Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Am 31. August 1992 schloss die A._ GmbH (Klägerin) - bzw. deren Rechtsvorgänger - mit der B._ AG (Beklagte) einen "Pachtvertrag" betreffend den Nachtclub X._ in Basel. Gemäss einem Nachtrag zum ursprünglichen Vertrag wurde der jährliche Mietzins mit Wirkung ab 1. Oktober 2002 auf Fr. 192'000.-- pro Jahr bzw. Fr. 16'000.-- pro Monat festgesetzt.
Seit März 2003 traten Mängel an der Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage auf. Die Parteien sind sich darin einig, dass diese Mängel zu einer Mietzinsreduktion von Fr. 2'000.-- führen. Trotz den aufgetretenen Mängeln bezahlte die Klägerin vorerst von März bis Dezember 2003 den vollen Mietzins von Fr. 16'000.-- pro Monat. Nachdem die Mängel weiterhin nicht behoben worden waren, hinterlegte die Klägerin bei der zuständigen Schlichtungsstelle für die Zeit von Januar bis April 2004 den monatlichen Mietzins von Fr. 16'000.--, insgesamt also Fr. 64'000.--. In der Folge hat die Klägerin den Mietzins für die Zeit von Mai bis Juli 2004 weder der Beklagten bezahlt noch bei der Schlichtungsstelle hinterlegt. Für die Zeit von August bis Oktober 2004 wurde der Klägerin der Mietzins erlassen, weil während dieser Zeit das Mietobjekt wegen Erneuerungsarbeiten nicht zur Verfügung stand. Per Ende Oktober 2004 wurde das Mietverhältnis zwischen den Parteien aufgelöst. Umstritten ist die Verwendung des hinterlegten Mietzinses von Fr. 64'000.-- unter Berücksichtigung des Herabsetzungsanspruchs der Klägerin einerseits und der Ansprüche der Beklagten auf Bezahlung des ausstehenden Mietzinses andrerseits.
Seit März 2003 traten Mängel an der Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage auf. Die Parteien sind sich darin einig, dass diese Mängel zu einer Mietzinsreduktion von Fr. 2'000.-- führen. Trotz den aufgetretenen Mängeln bezahlte die Klägerin vorerst von März bis Dezember 2003 den vollen Mietzins von Fr. 16'000.-- pro Monat. Nachdem die Mängel weiterhin nicht behoben worden waren, hinterlegte die Klägerin bei der zuständigen Schlichtungsstelle für die Zeit von Januar bis April 2004 den monatlichen Mietzins von Fr. 16'000.--, insgesamt also Fr. 64'000.--. In der Folge hat die Klägerin den Mietzins für die Zeit von Mai bis Juli 2004 weder der Beklagten bezahlt noch bei der Schlichtungsstelle hinterlegt. Für die Zeit von August bis Oktober 2004 wurde der Klägerin der Mietzins erlassen, weil während dieser Zeit das Mietobjekt wegen Erneuerungsarbeiten nicht zur Verfügung stand. Per Ende Oktober 2004 wurde das Mietverhältnis zwischen den Parteien aufgelöst. Umstritten ist die Verwendung des hinterlegten Mietzinses von Fr. 64'000.-- unter Berücksichtigung des Herabsetzungsanspruchs der Klägerin einerseits und der Ansprüche der Beklagten auf Bezahlung des ausstehenden Mietzinses andrerseits.
B. Das Zivilgericht Basel-Stadt (Dreiergericht), welches seinerzeit noch eine Mangelhaftigkeit der Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage ab März 2002 unterstellte, erkannte mit Urteil vom 29. November 2004 im Wesentlichen, dass der Pachtzins/Mietzins mit Wirkung ab März 2002 um monatlich Fr. 2'000.-- herabzusetzen sei und dass vom hinterlegten Mietzins Fr. 64'000.-- (Reduktion von Fr. 2'000.-- pro Monat für die Zeit von März 2002 bis Ende Oktober 2004) an die Klägerin und der Restbetrag an die Beklagte auszuzahlen sei.
Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, mit welcher sie beantragte, es sei die Klage in Aufhebung des angefochtenen Urteils abzuweisen und die hinterlegten Mietzinse an sie herauszugeben. Mit Urteil vom 7. Juni 2005 erkannte das Appellationsgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde, dass der Pachtzins/Mietzins mit Wirkung ab März 2003 um monatlich Fr. 2'000.-- herabzusetzen und vom hinterlegten Mietzins im Gesamtbetrag von Fr. 64'000.-- Fr. 8'000.-- an die Klägerin und Fr. 56'000.-- an die Beklagte auszuzahlen sei.
Gegen diesen Entscheid erhob die Beklagte Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, mit welcher sie beantragte, es sei die Klage in Aufhebung des angefochtenen Urteils abzuweisen und die hinterlegten Mietzinse an sie herauszugeben. Mit Urteil vom 7. Juni 2005 erkannte das Appellationsgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde, dass der Pachtzins/Mietzins mit Wirkung ab März 2003 um monatlich Fr. 2'000.-- herabzusetzen und vom hinterlegten Mietzins im Gesamtbetrag von Fr. 64'000.-- Fr. 8'000.-- an die Klägerin und Fr. 56'000.-- an die Beklagte auszuzahlen sei.
C. Mit Berufung vom 14. September 2005 beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt sei insoweit aufzuheben, als damit von den hinterlegten Mietzinsen Fr. 8'000.-- an die Klägerin und Fr. 56'000.-- an die Beklagte freigegeben werden. Vielmehr sei von den hinterlegten Mietzinsen Fr. 40'000.-- an die Klägerin und Fr. 24'000.-- an die Beklagte freizugeben. Eventualiter sei die Sache zur weiteren Abklärung des Sachverhaltes und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück zu weisen.
Die Beklagte beantragt die Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Parteien haben den zwischen ihnen abgeschlossenen Vertrag als "Pachtvertrag" bezeichnet. In ihren Rechtsschriften scheinen sie demgegenüber vom Vorliegen eines Mietvertrages auszugehen. Das Appellationsgericht hat sich bezüglich der Vertragsqualifikation nicht festgelegt. Die Abgrenzung zwischen Pacht und (gastgewerblicher) Miete kann heikel sein (vgl. zu den Abgrenzungskriterien BGE 103 III 247 E. 2b S. 252 f. mit Hinweisen). Da für die im vorliegenden Fall zu beurteilenden Rechtsfragen die genaue Qualifikation des Vertrages irrelevant ist, kann die Frage offen gelassen werden. Entsprechend der von beiden Parteien verwendeten Bezeichnung ist vom Vorliegen eines Mietvertrages auszugehen.
1. Die Parteien haben den zwischen ihnen abgeschlossenen Vertrag als "Pachtvertrag" bezeichnet. In ihren Rechtsschriften scheinen sie demgegenüber vom Vorliegen eines Mietvertrages auszugehen. Das Appellationsgericht hat sich bezüglich der Vertragsqualifikation nicht festgelegt. Die Abgrenzung zwischen Pacht und (gastgewerblicher) Miete kann heikel sein (vgl. zu den Abgrenzungskriterien BGE 103 III 247 E. 2b S. 252 f. mit Hinweisen). Da für die im vorliegenden Fall zu beurteilenden Rechtsfragen die genaue Qualifikation des Vertrages irrelevant ist, kann die Frage offen gelassen werden. Entsprechend der von beiden Parteien verwendeten Bezeichnung ist vom Vorliegen eines Mietvertrages auszugehen.
2. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage seit März 2003 nicht mehr funktionstüchtig ist und insofern von einem Mangel im Sinn von <ref-law> auszugehen ist. Die Parteien sind sich auch darin einig, dass sich aufgrund dieses Mangels gestützt auf <ref-law> eine Reduktion des Mietzinses um Fr. 2'000.-- pro Monat rechtfertigt. Umstritten ist nur die Frage, welcher Betrag aus den hinterlegten Mietzinsen von Fr. 64'000.-- (4 Monate à Fr. 16'000.-- [Januar bis April 2004]) zur Abgeltung des Herabsetzungsanspruchs an die Klägerin auszuzahlen ist.
2.1 Der Appellationshof geht davon aus, die Mietzinse von Fr. 64'000.-- seien für die Monate Januar bis April 2004 hinterlegt worden (4 Monate à Fr. 16'000.--). Es rechtfertige sich nicht, den gesamten Reduktionsanspruch für die Zeit von März 2003 bis Ende Oktober 2004 in der Höhe von Fr. 40'000.-- (20 Monate à Fr. 2'000.--) aus dem hinterlegten Mietzins abzugelten. Von März 2003 bis zur Beendigung des Mietvertrages per Ende Oktober 2004 hätte ein reduzierter Mietzins im Gesamtbetrag von Fr. 280'000.-- (20 Monate à Fr. 14'000.--) entrichtet werden müssen. Bezahlt habe die Klägerin in dieser Zeit jedoch lediglich Fr. 224'000.--, nämlich zehn Monate (von März bis Dezember 2003) à Fr. 16'000.-- an die Beklagte und 4 Monate (von Januar bis April 2004) à Fr. 16'000.-- durch Hinterlegung bei der Schlichtungsstelle. Im Übrigen habe die Klägerin nicht behauptet, dass sie von Mai 2004 bis zur Auflösung des Mietverhältnisses Ende Oktober 2004 noch Mietzinse bezahlt habe. Im Gegenteil habe sie ausdrücklich zugestanden, dass die Mietzinse seit Juli 2004 nicht mehr bezahlt und auch nicht hinterlegt worden seien. Wenn der gesamte Herabsetzungsanspruch aus dem hinterlegten Betrag abzugelten wäre, würde ein Anteil der Reduktion auf den Mietzins für die Dauer von Mai bis Oktober 2004 entfallen, während welcher Zeit die Klägerin gar keinen Mietzins bezahlt habe. Es erscheine daher richtig, den für Januar bis April 2004 hinterlegten Betrag so aufzuteilen, dass nur der auf diese Monate entfallende Reduktionsanspruch an die Klägerin gehe und der Restbetrag an die Beklagte auszuzahlen sei. Damit werde auch dem Umstand Rechnung getragen, dass der hinterlegte Mietzins für einen bestimmten Monat hinterlegt sei und grundsätzlich die für diesen Monat geschuldete Miete abdecken soll.
2.2 Dagegen wendet die Klägerin einerseits ein, dass der Herabsetzungsanspruch nicht auf die Monate, während welcher der Mietzins hinterlegt worden sei (im vorliegenden Fall Januar bis April 2004), hätte beschränkt werden dürfen; vielmehr hätte die Herabsetzung für die ganze Zeit ab März 2003 bis zum Ende des Mietvertrages im Oktober 2004 gewährt werden müssen. Andrerseits hätte bei der Bestimmung des Herabsetzungsanspruches für die Zeit von März 2003 bis Oktober 2004 nicht berücksichtigt werden dürfen, dass angeblich für die Zeit ab Mai bis Oktober 2004 gar keine Mietzinse mehr bezahlt worden seien; die angeblichen Mietzinsausstände seien von der Klägerin bestritten und in der Folge weder im Verfahren vor Zivilgericht noch im Verfahren vor Appellationsgericht abgeklärt worden.
2.3 Soweit die Klägerin der Vorinstanz zunächst vorwirft, ihre Ausführungen in Bezug auf die Mietzinsausstände für die Zeit von Mai bis Oktober 2004 beruhten insofern auf einem offensichtlichen Versehen, als diese übersehen habe, dass der Mietzins für den Mai 2004 vorweg bereits im März 2004 bezahlt worden sei, erweist sich die Berufung als unbegründet. Zwar hat die Klägerin anlässlich der zivilgerichtlichen Verhandlung vom 10. August 2004 tatsächlich zu Protokoll gegeben, dass im März 2004 nicht nur ein Mietzins von Fr. 16'000.-- bei der Schlichtungsbehörde deponiert, sondern dass zusätzlich auch der gleiche Betrag von Fr. 16'000.-- direkt der Beklagten bezahlt worden sei. Entgegen ihrer Darstellung hat sie damals aber keineswegs ausgeführt, dass es bei dieser Zahlung um eine vorzeitige Abgeltung eines Mietzinses für Mai 2004 gehandelt haben soll. Zutreffen könnte nämlich auch die Darstellung der Beklagten, dass mit der doppelten Bezahlung des Mietzinses im März 2004 ein früherer Mietzinsausstand habe abgegolten werden sollen. Von einem offensichtlichen Versehen kann somit keine Rede sein.
2.4 Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die Klägerin die Mietzinse für die Zeit von Januar bis April 2004 gestützt auf <ref-law> gültig hinterlegt hat. Ebenfalls unbestritten ist, dass die Klägerin rechtzeitig innerhalb der Frist von <ref-law> ihre Ansprüche bei der Schlichtungsstelle geltend gemacht hat. Nachdem es der Schlichtungsstelle nicht gelungen war, eine Einigung zwischen den Parteien herbeizuführen, muss nun gemäss <ref-law> ein Entscheid über "die Ansprüche der Vertragsparteien" und "die Verwendung der Mietzinse" gefällt werden.
2.4.1 Zunächst ist zu prüfen, was "die Ansprüche der Vertragsparteien" sind. Wenn wie im vorliegenden Fall der Mieter im Hinterlegungsverfahren Kläger ist, stehen in Bezug auf die Ansprüche des Mieters der Mängelbeseitigungsanspruch (<ref-law>) sowie die weiteren Mängelrechte - insbesondere Herabsetzung des Mietzinses (<ref-law>) und Schadenersatz (<ref-law>) - zur Diskussion. Da das Gesetz von Ansprüchen der "Vertragsparteien" spricht, sind auch Ansprüche des Vermieters zu prüfen, sofern diese mit dem Mangel, der Ursache für die Hinterlegung war, in Zusammenhang stehen oder einredeweise - z.B. als Verrechnungsansprüche - geltend gemacht werden können (Higi, a.a.O., N. 26 zu <ref-law>, mit Hinweisen).
2.4.2 In Bezug auf die Ansprüche der Klägerin - in ihrer Eigenschaft als Mieterin - steht ausschliesslich der Herabsetzungsanspruch in Frage. Weitere Mängelrechte werden nicht geltend gemacht. Gemäss <ref-law> kann der Mieter beim Vorliegen von Mängeln vom Vermieter verlangen, dass er den Mietzins vom Zeitpunkt, in dem er vom Mangel erfahren hat, bis zur Behebung des Mangels entsprechend herabsetzt.
Das Ausmass der Herabsetzung ist zufolge des Mangels des Mietobjektes von der Vorinstanz unangefochten auf Fr. 2'000.-- pro Monat festgesetzt worden. Darauf ist nicht zurückzukommen. Die Dauer der Herabsetzung wird von <ref-law> klar definiert. Der Herabsetzungsanspruch setzt im Zeitpunkt ein, in welchem der Vermieter "vom Mangel erfahren hat" und dauert bis "zur Behebung des Mangels". Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz, der Herabsetzungsanspruch sei auf die Zeit zu beschränken, während welcher der Mietzins hinterlegt worden sei (im vorliegenden Fall für vier Monate von Januar bis April 2004), findet im Gesetz keine Stütze. Umgekehrt ist jedoch auch die Auffassung der Klägerin nicht vollumfänglich überzeugend, dass der Herabsetzungsanspruch für die ganze Zeit, seit der Vermieter vom Mangel Kenntnis erlangt habe, bis zur Beendigung des Mietvertrages geschuldet sei (im vorliegenden Fall also für 20 Monate von März 2003 bis Oktober 2004). Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz wurde der Mietzins nämlich nur bis und mit April 2004 entrichtet (bis Dezember 2003 durch Bezahlung an die Beklagte und von Januar bis April 2004 durch Hinterlegung bei der Schlichtungsstelle). Ab Mai 2004 bis Oktober 2004 wurde demgegenüber kein Mietzins mehr bezahlt, wobei die Beklagte einräumt, dass für die Monate August bis Oktober 2004 auch kein Mietzins verlangt worden sei, weil in dieser Zeit das Mietobjekt wegen der Erneuerung der Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlage nicht zur Verfügung gestanden sei. Der Mieter, der keinen Mietzins entrichtet hat, kann für den nicht bezahlten Mietzins aber auch keine Herabsetzung verlangen. Vielmehr steht dem Vermieter für diese Zeit ein - um die Höhe der Herabsetzung reduzierter - Erfüllungsanspruch zu, sofern sich die Parteien nicht auf den Erlass des Mietzinses geeinigt haben. Der Herabsetzungsanspruch von Fr. 2'000.-- pro Monat ist somit geschuldet für die Zeit von März 2003 bis April 2004. Für diese Dauer von 14 Monaten ergibt sich aufgrund der unangefochten auf Fr. 2'000.-- pro Monat festgesetzten Reduktion ein gesamthafter Herabsetzungsanspruch von Fr. 28'000.--.
2.4.3 Im Folgenden ist im Zusammenhang mit "der Verwendung der hinterlegten Mietzinse" im Gesamtbetrag von Fr. 64'000.-- zu prüfen, ob der Herabsetzungsanspruch der Klägerin von Fr. 28'000.-- vollumfänglich aus diesem Betrag abzugelten ist oder ob auch die Beklagte Ansprüche gegenüber der Klägerin geltend zu machen vermag, die aus dem hinterlegten Mietzins zu befriedigen sind. Wie erwähnt ist für den Fall, dass keine Einigung der Parteien erzielt werden kann, ein Entscheid über "die Ansprüche der Vertragsparteien" zu fällen, welche Formulierung unter bestimmten Voraussetzungen auch Ansprüche der Beklagten in ihrer Eigenschaft als Vermieterin einschliesst (vgl. E. 2.4.1). Es ist daher zu prüfen, ob die Beklagte gegenüber dem Herabsetzungsanspruch der Klägerin im Umfang von Fr. 28'000.-- einredeweise eigene Ansprüche geltend machen kann.
Die Vorinstanz führte aus, dass im Zusammenhang mit der Verwendung der hinterlegten Mietzinse nicht nur der Herabsetzungsanspruch der Klägerin, sondern auch der Umstand zu berücksichtigen sei, dass die Klägerin der Beklagten für die Dauer von Mai bis Oktober 2004 unbestritten keinen Mietzins bezahlt habe. Zu dieser Begründung ist zu bemerken, dass nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz zwar tatsächlich von Mai 2004 bis zur Beendigung des Mietvertrages per Ende Oktober 2004 kein Mietzins mehr bezahlt wurde, wobei nach der Darstellung der Beklagten der Mietzins für die Monate August bis Oktober 2004 erlassen worden sein soll. Es gibt jedoch keine Anhaltspunkte dafür, dass die Beklagte ihren Erfüllungsanspruch hinsichtlich der für die fragliche Zeit möglicherweise noch geschuldeten Mietzinse im gerichtlichen Hinterlegungsverfahren durch Verrechnung mit dem Herabsetzungsanspruch der Klägerin geltend gemacht hat. Im Gegenteil führt die Beklagte in der Berufungsantwort ausdrücklich aus, dass sie mit einer Eingabe vom 10. Januar 2005 an die Schlichtungsstelle die ausstehenden Mietzinse eingeklagt habe. Wenn aber keine Verrechnung erklärt, sondern im Gegenteil in einem separaten Verfahren der behauptete Mietzinsausstand eingeklagt wurde, durfte das Appellationsgericht dem ausgewiesenen Herabsetzungsanspruch der Klägerin in der Höhe von Fr. 28'000.-- nicht einen Anspruch aus angeblich ausstehenden Mietzinsen entgegenhalten, der gar nicht zur Verrechnung gestellt wurde. Insbesondere ist der Hinweis des Appellationsgerichtes nicht überzeugend, der Beklagten sei nicht zuzumuten, im Zusammenhang mit den angeblich ausstehenden Mietzinsen eine separate Klage gegen die Klägerin zu erheben, die ihr je nach Solvenz der Beklagten unter Umständen gar nichts einbringen würde. In dieser Situation hätte eben die Möglichkeit bestanden, gegenüber dem Herabsetzungsanspruch die Einrede der Verrechnung zu erklären, von welcher Möglichkeit die Beklagte jedoch wie erläutert keinen Gebrauch gemacht hat.
2.5 Zusammenfassend kann somit festgehalten werden, dass sich der Herabsetzungsanspruch der Klägerin auf Fr. 28'000.-- beläuft. Die Auffassung der Vorinstanz, dass eine Mietzinsherabsetzung nur für die Monate, während welcher der Mietzins hinterlegt worden sei, geschuldet sei, ist nicht überzeugend. Massgebend ist vielmehr die Dauer vom Zeitpunkt, in welchem die Beklagte vom Mangel Kenntnis erlangt hat, bis zur Behebung des Mangels bzw. im vorliegenden Fall bis zur Auflösung des Vertrages, wobei die Reduktion nur solange geltend gemacht werden kann, als der Mietzins auch bezahlt oder hinterlegt wurde (vgl. E. 2.4.2). Diesem Herabsetzungsanspruch hätte zwar die Einrede der Verrechnung mit einer allfälligen Forderung der Beklagten, die auf ausstehenden Mietzinsen beruht, entgegengesetzt werden können. Eine solche Verrechnungserklärung wurde jedoch nie abgegeben. Vielmehr hat es die Beklagte vorgezogen, ein angebliches Mietzinsguthaben durch selbständige Klage geltend zu machen (vgl. E. 2.4.3). Die Berufung ist daher teilweise gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Vom hinterlegten Mietzins von Fr. 64'000.-- sind Fr. 28'000.-- der Klägerin und der Restbetrag der Beklagten herauszugeben. Im Übrigen ist das Verfahren zur Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2.5 Zusammenfassend kann somit festgehalten werden, dass sich der Herabsetzungsanspruch der Klägerin auf Fr. 28'000.-- beläuft. Die Auffassung der Vorinstanz, dass eine Mietzinsherabsetzung nur für die Monate, während welcher der Mietzins hinterlegt worden sei, geschuldet sei, ist nicht überzeugend. Massgebend ist vielmehr die Dauer vom Zeitpunkt, in welchem die Beklagte vom Mangel Kenntnis erlangt hat, bis zur Behebung des Mangels bzw. im vorliegenden Fall bis zur Auflösung des Vertrages, wobei die Reduktion nur solange geltend gemacht werden kann, als der Mietzins auch bezahlt oder hinterlegt wurde (vgl. E. 2.4.2). Diesem Herabsetzungsanspruch hätte zwar die Einrede der Verrechnung mit einer allfälligen Forderung der Beklagten, die auf ausstehenden Mietzinsen beruht, entgegengesetzt werden können. Eine solche Verrechnungserklärung wurde jedoch nie abgegeben. Vielmehr hat es die Beklagte vorgezogen, ein angebliches Mietzinsguthaben durch selbständige Klage geltend zu machen (vgl. E. 2.4.3). Die Berufung ist daher teilweise gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Vom hinterlegten Mietzins von Fr. 64'000.-- sind Fr. 28'000.-- der Klägerin und der Restbetrag der Beklagten herauszugeben. Im Übrigen ist das Verfahren zur Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 3 OG) und die Parteientschädigungen wettzuschlagen (Art. 159 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Appellationsgerichtes des Kantons Basel-Stadt vom 7. Juni 2005 aufgehoben.
1. Die Berufung wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Appellationsgerichtes des Kantons Basel-Stadt vom 7. Juni 2005 aufgehoben.
2. Der Mietzins wird für die Dauer von März 2003 bis und mit April 2004 um monatlich Fr. 2'000.-- herabgesetzt. Von den hinterlegten Mietzinsen gehen Fr. 28'000.-- an die Klägerin und der Restbetrag an die Beklagte. Weitergehende oder anders lautende Begehren werden abgewiesen.
2. Der Mietzins wird für die Dauer von März 2003 bis und mit April 2004 um monatlich Fr. 2'000.-- herabgesetzt. Von den hinterlegten Mietzinsen gehen Fr. 28'000.-- an die Klägerin und der Restbetrag an die Beklagte. Weitergehende oder anders lautende Begehren werden abgewiesen.
3. Das Verfahren wird zur Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3. Das Verfahren wird zur Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren an die Vorinstanz zurückgewiesen.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
5. Die Prozessentschädigungen werden wettgeschlagen.
5. Die Prozessentschädigungen werden wettgeschlagen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Februar 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: