Sachverhalt:
A. X._ (Klägerin) ist Eigentümerin des landwirtschaftlichen Grundstücks Nr. 2290. Darin eingeschlossen sind die ebenfalls ihr gehörenden, vor einigen Jahren abgetrennten Grundstücke Nr. 5693 und Nr. 5694, auf welchen ein Mehrfamilienhaus und ein Nebengebäude stehen. Die Grundstücke werden durch den Weg E._ erschlossen, der die Strasse F._ mit der Strasse E._ verbindet. Der Weg E._ führt von Süden her zunächst durch die grosse Landwirtschaftsparzelle Nr. 2290 in nordwestlicher Richtung bis zum Einfamilienhausquartier "E._", welches im Süden durch das Grundstück Nr. 4564 von Y._ und Z._ (Beklagte) abgeschlossen wird. Seit dem 15. Februar 1999 sind die Beklagten zudem Eigentümer des 2,9 m2 grossen Grundstücks Nr. 5816. Dieser Landspickel, welcher teils an den Weg E._ grenzt und teils in diesen hineinragt, gehörte vorher zum Grundstück Nr. 4867 und wurde den Beklagten vom Eigentümer dieses Grundstücks überlassen. Heute ist im Grundbuch G._, zugunsten der Parzellen Nrn. 2290, 5693 und 5694 und zulasten der Parzellen Nrn. 4869, 4870 und 4271 ein Fuss- und Fahrwegrecht eingetragen. Dieses stützt sich auf die Vereinbarung vom 1. Dezember 1969, die wie folgt lautet :
Der Eigentümer der Parzelle Nr. 4271, derzeit Käufer, räumt dem jeweiligen Eigentümer der Parzelle Nr. 2290, derzeit Verkäufer, auf dem bestehenden, 2,5m breiten Strässchen das Fuss- und Fahrwegrecht ein durch die Parzelle Nr. 4271 zu seiner Liegenschaft Parz. Nr. 2290. Der Unterhalt des auf Parz. Nr. 4271 liegenden Strässchen geht zulasten des Eigentümers der Parz. Nr. 2290. Mit einer allfälligen Verlegung des Strässchens ist der berechtigte Eigentümer einverstanden."
Mit dieser Vereinbarung hat es folgende Bewandtnis. Das Grundstück Nr. 4271 wurde im Jahr 1968 vom nördlichen Teil des landwirtschaftlichen Grundstücks Nr. 2290 abparzelliert. Als P._ das Grundstück am 1. Dezember 1969 kaufte, räumte er dem jeweiligen Eigentümer des Grundstücks Nr. 2290 das Fuss- und Fahrwegrecht ein. Am 22. November 1976 wurde der nordwestlich des Weges E._ liegende Teil des Grundstücks Nr. 4271 in die Grundstücke Nrn. 4865, 4866 und 4867 aufgeteilt. Auf den neuen Parzellen wurde bei der Abparzellierung kein Fuss- und Fahrwegrecht eingetragen. Gleiches gilt für das Grundstück Nr. 5816, das am 29. Januar 1999 vom Grundstück Nr. 4867 abparzelliert wurde. Vom südöstlich an den Weg E._ anstossenden Teil des Grundstücks Nr. 4271 wurden ebenfalls am 22. November 1976 die Grundstücke Nr. 4869 sowie Nr. 4870 abparzelliert. Das Fuss- und Fahrwegrecht wurde dort als Last eingetragen.
B. Mit Klageschrift vom 11. Juli 2003 verlangte die Klägerin, das Grundbuchamt G._, sei anzuweisen, das gemäss Vereinbarung vom 1. Dezember 1969 zugunsten der in ihrem Eigentum stehenden Grundstücke Nrn. 2290, 5693 und 5694 bestehende Fuss- und Fahrwegrecht auch auf dem im hälftigen Miteigentum der Beklagten stehenden Grundstück Nr. 5816 einzutragen. Die Beklagten beantragten Abweisung der Klage. Die Präsidentin des Kreisgerichts St. Gallen hiess die Klage mit Entscheid vom 23. November 2004 gut und wies das Grundbuchamt an, das Fuss- und Fahrwegrecht auf dem Grundstück Nr. 5816 als Last einzutragen. Auf Berufung der Beklagten wies das Kantonsgericht, Präsident der I. Zivilkammer, die Klage am 28. Oktober 2005 ab.
C. Mit Berufung vom 7. Dezember 2005 ist die Klägerin an das Bundesgericht gelangt mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid vom 28. Oktober 2005 sei aufzuheben und das Urteil der Präsidentin des Kreisgerichts vom 23. November 2004 zu bestätigen. Es ist keine Antwort eingeholt worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid (Art. 48 Abs. 1 OG) über einen vermögensrechtlichen Zivilrechtsstreit, dessen Streitwert unbestrittenermassen mehr als Fr. 8'000.-- beträgt (Art. 46 OG). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Berufung kann eingetreten werden (Art. 54 und 55 OG).
2. Ist der Eintrag eines dinglichen Rechts ungerechtfertigt, oder ein richtiger Eintrag in ungerechtfertigter Weise gelöscht oder verändert worden, so kann jedermann, der dadurch in seinen dinglichen Rechten verletzt ist, auf Löschung oder Abänderung des Eintrags klagen (<ref-law>). Vorbehalten bleiben die von gutgläubigen Dritten durch Eintragung erworbenen dinglichen Rechte (<ref-law>). Die Klägerin hat die Grundbuchberichtigungsklage mit der Begründung eingereicht, anlässlich der Abparzellierung des Grundstücks Nr. 4867 von der Parzelle Nr. 4271 und als Folge davon ebenso bei der Abparzellierung der Parzelle Nr. 5816 von der Parzelle Nr. 4867 sei das zugunsten ihrer Liegenschaften eingetragene Fuss- und Fahrwegrecht ohne Rechtsgrund nicht auf die neuen Parzellen übertragen worden. Das Kantonsgericht hat diesen Einwand anerkannt.
Tatsächlich besteht die Last gemäss <ref-law> grundsätzlich auf allen Teilen weiter, wenn das belastete Grundstück geteilt wird. Da das Wegrecht in einer Breite von 2,5 m auf dem bestehenden Strässchen besteht und dieses nie verlegt worden ist und zudem anerkannt ist, dass es teilweise über die Parzelle Nr. 4867 und nach deren Entstehung über die Parzelle Nr. 5816 führt, ist davon auszugehen, dass die Dienstbarkeit auf der Parzelle Nr. 5816 als Last hätte eingetragen werden sollen. Das Grundbuchamt St. Gallen hat auf Anfrage des klägerischen Anwalts am 22. Oktober 2002 denn auch nach einlässlichen Recherchen ausgeführt, dass im Jahre 1976 durch die dannzumal tätigen Mitarbeiter des Grundbuchamtes das Fuss- und Fahrwegrecht auf dem Weg E._ anlässlich der Grundstücksteilung irrtümlich nicht als Last auf das Grundstück Nr. 4867 und demzufolge anlässlich der Grundstücksteilung von 1999 auch nicht auf das Grundstück Nr. 5816 übertragen worden sei.
3. Wer sich in gutem Glauben auf einen Eintrag im Grundbuch verlassen und daraufhin Eigentum erworben hat, ist in diesem Erwerb zu schützen (<ref-law>). Wo das Gesetz eine Rechtswirkung an den guten Glauben einer Person knüpft, ist dessen Dasein zu vermuten (<ref-law>). Dies bedeutet einerseits, dass der Inhalt des Grundbuchs grundsätzlich als richtig fingiert wird (positive Seite des Publizitätsprinzips) und andererseits, dass der Grundbucheintrag als vollständig gilt (negative Seite). Ein gutgläubiger Dritter erwirbt das dingliche Recht frei von jeder nicht aus dem Grundbuch ersichtlichen Last (statt vieler: HOMBERGER, Zürcher Kommentar, 1938, N. 19 f. zu <ref-law>). Der gute Glaube gemäss <ref-law> ist indessen nicht absolut geschützt. Vielmehr darf sich auch in diesem Zusammenhang gemäss <ref-law> derjenige nicht auf seinen guten Glauben berufen, welcher bei der Aufmerksamkeit, wie sie nach den Umständen von ihm verlangt werden darf, nicht gutgläubig sein konnte. Selbst ein an sich gutgläubiger Erwerber muss daher nähere Erkundigungen einziehen, sofern er aufgrund besonderer Umstände Zweifel an der Genauigkeit des Eintrags haben muss (<ref-ruling> E. 2c S. 443; <ref-ruling> E. 2a S. 104; <ref-ruling> E. 5 S. 112)
3.1 Das Kantonsgericht hat daher geprüft, ob die Beklagten in gutem Glauben annehmen durften, das Grundstück Nr. 5816 sei nicht mit einem Wegrecht zu Gunsten der Parzellen Nrn. 2290, 5693 und 5694 belastet und hat den Erwerbszeitpunkt vom 15. Februar 1999 als massgebend bezeichnet, weil <ref-law> den in gutem Glauben erfolgten an sich fehlerhaften Rechtserwerb schützt. Bereits die erste Instanz und auch das Kantonsgericht erachteten diejenigen Kenntnisse als wesentlich, welche die Parteien, und insbesondere die Beklagten, im im gleichen Sach- und Zeitzusammenhang geführten Rechtsstreit um ein Notwegrecht erwarben. Am 7. August 1998 reichten nämlich die heutigen Beklagten gegen die heutige Klägerin Klage ein und verlangten auf einem Teilstück des Weges E._ von einigen Metern die Einräumung eines Notwegrechts zugunsten ihrer Parzelle Nr. 4564 und zulasten der Parzelle Nr. 2290. Sie beanspruchten das Wegrecht auf der gesamten natürlichen Breite des Weges E._. In jenem kantonalen Berufungsverfahren stellte sich heraus, dass sich der Grenzpunkt der Parzellen Nrn. 4866, 4867 und 2290 in der Fahrbahn des Weges E._ befand. Das Kantonsgericht stellte fest, dass damit allen klar geworden sei, dass der westliche Strassenrand des Weges E._ nicht - wie bisher angenommen - die Grenze der Grundstücke Nrn. 4866 und 4867 bilde. Vielmehr führe der Weg E._ (wenn auch geringfügig) auch über die Parzellen Nr. 4866 und Nr. 4867. Der Eigentümer des Grundstücks Nr. 4866 (R._ - er habe das Grundstück im Jahr 1976 gekauft) habe sich gegenüber den Beklagten über diesen Grenzverlauf erstaunt gezeigt. Trotz der gemäss der ersten Instanz auffälligen Wegverhältnisse im fraglichen Bereich habe die Klägerin keine weiteren Nachforschungen über die wirkliche Rechtslage angestellt. Im Zeitpunkt des Erwerbs des Grundstücks Nr. 5816 durch die Beklagten sei den Parteien zudem bekannt gewesen, dass das Kaufobjekt mindestens teilweise Wegoberfläche aufgewiesen habe, dass also das Stammgrundstück Nr. 4867 auf den befestigten Wegboden hineingeragt habe. Dies gehe im Übrigen auch aus dem Mutationsplan des Vermessungsamts der Stadt St. Gallen vom 21. Januar 1999 hervor, welcher im Zusammenhang mit der Abparzellierung des Grundstücks Nr. 5816 erstellt worden sei und welchen die Klägerin ins Recht gelegt habe. Damals hätten weder das Grundbuchamt noch die Klägerin Verdacht geschöpft, dass das Grundbuch der wirklichen Rechtslage widersprechen könnte. Schliesslich sei zu berücksichtigen, dass die Grundstücke Nrn. 4866 und 4867 im Unterschied zu den Parzellen Nrn. 2290, 4271, 4564, 4869 und 4870 für den Weg E._ nie unterhaltspflichtig gewesen seien. Selbst wenn sich diese Regelung auf den fehlerhaften Grundbucheintrag gestützt haben sollte, so habe dies jedenfalls keine Zweifel an der Richtigkeit des Grundbucheintrags zu begründen vermocht. Dass sich die Beklagten unter den gegebenen Umständen auf die Zuverlässigkeit des Grundbuchs verlassen und keine weiteren Erkundigungen eingeholt haben, könne ihnen unter den gegebenen Umständen nicht vorgeworfen werden; daran ändere auch nichts, dass sie in der Immobilienbranche tätig seien. Ebenso wenig könne die Klägerin etwas zu ihren Gunsten ableiten, wenn sie ausführe, die Beklagten hätten im Notwegprozess selbst die Fehlerhaftigkeit der grundbuchlichen Eintragungen entdeckt und damit ihren Anspruch auf den Notweg begründet. Diese Erkenntnis und das Wissen um den Standort des Grenzpunktes zwischen den Parzellen Nrn. 4866, 4867 und 2290 hätten weder die Beklagten, noch die Behörden und die Klägerin zu weiteren Nachforschungen veranlasst. Schliesslich seien auch die Kulturlinien, welche die Begrenzung der befestigten Bodenfläche (Wegränder) darstellten, nicht geeignet, den guten Glauben der Beklagten zu zerstören. Denn dabei handle es sich um beschreibende Angaben, welche keine Grundbuchwirkung haben und für den Umfang des dinglichen Rechts keine Bedeutung haben (Art. 4 Abs. 5 GBV). Die Erklärung der Beklagten, wonach Kulturlinien vermessungstechnisch einen Toleranzwert von bis zu 50 cm aufweisen dürfen, sei von der Klägerin zudem nicht substanziiert bestritten worden.
3.2 Die Klägerin rügt zunächst ein offensichtliches Versehen (Art. 63 Abs. 2 OG), weil die Vorinstanz übersehen habe, dass sie am Erwerb des Kleinstgrundstücks Nr. 5816 durch die Beklagten am 15. Februar 1999 und am Erwerb einer Wegberechtigung auf einer Kleinstfläche des Grundstücks Nr. 4866 gar nicht beteiligt gewesen sei. Dies hat die Vorinstanz weder übersehen noch behauptet. Vielmehr ist offensichtlich, dass an diesen Verkaufs- und Dienstbarkeitsgeschäften damals ausschliesslich die Eigentümer der Parzelle Nr. 4866 und Nr. 4867 sowie die Beklagten beteiligt waren. Die Klägerin war aber im damals hängigen Rechtsstreit um das Notwegrecht beteiligt, in dessen Rahmen die mindestens faktische Wegbelastung der Kleinstparzelle Nr. 5816 entdeckt und mit Plänen belegt wurde (z.B. lag der Plan "T._" im Recht).
3.3 Die Klägerin legt weiter ausführlich dar, dass die Beklagten im Zeitpunkt des Erwerbs der Kleinstparzelle Nr. 5816 wussten, dass ihr Kaufobjekt mindestens teilweise zur Wegoberfläche gehörte. Damit setzt sie sich nicht in Widerspruch mit den für das Bundesgericht ohnehin verbindlichen (Art. 43 Abs. 3 OG) tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid, welcher zum Schluss gelangt ist, dass der Weg tatsächlich teilweise über die Parzelle Nr. 5816 führt und dass die Beklagten dies im massgeblichen Zeitpunkt wussten.
3.4 Die Klägerin meint, dieses Wissen hätte zwingend Zweifel an der Genauigkeit der grundbuchlichen Eintragung, resp. des Nichteintrages aufkommen lassen müssen. Sie bestreitet indessen selber nicht, dass auch ihr im massgeblichen Zeitraum vom 15. Februar 1999 diesbezüglich keine Zweifel aufgekommen sind, obwohl sie sich zur tatsächlichen und rechtlichen Situation am fraglichen Ort im Rahmen des Notwegprozesses ausführlich geäussert und dort unter anderem zum Ausdruck gebracht hat, dass zulasten der Parzellen Nrn. 4866 und 4867 kein Wegrecht bestehe. Sie könnte im vorliegenden Berufungsverfahren auch gar nicht behaupten, ihr selber seien Zweifel aufgekommen, weil es sich dabei um einen tatsächlichen Vorgang handelt, den das Kantonsgericht für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat. Im Weiteren hat das Kantonsgericht für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass im damaligen Zeitraum auch dem Grundbuchamt keine Zweifel an der Richtigkeit des Grundbuchs aufgekommen seien. Tatsächlich haben sich die Beklagten damals an das Grundbuchamt gewandt, welches die eigenartige Wegführung kannte, die Abparzellierung der Kleinparzelle Nr. 5816 vorbereitete und den Abtretungsvertrag beurkundete. Die rechtliche Schlussfolgerung des Kantonsgerichts, an die Beklagten dürften bezüglich ihrer Aufmerksamkeit keine höheren Anforderungen gestellt werden, als an die Klägerin und das Grundbuchamt, ist angesichts der vorliegenden besonderen Umstände, die sich dadurch auszeichnen, dass sich diese drei Beteiligten im massgeblichen Zeitraum einlässlich um die tatsächliche und rechtliche Situation am fraglichen Ort kümmerten, nicht zu beanstanden. Tatsächlich war in jenem Zeitraum der Gedanke, dass ein Grundbuchfehler vorliegen könnte, weniger nahe liegend, als der Gedanke, dass offenbar der Teerbelag falsch aufgebracht war und der Weg deshalb am fraglichen Ort knappe 50 cm zu weit nach Westen angelegt war. Sicher hätten die Beklagten auch bereits damals Zweifel an der Richtigkeit des Grundbuchs haben können, wie sie der Klägerin bzw. ihrem Anwalt einige Jahre später aufgekommen sind, und welche diese dann veranlasst haben, intensive Nachforschungen in den Akten des Grundbuchamtes anstellen zu lassen. Wenn ihnen damals keine Zweifel aufgekommen sind, dann kann ihnen nach dem Gesagten gleichwohl nicht vorgeworfen werden, sie hätten es an der Aufmerksamkeit mangeln lassen, wie sie nach den Umständen von ihnen verlangt werden darf. Ihr guter Glaube kann ihnen daher nicht abgesprochen werden. Die Berufung ist abzuweisen.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Klägerin die Verfahrenskosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Parteikosten sind keine zu sprechen, weil keine Berufungsantwort eingeholt worden ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Präsidenten der I. Zivilkammer des Kantonsgerichts St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Februar 2006
Im Namen der II. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: