Sachverhalt:
A. Der 1961 geborene G._ war als Geschäftsführer der Firma I._ GmbH bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 28. September 2002 einen Auffahrunfall erlitt. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese jedoch mit Verfügung vom 15. August 2005 und Einspracheentscheid vom 17. Juli 2006 per 31. August 2005 ein, da die darüberhinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht mehr adäquat kausal zum Unfallereignis seien.
B. Die von G._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 12. März 2008 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt G._, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen auch über den 31. August 2005 hinaus zu erbringen, eventuell sei die Sache zur Durchführung ergänzender Abklärungen an die Versicherung zurückzuweisen. Darüberhinaus sei die SUVA zu verpflichten, dem Beschwerdeführer die Kosten zweier Arztberichte und eines von ihm in Auftrag gegebenen Gutachtens zu erstatten.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (Art. 6 Abs. 1 UVG). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenefalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (zitiertes Urteil, E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (zitiertes Urteil, E. 9.4 und 9.5). Schliesslich wurden in E. 10 des zitierten Urteils die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
- besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls;
- die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
- fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
- erhebliche Beschwerden;
- ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich ver-schlimmert;
- schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
- erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
2.3 Hat die versicherte Person mehr als einen Unfall mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung erlitten, so ist die Adäquanz prinzipiell für jeden Unfall gesondert zu beurteilen. In diesem Rahmen ist es nach der Rechtsprechung jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder auf Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit nicht von einander abgegrenzt werden können (SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 [U 39/04], E. 3.3.2 mit Hinweisen).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die vom Versicherten über den 31. August 2005 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden noch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum Unfallereignis vom 28. September 2002 stehen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst, die vorinstanzliche Feststellung, wonach der Unfall zu keinen strukturellen Läsionen geführt habe, sei aktenwidrig. Es sei vielmehr erstellt, dass weiterhin ein wesentlicher Kern somatischer Unfallfolgen vorliegen würde. Diesbezüglich ist darauf hinzuweisen, dass das Vorhandensein organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen nicht mit dem Vorliegen somatischer Unfallfolgen gleichgesetzt werden darf. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Solche Unfallfolgen liegen hier nicht vor: Das am 21. Januar 2003 im Spital T._ angefertigte MRI der Halswirbelsäule (HWS) wurde von den Experten bis auf leichtgradige degenerative Veränderungen als unauffällig beurteilt. Spätere bildgebende Untersuchungen führten ebenfalls zu keinem anderen Ergebnis (vgl. den Bericht des Dr. T._ vom 2. März 2004). Auch aus dem vom Beschwerdeführer veranlassten interdisziplinären Gutachten der medizinischen Abklärungsstelle X._ vom 25. Januar 2006 ist nichts Abweichendes zu entnehmen. Somit sind Vorinstanz und Verwaltung zu Recht davon ausgegangen, dass ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang zwischen Unfallereignis und den anhaltend geklagten Beschwerden sich nicht mit dem adäquaten und damit rechtserheblichen Kausalzusammenhang decken würde, sondern dass zur Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen ist und gegebenefalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen sind (vgl. E. 2.1).
4.2 Der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen hat in dem Zeitpunkt zu erfolgen, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (<ref-ruling> E. 4 S. 113 f.). Der Beschwerdeführer war vom 17. Juni bis zum 10. Juli 2005 in der Klinik S._ hospitalisiert. Dr. B._ bedauerte als Chefarzt dieser Klinik im Bericht vom 11. Juli 2005, dass der Aufenthalt in der Klinik nicht erfolgreich war. Es ist nicht ersichtlich, dass eine andere medizinische Fachperson erwartete, durch eine Fortsetzung der Behandlung über den 31. August 2005 hinaus noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erzielen zu können. Es ist insbesondere darauf hinzuweisen, dass auch die Ärzte der medizinischen Abklärungsstelle X._ ausdrücklich einen Fallabschluss befürworteten, da auch durch die von ihnen vorgeschlagenen Massnahmen höchstens eine marginale Besserung des Gesundheitszustandes zu erwarten wäre. Der von der Beschwerdegegnerin auf den 31. August 2005 festgesetzte Zeitpunkt des Fallabschlusses ist somit nicht zu beanstanden.
4.3 Voraussetzung für eine Leistungspflicht des Unfallversicherers ist ein natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und den geklagten Beschwerden. Aufgrund der Stellungnahme der SUVA-Ärztin Dr. S._ (Fachärztin FMH für Neurologie, Fachärztin Neurologie und Psychiatrie) vom 16. Juni 2005 bestehen aus neurologischer Sicht erhebliche Zweifel an der Unfallkausalität der geklagten Beschwerden. Vorinstanz und Verwaltung verzichteten auf eine abschliessende Klärung des natürlichen Kausalzusammenhanges, da ein allfälliger Kausalzusammenhang jedenfalls nicht adäquat und damit nicht rechtsgenüglich wäre. Diese Vorgehensweise ist dann nicht zu beanstanden, wenn die Adäquanz tatsächlich zu verneinen ist (Urteil 8C_42/2007 vom 14. April 2008, E. 2 mit weiteren Hinweisen).
5. Bezüglich der Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 28. September 2002 und den über den 31. August 2005 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden ist Folgendes festzuhalten:
5.1 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 S. 237 [U 380/04]). Selbst wenn, wie vom Beschwerdeführer gefordert, zu seinen Gunsten von einem mittelschweren Ereignis ausgegangen würde, wäre - wie nachfolgende Prüfung ergibt - ein allfälliger Kausalzusammenhang zwischen diesem Ereignis und den anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat. Auch bei mittelschweren Unfällen ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges nur dann zu bejahen, wenn eines der in E 2.2 hievor aufgezählten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt wäre, oder wenn mehrere dieser Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt wären.
5.1 Die Schwere des Unfalles ist auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]). Dabei werden einfache Auffahrkollisionen auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 S. 237 [U 380/04]). Selbst wenn, wie vom Beschwerdeführer gefordert, zu seinen Gunsten von einem mittelschweren Ereignis ausgegangen würde, wäre - wie nachfolgende Prüfung ergibt - ein allfälliger Kausalzusammenhang zwischen diesem Ereignis und den anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat. Auch bei mittelschweren Unfällen ist die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges nur dann zu bejahen, wenn eines der in E 2.2 hievor aufgezählten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt wäre, oder wenn mehrere dieser Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt wären.
5.2 5.2.1 Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, der Unfall habe sich unter besonders dramatischen Begleitumständen ereignet oder er sei besonders eindrücklich gewesen. Das Kriterium ist somit nicht erfüllt.
5.2.2 Das Bundesgericht hat im erwähnten Urteil <ref-ruling>, E. 10.2.2 S. 127 f. seine Rechtsprechung bestätigt, wonach die Diagnose einer HWS-Distorsion für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung genügt. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 [U 339/06], E. 5.3; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 [U 380/04] E. 5.2.3 mit Hinweisen). Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 [U 339/06], E. 5.3; RKUV 2003 Nr. U 489 S. 357 [U 193/01] E. 4.3 mit Hinweisen). Daneben gilt es zu beachten, dass eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, speziell geeignet ist, die "typischen" Symptome hervorzurufen, weshalb sie als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren ist (vgl. SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 [U 39/04], E. 3.4 und Urteil 8C_785/2007 vom 11. Juni 2008, E. 4.4).
Der Beschwerdeführer macht geltend, die von ihm erlittene Verletzung sei als von besonderer Art zu betrachten, da er bereits am 6. November 1995 einen Auffahrunfall mit HWS-Distorsion erlitten habe. Wie die Vorinstanz indessen zutreffend ausführt, ist nicht bereits deshalb eine Verletzung besonderer Art anzunehmen, weil der Versicherte bereits in der Vergangenheit einmal eine HWS-Distorsion erlitten hat (vgl. auch Urteile 8C_759/2007 vom 14. August 2008, E. 5.3 und 8C_61/2008 vom 10. Juli 2008, E. 7.3.2). Vielmehr rechtfertigt sich eine entsprechende Qualifikation der erlittenen Verletzungen nur bei Vorliegen einer erheblich vorgeschädigten Wirbelsäule (vgl. Urteil 8C_785/2007 vom 11. Juni 2008, E. 4.4). Vor dem Unfall vom 28. September 2002 war der Beschwerdeführer, wie dem Bericht der orthopädischen Klinik B._ vom 4. Dezember 2001 zu entnehmen ist, in seiner anspruchsvollen Tätigkeit als Geschäftsführer einer GmbH voll arbeitsfähig. Er hat zudem im Verfahren vor dem kantonalen Gericht zahlreiche Bestätigungen aufgelegt, mit denen er beweisen wollte, vor dem 28. September 2002 vollständig gesund gewesen zu sein. Auch wenn diesen Bestätigungen, welche nicht von medizinischen Fachpersonen stammen, nur eingeschränkter Beweiswert zukommt, so ist aufgrund der Aktenlage dennoch davon auszugehen, dass seine Wirbelsäule nicht in einem Masse vorgeschädigt gewesen war, dass es sich rechtfertigen würde, aufgrund einer Vorschädigung von einer am 28. September 2002 erlittenen Verletzung besonderer Art zu sprechen. Das Kriterium ist somit nicht erfüllt.
5.2.3 Der Beschwerdeführer erachtet das Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung als gegeben, ohne dass er seinen Standpunkt näher begründet. Wie die Vorinstanz indessen zutreffend ausführt, sind keine Anhaltspunkte ersichtlich, welche auf eine solche Behandlung schliessen lassen. Das Kriterium ist somit ebenfalls nicht erfüllt.
5.2.4 Als erfüllt zu betrachten ist demgegenüber das Kriterium der erheblichen Beschwerden: Gemäss dem Austrittsbericht der Rehaklinik Bellikon vom 28. April 2003 liegt ein ausgeprägtes Schmerzsyndrom vor. Der Fahreignungsbegutachtung durch das Psychologische Institut der Universität vom 30. März 2004 ist zudem zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer nicht mehr fähig ist, ein Motorfahrzeug zu führen.
5.2.5 Der Beschwerdeführer macht keine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hätte, geltend; für eine solche finden sich in den Akten auch keine Hinweise.
5.2.6 Der Heilungsverlauf kann nicht als schwierig bezeichnet werden; zur Bejahung dieses Kriteriums braucht es besondere Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (vgl. Urteile U 590/06 vom 7. Februar 2008, E. 4.3.2 und 8C_61/2008 vom 10. Juli 2008, E. 7.6). Weder der Umstand, dass die Einstellung der Taggeldzahlungen den Beschwerdeführer in finanzielle Schwierigkeiten gebracht hat, noch jener, dass ihm die Eignung, ein Motorfahrzeug zu lenken, abgesprochen werden musste, vermögen an der Nichterfüllung des Kriteriums etwas zu ändern.
5.3 Was schliesslich das durch <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f. präzisierte Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, gilt festzustellen, dass selbst wenn dies bejaht werden könnte, es jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben ist.
5.4 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zugunsten der Versicherten das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sind, haben Vorinstanz und Verwaltung die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 28. September 2002 und den über den 31. August 2005 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden zu Recht verneint.
6. 6.1 Die Kosten eines von einer versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst aufgrund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 ff. [U 282/00]). Dies ist vorliegend nicht der Fall (vgl. auch E. 4.3 hievor), so dass dem Antrag des Beschwerdeführers, die Kosten für die Arztberichte und das von ihm veranlasste Gutachten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen, nicht stattzugeben ist.
6.2 Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. September 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer