Sachverhalt:
A. Dr. med. N._ ersuchte am 11. Oktober 2006 die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich um eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 3 der Verordnung vom 3. Juli 2002 über die Einschränkung der Zulassung von Leistungserbringern zur Tätigkeit zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (Zulassungsverordnung; SR 832.103). Die Gesundheitsdirektion wies das Gesuch mit Verfügung vom 11. April 2007 ab.
B. Dr. med N._ erhob dagegen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Entscheid vom 23. August 2007 ab.
C. Dr. med N._ erhebt entsprechend der Rechtsmittelbelehrung Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids.
Das Verwaltungsgericht und die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (<ref-law>).
1.1 Der angefochtene Entscheid erging in Anwendung von <ref-law> beziehungsweise der diese Bestimmung konkretisierenden Zulassungsverordnung und der kantonalen Einführungsverordnung zum Zulassungsstopp. Nach Art. 83 lit. r BGG ist die Beschwerde an das Bundesgericht unzulässig gegen Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Art. 34 VGG getroffen hat. Nach Art. 34 VGG beurteilt das Bundesverwaltungsgericht unter anderem Beschwerden gegen Beschlüsse der Kantonsregierungen nach <ref-law>. Wie sich insbesondere auch aus dem französischen und italienischen Wortlaut ("décisions" bzw. "decisioni") dieser Bestimmung ergibt, betrifft dies auch die Beschlüsse (Verfügungen), mit denen im Einzelfall über eine solche Zulassung entschieden wird.
1.2 Vorliegend ist die ursprünglich angefochtene Verfügung allerdings nicht - wie dies im Wortlaut von Art. 34 VGG vorgesehen ist - von einer Kantonsregierung, sondern von einer kantonalen Direktion ausgegangen. Es fragt sich, ob deswegen auf die Beschwerde einzutreten sei.
1.3 Die Regelung von Art. 34 VGG ist eine Abweichung vom Modellinstanzenzug, wonach Entscheide eidgenössischer Behörden beim Bundesverwaltungsgericht (Art. 33 VGG) und anschliessend beim Bundesgericht (<ref-law>) angefochten werden können, Entscheide kantonaler Behörden jedoch bei kantonalen Verwaltungsgerichten (<ref-law>) und anschliessend beim Bundesgericht (<ref-law>). Diese Abweichung wurde damit begründet, dass Entscheide der Kantonsregierungen in gesundheitspolitischen Fragen wie Spitallisten, Tarifverträge usw. früher ohne Weiterzugsmöglichkeit an ein Gericht (<ref-ruling>, 299) beim Bundesrat anfechtbar waren (aArt. 53 KVG), was indessen der Aufgabe des Bundesrates nicht entspreche; es solle eine gerichtliche Überprüfung auf eidgenössischer Ebene eingeführt werden, wobei aber eine Öffnung des Beschwerdewegs an das Bundesgericht aus Gründen der Überlastung nicht in Frage komme (BBl 2001 4391). Dass über die bisher in den Zuständigkeitsbereich des Bundesrates fallenden Materien hinaus auch die Beschlüsse nach <ref-law> in diese Aufzählung aufgenommen wurden (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar BGG, N 99 zu <ref-law>), wurde in der Botschaft nicht besonders begründet, entspricht aber der gesundheitspolitischen Bedeutung dieser Beschlüsse. Es wäre nun nicht zu rechtfertigen, wenn der Instanzenzug davon abhinge, ob die Zulassungen gemäss kantonaler Zuständigkeitsordnung durch die Kantonsregierung selber erteilt werden (wie dies in einigen Kantonen der Fall ist) oder ob dieser Entscheid an eine Direktion delegiert worden ist. Art. 34 VGG ist daher so auszulegen, dass auch Beschlüsse kantonaler Direktionen oder Departemente nach <ref-law> mit Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht angefochten werden können. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist somit unzulässig (Art. 83 lit. r sowie <ref-law>).
1.4 Die Sache ist an das Bundesverwaltungsgericht zu überweisen (<ref-law>).
2. Da die Rechtslage nicht ohne weiteres aus dem blossen Gesetzestext ersichtlich war, sind dem Beschwerdeführer, der die Beschwerde entsprechend der Rechtsmittelbelehrung erhoben hat, keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Sache wird dem Bundesverwaltungsgericht überwiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Dezember 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz