A.- S._ bénéficie d'une demi-rente d'invalidité. Par douze décisions datées du 6 juillet 1998, la Caisse cantonale vaudoise de compensation (ci-après : la caisse) lui a reconnu le droit à des prestations complémentaires depuis le 1er janvier 1993.
Par décision du 9 décembre 1998, la caisse a suspendu le paiement des prestations complémentaires allouées à l'assuré pour la période du 1er novembre 1994 au 31 juillet 1998 mais non encore versées, jusqu'à droit connu sur la plainte pénale qu'elle avait déposée contre lui, motif pris qu'il aurait donné des indications inexactes à l'appui de sa demande de prestations complémentaires.
B.- Par jugement du 28 septembre 1999, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé contre cette décision par S._.
Les premiers juges ont considéré que la caisse pouvait suspendre le versement des prestations complémentaires dans l'attente de l'issue d'une procédure pénale en application de la règle selon laquelle, en procédure de révision, une caisse peut suspendre le versement de ses prestations lorsqu'un assuré refuse de fournir des pièces malgré la menace d'une suppression desdites prestations.
C.- Le prénommé interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont il demande l'annulation, sous suite de frais et dépens. Il sollicite également le bénéfice de l'assistance judiciaire. Il fait valoir principalement que la caisse ne peut pas lui refuser le versement de prestations dues sur la base de décisions entrées en force et qui n'ont pas été révoquées.
La caisse conclut au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.- Le litige porte sur la décision de suspendre le paiement des prestations complémentaires allouées au recourant pour la période du 1er novembre 1994 au 31 juillet 1998 mais non encore versées.
2.- Conformément à l'art. 128 en liaison avec l'art. 97 OJ, le Tribunal fédéral des assurances connaît en dernière instance des recours de droit administratif contre des décisions au sens de l'<ref-law>. Selon cette disposition, constituent de telles décisions celles qui, entre autres conditions, sont fondées sur le droit public fédéral.
Selon l'<ref-law>, sont aussi considérées comme décisions, les décisions incidentes énumérées par l'<ref-law>, parmi lesquelles figurent notamment les décision de mesures provisionnelles. Conformément au premier alinéa de l'<ref-law>, seules les décisions préjudicielles et autres décisions incidentes rendues dans une procédure précédant la décision finale et qui peuvent causer un préjudice irréparable sont séparément susceptibles de recours. La jurisprudence a admis l'existence d'un préjudice irréparable en particulier lorsque la suspension subite d'un soutien financier compromet l'équilibre financier d'un assuré et lui impose des mesures coûteuses ou intolérables d'une autre manière (<ref-ruling> consid. 2b). Par ailleurs, le recours de droit administratif n'est recevable contre les décisions incidentes que s'il est ouvert contre la décision finale (art. 129 al. 2 en corrélation avec l'art. 101 let. a OJ).
Dans un récent arrêt Z. non publié du 8 février 2000 consid. 1b [P 62/99], le Tribunal fédéral des assurances a considéré que la décision par laquelle l'administration refuse la poursuite du paiement de prestations complémentaires jusqu'à l'obtention des résultats des investigations conduites par les autorités d'instruction pénales est une décision négative non susceptible d'effet suspensif. La Cour fédérale a estimé qu'une telle décision constitue une ordonnance de mesures provisionnelles à mettre en relation avec une procédure de restitution.
3.- Par décision du 9 décembre 1998, l'intimée a prononcé la suspension du versement des prestations complémentaires allouées au recourant pour la période du 1er novembre 1994 au 31 juillet 1998, jusqu'à droit connu sur une plainte pénale déposée contre lui. Conformément à la jurisprudence rappelée plus haut (consid. 2b) cette décision constitue une décision de mesures provisionnelles.
Les jugements des tribunaux des assurances en matière de prestations complémentaires peuvent être déférés au Tribunal fédéral des assurances par la voie du recours de droit administratif (<ref-law>; art. 128 OJ), de sorte que la décision incidente litigieuse est également susceptible de faire l'objet d'un recours de droit administratif. Il faut toutefois relever que la décision précitée concerne exclusivement la suspension du règlement des prestations complémentaires arriérées non encore payées au recourant, alors que les prestations courantes continues de lui être versées. Dès lors, il n'apparaît pas que la décision attaquée compromet l'équilibre financier de l'assuré ou lui impose des mesures coûteuses ou intolérables d'une autre manière. Le recours n'est donc pas recevable.
4.- Le recourant succombe, de sorte qu'il n'a pas droit à une indemnité de dépens pour la procédure fédérale (art. 159 al. 1 en liaison avec l'art. 135 OJ). Les conditions d'octroi de l'assistance judiciaire étant cependant remplies, G._, avocate, mandataire du recourant peut être désignée en qualité d'avocat d'office (art. 152 al. 2 en corrélation avec l'art. 135 OJ). Le recourant est par ailleurs expressément rendu attentif au fait qu'il sera tenu de rembourser la caisse du tribunal s'il est ultérieurement en mesure de le faire (art. 152 al. 3 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est irrecevable.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. L'assistance judiciaire est accordée au recourant.
Me Kathrin Gruber est désignée en qualité d'avocate
d'office pour la procédure fédérale et ses honoraires,
fixés à 2500 fr., seront supportés par la caisse du
tribunal.
IV. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 14 juillet 2000
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIe Chambre :
Le Greffier :