Sachverhalt:
A. Am 14. November 2005 deponierten verschiedene Ortsparteien in der Gemeinde Jona eine Petition mit dem Titel "Für einen gesunden Umgang mit Mobilfunkantennen in Rapperswil-Jona". Im gleichen Sinn unterbreitete die Ortsgruppe "sinnvoller Umgang mit Mobilfunk" (abgekürzt summ) dem Stadtrat Rapperswil und dem Gemeinderat Jona am 29. August 2006 drei dringliche Anträge im Hinblick auf Baureglementsänderungen und den Erlass einer Planungszone. Der Stadtrat Rapperswil und der Gemeinderat Jona teilten der Ortsgruppe summ am 14. Dezember 2006 mit, die Thematik werde im Rahmen der anstehenden Richtplanung der fusionierten Stadt Rapperswil-Jona behandelt. Schliesslich ging am 6. Juni 2007 eine Initiative im Namen der örtlichen SVP ein, mit welcher ein sofortiger Bewilligungsstopp für Mobilfunkanlagen gefordert wurde.
Der Stadtrat Rapperswil-Jona erklärte die Initiative am 6. August 2007 als nicht rechtmässig und beschloss, unter Berücksichtigung der Bestimmungen im Baureglement, über das Stadtgebiet flächendeckend eine Planungszone zu erlassen. An seiner Sitzung vom 3. September 2007 fasste der Stadtrat hierauf den Beschluss, für das Bauzonengebiet Rapperswil-Jona eine Planungszone zu erlassen, welche die Erstellung von Mobilfunkantennen bis zum Abschluss der laufenden Richt- und Zonenplanung untersagt. Der Stadtrat verzichtete in seiner Begründung zu diesem Beschluss ausdrücklich darauf, die Planungszone auf einen Teil der Bauzone zu beschränken. Die Stadt solle sich bei den kommenden Planungsarbeiten den ihr zustehenden Spielraum nicht unnötig einschränken.
B. Während der Auflagefrist der Planungszone gingen drei Einsprachen der Mobilfunkanbieterinnen ein. Der Stadtrat wies diese mit Beschluss vom 3. März 2008 ab.
Dagegen rekurrierten die Einsprecherinnen ans Baudepartement des Kantons St. Gallen, welches den Entscheid des Stadtrats am 25. Mai 2009 schützte.
C. Die Swisscom (Schweiz) AG gelangte hierauf ans kantonale Verwaltungsgericht und verlangte, die Planungszone sei aufzuheben. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde mit Urteil vom 22. September 2009 gut und hob den Rekursentscheid des Baudepartements sowie den Einspracheentscheid des Stadtrats Rapperswil-Jona auf. Es befand, die Planungszone umfasse ein generelles Verbot der Erstellung von Mobilfunkantennen in sämtlichen Bauzonen des gesamten Stadtgebiets. Ein solches generelles Bauverbot für die Zeitdauer von bis zu fünf Jahren sei nach der bundesgerichtlichen Praxis unverhältnismässig und nicht zulässig.
D. Mit Eingabe vom 21. Oktober 2009 beantragt die Stadt Rapperswil-Jona dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. September 2009 aufzuheben und den Entscheid des Stadtrats vom 3. September 2007 zum Erlass einer Planungszone zu bestätigen (Verfahren 1C_472/2009).
Am 28. Oktober 2009 erheben auch die Römisch Katholische Kirchgemeinde Rapperswil-Jona sowie 84 Mitbeteiligte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil B 2009/94 des St. Gallischen Verwaltungsgerichts vom 22. September 2009. Sie verlangen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und machen eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend (Verfahren 1C_486/2009).
E. Im Verfahren 1C_472/2009 beantragt die Swisscom (Schweiz) AG als Beschwerdegegnerin die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Baudepartement verzichtet auf einen Antrag, führt aber aus, es halte den ursprünglichen Mangel der Planungszone mit Ausarbeitung des kommunalen Mobilfunkkonzepts vom 2. Juli 2008 für geheilt. Das Verwaltungsgericht schliesst mit Hinweis auf sein Urteil auf Abweisung der Beschwerde.
F. Im Verfahren 1C_486/2009 stellen die Swisscom (Schweiz) AG als Beschwerdegegnerin und das Baudepartement des Kantons St. Gallen Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit überhaupt darauf eingetreten werden könne. Die Bau- und Umweltkommission der Stadt Rapperswil-Jona beantragt demgegenüber eine Gutheissung. Unter Hinweis auf das angefochtene Urteil stellt das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen Antrag auf Abweisung der Beschwerde. In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Da sich die Beschwerden 1C_486/2009 und 1C_472/2009 gegen dieselbe Planungszone in Rapperswil-Jona richten, rechtfertigt sich deren gleichzeitige Behandlung.
1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (<ref-law>). Es untersucht deshalb grundsätzlich von Amtes wegen, ob und inwiefern auf eine Beschwerde eingetreten werden kann. Immerhin ist die Beschwerde gemäss <ref-law> hinreichend zu begründen. Der Beschwerdeführer hat darzulegen, dass die gesetzlichen Legitimationsvoraussetzungen gegeben sind. Soweit diese nicht ohne Weiteres ersichtlich sind, ist es nicht Aufgabe des Bundesgerichts, anhand der Akten oder weiterer, noch beizuziehender Unterlagen nachzuforschen, ob und inwiefern der Beschwerdeführer zur Beschwerde zuzulassen ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
1.2 Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Raumplanung (RPG; SR 700) in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.3 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (<ref-law>). Verlangt ist somit neben der formellen Beschwer (<ref-law>), dass der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt (<ref-law>) und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht (<ref-law>). Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4236). Die Voraussetzungen von <ref-law> hängen eng zusammen; insgesamt kann insoweit an die Grundsätze, die zur Legitimationspraxis bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a des früheren Organisationsgesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) entwickelt worden sind (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 356 mit Hinweisen), angeknüpft werden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 252).
1.4 Unabhängig von der Legitimation in der Sache selbst kann ein Beschwerdeführer in jedem Fall aufgrund seiner Parteistellung im kantonalen Verfahren rügen, der angefochtene Entscheid verletze Verfahrensvorschriften, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstelle (<ref-ruling> E. 6.2 S. 198 f.; <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 253). Er kann beispielsweise geltend machen, auf ein Rechtsmittel sei zu Unrecht nicht eingetreten oder sein Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt worden (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 198 f.).
1.5 Die Beschwerdeführer 1 haben am vorinstanzlichen Verfahren nicht teilgenommen. Sie führen allerdings ebenfalls Beschwerde im Verfahren gegen die Baubewilligung einer Mobilfunkantenne auf einer Parzelle der SBB in Rapperswil-Jona (Verfahren 1C_484/2009). Entsprechend machen sie in der Streitsache um die Planungszone geltend, das Verwaltungsgericht habe ihr rechtliches Gehör verletzt, indem es ihnen keine Möglichkeit gegeben habe, sich an einem Verfahren zu beteiligen, das in engem Zusammenhang mit der umstrittenen Baubewilligung stehe. Sie gehen davon aus, dass eine Bestätigung der Planungszone durch das Verwaltungsgericht im Ergebnis zu einer Gutheissung ihrer Anträge gegen die Baubewilligung geführt hätte.
Es fragt sich, ob das Verwaltungsgericht verpflichtet gewesen wäre, die heutigen Beschwerdeführer ins Verfahren miteinzubeziehen.
1.6 Zur Beschwerde ans Verwaltungsgericht ist im Kanton St. Gallen berechtigt, wer an der Änderung oder Aufhebung einer Verfügung oder eines Entscheids ein eigenes schutzwürdiges Interesse dartut (Art. 64 Abs. 1 i.V.m. Art. 45 Abs. 1 des kantonalen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 16. Mai 1965 [VRP/SG; sGS 951.1]).
1.7 Die mit Planungszonen im Sinne von Art. 27 RPG verbundenen Rechtswirkungen stellen öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen dar und treffen somit in erster Linie Eigentümer sowie Personen, die in anderer Weise an Grundstücken dinglich berechtigt sind. Die Beschwerdeführer machen keine solchen Rechte geltend. Planungszonen können sich ferner auch in rechtserheblicher Weise auf Personen mit obligatorischen Rechten an Grundstücken (Miete, Pacht) im Planungsgebiet auswirken (<ref-ruling> E. 3.1 S. 357). Auch auf Rechte dieser Art berufen sich die Beschwerdeführer nicht. Sie sind höchstens insofern von der Aufhebung der Planungszone durch das Verwaltungsgericht betroffen, als sie offenbar ein grundsätzliches Interesse daran haben, die Errichtung von Mobilfunkantennen in der Bauzone generell zumindest für eine gewisse Zeitspanne zu verunmöglichen. Indes sind sie dadurch nicht stärker betroffen als die Gesamtbevölkerung. Die Popularbeschwerde ist auch im Kanton St. Gallen nicht vorgesehen (dazu URS PETER CAVELTI/THOMAS VÖGELI, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen - dargestellt an den Verfahren vor dem Verwaltungsgericht, 2. Auflage, St. Gallen 2003, S. 199 ff.; zum Ausschluss der Popularbeschwerde vor Bundesgericht BERNHARD WALDMANN in: Basler Kommentar zum BGG, 2008, N. 10 zu Art. 89).
Das von den Beschwerdeführern erwähnte konkrete Bauvorhaben, in dessen Beschwerde-relevanter Nähe sie Grundeigentum besitzen oder wohnen (vgl. Verfahren 1C_484/2009), wird überdies von der Planungszone in keinem Fall tangiert: Der geplante Antennenstandort liegt auf SBB-Areal, welches durch eisenbahnrechtliche Plangenehmigung dem Eisenbahnverkehr gewidmet wurde. Es unterliegt grundsätzlich nicht dem kommunalen und kantonalen Planungsrecht (vgl. Urteil 1A.140/2003 des Bundesgerichts vom 18. März 2004 E. 2.5, publ. in: ZBl 107/2006 S. 193). Die Planungszone hätte mithin auch bei einer allfälligen Rechtmässigkeit keine Auswirkungen auf das umstrittene Bauvorhaben der Beschwerdegegnerin.
Das Verwaltungsgericht war somit nicht gehalten, die Beschwerdeführer ins Verfahren gegen die Planungszone miteinzubeziehen. Die Rüge wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs ist abzuweisen.
1.8 Soweit die Beschwerdeführer ihre Legitimation vor Bundesgericht damit begründen wollen, dass eine Rüge wegen Verletzung der Gemeindeautonomie vorliege (Verfahren 1C_472/2009; vgl. <ref-ruling> E. 1e S. 226), gehen sie fehl. Da sie, wie gesehen, nicht in eigenen schützenswerten Interessen betroffen sind, können sie sich nicht hilfsweise auf eine Verletzung der Gemeindeautonomie berufen.
1.9 Die Regeln zur Erlassanfechtung, bei welcher eine virtuelle Betroffenheit der Beschwerdeführer grundsätzlich genügt, gelangen ebenso wenig zur Anwendung.
2. Die Beschwerdeführerin 2 dagegen erhebt eine Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie. Sie beruft sich auf Art. 105 des Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 6. Juni 1972 (BauG/SG; sGS 731.1) und ist gestützt auf <ref-law> zur Beschwerdeführung berechtigt. Für das Eintreten auf die Beschwerde ist allein entscheidend, dass die Gemeinde vom angefochtenen Entscheid in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt berührt ist und eine Verletzung der Autonomie geltend macht. Ob die beanspruchte Autonomie tatsächlich besteht, ist keine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung. Dasselbe gilt für die Frage, ob die Autonomie im konkreten Fall tatsächlich verletzt wurde (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45; <ref-ruling> E. 4.2 S. 319, 410 E. 1.1 S. 412 mit Hinweisen; BERNHARD WALDMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 62 zu Art. 89). Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, fällt der Erlass von kommunalen Planungszonen und Bausperren im Kanton St. Gallen in den Autonomiebereich der Gemeinden. Es ist somit nicht weiter zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin 2 auch gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde berechtigt wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 47; <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 406).
3.1 3.1.1 Die Beschwerdeführerin 2 macht in erster Linie geltend, das Verwaltungsgericht verkenne die besondere Ausgangslage in Rapperswil-Jona, welche überhaupt erst zum Erlass der Planungszone geführt habe. Die beiden Gemeinden Rapperswil und Jona seien auf den 1. Januar 2007 vereinigt worden. Nach dem Vereinigungsvertrag bzw. dem kantonalen Gesetz über die Vereinigung der politischen Gemeinden Rapperswil und Jona (sGS 151.32) seien die Reglemente sowie die allgemein verbindlichen Erlasse und Vereinbarungen der beiden Gemeinden innert längstens drei Jahren von der politischen Gemeinde Rapperswil-Jona anzupassen und den vorgeschriebenen Verfahren zu unterstellen. Wenn wichtige Gründe vorlägen oder eine fristgerechte Anpassung nicht möglich sei, könne das kantonale Departement des Innern die Frist im Einzelfall verlängern.
3.1.2 Im Rahmen des Vereinigungsprozesses und der Konsolidierungsphase seien sämtliche Bereiche grundsätzlich überprüft und soweit sinnvoll und sachgerecht neu organisiert worden. Somit sei auch die Ausgangslage für die Überarbeitung der Richt- und Zonenplanung und des Baureglements nicht zu vergleichen mit einer Zonen- oder Baureglementsrevision einer bestehenden Gemeinde. Im letzteren Fall gehe es meist nur um punktuelle Änderungen. Vorliegend aber werde das gesamte Baugebiet umfassend überprüft - dies sowohl hinsichtlich Abgrenzung, der Zonenzuordnung, der Nutzungsvorschriften sowie der Schutzobjekte und Schutzgebiete. Ziel sei auch hier, in Zukunft über Planungs- und Baubewilligungsinstrumente zu verfügen, welche auf die neue Stadt und ihre Zielsetzungen ausgerichtet seien.
3.1.3 Es sei falsch, Mobilfunkanlagen in Industrie- und Gewerbezonen von vornherein und ohne weitere Prüfung für zulässig zu erklären. Mobilfunkantennen könnten bewirken, dass Liegenschaften oder Wohnungen schwerer verkäuflich oder vermietbar würden. Bauzonengrenzen seien somit für die Beurteilung, ob die Planungszone zulässig sei, nicht relevant. Sinngemäss führt die Gemeinde aus, die Voraussetzungen für einen Ausschluss von Mobilfunkanlagen könnten auch in Industrie- und Gewerbezonen erfüllt sein, wenn es beispielsweise um den Schutz von industriegeschichtlich interessanten Gebieten oder um einen Grenzbereich zu Wohnzonen gehe, wo die Frage der Wohnqualität bzw. des Immissionsschutzes über Zonengrenzen hinaus geklärt werden müsse.
3.1.4 Die Einschränkungen für die Mobilfunkanbieter seien zeitlich absehbar, weswegen die Planungszone nicht in Widerspruch zum Fernmelderecht stehe. Zudem sei die Versorgung von Rapperswil-Jona mit Fernmeldediensten gewährleistet. Von der Beschwerdegegnerin sei denn auch nie geltend gemacht worden, dass sich ein Versorgungsengpass abzeichne.
3.1.4 Die Einschränkungen für die Mobilfunkanbieter seien zeitlich absehbar, weswegen die Planungszone nicht in Widerspruch zum Fernmelderecht stehe. Zudem sei die Versorgung von Rapperswil-Jona mit Fernmeldediensten gewährleistet. Von der Beschwerdegegnerin sei denn auch nie geltend gemacht worden, dass sich ein Versorgungsengpass abzeichne.
3.2 3.2.1 Das Verwaltungsgericht widmet sich im angefochtenen Entscheid zunächst eingehend der Charakteristik von Planungszonen und zeigt detailliert die Praxis des Bundesgerichts zur Bewilligungsproblematik bei Mobilfunkanlagen auf. Bezogen auf den konkreten Fall gibt es zu bedenken, dass die Planungszone ein generelles Verbot der Erstellung von Mobilfunkantennen in sämtlichen Bauzonen des Gebiets von Rapperswil-Jona umfasse. Der Beschluss des Stadtrats habe zur Folge, dass während des Planverfahrens in einem Zeitraum von bis zu fünf Jahren überhaupt keine Mobilfunkantennen im Baugebiet erstellt werden könnten. Ein solches generelles Bauverbot für Mobilfunkantennen in der Bauzone sei nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht zulässig. Da bei Standorten ausserhalb der Bauzone eine Standortgebundenheit nur in Ausnahmefällen bejaht werde, komme die Planungszone einem generellen Bauverbot für Mobilfunkantennen auf dem gesamten Gemeindegebiet gleich. Wohl liesse sich mit guten Gründen eine Planungszone im Bereich von schützenswerten Objekten und für solche Gebiete, die bereits einer Schutznorm unterständen, denken. Die Notwendigkeit eines generellen Baustopps lasse sich aber mit den vom Stadtrat angeführten Argumenten nicht begründen. Die Verhältnismässigkeit dieser Massnahme sei zu verneinen.
3.2.2 Zudem kann die Vorinstanz die Erwägungen des Baudepartements nicht nachvollziehen: Gemäss diesen möchte der Stadtrat nur in schutzwürdigen Teilgebieten bzw. Objekten den Bau von Mobilfunkanlagen verbieten, was aus dem "Konzept Mobilfunk" hervorgehe. Bauvorhaben ausserhalb dieser Gebiete könnten daher nicht mehr mit dem Hinweis auf die Planungszone verhindert werden. Das Verwaltungsgericht hält dieser Schlussfolgerung entgegen, wenn der Stadtrat nur in Schutzgebieten und -objekten Mobilfunkanlagen verbieten wolle, sei nicht einzusehen, weshalb er die Planungszone über das gesamte Baugebiet erlassen habe. Es sei zwar ein legitimes planerisches Interesse, die Attraktivität von Wohngebieten zu erhalten. Dieses Interesse sei in Wohnzonen wesentlich stärker als in Gewerbe- oder gar Industriezonen. Ein ortsplanerisches Interesse, Mobilfunkanlagen etwa in einer Gewerbezone oder auch schon in einer gemischten Wohn-Gewerbe-Zone auszuschliessen, wiege nicht stark, würde aber den Aufbau der Mobilfunknetze erheblich gefährden. Insgesamt erachtet das Verwaltungsgericht die Planungszone, die das gesamte Baugebiet umfasst und für drei bis fünf Jahre ein vollständiges Bauverbot für Mobilfunkantennen beinhaltet, welches sich auch auf gewerblich und industriell genutzte Gebiete erstreckt, als unverhältnismässig.
3.3 Mobilfunkantennen sind in der Bauzone grundsätzlich zonenkonform, soweit sie der Abdeckung derselben dienen (so auch <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 325, 353 E. 4.2 S. 360). Das Bundesgericht hat sich bereits verschiedentlich mit den Möglichkeiten befasst, welche einer Gemeinde bei der detaillierteren Planung von Mobilfunkstandorten offen stehen. Der Vollständigkeit halber seien die wichtigsten Grundsätze dazu nochmals wiederholt: Im Rahmen ihrer bau- und planungsrechtlichen Zuständigkeiten sind Gemeinden und Kantone grundsätzlich befugt, Bau- und Zonenvorschriften in Bezug auf Mobilfunksendeanlagen zu erlassen, sofern sie die bundesrechtlichen Schranken, die sich insbesondere aus dem Bundesumwelt- und -fernmelderecht ergeben, beachten (so schon Urteil 1A.280/2004 vom 27. Oktober 2005, E. 3.7.3, publ. in: ZBl 107/2006 S. 207). Ausgeschlossen sind bau- oder planungsrechtliche Vorschriften zum Schutz der Bevölkerung vor nichtionisierender Strahlung, denn der Immissionsschutz ist durch das USG und die darauf gestützten Verordnungen, insbesondere die NISV, abschliessend durch den Bund geregelt (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 403; <ref-ruling> E. 5.2 S. 66). Überdies dürfen die Planungsvorschriften nicht die in der Fernmeldegesetzgebung konkretisierten öffentlichen Interessen verletzen, d.h. sie müssen den Interessen an einer qualitativ guten Mobilfunkversorgung und an einem funktionierenden Wettbewerb zwischen den Mobilfunkanbietern Rechnung tragen (vgl. Art. 1 des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 [FMG; SR 784.10]). Werden die Zielsetzungen der Fernmeldegesetzgebung eingehalten, so sind namentlich ortsplanerische Bestimmungen, die anderen als umweltschutzrechtlichen Interessen dienen, wie z.B. der Wahrung des Charakters oder der Wohnqualität eines Quartiers, grundsätzlich möglich. Mobilfunkantennen können bewirken, dass Liegenschaften und Wohnungen schwerer verkäuflich oder vermietbar werden und Druck auf den Kaufpreis oder den Mietzins entsteht. Umweltrechtskonforme Mobilfunkanlagen können unerwünschte Auswirkungen dieser Art auslösen, obwohl von ihnen zurzeit keine erwiesene gesundheitliche Gefährdung ausgeht. Solche psychologische Auswirkungen werden auch als ideelle Immissionen bezeichnet, welche grundsätzlich neben dem zivilrechtlichen Schutz (<ref-law>) durch planungs- und baurechtliche Vorschriften eingeschränkt werden können (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 328 mit Hinweisen zur Literatur). Denkbar ist zum Beispiel eine Anordnung, wonach in einem bestimmten schutzwürdigen Gebiet oder auf gewissen Schutzobjekten keine Mobilfunkantennen erstellt werden können. Auch die Anwendbarkeit der allgemeinen Ästhetikklausel ist nicht ausgeschlossen. Als zulässig erscheint es ferner, baupolizeilich vorzuschreiben, die Erstellung von Mobiltelefonantennen setze eine Standortevaluation voraus, wobei die Baubewilligungsbehörde den Baustandort im Rahmen einer umfassenden Interessenabwägung festzulegen habe. Das würde diesen Behörden ein - wenn auch mit namentlich bundesrechtlichen Einschränkungen verbundenes - Steuerungsinstrument in die Hand geben und das frühzeitige Zusammenwirken zwischen Mobilfunkbetreibern und Behörden fördern. Erweisen sich bestimmte verfügbare Standorte in einer Gemeinde als besonders vorteilhaft, ist auch eine positive planerische Standortfestsetzung möglich (<ref-ruling> E. 4.2 S. 359 f.). Voraussetzung für Planungsmassnahmen ist in jedem Fall eine gesetzliche Grundlage im kommunalen oder kantonalen Recht (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 328).
3.4 Die Beschwerdeführerin 2 hat den Weg der Negativplanung gewählt und zunächst eine sehr weitgehende Planungszone erlassen. Sie begründet diesen Schritt mit der umfassenden Neuplanung des gesamten Gemeindegebiets nach der Fusion von Rapperswil und Jona.
Müssen Nutzungspläne angepasst werden, so kann die zuständige Behörde für genau bezeichnete Gebiete Planungszonen bestimmen. Innerhalb der Planungszone darf nichts unternommen werden, was die Nutzungsplanung erschweren könnte (Art. 27 Abs. 1 RPG). Auf kantonaler Ebene findet sich die entsprechende Regelung in Art. 105 BauG/SG: Ist der Erlass oder die Änderung eines Baureglementes, eines Zonen-, Überbauungs-, Gestaltungs-, Deponie- oder Abbauplans oder einer Schutzverordnung oder ist eine Landumlegung angezeigt, kann die zuständige Gemeindebehörde das ganze Plangebiet oder Teile davon als Planungszone bestimmen (Art. 105 BauG/SG). Innerhalb der Planungszone darf nichts unternommen werden, was die Nutzungsplanung erschweren könnte. Rechtskräftige Bewilligungen bleiben von der Planungszone unberührt (Art. 106 Abs. 1 BauG/SG). Bei Erlass der Planungszone legt die zuständige Gemeindebehörde deren Wirkungen im Einzelnen fest. Sie kann Nutzungen, soweit sie nicht ohnehin eine Bewilligung erfordern, von einer Bewilligung abhängig machen (Art. 106 Abs. 2 BauG/SG). Planungszonen werden gemäss Art. 107 Abs. 1 BauG/SG für längstens drei Jahre bestimmt. Die Frist kann laut Abs. 2 der zitierten Norm um längstens zwei Jahre verlängert werden, wenn Rechtsmittelverfahren hängig sind oder andere triftige Gründe vorliegen. Die Bestimmungen von Art. 105 ff. BauG/SG bezwecken wie Art. 27 RPG die Sicherung der Entscheidungsfreiheit der Planungsbehörden. Künftigen Nutzungsplänen und -vorschriften wird durch den Erlass einer Planungszone eine sogenannte negative Vorwirkung zuerkannt, indem Baubewilligungen nur noch erteilt werden, wenn dadurch die vorgesehene Neuordnung nicht
erschwert wird (<ref-ruling> E. 4d S. 513; ALEXANDER RUCH, Kommentar RPG, Zürich 1999, N. 21 zu Art. 27). Die Planungszone hat also zur Folge, dass im betroffenen Umfang die Anwendung des (noch) geltenden Rechts im Hinblick auf das Inkrafttreten des neuen Rechts ausgesetzt wird. Gleichzeitig bewirkt die Festsetzung von Planungszonen eine öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung und ist somit mit <ref-law> nur vereinbar, wenn sie im Sinn von <ref-law> auf gesetzlicher Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt, verhältnismässig ist und voll entschädigt wird, falls sie einer Enteignung gleichkommt (<ref-ruling> E. 2 S. 364; <ref-ruling> E. 3a S. 366 mit Hinweisen).
3.5 Die gesetzliche Grundlage für den Erlass der Planungszone ist vorliegend nicht umstritten, ebenso wenig das öffentliche Interesse daran. Das Verwaltungsgericht hat indes die Verhältnismässigkeit der Massnahme verneint.
Die Beschwerdeführerin 2 hat in ihrem Beschluss vom 3. September 2007 ausdrücklich die Bedenken des Ressorts Bau, Verkehr, Umwelt zu einer umfassenden Planungszone in Erwägung gezogen, sich dann aber darüber hinweg gesetzt und beschlossen, auch die Gewerbe- und Industriegebiete in die Massnahme mit einzubeziehen. Es gebe zahlreiche Gewerbe-Industriezone-Enklaven, die von überbauten Wohnzonen umgeben seien. Ob dann schliesslich in der definitiven Bau- und Zonenordnung in einzelnen Gewerbe-Industriezonen Mobilfunkantennenanlagen zugelassen würden, werde damit nicht präjudiziert; sie seien lediglich bis dahin verboten. Explizit wird im Beschluss-Dispositiv sodann festgehalten, dass für das Bauzonengebiet Rapperswil-Jona eine Planungszone erlassen wird, welche die Erstellung von Mobilfunkantennen bis zum Abschluss der laufenden Richt- und Zonenplanrevision untersagt. Damit ist der Bau von Mobilfunkanlagen auf dem gesamten Baugebiet der vereinigten Gemeinde Rapperswil-Jona bis auf Weiteres blockiert.
3.6 Das Bundesgericht hat im Entscheid <ref-ruling> in E. 4.2 S. 359 festgestellt, dass ein weitgehendes Verbot von Mobilfunkantennen mit der Fernmeldegesetzgebung des Bundes unvereinbar wäre. Eine Planungszone darf nicht über das hinaus gehen, was zur Erreichung des Sicherungsziels in räumlicher, sachlicher und zeitlicher Hinsicht erforderlich ist. In räumlicher Hinsicht dürfen sich Planungszonen nur soweit ausdehnen, als dies zur Sicherung der künftigen Planung notwendig erscheint. Als unverhältnismässig erweist sich etwa ein Planungszone, die zur Sicherung einer beabsichtigten Ausscheidung einer Schutzzone Parzellen einbezieht, die keinen hinreichenden räumlichen Zusammenhang mit dem schützenswerten Objekt aufweisen.
Wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen, schiesst die vorliegend umstrittene Planungszone über das planerisch gebotene Ziel hinaus.
3.7 Die Fusion der beiden Gemeinden stellt eine besondere Situation dar; es ist nachvollziehbar, dass die Behörden zunächst eine Art "Auslegeordnung" machen und sich dabei einen möglichst grossen Spielraum bewahren wollen. Der gewählte Perimeter geht jedoch über das hinaus, was notwendig ist, um die Zielsetzungen der kommunalen Mobilfunkplanung zu erreichen. Nachdem die Gemeinde offenbar am 2. Juli 2008 ein "Konzept Mobilfunk" ausgearbeitet hat, ist nicht ersichtlich, warum sie an der weiter gehenden Massnahme einer umfassenden Planungszone festhalten will, statt diese auf die im Konzept enthaltenen Standorte auszurichten. Die Planungszone ist in ihrer jetzigen Ausdehnung unverhältnismässig und unzulässig (vgl. auch das Urteil des Luzerner Verwaltungsgerichts vom 25. November 2003 in URP 2004 S. 144 ff.).
3.8 An der Unverhältnismässigkeit des gewählten Vorgehens ändert nichts, dass die Planungszone zeitlich begrenzt ist. Gemäss <ref-law> bezweckt das Gesetz, dass der Bevölkerung und der Wirtschaft vielfältige, preiswerte, qualitativ hoch stehende sowie national und international konkurrenzfähige Fernmeldedienste angeboten werden. Insbesondere die Konkurrenzfähigkeit ist bei einem fünfjährigen Baustopp stark gefährdet.
3.9 Das Verwaltungsgericht durfte demnach die umfassende Planungszone demnach wegen Unverhältnismässigkeit aufheben.
4. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde der Beschwerdeführer 1 (1C_486/2009) abzuweisen ist, soweit darauf überhaupt darauf eingetreten werden kann. Die Beschwerde der Beschwerdeführerin 2 (1C_472/2009) ist ebenfalls abzuweisen. Die Gerichtskosten sind den Beschwerdeführern 1 aufzuerlegen, wohingegen die Beschwerdeführerin 2 keine solchen zu tragen hat (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Indes haben sowohl die Beschwerdeführer 1 als auch die Beschwerdeführerin 2 die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerdeverfahren 1C_486/2009 und 1C_472/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde 1C_486/2009 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde 1C_472/2009 wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern 1 auferlegt.
5. Die Beschwerdeführer 1 und die Beschwerdeführerin 2 haben die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 2'000.--, insgesamt mit Fr. 4'000.--, zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Mai 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer Reber