Sachverhalt:
A.
X._ besitzt den schweizerischen Führerausweis der Kategorie B (Personenwagen) seit dem 22. Februar 2002. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau ordnete am 19. August 2011 eine verkehrspsychiatrische Begutachtung im Zusammenhang mit dem Alkoholkonsum an. Am 25. November 2011 beliess es X._ den Führerausweis unter der Auflage der Alkoholabstinenz. Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 13. März 2012 verfügte es den vorsorglichen Entzug des Führerausweises bis zur Abklärung von Ausschlussgründen für unbestimmte Zeit ab sofort mit der Auflage, dass sich X._ einer eingehenden verkehrspsychiatrischen Begutachtung zu unterziehen habe.
B.
Nach Eingang des Gutachtens von Dr. med. Y._ vom 1. Juni 2012 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit ab 14. März 2012 und machte die Wiedererteilung von einer Alkoholabstinenz unter ärztlicher Beratung und Kontrolle abhängig unter Vorbehalt weiterer Abklärungen (Verfügung vom 14. September 2012). Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) mit Entscheid vom 7. Dezember 2012 teilweise gut, hob die angefochtene Verfügung vom 14. September 2012 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an das Strassenverkehrsamt zurück. Ferner hielt es fest, der Führerausweis bleibe bis zur Abklärung von Ausschlussgründen gemäss Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 13. März 2012 gestützt auf die frühere vorsorgliche Massnahme vorläufig entzogen.
C.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 30. April 2013 ab, soweit darauf einzutreten war.
D.
X._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass er ohne weiteres berechtigt sei, ohne Auflagen und/oder ohne Bedingungen im Führerausweis Fahrzeuge zu lenken. Weiter sei festzustellen, dass er sich keiner weiteren Begutachtung (und schon gar nicht bei Dr. med. Y._) mehr zu unterziehen habe. Es sei ihm daher umgehend ohne Auflagen und/oder Bedingungen der Führerausweis auszuhändigen bzw. wieder zu erteilen. Eventuell sei festzustellen, dass die Verfügungen des Strassenverkehrsamtes des Kantons Aargau vom 19. August 2011 vom 25. November 2011 vom 13. März 2012 sowie vom 14. September 2012 nichtig seien. Subeventuell seien die Verfügungen vom 19. August 2011, vom 25. November 2011 sowie vom 13. März 2012 nachträglich aufzuheben.
Das Strassverkehrsamt des Kantons Aargau und das Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das DVI verzichten auf eine Vernehmlassung.
E. Der Beschwerdeführer lässt weitere Eingaben und Unterlagen, namentlich in Zusammenhang mit Dr. med. Y._, einreichen.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.
2.1. Führerausweise werden entzogen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen. Sie können entzogen werden, wenn die mit der Erteilung im Einzelfall verbundenen Beschränkungen oder Auflagen missachtet werden (<ref-law>). Nach <ref-law> wird der Lernfahr- oder Führerausweis einer Person auf unbestimmte Zeit entzogen, wenn sie an einer Sucht leidet, welche die Fahreignung ausschliesst. Trunksucht im Sinn von <ref-law> wird nach der Praxis des Bundesgerichtes bejaht, wenn der Lenker regelmässig so viel Alkohol konsumiert, dass seine Fahrfähigkeit vermindert wird und er keine Gewähr bietet, den Alkoholkonsum zu kontrollieren und ihn ausreichend vom Strassenverkehr zu trennen, sodass die Gefahr nahe liegt, dass er im akuten Rauschzustand am motorisierten Strassenverkehr teilnimmt (<ref-ruling> E. 3c S. 126; <ref-ruling> E. 3d S. 564, E. 4e S. 567; je mit Hinweisen). Ist die Fahreignung nicht mehr gegeben, muss ein Sicherungsentzug zwingend in jedem Fall angeordnet werden. Als schwerwiegender Eingriff in den Persönlichkeitsbereich des Betroffenen setzt er eine sorgfältige Abklärung aller wesentlichen Gesichtspunkte voraus (<ref-ruling> E. 3.1 S. 387 f.). Ein auf unbestimmte Zeit entzogener Lernfahr- oder Führerausweis kann bedingt und unter Auflagen wiedererteilt werden, wenn eine allfällige gesetzliche oder verfügte Sperrfrist abgelaufen ist und die betroffene Person die Behebung des Mangels nachweist, der die Fahreignung ausgeschlossen hat (<ref-law>).
2.2. Liegen konkrete Anhaltspunkte vor, die ernsthafte Zweifel an der Fahreignung des Betroffenen wecken, kann der Führerausweis vorsorglich entzogen (<ref-law>) und eine verkehrsmedizinische Abklärung angeordnet werden. Eine solche ist nach der Praxis des Bundesgerichtes etwa dann angebracht, wenn der Betroffene eine Trunkenheitsfahrt mit einer Blutalkoholkonzentration von 2,5 Gewichtspromillen unternahm. Wer sich mit einer derart hohen Blutalkoholkonzentration noch ans Steuer setzt, verfügt über eine so grosse Alkoholtoleranz, dass in aller Regel auf eine Alkoholabhängigkeit geschlossen werden muss. Dasselbe gilt für einen Lenker, der innerhalb eines Jahres zweimal in erheblich angetrunkenem Zustand - mit 1,74 bzw. 1,79 Gewichtspromillen - ein Motorfahrzeug führte (<ref-ruling> E. 4.2 S. 87; <ref-ruling> E. 3c S. 125). Bedenken an der Fahreignung können allerdings auch unabhängig von einschlägigen Verfehlungen des Betroffenen im Strassenverkehr aufkommen, etwa aufgrund einer entsprechenden Meldung eines Arztes im Sinn von <ref-law> (in der bis Ende 2012 geltenden Fassung; nach geltendem Recht sind nebst den Ärzten nach dem anfangs 2012 in Kraft getretenen Art. 66c des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (SR 831.20) auch die IV-Stellen zu einer solchen Meldung befugt, Art. 15d Abs. 1 lit. d und e SVG).
3.
Der Beschwerdeführer hält die in Rechtskraft erwachsenen Verfügungen des Strassenverkehrsamtes des Kantons Aargau vom 19. August 2011, vom 25. November 2011 und vom 13. März 2012 sowie die Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildende Verfügung vom 14. September 2012 für nichtig.
3.1. Mit Verfügung vom 19. August 2011 ordnete das Strassenverkehrsamt an, dass sich der Beschwerdeführer bei Dr. med. Y._ in B._ einer eingehenden verkehrspsychiatrischen Begutachtung zu unterziehen habe. Der Gutachter wurde insbesondere ersucht, die Frage zu beantworten, ob beim Beschwerdeführer ein Alkoholismus bzw. eine Trunksucht vorliege, sodass er nicht fähig sei, aus eigener Kraft auf den Alkoholkonsum zu verzichten. Am 25. November 2011 verfügte das Strassenverkehrsamt, dem Beschwerdeführer werde der Führerausweis weiter belassen unter folgender neuer Auflage: Alkoholabstinenz unter ärztlicher Beratung und Kontrolle gemäss Merkblatt bei Dr. med. Z._ in A._ (mindestens 12 Kontrollen der CDT-Werte verteilt auf 12 Monate mit variierenden Abständen von maximal 40 Tagen); die Auflage werde mit dem Code 101 im Führerausweis eingetragen. Zur Begründung führte es an, aufgrund des Gutachtens von Dr. med. Y._ vom 7. November 2011 könne der Führerausweis unter Auflagen weiter belassen werden. Am 6. Dezember 2011 entzog das Strassenverkehrsamt dem Beschwerdeführer den Führerausweis vorsorglich bis zur Abklärung von Ausschlussgründen auf unbestimmte Zeit ab sofort, da aus dem Bericht von Dr. med. Z._ vom 26. November 2011 hervorgehe, dass der Beschwerdeführer während des Abklärungsverfahrens eine beträchtliche Menge Alkohol konsumiert habe. Aufgrund dieser Sachlage müsse der Führerausweis entzogen und die Fahreignung erneut abgeklärt werden. Auf Beschwerde hin hob das Departement Volkswirtschaft und Inneres mit Entscheid vom 15. Februar 2012 die Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 6. Dezember 2011 auf, mit der Feststellung, dass die mit Verfügung vom 25. November 2011 angeordneten Auflagen bestehen bleiben, bis deren Aufhebung ausdrücklich ärztlich beantragt wird.
Mit Verfügung vom 13. März 2012 entzog das Strassenverkehrsamt dem Beschwerdeführer wiederum vorsorglich den Führerausweis bis zur Abklärung von Ausschlussgründen auf unbestimmte Zeit ab sofort gestützt auf Art. 16 Abs. 1 und <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> mit der Auflage, dass sich der Beschwerdeführer bei Dr. med. Y._ einer eingehenden verkehrspsychiatrischen Begutachtung zu unterziehen habe, wobei wiederum die Frage nach dem Vorliegen von Alkoholismus bzw. Trunksucht gestellt wurde. Diese Verfügung liess der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer unangefochten in Rechtskraft erwachsen. Mit Gegenstand der vorliegenden Beschwerde bildender Verfügung vom 14. September 2012 ordnete das Strassenverkehrsamt schliesslich den Entzug des Führerausweises auf unbestimmte Zeit ab 14. März 2012 an, da der Beschwerdeführer gemäss verkehrspsychiatrischem Gutachten von Dr. med. Y._ vom 1. Juni 2012 nicht fahrgeeignet sei, weshalb ein definitiver Sicherungsentzug auf unbestimmte Zeit ausgesprochen und die Wiedererteilung des Führerausweises von namentlich bezeichneten Bedingungen abhängig gemacht würden.
3.2. Das kantonale Gericht kam zum Schluss, alle erwähnten bis zum 13. März 2012 ergangenen Verfügungen seien in Rechtskraft erwachsen. Es sei nicht erkennbar und werde vom Beschwerdeführer auch nicht dargetan, inwiefern eine qualifizierte Unrichtigkeit der betroffenen Verfügungen vorliegen würde. Selbst wenn der vom Beschwerdeführer behauptete rechtswidrige Eingriff in seine persönliche Freiheit bejaht und als besonders schwerwiegender Mangel taxiert werden müsste, wäre dies bloss die Grundlage für eine Aufhebung der Verfügungen im Rahmen des Rechtsmittelverfahrens gewesen. Eine Mangelhaftigkeit ergebe sich jedenfalls nicht direkt aus den Verfügungen und sei daher weder offensichtlich noch leicht erkennbar.
3.3.
3.3.1. Fehlerhafte Verwaltungsakte sind in aller Regel nicht nichtig, sondern bloss anfechtbar, und sie erwachsen dementsprechend durch Nichtanfechtung in Rechtskraft. Nichtigkeit der Verfügung oder des Entscheids tritt nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung ein, wenn:
(a) der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist,
(b) er offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und
(c) zudem die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird.
Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht. Inhaltliche Mängel einer Verfügung oder eines Entscheids führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Fehlt einer Verfügung oder einem Entscheid zufolge Nichtigkeit jegliche Rechtsverbindlichkeit, so ist das durch die Behörde, die mit der Sache befasst ist, jederzeit und von Amtes wegen zu beachten (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 503 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 275; <ref-ruling> E. 2.4.3 S. 225; <ref-ruling> E. 3.3 S. 495 f.; <ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 367; <ref-ruling> E. 2.1 S. 346; Urteil 2C_596/2012 vom 19. März 2013 E. 2.1 mit Hinweisen auf die Literatur).
3.3.2. Im Lichte der angeführten Rechtsprechung kann keine Rede davon sein, dass die in Rechtskraft erwachsenen Verfügungen nichtig sind. Der bereits früher anwaltlich vertretene Beschwerdeführer hätte die Verfügungen des Strassenverkehrsamtes anfechten und allfällige tatsächliche oder rechtliche Mängel rügen können. Aus den Verfügungen, die er akzeptiert hat, geht mit aller Deutlichkeit hervor, dass das Strassenverkehrsamt seine Fahreignung hinsichtlich seiner allenfalls gegebenen Alkoholproblematik abklären wollte. Nach den verbindlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts ist erstellt, dass es nach Eröffnung der Verfügung vom 25. November 2011 zu einem beträchtlichen, mehrtägigen Alkoholabsturz kam. Ebenso sei ein entsprechender Absturz unmittelbar vor der Eröffnung der erwähnten Verfügung, aber nach der vorangegangenen verkehrspsychiatrischen Begutachtung und nach Beginn der freiwilligen Kontrolle der Alkoholabstinenz erfolgt. Dies zeigt nach Auffassung des kantonalen Gerichts - zusammen mit den früheren Vorfällen - dass die Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 13. März 2012 keinesfalls unbegründet erfolgt ist. Der Beschwerdeführer übersieht, dass Bedenken an der Fahreignung auch unabhängig von einschlägigen Verfehlungen des Betroffenen im Strassenverkehr aufkommen können (E. 2.2 hievor), wie etwa im vorliegenden Fall im Zusammenhang mit der häuslichen Intervention der Polizei vom 19. Juni 2011. Der Beschwerdeführer kann daher - namentlich für die Beurteilung der Nichtigkeit der Verfügungen - nichts zu seinen Gunsten aus dem Umstand ableiten, dass er noch nie in strafrechtlicher oder strassenverkehrsrechtlicher Hinsicht negativ aufgefallen sein will. Zu beurteilen ist daher im vorliegenden Verfahren einzig die Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 14. September 2012.
4.
4.1. Das kantonale Gericht erwog des Weitern, die Pflicht des Beschwerdeführers, sich einer verkehrspsychiatrischen Begutachtung zu unterziehen, basiere auf der rechtskräftigen Verfügung des Strassenverkehrsamtes vom 13. März 2012. Dementsprechend dürfe im Rahmen des vorliegenden Verfahrens auf das Begehren, es sei festzustellen, dass er sich keiner weiteren Begutachtung ("und schon gar nicht bei Dr. Y._, B._") zu unterziehen habe, nicht eingetreten werden. Allein der Umstand, dass das Gutachten von Dr. med. Y._ vom 1. Juni 2012 den einschlägigen Anforderungen nicht entspreche, vermöge an dieser Beurteilung nichts zu ändern. Im Übrigen hielt es fest, dass Dr. med. Y._ nicht mehr als Gutachter eingesetzt werden dürfe.
4.2. In der Beschwerde wird nicht dargelegt, inwiefern diese vorinstanzliche Argumentation bundesrechtswidrig und die entsprechenden tatsächlichen Feststellungen offensichtlich unrichtig sein sollen. Mit rechtskräftiger Verfügung vom 13. März 2012, damals vom rechtsanwaltlich vertretenen Beschwerdeführer akzeptiert, wurde ihm der Führerausweis vorsorglich bis zur Abklärung von Ausschlussgründen entzogen und der Gutachter gebeten, u.a. die Frage zu beantworten, ob beim Beschwerdeführer ein Alkoholismus bzw. eine Trunksucht vorliege, sodass er nicht fähig sei, aus eigener Kraft auf den Alkoholkonsum zu verzichten. Diese Verfügung ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens und nach wie vor umzusetzen. Das kantonale Gericht hat daher zutreffend erkannt, dass infolge des ungenügenden Gutachtens des Dr. med. Y._ wie vom Departement Volkswirtschaft und Inneres vom 7. Dezember 2012 angeordnet, ein neues Gutachten einzuholen ist. Zu Recht sind beide Instanzen zum Schluss gekommen, ein anderer Gutachter müsse tätig werden. Daran ändern sämtliche Einwendungen in der Beschwerde nichts. Insbesondere sind auch die nachträglich eingereichten Unterlagen zu Dr. med. Y._ irrelevant (vgl. auch <ref-law>), da er in der vorliegenden Sache nicht mehr als Gutachter bestellt werden darf. Nach Eingang des neuen Gutachtens wird das Strassenverkehrsamt wieder über den definitiven Sicherungsentzug zu verfügen haben. Der aufgrund der Verfügung vom 13. März 2012 nach wie vor bestehende Führerausweisentzug stellt zwar einen empfindlichen Eingriff in den Persönlichkeitsbereich dar, der jedoch im Interesse der Verkehrssicherheit gerechtfertigt ist. Aufgrund des Eintritts der Rechtskraft und der fehlenden Nichtigkeit hat daher das kantonale Gericht den Antrag, dass der Beschwerdeführer ohne weiteres berechtigt zu erklären sei, ohne Auflagen im Führerausweis Fahrzeuge zu lenken, zu Recht als unbegründet abgelehnt.
5.
Der Beschwerdeführer beanstandet schliesslich die Kostenauflage zu drei Vierteln durch das DVI als willkürlich, mit der Begründung, dies sei offensichtlich unhaltbar und verstosse gegen das Gerechtigkeitsprinzip. Wer den Prozess gewinne, der müsse keine Kosten übernehmen und müsse zu 100 % entschädigt werden. Diese Rüge ist ebenfalls unbegründet. Das kantonale Gericht hat hiezu festgehalten, die Verfahrenskosten würden nach Massgabe des Unterliegens und Obsiegens verlegt. Der Beschwerdeführer habe zwar mit dem Antrag auf Aufhebung der Verfügung des Strassenverkehrsamtes obsiegt, sei aber in allen anderen Punkten unterlegen. Der Beschwerdeführer ist vor dem Departement nur insofern durchgedrungen, als dieses die Einholung eines neuen Gutachtens angeordnet hat. Hingegen ist es dem Hauptantrag des Beschwerdeführers nicht gefolgt, alle früheren Verfügungen als nichtig zu erklären und ihm sofort und ohne weitere Auflagen den Führerausweis wieder zu erteilen. Damit ist die durch das kantonale Gericht geschützte Aufteilung von einem Viertel zu drei Vierteln der Verfahrenskosten vor dem Departement nicht als willkürlich zu taxieren.
6.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau, dem Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Januar 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Nussbaumer