Faits:
A.
Le 10 novembre 2010, A._ circulait au volant de son automobile dans la commune de Founex sur le chemin du Petit Truet. A l'intersection de cette route et du chemin du lac, le prénommé n'a pas accordé la priorité à une camionnette qui arrivait à sa gauche, en dépit de la présence d'un signal "stop". L'avant de son véhicule a heurté le flanc droit de la camionnette, conduite par B._. Entendu par la police, A._ a expliqué qu'après avoir regardé en vitesse des deux côtés de la route, il s'était engagé sur celle-ci et avait heurté un véhicule qu'il avait vu trop tard. B._ a, quant à lui, indiqué avoir remarqué le véhicule de A._ arriver sur sa droite et avoir tenté vainement d'éviter de le heurter en freinant et en donnant un coup de volant à gauche. Selon le rapport de police, le véhicule de A._ comportait des dégâts importants à l'avant et des dommages étaient également visibles sur la clôture et le parapet en béton d'une propriété voisine.
Par ordonnance du 15 février 2011, le Préfet de Nyon a condamné A._, après avoir procédé à son audition, au paiement d'une amende de 150 francs pour violation simple des règles de la circulation routière (art. 90 ch. 1 LCR; RS 741.01); cette décision retient que l'intéressé a manqué d'attention et n'a pas accordé la priorité de passage en quittant une route déclassée par un signal "stop" en violation des art. 3 al. 1 et 14 al. 1 OCR et 16a LCR. Ce prononcé entré en force remplaçait celui rendu sans citation le 17 décembre 2010, condamnant l'intéressé à 300 francs d'amende également pour infraction simple à la LCR, à raison des mêmes faits, lesquels contrevenaient selon cette première décision aux art. 3 al. 1 et 14 al. 1 OCR, 36 al. 1 OSR, 27 al. 1 et 36 al. 2 LCR.
Invité à prendre position sur la décision que le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (ci-après: le SAN) envisageait de prononcer, A._ a déposé des observations le 30 janvier 2012.
Le SAN a, par décision du 24 février 2012, ordonné le retrait du permis de conduire pour une durée d'un mois, en application de l'art. 16b LCR, au motif d'"inattention et non respect de la priorité en quittant une route déclassée par un signal "stop". Il qualifiait cette infraction de moyennement grave. Le 2 avril 2012, le SAN a maintenu sa décision, sur réclamation.
B.
Par arrêt du 25 septembre 2012, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours formé par l'intéressé contre la décision du SAN.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler les décisions précédentes et de renoncer à toute mesure administrative à son égard.
Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, tandis que le SAN renonce à formuler des observations. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1.
La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) au sujet d'une mesure administrative de retrait du permis de conduire (art. 82 let. a LTF). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est en principe recevable.
2.
Le recourant fait grief à l'autorité administrative de s'être écartée à tort des faits retenus par le juge pénal, lequel a procédé à son audition. Il soutient avoir bien respecté le signal "stop": il se serait arrêté, mais aurait commis une mauvaise appréciation de la situation.
2.1. En principe, l'autorité administrative statuant sur un retrait du permis de conduire ne peut pas s'écarter des constatations de fait d'un jugement pénal entré en force. La sécurité du droit commande en effet d'éviter que l'indépendance du juge pénal et du juge administratif ne conduise à des jugements opposés, rendus sur la base des mêmes faits (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 368 et les références).
L'autorité administrative ne peut s'écarter du jugement pénal que si elle est en mesure de fonder sa décision sur des constatations de fait inconnues du juge pénal ou qui n'ont pas été prises en considération par celui-ci, s'il existe des preuves nouvelles dont l'appréciation conduit à un autre résultat, si l'appréciation à laquelle s'est livré le juge pénal se heurte clairement aux faits constatés, ou si le juge pénal n'a pas élucidé toutes les questions de droit, en particulier celles qui touchent à la violation des règles de la circulation (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 451; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 315; <ref-ruling> consid. 3c/aa p. 104; <ref-ruling> consid. 1a et les références). Si les faits retenus au pénal lient donc en principe l'autorité et le juge administratifs, il en va différemment des questions de droit, en particulier de l'appréciation de la faute et de la mise en danger (arrêt 1C_353/2010 du 12 janvier 2011 consid. 2.1 et les références).
2.2. En l'espèce, après avoir entendu personnellement l'intéressé, le juge pénal a rendu une décision aux termes de laquelle il retenait à l'encontre du recourant une infraction simple à la LCR pour ne pas avoir accordé la priorité de passage en quittant une route déclassée par un signal "stop". Le prononcé pénal reprend, dans des termes similaires, l'état de fait décrit par la police dans son rapport (cf. partie "Cause (s) et dénonciation (s) " du rapport p. 6). Ce dernier document ne contient d'ailleurs pas d'inexactitude ou d'erreur manifeste sur ce point, contrairement aux allégations du recourant. L'affirmation de celui-ci selon laquelle le Préfet aurait retenu, contrairement au rapport de police, que le camion prioritaire arrivait à pleine vitesse n'est étayée par aucun élément; au demeurant, ce fait n'est pas décisif en l'espèce dès lors que la visibilité était étendue à cette intersection et que, par conséquent, le recourant pouvait et devait tenir compte de la vitesse effective et réelle du camion prioritaire (cf. arrêt 1P.784/1999 du 17 février 2000 consid. 2c).
En l'occurrence, l'instance précédente, tout comme le prononcé préfectoral, ne retiennent pas que le recourant ne se serait pas arrêté au signal "stop". L'instance précédente ne reproche en effet pas à celui-ci de ne pas s'être arrêté à ce signal, mais bien de ne pas avoir accordé la priorité au véhicule circulant sur la route dont il s'approchait, dès lors qu'il quittait une voie déclassée par ce signal. Contrairement à ce que soutient le recourant, la cour cantonale ne s'est donc pas écartée des faits constatés au pénal.
3.
Le recourant conteste avoir commis une infraction moyennement grave. Il reproche en particulier à l'instance précédente de s'être écarté de l'appréciation juridique des faits réalisée par le juge pénal qui a considéré que ceux-ci relevaient de l'art. 16a LCR.
3.1. La LCR distingue les infractions légères, moyennement graves et graves (art. 16a - c LCR). Selon l'art. 16a al. 1 let. a LCR, commet une infraction légère la personne qui, en violant les règles de la circulation, met légèrement en danger la sécurité d'autrui et à laquelle seule une faute bénigne peut être imputée. En cas d'infraction particulièrement légère, il est renoncé à toute mesure administrative (art. 16a al. 3 LCR). Dans les autres cas, il ne peut être renoncé au retrait du permis du conducteur fautif au profit d'un avertissement seulement si, au cours des deux dernières années, le permis ne lui a pas été retiré et qu'aucune autre mesure administrative n'a été prononcée (art. 16a al. 2 et 3 LCR). Commet une infraction moyennement grave selon l'art. 16b al. 1 let. a LCR la personne qui, en violant les règles de la circulation, crée un danger pour la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Dans cette hypothèse, le permis est retiré pour un mois au minimum (art. 16b al. 2 let. a LCR). Commet une infraction grave selon l'art. 16c al. 1 let. a LCR la personne qui, en violant gravement les règles de la circulation, met sérieusement en danger la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Conformément à l'art. 16c al. 2 let. a LCR, le permis de conduire est retiré pour trois mois au minimum après une infraction grave.
Le législateur conçoit l'art. 16b al. 1 let. a LCR comme l'élément dit de regroupement. Cette disposition n'est ainsi pas applicable aux infractions qui tombent sous le coup des art. 16a al. 1 let. a et 16c al. 1 let. a LCR. Dès lors, l'infraction est toujours considérée comme moyennement grave lorsque tous les éléments constitutifs qui permettent de la privilégier comme légère ou au contraire de la qualifier de grave ne sont pas réunis. Tel est par exemple le cas lorsque la faute est grave et la mise en danger bénigne ou, inversement, si la faute est légère et la mise en danger grave (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 141; arrêt 6A.16/2006 du 6 avril 2006 consid. 2.1.1 in JdT 2006 I 442).
3.2. Le conducteur doit vouer à la route et au trafic toute l'attention possible (art. 3 al. 1 OCR). Le degré de cette attention s'apprécie au regard des circonstances de l'espèce, telles que la densité du trafic, la configuration des lieux, l'heure, la visibilité et les sources de danger prévisibles (<ref-ruling> consid. 2b p. 228).
Conformément à l'art. 14 al. 1 OCR (RS 741.11) - qui concrétise l'art. 36 LCR -, celui qui est tenu d'accorder la priorité ne doit pas gêner dans sa marche le conducteur bénéficiaire de la priorité. Le bénéficiaire de la priorité est gêné dans sa marche au sens de cette disposition, lorsqu'il doit modifier brusquement sa manière de conduire, par exemple parce qu'il est soudain contraint de freiner, d'accélérer ou de faire une manoeuvre d'évitement sur l'intersection, voire peu avant ou peu après celle-ci, sans qu'il importe de savoir si une collision survient ou non (arrêt 6B_263/2009 du 14 juillet 2009 consid. 1.1.2 in JdT 2009 I 536; <ref-ruling> ss).
3.3. En l'espèce, le recourant reconnaît ne pas avoir accordé la priorité au conducteur de la camionnette, en raison d'une mauvaise appréciation de la situation au croisement. Or, cette inattention fautive - qualifiée de légère selon le SAN - a mis sérieusement en danger la sécurité d'autrui, comme en témoigne la collision survenue; il est à cet égard notoire que le fait de percuter un véhicule représente un risque élevé de blessures pour les personnes impliquées.
Dans ces circonstances, l'admission d'une infraction légère au sens de l'art. 16a al. 1 LCR - qui permettrait en l'espèce de prononcer un avertissement en lieu et place du retrait de permis de conduire - est exclue. Comme relevé par la cour cantonale, le fait que la décision préfectorale mentionne l'art. 16a LCR - qui a trait à la mesure administrative de retrait de permis de conduire - n'est pas décisif dès lors qu'il appartient exclusivement aux autorités administratives, et non pas aux autorités pénales, de se prononcer sur les mesures prévues par les art. 16 ss LCR. Celles-ci restent en effet libre de procéder à leur propre appréciation juridique des faits pertinents (cf. consid. 2.1).
3.4. La CDAP n'a donc pas violé le droit fédéral en confirmant que les éléments constitutifs d'une infraction moyennement grave au sens de l'art. 16b al. 1 let. a LCR étaient réunis.
3.5. La durée du retrait de permis a été fixée au minimum légal d'un mois prévu par l'art. 16b al. 2 let. a LCR. Aussi, c'est en vain que le recourant se prévaut de l'absence de nouvelles sanctions depuis l'accident. De telles circonstances ne permettent en effet pas de déroger à la règle de l'art. 16 al. 3 LCR, qui confère aux durées de retrait minimales prévues par la loi un caractère incompressible (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 236 s.).
4.
Le recours doit par conséquent être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Département de la sécurité et de l'environnement du canton de Vaud, Service des automobiles et de la navigation, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 6 août 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn