Faits:
A. A.a M. A.X._, né en 1965, et Mme B.X._, née en 1970, se sont mariés le 30 avril 2003 à Genève, sous le régime matrimonial légal de la participation aux acquêts.
Le couple a deux enfants: C._, née en 2007, et D._, né en 2009.
Les époux X._ ont mis un terme à leur vie commune fin octobre 2007.
M. A.X._ a eu un troisième enfant, E._, en 2010. Il est désormais séparé de la mère de la fillette.
A.b La situation financière des parties se résume ainsi:
Mme B.X._ est médecin radiologue. Après avoir travaillé jusqu'en mai 2008 comme cheffe de clinique aux Hôpitaux Universitaires de Genève pour un revenu mensuel brut de 10'000 fr., elle travaille depuis le 1er octobre 2009 auprès de la société F._ SA. Occupée dans un premier temps à 60% pour un salaire mensuel net de 13'314 fr. 75, elle a réduit son taux d'activité à 50 % depuis le 1er janvier 2012, réalisant ainsi un revenu mensuel net de 10'723 fr. 40. Ses charges ont été arrêtées à 14'000 fr. Le taux d'activité de Mme B.X._, de même que le montant de ses charges, sont critiqués par son époux.
M. A.X._ est économiste, issu de la HEC de St-Gall. Il est administrateur unique et actionnaire unique de G._ SA dont le but est la gestion et l'administration de fortune. M. A.X._ a également été gérant, voire administrateur de différentes sociétés. Son revenu mensuel moyen a été fixé par les tribunaux à 20'000 fr., montant qu'il conteste; ses charges, dont le montant est également critiqué, ont été arrêtées à 5'806 fr. par mois.
B. B.a Par requête déposée le 24 juin 2010 devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, Mme B.X._ a formé une demande unilatérale en divorce, assortie d'une demande de mesures provisoires et de mesures préprovisoires urgentes.
Sur mesures provisoires, l'épouse a notamment conclu à ce que son époux soit condamné à verser, pour l'entretien de la famille, la somme de 9'000 fr. par mois dès le 1er juillet 2009, sous déduction du coût mensuel global de la garde d'enfants et de montants déjà payés par l'intéressé entre juillet 2009 et juin 2010. Dans des écritures ultérieures, elle a porté à 12'000 fr. par mois la somme réclamée, sous les déductions précitées.
B.b Parallèlement, par requête du 29 juin 2010, M. A.X._ a également formé une demande unilatérale en divorce, assortie d'une demande de mesures préprovisoires urgentes et de mesures provisoires.
Sur mesures provisoires, réclamant un très large droit de visite, il a conclu à ce qu'il lui soit donné acte, ainsi qu'à son épouse, de leur engagement réciproque à assumer les frais relatifs à l'entretien courant des enfants lorsque ceux-ci résident auprès de chacun d'entre eux; il a aussi pris l'engagement d'assurer tous les coûts raisonnables liés à l'entretien et l'éducation des enfants ainsi que leurs frais extraordinaires.
B.c La garde des enfants a été confiée à leur mère par ordonnance de mesures pré-provisoires urgentes du 11 août 2010.
B.d Statuant sur mesures provisoires par jugement du 4 février 2011, le Tribunal de première instance a notamment condamné M. A.X._ à verser à son épouse, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 10'000 fr. à titre de contribution à l'entretien de sa famille, ce à partir du 1er juillet 2009 et sous imputation des sommes déjà versées à ce jour ainsi que des charges déjà payées par l'intéressé.
M. A.X._ a appelé de cette décision, appel déclaré irrecevable pour cause de tardiveté par la Cour de justice le 26 août 2011. Par arrêt du 23 février 2012 (5A_704/2011), le Tribunal fédéral a néanmoins annulé ce dernier arrêt et retourné la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le 14 septembre 2012, sur renvoi du Tribunal de céans, la Cour de justice a réformé le jugement rendu par le Tribunal de première instance en ce sens que la somme admise à titre de déduction a été chiffrée à 208'952 fr., le montant de la pension demeurant identique, à savoir 10'000 fr. par mois dès le 1er juillet 2009.
C. Agissant le 22 octobre 2012 par la voie du recours en matière civile, M. A.X._ réclame l'annulation de l'arrêt cantonal et sa réforme en ce sens qu'il lui est donné acte de son engagement à verser à son épouse, dès le 1er juillet 2009, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, la somme de 3'000 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille, sous imputation d'un montant de 208'952 fr. versé à fin mai 2012 et de toutes autres sommes versées à ce titre dans l'intervalle; à titre subsidiaire, le recourant réclame le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Appelées à se déterminer, la cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimée conclut à ce que le recourant soit débouté de toutes ses conclusions.

Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2), rendue dans une cause de nature civile (<ref-law>) et pécuniaire, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, art. 74 al. 1 let. b LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'autorité précédente. En tant que la décision querellée a été prise par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (<ref-law>), le présent recours en matière civile est recevable.
2. 2.1 Dès lors que la décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles (<ref-ruling> consid. 5.1), seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de ces droits que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités). Si le recourant se plaint d'arbitraire, il ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité précédente, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application de la loi ou une appréciation des preuves insoutenables (<ref-ruling> consid. 3.2).
2.2 De jurisprudence constante, le Tribunal fédéral se montre réservé en matière d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît dans ce domaine aux autorités cantonales (parmi plusieurs: <ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les arrêts cités). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3).
3. Dans un premier grief, le recourant s'en prend au montant du revenu que lui a imputé la cour cantonale, considérant que non seulement l'estimation effectuée par la juridiction ne serait pas motivée (consid. 3.2), mais qu'elle serait également arbitraire (consid. 3.3).
3.1 La juridiction a considéré en substance que les salaires fluctuants allégués par l'époux n'étaient pas suffisants pour lui permettre d'assurer le train de vie qu'il menait, de sorte qu'il devait nécessairement percevoir des revenus qu'il ne déclarait pas. A l'instar du premier juge, elle a ainsi procédé à une estimation de son salaire réel, se fondant pour ce faire sur différents indices: les créances d'actionnaire détenues par l'intéressé entre 2007 et fin 2009 contre sa société G._ SA, ses mandats de gestion ou d'administrateur occupés au sein de différentes sociétés, ses dépenses luxueuses (vins et montres), voire extraordinaires (bateau à 75'000 fr.), les frais d'entretien allégués pour lui-même et les versements destinés à l'entretien de sa famille ou encore les différents prêts qu'il avait été en mesure d'octroyer. La juridiction cantonale a par ailleurs noté que les économies alléguées par le recourant, placées auprès du Crédit Suisse, et dont le montant atteignait 106'955 fr. en 2006, n'étaient pas suffisantes pour justifier son train de vie; quant aux prêts dont le recourant prétendait qu'il avait lui-même bénéficié par l'intermédiaire de ses proches ou de la société H._, ils ont également été écartés par la cour cantonale, celle-ci jugeant que leur réalité n'était pas suffisamment établie. Se fondant sur ces différents éléments, le tribunal cantonal en a conclu que le montant de 20'000 fr. retenu par la première instance constituait ainsi une estimation correcte du montant dont le recourant pouvait disposer mensuellement à titre de revenu net.
3.1 La juridiction a considéré en substance que les salaires fluctuants allégués par l'époux n'étaient pas suffisants pour lui permettre d'assurer le train de vie qu'il menait, de sorte qu'il devait nécessairement percevoir des revenus qu'il ne déclarait pas. A l'instar du premier juge, elle a ainsi procédé à une estimation de son salaire réel, se fondant pour ce faire sur différents indices: les créances d'actionnaire détenues par l'intéressé entre 2007 et fin 2009 contre sa société G._ SA, ses mandats de gestion ou d'administrateur occupés au sein de différentes sociétés, ses dépenses luxueuses (vins et montres), voire extraordinaires (bateau à 75'000 fr.), les frais d'entretien allégués pour lui-même et les versements destinés à l'entretien de sa famille ou encore les différents prêts qu'il avait été en mesure d'octroyer. La juridiction cantonale a par ailleurs noté que les économies alléguées par le recourant, placées auprès du Crédit Suisse, et dont le montant atteignait 106'955 fr. en 2006, n'étaient pas suffisantes pour justifier son train de vie; quant aux prêts dont le recourant prétendait qu'il avait lui-même bénéficié par l'intermédiaire de ses proches ou de la société H._, ils ont également été écartés par la cour cantonale, celle-ci jugeant que leur réalité n'était pas suffisamment établie. Se fondant sur ces différents éléments, le tribunal cantonal en a conclu que le montant de 20'000 fr. retenu par la première instance constituait ainsi une estimation correcte du montant dont le recourant pouvait disposer mensuellement à titre de revenu net.
3.2 3.2.1 Le recourant soutient que le tribunal cantonal aurait mal motivé le montant du revenu réel qu'il lui avait imputé, affirmant à cet égard qu'à la lecture de la décision entreprise, il n'était pas en mesure de comprendre le calcul effectué par la cour inférieure pour parvenir à un montant, contesté, de 20'000 fr. par mois.
3.2.2 Selon la jurisprudence, le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comporte, notamment, l'obligation pour le juge de motiver sa décision, afin que ses destinataires et toutes les personnes intéressées puissent la comprendre et l'attaquer utilement en connaissance de cause, et qu'une instance de recours soit en mesure, si elle est saisie, d'exercer pleinement son contrôle (cf. arrêt 2A.496/2006 du 15 octobre 2007 consid. 5.1.1 non publié in: 133 II 429 et les arrêts cités). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il s'est fondé pour prendre sa décision (<ref-ruling> consid. 4.3 et les arrêts cités).
3.2.3 Le grief de défaut de motivation est infondé. La cour cantonale a établi le caractère fluctuant des revenus du recourant ainsi que le manque de transparence de sa situation financière pour arrêter, sur la base d'indices clairement indiqués, le revenu qui pouvait réellement lui être imputé. Que celui-ci considère que dite estimation aurait été arbitrairement effectuée n'est pas déterminant pour fonder la violation de son droit d'être entendu. A cela s'ajoute que l'intéressé a parfaitement été en mesure de s'en prendre à la motivation de l'arrêt attaqué, ce sur près de vingt pages, circonstance permettant d'écarter définitivement le défaut de motivation allégué.
3.3 Le recourant s'en prend également à l'estimation même de son revenu réel. Pour l'essentiel, son argumentation est toutefois appellatoire ou ne parvient pas à dissiper les doutes soulevés par l'instance précédente quant à la réalité de la situation financière qu'il allègue.
3.3.1 Il en est notamment ainsi lorsque l'intéressé affirme que ce serait en réalité ses économies, issues d'un compte détenu auprès de la banque en ligne Swissquote, qui lui avait permis d'assurer ses nombreuses dépenses, économies que les juges cantonaux n'avaient pourtant arbitrairement pas prises en considération. Or, si les relevés de ce dernier compte attestent certes de transferts de fonds importants en faveur du recourant, l'on ignore cependant tout de l'origine des capitaux déposés sur ce prétendu compte épargne, lequel semble au demeurant faire l'objet de transactions boursières régulières.
3.3.2 De même, le recourant ne peut démontrer la réalité des prêts prétendument octroyés par ses proches (cousine, père notamment) ou par la société H._ en alléguant le seul fait que son compte ait été crédité par des transferts de fonds provenant des intéressés. Telle affirmation ne suffit pas à infirmer le manque de documentation relevé à cet égard par la cour cantonale.
3.3.3 Les critiques développées par le recourant ne permettent pas non plus de retenir l'arbitraire de la conclusion cantonale retenant, dès 2010, l'existence de revenus complémentaires liées à des activités accessoires - incontestées - d'administrateur ou de gestionnaire de fonds. D'une part, le recourant procède à sa propre appréciation des preuves, ce qui est inadmissible devant le Tribunal de céans et ne suffit pas à démontrer l'arbitraire du raisonnement de la cour cantonale (consid. 2 supra). D'autre part, il ne conteste pas avoir allégué un salaire de 7'256 fr. en 2010, ne dénie pas efficacement s'être alors acquitté partiellement d'un loyer mensuel de 8'540 fr. (infra consid. 3.3.5), ni ne dément avoir déclaré régler des charges d'un montant de 8'261 fr. tout en contribuant à l'entretien de sa famille à raison d'une moyenne de 1'963 fr. par mois; de même, alors qu'il percevait un revenu déclaré de 7'337 fr. nets en 2011, il n'a pas contesté subvenir à son entretien à concurrence de 9'689 fr. et à celui de sa famille par le paiement de la contribution d'entretien fixée judiciairement à 10'000 fr. par mois. Dans ces circonstances, retenir l'existence de revenus complémentaires n'apparaît nullement arbitraire.
3.3.4 Au contraire de ce que laisse ensuite entendre le recourant, la juridiction cantonale n'a pas directement intégré dans son revenu la créance d'actionnaire dont il disposait contre la société G._ SA entre 2007 et 2009, mais s'en est en réalité servi comme indice lui permettant d'estimer son revenu réel d'un point de vue comptable, rémunération qui ne pouvait qu'être supérieure au revenu prétendu, vu les dépenses assumées par le recourant, à savoir notamment le versement mensuel de 7'252 fr. pour le seul entretien de sa famille de janvier 2008 à juin 2009.
Contrairement à ce que paraît aussi prétendre le recourant, la Cour de justice n'a pas conclu que les revenus 2007 permettaient d'apprécier son niveau de rémunération en 2009, la juridiction notant simplement que, comme sus-indiqué, la créance d'actionnaire permettait d'apprécier le niveau de rémunération auquel le recourant pouvait prétendre d'un point de vue comptable. Au demeurant, il sied de rappeler au recourant que, lorsqu'il s'agit de fixer les revenus d'un indépendant dont les revenus sont fluctuants, il convient de tenir compte, en général, du bénéfice net moyen réalisé durant plusieurs années afin d'obtenir un résultat fiable (arrêts 5A_246/2009 du 22 mars 2010 consid. 3.1 publié in: FamPra.ch 2010 678 ss et les références; 5A_687/2011 du 17 avril 2012 consid. 5.1.1).
3.3.5 Le recourant ne conteste pas non plus efficacement avoir acquis le bateau « Cibici » pour un montant de 75'000 fr. en septembre 2009 tout en alléguant un salaire de 3'636 fr. 50 par mois et des honoraires de consultant de 26'858 fr. pour la période s'écoulant entre le 4 février et le 1er octobre 2009. Si, comme il le prétend, ce bateau appartient en réalité à Y._, il n'en demeure pas moins que le recourant a été en mesure de débourser une telle somme, puisqu'il est établi que la transaction s'est effectuée depuis son compte Swissquote, ce sans qu'une trace de son remboursement ultérieur ne soit relevée.
Le recourant remarque également qu'il serait arbitraire d'avoir retenu qu'il s'acquittait, en partie du moins, du loyer de l'appartement qu'il partageait avec son ex-compagne, d'un montant de 8'540 fr. Il affirme à cet égard que ce serait celle-ci qui se chargerait intégralement du loyer, fondant son allégation sur les déclarations formulées en audience par l'intéressée. Or, vu le salaire réalisé par l'ex-compagne (11'700 USD), ses propos ont précisément été écartés par la cour cantonale du fait de leur manque de crédibilité.
Quant au prêt de 33'000 fr. octroyé en 2010 à Y._, la référence au compte Swissquote n'est à cet égard d'aucune aide au recourant en tant qu'il a été relevé que l'on ignorait comment ce dernier compte était alimenté (consid. 3.3.1 supra). La même conclusion s'impose s'agissant des achats de vins et de montres entre mars et juillet 2010 ainsi que du remboursement de 142'000 fr., effectué en 2012 en faveur de son père, identiquement financés.
3.4 Le recourant se plaint aussi de ce que la cour cantonale se serait référée au calculateur de salaire en ligne pour le canton de Genève afin de confirmer que les salariés ayant le même niveau de formation que lui réalisent un revenu mensuel brut de 21'350 fr. La critique du recourant à cet égard n'est pas particulièrement claire. A supposer qu'il reproche ainsi au tribunal cantonal d'avoir voulu lui imputer un revenu hypothétique sans concrètement analyser les possibilités dont il disposait pour le réaliser, il sied de souligner que la juridiction a en réalité procédé à une appréciation de son salaire réel, sur la base d'indices, la référence contestée venant simplement appuyer le résultat de son estimation.
4. Le recourant reproche aussi à la cour cantonale d'avoir arbitrairement fixé ses charges.
4.1 Le recourant se plaint avant tout que l'autorité précédente aurait écarté, sans motif valable, la preuve de l'entretien de son troisième enfant, qu'il estime à 950 fr. par mois.
Dans la mesure où aucune pièce n'a été produite à ce sujet, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir retenu un montant de 200 fr., correspondant à la moitié du minimum vital de la fillette.
4.2 Le recourant prétend ensuite que sa charge fiscale aurait été arbitrairement arrêtée à 1'300 fr. par mois alors qu'elle devait être estimée à 1'900 fr. Contrairement à ce qu'il paraît retenir, la charge fiscale mensuelle de 1'300 fr. a été fixée par le Tribunal de première instance; la Cour de justice a corrigé celle-ci à 2'540 fr. par mois.
4.3 Le recourant reproche ensuite à la cour cantonale de ne pas avoir pris en considération au nombre de ses charges les frais liés à l'exercice du droit de visite sur son troisième enfant qui vit à Neuchâtel. Présenté pour la première fois devant le Tribunal de céans, ce moyen de fait nouveau est irrecevable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
5. Le recourant s'en prend également aux charges et revenu de son épouse tels que fixés par la cour cantonale.
5.1 Le recourant affirme d'abord que le tribunal cantonal aurait arbitrairement retenu les charges liées au train de vie de son épouse, alors que lui-même était tenu à son minimum vital, créant ainsi une situation inégalitaire entre les époux. Les juges cantonaux avaient ainsi pris en compte les coûts d'une nurse à plein temps alors que l'intimée travaillait à temps partiel, de même que les charges relatives à l'assurance-maladie complémentaire de son épouse.
Ces charges, alléguées par l'épouse en instance cantonale, n'ont pas été contestées par le recourant devant la Cour de justice. Il ne saurait dès lors se prévaloir de cette critique factuelle devant le Tribunal fédéral (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
5.2 Le recourant soutient également que, de façon totalement inique, la cour cantonale n'aurait pas tenu compte des allocations familiales de 600 fr., reçues notoirement par l'intimée pour les deux enfants.
Les allocations familiales ne doivent en principe pas être retenues dans la capacité contributive du débirentier ou du parent gardien, dès lors que ce sont les enfants qui en sont titulaires et qu'il en est tenu compte dans la fixation de l'entretien que leur doit le parent débiteur (notamment: arrêts 5C.48/2001 du 28 août 2001 consid. 3c publié in: FamPra.ch 2002 p. 145 ss; 5A_288/2009 du 10 septembre 2009 consid. 3.3; 5A_685/2008 du 18 décembre 2008 consid. 3.2.3 et les citations). Dans ces conditions, l'on ne perçoit pas en quoi la décision attaquée est arbitraire puisqu'elle ajoute précisément les allocations à la contribution due par le recourant.
5.3 Le recourant affirme ensuite que la charge fiscale de l'intimée ne peut atteindre 4'000 fr. par mois, comme retenu par la cour cantonale, mais qu'elle devrait en réalité approcher la somme mensuelle de 2'000 fr. En tant qu'il fonde sa conclusion sur des éléments qui diffèrent des faits retenus par la cour cantonale (montant du revenu de l'épouse notamment) et sur le montant qu'il estime lui-même devoir verser pour entretenir sa famille, sa critique ne peut qu'être déclarée irrecevable (consid. 2 supra).
5.3 Le recourant affirme ensuite que la charge fiscale de l'intimée ne peut atteindre 4'000 fr. par mois, comme retenu par la cour cantonale, mais qu'elle devrait en réalité approcher la somme mensuelle de 2'000 fr. En tant qu'il fonde sa conclusion sur des éléments qui diffèrent des faits retenus par la cour cantonale (montant du revenu de l'épouse notamment) et sur le montant qu'il estime lui-même devoir verser pour entretenir sa famille, sa critique ne peut qu'être déclarée irrecevable (consid. 2 supra).
5.4 5.4.1 Le recourant reproche encore à la cour cantonale d'avoir arbitrairement admis la réduction du temps de travail de son épouse en se référant aux lignes directrices établies par la jurisprudence quant à la prise ou reprise d'une activité lucrative du parent à qui la garde des enfants en bas âge a été confiée. Le recourant soutient que, dans la mesure où son épouse disposait des services d'une nurse à temps complet, il était admissible d'exiger qu'elle maintienne son taux d'activité à 60% pour un salaire de 13'457 fr.
5.4.2 La jurisprudence admet que l'on ne peut en principe exiger de l'époux qui a la garde des enfants la prise ou la reprise d'une activité lucrative à un taux de 50% avant que le plus jeune d'entre eux n'ait atteint l'âge de 10 ans révolus, et de 100% avant qu'il n'ait atteint l'âge de 16 ans révolus (<ref-ruling> consid. 3c; <ref-ruling> consid. 4.2.2.2). Ces lignes directrices sont toujours valables dès lors que, comme par le passé, la garde et les soins personnels sont dans l'intérêt des enfants en bas âge, ainsi que de ceux en âge de scolarité, et que les soins personnels représentent un critère essentiel lors de l'attribution de la garde (ATF <ref-ruling> consid. 4.2.2.2 et la référence). Elles ne constituent toutefois pas des règles strictes; leur application doit dépendre du cas individuel. Ainsi, une activité lucrative apparaît exigible lorsqu'elle a déjà été exercée durant la vie conjugale ou si l'enfant est gardé par un tiers, de sorte que le détenteur de l'autorité parentale, respectivement de la garde, n'est pas empêché de travailler pour cette raison. En revanche, la reprise d'une activité lucrative demeure inexigible en présence d'un enfant handicapé ou lorsqu'il y a beaucoup d'enfants (arrêt 5A_6/2009 du 30 avril 2009 consid. 2.2). Le juge du fait doit appliquer ces lignes directrices dans le cadre du large pouvoir d'appréciation qui est le sien lorsqu'il s'agit de fixer la contribution d'entretien (<ref-ruling> consid. 4).
5.4.3 Le recourant n'a jamais contesté les charges liées à la nurse alors que son épouse travaillait à 60%. Il faut donc en conclure son accord à assumer cette charge malgré le fait que l'intimée ne travaillait qu'à temps partiel. Dans ces circonstances, on ne saurait considérer que les juges cantonaux ont commis l'arbitraire en admettant la réduction du temps de travail - 10% - alléguée par l'épouse malgré l'aide fournie à plein temps par la nurse.
6. Le recourant se plaint enfin d'une application arbitraire de l'<ref-law>, critiquant la méthode retenue par la juridiction cantonale pour établir le montant de la contribution d'entretien en faveur de la famille.
6.1 La cour cantonale a fixé le revenu réel du recourant à 20'000 fr., sans que celui-ci ne parvienne à démontrer l'arbitraire d'une telle estimation. Le salaire de l'épouse a été arrêté à 10'700 fr., sans que le recourant n'établisse l'arbitraire de cette constatation. Faisant ensuite application de la méthode du minimum vital élargi avec répartition de l'excédent, les juges cantonaux ont réparti le disponible des parties, soit 10'894 fr., à raison de 3/4 en faveur de l'épouse et d'un quart pour le mari. La contribution pouvant être allouée à l'intimée se chiffrait ainsi à 11'470 fr. par mois, montant qui permettait de confirmer le montant de 10'000 fr. fixé par le premier juge et que l'intéressée n'avait pas critiqué.
6.1 La cour cantonale a fixé le revenu réel du recourant à 20'000 fr., sans que celui-ci ne parvienne à démontrer l'arbitraire d'une telle estimation. Le salaire de l'épouse a été arrêté à 10'700 fr., sans que le recourant n'établisse l'arbitraire de cette constatation. Faisant ensuite application de la méthode du minimum vital élargi avec répartition de l'excédent, les juges cantonaux ont réparti le disponible des parties, soit 10'894 fr., à raison de 3/4 en faveur de l'épouse et d'un quart pour le mari. La contribution pouvant être allouée à l'intimée se chiffrait ainsi à 11'470 fr. par mois, montant qui permettait de confirmer le montant de 10'000 fr. fixé par le premier juge et que l'intéressée n'avait pas critiqué.
6.2 6.2.1 Le recourant soutient que, vu la situation confortable des parties, le tribunal cantonal aurait dû appliquer les critères de l'entretien post-divorce et examiner le montant nécessaire pour maintenir le train de vie durant le mariage. La méthode du minimum vital n'était pas appropriée, pas plus que ne l'était la proportion dans laquelle le disponible était réparti, celle-ci violant de surcroît le principe d'égalité entre enfants du même débirentier. Le recourant prétend aussi qu'en bénéficiant d'une contribution d'entretien de 10'000 fr., ajoutée à un revenu du même montant, l'intimée profiterait d'un train de vie supérieur à celui qui prévalait durant le mariage, les revenus totaux du couple n'excédant pas 20'000 fr. lors de la vie commune. Le recourant précise enfin qu'il n'a pas à être contraint de recourir à sa fortune pour contribuer à l'entretien de sa famille, situation qui ne serait admissible que lorsque le train de vie des époux ne pouvait être maintenu après la séparation et que l'on imposait la même contrainte à son conjoint.
6.2.2 L'intimée soutient que ce serait le recourant lui-même qui aurait préconisé la méthode critiquée pour calculer la contribution d'entretien. Elle remarque également qu'au moment de leur séparation, les parties disposaient à elles deux de revenus à concurrence de 40'000 fr. par mois, de sorte qu'en bénéficiant d'une pension de 10'000 fr., l'intimée ne disposait pas d'un niveau de vie supérieur à celui mené durant la vie commune.
6.2.2 L'intimée soutient que ce serait le recourant lui-même qui aurait préconisé la méthode critiquée pour calculer la contribution d'entretien. Elle remarque également qu'au moment de leur séparation, les parties disposaient à elles deux de revenus à concurrence de 40'000 fr. par mois, de sorte qu'en bénéficiant d'une pension de 10'000 fr., l'intimée ne disposait pas d'un niveau de vie supérieur à celui mené durant la vie commune.
6.3 6.3.1 D'après l'<ref-law>, applicable par analogie aux mesures provisoires (art. 276 al. 1 2ème phrase CPC), le juge fixe la contribution pécuniaire à verser par l'une des parties à l'autre. Même lorsque l'on ne peut plus sérieusement compter sur la reprise de la vie commune, l'<ref-law> demeure la cause de l'obligation d'entretien réciproque des époux en mesures provisionnelles prononcées pour la durée de la procédure de divorce (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2).
Si la situation financière des époux le permet encore, le standard de vie antérieur, choisi d'un commun accord, doit être maintenu pour les deux parties. Quand il n'est cependant pas possible de le conserver, les époux ont droit à un train de vie semblable (<ref-ruling> consid. 4b/aa; arrêt 5A_710/2009 du 22 février 2010 consid. 4.1 non publié aux <ref-ruling>). Le législateur n'a pas arrêté de mode de calcul permettant de déterminer le montant de la contribution d'entretien. L'une des méthodes préconisée par la doctrine et considérée comme conforme au droit fédéral en cas de situations financières modeste ou moyenne et tant que dure le mariage (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>), est celle dite du minimum vital, avec répartition de l'excédent. En cas de situation financière favorable, la comparaison des revenus et des minima vitaux est alors inopportune; il convient plutôt de se fonder sur les dépenses indispensables au maintien des conditions de vie antérieures (<ref-ruling> consid. 3; arrêts 5A_453/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5.2 publié in: SJ 2010 I 326 ss; 5A_515/2008 du 1er décembre 2008 consid. 2.1 publié in: FamPra.ch 2009 429 ss; 5A_732/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2; 5P.138/2001 du 10 juillet 2001 consid. 2a/bb publié in: FamPra.ch 2002 331 ss). Il ne faut pas, par le biais de la contribution d'entretien, provoquer un déplacement de patrimoine qui anticiperait sur la liquidation du régime matrimonial (<ref-ruling> consid. 8). Le train de vie mené jusqu'à la cessation de la vie commune constitue la limite supérieure du droit à l'entretien (<ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 20b).
L'<ref-law> prévoit en outre que, lorsqu'il y a des enfants mineurs, le juge ordonne les mesures nécessaires, d'après les dispositions sur les effets de la filiation. Les enfants ont droit au maintien de leur niveau de vie.
6.3.2 En l'espèce, la cour cantonale a appliqué la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent - qui s'élève à 10'894 fr. - à raison de 3/4 en faveur de l'épouse qui obtenait la garde des enfants et d'1/4 en faveur du mari, sans tenir compte du fait que les parties étaient dans une situation matérielle favorable (sur cette notion: arrêt 5A_288/2008 du 27 août 2008 consid. 5.4) - leurs revenus cumulés atteignent en effet 30'700 fr. -, ni en conséquence examiner si le montant de la contribution octroyé était nécessaire pour couvrir le coût de l'entretien des enfants et maintenir le train de vie qui était celui de l'épouse durant le mariage, éléments qu'il appartenait à celle-ci d'alléguer et de rendre vraisemblables. En l'espèce, les charges de l'intimée telles que retenues par le tribunal de première instance, puis par la cour cantonale incluent l'entretien de base pour elle et ses enfants, le loyer, les primes d'assurance maladie de base et complémentaire, les frais de nurse et de garde externe, les cours de rythmique de C._ ainsi que la charge fiscale; à la lecture de l'arrêt cantonal, l'on ne peut toutefois déterminer avec certitude si l'intimée travaillait avant la séparation et si elle bénéficiait alors déjà des services de la nurse à temps complet; de même, il n'est donné aucune information précise sur le niveau de vie du couple durant la vie commune. Force est donc de reconnaître qu'aucun élément ne permet d'arrêter le train de vie de l'épouse et des enfants à 20'000 fr. par mois et d'en déduire que son maintien nécessite ainsi le montant élevé de la contribution attribuée. La décision attaquée parvient dès lors à un résultat que le recourant qualifie à juste titre d'arbitraire (cf. dans ce sens arrêt 5A_453/2009 précité consid. 5.2).
Dans la mesure où la contribution d'entretien doit également couvrir les besoins des enfants mineurs, la maxime inquisitoire est applicable (<ref-law> et 296 al. 1 CPC), imposant au juge d'éclaircir les faits et de prendre en considération d'office tous les éléments qui peuvent être importants pour rendre une décision conforme à l'intérêt de l'enfant, ce même si ce sont les parties qui, en premier lieu, doivent lui soumettre les faits déterminants et les offres de preuve. L'obligation pour le juge d'établir d'office les faits n'est en effet pas sans limite: la maxime inquisitoire ne dispense pas les parties d'une collaboration active à la procédure ni d'étayer leurs propres thèses; il leur incombe ainsi de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuve disponibles (<ref-ruling> consid. 3.2.1 et les citations). Il appartiendra donc en l'espèce à l'intimée de renseigner le juge cantonal sur les dépenses et le train de vie mené durant la vie commune, ce afin de déterminer le montant de la contribution d'entretien destinée à son entretien et à celui des enfants en conformité avec les chiffres allégués. Au besoin, il conviendra que le tribunal l'interpelle à cet égard.
7. En définitive, le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il condamne le recourant au paiement d'une contribution d'entretien mensuelle de 10'000 fr. Dès lors qu'il y a lieu de procéder à des instructions complémentaires, il est expédient de renvoyer la cause au Tribunal de première instance pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants (art. 107 al. 2 2e phr. LTF). Les frais judiciaires sont répartis entre les parties à raison de la moitié chacune et les dépens compensés (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il condamne le recourant au versement, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, d'une somme de 10'000 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille et la cause est renvoyée au Tribunal de première instance pour instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis pour moitié à la charge du recourant et pour moitié à celle de l'intimée.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile, et au Tribunal de première instance du canton de Genève.
Lausanne, le 13 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: de Poret Bortolaso