Faits :
A.
La société X._ SA est inscrite au registre du commerce de la République et canton de Genève. Elle est active dans les "opérations de gestion de biens ou de fortune, activité de courtier et de commissionnaire sur les marchés financiers, fourniture de conseils et d'assistance dans les domaines économique, financier, administratif et exécution de mandats de gestion dans ces domaines; la société n'accepte aucun dépôt et ne conserve en son nom aucune valeur mobilière pour le compte de clients; exécution de mandats de conseil économique et financier, activité d'intermédiation financière et d'investissement". Depuis le 20 octobre 2009, Y._ en est l'actionnaire à 80 % et le président du conseil d'administration avec signature individuelle.
B.
En juillet 2009, la société intéressée a fait parvenir sa déclaration d'impôt pour l'année 2008 à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale). Elle a déclaré un bénéfice net de 200'825 fr. Le montant des charges s'élevait à 2'681'605 fr. dont 1'177'567 fr. de charges de personnel. La rémunération versée à Y._ pour l'année civile était de 858'228 fr., à laquelle s'ajoutait une allocation pour frais de 47'499 fr. Le certificat de salaire de ce dernier, joint à la déclaration de l'intéressée, faisait montre d'un salaire de base de 552'500 fr. 40 et d'un bonus de 347'624 fr. 60.
Le 14 octobre 2010, l'Administration fiscale a adressé à la société des bordereaux de taxation définitive pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC). Dans les deux cas, elle a retenu un bénéfice net de 411'994 fr. Pour l'IFD comme pour l'ICC, l'Administration fiscale a repris et augmenté le bénéfice de l'exercice 2008 de 211'169 fr., au titre de salaire excessif versé à Y._.
L'Administration fiscale a partiellement admis la réclamation de l'intéressée et fixé le montant repris à 200'825 fr. La société a interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). Suite à un courrier de l'intéressée dans lequel celle-ci a détaillé deux rubriques de son bilan ("compte de régularisation" et "frais de personnel"), le Tribunal administratif de première instance a admis partiellement le recours et diminué le montant de la reprise à 42'326 fr. Il a en particulier considéré que le bonus versé à Y._ en 2008 était celui qui ressortait des comptes de la société, soit 106'852 fr. L'Administration fiscale a contesté ce prononcé devant la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
Par arrêt du 27 mai 2014, la Cour de justice a admis le recours de l'Administration fiscale et rétabli les montants des reprises fixés par celle-ci dans ses décisions sur réclamation. Après avoir constaté que la question de l'existence d'un salaire excessif versé à l'actionnaire-employé en 2008 n'était plus litigieuse, elle a jugé que celui-ci avait perçu un bonus d'un montant de 347'624 fr. 60 en 2008, tel que cela ressortait de son certificat de salaire pour cette année et que c'était ce montant qui devait entrer en considération.
C.
Agis sant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du 27 mai 2014 de la Cour de justice et de renvoyer la cause à cette dernière pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint de violation du droit fédéral.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt, l'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Dans des observations finales, l'intéressée a confirmé ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 44; <ref-ruling> consid. 1 p. 476 et les arrêts cités).
1.1.
1.1.1. Lorsque l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal sont en cause, deux décisions différentes sont attaquées. Il s'agit en effet d'impôts distincts qui reviennent à des collectivités différentes et qui font l'objet de taxations séparées. Ceci fait que sous l'empire de l'ancienne OJ, le Tribunal fédéral avait jugé que les autorités cantonales de dernière instance devaient rendre deux décisions - qui pouvaient toutefois figurer dans un seul acte -, une pour l'impôt fédéral direct et une pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées - ce qui n'excluait pas des renvois - et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distinguait expressément les deux impôts (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 559; <ref-ruling> consid. 8.3 p. 511 s.). Il se justifiait donc également d'introduire deux recours distincts devant le Tribunal fédéral avec des conclusions adaptées à chacun des impôts, étant précisé que ces recours pouvaient toutefois aussi être contenus dans la même écriture. Ces distinctions étaient nécessaires puisqu'en matière d'impôt fédéral direct, le Tribunal fédéral pouvait statuer sur le fond (ancien art. 114 OJ) et aller au-delà des conclusions des parties, alors que, pour les impôts cantonal et communal portant sur une matière harmonisée, il ne pouvait qu'annuler l'arrêt attaqué et renvoyer l'affaire pour nouvelle décision à l'autorité inférieure, en vertu de l'<ref-law> (cf. ATF <ref-ruling> consid. 8.3 p. 511 s.).
1.1.2. Après l'entrée en vigueur de la LTF, le Tribunal fédéral a jugé que l'<ref-law> devait céder le pas devant l'<ref-law>, qui lui confère un pouvoir général de réforme quel que soit le recours déposé devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 188 s.). Suite à cela, il a relativisé sa jurisprudence en matière de dispositifs et recours distincts. Il a ainsi jugé que, lorsque la question juridique à trancher par l'autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut donc être traitée avec un raisonnement identique, tant pour l'impôt fédéral direct, que pour les impôts cantonal et communal, il est possible d'admettre qu'une seule décision soit rendue et que son dispositif ne distingue pas entre les deux catégories d'impôts. Il faut cependant que la motivation de la décision attaquée permette clairement de saisir que la décision rendue vaut aussi bien pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). En conséquence, il n'y a pas de raison d'exiger systématiquement du recourant qu'il dépose deux recours distincts pour chacun de ces impôts, à moins que l'autorité cantonale ait elle-même rendu deux décisions (<ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.). La partie recourante doit donc pouvoir attaquer une décision cantonale qui traite des deux impôts dans un seul recours. Il faut cependant qu'il ressorte de la motivation du recours, que le recourant s'en prend tant à l'impôt fédéral direct, qu'aux impôts cantonal et communal, pour que ces deux catégories d'impôts puissent être revues par le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1.3.2 i.f., p. 263 s.).
1.2. Nonobstant l'absence de dispositif distinct, l'arrêt attaqué respecte les exigences de forme précitées dès lors qu'il motive de manière séparée le rejet du recours cantonal pour les deux catégories d'impôts. Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'ICC (2C_660/2014), l'autre l'IFD (2C_661/2014). Comme l'état de fait est identique et que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé, les causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
1.3. Puisque le Tribunal fédéral a un pouvoir général de réforme (<ref-law>; cf. consid. 1.1.2 ci-dessus), le recours en matière de droit public doit donc en principe contenir des conclusions réformatoires. Des conclusions cassatoires sont néanmoins admises dans le recours en matière de droit public, à condition toutefois que les revendications de la partie recourante ressortent clairement des motifs (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 414 s., en particulier consid. 1.4.1 i.f.).
1.4. En l'espèce, la motivation du recours porte exclusivement sur l'impôt fédéral direct. La recourante n'explique pas en quoi l'arrêt attaqué serait contraire au droit harmonisé ni ne cite à aucun moment une base légale relative aux impôts cantonal et communal. Par conséquent, non seulement l'écriture ne remplit pas les conditions de la double motivation développée dans la jurisprudence précitée (cf. consid. 1.1.2 ci-dessus), mais en plus les revendications de la recourante ne ressortent pas clairement des motifs, ceux-ci ne permettant donc pas de palier l'insuffisance des conclusions (cf. consid. 1.3 ci-dessus). Ainsi, et pour autant que la recourante ait réellement eu la volonté de recourir sur ce point, il est fort douteux que son recours, en tant qu'il porte sur les impôts cantonal et communal puisse être considéré comme étant recevable. Toutefois, au vu de l'issue du recours sur le fond, cette question peut demeurer indécise.
2.
L'arrêt attaqué concerne le revenu imposable de la période fiscale 2008. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>. L'<ref-law> confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD et l'<ref-law> pour l'ICC. Pour le reste, déposé en temps utile (cf. <ref-law>) et dans les formes requises (cf. <ref-law>), sous réserve des considérations qui précèdent (cf. consid. 1.4 ci-dessus), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a en outre été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. <ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
3.
Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>) doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
En l'occurrence, la recourante n'expose pas en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réunies. Dans un chapitre intitulé "EN FAIT", elle se contente de substituer, de manière purement appellatoire, ses visions et appréciations des faits à celles retenues par la Cour de justice. Un tel mode de faire étant inadmissible, le Tribunal fédéral vérifiera la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.
4.
La Cour de justice a jugé que l'existence d'un salaire excessif, déterminé par application de la méthode "valaisanne", n'était plus litigieuse. Dans l'arrêt contesté, elle n'a ainsi traité que du montant de la rémunération excessive à reprendre dans le bénéfice imposable de la recourante. A ce propos, ayant à disposition des chiffres divergents ressortant des comptes 2008 de la recourante et du certificat de salaire 2008 de Y._, la Cour de justice s'est fondée sur le salaire attesté par ledit certificat. Elle a motivé cette décision par le fait que les comptes de la recourante ne permettaient pas de déterminer la nature et le sort comptable de la différence existant entre les deux montants.
Le présent litige porte donc sur le point de savoir si le montant du salaire figurant dans le certificat de Y._ peut être utilisé pour déterminer le montant à reprendre à titre de salaire excessif pour la période fiscale 2008.
5.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause (cf. arrêts 2C_999/2014 du 15 janvier 2015 consid. 3; 2C_637/2012 du 4 octobre 2012 consid. 7 et les références citées). Le présent litige porte sur la période fiscale 2008. Ce sont donc les dispositions du droit matériel en vigueur à cette période qui s'appliquent, notamment le droit comptable antérieur à la révision du 23 décembre 2011 (RO 2012 6679).
I. Impôt fédéral direct
6.
6.1. Aux termes de l'<ref-law>, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'<ref-law>, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le cal-cul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5e tiret). Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - qui devra être réintégrée dans le bénéfice imposable de la société, lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (<ref-ruling> consid. 2b p. 435; arrêts 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.1, RF 64/2009 p. 915; 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2). Le versement d'un salaire disproportionné accordé à un actionnaire-directeur constitue une situation classique de distribution dissimulée de bénéfice (Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 142 ad art. 57-58 LIFD; cf. arrêts 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1; 2A.562/2004 du 6 octobre 2004 consid. 3, in StE 2005 B 72.13.22 n° 43). Certes, l'employeur dispose d'une liberté d'appréciation étendue dans la fixation du salaire de son personnel (arrêts 2C_708/2012 du 21 décembre 2012 consid. 4.2, non publié in <ref-ruling>, in RDAF 2013 II 469; 2A.71/2004 du 4 février 2005 consid. 2, in StE 2005 B 72.13.22 n° 44). Pour déterminer si, malgré cette liberté, l'on a affaire à une rémunération excessive constituant une distribution dissimulée de bénéfice, il convient de prendre en compte l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, étant précisé qu'il n'appartient pas à l'administration fiscale de substituer sa propre appréciation en matière de salaire à celle de la société (arrêts 2C_1082/2012 du 25 octobre 2013 consid. 2.3.2, in Archives 82 p. 371 et RF 69/2014 p. 60; 2A.71/2004 précité consid. 2). Parmi les critères pertinents, on peut notamment citer la rémunération des personnes de rang et de fonction identiques ou similaires, les salaires versés par d'autres entreprises opérant dans le même domaine, la taille de l'entreprise et sa situation financière, ainsi que la position du salarié dans l'entreprise, sa formation et son expérience (arrêt 2C_209/2013 du 16 janvier 2014 consid. 3.1, in RDAF 2014 II 227; Brülisauer/Poltera, in Zweifel/Athanas [éd.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2e éd. 2008, n° 165 ss ad <ref-law>; Robert Danon, op. cit., n° 143 ad art. 57-58 LIFD; Peter Locher, Kommentar zum DBG, 2004, n° 118 ad <ref-law>).
6.2. Il est fréquent que les actionnaires-directeurs perçoivent des rémunérations variables. En pratique, il existe une grande variété de telles rémunérations (Aurélien Witzig, Le renouveau des rémunérations variables, thèse Genève 2014, p. 40). Partant, il ne peut être exigé des autorité fiscales, en vue de déterminer si le salaire versé à l'actionnaire-directeur est ou non excessif compte tenu du résultat de la société qui l'emploie, qu'elles examinent pour chaque situation la façon dont la rémunération variable est calculée. Ainsi, on peut admettre que ces autorités peuvent prendre comme critère déterminant, après une appréciation des différents moyens de preuve à disposition, le montant de la rémunération perçue pendant la période fiscale en cause, tel qu'il résulte du certificat de salaire de l'actionnaire-directeur (cf. Zweifel/Hunziker, Beweis und Beweislast im Steuerverfahren bei der Prüfung von Leistung und Gegenleistung unter dem Gesichtswinkel des Drittvergleichs ["dealing at arm's length"], in Archives 77 p. 657, spécialement p. 677 s. n° 1.2). Si, sur cette base, les méthodes de calcul reconnues (telle la méthode valaisanne appliquée en l'occurrence, cf. à ce sujet Meller/Salom, Le salaire excessif en droit fiscal suisse, in RDAF 2011 II 105, p. 117 s.; telle également la " Fromer-Formel ", Thomas H. Kunz, Das Aktionärsgehalt - eine fremdbestimmte Grösse?, in L'expert-comptable suisse 8/2001 p. 893, spécialement p. 896 s.; cf. également Ehrenström/Olofsson, La liberté du salaire et ses [nouvelles] limites, in Jusletter du 12 mars 2012, n° 25; Zweifel/Hunziker, op. cit., p. 679 ss) font apparaître que le salaire versé résultant du certificat de salaire relatif à la période fiscale en cause est excessif par rapport aux résultats de la société, les autorités fiscales sont en droit considérer qu'il y a eu distribution dissimulée de bénéfice. Conformément aux règles sur le fardeau de la preuve ancrées à l'<ref-law> et applicables en droit fiscal (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 66; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 158; arrêt 2C_649/2012 du 23 octobre 2012 consid. 5.2, in SJ 2013 I p. 199), la société qui conteste ce mode de calcul, en particulier la prise en compte de la part variable de la rémunération qui est incluse dans le certificat de salaire, doit alors démontrer de manière précise pour quels motifs cette part variable n'est pas déterminante dans le calcul du salaire excessif pour la période fiscale considérée. A défaut, elle doit supporter les conséquences de l'absence de preuve et se voir imputer, dans son bénéfice imposable, la part correspondant au salaire excessif versé à son actionnaire-directeur.
7.
7.1. En l'occurrence, la Cour de justice a considéré que les documents produits par la recourante dans la procédure de taxation ne faisaient pas état de modalités particulières de détermination de la rémunération de Y._. Elle a constaté qu'aucune rubrique du compte pertes et profits n'était détaillée et qu'aucune annexe du bilan ne comportait d'élément sur ce point. La recourante ne prétendait d'ailleurs pas que le certificat de salaire de son actionnaire-directeur pour l'année 2008 ne correspondait pas au montant versé cette année. L'autorité précédente a ajouté à ce propos que les caractéristiques alléguées des mécanismes de rémunération n'avaient pas été discutées par l'autorité de première instance et qu'aucun contrat de travail ou autre accord n'avait été produit par la recourante, à laquelle incombait le fardeau de la preuve. Sur la base des moyens de preuve qu'elle avait à disposition au dossier, c'est-à-dire en particulier un certificat de salaire faisant état du versement d'un salaire de 900'125 fr. (dont un bonus de 347'624 fr. 60) à Y._, la Cour de justice a considéré que le montant précité qui avait effectivement été acquitté par la société à son actionnaire-directeur en 2008, était déterminant.
7.2. Avec le certificat de salaire précité, la Cour de justice possédait un élément de fait qui lui permettait de déterminer précisément le montant du salaire versé par la recourante à son actionnaire-directeur en 2008. Certes, la recourante a expliqué qu'une part de ce salaire était calculée sur la base des résultats de l'année 2007. Toutefois, la recourante, qui supporte le fardeau de la preuve dans un tel cas de figure (cf. consid. 6.2 ci-dessus), s'est limitée à produire ses comptes, sans fournir de contrat de travail ou un autre accord équivalent qui aurait permis de déterminer selon quelles modalités la rémunération variable en cause était calculée, ce qui n'est pas suffisant. La Cour de justice, examinant tout de même les comptes produits, a en outre constaté que l'on ne pouvait suivre la recourante et prendre en considération uniquement le montant ressortant de ceux-ci à titre de bonus versé en 2008, dès lors que les comptes ne permettaient pas de déterminer la nature et le sort comptable de la différence entre le bonus provisionné et décaissé (sans que l'on en connaisse du reste la base) et le montant effectivement versé durant l'exercice 2008. Il s'agit d'une appréciation des preuves que la Cour de céans n'a pas à revoir, la recourante n'invoquant ni l'arbitraire ni la constatation manifestement inexacte des faits à ce sujet (cf. supra consid. 3). La Cour de justice n'a par conséquent pas violé le droit fédéral en retenant le certificat de salaire comme étant déterminant pour examiner le caractère excessif du salaire versé à l'actionnaire-directeur. L'arrêt entrepris doit ainsi être confirmé sur ce point.
8.
La recourante conteste encore le caractère reconnaissable par les organes de la société de la disproportion du salaire versé à son actionnaire-directeur.
8.1. Sur la base des constatations cantonales, Y._ a perçu un salaire de 900'125 fr. en 2008. Ce salaire représente plus de quatre fois le bénéfice net de la recourante pour cette année (soit en l'occurrence 200'825 fr. avant reprise) et un peu moins de trois fois le total de charges de 2'681'605 fr. Dans ces conditions, le montant du salaire revêt une disproportion reconnaissable pour les organes de la recourante.
8.2. Pour le surplus, dans la mesure où les autres arguments de la recourante se fondent sur l'existence d'un élément de fait non prouvé, soit les modalités de fixation du bonus de l'actionnaire-directeur, il ne saurait y être donné une suite favorable. Il convient par conséquent de rejeter le recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôts cantonal et communal
9.
L'art. 12 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; RSGE D 3 15) correspond à l'<ref-law>. La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct et de répartition du fardeau de la preuve en matière fiscale est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes. Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD. En tant qu'il est recevable (cf. consid. 1.4 ci-dessus), le recours doit par conséquent également être rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
10.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_660/2014 et 2C_661/2014 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 6 juillet 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
Le Greffier : Tissot-Daguette