Sachverhalt:
A. Am 14. April 1997 schloss die X._ AG (Verkäuferin) mit Sitz in A._/ZG mit der Y._ Tbk (Käuferin), einer in Jakarta domizilierten Aktiengesellschaft indonesischen Rechts, einen Vertrag (nachstehend: Agreement), der von J._, Verwaltungsratspräsident der Verkäuferin, und von K._, Verwaltungsratspräsident der Käuferin, unterzeichnet wurde. Das Agreement hatte den Verkauf der kompletten Spinnerei Q._, bestehend aus den im Schätzungsbericht von L._ vom 30. Juni 1995 aufgeführten Gegenständen, sowie den Ventilatoren und dem Klimaanlagesystem, soweit es sich vernünftigerweise entfernen liess, und deren Wiederaufbau in Indonesien zum Gegenstand. Der Kaufreis betrug CHF 17'300'000.--, zahlbar in Raten von 5, 10, 75 und 10 %. Am gleichen Tag unterzeichnete J._ folgenden von ihm handschriftlich verfassten Zusatz zum Agreement:
"CFS 7'000'000.-- are on favour of Y._ based on the overcharge from CFS 10'3000'000.-- (recte: 10'300'000.--) net amount receivable for X._, and the official amount of CFS 17'3000'000.-- (recte: 17'300'000.--).
Contract of the 14.4.1997 concerning the X._-Plant Q._ sold on this day to Y._.
Charges for this difference are payable by Y._ but advanced to the bank by X._ AG."
Nachdem die Verkäuferin (recte: Käuferin) die erste Kaufpreisrate von CHF 865'000.-- bezahlt hatte, veranlasste die Verkäuferin gestützt auf den Zusatz zum Agreement am 24. April 1997 die Überweisung von CHF 350'000.-- auf das Konto von K._ bei der Bank R._ in Frankfurt am Main. Nach Erhalt der zweiten Kaufpreisrate in der Höhe von CHF 1'730'000.-- schrieb sie K._ am 10. Juni 1997 weitere CHF 700'000.-- gut.
Nach Verschiebung des im Agreement auf Ende Dezember 1997 vorgesehenen letztmöglichen Verschiffungstermins informierte die Verkäuferin mit Schreiben vom 7. Mai 1998 die Käuferin darüber, dass die erste Ladung am 25. Mai 1998, die zweite Ladung am 6. Juni 1998 und die dritte Ladung am 22. oder 29. Juni 1998 ab Antwerpen verschifft werde.
Zur Tilgung der dritten Kaufpreisrate von CHF 12'957'000.-- hatte die Käuferin bei der Bank S._ Jakarta ein Akkreditiv eröffnen lassen, das von der Käuferin (recte: Verkäuferin) am 10. Juni, 26. Juni und 13. Juli 1998 unter Vorlage der erforderlichen Verschiffungsdokumente in Anspruch genommen wurde.
Mit Zessionsvereinbarung vom 5. Juni 1998 trat die Käuferin ihre Rechte und Pflichten aus dem Agreement an die W._ (Zessionarin) ab. Diese liess im August 1998 die Verkäuferin hinsichtlich der dritten Kaufpreiszahlung unter Berufung auf die im Zusatz zum Agreement statuierte Rückzahlungsverpflichtung über CHF 5'250'000.-- nebst Zins betreiben, wogegen die Verkäuferin Rechtsvorschlag erhob. Ein Gesuch der Zessionarin um provisorische Rechtsöffnung hat das Kantonsgerichtspräsidium Zug am 24. Juni 1999 und auf Beschwerde hin die Justizkommission des Obergerichts des Kantons Zug am 17. Dezember 1999 abgewiesen.
B. Mit Klage vom 16. November 2001 stellte die Zessionarin dem Kantonsgericht Zug in Ziff. 1 die Begehren, die Verkäuferin (Beklagte) auf Zahlung von
(a-d) CHF 5'250'000.-- nebst Zins als teilweise Rückerstattung der dritten Kaufpreisrate gemäss dem Zusatz zum Agreement,
(e) CHF 2'319'148.20 nebst Zins als Ersatz der Summe von USD 1'345'862.--, welche die Klägerin zur Ersatzbeschaffung der in einer Auflistung ("Details of Shortages") genannten nicht gelieferten Vertragsgegenstände habe aufwenden müssen,
(f) CHF 10'340.20 nebst Zins als Entschädigung für den Arbeitsaufwand von 120 Stunden zur Beschaffung der nicht gelieferten Bestandteile,
(g) CHF 5'629'544.95 nebst Zins als Verzögerungsschaden für die Zeit zwischen November 1998 und Juni 1999 und
(h) CHF 863'196.40 nebst Zins als Ersatz des Verzögerungsschadens für die Zeit von Juli bis 31. Dezember 1999 zu verpflichten.
Die Verkäuferin (Beklagte) beantragte die Abweisung der Klage. Zur Begründung brachte sie namentlich vor, die Forderung gemäss Ziff. 1 lit. a-d betreffe eine rechtswidrige und damit verjährte Schwarzgeldzahlung an K._. Die Forderungen gemäss Ziff. 1 lit. e-h seien gemäss <ref-law> verjährt. Sodann stellte die Beklagte den eingeklagten Forderungen verschiedene Gegenforderungen zur Verrechnung gegenüber, namentlich die noch ausstehende Kaufpreisrate von CHF 1'730'000.--.
Beide Parteien verkündeten den T._ Versicherungen, nunmehr Z._, den Streit, die mit Verfügung des Referenten vom 23. Januar 2002 als Nebenintervenientin zugelassen wurde.
Im Sommer 2003 gingen die Rechte und Pflichten der Zessionarin infolge ihrer Fusion mit der Käuferin auf diese über, welche damit als Klägerin in den Prozess eintrat.
Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, die Beklagte schulde der Klägerin aus dem Zusatz zum Agreement die Rückerstattung des sich auf CHF 5'250'000.-- belaufenden Anteils der dritten Kaufpreisrate nebst Zins. Da die Beklagte nicht habe beweisen können, dass sie sämtliche geschuldeten Anlageteile geliefert habe, sei davon auszugehen, die Lieferung sei gemäss den Angaben der Klägerin unvollständig gewesen. Diese habe die von ihr behaupteten Deckungskäufe nicht nachgewiesen, weshalb ihr Schadenersatzanspruch gemäss Art. 76 CISG nach dem gutachtlich auf CHF 655'146.-- festgesetzten Marktpreis der nicht gelieferten Teile zu bestimmen sei. Allerdings habe sich die Klägerin einen Zinsanspruch der Beklagten von CHF 64'208.35 sowie die noch ausstehende Nettokaufpreisforderung von CHF 1'030'000.-- nebst Zins anrechnen zu lassen. Entsprechend verpflichtete das Kantonsgericht die Beklagte mit Urteil vom 14. Dezember 2009, der Klägerin CHF 5'250'000.-- nebst Zins zu 5 % auf CHF 2'059'130.70 seit 10. Juni 1998, auf CHF 1'458'831.65 seit 26. Juni 1998 und auf CHF 1'705'037.65 seit 13. Juli 1998, abzüglich CHF 64'208.35 und abzüglich CHF 374'854.-- (CHF 1'030'000.-- minus CHF 655'146.--) nebst Zins zu 5 % seit 24. Januar 2000 zu bezahlen. Das Obergericht des Kantons Zug wies eine dagegen gerichtete Berufung am 8. November 2011 ab.
C. Die Beklagte (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zug vom 8. November 2011 aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen. Eventuell sei die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen.
Die Klägerin (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, eventuell auf Rückweisung der Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz. Das Obergericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Die Beschwerdeführerin hat eine Replik und die Beschwerdegegnerin eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. 1.1 Da die Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde einzutreten.
1.2 Mit Beschwerde in Zivilsachen kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
2. 2.1 Die Vorinstanz beurteilte das Agreement vom 14. April 1997 nach dem Übereinkommen der Vereinten Nationen über Verträge über den internationalen Warenkauf vom 11. April 1980 (CISG; SR 0.221.211.1) und führte aus, für die darin nicht geregelten Fragen sei auf das schweizerische Obligationenrecht zurückzugreifen.
2.2 Dem ist beizupflichten. Die Parteien haben ihre Niederlassung in verschiedenen Staaten (Art. 1 Abs. 1 CISG), und der Sitz der Verkäuferin, welche die charakteristische Leistung erbringt, liegt in der Schweiz, deren Recht nach den Regeln des internationalen Privatrechts zur Anwendung kommt (<ref-law> i.V.m. Art. 3 des Haager Übereinkommens vom 15. Juni 1955 betreffend das auf internationale Kaufverträge über bewegliche körperliche Sachen anzuwendende Recht [SR 0.221.211.4]). Dies führt, da die Schweiz Vertragsstaat des CISG ist, zu dessen Anwendbarkeit (Art. 1 Abs. 1 lit. b CISG). Diese ist nicht deshalb ausgeschlossen, weil die bei der Übergabe beweglichen Waren am Bestimmungsort mit einem Grundstück verbunden werden sollten (CHRISTOPH BRUNNER, UN-Kaufrecht - CISG, 2004, N. 4 zu Art. 3 CISG; FRANCO FERRARI, in: Kommentar zum Einheitlichen UN-Kaufrecht, Ingeborg Schwenzer [Hrsg.], 5. Aufl. 2008, N. 34 zu Art. 1 CISG). Auch die von den Parteien vereinbarten Montagepflichten schliessen die Anwendung des CISG nicht aus, da sie dem Wert nach nicht den überwiegenden Teil der Pflichten der Beschwerdeführerin als Verkäuferin darstellten (Art. 3 Abs. 2 CISG; BRUNNER, a.a.O., N. 11 zu Art. 3 CISG).
3. 3.1 Im kantonalen Verfahren brachte die Beschwerdegegnerin vor, die im Zusatz zum Agreement vorgesehenen Rückzahlungen von CHF 7 Mio. an sie seien zur Anlegung von Devisenreserven in Umgehung von Devisenausfuhrbestimmungen erfolgt und an K._ als Zahlungsempfänger ausgerichtet worden. Demgegenüber ging die Beschwerdeführerin davon aus, im Zusatz sei eine rechtswidrige Schwarzgeldzahlung an die Familie K._ vereinbart worden, welche die CHF 7 Mio. für sich aus ihrer Firma habe herausnehmen wollen.
3.2 Das Obergericht erwog, aus dem Wortlaut des Zusatzes zum Agreement ergebe sich, dass der offizielle Kaufpreis CHF 17.3 Mio. betrage. Davon seien CHF 10.3 Mio. für die Beschwerdeführerin bestimmt, während die Differenz von CHF 7 Mio. - basierend auf einer Überfakturierung - der Beschwerdegegnerin zustehen soll. Auch aus den Umständen des Vertragsschlusses und dem späteren Verhalten der Parteien könne nicht geschlossen werden, diese hätten in Abweichung vom Wortlaut des Zusatzes eine Schwarzgeldvereinbarung zwischen der Familie K._ und der Beschwerdeführerin gewollt. Vielmehr habe der Zusatz zum Agreement die Verpflichtung der Beschwerdeführerin statuiert, der Beschwerdegegnerin einen Teil des Kaufpreises von CHF 17.3 Mio. zurückzuerstatten. Zwar seien die gestützt auf den Zusatz zum Agreement erfolgten ersten beiden Zahlungen der Beschwerdeführerin auf ein Konto von "Mr. K._" bezahlt worden. Dies lasse sich jedoch damit erklären, dass die Beschwerdegegnerin keinen Transfer nach Indonesien wünschte, um ein "Einfrieren" des Geldes durch den indonesischen Staat zu verhindern. Da es sich beim Zusatz zum Agreement um eine geheime Vereinbarung gehandelt habe, die weder gegenüber den Banken noch dem zum Schiedsrichter ernannten M._ offengelegt worden sei, hätten die Parteien im Zusatz nicht die Beschwerdegegnerin als Gläubigerin der CHF 7 Mio. bezeichnet, wenn es in Wahrheit um eine Zahlung an K._ persönlich gegangen wäre. Zudem habe die Beschwerdegegnerin verlangt, den auf die dritte Kaufpreisrate entfallenden Rückerstattungsbetrag auf ein auf sie lautendes Konto zu überweisen. Dass dieses Konto bei einer Bank in Indonesien geführt wurde, lege nahe, dass die Beschwerdegegnerin im Ausland über keine Bankkonten verfügt habe. Dies würde erkläre, weshalb die Beschwerdegegnerin, die auf die ersten beiden Kaufpreisraten entfallenden Rückerstattungsbeträge auf ein Konto der Familie K._ habe überwiesen lassen. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin hätte die teilweise Rückerstattung des Kaufpreises nicht zwingend Spuren in der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin hinterlassen müssen, zumal dieser daran gelegen gewesen sei, die Rückerstattung gegenüber den zuständigen staatlichen Stellen zu verschweigen. Zudem habe die Depotverwaltung der Bank R._ am 5. November 1998 der Beschwerdegegnerin den Eingang der Zahlungen auf dem Konto von K._ angezeigt. Demnach sei nicht nachvollziehbar, wie die Klageeinleitung durch die W._ im Jahre 2001 hätte dazu führen sollen, K._ weiterhin zu ermöglichen, das von der Beschwerdeführerin bezahlte Geld (schwarz) für sich zu behalten.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe gegen das Willkürverbot gemäss <ref-law> verstossen, indem sie verneint habe, dass sich der wirkliche Wille der Parteien beim Abschluss des Zusatzes auf die Vereinbarung einer Schwarzgeldzahlung gerichtet habe. Mit den Zahlungen auf ein privates Konto von K._ habe die Beschwerdegegnerin nicht in den Besitz ausländischer Währungsreserven gelangen können, da die Vorinstanz offen gelassen habe, ob und wie er darüber mit der Beschwerdegegnerin abgerechnet habe. Eine fehlende Weiterleitung würde beweisen, dass die im Zusatz genannten Zahlungen die Beschwerdegegnerin geschädigt hätten. Ferner hätten die Parteien bzw. K._ allen Grund gehabt, den wirklichen Willen im Zusatz zum Agreement zu verbergen, da allgemein bekannt sei, dass unzulässige Vereinbarungen wenn immer möglich verschleiert und Schwarzzahlungen an den Verwaltungsratspräsidenten zum Nachteil der Gesellschaft nicht ausdrücklich als solche bezeichnet würden. Demnach sei dem Wortlaut des geheimen Zusatzes zum Agreement bei der Ermittlung des wirklich Gewollten kein wichtiger Stellenwert beizumessen. Einzig die praktische Umsetzung des Zusatzes zum Agreement durch darin nicht genannte Zahlungen an K._ vermöge plausibel zu erklären, weshalb es neben dem Kaufvertrag einer geheimen Zusatzvereinbarung bedurft habe.
3.4 Die richterliche Beweiswürdigung im Sinne der Beurteilung der Beweiskraft der angebotenen Beweismittel wird vom CISG nicht geregelt und richtet sich nach dem Prozessrecht der lex fori (KOLLER/MAUERHOFER, Das Beweismass im UN-Kaufrecht, in: Festschrift für Ingeborg Schwenzer zum 60. Geburtstag, Bd. 1, 2011, S. 963 ff., 965). Die Beschwerdeführerin kann daher rügen, die vorinstanzliche Beweiswürdigung verstosse gegen das Willkürverbot gemäss <ref-law>. Die Beweiswürdigung ist erst dann willkürlich, wenn das Sachgericht den ihm dabei zustehenden erheblichen Ermessensspielraum überschreitet, indem es zum Beispiel erhebliche Beweise übersieht oder daraus offensichtlich unhaltbare Schlüsse zeiht (<ref-ruling> E. 2.1. S. 9; <ref-ruling> E. 4b S. 40; je mit Hinweisen).
3.5 Hätte sich K._, wie von der Beschwerdeführerin behauptet, mit dem Zusatz zum Agreement eine Schwarz- oder Schmiergeldzahlung für sich selbst zu Lasten der Beschwerdegegnerin zusichern lassen wollen, hätte er den Zusatz und die entsprechenden Zahlungen dieser gegenüber geheim halten müssen. Dies hat er jedoch nicht getan, was sich daraus ergibt, dass sich die Beschwerdegegnerin auf den Zusatz zum Agreement beruft und dabei nur den Teil der vereinbarten Rückzahlungen verlangt, der nicht bereits an K._ bezahlt wurde. Die Beschwerdeführerin bestreitet auch nicht, dass die Beschwerdegegnerin ein Interesse an der Umgehung von Devisenausfuhrbeschränkungen und entsprechend auch an der Verheimlichung im Ausland gelegener Devisen in der Buchhaltung haben konnte. Unter diesen Umständen ist die Vorinstanz nicht in Willkür verfallen, wenn sie - unabhängig davon, ob die gestützt auf den Zusatz zum Agreement erfolgten Zahlungen in der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin genannt wurden und unabhängig davon, wie diese mit K._ abgerechnet hatte - annahm, aus dem Verhalten der Parteien nach Vertragsschluss könne nicht geschlossen werden, der wirkliche Wille der Parteien hätte sich auf den Abschluss einer Schwarzgeldvereinbarung zwischen der Familie K._ und der Beschwerdeführerin bezogen.
3.6 Der Annahme der Vorinstanz, die Beschwerdegegnerin habe im Ausland möglicherweise über keine Bankkonten verfügt, kommt keine entscheiderhebliche Bedeutung zu, weshalb auf die dagegen gerichtete Kritik der Beschwerdeführerin nicht einzutreten ist.
3.7 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, die von der Vorinstanz vorgenommene objektive Vertragsauslegung sei rechtsfehlerhaft. Auch bei der Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens sei davon auszugehen, die Parteien hätten beim Abschluss eines Vertrages damit etwas für sie Sinnvolles gewollt. Als sachgerecht erscheine insoweit nur die Vereinbarung einer Schwarzgeldzahlung an K._, die blosse Rückzahlung dagegen als Leerlauf. Wäre es der Beschwerdegegnerin um die Umgehung von Devisenbestimmungen gegangen, wäre nicht die Rückzahlung an die Beschwerdegegnerin, sondern die Zahlung auf ein Konto im Ausland der entscheidende Punkt gewesen. Dazu fehle jedoch im Zusatz jede Regelung.
3.8 Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin muss der Umstand, dass im Zusatz zum Agreement der Zahlungsort für die Rückzahlungen nicht festgelegt wurde, nicht bedeuten, dieser Zusatz habe nicht die Umgehung von Devisenausfuhrbestimmungen bezweckt. Die Beschwerdegegnerin liess sich denn auch die ersten beiden Rückzahlungen, die auf ein Konto in Deutschland erfolgten, anrechnen. Demnach hat die Vorinstanz auch die Grundsätze der objektiven Vertragsauslegung gemäss Art. 8 Abs. 2 CISG bei der Auslegung des Zusatzes zum Agreement nicht verletzt, zumal dieser die Beschwerdegegnerin als Gläubigerin der Rückzahlungen vorsah.
4. 4.1 Zum Beweis ihrer Behauptung, K._ habe als Empfänger der im Zusatz zum Agreement vorgesehen Zahlungen nicht mit der Beschwerdegegnerin abgerechnet und das Geld für sich behalten, beantragte die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren die Edition der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin für die Jahre 1997 und 1998 und der Kontounterlagen und Bankkorrespondenz über das Konto, auf welches die Zahlungen der Beschwerdeführerin erfolgt seien. Die Vorinstanz gab diesem Begehren nicht statt, da sie annahm, den Beweismitteln fehle die Beweistauglichkeit, denn selbst wenn die teilweise Rückerstattung des Kaufpreises in der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin nicht ersichtlich wäre, könnte daraus nicht abgeleitet werden, dass die Zahlungen ohne ihre Kenntnis erfolgt seien.
4.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin ohne sachlichen Grund die Beweistauglichkeit abgesprochen. Fehle in der Buchhaltung eine Spur der an K._ geleisteten Zahlungen, indiziere dies, dass diese nicht an die Beschwerdegegnerin weitergeleitet worden seien. Auch die zur Edition verlangten Bankunterlagen über das Konto von K._ hätten darüber Auskunft geben können, ob das Geld tatsächlich an die Beschwerdegegnerin weitergeleitet worden sei. Die Vorinstanz habe daher den Beweisführungsanspruch gemäss <ref-law> und <ref-law> verletzt, indem sie dem Begehren auf Edition der Kontounterlagen und der Korrespondenz zwischen der Bank R._ und K._ und der Buchhaltung der Beschwerdeführerin nicht nachgekommen sei.
4.3 Der Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> verleiht in Gerichtsverfahren den Parteien das Recht, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind (<ref-ruling> E. 3.2 S. 272; <ref-ruling> E. 3 S. 157; je mit Hinweisen). Dieses Recht auf Beweis ergibt sich gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung auch aus <ref-law>, der insoweit für den Bereich des Bundesprivatrechts <ref-law> konkretisiert (Urteile 4A_264/2011 vom 14. November 2011 E. 3.2; 4A_341/2011 vom 21. März 2012 E. 2.1). Der bundesrechtliche Beweisführungsanspruch schliesst jedoch die vorweggenommene Beweiswürdigung nicht aus (<ref-ruling> E. 2.6 S. 25 mit Hinweisen). Es bleibt dem Sachgericht unbenommen, von beantragten Beweiserhebungen deshalb abzusehen, weil es sie zum Vornherein nicht für geeignet hält, die behaupteten Tatsachen zu beweisen, oder weil es seine Überzeugung bereits aus anderen Beweisen gewonnen hat und davon ausgeht, weitere Abklärungen vermöchten am massgeblichen Beweisergebnis nichts mehr zu ändern (<ref-ruling> E. 3c S. 223 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht greift in eine antizipierte Beweiswürdigung nur ein, wenn diese willkürlich und damit offensichtlich unhaltbar ist (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 157 mit Hinweisen).
4.4 Da selbst die Beschwerdeführerin das mögliche Fehlen von Spuren der an K._ geleisteten Zahlungen in der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin bloss als Indiz für die unterlassene Abrechnung qualifiziert, ist die Vorinstanz offensichtlich nicht in Willkür verfallen, wenn es die Edition der Buchhaltung als nicht beweistauglich ansah. Dasselbe gilt bezüglich der verlangten Bankunterlagen, zumal auch eine Verrechnung denkbar ist, welche keine Banktransaktion erfordert.
5. 5.1 Weiter rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe den das Beweismass regelnden <ref-law> verletzt, indem sie bezüglich des Nachweises des tatsächlichen Willens der Parteien, der als innere Tatsache nicht direkt bewiesen werden könne, den strikten Beweis verlangt und nicht die überwiegende Wahrscheinlichkeit habe genügen lassen.
5.2 Aus den Erwägungen ergibt sich, dass die Vorinstanz die behauptete Vereinbarung einer Schwarzgeldzahlung an K._ auch nicht als überwiegend wahrscheinlich erachtete. Damit kann die in der Lehre umstrittene Frage offen bleiben, ob bezüglich des Beweismasses die aus <ref-law> oder die aus dem CISG abgeleiteten Grundsätze massgebend sind (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4 S. 58 mit Hinweisen; vgl. auch KOLLER/MAUERHOFER, a.a.O., S. 966 ff.).
6. 6.1 Die Vorinstanz erwog, nachdem der Zusatz zum Agreement nicht als Schwarzgeldvereinbarung ausgelegt werden könne, sei keine Norm indonesischen Rechts ersichtlich, welche im Falle ihrer Verletzung die Nichtigkeit der Vereinbarung nach sich zöge. Im Übrigen habe die Beschwerdeführerin den Schluss der ersten Instanz, wonach eine Rückerstattungsvereinbarung weder widerrechtlich noch sittenwidrig sei, nicht angefochten.
6.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, Schwarzgeldzahlungen seien weltweit unzulässig, Die Nennung einer entsprechenden indonesischen Norm habe sich daher erübrigt. Auf das Agreement und dessen Zusatz käme zudem nicht indonesisches Recht, sondern das CISG und für die darin nicht geregelten Fragen das schweizerische Obligationenrecht zur Anwendung, namentlich <ref-law> (<ref-law>). Da die Beschwerdegegnerin selbst geltend gemacht habe, der Zusatz zum Agreement habe die Umgehung von Devisenausfuhrbestimmungen bezweckt und daher in der Buchhaltung verschwiegen werden müssen, liege ein widerrechtliches Geschäft vor. Sowohl die Schweiz als auch Indonesien seien dem Übereinkommen der Vereinten Nationen gegen Korruption beigetreten, das in Art. 12 Ziff. 3 lit. a-c die Einrichtung von in den Büchern nicht erscheinenden Konten, die Tätigung von Geschäften, die in den Büchern nicht oder nur mit unzureichenden Daten erscheinen oder die Verbuchung nicht existierender Aufwendungen verbiete. Die Beschwerdegegnerin behaupte selbst, solche Handlungen vorgenommen zu haben, weshalb Widerrechtlichkeit gegeben sei.
6.3 Gemäss Art. 4 CISG regelt dieses Übereinkommen ausschliesslich den Abschluss des Kaufvertrages und die aus ihm erwachsenden Rechte und Pflichten des Verkäufers und des Käufers. Soweit in diesem Übereinkommen nicht ausdrücklich etwas anderes bestimmt ist, betrifft es insbesondere nicht die Gültigkeit des Vertrages oder einzelner Vertragsbestimmungen oder die Gültigkeit von Handelsbräuchen. Als Gültigkeitsfrage im Sinne von Art. 4 CISG gilt namentlich jene nach der Wirkung der Verletzung eines nationalen gesetzlichen Verbots oder eines Verstosses gegen die guten Sitten, weshalb insoweit das subsidiär anwendbare nationale Recht massgebend ist (vgl. FERRARI, a.a.O., N. 18 zu Art. 4 CISG; BRUNNER, a.a.O., N. 7 zu Art. 4 CISG). Dieses ist im vorliegenden Fall das Schweizer Recht (vgl. E. 2.2 hiervor).
6.4 Gemäss <ref-law> ist ein Vertrag, der einen unmöglichen oder widerrechtlichen Inhalt hat oder gegen die guten Sitten verstösst, nichtig. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist ein Vertrag widerrechtlich im Sinne dieser Bestimmung, wenn sein Gegenstand, sein Abschluss oder sein mittelbarer Zweck gegen objektives schweizerisches Recht verstösst, das ausdrücklich oder gemäss seinem Zweck die Nichtigkeit des dagegen verstossenden Vertrages vorsieht (<ref-ruling> E. 2.2 und 2.3 S. 442 f. mit Hinweisen). Dabei kann es sich um Bundesrecht oder um kantonales Recht handeln (<ref-ruling> E. 2 S. 224 mit Hinweis). Zum Bundesrecht sind auch die vom Bund abgeschlossenen internationalen Verträge zu zählen. Das von der Beschwerdeführerin angerufene Übereinkommen der Vereinten Nationen gegen Korruption vom 31. Oktober 2003 (UN-Übereinkommen gegen Korruption; SR 0.311.56) ist für Indonesien am 19. Oktober 2006 und für die Schweiz am 24. Oktober 2009 in Kraft getreten. Es kann daher auf im Jahr 1997 abgeschlossene Verträge keine Anwendung finden. Dazu kommt, dass sich der von der Beschwerdeführerin angerufene Art. 12 Abs. 3 dieses Übereinkommens nur auf Handlungen bezieht, die zur Begehung einer darin umschriebenen Straftat vorgenommen wurden. Die Verletzung von Devisenausfuhrbeschränkungen wird jedoch im UN-Übereinkommen gegen Korruption nicht als Straftat genannt, weshalb aus Art. 12 Abs. 3 des Übereinkommens nichts für die Widerrechtlichkeit eines Geschäfts abgeleitet werden kann, das solche Beschränkungen missachtet.
6.5 Die Verletzung ausländischen zwingenden Rechts führt zur Sittenwidrigkeit eines Rechtsgeschäfts im Sinne <ref-law>, wenn es deshalb auch nach schweizerischer Auffassung als sittenwidrig empfunden wird. Dies setzt voraus, dass die verletzte ausländische Vorschrift Interessen des Individuums und der menschlichen Gemeinschaft von fundamentaler und lebenswichtiger Bedeutung schützt oder Rechtsgüter in Frage stehen, die nach allgemeiner ethischer Auffassung schwerer wiegen als die Vertragsfreiheit (BGE 76 II 33 E. 8 S. 41; vgl. auch Urteil 4C.172/2000 vom 28. März 2001 E. 5d, publ. in: Pra 2001 Nr. 136 S. 812 ff.). Devisenvorschriften können ihrem Wesen nach grundsätzlich nicht zu den Normen dieser Bedeutung gerechnet werden (BGE 76 II 33 E. 8 S. 41 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 51 f.).
6.6 Dass indonesische Devisenausfuhrbeschränkungen insoweit eine Ausnahme bildeten, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich. Demnach könnte ein möglicher Verstoss gegen solche Beschränkungen nicht zur Sittenwidrigkeit des Vertrages im Sinne von <ref-law> führen.
7. 7.1 Gemäss Art. 49 Abs. 1 CISG kann der Käufer die Aufhebung des Vertrages erklären, (a) wenn die Nichterfüllung einer dem Verkäufer nach dem Vertrag oder diesem Übereinkommen obliegenden Pflicht eine wesentliche Vertragsverletzung darstellt oder (b) wenn im Falle der Nichtlieferung der Verkäufer die Ware nicht innerhalb der vom Käufer nach Art. 47 Abs. 1 gesetzten Nachfrist liefert oder wenn er erklärt, dass er nicht innerhalb der so gesetzten Frist liefern wird.
Art. 51 CISG mit dem Titel "Teilweise Nichterfüllung" lautet in der deutschen Übersetzung:
"1 Liefert der Verkäufer nur einen Teil der Ware oder ist nur ein Teil der gelieferten Ware vertragsgemäss, so gelten für den Teil, der fehlt oder der nicht vertragsgemäss ist, die Artikel 46-50.
2 Der Käufer kann nur dann die Aufhebung des gesamten Vertrages erklären, wenn die unvollständige oder nicht vertragsgemässe Lieferung eine wesentliche Vertragsverletzung darstellt."
Art. 51 CISG soll klarstellen, dass sich bei teilweiser Nicht- oder teilweise mangelhafter Erfüllung die allgemeinen Rechtsbehelfe des Käufers, darunter das Recht auf Vertragsaufhebung gemäss Art. 49 CISG, grundsätzlich auf den fehlenden oder nicht vertragsgemässen Teil beschränken und damit eine Teilaufhebung des Vertrages möglich ist (PETER HUBER, in: Münchener Kommentar zum Bürgerlichen Gesetzbuch, Bd. 3, 6. Aufl. 2012, N. 1 zu Art. 51 CISG; MAGNUS, a.a.O., N. 1 f. zu Art. 51 CISG; MARKUS MÜLLER-CHEN, in: Kommentar zum Einheitlichen UN-Kaufrecht, Ingeborg Schwenzer [Hrsg.], 2008, N. 1 zu Art. 51 CISG). Die herrschende Lehre geht davon aus, die Anwendung von Art. 51 CISG und damit die Möglichkeit der Teilaufhebung setze voraus, dass ein Kaufvertrag mehrere Waren erfasse, die je eine eigenständige wirtschaftliche Einheit bilden. Dies treffe nicht zu, wenn eine Maschine oder eine Produktionsanlage als eine aus verschiedenen Bestandteilen zusammengesetzte einheitliche Sachgesamtheit verkauft werde (HUBER, a.a.O., N. 3 zu Art. 51 CISG; MÜLLER-CHEN, a.a.O., N. 2 zu Art. 51 CISG; SCHNYDER/STRAUB, in: Kommentar zum UN-Kaufrecht, Heinrich Honsell [Hrsg.], 1997, N. 9 f. zu Art. 51 CISG; ULRICH MAGNUS, in: J. von Staudingers Kommentar zum Bürgerlichen Gesetzbuch, Wiener UN-Kaufrecht, 2005, N. 4 zu Art. 51 CISG; WILHELM-ALBRECHT ACHILLES, Kommentar zum UN-Kaufrechtsübereinkommen, 2000, N. 1 zu Art. 51 CISG; vgl. auch LÜDERITZ/SCHÜSSLER-LANGEHEINE, in: Soergel, Kommentar zum Bürgerlichen Gesetzbuch, Bd. 13, 13. Aufl. 2000, N. 2 zu Art. 51 CISG). Zum Teil wird jedoch unter Berufung auf den Schiedsspruch Nr. 7660 der Internationalen Handelskammer vom 23. August 1994 (CISG-online Nr. 129) die Meinung vertreten, etwas anderes gelte, wenn der fehlende Teil der Maschine oder Anlage ohne Weiteres austauschbar sei (BRUNNER, a.a.O., N. 5 Fn. 1178 zu Art. 51 CISG; vgl. auch PETER SCHLECHTRIEM, Internationales UN-Kaufrecht, 4. Aufl. 2007 S. 139 Rz. 192).
7.2 Die Vorinstanz folgte der letztgenannten Lehrmeinung und nahm an, die gemäss der Behauptung der Beschwerdegegnerin nicht gelieferten Teile seien ohne Weiteres ersetzbar gewesen, da ihr Marktpreis gestützt auf ein Gutachten habe bestimmt werden können. Die Beschwerdegegnerin habe daher den Vertrag hinsichtlich der nicht gelieferten Teile gemäss Art. 51 CISG aufheben und Schadenersatz verlangen dürfen. Dieser Anspruch entspreche <ref-law>, der dem Käufer bei Verzug des Verkäufers erlaube, auf die Lieferung zu verzichten und Schadenersatz wegen Nichterfüllung zu verlangen. Ein solcher Anspruch unterstehe gemäss <ref-law> der zehnjährigen Verjährungsfrist.
7.3 Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Vorinstanz sei zu Unrecht von einer teilbaren Leistung im Sinne von Art. 51 CISG ausgegangen. Die Nutzung der verkauften Spinnerei als Produktionsanlage sei ohne die angeblich fehlenden Teile nicht möglich gewesen. Somit sei eine einheitliche Sache verkauft worden. Fehle ein Bestandteil einer solchen Sache, liege ein Sachmangel bezüglich der Sachgesamtheit vor, weshalb bezüglich der Verjährung <ref-law> massgebend sei. Die darin vorgesehene einjährige Verjährungsfrist ab Ablieferung der Ware sei zwar nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zur Vermeidung eines Widerspruchs zur zweijährigen Anzeigefrist gemäss Art. 39 CISG anzupassen. Ob nun die Einjahresfrist erst mit der Mängelrüge zu laufen beginne oder ob sie auf zwei Jahre seit Ablieferung der Ware auszudehnen sei, könne offenbleiben. In beiden Fällen sei nach den Mängelrügen vom Juli/August 1998 die Verjährung eingetreten, da die vorliegende Klage am 16. November 2001 eingereicht worden sei und der Weisungsschein vom 19. September 2001 datiere.
7.4 Die Spinnerei Q._ wurde als einheitliche Produktionsanlage und damit als Sachgesamtheit verkauft, zumal ein Einheitspreis und nicht ein Preis für die einzelnen Komponenten vereinbart war und die Anlage als Ganzes zu funktionieren hatte. Demnach stellten die einzelnen funktionsnotwendigen Bestandteile der Anlage für die Parteien keine eigenständige wirtschaftliche Einheit dar, weshalb insoweit gemäss der herrschenden Lehre die Anwendung von Art. 51 CISG und damit ein Teilrücktritt ausgeschlossen ist. Daran vermag entgegen der Minderheitsmeinung der mögliche Ersatz der fehlenden oder mangelhaften Bestandteile einer einheitlichen Sachgesamtheit nichts zu ändern, weil damit deren Vertragswidrigkeit durch eine Nachbesserung behoben wird (vgl. MÜLLER-CHEN, a.a.O., N. 2 zu Art. 51 CISG).
7.5 Da das CISG die Verjährung nicht regelt, richtet sich diese vorliegend nach Schweizer Recht (E. 2.2.; vgl. auch Urteil 4A_68/2009 vom 18. Mai 2009 E. 10), das für die Verjährung von Ansprüchen wegen mangelhafter bzw. nicht vertragsgemässer Warenlieferung eine Verjährungsfrist von einem Jahr ab Ablieferung der Sache an den Käufer vorsieht (<ref-law>) und bestimmt, dass die Einrede des Käufers wegen vorhandener Mängel bestehen bleibt, wenn innerhalb eines Jahres nach Ablieferung die vorgeschriebene Anzeige an den Verkäufer gemacht worden ist (<ref-law>). Nach dieser Regelung kann der Käufer bei der Anwendbarkeit des CISG verjährte Ansprüche aus einer Vertragsverletzung noch einredeweise geltend machen, wenn er diese dem Verkäufer gemäss Art. 39 CISG angezeigt hat (BRUNNER, a.a.O., N. 31 zu Art. 4 CISG).
7.6 Nach Art. 39 Abs. 1 CISG verliert der Käufer das Recht, sich auf eine Vertragswidrigkeit der Ware zu berufen, wenn er sie dem Verkäufer nicht innerhalb einer angemessenen Frist nach dem Zeitpunkt, in dem er sie festgestellt hat oder hätte feststellen müssen, anzeigt und dabei die Art der Vertragswidrigkeit genau bezeichnet.
7.7 Die Vorinstanz hat sich nicht zur Frage geäussert, ob die Beschwerdegegnerin hinsichtlich der von ihr geltend gemachten nicht gelieferten Bestandteile ihrer Anzeigepflicht im Sinne von Art. 39 CISG nachgekommen ist. Gemäss den unangefochten gebliebenen Feststellungen der ersten Instanz steht jedoch fest, dass die Beschwerdegegnerin mit Faxschreiben vom 16., 23. und 28. Juli sowie vom 11. August 1998 der Beschwerdeführerin Listen zu den Fehlbeständen betreffend die drei Schiffsladungen übermittelt hat. Insoweit kann der Sachverhalt ergänzt werden (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin beruft sich auf diese Mängelrügen vom Juli/August 1998, welche die Art der geltend gemachten Vertragswidrigkeit hinreichend genau bezeichnen (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 281 f.), ohne geltend zu machen, dass die Rügen verspätet erhoben worden seien, weshalb die Rechtzeitigkeit als anerkannt gelten und von einer Anzeige gemäss Art. 39 CISG ausgegangen werden kann. Demnach konnte sich die Beschwerdegegnerin gegenüber der von den kantonalen Gerichten im Umfang von CHF 1'030'000.-- gutgeheissenen Forderung auf Zahlung des restlichen Kaufpreises einredeweise auf Forderungen aus der von ihr behaupteten unvollständigen und damit vertragswidrigen Lieferung berufen, weshalb offen bleiben kann, ob diese Forderungen verjährt waren.
8. 8.1 Die Verteilung der Beweislast gehört zu den im UN-Kaufrecht geregelten Gegenständen. Fehlt eine ausdrückliche Beweislastregel, so kommen die allgemeinen Grundsätze zur Anwendung, welche dem UN-Kaufrecht zu Grunde liegen. Nach diesen Grundsätzen ist insbesondere die Beweisnähe zu beachten, weshalb der Käufer, der die Ware vorbehaltlos übernommen und daran die Sachherrschaft erlangt hat, deren Vertragswidrigkeit zu beweisen hat, soweit er daraus Rechte ableitet (<ref-ruling> E. 5.3 S. 264 ff. mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 4C.245/2003 vom 13. Januar 2004 E. 3.1). Dieser Grundsatz gilt auch bezüglich einer von der Käuferin nach der vorbehaltlosen Übernahme der Waren geltend gemachten Unvollständigkeit der Lieferung (Urteil 4C.144/2004 vom 7. Juli 2004 E. 3.3 und 3.4; vgl. auch: TOBIAS MALTE MÜLLER, Ausgewählte Fragen der Beweislastverteilung im UN-Kaufrecht im Lichte der aktuellen Rechtsprechung, München 2005, S. 90 f.).
8.2 Die Vorinstanz erwog, die Nichtlieferung verschiedener Teile stelle eine negative Tatsache dar, deren Beweis nicht möglich sei. Selbst wenn die unvollständige Lieferung in den Herrschaftsbereich der Beschwerdeführerin gelangt sei, sei sie damit nicht in der Lage, den Bestand der Vertragswidrigkeit zu beweisen. Demgegenüber habe es die Beschwerdeführerin in der Hand gehabt, den Nachweis der vollständigen Lieferung durch die Einreichung von Packlisten, Frachtbriefen und ähnlichen Dokumenten zu erbringen. Da die Beschwerdeführerin vorliegend die Vollständigkeit der Lieferung leichter beweisen könne als die Beschwerdegegnerin deren Unvollständigkeit, sei der Beschwerdeführerin die Beweislast hinsichtlich der vollständigen Lieferung aufzuerlegen. Diesen Beweis habe die Beschwerdeführerin nicht erbringen können.
8.3 Die Beschwerdeführerin rügt einen Verstoss gegen die anerkannten Grundsätze der Beweislastverteilung des CISG. Die Ware habe sich nach der Übernahme durch die Beschwerdegegnerin in deren alleinigem Herrschaftsbereich befunden. Diese sei daher entgegen der Meinung der Vorinstanz besser in der Lage gewesen, den Bestand einer Vertragswidrigkeit nachzuweisen als die Beschwerdeführerin deren Abwesenheit.
8.4 Aus dem angefochtenen Urteil geht nicht hervor, dass die Beschwerdegegnerin bereits bei der Übernahme der Waren in Indonesien Vorbehalte angebracht hätte, so dass von vorbehaltloser Übernahme auszugehen ist. Die Parteien stimmen darin überein, dass die Beschwerdegegnerin die ihr gelieferten Waren ohne Beizug der Beschwerdeführerin auspackte. Entsprechend nahm die Vorinstanz an, die Lieferungen seien mit der Übernahme durch die Beschwerdegegnerin in deren alleinigen Herrschaftsbereich gelangt. Danach war einzig diese in der Lage, die Vollständigkeit der umfangreichen Lieferung zu prüfen und die entsprechenden Beweise zu sichern, weshalb sie gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts für die von ihr nachträglich geltend gemachte Unvollständigkeit der Lieferungen beweispflichtig ist. Weshalb ihr diese Beweisführung unzumutbar sein soll, ist nicht ersichtlich, zumal das Fehlen bestimmter Bestandteile, anders als zum Beispiel die unterlassene Verletzung eines Konkurrenzverbots, nicht zu den so genannten unbestimmten Negativa zu zählen ist (vgl. HANS PETER WALTER, Berner Kommentar, 2012, N. 340 f. zu <ref-law>; Urteil 4C.344/2006 vom 8 Januar 2007 E. 2.1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die Vorinstanz hat daher die Grundsätze des CISG zur Beweislastverteilung verletzt, indem sie die Beweislast hinsichtlich der vollständigen Lieferung der Beschwerdeführerin auferlegte und mangels dieses Beweises auf Unvollständigkeit der Lieferung gemäss den Behauptungen der Beschwerdegegnerin schloss.
8.5 Da die Vorinstanz aufgrund der unzutreffenden Beweislastverteilung nicht prüfte, ob die Beschwerdegegnerin die von ihr geltend gemachte unvollständige Lieferung beweisen konnte, ist das angefochtene Urteil bezüglich der daraus abgeleiteten Forderungen der Beschwerdegegnerin aufzuheben und zur Sachverhaltsergänzung und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Rügen gegenstandslos, soweit sie sich gegen die Erwägung des Vorinstanz richten, nach welcher die Beschwerdeführerin die Vollständigkeit der Lieferung nicht nachgewiesen habe (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 191).
8.6 Sollte die Beschwerdegegnerin die von ihr behauptete Unvollständigkeit der Lieferung beweisen können, wird die Vorinstanz zu prüfen haben, ob in Anbetracht der Unzulässigkeit eines partiellen Vertragsrücktritts (vgl. E. 7.4 hiervor) in analoger Anwendung von Art. 76 CISG eine Schadensbestimmung entsprechend dem Marktwert der fehlenden Teile in Frage kommt oder ob der Beschwerdegegnerin gegebenenfalls ein Anspruch auf Minderung gemäss Art. 50 CISG zusteht.
9. Nach dem Gesagten ist in teilweiser Gutheissung der Beschwerde das angefochtene Urteil insoweit aufzuheben, als es die Beschwerdeführerin verpflichtet, der Beschwerdegegnerin wegen teilweiser Nichtlieferung der im Agreement genannten Gegenständen CHF 655'146.-- nebst Zins zu bezahlen. Die Sache ist zur Ergänzung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen, die auch die Kosten des kantonalen Verfahrens neu zu bestimmen haben wird. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren der weitgehend unterliegenden Beschwerdeführerin zu neun Zehnteln und der Beschwerdegegnerin zu einem Zehntel aufzuerlegen und die Beschwerdeführerin zu verpflichten, der Beschwerdegegnerin eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das angefochtene Urteil insoweit aufgehoben, als es die Beschwerdeführerin verpflichtet, der Beschwerdegegnerin wegen teilweiser Nichtlieferung von im Agreement genannten Gegenständen CHF 655'146.-- nebst Zins zu bezahlen, und die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von CHF 25'000.-- werden der Beschwerdeführerin zu neun Zehnteln und der Beschwerdegegnerin zu einem Zehntel auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit CHF 24'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Nebenintervenientin und dem Obergericht des Kantons Zug, I. Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer