Faits:
A. Par décision du 7 novembre 2008, la Direction générale des douanes a assujetti à la TVA l'importation d'un tableau par X._. Le 10 décembre 2008, X._ a interjeté recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral.
Par décision incidente du 18 décembre 2008, le Tribunal administratif fédéral a imparti à l'intéressé un délai au 26 janvier 2009 pour verser l'avance sur les frais de procédure.
Ayant constaté, au vu de l'avis du secteur "Finances et controlling du Tribunal, que l'avance aurait été effectuée le 27 janvier 2009, le juge instructeur en charge du dossier a demandé à X._ d'établir que l'avance de frais avait été versée dans le délai, l'avertissant des conséquences du défaut de production de telles preuves. Par courrier du 6 février 2009, le mandataire de l'intéressé a produit le protocole de paiement et l'avis de débit de sa banque.
B. Par arrêt du 19 mars 2009, le juge unique du Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours du 10 décembre 2008 pour défaut d'avance des frais dans le délai imparti, l'ordre de versement par e-banking ayant bien été donné le 26 janvier 2009 mais son exécution (date d'échéance de l'ordre) n'étant intervenue que le 27 janvier 2009.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 19 mars 2009 par le juge unique du Tribunal administratif fédéral et de renvoyer la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants et entrée en matière sur le recours déposé le 10 décembre 2008, subsidiairement, d'"acheminer le recourant à prouver par toutes voies de droit autorisées les faits exposés dans les présentes écritures" Il se plaint de l'appréciation arbitraire des preuves, de la violation des art. 21 al. 3 et 63 al. 4 PA et de l'interdiction du formalisme excessif.
La Direction générale des douanes s'en remet à justice. Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations.
D. Par ordonnance du 26 mai 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par l'intéressé.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre une décision finale, qui met fin à la procédure (art. 90 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>, notamment celle de la lettre l - qui n'exclut pas tous les litiges en matière de droits de douane, mais seulement ceux fondés sur le classement tarifaires ou relatifs au poids des marchandises (arrêt 2C_ 276/2008 du 27 juin 2008, consid. 1.2) -, ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 1.2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). La notion de "manifestement inexacte" de l'<ref-law> correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398). Enfin, selon l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Le cas échéant, ils doivent être correctement allégués et prouvés dans le délai légal de recours de trente jours. Par conséquent, la demande du recourant tendant à être "acheminé à prouver par toutes voies de droit autorisées les faits exposés dans les présentes écritures", sans que soit précisé sur quels faits il souhaite fournir des preuves supplémentaires, est irrecevable.
2. Le recourant se plaint de n'avoir pu prendre connaissance de l'avis du secteur "Finances et Controlling" du Tribunal administratif fédéral.
2.1 Le droit de consulter le dossier est un aspect du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 494). Selon la jurisprudence, le justiciable ne peut toutefois exiger la consultation de documents internes à l'administration, à moins que la loi ne le prévoie (<ref-ruling> consid. 4a p. 474/475; <ref-ruling> consid. 6a p. 161; <ref-ruling> consid. 5 p. 105/106 et les arrêts cités). Il peut s'agir de communications entre les fonctionnaires traitant le dossier. Cette restriction du droit de consulter le dossier doit de manière normale empêcher que la formation interne de l'opinion de l'administration sur les pièces déterminantes et sur les décisions à rendre ne soit finalement totalement ouverte au public (<ref-ruling> consid. 2g p. 303 et 113 Ia 1 lettre cc p. 9). Il n'est en effet pas nécessaire à la défense des droits des administrés que ceux-ci aient accès à toutes les étapes de la réflexion interne de l'administration avant que celle-ci n'ait pris une décision ou manifesté à l'extérieur le résultat de cette réflexion. Encore faut-il ne pas qualifier de notes internes des pièces ou le résultat de preuves déterminantes pour la prise d'une décision (<ref-ruling> consid. 2g p. 303).
2.2 En l'espèce, la communication du secteur "Finance et Controlling" du Tribunal administratif fédéral avait pour but de signaler au juge que le versement de l'avance de frais était peut-être tardive. Il s'agissait d'une communication purement interne, dont le recourant n'avait pas à prendre connaissance. Elle n'a au surplus joué aucun rôle dans la motivation de l'arrêt attaqué, qui aurait tout aussi bien pu ne pas mentionner le processus interne au tribunal par lequel le recourant a été amené à prouver qu'il avait respecté le délai imparti pour procéder à l'avance de frais. Le Tribunal administratif fédéral n'a par conséquent pas violé le droit d'être entendu du recourant.
3. Le recourant se plaint de l'appréciation arbitraire des preuves.
3.1 Le Tribunal fédéral ne qualifie d'arbitraire l'appréciation des preuves que si l'autorité a admis ou nié un fait en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et les éléments de son dossier. Une jurisprudence constante reconnaît au juge du fait un large pouvoir d'appréciation en ce domaine. Le Tribunal fédéral n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge précédent a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte, lorsque des constatations de faits sont manifestement fausses, enfin lorsque l'appréciation des preuves est tout à fait insoutenable (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9 et les arrêts cités).
3.2 En l'espèce, se fondant sur les deux pièces bancaires produites par le recourant, le Tribunal administratif fédéral a retenu que "la mandataire du recourant a procédé elle-même au paiement par e-banking, l'ordre de versement ayant bien été effectué dans le délai fixé au 26 janvier, mais la date - déterminante - de l'exécution de l'ordre de versement (date d'échéance de l'ordre) n'intervenant que le 27 janvier 2009". Le recourant soutient que le protocole des paiement établit que le paiement est intervenu le 26 janvier 2009 à 15h56 et que l' "avis de la banque mentionne que le compte bancaire en Suisse du Conseil soussigné a été débité en faveur du Tribunal administratif fédéral en date du 26 janvier 2009". Ce faisant, le recourant n'indique nullement en quoi l'appréciation que le Tribunal administratif fédéral a fait des pièces bancaires serait concrètement arbitraire. Sa motivation ne répond pas aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. également <ref-law>). Ce grief est par conséquent irrecevable. Dans ces conditions, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui retenu dans l'arrêt attaqué (cf. <ref-law>). Au demeurant, au vu de l'avis de débit fourni par la banque et produit par le recourant, il n'y avait rien d'arbitraire à considérer que l'ordre date du 26 janvier mais que son exécution et par conséquent le débit du compte de la mandataire n'a eu lieu que le 27 janvier 2009.
4. 4.1 Selon l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007, applicable par renvoi de l'<ref-law>), l'autorité de recours - son président ou le juge instructeur - perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés; elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Aux termes de l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007, identique à celle de l'<ref-law>, applicable par renvoi de l'<ref-law>), le délai pour le versement d'avances est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur de l'autorité. Le moment déterminant pour constater l'observation ou l'inobservation du délai est celui auquel la somme a été versée en faveur de l'autorité à La Poste Suisse (que ce soit au guichet d'un bureau de poste ou lors d'un transfert depuis l'étranger) ou celui auquel l'ordre de paiement en faveur de l'autorité a été débité du compte postal ou bancaire du recourant ou de son mandataire (cf. arrêt 9C_94/2008 du 30 septembre 2008, consid. 5.2).
4.2 En l'espèce, il est établi que le débit du compte bancaire de la mandataire du recourant a eu lieu le 27 janvier 2009, conformément aux constations du Tribunal administratif fédéral qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>; cf. consid. 3 ci-dessus). En déclarant le recours déposé le 10 décembre 2008 irrecevable parce que l'avance de frais a été effectuée tardivement le 27 au lieu du 26 janvier 2009, le Tribunal administratif fédéral a correctement appliqué le droit fédéral.
5. Le recourant soutient enfin que le Tribunal administratif fédéral est tombé dans le formalisme excessif.
5.1 Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 2a p. 142; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34). Selon une jurisprudence bien établie, il n'y a pas de rigueur excessive à ne pas entrer en matière sur un recours lorsque, conformément au droit de procédure applicable, la recevabilité de celui-ci est subordonnée au versement d'une avance de frais dans un délai déterminé; il faut cependant que son auteur ait été averti de façon appropriée du montant à verser, du délai imparti pour le paiement et des conséquences de l'inobservation de ce délai (arrêt 9C_831/2007 du 19 août 2008; <ref-ruling> consid. 5 p. 111; <ref-ruling> consid. 4 p. 523; arrêt 1P.673/2000 du 5 février 2001, consid. 3a, publié in Pra 2001 n° 123 p. 739).
5.2 En l'espèce, le recourant était assisté par une mandataire professionnelle qui ne pouvait ignorer le risque consistant à ordonner le versement à partir de son compte peu avant l'échéance du délai. Ce risque est unanimement mis en évidence par la doctrine (Spühler/ Dolge/Vock, Kurzkommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Zurich et St Gall 2006, ch. 4 ad <ref-law>; Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, Berne 2008, ch. 1262, p. 539; Amstutz/Arnold, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, ch. 29 ad art. 48; J.-M. Fresard, Commentaire LTF, Berne 2009, n° 25 ad <ref-law>). La prudence s'imposait d'autant plus que, contrairement à l'<ref-law>, l'<ref-law> ne connaît pas l'institution du second délai. En pareilles circonstances, celui qui prend le risque de procéder par ordre bancaire au lieu d'effectuer directement le paiement au guichet postal accepte que le débit de son compte ne soit pas effectué dans le délai imparti et que le recours soit déclaré irrecevable. Il n'y a donc pas de formalisme excessif à retenir une telle conséquence.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant supporte les frais judiciaires (<ref-law>) et n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à la Direction générale des douanes et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 2 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey