Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind die nicht verheirateten Eltern des Kindes A._ (geb. 1994).
B. Mit Entscheid vom 25. September 2008 bzw. 12. Januar 2009 wies sowohl das Kreisgericht Werdenberg-Sargans als auch das Kantonsgericht St. Gallen die von der Mutter in eigenem Namen gegen den Vater erhobene Klage auf Leistung von Kindesunterhalt wegen fehlender Aktivlegitimation ab.
C. Gegen den Entscheid des Kantonsgerichts hat die Mutter am 12. Februar 2008 Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit dem Begehren um dessen Aufhebung und um Anweisung der Gerichte des Kantons St. Gallen, die gestellten Klagebegehren materiell zu beurteilen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer Zivilsache. Das erstinstanzliche Gericht hat den Streitwert auf über Fr. 200'000.-- beziffert. Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist somit einzutreten (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
2. Das Kantonsgericht hat erwogen, der Unterhaltsanspruch stehe dem Kind zu und sei in dessen Namen geltend zu machen. Einzig im Scheidungs- und Eheschutzverfahren sei eine Prozessstandschaft durch den betreuenden Elternteil möglich; ausserhalb dieser Verfahren sei eine Prozessstandschaft aber ausgeschlossen und entsprechend sei die Unterhaltsklage mangels Aktivlegitimation der Mutter abzuweisen.
Die Mutter macht geltend, die Verneinung der Möglichkeit einer Prozessstandschaft verletze die <ref-law> und stelle eine materielle Rechtsverweigerung im Sinn von <ref-law>, eine Ungleichbehandlung gemäss <ref-law> sowie überspitzten Formalismus dar und verletzte das rechtliche Gehör. Sie verweist in erster Linie auf <ref-ruling>, ferner auf <ref-ruling>, 122 IV 207, 107 II 10 und <ref-ruling>.
2.1 Was die vier letztgenannten Entscheide angeht, so beschlagen diese entweder völlig andere Themen (<ref-ruling> betrifft eine Kinderrente gemäss <ref-law>, welche a priori den Eltern und nicht dem Kind zusteht; <ref-ruling> äussert sich zum Strafantragsrecht im Zusammenhang mit <ref-law>) oder den Spezialfall der Scheidung, den auch das Kantonsgericht anerkannt hat und auf den in E. 2.2 zurückzukommen sein wird.
Was <ref-ruling> anbelangt, so hat das Bundesgericht seinerzeit unter der Herrschaft des alten Kindesrechts im Zusammenhang mit einer Erbschaftsangelegenheit entschieden, dass der Inhaber der elterlichen Gewalt Vermögensrechte des Kindes in eigenem Namen wahren könne, weil ihm in dieser Funktion (gestützt auf Art. 290 Abs. 1 aZGB) die Verwaltung des Kindesvermögens obliege. Vorliegend geht es aber nicht um die Verwaltung des Kindesvermögens, sondern um die Geltendmachung von Unterhaltsansprüchen, und diese bemessen sich nicht nach dem alten, sondern nach dem revidierten, seit 1. Januar 1978 in Kraft stehenden Kindesrecht.
2.2 Zwei Bestimmungen sind im interessierenden Kontext relevant: Das Kind kann gegen den Vater oder die Mutter oder gegen beide klagen auf Leistung des Unterhalts für die Zukunft und für ein Jahr vor Klageerhebung (<ref-law>). Der Anspruch auf Unterhaltsbeiträge steht dem Kind zu und wird, solange das Kind unmündig ist, durch Leistung an dessen gesetzlichen Vertreter oder den Inhaber der Obhut erfüllt (<ref-law>).
Nebst der Schuldnerschaft bzw. Passivlegitimation regeln die beiden zitierten Bestimmungen drei Fragen, nämlich wer Gläubiger der Unterhaltsforderung ist, wer diese gerichtlich geltend machen und an wen befreiend erfüllt werden kann. Mit Bezug auf die im Streit liegende zweite Frage der Klagelegitimation erklärt <ref-law> das Kind als zur prozessualen Durchsetzung des Unterhaltsrechts - dessen Träger es im Übrigen ist - aktivlegitimiert. Das Kind ist denn auch ab seiner Geburt parteifähig, wobei der gesetzliche Vertreter für das Kind handelt, solange dieses noch nicht selbst prozessfähig ist (HEGNAUER, Berner Kommentar, N. 21 ff. zu Art. 279/280 ZGB; Hegnauer, Grundriss des Kindesrechts, 5. Aufl., Bern 1999, Rz. 21.02 f.; STETTLER, in: Schweizerisches Privatrecht, Band III/2, S. 336 f.; Hausheer/Spycher, Handbuch des Unterhaltsrechts, Bern 1997, Rz. 06.10 ff., insb. 06.12; BREITSCHMID, Basler Kommentar, N. 7 zu <ref-law>, erwähnt zwar <ref-ruling> noch als Zitat, was irreführend ist, macht aber hierzu keine weiteren Ausführungen bzw. hält im Übrigen ebenfalls fest, dass Kläger das Kind sei).
Das Gesagte bedeutet nicht, dass eine Prozessstandschaft im Bereich des Kindesunterhalts von vornherein nie möglich wäre; indes bedarf es für dieses von der Grundkonzeption gemäss Art. 279/289 ZGB abweichende Vorgehen einer lex specialis, wie sie mit Art. 133 Abs. 1 und Art. 176 Abs. 3 ZGB für die Ehescheidung und den Eheschutz sowie kraft Verweises in <ref-law> auch für die vorsorglichen Massnahmen während des Scheidungsverfahrens besteht. Dieser Ausnahmeregelung bedarf es, weil das Kind in den betreffenden Verfahren nicht Partei ist, aber seine Rechte und Belange trotzdem in die Entscheidung miteinzubeziehen sind. In den genannten Verfahren kann der Ehegatte im Grundsatz nur für die Unterhaltsbeiträge von Kindern, deren gesetzlicher Vertreter er ist, d.h. für die Rechte unmündiger Kinder als Prozessstandschafter auftreten (vgl. <ref-ruling> E. 6b S. 473; <ref-ruling> E. 4 S. 372 f.; <ref-ruling> E. 3.1.3 S. 58). Indes enthält <ref-law> aus Gründen der Zweckmässigkeit und Prozessökonomie den (im Zusammenhang mit der Herabsetzung des Mündigkeitsalters auf 18 Jahre bereits im früheren Art. 156 aZGB eingefügten) Vorbehalt, dass der Unterhaltsbeitrag auch über die Mündigkeit hinaus festgelegt werden darf; hier kann sich die Prozessstandschaft ausnahmsweise sogar auf Mündigenunterhalt erstrecken (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.1.4 S. 58 f.). Auch in anderer Hinsicht sind dem Familienrecht Prozessstandschaften und ähnliche Erscheinungen nicht fremd; so erklärt <ref-law> nebst dem Kind zugleich die Mutter als legitimiert, auf Feststellung des Kindesverhältnisses zwischen dem Kind und dem Vater zu klagen, und was den Kindesunterhalt anbelangt, sieht <ref-law> gewissermassen eine "Standschaft" für die Entgegennahme der Erfüllungshandlungen vor.
Dass ausserhalb der gesetzlich vorgesehenen Spezialfälle jedenfalls im Bereich des Familienrechts keine Prozessstandschaft möglich ist, folgt aus dem Grundsatz, dass zur Sache legitimiert ist, wer am streitigen Recht materiell zuständig ist, und aus dem prozessualen Effekt, dass dem Prozesstandschafter Parteistellung zukommt mit der Folge, dass damit Rechtsträgerschaft und Aktivlegitimation auseinanderfallen (vgl. Kummer, Grundriss des Zivilprozessrechts, 4. Aufl., Bern 1984, S. 66 f.); hierfür bedarf es wie gesagt einer speziellen Grundlage. Was den Kindesunterhalt anbelangt, kann die ausserhalb von Scheidungs- und Eheschutzverfahren fehlende Möglichkeit der Prozessstandschaft zugegebenermassen gewisse Erschwernisse zur Folge haben, etwa dort, wo mehrere Kinder klagen müssen und diese keine Streitgenossenschaft bilden können (vgl. Anwendungsfall in 5C.18/2000, E. 3, nicht publ. in <ref-ruling>). Solche - im vorliegenden Fall aber nicht gegebenen - Auswirkungen müssen angesichts der klaren gesetzlichen Ausgangslage hingenommen werden. Nicht nachvollziehbar ist schliesslich die Befürchtung der Beschwerdeführerin, insbesondere kleine, noch nicht urteilsfähige Kinder würden einem unhaltbaren seelischen Druck ausgesetzt, wenn der gesetzliche Vertreter in deren Namen klagen müsste.
2.3 Die Rüge der angeblichen Gehörsverletzung wird nicht begründet, weshalb auf diese nicht eingetreten werden kann (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Die weiteren Verfassungsrügen (Rechtsgleichheitsgebot, Willkürverbot, Verbot des überspitzten Formalismus) gehen in der mit voller Kognition vorgenommenen Auslegung der massgeblichen zivilrechtlichen Normen auf und sind damit konsumiert.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass das Kantonsgericht mit der Verneinung der Aktivlegitimation der Mutter kein Bundesrecht verletzt hat und die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind somit der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenpartei ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. März 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli