Sachverhalt:
A. Die Credit Suisse (CS) finanzierte für S._ eine Reihenhausüberbauung in A._/TI, bestehend aus vier Reihen-Einfamilienhäusern im Stockwerkeigentum. Die diesbezügliche Forderung der Bank gegenüber S._ belief sich am 15. April 2003 auf Fr. 1'945'566.15 und war durch vier Inhaberschuldbriefe von insgesamt Fr. 1,5 Mio. sichergestellt. Am 29. Juni 2001 stellte die Credit Suisse die Forderung fällig und leitete das Betreibungsverfahren ein, stellte aber noch kein Verwertungsbegehren.
Im Hinblick auf den Erwerb der vier Reihen-Einfamilienhäuser durch die X._ AG mit Sitz in B._/AG gewährte S._ dieser am 10. Januar 2003 ein zinsloses Darlehen von Fr. 450'000.--. Das Darlehen ist befristet bis zur endgültigen Weiterveräusserung der vier Reihen-Einfamilienhäuser durch die Käuferin.
Im Hinblick auf die Forderung der Credit Suisse gegenüber S._ trafen die Beteiligten am 22./26. April 2003 folgende Vereinbarung: Die X._ AG erwirbt von der Credit Suisse eine Teilforderung in der Höhe von Fr. 1,5 Mio. (Gesamtschuld Fr. 1'945'566.--) gegenüber S._ zum Preis von Fr. 900'000.--. Für den Fall der Zwangsversteigerung oder eines Freihandverkaufs der vier Stockwerkeinheiten tritt sie einen allfälligen, den Preis von Fr. 900'000.-- übersteigenden Mehrerlös zu 80 % an die Credit Suisse ab.
Am 21. Mai 2003 veräusserte S._ die vier Stockwerkeigentumseinheiten zum Preis von Fr. 1,35 Mio. an die X._ AG. Der Kaufpreis wurde getilgt durch das Verkäuferdarlehen im Betrag von Fr. 450'000.-- sowie durch Aufnahme einer Hypothek bei der Neuen Aargauer Bank von Fr. 900'000.--.
Am 15. Mai 2005 veräusserte die X._ AG, nachdem sie Renovationsarbeiten vornehmen liess, die vier Stockwerkeinheiten für Fr. 1,6 Mio. weiter.
B. Am 3. Juli 2007 wurde die X._ AG für die Kantons- und Gemeindesteuern 2005 veranlagt. Im Einspracheverfahren setzte das Kantonale Steueramt Aargau in teilweiser Gutheissung der Einsprache den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 68'059.-- und das steuerbare Eigenkapital auf Fr. 86'285.-- fest. Dabei rechnete es unter dem Titel "fiktives Darlehen S._" den Saldo des Kontos 2065 Darlehen S._ per 31. Dezember 2005 von Fr. 50'877.55 zum steuerbaren Reinertrag hinzu (Einspracheentscheid vom 24. April 2009).
Die X._ AG führte Rekurs beim Steuerrekursgericht des Kantons Aargau. Dieses nahm eine reformatio in peius vor und erhöhte den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 416'304.--, indem es die geldwerte Leistung (Fr. 50'877.--) um die bis Ende 2005 erfolgten Abschlagszahlungen an die Darlehensforderung von S._ von insgesamt Fr. 399'122.-- erhöhte (Urteil vom 16. Juni 2011).
Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 7. März 2012 ab.
C. Hiergegen führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 7. März 2012 und des Steuerrekursgerichts vom 16. Juni 2011 sowie die darauf basierenden Veranlagungen seien aufzuheben; von der Erfassung einer verdeckten Gewinnausschüttung von Fr. 399'122.-- sei abzusehen und der steuerbare Reingewinn 2005 um diesen Betrag zu reduzieren.
Das Kantonale Steueramt Aargau beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau über die Kantons- und Gemeindesteuern ist zulässig (Art. 82 f., <ref-law>; Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 [SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid berührt und zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Nicht zulässig ist der Antrag, auch die kantonal vorinstanzlichen Entscheide seien aufzuheben, da diese durch das verwaltungsgerichtliche Urteil ersetzt worden sind (Devolutiveffekt). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Immerhin gelten aber die Entscheide der unteren kantonalen Instanzen als inhaltlich mit angefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
1.2 Mit der Beschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es im Rahmen der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2, <ref-law>) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht ist nur zu prüfen, wenn eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.3 Die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze, insbesondere des Willkürverbots (<ref-law>). Im vorliegenden Verfahren geht es um die Anwendung von § 68 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 des aargauischen Steuergesetzes vom 15. Januar 1998 (StG/AG; SAR 651.100). Diese Norm stimmt inhaltlich mit Art. 24 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) überein. Ein Gestaltungsspielraum zugunsten des kantonalen Gesetzgebers besteht nicht. Unter dieser Voraussetzung prüft das Bundesgericht praxisgemäss auch die Anwendung des harmonisierten kantonalen Rechts mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2 S. 210; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 1.3 mit Hinweisen, in: StR 67 S. 128). Aus Gründen der vertikalen Steuerharmonisierung ist auch eine identische Auslegung der Vorschriften des StHG mit den Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) anzustreben (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 116; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 1.3 mit Hinweisen, in: StR 67 S. 128). Vorliegend ist die Praxis zu <ref-law> zu berücksichtigen.
1.4 Der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt ist für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich, soweit er nicht offensichtlich unrichtig festgestellt worden ist oder die Feststellung auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Die Beschwerdeführerin rügt in verschiedener Hinsicht die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz als willkürlich und unvollständig. Ob die Rügen berechtigt sind, ist im Rahmen der materiellen Beurteilung der Beschwerde zu prüfen (vgl. E. 4 hiernach).
2. Während das kantonale Steueramt im Einspracheentscheid nur den Saldo des Passivkontos 2065 Darlehen S._ per 31. Dezember 2005 von Fr. 50'877.-- als geldwerte Leistung zum steuerbaren Reingewinn der Beschwerdeführerin hinzurechnete, nahm das Steuerrekursgericht eine Aufrechnung auch für die im Jahre 2005 erfolgten Rückzahlungen der Beschwerdeführerin des Darlehens an S._ von insgesamt Fr. 399'122.-- vor (nebst der Aufrechnung von Fr. 50'877.-- gemäss Einspracheentscheid, die es bestätigte). Das kantonale Verwaltungsgericht wies die bei ihm erhobene Beschwerde ab. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Beschwerdeführerin nur mehr die Aufhebung der Aufrechnung im Betrag von Fr. 399'122.--. Die steuerliche Behandlung des Saldos des Darlehens per 31. Dezember 2005 von Fr. 50'877.-- gilt damit als anerkannt und bildet nicht mehr Streitgegenstand.
3. 3.1 Der steuerbare Reingewinn der juristischen Personen setzt sich gemäss <ref-law> zusammen aus: (lit. a) dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres, (lit. b) allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden sowie (lit. c) den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne. In Betracht fällt hier lit. b. Mit dieser Vorschrift stimmen Art. 24 Abs. 1 lit. a StHG und § 68 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 StG/AG inhaltlich überein.
Zum steuerbaren Reingewinn gehören gemäss <ref-law> namentlich Zuwendungen der Gesellschaft an die Anteilsinhaber oder ihnen nahestehende Dritte, die einem Aussenstehenden nicht oder zumindest nicht im gleichen Mass gewährt würden. Der Grundtatbestand solcher geldwerter Leistungen ist nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahestehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (<ref-ruling> E. 5.1 S. 607; Urteile 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.1 und 3.2.1; 2C_265/2009 vom 1. September 2009 E. 2.1, in: StR 64/2009 S. 915; 2A.204/2006 vom 22. Juni 2007 E. 6, in: RtiD 2008 I pag. 946; je mit Hinweisen).
Als geldwerte Leistungen gelten insbesondere Ertragsverzichte zugunsten des Aktionärs oder einer ihm nahestehenden Person, die bei der Gesellschaft zu einer entsprechenden Kürzung des in der Erfolgsrechnung ausgewiesenen Gewinnes führen. Solche Ertragsverzichte liegen vor, wenn die Gesellschaft auf ihr zustehende Einnahmen ganz oder teilweise zugunsten des Aktionärs oder diesem nahestehender Personen verzichtet bzw. wenn diese nicht jene Gegenleistung erbringen, welche die Gesellschaft von einem unbeteiligten Dritten fordern würde (<ref-ruling> E. 2.2 S. 59 f.; Urteil 2C_862/2011 vom 13. Juni 2012 E. 2.1; je mit weiteren Hinweisen).
3.2 Im Bereich der geldwerten Leistungen gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen trägt, die steuerpflichtige Gesellschaft dagegen diejenige für all das, was die Steuer aufhebt oder mindert. Der Behörde obliegt insbesondere der Nachweis dafür, dass die Gesellschaft eine Leistung erbracht hat und dieser keine oder keine angemessene Gegenleistung gegenübersteht. Hat die Behörde ein solches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung dargetan, so ist es Sache der steuerpflichtigen Gesellschaft, die damit begründete Vermutung zu entkräften. Gelingt ihr das nicht, trägt sie die Folgen der Beweislosigkeit. Das gilt insbesondere dann, wenn sie Zahlungen leistet, die weder buchhalterisch erfasst noch belegt sind (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 158; <ref-ruling> E. 4c/aa S. 266; <ref-ruling> E. 2c S. 435; Urteil 2C_88/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 2.1.2, in: RDAF 2012 II 131).
4. Die Beschwerdeführerin rügt einen unvollständigen und teilweise willkürlich festgestellten Sachverhalt, weshalb zuerst hinsichtlich der Tatfragen Klarheit herrschen muss, bevor die Rechtsfrage entschieden werden kann.
4.1 Vorliegend geht die Vorinstanz von einem einzigen Darlehen aus, obschon S._ der Beschwerdeführerin mit Vertrag vom 10. Januar 2003 ein zinsloses Darlehen in der Höhe von Fr. 450'000.-- versprach und beim Kauf der vier Reihen-Einfamilienhäuser vom 21. Mai 2003 der Beschwerdeführerin unter Anrechnung an den Kaufpreis erneut ein Darlehen im Betrag von Fr. 450'000.-- einräumte. Es scheint, dass die Beschwerdeführerin und S._ mit dem Darlehensvertrag vom 10. Januar 2003 das Kaufgeschäft und dessen Finanzierung intern vorbereitet haben, noch bevor die Vereinbarung vom 22./26. April 2003 mit der Credit Suisse zustande kam. Im Darlehensvertrag vom 10. Januar 2003 wird denn auch ausdrücklich auf die vier Reihen-Einfamilienhäuser hingewiesen und vereinbart, dass das Darlehen zur Rückzahlung fällig werde, sobald die Beschwerdeführerin als Eigentümerin der Liegenschaften diese an Dritte übertrage. Nach den Feststellungen der Vorinstanz wurde auch kein weiterer Geldfluss festgestellt. Die Vorinstanz hat den Sachverhalt somit nicht unvollständig oder willkürlich erwahrt, wenn sie lediglich von einem Darlehen des Verkäufers S._ ausging. Das ist auch unbestritten.
4.2 Es steht sodann fest, dass die Beschwerdeführerin die fraglichen Liegenschaften am 21. Mai 2003 für Fr. 1,35 Mio. erwarb. Über die Zahlungsmodalitäten enthält der Kaufvertrag keine Bestimmungen. Doch ist die Sachdarstellung der Beschwerdeführerin anerkannt, wonach sie die Kaufpreisforderung im Teilbetrag von Fr. 900'000.-- durch eine Bank finanzierte und den Restbetrag von Fr. 450'000.-- in Form des bereits erwähnten Darlehens des Verkäufers stehen liess.
Dieses Darlehen wurde, was ebenfalls unbestritten ist, im Jahr 2005 durch die Beschwerdeführerin grösstenteils zurückbezahlt (Saldo des Passivkontos Darlehen S._ per 31. Januar 2005: Fr. 50'877.55).
4.3 Schliesslich steht auch ausser Frage, dass die Beschwerdeführerin von der Credit Suisse eine Teilforderung in der Höhe von Fr. 1,5 Mio. mit einem Einschlag von Fr. 600'000.-- erwarb, jedoch darauf verzichtete, sie gegenüber S._ geltend zu machen. Die Beschwerdeführerin bestätigt selbst, dass sie nie die Absicht gehabt habe, gegenüber diesem eine zusätzliche Forderung durchzusetzen (vgl. Beschwerde Ziff. 4.2 S. 11). Allerdings relativiert sie sogleich, dass eine über Fr. 900'000.-- hinausgehende Forderung nie eingefordert werden könne. Insofern misst die Beschwerdeführerin selbst der Forderung von Fr. 900'000.-- eine gewisse Werthaftigkeit zu.
Nicht belegt ist indessen die Bemerkung der Beschwerdeführerin, dass diese Forderung verbucht worden sei. Gemäss den Feststellungen des Kantonalen Steueramts wurde am 30. Mai 2003 die Buchung Liegenschaft an Bank, Kaufpreis A._, Fr. 900'000.--, vorgenommen. Das hat mit der Verbuchung der zedierten Forderung gegenüber S._ nichts zu tun. Vielmehr ist in tatsächlicher Hinsicht davon auszugehen, dass die Forderung der Beschwerdeführerin gegenüber S._ weder im Nominalbetrag, noch in der Höhe des Kaufpreises verbucht wurde.
4.4 Damit steht der rechtserhebliche Sachverhalt fest. Die Vorinstanz hat diesen keineswegs willkürlich oder unvollständig festgestellt oder gewürdigt, wie die Beschwerdeführerin rügt. Vielmehr hat der Präsident des Verwaltungsgerichts mit Beweisauflage vom 19. Januar 2012 versucht, über den bekannten Sachverhalt hinaus genaueren Aufschluss über die zwischen der Beschwerdeführerin und S._ bestehenden Vereinbarungen zu erhalten, blieb aber diesbezüglich erfolglos (s. angefochtenes Urteil E. 2.3). Die Rüge der unvollständigen und willkürlichen Sachverhaltsfeststellung ist somit unbegründet.
5. 5.1 Die Vorinstanz erblickt die geldwerte Leistung darin, dass die Beschwerdeführerin die restanzliche Forderung von Fr. 600'000.-- (Nominalwert von Fr. 1,5 Mio. abzüglich Abtretungspreis von Fr. 900'000.--) gegenüber S._, die sie von der Credit Suisse durch Zession erworben hatte, nicht mit dessen Gegenforderung aus dem Darlehen von Fr. 450'000.-- verrechnet, sondern Rückzahlungen vorgenommen und damit zugunsten von S._ auf den entsprechenden Ertrag verzichtet hat.
Demgegenüber wendet die Beschwerdeführerin ein: Der Nominalwert einer Forderung könne dann nicht als Verkehrswert gelten, wenn die Verlustwahrscheinlichkeit eine tiefere Bewertung rechtfertige. Im vorliegenden Fall gehe aus den Akten einwandfrei hervor, dass die Credit Suisse in einer Saldovereinbarung vom 25. März 2003 gegenüber S._ auf eine Forderung von über Fr. 3 Mio. verzichtet und sich mit einem Betrag von Fr. 250'000.-- begnügt habe. Der Verzicht der Bank beim Geschäft "A._" (Inhaberschuldbriefe) belaufe sich auf Fr. 1'045'566.--. Mit diesem Verhalten dokumentiere die Credit Suisse, dass S._ zahlungsunfähig gewesen sei. Hinzu kämen massive Steuerschulden von S._. Dennoch hätten die Vorinstanzen die Problematik der Verlustwahrscheinlichkeit nicht geprüft und auch nicht berücksichtigt, dass die Beschwerdeführerin einen allfälligen Mehrerlös beim Weiterverkauf der Liegenschaften zu 80 % an die Credit Suisse abliefern müsse. Das stelle eine Rechtsverweigerung und eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör dar.
5.2 Die von der Vorinstanz aus dem festgestellten Sachverhalt gezogenen rechtlichen Schlüsse überzeugen:
Der Kaufpreis für die Liegenschaften wurde einerseits durch eine Bankhypothek (Fr. 900'000.--) und andererseits durch das Verkäuferdarlehen (Fr. 450'000.--) finanziert. Dieses Darlehen ist nicht fiktiv, sondern real und wertmässig durch den Kaufgegenstand unterlegt. Es wurde denn auch durch die Beschwerdeführerin im Konto Darlehen S._ unter die Passiven eingestellt (Bilanz per 31. Dezember 2003).
In der Folge nahm die Beschwerdeführerin auf diesem Darlehen im Jahr 2005 jedoch Rückzahlungen vor (Wert per 31. Dezember 2004 Fr. 450'000.--; Wert per 31. Dezember 2005 Fr. 50'877.55). Dies obwohl sie gegenüber S._ über eine Forderung von Fr. 1,5 Mio. verfügte und die Voraussetzungen für eine Verrechnung (<ref-law>) erfüllt waren. Durch den Verzicht hat sie S._ in Form von Darlehensrückzahlungen eine geldwerte Leistung erbracht und den eigenen Ertrag dadurch geschmälert. Inwiefern die Verrechnung wegen Überschuldung und Steuerschulden von S._ ausgeschlossen gewesen sein soll, ist nicht ersichtlich und wird durch die Beschwerdeführerin nicht dargelegt. Die Verrechnung nach <ref-law> kann namentlich auch gegenüber einer überschuldeten Person erklärt werden. Es ist eine Eigentümlichkeit der Verrechnung, dass sie dem Gläubiger auch Sicherheit gewährt, wenn die Forderung bestritten oder der Schuldner illiquid ist (vgl. GUHL/KOLLER, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl. 2000, § 37 N. 2 S. 297 f.; ALFRED KOLLER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 3. Aufl. 2009, § 66 N. 25 S. 1065).
5.3 Wohl müsste an sich erwogen werden, ob die geldwerte Leistung nicht bereits in der Tatsache zu sehen ist, dass die Beschwerdeführerin die gegenüber S._ erworbene Forderung nicht verbuchte, und zwar weder zum Nominalwert (Fr. 1,5 Mio.) noch zum Übernahmewert (Fr. 900'000.--). Allerdings müsste auf einer solchen Buchung sofort auch eine Wertberichtigung wegen der Illiquidität des Schuldners vorgenommen werden. Eine Aufrechnung der geldwerten Leistung infolge Nichtverbuchung der Forderung wäre somit zwingend mit einer Wertberichtigung verknüpft. Doch hat die Beschwerdeführerin selbst keine Anstalten unternommen, die Forderung gegenüber S._ buchmässig, geschweige denn buchhalterisch korrekt zu erfassen. Bei dieser Sachlage kann der Vorinstanz nicht vorgeworfen werden, sie habe Bundesrecht verletzt, wenn sie die Besteuerung der geldwerten Leistung auf den Zeitpunkt des Verzichts auf die Verrechnung (im Jahr 2005) verlegte. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin liegt darin keine Verletzung des Grundsatzes der periodengerechten Besteuerung und auch kein Widerspruch zum Einspracheentscheid 2003, zumal dort in den Erwägungen eine Aufrechnung (von damals Fr. 50'877.--) in der Steuerperiode 2005 in Aussicht gestellt wurde.
6. 6.1 Fraglich ist, ob S._ als eine der Beschwerdeführerin nahestehende Person zu qualifizieren ist. Die Vorinstanz hat die Frage bejaht. Sie geht davon aus, dass nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung der Begriff der nahestehenden Person in dem Sinne objektiviert sei, dass vom quantitativen Element (Leistung und Gegenleistung) auf das qualitative Merkmal der Verbundenheit zwischen Gesellschafter und dem Dritten geschlossen werden könne. Das ist nur bedingt richtig. Die Ungewöhnlichkeit der Leistung (insbesondere das Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung im Drittvergleich) ist lediglich ein Indiz (neben anderen), dass die geldwerte Leistung aufgrund persönlicher Merkmale, insbesondere einer engen Beziehung zwischen Gesellschaft oder Beteiligungsinhaber und dem begünstigten Dritten, erbracht worden ist (Urteile vom 17. September 1976 E. 3a, in: ASA 45 S. 595; A.656/1987 vom 24. November 1988 E. 4). Fehlt der direkte Beweis, muss sich die Annahme, die Leistung sei dem Aktionär oder einer ihm nahestehenden Person zugekommen, aufgrund der gesamten Umstände "gebieterisch aufdrängen", so dass eine andere Erklärung gar nicht möglich ist (vgl. <ref-ruling> E. 9b S. 279). Massgebend ist daher stets eine Gesamtbetrachtung. Allein der Drittvergleich genügt für diese Annahme nicht. Das wird in einem Teil der Lehre - die im Übrigen zu Recht das Erfordernis der besonderen Beziehung zwischen Gesellschaft bzw. dem massgeblich Beteiligten und der begünstigten Person hervorhebt - übersehen (s. die Nachweise bei Brülisauer/Poltera, in: Schweizerisches Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 133 f. zu <ref-law>).
6.2 Diese Indizien sind vorliegend ohne Weiteres gegeben. Nicht nur ist der Verzicht auf die Geltendmachung der Verrechnung der abgetretenen Forderung von nominal Fr. 1,5 Mio. mit dem Verkäuferdarlehen von Fr. 450'000.-- höchst ungewöhnlich. Vielmehr weist auch die Beschwerdeführerin darauf hin, dass von Anfang an keine Absicht bestanden habe, die von der Credit Suisse zessionsweise erworbene Forderung gegenüber S._ geltend zu machen. Auch betont die Beschwerdeführer ihre langjährigen geschäftlichen Beziehungen zu S._. Dann ist aber unerfindlich, weshalb die Beschwerdeführerin nebst der Finanzierung des Kaufpreises der Liegenschaften (Übernahme der neuen Bankhypothek von Fr. 900'000.--; Rückzahlung des Verkäuferdarlehens von Fr. 450'000.--) für die Abtretung der Forderung der Credit Suisse gegenüber S._ Fr. 900'000.-- bezahlte. Es müssten schon geschäftliche Gründe für den Erwerb der minderwertigen Forderung gegenüber S._ von der Credit Suisse durch die Beschwerdeführerin und deren Verzicht auf Verrechnung dieser Forderung mit dem Verkäuferdarlehen plausibel gemacht werden, wenn nicht angenommen werden soll, dass der Verzicht auf Geltendmachung der Verrechnung allein aus Gründen der Begünstigung des Verkäufers erfolgte.
7. Daraus ergibt sich, dass die Aufrechnung der geldwerten Leistung zu Recht erfolgte. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Steueramt des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann