Stiftungsaufsicht, hat sich ergeben:
A.- Auf Ersuchen des Eidgenössischen Departements des Innern (EDI) in seiner Funktion als eidgenössische Stiftungsaufsicht stellte die Vormundschaftsbehörde Zollikon die Stiftung Rau für die Dritte Welt (nachfolgend: Drittweltstiftung) gestützt auf <ref-law> unter Beistandschaft (Verfügung vom 22. Juli 1998). Zum Beistand wurde Rechtsanwalt Dr. Dieter Hug, Zollikon, ernannt.
Nachdem das Amtsgericht Baden-Baden (BRD) ein Begehren um Bestellung eines Betreuers für den Stifter und Stiftungsratspräsidenten Dr. Gustav Rau abgelehnt und vorfrageweise dessen Geschäftsfähigkeit festgestellt hatte (Beschluss vom 20. September 2000), forderte dieser den Beistand zum sofortigen Rücktritt auf (Schreiben vom 30. November 2000). Das EDI ersuchte den Beistand, sich zu diesem Begehren zu äussern und teilte zugleich mit, es beabsichtige, ihn baldmöglichst durch eine anerkannte Revisionsgesellschaft zu ersetzen (Schreiben vom 4. Dezember 2000). Dieter Hug stellte dem EDI am 15. Dezember 2000 Antrag auf Aussetzung der Frist zur Stellungnahme, bis über ein Ausstandsbegehren der CrelonaStiftung gegen das EDI entschieden sei; eventualiter ersuchte er um Fristerstreckung. Gleichentags gelangte Gustav Rau erneut an das EDI mit dem Begehren um sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost und Prof. Alexander de Beer, um Ernennung von Dietrich Stettler, Dr. Lukas Imark und René Peterhans zu Stiftungsräten und um Anweisung der Vormundschaftsbehörde Zollikon, die Beistandschaft unverzüglich aufzuheben.
Am 20. Dezember 2000 antwortete das EDI Dieter Hug, das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) habe seines Wissens bereits mitgeteilt, dass die Behandlung eines Ausstandsbegehrens in die Zuständigkeit des Bundesrates falle, und erstreckte die Frist zur Stellungnahme letztmals bis zum 5. Januar 2001. Unter diesem Datum stellte Dieter Hug den Antrag, das EDI habe in den Ausstand zu treten, eventuell sei das Begehren von Gustav Rau nicht an die Hand zu nehmen bzw.
abzuweisen.
B.- Daraufhin erliess das EDI am 26. Februar 2001 eine Verfügung, worin es die Vormundschaftsbehörde von Zollikon anhielt, Dieter Hug als Beistand unverzüglich abzuberufen und ihn anzuweisen, sämtliche Akten betreffend die Drittweltstiftung dem neuen Stiftungsrat zu übergeben (Ziff. 1). Weiter ordnete es die sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost und Alexander de Beer an und ernannte Dietrich Stettler, Lukas Imark und René Peterhans zu neuen Stiftungsräten (Ziff. 2). Mit Ziff. 3 der Verfügung wurde das Handelsregisteramt Zürich angewiesen, die entsprechenden Eintragungen im Handelsregister vorzunehmen, und in Ziff. 4 wurde die Vormundschaftsbehörde um sofortige Aufhebung der Beistandschaft für die Drittweltstiftung ersucht. Einer allfälligen Beschwerde gegen die Verfügung entzog das EDI die aufschiebende Wirkung (Ziff. 7).
C.- Mit Eingaben vom 26. Februar und 28. März 2001 führen die Drittweltstiftung und Dieter Hug Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag um Feststellung der Nichtigkeit der Verfügung vom 26. Februar 2001, eventuell um Aufhebung dieser Verfügung. Im Weiteren ersuchen die Beschwerdeführer, die aufschiebende Wirkung der Beschwerde sei wiederherzustellen bzw. zu gewähren.
Nachdem der Präsident der II. Zivilabteilung dem EDI, dem Handelsregisteramt Zürich und Fürsprecher Dietrich Stettler Gelegenheit eingeräumt hatte, sich zum Gesuch zu äussern, wurde der Verwaltungsgerichtsbeschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt (Verfügung vom 16. März 2001).
D.- Das EDI schliesst in seiner Vernehmlassung vom 30. April 2001 auf Abweisung der Beschwerde.
Dietrich Stettler beantragt dem Bundesgericht mit Eingabe vom 30. April 2001, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten, eventuell die Beschwerde abzuweisen.
Einem Ersuchen der Beschwerdeführer vom 7. Mai 2001, sich zu neuen Vorbringen in den Stellungnahmen vom 30. April 2001 äussern zu können, hat der Instruktionsrichter mit Verfügung vom 9. Mai 2001 entsprochen. Die zusätzliche Stellungnahme ist am 22. Mai 2001 eingereicht worden. Anschliessend haben auch das EDI und Dietrich Stettler Gelegenheit zu einer zweiten Äusserung erhalten (Verfügung vom 8. Juni 2001).
Dietrich Stettler hat seine zusätzliche Stellungnahme am 13. Juni 2001 eingereicht; das EDI antwortete mit Eingabe vom 22. Juni 2001.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gegen Verfügungen des EDI als Aufsichtsbehörde ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig (Art. 97 Abs. 1 OG i.V.m. <ref-law> und Art. 98 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen). Die Drittweltstiftung ist als Verfügungsadressatin zur Beschwerde befugt und durch den immer noch amtierenden und im Handelsregister als zeichnungsberechtigt eingetragenen Beistand, den Beschwerdeführer 2, rechtsgültig vertreten. Dieser ist durch die angefochtene Verfügung persönlich ebenfalls berührt und in schutzwürdigen Interessen betroffen (Art. 103 lit. a OG), da das EDI Anordnungen erlassen hat, die seine Rechtsstellung betreffen. Die Argumentation von Dietrich Stettler, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei überhaupt nicht einzutreten, weil keine schutzwürdigen Interessen berührt seien, geht deshalb fehl.
Dietrich Stettler wäre im Falle der Gutheissung der Beschwerde seinerseits in seiner Rechtsstellung betroffen; er ist daher zumindest als Beteiligter im Sinne von Art. 110 Abs. 1 OG zur Ausübung von Parteirechten befugt.
b) Ungeachtet der Bezeichnung eines Verwaltungsak- tes sind nur auf öffentliches Recht des Bundes gestützte Anordnungen anfechtbar, mit denen im Einzelfall Rechte oder Pflichten begründet, geändert oder aufgehoben werden, oder mit denen das Bestehen, Nichtbestehen oder der Umfang von Rechten oder Pflichten festgestellt wird, oder mit denen Abweisung oder Nichtanhandnahme von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten beschlossen wird (Art. 97 Abs. 1 OG i.V.m. <ref-law>). Die Verfügung vom 26. Februar 2001 enthält zu einem wesentlichen Teil keine derartigen Anordnungen. So hat das EDI mit Ziff. 1 und Ziff. 4 der Verfügung nicht im Sinne von <ref-law> verfügt, sondern bloss die Vormundschaftsbehörden von Embrach eingeladen ("angehalten") bzw.
ersucht, dies zu tun. Das Vorgehen des EDI leuchtet denn auch ohne weiteres ein, weil das Departement als Stiftungsaufsichtsbehörde auf dem Gebiet des Vormundschaftsrechts keine Kompetenzen hat (<ref-law>; nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts [5A. 6/1999] vom 12. Juli 1999).
Insofern ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2.- Die Beschwerdeführer betrachten die angefochtene Verfügung als nichtig bzw. rechtswidrig, weil das EDI trotz ihres Ausstandsbegehrens vom 5. Januar 2001 verfügt habe. Das EDI hätte entweder von sich aus in den Ausstand treten oder das Ausstandsbegehren der Aufsichtsbehörde zum Entscheid vorlegen müssen; jedenfalls habe es vorerst nicht mehr verfügen dürfen. Zusätzlich zu den im Begehren genannten Gründen belegten weitere Gründe die Befangenheit des EDI. Da die Crelona-Stiftung gegen die Eidgenossenschaft (beim EFD) ein Schadenersatzbegehren über einen Betrag von Fr. 266 Mio. eingereicht habe, weil das EDI 95 Bilder der Collection Rau ohne ausreichende Ermächtigung und Sicherung nach Japan ausgeliehen habe, seien die Beamten des EDI befangen; sie könnten nur noch daran interessiert sein, Standpunkte zu vertreten, mit denen die rechtlichen Verhältnisse mit den tatsächlichen in Übereinstimmung gebracht würden, d.h. mit der Aushändigung der 95 Bilder an die Entourage von Gustav Rau. Die Drittweltstiftung mache zwischenzeitlich Eigentumsansprüche an sechs Bildern von Claude Monet gegen die Kunststiftung geltend, und sie sei auch als Eigentümerin von drei Bildern von Ferdinand Hodler beim Schweizerischen Institut für Kunstwissenschaft als Eigentümerin vermerkt. Sodann wäre die Zustimmung der monegassischen Behörden zur Ausleihe erforderlich gewesen.
Da die Bilder heute ausserhalb des Einflussbereichs der Kunststiftung seien, was das EDI zu vertreten habe, bestehe die Gefahr, dass die Kunststiftung die bei ihr hinterlegten Bilder dem Berechtigten - wer immer dies sei - nicht mehr herausgeben könne. Befangen sei das EDI bzw. sein Mitarbeiter Bruno Ferrari auch, weil der Beschwerdeführer 2 in der angefochtenen Verfügung der Obstruktion bezichtigt worden sei, weil bezüglich angeblich ausstehender Jahresrechnungen ungeprüft auf die Behauptung Dritter abgestellt worden sei, und weil den Beschwerdeführern das rechtliche Gehör vorsätzlich verweigert worden sei.
Ihr Ausstandsbegehren vom 5. Januar 2001 hatten die Beschwerdeführer damit begründet, dass sich das EDI zum Spielball von Gustav Rau bzw. seines Umfeldes gemacht habe.
Dies belegten die Beschwerden der Kunststiftung und die Umstände, dass das EDI den Antrag von Gustav Rau in seiner Eingabe vom 30. November 2000 (Ersetzen des Beistandes) zu seiner eigenen Absicht gemacht habe, dass es das von ihm selber bei Dr. Ambühl eingeholte Gutachten vom 22. November 2000 über den Gesundheitszustand von Gustav Rau unterdrückt bzw. unberücksichtigt gelassen habe, und dass es ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz vom 22. November 2000 dem Umfeld Rau umgehend, den Beschwerdeführern aber erst auf Anfrage vom 7. Dezember 2000 hin zugestellt habe. Das EDI bzw. sein Mitarbeiter Bruno Ferrari sei auch befangen, weil dieser sich vorwurfsvoll darüber geäussert habe, dass das Fristerstreckungsgesuch erst am letzten Tag der Frist gestellt worden sei. Bundesrätin Ruth Dreifuss und die Generalsekretärin des EDI, Cornelia Kaufmann, seien überdies voreingenommen, weil sie die Ausleihe der Bilder der Collection Rau bewilligt hätten und nun seitens der Ausleiher die Ungültigkeit des Ausleihvertrages geltend gemacht werde, die Bilder nicht in die Schweiz zurückgekehrt seien, einzelne Bilder unter Hinweis auf Raubkunst beschlagnahmt und weitere Bildausleihen bewilligt worden seien. Bezüglich des hängigen Ausstandsbegehrens der Crelona-Stiftung sei den Beschwerdeführern seitens des EFD keine Antwort zugegangen, und das EDI, das von diesem Begehren Kenntnis habe, unterlasse es, dafür besorgt zu sein, dass darüber entschieden werde.
a) Gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. a und d VwVG haben Personen, die eine Verfügung zu treffen oder vorzubereiten haben, in den Ausstand zu treten, wenn sie in der Sache ein persönliches Interesse haben oder aus anderen Gründen befangen sein könnten. Auf Befangenheit ist zu schliessen, wenn Umstände vorliegen, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit der betreffenden Person zu erwecken. Dabei ist ein objektiver Massstab anzulegen; auf subjektive Empfindungen kommt es nicht an (statt vieler <ref-ruling> E. 2b S. 187; <ref-ruling> E. 5b S. 465 f.). Zu beachten ist auch, dass die für Gerichte geltenden Anforderungen nicht unbesehen auf Verwaltungsbehörden übertragen werden können. Die verwaltungsinterne Rechtspflege vermag ihrer Natur nach nicht die gleichen prozessualen Garantien zu bieten wie die Rechtsprechung durch unabhängige Gerichte. Nicht zuletzt die systembedingten Unzulänglichkeiten der Rechtspflege durch Verwaltungsbehörden haben zur Schaffung unabhängiger Verwaltungsgerichte geführt (vgl. etwa Arthur Haefliger, Alle Schweizer sind vor dem Gesetze gleich, Bern 1985, S. 155 f.; <ref-ruling> E. 8a S. 217 f. mit Hinweisen; ausführlich ZBl. 100/1999 S. 76 f., 99/1998 S. 291 f.). Im Vordergrund steht bei Verwaltungsbehörden daher die Befangenheit aus persönlichem Interesse (Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl. Zürich 1998, Rz. 251).
Ist der Ausstand streitig, so entscheidet darüber die Aufsichtsbehörde, zweckmässigerweise in der Form einer selbständig anfechtbaren Zwischenverfügung (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Indessen gilt dieser Grundsatz nicht ausnahmslos, ebenso wenig wie das Prinzip, wonach bei Kollegialbehörden diejenige Person, gegen die ein Ausstandsbegehren gerichtet ist, am Entscheid darüber nicht mitwirken soll (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 476 f., 105 Ib 301 E. 1). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 26 Abs. 1 OG, die für <ref-law> analog heranzuziehen ist (nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts [2A. 305/1989] vom 5. Februar 1990, E. 3c), besteht bei Anrufung offensichtlich untauglicher Ausstandsgründe weder ein Anspruch auf Durchführung eines Ausstandsverfahrens noch gilt das Mitwirkungsverbot (<ref-ruling> S. 279, 105 Ib 301 E. 1c und d). Im Übrigen fällt auch die Heilung allfälliger Mängel bei der Prüfung von Ausstandsbegehren in Betracht, wenn dem Bundesgericht - wie hier - freie Prüfung zusteht (nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts [2A. 305/1989] vom 5. Februar 1990, E. 3c).
b) Soweit die Beschwerdeführer ihr Ausstandsbegehren vom 5. Januar 2001 mit pauschalen Hinweisen auf Rechtsschriften in anderen Verfahren begründeten, brauchte das EDI nicht darauf einzutreten; solche Verweise sind grundsätzlich unbeachtlich (<ref-ruling> E. 1 S. 288). Offensichtlich untauglich war auch die Argumentation, das EDI dürfe nicht mehr verfügen, nachdem es von anderen Parteien in anderen Verfahren abgelehnt worden sei. <ref-law> bezieht sich nur auf den im interessierenden Verfahren streitigen Ausstand.
Auf einen von vornherein untauglichen Ausstandsgrund berufen sich die Beschwerdeführer ferner, wenn sie gegen den stellvertretenden Generalsekretär des EDI, Bruno Ferrari, vorbringen, dieser habe in seinem Schreiben vom 20. Dezember 2000 "vorwurfsvoll" ausgeführt, sie hätten an Stelle einer Stellungnahme am letzten Tag der Frist ein Fristverlängerungsgesuch eingereicht. Mit dieser Passage rekapitulierte der Mitarbeiter des EDI bloss (und unbestrittenermassen korrekt), was sich tatsächlich ereignet hatte. Ob dies vorwurfsvoll gemeint war oder nicht, kann nicht interessieren, da sich der Mitarbeiter neutraler Ausdrücke bediente und jeglicher persönlicher Stellungnahme enthielt. Nur wegen der Auflistung der jüngsten Ereignisse konnte er aber von vornherein nicht als befangen gelten.
Weshalb es auf Befangenheit des EDI hindeuten sollte, wenn dieses im Zuge der Gewährung des rechtlichen Gehörs (Schreiben vom 4. Dezember 2000 an den Beistand) auf die in Aussicht genommene Massnahme hinwies, ist sodann unerfindlich.
Solche Hinweise sind durchaus nützlich und üblich, und sie liegen sogar oft im Interesse der Betroffenen, weil diese auf die zentralen Punkte aufmerksam gemacht und dadurch in die Lage versetzt werden, gezielt Stellung zu nehmen. Ebenso wenig kann eine Behörde bereits deshalb als befangen gelten, weil sie ein von ihr in Auftrag gegebenes Gutachten später als nicht entscheidrelevant betrachtet und darauf keinen Bezug nimmt. Konkret konnte das EDI die medizinischen Ausführungen von Dr. Ambühl zum Gesundheitszustand von Gustav Rau als nicht weiter interessierend beurteilen, ohne sich deswegen dem Vorwurf der Befangenheit auszusetzen, nachdem die Rechtsfrage der Anerkennung eines bundesdeutschen Gerichtsbeschlusses zur Geschäftsfähigkeit von Gustav Rau als entscheidend erachtet und dem Bundesamt für Justiz zur Abklärung unterbreitet worden war. Das gilt auch unter dem Gesichtswinkel des Ordre public, da nicht zu erkennen ist, inwiefern dieser verletzt werden könnte, wenn ein ausländisches Gericht einer medizinischen Begutachtung folgt, die von einer selber eingeholten abweicht. Die Vorhaltungen der Beschwerdeführer laufen darauf hinaus, dass die Beschwerdeführer das EDI als befangen bezeichnen, weil es nicht in ihrem Sinne instruiert bzw. verfügt hat. Ein ungünstiger Entscheid oder Instruktionshandlungen in eine andere als die gewünschte Richtung aber können noch keine Befangenheit begründen (<ref-ruling> S. 279).
Soweit die Beschwerdeführer auf Befangenheit von Bundesrätin Ruth Dreifuss und der Generalsekretärin des EDI, Claudia Kaufmann, schliessen, sind ihre Rügen ebenfalls von vornherein unerheblich: Es wird nicht einmal geltend gemacht, geschweige denn aufgezeigt, dass diese beiden Personen an der interessierenden Verfügung mitgewirkt haben, und eine solche Mitwirkung ergibt sich auch nicht aus den Akten. Im Übrigen sind die gegen die Departementsspitze gerichteten Ausführungen im Ausstandsbegehren vom 5. Januar 2001 vollständig unbelegt, soweit sie überhaupt auf Voreingenommenheit hindeuten könnten. Klarerweise kann sich eine solche zudem mit Bezug auf die Drittweltstiftung nicht bereits daraus ergeben, dass der Dr. Rau'schen Kunststiftung nach der Japanausleihe weitere Bilderausleihen erlaubt worden sind.
Mit Befangenheit in Zusammenhang gebracht werden konnte somit nur der Vorwurf, das Gutachten des Bundesamtes für Justiz vom 22. November 2000 sei dem Umfeld Rau sofort, den Beschwerdeführern aber erst auf entsprechende schriftliche Anfrage vom 7. Dezember 2000 hin zugestellt worden. Ein solches Vorkommnis - sollte es sich tatsächlich so zugetragen haben, was offen bleiben kann - mag zwar unschön sein, reicht aber nicht aus, um auf Befangenheit eines Mitarbeiters oder gar eines ganzen Departements zu schliessen. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung lässt sich aus Prozesshandlungen allein - seien sie richtig oder falsch - noch kein objektiv begründeter Anschein der Befangenheit ableiten (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 264).
Es ergibt sich, dass die Vorwürfe in der Eingabe vom 5. Januar 2001 das EDI bzw. seinen verantwortlichen Mitarbeiter grösstenteils nicht dazu veranlassen mussten, ein Ausstandsverfahren durchzuführen und das Verfahren einstweilen auszusetzen. Soweit die geltend gemachten Befangenheitsgründe nicht als von vornherein untauglich bezeichnet werden müssen, sind allfällige Verfahrensmängel derart unbedeutend, dass sie als im vorliegenden Verfahren geheilt gelten können. Dies nicht zuletzt auch mit Blick auf den Umstand, dass die Beschwerdeführer ihr Ausstandsbegehren erst am letzten Tag der verlängerten Vernehmlassungsfrist stellten, obwohl ihnen die gerügten Vorkommnisse zum grössten Teil seit längerem bekannt waren.
c) In ihrer Verwaltungsgerichtsbeschwerde erheben die Beschwerdeführer weitere Vorwürfe, die belegen sollen, dass das EDI befangen war. Soweit sie diese Vorhaltungen mit Schreiben begründen, mit denen sie im März 2001 verschiedene ausgeliehene Bilder zu Eigentum beansprucht haben, vermögen sie freilich eine Befangenheit des EDI im Verfügungszeitpunkt (26. Februar 2001) von vornherein nicht darzutun. Im Weiteren mag das EDI mit der Bewilligung der Ausleihe von Bildern, die bei der Kunststiftung hinterlegt waren bzw. sind und an denen das Eigentum zwischen Gustav Rau und der Crelona-Stiftung umstritten ist, zwar gewisse Risiken eingegangen sein. Indessen ist die Bilderausleihe für die Kunststiftung mit beträchtlichen Einnahmen verbunden, die wegen der Kosten einer sicheren Aufbewahrung der hinterlegten Kunstgegenstände keineswegs nebensächlich sind. Zudem gehört die Förderung der bildenden Künste, namentlich durch Errichtung einer Kunstsammlung und Schaffung von Kunstzentren im In- und Ausland, zum Zweck der Kunststiftung (Art. 2 der Stiftungsurkunde); daraus kann zwanglos abgeleitet werden, dass die Werke im Besitz der Kunststiftung der in- und ausländischen Öffentlichkeit auch zugänglich gemacht werden sollen. Jedenfalls kann aus dem Umstand, dass das EDI die sog. Japanausleihe und daran anschliessend weitere Ausleihen eines Teilbestandes der Kunststiftung an ausländische Veranstalter bewilligt hat, nicht geschlossen werden, das EDI sei voreingenommen, weil es nun bestrebt sein müsse, alles zu unternehmen, um den Kunstbestand Gustav Rau zuzuführen, da ein allfälliger anderer Eigentümer die Kunstwerke nicht mehr erhältlich machen könne.
Für eine solche Annahme finden sich keine konkreten Hinweise.
Der Umstand, dass die Crelona-Stiftung gegen die Eidgenossenschaft ein Schadenersatzbegehren im Betrag von Fr. 266 Mio.
eingereicht hat, ändert daran nichts, umso weniger, als bisher kein Entscheid ergangen ist, in dem die Schadenersatzpflicht des Bundes bejaht wurde. Fehl geht ausserdem die Behauptung, die Ausleihe hätte nur mit Erlaubnis der monegassischen Behörden erfolgen dürfen (vgl. zum Umfang der in Monaco getroffenen, mittlerweile aufgehobenen vormundschaftlichen Massnahmen für Gustav Rau; nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts [5P. 100/2001] vom 9. April 2001, E. 2c mit Hinweis auf den nicht veröffentlichten Entscheid [5A. 22/1998] vom 8. Oktober 1999).
Dass das EDI das Verhalten des Beschwerdeführers 2 zusammengefasst als Obstruktion bezeichnet hat (Verfügung S. 5), ist erkennbar zur Begründung der verfügten Massnahmen erfolgt und lässt daher nur auf eine negative Bewertung der Aktivitäten des Beistands, nicht aber auf Voreingenommenheit schliessen (vgl. oben E. 2a). Hinsichtlich der Weisung an die neuen Stiftungsräte, die ausstehenden Berichte und Jahresabschlüsse zu erstellen bzw. zu prüfen und für eine einwandfreie Geschäftsführung zu sorgen, hat das EDI Vorsichtsmassnahmen getroffen, die im Rahmen seiner aufsichtsrechtlichen Kompetenzen liegen; selbst wenn sie sich im Nachhinein als nicht erforderlich erweisen sollten, kann damit keine Befangenheit des Departements begründet werden, da eine vorsichtige oder sogar übervorsichtige Haltung der Aufsichtsbehörde angesichts des offensichtlich gestörten Vertrauensverhältnisses zum Stiftungsbeistand objektiv erklärbar ist. Mit Bezug auf den Vorwurf der Gehörsverweigerung kann auf die nachstehenden Ausführungen (E. 4) verwiesen werden; Befangenheit ergibt sich auch daraus nicht.
Endlich vermögen die Hinweise der Beschwerdeführer auf das Kurzprotokoll der Besprechung vom 23. November 2000 zwischen den Rechtsvertretern von Gustav Rau und Vertretern des EDI sowie der Direktion für Völkerrecht ebenfalls nicht objektiv begründete Zweifel an der nötigen Unvoreingenommenheit des EDI zu wecken. Aus dem Protokoll ergibt sich, dass Behörden- und Rechtsvertreter durchaus nicht in allen Punkten gleicher Ansicht waren. Als Beleg für das Gefügigmachen des EDI, des Eidgenössischen Departements des Äussern (EDA) und des Bundesamts für Justiz kann das Protokoll bei objektiver Betrachtung nicht bezeichnet werden. Dass nebst dem Informationsaustausch auch angestrebt wurde, auf dem Gesprächsweg Einigkeit in offenen Fragen zu erzielen, entspricht der Zielsetzung solcher Besprechungen und begründet für sich noch keine Voreingenommenheit; ein vergleichbares Treffen fand im Übrigen kurz zuvor auch mit den Stiftungsbeiständen und Vertretern der Vormundschaftsbehörden statt. Es kann daher auch nicht von einseitiger Kontaktnahme gesprochen werden. Unzutreffend ist zudem die Behauptung der Beschwerdeführer, das Protokoll belege, dass die Erlaubnis der Ausleihe von 95 Bildern nach Paris die Gegenleistung für das Zurückziehen der Strafanzeigen gegen drei Mitarbeiter des EDI darstelle. Auf S. 4 des Protokolls wird bloss festgehalten, Dietrich Stettler habe daran erinnert, dass ein Mitarbeiter des EDI im Zusammenhang mit der sog. Senatsausleihe den Rückzug der Strafanzeigen verlangt habe. Von einem Gegengeschäft oder gar einem Erkaufen des Rückzugs ist nicht die Rede.
3.- Die Beschwerdeführer betrachten die angefochtene Verfügung auch als nichtig, weil das EDI das Handelsregisteramt angewiesen hat, die Unterschriftsberechtigungen entsprechend dem neu zusammengesetzten Stiftungsrat einzutragen und die Berechtigung des Beistandes zu löschen (Ziff. 3 der Verfügung). Sie weisen darauf hin, dass das EDI für eine solche Anordnung nicht zuständig sei. Ebenso wenig habe es die Neuzusammensetzung des Stiftungsrates verfügen dürfen, da sich der Stifter die Ernennung der Stiftungsratsmitglieder in Art. 5 Abs. 3 der Statuten vorbehalten habe.
a) Nach einem allgemeinen Grundsatz führt eine Gesetzesverletzung nur dann zur Nichtigkeit, d.h. absoluten Unwirksamkeit der betreffenden Handlung, wenn dies im Gesetz ausdrücklich vorgesehen ist oder sich aus Sinn und Zweck der verletzten Norm ergibt. Nichtigkeit wird nur in Ausnahmefällen angenommen, wenn Umstände vorliegen, in denen das System der Anfechtungsmöglichkeit offensichtlich nicht den nötigen Schutz verleiht (<ref-ruling> E. 3a/aa; <ref-ruling> E. 1a S. 159). Um Nichtigkeit zu begründen, muss der Mangel, der einer Verfügung anhaftet, deshalb besonders schwer und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar sein; zudem darf durch die Annahme der Nichtigkeit die Rechtssicherheit nicht ernsthaft gefährdet werden (<ref-ruling> E. 2c S. 219).
Materielle Mängel führen nur in seltenen Ausnahmefällen zur Nichtigkeit einer Verfügung oder eines Entscheids. Umgekehrt können schwere Verfahrensfehler sowie die offensichtliche Unzuständigkeit der Behörde, die den fehlerhaften Verwaltungsakt erlassen hat, die Nichtigkeit zur Folge haben (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 99; <ref-ruling> E. 3g S. 48, mit Hinweisen auf die Lehre).
b) Es trifft zu, dass das EDI keine Eintragungen im Handelsregister vornehmen kann. Vorbehalten bleibt stets die Prüfung der Eintragungsvoraussetzungen durch den Registerführer (Prüfungspflicht; <ref-law>; Art. 21 Abs. 1 der Handelsregisterverordnung vom 7. Juni 1937 [HRegV; SR 221. 411]). Er allein nimmt Eintragungen vor (<ref-law>). Indessen können Gerichte und Verwaltungsbehörden im Rahmen ihrer Zuständigkeit über die materiellen Voraussetzungen zur Eintragung in das Handelsregister entscheiden, mit der Folge, dass die Prüfung der materiellen Eintragungsvoraussetzungen für den Registerführer insoweit weitgehend entfällt und auf die formellen Voraussetzungen beschränkt bleibt (vgl. zur Prüfungspflicht des Handelsregisterführers <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen; Martin Eckert, Basler Kommentar, N. 1 ff. zu <ref-law>; Rolf Bär, Kognitionsbefugnisse des Handelsregisterführers, BN 1978 S. 410 ff.). In diesem Sinne kann die interessierende Anordnung des EDI denn auch verstanden werden: Mit seiner "Anweisung" an das Handelsregisteramt hat das EDI nicht selber eine Eintragung im Handelsregister vorgenommen oder vornehmen wollen, sondern bloss über die materiellen Voraussetzungen zur Änderung der Registereintragung betreffend die Unterschriftsberechtigung befunden; sein Vorgehen steht insoweit durchaus mit den einschlägigen Vorschriften im Einklang (vgl. <ref-law>). Zwar lag die Aufhebung der Beistandschaft ausserhalb des Zuständigkeitsbereichs des EDI. Zur Regelung der Vertretungs- und Unterschriftsberechtigung innerhalb des gesetzlichen Rahmens (vgl. Art. 393 Ziff. 4 i.V.m. <ref-law>) war das Departement als Stiftungsaufsichtsbehörde jedoch kompetent. Zudem ist die Anweisung zur unverzüglichen Löschung der Unterschriftsberechtigung des Beistandes im Zusammenhang mit den weiteren Anordnungen und Mitteilungen in der Verfügung vom 26. Februar 2001 zu betrachten, insbesondere mit der Anzeige und Aufforderung an die Vormundschaftsbehörde, die Verbeiständung sei aus Sicht der Stiftungsaufsicht obsolet und unverzüglich aufzuheben (Ziff. 1a und 4 der Verfügung). Da das EDI davon ausgehen konnte, dass die Vormundschaftsbehörde Zollikon die der neuen Situation entsprechenden Anordnungen ohne Verzug treffen werde, kann die Löschungsanweisung überdies zwanglos so verstanden werden, dass sie darauf abgestimmt - und in diesem Sinne "unverzüglich" - zu vollziehen sei. So gesehen erscheint die Anordnung des EDI als hinreichend abgestützt, und es kann weder von Nichtigkeit noch von Rechtswidrigkeit die Rede sein.
Daran ändert der Umstand nichts, dass die Zeichnungsberechtigung des neu zusammengesetzten Stiftungsrates mit ihrer sofortigen Eintragung im Handelsregister neben diejenige des Beistandes treten könnte, solange dessen Abberufung nicht feststeht. Eine solche Doppelzuständigkeit und die damit verbundene Gefahr kollidierender Handlungen ist dem Institut der Beistandschaft eigen (Yvo Biderbost, Basler Kommentar, N. 22 f. zu <ref-law>). Diese hat auf die Handlungsfähigkeit der verbeiständeten Person grundsätzlich keinen Einfluss (<ref-law>). Der Verbeiständete hat somit - auch hinsichtlich der Prozessfähigkeit - den gleichen Status wie vor der Anordnung der Beistandschaft, wenn nichts anderes verfügt worden ist oder sich aus der Natur der Verbeiständung ergibt (Biderbost, a.a.O., N. 1 und 12 zu <ref-law>). Die alleinige Vertretungsbefugnis des Stiftungsbeistandes ist daher zwar gegeben, wenn einer Stiftung die erforderlichen Organe fehlen (<ref-law>). Sie ist aber nicht zwingend in besonderen Fällen weiter Auslegung dieser Vorschrift bzw. analoger Anwendung von <ref-law>, wozu auch der vorliegende Fall gehört (vgl. <ref-ruling> E. 3 und 4 S. 500 ff., mit Verweisungen). Gewiss mag eine Doppelzuständigkeit bei fehlendem Einvernehmen wenig sinnvoll sein (vgl. Biderbost, a.a.O., N. 24 f. zu <ref-law>; zur Massgeblichkeit widersprechender Willenserklärungen in solchen Fällen: nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts [5P. 121/2001] vom 22. Mai 2001, E. 3c). Rechtswidrig ist eine aufsichtsrechtliche Anordnung mit solcher (Neben-) Wirkung jedoch nicht.
c) Mit der Abberufung der beiden Stiftungsratsmitglieder Sigrid Thost sowie Alexander de Beer und der Ernennung von Dietrich Stettler, Lukas Imark und René Peterhans zu Stiftungsräten hat das EDI einem Antrag des Stifters Gustav Rau entsprochen (vgl. dessen Eingabe vom 15. Januar 2001 an das EDI). Nachdem das EDI aufsichtsrechtlich eingeschritten war und veranlasst hatte, dass die Zeichnungsberechtigung des Stifters und Stiftungsratspräsidenten gelöscht wurde, und mit Blick auf den Umstand, dass der Beistand die Handlungsfähigkeit von Gustav Rau auch nach Ergehen des Beschlusses des Amtsgerichts Baden-Baden bestritt, erscheint es nur nahe liegend und folgerichtig, dass dieser die personellen Wechsel im Stiftungsrat nicht selber vornahm, sondern nur seine Wünsche äusserte und es der Aufsichtsbehörde überliess, die entsprechenden Anordnungen zu treffen. Bei anderer Vorgehensweise hätte er sich den Vorwürfen der Uneinsichtigkeit und des eigenmächtigen Handelns ausgesetzt. Das Vorgehen des Stifters kann auch zwanglos als (zeitweiliger) Verzicht auf die Ausübung seines Ernennungs- und Abberufungsrechts (vgl.
Art. 5 Abs. 3 der Stiftungsurkunde), verbunden mit dem Begehren, aufsichtsrechtlich das Erforderliche anzuordnen, verstanden werden. Die darauf gestützte Anordnung des EDI erweist sich jedenfalls ohne weiteres als rechtens.
4.- Die Beschwerdeführer schliessen sodann auf Rechtswidrigkeit der angefochtenen Verfügung, weil das EDI sie zur Eingabe von Gustav Rau vom 15. Januar 2001 nicht angehört und ihnen dadurch das rechtliche Gehör verweigert habe. Dies wiege umso schwerer, weil die Gehörsverweigerung auch gegenüber der Vormundschaftsbehörde Zollikon begangen worden sei.
Der Vorwurf der Gehörsverweigerung ist im Zusammenhang mit der Sitzung vom 10. November 2000, der Rücktrittsaufforderung von Gustav Rau an den Stiftungsbeistand vom 30. November 2000 und dem Schreiben des EDI an den Stiftungsbeistand vom 4. Dezember 2000 zu beurteilen. An der erwähnten Sitzung hat das EDI den Beistand über den Beschluss des Amtsgerichts Baden-Baden vom 20. September 2000 orientiert, dessen Tragweite - auch mit Bezug auf die Geschäftsfähigkeit von Gustav Rau - gemeinsam erörtert und dem Beistand eine Frist eingeräumt, um diesbezügliche Fragen an das Bundesamt für Justiz zu formulieren (vgl. die Kurznotiz der Besprechung).
Mit dem Schreiben vom 4. Dezember 2000 hat es dem Beistand Gelegenheit gegeben, zur Rücktrittsaufforderung Stellung zu beziehen. Es hat ihm weiter mitgeteilt, dass es ihn zu ersetzen gedenke. Der Beschwerdeführer 2 hat sich hierzu äussern können und auch vernehmen lassen (Eingabe vom 5. Januar 2001). Nicht angehört worden ist er somit einzig zur Möglichkeit, die Beistandschaft vollständig aufheben zu lassen, und zu den von Gustav Rau angeregten personellen Wechseln im Stiftungsrat.
Zur ersatzlosen Aufhebung der Beistandschaft brauchte das EDI den Beschwerdeführer 2 nicht anzuhören, da es dessen Ablösung nicht selber anordnen konnte und auch nicht anordnete (vgl. oben E. 1b), sondern nur ein entsprechendes Ersuchen an die zuständige Behörde richtete (welche ihrerseits gegebenenfalls das rechtliche Gehör zu gewähren hatte), und der Beschwerdeführer 2 nach erfolgter Ablösung nicht mehr befugt war bzw. wäre, sich zur Frage einer erneuten Verbeiständung und zur Person des Beistandes zu äussern, und zwar weder persönlich noch im Namen der Stiftung. Eine Verkürzung des rechtlichen Gehörs kann daher lediglich mit Bezug auf die von Gustav Rau angeregten personellen Wechsel im Stiftungsrat in Frage stehen (was auf Seite 6 der angefochtenen Verfügung wohl angesprochen wird). Insofern kann eine Gehörsverletzung aber als geringfügig und durch das vollumfängliche Äusserungsrecht im vorliegenden Verfahren, in dem das Bundesgericht volle Überprüfungsbefugnis hat (Art. 105 Abs. 1 OG), geheilt gelten (<ref-ruling> S. 72, mit Hinweisen). Gewiss ist auf Grund der bloss summarischen Ausführungen des EDI zu angeblich schwerwiegenden Gefährdungen nicht nachvollziehbar, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> (Möglichkeit zum Verzicht auf Anhörung, wenn Gefahr im Verzug ist) erfüllt sein sollten. Indessen ist vorliegend bezüglich personeller Wechsel weitestgehend der Wille des Stifters zu beachten (Art. 5 Abs. 3 der Stiftungsurkunde) und kann sich der Stiftungsrat (bzw. die Stiftung) dazu gemäss den Statuten (Art. 5 Abs. 4) vor dem Ausscheiden des Stifters nicht äussern.
Der Meinung des Beistandes kann deshalb von vornherein nur ergänzende Bedeutung zukommen. Zudem besteht hinsichtlich der Besetzung des Stiftungsrates ein grosser Ermessensspielraum des entscheidenden Organs und ist festzuhalten, dass sich keine bisherigen oder neuen Stiftungsräte über die angeordneten Wechsel beschwert haben. Diese erscheinen nur dem Beistand als ungeeignet. Soweit er sich persönlich über die Verweigerung des Anhörungsrechts zu den personellen Wechseln aufhält, ist er freilich nur in seiner amtlichen Funktion und nicht in seiner Persönlichkeit betroffen. Die persönlichkeitsbezogene Komponente des Gehörsanspruchs tritt damit insofern in den Hintergrund (vgl. dazu statt vieler <ref-ruling> E. 3 S. 51; <ref-ruling> E. 4a S. 55; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl. , Bern 1999, S. 510). Unter diesen Umständen erscheint eine Heilung der Gehörsverletzung als gerechtfertigt.
Von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs gegenüber der Vormundschaftsbehörde Zollikon kann im Weiteren nicht gesprochen werden. Das EDI musste diese Behörde nicht anhören, bevor es mit einem Ersuchen an sie gelangte (vgl.
oben E. 1b).
5.- Nach Auffassung der Beschwerdeführer ist die angefochtene Verfügung zudem rechtswidrig, weil das EDI Instruktionen von Gustav Rau befolgt habe. Bezüglich dessen Handlungsfähigkeit bzw. Betreuungsbedürftigkeit seien verschiedene Entscheide ausländischer Behörden ergangen, deren Anerkennungsfähigkeit und inhaltliche Tragweite in der Schweiz umstritten sei. Die monegassischen Behörden hätten für Gustav Rau mit Entscheid vom 13. März 1998 vormundschaftliche Massnahmen angeordnet, und das Arbeitsgericht von Monaco habe die Handlungsunfähigkeit noch im Januar 2001 bestätigt. Das Amtsgericht Baden-Baden habe am 20. März 2000 anders entschieden.
Über die Tragweite und Anerkennung dieser Urteile sei ein Expertenstreit entbrannt. Es sei davon auszugehen, dass Gustav Rau nach wie vor Wohnsitz in Monaco habe, weshalb die Erkenntnisse der monegassischen Behörden anzuerkennen seien, was auch die wissenschaftliche Beurteilung des Gesundheitszustandes von Gustav Rau gebiete. Gemäss Art. 5 des Abkommens zwischen der Schweiz und dem Deutschen Reich vom 2. November 1929 betreffend Anerkennung und Vollstreckung von gerichtlichen Entscheidungen sei die Schweiz an die tatsächlichen Feststellungen des deutschen Gerichts nicht gebunden.
Zunächst ist festzuhalten, dass die Überlegungen der Beschwerdeführer zur Frage, ob für die Handlungsfähigkeit von Gustav Rau auf die Entscheide der monegassischen oder der deutschen Behörden abzustellen sei, in keiner Weise zu belegen vermögen, dass das EDI mit der angefochtenen Verfügung widerrechtlich Instruktionen von Gustav Rau befolgt habe.
Eine derartige Schlussfolgerung lässt sich allein aus dem Umstand, dass das EDI in dessen Sinn und zu Ungunsten der Beschwerdeführer entschieden hat, nicht herleiten. Bedeutsam ist sodann, dass die vormundschaftlichen Massnahmen für Gustav Rau in Monaco aufgehoben worden sind (Entscheide vom 22. März 2001). Gustav Rau ist demnach sowohl in Monaco als auch in Deutschland handlungsfähig, weshalb sich die Fragen nach seinem Wohnsitz und der Anerkennung und Massgeblichkeit widersprüchlicher ausländischer Entscheide im vorliegenden Zusammenhang nicht mehr stellen.
Im Übrigen scheinen die Beschwerdeführer die Tragweite der Unsicherheiten um die volle Urteils- und Handlungsfähigkeit von Gustav Rau zu überschätzen: Die Verbeiständung einer Stiftung rechtfertigt sich keineswegs bereits dann, wenn der Stiftungsratspräsident handlungsunfähig ist, auch wenn dieser Kompetenzen hat wie die in Art. 5 der Stiftungsurkunde genannten. Nach dem Grundsatz der Subsidiarität vormundschaftlicher Massnahmen ist in einem solchen Fall grundsätzlich mit geeigneten aufsichtsrechtlichen Vorkehren Abhilfe zu schaffen; dem Aufsichtsrecht kommt die Priorität zu. Die Verbeiständung einer Stiftung hat bloss den Charakter einer Überbrückungsmassnahme in einer Notsituation. Sie ist aufzuheben, wenn für die gehörige Verwaltung der Stiftung gesorgt ist und darf nicht zum Dauerzustand werden (<ref-ruling> E. 3b S. 502, mit Hinweisen). Das aufsichtsrechtliche Instrumentarium reicht bei Handlungsunfähigkeit des Stiftungsratspräsidenten insbesondere dann aus, wenn der Stiftungsrat weitere, handlungsfähige und unabhängige Mitglieder umfasst, die für die Wahrung des Stiftungszwecks und die Erhaltung des Vermögens ausreichend Gewähr bieten. Die gleichen Überlegungen müssen auch im Zusammenhang mit der Aufhebung einer Beistandschaft gelten. Ist der Stiftungsrat wieder in der Lage, für eine zweckkonforme Geschäftsführung zu sorgen, kann die Beistandschaft aufgehoben werden, selbst wenn die Handlungsfähigkeit des Stiftungsratspräsidenten zeitweilig in Frage stehen sollte. Für die erforderlichen Rahmenbedingungen kann diesfalls mit aufsichtsrechtlichen Mitteln gesorgt werden.
Ebenso verhält es sich, wenn der Stiftungsratspräsident bezüglich einzelner Geschäfte (z.B. bezüglich der Anwartschaft der Drittweltstiftung) in einem Interessenkonflikt stehen oder in Einzelfällen Privat- und Stiftungsgeschäfte bzw. -kompetenzen vermengt haben sollte. Auch wegen einzelner solcher Vorkommnisse kann nicht generell von einer Handlungs- oder Amtsunfähigkeit des Stifters und Stiftungsratspräsidenten ausgegangen werden. Das EDI durfte in diesem Zusammenhang mit berücksichtigen, dass die Drittweltstiftung ohne die grosszügigen Zuwendungen des Stifters überhaupt nicht existieren würde und sich deswegen eine besondere Rücksichtnahme auf dessen Befindlichkeit rechtfertigen kann.
6.- Die Beschwerdeführer wenden weiter ein, die neuen Stiftungsräte seien amtsunfähig. Sie stünden im gleichen Interessenkonflikt wie Gustav Rau. Hinzu komme bei Fürsprecher Dietrich Stettler, dass er mitgewirkt habe, die Rückkehr der nach Japan ausgeliehenen Bilder in den Tresorraum zu verhindern. Bei Lukas Imark und René Peterhans sei einzubeziehen, dass sie Gustav Rau gegenüber zur Interessenwahrung verpflichtet seien, weil dieser sie vorgeschlagen habe. Die Organe der vier Stiftungen (Drittweltstiftung, Kunststiftung, Medizinalstiftung und Crelona-Stiftung) müssten mit unterschiedlichen Personen besetzt werden, weil sehr viele Berührungspunkte bestünden, die zu Ziel- und Interessenkonflikten führten.
Was die Beschwerdeführer unter diesem Blickwinkel ausführen, zeigt nur auf, dass in bestimmten Einzelfällen Interessenkonflikte bestehen oder entstehen können. Weshalb eine rechtmässige Geschäftsabwicklung in solchen Situationen nicht mit geeigneten aufsichtsrechtlichen Massnahmen sichergestellt werden könnte, ist damit jedoch weder dargetan noch ersichtlich. Dem zuständigen Organ bzw. der Aufsichtsbehörde steht bei der personellen Besetzung der Stiftungsräte ein weiter Ermessensspielraum zu. Bei der Auswahl dürfen auch die fachlichen Kenntnisse der Personen und Gesichtspunkte der rationellen Geschäftsführung (mögliche Synergieeffekte durch gleiche Besetzung verwandter Stiftungen) einbezogen werden.
Grösstmögliche Unabhängigkeit muss weder als das einzige noch als das wichtigste Kriterium betrachtet werden. Es ist deshalb nicht erkennbar, weshalb die drei neuen Stiftungsräte als von vornherein amtsunfähig gelten müssten. Fürsprecher Dietrich Stettler ist soweit ersichtlich bisher bloss als Rechtsvertreter von Gustav Rau und von Personen aus dessen Umfeld tätig geworden. Die von den Beschwerdeführern angerufenen Beweismittel belegen nichts anderes. Allein der Umstand, dass er im Rahmen seiner Berufstätigkeit die Interessen seiner Auftraggeber vertreten hat, schliesst ihn aber nicht notwendigerweise von der Übernahme eines Amtes als Stiftungsrat aus. Zwar behaupten die Beschwerdeführer zumindest sinngemäss, Dietrich Stettler sei von seinem Klienten Gustav Rau abhängig. Konkrete Hinweise, die einen solchen Schluss erlauben würden, vermögen sie freilich nicht zu nennen.
Die Befürchtungen der Beschwerdeführer erscheinen umso weniger als berechtigt, als es vorliegend um den Stiftungsrat der Drittweltstiftung geht und sich ihre Vorhaltungen allesamt auf Vorgänge im Zusammenhang mit der Kunststiftung beziehen.
Ausserdem hat die Aufsichtsbehörde dem angeblich widerrechtlichen Mitwirken von Dietrich Stettler bei der Weiterleitung von Bildern der sog. Japanausstellung (anstelle der vordem verfügten Rückführung) letztlich die Genehmigung erteilt. Gegen die beiden anderen neuen Stiftungsräte Lukas Imark und René Peterhans wird in der Beschwerde nichts Substantiiertes vorgebracht. Nur weil sie bei einer Revisionsgesellschaft arbeiten, wie sie Gustav Rau im November 2000 als allfälligen Ersatz für die Stiftungsbeistände vorgeschlagen hat, kann nicht auf ihre Abhängigkeit vom Stifter geschlossen werden. Ebenso wenig erlaubt ihr Brief vom 23. März 2001 im Namen der Dr. Rau'schen Kunststiftung an den Beschwerdeführer 2 diesen Schluss. Da der vorliegenden Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden ist (Präsidialverfügung vom 16. März 2001), steht die Ernennung von Lukas Imark und René Peterhans zu Stiftungsräten der Drittweltstiftung noch dahin. Diese beiden Personen sind daher im interessierenden Zeitpunkt noch nicht zur Interessenwahrung gegenüber der Drittweltstiftung verpflichtet gewesen, haben aber durchaus Interessen der Kunststiftung vertreten dürfen, da sie bereits rechtskräftig in den Stiftungsrat dieser Stiftung berufen und im Handelsregister eingetragen worden waren (vgl. nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts [5A. 8/2001] vom 22. Mai 2001).
7.- Schliesslich bestreiten die Beschwerdeführer, dass ein Grund zur Abberufung des Beschwerdeführers 2 als Beistand der Beschwerdeführerin 1 (Drittweltstiftung) gegeben sei.
Insbesondere dürfe aus dem Ausstandsbegehren, der abweichenden Rechtsauffassung hinsichtlich der Handlungsfähigkeit von Gustav Rau und der Geschäftsführung des Beistandes nicht auf Obstruktion und Negierung der Aufsichtsbefugnisse des EDI geschlossen werden.
Es ist bereits in Erwägung 5 hiervor darauf hingewiesen worden, dass die Verbeiständung einer Stiftung nur eine Überbrückungsmassnahme in einer Notsituation darstellt und gegenüber aufsichtsrechtlichen Massnahmen subsidiär ist; sie ist aufzuheben, sobald es die Situation erlaubt. Entgegen der Auffassung, die die Beschwerdeführer zu vertreten scheinen, ist die Beistandschaft daher nicht so lange aufrecht zu erhalten, wie dem Beistand nichts vorzuwerfen ist, sondern nur so lange als unbedingt nötig. Das EDI ist offenkundig zum Ergebnis gelangt, dass die Stiftung ihre Geschäfte mit erfolgter Umbesetzung und Ergänzung des Stiftungsrates wieder selbständig besorgen kann und die Verbeiständung daher obsolet und aufzuheben ist. Soweit die sich daraus ergebenden Schritte überhaupt in die Entscheidkompetenz des EDI fallen (vgl. oben E. 1b), erscheint seine Betrachtungsweise unter den hier zur Diskussion gestellten Gesichtswinkeln nach dem oben Dargelegten nicht als rechtswidrig. Unter diesen Umständen spielt es keine Rolle, ob die Vorwürfe gegen den Beistand berechtigt sind. Sie sind nicht entscheiderheblich, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist.
8.- Da sich die Beschwerde nach dem Ausgeführten als unbegründet erweist, soweit darauf einzutreten ist, werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig. Sie haben die Kosten für das Verfahren vor dem Bundesgericht unter solidarischer Haftung zu tragen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG) und Fürsprecher Dietrich Stettler eine Entschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 und 5 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Beschwerdeführern auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführer haben Fürsprecher Dietrich Stettler für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Eidgenössischen Departement des Innern, Fürsprecher Dietrich K. Stettler sowie dem Handelsregisteramt Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 10. Juli 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: