Motorfahrzeuge der Kat. C,(Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern [RS 81/99] vom 12.1.2000), hat sich ergeben:
A.- Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern entzog S._ mit Verfügung vom 12. April 1999 den Führerausweis für Motorfahrzeuge der Gruppe 2 (Kat. C), aufgrund seiner ungenügenden Sehschärfe.
Eine hiegegen von S._ geführte Beschwerde hiess die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern mit Entscheid vom 12. Januar 2000 gut und ordnete an, der Führerausweis für Motorfahrzeuge der Kat. C sei S._ wieder auszuhändigen.
Ferner entschied es, S._ habe sich halbjährlich einer augenärztlichen Kontrolle zu unterziehen.
B.- Gegen diesen Entscheid führt das Bundesamt für Strassen Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit der es beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und S._ sei der Führerausweis der Kat. C auf unbestimmte Zeit zu entziehen. Ferner beantragt es, es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen bzw.
im Sinne einer vorsorglichen Verfügung S._ zu verbieten, während der Dauer des Beschwerdeverfahrens ein Motorfahrzeug der Kategorie C zu führen.
C.- Die Rekurskommission des Kantons Bern beantragt unter Verzicht auf Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde.
S._ stellt in seiner Vernehmlassung ebenfalls Antrag auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der angefochtene Entscheid der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern ist eine auf das Strassenverkehrsrecht des Bundes gestützte letztinstanzliche kantonale Verfügung, gegen welche die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig ist (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 5 Abs. 1 VwVG sowie Art. 98 lit. g OG, Art. 24 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 1958 über den Strassenverkehr [SVG; SR 741. 01]).
Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann beim Bundesgericht die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich der Überschreitung oder des Missbrauchs des Ermessens, gerügt sowie eine unrichtige und unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend gemacht werden (Art. 104 lit. a und b OG). Nicht überprüfen kann das Bundesgericht grundsätzlich die Angemessenheit des angefochtenen Entscheides (Art. 104 lit. c OG). Gemäss Art. 105 Abs. 2 OG ist das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhalts gebunden, wenn eine richterliche Behörde, wie die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern (<ref-ruling> E. 2), als Vorinstanz den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat. An die Begründung der Begehren ist es nicht gebunden (Art. 114 Abs. 1 OG).
2.- a) Nach den Feststellungen der Vorinstanz unterzog sich der Beschwerdegegner am 10. September 1998 der periodisch vorgeschriebenen Kontrolluntersuchung beim Vertrauensarzt, Dr. M. Wildbolz, der die Sehschärfe des Beschwerdegegners auf beiden Augen korrigiert mit 0,6 angab, ihn als fahrtauglich erachtete und die Wiederholung der Untersuchung alle fünf Jahre empfahl. Eine weitere, von Dr. F. Käser, durchgeführte augenärztliche Untersuchung vom 23. Oktober 1998 ergab einen Fernvisus rechts korrigiert von 0,4 und links korrigiert von 0,6. Die untersuchenden Ärzte, Dr. D. Mojon und Dr. R. Cadez von der Augenklinik und -poliklinik des Inselspitals Bern, an welche der Beschwerdegegner in der Folge überwiesen worden war, bestätigten am 15. Februar 1999 die von Dr. Käser festgestellten Werte und stellten ausdrücklich den Antrag für eine Ausnahmebewilligung. Diesen begründeten sie damit, dass der Beschwerdegegner seit 1983/84 im Besitz des Führerausweises für die Kat. C (Motorwagen zur Güterbeförderung mit mehr als 3'500 kg Gesamtgewicht) sei und seither pro Jahr rund 150'000 Kilometer mit dem Lastwagen fahre, ohne jemals Probleme wegen des Sehens gehabt zu haben. Er verfüge über eine schnelle visuelle Auffassungsgabe, die im Verkehr manchmal wichtiger sei, als die absolute Sehschärfe. Diesen Antrag auf Ausnahmebewilligung unterstützte auch der Augenarzt Dr. Käser in seinem Schreiben vom 31. März 1999. Einer Telefonnotiz des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 7. April 1999 kann indes entnommen werden, dass der Nachfolger von Dr. Mojon an der Augenklinik und -poliklinik des Inselspitals Bern, Oberarzt Dr. P. Imesch, den Antrag seines Kollegen nicht unterstützt hätte. Ein Manko in der Sehschärfe könne durch die schnelle visuelle Auffassungsgabe nicht kompensiert werden; die erforderliche Mindestsehschärfe werde auf beiden Augen deutlich nicht erreicht.
Aus einem Schreiben der Augenärztin Frau Dr. I. Hotz, vom 21. Juni 1999 ergibt sich, dass beim Beschwerdegegner ein sog. Nystagmus, d.h. ein angeborenes Augenzittern, vorliegt.
Beim Abdecken eines Auges nehme dieses Zittern zu, so dass die Sehschärfe sinke. Bei beidäugigem Sehen werde jedoch eine deutlich bessere Sehschärfe erreicht als rechts oder links allein. Effektiv erreiche der Beschwerdegegner monokular rechts und links nur einen Visus von 0,6, beidäugig aber problemlos 0,8 - 0,9. Auch sie erachtete den Beschwerdegegner als fahrtauglich, zumal die übrigen medizinischen Mindestanforderungen erfüllt seien.
b) Die Vorinstanz holte bei Prof. Y. Robert, ärztlicher Leiter der Augenpoliklinik des Universitätsspitals Zürich ein ophthalmologisches Gutachten ein. Gestützt darauf erachtet sie als unbestritten, dass der Beschwerdegegner die geforderte Mindestsehschärfe nicht erreicht. Dieser Mangel sei jedoch zu relativieren. Der Beschwerdegegner habe schon früh gelernt, mit einem reduzierten Visus sicher Fahrzeuge zu führen, falls der verhältnismässig schlechte Visus auf eine Amblyopie zurückzuführen sei, die sich bereits im Vorschulalter eingestellt habe. Zudem sei gerade bei Vorliegen eines Nystagmus das beidäugige Sehen deutlich besser als das einäugige Sehen. Die diesbezüglich ermittelten unterschiedlichen Werte bei den Untersuchungen von Frau Dr. Hotz und Prof. Robert seien nicht aussergewöhnlich.
Schliesslich sei auch zu berücksichtigen, dass fünf Ärzte eine Ausnahmebewilligung befürworteten und einzig Dr. Imesch, welcher den Fall zwar kenne, indessen den Beschwerdegegner nicht selbst untersucht habe, eine solche Ausnahmebewilligung nicht unterstützt hätte. Insgesamt gelangt die Vorinstanz zum Schluss, der Beschwerdegegner habe seit seiner Kindheit gelernt, den Mangel in der Sehschärfe durch eine schnelle visuelle Auffassungsgabe auszugleichen. Überdies bestehe eine normale Dunkeladaptation, sei das Gesichtsfeld intakt und lägen weder eine Netzhautdegeneration noch ein Netzhautfunktionsausfall vor. Im Übrigen seien die Mindestanforderungen für den Führerausweisinhaber der Kat. B erheblich weniger streng und offenbar dennoch mit der Verkehrssicherheit vereinbar.
Gegen eine Ausnahmebewilligung spreche lediglich der getrübte automobilistische Leumund des Beschwerdegegners.
Diesem Punkt dürfe indessen keine allzu grosse Bedeutung beigemessen werden. Den Administrativakten könne entnommen werden, dass der Beschwerdegegner seit 1980 im Besitz eines Führerausweises sei und seither insgesamt fünf Massnahmen gegen ihn hätten verfügt werden müssen, letztmals mit Verfügung vom 21. Januar 1999. Indessen bestünden keine Anhaltspunkte dafür, dass die Widerhandlungen im Zusammenhang mit dem schlechteren Visus bestünden. Zudem habe der Beschwerdegegner die Verkehrsregelverletzungen mit einer Ausnahme im Februar 1989 alle mit einem Personenwagen und nicht mit einem Lastwagen begangen. Als Lastwagenfahrer habe er sich seit den letzten zehn Jahren korrekt verhalten. Insgesamt erscheine es deshalb als verantwortbar, dass gestützt auf Art. 6 Abs. 3 VZV von den medizinischen Mindestanforderungen abgewichen werde und dem Beschwerdegegner der Führerausweis für Motorfahrzeuge der Kat. C belassen werden könne. Angesichts der Unsicherheiten bei der Visusverschlechterung erscheine es aber als sinnvoll, halbjährliche augenärztliche Kontrolluntersuchungen anzuordnen.
c) Das beschwerdeführende Amt macht geltend, die zuständige Behörde dürfe zwar eine Ausnahmebewilligung erteilen, wenn durch Sachverständige schlüssig dargelegt werde, dass ein Eignungsmangel ausgeglichen werden könne, und klargestellt werde, wie diese Kompensierung im betreffenden Fall zu gewährleisten sei, damit die Verkehrssicherheit nicht beeinträchtigt werde. Diese Voraussetzungen seien im zu beurteilenden Fall nicht erfüllt. Keines der Gutachten lege dar, dass der Beschwerdegegner die festgestellte mangelnde Sehschärfe tatsächlich zu kompensieren vermöge. Die Augenklinik und -poliklinik des Inselspitals Bern gehe in ihrem Antrag für eine Ausnahmebewilligung vom 15. Februar 1999 zudem von falschen Angaben aus. Zum einen sei den Ärzten offenbar nicht bekannt gewesen, dass der Beschwerdegegner keineswegs unfallfrei gefahren sei, habe dieser doch bereits zwei Verkehrsunfälle mit einem Personenwagen und einen Unfall mit einem schweren Anhängerzug verursacht. Zum anderen handle es sich bei Anhang 1 VZV entgegen der Auffassung der untersuchenden Ärzte nicht um Richtlinien, sondern um verbindliche rechtliche Vorschriften, welche nicht nach Gutdünken interpretiert werden dürften. Schliesslich legten die untersuchenden Ärzte in keiner Weise dar, inwiefern der Beschwerdegegner über eine schnelle visuelle Auffassungsgabe verfüge, die seine mangelhafte Sehschärfe kompensieren könnte. Aufgrund der Untersuchungsergebnisse weise der Beschwerdegegner lediglich einen Gesamtvisus von 1,0 auf, während Anhang 1 VZV für die zweite Gruppe einen solchen von 1,6 verlange. Der Beschwerdegegner verfüge somit lediglich über 62,5 % der erforderlichen Sehschärfe, wodurch die Verkehrssicherheit in hohem Masse gefährdet werde. So könne der Beschwerdegegner ein Hindernis, welches bei uneingeschränkter Sehfähigkeit auf 40 m erkennbar sei, erst auf eine Distanz von 25 m erkennen. Bei einer Ausgangsgeschwindigkeit von 50 km/h und einer Reaktionszeit von 1 Sek. könne er das Bremsmanöver somit erst 11 m vor dem Hindernis einleiten, was bei einem Bremsweg von 19 m ein rechtzeitiges Anhalten vor dem Hindernis nicht erlaube. Auch bei Annahme einer ausgezeichneten Reaktionsfähigkeit von nur einer 1/2 Sek. wäre der Bremsweg immer noch zu lang. Da die Reaktionszeit grundsätzlich nicht beeinflussbar sei, vermöchte daher selbst eine ausgeprägt gute visuelle Auffassungsgabe eine mangelhafte Sehschärfe nicht zu kompensieren. Gegen das Gutachten von Prof. Robert über die Funktion der Sehschärfe und des Gesichtsfeldes wendet das beschwerdeführende Amt ein, der Gutachter lasse ausser Acht, dass nach Anhang 1 VZV bei der zweiten Gruppe ein uneingeschränktes Gesichtsfeld eine zusätzliche Voraussetzung für die Erteilung des Führerausweises der Kat. C sei. Wäre es eingeschränkt, so dürfte der Ausweis auch bei Vorliegen eines genügenden Fernvisus nicht erteilt werden. Insgesamt erfülle der Beschwerdegegner die gesetzlichen Mindestanforderungen zum Führen von Motorfahrzeugen der Kat. C hinsichtlich der Sehschärfe nicht und vermöge diesen Mangel auch nicht zu kompensieren. Ein Grund, von den medizinischen Mindestanforderungen in Anhang 1 VZV abzuweichen, bestehe aufgrund der Ergebnisse des Gutachtens nicht.
3.- Gemäss Art. 14 Abs. 2 lit. b SVG darf der Führerausweis nicht erteilt werden, wenn der Bewerber durch körperliche oder geistige Krankheiten oder Gebrechen gehindert ist, ein Motorfahrzeug sicher zu führen. Wird festgestellt, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen, ist der Führerausweis zu entziehen (Art. 16 Abs. 1 SVG). Er wird unter anderem dann auf unbestimmte Zeit entzogen, wenn der Führer aus medizinischen Gründen nicht geeignet ist, ein Motorfahrzeug zu führen (vgl. Art. 17 Abs. 1bis SVG). Ein solcher Sicherungsentzug dient gemäss Art. 30 Abs. 1 der Verordnung über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr (VZV; SR 741. 51) der Sicherung des Verkehrs vor Führern, die aus medizinischen oder charakterlichen Gründen, wegen Trunksucht oder anderen Süchten oder wegen einer anderen Unfähigkeit zum Führen von Motorfahrzeugen nicht geeignet sind. In solchen Fällen wird der Führerausweis gemäss Art. 17 Abs. 1bis SVG auf unbestimmte Zeit entzogen. Beim Entzug aus medizinischen Gründen wird mit dem Entzug keine Probezeit verbunden.
Nach Art. 25 Abs. 3 lit. a SVG stellt der Bundesrat nach Anhörung der Kantone Vorschriften auf über die Mindestanforderungen, denen der Motorfahrzeugführer in körperlicher und psychischer Hinsicht genügen muss.
Diese Anforderungen sind in Anhang 1 VZV geregelt. Gemäss Art. 6 Abs. 1 VZV muss der Bewerber um den Lern- oder Führerausweis diese medizinischen Anforderungen des Anhangs 1 erfüllen. Hinsichtlich des Gesichts stellt Anhang 1 VZV für die zweite Gruppe (u.a. Führerausweis Kat. C) folgende Anforderungen: die Sehschärfe muss korrigiert beidseitig minimal 0,8 oder ein Auge korrigiert 1,0, das andere korrigiert minimal 0,6 betragen. Das Gesichtsfeld darf nicht eingeschränkt und das Dämmerungssehen nicht gestört sein. Doppelsehen und Aphakie, ausser bei ganztägiger Korrektur mit Kontaktglas und Binokularsehen dürfen nicht vorliegen. Das stereoskopische Sehen darf nicht wesentlich eingeschränkt sein. Gemäss Art. 6 Abs. 3 VZV kann die kantonale Behörde von den medizinischen Mindestanforderungen abweichen, wenn eine mit Spezialuntersuchungen betraute Stelle dies beantragt und soweit nicht ein Ausschlussgrund nach Art. 14 SVG vorliegt.
Ein Abweichen von den in Anhang 1 VZV aufgeführten medizinischen Mindestanforderungen kommt nur dann in Frage, wenn davon ausgegangen werden kann, dass ein Motorfahrzeugführer trotz seines Gebrechens fähig ist, ein Motorfahrzeug sicher zu führen. Entscheidend ist somit, ob die Verkehrssicherheit trotz der mangelnden Sehschärfe des Beschwerdegegners gewährleistet ist. Die Bestimmungen über die medizinischen Mindestanforderungen an Motorfahrzeugführer sind im Hinblick auf eine grössere Sicherheit im Strassenverkehr verschärft worden. Von diesen Anforderungen darf daher nicht leichtfertig abgewichen werden.
Besteht wegen eines Gebrechens trotz entsprechender Auflagen und Beschränkungen keine Gewähr, dass ein Fahrzeuglenker sein Motorfahrzeug im Sinne von Art. 14 Abs. 2 lit. b SVG sicher zu führen vermag, muss ihm der Führerausweis aus Sicherheitsgründen zwingend verweigert bzw.
entzogen werden, selbst wenn der Betroffene dadurch seinen Beruf nicht mehr ausüben kann (<ref-ruling> E. 1a).
4.- a) Das Gutachten der Augenpoliklinik des Universitätsspitals Zürich vom 6. September 1999 bzw. 13. Dezember 1999 kommt zum Ergebnis, dass die Sehschärfe des rechten Auges des Beschwerdegegners einen maximalen Wert von 0,6 und diejenige des linken Auges maximal einen Wert von 0,7 erreicht. Wenn jedoch nur diejenige Zeile als gelesen gelte, bei der alle Zahlen erkannt würden, so gälten für das rechte Auge ein Wert von 0,4 und für das linke ein solcher von 0,6. Die Prüfung des beidäugigen Sehens ergebe einen Visus von 0,5 - 0,6. Vermutungsweise habe keine Visusverschlechterung in den vergangenen Jahren stattgefunden. Vielmehr handle es sich um einen schon seit der Kindheit stabilen reduzierten Visus bei Nystagmus mit konsekutiver Amblyopie, der höchstwahrscheinlich in letzter Zeit nicht abgefallen sei. Die Ursache hiefür liege in einer frühkindlichen Entwicklungsstörung. Gerade deshalb habe der Beschwerdegegner jedoch "schon früh gelernt, mit einem reduzierten Visus sicher ein Fahrzeug zu steuern". Ferner stellte das Gutachten die Dunkeladaptation als normal und das Gesichtsfeld als intakt fest. Der Gutachter beantragte ebenfalls, dem Beschwerdegegner eine Ausnahmebewilligung für den Führerausweis der Kat. C zu erteilen. Die unterschiedlichen Werte der Sehtests erklärte er damit, dass zwar für Sehprüfungen strenge wissenschaftliche Vorgaben bestünden, es indes immer wieder recht markante Unterschiede gebe, die auf unvermeidbare Unterschiede in der Umfeldhelligkeit des Untersuchungsraumes sowie gewisser Umfeldkontraste zurückzuführen seien.
b) Gemäss Art. 7 Abs. 3 lit. a VZV unterliegen u.a. Inhaber des Führerausweises der Kat. C bis zum 50. Altersjahr alle fünf Jahre einer vertrauensärztlichen Kontrolluntersuchung. Da der Beschwerdegegner seit dem Jahr 1983/1984 im Besitz des Führerausweises ist, musste er sich somit schon vor der das vorliegende Verfahren auslösenden Untersuchung vom 10. September 1998 zweimal einer Untersuchung unterziehen, welche offenbar keine Resultate ergaben, die ein Einschreiten der Behörden veranlasst hätten. In den Akten des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts Bern finden sich Kopien von augenärztlichen Zeugnissen, die für beide Augen Werte von je 0,8 ausweisen. Diese Werte werden vom Gutachter, wenn nicht angezweifelt, so doch mit einem Fragezeichen versehen. Ob der Führerausweis dem Beschwerdegegner früher jedoch zu Recht erteilt bzw. belassen worden ist, kann hier dahinstehen.
Ausser Zweifel liegt aufgrund der vorhandenen Messresultate, dass die im vorliegenden Verfahren gemessene aktuelle Sehschärfe des Beschwerdegegners, also die Fähigkeit des Auges, in einer bestimmten Entfernung zwei benachbarte Punkte noch als getrennt wahrzunehmen (Auflösungsvermögen), den gesetzlichen Mindestanforderungen nicht genügt. Dies gilt uneingeschränkt bezüglich des für das einäugige Sehen festgestellten Visus. Hinsichtlich des beidäugigen Sehens teilt der Gutachter grundsätzlich die Auffassung der Augenärztin Frau Dr. Hotz, wonach das beidäugige Sehen bei einem Nystagmus, wie er beim Beschwerdegegner vorliegt, deutlich besser sei, als das einäugige Sehen. Frau Dr. Hotz hatte in ihrem Bericht die Auffassung vertreten, der Beschwerdegegner erreiche beidäugig problemlos einen Wert von 0,8-0, 9. Dass das beidäugige Sehen bei einem Nystagmus besser ist als das einäugige Sehen, scheint angesichts der ärztlichen Stellungnahmen nicht ernsthaft in Frage zu stehen. Nur fällt in diesem Zusammenhang auf, dass die Untersuchung durch den Gutachter für das beidäugige Sehen mit 0,5-0, 6 überhaupt keine besseren Visuswerte als für das einäugige Sehen ergeben hat. Dass die Differenz der beiden Werte von 0,2-0, 4 allein auf die "Unwägbarkeiten bei der Prüfung", namentlich auf die Umfeldhelligkeit bzw. die Umfeldkontraste im Raum, den Zustand der Glühbirnen in den Visusprojektoren und die Verschmutzung der Optik zurückzuführen sein soll, wie der Gutachter ausführt, will nicht recht einleuchten. Jedenfalls wäre die Verlässlichkeit solcher Sehtests, wenn eine derartige Streuung der Ergebnisse im Bereich des Normalen läge, erheblich in Frage gestellt (vgl. hiezu auch die Bemerkung des Gutachters, wonach die aktuellen gemessenen Werte gegenüber einem im Jahre 1993 gemessenen Wert von 0,8 einen "markanten Visusabfall" bedeuten würde). Auch hier kann aber letztlich offen bleiben, wie es sich damit im Einzelnen verhält.
Denn auszugehen ist von den Werten des Gutachtens, mithin von einem Visuswert bei beidäugigem Sehen von maximal 0,6. Damit bleibt der Beschwerdegegner sowohl bei ein- als auch bei beidäugigem Sehen deutlich hinter den gesetzlichen Mindestwerten zurück und es müsste ihm gemäss Art. 14 Abs. 2 lit. b SVG der Führerausweis entzogen werden. Indes erlaubt Art. 6 Abs. 3 VZV der kantonalen Behörde, von den medizinischen Mindestanforderungen abzuweichen, wenn eine mit Spezialuntersuchungen betraute Stelle dies beantragt. Wie bereits ausgeführt, ist ein solches Abweichen von den medizinischen Mindestanforderungen nur dann zulässig, wenn die Sicherheit des Verkehrs gewährleistet ist. Nach Anhang 1 VZV ist dies nur der Fall, wenn der Betroffene die genannten Mindestanforderungen an die Sehfähigkeit erfüllt. Ein Mangel im Visus müsste somit durch eine besondere Fähigkeit in einem anderen Bereich ausgeglichen werden können. Eine solche besondere Fähigkeit erblickt die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten der Augenklinik des Universitätsspitals Zürich in einer schnellen visuellen Auffassungsgabe. Der Beschwerdegegner habe, da sich seine Sehschwäche schon im Vorschulalter eingestellt habe, früh gelernt, damit umzugehen.
Wie das beschwerdeführende Amt hiegegen zu Recht einwendet, beruht diese Annahme des Gutachtens, wie auch der übrigen ärztlichen Berichte, indes zu einem guten Teil auf einem Rückschluss von einem vermeintlich untadeligen bisherigen Verkehrsverhalten des Beschwerdegegners.
Dass der automobilistische Leumund des Beschwerdegegners indes nicht ungetrübt ist, sondern in den Jahren 1985 bis 1999 gegen ihn insgesamt 5 Massnahmen, u.a. wegen drei von ihm verursachten Unfällen (wovon einer mit einem Lastwagen), ausgesprochen werden mussten, räumt auch die Vorinstanz ein. Dabei bleibt jedoch unklar, inwiefern die Sehschwäche des Beschwerdegegners mitverantwortlich für dessen Unfälle war. Jedenfalls lässt sich bei dieser Sachlage die Annahme, der Beschwerdegegner verfüge über eine erhöhte visuelle Wahrnehmungsfähigkeit nicht durch ein unfallfreies Verkehrsverhalten belegen. Für diese Annahme bleibt somit allein die Einschätzung des Gutachters, der Beschwerdegegner habe, weil die Sehschwäche auf eine frühkindliche Entwicklungsstörung zurückzuführen sei, die im Vorschulalter eingesetzt habe, "schon früh gelernt, mit einem reduzierten Visus sicher ein Fahrzeug zu steuern". Diese Annahme basiert offensichtlich auf einer Erfahrungstatsache, nach welcher der Betroffene in den ersten sechs Lebensjahren mit einer Sehstörung umgehen lernt und dadurch die Fähigkeit erlangt, seine Schwäche in gewissem Ausmass auszugleichen. Dass er damit im Vergleich zu jemandem, dessen Sehstärke sich erst in vorgerückterem Alter im gleichen Umfang verringert, in wesentlich geringerem Masse eingeschränkt ist, vermag ohne weiteres einzuleuchten. Fraglich ist jedoch, ob dies allein schon erlaubt, die medizinischen Mindestanforderungen bei einer derartigen Konstellation als nicht massgeblich zu erachten. Dies ist zu verneinen. Das ergibt sich schon daraus, dass die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten letztlich deshalb zu einem Antrag auf eine Ausnahmebewilligung gelangt, weil sie dem Erfordernis der Sehschärfe gegenüber demjenigen des Gesichtsfeldes geringere Bedeutung zumisst. Dies wird deutlich aus den Ausführungen des Gutachtens, nach welchen es wohl nicht so wichtig sei, ob der Fahrzeuglenker eine Verkehrstafel auf eine Distanz von 400 oder auf 200 m erkenne, als vielmehr, dass er in seinem Gesichtsfeld bewegliche Objekte schnell genug erfasse. Dass die Intaktheit des Gesichtsfeldes ein wesentliches Kriterium ist, steht ausser Frage.
Wie das beschwerdeführende Amt in diesem Kontext indessen zu Recht einwendet, lässt das Gutachten dabei ausser Acht, dass ein uneingeschränktes Gesichtsfeld im Anhang 1 VZV eine eigenständige Voraussetzung für die Erteilung des Führerausweises der Kat. C ist. Dieses kann daher eine verminderte Sehschärfe nach der Konzeption des Anforderungskatalogs des Anhangs zur VZV nicht kompensieren.
Für eine Ausnahmebewilligung spricht nach alledem allein noch der Umstand, dass sowohl der Gutachter als auch verschiedene andere Ärzte, die den Beschwerdegegner untersucht haben, eine Ausnahmebewilligung befürworten.
Dabei handelt es sich allerdings lediglich um Empfehlungen, die im jeweiligen Zusammenhang gewertet werden müssen.
So ergibt sich etwa aus den vorstehenden Erwägungen, dass der Gutachter offenbar davon ausgegangen ist, dass dem Erfordernis der Sehschärfe im Vergleich zum Gesichtsfeld eine mindere Bedeutung zukommt. Der Bericht von Frau Dr. Hotz fusst seinerseits auf Werten für das beidäugige Sehen, die im Gutachten nicht bestätigt worden sind. Die untersuchenden Ärzte des Inselspitals Bern und Dr. Käser gingen von der falschen Annahme aus, der Beschwerdegegner sei bisher unfallfrei gefahren, und Dr. Wildbolz hat in seinem Zeugnis für die Zulassungsbehörde den Beschwerdeführer schliesslich - trotz um je 0,2 zu tiefen Werten - ohne jegliche Begründung als fahrtauglich für die Kat. C erklärt. Ausserdem ist die Auffassung, ein Mangel in der Sehschärfe lasse sich durch eine schnelle visuelle Wahrnehmungsfähigkeit kompensieren, auch von fachärztlicher Seite nicht unumstritten, wie sich aus der Aktennotiz vom 7. April 1999 über das Gespräch mit Dr. P. Imesch ergibt.
Dass dieser Arzt den Beschwerdegegner nicht selbst untersucht hat, ist in diesem Zusammenhang ohne Bedeutung, da die Beantwortung der Frage, ob der Mangel im Visus durch eine schnelle visuelle Wahrnehmungsfähigkeit ausgeglichen werden kann, eine grundsätzliche Frage ist, die jedenfalls nicht vom unmittelbaren Eindruck bei der Untersuchung und dem Sehtest abhängt. Ausserdem stützen sich auch die übrigen Ärzte für ihre Einschätzung nicht auf die durchgeführte Untersuchung oder spezielle Tests, die eine besondere visuelle Auffassungsgabe zu belegen vermöchten.
Bei dieser Sachlage verletzt die Vorinstanz Bundesrecht, wenn sie dem Beschwerdegegner den Führerausweis der Kat. C wieder aushändigt. Entscheidend hiefür ist in erster Linie das Mass des Visusmangels beim Beschwerdegegner.
Mag bei Grenzfällen, bei denen die Sehschärfe etwa bei einem Auge um 0,1 hinter dem geforderten Wert zurückbleibt, die Erteilung einer Ausnahmebewilligung noch hingehen, so sind in einem Fall, in dem der Betroffene die erforderlichen Werte bei beiden Augen einzeln sowie bei beidäugigem Sehen deutlich nicht erreicht, die Voraussetzungen für ein Abweichen von den medizinischen Mindestanforderungen grundsätzlich nicht mehr gegeben.
Denn wenn der Visus derart deutlich hinter den geforderten Mindestwerten zurückbleibt, ist die Verringerung der Distanz, in welcher Objekte für den Betroffenen gegenüber dem Normalsichtigen erkennbar werden - ob es sich hierbei um Verkehrstafeln oder um auf der Strasse liegende Hindernisse (vgl. nur <ref-ruling>) handelt - so gross, dass die Verkehrssicherheit erheblich gefährdet ist. Dies gilt ganz besonders für höhere Führerausweis-Kategorien, bei welchen der Fahrzeuglenker auf schwierige äussere Bedingungen nicht Rücksicht nehmen und allenfalls auf die Fahrt verzichten kann, sondern als Berufschauffeur einem eigentlichen Fahrzwang unterworfen ist. Insgesamt ergibt sich, dass aufgrund der gegebenen Umstände keine Gewähr besteht, dass der Beschwerdegegner sein Motorfahrzeug der Kat. C im Sinne von Art. 14 Abs. 2 lit. b SVG sicher zu führen vermag. Für eine Ausnahmebewilligung bleibt daher kein Raum. Die Beschwerde erweist sich somit als begründet und der Führerausweis der Gruppe 2 (Kat. C) ist dem Beschwerdegegner aus medizinischen Gründen in Anwendung von Art. 14 Abs. 2 lit. b und 16 Abs. 1 SVG zu entziehen.
5.- Aus diesen Gründen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Da keine weiteren Abklärungen erforderlich sind, erübrigt sich eine Rückweisung an die kantonale Behörde und entscheidet das Bundesgericht in der Sache selbst (Art. 114 Abs. 2 OG). Bei diesem Ausgang des Verfahrens kann auf die Erhebung von Kosten verzichtet werden, da der Beschwerdegegner in guten Treuen auf Abweisung der Beschwerde antragen durfte (Art. 156 Abs. 3 OG). Der obsiegenden Behörde wird keine Parteientschädigung zugesprochen (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern vom 12. Januar 2000 aufgehoben.
2.- Dem Beschwerdegegner wird der Führerausweis der Gruppe 2 (Kategorie C) aufgrund der ungenügenden Sehschärfe entzogen.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 31. Juli 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: