Sachverhalt:
A. Die 1989 geborene N._ wurde von ihrem Vater am 5. April 1991 wegen Geburtsgebrechen (Hirnstammgliom und Neurofibromatose Typ I) bei der Invalidenversicherung angemeldet. Die IV-Stelle Bern sprach ihr medizinische und pädagogisch-therapeutische Massnahmen, Pflegebeiträge, Hilfsmittel und Berufsberatung zu. Hingegen lehnte sie mit Verfügung vom 10. November 2006 den von ihrem Berufsberater gestellten Antrag auf Übernahme der Kosten der vom 1. August 2006 bis 31. Juli 2008 dauernden erstmaligen beruflichen Ausbildung (Anlehre als hauswirtschaftliche Mitarbeiterin in der Stiftung X._) ab. Das dagegen eingeleitete Beschwerdeverfahren wurde als gegenstandslos abgeschrieben, nachdem die Verwaltung die angefochtene Verfügung lite pendente in Wiedererwägung gezogen hatte. Nach weiteren Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle den Anspruch mit Verfügung vom 27. Februar 2008 mangels eines invalidisierenden Gesundheitsschadens.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde der N._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 21. Juli 2008 ab.
C. N._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 21. Juli 2008 sei aufzuheben und die IV-Stelle zu verpflichten, Beiträge an die erstmalige berufliche Ausbildung zu leisten.
Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 20 N. 24 zu <ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin wegen eines Gesundheitsschadens für ihre Ausbildung zur hauswirtschaftlichen Mitarbeiterin eines geschützten Rahmens bedurfte und sie bejahendenfalls grundsätzlich Anspruch auf Übernahme der invaliditätsbedingten Mehrkosten im Zusammenhang mit der bei der Stiftung X._ vom 1. August 2006 bis 31. Juli 2008 absolvierten Anlehre hat.
3. 3.1 Versicherte, die noch nicht erwerbstätig waren und denen infolge Invalidität bei der erstmaligen beruflichen Ausbildung in wesentlichem Umfange zusätzliche Kosten entstehen, haben Anspruch auf Ersatz dieser Kosten, sofern die Ausbildung den Fähigkeiten des Versicherten entspricht (<ref-law>).
Als erstmalige berufliche Ausbildung gilt jede Berufslehre oder Anlehre sowie, nach Abschluss der Volks- oder Sonderschule, der Besuch einer Mittel-, Fach- oder Hochschule und die berufliche Vorbereitung auf eine Hilfsarbeit oder auf die Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte (<ref-law>). Einem Versicherten entstehen aus der erstmaligen beruflichen Ausbildung oder Weiterbildung in wesentlichem Umfange zusätzliche Kosten, wenn seine Aufwendungen für die Ausbildung wegen der Invalidität jährlich um 400 Franken höher sind, als sie ohne Invalidität gewesen wären (<ref-law>). Die zusätzlichen Kosten werden ermittelt, indem die Kosten der Ausbildung des Invaliden den mutmasslichen Aufwendungen gegenübergestellt werden, die bei der Ausbildung eines Gesunden zur Erreichung des gleichen beruflichen Zieles notwendig wären (<ref-law>).
3.2 Als invalid im Sinne von <ref-law> gilt, wer aufgrund einer bleibenden oder längere Zeit dauernden gesundheitlichen Beeinträchtigung (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) bei der Ausbildung erhebliche Mehrkosten (vgl. <ref-law>) auf sich nehmen muss (<ref-ruling> E. 1 S. 461; SVR 2008 IV Nr. 14 S. 41, I 659/06 E. 4.1). Die Frage nach der gesundheitlich bedingten Notwendigkeit einer Massnahme hinsichtlich des beruflichen Eingliederungsziels ist - wie jene nach den ausbildungsspezifischen Fähigkeiten einer versicherten Person - prognostisch im Zeitpunkt vor Durchführung der fraglichen Vorkehr zu beurteilen (vgl. Urteil 9C_796/2007 vom 20. Mai 2008 E. 3.2 mit Hinweisen).
Für die Beurteilung der Invalidität sind Verwaltung und Gerichte auf Unterlagen angewiesen, die der Arzt und gegebenenfalls auch andere Fachleute zur Verfügung zu stellen haben. Auch wenn eine erstmalige berufliche Ausbildung nach <ref-law> in Frage steht, hat der Arzt den Gesundheitszustand zu diagnostizieren und zu dem sich daraus ergebenden Ausmass der Einschränkung Stellung zu nehmen. Solche ärztliche Auskünfte sind auch dann erforderlich, wenn die versicherte Person aus eigener Initiative einen Lehrgang begonnen hat und dafür die Invalidenversicherung in Anspruch nehmen will (nicht veröffentlichtes Urteil des EVG vom 4. Oktober 1993 [I 51/93] E. 1c).
4. 4.1 Gestützt auf den neuropsychologischen Bericht des Dr. phil. A._ vom 5. März 2007 und den Untersuchungsbericht der Frau Dr. med. G._ (Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie) vom 1. Mai 2007 ist die Vorinstanz der Auffassung, die Versicherte sei nicht darauf angewiesen, ihre Ausbildung im geschützten Rahmen absolvieren zu können. Die gesundheitlichen Einschränkungen (Verlangsamung, Schwäche der rechten Hand, Sprachstörung, motorische Beeinträchtigungen) sowie die aspontane und zurückhaltende Art der Beschwerdeführerin erschwerten die Lehrstellensuche zweifellos. Ein Eingliederungsbedarf werde dadurch jedoch nicht begründet.
4.2 Frau Dr. med. G._ hielt - unter Berücksichtigung der Ergebnisse der Untersuchungen des Dr. phil A._ - im Bericht vom 1. Mai 2007 fest, eine psychiatrische Diagnose im Sinne des ICD-10 mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit habe nicht gestellt werden können; im neurokognitiven Bereich erreiche die Versicherte bei einem IQ von 93 das Niveau einer Realschülerin. Dies spricht jedoch nicht gegen die Annahme, es sei aus gesundheitlichen Gründen erforderlich, die Ausbildung im geschützten Rahmen der Stiftung X._ zu absolvieren (vgl. ZAK 1982 S. 457 f. E. 1c, in dem das Eidg. Versicherungsgericht den Anspruch auf erstmalige berufliche Ausbildung bei einem IQ bis 89 bejahte).
4.2.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass bei der Beschwerdeführerin Geburtsgebrechen diagnostiziert wurden und sie infolgedessen an einem motorischen Hemisyndrom mit daraus resultierender Verlangsamung und einer Sprachstörung leidet. Damit liegen in körperlicher Hinsicht bleibende und schwerwiegendere gesundheitliche Beeinträchtigungen vor, die grundsätzlich geeignet sind, die Beschwerdeführerin in ihrer Ausbildungs- und Erwerbsfähigkeit zu beeinträchtigen.
4.2.2 In rechtlicher Hinsicht übersieht die Vorinstanz, dass sich die Notwendigkeit der streitigen Massnahme nicht nur aus dem gesundheitlichen Status ergibt, sondern dass sie in Verbindung mit den gestiegenen Anforderungen des heutzutage bestehenden ausgeglichenen Ausbildungsmarktes zu beurteilen ist. In dieser Hinsicht hat die Vorinstanz weder die bei den Akten liegenden Unterlagen gewürdigt noch entsprechende Feststellungen getroffen. Immerhin bejahten nebst dem Berufsberater der Invalidenversicherung (Antrag vom 22. November 2005, interne Mitteilung vom 16. Januar 2006) und den Fachpersonen der Stiftung X._ (Bericht vom 5. Dezember 2005 und Nachtrag in undatiertem Schreiben an den Rechtsdienst für Behinderte, Bericht vom 25. April 2007) auch der Klassenlehrer im 10. Schuljahr der Berufsfachschule Y._ (Bericht vom 10. August 2006) die Erforderlichkeit eines geschützten Ausbildungsplatzes, während die Arbeitsbestätigung vom 22. Mai 2006 über ein vier Wochen dauerndes Haushalt-Praktikum die Schwierigkeiten der Versicherten bei einer regulären Berufsausbildung illustriert. Die fehlenden vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen lassen sich auf Grund des Dossiers von Amtes wegen ergänzen (<ref-law>): Die aus den Vorakten klar hervorgehenden vielfachen und erheblichen Behinderungen der Beschwerdeführerin - u.a. ein Status nach durchgemachter Hirntumoroperation im Kleinkindalter mit nachfolgender Halbseitensymptomatik, eine leichte psychomotorische Verlangsamung, eine Einschränkung der rohen Kraft der rechten oberen Extremitäten, eine Beeinträchtigung der Feinmotorik der rechten Hand, eine diskrete Gangstörung, eine Sprachstörung - beeinträchtigen die für die Beschwerdeführerin nach ihren persönlichen Verhältnissen in Betracht fallenden Ausbildungs- und Erwerbsmöglichkeiten in offensichtlicher, aktenmässig klar belegter Weise. Die gegenteilig lautenden medizinischen Berichte vermögen hieran nichts zu ändern. Der Anspruch auf berufliche Massnahmen ist im Grundsatz ausgewiesen; die Beschwerdeführerin hat Anspruch auf Übernahme der invaliditätsbedingten Mehrkosten im Zusammenhang mit der in der Stiftung X._ absolvierten Lehre.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 21. Juli 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 27. Februar 2008 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Verwaltung zurückgewiesen, damit diese in masslicher Hinsicht über die invaliditätsbedingten Mehrkosten im Zusammenhang mit der bei der Stiftung X._ vom 1. August 2006 bis 31. Juli 2008 absolvierten erstmaligen beruflichen Ausbildung verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Dormann