Ehescheidung, hat sich ergeben:
A.- Die Parteien heirateten am 27. Juni 1969; ihrer Ehe sind zwei Kinder entsprossen (geboren 1971 und 1973). Auf Klage der Ehefrau vom 7. März 1995 und Widerklage des Ehemannes hin schied das Bezirksgericht Baden mit Urteil vom 27. Oktober 1999 die Ehe der Parteien, die seit März 1993 getrennt leben. Es sah davon ab, der Klägerin einen Unterhaltsbeitrag zuzusprechen und wies auf Antrag des Beklagten die güterrechtliche Auseinandersetzung in ein separates Verfahren.
In der Folge appellierte die Klägerin an das Obergericht des Kantons Aargau, welches in Gutheissung der klägerischen Anträge mit Entscheid vom 16. März 2001 das erstinstanzliche Urteil aufhob und die Streitsache zu neuer Entscheidung an die Erstinstanz zurückwies.
B.- Der Beklagte erhebt eidgenössische Berufung und beantragt dem Bundesgericht, das obergerichtliche Urteil sei aufzuheben und das erstinstanzliche Urteil zu bestätigen; ferner sei die Streitsache zur Neuverlegung der kantonalen Kosten an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eine Berufungsantwort ist nicht eingeholt worden; das Obergericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob auf eine Berufung eingetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2a S. 385, 406 E. 1a in fine S. 410).
a) Die Vorinstanz hat erwogen, auch unter Zugrundelegung des revidierten, am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen Scheidungsrechtes sei der Klägerin kein Unterhaltsbeitrag im Sinne von <ref-law> zuzusprechen. Demgegenüber habe sie gegebenenfalls Anspruch auf eine angemessene Entschädigung gemäss <ref-law>, weil sich der Beklagte bei Aufnahme seiner selbständigen Erwerbstätigkeit sein Guthaben aus der beruflichen Vorsorge habe auszahlen lassen. Diese angemessene Entschädigung könne allerdings nur im Verbund mit dem Ergebnis der güterrechtlichen Auseinandersetzung festgesetzt werden. Die Klägerin habe mithin eine auf <ref-law> gestützte Entschädigung nur zu beanspruchen, sofern sie nicht bereits unter güterrechtlichem Titel eine hinreichende Abfindung erhalten werde. Demgemäss müsse das erstinstanzliche Urteil aufgehoben und die Streitsache zu neuer Entscheidung an das Bezirksgericht zurückgewiesen werden, das neben dem Scheidungspunkt auch sämtliche Nebenfolgen zu beurteilen haben werde und insbesondere die güterrechtliche Auseinandersetzung nicht mehr in ein separates Verfahren verweisen dürfe.
b) Der Beklagte macht geltend, der angefochtene Entscheid sei als Endentscheid hinsichtlich der Frage zu qualifizieren, ob in Abweichung vom Grundsatz der Einheit des Scheidungsurteils der Scheidungspunkt ausnahmsweise vor und unabhängig von den vermögensrechtlichen Scheidungsfolgen beurteilt werden dürfe. Diese Rechtsfrage sei etwa vergleichbar mit jener, ob in Anwendung von <ref-law> die Scheidung ausgesprochen werden darf.
aa) Ein Endentscheid im Sinne von Art. 48 Abs. 1 OG liegt nach der Rechtsprechung vor, wenn das kantonale Sachgericht über den im Streit stehenden Anspruch materiell entschieden oder dessen Beurteilung aus einem Grund abgelehnt hat, der endgültig verbietet, dass derselbe Anspruch nochmals geltend gemacht wird, weshalb er insoweit materiell rechtskräftig wird (<ref-ruling> E. 3b S. 446 f.; <ref-ruling>).
Der vorinstanzliche Entscheid beschränkt sich darauf, das erstinstanzliche Urteil aufzuheben und die Streitsache an das Bezirksgericht zurückzuweisen, damit es sich über den Scheidungspunkt und die Scheidungsfolgen in einem einheitlichen Verfahren ausspreche. Damit hat das Obergericht über die Streitsache weder materiell entschieden noch anderweitig eine Beurteilung abgelehnt, die einer rechtskräftigen Erledigung gleichkäme; mithin handelt es sich beim angefochtenen Entscheid nicht um einen Endentscheid im Sinne von Art. 48 Abs. 1 OG. Ebenso wenig kann von einem unvollständigen Endentscheid ausgegangen werden, der unter den Voraussetzungen von Art. 48 Abs. 1 OG berufungsfähig wäre.
Die bundesgerichtliche Rechtsprechung betrachtet einen kantonalen Entscheid in Scheidungssachen nur dann als unvollständigen Endentscheid, wenn die Vorinstanz ein Scheidungsbegehren formell gutgeheissen hat, ohne zugleich die Nebenfolgen zu regeln (<ref-ruling> E. 1 S. 98; unveröffentlichter Entscheid des Bundesgerichtes vom 2. Februar 1995 i.S.
W., E. 1 [5C. 31/1994]). Dies trifft für das im Streit stehende Urteil der kantonalen Vorinstanz, das sich in der Anordnung der Rückweisung an das Bezirksgericht erschöpft, nicht zu.
bb) Der obergerichtliche Entscheid stellt vielmehr einen Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von Art. 50 Abs. 1 OG dar. Nach der Rechtsprechung ist von einem Vor- oder Zwischenentscheid auszugehen, wenn in ihm eine einzelne materiellrechtliche Anspruchsvoraussetzung urteilsmässig erledigt worden ist, sei es, dass dies im Urteilsdispositiv ausdrücklich angeordnet wird, oder sei es, dass die im Dispositiv enthaltene Rückweisung sich damit begnügt, auf die Erwägungen Bezug zu nehmen (<ref-ruling> E. 1a S. 221; Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd.
II, Bern 1990, N. 2.1.3 in fine zu Art. 50 OG).
c) aa) Gemäss Art. 50 Abs. 1 OG kann ein Vor- oder Zwischenentscheid ausnahmsweise mit Berufung beim Bundesgericht angefochten werden, wenn dadurch sofort ein Endentscheid herbeigeführt und so ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann, dass die gesonderte Anrufung des Bundesgerichtes gerechtfertigt erscheint. Dem ersten Erfordernis zufolge muss das Bundesgericht imstande sein, mit dem Urteil über die Berufung sofort einen Endentscheid zu fällen. Dies bedeutet, dass das Bundesgericht selbst in der Lage sein muss, in einem vom angefochtenen Entscheid abweichenden Urteil abschliessend und endgültig über den streitigen Anspruch zu befinden (<ref-ruling> E. 2a S. 255 f. mit Hinweisen). Kann das Bundesgericht in einem vom vorinstanzlichen Urteil abweichenden Berufungsentscheid demgegenüber die Streitsache nur zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückweisen, so ist es nicht befähigt, selbst einen Endentscheid ergehen zu lassen (<ref-ruling> E. 2a S. 256; Poudret, a.a.O., N. 2.3 zu Art. 50 OG).
bb) Vorliegend kann die Berufungsfähigkeit demnach nur bejaht werden, sofern das Bundesgericht imstande ist, den erstmals vor Obergericht gestützt auf <ref-law> geltend gemachten Ausgleichsanspruch entweder unabhängig vom Ergebnis der güterrechtlichen Auseinandersetzung festzusetzen oder aber vollständig abzuweisen. Erweist sich hingegen, dass es nicht möglich ist, diesen Anspruch im bundesgerichtlichen Verfahren zu beurteilen, so müsste das Bundesgericht die Streitsache an die Vorinstanz zurückweisen, womit die Berufungsfähigkeit des Vor- oder Zwischenentscheides nicht gegeben wäre.
2.- a) Der Beklagte trägt sinngemäss vor, die Ehe könne entgegen der vorinstanzlichen Auffassung geschieden werden, ohne dass ein Ausgleichsanspruch nach <ref-law> beurteilt werden müsse, zumal ein solcher Anspruch ohnehin nicht bestehe. Er bringt im Wesentlichen vor, Barauszahlungen gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes über die Freizügigkeit in der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 17. Dezember 1993 (FZG; SR 831. 42) bildeten im ordentlichen Güterstand gesamthaft Errungenschaft (<ref-law>), und bestreitet, dass zusätzlich <ref-law> Anwendung finde.
Nach Auffassung des Beklagten führt auch die Auslegung von <ref-law> zum Ergebnis, dass die Barauszahlung, die zur Errungenschaft des sie beziehenden Ehegatten gezogen werde, ausschliesslich anlässlich der güterrechtlichen Auseinandersetzung in Berücksichtigung falle. Daher könne sie nicht nochmals Grund zur Gewährung eines Ausgleichsanspruches nach <ref-law> sein; diese Norm erfasse Barauszahlungen gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. b FZG nicht. Doch selbst bei Befolgung der obergerichtlichen Rechtsauffassung stünde der Klägerin kein Anspruch aus <ref-law> zu, weil infolge der Investition des ausbezahlten Vorsorgebetrages sich die Passiven des Beklagten verkleinert hätten, so dass die Klägerin einen entsprechend höheren Vorschlag erhalte. Somit stelle die güterrechtliche Auseinandersetzung die einzige vermögensrechtliche Scheidungsfolge dar und durfte vom Bezirksgericht ohne Rechtsverletzung in ein separates Verfahren verwiesen werden.
b) Gemäss <ref-law> hat jeder Ehegatte Anspruch auf die Hälfte der für die Ehedauer zu ermittelnden Austrittsleistung aus beruflicher Vorsorge des anderen Ehegatten, sofern kein Vorsorgefall eingetreten ist. Hat ein erwerbstätiger Ehegatte bereits einen Vorsorgefall erlebt oder können aus anderen Gründen Ansprüche aus der beruflichen Vorsorge, die während der Ehe erworben worden sind, nicht geteilt werden, so spricht das Gesetz dem anspruchsberechtigten Ehegatten eine angemessene Entschädigung zu (<ref-law>). Diese Norm schliesst von ihrem Wortlaut her nicht nur den Eintritt eines Vorsorgefalles ein, sondern erfasst auch andere Vorgänge, derentwegen die Austrittsleistung nicht mehr geteilt werden kann (vgl. Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 15. November 1995, BBl 1996 I 106 Ziff. 233. 433.2 mit Beispielen). Nichts steht entgegen, darunter auch die während der Ehe vorgenommenen Barauszahlungen des erwirtschafteten Vorsorgeguthabens einzureihen (Art. 5 Abs. 1 FZG). Wohl führt eine derartige Barauszahlung des Vorsorgeguthabens zu dessen endgültigem Ausscheiden aus dem System der beruflichen Vorsorge (Botschaft, a.a.O., S. 108 Ziff. 233. 441), indessen lässt sich daraus nicht folgern, dass dem anderen Ehegatten keine Entschädigung für die nicht mehr vorhandene Austrittsleistung zu gewähren wäre. Derlei lässt sich dem Gesetz nicht entnehmen, das vielmehr sowohl den Eintritt des Vorsorgefalles wie auch in offener Formulierung andere Gründe nennt, die aufgrund der damit einhergehenden fehlenden Teilbarkeit der Austrittsleistung den Ehegatten des Vorsorgenehmers berechtigen, eine angemessene Entschädigung zu erhalten.
Diese Ansicht wird auch im Schrifttum befürwortet; Barauszahlungen an den Vorsorgenehmer gemäss Art. 5 Abs. 1 FZG rechtfertigten es im Grundsatz, dem anderen Ehegatten einen Ausgleichsanspruch zuzuerkennen (Katerina Baumann/Margareta Lauterburg, Darf's ein bisschen weniger sein?, in:
FamPra. ch 2000 S. 213; Geiser, Berufliche Vorsorge im neuen Scheidungsrecht, in: Vom alten zum neuen Scheidungsrecht, Bern 1999, N. 2.51 in fine; Marta Trigo Trindade, Prévoyance professionnelle, divorce et succession, in: SJ 2000 II 489; Rolf Vetterli/Alex Keel, Die Aufteilung der beruflichen Vorsorge in der Scheidung, in: AJP 1999 S. 1622).
Im ordentlichen Güterstand bildet eine aus Mitteln der beruflichen Vorsorge gespiesene Barauszahlung zunächst Errungenschaft (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4c/bb S. 390; <ref-ruling> E. 3a-b S. 290 f.; Hausheer/Reusser/Geiser, Berner Kommentar, N. 33 zu <ref-law>).
Allerdings muss bei Auflösung des Güterstandes eine derartige Kapitalleistung, die der Vorsorgenehmer von einer Vorsorgeeinrichtung empfangen hat, im Betrag des Kapitalwertes der Rente, die ihm bei Auflösung des Güterstandes zustünde, rechnerisch dem Eigengut zugewiesen werden (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4b/bb S. 389; Hausheer/Reusser/Geiser, a.a.O., N. 33 in fine zu <ref-law>; Deschenaux/Steinauer/Baddeley, Les effets du mariage, Bern 2000, N. 1086 in fine), wobei gemäss <ref-law> im Falle der Ehescheidung die Auflösung des Güterstandes auf den Zeitpunkt zurückbezogen wird, an dem das Begehren eingereicht worden ist.
Die Barauszahlung bleibt somit bei dieser Konstellation im Rahmen der Vorschlagsbeteiligung grundsätzlich ausser Betracht mit der Folge, dass dem Ehegatten des Vorsorgenehmers ausschliesslich über <ref-law> eine angemessene Entschädigung für die entgangene Beteiligung an der nicht mehr vorhandenen Austrittsleistung des Vorsorgenehmers verschafft werden kann (im gleichen Sinne Geiser, a.a.O., N. 2.51 in fine, 2.98; Trigo Trindade, a.a.O., S. 489; Vet-terli/Keel, a.a.O., S. 1616; ablehnend: Jacques-A. Schneider/Christian Bruchez, La prévoyance professionnelle et le divorce, in: SVZ 68/2000 S. 255 Fn. 159).
3.- Einer Festsetzung des Ausgleichsanspruches im bundesgerichtlichen Berufungsverfahren steht nicht nur entgegen, dass die hierzu erforderlichen Tatsachenfeststellungen allzu knapp ausgefallen sind. Es kommt hinzu, dass bei Bestimmung des angemessenen Ausgleichsanspruches nach <ref-law> dem Ergebnis der güterrechtlichen Auseinandersetzung sowie den übrigen wirtschaftlichen Verhältnissen der Parteien gebührend Rechnung getragen werden muss. Ob man dies mit einer analogen Anwendung von <ref-law> begründet oder mit dem Umstand, dass bereits <ref-law> das Gericht anweist, dem Gläubigergatten eine angemessene Entschädigung zuzusprechen, ist nicht weiter von Belang, zumal so oder so die Entschädigungshöhe nicht losgelöst von den gesamten wirtschaftlichen Verhältnissen der Parteien ermittelt werden kann (Botschaft, a.a.O., S. 106 Ziff. 233. 433.1; Sutter/Freiburghaus, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, Zürich 1999, N. 15 und 18 zu <ref-law>; Geiser, a.a.O., N. 2.103). Demgegenüber bevorzugen Baumann/Lauterburg (a.a.O., S. 208 ff.) ungeachtet der konkreten wirtschaftlichen Verhältnisse eine Entschädigung, die dem Ergebnis der hälftigen Teilung der Austrittsleistung nach <ref-law> entspricht. Diese Ansicht erscheint indes insoweit als zu schematisch, als <ref-law> ausdrücklich die Angemessenheit der Entschädigung für massgeblich erklärt und damit dem Rechtsanwender aufgibt, seine Entscheidung nach Recht und Billigkeit zu treffen (<ref-law>), d.h. unter Gewichtung sämtlicher erheblicher Fallumstände (<ref-ruling> E. 4g in fine S. 410).
Gebietet somit <ref-law>, die gesamten wirtschaftlichen Verhältnisse der Eheleute zu würdigen, so folgt daraus, dass das Bundesgericht im vorliegenden Verfahren nicht imstande ist, unabhängig von der in ein separates Verfahren verwiesenen güterrechtlichen Liquidation sich zum Ausgleichsanspruch zu äussern.
4.-a) Insgesamt ergibt sich, dass das Bundesgericht gegenwärtig nicht in der Lage ist, sofort einen Endentscheid herbeizuführen. Demgemäss kann auf die gegen den vorinstanzlichen Zwischenentscheid erhobene Berufung nicht eingetreten werden (Art. 50 Abs. 1 OG; E. 1c/aa).
b) Ausgangsgemäss ist die Gerichtsgebühr dem unterliegenden Beklagten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung für das bundesgerichtliche Verfahren ist nicht geschuldet, weil die Klägerin nicht zur Vernehmlassung eingeladen worden und ihr folglich kein Aufwand entstanden ist (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die Berufung wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Obergericht des Kantons Aargau, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 23. Juli 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: