Sachverhalt:
A.
A.a. Das Landgericht Uri verurteilte X._ am 4. März 2013 wegen versuchten Mordes, Gefährdung des Lebens und mehrfacher Widerhandlung gegen das Waffengesetz zu einer Freiheitsstrafe von 10 Jahren und einer Busse von Fr. 1'000.--. Die Genugtuungsforderung von A._ hiess es im Umfang von Fr. 10'000.-- und diejenige von B._ im Umfang von Fr. 500.-- gut. Zudem sprach es der C._Versicherung Fr. 15'382.75 Schadenersatz zu. Die Schadenersatzforderung von A._ verwies es auf den Zivilweg. Gegen dieses Urteil erhoben X._ und A._ Berufung und die Staatsanwaltschaft Anschlussberufung.
A.b. Das Obergericht des Kantons Uri erklärte X._ am 11. September 2013 des versuchten Mordes, der versuchten Tötung und der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz schuldig und auferlegte ihm eine Freiheitsstrafe von 15 Jahren sowie eine Busse von Fr. 1'000.--. Es sprach A._ eine Genugtuung von Fr. 25'000.-- zu. Im Übrigen bestätigte es im Zivilpunkt das erstinstanzliche Urteil.
Das Obergericht hält folgenden Sachverhalt für erwiesen:
B._ provozierte X._ in den frühen Morgenstunden des 4. Januar 2010 in dessen Nachtlokal U._ verbal. X._ verwies ihn in der Folge aus dem Lokal. Kurz darauf folgte er ihm emotional angespannt mit einer Pistole bewaffnet und gab vor dem Lokal aus einer Distanz von 10 bis 15 Metern einen gezielten Schuss in seine Richtung ab, ohne ihn allerdings zu treffen.
Y._ schoss am 12. November 2010 kurz nach Mitternacht mindestens drei Mal auf die von X._ getrennt lebende Ehefrau, A._, wodurch er diese lebensgefährlich verletzte. Y._ handelte im Auftrag von X._.
B.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 11. September 2013 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
C.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Uri und A._ beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht reichte eine Stellungnahme ohne Anträge ein. B._ und die C._Versicherung liessen sich nicht vernehmen. A._ stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer beanstandet, das ihm am 15. Mai 2014 übermittelte Verzeichnis der vorinstanzlichen Akten genüge den Anforderungen von Art. 100 Abs. 2 StPO nicht. Bezüglich der erstinstanzlichen Akten lasse sich auf dem ihm zugänglich gemachten elektronischen Datenträger überhaupt kein Aktenverzeichnis finden. Die Vorinstanz sei anzuhalten, brauchbare Aktenverzeichnisse einzureichen. Anschliessend sei ihm allenfalls Gelegenheit zu geben, die Beschwerde durch weitere Aktenzitate zu ergänzen.
Dafür besteht kein Anlass. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers existiert zu den erstinstanzlichen Akten ein Aktenverzeichnis. Der Beschwerdeführer hätte dieses bereits im vorinstanzlichen Verfahren oder spätestens während der laufenden Beschwerdefrist einfordern können. Die vorinstanzlichen Akten wurden dem Bundesgericht ohne detailliertes Aktenverzeichnis eingereicht. Die Akten sind allerdings wenig umfangreich. Sie wurden in Aktendossiers nach Themenbereichen systematisch abgelegt und sind auch ohne Aktenverzeichnis überschaubar. Für die Beweisführung sind sie zudem von beschränkter Bedeutung, nachdem die Vorinstanz nur wenige Beweisergänzungen vornahm. Diese sind im entsprechenden Dossier sofort auffindbar. Ob Art. 100 Abs. 2 StPO missachtet wurde, ist fraglich, da in einfachen Fällen von einem Verzeichnis abgesehen werden kann. Selbst wenn von einer Verletzung dieser Bestimmung auszugehen wäre, würde dies dem Beschwerdeführer kein Recht auf Ergänzung der Beschwerde verschaffen, da eine gehörige Begründung der Beschwerde innert Frist ohne Weiteres möglich war, wenn auch allenfalls mit geringfügig grösserem Aufwand.
2.
Der Beschwerdeführer führt aus, angesichts der kleinräumigen Verhältnisse im Kanton Uri, der massiven Vorverurteilung durch die Medien und dem damit einhergehenden vermeintlichen Erwartungsdruck des breiten Publikums stelle sich ernsthaft die Frage, ob die Unabhängigkeit der erkennenden Gerichte, insbesondere der Vorinstanz, noch gewahrt sein konnte. Sämtliche Mitglieder der Vorinstanz seien nebenamtlich als Richter tätig und bei ihrer anderweitigen Tätigkeit allenfalls auf das Wohlwollen des Publikums, mithin der Kundschaft, angewiesen.
Darauf ist nicht einzutreten, da der Beschwerdeführer keine Rüge formuliert, sondern lediglich Fragen aufwirft und die Möglichkeit einer fehlenden Unabhängigkeit in den Raum stellt. Ausstandsgründe macht er nicht geltend.
3.
Die Vorinstanz stellt für den Schuldspruch bezüglich des Vorfalls vom 4. Januar 2010 in erster Linie auf die Aussagen des Beschwerdegegners 3 ab, der gesehen haben will, wie der Beschwerdeführer auf ihn schoss, sowie kurz nach der Tat die Polizei kontaktierte und die Ereignisse schilderte. Ergänzend zieht sie die Aussagen von mehreren Auskunftspersonen gegenüber der Polizei heran. Als weiteres Indiz wertet sie eine DNA-Spur, die gemäss den Akten auf der am Tatort aufgefundenen Patronenhülse sichergestellt wurde und dem Beschwerdeführer zuzuordnen ist.
Bezüglich des Vorfalls vom 12. November 2010 wurde Y._ als Schütze identifiziert. Dessen Verurteilung durch das Landgericht Uri wegen versuchten Mordes erwuchs in Rechtskraft, da er die dagegen erhobene Berufung zurückzog (Urteil E. 9.3.1 S. 60). Die Vorinstanz berücksichtigt, dass die gleiche Waffe verwendet wurde wie für den Schuss auf den Beschwerdegegner 3 vom 4. Januar 2010. Sie stellt zudem auf die Aussagen von Y._ und D._ ab. Zusätzlich würdigt sie die Kontakte zwischen dem Beschwerdeführer und Y._ vor der Tat sowie den Umstand, dass Y._ den Beschwerdeführer nach der Tat aufsuchte und dieser ihn in der Folge nach Hause fahren liess. Schliesslich erkennt sie bezüglich des Beschwerdeführers verschiedene Tatmotive.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV, Art. 32 Abs. 2 BV, Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK, Art. 147 Abs. 1 und 4 StPO sowie sinngemäss von Art. 343 Abs. 3 StPO. Er wirft der Vorinstanz zudem Willkür bei der Beweiswürdigung vor. Diese habe zu Unrecht auf eine Befragung des Beschwerdegegners 3 verzichtet. Er habe das Konfrontationsrecht anlässlich der Konfrontationseinvernahme vom 5. Januar 2010 nicht effektiv wahrnehmen können, da er zum damaligen Zeitpunkt noch keine Akteneinsicht und folglich keine Kenntnis von den früheren Aussagen des Beschwerdegegners 3 gehabt habe. Auch habe er in der Folge erfahren, dass dieser im Zeitpunkt der ersten polizeilichen Einvernahme einen Blutalkoholgehalt von 2,58o/oo aufgewiesen, anlässlich einer Untersuchung im Mai 2010 an Halluzinationen gelitten und bereits bei anderer Gelegenheit Leute fälschlicherweise schwerer Verbrechen bezichtigt habe. Der Beschwerdegegner 3 sei zudem wenige Tage nach der Konfrontationseinvernahme zu ihm in die Bar gekommen und habe ihm bei einem gemeinsamen Bier gesagt, "es sei falsch gewesen, ihn zu belasten, aber er sei von der Polizei unter Druck gesetzt worden". Mangels Einholung des beantragten fachärztlichen Gutachtens könne nicht ausgeschlossen werden, dass der Beschwerdegegner 3 zum Zeugnis krankheitshalber ganz oder teilweise nicht fähig war. Die Vorinstanz masse sich an, dessen Geisteszustand selber beurteilen zu können, obschon sie diesen nie zu Gesicht bekommen habe. Unhaltbar sei, dass sie sich selbst auf Ersuchen hin nicht persönlich ein Bild des mehr als auffälligen Zeugen gemacht habe.
4.2.
4.2.1. Die beschuldigte Person hat gemäss Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK Anspruch auf Befragung der Belastungszeugen. Dieser Anspruch ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Er wird als Konkretisierung des rechtlichen Gehörs gemäss Art. 29 Abs. 2 BV auch durch Art. 32 Abs. 2 BV geschützt (<ref-ruling> E. 2.2 und 3.1; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.1; je mit Hinweisen). Damit die Verteidigungsrechte gewahrt sind, muss die Gelegenheit der Befragung angemessen und ausreichend sein und die Befragung tatsächlich wirksam ausgeübt werden können. Der Beschuldigte muss namentlich in der Lage sein, die Glaubhaftigkeit einer Aussage zu prüfen und den Beweiswert in kontradiktorischer Weise auf die Probe und infrage zu stellen (BGE <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen). Die Konfrontation kann entweder im Zeitpunkt der Aussage des Belastungszeugen erfolgen oder auch in einem späteren Verfahrensstadium (<ref-ruling> E. 6b mit Hinweisen). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung genügt es grundsätzlich, wenn der Angeschuldigte im Verlaufe des Strafverfahrens wenigstens einmal Gelegenheit erhält, den ihn belastenden Personen Ergänzungsfragen zu stellen, sei es vor Gericht oder aber im Laufe der Untersuchung. Unter besonderen Umständen kann es zur effektiven Wahrnehmung der Verteidigungsrechte indessen notwendig erscheinen, dem Beschuldigten, obwohl er im Untersuchungsverfahren mit belastenden Zeugen konfrontiert worden ist, vor Gericht die Gelegenheit zu einer ergänzenden Befragung einzuräumen. Dies ist insbesondere der Fall, wenn dem Angeschuldigten bei den Konfrontationseinvernahmen im Ermittlungsverfahren noch kein Verteidiger zur Seite stand (<ref-ruling> E. 5b; <ref-ruling> E. 2b/aa; je mit Hinweisen).
