Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1970) und Y._ (geb. 1969) heirateten im April 2002. Sie haben die gemeinsame Tochter A._ (geb. 2003). Das Getrenntleben begann nach ungefähr zwei Ehejahren.
B. Auf Klage des Ehemannes hin schied das Bezirksgericht B._ die Ehe mit Urteil vom 24. Oktober 2007 und stellte die Tochter unter die elterliche Sorge der Mutter. In finanzieller Hinsicht verpflichtete es den Ehemann zu Kindesunterhalt von Fr. 800.-- (zzgl. Kinderzulagen) sowie zu nachehelichem Unterhalt von Fr. 1'685.-- bis April 2013 und von Fr. 935.-- bis April 2019.
Auf Berufung des Ehemannes hin setzte das Kantonsgericht Schwyz den nachehelichen Unterhalt mit Urteil vom 23. September 2008 auf Fr. 1'650.-- bis April 2013 und auf Fr. 350.-- bis April 2018 fest.
C. Gegen dieses Urteil hat der Ehemann am 5. Januar 2009 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht, im Wesentlichen mit den Begehren um Festsetzung des nachehelichen Unterhalts auf Fr. 1'055.-- pro Monat (zuzüglich der Hälfte der jährlichen Gratifikation) bis zum Eintritt von A._ in die 1. Primarklasse und auf Fr. 350.-- pro Monat (zuzüglich der Hälfte der jährlichen Gratifikation) bis zum Eintritt von A._ in die 1. Oberstufe sowie um Aufhebung der Kostenziffern, unter hälftiger Teilung der erstinstanzlichen Kosten und Auferlegung der zweitinstanzlichen Kosten an die Ehefrau. Er verlangt in diesem Zusammenhang insbesondere auch die Feststellung, dass der Ehefrau per sofort eine Erwerbsarbeit von 20% bzw. ein Erwerbseinkommen von Fr. 900.-- zumutbar sei.
Das Kantonsgericht verlangt in seiner Vernehmlassung vom 16. Februar 2009 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Ehefrau hat in ihrer Vernehmlassung vom 10. März 2009 auf Abweisung der Beschwerde geschlossen.
Beide Parteien verlangen die unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Angefochten sind Fr. 30'000.-- übersteigende vermögensrechtliche Nebenfolgen eines kantonal letztinstanzlichen Ehescheidungsurteils; die Beschwerde in Zivilsachen ist somit gegeben (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
2. Nach den Sachverhaltsfeststellungen des Kantonsgerichts ist der Ehemann zu 100% erwerbstätig und verfügt über ein Nettoeinkommen von Fr. 5'700.--. Die Ehefrau hat während der Ehe eine KV-Ausbildung und einen SIZ-Kurs absolviert. Sie ist zur Zeit nicht erwerbstätig und widmet sich der Betreuung des gemeinsamen, inzwischen sechs Jahre alten Kindes. Das Kantonsgericht hat sich auf die bundesgerichtlichen Richtlinien gestützt, wonach einer Mutter eine teilweise Erwerbstätigkeit erst zumutbar ist, sobald das jüngste Kind 10 Jahre alt ist, bzw. eine volle Erwerbstätigkeit, sobald das jüngste Kind 16 Jahre alt ist, und es hat ihr in der Folge ab Mai 2013 ein hypothetisches Einkommen von 50% und ab Mai 2018 ein solches von 100% angerechnet; dabei ist es von einem erzielbaren Einkommen von Fr. 4'500.-- ausgegangen.
2.1 Der Ehemann rügt in verschiedener Hinsicht eine Verletzung des Willkürverbots und Rechtsverletzungen. Er macht insbesondere geltend, die betreffenden Richtlinien entsprächen nicht mehr der heutigen Zeit und es gehe nicht an, dass er während mehrerer Jahre auf sein Existenzminimum gesetzt werde und sich die Ehefrau darauf beschränke, das einzige Kind zu erziehen, umso weniger als sie ihre KV-Ausbildung mit Blick auf eine Erwerbsaufnahme absolviert habe. Vor dem Hintergrund, dass es bereits für den Kindergarten einen Mittagstisch gebe und das Kind demnächst zur Schule gehe, sei der Ehefrau bereits jetzt eine Erwerbsarbeit im Umfang von 20% zumutbar; notfalls könne sie das Kind auch in eine Krippe geben.
2.2 Für die Höhe und Dauer des nachehelichen Unterhalts kommt es wesentlich auf die Unterscheidung zwischen lebensprägenden und nicht lebensprägenden Ehen an; bei der ersteren haben beide Parteien Anspruch auf Fortführung der ehelichen Lebenshaltung; prägend ist eine Ehe vermutungsweise, wenn sie länger als zehn Jahre gedauert hat, unabhängig von der Ehedauer aber auch, wenn aus ihr gemeinsame Kinder hervorgegangen sind (<ref-ruling> E. 4.1 S. 61). Selbst die lebensprägende Ehe führt aber nicht automatisch zu Scheidungsalimenten: Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung geniesst der Grundsatz der Eigenversorgung gegenüber dem Unterhaltsanspruch Vorrang, was sich direkt aus <ref-law> ergibt (Prinzip des clean break); nur dann und insoweit hat ein Ehegatte gegenüber dem anderen einen Anspruch auf Scheidungsalimente, als er seinen gebührenden Unterhalt nicht aus eigener Kraft zu decken vermag und der andere Teil leistungsfähig ist (<ref-ruling> E. 4 S. 146).
Die Eigenversorgungskapazität kann insbesondere durch die Kinderbetreuung ganz oder teilweise eingeschränkt sein. Als Richtlinie gilt, dass dem betreuenden Elternteil die (Wieder-)Aufnahme einer Erwerbsarbeit zumutbar ist, im Umfang von 50% sobald das jüngste Kind 10-jährig und zu 100% sobald das jüngste Kind 16-jährig ist (<ref-ruling> E. 3c S. 10). In einem neuesten, zur Publikation bestimmten Urteil hat das Bundesgericht festgehalten, dass diese Richtlinien auch bei den heutigen gesellschaftlichen Verhältnissen ihre Gültigkeit behielten, weil nach wie vor die unmittelbare persönliche Betreuung und Pflege vor allem kleiner und im obligatorischen Schulalter stehender Kinder deren Interessen diene und einen wesentlichen Gesichtspunkt für die Zuteilung der elterlichen Sorge bilde (zur Publ. best. Urteil 5A_210/2008, E. 3.2). Ferner schliesst die Formulierung "das jüngste Kind" auch Einkinderfamilien ein (so explizit Urteil 5A_100/2007, E. 4); das Bundesgericht hat die zitierten Richtlinien denn auch in anderen Fällen stets auf solche Verhältnisse angewandt (z.B. Urteile 5C.70/2004, E. 2.3; 5C.203/2006, E. 3.2).
Richtlinien stellen jedoch definitionsgemäss keine starren Regeln dar; vielmehr sind sie auf durchschnittliche Verhältnisse zugeschnitten und müssen vor einer jeden Einzelfallbetrachtung standhalten (Urteile 5C.43/2006, E. 6.3; 5A_100/2007, E. 4). So wäre etwa eine darüber hinausgehende Erwerbsarbeit zumutbar, wenn sie bereits während des ehelichen Zusammenlebens ausgeübt worden ist oder das Kind fremdplatziert ist und deshalb den Inhaber der elterlichen Sorge bzw. der Obhut nicht an einer Erwerbsarbeit hindert (Urteil 5A_100/2007, E. 4). Umgekehrt kann eine Erwerbsarbeit auch länger unzumutbar bleiben, etwa bei einem behinderten Kind oder wenn zahlreiche Kinder zu betreuen sind (Urteile 5C.139/2005, E. 2.2; 5A_100/2007, E. 4). Der Sachrichter hat deshalb die Richtlinien in pflichtgemässer Ausübung seines weiten Ermessens in Unterhaltsfragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4 S. 580) und mit Augenmass anzuwenden.
2.3 Aus den kantonalen Sachverhaltsfeststellungen ergibt sich, dass die Ehefrau während der Ehe eine KV-Lehre und einen SIZ-Kurs absolviert hat. Insbesondere die KV-Lehre erfordert ein Engagement, das einer ausserhäuslichen Erwerbstätigkeit entspricht. Soweit die Lehre in die Zeit nach der Geburt der Tochter gefallen sein sollte, wozu der angefochtene Entscheid nichts feststellt, hätte die Mutter die gemeinsame Tochter offensichtlich fremdbetreuen lassen müssen. Ob dieselben Schlussfolgerungen auch im Zusammenhang mit dem SIZ-Kurs zu ziehen wären, kann mangels entsprechender tatsächlicher Feststellungen (wie Dauer und zeitliche Beanspruchung) nicht beurteilt werden.
Wie bereits erwähnt, gilt eine Erwerbstätigkeit ungeachtet allfälliger Betreuungspflichten als zumutbar, wenn sie bereits während der Ehe ausgeübt wurde und deshalb eine Fremdbetreuung der Kinder erforderlich war. Aus der Sicht des Kindes bzw. des Kindeswohls ist aber nicht entscheidend, aus welchem Grund eine Fremdbetreuung stattgefunden hat, weshalb eine Ausbildungstätigkeit vom Grundsatz her nicht anders zu behandeln ist als eine Erwerbstätigkeit. Insofern können sich aber Unterschiede ergeben, als bei einer Ausbildung die Lebensplanung der Ehegatten zu berücksichtigen ist, die sich im Unterschied zur Erwerbstätigkeit nicht bereits aus der Tatsache der Tätigkeit selbst ergibt: Eine Ausbildung muss nicht zwingend in der Absicht einer unmittelbar anschliessenden Arbeitsaufnahme erfolgen. Vielmehr kann es auch dem Lebensplan der Ehegatten entsprechen, dass sich der betreffende Gatte nach Abschluss der Ausbildung zuerst um die Kinder kümmern und erst dann, wenn diese ein bestimmtes Alter erreicht haben, eine Erwerbstätigkeit aufnehmen soll; diesfalls dient die Ausbildung dem späteren beruflichen (Wieder)Einstieg. Ferner ist an den Fall zu denken, dass eine Frau während einer Ausbildung unerwartet schwanger wird und sich die Ehegatten entscheiden, dass die Ausbildung zwar abgeschlossen, aber danach keine Erwerbstätigkeit aufgenommen werden soll.
Es entspricht allgemeiner Erfahrung, dass bei angespannten finanziellen Verhältnissen - vorliegend deckt das Einkommen des Ehemannes den allseitigen Notbedarf nur ganz knapp - eine Aus- oder Weiterbildung in der Regel mit dem Ziel einer unmittelbaren Verbesserung der Einkommenssituation absolviert wird, zumal wenn nur ein Kind zu betreuen und dieses dem eigentlichen Kleinkindalter entwachsen ist. Dennoch sind die im vorangehenden Abschnitt erörterten Sachverhaltsfragen offen. Sodann setzt die Verpflichtung der Ehefrau zu einer Erwerbsaufnahme in jedem Fall voraus, dass sie in tatsächlicher Hinsicht eine Arbeit finden kann, die sich primär während der Kindergarten- bzw. Schulzeit des Kindes ausüben lässt. Soweit eine Fremdbetreuung unumgänglich wäre, muss nach Abzug der hieraus entstehenden Kosten (sowie allfälliger weiterer Kosten und der Steuerfolgen) ein vernünftiger Betrag übrig bleiben, so dass insgesamt von einer wesentlichen Verbesserung der finanziellen Verhältnisse gesprochen werden kann.
All diese Fragen sind nicht liquid, weshalb der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur weiteren Abklärung im Sinn der Erwägungen an das Kantonsgericht zurückzuweisen ist.
2.4 Infolge Rückweisung werden die weiteren Vorbringen in der Sache, insbesondere aber auch die Ausführungen im Zusammenhang mit den kantonalen Kosten gegenstandslos.
3. Die beidseitigen Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege sind infolge offensichtlicher Prozessbedürftigkeit gutzuheissen und die Parteien sind je durch die sie vertretenden Rechtsanwälte zu verbeiständen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).
Ist der materielle Ausgang des Verfahrens offen, werden die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren praxisgemäss geteilt. Zudem sind beide Parteianwälte aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde in Zivilsachen wird das Urteil des Kantonsgerichts Schwyz vom 23. September 2008 aufgehoben und die Sache zur Abklärung und neuen Beurteilung im Sinn der Erwägungen an das Kantonsgericht zurückgewiesen.
2. Beiden Parteien wird die unentgeltliche Rechtspflege erteilt. Dem Beschwerdeführer wird Dr. B. Beeler, und der Beschwerdegegnerin Walter A. Stöckli, als unentgeltlicher Rechtsanwalt beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Parteien hälftig auferlegt, jedoch einstweilen auf die Gerichtskasse genommen.
4. Beide Rechtsanwälte werden aus der Gerichtskasse mit je Fr. 2'000.-- entschädigt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli