Sachverhalt:
A. X._ wurde 1967 geboren und ist türkischer Staatsbürger. Am 26. Februar 2009 hat die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich gegen ihn beim Bezirksgericht Winterthur Anklage wegen mehrfach versuchter Vergewaltigung und weiterer Delikte erhoben. In der Folge wurde er am 5. März 2009 in Sicherheitshaft gesetzt. Am 6. März 2009 stellte X._ ein Haftentlassungsgesuch, das mit Verfügung der Haftrichterin des Bezirksgerichts Winterthur vom 12. März 2009 abgewiesen wurde.
B. Gegen diesen Entscheid erhebt X._ mit Eingabe vom 23. März 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die sofortige Haftentlassung. Zudem ersucht er für das bundesgerichtliche Verfahren um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Er rügt, die Fortsetzung der Haft stelle eine Verletzung des Grundrechts auf persönliche Freiheit (<ref-law>) und des Willkürverbots (<ref-law>) dar.
C. Die Staatsanwaltschaft beantragt in ihrer Vernehmlassung Abweisung der Beschwerde. Das Bezirksgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit eine Replik einzureichen Gebrauch gemacht. Mit seiner Eingabe vom 2. April 2009 hält er an seinen bisherigen Ausführungen und Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Ein kantonales Rechtsmittel ist gegen den angefochtenen Entscheid nicht gegeben, weshalb die Beschwerde nach Art. 80 i.V.m. <ref-law> zulässig ist. Die übrigen Eintretenserfordernisse nach <ref-law> geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Sicherheitshaft muss als schwerwiegender Eingriff in das Grundrecht der persönlichen Freiheit auf einer klaren gesetzlichen Grundlage in einem Gesetz beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 31 Abs. 1 und Art. 36 BV).
Im Kanton Zürich kann Sicherheitshaft (u.a.) angeordnet und fortgesetzt werden, wenn gegen den Angeschuldigten Anklage erhoben worden ist, er dringend eines Verbrechens oder Vergehens verdächtigt wird und ausserdem aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, er werde sich der Strafverfolgung oder der zu erwartenden Strafe durch Flucht entziehen oder er werde Spuren oder Beweismittel beseitigen, Dritte zu falschen Aussagen zu verleiten suchen oder die Abklärung des Sachverhaltes auf andere Weise gefährden (§ 67 in Verbindung mit § 58 Abs. 1 Ziff. 1 und 2 der Strafprozessordnung [des Kantons Zürich] vom 4. Mai 1919 [StPO/ZH; LS 321]).
Im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung des entsprechenden kantonalen Rechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfeststellungen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Instanz willkürlich sind (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 24 mit Hinweisen).
2.2 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass gegen ihn der allgemeine Haftgrund des dringenden Tatverdachts gegeben ist. Zu prüfen bleibt daher, ob auch ein besonderer Haftgrund vorliegt.
2.2 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass gegen ihn der allgemeine Haftgrund des dringenden Tatverdachts gegeben ist. Zu prüfen bleibt daher, ob auch ein besonderer Haftgrund vorliegt.
2.3 2.3.1 Kollusion bedeutet nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit oder einen Urlaub dazu missbrauchen würde, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhaltes zu vereiteln oder zu gefährden. Die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, genügt indessen nicht, um die Fortsetzung der Haft oder die Nichtgewährung von Urlauben unter diesem Titel zu rechtfertigen. Es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Verdunkelungsgefahr sprechen. Das Vorliegen des Haftgrundes ist nach Massgabe der Umstände des jeweiligen Einzelfalles zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 23 mit Hinweisen).
Konkrete Anhaltspunkte für Kollusionsgefahr können sich nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts namentlich ergeben aus dem bisherigen Verhalten des Angeschuldigten im Strafprozess, aus seinen persönlichen Merkmalen, aus seiner Stellung und seinen Tatbeiträgen im Rahmen des untersuchten Sachverhaltes sowie aus den persönlichen Beziehungen zwischen ihm und den ihn belastenden Personen. Bei der Frage, ob im konkreten Fall eine massgebliche Beeinträchtigung des Strafverfahrens wegen Verdunkelung droht, ist auch der Art und Bedeutung der von Beeinflussung bedrohten Aussagen bzw. Beweismittel, der Schwere der untersuchten Straftaten sowie dem Stand des Verfahrens Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 23 f. mit Hinweisen). Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind an den Nachweis von Verdunkelungsgefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 24 mit Hinweisen).
2.3.2 Die Vorinstanz führt aus, die Zeugenaussagen der Stieftochter und des Sohnes des Beschwerdeführers seien in diesem Verfahren von grosser Bedeutung, in dem es um gravierende, im engsten Familienkreis und unter Anwendung von Gewalt ausgeübte Delikte gegen Leib und Leben bzw. die sexuelle Integrität gehe. Auch wenn die Kinder mittlerweile fremdplatziert seien, bestünden angesichts der engen verwandtschaftlichen und persönlichen Beziehungen aller Beteiligten entsprechende emotionale Abhängigkeiten. Es sei deshalb davon auszugehen, dass persönliche Kontakte zwischen Angeklagtem und Geschädigten einen Einfluss auf das Strafverfahren hätten, was es zu vermeiden gelte. Bei dieser Konstellation sei Kollusionsgefahr trotz abgeschlossener Untersuchung weiterhin zu bejahen.
2.3.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, es stünden keine weiteren Zeugeneinvernahmen aus. Die Staatsanwaltschaft habe von sich aus, mit Zustimmung der Verteidigung, auf eine Einvernahme der Stieftochter und des Sohnes verzichtet. Der Grund hierfür sei, dass deren Aussagen zur Sachverhaltsfeststellung nicht notwendig gewesen seien und an der Beweislage nichts ändern würden. Der Beschwerdeführer verweist auf sein Geständnis und darauf, dass die gegen ihn erhobenen Vorwürfe aufgrund seiner eigenen Aussagen wie auch derjenigen seiner Ehefrau beweismässig unantastbar seien. Der massgebliche Sachverhalt sei in allen Teilen erstellt und es bestehe daher auch kein Interesse an Falschaussagen des Sohnes oder der Stieftochter. Eine Vereitelung der Sachverhaltsfeststellung sei unter diesen Umständen ausgeschlossen.
2.3.4 Es ist festzuhalten, dass die Stieftochter und der Sohn des Beschwerdeführers zu den diesem vorgeworfenen Straftaten bislang nicht untersuchungsrichterlich einvernommen worden sind. Angesichts der engen verwandtschaftlichen und persönlichen Beziehungen wie auch des Umstandes, dass der Beschwerdeführer in der Vergangenheit bereits wiederholt gegenüber seinem Sohn Gewalt angewendet und ihn bedroht hat, besteht eine erhebliche Gefahr, dass er in Freiheit versucht sein könnte, seine Kinder unter Androhung von physischer und psychischer Gewalt zu falschen Aussagen zu verleiten. Auch im psychiatrischen Gutachten der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich vom 2. Dezember 2008 wird festgehalten, es sei zu erwarten, dass sich der Beschwerdeführer im Rahmen der "Erziehung" seiner Söhne zu neuerlichen körperlichen Züchtigungen und Drohungen bereit finden wird (S. 51). Der Schluss der Vorinstanz, beim Beschwerdeführer seien ausreichend konkrete Anhaltspunkte für das Bestehen von Kollusionsgefahr gegeben, hält deshalb vor der Verfassung stand.
2.3.5 Da Untersuchungshaft bereits beim Vorliegen eines Haftgrundes zulässig ist, muss nicht geprüft werden, ob vorliegend auch weitere besondere Haftgründe (Flucht- oder Wiederholungsgefahr) erfüllt sind.
2.3.6 Hinsichtlich der Anordnung von Ersatzmassnahmen im Sinne von §§ 72 ff. StPO/ZH ist nicht ersichtlich, mit welchen milderen Massnahmen als der Aufrechterhaltung der Haft der Kollusionsgefahr ausreichend begegnet werden könnte.
3. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG), ist dem Begehren stattzugeben. Es sind daher keine Gerichtskosten zu erheben und dem Rechtsvertreter ist eine angemessene Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Daniel Buff, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Winterthur, Haftrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler