Faits:
A.
Les frères A.X._ et B.X._ ont fondé en 1979 une société en nom collectif, dont ils sont associés chacun à raison de 50%, intitulée SNC Z._, qui a son siège à ... (Vaud) et qui exploite un chantier naval. Pour son activité, l'entreprise utilise un terrain qui n'appartient pas à la société en nom collectif, mais aux deux frères X._, formant entre eux une société simple à parts égales. L'entreprise est rentable.
Les frères X._ ont chacun deux fils. Des dissensions sont apparues entre eux au sujet de la reprise et de la continuation de l'activité du chantier naval par leurs descendants.
B.
Par demande du 23 décembre 2005, A.X._ a introduit action devant le Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois, concluant à la dissolution et au partage de la société simple, ainsi qu'à la dissolution et à la liquidation de la société en nom collectif. Il a invoqué les dissensions internes sérieuses et irrémédiables apparues entre les associés, qui menacent de rendre l'entreprise ingouvernable.
B.X._ ne s'est pas opposé à la dissolution et à la liquidation des deux sociétés, mais il a demandé à pouvoir continuer l'activité en désintéressant sa partie adverse.
Une expertise judiciaire a estimé la valeur de rendement du terrain à 1'655'000 fr., sa valeur vénale à 1'582'380 fr. et sa valeur admise à 1'580'000 fr.
Un autre expert, V._, dans un rapport du 20 mai 2008, a évalué l'entreprise, en tenant compte du terrain, entre 2'000'000 fr. et 2'200'000 fr.
Par jugement du 10 mai 2010, le président du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a autorisé B.X._ à continuer les affaires de la société en nom collectif Z._, moyennant la délivrance à A.X._ de ce qui lui revient dans l'actif social; il a fixé à 1'050'000 fr. la valeur de l'actif social revenant à A.X._, incluant la valeur représentée par le partage de la parcelle se trouvant sur la commune de .... Le jugement notifié aux parties ordonne également le transfert de la parcelle à B.X._.
Statuant sur recours le 11 mai 2011, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a confirmé le jugement attaqué sauf sur un point: il a supprimé le passage du dispositif selon lequel il était ordonné le transfert de la parcelle à B.X._. La cour cantonale a constaté que ce point du dispositif avait été ajouté après la prise de la décision, pour en supprimer une incohérence, mais que la procédure cantonale ne permettait pas d'apporter une correction matérielle après la prise de la décision.
Statuant par arrêt du 27 janvier 2012, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé contre cette décision par A.X._ (cause 4A_624/2011). S'agissant plus précisément de la propriété sur la parcelle, le Tribunal fédéral a constaté que la société simple conclue à ce sujet par les associés était d'une durée indéterminée, de sorte que chacun d'eux pouvait la dénoncer et exiger le partage (art. 545 al. 1 ch. 6 et 546 CO). Il a observé ensuite que la sortie d'un associé, telle qu'elle est prévue pour la société en nom collectif, n'existe pas dans le cas d'une société simple, mais que la doctrine admet que les parties peuvent en convenir librement. Considérant que les parties avaient mis le terrain à disposition de l'entreprise comme un élément accessoire nécessaire, il en a déduit que les deux contrats de société étaient liés et que les parties avaient voulu soumettre la liquidation de la société simple aux mêmes règles que la liquidation de la société en nom collectif, laquelle constituait l'élément principal. Il n'a pas vu de violation du droit fédéral dans la décision de la cour cantonale d'attribuer l'entreprise à B.X._ moyennant le versement de 1'050'000 fr., correspondant, à dire d'expert, à la moitié de la valeur de l'entreprise en prenant en compte le terrain.
Le 9 mars 2012, la présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a émis à nouveau son jugement, mais en supprimant, comme l'exigeait l'autorité supérieure, le point du dispositif qui avait été ajouté tardivement selon les règles de la procédure cantonale.
Les deux parties ont recouru contre ce jugement. A.X._ a soutenu que la société simple n'était pas liquidée (ce qui implique qu'il reste propriétaire avec son frère de la parcelle) et que sa part, limitée à la liquidation de la société en nom collectif, devait être réduite à 260'000 fr. B.X._, de son côté, a demandé que l'incohérence du jugement de première instance soit corrigée, comme le premier juge avait voulu le faire tardivement, et qu'il soit dit que la parcelle lui est attribuée avec inscription au registre foncier.
Statuant le 12 décembre 2012, la Chambre des recours a rejeté le recours de A.X._, mais admis celui de B.X._, réformant le jugement attaqué en ajoutant que la parcelle est attribuée en pleine et entière propriété à B.X._ et qu'ordre est donné au conservateur du registre foncier d'opérer le transfert de propriété. La cour cantonale a par ailleurs statué sur les frais et dépens.
C.
A.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 12 décembre 2012. Invoquant une violation arbitraire du droit cantonal, il a conclu à ce que l'adjonction apportée par la cour cantonale soit supprimée et à ce que sa part soit fixée à 260'000 fr. en n'incluant pas la valeur représentée par la parcelle de la commune de ...; il demande que les dépens soient revus en conséquence et, subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale. Sa requête d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 12 avril 2013.
L'intimé conclut au rejet du recours avec suite de frais et dépens.
Le recourant a répliqué.

Considérant en droit:
1.
1.1. Interjeté par une partie qui a succombé dans ses conclusions touchant ses droits patrimoniaux et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>), dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2. Dans le précédent arrêt rendu dans la même cause (4A_624/2011), le Tribunal fédéral a précisé l'étendue et les limites de son pouvoir d'examen en ce qui concerne les contestations de fait et les questions de droit eu égard aux conclusions des parties. Il n'y a pas lieu d'y revenir.
1.3. Lorsque - comme c'est le cas en l'espèce - le Tribunal fédéral est saisi une deuxième fois de la même cause, il est lié par les considérants de son précédent jugement et il ne saurait revenir sur une question déjà tranchée (<ref-ruling> consid. 2a p. 423, 443 consid. 3a p. 446).
2.
2.1. Les questions de droit de fond ayant déjà été traitées dans le précédent arrêt, le recourant se borne à se plaindre d'arbitraire dans l'application du droit cantonal.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51, 305 consid. 4.4 p. 319; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 22).
Lorsque la partie recourante invoque l'arbitraire dans l'application du droit cantonal, elle doit désigner la norme cantonale qui aurait été violée arbitrairement et expliquer en quoi consisterait l'arbitraire, l'examen étant limité aux griefs soulevés avec une précision suffisante (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2a p. 3).
En l'espèce, le recourant n'invoque qu'une violation de l'art. 302 al. 1 du code de procédure civile vaudois.
Cette disposition détermine dans quel délai et à quelles conditions le président du tribunal peut ordonner la rectification d'un jugement entaché d'une erreur ou d'une omission.
Le jugement étant entaché d'une omission, le président du tribunal l'a rectifiée dans sa mouture du 10 mai 2010. La Chambre des recours a constaté que cette rectification violait l'<ref-law>/VD et a ordonné qu'une version non rectifiée soit notifiée aux parties. Le Tribunal fédéral n'est pas revenu sur cette question dans son arrêt du 27 janvier 2012. Le juge de première instance a donc notifié une nouvelle décision, datée du 9 mars 2012, qui ne comporte plus aucune rectification. Ainsi, la décision qui est à la base de la phase actuelle de la procédure ne comporte aucune rectification, de sorte que l'<ref-law>/VD n'était pas applicable à cette nouvelle décision et ne peut donc pas avoir été violé. Simplement, la Chambre des recours, saisie d'un recours contre la nouvelle décision, devait juger la cause à nouveau (<ref-law>/VD) et elle a apporté l'adjonction qui s'imposait et que le juge de première instance aurait voulu faire tardivement.
En l'état actuel de la procédure, on ne voit pas en quoi l'<ref-law>/VD pourrait avoir été violé arbitrairement.
On pourrait tout au plus se demander si le jugement de première instance a été notifié une première fois sous une forme défectueuse puis une seconde fois sous la forme expurgée ou s'il ne s'agit plus de la même décision et que le jugement de première instance véritable a été notifié pour la première fois le 12 mars 2012. Cette deuxième conception conduirait à dire que le jugement devait faire l'objet d'un appel en vertu de l'<ref-law>. Selon la jurisprudence constante, il n'y a pas lieu de revenir sur une question de droit délicate lorsque celle-ci n'est plus discutée devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 584; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Comme il n'a jamais été contesté que le jugement de première instance était sujet à un recours selon le droit cantonal, il n'y a pas lieu d'y revenir.
2.2. Du point de vue du droit de fond, les parties ont constitué une société en nom collectif (<ref-law>) pour exploiter ensemble leur chantier naval et ils ont conclu un contrat de société simple (<ref-law>) pour exercer ensemble leur droit de propriété sur la parcelle. Il eût été plus simple, d'un point de vue juridique, que les associés fassent apport à la société en nom collectif du terrain leur appartenant. Qu'il y ait deux sociétés distinctes ne signifie pas encore que celles-ci sont totalement indépendantes l'une de l'autre. Il faut rappeler que les parties peuvent, en tout temps et sans exigence de forme, convenir de lier entre eux deux contrats en soi distincts et de les soumettre aux mêmes conditions quant à leur extinction; on parle alors de contrats couplés, interdépendants, liés ou connexes (<ref-ruling> consid. 2.4.1 p. 70 et les auteurs cités). En l'espèce, il a été constaté et il n'est pas contesté que le terrain est nécessaire pour l'exploitation de l'entreprise. Il existe donc un lien fonctionnel entre les deux sociétés. Le recourant ne prétend pas qu'avant l'erreur de procédure commise par le juge de première instance, l'une des parties aurait demandé de dissocier le sort de l'entreprise et celui du terrain. Il apparaît au contraire que chacune des parties demandait que l'entreprise lui soit attribuée avec le terrain qui lui est nécessaire. Le recourant ne prétend pas non plus que l'une des parties aurait protesté lorsque l'expert a évalué l'entreprise avec le terrain.
Il a été constaté et il n'est pas contesté que les parties, pour exercer leur droit de propriété sur la parcelle, ont constitué entre elles une société simple à parts égales, conclue pour une durée indéterminée. Dans une telle situation, chacun des associés peut dénoncer la société simple (<ref-law>). C'est manifestement ce que le recourant a fait en demandant en justice que la société simple soit dissoute et partagée. La dénonciation est un acte formateur qui provoque la dissolution de la société simple et sur lequel son auteur ne peut pas revenir unilatéralement (François Chaix, Commentaire romand, CO I, Bâle 2008, n° 21 ad art. 545-547). Les parties étant en conflit, il est évident qu'elles n'ont pas conclu une nouvelle société simple après la dénonciation. En conséquence, cette société simple est dissoute.
Le recourant a demandé en justice que l'on procède au partage et l'autorité cantonale devait donner suite à cette conclusion sous peine de commettre un déni de justice. Les règles sur la liquidation d'une société simple n'étant pas impératives, le Tribunal fédéral a jugé, sur la base des circonstances et de l'attitude des parties, qu'elles étaient convenues de soumettre cette liquidation aux mêmes règles que celles de la liquidation de la société en nom collectif avec laquelle elle est liée et qui revêt un caractère principal (arrêt du 27 janvier 2012 consid. 2.2); il est exclu de revenir sur une question juridique déjà tranchée.
Le juge de première instance a donné suite à la conclusion en partage de la société simple qui lui était présentée. Se fondant sur un rapport d'expertise, il a condamné l'intimé à payer au recourant la somme de 1'050'000 fr. correspondant à la moitié de la valeur de l'entreprise avec le terrain. Ce point de la décision a été confirmé par la Chambre des recours dans son arrêt du 11 mai 2011 et le Tribunal fédéral, dans son arrêt du 27 janvier 2012, n'y a vu aucune violation du droit fédéral. Ainsi, ce point est aujourd'hui définitivement acquis.
Il restait à déterminer la contrepartie que le recourant devait fournir en échange de cette somme. Le juge de première instance a clairement prévu que l'intimé resterait dans les locaux et lui a donc attribué l'entreprise. Ce point a été approuvé par la Chambre des recours dans son arrêt du 11 mai 2011 et le Tribunal fédéral, dans son arrêt du 27 janvier 2012, n'y a vu aucune violation du droit fédéral. Que ce soit au recourant de quitter les lieux a été expressément admis par l'arrêt du Tribunal fédéral du 27 janvier 2012 et il n'y a pas lieu de revenir sur une question déjà tranchée.
Comme la somme de 1'050'000 fr. que l'intimé doit payer au recourant (et qui est définitivement acquise) correspond à la moitié de la valeur de l'entreprise avec le terrain, il en résulte qu'il faut logiquement prévoir que l'intimé, en échange de la somme dite, devient seul propriétaire de la parcelle et que les inscriptions au registre foncier doivent être modifiées en conséquence. Le juge de première instance a cependant omis de le dire. Se rendant compte de son erreur, il a essayé de la corriger tardivement, ce que le droit cantonal ne lui permettait pas, s'agissant d'une erreur touchant le fond. Le juge de première instance a donc été astreint par l'autorité supérieure à notifier sa décision telle qu'il l'avait rendue. C'est ce qu'il a fait le 12 mars 2012. La décision notifiée à cette date se présentait cependant d'une manière différente de celle qui avait été notifiée précédemment. Elle ouvrait ainsi un nouveau délai de recours, que les deux parties ont saisi. La Chambre des recours, que le droit cantonal habilitait à juger à nouveau la cause en fait et en droit - il en aurait été de même en cas d'appel - à corriger l'omission de manière cohérente - comme le juge de première instance aurait voulu le faire tardivement -, en prévoyant le transfert de propriété de la parcelle et la modification des inscriptions au registre foncier, puisque le prix à payer par l'intimé a été fixé à juste titre en considérant qu'il recevait à la fois l'entreprise et le terrain. Ainsi, l'inadvertance commise par le juge de première instance (qu'il ne pouvait pas corriger lui-même) a été corrigée par l'autorité supérieure, dont le rôle est précisément de rectifier des erreurs ou omissions.
Il n'y a rien à redire à cela et le recours doit être rejeté, parce qu'il est dépourvu de tout fondement.
3.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimé une indemnité de 14'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 31 juillet 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget