Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht in Bellinzona sprach Y._ und die weiteren Mitangeklagten, R._, S._, X._, Z._, T._ und U._, am 8. Juli 2009 von den Vorwürfen der Beteiligung an bzw. der Unterstützung einer kriminellen Organisation und der (qualifizierten bzw. der Gehilfenschaft zur) Geldwäscherei vollumfänglich frei. Zwei weitere Angeklagte, V._ und W._, verurteilte es wegen Unterstützung einer kriminellen Organisation. Hingegen sprach es beide vom Vorwurf der qualifizierten Geldwäscherei frei.
Es auferlegte Y._ Verfahrenskosten im Umfang von 25'014.45. Seinen Rechtsvertretern, Fürsprecher RAi._, sprach es Fr. 187'600.-- (inkl. MWST) und Rechtsanwalt RAl._ Fr. 36'628.90 (inkl. MWST) für die amtliche Verteidigung zu. Es verpflichtete Y._, der Kasse des Bundesstrafgerichts für diese Kosten Ersatz zu leisten und verweigerte ihm eine Entschädigung.
B. Y._ und RAi._ erheben gegen dieses Urteil Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragen, Ziff. V.2, V.3 und V.4 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben. Die Verfahrenskosten seien dem Staat aufzuerlegen. Es sei eine Entschädigung von insgesamt Fr. 303'623.45 nebst Zins zu 5% seit dem 9. Juli 2009 zuzusprechen, wobei sich diese Entschädigung aus folgenden Positionen zusammensetzt:
Für Y._: Fr. 30'504.80 als Genugtuung, Arbeitsausfall und persönliche Auslagen im Zusammenhang mit dem Strafverfahren (Reise- und Aufenthaltskosten, etc.);
Für Rechtsanwalt RAl._: Fr. 36'628.90 Honorar für die anwaltlichen Bemühungen vor erster Instanz;
Für RAi._: Fr. 236'489.75 für die anwaltlichen Bemühungen vor erster Instanz, wobei der Stundenansatz auf Fr. 300.-- festzulegen sei.
Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen, unter Festsetzung des Stundenansatzes auf Fr. 300.--. Die Verfahrens- und Parteikosten vor Bundesgericht seien dem Staat aufzuerlegen.
C. Das Bundesstrafgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft stellt den Antrag, das Verfahren 6B_609/2009 sowie das vorliegende Verfahren zu vereinigen. Die Beschwerden von Y._ und RAi._ seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft führte gegen das Urteil des Bundesstrafgerichts ebenfalls Beschwerde in Strafsachen (vgl. Urteil 6B_609/2009), über welche das Bundesgericht am 22. Februar 2011 entschieden hat.

Erwägungen:
1. Eine Vereinigung der Verfahren 6B_122/2010 und 6B_609/2009 drängt sich nicht auf. Auch wenn ein Zusammenhang zwischen beiden Verfahren besteht, behandeln sie unterschiedliche Themen und Problemstellungen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer 1 rügt, die Vorinstanz verletze durch die Verlegung der Gerichts- und Parteikosten die Unschuldsvermutung nach <ref-law> bzw. Art. 6 EMRK sowie Art. 122, 173 und 176 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Bundesgesetzes vom 15. Juni 1934 über die Bundesstrafrechtspflege (BStP; BS 3 303). Es fehle an der Kausalität seines Verhaltens für die ihm auferlegten Verfahrenskosten. Zudem stelle sie den Sachverhalt, auf welchem die Kostenverteilung und die verweigerte Parteientschädigung berufe, willkürlich fest. Es fehle an einer genügenden Begründung. Die Vorinstanz verletze auch seinen Anspruch auf rechtliches Gehör, indem sie gewisse Tatsachen erwähne, zu welchen er keine Stellung habe nehmen können.
2.2 Das angefochtene Urteil, darunter der Freispruch des Beschwerdeführers 1, wurde im parallelen Verfahren auf Beschwerde der Schweizerischen Bundesanwaltschaft hin aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen (Urteil 6B_609/2009 vom 22. Februar 2011). Damit wird die Vorinstanz auch die Regelung der Verfahrenskosten und der Parteientschädigungen neu beurteilen müssen. Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 ist deshalb gegenstandslos geworden.
3. Die Beschwerdeführer 1 und 2 beantragen die Festsetzung des Honorars des vormaligen amtlichen Verteidigers des Beschwerdeführers 1, Rechtsanwalt RAl._, auf Fr. 36'628.90 nebst Zins zu 5% seit 9. Juli 2009. Die Beschwerdeführer 1 und 2 sind zur Beschwerde hinsichtlich des Anwaltshonorars von Rechtsanwalt RAl._ nicht legitimiert, zumal der geforderte Betrag Rechtsanwalt RAl._ im angefochtenen Urteil zugesprochen wurde (vgl. angefochtenes Urteil S. 130 Ziff. 10.7.2). Deshalb ist auf ihren Antrag mangels eines rechtlich geschützten Interesses nicht einzutreten (vgl. <ref-law>). Unter diesen Umständen kann offen bleiben, ob die Beschwerdeführer 1 und 2 die Honorarforderung des früheren amtlichen Verteidigers des Beschwerdeführers 1 in eigenem Namen geltend machen könnten.
4.1 4.1.1 Der Beschwerdeführer 2 rügt, die Vorinstanz habe seine Kostennote zu Unrecht reduziert. Die Höhe des Stundenansatzes für seine Tätigkeit als amtlicher Verteidiger sei auf Fr. 300.-- festzusetzen. Das Verfahren habe ausgesprochen lange gedauert, die Dossiers seien umfangreich und es hätten sich sprachliche Probleme gestellt. Das Verfahren habe eine spezielle Organisation erfordert. Er habe einen weiteren Rechtsanwalt beigezogen. Der Sachverhalt und die zu beantwortenden Rechtsfragen seien komplex gewesen. Die Verhandlung habe lange gedauert und die gleichzeitige Bearbeitung anderer Geschäfte, in welchen Fristen hätten gewahrt werden müssen, nahezu verunmöglicht.
4.1.2 Die Vorinstanz führt zur Entschädigung der amtlichen Verteidiger aus, der Straffall habe in mehreren Punkten Probleme in tatsächlicher Hinsicht gestellt. Die Anklageschrift umfasse 233 Seiten, die Einvernahmen, Akten und Verhandlungen hätten erhöhte Sprachkompetenzen erfordert. In rechtlicher Hinsicht seien die Schwierigkeiten auf ein Rechtsgebiet begrenzt gewesen, in welchem noch keine umfassende und eindeutige Rechtsprechung bestehe. Es seien jedoch nur ein Sachverhalt und zwei Anklagevorwürfe zu beurteilen gewesen. Der immense Aktenumfang schlage sich weniger im Stundenansatz als in der Anzahl Stunden nieder und sei bei der Festlegung des Stundenansatzes nur am Rande zu beachten. Der Stundenansatz sei unter Berücksichtigung dieser Punkte auf Fr. 260.-- festzusetzen, jener für die Reisezeit auf Fr. 200.--. Für die von Rechtspraktikanten geleistete Arbeit werde Fr. 100.-- pro Stunde vergütet. Der Beschwerdeführer 2 sei am 10. November 2004 zum amtlichen Verteidiger des Beschwerdeführers 1 ernannt worden. Er mache einen Zeitaufwand von 708 Stunden zu Fr. 300.-- geltend. Dieser Aufwand sei um die Stunden zu kürzen, welche doppelt, d.h. von zwei Anwälten gleichzeitig geleistet worden seien. Somit seien 650 Stunden zu einem Ansatz von Fr. 260.-- zu entschädigen. Weiter sei ein Pauschalabzug von Fr. 2'000.-- für die überhöhte Reisezeit vorzunehmen. Es ergebe sich eine Entschädigung von Fr. 187'650.-- (inkl. MWST).
4.1.3 Nach Art. 38 Abs. 1 aBStP setzt das Bundesstrafgericht die Entschädigung des amtlichen Verteidigers fest. Diese umfasst das Honorar für den notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand von Fr. 200.-- bis Fr. 300.-- pro Stunde und die notwendigen Auslagen (Art. 2 Abs. 1 und Art. 3 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements vom 26. September 2006 über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht; AS 2006 4467).
Auch wenn die Entschädigung des Beschwerdeführers 2 vom Bundesrecht geregelt wird, überprüft das Bundesgericht deren Bemessung nur mit Zurückhaltung. Als erstinstanzliches Sachgericht ist das Bundesstrafgericht am besten in der Lage, die Angemessenheit der anwaltlichen Bemühungen zu beurteilen, weshalb ihm ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (vgl. 133 IV 187 E. 6.1 S. 196 mit Hinweis). In Fällen, in denen es den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet und entsprechend kürzt, schreitet das Bundesgericht nur ein, wenn es Bemühungen nicht honoriert hat, die zu den Obliegenheiten eines amtlichen Verteidigers gehören und die Entschädigung nicht in einem vernünftigen Verhältnis zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3a S. 2 f. zur Entschädigung des amtlichen Verteidigers im kantonalen Verfahren). Bei der Beurteilung der konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen. Obwohl die Entschädigung des amtlichen Anwalts gesamthaft gesehen angemessen sein muss, darf sie tiefer angesetzt werden als bei einem privaten Rechtsanwalt (<ref-ruling> E. 7.3.4 S. 209 mit Hinweisen). Sie ist allerdings so zu bemessen, dass es den Rechtsanwälten möglich ist, einen bescheidenen - nicht bloss symbolischen - Verdienst zu erzielen (a.a.O. E. 8.5 S. 216 f.).
<ref-law> verpflichtet das Bundesstrafgericht, seinen Entscheid wenigstens summarisch zu begründen. Hat der amtliche Verteidiger eine detaillierte Kostennote eingereicht, so ergibt sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs, dass das Bundesstrafgericht, wenn es diese nicht unbesehen übernimmt, wenigstens kurz in nachvollziehbarer Weise zu begründen hat, weshalb es welche der in Rechnung gestellten Aufwandspositionen für übersetzt hält (Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 2.3 mit Hinweisen).
4.1.4 Wie der Beschwerdeführer 2 zutreffend ausführt, ist zahlreiches Aktenmaterial vorhanden, es sind mehrere Angeklagte beteiligt und der Fall ist nicht einfach zu beurteilen. Die Komplexität des Falls schlägt sich aber in erster Linie nicht in der Höhe des Stundenansatzes, sondern im zu entschädigenden zeitlichen Aufwand nieder. Je schwieriger ein Fall ist, desto mehr Stunden sind dem amtlichen Verteidiger zur Erarbeitung einer sachgemässen Verteidigungsstrategie (z.B. Aktenstudium, Besprechungen mit dem Klienten, Rechtsabklärungen) zuzugestehen. Hingegen ist bei der Bemessung des Stundenansatzes zu berücksichtigen, dass die im Verfahren verwendeten verschiedenen Fremdsprachen die Verteidigung zusätzlich erschwerten. Die allfällige Ablehnung neuer Mandate durch den Beschwerdeführer 2 während der Beschäftigung mit dem amtlichen Mandat hat ebenfalls keinen höheren Stundenansatz zur Folge. Ob er andere Klienten betreuen kann, ist eine Frage seiner zeitlichen Auslastung (welche mit amtlichen Mandat abgegolten wird) und der internen Büroorganisation (z.B. telefonische Erreichbarkeit des Sekretariats, Terminkoordination, allfällige Stellvertretung). Die Vorinstanz hat mit Fr. 260.-- einen über dem Durchschnitt liegenden Stundenansatz gewählt. Auch die Gerichtsgebühr von Fr. 150'000.-- hat sie in vergleichbarem Rahmen festgesetzt. Die ordentliche Gerichtsgebühr beträgt bei Dreierbesetzung zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 60'000.-- (Art. 2 Abs. 1 lit. b des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht vom 11. Februar 2004; AS 2004 1585). Sie kann, wenn besondere Gründe es rechtfertigen, insbesondere bei umfangreichen Verfahren und mehreren Angeklagten, bis auf Fr. 200'000.-- erhöht werden (vgl. Art. 4 lit. b des Reglements). Zu beachten ist, dass die von der Vorinstanz festgesetzte Gerichtsgebühr, im Gegensatz zum Stundentarif für die anwaltlichen Leistungen, auch den grossen Zeitaufwand abdeckt. Im vorliegenden Fall liegt die Höhe des Stundenansatzes von Fr. 260.-- für die Leistungen des amtlichen Verteidigers gerade noch innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens.
4.1.4 Wie der Beschwerdeführer 2 zutreffend ausführt, ist zahlreiches Aktenmaterial vorhanden, es sind mehrere Angeklagte beteiligt und der Fall ist nicht einfach zu beurteilen. Die Komplexität des Falls schlägt sich aber in erster Linie nicht in der Höhe des Stundenansatzes, sondern im zu entschädigenden zeitlichen Aufwand nieder. Je schwieriger ein Fall ist, desto mehr Stunden sind dem amtlichen Verteidiger zur Erarbeitung einer sachgemässen Verteidigungsstrategie (z.B. Aktenstudium, Besprechungen mit dem Klienten, Rechtsabklärungen) zuzugestehen. Hingegen ist bei der Bemessung des Stundenansatzes zu berücksichtigen, dass die im Verfahren verwendeten verschiedenen Fremdsprachen die Verteidigung zusätzlich erschwerten. Die allfällige Ablehnung neuer Mandate durch den Beschwerdeführer 2 während der Beschäftigung mit dem amtlichen Mandat hat ebenfalls keinen höheren Stundenansatz zur Folge. Ob er andere Klienten betreuen kann, ist eine Frage seiner zeitlichen Auslastung (welche mit amtlichen Mandat abgegolten wird) und der internen Büroorganisation (z.B. telefonische Erreichbarkeit des Sekretariats, Terminkoordination, allfällige Stellvertretung). Die Vorinstanz hat mit Fr. 260.-- einen über dem Durchschnitt liegenden Stundenansatz gewählt. Auch die Gerichtsgebühr von Fr. 150'000.-- hat sie in vergleichbarem Rahmen festgesetzt. Die ordentliche Gerichtsgebühr beträgt bei Dreierbesetzung zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 60'000.-- (Art. 2 Abs. 1 lit. b des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht vom 11. Februar 2004; AS 2004 1585). Sie kann, wenn besondere Gründe es rechtfertigen, insbesondere bei umfangreichen Verfahren und mehreren Angeklagten, bis auf Fr. 200'000.-- erhöht werden (vgl. Art. 4 lit. b des Reglements). Zu beachten ist, dass die von der Vorinstanz festgesetzte Gerichtsgebühr, im Gegensatz zum Stundentarif für die anwaltlichen Leistungen, auch den grossen Zeitaufwand abdeckt. Im vorliegenden Fall liegt die Höhe des Stundenansatzes von Fr. 260.-- für die Leistungen des amtlichen Verteidigers gerade noch innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens.
4.2 4.2.1 Der Beschwerdeführer rügt die von der Vorinstanz vorgenommene Reduktion der Arbeitsstunden von 708 auf 650 Stunden. Die Stunden, in welchen zwei Anwälte parallel für den Fall tätig gewesen seien, machten knapp 10% der verrechneten Zeit aus. Der Beizug eines weiteren Anwalts habe sich aufgrund der wichtigen Anhörungen gerechtfertigt. Während der Verhandlung habe er nie einen zweiten Anwalt beigezogen. Die doppelt geleisteten Arbeitsstunden beliefen sich auf 82.15 Stunden. Diese seien nicht um 58 Stunden, sondern maximal um 41 Stunden, d.h. um die Hälfte zu kürzen. Es könne nicht angehen, dass er den zweiten Rechtsanwalt aus seiner eigenen Tasche bezahlen müsse.
4.2.2 Die Vorinstanz geht auf die detaillierte Kostennote des Beschwerdeführers 2 nur ungenügend ein. Die Kürzung für den als unnötig erachteten Beizug eines weiteren Rechtsanwalts um 58 Stunden umfasst mehr als die Hälfte des Aufwands, welcher durch zwei Rechtsanwälte geleistet wurde. Aus dem angefochtenen Urteil ergibt sich insbesondere nicht, welche Stunden die Vorinstanz als ungerechtfertigt erachtet. Die Begründungspflicht ist deshalb verletzt. Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben.
5.1 5.1.1 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 ist infolge Gegenstandslosigkeit vom Geschäftsverzeichnis abzuschreiben, soweit darauf einzutreten ist. Erklärt das Bundesgericht einen Rechtsstreit als erledigt, entscheidet es mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds. Dabei ist in erster Linie auf den mutmasslichen Verfahrensausgang abzustellen, ohne unter Verursachung weiterer Umtriebe die Prozessaussichten im Einzelnen zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 115 f. mit Hinweisen). Es muss bei einer knappen Beurteilung der Aktenlage sein Bewenden haben. Auf dem Weg über den Kostenentscheid soll nicht ein materielles Urteil gefällt und unter Umständen der Entscheid in einer heiklen Rechtsfrage präjudiziert werden. Lässt sich der mutmassliche Ausgang des Verfahrens nicht ohne Weiteres feststellen, ist auf allgemeine prozessuale Kriterien zurückzugreifen. Danach wird in erster Linie jene Partei kosten- und entschädigungspflichtig, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit des Verfahrens geführt haben (vgl. Urteil 2C_237/2009 vom 28. September 2009 E. 3.1 mit Hinweis).
5.1.2 Die Prozessaussichten der Beschwerde des Beschwerdeführers 1 sind davon abhängig, ob zusammen mit der Vorinstanz ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten zu bejahen ist, welches eine Kostenauflage trotz Freispruchs nach Art. 173 aBStP rechtfertigt.
5.1.3 Vorliegend lässt sich der mutmassliche Prozessausgang nicht ohne weiteres ermitteln. Das angefochtene Urteil wurde im parallelen Verfahren aufgehoben, weil die Vorinstanz den massgeblichen Sachverhalt nicht korrekt und vollständig für jeden Angeklagten einzeln festgestellt hat. Mangels hinreichender Sachverhaltsfeststellungen kann nicht geprüft werden, ob dem Beschwerdeführer ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten anzulasten ist, welches für die Einleitung und Durchführung des Strafverfahrens ursächlich war. Hingegen hat der Beschwerdeführer 1 dafür einzustehen, dass auf einen Teil seiner Beschwerde nicht einzutreten war. Deshalb rechtfertigt es sich, dem Beschwerdeführer 1 eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (<ref-law>) und ihm eine angemessene, ebenfalls reduzierte Parteientschädigung zu Lasten der Schweizerischen Eidgenossenschaft zuzusprechen (<ref-law>).
5.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 ist teilweise gutzuheissen. Der Beschwerdeführer 2 hat die auf seine Beschwerde entfallenden Gerichtskosten selbst zu tragen (<ref-law>). Er ist für seine Aufwendungen von der Schweizerischen Eidgenossenschaft angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 wird als gegenstandslos vom Geschäftsverzeichnis abgeschrieben, soweit darauf einzutreten ist.
1.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 8. Juli 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Dem Beschwerdeführer 1 werden Gerichtskosten von Fr. 500.-- auferlegt.
2.2 Dem Beschwerdeführer 2 werden Gerichtskosten von Fr. 500.-- auferlegt.
3. 3.1 Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
3.2 Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer 2 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch