Faits:
A. Par arrêt du 30 octobre 2008, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné AX._ à 15 ans de privation de liberté sous déduction de 1917 jours de détention préventive, pour infraction qualifiée à la loi fédérale sur les stupéfiants et participation à une organisation criminelle. La cour n'est, en revanche, pas entrée en matière sur divers chefs d'accusation comprenant notamment le blanchiment d'argent et l'a acquitté pour le surplus. AX._ a, en outre, été condamné à s'acquitter de 300'000 fr. de frais de procédure. BX._ a été condamné à 2 ans de privation de liberté sous déduction de 596 jours de détention préventive avec sursis pendant 3 ans pour participation à une organisation criminelle. CX._ a, quant à lui, été acquitté du chef de soutien à une organisation criminelle. La cour des affaires pénales a, en outre, ordonné la confiscation du produit de la réalisation de cinq automobiles séquestrées, de la somme de 5676 fr. 35 ainsi que de diverses maisons d'habitation, parcelles et surfaces commerciales sises à M._, O._ et P._ (Kosovo).
En substance, la Cour des affaires pénales a retenu que AX._, dans le cadre de différents complexes de faits désignés par le nom des opérations de police, avait participé à un très vaste trafic d'héroïne à l'échelle internationale, portant sur près de 350 kilos de cette substance. Il avait ainsi fourni 31,5 kilos d'héroïne mélange et près de 10 kilos d'héroïne pure importés en Suisse (opérations « S._ » et « V._ »), organisé depuis le Kosovo l'importation de 80 kilos d'héroïne en Italie (opération « W._ » cellule xxx), fourni dans ce pays quatre cargaisons d'héroïne mélange, dont les trois premières totalisaient 106 kilos, à un dénommé R._ (opération « K._ », livraison au dénommé R._). Il avait aussi coordonné par téléphone depuis le Kosovo la prise en charge en Italie par des destinataires inconnus de 35 kilos d'héroïne mélange qu'il avait fournis (opération « KL._ »). Ces activités délictueuses s'inscrivaient, par ailleurs, dans le cadre d'une organisation criminelle, qu'il dirigeait et à laquelle participaient notamment ses frères BX._, GX._ et HX._. Ce dernier a été arrêté au Kosovo le 29 mars 2004, puis condamné pour crime organisé et trafic international de stupéfiants par la Cour du district de P._, le 18 novembre 2005. GX._, déjà condamné à 7 ans de privation de liberté dans le cadre de l'opération « V._ » par les autorités lucernoises s'est évadé au mois d'avril 2000. Il a été arrêté au Kosovo le 12 avril 2007 et se trouvait, depuis lors, en détention extraditionnelle. Le produit de cette activité avait, en particulier, été investi dans des voitures de luxe et des biens immobiliers. On renvoie, pour le surplus, à l'état de fait du jugement.
B. Le Ministère public de la Confédération, AX._, BX._, CX._, DX._, EX._ et FX._ recourent contre cet arrêt.
B.a Le premier demande, en substance, que la cause soit renvoyée à l'autorité précédente afin qu'elle entre en matière sur tous les points de l'acte d'accusation concernant BX._ et AX._, que celui-ci ne soit pas acquitté de certains chefs d'accusation et que l'autorité précédente rende une nouvelle décision.
B.b AX._ conclut principalement à libération des fins de la poursuite pénale et, à titre subsidiaire, à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'il soit condamné pour participation à une organisation criminelle à 5 ans de privation de liberté au plus, les parcelles nos 571 et 581 de la commune de M._ et/ou les maisons qui y sont érigées n'étant, par ailleurs, pas confisquées. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
B.c BX._ conclut principalement à son acquittement de la participation à une organisation criminelle, à l'annulation de la confiscation des parcelles nos 555 à M._, 1790, 1791, 1792 et 2568 à O._ ainsi qu'à l'allocation en sa faveur d'une indemnité pour détention injustifiée d'un montant à fixer à dire de justice. Il requiert également l'assistance judiciaire.
B.d CX._, DX._, EX._ et FX._ concluent à l'annulation de la confiscation, respectivement à la levée du séquestre, sur les parcelles nos 555 et 571 de M._, y compris les maisons qui y sont érigées. A titre subsidiaire, ils demandent que soit constatée la nullité du ch. IV-3 de l'arrêt entrepris, relatif à cette question. Ces quatre recourants demandent aussi le bénéfice de l'assistance judiciaire.
B.e Invités à se déterminer sur les recours de A._ (dossier 6B_732/2009), de CX._, DX._, EX._ et FX._ (dossier 6B_734/2009) ainsi que sur celui de BX._ (dossier 6B_733/2009), le Ministère public de la Confédération et le Tribunal pénal fédéral ont renoncé à formuler des observations. Cette dernière autorité s'est, en revanche, exprimée, comme AX._, dans le sens du rejet du recours du Ministère public de la Confédération (dossier 6B_731/2009). BX._ n'a, pour sa part, pas formulé de réponse dans le délai imparti.

Considérant en droit:
1. Les recours des deux condamnés et du Ministère public de la Confédération sont dirigés contre une décision unique. Ils ont trait au même complexe de faits et portent, pour l'essentiel, sur des qualifications juridiques identiques, qui déterminent notamment les modalités de la confiscation (art. 72 et 260ter CP). Les causes peuvent être jointes et tranchées dans un seul arrêt (<ref-law> et 71 LTF), y compris en ce qui concerne la confiscation.
2. AX._ et le Ministère public de la Confédération discutent les délimitations opérées par la Cour des affaires pénales pour déterminer sa compétence, respectivement l'applicabilité territoriale du Code pénal suisse, dans les différents cas de l'acte d'accusation.
2.1 AX._ conteste, tout d'abord, la compétence des autorités suisses de le juger à raison des infractions commises au Kosovo.
2.1.1 En ce qui concerne les faits de trafic de stupéfiants survenus dans ce pays, la Cour des affaires pénales a relevé, en relation avec l'<ref-law>, que les autorités compétentes, soit la Mission intérimaire des Nations Unies au Kosovo (MINUK), avaient clairement exprimé un nihil obstat à ce que les autorités suisses poursuivent les actes en question et qu'elles avaient ainsi renoncé à ce qu'ils le soient au Kosovo. En l'absence d'une délégation au sens des <ref-law>, la question d'une éventuelle application du droit kosovar au titre de lex mitior ne se posait pas (arrêt entrepris, consid. 4.2.2, p. 30).
2.1.2 AX._ soutient que les autorités suisses auraient dû localiser précisément chacun des comportements réprimés par l'<ref-law> qui lui étaient reprochés avant de se renseigner sur une éventuelle demande d'extradition de la part des autorités compétentes étrangères. Sa présence au Kosovo en relation avec les infractions pour lesquelles il a été condamné ne serait pas établie. Il en déduit que le nihil obstat obtenu des autorités intérimaires onusiennes ne suffisait pas à fonder la compétence des autorités suisses.
2.1.3 Conformément à l'<ref-law>, l'auteur d'une infraction commise à l'étranger, appréhendé en Suisse et qui n'est pas extradé, est passible des peines prévues sous ch. 1 et 2, si l'acte est réprimé dans le pays où il l'a perpétré. Cette disposition constitue une lex specialis qui exclut l'application des règles générales du CP (<ref-ruling> consid. 2 p. 247, voir aussi <ref-ruling> consid. 4c p. 266). Cette norme se rattache au principe de la compétence de remplacement. Elle consacre une réglementation située entre l'universalité pure et la délégation de la poursuite instituée par l'art. 85 de la loi sur l'entraide internationale en matière pénale (EIMP; RS 351.1), dont l'application est exclue lorsque les conditions de l'<ref-law> sont réalisées (<ref-law>; v. aussi infra consid. 2.2.4). Le droit suisse, à l'exclusion du droit étranger même plus favorable (cf. la lex mitior réservée par l'<ref-law>), s'applique alors seul. Ces particularités guident l'interprétation de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3c p. 249; <ref-ruling> consid. 2a). Au sens de cette règle, les termes « et qui n'est pas extradé » doivent être compris comme énonçant le simple fait que l'auteur n'est pas transféré, indépendamment des raisons pour lesquelles il ne l'est pas. Le juge suisse doit cependant s'assurer, lorsque l'extradition n'est pas exclue à priori, qu'elle ne sera pas requise (<ref-ruling> consid. 4a, p. 250 s.). En d'autres termes, il doit obtenir de cet Etat un nihil obstat à l'exercice par la Suisse de sa propre compétence répressive. Les termes « appréhendé » ou « arrêté » en Suisse doivent, en règle générale, être interprétés en ce sens que la seule présence en Suisse du délinquant suffit, indépendamment de sa cause (<ref-ruling> consid. 5b, p. 252). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a, cependant, aussi souligné que cette interprétation ne saurait englober l'hypothèse où le juge suisse aurait demandé l'extradition d'un délinquant étranger ayant commis des infractions à l'étranger entre étrangers pour se prononcer sur ces faits dépourvus de tout rapport avec notre pays. Une telle interprétation serait en effet incompatible avec le principe de la compétence de remplacement, qui est à l'origine de l'<ref-law>, le législateur helvétique n'ayant pas voulu étendre si loin la compétence de répression des autorités suisses (consid. 5c, p. 253). Cela reviendrait, en effet, à consacrer purement et simplement le principe d'universalité en matière de stupéfiants.
L'<ref-law> n'exige cependant pas non plus, comme le voudrait le recourant, que le juge suisse établisse précisément et séparément quels actes mentionnés par l'<ref-law> ont été commis dans l'Etat étranger dont le nihil obstat a été obtenu. Les comportements visés par l'<ref-law> sont, en effet, appréhendés comme des délits de mise en danger abstraite (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3f). Ces infractions sont, en principe, réputées commises au lieu où est réalisé le comportement abstraitement dangereux respectivement où le comportement illicite s'est produit, au sens de l'<ref-law> (ancien <ref-law>; cf. arrêt 6P.19/2003 du 6.8.2003 consid. 12.1). Si les comportements mentionnés par l'<ref-law> sont érigés en infractions indépendantes (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 2b), ils n'en constituent pas moins les stades successifs de la même activité délictuelle. On peut ainsi considérer que ces différents comportements forment, pour une opération donnée, un complexe de faits. Il n'est alors pas nécessaire de rechercher pour chacun des actes constitutifs le lieu où il a été commis. Il suffit de déterminer à quel Etat le complexe de faits peut être rattaché (cf. arrêt non publié du 28 juin 2007, 6S.99/2007, consid. 5.2.1 et 5.2.2 et les références citées).
2.1.4 Dans le cas de l'opération « S._ », le recourant a été condamné pour avoir participé à l'importation en Suisse depuis le Kosovo de 10,13 kilos d'héroïne pure saisis à Lucerne. Il a fourni les 31,5 kilos d'héroïne mélange importés. Le fait que l'héroïne en question soit effectivement parvenue à son lieu de destination en Suisse, dans un véhicule immatriculé en Suisse (cf. arrêt entrepris, consid. 5.2.1.a et 5.2.1.l, p. 32 et 36) constitue déjà un critère de rattachement suffisant de l'ensemble du complexe de faits avec la Suisse, de sorte qu'il n'est pas nécessaire de rechercher plus précisément quels actes le recourant aurait effectués au Kosovo.
