Faits:
A. Dès fin 1998, Y._ a songé, en vue de sa retraite, à remettre progressivement l'exploitation de son cabinet médical. Dans cette perspective, il a collaboré avec un jeune confrère, A._, de novembre 1998 à fin avril 2001, dans le cadre d'une association simple. La reprise du cabinet par A._ ne s'est toutefois pas concrétisée, Y._ y ayant renoncé. A partir de 2001, Y._ a mis une pièce de son cabinet médical à disposition de B._, laquelle savait que Y._ souhaitait remettre son cabinet, mais n'était pas intéressée à le reprendre, car sa patientèle était très différente.
En juin 2003, Y._ a fait la connaissance d'X._, qui travaillait à cette époque à mi-temps auprès de l'Office de l'assurance-invalidité. Voyant en elle son successeur potentiel, il a mis à sa disposition, gracieusement, dès le mois de mai 2004, une salle de consultation ainsi que l'infrastructure et les équipements de son cabinet, et lui a en outre délégué le suivi d'un certain nombre de ses patients.
Entre fin 2004 et début 2005, X._ a approché C._, qui exploitait un laboratoire d'analyses médicales, afin d'obtenir une aide financière en vue de la reprise du cabinet litigieux. C._ a accepté de prêter à X._ les 50'000 fr. et en a informé Y._. Des discussions ont alors eu lieu directement entre Y._ et C._ au sujet des modalités de paiement. Selon leur accord, le montant de 50'000 fr. était payable à raison de cinq mensualités de 10'000 francs.
A une date qui n'est pas connue avec précision, mais qui se situe entre janvier et mai 2005, X._ a réalisé, avec l'aide de B._, des affichettes annonçant sa reprise du cabinet et le départ de Y._ au 1er mai 2005, et les a placées en diverses pièces.
Le 17 avril 2005, X._ a soumis à Y._ une convention qu'elle avait elle-même établie concernant la reprise du cabinet médical. Cette convention, qui comprenait quinze clauses, fixait la reprise du cabinet au 1er mai 2005 et prévoyait que Y._ cesserait son activité le 30 avril 2005 (art. 1), date à laquelle devait intervenir le transfert des baux du cabinet et des deux places de parking; B._ resterait sous-locataire du cabinet (art. 2). Le prix de la reprise était fixé à 50'000 fr. et comprenait la patientèle et les installations (matériel et mobilier), selon un inventaire annexé à la convention (art. 3). Les modalités précises de la reprise du matériel, du mobilier et des médicaments ainsi que de la patientèle et des dossiers médicaux, sous l'angle notamment du secret médical, ont fait l'objet de dispositions détaillées (art. 4 à 6). Les questions relatives au personnel du cabinet et aux charges fixes (eau, gaz, électricité, télécopieur, assurances choses etc.) ont également été réglées (art. 7 et 8). X._ devait bénéficier de la ligne téléphonique du cabinet, ainsi que de l'infrastructure informatique, les abonnements étant à sa charge dès le mois de mai 2005 (art. 9). Les art. 10 et 12, nommés "Exercice sur le mode indépendant" et "Obligation et créances d'honoraires", avaient trait aux factures, obligations et honoraires respectifs de chacun des cocontractants avant et après la date du transfert. Le texte de l'art. 13, intitulé "Forme écrite, nullité partielle" était libellé comme suit: "Les modifications apportées au présent contrat demandent la forme écrite. Les conventions annexes orales ne sont plus valables". La convention contenait encore une clause de non-concurrence (art. 11), réglait l'hypothèse du décès de l'une des parties (art. 14) et prévoyait la compétence des tribunaux genevois en cas de litige (art. 15). Y._ a refusé de signer cette convention, n'étant pas d'accord avec certaines clauses.
Le 22 avril 2005, Y._ a signé, sur son propre papier à lettres, un courrier à l'attention de la régie représentant le bailleur, sollicitant le transfert du bail commercial en faveur de X._. Quelques jours après cet envoi, vraisemblablement à la suite de son refus de signer la convention de remise du cabinet, il a pris contact, téléphoniquement, avec la régie, qu'il a instruite de mettre le dossier en suspens, motif pris de ce que les conditions de cette remise n'étaient pas encore définitivement arrêtées. La régie a dès lors "gelé" les formalités de transfert du cabinet. Y._ a soutenu que X._ lui avait soumis le courrier du 22 avril 2005, prétendument urgent, alors qu'il était en consultation, qu'il l'avait signé sans le lire et qu'en réalité, cette lettre ne reflétait pas du tout sa volonté.
Fin avril 2005, C._ a versé la première mensualité de 10'000 fr. à Y._, qui a restitué cet argent quelque temps plus tard.
Y._ a également enlevé les affichettes annonçant la remise du cabinet.
En dépit du fait que les relations entre les parties s'étaient fortement dégradées, Y._ a adressé à X._, le 5 juillet 2005, une proposition de collaboration non négociable, valable jusqu'au 31 juillet suivant, sous forme d'une société simple, moyennant versement, par mois et d'avance, d'une participation de 4'000 fr. Parmi d'autres clauses, il était précisé que Y._ prendrait sa retraite à la fin de l'année 2006, que sa patientèle resterait acquise à X._ et qu'il entreprendrait les démarches nécessaires en vue du transfert du bail. Par courrier du 14 juillet 2005, X._ a refusé cette proposition.
B. Le 30 juin 2006, X._ a ouvert action contre Y._, soutenant que les parties étaient liées par une convention de remise de commerce, en dépit de l'absence de signature du projet du 17 avril 2005. Elle a en outre pris différentes conclusions, tendant notamment à l'évacuation immédiate de son adverse partie et à sa condamnation à lui verser un montant de 110'000 fr. avec intérêt à titre de perte de gain. Contestant qu'un accord relatif à la remise de son cabinet médical était venu à chef, Y._ a conclu au rejet et, reconventionnellement, sollicité l'évacuation de l'intéressée. X._ s'est opposée à la demande reconventionnelle.
L'instruction de la cause a d'emblée été limitée à la question de l'existence d'un accord portant sur la remise du cabinet médical. Par jugement sur partie du 31 janvier 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a dit que X._ et Y._ n'étaient pas liés par un contrat de remise de commerce (ch. 1), débouté X._ de toutes ses conclusions relatives à la mise à exécution dudit contrat (ch. 2), réservé le sort des dépens (ch. 3) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 4). En substance, il a considéré que le contrat négocié par les parties n'était pas venu à chef, faute d'avoir été signé, la forme écrite ayant été réservée, selon un projet établi par X._ elle-même, et apparaissant comme habituelle pour une convention - complexe - de cette nature.
X._ a interjeté appel contre le jugement du 31 janvier 2008. Elle en a sollicité l'annulation et a conclu à ce qu'il soit constaté que les parties sont liées par un contrat portant sur le transfert du cabinet médical ainsi que des patients dudit cabinet, avec effet au 1er mai 2005, moyennant le versement d'une somme de 50'000 fr., que Y._ soit condamné à donner son accord au transfert du bail portant sur ce cabinet, qu'il soit dit que l'arrêt de la cour cantonale pourra valablement se substituer au refus éventuel de Y._ à ce transfert, que l'évacuation de celui-ci soit prononcée dès le transfert du bail, que les droits de la bailleresse, selon les dispositions régissant le contrat de bail, soient réservés, tout comme le règlement des prétentions financières réciproques des parties, et que la cause soit renvoyée au Tribunal pour la suite de l'instruction.
Par arrêt du 17 octobre 2008, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement du 31 janvier 2008, sous réserve du ch. 4 qu'elle a annulé d'office, dès lors qu'il déboutait à tort les parties de toutes autres conclusions, s'agissant d'un prononcé sur partie. Après avoir retenu que l'interprétation subjective ne pouvait déboucher sur aucun résultat concluant, la cour cantonale a considéré que la remise du cabinet médical devait être considérée comme un contrat par nature complexe, impliquant des engagements importants de part et d'autre, de sorte qu'il paraissait difficilement concevable que des parties se satisfassent d'une convention orale; X._ elle-même avait manifesté sa volonté de formaliser le contrat de reprise du cabinet médical en la forme écrite, en soumettant à Y._, le 17 avril 2005, une convention qu'elle avait établie, formalisant toute une série de conditions relatives à cette reprise; la teneur de l'art. 13 du contrat constituait un fort indice en faveur de la forme écrite; rien ne permettait de considérer que les parties aient entendu donner à ladite forme un but uniquement probatoire; il n'était pas établi que les parties étaient parvenues à un accord complet sur tous les aspects essentiels de la convention; si l'accord entre Y._ et C._ concernant les modalités du paiement de la reprise en 50'000 fr., respectivement le paiement de la première tranche de 10'000 fr., de même que les affichettes annonçant la reprise du cabinet par X._ attestaient que les pourparlers entre les parties étaient à tout le moins très avancés, ces éléments ne suffisaient pas pour retenir, contrairement au texte du projet, que celles-ci entendaient se lier définitivement sur une base purement orale; il n'était pas établi non plus, bien au contraire, que les parties auraient ultérieurement renoncé à la forme écrite et passé un contrat de remise de cabinet par actes concluants; preuve en étaient la correspondance échangée et l'ordre donné à la régie par Y._ de suspendre l'examen de la demande de transfert du bail commercial.
C. X._ (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de dépens, à ce que celui-ci annule l'arrêt du 17 octobre 2008 et principalement constate la conclusion d'un contrat entre les parties portant sur le transfert du cabinet médical litigieux ainsi que de ses patients, avec effet au 1er mai 2005, moyennant le versement de 50'000 fr., condamne son adverse partie à donner son accord au transfert du bail y relatif, dise que l'arrêt à intervenir pourra valablement se substituer au refus que pourrait opposer Y._ au transfert du bail, condamne son adverse partie à évacuer de sa personne et de ses effets personnels les locaux du cabinet, aussitôt le transfert du bail accepté par la bailleresse, et réserve les prétentions financières réciproques des parties pour le surplus; elle propose subsidiairement le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Y._ (l'intimé) conclut, sous suite de dépens, au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1).
1.1 La partie recourante doit prendre des conclusions au fond (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 383). Des conclusions en constatation d'un rapport de droit sont recevables en cas d'intérêt juridique à une constatation immédiate (cf. <ref-law> et 25 PCF [RS 273]); un tel intérêt fait en principe défaut lorsque des conclusions en exécution sont possibles (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 169). En l'espèce, se pose la question de la recevabilité de la conclusion en constatation de la conclusion d'un contrat, compte tenu de l'existence des conclusions en condamnation de l'intimé à donner son accord au transfert de bail et à évacuer les locaux litigieux. Cela étant, il y a lieu de relever que la recevabilité de ces dernières conclusions était sujette à caution en instance cantonale. A cet égard, la cour cantonale a en effet considéré qu'au vu de l'issue du litige, elle n'avait pas à examiner le problème de procédure posé par la modification des conclusions de la recourante entre la première instance (prononcé de l'évacuation de l'intimé) et l'appel (condamnation de l'intimé à donner son accord au transfert du bail). En définitive, la question de la recevabilité des conclusions de la recourante peut toutefois demeurer indécise, le recours étant de toute façon dénué de fondement.
1.2 Si les conclusions ne tendent pas au paiement d'une somme d'argent déterminée, le Tribunal fédéral fixe la valeur litigieuse selon son appréciation (<ref-law>). En l'occurrence, celle-ci doit être arrêtée à 50'000 fr., correspond au prix envisagé pour la remise du cabinet litigieux. La valeur litigieuse de 30'000 fr. ouvrant la voie du recours en matière civile est donc atteinte (<ref-law>).
1.3 Par ailleurs interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.4 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), que le recours ne peut critiquer que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante se plaint à différents égards d'arbitraire dans la constatation des faits.
2.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
2.2 La recourante soutient que les juges cantonaux auraient laissé entendre qu'elle aurait parlé du montant de 50'000 fr. avec C._ sans que l'intimé ait acquiescé à ce montant, dont C._ aurait ensuite parlé avec l'intimé, mais sans sa propre présence, alors que la procédure aurait démontré que les parties étaient tombées d'accord sur un montant de 50'000 francs.
La cour cantonale n'a pas ignoré cette circonstance, puisqu'elle a retenu que selon les déclarations du témoin B._, un montant de 50'000 fr. avait été évoqué pour la reprise du cabinet, dont elle avait compris qu'il était accepté par l'intimé, et que ledit témoin avait assisté à une discussion "portant sur le prix de la reprise, en 50'000 fr., lequel paraissait être accepté par (l'intimé)". Il ne saurait ainsi être question d'arbitraire dans la constatation des faits. Cela étant, les juges cantonaux ont considéré que si l'accord entre l'intimé et C._ était l'un des éléments attestant que les pourparlers entre les parties étaient à tout le moins très avancés, cela n'était pas suffisant pour retenir, contrairement au texte du projet, que les parties entendaient se lier définitivement sur une base purement orale. Lorsque la recourante soutient qu'il y avait donc un accord parfait pour la somme de 50'000 fr. qui devait être payée à raison de 10'000 fr. par mois et que le remboursement du premier acompte était intervenu car l'intimé avait "changé d'avis", ce qui prouvait clairement l'accord parfait qui était intervenu antérieurement, elle ne s'en prend en réalité pas à l'établissement des faits, mais se contente d'opposer sa propre appréciation de la situation à celle des juges cantonaux, sans démontrer en quoi consisterait l'arbitraire.
2.3 La recourante plaide que la manière dont la cour cantonale a énoncé les faits laisserait entendre qu'elle avait placé les affichettes annonçant la remise du cabinet à l'insu de l'intimé, alors que le contraire résultait du dossier.
En l'occurrence, les juges cantonaux ont bel et bien retenu en fait que le témoin B._ avait déclaré que les affichettes avaient été réalisées avec l'accord de l'intimé et placardées durant deux ou trois mois à compter de janvier ou février 2005. Pour le surplus, dans la mesure où la recourante soutient que "l'accord de l'intimé ne pouvait qu'être retenu (...) puisque lesdites affichettes étaient restées sur place plusieurs mois", elle tente vainement de faire prévaloir son appréciation des preuves sur celle à laquelle la cour cantonale a procédé. En effet, l'on comprend à la lecture de l'arrêt attaqué que l'instruction n'a pas permis de déterminer quand et pendant combien de temps les affichettes ont été placardées, le témoin D._ - qui avait travaillé comme secrétaire de la recourante à compter du 1er mai 2005 - ayant déclaré qu'elle avait vu ces affichettes dès le début de son activité et qu'elles n'avaient été enlevées qu'au début du mois de juillet 2005, tandis que le témoin E._ - assistante médicale de l'intimé jusqu'à fin 2005 - a affirmé que les affichettes n'étaient pas restées en place pendant une longue période. Sur la base de ces déclarations divergentes, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a retenu, sans davantage d'exactitude, qu'"à une date qui n'est pas connue avec précision, mais qui se situe entre janvier et mai 2005, (la recourante) a réalisé, avec l'aide de la Dresse B._, des affichettes annonçant sa reprise du cabinet et le départ de (l'intimé) au 1er mai 2005, et les a placées en diverses pièces". Au demeurant, les juges cantonaux ont derechef considéré à cet égard que les affichettes annonçant la reprise par la recourante étaient certes de nature à démontrer l'avancement des pourparlers, mais ne suffisaient pas pour retenir que les parties entendaient se lier par oral.
2.4 La recourante soutient ensuite qu'aucune conséquence juridique ne pouvait être tirée de l'art. 13, dont l'acceptation n'aurait impliqué l'exigence de la forme écrite que pour des "modifications", et qu'au demeurant, l'intimé ayant refusé de signer la convention, elle ne saurait régir les relations entre parties. Semblable grief ne relève à l'évidence pas de l'établissement des faits.
2.5 Citant le contenu de la lettre du 22 avril 2005, la recourante plaide que l'envoi dudit courrier aurait été l'expression claire de l'intimé de son acceptation de la remise du cabinet. L'on ne décèle derechef pas le rapport entre ce grief et l'établissement prétendument arbitraire des faits. Du moins le moyen n'est-il pas suffisamment motivé à cet égard.
2.6 La recourante soutient que les juges cantonaux auraient arbitrairement retenu que ce serait quelques jours après le 22 avril 2005 que l'intimé serait intervenu auprès de la régie; elle expose que dans une lettre du 10 mai 2005 se référant à un entretien du même jour, la régie avait demandé à l'intimé de transmettre à la recourante un formulaire d'inscription accompagné de divers documents; cela démontrerait que le 10 mai 2005, soit postérieurement à la date de reprise du cabinet fixée à début mai 2005, l'intimé confirmait la réalité et le contenu de l'accord intervenu; l'employé de la régie entendu comme témoin avait déclaré que "nous n'avons jamais reçu les documents sollicités. J'ai toutefois reçu dans les jours suivants un téléphone (de l'intimé) qui m'a indiqué que les conditions de la reprise n'étaient pas encore clairement définies, de sorte qu'il m'a demandé de geler le dossier, ce que j'ai fait".
La lettre du 10 mai 2005 n'est certes pas mentionnée en tant que telle dans l'état de fait de l'arrêt querellé. Son contenu n'est toutefois pas de nature à accréditer la thèse de la recourante, les déclarations du témoin dont elle se prévaut allant au contraire dans le sens inverse. Au demeurant, la recourante joue vainement sur les mots en tant qu'elle semble considérer qu'une durée du 22 avril au 10 mai 2005 ne saurait être qualifié de "quelques jours". En définitive, la recourante ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait apprécié les preuves de manière arbitraire.
2.7 La recourante relève enfin que la lecture de l'état de fait de l'arrêt entrepris laisserait entendre que l'enlèvement des affichettes serait intervenu simultanément à la restitution du premier acompte de 10'000 fr., soit fin mai 2005, alors qu'il résulterait des témoignages que cela serait intervenu en juillet 2005. A ce sujet, il convient de renvoyer au consid. 2.3 supra.
3. La recourante se plaint d'une violation des art. 1, 2, 11 et 16 al. 1 CO. En bref, elle soutient, en se référant à la notion de "réelle et commune volonté des parties", que l'intimé n'aurait pas prouvé que la forme écrite était réservée, qu'en l'occurrence, la forme écrite n'aurait été prévue que dans un but probatoire, qu'il y aurait eu accord sur tous les points essentiels (objet de la remise, date, prix et modalités de paiement), que le fait que le contrat soit soumis à la condition résolutoire de l'accord du bailleur ne constituerait pas un obstacle à la reconnaissance d'un contrat valablement conclu sur tous les points essentiels et que compte tenu des faits, la cour cantonale ne pouvait pas, sans violer l'<ref-law>, considérer que l'intimé n'avait pas accepté de se lier à elle; elle plaide encore qu'elle aurait été la seule à avoir voulu, pour se prémunir d'un litige ultérieur, exprimer dans un document écrit l'accord qui était intervenu, qu'au plus tard le 1er mai 2005, tous les éléments essentiels du contrat avaient été acceptés d'un commun accord et que l'exécution du contrat était déjà intervenue partiellement; en conclusion, elle est d'avis que considérer que les parties souhaitaient se lier par la forme écrite constituerait une violation claire de leur volonté telle qu'elle résulterait des faits de la cause; l'intimé n'aurait pas renoncé à conclure le contrat, mais bien changé d'avis après coup.
Force est de constater que la recourante ne fait ainsi que présenter sa propre version des choses. Pour le surplus, il apparaît que la cour cantonale a correctement exposé et appliqué les principes juridiques applicables en la matière (cf. supra let. B § 4), dans des développements auxquels il sied de renvoyer dans leur intégralité (<ref-law>).
4. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, par un arrêt sommairement motivé (art. 109 al. 2 et 3 LTF).
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 3'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 17 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz