Sachverhalt:
A. X._ wird beschuldigt, von 2005 bis 2009 seine Frau und seine fünf Kinder bedroht, geschlagen und gewürgt zu haben. Einmal habe er seine älteste Tochter in einer Lagerhalle in Dielsdorf mit einer Holzlatte verprügelt, ihr dann eine Seilschlinge um den Hals gelegt und sie in die Höhe gezogen, bis sie bewusstlos geworden sei. Er habe seine Familie auch während Autofahrten wiederholt mit Fäusten traktiert, weshalb das Fahrzeug mehrere Male ausser Kontrolle geraten sei. Als drei seiner Kinder Lohnkonten eröffneten, habe er sich Vollmachten geben lassen und unrechtmässig Geld bezogen, um sein Geschäft, die Tilgung von Schulden und einen Hausbau im Kosovo zu finanzieren.
B. Das Bezirksgericht Dielsdorf verurteilte X._ am 16. Juni 2011 wegen mehrfacher Gefährdung des Lebens, mehrfacher einfacher Körperverletzung, mehrfacher Drohung, mehrfacher versuchter und vollendeter Nötigung, grober Verletzung der Verkehrsregeln, Vergehens gegen das Waffengesetz und mehrfachen Tätlichkeiten zu sechs Jahren Freiheitsstrafe, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungs- und Sicherheitshaft, und einer Busse von Fr. 1'000.--, bei schuldhafter Nichtbezahlung umwandelbar in eine Ersatzfreiheitsstrafe von zehn Tagen. Von der Anklage der versuchten vorsätzlichen Tötung, der Gefährdung des Lebens, der Veruntreuung, der einfachen Körperverletzung, der Drohung, der Nötigung sowie der Tätlichkeiten sprach es ihn frei. In einzelnen Punkten stellte es das Verfahren ein. Ferner entschied es über die Zivilforderungen und beschloss über die Einziehung der beschlagnahmten Gegenstände und Vermögenswerte.
Auf Berufung der Staatsanwaltschaft, des Beurteilten sowie dessen Ehefrau und Kinder erklärte das Obergericht des Kantons Zürich X._ mit Urteil vom 5. September 2012 der versuchten Tötung, der mehrfachen einfachen Körperverletzung, der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung, der Drohung, der vollendeten und versuchten Nötigung, der groben Verletzung der Verkehrsregeln, der mehrfachen Tätlichkeiten und des Vergehens gegen das Waffengesetz schuldig und verurteilte ihn zu neun Jahren Freiheitsstrafe, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungs- und Sicherheitshaft, sowie zu einer Busse von Fr. 1'000.--, bei schuldhafter Nichtbezahlung umwandelbar in eine Ersatzfreiheitsstrafe von zehn Tagen. Von der Anklage der Gefährdung des Lebens, der einfachen Körperverletzung, der Drohung sowie der Veruntreuung sprach es ihn frei. Ferner stellte es fest, dass X._ grundsätzlich schadenersatzpflichtig ist, wobei es die Privatkläger hinsichtlich der Höhe des Schadenersatzanspruchs auf den Weg des Zivilprozesses verwies. Schliesslich entschied es über die geltend gemachten Genugtuungsforderungen.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> hat die Beschwerdeschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Soweit der Beschwerdeführer auf seine Ausführungen vor der Vorinstanz verweist (Beschwerde Rz. 10), ist darauf nicht einzutreten. Ein Hinweis auf frühere Rechtsschriften oder auf die Verfahrensakten genügt den Begründungsanforderungen gemäss Art. 42 Abs. 2 und <ref-law> nicht (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 3.1; je mit Hinweisen).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör und macht eine unzulässige antizipierte Beweiswürdigung geltend. Er habe die Einvernahme verschiedener Entlastungszeugen beantragt zum Beweis dafür, dass ihn die älteste Tochter falsch belastet habe, um ihn auszuschalten, weil er mit ihren Männerbeziehungen nicht einverstanden gewesen sei (Beschwerde Rz. 11-33).
2.2 Gemäss Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK hat der Angeklagte das Recht, die Ladung und Vernehmung von Entlastungszeugen unter denselben Bedingungen zu erwirken, wie sie für Belastungszeugen gelten. Dieses Recht ist relativer Natur. Das Gericht hat nur solchen Beweisanträgen zu folgen, die nach seiner Würdigung rechts- und entscheidungserheblich sind (<ref-ruling> E. 6c/cc mit Hinweisen). Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> fliesst das Recht auf Abnahme aller Beweise, die sich auf Tatsachen beziehen, die für die Entscheidung erheblich sind (<ref-ruling> E. 2b). Das hindert das Gericht nicht, einen Beweisantrag abzulehnen, wenn es in willkürfreier Würdigung der bereits abgenommenen Beweise zur Überzeugung gelangt, der rechtlich erhebliche Sachverhalt sei genügend abgeklärt, und es überdies in willkürfreier antizipierter Würdigung der zusätzlich beantragten Beweise annehmen kann, seine Überzeugung werde dadurch nicht mehr geändert (<ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz führt aus, die Staatsanwaltschaft habe auf Antrag des Beschwerdeführers zahlreiche seiner Verwandten und Bekannten einvernehmen lassen. Deren Aussagen zeichneten ein durchweg positives Bild des Beschwerdeführers und belasteten seine älteste Tochter, ohne in der Sache viel beitragen zu können. Es handle sich um eigentliche Leumundszeugen, die bei den Vorfällen, die Gegenstand der Anklage bilden, nicht dabei gewesen seien und deshalb nichts dazu aussagen könnten. Aus diesem Grund erübrige sich die Befragung weiterer Zeugen, die von den behaupteten Vorfällen ebenfalls nichts mitbekommen hätten. Es sei nicht ersichtlich und werde nicht dargetan, inwiefern sich daraus irgendwelche Erkenntnisse im Hinblick auf die Frage ergeben sollten, ob sich die eingeklagten Vorfälle wie behauptet zugetragen hätten (Urteil S. 18).
2.4 Die Abweisung der Beweisanträge verletzt den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör nicht. Aufgrund des Beweisergebnisses durfte die Vorinstanz in antizipierter Beweiswürdigung darauf verzichten, die beantragten Zeugen einzuvernehmen. Sie zeigt mit nachvollziehbaren Gründen auf, weshalb von jenen kein weiterer sachrelevanter Erkenntnisgewinn zu erwarten ist. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die beantragten Zeugen etwas am Beweisergebnis zu ändern vermöchten, zumal sie zur Abklärung der eigentlichen Tatvorgänge nichts beitragen können. Sie sind denn auch nur zur Aussage über die Glaubwürdigkeit der Tochter angerufen worden. Der Glaubwürdigkeit einer Person kommt indes nur untergeordnete Bedeutung zu, da sie keine Rückschlüsse auf die Glaubhaftigkeit der konkreten Aussagen erlaubt (vgl. <ref-ruling> E. 2). Damit erschöpft sich die Beschwerde in einer appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil, die nicht geeignet ist, die Vorwürfe der willkürlichen antizipierten Beweiswürdigung zu begründen (<ref-law>).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verurteilung wegen versuchter Tötung. Er rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und die Unschuldsvermutung verletzt. Sie habe zu Unrecht angenommen, er habe eventualvorsätzlich gehandelt. Er habe seine Tochter, wenn überhaupt, nur kurz am Seil hochgezogen und sie dann sofort wieder heruntergelassen. Er sei es gewesen, der sie aus der behaupteten Situation befreit habe. Zu keiner Zeit habe er die Herrschaft über die Situation aus den Händen gegeben. Er sei in der Lage gewesen, sofort zu reagieren. Da er die Kontrolle über das Geschehen behielt, habe er darauf vertrauen können, dass der Tod nicht eintritt (Beschwerde Rz. 34-53).
3.2 Die Vorinstanz erwägt, wer einer anderen Person ein Seil um den Hals lege und sie daran in die Höhe ziehe, nehme ungeachtet der Dauer dieses Aufhängens in Kauf, die Person in unmittelbare Lebensgefahr zu bringen. Da Erhängen "eine dermassen gängige Tötungsart" sei, sei unvorstellbar, dass der Beschwerdeführer die Tochter nicht mit Wissen und Willen der damit verbundenen Gefahr für ihr Leben ausgesetzt haben sollte. Die unmittelbare Lebensgefahr und die bekannte Tötungsart liessen keinen anderen Schluss zu, als dass sich der Beschwerdeführer mit der Möglichkeit der Verwirklichung des Risikos auseinandergesetzt haben müsse und dieses nicht einfach leichtfertig ignoriert haben könne. Indem er die Tochter an einem Seil aufhängte, habe er die Herrschaft über die Situation teilweise aus den Händen gegeben und hätte notwendigenfalls nicht sofort reagieren können. Bis zu dem Zeitpunkt, als er die Tochter heruntergelassen und das Seil von ihrem Hals gelöst hatte, hätte ohne weiteres der Tod eingetreten sein können. Der Entscheid über Leben und Tod sei damit nicht ausschliesslich von seinem Verhalten abhängig, sondern letztlich dem Zufall überlassen gewesen. Dem Beschwerdeführer habe bewusst sein müssen, dass das Geschehen auch einen anderen Ausgang hätte nehmen können. Dass er trotzdem auf die erwähnte Art handelte, lasse sich nur als Inkaufnahme von Todesfolgen verstehen (Urteil S. 42-44).
3.2 Die Vorinstanz erwägt, wer einer anderen Person ein Seil um den Hals lege und sie daran in die Höhe ziehe, nehme ungeachtet der Dauer dieses Aufhängens in Kauf, die Person in unmittelbare Lebensgefahr zu bringen. Da Erhängen "eine dermassen gängige Tötungsart" sei, sei unvorstellbar, dass der Beschwerdeführer die Tochter nicht mit Wissen und Willen der damit verbundenen Gefahr für ihr Leben ausgesetzt haben sollte. Die unmittelbare Lebensgefahr und die bekannte Tötungsart liessen keinen anderen Schluss zu, als dass sich der Beschwerdeführer mit der Möglichkeit der Verwirklichung des Risikos auseinandergesetzt haben müsse und dieses nicht einfach leichtfertig ignoriert haben könne. Indem er die Tochter an einem Seil aufhängte, habe er die Herrschaft über die Situation teilweise aus den Händen gegeben und hätte notwendigenfalls nicht sofort reagieren können. Bis zu dem Zeitpunkt, als er die Tochter heruntergelassen und das Seil von ihrem Hals gelöst hatte, hätte ohne weiteres der Tod eingetreten sein können. Der Entscheid über Leben und Tod sei damit nicht ausschliesslich von seinem Verhalten abhängig, sondern letztlich dem Zufall überlassen gewesen. Dem Beschwerdeführer habe bewusst sein müssen, dass das Geschehen auch einen anderen Ausgang hätte nehmen können. Dass er trotzdem auf die erwähnte Art handelte, lasse sich nur als Inkaufnahme von Todesfolgen verstehen (Urteil S. 42-44).
3.3 3.3.1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie als willkürlich im Sinne von <ref-law> erscheint (<ref-ruling> E. 2.4 mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und begründet werden, ansonsten darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer beruft sich auf die Unschuldsvermutung als Beweiswürdigungsregel (vgl. zum Beispiel Beschwerde Rz. 51). In dieser Funktion kommt dem Grundsatz "in dubio pro reo" im Verfahren vor Bundesgericht keine über das Willkürverbot hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 7; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
3.3.2 Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung im Ergebnis offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich ist. Dass eine andere Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 7.1 und 305 E. 4.3; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich sein soll. Mit den Ausführungen der Vorinstanz setzt er sich nicht auseinander. Seine Vorbringen erschöpfen sich ausschliesslich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik.
3.3.2 Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung im Ergebnis offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich ist. Dass eine andere Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 7.1 und 305 E. 4.3; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich sein soll. Mit den Ausführungen der Vorinstanz setzt er sich nicht auseinander. Seine Vorbringen erschöpfen sich ausschliesslich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik.
3.4 3.4.1 Gemäss aArt. 18 Abs. 2 StGB verübt ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Diese Bestimmung erfasst auch den Eventualvorsatz, welcher vorliegt, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs bzw. die Verwirklichung des Tatbestands für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 8.4.1; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 4.1, 9 E. 4.1 und 222 E. 5.3; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 8.1 f.; je mit Hinweisen; vgl. nunmehr <ref-law>).
3.4.2 Die Abgrenzung von Eventualvorsatz und bewusster Fahrlässigkeit kann im Einzelfall schwierig sein. Sowohl der eventualvorsätzlich als auch der bewusst fahrlässig handelnde Täter wissen um die Möglichkeit des Erfolgseintritts bzw. um das Risiko der Tatbestandsverwirklichung. Hinsichtlich der Wissensseite stimmen beide Erscheinungsformen des subjektiven Tatbestandes überein. Unterschiede bestehen jedoch beim Willensmoment. Der bewusst fahrlässig handelnde Täter vertraut aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit darauf, dass der von ihm als möglich vorausgesehene Erfolg nicht eintreten, das Risiko der Tatbestandserfüllung sich mithin nicht verwirklichen werde. Demgegenüber nimmt der eventualvorsätzlich handelnde Täter den Eintritt des als möglich erkannten Erfolgs ernst, rechnet mit ihm und findet sich damit ab. Nicht erforderlich ist, dass er den Erfolg billigt (eingehend <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.1, 9 E. 4.1 und 222 E. 5.3; <ref-ruling> E. 8.3; je mit Hinweisen).
3.4.3 Soweit der Täter nicht geständig ist, kann sich das Gericht für den Nachweis des Vorsatzes regelmässig nur auf äusserlich feststellbare Indizien und auf Erfahrungsregeln stützen, die ihm Rückschlüsse auf die innere Einstellung des Täters erlauben. Zu den äusseren Umständen, aus denen der Schluss gezogen werden kann, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen, zählen auch die Grösse des dem Täter bekannten Risikos der Tatbestandsverwirklichung, die Schwere der Sorgfaltspflichtverletzung, die Beweggründe des Täters und die Art der Tathandlung. Je grösser das Risiko ist und je schwerer die Sorgfaltspflichtverletzung wiegt, desto eher darf gefolgert werden, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen. Eventualvorsatz kann unter anderem angenommen werden, wenn sich dem Täter der Eintritt des tatbestandsmässigen Erfolgs infolge seines Verhaltens als so wahrscheinlich aufdrängte, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme dieses Erfolgs gewertet werden kann (<ref-ruling> E. 8.4.1; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.3.2 f.; <ref-ruling> E. 3.2.2; <ref-ruling> E. 4.1, 9 E. 4.1 und 222 E. 5.5; <ref-ruling> E. 8.4; je mit Hinweisen).
3.4.4 Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft sog. innere Tatsachen und ist Tatfrage. Rechtsfrage ist hingegen, ob angesichts der festgestellten Tatsachen der Schluss auf Eventualvorsatz begründet ist. Es ist allerdings nicht zu übersehen, dass sich insoweit Tat- und Rechtsfragen teilweise überschneiden. Das Sachgericht hat daher die in diesem Zusammenhang relevanten Tatsachen möglichst erschöpfend darzustellen, damit erkennbar wird, aus welchen Umständen es auf Eventualvorsatz geschlossen hat. Denn der Sinngehalt der dazu entwickelten Formeln lässt sich nur im Lichte der tatsächlichen Umstände des Falls erschliessen. Das Bundesgericht kann daher in einem gewissen Ausmass die richtige Bewertung dieser Umstände im Hinblick auf den Rechtsbegriff des Eventualvorsatzes überprüfen (BGE <ref-ruling> E. 4.1 und 9 E. 4.1; <ref-ruling> E. 8.5; je mit Hinweisen).
3.4.5 Eventualvorsatz kann auch gegeben sein, wenn der Eintritt des Erfolgs sowohl objektiv als auch nach den subjektiven Vorstellungen des Täters nicht wahrscheinlich, sondern bloss möglich war. Doch darf nicht allein aus dem Wissen des Beschuldigten um die Möglichkeit des Erfolgs auf dessen Inkaufnahme geschlossen werden. Vielmehr müssen weitere Umstände hinzukommen (BGE <ref-ruling> E. 4.5 und 9 E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3f). Solche Umstände liegen namentlich vor, wenn der Täter das ihm bekannte Risiko nicht kalkulieren und dosieren kann und das Opfer keine Abwehrchancen hat (BGE <ref-ruling> E. 4.5; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3f).
3.5 Die Annahme der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe in Bezug auf allfällige Todesfolgen mit Eventualvorsatz gehandelt, ist nicht zu beanstanden.
Der Eventualvorsatz auf Tötung unterscheidet sich vom Gefährdungsvorsatz dadurch, dass der Täter bei der Lebensgefährdung darauf vertraut, der Tod des Opfers werde nicht eintreten. Dies setzt voraus, dass er davon ausgeht, die Gefahr könne durch sein eigenes Verhalten oder dasjenige der gefährdeten Person abgewendet werden. Bleibt dem Zufall überlassen, ob die Gefahr sich verwirklicht oder nicht, liegt (versuchte) eventualvorsätzliche Tötung vor (PETER AEBERSOLD, in: Basler Kommentar, 2. Aufl. 2007, Art. 129 N 28; ANDREAS DONATSCH, Delikte gegen den Einzelnen, 9. Aufl. 2008, S. 63). Die Gefahr des Todes der Tochter war im zu beurteilenden Fall bei der Art des gewählten Vorgehens derart gross, dass nicht angenommen werden kann, der Beschwerdeführer hätte die Gefahr durch eigenes Verhalten abwenden können. Zudem war es auch der Tochter nicht möglich, sich selber hinreichend zu schützen, da sie, als sie vom Beschwerdeführer an dem um ihren Hals gelegten Seil in die Höhe gezogen wurde, dessen Schlinge nicht festhalten konnte, keine Luft mehr bekam und das Bewusstsein verlor. Der Beschwerdeführer konnte das Risiko nicht kalkulieren und gab das Geschehen mithin aus der Hand. Der Nichteintritt des Erfolgs hing hier somit überwiegend von Glück und Zufall ab (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4.5). Das forensische Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin Zürich vom 1. März 2010 kommt denn auch zum Schluss, die Frage, ob die akute Gefahr der Tötung bestand, müsse "zwingend bejaht werden" (vorinstanzliche Akten, HD act. 31/4 S. 3).
Der Schuldspruch wegen versuchter eventualvorsätzlicher Tötung verletzt kein Bundesrecht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verurteilung wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung und rügt eine Verletzung des Anklagegrundsatzes. Die Anklageschrift umschreibe das Tatbestandsmerkmal des Geschäftsführers nicht und enthalte keine genügende Umschreibung des Merkmals des Schadens. Es werde nicht dargelegt, dass er wissentlich und willentlich durch pflichtwidriges Verhalten einen Schaden verursacht habe. Die Vorinstanz erblicke den Schaden in der unsicheren Gewinnaussicht. Es sei ihm aber nie vorgeworfen worden, er habe eine Nichtvermehrung der Aktiven zu verantworten. In der Anklageschrift werde nicht behauptet, dass das Vermögen der Kinder vermindert oder gefährdet gewesen sei (Beschwerde Rz. 54-58).
4.2 Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die dem Angeklagten zur Last gelegten Delikte so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Zugleich gewährleistet der Anklagegrundsatz die Verteidigungsrechte und das Gehörsrecht des Angeklagten (Informationsfunktion). Dieser muss aus der Anklage ersehen können, weshalb er angeklagt ist. Das bedingt eine zureichende Umschreibung der Tat. Entscheidend ist, dass der Angeklagte genau weiss, welcher konkreter Handlungen er beschuldigt und wie sein Verhalten rechtlich qualifiziert wird, sodass er seine Verteidigung richtig vorbereiten kann. Er darf nicht Gefahr laufen, erst an der Gerichtsverhandlung mit neuen Anschuldigungen konfrontiert zu werden (<ref-ruling> E. 6.2 und 6.3 mit Hinweisen).
4.3 Wie die Vorinstanz zutreffend erwägt (Urteil S. 66), werden in der Anklageschrift die einzelnen Kontobezüge aufgeführt. Ausserdem wird beschrieben, dass der Beschwerdeführer die finanziellen Mittel nicht nur für den Familienunterhalt verwendete, sondern damit auch die eigene Firma, einen Hausbau im Kosovo und die Tilgung von Schulden finanzierte (Anklageschrift S. 10-14). Die Tatbestandselemente von <ref-law> sind damit hinreichend umschrieben. In der Anklageschrift wird das Verhalten des Beschwerdeführers als Veruntreuung gewürdigt (Anklageschrift S. 10 und 15). Davon abweichend verurteilte die Vorinstanz den Beschwerdeführer wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung. Dies ist nicht zu beanstanden, zumal den Parteien an der Berufungsverhandlung dazu das rechtliche Gehör gewährt wurde (vorinstanzliche Akten HD I act. 132 S. 24, act. 141 S. 11 sowie S. 12 f.).
4.4 Der Anspruch auf rechtliches Gehör und der Anspruch auf ein faires Verfahren sind nicht verletzt.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer hat ausgangsgemäss die Kosten zu tragen (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (<ref-law>). Seiner finanziellen Lage ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Februar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Boog