4.2.2. Der Beschwerdegegner 3 wurde am 4. Januar 2010 wenige Stunden nach der Tat sowie am 5. Januar 2010 polizeilich befragt. Ebenfalls am 5. Januar 2010 fand die Konfrontationseinvernahme mit dem Beschwerdeführer durch das damalige Verhöramt des Kantons Uri statt. Der Beschwerdeführer war anlässlich dieser Einvernahme anwaltlich vertreten. Er erhielt die Gelegenheit, Ergänzungsfragen zu stellen, wovon sein Verteidiger auch Gebrauch machte.
4.2.3. Der Beschwerdeführer hatte im Zeitpunkt der Konfrontationseinvernahme vom 5. Januar 2010 zwar noch keine Akteneinsicht. Dies schadete dem Konfrontationsanspruch vorliegend insofern nicht, als der Beschwerdegegner 3 seine belastenden Aussagen vor dem Verhöramt wiederholte. Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer konnte sein Konfrontationsrecht daher effektiv wahrnehmen. Die gegen ihn erhobenen Vorwürfe wurden ihm zudem bereits anlässlich einer polizeilichen Einvernahme vom Vortag eröffnet. Er wusste vor der Konfrontationseinvernahme daher, was ihm vorgeworfen wird. Er legt nicht dar, bezüglich welcher Anschuldigungen sein Recht auf Konfrontation missachtet worden sein könnte. Widersprüche in den verschiedenen Aussagen des Beschwerdegegners 3 macht er ebenfalls nicht geltend. Anlässlich der Konfrontationseinvernahme kamen auch die starke Alkoholisierung des Beschwerdegegners 3 sowie dessen Alkoholkonsum zur Sprache. Der Beschwerdeführer wusste entgegen seinen Vorbringen bereits zum damaligen Zeitpunkt, dass der Beschwerdegegner 3 anlässlich der Einvernahme vom 4. Januar 2010 einen Alkoholisierungsgrad von 2,58o/oo aufwies (Akten Staatsanwaltschaft, act. 2/6 S. 8). Damit wurde der Anspruch des Beschwerdeführers auf Konfrontation mit dem Belastungszeugen gewahrt.
4.2.4. Ein Anspruch auf erneute Konfrontation mit dem Belastungszeugen besteht nur unter besonderen Umständen (oben E. 4.2.1), die vorliegend nicht gegeben sind. Ob der Beschwerdegegner 3 im Betäubungsmittelverfahren, in das er später involviert war, wie vom Beschwerdeführer behauptet, nicht die Wahrheit sagte, tut im vorliegenden Zusammenhang nichts zur Sache. Es kommt in erster Linie auf die Glaubhaftigkeit der einzelnen Aussagen an und nicht auf die allgemeine Glaubwürdigkeit des Zeugen (vgl. <ref-ruling> E. 4.3). Im Übrigen lässt sich die Behauptung des Beschwerdeführers, der Beschwerdegegner 3 habe bewusst falsche Anschuldigungen erhoben, nicht belegen. Aus dem vom Beschwerdeführer zitierten Einvernahmeprotokoll geht lediglich hervor, dass in den Effekten des Beschwerdegegners 3 eine Aufzeichnung sichergestellt wurde, in welcher dieser Angaben dazu machte, wie und welche Drogen von einem gewissen "Carlos" in die Schweiz importiert wurden. Der Beschwerdegegner 3 gab dazu auf Frage der Ermittlungsbehörden an, er habe die Aufzeichnung aufgrund der Angaben einer Drittperson erstellt, die aber gerne "schwatze". Er wisse nicht, wie genau diese Angaben stimmen würden (Akten Staatsanwaltschaft, act. 8/7/2, Ziff. 25-27). Aus der vom Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang ebenfalls angerufenen Stellungnahme der Staatsanwaltschaft vom 14. August 2012 ergibt sich, dass den Hinweisen auf Drogengeschäfte nicht weiter nachgegangen wurde, da diese weder einen Bezug zum Kanton Uri noch zum dort hängigen Betäubungsmittelverfahren betreffend eine Amphetaminlieferung oder den dort involvierten Personen hatten und der vom Beschwerdegegner 3 erwähnte "Carlos" auch sonst nicht bekannt war (Akten Vorinstanz, act. 3.4 S. 3). Die Staatsanwaltschaft erwähnt darin zudem, dass das Betäubungsmittelverfahren gegen den Beschwerdegegner 3 eingestellt wurde, da sich die anfänglich bestehenden Verdachtsgründe im Verlaufe des Verfahrens vollständig entkräftet hätten (Akten Vorinstanz, act. 3.4 S. 2).
Bezüglich des Einwands des Beschwerdeführers, der Beschwerdegegner 3 habe seine Aussagen zurücknehmen wollen, legt die erste Instanz - auf deren Ausführungen die Vorinstanz verweist - zu Recht dar, dass dieser entgegen einer Ankündigung des Beschwerdeführers im Januar 2010 nie beim damaligen Verhöramt vorstellig wurde und sich auch in der Folge als Privatkläger am Verfahren beteiligte (Urteil E. 8.4.3 S. 38; erstinstanzliches Urteil E. 3.5.4 S. 32). Anhaltspunkte, dass der Beschwerdegegner 3 von der Polizei zu falschen Anschuldigungen gezwungen wurde, liegen nicht vor. Den Aussagen von E._ vom 13. Januar 2010 kann vielmehr entnommen werden, dass er dieser gegenüber den Beschwerdeführer bereits unmittelbar nach der Tat und noch vor der ersten Einvernahme durch die Polizei als Schützen bezeichnete und ihr die Tat im Wesentlichen identisch wie auch später im Strafverfahren schilderte (Akten Staatsanwaltschaft, act. 2/9). Der Beschwerdeführer setzt sich damit nicht auseinander. Der Hinweis, der Beschwerdegegner 3 habe seine Aussagen zurücknehmen wollen, deutet zudem nicht zwingend auf Falschaussagen hin. Er kann auch dahingehend verstanden werden, dass dieser den Beschwerdeführer im Nachhinein lieber nicht angezeigt und - obschon wahrheitsgemäss - belastet hätte. Der Beschwerdegegner 3 brachte auch anlässlich der Befragungen zum Ausdruck, dass er diesem nicht grundsätzlich schlecht gesinnt war. Der konventionsrechtliche Konfrontationsanspruch wird durch die Vorbringen des Beschwerdeführers nicht tangiert.
4.3.
4.3.1. Unbegründet ist auch der Einwand, die Vorinstanz hätte ein Gutachten zum Gesundheitszustand des Beschwerdegegners 3 einholen müssen. Dessen Aussagen vom 4. Januar 2010 sind schlüssig und sehr detailliert. Der Beschwerdegegner 3 kontaktierte sofort nach der Tat die Polizei. Er gab an, den Beschwerdeführer eindeutig als den Schützen erkannt zu haben und sich dessen sicher zu sein. Er konnte sich beispielsweise auch die silbrige Farbe der Tatwaffe merken. Er berichtete zudem nicht bloss von der Schussabgabe, sondern auch von den Ereignissen vor und nach dem Vorfall. Anlässlich der Befragungen vom 5. Januar 2010 machte er identische Aussagen, wozu er offensichtlich nicht in der Lage gewesen wäre, wenn er sich aufgrund seines Alkoholkonsums bereits am Vortag nicht an das Vorgefallene hätte erinnern können bzw. wenn er damals nicht einvernahmefähig gewesen wäre. Seine Angaben lassen sich zudem über weite Strecken anhand derjenigen des Beschwerdeführers und der Auskunftspersonen überprüfen. So bestätigten etwa auch der Beschwerdeführer und F._ verschiedene Schilderungen des Beschwerdegegners 3 im Zusammenhang mit den Geschehnissen vor der Schussabgabe in der Bar des Beschwerdeführers. Der Schuss wurde von mehreren Personen gehört. G.A._ sagte am 5. Januar 2010 in Übereinstimmung mit dem Beschwerdegegner 3 aus, dieser sei nach dem Schuss davon gerannt, beim Container des Restaurants V._ hingefallen, aber sogleich wieder aufgestanden. Schliesslich wurde am vom Beschwerdegegner 3 bezeichneten Standort des Schützen die Patronenhülse gefunden. Der Beschwerdegegner 3 war daher offensichtlich in der Lage, trotz seines Alkoholkonsums stimmige und detaillierte Angaben zu machen. Anders lassen sich seine wiederholten identischen Aussagen nicht erklären.
Die Vorinstanz verweist zudem zutreffend auf den Bericht von Dr. med. H._ vom 10. August 2010. Daraus geht hervor, dass die vom Beschwerdeführer angesprochenen optischen Halluzinationen des Beschwerdegegners 3 in der Untersuchungshaft Monate später am ehesten einer sog. Alkoholhalluzinose entsprachen, die auf den Alkoholentzug zurückzuführen ist, und dass bei diesem keine konkreten Hinweise für einen Missbrauch von Betäubungsmitteln gefunden wurden (Urteil E. 8.4.3 S. 39; Akten Staatsanwaltschaft, act. 8/7/3). Bei dieser Sachlage durfte die Vorinstanz ohne Willkür auf die Einholung des beantragten Gutachtens zum Gesundheitszustand des Beschwerdegegners 3 verzichten.
4.3.2. Das vom Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren neu eingereichte Schreiben von Dr. med. I._ vom 15. Mai 2014 vermag daran nichts zu ändern. Darin wird Kritik an einzelnen Aussagen des Gerichts geübt (S. 1 f.), ohne jedoch auf die konkreten Umstände und die vorinstanzliche Gesamtwürdigung einzugehen. Der Vorinstanz wird zudem vorgeworfen, die Auswirkungen des vermutlich chronischen starken Alkoholkonsums auf den Beschwerdegegner 3 nicht genau untersucht zu haben (S. 1). Dies war für die zu beurteilende Frage von dessen Einvernahmefähigkeit und Glaubwürdigkeit wie dargelegt (oben E. 4.3.1) nicht zwingend. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Offenbleiben kann, ob das Schreiben im bundesgerichtlichen Verfahren überhaupt als Novum entgegenzunehmen ist (vgl. Beschwerdeantwort Beschwerdegegnerin 2 Ziff. 11).
4.4. Zu prüfen bleibt, ob der Verzicht der Vorinstanz auf eine Vorladung des Beschwerdegegners 3 auch mit der StPO vereinbar ist.
4.4.1. Art. 343 Abs. 3 StPO verpflichtet das Gericht im Vorverfahren ordnungsgemäss erhobene Beweise nochmals zu erheben, sofern die unmittelbare Kenntnis des Beweismittels für die Urteilsfällung notwendig erscheint. Die Bestimmung verankert ein beschränktes Unmittelbarkeitsprinzip (Hans Mathys, Erstinstanzliches Hauptverfahren - Berufungsverfahren, in: Schweizerische Strafprozessordnung, Ausgewählte Aspekte aus Zürcher Sicht, 2010, S. 134; Niklaus Schmid, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, N. 1 zu Art. 343 StPO; Ders., Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl. 2013, N. 1329; Michael Leupold, Die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007, Entstehung - Grundzüge - Besonderheiten, BJM 2008, S. 257). Dieses erleichtert dem Gericht die Beweiswürdigung durch den unmittelbaren Eindruck, den es von den Beweismitteln erhält, wie etwa durch die Mimik und die nonverbale Kommunikation bei Zeugenaussagen oder durch Augenscheine (vgl. Leupold, a.a.O., S. 255).
Das Rechtsmittelverfahren beruht gemäss Art. 389 Abs. 1 StPO auf den Beweisen, die im Vorverfahren und im erstinstanzlichen Hauptverfahren erhoben worden sind. Art. 343 Abs. 3 StPO verankert in den dort erwähnten Fällen daher eine (einmalige) Unmittelbarkeit im erstinstanzlichen Verfahren, in der Regel jedoch keine solche für das Rechtsmittelverfahren (Urteil 6B_78/2012 vom 27. August 2012 E. 3; SCHMID, Praxiskommentar, a.a.O., N. 1 zu Art. 389 StPO; DERS., Handbuch, a.a.O., N. 1482). Beweisabnahmen des erstinstanzlichen Gerichts sind im Rechtsmittelverfahren jedoch zu wiederholen, wenn Beweisvorschriften verletzt worden sind, die Beweiserhebungen unvollständig waren oder die Akten über die Beweiserhebungen unzuverlässig erscheinen (Art. 389 Abs. 2 lit. a-c StPO). Eine unmittelbare Beweisabnahme im Rechtsmittelverfahren hat gemäss Art. 343 Abs. 3 i.V.m. Art. 405 Abs. 1 StPO auch zu erfolgen, wenn eine solche im erstinstanzlichen Verfahren unterblieb oder unvollständig war und die unmittelbare Kenntnis des Beweismittels für die Urteilsfällung notwendig erscheint. Art. 343 Abs. 3 StPO gelangt insofern auch im Rechtsmittelverfahren zur Anwendung (vgl. Urteil 6B_484/2012 vom 11. Dezember 2012 E. 1.2). Weiter kann eine unmittelbare Beweisabnahme durch das Berufungsgericht in den Fällen von Art. 343 Abs. 3 StPO erforderlich sein, wenn dieses von den erstinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen abweichen will (vgl. Urteil 6B_383/2012 vom 29. November 2012 E. 7.2; VIKTOR LIEBER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/ Lieber [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 6 zu Art. 389 StPO; THOMAS MAURER, in: Kommentierte Textausgabe zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Goldschmid/Maurer/Sollberger [Hrsg.], 2008, S. 382). Zudem gilt auch im Rechtsmittelverfahren der Wahrheits- und Untersuchungsgrundsatz ( SCHMID, Praxiskommentar, a.a.O., N. 1 zu Art. 389 StPO).
4.4.2. Eine unmittelbare Abnahme eines Beweismittels ist notwendig im Sinne von Art. 343 Abs. 3 StPO, wenn sie den Ausgang des Verfahrens beeinflussen kann. Dies ist namentlich der Fall, wenn die Kraft des Beweismittels in entscheidender Weise vom Eindruck abhängt, der bei seiner Präsentation entsteht, beispielsweise wenn es in besonderem Masse auf den unmittelbaren Eindruck einer Zeugenaussage ankommt, so wenn die Aussage das einzige direkte Beweismittel (Aussage gegen Aussage) darstellt (Urteil 6B_139/2013 vom 20. Juni 2013 E. 1.3.2 mit Hinweis). Alleine der Inhalt der Aussage einer Person (was sie sagt), lässt eine erneute Beweisabnahme nicht notwendig erscheinen. Massgebend ist, ob das Urteil in entscheidender Weise von deren Aussageverhalten (wie sie es sagt) abhängt (Urteil 6B_970/2013 vom 24. Juni 2014 E. 2.1 mit Hinweis auf MAX HAURI, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 21 zu Art. 343 StPO). Das Gericht verfügt bei der Frage, ob eine erneute Beweisabnahme erforderlich ist, über einen Ermessensspielraum (Urteil 6B_970/2013 vom 24. Juni 2014 E. 2.1 mit Hinweisen).
4.4.3. Beim Beschwerdegegner 3 handelt es sich um den Hauptbelastungszeugen. Zwar lassen sich seine Aussagen weitgehend anhand der Angaben der Auskunftspersonen verifizieren. Jedenfalls hinsichtlich der ebenfalls zentralen und streitigen Frage nach der Schussrichtung stellt die Vorinstanz jedoch ausschliesslich auf die Aussagen des Beschwerdegegners 3 ab (Urteil S. 55 f.). Zumindest diesbezüglich liegt eine eigentliche "Aussage gegen Aussage"-Situation vor. Dieser Umstand sowie die Bedeutung der Aussagen des Beschwerdegegners 3 als Hauptbelastungszeugen für den Ausgang des Verfahrens und die Schwere der Tatvorwürfe lassen eine unmittelbare Beweisabnahme durch das Gericht für die Urteilsfällung im Sinne von Art. 343 Abs. 3 StPO als notwendig erscheinen. Die Voraussetzungen von Art. 343 Abs. 3 StPO sind daher erfüllt.
4.4.4. Der Beschwerdegegner 3 leistete der Vorladung des Landgerichts Uri zur Befragung als Auskunftsperson keine Folge. Da er an der von ihm bezeichneten Adresse unbekannt war, wurde er durch öffentliche Bekanntmachung (Art. 88 StPO) vom 21. September 2012 zu einer Befragung vom 9. Oktober 2012 vorgeladen (Akten Landgericht Uri, act. 01.33). Sein damaliger Rechtsanwalt teilte dem Landgericht Uri am 4. Oktober 2012 mit, dass er bereits seit einiger Zeit keinen Kontakt mehr zu seinem Klienten habe herstellen können (Akten Landgericht Uri, act. 01.74). Die weiteren Nachforschungen des Landgerichts Uri ergaben, dass sich der Beschwerdegegner 3 möglicherweise im Ausland in Haft befindet (Akten Landgericht Uri, act. 01.31 und 01.125; Beschwerde Ziff. 50 S. 35).
Nachdem der Beschwerdegegner 3 vor erster Instanz nicht erschienen war, hätte die Vorinstanz nochmals alles in ihrer Macht stehende unternehmen müssen, um eine gerichtliche Befragung vornehmen zu können. Da auch im obergerichtlichen Verfahren sämtliche verfahrensleitenden Schreiben an diesen mangels Zustellmöglichkeit an der bezeichneten Adresse retourniert wurden (vgl. act. 23 S. 3), hätte sie hierzu nebst konkreten Abklärungen zu seinem Aufenthaltsort insbesondere auch von der in Art. 210 Abs. 1 StPO vorgesehenen Möglichkeit Gebrauch machen und diesen für eine gewisse Zeit zur Fahndung ausschreiben müssen. Stattdessen wies sie den Antrag des Beschwerdeführers auf Befragung des Beschwerdegegners 3 ab und stellte diesem als Privatkläger die Teilnahme an der zweitinstanzlichen Verhandlung frei, womit sie Art. 343 Abs. 3 i.V.m. Art. 405 Abs. 1 StPO verletzte.
4.4.5. Erachtet das Gericht eine erneute Erhebung eines Beweises nach Art. 343 Abs. 3 StPO als notwendig und ist das Beweismittel aus rechtlichen oder tatsächlichen Gründen nicht mehr erreichbar, weil der Zeuge zum Beispiel verstorben oder unbekannten Aufenthalts ist, sind die zuvor ordnungsgemäss erhobenen Beweise trotzdem verwertbar ( GUT/FINGERHUTH, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 32 zu Art. 343 StPO; SCHMID, Praxiskommentar, a.a.O., N. 9 zu Art. 343 StPO; DERS., Handbuch, a.a.O., N. 1331). Das Gericht hat diese allerdings besonders vorsichtig und zurückhaltend zu würdigen (vgl. SCHMID, Praxiskommentar, a.a.O., N. 9 zu Art. 343 StPO; DERS., Handbuch, a.a.O., N. 1331). Notwendig im Sinne von Art. 343 Abs. 3 StPO bedeutet daher nicht, dass auf die früheren, in Berücksichtigung des Konfrontationsanspruchs erhobenen Aussagen eines Belastungszeugen nicht abgestellt werden darf, wenn eine gerichtliche Befragung nicht möglich ist.
Kann der Aufenthaltsort des Beschwerdegegners 3 trotz entsprechender Anstrengungen innert nützlicher Frist nicht ausfindig gemacht und sein Erscheinen zur gerichtlichen Einvernahme nicht bewirkt werden, hat dies nicht die Unverwertbarkeit von dessen Aussagen im Vorverfahren zur Folge. Die Vorinstanz hat für diesen Fall jedoch besonders sorgfältig und anhand der verwertbaren Aussagen der Auskunftspersonen, insbesondere etwa den belastenden Aussagen von F._, zu begründen, weshalb der Beschwerdeführer der Schütze war, und bezüglich der Schussrichtung in Anwendung des Grundsatzes in dubio pro reo nötigenfalls von einem für den Beschwerdeführer günstigeren Sachverhalt auszugehen.
Was unter einer nützlichen Frist für Nachforschungen zum Aufenthaltsort eines Zeugen zwecks gerichtlicher Befragung zu verstehen ist, hängt von den konkreten Umständen und der Bedeutung der Aussagen für den Ausgang des Verfahrens ab, wobei auch das in Art. 29 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK sowie Art. 5 StPO verankerte Beschleunigungsgebot zu berücksichtigen ist. Vorliegend hätte die Vorinstanz den Hinweisen zum Aufenthaltsort des Beschwerdegegners 3 weiter nachgehen und diesen zumindest für kurze Zeit zur Fahndung ausschreiben müssen.
4.4.6. Die Rüge des Beschwerdeführers ist bezüglich der sinngemäss geltend gemachten Missachtung von Art. 343 Abs. 3 StPO begründet.
4.5. In welcher Hinsicht Art. 147 StPO verletzt sein könnte, ist hingegen nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht rechtsgenügend dargetan. Die Einvernahmen des Beschwerdegegners 3 in Abwesenheit des Beschwerdeführers fanden vor Inkrafttreten der StPO statt. Art. 147 StPO war daher nicht anwendbar. Verfahrenshandlungen, die vor Inkrafttreten der StPO angeordnet oder durchgeführt worden sind, behalten ihre Gültigkeit (Art. 448 Abs. 2 StPO).
5.
5.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Aussagen der Auskunftspersonen F._ sowie G.A._ und G.B._ seien unverwertbar, da nie eine formelle Zeugenbefragung stattgefunden und er nie die Gelegenheit gehabt habe, diesen Personen Fragen zu stellen. Die Vorinstanz gehe zu Unrecht davon aus, er habe auf das Konfrontationsrecht verzichtet.
5.2. Auf das Konfrontationsrecht kann verzichtet werden. Der Beschuldigte kann den Behörden grundsätzlich nicht vorwerfen, gewisse Zeugen zwecks Konfrontation nicht vorgeladen zu haben, wenn er es unterlässt, rechtzeitig und formgerecht entsprechende Anträge zu stellen (<ref-ruling> E. 6c/bb; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 5b; Urteile 6B_510/2013 vom 3. März 2014 E. 1.3.2; 6B_373/2010 vom 13. Juli 2010 E. 3.3; 6B_521/2008 vom 26. November 2008 E. 5.3.1). Der Beschuldigte verwirkt sein Recht auf die Stellung von Ergänzungsfragen nicht dadurch, dass er es erst im Rahmen der Berufung geltend macht (Urteile 6B_98/2014 vom 30. September 2014 E. 3.4; 6B_510/2013 vom 3. März 2014 E. 1.3.2 mit Hinweisen).
5.3. Die Vorinstanz nimmt bezüglich der Auskunftspersonen bundes- und völkerrechtskonform einen Verzicht des Beschwerdeführers auf das Konfrontationsrecht an. Dieser hätte spätestens im vorinstanzlichen Verfahren eine Zeugenbefragung beantragen müssen, was er nicht tat. Stattdessen beschränkte er sich darauf, in seinem Parteivortrag die Unverwertbarkeit der Aussagen zu plädieren. Im Übrigen legt er selber dar, dass er - nachdem er im Juli 2010 Aktenkenntnis erhielt - darauf verzichtet habe, eine Konfrontation zu beantragen, da er sich keine weiteren brauchbaren Entlastungen mehr habe erhoffen können (Beschwerde S. 30). Seine Befürchtung, die Auskunftspersonen könnten zwischenzeitlich durch die Medienberichterstattung beeinflusst worden sein (vgl. Beschwerde S. 30), lässt sich allerdings nicht nachvollziehen, zumal die von ihm geschilderte Vorverurteilung in den Medien den Vorfall vom 12. November 2010 betraf (vgl. Beschwerde S. 3). Dass die Aussagen der Auskunftspersonen nicht nur entlastend, sondern in erster Linie auch belastend sein konnten, lag entgegen seinen Ausführungen auf der Hand. Dem Beschwerdeführer war zudem spätestens nach dem erstinstanzlichen Entscheid klar, dass die Aussagen der Auskunftspersonen gegen ihn verwendet werden konnten, weshalb er im vorinstanzlichen Verfahren eine Konfrontation hätte beantragen können. Die Rüge ist unbegründet.
6.
6.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verwertbarkeit der auf der verschossenen Patronenhülse sichergestellten DNA-Spur. Er macht geltend, der Polizeibeamte, der in eigener Regie die Spurensicherung ab der Patronenhülse vorgenommen habe, sei ihm noch wenige Monate vor der Tat in einem Strafverfahren als Beschuldigter gegenübergestanden und hätte aufgrund seiner Befangenheit in den Ausstand treten müssen. Zudem lägen diesbezüglich konkrete Hinweise auf Unregelmässigkeiten bei der Untersuchung vor. Eine formelle Zeugenbefragung des Polizeibeamten habe nicht stattgefunden. Die Vorinstanz weiche weiter willkürlich vom Gutachten des Forensischen Instituts (FOR) der Kantonspolizei Zürich ab. Daraus gehe hervor, dass ein Überleben von DNA auf einer Patrone nach der Schussabgabe nur bei starker Kontamination mit Speichel möglich sei. Von den insgesamt sechs Möglichkeiten für die DNA-Spur auf der Patronenhülse wähle sie die ihn belastende Erklärung, die gemäss dem Gutachten "eher unwahrscheinlich" sei.
6.2.
6.2.1. Entgegen den Andeutungen des Beschwerdeführers (Beschwerde S. 21 f.) kann dem Faxschreiben vom 12. August 2013 kein Antrag auf Zeugenbefragung des Polizeibeamten entnommen werden. Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers führt darin lediglich aus, "allenfalls stelle sich sogar die Frage", ob die Polizeibeamten nicht schriftlich, sondern "direkt als Zeugen befragt werden müssten" (Akten Vorinstanz, act. 2.8). Der Vorinstanz kann daher nicht zum Vorwurf gemacht werden, dass sie diese nicht als Zeugen einvernahm, sondern lediglich schriftlich befragte.
6.2.2. Gemäss dem Bericht des FOR vom 26. Juni 2013 wurde auf den 20 bis 40 von diesem untersuchten Patronenhülsen keine verwertbare DNA-Spur sichergestellt. Versuche mit absichtlich durch humanen Speichel kontaminierten Patronen hätten ergeben, dass ein Überleben der DNA während der Schussabgabe nur bei starker Kontamination möglich sei (Akten Vorinstanz, act. 5.2). Im Bericht vom 8. August 2013 äussert sich das FOR zu den Möglichkeiten, wie die DNA des Beschwerdeführers auf die Patronenhülse gelangt sein könnte. Als erste Hypothese erwähnt es dabei, dass der Beschwerdeführer vor dem Schuss intensiven Kontakt mit der Patrone hatte und die DNA die Hitze des Schusses überlebte. Diese Möglichkeit bezeichnet es als "eher unwahrscheinlich, jedoch nicht ausgeschlossen (Wahrscheinlichkeit klein aber nicht Null) ". Die zweite Möglichkeit einer Kontaminierung nach der Schussabgabe im Outdoor-Bereich erachtet es jedoch als noch unwahrscheinlicher ("Möglichkeit kaum vorhanden bzw. sehr unwahrscheinlich"), insbesondere weil auch kein frisches Blut des Beschwerdeführers im Fundbereich der Hülse vorhanden gewesen sei. Die weiteren Möglichkeiten betreffen eine Kontaminierung der Hülse nach der Sicherstellung durch die Polizei. Das FOR konnte die Wahrscheinlichkeiten der einzelnen Möglichkeiten gemäss dem Bericht schwer abschätzen. Falls eine Kontaminierung der Hülse nach der Sicherstellung durch die Polizei ausgeschlossen werden könne, verbleibe die erste Möglichkeit, dass tatsächlich einer der seltenen Fälle vorliege, in welchem nach einer Schussabgabe auf der Hülse biologisches Material von einer Person vorhanden sei, die vor dem Schuss die Patrone angefasst habe (Akten Vorinstanz, act. 5.6).
6.2.3. Der Vorinstanz kann nicht zum Vorwurf gemacht werden, sie habe das Gutachten willkürlich gewürdigt, da sie - für den Fall, dass eine Kontaminierung durch die Polizei ausgeschlossen werden kann - von der gemäss dem FOR wahrscheinlichsten Variante ausgeht, auch wenn diese für sich gesehen eher unwahrscheinlich ist. Allerdings bleibt es dabei, dass die Frage, wann die DNA des Beschwerdeführers auf die Patronenhülse kam, mit einer erheblichen Unsicherheit behaftet ist, was sich auch aus dem Gutachten ergibt. Die von der Vorinstanz gewählte Variante ist lediglich eine von mehreren mehr oder weniger unwahrscheinlichen Möglichkeiten. Ein genügender Beweis, dass die DNA vor der Schussabgabe auf die Patrone gelangte, womit der Beschwerdeführer zwingend der Schütze gewesen wäre, fehlt damit. Die DNA-Spur stellt nebst den Aussagen des Beschwerdegegners 3 und der Auskunftspersonen daher kein verwertbares Indiz für die Täterschaft des Beschwerdeführers dar. Offenbleiben kann damit, ob der Polizeibeamte befangen war und welche Auswirkungen dies auf die Verwertbarkeit des von ihm sichergestellten Beweismaterials gehabt hätte. Die Beschwerde ist im Ergebnis auch in diesem Punkt begründet.
7.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit erübrigt sich eine Behandlung der weiteren Rügen betreffend die Beweiswürdigung, die rechtliche Qualifikation der Taten und die Strafzumessung.
8.
8.1. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist zufolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen, soweit es im Umfang seines Obsiegens nicht gegenstandslos geworden ist. Seiner finanziellen Lage ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Dem Gesuch der Beschwerdegegnerin 2 um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben. Soweit sie obsiegt, hätte sie an sich Anspruch auf eine vom Beschwerdeführer zu entrichtende Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Da dieser seinerseits ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege stellte und als bedürftig zu gelten hat, bestehen an der Einbringlichkeit der Parteientschädigung allerdings ernsthafte Zweifel. Das Gesuch der Beschwerdegegnerin 2 um unentgeltliche Rechtspflege ist daher auch in Umfang ihres Obsiegens gutzuheissen (vgl. <ref-ruling> E. 3d).
Der Kanton Uri und die Beschwerdegegnerin 2 haben dem Beschwerdeführer im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Entschädigung auszurichten, unter solidarischer Haftung (Art. 68 Abs. 1 und 2, Art. 66 Abs. 5 i.V.m. Art. 68 Abs. 4 BGG). Die Entschädigung ist dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers zuzusprechen.
Der Kanton Uri trägt keine Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 4 BGG).
Den Beschwerdegegnern 3 und 4 sind keine Kosten aufzuerlegen und keine Entschädigungen auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Uri, Strafrechtliche Abteilung, vom 11. September 2013 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3.
Das Gesuch der Beschwerdegegnerin 2 um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
4.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 800.-- auferlegt.
5.
Der Kanton Uri und die Beschwerdegegnerin 2 haben Rechtsanwalt Linus Jaeggi für das bundesgerichtliche Verfahren je eine Entschädigung von Fr. 750.-- zu bezahlen, unter solidarischer Haftung.
6.
Rechtsanwältin Claudia Zumtaugwald wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
7.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld