hat sich ergeben:
A.- Die Dipl. Ing. Fust AG verkauft Elektro- und Elektronikgeräte sowie deren Zubehör und unterhält ein grösseres Filialnetz in der Schweiz. Die Media Markt Video-TV-HifiElektro-Computer-Foto AG eröffnete im März 1994 in Dietikon und Dietlikon zwei Warenmärkte und konkurrenziert damit die Fust AG. Diese wirft der Media Markt vor, sie habe unlauter geworben und ihr dadurch Schaden zugefügt. Die Fust AG hält folgende Werbetexte für unlauter:
"Media Markt ist 70'000 mal günstiger."
"Bei Media Markt gibt's 70'000 mal den Dauertiefpreis."
"Media Markt stürzt das Zürcher Preismonopol."
"Alle Geräte aller Hersteller zum allerkleinsten Preis."
"Media Markt ist 70'000 x günstig."
"Wir schlagen jeden Rabatt. Ohne 1 % Rabatt immer 100 %
günstig."
"Wir Schweizer können nie genug Rechte haben / Nun
bekommen wir eines geschenkt: Das Recht auf den
kleinsten Preis."
"Es hat sich halt herumgesprochen, dass Media Markt die
günstigsten Preise hat."
"Worauf warten Sie eigentlich? Jetzt beim Dauertiefst-
preis sparen und beim Sonderverkauf in Urlaub fahren?"
"Worauf warten Sie noch? Der Dauertiefstpreis ist schon
da."
"Andere verkaufen jetzt Ladenhüter, wir hüten die Dauer-
tiefstpreise."
B.- Im Juni 1996 erhob die Fust AG beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die Media Markt AG mit dem Antrag, die Beklagte unter Vorbehalt des Nachklagerechts zur Zahlung von Fr. 1'500'000.-- nebst Zins zu verpflichten. In der Replik erhöhte die Klägerin ihre Forderung unter Verzicht auf das Nachklagerecht auf Fr. 3'168'600.-- nebst 5 % Zins seit 14. Oktober 1995.
Das Handelsgericht wies die Klage mit Urteil vom 6. November 1998 ab. Es kam zum Schluss, die Beklagte habe mit dem Slogan "Media Markt ist 70'000 mal günstiger" zwar unlauter geworben, es sei der Klägerin aber nicht gelungen, einen ihr daraus entstandenen Schaden zu substanziieren oder nachzuweisen.
Die Klägerin gelangte mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich, welches das Rechtsmittel mit Beschluss vom 23. Juli 2000 teilweise guthiess und Erwägung VI./2.3 des Urteils des Handelsgerichts zuhanden des bundesgerichtlichen Berufungsverfahrens strich; im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es auf sie eintrat.
C.- Mit ihrer Berufung beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Beklagte zur Zahlung von Fr. 3'168'600.-- nebst 5 % Zins seit 14. Oktober 1995 zu verpflichten, eventuell die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat den Slogan "Media Markt ist 70'000 mal günstiger" als unlauter beurteilt, dagegen die Lauterkeit der übrigen zitierten Werbetexte nicht geprüft mit der Begründung, die Klägerin habe nicht dargelegt, in welchem Umfang damit geworben worden sei; nur ein konkret behaupteter Umfang der einzelnen Werbetexte würde indessen erlauben, den Schaden mit hinreichender Überzeugung zu schätzen.
Die Klägerin rügt, die Vorinstanz habe die Unlauterkeit der weiteren Werbetexte aufgrund offensichtlicher Versehen nicht geprüft. Nach ihren im vorinstanzlichen Verfahren vorgebrachten Behauptungen seien die Texte alle mindestens einmal in auffälliger Weise im "Blick" oder im "Tagesanzeiger" erschienen. Im "Tagesanzeiger" sei zudem am 22. Mai 1994 ein Inserat mit dem folgenden Wortlaut veröffentlicht worden: "Die Ankündigung der Media Markt zeigten erste Folgen: Elektroartikel sind in den letzten Tagen vor der Eröffnung der neuen Media Märkte wesentlich billiger geworden. Sie waren dort jahrelang viel zu teuer. Es hat sich halt schon herumgesprochen, dass der Media Markt die günstigsten Preise hat." Die Klägerin sieht darin eine systematische UnlauterkeitsStrategie der Beklagten. Die Beklagte bestreitet dies in der Berufungsantwort und macht namentlich geltend, auch der Slogan "Media Markt ist 70'000 mal günstiger" sei entgegen der Beurteilung durch die Vorinstanz nicht unlauter im Sinne von <ref-law>.
a) Unlauter und widerrechtlich ist nach der Generalklausel von <ref-law> jedes täuschende oder in anderer Weise gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossende Verhalten oder Geschäftsgebaren, welches das Verhältnis zwischen Mitbewerbern oder zwischen Anbietern und Abnehmern beeinflusst. Unlauter handelt insbesondere, wer andere, ihre Waren, Werke, Leistungen, deren Preise oder ihre Geschäftsverhältnisse durch unrichtige, irreführende oder unnötig verletzende Äusserungen herabsetzt (<ref-law>). Unlauter handelt sodann auch, wer über sich, seine Waren, Werke und Leistungen oder deren Preise unrichtige oder irreführende Angaben macht (<ref-law>) oder wer seine Waren, Werke, Leistungen oder deren Preise in unrichtiger, irreführender, unnötig herabsetzender oder anlehnender Weise mit anderen, ihren Waren, Werken, Leistungen oder deren Preisen vergleicht (<ref-law>).
Nach Auffassung der Vorinstanz liegt im Slogan "Media Markt ist 70'000 mal günstiger" eine Irreführung über die Waren und Preise der Beklagten. Damit behaupte diese, dass jeder ihrer rund 70'000 Artikel günstiger sei als bei der Konkurrenz, was nach eigenem Zugeständnis der Beklagten nicht zutreffe.
b) Bei der Werbung mit Preisen sind zunächst gemäss <ref-law> die Vorschriften der Verordnung des Bundesrates über die Bekanntgabe von Preisen vom 11. Dezember 1978 zu beachten (Preisbekanntgabeverordnung, PBV; SR 942.211). Danach sind die tatsächlich zu bezahlenden Preise bekannt zu geben, wenn in der Werbung Preise aufgeführt oder bezifferte Hinweise auf Preisrahmen oder Preisgrenzen gemacht werden (Art. 13 Abs. 1 PBV). Aus der Preisbekanntgabe muss zudem deutlich hervorgehen, auf welche Ware oder Dienstleistung sich der Preis bezieht (Art. 14 Abs. 1 PBV). Schliesslich dürfen Vergleichspreise nur unter genau umschriebenen Voraussetzungen angegeben werden (Art. 16 PBV).
Es besteht indessen keine rechtliche Pflicht zur Preisbekanntgabe in der Werbung, weshalb die erwähnten Vorschriften im Fall unbezifferter Preiswerbung nicht Anwendung finden (<ref-ruling> E. 3b S. 186; <ref-ruling> E. 2a S. 376; Streuli-Youssef, Lauterkeitsrecht, 2. Auflage, SIWR V/1, S. 92; Thomas Wyler, Werbung mit dem Preis als unlauterer Wettbewerb, Diss. Basel 1990, S. 76). Die Beklagte hat nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil keine konkreten Preise für bestimmte Waren oder Warenkategorien angegeben, sondern in allgemeiner Weise ohne Bezifferung mit ihren günstigen Preisen geworben. Eine Verletzung der Vorschriften der PBV über die Preisbekanntgabe scheidet damit aus.
c) Unlauter sind nach <ref-law> sowohl unrichtige als auch irreführende Angaben über eigene Preise. Unrichtige Preisangaben verletzen das Gebot der Preiswahrheit, irreführende das Gebot der Preisklarheit (Wyler, a.a.O., S. 83; Streuli-Youssef, a.a.O., S. 83; David, Schweizerisches Wettbewerbsrecht, 3. Auflage, Bern 1997, S. 49 N. 183). Übertreibungen oder marktschreierische Anpreisungen, die als solche erkennbar sind und daher vom Publikum nicht ernst genommen werden, gelten nicht als Aussagen, welche das Wahrheitsgebot verletzen können (Streuli-Youssef, a.a.O., S. 84; David, a.a.O., S. 49 f. N. 184 und S. 79 f. N. 260 ff.; Wyler, a.a.O., S. 96 ff.). Welche Bedeutung einem Werbetext beizumessen ist, beurteilt sich nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts aus der Sicht des durchschnittlichen Adressaten. Richtet sich die Werbebotschaft an das breite Publikum, ist aufgrund allgemeiner Lebenserfahrung zu entscheiden, wie diese von den durchschnittlichen Adressaten aufgefasst wird (<ref-ruling> E. 2c S. 289; <ref-ruling> E. 1 S. 36). Dabei ist nach den gesamten, der breiten Öffentlichkeit bekannten Umständen zu beurteilen, ob ein Werbetext geeignet ist, einen objektiv auf seine Wahrheit nachprüfbaren Inhalt zu vermitteln, oder ob er als blosses Werturteil oder als marktschreierische Übertreibung verstanden wird. So darf bei der Beurteilung der Unlauterkeit etwa die Kenntnis der breiten Öffentlichkeit über einen Streit zwischen bestimmten Konkurrenten mitberücksichtigt werden (<ref-ruling> E. II/2 S. 284 f.; kritisch Streuli-Youssef, a.a.O., S. 85).
d) Die Vorinstanz hat angenommen, mindestens ein Teil der angesprochenen Konsumenten und Konsumentinnen verstünden den Slogan "Media Markt ist 70'000 mal günstiger" so, dass das ganze Sortiment der Beklagten preislich günstiger sei als bei allen anderen Anbietern in der Schweiz, was nicht der Wahrheit entspreche. Dabei ist sie zutreffend davon ausgegangen, dass nach älterer Rechtsprechung bei der Beurteilung vergleichbarer Fälle ein strenger Massstab angelegt worden ist. Als unlauter wurde etwa betrachtet, dass ein Anbieter sich rühmt, die "billigsten Preise der Schweiz" oder "garantiert tiefste Preise in der Schweiz" zu haben oder allgemein "immer am billigsten" zu sein (<ref-ruling> E. 1a und b S. 37 f.; Urteil des Kantonsgerichts Schwyz vom 14. Dezember 1984 E. 2, abgedruckt in SMI 1984 S. 376 ff.; Urteil des Handelsgerichts Zürich vom 10. Dezember 1979 E. IV, abgedruckt in SMI 1980 S. 161 ff.).
Die Beklagte hält diese Rechtsprechung für überholt, weil in neueren Urteilen des Bundesgerichts im Gebiet des Lauterkeitsrechts auf das Leitbild des aufmerksamen Käufers oder Lesers abgestellt und damit ein anderer Massstab angelegt worden sei (<ref-ruling> E. 2a/dd S. 202; <ref-ruling> E. 4e S. 372). Dazu braucht hier nicht abschliessend Stellung genommen zu werden. Jedenfalls erscheint fraglich, ob ein durchschnittlicher Adressat die Zahl "70'000" ohne weiteres mit dem gesamten Sortiment der Beklagten gleich setzt und daraus die objektiv nachprüfbare Aussage ableitet, dass die Beklagte sämtliche von ihr geführten Artikel im Vergleich zur gesamten Konkurrenz billiger anbiete. Denn eine Behauptung in der Werbung, etwas sei um ein Mehrfaches günstiger, wird in der Regel als Mass verstanden, um welches der Preis geringer ist. Eine Aussage des Inhalts, die Preise der Beklagten seien jeweils für die einzelnen Artikel 70'000 mal geringer als jene der Konkurrenz, wäre aber so phantastisch, dass das Publikum sie als marktschreierische Übertreibung auffassen würde. Aber auch wenn die Zahl 70'000 mit einem breiten Sortiment der von der Beklagten geführten Artikel in Verbindung gebracht würde, dürfte der Slogan vom durchschnittlichen Adressaten schon wegen der Grösse der runden Zahl kaum als wahre Aussage im Sinne eines Preisvergleichs verstanden werden. Aus diesen Gründen ist fraglich, ob der Slogan für sich allein unlauter ist. Anders würde es sich verhalten, wenn der Slogan in Verbindung mit der Anpreisung konkreter Artikel mit bestimmten Preisangaben verwendet würde, sofern die Preise im Vergleich zu jenen der Konkurrenz nicht günstiger wären. Ein solcher Sachverhalt ist jedoch von der Vorinstanz nicht festgestellt worden.
e) Ob die Vorinstanz den Slogan zutreffend als unlauter beurteilt hat, kann indessen offen bleiben, wenn sich erweisen sollte, dass sie einen durch das Verhalten der Beklagten verursachten Schaden ohne Verletzung von Bundesrecht verneinen durfte. In diesem Fall braucht auch nicht geprüft zu werden, ob die anderen zitierten Werbetexte unlauter sind. Denn die eingeklagte Schadenersatzforderung könnte auch auf dieser Grundlage nur gutgeheissen werden, wenn die Haftungsvoraussetzung des Schadens vorliegen würde (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
2.- Die Schadenersatzforderung der Klägerin setzt sich einerseits aus entgangenem Gewinn (Fr. 1'500'000.--) und anderseits aus Werbeaufwand (sog. Marktentwirrungskosten; Fr. 1'668'600.--) zusammen. Zu Recht ist unbestritten, dass die Klägerin grundsätzlich Ersatz fordern kann für den Gewinn, der ihr wegen unlauterer Wettbewerbshandlungen der Beklagten entgangen ist, und dass ihr der Ersatz des zusätzlichen Werbeaufwands zusteht, den sie zur Richtigstellung unwahrer, täuschender oder herabsetzender Werbeaussagen der Beklagten betreiben musste. Die Vorinstanz hat die Ersatzforderung indessen abgewiesen, weil die Klägerin für den angeblich entgangenen Gewinn keine hinreichende Schätzungsgrundlage geliefert und in Bezug auf einen allfälligen Werbeaufwand nicht angegeben habe, in welcher Form und mit welchen Inhalten geworben worden und wie ein erkennbarer Zusammenhang mit der als unlauter behaupteten Werbung der Beklagten bestanden habe. Schliesslich hat die Klägerin nach dem angefochtenen Urteil die ihr zusätzlich entstandenen Personalkosten nicht konkret behauptet, soweit sie eine Entschädigung für Aufklärungsaufwand ihrer Angestellten gegenüber den Kunden gefordert hat.
a) <ref-law> enthält eine bundesrechtliche Beweisvorschrift, die dem Geschädigten den Schadensnachweis erleichtern soll. Die Schätzung nach dieser Bestimmung ist nicht nur bei Unmöglichkeit des ziffernmässigen Nachweises der Schadenshöhe, sondern auch für den Fall vorgesehen, dass sich der Eintritt eines Schadens nicht strikte beweisen lässt (<ref-ruling> E. 12a S. 501; <ref-ruling> E. 2b S. 458; <ref-ruling> E. 5 S. 55). Damit soll dem Geschädigten jedoch nicht die Möglichkeit eröffnet werden, ohne nähere Angaben Schadenersatz in beliebiger Höhe zu fordern. Vielmehr hat er alle Umstände, die für den Eintritt eines Schadens sprechen und dessen Abschätzung erlauben oder erleichtern, soweit zumutbar zu behaupten und zu beweisen (<ref-ruling> E. 3c S. 301; <ref-ruling> E. 2 S. 37). Der Schluss, dass tatsächlich ein Schaden in der behaupteten Grössenordnung eingetreten ist, muss sich dem Gericht mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdrängen, und der Eintritt des geltend gemachten Schadens im behaupteten Umfang darf nicht bloss im Bereich des Möglichen liegen, sondern muss als annähernd sicher erscheinen (<ref-ruling> E. 3a S. 221 f.). Da der Schaden konkret zu bemessen ist, bedarf es auch für die Schätzung konkreter und bewiesener tatsächlicher Grundlagen, die nur insoweit durch Annahmen aufgrund allgemeiner Erfahrungswerte ersetzt werden können, als konkrete Feststellungen unmöglich sind oder nur mit objektiv unverhältnismässigem und daher unzumutbarem Aufwand getroffen werden können.
b) Die Klägerin beanstandet als bundesrechtswidrig, dass das Handelsgericht als Grundlage für die Schätzung des behaupteten Schadens eine gattungsbezogene Kalkulation und artikelbezogene Daten verlangt hat. Sie vertritt die Ansicht, bei einem Mehrprodukt-Unternehmen mit unterschiedlichen Erträgen auf den einzelnen Artikeln genüge die Angabe des durchschnittlichen Ertrages, wenn von der unlauteren Werbung das gesamte Sortiment betroffen sei. Da ihre Bereiche Unterhaltungselektronik und Elektro-Haushaltgeräte insgesamt von der Werbung der Beklagten betroffen seien, rechtfertige sich eine Schadensermittlung aufgrund der Bereichszahlen, deren durchschnittlichen Deckungsbeitrag sie mit 30 % (Haushaltgeräte 35,95 %; Unterhaltungselektronik 24,33 %) angegeben habe.
Diese Einwände vermögen nicht zu überzeugen. Wenn die Klägerin als unzumutbar erachtet, für die Schadensschätzung 50 Artikelgruppen für jedes ihrer 150 Geschäfte auseinander zu halten, berücksichtigt sie nicht, dass allein aufgrund ihres Umsatzrückgangs - auch im Vergleich mit der Umsatzentwicklung ihrer Verkaufsläden in anderen Regionen - nicht mit hinreichender Sicherheit geschlossen werden kann, dass diese negative Umsatzentwicklung auf die Werbung der Beklagten zurückzuführen ist. Die Vorinstanz hat zudem zutreffend darauf hingewiesen, dass eine Vielfalt von Faktoren den Gewinn beeinflussen und auch für den ausgewiesenen Gewinnrückgang verantwortlich sein können. Sie hat zu Recht erkannt, dass mindestens diejenigen für die Gewinnentwicklung erheblichen Tatsachen im Einzelnen zu behaupten und nachzuweisen sind, welche konkret festgestellt werden können. Entgegen der Ansicht der Klägerin ist nicht ohne weiteres davon auszugehen, dass die Ergebnisse der einzelnen Artikel zusammengezählt zum selben Resultat in Bezug auf Eintritt und Höhe des Schadens führen wie die von ihr genannten Bereichswerte. Dies würde vielmehr nur zutreffen, falls sich die Werbung der Beklagten tatsächlich gleichmässig auf alle Artikel des betroffenen Bereichs ausgewirkt hätte. Gerade dies aber hätte die Klägerin zur Überzeugung des Gerichts darlegen müssen. Wenn die Vorinstanz für die Schätzung der Wirkung der von der Beklagten getätigten Werbung auf den Umsatz- und entsprechenden Gewinnrückgang der Klägerin eine konkrete und substanziierte Darstellung nach den von beiden Parteien verkauften Produktegattungen verlangte, hat sie <ref-law> nicht verletzt, sondern richtig angewendet.
c) Den zusätzlichen Werbeaufwand, welcher nach der Behauptung der Klägerin von ihrer Seite wegen des Markteintritts der Beklagten notwendig war, hat die Vorinstanz nicht als durch die Werbung der Beklagten verursachten Schaden betrachtet; und zwar mit der Begründung, dass lediglich dann Schadenersatz für Gegenmassnahmen verlangt werden könne, wenn diese einen erkennbaren Zusammenhang zur Werbung des konkurrierenden Unternehmens aufwiesen. Die Vorinstanz hat in diesem Zusammenhang zutreffend festgehalten, dass hinreichende Gründe für die Durchbrechung des Prinzips der konkreten Schadensberechnung insoweit nicht bestehen und die sog. Marktverwirrung immer nur ein Störungszustand sein kann, aus dem sich erst eine Vermögenseinbusse - sei es in Form von Kosten für die konkrete Beseitigung des Angriffs oder als Gewinneinbusse - ergeben kann.
Die Vorinstanz hat damit entgegen den Einwänden der Klägerin weder den Schadensbegriff verkannt noch überspitzte Anforderungen an die Substanziierung gestellt. Da die Klägerin nach den Feststellungen der Vorinstanz nicht dargelegt hat, in welcher Form und mit welchen Inhalten sie geworben hatte, ist die Behauptung, ihr Mehraufwand für Werbung sei erfolgt, um den Markteintritt der Beklagten insoweit zu kontern, als er unlauter gewesen sei, nicht nachprüfbar. Im Übrigen weist sie nicht nach, dass sie bereits im Verfahren vor dem Handelsgericht behauptet hat, eine Richtigstellung der Werbeaussagen der Beklagten sei mit rationalen Argumenten nicht möglich gewesen; ihre Behauptung muss als neu gelten und ist damit als unzulässige Ergänzung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts unbeachtlich (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Schliesslich hat die Vorinstanz den bundesrechtlichen Schadensbegriff richtig verstanden, wenn sie den behaupteten Aufwand des Personals der Klägerin für die Aufklärung der Kunden nicht als Vermögenseinbusse anerkannt hat. In diesem Zusammenhang weist die Klägerin erneut nicht nach, dass sie bereits im Verfahren vor dem Handelsgericht behauptet hat, dass ihr Personal deswegen von der Ausführung anderer Arbeit abgehalten worden ist und ihr dadurch eine Vermögenseinbusse entstanden ist. Die entsprechenden Behauptungen in der Berufung sind deshalb unbeachtlich. Zusammenfassend kann somit festgehalten werden, dass die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht zum Ergebnis gelangt ist, der Klägerin sei es nicht gelungen, einen durch die Werbung der Beklagten verursachten Schaden zu behaupten und zu beweisen.
3.- Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend ist die Gerichtsgebühr der Klägerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 6. November 1998 bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 20'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 20'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 5. Dezember 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: