Erwägungen:
1. Mit Feststellungsverfügung vom 21. Dezember 2005 entliess das Bundesamt für Landwirtschaft (nachfolgend Bundesamt oder BLW) die Produzenten-Milchverwerter-Organisation X._ AG (nachfolgend X._ AG) in Anwendung von Art. 36a Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (LwG; SR 910.1) vorzeitig aus der Milchkontingentierung. Am 10. Oktober 2008 bewilligte das Bundesamt der X._ AG für das Milchjahr 2008/2009 eine Mehrmenge in Höhe von 2 Mio. kg Milch. Mit Verfügung vom 13. Juli 2010 kürzte das BLW der X._ AG die am 10. Oktober 2008 bewilligte Mehrmenge wegen nicht projektkonformer Verwendung um 457'526 kg. Es stellte zudem bei der X._ AG eine das Produktionspotential überschreitende Milchproduktion fest; nach Berücksichtigung von Korrekturfaktoren schloss es auf eine zu Unrecht vermarktete Milchmenge in der Höhe von 5'427'380 kg und auferlegte eine Busse von Fr. 542'700.-- (Fr. 0.10 pro Kilogramm). Dagegen gelangte die X._ AG am 7. September 2010 mit Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Nachdem dieses ihr mit Zwischenverfügung vom 6. Juni 2012 die Möglichkeit eingeräumt hatte, zu einer in Erwägung gezogenen reformatio in peius Stellung zu nehmen, bestritt die X._ AG am 31. Juli 2012 nach einer Verfahrensdauer von nahezu zwei Jahren neu die Zuständigkeit des Bundesverwaltungsgerichts und beantragte Überweisung der Beschwerdesache an die zuständige regionale Rekurskommission. Das Bundesverwaltungsgericht lehnte mit Zwischenentscheid vom 11. Oktober 2012 den Antrag auf Überweisung der Beschwerdesache ab und stellte fest, dass es für die Behandlung der Beschwerde zuständig sei.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. November 2012 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, der Zwischenentscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei für nichtig zu erklären; eventualiter sei der Zwischenentscheid aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, die Streitsache an die zuständige regionale Rekurskommission zu überweisen.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. 2.1 Angefochten ist ein selbstständig eröffneter Zwischenentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (vgl. <ref-law>) über die Zuständigkeit; unter dem Gesichtswinkel von <ref-law> ist er mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anfechtbar. Die Beschwerde ist sodann fristgerecht erhoben worden (<ref-law>), und die Beschwerdeführerin ist zum Rechtsmittel legitimiert (<ref-law>). Zu prüfen ist, ob der Rechtsstreit unter eine der die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausschliessenden gesetzlichen Ausnahmebestimmungen fällt. Diese kommen nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens zur Anwendung, unbesehen des Umstands, ob ein End- oder Zwischenentscheid angefochten ist (<ref-ruling> E. 3 S. 144; <ref-ruling> E. 1.3 S. 195; <ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.).
2.2 Gemäss Art. 83 lit. s Ziff. 1 BGG ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig gegen Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend die Milchkontingentierung. Die Beschwerdeführerin vertritt selber dezidiert die Auffassung, der angefochtene Zwischenentscheid beschlage dieses Rechtsgebiet. Auch wenn das Bundesverwaltungsgericht die Zuständigkeitsordnung bzw. den Rechtsmittelweg gemäss Art. 166 Abs. 2 (statt Art. 167 Abs. 1) LwG als massgeblich erachtet, erklärt es seinen Entscheid gestützt auf Art. 83 lit. s BGG für endgültig und mithin die Milchkontingentierung betreffend. Das Bundesgericht hat in seinem von der Beschwerdeführerin angerufenen Urteil 2C_845/2008 vom 18. Juni 2009 auf einen weitgehend mit dem vorliegenden identischen Rechtsstreit denn auch den Ausschlussgrund von Art. 83 lit. s BGG zur Anwendung gebracht. Darauf ist nicht zurückzukommen, dies umso weniger, als die von der Beschwerdeführerin gewünschte Zuständigkeit einer regionalen Rekurskommission als erste Rechtsmittelbehörde (anstelle des Bundesverwaltungsgerichts) sich ja einzig damit begründen liesse, dass ein Entscheid über die Milchkontingentierung vorliege (vgl. <ref-law>).
2.3 Die Beschwerdeführerin meint allerdings, unter den gegebenen Umständen müsse das Bundesgericht dennoch angerufen werden können. Ob sich die Zuständigkeit des Bundesgerichts mit der Behauptung einer Nichtigkeit des Zwischenentscheids insofern begründen liesse, als Nichtigkeit "durch jede Behörde, die mit der Sache befasst ist, jederzeit und von Amtes wegen zu beachten" sei (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 275 mit Hinweisen), muss bezweifelt werden, ist doch eine mit einer Sache befasste Behörde bloss eine im fraglichen Bereich zuständige Behörde. Wie es sich damit verhält, braucht jedoch nicht geprüft zu werden, wenn es an der behaupteten Nichtigkeit des angefochtenen Entscheids fehlt:
Das Bundesverwaltungsgericht hat zwar festgehalten, es sei nach dem in <ref-law> vorgesehenen Rechtsmittelweg vorzugehen (Anfechtung der Verfügung des Bundesamts direkt beim Bundesverwaltungsgericht); wenn es, trotz Nichtanwendung von <ref-law>, von einem das Gebiet der Milchkontingentierung beschlagenden Rechtsstreit ausgeht, liegt darin kein unauflöslicher Widerspruch. Der angefochtene Entscheid geht letztlich von einer Unterscheidung zwischen eigentlichen Entscheiden "über die Milchkontingentierung" und Entscheiden "betreffend die Milchkontingentierung" aus. Weder dieses (sichtlich auch dem Urteil 2C_845/2008 zugrunde liegende) Konzept noch die Darlegungen namentlich in E. 3.4 des angefochtenen Entscheids über Sinn und Zweck von <ref-law> im Zusammenhang mit Art. 36a Abs. 2 und Art. 169 LwG bzw. den Vollzugsbestimmungen dazu erlauben die Annahme eines tief greifenden, schwerwiegenden Mangels (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 275 mit Hinweisen), der den angefochtenen Entscheid nichtig werden liesse. Ferner zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf, dass mit der Regelung von Art. 166 in Verbindung mit <ref-law> oder sonst mit einer Norm des Landwirtschaftsgesetzes das Ziel verfolgt worden sei, in jedem Fall einen Rechtsweg über zwei Instanzen zu garantieren und insofern die Anwendung von Art. 83 lit. s BGG (bzw. der früheren ähnlichen Ausnahmebestimmung des OG) spezialgesetzlich zu begrenzen. Unter diesen Umständen bleibt die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 83 lit. s BGG unzulässig. Dem Bundesgericht ist es mithin verwehrt, die vom Bundesverwaltungsgericht vorgenommene Abgrenzung zwischen Art. 166 und <ref-law> - weiter als vorliegend im Zusammenhang mit der Nichtigkeitsfrage erforderlich - auf ihre Bundesrechtsmässigkeit hin zu überprüfen.
2.4 Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde (<ref-law>) ist mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2.5 Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind entsprechend dem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller