Faits:
A. C._, née en 1954 et domiciliée en France, a travaillé comme représentante commerciale au service de la société X._ AG jusqu'à la fin du mois d'avril 2006 (date de son licenciement). Souffrant de douleurs au poignet droit (depuis mars 2006), ainsi que de cervicalgies et de douleurs lombaires (à partir d'octobre 2006), à la suite de deux événements accidentels (chute et accident de la circulation) à l'origine de périodes d'incapacité de travail, elle a présenté le 16 octobre 2007 une demande de prestations de l'assurance-invalidité.
L'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger (ci-après: l'OAIE) a pris des renseignements auprès de l'ancien employeur et fait verser à la procédure le dossier établi par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Il en ressortait que l'assurée, qui avait subi un nouvel accident de la circulation le 21 avril 2008, avait été soumise à une expertise pluridisciplinaire auprès de la Clinique Y._. Les docteurs K._, spécialiste FMH en médecine interne et en rhumatologie, et L._, spécialiste FMH en neurologie, ont, après avoir requis l'avis du docteur M._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, fait état d'un traumatisme cervical mineur (le 21 avril 2008), d'un status après traumatisme cervical mineur (le 19 octobre 2006), de lombalgies chroniques non spécifiques, ainsi que des comorbidités suivantes: périarthrite de la hanche droite, douleurs radio-carpiennes droites, status après ostéotomie bilatérale du bassin pour dysplasie des hanches en 1994 et 1995, status après prothèse de la hanche gauche en 2003. Ils ont conclu que si l'examen clinique était objectivement positif, l'évolution subjective était défavorable avec persistance de cervico-céphalées et de lombalgies chroniques s'accompagnant d'une gêne fonctionnelle subjective élevée (rapport du 27 août 2008). Après avoir requis l'avis du docteur N._, médecin auprès de son Service médical, selon lequel l'assurée ne présentait aucune incapacité de travail dans son ancienne activité (avis du 16 août 2009), l'OAIE a informé l'intéressée qu'il comptait rejeter sa demande de prestations, motif pris de l'absence d'invalidité (projet de décision du 19 août 2009). L'assurée a produit un rapport d'imagerie médicale (du 17 septembre 2009) et un avis de son médecin traitant, le docteur O._, généraliste (du 22 septembre 2009), sur lesquels s'est prononcé le docteur N._ (avis du 22 octobre 2009). Par décision du 24 novembre 2009, l'OAIE a rejeté la demande de prestations.
B. L'assurée a déféré cette décision au Tribunal administratif fédéral, en produisant un avis du docteur O._ du 14 décembre 2009, puis, en cours de procédure, un rapport (du 7 mai 2010) du docteur P._, médecine physique et réadaptation. Elle a été déboutée par arrêt du 2 mai 2011.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut au renvoi de la cause à l'office AI pour qu'il procède à une expertise médicale pluridisciplinaire.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
2. Invoquant un déni de justice et une violation du principe inquisitoire, la recourante reproche aux premiers juges de n'avoir pas ordonné une expertise médicale pluridisciplinaire, alors que l'instruction effectuée par l'intimé était insuffisante et lacunaire. L'OAIE s'était en effet fondé seulement sur les rapports du docteur N._, qui ne l'avait jamais vue, ni examinée. Par ailleurs, comme l'examen que doit mener l'assurance-invalidité n'est pas le même que celui de l'assureur-accidents, qui se limite aux strictes conséquences des accidents assurés, l'intimé aurait dû mettre en oeuvre une expertise.
2.1 Selon le principe inquisitoire qui régit la procédure devant le Tribunal administratif fédéral - de même que la procédure administrative dans le domaine des assurances sociales (<ref-law>) -, le juge constate les faits d'office, avec la collaboration des parties et administre les preuves nécessaires (art. 12 et 13 PA en relation avec l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 195). Le juge peut toutefois considérer qu'un fait est prouvé et renoncer à de plus amples mesures d'instruction lorsqu'au terme d'un examen objectif, il ne conçoit plus de doutes sérieux sur l'existence de ce fait (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 324; SVR 2007 IV no 31 p. 111 [I 455/06], consid. 4.1). Si de tels doutes subsistent, il lui appartient de compléter l'instruction de la cause, pour autant que l'on puisse attendre un résultat probant des mesures d'instruction entrant raisonnablement en considération. Le cas échéant, il peut renoncer à l'administration d'une preuve s'il acquiert la conviction, au terme d'une appréciation anticipée des preuves, qu'une telle mesure ne pourrait l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 429; <ref-ruling> consid. 6c/cc in fine p. 135).
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral ne peut, en principe, revoir le résultat de l'appréciation anticipée des preuves - et conclure à une violation du principe de la maxime inquisitoire - qu'en cas d'inexactitude manifeste (art. 97 al. 1 et 105 al. 1 et 2 LTF; cf. également MEYER, in Bundesgerichtsgesetz, 2008, n. 34a, 60 et note 170 ad art. 105).
2.2 Les arguments soulevés par la recourante ne sont pas propres à remettre en cause le résultat de l'appréciation anticipée des preuves à laquelle a procédé l'autorité de recours de première instance.
2.2.1 Comme l'ont dûment retenu les premiers juges, l'expertise pluridisciplinaire des médecins de la Clinique Y._ (du 27 août 2008), bien que rendue au cours de la procédure administrative en matière d'assurance-accidents, a porté sur l'état de santé de la recourante dans son ensemble et les conclusions n'en sont pas limitées aux aspects propres à l'assurance-accidents. Contrairement à ce qu'allègue la recourante, les docteurs K._ et L._ n'ont pas limité leur champ d'investigation à la seule question de la causalité (naturelle) entre les événements accidentels et les atteintes à la santé qu'ils ont diagnostiquées, mais se sont prononcés de manière globale sur ces affections et leurs répercussions éventuelles sur la capacité de travail de l'assurée. Par conséquent, l'expertise de la Clinique Y._ constituait une évaluation médicale pluridisciplinaire sur laquelle l'autorité de recours de première instance, à l'instar de l'intimé, était fondée à s'appuyer pour constater, sous l'angle du droit de l'assurance-invalidité, que si la recourante présentait un certain nombre d'atteintes sur le plan somatique, celles-ci ne l'empêchaient toutefois pas de manière significative d'exercer son ancienne activité de représentante commerciale.
2.2.2 Les critiques de la recourante de nature formelle à l'égard des avis du docteur N._ ne lui sont par ailleurs d'aucun secours. En effet, les rapports du médecin du service médical de l'OAIE ne constituent pas un examen médical sur la personne de l'assurée (au sens de l'<ref-law>, relatif aux Services médicaux régionaux [SMR]), ni une expertise au sens de l'<ref-law>. Il s'agit d'une appréciation par le médecin interne de l'OAIE du dossier médical de l'assurée qui a pour but d'opérer la synthèse des renseignements médicaux versés au dossier et de faire des recommandations quant à la suite à donner au cas sur le plan médical. De tels avis ont de ce fait une autre fonction que les expertises médicales au sens de l'<ref-law> ou les résultats des examens médicaux auxquels procède le SMR. Ils ne posent pas de nouvelles conclusions médicales mais portent une appréciation sur celles déjà existantes. Au vu de ces différences, ils ne doivent pas remplir les mêmes exigences au niveau de leur contenu que les expertises médicales. On ne saurait en revanche dénier toute valeur probante aux rapports de synthèse du service médical de l'OAIE, dès lors qu'ils contiennent des informations utiles à la prise de décision pour l'administration ou les tribunaux, sous forme d'un résumé de la situation médicale et d'une appréciation de celle-ci. Selon le principe de la libre appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 3a p. 352), les autorités appelées à statuer ont en effet le devoir d'examiner objectivement tous les documents à disposition, quelle que soit leur provenance, puis de décider s'ils permettent de porter un jugement valable sur le droit litigieux.
Dans le cas particulier, les premiers juges ont apprécié librement et de manière circonstanciée l'ensemble des preuves médicales à leur disposition. Au regard de l'expertise pluridisciplinaire de la Clinique Y._, des avis de synthèse du docteur N._ et des rapports des docteurs O._ et P._, ils ont constaté que la recourante disposait d'une capacité de travail dans son ancienne activité qui excluait une perte de gain. Les conclusions des médecins de la Clinique Y._, que les avis des docteurs O._ et P._ n'étaient pas susceptibles de remettre en cause faute de mettre en évidence des éléments de nature clinique ou diagnostique qui auraient été ignorés par les experts, emportaient leur conviction, si bien qu'une instruction complémentaire n'était pas nécessaire. A cet égard, ils pouvaient retenir, sans qu'on puisse leur reprocher une appréciation arbitraire des preuves, que le diagnostic de syndrome polyalgique de type fibromyalgique, posé uniquement par le docteur P._ (et ce postérieurement à la date de la décision administrative litigieuse), ne justifiait pas, compte tenu de la jurisprudence y relative (cf. <ref-ruling>), un examen médical supplémentaire en l'absence de tout indice au dossier de symptômes d'une comorbidité psychiatrique.
2.2.3 En ce qui concerne le second grief soulevé par la recourante, son argumentation fondée sur un déni de justice n'a aucune portée propre par rapport aux motifs tirés de la violation du principe inquisitoire, de sorte qu'il n'a pas à être examiné plus avant.
2.3 En conclusion de ce qui précède, le recours se révèle mal fondé.
3. Vu l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 12 mars 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
La Greffière: Moser-Szeless