Faits:
A. A._ avait pour fils unique B._, né en 1967. Le 28 octobre 1999, lors de vacances en Egypte, alors que ce dernier se promenait en compagnie de C._, l'ancien compagnon de cette dernière s'est précipité sur eux au volant de sa voiture. Après avoir été hospitalisé sur place, B._ a été rapatrié le 5 novembre 1999 en Suisse et admis au Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV), où il est décédé le lendemain.
Par jugement du 23 août 2003, la Cour criminelle de Quena en Egypte a condamné l'auteur de l'infraction à cinq ans d'emprisonnement.
B. A._ a hérité de son fils la somme de 39'172 fr. 65, sous déduction de l'impôt successoral s'élevant à 4'424 fr. 35.
Le 26 octobre 2001, A._ a adressé au Département des institutions et des relations extérieures du canton de Vaud (actuellement: le Département cantonal de l'intérieur; ci-après: le Département cantonal) une demande d'indemnisation au sens de la législation fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions. Elle a sollicité l'octroi d'une somme de 50'000 fr. à titre de réparation du tort moral et d'un montant de 32'517 fr. 80 à titre de réparation de son dommage matériel, dont le détail est le suivant: frais d'avocat en Suisse (12'322 fr. 80); frais d'avocat en Egypte (4'495 fr.); forfait pour les frais de voyage au Caire (5'700 fr.); frais funéraires (10'000 fr.).
Par décision du 23 mai 2005, le Département cantonal a alloué à A._ la somme de 30'000 fr. à titre de réparation morale. Il a en revanche refusé de l'indemniser pour son dommage matériel, motif pris que la somme reçue en héritage était supérieure au dommage allégué. Le 23 mars 2006, le Tribunal des assurances du Tribunal cantonal du canton de Vaud (actuellement: la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal: ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ contre cette dernière décision. Par arrêt du 20 avril 2007, le Tribunal fédéral a admis le recours de l'intéressée, annulé le jugement du Tribunal cantonal du 23 mars 2006 et renvoyé la cause pour nouvelle décision au sens des considérants.
En cours de procédure, A._ a réduit le poste de son dommage concernant les frais funéraires à 5'000 fr., dès lors que seule cette somme a été effectivement à sa charge.
Le 2 février 2009, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours de A._ contre la décision du Département cantonal du 23 mai 2005. Il a réformé la décision attaquée en ce sens que l'Etat de Vaud versera à l'intéressée la somme de 8'456 fr., avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2000 à titre d'indemnité pour le dommage matériel subi.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 2 février 2009 en ce sens que l'Etat de Vaud lui verse la somme de 25'445 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2000 au titre de l'indemnité précitée, la réparation morale n'étant plus contestée.
Le Tribunal cantonal se réfère à son jugement. Le Département cantonal conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la justice s'est abstenu de prendre position.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 23 mars 2007 sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5) est entrée en vigueur le 1er janvier 2009. En vertu de l'<ref-law>, le droit d'obtenir une indemnité pour des faits qui se sont déroulés avant l'entrée en vigueur de la loi sont régis par l'ancien droit. La présente affaire doit par conséquent être examinée sous l'angle de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur l'aide aux victimes d'infractions (aLAVI; RO 1992 2465 et les modifications ultérieures).
2. L'arrêt attaqué peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public selon les <ref-law>. La recourante, qui est assimilée à la victime conformément à l'art. 2 al. 2 aLAVI et qui se plaint du montant de l'indemnité qui lui a été allouée pour son dommage matériel, dispose de la qualité pour recourir selon l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité énoncées aux <ref-law> sont remplies, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
3. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sous réserve de l'<ref-law>. Il n'est ainsi lié ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente. Toutefois, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 351 s.; <ref-ruling> consid. 6.3 p. 120 s.), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués pour autant que les vices juridiques ne soient pas manifestes; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui.
Sauf dans les cas cités expressément à l'<ref-law>, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). A cet égard, le Tribunal fédéral n'examinera les moyens fondés sur la violation d'un droit constitutionnel que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.).
4. En l'espèce, le Tribunal cantonal a admis que la recourante pouvait prétendre à une indemnité au sens des art. 11ss aLAVI. Il a estimé que le montant de son dommage matériel s'élevait à 17'854 fr. réparti selon les postes suivants: frais d'avocat en Suisse (3'149 fr.); frais d'avocat en Egypte (4'795 fr.); frais de la recourante en Egypte (5'700 fr.); frais funéraires (4'210 fr.). Seuls sont contestés dans le présent recours les frais d'avocat en Suisse et les frais funéraires.
5. La recourante fait valoir que ses frais d'avocat en Suisse hors procédure devant les autorités LAVI doivent être intégralement acceptés. Elle explique en effet que, lorsqu'il a été agressé, son fils se trouvait en Egypte. Elle n'avait aucune connaissance de droit de la responsabilité civile et de droit pénal. Dans ces circonstances, le recours à un homme de loi apparaissait essentiel. Elle précise par ailleurs que son avocat n'a fait que fournir des prestations à la suite du meurtre commis sur la personne de son fils en Egypte et qu'il n'a pas effectué pour son compte "d'autres opérations en relation avec d'autres dossiers". La recourante allègue également que les honoraires de son conseil pour la procédure devant les autorités LAVI doivent être remboursés, dans la mesure où elle n'est pas responsable du dommage subi et qu'elle a dû au contraire se défendre et recourir à l'assistance d'un conseil pour agir tant en Suisse qu'en Egypte.
5.1 S'agissant des frais d'avocat en Suisse, le Tribunal cantonal a distingué entre les frais "hors procédure LAVI" et les frais devant l'autorité LAVI. Ces deux notions n'ont pas été explicitées dans l'arrêt attaqué et ont suscité une certaine confusion chez la recourante. Il convient dès lors de préciser que les frais d'avocat devant l'autorité LAVI correspondent aux démarches effectuées par le mandataire de la recourante, dans le cadre de la procédure d'indemnisation, en vue d'obtenir des autorités LAVI une indemnité pour le dommage subi. Quant aux frais hors procédure LAVI, ils concernent les honoraires de l'avocat relatifs aux différentes procédures, civiles et pénales, voire administratives, que la recourante a dû engager à la suite du décès de son fils.
5.2 Il ressort de l'arrêt attaqué que le Tribunal cantonal a entièrement donné droit aux prétentions de la recourante en ce qui concerne les frais d'avocat hors procédure LAVI. Il a en effet considéré qu'il y avait lieu, pour ce poste, de rembourser au tarif de l'assistance judiciaire les honoraires de Me Moreillon. La recourante ne conteste pas cette tarification, laquelle n'est au demeurant pas contraire au droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 2.5.2 p. 131). La Cour cantonale a ainsi estimé que, selon la liste des opérations produite par l'avocat de la recourante, les opérations réalisées jusqu'au 12 octobre 2001, celles du 14 mai 2002 au 25 avril 2003 ainsi que celles des 6 et 18 juin 2003 paraissaient être hors procédure LAVI; cela représentait un total de 16 heures et 10 minutes, auxquelles s'ajoutaient les débours (16 fr.), soit un montant total, au tarif de l'assistance judiciaire et TVA incluse, de 3'149 fr. La répartition des heures de travail du mandataire de la recourante à laquelle a procédé le Tribunal cantonal relève des faits. La recourante se contente d'alléguer qu'elle "discerne mal la motivation" de l'arrêt attaqué sur ce point, sans cependant se plaindre que ce décompte serait manifestement inexact au sens de l'<ref-law> ou aurait été établi en violation du droit. Le Tribunal fédéral est ainsi lié par cette constatation de fait (cf. <ref-law>) et l'arrêt attaqué doit être confirmé en tant qu'il accorde à la recourante une indemnité de 3'149 fr. pour ses frais d'avocat hors procédure LAVI.
5.3 La recourante estime par ailleurs qu'elle a droit au remboursement des honoraires de son conseil pour la procédure LAVI.
S'agissant des règles relatives à la procédure devant les autorités LAVI, la loi fédérale ne fait que poser les principes de simplicité, rapidité et gratuité (art. 16 al. 1 aLAVI). L'autorité doit en outre constater les faits d'office (art. 16 al. 2 aLAVI) et l'instance de recours unique doit disposer d'un plein pouvoir d'examen (art. 17 aLAVI). La loi fédérale ne prévoit en revanche pas d'indemnité pour les frais d'avocat dans la procédure d'indemnisation devant les autorités cantonales LAVI, et c'est donc uniquement sur la base du droit cantonal de procédure que peut être allouée une telle indemnité (arrêt 1A.169/2001 du 7 février 2002 consid. 6). La loi vaudoise d'application de la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (LVLAVI; RSV 312.41) ne règle pas la question des dépens. Le Tribunal cantonal a ainsi considéré que les frais d'avocat ne pouvaient être alloués que dans les cas où la partie qui y concluait aurait eu droit à l'assistance judiciaire si elle l'avait demandée et en calculant les honoraires aux tarifs de l'assistance judiciaire. La recourante ne fait pas valoir que ce raisonnement est insoutenable et il n'apparaît de toute façon pas arbitraire de soumettre le remboursement des frais d'avocat dans la procédure d'indemnisation aux conditions de l'assistance judiciaire (cf. <ref-ruling> consid. 2.5.2 p. 130 s.). La recourante n'allègue au demeurant pas que l'arrêt attaqué consacrerait une application arbitraire du droit cantonal de procédure ou une violation d'une garantie constitutionnelle; elle ne prétend en particulier pas qu'elle avait droit à l'assistance judiciaire, soit que sa fortune serait inférieure à "la réserve de secours déterminée par la jurisprudence", soit que l'intervention d'un avocat aurait été indispensable dans sa situation (cf. arrêt 1A.225/1999 du 13 mars 2000, RDAF 2002 I 309, consid. 2). Il résulte de ce qui précède que la Cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en refusant à la recourante le remboursement des honoraires de son conseil devant les autorités LAVI et que, pour le surplus, le grief est insuffisamment motivé (cf. consid. 3 ci-dessus).
6. 6.1 Selon la recourante, les frais de réception de 1'480 fr. doivent être pris en compte dans le calcul des frais funéraires. Elle fait valoir qu'il est d'usage qu'en cas d'enterrement une réception soit organisée et il n'y a pas de raison que la LAVI ne participe pas à ce poste du dommage. La Cour cantonale a considéré, pour sa part, que les frais de réception n'étaient pas impératifs et n'avaient donc pas à être pris en compte, dès lors que tant la tenue que l'ampleur de la réception dépendait exclusivement des héritiers.
6.2 En matière de LAVI, la notion de dommage correspond en principe à celle du droit de la responsabilité civile (<ref-ruling> consid. 4 p. 363 et les références). Aux termes de l'<ref-law>, en cas de mort d'homme, les dommages-intérêts comprennent les frais, notamment ceux d'inhumation. D'après la jurisprudence, il faut entendre par là les frais qui sont en relation directe avec le décès. Ont ainsi été admis les frais suivants: cercueil, faire-part, enterrement, repas, monument funéraire, alors que les frais d'entretien de la tombe ont été exclus (ATF 34 II 447 consid. 10 p. 454; <ref-ruling> consid. 5 p. 338 s. et les références). La doctrine admet également les frais de réception comme faisant partie, selon les us et coutumes, des frais d'inhumation (Franz Werro, Commentaire romand CO I, no 4 ad <ref-law>, p. 314; Heinz Rey, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 4e éd. 2008, p. 65 s. n. 279; ALFRED KELLER, Haftpflicht im Privatrecht II, 2e éd. 1998, p. 77 s.; Oftinger/Stark, Schweizerisches Haftpflichtrecht, Allg. Teil I, 5e éd. 1995, p. 332 n. 252).
Dans le cas particulier, les frais de réception, qui s'élèvent à 1'480 fr., ne sont pas excessifs et doivent dès lors être intégralement pris en compte dans le calcul du dommage. Les frais funéraires doivent ainsi être admis pour un montant arrondi à 9'900 fr., dont la moitié est à la charge de la recourante, à savoir 4'950 fr.
7. Il s'ensuit que le montant total du dommage de la recourante se chiffre à 18'594 fr., selon les postes suivants: frais d'avocat en Suisse (3'149 fr.); frais d'avocat en Egypte (4'795 fr.); frais de la recourante en Egypte (5'700 fr.) et frais funéraires (4'950 fr.).
La Cour cantonale a retenu que les revenus déterminants de la recourante s'élevaient à 43'535 fr. 90., soit à un montant inférieur au plafond LAVI (67'520 fr.) mais supérieur au montant LPC (16'880 fr.). La recourante ne conteste pas ces chiffres, ni le fait que le montant de son indemnité doit être calculé selon la formule prévue à l'art. 3 al. 3 de l'ordonnance du 18 novembre 1992 sur l'aide aux victimes d'infractions (aOAVI; RO 1992 2479 et les modifications ultérieures). Selon cette disposition, si les revenus déterminants de la victime sont compris entre le montant LPC et le plafond LAVI, le montant de l'indemnité se calculera selon la formule suivante:
indemnité = dommage - (revenus déterminants - montant LPC) x dommage
(plafond LAVI - montant LPC)
En l'espèce, le calcul est donc le suivant:
indemnité = 18'594 - (43'535.90 - 16'880) x 18'594 = 9'787 fr. 50
67'520 - 16'880
8. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être partiellement admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que le Département cantonal versera à la recourante la somme de 9'787 fr., avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2000. La recourante, qui obtient partiellement gain de cause, a droit à une indemnité de dépens réduite (<ref-law>). En vertu de l'art. 16 aLAVI, la procédure LAVI est gratuite, aussi bien devant l'autorité cantonale de recours que devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 4b p. 218 s.). Comme la décision du Tribunal cantonal sur les frais et dépens se fonde sur une clé de répartition identique, il n'est pas nécessaire de l'annuler ou de la modifier (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le Département cantonal de l'intérieur du canton de Vaud versera à la recourante la somme de 9'787 fr., avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2000.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 1'000 fr. est allouée à la recourante à titre de dépens, à charge du canton de Vaud.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département cantonal de l'intérieur et à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 9 octobre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard