Faits:
A. A.a AX._, né en 1957, et BX._, née BY._ en 1963, se sont mariés le 20 février 1995. Deux enfants sont issues de cette union: C._, née en janvier 1996, et D._, née en 1997.
Les époux sont propriétaires d'une maison à W._, que BX._ occupe avec ses filles depuis la séparation des époux.
A.b La situation financière des parties se résume ainsi:
Alors qu'il occupait un poste administratif auprès de E._ SA, AX._ a perdu son emploi après avoir subi un accident de ski lors duquel il a subi le "coup du lapin". Depuis le 1er février 2009, il ne perçoit plus de prestations de l'assurance-accident et est actuellement en procès contre son assureur. Depuis le 1er juin 2011, il est actif avec un ami, F._, dans le domaine de la promotion immobilière, et a estimé qu'il en retirerait un revenu de 7'000 fr. net par mois. Ils se sont associés avec la société G._ SA pour la réalisation d'un projet immobilier portant sur quinze villas individuelles. Le montant de ses revenus est contesté, tandis que ses charges ont été arrêtées à 4'414 fr.
BX._ travaille à 60% et réalise un salaire mensuel net de 3'189 fr. 50, allocations familiales en sus. Ses charges ont été arrêtées à 5'411 fr. 30, dont 1'200 fr. à titre de base mensuelle pour les deux enfants.
B. B.a Le 10 février 2011, AX._ a déposé une demande unilatérale en divorce, puis, le 24 mars 2011, une requête de mesures provisionnelles, puis, le 26 septembre 2011, une requête de séparation de biens judiciaire, fondée sur l'<ref-law>. BX._ a conclu au rejet de l'action en divorce, la durée de la séparation n'ayant selon elle pas atteint deux ans.
Par ordonnance de mesures provisionnelles du 1er juin 2011, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de H._ a notamment fixé à 2'500 fr. la contribution d'entretien mensuelle due par AX._ à sa famille, la garde des enfants étant confiée à BX._.
Par prononcé du 4 avril 2012, cette magistrate a pris acte du désistement d'action en divorce de AX._, celui-ci ayant passé expédient le 2 mars 2012 sur les conclusions en rejet du divorce de son épouse. Elle a rayé la cause du rôle.
B.b AX._ ayant requis qu'il soit statué sur sa requête de séparation de biens, une audience de mesures protectrices de l'union conjugale a été fixée au 3 avril 2012. Durant cette audience, BX._ a conclu au versement d'une pension mensuelle de 2'500 fr., allocations familiales éventuelles en sus, dès le 1er avril 2012. AX._ a conclu au rejet de cette conclusion, affirmant qu'il était sans revenu depuis le 29 mars 2011. Les parties ont en outre conclu au maintien des modalités de leur séparation telles que prévues dans l'ordonnance de mesures provisionnelles du 1er juin 2011.
Par ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale du 1er juin 2012, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de H._ a notamment condamné AX._ à contribuer à l'entretien de sa famille par le versement d'une contribution d'entretien de 2'500 fr. par mois dès le 1er avril 2012. En substance, elle a retenu que AX._ disposait au moins des revenus escomptés au moment de la fixation de la pension au mois de juin 2011 dans la procédure de mesures provisionnelles. Par ailleurs, il ne pouvait pas obtenir, par le biais du régime extraordinaire de l'<ref-law>, la vente de l'immeuble détenu en copropriété avec son épouse, dès lors que le refus de celle-ci à consentir à la vente de la maison ne dépendait pas du régime matrimonial.
B.c AX._ a interjeté un appel contre cette ordonnance, en concluant à sa réforme, en ce sens qu'il ne devait rien pour l'entretien des siens, et au renvoi du dossier à une autre juridiction de première instance pour instruction et décision sur la requête de séparation de biens judiciaire du 26 septembre 2011.
Par arrêt du 20 août 2012, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois, statuant en application de l'<ref-law> sans avoir invité BX._ à répondre, a rejeté l'appel et confirmé l'ordonnance du 1er juin 2012.
C. Par mémoire posté le 8 octobre 2012, AX._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Il conclut principalement à sa réforme, en ce sens qu'il ne doit aucune contribution à l'entretien de sa famille en l'état de ses revenus et que la séparation des biens judiciaire des époux, avec effet au 26 septembre 2011, soit prononcée. Subsidiairement, il conclut au renvoi du dossier aux autorités judiciaires vaudoises pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, il invoque l'établissement arbitraire des faits concernant ses revenus, le déni de justice, la violation de son droit d'être entendu - sans citer de disposition précise - et l'application erronée des art. 176 al. 1 ch. 3 et 185 al. 2 CC.
Le recourant requiert également d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2). Elle est finale selon l'<ref-law>, dès lors qu'elle met fin à l'instance sous l'angle procédural (<ref-ruling> consid. 4). Le recours a en outre pour objet une décision rendue par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (<ref-law>), dans une affaire de nature exclusivement pécuniaire - seules la contribution d'entretien et la séparation de biens étant encore litigieuses devant le tribunal supérieur -, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>, <ref-law>). Il a en outre été interjeté dans le délai légal (<ref-law>), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente (<ref-law>), de sorte qu'il est recevable au regard de ces dispositions.
2.1 2.1.1 Les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5), de sorte que seule peut être invoquée à leur encontre la violation de droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 4.1). Le recourant est tenu de motiver ses griefs conformément au principe d'allégation. Le Tribunal fédéral n'examine donc ces griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (<ref-law>), c'est-à-dire exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 et les références). Par conséquent, le recourant doit indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. Lorsque le recourant se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.), il ne peut se contenter de critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours dispose d'une libre cognition; il ne saurait se contenter d'opposer son opinion à celle de la juridiction précédente, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application du droit ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (<ref-ruling> et les références). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2).
2.1.2 Se fondant sur l'arrêt 5A_76/2007 du 30 mai 2007, le recourant soutient que les griefs dirigés contre la décision de séparation de biens judiciaire ne sont pas limités à la seule violation de droits constitutionnels, au motif que cette décision ne peut pas être remise en cause par la suite.
En réalité, dans l'arrêt que le recourant cite, comme dans d'autres (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 2b/aa; arrêt 5A_710/2009 du 22 février 2010 consid. 1.2, non publié aux <ref-ruling>), le Tribunal fédéral s'est seulement demandé, en laissant toutefois la question ouverte, s'il existait des exceptions au principe selon lequel les décisions de mesures protectrices de l'union conjugale sont soumises à l'<ref-law>, par exemple en présence d'une décision du juge ordonnant la séparation de biens (<ref-law>) ou accordant une autorisation en vertu de l'<ref-law>. S'agissant précisément de la séparation de biens, au sens de l'<ref-law>, il a, par la suite, tranché la question, en jugeant que cette décision est, elle aussi, soumise à l'<ref-law> (arrêt 5A_417/2011 du 20 septembre 2011 consid. 1.3). La raison principale en est que, même si la séparation de biens est maintenue en cas de reprise de la vie commune et qu'elle lie le juge du divorce si une telle procédure est engagée, il n'en demeure pas moins qu'elle conserve un caractère provisoire, étant donné que, si un fait nouveau survient, le juge des mesures protectrices de l'union conjugale peut, sur requête, revenir sur cette décision et rétablir le régime précédent (cf. à ce sujet, ATF <ref-ruling> consid. 2b/aa et les références).
En l'espèce, la cognition du Tribunal fédéral est donc, sur cette question également, limitée à l'arbitraire et au respect des autres droits constitutionnels.
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, une rectification ou un complément des constatations de fait n'entre en considération que si l'autorité précédente a violé des droits constitutionnels, les art. 95, 97 et 105 al. 2 LTF ne s'appliquant pas directement (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.1). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision (arrêts 5A_567/2011 du 10 février 2012 consid. 2.2; 5A_909/2010 du 4 avril 2011 consid. 2.2).
2.3 En vertu des principes de la bonne foi et de l'épuisement des griefs (art. 114 en relation avec l'art. 75 al. LTF), l'invocation de nouveaux moyens de droit est irrecevable à l'appui d'un recours fondé sur l'<ref-law>, sauf dans les cas où seule la motivation de la décision attaquée donne l'occasion de les soulever (<ref-ruling> consid. 2; arrêts 5A_261/2009 du 1er septembre 2009 consid. 1.3, non publié in <ref-ruling>; 5A_720/2011 du 8 mars 2012 consid. 2.3 et les références).
3. Lorsque des mesures provisionnelles ont été ordonnées durant la procédure de divorce et que cette procédure prend fin sans jugement, ces mesures déploient leurs effets tant que les époux demeurent séparés et jusqu'à leur éventuelle modification par le juge des mesures protectrices de l'union conjugale, aux conditions de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2.2; arrêt 5A_147/2012 du 26 avril 2012 consid. 4.2.2). Ainsi, elles ne peuvent être modifiées que si, depuis leur prononcé, les circonstances de fait ont changé d'une manière essentielle et durable, notamment en matière de revenus, à savoir si un changement significatif et non temporaire est survenu postérieurement à la date à laquelle la décision a été rendue, si les faits qui ont fondé le choix des mesures provisoires dont la modification est sollicitée se sont révélés faux ou ne se sont par la suite pas réalisés comme prévus (arrêts 5A_147/2012 du 26 avril 2012 consid. 4.2.1; 5A_720/2011 du 8 mars 2012 consid. 4.1.2). Le moment déterminant pour apprécier si des circonstances nouvelles se sont produites est la date du dépôt de la demande de nouvelles mesures (<ref-ruling> consid. 4.1.1; arrêt 5A_487/2010 du 3 mars 2011 consid. 2.1.1).
4. 4.1 L'autorité cantonale a jugé que l'appréciation du premier juge selon laquelle le recourant disposait au moins d'un revenu mensuel de 7'000 fr., de sorte qu'il devait continuer à s'acquitter de la contribution d'entretien de 2'500 fr. fixée dans l'ordonnance de mesures provisionnelles du 1er juin 2011, était fondée: le recourant avait admis avoir touché l'entier des commissions dues sur l'ensemble d'un projet immobilier, sans en indiquer le montant. Par ailleurs, il résultait du contrat de prêt conclu le 27 juin 2011 entre G._ SA, d'une part, et le recourant et F._, d'autre part, qu'un montant brut de 1'347'775 fr. était dû aux associés à titre de commissions de mise en valeur. Au moyen de ces commissions, le recourant avait acheté une voiture au prix de 230'000 fr. Des relevés bancaires concernant deux comptes ouverts auprès de la Banque R._ et un compte ouvert à la Banque S._, il ressortait par ailleurs que de très nombreuses opérations avaient été effectuées tant au crédit qu'au débit de ces comptes, qui portent sur des dizaines de milliers de francs, voire des centaines de milliers de francs.
4.2 Le recourant se plaint de la violation de son droit d'être entendu.
4.2.1 Le recourant explique que c'est seulement en audience de première instance que l'intimée a reconventionnellement conclu à l'octroi d'une contribution d'entretien, qu'il n'a alors pas disposé du temps nécessaire pour s'expliquer sur l'état de ses affaires professionnelles et qu'il comptait argumenter et commenter les pièces à l'occasion de la procédure d'appel. Il reproche alors à l'autorité cantonale d'avoir statué sans citer les parties à une audience, sur la base de l'<ref-law>. Pour autant qu'on parvienne à le comprendre, il estime que, dans tous les cas, l'autorité cantonale aurait dû l'interpeller avant de renoncer à tenir une audience. Il ajoute enfin qu'il aurait dû pouvoir s'exprimer lors d'un échange d'écritures.
4.2.2 Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens de l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu donne notamment au justiciable le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment. En revanche, les garanties minimales en matière de droit d'être entendu ne comprennent en principe pas le droit d'être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
4.2.3 En l'espèce, le recourant se méprend manifestement sur le contenu du droit d'être entendu lorsqu'il prétend qu'une audience d'appel, qu'il n'avait du reste même pas requise, aurait dû avoir lieu dans sa cause ou que l'autorité cantonale aurait dû l'interpeller avant de statuer sans débats. Par ailleurs, le recourant ne peut pas non plus être suivi lorsqu'il prétend qu'il aurait dû pouvoir compléter ses moyens à l'occasion d'un échange d'écritures ultérieur au dépôt de son appel; l'échange d'écritures prévu à l'<ref-law> vise à faire respecter le droit d'être entendu de la partie intimée à l'appel, et non, comme semble le croire le recourant, à donner ensuite l'occasion à l'appelant, qui n'aurait lui-même pas été complet, de s'exprimer lors d'un second échange d'écritures. Celui-ci a seulement le droit de répliquer si la partie intimée fait usage de son propre droit de réponse. Le recourant supporte donc les conséquences de sa renonciation à s'exprimer de manière claire et complète dans son mémoire d'appel.
Ainsi, son grief doit être rejeté.
4.3 Le recourant prétend que l'autorité cantonale a commis un déni de justice en se bornant à entériner le jugement de première instance sur le montant de ses revenus, sans examen critique des arguments invoqués.
4.3.1 Selon la jurisprudence, commet un déni de justice formel et viole par conséquent l'art. 29 al. 1 Cst. l'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis dans les formes et délais légaux, alors qu'elle était compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.3). La jurisprudence a en outre déduit de l'art. 29 al. 2 Cst., qui garantit le droit d'être entendu, le devoir pour l'autorité de motiver sa décision afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.3; arrêt 5A_8/2010 du 10 mars 2010 consid. 4.2.1).
4.3.2 En l'espèce, la motivation de l'autorité cantonale ne contient ni violation du droit d'être entendu, ni déni de justice. On comprend parfaitement les éléments sur lesquels cette autorité s'est fondée pour retenir que l'appréciation des preuves du premier juge était correcte (commissions touchées sur le projet immobilier, achat d'une voiture de luxe, opérations sur trois comptes bancaires portant sur des montants élevés). Mal fondé, le grief doit être rejeté.
4.3.2 En l'espèce, la motivation de l'autorité cantonale ne contient ni violation du droit d'être entendu, ni déni de justice. On comprend parfaitement les éléments sur lesquels cette autorité s'est fondée pour retenir que l'appréciation des preuves du premier juge était correcte (commissions touchées sur le projet immobilier, achat d'une voiture de luxe, opérations sur trois comptes bancaires portant sur des montants élevés). Mal fondé, le grief doit être rejeté.
4.4 4.4.1 Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé la maxime inquisitoire consacrée à l'<ref-law> en n'instruisant pas d'office les éléments pertinents pour fixer la contribution d'entretien, plus précisément en n'ordonnant pas la mise en ?uvre d'une expertise comptable, et en n'invitant pas les parties à collaborer davantage à l'établissement des faits.
4.4.2 Par cette critique, le recourant n'invoque pas, et a fortiori ne démontre pas, conformément au principe d'allégation (cf. supra consid. 2), que l'autorité cantonale aurait appliqué de manière arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., la maxime inquisitoire, ou violé un autre de ses droits constitutionnels.
Dans tous les cas, la violation de l'art. 9 Cst. n'est nullement réalisée en l'espèce. En effet, même lorsque la maxime inquisitoire est applicable, les parties doivent collaborer à la procédure et indiquer leurs moyens de preuve en temps utile (<ref-ruling> consid. 3.2.1; arrêt 5A_661/2011 du 10 février 2012 consid. 4.2.1 in fine et les références). Il n'appartenait donc pas au juge cantonal d'interpeller le recourant sur l'état de ses revenus, mais bien à celui-ci d'alléguer et d'établir les éléments pertinents à ce sujet. De plus, même dans une cause soumise à la maxime inquisitoire, il incombe au recourant de motiver son appel (<ref-law>), c'est-à-dire de démontrer le caractère erroné de la motivation attaquée. Pour satisfaire à cette exigence, il ne lui suffit pas de renvoyer aux moyens soulevés en première instance, ni de se livrer à des critiques toutes générales de la décision attaquée. Sa motivation doit être suffisamment explicite pour que l'instance d'appel puisse la comprendre aisément, ce qui suppose une désignation précise des passages de la décision que le recourant attaque et des pièces du dossier sur lesquelles repose sa critique (<ref-ruling> consid. 4.3.1). Or, pour toute argumentation relative à ses revenus, le recourant s'est borné, dans son mémoire d'appel, à qualifier de "complètement farfelue l'opinion selon laquelle [il] aurait déjà vendu sept villas dans sa nouvelle activité, ce qui aurait généré un commissionnement brut de 1'347'775 fr. dû aux deux associés", de soutenir, sans autre argumentation, que "ces chiffres ne reposent sur rien", d'affirmer alors qu'"[i]l eu (sic!) convenu d'instruire vraiment la situation de l'appelant" et de produire une liasse de pièces.
Au vu de la motivation du recours, la décision attaquée ne saurait être taxée d'arbitraire et le grief du recourant doit être rejeté, pour autant que recevable.
4.5 Le recourant soulève toute une série de critiques de fait, par lesquelles il reproche en substance à l'autorité cantonale d'avoir mal interprété certaines pièces ou d'avoir ignoré certains éléments en ressortant, lorsqu'elle a estimé que son revenu était toujours de 7'000 fr. comme au moment de la procédure de mesures provisionnelles en juin 2011, de sorte que sa décision serait arbitraire.
La plupart de ces critiques sont appellatoires et ne satisfont pas aux exigences découlant du principe d'allégation (cf. supra consid. 2.2), le recourant se bornant à faire de vagues affirmations peu précises et non chiffrées, de sorte qu'elles ne permettent pas de qualifier d'insoutenable l'appréciation de l'autorité cantonale. Par ailleurs, au vu du défaut manifeste de motivation de son appel sur l'établissement de ses revenus (cf. supra consid. 4.4.2 2e § in fine), le recourant s'étant pratiquement limité à y joindre une liasse de pièces sans en exposer le contenu par des allégués avec référence à celles-ci, il faut retenir que le recourant n'a pas soulevé précisément ces critiques devant l'instance cantonale, de sorte que celles-ci doivent être qualifiées de nouvelles dans la présente procédure fédérale; elles sont donc irrecevables (cf. supra consid. 2.3).
4.6 Le recourant reproche aussi à l'autorité cantonale de lui avoir arbitrairement imputé un revenu hypothétique sans que les conditions ne soient réunies.
Le recourant ne saisit manifestement pas la distinction entre le revenu hypothétique et le revenu effectif: le premier est celui qu'une personne est en mesure de réaliser et dont on peut raisonnablement exiger d'elle qu'elle l'obtienne afin de remplir ses obligations, alors que le second est celui que cette personne se procure effectivement (arrêt 5A_99/2011 du 26 septembre 2011 consid. 7.4, non publié in <ref-ruling>, publié in FamPra.ch 2012 p. 228 et in Pra. 2012 (62) p. 426). Or, en l'espèce, l'autorité cantonale n'a pas reproché au recourant de ne pas mettre suffisamment en ?uvre sa capacité contributive, mais elle a établi son revenu effectif sur la base des éléments qu'elle avait à disposition, malgré le manque de collaboration dans l'établissement des faits dont il a fait preuve durant la procédure.
Le grief doit donc être rejeté.
4.7 Enfin, s'agissant de la séparation de biens, le recourant se plaint derechef de déni de justice, sans citer de norme constitutionnelle, au motif que l'autorité cantonale n'a pas examiné si la séparation de biens pouvait être prononcée sur la base de l'<ref-law>. Encore une fois, ce grief est totalement infondé: l'autorité cantonale a très exactement statué sur la séparation de biens, en examinant si l'appréciation du premier juge, qui avait retenu que la condition des justes motifs prévus à l'<ref-law> n'était pas réalisée, devait être ou non confirmée.
Pour le reste, le recourant se limite à invoquer sur cette question que l'autorité cantonale a "manifestement méconnu l'<ref-law>", sans se prévaloir d'un autre droit constitutionnel par une motivation conforme au principe d'allégation (cf. supra consid. 2.1.1), de sorte que ce grief doit être déclaré irrecevable (cf. supra consid. 2.1.2).
5. En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité. Celui-ci étant dénué de chances de succès, la requête d'assistance judiciaire du recourant doit être rejetée. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>). Aucun dépens n'est dû.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Juge délégué de la Cour d'appel civile.
Lausanne, le 23 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Achtari