Fatti:
A. La legge federale del 10 ottobre 1997 relativa alla lotta contro il riciclaggio di denaro nel settore finanziario (legge sul riciclaggio di denaro, LRD; RS 955.0) prevede che per le decisioni rese ed i servizi forniti l'autorità di controllo per la lotta contro il riciclaggio di denaro (autorità di controllo LRD) riscuote degli emolumenti. Gli organismi di autodisciplina (OAD; art. 24 segg. LRD) e gli intermediari finanziari direttamente sottoposti alla vigilanza di tale autorità (IFDS; <ref-law>) sono inoltre tenuti a versare ogni anno una tassa di sorveglianza per i costi di vigilanza non coperti dal ricavo degli emolumenti (<ref-law>, nel tenore giusta il n. I 17 della legge federale del 19 dicembre 2003 sul programma di sgravio 2003, in vigore dal 1° gennaio 2006 [RU 2004 1946]). Il Consiglio federale ha disciplinato i particolari di questi tributi nell'ordinanza del 26 ottobre 2005 sulla tassa di sorveglianza e sugli emolumenti dell'autorità di controllo per la lotta contro il riciclaggio di denaro (di seguito: OT-AdC; RS 955.033.2).
B. Il 7 settembre 2006 l'autorità di controllo LRD ha stabilito in fr. XXX la tassa di sorveglianza dovuta dall'Organismo di autodisciplina dei fiduciari del Cantone Ticino (OAD-FCT) per l'anno 2006. L'importo richiesto risultava composto da una tassa di base uguale per tutti gli OAD di fr. 41'038.-- e da una tassa aggiuntiva calcolata in funzione del ricavo lordo e del numero degli intermediari finanziari affiliati. Nel caso dell'OAD-FCT tale tassa aggiuntiva ammontava a fr. XXX (ricavo lordo: fr. XXX; intermediari finanziari affiliati: XXX).
C. Con sentenza del 3 settembre 2007, il Tribunale amministrativo federale ha parzialmente accolto il ricorso interposto dall'OAD-FCT contro la decisione dell'autorità di controllo LRD, riducendo la tassa dovuta a fr. XXX. L'autorità ricorsuale ha tenuto conto di importi inferiori per quanto concerne i ricavi lordi e i costi di sorveglianza ed ha calcolato il tributo fondandosi esclusivamente sui criteri validi per la fissazione della tassa aggiuntiva, senza considerare la tassa di base prevista dall'art. 7 OT-AdC. L'istanza di ricorso ha ritenuto che con l'adozione di quest'ultima norma il Consiglio federale abbia oltrepassato i limiti del potere d'apprezzamento conferitogli dall'<ref-law>, leso il principio di legalità e posto in essere un'inammissibile disparità di trattamento tra i differenti organismi di autodisciplina.
D. Il 14 dicembre 2007 l'Amministrazione federale delle finanze è insorta dinanzi al Tribunale federale mediante un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede di annullare la sentenza del Tribunale amministrativo federale, di constatare che la riscossione della tassa di base secondo l'art. 7 OT-AdC è conforme alla legge e di stabilire la tassa di sorveglianza 2006 dell'OAD-FCT in fr. XXX (fr. 43'899.-- di tassa di base e fr. XXX di tassa aggiuntiva). La ricorrente sostiene che la suddivisione della tassa di sorveglianza in una tassa di base di importo fisso e in una tassa aggiuntiva variabile appare giustificata da ragioni oggettive e non conduce ad alcuna disparità di trattamento. Rileva inoltre che l'autorità precedente ha in ogni caso calcolato in modo errato la tassa dovuta in quanto ha sì dedotto dai costi totali l'importo di fr. XXX già pagato da un OAD che non ha ricorso, ma ha omesso di porre in deduzione, dai parametri complessivi, anche il numero dei membri di detto organismo (XXX) e il suo ricavo lordo (fr. XXX). Ne deriverebbe che i costi complessivi da coprire rimarrebbero in realtà impagati in ragione di fr. 11'527.--.
Invitati ad esprimersi, il Tribunale amministrativo federale rinuncia a prendere posizione, rinviando alle motivazioni ed al dispositivo della propria sentenza, mentre l'Organismo di autodisciplina dei fiduciari del Cantone Ticino postula la conferma del giudizio impugnato.

Diritto:
1. Le decisioni in tema di vigilanza rese dall'autorità di controllo LRD possono essere impugnate dinanzi al Tribunale amministrativo federale e successivamente con ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale (cfr. <ref-law>; art. 31, 32 e 33 lett. d della legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale [LTAF; RS 173.32]; art. 82, 83 e 86 cpv. 1 lett. a LTF; cfr. anche, seppur in riferimento all'OG, <ref-ruling> consid. 1).
L'autorità di controllo LRD è aggregata all'Amministrazione federale delle finanze (<ref-law>) e l'atto impugnato è suscettibile di violare la legislazione federale nel suo settore di competenza. L'Amministrazione federale delle finanze è perciò legittimata a ricorrere al Tribunale federale (cfr. <ref-law> e art. 5 dell'ordinanza dell'11 dicembre 2000 sull'organizzazione del Dipartimento federale delle finanze [Org-DFF; RS 172.215.1]).
Interposto tempestivamente e nelle dovute forme, il ricorso è pertanto di massima ammissibile. Un'eccezione va tuttavia ravvisata in relazione alla domanda di accertamento formulata dalla ricorrente. In effetti, dal momento che sulla legittimità della tassa di base prelevata dall'autorità di controllo LRD può essere pronunciata una decisione formatrice, l'Amministrazione federale delle finanze non ha un interesse degno di protezione ad ottenere, su questo punto, un separato giudizio di constatazione (<ref-ruling> consid. 2c; sentenza 2C_729/2007 e 2C_735/2007 del 25 giugno 2008 consid. 1.2).
2. 2.1 Secondo la regolamentazione legislativa, la tassa di sorveglianza riscossa presso gli OAD e gli IFDS copre "i costi della sorveglianza non coperti dal ricavo degli emolumenti" e viene stabilita sulla base dei costi insorti l'anno precedente per l'autorità di controllo (<ref-law>). Per gli organismi di autodisciplina la tassa è determinata in funzione "del ricavo lordo e del numero di affiliati", mentre per gli intermediari direttamente sottoposti in funzione "del ricavo lordo e della grandezza dell'impresa" (<ref-law>). Il Consiglio federale disciplina i particolari "segnatamente la tariffa degli emolumenti, i costi di sorveglianza computabili e la ripartizione della tassa di sorveglianza tra gli organismi di autodisciplina e gli intermediari finanziari direttamente sottoposti all'autorità di controllo" (<ref-law>).
2.2 La tassa di sorveglianza è composta da una tassa di base e da una tassa aggiuntiva (art. 1 cpv. 2 OT-AdC). Essa è calcolata sulla base dei costi non attribuibili individualmente generati all'autorità di controllo LRD dalla sorveglianza degli organismi di autodisciplina, rispettivamente degli intermediari finanziari direttamente sottoposti, nonché sulla base dei costi di funzionamento generale (art. 1 cpv. 3 OT-AdC). Detti costi di funzionamento generale sono sopportati nella misura del 25 per cento dal gruppo degli intermediari finanziari direttamente sottoposti (art. 5 cpv. 1 lett. a OT-AdC), mentre il restante 75 per cento "è ripartito tra il gruppo degli organismi di autodisciplina e quello degli intermediari finanziari direttamente sottoposti proporzionalmente alla quota rappresentata dagli organismi di autodisciplina rispetto all'Autorità di controllo" (art. 5 cpv. 1 lett. b OT-AdC).
2.3 I costi imputati agli organismi di autodisciplina comprendono la loro parte dei costi di funzionamento generale secondo l'art. 5 OT-AdC ed i costi non attribuibili individualmente generati all'autorità di controllo LRD dalla sorveglianza di tali organismi (art. 6 OT-AdC). Gli oneri a carico degli organismi di autodisciplina sono coperti nella misura del 25 per cento da una tassa di base (art. 7 cpv. 1 OT-AdC) - che costituisce l'unico aspetto controverso nella fattispecie - suddivisa "in parti uguali" tra tutti gli organismi di autodisciplina (art. 7 cpv. 2 OT-AdC). Il restante 75 per cento dei costi è invece coperto da una tassa aggiuntiva (art. 8 cpv. 1 OT-AdC), calcolata secondo il numero degli intermediari finanziari affiliati all'organismo di autodisciplina (fattore 0,75) ed il ricavo lordo di quest'ultimo (fattore 0,25; art. 8 cpv. 2 OT-AdC combinato con l'art. 11 OT-AdC).
3. 3.1 Nel giudizio impugnato, il Tribunale amministrativo federale ha rilevato che se un organismo di autodisciplina consegue un ricavo lordo limitato o vanta un modesto numero di intermediari affiliati la tassa di base costituisce una parte importante dell'intera tassa di sorveglianza. L'autorità inferiore ne ha dedotto che in simili situazioni la tassa complessiva risulta fondata solo in misura contenuta sui criteri di computo fissati dalla legge, applicabili unicamente alla tassa aggiuntiva. Di conseguenza, tali casi evidenzierebbero che la disposizione dell'ordinanza riguardante la tassa di base esula dal quadro normativo fissato dall'<ref-law>, violando il principio di legalità.
3.2 Contrariamente a quanto preteso dalla ricorrente, questa valutazione - al pari della conseguente rinuncia a riscuotere la tassa di base secondo l'art. 7 OT-AdC e dell'adozione di un metodo di calcolo fondato esclusivamente sui criteri indicati dall'<ref-law> e sulla formula dell'art. 11 OT-AdC - non risulta contraria al diritto federale (sul potere d'esame delle istanze giudiziarie riguardo ad ordinanze dipendenti del Consiglio federale, cfr. <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.2.1 e riferimenti):
3.2.1 Innanzitutto va rilevato che l'Amministrazione federale delle finanze non contesta le cifre indicate dal Tribunale amministrativo federale per illustrare le conseguenze della tassa di base prevista dall'art. 7 OT-AdC. Secondo questi dati, nel caso dell'OAD con il prodotto lordo più elevato e il maggior numero di affiliati la tassa di base rappresenta il 10 per cento del tributo complessivo, mentre nel caso dell'OAD più piccolo ammonta all'82 per cento. In base al sistema adottato dal Consiglio federale l'OAD meno importante deve inoltre sopportare il 2,8 per cento dell'insieme dei costi di sorveglianza, mentre senza la tassa di base avrebbe a carico solo lo 0,6 per cento di detti costi. L'OAD più importante deve per contro sostenere il 22 per cento delle spese, quota che ammonterebbe al 27 per cento senza la tassa di base. Differenze relativamente marcate sussistono anche per quanto concerne i costi che i singoli OAD, in quanto organizzazioni senza scopo di lucro, devono a loro volta ripercuotere sugli intermediari finanziari affiliati. In effetti, a fronte di una media di fr. 300.--, questi costi variano tra fr. 240.-- e fr. 1'264.-- per intermediario finanziario.
3.2.2 Orbene, simili differenze sono suscettibili di provocare una rilevante alterazione del mercato tra gli organismi di autodisciplina e tra gli intermediari finanziari ad essi sottoposti (cfr. "Erläuterungen zur Verordnung über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei", n. 5.5, pag. 20). Le stesse esulano pertanto dal quadro della delega e dai limiti della base legale dell'<ref-law>. Si deve in effetti considerare che la legge non suddivide essa stessa la tassa di sorveglianza in tassa di base e tassa aggiuntiva, ma come fattori di calcolo menziona esclusivamente il "ricavo lordo" ed il "numero di affiliati" dei singoli organismi di autodisciplina. Fondandosi su tale norma di delega il Consiglio federale ha sviluppato un metodo di computo in base al quale, perlomeno in taluni casi, i criteri stabiliti dalla legge incidono (ancora) solo in riferimento ad un quinto della tassa di sorveglianza dovuta. In tal modo, come il Tribunale amministrativo federale poteva legittimamente ammettere senza violare il diritto (costituzionale) federale, il Governo ha effettivamente travalicato i limiti del potere d'apprezzamento conferitogli dall'<ref-law> (cfr. sentenza 2C_729/2007 e 2C_735/2007 del 25 giugno 2008 consid. 5).
3.2.2 Orbene, simili differenze sono suscettibili di provocare una rilevante alterazione del mercato tra gli organismi di autodisciplina e tra gli intermediari finanziari ad essi sottoposti (cfr. "Erläuterungen zur Verordnung über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei", n. 5.5, pag. 20). Le stesse esulano pertanto dal quadro della delega e dai limiti della base legale dell'<ref-law>. Si deve in effetti considerare che la legge non suddivide essa stessa la tassa di sorveglianza in tassa di base e tassa aggiuntiva, ma come fattori di calcolo menziona esclusivamente il "ricavo lordo" ed il "numero di affiliati" dei singoli organismi di autodisciplina. Fondandosi su tale norma di delega il Consiglio federale ha sviluppato un metodo di computo in base al quale, perlomeno in taluni casi, i criteri stabiliti dalla legge incidono (ancora) solo in riferimento ad un quinto della tassa di sorveglianza dovuta. In tal modo, come il Tribunale amministrativo federale poteva legittimamente ammettere senza violare il diritto (costituzionale) federale, il Governo ha effettivamente travalicato i limiti del potere d'apprezzamento conferitogli dall'<ref-law> (cfr. sentenza 2C_729/2007 e 2C_735/2007 del 25 giugno 2008 consid. 5).
3.3 3.3.1 Nella misura in cui fa valere che anche in relazione ai costi della Commissione federale delle banche viene riscossa una tassa base ed una complementare, l'Amministrazione federale delle finanze omette di considerare che in tale ambito simile metodo di computo è previsto da una legge in senso formale (cfr. l'art. 23octies della legge federale, dell'8 novembre 1934, sulle banche e le casse di risparmio [LBCR; RS 952.0]). Per di più in tale contesto l'ammontare della tassa di base fissa anziché venir calcolato indistintamente per ogni organismo astretto al pagamento, come nel caso concreto, viene comunque differenziato in funzione dei differenti gruppi di contribuenti (cfr. l'art. 4 dell'ordinanza sulla riscossione di tasse e emolumenti da parte della commissione federale delle banche [Oem-CFB; RS 611.014]). È vero che con la tassa di base vengono coperti i costi di vigilanza fondamentali (cosiddetta "Sockelaufwand"), ovvero i costi che insorgono per tutte le entità sorvegliate indipendentemente dalla loro grandezza e per il semplice fatto che esplicano la loro attività nel settore economico sottoposto alla vigilanza. Ciononostante la tassa di base deve comunque rispettare il principio di equivalenza. Le singole tasse forfettarie non devono perciò risultare sproporzionate per rapporto ai costi globali di sorveglianza della categoria interessata, rispettivamente alla tassa degli altri membri del medesimo gruppo, ma devono rimanere entro limiti ragionevoli e adeguati al principio di causalità (cfr. HANS-PETER SCHAAD, in Basler Kommentar, Bankengesetz, 2005, n. 15 e 17 ad art. 23octiesLBCR).
Queste esigenze valgono anche per il caso di specie. Certo, per ragioni pratiche l'utilizzo di determinati parametri forfettari è in generale ammissibile e persino necessario. Tuttavia la disciplina sancita dal Consiglio federale all'art. 7 OT-AdC non tiene sufficientemente conto, nella fissazione della tassa di base, delle particolarità e dell'eterogeneità dei differenti organismi di autodisciplina. In effetti, il reddito lordo dell'OAD più grande è quasi 12 volte maggiore di quello dell'organismo più piccolo e i membri affiliati variano tra uno e 1'680. Ciò impone una differenziazione più equilibrata della tassa di base.
3.3.2 A ragione il Tribunale amministrativo federale non ha messo in dubbio l'ammissibilità della tassa di base in quanto tale. La legge sul riciclaggio di denaro infatti non la esclude. Per tener adeguatamente conto dei criteri stabiliti dal legislatore all'<ref-law>, occorre tuttavia che nei singoli casi d'applicazione detto tributo non costituisca, senza motivi oggettivi e pertanto in maniera atta a violare la parità di trattamento e a distorcere la concorrenza, una parte importante dell'intera tassa di sorveglianza dovuta da un organismo di autodisciplina (cfr. consid. 6.8 della decisione impugnata). La suddivisione in una tassa di base fissa e in una tassa aggiuntiva variabile deve condurre nel complesso ad un risultato equo, che non è però garantito in presenza delle differenze testé evidenziate. All'autorità precedente non può quindi venir rimproverato di aver calcolato la ripartizione dei costi per l'anno 2006 secondo i criteri dell'<ref-law> (combinato con l'art. 11 OT-AdC) in modo da mantenere le differenze entro limiti ammissibili dal profilo costituzionale e legislativo (cfr. sentenza 2C_729/2007 e 2C_735/2007 del 25 giugno 2008 consid. 9). Al Consiglio federale rimane la libertà di adottare in futuro, mediante ordinanza, una diversa regolamentazione, a patto che la soluzione ritenuta risulti conforme alla costituzione e alla legge. Rientra in ogni caso nelle sue competenze stabilire come concepire il nuovo sistema in maniera più rispettosa del principio di causalità.
3.3.3 Nulla di diverso deriva dall'invocata legge federale del 22 giugno 2007 concernente l'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari (LAUFIN; FF 2007 4245). L'art. 15 cpv. 3 di detta legge prevede infatti che il Consiglio federale può suddividere la tassa di vigilanza in una tassa fissa di base ed una tassa variabile supplementare. Tale normativa non è però ancora in vigore e in ogni caso presuppone di nuovo che la ripartizione dei costi, malgrado la tassa di base lineare, risulti nel complesso rispettosa dei precetti di proporzionalità, di parità di trattamento e di causalità.
4. 4.1 Il ricorso risulta per contro fondato nella misura in cui il Tribunale amministrativo federale, nella determinazione delle varie tasse di sorveglianza, non si è avveduto che a causa della crescita in giudicato di una delle decisioni dell'Autorità di controllo i fattori di calcolo da esso utilizzati non erano più corretti. A seguito di questa imprecisione non sono stati presi in conto tutti i costi dell'Autorità di controllo, disattendendo così la volontà del legislatore (cfr. sentenza 2C_729/2007 e 2C_735/2007 del 25 giugno 2008 consid. 4.3).
Va altresì considerato che il calcolo della tassa di sorveglianza a carico dell'OAD che l'ha accettata è stato effettuato in base a parametri diversi rispetto a quelli applicati agli altri dieci organismi. Tale differenza si ripercuote sulla quota a carico di questi ultimi e comporta ancora una volta una disparità di trattamento (cfr. sentenza 2C_729/2007 e 2C_735/2007 del 25 giugno 2008 consid. 9). Le tasse di sorveglianza dovute dagli OAD per l'anno 2006 vanno perciò ricalcolate secondo le stesse regole per tutti gli organismi di autodisciplina, incluso quello che non ha ricorso, e poi suddivise tra di essi. Se per l'organismo che non ha preso parte alla procedura ricorsuale ne dovesse risultare un importo diverso da quello riconosciuto, la differenza, vista la crescita in giudicato della relativa decisione, non potrebbe comunque né venir reclamata né essere restituita.
L'autorità di controllo LRD deve infine tener conto che l'importo della tassa di sorveglianza non può in ogni caso risultare superiore alla somma da essa stessa chiesta, ovvero, nel caso in esame, fr. XXX (cfr. <ref-law> e sentenza 2C_729/2007 e 2C_735/2007 del 25 giugno 2008 consid. 10.1).
4.2 Il ricorso deve di conseguenza essere accolto su quest'ultimo punto, la decisione impugnata annullata e gli atti rinviati all'Amministrazione federale delle finanze (autorità di controllo LRD) affinché proceda ad un nuovo calcolo delle singole tasse. Il Tribunale amministrativo federale dovrà se del caso pronunciarsi nuovamente sulla ripartizione degli oneri processuali per la procedura dinanzi ad esso.
Per il procedimento in questa sede, l'Amministrazione federale delle finanze, laddove soccombente, è tenuta a sopportare le spese giudiziarie in quanto con il suo ricorso ha inteso tutelare gli interessi pecuniari della Confederazione (<ref-law>). Nella misura in cui il suo ricorso si avvera fondato, le spese giudiziarie vanno per contro addossate all'Organismo di autodisciplina dei fiduciari del Cantone Ticino, che ha chiesto la reiezione integrale dell'impugnativa (<ref-law>). Non sono dovute indennità per ripetibili, poiché l'opponente non è incorso in spese necessarie suscettibili di essere risarcite (<ref-law>) e poiché l'Amministrazione federale delle finanze non ne ha diritto, avendo agito nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto. La sentenza del Tribunale amministrativo federale del 3 settembre 2007 è parzialmente annullata e gli atti rinviati all'Amministrazione federale delle finanze (Autorità di controllo per la lotta contro il riciclaggio di denaro) per nuovo calcolo, nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di complessivi fr. 2'000.-- sono poste in ragione di fr. 1'500.-- a carico dell'Amministrazione federale delle finanze e di fr. 500.-- a carico dell'Organismo di autodisciplina dei fiduciari del Cantone Ticino.
3. Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale, Corte II.