Faits:
A. X._ et Y._ sont mariés et vivent en ménage commun avec leur enfant né en 2005 dans le canton de Genève. Ils exercent tous les deux une activité lucrative dépendante.
Le 7 mars 2006, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) leur a notifié un bordereau pour l'impôt fédéral direct 2005 d'un montant de 2'467 fr. et un autre pour l'impôt cantonal et communal 2005 d'un montant de 15'051 fr. 85. Un bordereau rectificatif, qui n'a pas modifié le montant d'impôt cantonal et communal, leur a été notifié le 26 juillet 2006.
Les époux ont déposé une réclamation contre ces bordereaux. Ils se sont plaints de supporter une charge fiscale de plus de 10% supérieure (33% pour l'impôt cantonal et communal et de 123,49% pour l'impôt fédéral direct) à celle de concubins vivant dans les mêmes conditions. Par décision du 8 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation. Les époux ont interjeté recours contre la décision du 8 septembre 2006 auprès de la Commission de recours en matière d'impôt devenue la Commission de recours en matière administrative (ci-après indistinctement: la Commission de recours) depuis le 1er janvier 2009.
Par décision du 25 février 2008, constatant une différence de 32,25% en matière d'impôt cantonal et communal 2005 entre les époux intéressés et des concubins vivants dans les mêmes conditions, la Commission de recours a partiellement admis le recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à la réduction de l'impôt en tenant compte du fait que la majoration par rapport à un couple de concubins disposant des mêmes ressources ne devait pas excéder 10%.
L'Administration fiscale cantonale a recouru contre la décision du 25 février 2008 auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, en concluant à l'annulation de la décision attaquée.
B. Par arrêt du 16 juin 2009, le Tribunal administratif a admis le recours. La différence d'imposition était conforme à la Constitution fédérale. Pour le surplus, la pratique cantonale instaurée en 1998 consistant à réduire un éventuel écart d'imposition entre époux et concubins à concurrence de 10% n'était plus appliquée par l'Administration fiscale cantonale, de sorte qu'il n'y avait pas d'inégalité dans l'illégalité dont les intéressés pouvaient se prévaloir.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les intéressés demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 16 juin 2009 par le Tribunal administratif et de confirmer la décision rendue le 25 février 2008 par la Commission de recours. Subsidiairement, ils demandent au Tribunal fédéral de renvoyer la cause à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à la réduction de leur impôt en tenant compte du fait que la majoration, par rapport à un couple de concubins disposant des mêmes ressources ne doit pas excéder 10%. Ils se plaignent de la constata-tion inexacte des faits et de la violation des art. 8, 49, 127 al. 2 Cst. ainsi que de l'art. 11 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14).
Le Tribunal administratif et la Commission de recours renoncent à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours sous suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 lettre a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant aux art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Lorsqu'elle expose un tel grief, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions prévues par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
1.2 Les recourants sont d'avis que le Tribunal administratif a établi les faits de manière incomplète. Ils soutiennent avoir recalculé la différence entre leur situation et celle d'un couple vivant en concubinage et avoir trouvé une différence d'imposition non pas de 32,25% mais de 33,76%. Ils reprochent ensuite au Tribunal administratif de n'avoir pas mentionné les 17 autres cas de figure qu'ils avaient produits à l'appui de leur réponse au recours déposé par l'Administration fiscale cantonale auprès du Tribunal administratif. Selon les recourants, ces cas prouveraient que les couples mariés ayant une charge de famille font tous l'objet d'une surimposition qui s'élève au minimum à plus de 20% et peut aller jusqu'à un maximum de plus de 45% par rapport aux concubins. Comme ils ne démontrent pas concrètement en quoi le Tribunal administratif aurait établi les faits de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, leur grief est irrecevable.
Dans la mesure où ils entendent aussi se plaindre d'un défaut de motivation, leur grief ne répond pas non plus aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Il est aussi irrecevable sous cet angle.
1.3 Bien que la procédure cantonale portait aussi sur les questions d'impôt fédéral direct de la période fiscale 2005, les recourants n'ont exposé aucun grief en la matière de sorte qu'en application de l'<ref-law>, les dispositions des art. 9 al. 1 et 214 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) ne font pas l'objet du présent arrêt.
2. Les recourants se plaignent de la violation des <ref-law> et 49 al. 2 Cst.
2.1 D'après l'<ref-law>, l'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun doit être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivant seules. Cette même réduction est valable pour les contribuables veufs, séparés, divorcés ou célibataires qui font ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses et dont ils assurent pour l'essentiel l'entretien. Le droit cantonal détermine si la réduction est accordée sous forme d'une déduction en pour cent sur le montant de l'impôt, dans des limites exprimées en francs, ou sous forme de barèmes différents pour les personnes seules et les personnes mariées.
Selon la jurisprudence, cette disposition de droit fédéral exige qu'une réduction (tarifaire) strictement égale, et non pas seulement comparable, à celle accordée aux époux vivant en ménage commun soit accordée aux contribuables veufs, séparés, divorcés ou célibataires qui font ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses et dont ils assurent pour l'essentiel l'entretien (<ref-ruling> consid. 5.4 p.708 s.), même si ceux-ci vivent en concubinage (<ref-ruling> consid. 5 p. 719 ss).
2.2 L'art. 8 al. 2 de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - objet de l'impôt - assujettissement à l'impôt (LIPP-I; RSGE D 3 11; remplacée depuis le 1er janvier 2010 par la loi du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [RSG D 3 08]) prévoit que le revenu des époux vivant en ménage commun s'additionne, quel que soit le régime matrimonial.
L'art. 12 al. 1 et 3 de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques Détermination du revenu net - calcul de l'impôt et rabais d'impôt - compensation des effets de la progression à froid (LIPP-V; RSGE D 3 16; remplacée depuis le 1er janvier 2010 par la loi du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [RSGE D 3 08]) prévoit un barème (B) plus favorable pour les époux vivant en ménage commun ainsi que pour les contribuables veufs, séparés, divorcés et célibataires qui vivent en ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses dont ils assument pour l'essentiel l'entretien. Le barème ordinaire (A), fixé par l'art. 11 LIPP-V, est applicable aux autres contribuables.
Les dispositions genevoises en matière d'imposition du couple, des familles monoparentales ainsi que des célibataires sont conformes à l'<ref-law> et à la jurisprudence y relative.
2.3 Les recourants affirment néanmoins qu'une surimposition de 20% à 40% des personnes mariées par rapport à des concubins dans la même situation viole l'art. 11 LIHD. Ils perdent de vue que l'avantage qu'ils dénoncent a été voulu par le législateur fédéral et établi par la jurisprudence (<ref-ruling> et 710), dont ils ne critiquent pas les arguments d'interprétation d'une manière qui justifierait d'en changer le résultat. Pour le reste, les recourants ont bien été mis au bénéfice du barème pour couples mariés de droit cantonal tel qu'il a été édicté pour la période fiscale 2005.
Les griefs de violation des <ref-law> et 49 Cst. doivent par conséquent être rejetés.
3. Les recourants se plaignent de la violation des art. 8 et 127 al. 2 Cst.
3.1 A teneur de l'art. 190 Cst., le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales. Même s'il doit appliquer les lois fédérales, il est habilité à en contrôler la constitutionnalité (arrêt 2C_62/2008 du 25 septembre 2009, consid. 3 destiné à la publication; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 566 et les références). Il peut procéder à une interprétation conforme à la Constitution d'une loi fédérale, si les méthodes ordinaires d'interprétation laissent subsister un doute sur son sens (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 721; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 263 et les références). L'interprétation conforme à la Constitution trouve toutefois ses limites lorsque le texte et le sens de la disposition légale sont absolument clairs, quand bien même ils seraient contraires à la Constitution (<ref-ruling> consid. 5.2 <ref-ruling> consid. 4.1 p. 716). Lorsqu'une violation de la Constitution est constatée, la loi doit néanmoins être appliquée et le Tribunal fédéral ne peut qu'inviter le législateur à modifier la disposition en cause.
L'obligation d'application de l'art. 190 Cst. ne vaut en principe pas pour les lois cantonales, sauf lorsque le droit cantonal constitue un acte d'exécution de la législation fédérale. Tel est le cas lorsque la loi fiscale cantonale reprend sans le modifier le droit harmonisé de la Confédération tel qu'il est prévu par la loi sur l'harmonisation fiscale (cf. arrêt 2C_62/2008 du 25 septembre 2009, consid. 3 destiné à la publication; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 721).
3.2 L'inégalité d'imposition dont se plaignent les recourants par rapport aux couples vivant en concubinage et disposant des mêmes ressources est bien réelle. Elle a été dénoncée par le Tribunal fédéral et par la doctrine. Non seulement l'<ref-law> empiète sur la compétence tarifaire des cantons (art. 129 al. 2 in fine Cst. et art 1er al. 3 in fine LHID), mais il viole également les art. 8 et 127 al. 2 Cst. qui consacrent le principe de l'imposition selon la capacité contributive. Le Tribunal fédéral a également constaté que cette situation ne pouvait pas être corrigée par la voie d'une interprétation conforme à la Constitution et qu'elle résultait d'une norme de droit fédéral immunisée par l'art. 190 Cst. (<ref-ruling> et 710). Conforme à l'<ref-law>, le droit cantonal genevois en la matière ne comprend rien d'autre à cet égard que du droit d'exécution du droit fédéral et bénéficie de ce fait également de l'immunité de l'art. 190 Cst.
Mal fondé sous cet angle également, les griefs de violation des art. 8 et 127 al. 2 Cst. doivent être rejetés.
4. Invoquant les art. 8 et 9 Cst., les recourants sont d'avis que le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire en refusant de les mettre au bénéfice d'une pratique de l'Administration fiscale cantonale consistant à imposer les contribuables mariés au maximum 10% de plus qu'un couple de concubins disposant des mêmes ressources. Implicitement, ils se plaignent d'un changement de pratique administrative.
4.1 Selon la jurisprudence, pour être compatible avec les art. 8 et 9 Cst., un changement de pratique administrative doit reposer sur des motifs sérieux et objectifs, c'est-à-dire rétablir une pratique conforme au droit, mieux tenir compte des divers intérêts en présence ou d'une connaissance plus approfondie des intentions du législateur, d'un changement de circonstances extérieures, de l'évolution des conceptions juridiques ou des moeurs. Les motifs doivent être d'autant plus sérieux que la pratique suivie jusqu'ici est ancienne. A défaut, elle doit être maintenue (<ref-ruling> consid. 3 p. 82; <ref-ruling> consid. 4 p. 777; <ref-ruling> consid. 3c p. 52; <ref-ruling> consid. 3a p. 292 s. et les références citées).
4.2 La pratique de l'Administration fiscale cantonale dont les recou-rants demandent le bénéfice a été portée à la connaissance du Tribunal fédéral dans une affaire genevoise du 18 mai 1999. Saisi d'un recours de droit public visant à examiner l'inégalité entre couples mariés et concubins, le Tribunal fédéral avait alors rappelé sa jurisprudence selon laquelle, lorsque le législateur parvenait à imposer tous les groupes principaux de contribuables d'après leur capacité contribu-tive, en comparaison les uns avec les autres, les dispositions topiques devaient être considérées comme constitutionnelles, même si, dans des cas relativement rares, leur application entraînait une surcharge - supérieure à 10% - de certains contribuables en comparaison avec d'autres groupes de contribuables. Cette différence d'imposition devait être acceptée, pour autant que le groupe des contribuables concernés par cette surcharge ne soit pas imposé de manière exagérée par rap-port à sa capacité contributive, c'est-à-dire qu'il paraisse, sur le plan fiscal, plutôt avantagé que surimposé vis-à-vis des autres groupes (<ref-ruling> consid. 4d p. 337). Puis il avait constaté que la pratique du canton de Genève était plus rigoureuse que la jurisprudence précitée puisqu'elle permettait précisément d'empêcher dans tous les cas que les couples mariés supportent une charge fiscale de plus de 10% vis-à-vis des concubins dans leur situation, plafond qu'il avait considéré comme admissible (arrêt 2P. 251/1998 du 18 mai 1999, consid. 2c). Dans une autre affaire, également saisi d'un re-cours de droit public, le Tribunal fédéral avait pris connaissance de la pratique valaisanne consistant à ramener la charge fiscale du couple marié au montant d'impôt légalement dû par un couple de concubins dans la même situation. N'étant pas saisi d'un grief dirigé contre cette pratique, ce dernier s'était contenté de qualifier cette solution de "dou-teuse aussi bien du point de vue de sa légalité que du principe de la séparation des pouvoirs" (arrêt 2P. 282/2001 du 3 juillet 2002, consid. 3.1).
Ces deux affaires concernaient des périodes fiscales antérieures à l'entrée en vigueur de la loi sur l'harmonisation fiscale, soit à une époque où les législateurs cantonaux pouvaient adopter des solutions différentes à des problèmes similaires pour autant que ces dernières respectent le droit constitutionnel.
4.3 La période fiscale 2005 en cause en l'espèce est postérieure au délai d'adaptation du droit cantonal à la loi sur l'harmonisation fiscale (cf. <ref-law>). Par conséquent, entre le moment où l'Adminis-tration fiscale cantonale a adopté la pratique dont les recourants demandent le bénéfice et la période fiscale 2005, non seulement la législation fiscale a changé, mais encore l'<ref-law>, qui est le siège de la matière, a fait l'objet d'arrêts cernant au plus près la véri-table intention du législateur fédéral, qui s'est accommodé d'une inégalité de traitement entre couples mariés et concubins. Ancrée dans une loi fédérale, cette solution est obligatoire pour les cantons et immunisée par l'art. 190 Cst. (cf. <ref-ruling> et 710 ainsi que consid. 3.2 ci-dessus), jusqu'à ce que le législateur fédéral lui-même mette un terme à la violation de la Constitution.
Dans ces conditions, en confirmant que l'Administration fiscale cantonale avait de sérieux motifs pour abandonner la pratique empêchant que les couples mariés supportent une surcharge fiscale de plus de 10% vis-à-vis de concubins dans leur situation, le Tribunal administratif n'a pas violé les art. 8 et 9 Cst.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF), solidairement entre eux. Ils n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fiscale cantonale, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 12 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey