Erwägungen:
1. 1.1 X._, geboren 1979, ist Staatsangehöriger der Republik Portugal. Als Zehnjähriger gelangte er im Familiennachzug in die Schweiz, wo er in die Niederlassungsbewilligung seiner Eltern einbezogen wurde. Er trat zunächst in der Schule disziplinarrechtlich, später mit einer langen Reihe strafrechtlicher Delikte in Erscheinung. Er wurde bestraft:
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am 28. August 1995 mit Einweisung auf unbestimmte Zeit in ein Erziehungsheim u. a. wegen mehrfachen Diebstahls, mehrfacher Hehlerei und unbefugten Aufbewahrens von Heroin;
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am 19. Februar 1996 bzw. am 22. September 1997 mit Einweisung für mindestens zwei Jahre in ein Erziehungsheim bzw. mit Einschliessung von sechs Wochen u. a. wegen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung, mehrfachen Hausfriedensbruchs und - nur im Urteil von 1996 - mehrfacher Widerhandlung gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung;
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am 6. Oktober 1998 mit einer Busse wegen Widerhandlung gegen die Umweltschutzgesetzgebung;
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am 8. Dezember 1998 und 11. Februar 1999 mit Bussen wegen Widerhandlungen gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung;
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am 29. November 2001 mit zehn Tagen Gefängnis, bedingt, u. a. wegen Diebstahls;
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am 21. Januar 2002 und 29. Januar 2002 mit Bussen wegen Widerhandlungen gegen die Strassenverkehrsgesetzgebung;
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am 1. März 2002 mit einer Busse wegen Widerhandlung gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung;
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am 18. Februar 2003 mit zehn Wochen Gefängnis u. a. wegen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung und mehrfachen Hausfriedensbruchs;
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am 13. August 2003 mit 14 Monaten Gefängnis, bedingt, aufgeschoben zugunsten einer stationären Massnahme vom 13. August 2003 bis 30. November 2004 mit anschliessender Probezeit von zwei Jahren und Anordnung der Schutzaufsicht u. a. wegen mehrfachen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung, Hausfriedensbruchs und mehrfacher Widerhandlung gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung;
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am 1. März 2005 mit zehn Wochen Gefängnis und Busse u. a. wegen Diebstahls, Sachbeschädigung und Hausfriedensbruchs;
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am 6. April 2005 mit 15 Tagen Haft wegen geringfügigen Diebstahls;
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am 11. Januar 2006 mit 30 Tagen Gefängnis und Busse wegen mehrfacher Widerhandlung gegen die Betäubungsmittel- und Strassenverkehrsgesetzgebung;
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am 12. Juli 2006 mit 21 Tagen Gefängnis wegen Widerhandlung gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung;
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am 20. August 2008 mit einer unbedingten Freiheitsstrafe von drei Jahren und einer Busse wegen Widerhandlungen gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung;
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am 21. April 2009 mit einer Busse wegen Widerhandlungen gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung, begangen während des Strafvollzugs;
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am 24. August 2009 mit einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen wegen Gewalt und Drohung gegen Beamte, begangen während des Strafvollzugs, und
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am 30. Juni 2010 mit einer Busse wegen widerrechtlichen Überschreitens der Geleise.
1.2 Am 28. Januar 2010 wurde X._ bedingt aus dem Strafvollzug entlassen, worin er sich seit dem 25. Februar 2008 (mit vorangehender Untersuchungshaft seit dem 11. Januar 2008) befunden hatte. Bis zum Ende der Probezeit am 7. Februar 2011 wurde er unter Bewährungshilfe gestellt. Die Migrationsbehörden des Kantons Aargau hatten ihn mit Verfügung vom 2. März 2000 verwarnt und mit Schreiben vom 30. September 2003 ermahnt. Am 1. Februar 2010 widerriefen sie seine Niederlassungsbewilligung und wiesen ihn aus der Schweiz weg. Die dagegen erhobene Einsprache und die Beschwerde an das Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau, das am 15. November 2012 urteilte, blieben erfolglos.
1.3 Mit Eingabe vom 4. Januar 2013 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, das angefochtene Urteil vom 15. November 2012 sei aufzuheben, es sei ihm die Niederlassungsbewilligung zu belassen und von seiner Wegweisung aus der Schweiz sei abzusehen. Während das Amt für Migration und Integration des Kantons Aargau und das Bundesamt für Migration die Abweisung der Beschwerde beantragen, sieht die Vorinstanz von einem Antrag ab.
1.4 Die Eintretensvoraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Indessen erweist sich das Rechtsmittel als offensichtlich unbegründet. Die Beschwerde ist ohne Weiterungen im vereinfachten Verfahren zu erledigen (Art. 109 BGG).
2. 2.1 Selbst nach Auffassung des Beschwerdeführers ist ein landesrechtlicher Widerrufsgrund im Sinne von Art. 63 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) gegeben. Gemäss dieser Norm kann die Niederlassungsbewilligung (Art. 34 AuG) von Ausländerinnen und Ausländern, die sich seit mehr als 15 Jahren ununterbrochen und ordnungsgemäss in der Schweiz aufhalten, namentlich aufgrund der Verurteilung zu einer längerfristigen Freiheitsstrafe (Art. 62 lit. b AuG) widerrufen werden. Das Erfordernis der "Längerfristigkeit", wie es die Praxis umschrieben hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 381; <ref-ruling> E. 2 S. 299 ff.), ist allein schon mit Blick auf die Verurteilung vom 20. August 2008 zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von drei Jahren erfüllt.
2.2 Als Angehöriger der Republik Portugal fällt der Beschwerdeführer unter das Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten anderseits über die Freizügigkeit (FZA; SR 0.142.112.681). Widerruf und Erlöschen der Niederlassungsbewilligung werden im Abkommen nicht geregelt. Landesrechtlich sieht Art. 23 Abs. 2 der Verordnung vom 22. Mai 2002 über die Einführung des freien Personenverkehrs (VEP; SR 142.203) vor, dass Art. 63 AuG [auch] für den Widerruf der Niederlassungsbewilligung EU/EFTA massgebend sei. Gemäss Art. 5 Abs. 1 Anhang I zum FZA dürfen die aufgrund des FZA eingeräumten Rechte allerdings nur durch Massnahmen eingeschränkt werden, die aus Gründen der öffentlichen Ordnung, Sicherheit und Gesundheit gerechtfertigt sind (<ref-ruling> E. 5 S. 234 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 357 f.; Urteil 2C_828/2011 vom 12. Oktober 2012 E. 4.3.3, zur Publ. bestimmt).
2.3 Strafurteile können für einen Widerruf der Niederlassungsbewilligung herangezogen werden, soweit die Umstände ein persönliches Verhalten erkennen lassen, das eine gegenwärtige Gefährdung der öffentlichen Ordnung begründet. Verlangt wird eine hinreichende Wahrscheinlichkeit, dass die ausländische Person auch künftig die öffentliche Sicherheit und Ordnung stören wird. Je schwerer die möglichen Rechtsgüterverletzungen, umso niedriger sind die Anforderungen, die an die Rückfallgefahr zu stellen sind (Urteile 2C_839/2011 vom 28. Februar 2012 E. 2.2; 2C_903/2010 vom 6. Juni 2011 E. 4.3, nicht publ. in <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 20). Hinzu kommt, dass für Legalprognosen in fremdenpolizeilicher Hinsicht mit Blick auf das Interesse der öffentlichen Ordnung und Sicherheit ein strengerer Beurteilungsmassstab herrscht als im Strafrecht, von welchem sich der Beschwerdeführer hauptsächlich leiten lässt (<ref-ruling> E. 4.3.3 S. 188; <ref-ruling> E. 5b S. 132).
2.4 Die Vorinstanz geht von einer konkreten Gefahr für die Gesellschaft aus. Mit Blick auf die seit dem 14. Altersjahr begangenen Straftaten attestiert sie dem Beschwerdeführer - in Würdigung der Beweise und damit in für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlicher Weise (Art. 105 Abs. 1 BGG) - eine ausserordentlich hohe kriminelle Energie. Sie stellt fest, der Beschwerdeführer sei im offenen Strafvollzug in der Strafanstalt Schöngrün insgesamt 22mal diszipliniert worden, ehe er in die Strafanstalt Wauwilermoos versetzt worden sei. Die Vorinstanz ruft sodann die verschiedenen Gutachten in Erinnerung, in welchen der Beschwerdeführer zuletzt als mässig kooperativ (psychiatrische Dienste Aarau; 10. Oktober 2011) bzw. als konstruktiv und mit positiver Legalprognose (Bewährungshilfe; 8. Februar 2011) beschrieben wird. Wie die Vorinstanz weiter festhält, wurde die Rückfallgefahr bezüglich Drogenmissbrauchs von der Strafanstalt Schöngrün als "mittel bis hoch" eingeschätzt (3. August 2009) und hielt die Strafanstalt Wauwilermoos am 20. November 2009 fest, es werde ihm kaum gelingen, ohne Substitutionsbehandlung frei von Drogen zu leben. Schliesslich verweist die Vorinstanz auf das forensisch-toxikologische Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Bern vom 11. Januar 2012, wonach der Beschwerdeführer von Anfang September bis Anfang November 2011 mehrfach bis regelmässig Heroin und Methadon konsumiert habe.
2.5 Mit ihrer für den Beschwerdeführer ungünstigen Legalprognose verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht. Vor dem Hintergrund der Häufigkeit und Abfolge der Vorstrafen - Verurteilung seit 1995 gewissermassen im "Jahrestakt" - und fehlgeschlagener Therapien begründet sie willkürfrei, dass der Beschwerdeführer seine Drogenabhängigkeit nicht überwunden hat. Sie übersieht nicht, dass es während zweieinhalb Jahren zu keiner Verurteilung mehr gekommen ist und billigt dem Beschwerdeführer stabile berufliche Verhältnisse zu. Wenn der Beschwerdeführer den vorinstanzlichen Überlegungen entgegenhält, er sei nun verlobt, lebe methadonfrei und habe den endgültigen Ausstieg aus der Drogenwelt geschafft, sind diese neuen Tatsachen nicht zu hören (Art. 99 Abs. 1 BGG). Fest steht hingegen, dass er mit dem Verkauf von 1'040 Gramm und dem Verschenken weiterer 180 Gramm Heroin die Gesundheit vieler Menschen gefährdet hat (Urteile 2C_141/2012 vom 30. Juli 2012 E. 6.1; 2C_932/2011 vom 7. Juni 2012 E. 5.1; 6B_13/2012 vom 19. April 2012 E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.3 S. 103; <ref-ruling> E. 2a S. 338; <ref-ruling> E. 3b S. 144).
Seit 1995 ist der Beschwerdeführer immer wieder im Zusammenhang mit Drogendelikten verurteilt worden, darüber hinaus wegen Vermögensdelikten. Selbst ein Unfall, der zu einer fortdauernden Behinderung führte, die ausländerrechtliche Verwarnung (2000) und Ermahnung (2003), die stationären und ambulanten Therapien vermochten ihn während langen Jahren nicht vom Delinquieren abzubringen. Wenn er nun vorträgt, er habe sich "sehr zum Positiven verändert", ist dies wenig fundiert. Nach den verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen hat er im Herbst 2011, also nach der Entlassung aus dem Strafvollzug und dem Ablauf der Bewährungshilfe, mehrfach Heroin konsumiert. Die Vorinstanz musste von einer akuten Rückfallgefahr im Sinn des FZA ausgehen. Unter den gegebenen, vom Beschwerdeführer im Grund unbestrittenen Umständen, die schon landesrechtlich klarerweise Anlass für den Widerruf der Niederlassungsbewilligung geben, kann der Beschwerdeführer aus dem FZA nichts anderes ableiten.
3. 3.1 Der Widerruf einer Niederlassungsbewilligung muss sich in jedem Fall als verhältnismässig erweisen. Dies erfordert eine Verhältnismässigkeitsprüfung, welche die wesentlichen Umstände des Einzelfalls berücksichtigt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112; <ref-ruling> E. 2b S. 523 f.). Soweit die betroffene Person neben dem landes- und abkommensrechtlichen Anspruch (auch) das Recht auf Achtung des Privat- und Familienlebens im Sinne von Art. 8 Ziff. 1 EMRK anrufen kann, ist über die landes- und abkommensrechtliche Verhältnismässigkeitsprüfung hinaus eine solche gemäss dem Konventionsrecht vorzunehmen (Art. 8 Ziff. 2 EMRK; <ref-ruling> E. 2 S. 5 f.). Die Anforderungen nach Art. 96 Abs. 1 AuG entsprechen den vom Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte entwickelten konventionsrechtlichen Kriterien. Die Prüfung kann demnach in einem einzigen Schritt vorgenommen werden (Urteile 2C_605/2012 vom 20. Februar 2013 E. 3.1; 2C_249/2012 vom 7. Dezember 2012 E. 2.2). Bei der Prüfung sind namentlich die Schwere des Verschuldens, der Grad der Integration bzw. die Dauer der bisherigen Anwesenheit sowie die der betroffenen Person und ihrer Familie drohenden Nachteile zu beachten (<ref-ruling> E. 4.3 S. 381).
3.2 Die Vorinstanz nimmt eine ausserordentlich sorgfältige Abwägung der widerstreitenden Interessen vor. Sie würdigt das öffentliche Interesse am Widerruf der Niederlassungsbewilligung als sehr gross, das private Interesse an deren Belassung als gross. Dies ist nicht zu beanstanden. Im Falle von schweren oder wiederholten Straftaten, insbesondere bei Gewalt- und Betäubungsmitteldelikten, besteht ein erhebliches öffentliches Interesse an der Fernhaltung der ausländischen Person (Urteil 2C_372/2012 vom 7. Dezember 2012 E. 4.1; <ref-ruling> E. 4.4.2 S. 190; <ref-ruling> E. 4a/aa und 4a/bb S. 526 ff.; <ref-ruling> E. 2c S. 436). Das begangene Unrecht unter Gefährdung der Gesundheit vieler Menschen, dessen Wiederholung nun droht, wird durch die langjährige Anwesenheit in der Schweiz, durch die angeschlagene Gesundheit der Eltern, mit denen der Beschwerdeführer zusammen wohnt, und die stabilisierte berufliche Situation nicht aufgewogen. Die Rückkehr nach Portugal, wo er die zehn ersten Lebensjahre verbrachte, ist ihm ohne Weiteres zuzumuten. Dass er, wie er behauptet, die Sprache verlernt haben könnte, ist nach dem allgemeinen Lauf der Dinge höchst unwahrscheinlich, letztlich aber auch nicht ausschlaggebend.
4. 4.1 Bundes- (Art. 95 lit. a BGG) und Völkerrecht (Art. 95 lit. b BGG) werden damit durch den angefochtenen Entscheid nicht verletzt. Für alles Weitere kann auf die Begründung des angefochtenen Entscheides verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG). Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen.
4.2 Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Dem obsiegenden Kanton Aargau ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher