Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer des Grundstücks Nr. 1064, Grundbuch Wattwil. Nach dem Landwirtschaftszonenplan der Politischen Gemeinde Wattwil vom 28. April 1999 liegt das 64'928 m2 grosse Grundstück ausserhalb der Bauzone, grösstenteils in der Landwirtschaftszone, teils im Wald. Das Gelände fällt von Südosten nach Nordwesten ab. Das Grundstück ist mit einem Wohnhaus mit angebautem Kälberstall, einem Laufstall für 56 Grossvieheinheiten und einer Feldscheune überbaut. Über das Grundstück führt eine Gemeindestrasse und ein Gemeindeweg.
lm Jahr 1994 sanierte X._ das Wohnhaus mit Zustimmung des damals zuständigen kantonalen Amts für Umweltschutz. Am 7. September 1998 stimmte das kantonale Planungsamt (heute: Amt für Raumentwicklung) dem Neubau einer Jauchegrube von 510 m3 und dem Anbau einer Liegehalle mit 30 Liegeplätzen an den Stall Gebäude‐Nr. 3492 zu. Gemäss Situationsplan sollten im Bereich des Bauvorhabens mit dem anfallenden Aushubmaterial geringfügige Terrainanpassungen vorgenommen werden. Der Gemeinderat Wattwil bewilligte das Bauvorhaben am 29. September 1998 und wies darauf hin, die Jauchegrube sei anzuböschen und das gestaltete Terrain sei dem gewachsenen Gelände möglichst anzupassen. Da aus den nachträglich angeforderten Plänen hervorging, dass X._ für die Aufschüttung eine grosse Fläche beanspruchen wollte, verlangte der Gemeinderat, dass die Ausführung der Rohplanie der Bauverwaltung zur Kontrolle angemeldet werde. In der Folge stellten Gemeindevertreter fest, dass sich X._ nicht an die Baubewilligung hielt. Statt die bewilligte Geländeanpassung im Bereich der Jauchegrube und des Laufstalls vorzunehmen, hatte er damit begonnen, den abhumusierten Hang zwischen Stall und Wald aufzuschütten. Auf Verlangen reichte er am 19. April 2000 für die Auffüllung ein Baugesuch nach. Nach den dazugehörigen Plänen sollte nördlich der neuen Liegehalle bis direkt an den Wald eine rund 40 m lange Senke 5 m bis 6 m hoch aufgefüllt werden. Ohne die erforderliche Zustimmung des Kantons eingeholt zu haben, bewilligte der Gemeinderat Wattwil am 23. Mai 2000 die bereits durchgeführte Terrainauffüllung. Er hielt fest, X._ habe sich bereit erklärt, das Gelände nicht über das folgende Ausmass hinaus zu verändern:
- 20 m ab Waldrand Richtung Stall/Jauchegrube kann das Terrain um 1,8 m aufgeschüttet werden, flach gegen den Waldrand auslaufend. Die bestehende Mulde muss noch ersichtlich sein;
- 20 m bergwärts ab dieser Marke kann das Terrain um 2,5 m aufgeschüttet werden, die bestehende Mulde muss auch hier noch ersichtlich sein;
- die Aufschüttung ab dieser Marke Richtung vorbestandenem Weg ist ebenfalls leicht als Mulde zu gestalten;
- gesamthaft gesehen muss das vorbestandene Gelände auch nach der Aufschüttung gut erkennbar sein."
B. Am 24. Juli 2000 ersuchte X._ um Bewilligung einer Liegehalle für Hochlandrinder südlich des Rindviehstalls Gebäude‐Nr. 3492. Das kantonale Amt für Raumentwicklung stimmte dem Gesuch am 6. Oktober 2000 zu.
Am 18. September 2000 stellten Gemeindevertreter fest, dass sich X._ nicht an die Bewilligung vom 23. Mai 2000 gehalten hatte. Er hatte die Senke nördlich des Stalls wesentlich stärker als vereinbart aufgefüllt und hatte zudem damit begonnen, westlich der Feldscheune (Gebäude‐Nr. 698) eine weitere Mulde aufzufüllen bzw. einen Damm zu erstellen. Am 20. September 2000 verfügte der Gemeinderat Wattwil einen Baustopp und leitete eine Schadensberechnung für den gesteigerten Gemeingebrauch der Zufahrtsstrassen wegen der vielen Transportfahrten ein. Gleichzeitig erstattete er gegen X._ Strafanzeige und teilte der Y._ AG mit, es dürfe kein Material mehr abgelagert werden. Am 9. November 2000 wurde X._ wegen mehrfacher Widerhandlungen gegen baurechtliche Vorschriften mit Fr. 1'200.-- gebüsst.
Am 3. Oktober 2000 reichte X._ Pläne für die ausgeführte Aufschüttung und für eine weitere Aufschüttung von 2'800 m3 ein. Während der Auflagefrist wurden keine Einsprachen erhoben. Am 10. November 2000 schickte die Bauverwaltung Wattwil die Projektänderung dem kantonalen Amt für Raumentwicklung zur Prüfung. Sie hielt fest, die ausgeführten Aufschüttungen würden in keiner Weise der Baubewilligung entsprechen. Es sei nie Thema gewesen, dass ein Fliessgewässer überschüttet und die Linienführung des Gemeindewegs 3. Klasse zum Gebäude-Nr. 698 verändert werden dürfe.
Anlässlich eines Augenscheins vom 4. Juni 2003 stellten die Baukommission Wattwil und das kantonale Amt für Raumentwicklung fest, dass X._ wiederum ohne Bewilligung gebaut hatte. Er hatte an der Scheune Gebäude-Nr. 3492 eigenmächtig einen Melkstand angebaut und die Liegehalle nicht entsprechend den Plänen erstellt. Am 30. Oktober 2003 stellten Vertreter der Gemeinde und des Kantons zudem fest, dass X._ erneut Erdmaterial zugeführt hatte. Die Baukommission Wattwil verfügte am 27. November 2003 wiederum einen Baustopp und forderte den Bauherrn auf, ein nachträgliches Baugesuch einzureichen oder den rechtmässigen Zustand wiederherzustellen. Gleichzeitig drohte sie ihm Ersatzmassnahmen an. Auf ein nachträgliches Baugesuch von X._ hin verweigerte das kantonale Amt für Raumentwicklung am 24. August 2005 die Zustimmung für die Geländeauffüllungen und die neue Flurstrasse. Sodann lehnte es eine nachträgliche Ausnahmebewilligung zur Unterschreitung des gesetzlichen Waldabstands ab. Der Gemeinderat Wattwil wurde angewiesen, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzuordnen.
C. Am 29. September 2005 entschied die Baukommission Wattwil unter anderem, dass die widerrechtlich erstellten Bauten und Anlagen (Geländeauffüllung und Flurstrasse) innert eines Jahres ab Rechtskraft dieser Verfügung vollständig zu entfernen und der rechtmässige Zustand wieder herzustellen seien. Ausserdem wurde die Durchführung einer Ersatzmassnahme angedroht.
Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 21. Oktober 2005 Rekurs bei der Regierung des Kantons St. Gallen. Er verlangte unter anderem die nachträgliche Bewilligung für die Geländeauffüllungen und die Aufhebung der Anordnung der Baukommission Wattwil vom 29. September 2005, wonach die Aufschüttungen zu entfernen seien.
Am 9. Januar 2007 wies die Regierung den Rekurs von X._ ab und wies die Angelegenheit im Sinn der Erwägungen zur allfälligen Ergänzung des Entscheids vom 29. September 2005 an den Gemeinderat Wattwil zurück. Der Entscheid wurde im Wesentlichen damit begründet, die Baukommission Wattwil habe die Geländeauffüllungen und die neue Flurstrasse zu Recht nachträglich nicht bewilligt und die Wiederherstellung der Geländesenkungen angeordnet. Was das Verfahren betreffend Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands betreffe, rechtfertige sich indessen, die am Rekursverfahren nicht beteiligte Y._ AG einzubeziehen, zumal sie ebenfalls als Verhaltensstörerin und Verursacherin zu qualifizieren sei. Die Regierung wies deshalb die Angelegenheit zur Klärung der Verantwortlichkeit und der subjektiven Wiederherstellungspflicht dieses Unternehmens sowie zur allfälligen Ergänzung des angefochtenen Entscheids an den Gemeinderat Wattwil zurück.
D. X._ erhob gegen den Entscheid der Regierung vom 9. Januar 2007 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Er beantragte im Wesentlichen, der Entscheid der Regierung sei aufzuheben und die ganze Angelegenheit sei an die Gemeinde Wattwil zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Eventualiter sei der Entscheid der Regierung aufzuheben, und die Geländeauffüllungen seien nachträglich zu bewilligen; auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei zu verzichten.
Das Verwaltungsgericht führte am 12. September 2007 einen Augenschein durch und stellte fest, dass sich unter der Aufschüttung ein eingedoltes Gerinne befinde und dass das Gelände zwischen Stall und Feldscheune eine schmale Mulde aufweise, durch die in nördlicher Richtung ein Gewässer fliesse. Darüber sei ein gut sichtbarer Damm aufgeschüttet worden, der eine beträchtliche Höhe aufweise.
Mit Urteil vom 12. September 2007/15. Oktober 2007 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Es hob den Entscheid der Regierung vom 29. September 2005 insofern auf, als er die Pflicht zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im Bereich des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitts, der beim Laufstall von Südosten nach Nordwesten zum Wald abfällt, betraf. Zudem verpflichtete es den Beschwerdeführer, der Gemeinde Wattwil spätestens sechs Monate nach Rechtskraft seines Entscheids ein Projekt für den Rückbau der Wegverbindung zwischen Laufstall und Feldscheune einzureichen. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintreten konnte.
E. Mit Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 15. und 29. November 2007 beantragen der Kanton St. Gallen und das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE), das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit damit die Pflicht zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im Bereich des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitts verneint werde. X._ sei anzuweisen, innert angemessener Frist den rechtmässigen Zustand unter fachkundiger Anleitung wiederherzustellen bzw. innert sechs Monaten bei der Gemeinde Wattwil ein entsprechendes Rückbauprojekt einzureichen. Eventuell sei die Sache zur Anordnung des rechtmässigen Zustands an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdeführer rügen insbesondere eine Verletzung der Art. 16 und 24 ff. des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700) und von Bestimmungen des Waldrechts, des Gewässerschutzrechts, des Abfallrechts sowie einen Verstoss gegen den Vorrang des Bundesrechts (<ref-law>) wegen fehlerhafter Anwendung von kantonalem Recht, mit welchem Bundesrecht vollzogen werden soll.
F. Das Verwaltungsgericht und die Gemeinde Wattwil beantragen die Abweisung der Beschwerden. Der private Beschwerdegegner stellt den Antrag, die Beschwerden seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Baudepartement des Kantons St. Gallen schliesst auf Gutheissung der Beschwerde des Bundesamts für Raumentwicklung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren betreffend die Entfernung einer bewilligungspflichtigen, ohne baurechtliche Bewilligung vorgenommenen Terrainveränderung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Das Bundesgerichtsgesetz enthält auf dem Gebiet des Bau- und Planungsrechts keinen Ausschlussgrund von der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a und Art. 83 BGG).
1.2 Mit dem angefochtenen Entscheid wird kantonal letztinstanzlich auf die Abtragung der nicht bewilligten Aufschüttung im Ausmass von rund 7'000 m3 auf einer Fläche von rund 4'200 m2 sowie auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands in Bezug auf diese Aufschüttung verzichtet. Insoweit liegt ein Endentscheid im Sinne von <ref-law> vor. Daran ändert nichts, dass mit dem angefochtenen Urteil noch nicht über den Rückbau der Wegverbindung zwischen Laufstall und Feldscheune entschieden wurde. Die im Entscheid der Regierung vom 9. Januar 2007 erwähnte allfällige Ergänzung des kommunalen Entscheids betrifft die Klärung der Verantwortlichkeit und der subjektiven Wiederherstellungspflicht der am Rekursverfahren vor der Regierung nicht beteiligten Y._ AG. Diese Frage ist nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens, und sie stellt sich nur im Falle der Gutheissung der vorliegenden Beschwerden.
1.3 Im bundesgerichtlichen Verfahren nicht mehr umstritten ist die Bewilligung der ausserhalb der Bauzone vorgenommenen Aufschüttungen, sondern lediglich deren Beseitigung sowie die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Rechtsgrundlage der Beseitigungsanordnung zur Wiederherstellung des früheren Zustands ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Art. 24 RPG (<ref-ruling> E. 6c S. 226; <ref-ruling> E. 1.1 S. 324; <ref-ruling>; Bernhard Waldmann/ Peter Hänni, Raumplanungsgesetz, Bern 2006, Art. 34 Rz. 17). Der Kanton St. Gallen ist gestützt auf Art. 34 Abs. 2 lit. c RPG in Verbindung mit <ref-law> zur Beschwerde berechtigt. Die Beschwerdeberechtigung des Bundesamts für Raumentwicklung ergibt sich aus <ref-law> i.V.m. Art. 48 Abs. 4 der Verordnung vom 28. Juni 2000 über die Raumplanung (Raumplanungsverordnung, RPV, SR 700.1).
1.4 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerden ist somit einzutreten.
2. Wie erwähnt ist im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zu prüfen, ob die auf Parzelle Nr. 1064 erfolgten Geländeveränderungen formell und materiell rechtswidrig sind. Das Verwaltungsgericht führt dazu aus, die Auffüllungen der Senken würden dem Zweck der Landwirtschaftszone widersprechen, weshalb dafür keine ordentliche Baubewilligung nach Art. 22 Abs. 2 RPG erteilt werden könne. Namentlich sei die Beseitigung der Mulden für die Steigerung der Bodenfruchtbarkeit nicht erforderlich gewesen und habe keine ins Gewicht fallende Auswirkungen auf das Betriebsergebnis. Eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG komme nicht in Frage. Mit den Aufschüttungen seien überdies der gesetzliche Waldabstand verletzt und ein Gewässer widerrechtlich überschüttet worden.
3. 3.1 Das Verwaltungsgericht prüfte sodann die angeordnete Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Dazu hielt es ausdrücklich fest, dass der private Beschwerdegegner die Terrainveränderungen bösgläubig durchgeführt und auch den Gemeindeweg wider besseres Wissen verlegt habe. Den Eingriff ins Landschaftsbild erachtete es als erheblich, auch wenn dieser heute teilweise auf Grund der Überwachsung nicht mehr sichtbar sei; eine Geländesenke sei weitgehend aufgefüllt bzw. beseitigt worden und eine weitere Mulde werde durch einen künstlichen Damm durchschnitten. Es bestehe ein erhebliches öffentliches Interesse an der Erhaltung der für das Toggenburg charakteristischen Landschaftselemente, auch wenn im Einzelfall ohne Vorkenntnisse nicht festgestellt werden könne, ob am Geländeverlauf zwischen Laufstall und Wald Änderungen vorgenommen worden seien. Der Beschwerdegegner im bundesgerichtlichen Verfahren habe wider besseres Wissen und in schwerwiegender Weise gegen die Bauordnung verstossen, indem er das Terrain durch Ablagerung von Aushubmaterial im Umfang von rund 10'000 m3 eigenmächtig aufgefüllt habe. Von einer bloss geringfügigen Abweichung vom Erlaubten könne bei der sowohl formell als auch materiell rechtswidrigen Aufschüttung nicht mehr gesprochen werden. Hinzu komme, dass diesem Verfahren erhebliche präjudizielle Wirkung zukomme, zumal die Vorinstanz festgestellt habe, dass vermehrt Auffüllungen ausserhalb der Bauzone zu verzeichnen seien, welche die Bearbeitung des Geländes wohl erleichterten, ohne indessen für die in Frage stehende Bewirtschaftung nötig und damit zonenkonform zu sein. Somit bestehe ein erhebliches öffentliches Interesse daran, den ursprünglichen Geländeverlauf bestmöglich wiederherzustellen. Die Wiederherstellungskosten für die rund 10'000 m3 würden sich zwar auf ungefähr 350'000 Franken belaufen. Weil der Betriebsinhaber aber zwei Baustopps missachtet und bösgIäubig gehandelt habe, müsse er in Kauf nehmen, dass seine finanziellen Interessen bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Pflicht zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands nicht oder nur in geringem Mass berücksichtigt würden.
3.2 Gleichwohl erachtete das Verwaltungsgericht die Rückführung des grösseren Teils des Bauaushubs (rund 7'000 m3) im Bereich zwischen Laufstall und Wald, den der private Beschwerdegegner auf einer Fläche von rund 4'200 m2 ablagern liess, als unverhältnismässig. Zur Begründung führte es an, dafür wären Hunderte von Lastwagenfahrten nötig, womit eine erhebliche Belastung der Umwelt und ein schwerer Flurschaden verbunden wären. lm Weiteren sei der Rückbau des Geländes unter dem Gesichtspunkt des Landschaftsschutzes nicht zwingend. Insgesamt stünden die notwendigen Vorkehrungen zur Entfernung des unrechtmässig abgelagerten Materials und die damit verbundenen Auswirkungen auf die Umwelt in einem Missverhältnis zum angestrebten Ziel.
Anders verhalte es sich lediglich mit dem 3,5 m hohen Damm, den der Betriebsinhaber zur Verbesserung der Wegverbindung zwischen Laufstall und Feldscheune errichtet habe. lm Zusammenhang mit dieser augenfäIligen und im Geländeverlauf massiv störenden Terrainveränderung seien knapp 3'000 m3 und damit weit weniger Material abgelagert worden als für die Auffüllung des Geländeabschnitts, der nördlich des Laufstalls gegen den Wald abfalle. Hinzu komme, dass diese örtlich konzentrierte Auffüllung auf Grund ihres Standorts im Bereich des Gemeindewegs 3. Klasse, der vom Laufstall zur Feldscheune führe, mit wesentlich weniger Aufwand abgetragen werden könne als diejenige, die sich auf rund 4'200 m2 abschüssigem Gelände verteile, und dass es möglich sei, das Material einfacher auf Lastwagen aufzuladen und abzuführen. Es sei deshalb mit dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit vereinbar zu verlangen, dass der aufgeschüttete Damm abgetragen und der rechtmässige Zustand in diesem Bereich wiederhergestellt werde.
3.3 Der Kanton St. Gallen und das Bundesamt für Raumentwicklung halten den teilweisen Verzicht auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands für bundesrechtswidrig, weil er den im Raumplanungsrecht fundamentalen Grundsatz der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet verletze. Nicht bewilligte bauliche Durchbrechungen dieses Prinzips müssten grundsätzlich rückgängig gemacht werden. Nur ausnahmsweise, bei geringfügigen Abweichungen oder besonders gewichtigen privaten Interessen könne von einer Wiederherstellung abgesehen werden (Urteil des Bundesgerichts 1A.290/2004 vom 7. April 2005, E. 3.2). Angesichts der massiven Verletzung des Raumplanungsrechts bestehe ein entsprechend hoch zu gewichtendes öffentliches Interesse an der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Dieses überwiege die geltend gemachten hohen Wiederherstellungskosten von über Fr. 300'000.-- und die von der Vorinstanz berücksichtigten negativen Umweltauswirkungen bei Weitem. Zudem sei den Gesichtspunkten der Rechtssicherheit, der rechtsgleichen Behandlung in anderen ähnlichen Fällen und insbesondere der Präjudizwirkung besonderes Gewicht beizumessen. Die Behebung illegaler Terrainveränderungen würden regelmässig negative Umweltauswirkungen und allfällige vorübergehende Flurschäden nach sich ziehen. Werde jedoch in Fällen wie dem vorliegenden auf eine Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands verzichtet, so sei der raumplanungsrechtliche Trennungsgrundsatz in Frage gestellt. Unrechtmässige Terrainveränderungen, die im Gelände nicht mehr leicht erkennbar seien, müssten von den Vollzugsbehörden künftig geduldet werden, wenn das angefochtene Urteil rechtskräftig werde. Damit würde der illegalen Deponierung von Bauschutt, dem Verlust von Kulturland und der unrechtmässigen Veränderung der Landschaft Vorschub geleistet, was nicht toleriert werden könne. Die Verhinderung einer solchen Entwicklung sei höher zu gewichten als die negativen finanziellen Konsequenzen für den privaten Beschwerdegegner und die Gefahr von vorübergehenden Flurschäden durch die Entfernung des aufgeschütteten Materials.
Der Kanton St. Gallen macht darüber hinaus geltend, der angefochtene Entscheid werde dazu führen, dass Aushubmaterial in grossem Stil ausserhalb der Bauzone illegal entsorgt werde, anstatt in die dafür vorgesehenen Deponien gebracht zu werden (Art. 22 sowie Anhang 1 der Technischen Verordnung vom 10. Dezember 1990 über Abfälle, TVA, SR 814.600). Die kantonalen Behörden hätten in den letzten Jahren grosse Anstrengungen unternommen, um die zunehmenden wilden Deponien von Aushubmaterial ausserhalb der Bauzone in den Griff zu bekommen und Missstände nachträglich zu bereinigen. Mehrere Streitfälle betreffend solche Geländeauffüllungen seien zurzeit noch hängig. Insgesamt herrsche heute im Kanton St. Gallen eine bewährte, bei den betroffenen Landwirten und Transportunternehmen bekannte und überwiegend anerkannte Praxis. Der Kanton habe inzwischen auch seine Deponieplanung, die in die Richtplanung eingeflossen sei, darauf abgestimmt. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts führe dazu, dass die Deponieplanung weitgehend obsolet würde. Müsste künftig nach dem Entscheid des Verwaltungsgerichts bei grossen, nicht auf den ersten Blick erkennbaren Geländeauffüllungen grundsätzlich auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands verzichtet werden, so würde ein eigentlicher Deponie-Boom ausserhalb der Bauzone einsetzen, womit die Durchsetzung der Bauordnung sowie des Raumplanungs- und Umweltrechts nicht mehr gewährleistet wäre.
3.4 Den Beschwerdeführern ist darin zuzustimmen, dass bei der Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands den öffentlichen Interessen an einem ordnungsgemässen Vollzug des Raumplanungs- und des Umweltrechts ein massgebendes Gewicht zukommt. Äusserst gewichtige öffentliche Interessen sind die Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet (BGE <ref-ruling> E. 6.4 S. 40 mit Hinweis; Bernhard Waldmann/Peter Hänni, a.a.O., Art. 14 Rz. 7) und die Beachtung des Grundsatzes, wonach nicht verwertbare Abfälle nur auf dafür vorgesehenen Deponien abgelagert werden dürfen (Art. 30e Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz; USG; SR 814.01; Urteil des Bundesgerichts 1A.171/1994 vom 24. Februar 1995, in: URP 1995 S. 291 ff. und ZBl 96/1995 S. 519 ff.). Das Verwaltungsgericht hält die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands für unverhältnismässig, weil angesichts des Ausmasses der widerrechtlichen Ablagerungen mit der Rückführung des Bauaushubs von rund 7'000 m3 ein zweites Mal eine erhebliche Belastung der Umwelt sowie weitere - allerdings vorübergehende - Flurschäden verbunden wären. Die finanzielle Belastung durch die erforderlichen Arbeiten zur Wiederherstellung hat das Verwaltungsgericht angesichts des mehrfach bösgläubigen Verhaltens des privaten Beschwerdegegners zu Recht als nicht ausschlaggebend bezeichnet (BGE <ref-ruling> E. 6.4 S. 39 f. mit Hinweis).
Mit der Belastung der Umwelt und den vorübergehenden Flurschäden nennt das Verwaltungsgericht öffentliche Interessen, die gegen die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sprechen können. Allerdings können solche Gründe grundsätzlich gegen jede Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands in vergleichbaren Situationen angeführt werden. Je umfangreicher eine nicht bewilligte Umgestaltung ist, desto aufwändiger erscheint in der Regel auch die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands und desto grösser sind die damit verbundenen kurzfristigen Nachteile für die Umwelt. Solche Gesichtspunkte können somit im Rahmen der Prüfung der Verhältnismässigkeit von Wiederherstellungsmassnahmen nur eine untergeordnete Rolle spielen. Die mit den Wiederherstellungsarbeiten verbundenen Nachteile sind den öffentlichen Interessen gegenüber zu stellen, welche für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sprechen. Ein Wiederherstellungsbefehl erweist sich dann als unverhältnismässig, wenn die Abweichung vom Gesetz gering ist und die berührten allgemeinen Interessen den Schaden, der dem Eigentümer durch die Wiederherstellung entstünde, nicht zu rechtfertigen vermögen. Die vom Beschwerdegegner bewusst eigenmächtig und ohne die erforderlichen Bewilligungen vorgenommenen Aufschüttungen stellen schwerwiegende Verletzungen des Raumplanungs- und des Umweltrechts dar (vgl. BGE <ref-ruling> E. 6 S. 35 mit Hinweis). Bei der Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet und beim Grundsatz, wonach nicht verwertbare Abfälle nur auf dafür vorgesehenen Deponien abgelagert werden dürfen, handelt es sich um grundlegende Prinzipien des Raumplanungs- und des Abfallrechts. Die Abweichung vom Gesetz kann keineswegs als geringfügig eingestuft werden. Zudem ist das öffentliche Interesse an einem ordentlichen Vollzug des Bau-, Planungs- und Umweltrechts durch die Kantone und den Bund gebührend zu berücksichtigen. Das Verwaltungsgericht hat diesen gewichtigen öffentlichen Interessen im angefochtenen Entscheid offensichtlich zu wenig Rechnung getragen und die mit den Wiederherstellungsarbeiten verbundenen Nachteile zu stark gewichtet. Daran ändern auch die Ausführungen der Vorinstanz und des privaten Beschwerdegegners im bundesgerichtlichen Verfahren nichts. Das Raumplanungs- und Abfallrecht des Bundes kann nur ordnungsgemäss vollzogen werden, wenn in Fällen wie dem vorliegenden die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands angeordnet wird.
4. Die vorliegenden Beschwerden sind somit gutzuheissen und das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist aufzuheben, soweit damit die Pflicht zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im Bereich des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitts verneint wird.
Die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands in Bezug auf den hier betroffenen Geländeabschnitt muss auf den vom Verwaltungsgericht angeordneten Rückbau der Wegverbindung zwischen Laufstall und Feldscheune abgestimmt werden. Das Verwaltungsgericht hat dem privaten Beschwerdegegner zur Einreichung eines Projekts für den Rückbau dieser Wegverbindung eine Frist von längstens sechs Monaten nach Rechtskraft seines Entscheids eingeräumt. Es erscheint angebracht, den privaten Beschwerdegegner ebenfalls zu verpflichten, bei der Gemeinde Wattwil innert sechs Monaten ein Projekt für den Rückbau der hier beurteilten Geländeauffüllung einzureichen, wie dies der Kanton St. Gallen beantragt.
Die teilweise Aufhebung des angefochtenen Entscheids hat überdies zur Folge, dass die Gemeinde Wattwil nach dem Entscheid der Regierung des Kantons St. Gallen vom 9. Januar 2007 die Verantwortlichkeit und die subjektive Wiederherstellungspflicht der Y._ AG zu prüfen hat und allenfalls den Entscheid ihrer Baukommission vom 29. September 2005 ergänzen muss.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem unterliegenden privaten Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerden werden gutgeheissen, und Ziff. 1 lit. a des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen wird aufgehoben.
2. X._ wird verpflichtet, der Gemeinde Wattwil spätestens bis zum 30. November 2008 ein Projekt einzureichen für den Rückbau der Auffüllung des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitts, der beim Laufstall von Südosten nach Nordwesten zum Wald abfällt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem privaten Beschwerdegegner auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Wattwil und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag