Sachverhalt:
A. Der 1960 geborene L._ war als Arbeiter der W._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 30. November 2009 bei der Arbeit von einem Dreitritt auf die linke Schulter stürzte. Der erstbehandelnde Arzt Dr. med. K._ diagnostizierte eine Acromioclavikulargelenksläsion Tossy II-III. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen und sprach mit Verfügung vom 2. März 2011 L._ eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 11 % zu. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 20. Juni 2011 fest.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 7. Dezember 2011 teilweise gut und erhöhte den Invaliditätsgrad auf 16 %.
C. Mit Beschwerde beantragt die SUVA die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Bestätigung ihres Einspracheentscheides.
L._ lässt die Abweisung der Beschwerde beantragen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig ist der Umfang des Anspruchs auf Invalidenrente. Zu prüfen ist dabei die Höhe des Valideneinkommens. Unbestritten sind hingegen die gesundheitlichen Einschränkungen des Versicherten, der Zeitpunkt des Rentenbeginns am 1. April 2011 und die Höhe des Invalideneinkommens von Fr. 61'420.-.
2.1 Im angefochtenen Entscheid werden die Grundsätze zur Ermittlung des Valideneinkommens zutreffend dargelegt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59, 134 V 322 E. 4.1 S. 325 f.). Darauf wird verwiesen.
2.2 Das kantonale Gericht ermittelte das Valideneinkommen wie folgt: Es ging vom 13. Monatslohn des Versicherten im Jahr 2009 in der Höhe von Fr. 5'472.10 aus, weil dieser unterschiedlich hohe Monatslöhne erzielt habe. Diesen Betrag teilte es durch 176 gemäss Art. 41 Abs. 3 des Landesmantelvertrags für das Schweizerische Bauhauptgewerbe (LMV) und ermittelte damit einen Basis-Stundenlohn von Fr. 31.09. Den Anteil des 13. Monatslohns von 8.33 % sowie einen Ferienzuschlag von 13 % addierte es zu diesem Basis-Stundenlohn. Hierauf multiplizierte es den Betrag mit 1'869 Arbeitsstunden (2112 Stunden gemäss Art. 24 Abs. 2 LMV abzüglich der Ferienstunden gemäss Art. 34 Abs. 1 LMV) und kam auf ein Jahreseinkommen von Fr. 70'501.50 im Jahr 2009. Das passte es der Nominallohnentwicklung bis ins Jahr 2011 an. Zusätzlich addierte das kantonale Gericht Lanzen- und Schmutzzulagen in der Höhe von Fr. 675.- und gelangte so zu einem massgeblichen Valideneinkommen von Fr. 72'828.- im Jahr 2011.
2.3 Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, das Vorgehen des kantonalen Gerichts sei nicht korrekt, wenn sie mittels des 13. Monatslohns im Jahr 2009 den Basis-Stundenlohn ermittle. Dieser Basis-Stundenlohn sei für die Berechnung des im Jahr 2011 erzielten Einkommens nicht von Relevanz, weil die Arbeitgeberin, die W._ AG, einerseits diesen Basis-Stundenlohn in der Unfallmeldung für das Jahr 2009 mit Fr. 29.15 angegeben habe. Andererseits betrage gemäss Angaben der Arbeitgeberin der Basis-Stundenlohn im Jahr 2011 Fr. 29.74. Es bestehe kein Anlass, von diesem Wert abzuweichen. Dieser sei klar und spiegle die im Bereich des Üblichen liegende Basis-Stundenlohnentwicklung der letzten Jahre wieder (2009: Fr. 29.15, 2010: Fr. 29.45, 2011: Fr. 29.74). Hierzu sei der Anteil des 13. Monatslohns von Fr. 8.33 % sowie der Ferienzuschlag von 13 % hinzuzurechnen. Diese beiden Werte seien gemäss der Rechtsprechung nicht zum Basis-Stundenlohn zu addieren, wie es die Vorinstanz gemacht habe, sondern zu multiplizieren. Der massgebliche Stundenlohn betrage somit Fr. 36.41. Bei einer jährlichen Arbeitszeit von 2112 Stunden ergebe sich unter Abzug von 243 Stunden Ferien gemäss (Art. 34 Abs. 1 LMV) ein Saldo von effektiv 1869 Arbeitsstunden im Jahr 2011. Der Stundenlohn von Fr. 36.41 sei mit den zu absolvierenden 1869 Arbeitsstunden zu multiplizieren, was ein Jahreseinkommen von Fr. 68'050.- ergebe. Rechne man noch den Lanzen- und Schmutzzuschlag von insgesamt Fr. 675.- hinzu, ergebe dies ein massgebliches Valideneinkommen von Fr. 68'725.- bzw. einen Invaliditätsgrad von 11 %.
2.4 Bei der Ermittlung des Valideneinkommens ist entscheidend, was der Versicherte im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunder tatsächlich verdient hätte (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 325). Zu berücksichtigen ist, dass die Bestimmung des Valideneinkommens ziffernmässig möglichst genau und so konkret wie möglich zu erfolgen hat. Sind Angaben des ehemaligen Arbeitgebers über den hypothetischen Lohn zum Zeitpunkt des Rentenbeginns vorhanden und ist anzunehmen, die versicherte Person sei mit überwiegender Wahrscheinlichkeit weiterhin bei diesem Arbeitgeber tätig gewesen, wäre sie nicht invalid geworden, ist diesen Angaben gegenüber der Aufindexierung früherer Löhne in der Regel den Vorzug zu geben (vgl. RKUV 2005 Nr. U 538 112, U 66/02 E. 4.1.1). Sie sind genauer und besagen, was der Versicherte "tatsächlich" verdient hätte.
Indem die Beschwerdegegnerin sich mit Schreiben vom 16. Dezember 2010 bei der ehemaligen Arbeitgeberin nach dem mutmasslichen Einkommen des Versicherten in den Jahren 2010 und 2011 erkundigte, erweist sich ihr Vorgehen damit als richtig. In der Antwort der ehemaligen Arbeitgeberin vom 20. Dezember 2010 wurden - entgegen dem Einwand des Beschwerdegegners - nicht nur "Grunddaten" angegeben, sondern die effektive Situation berücksichtigt.
2.5 Mit der Beschwerdeführerin ist gemäss Angaben der ehemaligen Arbeitgeberin daher von einem Basis-Stundenlohn von Fr. 29.74 im Jahr 2011 auszugehen. Auch die übrigen Angaben zur Bestimmung des hypothetischen Jahreslohnes des Versicherten wie die jährliche Arbeitszeit (2112 Stunden), die Höhe des Feriengeldes (13 %), des Anteils des 13. Monatslohns (8.33 %), der Lanzen- (Fr. 375.-) und Schmutzzulage (Fr. 300.-), finden sich im Scheiben der ehemaligen Arbeitgeberin vom 20. Dezember 2010.
2.6 Die Berechnung des Valideneinkommens gestaltet sich wie folgt (vgl. Urteile 8C_1028/2009 vom 21. Mai 2010 E. 9.3 und I 379/02 vom 23. Januar 2003 E. 3.2.2 f.): Gemäss Art. 24 Abs. 2 LMV 2008 (gültig im Jahr 2011) betrug die jährliche Arbeitszeit 2112 Stunden (vgl. Bundesratsbeschluss über die Allgemeinverbindlicherklärung des Landesmantelvertrages für das Bauhauptgewerbe, Änderung vom 22. September 2008, BBl 2008, 2336). Dabei handelt es sich um die Bruttoarbeitszeit vor Abzug von Ferien und Feiertagen, da in Art. 24 Abs. 1 LMV die jährliche Arbeitszeit explizit als "Brutto-Sollarbeitszeit (...) vor Abzug der allgemeinen Nichtleistungsstunden" definiert wird. Damit sind von der Jahresarbeitszeit (2112 Stunden) die Ferien (6 Wochen à 40.5 Stunden = 243 Stunden; vgl. Art. 34 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 24 Abs. 2 LMV) zu subtrahieren, während die acht Feiertage gemäss Art. 38 Abs. 1 LMV ausser Betracht fallen, da sie wie normale Arbeitstage zu entschädigen sind (vgl. Art. 38 Abs. 2 LMV). Der Versicherte hätte demnach als Gesunder effektiv 1869 Jahresstunden zu arbeiten. Anzurechnen sind sodann eine Ferienentschädigung von 13 % (Art. 34 Abs. 1 LMV) sowie ein 13. Monatslohn in der Höhe von 8.33 % (Art. 50 Abs. 1 in Verbindung mit Anhang 8 LMV sowie Angaben der ehemaligen Arbeitgeberin vom 20. Dezember 2010). Werden noch die unbestrittenen Lanz- und Schmutzzuschläge von insgesamt Fr. 675.- pro Jahr hinzugerechnet (vgl. Angaben der ehemaligen Arbeitgeberin vom 20. Dezember 2010), ergibt dies für das Jahr 2011 ein massgebliches hypothetisches Valideneinkommen von Fr. 68'717.- (Fr. 29.74 x 1.13 x 1.0833 x 1869 Tage + Fr. 675.-).
Wird dieses Valideneinkommen dem unbestrittenen Invalideneinkommen von Fr. 61'420.- gegenübergestellt resultiert ein Invaliditätsgrad von 10.6 % bzw. aufgerundet 11 %, den die Beschwerdeführerin bereits ihrer Rentenzusprache im Einspracheentscheid vom 20. Juni 2011 zugrunde gelegt hat.
Wird dieses Valideneinkommen dem unbestrittenen Invalideneinkommen von Fr. 61'420.- gegenübergestellt resultiert ein Invaliditätsgrad von 10.6 % bzw. aufgerundet 11 %, den die Beschwerdeführerin bereits ihrer Rentenzusprache im Einspracheentscheid vom 20. Juni 2011 zugrunde gelegt hat.
2.7 2.7.1 Im Gegensatz zur Auffassung des Beschwerdegegners spricht der Umstand, dass die Auskunft der ehemaligen Arbeitgeberin vom 20. Dezember 2010 über den Lohn des Versicherten im Jahr 2010 und 2011 per E-Mail erfolgte und keine Unterschrift sowie keinen Firmenstempel enthält, noch nicht gegen die Verwertung dieser Informationen. Hinweise, dass diese Angaben nicht von der ehemaligen Arbeitgeberin stammen, werden nicht geltend gemacht und sind auch sonst nicht ersichtlich. Im Rahmen der freien Beweiswürdigung ist daher davon auszugehen, dass die Ausführungen im E-Mail der ehemaligen Arbeitgeberin auch von dieser stammen.
2.7.2 Wie die Vorinstanz zutreffend festhielt, sind aus den Akten keine Anhaltspunkte ersichtlich, wonach der Versicherte in der Vergangenheit regelmässig Überstunden geleistet hat. Die vom Beschwerdegegner behaupteten Überstunden wurden im kantonalen Verfahren noch nicht geltend gemacht und sind damit grundsätzlich nicht zu berücksichtigen (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG). Im Übrigen kann auch dem Lohnkonto des Jahres 2009 nicht entnommen werden, dass regelmässig Überstunden geleistet wurden. Zuschläge für Überzeit betrugen gemäss dem Lohnkonto für das ganze Jahr 2009 insgesamt lediglich Fr. 247.75. Der ausbezahlte Stundenlohn war in den Sommermonaten zwar tatsächlich tendenziell höher. Dies wurde aber durch eine in der Baubranche übliche, tiefere Arbeitsstundenanzahl in den Monaten Januar, Februar und Dezember ausgeglichen. Auf die ausdrückliche Nachfrage der Beschwerdeführerin vom 16. Dezember 2010 hin nach dem regelmässigen Bezug von Überstundenentschädigung erwähnte die ehemalige Arbeitgeberin am 20. Dezember 2010 keine solche. Wenn das kantonale Gericht beim Valideneinkommen keine regelmässig geleisteten Überstunden berücksichtigte, ist dies somit nicht zu beanstanden.
2.8 Insgesamt erweist sich die von der Beschwerdeführerin mit Einsprache vom 20. Juni 2011 zugesprochene Invalidenrente der Unfallversicherung bei einem Invaliditätsgrad von 11 % als rechtens. In Gutheissung der Beschwerde ist demgemäss der Entscheid der Vorinstanz aufzuheben.
3. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdegegner als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 7. Dezember 2011 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. April 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Grunder