Sachverhalt:
A. W._, geboren 1969, war vom 1. Januar 2003 bis 30. November 2004 bei der T._ GmbH als Küchenchef angestellt und vom 1. Januar bis 31. Dezember 2003 bei der GastroSocial, Aarau, berufsvorsorgeversichert. Mit Schreiben vom 23. Oktober 2006 und 12. März 2007 ersuchte W._ die T._ GmbH, bzw. deren Geschäftsführer M._, erfolglos um Zusendung der ausstehenden Lohnabrechnungen für die Zeit vom 1. Januar 2003 bis 30. November 2004. Im Rahmen eines in der Folge von W._ angehobenen Arbeitsgerichtsverfahrens schlossen die Parteien einen Vergleich, in welchem sich die T._ GmbH insbesondere zur Aushändigung der Lohnabrechnungen verpflichtete und anerkannte, dass für Unterkunft (inklusive Strom und Wasser) sowie Verpflegung gemäss Zusatzvereinbarung zum Arbeitsvertrag "Fr. 1'100.- netto als Naturallohnbestandteil anzurechnen sind" (Abschreibungsverfügung des Arbeitsgerichts Aarau vom 7. Dezember 2007).
B. Am 10. Dezember 2007 erhob W._ Klage beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau gegen die T._ GmbH und beantragte die Nachzahlung der ausstehenden Sozialversicherungsbeiträge (AHV und BVG) für die Jahre 2003 und 2004. Das kantonale Versicherungsgericht verfügte am 21. Februar 2008, die T._ GmbH habe bis spätestens 4. März 2008 die Lohnabrechnungen der Jahre 2003 und 2004 betreffend das Arbeitsverhältnis mit W._ einzureichen. Weiter holte sie bei der Pensionskasse GastroSocial "sämtliche für die Ermittlung der Beitragspflicht in den Jahren 2003 und 2004 erforderlichen Unterlagen" ein (Instruktionsverfügung und Begleitschreiben vom 27. März 2008), worauf die GastroSocial mitteilte, die T._ GmbH sei nur bis Ende 2003 bei ihr angeschlossen gewesen (Antwort der GastroSocial vom 4. April 2008). W._ reichte eine von ihm erstellte Lohnzusammenstellung zu den Akten (Schreiben vom 4. Mai 2008). Das Versicherungsgericht lud die GastroSocial zum Verfahren bei (Verfügung vom 22. September 2008). Mit Entscheid vom 10. März 2009 trat es auf die Klage betreffend Nachzahlung von AHV-Beiträgen nicht ein, verpflichtete in teilweiser Gutheissung der Klage die T._ GmbH, der GastroSocial BVG-Beiträge zugunsten des W._ für das Jahr 2003 in Höhe von Fr. 2'324 zuzüglich Verzugszinsen zu bezahlen und wies im Übrigen die Klage ab.
C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, soweit er die Beitragszahlung für das Jahr 2004 betreffe, und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur weiteren Abklärung.
W._ schliesst sich sinngemäss der Beschwerde an. Das kantonale Gericht beantragt deren Abweisung. Die T._ GmbH hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Gemäss <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]). Zu den Rechtsverletzungen gemäss <ref-law> gehören namentlich auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteile 9C_40/2007 vom 31. Juli 2007 E. 1 und 9C_360/2007 vom 30. August 2007 E. 3; Ulrich Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 25, 36 und 58-61 zu <ref-law>; Hansjörg Seiler, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 24 zu <ref-law>).
2. Der Arbeitnehmer ist aktivlegitimiert, um vom Arbeitgeber zu verlangen, dass er der Vorsorgeeinrichtung die Beiträge gemäss Art. 66 Abs. 2 BVG bezahlt. Geht es nicht um Leistungen der Vorsorgeeinrichtung, sondern um die Entrichtung der Beiträge, ist einzig der Arbeitgeber passivlegitimiert, nicht jedoch die Vorsorgeeinrichtung (<ref-ruling> E. 3.2 S. 26 f., 129 V 320 E. 3.1; Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts B 45+46/04 vom 9. November 2004). Die Vorsorgeeinrichtung wäre zwar selber aktivlegitimiert, um vom Arbeitgeber die Beiträge einzufordern, ist an sich aber nicht am Prozess beteiligt, wenn der Arbeitnehmer klagt. Es ist indes zweckmässig, sie beizuladen, wie dies die Vorinstanz in Bezug auf die bis Ende 2003 zuständig gewesene GastroSocial auch getan hat.
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog, die Beklagte habe sich nicht vernehmen lassen, weshalb der Sachdarstellung des Versicherten zu folgen und davon auszugehen sei, dass auf dem Naturallohn in Höhe von Fr. 1'100.- monatlich sowie auf dem 13. Monatslohn von Fr. 3'400.-, also auf dem Betrag von insgesamt Fr. 16'600.-, keine Beiträge an die berufliche Vorsorge bezahlt worden seien. Die Beklagte sei daher zu verpflichten, der Pensionskasse GastroSocial für das Jahr 2003 die ausstehenden Beiträge in Höhe von Fr. 2'324.- zu überweisen. Was die Beiträge für die Monate Januar bis November 2004 betreffe, habe der Versicherte nicht bewiesen, dass er auch während dieser Zeit bei der GastroSocial oder einer anderen Vorsorgeeinrichtung berufsvorsorgeversichert gewesen sei. Aus diesem Grund könne ihm für das Jahr 2004 keine Beitragsnachzahlung zu Lasten der Beklagten zugesprochen werden.
3.2 Das BSV rügt, die Vorinstanz verletze den Untersuchungsgrundsatz (Art. 73 Abs. 2 BVG), soweit sie erwäge, dem Versicherten könne für das Jahr 2004 keine Beitragsnachzahlung zu Lasten der Beklagten zugesprochen werden, weil er die hiefür zuständige Vorsorgeeinrichtung nicht nachgewiesen habe. Die obligatorische berufliche Vorsorge gelte gerade auch für Arbeitnehmer, deren Arbeitgeber sich keiner Vorsorgeeinrichtung angeschlossen bzw. ihre Arbeitnehmer bei der zuständigen Vorsorgeeinrichtung nicht gemeldet hätten. Dass der Versicherte in seinem Rechtsbegehren auf Bezahlung von Beiträgen an die berufliche Vorsorge (für das Jahr 2004) die zuständige Vorsorgeeinrichtung nicht habe nennen können, dürfe sich nicht zu seinen Ungunsten auswirken. Zum einen komme sein Anliegen auch ohne Bezeichnung der zuständigen Einrichtung klar zum Ausdruck, zum anderen gelte für das berufsvorsorgerechtliche Verfahren der Untersuchungsgrundsatz, so dass sich die fehlende Bekanntgabe der zuständigen Vorsorgeeinrichtung auch nicht über das Beweisrecht zu seinem Nachteil auswirken könne.
4. 4.1 Ein Leistungsurteil muss vollstreckbar sein, was voraussetzt, dass das Urteil denjenigen bezeichnet, der zu bezahlen hat, sowie denjenigen, an den die Zahlung geht. Klagt der Arbeitnehmer gegen den Arbeitgeber auf Leistung von Pensionskassenbeiträgen, so lautet das Urteil darauf, dass der Arbeitgeber verurteilt wird, der zuständigen Vorsorgeeinrichtung den betreffenden Betrag zu bezahlen (vgl. <ref-ruling>). Das setzt voraus, dass die Vorsorgeeinrichtung bekannt ist, was in den bisher vom Bundesgericht zu beurteilenden Fällen zutraf (zum Beispiel <ref-ruling>; Urteile 9C_139/2008 vom 27. Oktober 2008 und B 105/05 vom 21. April 2006).
4.2 Im Unterschied dazu ist vorliegend nicht bekannt, bei welcher Vorsorgeeinrichtung die Beschwerdegegnerin ihre Arbeitnehmer ab 1. Januar 2004 versichert hat. Möglich ist, dass sie es in Verletzung ihrer Versicherungspflicht (Art. 11 Abs. 1 BVG) unterlassen hat, sich einer neuen Vorsorgeeinrichtung anzuschliessen (zumal im Jahre 2004 offenbar auch keine AHV-Beiträge abgerechnet wurden). In einem solchen Falle müsste nach den zutreffenden Vorbringen in der Beschwerde die kantonale Aufsichtsbehörde den Arbeitgeber auffordern, sich (rückwirkend; Art. 11 Abs. 3 BVG) einer anderen Vorsorgeeinrichtung anzuschliessen; im Unterlassungsfall würde ein Zwangsanschluss an die Auffangeinrichtung erfolgen (Art. 11 Abs. 5 und 6 BVG in der bis Ende 2004 gültig gewesenen Fassung). Solange die Beschwerdegegnerin sich nicht einer neuen Vorsorgeeinrichtung (allenfalls der Auffangeinrichtung) angeschlossen hat, kann indes kein Leistungsurteil ergehen, das sie verpflichtet, einer bestimmten Vorsorgeeinrichtung die Beiträge zu bezahlen. Da das anwendbare Vorsorgereglement nicht bekannt ist, wäre auch die Berechnung der geschuldeten Beiträge nicht möglich. Das vom Versicherten grundsätzlich mit Recht gestellte Begehren kann demzufolge nicht erfüllt werden, solange die neue Vorsorgeeinrichtung nicht bekannt ist.
5. Nach der vom Versicherten nachgewiesenen arbeitsvertraglichen Lohnhöhe war er obligatorisch bvg-versichert. Das genügt, damit der Arbeitgeber verpflichtet ist, sich einer Vorsorgeeinrichtung anzuschliessen und Beiträge zu bezahlen (Art. 11 Abs. 1 BVG). Zwar ist nicht bekannt, ob (für das Jahr 2004) ein Anschluss erfolgt ist und wenn ja, bei welcher Vorsorgeeinrichtung. Das beschwerdeführende Bundesamt macht indes mit Recht geltend, dass die Vorinstanz gemäss Art. 73 Abs. 2 BVG verpflichtet gewesen wäre, bei der Aufsichtsbehörde nachzufragen, welches die zuständige Vorsorgeeinrichtung sei. Eine solche Nachfrage ist mit geringem Aufwand verbunden, weshalb von einer "Überdehnung" der Untersuchungsmaxime entgegen den Vorbringen des kantonalen Gerichtes in seiner Vernehmlassung keine Rede sein kann. Zutreffend weist das beschwerdeführende Bundesamt darauf hin, dass der fehlende Beweis des Versicherten, er sei auch nach dem 31. Dezember 2003 bei einer anderen Vorsorgeeinrichtung versichert gewesen, nicht zur Ausserkraftsetzung der gesetzlichen Regelung zum Anschluss von Amtes wegen an die Auffangeinrichtung (Art. 11 Abs. 5 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Form) führen darf.
6. Die Sache ist daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie bei der Aufsichtsbehörde eine entsprechende Nachfrage tätigt. Ist eine zuständige Vorsorgeeinrichtung festzustellen, kann der Arbeitgeber entsprechend dem vom Versicherten gestellten Rechtsbegehren verurteilt werden, dieser die Beiträge zu bezahlen. Wenn - wie die Vorinstanz vermutet - der Arbeitgeber im Jahre 2004 tatsächlich keiner Vorsorgeeinrichtung angeschlossen war, wäre eine Meldung an die Auffangeinrichtung zu erstatten. Da die Auffangeinrichtung, anders als die anderen Vorsorgeeinrichtungen, ihre Beiträge mittels Verfügung einfordern kann (Art. 6a Abs. 2bis BVG, in Kraft seit 1. Januar 2005, aber - da es sich um eine verfahrensrechtliche Bestimmung handelt - auch auf die Beiträge für das Jahr 2004 anwendbar), wäre zweckmässigerweise deren Zwangsanschluss- und Beitragsverfügung abzuwarten und das Klageverfahren inzwischen zu sistieren. Ist die Beitragsverfügung der Auffangeinrichtung rechtskräftig, könnte alsdann die Klage als gegenstandslos abgeschrieben werden, da mit der Verfügung ein Vollstreckungstitel für die streitigen Beiträge bereits besteht (<ref-ruling> E. 3.2).
7. Es werden keine Gerichtskosten erhoben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 10. März 2009 wird aufgehoben, soweit damit die Klage abgewiesen wurde. Die Sache wird an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen, damit es im Sinne der Erwägungen verfahre.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 13. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle