Arbeitsvertrag; Überstunden, hat sich ergeben:
A.- Mit Arbeitsvertrag vom 10. Juli 1996 wurde A._ vom Verein X._ angestellt. Die Anstellung war vom 1. Oktober 1996 bis zum 30. Juni 1997 befristet. Der Beschäftigungsgrad betrug 50% bei einem Jahresgehalt von Fr.
47'647. 25. Gemäss Stellenbeschreibung war A._ mit der Projektleitung "Hotelwerkstatt" betraut. Ihre Aufgabe bestand darin, die Inbetriebnahme eines Hotels vorzubereiten, welches durch behinderte Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter geführt wird. Am 26. Juni 1997 vereinbarten die Parteien in einem neuen Arbeitsvertrag, das Arbeitsverhältnis vom 1. Juli 1997 bis zum 30. November 1997 mit einem Beschäftigungsgrad von 60% und einem Jahresgehalt von Fr. 58'290. 55 weiterzuführen. Im gleichen Vertrag war die unbefristete Anstellung von A._ ab dem 1. Dezember 1997 mit einem Beschäftigungsgrad von 100% vorgesehen. In beiden Arbeitsverträgen wurde eine 42-Stunden-Woche (für 100%) vereinbart.
Beide Verträge enthielten zudem die Klausel: "Überstunden sind nur in Absprache mit dem Präsidenten zu leisten".
Nachdem A._ ihren Arbeitgeber mit Schreiben vom 5. November 1997 um einen Lösungsvorschlag für ihren "Ferienanspruch und die geleisteten und noch zu leistenden Überzeiten" ersucht hatte, legte sie ihm im Januar 1998 die Berechnung einer Entschädigung für geleistete Überstunden und nicht bezogene Ferien und Feiertage vor. Insgesamt machte sie ein Bruttoguthaben von Fr. 39'435. 74 aus beiden befristeten Arbeitsverhältnissen geltend. Die Parteien gelangten in der Folge zu keiner Einigung.
B.- Am 22. Juni 1998 reichte A._ beim Bezirksgericht St. Gallen eine Klage gegen ihren Arbeitgeber ein.
Mit dieser forderte sie die Bezahlung von Fr. 31'840. 24 nebst Zins. Eventualiter verlangte sie die Bezahlung von Fr. 26'090. 70 nebst Zins und die Gewährung eines zusätzlichen Ferienanspruchs von 186, 38 Arbeitsstunden. Subeventualiter forderte die Klägerin die Bezahlung von Fr. 23'675. 67 nebst Zins und die Gewährung eines Ferien- und Freizeitanspruches von 241, 51 Arbeitsstunden. Das Bezirksgericht St.
Gallen hiess mit Urteil vom 15. März 1999 die Klage im Umfang von Fr. 26'090. 70 nebst Zins gut und gewährte der Klägerin einen zusätzlichen Ferienanspruch von 131, 25 Arbeitsstunden.
Auf kantonale Berufung des Beklagten hin reduzierte das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 13. Januar 2000 den zugesprochenen Betrag auf Fr. 5'749. 55 nebst Zins für nicht bezogene Ferien und wies die weitergehenden Forderungen ab. Zur Begründung führte es an, die Klägerin habe nicht bewiesen, dass entschädigungspflichtige Überstunden vorlägen.
C.- Gegen dieses Urteil gelangt die Klägerin mit Berufung ans Bundesgericht und verlangt im Wesentlichen dessen Aufhebung und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. Eventualiter beantragt sie, den Beklagten, zusätzlich zum bereits vom Kantonsgericht zugesprochenen Betrag, zur Bezahlung von Fr. 26'090. 70 zu verpflichten. Der Beklagte verlangt die Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Parteien sind sich in der Frage uneinig, ob die von der Klägerin über die vereinbarte Arbeitszeit hinaus erbrachte Arbeit zu entschädigen sei. Nach Ansicht der Klägerin handelt es sich dabei einerseits um zu entschädigende Überstunden, andererseits um ebenfalls entschädigungspflichtige Arbeit an Feiertagen. Der Beklagte bestreitet beide Ansprüche.
Demgegenüber wurde die Entschädigung für die nicht bezogenen Ferien nicht angefochten, so dass die Ziffer 1 Abs. 1 des Dispositivs des Urteils des Kantonsgerichts in Rechtskraft erwachsen ist.
Das Kantonsgericht wies die eingeklagte Forderung hauptsächlich mit dem Argument ab, es sei arbeitsvertraglich vereinbart worden, dass Überstunden nur im Einverständnis mit dem Präsidenten des Beklagten zu leisten seien. Die erbrachte Mehrarbeit sei aber vom Präsidenten weder angeordnet noch nachträglich genehmigt worden. Die entsprechende Mehrleistung sei daher nicht zu entschädigen. Dem für die Arbeit an Feiertagen geltend gemachten Anspruch komme keine selbständige Bedeutung zu, vielmehr handle es sich auch diesbezüglich um freiwillig geleistete, und damit nicht entschädigungspflichtige Überstunden. Die Klägerin sieht darin eine Verletzung der Bestimmungen über die Überstunden (<ref-law>) und die Auslegung von Verträgen (<ref-law>). Im Rahmen dieser Rechtsverletzungen rügt sie auch mehrfach eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung. Sie macht damit zulässige Rügen geltend und auf die Berufung ist einzutreten.
Nicht eingetreten werden kann auf die klägerischen Ausführungen, soweit sie sich in der Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz erschöpfen.
2.- Gemäss <ref-law> ist ein Arbeitnehmer verpflichtet, gegenüber dem vereinbarten zeitlichen Umfang Mehrarbeit zu leisten, sofern sich dies als notwendig erweist, der Arbeitnehmer dazu in der Lage ist und ihm dies zugemutet werden kann. Soweit nichts anderes schriftlich vereinbart oder durch einen Gesamtarbeitsvertrag oder einen Normalarbeitsvertrag bestimmt wird, ist für diese Überstunden Lohn zu entrichten, der sich nach dem Normallohn samt einem Zuschlag von mindestens einem Viertel bemisst (<ref-law>).
Allerdings können im gegenseitigen Einverständnis statt der Bezahlung der Überstunden diese auch durch Bezug von Freizeit in mindestens gleichem Umfang abgegolten werden (<ref-law>).
a) aa) Macht ein Arbeitnehmer eine Überstundenentschädigung geltend, so hat er zu beweisen, dass er Überstunden geleistet hat. Dabei reicht der Nachweis, die entsprechende Arbeit erbracht zu haben, nicht aus. Vielmehr muss bewiesen werden, dass es sich um Überstunden im Sinne von <ref-law> gehandelt hat, die Mehrleistung also notwendig war. Hat der Arbeitgeber die Mehrleistung angeordnet, so kann er sich nicht mehr mit dem Argument, die Leistung sei nicht notwendig gewesen, von der Pflicht, die Überstunden zu entschädigen, befreien. Es genügt daher nachzuweisen, dass die Mehrleistung angeordnet war. Der förmlichen Anordnung der Überstunden wird gleichgesetzt, wenn der Arbeitgeber von ihrer Erbringung Kenntnis hatte, jedoch dagegen nicht einschreitet (Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, N 10 zu <ref-law>; Staehelin, Zürcher Kommentar, N 13 f. zu <ref-law>; Vischer, Der Arbeitsvertrag, SPR Bd. VII/1, III, S. 73 ff.). Keine Überstunden sind Mehrleistungen des Arbeitnehmers, welche gegen den Willen des Arbeitgebers erbracht worden sind. Ebensowenig liegen Überstunden vor, wenn der Arbeitgeber keine Kenntnis davon haben konnte, dass der Arbeitnehmer die Initiative zur Leistung der Überstunden selber ergriffen hat (<ref-ruling> E. 4b S. 71). Bei leitenden Angestellten ist zu prüfen, ob es sich nach den konkreten vertraglichen Vereinbarungen überhaupt um eine Mehrleistung handelt, oder ob die vom Arbeitnehmer zu erbringende Leistung nicht vielmehr auch eine über das übliche hinausgehende Stundenbelastung einschliesst, welche durch den entsprechenden Lohn bereits abgegolten ist. Auch bei leitenden Angestellten sind indessen Überstunden zu entschädigen, wenn im Arbeitsvertrag die wöchentliche Arbeitszeit festgelegt und eine Überstundenentschädigung nicht schriftlich wegbedungen worden ist (BGE vom 6.2.1997 in JAR 1998, S. 145 f.).
bb) Die Pflicht zur Leistung von Überstunden ist im Gesetz absolut zwingend ausgestaltet (<ref-law>).
In Bezug auf den Ausgleich und die Entschädigung dieser Leistung können die Parteien eine von der gesetzlichen Ordnung abweichende Vereinbarung schliessen. Diese bedarf jedoch der Schriftlichkeit, soweit sie die Entschädigung betrifft (<ref-law>). Vertraglich kann allerdings nur die Entschädigung für künftige Überstunden wegbedungen werden. Soweit die Überstunden bereits geleistet worden sind und der entsprechende Lohnanspruch deshalb schon entstanden ist, kann während der Dauer des Arbeitsverhältnisses und während eines Monats nach dessen Beendigung darauf nicht verzichtet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3a S. 473).
cc) Die Klägerin beruft sich neben Bestimmungen des Obligationenrechts auch auf Normen der Verordnung über den Normalarbeitsvertrag für die Erzieher in Heimen und Internaten (SR 221. 215.324. 1; NAV). Art. 8 NAV regelt neben der Arbeitszeit auch die Überstunden, wobei gewisse Abweichungen gegenüber dem Obligationenrecht bezüglich der Leistungspflicht vorgesehen sind. Überdies wird die Frage geregelt, in welchem Zeitraum die Überstunden durch Freizeit auszugleichen sind. Inwiefern die Abweichungen vom Obligationenrecht bezüglich der Pflicht, Überstunden zu leisten, überhaupt zulässig sind, erscheint fraglich, ist vorliegend jedoch nicht zu entscheiden. Zur hier massgebenden Frage, unter welchen Voraussetzungen eine Mehrleistung zu vergüten ist, äussert sich die Bestimmung nicht. Damit kann auch offen bleiben, ob die Klägerin aufgrund ihrer Arbeit überhaupt in den Anwendungsbereich des genannten NAV fällt.
b) aa) Gemäss der Stellenbeschreibung und der tatsächlichen Tätigkeit der Klägerin handelte es sich bei dieser, wie das Kantonsgericht richtig festhält, um eine leitende Angestellte. Im Arbeitsvertrag wurde allerdings die zu erbringende Arbeitszeit festgelegt. Diese betrug bei einem Beschäftigungsgrad von 100% wöchentlich 42 Stunden. Der blosse Umstand, dass es sich bei der Klägerin um eine leitende Angestellte handelte, steht dem Anspruch auf eine Entschädigung der geleisteten Überstunden somit nicht entgegen.
bb) Das Kantonsgericht hat die Forderung der Klägerin auch nicht aus diesem Grund abgewiesen. Vielmehr stellte es auf die im Arbeitsvertrag vereinbarte Überstundenregelung ab. Diese Vereinbarung sei "so zu verstehen, dass nur Überstunden, die in Absprache mit dem Präsidenten geleistet wurden, zu entschädigen" seien. Damit sei die Kompetenz zur Anordnung von Überstunden klar geregelt gewesen. Die geltend gemachten Überstunden seien aber vom Präsidenten weder angeordnet noch genehmigt worden, eine Entschädigung sei daher vertraglich wegbedungen. Der Arbeitsvertrag sei von der Klägerin unterschrieben, so dass die Schriftform gewahrt sei.
Mit Blick auf diese klare vertragliche Regelung komme dem Umstand keine Bedeutung zu, dass regelmässig Arbeitsrapporte abgeliefert worden seien, aus denen die Mehrleistung ersichtlich gewesen sei.
Die Klägerin macht demgegenüber geltend, diese Vereinbarung könne nur dahingehend verstanden werden, dass sie nicht von sich aus Überstunden machen müsse, sondern nur dazu verpflichtet sei, wenn der Präsident dies anordne. Die Vereinbarung sage aber nichts darüber aus, ob und gegebenenfalls unter welchen Voraussetzungen die Überstunden zu entschädigen seien. Ebensowenig enthalte diese Vereinbarung eine Aussage dazu, wie Überstunden zu behandeln seien, welche zwar nicht vom Präsidenten angeordnet, aber dennoch von der Klägerin geleistet und regelmässig einem Vorstandsmitglied des Beklagten gemeldet worden seien. Entscheidend ist somit die Auslegung der vertraglichen Vereinbarung.
3.- Ein Vertrag ist in erster Linie nach dem übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien auszulegen. Das Gericht hat deshalb in einem ersten Schritt nach dem tatsächlichen Willen beider Parteien zu forschen (<ref-law>). Das Ergebnis ist in einer Sachverhaltsfeststellung festzuhalten, an die das Bundesgericht im Berufungsverfahren gebunden ist (Art. 63 Abs. 2 OG). Lässt sich so kein eindeutiger Wille der Parteien ermitteln oder stellt das Gericht fest, dass eine Partei die Äusserung der anderen nicht in dem Sinne verstanden hat, wie sie von dieser gemeint war, so untersucht das Gericht, welchen Sinn die Parteien der Erklärung der Gegenpartei nach Treu und Glauben aufgrund der gesamten Umstände geben durften und mussten (<ref-ruling> E. 2a/aa S. 436 f.; <ref-ruling> E. 5a S. 108 f.). Dabei handelt es sich um eine Rechtsfrage, die das Bundesgericht im Berufungsverfahren überprüfen kann.
a) Vorliegend hat das Kantonsgericht keinen tatsächlichen Willen der Parteien festgestellt, sondern die Vertragsvereinbarung nach Treu und Glauben ausgelegt. Das Bundesgericht kann somit die Vertragsauslegung überprüfen.
Bezüglich des Wortlauts der Klausel, der Umstände, unter denen sie abgeschlossen worden ist, sowie der Art, wie die Parteien sie in der vertraglichen Praxis angewendet haben, ist das Bundesgericht indessen an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden.
b) Die Vertragsklausel lautet folgendermassen:
"Arbeitszeit:Die Arbeitszeit beträgt 42 Stunden pro Woche.
Überstunden sind nur in Absprache mit dem
Präsidenten zu leisten.. "
Der Arbeitsvertrag wurde wegen Änderungen des Beschäftigungsgrades bzw. der Beschäftigungsdauer neu gefasst, allerdings ohne Modifikation dieser Klausel. Die Klägerin hat der Kassierin des Arbeitgebers, die Mitglied dessen Vorstandes war, regelmässig Arbeitsrapporte übergeben. Aus diesen Rapporten war die Mehrleistung der Klägerin ersichtlich.
Offenbar haben während der Dauer des Arbeitsverhältnisses mehrfach Diskussionen über diese Überstunden stattgefunden.
Die Klägerin schrieb der Kassierin in einer Notiz folgendes:
"Wenn ich die Überzeiten nicht kompensieren kann (...), lassen wir es, keine Mehrkosten. Ist für Dich auch ok?". Ob die Kassierin den Präsidenten über die Überstunden informiert hat und die Klägerin bezüglich der Überstunden auf die vertragliche Vereinbarung verwiesen hat, ist nicht bekannt.
c) Zu Recht weist die Klägerin darauf hin, dass sich aus dem Wortlaut der genannten Vertragsklausel nichts über die Entschädigung der Überstunden ergibt. Vielmehr zeigt die Vertragsklausel, dass beide Parteien mit der Notwendigkeit von Überstunden gerechnet haben und diese nicht bereits mit dem Lohn abgegolten waren. Es kann daher dem Kantonsgericht nicht gefolgt werden, wenn es die Klausel im Sinne eines teilweisen Verzichts auf die Entschädigung der Überstunden verstanden haben will.
d) Der Vereinbarung ist indessen zu entnehmen, dass die Klägerin nicht berechtigt war, selbständig zu entscheiden, ob Überstunden notwendig seien oder nicht. Die offensichtlich sehr freie Arbeitszeiteinteilung spricht dafür, dass es im Gegenteil zu den Aufgaben der Klägerin gehörte, ihre Arbeit so einzuteilen, dass sie mit der vorgegebenen Zeit per Saldo auskam. Erkennt die Arbeitnehmerin, dass dies nicht möglich ist, so hat sie ihren Arbeitgeber darüber zu informieren, damit dieser die notwendigen Vorkehren treffen kann. Dies hat die Klägerin nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gemacht. Sie hat regelmässig ihre Arbeitsrapporte, aus denen die geleisteten Überstunden ersichtlich waren, der Kassierin übergeben. Diese hat die Rapporte offensichtlich auch zur Kenntnis genommen, andernfalls wäre das genannte Schreiben der Klägerin an die Kassierin nicht erklärbar. Reagiert der Arbeitgeber nicht auf diese Mitteilungen, so darf die Arbeitnehmerin dies als nachträgliche Genehmigung der Überstunden verstehen. Überdies darf sie für die Zukunft annehmen, dass bezüglich der Überstunden gleich vorgegangen werde wie in der Vergangenheit. Das Dulden einer vom schriftlichen Vertrag abweichenden betrieblichen Praxis führt somit zu einer Vertragsänderung.
e) Es stellt sich freilich die Frage, ob die genannte Vertragsklausel dahingehend zu verstehen ist, dass einzig der Präsident des Arbeitgebers über allfällig zu leistende Überstunden entscheidet. Im Weiteren ist fraglich, ob nur er die betriebliche Praxis bestimmen, sowie den Vertrag ändern kann.
Wer beim Arbeitgeber für bestimmte Weisungen zuständig ist, gehört zu dessen innerer Organisation. In einem Arbeitsvertrag organisatorische Zuständigkeiten mit bindender Wirkung zu vereinbaren, ist weder üblich noch sinnvoll.
Solche Regeln in Arbeitsverträgen sind regelmässig nicht als vertragliche Klauseln sondern bloss als einseitige Hinweise zu verstehen, welche jederzeit durch den Arbeitgeber abgeändert werden können. Weicht der Arbeitgeber in der betrieblichen Praxis von solchen Klauseln ab, kann er sich jedoch später nicht mehr auf die im Vertrag genannte Zuständigkeit berufen. Die Arbeitnehmerin braucht sich grundsätzlich nicht darum zu kümmern, wer innerhalb des Betriebes für die Änderung der Organisation verantwortlich ist. Es genügt, dass eine ihr vorgesetzte Person die entsprechenden Arbeitgeberfunktionen wahrnimmt und die Arbeitnehmerin nach den gesamten Umständen nicht darauf schliessen muss, diese Weisungen widersprächen dem Willen des Arbeitgebers.
Vorliegend hat die Klägerin der Kassierin die Leistung der Überstunden regelmässig mitgeteilt. Es haben offenbar zwischen den genannten Personen auch Diskussionen über diese Mehrleistungen und deren Ausgleich stattgefunden. Die Kassierin war gleichzeitig ein Vorstandsmitglied des Beklagten.
Nach der Vereinsversammlung ist der Vorstand das höchste Organ des Vereins. Insofern kommt den Vorstandsmitgliedern, welche überdies offenbar auch aktiv in der Organisation des Betriebes mitwirken, eine Arbeitgeberfunktion zu.
Die Klägerin durfte sich deshalb darauf verlassen, dass es genüge, wenn der Kassierin die Überstunden mitgeteilt wurden und sie diese stillschweigend genehmigte. Ob der Kassierin eine Vertretungsmacht nach aussen zukam, ist dabei ohne Bedeutung.
Es handelt sich um ein Vorgehen innerhalb des Vereins und insoweit nicht um Handlungen gegenüber Aussenstehenden.
Entsprechend ist es auch ohne Bedeutung, dass die Vorinstanz keine Feststellungen über die Vertretungsmacht der Kassierin getroffen hat.
Es ergibt sich somit, dass die Mehrleistung der Klägerin als vom Arbeitgeber im Nachhinein durch Stillschweigen genehmigt und grundsätzlich entschädigungspflichtig anzusehen ist.
4.- Das Kantonsgericht hält fest, die Klägerin habe in einer Notiz gegenüber der Kassierin erklärt, wenn sie die Überstunden nicht kompensieren könne, so mache sie keine Entschädigung geltend. Es fragt sich, ob darin ein Verzicht auf die Entschädigung für die erbrachte Mehrleistung zu erblicken ist.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist ein Verzicht auf eine bereits entstandene Forderung aus Überstunden während der Dauer des Arbeitsverhältnisses und eines Monats nach dessen Beendigung nicht möglich (<ref-ruling> E. 3 S. 473). Demgegenüber ist es zulässig, mit einer schriftlichen Vereinbarung auf die Entschädigung der zukünftig zu leistenden Überstunden zu verzichten.
Dem genannten Schreiben kann somit nicht die Wirkung zukommen, dass die in jenem Zeitpunkt bereits geleisteten Überstunden nicht zu entschädigen wären. Demgegenüber könnte es einen Verzicht auf die Entschädigung von künftigen Überstunden beinhalten. Das Kantonsgericht hat es allerdings unterlassen, Feststellungen zur Ermittlung des wirklichen Willens der Parteien in Bezug auf dieses Schreiben zu treffen.
Da das Fehlen eines übereinstimmenden wirklichen Parteiwillens nicht festgestellt wurde, konnte auch keine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip erfolgen. Die Sache ist daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie die notwendigen Feststellungen zur Ermittlung des tatsächlichen Parteiwillens treffen kann (<ref-ruling> E. 4b S. 123 f.). Kann ein solcher nicht festgestellt werden, so ist das erwähnte Schreiben nach dem Vertrauensprinzip auszulegen.
5.- Der Beklagte macht in seiner Berufungsantwort im Weiteren wie bereits vor den kantonalen Instanzen geltend, es widerspreche Treu und Glauben, wenn die Klägerin über Jahre die Entschädigung der Mehrarbeit nicht gefordert habe und diese erst einverlange, nachdem zwischen den Parteien Spannungen aufgetreten seien.
Auch die Geltendmachung der Überstundenentschädigung ist an die Schranke des Rechtsmissbrauchsverbots bzw.
des Gebots von Treu und Glauben gebunden. Das blosse Zuwarten mit der Geltendmachung eines Anspruchs ist indessen nach konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts kein Rechtsmissbrauch (<ref-ruling> E. 3g S. 19; <ref-ruling> E. 2 S. 275; <ref-ruling> E. b S. 42). Generell darf innerhalb der Verjährungsfrist die Verwirkung des Anspruches wegen rechtsmissbräuchlicher Verzögerung der Geltendmachung nur mit grosser Zurückhaltung angenommen werden (<ref-ruling> E. 6b S. 41). Zum Zeitablauf hinzu müssen weitere Umstände treten, welche die Rechtsausübung mit der früheren Untätigkeit des Berechtigten in einem unvereinbaren Widerspruch erscheinen lassen (<ref-ruling> E. 3g S. 19; <ref-ruling> E. 10e/dd S. 453; <ref-ruling> E. 2 S. 431). Dieser Auffassung hat sich auch die Lehre angeschlossen (Streiff/von Kaenel; a.a.O., N 10 zu <ref-law>; Staehelin, a.a.O., N 20 zu <ref-law>; Rehbinder, Berner Kommentar, N 11 zu <ref-law>; Brunner/Bühler/Waeber, Kommentar zum Arbeitsvertragsrecht, 2. Aufl. , N. 12 zu <ref-law>; Brühwiler, Kommentar zum Einzelarbeitsvertrag, 1996, N 12d zu <ref-law>).
Auch im vorliegenden Fall kann sich daher aus dem blossen Zeitpunkt der Geltendmachung kein Rechtsmissbrauch ergeben. Es stellt sich höchstens die Frage, ob aufgrund des genannten Schreibens an die Kassierin und möglicherweise weiterer im kantonalen Verfahren vorgetragener Umstände der Beklagte nach Treu und Glauben damit rechnen durfte, auch die Klägerin sei der Meinung, die künftigen Überstunden seien nicht zu entschädigen. Diese Frage fällt jedoch im Wesentlichen mit der bereits behandelten zusammen, ob das genannte Schreiben als gültiger Verzicht auf die Überstundenentschädigung anzusehen ist oder nicht.
6.- Die Klägerin macht weiter geltend, sie habe an Feiertagen gearbeitet und es stehe ihr dafür eine Entschädigung zu. Das Kantonsgericht hat diesen Anspruch mit der Begründung abgewiesen, dass es sich bei der Arbeit an Feiertagen ebenso wie bei den Überstunden zwar um eine Mehrleistung handle, diese aber nach Vertrag nicht zu entschädigen sei, sofern keine Anordnung des Präsidenten vorliege. Nachdem sich diese Argumentation bei den Überstunden als haltlos erwiesen hat, kann sie auch für Arbeitsleistungen an Feiertagen keinen Bestand haben. Hingegen ist diesbezüglich abzuklären, ob es sich gegenüber dem vertraglich vereinbarten Arbeitsumfang um eine Mehrleistung gehandelt hat, welche grundsätzlich zu entschädigen ist, oder ob die Klägerin bloss die geschuldete Arbeitsleistung zu einem anderen Zeitpunkt als dem üblichen geleistet hat, wozu sie mit Blick auf ihre freie Stundeneinteilung berechtigt war. Ob es sich tatsächlich um eine Mehrleistung handelt, wie dies die Klägerin behauptet, hat die Vorinstanz nicht geklärt. Die Sachverhaltsfeststellungen sind auch in diesem Bereich unvollständig und von der Vorinstanz zu ergänzen.
7.- Die Berufung erweist sich somit als weitgehend begründet und der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Das Kantonsgericht wird zu prüfen haben, ob im Schreiben der Klägerin an die Kassierin ein Verzicht auf künftige Überstunden zu erblicken ist. Sie wird diesfalls zu prüfen haben, ob die Klägerin bis zu jenem Zeitpunkt Überstunden geleistet hat, welche zu entschädigen sind. Falls im genannten Schreiben keine entsprechende Vereinbarung erblickt werden kann, hat die Vorinstanz auch die nach diesem Zeitpunkt erfolgten Überstunden festzustellen. Dabei hat sie bei der tatsächlich geleisteten Arbeitszeit auch jene Stunden zu berücksichtigen, welche die Klägerin an Feiertagen geleistet hat. Demgegenüber sind die auf diese Tage entfallenden Arbeitszeiten bei der Sollarbeitszeit nicht mitzuzählen.
8.- Der Streitwert übersteigt Fr. 20'000.--, so dass es sich nicht um ein unentgeltliches Verfahren handelt. Ob die Klägerin allerdings mit ihrer Klage durchdringen wird, hängt von den von der Vorinstanz durchzuführenden zusätzlichen Abklärungen und deren neuen Entscheidung ab. Aufgrund des ungewissen Verfahrensausganges rechtfertigt es sich, den Parteien die Gerichtskosten je zur Hälfte zu überbinden und die Parteikosten wettzuschlagen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen (III. Zivilkammer) vom 13. Januar 2000 wird mit Ausnahme von Ziff. 1 Abs. 1 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.- Die Parteikosten werden wettgeschlagen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen (III. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 9. Oktober 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: