Faits:
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A. Par contrat du 12 juillet 1995, A._ a remis à bail à Y._ SA - dont l'actionnaire et administrateur unique était alors B._ - des locaux commerciaux sis à La Chaux-de-Fonds. Prévu pour débuter le 1er décembre 1995, le contrat devait se terminer le 30 novembre 2010, sous réserve de reconduction tacite par périodes de cinq ans. Le loyer mensuel était de 3'710 fr. Par "dispositions particulières" intégrées au contrat, les parties ont convenu qu'avant le début de celui-ci, les locaux seraient aménagés conformément à un descriptif de transformations et que "le locataire" s'engageait à financer partiellement ces travaux, à concurrence d'un montant forfaitaire de 100'000 fr., payable en trois versements des 31 octobre, 30 novembre et 15 décembre 1995. Il était ensuite prévu que "le montant de 100'000 francs se dépréciera annuellement de 6'650 francs pour être totalement éteint au 30.11.2010".
En 1997, B._ a vendu à C._ la totalité des actions de Y._ SA. Leur convention a donné lieu à d'importants litiges et son exécution a fait l'objet d'un jugement de la Ire Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois du 12 avril 1999. Par la suite, C._, entrée en possession du capital social, a ouvert une nouvelle procédure, en consorité avec la société elle-même, contre B._. Selon publication du 20 juillet 2000, la raison sociale de l'agence a été modifiée en X._ SA.
Dans un document intitulé "avenant no 1" et daté du 3 octobre 2000, les parties au contrat de bail ont précisé que la locataire était désormais X._ SA et que "le montant de 100'000 francs prévu sous article 9.2 des dispositions particulières a bel et bien été convenu au titre d'un versement à fond (sic) perdu et non récupérable utilisé pour une partie des travaux d'aménagement des locaux. Les autres clauses et conditions du bail du 12 juillet 1995 demeurent inchangées".
Dès la fin de l'année 2000, X._ SA a accumulé des retards de loyers et s'est attiré une mise en demeure selon l'<ref-law>, puis une résiliation de bail avec effet au 31 août 2001. Le bailleur s'est toutefois déclaré d'accord avec une prolongation au 31 décembre 2001, sans d'ailleurs que les loyers ne soient payés dans cette période, d'où un arriéré global de 29'520 fr. qui a fait l'objet d'une poursuite, notifiée le 21 janvier 2002 et frappée d'opposition totale. Celle-ci a été levée à la requête de A._, au motif que la créance opposée en compensation par X._ SA, soit la part non amortie du versement initial de 100'000 fr., n'avait pas été rendue vraisemblable, étant donné la teneur claire de l'avenant du 3 octobre 2000.
Dès la fin de l'année 2000, X._ SA a accumulé des retards de loyers et s'est attiré une mise en demeure selon l'<ref-law>, puis une résiliation de bail avec effet au 31 août 2001. Le bailleur s'est toutefois déclaré d'accord avec une prolongation au 31 décembre 2001, sans d'ailleurs que les loyers ne soient payés dans cette période, d'où un arriéré global de 29'520 fr. qui a fait l'objet d'une poursuite, notifiée le 21 janvier 2002 et frappée d'opposition totale. Celle-ci a été levée à la requête de A._, au motif que la créance opposée en compensation par X._ SA, soit la part non amortie du versement initial de 100'000 fr., n'avait pas été rendue vraisemblable, étant donné la teneur claire de l'avenant du 3 octobre 2000.
B. Le 17 décembre 2002, X._ SA a saisi l'autorité régionale de conciliation et, après l'échec de la tentative de conciliation, elle a déposé, devant la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois, une demande en libération de dette pour l'intégralité de la somme en poursuite. En substance, elle a fait valoir que, le bail ayant pris fin environ neuf ans avant le terme initialement convenu, il restait un montant de 59'295 fr. 80 à amortir sur la participation aux frais d'aménagement des locaux. Elle a contesté avoir renoncé à une telle prétention dans l'avenant du 3 octobre 2000, qui ne visait qu'à préciser les accords initiaux, vu le litige qui l'opposait à l'ancien actionnaire B._, et ne réglait aucunement l'hypothèse d'une fin de bail anticipée. Pour sa part, le bailleur s'est limité à observer que l'avenant du 3 octobre 2000 comportait, de manière claire, précise et nullement équivoque, renonciation de la locataire à toute indemnité pour travaux à plus-value, à la fin du bail.
Par jugement du 24 janvier 2005, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté la demande. En bref, elle a considéré qu'à l'origine, les parties au bail n'avaient pas convenu que l'investissement de la locataire n'était sujet à aucun remboursement, quelle que soit la durée du bail, et que rien ne permettait d'affirmer que celles-ci aient voulu modifier fondamentalement cet accord dans l'avenant du 3 octobre 2000. S'inspirant de l'<ref-law>, elle a toutefois estimé que la locataire était seule responsable de la fin prématurée du contrat - circonstance parmi d'autres à laquelle un poids majeur devait être attribué -, ce qui excluait une indemnisation. En définitive, elle ne pouvait admettre l'existence de la créance compensatrice, d'où le rejet de la demande.
Par jugement du 24 janvier 2005, la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté la demande. En bref, elle a considéré qu'à l'origine, les parties au bail n'avaient pas convenu que l'investissement de la locataire n'était sujet à aucun remboursement, quelle que soit la durée du bail, et que rien ne permettait d'affirmer que celles-ci aient voulu modifier fondamentalement cet accord dans l'avenant du 3 octobre 2000. S'inspirant de l'<ref-law>, elle a toutefois estimé que la locataire était seule responsable de la fin prématurée du contrat - circonstance parmi d'autres à laquelle un poids majeur devait être attribué -, ce qui excluait une indemnisation. En définitive, elle ne pouvait admettre l'existence de la créance compensatrice, d'où le rejet de la demande.
C. Parallèlement à un recours en réforme, X._ SA (la recourante) interjette un recours de droit public au Tribunal fédéral. Invoquant les art. 5, 9 et 29 al. 2 Cst., elle conclut à l'annulation de la décision attaquée, avec suite de frais et dépens.
A._ (l'intimé) propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais et dépens. Pour sa part, la cour cantonale, n'ayant pas d'observations à présenter, s'est référée à son jugement.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Conformément à la règle de l'art. 57 al. 5 OJ, il convient en l'espèce de traiter le recours de droit public avant le recours en réforme.
1. Conformément à la règle de l'art. 57 al. 5 OJ, il convient en l'espèce de traiter le recours de droit public avant le recours en réforme.
2. 2.1 Exercé en temps utile (art. 32 et 89 al. 1 OJ), dans la forme prévue par la loi (art. 90 al. 1 OJ), pour violation des droits constitutionnels des citoyens (art. 84 al. 1 let. a OJ), contre une décision finale prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 OJ), par la recourante qui est personnellement touchée par la décision attaquée, de sorte que la qualité pour recourir doit lui être reconnue (art. 88 OJ), le recours de droit public est en principe recevable.
2.2 Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (art. 90 al. 1 let. b OJ; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 262; <ref-ruling> consid. 2.1). Il base son arrêt sur les faits constatés dans la décision attaquée, à moins que la partie recourante ne démontre que la cour cantonale a retenu ou omis certaines circonstances déterminantes de manière arbitraire (<ref-ruling> consid. 5a).
2.2 Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (art. 90 al. 1 let. b OJ; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 262; <ref-ruling> consid. 2.1). Il base son arrêt sur les faits constatés dans la décision attaquée, à moins que la partie recourante ne démontre que la cour cantonale a retenu ou omis certaines circonstances déterminantes de manière arbitraire (<ref-ruling> consid. 5a).
3. Invoquant le principe de la légalité (art. 5 Cst.) en relation avec celui de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), ainsi que son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), la recourante présente un exposé dans lequel elle ne distingue pas clairement les griefs relevant de l'un ou l'autre de ces droits constitutionnels, ce qui rend sa compréhension malaisée et, surtout, est critiquable du point de vue des exigences strictes découlant de l'art. 90 al. 1 let. b OJ. Il n'importe, toutefois, dans la mesure où, comme on le verra, ses moyens sont dénués de fondement.
La recourante soutient d'abord que la cour cantonale aurait violé ses droits constitutionnels en examinant la question de l'indemnité. Celle-ci se serait fondée sur des faits non allégués par les parties, concernant le calcul de l'indemnité, en violation de l'art. 57 du Code de procédure civile neuchâtelois du 30 septembre 1991 (ci-après: CPCN), qui consacre la maxime des débats. En d'autres termes, en suppléant, dans son jugement, des moyens, soit des allégués et des preuves non invoqués par les parties sur la question de l'indemnité de plus-value, la cour cantonale aurait violé le principe de la légalité ainsi que l'interdiction de l'arbitraire. Elle aurait également violé son droit d'être entendu en retenant à son détriment l'existence d'une indemnité non invoquée par l'intimé dans les règles de la procédure et "plus surprenant encore, non prouvée". La cour cantonale aurait ainsi retenu un fait sur lequel elle n'avait pas eu à se prononcer ni n'avait pu produire de preuve.
La recourante reproche également à la cour cantonale d'avoir fait un "curieux emprunt" à la procédure qui l'opposait au précédent actionnaire, dont elle avait requis la production du dossier à l'appui de ceux de ses allégués qui tendaient à démontrer qu'elle avait subi des pertes, moyen de preuve qui n'avait pas d'autre objectif. Il serait ainsi "parfaitement arbitraire et même partial et erroné de soutenir que le "dédommagement" obtenu par la recourante dans ce procès puisse avoir une incidence quelconque sur le présent litige". En prenant en compte cet élément, la cour cantonale se serait également substituée à l'intimé qui n'avait rien allégué, ni prouvé à ce sujet. A cet égard, la décision serait entachée d'arbitraire et de parti pris, celui-ci étant encore accentué par une allusion "aussi dénuée de pertinence qu'impertinente", s'agissant de la prétendue "passivité de la masse et des autres créanciers".
Au vu de ce qui précédait, force était de constater que la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en appliquant de manière erronée l'<ref-law>.
Au vu de ce qui précédait, force était de constater que la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en appliquant de manière erronée l'<ref-law>.
4. 4.1 Vu la nature formelle de la garantie constitutionnelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 3d/aa p. 437), ce moyen doit être examiné en priorité (<ref-ruling> consid. 1).
4.2 Le droit d'être entendu est garanti en premier lieu par le droit cantonal, dont le Tribunal fédéral revoit l'application sous l'angle restreint de l'arbitraire, alors qu'il examine librement si la garantie constitutionnelle fondée sur l'art. 29 al. 2 Cst. est respectée (<ref-ruling> consid. 3a p. 259 et les arrêts cités). Comme la recourante ne se prévaut pas de la violation d'une règle de droit cantonal de procédure qui lui offrirait une protection supérieure, c'est donc exclusivement à la lumière de l'art. 29 al. 2 Cst. que son grief sera examiné (<ref-ruling> consid. 2a et les arrêts cités).
Le droit d'être entendu déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou, à tout le moins, de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s. et les arrêts cités). Le droit d'être entendu porte avant tout sur les questions de fait. Les parties doivent éventuellement aussi être entendues sur les questions de droit lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, lorsque la situation juridique a changé ou lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 505 et les arrêts cités). En règle générale, le droit d'être entendu ne donne en revanche pas le droit de s'exprimer sur un projet de décision pris à l'issue d'une procédure d'instruction (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 505). Une exception est toutefois admissible lorsque l'autorité envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif jamais évoqué dans la procédure antérieure et dont personne ne s'était prévalu ou ne pouvait supputer la pertinence in casu (<ref-ruling> consid. 5 p. 39 et l'arrêt cité).
4.3 Dans la présente cause, la recourante, examinant la question litigieuse sous l'angle de l'<ref-law>, a soutenu qu'il fallait interpréter le terme de plus-value comme le coût non encore amorti des travaux effectués et élevé une prétention compensatoire d'un montant équivalant à la valeur non amortie de 100'000 fr., compte tenu du fait que le bail avait pris fin environ neuf ans avant le terme initialement convenu. Or, considérant que les parties n'avaient pas prévu, dans leur convention, l'hypothèse d'une résiliation anticipée du bail, la cour cantonale ne pouvait se limiter à admettre que le montant de l'indemnité éventuellement due à la recourante correspondait à la part non encore amortie des travaux, mais devait examiner, en droit, si la prétention que la recourante opposait en compensation était fondée. De la sorte, elle n'a nullement tenu un raisonnement juridique inattendu ou inédit, justifiant une information préalable des parties. L'on ne voit ainsi pas qu'elle ait violé le droit d'être entendu de la recourante en examinant la question de l'indemnité.
4.3 Dans la présente cause, la recourante, examinant la question litigieuse sous l'angle de l'<ref-law>, a soutenu qu'il fallait interpréter le terme de plus-value comme le coût non encore amorti des travaux effectués et élevé une prétention compensatoire d'un montant équivalant à la valeur non amortie de 100'000 fr., compte tenu du fait que le bail avait pris fin environ neuf ans avant le terme initialement convenu. Or, considérant que les parties n'avaient pas prévu, dans leur convention, l'hypothèse d'une résiliation anticipée du bail, la cour cantonale ne pouvait se limiter à admettre que le montant de l'indemnité éventuellement due à la recourante correspondait à la part non encore amortie des travaux, mais devait examiner, en droit, si la prétention que la recourante opposait en compensation était fondée. De la sorte, elle n'a nullement tenu un raisonnement juridique inattendu ou inédit, justifiant une information préalable des parties. L'on ne voit ainsi pas qu'elle ait violé le droit d'être entendu de la recourante en examinant la question de l'indemnité.
5. 5.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.1). Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (ATF <ref-ruling> consid. 2.1).
Lorsque la partie recourante invoque une violation arbitraire du droit cantonal, elle doit indiquer avec précision quelle est la disposition cantonale qui aurait été violée et l'examen se limite à cette question (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 275 s.). Le Tribunal fédéral revoit l'application du droit cantonal sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.1).
5.2 La recourante se plaint d'une violation de l'art. 57 CPCN, qui prévoit la maxime des débats. L'on ne voit toutefois pas que cette disposition trouve application en l'espèce, dès lors qu'en matière de litige de droit du bail, l'<ref-law> prévoit la maxime inquisitoire sociale (sur cette notion, cf. arrêt 4C.199/2000 du 21 décembre 2000, publié in SJ 2001 I p. 278, consid. 2a; <ref-ruling> consid. 4a) - ce que le commentateur cité par la recourante relève d'ailleurs expressément (cf. Bohnet, Code de procédure civile neuchâtelois commenté, 2e éd., Bâle 2005, n. 9 et 11 ad art. 57 CPCN). Quoi qu'il en soit, le grief de la recourante est de toute façon irrecevable au regard des exigences de motivation découlant de l'art. 90 al. 1 let. b OJ. En effet, alors qu'elle prétend que la cour cantonale s'est fondée sur des faits non allégués par les parties, elle ne démontre pas sur quels points précis tel serait le cas.
5.3 S'agissant de la critique de la recourante selon laquelle la cour cantonale aurait commis arbitraire en retenant des faits ressortant d'un dossier dont elle avait elle-même requis la production, mais pour prouver d'autres faits, elle tombe également à faux. En effet, à supposer qu'elle soit fondée, ce qui reste à démontrer, elle n'aurait aucune influence sur le résultat du litige, puisque la cour cantonale n'a évoqué le fait que la recourante avait obtenu un dédommagement dans la procédure qui la divisait de l'ancien actionnaire que comme l'une des circonstances à prendre en compte, corroborant la solution à laquelle elle était parvenue en examinant d'autres éléments.
5.3 S'agissant de la critique de la recourante selon laquelle la cour cantonale aurait commis arbitraire en retenant des faits ressortant d'un dossier dont elle avait elle-même requis la production, mais pour prouver d'autres faits, elle tombe également à faux. En effet, à supposer qu'elle soit fondée, ce qui reste à démontrer, elle n'aurait aucune influence sur le résultat du litige, puisque la cour cantonale n'a évoqué le fait que la recourante avait obtenu un dédommagement dans la procédure qui la divisait de l'ancien actionnaire que comme l'une des circonstances à prendre en compte, corroborant la solution à laquelle elle était parvenue en examinant d'autres éléments.
6. Enfin, si tant est que la recourante ait voulu conférer une portée propre au grief selon lequel la cour cantonale aurait "violé le droit fédéral en appliquant de manière erronée l'<ref-law>", celui-ci serait irrecevable, dans la mesure où il relève de l'application du droit fédéral et peut à ce titre être invoqué dans un recours en réforme (art. 43 al. 1 et 84 al. 2 OJ; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 174), voie qui était en l'occurrence ouverte et que la recourante a d'ailleurs empruntée.
6. Enfin, si tant est que la recourante ait voulu conférer une portée propre au grief selon lequel la cour cantonale aurait "violé le droit fédéral en appliquant de manière erronée l'<ref-law>", celui-ci serait irrecevable, dans la mesure où il relève de l'application du droit fédéral et peut à ce titre être invoqué dans un recours en réforme (art. 43 al. 1 et 84 al. 2 OJ; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 174), voie qui était en l'occurrence ouverte et que la recourante a d'ailleurs empruntée.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
8. Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des par-ties et à la IIe Cour civile du Tribunal cantonal neuchâtelois.
Lausanne, le 18 août 2005
Au nom de la Ire Cour civile
du Tribunal fédéral suisse
La juge présidant: La greffière: