Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht St. Gallen verurteilte Y._ am 12. September 2007 wegen verschiedenen Vermögens-, Gewalt- und Betäubungsmitteldelikten - darunter Freiheitsberaubung im Sinne von <ref-law> - zu vier Jahren Freiheitsstrafe. Ausserdem verpflichtete es ihn u.a., A._ eine Genugtuung von 4'000 Franken zu bezahlen.
Dieses Urteil wurde von der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen sowie von A._ angefochten. Beide beantragten, Y._ statt der einfachen der qualifizierten Freiheitsberaubung (Art. 183 Ziff. 1 i.V.m. <ref-law>) schuldig zu sprechen und die Freiheitsstrafe auf 4 1⁄2 Jahre zu erhöhen. A._ verlangte zudem, ihm eine Genugtuung von 9'500 Franken zuzusprechen.
Mit Urteil vom 2. Juli 2008 sprach das Kantonsgericht St. Gallen A._ eine Genugtuung von 6'500 Franken zu und bestätigte im Übrigen das erstinstanzliche Urteil.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Staatsanwaltschaft, diesen kantonsgerichtlichen Entscheid insoweit aufzuheben, als Y._ wegen (einfacher) Freiheitsberaubung verurteilt worden sei, und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, um ihn wegen qualifizierter Freiheitsberaubung zu verurteilen und die Strafe angemessen zu erhöhen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Freiheitsberaubung macht sich schuldig, wer jemanden unrechtässig festnimmt oder gefangen hält oder jemandem in anderer Weise unrechtmässig die Freiheit entzieht (<ref-law>). Behandelt der Täter das Opfer grausam, gilt die Freiheitsberaubung als qualifiziert (<ref-law>). Umstritten ist einzig, ob der Beschwerdegegner zu Recht wegen einfacher Freiheitsberaubung verurteilt wurde, oder ob er sein Opfer grausam behandelte und damit den qualifizierten Tatbestand erfüllte.
1.1 Bei der Auslegung von qualifizierten Tatbeständen ist der angedrohten Strafe Rechnung zu tragen (vgl. <ref-ruling> E. 2b, mit Hinweisen). Die einfache Freiheitsberaubung wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren bedroht, die qualifizierte mit einer solchen von mindestens einem und höchstens 20 Jahren.
Die grausame Behandlung nach <ref-law> setzt das Zufügen besonderer Leiden, d.h. anderer oder mehr Leiden voraus, als diejenigen, welche die betreffende Person allein schon deswegen erduldet, weil sie ihrer Bewegungsfreiheit beraubt ist und keinen Kontakt zu weiteren Personen mehr unterhalten kann (vgl. <ref-ruling> E. 3d, 224 E. 3). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liegt Grausamkeit im Sinne von <ref-law> vor, wenn der Täter dem Opfer aus gefühlloser, unbarmherziger Gesinnung besonders schwere Leiden aufgrund der Stärke, der Dauer oder der Wiederholung zufügt. So ist eine zwecklose Bosheit, die zur Verwirklichung des Plans des Täters ganz unnötig war und nur mit einem sadistischen Vergnügen oder doch mindestens der ausdrücklichen Absicht, Schmerz zuzufügen, erklärt werden kann, als grausam zu bezeichnen (<ref-ruling> E. 4d; vgl. auch <ref-ruling> E. 3d). Das Qualifikationsmerkmal der Grausamkeit muss sich unmittelbar auf die Umstände der Tatbegehung beziehen, das heisst die Freiheitsberaubung selber muss in besonderem Masse belastend, unerträglich oder quälerisch ausgestaltet sein. Dass die dem Opfer zugefügten Leiden Tatbestandselemente einer anderen strafbaren Handlung erfüllen, ist für die Annahme von Grausamkeit nicht notwendig. Umgekehrt ist eine Freiheitsberaubung nicht automatisch als grausam zu qualifizieren, wenn dabei weitere schwere Gewaltdelikte begangen werden, ansonsten es unter dem Gesichtspunkt der Konkurrenz fragwürdig wäre, qualifizierte Freiheitsberaubung und beispielsweise schwere Körperverletzung oder Vergewaltigung zugleich anzuwenden (Entscheid 6S. 81/2005 E. 2.5; 6S.198/2001 vom 5. April 2001, E. 2a).
1.2 Die Verurteilung des Beschwerdegegners beruht auf folgendem Sachverhalt: B._, C._, +D._ und E._ verabredeten sich Ende März 2004 mit A._ an einer 24h-Tankstelle in St. Gallen. Als A._ im VW Passat seines Vaters am verabredeten Ort erschien, setzte sich B._ auf den Beifahrersitz und forderte ihn auf, stadtauswärts zu fahren und ausgangs Mörschwil anzuhalten. Dort wurde A._ von C._, +D._ und E._, die ihnen in ihrem Audi nachgefahren waren, umzingelt, angeschrien und immer wieder gefragt, wo die Mobiltelefone seien, die er ihnen gestohlen habe. Nachdem er ins Gesicht und den Magen geschlagen worden war, gab A._ den Diebstahl zu. Daraufhin wurde er auf den Rücksitz des Audi gestossen, zum Laden F._ gefahren und im oberen Stockwerk eingeschlossen. Dort stiess der telefonisch avisierte Beschwerdegegner dazu. Nachdem A._ sein "Geständnis" widerrufen hatte, wurde er gefesselt, geschlagen und mit Fusstritten traktiert, um aus ihm "die Wahrheit" herauszupressen. Er musste auf einen Industrieabfallsack aus Plastic knien, wobei ihm angedroht wurde, dieser Sack werde ihm über den Kopf gestülpt, wenn er nicht die Wahrheit sage. Anschliessend wurde der Sack hochgezogen und, als A._ vollständig darin steckte, zugezogen und zusammengeklebt. Dabei wurde er immer wieder geschlagen und getreten, und es wurde ihm gedroht, in dieser Verpackung in den Bodensee geworfen zu werden, wenn er das Versteck der gestohlenen Telefone nicht nenne. Nachdem man ihn aus dem Plasticsack befreit hatte, steckte man ihm einen Lippenstift in den Mund mit dem Befehl "Friss!". Anschliessend wurde mit einem Messer vor seinen Augen herumgefuchtelt mit der Drohung, ihm ein Auge auszustechen. Nachdem ihm noch demonstriert worden war, wie man ihn - wie in türkischen Gefängnissen üblich - aufhängen würde, erklärte A._, er habe 3'000 Franken bei sich zu Hause. Er wurde daraufhin vom Beschwerdegegner und einem seiner Komplizen dorthin gefahren, wobei ihm die Flucht gelang.
1.3 Der Beschwerdegegner und seine Komplizen verdächtigten A._, ihnen Handys gestohlen zu haben, und sie haben ihn einer eigentlichen Folter unterzogen, um aus ihm herauszubringen, wo er die angebliche Beute versteckt habe. Das Kantonsgericht ist offensichtlich zu Recht davon ausgegangen, dass der Beschwerdegegner und seine Komplizen A._ grausam behandelten. Es ist jedoch der Auffassung, dass diese Gewalttätigkeiten und Drohungen nicht dazu dienten, die Gefangenschaft A._s möglichst unerträglich zu gestalten, sondern ausschliesslich im Zusammenhang mit den "Abklärungen" in Bezug auf den Lagerort der angeblich gestohlenen Mobiltelefone standen. Es lehnte es aus diesem Grund ab, den Qualifikationsgrund der grausamen Behandlung in Bezug auf die Freiheitsberaubung anzunehmen.
Dem hält der Staatsanwalt entgegen, die Freiheitsberaubung als besondere Form der Nötigung habe von allem Anfang an dem Zweck gedient, A._ für den Diebstahl der Mobiltelefone zu bestrafen und ihm allenfalls deren Versteck zu entlocken. Es sei den Tätern zunächst darum gegangen, die Freiheitsberaubung möglichst unerträglich zu gestalten, um A._ zu bestrafen und allenfalls die Beute zurückzuerhalten; insofern hätten die Gewaltanwendungen einen engen Bezug zur Freiheitsberaubung. Darin liege auch der Unterschied zum vom Kantonsgericht angeführten Fall 6S.81/2005, in welchem das Opfer von seiner Freundin eingesperrt worden war, um es durch Gewalt und Drohungen zur Aufgabe einer Fremdbeziehung zu zwingen. Dort war die Freiheitsberaubung nach der Auffassung des Staatsanwaltes von der Gewaltanwendung weitgehend losgelöst, auch für das Opfer sei der Umstand des "Nicht-Weggehen-Könnens" nicht im Zentrum des Geschehens gestanden. Anders im vorliegenden Fall, indem es dem Opfer ausschliesslich darum gegangen sei, sich den Tätern irgendwie zu entziehen, um den Quälereien und Drohungen zu entgehen. Die grausame Behandlung weise daher einen engen Bezug zur Freiheitsberaubung auf, weshalb der Qualifikationsgrund erfüllt sei. Dies rechtfertige sich auch im Hinblick auf die Strafdrohung: Würde man die grausame Behandlung nur im Zusammenhang mit der Nötigung sehen, wäre sie mit dafür vorgesehenen Höchststrafe von drei Jahren abgegolten. Dies könne nicht richtig sein, wenn sie im Zusammenhag mit der Freiheitsberaubung zu einer Mindeststrafe von einem Jahr und einer Höchststrafe von 20 Jahren führe. Auch dies sei ein Unterschied zum angeführten Bundesgerichtsentscheid, weil dort weitere Tatbestände mit hohen Maximalstrafen erfüllt worden seien.
1.4 Kantonsgericht wie Staatsanwalt gehen in zutreffender Weise von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung aus, wonach die Erfüllung des qualifizierten Tatbestands voraussetzt, dass die Grausamkeiten darauf ausgerichtet sein müssen, die Gefangeschaft des Opfer übermässig belastend auszugestalten. Für das Kantonsgericht steht fest, dass der Beschwerdegegner (und seine Komplizen) mit der grausamen Behandlung A._ einzig bezweckten, diesen zum Reden zu bringen und verneint damit in haltbarer Weise den für die Annahme des qualifizierten Tatbestandes erforderlichen engen Zusammenhang zwischen den Grausamkeiten und der Freiheitsberaubung. Der Staatsanwalt steht dagegen auf dem Standpunkt, die Misshandlungen hätten in erster Linie dazu gedient, A._ durch eine möglichst belastende Ausgestaltung der Gefangenschaft für den angeblichen Diebstahl der Mobiltelefone zu bestrafen und nur nebenbei bezweckt, deren Lagerort ausfindig zu machen. Diese Sichtweise liesse zwar die Annahme eines engen Zusammenhangs der Misshandlungen mit dem Tatbestand von <ref-law> und die Anwendung von <ref-law> zu. Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft indessen so genannte innere Tatsachen, ist damit Tatfrage (<ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 3c S. 251). Der Staatsanwalt legt seiner Beschwerde einen anderen Sachverhalt zu Grunde als das Kantonsgericht, was unzulässig ist, da er nicht dartut, inwiefern dessen tatsächlichen Feststellungen offensichtlich unzutreffend bzw. willkürlich sind (<ref-law>). Eine gewisse Ungereimtheit mag zwar darin liegen, dass die objektiv gleichen Grausamkeiten in Zusammenhang mit der Freiheitsberaubung mit einer Höchststrafe von 20 Jahren bedroht sind (Art. 183 Ziff. 1 und Art. 184 i.V.m. <ref-law>), im Zusammenhang mit einer Nötigung bloss mit 7 1⁄2 Jahren (Art. 181 und 183 Ziff. 1 i.V.m. <ref-law>). Dies kann indessen hingenommen werden, da sich der Strafrahmen erheblich erweitert, wenn die Grausamkeiten derart sind, dass sie den Tatbestand von Gewaltdelikten erfüllen.
2. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi