Sachverhalt:
A.
Die A._AG (Mieterin, Klägerin, Beschwerdeführerin) mietete von B._ (Vermieter, Beklagter, Beschwerdegegner) im Jahr 2004 zunächst mit schriftlichem Vertrag vom 21. Mai 2004 ein Verkaufslokal (mit Keller), später mit einem weiteren Mietvertrag vom 22. Juni 2004 eine 4-Zimmerwohnung im 2. Obergeschoss, beides in der Liegenschaft Strasse X in U._.
A.a. Im Mietvertrag über das Verkaufslokal wird unter dem Titel "3.2 Mietdauer" festgehalten, das Mietverhältnis werde für die feste Mietdauer von fünf Jahren abgeschlossen und zwar vom 1. Juli 2004 bis zum 30. Juni 2009. Unter dem Titel "3.3 Kündigung" wird geregelt, der Vertrag könne erstmals auf den 30. Juni 2009 gekündigt werden. Erfolge vor Ablauf dieser Frist keine Kündigung, werde das Mietverhältnis jeweils stillschweigend um 5 Jahre verlängert. Die gegenseitige Kündigungsfrist betrage 12 Monate und habe durch eingeschriebenen Brief zu erfolgen. Unter dem Titel "3.4 Option" wurde schliesslich vereinbart, dem Mieter stehe das Recht zu, den Vertrag nach Ablauf der festen Vertragsdauer um fünf Jahre zu verlängern. Die Mieterin habe die Option mindestens 12 Monate vor Ablauf der festen Vertragsdauer schriftlich geltend zu machen. Diese Option hat die Mieterin ausgeübt. Der Mietvertrag über die Wohnung enthält eine bis auf die kürzere Kündigungsfrist (6 Monate) analoge Regelung betreffend die Mietdauer, die stillschweigende Verlängerung des Mietverhältnisses, wenn keine Kündigung erfolgt, und die Option, den Vertrag nach Ablauf der festen Mietdauer um 5 Jahre zu verlängern. Auch die Option betreffend die Wohnung hat die Mieterin ausgeübt.
A.b. Mit Schreiben vom 12. März 2013 machte die Mieterin für beide Mietobjekte gestützt auf die Verträge wiederum ein Optionsrecht für die Verlängerung der Verträge um weitere fünf Jahre geltend d.h. für das Verkaufslokal vom 1. Juli 2014 bis zum 30. Juni 2019. Ausserdem beantragte sie eine Herabsetzung der Mietzinse ab 1. Juli 2014 und begründete dies mit dem gesunkenen Referenzzinssatz und dem Landesindex der Konsumentenpreise. Schliesslich untersagte sie dem Vermieter das Zutrittsrecht zu den Heizräumen, warf ihm eine ungenügende Reinigung des Treppenhauses vor und bemängelte den Abfluss. Der Vermieter kam den im Schreiben gestellten Forderungen nicht nach, sondern kündigte mit Kündigung vom 23. April 2013 das Vertragsverhältnis betreffend das Verkaufslokal.
B.
Mit zwei Eingaben vom 6. September 2013 beantragte die Klägerin dem Mietgericht des Sense- und Seebezirks einerseits, die vom Beklagten ausgesprochene Kündigung betreffend das Verkaufslokal aufzuheben und eventuell das Mietverhältnis um 6 Jahre zu erstrecken. Mit der zweiten Eingabe verlangte sie im Wesentlichen, der Mietzins für das Verkaufslokal sei per 1. Juli 2014 auf Fr. 1'861.--, jener für die Wohnung auf Fr. 845.-- abzusenken. Das Mietgericht vereinte die beiden Verfahren. Am 9. Januar 2014 erstreckte es das Mietverhältnis für das Verkaufslokal um drei Jahre bis zum 30. Juni 2017 und schloss eine weitere Erstreckung aus. Die Kündigung hob es nicht auf, und es wies auch im Übrigen die Klage ab. Die dagegen erhobene Berufung wies das Kantonsgericht Freiburg am 28. Januar 2015 ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen wiederholt die Klägerin vor Bundesgericht im Wesentlichen ihre erstinstanzlichen Hauptbegehren. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Kantonsgericht darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Beschwerdereplik eingereicht. Der Beschwerdegegner hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1.
Im kantonalen Verfahren war zwischen den Parteien strittig, ob der Beschwerdeführerin lediglich ein einmaliges Optionsrecht zustand, das sie bereits ausgeübt hatte, oder ob ihr auch am Ende der verlängerten Mietdauer ein Optionsrecht zustehe, jedenfalls wenn sie es ausübe, bevor der Beschwerdegegner von seinem Kündigungsrecht Gebrauch gemacht habe. Auch vor Bundesgericht beruft sich die Beschwerdeführerin auf ihr Vertragsverständnis, wonach ihr ein wiederholtes Optionsrecht zustehe.
1.1. Die Mietverträge wurden für eine feste Mietdauer von fünf Jahren abgeschlossen vom 1. Juli 2004 bis zum 30. Juni 2009. Mit den Bestimmungen über die stillschweigende Verlängerung um fünf Jahre, wird sichergestellt, dass das Mietverhältnis bei einer Fortsetzung auf eine feste Dauer und nicht als unbefristetes weitergeführt wird. Dies ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts notwendig, wenn der Mietzins auch nach Ablauf der ursprünglichen festen Mietdauer der Indexierung folgen soll (<ref-ruling> E. 3b S. 60; <ref-ruling> E. 4a S. 77 f. mit Hinweisen).
1.2. Die Ansicht der Beschwerdeführerin, angesichts dieser Regelung sei das Optionsrecht für eine Verlängerung nicht notwendig, greift zu kurz, denn ohne Optionsrecht wäre es der Vermieterschaft freigestanden, das Mietverhältnis auf das Ende der festen Mietdauer zu kündigen. Das Optionsrecht verhinderte, dass das Mietverhältnis gegen den Willen der Mieterin bereits auf den 30. Juni 2009 gekündigt werden konnte. Mit der Option erhielt die Beschwerdeführerin die Sicherheit, dass sie das Mietobjekt mindestens während 10 Jahren benützen konnte, behielt aber die Möglichkeit einer Kündigung bereits nach Ablauf von fünf Jahren. Die Option bezieht sich ausdrücklich auf das Ende der festen Vertragsdauer. Die feste Mietdauer wird in Ziff. 3.2 explizit vom 1. Juli 2004 bis zum 30. Juni 2009 festgesetzt. Durch Ausübung des Optionsrechts konnte die Mieterin den Vertrag einseitig über die feste Vertragsdauer hinaus verlängern, was die Beschwerdeführerin getan hat. Ein Optionsrecht am Ende der verlängerten Mietdauer wurde nicht vereinbart. Die Auslegung der Beschwerdeführerin widerspricht dem klaren Vertragstext und ergäbe keinen Sinn. Ein echtes wiederkehrendes Optionsrecht würde den Vertrag für die Vermieterschaft gegen den Willen der Mieterschaft unkündbar machen. Der von der Beschwerdeführerin vertretene Ansatz, die Option könne jeweils am Ende der Mietdauer ausgeübt werden, solange die Gegenpartei noch nicht gekündigt habe, wäre keine eigentliche Option. Sie würde der Mieterschaft keine Sicherheit bieten, das Mietverhältnis über die feste Vertragsdauer verlängern zu können, und dazu führen, dass sich die Parteien nicht auf die vorgesehenen Fristen zur Ausübung des Optionsrechts (seitens der Mieterschaft) oder zur Kündigung (seitens der Vermieterschaft) verlassen könnten, sondern bei Uneinigkeit vielmehr danach trachten müssten, der Gegenpartei zuvorzukommen. Die Vorinstanz ging zu Recht davon aus, dass der Vertrag ein einmaliges Optionsrecht gewährt.
2.
Das Begehren um Herabsetzung der Mietzinse ab 1. Juli 2014 wies die Vorinstanz mit der Begründung ab, eine parallele Anwendung des Landesindexes für Konsumentenpreise und des Referenzzinssatzes sei ausgeschlossen.
2.1. Grundsätzlich kann ein einmal vereinbarter Mietzins während der festen Vertragsdauer von keiner Partei einseitig geändert werden. Eine Anpassung ist jeweils erst auf den nächstmöglichen Kündigungstermin zulässig (Art. 269d und Art. 270a OR). Das Gesetz sieht in Art. 269b OR mit der Indexierung (neben der Staffelung nach Art. 269c OR) eine Anpassungsklausel vor, die es erlaubt, bereits bei Vertragsschluss bestimmte Änderungen des Mietzinses während einer festen Vertragsdauer im Voraus zu vereinbaren. Voraussetzung beim indexierten Mietzins ist, dass der Mietvertrag für mindestens fünf Jahre fest abgeschlossen wird (<ref-ruling> E. 3a S. 58 f.; Urteil des Bundesgerichts 4A_489/2010 vom 6. Januar 2011 E. 4.2). Ein Mietvertrag ist im Sinne von Artikel 269b OR für fünf Jahre abgeschlossen, wenn der Vertrag durch den Vermieter für die Dauer von mindestens fünf Jahren nicht gekündigt werden kann (Art. 17 Abs. 4 der Verordnung vom 9. Mai 1990 über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen [VMWG; SR 221.213.11]). Es schadet nicht, wenn es dem Mieter freisteht, früher zu kündigen (so schon <ref-ruling> E. 3 S. 71). Während der (für den Vermieter) festen Vertragsdauer sind die Parteien an die vertraglich vorgesehene Anpassungsmöglichkeit gebunden: Unter Vorbehalt der Anfechtung des Anfangsmietzinses kann der Mieter bei indexierten Mietzinsen nur geltend machen, die Erhöhung sei durch keine entsprechende Änderung des Indexes gerechtfertigt (Art. 270c OR). Auf der anderen Seite kann der Vermieter neben der Indexierung grundsätzlich keine weiteren Erhöhungsgründe anrufen. Es ist deshalb ausgeschlossen, in einem Vertrag mit indexiertem Mietzins zusätzlich zum Anstieg des Landesindexes der Konsumentenpreise weitere Erhöhungsfaktoren vorzusehen, es sei denn, die Erhöhung sei durch entsprechende Mehrleistungen des Vermieters gerechtfertigt und der Mietvertrag sehe diese Möglichkeit ausdrücklich vor (<ref-ruling> E. 3a S. 58 f.; zit. Urteil 4A_489/2010 E. 4.2).
2.2. Wird ein ursprünglich auf fünf Jahre abgeschlossener Mietvertrag nach Ablauf der festen Vertragsdauer stillschweigend oder ausdrücklich als unbefristetes Mietverhältnis fortgesetzt, fällt die Indexierung dahin, es sei denn, der Vermieter sei, wie im zu beurteilenden Fall, bei einer stillschweigenden Fortsetzung auch in der folgenden Periode fünf Jahre gebunden (<ref-ruling> E. 3b S 60; <ref-ruling> E. 4a S. 77 f. mit Hinweisen). Erneuert sich das Mietverhältnis durch Stillschweigen oder durch die Ausübung einer Option um mindestens fünf Jahre, findet die Indexklausel weiter Anwendung (<ref-ruling> E. 2 S. 584 ff.; zit. Urteil 4A_489/2010 E. 4.2). Die nächste Mietzinserhöhung ist diesfalls ausgehend vom Stand des offiziellen schweizerischen Landesindexes der Konsumentenpreise im Zeitpunkt der letzten Mietzinsfestsetzung zu berechnen, ohne Rücksicht auf die seither erfolgte stillschweigende Verlängerung (<ref-ruling> E. 2 S. 586).
2.3. Im Zeitpunkt, in dem die ursprünglich vereinbarte Indexierung oder Staffelung des Mietzinses zu Ende geht, können beide Parteien dessen Anpassung verlangen (Urteil des Bundesgerichts 4C.157/2001 vom 1. Oktober 2001 E. 1a mit Hinweisen). Dies gilt nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts auch, wenn sich das Mietverhältnis (und damit die Indexierung) bei Stillschweigen automatisch um fünf Jahre verlängert. Die Parteien können auf den Ablauf oder Kündigungstermin eines Mietvertrages mit indexiertem Mietzins die Anpassung des Mietzinses nach relativer oder absoluter Methode verlangen (zit. Urteil 4A_489/2010 E. 4.2; NICOLAS SAVIAUX, Bail à loyer indexé: le point de la situation, in: Cahiers du bail, 2011, Nr. 3, S. 65 ff. 66 f.; kritisch: ANDREAS MAAG, in: MRA 2011 S. 87 ff.; BEAT ROHRER, Der indexierte Mietzins, in: MRA 2012 S. 1 ff. 12 ff.). <ref-ruling> steht einer Anpassung des Mietvertrages infolge Veränderungen des Referenzzinssatzes bei Fortsetzung eines indexierten Mietvertrages nicht entgegen. In <ref-ruling> war das Mietverhältnis stillschweigend um fünf Jahre fortgesetzt worden, ohne dass eine Anpassung des Mietzinses verlangt worden wäre. Damit wurde die Indexierung ohne Anpassung fortgesetzt. Es wäre den Parteien aber freigestanden, auf den Kündigungstermin eine Anpassung zu verlangen (zit. Urteil 4A_489/2010 E. 4.2; SAVIAUX, a.a.O., S 66 f.).
2.3.1. In der Lehre wird allerdings die Auffassung vertreten, wenn - wie hier und im zit. Urteil 4A_489/2010 - der Mietzins indexiert sei und sich der Vertrag (ohne Kündigung) stillschweigend immer wieder um fünf Jahre verlängere, solle dies offensichtlich zu den gleichen Bedingungen erfolgen (MAAG, a.a.O., S. 95 f. Ziff. 4; ihm folgend ROHRER, a.a.O., S. 13). Der Mietzins dürfe daher ausschliesslich der Entwicklung des Landesindexes der Konsumentenpreise angepasst werden (vgl. ROHRER, a.a.O., S. 13). Eine derartige Vereinbarung entspreche aus Sicht des Mieters einer stillschweigend ausübbaren Fünfjahresoption. Die vom Bundesgericht eröffnete Anfechtungsmöglichkeit führe faktisch zu einer erneuten Anfechtung des Anfangsmietzinses und damit zu einem gesetzlich nicht vorgesehenen Eingriff ihn die Vertragsfreiheit. Ein wesentliches vertragliches Element wie die Mietzinsgestaltung (Indexierung, Staffelung usw.) oder die vereinbarte Vertragsdauer könne nur durch Kündigung oder eine nachträgliche Parteiabrede abgeändert werden (MAAG, a.a.O., S. 95 f. Ziff. 4).
2.3.2. Diese Auffassung überzeugt nicht. Der Unterschied zu einer Option liegt darin, dass bei dieser die Vertragsverlängerung einseitig herbeigeführt werden kann, ohne dass für die Gegenpartei eine Kündigungsmöglichkeit besteht (vgl. ROHRER, a.a.O., S. 2). Die in Art. 269b OR vorgesehene Möglichkeit, ausnahmsweise während der festen Vertragsdauer eine einseitige Anpassung des Mietzinses an die Indexschwankungen vorzunehmen (Art. 270c OR; <ref-ruling> E. 3a S. 58 f.; zit. Urteil 4A_489/2010 E. 4.2), ist der dem Vermieter vom Gesetz zugestandene Ausgleich für die lang dauernde vertragliche Verpflichtung (<ref-ruling> E. 3 S. 71). Soweit für den Vermieter eine Kündigungsmöglichkeit besteht, greifen nicht die Ausnahmebestimmungen nach Art. 269b und 270c OR, sondern es gilt der allgemeine Grundsatz, dass eine Änderung auf den nächsten Kündigungstermin verlangt werden kann (Art. 269d und 270a OR; zit. Urteil 4A_489/2010 E. 4.2; SAVIAUX, a.a.O., S. 66 f.). Die gegenteilige Auffassung liesse sich mit dem Zweck der Schutzbestimmungen vor missbräuchlichen Mietzinsen nicht vereinbaren. Ist bei Stillschweigen eine jeweilige Verlängerung um fünf Jahre vereinbart, lässt sich bei Vertragsschluss die tatsächliche Geltungsdauer des Vertrages nicht abschätzen. Ergibt sich durch die Indexierung bis zum für die Verlängerung massgebenden Zeitpunkt ein übersetzter oder aber ein ungenügender Ertrag, lässt sich nicht rechtfertigen, bei übersetztem Ertrag der Mietsache vom Mieter zu verlangen, dass er für mindestens weitere fünf Jahre einen übersetzten Mietzins bezahlt, wenn er das Mietverhältnis fortsetzen will, oder bei ungenügendem Ertrag der Mietsache den Vermieter zu zwingen, die Kündigung auszusprechen, wenn er in Zukunft wieder einen angemessenen Mietzins erzielen will.
2.4. Damit erweist sich die Beschwerde in Bezug auf die Herabsetzung des Mietzinses für die Wohnung als begründet. Das Mietverhältnis betreffend das Verkaufslokal hat der Beschwerdegegner allerdings gekündigt, und es wurde von der Vorinstanz erstreckt.
2.4.1. Ist der Vertrag im Erstreckungsentscheid nicht geändert worden, so gilt er während der Erstreckung unverändert weiter; vorbehalten bleiben die gesetzlichen Anpassungsmöglichkeiten (Art. 272c Abs. 2 OR). Allerdings kann jede Partei verlangen, dass der Vertrag im Erstreckungsentscheid veränderten Verhältnissen angepasst wird (Art. 272c Abs. 1 OR).
2.4.2. Die Beschwerdeführerin hat einerseits eine Klage auf Herabsetzung des Mietzinses angestrengt und andererseits die Kündigung angefochten und eine Erstreckung verlangt. Dass sie im Rahmen der Erstreckung eine Anpassung des Mietzinses an veränderte Verhältnisse verlangt hätte, zeigt sie nicht auf und ist nicht festgestellt. Damit ist im Ergebnis nicht zu beanstanden, wenn es die Vorinstanz für die Erstreckung bei dem unveränderten Mietzins beliess. Nur für den Fall, dass sich die Kündigung als ungültig erweisen sollte, müsste das Herabsetzungsbegehren auch für das Verkaufslokal behandelt werden.
3.
Mit Bezug auf die Gültigkeit der Kündigung beruft sich die Beschwerdeführerin zunächst darauf, sie habe nach Treu und Glauben Ansprüche aus dem Mietvertrag geltend gemacht und ihr sei deswegen gekündigt worden.
3.1. Es obliegt dem Empfänger der Kündigung zu beweisen, dass die Kündigung aus einem verpönten oder ohne schützenswerten Grund erfolgte; der Kündigende hat jedoch redlich zur Wahrheitsfindung beizutragen, die Kündigung auf Ersuchen hin zu begründen (vgl. Art. 271 Abs. 2 und Art. 266l OR, Art. 9 Abs. 1 lit. c VMWG) und im Bestreitungsfall alle für die Beurteilung des Kündigungsgrunds notwendigen Unterlagen vorzulegen. Eine mangelnde oder fehlerhafte Begründung kann ein Indiz dafür sein, dass ein schützenswertes Interesse an der Kündigung nicht besteht; Treuwidrigkeit wird deshalb angenommen, wenn der angegebene Kündigungsgrund vorgeschoben ist und der wahre Grund nicht feststellbar ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 62 mit Hinweisen). Dies gilt auch, soweit behauptet wird, die Kündigung sei erfolgt, weil nach Treu und Glauben Ansprüche aus dem Mietverhältnis (Art. 271a Abs. 1 lit. a OR) geltend gemacht wurden (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2.1 S. 62; Urteil des Bundesgerichts 4C.35/2004 vom 27. April 2004 E 3.1 am Ende).
3.2. Der Anspruch aus dem behaupteten Optionsrecht war offensichtlich unbegründet. Er hätte im Übrigen einen Anspruch auf Herabsetzung ausgeschlossen. Eine Option auf Vertragsverlängerung verleiht dem Berechtigten die Befugnis, durch einseitige Willenserklärung unmittelbar ein inhaltlich bereits fixiertes Vertragsverhältnis herbeizuführen oder zu verlängern (<ref-ruling> 2a S. 34 f.; Urteil des Bundesgerichts 4A_551/2008 vom 12. Mai 2009 E. 5.1). Ein weiteres Optionsrecht hätte mithin die Frist, während der das Mietverhältnis vom Vermieter nicht gekündigt werden konnte, verlängert. Daher hätte die Beschwerdeführerin bei Ausübung eines Optionsrechts die von ihr beantragte Anpassung des Mietzinses nicht verlangen können, sondern es wäre der bestehende Vertrag unverändert weitergeführt worden, was eine Anpassung ausserhalb der Indexschwankungen ausgeschlossen hätte (MAAG, a.a.O., S. 95 Ziff. 4; in diesem Sinne wohl auch ROHRER, a.a.O., S. 2). Unter diesem Gesichtspunkt kann wohl nicht gesagt werden, die Beschwerdeführerin habe nach Treu und Glauben Ansprüche aus dem Mietvertrag geltend gemacht, auch wenn (da das Optionsrecht nicht mehr bestand) das Herabsetzungsbegehren entgegen der Auffassung der Vorinstanz zulässig war und die Beschwerdeführerin den angefochtenen Entscheid insoweit zu Recht beanstandet. Die Frage kann aber offen bleiben.
3.2.1. Die Vorinstanz verneinte den Kausalzusammenhang zwischen den geltend gemachten Ansprüchen und der ausgesprochenen Kündigung. Als Hauptmotiv für die Kündigung erkannte sie das Verhalten der Beschwerdeführerin seit Beginn des Mietverhältnisses, die wiederholten Vertragsverletzungen sowie die ständigen mehrheitlich unbegründeten Forderungen. Sie erachtete die Kündigung als gültig, zumal die im Zusammenhang mit dem Verkaufslokal geführten Verfahren seit mehr als drei Jahren mehrheitlich zugunsten des Beschwerdegegners ausgegangen seien.
3.2.2. Die Beschwerdeführerin bemängelt im Wesentlichen, die ihr von der Vorinstanz angelasteten Verfehlungen, die zur Kündigung geführt haben sollen, stünden im Zusammenhang mit der Benutzung der Wohnung, nicht des Verkaufslokals. Die Kündigung des Verkaufslokals behebe die Probleme nicht. Werde das Mietverhältnis betreffend die Wohnung herangezogen, müsse auch in Bezug auf die Frage der Anwendbarkeit der Sperrfrist nach Art. 271a Abs. 1 lit. e OR zur Verhinderung einer Rachekündigung berücksichtigt werden, dass die Beschwerdeführerin bezüglich das Wohnobjekt innerhalb der letzten drei Jahre vor Gericht mehrheitlich obsiegt habe.
Diese Einwände verfangen nicht. Die Vorinstanz kam in Würdigung der Beweise zum Schluss, nicht das Obsiegen der Beschwerdeführerin in anderen Verfahren oder die geltend gemachten Ansprüche stellten das Hauptmotiv der Kündigung dar, sondern das Verhalten der Mieterin seit Beginn des Mietverhältnisses, die wiederholten Vertragsverletzungen sowie die ständigen mehrheitlich unberechtigten Forderungen. Diese Einschätzung vermag die Beschwerdeführerin nicht als willkürlich auszugeben. Soweit auf Seiten der Beschwerdeführerin dieselbe Person, nämlich ihre Verwaltungsrätin, beide Mietobjekte benutzt, spielt keine massgebende Rolle, bei welchem Mietobjekt sie sich Verfehlungen zuschulden hat kommen lassen, sofern dadurch das persönliche Verhältnis beziehungsweise der Umgang mit der Vermieterschaft insgesamt belastet wird. Denn persönliche Differenzen der Parteien eines Mietvertrags vermögen sogar einen wichtigen Grund zu dessen vorzeitiger Auflösung abzugeben (<ref-ruling> E. 2c S 37; Urteil des Bundesgerichts 4A_20/2015 vom 13. Juli 2015 E 3.2). Dabei kann keine Rolle spielen, im Zusammenhang mit welchem Mietobjekt die persönlichen Differenzen entstanden sind (immer vorausgesetzt, es war die Mieterin und nicht die Vermieterschaft, die durch vertragswidriges Verhalten Anlass dazu gegeben hat). Unter diesen Umständen verletzt es kein Recht, wenn die Vorinstanz auch das Verhalten mit Blick auf die Wohnung berücksichtigt und gestützt darauf den Kausalzusammenhang zwischen den gestellten Ansprüchen und der Kündigung verneint.
4.
Die Beschwerdeführerin beruft sich wie dargelegt einerseits darauf, für die Sperrfrist nach Art. 271a Abs. 1 lit. e Ziff. 1 OR sei auch ihr Obsiegen in Verfahren bezüglich der Wohnung zu berücksichtigen. Andererseits macht sie geltend, zum Zeitpunkt der Kündigung sei ein Verfahren betreffend den richtigen Verteilschlüssel der Nebenkosten für beide Mietobjekte vor Kantonsgericht hängig gewesen, bei dem der Beschwerdegegner unterlegen sei. Auch wenn, wie die Vorinstanz festhalte, der umstrittene Rückforderungsanspruch nur Fr. 91.50 betragen habe, sei die eigentliche Frage nach dem richtigen Verteilschlüssel der Nebenkosten zu Gunsten der Beschwerdeführerin entschieden worden. Die Kündigung sei daher gestützt auf die Art. 271a Abs. 1 lit. d und e OR unzulässig.
4.1. Die Kündigung durch den Vermieter ist nach Art. 271a Abs. 1 lit. e Ziff. 1 OR anfechtbar, wenn sie vor Ablauf von drei Jahren seit Abschluss eines mit dem Mietverhältnis zusammenhängenden Schlichtungs- oder Gerichtsverfahrens ausgesprochen wird, in dem der Vermieter zu einem erheblichen Teil unterlegen ist. Damit statuiert das Gesetz eine unwiderlegbare Vermutung, dass eine Kündigung unter den erwähnten Voraussetzungen gleich wie eine Rachekündigung missbräuchlich ist, und gewährt damit dem Mieter einen zeitlichen Kündigungsschutz. Der Mieter soll nicht um die Früchte seines berechtigten Vorgehens gegen den Vermieter gebracht werden (<ref-ruling> E. 3.3 S. 25 mit Hinweis). Der Kündigungsschutz nach Art. 271a Abs. 1 lit. e Ziff. 1 OR setzt keinen Kausalzusammenhang zwischen dem vorhergehenden Schlichtungs- oder Gerichtsverfahren und der Kündigung voraus, sondern knüpft einzig daran an, ob die Dreijahresfrist bereits abgelaufen ist (Urteil des Bundesgerichts 4A_594/2010 vom 12. Januar 2011 E. 2.2 mit Hinweisen). Nach dem Wortlaut von Art. 271a Abs. 1 lit. e OR muss das Schlichtungs- oder Gerichtsverfahren aber mit dem Mietverhältnis, dessen Kündigung angefochten wird, zusammenhängen. Dass die Verfahren betreffend die Wohnung, in denen die Beschwerdeführerin innerhalb der Frist von drei Jahren obsiegt hat, (auch) mit dem Verkaufslokal zusammenhingen, ist nicht festgestellt und macht die Beschwerdeführerin nicht substanziiert geltend. Ohne Nachweis des entsprechenden Kausalzusammenhangs kann die Beschwerdeführerin aus den zu ihren Gunsten ausgegangenen Verfahren im Zusammenhang mit der Wohnung nichts bezüglich der Zulässigkeit der Kündigung des Verkaufslokals ableiten.
4.2. Zu prüfen bleibt, wie es sich mit dem im Kündigungszeitpunkt laufenden Verfahren verhält.
4.2.1. Die Vorinstanz hält am Ende ihrer Erwägungen zur Zulässigkeit der Kündigung fest, ergänzend sei darauf hinzuweisen, dass eine Anfechtung der Kündigung gestützt auf Art. 271a Abs. 1 lit. d und e OR aussichtslos wäre. Die im Zusammenhang mit den Geschäftsräumen geführten Verfahren hätten seit mehr als drei Jahren mehrheitlich zugunsten des Beschwerdegegners geendet. Seine Beschwerde vom 13. Januar 2014 sei zwar abgewiesen worden, doch dies vermöge an der Ausgangslage nichts zu ändern, denn bei der Frage des Verteilschlüssels handle es sich um einen Bagatellfall und die Differenzen in den Nebenkostenabrechnungen seien minim gewesen. Der Rückforderungsanspruch der Mieterin habe lediglich Fr. 91.50 betragen.
4.2.2. Die Vorinstanz hat festgestellt, in dem im Kündigungszeitpunkt hängigen Beschwerdeverfahren sei es um den Verteilschlüssel gegangen. Dies spricht an sich nicht für den Bagatellcharakter, sondern dafür, dass es sich um eine Streitfrage handelt, die auch in Zukunft Auswirkungen auf das Mietverhältnis zeitigen könnte. Zudem erscheint es problematisch, die Anwendbarkeit von Art. 271a Abs. 1 lit. d OR allein mit Blick auf den Bagatellbetrag auszuschliessen. Nach dieser Bestimmung ist eine durch den Vermieter ausgesprochene Kündigung anfechtbar, wenn sie während eines mit dem Mietverhältnis zusammenhängenden Schlichtungs- oder Gerichtsverfahrens ausgesprochen wird, ausser wenn der Mieter das Verfahren missbräuchlich eingeleitet hat (<ref-ruling> E. 2.2 S. 102; <ref-ruling> E. 3.1 ff.). In der Lehre wird zum Teil zwar die Auffassung vertreten, bei Bagatellbeträgen greife der zeitliche Kündigungsschutz nach Art. 271a Abs. 1 lit. d OR nicht (vgl. RAYMOND BISANG UND ANDERE, Das schweizerische Mietrecht, SVIT-Kommentar, 3. Aufl. 2008, N. 33 zu Art. 271a OR; PHILIPPE CONOD, in: Droit du bail à loyer, François Bohnet/Marino Montini [Hrsg.], 2010, N. 29 zu Art. 271a OR). Im Gegensatz zu Art. 271a Abs. 2 OR, der, wie aus den Materialien klar hervorgeht, zur Vermeidung zahlloser Kündigungssperren nicht auf Bagatellfälle angewendet werden soll (Urteil des Bundesgerichts 4C.266/1993 vom 5. Januar 1994 E. 4a in: MRA 1995 39; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 S. 566; Urteil 4A_38/2010 vom 1. April 2010 E. 6.2), begrenzt Art 271a Abs. 1 lit. d OR seine Anwendbarkeit selbst und schliesst diese nur aus, wenn der Mieter das Verfahren missbräuchlich eingeleitet hat. Wenn der Mieter Bagatellforderungen gerichtlich geltend macht, kann darin zwar ein missbräuchliches Verhalten liegen (CONOD, a.a.O., N. 29 zu Art. 271a OR), namentlich wenn es der Partei tatsächlich gar nicht um die Bagatellforderung, sondern allein um den Kündigungsschutz geht (vgl. ROGER WEBER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 6. Aufl. 2015, N. 27 zu Art. 271/271a OR). Dass dem Mieter nur ein Bagatellbetrag zugesprochen wird, reicht für sich allein aber nicht aus, um das eingeleitete Verfahren als missbräuchlich zu qualifizieren. Stellt die gerichtliche Durchsetzung die einzige Möglichkeit dar, einen berechtigten Anspruch der Mietpartei durchzusetzen, kann allein in der Anrufung des Gerichts kein Missbrauch gesehen werden. Das Beschwerdeverfahren hat aber der Beschwerdegegner eingeleitet und er unterlag. Er hat sich mithin einer berechtigten Forderung der Gegenpartei zu Unrecht widersetzt, obwohl es sich nur um einen Bagatellbetrag gehandelt hat. Gestützt auf diese Feststellungen kann nicht gesagt werden, die Mieterin habe das Verfahren missbräuchlich eingeleitet (Art. 271a Abs. 1 lit. d OR). Feststellungen zu Umständen, die das Verhalten der Beschwerdeführerin als missbräuchlich erscheinen lassen könnten (der Beschwerdegegner hat sich diesbezüglich beispielsweise auf einen von ihm unterbreiteten Vergleichsvorschlag berufen) fehlen, so dass das Bundesgericht die Frage nach der Sperrfrist nicht abschliessend beantworten kann. Die Frage - ebenso wie der vom Beschwerdegegner bereits vor der Vorinstanz erhobene Einwand, aufgrund der Vorbringen der Beschwerdeführerin vor erster Instanz sei dieser Aspekt gar nicht Prozessthema gewesen - braucht indessen nicht weiter behandelt zu werden, sofern sich der Beschwerdegegner auf einen der in Art. 271a Abs. 3 OR genannten Kündigungsgründe berufen kann, was nachfolgend zu prüfen ist.
5.
Da die Vorinstanz die ordentliche Kündigung für zulässig erachtete, hat sie darauf verzichtet zu prüfen, ob die Voraussetzungen für eine der in Art. 271a Abs. 3 OR genannten Kündigungen gegeben gewesen wären. Der Beschwerdegegner hatte geltend gemacht, er habe die Kündigung sowohl als ordentliche als auch als ausserordentliche ausgesprochen. Dies wird in der Beschwerde nicht substanziiert in Abrede gestellt.
5.1. Nach Art. 271a Abs. 3 OR sind Absatz 1 Buchstaben d und e der Bestimmung bei gewissen Kündigungen nicht anwendbar. Im zu beurteilenden Fall kommen namentlich lit. c und e in Betracht, also eine Kündigung wegen schwerer Verletzung der Pflicht des Mieters zu Sorgfalt und Rücksichtnahme (Art. 257f Abs. 3 OR) oder eine Kündigung aus wichtigen Gründen (Art. 266g OR). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts sind bei Zahlungsrückstand des Mieters grundsätzlich die Kündigungsmodalitäten gemäss Art 257d Abs. 2 OR zu beachten, bei mangelnder Sorgfalt und Rücksichtnahme ist unter Vorbehalt vorsätzlicher schwerer Schädigung nach Art. 257f Abs. 3 OR vorzugehen. Dies schliesst jedoch nicht aus, dass der Grund für die Unzumutbarkeit der Weiterführung des Mietvertrags bis zum nächsten ordentlichen Kündigungstermin (auch) in der Nichtbeachtung von Zahlungsfristen oder mangelnder Sorgfalt und Rücksichtnahme liegen kann. So können insbesondere stets wiederholte, für sich genommen nicht hinreichende, aber in der Wiederholung trotz Abmahnung als schwerwiegend erscheinende Vertragsverletzungen dazu führen, dass der anderen Vertragspartei die Fortführung des Vertrags bis zur ordentlichen Beendigung nicht zuzumuten ist (Urteil des Bundesgerichts 4C.395/2006 vom 23. Januar 2007 E. 3 mit Hinweis).
5.2. Die Vorinstanz hat im Zusammenhang mit der Frage der Erstreckung des Mietverhältnisses festgehalten, die Beschwerdeführerin habe ihre Vertragspflichten in verschiedener Hinsicht verletzt. So werde unter anderem die Katze trotz mehrfacher schriftlicher Verwarnung frei im Treppenhaus herumlaufen gelassen und der Mietzins regelmässig mit Verspätung bezahlt. Die Beschwerdeführerin lasse keine Gelegenheit aus, den Vermieter mit teilweise lächerlichen Forderungen verbunden mit kurzen Fristansetzungen zur Erledigung zu konfrontieren. Auch die Androhung des Vermieters, im Falle weiterer Vertragsverletzungen durch die Mieterin eine ausserordentliche Kündigung in Betracht zu ziehen, habe die Mieterin nicht dazu gebracht, endlich Vernunft anzunehmen. Die Unstimmigkeiten der Parteien seien auf das Verhalten der Mieterin zurückzuführen, habe sich der Vermieter doch mehrmals um ein gutes Einvernehmen bemüht und deswegen sogar das Gespräch mit der Tochter der Verwaltungsrätin der Beschwerdeführerin gesucht. Die Vorinstanz kommt zum Schluss, eine längere Erstreckung wäre aufgrund der Vertragsverletzungen der Mieterin und der Unzumutbarkeit einer längeren Fortführung des Mietverhältnisses zweifellos nicht gerechtfertigt.
5.3. Die Beschwerdeführerin weist die ihr vorgeworfenen Verfehlungen zwar zum Teil als blosse Behauptungen des Beschwerdegegners zurück oder macht geltend, sie beträfen die Wohnung und nicht das Verkaufslokal. Dies genügt indessen nicht, um die Feststellungen in tatsächlicher Hinsicht als offensichtlich unhaltbar auszuweisen, weshalb das Bundesgericht daran gebunden ist. Das Bild, das sich dabei ergibt, ist dasjenige einer Mieterin, die zum Teil zwar berechtigte Ansprüche stellt (wie beispielsweise die Mietzinsreduktion auf die nächstmögliche Kündigungsmöglichkeit) und in Gerichtsverfahren obsiegt (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4A_215/2012 vom 9. Juli 2012), ihre berechtigten Forderungen aber mit treuwidrigen Ansprüchen kombiniert (wie hier die Ausübung einer Option, die offensichtlich nicht besteht und die, wenn sie bestehen und ausgeübt würde, dem geltend gemachten Anspruch auf Mietzinsherabsetzung entgegenstünde) und generell keine hinreichende Bereitschaft zeigt zu einem konstruktiven Umgang mit der Vermieterschaft. Das führt insgesamt dazu, dass eine Weiterführung des Mietverhältnisses über den Erstreckungszeitpunkt hinaus unzumutbar erscheint. Es entspricht dem Zweck von Art. 271a Abs. 3 OR, dass in derartigen Situationen eine Beendigung des Mietverhältnisses nicht an den formellen Sperrfristen scheitern soll. Vor diesem Hintergrund ist der angefochtene Entscheid mit Blick auf die Zulässigkeit der Kündigung im Ergebnis nicht zu beanstanden.
6.
Die Beschwerde ist lediglich bezüglich des Mietzinsherabsetzungsbegehrens der Wohnung teilweise gutzuheissen und die Sache insoweit an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Mit dem Herabsetzungsbegehren hinsichtlich des Verkaufslokals und insbesondere in Bezug auf den wesentlichen Streitpunkt der Gültigkeit der Kündigung unterliegt die Beschwerdeführerin. Mit Blick darauf erscheint es gerechtfertigt die Gerichtskosten zu 4/5 der Beschwerdeführerin und zu 1/5 dem Beschwerdegegner aufzuerlegen und diesem eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird mit Bezug auf das Mietzinsherabsetzungsbegehren für die Wohnung teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid insoweit aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. In Bezug auf das Verkaufslokal wird die Beschwerde sowohl mit Blick auf die Mietzinsherabsetzung als auch die Gültigkeit der Kündigung abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden zu 4/5 der Beschwerdeführerin und zu 1/5 dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'600.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, II. Zivilappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Luczak