Fatti:
A. Con decisione 14 agosto 1996 l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha posto O._ - nato nel 1952, già attivo professionalmente dal 1971 al 1992 - al beneficio di una mezza rendita d'invalidità (per un grado d'invalidità del 50%) con effetto dal 1° agosto 1993 per un danno alla colonna vertebrale, alla spalla sinistra e alla gamba destra. L'interessato dal giugno 1996 lavora per la ditta E._ SA quale autista con una capacità lavorativa ridotta al 50% per diminuzione del rendimento. La mezza rendita è stata successivamente confermata con comunicazioni 3 aprile 2000, 28 luglio 2004 e 10 settembre 2007.
Al termine di una nuova procedura di revisione avviata nel 2010 - dopo aver esperito gli accertamenti medici che hanno oggettivato uno stato di salute invariato rispetto alla prima assegnazione di rendita - l'UAI ha rilevato che dal lato economico era subentrato un aumento salariale notevole. Accertato un grado d'invalidità del 40%, l'amministrazione ha ridotto da metà a un quarto la rendita d'invalidità (decisione del 6 gennaio 2012, preavvisata il 13 settembre 2011).
B. L'assicurato si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale per pronuncia del 23 luglio 2012 ha accolto il gravame e ripristinato il diritto a una mezza rendita d'invalidità. Accertato per il 2011 un reddito da invalido di fr. 39'000.- (fr. 3'000.- x 13) e un reddito da valido di fr. 83'291.-, la Corte cantonale ha stabilito un tasso d'invalidità del 53%.
C. L'UAI ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale, previa concessione dell'effetto sospensivo, chiede in via principale l'annullamento del giudizio cantonale e il rinvio degli atti all'autorità giudiziaria cantonale per complemento istruttorio, mentre in via subordinata postula l'annullamento di detto giudizio e la conferma della decisione 6 gennaio 2012. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
O._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>) e vi si può scostare solo qualora questo accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62), o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). Salvo i casi in cui tale inesattezza sia lampante (cfr. <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 288 in fine), la parte ricorrente che intende contestare i fatti accertati dall'autorità inferiore deve spiegare, in maniera circostanziata, per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> sarebbero realizzate; in caso contrario non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello posto a fondamento della decisione impugnata (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4.3 pag. 254 con riferimento).
2. Controverso in questa sede è sapere se vi sia stato un aumento della capacità di guadagno dell'assicurato che giustifichi la riduzione della rendita d'invalidità da metà a un quarto.
3. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'autorità giudiziaria cantonale ha già correttamente esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti e gli effetti della revisione di una rendita in seguito a una modifica del diritto (<ref-law>; art. 88a e 88bis OAI; sui termini temporali di confronto v. pure <ref-ruling>). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione, non senza ribadire che per procedere alla revisione di una rendita d'invalidità occorre che il grado d'invalidità abbia subito una notevole modifica (<ref-law>). A differenza di quanto prescritto dall'<ref-law> per le altre prestazioni durevoli, l'<ref-law> non esige in relazione alla revisione di una rendita d'invalidità una modifica notevole dello stato di fatto, ma (solo) una modifica notevole del grado d'invalidità. Questa modifica può risiedere sia in un cambiamento dello stato di salute sia in una modifica della componente lucrativa (<ref-ruling> consid. 6.1-6.3 pag. 546 segg.).
4. 4.1 Nel caso in esame, accertati un grado (invariato e incontestato) di incapacità lavorativa (50%) in attività adeguata e un reddito da valido ugualmente non (più) contestato di fr. 82'641.- per il 2010 e di fr. 83'291.- per il 2011, la Corte cantonale ha prudenzialmente stabilito in fr. 3'000.- mensili il reddito da invalido dell'assicurato ritenendo che il salario (più elevato) versato dalla E._ SA non corrispondesse al reale rendimento dell'opponente, come del resto aveva segnalato lo stesso datore di lavoro in data 7 ottobre 2011. Quanto alla precedente dichiarazione con cui la E._ SA aveva affermato il 12 ottobre 2010 che il salario versato corrispondeva invece all'effettivo rendimento del lavoratore, il giudice cantonale non l'ha ritenuta sufficiente per ignorare non solo le successive precisazioni, ma anche e soprattutto il precedente comportamento dell'amministrazione. La quale, al momento delle revisioni svolte nel 2000 e nel 2004, aveva sostanzialmente ammesso che i salari allora versati erano più elevati rispetto all'effettivo rendimento e aveva di conseguenza accettato di riconoscere quale reddito da invalido gli importi (inferiori) di fr. 2'700.- (per il 2000) e di fr. 3'000.- (per il 2004). Posto come il datore di lavoro avesse il 7 ottobre 2011 quantificato in fr. 2'800.- il salario mensile corrispondente all'effettivo rendimento per il 2011, l'autorità giudiziaria cantonale ha prudenzialmente preso in considerazione l'importo di fr. 3'000.- che, moltiplicato per 13 mensilità e contrapposto al reddito senza invalidità, portava a ritenere un grado d'invalidità del 53% giustificante il mantenimento della mezza rendita.
4.2 Dal canto suo l'UAI censura l'accertamento del reddito da invalido considerato dal Tribunale cantonale. Adduce un accertamento manifestamente erroneo dei fatti rilevanti a causa di un'istruttoria incompleta. Secondo l'amministrazione, infatti, il salario da invalido di fr. 3'000.- estrapolato dall'autorità giudiziaria cantonale non sarebbe mai stato menzionato in alcuna occasione, né dal datore di lavoro, né dall'assicurato, né tantomeno dall'Ufficio AI. Evidenzia inoltre che il reddito da invalido conseguito dall'assicurato - e rivisto il 20 febbraio 2012 sulla base delle indicazioni fornite dal datore di lavoro in data 13 gennaio 2012 all'addetto agli assicurati - per il 2010 è di fr. 48'372.40 e per il 2011 di fr. 46'048.75. Invoca di conseguenza un grado d'invalidità del 41% (per il 2010) rispettivamente del 45% (per il 2011).
5. 5.1 Le regole legali e giurisprudenziali relative al modo di effettuare il confronto dei redditi, comprese quelle riguardanti l'applicazione dei dati statistici dell'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari, sono questioni di diritto. In questo ambito, la determinazione dei due redditi di confronto costituisce una questione di diritto se si fonda sull'esperienza generale della vita; rappresenta per contro un accertamento di fatto nella misura in cui si fonda su un apprezzamento concreto delle prove (cfr. <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 399).
5.2 Per determinare il reddito da invalido (unico aspetto rimasto contestato in sede federale) fa stato in primo luogo la situazione salariale concreta dell'assicurato, a condizione che cumulativamente il rapporto di lavoro sia particolarmente stabile, egli sfrutti in maniera completa e ragionevole la capacità lavorativa residua, il reddito derivante dall'attività effettivamente svolta sia adeguato e non costituisca un salario sociale (<ref-ruling> consid. 3b/aa pag. 76 con riferimenti). A quest'ultimo proposito va rilevato che per determinare il reddito da invalido decisivo è il valore in denaro della prestazione fornita. Se quindi l'assicurato riceve un salario più elevato (il cosiddetto salario sociale), è determinante solo la parte che rappresenta la retribuzione del suo effettivo rendimento. Non fanno dunque parte del reddito da lavoro determinante per la valutazione dell'invalidità le componenti salariali per le quali è dimostrato che il lavoratore a causa della limitata capacità lavorativa non è in grado di fornire (alc)una controprestazione (cfr. <ref-law>). Secondo l'esperienza generale della vita è poco verosimile che un datore di lavoro paghi per anni a un lavoratore invalido uno stipendio senza che questi fornisca una (adeguata) controprestazione. La prova dell'esistenza di un salario sociale è pertanto sottoposta a requisiti severi, valendo il principio che i salari pagati equivalgono alla prestazione lavorativa (<ref-ruling> consid. 2c/aa pag. 18; RCC 1980 pag. 321 consid. 2b; cfr. pure sentenza 2A.236/2006 del 28 settembre 2006 consid. 5.4). Nell'ambito dell'apprezzamento delle prove si deve pure considerare che i datori di lavoro potrebbero essere interessati a dichiarare il versamento di un salario sociale.
6. 6.1 La pronuncia impugnata ha constatato che il datore di lavoro, nel questionario del 16 settembre/12 ottobre 2010, oltre a indicare in fr. 3'276.- lo stipendio mensile dell'assicurato dal 1° gennaio 2010 (per uno stipendio orario di fr. 23.45), aveva pure risposto affermativamente alla domanda se il salario indicato corrispondesse all'effettivo rendimento dello stesso. Dallo stesso questionario risulta inoltre che nel 2008 l'interessato aveva percepito un salario di fr. 51'168.05 (per 2'211 ore lavorate), nel 2009 fr. 50'739.65 (per 2'138 ore lavorate) e fino al 30 settembre 2010 fr. 34'566.30 (pari a 1'601 ore lavorate). A ciò si aggiungono i certificati di salario della ditta E._ SA con uno stipendio annuo dichiarato per il 2009 di fr. 53'305.25 lordi, corrispondenti a fr. 45'344.05 netti, e per il 2010 di fr. 52'779.50 lordi, corrispondenti a fr. 43'167.75 netti. Cifre riviste il 13 gennaio 2012 quando la datrice di lavoro ha confermato all'UAI che l'assicurato aveva percepito per il 2010 un salario lordo di fr. 49'872.40 (e per il 2011 di fr. 47'548.75). Continuando con le cifre, i conteggi di salario del 2011 fanno stato di un stipendio lordo, rispettivamente, di fr. 3'792.85 (gennaio), fr. 3'840.45 (febbraio), fr. 4'156.95 (marzo), fr. 3'865.65 (aprile), fr. 3'856.55 (maggio), fr. 3'832.75 (giugno) e fr. 3'811.05 (luglio).
La Corte cantonale ha pure ricordato che con lettera del 7 ottobre 2011, dopo aver evidenziato le modifiche salariali intervenute tra il 2001 (salario mensile di fr. 2'800.- più rimoborso spese di fr. 800.-) e il 2004 (salario mensile di fr. 3'000.- più rimborso spese di fr. 200.-), la E._ SA aveva precisato che a partire dal 2007 erano stati riconosciuti gli aumenti salariali imposti a livello contrattuale che andavano in parte a compensare la perdita subita nel 2004 con la soppressione parziale del rimborso spese. Dopo avere indicato che il salario mensile nel 2011 era di fr. 3'308.90 e il rimborso spese era stato mantenuto a fr. 200.-, la datrice di lavoro ha aggiunto che il salario reale rimaneva invariato e poteva essere quantificato in fr. 2'800.-.
6.2 Da quanto sopra esposto, non appare in alcun modo provato con il rigore richiesto dalla giurisprudenza che O._ avrebbe percepito - nel periodo in discussione - per il suo effettivo rendimento uno stipendio "prudenzialmente" valutato dal Tribunale cantonale in soli fr. 3'000.- e che quanto ricevuto in più costituirebbe un salario sociale. Anche i conteggi e i certificati di salario rilasciati dalla ditta E._ SA dimostrano del resto che su tali pagamenti sono stati prelevati i contributi AVS/AI. Discostandosi dall'insieme dei dati numerici risultanti dagli atti il primo giudice ha ecceduto nel suo potere d'apprezzamento. L'interessato lavora stabilmente (nessun atto medico ha indicato un peggioramento valetudinario e nemmeno si possono dedurre significative assenze per malattia dal posto di lavoro) dal 1996 quale autista utilizzando in modo ragionevole e completo la sua residua capacità lavorativa. Anche per questo motivo non si capisce perché si dovrebbe attribuire importanza eccessiva alla dichiarazione del 7 ottobre 2011 con cui il datore di lavoro, senza apparente ragione, ha indicato per tale anno un salario mensile "reale" addirittura inferiore a quello del 2004. In considerazione di tale situazione, deve valere il principio per cui i salari pagati sono da ritenere equivalenti alle prestazioni lavorative fornite. Nulla muta a tale conclusione il fatto che l'amministrazione, al momento delle revisioni svolte nel 2000 e nel 2004, abbia accettato le precisazioni del datore di lavoro e riconosciuto l'importo del salario da invalido a quel momento di fr. 2'700.- (nel 2000) e di fr. 3'000.- (nel 2004) confermando il grado d'invalidità del 50%. Tale situazione non si giustifica in ogni caso più, anche in virtù delle contraddittorie dichiarazioni del datore di lavoro.
6.3 Si impone pertanto di rettificare l'accertamento del primo giudice e di prendere in considerazione quale reddito da invalido quello effettivamente versato all'opponente. Gli importi incontestati e riconosciuti a titolo di guadagno senza invalidità (cfr. sopra consid. 4.1) vanno dunque raffrontati con il reddito da invalido risultante - nell'ipotesi maggiormente favorevole per l'assicurato - dal salario annuo comunicato il 13 gennaio 2012 dalla stessa datrice di lavoro (fr. 49'872.40 per il 2010; fr. 47'548.75 per il 2011) e ridotto dall'UAI, in virtù dell'<ref-law>, a, rispettivamente, fr. 48'372.40 per il 2010 e fr. 46'048.75 per il 2011. Ne discende, come ha rettamente osservato l'Ufficio ricorrente, un grado d'invalidità, arrotondato (<ref-ruling>), variante tra il 41% e il 45% che impone la riduzione della rendita, da mezza a un quarto, con effetto dal primo giorno del secondo mese che è seguito alla notifica della decisione (6 gennaio 2012) di revisione (<ref-law>).
7. Ne segue che, in accoglimento del ricorso, il giudizio 23 luglio 2012 è annullato e la decisione 6 gennaio 2012 dell'Ufficio AI è confermata. Le spese seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dell'opponente (<ref-law>). L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata dal ricorrente.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto. La sentenza del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 23 luglio 2012 è annullata e la decisione dell'Ufficio dell'assicurazione invalidità del Cantone Ticino del 6 gennaio 2012 confermata.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'opponente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.