direkte Bundessteuer 1991/92, hat sich ergeben:
A.- Rechtsanwalt Dr. iur. X._ ist seit 1971 Partner der Anwaltskanzlei A._ & B._ in Zürich. Die Kanzlei ermittelt ihr Geschäftsergebnis jeweils durch eine nach kaufmännischen Grundsätzen erstellte und auf Ende eines Kalenderjahres abgeschlossene Buchhaltung. Das Ergebnis wird den Partnern am 31. März des Folgejahres nach einem bestimmten Schlüssel verteilt, vermindert um die im Laufe des Geschäftsjahres bezogenen, von der Anwaltskanzlei für mehrere Jahre festgelegten Akonto-Beträge.
In den Steuererklärungen deklarierte X._ jeweils einerseits die im Bemessungsjahr getätigten Akonto-Bezüge und andererseits den per 31. März desselben Jahres ausbezahlten Gewinnsaldo des Vorjahres. Diese Art der Deklaration wurde von den Steuerbehörden nicht beanstandet.
In der Steuererklärung für die direkte Bundessteuer 1991/92 deklarierte X._ die Einkünfte nach der gewohnten Methode, indem er einerseits die in den Jahren 1989 und 1990 bezogenen Akonto-Beträge, andererseits die in diesen Jahren ausbezahlten Gewinnsaldi für die Jahre 1988 und 1989 aufführte.
Diese Art der Deklaration wurde im von einem andern Partner der nämlichen Kanzlei veranlassten, die Staats- und Gemeindesteuer betreffenden Entscheid der Steuer-Rekurskommission I vom 31. Januar 1995 als gesetzwidrig erkannt. Gesetzmässig sei einzig die Soll-Methode. Der Gewinnanteil der Gesellschafter sei dem Einkommen desjenigen Jahres zuzurechnen, für welches der Geschäftsabschluss erfolgt sei (StE 1995 A 24.32 Nr. 1).
Entsprechend dieser geänderten Praxis veranlagte der Steuerkommissär X._ am 21. Oktober 1996 für die Veranlagungsperiode 1991/92 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. _. -- (Schweiz) bzw. Fr. _. -- (gesamt), indem er zum deklarierten steuerbaren Einkommen den das Geschäftsjahr 1990 betreffenden (per 31. März 1991 ausbezahlten) Reingewinnsaldo von Fr. _. -- hinzurechnete.
B.- Gegen diese Veranlagung erhoben X._ und seine Ehefrau zunächst erfolglos Einsprache und anschliessend Beschwerde an die Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich. Diese trat mit Entscheid vom 29. April 1998 auf die Beschwerde der Ehefrau nicht ein, hiess diejenige von X._ gut und veranlagte ihn für die direkte Bundessteuer 1991/92 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. _. -- (Schweiz) bzw. Fr. _. -- (gesamt). Die Rekurskommission erwog, die Kanzlei bilde nicht eine Kollektivgesellschaft, sondern - wie das Bundesgericht entschieden habe (StE 1997 A 24.32 Nr. 3) - eine einfache Gesellschaft und sei daher nicht buchführungspflichtig. Das gelte auch für den einzelnen Gesellschafter. X._ sei daher nicht buchführungspflichtiger Selbständigerwerbender. Als solchem stehe ihm das Recht zu, nach seiner Wahl gemäss der Ist-Methode (Erfassung der Einnahmen im Zeitpunkt des Zahlungseingangs) oder nach der Soll-Methode (Erfassung im Zeitpunkt des Anspruchserwerbs; Berücksichtigung von Kreditoren, Rückstellungen und Debitoren) abzurechnen. X._ habe mit seiner Deklaration die Ist-Methode angewendet, nämlich die im betreffenden Jahr tatsächlich ausbezahlten Betreffnisse deklariert. Diese Methode sei zudem seit Bestehen der Anwaltskanzlei konsequent und mit Zustimmung der Steuerbehörden angewendet worden. Der von der Steuerverwaltung geforderte Wechsel in der Deklarationsmethode dränge sich daher nicht auf.
C.- Das Kantonale Steueramt Zürich erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, den Entscheid der Bundessteuer-Rekurskommission aufzuheben und den Beschwerdegegner gemäss Einspracheentscheid einzuschätzen.

Aus den Erwägungen:
2.- a) Nach dem hier noch anwendbaren Art. 21 Abs. 1 lit. a in Verbindung mit Art. 41 Abs. 2 BdBSt ist in der Steuerperiode 1991/92 das in der Berechnungsperiode 1989/90 erzielte Einkommen zu versteuern. Das Gesetz sagt nicht ausdrücklich, wann ein Einkommen als erzielt zu gelten hat. Nach allgemeinen Grundsätzen, die auch im Recht der direkten Bundessteuer anwendbar sind, gilt ein Einkommen dann als zugeflossen, wenn der Steuerpflichtige Leistungen vereinnahmt oder einen festen Rechtsanspruch darauf erwirbt, über den er tatsächlich verfügen kann. Erwirbt der Steuerpflichtige eine Forderung, so wird diese in der Regel bereits im Zeitpunkt des Forderungserwerbs besteuert, nicht erst dann, wenn die Geldleistung erbracht wird (<ref-ruling> E. 2e S. 26; <ref-ruling> E. 4a S. 242; ASA 64 137, E. 2; ASA 45 58, E. 2; ZBl 87/1986 226, E. 2a; Ernst Känzig, Die eidgenössische Wehrsteuer, 2. Aufl. , Basel 1982, N 7 zu Art. 21). Für nicht buchführungspflichtige Selbständigerwerbende, die auch nicht freiwillig nach kaufmännischer Art Buch führen, wird in der Praxis jedoch das Abstellen auf die Kasseneingänge (sog. Ist-Methode) zugelassen (BGE <ref-ruling> E. 4a S. 242; <ref-ruling> E. 2a S. 291; ASA 49 63 E. 4a S. 66; Beat Hirt, Grundfragen der
Einkommensbesteuerung, Diss. St. Gallen 1998, S. 202 f.).
b) Die Rekurskommission geht gestützt auf das Merkblatt des kantonalen Steueramts vom 4. Mai 1994 betreffend Aufzeichnungspflicht, welcher Steuerpflichtige mit selbständiger Erwerbstätigkeit unterstehen, davon aus, dass Steuerpflichtige, die nach Obligationenrecht nicht zur Buchführung verpflichtet sind, die Wahl zwischen der Ist- und der Soll-Methode haben, wobei die einmal gewählte Methode grundsätzlich beizubehalten sei. Da die Anwaltskanzlei als einfache Gesellschaft nach Art. 957 OR nicht zur Buchführung verpflichtet sei, sei auch der einzelne Gesellschafter nicht gehalten, den von ihm zu versteuernden Anteil nach der Soll-Methode zu deklarieren. Demgegenüber ist das Steueramt der Ansicht, auch wenn die Kanzleigemeinschaft als einfache Gesellschaft handelsrechtlich nicht buchführungspflichtig sei, so könne doch die steuerrechtliche Aufzeichnungspflicht bei einem Betrieb der vorliegenden Grössenordnung nur mit einer geordneten und nach kaufmännischen Grundsätzen geführten Buchhaltung erfüllt werden. Die Kanzlei sei daher buchführungspflichtig, weshalb die Anwendung der Ist-Methode ausser Betracht falle. Die Mitglieder der Gesellschaft hätten ihre Einkünfte aufgrund des Buchhaltungsabschlusses (Soll-Methode) zu deklarieren. Die von der Rekurskommission angewandte Methode sei nicht gesetzmässig. Der angefochtene Entscheid verletze daher Art. 18 Abs. 2 und Art. 41 Abs. 2 BdBSt.
c) Buchführungspflichtig ist nach Art. 957 in Verbindung mit Art. 934 OR jedes nach kaufmännischer Art geführte Gewerbe, das heisst jedes Unternehmen, das nach Art und Umfang einen kaufmännischen Betrieb und eine geordnete Buchführung erfordert und jährliche Roheinnahmen von mehr als 100'000 Franken erreicht (Art. 53 C und Art. 54 HRegV). Das kann auch für freie Berufe zutreffen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 365, ASA 64 144, E. 3 und 4, mit Hinweisen; nicht publ. Urteil des Bundesgerichts vom 10. Januar 1996 i.S. D., E. 4-6). Freilich ist die Anwaltskanzlei, deren Partner der Beschwerdegegner ist, nach übereinstimmender Auffassung der Beteiligten und nach bundesgerichtlicher Beurteilung (StE 1997 A 24.32 Nr. 3) eine einfache Gesellschaft und als solche handelsrechtlich nicht buchführungspflichtig.
d) Entsprechend ihrer wirtschaftlichen Bedeutung (1990: 11 Partner, 70 Mitarbeiter, Fr. _. -- Jahresumsatz) führt die Kanzlei aber unbestrittenermassen nach kaufmännischen Grundsätzen Buch. Der grösste Teil der Rechnungen wird jeweils per Jahresende erstellt und verbucht. Die per 31. Dezember erstellte Jahresrechnung enthält Debitoren und Kreditoren sowie transitorische Aktiven und Passiven. Der Gewinnanteil der einzelnen Gesellschafter berechnet sich somit auf Grund einer nach kaufmännischen Grundsätzen geführten Buchhaltung und berücksichtigt sowohl die noch ausstehenden Zahlungen als auch die noch offenen Schulden.
Unter diesen Umständen müssen auch die einzelnen Gesellschafter nach kaufmännischen Grundsätzen Buch führen und ihren Gewinn nach der Soll-Methode berechnen. Der Anspruch der Partner auf den Gewinnsaldo entsteht somit zivilrechtlich spätestens am 31. Dezember des jeweiligen Geschäftsjahres und ist sowohl rechtlich als auch wirtschaftlich diesem Jahr zuzurechnen. Steuerrechtlich wird den einzelnen Gesellschaftern ihr Anteil am Einkommen der Gesellschaft zugerechnet (Art. 18 Abs. 2 BdBSt; Känzig, a.a.O., N 9 zu Art. 18). Wenn dieser Anteil per 31. Dezember nach der Soll-Methode ermittelt wird und in diesem Zeitpunkt zivilrechtlich den Gesellschaftern zusteht, dann gilt das deshalb auch steuerrechtlich. Dass der Saldo erst am 31. März des Folgejahres ausbezahlt wird, ändert daran nichts. Der Gewinnsaldo ist somit bei den einzelnen Partnern jeweils im Geschäftsjahr, in welchem er erzielt wurde (und nicht erst im Zeitpunkt der Auszahlung), als Einkommen zu erfassen.
3.- a) Nachdem die Steuer-Rekurskommission I die von den Anwälten der Praxisgemeinschaft verwendete, auf die effektiven Auszahlungen ausgerichtete Abrechnungsmethode als gesetzwidrig erklärt hat, sind die ab 1987 neu aufgenommenen Teilhaber im Kanton Zürich von Beginn weg und ausnahmslos nach der Soll-Methode gemäss Buchhaltungsabschluss veranlagt worden. Die vor 1987 eingetretenen Partner sind seit dem 31. Dezember 1990 bzw. ab der Bundessteuer-Veranlagungsperiode 1991/92 verpflichtet, ihre Steuererklärungen in (zeitlicher) Übereinstimmung mit dem Buchhhaltungsergebnis der Kanzlei zu gestalten. Die Veranlagung der Steuerperiode 1989/90 ist rechtskräftig.
Für die Bundessteuer-Periode 1991/92 (Berechnungsperiode 1989/90) hat der Beschwerdegegner die Gewinnsaldi 1988 und 1989 sowie die Akonto-Vorbezüge 1989 und 1990 deklariert. Derselben Periode hat auch der Steuerkommissär all diese Beträge zugewiesen, zusätzlich aber noch den Gewinnsaldo 1990.
Gemäss der ab 1991 ausschliesslich anwendbaren Soll-Methode sind die Gewinnsaldi wie auch die Vorbezüge der beiden Jahre 1989 und 1990 klarerweise der Veranlagungsperiode 1991/92 zuzurechnen, nicht jedoch der Gewinnsaldo 1988. Der streitige Gewinnanteil fällt nur dann in die Steuerperiode 1991/92, wenn diesbezüglich auf den Zeitpunkt der Einkassierung abgestellt wird. Die zeitliche Einordnung des Gewinnsaldos 1988 wirft somit die Frage auf, ob einem Geschäftsjahr selbst im Falle eines Methodenwechsels nur diejenigen Einkünfte zugerechnet werden können, wie sie sich gemäss dem einen oder dem anderen Buchführungssystem ergeben, oder ob es möglich ist, zwei Zuordnungskriterien zu kombinieren.
b) Bei dem hier vollzogenen buchhalterischen Methodenwechsel ist der gegenüber dem Buchhaltungsabschluss zeitverschoben ausbezahlte Gewinnsaldo deshalb problematisch, weil er einen grundlegenden Unterschied zwischen den beiden Abrechnungssystemen wesentlich werden lässt: Nur die Soll-Methode verwendet zeitliche Übergangskonten; die Debitoren und Kreditoren werden hier am Anfang und Ende der Rechnungsperiode inventarisiert und ihre Veränderungen erfolgswirksam erfasst; dies geschieht dadurch, dass der Anfangsstand der Debitoren als Ertragsminderung von den laufenden Eingängen des Jahres subtrahiert und der Schlussbestand als Ertrag addiert wird. Bei der Ist-Methode sind solche Konten dagegen nicht vorgesehen; alle Verbuchungen beziehen sich auf die effektiven Zahlungsflüsse; noch nicht eingelöste Ansprüche werden erstmalig und einzig im Zeitpunkt der Einkassierung ausgewiesen.
Nun stellt der hier streitige Gewinnsaldo gerade einen am Ende einer Rechnungsperiode schon erworbenen, aber noch nicht einkassierten Anspruch dar. Ein solcher wird im Rahmen der Soll-Methode unter dem Aktivposten "Debitoren" verbucht. Damit er aber im Zeitpunkt des Methodenwechsels ertragsmindernd von den laufenden Eingängen des ersten Geschäftsjahres unter der Soll-Methode hätte abgezogen werden können, hätte dieser Posten schon im Vorjahr bestehen und besteuert werden müssen. Genau dies war hier deshalb nicht möglich, weil das vorangehende Geschäftsjahr - zulässigerweise - noch gemäss der Ist-Methode verbucht worden war und diese keine zeitlichen Abgrenzungskonten kennt.
Der Gewinnsaldo 1988 kann somit nur als Einnahme des ersten Anwendungsjahres der Soll-Methode verbucht werden, und zwar, ohne dass eine ertragsmindernde Übergangskorrektur möglich wäre. Im Hinblick auf die Steuergerechtigkeit und den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit erscheint dies schon deshalb zutreffend, weil es stossend wäre, wenn ein blosser buchhalterischer Methodenwechsel dazu führen könnte, dass Einkünfte einkassiert werden, ohne jemals verbucht und deklariert zu werden.
c) Entgegen der Ansicht des Beschwerdegegners führt die Erfassung des Gewinnsaldos 1988 als Einnahme des Bemessungsjahres 1989 nicht zu einer Besteuerung fiktiver Einkommenswerte; ebenso wenig liegt darin eine Überbesteuerung des Pflichtigen.
Der buchhalterische Methodenwechsel führt wohl dazu, dass in der ersten Steuerperiode nach dem Systemwechsel nicht nur die Vorbezüge 1989 und 1990, sondern auch die Gewinnsaldi dreier Jahre (nämlich 1988 bis 1990) zu versteuern sind. Darin liegt jedoch kein Verstoss gegen die Steuergerechtigkeit oder den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit, da der Pflichtige deswegen keinen wirtschaftlichen Nachteil erleidet. Diese einmalige Kumulation wiegt nämlich nur jene Unterbesteuerung wieder auf, die am Anfang der Anwendung des alten Abrechnungssystems geschaffen worden war und bis zum Methodenwechsel weiterbestanden hat.
Unter der Ist-Methode haben die Gewinnsaldi bis 1988 jeweils nur verzögert besteuert werden können. Im ersten Geschäftsjahr der Anwendung des früheren Systems hat der Beschwerdegegner nur den effektiv einkassierten Teil seiner Einkünfte deklariert, nicht jedoch seinen Anspruch auf den zeitverschoben ausbezahlten Gewinnanteil. Dadurch ist ein Steueraufschub entstanden, der in seiner Wirkung der Schaffung einer stillen Reserve gleichkommt. Diese zeitverschobene Erfassung ist von Periode zu Periode übertragen worden. Die erstmalige Verbuchung dieser Debitoren-Ansprüche im Rahmen der Soll-Methode hat die vormalige Unterbesteuerung ausgeglichen. Dieser Ausgleich hätte sonst am Ende der Steuerpflicht des Beschwerdegegners erfolgen müssen.
d) Unbeachtlich ist, dass die fortlaufende Anwendung der Ist-Methode bis zum 31. Dezember 1990 im Einvernehmen mit den Steuerbehörden erfolgt ist. Auch wenn die Veranlagungen vor der Periode 1991/92 irrtümlich nicht korrigiert worden sind, so kann der Pflichtige daraus nicht schliessen, dass die bisher unversteuert gebliebenen, weil noch nicht verbuchten Einkünfte definitiv der Besteuerung entgehen würden. Dies verhält sich nicht anders, als wenn die Steuerbehörden übermässige Abschreibungen auf einem Grundstück zugelassen haben; dies kann auch nicht zur Verminderung des späteren Veräusserungsgewinns führen. Ebenso wenig ist einzusehen, warum der Pflichtige vorliegend im Zeitpunkt der unumgänglichen Korrektur besser behandelt werden sollte als ein Nichtbuchführungspflichtiger, der von einer Abrechnung nach der Ist-Methode zu einer Buchführung nach dem Soll-System übergehen muss.
e) Demzufolge ist der Gewinnsaldo 1988 als vorgängig nicht verbuchte und dem Geschäftsjahr 1989 zuzurechnende Einkünfte aus Debitoren einzustufen und stellt somit Einkommen im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. a BdBSt dar. Er fällt nicht unter die schon rechtskräftige Veranlagung 1989/90, sondern ist der noch offenen Steuerperiode 1991/92 zuzurechnen, wie die Vorbezüge und die Gewinnsaldi der Jahre 19.89 und 1990.
Lausanne, 11. Februar 2000