Au demeurant, l'état de fait de l'arrêt querellé fournit nombre d'éléments, en relation avec ce cas, permettant d'établir que le recourant a agi au Kosovo dans une mesure non négligeable. La livraison de drogue devait, en effet, intervenir du Kosovo en Suisse (arrêt entrepris, consid. 5.2.1.a, p. 32). Le produit de l'infraction devait revenir au Kosovo (consid. 5.2.1.d, p. 33) au dénommé « AAX._ », qui n'est autre que le recourant (arrêt entrepris, consid. 5.2.1.h). Ce dernier a été joint sur un raccordement téléphonique dont l'indicatif est 00377, soit celui du Kosovo. Une livraison d'héroïne du 15 février 2002 a été interceptée dans une voiture provenant du Kosovo (arrêt entrepris, consid. 5.2.1.l, p. 36). Indépendamment du lieu exact où AX._ était localisé à tel ou tel stade de l'infraction (v. supra consid. 2.1.3 in fine), ces faits établissent suffisamment l'existence de liens étroits entre les activités illicites du recourant et le Kosovo pour que l'on puisse considérer que le nihil obstat délivré par les autorités intérimaires compétentes sur place suffisait à fonder, au regard de l'<ref-law>, la compétence de la Suisse, dans la mesure où les éléments de rattachement avec la Suisse n'auraient pas déjà suffi.
2.1.5 Dans le cas de l'opération « V._ », 25 kilos d'héroïne mélange ont été saisis à Lucerne (arrêt entrepris, consid. 5.3.1, p. 41).
Par ailleurs, l'argent de la transaction devait revenir au Kosovo (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.c, p. 43). Dans une conversation téléphonique, le recourant expliquait avoir des problèmes au Kosovo avec ses fournisseurs (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.d, p. 44). Le 3 mars 1997, un suspect a composé le numéro de la soeur du recourant, JX._, qui se trouvait au Kosovo, et lui a demandé si AX._ était là-bas. L'intéressée a répondu qu'il était sorti avec son mari T._ (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.e, p. 44). Les jours ayant précédé l'arrivée de la drogue en Suisse, soit les 25 et 27 février 1997, AX._ a transmis à son frère des messages dans lesquels il indiquait avoir été chez un africain à U._ (Kosovo). La cour en a déduit que AX._ donnait, depuis le Kosovo, des ordres aux complices de ses frères (arrêt entrepris, consid. 5.3.2, p. 45).
La conclusion qui s'impose est la même que pour l'opération « S._ » (v. supra consid. 2.1.4).
2.2 AX._ discute ensuite la compétence des autorités suisses en relation avec les faits survenus en Italie. Il conteste la validité de la délégation de la poursuite par les autorités italiennes à la Suisse. Selon lui, la Confédération n'ayant pas été formellement saisie d'une dénonciation par l'Italie, cette dernière ne pouvait déléguer valablement la poursuite à la Suisse au regard des règles conventionnelles liant les deux pays.
2.2.1 Il ressort de l'arrêt querellé que le Juge d'instruction fédéral a entrepris des démarches afin que les faits poursuivis à l'encontre de AX._ par le Parquet de Milan soient délégués aux autorités suisses. Ces poursuites l'ont été par décision du 10 octobre 2007 du Ministère Italien de la Justice. Le 6 novembre 2007, l'Office fédéral de la justice a communiqué aux autorités italiennes que les autorités suisses acceptaient d'assumer la poursuite pénale italienne contre AX._ (arrêt entrepris, consid. D, p. 12).
2.2.2 La Confédération suisse et l'Italie sont toutes deux parties à la Convention européenne d'entraide judiciaire en matière pénale (CEEJ; RS 0.351.1). Les dispositions de ce traité l'emportent sur le droit autonome qui régit la matière, soit l'EIMP et son ordonnance d'exécution (OEIMP; RS 351.11). Le droit interne reste toutefois applicable aux questions non réglées, explicitement ou implicitement, par le traité et lorsqu'il est plus favorable à l'entraide (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 464). L'Italie et la Suisse ont, par ailleurs, conclu un Accord en vue de compléter la Convention européenne d'entraide judiciaire en matière pénale du 20 avril 1959 et d'en faciliter l'application, le 10 septembre 1998 (RS 0.351.945.41).
2.2.3 L'art. 21 CEEJ règle la dénonciation aux fins de poursuite. Saisies d'une telle dénonciation, les autorités judiciaires de l'Etat requis examinent si, d'après leur propre droit, une poursuite pénale doit être entamée (art. XXIV al. 1 de l'Accord complémentaire entre la Suisse et l'Italie). Ce mécanisme correspond à celui dit de « délégation de la poursuite » au sens des art. 88 s. EIMP (ROBERT ZIMMERMANN, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 3e éd., 2009, n. 291, p. 271). Ces dispositions conventionnelles ne visent donc pas la délégation de la compétence répressive, mais uniquement les modalités qui conduisent l'Etat requis à exercer sa propre compétence de répression à la demande de l'Etat requérant. Dans l'hypothèse d'une dénonciation au sens des art. 21 CEEJ et XXIV ss de l'Accord complémentaire, la compétence suisse n'est, en conséquence, donnée que si les règles de droit interne, l'<ref-law> en particulier, permettent de fonder l'application du droit pénal suisse.
2.2.4 La délégation de la compétence répressive n'étant pas soumise aux textes conventionnels précités, seul le droit interne trouve application. Les art. 88 s. EIMP ne règlent que la délégation de la poursuite pénale par la Suisse à un Etat étranger. La délégation par un Etat étranger à la Suisse est, en revanche, régie par les <ref-law> (cf. PETER POPP, Grundzüge der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen, 2001, n. 87 p. 58). Conformément à l'<ref-law>, à la demande de l'Etat où l'infraction a eu lieu, la Suisse peut réprimer à sa place un acte commis à l'étranger si l'extradition est exclue, si la personne poursuivie doit répondre en Suisse d'autres infractions plus graves et si l'Etat requérant donne la garantie de ne plus la poursuivre pour le même acte après qu'elle aura été acquittée ou qu'elle aura subi une sanction en Suisse (al. 1 let. a, b et c). La poursuite pénale d'un étranger qui réside habituellement en Suisse peut aussi être acceptée si son extradition ne se justifie pas et que l'acceptation de la poursuite semble opportune en raison de sa situation personnelle et de son reclassement social (al. 2). Ces normes ne sont cependant pas applicables si l'infraction ressortit à la juridiction suisse en vertu d'une autre disposition (al. 3). Cette dernière règle impose ainsi, elle aussi, d'examiner préalablement si l'<ref-law> permet de fonder la compétence suisse (<ref-ruling> consid. 3b, p. 248 s.).
2.2.5 On renvoie, en ce qui concerne l'<ref-law> à ce qui a déjà été exposé ci-dessus (consid. 2.1.3).
En relation avec les faits litigieux commis en Italie, l'arrêt entrepris constate que le droit italien réprime de tels comportements (arrêt entrepris, consid. 4.1.3, p. 28). Il constate aussi que l'Italie a délégué à la Suisse la compétence de poursuivre AX._ à raison de ces faits (arrêt entrepris, consid. 1.1, p. 21 s.), ce qui emporte renonciation implicite à l'extradition (ZIMMERMANN, op. cit., n. 741, p. 695 et la réf. à l'arrêt 1A.262/2004 du 7 décembre 2004, consid. 4.3), en d'autres termes nihil obstat. Par ailleurs, le recourant se trouve en Suisse ensuite de son arrestation en Macédoine et de son extradition (arrêt entrepris, consid. C.1, p. 8). Or, comme on l'a vu (supra consid. 2.1.4 et 2.1.5), sa présence en Suisse est justifiée notamment par les poursuites pénales dirigées contre lui à raison de faits de même nature qui ont déployé leurs effets en Suisse, de sorte l'on ne se trouve pas dans l'hypothèse réservée par la jurisprudence précitée (v. <ref-ruling> consid. 5c, p. 253 cité supra au consid. 2.1.3). Il s'ensuit que la compétence suisse peut aussi être fondée sur l'<ref-law> pour ce complexe de faits. En conséquence, il importe peu de savoir si les formalités d'une dénonciation au sens des art. 21 CEEJ et XXIV de l'Accord complémentaire ont été respectées. Le grief est infondé.
2.3 Le Ministère public de la Confédération reproche à la Cour des affaires pénales de n'être pas entrée en matière sur divers chefs d'accusation. Il conclut notamment à l'annulation du ch. I.1 de l'arrêt entrepris (refus d'entrer en matière sur les chefs d'accusation 2.2.12 [excepté l'opération 051521], 2.2.13, 2.2.16, 2.2.21, 2.2.22 et 2.2.24 et sur l'accusation de blanchiment au sens de l'<ref-law>).
2.3.1 Les ch. 2.2.12 et 2.2.24 de l'acte d'accusation concernaient des opérations « N._ » et « Q._ ». La Cour des affaires pénales n'est pas entrée en matière sur ces deux cas au motif que l'acte d'accusation ne mentionnait pas que la poursuite pénale avait été déléguée à la Suisse (arrêt entrepris, consid. 4.1.2, p. 28 et consid. 4.3, p. 30).
Le Ministère public, qui invoque la violation de l'art. 126 de la loi de procédure pénale fédérale (PPF; RS 312.0), objecte, à juste titre, que cette mention ne constitue pas un élément indispensable de l'acte d'accusation, de sorte que la Cour des affaires pénales devait, ce nonobstant, examiner d'office sa compétence. Aux <ref-ruling> consid. 6, p. 244 ss, le Tribunal fédéral a, en effet, jugé que l'art. 126 PPF (v. aussi, sur cette norme, infra consid. 3.2), qui détermine le contenu de l'acte d'accusation, n'exige pas que ce dernier se prononce sur la compétence ou d'autres conditions du procès, que le Tribunal pénal fédéral doit examiner d'office. Il s'ensuit que l'argumentation de l'arrêt entrepris ne permet pas de justifier le refus d'entrer en matière. Le grief est bien fondé. Il convient dès lors de renvoyer la cause à l'autorité précédente afin qu'elle complète l'instruction et qu'elle se prononce à nouveau sur sa compétence et, cas échéant, sur le fond.
2.3.2 Le Ministère public soutient ensuite que le refus d'entrer en matière sur les chefs d'accusation 2.2.12, 2.2.13, 2.2.16, 2.2.21, 2.2.22 et 2.2.24 violerait l'<ref-law>.
2.3.2.1 Au consid. 4.3, p. 30 de son arrêt, la Cour des affaires pénales a refusé d'entrer en matière sur cinq chapitres (2.2.13, 2.2.16, 2.2.21, 2.2.22 et 2.2.24) de l'acte d'accusation au motif qu'un nihil obstat n'avait pas été requis des Etats concernés (Slovénie, France, Espagne et Hongrie). On peut renvoyer, en ce qui concerne les ch. 2.2.12 et 2.2.24, qui ont trait à des faits survenus en Italie, à ce qui a déjà été exposé (supra consid. 2.3.1).
2.3.2.2 Pour les quatre cas restants (2.2.13, 2.2.16, 2.2.21 et 2.2.22), le recourant objecte que la drogue en question provenait invariablement du Kosovo et qu'il n'est dès lors pas exclu que AX._ doive être considéré comme co-auteur du trafic exécuté par ses comparses ayant agi depuis le Kosovo.
Dans leurs observations, le Tribunal pénal fédéral et AX._ soutiennent que la Cour des affaires pénales n'était manifestement pas compétente pour connaître, sous l'angle de la LStup, des faits exposés aux ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation. Ils relèvent qu'aucun rapport avec le Kosovo n'était mentionné dans l'acte d'accusation, qui se référait uniquement « aux Balkans ». Ils relèvent aussi que l'instruction n'avait jamais porté sur l'éventualité d'une demande d'extradition de AX._ de la part de la France ou de l'Espagne.
2.3.2.3 Selon la Cour des affaires pénales, ces quatre chapitres de l'acte d'accusation n'avaient aucun lien avec l'Italie ou le Kosovo, mais concernaient des agissements « dans les Balkans et en Slovénie » (2.2.13), « dans les Balkans et en Espagne » (ch. 2.2.16), « en Espagne et en France » (ch. 2.2.21) respectivement « en Hongrie » (ch. 2.2.22). Elle a souligné, dans ce contexte, qu'un nihil obstat n'avait pas été requis des autorités slovènes, espagnoles, françaises et hongroises, de sorte que l'<ref-law> ne pouvait fonder la compétence suisse (arrêt entrepris, consid. 4.3, p. 30). On comprend ainsi que la Cour des affaires pénales, a examiné les questions de territorialité, respectivement sa compétence, sur la seule base des éléments mentionnés formellement dans l'acte d'accusation. Elle n'a pas, en particulier, cherché à déterminer si les faits qui se seraient produits « dans les Balkans » auraient pu se dérouler au Kosovo, pays ayant valablement délivré un nihil obstat pour la poursuite en Suisse des infractions commises sur son sol (cf. supra consid. 2.1.1 et 2.1.3) ou, de toute autre manière, être couverts par la délégation de la poursuite pénale opérée par l'Italie. Cette démarche n'est pas conforme à la jurisprudence (cf. <ref-ruling> précité). Il y a lieu de lui renvoyer la cause sur ce point également afin qu'elle examine ces questions et qu'elle se prononce à nouveau.
2.3.2.4 Dans leurs observations, le Tribunal pénal fédéral et AX._ objectent encore que même si la Cour des affaires pénales avait été compétente territorialement sous l'angle de la LStup, elle n'aurait pu, sur le fond, que conclure à l'acquittement de AX._ des charges mentionnées aux ch. 2.2.12, 2.2.13, 2.2.16, 2.2.22 et 2.2.24. Ils soutiennent que la cour aurait estimé que ces faits n'étaient pas propres à fonder la condamnation de AX._ en application de l'<ref-law>, soit parce qu'ils ne pouvaient être établis, soit parce que ceux qui pouvaient l'être ne permettaient pas de mettre en évidence un lien direct et certain entre AX._ et les trafics d'héroïne concernés. En conséquence, la même conclusion se serait imposée au regard de l'<ref-law>.
On recherche en vain, dans l'arrêt entrepris, les considérations précitées relatives à l'appréciation des preuves et des faits mentionnés sous ch. 2.2.12, 2.2.13, 2.2.16, 2.2.22 et 2.2.24 de l'acte d'accusation, au regard de l'<ref-law>. La cour de céans est liée par les constatations de fait de l'autorité précédente (<ref-law>). Cela s'en-tend des motifs exprimés dans sa décision. La cour de céans n'est, en conséquence, pas en mesure de se prononcer sur l'application du droit fédéral. Il ne lui incombe pas non plus de compléter, en dernière instance, des pans entiers de l'instruction.
2.4 Toujours sous l'angle de la compétence des autorités suisses, le Ministère public de la Confédération reproche enfin au Tribunal pénal fédéral d'avoir violé les <ref-law> et 305bis ch. 2 CP en refusant d'entrer en matière sur les accusations de blanchiment d'argent élevées respectivement contre AX._ et BX._ au Kosovo, faute de délégation à la Suisse, par cet Etat, de la poursuite pénale. Le recourant soutient que la lettre de la MINUK du 8 novembre 2007 contiendrait une telle délégation de compétence et ne pourrait être interprétée, uniquement, comme un simple nihil obstat.
2.4.1 La République démocratique du Kosovo n'est partie ni à la Convention européenne d'entraide judiciaire (CEEJ) ni à la Convention des Nations Unies contre la criminalité transnationale organisée conclue à New York le 15 novembre 2000. La République fédérale de Yougoslavie n'y était pas partie non plus. L'adhésion de la Serbie-Monténégro à ces traités est postérieure au 10 juin 1999, date de la résolution des Nations Unies 1244 instituant une mission intérimaire au Kosovo (MINUK). Cette démarche serbo-monténégrine ne permet donc pas de construire une adhésion par succession d'Etats du Kosovo (v. aussi la Communication adressée par le Sous-Secrétaire général aux affaires juridiques de l'Organisation des Nations unies à la Mission permanente de l'Allemagne le 12 mars 2004, consultée sur internet le 9 novembre 2010 à l'adresse www.icj-cij.org/docket/ files/141/15036.pdf: « Le question de l'applicabilité de la Convention européenne d'extradition au Kosovo est indépendante de celle de l'accession de la Serbie-Monténégro à la Convention. En règle générale, les conventions internationales que la Serbie-Monténégro a ratifiées ou auxquelles elle a accédé après le 10 juin 1999 ne s'appliquent pas automatiquement au Kosovo, bien qu'il soit possible de les faire appliquer en incluant des dispositions à cette fin dans un accord bilatéral entre la MINUK et un Etat tiers »).
2.4.2 En l'absence de convention internationale liant la Suisse et le Kosovo sur l'entraide judiciaire en matière pénale, la question est réglée exclusivement par l'EIMP, les art. 85 ss de cette loi en particulier. Aucune règle de droit interne spéciale comparable à l'<ref-law> n'impose l'application de l'<ref-law> à l'auteur ayant agi à l'étranger. Par ailleurs, l'<ref-law> constitue une infraction contre la justice et non contre l'Etat, ce qui exclut l'application du principe de la personnalité passive (cf. <ref-law>). La réserve de l'<ref-law> ne trouve donc pas application (v. supra consid. 2.2.4).
L'<ref-law> suppose cependant une demande de l'Etat étranger (v. supra consid. 2.2.4).
En l'espèce, par lettre du 16 octobre 2007, le Ministère public de la Confédération a sollicité du Département de Justice de la MINUK l'autorisation de pouvoir poursuivre AX._, BX._ et CX._ en Suisse également pour les actes illicites présumés commis sur le territoire du Kosovo en relation avec l'organisation criminelle dite du « clan X._ », notamment des chefs de participation à une organisation criminelle, d'infractions graves à la loi sur les stupéfiants et de blanchiment d'argent. Par courrier du 8 novembre suivant, le Directeur du Département de Justice de la MINUK a simplement répondu ne pas s'opposer à la poursuite par les autorités suisses des intéressés pour les faits en cause. Ce courrier précise, en outre, que la MINUK n'a pas ouvert d'enquête criminelle à raison de ces faits. Pour ce motif déjà, on ne voit pas qu'une poursuite pénale puisse avoir été déléguée avant d'avoir été ouverte. Le texte de cette correspondance est, en outre parfaitement clair. Il exprime sans ambiguïté que les autorités compétentes au Kosovo n'ont délivré, au plus, qu'un nihil obstat qui n'est pas assimilable à une délégation de la compétence répressive. De surcroît, une éventuelle demande de délégation de la poursuite pénale aurait été soumise à une procédure formelle d'acceptation en Suisse. Or, les conditions de forme de l'<ref-law> ne sont pas remplies et l'arrêt entrepris ne fait pas état non plus d'une éventuelle décision de l'Office fédéral au sens de l'<ref-law>. Ainsi, à supposer même que le Kosovo ait voulu déléguer à la Suisse la poursuite pénale, il ne serait pas établi que la Suisse ait valablement accepté cette délégation. Le grief se révèle ainsi infondé.
2.5 Le Ministère public soutient enfin, dans ce contexte, que tous les actes de blanchiment commis comme membre d'une organisation criminelle au sens de l'<ref-law> constitueraient un soutien à l'organisation au sens de l'<ref-law>. Il se réfère sur ce point aux travaux préparatoires y relatifs (cf. Message du Conseil fédéral relatif à la révision de la confiscation, punissabilité de l'organisation criminelle, droit de communication du financier, du 30 juin 1993; FF 1993 III 269 ss, spéc. ch. 212.3, p. 294). Ces actes ressortiraient en conséquence à la compétence des autorités suisses en application du ch. 3 de l'<ref-law>.
2.5.1 Cet extrait du Message du Conseil fédéral a pour unique fonction de justifier la sanction prévue en application de l'<ref-law>, mais n'aborde en aucune façon la question du concours entre les art. 260ter et 305bis CP. Sur ce dernier point, le Message du Conseil fédéral explique, au contraire, que l'<ref-law> ne revêt qu'une valeur subsidiaire par rapport aux diverses infractions commises par l'organisation, lorsque le soutien ou la participation se limite à des délits bien précis, pour lesquels l'auteur sera puni (Message, ch. 212.7, p. 296). La doctrine s'accorde également pour exclure le concours avec l'<ref-law> lorsque le blanchisseur a agi comme membre d'une organisation criminelle et que seule cette activité lui est reprochée, cette hypothèse étant spécialement visée par l'<ref-law>, qui doit donc s'appliquer seul (URSULA CASSANI, Commentaire du droit pénal suisse, vol. 9, ad art. 305bis, no 66 p. 83; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, ad <ref-law>, no 62 p. 541; JÜRG-BEAT ACKERMANN, Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen und Geldwäscherei, vol. I, 1998, ad art. 305bis, no 514 p. 638; GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, BT II, 5e éd. 2000, § 40, no 34, p. 202; NIKLAUS SCHMID, Insiderdelikte und Geldwäscherei - neuere und künftige Aspekte aus der Sicht der Banken, in Berner Tage für die juristische Praxis 1993, p. 203). Le Tribunal fédéral a ainsi admis, en se référant aux auteurs précités, que selon la volonté claire du législateur, l'<ref-law> a un caractère subsidiaire et ne s'applique pas si tous les aspects de l'acte ou des actes de l'auteur, membre d'une organisation criminelle, sont couverts par d'autres dispositions pénales (arrêt 6S.229/2005, consid. 1.5, publié in SJ 2006 I 125 ss). Cette conception exclut ainsi, dans les cas où le blanchiment, respectivement l'organisation criminelle, présentent des aspects transnationaux, que le juge suisse puisse appliquer son droit national à un acte de blanchiment constitué à l'étranger en se fondant sur l'<ref-law>, au motif que le blanchiment en question a été effectué au profit d'une organisation exerçant ou devant exercer son activité criminelle en Suisse. Si l'<ref-law> a permis une extension du champ d'application territorial du Code pénal en matière d'organisation criminelle, rien n'indique que le législateur entendait, simultanément, étendre ce champ d'application en matière de blanchiment d'argent commis à l'étranger. La conception du concours entre les deux normes choisie par le législateur démontre, bien au contraire, que tel n'était pas le cas.
Il s'ensuit, les actes de blanchiment litigieux ayant été réalisés au Kosovo, que le droit suisse ne leur est pas applicable. Faute de toute délégation de la poursuite pénale sur ce point par le Kosovo à la Suisse, la Cour des affaires pénales ne pouvait pas entrer en matière, étant rappelé que le nihil obstat délivré par les autorités de la MINUK ne saurait être interprété comme une délégation de compétence et ne déploie aucun effet en dehors du champ d'application de l'<ref-law> (v. supra consid. 2.4). Le grief est infondé.
3. AX._ invoque ensuite la violation de l'art. 6 CEDH. Le comportement qui lui est reproché aurait été décrit de manière trop imprécise par l'acte d'accusation, notamment en ce qui concerne les conditions de temps. L'accusation aurait aussi noyé la défense sous le volume des pièces et des rapports produits.
3.1 La portée et l'étendue du principe de l'accusation sont déterminées en premier lieu par le droit de procédure applicable, cantonal ou fédéral. Si la protection que ce droit accorde aux parties apparaît insuffisante, le justiciable peut invoquer les garanties minimales découlant de la Constitution et de la CEDH, dont le Tribunal fédéral vérifie librement le respect (<ref-ruling> consid. 2a p. 22).
3.2 En procédure pénale fédérale, le principe de l'accusation est énoncé par l'art. 169 al. 1 PPF: La Cour ne se prononce que sur le fait qui est l'objet de l'accusation. L'art. 126 PPF précise, par ailleurs, le contenu de cet acte, qui doit désigner (al. 1) l'accusé (ch. 1), l'infraction qui lui est imputée, avec les éléments de fait et de droit (ch. 2), les dispositions applicables de la loi pénale (ch. 3), les preuves invoquées pour les débats (ch. 4) ainsi que la composition de la cour des affaires pénales (ch. 5). Ce document n'est, en revanche, pas motivé (al. 2).
Le recourant ne tente pas de démontrer que ces dispositions auraient été violées. Il n'est, dès lors, pas nécessaire de déterminer si ces règles offrent des garanties plus étendues que celles déduites du droit constitutionnel fédéral et conventionnel qu'il invoque.
3.3 Le principe de l'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. et peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 par. 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique que le prévenu sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense (<ref-ruling> consid. 2a p. 21). Il n'empêche pas l'autorité de jugement de s'écarter de l'état de fait ou de la qualification juridique retenus dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, à condition toutefois que les droits de la défense soient respectés (<ref-ruling> consid. 2a et c p. 21 ss). Si l'accusé est condamné pour une autre infraction que celle visée dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, il faut examiner s'il pouvait, eu égard à l'ensemble des circons-tances d'espèce, s'attendre à cette nouvelle qualification juridique des faits, auquel cas il n'y a pas violation de ses droits de défense (<ref-ruling> consid. 2d/bb p. 24).
3.4 Le recourant ne soutient pas avoir été condamné pour des faits ne faisant pas l'objet de l'acte d'accusation ou que l'autorité précédente s'en serait écartée. Il allègue uniquement que l'acte d'accusation ne répondrait pas à l'exigence de précision.
3.5 Ce grief d'ordre constitutionnel et conventionnel est insuffisamment motivé au regard des exigences accrues déduites de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 6, p. 387). Il est, dans cette mesure irrecevable. Il aurait incombé au recourant de détailler, notamment, quels cas de l'acte d'accusation ayant donné lieu à sa condamnation comportaient des imprécisions et lesquelles.
Au demeurant, on peut relever que les points de l'acte d'accusation 2.2.1, 2.2.6.2, 2.2.8, 2.2.14.2 et 2.2.14.3 pour lesquels AX._ a été condamné pour trafic de stupéfiants, comportaient des indications de dates suffisantes (2.2.1: depuis le mois de décembre 1996 et jusqu'au 1er mars 1997; 2.2.6.2: probablement d'août 2001 au 21 octobre 2001; 2.2.8: de l'été 2001 au 17 février 2002; 2.2.14.2: entre une date indéterminée et le 2 juin 2003; 2.2.14.3: entre le printemps et le 18 juin 2003). Il en va de même du comportement reproché (2.2.1: avoir acquis, importé, détenu, préparé, puis fait livrer 25 kg d'héroïne, en collaboration avec ses frères HX._ et GX._ et avec la complicité de deux autres personnes; 2.2.6.2: avoir organisé et géré, de concert avec son frère HX._, l'exportation entre les Balkans et l'Italie, via l'Albanie, d'une quantité indéterminée d'héroïne; 2.2.8: avoir acquis, importé, détenu, préparé, puis fait livrer 31,5 kg d'héroïne, en collaboration avec son frère HX._et avec la complicité, d'autres personnes; 2.2.14.2: avoir organisé et géré, entre les Balkans et l'Italie, trois livraisons d'héroïne à un dénommé R._; 2.2.14.3: avoir organisé et géré deux livraisons, par son cousin IX._ avec lequel il était en contact téléphonique, de 33 et 35 kilos d'héroïne, depuis les Balkans [première livraison; la seconde ayant été saisie en Italie], avec de nombreuses précisions sur le modus ope-randi). Ces indications, en corrélation avec les offres de preuves, permettaient au recourant de préparer sa défense, soit de se déterminer sur chacun de ces cas. Supposé recevable, le grief serait ainsi de toute manière infondé.
3.6 Pour le surplus, eu égard à l'importance du dossier de la cause, le conseil d'office du recourant a été autorisé à s'adjoindre les services d'un avocat collaborateur pour la préparation des débats et la durée de ceux-ci (arrêt entrepris, consid. F.1, p. 13). Le recourant ne démontre pas en quoi il aurait été impossible à deux avocats, en temps utile, d'examiner les preuves et rapports produits par l'accusation. Insuffisamment motivé (<ref-law>), le grief est irrecevable.
4. AX._ invoque ensuite la violation de son droit d'interroger les témoins à charge YA._, IX._, YB._, YC._, HX._ et GX._, YD._ ainsi que YE._.
4.1 Selon la jurisprudence, la mise en oeuvre de cette garantie exige de l'accusé, respectivement de son avocat, un comportement actif, en temps utile et adéquat pour exercer les droits de la défense, celui d'obtenir la confrontation avec un témoin à charge en particulier (<ref-ruling> consid. 2e/bb, p. 55; arrêt CEDH Cardot c. France, 19 mars 1991, série A, no 200, p. 18 s., § 35 s.; v. aussi <ref-ruling> consid. 6c/bb, p. 134). Il incombe, par ailleurs, à l'accusé, du moins lorsqu'il est assisté d'un avocat, d'étayer sa requête d'audition, en démontrant en quoi le témoignage serait déterminant. Cela implique qu'il indique sur quels points il entend interroger ou contre-interroger le témoin, en précisant quelles questions il voudrait lui poser, lesquelles doivent par ailleurs être pertinentes, c'est-à-dire nécessaires à la manifestation de la vérité (cf. arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme Perna c. Italie du 6 mai 2003, § 29-32; Solakov c. ex-République yougoslave de Macédoine du 31 octobre 2001, § 62; S.N. c. Suède du 2 juillet 2002, § 49 ss).
4.2 En ce qui concerne le témoin YA._, la Cour des affaires pénales a jugé qu'en ne déclarant le lieu de résidence de ce témoin que le jour de l'ouverture des débats (le 18 août 2008) alors que le recourant et son conseil en avaient eu connaissance au plus tard le 25 juillet précédent, le recourant avait agi tardivement (arrêt entrepris, consid. 1.2, p. 23). Elle a motivé de la même manière le refus d'entendre le témoin IX._ (arrêt entrepris, consid. 1.2, p. 23 s.).
AX._ ne tente pas de démontrer qu'il n'aurait pas été en mesure de fournir les indications nécessaires avant le 18 août 2008. Faute d'une argumentation spécifique en relation avec la motivation adoptée par la Cour des affaires pénales, le grief est irrecevable (<ref-law>).
4.3 En ce qui concerne YE._, YD._, HX._ et GX._, l'autorité précédente a rappelé, tout d'abord, que ces auditions avaient été refusées par une décision présidentielle du 16 avril 2008, faute de motivation suffisante. Elle a considéré, statuant sur incident, qu'aucune motivation additionnelle n'avait été fournie dans le délai imparti au recourant pour déposer une liste des questions à l'intention des témoins ne résidant pas en Suisse (arrêt entrepris, consid. 1.2, p. 24).
AX._ se borne à objecter avoir indiqué d'emblée qu'il désirait entendre ces témoins sur son rôle et sa participation à un trafic de stupéfiants, sur les rapports existant avec ses frères, les liens familiaux et les biens lui appartenant. Ce faisant, il ne démontre pas en quoi les principes rappelés ci-dessus (consid. 4.1), qui permettent notamment d'exiger de l'accusé assisté d'un avocat qu'il précise les questions qu'il entend soumettre aux témoins, auraient été violés. Le grief est rejeté.
4.4 En ce qui concerne enfin les témoins YC._ et YB._, le recourant soutient qu'ils étaient essentiels. Il relève que les deux femmes avaient identifié sa voix lors de certaines conversations téléphoniques, ce qui avait permis de lui attribuer des numéros de téléphone et de lui imputer le contenu de ces conversations.
Les déclarations de YB._ et YC._ ne constituent cependant qu'un élément, parmi d'autres, ayant permis d'identifier avec certitude la voix du recourant dans certaines écoutes téléphoniques et de lui attribuer le numéro du raccordement en question (arrêt entrepris, consid. 5.5.1.d, p. 56 s.; consid. 5.6.1.a, p. 60). Dans ces conditions, une appréciation anticipée non arbitraire des preuves, permettait de renoncer à une audition supplémentaire de ces témoins (<ref-ruling> consid. 2.1, p. 429). Le grief est infondé.
4.5 AX._ soutient ensuite que les déclarations retranscrites de YB._ et YC._ auraient dû être retranchées du dossier parce que leurs auditions, obtenues par commission rogatoire en 2007, ne répondraient pas aux exigences des art. 75 ss PPF.
4.5.1 Conformément à l'art. 75 al. 1 let. a PPF, le conjoint, même divorcé, le partenaire enregistré, même si le partenariat est dissous, ou la personne menant de fait une vie de couple avec l'inculpé ont le droit de refuser leur témoignage. Le juge doit informer un tel témoin de ce droit (art. 76 al. 1 PPF). Le témoin peut refuser de donner les réponses qui l'exposeraient personnellement ou exposeraient l'un de ses proches, au sens de l'art. 75, à des poursuites pénales ou à un grave déshonneur (art. 79 al. 1 PPF). Le juge informe le témoin qu'il est tenu de dire la vérité en toute conscience et de ne rien dissimuler. Il attire son attention sur les conséquences d'un refus de témoigner et sur les dispositions légales réprimant le faux témoignage. Il l'avise au surplus qu'il peut être astreint à confirmer sa déclaration par serment ou par attestation solennelle (art. 82 PPF). Lorsque le juge constate que l'une des prescriptions des art. 76 ou 82 n'a pas été observée, il est tenu de réparer l'omission et de demander au témoin s'il veut refuser ou modifier sa déposition. S'il n'est pas possible de réparer l'omission ou si le témoin refuse ou modifie sa déposition, le témoignage primitif doit être considéré comme nul (art. 83 PPF).
4.5.2 Toutefois, l'exécution des mesures requises pour la coopération internationale se fait selon les formes et la procédure de l'Etat requis (ROBERT ZIMMERMANN, op. cit., ch. 274, p. 259; cf. aussi la solution identique consacrée par les art. 3 par. 1 CEEJ, 18 ch. 3 let. a et le ch. 17 de la Convention des Nations Unies contre la criminalité transnationale organisée conclue à New York le 15 novembre 2000 [RS 0.311.54]). Le droit interne de l'Etat requérant ne trouve, en règle générale, application à de telles mesures que sur demande expresse de cet Etat et à condition que son application soit compatible avec le droit interne de l'Etat requis (<ref-law>; art. 18 ch. 17 de la Convention des Nations Unies). Le recourant ne démontre pas qu'une telle demande aurait été faite par la Suisse. Il ne peut, dès lors, prétendre au retranchement pur et simple de ces témoignages au seul motif que le droit interne suisse n'aurait pas été appliqué.
4.5.3 Lors de l'audition de ces témoins par commission rogatoire au Kosovo, l'avertissement suivant leur a été donné par le juge (procès-verbaux des auditions extraordinaires, par le juge international Leonard Assira, de YB._ et YC._, des 4 et 5 mai 2005):
« I would like to advise your duties as a witness. As a witness, it is your duty to speak the truth and that you may not withhold anything. You are warned that false testimony constitutes criminal offense. You may not answer individual questions by which you would be likely to expose yourself or a close relative to a serious disgrace, considerable material damage or criminal prosecution ».
Il y a lieu de compléter d'office, sur ce point, l'état de fait de la décision entreprise (<ref-law>).
On peut ainsi tout au plus se demander dans quelle mesure le fait que ces témoignages ont été recueillis sans que les déclarantes aient eu la possibilité de refuser de témoigner à l'encontre d'un époux, même divorcé, d'un partenaire enregistré ou d'une personne menant de fait une vie de couple avec lui doit constituer un élément d'appréciation de la preuve que le juge suisse doit prendre en considération. Une telle question d'appréciation, que le Tribunal fédéral ne revoit guère que sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.), doit cependant faire l'objet d'un grief spécifique répondant aux exigences de l'<ref-law>. Le recourant n'argumente pas sur ce plan-là, de sorte qu'il n'est pas nécessaire d'examiner ce point plus avant. Au demeurant, les intéressées, ont été dûment informées de leur droit de refuser de faire des déclarations susceptibles d'exposer « un proche » (a close). On doit admettre que cette notion relativement large englobe tout au moins le conjoint ou la personne faisant ménage commun avec le témoin. Or, l'arrêt entrepris constate que YC._, que le recourant a épousée en 1985 ou 1986, vit à l'année dans la maison de ce dernier, sans que rien n'indique une séparation de corps (arrêt entrepris, consid. H.1, p. 19). Il s'ensuit que l'intéressée a accepté de répondre aux questions du juge international en toute connaissance de cause. Quant à YB._, la décision querellée constate qu'elle n'est que « l'une des maîtresses » du recourant (arrêt entrepris, consid. 5.2.2, p. 37). Ce dernier ne tente pas de démontrer qu'il aurait fait ménage commun avec elle. Il s'ensuit qu'elle n'aurait, de toute manière, pu refuser de témoigner contre lui, même en application de l'art. 75 al. 1 let. a PPF. Dans ces conditions, il n'était pas arbitraire de reconnaître force probante à ces déclarations. Supposé recevable, le grief se révélerait ainsi de toute manière infondé.
4.6 AX._ conteste ensuite la valeur probante d'écoutes téléphoniques réalisées par les autorités italiennes. Il relève que les procès-verbaux y relatifs ne répondraient pas aux exigences jurisprudentielles.
4.6.1 Aux <ref-ruling> consid. 4.1, p. 88 s., le Tribunal fédéral a rappelé que les droits de la défense dérivant du droit d'être entendu, en tant qu'élément de la garantie d'un procès équitable, exigent que les modalités de l'établissement des moyens de preuve, des procès-verbaux en langue étrangère de communications téléphoniques dans une langue tierce en particulier, soient décrites dans le dossier. Il en a conclu que l'autorité cantonale ne pouvait, sans autre, se référer à de tels documents lorsque ces conditions n'étaient pas réalisées. Il a cependant aussi précisé que de telles preuves pouvaient, à nouveau, être administrées par l'écoute des enregistrements en audience avec une traduction immédiate (consid. 4.3 in fine, p. 90).
4.6.2 En l'espèce, une telle possibilité a été offerte au recourant, qui en a fait usage en relation avec certaines des écoutes téléphoniques italiennes figurant au dossier (arrêt entrepris, consid. 5.4.2, p. 52). On doit ainsi admettre, que mis en mesure d'exercer ses droits de la défense, le recourant y a, implicitement mais clairement, renoncé (cf. <ref-ruling> consid. 5f p. 37 ss), en ce qui concerne les autres écoutes.
4.7 AX._ invoque aussi l'arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.) et la présomption d'innocence (art. 9 et 32 Cst.; art. 6 CEDH) en relation avec l'identification de sa voix sur des écoutes téléphoniques.
4.7.1 Il ne soutient pas (<ref-law>) qu'un doute subsisterait après l'examen des preuves. Il tente de démontrer que les autorités cantonales auraient dû en éprouver un en les appréciant sans arbitraire (sur cette notion v. : <ref-ruling> consid. 1.3, p. 4 s.). Ces griefs se confondent (<ref-ruling> consid. 2a p. 88).
4.7.2 AX._ se réfère tout d'abord à une conversation téléphonique du 21 février 1997. Il relève que la voix du locuteur lui a été attribuée par un interprète et par un autre traducteur à son frère HX._. Il relève que d'autres retranscriptions d'écoutes téléphoniques indiquent que la voix est « probablement » celle de AX._ ou encore « AX._ oder HX._ ». Il en déduit qu'il était arbitraire de conclure qu'il avait personnellement participé à ces dialogues.
L'implication du recourant dans l'opération « V._ » a été établie sur la base de deux conversations téléphoniques du 2 mars 1997. Dans la première, l'un des interlocuteurs demande à parler au frère de HX._ et GX._ et y parvient (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.c, p. 43). Dans la seconde, l'interlocuteur se présente lui-même comme le frère de GX._ (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.d, p. 43). La Cour des affaires pénales a procédé par élimination, HX._ et GX._ étant détenus depuis le 1er mars 1997 en Suisse et le quatrième frère, BX._, n'étant âgé que de seize ans, il ne subsistait guère de doute que le recourant fût le frère intervenant dans la conversation (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.c, p. 43). Dans une conversation du 3 mars 1997, un suspect demande si AX._ est là à sa soeur JX._ (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.e, p. 44). Dans une conversation du 30 mars 1997, JX._ répond à son interlocuteur qu'à sa connaissance AX._ n'a pas reçu l'argent (arrêt entrepris, consid. 5.3.1.f, p. 44).
Dans ces conditions, le seul fait que des doutes ont pu subsister sur la participation réelle du recourant à une conversation du 21 février 1997 ne remet pas en question son implication dans l'opération « V._ ». L'arbitraire n'est pas démontré dans le résultat, ce qui conduit au rejet du grief (<ref-ruling> consid. 1.3, p. 4 s.).
4.7.3 Pour le surplus, le recourant ne précise pas quels faits pertinents auraient été établis sur la base d'autres écoutes figurant au dossier et pour lesquels il subsisterait des doutes sur l'identité du locuteur. Le grief est insuffisamment motivé (<ref-law>). Il est irrecevable dans cette mesure.
5. AX._ invoque ensuite la violation de l'<ref-law>. Il soutient, en substance, que l'administration des preuves n'aurait pas permis d'établir précisément qu'il aurait commis l'un ou l'autre des actes réprimés par le ch. 1 de cette norme.
5.1 Le recourant mêle, ce faisant, de manière indistincte des griefs de droit et de fait. Ces derniers ne répondent pas aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law>. On se limitera, dès lors, dans la mesure où les griefs de violation du droit satisfont aux exigences de motivation de l'<ref-law>, à examiner si les faits retenus à la charge du recourant constituent des infractions à l'<ref-law>.
5.2 Dans le cadre de l'opération « S._ », la Cour des affaires pénales a considéré que les moyens de preuve récoltés démontraient que le recourant avait participé à l'importation en Suisse depuis le Kosovo de 10,13 kilos d'héroïne pure saisis le 17 février 2002 à Lucerne. Il avait fourni les 31,5 kilos d'héroïne mélange. Il était le destinataire des paiements effectués par le grossiste YL._ en contrepartie de la drogue (arrêt entrepris, consid. 5.2.2, p. 37).
5.3 En relation avec l'opération « V._ », il est établi que le recourant a joué un rôle actif dans l'importation en Suisse de 25 kilos d'héroïne mélange saisis le 1er mars 1997 à Lucerne (arrêt entrepris, consid. 5.3.2 et 5.3.3, p. 45 s.).
5.4 Les moyens de preuve récoltés dans le cadre de l'opération « W._ » démontrent que le recourant a, une première fois, organisé depuis le Kosovo, l'importation de 40 kilos d'héroïne en Italie. Il s'est par ailleurs engagé, depuis le Kosovo, à livrer en Italie une deuxième cargaison de 40 kilos d'héroïne d'excellente qualité (arrêt entrepris, consid. 5.4.4, p. 53).
5.5 En ce qui concerne l'opération « K._ / livraison au dénommé R._ », il ressort de l'arrêt entrepris que le recourant a notamment fourni quatre cargaisons d'héroïne mélange, dont les trois premières totalisaient 106 kilos et pour lesquelles il avait reçu au moins 1'255'000 euros (arrêt entrepris, consid. 5.5.1.h, p. 58 s.).
5.6 S'agissant enfin de l'opération « KL._ », la Cour des affaires pénales a retenu que le recourant avait, le 18 juin 2003, coordonné par téléphone depuis le Kosovo, la prise en charge, par des destinataires inconnus, de 35 kilos d'héroïne mélange, fournis par lui-même, par l'intermédiaire de son cousin IX._ (arrêt entrepris, consid. 5.6.2, p. 63).
5.7 Ces faits correspondent à ceux réprimés par l'art. 19 ch. 1 al. 3, 4 et 5 LStup. Il est vrai que, dans tous ces cas, la participation du recourant procède, en grande part, de la prise de décision et de la donnée d'ordres à des subalternes. Cela ne s'oppose cependant pas à sa condamnation en tant que participant à ces infractions. Son intervention, qui apparaît décisive pour l'exécution, permet de l'en reconnaître coauteur (sur cette notion, v. <ref-ruling> consid. 2d p. 23). Le grief est infondé dans la mesure où il est recevable.
6. Le Ministère public de la Confédération soulève lui aussi divers griefs de fond en relation avec l'acquittement partiel de AX._.
6.1 Il soutient ainsi qu'il y a eu violation des <ref-law> et 19 ch. 2 LStup parce que l'admission d'une organisation criminelle permettrait d'imputer à AX._, en tant que membre dirigeant, les actes de trafic pour lesquels la Cour des affaires pénales a retenu que son implication personnelle n'était pas suffisamment démontrée (cf. consid. 5.7 p. 64 s. de l'arrêt entrepris).
Le Ministère public méconnaît, à cet égard, le caractère subsidiaire de l'<ref-law>, dont l'application est exclue notamment lorsqu'une infraction à l'<ref-law> peut être imputée à un auteur personnellement (v. l'arrêt du Tribunal fédéral du 20 juillet 2005 publié à la SJ 2006 I 125, consid. 1; v. aussi supra consid. 2.5.1). Ce caractère subsidiaire empêche que la participation à l'organisation criminelle puisse justifier l'imputation à l'intéressé, comme coauteur, des infractions qui n'auraient pu, sans cela, lui être reprochées personnellement. Le grief est infondé.
6.2 Le Ministère public de la Confédération reproche ensuite au Tribunal pénal fédéral de « n'être pas entré en matière » sur les infractions visées au consid. 5.7 let. m et n de son arrêt.
6.2.1 La Cour des affaires pénales n'a pas refusé d'entrer en matière. Elle a statué au bénéfice du doute, considérant que la participation de AX._ à ces deux infractions n'était pas établie (arrêt entrepris, consid. 5.7.m et n, p. 72). Le recourant ne tente pas de remettre en cause directement cette appréciation des preuves, dont le résultat lie, en conséquence la cour de céans (<ref-law>). Il soutient, en revanche, sous l'angle de la violation du droit fédéral, que le recourant et son frère HX._ agissant en bande, les infractions visées au consid. 5.7.m et n étaient également imputables à AX._.
6.2.2 Conformément à la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 3, p. 295), le Tribunal pénal fédéral, après avoir constaté qu'un motif d'aggravation de l'<ref-law> était réalisé, n'avait plus à rechercher si une autre circonstance, la bande en particulier, était donnée. En effet, une telle circonstance aggravante n'a pas, contrairement à ce que soutient implicitement le recourant, pour fonction de simplifier l'imputabilité des actes commis à différents auteurs ou participants. Il est vrai que les membres d'une bande répondent des actes commis dans ce cadre en tant que coauteurs, en d'autres termes que la répartition concrète des rôles au sein de la bande ne joue plus de rôle au moment de qualifier la participation des différents auteurs, dans la mesure où chacun a tenu le rôle qui lui était assigné par la bande (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 146 s.; 87 IV 234 consid. 2 spéc. p. 234 s.). Encore faut-il que la participation effective de l'auteur à une infraction donnée, commise en bande, soit établie, fût-ce comme simple complice. Les faits commis hors bande ne sont, en revanche, pas visés (GÜNTER STRATENWERTH / WOLFGANG WOHLERS, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, 2007, art. 139 n. 11; contra: F. GASSER, La participation à une organisation criminelle active dans le trafic de stupéfiants, RFJ 2006, p. 121).
En l'espèce, la Cour des affaires pénales a acquitté AX._ des chefs d'inculpation nos 2.2.19 (opération « aaa ») et 2.2.23 (opération « bbb ») parce qu'un doute subsistait quant à sa participation effective à ces deux opérations imputables à son frère HX._ (jugé séparément au Kosovo; v. supra consid. A). L'autorité précédente n'a donc pas exclu, en raison de ce doute, que ces faits aient pu avoir été commis « hors bande » par HX._. Cette appréciation des preuves lie la cour de céans (<ref-law>). L'acquittement de AX._ sur ce point ne viole donc pas les principes de droit fédéral rappelés ci-dessus.
6.3 Le Ministère public remet ensuite en cause les constatations de fait relatives au consid. 5.7.g, p. 68 de l'arrêt entrepris. En résumé, il soutient que l'autorité précédente a ignoré une pièce (rapport de la police italienne) permettant d'établir que dans le cadre de l'opération « ccc », les trafiquants ont été en contact téléphonique avec un certain ABX._ auquel ils décrivent l'opération en cours. Or, le numéro de téléphone de ABX._ est un numéro attribué à AX._, ce qui permettrait de lui imputer la responsabilité de ce trafic.
Le rapport du 9 avril 2002 émanant du GOA (Gruppo operativo antidroga della Guardia di Finanza) dit simplement que la surveillance du téléphone du dénommé YF._ a permis d'identifier une conversation avec le numéro 11111111 attribué au dénommé « ABX._ » et le 22222222 attribué à l'un de ses collaborateurs et que l'on peut présumer (è presumibile) que les criminels ont utilisé ces liaisons téléphoniques pour définir les détails d'une importation imminente de stupéfiants. Indépendamment de l'attribution de ces raccordements téléphoniques, la supputation sur leur utilisation relève largement de la supposition, de sorte que la conclusion de l'autorité précédente selon laquelle il n'était pas possible de relier le recourant aux transactions en question n'apparaît pas arbitraire.
7. BX._ conteste sa condamnation pour participation à une organisation criminelle (<ref-law>). Il ne nie pas l'existence d'une telle organisation. Invoquant, en revanche, la présomption d'innocence et l'interdiction de l'arbitraire, il estime que la preuve de la réalisation de l'élément subjectif de cette infraction ne serait pas rapportée.
7.1 Le recourant ne soutient pas qu'un doute aurait subsisté à l'issue de l'appréciation des preuves à laquelle a procédé la Cour des affaires pénales, mais tente de démontrer que l'autorité précédente aurait dû en éprouver un. Les griefs déduits de la présomption d'innocence et de la garantie contre l'arbitraire se confondent (v. supra consid. 4.7.1).
7.2 En bref, la Cour des affaires pénales a retenu, d'une part, que BX._menait une vie très modeste en Allemagne et, d'autre part, qu'il était propriétaire de bien-fonds d'habitation et commerciaux à et aux alentours de P._. Il avait fait l'acquisition de plusieurs véhicules de luxe. Enfin, il avait tenu des conversations téléphoniques « conspiratrices ». Concrètement, BX._ avait, entre 2000 et 2003, « investi » plus de 170'000 DEM et 33'000 euros en véhicules divers (BMW 325i, Audi A4 1.9 TDI, Lamborghini Diablo) et avait « reçu », sur la base d'un contrat visiblement faux, une automobile d'une valeur à neuf de plus de 140'000 euros (Mercedes SL55 AMG). Il avait également, entre 1999 et 2001, acheté en liquide des biens immobiliers pour 780'000 DEM. Il avait reçu de son frère AX._ un bien de 300'000 DEM et était inscrit comme propriétaire d'un autre fonds acquis par sa mère pour une somme de 400 à 500'000 DEM. Il était également propriétaire d'une maison estimée à 33'000 euros. Enfin, BX._ avait entretenu, en janvier 2004, des conversations au moyen de plusieurs numéros de téléphone, dans lesquelles étaient utilisées des expressions manifestement connues des interlocuteurs, telles que « vache sans argent », « 6 ou 7 maisons pour préparer tout de suite », « locum », « voitures » et « âne ». Il y était aussi fait mention du « grand », soit de HX._ (arrêt entrepris, consid. II.B.12 et 13, p. 101 ss).
La Cour des affaires pénales a mis en relation les acquisitions en question avec le fait que les frères X._ avaient détenu des sommes considérables au Kosovo, qui avaient été utilisées pour des investissements systématiques dans l'immobilier, des centres commerciaux et des véhicules de luxe, en particulier. Ces sommes ne trouvaient aucune origine licite alors que le réinvestissement d'une partie des profits de la drogue dans l'immobilier et des dépenses somptuaires sous forme de véhicules de prestige constituaient un des modus operandi de l'organisation. Selon les propres déclarations de BX._, les sommes dont il était en possession provenaient de sa famille et il avait acheté en son propre nom ou s'était vu donner par son frère AX._ immeubles et véhicules de luxe. Les circonstances de l'achat de la Lamborghini, respectivement celles de l'achat et de l'inscription de la parcelle no 1790 permettaient de considérer que BX._ obéissait à ses frères, chefs de l'organisation, en leur fournissant les véhicules demandés et en investissant le bénéfice du trafic de drogue dans l'immobilier. La Cour des affaires pénales a conclu que ses liens avec l'organisation et son intégration à celle-ci étaient évidents et que ses activités permettaient aux membres de l'organisation de jouir des fruits de leurs actes illicites. Les conversations téléphoniques de janvier 2004 constituaient un autre élément permettant d'établir l'appartenance de BX._ à l'organisation. Il y utilisait un langage « conspirateur » et il se référait à son frère HX._. Il n'avait fourni aucune explication au sujet des termes particuliers utilisés dans ces conversations et que des explications incohérentes quant au fait qu'il avait rappelé son interlocuteur depuis un autre numéro. Ces circonstances permettaient de conclure qu'il accomplissait des actes en faveur de l'organisation X._, soit en rapport avec le trafic de drogue, soit en rapport avec le rapatriement de l'argent fruit du trafic de drogue et/ou l'achat de biens immobiliers et de véhicules avec cet argent. Au plan subjectif, il était manifeste qu'il connaissait la structure, l'organisation et les activités de l'organisation criminelle et qu'il avait la volonté d'y participer. Le contenu des conversations téléphoniques démontrait, en particulier, que BX._ n'était pas le naïf instrument de ses frères plus âgés, mais au contraire qu'il avait conscience et volonté de participer, en tant que membre et par une activité propre, à l'organisation criminelle co-dirigée par AX._ (arrêt entrepris, consid. II.B.13, p. 107 ss).
7.3 BX._ objecte que l'appréciation selon laquelle le langage « conspirateur » utilisé lors des conversations téléphoniques démontrerait, au plan subjectif, sa participation à l'organisation criminelle, serait arbitraire. Il souligne que l'enquête n'a pas permis d'établir le sens réel de ces expressions, soit les infractions qu'elles recouvraient.
Le recourant méconnaît sur ce point que précisément l'infraction de participation à une organisation criminelle ne présuppose pas que soit établie la réalisation d'une infraction particulière (<ref-ruling> consid. 4.1.3, p. 135). Cela étant, la Cour des affaires pénales pouvait conclure sans arbitraire du fait que le recourant participait à des conversations téléphoniques codées au cours desquelles il se référait à son frère HX._, lui-même responsable de l'organisation criminelle dont l'existence n'est pas contestée, que le code en cause était lié aux activités de l'organisation criminelle. Cette déduction était d'autant moins arbitraire que l'utilisation de tels langages avait cours à tous niveaux de cette organisation (v. p. ex.: arrêt entrepris, consid. 5.4.1.d, p. 47 s., où l'on parle de « mariée » et de discours »; consid. 5.5.1.d, p. 56 où il est question de « visas », de « giampiera » et de « maiza »; consid. 5.6.1, p. 60 où il est question d'un « chien de bonne qualité »). Il est vrai que la plupart des expressions particulières utilisées dans ces conversations l'ont été par l'interlocuteur du recourant. A une exception près, celui-ci ne marque cependant aucun signe d'incompréhension. Ses réponses paraissent ainsi s'inscrire naturellement dans le cours du dialogue, de sorte qu'il importe peu de savoir s'il utilise activement ou non ce langage.
7.4 BX._ soutient aussi qu'il serait arbitraire de déduire des seules conversations téléphoniques en question qu'il connaissait la structure, l'organisation et les activités de l'organisation criminelle et qu'il avait la volonté d'y participer. La Cour des affaires pénales n'a cependant pas tiré cette conclusion des seules conversations téléphoniques, mais de l'ensemble des circonstances qu'elle a relevées (arrêt entrepris, consid. II.B.13, p. 109), lesquelles incluent les achats de véhicules de luxe et d'immeubles en relation avec AX._ ainsi que la mention de HX._ dans les conversations téléphoniques et l'utilisation du langage codé dans ce contexte. Le grief ainsi formulé ne démontre dès lors pas en quoi la déduction de la Cour des affaires pénales, fondée sur un faisceau d'indices concordants, serait arbitraire.
7.5 BX._ relève enfin les liens familiaux qui l'unissent à HX._ et AX._, qui expliqueraient les transactions en rapport avec des voitures et des immeubles.
Le recourant ne conteste ni l'existence de l'organisation criminelle, ni le fait que ses frères HX._ et AX._ étaient à sa tête. Dans ce contexte, et compte tenu du niveau de vie modeste affiché par le recourant en Allemagne, d'une part, du montant très important sur lequel ont porté les transactions sur des automobiles et des immeubles ainsi que de la référence à l' « Oncle HX._ » dans une conversation tenue à mots couverts, d'autre part, l'autorité précédente disposait d'indices convergents suffisants pour conclure que le recourant participait à l'organisation X._ dont il n'ignorait ni la structure ni l'activité. Le grief est infondé.
7.6 Le recourant ne prétend à une indemnité pour détention injustifiée qu'en relation avec sa conclusion tendant à son acquittement. Le rejet de celle-ci entraîne le refus de celle-là.
8. AX._ et le Ministère public de la Confédération discutent encore la quotité de la peine infligée au premier nommé. L'admission du recours du Ministère public de la Confédération (v. supra consid. 2.4) rend prématuré l'examen de ces griefs. Par économie de procédure, il convient cependant déjà de rappeler, dans ce contexte, que AX._, contrairement à ce qu'il soutient, ne saurait se prévaloir, en ce qui concerne les infractions à la LStup commises au Kosovo, du droit plus favorable de cet Etat (v. supra consid. 2.1.3).
9. Les recourants CX._, DX._, EX._ et FX._ contestent la confiscation des parcelles nos 555 et 571 de la commune de M._, respectivement des maisons qui y sont sises. AX._ conteste la confiscation des parcelles nos 571 et 581. BX._ celle des parcelles nos 555 de M._ ainsi que 2568, 1790, 1791 et 1792 à O._.
9.1 Selon l'<ref-law>, quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et (let. a) a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b) a qualité pour former un recours en matière pénale. Cette disposition donne une définition générale de la qualité pour recourir en matière pénale. La liste figurant sous la let. b énumère les cas ordinaires où la condition de l'intérêt juridique à recourir est en principe réalisée. Elle n'est toutefois pas exhaustive. Sous l'ancien droit de procédure, le Tribunal fédéral a reconnu la qualité pour se pourvoir en nullité à celui qui s'opposait à la confiscation d'avoirs bancaires lui appartenant, admettant ainsi qu'il avait un intérêt juridiquement protégé à ce que la décision fût annulée ou modifiée (<ref-ruling> consid. 1.3, p. 282 et les références).
DX._, EX._ et FX._ n'ont pas été parties à la procédure devant l'autorité précédente. Alléguant être propriétaires des parcelles nos 555 et 571 de la commune de M._ et invoquant la violation de leur droit d'être entendus, soit qu'ils ont été privés de la possibilité de prendre part à la procédure, ils ont qualité pour recourir en matière pénale.
9.2 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de produire des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur leur résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision rendue (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 494; <ref-ruling> consid. 2c p. 578). Une renonciation au droit d'être entendu, à la tenue d'une audience publique en particulier, ne doit pas être admise trop facilement, mais doit être établie de manière non équivoque et s'entourer d'un minimum de garanties correspondant à sa gravité (<ref-ruling> consid. 5f p. 37 ss). La même réserve s'applique en ce qui concerne la renonciation à son droit d'être entendu par le propriétaire d'un objet confisqué (arrêt non publié du 13 janvier 2009, 6B_623/2008, consid. 2.1.2).
En l'espèce, il est apparu en cours d'instruction déjà que certains des immeubles séquestrés au Kosovo étaient inscrits au registre foncier au nom de YX._ et que ce dernier était décédé vers 1993, ses fils, dont CX._ et DX._, lui succédant (v. procès-verbal d'audition de DX._, du 21 août 2008, p. 3 s.; procès-verbal d'audition YH._, du 20 août 2008, p. 27). Il s'ensuit que la question de la propriété de ces biens se posait, tout au moins à titre préjudiciel, au stade de la confiscation (cf. <ref-ruling> consid. 7b, p. 368). En prononçant cette mesure sans permettre aux intéressés de s'exprimer, l'autorité précédente a violé leur droit d'être entendus. A cet égard, le seul fait que DX._ ait comparu comme témoin dans cette procédure et qu'il n'ait pas, à cette occasion, demandé à y être partie en ce qui concerne la confiscation, ne suffit pas à établir une renonciation claire à exercer son droit d'être entendu en relation avec la confiscation des biens sur lesquels il prétend des droits de propriété. Le dossier de la cause ne permet pas d'établir non plus que les recourants auraient été informés d'une autre manière de la procédure en cours et qu'ils auraient renoncé à y participer.
L'arrêt entrepris doit ainsi être annulé en ce qui concerne la confiscation des parcelles nos 555 et 571 et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales afin qu'elle complète l'instruction, en tenant compte de ce qui sera exposé ci-dessous (consid. 9.4) et en permettant aux intéressés de faire valoir leur point de vue.
9.3 AX._ était partie à la procédure précédente. Il a été condamné. Il conteste la confiscation des parcelles nos 571 et 581 de la commune de M._ en niant, en particulier, en être propriétaire, respectivement propriétaire économique. Selon la jurisprudence, il est légitimé à soulever ce grief (<ref-ruling> consid. 7b, p. 368). BX._ était également partie à la procédure. Il s'oppose à la confiscation des parcelles nos 555 (M._), 1790, 1791, 1792 et 2568 (O._), dont il n'est pas contesté qu'il soit le propriétaire. Il est légitimé également à recourir.
9.4 Les recourants soutiennent tous que la confiscation de biens immobiliers sis au Kosovo violerait la souveraineté de cet Etat. Cette mesure serait nulle de ce simple fait. Ils relèvent notamment, sur ce point, que l'accord entre la Confédération suisse et la République fédérale d'Allemagne (RS 0.351.913.61) précise expressément que « d'après la jurisprudence du Tribunal fédéral suisse, une ordonnance de séquestre d'un objet qui ne se trouve pas en Suisse est nulle » et que dans l'arrêt publié aux <ref-ruling>, le Tribunal fédéral a expressément indiqué qu'une saisie provisoire portant sur une somme d'argent se trouvant à l'étranger n'était pas possible en dehors des procédures d'entraide judiciaire.
9.4.1 Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de juger que les remarques figurant en annexe de l'Accord complémentaire entre la Confédération suisse et la République fédérale d'Allemagne (RS 0.351.913.61) se rapportaient à la jurisprudence rendue en matière de séquestre selon le droit des poursuites et non à la confiscation pénale (<ref-ruling> consid. 8a, p. 542). Quant à l'arrêt publié aux <ref-ruling>, auquel se réfèrent les recourants, il n'a pas trait à la validité en Suisse d'une décision portant sur des biens sis à l'étranger, mais à la validité d'une mesure prise en Suisse sur des biens parvenus dans notre pays au mépris du principe de la bonne foi dans l'accomplissement des devoirs internationaux de la Suisse envers un Etat avec lequel elle est liée par un traité. Les recourants ne peuvent rien en déduire en leur faveur en l'espèce. Il convient, en revanche, d'examiner de manière plus approfondie le grief déduit de la violation de la souveraineté étatique.
9.4.2 La Suisse a reconnu l'indépendance du Kosovo au mois de février 2008. Cette reconnaissance implique le respect de la souveraineté de cet Etat.
9.4.3 Selon la jurisprudence, les Etats se doivent de respecter réciproquement leur souveraineté. Les actes de puissance publique accomplis par un Etat ou par ses agents sur le territoire d'un autre sans le consentement de ce dernier sont inadmissibles (<ref-ruling> consid. 2.5.1 p. 239). Il n'est pas nécessaire que l'autorité ait agi sur sol étranger pour porter atteinte à la souveraineté de l'Etat étranger; il suffit que ses actes aient des effets sur le territoire de cet Etat (arrêt P.1201/1981 du 15 juillet 1982 consid. 3a publié in EuGRZ 1983 p. 435; cf. MARC HENZELIN, Le principe de l'universalité en droit pénal international, 2000, n. 592, p. 190; DAVE SIEGRIST, Hoheitsakte auf fremden Staatsgebiet, 1987, p. 11). Les mesures de contrainte de nature à porter atteinte à la souveraineté d'un Etat et au principe de non-ingérence qui en découle, ne peuvent donc, dans la règle, être prises qu'en vertu du droit international (traité, accord bilatéral, droit international coutumier) ou, à défaut, en vertu du consentement préalable de l'Etat concerné dans le respect des règles internationales régissant l'entraide judiciaire (arrêt non publié du 2 juin 2008, 1B_57/2008, consid. 3.1 et les références citées).
9.4.4 La confiscation en nature consiste en la soustraction des objets confisqués du patrimoine du sujet de la confiscation et en l'attribution de l'objet confisqué au pouvoir de disposition de l'Etat. Cette dernière intervient par le seul effet du jugement, indépendamment de toute procédure de réalisation (FLORIAN BAUMANN, BSK, Strafrecht I, 2e éd. 2007, n. 13 ad art. 70/71 CP). Le droit de propriété n'est, en revanche, pas attribué à l'Etat (NIKLAUS SCHMID, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, tome I, art. 59, n. 168). Le prononcé de confiscation, en tant qu'il attribue à la Confédération un pouvoir de disposition sur des immeubles, n'en déploie pas moins des effets juridiques au lieu de situation de ceux-ci. C'est pourquoi, dans la règle, la confiscation prononcée en Suisse ne peut avoir pour objet que des avantages patrimoniaux sis en Suisse (NIKLAUS SCHMID, op. cit, art. 59, n. 22 et 232; FLORIAN BAUMANN, BSK Strafrecht I, 2e éd. 2007, art. 72 n. 7; v. aussi PAOLO BERNASCONI, Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, tome II, § 7, n. 542). Le principe de la territorialité réserve, en ce sens, la souveraineté de l'Etat étranger (GÉRARD PIQUEREZ, Traité de procédure pénale suisse, 2e éd., 2006, § 4 n. 24, p. 50).
9.4.5 En matière de confiscation, la jurisprudence du Tribunal fédéral repose sur le principe selon lequel l'entraide internationale doit être aussi efficace que possible. Cela justifie notamment la possibilité d'exécuter en Suisse les décisions étrangères portant confiscation de biens sis en Suisse. Une telle possibilité d'exécution d'un jugement étranger s'impose notamment parce qu'avant même qu'un tel jugement soit rendu par l'Etat étranger, les mêmes biens pourraient lui être remis en vue de confiscation (<ref-ruling> consid. 8b, p. 543). Il s'ensuit que, du point de vue suisse, le seul fait qu'une décision de confiscation soit prononcée dans un Etat sur des biens sis dans un autre Etat ne conduit pas nécessairement à la nullité de la décision de confiscation. Dans le domaine de l'entraide judiciaire en matière pénale, dominé par le but de renforcer la répression de la criminalité, le principe de la territorialité ne peut, en effet, être appréhendé dans une conception par trop absolue (<ref-ruling> consid. 4a, p. 524 s.). En ce sens, le Tribunal fédéral a aussi, dans un cas demeuré isolé, confirmé la validité de la confiscation prononcée en Suisse de biens sis à l'étranger, en France et aux Etats-unis notamment (arrêt du 31 janvier 1986, Str.503/1985, publié in SJ 1986 p. 520 ss, consid. 4). Ces principes, tels qu'ils sont reconnus en Suisse, ne sauraient cependant préjuger de la réception par l'Etat étranger de la décision de confiscation prononcée en Suisse.
9.4.6 Il convient donc de rechercher si une ingérence dans la souveraineté du Kosovo pouvait être justifiée en vertu du droit international (traité, accord bilatéral, droit international coutumier) ou, à défaut, en vertu de son consentement préalable.
9.4.7 La République démocratique du Kosovo n'est partie ni à la Convention européenne d'entraide judiciaire (CEEJ), ni à la Convention du Conseil de l'Europe No 141 relative au blanchiment, au dé-pistage, à la saisie et à la confiscation de produits du crime du 8 novembre 1990 (RS 0.311.53), ni à la Convention des Nations Unies contre la criminalité transnationale organisée conclue à New York le 15 novembre 2000 (v. supra consid. 2.4.1). En l'absence de traités internationaux et de règles coutumières, seule demeure la justification tirée du consentement préalable.
9.4.8 A cet égard, le jugement entrepris fait état de l'entraide intervenue au stade du séquestre conservatoire des immeubles. Ceux-ci ont tous été saisis préalablement, sur commission rogatoire du Juge d'instruction fédéral, par une décision du 15 août 2007 émanant du Juge international Fields et prise au nom de la MINUK (arrêt entrepris, consid. B.21, p. 128). Il convient d'examiner, à titre préalable, l'opposabilité de cet acte à l'Etat dont l'indépendance a été déclarée et reconnue par la Suisse au mois de février 2008 (v. supra consid. 9.4.2), puis la portée de cette mesure d'entraide.
Au sujet du premier point, il convient de rappeler que la Cour internationale de Justice de La Haye a rendu, le 22 juillet 2010, un avis consultatif sur la conformité au droit international de la déclaration unilatérale d'indépendance relative au Kosovo. Cet avis juridique ne porte pas sur les conséquences juridiques de cette déclaration, respectivement de celles de reconnaissance émanant de certains Etats (avis consultatif, § 51). Il en ressort cependant que les ch. 9 et 12 du dispositif même de la déclaration d'indépendance sont libellés comme suit: « 9. Nous assumons par la présente les obligations internationales du Kosovo, dont celles conclues pour notre compte par la Mission d'administration intérimaire des Nations Unies au Kosovo (MINUK); 12. Nous affirmons par la présente, clairement, explicitement et de manière irrévocable, que le Kosovo sera tenu légalement de respecter les dispositions contenues dans cette déclaration, dont plus particulièrement les obligations qui lui incombent aux termes du plan Ahtisaari ... Nous déclarons publiquement que tous les Etats sont en droit de ses prévaloir de cette déclaration » (avis consultatif, § 75). On doit ainsi admettre que la Suisse, qui a reconnu l'indépendance de cet Etat, peut se prévaloir au plan international de ces engagements, notamment en relation avec les actes d'entraide internationale en matière pénale effectués sous l'égide de la mission intérimaire.
En ce qui concerne l'étendue de l'entraide accordée, il est vrai que la demande de séquestre adressée par l'Office des juges d'instruction fédéraux au Procureur international de la MINUK faisait clairement état d'une « saisie en vue de confiscation » des biens immobiliers en question et que la décision rendue au Kosovo se réfère expressément à la demande suisse en précisant que « the court in Switzerland will ultimately address and rule upon whether the immovable properties listed in this order are material benefits of criminal activities and properly subject to confiscation » (La cour suisse examinera et décidera en dernier lieu si les biens immobiliers mentionnés dans la présente décision constituent des bénéfices matériels d'une activité criminelle et sont bien sujets à confiscation). On ne saurait, pour autant, en déduire que le Kosovo a admis d'emblée la compétence des autorités suisses pour ordonner la confiscation. Cette décision indique en effet aussi que « The temporary order shall remain in effect until a final resolution of the matter occurs in Switzerland, including appeals, and, thereafter, a further order of this court is entered » (La décision provisoire déploiera ses effets jusqu'à ce qu'un jugement final soit rendu en Suisse, y compris recours, ensuite de quoi une nouvelle décision sera rendue par la cour). La décision étrangère dispose ainsi clairement que l'entraide est accordée et exécutée en ce qui concerne le séquestre et que les autorités judiciaires suisses devront se prononcer sur l'origine criminelle ou non des biens séquestrés. En revanche, la locution « properly subject to confiscation » et la précision qu'une nouvelle décision devra être rendue au Kosovo après épuisement des voies de droit en Suisse contre le jugement sur le fond ne permettent pas de conclure avec certitude que l'Etat requis a reconnu de manière irrévocable la compétence des autorités suisses pour ordonner la confiscation de biens se trouvant sur le territoire du Kosovo. Il demeure, sur ce point, une ambiguïté, ces considérants suggérant plutôt que l'effet confiscatoire ne résulterait que d'une ultime décision rendue dans cet Etat.
9.4.9 De surcroît, les difficultés juridiques et pratiques liées à l'exécution de la confiscation peuvent aussi être prises en considération au stade de la décision l'ordonnant (cf. NIKLAUS SCHMID, Kommentar précité, art. 59, n. 54).
En l'espèce, l'intervention devant la cour de céans de tiers prétendant des droits réels sur les immeubles en cause, démontre déjà que la question préjudicielle ne pourra être esquivée. L'autorité précédente a, par ailleurs, constaté que le registre foncier local, les registres fiscaux et les documents contractuels fournissaient des informations contradictoires (v. arrêt entrepris, consid. III.B.3 et 4, p. 130 ss). On ignore, en outre, tout du régime des droits réels prévalant sur les lieux et si, en particulier, il est concevable de disposer séparément des constructions et du sol, comme paraît l'avoir pensé l'autorité précédente en confisquant des maisons d'habitation (arrêt entrepris, dispositif, ch. IV.3) ou même s'il est possible de confisquer le sol.
9.4.10 Les considérations qui précèdent conduisent à l'annulation de la décision de confiscation portant sur les immeubles nos 555, 571, 581, 2568, 1790, 1791 et 1792 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente, afin qu'elle se prononce à nouveau sur ces questions, après avoir obtenu le consentement clair de l'Etat du lieu de situation des immeubles et entendu toutes les parties intéressées.
Ce renvoi ne remet, en revanche, pas en cause le séquestre conservatoire qui demeure en force jusqu'à décision finale sur ce point.
10. Le Tribunal fédéral dispose d'une marge de manoeuvre étendue en ce qui concerne la fixation (art. 65 al. 2, 3 et 5 LTF) et la répartition des frais (<ref-law>). Eu égard à la diversité des intérêts en jeu, à la nature et au caractère accessoire de la confiscation ainsi qu'à l'intervention de tiers, il convient de traiter séparément la question des frais et dépens, respectivement les demandes d'assistance judiciaire en relation avec cette mesure.
10.1 En ce qui concerne sa condamnation pénale, AX._ succombe dans ses conclusions. Son recours était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Les frais seront fixés en tenant compte de sa situation financière (<ref-law>) qui n'apparaît pas favorable en raison de sa détention.
La Confédération, représentée par son Ministère public, ne supporte pas de frais (<ref-law>), bien qu'elle succombe partiellement dans ses conclusions. AX._ a été assisté de Me Stefan Disch, avocat, au moment du dépôt des écritures de recours et jusqu'au 24 décembre 2009. Me Georges Reymond, également avocat, a informé le Tribunal fédéral qu'il succédait à Me Disch, le 13 janvier 2010. Me Reymond a déposé des observations sur le recours du Ministère public de la Confédération, concluant au rejet de ce dernier. AX._ peut prétendre des dépens réduits pour l'activité de ce conseil.
BX._ succombe. Ses conclusions étaient d'emblée dénuées de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée. Il supporte une part des frais qui sera fixée en tenant compte de sa situation financière. Faute d'avoir procédé sur le recours du Ministère public de la Confédération, il ne peut prétendre des dépens malgré le rejet partiel de ce recours sur un point le concernant (v. supra consid. 2.4).
10.2 AX._, BX._, CX._, DX._, EX._ et FX._ obtiennent gain de cause en ce qui concerne la confiscation. Ils ne supportent pas de frais et peuvent prétendre des dépens à la charge de la Confédération, représentée par son Ministère public (art. 68 al. 3 a contrario LTF). Les quatre derniers recourants ont agi ensemble par l'intermédiaire du même conseil. Les dépens leur seront alloués conjointement. Quant à AX._, il était assisté, sur ce point, par Me Stefan Disch (v. supra consid. 10.1).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 6B_731, 732, 733 et 734/2009 sont jointes.
2. Le recours du Ministère public de la Confédération est admis partiellement. L'arrêt entrepris est annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente afin qu'elle complète l'instruction et qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants. Le recours est rejeté, pour le surplus, dans la mesure où il est recevable.
3. La Confédération versera en main du conseil de AX._, Me Georges Reymond, avocat, la somme de 500 fr. à titre de dépens.
4. Le recours de AX._ est rejeté dans la mesure où il est recevable, en ce qui concerne sa condamnation.
5. Le recours de BX._ est rejeté dans la mesure où il est recevable, en ce qui concerne sa condamnation et sa prétention à une indemnité pour détention injustifiée.
6. Les requêtes d'assistance judiciaire de AX._ et BX._ sont rejetées dans cette mesure.
7. En relation avec sa condamnation, AX._ supporte des frais judiciaires arrêtés à 1600 fr.
8. En relation avec sa condamnation, BX._ supporte des frais judiciaires arrêtés à 1600 fr.
9. Les recours de AX._, BX._, CX._, DX._, EX._ et FX._ sont admis en ce qui concerne la confiscation. L'arrêt entrepris est annulé sur ce point et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales afin qu'elle procède conformément aux considérants qui précèdent.
10. Il n'est pas prélevé de frais en relation avec l'examen de ces questions.
11. La Confédération versera en main du conseil de AX._, Me Stefan Disch, avocat, la somme de 1000 fr. à titre de dépens.
12. La Confédération versera en main du conseil de BX._, Me Diego Bischof, avocat, la somme de 1000 fr. à titre de dépens.
13. La Confédération versera en main du conseil de CX._, DX._, EX._ et FX._, Me Christophe Piguet, avocat, la somme de 1000 fr. à titre de dépens.
14. Les requêtes d'assistance judiciaire sont, dans cette mesure, sans objet.
15. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales, et à Me Stefan Disch.
Lausanne, le 9 novembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat