Sachverhalt:
A. Der somalische Staatsangehörige X.A._ (geb. 1983) hielt sich ab 1994 unter dem Namen X.B._ als vorläufig Aufgenommener mit seinen Eltern und Geschwistern in der Schweiz auf. 1998 zog er mit seiner Mutter und acht Geschwistern nach London/Grossbritannien und erwarb in der Folge die britische Staatsbürgerschaft. Am 21. August 2008 reiste er erneut in die Schweiz ein und erhielt zunächst eine Kurzaufenthaltsbewilligung EG/EFTA zur befristeten Erwerbstätigkeit. Am 25. Februar 2009 wurde ihm eine bis zum 24. Februar 2014 gültige Aufenthaltsbewilligung EG/EFTA zur unbefristeten Erwerbstätigkeit erteilt.
Am 15. August 2007 verhängte die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat über X.A._ eine bedingte Geldstrafe von 14 Tagessätzen zu Fr. 60.-- sowie eine Busse von Fr. 800.-- wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln. Am 9. September 2010 verurteilte ihn das Bezirksgericht Zürich wegen Vergewaltigung, vollendeter und versuchter sexueller Nötigung, Freiheitsberaubung und Tätlichkeiten zu einer Freiheitsstrafe von 36 Monaten und einer Busse von Fr. 200.--; dabei wurde der Vollzug der Freiheitsstrafe im Umfang von 21 Monaten mit einer Probezeit von zwei Jahren aufgeschoben.
B. Mit Verfügung vom 29. März 2011 widerrief das Migrationsamt des Kantons Zürich die Aufenthaltsbewilligung von X.A._ und wies diesen aus der Schweiz weg. Gegen diese Verfügung rekurrierte X.A._ bei der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürichs, die den Rekurs am 23. März 2012 abwies. Noch während des Rekursverfahrens verurteilte die Staatsanwaltschaft Rheinfelden-Laufenburg X.A._ mit Strafbefehl vom 30. August 2011 zu einer unbedingten Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 110.-- wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln. Zudem wurde der Verurteilte verwarnt und die Verlängerung der im Urteil vom 9. September 2010 angeordneten Probezeit um ein Jahr verlängert. Die von X.A._ gegen den Entscheid der Sicherheitsdirektion erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 22. August 2012 ab.
C. Mit Eingabe vom 5. Oktober 2012 führt X.A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. August 2012 sei aufzuheben und es sei von einem Widerruf seiner Aufenthaltsbewilligung abzusehen.
D. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich sowie das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Verfügung vom 11. Oktober 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig gegen Entscheide betreffend Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt. Als britischer Staatsangehöriger kann sich der Beschwerdeführer auf das Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit (Freizügigkeitsabkommen, FZA; SR 0.142.112.681) berufen, welches ihm einen grundsätzlichen Anspruch auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung einräumt (vgl. Art. 4 FZA; Art. 6 Abs. 1 Anhang I FZA). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG) ist daher grundsätzlich einzutreten (unter Vorbehalt von E. 1.2 und E. 1.3 hiernach).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt u.a. hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287). Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
1.3 Das Bundesgericht ist an die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz gebunden, soweit sie sich nicht als offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich erweisen oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Zudem ist vom Beschwerdeführer aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. 2.1 Die mehrfach erhobene Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe die Begründungspflicht und damit seinen Gehörsanspruch verletzt, erweist sich vorab als unbegründet: Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV folgt zwar in der Tat die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Das bedeutet indessen nicht, dass sich die Behörde mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Der Rechtsuchende soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, damit er gegebenenfalls den Entscheid sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277 mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügt der vorinstanzliche Entscheid.
2.2 Ebenso wenig durchzudringen vermag der Beschwerdeführer mit der Rüge, die Vorinstanz habe den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie auf die beantragte Begutachtung der Rückfallgefahr anhand der FOTRES-Beurteilung verzichtet habe. Zwar umfasst der Anspruch auf rechtliches Gehör u.a. auch das Recht der Betroffenen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden. Jedoch ist dieser Anspruch nicht verletzt, wenn ein Gericht deshalb auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148 mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen waren vorliegend ohne Weiteres erfüllt, da bereits aus den Akten eine abschliessende Beurteilung der Rückfallgefahr des Beschwerdeführers möglich war, wie im Folgenden noch aufzuzeigen sein wird.
2.3 Schliesslich rügt zwar der Beschwerdeführer die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich, ohne dabei aber die Begründungsanforderungen zu erfüllen (vgl. E. 1.2 und E. 1.3 hiervor). Soweit der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang geltend macht, die Vorinstanz habe die Rückfallgefahr falsch beurteilt, handelt es sich um eine Rechts- und nicht um eine Tatfrage. Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung erweist sich somit als unbegründet.
3. 3.1 Die Erteilung bzw. der Widerruf von Aufenthaltsbewilligungen richtet sich grundsätzlich nach dem Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (Ausländergesetz, AuG; SR 142.20). Für Staatsangehörige der Mitgliedstaaten der Europäischen Union hat das Ausländergesetz allerdings nur insoweit Geltung, als das Freizügigkeitsabkommen keine abweichende Bestimmung enthält oder das Ausländergesetz eine für den Ausländer vorteilhaftere Regelung enthält (Art. 2 Abs. 2 AuG), was hier indes unbestrittenermassen nicht der Fall ist.
Gemäss Art. 4 FZA i.V.m. Art. 6 Abs. 1 Anhang I FZA hat ein Staatsangehöriger einer Vertragspartei, der mit einem Arbeitgeber des Aufnahmestaates ein Arbeitsverhältnis mit einer Dauer von mindestens einem Jahr eingegangen ist, Anspruch auf Erteilung einer Aufenthaltserlaubnis mit einer Gültigkeitsdauer von mindestens fünf Jahren.
Wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, gilt dieser Anspruch jedoch nicht absolut. Er kann namentlich eingeschränkt werden, wenn von der ausländischen Person eine hinreichend schwere und gegenwärtige Gefährdung der öffentlichen Ordnung, Sicherheit oder Gesundheit ausgeht (Art. 5 Anhang I FZA). Dazu wird auf die Richtlinien 64/221/EWG (ABl. Nr. 56, 1964, S. 850), 72/194/EWG (ABl. Nr. L 121, 1972, S. 32) und 75/35/EWG (ABl. Nr. L 14, 1975, S. 10) Bezug genommen.
Nach Art. 3 Absatz 1 der Richtlinie 64/221/EWG darf bei Massnahmen der öffentlichen Ordnung oder Sicherheit ausschliesslich das persönliche Verhalten der betreffenden Person ausschlaggebend sein, und nach Absatz 2 dieses Artikels können strafrechtliche Verurteilungen allein nicht ohne Weiteres diese Massnahmen begründen. Nach der gemäss Art. 16 Abs. 2 FZA zu berücksichtigenden Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofes (EuGH) und derjenigen des Bundesgerichts darf daher eine strafrechtliche Verurteilung nur insoweit als Anlass für eine Massnahme herangezogen werden, als die ihr zugrunde liegenden Umstände ein persönliches Verhalten erkennen lassen, das eine gegenwärtige Gefährdung der öffentlichen Ordnung darstellt. Es ist allerdings möglich, dass schon allein das vergangene Verhalten den Tatbestand einer solchen Gefährdung der öffentlichen Ordnung erfüllt. Art. 5 Anhang I FZA steht somit Massnahmen entgegen, die (allein) aus generalpräventiven Gründen verfügt werden (Urteile des EuGH vom 27. Oktober 1977 30/77 Bouchereau, Slg. 1977 S. 1999 Randnr. 27-30; vom 19. Januar 1999 C-348/96 Calfa, Slg. 1999 I-11 Randnr. 24). Insoweit kommt es wesentlich auf das Rückfallrisiko an, wobei die in Kauf zu nehmende Rückfallgefahr desto geringer ist, je schwerer die möglichen Rechtsgüterverletzungen sind (Urteil 2C_903/2010 vom 6. Juni 2011 E. 4.3, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 20; <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 184; je mit Hinweisen).
3.2 Dem Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 9. September 2010 lag zugrunde, dass der Beschwerdeführer seine damalige Freundin und deren Kollegin in seiner Wohnung eingeschlossen und dann zunächst die Kollegin sexuell genötigt hat. Anschliessend vergewaltigte er vor den Augen der Kollegin seine damalige Freundin, womit er - wie die Vorinstanz treffend festgestellt hat - mehrfach und in schwerer Weise die sexuelle Integrität der zwei jungen Frauen verletzt hat (vgl. angefochtener Entscheid E. 2.4).
Das Bezirksgericht hat das Verschulden des Beschwerdeführers als mittelschwer bezeichnet und aufgrund einer günstigen Prognose den Vollzug der Freiheitsstrafe im Umfang von 21 Monaten (bei einer Probezeit von zwei Jahren) aufgeschoben. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers kann er daraus aber nichts zu seinen Gunsten ableiten: Zwar sind für die ausländerrechtliche Prüfung auch etwaige Erwägungen des Strafgerichts - namentlich zur Gewährung des bedingten Strafvollzugs - von Bedeutung (<ref-ruling> E. 4.3.3 S. 188 mit Hinweisen). Das Bezirksgericht hatte unter anderem ausgeführt, dass sich der Beschwerdeführer "durch die bereits lang andauernde Haft, das vorliegende Strafverfahren und den drohenden Strafvollzug genügend hat beeindrucken lassen, um fortan mit dem Gesetz nicht mehr in Konflikt zu geraten". Dazu ist aber zu bemerken, dass das Strafgericht die günstige Prognose grundsätzlich vermutet. Nach dem vom Bezirksgericht angewandten Art. 42 Abs. 1 StGB (in der seit 1. Januar 2007 geltenden Fassung, AS 2006 3459 3535) genügt für den Strafaufschub durch das Strafgericht das Fehlen einer ungünstigen Prognose; es bedarf nicht mehr wie früher einer günstigen Prognose (<ref-ruling> E. 4 S. 4 ff.). Wie sich aus den Erwägungen des Bezirksgerichts ergibt, hat sich dieses von der erwähnten neuen Rechtslage bei seiner Würdigung leiten lassen. Dieser Beurteilungsmassstab gilt indes nicht für Fremdenpolizeibehörden, weshalb Letztere auch nicht an die Prognose des Strafrichters gebunden sind (vgl. <ref-ruling> E. 7.4 S. 223).
3.3 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers dauert die Gefährdung der öffentlichen Ordnung noch immer an: Während des Rekursverfahrens vor dem Sicherheitsdepartement verurteilte die Staatsanwaltschaft Rheinfelden-Laufenburg den Beschwerdeführer mit Strafbefehl vom 30. August 2011 zu einer unbedingten Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu je Fr. 110.--. Zudem wurde der Verurteilte verwarnt und die Verlängerung der im Urteil vom 9. September 2010 angeordneten Probezeit um ein Jahr verlängert. Aus diesem Umstand erhellt, dass - entgegen der Annahme des Bezirksgericht Zürich im erwähnten Urteil - der Beschwerdeführer eben doch wieder mit dem Gesetz in Konflikt geraten ist. Der Umstand, dass es sich nicht um ein weiteres Sexualdelikt handelt, spielt dabei keine Rolle. Entscheidend ist vielmehr, dass der Beschwerdeführer durch sein rücksichtsloses Verhalten (massive Unterschreitung des Sicherheitsabstandes auf der Autobahn, Abstand von fünf bis zehn Metern bei einer Geschwindigkeit von 120-140 km/h auf einer Strecke über 1,5 Kilometer) eine konkrete Gefahr für Leib und Leben der Insassen des vorausfahrenden Fahrzeugs geschaffen hat; folgerichtig wurde denn auch die Probezeit - wie bereits erwähnt - um ein Jahr verlängert. Damit hat sich der Beschwerdeführer trotz der Verurteilung vom 9. September 2010 nicht davon abhalten lassen, wieder deliktisch tätig zu werden.
An diesem Eindruck vermögen auch die umfangreichen Ausführungen des Beschwerdeführers über den sog. Dittmann-Katalog bzw. der Führungsbericht des Flughafengefängnisses Zürich vom 11. Juni bis 7. September 2010 nichts zu ändern. Auch eine aus der Sicht des Massnahmenvollzugs positive Entwicklung oder ein klagloses Verhalten im Strafvollzug schliessen eine Rückfallgefahr und eine fremdenpolizeiliche Ausweisung nicht aus (<ref-ruling> E. 5.2.2 S. 237 mit Hinweisen).
3.4 Somit ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz - trotz einer relativ guten beruflichen und sozialen Integration - eine gewisse Wahrscheinlichkeit angenommen hat, dass der Beschwerdeführer wieder deliktisch tätig wird. Gerade bei schweren bzw. wiederholten Straftaten, insbesondere bei Gewalt-, Sexual- und Betäubungsmitteldelikten, ist diese Rückfallgefahr umso weniger hinzunehmen (vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 436; <ref-ruling> E. 4 S. 185 ff.). Demzufolge durfte die Vorinstanz von einer hinreichend schweren und aktuellen Gefährdung der öffentlichen Sicherheit und Ordnung ausgehen.
3.5 Dass der Widerruf der Aufenthaltsbewilligung verbunden mit einer Rückkehr nach Grossbritannien für den ledigen und kinderlosen Beschwerdeführer eine besondere Härte bedeuten würde und deshalb unverhältnismässig sein könnte, ist überdies nicht ersichtlich, da er sich nur während relativ kurzer Zeit und bloss zu Erwerbszwecken in der Schweiz aufgehalten hat. Seine Eltern und Geschwister, zu denen er einen engen Kontakt pflegt, wohnen gemäss den unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz (vgl. angefochtener Entscheid E. 2.5) in Grossbritannien. Soweit er sich schliesslich auf Art. 8 EMRK beruft und geltend macht, er habe hier "einen grossen Freundeskreis, einen Schwager und einen Onkel", kann er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten. Dass zwischen ihm und seinen Familienangehörigen ein eigentliches Abhängigkeitsverhältnis (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 159; <ref-ruling> E. 2 S. 14; <ref-ruling> E. 1d und e S. 261 f.) bestünde, ist weder dargetan noch ersichtlich. Insoweit wird Art. 8 EMRK durch die fragliche Massnahme nicht verletzt.
3.6 Zusammenfassend ergibt sich, dass angesichts der hiervor aufgezeigten Umstände die Voraussetzungen für eine Einschränkung im Sinne von Art. 5 Anhang I FZA im vorliegenden Fall erfüllt sind. Namentlich hat sich die Vorinstanz keineswegs von rein generalpräventiven Überlegungen leiten lassen, sondern - im Gegenteil - auf die konkrete Gefährdung der öffentlichen Sicherheit abgestellt, die vom Beschwerdeführer ausgeht. Der Widerruf der Aufenthaltsbewilligung EG/EFTA ist daher nicht zu beanstanden.
4. Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde unbegründet und somit abzuweisen. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Migrationsamt, der Sicherheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger