Faits:
A. X._, né en 1948, et dame X._, née en 1955, se sont mariés le 2 août 1991 à Genève. Une enfant est issue de cette union : A._, née le 23 avril 1993.
Les époux X._ se sont séparés en janvier 2001. Statuant sur requête de mesures protectrices de l'union conjugale, le Tribunal de première instance de Genève a, par jugement du 22 mai 2003, condamné X._ à contribuer à l'entretien de son épouse et de leur fille à concurrence de 1'500 fr. par mois, allocations familiales non comprises.
B. A la suite de ce jugement, dame X._, agissant pour son propre compte et en sa qualité de représentante légale de A._, a chargé le Service cantonal d'avance et de recouvrement des pensions alimentaires (ci-après : SCARPA) d'entreprendre toutes les démarches nécessaires à l'encaissement de la pension alimentaire en cédant à l'Etat de Genève sa créance alimentaire et les droits qui lui étaient rattachés avec effet au 1er novembre 2003.
B.a Le SCARPA a versé à dame X._ des avances de contribution à hauteur de 1'506 fr. par mois. Au 4 mai 2006, X._ devait de ce fait au SCARPA le montant de 47'640 fr. 55, sans compter les frais de poursuite et intérêts.
B.b Le 10 mai 2006, se prévalant de la cession de droits faite par dame X._, le SCARPA a déposé une requête d'avis aux débiteurs tendant à ce que l'employeur de X._ lui verse directement les contributions dues pour l'entretien de l'épouse et de l'enfant A._.
Par jugement du 22 juin 2006, le Tribunal de première instance de Genève a donné suite à cette requête en ordonnant à tout employeur de X._ le versement de tout montant supérieur aux charges de 4'810 fr. assumées par l'intéressé à concurrence des pensions alimentaire dues.
Le SCARPA a recouru contre ce jugement.
C. Le 19 janvier 2007, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé le divorce des époux X._ et a notamment condamné le mari à contribuer mensuellement à l'entretien de leur fille à hauteur de 900 fr. jusqu'à l'âge de quinze ans, puis de 1'200 fr. jusqu'à la majorité, voire jusqu'à vingt-cinq ans en cas de formation sérieuse et régulière. Il a ordonné à l'employeur de X._ de prélever chaque mois le montant de 900 fr. directement sur le salaire. X._ a également été condamné à verser à son épouse une contribution mensuelle de 500 fr. par mois jusqu'à l'âge de la retraite.
D. Durant le mariage, X._ a entretenu une relation intime avec dame Y._. De cette relation sont nés deux enfants : B._, né le 14 mai 2002 et C._, né le 28 mars 2003.
A la suite de l'action alimentaire ouverte par dame Y._, le Tribunal de première instance de Genève a, par jugement du 12 septembre 2006, condamné le père à verser en mains de la mère pour chaque enfant, dès le mois de décembre 2005, allocations familiales non comprises, des contributions d'entretien mensuelles de 675 fr. jusqu'à l'âge de six ans, de 775 fr. jusqu'à l'âge de treize ans et de 875 fr. jusqu'à l'âge de la majorité, voire jusqu'à vingt-cinq ans en cas d'études sérieuses et suivies. Il a ordonné à la Poste ou à tout employeur futur de prélever les contributions sur le salaire de X._ et de les verser directement en mains de dame Y._.
E. Sur appels déposés par X._ dans le cadre de l'action alimentaire (cf. let. D supra) et du divorce (cf. let. C supra), la Cour de justice du canton de Genève l'a, par arrêts du 12 octobre 2007, condamné à contribuer à l'entretien des enfants A._, dès le 1er avril 2007, C._ et B._, dès le 7 février 2006, allocations familiales non comprises, à hauteur de 650 fr. par mois jusqu'à l'âge de quinze ans, puis de 750 fr. par mois jusqu'à la majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et régulières. Dès l'âge légal de la retraite de X._, soit dès le 1er novembre 2013, les contributions seraient ramenées aux montants des prestations allouées par la caisse de prévoyance professionnelle en faveur des enfants. La contribution d'entretien en faveur de dame X._ a été fixée à 500 fr. par mois, due dès le 1er avril 2007 jusqu'au 30 avril 2009, sans indexation.
F. Par arrêt séparé du même jour, la Cour de justice a annulé le jugement du 22 juin 2006 (cf. let. B.b supra) et modifié l'ordre donné à l'employeur de X._ en ce sens que devait être versé mensuellement au SCARPA tout montant supérieur au minimum vital de 5'850 fr. de l'intéressé. Elle a limité cette obligation du 10 mai 2006 au 30 juin 2007 au motif que le SCARPA n'avait versé des avances que pendant cette période.
G. Le SCARPA forme un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire contre cet arrêt. Il conclut à son annulation et à ce qu'il soit ordonné que tout employeur de X._ lui verse directement, dès le 10 mai 2006, tout montant supérieur à 2'670 fr., correspondant au minimum vital du débirentier, à concurrence des contributions d'entretien dues à dame X._ pour elle-même et son enfant, sans limite dans le temps.
Invitée à répondre, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. L'intimé ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 et les arrêts cités). Toutefois, lorsque les conditions de recevabilité, en particulier la qualité pour recourir, ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause, le recourant doit exposer en quoi elles sont réunies sous peine d'irrecevabilité (art. 42 al. 1 et 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1 et les références citées).
1.1 La recevabilité d'un recours est notamment subordonnée à l'existence d'un intérêt actuel et pratique à l'admission du recours. Un tel intérêt est en principe exigé pour recourir au Tribunal fédéral car celui-ci doit se prononcer sur des questions concrètes et non pas théoriques (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1b). L'intérêt actuel fait défaut en particulier lorsque la décision attaquée est devenue sans objet (<ref-ruling> consid. 5b; <ref-ruling> consid. 1a et les arrêts cités).
1.2 En l'espèce, le jugement entrepris ordonne à l'employeur de l'époux débiteur de verser au recourant, pour la période du 10 mai 2006 au 30 juin 2007, tout montant supérieur à 5'850 fr., soit le minimum vital de X._. Le recourant prétend d'une part que le minimum vital du débirentier doit être rabaissé à 2'670 fr. et, d'autre part, que l'avis ne doit pas être limité au 30 juin 2007 mais doit continuer après cette date. A ce sujet, il faut observer que la prolongation demandée ne peut aller au-delà du 18 novembre 2007. En effet, l'avis au débiteur concerne l'exécution de contributions fixées dans le cadre de mesures protectrices. Il prend donc fin lorsque ces contributions sont remplacées par celles ordonnées dans le cadre du divorce (Françoise Bastons Bulletti, Les moyens d'exécution des contributions d'entretien après divorce et les prestations d'aide sociale in : Droit patrimonial de la famille, 2004, p. 59ss, 80; Jean-Luc Tschumy, Les contributions d'entretien et l'exécution forcée. Deux cas d'application, l'avis au débiteur et la participation privilégiée à la saisie in JT 2006 p. 17ss, p. 26) soit, en l'espèce au 18 novembre 2007, date à laquelle, faute de recours au Tribunal fédéral, le jugement cantonal de divorce du 12 octobre 2007 est entré en force et les contributions ordonnées dans ce jugement sont devenues exécutoires (art. 465 de la loi de procédure civile du canton de Genève; RSG E 3 05).
Il paraît douteux que le recourant ait encore un intérêt au recours. En effet, le jugement attaqué est exécutoire faute d'effet suspensif accordé pour la procédure devant le Tribunal fédéral. Cela signifie que l'employeur s'est valablement libéré en versant, du 10 mai 2006 au 30 juin 2007, 5'850 fr. à X._ et l'excédent au recourant. Dès le 1er juillet 2007, en l'absence de décision de justice lui ordonnant de retenir une partie du salaire de son employé, l'employeur s'est aussi valablement libéré en versant l'entier du salaire en mains de X._. Dans ces conditions, même si le Tribunal fédéral devait faire droit aux conclusions du recours, cet arrêt n'aurait pas de portée pratique puisqu'on ne pourrait exiger de l'employeur qu'il paie une seconde fois (arrêt 5P.384/2002 du 17 décembre 2002 consid. 4.1-4.2; Verena Bräm, Commentaire zurichois, n. 37 et 47 ad <ref-law>). Le recourant ne donne aucune explication sur son intérêt à recourir. Il ne dit en particulier pas que l'employeur aurait retenu la part du salaire à lui verser pour les montants et la période qu'il réclame devant le Tribunal fédéral.
Ainsi, faute d'avoir démontré l'existence d'un intérêt juridique actuel à l'admission du recours, il n'y a pas lieu d'entrer en matière (<ref-law>). La question de la qualité pour recourir du Scarpa en vertu de la cession conventionnelle (cf. let. B supra) peut dès lors rester ouverte.
2. Les frais judiciaires ne peuvent normalement être exigés d'un canton lorsque celui-ci, sans que son intérêt pécuniaire soit en cause, s'adresse au Tribunal fédéral dans l'exercice de son attribution officielle ou que l'une de ses décisions est l'objet d'un recours (<ref-law>). Toutefois en l'espèce, l'Etat de Genève fait valoir une prétention fondée sur l'<ref-law> dont il affirme être le cessionnaire. Il défend donc ses intérêts pécuniaires et devra supporter les frais judiciaires de la procédure fédérale. Il n'y a en revanche pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui a renoncé à se déterminer (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet