Fatti:
A. Con accordo fiduciario del 31 gennaio 2003 X._ ha incaricato A._ SA di "amministrare a titolo fiduciario, a suo nome ma per conto e rischio del mandante, [...] la partecipazione del 3% del capitale azionario di fr. 1'560'000.-- della società B._ SA, [divenuta in seguito C._ SA]".
Sempre nel medesimo documento le parti hanno specificato che l'"amministrazione" era limitata all'intestazione dei beni alla fiduciaria, mentre "tutt'altro atto di amministrazione e gestione, rappresentanza in assemblea, incasso di interessi e dividendi" doveva essere "richiesto esplicitamente dal mandante".
A.a A seguito della disdetta del contratto, il 27 luglio 2005 A._ SA ha consegnato a X._ il certificato azionario di sua spettanza.
A.b Il 3 ottobre 2005 X._ si è rivolto alla fiduciaria chiedendo che gli venisse trasmessa tutta la documentazione relativa alla gestione della società durante il periodo del mandato.
A._ SA ha dato seguito a tale richiesta il 12 ottobre seguente, inviando a X._ copia dell'accordo fiduciario del 31 gennaio 2003, copia dei verbali delle assemblee ordinarie e straordinarie di C._ SA (tenutesi l'8 luglio 2004, l'11 gennaio 2005 e il 19 maggio 2005), così come i rapporti di revisione sui conti annuali chiusi il 31 dicembre 2003 e il 31 dicembre 2004.
B. Non soddisfatto, il 23 gennaio 2006 X._ ha promosso contro A._ SA un'azione di rendiconto giusta l'<ref-law>, facendo capo alla procedura prevista dall'<ref-law>/TI, volta a ottenere la consegna dei seguenti documenti:
1. Resoconto scritto su tutta l'attività fiduciaria svolta per conto del sig. X._, con indicazione di ogni atto compiuto da A._ SA come titolare del 70% del pacchetto azionario della C._ SA e quindi anche della quota del sig. X._, dal 31.1.2003 al 26.7.2005;
2. Copia di ogni contratto di acquisto, vendita, cessione e/o pegno concluso da A._ SA e relativo al pacchetto azionario della C._ SA, dal 31.1.2003 al 26.7.2005;
3. Copia di ogni corrispondenza o altro documento sottoscritto da A._ come azionista della C._ SA, dal 31.1.2003 al 26.7.2005;
4. Resoconto scritto su come, quando e con la sottoscrizione di quale documento sia avvenuto il deposito, e poi ogni prelievo, del pacchetto azionario della C._ SA presso l'avv. Y._ dal 31.1.2003 al 26.7.2005, con allegata copia della relativa documentazione;
5. Resoconto scritto su come i nuovi soci siano venuti in possesso delle quote azionarie, a quale prezzo e come si sia ovviato al diritto di prelazione previsto dal patto parasociale tra A._ SA e D._ SA del 31.1.2003;
6. Resoconto scritto su come e quando A._ SA sia tornata in possesso del 15% messo a disposizione dei nuovi investitori;
7. Resoconto scritto su come e quando A._ SA abbia acquistato un ulteriore 25% rispetto al citato patto parasociale;
8. Resoconto scritto sui termini della transazione con E._ SA ed il sig. Z._."
Il 2 febbraio 2006 A._ SA si è formalmente opposta a tale domanda, a norma dell'<ref-law>/TI, asserendo di aver già eseguito la prestazione, per quanto dovuta.
Udite le parti all'udienza di discussione del 7 aprile 2006 ed esaminati i documenti versati agli atti, il Segretario assessore della Pretura del Distretto di Lugano, sezione 1, ha stabilito che, contrariamente a quanto asserito in causa da A._ SA, il suo ruolo non si era limitato alla sola intestazione fiduciaria. Quale detentrice del 70% delle azioni B._ (fra cui vi era il 3% detenuto per conto di X._) essa ha infatti concluso un patto sociale con D._ SA (detentore del restante 30% delle azioni), ha depositato in custodia le azioni presso il notaio avv. Y._ e ha preso parte alle assemblee degli azionisti. Dagli atti è pure emerso che durante il periodo del mandato la compagine degli azionisti è mutata, la partecipazione di D._ essendo in un primo tempo diminuita e poi completamente cessata con contestuale subentro di nuovi azionisti (per un complessivo 5% del capitale azionario) e aumento di partecipazione di A._ SA al 95%. Il giudice ha poi constatato come l'affermazione di A._ SA, secondo la quale X._ aveva partecipato alle assemblee o alle trattative concernenti la cessione delle azioni ed era al corrente di tali operazioni, non abbia trovato alcun riscontro nelle tavole processuali. In siffatte circostanze egli ha quindi ammesso l'"immediata accertabilità" richiesta dall'<ref-law>/TI per le domande di resoconto n. 1, 4, 5 e 7 e per quelle concernenti la consegna di documenti formulate ai punti n. 2 prima parte e n. 3.

Considerato che solo una piccola parte del capitale azionario detenuto da A._ SA spettava a X._ (la parte restante essendo detenuta dalla società per conto proprio o di terzi), il giudice ha comunque escluso l'obbligo di rendiconto per le attività svolte da A._ SA solo per sé stessa o per conto di terzi che non fossero X._. Infine, per le domande di resoconto n. 6 e 8 e per quella concernente i documenti menzionati nella seconda parte della domanda n. 2 (vendita, cessione e/o pegno), ha rinviato X._ alla procedura ordinaria.
Con sentenza del 24 aprile 2006 egli ha dunque pronunciato:
1.1. È fatto obbligo alla A._ SA di consegnare a X._, nel termine di 20 giorni, un resoconto scritto per il periodo 31 gennaio 2003-26 luglio 2005:
- su tutta l'attività fiduciaria svolta per conto di X._, con indicazione di ogni atto compiuto da A._ SA come titolare anche della quota di X._. È data facoltà alla A._ di oscurare/non menzionare il nominativo di eventuali suoi altri mandanti;
- su come, quando e con la sottoscrizione di quale documentazione sia avvenuto il deposito, e poi ogni prelievo, del pacchetto azionario della C._ SA presso il notaio avv. Y._, limitatamente al deposito e/o i prelievi concernenti (solo, o anche) le azioni di proprietà di X._ intestate fiduciariamente a A._ SA, con allegata copia della relativa documentazione (è data facoltà a A._ SA di oscurare il nominativo di eventuali altri mandanti che compaiono su detta documentazione);
- su come i nuovi soci siano venuti in possesso delle quote azionarie, a quale prezzo e come si sia ovviato al diritto di prelazione previsto dal patto parasociale tra A._ SA e D._ SA del 31 gennaio 2003, nella misura in cui A._ SA ha agito in questi ambiti in qualità di intestataria fiduciaria (solo o anche) delle azioni di X._. È data facoltà alla A._ di oscurare/non menzionare il nominativo di eventuali suoi altri mandanti;
- su come e quando A._ SA abbia acquistato un ulteriore 25% rispetto al patto parasociale, nella misura in cui A._ ha agito in questo ambito in qualità di intestataria fiduciaria (solo o anche) delle azioni di X._. È data facoltà alla A._ di oscurare/non menzionare il nominativo di eventuali suoi altri mandanti.
1.2. È fatto obbligo alla A._ SA di consegnare a X._, nel termine di 20 giorni:
- copia di ogni contratto di acquisto concluso da A._ SA dal 31 gennaio 2003 al 26 luglio 2005 e relativo al pacchetto azionario della C._, nella misura in cui A._ ha agito in qualità di intestataria fiduciaria (solo o anche) delle azioni di X._. È data facoltà alla A._ di oscurare le generalità di eventuali altri suoi mandanti che compaiono su detta documentazione.
- copia di ogni corrispondenza o altro documento sottoscritto da A._ SA come azionista della C._ SA dal 31 gennaio 2003 al 26 luglio 2005, nella misura in cui A._ ha agito in qualità di intestataria fiduciaria (solo o anche) delle azioni di X._. È data facoltà a A._ SA di oscurare le generalità di eventuali altri mandanti che compaiono su detta documentazione.
2. L'opposizione interposta da A._ SA è rigettata limitatamente a quanto previsto nel dispositivo n. 1.1 e n. 1.2."
C. L'appello presentato da A._ SA contro questa pronunzia è stato respinto il 24 maggio 2007 dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, la quale ha in sostanza aderito alle considerazioni del giudice di primo grado.
D. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione dell'<ref-law>, dell'<ref-law>/TI nonché degli art. 9 e 29 Cost., A._ SA postula la modifica della sentenza impugnata nel senso di accogliere l'appello e, di conseguenza, accogliere l'opposizione da lei interposta contro l'azione di rendiconto promossa da X._.
Nella risposta del 14 settembre 2007 X._ ha proposto di respingere il ricorso nella misura in cui fosse ricevibile, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
2. La controversia verte su di un'azione di rendiconto ai sensi dell'<ref-law>, che nella prima parte del primo capoverso recita: "Il mandatario, ad ogni richiesta del mandante, è obbligato a render conto del suo operato".
Nel Canton Ticino due sono le vie procedurali che permettono di chiedere tale rendiconto: quella ordinaria e quella speciale disciplinata dall'<ref-law>/TI, applicata nell'attuale vertenza.
Con questa norma, entrata in vigore il 1° aprile 2001, è stata introdotta la possibilità di proporre nelle forme del procedimento esecutivo le azioni riguardanti casi di fattispecie immediatamente accertabili, in particolare le azioni di rendiconto di cui agli art. 400 cpv. 1, 418k cpv. 1 e 550 cpv. 2 del CO. Il legislatore cantonale ha infatti ritenuto che per fattispecie facilmente accertabili, quali potrebbero essere le azioni di rendiconto, la procedura ordinaria è troppo lunga e complessa e ha voluto istituire una procedura più diretta e celere, simile a quella prevista dal § 222 n. 2 del CPC/ZH (sentenza del 28 giugno 2005 nella causa 5P.40/2005 consid. 2, pubblicata in RtiD 2006 I n. 21c pag. 649; cfr. anche Francesco Trezzini, Zur Verwirklichung des Rechenschaft- und Rechnungslegungsanspruches durch ein rasches Verfahren, unter besonderer Berücksichtigung von art. 488a ZPO/TI, in: SZZP 2007 pag. 327-340). L'<ref-law>/TI prevede quindi che il precettato deve proporre la sua opposizione al pretore entro 10 giorni dall'intimazione del precetto e che la procedura è quella sommaria della Camera di consiglio ai sensi degli art. 361 segg. CPC/TI. Qualora invece la situazione di fatto non possa essere sufficientemente chiarita, il giudice, in sede di procedura di opposizione, rinvia le parti alla procedura ordinaria (<ref-law>/TI).
2.1 L'azione di rendiconto ex <ref-law>/TI viene decisa in una causa civile - e cioè in una procedura contraddittoria (cfr. <ref-law>/TI) che tende alla regolamentazione definitiva di diritti civili esistenti fra le parti - di carattere pecuniario. È infatti pecuniaria la causa che porta su un diritto patrimoniale o strettamente legato al patrimonio: le informazioni richieste sono manifestamente suscettive di divenire il fondamento di una causa civile di natura pecuniaria, quale ad esempio un'azione di risarcimento del danno o di consegna dell'utile (<ref-ruling> consid. 3b con rinvii).
Ora, giusta l'<ref-law> nelle cause di carattere pecuniario il ricorso in materia civile al Tribunale federale è ammissibile soltanto se il valore litigioso ammonta almeno a fr. 30'000.--. In concreto tale valore è raggiunto, dato che l'azione di rendiconto verte su informazioni relative all'intestazione a titolo fiduciario di una quota pari al 3% del capitale azionario di fr. 1'560'000.-- di C._ SA, rappresentante 47 azioni di nominali fr. 1'000.-- cadauna.
2.2 La procedura di cui all'<ref-law>/TI può avere un triplice esito: se la fattispecie facilmente accertabile giustifica la richiesta del procedente l'azione di rendiconto viene accolta, con relativa reiezione dell'opposizione al precetto esecutivo civile; se dalla fattispecie facilmente accertabile emerge il carattere illegittimo della richiesta del procedente l'azione di rendiconto viene respinta, con relativa conferma dell'opposizione al precetto esecutivo civile; infine, se la fattispecie non risulta facilmente accertabile il giudice rinvia il procedente alla procedura ordinaria, conformemente a quanto stabilito dall'<ref-law> (cfr. anche Francesco Trezzini, op. cit., pag. 338).
Si tratta di decisioni finali ai sensi dell'<ref-law>, giacché - tutte e tre - pongono fine al procedimento ex <ref-law>/TI (sulla nozione di decisione finale ai sensi dell'<ref-law> cfr. <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 631; sentenza del 20 novembre 2007 nella causa 4A_221/2007 consid. 3.1, destinata a pubblicazione).
La ricevibilità del ricorso in materia civile al Tribunale federale presuppone tuttavia anche l'esaurimento delle istanze cantonali (cfr. 75 LTF). Ciò significa che tale rimedio può entrare in linea di conto solo nelle prime due eventualità sopra descritte, mentre è escluso nella terza (quella contemplata dall'<ref-law>/TI), la causa potendo essere ancora sottoposta al giudice ordinario (cfr. sentenza del 28 giugno 2005 nella causa 5P.40/2005 consid. 2.4, pubblicata in RtiD 2006 I n. 21c pag. 649). La questione non necessita di essere ulteriormente dibattuta, dato che nel caso in esame il ricorso è rivolto contro la decisione di accogliere l'azione di rendiconto.
2.3 Tenuto conto di quanto appena esposto, il ricorso appare ricevibile, siccome interposto tempestivamente (<ref-law>) nella forma prevista dalla legge (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF).
3. In ingresso al proprio allegato la ricorrente dichiara esplicitamente di non voler contestare l'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata, giusta l'<ref-law>. Ciononostante, nel prosieguo essa si discosta ripetutamente dalla fattispecie accertata in sede cantonale e critica l'apprezzamento probatorio dei giudici ticinesi.
3.1 Giovi allora rammentare che, di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene solo se esso è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 (<ref-law>). È pertanto solo in questa stessa (ridotta) misura che l'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza cantonale può venir censurato in sede di ricorso (art. 97 cpv. 1 prima parte LTF); occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 seconda parte LTF).
I fatti accertati sono "manifestamente inesatti" quando l'istanza inferiore è incorsa nell'arbitrio, vietato dall'<ref-law> (cfr. <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 398). Per giurisprudenza invalsa, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2.1 con rinvii). Per quanto concerne più in particolare l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.1).
La parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata deve esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> (<ref-law>), altrimenti non si può tener conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella decisione impugnata. Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3).
3.2 Come preannunciato, la ricorrente si discosta dalla fattispecie contenuta nella pronunzia cantonale.
3.2.1 Dinanzi al Tribunale federale essa ribadisce ancora una volta "che il suo mandato consisteva nella mera intestazione fiduciaria delle azioni, mentre la gestione delle stesse azioni è stata esercitata in prima persona dal precettante, di persona o tramite terzi da lui autorizzati".
Si tratta di una tesi manifestamente contraddetta dai fatti accertati in sede cantonale, sui quali la ricorrente non spende una parola. Come già il giudice di primo grado, anche l'autorità giudiziaria superiore ticinese ha infatti constatato che le affermazioni della ricorrente sono rimaste senza riscontro probatorio. Nei vari verbali assembleari di C._ SA versati agli atti l'opponente/precettante non è infatti in alcun modo menzionato, né a titolo personale né siccome rappresentato da una persona di sua fiducia.
3.2.2 La ricorrente travisa inoltre la portata degli accertamenti contenuti nella sentenza impugnata laddove rimprovera alla Corte cantonale di porla "nella situazione paradossale di dover render conto di un mandato supplementare del quale essa contesta l'esistenza".
Contrariamente a quanto sembra voler sostenere la ricorrente, la Corte cantonale non ha accertato l'esistenza di un (ulteriore) mandato fra le parti avente per oggetto la gestione e l'amministrazione delle azioni. Al contrario: i giudici ticinesi hanno stabilito che "dagli atti neppure risulta che A._ SA abbia proceduto a quanto sopra descritto - andando oltre la semplice intestazione fiudiciaria delle azioni - sulla base di un altro mandato".
3.2.3 Da ultimo, in coda al suo allegato la ricorrente rimprovera ai giudici ticinesi di non aver tenuto nella debita considerazione il doc. E, nel quale l'opponente avrebbe riconosciuto di aver già ricevuto il rendiconto.
Si tratta evidentemente di una critica all'apprezzamento probatorio e all'accertamento dei fatti che poggia su di esso.
Sennonché, alla luce dei principi descritti sub 3.1, il risultato della valutazione delle prove operata dal giudice del merito non può essere criticato mediante il generico rinvio a un documento, senza nemmeno evocarne il preciso contenuto.
Si può comunque abbondanzialmente osservare come il documento citato dalla ricorrente non sia assolutamente idoneo ad avallare le sue affermazioni, trattandosi della rescissione del contratto significata dall'opponente il 25 luglio 2005.
3.3 Da quanto appena esposto discende che, in assenza di una censura contro l'accertamento dei fatti adeguatamente motivata, gli argomenti ricorsuali a questo riguardo non possono essere tenuti in nessuna considerazione.
4. Ai fini del giudizio sul gravame ci si riferirà pertanto ai fatti così come accertati nella sentenza impugnata, che possono essere così riassunti.
Tra il 31 gennaio 2003 e il 26 luglio 2005 le parti erano vincolate da un contratto di mandato avente per oggetto l'intestazione a nome della ricorrente del 3% del capitale azionario della B._ SA (divenuta in seguito C._ SA), appartenente all'opponente. Dalla documentazione agli atti è tuttavia emerso che durante questo stesso periodo la ricorrente, in veste di detentrice del 70% delle azioni della B._ SA, fra cui vi era anche la quota spettante all'opponente, ha proceduto a varie operazioni - già elencate nella parte dedicata alla presentazione della fattispecie, sub consid. B - in esito alle quali ha acquisito la titolarità del 95% del capitale azionario di C._ SA. Come il primo giudice, anche la massima istanza ticinese ha dunque concluso che l'affermazione della ricorrente secondo la quale essa si sarebbe limitata a prendere in consegna un certificato azionario per poi restituirlo all'opponente è stata manifestamente contraddetta dalle risultanze istruttorie. E proprio tale contraddizione fra i limiti del mandato affidato con l'accordo fiduciario e quanto poi di fatto eseguito dalla società ha indotto i giudici ticinesi a negare ch'essa abbia soddisfatto l'obbligo di rendiconto di cui all'<ref-law> mediante la documentazione consegnata dalla ricorrente il 12 ottobre 2005.
Posto che la fattispecie ha potuto essere accertata immediatamente, sulla sola scorta della documentazione agli atti, e considerata la chiarezza delle domande di causa, destinate a delucidare i motivi per i quali A._ SA sia andata oltre la semplice intestazione fiduciaria delle azioni a lei affidate, la Corte suprema ticinese ha confermato la decisione di dar seguito alle richieste dell'opponente, nei limiti esposti nel dispositivo del giudizio dell'autorità inferiore.
5. A mente della ricorrente questa decisione viola sia il diritto federale, segnatamente l'<ref-law>, che il diritto processuale cantonale, vale a dire l'<ref-law>/TI.
5.1 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto così come determinato dall'<ref-law> (diritto svizzero) e 96 LTF (diritto estero).
5.1.1 L'<ref-law> fa parte del diritto privato federale (<ref-law>), che il Tribunale federale applica d'ufficio (<ref-law>). Ciò significa che il Tribunale federale non è vincolato dai motivi indicati nel ricorso né dal valore giuridico attribuito ai fatti dall'autorità cantonale; può dunque accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli di cui si prevale la parte che ricorre, così come può respingerlo adottando un'argomentazione giuridica differente da quella esposta nel giudizio impugnato.
Ciononostante, tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF - che se disattesa può anche comportare l'inammissibilità del gravame (<ref-law>) - in linea di principio il Tribunale federale esamina solamente le censure sollevate; non è tenuto a esaminare tutte le questioni giuridiche che si pongono, come farebbe un'autorità di prima istanza (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 550).
5.1.2 Il diritto processuale cantonale non rientra fra i motivi di ricorso elencati dall'<ref-law>. Non va tuttavia dimenticato che il diritto federale include anche i diritti costituzionali dei cittadini. Come sotto l'egida dell'OG, è pertanto possibile far valere la violazione del divieto dell'arbitrio - garantito dall'<ref-law> - nell'interpretazione rispettivamente nell'applicazione del diritto cantonale.
Giusta l'<ref-law> la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale può però essere esaminata soltanto se il ricorrente ha sollevato e debitamente motivato tale censura; il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono i medesimi requisiti di motivazione (<ref-ruling> consid. 2). Ne discende che l'allegato ricorsuale deve indicare chiaramente i diritti costituzionali, rispettivamente cantonali, che si pretendono violati, precisando altresì in che consista tale violazione (<ref-ruling> consid. 6).
5.2 Gli argomenti che la ricorrente propone in merito all'asserita violazione dell'<ref-law> sono quelli già formulati in sede cantonale. E nonostante la Corte cantonale abbia chiaramente spiegato le ragioni che l'hanno indotta a disattenderli, la ricorrente fa astrazione dalle pertinenti considerazioni dei giudici ticinesi e ripropone le proprie tesi come se niente fosse.
5.2.1 Essa insiste infatti nel sostenere di aver perfettamente ossequiato l'incarico affidatole, giacché "il suo mandato consisteva nella mera intestazione fiduciaria delle azioni, mentre che la gestione delle stesse azioni è stata esercitata in prima persona dal precettante, di persona o tramite terzi da lui autorizzati".
Sennonché, come già spiegato al consid. 3.2.1, quest'affermazione è contraddetta dall'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata - e non debitamente contestato -, dal quale risulta che non è stato l'opponente bensì la ricorrente ad occuparsi della gestione delle azioni.
5.2.2 Lo stesso vale per il rimprovero mosso dalla ricorrente all'autorità ticinese per averla posta "nella situazione paradossale di dover render conto di un mandato supplementare del quale essa contesta l'esistenza".
È semmai vero, come già esposto sub consid. 3.2.2, che i giudici ticinesi hanno constatato che durante il periodo in cui ha detenuto le azioni la ricorrente ha oltrepassato i limiti del mandato ricevuto, indi per cui l'hanno obbligata a dar seguito alla richiesta dell'opponente di riferire sulle operazioni da lei eseguite in virtù del possesso (anche) delle sue azioni.
5.2.3 Questa decisione è perfettamente conforme all'<ref-law>. Come rettamente ricordato dai magistrati ticinesi, il diritto al rendiconto, che perdura anche dopo la conclusione del rapporto contrattuale (Walter Fellmann in: Berner Kommentar, n. 63), mira a permettere al mandante di disporre di tutte le informazioni necessarie per comprendere la situazione giuridica e decidere con cognizione di causa sull'esercizio dei suoi diritti, quale ad esempio la domanda tendente alla consegna di tutto quanto il mandatario ha ricevuto in forza del mandato (cosiddetta "Ablieferungspflicht") oppure una domanda di risarcimento danni (Walter Fellmann, op. cit., n. 15, 19). Si tratta di un processo informativo di natura preparatoria ad un successivo processo di merito (Francesco Trezzini, op. cit., pag. 327).
Per ovvi motivi, dottrina e giurisprudenza concedono al mandatario il diritto di ottenere tale resoconto in forma scritta (<ref-ruling> consid. 2; Walter Fellmann, op. cit., n. 30). L'insistenza della ricorrente nell'asseverare la violazione dell'<ref-law> per questo motivo è pretestuosa.
Si può infine osservare che le autorità ticinesi hanno adeguatamente tenuto conto degli interessi della ricorrente limitando il suo obbligo d'informazione all'attività svolta quale intestataria fiduciaria (solo o anche) delle azioni dell'opponente e garantendole il diritto di non menzionare i nomi di terzi fiducianti rispettivamente di oscurarli (Walter Fellmann, op. cit., n. 87).
5.3 In questa limitazione a suo favore delle domande dell'opponente da parte dell'autorità giudiziaria, la ricorrente ravvede invece una violazione dell'<ref-law>/TI.
5.3.1 Essa rimprovera al giudice di primo grado - il cui agire è stato confermato dalla seconda istanza - di essere caduto in contraddizione riconoscendo alle domande dell'opponente l'immediata accertabilità richiesta dall'<ref-law>/TI salvo poi rielaborarle nel dispositivo della sua decisione. Omettendo di esaminare questo argomento la Corte ticinese avrebbe violato l'<ref-law> La rielaborazione delle domande del procedente da parte del giudice sarebbe inoltre incompatibile con la procedura speciale di cui all'<ref-law>/TI, nell'ambito della quale il giudice può solo "ammettere le domande totalmente o parzialmente, rispettivamente respingerle totalmente o parzialmente, ma non può sostituirsi alle parti, nemmeno per ovviare alle loro deficienze di chiarezza dell'opponente".
Ancora una volta, l'argomentazione ricorsuale - a prescindere dalla questione della sua ammissibilità sotto il profilo della motivazione, contestata dall'opponente - è manifestamente infondata. La Corte ticinese ha ben spiegato che nel caso in esame sono del tutto chiari sia il mandato conferito alla qui ricorrente sia le richieste di rendiconto - per quanto eseguito andando oltre la semplice intestazione fiduciaria delle azioni - e che con la rielaborazione delle domande di causa il giudice non ha rimediato a deficienze di chiarezza né tantomeno ne ha modificato il contenuto. La rielaborazione, avvenuta nell'interesse della ricorrente, è la conseguenza dell'accoglimento parziale dell'azione. In queste circostanze non si vede in quale contraddizione sarebbe incorso il giudice.
Infine, la tesi secondo la quale una simile rielaborazione sarebbe incompatibile con la procedura dell'<ref-law>/TI non trova alcun conforto nel testo di legge, come osservato anche dall'opponente, né la ricorrente adduce argomenti suscettibili di dimostrare che la conclusione della Corte cantonale sarebbe manifestamente insostenibile.
5.3.2 Altrettanto infondata è la censura secondo la quale, violando l'<ref-law>, la Corte cantonale avrebbe omesso di esaminare la tesi della ricorrente per cui l'<ref-law>/TI troverebbe applicazione solo quando il mandatario rifiuta di procedere al rendiconto, non invece quando il mandatario sostiene di aver già eseguito la prestazione.
I giudici ticinesi hanno infatti chiarito che la ricorrente non può insistere nel affermare di "aver già eseguito la prestazione" allorquando dai documenti emerge chiaramente - ovvero può essere immediatamente accertato - che, servendosi (anche) delle azioni dell'opponente, essa ha eseguito operazioni in contrasto con i limiti del mandato affidatole, delle quali è chiamata a rendere conto. Dato ch'essa si oppone a tale richiesta, ci si trova proprio nella fattispecie contemplata dall'<ref-law>/TI.
6. In conclusione, nella ridotta misura in cui è ammissibile il ricorso in materia civile dev'essere respinto siccome manifestamente infondato.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 3'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.