Sachverhalt:
A. Am 31. Oktober 1996 hatte A._ beim Bezirksgericht Arlesheim eine Scheidungsklage gegen ihren damaligen Ehemann B._ eingereicht. Mit Verfügung vom 13. November 1996 wurden die beiden gemeinsamen Kinder, C._ und D._ vorläufig unter die Obhut der Mutter gestellt. Mit Verfügung vom 28. April 1997 änderte das Bezirksgericht Arlesheim die Obhutsregelung und stellte die beiden Kinder mit Wirkung vom 1. Juni 1997 für die Dauer des Verfahrens unter die Obhut des Vaters. Am 28. Mai 1997 zog A._ ihre Scheidungsklage zurück, worauf B._ am 29. Mai 1997 seinerseits eine Scheidungsklage einreichte. Mit Beschluss vom 29. Mai 1997 stellte das Bezirksgericht Arlesheim die beiden Kinder für die Dauer des Verfahrens unter die Obhut von B._. Die Ehe wurde am 16. Dezember 1997 geschieden und die Kinder unter die elterliche Gewalt von B._ gestellt.
Seit dem 29. Mai 1997 hatte B._ keine Nachricht mehr von A._ und den Kindern und wusste nicht, wo sich diese aufhielten. Die Ermittlungsbehörden gehen davon aus, dass A._ am 29. Mai 1997, mit Hilfe ihrer Schwester X._ und ihres Schwagers E._, zusammen mit den Kindern nach Venezuela ausgereist ist.
Am 1. Juni 1997 erstattete B._ Anzeige gegen A._ wegen Entziehens von Unmündigen (<ref-law>). Das Bezirksstatthalteramt leitete ein Strafverfahren ein, das auf den Tatbestand der qualifizierten Entführung (Art. 183 Ziff. 2 i.V.m. <ref-law>) ausgedehnt wurde. Ende 2004/Anfang 2005 wurde ein Mediationsverfahren zwischen A._ und B._ eingeleitet, in dem die gegenseitig erhobene Strafanträge zurückgezogen wurden.
Mit Schlussbericht vom 8. Juni 2006 beantragte das Bezirksstatthalteramt die Einstellung des Strafverfahrens gegen A._ wegen qualifizierter Entführung und Entziehung Unmündiger und den Erlass eines Strafbefehls wegen Urkundenfälschung. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Landschaft schloss sich dieser Auffassung nicht an, sondern wies mit Schreiben vom 1. Juli 2007 die Akten an das Bezirksstatthalteramt zur Vornahme weiterer Ermittlungen und zur Ausschreibung A._s zur Verhaftung zurück.
B. Am 18. November 2009 wurden A._ und ihre Schwester X._ in Niedergösgen angehalten und dem Kanton Basel-Landschaft zugeführt. Die Kinder wurden in eine Institution im Kanton Bern verbracht, wo sie stationär begutachtet werden.
Am 19. November 2009 ordnete das Präsidium des Verfahrensgerichts in Strafsachen Untersuchungshaft für X._ an, befristet bis zum 17. Dezember 2009. Auch A._ befindet sich seit dem 19. November 2009 in Untersuchungshaft.
C. Am 9. Dezember 2009 stellte das Bezirksstatthalteramt Arlesheim Antrag auf Haftverlängerung um 6 Monate wegen Kollusions-, Flucht- und Fortsetzungsgefahr. Am 17. Dezember 2009 führte das Präsidium des Verfahrensgerichts in Strafsachen eine mündliche Anhörung durch und verlängerte anschliessend die Untersuchungshaft um 8 Wochen bis zum 11. Februar 2010. Es bejahte in seiner einseitigen handschriftlichen Begründung den dringenden Tatverdacht der Beihilfe zur mindestens eventualvorsätzlich begangenen Entführung von Minderjährigen sowie den Haftgrund der Kollusionsgefahr.
D. Gegen die Haftverlängerungsverfügung hat X._ am 29. Dezember 2009 Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und die Behörden des Kantons Basel-Landschaft seien anzuweisen, sie unverzüglich aus der Haft zu entlassen. Überdies sei ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und ein Replikrecht einzuräumen.
E. Das Bezirksstatthalteramt Arlesheim beantragt Abweisung der Beschwerde. Auch das Verfahrensgericht in Strafsachen Basel-Landschaft schliesst auf Beschwerdeabweisung. Es begründet in seiner achtseitigen Vernehmlassung, weshalb der dringende Tatverdacht der Gehilfenschaft zur qualifizierten Entführung von Minderjährigen vorliege und Kollusionsgefahr bestehe.
F. In ihrer Replik vom 18. Januar 2010 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest und macht ergänzende Ausführungen zum Verfahrensstand.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen; dazu gehört auch der vorliegende Haftverlängerungsentscheid. Gegen diesen steht kein kantonales Rechtsmittel zur Verfügung (Art. 80 i.V.m. <ref-law>). Da auch alle übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Gemäss <ref-law> müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, unter anderem die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten (lit. b). Das Bundesgericht kann nach <ref-law> einen Entscheid, der den Anforderungen von Absatz 1 nicht genügt, an die kantonale Behörde zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben (vgl. Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 E. 2.2 mit Hinweisen).
Es ist fraglich, ob der angefochtene Entscheid diesen Erfordernissen genügt. Nachdem jedoch bereits ein Schriftenwechsel durchgeführt worden ist, in welchem das Verfahrensgericht ausführlich die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art dargelegt und die Beschwerdeführerin in ihrer Replik dazu Stellung genommen hat, wobei sie einen Entscheid des Bundesgerichts in der Sache verlangt, rechtfertigt es sich, zur Wahrung des Beschleunigungsgebots von einer Rückweisung abzusehen.
3. Die Untersuchungshaft schränkt die in Art. 10 Abs. 2 und Art. 31 BV sowie Art. 5 Ziff. 1 EMRK garantierte persönliche Freiheit der Beschwerdeführerin ein. Ein Eingriff in dieses Grundrecht ist zulässig, wenn er auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist; zudem darf er den Kerngehalt des Grundrechts nicht beeinträchtigen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 186 mit Hinweisen).
Im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung des entsprechenden kantonalen Rechts frei. Soweit reine Sachverhaltsfeststellungen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Instanz willkürlich sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 186 mit Hinweisen).
Voraussetzung für die Anordnung und Fortdauer von Untersuchungshaft ist nach § 77 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Land vom 3. Juni 1999 (StPO/BL), dass die verhaftete Person eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird, deshalb gegen sie ein Strafverfahren eröffnet worden ist, und aufgrund konkreter Indizien ernsthaft zu befürchten ist, sie werde die Freiheit benützen zur Flucht (lit. a), zur Erschwerung oder Vereitelung der Untersuchung, namentlich durch die Beeinflussung anderer Personen oder durch Beseitigung von Beweismitteln (lit. b) oder zur Fortsetzung der deliktischen Tätigkeit, sofern diese eine erhebliche Gefahr für Leib, Leben, Freiheit oder Eigentum anderer Personen darstellt (lit. c). Untersuchungshaft darf nicht angeordnet werden oder muss unverzüglich aufgehoben werden, wenn sie unverhältnismässig wäre oder geworden ist, insbesondere wenn Ersatzmassnahmen nach <ref-law>/BL möglich und ausreichend sind oder sie die Dauer einer zu erwartenden Freiheitsstrafe erreicht (<ref-law>/BL).
4. Das Verfahrensgericht bejaht den dringenden Tatverdacht der Gehilfenschaft zur qualifizierten Entführung (Art. 183 Ziff. 2 i.V.m. <ref-law>).
4.1 Die Beschwerdeführerin macht zum einen geltend, dass schon der Tatbestand der Kindesentführung nicht erfüllt sei, weil A._ im Zeitpunkt ihrer Abreise mit den Kindern am 29. Mai 1997 mindestens Mitinhaberin der elterlichen Gewalt gewesen sei. Als solche habe sie keine Entführung i.S.v. <ref-law> begehen können (<ref-ruling> E. 1b S. 223).
Im Entscheid <ref-ruling> E. 1b S. 223 legte das Bundesgericht dar, dass das Verbringen eines Kindes unter sechzehn Jahren an einen anderen Aufenthaltsort durch einen Elternteil, der die elterliche Sorge innehabe, nicht unter <ref-law> falle, auch wenn die Ortsveränderung nicht dem Wohl des Kindes entspreche, weil die elterliche Sorge auch das Recht umfasse, den Aufenthaltsort des Kindes zu bestimmen. Anders sei die Rechtslage dagegen, wenn die Obhut über das Kind - beispielsweise durch vorläufige Massnahmen im Scheidungsverfahren - ausschliesslich einem Elternteil zugeteilt worden sei. In diesem Fall erlösche das Recht des anderen Elternteils, den Aufenthaltsort des Kindes zu bestimmen. Wenn der nicht obhutsberechtigte Elternteil den Aufenthaltsort des Kindes einseitig verlege, könne er somit eine Kindesentführung i.S.v. <ref-law> begehen.
A._ hat am 29. Mai 1997 mit den beiden Kindern die Schweiz verlassen, vermutlich in Richtung Venezuela. Objektiv war bereits an diesem Tag die Obhut über die Kinder dem Vater zugeteilt worden (vorsorgliche Verfügung vom 29. Mai 1997). Auch wenn A._ die Verfügung vom 29. Mai 1997 noch nicht kannte, liegt der Verdacht nahe, dass die Ausreise erfolgte, um einer Scheidungsklage des Ehemanns und einer Zuteilung der Kinder an diesen zuvorzukommen. Dafür sprechen das ferne Reiseziel (Venezuela) und die Geheimhaltung der Abreise, sowie der zeitliche Zusammenhang mit der Verfügung vom 28. April 1997, mit der erstmals dem Vater die Obhut über die Kinder zugeteilt worden war. Nahm A._ in Kauf, die Kinder auch gegen den Willen des - zwischenzeitlich möglicherweise allein obhutsberechtigt gewordenen - Vaters ins Ausland zu verbringen, so handelte sie eventualvorsätzlich.
Im Übrigen dürfte A._ nachträglich, durch ihre Schwester oder ihren Schwager, über die vorsorgliche Verfügung vom 29. Mai 1997 und das Scheidungsurteil informiert worden sein. Spätestens Ende 2004/Anfang 2005, bei Einleitung des Mediationsverfahrens, musste sie wissen, dass die elterliche Sorge über die Kinder B._ zugeteilt worden war. Dennoch hielt sie die Kinder weiter versteckt, womit der rechtswidrige Zustand aufrecht erhalten wurde (vgl. <ref-ruling> E. 2f S. 221), und nahm weitere Aufenthaltswechsel vor, die den Verdacht vorsätzlicher Entführungshandlungen begründen (vgl. Vera Delnon/Bernhard Rüdy, in: Basler Kommentar zum StGB, Bd. 2, 2. Aufl., Art. 183 Rn. 29).
Insgesamt besteht daher gegen A._ der dringende Tatverdacht einer Entführung Minderjähriger. Aufgrund der Dauer der Trennung vom Vater ist vom qualifizierten Tatbestand gemäss <ref-law> auszugehen.
4.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet ferner den Tatverdacht der Gehilfenschaft zur Kindesentführung. Es sei nicht ersichtlich, welche Unterstützungshandlungen ihr vorgeworfen würden. In der mündlichen Verhandlung habe der Präsident der Verfahrenskammer Gehilfenschaft wegen der auf sie ausgestellten Vollmacht bejaht, und darauf abgestellt, dass die Beschwerdeführerin mit ihrer Reinigungsfirma A._ ein Einkommen ermöglicht habe. Beides sei jedoch strafrechtlich nicht relevant und habe mit dem vorgeworfenen Delikt der Kindesentführung nichts zu tun.
In seiner Vernehmlassung legt das Verfahrensgericht dar, dass die Beschwerdeführerin ihre Schwester A._ physisch und psychisch unterstützt habe. Der rege Kontakt zwischen beiden Schwestern vor deren Abreise und die verfügten Vollmachten wiesen darauf hin, dass die Beschwerdeführerin mindestens unterstützend bei der Planung der Entführung vom 29. Mai 1997 mitgewirkt habe. Zudem habe die Beschwerdeführerin A._ am 26. Mai 1997, kurz vor ihrer Abreise, eine Unterschriftenkarte für ihre Konto bei der PostFinance ausstellen lassen. Auch in der Folge habe die Beschwerdeführerin ihrer Schwester materielle und affektiv-emotionale Hilfe geleistet (Verschaffung einer Arbeitsstelle, Gastrecht, Unterstützung bei der Kinderbetreuung und -unterrichtung, Besuche im Ausland) und habe damit wesentlich zur Aufrechterhaltung des Dauerdelikts der Entführung beigetragen.
Es ist unstreitig, dass die Beschwerdeführerin und ihr Ehemann 1997 in engem Kontakt zu A._ standen. Inzwischen hat sich der Verdacht der Ermittlungsbehörden, wonach A._ bei der Ausreise nach Venezuela von ihrem Schwager E._ begleitet wurde, erhärtet (vgl. Einvernahme von A._ vom 21. Dezember 2009 S. 4). Die Beschwerdeführerin kümmerte sich ihrerseits um die Angelegenheiten ihrer Schwester in der Schweiz und besuchte diese auch einmal in Südamerika. Nach ihrer Rückkehr aus Südamerika unterstützte die Beschwerdeführerin ihre Schwester A._ in vielfältiger Weise und übernahm teilweise auch die Betreuung der Kinder. Ohne die Hilfe ihrer Schwester und ihres Schwagers hätte A._ die Kinder vermutlich nicht so lange versteckt und von ihrem Vater fernhalten können.
Insofern liegt auch ein dringender Tatverdacht gegen die Beschwerdeführerin als mutmassliche Gehilfin vor.
5. Das Verfahrensgericht bejahte den Haftgrund der Kollusionsgefahr.
5.1 Kollusion bedeutet insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die strafprozessuale Haft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit dazu missbraucht, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhalts zu vereiteln oder zu gefährden. Gemäss <ref-law>/BL genügt indessen die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, nicht, um die Fortsetzung der Haft unter diesem Titel zu rechtfertigen; es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Verdunkelungsgefahr sprechen. Dies entspricht auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Kollusionsgefahr (<ref-ruling> E. 3c S. 35; <ref-ruling> E. 4c S. 261).
Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind an den Nachweis von Verdunkelungsgefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 24 mit Hinweisen).
5.2 Das Verfahrensgericht begründet in der Beschwerdevernehmlassung die Kollusionsgefahr im Hinblick auf die weiteren Einvernahmen von Opfern (Kinder), Mittätern und Auskunftspersonen und die noch ausstehenden Ermittlungen. Da es sich bei den Einzuvernehmenden überwiegend um Familienangehörige der Beschwerdeführerin handle, bestehe die Möglichkeit und auch ein konkretes Interesse der Beschwerdeführerin, auf deren Aussagen Einfluss zu nehmen. Zudem bestehe Kollusionsgefahr im Hinblick auf die mittels Rechtshilfe in Frankreich angeordnete Hausdurchsuchung im Haus der Beschwerdeführerin in Dessevet. Insbesondere könne die Beschwerdeführerin mit Hilfe ihres Ehemanns, der sich vermutlich in Dessevet aufhält, allfällige, für das Verfahren wichtige Beweise vernichten.
5.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe bereits in mehreren Befragungen und handschriftlichen Aufzeichnungen detailliert Auskunft gegeben und dabei eingeräumt, dass sie in den letzten Jahren oft mit ihrer Schwester und deren Kinder Kontakt gehabt habe. Zudem sei die Geschichte der letzten 12 Jahre bereits durch die bei der Hausdurchsuchung in Niedergösgen beschlagnahmten Datenträger, die Aussagen von A._ und der Kinder in allen Details bekannt. Insofern bestehe kein Spielraum mehr für Kollusionshandlungen. So seien der Beschwerdeführerin in der letzten Einvernahme vom 15. Januar 2010 keinerlei belastenden Aussagen mehr im Zusammenhang mit der Kindesentführung vorgelegt worden, sondern es sei nur noch um allfällige AHV-Vergehen gegangen.
Im Übrigen hätten sich die Beschuldigten bereits in den zurückliegenden Jahren intensiv mit dem Strafverfahren beschäftigt und viel Zeit zusammen verbracht. Falls sie sich also hätten absprechen wollen, so hätten sie dies längst schon getan.
5.4 Das vorliegende Verfahren weist die Besonderheit auf, dass die Angeschuldigten schon vor ihrer Verhaftung in engem Kontakt untereinander und mit den Opfern (den Kindern) standen. Das Strafverfahren wurde bereits 1997 eingeleitet. Schon vor ihrer Verhaftung waren A._, die Beschwerdeführerin und E._ polizeilich als Angeschuldigte einvernommen worden, wobei A._ freies Geleit zugesichert worden war (vgl. Einvernahmen A._s vom 28. Februar 2005, vom 17. März 2006 und vom 20. September 2007; X._ und E._ wurden am 24. Juni 1997 als Angeschuldigte befragt). Es ist deshalb davon auszugehen, dass die Aussagen im Strafverfahren schon vor der Verhaftung abgesprochen worden sind.
Zwar ist dem Verfahrensgericht einzuräumen, dass nicht alle Einzelheiten im Voraus abgesprochen werden konnten. Nach ihrer Verhaftung wurden die Beschwerdeführerin und ihre Schwester A._ intensiver befragt und erstmals mit Erkenntnissen der Ermittlungsbehörden konfrontiert (z.B. Befunden der Hausdurchsuchung oder von Telefonabhörungen), hinsichtlich derer noch keine Absprachen getroffen worden waren. Zudem war erstmals eine Befragung der Kinder als wichtigste Auskunftspersonen erfolgt.
Zwar lag die Videobefragung der Kinder zum Zeitpunkt der Haftverlängerungsverfügung bereits vor; sie musste jedoch A._ und der Beschwerdeführerin noch vorgehalten werden. Der Verteidigung ist einzuräumen, dass zu diesem Zeitpunkt keine Kollusionsgefahr mehr gegenüber den Kindern bestand, die sich ohnehin in einer geschlossenen Anstalt befanden. Dagegen bestand ein berechtigtes Interesse der Ermittlungsbehörden, die Aussagen der Kinder A._ einerseits und der Beschwerdeführerin andererseits vorzuhalten, ohne dass diese beiden miteinander Kontakt aufnehmen und ihre Reaktion auf die Videoeinvernahme absprechen konnten. Dieses Interesse rechtfertigte allerdings nur eine Verlängerung der Haft um wenige Tage: Die Videobefragung der Kinder wurde A._ am 21. Dezember 2009 vorgehalten; daraufhin machte diese erstmals ausführliche Angaben zu ihrer Ausreise und zu ihren Aufenthaltsorten in Südamerika. Diese Aussagen wiederum wurden am 22. Dezember 2009 auszugsweise der Beschwerdeführerin vorgehalten.
Im Hinblick auf die rechtshilfeweise vorzunehmende Hausdurchsuchung in Frankreich erscheint die Kollusionsgefahr bei einer Freilassung der Beschwerdeführerin gering: Sofern E._ - der selbst zur Verhaftung ausgeschrieben ist - sich im Haus in Dessevet befindet (wovon die Ermittlungsbehörden ausgehen), hatte dieser bereits die Möglichkeit, allfällige Beweismittel zu beseitigen.
Der äussere Ablauf des Geschehens (Ausreise, Aufenthaltsorte, Unterstützungshandlungen von X._ und E._) ist zwischenzeitlich weitgehend erstellt, weshalb die Verdunkelungsgefahr bei einer Freilassung der Beschwerdeführerin gering erscheint. Nachdem zwischenzeitlich die Haftbeschwerde von A._ als Hauptverdächtige gutgeheissen und ihre Entlassung aus der Untersuchungshaft angeordnet worden ist (Entscheid 1B_379/2009 vom 19. Januar 2010), rechtfertigt es sich nicht, die Beschwerdeführerin, die nur der Gehilfenschaft verdächtigt wird, länger in Haft zu belassen.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen und die Beschwerdeführerin aus der Haft zu entlassen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Basel-Landschaft muss jedoch die Beschwerdeführerin für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens entschädigen. Dabei ist zu berücksichtigen, dass aufgrund der knappen Begründung des Haftverlängerungsentscheids eine ausführliche Beschwerde und Replik verfasst werden mussten.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Haftverlängerungsverfügung des Präsidiums des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft vom 17. Dezember 2009 wird aufgehoben. Die Beschwerdeführerin ist unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des erstinstanzlichen Haftverfahrens an das Präsidium des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft zurückgewiesen.
4. Der Kanton Basel-Landschaft hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft, Präsidium, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber