Faits:
A. Par jugement du 20 septembre 2012, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a pris acte du retrait des plaintes déposées contre X._ et ordonné la cessation des poursuites pénales dirigées contre ce dernier pour vol d'importance mineure.
B. Par jugement du 7 janvier 2013, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis l'appel formé par le ministère public et condamné X._ pour vol à 60 jours-amende à 80 fr. avec sursis pendant 2 ans.
En bref, la cour cantonale a retenu que X._, employé des différentes structures qui se sont succédées à la gestion du parc informatique de l'Etat de Vaud, a, entre 2008 et 2010, dérobé sept ordinateurs appartenant à l'Etat de Vaud. Ces appareils étaient soit en attente de réparation, soit encore sous garantie.
Lors de l'audience de première instance, X._ et L'Etat de Vaud ont passé une convention aux termes de laquelle le premier nommé s'est engagé à verser au second un montant de 2675 fr. en contrepartie du retrait de plainte de ce dernier.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut, sous suite de dépens, principalement à son acquittement, subsidiairement à l'annulation de la décision entreprise et à la confirmation du jugement de première instance, plus subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il requiert par ailleurs l'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'une constatation arbitraire des faits.
1.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313). La notion d'arbitraire a été rappelée récemment dans l'arrêt publié aux <ref-ruling> (consid. 6.1 p. 379 s.), auquel on peut donc se référer. En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat. L'invocation de ce moyen ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 105). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les références citées).
1.2 Le recourant soutient que la valeur des ordinateurs pris individuellement serait inférieure à 300 francs. A cet égard, la cour cantonale a retenu qu'une partie des ordinateurs volés était encore sous garantie, ce qui impliquait qu'il s'agissait de matériel informatique récent, dont la valeur était donc notoirement plus élevée que 300 francs. La seule addition du prix des objets revendus, sans même tenir compte des ordinateurs que le recourant avait conservés pour lui ou pour ses proches, était de 850 francs. Un autre indice de la valeur de ce butin pouvait être tiré du montant de la reconnaissance de dette, soit 2'675 fr., signée par le recourant lors des débats de première instance.
La question de la valeur des biens soustraits est une question de fait que le Tribunal fédéral ne revoit que sous l'angle de l'arbitraire. En tant que l'argumentation du recourant consiste à opposer sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale, elle est appellatoire, partant irrecevable. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, la cour cantonale n'a pas additionné le montant des biens soustraits pour considérer qu'il ne s'agissait pas d'une infraction d'importance mineure - ce qui constituerait une question de droit relative à l'application de l'<ref-law> - mais elle a utilisé la somme du prix des objets que le recourant a revendus comme indice de la valeur de chaque objet. Elle a également tenu compte du montant de la reconnaissance de dette et du fait qu'une partie des ordinateurs était du matériel récent, dont la valeur était notoirement supérieure à 300 francs. Le recourant ne démontre pas en quoi il était insoutenable, sur la base de ce faisceau d'indices, de retenir que les ordinateurs, pris individuellement, valaient plus de 300 fr. pièce. Le grief du recourant est infondé dans la mesure où il est recevable.
2. Dans un argumentaire où le recourant mêle critiques de fait et de droit, griefs de nature formelle et ceux relatifs au fond, il conteste s'être rendu coupable de vol. Les critiques seront traitées dans la mesure où elles sont intelligibles.
2.1 Le recourant soutient qu'il y aurait une suspicion de prévention à l'égard du Procureur en charge de l'affaire dès lors que ses bureaux se trouvent dans le même bâtiment que le service chargé de la gestion du parc informatique de l'Etat de Vaud et que l'employeur est le même.
Le recourant invoque la récusation du Procureur pour la première fois devant le Tribunal fédéral. Outre que son grief est tardif et contraire au principe de la bonne foi en procédure (cf. <ref-ruling> consid. 2.2. p. 4; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 211), partant irrecevable, il est également irrecevable faute d'épuisement des instances cantonales (<ref-law>).
2.2 Invoquant l'<ref-law>, le recourant soutient qu'il n'a pas eu droit à un procès équitable dès lors que la cour cantonale n'aurait pas procédé à une instruction complète, celle-ci n'ayant pas non plus eu lieu en première instance. Le recourant reproche également à la cour cantonale de ne pas avoir procédé à une analyse complète des faits, en n'examinant pas l'un des témoignages. Pour autant que l'on comprenne ses griefs, il semble reproché à la cour cantonale une administration incomplète des preuves et un défaut de motivation de la décision. Ces reproches relèvent plutôt de la violation du droit d'être entendu. Il est douteux qu'ils soient suffisamment motivés au regard des exigences accrues de l'<ref-law>. Quoi qu'il en soit, la cour cantonale s'est fondée sur les preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance comme le lui prescrit l'<ref-law>. Le recourant ne prétend, ni ne démontre qu'il aurait requis des mesures d'instruction qui lui auraient été refusées. La cour cantonale a en outre exposé les faits qu'elle retenait, les raisons pour lesquelles elle les tenait pour établis et les motifs sur lesquels elle se fondait pour retenir la réalisation de l'infraction de vol. On se bornera à rappeler que le juge n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.1 p.88; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445). Les critiques du recourant sont infondées dans la mesure où elles sont recevables.
2.3 Aux termes de l'<ref-law>, se rend coupable de vol, celui qui, pour se procurer ou procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura soustrait une chose mobilière appartenant à autrui dans le but de se l'approprier.
L'infraction suppose l'existence d'une chose mobilière appartenant à autrui. Une autre personne que l'auteur doit avoir un droit de propriété sur la chose volée (<ref-ruling> consid. 2 p. 104). En outre, pour qu'il y ait vol, il faut que l'auteur soustraie la chose à autrui, c'est-à-dire qu'il brise la possession d'autrui pour constituer une nouvelle possession sur la chose (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 110).
Pour l'ensemble des infractions contre le patrimoine, l'<ref-law> prévoit que « si l'acte ne visait qu'un élément patrimonial de faible valeur ou un dommage de moindre importance, l'auteur sera, sur plainte, puni d'une amende ». Un élément patrimonial est de faible valeur au sens de cette disposition, s'il ne dépasse pas 300 francs (<ref-ruling> consid. 3d p. 119 et les références citées).
2.3.1 En substance, la cour cantonale a retenu que les conditions posées par l'employeur du recourant à la reprise de matériel usagé par ses collaborateurs n'étaient pas remplies en l'espèce. Il fallait en effet que le matériel n'appartienne plus à l'Etat de Vaud, lequel le destinait à une association. Il fallait ensuite qu'il s'agisse de matériel qui ne soit plus sous garantie. Or, il résultait des faits établis que les ordinateurs concernés étaient propriété de l'Etat de Vaud. Pour ce premier motif, le supérieur du recourant n'avait pas pu donner son accord à la reprise du matériel par le recourant qui n'était donc pas fondé à se l'approprier. En outre, plusieurs des ordinateurs concernés étaient encore sous garantie, autre motif excluant que le recourant puisse en disposer. Le recourant s'était donc emparé sans droit de ces ordinateurs qui n'étaient pas voués à la destruction.
2.3.2 En tant que l'argumentation du recourant consiste à opposer une nouvelle fois sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale, elle est appellatoire. Il en va notamment ainsi lorsqu'il remet en cause les conditions permettant aux employés de reprendre du matériel usager, lorsqu'il allègue que ces conditions étaient les mêmes au moment du changement de son employeur, qu'il jouissait d'une grande liberté ne devant que transmettre la liste des objets qu'il avait pris et qu'il n'a finalement été que le bouc-émissaire de ses supérieurs. Faute pour le recourant de démontrer en quoi l'appréciation de la cour cantonale serait arbitraire, sa critique est irrecevable.
Au demeurant, la cour cantonale a retenu que les ordinateurs appartenaient toujours à l'Etat de Vaud. Il en découle qu'ils constituaient bien une chose mobilière appartenant à autrui. En les emportant chez lui et en vendant une partie, le recourant a brisé le droit de propriété de l'Etat de Vaud et a constitué une nouvelle possession. C'est donc à bon droit que la cour cantonale a estimé que les éléments constitutifs objectifs de l'infraction de vol étaient réalisés. Par ailleurs, la cour cantonale a retenu, sans arbitraire (cf. supra consid. 1.2), que les ordinateurs volés valaient plus de 300 fr. pièce. C'est donc également à bon droit qu'elle a exclu l'application de l'<ref-law>.
2.4 Le recourant soutient que les éléments constitutifs subjectifs de l'infraction de vol feraient défaut.
2.4.1 Du point de vue subjectif, pour que l'infraction de vol soit réalisée, il faut que l'auteur ait agi intentionnellement, dans le dessein de s'approprier la chose mobilière appartenant à autrui et dans celui de se procurer ainsi, ou de procurer à autrui, un enrichissement illégitime (cf. <ref-law>). L'auteur agit intentionnellement s'il veut soustraire une chose mobilière qu'il sait appartenir à autrui. Il agit dans un dessein d'appropriation s'il a pour but d'incorporer la chose à son patrimoine, que ce soit en vue de la conserver ou de l'aliéner (<ref-ruling> consid. 1 p. 19). Il agit dans un dessein d'enrichissement illégitime s'il a pour but de tirer lui-même de la chose, ou de permettre à un tiers d'en tirer un profit qui devrait normalement revenir au propriétaire ou au possesseur légitime (<ref-ruling> consid. 1 p. 75 s.; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, 2010, no 8-11 ad <ref-law>, p. 251).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention, notamment de dol éventuel, et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 4).
2.4.2 La cour cantonale a retenu que le Directeur du centre d'exploitation informatique de l'entité chargée de la gestion du parc informatique de l'Etat de Vaud et le responsable d'unité d'infrastructure, chef du recourant, avaient confirmé qu'il était interdit aux collaborateurs de l'Etat de Vaud de récupérer du matériel, fût-il obsolète. Le supérieur du recourant avait en outre exposé que du matériel ne pouvait être récupéré par les employés que s'il n'appartenait plus à l'Etat de Vaud et s'il n'était plus sous garantie. Ces conditions n'étant pas remplies, la cour cantonale a retenu que le recourant savait qu'il s'appropriait du matériel propriété de l'Etat de Vaud sans en avoir le droit et sans fournir de contrepartie. En outre, s'il avait certes consacré du temps à la réparation des ordinateurs qu'il s'était appropriés sans droit et ne les avait pas vendus au prix du marché, il avait toutefois réalisé un gain constituant un enrichissement.
2.4.3 Le recourant soutient qu'il ignorait commettre un vol et que s'il l'avait su, il y aurait renoncé. Il prétend avoir revendu des ordinateurs pour couvrir les frais de remise en état de ceux que l'Etat de Vaud destinait à une association caritative. L'argumentation du recourant se réduit à une pure critique appellatoire. En effet, il se borne à proposer sa propre appréciation des faits, sans aucunement établir en quoi il était manifestement insoutenable de déduire des éléments retenus qu'il avait bel et bien agi avec conscience et volonté. Insuffisamment motivé au regard des exigences posées par l'<ref-law>, son grief est irrecevable.
3. Le recours doit être rejeté dans la faible mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). La requête d'effet suspensif est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 28 mai 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet