Faits:
A. A.a M._, de nationalité africaine, née en 1975, est arrivée en Suisse en 2003. En septembre 2004, les médecins du Centre hospitalier universitaire vaudois (ci-après: CHUV) lui ont appris qu'elle était séropositive au virus HIV; elle souffrait en outre d'un dysfonctionnement sérieux du rein gauche. En raison de son état de santé, le Service social de X._ a déposé pour elle, le 4 mars 2005, une demande d'autorisation de séjour auprès du Service de la population du canton de Vaud. Le 30 janvier suivant, ce service a informé M._ du fait qu'après un examen de son dossier, et compte tenu de sa situation médicale, il était disposé à lui délivrer une autorisation de séjour fondée sur l'art. 13 let. f de l'Ordonnance limitant le nombre des étrangers, du 6 octobre 1986 (OLE, aujourd'hui abrogée; RO 1986 1791, 2007 5528). Il transmettrait donc son dossier pour approbation à l'Office fédéral des migrations (ci-après : ODM), avec un préavis positif. Le 27 novembre 2006, cet office a toutefois rendu une décision négative. L'intéressée a recouru devant le Tribunal administratif fédéral.
A.b M._ perçoit, depuis le 1er janvier 2006, une aide sociale sous la forme d'un revenu d'insertion. Le 19 janvier 2009, le Centre social régional de Lausanne (ci-après : CSR) a mis fin à cette prestation, avec effet dès le 1er avril 2009, en l'informant que dès cette date, seule une aide d'urgence lui serait allouée. A la suite d'un recours contre cette décision, le Service de prévoyance et d'aide sociales du canton de Vaud (ci-après : SPAS) s'est enquis, auprès du Service de la population, de la situation de M._ du point de vue de la police des étrangers. Celui-ci a répondu :
« L'Office fédéral des migrations (ODM) a refusé [...] d'accorder une exception aux mesures de limitation au sens de l'art. 13, lettre f de l'ordonnance limitant le nombre des étrangers du 6 octobre 1986 (OLE). Un recours a été formulé le 21 décembre 2006 auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF).
L'ODM a statué uniquement sur l'exception aux mesures de limitation et non sur le séjour, en effet, le séjour relève de la compétence du canton, pour autant que l'autorité fédérale accorde préalablement une exception.
Dès lors, il n'y a pas lieu que le TAF rende une décision relative à l'effet suspensif. Nous vous confirmons ainsi que le TAF n'a pas rendu une décision quant à l'effet suspensif.
En l'espèce, le séjour de l'intéressé est toléré sur le canton de Vaud par notre Service ».
Par décision du 28 avril 2009, le SPAS a rejeté le recours interjeté par M._.
B. Cette dernière a recouru devant le Tribunal cantonal vaudois, qui a rejeté le recours par jugement du 7 août 2009.
C. M._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant formellement à la constatation de la violation de diverses dispositions de la Constitution du canton de Vaud (Cst./VD; [RS 131.231]) et de la Convention européenne des droits de l'homme (CEDH). Elle a demandé que l'effet suspensif soit attribué au recours.
Le CSR a conclu au rejet du recours et s'en est remis à justice en ce qui concerne l'octroi de l'effet suspensif au recours. Le SPAS s'est référé au jugement entrepris et à la décision du 28 avril 2009.
Par ordonnance du 30 octobre 2009, le juge délégué à l'instruction de la cause a attribué l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 La voie du recours en matière de droit public est ouverte en l'espèce. Le recours est en effet dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), sans que l'on se trouve dans l'un des cas d'exception mentionnés par l'<ref-law>.
1.2 L'<ref-law> déclare irrecevable toute conclusion nouvelle, c'est-à-dire toute conclusion qui n'aurait pas été soumise à l'autorité précédente et qui tend, par conséquent, à élargir l'objet du litige (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4137 ch. 4.1.4.3; BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, no 30 ad art. 99). En outre, des conclusions uniquement constatatoires sont en principe irrecevables, faute d'intérêt digne de protection au recours, lorsque le recourant peut obtenir en sa faveur un jugement condamnatoire ou formateur; en ce sens, le droit d'obtenir un jugement en constatation de droit est subsidiaire (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 122; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 290; <ref-ruling> consid. 1b p. 24).
1.3 La recourante a conclu formellement à la constatation de la violation de diverses dispositions de la Convention européenne des droits de l'homme (CEDH) et de la Constitution du canton de Vaud (Cst./VD). Indépendamment de leur caractère uniquement constatatoire, ces conclusions semblent nouvelles, au sens de l'<ref-law>, par rapport à celles prises en instance cantonale. Il ressort néanmoins de l'ensemble du mémoire de recours (cf. <ref-ruling> consid. 4 cité; <ref-ruling> consid. 2 p. 135; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire de la LTF, 2009, no 18 ad art. 42; LAURENT MERZ, in Commentaire bâlois, Bundesgerichtsgesetz, 2008, no 18 ad art. 42), que la recourante souhaite en réalité obtenir le maintien de son droit à l'aide sociale, sans réduction à l'aide d'urgence. Il convient d'interpréter ses conclusions dans ce sens et d'entrer en matière sur le recours.
2. 2.1 La loi sur l'action sociale vaudoise, du 2 décembre 2003 (LASV; RSV 850.051) s'applique aux personnes domiciliées ou en séjour dans le canton (art. 4 al. 1 LASV). Elle ne s'applique pas aux personnes visées par la loi sur l'aide aux requérants d'asile et à certaines catégories d'étrangers, du 7 mars 2006 (LARA; RSV 142.21), à l'exception des dispositions relatives à l'aide d'urgence (art. 4 al. 2 LASV). Sont notamment concernées par cette exclusion les personnes séjournant illégalement sur territoire vaudois (art. 2 al. 1 ch. 4 LARA).
2. 2.1 La loi sur l'action sociale vaudoise, du 2 décembre 2003 (LASV; RSV 850.051) s'applique aux personnes domiciliées ou en séjour dans le canton (art. 4 al. 1 LASV). Elle ne s'applique pas aux personnes visées par la loi sur l'aide aux requérants d'asile et à certaines catégories d'étrangers, du 7 mars 2006 (LARA; RSV 142.21), à l'exception des dispositions relatives à l'aide d'urgence (art. 4 al. 2 LASV). Sont notamment concernées par cette exclusion les personnes séjournant illégalement sur territoire vaudois (art. 2 al. 1 ch. 4 LARA).
2.2 2.2.1 Aux termes de l'art. 4a al. 3 LASV, l'aide d'urgence est dans la mesure du possible allouée sous forme de prestations en nature. Elle comprend en principe le logement, en règle générale dans un lieu d'hébergement collectif (a), la remise de denrées alimentaires et d'articles d'hygiène (b), les soins médicaux d'urgence dispensés en principe par la Policlinique Médicale Universitaire (PMU), en collaboration avec les Hospices cantonaux CHUV (c), ainsi que l'octroi, en cas de besoin établi, d'autres prestations de première nécessité (d).
2.2.2 Les personnes qui n'entrent pas dans le champ d'application personnel de la LARA, et pour lesquelles l'action sociale vaudoise n'est donc pas limitée à l'aide d'urgence, peuvent prétendre, en fonction de leur situation personnelle, des mesures d'appui social (encadrement, soutien, écoute, information, conseil et intervention en faveur des personnes concernées auprès d'autres organismes, dans le but notamment de prévenir le recours au revenu d'insertion; art. 24 ss LASV), des prestations financières ainsi que des mesures d'insertion sociale ou professionnelle (revenu d'insertion; art. 27, 31 ss, 47 ss LASV).
3. Les premiers juges considèrent que le séjour de la recourante en Suisse est illicite au sens de l'art. 2 al. 1 ch. 4 LARA, dès lors qu'elle n'est pas au bénéfice d'une autorisation de séjour. Le fait qu'elle se trouve dans l'attente du résultat du recours interjeté contre la décision de l'ODM du 27 novembre 2006 et que le Service de la population tolère son séjour sur le territoire vaudois pendant cette procédure ne rend pas son séjour licite au sens de la disposition citée. Par conséquent, la recourante ne peut pas prétendre aux prestations prévues par la LASV, exceptée l'aide d'urgence.
La recourante soulève les griefs de violation des art. 11, 12, 15, 33 et 38 Cst./VD, ainsi que des art. 3 et 8 CEDH. Elle soutient que l'interprétation et l'application des normes cantonales en matière d'aide sociale et d'aide d'urgence par les premiers juges, en particulier les art. 4 LASV et 2 LARA, sont incompatibles avec les normes constitutionnelles et internationales invoquées.
4. 4.1 La recourante rappelle d'abord que la notion d'aide d'urgence sous forme de prestations essentiellement en nature a été introduite avec l'entrée en vigueur, le 1er avril 2004, de la loi fédérale du 19 décembre 2003 sur le programme d'allégement budgétaire 2003 (RO 2004 1633 ss). Il s'agissait à l'époque de réduire les dépenses dans le domaine de l'asile en incitant les personnes frappées d'une décision de non-entrée en matière et de renvoi exécutoire à quitter le territoire. La recourante fait valoir qu'elle n'a pas fait l'objet d'une décision de renvoi, mais qu'elle a, au contraire, reçu le soutien des autorités cantonales pour l'obtention d'une autorisation de séjour. Les autorités fédérales n'ont par ailleurs pas refusé leur approbation, puisqu'un recours devant le Tribunal administratif fédéral est pendant.
4.2 Aux termes de l'art. 12 de la Constitution fédérale, quiconque est dans une situation de détresse et n'est pas en mesure de subvenir à son entretien a le droit d'être aidé et assisté, et de recevoir les moyens indispensables pour mener une existence conforme à la dignité humaine. La recourante ne soutient pas que l'art. 33 Cst./VD, auquel elle se réfère, aurait une portée plus large, de sorte que la jurisprudence relative à l'art. 12 Cst. est pertinente pour trancher le litige.
Selon cette jurisprudence, le droit fondamental à des conditions minimales d'existence ne garantit pas un revenu minimum, mais uniquement la couverture des besoins élémentaires pour survivre d'une manière conforme aux exigences de la dignité humaine, tels que la nourriture, le logement, l'habillement et les soins médicaux de base. L'art. 12 Cst. se limite, autrement dit, à ce qui est nécessaire pour assurer une survie décente afin de ne pas être abandonné à la rue et réduit à la mendicité (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 123; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 261; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 172; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 74; <ref-ruling> consid. 2c p. 373). Sa mise en oeuvre peut être différenciée selon le statut de la personne assistée. Ainsi la jurisprudence a-t-elle admis, pour les personnes qui doivent quitter la Suisse, en particulier les requérants d'asile sous le coup d'une décision de non-entrée en matière, qu'il n'y a pas lieu de poursuivre un intérêt d'intégration ou de garantir des contacts sociaux durables, compte tenu du caractère en principe temporaire de leur présence sur le territoire suisse (ATF <ref-ruling> consid. 8.2 p. 182). Il est vrai que cette jurisprudence a été rendue sur recours de personnes auxquelles une décision de non-entrée en matière sur la demande d'asile ainsi qu'une décision de renvoi exécutoire avaient été notifiées. Elle trouve toutefois également application dans une situation telle que celle de la recourante, pour les motifs suivants.
Selon cette jurisprudence, le droit fondamental à des conditions minimales d'existence ne garantit pas un revenu minimum, mais uniquement la couverture des besoins élémentaires pour survivre d'une manière conforme aux exigences de la dignité humaine, tels que la nourriture, le logement, l'habillement et les soins médicaux de base. L'art. 12 Cst. se limite, autrement dit, à ce qui est nécessaire pour assurer une survie décente afin de ne pas être abandonné à la rue et réduit à la mendicité (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 123; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 261; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 172; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 74; <ref-ruling> consid. 2c p. 373). Sa mise en oeuvre peut être différenciée selon le statut de la personne assistée. Ainsi la jurisprudence a-t-elle admis, pour les personnes qui doivent quitter la Suisse, en particulier les requérants d'asile sous le coup d'une décision de non-entrée en matière, qu'il n'y a pas lieu de poursuivre un intérêt d'intégration ou de garantir des contacts sociaux durables, compte tenu du caractère en principe temporaire de leur présence sur le territoire suisse (ATF <ref-ruling> consid. 8.2 p. 182). Il est vrai que cette jurisprudence a été rendue sur recours de personnes auxquelles une décision de non-entrée en matière sur la demande d'asile ainsi qu'une décision de renvoi exécutoire avaient été notifiées. Elle trouve toutefois également application dans une situation telle que celle de la recourante, pour les motifs suivants.
4.3 4.3.1 En l'espèce, la recourante n'a pas déposé une demande d'asile, mais a demandé l'octroi d'une autorisation de séjour en Suisse au regard de la législation sur les étrangers. La loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers, du 26 mars 1931 (LSEE; RS 1 113), en vigueur à l'époque de la demande présentée par la recourante et jusqu'au 31 décembre 2007, prévoyait le droit, pour l'étranger entré légalement en Suisse, d'y résider sans autorisation pour une durée de trois mois d'affilée au maximum s'il n'avait pas l'intention d'y prendre domicile ou d'y exercer une activité lucrative. Il devait s'annoncer aux autorités et demander une autorisation de séjour avant l'échéance de ce délai de trois mois s'il avait l'intention de rester plus longtemps en Suisse. S'il souhaitait y prendre domicile ou y exercer une activité lucrative, le délai pour s'annoncer et demander une autorisation était réduit à huit jours dès l'entrée en Suisse (art. 2 al. 1 LSEE; RO 1949 225). Jusqu'à l'expiration du délai dans lequel il était tenu de déclarer son arrivée ou, lorsqu'il avait fait régulièrement cette déclaration, jusqu'à la décision sur sa demande d'autorisation de séjour ou d'établissement, l'étranger entré légalement en Suisse pouvait y résider, sous réserve d'une décision contraire de l'autorité (art. 12 al. 3 LSEE a contrario et art. 1 al. 1 du Règlement d'exécution de la loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers, du 1er mars 1949 [RSEE]; RO 1949 232). En cas de séjour illégal en Suisse avant le dépôt de la demande d'autorisation de séjour, l'étranger n'était en principe pas admis à demeurer en Suisse pendant la durée de la procédure, à moins d'une décision contraire de l'autorité (cf. Minh Son Nguyen, Droit public des étrangers, 2003, p. 171 sv.; Andreas Zünd, Beendigung der Anwesenheit, Entfernung und Fernhaltung, in Peter Uebersax et al. [édit.]), Ausländerrecht, 1ère éd. 2002, n. 6.67 et note 202 p. 242).
4.3.2 Depuis le 1er janvier 2008, la loi fédérale sur les étrangers, du 16 décembre 2005 (LEtr; RS 142.20) prévoit que tout étranger peut séjourner en Suisse sans exercer d'activité lucrative pendant trois mois, sans autorisation, sauf si la durée fixée dans le visa est plus courte (art. 10 al. 1 LEtr). S'il prévoit un séjour plus long sans activité lucrative, il doit être titulaire d'une autorisation, qu'il doit solliciter avant son entrée en Suisse auprès de l'autorité compétente du lieu de résidence envisagé (art. 10 al. 2, 1ère phrase, LEtr). Il doit également être titulaire d'une autorisation s'il entend exercer une activité lucrative, quelle que soit la durée de son séjour (art. 11 al. 1 LEtr). Par ailleurs, l'étranger entré légalement en Suisse pour un séjour temporaire et qui dépose une demande d'autorisation de séjour durable doit attendre la décision à l'étranger (art. 17 al. 1 LEtr). L'autorité cantonale compétente peut l'autoriser à séjourner en Suisse durant la procédure si les conditions d'admission sont manifestement remplies (art. 17 al. 2 LEtr).
4.3.3 La recourante est entrée en Suisse et y a séjourné sans s'annoncer régulièrement aux autorités au sens de l'art. 2 al. 1 LSEE. Après le dépôt tardif d'une demande d'autorisation de séjour, le 4 mars 2005, le Service de la population du canton de Vaud ne l'a pas autorisée à séjourner en Suisse pendant la durée de la procédure. La renonciation à prendre des mesures en vue de son renvoi ne peut être assimilée à une décision d'autorisation (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 43; voir également consid. 5 ci-après). Que l'on se fonde sur les art. 12 al. 3 LSEE et 1 al. 1 RSEE ou sur l'art. 17 LEtr, la recourante ne dispose donc pas d'un véritable titre de séjour en Suisse pendant la durée de la procédure d'autorisation devant le Service de la population. La question du droit transitoire applicable ne se pose pas (cf. art. 126 al. 1 et 2 LEtr), puisque la législation en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007 comme celle qui l'a remplacée conduisent au même constat. Malgré l'absence de décision formelle de renvoi, les autorités cantonales peuvent donc, en principe, réduire les prestations allouées à la recourante à une aide présentant un caractère transitoire marqué, comme l'aide d'urgence garantie au terme d'une décision de non-entrée en matière ou de rejet d'une demande d'asile au sens de l'art. 82 al. 1 et 2 LAsi, sans contrevenir à l'art. 12 Cst.
5. 5.1 La recourante voit un comportement contradictoire des autorités vaudoises dans le fait qu'elles déclarent, d'une part, « tolérer » le séjour de la recourante et qu'elles lui refusent, d'autre part, le revenu d'insertion au motif qu'elle ne dispose pas d'un véritable titre de séjour.
5.2 Aux termes de l'art. 5 al. 3 Cst., les organes de l'Etat et les particuliers doivent agir conformément aux règles de la bonne foi. Cela implique notamment qu'ils s'abstiennent d'adopter un comportement contradictoire ou abusif (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 312). De ce principe découle notamment le droit de toute personne à la protection de sa bonne foi dans ses relations avec l'Etat (art. 9 Cst.; sur le rapport avec l'art. 5 al. 3 Cst.: arrêt 1P.701/2004 du 7 avril 2005 consid. 4.2 et les références). L'art. 11 Cst./VD auquel se réfère la recourante ne revêt pas une portée plus large.
5.2 Aux termes de l'art. 5 al. 3 Cst., les organes de l'Etat et les particuliers doivent agir conformément aux règles de la bonne foi. Cela implique notamment qu'ils s'abstiennent d'adopter un comportement contradictoire ou abusif (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 312). De ce principe découle notamment le droit de toute personne à la protection de sa bonne foi dans ses relations avec l'Etat (art. 9 Cst.; sur le rapport avec l'art. 5 al. 3 Cst.: arrêt 1P.701/2004 du 7 avril 2005 consid. 4.2 et les références). L'art. 11 Cst./VD auquel se réfère la recourante ne revêt pas une portée plus large.
5.3 5.3.1 L'art. 20 LEtr autorise le Conseil fédéral à limiter le nombre d'autorisations de courte durée initiales et celui des autorisations de séjour initiales (art. 32 et 33) octroyées en vue de l'exercice d'une activité lucrative (al. 1, 1ère phrase). Le Conseil fédéral peut fixer un nombre maximum d'autorisations pour la Confédération et pour chaque canton (al. 2). Avant l'entrée en vigueur de la LEtr, ces mesures de limitation étaient fixées dans l'OLE, en relation avec l'art. 25 al. 1 LSEE. L'art. 13 let. f OLE autorisait les cantons à délivrer une autorisation de séjour indépendamment des nombres maximaux fixés par le Conseil fédéral, lorsque l'ODM y consentait en raison de la situation personnelle d'extrême gravité dans laquelle se trouvait l'intéressé (sur la notion de situation personnelle d'extrême gravité : <ref-ruling> consid. 3 p. 41; <ref-ruling> consid. 4 et 5.3 p. 207 ss). Lorsqu'une telle situation était reconnue, cette disposition permettait notamment la régularisation d'une personne se trouvant jusqu'alors en situation irrégulière en Suisse, même si elle n'avait pas été conçue dans ce but (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 45; Marc Spescha, n. 5 ad art. 30 LEtr, in Marc Spescha et al. (édit.), Migrationsrecht, 2ème éd. 2009, p. 74; Peter Nideröst, Sans-Papiers in der Schweiz, in Peter Uebersax et al. (édit.), Ausländerrecht, 2ème éd. 2009, n. 9.15 ss, 9.19 ss p. 379 ss.). La question est désormais régie par l'art. 30 al. 1 let. b LEtr, qui prévoit la possibilité d'une dérogation aux conditions d'admission (art. 18 à 29 LEtr) en cas de situation personnelle d'extrême gravité. La notion est la même que celle de l'art. 13 let. f OLE (Message du 8 mars 2003 concernant la loi sur les étrangers, FF 2002 p. 3543 sv.); la jurisprudence relative à cette dernière disposition reste donc applicable (cf. art. 31 al. 1 de l'Ordonnance relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative, du 24 octobre 2007 [OASA; RS 142.201]; Spescha, loc. cit.; Nideröst, loc. cit.).
5.3.2 Lorsqu'une personne dépose une demande d'autorisation de séjour en vue de régulariser sa situation, elle encourt le risque d'être renvoyée à l'étranger avant même qu'une décision soit rendue sur sa demande. Cette situation pourrait dissuader des personnes de s'annoncer aux autorités alors même que leur séjour en Suisse pourrait être régularisé. Afin de l'éviter, certains cantons semblent admettre le dépôt d'une demande de régularisation sous une forme anonymisée (cf. Nideröst, op. cit., n. 9.30 p. 383). D'autres renoncent provisoirement à des mesures de renvoi lorsqu'ils soumettent à l'ODM une demande de dérogation aux conditions d'admission pour un cas individuel d'extrême gravité (dans ce sens, Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud no 70, séance du 21 février 2006, p. 8306 et 8307). C'est dans ce contexte que le Service de la population du canton de Vaud a déclaré tolérer le séjour de la recourante jusqu'à l'issue de la procédure. Cette tolérance est destinée à permettre aux personnes pour lesquelles une régularisation en raison d'une situation personnelle d'extrême gravité est envisageable de s'annoncer aux autorités sans craindre un renvoi immédiat, plutôt que de rester dans la clandestinité. Elle n'entre pas en contradiction, quant au principe, avec le refus de prestations plus étendues que l'aide d'urgence pendant la durée de la procédure, fondé sur les art. 2 al. 1 ch. 4 LARA et 4a LASV.
6. 6.1 La recourante soutient que l'exclusion de l'aide sociale pendant la durée de la procédure implique une ingérence dans sa vie privée, en particulier dans le choix de son domicile, puisque la prise en charge du loyer d'un logement individuel sera supprimée et qu'elle devra s'attendre à un hébergement collectif malgré l'atteinte à la santé dont elle souffre. Elle y voit une violation de l'art. 8 CEDH garantissant le droit de toute personne au respect de sa vie privée et familiale, de son domicile et de sa correspondance et conteste que l'atteinte soit nécessaire, dès lors que les autorités pourraient y mettre fin en statuant dans un délai raisonnable sur sa demande d'autorisation de séjour. La recourante se réfère également aux art. 12 et 15 Cst./VD.
6.2 Le droit d'obtenir de l'aide en situation de détresse est étroitement lié au droit à la vie et à la liberté personnelle (art. 10 Cst.) qui en constitue l'un des principaux fondements, avec la garantie de la dignité humaine (art. 7 Cst.; cf. <ref-ruling> consid. 7.3 p. 126; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 54; <ref-ruling> consid. 2b p. 371; KATHRIN AMSTUTZ, Das Grundrecht auf Existenzsicherung, 2002, p. 71 ss, 78 ss, 110 sv.; MARGRITH BIGLER-EGGENBERGER, in: Die Schweizerische Bundesverfassung, 2ème éd. 2008, no 2 et 6 ad art. 12; ; HÄFELIN/ HALLER/KELLER, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 7ème éd. 2008, n. 337 sv. p. 106; FELIX WOLFFERS, Grundriss des Sozialhilferechts, 2ème éd. 1999, p. 79 ss, p. 83). L'un des aspects du droit à la liberté personnelle se trouve par ailleurs concrétisé, au niveau international, par l'art. 8 CEDH, relatif au respect de la vie privée et familiale. Les art. 10 al. 2 Cst. et 8 CEDH garantissent ainsi tous deux le droit de toute personne à un espace de liberté dans lequel elle puisse se développer et se réaliser. Dans le cadre de sa sphère privée, l'individu doit pouvoir disposer librement de sa personne et de son mode de vie (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 66; arrêt 6C_1/2008 du 9 mai 2008 consid. 4, non publié in <ref-ruling>). Les art. 12 et 15 Cst./VD ne revêtent pas une portée plus large.
6.3 En lien avec la garantie de la dignité humaine et le droit à la liberté personnelle, plusieurs auteurs soutiennent que l'aide allouée ponctuellement pour faire face à une situation de détresse transitoire peut s'avérer insuffisante sur une longue durée, en particulier pour une famille ou une personne atteinte dans sa santé (AMSTUTZ, op. cit., p. 145 sv., 213, 228, 332 sv.; MÜLLER/SCHEFER, Grundrechte in der Schweiz, 4ème éd. 2008, p. 769; CARLO TSCHUDI, Nothilfe an Personen mit Nichteintretensentscheid, Jusletter du 20 mars 2006, no 31; cf. également BIGLER-EGGENBERGER, op. cit., n. 8 sv. ad art. 12 Cst.; CHARLOTTE GYSIN, Der Schutz des Existenzminimums in der Schweiz, 1999, p. 233 sv.). Le Tribunal fédéral a laissé ouverte la question dans l'<ref-ruling> (consid. 7.3, p. 126), en rapport avec le point de savoir si un minimum de prestations en espèces (argent de poche) doit être remis, en plus de prestations en nature, à tout le moins pour des éventualités où l'aide d'urgence se prolonge.
6.4 Dans le canton de Vaud, en ce qui concerne plus particulièrement la question du logement, la conception doctrinale évoquée ci-avant a trouvé un relais lors des discussions parlementaires relatives à l'art. 4a al. 3 let. a LASV. La formulation de cette disposition est finalement restée relativement ouverte, en prévoyant « en règle générale » un hébergement collectif, de manière à laisser une marge d'appréciation suffisante à l'autorité d'exécution pour statuer dans des cas particuliers (cf. Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud no 68, séance du 14 février 2006, p. 8184, 8187, 8189). Rendue sur la base de cette réglementation cantonale, la décision de suppression du revenu d'insertion du 19 janvier 2009 n'est pas critiquable. Elle précise que l'Etablissement vaudois pour l'accueil des migrants (EVAM) continuera à prendre en charge le loyer de la recourante au titre de l'aide d'urgence, jusqu'à ce qu'un éventuel autre hébergement soit décidé; compte tenu de la marge d'appréciation réservée à l'EVAM par l'art. 4a al. 3 LASV, sur laquelle la décision du 19 janvier 2009 n'empiète pas, la contestation de la recourante relative à ses conditions d'hébergement est prématurée.
6.5 Au demeurant, la procédure d'autorisation de séjour est ouverte depuis maintenant plus de cinq ans, mais la décision administrative à l'origine de la présente procédure ne prévoyait de limiter les prestations allouées à la recourante qu'à partir du 1er avril 2009. Cette décision n'a pas encore pris effet en raison de l'effet suspensif attribué aux recours successifs de l'intéressée.
6.6 Vu ce qui précède, le grief tiré d'une violation des art. 8 CEDH, 12 et 15 Cst./VD est mal fondé.
7. La recourante invoque l'interdiction de toute peine ou traitement inhumain ou dégradant au sens des art. 3 CEDH et 12 al. 3 Cst./VD. Elle n'expose toutefois pas en quoi la limitation à l'aide d'urgence des prestations qui lui sont allouées pendant la procédure d'examen de sa demande de régularisation constituerait un tel traitement, quand bien même elle a invoqué des motifs médicaux à l'appui de cette demande. A défaut de motivation suffisante - la seule référence à une situation « schizophrénique » dans laquelle elle serait placée ne constitue pas une telle motivation -, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur ce grief. Par ailleurs, le grief de violation de l'art. 38 Cst./VD, également soulevé par la recourante sans développement particulier, ne revêt aucune portée propre par rapport aux autres dispositions constitutionnelles auxquelles elle se réfère, de sorte qu'il convient de le rejeter, pour autant qu'il soit recevable, pour les motifs déjà exposés en rapport avec ces dispositions.
8. Vu ce qui précède, la recourante voit ses conclusions rejetées et ne peut prétendre de dépens (<ref-law>). Elle a déposé une demande d'assistance judiciaire en vue d'être dispensée d'avancer les frais de justice. Dès lors que le recours n'était pas dénué de chances de succès et que l'indigence de la recourante est établie (<ref-law>), il convient d'accepter cette requête. La recourante est toutefois rendue attentive au fait qu'elle devra rembourser la caisse du Tribunal si elle se trouve ultérieurement en mesure de le faire (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. L'assistance judiciaire est accordée à la recourante.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 300 fr., sont mis à la charge de la recourante. Ils sont toutefois supportés provisoirement par la caisse du Tribunal.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Centre social régional de Lausanne et au Tribunal cantonal vaudois.
Lucerne, le 11 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Ursprung Métral