Sachverhalt:
A. Y._war am Abend des 18. Februar 2006 zusammen mit seinem Bruder bei A._ und B._ zu Besuch. Im Verlaufe des Besuchs beschwerte sich der im selben Haus wohnhafte X._ über Lärm. Darauf kam es zu einer tätlichen Auseinandersetzung, an welcher sich zunächst A._ und B._ beteiligten. B._ versetzte X._ einen Fusstritt in den Brustbereich und Faustschläge, worauf sich dieser über die Treppe hinunter zu seiner Wohnung begab. A._, B._, Y._und sein Bruder folgten X._ vor seine Wohnung. Dort schlug ihn Y._mit der Faust ins Gesicht. Gemäss der Anklageschrift (Strafverfügung) erlitt X._ folgende Verletzungen: eine Hals- und Brustwirbelsäulendistorsion, Schädel-, Thorax- und Lendenwirbelsäulenkontusionen sowie eine Rippenfraktur.
B. Die Amtsgerichtsstatthalterin von Olten-Gösgen sprach Y._auf seine Einsprache gegen die Strafverfügung der Staatsanwaltschaft Solothurn vom 14. August 2007 mit Urteil vom 14. Mai 2008 vom Vorwurf des Hausfriedensbruchs frei. Hingegen fällte sie einen Schuldspruch wegen einfacher Körperverletzung, begangen zum Nachteil von X._.
Der ebenfalls wegen einfacher Körperverletzung verurteilte B._ akzeptierte die Strafverfügung der Staatsanwaltschaft Solothurn vom 14. August 2007.
C. Y._reichte im Schuldpunkt Appellation an das Obergericht des Kantons Solothurn ein, welches ihn am 12. November 2008 vom Vorwurf der einfachen Körperverletzung freisprach.
D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ als Opfer Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und Y._sei wegen einfacher Körperverletzung zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter stellt er ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
E. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn beantragt mit Eingabe vom 16. Juni 2009, die Beschwerde sei gutzuheissen. Y._ verzichtet mit Schreiben vom 17. Juni 2009 auf eine Vernehmlassung. Das Obergericht des Kantons Solothurn beantragt mit Eingabe vom 18. Juni 2009, unter anderem mit Verweis auf die Begründung im angefochtenen Entscheid, die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz führt aus, sowohl dem Beschwerdegegner als auch B._ werde die Verursachung derselben Verletzungen des Beschwerdeführers vorgeworfen. Gegenstand beider Strafverfügungen der Staatsanwaltschaft seien eine Hals- und Brustwirbelsäulen-Distorsion, eine Schädel-, Thorax- und Lendenwirbelsäulen-Kontusion sowie eine Rippenfraktur. B._ sei für die Verursachung dieser Verletzungen rechtskräftig verurteilt worden. Es sei ausgeschlossen, einem zweiten Täter dasselbe noch einmal vorzuwerfen. Das angefochtene Urteil sei unvereinbar mit § 208 lit. c der Strafprozessordnung des Kantons Solothurn vom 7. Juni 1970 (StPO/SO). Es seien zwei Angeklagte hintereinander für die Verursachung derselben Verletzungen verurteilt worden, was widersprüchlich sei und einen Revisionsgrund darstelle. Weil bereits ein rechtskräftiges Urteil gegen B._ existiere, sei der Beschwerdegegner freizusprechen.
Der Beschwerdegegner sei auch wegen der Verletzung des Anklagegrundsatzes freizusprechen. Ihm und B._ werde jeweils unabhängig voneinander die Verursachung derselben Verletzungen vorgeworfen. Die Strafverfügungen äusserten sich nicht zum anderen Täter bzw. ob die Taten unabhängig voneinander oder in Mittäterschaft geschehen seien. Aus den Akten sei ersichtlich, dass der eine Täter das Opfer im Obergeschoss und der andere es später einen Stock tiefer geschlagen habe. In der Anklage werde nicht dargelegt, wer welche Verletzungen verursacht habe. Es würden alle Verletzungen beiden Tätern zur Last gelegt, was ausgeschlossen sei. Damit sei der Anklagegrundsatz verletzt, weshalb der Beschwerdegegner freizusprechen sei.
Die einzige Verletzung, welche eindeutig dem Verhalten des Beschwerdegegners zugeordnet werden könne, sei die Rissquetschwunde am linken Auge des Beschwerdeführers. Diese sei in der Anklageschrift (Strafverfügung) nicht enthalten, weshalb kein Schuldspruch erfolgen könne. Es sei auch kein Schuldspruch wegen Mittäterschaft möglich, weil eine solche nicht angeklagt sei.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie zu Unrecht den Beschwerdegegner aus prozessualen Gründen freispreche und das materielle Strafrecht nicht anwende. Der Beschwerdegegner habe den Beschwerdeführer geschlagen, womit eine Tathandlung erstellt sei. Die Vorinstanz verkenne bei der Anwendung des kantonalen Rechts, dass das Revisionsrecht bezüglich des Urteils gegen B._ nicht dem Beschwerdegegner, sondern nur B._ zustehe. Der Revisionsgrund widersprüchlicher Urteile soll den zu Unrecht Bestraften schützen, nicht aber einem Täter oder Mittäter zum Freispruch verhelfen. Die Schuld dürfe nicht von jemand anderem als dem Täter übernommen werden.
2.2 Die Staatsanwaltschaft führt in ihrer Vernehmlassung aus, in erster Linie seien die Tathandlungen Gegenstand der Anklage und nicht nur die Verletzungen. Die Tathandlungen von B._ und dem Beschwerdegegner würden sich in der Anklageschrift in bedeutender Weise unterscheiden. Es müsse auch möglich sein, zwei Täter zu verurteilen, die mit zeitlichem Abstand dem gleichen Opfer z.B. je einen Faustschlag in dasselbe Auge versetzten.
2.3 Mit der Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Art. 43 aOG führte die Nichtanwendung von Bundesrecht ausdrücklich als Bundesrechtsverletzung auf. Wurde kantonales statt eidgenössisches Recht angewandt, so lag unter Geltung des OG eine entsprechende Rechtsverletzung vor (<ref-ruling> E. 1. S. 20). Die Nichtanwendung von Bundesrecht stellt auch nach Inkrafttreten des neuen Bundesgerichtsgesetzes (BGG) eine Bundesrechtsverletzung dar (vgl. BERNARD CORBOZ, in: Commentaire de la LTF, 2009, S. 923; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal Fédéral, 2008, N. 3475 zu <ref-law>; HANSJÖRG SEILER, in: Bundesgerichtsgesetz, 2007, N. 9 zu <ref-law>).
2.4 Wird die Anwendung des Strafgesetzbuches als materielles Bundesrecht unter Berufung auf kantonales Prozessrechts vereitelt, gelten für die Begründung der Beschwerde die Anforderungen nach <ref-law>. Danach muss in gedrängter Form dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Der Beschwerdeführer genügt diesen Begründungsanforderungen.
2.5 Nach <ref-law>/SO kann gegen rechtskräftige Urteile, mit Ausnahme der vom Friedensrichter ausgesprochenen, jederzeit die Wiederaufnahme des Verfahrens verlangt werden, wenn seit Erlass des früheren Urteils ein neues Strafurteil ausgesprochen wurde, das mit dem früheren unvereinbar ist.
2.6 Der Beschwerdeführer führt zutreffend aus, dass das Revisionsrecht nach <ref-law>/SO nicht bezweckt, den Beschwerdegegner vor einer Verurteilung zu schützen. Auch wenn B._ bereits für jene Verletzungen verurteilt wurde, welche Gegenstand der Anklage gegen den Beschwerdegegner bilden, so schliesst dies eine materielle Beurteilung der Taten des Beschwerdegegners nicht aus. Falls der Beschwerdegegner für die Verursachung derselben Verletzungen wie B._ verurteilt würde, stünde letzterem allenfalls ein Revisionsrecht zu. Die Nichtanwendung des materiellen Strafrechts unter Berufung auf <ref-law>/SO verletzt Bundesrecht. <ref-law>/SO ist gar nicht anwendbar, da es sich um ein gewöhnliches Rechtsmittelverfahren und nicht um ein Revisionsverfahren handelt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz wende das kantonale Prozessrecht willkürlich an, indem sie den Anklagegrundsatz zu Unrecht als verletzt erachte. Es sei Aufgabe des erkennenden Richters, das Recht von Amtes wegen anzuwenden. Er habe die einzelnen Verletzungen den Handlungen beider Täter zuzuordnen und die Schuld aufzuteilen. Die Anklageschrift (Strafverfügung) sei bezüglich der Tathandlungen präzis. Der Beschwerdegegner sei für die Schläge im Treppenhaus und einen Faustschlag an der Wohnungstür angeklagt, während die Anklage gegen B._ diese Elemente nicht erwähne. Selbst wenn man zum Schluss gelange, dass die Verletzungen nicht dem Beschwerdegegner zugeordnet werden könnten, so sei er zumindest wegen Tätlichkeiten zu verurteilen. Indem der Beschwerdeführer eine Verurteilung wegen Tätlichkeiten beantragt, rügt er sinngemäss eine Bundesrechtsverletzung durch die Nichtanwendung des materiellen Strafrechts.
3.2 Gemäss <ref-law>/SO bezeichnet die Anklageschrift möglichst kurz aber genau die dem Beschuldigten vorgeworfenen Straftaten mit Beschreibung von Ort und Zeit der Tatausführung, der Verletzten sowie des täterischen Vorgehens. Der Anklagegrundsatz ergibt sich auch aus <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK. Danach hat jede angeklagte Person Anspruch darauf, möglichst rasch und umfassend über die gegen sie erhobenen Beschuldigungen unterrichtet zu werden. Sie muss die Möglichkeit haben, die ihr zustehenden Verteidigungsrechte geltend zu machen.
Der Anklagegrundsatz verteilt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung die Aufgaben zwischen den Untersuchungs- bzw. Anklagebehörden einerseits und den Gerichten andererseits. Er bestimmt den Gegenstand des Gerichtsverfahrens. Die Anklage hat die dem Angeklagten zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte des Angeschuldigten und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör. Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde (<ref-ruling> E. 2a S. 21 mit Hinweisen).
3.3 Entgegen der Auffassung der Vorinstanz ist der Anklagegrundsatz nicht dadurch verletzt, dass sowohl dem Beschwerdegegner als auch B._ als Einzeltäter die Verursachung derselben Verletzungen vorgeworfen wird. Die beiden Anklagen gehen von unterschiedlichen Tathandlungen aus. Die Vorinstanz hat, unabhängig von der gegen B._ bestehenden rechtskräftigen Strafverfügung, den Sachverhalt abzuklären. Dabei hat sie zu prüfen, welche Verletzungen der Beschwerdegegner verursacht hat, bzw. ob er alleine den Tatentschluss gefasst, die Tat geplant und ausgeführt hat. Erst gestützt auf diese Feststellungen ist ein Entscheid möglich, ob die vom Beschwerdegegner verursachten Verletzungen von der Anklage umfasst sind und ob das Anklageprinzip zur Frage der Mittäterschaft verletzt ist. Danach muss die Vorinstanz das materielle Strafrecht auf den von ihr festgestellten Sachverhalt anwenden und prüfen, ob sich der Beschwerdeführer strafbar gemacht hat.
Die Vorinstanz wendet den Anklagegrundsatz willkürlich im Sinne von <ref-law> an, da sie ihn als verletzt erachtet, ohne den dafür erforderlichen Sachverhalt abzuklären. Gleichzeitig verletzt sie Bundesrecht, indem sie das materielle Strafrecht unter Berufung auf den Anklagegrundsatz zu Unrecht nicht anwendet und den Beschwerdegegner freispricht, obwohl die beiden Anklageschriften den Tätern unterschiedliche Tathandlungen zur Last legen. Die diesbezügliche Rüge des Beschwerdeführers erweist sich als begründet.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz verstosse durch ihr Urteil, welches auf einen Nichteintretensentscheid hinauslaufe, gegen die Rechtsweggarantie in <ref-law>, <ref-law>, Art. 90 KV/SO (SR 131.221) und <ref-law>/SO, welche zwei Instanzen vorsehen.
4.2 <ref-law> garantiert den Anspruch auf Beurteilung einer Rechtsstreitigkeit durch eine richterliche Behörde. Es wird damit gewährleistet, dass eine betroffene Person ein Gericht mit freier Rechts- und Sachverhaltsprüfung anrufen kann (<ref-ruling> E. 5.3 S. 403 mit Hinweisen). §<ref-law>/SO regeln die Appellation gegen erstinstanzliche Urteile an das Obergericht des Kantons Solothurn und damit die Weiterzugsmöglichkeit an eine zweite Instanz.
Es ist nicht ersichtlich und vom Beschwerdeführer auch nicht hinreichend substanziiert dargelegt, inwieweit das Urteil der Vorinstanz gegen die von ihm angerufenen Verfahrensvorschriften und Grundrechte verstossen soll, zumal das Verfahren durch zwei kantonale Instanzen beurteilt wurde. Aus den von ihm genannten Gesetzesvorschriften ergibt sich lediglich der Instanzenzug in formeller Hinsicht. Hingegen kann er daraus keinen Anspruch auf eine bestimmte inhaltliche Beurteilung des Falls herleiten. Der doppelte kantonale Instanzenzug schützt den Beschwerdeführer jedenfalls nicht davor, dass eine oder unter Umständen beide kantonalen Instanzen einen Angeschuldigten wegen Verletzung von Prozessvorschriften freisprechen. Seine Beschwerde ist diesbezüglich abzuweisen, soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen genügt.
5. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird gegenstandslos, soweit die Beschwerde gutzuheissen ist. Soweit die Beschwerde abzuweisen ist, war sie von vornherein aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist insoweit abzuweisen (<ref-law>). Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Den angespannten finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Solothurn, Strafkammer, vom 12. November 2008, aufgehoben und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Kanton Solothurn hat den Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Dr. P. Bont, Olten, mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch