Sachverhalt:
A. X._ (Beschwerdeführer) schloss mit der A._ AG (Beschwerdegegnerin 1) einen Vertrag über Aushub-, Erd- und Gartenarbeiten zur Erweiterung eines Zierfischteichs. Nach erfolgten Aushubarbeiten sollte der bei der Beschwerdegegnerin 1 angestellte B._ (Beschwerdegegner 2) am 7. Oktober 2003 mit einem Raupenbagger einen Granitblock verschieben. Dabei stiess sich der Beschwerdeführer die Stirn am Arm des Raupenbaggers und litt fortan an diversen körperlichen Beschwerden. Mit Verfügung der IV-Stelle der SVA Aargau vom 19. Februar 2008 wurde dem Beschwerdeführer rückwirkend ab 1. Mai 2006 eine ganze Invalidenrente zugesprochen.
B. B.a Am 1. Februar 2007 erhob der Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Bremgarten Klage mit dem Begehren, es seien die Beschwerdegegner solidarisch zur Zahlung einer Genugtuung nach richterlichem Ermessen zu verurteilen, wobei davon Vormerk zu nehmen sei, dass es sich um eine Teilklage handle. Mit Eingabe vom 27. Februar 2008 stellte der Beschwerdeführer den Antrag, das Verfahren sei auf die Frage der Haftung sowie der Haftungsquote zu beschränken.
Mit Urteil vom 27. November 2008 wies das Bezirksgericht Bremgarten die Klage mit der Begründung ab, der Beschwerdeführer habe weder gegen die Beschwerdegegnerin 1 noch gegen den Beschwerdegegner 2 einen Anspruch auf Genugtuung.
B.b Gegen dieses Urteil legte der Beschwerdeführer Appellation beim Obergericht des Kantons Aargau ein mit dem Begehren, es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegner solidarisch und vollumfänglich für den bei ihm infolge des Unfalles vom 7. Oktober 2003 eingetretenen Schaden haften. Weiter stellte er erneut den Antrag, es sei das Verfahren auf die Frage der Haftung sowie der Haftungsquote zu beschränken. Für den Fall der Abweisung dieses Antrags stellte er das Eventualbegehren, es seien die Beschwerdegegner solidarisch zu verpflichten, ihm eine Genugtuung von Fr. 100'000.-- nebst Zins zu bezahlen.
Gleichentags reichte der Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Bremgarten ein Erläuterungsbegehren ein und beantragte, es sei zu erläutern, ob das Gericht bei der Beurteilung der Angelegenheit formell nur von einem beschränkten Prozessthema oder von einer Gesamtbeurteilung inkl. der Genugtuung ausgegangen sei.
Im Erläuterungsurteil vom 7. Mai 2009 führte das Bezirksgericht aus, dass es in seinem Urteil vom 27. November 2008 von einem beschränkten Prozessthema gemäss Eingabe des Beschwerdeführers vom 28. Februar 2008 (recte: 27. Februar 2008) und nicht von einer Gesamtbeurteilung inkl. Genugtuung ausgegangen sei.
Mit Urteil vom 19. August 2010 trat das Obergericht des Kantons Aargau auf die Appellation nicht ein, soweit es sie nicht als gegenstandslos abschrieb.
B.c Dagegen erhob der Beschwerdeführer am 8. November 2010 beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen und beantragte, es sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und es sei die Sache zur materiellen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen (Verfahren 4A_618/2010).
Mit Urteil vom 7. März 2011 hiess das Bundesgericht die Beschwerde gut, hob das Urteil des Obergerichts auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurück.
B.d Mit Urteil vom 21. Dezember 2011 wies das Obergericht des Kantons Aargau die Appellation des Beschwerdeführers ab, soweit es sie nicht als gegenstandslos abschrieb.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 17. Februar 2012 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts vom 21. Dezember 2011 aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegner solidarisch und vollumfänglich für den dem Beschwerdeführer infolge des Unfalles vom 7. Oktober 2003 eingetretenen Schaden haften.
Die Beschwerdegegner beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1, 470 E. 1; <ref-ruling> E. 1).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>; vgl. E. 1.2) einzutreten.
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren des Beschwerdeführers sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>; vgl. E. 1.2) einzutreten.
1.2 1.2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2; <ref-ruling> E. 6, 439 E. 3.2).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3 S. 749). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen, der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1 S. 400).
1.2.2 Diese Grundsätze verkennt der Beschwerdeführer teilweise. So bringt er vor, es gebe keine Beweise dafür, dass der Beschwerdeführer ohne äussere Einwirkung des Baggers lediglich mit den Händen "abgeschlipft" sei oder den sicheren Stand verloren habe. Die Vorinstanz hätte diese Variante des Unfallhergangs nicht in ihre Erwägungen einfliessen lassen dürfen, womit sämtliche darauf basierenden Schlussfolgerungen willkürlich seien. Der Beschwerdeführer unterlässt es dabei, sich überhaupt mit den Ausführungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen und im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern diese willkürlich sein sollen. Mit der blossen Behauptung, für die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung fehlten die Beweise, genügt er den Begründungsanforderungen nicht, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
Dasselbe gilt für die Rüge, die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, es liege seitens des Beschwerdegegners 2 ein Unterlassen vor und nicht (auch) ein aktives Tun. Die Vorinstanz hat sich ausführlich mit der Beweislage auseinandergesetzt und ausgeführt, weshalb ausgehend vom Beweisergebnis lediglich allfällige pflichtwidrige Unterlassungen zu prüfen seien. Mit diesen Ausführungen befasst sich der Beschwerdeführer in keiner Weise und beschränkt sich auf die Behauptung, die gefährliche Gesamtkonstellation (Verschieben einer Last durch Manipulation an einem gefährlichen System aus Mensch, Maschine und träger Last) stelle ein widerrechtliches Tun dar. Darauf ist nicht einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf Zahlung einer Genugtuung nach <ref-law> zu Unrecht verneint. Die Vorinstanz hat einen solchen Anspruch des Beschwerdeführers mit der Begründung abgelehnt, es liege keine Widerrechtlichkeit vor. Es gehe vorliegend zwar um eine Verletzung eines absolut geschützten Rechtsgutes, zu prüfen sei aber nur eine allfällige pflichtwidrige Unterlassung, womit es einer Schutznorm bedürfe, die eine Handlungspflicht statuiere. Es liege weder eine solche Schutznorm vor noch könne die Widerrechtlichkeit gestützt auf den Gefahrensatz bejaht werden.
2.1 Widerrechtlich ist eine Schadenszufügung dann, wenn sie gegen eine allgemeine gesetzliche Pflicht verstösst, indem entweder ein absolutes Recht des Geschädigten beeinträchtigt (Erfolgsunrecht) oder eine reine Vermögensschädigung durch Verstoss gegen eine Norm bewirkt wird, die nach ihrem Zweck vor derartigen Schäden schützen soll (Verhaltensunrecht; <ref-ruling> E. 5.1 S. 330; <ref-ruling> E. 4a S. 312; <ref-ruling> E. 7b S. 192; <ref-ruling> E. 3 S. 128). Eine ausservertragliche Haftung wegen Unterlassung setzt auch bei der Beeinträchtigung eines absoluten Rechtes ein Nichthandeln trotz Bestehens einer rechtlichen Handlungspflicht voraus. Denn der Grundsatz, dass die Verletzung eines absoluten Rechtsgutes per se widerrechtlich ist, ist auf die Beeinträchtigung durch aktives Handeln ausgerichtet (Urteile 4A_520/2007 vom 31. März 2008 E. 2.1; 4C.119/2000 vom 2. Oktober 2000, E. 2b, Pra 2001 Nr. 46 S. 268 ff.). Wer eine Handlung unterlässt, zu der er nach der Rechtsordnung nicht verpflichtet ist, verstösst nicht gegen diese und handelt nicht rechtswidrig. Widerrechtlichkeit durch Unterlassen kann daher nur dann entstehen, wenn eine Schutznorm zu Gunsten des Geschädigten ein Handeln ausdrücklich verlangt (<ref-ruling> E. 2b S. 476; <ref-ruling> E. 3 S. 506 f.; <ref-ruling> E. 4c S. 374; <ref-ruling> E. 3b). Solche Schutznormen können sich aus irgendeinem Teil des objektiven, selbst des ungeschriebenen Rechts, und aus allgemeinen Rechtsgrundsätzen ergeben (BGE <ref-ruling> E. 4c; <ref-ruling> E. 3c mit Hinweisen; Urteil 2A.511/2005 vom 16. Februar 2009 E. 5.1; vgl. auch zur Staatshaftung <ref-ruling> E. 4.1 S. 317; <ref-ruling> E. 4d/ff S. 583). Steht ein absolutes Recht auf dem Spiel, so ergibt sich nach einem ungeschriebenen Rechtsgrundsatz eine Handlungspflicht für denjenigen, der den gefährlichen Zustand geschaffen oder sonst in einer rechtlich verbindlichen Weise zu vertreten hat (<ref-ruling> E. 4a S. 360; <ref-ruling> E. 3a S. 141; <ref-ruling> E. 2 S. 96; 60 II 38 E. 1 S. 40). Der Gefahrensatz, wonach derjenige, der einen gefährlichen Zustand schafft oder unterhält, die zur Vermeidung eines Schadens erforderlichen Schutzmassnahmen zu ergreifen hat, ist bei der Verletzung von absoluten Rechtsgütern - im Gegensatz zu reinen Vermögensschäden (<ref-ruling> E. 5b S. 300 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 129 mit Hinweisen) - geeignet, bei Fehlen einer spezifischen Schutznorm eine Widerrechtlichkeit zu begründen (Urteile 4A_520/2007 vom 31. März 2008 E. 2.1; 4C.119/2000 vom 2. Oktober 2000, E. 2b, Pra 2001 Nr. 46 S. 268 ff.). Die Widerrechtlichkeit als Haftungsvoraussetzung hat zu beweisen, wer eine Genugtuung beansprucht (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 544; <ref-ruling> E. 4.1 S. 130).
2.2 Die Vorinstanz hat zum Unfallhergang festgestellt, die Parteien hätten einen Granitblock verschieben wollen. Der Beschwerdegegner 2 habe den dazu benötigten Raupenbagger bedient und mit der Baggerschaufel über den Granitblock gegriffen, um diesen mittels Abkippbewegung der Baggerschaufel vom Boden her aufzudrücken. Ein weiterer Angestellter der Beschwerdegegnerin 1 und der Beschwerdeführer hätten den Raupenbagger mittels eines Geissfusses bei der Anhebung des Granitblocks unterstützen wollen. Der Beschwerdeführer habe darauf den sicheren Stand und damit das Gleichgewicht verloren, sei nach vorne gestolpert und habe sich den Kopf am Baggerarm angeschlagen. Es sei mithin nicht so, dass der Baggerarm den Kopf des Beschwerdeführers getroffen habe, sondern dass dieser sich selbst den Kopf am Baggerarm angeschlagen habe. Die Ursache für das Stolpern des Beschwerdeführers habe sich nicht mit beweisnotwendiger Sicherheit erstellen lassen. Möglich sei, dass dieser bei der Manipulation mit dem Geissfuss mit seinen Händen an der Stange abgerutscht sei. Ein möglicher Grund könnte auch der Druckabfall auf dem Geissfuss infolge des Anhebens des Granitblocks durch die Baggerschaufel bzw. der damit einhergegangene Verlust des sicheren Standes auf dem aufgeweichten Boden gewesen sein. Schliesslich sei auch möglich, dass der Kraftaufwand verbunden mit dem gleichzeitigen Heben des Granitblocks und dem Seitwärtsblick zum zweiten Angestellten zu einem unsicheren Stand geführt hätten.
2.3 Der Beschwerdeführer erblickt in verschiedenen Bestimmungen der Bedienungsanleitung des Baggers, einer SUVA-Richtlinie für die Benützung von Erdbewegungsmaschinen und Transportfahrzeugen und auch im Gefahrensatz taugliche Schutznormen, welche eine Garantenstellung begründet hätten. Aus den angerufenen Schutznormen ergebe sich namentlich, dass mit den Löffelzähnen des Baggers nicht eine Last angehoben werden dürfe, dass sich niemand im Schwenk- bzw. Arbeitsbereich des Baggers aufhalten dürfe und dass bei einer wie vorliegend durch den Bagger verursachten gefährlichen Gesamtkonstellation gemäss dem Gefahrensatz Schutzmassnahmen hätten ergriffen werden müssen.
2.4 Wie sich aus den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ergibt, misslang dem Beschwerdeführer der Beweis, dass der Betrieb des Baggers die direkte Ursache für sein Stolpern und das anschliessende Anschlagen des Kopfes am Baggerarm war. Da die Beweislast dem Beschwerdeführer obliegt, ist zu seinen Lasten von der Variante auszugehen, dass er ohne weiteres Zutun von aussen selbst gestolpert ist. Damit kann offen bleiben, ob die vom Beschwerdeführer angeführten Ausführungen in der Bedienungsanleitung und der SUVA-Richtlinie überhaupt Schutznormqualität aufweisen könnten. Denn sowohl diese als auch der Gefahrensatz, welcher im Zusammenhang mit der vom Bagger angeblich verursachten gefährlichen Gesamtkonstellation angerufen wurde, beziehen sich auf den Betrieb des Baggers und könnten höchstens in diesem Zusammenhang Handlungsgebote enthalten. Vorliegend hat sich gerade nicht das Risiko verwirklicht, welches die angerufenen Schutznormen verhindern wollen. Gemäss dem festgestellten Sachverhalt stand der Bagger während dem Unfallhergang still und stolperte der Beschwerdeführer ohne jegliches Einwirken des Baggers. Statt in den Baggerarm hätte der Beschwerdeführer ebenso gut in den Granitblock stolpern können. Eine allgemeine Handlungspflicht, den Beschwerdeführer am Stolpern zu hindern, besteht nicht. Damit hat die Vorinstanz die Widerrechtlichkeit als Haftungsvoraussetzung zu Recht verneint. Die Rüge ist unbegründet.
3. Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Vorinstanz habe zu Unrecht eine Haftung aus Gefälligkeit verneint. Das erstinstanzliche Gericht hatte erwogen, es fehle vorliegend am für eine Haftung notwendigen, der Gefälligkeitshandlung innewohnenden besonderen Risiko, aufgrund dessen Verwirklichung der Schaden eintrete. Die Vorinstanz vermochte in diesen Ausführungen keine fehlerhafte Rechtsanwendung zu erkennen. Der Beschwerdeführer bringt vor, es habe sich sehr wohl um eine gefährliche Gesamtsituation gehandelt.
3.1 Unverbindliche Gefälligkeiten erfolgen im Unterschied zum Vertrag unentgeltlich, uneigennützig und bei Gelegenheit, ohne dass eine rechtsgeschäftliche Verpflichtung zur Leistungserbringung besteht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 542). Als typisches Beispiel für Gefälligkeiten im täglichen Leben wird das Kinderhüten für eine beschränkte Dauer von zwei Stunden unter Freunden angeführt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 542).
3.2 Der Beschwerdeführer unterstützte als Eigentümer die von ihm mit Aushub-, Erd- und Gartenarbeiten betrauten Personen. Die Hilfeleistung erfolgte mithin zumindest auch in seinem eigenen Interesse und es ist gar nicht erst ersichtlich, inwiefern er überhaupt eine Gefälligkeit erbracht hätte. Die Vorinstanz hat damit kein Bundesrecht verletzt, indem sie eine Haftung aus Gefälligkeit verneint hat. Die Rüge ist unbegründet.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. August 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier