Faits :
A.
X._ et A._ sont les parents de B._, née le *** 1996. Le 24 février 1999, leur divorce a été prononcé et la garde sur l'enfant B._ attribuée à sa mère. Le 21 juin 2006, le Juge de paix du 5e cercle de la Gruyère a ordonné le placement de B._ dans une famille d'accueil en application de l'<ref-law>, a retiré le droit de garde à la mère et a octroyé un droit de visite aux deux parents.
Le 8 décembre 2006, X._ a emmené sa fille B._ en Turquie. A._ a déposé plainte pénale pour ces faits en date du 23 janvier 2007.
A._ avait préalablement également déposé plainte pour d'autres faits le 18 avril 2005.
B.
Par jugement du 11 décembre 2007, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a reconnu X._ coupable d'escroquerie, de séquestration et enlèvement avec circonstances aggravantes (art. 183 ch. 2 et 184 CP), de falsification de marques officielles, d'actes préparatoires délictueux, de délit contre la loi fédérale sur les armes et de vol d'usage. Il a prononcé une peine privative de liberté ferme de quatre ans, sous déduction de la détention subie avant jugement, et une amende de 1'000 fr., la peine de substitution étant fixée à dix jours de peine privative de liberté. Cette autorité prenait également acte de la suspension des deux plaintes pénales déposées par A._ contre X._ et que le traitement des prétentions civiles de A._ était suspendu.
Par arrêt du 2 avril 2014, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a rejeté la demande de révision formée par X._ contre ce jugement. Par arrêt du 28 août 2014, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé contre cet arrêt (réf. 6B_503/2014).
C.
Par courrier du 15 juillet 2008, A._ a révoqué la suspension des deux plaintes pénales.
Par jugement rendu par défaut le 3 mars 2009, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a reconnu X._ coupable d'enlèvement de mineur et l'a condamné à une peine privative de liberté ferme de huit mois, peine complémentaire au jugement du 11 décembre 2007. Il a alloué à A._ le montant de 6'000 fr. à titre de tort moral.
Par jugement du 16 avril 2013, le Tribunal pénal de la Sarine a rejeté la demande de relief formée contre ce jugement par X._ le 14 janvier 2013. Par arrêt du 11 juillet 2013, la Chambre pénale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a rejeté le recours formé par X._ et confirmé le jugement du 16 avril 2013. Par arrêt du 7 mars 2014, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par X._ contre l'arrêt du 11 juillet 2013 (réf. 6B_860/2013).
Par arrêt du 6 novembre 2014, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a admis l'appel formé par X._ le 16 mai 2013 contre le jugement du 3 mars 2009, classé la procédure ouverte à son encontre du chef de prévention d'enlèvement de mineur pour les faits du 8 décembre 2006 et mis les frais des procédures de première et deuxième instances à la charge de l'Etat.
D.
A._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 6 novembre 2014 (réf. 6B_1194/2014). Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme de cette décision en ce sens que l'appel est déclaré irrecevable, subsidiairement rejeté. A titre plus subsidiaire, elle demande l'annulation de l'arrêt du 6 novembre 2014 et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour la poursuite de la procédure d'appel. Elle sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer sur ce recours, l'autorité précédente y a renoncé, le ministère public n'a pas répondu et X._ a conclu à son rejet, avec octroi de l'assistance judiciaire en sa faveur et suite de frais et dépens. A._ a déclaré renoncer à se déterminer sur les écritures de X._, se référant à son recours.
Le Procureur général du canton de Fribourg forme également un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 6 novembre 2014, concluant à son annulation et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg pour nouvelle décision au sens des considérants (réf. 6B_1186/2014).

Considérant en droit :
1.
Les deux recours ont pour objet la même décision et soulèvent une même question déterminante pour le sort de la cause. Il y a lieu de joindre les causes et de les traiter dans un seul arrêt (<ref-law> et 71 LTF).
Recours 6B_1194/2014
2.
Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles.
La recourante, partie plaignante, a participé à la procédure de dernière instance cantonale. L'arrêt attaqué conduit à l'annulation du jugement du 3 mars 2009 qui lui octroyait une indemnité pour tort moral à charge de l'intimé. Il a donc des effets sur le jugement des prétentions civiles de la recourante, qui a par conséquent qualité pour recourir à son encontre.
3.
La recourante estime qu'en considérant que l'appel de l'intimé avait été déposé en temps utile, l'autorité précédente a violé les art. 371 al. 1 et 399 al. 3 CPP ainsi que le principe de la bonne foi. En préambule de ce raisonnement, elle invoque plusieurs faits qui auraient été omis de manière arbitraire par l'autorité précédente.
3.1. Le Code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0) est entré en vigueur le 1er janvier 2011. Le jugement objet de l'appel formé par l'intimé a été rendu le 3 mars 2009, alors que cet appel a été déposé le 16 mai 2013. Se pose dès lors la question du droit applicable, question que le Tribunal fédéral examine librement et d'office (<ref-ruling> consid. 3 p. 156; arrêt 6B_41/2012 du 28 juin 2012 consid. 1).
3.2. Aux termes de l'<ref-law>, les recours formés contre les décisions rendues avant l'entrée en vigueur du présent code sont traités selon l'ancien droit par les autorités compétentes sous l'empire de ce droit. La date à laquelle la décision est rendue, et non celle à laquelle elle est notifiée ou un recours contre elle interjeté, est décisive pour déterminer le droit applicable selon cette disposition (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 221).
3.3. En l'espèce, l'appel était dirigé contre le jugement rendu le 3 mars 2009. Conformément à l'<ref-law>, il devait donc être traité selon l'ancien droit cantonal fribourgeois de procédure, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010, et non, comme l'a tranché l'autorité précédente, selon le CPP.
La recourante n'invoque pas que l'application du CPP en lieu et place de l'ancien code fribourgeois de procédure violerait le droit fédéral. Un renvoi pour ce motif n'est ainsi pas requis. Il n'est pas non plus nécessaire. Il ressort en effet de la jurisprudence du Tribunal fédéral qu'en cas de jugement par défaut, le délai d'appel ne courrait, sous l'égide de l'ancien droit cantonal de procédure, que depuis le rejet de la requête de relief (art. 209 al. 3 et 211 al. 3 aCPP/FR; arrêt 6B_358/2008 du 12 juin 2008 consid. 1.2). Selon l'art. 214 al. 1 aCPP/FR, également cité par cet arrêt, l'appel est adressé au Tribunal cantonal dans les trente jours dès la notification du jugement motivé ou de la décision rejetant la demande de relief. Dans le cas d'espèce, la demande de relief a été rejetée en première instance par décision du 16 avril 2013 et l'appel déposé le 16 mai 2013. A la lumière des règles de procédure cantonales applicables, l'appel a été interjeté en temps utile. Ce qui précède rend sans objet, respectivement infondés les griefs soulevés par la recourante, tels que mentionnés ci-dessus.
4.
La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir à tort considéré que la condamnation de l'intimé pour enlèvement de mineur, prononcée le 3 mars 2009, pour les faits objets de la plainte du 23 janvier 2007 violait le principe ne bis in idem.
4.1. L'autorité précédente a constaté que l'intimé avait été condamné par jugements du 11 décembre 2007 et du 3 mars 2009 pour les mêmes faits, à savoir ceux décrits ci-dessus ad let. A deuxième paragraphe, la première fois pour enlèvement et séquestration, la seconde fois pour enlèvement de mineur. Elle a relevé le contenu de l'art. 58 al. aCPP/FR, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010, l'alinéa 1 prévoyant que lorsque plusieurs infractions sont imputées au même auteur la poursuite et le jugement font en règle générale l'objet de la même procédure; l'alinéa 3 permettant la disjonction de cause. Elle n'en a tiré aucune conclusion dans l'affaire en cause.
L'autorité précédente a ensuite considéré que les deux infractions susmentionnées entraient en concours idéal. Selon elle, l'<ref-law> - prévoyant que si le juge doit prononcer une condamnation pour une infraction que l'auteur a commise avant d'avoir été condamné pour une autre infraction, il fixe la peine complémentaire de sorte que l'auteur ne soit pas puni plus sévèrement que si les diverses infractions avaient fait l'objet d'un seul jugement - n'était donc pas applicable. En présence d'un concours idéal, le juge n'avait pas d'autre choix que de juger les faits sous l'ensemble des infractions qui entrent potentiellement en compte. S'il omettait d'examiner les faits sous l'angle d'une de ces infractions, il ne pouvait pas y revenir par la suite et prononcer une peine complémentaire pour cette infraction. Les infractions susmentionnées se trouvant en concours idéal, elles devaient être jugées en même temps et le jugement de l'une d'entre elles ne pouvait être renvoyé à plus tard. Dès lors que le jugement du 11 décembre 2007 s'était limité à juger les faits sous l'angle de l'infraction d'enlèvement et séquestration, à l'exclusion de celle d'enlèvement de mineur, cette dernière infraction ne pouvait plus, par la suite, faire l'objet d'une poursuite ou d'un jugement pour les mêmes faits. Un tel procédé violait le principe de l'interdiction de la double condamnation. Il s'agissait d'un empêchement de procéder qui imposait, conformément aux art. 320 et 329 al. 4 CPP, le classement de la procédure ouverte du chef de prévention d'enlèvement de mineur pour les faits du 8 décembre 2006. Selon l'autorité précédente, l'appel de l'intimé devait donc être admis sur ce point et la procédure classée.
4.2. Le principe ne bis in idem découle implicitement de la Constitution fédérale. Il est par ailleurs garanti par l'art. 4 al. 1 du Protocole n° 7 à la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (RS 0.101.07) et, depuis le 1er janvier 2011, par l'<ref-law>. Ce principe, qui est un corollaire de l'autorité de chose jugée, interdit qu'une personne soit pénalement poursuivie deux fois pour les mêmes faits. L'interdiction de la double poursuite suppose la présence de deux procédures: une première, par laquelle l'intéressé a été condamné ou acquitté par un jugement définitif, doté à ce titre de l'autorité de la chose jugée et non passible de remise en cause selon les voies de recours ordinaires, et une seconde, ultérieure, au cours de laquelle il aura été à nouveau poursuivi ou puni (MICHEL HOTTELIER, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 6 ad <ref-law>; cf. également PIQUEREZ/MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3e éd. 2011, n. 580 ss; BRIGITTE TAG, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n° 11 ss ad <ref-law>).
4.3. L'<ref-law>, sanctionnant la séquestration et l'enlèvement, réprime à son alinéa 2 celui qui aura enlevé une personne incapable de discernement ou de résistance ou âgée de moins de seize ans. Dans sa version en vigueur au 1er juillet 2006, l'<ref-law>, sanctionnant l'enlèvement de mineur, réprimait celui qui aura soustrait ou refusé de remettre un mineur à la personne qui exerce l'autorité parentale ou la tutelle.
L'<ref-law> peut entrer en concours idéal avec l'<ref-law>, malgré la protection de biens juridiques différents, lorsque le comportement de l'auteur, dans le cas concret, porte atteinte non seulement aux droits du (co) détenteur de la puissance parentale, mais aussi à la liberté de l'enfant (<ref-ruling> consid. 2d p. 64).
4.4. Le jugement du 11 décembre 2007 a condamné l'intimé pour séquestration et enlèvement avec circonstances aggravantes au sens des art. 183 ch. 2 et 184 CP et pris acte de la suspension de la plainte pénale du 23 janvier 2007. L'arrêt attaqué mentionne l'art. 58 al. 3 aCPP/FR, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010, qui permettait d'ordonner, pour des raisons d'opportunité, une disjonction. Il ne constate toutefois pas qu'une disjonction ait été effectivement ordonnée dans la cause en question s'agissant de l'infraction d'enlèvement pour mineur. Tel n'est pas le cas. Le dossier ne contient en effet aucune décision en ce sens. Le jugement du 11 décembre 2007 indique quant à lui, notamment en p. 14 dans le considérant traitant du chef d'accusation d'enlèvement de mineur, que la plainte déposée par la recourante " le 23 janvier 2007 ayant été suspendue, la procédure est suspendue sur ce point ". Son dispositif acquitte l'intimé pour la prévention de tentative d'enlèvement de mineur concernant un autre enfant que celui de la recourante (ch. 4) mais prend acte de la suspension de la plainte pénale déposée par la recourante et que le traitement des prétentions civiles de cette dernière est suspendu (ch. 7). Le simple fait que la procédure ait été suspendue sur le point litigieux exclut une disjonction sur le même point. Dans ces circonstances, on ne saurait admettre l'existence d'une telle disjonction, qui conduirait à l'existence de deux procédures distinctes. La procédure a uniquement été suspendue s'agissant du sort à donner à la plainte de la recourante portant sur l'accusation d'enlèvement de mineur pour les faits survenus le 8 décembre 2006.
Le jugement du 3 mars 2009 a été rendu par la même autorité que celui du 11 décembre 2007, dans la même composition. Il est référé sous le même numéro de procédure (<ref-law>).
Au vu de ce qui précède, il convient de constater que le jugement du 11 décembre 2007, rendu sous l'empire de l'ancien droit cantonal de procédure, ne condamne pas, ni n'acquitte l'intimé du chef d'enlèvement de mineur en ce qui concerne les faits objets de la plainte du 23 janvier 2007. Au contraire, il suspend cette partie de la procédure, statuant uniquement sur d'autres chefs d'accusation. En ce qui concerne l'accusation d'enlèvement de mineur résultant de la plainte du 23 janvier 2007, le jugement du 11 décembre 2007 ne constitue par conséquent pas un jugement définitif. En l'absence d'un tel jugement, le principe ne bis in idem n'est pas applicable.
4.5. Le raisonnement de l'autorité précédente s'agissant de la portée à donner à l'<ref-law> en cas de concours idéal d'infractions et ses critiques quant à la manière de procéder des autorités de premières instances ne peut au demeurant être suivi. Tout d'abord, l'<ref-law> n'est pas une disposition de procédure, mais une règle de fixation de la peine. Cette disposition n'impose pas au juge, lorsque plusieurs actes sont retenus contre le prévenu, de se prononcer sur eux en même temps (cf. <ref-ruling> consid. 1d p. 241, 97 IV 52 consid. 2 p. 55 s.; arrêt 6S.414/2002 du 6 mars 2003 consid. 2.2). L'<ref-law> est en outre applicable en cas de concours idéal (JÜRG-BEAT ACKERMANN, in Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. éd. 2013, n° 76 ad <ref-law>; CHRISTIAN RIEDO, Retrospektive Intransparenz, Bemerkung zu Art. 49 Abs. 2 StGB, in Droit pénal et diversités culturelles, 2012, p. 341 ss, p. 346 et les auteurs cités). A cela s'ajoute que hors cas de nullité, non réalisé ici, l'autorité précédente n'était pas autorisée à remettre en cause le jugement du 11 décembre 2007, qui ne faisait pas l'objet de l'appel. Elle ne pouvait que prendre acte de la suspension de la procédure prononcée par ce jugement s'agissant de la plainte pénale litigieuse.
4.6. Il résulte de ce qui précède que l'autorité précédente a à tort retenu que la poursuite de l'intimé pour infraction d'enlèvement de mineur dénoncée par la plainte du 23 janvier 2007 violait le principe ne bis in idem, ce qui constituait un empêchement de procéder imposant, en appel, le classement de la procédure. Le recours 6B_1194/2014 doit dès lors être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle examine la recevabilité et, cas échéant, le bien-fondé de l'appel formé par l'intimé, cette fois-ci en vertu du CPP (cf. <ref-law>), la question de savoir si l'appel a été adressé en temps utile étant tranchée de manière définitive supra ad consid. 3.3.
5.
Vu l'enjeu du litige ainsi que la position procédurale de l'intimé - invité à répondre au recours -, ses conclusions ne sauraient être considérées comme dépourvues de chances de succès. Dans ces circonstances et compte tenu de sa situation financière, il y a lieu de lui accorder le bénéfice de l'assistance judiciaire, de lui désigner Me Jacques Emery en qualité de défenseur d'office et d'accorder à ce dernier une indemnité appropriée à charge de la caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>). L'intimé est toutefois rendu attentif au fait qu'il devra rembourser cette dernière, s'il peut ultérieurement le faire (<ref-law>).
Vu l'issue de la procédure, il ne sera pas perçu de frais (<ref-law>) et le canton de Fribourg versera à la recourante une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Cela rend sans objet sa demande d'assistance judiciaire.
Recours 6B_1186/2014
6.
Le Procureur général du canton de Fribourg a qualité pour former un recours en matière pénale (art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 3 LTF; cf. arrêt 6B_949/2013 du 3 février 2014 consid. 2).
Vu l'admission du recours 6B_1194/2014, le recours 6B_1186/2014 devient sans objet. Il ne sera pas perçu de frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les recours 6B_1186/2014 et 6B_1194/2014 sont joints.
2.
Le recours 6B_1194/2014 est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
3.
Le recours 6B_1186/2014 est sans objet.
4.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5.
Le canton de Fribourg versera au conseil de la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure 6B_1194/2014 devant le Tribunal fédéral.
6.
La demande d'assistance judiciaire formulée par l'intimé dans la cause 6B_1194/2014 est admise pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
7.
Me Jacques Emery est désigné comme avocat d'office de l'intimé dans la cause 6B_1194/2014 et une indemnité de 1'500 fr., supportée par la caisse du Tribunal fédéral, lui est allouée à titre d'honoraires.
8.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 3 décembre 2015
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod