Sachverhalt:
A. Nach seiner Früh-Pensionierung meldete sich A.X._ von S._ (ZH) nach Kuala Lumpur (Malaysia) ab. Er war dort im Auftragsverhältnis für die Firma E._, in deren Direktion er zuvor Einsitz gehabt hatte, bzw. für die "G._ Limited" (Hamilton, Bermuda) tätig. In Kuala Lumpur hielt er sich entweder in Hotels auf oder logierte bei Geschäftsfreunden, während er für seine berufliche Tätigkeit die Dienste eines lokalen "Business Office Center" in Anspruch nahm.
B. In den Steuererklärungen der Jahre 1999 bis 2002 erklärten die Ehegatten X._, freiwillig getrennt zu leben; B.X._ sei weiterhin in S._ wohnhaft, während A.X._ in Kuala Lumpur einer selbständigen Erwerbstätigkeit als Berater nachgehe. Dementsprechend wiesen sie die Einkünfte von A.X._ aus selbständiger Erwerbstätigkeit, die Rente der Pensionskasse sowie die eine Hälfte der Wertschriften und Guthaben (einschliesslich Erträge) Malaysia zur Besteuerung zu. Die Erwerbseinkünfte von B.X._, das Grundeigentum und dessen Erträge sowie die andere Hälfte der Wertschriften und Guthaben (einschliesslich Erträge) deklarierten sie demgegenüber im Kanton Zürich. Die Steuerverwaltung des Kantons Zürich ging jedoch davon aus, dass A.X._ unverändert in S._ ansässig sei, und lehnte es ab, ausländisches Einkommen und Vermögen auszuscheiden. Sie schätzte die Eheleute X._ für die Staats- und Gemeindesteuern der Jahre 1999 bis 2002 wie folgt ein (Verfügungen vom 5. April 2005):
Steuerperiode
steuerbares Einkommen
satzbestimmen-des Einkommen
steuerbares Vermögen
satzbestimmen-des Vermögen
1999
694'200
702'900
4'101'000
4'533'000
Kapitalleistung
1'021'200
102'100
-
-
2000
983'700
994'700
5'197'000
5'643'000
2001
459'500
471'800
4'995'000
5'438'000
2002
339'000
345'000
4'617'000
5'127'000
Für die direkten Bundessteuern der Jahre 1999 bis 2002 wurden die Ehegatten X._ wie folgt eingeschätzt:
Steuerperiode
steuerbares Einkommen
Satzbestimmen-des Einkommen
1999
703'600
703'600
Kapitalleistung
1'021'200
1/5 Tarif
2000
994'300
994'300
2001
472'200
472'200
2002
345'400
345'400
C. Nach erfolglosem Einspracheverfahren gelangten A.X._ und B.X._ an die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich, welche die streitigen Einschätzungen mit Entscheiden vom 29. März 2006 schützte. Die bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern 1999-2002 erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 20. Dezember 2006 ab, soweit es darauf eintrat. Im Bereich der direkten Bundessteuern fochten A.X._ und B.X._ nur noch die Einschätzungen der Jahre 2001 und 2002 an; ihre entsprechende Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 20. Dezember 2006 ebenfalls ab.
D. Am 27. Februar 2007 haben A.X._ und B.X._ beim Bundesgericht gegen beide Entscheide des Zürcher Verwaltungsgerichts Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht; in einer einzigen Rechtsschrift verlangen sie deren Aufhebung und stellen bezifferte Anträge, wie das steuerbare Einkommen bei den Staats- und Gemeindesteuern der Jahre 1999-2002 und bei den direkten Bundessteuern der Jahre 2001 und 2002 im Einzelnen festzusetzen sei.
Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen je auf Abweisung der Beschwerden, soweit auf diese einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt bezüglich der direkten Bundessteuer die Abweisung der Beschwerde und verzichtet bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern auf Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die angefochtenen Entscheide des Zürcher Verwaltungsgerichts sind vor dem Inkrafttreten des neuen Bundesgerichtsgesetzes (BGG; SR 173.110) am 1. Januar 2007 ergangen, weshalb auf das vorliegende Verfahren noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung findet (vgl. <ref-law>).
1.2 Soweit die direkte Bundessteuer betreffend, liegt ein auf öffentliches Recht des Bundes gestützter letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid vor, der mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. g OG sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] in seiner ursprünglichen Fassung). Die eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist als Verwaltungsgerichtsbeschwerde entgegenzunehmen, wobei die Beschwerdeführer zu diesem Rechtsmittel legitimiert sind (vgl. Art. 103 lit. a OG).
1.3 Bei den Staats- und Gemeindesteuern beruht das Steuerrechtsverhältnis im Wesentlichen auf kantonalem Recht, was an sich gegen die Zulässigkeit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde spricht (vgl. Art. 97 Abs. 1 OG). Bei Steuersachverhalten mit internationalem Bezug steht allerdings stets auch Bundesrecht in Frage, weshalb die bisherige Praxis teils die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zuliess (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 265 f.), teils aber offen liess, welches Rechtsmittel auf Bundesebene zur Verfügung steht (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 267 f.). Gestützt auf Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14 [ursprüngliche Fassung]) ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorliegend ohne weiteres zulässig, soweit die Staats- und Gemeindesteuern der Jahre 2001 und 2002 betroffen sind (vgl. Art. 72 Abs. 1 StHG; <ref-ruling> E. 1 S. 204). Wie es sich bezüglich der früheren Steuerperioden verhält, kann offen bleiben, zumal im vorliegenden Zusammenhang zwischen Verwaltungsgerichtsbeschwerde und staatsrechtlicher Beschwerde hinsichtlich der Kognition des Bundesgerichts keine Unterschiede bestehen (vgl. insb. <ref-ruling> E. 1.3 S. 111 f.) und die Eingabe der Beschwerdeführer jedenfalls den Formerfordernissen beider Rechtsmittel genügt.
1.4 Die beiden Verwaltungsgerichtsentscheide betreffen die gleichen Beteiligten, werfen identische Rechtsfragen auf und sind in einer einzigen Eingabe angefochten worden; wegen ihres engen Zusammenhangs sind die beiden Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007 zu vereinigen (Art. 40 OG in Verbindung mit <ref-law>).
2. Zunächst machen die Beschwerdeführer eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend, weil die Regeln über die Beweislastverteilung verletzt worden seien. Sie verkennen offensichtlich, dass die allgemeinen Beweis- und Beweislastregeln Teil des materiellen (Gesetzes-) Rechts bilden (vgl. insb. <ref-law>) und nicht zu den von <ref-law> geschützten verfassungsrechtlichen Gehörsansprüchen zählen (vgl. Michele Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Bern 2000, S. 370 ff.). Im Übrigen ist nicht ersichtlich, inwiefern der allgemeine Grundsatz, dass eine behauptete Tatsache von derjenigen Partei zu beweisen ist, die aus ihr Rechte ableitet, vorliegend verletzt sein könnte: Die Beschwerdeführer sind aufgrund persönlicher Zugehörigkeit in der Schweiz unbeschränkt steuerpflichtig (vgl. unten E. 3.1), weshalb es hinsichtlich der Anerkennung von allfällig vorrangigen ausländischen Besteuerungsansprüchen - bzw. der entsprechenden Sachverhaltselemente - um steuermindernde Tatsachen geht, die von ihnen als Steuerpflichtige nachzuweisen sind.
3. 3.1 Gemäss <ref-law>, Art. 3 StHG und § 3 des zürcherischen Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) ist eine natürliche Person aufgrund persönlicher Zugehörigkeit in der Schweiz (bzw. im Kanton Zürich) steuerpflichtig, wenn sie hier ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt hat. Während im kantonalen Beschwerdeverfahren noch umstritten war, ob auch der Ehemann in der Schweiz ansässig ist, anerkennen die Beschwerdeführer vor Bundesgericht nunmehr ausdrücklich, dass sich der steuerrechtliche Wohnsitz beider Ehegatten in S._ (ZH) befindet. Bei persönlicher Zugehörigkeit ist die Steuerpflicht grundsätzlich unbeschränkt, erstreckt sich aber nicht auf Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten und Grundstücke im Ausland bzw. ausserhalb des Kantons (<ref-law>; § 5 Abs. 1 StG/ZH). Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführer kann hier zum Vornherein nicht das Vorliegen einer Betriebsstätte - als Teil eines Unternehmens - in Frage stehen, sondern wenn überhaupt ein "Geschäftsbetrieb" für eine selbständige Beratertätigkeit des Beschwerdeführers (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, N 13 zu Art. 4). Eine solche setzt ständige Anlagen und Einrichtungen voraus (Maja Bauer-Balmelli/Philip Robinson, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a: Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2. Auflage, Basel 2008, N 4 zu <ref-law>; Locher, Kommentar zum DBG, N 5 Art. 4; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 10 zu Art. 4).
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, in Kuala Lumpur über feste Büroeinrichtungen verfügt zu haben, und verweist diesbezüglich auf eine Bestätigung der Firma "H._" vom 16. März 2004, die wie folgt lautet:
"We confirm that Mr. A.X._ has used our Office Centre Service as his Business-Platform without interruption from the start of his business activities in Kuala Lumpur in December 1998 until today."
Die Vorinstanzen haben ausgeführt, dass derartige Dienstleistungen - die gelegentliche Benützung von Büro- oder Besprechungsräumlichkeiten sowie die Entgegennahme und Weiterleitung von Telefonaten und Postsendungen - gerade von Geschäftsleuten genutzt würden, welche am Ort ihrer auswärtigen Geschäftstätigkeit aus Kostengründen nicht in feste Einrichtungen investieren wollen. Dessen ungeachtet könne sich ein "Office Center" dann zu einer festen Geschäftseinrichtung entwickeln, wenn Büroräumlichkeiten dauernd gemietet und geschäftlich genutzt würden. Entsprechendes sei beim Beschwerdeführer aber nicht der Fall, zumal dieser selber erklärt habe, die meisten geschäftlichen Kontakte in den Räumlichkeiten der beratenen Gesellschaft oder in Hotels gepflegt zu haben. Nach den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanzen handelt es sich bei der Infrastruktur der Firma "H._", auch wenn diese während mehr als fünf Jahren regelmässig genutzt worden sein mag, letztlich um ein blosses "Zustelldomizil", verbunden mit der gelegentlichen Inanspruchnahme von Dienstleistungen und Räumlichkeiten. Dementsprechend liegt keine feste Geschäftseinrichtung im Sinne von <ref-law> und § 5 Abs. 1 StG/ZH vor.
3.3 Nichts anderes ergibt sich insoweit aus dem Abkommen zwischen dem Schweizerischen Bundesrat und der Regierung von Malaysia vom 30. Dezember 1974 zur Vermeidung der Doppelbesteuerung auf dem Gebiete der Steuern vom Einkommen (DBA-MAL; SR 0.672.952.71): Der Begriff der Betriebsstätte des internationalen Steuerrechts (vgl. Art. 5 DBA-MAL), welcher den "Geschäftsbetrieb" im Sinne des nationalen Rechts mitumfasst (Locher, Kommentar zum DBG, N 13 zu Art. 4), setzt insbesondere auch eine feste Geschäftseinrichtung voraus (Peter Locher, Einführung in das internationale Steuerrecht der Schweiz, 3. Auflage, Bern 2005, S. 413 f.), an der es vorliegend fehlt. Im Übrigen machen die Beschwerdeführer nicht geltend, in Malaysia aufgrund eines dortigen Geschäftsbetriebs zur Einkommenssteuer herangezogen worden zu sein.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer berufen sich ihrerseits auf Art. 14 des Doppelbesteuerungsabkommens mit Malaysia. Gemäss dessen Abs. 1 werden Einkünfte aus (unselbständiger oder selbständiger) Erwerbstätigkeit zwar grundsätzlich am Wohnsitz des Steuerpflichtigen besteuert; anders verhält es sich jedoch für Einkünfte aus Arbeiten, Diensten oder Tätigkeiten, die im anderen Vertragsstaat geleistet werden. Die Beschwerdeführer leiten hieraus ab, dass das Einkommen, welches der Ehemann in Malaysia erzielt - ungeachtet von dessen primärem Steuerdomizil an seinem Schweizer Wohnsitz - in Malaysia zu versteuern sei.
4.2 Ob dieser Standpunkt der Beschwerdeführer zutreffend ist, hängt vom Vorbehalt gemäss Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL - der sog. "Monteurklausel" - ab, der wie folgt lautet:
"Ungeachtet des Absatzes 1 dieses Artikels können Vergütungen oder Einkünfte, die eine in einem Vertragsstaat ansässige Person für in dem anderen Vertragsstaat während eines Kalenderjahres ausgeübte oder geleistete unselbständige Arbeit, Dienste oder Tätigkeiten bezieht, nur in dem erstgenannten Vertragsstaat besteuert werden, wenn
a) der Empfänger sich in dem anderen Vertragsstaat insgesamt nicht länger als 183 Tage während des betreffenden Kalenderjahres aufhält,
b) die Dienste oder Tätigkeiten im Auftrag oder für Rechnung einer Person ausgeübt oder geleistet werden, die nicht in dem anderen Vertragsstaat ansässig ist, und
c) die Vergütungen oder Einkünfte nicht unmittelbar von den Einkünften einer Betriebsstätte abgezogen werden können, die die Person in dem anderen Vertragsstaat hat."
Sind diese drei Voraussetzungen von Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL kumulativ erfüllt, so fällt dem Wohnsitzstaat auch das im anderen Vertragsstaat erzielte Einkommen zur Besteuerung zu.
4.3 Weil in Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL - anders als in Abs. 1 der Bestimmung - von "unselbständiger Arbeit" die Rede ist, stellt sich die Frage, ob der Vorbehalt allenfalls nur Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit erfassen soll. Allerdings spricht Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL nicht nur von den Einkünften aus unselbständiger Arbeit, sondern enthält eine Aufzählung der erfassten Erwerbstätigkeiten, welche - wie in Abs. 1 der Bestimmung - auch die Einkünfte aus "Diensten und Tätigkeiten" nennt. Bei diesen Gegebenheiten ist nur schwer ersichtlich, inwiefern die (sprachliche) Einschränkung der Einkünfte auf solche aus "unselbständiger Arbeit" zu einer generellen Beschränkung des Anwendungsbereichs des Vorbehalts führen könnte. Eine dahingehende Auslegung würde zudem kaum Sinn und Zweck der Bestimmung entsprechen. Ferner kann als Indiz, dass kein Unterschied im Geltungsbereich der beiden Absätze von Art. 14 gewollt ist, bis zu einem gewissen Grad auch die identische Regelung in Doppelbesteuerungsabkommen mit anderen Staaten dienen, deren englische Fassung jeweils für beide Absätze die gleiche Wendung "employment, services or activities" gebraucht (vgl. Ernst Höhn/Robert Waldburger, in: Ernst Höhn [Hrsg.], Handbuch des internationalen Steuerrechts der Schweiz, 2. Auflage, Bern/Stuttgart/Wien 1993, S. 174 Fn. 32; das Abkommen mit Malaysia ist in deutscher und malaysischer Sprache geschlossen worden). So geht denn auch die Lehre einhellig davon aus, dass Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL nicht nur Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit erfasst, sondern auch solche aus selbständiger (Höhn/Waldburger, a.a.O., S. 174 Fn. 32; Locher, Einführung in das internationale Steuerrecht der Schweiz, S. 414; vgl. auch Eidgenössische Steuerverwaltung, Die Steuern der Schweiz, Separatdruck "Doppelbesteuerung", Basel 1997, S. 69). Deshalb kann mit den Vorinstanzen offen gelassen werden, ob der Beschwerdeführer in Malaysia einer selbständigen Erwerbstätigkeit nachgegangen ist, oder ob allenfalls doch - mit Blick darauf, dass er primär mit einem einzigen Auftrag für seine frühere Arbeitgeberin befasst war - eine unselbständige Erwerbstätigkeit vorliegt.
4.4 Nach dem Grundsatz von Art. 14 Abs. 1 DBA-MAL wären die Einkünfte des Beschwerdeführers aus seiner Erwerbstätigkeit in Malaysia dort steuerbar, wobei dies nicht voraussetzt, dass er in Malaysia über feste Geschäftseinrichtungen verfügt (Höhn/Waldburger, a.a.O., S. 174; Locher, Einführung in das internationale Steuerrecht der Schweiz, S. 414). Die Besteuerung des betreffenden Einkommens steht allerdings dann der Schweiz (und dem Kanton Zürich) zu, wenn die drei Voraussetzungen des Vorbehalts von Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL kumulativ erfüllt sind (vgl. E. 4.1). Die Vorinstanzen haben diesbezüglich festgestellt, dass der Beschwerdeführer sich in keinem der streitbetroffenen Kalenderjahre länger als 183 Tage in Malaysia aufgehalten hat, dass er von der in Hamilton (Bermuda) domizilierten "G._ Limited" beauftragt und bezahlt worden ist (weshalb er im Auftrag und auf Rechnung einer [juristischen] Person tätig war, die nicht in Malaysia ansässig ist) und dass seine Vergütungen nicht unmittelbar von den Einkünften einer Betriebsstätte in Malaysia abgezogen wurden.
4.4.1 Insoweit ist zunächst umstritten, ob der Beschwerdeführer in Kuala Lumpur für ein auswärtiges oder für ein malaysisches Unternehmen tätig gewesen ist. Er macht nämlich geltend, das Mandat, die Fusion einer malaysischen Tochtergesellschaft der "G._ Limited" mit einer anderen malaysischen Versicherungsgesellschaft vorzubereiten, sei ihm nicht von der Muttergesellschaft, sondern von der (zu fusionierenden) Tochtergesellschaft selber erteilt worden. Die Beschwerdeführer können diese Behauptung indessen nicht beweisen bzw. vermögen nicht dazutun, dass die abweichenden Feststellungen der Vorinstanzen offensichtlich unrichtig sind (vgl. Art. 105 Abs. 2 OG): Die beiden Schreiben vom 15. Oktober 1999 bzw. 7. August 2000, auf welche sie sich im vorliegenden Zusammenhang berufen, belegen bloss, dass der Beschwerdeführer in die Fusionsverhandlungen involviert war, erlauben aber keine Rückschlüsse darauf, wer ihm den entsprechenden Auftrag erteilt hat. Gleiches gilt bezüglich des "Memorandum of Understanding" vom 6. Dezember 2000, das der Beschwerdeführer gleichzeitig namens der Tochtergesellschaft und der "G._ Limited" unterzeichnet hat und das bereits deshalb keine Rückschlüsse auf die Natur des Auftragsverhältnisses erlaubt. Im Übrigen erscheint es zum Vornherein wenig plausibel, dass die Fusion der Tochtergesellschaft von dieser selber und nicht von ihrer Muttergesellschaft in die Wege geleitet worden wäre.
4.4.2 Ferner berufen sich die Beschwerdeführer auf Art. 14 Abs. 2 lit. c DBA-MAL und behaupten, das Beraterhonorar des Beschwerdeführers sei nicht von der "G._ Limited" getragen, sondern der malaysischen Tochtergesellschaft weiterbelastet worden. Die Dokumente, mit denen sie diese Vorbringen zu stützen suchen, hat das Verwaltungsgericht jedoch als unzulässige Noven bezeichnet und für die hier angefochtenen Entscheide nicht berücksichtigt. Inwiefern diese Handhabung des kantonalen Verfahrensrechts gegen Bundesrecht verstossen sollte, ist weder ersichtlich (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 551) noch geltend gemacht.
4.5 Mithin ist weder die Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz noch die Anwendung der "Monteurklausel" gemäss Art. 14 Abs. 2 DBA-MAL zu beanstanden. Die Einkünfte aus der Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers in Malaysia sind dementsprechend in der Schweiz bzw. im Kanton Zürich als Ansässigkeitsstaat zu besteuern. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden erweisen sich als unbegründet und sind abzuweisen.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 153 und Art. 153a in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 und Abs. 7 OG). Parteientschädigung ist keine auszurichten (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2A.119/2007 und 2A.120/2007 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 10'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. August 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Fux