Faits:
A. Par jugement du 4 décembre 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._, pour lésions corporelles graves par négligence, à la peine de trente jours-amende, à 200 fr. l'un, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 3000 fr., avec peine de substitution de quinze jours de privation de liberté. Il a été donné acte aux parties civiles de leurs réserves. Ce jugement repose, en substance, sur l'état de fait suivant.
A.a X._, né en 1958, est titulaire d'un CFC de vigneron et travaille comme indépendant. Il est propriétaire d'une halle de stockage dans la zone industrielle de F._. Ce bâtiment comporte un rez-de-chaussée et un étage reliés notamment par un escalier doté d'une main-courante. Cet escalier jouxte immédiatement une trémie, soit une ouverture, de 4 m 50 sur 4 m 50, dans le plancher de l'étage surplombant de 3 m 80 le niveau inférieur. Le 28 avril 2006, des travaux étaient en cours au premier étage du bâtiment. X._ en était le maître d'oeuvre. L'équipe d'ouvriers comprenait A.Y._, alors en pré-apprentissage au service de l'entreprise D._ SA. En début d'après-midi, ce dernier s'est dirigé seul vers l'escalier afin de rejoindre une équipe dans une autre halle. Il a alors chuté par la trémie, qui était dépourvue de barrières de sécurité sur la totalité de son pourtour. Un câble électrique courait sur le sol devant le haut de l'escalier. Des taches de sang de la victime ont été découvertes à l'aplomb de l'ouverture, à droite des escaliers.
A.Y._ a perdu connaissance. Le premier mot prononcé à son réveil a été « câble ». Il a, par la suite, présenté une amnésie post-traumatique. Les diverses blessures subies ont causé une incapacité de travail et un préjudice permanent. Sa vie a été mise en danger.
A.b L'enquête a permis d'établir qu'environ deux semaines avant l'accident, X._ avait demandé à ses ouvriers de retirer des éléments provisoires qui protégeaient les occupants du risque de chute par la trémie, afin de faciliter la manutention de palettes à l'aide d'un élévateur, à l'étage. Il avait lui-même participé à l'enlèvement des barrières. Dès ce moment et jusqu'à l'accident, une ouverture béante a subsisté dans le plancher du premier étage, sans aucune installation de sécurité. Des garde-corps, fabriqués spécialement pour border la trémie, avaient été commandés par X._ au début avril 2006 et livrés le 25 du même mois. Ils n'ont cependant pas été installés à réception. Il était prévu qu'ils le soient quelques jours plus tard. Ces protections auraient empêché la chute.
Selon le rapport établi par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents, les causes du sinistre résidaient dans l'ouverture non protégée du plancher et dans le fait que les barrières provisoires avaient été enlevées pour les besoins du maître d'oeuvre deux semaines avant l'accident. Au surplus, le 7 mars 2006, un inspecteur de l'assureur avait constaté la nécessité de protéger les ouvertures dans la dalle du premier étage. Un employé de la société responsable des plans de l'ouvrage en avait été avisé.
A.c En résumé, le Tribunal correctionnel a jugé que X._ avait violé ses devoirs de prudence en faisant enlever les éléments de protection provisoires avant l'accident. Il avait temporisé dans le choix des barrières définitives, qu'il jugeait donc lui-même nécessaires, ce qui avait retardé leur pose, alors même qu'il savait que des ouvriers devaient encore effectuer des travaux sur le chantier. Il en était résulté un risque de chute durable qu'il connaissait, passant quotidiennement sur le site. Son imprévoyance était coupable. Le comportement incriminé était en relation de causalité naturelle et adéquate avec le dommage car la pose de garde-corps aurait évité la chute. Dans ce contexte, les premiers juges ont relevé qu'il était très vraisemblable que A.Y._ avait trébuché dans le câble électrique déposé sur le sol. Il était en revanche très peu probable qu'il ait essayé de glisser sur la main-courante de l'escalier pour descendre. Il n'était cependant pas nécessaire de savoir pourquoi la victime était tombée, dès lors que les installations de sécurité étaient précisément prévues pour éviter les chutes involontaires de quelque nature que ce soit. Ni la victime, ni un tiers, n'avaient commis de faute de nature à rompre le lien de causalité.
B. Saisie d'un recours du condamné, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté, par arrêt du 20 mars 2009.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut principalement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouveau jugement au sens des considérants. A titre subsidiaire, il conclut à la réforme de la décision querellée en ce sens qu'il soit libéré des fins de l'action pénale.
Invités à se déterminer sur l'exigibilité, contestée par le recourant, d'une barrière de protection sur le côté de la trémie jouxtant l'escalier, la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt en soulignant qu'à ses yeux, vu la configuration des lieux, la seule rampe d'escalier ne constituait pas une protection suffisante, cependant que le Ministère public n'a pas déposé d'observations. A.Y._, B.Y._ et C.Y._ ont, quant à eux, conclu au rejet du recours en relevant qu'il était, de leur point de vue, certain que la victime était tombée du côté de la trémie parallèle à la première marche des escaliers, qui n'était de toute façon pas protégé, d'une part, et, d'autre part, que différentes règles de droit fédéral du domaine de la prévention des accidents imposaient que l'ouverture dans le sol soit bordée de protections contre les chutes sur ses quatre côtés.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt notifié aux parties le 26 mai 2009 et reçu au plus tôt le jour suivant. Il a été remis à un bureau de poste suisse le 26 juin 2009, soit dans le délai de trente jours de l'<ref-law>. Le recourant a encore déposé une écriture rectificative le 29 juin suivant, soit après l'échéance du délai de recours. Cette écriture est irrecevable. Cela ne nuit cependant pas au recourant, dès lors qu'il n'y a pas de différences significatives entre les deux mémoires quant à la présentation des moyens de recours.
2. Le recourant soulève divers griefs d'ordre formel, qu'il convient d'examiner préalablement.
2.1 Il soutient n'avoir pu bénéficier d'un procès équitable au sens des art. 5 et 6 CEDH et que les autorités cantonales auraient appliqué de manière arbitraire l'art. 333 CPP/VD. Il relève, à ce propos, que l'audience de jugement a débuté par une inspection locale et l'audition de plusieurs témoins in situ et qu'à aucun moment le président du tribunal n'a donné lecture de l'ordonnance de renvoi. Les parties n'auraient, par ailleurs, pas reçu la communication selon laquelle les juges avaient pris connaissance du dossier avant l'audience et il ne ressortirait pas de ce dernier que les juges en aient effectivement pris ou pu prendre connaissance avant l'ouverture des débats. Le recourant en déduit que les juges, insuffisamment informés et ne sachant pas précisément ce qui était reproché à l'accusé, n'étaient pas en mesure de suivre utilement l'inspection locale et l'audition des témoins.
2.2 L'art. 5 CEDH garantit le droit à la liberté et à la sûreté. Le recourant, qui ne soutient pas avoir été arrêté ou privé d'une autre manière de sa liberté, n'indique pas en quoi cette disposition aurait été violée. Le grief, insuffisamment motivé, est irrecevable (<ref-law>).
2.3 L'art. 6 CEDH consacre le droit à un procès équitable. Cette disposition institue de nombreuses garanties ayant trait notamment à la publicité des débats, au délai dans lequel le jugement doit être rendu ainsi qu'à l'indépendance et à l'impartialité du tribunal qui doit être établi par la loi (par. 1; v. Infra consid. 2.3.2). Le par. 2 consacre la présomption d'innocence et le par. 3 diverses autres garanties, parmi lesquelles le droit de l'accusé d'être informé, dans le plus court délai, dans une langue qu'il comprend et d'une manière détaillée, de la nature et de la cause de l'accusation portée contre lui (let. a), le droit de disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense (let. b), ou encore celui d'interroger ou faire interroger les témoins à charge et obtenir la convocation et l'interrogation des témoins à décharge dans les mêmes conditions que les témoins à charge (let. d). On peut dès lors exiger du recourant qui invoque cette disposition qu'il spécifie quelle garantie il estime avoir été violée. Faute de précision sur ce point, le grief, insuffisamment motivé, est irrecevable (<ref-law>).
2.3.1 En l'espèce, bien qu'il invoque l'absence de lecture en audience de l'ordonnance de renvoi, le recourant ne soutient pas n'avoir pas eu connaissance de ce document. Ce dernier lui a, du reste, été notifié avec l'indication des voie de recours. Le recourant a fait usage de cette possibilité (v. Arrêt du Tribunal d'accusation du 30 novembre 2007), ce qui exclut toute violation de l'art. 6 par. 3 let. a CEDH. Il s'agit donc uniquement d'examiner si, comme il le soutient, son procès n'aurait pas été équitable au sens de l'art. 6 par. 1 CEDH parce que les juges n'auraient pas eu connaissance des pièces du dossier, l'acte d'accusation en particulier, avant de procéder à l'inspection locale et d'entendre les témoins.
2.3.2 La recevabilité de ce grief est pour le moins douteuse. Conformément aux exigences déduites par la jurisprudence du principe de la bonne foi en procédure (cf. art. 5 al. 3 Cst.), la partie qui s'aperçoit qu'une règle de procédure est violée à son détriment ne saurait laisser la procédure suivre son cours sans réagir, dans le but, par exemple, de se réserver un moyen de nullité pour le cas où le jugement à intervenir ne la satisferait pas. Les manoeuvres dilatoires de cette sorte sont inadmissibles (<ref-ruling> consid. 1b i.f. p. 230; voir aussi <ref-ruling> consid. 4c i.f. p. 150). Aussi la partie qui renonce sciemment à faire valoir la violation d'une règle de procédure devant un juge qui serait en mesure d'en réparer les conséquences est-elle en principe déchue du droit de se prévaloir de cette violation devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 2a p. 495).
Le recourant, qui était assisté, ne pouvait manquer de constater que l'ordonnance de renvoi ne faisait pas l'objet d'une lecture à l'ouverture des débats. Comme il soutient, par ailleurs, n'avoir pas été informé de ce que le dossier avait été communiqué aux juges avant l'audience (v. supra consid. 2.1), il lui aurait incombé d'interpeller le tribunal sur ce point d'entrée de cause. La question de la recevabilité de ce grief souffre toutefois de demeurer indécise comme on le verra ci-dessous.
2.3.3 Conformément à l'art. 6 par. 1 CEDH, toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial, établi par la loi, qui décidera, soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. La deuxième phrase de cette règle a trait à la publicité du jugement et est sans pertinence pour la solution du litige en l'espèce.
Il apparaît d'emblée à sa lecture que cette norme conventionnelle ne garantit pas expressément que les juges aient eu connaissance de l'acte d'accusation ou d'autres pièces du dossier avant l'audience ou avant de procéder à d'autres mesures d'instruction. On peut tout au plus se demander, de manière générale, si des juges ignorant la cause qu'ils ont à juger sont en mesure de l'instruire puis de statuer équitablement. Cette question peut toutefois, elle aussi, demeurer indécise en l'espèce pour les motifs suivants.
2.3.4 L'ordonnance en cause, du 25 octobre 2007, indiquait que le recourant était renvoyé devant le tribunal correctionnel pour lésions corporelles graves par négligence. Il y était relaté, en résumé, que les faits s'étaient déroulés à F._, sur le chantier de la halle de stockage du recourant, que la victime avait chuté par la trémie dépourvue de barrières de sécurité provisoires ou définitives, ce que l'accusé n'ignorait pas. Il y était précisé qu'après avoir demandé une offre pour des barrières amovibles et passé commande dans le courant du mois de mars 2006, il avait fait poser par ses ouvriers des palettes et de la rubalise en guise d'éléments de sécurité mais avait fait enlever tous ces éléments par ses ouvriers deux semaines avant l'accident, afin de faciliter la manutention des palettes à l'étage, à l'aide d'un élévateur. Il n'avait jamais ordonné leur remise en place, tout en sachant que des ouvriers devaient encore y effectuer des travaux. De plus, aucune mention d'absence de barrière ne figurait sur les différents procès-verbaux de chantier, pouvant éventuellement sensibiliser les ouvriers amenés à oeuvrer à cet endroit. Enfin, l'ordonnance de renvoi décrivait les atteintes subies par la victime.
L'audience a débuté sur les lieux du drame, soit à F._ dans la halle de stockage du recourant, dont la trémie, qui présente une surface de plus de 20 m2, est bien visible. Il ressort, par ailleurs, du jugement de première instance que X._ s'est présenté et a été identifié en tant qu'accusé et que les parties civiles, dont la victime, se sont présentées également. Il ne fait ainsi aucun doute que les juges présents savaient devoir juger le recourant pour des lésions corporelles graves par négligence ensuite de la chute de la victime au travers de la trémie, ce qui posait nécessairement la question des mesures de protection prises pour éviter de telles chutes. On peut relever, dans ce contexte, que l'ordonnance de renvoi n'apportait pas de précisions supplémentaires quant aux circonstances de la chute et ne mentionnait pas, en particulier, l'hypothèse que la victime aurait pu tomber en essayant de glisser sur la main-courante de l'escalier. Dans ces conditions, il n'apparaît pas que les membres du tribunal n'auraient pas été en mesure de suivre utilement l'inspection locale et l'audition des témoins du seul fait qu'ils n'auraient pas eu connaissance de l'ordonnance de renvoi. Le recourant ne démontre dès lors pas que le procès n'aurait, pour ce seul motif, pas répondu aux exigences d'équité de l'art. 6 par. 1 CEDH. Le grief est infondé.
2.4 La violation du droit cantonal de procédure ne constitue pas un motif de recours (cf. <ref-law>). Son application peut toutefois être contestée sous l'angle de sa conformité au droit constitutionnel, notamment à l'art. 9 Cst. On peut renvoyer, sur la notion d'arbitraire, aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (v. p. ex.: <ref-ruling> consid. 1.3 et les références p. 4 et 5; <ref-ruling> consid. 5.4 et les arrêts cités p. 148). Un tel grief est soumis à des exigences de motivation accrues (<ref-law>).
2.4.1 Conformément à l'art. 333 CPP/VD, dès l'ouverture des débats, les juges peuvent prendre connaissance du dossier (al. 1). Le président peut communiquer aux juges, avant l'ouverture des débats, tout ou partie du dossier. Les parties en sont informées (al. 2).
On comprend déjà, à la lecture de cette règle de procédure, que les juges ne peuvent, en principe, prendre connaissance du dossier de la cause qu'une fois les débats ouverts (al. 1). La première phrase du deuxième alinéa permet cependant au président de déroger à ce principe. La formulation potestative de cette dérogation exclut clairement toute obligation de le faire. En revanche, lorsque le président fait usage de cette possibilité, il a l'obligation d'en informer les parties (art. 333 al. 2 deuxième phrase CPP/VD).
2.4.2 Répondant à ces mêmes griefs, la cour cantonale a constaté que les parties avaient été informées de ce que le dossier serait communiqué aux juges avant l'ouverture des débats (arrêt entrepris, consid. 2.2.b, p. 8). Le recourant ne démontre pas en quoi cette constatation serait arbitraire et il ressort, au demeurant, des pièces du dossier que la citation à comparaître qui lui a été adressée portait la mention : « Le dossier sera communiqué aux juges avant l'ouverture des débats (art. 333 al. 2 CPP) ». Il s'ensuit que le recourant a été dûment informé qu'il serait dérogé à la règle de l'art. 333 al. 1 CPP, comme l'exige la deuxième phrase de l'al. 2. On ne voit pas que cette disposition aurait été appliquée de manière arbitraire.
2.4.3 Le recourant soutient, ensuite, que les juges n'auraient pas eu connaissance du dossier, nonobstant l'indication précitée. Il en veut pour preuve que le procès-verbal ne mentionne pas ce fait.
La formulation potestative de l'art. 333 al. 2 CPP/VD exclut que l'on puisse en déduire une obligation du président de donner connaissance des pièces du dossier avant l'audience aux juges. Il s'ensuit que l'argumentation du recourant ne démontre pas en quoi cette disposition aurait été appliquée arbitrairement. Par ailleurs, la cour cantonale a relevé que sa loi de procédure pénale ne prévoyait pas la lecture obligatoire de l'acte d'accusation, mais seulement celle des pièces dont le président juge utile de donner connaissance aux parties (arrêt entrepris, consid, 2.2.b, p. 8 et la référence à l'art. 341 al. 1 CPP/VD). Le recourant ne soulève aucun grief d'arbitraire sur l'application de cette dernière disposition, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner plus avant cette question (<ref-law>). Pour le surplus, compte tenu de ce qui a été exposé ci-dessus en relation avec le contenu de l'acte d'accusation et étant rappelé que le recourant ne soutient pas n'avoir pas été informé des charges pesant contre lui (cf. supra 2.3.1), son argumentation ne démontre pas qu'une éventuelle irrégularité sur ce point aurait été de nature à influencer l'arrêt entrepris, soit que cette décision serait arbitraire dans son résultat. Il s'ensuit que le grief doit être rejeté.
2.5 Le recourant soutient dans un deuxième moyen de forme que les autorités cantonales auraient violé son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) en ne se prononçant pas expressément sur son argumentation tendant à démontrer que la victime aurait utilisé la main-courante des escaliers comme un toboggan.
2.5.1 Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu donne notamment à l'intéressé le droit de recevoir une décision suffisamment motivée pour qu'il puisse la comprendre et l'attaquer utilement, s'il le souhaite, et pour que l'autorité de recours soit en mesure, le cas échéant, d'exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, même brièvement, les raisons qui l'ont guidée et sur lesquelles elle a fondé sa décision, de façon que l'intéressé puisse en apprécier la portée et, éventuellement, l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2c p. 14; <ref-ruling> consid. 2c p. 57). Il n'est donc pas nécessaire que les motifs portent sur tous les moyens des parties. Ils peuvent être limités aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 445 et les références).
2.5.2 En l'espèce, l'autorité de première instance a, d'une part, jugé très vraisemblable que la victime s'était empêtrée dans le cordon électrique et avait chuté pour ce motif. Elle a relevé à cet égard l'emplacement des traces de sang à l'aplomb de l'ouverture à la droite des escaliers et la présence du câble (jugement, consid. 7, p. 15). Elle a, d'autre part, estimé très peu probable que la victime ait voulu glisser sur la main-courante de l'escalier pour descendre (jugement, consid. 8 p. 18), en précisant, par ailleurs, pourquoi il n'était, à ses yeux, pas nécessaire de trancher définitivement cette question de fait (jugement, consid. 7, p. 15). Cette motivation, même succincte, permet de comprendre le raisonnement des premiers juges. Elle est donc suffisante au regard des exigences déduites de l'art. 29 al. 2 Cst. Il s'ensuit que l'autorité de seconde instance cantonale pouvait, sans violer cette garantie constitutionnelle rejeter le moyen de nullité soulevé par le recourant. Pour le surplus, savoir si le tribunal correctionnel et la cour cantonale pouvaient se dispenser de constater de manière plus précise les circonstances de la chute au motif qu'un élément de protection, dont l'absence a été reprochée au recourant, aurait empêché la victime de tomber en toute hypothèse est une question de fond. Elle sera examinée ci-dessous (v. infra, consid. 4.3 et 4.5.3).
3. Le recourant invoque ensuite l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) et la présomption d'innocence (art. 32 al. 1 Cst.). Il reproche, à ce propos, à la cour cantonale d'avoir arbitrairement jugé que le tribunal correctionnel avait « au moins implicitement, retenu en droit que la barrière était nécessaire ». Il tente de démontrer que la constatation selon laquelle les dispositions régissant la sécurité dans le domaine de la construction, respectivement les règles légales, imposaient la pose d'un garde-corps dit « GC3 » jouxtant la cage d'escalier serait arbitraire et dénuée de base légale et discute, dans ce contexte, l'application de diverses règles de l'ordonnance sur la prévention des accidents et des maladies professionnelles (OPA; RS 832.30) et de l'ordonnance sur les travaux de constructions (OTConst; RS 832.311.141).
Ce faisant, le recourant soulève, en réalité, des griefs relatifs à la violation du droit fédéral (art. 12 et 125 CP), qu'il convient d'examiner à ce titre.
4. L'<ref-law> réprime le comportement de celui qui, par négligence, aura fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle ou à la santé (ch. 1). Lorsque la lésion est grave, la poursuite a lieu d'office (ch. 2).
Seules prêtent à discussion en l'espèce la négligence et le rapport de causalité.
4.1 Conformément à l'ancien <ref-law> (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006), celui-là commet un crime ou un délit par négligence qui, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur de l'acte n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. Cette définition a été reprise sans modification autre que rédactionnelle à l'<ref-law> dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007 (Message du Conseil fédéral concernant la modification du code pénal suisse [dispositions générales, entrée en vigueur et application du code pénal], du 21 septembre 1998, FF 1999 II 1787, spéc. 1809).
En d'autres termes, pour qu'il y ait lésions corporelles par négligence au sens de l'<ref-law>, il faut tout d'abord que l'auteur ait violé les règles de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible.
4.2 Pour déterminer plus précisément quels étaient les devoirs imposés par la prudence, on peut se référer à des normes édictées par l'ordre juridique pour assurer la sécurité et éviter des accidents. A défaut de dispositions légales ou réglementaires, on peut se référer à des règles analogues qui émanent d'associations privées ou semi-publiques lorsqu'elles sont généralement reconnues. La violation des devoirs de la prudence peut aussi être déduite des principes généraux, si aucune règle spéciale de sécurité n'a été violée. Un comportement viole le devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui et qu'il a simultanément dépassé les limites du risque admissible. C'est donc en fonction de la situation personnelle de l'auteur que l'on doit apprécier son devoir de diligence. Peu importe toutefois que l'auteur ait pu ou dû prévoir que les choses se passeraient exactement comme elles ont eu lieu. S'il y a eu violation des règles de la prudence, encore faut-il que celle-ci puisse être imputée à faute, c'est-à-dire que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, d'avoir fait preuve d'un manque d'effort blâmable (<ref-ruling> consid. 3b p. 147 s. et les références citées).
4.2.1 L'autorité de première instance a jugé que la cause de l'accident était double. Elle a ainsi reproché au recourant d'avoir enlevé les protections provisoires qu'il avait fait installer et de n'avoir pas posé les barrières de sécurité définitives qu'il avait commandées et reçues au moment de l'accident (jugement de première instance, consid. 7, p. 14) ou, en d'autres termes, d'avoir violé ses devoirs de prudence en constatant le défaut de barrières après avoir fait enlever les éléments provisoires avant l'accident, sans ordonner dans l'intervalle la mise en place de barrières définitives, tout en sachant que des ouvriers devaient encore effectuer des travaux, de même que ses employés (jugement, consid. 8, p. 15). Le reproche d'avoir enlevé des protections existantes suggère un comportement actif; celui de n'avoir pas mis en place les barrières définitives relève de l'omission.
Les conditions de la responsabilité n'étant pas exactement les mêmes dans ces deux hypothèses (v. infra consid. 4.2.3 et 4.5.1: exigence d'une position de garant et analyse de la causalité hypothétique en cas d'omission), il convient de déterminer plus précisément quel type de comportement peut être reproché au recourant.
4.2.2 La distinction entre l'omission et la commission n'est pas toujours aisée et on peut souvent se demander s'il faut reprocher à l'auteur d'avoir agi comme il ne devait pas le faire ou d'avoir omis d'agir comme il devait le faire (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, Berne 2002, n. 5 ad <ref-law> p. 65). Pour apprécier dans les cas limites si un comportement constitue un acte ou le défaut d'accomplissement d'un acte, il faut s'inspirer du principe de la subsidiarité et retenir un délit de commission chaque fois que l'on peut imputer à l'auteur un comportement actif (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 121 s. et les références citées).
En l'espèce, le recourant a participé activement à l'enlèvement des barrières de sécurité provisoires. Ce comportement est cependant survenu environ deux semaines avant l'accident (jugement de première instance, consid. 4, p. 11) et lesdites protections provisoires ne correspondaient pas formellement à ce qui est exigé sur le plan de la sécurité (jugement de première instance, consid. 8 p. 17). En revanche, au moment des faits, le recourant disposait des protections définitives. On doit ainsi admettre que le comportement qui peut être reproché au recourant relève plutôt de l'omission consistant à n'avoir, au moment des faits, pris aucune mesure de protection pour assurer la sécurité du pourtour de la trémie, notamment en ne posant pas plus tôt les barrières définitives qu'il détenait.
4.2.3 La réalisation d'une infraction par négligence par omission suppose que la personne à laquelle l'infraction est imputée se trouvait, au moment de son omission, dans une situation de garant. Il faut, autrement dit, que l'auteur fût à ce point juridiquement tenu d'accomplir un acte qui, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, aurait évité la survenance du dommage, que son omission apparaît comparable au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (<ref-ruling> consid. 2a p. 132 s.). La position de garant peut résulter, notamment, d'une obligation de contrôle ou de surveillance tendant à prévenir des dangers connus pour la protection de biens juridiques indéterminés quant à leur nombre et à leur nature (<ref-ruling>, consid. 5b p. 73).
En l'espèce, le jugement de première instance, auquel renvoie l'arrêt entrepris en ce qui concerne les faits (arrêt entrepris, consid. B, p. 2) constate que le recourant était le maître d'oeuvre des travaux en cours. L'autorité de première instance en a déduit à juste titre que le recourant endossait une position de garant (cf. <ref-ruling> consid. 2a, p. 17) et cette question n'a plus été discutée en instance de recours. Il s'ensuit que le recourant doit répondre même d'une omission.
4.3 Les autorités cantonales ont renoncé à établir définitivement les circonstances de la chute et n'ont pas exclu que la victime ait pu tomber depuis le quatrième côté de la trémie - même si elles ont estimé que cette hypothèse était peu probable (jugement de première instance, consid. 8 p. 18) -, au motif que la pose d'une protection sur ce côté était commandée par les circonstances et aurait empêché absolument toute chute.
En ce qui concerne plus précisément la définition du devoir de prudence violé par le recourant, le tribunal a jugé qu'il y avait eu violation d'une règle élémentaire de la prudence, sans qu'il fût nécessaire de s'inspirer des règles de sécurité écrites pour déterminer les précautions élémentaires qui devaient être prises (jugement, consid. 8 p. 17). Quant à l'autorité cantonale, pour répondre aux griefs du recourant, elle a interprété diverses dispositions de l'ordonnance sur la prévention des accidents et des maladies professionnelles (OPA; RS 832.30) et de l'ordonnance sur les travaux de constructions (OTConst; RS 832.311.141). Elle a déduit des art. 8 al. 2 let. a OPA et 17 al. 2 OTConst que la pose de barrières sur tout le pourtour de la trémie, soit y compris la pose d'un garde-corps dit « GC3 » du côté où cette ouverture jouxte immédiatement les escaliers et la main-courante de ces derniers, était exigible. Elle a souligné, à ce propos, que les barrières définitives commandées par le recourant comportaient précisément un tel élément de sécurité qui devait, partant, être considéré comme nécessaire (arrêt entrepris, consid. 3.1.e, p. 12 s.).
4.3.1 Quoi qu'en dise le recourant, ce raisonnement n'est pas contraire au droit fédéral.
Conformément à l'art. 21 al. 1 OPA, les ouvertures aménagées dans le sol seront, notamment, munies de garde-corps ou de balustrades, auxquels l'al. 2 de cette même disposition ne permet de renoncer que lorsque l'exécution de transports ou les opérations de fabrication le rendent indispensable et qu'une solution équivalente est adoptée. L'art. 17 OTConst prescrit, de même, qu'à l'intérieur des bâtiments, un garde-corps doit être installé lorsque les sols présentent des différences de niveau de plus de 50 cm (al. 1). Les ouvertures dans les sols à travers lesquelles il est possible de tomber doivent être pourvues d'une protection latérale ou d'une couverture résistante à la rupture et solidement fixée (al. 2). Le Tribunal fédéral a notamment déduit de ces règles, ainsi que de celles, similaires, relatives à la protection contre les chutes sur les toits, que la législation fédérale impose des mesures empêchant effectivement les chutes (garde-corps, plinthes, platelages, etc.) ou en limitant les effets (filets intérieurs; cf. art. 14 et 18 OTConst; arrêt du 20 juin 2008, 6B_675/2007 consid. 2.2.1.2). Dans le même but, la publication SUVA "Ouverture dans les planchers, parois et places de chargement et déchargement", mentionne, au titre de règles fondamentales, que les points de chute doivent être protégés par des entourages fixes de un mètre de hauteur au moins ou par des dispositifs équivalents. Elle prévoit également que les places de chargement et de déchargement doivent être aménagées de manière que les marchandises puissent être chargées et déchargées en toute sécurité et qu'elles ne représentent aucun danger de chute pour le personnel et pour la charge (cf. arrêt du 15 novembre 2007, 6B_539/2007 consid. 3.2.4).
Au-delà des strictes prescriptions techniques, définissant leur champ d'application et les mesures de protection qui doivent être prises en elles-mêmes, ces préceptes procèdent de la simple règle de bon sens selon laquelle une ouverture dans le sol doit être aménagée de manière à éviter les chutes. Ancrées dans le droit de la prévention des accidents professionnels, les dispositions réglementaires et les recommandations précitées soulignent également les exigences particulièrement strictes qui doivent être formulées dans ce domaine, notamment à l'égard de celui qui dirige des travaux, qui est garant du danger qui en résulte (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 16/17, 125 consid. p. 128). Il faut en déduire que les mesures que la prudence commandent, dans ce contexte, vont au-delà d'un standard de protection minimal, mais doivent également prévenir les risques qui, moins importants dans un environnement non professionnel, sont accrus dans le cadre des activités de travail.
4.3.2 Il ressort de l'état de fait constaté par les autorités cantonales qu'au moment de la chute aucune protection, provisoire ou définitive, n'avait été mise en place autour de la trémie. Trois côtés de cette ouverture étaient ainsi accessibles librement à l'étage. Il n'est ni contesté ni contestable que, dans un entrepôt, en chantier ou non, où travaillent des ouvriers, le fait de ne prendre aucune mesure de sécurité destinée à empêcher les chutes, d'une hauteur de 3 m 80, sur trois côtés librement accessibles d'une ouverture de plus de 20 m2, constitue une violation crasse des règles élémentaires de la prudence.
4.3.3 Le recourant ne le conteste pas. Il soutient uniquement que la quatrième barrière (GC3), jouxtant la cage d'escalier, ne constituait pas une mesure de prudence commandée par les circonstances.
A cet égard, il convient tout d'abord de relever que la barrière commandée par le recourant, et dont il disposait le jour du drame sans l'avoir toutefois installée incluait le garde-corps « GC3 ». Il ressort, par ailleurs, clairement des pièces du dossier, soit des photos et des plans produits que ce dispositif formait un tout, même si ces garde-corps définitifs étaient amovibles. On peut préciser l'état de fait de l'arrêt entrepris sur ce point en application de l'<ref-law>. Il apparaît ainsi d'emblée artificiel de se demander si la prudence élémentaire n'aurait exigé que l'installation d'une partie de cette protection.
Quoi qu'il en soit, l'arrêt entrepris constate aussi, en fait, que la rampe de l'escalier jouxtant la trémie, en son début, n'atteint pas la hauteur des garde-corps définitifs commandés par le recourant (arrêt entrepris, consid. 3.1.b, p. 11). Il convient de préciser cette constatation (<ref-law>), en ce sens qu'il ressort des plans à l'échelle figurant au dossier qu'en sa partie la plus haute, la main-courante de l'escalier n'atteint, au plus, qu'une hauteur de 90 cm par rapport au niveau du plancher de l'étage. Or, conformément à l'art. 16 al. 2 OTConst, l'arrête supérieure des protections latérales contre les chutes doit se situer entre 95 et 105 cm au-dessus de la surface praticable et les recommandations SUVA préconisent une hauteur de 1 m (v. supra consid. 4.3.1). On ne saurait dès lors reprocher à la cour cantonale d'avoir retenu qu'à elle seule cette rambarde parallèle à la pente des escaliers ne constituait pas une protection suffisante contre les chutes dans le vide depuis le plancher de l'étage et qu'une personne trébuchant à cet endroit, pouvait, en raison de la hauteur insuffisante de cette protection par rapport au niveau du sol, basculer par-dessus celle-ci et la poutre métallique bordant la trémie (arrêt entrepris, loc. cit.).
Cela étant, il faut admettre que les mesures de sécurité prises par le recourant pour éviter les chutes par l'ouverture dans le sol de sa halle de stockage, qui se limitaient, au moment du drame, à la présence de la seule partie supérieure de la main-courante de l'escalier, laquelle n'atteignait pas la hauteur minimale prescrite par rapport au plancher de l'étage, étaient clairement insuffisantes. On ne saurait en conséquence reprocher à la cour cantonale d'avoir jugé que, compte tenu de l'insuffisance de la seule protection offerte par la main-courante de l'escalier, le recourant avait, en n'installant pas une barrière de sécurité sur tout le pourtour de la trémie, violé un devoir de prudence en omettant de prendre une mesure de sécurité que les circonstances commandaient.
4.4 Quant au caractère blâmable de l'omission, les premiers juges ont relevé que le recourant, qui passait quotidiennement sur le chantier n'ignorait pas le risque de chute, qui avait subsisté durablement. Ils ont, par ailleurs, souligné que le recourant avait temporisé de manière incompréhensible en recherchant des barrières à un meilleur prix alors que ses propres employés s'activaient déjà dans la halle de stockage (jugement de première instance, consid. 8 p. 17). La cour cantonale a également relevé, à ce propos, que le recourant avait implicitement admis la nécessité de poser une protection sur les quatre côtés de la trémie puisqu'il avait finalement passé commande et qu'il disposait, dès avant les faits, d'une barrière susceptible d'assurer une telle protection (arrêt entrepris, consid. 3e, p. 13).
Les autorités cantonales ont, ainsi, mis en évidence que le recourant, qui avait conscience du risque qu'il faisait courir aux ouvriers et à ses propres employés, aurait pu mettre en place les barrières de sécurité définitives, assurant une protection contre les chutes sur tout le pourtour de l'ouverture, plus rapidement, ce qui permet d'imputer son comportement à faute.
4.5 Il s'agit ensuite d'examiner la causalité entre l'omission reprochée au recourant et les lésions corporelles subies par la victime.
4.5.1 En cas d'omission, la question de la causalité ne se présente pas de la même manière qu'en cas de commission (<ref-ruling> consid. 2a p. 133 et les arrêts cités). L'omission d'un acte est en relation de causalité naturelle avec le résultat de l'infraction présumée si son accomplissement eût empêché la survenance de ce résultat avec une vraisemblance confinant à la certitude ou, du moins, avec une haute vraisemblance (<ref-ruling> consid. 2a p. 310; cf. également <ref-ruling> consid. 4c p. 292, 118 IV 130 consid. 6a p. 141). Elle est en relation de causalité adéquate avec le résultat si l'accomplissement de l'acte omis aurait, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, évité la survenance de ce résultat (<ref-ruling> consid. 2a p. 133). La causalité adéquate peut être exclue, l'enchaînement des faits perdant sa portée juridique, si une autre cause concomitante, par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou d'un tiers, constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire, que l'on ne pouvait pas s'y attendre. L'imprévisibilité d'un acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à l'amener et notamment le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 3, 207 consid. 2a p. 213; <ref-ruling> consid. 3e p. 312).
4.5.2 Les premiers juges ont constaté que le rapport de causalité naturelle était donné en relevant que la victime aurait été protégée si les garde-corps avaient été posés (jugement de première instance, consid. 8 p. 17). Le recourant ne remet pas en cause cette constatation de fait, que l'autorité cantonale de recours a fait sienne (arrêt entrepris, consid. B. p. 2). Ce point lie, par conséquent, la cour de céans (<ref-law>).
4.5.3 Par ailleurs, il faut admettre que selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, la mise en place de barrières sur les quatre côtés de la trémie aurait évité la chute de la victime en toute hypothèse, y compris celle, où selon le recourant, la victime aurait tenté de descendre à l'étage inférieur en se laissant glisser sur la rampe droite de l'escalier.
Il s'ensuit, d'une part, que le rapport de causalité adéquate est donné et, d'autre part, que l'on ne saurait reprocher à l'autorité cantonale de n'avoir pas déterminé plus précisément les circonstances de la chute de la victime (v. supra consid. 2.5).
4.6 Il résulte de ce qui précède que la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en condamnant le recourant en application de l'<ref-law> en relation avec l'omission de mettre en place les barrières de sécurité définitives. Il n'est dès lors pas nécessaire d'examiner plus avant ce qu'il en est du comportement actif ayant consisté à enlever les protections provisoires, dont il n'est pas établi qu'elles auraient assuré une protection contre les chutes sur le côté de la trémie jouxtant l'escalier.
5. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant succombe. Il supporte les frais de la procédure (<ref-law>). La partie civile, qui a été invitée à se déterminer et a conclu au rejet du recours, peut prétendre des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. X._ versera en main du conseil de A.Y._, B.Y._ et C.Y._ la somme de 3000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 27 octobre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat