Erwägungen:
1. 1.1 X._ (geb. 13. Juli 1979), nigerianischer Staatsangehöriger, reiste am 24. November 2007 in die Schweiz ein und stellte ein Asylgesuch. Das Bundesamt für Migration trat am 14. Januar 2008 auf das Asylgesuch gemäss <ref-law> (SR 142.31) nicht ein und wies X._ aus der Schweiz weg. Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 22. Februar 2008 nicht ein. X._ kam der Aufforderung, die Schweiz zu verlassen, nicht nach. Anlässlich einer polizeilichen Kontrolle am 19. Februar 2008 konnten bei einer Leibesvisitation von X._ 13 Kugeln Kokain (8,6 g brutto) sichergestellt werden. X._ wurde deshalb am 5. März 2008 zu einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen verurteilt.
1.2 Am 28. Februar 2008 wurde X._ erstmals in Ausschaffungshaft genommen und am 29. April 2008 der nigerianischen Botschaft zugeführt. Da er dort erklärte, er sei nicht nigerianischer, sondern liberianischer Staatsangehöriger, wurde die Ausstellung eines Laissez-Passer verweigert. Am 3. Juni 2008 wurde X._ aus der Ausschaffungshaft entlassen. Er verliess die Schweiz jedoch nicht und ersuchte um Nothilfe. Er meldete sich zwar am 16. September 2008 auf der nigerianischen Botschaft. Obwohl reisewilligen Nigerianern gewöhnlich innerhalb von wenigen Tagen ein Reisepapier ausgestellt wird, erhielt er aber lediglich einen neuen Termin im Januar 2009.
1.3 Der Migrationsdienst des Kantons Bern nahm X._ am 18. September 2008 erneut in Ausschaffungshaft, welche der Haftrichter 3 des Haftgerichts III Bern-Mittelland am 19. September 2008 prüfte und bis zum 17. Dezember 2008 bestätigte.
Mit in englischer Sprache verfasster Eingabe an das Bundesgericht vom 17. Oktober 2008 ersucht X._ um Haftentlassung. Die kantonalen Behörden haben dem Bundesgericht per Fax den angefochtenen Entscheid sowie Akten übermittelt. Ein Schriftenwechsel ist nicht angeordnet worden.
2. Die Beschwerde ist nicht in einer Amtssprache abgefasst (vgl. <ref-law>). Da auf sie bereits wegen mangelnder Begründung nicht eingetreten werden kann, erübrigt es sich zu prüfen, ob sie zur Verbesserung zurückgewiesen werden müsste (vgl. Art. 42 Abs. 5 und 6 BGG).
2.1 Rechtsschriften haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten, wobei in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Die Begründung muss sachbezogen sein und der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Entspricht die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen an die Begründung nicht, so ist auf das Rechtsmittel nicht einzutreten.
2.2 Angefochten ist vorliegend die für drei Monate verfügte Ausschaffungshaft. In seiner Eingabe an das Bundesgericht beschränkt sich der Beschwerdeführer darauf, um Haftentlassung zu ersuchen mit dem Hinweis, er sei daran, über einen Freund in Grossbritannien Mittel zu finden, um die Schweiz zu verlassen. Er äussert sich somit in keiner Weise zu den von der Vorinstanz aufgeführten Haftgründen. Damit genügt die Beschwerdeschrift den minimalen Begründungsanforderungen nicht.
3. Im Übrigen wäre die Beschwerde ohnehin abzuweisen gewesen: Der Beschwerdeführer wurde rechtskräftig aus der Schweiz weggewiesen und der Haftgrund nach Art. 76 Abs. 1 lit. b Ziff. 2 AuG (SR 142.20) ist erfüllt. Zudem besteht beim Beschwerdeführer auch Untertauchensgefahr im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 76 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 und 4 AuG (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 58 f.). Die ihm gewährte Möglichkeit, die Schweiz freiwillig zu verlassen, hat er nicht genutzt. Es ist nicht ersichtlich, wie er ohne Ausweis und Visum legal in ein Drittland ausreisen könnte; nur sein Heimatstaat ist verpflichtet, ihn gegebenenfalls auch ohne Papiere zurückzunehmen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 103). Es liegen auch keine Anhaltspunkte dafür vor, dass sich die Behörden nicht weiterhin zielstrebig um den Vollzug seiner Wegweisung bemühen werden (Art. 76 Abs. 4 AuG). Bei allfälligen gesundheitlichen Problemen steht es dem Beschwerdeführer, dessen Hafterstehungsfähigkeit bejaht wurde, frei, um den Besuch eines Arztes bzw. um Abgabe von Medikamenten zu ersuchen. Die angeordnete Ausschaffungshaft wäre somit nicht zu beanstanden.
4. Es rechtfertigt sich aufgrund der besonderen Umstände (Bedürftigkeit, absehbarer Vollzug der Wegweisung), keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Migrationsdienst des Kantons Bern wird ersucht, dafür besorgt zu sein, dass das vorliegende Urteil dem Beschwerdeführer korrekt eröffnet und verständlich gemacht wird.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Migrationsdienst des Kantons Bern, dem Haftgericht III Bern-Mittelland, Haftrichter 3, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Merkli Dubs