Fatti:
A. A._ è proprietario del fondo xxx di Comano di una superficie di mq 1423. Il 25 giugno 2007 il Municipio gli ha notificato la tassa d'uso delle canalizzazioni per il 2007 ammontante a fr. 2'166.60. La stessa è stata calcolata in applicazione dell'art. 33 cpv. 3 e 6 del regolamento comunale delle canalizzazioni del 15 novembre 1999 (RCC) e della tariffa prevista dall'ordinanza municipale sulla tassa d'uso delle canalizzazioni, cioè fr. 0.60 per metro cubo di acqua potabile consumata nel 2006, in concreto 3611 mc. Gli anni precedenti il suo consumo d'acqua è stato sensibilmente inferiore (tra 600 e 1'000 mc).
L'ammontare della tassa d'uso è stata confermata su reclamo dal Municipio il 3 agosto 2007 il quale ha ritenuto che anche se, come sostenuto dal proprietario, il consumo eccezionalmente elevato derivava da un guasto all'impianto, ciò non gli permetteva di scostarsi dal criterio di calcolo sulla base dei consumi accertati dalla lettura del contatore.
B. La risoluzione municipale è stata a sua volta confermata dal Consiglio di Stato il 6 novembre 2007, il quale ha giudicato che il Municipio, calcolando la tassa litigiosa sulla base del consumo dell'anno precedente rilevato dall'apposito contatore che era stato verificato da tecnici specializzati, aveva agito correttamente. Al riguardo ha poi constatato che non sussisteva una manifesta divergenza tra la tassa così stabilita e l'intensità d'uso dell'impianto delle canalizzazioni.
C. La decisione governativa è stata avvallata dal Tribunale cantonale amministrativo il 15 dicembre 2008. Richiamati i disposti di legge determinanti e rammentati la natura e lo scopo della tassa litigiosa, la Corte cantonale ha osservato, in sintesi, che incombeva a chi intendeva ottenere una riduzione della tassa calcolata, tra l'altro, in base al consumo d'acqua, provare o rendere verosimile che vi era una sproporzione tra il quantitativo d'acqua fornita e quello effettivamente immesso nelle canalizzazioni, ciò che in concreto il proprietario ricorrente non aveva fatto. Infine ha rilevato che non le spettava rimediare alle omissioni dell'insorgente nell'addurre i fatti o le prove a lui favorevoli.
D. Il 27 gennaio 2009 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso sussidiario in materia costituzionale con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata. Adduce, in sostanza, che il giudizio impugnato sarebbe inficiato d'arbitrio.
Chiamati ad esprimersi il Tribunale cantonale amministrativo, senza formulare osservazioni, si riconferma nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria decisione, mentre il Consiglio di Stato si è rimesso al giudizio della Corte. Il Comune di Comano propone che il gravame, in quanto ammissibile, sia respinto.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.1 con riferimenti).
1.2 Diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) resa da un'autorità che in tema di tasse d'uso delle canalizzazioni funge da ultima istanza cantonale (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF) ed è un tribunale cantonale superiore (art. 86 cpv. 2 LTF), il ricorso concerne una causa di diritto pubblico che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF. Esso inoltre è stato presentato in tempo utile (art. 100 cpv. 1 LTF) dal destinatario della pronuncia contestata, il quale ha senz'altro un interesse degno di protezione al suo annullamento (art. 89 cpv. 1 LTF). Fondata sulla pretesa violazione del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.), ovvero del diritto federale (art. 95 lett. a LTF; <ref-ruling> consid. 2.3), l'impugnativa è pertanto di principio ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico e non quale ricorso in materia costituzionale, di natura sussidiaria (art. 113 LTF).
Del resto il ricorrente, che non si esprime al riguardo, nemmeno tenta di spiegare perché in concreto sarebbe dato il ricorso sussidiario in materia costituzionale ai sensi dell'art. 113 LTF: quest'ultimo rimedio è quindi inammissibile. Le argomentazioni addotte in tale mezzo di impugnazione vanno comunque trattate nell'ambito del rimedio ordinario, nella misura in cui l'errata denominazione di un rimedio giuridico non comporta comunque alcun pregiudizio per la parte ricorrente, se il suo allegato adempie le esigenze formali del tipo di ricorso effettivamente esperibile (<ref-ruling> consid. 1.2 con rinvii).
2. Richiamato l'art. 60a cpv. 1 della legge federale del 24 gennaio 1991 sulla protezione delle acque (LPAc; RS 814.20) che disciplina il finanziamento degli impianti per le acque di scarico che servono per scopi pubblici, il Tribunale cantonale amministrativo ha osservato che la tassa d'uso delle canalizzazioni è il corrispettivo che il proprietario dell'immobile allacciato deve pagare per l'utilizzo delle fognature pubbliche e che, giusta l'art. 110 cpv. 2 della legge ticinese di applicazione alla legge federale contro l'inquinamento delle acque dell'8 ottobre 1971 (LALIA; RL/TI 9.1.1.2), la stessa è commisurata all'intensità dell'uso degli impianti. Ha quindi precisato che l'importo veniva fissato, tra l'altro, secondo la quantità d'acqua consumata (art. 11 cpv. 2 del decreto esecutivo concernente il regolamento delle canalizzazioni, i contributi e le tasse del 3 febbraio 1977; DELALIA; RL/TI 9.1.1.7) e che, in presenza di una manifesta divergenza tra la tassa così calcolata e l'intensità d'uso degli impianti, la medesima doveva essere proporzionalmente aumentata o diminuita (art. 11 cpv. 3 DELALIA). Per quanto concerneva concretamente la fattispecie ha rilevato che, giusta l'art. 33 RCC, l'esercizio delle canalizzazioni e degli impianti di depurazione era finanziato da una tassa d'uso prelevata annualmente dal Comune, conformemente all'art. 110 LALIA (cpv. 1), la quale consisteva in un importo variabile tra fr. 0.20 e fr. 1.-- per mc di acqua potabile o industriale consumata ritenuto un minimo di fr. 50.-- (cpv. 3) e che, per stabilire i quantitativi d'acqua consumata valevano i dati rilevati dalla lettura dei contatori dell'AAP installati negli edifici (cpv. 5). Al riguardo faceva stato il consumo dell'anno precedente, eccetto i casi di nuove costruzioni per i quali il conteggio avveniva sulla base del primo consumo accertato (cpv. 6). Infine quando vi era una manifesta divergenza tra la tassa calcolata, tra l'altro, giusta il capoverso 3 e l'intensità d'uso degli impianti, il municipio doveva aumentare o diminuire proporzionalmente la tassa (cpv. 9).
Nel caso concreto il Tribunale cantonale amministrativo, dopo avere ricordato che il Municipio aveva calcolato la tassa contestata in base al consumo d'acqua rilevato dal contatore, ha rilevato che al fine di dimostrare l'esistenza di una manifesta discrepanza, il proprietario interessato aveva fatto valere il consumo medio degli anni precedenti, sensibilmente inferiore, e un non meglio precisato guasto all'impianto. Orbene, a suo parere, data la presunzione che l'acqua consumata andava immessa nelle canalizzazioni, un maggior consumo della medesima induceva a ritenere un uso più intenso delle canalizzazioni. Riguardo all'asserito guasto dell'impianto, ha giudicato che l'insorgente, oltre a non specificare in cosa consistesse, non aveva dimostrato né reso plausibile che l'acqua fornita era stata immagazzinata (ipotesi del tutto improbabile) o evacuata senza far capo alla rete delle canalizzazioni. Infine ha precisato che non gli spettava rimediare alle omissioni dell'insorgente nell'addurre i fatti e le prove che avrebbero potuto condurre ad un giudizio a lui favorevole.
3. 3.1 Il ricorrente si duole di un accertamento dei fatti manifestamente errato. Rimprovera alla Corte cantonale un'interpretazione errata dell'art. 33 RCC. A suo avviso per concludere all'esistenza di una manifesta divergenza (cpv. 9), la norma non si fonda sul quantitativo d'acqua immesso nelle canalizzazioni ma unicamente sul consumo d'acqua dell'anno precedente e sull'intensità d'uso degli impianti. Al riguardo adduce di avere sempre sostenuto che il proprio impianto aveva subito un guasto al contatore tale da condizionarne il consumo e che detto guasto era stato ammesso dal Comune, il quale già nel 2006 aveva preso atto che il maggior consumo rispetto agli anni precedenti era dovuto ad un guasto all'impianto e non ad un consumo da parte sua. In queste circostanze il Tribunale cantonale non poteva, senza arbitrio, sostenere che egli non aveva fornito la prova di quanto addotto. Tanto più se si considera la sostanziale differenza rispetto al consumo medio degli anni precedenti, che la Corte cantonale stessa ha riconosciuto come sensibilmente inferiore a quello del 2006. Di conseguenza, considerati il suo consumo medio negli anni precedenti, quello effettivo del 2007, l'indiscusso guasto all'impianto e l'incontestata attribuzione del maggior consumo a tale guasto, la Corte cantonale doveva ammettere che buona parte del consumo calcolato non si era riversato nell'impianto, rispettivamente che egli lo aveva utilizzato manifestamente meno di quanto calcolato e, di conseguenza, doveva considerare ritenere provata o, quanto meno verosimile, l'esistenza di una manifesta discrepanza ai sensi dell'art. 33 cpv. 9 RCC. Giungendo ad una soluzione opposta i giudici ticinesi avrebbero pertanto emanato un giudizio inficiato d'arbitrio, privo di senso logico e del tutto insostenibile.
3.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 97 cpv. 1 LTF), ovvero arbitrario (DTF <ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF). Se essa si prevale di un accertamento dei fatti arbitrario, le esigenze di motivazione del ricorso corrispondono a quelle vigenti per l'art. 106 cpv. 2 LTF. In altre parole, per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti non è sufficiente che la parte critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Essa deve per contro dimostrare che il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 1.4.2 e 1.4.3). Con riferimento più in particolare all'accertamento dei fatti, deve provare che il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - ha misconosciuto manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, ha omesso senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.1).
3.3 Nel caso concreto l'argomentazione del ricorrente, di natura largamente appellatoria, non può essere condivisa. In primo luogo va respinto il rimprovero mosso alla Corte cantonale riguardo all'interpretazione dell'art. 33 cpv. 9 RCC. In effetti appare del tutto sostenibile nonché corrispondente al senso e allo scopo della citata norma considerare - per determinare in che misura (cioè con quale intensità) viene utilizzata la rete delle fognature pubbliche - la quantità d'acqua effettivamente immessavi dai proprietari degli immobili allacciati; non va dimenticato che vi può essere una differenza quantitativa tra l'acqua fornita e quella evacuata nell'impianto pubblico. Per quanto concerne poi la questione dell'asserita avaria, va osservato che anche se, effettivamente, il Comune aveva preso atto di un danno all'impianto interno dell'interessato, esso aveva però precisato che ciò non gli permetteva comunque di scostarsi dal criterio di calcolo sulla base dei consumi accertati dalla lettura del contatore. Contatore che, come emerge sia dagli atti di causa che dalla sentenza querelata, era stato verificato da tecnici specializzati ed era risultato conforme. In queste condizioni il ricorrente non poteva accontentarsi d'invocare inizialmente un non meglio definito danneggiamento al proprio impianto, qualificato poi nel seguito della procedura di guasto al contatore, senza fornire ragguagli o prove più dettagliati in proposito. In altre parole, spettava al ricorrente provare, rispettivamente dimostrare in maniera plausibile e convincente che tutta l'acqua fornitagli non era stata immessa, rispettivamente non era stata evacuata nella rete delle fognature pubbliche, ma era stata eliminata altrimenti. Ciò che non ha fatto. La Corte cantonale, fondandosi sulla presunzione - sostenibile nonché logica - che l'acqua consumata va immessa nelle canalizzazioni, ha quindi giudicato in maniera del tutto corretta che un maggior consumo induceva - in assenza di prove contrarie - a ritenere un uso più intenso delle canalizzazioni. Da quel che precede discende che l'opinione dei giudici cantonali consistente nel ritenere non comprovato quanto addotto dal ricorrente non procede di un accertamento arbitrario dei fatti né di un'interpretazione indifendibile degli stessi, ma risulta invece del tutto sostenibile nonché fondata su un apprezzamento oggettivo. Il ricorso si rivela pertanto infondato e, come tale, va respinto.
3.4 Per il resto il ricorrente non ridiscute l'opinione dei giudici cantonali secondo cui non incombe loro ovviare alle omissioni in cui sarebbe incorso nell'addurre i fatti e le prove a lui favorevoli. Non occorre pertanto vagliare ulteriormente questo punto.
3.5 Da tutto quanto precede discende che, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso dev'essere respinto perché infondato.
4. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti intervenute in causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali, segnatamente al Comune di Comano (art. 68 cpv. 3 LTF). Al riguardo va precisato innanzitutto che contrariamente all'opinione del Comune non si può considerare in concreto che il ricorrente abbia fatto prova di temerarietà o di evidente leggerezza e, di conseguenza, concedergli delle ripetibili. Occorre poi precisare che la prassi relativa alla previgente legge federale sull'organizzazione giudiziaria, applicata nel quadro dei ricorsi di diritto pubblico, che accordava ripetibili ai comuni che non disponevano, in ragione della loro dimensione, di un'infrastruttura amministrativa e giuridica sufficiente per procedere senza l'assistenza di un avvocato, non si giustifica più nell'ambito del ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 7).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Non si assegnano ripetibili per la sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.