Faits:
A. A.a A.X._, né Y._ en 1957, à Tbilissi, a été légitimé comme ressortissant russe jusqu'au 30 juin 2000, date à laquelle il a acquis la nationalité grecque et a renoncé à sa précédente nationalité. Après son divorce prononcé le 18 juillet 2003, il s'est remarié, le 12 mars 2004, avec une ressortissante suisse, B.X._, dont il a pris le nom.
A.b A.X._ est entré en Suisse en 1991 à la faveur d'un visa touristique. Le 17 février 1992, il a vainement sollicité une autorisation annuelle de séjour par l'intermédiaire d'une société. A cette époque, sa première épouse et leurs enfants C._, née en 1980, et D._, né en 1988 l'ont rejoint en Suisse. Une troisième enfant prénommée E._ est née de leur union en 1994.
Le 13 novembre 1992, A.X._ a été condamné à une amende pour violation grave des règles de la circulation routière. En 1996, il a subi un retrait de permis d'un mois pour excès de vitesse et, le 7 décembre 1998, il a été condamné à une amende de 2'000 fr. pour violation grave des règles de circulation routière.
A la suite d'une demande déposée par une société de commerce international sise à Montreux, l'Office fédéral des étrangers (devenu l'Office fédéral des migrations: ODM) a formellement autorisé A.X._ à entrer en Suisse le 27 avril 1993 et lui a octroyé une autorisation de séjour annuelle le 13 mai 1993, qui a été régulièrement renouvelée jusqu'au 31 octobre 1997. Puis, les membres de la famille Y._ se sont vus délivrer de simples attestations, valables au plus 6 mois, la dernière fois le 11 octobre 2000 jusqu'à droit connu sur la décision concernant le renouvellement de leurs autorisations de séjour.
Le 19 avril 1999, l'ODM a refusé d'approuver le renouvellement de l'autorisation de séjour au motif que, selon les informations de l'Office fédéral de la police, A.X._ serait le chef d'un groupe appartenant au crime organisé. Le 26 avril, il a également prononcé une décision d'interdiction d'entrée en Suisse à l'encontre de la famille. Le 28 juillet 1999, l'ODM a cependant révoqué ces deux décisions, après avoir constaté que les règles de procédure avaient été violées.
A.c Le 17 août 1999, une plainte pénale a été déposée à l'encontre de A.X._ pour abus de confiance, faux dans les titres, obtention frauduleuse d'une constatation fausse et infractions à la loi fédérale sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger.
Le 6 novembre 2000, le Service cantonal vaudois de la population (ci-après: le Service de la population) a refusé la délivrance des autorisations d'établissement sollicitées par la famille Y._ sur la base de leur nouvelle nationalité grecque, tout en prolongeant leur autorisation annuelle de séjour. Le recours déposé contre cette décision a été rejeté le 31 mai 2001, par le Tribunal administratif vaudois.
A.d Le 28 avril 2003, A.X._ a été renvoyé devant le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Vevey pour escroquerie, abus de confiance, faux dans les titres et infraction à la loi fédérale sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger.
En raison de ce renvoi, le Service de la population a rejeté, le 17 juillet 2003, la demande de l'intéressé visant à transformer son autorisation de séjour en autorisation d'établissement; le recours contre cette décision a également été rejeté par le Tribunal administratif vaudois, le 23 septembre 2003.
A.e Le 1er avril 2004, le Tribunal correctionnel a condamné A.X._ à 3 ans d'emprisonnement pour banqueroute frauduleuse, diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers, abus de confiance, escroquerie, faux dans les titres et délit contre la loi fédérale sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger. Par ailleurs, une expulsion de 9 ans du territoire suisse avec sursis pendant 5 ans a été prononcée. Il a été arrêté immédiatement après l'audience. Depuis fin septembre 2004, il a pu bénéficier d'une liberté provisoire.
Le jugement du 1er avril 2004 a été confirmé par la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois, le 22 novembre 2004. La demande de révision a été rejetée le 25 octobre 2005, ce qu'a confirmé la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral, par arrêt du 24 janvier 2006 (6P.141/2005 et 6S.450/2005).
A.f Depuis le 30 août 2006, A.X._ a été placé en détention préventive à Champ d'Ollon, à la suite d'une nouvelle inculpation, à Genève, pour abus de confiance, subsidiairement gestion déloyale et faux dans les titres. Il a déclaré, lors d'une audition, qu'il vivait séparé de son épouse qui n'avait pas accepté sa condamnation pénale dans le canton de Vaud. Sa faillite a été prononcée le 6 mars 2007. Il a encore fait l'objet, du 5 avril 2007 au 27 juillet 2007, de diverses inculpations à Genève, notamment pour crime ou délit dans la faillite et poursuite pour dettes, escroquerie, gestion déloyale qualifiée, banqueroute frauduleuse.
B. Par décision du 24 octobre 2007, le Service de la population a refusé de renouveler le permis de séjour de A.X._ en raison de sa condamnation du 22 novembre 2004. Le recours de l'intéressé contre cette décision a été rejeté, par arrêt du Tribunal cantonal (Cour de droit administratif et de droit public) du 30 juin 2008. Les premiers juges ont retenu que la motivation de la décision attaquée était suffisante pour que le recourant puisse en saisir la portée. Au fond, ils ont constaté que le recourant présentait une menace réelle, actuelle et suffisamment grave pour justifier son renvoi. Tenant compte en particulier du fait qu'il n'avait pas vécu avec son épouse entre sa mise en liberté provisoire, le 30 septembre 2004, et sa nouvelle mise en détention préventive, le 30 août 2006, que ses deux filles avaient acquis la nationalité suisse, que l'aînée soutenait financièrement son frère D._ devenu majeur et que la cadette vivait avec sa mère depuis le divorce, ils ont aussi admis que l'intérêt privé du recourant à demeurer en Suisse ne l'emportait pas sur l'intérêt public à son éloignement. Ils ont enfin révoqué l'assistance judiciaire accordée par le Juge instructeur et mis les frais à la charge du recourant, par 500 fr.
C. A.X._ forme auprès du Tribunal fédéral un recours en matière de droit public et conclut, avec suite de frais et dépens, à la réformation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 30 juin 2008, en ce sens que son autorisation de séjour est renouvelée, subsidiairement à l'annulation dudit arrêt, la cause étant envoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recourant présente également une demande d'assistance judiciaire. Ses arguments et ses moyens seront examinés ci-après dans la mesure utile.
Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt et conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. De son côté, le Service de la population a renoncé à se déterminer.
L'ODM renvoie aux décisions cantonales et propose le rejet du recours.
D. La demande d'effet suspensif présentée par le recourant a été admise, par ordonnance présidentielle du 5 août 2008.
Le 25 septembre 2008, le mandataire du recourant a produit un extrait du casier judiciaire de son client, établi par le Ministère des affaires intérieures de la Fédération de Russie, le 27 août 2008, tendant à démontrer que la rumeur au sujet de sa soi-disant appartenance à la mafia russe n'est pas fondée.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2008 (RO 2007 p. 5487). En vertu de l'art. 126 al. 1 de cette loi, les demandes déposées avant son entrée en vigueur sont régies par l'ancien droit. Par conséquent, la présente cause doit être examinée, pour ce qui est du droit interne, sous l'angle de la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 p. 113).
2. 2.1 D'après l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral, ni le droit international, ne donnent droit. Il n'existe en principe pas de droit à l'octroi d'une autorisation de séjour ou d'établissement, à moins que l'étranger ou un membre de sa famille vivant en Suisse ne puisse invoquer dans ce sens une disposition particulière du droit fédéral ou d'un traité (<ref-ruling> consid. 1 p. 342 ss; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 284 et les références citées).
2.2 En sa qualité de ressortissant grec, le recourant peut, en principe, prétendre à l'octroi d'une autorisation de séjour en Suisse, en vertu du droit à la libre circulation que lui confère l'Accord du 1er juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 142.112.681; <ref-ruling> consid. 4 p. 258 ss, spécialement consid. 4.2 p. 259 et 4.3 p. 260); il a donc qualité pour recourir (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 496 s.). Marié avec une ressortissante suisse, il dispose en principe aussi d'un droit à une autorisation de séjour en vertu des art. 7 al. 1 LSEE et 8 § 1 CEDH.
2.3 Au surplus, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (art. 42 LTF) par le destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 LTF), le recours est recevable en vertu des art. 82 ss LTF.
3. Le recourant invoque en premier lieu la violation de l'art. 29 al. 1 et 2 Cst., tant sous l'angle du droit d'être entendu que sous celui de la prohibition du déni de justice, du fait que l'autorité de première instance n'aurait pas rendu une décision motivée et que l'autorité cantonale de recours n'aurait pas sanctionné ces violations.
3.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. - dont le Tribunal fédéral examine librement le respect (<ref-ruling> consid. 3 p. 194 et les références citées) - le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les arguments invoqués par les parties. Il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner les problèmes pertinents (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 540; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236). Quant au déni de justice formel, il suppose que l'autorité n'entre pas en matière ( cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 102/103 et les arrêts cités).
3.2 En l'espèce, l'arrêt attaqué retient que, même si l'argumentation du Service de la population est succincte, sa décision indique clairement que l'autorisation de séjour du recourant n'a pas été renouvelée en raison de sa condamnation à une peine de trois ans d'emprisonnement, en application des art. 10 al. 1 let. a et b LSEE et 5 de l'annexe I ALCP. Cela impliquait forcément que l'autorité administrative ait procédé à la balance des intérêts en présence, même si elle ne mentionne pas expressément les arguments que le recourant avait soulevés devant elle. Ce dernier en a d'ailleurs saisi la portée, puisqu'il a fait valoir devant le Tribunal cantonal une violation de ces dispositions et de l'art. 8 CEDH garantissant le droit à la vie familiale. Partant, les premiers juges ont rejeté le grief de violation du droit d'être entendu, tant sous l'angle de la motivation, que sous celui du déni de justice formel.
Cette argumentation est convaincante et ne constitue pas une violation de l'art. 29 Cst. Contrairement à ce que soutient le recourant, le Tribunal cantonal n'avait pas à se demander s'il pouvait ou non y avoir réparation devant lui et n'avait pas non plus à se substituer au Service de la population, dans la mesure où il n'a pas retenu de violation du droit d'être entendu de la part de l'autorité administrative. Les griefs que le recourant formule sous l'angle de la théorie de la guérison sont donc sans pertinence.
3.3 Le recours doit ainsi être rejeté en tant qu'il porte sur une violation de l'art. 29 Cst.
Reste à examiner si le non-renouvellement de l'autorisation de séjour du recourant est fondé au regard des dispositions de la LSEE, de l'art. 8 CEDH et de l'art. 5 al. 1 de l'annexe I ALCP.
4. 4.1 Selon l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Après un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans, il a droit à l'autorisation d'établissement. Ce droit s'éteint lorsqu'il existe un motif d'expulsion. Tel est notamment le cas, selon l'art. 10 al. 1 LSEE, lorsque l'étranger a été condamné par une autorité judiciaire pour crime ou délit (lettre a) ou si sa conduite dans son ensemble et ses actes permettent de conclure qu'il ne veut pas s'adapter à l'ordre établi dans le pays qui lui offre l'hospitalité ou qu'il n'en est pas capable (lettre b). Le refus de prolonger l'autorisation de séjour en cas de motif d'expulsion suppose toutefois une pesée des intérêts en présence, ainsi que l'examen de la proportionnalité de la mesure (cf. art. 11 al. 3 LSEE; <ref-ruling> consid. 3.3.4 p. 182; <ref-ruling> consid. 4a p. 12 s.). Pour apprécier ce qui est équitable, l'autorité tiendra notamment compte de la gravité de la faute commise par l'étranger, de la durée de son séjour en Suisse et du préjudice qu'il aurait à subir avec sa famille du fait de l'expulsion ou du non-renouvellement de l'autorisation de séjour (cf. art. 16 al. 3 du règlement d'exécution de la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, du 1er mars 1949 [RSEE; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007; RO 1949 p. 243]). Bien qu'il ne puisse pas revoir la décision du point de vue de l'opportunité, le Tribunal fédéral contrôle néanmoins librement, sous l'angle de la violation du droit fédéral, si les autorités cantonales ont correctement mis en oeuvre les critères prévus par les dispositions du droit fédéral susmentionnées et en particulier si, à la lumière desdits critères, l'expulsion ou le non-renouvellement de l'autorisation de séjour s'avère ou non proportionnée. Le Tribunal fédéral s'abstient cependant de substituer sa propre appréciation à celle des autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 2a p. 523; 105 consid. 2a p. 107; <ref-ruling> consid. 2a p. 435).
4.2 La réglementation prévue par l'art. 8 CEDH est, sur cette question, identique: le droit au respect de la vie familiale (§ 1) n'est en effet pas absolu, en ce sens qu'une ingérence dans l'exercice de ce droit est possible selon l'art. 8 § 2 CEDH, pour autant que celle-ci soit "prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale, ou à la protection des droits et libertés d'autrui". Il y a donc également lieu ici de procéder à une pesée des intérêts en présence (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 et les références).
4.3 En l'espèce, le juges cantonaux ont considéré que les faits reprochés au recourant étaient graves et que la peine infligée par le juge pénal dépassait largement les deux ans de privation de liberté qui, selon la jurisprudence applicable au conjoint étranger, constituait la limite à partir de laquelle il y avait lieu en principe de refuser une autorisation de séjour. Ils ont également admis qu'au vu des autres circonstances à prendre en considération, notamment la situation familiale et personnelle du recourant, son éloignement de Suisse n'apparaissait pas comme une mesure disproportionnée. La durée de son séjour en Suisse devait en effet être relativisée au regard de ses activités professionnelles qui s'exerçaient beaucoup à l'étranger. Les premiers juges n'ont toutefois pas fait état des relations que le recourant aurait avec la Grèce, pays dont il a acquis la nationalité en 2000. On ne peut le leur reprocher, car l'intéressé lui-même a opté pour cette nationalité, ce qui démontre qu'il a des liens suffisants avec cet Etat. Quant au fait que sa seconde épouse est Suissesse d'origine et que ses deux filles, issues de son premier mariage, ont acquis la nationalité suisse, il s'agit certes d'un élément qui doit entrer dans la pesée des intérêts en présence, mais qui, en soi, n'exclut nullement un refus d'autorisation de séjour ou une expulsion (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 23 et les références). A cet égard, il y a lieu en effet de retenir que le recourant s'est remarié trois semaines avant sa condamnation pénale et qu'après le prononcé de celle-ci, le 1er avril 2004, il n'a plus vécu avec sa nouvelle épouse. En ce qui concerne ses enfants, le fils, dont il avait la garde est devenu majeur et vit avec sa soeur aînée, qui subvient à ses besoins dans l'attente qu'il trouve un travail, et la fille cadette vit avec sa mère, depuis le divorce en juillet 2003. Le recourant ne prétend pas que cette situation serait susceptible de se modifier et qu'il pourrait entretenir des liens étroits avec ses enfants s'il était en liberté et vivait en Suisse. Il n'est donc pas déraisonnable de penser qu'il pourra exercer son droit de visite depuis l'étranger sur sa fille cadette et que les deux aînés le verront de toute façon, à leur convenance, en Suisse et en Grèce.
4.4 Le Tribunal cantonal pouvait dès lors déduire de ce qui précède que l'intérêt privé du recourant ne l'emportait pas sur l'intérêt public à son éloignement. Encore faut-il vérifier que cette appréciation soit conforme aux droits accordés aux ressortissants européens par l'ALCP, et plus particulièrement à l'art. 5 al. 1 annexe I dont le recourant invoque la violation.
5. 5.1 Selon l'art. 5 al. 1 annexe I ALCP, les droits octroyés par les dispositions de l'Accord ne peuvent être limités que par des mesures justifiées par des raisons d'ordre public, de sécurité publique et de santé publique (sur la notion d'ordre public, voir <ref-ruling> consid. 6.2 p. 220/221 et les références; arrêt de la CJCE du 27 octobre 1977, Bouchereau, C-30/77, Rec. 1977, p. 1999, pts 33-35). On entend par "mesure", au sens de l'art. 5 al. 1 annexe I ALCP et de la directive 64/221/CEE, tout acte affectant le droit à l'entrée et au séjour (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 180 et les références). La réserve de l'ordre public figurant à l'art. 5 al. 1 annexe I ALCP s'applique aussi bien dans le cadre d'une procédure de renouvellement d'autorisation de séjour que dans celui d'une procédure d'expulsion. Les limitations au principe de la liberté de circulation des personnes doivent cependant s'interpréter de manière restrictive. Ainsi, le recours par une autorité nationale à la notion de l'ordre public pour restreindre cette liberté suppose l'existence d'une menace réelle et d'une certaine gravité affectant un intérêt fondamental de la société (<ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 182 et les références). La seule existence de condamnations pénales (antérieures) ne peut automatiquement motiver de telles mesures. Selon les circonstances, la Cour de justice admet néanmoins que le seul fait du comportement passé de la personne concernée puisse réunir les conditions d'une menace actuelle (<ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 183 s. et l'arrêt précité de la CJCE Bouchereau, point 29). Celles-ci ne supposent en tout cas pas qu'il soit établi avec certitude que l'étranger commettra d'autres infractions à l'avenir; inversement, ce serait aller trop loin que d'exiger que le risque de récidive soit nul pour que l'on renonce à une mesure d'ordre public. En réalité, ce risque doit s'apprécier en fonction de l'ensemble des circonstances du cas et, en particulier, de la nature et de l'importance du bien juridique menacé (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 499 ss, 176 consid. 4.3.1 p. 185 ss).
5.2 En l'espèce, le Tribunal cantonal s'est fondé principalement sur la condamnation du recourant à trois ans d'emprisonnement pour refuser l'autorisation de séjour. Les autres condamnations, plaintes ou inculpations dont le recourant a fait l'objet n'ont été prises en compte que pour démontrer que celui-ci était incapable de se conformer aux lois en vigueur et continuait à menacer l'ordre public, en particulier la bonne foi en affaires. Il y avait en effet un risque certain de récidive, dans la mesure où les faits qui étaient reprochés au recourant s'étalaient de 1998 à 2006, période pendant laquelle l'intéressé n'avait subi que six mois de détention préventive.
5.3 Sur ce point, le recourant reproche au Tribunal cantonal d'avoir, en violation du principe de la présomption d'innocence, retenu des éléments qui n'ont jamais fait l'objet d'un jugement pour justifier l'existence d'une menace pour l'ordre public.
5.3.1 La présomption d'innocence garantie par l'art. 6 § 2 CEDH et 32 al. 1 Cst. a pour corollaire le principe "in dubio pro reo", qui concerne tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. En tant que règle de l'appréciation des preuves, ce principe, dont la violation n'est invoquée que sous cet angle par le recourant, signifie que le juge ne peut se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé, lorsqu'une appréciation objective de l'ensemble des éléments de preuve laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait (<ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 2c p. 37).
5.3.2 Il est vrai que, pour évaluer si le recourant conservait un comportement susceptible de menacer l'ordre public, l'arrêt attaqué a mentionné les nombreuses inculpations dont celui-ci a fait l'objet, ainsi que les soupçons de plusieurs autorités quant à ses relations avec des organisations mafieuses. Les juges cantonaux ont cependant souligné, ce qui semble avoir échappé au recourant, que les procédures et inculpations successives à son encontre devaient être appréciées avec retenue, en raison du principe de la présomption d'innocence. Compte tenu de cette réserve et du fait qu'il ne s'agit pas d'une inculpation pour un événement isolé, mais de plusieurs procédures et inculpations successives, suffisamment graves pour justifier la détention préventive du recourant depuis le 30 août 2006, on ne voit pas que l'on puisse reprocher aux juges administratifs de les avoir mentionnées, qui plus est en précisant qu'elles devaient être appréciées avec retenue, pour évaluer le risque de récidive du recourant. Cette façon de procéder est d'ailleurs conforme à la jurisprudence de la Commission européenne des droits de l'homme qui, dans un cas concernant la Suisse, a estimé que la pesée des intérêts en présence fondée sur les éléments figurant au dossier ne constituait pas une déclaration de culpabilité contraire à la présomption d'innocence (décision du 1er janvier 1998 sur la recevabilité de la requête no 37285/97, in JAAC no 109 p. 982). En ce qui concerne plus précisément le soupçon émis au sujet des liens du recourant avec la mafia russe, il faut lui donner acte que la vraisemblance de ces liens n'a effectivement jamais été retenue ou démontrée devant une autorité judiciaire. L'extrait du casier judiciaire produit par le recourant, au demeurant versé en cause de manière irrecevable (art. 99 al. 1 LTF), est donc sans pertinence. D'éventuels liens avec la mafia russe sont toutefois sans conséquence pour apprécier le risque de récidive au vu de l'ensemble des circonstances précitées.
5.3.3 Il s'ensuit que les premiers juges n'ont pas violé l'art. 5 al. 1 annexe I ALCP en admettant que le recourant constituait une menace actuelle et suffisamment grave au sens de la jurisprudence.
5.4 Le recourant reproche aussi au Tribunal cantonal d'avoir appliqué avec automatisme la jurisprudence relative aux deux ans de détention.
Comme le Tribunal fédéral l'a déjà relevé, une condamnation à deux ans de privation de liberté n'a qu'une valeur indicative et ne constitue pas la limite fixe à partir de laquelle il y a lieu de refuser l'octroi ou le renouvellement d'une autorisation de séjour au conjoint étranger d'un ressortissant suisse (ou d'une personne titulaire d'une autorisation d'établissement; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 23; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 185; <ref-ruling> consid. 4b p. 14). Cette jurisprudence n'institue donc pas de présomption ni d'automatisme et ne dispense pas d'examiner le cas d'espèce à la lumière de l'ensemble des circonstances, de sorte qu'elle n'est pas contraire aux dispositions de l'Accord sur la libre circulation. Dans le cas particulier, les juges cantonaux ne se sont pas limités à une application schématique de cette jurisprudence, mais ont bien apprécié la situation du recourant dans son ensemble. Partant, le recours est mal fondé également sur ce point.
6. Le recourant soutient enfin que le Tribunal cantonal lui a refusé l'assistance judiciaire arbitrairement et en violation du droit d'être entendu, en révoquant la décision provisoire du Juge instructeur du 20 novembre 2007, qui avait admis sa demande. Il fait valoir qu'il se trouve en détention préventive depuis le mois d'août 2006 et que la décision de faillite de sa société est une démonstration évidente qu'il ne dispose plus d'aucun bien.
Le recourant n'invoque la violation d'aucune disposition de droit cantonal, ni l'art. 29 al. 3 Cst. qui fixe les exigences minimales en matière d'assistance judiciaire (arrêt 2C_241/2008 du 27 mai 2008 consid. 4.1, non publié). Il ne soulève que l'arbitraire et la violation de son droit d'être entendu. On peut donc se demander si son grief est recevable (art. 106 al. 2 LTF). Quoi qu'il en soit, la critique s'avérerait de toute façon infondée. En effet, l'arrêt attaqué révoque l'assistance judiciaire octroyée au recourant au motif que les renseignements concernant sa situation de fortune sont trop lacunaires pour que l'on puisse admettre son indigence. Or, une telle position échappe manifestement au grief d'arbitraire ou de violation du droit d'être entendu en relation avec la charge de la preuve soulevé par le recourant. Comme il ressort d'un arrêt du 21 janvier 2008 opposant le recourant au Bureau de l'assistance judiciaire du canton de Vaud (5A_634/2007), le Tribunal fédéral a confirmé le refus d'accorder au recourant l'assistance judiciaire, dans le cadre d'une autre procédure. Il a en particulier reproché au recourant d'avoir donné des informations inexactes sur sa situation personnelle et d'avoir caché qu'il détenait une créance de 401'717 fr. 40 payable au plus tard le 31 décembre 2007. Dans ces conditions, il n'y avait rien d'insoutenable à considérer que le recourant dispose de ressources financières suffisantes, ce qui justifiait de révoquer la décision du Juge Instructeur lui accordant l'assistance judiciaire.
7. Les considérations qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
Comme les conclusions du recours étaient vouées à l'échec au sens de l'art. 64 al. 1 LTF, la demande d'assistance judiciaire présentée par le recourant doit être rejetée. Il y a lieu dès lors de mettre les frais judiciaires à sa charge (art. 65 LTF).

Le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la population et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 5 novembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Rochat