Flugtauglichkeit als Berufs- und Linienpilot, hat sich ergeben:
A.-M._, geboren 1944, war berufsmässig als Linienpilot tätig. Am 17. Juni 1996 unterzog er sich einer dreifachen koronaren Bypass-Operation. In der Folge bemühte er sich um die Erneuerung seiner Lizenz als Berufs- bzw.
Linienpilot.
Der Chefarzt des Bundesamtes für Zivilluftfahrt stellte sich unter Berufung auf die massgeblichen Richtlinien auf den Standpunkt, dass zur Beurteilung der Flugtauglichkeit nach einer Bypass-Operation zur Überprüfung der Gesundheit des Herzens und der Funktionstüchtigkeit des Bypasses unter anderem zwingend eine Koronarangiographie (Herzkatheteruntersuchung zwecks bildlicher Darstellung der Herzkranzgefässe) erforderlich sei. M._ lehnte eine derartige Untersuchung als nicht notwendig ab.
Am 3. Juni 1998 stellte ihm der Chefarzt des Bundesamtes für Zivilluftfahrt ein ärztliches Zeugnis zu, worin er ihn für sämtliche Berufspilotenkategorien als untauglich erklärte.
Er hielt im Zeugnis ausdrücklich fest: "Zur Beurteilung der Flugtauglichkeit ist eine Koronarangiographie indiziert. " Weiterhin gültig sein sollte hingegen die Privatpilotenlizenz, dies bis zur nächsten fälligen Untersuchung beim Vertrauensarzt (Frist zwei Jahre).
M._ beschwerte sich am 3. Juli 1998 gegen dieses Zeugnis beim Bundesamt für Zivilluftfahrt. Der mit der Beurteilung des Rekurses beauftragte Experte, der Chefarzt des Fliegerärztlichen Instituts der Luftwaffe in Dübendorf, unterbreitete dem Bundesamt am 22. Dezember 1999 seinen Bericht, und das Bundesamt wies den Rekurs mit Entscheid vom 9. Februar 2000 ab. Es hielt in Ziff. II.7 seines Entscheids zusammenfassend fest, dass M._ aufgrund der dreifachen koronaren Bypass-Operation als Berufs- und Linienpilot ohne Einschränkung (Tätigkeit als Solopilot) untauglich sei; die Durchführung einer Koronarangiographie sei für die Feststellung der Tauglichkeit als Berufs- und Linienpilot mit Einschränkung (Class OML), d.h. für eine Tätigkeit am Doppelsteuer, mit Sicherheitspilot Klasse 1, zwingend notwendig.
M._ focht diesen Rekursentscheid am 3. März 2000 bei der Rekurskommission des Eidgenössischen Departementes für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (nachfolgend: Rekurskommission UVEK) an. Die Rekurskommission UVEK wies die Beschwerde mit Entscheid vom 3. November 2000 ab.
B.-Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 1. Dezember 2000 beantragt M._, der Entscheid der Rekurskommission UVEK sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die zwingende Durchführung einer Koronarangiographie als Voraussetzung für die Flugtauglichkeit rechtswidrig sei.
Das Bundesamt für Zivilluftfahrt und die Rekurskommission UVEK beantragen Abweisung der Beschwerde.
Am 30. März 2001 hat das Bundesamt für Zivilluftfahrt auf Aufforderung des Bundesgericht hin das von der Organisation der gemeinsamen Luftfahrtbehörden (Joint Aviation Authorities) herausgegebene Reglement über Lizenzen zum Führen von Flugzeugen und Hubschraubern, medizinischer Teil, mit Anhängen, eingereicht. Es handelt sich um das Reglement Joint Aviation Requirements, Flight Crew Licensing (Medical), abgekürzt JAR-FCL 3, in der englischen Fassung vom 1. Dezember 2000. Beigelegt hat das Bundesamt zudem eine deutsche Übersetzung der einschlägigen Bestimmungen (Übersetzung aufgrund einer früheren Version). Diese Unterlagen sind dem Beschwerdeführer am 9. April 2001 zugestellt worden, und er hat am 12. April 2001 seine Bemerkungen dazu eingereicht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gegen eine auf öffentliches Recht des Bundes gestützte Anordnung im Einzelfall (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law>). Die angefochtene Verfügung stammt von einer eidgenössischen Rekurskommission, einer Vorinstanz des Bundesgerichts im Sinne von Art. 98 lit. e OG. Die vorliegende Beschwerde ist somit zulässig, soweit kein Ausschliessungsgrund gemäss Art. 99 - 102 OG oder nach der Spezialgesetzgebung gegeben ist.
Die Luftfahrtgesetzgebung selber enthält keine spezielle Vorschrift über die Zulässigkeit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde im vorliegend betroffenen Bereich. Art. 6 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 21. Dezember 1948 über die Luftfahrt (Luftfahrtgesetz, LFG; SR 748. 0) nennt als Beschwerdeinstanz für gestützt auf das Luftfahrtgesetz und seine Ausführungsbestimmungen ergangene Verfügungen die Rekurskommission UVEK. Damit aber sind im Übrigen die allgemeinen Bestimmungen des Bundesrechtspflegegesetzes massgeblich.
Als Ausschliessungsgrund käme vorliegend höchstens Art. 99 Abs. 1 lit. f OG in Betracht. Danach ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde unzulässig gegen Verfügungen über das Ergebnis von Berufs-, Fach- oder anderen Fähigkeitsprüfungen.
Es fragt sich, ob als solche Verfügung auch (die Mitteilung über) das Resultat einer ärztlichen Untersuchung gelten muss. Da jedoch auf eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde nur dann nicht einzutreten ist, wenn das Ergebnis einer Prüfung als solches angefochten wird (<ref-ruling> E. 1 S. 401; vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 282; Urteil des Bundesgerichts vom 26. März 1997, publiziert in VPB 61.62 II E. 1c und d), könnte sich die Frage des Beschwerdeausschlusses zum Vornherein bloss dann überhaupt stellen, wenn die konkrete ärztliche Beurteilung des Gesundheitszustandes des Beschwerdeführers streitig wäre. Darum aber geht es im vorliegenden Fall gerade nicht. Vielmehr wird die Recht- bzw. Verfassungsmässigkeit der Regelung über die gesundheitlichen Untersuchungen bestritten, die im Hinblick auf die Erteilung von Pilotenlizenzen durchzuführen sind. Auf Streitigkeiten über derartige Rechtsfragen zielt der Ausschliessungsgrund von Art. 99 Abs. 1 lit. f OG nicht ab (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1b S. 107 betreffend den Ausschliessungsgrund von Art. 100 Abs. 1 lit. h OG).
Auf die vorliegende, innert der Frist von Art. 106 Abs. 1 OG erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist einzutreten.
2.-Der Beschwerdeführer bemüht sich um die Erneuerung seiner Lizenz als Berufs- bzw. Linienpilot. Nicht streitig ist, dass er dazu gesundheitliche Voraussetzungen erfüllen und deshalb gewisse medizinische Untersuchungen über sich ergehen lassen muss. Er erachtet es einzig als unzulässig, dass zur Wiedererlangung der Flugtauglichkeit zwingend die Vorlage des Ergebnisses einer Koronarangiographie und damit die Durchführung einer solchen verlangt wird. Eine solche Untersuchung erachtet er als schweren Grundrechtseingriff (Wirtschaftsfreiheit, persönliche Freiheit/Integrität), wofür keine - genügende - gesetzliche Grundlage bestehe und welcher unverhältnismässig und nicht von einem öffentlichen Interesse gedeckt sei.
3.- a) Die medizinischen Voraussetzungen (Gesundheitszustand einerseits, vorgeschriebene Untersuchungen andererseits), denen ein Pilot genügen muss, um die Erlaubnis für die fliegerische Tätigkeit zu erwerben oder deren Erneuerung zu erhalten, sind nicht unmittelbar in einer bundesrechtlichen Norm (Gesetz, Verordnung) genannt.
Das Luftfahrtgesetz selber enthält unter anderem die folgenden Bestimmungen: Die Führer von Luftfahrzeugen bedürfen einer periodisch zu erneuernden Erlaubnis des Bundesamtes für Zivilluftfahrt (Art. 60 Abs. 1 LFG). Der Bundesrat erlässt die Vorschriften über die Erteilung, die Erneuerung und den Entzug der Erlaubnis (Art. 60 Abs. 3 LFG). Gemäss Art. 6a Abs. 1 LFG kann der Bundesrat ausnahmsweise einzelne Anhänge, einschliesslich zugehöriger technischer Vorschriften zum Übereinkommen vom 7. Dezember 1944 über die internationale Zivilluftfahrt (Chicago-Abkommen; SR 0.748. 0), als unmittelbar anwendbar erklären; er kann eine besondere Art der Veröffentlichung solcher Bestimmungen vorschreiben und bestimmen, dass von einer Übersetzung ganz oder teilweise abzusehen ist. Nach Art. 6a Abs. 2 LFG kann der Bundesrat diese Regelung ebenfalls auf die technischen Vorschriften anwenden, welche im Rahmen der Zusammenarbeit der europäischen Luftfahrtbehörden festgelegt werden.
Gemäss Art. 24 Abs. 1 der bundesrätlichen Verordnung vom 14. November 1973 über die Luftfahrt (Luftfahrtverordnung, LFV; SR 748. 01) bestimmt das Departement (Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation), welche Kategorien des Luftfahrtpersonals zur Ausübung ihrer Tätigkeit eines Ausweises des Bundesamtes bedürfen.
Gemäss <ref-law> erlässt das Departement Vorschriften über die Ausweise für das Luftpersonal, die insbesondere die Voraussetzungen für die Erteilung, die Verweigerung, die Erneuerung und den Entzug der Ausweise regeln. <ref-law> überträgt dem Departement sodann die Aufgabe, den fliegerärztlichen Dienst zu regeln.
Das Departement hat gestützt auf die bundesrätliche Ermächtigung am 25. März 1975 das Reglement über die Ausweise für Flugpersonal (RFP; SR 748. 222.1), am 18. Dezember 1975 die Verordnung über den fliegerärztlichen Dienst der Zivilluftfahrt (VFD; SR 748. 222.5) und am 14. April 1999 die Verordnung über JAR-FCL-Lizenzen zum Führen von Flugzeugen und Hubschraubern (JAR-FCL-Verordnung, VJAR-FCL; SR 748. 222.2) erlassen. Gemäss Art. 1a RFP brauchen insbesondere Führer von Flugzeugen eine Erlaubnis des Bundesamtes.
Die Ausweise werden nur Personen erteilt, welche körperlich tauglich sind (Art. 2 Abs. 1 RFP). Die Gültigkeitsdauer des Ausweises ist für Berufspiloten auf höchstens ein Jahr beschränkt, wenn sie über 40 Jahre alt sind, auf sechs Monate (Art. 17 Abs. l lit. c und d RFP); bei Zweifeln über den Gesundheitszustand kann die Gültigkeitsdauer verkürzt werden (Art. 18 RFP). Für jede Erneuerung des Ausweises ist ein neues Arztzeugnis vorzulegen (Art. 81 RFP). Die Bestimmungen des Reglements kommen nur insoweit zur Anwendung, als die JAR-FCL-Verordnung nichts anderes vorsieht (Art. 1 Abs. 1 RFP bzw. Art. 2 Abs. 3 und Art. 8 VJAR-FCL).
Wie Art. 1 VJAR-FCL festhält, regelt die JAR-FCL-Verordnung die Übernahme der von der Organisation der gemeinsamen Luftfahrtbehörden (JAA: Joint Aviation Authorities) herausgegebenen Reglemente über Lizenzen zum Führen von Flugzeugen und Hubschraubern (JAR-FCL-Reglemente). Bei der unter dem Namen "Joint Aviation Authorities" bestehenden Organisation handelt es sich um eine von den Zivilluftfahrtbehörden verschiedener europäischer Länder gegründete Stiftung mit dem Ziel, technische Vorschriften in Sicherheitsfragen der Zivilluftfahrt zu erarbeiten (Kaspar Hemmeler, Die rechtliche Umsetzung von technischen Normen ins Schweizer Recht am Beispiel der Joint Aviation Requirements (JAR), in: Bulletin der Schweizerischen Vereinigung für Luft- und Raumrecht, 1999 S. 13 ff.). Gemäss Art. 2 Abs. 2 VJAR-FCL legt das Reglement JAR-FCL 3 die körperlichen und geistigen Voraussetzungen für den Erwerb oder die Erneuerung einer Lizenz sowie die Durchführung der medizinischen Untersuchungen und die dafür notwendige Infrastruktur fest. Gemäss Art. 3 Abs. 1 VJAR-FCL ist die englische Fassung der JAR-FCL-Reglemente verbindlich; sie wird nicht in der Amtlichen Sammlung des Bundesrechts publiziert; das Bundesamt stellt eine französische, eine deutsche und eine italienische Übersetzung der Reglemente zur Verfügung (Art. 3 Abs. 2 VJAR-FCL). Jede Person, die eine JAR-FCL-Lizenz erwerben oder erneuern will, muss gemäss Art. 6 Abs. 1 VJAR-FCL ein nach den Bestimmungen des JAR-FCL-3-Reglementes ausgestelltes Arztzeugnis vorlegen, welches bestätigt, dass sie über die körperlichen und geistigen Fähigkeiten verfügt, die für die sichere Ausübung der mit der Lizenz verbundenen Tätigkeiten notwendig sind.
Gemäss <ref-law> ist der fliegerärztliche Dienst für alle medizinischen Fragen zuständig, die sich im Bereich der Zivilluftfahrt stellen. Er hat insbesondere die Aufgabe, Personen, die eine erlaubnispflichtige Tätigkeit auf dem Gebiet der Zivilluftfahrt ausüben oder ausüben möchten, periodisch auf ihre körperliche Tauglichkeit und geistige Eignung zu untersuchen, sofern eine solche Untersuchung vorgeschrieben ist. Die vertrauensärztlichen Untersuchungen sind gemäss <ref-law> nach den jeweils geltenden Normen und Empfehlungen der Internationalen Zivilluftfahrt-Organisation sowie den Richtlinien des Chefarztes durchzuführen, welcher seinerseits die entsprechenden Weisungen und Richtlinien gestützt auf die erwähnten internationalen Normen und Empfehlungen erlässt (<ref-law>).
b) Für den Beschwerdeführer, welcher die Lizenz als Berufs- und Linienpilot erneuert haben will, ist in medizinischer Hinsicht das Reglement JAR-FCL 3 massgeblich.
Gemäss Ziff. 3.105 lit. a.1 JAR-FCL 3, Section (Teil) 1, Subpart (Abschnitt) A, bleibt ein flugmedizinisches Zeugnis für die Klasse 1 (Berufspiloten) im Falle eines über 40 Jahre alten Piloten sechs Monate seit der letzten Flugtauglichkeitsprüfung bzw. 24 Monate seit der letzten erweiterten Flugtauglichkeitsuntersuchung gültig (Appendix [Anhang] 1 zu Ziff. 3.105). Wer sich nach einer BypassOperation um die Lizenzerneuerung bewirbt, kann von der Abteilung Flugmedizin der Behörde gemäss Ziff. 3.140 lit. d als tauglich eingestuft werden, wenn er die Forderungen gemäss Paragraph (Absatz) 7, Anhang 1 zu Abschnitt B erfüllt.
Absatz 7, Anhang 1 zu Abschnitt B hält fest, dass ein symptomfreier Lizenzbewerber, der neun Monate (aktuellste englische Fassung sechs Monate) nach einer koronaren Bypass-Operation eventuelle gesundheitliche Risikofaktoren zufriedenstellend reduziert hat und keiner antianginösen Medikation mehr bedarf, folgende Untersuchungsergebnisse vorlegen muss (Fassung gemäss der dem Bundesgericht vorliegenden deutschsprachigen Übersetzung, die nicht vollständig dem neuesten Stand des massgeblichen englischen Textes am 1. Dezember 2000 entspricht):
(a) ein zufriedenstellendes symptomlimitiertes
Belastungs-EKG;
(b) Nachweis einer mindestens 50%igen linksventrikulären
Auswurffraktion ohne signifikante
Wandbewegungsstörungen sowie eine normale
rechtsventrikuläre Auswurffraktion;
(c) ein zufriedenstellendes 24-Stunden-EKG;
(d) ein Koronarangiogramm, welches durchgängige
Transplantate und einen guten Kontrastmittelabfluss
zeigt. Keiner der Hauptäste darf mehr
als 30%ige Stenosen aufweisen, die Transplantate
dürfen keine Veränderungen zeigen und der
von ihnen versorgte Herzmuskel muss funktionell
unbeeinträchtigt sein.
Absatz 7 legt weiter fest, dass bei Bewerbern Klasse 1 auch bei Erfüllung aller Voraussetzungen die Einschränkung "Gültig nur mit Sicherheitspilot Klasse 1" ausgesprochen werden muss.
In der aktuellsten englischen Fassung vom 1. Dezember 2000 lautet Absatz 7 lit. d des Anhangs zu Abschnitt B wie folgt:
(d) a coronary angiogram wich shall show <30% stenosis
in any major epicardial vessel (or its
graft[s]) which has not been subjected to
revascularisation (i.e. arterial or saphenous
vein graft, coronary angioplasty, or stenting).
Furthermore, there shall be no lesion(s)
>30% stenosis in any angioplasted/stented
vessel. No functional impairment of the myocardium
is permitted, the single exception being in
the territory of a vessel which has substended a
demonstrably completed myocardial infarction
(see para 6 to Appendix 1 to Subpart B & C
above). In such a circumstance the overall left
ventricular ejection must exceed 0.50. Multiple
angioplasty dilatations/stenting in the same or
more than one vessel shall require very close
supervision/denial.
Die Vorlage des Resultats eines Koronarangiogramms (d.h. einer Koronarangiographie) ist nach dem Reglementstext unerlässlich. Bloss zusätzliche Koronarangiographien - alle fünf Jahre - werden in Absatz 7 lit. f des Anhangs zu Abschnitt B für fakultativ erklärt, sofern das Belastungs-EKG zufriedenstellend ausfällt. Es ist nachfolgend zu prüfen, ob Gründe vorliegen, welche es erlauben bzw. die Behörden dazu verpflichten, von der Anwendung des Reglements abzusehen.
Der Beschwerdeführer hat bisher im ganzen Verfahren hervorgehoben, Grund für die Bypass-Operation sei nicht ein Herzinfarkt gewesen. Dass dieser Umstand für die Frage, ob die fragliche Reglementsbestimmung auf ihn anwendbar sei, unerheblich ist, versteht sich von selbst: Abgesehen davon, dass das Reglement selber diesbezüglich keine Unterscheidungen trifft, kann eine Bypass-Operation nicht nach Gutdünken "bestellt" werden. Vielmehr wird ein solcher Eingriff ohne medizinische Notwendigkeit, ohne klare Anzeichen für ein mangelhaftes Funktionieren des Herzens, nicht durchgeführt.
4.-a) Durch die JAR-FCL-Verordnung sind die Reglemente der Joint Aviation Authorities verbindlich erklärt worden.
Damit hat das Departement als Verordnungsgeber entschieden, in einem eng begrenzten, überblickbaren Bereich feststehende Regeln technischen Inhalts, an deren Ausarbeitung schweizerische Fachleute beteiligt sind, als massgeblich zu erklären.
Es handelt sich dabei um ein übliches gesetzgeberisches Verfahren (s. nebst anderen Bestimmungen Art. 4a Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 19. März 1976 über die Sicherheit von technischen Einrichtungen [SR 819. 1]); eine derartige Verweisung ist denn auch grundsätzlich zulässig und findet im Falle der JAR-FCL-Reglemente eine formellgesetzliche Grundlage in Art. 6a Abs. 2 LFG, der sich ausdrücklich auf technische Vorschriften bezieht, welche im Rahmen der Zusammenarbeit der europäischen Luftfahrtbehörden festgelegt werden (Kaspar Hemmeler, a.a.O., insbesondere S. 16 ff.).
Vorweg ist klarzustellen, dass das auf diese Weise übernommene JAR-FCL-3-Reglement ein Ganzes darstellt und es entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers nicht darauf ankommt, in welchem Teil (Absatz, Anhang) des Reglements die im konkreten Fall massgebliche Regel enthalten ist.
b) Indem Art. 1 VJAR-FCL die JAR-FCL-Reglemente für verbindlich erklärt, werden diese zu Landesrecht auf der Stufe Departementsverordnung. Nach Auffassung des Beschwerdeführers ist eine Regelung über obligatorische medizinische Untersuchungen, jedenfalls aber die Anordnung einer schwerwiegenden Massnahme, wie sie die Koronarangiographie darstelle, auf dieser gesetzgeberischen Stufe nicht zulässig.
Das Bundesgericht kann im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorfrageweise Verordnungen auf ihre Rechtmässigkeit überprüfen. Bei Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation (<ref-law>) stützen, prüft es, ob der Verordnungsgeber sich an die Grenzen der ihm im Gesetz eingeräumten Befugnis gehalten hat. Wird durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Bereich des Ermessens für die Regelung auf Verordnungsstufe eingeräumt, so ist dieser Spielraum nach <ref-law> für das Bundesgericht verbindlich. Es darf in diesem Fall bei der Überprüfung der Verordnung nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen des Verordnungsgebers setzen, sondern hat seine Prüfung darauf zu beschränken, ob die Verordnung den Rahmen der im Gesetz eingeräumten Kompetenz offensichtlich sprengt oder aus anderen Gründen gesetzes- oder verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4a S. 404 f., mit Hinweisen). Der von der Verordnung getroffenen Regelung ist die Anwendung im Einzelfall nur dann zu versagen, wenn sie sinn- oder zwecklos ist oder wenn sie rechtliche Unterscheidungen trifft, für die sich ein vernünftiger Grund nicht finden lässt. Gleiches gilt, wenn die Verordnung es unterlässt, Unterscheidungen zu treffen, die richtigerweise hätten berücksichtigt werden sollen (<ref-ruling> E. 4a S. 84 f., mit Hinweisen).
Was die Subdelegation, d.h. die Übertragung von Gesetzgebungsfunktionen vom Bundesrat an ihm nachgeordnete Stellen betrifft, ist Art. 48 des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes vom 21. März 1997 (RVOG; SR 172. 010) massgeblich. Art. 48 Abs. 1 RVOG ermächtigt den Bundesrat, die Zuständigkeit zum Erlass von Rechtssätzen auf die Departemente zu übertragen; er berücksichtigt dabei die Tragweite der Rechtssätze. Bloss für eine Übertragung der Rechtsetzung auf Gruppen und Ämter bedarf es einer Ermächtigung in einem Bundesgesetz oder einem allgemeinverbindlichen Bundesbeschluss (Art. 48 Abs. 2 RVOG). Die Subdelegation an ein Departement ist somit ohne ausdrückliche Grundlage in einem Spezialgesetz zulässig (Thomas Sägesser, Die Bundesbehörden, Bundesversammlung - Bundesrat - Bundesgericht, Kommentar, Beiträge und Materialien zum 5. Titel der schweizerischen Bundesverfassung, Bern 2000, S. 440 Rz. 915). So verhielt es sich schon nach Art. 7 Abs. 5 des aufgehobenen Bundesgesetzes vom 19. September 1978 über die Organisation und die Geschäftsführung des Bundesrates und der Bundesverwaltung, obwohl eine Art. 48 Abs. 1 RVOG entsprechende Regel fehlte; Voraussetzung war, dass es um Vorschriften vorwiegend technischer Natur ging und kein Rechtsgrundsatz - namentlich des Verfassungsrechts - betroffen war (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 248 f., mit Hinweisen).
c) Das Luftfahrtgesetz enthält selber keine Regel über die Erteilung, Erneuerung und den Entzug der für das Führen von Luftfahrzeugen erforderlichen Erlaubnis. Art. 60 Abs. 3 LFG delegiert die entsprechende Regelungsbefugnis vollumfänglich an den Bundesrat. Sodann ermächtigt Art. 6a Abs. 2 LFG den Bundesrat zur Übernahme von technischen Vorschriften, welche von den europäischen Luftfahrtbehörden gemeinsam ausgearbeitet worden sind. Daran ist das Bundesgericht gemäss <ref-law> gebunden, und diesbezüglich sind die Ausführungen des Beschwerdeführers über die Delegationsgrundsätze zum Vornherein unbehelflich. Wie dargelegt, durfte der Bundesrat seinerseits gestützt auf Art. 48 Abs. 1 RVOG ohne ausdrückliche Ermächtigung im Luftfahrtgesetz selber die Aufgabe, entsprechende Regeln zu erlassen, an das Departement delegieren, soweit die Tragweite der zu erlassenden Rechtssätze dies zuliess; er hat dies in Art. 24 und 25 LFV getan.
Die Natur der zu regelnden Materie spricht vorliegend in besonderem Masse für eine Regelung auf tieferer Gesetzgebungsstufe: Zu ordnen sind Fragen, die in höchstem Grade von technischem Wissen bestimmt sind. Dies gilt schon in Bezug auf die persönlichen Voraussetzungen, denen ein Berufspilot unter anderem in gesundheitlicher Hinsicht genügen muss, und erst recht in Bezug auf die Frage, welche medizinischen Untersuchungen geboten und zweckmässig sind, um den erforderlichen Gesundheitszustand zu überprüfen. Wenn der Beschwerdeführer sodann die Grundrechtsrelevanz der Koronarangiographie hervorhebt, so verkennt er, dass der behauptete Eingriff in die persönliche Freiheit eine blosse Reflexwirkung des Eingriffs in seine Wirtschaftsfreiheit darstellt, der seinerseits unmittelbar auf Art. 60 Abs. 1 LFG beruht, welcher nur denjenigen zum Führen eines Luftfahrzeugs zulässt, der eine besondere, von gesundheitlichen Voraussetzungen abhängige Erlaubnis erhältlich machen kann.
Diese Beschränkung der Wirtschaftsfreiheit beruht gerade im Falle der Berufspiloten- bzw. Linienpiloten-Lizenz auf einem eminent wichtigen öffentlichen Interesse. Der Schutz des Publikums rechtfertigt bzw. erfordert es, dass die Erlaubnis nur demjenigen erteilt wird, welcher sehr hohen Anforderungen genügt. Dies bringt es mit sich, dass selbst einschneidende Kontrollen notwendig werden können.
Im Übrigen hat die Rekurskommission dargelegt, dass die Koronarangiographie zwar gewisse Risiken berge, die Wahrscheinlichkeit einer ernsthaften Komplikation aber doch gering sei. Die entsprechenden Tatsachenfeststellungen (S. 24 und 25 des angefochtenen Entscheids) sind weder offensichtlich falsch oder unvollständig, noch sind sie in Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen zustande gekommen. Auch gibt es nicht den geringsten Anhaltspunkt dafür, dass die Untersuchung mit einer Strahlenbelastung verbunden wäre, welche das Krebsrisiko massgeblich erhöhte. Dass die Vorinstanz angesichts der vom Beschwerdeführer diesbezüglich geäusserten reinen Vermutungen auf ergänzende Abklärungen bei der Krebsliga verzichtete, war zulässig. Die Sachverhaltsfeststellungen über Art und Gefahren der Koronarangiographie sind für das Bundesgericht unter diesen Umständen nach Art. 105 Abs. 2 OG verbindlich.
Unter dem Aspekt der (Sub-)Delegationsgrundsätze (vgl. Art. 48 Abs. 1 Satz 2 RVOG) steht daher nichts im Wege, die Koronarangiographie auf der Stufe Departementsverordnung vorzuschreiben. Dafür, dass diese Anordnung nicht in der Amtlichen Sammlung der Bundesgesetze publiziert ist, bietet Art. 6a LFG in Verbindung mit Art. 4 des Bundesgesetzes vom 21. März 1986 über die Gesetzessammlungen und das Bundesblatt (Publikationsgesetz; SR 170. 512) eine ausreichende gesetzliche Grundlage. Dasselbe gilt hinsichtlich der Tatsache, dass die massgeblichen Regeln in einem englischsprachigen Text enthalten sind. Dass übrigens das entsprechende Regelwerk nicht leicht verständlich ist, hängt mit der technischen Komplexität und dem Umfang der zu regelnden Materie zusammen und hat nicht sprachliche Gründe.
Ergänzend ist auf Folgendes hinzuweisen: Es handelt sich bei den JAR-FCL-Regeln um solche, die von zahlreichen europäischen Ländern als bedeutsam erachtet und auch eingehalten werden. Wohl sind sie nicht von einem der im Chicago-Abkommen erwähnten Organe erlassen worden, und insofern sind sie - für die Schweiz - nicht schon von Völkerrechts wegen von unmittelbarer Geltung. Sie verfolgen jedoch ein massgebliches, mit diesem Abkommen, einem formellen, von der Schweiz ratifizierten Staatsvertrag, verfolgtes Ziel. Nach Art. 37 Abs. 2 lit. d des Abkommens sollen internationale Normen, Empfehlungen und Verfahren unter anderem hinsichtlich der Zulassung des Betriebspersonals angenommen werden.
Art. 33 des Abkommens setzt für die Anerkennung von Lufttüchtigkeitszeugnissen voraus, dass gewisse international vereinbarte Mindestanforderungen erfüllt sind. Wenn nun die Schweiz die JAR-FCL-Regeln, welche Standards hinsichtlich der Erteilung von international gültigen Lizenzen aufstellen, ins Landesrecht überführt hat, lässt sich gerade in Berücksichtigung der Stossrichtung des Chicago-Abkommens nur schwerlich vorstellen, dass sie den JAR-FCL-Regeln einseitig die Anwendung versagen könnte. Es kann auch nicht ausgeschlossen werden, dass die übrigen Länder, welche diese Regeln anwenden, eine in Abweichung davon erteilte Lizenz nicht anerkennen würden.
d) Die weiteren vom Beschwerdeführer genannten Argumente, welche gegen eine Anwendung der JAR-FCL-3-Regel in seinem konkreten Fall sprechen sollen, sind bei dieser Ausgangslage unbehelflich:
Soweit er vorbringt, es gebe andere Untersuchungsmethoden, verkennt er, dass er damit über technische Belange diskutiert. Hat sich der Gesetz- bzw. Verordnungsgeber dafür entschieden, die von anerkannten Fachleuten geschaffenen und immer wieder aktualisierten Regeln und Richtlinien für massgeblich zu erklären, steht es der rechtsanwendenden Behörde grundsätzlich nicht zu, ihrerseits umfassende Abklärungen technischer Art zu treffen und zu prüfen, ob andere als vom Verordnungsgeber vorgesehene Massnahmen geeigneter wären.
Dies liefe darauf hinaus, dass die entscheidende Behörde ihr Ermessen an die Stelle des Verordnungsgebers setzte, was offensichtlich unzulässig ist (vgl. vorne E. 4b). Die rechtsanwendende Behörde kann höchstens dann die vom Verordnungsgeber getroffenen Wertentscheidungen näherer Prüfung unterziehen, wenn der von der Anwendung der Regelung Betroffene handfeste, ins Auge springende Gründe für deren Sinn- und Zwecklosigkeit vorbringt. Dies ist vorliegend in keiner Weise der Fall. Hervorzuheben ist nochmals, dass das JAR-FCL-Regelwerk von medizinischen Fachleuten (Medical Subcommittee der Joint Aviation Authorities) aufgestellt worden ist und immer wieder aktualisiert wird. Dies zeigt der Umstand, dass die Bestimmung über die Koronarangiographie (JAR-FCL-3-Reglement, Absatz 7 lit. f des Anhangs zu Abschnitt B) auf den 1. Dezember 2000 modifiziert worden ist, ohne dass aber auf das Erfordernis dieser Untersuchung verzichtet worden wäre. Im Übrigen verfügte die Rekurskommission UVEK über Stellungnahmen von weiteren Fachleuten zur Bedeutung der Koronarangiographie im Gesamtzusammenhang mit den übrigen obligatorisch vorgeschriebenen medizinischen Teiltests (so von Professor Kappenberger). Ohnehin nimmt der Umstand, dass die Koronarangiographie nur eine von vielen kumulativ vorgeschriebenen Untersuchungsmassnahmen ist, den Ausführungen des Beschwerdeführers über die behauptete teilweise Nutzlosigkeit der Massnahme ihre Bedeutung. Die Rekurskommission durfte jedenfalls unter diesen Umständen von weiteren Sachverhaltsabklärungen über die Wirksamkeit, Vergleichbarkeit und komplementäre Bedeutung anderer vom Beschwerdeführer angeführten Massnahmen absehen.
Unbegründet ist schliesslich die Rüge des Beschwerdeführers, das Bestehen auf einer Koronarangiographie liege nicht im öffentlichen Interesse und sei unverhältnismässig.
Die Untersuchung wird von massgeblichen Fachkreisen als für die im Hinblick auf die Sicherheit der Flugpassagiere unerlässliche Beurteilung des (kardiologischen) Gesundheitszustandes eines Piloten als tauglich eingestuft; auf diese Beurteilung kann das Bundesgericht, wie gesehen, nicht zurückkommen.
Sie beruht daher offensichtlich auf einem gewichtigen öffentlichen Interesse. Der Beschwerdeführer hat, sofern er weiterhin als Berufs- und Linienpilot tätig bleiben will, diese Untersuchung über sich ergehen zu lassen.
Selbst wenn sie einen Eingriff von einer gewissen Intensität mit sich bringt, weist sie nicht den von ihm behaupteten Gefährlichkeitsgrad auf und erscheint in jeder Hinsicht verhältnismässig. Die rechtsanwendende Behörde hat daher unter keinem Titel eine Handhabe, der umstrittenen, auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage beruhenden JAR-FCL-Regel die Anwendung zu versagen.
5.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich in jeder Hinsicht als unbegründet, und sie ist abzuweisen.
Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.-Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesamt für Zivilluftfahrt sowie der Rekurskommission des Eidgenössischen Departementes für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 4. Mai 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: