Sachverhalt:
A. A.a Der 1962 geborene S._ arbeitete seit dem 1. April 2001 als Versicherungsberater bei einem Generalagenten der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (im Folgenden: Mobiliar) und war bei der gleichen Gesellschaft gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 25. Januar 2002 stürzte er beim Skifahren und zog sich dabei eine mehrfragmentäre intraartikuläre Tibiakopffraktur rechts und eine Commotio Cerebri zu. Die Unfallversicherung richtete Leistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeld aus. Das Arbeitsverhältnis wurde vom Arbeitgeber auf den 30. Juni 2002 gekündigt. Ab dem 2. September 2002 erachtete der behandelnde Arzt, Dr. med. H._, Facharzt FMH für Orthopädie und Chirurgie, von der Sport Clinic, seinen Patienten in angepasstem Rahmen wieder für halbtags arbeitsfähig. Gestützt darauf orientierte die Mobiliar den Versicherten am 10. Februar 2003, dass sie ab dem 2. September 2002 von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit ausgehe. Trotz Entfernung des Osteosynthesematerials am 13. Juni 2003 war der Heilungsverlauf nach wie vor verzögert. Eine MRI-Untersuchung ergab deutliche Zeichen eines Knochenödems und eine kleine Osteonekrose zentral im medialen Tibiakopf ohne Hinweis für eine Algodystrophie (Schreiben Dr. med. H._ vom 21. Oktober 2003). Gemäss Expertise vom 10. März 2004 des Dr. med. M._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, bestanden noch Restbeschwerden unsicherer Herkunft, ein Status nach möglicher Algodystrophie sowie Verdachte auf psychische Verstimmung im Sinne einer Depression und einer Fehlverarbeitung der Unfallfolgen sowie auf Perseveration und Anspruchshaltung. Für eine Büroarbeit mit wechselnder sitzender, respektive wenig gehender Tätigkeit scheine eine Arbeitsfähigkeit von 70 bis 80 Prozent zu bestehen. Da S._ mit der Begutachtung nicht einverstanden war, liess er sich am Spital X._ durch Dr. med. R._, Chefarzt der orthopädischen Klinik, und PD Dr. med. A._, Chefarzt der Rehabilitation, untersuchen. Gemäss den Berichten vom 19. Mai und 15. Juni 2004 persistiere der Verdacht auf einen Morbus Sudeck. Dr. med. R._ attestierte eine vollständige Arbeitsunfähigkeit. Mit Schreiben vom 14. September 2004 konkretisierte PD Dr. med. A._ seine Diagnose auf ein Complex regional pain syndrome (CRPS) Typ I. Die eingeleitete medikamentöse Therapie zeige bereits eine Besserung. Eine am 12. Juli 2004 im Auftrag der Invalidenversicherung durchgeführte psychiatrische Begutachtung ergab, entgegen des im Gutachten des Chirurgen Dr. med. M._ geäusserten Verdachts, keine Befunde und dementsprechend auch keine Arbeitsunfähigkeit aus psychischen Gründen. Dr. med. M._ schloss sich in der Folge auf Nachfrage der Mobiliar hin der Beurteilung der Ärzte am Spital X._ an und postulierte seinerseits ab 19. Mai 2004 eine volle Arbeitsunfähigkeit, welche von der Unfallversicherung am 20. Oktober 2004 formlos verfügt wurde.
A.b Am 20. Dezember 2004 stürzte S._ infolge Glatteis und zog sich dabei eine suprakondyläre Femurmehrfragmentfrakur rechts zu. Die Mobiliar eröffnete dem Verunfallten mit Verfügung vom 6. April 2005, dass sie für diesen Unfall keine Leistungen erbringe, da die Versicherungsdeckung bereits am 2. März 2003 definitiv geendet habe. Jener erhob Einsprache. Die Unfallversicherung holte bei PD Dr. med. K._, Spezialarzt für Chirurgie FMH, eine aktengestützte Beurteilung hinsichtlich eines Zusammenhanges zwischen den beiden Unfällen und der ohne den zweiten Unfall geschätzten Arbeitsfähigkeit ein (Gutachten vom 27. September 2005 und vom 24. Mai 2006). Demnach schätzte der Experte die hypothetische Arbeitsfähigkeit als Versicherungsberater im Aussendienst auf 75%, in einer ausschliesslichen Bürotätigkeit auf 100%, und den Integritätsschaden aufgrund der Tibiakopffrakturen auf 30%. Mit Verfügung vom 25. August 2006 teilte die Mobiliar S._ mit, ihres Erachtens könnte er auf Grund der am 25. Januar 2002 erlittenen Verletzungen in einer Bürotätigkeit bei einem vollen Pensum Fr. 60'083.- im Jahr verdienen. Bei einem Einkommen als Gesunder von Fr. 75'827.- ergebe sich ein Invaliditätsgrad von 21%. In diesem Rahmen werde ihm ab 1. August 2006 eine Rente ausgerichtet. Der versicherte Verdienst betrage Fr. 72'450.-, die Integritätsentschädigung 30%. Auch gegen diese Verfügung erhob der Versicherte Einsprache, welche gemeinsam mit jener gegen die Verfügung vom 6. April 2005 mit Entscheid vom 28. September 2007 abgewiesen wurde.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies mit Entscheid vom 12. März 2009 die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm durch die Mobiliar auch Leistungen für den Unfall vom 20. Dezember 2004 zu gewähren und über den 31. Juli 2006 hinaus Taggeld zu bezahlen und Heilbehandlung zu erbringen. Eventualiter sei ihm für den Unfall vom 25. Januar 2002 eine Rente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von mindestens 38% und eines versicherten Verdienstes von Fr. 91'800.- auszurichten.
Die Mobiliar schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht beurteilt indessen grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Der Beschwerdeführer beantragt in erster Linie, die Mobiliar habe auch für den Unfall vom 20. Dezember 2004 Versicherungsleistungen zu erbringen. Da die weiteren Streitpunkte, insbesondere hinsichtlich des Zeitpunkts der Rentenzusprechung und der Höhe des Invaliditätsgrades, von der Frage der Leistungspflicht für diesen Unfall abhängen, ist diese zuerst zu prüfen.
2. Der Beschwerdeführer beantragt in erster Linie, die Mobiliar habe auch für den Unfall vom 20. Dezember 2004 Versicherungsleistungen zu erbringen. Da die weiteren Streitpunkte, insbesondere hinsichtlich des Zeitpunkts der Rentenzusprechung und der Höhe des Invaliditätsgrades, von der Frage der Leistungspflicht für diesen Unfall abhängen, ist diese zuerst zu prüfen.
2.1 2.1.1 Gemäss <ref-law> beginnt die Versicherung am Tag, an dem der Arbeitnehmer aufgrund der Anstellung die Arbeit antritt oder hätte antreten sollen. Sie endet mit dem 30. Tag nach dem Tage, an dem der Anspruch auf mindestens den halben Lohn aufhört (<ref-law>). Als Lohn im Sinne von Art. 3 Abs. 2 des Gesetzes gelten gemäss <ref-law> in der hier anwendbaren, bis zum 30. Juni 2005 geltenden Fassung "Taggelder der obligatorischen Unfallversicherung, der Militärversicherung, der Invalidenversicherung (IV) und der Erwerbsersatzordnung sowie jene der Krankenkassen und privaten Kranken- und Unfallversicherer, die die Lohnfortzahlung ersetzen."
2.1.2 Die Leistungspflicht einer Unfallversicherung bei einem erneuten Unfall ist in <ref-law> geregelt: "Wenn der Versicherte erneut verunfallt, während er wegen eines versicherten Unfalles noch behandlungsbedürftig, arbeitsunfähig und versichert ist, so muss der bisherige leistungspflichtige Versicherer auch die Leistungen für den neuen Unfall erbringen." Aus der Entstehungsgeschichte dieser Verordnungsbestimmung erhellt, dass damit nicht über die Versicherungsdeckung an sich, sondern lediglich über die Aufteilung der Leistungspflicht unter mehreren Versicherungsträgern bestimmt werden sollte. Der Vorentwurf des BSV vom 20. März 1980 zu Art. 98 (nunmehr Art. 100) der UVV sah noch vor, dass der bisher leistungspflichtige Versicherungsträger auch die Leistungen für den weiteren Unfall zu erbringen habe, wenn der Versicherte während der Heilungsdauer des Unfalls und vor der Wiederaufnahme einer versicherten Tätigkeit erneut verunfalle. Im Verlaufe der Diskussion der vorbereitenden Kommission zeigte sich ein gewisser Widerspruch zu <ref-law> in Verbindung mit 7 Abs. 1 UVV. Betrage der massgebende Lohn weniger als die Hälfte, so fehle eine zufriedenstellende Regelung (vgl. summarisches Protokoll zur Sitzung vom 18. Dezember 1980 S. 6). Die Kommission einigte sich auf die nunmehr geltende Formulierung, wonach eine Unfallversicherung für einen "Unfall im Unfall" (vgl. zu diesem Ausdruck MAURER, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, S. 146 und N 82a, S. 71) nur dann Leistungen zu erbringen hat, wenn der Verunfallte noch im Sinne des UVG versichert ist.
2.1.3 Damit steht zusammenfassend fest, dass ein Verunfallter, der Taggelder der obligatorischen Unfallversicherung bezieht, welche mindestens dem Betrage des halben Lohnes (<ref-law>) entsprechen, unabhängig von einer allfälligen Lohnfortzahlungspflicht des Arbeitgebers weiterhin bei diesem Versicherer gegen einen weiteren Unfall versichert ist.
2.1.3 Damit steht zusammenfassend fest, dass ein Verunfallter, der Taggelder der obligatorischen Unfallversicherung bezieht, welche mindestens dem Betrage des halben Lohnes (<ref-law>) entsprechen, unabhängig von einer allfälligen Lohnfortzahlungspflicht des Arbeitgebers weiterhin bei diesem Versicherer gegen einen weiteren Unfall versichert ist.
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer bezog im Zeitpunkt des zweiten Unfalles, also am 20. Dezember 2004, bereits seit sieben Monaten (seit dem 19. Mai 2004) wiederum ein 100%iges Taggeld der Mobiliar. Zuvor bestand seit September 2002 eine 50%ige Arbeitsfähigkeit. Die in diesem Zeitraum ausgerichteten Taggelder entsprachen jedoch lediglich 40% des versicherten Verdienstes (<ref-law>; vgl. dazu auch RKUV 1991 Nr. U 125 S. 212 und FRÉSARD/MOSER SZELESS in Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Soziale Sicherheit, 2. Auflage Rz. 32 S. 847), womit die Versicherung in Anwendung von <ref-law> i.V.m. <ref-law> geendet hatte und - nach Ablauf der Abredeversicherung am 31. März 2003 - keine Deckung mehr bestand.
2.2.2 Es stellt sich die Frage, ob eine einmal beendete Versicherungsdeckung wieder auflebt, wenn wegen eines Rückfalles wieder (höhere) Taggeldleistungen erbracht werden, die mindestens dem halben versicherten Lohn entsprechen.
Diese Fallkonstellation ist weder im Gesetz noch in der Verordnung geregelt. Der Rückfall an sich - für welchen hinsichtlich der Leistungspflicht des ursprünglichen Versicherers keine Meinungsverschiedenheiten bestehen (<ref-law>) - ist kein erneuter Unfall (<ref-ruling> E. 4.5 S. 338 mit Hinweisen), sodass die Deckung des für den Rückfall leistungspflichtigen Unfallversicherers nicht automatisch auch für einen erneuten "selbstständigen" Unfall besteht (vgl. auch <ref-ruling> E. 2 S. 69). Ein Versicherungsschutz gemäss UVG beginnt demnach erst wieder an dem Tag, an dem der Arbeitnehmer aufgrund der Anstellung die Arbeit antritt oder hätte antreten sollen (<ref-law>), oder arbeitslos wird (Verordnung über die Unfallversicherung von arbeitslosen Personen [UVAL]). Beides ist hier nicht der Fall.
Diese Fallkonstellation ist weder im Gesetz noch in der Verordnung geregelt. Der Rückfall an sich - für welchen hinsichtlich der Leistungspflicht des ursprünglichen Versicherers keine Meinungsverschiedenheiten bestehen (<ref-law>) - ist kein erneuter Unfall (<ref-ruling> E. 4.5 S. 338 mit Hinweisen), sodass die Deckung des für den Rückfall leistungspflichtigen Unfallversicherers nicht automatisch auch für einen erneuten "selbstständigen" Unfall besteht (vgl. auch <ref-ruling> E. 2 S. 69). Ein Versicherungsschutz gemäss UVG beginnt demnach erst wieder an dem Tag, an dem der Arbeitnehmer aufgrund der Anstellung die Arbeit antritt oder hätte antreten sollen (<ref-law>), oder arbeitslos wird (Verordnung über die Unfallversicherung von arbeitslosen Personen [UVAL]). Beides ist hier nicht der Fall.
2.3 2.3.1 Schliesslich bringt der Beschwerdeführer vor, sein rechtes Bein sei wegen der Folgen des Erstunfalles im Zeitpunkt des zweiten Unfalls auf Grund der starken Schädigung der Knochen- und Muskelsubstanz erheblich destabilisiert gewesen, sodass diese Beeinträchtigungen die massgebliche Ursache für das Zustandekommen des Zweitunfalls und die dabei erlittene schwerwiegende Femurtrümmerfraktur darstellten, was eine Haftung der Mobiliar auch für den zweiten Unfall auslöse.
2.3.2 Diesen Argumenten kann nicht gefolgt werden. Gemäss telefonischer Meldung vom 22. März 2005 ist der Beschwerdeführer am 20. Dezember 2004 auf dem Weg zu seinem Auto infolge Glatteis ausgerutscht und gestürzt. Damit fällt die Verletzung durch den ersten Unfall als Auslöser des zweiten ausser Betracht. Die allgemeine Lebenserfahrung zeigt, dass auch ein Gesunder auf Glatteis ausrutscht. Jedenfalls ist es lediglich möglich, nicht aber überwiegend wahrscheinlich, dass der Versicherte ohne die Beschwerden infolge des ersten Unfalles den Sturz hätte vermeiden können. Der Beschwerdeführer beruft sich denn auch insbesondere auf das Gutachten des Dr. med. E._, Facharzt für orthopädische Chirurgie FMH, vom 16. April 2007, worin ausgeführt wird, ein Sturzmechanismus, wie er am 20. Dezember 2004 erfolgte, hätte bei einem 43-jährigen Mann mit normalem Knochenbau kaum zu einer supracondylären Femurfraktur geführt. Auch wenn mit diesem Arzt davon auszugehen wäre, dass der Schaden (Femurtrümmerfraktur) durch die vom ersten Unfall herrührende Vorschädigung erheblich vergrössert wurde, begründet dies noch keine Versicherungsdeckung. Über die Höhe eines Schadens und deren kausale Verursachung kann erst bestimmt werden, wenn eine Versicherung überhaupt besteht. Dies ist nicht der Fall (E. 2.1 + 2.2) sodass sich Kausalitätsüberlegungen erübrigen. Damit steht fest, dass die Mobiliar für die Folgen des Unfalls vom 20. Dezember 2004 nicht aufzukommen hat.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Rentenanspruch (<ref-law>), die Bemessung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), die Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.3 S. 224), die Festsetzung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) nach den vom Bundesamt für Statistik in der Lohnstrukturerhebung (LSE) ermittelten Tabellenlöhnen und die von diesen zulässigen Abzüge (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 und E. 4.2.3 S. 481) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Das gleiche gilt für die Grundlagen der Bemessung des versicherten Verdienstes bei Renten (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Rentenanspruch (<ref-law>), die Bemessung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), die Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.3 S. 224), die Festsetzung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) nach den vom Bundesamt für Statistik in der Lohnstrukturerhebung (LSE) ermittelten Tabellenlöhnen und die von diesen zulässigen Abzüge (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 und E. 4.2.3 S. 481) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Das gleiche gilt für die Grundlagen der Bemessung des versicherten Verdienstes bei Renten (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
3.2 3.2.1 Bei der Bemessung des Invaliditätsgrades ist einzig die Höhe des Valideneinkommens umstritten. Die Mobiliar stützte sich auf die Angaben der ehemaligen Arbeitgeberin, wonach der Versicherte im Jahr 2001 Fr. 70'650.- verdient habe und passte diesen Betrag der Teuerung bis ins Jahre 2006 an, womit das Valideneinkommen im Einspracheentscheid vom 28. September 2007 auf Fr. 75'827.- beziffert wird. Daran wird auch im angefochtenen Entscheid festgehalten.
3.2.2 Das Valideneinkommen entspricht dem Lohn, den ein Versicherter erzielen könnte, wenn er nicht invalid geworden wäre (<ref-law>). Es handelt sich somit um einen hypothetischen Wert, den es auf Grund der Fakten aus der Vergangenheit und der nach dem Unfall überwiegend wahrscheinlichen Weiterentwicklung so genau als möglich zu schätzen gilt.
3.2.3 Gemäss Unfallmeldung vom 3. Februar 2002 bezifferte sich der "garantierte Monatslohn" des Beschwerdeführers auf Fr. 8'000.-, was einem Jahreslohn von Fr. 96'000.- entspricht. Dieser Betrag steht auch im schriftlichen Anstellungsvertrag für Versicherungsberater zwischen dem Generalagenten der Gruppe Mobiliar und dem Beschwerdeführer vom 28. März 2001. Gemäss dessen Beilage 1 werden "pauschal Fr. 6'000.- pro Jahr sowie 8% der im laufenden Jahr bezogenen Verkaufsentschädigung ohne Einkommensersatz" als Spesen berechnet. Der Arbeitgeber machte gegenüber der Unfallversicherung geltend, vom angegebenen Jahreslohn von Fr. 96'000.- seien nur 75% AHV-pflichtig, weshalb die Mobiliar auch das Valideneinkommen auf die genannte Summe (erhöht auf der Basis der bis ins Jahr 2006 aufgelaufenen Teuerung) bezifferte. Auf welche gesetzliche Grundlage sich der Arbeitgeber und die Mobiliar hinsichtlich der Beitragspflicht gegenüber der Ausgleichskasse berufen, wird nicht ausgeführt. Ob der Lohn des Versicherten während seines Anstellungsverhältnisses korrekt mit der Ausgleichskasse abgerechnet worden war, ist vorliegend aber nicht Streitgegenstand. Konkret lässt sich den Akten nicht entnehmen, was der Beschwerdeführer in seiner bisherigen Tätigkeit im Zeitpunkt des Unfalles tatsächlich verdient hatte. Auch er selbst erbringt keine Belege über die tatsächlichen Auszahlungen, Provisionen oder die konkreten Auslagen für Spesen. Auch die Lohnabrechnungen, welche der Invalidenversicherung vorgelegt wurden, ergeben kein zuverlässiges Bild. In den zehn Monaten vom Beginn des Arbeitsverhältnisses im April 2001 bis Ende Januar 2002 wurde demnach an "Lohn & Gehalt" der Betrag von brutto Fr. 68'726.40 (ohne Kinderzulagen) ausbezahlt. Auf ein Jahr umgerechnet ergibt das die Summe von Fr. 82'471.70. Im September 2002 kam es noch zu einer Nachzahlung von Fr. 11'523.60, die nicht erklärt wird. Zudem wird aus diesen Abrechnungen nicht deutlich, was der Beschwerdeführer als Lohn erhielt und was er für den Arbeitgeber an Spesen auslegte. So werden jeweils fixe Spesen von Fr. 500.- sowie - in gewissen Abrechnungen - zusätzlich zwei verschiedene Sorten "variable Spesen" abgerechnet. Damit bleibt unklar, was der Beschwerdeführer vor seinem Unfall tatsächlich verdient hatte und was er als Gesunder im Jahre 2006 hätte verdienen können. Die Sache wird demnach an die Mobiliar zurückgewiesen, damit diese die entsprechenden Sachverhaltsabklärungen trifft und auf Grund des Ergebnisses das Valideneinkommen und damit den Invaliditätsgrad erneut ermittelt.
4. Schliesslich ist auch der versicherte Verdienst umstritten.
4.1 Die Mobiliar hat ihrer Berechnung einen versicherten Verdienst von Fr. 70'650.- zuzüglich Kinderzulagen von Fr. 1'800.-, somit Fr. 72'450.- zu Grunde gelegt. Das entspreche den Angaben des Arbeitgebers über das AHV-pflichtige Einkommen. Die grosse Differenz zu dem vertraglich vereinbarten Erwerbseinkommen von Fr. 97'800.- wird nicht erklärt.
4.2 Gemäss <ref-law> werden die Renten nach dem versicherten Verdienst bemessen (Abs. 1). Als versicherter Verdienst gilt für die Bemessung der Renten der innerhalb eines Jahres vor dem Unfall bezogene Lohn (Abs. 2). Gestützt auf Abs. 3 hat der Bundesrat in Art. 22-24 UVV nähere Bestimmungen zum versicherten Verdienst erlassen. Laut <ref-law>, welcher den versicherten Verdienst "im allgemeinen" regelt, gilt - mit verschiedenen, hier nicht zur Diskussion stehenden Abweichungen - als versicherter Verdienst der nach der Bundesgesetzgebung über die AHV massgebende Lohn (Abs. 2).
4.3 Eine konkrete Abrechnung der Lohnbezüge des Beschwerdeführers im Zeitraum vom 26. Januar 2001 bis 25. Januar 2002 liegt nicht vor. Wie viel der Beschwerdeführer genau verdient hatte, kann daher anhand der Akten nicht bestimmt werden. Die Sache ist demnach an die Unfallversicherung zurückzuweisen, damit diese den versicherten Verdienst neu - allenfalls auch unter Einbezug von Gratifikationen, welche bereits ausgezahlt wurden oder auf welche ein Anspruch bestand (RKUV 2003 Nr. U 483 S. 244) - ermittle.
Die Unfallversicherung wird darüber hinaus zu ermitteln haben, was der Beschwerdeführer beim früheren Arbeitgeber konkret verdient hatte.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten den Parteien anteilsmässig aufzuerlegen (<ref-law>). Die Mobiliar hat dem Beschwerdeführer - der mit seinem Eventualantrag weitgehend durchgedrungen ist - eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. März 2009 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft vom 28. September 2007 aufgehoben werden und die Sache an die Schweizerische Mobiliar Versicherungsgesellschaft zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch des Beschwerdeführers neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden den Parteien je hälftig auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1400.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Januar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer