Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1966) stammt aus Marokko. Er heiratete am 12. September 2002 eine Schweizer Bürgerin marokkanischer Abstammung. Am 29. April 2004 wurde den Eheleuten das Getrenntleben gestattet, nachdem sie bereits zuvor den gemeinsamen Haushalt aufgehoben hatten. Am 30. Juni 2004 kam der gemeinsame Sohn Y._ zur Welt, der unter der Obhut der Mutter steht. Das Amt für Migration des Kantons Basel-Landschaft lehnte es am 24. Februar 2005 ab, die Aufenthaltsbewilligung von X._ zu verlängern, was das Bundesgericht auf Beschwerde hin am 20. Juli 2006 bestätigte (Urteil 2A.240/2006).
B. Zur Sicherstellung des Wegweisungsvollzugs befand sich X._ ab dem 8. November 2006 in Ausschaffungshaft (vgl. das bundesgerichtliche Urteil 2A.750/2006 vom 15. Dezember 2006). Diese Festhaltung wurde zweimal um je drei Monate verlängert (vgl. das bundesgerichtliche Urteil 2C_274/2007 vom 21. Juni 2007). Ab dem 7. August 2007 versetzte das Amt für Migration Basel-Landschaft X._ in Durchsetzungshaft (vgl. das bundesgerichtliche Urteil 2C_706/ 2007 vom 24. Januar 2008), die es am 30. April 2008 bis zum 6. Juli 2008 verlängerte. Am 2. Juli 2008 lehnte der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht am Kantonsgericht Basel-Landschaft eine Fortsetzung der Haft um weitere zwei Monate ab. Zwar - so führte er aus - sei diese "grundsätzlich rechtmässig", doch erweise sie sich als unverhältnismässig, da "klarerweise" feststehe, dass X._ "unter keinen Umständen" bereit sei, in sein Heimatland zurückzukehren und sich "an dieser Haltung auch in den insgesamt 20 Monaten - während denen er sich in Ausschaffungs- bzw. Durchsetzungshaft befunden hatte - nichts geändert" habe; X._ sei deshalb unverzüglich aus der Haft zu entlassen.
C. Das Bundesamt für Migration ist hiergegen am 9. September 2008 mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, den Entscheid des Einzelrichters für Zwangsmassnahmen aufzuheben; dieser habe nicht ausschliessen können, dass sich X._ doch "noch eines Besseren besinnen" und "der ihm gesetzlich auferlegten Mitwirkungspflicht aufgrund der administrativen Inhaftierung nachkommen" werde, weshalb die Durchsetzungshaft hätte verlängert werden müssen. Das Amt für Migration Basel-Landschaft beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. X._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Das Bundesamt für Migration ist im Bereich der ausländerrechtlichen Zwangsmassnahmen zur Behördenbeschwerde legitimiert, falls es ihm darum geht, konkrete Rechtsfragen eines tatsächlich bestehenden Einzelfalls mit Auswirkungen auf künftig ähnlich gelagerte Sachverhalte zu klären (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> [SR 172.213.1]); die Behördenbeschwerde darf nicht der Behandlung einer vom konkreten Fall losgelösten abstrakten Frage des objektiven Rechts dienen (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 203; <ref-ruling> E. 1.1 S. 4). Das Bundesgericht hat sich inzwischen wiederholt zur Verhältnismässigkeit einzelner Durchsetzungshaften geäussert (vgl. <ref-ruling> ff.; <ref-ruling> ff.); dabei hatte es jedoch nie einen Fall wie den vorliegenden zu prüfen, in dem die ausländerrechtlich begründete Festhaltung insgesamt schon zwanzig Monate gedauert hatte. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde, an deren Beurteilung ein hinreichendes Interesse besteht, ist einzutreten.
2. 2.1 Sowohl das Bundesamt für Migration als auch das Amt für Migration Basel-Landschaft und der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen gehen davon aus, dass der Beschwerdegegner an sich die Voraussetzungen für eine weitere Verlängerung der Durchsetzungshaft erfüllt (vgl. Art. 78 Abs. 1 und 2 AuG [SR 142.21]): Er ist rechtskräftig aus der Schweiz weggewiesen worden, weigert sich jedoch nach wie vor, das Land zu verlassen, und kann zurzeit nur in seine Heimat verbracht werden, falls er bereit ist, freiwillig dorthin zurückzukehren, da (im Moment) keine Sonderflüge nach Marokko durchgeführt werden können. Umstritten ist, ob der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen davon ausgehen durfte, dass eine weitere Verlängerung der Festhaltung mit Blick auf die Umstände unverhältnismässig gewesen wäre. Die Frage ist entgegen den Ausführungen des Bundesamts zu bejahen, auch wenn in der Regel die Weigerung zu kooperieren für sich allein die Durchsetzungshaft bzw. deren allfällige Verlängerung nicht bereits als unverhältnismässig erscheinen lässt, da es sich dabei um eine Haftvoraussetzung handelt (vgl. <ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 2.2.4 S. 205).
2. 2.1 Sowohl das Bundesamt für Migration als auch das Amt für Migration Basel-Landschaft und der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen gehen davon aus, dass der Beschwerdegegner an sich die Voraussetzungen für eine weitere Verlängerung der Durchsetzungshaft erfüllt (vgl. Art. 78 Abs. 1 und 2 AuG [SR 142.21]): Er ist rechtskräftig aus der Schweiz weggewiesen worden, weigert sich jedoch nach wie vor, das Land zu verlassen, und kann zurzeit nur in seine Heimat verbracht werden, falls er bereit ist, freiwillig dorthin zurückzukehren, da (im Moment) keine Sonderflüge nach Marokko durchgeführt werden können. Umstritten ist, ob der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen davon ausgehen durfte, dass eine weitere Verlängerung der Festhaltung mit Blick auf die Umstände unverhältnismässig gewesen wäre. Die Frage ist entgegen den Ausführungen des Bundesamts zu bejahen, auch wenn in der Regel die Weigerung zu kooperieren für sich allein die Durchsetzungshaft bzw. deren allfällige Verlängerung nicht bereits als unverhältnismässig erscheinen lässt, da es sich dabei um eine Haftvoraussetzung handelt (vgl. <ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 2.2.4 S. 205).
2.2 2.2.1 Zweck der Durchsetzungshaft ist es, die ausreisepflichtige Person in jenen Fällen zu einer Verhaltensänderung zu bewegen, in denen nach Ablauf der Ausreisefrist der Vollzug der rechtskräftig gegen sie angeordneten Weg- oder Ausweisung - trotz entsprechender behördlicher Bemühungen - ohne ihre Kooperation nicht (mehr) möglich erscheint (vgl. Art. 78 AuG). Der damit verbundene Freiheitsentzug stützt sich auf Art. 5 Ziff. 1 lit. f EMRK (Haft zur Sicherung eines schwebenden Ausweisungsverfahrens) und dient in diesem Rahmen zur Erzwingung einer durch das Gesetz vorgeschriebenen Verpflichtung des Betroffenen (Art. 5 Ziff. 1 lit. b EMRK; vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1). Die Durchsetzungshaft bildet das letzte Mittel, wenn und soweit keine andere Massnahme (mehr) zum Ziel führt, den illegal anwesenden Ausländer auch gegen seinen Willen in seine Heimat verbringen zu können. Sie darf nach dem Willen des Gesetzgebers maximal 18 Monate dauern (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.3.1; <ref-ruling> E. 2.2 S. 99 f. [zu Art. 13g ANAG]), muss aber in jedem Fall verhältnismässig sein. Die Vorbereitungs-, Ausschaffungs- und Durchsetzungshaft dürfen zusammen eine Höchstdauer von 24 Monaten nicht überschreiten (Art. 79 AuG). Es ist jeweils aufgrund der Umstände im Einzelfall zu prüfen, ob die ausländerrechtliche Festhaltung insgesamt (noch) geeignet bzw. erforderlich erscheint und nicht gegen das Übermassverbot verstösst (<ref-ruling> E. 2.3.2; <ref-ruling> E. 2.2 S. 100 [zu Art. 13g ANAG]; AB 2005 N 1209 f.).
2.2.2 Bei dieser Beurteilung ist dem Verhalten des Betroffenen, den die Papierbeschaffung allenfalls erschwerenden objektiven Umständen (ehemalige Bürgerkriegsregion usw.) sowie dem Umfang der von den Behörden bereits getroffenen Abklärungen Rechnung zu tragen und zu berücksichtigen, wieweit der Ausländer es tatsächlich in der Hand hat, die Festhaltung zu beenden, indem er seiner Mitwirkungs- bzw. Ausreisepflicht nachkommt (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 97). Von Bedeutung können zudem seine familiären Verhältnisse sein sowie der Umstand, dass er allenfalls wegen seines Alters, Geschlechts oder Gesundheitszustands als "besonders schutzbedürftig" gelten muss (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.3 S. 205). Das mutmassliche künftige Verhalten des Betroffenen ist jeweils aufgrund sämtlicher Umstände abzuschätzen; dabei kommt dem Haftrichter wegen der Unmittelbarkeit seiner Kontakte mit dem Betroffenen ein gewisser Beurteilungsspielraum zu. Ein erklärtes konsequent unkooperatives Verhalten bildet in diesem Rahmen nur einen - allenfalls aber gewichtigen - Gesichtspunkt unter mehreren (<ref-ruling> E. 2.2.4; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 97). Je länger die ausländerrechtlich motivierte Festhaltung dauert und je weniger die Ausschaffung absehbar erscheint, desto strengere Anforderungen sind an die fortbestehende Hängigkeit des Ausweisungsverfahrens im Sinne von Art. 5 Ziff. 1 lit. f EMRK zu stellen und desto kritischer ist die jeweilige Haftverlängerung zu hinterfragen (<ref-ruling> E. 2.2.5 S. 206).
2.2.2 Bei dieser Beurteilung ist dem Verhalten des Betroffenen, den die Papierbeschaffung allenfalls erschwerenden objektiven Umständen (ehemalige Bürgerkriegsregion usw.) sowie dem Umfang der von den Behörden bereits getroffenen Abklärungen Rechnung zu tragen und zu berücksichtigen, wieweit der Ausländer es tatsächlich in der Hand hat, die Festhaltung zu beenden, indem er seiner Mitwirkungs- bzw. Ausreisepflicht nachkommt (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 97). Von Bedeutung können zudem seine familiären Verhältnisse sein sowie der Umstand, dass er allenfalls wegen seines Alters, Geschlechts oder Gesundheitszustands als "besonders schutzbedürftig" gelten muss (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.3 S. 205). Das mutmassliche künftige Verhalten des Betroffenen ist jeweils aufgrund sämtlicher Umstände abzuschätzen; dabei kommt dem Haftrichter wegen der Unmittelbarkeit seiner Kontakte mit dem Betroffenen ein gewisser Beurteilungsspielraum zu. Ein erklärtes konsequent unkooperatives Verhalten bildet in diesem Rahmen nur einen - allenfalls aber gewichtigen - Gesichtspunkt unter mehreren (<ref-ruling> E. 2.2.4; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 97). Je länger die ausländerrechtlich motivierte Festhaltung dauert und je weniger die Ausschaffung absehbar erscheint, desto strengere Anforderungen sind an die fortbestehende Hängigkeit des Ausweisungsverfahrens im Sinne von Art. 5 Ziff. 1 lit. f EMRK zu stellen und desto kritischer ist die jeweilige Haftverlängerung zu hinterfragen (<ref-ruling> E. 2.2.5 S. 206).
2.3 2.3.1 Der Beschwerdeführer hat sich - seit seiner Inhaftierung im November 2006 - konsequent geweigert, in irgendeiner Form mit den Behörden zusammenzuarbeiten und das Land freiwillig zu verlassen. Seine Identität ist erstellt, doch kann er nicht gegen seinen Willen zwangsweise nach Marokko verbracht werden; die Behörden können ihrerseits nichts mehr vorkehren, um seine Ausschaffung weiter voranzutreiben und dem konventionsrechtlichen Beschleunigungsgebot von Art. 5 Ziff. 1 lit. f EMRK nachzukommen (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.5; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 96; Urteil des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte i.S. Singh gegen Tschechien vom 25. Januar 2005 [No 60538/00], § 61 ff.). Der Beschwerdegegner hat in der Schweiz einen Sohn, gegenüber dem er ein Besuchsrecht besitzt, das er offenbar seit seiner Haftentlassung wahrnimmt (vgl. das Urteil des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte i.S. Mehmet gegen Niederlande vom 11. Juli 2000, Recueil CourEDH 2000-VIII S. 291 ff.). Ein Wiedererwägungsverfahren hinsichtlich der Bewilligungsfrage ist zurzeit hängig. Wenn der Einzelrichter für Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht mit Blick auf die bereits ausgestandene Festhaltung von zwanzig Monaten und auf das glaubwürdig geltend gemachte Interesse am Kontakt zum Sohn davon ausgegangen ist, es sei unverhältnismässig, die Durchsetzungshaft weiter aufrechtzuerhalten, hielt er sich im Rahmen des ihm zustehenden Ermessens.
2.3.2 Der vorliegende Fall kann nicht mit dem in <ref-ruling> ff. beurteilten Sachverhalt verglichen werden: Dort befand sich der Betroffene "erst" seit dreizehn Monaten ausländerrechtlich in Haft; zudem hatte er keinerlei Beziehungen zur Schweiz und war er hier straffällig geworden. Unmittelbar vor seiner Festhaltung musste er an dem ihm zugewiesenen Aufenthaltsort wegen einer Tätlichkeit angehalten werden. Gestützt hierauf konnte nicht mit einer hinreichenden Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen werden, dass er sich während der verbleibenden möglichen Maximalzeit doch noch eines Bessern besinnen und sich bereit erklären würde, das Land zu verlassen. Der Beschwerdegegner hat in der Schweiz einen Bruder, bei dem er wohnen und der ihn unterstützen kann; offenbar ist er inzwischen auch am 21. Januar 2008 vom Vorwurf der versuchten Nötigung und Beschimpfung freigesprochen worden. Seit der Haftentlassung nimmt er das ihm eingeräumte Besuchsrecht zu seinem Sohn regelmässig wahr. Sollte das gestützt hierauf von ihm eingeleitete bewilligungsrechtliche Wiedererwägungsverfahren ohne Erfolg bleiben, wird er für die restlichen vier Monate ausländerrechtlicher Haft erneut festgehalten werden können, falls sich die Verhältnisse derart verändern sollten, dass seine Ausschaffung nach Marokko vernünftigerweise wieder absehbar erscheint. In der Zwischenzeit wäre seine Anwesenheit illegal und könnte zu strafrechtlichen Sanktionen führen (vgl. Art. 115 AuG; BGE 6B.114/2008 vom 4. November 2008); ausländerrechtlich bleibt gegebenenfalls seine Aus- oder Eingrenzung zulässig (vgl. Art. 74 Abs. 1 lit. b AuG).
2.3.3 Zwar mag es stossend erscheinen, dass der Beschwerdegegner letztlich wegen seines renitenten Verhaltens vor Ablauf der in Art. 79 AuG vorgesehenen Festhaltungsdauer wieder auf freien Fuss gesetzt werden muss; bei den dort genannten 24 Monaten handelt es sich jedoch um eine Maximalfrist, die nur im Rahmen des konventions- und verfassungsmässig Zulässigen ausgeschöpft werden darf. Dies setzt unter anderem voraus, dass die Festhaltung im konkreten Fall mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit nach wie vor geeignet erscheint, ihren Zweck zu erfüllen, und nicht gegen das Übermassverbot verstösst. Dessen war sich der Gesetzgeber bewusst, wurde doch in den Beratungen - auch von den Befürwortern der Verschärfung der Zwangsmassnahmen - zugestanden, "dass nicht in jedem Fall eine Haft über die ganze Dauer ausgesprochen werden kann und wird". Wer "sich weigert, ein Formular auszufüllen", könne nicht monatelang in Haft genommen werden; das sei "klar". Die Haftdauer müsse nach der "Schwere der Mitwirkungsverweigerung" bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit durch den Richter berücksichtigt werden (vgl. AB 2005 N 1209 f. [Votum von Kommissionssprecher Müller]). Ergänzend kann darauf hingewiesen werden, dass die EU-Rückführungsrichtlinie, welche Teil des Schengen-Besitzstands bildet und von der Schweiz innert einer Übergangsfrist von 24 Monaten umzusetzen sein wird, eine Abschiebehaft von bloss sechs Monaten vorsieht, die maximal bis zu 18 Monaten verlängert werden kann, falls der Betroffene nicht kooperiert oder es zu Verzögerungen bei der Übermittlung der erforderlichen Unterlagen durch Drittstaaten kommt (vgl. Art. 15 der Richtlinie 2008/115/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 16. Dezember 2008 über gemeinsame Normen und Verfahren in den Mitgliedstaaten zur Rückführung illegal aufhältiger Drittstaatsangehöriger, ABl. 2008 L 348 vom 24. Dezember 2008 S. 98 ff.).
3. Die Beschwerde ist unbegründet und deshalb abzuweisen. Das unterliegende Bundesamt hat für das vorliegende Verfahren keine Kosten zu tragen (vgl. <ref-law>). Der Beschwerdegegner ist nicht anwaltlich vertreten; zudem entstand ihm kein abzugeltender Aufwand. Es ist ihm demzufolge keine Parteientschädigung zuzusprechen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Januar 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar