Sachverhalt:
A. Der 1957 geborene und zuletzt vom 13. Oktober 2008 bis 10. März 2009 als Chauffeur tätig gewesene V._ meldete sich im Mai 2009 wegen den Folgen eines am 11. März 2009 erlittenen Stolpersturzes in einer Waschanlage erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach medizinischen und erwerblichen Abklärungen, wobei die IV-Stelle des Kantons Zürich die Unfallakten beizog und ein polydisziplinäres Gutachten beim medizinischen Abklärungszentrums X._ vom 8. Dezember 2010 einholte, verneinte sie mit Verfügung vom 29. April 2011 einen Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung.
B. Die hiegegen geführte Beschwerde des V._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 12. November 2012 ab.
C. V._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des Entscheids vom 12. November 2012 sei ihm ab 11. März 2010 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zur weiteren medizinischen Abklärung und erneuten Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen. Zudem lässt er um Vergütung der Kosten für die Zweitbeurteilung des Dr. med. B._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, Oberarzt für Traumafolgestörungen, ersuchen.
Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 8C_670/2011 vom 10. Februar 2012 E. 3.2 mit Hinweis).
2. 2.1 Im bundesgerichtlichen Verfahren dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Diese Bestimmung zielt auf Tatsachen ab, die erst durch den angefochtenen vorinstanzlichen Entscheid rechtserheblich werden. So darf sich die beschwerdeführende Person auf neue Tatsachen berufen, wenn sie der Vorinstanz eine Verfahrensverletzung vorwirft. Dasselbe gilt, wenn sich der Entscheid der Vorinstanz auf ein neues rechtliches Argument stützt, mit dem die Parteien zuvor nicht konfrontiert worden waren. Schliesslich gehören dazu auch Tatsachen, die erst für das bundesgerichtliche Verfahren erheblich werden, z.B. die Einhaltung der Beschwerdefrist. Unzulässig ist hingegen das Vorbringen neuer Tatsachen und Beweismittel, die bereits der Vorinstanz hätten unterbreitet werden können (<ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129). Vor Bundesgericht unzulässig ist ferner die Berufung auf Tatsachen oder Beweismittel, die sich nach dem angefochtenen Entscheid ereigneten oder die danach entstanden sind (echte Noven; <ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f. mit Hinweisen; zum Ganzen: Urteil 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 4.2.2).
2.2 Die letztinstanzlich eingereichte Stellungnahme des Dr. med. S._, Oberarzt, Leiter des Ambulatoriums für Folter- und Kriegsopfer des Spitals Y._, vom 30. November 2012, welche nach dem vorinstanzlichen Entscheid vom 12. November 2012 verfasst wurde, ist als echtes Novum im vorliegenden Verfahren daher unbeachtlich.
3. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) und zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) sowie zum Beweiswert von medizinischen Gutachten und Berichten (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 353) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Streitig ist, ob die Vorinstanz in Abweisung der Beschwerde einen Anspruch des Beschwerdeführers auf eine Rente der Invalidenversicherung zu Recht verneint hat oder nicht.
4.1 Die Vorinstanz ging gestützt auf das voll beweiskräftig erachtete Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ vom 8. Dezember 2010 davon aus, dass dem Beschwerdeführer eine leichte bis mittelschwere, rückenadaptierte Tätigkeit mit Heben und Tragen von Lasten nicht über 15 kg und ohne Arbeiten über Schulterhöhe vollumfänglich zumutbar ist. Die Limitierungen seien orthopädisch bedingt, in neurologischer und psychiatrischer Hinsicht sei kein Gesundheitsschaden mit Auswirkungen auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit erstellt. Gesamthaft resultiere ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad.
4.2 Nach Auffassung des Beschwerdeführers hat das kantonale Gericht damit in willkürlicher Beweiswürdigung den medizinischen Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, wobei einzig die Feststellungen zur psychischen Problematik und deren Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit im Streit stehen.
5. 5.1 Im psychiatrischen Teilgutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ vom 20. Oktober 2010 führte Frau Dr. med. E._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, aus, dass keine Hinweise auf eine posttraumatische Belastungsstörung (PTBS) oder eine Fehlverarbeitung von Kriegserlebnissen gefunden werden konnten. Der Versicherte sei über 14 Jahre lang beruflich gut integriert gewesen. Allein diese Tatsache spreche gegen eine ausgeprägte, die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigende, posttraumatische Belastungsstörung. Aber auch die demonstrativen, bewusstseinsnahen Symptombilder seien nicht in dieses Krankheitsbild einzuordnen. Ebenso wenig lägen Hinweise für eine affektive Erkrankung oder eine Depression vor.
5.2 In sämtlichen weiteren Arztberichten wurde übereinstimmend eine posttraumatische Belastungsstörung und eine dissoziative Störung diagnostiziert: Im Rahmen eines vom 4. August bis 29. Oktober 2009 dauernden Aufenthalts (mit integriertem psychiatrisch-neurorehabilitativen Therapieprogramm) in der Rehabilitationsklinik Z._ wurde eine chronifizierte posttraumatische Störung mit ausgeprägten dissoziativen Symptomen und chronifzierten Schmerzen infolge einer Kriegstraumatisierung (ICD-10 F43.1) festgestellt. Im Vordergrund stehe die komplexe Traumatisierung als junger Mann im Bürgerkriegsgeschehen in Sri Lanka. Unklar bleibe, wann das Vollbild einer posttraumatischen Belastungsstörung erstmals aufgetreten sei. Die bis zum Unfallgeschehen mehr oder weniger gelungene Lebensbewältigung weise auf einen zeitweise erfolgreich funktionierenden Abwehrmechanismus hin (psychiatrischer Bericht der Rehabilitationsklinik Z._ vom 29. Oktober 2009). Dr. med. S._, welcher im Bericht vom 5. Oktober 2010 angab, den Versicherten seit 29. Juli 2010 zu behandeln, diagnostizierte in psychiatrischer Hinsicht mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit ebenfalls eine seit Jahren bestehende posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10 F43.1) sowie eine gemischte dissoziative Störung (ICD-10 F44.7). Die Störung müsse trotz fluktuierendem Leidensdruck als langjährig chronifiziert angesehen werden, wobei durch den Bagatellunfall die latent oder mässig manifest vorhandene Symptomatik akut dekompensiert sei. Zum gleichen Ergebnis einer bis vor Jahren kompensierten posttraumatischen Belastungsstörung gelangte auch die vormals behandelnde Psychiaterin Dr. med. C._ in ihrem Bericht vom 28. Juli 2010. Am 10. Februar 2011 führte Dr. med. S._ überdies zu den gutachterlichen Schlussfolgerungen aus, eine einmalige Beurteilung reiche im Kontext von Traumafolgestörungen aufgrund des inhärenten Vermeidungsverhaltens oftmals nicht aus, um einen repräsentativen Eindruck über das Krankheitsgeschehen zu erhalten. In Anbetracht der Tatsache, dass der Versicherte als Regierungsoffizier tamilischer Herkunft der Natur des Bürgerkriegs entsprechend ungeheuren Konflikten ausgesetzt gewesen sei, verwundere es nicht, dass er in Gegenwart der tamilischen Dolmetscherin keine ausführlichen Äusserungen zu traumabezogenen Inhalten gemacht habe. Auch sei es entgegen den gutachterlichen Darlegungen der Frau Dr. med. E._ anamnestisch zu psychischen Auffälligkeiten bis hin zu einem Impulsdurchbruch gekommen, er sei damit nicht 14 Jahre lang ohne Reaktionen geblieben, vielmehr sei von einer knapp ausreichenden Kompensation auszugehen. Symptomarme Intervalle mit Vollmanifestation erst nach Bagatellereignissen seien bei der posttraumatischen Belastungsstörung nicht ein Ausschlusskriterium, sondern derart häufig, dass im amerikanischen Klassifikationssystem DSM-IV eine eigene Subdiagnose (Delayed-Onset-PTSD) eingeführt worden sei. Dr. med. B._ gelangte am 25. Mai 2011 im Rahmen einer vom Versicherten eingeholten Zweitbeurteilung ebenso zur Diagnose einer posttraumatischen Belastungsstörung sowie einer gemischten dissoziativen Störung. Im Weiteren wurde der Versicherte ambulant vom 17. Januar bis 5. Dezember 2011 am Zentrum P._ der psychiatrischen Klinik Q._ behandelt. Das kantonale Gericht liess einen Bericht (vom 22. Mai 2012) einholen, worin eine dissoziative Störung (Konversionsstörung), gemischt (ICD-10 F44.7) sowie verdachtsweise die Diagnosen einer posttraumatischen Belastungsstörung (ICD-10 F43.1) und einer rezidivierenden depressiven Störung, gegenwärtig mittelgradige Episode (ICD-10 F33.1) festgehalten wurden. Auf Aufforderung des Gerichts hin führten die Ärzte ergänzend hiezu im Bericht vom 25. September 2012 aus, es spreche für einen ungünstigen Verlauf, dass die Symptomatik bereits seit dreieinhalb Jahren bestehe. Im Behandlungszeitraum sei wegen der Schwere der Symptomatik höchstens eine Tätigkeit im geschützten Umfeld zu einem 50 %-Pensum möglich gewesen. Mit dieser Einschätzung einer limitierten Leistungsfähigkeit übereinstimmend, gingen auch die übrigen involvierten Psychiater von einer aufgrund der psychischen Störung eingeschränkten Arbeitsfähigkeit aus (Bericht des Dr. med. S._ vom 5. Oktober 2010, Austrittsbericht der Rehabilitationsklinik Z._ vom 5. November 2009, Bericht der Frau Dr. med. C._ vom 28. Juli 2010, Bericht des Dr. med. B._ vom 25. Mai 2011).
5.3 Es bestehen Divergenzen hinsichtlich der unterschiedlichen Beurteilung der psychiatrischen Leiden des Versicherten mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit zwischen dem Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ und sämtlichen übrigen involvierten Psychiatern, die einhellig zu einer anderen Beurteilung gelangten. Auch wenn dies allein noch nicht gegen die Zuverlässigkeit des Gutachtens des medizinischen Abklärungszentrums X._ spricht, hat es das kantonale Gericht jedoch insbesondere unterlassen, die von ihm eingeholten Berichte der psychiatrischen Klinik Q._ vom 22. Mai und 25. September 2012 (E. 5.2 hievor) den Experten des medizinischen Abklärungszentrums X._ (oder einer anderen Fachperson) zur Stellungnahme zu unterbreiten. Die sich auf den Behandlungszeitraum (17. Januar bis 5. Dezember 2011) beziehenden Berichte erlauben insofern Rückschlüsse auf die im Zeitpunkt des Abschlusses des Verwaltungsverfahrens am 29. April 2011 bestehende Situation (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 243 mit Hinweis; <ref-ruling> E. 1b in fine S. 366), als die anspruchsverneinende Verfügung in diesen Behandlungszeitraum fiel und das Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ vom 8. Dezember 2010 nur rund einen Monat vor Therapiebeginn erging. Indem sich die Vorinstanz über diese fachliche Einschätzung des Gesundheitszustands und der Arbeitsfähigkeit hinweggesetzt und auf weitere Abklärungen verzichtet hat, verletzte sie in bundesrechtswidriger Weise den Untersuchungsgrundsatz und die Beweiswürdigungsregeln (E. 1.2 hievor). Bei dieser Ausgangslage ist ein neues versicherungsexternes medizinisches Gutachten einzuholen. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde ist die Sache daher zur Einholung eines psychiatrischen Gerichtsgutachtens zur Klärung des Gesundheitszustandes des Versicherten und dessen Arbeitsfähigkeit in der angestammten und einer seinen gesundheitlichen Beschwerden angepassten Tätigkeit an die Vorinstanz zurückzuweisen (vgl. <ref-ruling> E. 4.4.1.4 S. 264). Nach erfolgter Begutachtung hat diese erneut über die Beschwerde zu entscheiden.
6. 6.1 Die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht zu erneuter Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine Parteientschädigung zu.
6. 6.1 Die Rückweisung der Sache an das kantonale Gericht zu erneuter Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine Parteientschädigung zu.
6.2 6.2.1 Schliesslich beantragt der Beschwerdeführer die Zusprechung der Kosten für den privat eingeholten Bericht des Dr. med. B._ vom 25. Mai 2011.
6.2.2 Unter dem Titel Parteientschädigung sind auch die notwendigen Kosten privat eingeholter Gutachten zu vergüten, soweit die Parteiexpertise für die Entscheidfindung unerlässlich war (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5c S. 63). Dem Bericht des Dr. med. B._ kommt indessen für die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Einholung eines medizinischen Obergutachtens keine massgebende Bedeutung zu, da dem Gutachten des medizinischen Abklärungszentrums X._ bereits aufgrund der übrigen medizinischen Akten kein voller Beweiswert hätte beigemessen werden dürfen, weshalb die IV-Stelle die entsprechenden Kosten nicht zu übernehmen hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. November 2012 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Mai 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Polla