Faits:
A. Par jugement du 4 novembre 2008, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a libéré A._ des chefs d'accusation de lésions corporelles simples et de voies de fait. Il a rejeté les conclusions civiles de la plaignante X._, alloué des dépens pénaux à A._ à la charge de la plaignante et mis les frais à la charge de cette dernière.
B. Par arrêt du 20 janvier 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par X._ et confirmé le jugement de première instance. En substance, cet arrêt repose sur les faits suivants:
B.a X._ a déposé une plainte pénale, avec constitution de partie civile, à l'encontre de sa voisine, A._, à raison d'événements qui seraient survenus le 4 mars 2007 vers 16 h. 30. Elle accuse sa voisine de l'avoir giflée et frappée à plusieurs reprises, à coups de pied et de poing, alors qu'elle regagnait son domicile, au 5e étage, par l'escalier. A._ obstruait le passage avec son mari et ses deux enfants, âgés à l'époque de deux ans et demi et de 18 mois. Ce palier est long de quelque 6 mètres et large d'environ 1,5 mètre. X._ aurait été agressée sans autre préavis et sans que A._ ni aucun membre de sa famille ne prononcent un mot. En état de choc, après avoir reçu de nombreux coups, X._ aurait regagné son domicile en rampant.
X._ a alors téléphoné à son ostéopathe et aurait écrit une lettre à la gérance de l'immeuble. Elle a en outre sonné à la porte de deux voisins, B._, au 4e étage, puis C._, au 2e étage. Ensuite, elle s'est rendue à l'Hôpital de la Riviera, où un constat a été effectué à 17h30. Ce constat n'a mis en évidence ni ecchymose ni tuméfaction, mais a mentionné un état d'anxiété.
Dans un rapport non daté, l'ostéopathe D._ a relevé avoir, le 5 mars 2007, constaté une "entorse du majeur droit, un spasme des muscles paravertébraux dorso-lombaires, carré des lombes et fessiers associé à un claquage du muscle moyen fessier consécutifs à un choc traumatique absorbé par le côté droit de la patiente". Un examen par imagerie à résonance magnétique (IRM) effectué le 16 mars 2007 a mis en évidence une fracture-tassement de la 3e vertèbre lombaire. Selon un certificat délivré le 15 juin 2007 par le Professeur E._, exerçant à la clinique de Genolier, X._ "a souffert d'une fracture de tassement L3 à la suite de son agression du mois de mars". Le 27 août 2007, le même médecin a constaté que d'éventuelles séquelles au niveau de la fracture de tassement L3 à type de lombalgie ne sont pas à exclure. Dans un rapport du 11 mars 2008, la Dresse F._ a constaté que la plaignante "présente un tableau persistant de dorso-lombalgies mécaniques résistant aux approches thérapeutiques jusqu'ici entreprises s'assortissant d'un probable état de stress post-traumatique avec anxiété manifeste". Cette praticienne formulait des réserves quant à l'évolution de la situation médicale, en raison notamment d'une double problématique psychique et somatique.
B.b A._ a contesté les faits qui lui sont reprochés ainsi que la réalité même d'une rencontre avec X._ le 4 mars 2007. Ses dires ont été corroborés par son conjoint.
C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale. Elle conclut à la réforme du jugement en ce sens que A._ est condamnée pour lésions corporelles simples et déclarée sa débitrice d'un montant de 15'000 francs à titre de tort moral, acte de ses réserves civiles lui étant donné pour le surplus. En outre, elle sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'<ref-law> confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). En particulier, est habilité à former un recours en matière pénale celui qui revêt la qualité de victime, au sens de l'art. 1 de la loi fédérale du 23 mars 2007 sur l'aide aux victimes d'infractions (ci-après: LAVI; RS 312.5), si la décision attaquée peut avoir un effet sur le jugement de ses prétentions civiles (cf. art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF). Ainsi, la personne lésée par une infraction est habilitée à recourir en matière pénale à trois conditions: elle doit revêtir la qualité de victime au sens de l'<ref-law>, avoir pris part à la procédure devant l'autorité précédente et avoir pris, autant que cela pouvait raisonnablement être exigé d'elle, des conclusions civiles sur le fond dans la procédure pénale (à propos de l'<ref-law>, cf. notamment arrêt du Tribunal fédéral 6B_260/2009 du 30 juin 2009).
En l'occurrence, les deux dernières conditions sont remplies: d'une part, la recourante a participé à la procédure devant l'autorité précédente, puisqu'elle a déposé devant celle-ci un recours contre le jugement d'acquittement prononcé par le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois; d'autre part, elle a pris des conclusions civiles, concluant à l'allocation d'une indemnité pour tort moral de 15'000 fr. et à ce qu'il lui soit donné acte de ses réserves civiles pour le surplus. Reste à déterminer si elle revêt la qualité de victime au sens de l'<ref-law>.
En l'occurrence, les deux dernières conditions sont remplies: d'une part, la recourante a participé à la procédure devant l'autorité précédente, puisqu'elle a déposé devant celle-ci un recours contre le jugement d'acquittement prononcé par le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois; d'autre part, elle a pris des conclusions civiles, concluant à l'allocation d'une indemnité pour tort moral de 15'000 fr. et à ce qu'il lui soit donné acte de ses réserves civiles pour le surplus. Reste à déterminer si elle revêt la qualité de victime au sens de l'<ref-law>.
1.2 1.2.1 Est une victime au sens de l'<ref-law> toute personne qui a subi, du fait d'une infraction, une atteinte directe à son intégrité physique, psychique ou sexuelle. Le Tribunal fédéral examine librement si une personne est une victime au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2d p. 162). Tant que les faits ne sont pas définitivement arrêtés, il faut se fonder sur les allégués de celui qui se prétend lésé pour déterminer s'il est victime au sens de l'<ref-law>. En revanche, lorsque - comme en l'espèce - l'autorité cantonale a définitivement fixé l'état de fait, celui-ci lie la cour de céans (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 149 à propos du pourvoi en nullité), à moins qu'il ne soit entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), à savoir d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.4.1).
1.2.2 L'arrêt attaqué retient en fait que la recourante n'a pas subi de lésions lors de sa prétendue rencontre avec sa voisine le 4 mars 2007. La cour cantonale a certes fait allusion à des lésions dorso-lombaires et psychologiques, mais nie que ces lésions constatées sur la recourante plusieurs heures, voire plusieurs jours après la soi-disante agression se trouvent dans un lien de causalité (naturelle) avec celle-ci. Selon la recourante, la cour cantonale serait toutefois tombée dans l'arbitraire en écartant tout lien de causalité entre les lésions constatées et la prétendue l'agression. En particulier, elle aurait arbitrairement écarté divers rapports médicaux, qui permettraient d'étayer à satisfaction l'origine des lésions constatées.
Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4/5; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
La cour cantonale a exclu toute lésion survenue à la suite d'une prétendue agression du 4 mars 2007, en se fondant sur le constat de l'Hôpital de la Riviera établi le jour même. En effet, les médecins n'ont décelé aucune lésion physique au terme de leur examen, mais seulement un état d'anxiété. Les autres rapports médicaux établissent certes l'existence de lésions dorso-lombaires. Ainsi, le rapport de l'ostéopathe a constaté l'existence d'"un spasme des muscles paravertébraux dorsaux lombaires, (...) consécutif à un choc traumatique absorbé par le côté droit de la patiente". Mais, contrairement à ce que soutient la recourante, ce choc traumatique n'est pas nécessairement la conséquence de la prétendue aggression, les lésions pouvant aussi résulter d'une chute ou d'un accident domestique. Quant aux autres rapports médicaux, ils ne sont pas déterminants, dès lors qu'ils ont été établis un mois, voire une année après la prétendue agression; s'ils ont fait un lien avec une agression, cela provient des dires de la patiente, par nature invérifiables. C'est donc sans arbitraire que la cour cantonale les a écartés et s'est fondée sur le rapport établi par l'Hôpital de la Riviera.
On peut encore ajouter que C._ n'a pas constaté le 4 mars 2007 de marques particulières sur la personne de sa voisine, qui se tenait debout. Quant à B._, elle a certes déclaré avoir observé des rougeurs sur le dos de la recourante. Mais comme l'a relevé la cour cantonale, il apparaît toutefois insolite que B._ ait cru discerner des rougeurs sur le dos de la recourante, dès lors que les vêtements couramment portés à l'époque de l'année en cause (début mars) couvrent le haut du corps.
Au vu de l'ensemble de ces éléments, la cour cantonale n'est donc pas tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il n'était pas établi que les lésions dorso-lombaires et les séquelles psychologiques constatées ultérieurement avaient été provoquées par la prétendue agression survenue le 4 mars 2007. Non entachée d'arbitraire, cette constatation de fait lie la cour de céans. Or, en l'absence de lien de causalité entre les lésions invoquées par la recourante et l'agression, on ne peut pas considérer que la recourante a subi une atteinte directe à son intégrité physique ou psychique du fait d'une infraction. La recourante ne revêt donc pas la qualité de victime au sens de l'<ref-law> et n'a pas la qualité pour recourir selon l'<ref-law>.
Dans ses deux autres griefs, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir écarté de façon arbitraire les témoignages des deux voisins et d'avoir apprécié arbitrairement les correspondances adressées par la gérance dans cette affaire. Ces griefs concernent l'existence même de l'agression. Or, en l'absence de lien de causalité, les infractions de lésions corporelles et de voies de fait doivent être exclues, sans qu'il soit nécessaire de déterminer si une agression a vraiment eu lieu. Il n'est donc pas nécessaire d'examiner ces griefs.
2. En conclusion, le recours est irrecevable.
Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, la recourante doit être déboutée de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice réduits (art. 65 et 66 al. 1 LTF), compte tenu de sa situation financière actuelle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 22 septembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin