Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführerin) schloss mit der Z._ (nachfolgend: die Versicherung) für die Dauer vom 1. Januar 2000 bis zum 31. Dezember 2003 eine "Krankentaggeldversicherung für Betriebsinhaber und Kaderpersonen gemäss Kollektivvertrag mit dem Schweizerischen Kaderverband" nach VVG (SR 221.229.1) ab. Durch einen Unfall vom 23. Dezember 2002 wurde die Beschwerdeführerin dauernd zu 100 % arbeitsunfähig. Die Versicherung leistete Taggelder, kündigte jedoch den Vertrag per 31. Dezember 2003 und erbrachte nach diesem Zeitpunkt bis zum 28. Juni 2004 noch 180 Taggelder. Die X._ AG (Beschwerdegegnerin) übernahm das Portefeuille der Versicherung. Sie lehnte in der Folge aber das Gesuch um Ausrichtung weiterer Taggelder ab. Daraufhin erhob die Beschwerdeführerin Klage und verlangte von der Beschwerdegegnerin Fr. 33'200.-- nebst Zins. Mit Urteil vom 27. Juni 2008 wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Klage ab.
B. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts aufzuheben, und hält an dem im kantonalen Verfahren gestellten Begehren fest. Die Beschwerdegegnerin verweist auf das angefochtene Urteil und schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Sozialversicherungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Gemäss Versicherungspolice vom 3. April 2003 vereinbarten die Parteien bei einem versicherten Jahreslohn von Fr. 73'000.-- die Ausrichtung eines Taggeldes im Rahmen von maximal Fr. 200.-- pro Kalendertag für 720 Tage abzüglich einer Wartefrist von 30 Tagen pro Fall. Als Versicherungsbeginn wurde der 1. Januar 2000, als Ablauf der 31. Dezember 2003 festgesetzt. Als Vertragsgrundlage wurden die allgemeinen Versicherungsbedingungen (AVB), Ausgabe 2002, genannt. Unter dem Titel "Ende des Versicherungsschutzes" bestimmt Art. 22 Abs. 1 lit. c AVB, für die einzelne versicherte Person erlösche der Versicherungsschutz bei Erlöschen des Vertrages. Gemäss Art. 22 Abs. 2 AVB werden in diesem Fall im Zeitpunkt des Erlöschens des Versicherungsschutzes die vertraglichen Leistungen für laufende Krankheiten noch während den folgenden 180 Tagen bzw. bis zum Ablauf der vereinbarten Leistungsdauer, längstens jedoch bis zum Beginn einer Rente nach BVG ausgerichtet. Gemäss Art. 23 Abs. 2 AVB ist der Vertrag für die in der Police genannte Dauer abgeschlossen und verlängert sich stillschweigend um ein Jahr, wenn er nicht rechtzeitig gekündigt wird.
1.1 Dass die Kündigung des Versicherungsvertrages durch die Beschwerdegegnerin rechtsgültig erfolgte, ist zwischen den Parteien nicht umstritten. Die Vorinstanz schloss daraus, das Versicherungsverhältnis habe am 31. Dezember 2003 geendet, was mit dem Erlöschen des Vertrages nach Art. 22 Abs. 1 lit. c AVB gleichzusetzen sei. Für diesen Zeitpunkt bestimme Art. 22 Abs. 2 Satz 1 AVB, dass die vertraglichen Leistungen für laufende Krankheiten und Unfälle noch während der folgenden 180 Tage beziehungsweise bis zum Ablauf der vereinbarten Leistungsdauer ausgerichtet würden. Diese Bestimmung ist nach Auffassung der Vorinstanz hinreichend klar. Die Formulierung "beziehungsweise bis zum Ablauf der vereinbarten Leistungen" sei aufgrund des Umstands, dass es der Beschwerdegegnerin nicht verwehrt gewesen sei, nach Eintritt des Schadenfalles den Taggeldvertrag zu kündigen (Art. 23 Abs. 2 AVB), limitierend zu verstehen. Werde fristgerecht gekündigt, erlösche der Versicherungsschutz auf den Kündigungszeitpunkt, selbst wenn in einem laufenden Schadensfall noch nicht sämtliche Taggelder erschöpft sein sollten. Es seien somit grundsätzlich keine Leistungen über diesen Zeitpunkt hinaus geschuldet, mit der Ausnahme der hier vereinbarten Nachdeckung von 180 Taggeldern. Diese seien erbracht worden, weshalb die Klage bereits aus diesem Grund abgewiesen werden müsse, und die Frage der Verjährung offen gelassen werden könne.
1.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, selbst wenn die in den AVB enthaltene Regelung als hinreichend klar angesehen werde, könne die Beschwerdegegnerin nichts daraus ableiten, da die Regelung ungewöhnlich sei und zudem den konkreten Abmachungen in der Versicherungspolice widerspreche.
1.3 Vorformulierte allgemeine Geschäftsbedingungen (AGB) sind, wenn sie in Verträge übernommen werden, grundsätzlich nach denselben Prinzipien auszulegen wie andere vertragliche Bestimmungen (<ref-ruling> E. 2 S. 6 mit Hinweisen). Von der global erklärten Zustimmung zu allgemeinen Vertragsbedingungen sind indessen alle ungewöhnlichen Klauseln ausgenommen, auf deren Vorhandensein die schwächere oder weniger geschäftserfahrene Partei nicht gesondert aufmerksam gemacht worden ist, da davon auszugehen ist, dass ein unerfahrener Vertragspartner ungewöhnlichen Klauseln, die zu einer wesentlichen Änderung des Vertragscharakters führen oder in erheblichem Masse aus dem gesetzlichen Rahmen des Vertragstypus fallen, nicht zustimmt. Je stärker eine Klausel die Rechtsstellung des Vertragspartners beeinträchtigt, desto eher ist sie als ungewöhnlich zu qualifizieren (<ref-ruling> E. 2.1 S. 7; <ref-ruling> E. 1a S. 446 mit Hinweisen).
1.4 Bereits in systematischer Hinsicht fällt auf, dass sich die strittige Regelung nicht unter den Bestimmungen zum Umfang der Leistungen, sondern zur Dauer des Versicherungsschutzes befindet, obwohl sie sich inhaltlich auf die Dauer der Leistungserbringung und damit auf den Leistungsumfang bezieht. Dieser beträgt gemäss der besonderen Parteiabrede, welche den allgemeinen Vertragsbestimmungen vorgeht (<ref-ruling> E. 4b/bb S. 266 f. mit Hinweisen), maximal 720 Tage pro Versicherungsfall. Nach dem umstrittenen Art. 22 Abs. 2 AVB wirkt sich aber ein Erlöschen des Versicherungsschutzes auf bereits eingetretene Versicherungsfälle leistungsverkürzend aus, selbst wenn das Vertragsende durch eine Kündigung seitens des Versicherungsunternehmens hervorgerufen wurde. Nach dieser Regel hätte es der Versicherer ab einem gewissen Zeitpunkt in der Hand, durch die Kündigung die Leistungsdauer abzukürzen und so das vereinbarte Maximum von 720 Tagen nicht zur Anwendung kommen zu lassen. Eine derartige Möglichkeit des Versicherungsunternehmens, durch einseitige Willenserklärung nach Eintritt des Versicherungsfalles auf den zeitlichen Umfang der geschuldeten Leistungen Einfluss zu nehmen, ist dem Wesen des Versicherungsvertrages und generell dem Grundsatz "pacta sunt servanda" (vgl. hierzu <ref-ruling> E. 2.4 S. 9) fremd. Bei Abschluss des Vertrages muss der Versicherungsnehmer vernünftigerweise weder damit rechnen, dass der Versicherungsschutz gegen Ende der Vertragsdauer abnimmt, noch damit, dass der Versicherer nach Belieben eine bereits entstandene Leistungspflicht durch Kündigung des Vertrages reduzieren kann. Art. 22 Abs. 2 AVB hätte zur Folge, dass der Versicherte beim Eintritt eines Schadens gegen Ende der ursprünglich vereinbarten Vertragsdauer die Leistungsdauer zufolge der Ungewissheit über den Fortbestand des Versicherungsvertrages nicht abschätzen könnte. Die Deckungslücken, die durch die Kürzung der Leistungen infolge Kündigung entstünden, blieben auch beim Abschluss eines neuen, an den beendigten anschliessenden Versicherungsvertrages offen (<ref-law>; NEF, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, 2001, N. 1 zu <ref-law>). Vor diesem Hintergrund konnte die Versicherung nach Treu und Glauben nicht davon ausgehen, die Beschwerdeführerin würde einer derartigen Klausel zustimmen.
1.5 Nach dem Gesagten genügt die globale Übernahme der AVB nicht, um die in Art. 22 Abs. 2 AVB vorgesehene Kürzung der Leistungen bei Kündigung des Vertrages zur Anwendung kommen zu lassen. Dass die Beschwerdeführerin bei Vertragsschluss auf diese Klausel speziell hingewiesen worden wäre, ist nicht festgestellt. Daher kann die Beschwerdegegnerin aus Art. 22 Abs. 2 AVB nichts zu ihren Gunsten ableiten, und es kann offen bleiben, ob die Bestimmung hinreichend klar und überhaupt zulässig ist.
2. Die Beschwerde erweist sich als begründet. Da die Vorinstanz die Frage der Verjährung offen gelassen und diesbezüglich keinerlei Feststellungen getroffen hat, kann das Bundesgericht in der Sache nicht selbst entscheiden. Das angefochtene Urteil ist daher aufzuheben und die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese über die Frage der Verjährung sowie gegebenenfalls den Umfang des Anspruchs entscheiden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil aufgehoben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak