Sachverhalt:
A. Auf Anzeige von Rechtsanwalt Y._ hin eröffnete die Aufsichtskommission über die Rechtsanwälte des Kantons Graubünden gegen Rechtsanwalt X._ ein Disziplinarverfahren wegen unzulässigen Doppelmandats bzw. unstatthafter Interessenkollision. Mit Beschluss vom 13. Juni 2008 erteilte sie ihm wegen Verletzung der Berufsregeln einen Verweis und auferlegte ihm die Verfahrenskosten von Fr. 300.--. Eine von X._ dagegen gerichtete Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 4. November 2008 aufzuheben und ihn von jeglicher Disziplinarmassnahme zu befreien.
Die Aufsichtskommission über die Rechtsanwälte und das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Das eidgenössische Anwaltsgesetz, welches neben den Berufspflichten (Art. 12 BGFA) insbesondere auch das Disziplinarrecht (Art. 17 ff. BGFA) abschliessend regelt, ist Teil des Bundesverwaltungsrechts. Damit unterliegt das angefochtene Urteil, bei dem es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid handelt (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG), der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a BGG). Da keiner der Ausschlussgründe von Art. 83 BGG Anwendung findet, ist dieses Rechtsmittel zulässig.
2. 2.1 A. und B.Z._ erteilten im Jahr 2000 dem Architekten C._ den Auftrag, als Totalunternehmer auf dem freien Teil ihrer Ferienhausparzelle in V._ (Gemeinde W._) drei Mehrfamilienhäuser mit einer unterirdischen Einstellhalle zu erstellen. Den Verkauf der Eigentumswohnungen übertrugen sie einer Maklerfirma der Ehefrau des Architekten. Die Wohnungen wurden ab Weihnachten 2003 bezogen. Nachdem einer der Käufer beanstandet hatte, die Fahrrampe sei in Missachtung der Baubewilligung zu steil (über 30 % statt maximal 15 %) erstellt worden, beauftragten die Stockwerkeigentümer Rechtsanwalt Y._ mit der Wahrung ihrer Interessen gegenüber der Baubehörde W._, dem Architekten als Totalunternehmer sowie A.Z._ als Verkäuferin. Nachdem der Beauftragte A.Z._ einen Zahlungsbefehl über Fr. 500'000.-- hatte zukommen lassen und dem Architekten u.a. Verfehlungen bei Projektierung und Ausführung der Rampe zum Vorwurf gemacht hatte, beauftragten Verkäuferin und Architekt gemeinsam ebenfalls einen Anwalt mit der Wahrung ihrer Interessen. Da dieser sein Mandat nach zwei Monaten niederlegte, betrauten sie den Beschwerdeführer mit diesem Doppelmandat.
2.2 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass zwischen dem Beschwerdeführer und dem Architekten bzw. dessen Ehefrau einerseits und A.Z._ andererseits mündlich eine spezielle Mandatsorganisation vereinbart worden sei; dies mit dem Zweck, sich gegen verschiedene, Gegenstand von separaten privaten und öffentlichen Verfahren bildende Vorwürfe der Stockwerkeigentümer und der Gemeinde W._ namentlich betreffend die Zufahrtsrampe zur Tiefgarage zu wehren. Dabei habe A.Z._, die sich aus den Streitigkeiten habe heraushalten wollen, bewusst auf jede Information durch den Beschwerdeführer über die laufenden Geschäfte verzichtet; sie habe sich - sofern nötig - nicht vom Beschwerdeführer, sondern lediglich vom Architekten bzw. dessen Ehefrau rudimentär über die Verfahren informieren lassen wollen.
Insofern seien die Interessen der Klienten zwar durchaus gleich gerichtet gewesen. Es hätte aber bereits für einen Laien von Anbeginn weg klar sein müssen, dass sich im weiteren Verlauf der juristischen Auseinandersetzungen grössere Interessenkonflikte ergeben könnten, beispielsweise wenn sich herausgestellt hätte, dass die Rampe entfernt und der gesetzmässige Zustand wieder hergestellt werden müsste.
Die vereinbarte Informationsregelung verletzt unter diesen Umständen nach Auffassung der Vorinstanz die sich aus Art. 12 BGFA ergebende volle anwaltliche Aufklärungs- und Benachrichtigungspflicht. Denn aus einer unzureichenden oder gar falschen Information durch den Architekten bzw. dessen Ehefrau hätte A.Z._ Schaden entstehen können. Im Rahmen seiner ihm verbleibenden Möglichkeiten hätte er deshalb wenigstens sicherstellen müssen, dass seiner auf direkte Information durch ihn weitgehend verzichtenden Mandantin durch abmachungswidrige ungenügende oder falsche Informationen keine relevanten Nachteile entstehen. Es sei zwar zwischen den Mandanten mündlich vereinbart worden, dass der Architekt die Anwaltskosten selber trage und dass dieser A.Z._ sämtliche Schäden, die sie aus den infrage stehenden Verfahren erleiden könnte, voll zu ersetzen habe. Angesichts des weitgehenden Verzichts auf direkte anwaltliche Information und des fortgeschrittenen Alters der Mandantin wäre es aber für eine sorgfältige und gewissenhafte Interessenwahrung geboten gewesen, auf einer schriftlichen Vereinbarung einer solchen Schadloshaltung zu bestehen; dies als absolutes Minimum an Vorkehren zur Vermeidung von Interessenverletzungen seiner Mandantin. Indem er davon abgesehen habe, habe er gegen die in Art. 12 lit. c in Verbindung mit lit. a BGFA umschriebenen Verpflichtungen verstossen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung seines Anspruches auf Gewährung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV). Diese erblickt er zunächst darin, dass er zur verlangten schriftlichen Schadloserklärung bzw. deren Inhalt nicht angehört worden sei.
3.2 Die Rüge ist unbegründet. In seiner Anzeige vom 25. September 2007 gegen Rechtsanwalt Y._ legte der Beschwerdeführer dar, dass im Rahmen der Mandatsorganisation vereinbart worden sei, dass der Architekt allfällige negative Konsequenzen derselben trage, d.h. A.Z._ schadlos halte, sofern gegenüber dieser nachteilige Massnahmen verhängt würden. In ihrem Beschluss vom 13. Juni 2008 nahm die Aufsichtskommission mit der Forderung nach einer schriftlichen Schadloserklärung offensichtlich Bezug auf die Darlegungen des Beschwerdeführers. In seiner Beschwerde an die Vorinstanz hat er diese Darstellung der Schadloshaltung (unter Bezugnahme auf seine Eingabe vom 25. September 2007) wiederholt. Diese mündlich vereinbarte Schadloshaltung wird von der Vorinstanz nicht in Frage gestellt. Da sie insofern die Darstellung des Beschwerdeführers übernommen hat und der Inhalt angesichts der Umstände ebenfalls klar war - A.Z._ sollte keine insbesondere finanziellen Nachteile zu tragen haben, was auch der Beschwerdeführer in seiner Beschwerde an die Vorinstanz bestätigte - erübrigte sich eine weitere Anhörung des Beschwerdeführers zu dieser unbestrittenermassen mündlich vereinbarten Schadloshaltung. Zugleich durfte die Vorinstanz auf die Anhörung von Zeugen verzichten.
3.3 Dem Beschwerdeführer ist darin beizupflichten, dass die von der Aufsichtskommission verwendete Formulierung "Schadloshaltung infolge mangelhaften oder gar falschen Informationsflusses" zwischen den Eheleuten C._ und A.Z._ unklar ist. Dasselbe gilt für die entsprechenden Ausführungen der Vorinstanz betreffend relevante Nachteile durch abmachungswidrige ungenügende oder falsche Informationen. Die Regelung des Informationsflusses ist im vorliegenden Fall nicht entscheidend, da die in Frage stehende Schadloserklärung lediglich die Anwaltskosten und sämtliche Schäden betrifft, die A.Z._ - trotz des möglichst guten und gemeinsamen Abwehrverhaltens - aus privatrechtlichen und öffentlich-rechtlichen Verfahren erleiden würde (angefochtenes Urteil E. 2d). Massgebend ist vielmehr, ob sich die in Frage stehende allfällige Interessenkollision durch die verlangte schriftliche Schadloserklärung gar nicht negativ für die Interessen der Klientschaft hätte auswirken können. Die Vorinstanz hat denn zu Recht auch nur geprüft, ob dem Beschwerdeführer ein Verstoss gegen Art. 12 lit. c (in Verbindung mit lit. a), d.h. insbesondere eine unzulässige Doppelvertretung zur Last zu legen ist (angefochtenes Urteil E. 1, 2a/d/e).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche (Art. 9 BV) Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung. Er beanstandet namentlich, die Vorinstanz habe sowohl den Totalunternehmervertrag zwischen seinen beiden Mandanten als auch die zwischen A.Z._ und den Käufern abgeschlossenen Verkaufsverträge (mit Regelungen der Haftung für Baumängel) in willkürlicher Weise übergangen.
4.2 Die Rüge ist unbegründet. Die Vorinstanz verweist ausdrücklich auf den Totalunternehmervertrag vom 23. April 2003. Es kann damit nicht die Rede davon sein, dass sie den Vertrag übergangen hat.
4.3 Was die übrigen Vorbringen anbelangt (Nichtbeachtung der Verkaufsverträge, keine Disziplinarverfahren gegen seine Mandatsvorgänger, Verfahren gegen Rechtsanwalt Y._), erübrigen sich weitere Ausführungen, da die Beschwerde aus den nachstehend dargelegten Gründen ohnehin gutzuheissen ist.
5. 5.1 Gemäss Art. 12 lit. c BGFA haben die Rechtsanwälte "jeden Konflikt zwischen den Interessen ihrer Klientschaft und den Personen, mit denen sie geschäftlich oder privat in Beziehung stehen", zu vermeiden. Die entsprechende Treuepflicht gegenüber dem Klienten ist umfassender Natur und erstreckt sich auf alle Aspekte des Mandatsverhältnisses. Sie steht im Zusammenhang mit der Generalklausel von Art. 12 lit. a BGFA, gemäss welcher die Rechtsanwälte "ihren Beruf sorgfältig und gewissenhaft auszuüben" haben, wie auch mit Art. 12 lit. b BGFA, der sie zur Unabhängigkeit verpflichtet. Aus dieser umfassenden Treue- und Unabhängigkeitspflicht ergibt sich insbesondere auch ein Verbot von Doppelvertretungen: Der Anwalt darf nicht in ein und derselben Streitsache Parteien mit gegenläufigen Interessen vertreten, weil er sich diesfalls weder für den einen noch für den anderen Klienten voll einsetzen könnte. Eine unzulässige Doppelvertretung muss nicht zwingend das gleiche formelle Verfahren oder allfällige mit diesem direkt zusammenhängende Nebenverfahren betreffen. Besteht zwischen zwei Verfahren ein Sachzusammenhang, so verstösst der Rechtsanwalt dann gegen Art. 12 lit. c BGFA, wenn er in diesen Klienten vertritt, deren Interessen nicht gleichgerichtet sind. Dabei ist grundsätzlich unerheblich, ob das erste, den gleichen Sachzusammenhang betreffende Verfahren bereits beendet oder noch hängig ist, zumal die anwaltliche Treuepflicht in zeitlicher Hinsicht unbeschränkt ist. Gestützt auf Art. 12 lit. c BGFA ist es dem Anwalt weiter grundsätzlich untersagt, gerichtlich gegen einen Klienten vorzugehen, für den er zur gleichen Zeit ein anderes (hängiges) Mandat führt. In persönlicher Hinsicht ist das Verbot von Doppelvertretungen nicht auf Verfahren begrenzt, zwischen denen ein Sachzusammenhang besteht, sondern erfasst überhaupt jede Form von sich widersprechenden Interessen (<ref-ruling> E. 3).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zur Vertretung von Versicherungsgesellschaft und Versichertem sind deren Interessen in der Regel deckungsgleich und lassen sich daher gewöhnlich gleichzeitig von ein und demselben Rechtsanwalt wahrnehmen. Eine gleichzeitige Vertretung ist mangels gleichgerichteter Interessen dann ausgeschlossen, wenn Differenzen zwischen den Parteien des Versicherungsvertrages bestehen. Ist ein derartiger Konflikt bereits bei der ersten Kontaktnahme mit dem Rechtsanwalt absehbar, so darf dieser nur entweder die Versicherung oder den Versicherten als Klienten akzeptieren. Treten die Differenzen erst nach der Mandatierung des Rechtsanwalts zutage, so hat dieser beide Mandate niederzulegen und darf künftig in Fragen, welche mit dem betreffenden Versicherungsfall in einem Sachzusammenhang stehen, weder die Versicherung noch den Versicherten vertreten. Das entsprechende Vertretungsverbot gilt ohne weiteres auch für allfällige Prozesse gegen Dritte, selbst wenn Versicherer und Versicherter in diesen den gleichen Rechtsstandpunkt einnehmen sollten. An gleichgerichteten Interessen fehlt es etwa, wenn Versicherer und Versicherter unterschiedliche Ansichten über die Ersatzpflicht bzw. die Befriedigung des Geschädigten haben. Die blosse abstrakte Möglichkeit des Auftretens von Differenzen zwischen den Vertragsparteien reicht aber nicht aus, um auf eine unzulässige Doppelvertretung zu schliessen. Ansonsten wäre es einem Rechtsanwalt überhaupt nie möglich, zwei Personen zugleich zu vertreten, da immer denkbar ist, dass es zwischen diesen auf die eine oder die andere Art zu Meinungsverschiedenheiten bezüglich des Streitgegenstands kommt. Der Rechtsanwalt, der in der gleichen Angelegenheit zwei Mandanten vertritt, muss sich jedoch stets bewusst sein, dass deren Interessen zwar im Moment gleichgerichtet sein mögen, es zwischen ihnen künftig aber jederzeit zu Unstimmigkeiten mit gegensätzlichen Standpunkten kommen kann. Er hat deshalb alles zu unterlassen, was in einem allfälligen späteren Konflikt die Stellung eines Mandanten zum Vorteil des anderen schwächen könnte. Eine entsprechende Verhaltensregel ergibt sich ohne weiteres aus der allgemeinen Verpflichtung des Rechtsanwalts zur sorgfältigen und gewissenhaften Berufsausübung, so dass ihre Missachtung disziplinarisch als Verstoss gegen Art. 12 lit. a BGFA geahndet werden kann. Deshalb ist nicht angezeigt, allein wegen der theoretischen Möglichkeit solcher Berufspflichtverletzungen die gleichzeitige Wahrung der Interessen von Versicherer und Versichertem generell als unzulässige Doppelvertretung zu qualifizieren. Dass die Versicherungsgesellschaft, falls sie (zumindest teilweise) ersatzpflichtig erklärt würde, allenfalls auf den Versicherten Regress nehmen könnte, ändert nichts. Es versteht sich von selbst, dass der Anwalt in einem allfälligen Regressverfahren weder die Versicherungsgesellschaft noch den Versicherten vertreten dürfte (<ref-ruling> E. 4.2 und 4.3).
5.2 Der Beschwerdeführer hat A.Z._ als Verkäuferin und den Architekten als Totalunternehmer der Eigentumswohnungen gegenüber der Stockwerkeigentümergemeinschaft und der Gemeinde W._ vertreten, welche mittels der von ihnen eingeleiteten rechtlichen Vorkehren (Verfahren auf Feststellung von Verstössen gegen das Baugesetz [Ausführung Fassaden, Anzahl Parkplätze, Neigung Zufahrtsrampe] und Herstellung des rechtmässigen Zustandes) insbesondere die Neuerstellung einer Rampe mit geringerer Neigung zur unterirdischen Einstellhalle anstrebten. Die Vorinstanz hat insoweit zu Recht erkannt, dass in dieser Hinsicht die Interessen der Mandanten gleich gerichtet waren, nämlich auf Abwehr aller aus den geltend gemachten Mängeln des Bauwerks allenfalls auf sie zukommenden (Schaden-)Ersatzansprüche. Namentlich erwähnt sie die Möglichkeit, dass die Zufahrtsrampe entfernt und der gesetzmässige Zustand wieder hergestellt werden müsste.
Die Vorinstanz hat indessen keinen konkreten Interessenkonflikt zwischen den Mandanten des Beschwerdeführers festgestellt. Sie wirft diesem auch kein eigentliches Fehlverhalten bei der Vertretung seiner Mandanten vor. Vielmehr erachtet sie die gleichzeitige Vertretung der beiden Mandanten allein mit Blick auf eine mögliche künftige Interessenkollision als unzulässig, was nach dem Gesagten auf einer unrichtigen Auslegung von Art. 12 lit. c BGFA beruht.
5.3 Der Beschwerdeführer hat schon im vorinstanzlichen Verfahren auf die Mängelregelung gemäss dem Totalunternehmervertrag und den Kaufverträgen verwiesen. Gemäss dem zwischen seinen beiden Mandanten A.Z._ und C._ am 23. April 2003 abgeschlossenen Totalunternehmervertrag waren im Werkpreis namentlich die Garantie und Risikoübernahme des Totalunternehmers (Ziff. 5.1.4) sowie die Befolgung aller gesetzlichen und behördlichen Vorschriften und Auflagen (Ziff. 5.12) enthalten; zudem waren die SIA Norm 118 (die in den Art. 165 ff. auch die Gewährleistung für Werkmängel regelt) und die zum Zeitpunkt der Baueingabe geltenden technischen Bedingungen übriger Normen ausdrücklich als ergänzende Vertragsbestandteile vereinbart worden. A.Z._ hätte deshalb, wäre sie durch die Gemeinde oder die Käufer in Anspruch genommen worden, in jedem Fall auf den Architekten Regress nehmen und sich dadurch schadlos halten können.
Bereits auf Grund dieser vertraglichen Haftungsregelung war der Architekt in allen Fällen für die allenfalls A.Z._ treffenden Schadenersatzforderungen leistungspflichtig. Dies wurde im Rahmen der mündlichen Mandatsorganisation lediglich bestätigt. Die von der Vorinstanz zusätzlich verlangte schriftliche Vereinbarung betreffend Schadloshaltung von A.Z._ könnte keinen über den bereits aus Vertrag bestehenden hinausgehenden Schutz von A.Z._ bewirken und erweist sich somit als unnötig. Da somit unter allen Umständen der Architekt für den gegebenenfalls entstandenen Schaden hätte aufkommen müssen, ist es im Übrigen auch nicht zu beanstanden, dass er in erster Linie durch den Beschwerdeführer zu informieren war.
5.4 Allenfalls hätte die alleinige Tragung der Anwaltskosten durch den Architekten zusätzlich zur mündlichen Vereinbarung schriftlich geregelt werden können; ein konkreter Interessenkonflikt ist indessen auch hier nicht zu erkennen und wird von der Vorinstanz auch nicht angeführt.
6. Mithin steht fest, dass der Beschwerdeführer nicht gegen Art. 12 lit. a und c BGFA verstossen hat. Der angefochtene Entscheid ist in Gutheissung der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten aufzuheben.
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 BGG).
Für die Aufwendungen, welche der - anwaltlich vertretene - Beschwerdeführer im Hinblick auf das bundesgerichtliche Verfahren getätigt hat, ist er vom Kanton Graubünden angemessen zu entschädigen (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das angefochtene Urteil sowie der Beschluss der Aufsichtskommission über die Rechtsanwälte des Kantons Graubünden vom 13. Juni 2008 werden aufgehoben. Der Beschwerdeführer hat seine Pflichten als Anwalt nicht verletzt.
Die Angelegenheit wird zur neuen Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Graubünden hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Aufsichtskommission über die Rechtsanwälte des Kantons Graubünden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng