellen einer Namensliste seien auch kein geeignetes Mittel zur Vermeidung von Störungen oder zur nachträglichen Sanktionierung von Störern gewesen, weil es gar nicht möglich gewesen wäre, einen unbekannten Störer auf der Namensliste zu identifizieren.
An der dritten Hauptverhandlung sei es nur zu einem Zwischenfall gekommen, als eine Zuschauerin nach einem Zwischenruf aus dem Saal gewiesen wurde. Sie habe diese Anweisung befolgt, ohne dass die Polizei hätte einschreiten müssen. Hätte sich diese Zwischenruferin geweigert, hätte sie von der Polizei weggeführt werden müssen, wobei auch ihre Identität hätte überprüft werden können. Die Namensliste hätte dagegen gar nichts genützt.
3.6 Die Ausweiskontrolle sowie die Deponierung des Ausweises gegen Abgabe einer Besucherkarte werden sowohl im Bundesgericht als auch im Bundeshaus in Bern routinemässig verlangt, um die Sicherheit des Parlaments- bzw. des Gerichtsgebäudes zu gewährleisten, unabhängig davon, ob konkrete Anhaltspunkte für eine Störung vorliegen. Sowohl das Bundesgericht als auch die Bundesversammlung gehen somit davon aus, dass diese Massnahmen keine psychologische Barriere darstellen, welche die Öffentlichkeit ihrer Sitzungen in Frage stellen könnte.
Die Ausweiskontrolle, d.h. die Verpflichtung, einen Pass oder Personalausweis vorzuzeigen, ist keine besonders schwerwiegende Massnahme, und bedeutet per se keinen Nachteil, der einen interessierten Zuhörer von der Teilnahme an einer Verhandlung abhalten könnte. So konnten sich auch im vorliegenden Fall sämtliche Zuhörer ausweisen, so dass alle an der Hauptverhandlung teilnehmen konnten. Diese Massnahme erscheint auch geeignet und erforderlich, um die Identität eines Störers während der Verhandlung durch das Gericht feststellen zu können, wenn dieser die Angaben seiner Personalien verweigert oder falsche Angaben macht.
3.7 Näher zu prüfen ist die vom Bezirksgerichtspräsidenten angeordnete namentliche Erfassung der Besucher auf einer Liste.
3.7.1 Im vorliegenden Fall bestand aufgrund der Vorfälle an der zweiten Verhandlung Anlass, eine Störung der Sitzung seitens der Zuhörer zu befürchten; dies wird auch vom Beschwerdeführer nicht bestritten.
3.7.2 Die Erforderlichkeit dieser Massnahme muss aus der Sicht des Bezirksgerichtspräsidenten im Zeitpunkt ihrer Anordnung und nicht ex post beurteilt werden. In jenem Zeitpunkt stand noch keineswegs fest, dass es lediglich zu vereinzelten Zwischenrufen kommen würde, die vom Vorsitzenden, u.U. unter Beizug der anwesenden Polizeibeamten, bewältigt werden konnten. Vielmehr konnte nicht ausgeschlossen werden, dass es - vor allem im Fall eines erneuten Ausbleibens des Angeklagten - zu tumultartigen Szenen unter Beteiligung vieler oder aller Zuschauer kommen könnte. In diesem Fall wären die anwesenden Polizeibeamten mit der Erhebung der Personalien aller Störer möglicherweise überfordert gewesen, weshalb die vorherige Registrierung der Personalien die nachträgliche Sanktionierung der Störer erleichtert hätte. Für diesen Fall entfaltete die Massnahme auch eine gewisse präventive Wirkung. Insofern kann sie, entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers, nicht als von vornherein ungeeignet betrachtet werden, und lag im Ermessen des Gerichtspräsidenten.
3.7.3 Werden die Personalien nur für die Zwecke der Sitzungspolizei registriert und die Liste nach der Verhandlung vernichtet, so hat dies dieselbe Wirkung wie die Praxis der Bundesbehörden, die Abgabe eines amtlichen Ausweises zu verlangen: Die Identität der Besucher wird nur während der Dauer der Hauptverhandlung festgehalten und nicht darüber hinaus gespeichert; die Informationen können deshalb auch nicht zu anderen als sitzungspolizeilichen Zwecken verwendet werden. Insofern erscheint die Massnahme nicht als unverhältnismässig und stellt die Öffentlichkeit des Verfahrens nicht in Frage.
Problematisch ist es dagegen, wenn die Teilnehmerliste über die Dauer der Verhandlung hinaus aufbewahrt wird und deshalb die Möglichkeit besteht, dass sie zu anderen als sitzungspolizeilichen Zwecken verwendet werden könnte.
Aus der Teilnahme an einer oder mehreren Verhandlungen können u.U. Rückschlüsse auf die Anschauungen der Zuhörer, ihre Zugehörigkeit zu Vereinigungen oder auf andere sensible persönliche Daten gezogen werden. So erscheint die Auffassung des VgT, dass die Besucher des vorliegenden Prozesses als Mitglieder oder Sympathisanten des VgT identifiziert werden könnten, die dessen kompromisslosen Einsatz für den Tierschutz und dessen äussert kritische Haltung gegenüber den staatlichen Behörden teilen, nicht von vornherein als abwegig. Müssten die Zuschauer befürchten, als radikale Tierschützer "fichiert" zu werden, könnten sie auf die Teilnahme an der Hauptverhandlung verzichten, um Nachteile im Umgang mit den staatlichen Behörden zu vermeiden. Insofern wäre die Aufbewahrung derartiger Besucherlisten nicht nur aus Sicht des Daten- und Persönlichkeitsschutzes problematisch, sondern könnte auch den Öffentlichkeitsgrundsatz verletzen.
Im vorliegenden Fall hat der Gerichtspräsident die Vernichtung der Liste nach der Hauptverhandlung nicht von vornherein angeordnet. Er hat jedoch glaubhaft dargelegt, dass die Besucher nur vorübergehend, während der Dauer der Hauptverhandlung, erfasst werden sollten, und die Besucherliste ausschliesslich sitzungspolizeilichen Zwecken gedient habe. Sie sei weder kopiert noch irgendwie sonst verwendet worden. Inzwischen sei die Liste auf Anweisung des Gerichtspräsidenten vernichtet worden. Es gibt keinen Anlass, an dieser Darstellung zu zweifeln; diese wurde auch vom Beschwerdeführer nicht bestritten.
Auch für die Besucher der Hauptverhandlung gab es keinen Grund anzunehmen, dass die Registrierung ihrer Personalien, die erstmals - als Reaktion auf einen konkreten Vorfall an der vorangegangenen Verhandlung - angeordnet worden war, anderen als sitzungspolizeilichen Zwecken dienen sollte. Jedenfalls ist unstreitig, dass sich keiner der Zuhörer durch die Massnahme von der Teilnahme an der Hauptverhandlung hat abhalten lassen.
3.8 Unter diesen Umständen stellten die Ausweiskontrolle und Registrierung der Besucher keine Verletzung des Öffentlichkeitsprinzips dar.
4. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen.
Beim Kostenentscheid ist allerdings zu berücksichtigen, dass die Sachverhaltsrüge des Beschwerdeführers begründet war und bei der rechtlichen Beurteilung neue, vom Bezirksgerichtspräsidenten erstmals vor Bundesgericht vorgebrachte Tatsachen berücksichtigt wurden. Dies rechtfertigt eine Halbierung der dem Beschwerdeführer aufzuerlegenden Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Präsidium des Bezirksgerichts Arbon und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber