Sachverhalt:
A. X._ wurde 1987 geboren und ist brasilianischer Staatsbürger. Er befindet sich seit dem 4. Februar 2009 in Untersuchungshaft; das Bezirksamt Brugg führt gegen ihn eine Strafuntersuchung wegen bandenmässig begangenen Raubs. Am 4. Mai 2009 stellte X._ ein Haftentlassungsgesuch, das vom zuständigen Haftrichter am 8. Mai 2009 abgewiesen wurde. Am 27. Juli 2009 stellte er erneut ein Haftentlassungsgesuch. Dieses wurde vom Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau mit Entscheid vom 31. Juli 2009 abgewiesen. Das Präsidium bejahte das Vorliegen des Haftgrunds der Fluchtgefahr.
B. Gegen diesen Entscheid erhebt X._ mit Eingabe vom 2. September 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die sofortige Haftentlassung. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Er hält die Fortsetzung der Haft mangels Fluchtgefahr für ungerechtfertigt.
C. Das Bezirksamt verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Obergericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, ohne dass es sich inhaltlich nochmals zur Angelegenheit äussert.
D. Mit verspäteter Eingabe vom 5. September 2009 stellte der Beschwerdeführer dem Bundesgericht diverse Dokumente zu.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Entscheid in Strafsachen einer letzten kantonalen Instanz. Die Beschwerde in Strafsachen (<ref-law>) steht daher grundsätzlich zur Verfügung. Die übrigen Eintretenserfordernisse geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Untersuchungshaft muss als schwerwiegender Eingriff in das Grundrecht der persönlichen Freiheit auf einer klaren gesetzlichen Grundlage in einem Gesetz beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 Abs. 1 und Art. 36 BV).
Im Kanton Aargau kann gegen einen Beschuldigten Untersuchungshaft unter anderem dann angeordnet und fortgesetzt werden, wenn er einer mit einer Freiheitsstrafe bedrohten Handlung dringend verdächtigt wird und Fluchtgefahr besteht (§ 67 Abs. 1 Ziff. 1 des Gesetzes des Kantons Aargau vom 11. November 1958 über die Strafrechtspflege [Strafprozessordnung, StPO/AG; SAR 251.100]).
Im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung des massgeblichen kantonalen Rechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nach Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung beruhen (<ref-ruling> E. 2.5 S. 73).
2.2 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass gegen ihn der allgemeine Haftgrund des dringenden Tatverdachts gegeben ist. Zu prüfen bleibt daher, ob auch ein besonderer Haftgrund vorliegt.
2.2 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass gegen ihn der allgemeine Haftgrund des dringenden Tatverdachts gegeben ist. Zu prüfen bleibt daher, ob auch ein besonderer Haftgrund vorliegt.
2.3 2.3.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts braucht es für die Annahme von Fluchtgefahr eine gewisse Wahrscheinlichkeit, dass sich die angeschuldigte Person, wenn sie in Freiheit wäre, der Strafverfolgung oder dem zu erwartenden Strafvollzug entziehen würde. Die Schwere der drohenden Strafe darf als ein Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden. Sie genügt jedoch für sich allein nicht, um den Haftgrund zu bejahen. Vielmehr müssen die konkreten Umstände des betreffenden Falls, insbesondere die gesamten Lebensverhältnisse der angeschuldigten Person, in Betracht gezogen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 4a S. 70; je mit Hinweisen). Zu berücksichtigen sind beispielsweise die familiären und sozialen Bindungen des Häftlings, dessen berufliche, finanzielle und gesundheitliche Situation sowie Kontakte ins Ausland und Ähnliches.
2.3.2 Die Vorinstanz erwägt, aufgrund der Schwere der Delinquenz des Beschwerdeführers und der zu erwartenden hohen Freiheitsstrafe bestehe beim Beschwerdeführer eine hohe Fluchtgefahr. Er lebe seit sieben Jahren mit Niederlassungsbewilligung C in der Schweiz und spreche akzentfrei Schweizerdeutsch, könne sich aber auch mit seiner Muttersprache Portugiesisch in seiner Heimat problemlos verständigen. Die nächsten Bezugspersonen des Beschwerdeführers, insbesondere dessen Mutter und Schwester, lebten zwar in der Schweiz und das Verhältnis zu ihnen sei angeblich eng, während in Brasilien nur noch entferntere Verwandte (Tante, Onkel, Grossmutter) leben würden. Zudem habe der Beschwerdeführer in der Schweiz eine Freundin, wobei das Verhältnis zu ihr als zweifelhaft erscheine, jedenfalls habe sie ihn in der Untersuchungshaft noch nie besucht. Diese familiären und sozialen Bindungen des Beschwerdeführers vermöchten die grosse Fluchtgefahr indes nicht entscheidend herabzumindern. Weshalb die religiöse Einstellung des Beschwerdeführers diesen an einer Flucht hindern sollte, sei nicht ersichtlich, da diese ihn auch nicht an der Begehung von drei Raubüberfällen hinderte. Weiter erscheine die Prognose des im Zeitpunkt der Raubüberfälle arbeitslosen Beschwerdeführers, er würde nach der Freilassung aus der Untersuchungshaft umgehend eine Arbeit finden, als zu optimistisch. Vielmehr sei damit zu rechnen, dass er angesichts des in nicht allzu weiter Ferne liegenden Strafantritts in der Schweiz keine Stelle finden würde, was wiederum die Fluchtgefahr weiter erhöhe. Andererseits könne nicht gesagt werden, dass der Beschwerdeführer in wirtschaftlicher Hinsicht in Brasilien keine Zukunft hätte. Jedenfalls werde die bestehende Fluchtgefahr durch allfällige Schwierigkeiten wirtschaftlicher Natur bei einem Aufenthalt in Brasilien nicht ausgeschlossen.
2.3.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Beziehung zu seiner Freundin sei sehr eng. Der Grund dafür, dass sie ihn in der Untersuchungshaft bisher nicht besucht habe, liege in ihrem sehr sensiblen Charakter, der ihr einen Gefängnisbesuch bisher verunmöglicht habe. Als Beleg dafür, dass die Beziehung zu seiner Freundin sehr tief und intensiv sei, verweise er auf die über 20 Briefe, die er seit Antritt der Untersuchungshaft von ihr erhalten habe. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, in Brasilien habe er nur noch entfernte Verwandte, die er nicht kenne. Seine Tante und sein Onkel lebten inzwischen in Grossbritannien, wobei er zu ihnen keinen Kontakt habe. Seine kranke und angeschlagene Grossmutter in Brasilien habe er das letzte Mal mit acht Jahren gesehen. Sein Vater sei bereits verstorben. In Brasilien kenne er weder den Arbeitsmarkt noch das Arbeitssystem, weshalb eine Flucht dorthin keinen Sinn mache, zumal er dann mit einem Einreiseverbot in die Schweiz auf unbestimmte Zeit rechnen müsste. Wegen der engen Beziehung zu seinen Angehörigen, d.h. vor allem zu seiner Mutter und zu seiner Schwester, würde dies für ihn einen sehr viel grösseren Einschnitt bedeuten, als die voraussichtlich in der Schweiz zu verbüssende Strafe. Dass er nach einer Freilassung aus der Untersuchungshaft keine Stelle finden würde, treffe nicht zu. Er habe eine Offerte, dass er ab sofort in einem Privathaushalt eine bezahlte, temporäre Praktikumsstelle (50%-Stelle) als Kinderbetreuer zu einem Monatslohn von Fr. 500.-- übernehmen könne. Zu seiner religiösen Einstellung führt der Beschwerdeführer aus, er sei seit seinem 14. Lebensjahr gläubiger Evangelik. Nachdem er durch die Arbeitslosigkeit und vor allem durch den Einfluss eines Mitangeschuldigten zeitweise von seinem Glauben abgekommen sei, habe ihn die Erfahrung der Verhaftung und des Gefängnisses wieder zum Glauben zurückgeführt. Dieser bestärke ihn darin, aus den gemachten Fehlern zu lernen und für das Getane Verantwortung zu tragen.
2.3.4 Was der Beschwerdeführer gegen den angefochtenen Entscheid einwendet, lässt die Annahme von Fluchtgefahr angesichts der empfindlichen Freiheitsstrafe, die er im Falle einer Verurteilung zu gewärtigen hätte, nicht als verfassungswidrig erscheinen. Seine familiären und sozialen Bindungen in der Schweiz sind insgesamt nicht von einer derartigen Intensität, als dass sie die Fluchtgefahr entscheidend zu vermindern vermöchten. Zudem ist der mittellose Beschwerdeführer in der Schweiz beruflich nicht verwurzelt. Daran ändert auch die ihm offerierte Praktikumstelle nichts, zumal diese zeitlich befristet wäre und ihm kein Einkommen ermöglichen würde, mit dem er seinen Lebensunterhalt sichern könnte. Weiter sind die Verhältnisse in Brasilien dem Beschwerdeführer nicht unvertraut. Er lebte dort, bis er 15 Jahre alt war, besuchte dort die Schulen und er spricht Portugiesisch. Dies lässt die Annahme der Vorinstanz, die bestehende Fluchtgefahr werde durch allfällige Schwierigkeiten wirtschaftlicher Natur bei einem Aufenthalt in Brasilien nicht ausgeschlossen, nicht als unhaltbar erscheinen. Schliesslich ist auch die Erwägung der Vorinstanz nicht zu beanstanden, die religiöse Einstellung des Beschwerdeführers habe ihn nicht an der Begehung von drei Raubüberfällen zu hindern vermocht, sodass nicht ersichtlich sei, weshalb ihn diese an einer Flucht hindern sollte. Diese Erwägung erscheint auch dann nicht als unhaltbar, wenn der Beschwerdeführer geltend macht, zwischenzeitlich wieder zum Glauben zurückgefunden zu haben.
2.4 Da Untersuchungshaft bereits beim Vorliegen eines Haftgrunds zulässig ist, muss nicht geprüft werden, ob vorliegend auch weitere besondere Haftgründe (Kollusions- oder Wiederholungsgefahr) erfüllt sind.
3. Bei der Untersuchungshaft gilt - wie bei den übrigen Haftarten -, dass sie nur als ultima ratio angeordnet oder aufrechterhalten werden darf. An ihrer Stelle sind daher nach dem Verhältnismässigkeitsprinzip eine oder mehrere Ersatzmassnahmen zu verfügen, wenn und solange sich der Haftzweck auch auf diese Weise erreichen lässt (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 279 f.). Als Ersatzmassnahmen sind namentlich Sicherheitsleistung, Schriftensperre, regelmässige persönliche Meldung bei einer Amtsstelle sowie Weisungen zum Aufenthaltsort oder zu therapeutischer Begleitung vorgesehen (<ref-law>/AG).
3.1 Die Vorinstanz erwägt, angesichts der Schwere der Delinquenz des Beschwerdeführers und der hohen Fluchtgefahr seien Massnahmen wie Schriftensperre oder Meldepflicht ungenügend. Dieser Gefahr könne wegen der Mittellosigkeit des Beschwerdeführers auch nicht mit einer von ihm zu erbringenden Sicherheitsleistung begegnet werden. Dass ihn eine von Drittpersonen geleistete Kaution hinreichend von einer Flucht abzuhalten vermöchte, sei nicht anzunehmen.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, eine Sicherheitsleistung stelle vorliegend ein geeignetes Mittel dar. Da er zu seiner Familie ein vertrautes, enges Verhältnis habe, würde er den entsprechenden Betrag seinen Angehörigen wieder zurückbezahlen.
3.3 Mit seiner rudimentären Entgegnung vermag der Beschwerdeführer die Auffassung der Vorinstanz, dass Ersatzmassnahmen vorliegend ungenügend seien, nicht zu entkräften. Massgebend ist zudem nicht, ob der Beschwerdeführer den Angehörigen eine von ihnen geleistete Kaution wieder zurückbezahlen würde, sondern ob ihn eine solche Leistung wirksam von einer Flucht abhalten würde.
4. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG), ist dem Begehren stattzugeben. Es sind daher keine Gerichtskosten zu erheben und dem Rechtsvertreter ist für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Hanspeter Kümin, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Brugg und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler