Sachverhalt:
A. Nachdem X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) bereits verschiedentlich in psychiatrischen Kliniken hospitalisiert war, wurde er am 16. Oktober 2008 vom psychiatrischen Ambulatorium A._ i.S. einer vorsorglichen fürsorgerischen Freiheitsentziehung erneut in die psychiatrische Klinik A._ eingewiesen.
Auf Gesuch der Klinikleitung ordnete der Regierungsstatthalter des Amtes Luzern am 13. November 2008 die Weiterführung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung an. Die dagegen eingereichte Beschwerde wies das Amtsgericht Luzern-Stadt am 5. Dezember 2008 ab.
B. Am 25. Dezember 2008 beantragte der Beschwerdeführer die Entlassung aus der psychiatrischen Klinik. Der Regierungsstatthalter wies das Begehren mit Entscheid vom 7. Januar 2009 ab. Die delegierte Richterin des Amtsgerichtspräsidenten II von Luzern-Stadt wies die dagegen erhobene Beschwerde am 16. Januar 2009 ab. Gleichzeitig gewährte sie dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege und ernannte Rechtsanwalt Roger Burges zum unentgeltlichen Rechtsbeistand.
C. Der Beschwerdeführer erhob am 3. Februar 2009 gegen diesen Entscheid beim Obergericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Er beantragte seine sofortige Entlassung, die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und die Einsetzung von Rechtsanwalt Edmund Schönenberger als unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Mit Urteil vom 24. Februar 2009 wies das Obergericht die Beschwerde vom 3. Februar 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
D. Mit Beschwerde vom 3./4. März 2009 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht unter Hinweis darauf, dass er mittlerweile aus der psychiatrischen Klinik entlassen worden sei (was das Obergericht mit Schreiben vom 16. April 2009 bestätigt hat), die Feststellung einer Verletzung von Art. 5 Ziff. 1, Art. 5 Ziff. 4, Art. 6 Ziff. 1, Art. 11 und Art. 14 EMRK sowie die unentgeltliche Rechtspflege im ober- und bundesgerichtlichen Verfahren.
Es wurde keine Vernehmlassung eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid betreffend eine fürsorgerische Freiheitsentziehung (Art. 75 Abs. 1 und Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Es handelt sich dabei um eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit. Die Beschwerde in Zivilsachen ist insoweit gegeben.
Der obergerichtliche Entscheid stellt in der Sache einen Endentscheid i.S.v. <ref-law> dar. Einzig was die Verweigerung des Wechsels des unentgeltlichen Rechtsbeistandes angeht, handelt es sich um einen Zwischenentscheid, gegen welchen die Beschwerde zulässig ist, wenn er einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Da auf die Beschwerde mangels rechtlich geschützten Interesses ohnehin nicht einzutreten ist (s. unten, E. 3.2), kann offen bleiben, ob in Bezug auf den Anwaltswechsel überhaupt ein nicht wieder gutzumachender Nachteil vorgelegen hat bzw. vorliegen könnte.
2. In Zivil- und Strafsachen sind vor Bundesgericht nur Anwälte zugelassen, die nach dem Bundesgesetz vom 23. Juni 2000 über die Freizügigkeit der Anwältinnen und Anwälte (Anwaltsgesetz, BGFA; SR 935.61) oder nach einem Staatsvertrag berechtigt sind, Parteien vor schweizerischen Gerichtsbehörden zu vertreten (<ref-law>; zu dieser Bestimmung vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 522).
Auf dem Deckblatt der Beschwerdeschrift wird der Verein Psychex als Vertreter des Beschwerdeführers aufgeführt. Die Beschwerde trägt am Ende eine fotokopierte Unterschrift von Rechtsanwalt Edmund Schönenberger sowie eine Original-Unterschrift von Nana Schönenberger, welche für Rechtsanwalt Edmund Schönenberger als Generalbevollmächtigte unterzeichnet hat, selber jedoch nicht als Anwältin eingetragen ist. Somit geht aus der Beschwerde nicht klar hervor, ob der Verein Psychex oder die beiden unterzeichneten Personen als Vertreter des Beschwerdeführers fungieren.
2.1 Soweit der Verein Psychex als Parteivertreter genannt wird, ist festzuhalten, dass <ref-law> die zur Parteivertretung berechtigten Personen abschliessend nennt und ausschliesslich natürliche Personen in den kantonalen Anwaltsregistern gemäss <ref-law> eingetragen sein können (Adrian Staehelin und andere, Zivilprozessrecht, 2008, S. 549 § 30 Rz. 6, S. 552 § 30 Rz. 21; Staehelin/Oetiker, in: Kommentar zum Anwaltsgesetz, 2005, N. 8 zu <ref-law>). Demgemäss ist der Verein von vornherein nicht zur Vertretung von Parteien vor Bundesgericht berechtigt.
2.2 Soweit es um die Frage der Vertretung durch Edmund bzw. Nana Schönenberger geht, ergibt sich aus den kantonalen Akten, dass der Beschwerdeführer eine Vollmacht zugunsten von Psychex sowie u.a. dieser beiden Personen unterzeichnet hat. Auch wenn es nicht Aufgabe des Richters ist, in den Akten nach Beweisen für das Vorliegen von Prozessvoraussetzungen zu forschen, kann zugunsten des Beschwerdeführers aus dieser Vollmacht immerhin geschlossen werden, dass Rechtsanwalt Edmund Schönenberger zu seiner Vertretung ermächtigt ist.
Wie bereits unter der Herrschaft des OG ist eine Rechtsschrift, auf der sich die nach <ref-law> erforderliche Unterschrift nur in Fotokopie befindet, ungültig (<ref-ruling> E. 1 S. 173). Eine Person, welche nicht als Anwalt zugelassen ist, kann auch in Vertretung eines Anwalts nicht gültig unterzeichnen (Laurent Merz, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 34 zu <ref-law> mit Hinweis).
Da die Unterschrift von Rechtsanwalt Edmund Schönenberger lediglich in fotokopierter Form vorliegt und Nana Schönenberger nicht als Anwältin eingetragen ist, stellt sich die Frage, ob die Beschwerde als ungültig zu betrachten ist bzw. ob mangels gültiger Unterschrift einer zur Parteivertretung berechtigten Person eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels anzusetzen ist mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt (<ref-law>). Auf einen entsprechenden formellen Mangel hat bereits das Obergericht hingewiesen, sodass es durchaus möglich gewesen wäre, ihn im Verfahren vor Bundesgericht zu vermeiden. Diese Frage kann vorliegend jedoch offen bleiben, da auf die Beschwerde ohnehin nicht einzutreten ist.
3. 3.1 Wie sich aus der Beschwerde ergibt, ist der Beschwerdeführer mittlerweile wieder aus der Anstalt entlassen worden (s. oben, Sachverhalt Bst. D). Daher verfügt er grundsätzlich nicht mehr über ein aktuelles praktisches rechtlich geschütztes Interesse an der Überprüfung der Rechtmässigkeit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung durch das Bundesgericht (<ref-law>; Urteil 5A_66/2008 vom 7. März 2008 E. 1.2 mit Hinweisen). Ein ausnahmsweise genügendes abstraktes Rechtsschutzinteresse macht er nicht (fundiert) geltend. Somit ist er auch nicht mehr zur Geltendmachung der Feststellung einer Verletzung von Bestimmungen der EMRK berechtigt.
3.2 Das Obergericht verzichtete i.S. der Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege durch das Amtsgericht auf die Erhebung von Gerichtskosten. Hingegen ernannte es Rechtsanwalt Edmund Schönenberger nicht als unentgeltlichen Rechtsbeistand. Zur Begründung führte es aus, vor dem Amtsgericht sei Rechtsanwalt Roger Burges als unentgeltlicher Rechtsbeistand eingesetzt worden. Der Beschwerdeführer begründe den Anwaltswechsel nicht, und es gehe auch nicht aus den Akten hervor, dass der eingesetzte Rechtsbeistand die wesentlichen Interessen des Beschwerdeführers nicht mehr ausreichend wahrnehmen könne.
Der Beschwerdeführer wendet sich gegen diese obergerichtliche Erwägung, indem er insbesondere geltend macht, er habe das Recht, den Anwalt ohne Bekanntgabe von Gründen zu wechseln. Dabei verkennt er, dass nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ein Begehren um Wechsel des amtlichen Verteidigers nur dann zu bewilligen ist, wenn aus objektiven Gründen eine sachgemässe Vertretung der Interessen durch diesen nicht mehr gewährleistet ist (<ref-ruling> E. 4b/aa S. 105; <ref-ruling> E. 3 S. 104; je mit Hinweisen). Im Übrigen hat das Obergericht Rechtsanwalt Edmund Schönenberger zwar nicht als unentgeltlichen Rechtsbeistand, jedoch als gewillkürten Vertreter anerkannt und seine Beschwerde trotz der formellen Mängel (s. oben, E. 2.2) behandelt. Insofern ist dem Beschwerdeführer aus der vorinstanzlichen Verweigerung des Wechsels des unentgeltlichen Rechtsbeistandes kein Rechtsnachteil erwachsen, sodass es auch diesbezüglich an einem rechtlich geschützten Interesse fehlt. Ob er darüber hinaus ein rechtlich geschütztes Interesse an der Gutheissung eines Wechsels des unentgeltlichen Rechtsbeistandes haben soll, tut der Beschwerdeführer nicht dar.
4. Fehlt es an einem rechtlich geschützten Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids (<ref-law>), ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Wie die vorstehenden Ausführungen zeigen, konnte der Beschwerde von Anfang an kein Erfolg beschieden sein, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (<ref-law>) und das betreffende Gesuch des Beschwerdeführers abzuweisen ist. Es werden ausnahmsweise keine Gerichtskosten erhoben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht Luzern, II. Kammer, als Beschwerdeinstanz nach EGZGB, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp