(Entlassung aus Sicherheitshaft), hat sich ergeben:
A.- M._ wird vorgeworfen, in der Nacht vom 9. auf den 10. August 1999 gemeinsam mit R._ die in Zürich angetroffene und in seine Wohnung eingeladene L._ dort festgehalten und mehrfach vergewaltigt zu haben. M._ befindet sich seit dem 11. August 1999 in Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich geht in ihrer Anklageschrift vom 12. Januar 2000 hinsichtlich des Tathergangs davon aus, dass sich die Geschädigte am besagten Abend zusammen mit M._ in dessen Wohnung begab, wobei ihnen R._ etwas später nachgefolgt sei. Danach sei die Geschädigte, die sich plötzlich nicht mehr wohl gefühlt habe und die Wohnung habe verlassen wollen, am Weggehen gehindert worden. Nach einem vergeblichen Fluchtversuch über den Balkon, auf dem die Geschädigte um Hilfe gerufen habe, sei sie von den beiden Männern mehrfach vergewaltigt worden.
Die 4. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich sprach M._ und R._ mit Urteil vom 30. März 2000 von den Vorwürfen der mehrfachen Vergewaltigung und der Freiheitsberaubung frei und bestrafte letzteren wegen einfacher Körperverletzung zu 14 Tagen Gefängnis; auf die Schadenersatz- und Genugtuungsbegehren der Geschädigten L._ trat es nicht ein. Weiter sprach das Bezirksgericht M._ und R._ eine Genugtuung von Fr. 6'000.-- resp. Fr. 12'000.-- zu. Die schriftliche Urteilsbegründung steht noch aus. Im Anschluss an die Hauptverhandlung verfügte der Vorsitzende der 4. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich die Entlassung aus der Sicherheitshaft. Im Hinblick auf eine allfällige Berufung verfügte die Bezirksanwaltschaft Zürich gleichentags in Bezug auf beide Angeschuldigte Sicherheitshaft wegen Fluchtgefahr. Am 31. März 2000 erhob die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich Berufung gegen das bezirksgerichtliche Urteil und beantragte dem Zürcher Obergericht die Bestätigung der vorläufig verfügten Sicherheitshaft.
Der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts holte von den beiden Angeklagten eine Stellungnahme ein und bestätigte mit Verfügung vom 13. April 2000 die von der Bezirksanwaltschaft vorläufig angeordnete Sicherheitshaft.
B.- Gegen diese Präsidialverfügung haben beide Angeklagte staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht erhoben (zum Beschwerdeverfahren in Sachen R._: s. Dossier 1P.278/2000). M._ beantragt die Aufhebung der angefochtenen Verfügung sowie die unverzügliche Entlassung aus der Sicherheitshaft, wobei ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren sei.
Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet. Der Beschwerdeführer hat zu den Ausführungen der Staatsanwaltschaft keine Replik eingereicht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm eingereichten Beschwerden von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a S. 299 mit Hinweisen).
b) Der Beschwerdeführer ist durch die angefochtene Verfügung betreffend Bestätigung der angeordneten Sicherheitshaft in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde wegen Verletzung der angerufenen Verfassungsrechte legitimiert (Art. 86 f. OG). Sein Antrag auf Haftentlassung ist in Abweichung vom Grundsatz der kassatorischen Natur der staatsrechtlichen Beschwerde zulässig, da im Falle einer nicht gerechtfertigten strafprozessualen Haft die von der Verfassung geforderte Lage nicht schon mit der Aufhebung der angefochtenen Verfügung, sondern erst mit einer positiven Anordnung wieder hergestellt werden kann (<ref-ruling> E. 4a und b S. 332 f.; <ref-ruling> E. 1a; je mit Hinweisen).
2.- a) Der Freiheitsentzug stellt einen Eingriff in das Recht auf persönliche Freiheit dar, das in der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) ausdrücklich in den Art. 10 Abs. 2 und 31 gewährleistet ist. Dieser Eingriff ist - wie bereits unter der Herrschaft der Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 (aBV), als die persönliche Freiheit als ungeschriebenes Verfassungsrecht Gültigkeit hatte - nur zulässig, wenn er auf einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist; zudem ist der Kerngehalt der persönlichen Freiheit unantastbar:
Diese darf weder völlig unterdrückt noch ihres Gehalts als Institution der Rechtsordnung entleert werden (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4a, 124 I 80 E. 2c mit Hinweisen, je zur aBV; vgl. Botschaft des Bundesrates vom 20. November 1996 über eine neue Bundesverfassung, BBl 1997 I, S. 185 f. und 194 ff.). Art. 5 EMRK geht in seinem Gehalt nicht über den verfassungsmässigen Anspruch auf persönliche Freiheit hinaus. Indessen berücksichtigt das Bundesgericht bei der Konkretisierung dieses Anspruchs auch die Rechtsprechung der Konventionsorgane (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2c mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs die Auslegung und Anwendung des einschlägigen kantonalen Rechts mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3a). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfeststellungen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht grundsätzlich nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Instanz willkürlich sind (BGE <ref-ruling> E. 3a und 268 E. 2d; <ref-ruling> E. 1; je mit Hinweisen).
b) Nach § 67 Abs. 2 in Verbindung mit § 58 Abs. 1 Ziff. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich (StPO/ZH) kann nach erfolgter Anklageerhebung Sicherheitshaft angeordnet werden, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ausserdem aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, er werde sich der Strafverfolgung oder der zu erwartenden Strafe durch Flucht entziehen.
Der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts hat unter Verweis auf die betreffenden Aktenstellen dargelegt, der dringende Tatverdacht betreffend mehrfache Vergewaltigung und Freiheitsberaubung ergebe sich aus einer summarischen Prüfung der vorhandenen Beweismittel. Demnach erwiesen sich die belastenden Aussagen der Geschädigten trotz einiger widersprüchlicher Äusserungen insgesamt als recht glaubhaft und zumindest nicht als derart abwegig und lebensfremd, dass der Sachrichter klar zu einem Freispruch gelangen müsste. Dies gelte umso mehr, als die Geschädigte im Zusammenhang mit der Schilderung der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Tathandlungen zahlreiche Details bei jeder Befragung gleich beschrieben habe, was grundsätzlich gegen ein Lügengebilde spreche. Ferner werde der Vergewaltigungsvorwurf durch die Aussagen des Zeugen B._ gestützt, dem eine neutrale Stellung zukomme. Sodann ergebe sich aus den Akten kein plausibles Motiv für allfällige falsche Anschuldigungen.
Demgegenüber enthielten die Aussagen der beiden Angeklagten sowohl in sich als auch im Verhältnis zueinander in wesentlichen Punkten klare Widersprüche, obwohl erstellt sei, dass sich zur fraglichen Zeit beide in der Wohnung des Beschwerdeführers befunden hätten. Gegen die Glaubwürdigkeit der Darstellung des Beschwerdeführers spreche beispielsweise bereits die Tatsache, dass er während der ganzen Dauer der Untersuchung immer wieder bestritten habe, mit der Geschädigten Geschlechtsverkehr gehabt zu haben und dies erst anlässlich der Hauptverhandlung eingestanden habe.
Den besonderen Haftgrund der Fluchtgefahr hat der Haftrichter im Wesentlichen mit der Begründung bejaht, der Beschwerdeführer lebe seit 1998 von seiner Ehefrau, die eine Schweizerin sei, getrennt, habe nach eigenen Angaben keinen intensiven Kontakt zu seinen in der Schweiz lebenden Brüdern und weise hier Schulden auf. Demgegenüber lebe ein Grossteil der Familie des Beschwerdeführers in seinem Heimatland Pakistan. Unter diesen Umständen sei angesichts der erheblichen Freiheitsstrafe, mit welcher der Beschwerdeführer rechnen müsse, eine Flucht zu erwarten.
c) Der Beschwerdeführer erachtet die Annahme eines dringenden Tatverdachts mangels ausreichender Darlegung entsprechender konkreter Anhaltspunkte als willkürlich und bringt vor, die Aussagen des Zeugen B._ seien nicht geeignet, den Haftentlassungsentscheid des Vorsitzenden des Bezirksgerichts umzustossen, da sie nur vom "Hörensagen" herrührten. Als unhaltbar erachtet er die Beweiswürdigung des Haftrichters auch insofern, als dieser den Akten angeblich kein plausibles Motiv für falsche Anschuldigungen durch die Geschädigte habe entnehmen können, obwohl im Plädoyer der Verteidigung einige Argumente zu dieser Frage angeführt worden seien.
d) aa) Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrundes des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen oder etwa eine umfassende Bewertung der Glaubwürdigkeit der den Beschwerdeführer belastenden Personen.
Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob konkrete Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer eine Straftat begangen hat, die kantonalen Behörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften (<ref-ruling> E. 3c). Das Prinzip, wonach mit fortschreitendem Verfahren ein immer strengerer Massstab an die Erheblichkeit und Konkretheit des Tatverdachts gestellt wird, verlangt dabei nicht, dass der Haftrichter immer neue, zusätzliche Verdachtsmomente darlegen müsste. Ist von Anfang an, etwa aufgrund einer Zeugenaussage, ein erheblicher Tatverdacht vorhanden, genügt es für die fortgesetzte Annahme desselben, dass er sich nicht durch andere Umstände oder neue Vorbringen des Haftinsassen verflüchtigt (vgl. unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 31. August 1999 i.S. T., E. 3a).
bb) Der Haftrichter hat in seinen Erwägungen zum dringenden Tatverdacht insbesondere die Aussagen der Geschädigten und des Zeugen B._ mit denjenigen des Beschwerdeführers und des Mitangeklagten verglichen und ist zum Schluss gekommen, erstere seien trotz einiger Widersprüche insgesamt glaubwürdiger als die von den Angeschuldigten zu Protokoll gegebenen, nicht miteinander übereinstimmenden Darstellungen des umstrittenen Geschehens. Dabei hat der Haftrichter unter Verweis auf die verschiedenen Belegstellen in den Akten insbesondere dem Umstand Rechnung getragen, dass die Geschädigte im Verlauf des Strafverfahrens verschiedenste Einzelheiten zum Tathergang immer gleichbleibend schilderte, wohingegen der Beschwerdeführer erst anlässlich der Hauptverhandlung überhaupt eingestand, dass es zum Geschlechtsverkehr gekommen sei; diese Wertung ist nicht unhaltbar. Nicht zu beanstanden ist sodann die Berücksichtigung der Aussagen des Zeugen B._, da dieser nach dem fraglichen Vorfall als erster mit der Geschädigten in Kontakt kam und damit einen Eindruck von ihrer damaligen Befindlichkeit gewinnen konnte. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern diese vom Haftrichter zur Begründung des Tatverdachts angeführten Anhaltspunkte nicht ausreichend konkret oder erheblich sein sollten. Da der Haftrichter die Beweise lediglich summarisch zu würdigen hat, konnte von ihm nicht erwartet werden, dass er auf die von der Verteidigung vorgebrachten Motive für die der Geschädigten vorgeworfenen Falschanschuldigungen im Einzelnen eingehen würde. Gestützt auf den bezirksgerichtlichen, noch nicht in Rechtskraft erwachsenen Freispruch können diese Verdachtsmomente nicht als ohne weiteres weggefallen gelten. Deshalb wird mit dem Bejahen des Tatverdachts weder unzulässig in die Kompetenzen des Bezirksgerichts eingegriffen noch das Sachurteil des Berufungsgerichts vorweggenommen. Angesichts der unterschiedlichen Funktion, die der Haftrichter im Verhältnis zum erkennenden Sachgericht im Verlauf des Strafverfahrens wahrzunehmen hat (s. dazu unten E. 3b), ist er in seiner Beweiswürdigung nicht an die strafgerichtlichen Erwägungen gebunden; vielmehr hat er den von den Strafverfolgungsbehörden vertretenen Standpunkt bei seiner Entscheidfindung zu berücksichtigen (vgl. dazu auch das zum bernischen Strafverfahrensrecht ergangene unveröffentlichte Urteil des Bundesgerichts vom 29. März 2000 i.S. R., insbesondere E. 3b/cc). Deshalb ist auch nicht zu beanstanden, dass der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts hinsichtlich der Beurteilung der Verdachtslage die bezirksgerichtliche Urteilsbegründung nicht abgewartet hat.
3.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Bestätigung der vorsorglich angeordneten Sicherheitshaft verletze die in Art. 6 Ziff. 1 EMRK verankerten Grundsätze des fair trial und der Waffengleichheit, weil sie gestützt auf <ref-law>/ZH ergangen sei, dessen Anwendung im Falle eines bezirksgerichtlichen Freispruchs willkürlich sei: Es könne schon im Grundsatz nicht angehen, dass sich ein Haftrichter über den Freispruch eines Strafgerichts - mithin einer Kollegialbehörde, die im Gegensatz zum Haftrichter mit voller Überprüfungsbefugnis entscheide - hinwegsetze, indem er die Haftvoraussetzungen bejahe. Vorliegend stehe überdies die Urteilsbegründung des Bezirksgerichts noch aus, weshalb der Haftrichter gar nicht in der Lage gewesen sei, die Sache zuverlässig zu beurteilen. Weiter müsse die angefochtene Verfügung aufgehoben werden, weil sie in einem die Unschuldsvermutung verletzenden Verfahren zustande gekommen sei: Der Haftrichter sei in seiner Entscheidfindung dadurch beeinflusst worden, dass die Staatsanwaltschaft einen Zeitungsartikel, wonach der zuständige Bezirksanwalt gegenüber der Presse erklärt haben soll, das bezirksgerichtliche Urteil komme einer Aufforderung zur Vergewaltigung von drogenabhängigen Frauen gleich, ihrem Haftbestätigungsantrag beilegte.
b) Zuständig zur Anordnung der Sicherheitshaft ist nach § 67 Abs. 1 Ziff. 2 in Verbindung mit <ref-law>/ZH in Sachen des Bezirksgerichts dessen Präsident. Sind die Akten dem Berufungsgericht zugestellt, so ist der Präsident des Berufungsgerichts zur Haftanordnung zuständig (<ref-law>/ZH). Ausnahmsweise kann auch die Anklagebehörde die Sicherheitshaft verfügen; sie stellt beim Präsidenten des Berufungsgerichts schriftlich begründeten Antrag auf Bestätigung der vorsorglichen Massnahme, wobei dieser endgültig über die Haftanordnung entscheidet (<ref-law>/ZH). Hinsichtlich der Auslegung dieser Bestimmungen hat das Bundesgericht bereits in einem früheren Entscheid befunden, es sei nicht verfassungs- oder konventionswidrig, die in <ref-law>/ZH für die Dauer des Berufungsverfahrens vorgesehene Zuständigkeitsordnung auch im Falle eines erstinstanzlichen Freispruchs anzuwenden (s. unveröffentlichtes Urteil vom 11. Juni 1993 i.S. S., E. 2d).
Dabei hat es in Bestätigung der kantonalen Erwägungen auf die analoge Regelung in <ref-law>/ZH für das Verfahren der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde und die entsprechende Züricher Praxis (s. ZR 90/1991 Nr. 81 S. 257) hingewiesen, wonach die Sicherheitshaft allgemein der Sicherung der Vollstreckung eines noch nicht vollstreckbaren Urteils mit freiheitsentziehender Sanktion diene und mithin auch im Falle eines Freispruchs für die Dauer eines Rechtsmittelverfahrens angeordnet werden könne. Es besteht kein Grund, für die vorliegende Angelegenheit von dieser Rechtsprechung abzuweichen, da auch hier kein rechtskräftiger Freispruch vorliegt, der die Annahme eines dringenden Tatverdachts in rechtlicher Hinsicht umzustossen vermöchte. Ebenfalls als unbegründet erweist sich die Rüge der Verletzung der Unschuldsvermutung, da sich aus der angefochtenen Verfügung keine Anhaltspunkte ergeben, wonach sich der Haftrichter von der behaupteten Stellungnahme des Bezirksanwalts zum bezirksgerichtlichen Urteil hätte leiten lassen.
Der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts hat somit nicht gegen verfassungsmässige Rechte des Beschwerdeführers verstossen, indem er seine in <ref-law>/ZH vorgesehene Zuständigkeit zum kantonal endgültigen Entscheid über die Anordnung der Sicherheitshaft trotz des erstinstanzlichen Freispruchs wahrgenommen und die Haftvoraussetzungen gestützt auf die ihm vorliegenden Akten unabhängig von der bezirksgerichtlichen Beweiswürdigung beurteilt hat.
4.- Demnach ist die Beschwerde abzuweisen. Dem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege im Sinn von Art. 152 OG kann entsprochen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben;
b) Rechtsanwalt Heinz M. Walder, Zürich, wird als amtlicher Anwalt des Beschwerdeführers bezeichnet und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 6. Juni 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: