Sachverhalt:
A. Die Baubehörde Pfäffikon erteilte am 25. Oktober 2010 die Baubewilligung für den Neubau eines Einfamilienhauses und eines Doppeleinfamilienhauses auf dem Grundstück Kat. Nr. 8284. Die Bewilligung enthielt die Nebenbestimmung, dass vor Baubeginn die noch ausstehende Beitragszahlung für den privaten Quartierplan Berg zu leisten sei.
Am 1. Februar 2012 hielt der Leiter Bau, Planung und Umwelt des Bauamts Pfäffikon fest, dass der Rohbau als vollendet gelte. Zudem ordnete er an, dass vor Bezug die ausstehende Beitragszahlung für den privaten Quartierplan Berg zu begleichen sei.
In der Folge gelangte X._ am 1. März 2012 mit Rekurs an das Baurekursgericht des Kantons Zürich und verlangte die ersatzlose Aufhebung der genannten Auflage. Während des laufenden Verfahrens ersuchte er darum, die "Bindung der Bezugsbewilligung an das vorliegende Rekursverfahren ... vollends aufzulösen". Dieses Gesuch wurde mit Präsidialverfügung vom 13. April 2012 abgewiesen.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 9. Mai 2012 ab. Es ging davon aus, dass ein Entscheid über eine vorsorgliche Massnahme in Frage stehe. Es verneinte einen schweren Nachteil im Umstand, den Einzug in das Haus bis zum Abschluss des vor dem Baurekursgericht hängigen Verfahrens zu verschieben. Es rechtfertige sich nicht, eine Bewilligungserteilung auf dem Weg der vorsorglichen Massnahme vorweg zu prüfen.
B. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 22. Mai 2012 beim Bundesgericht Beschwerde erhoben. Er stellt den Antrag, das Rekursverfahren im Urteil VB.2012.00259 von der Bezugsbewilligung zu entkoppeln. Auf die Beschwerdebegründung im Einzelnen ist in den Erwägungen einzugehen.
Die Gemeinde Pfäffikon stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Der Beschwerdeführer hält in einer weitern Eingabe vom 24. August 2012 an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
Der Beschwerdeführer bezeichnet sein Rechtsmittel nicht näher. Es fällt einzig die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 des Bundesgerichtsgesetzes (BGG) in Betracht. Es ist zu prüfen, ob die Voraussetzungen hierfür gegeben sind.
Wie bereits vor dem Verwaltungsgericht ist auch im bundesgerichtlichen Verfahren eine vorsorgliche Massnahme Streitgegenstand. Der Sache nach geht es darum, ob mit einer entsprechenden Anordnung die Bezugsbewilligung erteilt werden könne, bevor das zugrunde liegende Verfahren vor dem Baurekursgericht abgeschlossen ist. Mit dem angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts wird das Verfahren nicht beendet. Er stellt daher einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> dar.
Zwischenentscheide können beim Bundesgericht nach <ref-law> nur angefochten werden, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen würde (lit. b). Zu prüfen ist im vorliegenden Fall einzig, ob ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von lit. a droht.
Nach ständiger Rechtsprechung muss es sich dabei um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, wobei die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur genügt (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 2.1 S. 191, mit Hinweisen). Der Nachteil ist nicht irreparabel, wenn er mit einem günstigen Endurteil in der Sache behoben werden kann. Ist der nicht wieder gutzumachende Nachteil nicht offensichtlich, ist es Sache der beschwerdeführenden Partei, in der Beschwerdeschrift darzulegen, worin dieser Nachteil bestehen soll (<ref-ruling> E. 1.3 S. 525 mit Hinweisen). Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (<ref-ruling> E. 1.1 S. 239 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirkt oder bewirken kann. Seine Ausführungen betreffen ausschliesslich Nachteile anderer Art. Daran vermögen die Hinweise auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit gemäss <ref-law> nichts zu ändern. Unerheblich ist auch die Rüge, die Gemeinde Pfäffikon berufe sich erst neu auf die mangelnde Erschliessung, nachdem sie diesen Standpunkt schon am 27. April 2012 gegenüber dem Baurekursgericht vertreten hatte.
Es ergibt sich daraus, dass kein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur gegeben ist. Mangels Vorliegens der Voraussetzungen von <ref-law> kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gemeinde Pfäffikon steht keine Parteientschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bauamt Pfäffikon und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Steinmann