Sachverhalt:
A. A.a Das Obergericht des Kantons Thurgau sprach X._ mit Urteil vom 25. März 2010 der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz schuldig, begangen im Jahr 2007 durch Verfütterung von bei einem Dritten bezogenen Hanffutterwürfeln an die eigenen Schweine, und bestrafte ihn deswegen mit einer Busse von 800 Franken beziehungsweise, bei schuldhafter Nichtbezahlung, mit einer Ersatzfreiheitsstrafe von acht Tagen.
Im Übrigen sprach das Obergericht X._ frei. Der Freispruch bezog sich unter anderem auf den Vorwurf der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz und gegen das Landwirtschaftsgesetz, angeblich begangen im Jahr 2008 durch Verfütterung von selbst produzierten Hanffutterwürfeln an die eigenen Schweine und Versuch dazu.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau erhob gegen den Entscheid des Obergerichts vom 25. März 2010, soweit X._ freigesprochen wurde, Beschwerde in Strafsachen, welche das Bundesgericht mit Urteil 6B_383/2010 vom 16. Juli 2010 guthiess.
A.b Das Obergericht des Kantons Thurgau sprach X._ mit Urteil vom 26. Oktober 2010 der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz, begangen im Jahr 2007, sowie der (teilweise versuchten) Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz und gegen das Landwirtschaftsgesetz, begangen im Jahr 2008, schuldig und bestrafte ihn deswegen mit einer Busse von 1000 Franken, beziehungsweise, bei schuldhafter Nichtbezahlung, mit einer Ersatzfreiheitsstrafe von zehn Tagen. Zudem ordnete es die Einziehung der am 15. August 2008 beschlagnahmten Hanffutterwürfel an.
X._ erhob gegen den Entscheid des Obergerichts vom 26. Oktober 2010 Beschwerde beim Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil 6B_1036/2010 vom 21. März 2011 teilweise gut, hob das Urteil des Obergerichts, soweit die Einziehung der Hanffutterwürfel betreffend, auf und wies die Sache in diesem Punkt zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Das Bundesgericht erwog, dem Entscheid des Obergerichts könne nicht entnommen werden, weshalb dieses sich nicht mit dem Eventualantrag von X._ auseinandersetzte, dass ihm die beschlagnahmten Hanffutterwürfel zum Zwecke der Herstellung eines Absuds herauszugeben seien. Aus dem Urteil gehe nicht hervor, ob das Obergericht die Frage überhaupt prüfte und aus welchen Gründen es sie gegebenenfalls verneinte. Damit sei die aus dem Anspruch des Beschuldigten auf rechtliches Gehör sich ergebende Begründungspflicht verletzt.
B. Das Obergericht des Kantons Thurgau zog mit Entscheid vom 15. Juni 2011 die Hanffutterwürfel zur Vernichtung ein.
C. X._ erhebt Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, die Hanffutterwürfel seien für die Herstellung von alkoholischem Hanfabsud freizugeben.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Gericht verfügt ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person die Einziehung von Gegenständen, die zur Begehung einer Straftat gedient haben oder bestimmt waren oder die durch eine Straftat hervorgebracht worden sind, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährden (Art. 69 Abs. 1 StGB). Das Gericht kann anordnen, dass die eingezogenen Gegenstände unbrauchbar gemacht oder vernichtet werden (Art. 69 Abs. 2 StGB). Die Sicherungseinziehung ist eine sachliche Massnahme zum Schutz der Allgemeinheit vor rechtsgutgefährdender (Wieder-)Verwendung von gefährlichen Gegenständen. Das Gericht hat im Sinne einer Gefährdungsprognose zu prüfen, ob es hinreichend wahrscheinlich ist, dass der Gegenstand in der Hand des Täters in der Zukunft die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährdet (zur Publikation bestimmtes Urteil 6B_46/2011 vom 27. September 2011 E. 4.4; <ref-ruling> E. 3.3.1, je mit Hinweisen). Die Sicherungseinziehung betrifft die Einziehung von Gegenständen, die einen Bezug zu einer Straftat (Anlasstat) aufweisen, indem sie zu deren Begehung gedient haben oder bestimmt waren (Tatwerkzeuge) oder durch die Straftat hervorgebracht wurden (Tatprodukte). Erforderlich ist zudem eine konkrete Gefährdung der in Art. 69 Abs. 1 StGB genannten (Rechts-) Güter. An die Nähe und das Ausmass dieser Gefährdung sind keine hohen Anforderungen zu stellen (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Es genügt, wenn diese hinreichend wahrscheinlich ist (<ref-ruling> E. 3.3.1; <ref-ruling> E. 2, je mit Hinweisen).
Bei der Einziehung und bei der Vernichtung der eingezogenen Gegenstände ist der Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu beachten (zur Publikation bestimmtes Urteil 6B_46/2011 vom 27. September 2011 E. 4.5; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 2a, je mit Hinweisen). Die Massnahme darf nicht stärker in die Rechte des davon Betroffenen eingreifen als es ihr Zweck erfordert (BGE <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
1.2 Die Vorinstanz erwägt zutreffend, dass eine legale Verwendung der beschlagnahmten Hanffutterwürfel - etwa zur Herstellung eines Pflanzenschutzmittels - grundsätzlich möglich ist und dass einer Freigabe der Hanffutterwürfel nichts im Wege stünde, wenn der Beschwerdeführer für eine rechtskonforme Verwendung Gewähr böte. Die Vorinstanz hat indessen insoweit keinerlei Vertrauen in den Beschwerdeführer. Zur Begründung verweist sie auf dessen Aussagen und Verhalten im kantonalen Verfahren. Sie legt sodann dar, inwiefern sich sein Fall von demjenigen eines andern Landwirts unterscheidet, welchem ein Teil der beschlagnahmten Hanffutterwürfel zum Zwecke der Herstellung eines Absuds herausgegeben worden war. Der Beschwerdeführer habe bis zuletzt nicht dargelegt, wozu er einen Absud konkret verwenden würde. Selbst in seiner Beschwerdeschrift vom 4. Dezember 2010 an das Bundesgericht (im Verfahren 6B_1036/2010) habe er es bei einem nichtssagenden Hinweis auf eine Absudherstellung belassen. Erst in einer weiteren Eingabe vom 18. März 2011 in jenem bundesgerichtlichen Verfahren habe er darauf hingewiesen, dass er nicht nur Tierhaltung, sondern auch Ackerbau, Futterbau und Hochstammobstbau betreibe, in welchem legal Hanfabsud eingesetzt werden könne.
Die Vorinstanz erachtet aus den genannten Gründen die Behauptung des Beschwerdeführers, er werde die Hanffutterwürfel im Falle ihrer Freigabe zur Herstellung eines Pflanzenschutzmittels verwenden und in seinem Landwirtschaftsbetrieb einsetzen, als nicht glaubhaft. Diese Feststellung ist tatsächlicher Natur. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, erschöpft sich in appellatorischer Kritik an der Beweiswürdigung, die zur Begründung der Willkürrüge nicht genügt.
1.3 Nach der Auffassung der Vorinstanz kann das fehlende Vertrauen in den Beschwerdeführer auch nicht dadurch wettgemacht werden, dass die Freigabe der Hanffutterwürfel zur Herstellung von Pflanzenschutzmitteln mit einer Verpflichtung des Beschwerdeführers zur Buchführung über die dabei verwendeten Mengen Hanffutterwürfel verbunden wird. Denn auch im Falle einer Verpflichtung zur diesbezüglichen Buchführung und ihrer regelmässigen Kontrolle durch eine Behörde bliebe eine teilweise illegale Verwendung der Hanffutterwürfel ohne besondere Raffinesse möglich.
Inwiefern diese Auffassung gegen Recht verstosse, legt der Beschwerdeführer nicht substantiiert dar und ist nicht ersichtlich.
1.4 Die Vorinstanz erwägt abschliessend, von der Einziehung der beim Beschwerdeführer beschlagnahmten Hanffutterwürfel könnte einzig abgesehen werden, wenn der Staat die Hanffutterwürfel unter Verschluss nähme und dem Beschwerdeführer die für die Gewinnung von Pflanzenschutzmitteln jeweils benötigte Menge herausgäbe und auch noch die Herstellung des Pflanzenschutzmittels überwachen würde. Dies fällt nach der Auffassung der Vorinstanz im vorliegenden Fall jedoch ausser Betracht. Denn aus der beschlagnahmten Menge von 3,8 Tonnen Hanffutterwürfeln würden gemäss den Angaben von "sanasativa" Zehntausende von Litern Hanfauszug resultieren, aus welchen sich das Hundertfache davon als effektives Pflanzenschutzmittel ergäbe, da für ein Pflanzenschutzmittel ein Hanfauszug von 0,1 Deziliter mit 10 Litern Wasser verdünnt werde. In Anbetracht solcher Mengen müsste der Staat für den Beschwerdeführer während Jahren einerseits die Hanffutterwürfel lagern und anderseits die Herstellung von Absud überwachen. Eine solche Aufgabe könne dem Staat aus grundsätzlichen Überlegungen nicht zukommen.
Der Beschwerdeführer wendet ein, die Vorinstanz setze bei ihren Überlegungen zu Unrecht Hanffutterwürfel mit Hanfblüten gleich. Aus den beschlagnahmten 3,8 Tonnen Hanffutterwürfel könnten lediglich 800 bis 1200 Liter Absud hergestellt werden. Diese Menge könne er in drei bis vier Jahren verbrauchen.
Wie es sich damit verhält, kann hier dahingestellt bleiben. Das von der Vorinstanz als möglich erachtete Vorgehen zur Vermeidung einer Einziehung der Hanffutterwürfel fällt ungeachtet der auf dem Spiel stehenden Menge aus grundsätzlichen Überlegungen ausser Betracht. Aus dem bei der Einziehung zu beachtenden Grundsatz der Verhältnismässigkeit kann nicht abgeleitet werden, dass in einem Fall der hier vorliegenden Art, in welchem der Betroffene keine genügende Gewähr für eine rechtmässige Verwendung der Hanffutterwürfel im Falle ihrer Freigabe bietet, eine staatliche Behörde die Hanffutterwürfel zu lagern und nach Massgabe des ausgewiesenen Bedürfnisses zwecks Herstellung eines Absuds an den Betroffenen herauszugeben und die rechtmässige Verwendung zu überwachen habe.
1.5 Die Einziehung der beschlagnahmten Hanffutterwürfel verstösst somit nicht gegen Bundesrecht, da aufgrund der willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz die Hanffutterwürfel in der Hand des Beschwerdeführers mit hinreichender Wahrscheinlichkeit im Sinne von Art. 69 Abs. 1 StGB die Sicherheit von Menschen gefährden.
Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Thurgau, sowie dem Bundesamt für Gesundheit und dem Bundesamt für Landwirtschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Näf