Sachverhalt:
A. Die Swisscom (Schweiz) AG (im Folgenden: Swisscom) plant auf dem Grundstück Kat.-Nr. 8168 an der Sternhaldenstrasse in Stäfa die Erstellung einer Mobilfunkanlage. Dieses Grundstück liegt in der Freihaltezone und ist mit Bahnanlagen überbaut. Die Antenne der geplanten Mobilfunkanlage soll auf einem bestehenden Fahrleitungsmast angebracht werden.
Mit Beschluss vom 14. Februar 2006 erteilte der Gemeinderat Stäfa der Swisscom die baurechtliche Bewilligung für das geplante Vorhaben, nachdem die Baudirektion des Kantons Zürich am 11. Januar 2006 bereits eine Ausnahmebewilligung verfügt hatte.
B. Gegen diese Beschlüsse erhoben X._ , Y._ sowie Z._ Rekurs bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich und, nach Abweisung ihres Rekurses, Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde am 13. März 2008 teilweise gut. Es ging davon aus, es handle sich um eine vollständig innerhalb des Siedlungsgebiets liegende Freihaltezone, auf die kantonales Recht Anwendung finde. Zuständig für die Erteilung der Ausnahmebewilligung sei deshalb nicht die Baudirektion, sondern die örtliche Bewilligungsbehörde. Es hob deshalb die angefochtenen Entscheide auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an den Gemeinderat Stäfa zurück.
C. Dagegen hat die Swisscom am 21. Mai 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei ihr die Bewilligung für das streitbetroffene Bauvorhaben zu erteilen; eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen, damit dieses materiell über das Bauvorhaben entscheide.
D. Das Verwaltungsgericht beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdegegner schliessen auf Abweisung der Beschwerde; eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Die Baudirektion hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Auch die Gemeinde Stäfa hat sich nicht vernehmen lassen.
In Replik und Duplik halten die Parteien an ihren Anträgen fest.
E. Mit Verfügung vom 19. Juni 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts schliesst das Verfahren nicht ab, sondern weist die Sache zu neuem Entscheid an den Gemeinderat Stäfa zurück. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid.
Das Verwaltungsgericht hob die angefochtenen Beschlüsse auf, weil Art. 24 RPG keine (unmittelbare) Anwendung finde, sondern eine kantonalrechtliche Ausnahmebewilligung erforderlich sei, zu deren Erteilung nicht die Baudirektion, sondern die örtliche Baubehörde, d.h. der Gemeinderat Stäfa, zuständig sei. Damit hat es einen Entscheid über die sachliche Zuständigkeit i.S.v. <ref-law> getroffen, der unmittelbar mit Beschwerde vor Bundesgericht angefochten werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 647; Urteil 1C_228/2008 vom 13. August 2008 E. 1.2).
Da alle übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das Baugrundstück befindet sich gemäss Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Stäfa vom 14. März 1994 (BZO) in einer Freihaltezone, die im Wesentlichen den nordöstlich gelegenen Rebhang umfasst. Dieser wurde im Inventar der Natur- und Landschaftsschutzobjekte sowie der schützenswerten Ortsbilder von überkommunaler Bedeutung vom 4. Januar 1980 (Inventar) als "Landschaftsschutzobjekt heckenreiche Hänge" aufgenommen.
2.1 Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass Freihaltezonen keine Bauzonen seien, weshalb für nicht zonenkonforme Bauten und Anlagen grundsätzlich eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG notwendig sei. Eine Ausnahme gelte jedoch für sog. "innen liegende Freihaltezonen", die sich vollständig innerhalb des nutzungsplanerisch ausgeschiedenen Baugebiets befinden. In solchen Gebieten sei das kantonale Recht anwendbar. Die Freihaltezone, in der das Baugrundstück liege, sei grösstenteils von Wohnzonen umgeben. Ihr Zweck bestehe nicht in der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet, sondern im Schutz des Rebhangs, der gemäss Inventar möglichst erhalten bleiben solle. Es handle sich somit um eine "innen liegende" Freihaltezone, auf die Art. 24 RPG nicht (direkt) anwendbar sei.
§ 40 Abs. 1 Satz 2 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) verweise zwar für zonenfremde Bauten und Anlagen in Freihaltezonen ausdrücklich auf Art. 24 RPG; diese Bestimmung komme jedoch kraft Verweisung des kantonalen Rechts, d.h. als kantonales Recht, zur Anwendung. Von Bundesrechts wegen bestehe deshalb kein Grund, eine kantonale Bewilligungsinstanz einzuschalten (Art. 25 Abs. 2 RPG). Auch der Titel von Ziff. 1.2 des Anhangs zur Bauverfahrensverordnung (BVV) vom 3. Dezember 1997 ("ausserhalb der Bauzonen") beziehe sich ausschliesslich auf jene Bereiche, in denen Art. 24 RPG direkt anwendbar sei.
Somit bleibe es für die Erteilung der Ausnahmebewilligung bei der Zuständigkeit der örtlichen Bewilligungsbehörde (§ 318 PBG), d.h. des Gemeinderats Stäfa. Dieser habe bisher die Voraussetzungen von Art. 24 RPG nicht geprüft, sondern habe in der baurechtlichen Bewilligung "bezüglich der Lage in der Freihaltezone" auf die Ausnahmebewilligung der Baudirektion verwiesen. Das Verwaltungsgericht hob die angefochtene Verfügung daher auf und wies die Sache zu neuem Entscheid an den Gemeinderat Stäfa zurück.
2.2 Die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zur Anwendbarkeit kantonalen Rechts entsprechen der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 378 f.) und werden auch von den Parteien nicht beanstandet.
Die Beschwerdeführerin macht jedoch geltend, das Verwaltungsgericht habe übersehen, dass die Baudirektion nach Ziff. 1.4.1.3 Anh. BVV i.Vm. § 7 Abs. 1 BVV und § 319 Abs. 2 PBG zum Entscheid zuständig sei, weil der Projektstandort als Landschaftsschutzobjekt von überkommunaler Bedeutung inventarisiert sei. Diese Festsetzung sei durch die Baudirektion erfolgt. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Baudirektion müsse deshalb die in Art. 24 RPG vorgeschriebene umfassende Interessenabwägung vornehmen. Hierzu sei sie aufgrund ihrer fachkompetenten Amtsstellen (ARV, AWEL, etc.) auch besser geeignet als die örtliche Baubehörde. Der Gemeinde verbleibe bloss noch eine Restkompetenz, insbesondere hinsichtlich Farbgebung und Materialisierung, von der sie in der Baubewilligung vom 14. Februar 2006 bereits Gebrauch gemacht habe.
Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, wonach ausschliesslich die örtliche Bewilligungsbehörde zum Entscheid über die Erteilung einer Ausnahmebewilligung zuständig sei, sei offenkundig unzutreffend. Sie verletze das verfassungsrechtliche Legalitätsprinzip (Art 5 Abs. 1 bzw. <ref-law>), das Gleichbehandlungsgebot (<ref-law>) und das Willkürverbot (<ref-law>) sowie die Koordinationspflicht gemäss Art. 25a RPG. Materiell könne die Rückweisung zu keinem anderen Ergebnis führen, nachdem die erstinstanzlichen Bewilligungsbehörden bereits kompetenzgemäss eine umfassende und koordinierte Gesamtwürdigung i.S.v. Art. 24 und Art. 25a RPG vorgenommen hätten. Die Rückweisung sei daher ein verfahrensrechtlicher Leerlauf.
2.3 Das Verwaltungsgericht räumt in seiner Vernehmlassung ein, dass die Baudirektion hinsichtlich des Landschaftsschutzes eine gesonderte Verfügung treffen müsse. Diese könne jedoch die Beurteilung der örtlichen Bewilligungsbehörde nach § 40 Abs. 1 Satz 2 PBG i.V.m. Art. 24 RPG nicht ersetzen, sondern trete zur baurechtlichen Bewilligung hinzu (§ 7 Abs. 1 BVV). Die materielle und formelle Koordination beider Verfügungen obliege der örtlichen Baubehörde (§ 9 Abs. 1 lit. a BVV). Diese werde die Beurteilung der Baudirektion mit Bezug auf den Landschaftsschutz bei ihrer eigenen Beurteilung mitberücksichtigen müssen. Die Beschwerdevorbringen vermöchten daher den angefochtenen Rückweisungsentscheid nicht in Frage zu stellen.
Dies gelte umso mehr, als sich die Vorinstanzen bisher mit der besonderen Stellung der Mobilfunkanlage in der Umgebung des inventarisierten Landschafsschutzobjekts nicht auseinander gesetzt hätten. Die Baudirektion habe ihre Zuständigkeit auf Art. 25 Abs. 2 RPG und Ziff. 1.2.2 Anh. BVV gestützt und den geschützten Rebhang bei der Prüfung der landschaftlichen Einordnung nicht berücksichtigt; die Baurekurskommission habe in ihrem Entscheid (E. 16.2) ausgeführt, in der unmittelbaren Umgebung der geplanten Anlage seien keine Objekte des Landschaftsschutzes zu finden, weshalb das Streitobjekt ausschliesslich an § 238 Abs. 1 PBG zu messen sei, d.h. sich nur befriedigend einzuordnen habe.
2.4 Die Beschwerdegegner sind der Auffassung, das Bauvorhaben liege knapp ausserhalb des Inventargebiets. Im Übrigen statuiere Ziff. 1.4.1.3 Anh. BVV bei Inventarobjekten lediglich eine Genehmigungskompetenz der Baudirektion. Diese entscheide somit nicht selbst über die Erteilung der Ausnahmebewilligung, sondern müsse nur den Entscheid der kommunalen Baubehörde genehmigen. Insofern habe das Verwaltungsgericht die Sache zu Recht an den Gemeinderat Stäfa zurückgewiesen.
3. Den auf kantonales Recht gestützten Zuständigkeitsentscheid kann das Bundesgericht nur unter dem Blickwinkel des Bundesrechts prüfen (<ref-law>). Dabei prüft es die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Entscheid das verfassungsrechtliche Legalitätsprinzip oder das Gleichbehandlungsgebot verletzen könnte; die nach Art. 25a RPG gebotene Koordination ist durch § 9 BVV sichergestellt. Damit bleibt als Prüfungsmassstab nur das Willkürverbot (<ref-law>).
Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, die örtliche Baubehörde sei für die Erteilung der Ausnahmebewilligung zuständig, kann sich auf § 318 PBG stützen. Die Beschwerdeführerin teilt die Auffassung des Verwaltungsgerichts, dass Ziff. 1.2 Anh. BVV keine abweichende Zuständigkeitsordnung für "innen liegende Freihaltezonen" enthält.
Zwar verweist die Beschwerdeführerin auf die kantonale Zuständigkeit nach Ziff. 1.4.1.3 Anh. BVV, aufgrund der Lage des Bauvorhabens in einem überkommunalen Landschaftsschutzobjekt. Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, wonach diese Bewilligung zur Ausnahmebewilligung der Gemeinde hinzutritt und diese nicht ersetzt, erscheint jedoch nicht willkürlich. Es ist auch nicht ersichtlich, weshalb die Gemeinde bei ihrem Entscheid an die Interessenabwägung der Baudirektion gebunden sein soll; jedenfalls ist die gegenteilige Sicht des Verwaltungsgerichts nicht willkürlich.
Nachdem im erstinstanzlichen Bewilligungsverfahren die Baudirektion die Ausnahmebewilligung erteilt und der Gemeinderat unstreitig keine eigene Prüfung der Ausnahmebewilligungsvoraussetzungen vorgenommen hat, ist es nicht willkürlich, die Sache zur Prüfung dieser Voraussetzungen an den Gemeinderat zurückzuweisen.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Stäfa, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber