Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG ist eine Aktengesellschaft mit Sitz in Y._. Sie wurde ursprünglich als X._ GmbH von B._, C._ und D._ gegründet. Kurz nach der Gründung kam E._ als Gesellschafter und Arbeitnehmer der Gesellschaft dazu. Anlässlich der Umwandlung in eine Aktiengesellschaft nahmen die vier Gesellschafter Einsitz in den Verwaltungsrat und übernahmen je 25 der insgesamt 100 Namenaktien, für welche gemäss Art. 5 der Statuten das Folgende gilt:
"Die Gesellschaft führt über die Namenaktien ein Aktienbuch, in welches die Eigentümer und Nutzniesser mit Namen und Adresse eingetragen werden. Die Eintragung in das Aktienbuch setzt einen Ausweis über den Erwerb der Aktien zu Eigentum oder die Begründung einer Nutzniessung voraus. Falls die Gesellschaft Aktientitel oder Aktienzertifikate ausgegeben hat, muss sie die Eintragung auf dem Aktientitel bzw. dem Aktienzertifikat bescheinigen.
Im Verhältnis zur Gesellschaft gilt als Aktionär oder Nutzniesser nur, wer im Aktienbuch eingetragen ist.
Namenaktien dürfen nur mit Zustimmung des Verwaltungsrates übertragen werden. Diese Beschränkung gilt auch für die Begründung einer Nutzniessung.
Der Verwaltungsrat kann die Eintragung im Aktienbuch aufgrund von Art. 685b Abs. 1 und 3 OR ohne Angabe von Gründen verweigern, wenn
1. die Gesellschaft dem Veräusserer der Aktien anbietet, die Aktien für eigene Rechnung, für Rechnung anderer Aktionäre oder für Rechnung Dritter zum wirklichen Wert im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs um Zustimmung zur Übertragung zu übernehmen;
2. der Erwerber von Aktien nicht ausdrücklich erklärt, dass er die Aktien im eigenen Namen und auf eigene Rechnung erworben hat.
Will die Gesellschaft von ihrem Übernahmerecht gemäss vorhergehender Ziff. 1 Gebrauch machen, hat sie dies dem veräusserungswilligen Aktionär innerhalb von 10 Tagen seit dem Zeitpunkt des Eintragungsgesuches mitzuteilen. Die Festsetzung des wirklichen Wertes bestimmt sich nach dem Ertragswert, berechnet als Summe der auf einen bestimmten Stichtag kapitalisierten Ertragsüberschüsse, erfolgt durch eine entsprechende schriftliche Vereinbarung zwischen der Gesellschaft und dem Veräusserer. (...).
(...)
Darüber hinaus kann der Verwaltungsrat die Eintragung in das Aktienbuch aufgrund von Art. 685b Abs. 1 und 2 OR bei Vorliegen eines wichtigen Grundes verweigern. Ein wichtiger Grund im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn:
1. die Übertragung der Aktien die Zusammensetzung des Aktionärskreises derart verändert, dass die Wahrung des Gesellschaftszweckes oder die wirtschaftliche Selbständigkeit der Gesellschaft gefährdet werden, oder
2. wenn der Erwerber direkt oder indirekt eine die Gesellschaft konkurrenzierende oder schädigende Tätigkeit ausübt.
(...)."
A.b Am 10. März 2006 kündigte die X._ AG den Arbeitsvertrag mit E._. Dieser suchte daraufhin einen Käufer für seine Aktien und fand diesen in A._.
Mit an B._, C._ und D._ adressiertem Schreiben vom 3. Oktober 2006 hielt E._ Folgendes fest:
"As previously declared to you and as per the Statuten of X._ AG I hereby officially advise you in your capacity as directors and shareholders of said company that I wish to transfer my shareholding in X._ AG to A._. This transfer will consist of my entire holding of 25% the company shares.
I can confirm that A._ is purchasing the shares as a personal investment and that he has the funds available to proceed.
Although the declaration is not a requirement I can declare that the purchase price of the shares will be £ 450,000 GBP.
Should any of you have any objections or wish to purchase the shares yourselves can I please ask you to notify me according to the Statuten."
Darauf reagierten B._ und D._ mit Schreiben vom 26. Oktober 2006 im Namen der X._ AG ("For X._ AG") wie folgt:
"(...) You state that your letter constitutes a declaration "as per the Statuten of X._ AG". In addition you outline that X._ AG shall notify you according to the articles of association if the company has any objections to your plans to transfer the shares to A._ or if X._ AG wishes to purchase your shares.
Please note that your shares are registered shares with restricted transferability. lf you want to sell the shares to a third party X._ AG has the right to refuse the (potential) acquirer or to take over the shares.
On application for registration the acquirer shall provide X._ AG with the necessary information enabling X._ AG to take the decision."
Daraufhin hielt E._ am 8. Dezember 2006 an die X._ AG "To the board of directors" fest:
"(...) I informed the board of directors on 3rd October 2006 that I wished to transfer my shareholding (25%) within X._ AG to A._. Until now I have not received any approval for the requested transfer of my shareholding nor has the board of directors raised any of the objections as mentioned in Article 5 of the articles of association (Übertragungsbeschränkungen) towards this planned transfer.
If the board of directors is of the opinion that it needs more information with respect to the buyer and / or the planned transfer, I kindly request the board of directors to provide me with the information required (in writing) at the latest by Wednesday 13th December 2006. However, I note that the board of directors has already been provided with the necessary information according to the articles of association. I refer to my letter of 3rd October 2006.
Please note that the approval for the transfer of my shares is considered to be given if X._ AG has not refused the request within three months after receipt (probably needless to say the approval is considered to be given if X._ AG has refused the request for an unjustified reason), i.e. 3rd January 2007 - Swiss Law). (...)"
Bezugnehmend auf dieses Schreiben erwiderte die Beklagte wiederum:
"(...) Please note that the shares of X._ AG are registered shares in the sense of section 685a seq. of the Swiss Code of Obligations.
You are registered as a shareholder of X._ AG.
This is the current situation.
You refer to Article 5 of X._ AG's articles of association. According to section 5 only shareholders registered in the shareholder register qualify as shareholders of the company. If a third party wants to become a shareholder of X._ AG such third party must apply for registration. By then X._ AG has the option as outlined in the articles of associations and only by then X._ AG will undertake the necessary investigations and take decisions. From the information you provide to us we learn that you plan to sell the shares to A._. Until now we did not hear anything from A._. We do not have any information or statement from A._ that he is in fact interested in buying the shares. If A._ is interested in acquiring the shares we are of course willing to meet him and - subject to confidentiality obligations - give him some information about X._ AG. However, X._ AG will only take decisions once there is an application of the acquirer (see Article 5 para 5 sentence 1 of the articles of association). The three months period you refer to is only triggered once the acquirer filed in an application.
Finally we like to make clear that X._ AG does not approve any transfer if X._ AG does not refuse your request three months after receipt."
Am 5. Februar 2007 gelangte schliesslich A._ persönlich an die X._ AG:
"On october 3rd, 2006 E._ requested you on my behalf to give your consent to the transfer of the shareholding (25%) within X._ AG of E._ to me. In accordance with the bye-Iaws E._ declared that I will acquire the shares as a private holding and not as trustee for any other person so I will be the legal and beneficial owner of the shares. To my astonishment I never received a reaction from you and therefore I assume that I will be shortly registered as shareholder since the three months period in which the board of directores should have reacted with objections has expired."
Die X._ AG ihrerseits bestätigte mit Schreiben vom 13. Februar 2007 den Erhalt dieses Briefes und fuhr fort:
"As you informed us you want to acquire shares of X._ AG from E._ and you assume that you will be shortly registered as a shareholder. Please note that according to its bye-Iaws X._ AG will only accept persons as shareholders, if they are registered in the register of shareholders. In order to be registered in the register of shareholders a new shareholder must apply for registration. A basic requirement to be registered in the register of shareholders is the one that the applicant must give evidence that he is the legal owner of shares at X._ AG. As you state that you "will acquire" the shares we conclude that you currently do not own any shares of X._ AG. Therefore you are not in a position yet to apply for registration in the register of shareholders. Please be informed that we do not consider your letter as an explicit application to be registered in the register of shareholders. Once you have legal titel in one or more shares of X._ AG you can apply for registration. X._ AG will then verify if there are any reasons to refuse registration as set out in the bye-Iaws of X._ AG. Enclosed please find a copy of the relevant provisions of the bye-Iaws for further information. Concerning E._' letter of October 3rd, 2006 we like to stress that E._ never declared to act on your behalf. We answered E._ letter accordingly. For further questions concerning the aforementioned letter please refer to E._. (...)"
A.c Am 14. Februar 2007 fand auf dem Notariat Riesbach-Zürich eine ausserordentliche Generalversammlung der X._ AG statt. Zu dieser waren am 12. Januar 2007 B._, C._, D._ und E._ eingeladen worden. Letzterer erschien nicht zur Generalversammlung. Stattdessen erschien Advocat Dr. F._ im Namen und Auftrag von A._ und erklärte, dass Uneinigkeiten zwischen den Aktionären und der X._ AG bestünden und insbesondere unklar sei, wer die Aktionäre der Beklagten seien, so dass die ausserordentliche Generalversammlung nicht stattfinden könne. Sollte sie dennoch abgehalten werden, würden deren Beschlüsse angefochten. Darauf verliess er die Generalversammlung und der Vorsitzende stellte widerspruchslos fest, dass nebst den anwesenden Aktionären E._ als Aktionär im Aktienbuch eingetragen sei, das gesamte Aktienkapital durch Aktionäre mit 75 Namenaktien zu Fr. 1'000.-- vertreten und die Generalversammlung damit ordnungsgemäss konstituiert und für die vorgesehenen Traktanden beschlussfähig sei.
In der Folge wurde die Einführung eines bedingten Kapitals in der Höhe von Fr. 40'000.-- unter Ausschluss der Bezugsrechte der Aktionäre und eine ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- auf Fr. 460'000.-- durch Ausgabe von 360 Namenaktien von nominell Fr. 1'000.-- beschlossen. Bezüglich Bezugsrecht wurde u.a. Folgendes beschlossen (Ziff. 3.6 des Kapitalerhöhungsbeschlusses):
"Die neuen Namenaktien werden an die Aktionäre im Verhältnis ihrer bisherigen Beteiligung zur Zeichnung offeriert, womit das gesetzliche Bezugsrecht gemäss <ref-law> vollumfänglich gewahrt ist.
Die den bisherigen Aktionären zustehenden Bezugsrechte sind nicht übertragbar; sie stehen ausschliesslich den bisherigen Aktionären zu.
(...)."
Mit Schreiben vom 14. Februar 2007 wurde den im Aktienbuch eingetragenen Aktionären eine Frist von 20 Tagen zur Ausübung der Bezugsrechte angesetzt. Am 8. März 2007 liess A._ der X._ AG mitteilen, dass er die auf seine 25 Namenaktien entfallenden Bezugsrechte auf die neu ausgegebenen Aktien vollständig ausübe. Die X._ AG nahm davon und vom Antrag auf Eintragung im Aktienbuch vom 21. Februar 2007 mit Brief vom 12. März 2007 formell Kenntnis. Gleichzeitig verlangte sie mit Blick auf die Prüfung des Gesuchs weitere Urkunden und Angaben. Darauf hielt der Rechtsvertreter von A._ mit Schreiben vom 28. März 2007 fest, dass die Abtretung der Aktien in der Form eines mündlichen Assignments nach UK-Recht erfolgt sei und die von der Beklagten gewünschte schriftliche Abtretungserklärung daher nicht existiere. Die verbindliche Erklärung von E._, seine Aktien an A._ abgetreten zu haben, genüge vollauf. Wenn gewünscht, werde E._ eine gleichlautende Erklärung zuhanden der X._ AG erstellen. Dem Schreiben legte er die formelle Erklärung von A._, dass er die 25 Aktien in eigenem Namen und auf eigene Rechnung erworben habe, sowie eine Beschreibung der vergangenen und gegenwärtigen Tätigkeiten von A._ bei. Am 4. April 2007 gelangte A._ wiederum an die X._ AG und drängte auf eine rasche Bestätigung seiner Eintragung im Aktienbuch der Gesellschaft und seiner Beteiligung an der Kapitalerhöhung.
Am 5. April 2007 lehnte die X._ AG das Gesuch von A._ um Eintragung im Aktienbuch der Gesellschaft mit der Begründung ab, A._ habe die notwendige schriftliche Abtretungserklärung nicht vorgelegt und eine solche existiere gemäss seinen Angaben auch nicht.
Mit Schreiben vom 11. April 2007 ersuchte A._ die X._ AG, auf diesen Entscheid zurückzukommen. Dem Schreiben legte er ein von ihm und E._ unterzeichnetes, vom 1. Oktober 2006 datiertes und als "Assignment of Shares" betiteltes Dokument folgenden Inhalts bei:
"This letter is an assignment agreement for the transfer of shares in X._ AG from E._ to A._.
It is agreed that E._ assigns his holding within X._ AG to A._."
Die X._ AG kam in der Folge nicht auf ihren Nichteintragungsentscheid zurück.
B. B.a Mit Klage vom 11. April 2007 beantragte A._ dem Bezirksgericht Zürich, es seien die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung der X._ AG vom 14. Februar 2007 betreffend Statutenänderung, ordentliche Kapitalerhöhung um Fr. 360'000.-- und Schaffung eines bedingten Kapitals von Fr. 40'000.-- für ungültig zu erklären und rückwirkend aufzuheben; eventualiter sei die X._ AG zu verpflichten, dem Kläger 90 Namenaktien zu je Fr. 1'000.-- Nennwert zum Bezugspreis von je Fr. 1'000.-- zu übergeben.
Zur Begründung seiner Klage führte der Kläger an, dass er bereits im Zeitpunkt der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 Aktionär der Beklagten gewesen sei. Ihm hätten daher in dieser Versammlung Teilnahme-, Vertretungs- und Mitwirkungsrechte zugestanden. Ausserdem seien ihm Bezugsrechte auf die neu ausgegebenen Aktien zugekommen.
Mit Urteil vom 9. Juli 2010 wies das Bezirksgericht die Klage vollumfänglich ab.
Das Bezirksgericht erwog zunächst, dass der Erwerb und Verlust der Mitgliedschaft in einer Gesellschaft, die Art und Wirkung deren Übertragung, die Vinkulierung und das Recht zur Anfechtung von Generalversammlungsbeschlüssen gemäss Art. 154 i.V.m. <ref-law> dem Inkorporationsstatut, vorliegend also schweizerischem Recht unterliegen. Das Bezirksgericht kam sodann zum Schluss, dass das auf den 1. Oktober 2006 datierte, mit "Assignment of Shares" betitelte Dokument inhaltlich zwar den Anforderungen an eine Zession nach schweizerischem Recht genüge. Dem Kläger sei es aber nicht gelungen, die erheblichen Zweifel an der Datierung der Übertragungsurkunde zu widerlegen. Als erwiesen gelten könne einzig, dass dieses Dokument der Beklagten am 11. April 2007 zugestellt worden sei. Einen früheren Zustellungs- und einen bestimmten Herstellungszeitpunkt vor dem 10. April 2007 habe der Kläger nicht beweisen können. Es sei daher davon auszugehen, dass die Zession der Namenaktien um den 10. April 2007 vorgenommen worden sei. Anlässlich der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 sei daher den tatsächlichen Eigentumsverhältnissen entsprechend noch E._ als Inhaber der Namenaktien der Beklagten im Aktienbuch eingetragen gewesen. Der Kläger habe somit in dieser Versammlung keine Rechte gehabt, weshalb auch die damals gefassten Beschlüsse gültig seien. Inhaltlich sei der Beschluss betreffend die Kapitalerhöhung nicht nichtig, sei doch das Bezugsrecht für die Aktionäre gleichermassen in dem Sinn eingeschränkt worden, dass die Übertragbarkeit desselben ausgeschlossen worden ist. Eine allfällige Anfechtbarkeit sei vom Kläger nicht zum Thema des Prozesses gemacht worden. Die Einschränkung des Bezugsrechtes sei daher rechtens, so dass nur die "bisherigen Aktionäre", mithin die Personen, welche zum Zeitpunkt der Fassung des Kapitalerhöhungsbeschlusses Aktionäre der Beklagten gewesen seien, bezugsberechtigt seien. Das treffe auf den Kläger nicht zu. Dieser sei erst nach Ablauf der Zeichnungsfrist Aktionär geworden.
B.b Mit Urteil vom 16. November 2011 wies das Obergericht des Kantons Zürich die vom Kläger gegen das Urteil des Bezirksgerichts eingelegte Berufung ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts vom 16. November 2011 aufzuheben und es seien die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung der Beklagten vom 14. Februar 2007 betreffend Statutenänderung, ordentliche Kapitalerhöhung von Fr. 360'000.-- und Schaffung eines bedingten Kapitals, für ungültig zu erklären und rückwirkend aufzuheben. Eventualiter sei die Beklagte zu verpflichten, dem Kläger 90 Namenaktien zu je Fr. 1'000.-- Nennwert zum Bezugspreis von Fr. 1'000.-- zu übergeben.
Die Beklagte beantragt in ihrer Vernehmlassung, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.
D. Mit Präsidialverfügung vom 15. Februar 2012 wurde das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung gutgeheissen.
Der Beschwerdeführer überwies in der Folge den geforderten Betrag von Fr. 8'000.-- an die Bundesgerichtskasse.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1, 470 E. 1; <ref-ruling> E. 1).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Rechtsmittelentscheid eines oberen kantonalen Gerichts (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden und bei der Streitsache handelt es sich um eine Zivilsache (<ref-law>) mit einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Streitwert (<ref-law>). Unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749). Dabei hat die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen; Verweise auf andere Rechtsschriften, insbesondere im kantonalen Verfahren eingereichte, sind unbeachtlich (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 387 f., je mit Verweisen).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, namentlich die Parteivorbringen (Urteile 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 2; 4A_439/2010 vom 20. Oktober 2011 E. 2.1). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.4 Diese Grundsätze verkennt der Beschwerdeführer, soweit er sich unter Ziffer 2 seiner Beschwerdeschrift auf Dokumente - namentlich ein angeblich vom 5. Februar 2007 datiertes Schreiben von E._ - beruft, aus denen er eine gültige Übertragung von Namenaktien der Beschwerdegegnerin auf sich ableiten will. Der Beschwerdeführer trägt die entsprechenden Ausführungen frei und gänzlich ohne Bezugnahme auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid und ohne Erhebung tauglicher Sachverhaltsrügen vor, als ob dem Bundesgericht eine freie Prüfung sämtlicher Tat- und Rechtsfragen zukäme. Darauf ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt unter den Ziffern 3 und 4 seiner Beschwerdeschrift, die Vorinstanz habe das vom 21. Februar 2007 datierte Schreiben von E._ zu Unrecht nicht als Nachweis dafür erachtet, dass E._ die Namenaktien wirksam an den Beschwerdeführer abgetreten habe. Bei dem Schreiben handle es sich um eine Abtretungsbestätigung, mit der die Zession rechtsgenügend nachgewiesen worden sei.
2. Der Beschwerdeführer rügt unter den Ziffern 3 und 4 seiner Beschwerdeschrift, die Vorinstanz habe das vom 21. Februar 2007 datierte Schreiben von E._ zu Unrecht nicht als Nachweis dafür erachtet, dass E._ die Namenaktien wirksam an den Beschwerdeführer abgetreten habe. Bei dem Schreiben handle es sich um eine Abtretungsbestätigung, mit der die Zession rechtsgenügend nachgewiesen worden sei.
2.1 2.1.1 Gemäss <ref-law> unterstehen die Gesellschaften dem Recht des Staates, nach dessen Vorschriften sie organisiert sind. Der Umfang des Gesellschaftsstatus wird vom Gesetz weit gefasst (Art. 155 lit. a-i IPRG). Ziel der gesetzlichen Regelung ist, dem Gesellschaftsstatut einen möglichst weiten Anwendungsbereich zu geben. Unter Vorbehalt der Sonderanknüpfungen (Art. 155 bis 159 IPRG) beherrscht das Gesellschaftsstatut alle gesellschaftsrechtlichen Fragen des Innen- und Aussenverhältnisses (<ref-ruling> E. 3.1.3 S. 349). Dazu gehört namentlich auch der Erwerb, die Änderung und der Verlust der Mitgliedschaft in einer Gesellschaft sowie die Art und Wirkung der Übertragung des Mitgliedschaftsrechts (FRANK VISCHER, in: Zürcher Kommentar zum IPRG, 2. Aufl. 2004, N. 24 f. zu <ref-law>; VON PLANTA/EBERHARD, in: Basler Kommentar, 2. Aufl. 2007 N. 13 zu <ref-law>). Die Vorinstanz ist damit zutreffend davon ausgegangen, dass auf die Übertragung von Namenaktien der Beschwerdegegnerin schweizerisches Recht anwendbar ist. Dies stellt auch der Beschwerdeführer nicht in Frage.
2.1.2 Die Übertragung von Namenaktien, die - wie hier - nicht in Wertpapierform ausgegeben worden sind, erfolgt nach den Vorschriften über die Forderungszession (statt aller OERTLE/DU PASQUIER, in: Basler Kommentar, 4. Aufl. 2012, N. 5 zu <ref-law>; FORSTMOSER et al., Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 44 N. 102).
Die Abtretung von Forderungen gemäss <ref-law> ist ein zweiseitiges Verfügungsgeschäft, aufgrund dessen der Zessionar in die Gläubigerstellung des Zedenten nachfolgt. Sie besteht aus einer Veräusserungserklärung des Zedenten und einer Erwerbserklärung des Zessionars. Daher kommt die Abtretung nicht schon mit der Ausstellung der Abtretungsurkunde, auch nicht ohne weiteres mit deren Übergabe an den vorgesehenen Zessionar, sondern erst mit der Annahme durch diesen zustande, die freilich in manchen Fällen stillschweigend erfolgt (<ref-ruling> E. 1 S. 363).
2.1.3 Der Bestand eines Vertrages ist wie dessen Inhalt durch Auslegung der Willensäusserungen der Parteien zu bestimmen. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen festzustellen (<ref-law>). Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 1a S. 73). Die Feststellung des tatsächlichen Parteiwillens beruht auf Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 413; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274, 626 E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen), die vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; oben E. 1.3).
2.1.3 Der Bestand eines Vertrages ist wie dessen Inhalt durch Auslegung der Willensäusserungen der Parteien zu bestimmen. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen festzustellen (<ref-law>). Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 1a S. 73). Die Feststellung des tatsächlichen Parteiwillens beruht auf Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 413; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274, 626 E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen), die vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; oben E. 1.3).
2.2 2.2.1 Das Schreiben von E._ vom 21. Februar 2007 ist an den Rechtsanwalt des Beschwerdeführers adressiert und weist gemäss den Feststellungen im angefochtenen Entscheid folgenden Wortlaut auf:
"I am writing to advise you that I have today, Wednesday 21st February 2007, sold and assigned twenty five (25) shares in X._ AG to A._. This represents my total holding with the said company ( ... )."
Der Beschwerdeführer legte dieses Schreiben seinem Gesuch an die Beschwerdegegnerin um Eintragung in das Aktienbuch bei. Gemäss der Vorinstanz nahm die Beschwerdegegnerin davon mit Brief vom 12. März 2007 formell Kenntnis und verlangte vom Beschwerdeführer u.a. eine schriftliche Abtretungserklärung, da das vorliegende Schreiben lediglich eine Mitteilung an den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers darstelle. Darauf hielt der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers mit Schreiben vom 28. März 2007 fest, dass die Abtretung der Aktien in der Form eines mündlichen Assignments nach englischem Recht erfolgt sei und die von der Beschwerdegegnerin gewünschte schriftliche Abtretungserklärung daher nicht existiere. Die verbindliche Erklärung von E._, seine Aktien an den Beschwerdeführer abgetreten zu haben, genüge vollauf. Wenn gewünscht, werde E._ eine gleichlautende Erklärung zuhanden der Beschwerdegegnerin erstellen. Die Beschwerdegegnerin reagierte mit Schreiben vom 5. April 2007 und hielt fest, dass der Verwaltungsrat beschlossen habe, das Gesuch um Eintragung als Aktionär abzulehnen. Massgebend für diesen Entscheid sei, dass der Beschwerdeführer keine schriftliche Abtretungserklärung habe vorlegen können und eine solche gemäss dem Schreiben des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers vom 28. März 2007 auch nicht existiere.
2.2.2 Die Vorinstanz kam gestützt auf diese Korrespondenz zum Schluss, dass E._ mit der Erklärung vom 21. Februar 2007 lediglich eine anderweitig erfolgte Abtretung bestätigen wollte. In diesem Sinne, d.h. als Abtretungsbestätigung und nicht als Abtretungsurkunde, sei das Schreiben denn auch vom Beschwerdeführer und der Beschwerdegegnerin verstanden worden. Uneinigkeit habe einzig darüber bestanden, ob die vom Beschwerdeführer behauptete mündliche Abtretung gültig sei oder nicht. Gemäss der Vorinstanz handelt es sich daher bei dem Schreiben vom 21. Februar 2007 gemäss dem übereinstimmenden tatsächlichen Verständnis aller Parteien nicht um eine Zessionsurkunde. Eine Abtretung ist gemäss der Vorinstanz folglich nicht zustande gekommen.
2.2.3 Mit diesen Erwägungen stellt die Vorinstanz beweiswürdigend fest, dass E._ mit dem Schreiben vom 21. Februar 2007 keine Abtretungserklärung und der Beschwerdeführer auch keine entsprechende Erwerbserklärung abgegeben hat. Eine tatsächliche Willensübereinstimmung hinsichtlich einer Abtretung ist damit gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz im Zusammenhang mit dem Schreiben vom 21. Februar 2007 gerade nicht zustande gekommen.
Die vom Beschwerdeführer gegen diese tatsächliche Feststellung auf den Seiten 5 - 7 seiner Beschwerdeschrift vorgebrachten Rügen genügen den Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge offensichtlich nicht. Dass - wie der Beschwerdeführer geltend macht - das Schreiben vom 21. Februar 2007 inhaltlich die Erfordernisse einer Zessionsurkunde aufwies, ändert nichts daran, dass die Parteien diese tatsächlich nicht als Zessionserklärung verstanden haben. Es ist damit von der vorinstanzlichen Feststellung auszugehen, dass E._ dem Beschwerdeführer die Aktien frühestens am 10. April 2007 übertragen hat.
3. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz unter Ziffer 6 seiner Beschwerdeschrift sodann eine Verletzung von Art. 706 f. OR vor. Die Vorinstanz habe seine Rüge, die angefochtenen Beschlüsse der a.o. Generalversammlung vom 14. Februar 2007 hätten das Bezugsrecht gemäss <ref-law> verletzt, zu Unrecht als verwirkt erachtet.
3.1 Nach <ref-law> erlischt das Anfechtungsrecht, wenn die Klage nicht spätestens zwei Monate nach der Generalversammlung angehoben wird. Dabei handelt es sich um eine Verwirkungsfrist, deren Einhaltung das Gericht von Amtes wegen prüft (Urteil 4A_404/2011 vom 7. November 2011 E. 5.1, publ. in: SJ 2012 I, S. 190 ff.). Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung müssen innerhalb dieser Frist sowohl die Klage angehoben als auch sämtliche Anfechtungsgründe vorgebracht worden sein, auf die sich der Anfechtungskläger stützt (<ref-ruling> E. 6a S. 87). Ein Nachschieben von Anfechtungsgründen ist unzulässig, denn es läge nicht im Sinne der in <ref-law> getroffenen Ordnung der Anfechtung von Generalversammlungsbeschlüssen, wenn man zuliesse, dass der Klageberechtigte sich in der fristgerecht angehobenen Anfechtungsklage auf die Anrufung einzelner Anfechtungsgründe beschränken, weitere dagegen erst später vorbringen kann. Der kurzen Befristung des Anfechtungsrechts auf zwei Monate liegt die Zielsetzung zugrunde, mit Rücksicht auf die Rechtssicherheit und die Interessen der Beteiligten (Gesellschaft, Aktionäre, Gläubiger) möglichst rasch abzuklären, ob und in welchem Umfang die Rechtsbeständigkeit von Generalversammlungsbeschlüssen ungewiss ist und mit deren Aufhebung gerechnet werden muss (<ref-ruling> E. 6a S. 88). Bezüglich Anfechtungsgründe, die nach der Zweimonatsfrist von <ref-law> angerufen werden, ist das Klagerecht verwirkt (BRIGITTE TANNER, in: Zürcher Kommentar, 2003, N. 37 zu <ref-law>; DIESELBE, in: Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 2. Aufl. 2012, N. 1 zu <ref-law>).
3.1 Nach <ref-law> erlischt das Anfechtungsrecht, wenn die Klage nicht spätestens zwei Monate nach der Generalversammlung angehoben wird. Dabei handelt es sich um eine Verwirkungsfrist, deren Einhaltung das Gericht von Amtes wegen prüft (Urteil 4A_404/2011 vom 7. November 2011 E. 5.1, publ. in: SJ 2012 I, S. 190 ff.). Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung müssen innerhalb dieser Frist sowohl die Klage angehoben als auch sämtliche Anfechtungsgründe vorgebracht worden sein, auf die sich der Anfechtungskläger stützt (<ref-ruling> E. 6a S. 87). Ein Nachschieben von Anfechtungsgründen ist unzulässig, denn es läge nicht im Sinne der in <ref-law> getroffenen Ordnung der Anfechtung von Generalversammlungsbeschlüssen, wenn man zuliesse, dass der Klageberechtigte sich in der fristgerecht angehobenen Anfechtungsklage auf die Anrufung einzelner Anfechtungsgründe beschränken, weitere dagegen erst später vorbringen kann. Der kurzen Befristung des Anfechtungsrechts auf zwei Monate liegt die Zielsetzung zugrunde, mit Rücksicht auf die Rechtssicherheit und die Interessen der Beteiligten (Gesellschaft, Aktionäre, Gläubiger) möglichst rasch abzuklären, ob und in welchem Umfang die Rechtsbeständigkeit von Generalversammlungsbeschlüssen ungewiss ist und mit deren Aufhebung gerechnet werden muss (<ref-ruling> E. 6a S. 88). Bezüglich Anfechtungsgründe, die nach der Zweimonatsfrist von <ref-law> angerufen werden, ist das Klagerecht verwirkt (BRIGITTE TANNER, in: Zürcher Kommentar, 2003, N. 37 zu <ref-law>; DIESELBE, in: Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 2. Aufl. 2012, N. 1 zu <ref-law>).
3.2 3.2.1 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz leitete der Beschwerdeführer seine Klage mit dem Antrag auf Ungültigerklärung der Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 betreffend Statutenänderung, ordentlicher Kapitalerhöhung und Schaffung eines bedingten Kapitals ein. Unter dem Titel "Sachverhalt" schilderte er unter Bezugnahme auf eine Korrespondenz zwischen den verschiedenen Beteiligten die Umstände des Verkaufs und der Übertragung der Aktien von E._ an ihn sowie die in diesem Zusammenhang aufgetretenen Schwierigkeiten. Er erwähnte die Einladung der Beklagten vom 12. Januar 2007 zur ausserordentlichen Generalversammlung an B._, C._, D._ und E._ und die Tatsache, dass er nicht eingeladen worden sei. Er schilderte die Durchführung der ausserordentlichen Generalversammlung und hielt in diesem Zusammenhang fest, dass er bzw. sein Vertreter von dieser ausgeschlossen worden sei. Weiter erwähnte er, dass er nicht eingeladen worden sei, an der Kapitalerhöhung teilzunehmen, und dass ihm somit das Bezugsrecht nicht gewährt worden sei. Am 21. Februar 2007 habe er noch einmal verlangt, mit seinen Aktien ins Aktienbuch eingetragen zu werden. Am 8. März 2007 habe er das Bezugsrecht an den aus der ordentlichen Kapitalerhöhung auszugebenden neuen Aktien ausgeübt.
Unter dem Titel "Rechtliches" legte der Beschwerdeführer zunächst dar, dass ihm eine Verletzung seiner Rechte als Aktionär der Beklagten drohe, und leitete her, dass er am 5. Januar 2007 aus den Aktien berechtigt worden sei und Anspruch auf Eintragung im Aktienbuch habe. Die Eintragung habe in der gegebenen Situation aber nur deklaratorischen Charakter, seien doch die Rechte aus den Aktien bzw. die Aktionärsstellung schon am 5. Januar 2007 übergegangen. Dann hielt er unter Hinweis auf den Beschluss der ausserordentlichen Generalversammlung, seinen Vertreter nicht zur Teilnahme zuzulassen, fest, dass ihm damit das fundamentale Recht auf Teilnahme an der Generalversammlung im Sinne von <ref-law> entzogen worden sei, weshalb dieser nichtig sei. Als Folge davon, seien auch alle an der ausserordentlichen Generalversammlung getroffenen Ausführungsbeschlüsse, insbesondere die Statutenänderung und die beiden Kapitalerhöhungen nichtig. Auch ohne Nichtigkeit müssten die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung nach <ref-law> aufgehoben werden. Der Aktionär habe aus <ref-law> ein zwingendes Recht auf Teilnahme an der Generalversammlung. Vorliegend sei der Beschwerdeführer zu Unrecht weder zur ausserordentlichen Generalversammlung vom 14. Februar 2007 eingeladen noch zu ihr zugelassen worden, wodurch sein Teilnahmerecht verletzt worden sei. Der Aktionär habe aus <ref-law> Anspruch auf den Teil der neu ausgegebenen Aktien, der seiner bisherigen Beteiligung entspreche. Dieses Bezugsrecht sei dem Beschwerdeführer zu Unrecht entzogen worden.
3.2.2 Demgegenüber ging der Beschwerdeführer gemäss den Feststellungen der Vorinstanz in seiner Berufungsschrift davon aus, dass er erst am 21. Februar 2007, also nach der a.o. Generalversammlung Aktionär der Beschwerdegegnerin geworden ist. Entsprechend begründete der Beschwerdeführer seine Anträge im Berufungsverfahren nicht wie im erstinstanzlichen Verfahren mit der Verletzung seiner Teilnahme-, Mitwirkungs- und anderen Rechten anlässlich der a.o. Generalversammlung, sondern einzig damit, dass die Beschlüsse über die ordentliche Kapitalerhöhung und über die Schaffung von bedingtem Kapital im Widerspruch zu <ref-law> sowie Art. 652e und 652f OR stünden und daher anfechtbar bzw. nichtig seien. Die von der a.o. Generalversammlung beschlossene Beschränkung der Übertragbarkeit des Bezugsrechts sei für den verkaufswilligen Aktionär eine wesentliche Beschränkung des Bezugsrechts i.S. von <ref-law>. Dies sei noch viel mehr der Fall für den Käufer von Aktien, dem das Bezugsrecht komplett entzogen werde. Die Einschränkung des Bezugsrechts müsse durch einen wichtigen Grund gerechtfertigt sein, die Aktionäre gleich behandeln bzw. keine ungerechtfertigte Benachteiligung oder Begünstigung einzelner Aktionäre bewirken, begründet werden und dem Prinzip der schonenden Rechtsausübung genügen bzw. verhältnismässig sein. Die Beschwerdegegnerin habe für die Einschränkung des Bezugsrechts in Ziff. 3.6 des Kapitalerhöhungsbeschlusses aber nie einen Grund genannt. Ein solcher sei weder in der Einladung zur Generalversammlung erwähnt, noch im Beschluss der Generalversammlung, noch sei ein Grund mündlich und im Protokoll der Generalversammlung genannt. Die Aktionäre würden sodann materiell in nicht gerechtfertigter Weise ungleich behandelt. Die Vorinstanz wolle nur auf die Aktionäre abstellen, die zum Zeitpunkt der Generalversammlung am 14. Februar 2007 im Aktienbuch eingetragen gewesen sind. Richtigerweise müssten aber alle Aktionäre gleich behandelt werden, die innerhalb der Frist für die Ausübung des Bezugsrechts Aktionäre seien bzw. neu Aktionäre würden. Es gebe keinen Grund, eine Person, die während der Ausübungsfrist Aktionär werde, vom Recht auf Gleichbehandlung auszuschliessen. Vorliegend sei der Beschwerdeführer in unrechtmässiger Weise ungleich behandelt worden. Obwohl er am 21. Februar 2007 Aktionär der Beklagten mit allen Rechten geworden sei, sei er vom Bezugsrecht ausgeschlossen worden. Da in Ziffer 3.6 des Kapitalerhöhungsbeschlusses die Bezugsrechte eingeschränkt bzw. für Neuaktionäre sogar komplett entzogen würden, hätte gemäss <ref-law> schliesslich ein schriftlicher Kapitalerhöhungsbericht erstellt werden müssen. Dieser hätte gemäss <ref-law> von einem zugelassenen Revisor geprüft und testiert werden müssen. Dies sei vorliegend aber nicht geschehen, weshalb die Beschlüsse der Generalversammlung über die beiden Kapitalerhöhungen anfechtbar seien. Zusammenfassend ergebe sich, dass die Voraussetzungen von <ref-law> für die Beschränkung des Bezugsrechts nicht gegeben seien. Auch die Vorschriften von Art. 652e und 652f OR seien verletzt.
3.2.3 Ausgehend von den Vorbringen des Beschwerdeführers in erster und zweiter Instanz erwog das Obergericht, dass der Beschwerdeführer zwar bereits in seiner Klage unter Hinweis auf <ref-law> einen Entzug seines Bezugsrechts moniert habe. Allerdings habe er dies nicht getan, indem er inhaltliche Kritik am betreffenden Beschluss übte. Vielmehr habe er einzig vor dem Hintergrund seiner tatsächlichen Behauptungen argumentiert, dass er im Zeitpunkt der a.o. Generalversammlung bereits Aktionär gewesen und deshalb zu Unrecht von den mit der Aktionärsstellung verbundenen Rechten ausgeschlossen worden sei. Soweit er die Rechtfertigung der Kapitalerhöhung thematisierte, habe sich seine Argumentation denn auch nur in der Feststellung erschöpft, er habe anlässlich der a.o. Generalversammlung seine diesbezüglichen Informationsrechte nicht ausüben können. Folgerichtig habe er auch nicht auf die <ref-law> sowie Art. 652e und 652f OR hingewiesen. Dass es dem Beschwerdeführer ursprünglich nicht darum gegangen sei, den Beschluss betreffend das Bezugsrecht inhaltlich in Frage zu stellen, würden denn auch seine Ausführungen in der erstinstanzlichen Replik zeigen. In dieser habe er zwar zunächst die Darlegungen der Beschwerdegegnerin in der Klageantwort zu den Gründen der in Frage stehenden Kapitalerhöhung bestritten. Insbesondere habe er eine Unterkapitalisierung der Beschwerdegegnerin in Abrede gestellt. Gleichzeitig habe er aber dafür gehalten, dass die Ausführungen der Beschwerdegegnerin zu den Gründen der in Frage stehenden Kapitalerhöhung am Kern der Sache vorbeiführen würden, weil der Beschwerdeführer wiederholt klar gemacht habe, dass er nicht die fragliche Kapitalerhöhung blockieren, sondern an dieser teilnehmen wolle. Seine folgenden Ausführungen habe er dann sowohl in tatsächlicher wie in rechtlicher Hinsicht wiederum einzig der Frage seiner Aktionärsstellung gewidmet. Er habe erneut festgehalten, dass er am 5. Januar 2007 von Gesetzes wegen Aktionär der Beschwerdegegnerin geworden sei und diese ihn deshalb zu Unrecht von der Teilnahme an der ausserordentlichen Generalversammlung ausgeschlossen und zu Unrecht nicht ihn, sondern E._ zur Ausübung des Bezugsrechts eingeladen habe.
Gemäss der Vorinstanz treffe es mithin nicht zu, dass der Beschwerdeführer seine Anfechtungsklage von Anfang an damit begründet hat, dass die angefochtenen Beschlüsse über die Erhöhung des Aktienkapitals bzw. die Schaffung von bedingtem Kapital in Widerspruch zu <ref-law> sowie Art. 652e und 652f OR stünden. Die entsprechende Argumentation des Beschwerdeführers im Berufungsverfahren sei neu. Das Klagerecht sei diesbezüglich verwirkt.
3.3 Mit diesen Erwägungen hat die Vorinstanz die vom Bundesgericht aufgestellten Grundsätze zu <ref-law> (oben E. 3.1) zutreffend angewendet. Wenn ein Anfechtungskläger geltend macht, ein Beschluss der Generalversammlung sei in Missachtung der Teilnahmerechte eines Aktionärs gefasst worden und damit formell mangelhaft, um dann nachzuschieben, der Beschluss schränke überdies in inhaltlich unzulässiger Weise das Bezugsrecht ein, so handelt es sich dabei um zwei verschiedene Anfechtungsgründe. Diese sind innerhalb der Zweimonatsfrist von <ref-law> vorzubringen, um im Anfechtungsverfahren berücksichtigt zu werden. Zwar kann die Abgrenzung der Anfechtungsgründe im Einzelfall schwierig sein. Um zwei unterschiedliche Anfechtungsgründe handelt es sich aber jedenfalls dann, wenn sie nicht nur auf einer unterschiedlichen rechtlichen Argumentation, sondern wie hier auch auf verschiedenen Sachverhalten beruhen. Gemäss den Feststellungen im angefochtenen Entscheid hat der Beschwerdeführer seine Rügen gegen die Einschränkung des Bezugsrechts in der Berufungsschrift nämlich nicht nur mit einer neuen rechtlichen Argumentation begründet, sondern auch auf neue Tatsachen abgestützt: Die Behauptungen, es sei weder in der Einladung zur Generalversammlung, noch im Beschluss der Generalversammlung bzw. im Protokoll der Generalversammlung ein wichtiger Grund zur Beschränkung des Bezugsrechts genannt, bzw. es seien kein Kapitalerhöhungsbericht erstellt und von einem Revisor geprüft worden, hat der Beschwerdeführer gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen erst im Berufungsverfahren vorgebracht. Weiter führte er zur Begründung der angeblichen Ungleichbehandlung an, er sei erst nach der a.o. Generalversammlung Aktionär geworden, während er gemäss den Feststellungen im angefochtenen Entscheid in erster Instanz behauptet hatte, er habe seine Aktionärsstellung bereits vorher erworben. Bei seinen Rügen in der zweiten Instanz handelt es sich somit um Anfechtungsgründe, die auf neuen rechtlichen und tatsächlichen Vorbringen beruhen. Da diese nach Ablauf der Zweimonatsfrist von <ref-law> in den Prozess eingeführt wurden, ist der Beschwerdeführer damit nicht zu hören.
4. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz unter Ziffer 5 seiner Beschwerdeschrift sodann eine Verletzung von <ref-law> vor, indem diese unter Verweis auf das erstinstanzliche Urteil zum Schluss gekommen sei, die Beschränkung des Bezugsrechts führe nicht zur Nichtigkeit des Kapitalerhöhungsbeschlusses. Nach Auffassung des Beschwerdeführers beschränkt Ziff. 3.6 des Kapitalerhöhungsbeschlusses das Bezugsrecht, indem dessen Übertragbarkeit ausgeschlossen wird. Dabei handle es sich um eine unzulässige Beschränkung i.S. von <ref-law>, welche Nichtigkeitsfolgen nach sich ziehe.
Die Rüge ist unbegründet. Gemäss <ref-law> sind insbesondere Beschlüsse der Generalversammlung nichtig, die das Recht auf Teilnehme an der Generalversammlung, das Mindeststimmrecht, die Klagerechte oder andere vom Gesetz zwingend gewährte Rechte des Aktionärs entziehen oder beschränken. Die Nichtigkeit von Beschlüssen ist vom Richter jederzeit von Amtes wegen festzustellen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 513; <ref-ruling> E. 1 S. 387). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist bei der Annahme von Nichtigkeit freilich Zurückhaltung geboten (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 465; <ref-ruling> E. 3b S. 474). Denn aus Gründen der Rechtssicherheit sind rechtswidrige Generalversammlungsbeschlüsse vermutungsweise nur anfechtbar und nicht nichtig (Botschaft über die Revision des Aktienrechts vom 23. Februar 1983, BBl 1983 II S. 883). Auf Nichtigkeit kann nur aus zwingenden Gründen erkannt werden, so etwa wenn mit dem entsprechenden Aktionärsrecht derart gewichtige öffentliche Interessen verbunden sind, dass sie das ebenfalls öffentliche Rechtssicherheitsinteresse überwiegen (Botschaft, a.a.O., S. 884). Wird ein Bezugsrecht lediglich im Einzelfall ohne hinreichenden wichtigen Grund entzogen bzw. beschränkt, liegt nach der herrschenden Lehre kein Anwendungsfall der Nichtigkeit, sondern der Anfechtbarkeit vor (Truffer/Dubs, in: Basler Kommentar, 4. Aufl. 2012, N. 9 zu <ref-law>; Druey/Glanzmann, Gesellschafts- und Handelsrecht, 10. Aufl. 2011, § 12 N. 74; Stefan Knobloch, Das System zur Durchsetzung von Aktionärsrechten, 2011, S. 46; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 16 N. 163a). Die Vorinstanz ist damit zutreffend davon ausgegangen, dass die vorliegend angefochtene Regelung der Bezugsrechte nicht nichtig sein kann.
5. Unter Ziffer 7 seiner Beschwerdeschrift rügt der Beschwerdeführer schliesslich, die Vorinstanz habe die Ziffer 3.6 des Kapitalerhöhungsbeschlusses unrichtig ausgelegt. Diese bedeute lediglich, dass die Übertragung der Bezugsrechte ohne Aktien nicht zulässig sei, die Übertragung der Bezugsrechte mitsamt der Aktien jedoch zulässig.
Es ist nicht ersichtlich, welches Interesse der Beschwerdeführer an dieser Rüge hat. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Beschwerdeführer frühestens am 10. April 2007 und damit erst nach Ablauf der 20-tägigen Zeichnungsfrist für neue Aktien Aktionär der Beschwerdegegnerin geworden sei. Gestützt darauf hat sie zutreffend erwogen, dass dem Beschwerdeführer damit auch ausgehend von seiner Interpretation des umstrittenen Beschlusses ein Bezugsrecht von vornherein nicht zusteht. Gegen diese Erwägungen bringt der Beschwerdeführer keine Rügen vor, womit auf seine Rüge, die Vorinstanz habe den Kapitalerhöhungsbeschluss unrichtig ausgelegt, nicht einzutreten ist.
6. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
Dem Verfahrensausgang entsprechend wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Parteientschädigung ist aus der vom Beschwerdeführer an die Gerichtskasse bezahlten Sicherheitsleistung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen. Diese Entschädigung wird aus der an die Gerichtskasse bezahlten Sicherheitsleistung ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni