Sachverhalt:
A. Der 1950 geborene K._ war als EDV Installateur bei der A._ AG angestellt und damit bei den Berner Versicherungen (nunmehr Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft AG; nachfolgend: Allianz) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 2. Juli 2001 in eine Auffahrkollision verwickelt wurde. Er stand als Lenker des zweiten Fahrzeuges vor einem Fussgängerstreifen, als ihn ein drittes von hinten rammte und in den vorderen Wagen schob. Da er wegen früheren Unfällen jeweils in der Klinik X._ behandelt worden war, wurde er nach dem Unfall in dieses Spital eingeliefert, wo man die Diagnosen einer Commotio cerebri, einer HWS-Distorsion, einer Kontusion des rechten Hemithorax, einer Kniekontusion rechts bei einem Status nach Ruptur und Plastik des vorderen Kreuzbandes und einer Daumendistorsion links stellte. Nach einer 24-stündigen Commotio-Überwachung konnte der Versicherte wieder entlassen werden. Gemäss Zusatzfragebogen bei HWS-Verletzung bestand bei der Erstkonsultation ein Schwindel mit Benommenheit, aber keine Bewusstlosigkeit und eine Amnesie von zirka 30 Sekunden. Die Allianz gewährte Heilbehandlung und richtete Taggelder aus. Vom 7. bis 30. Januar 2002 absolvierte K._ einen Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik Y._, welche bei Austritt eine Arbeitsfähigkeit von 25 % in der bisherigen Tätigkeit im Sinne eines Versuchs und einer neuen Evaluation nach vier Wochen empfahl. Ohne über die Resultate des Arbeitsversuchs zu berichten, attestierte der als Hausarzt handelnde Dr. med. V._ von der chirurgischen Klinik X._ ab 19. August 2002 wieder eine andauernde vollständige Arbeitsunfähigkeit. Am 15. November 2005 untersuchte Dr. med. M._, Facharzt für Chirurgie FMH, den Versicherten und erstattete der Unfallversicherung mit Gutachten vom 9. März 2006 Bericht. Zusammenfassend kam der Arzt zum Schluss, es lägen keine Folgen dieses versicherten Unfalles mehr vor und K._ seien alle Arbeiten im Rahmen seiner angestammten Tätigkeit aber auch andere Tätigkeiten zumutbar. Der Versicherte veranlasste seinerseits eine Abklärung bei Dr. med. E._ am Zentrum C._. Gemäss dessen Bericht vom 31. Juli 2006 hätten die Bilder vom 17. Juli 2006 einen Befund im Bereich der Ligamenta alaria ergeben, welche typisch für eine alte Teilruptur nach einem Beschleunigungstrauma seien. Eine daraus begründete - und muskulär kompensierte - hypermobile Instabilität gelte als sehr wahrscheinlich. Dr. med. H._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, speziell Wirbelsäulenleiden, hält diese Instabilität gemäss Schreiben vom 14. Oktober 2006 für hauptverantwortlich für den protrahierten Verlauf des therapieresistenten cervico-cephalen Schmerzsyndroms. Die Allianz liess den Versicherten in der Folge bei der Gutachterstelle U._ polydisziplinär untersuchen. Das Gutachten vom 17. April 2007 hält zusammenfassend fest, die geklagten Beschwerden könnten betreffend deren Phänomenologie im Rahmen der festgestellten degenerativen HWS-Veränderungen vorkommen. Indessen seien sie im Ausmass und angesichts der absoluten therapeutischen Unbeeinflussbarkeit in keiner Weise typisch. Die organischen Gesundheitsschäden hätten keinen Zusammenhang mit dem Unfall vom 2. Juli 2001. Der Status quo ante sei spätestens nach wenigen Monaten wieder erreicht gewesen. Zudem könne entgegen den Abklärungen der Dres. med. H._ und E._ eine Ruptur der Ligamenta alaria nicht nachgewiesen werden. Gestützt auf dieses Gutachten eröffnete die Allianz dem Versicherten mit Verfügung vom 20. September 2007, ihre Leistungen würden rückwirkend auf den 1. Mai 2002 eingestellt. Die seither ausgerichteten Taggeldleistungen von insgesamt Fr. 212'733.30 seien zurückzuerstatten. Im Weiteren eröffnete die Unfallversicherung K._, dass sie das Ergebnis von Observationen, welche die involvierte Haftpflichtversicherung in Auftrag gegeben habe, zur Kenntnis genommen habe. Die Bilder würden die von den medizinischen Gutachtern gemachten Feststellungen bestätigen. An ihrer Verfügung hielt die Unfallversicherung hinsichtlich der Leistungseinstellung auch auf Einsprache hin fest; hingegen wurde auf die Rückforderung der Taggelder verzichtet (Entscheid vom 8. April 2008).
B. Die von K._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 9. März 2009 ab. Es verneinte dabei jeglichen Leistungsanspruch aus dem Unfall vom 2. Juli 2001 ab 1. Mai 2002.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und des Einspracheentscheides seien ihm über den 30. April 2002 beziehungsweise über den 23. Mai 2006 hinaus die gesetzlichen Versicherungsleistungen zu erbringen; eventualiter sei die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer aus dem Unfall vom 2. Juli 2001 ab 1. Mai 2002 noch Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung hat. Die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache sind im angefochtenen Entscheid zutreffend dargelegt. Das betrifft namentlich den für einen Leistungsanspruch aus der obligatorischen Unfallversicherung erforderlichen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden. Darauf wird verwiesen.
2.1 Vorerst rügt der Beschwerdeführer, es sei unseriös, eine Kausalitätsbeurteilung auf medizinische Unterlagen zu stützen, die Wertungen über einen Zustand vornehmen würden, welcher fünf Jahre zurückliege. Darüber hinaus stelle es einen Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben dar, den natürlichen Kausalzusammenhang über Jahre rückwirkend zu verneinen, obwohl während der ganzen Zeit Taggeld bezahlt und Heilbehandlung geleistet worden sei.
2.2 Vorliegend kann die Frage der Rechtmässigkeit einer über fünf Jahre rückwirkend verfügten Leistungseinstellung offengelassen werden, da die Unfallversicherung mit Einspracheentscheid vom 8. April 2008 ausdrücklich auf die Rückforderung der ihres Erachtens zu Unrecht bis 23. Mai 2006 erbrachten Leistungen verzichtet hat. In rechtlicher Hinsicht ist die Sache zu beurteilen, als wäre die verfügte Leistungseinstellung auf jenen Zeitpunkt erfolgt.
3. Umstritten ist insbesondere, ob objektivierbare, durch den Unfall verursachte Körperschädigungen vorliegen, welche die geltend gemachten Beschwerden erklären.
3.1 Der angefochtene Entscheid stützt sich in der Beurteilung des Gesundheitszustandes und der natürlichen Kausalität der Befunde mit dem versicherten Ereignis auf das Gutachten der Gutachterstelle U._ vom 17. April 2007. Demnach seien schon vor dem streitigen Unfall teilweise erhebliche Beeinträchtigungen von Seiten des Rückens und speziell der HWS zu verzeichnen gewesen. Hinsichtlich der HWS-Distorsion könne angenommen werden, dass sie eine vorübergehende Verschlimmerung der Beschwerden zur Folge gehabt habe, welche nach der Lebenserfahrung und dem gewöhnlichen Lauf der Dinge in kurzer Zeit wieder abgeklungen sei, zumal sie im Lichte des Gutachtens des Prof. Dr. med. W._ ohnehin geringfügig gewesen sei. Vorliegend seien weder das Ausmass noch die (mangelnde) therapeutische Beeinflussbarkeit der Beschwerden erklärbar. Hinzu komme, dass die körperlichen Untersuchungen durch den Versicherten stark erschwert worden seien und auch durch Befragung sei es gemäss Gutachten des Dr. med. M._ nicht möglich gewesen, detaillierte Angaben zu allen Aspekten des Unfalls, der Beschwerdeentwicklung, und zu den aktuellen Beschwerden zu erhalten, wobei sich persönliche Beobachtungen des dies nicht wahrnehmenden Exploranden nicht mit den vorgebrachten Klagen gedeckt hätten. Das Gericht kam zum Schluss, von weiteren Gutachten könnten - auch in Anbetracht der mit dem Beschwerdeführer in Abklärungssituationen gemachten Erfahrungen - keine neuen Erkenntnisse erwartet werden. Der natürliche Kausalzusammenhang zwischen den geltend gemachten Beschwerden und dem versicherten Ereignis sei spätestens innert sechs Monaten nach dem Unfall weggefallen.
3.2 Der Beschwerdeführer lässt unter anderem vorbringen, das Gutachten der Gutachterstelle U._ leide an formalen Mängeln - insbesondere dem Umstand, dass es sich um ein zusammenfassendes Gutachten handle, aus dem die einzelnen Beurteilungen der jeweiligen Fachärzte nicht mehr ersichtlich seien - sodass die Vorinstanz zu Unrecht auf die darin getroffenen Bewertungen abgestellt habe. Besonders störend sei das Fehlen einer eigenständigen neurologischen Beurteilung und Begutachtung. Zudem sei auch das Resultat der neuropsychologischen Untersuchung nicht aussagekräftig, weil die diesbezügliche Untersuchung durch massive technische Probleme (Computerabsturz) behindert worden sei. Interessanterweise sei in der Zusammenfassung der neuropsychologischen Untersuchung im Gutachten der Gutachterstelle U._ von fünf Testresultaten die Rede, obwohl der Beschwerdeführer angesichts der nicht von ihm zu verantwortenden zeitlichen Verzögerung während der Testsituation nur zwei Tests tatsächlich absolviert habe. Die damit verbundene verzerrte Beurteilung sei daher nicht aussagekräftig.
3.3 Hinsichtlich der Rüge der formalen Mängel des Gutachtens der Gutachterstelle U._ ist dem Beschwerdeführer nicht zu folgen. Der Expertise vom 17. April 2007 kann sehr wohl entnommen werden, welche Ausführungen die jeweiligen Fachärzte zum Gesundheitszustand des Probanden machten, ist das Gutachten doch in klar unterscheidbare jeweilige Kapitel gegliedert. Aus dem Umstand, dass das Schriftstück erst am Schluss von allen Experten gemeinsam unterzeichnet ist, kann kein formaler Mangel erblickt werden, gibt es doch keine diesbezüglichen rechtsprechungsgemässen Qualitätsvorgaben. Es ist zudem nicht ersichtlich, inwiefern die tatsächlichen Feststellungen der jeweiligen Ärzte und ihre daraus gezogenen Schlussfolgerungen durch diese Darstellung verfälscht werden sollten. Die gemeinsame Schlussunterzeichnung des polydisziplinären Gutachtens garantiert im Gegenteil, dass alle Beteiligten auch mit der Beantwortung der konkreten Fragen einverstanden sind. Die beschwerdeführerische Behauptung, beim Gutachten handle es sich in Wahrheit um einen "Alleingang von Prof. Dr. med. R._", ist daher nicht nachvollziehbar. Dasselbe gilt für die Unterstellung, es habe keine neurologische Untersuchung stattgefunden, obwohl diese seines Erachtens hätte im Zentrum der Begutachtung stehen sollen. Der Inhalt des Gesprächs zwischen dem Neurologen Dr. med. L._ und dem Beschwerdeführer ist im Gutachten zusammenfassend aufgezeichnet. Da der Neurologe keine pathologischen Befunde seines Fachgebietes erheben musste, ist evident, dass die entsprechenden Ausführungen unter dem Titel "Neurostatus" entsprechend kurz ausfallen konnten. Schliesslich führt auch die Kritik des Beschwerdeführers am neuropsychologischen Teilgutachten zu keiner anderen Beurteilung. Zunächst steht fest, dass sich der Beschwerdeführer anlässlich des vorliegend relevanten Unfalls den Kopf nicht angeschlagen hatte - ansonsten vom erstbehandelnden Arzt entsprechende Prellmarken vermerkt worden wären - und damit kein sogenanntes Schädel/Hirn-Trauma erlitt. Neuropsychologische Tests können gemäss konstanter Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3c S. 343 f.) keinen Nachweis für die Kausalität zwischen geltend gemachten kognitiven Leistungsschwächen und dem Unfallereignis erbringen. Dies gilt umso mehr in Fällen wie dem vorliegenden, bei denen ein Betroffener mehrmals Unfälle mit HWS-Distorsionen erlitten hat. Damit erübrigt es sich weiter zu prüfen, ob die formellen Rügen des Beschwerdeführers über den Ablauf dieses Begutachtungsschrittes relevant sein könnten, da es hinsichtlich der hier interessierenden Frage der Kausalität gar keiner neuropsychologischen Testung bedurfte. Von der beantragten Wiederholung der entsprechenden Abklärung kann abgesehen werden.
3.4 Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, es lägen organische Unfallfolgen vor, deren natürliche Kausalität mit dem Unfall vom 2. Juli 2001 evident sei.
3.4.1 Dazu gehöre die mittels MRI vom 21. April 2007 festgestellte mässige Arthrose im atlanto-dentalen Gelenk. Dem ist entgegenzuhalten, dass der Versicherte laut ersten Arztzeugnissen im genannten - obersten - Bereich der HWS nach dem Unfall gar keine Beschwerden geltend machte. Der Umstand, dass knapp sechs Jahre nach dem Unfall an einer Stelle der Wirbelsäule eine mässige Arthrose festgestellt wurde, welche im Unfallzeitpunkt - und auch in jenem, als Dr. med. D._ am 20. Dezember 2005 ein radiologisches Gutachten erstellte - noch nicht ersichtlich war, beweist nicht, dass diese Gesundheitsschädigung auf den Auffahrunfall zurückzuführen ist. Dr. med. D._ beschreibt im Gegenteil eine fehlende monosegmentale Progression der schon vor dem Unfall vorhandenen degenerativen Veränderungen, wie sie laut diesem Arzt typisch wäre, wenn das erlittene Trauma eine zusätzliche Läsion hervorgerufen hätte. Bei der nun im Jahre 2007 erstmalig beschriebenen zusätzlichen Arthrose am oberen Ende der Wirbelsäule handelt es sich um einen neuen Befund und nicht um eine durch den Unfall verursachte Verschlechterung der Vorschädigung. Zudem lagen den Gutachtern der Gutachterstelle U._ der Bericht und die Bilder des Prof. Dr. med. O._, Chefarzt Radiologie an der Klinik Z._, vom 2. März 2007 vor, welcher darin eine mässige vordere atlanto-axiale Arthrose beschreibt. Trotzdem schlossen sie eine richtunggebende Verschlimmerung der vorbestehenden primären Osteoarthrosen an der Halswirbelsäule ausdrücklich aus. Es besteht kein Anlass, von dieser medizinischen Beurteilung abzuweichen.
3.4.2 Im Weiteren stützt der Beschwerdeführer seine Darstellung, es lägen noch organische Unfallfolgen vor, auf einen Bericht des Dr. med. H._, Chirurgie FMH, vom 14. Oktober 2006, dessen Grundlage eine funktionelle MRI-Untersuchung bildet. Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> E. 5.2 bis 5.5 S. 233 ff. bereits feststellt, dass der Beweiswert eines mittels funktioneller Magnetresonanztomographie (fMRT) erhobenen Befundes für die Beurteilung der Unfallkausalität von Beschwerden nach Schleudertraumen der Halswirbelsäule und äquivalenter Unfallmechanismen nach dem aktuellen Stand der medizinischen Wissenschaft verneint wird. Daran wird festgehalten. Auch der Beschwerdeführer beruft sich nicht auf neue wissenschaftliche Publikationen, die zu einer Anspassung dieser Rechtsprechung veranlassen würde.
Gemäss Beschwerdeführer ist eine Verletzung des cranio-cervicalen Bandapparates indessen nicht nur durch fMRT-Aufnahmen belegt. Er behauptet, in konventionellen MRI- sowie CT-Bildern, die am 21. April 2007 im Zentrum Q._ aufgenommen worden waren, würde diese bestätigt. Der Unterschied zwischen einem herkömmlichen MRT und einem fMRT liegt darin, dass Aufnahmen in verschiedenen Funktionsstellungen (oder Aktivierungszuständen) durchgeführt werden (<ref-ruling> E. 5.2 S. 233). Gemäss Bericht des Dr. med. B._, Facharzt FMH für medizinische Radiologie, vom 24. April 2007 wurden die beschriebenen Bilder mit zwei Techniken (konventionell radiologisch [MRT] und computertomographisch [CT]), auf verschiedenen Ebenen ap. (anterior-posterior, also von vorne nach hinten) und lat. (lateralis, also seitlich) und in den Positionen Rotation, Inklination (geneigt) sowie Reklination (rückwärtsgeneigt) angefertigt. Damit handelt es sich bei den Bildern, auf die sich der Beschwerdeführer beruft, ebenfalls um funktionelle Aufnahmen, denen gemäss der angeführten Rechtsprechung nach dem heutigen Stand der medizinischen Wissenschaft kein Beweiswert für die Beurteilung der Unfallkausalität der geklagten Beschwerden sowie deren Organizität beigemessen wird, weshalb sich weitere Ausführungen zu den behaupteten organisch nachgewiesenen Unfallfolgen erübrigen.
3.4.3 Schliesslich bleibt festzuhalten, dass die Gutachter der Gutachterstelle U._ die Observationsaufnahmen der Haftpflichtversicherung nicht kannten. Die Allianz selbst hat sie erst auf ihre Anfrage vom 8. Juni 2007 hin erhalten (vgl. entsprechende Ausführungen in der Verfügung vom 20. September 2007). Damit hatten diese Bilder auch keinen Einfluss auf Erkenntnisse, insbesondere die Feststellung des mangelnden natürlichen Kausalzusammenhanges zwischen Unfall und geklagten Beschwerden, im genannten Gutachten. Auch die Vorinstanz stützt ihre Beurteilung nicht primär auf die Observierungsaufnahmen, sondern führt sie nur der Vollständigkeit halber und zur Veranschaulichung einer angeführten Unkooperation des Beschwerdeführers auf. Damit erübrigen sich diesbezügliche nähere Ausführungen.
3.5 Gemäss Gutachten vom 17. April 2007 leidet der Beschwerdeführer weiter an einer chronischen mittelschweren depressiven Störung (ICD-10 F33.1). Diese sei jedoch nicht auf den Unfall zurückzuführen und stehe nicht im Vordergrund. Der Beschwerdeführer erachtet diesen Teil des Gutachtens als nicht stringent und nachvollziehbar und verlangt eine Neubegutachtung, da psychische Beschwerden zur typischen Symptomatik nach HWS-Distorsionen gehören würden.
Von einer weiteren Begutachtung kann schon deshalb abgesehen werden, weil eine psychische Erkrankung auch dann keine Leistungspflicht der Unfallversicherung nach sich ziehen würde, wenn sie entgegen den überzeugenden Ausführungen im genannten Gutachten in einem natürlichen Kausalzusammenhang zum Unfall vom 2. Juli 2001 stehen würde. Ein adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem eher leichten Auffahrunfall und einer rein psychischen Gesundheitsschädigung besteht nicht. Zudem wird dem Beschwerdeführer von den Gutachtern der Gutachterstelle U._ trotz der attestierten mittelschweren Depression eine vollständige Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit bescheinigt, weshalb selbst dann keine weitere Leistungspflicht der Allianz bestehen würde, wenn die Depression in einem rechtsgenüglichen Kausalzusammenhang mit dem versicherten Unfall stehen würde.
4. Zusammenfassend steht fest, dass das kantonale Gericht seine Schlussfolgerungen zu Recht auf das umfassende und überzeugende Gutachten der Gutachterstelle U._ vom 17. April 2007 gestützt hat. Demnach sind die diagnostizierten Beschwerden (zerviko-zephales und zerviko-spondylogenes Syndrom bei mehrsegmentalen primären degenerativen HWS-Veränderungen und eine chronische mittelschwere depressive Störung) nicht - auch nicht teilweise - als überwiegend wahrscheinliche Folge des Unfalles vom 2. Juli 2001 zu betrachten. Organisch objektivierbare Körperschädigungen, die über die bereits vor dem Unfall vorhandenen degenerativen Veränderungen hinausgehen, fehlen. Zudem wird im genannten Gutachten auch überzeugend ausgeführt, dass der Beschwerdeführer seine angestammte Tätigkeit mit seinem anlässlich der Untersuchung festgestellten Gesundheitszustand unabhängig von Kausalitätsfragen wieder in vollem Umfang ausführen könnte. Damit hat die Allianz ihre Versicherungsleistungen zu Recht eingestellt.
5. Die Kosten des Verfahrens sind vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Januar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer