Fatti:
A. In forza di una convenzione sottoscritta con lo Stato del Cantone Ticino, l'associazione A._ garantisce il soccorso stradale sul tratto Chiasso-Airolo dell'autostrada N2, sulla strada nazionale del Passo del San Gottardo e, parzialmente, nella parte ticinese della galleria del San Gottardo.
A questo fine organizza un servizio di picchetto permanente collegato con la centrale di allarme della Polizia stradale, in grado di poter intervenire nel tempo massimo di 30 minuti. Non avendo strutture proprie, A._ adempie questo compito per il tramite dei suoi soci attivi, con i quali sottoscrive singolarmente delle convenzioni d'intervento.
B. Nel dicembre 2001 A._ ha preannunciato a tutte le ditte del servizio soccorso stradale - fra cui anche Garage B._ e Garage C._ - la disdetta degli accordi stipulati con loro, informandole ch'esse avrebbero potuto successivamente venir riammesse nel servizio di soccorso sulla base di una nuova convenzione, a condizione di soddisfare i nuovi requisiti e di accettare senza deroghe le nuove condizioni. La disdetta formale è stata notificata il 17 dicembre 2001.
B.a Il testo della nuova convenzione destinata ai soccorritori stradali è stato sottoposto da A._ alla Commissione della concorrenza (COMCO).
Il 14 novembre 2002 il Segretariato della COMCO ha espresso il proprio parere, chinandosi in particolare su due aspetti suscettibili di interessare la concorrenza: la delimitazione di sei zone territoriali d'intervento, con la conseguente ripartizione del lavoro tra i soccorritori all'interno di esse, e il divieto fatto agli aderenti di collaborare con altre organizzazioni che non abbiano stipulato accordi con A._ o di assumere ordini da loro. Il Segretariato della COMCO è giunto alla conclusione che, tenuto conto della continuità e dell'efficacia che il servizio di soccorso stradale deve garantire, il primo aspetto esorbita dal campo d'applicazione della Legge federale sui cartelli e altre limitazioni della concorrenza del 6 ottobre 1995 (Legge sui cartelli, LCart: RS 251), mentre il secondo, nella misura in cui impedisce ai membri A._ di collaborare con altre organizzazioni anche quando non sono di picchetto, sottostà alla normativa federale e intralcia notevolmente la concorrenza: se non sussistessero motivi di efficacia economica - circostanza che il Segretariato non ha potuto verificare - questa limitazione sarebbe da considerarsi illecita.
C. L'attuale vertenza trae origine dal rifiuto delle domande di riammissione presentate da Garage B._ e Garage C._ nel 2002.
II 23 giugno 2003 queste due società si sono rivolte direttamente al Tribunale d'appello del Cantone Ticino chiedendo che venisse dichiarata la loro riammissione quali soccorritori nell'ambito della convenzione 10 luglio 2002 relativa al soccorso stradale A._. Esse hanno fondato l'azione sul diritto delle associazioni, adducendo irregolarità nell'adozione della nuova regolamentazione, nonché sulla LCart, avendo a loro dire A._ limitato illecitamente la concorrenza e creato un dominio di mercato.
Con sentenza del 22 gennaio 2008 la II Camera civile del Tribunale d'appello ha accolto parzialmente la petizione e dichiarato "nulle poiché illecite" le clausole n. 1 penultimo capoverso e n. 2 lett. b primo capoverso della convenzione 10 luglio 2002, le quali, come detto, proibiscono ai membri del soccorso stradale di fare concorrenza collaborando con o assumendo ordini da altre organizzazioni che non abbiano preso accordi con A._.
D. Insorta il 23 febbraio 2008 dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione del diritto federale e sull'erronea valutazione delle tavole processuali, A._ postula la modifica della sentenza cantonale nel senso della reiezione della petizione.
Nella risposta del 28 aprile 2008 Garage B._ e Garage C._ hanno proposto di respingere il ricorso, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere di cognizione sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile concernente un'azione per limitazione della concorrenza giusta l'<ref-law>, il ricorso risulta ricevibile a prescindere dal valore litigioso, in applicazione dell'<ref-law>, giacché l'<ref-law> impone ai Cantoni di designare un tribunale competente come istanza unica per le azioni civili.
Divengono quindi senza importanza gli argomenti della ricorrente - peraltro non adeguatamente motivati (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2.2.1 pag. 442) - secondo i quali il valore litigioso supererebbe fr. 30'000.-- e la controversia riguarderebbe comunque una questione di diritto d'importanza fondamentale.
2. Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente si prevale della violazione della LCart, ossia del diritto federale, e critica la valutazione delle prove e l'accertamento dei fatti. Pur essendo queste censure di per sé ammissibili (art. 95 lett. a e <ref-law>), il loro tenore impone le seguenti precisazioni.
2.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (<ref-law>). Nondimeno, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto di ricorso deve contenere le conclusioni della parte ricorrente e i motivi su cui esse si fondano. Occorre spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato violi il diritto federale. La motivazione deve essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (<ref-ruling> consid. 1.4). Le esigenze di motivazione sono più severe quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni del diritto cantonale: il Tribunale federale esamina simili censure soltanto se il ricorrente le solleva e motiva (<ref-law>) in modo analogo a quanto l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG imponeva per il ricorso di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 2).
2.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda invece il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene solo se questo è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere impugnato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza impugnata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (<ref-law>).
La definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39). La relativa censura deve pertanto ossequiare i requisiti di motivazione posti dall'<ref-law>. Come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lit. b OG, il ricorrente che lamenta una violazione del divieto dell'arbitrio nell'apprezzamento delle prove e nell'accertamento dei fatti che ne deriva non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata si fonda su un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 589; <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 262).
2.3 In concreto la ricorrente disattende ripetutamente questi principi, come esposto qui di seguito.
3. La sentenza impugnata può essere divisa in tre parti: nella prima è stato inquadrato il tema della lite (3.1); nella seconda sono stati esaminati nel dettaglio gli argomenti sollevati dalle società attrici (3.2) e nella terza sono stati definiti i limiti del dispositivo (3.3).
3.1 Il Tribunale d'appello ha innanzitutto premesso che, non potendo esaminare come istanza unica l'applicazione del diritto sulle associazioni, esso avrebbe giudicato la causa sulla sola base della legislazione sui cartelli.
A questo proposito, è stato preliminarmente ricordato il contenuto del parere allestito dal Segretariato della COMCO il 14 novembre 2002 - di cui già si è detto al consid. B.b - con la precisazione ch'esso non ha comunque carattere vincolante per il giudice civile.
La Corte cantonale ha quindi specificato che l'attuale controversia verte sulla convenzione del 2002. Agli atti figura invero anche una versione del 2004, la quale segue le raccomandazioni del Segretariato della COMCO e non prevede più il divieto per i soci di prestare soccorso stradale anche per conto di terzi. Quest'ultimo documento, non firmato e mai menzionato negli allegati di causa, è però stato ritenuto dai giudici ticinesi "irrilevante" nella presente vertenza; tanto più che il teste D._ ha riferito di conoscerne l'esistenza ma di non sapere se l'atto sia in vigore e che il teste E._ ha detto che l'unico regolamento A._ è quello del 2002.
3.2 Venendo all'esame degli argomenti sollevati dalle due società a cui è stata negata la riammissione fra i soccorritori stradali A._, l'autorità ticinese ha in primo luogo stabilito che quest'associazione non domina il mercato nel senso degli art. 7 e art. 4 cpv. 2 LCart e che la riorganizzazione del suo servizio d'intervento stradale, in quanto tale non contestata, risponde a esigenze d'efficienza ed economicità.
Il litigio si riduce pertanto all'esame della legittimità, sotto il profilo dell'<ref-law>, delle clausole n. 1 penultimo capoverso e n. 2 lett. b primo capoverso della convenzione 10 luglio 2002, che vietano ai firmatari di prestare soccorso stradale per conto o su richiesta di altri enti. A mente dei giudici cantonali tale limitazione, nella misura in cui va al di là dell'obbligo di rispettare gli impegni presi con A._, segnatamente la prontezza d'intervento durante il servizio di picchetto, intralcia notevolmente la concorrenza. Non essendosi l'associazione prevalsa di motivi di efficienza economica (<ref-law>) le due clausole in discussione sono state giudicate illecite e nulle ex tunc.
3.3 La Corte cantonale si è infine chinata sul dispositivo, ricordando che l'<ref-law> limita l'intervento del giudice alla soppressione o cessazione dell'ostacolo della concorrenza, ma che l'<ref-law> gli permette anche di ordinare, su richiesta, che un contratto sia in tutto o in parte nullo (lett. a) oppure di obbligare il responsabile della limitazione a concludere contratti conformi al mercato e alle condizioni usuali del settore economico (lett. b).
Ora, con la petizione le due società hanno chiesto di essere ammesse quali soccorritori nell'ambito della convenzione A._ del 10 luglio 2002, domanda che, a mente dell'autorità cantonale, potrebbe corrispondere a quanto prevede l'<ref-law>. Tuttavia, siccome la riorganizzazione del soccorso stradale stabilita dall'associazione è di per sé giustificata da ragioni oggettive e il principio di proporzionalità impone sempre di scegliere la soluzione meno incisiva, i giudici ticinesi hanno reputato sufficiente dichiarare nulle le due clausole controverse, in conformità con l'<ref-law>, osservando che la nullità può comunque essere accertata d'ufficio.
4. La ricorrente dichiara di "condividere" buona parte della motivazione della pronunzia cantonale. Le sue doglianze riguardano principalmente la versione determinante della convenzione. A suo modo di vedere, la decisione della Corte cantonale di considerare unicamente quella del 2002 è "palesemente errata" e procede da una valutazione "parziale" delle prove. A sostegno di questa sua tesi riproduce stralci di testimonianze e alcuni passaggi degli scritti di causa, dai quali secondo lei risulta che anche le parti hanno sempre dato per scontata l'applicazione della convenzione nella versione riveduta del 2004.
4.1 Ora, è vero che nelle proprie conclusioni davanti all'autorità cantonale la ricorrente aveva scritto che "la convenzione attualmente in vigore rispetta i canoni dettati dalla Comco" e si riferiva quindi a una versione aggiornata. Per contro, le opponenti non avevano affatto riconosciuto la validità e la vigenza della convenzione del 2004: nel passaggio della replica (non duplica) citato nel ricorso esse avevano soltanto accennato alle condizioni imposte dalla COMCO, senza menzionare la nuova convenzione. Quanto ai testimoni, la ricorrente invoca deposizioni in parte diverse, che non smentiscono tuttavia in modo manifesto quelle assai chiare considerate dai giudici ticinesi (D._ e E._).
4.2 In definitiva, la ricorrente contrappone semplicemente la propria valutazione delle prove e la propria versione dei fatti alla motivazione della sentenza cantonale, come se si trovasse davanti a un'istanza di appello. Trattandosi di una censura rivolta contro l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, la ricorrente avrebbe invece dovuto motivare e dimostrare l'arbitrio nelle forme appropriate, già descritte al consid. 2.2.
La medesima lacuna è riscontrabile laddove la ricorrente sembra invocare la lesione dell'<ref-law>/TI. La norma - per la quale, fatte salve risultanze di causa diverse, sono presunti ammessi i fatti non contestati chiaramente - appartiene al diritto processuale ticinese e potrebbe pertanto essere invocata soltanto nell'ottica del divieto d'arbitrio o della violazione di un altro diritto costituzionale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 466). Anche su questo punto l'atto di ricorso non soddisfa quindi le esigenze di motivazione poste dalla legge.
4.3 In quanto rivolto contro la decisione dei giudici ticinesi di esaminare la controversia sulla base della convenzione 2002, il gravame si avvera pertanto inammissibile per carente motivazione.
5. Le argomentazioni dell'autorità cantonale concernenti l'illiceità - fondata sull'<ref-law> - delle clausole n. 1 penultimo capoverso e n. 2 lett. b primo capoverso della convenzione 10 luglio 2002, che vietano ai firmatari di prestare soccorso stradale per conto o su richiesta di altri enti, non sono contestate. La ricorrente insorge, "a titolo abbondanziale", soltanto contro la parte finale della decisione impugnata. A suo dire i giudici ticinesi avrebbero violato l'<ref-law> pronunciando d'ufficio ciò che potevano fare solo su richiesta di una parte e avrebbero confuso l'azione positiva proposta dalle società opponenti con l'azione di accertamento della nullità.
5.1 In forza dell'<ref-law> chi è limitato illecitamente nella concorrenza può proporre l'azione di soppressione o di limitazione dell'ostacolo. L'<ref-law> precisa che quest'azione permette al giudice di ordinare, in particolare, che i contratti siano interamente o parzialmente nulli (lett. a) oppure che il responsabile debba concludere contratti conformi al mercato e alle condizioni usuali del settore economico (lett. b).
5.2 Contrariamente a quanto asserito nel gravame, la Corte cantonale non ha affatto confuso queste due possibilità; ha constatato che le opponenti parrebbero avere optato per l'azione dell'<ref-law> (obbligo di contrarre) ma, considerata l'impossibilità di accoglierla e tenuto conto del criterio della proporzionalità, ha accertato la nullità dei patti in conformità con l'<ref-law>.
La questione di sapere se i giudici cantonali potessero adottare questa soluzione d'ufficio, in assenza della "richiesta dell'attore" prescritta dal testo della norma, non si pone. È vero che le opponenti non hanno formulato una domanda di causa specifica tendente all'annullamento delle clausole illecite dell'accordo. Il considerando n. 4 della sentenza impugnata accerta tuttavia che nella petizione esse hanno allegato la nullità del regolamento A._, dalla quale hanno dedotto il loro diritto di essere reintegrate nell'organizzazione del soccorso. Tale tesi traspare in effetti in tutti i loro scritti ed è ribadita in modo chiaro nei capitoli n. 15 e 16 delle conclusioni, dove hanno richiamato le possibilità offerte dall'<ref-law> e hanno chiesto esplicitamente al giudice di dichiarare la nullità del regolamento del soccorso stradale 2002 o quantomeno di parte di esso. In queste circostanze si deve concludere che la sentenza impugnata rispetta il diritto federale, perché la condizione della "richiesta dell'attore" posta dall'<ref-law> è adempiuta. In assenza di censure specifiche, il Tribunale federale non può invece esaminare la regolarità della domanda di annullamento sotto il profilo della procedura civile ticinese (cfr. quanto esposto ai consid. 2.1 e 4.2).
6. La censura ricorsuale finale mossa contro il giudizio su spese e ripetibili, assolutamente priva dell'indicazione delle norme che si pretendono violate, risulta anch'essa inammissibile per carente motivazione. La questione è retta dal diritto processuale cantonale, per cui sulla ricorrente incombeva un onere di motivazione accresciuto (cfr. quanto esposto ai consid. 2.1 e 4.2).
7. In conclusione, il ricorso dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà agli opponenti fr. 3'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.