Fatti:
A. Mediante decisioni del 12 novembre 2004, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha riconosciuto a C._, nata nel 1954, di professione cameriera ai piani, il diritto a una rendita intera d'invalidità dal 1° giugno 2002 e a una mezza rendita (per un grado di incapacità al guadagno del 50 %) dal 1° ottobre 2002. L'amministrazione ha adottato i provvedimenti dopo avere preso atto della perizia reumatologica 17 marzo 2003 del dott. H._, specialista in reumatologia e medicina interna, il quale, posta la diagnosi di sindrome fibromialgica generalizzata, decondizionamento muscolare, rachide piatto, alterazioni degenerative cervicali e lombari nonché displasia delle anche, aveva attestato, dal 13 giugno 2002, una abilità lavorativa del 50 % nella professione abituale e un rendimento ridotto del 25 % in una attività adeguata allo stato di salute rispettosa delle limitazioni da lui indicate. Per il resto l'amministrazione ha calcolato il tasso di invalidità sulla base di un reddito da invalido di fr. 21'272.- (determinato in applicazione dei valori salariali statistici regionali e dopo avere operato una deduzione del 25 % per tenere conto delle circostanze personali e professionali del caso) e di un reddito senza invalidità di fr. 42'200.-.
Con certificato del 22 novembre 2004 il reumatologo curante, dott. S._, ha segnalato all'UAI un peggioramento della sintomatologia ed attestato una piena inabilità lavorativa anche in attività adeguate. In seguito a questa segnalazione, l'amministrazione ha avviato una procedura di revisione del diritto alla rendita. Nuovamente interpellato per una valutazione specialistica, il dott. H._ ha accertato un peggioramento minimo dello stato di salute e ha concluso per una diminuzione del rendimento del 60 % nell'attività pregressa e del 30 % in un lavoro adatto allo stato di salute (rapporto del 29 agosto 2005). Dopo avere proceduto al raffronto dei redditi di riferimento ed avere determinato un reddito senza invalidità di fr. 43'646.- (anno di riferimento: 2004) e un reddito da invalida di fr. 31'288.- (calcolato in applicazione dei dati statistici salariali nazionali, come risultano dall'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari [ISS, tabella TA1, edita dall'Ufficio federale di statistica], e dopo avere operato una riduzione del 5 % per attività leggera, e del 3 % per l'età e il lungo periodo di inattività), l'UAI ha stabilito un grado d'invalidità del 28 %. Di conseguenza, per decisione del 4 ottobre 2006, ha soppresso il diritto alla rendita con effetto dal 1° dicembre 2006.
B. Assistita dall'Organizzazione Cristiano-Sociale Ticinese (di seguito: OCST), C._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, con pronuncia del 5 settembre 2007, ha accolto il ricorso e le ha riconosciuto il diritto a una mezza rendita d'invalidità anche dopo il 1° dicembre 2006. In sostanza, la Corte cantonale ha ritenuto che, a fronte di una situazione valetudinaria invariata o addirittura, come in concreto, peggiorata, non era possibile procedere a una revisione (o a un riesame) delle rendite AI in corso solamente perché, in virtù di un cambiamento di giurisprudenza, il reddito da invalido non poteva più essere determinato sulla base dei dati statistici regionali, ma andava stabilito sulla base di quelli nazionali.
C. L'UAI ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede di annullare il giudizio cantonale. In sostanza, l'Ufficio ricorrente fa valere che la pronuncia impugnata violerebbe il diritto federale, e più precisamente le norme che reggono la revisione di una rendita, in quanto non terrebbe adeguatamente conto del fatto che la mutata situazione valetudinaria dell'assicurata giustificava un nuovo calcolo della rendita. In via subordinata, osserva che la nuova prassi giudiziaria, che ha imposto l'applicazione dei dati statistici salariali nazionali in luogo di quelli regionali, imporrebbe comunque un adattamento della rendita essendo equiparabile a una modifica del diritto oggettivo. Tale nuova prassi sarebbe infatti di portata tale che la sua inosservanza creerebbe una inammissibile disparità di trattamento.
Sempre patrocinata dall'OCST, C._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezione del cpv. 2) e non è pertanto vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore.
Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2. 2.1 Le modifiche della LAI del 6 ottobre 2006 (5a revisione dell'AI: RU 2007 5129) - comprese le modifiche ad esse connesse di altre leggi come quelle della Legge federale sulla parte generale del diritto delle assicurazioni sociali (LPGA) -, entrate in vigore il 1° gennaio 2008, non sono applicabili nel caso di specie (<ref-ruling> consid. 3.1.1 pag. 220). Di seguito verrà pertanto fatto riferimento alla regolamentazione valida fino alla fine del 2007.
2.2 Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'istanza precedente ha già esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i concetti d'incapacità al guadagno (<ref-law>) e d'invalidità (<ref-law> e <ref-law>), i presupposti e l'estensione del diritto alla rendita (<ref-law>), il metodo ordinario di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (<ref-law>), i compiti del medico ai fini di tale valutazione e il valore probatorio generalmente riconosciuto ai referti medici fatti allestire da un tribunale o dall'amministrazione conformemente alle regole di procedura applicabili (<ref-ruling> consid. 4 pag. 261, 351 consid. 3b/ee pag. 353; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3c pag. 314; <ref-ruling> consid. 1 pag. 158), nonché i presupposti e gli effetti della revisione di una rendita in seguito a una modifica del diritto (<ref-law>; art. 88a e 88bis OAI; sui termini temporali di confronto cfr. pure <ref-ruling>).
3. Oggetto del contendere è il diritto dell'assicurata alla (mezza) rendita d'invalidità anche dopo il 1° dicembre 2006.
3.1 L'istanza precedente ha accertato che, tra la decisione iniziale di assegnazione della mezza rendita (del 12 novembre 2004) e la decisione su revisione (del 4 ottobre 2006), lo stato di salute dell'assicurata ha subito un leggero peggioramento, la sua incapacità lavorativa essendo passata dal 50 % al 60 % nell'attività di cameriera ai piani e dal 25 % al 30 % in attività sostitutive adeguate. Questo accertamento è di natura fattuale e vincola il Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 398), non essendo manifestamente errato o contrario al diritto ai sensi dell'<ref-law>.
3.2 Controversa rimane la questione (di diritto, risolta negativamente dalla Corte cantonale) di sapere se l'UAI poteva sopprimere, in via di revisione e nonostante lo stato di salute dell'opponente fosse peggiorato (seppure solo leggermente), la mezza rendita d'invalidità per il fatto che, a seguito della più recente giurisprudenza, il reddito ipotetico da invalido andava valutato sulla base della tabella TA1 dell'ISS, concernente i salari medi nazionali (svizzeri) conseguibili nel settore privato, e non più applicando i dati statistici relativi alle "grandi regioni" (tabella TA13) di cui all'ISS, come invece era stato fatto (lecitamente, in virtù di una prassi allora tollerata) in occasione dell'assegnazione della rendita nel 2004 (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 75/03 del 12 ottobre 2006, in SVR 2007 UV n. 17 pag. 56).
4. 4.1 Un conflitto tra la situazione giuridica attuale e una precedente decisione, cresciuta in giudicato, relativa a una prestazione durevole può verificarsi in quattro evenienze e può risolversi nel seguente modo (<ref-ruling> consid. 4b pag. 13 seg.; <ref-ruling> consid. 4a pag. 312 segg.; Urs Müller, Die materiellen Voraussetzungen der Rentenrevision in der Invalidenversicherung, 2003, pag. 91 segg.; Rudolf Rüedi, Die Verfügungsanpassung als verfahrensrechtliche Grundfigur namentlich von Invalidenrentenrevisionen, in Die Revision von Dauerleistungen in der Sozialversicherung, 1999, pag. 9 segg, 12 seg.; Alexandra Rumo-Jungo, Die Instrumente zur Korrektur der Sozialversicherungsverfügung, in Verfahrensfragen in der Sozialversicherung, 1996, pag. 263 segg., 277 segg.; Ulrich Meyer-Blaser, Die Abänderung formell rechtskräftiger Verwaltungsverfügungen in der Sozialversicherung, in ZBl 1994 pag. 337 segg., 348 segg.). Un accertamento erroneo dei fatti (erroneità iniziale dei fatti) può correggersi, a determinate condizioni, attraverso una revisione processuale (<ref-law>). Se invece, dopo l'emanazione di una decisione inizialmente non viziata, interviene una modifica dei fatti rilevanti (erroneità successiva dei fatti), l'adattamento può, se del caso, avvenire nell'ambito di una revisione della rendita conformemente all'<ref-law>. Altrimenti, se la decisione poggia su una applicazione errata del diritto (erroneità giuridica iniziale), occorre esaminare l'eventualità di un suo riesame (<ref-law>). Non codificata è per contro l'ipotesi di una erroneità giuridica successiva dovuta a una modifica delle basi legali dopo la resa della decisione (cfr. pure <ref-ruling> consid. 5.1 pag. 204, 218 consid. 4.1).
4.2 La decisione del 12 novembre 2004 non può dirsi inizialmente viziata sotto il profilo dell'accertamento dei fatti. Il suddetto cambiamento di giurisprudenza in materia di determinazione del reddito da invalido non giustifica inoltre nemmeno un suo riesame (cfr. per analogia sentenza I 138/07 del 25 giugno 2007, in SVR 2008 IV n. 5 pag. 12, consid. 4, riguardo alla denegata possibilità di riesaminare una decisione di rendita in seguito alla modificata prassi in materia di disturbi da dolore somatoforme). Merita per contro di essere approfondita la questione relativa alla revisione della decisione di rendita a dipendenza di una modifica nello stato di fatto determinante.
5. 5.1 Per procedere alla revisione di una rendita d'invalidità occorre che il grado d'invalidità abbia subito una notevole modifica (<ref-law>). A differenza di quanto prescritto dall'<ref-law> per le altre prestazioni durevoli, l'<ref-law> non esige in relazione alla revisione di una rendita d'invalidità una modifica notevole dello stato di fatto, ma (solo) una modifica notevole del grado d'invalidità. Questa modifica può risiedere sia in un cambiamento dello stato di salute sia in una modifica della componente lucrativa (<ref-ruling> consid. 6.1 - 6.3 pag. 546 segg.).
Anche una modifica di poco conto nello stato di fatto determinante può così dare luogo a una revisione di una rendita dell'assicurazione per l'invalidità se tale modifica determina un superamento (per eccesso o per difetto) di un valore limite (<ref-ruling> consid. 6.3 pag. 547 con riferimenti). Va da sé che in questa evenienza i parametri di calcolo dell'invalidità, compresi gli aspetti parziali del diritto alla rendita (quali sono segnatamente la determinazione del reddito con e senza invalidità), possono essere ridefiniti facendo capo alle regole applicabili al momento del nuovo esame (<ref-ruling> consid. 3.4 - 3.5 pag. 259; <ref-ruling> consid. 2d pag. 417; cfr. pure sentenza 9C_237/2007 del 24 agosto 2007, consid. 4 non pubblicato in <ref-ruling>, ma in SVR 2008 IV n. 20 pag. 63).
5.2 In tale contesto non si può però dimenticare che, conformemente al suo senso e al suo scopo, l'istituto della revisione è stato concepito per tenere conto di modifiche nella situazione personale della persona assicurata. Sono riconducibili alla situazione personale dell'assicurato, oltre agli aspetti valetudinari, anche i fattori economici se subiscono modifiche concrete. Per contro, modifiche nei soli fattori statistici non sono riconducibili a un cambiamento nel contesto concreto della persona assicurata, bensì configurano unicamente dei cambiamenti esterni che non riflettono la situazione personale di quest'ultima (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 548). In questo senso il Tribunale federale ha precisato - in una vertenza in cui lo stato di salute era rimasto invariato - che modifiche di poco conto nei dati statistici salariali non giustificano una revisione di una rendita d'invalidità, nemmeno se a seguito di queste modifiche il valore limite viene superato per eccesso o per difetto (<ref-ruling> consid. 7.3 pag. 549).
5.3 Per le stesse considerazioni, la possibilità di procedere a una revisione va ugualmente negata se la modifica riguardante i soli valori statistici (esterni) è di un certo rilievo. Se infatti risulta che il motivo effettivo per una revisione del diritto alla rendita risiede nella modifica dei valori statistici (tabellari), simile operazione dev'essere esclusa.
5.4 Nel caso di specie, il leggero (5 % in attività sostitutiva, 10 % nell'attività precedente) peggioramento dell'incapacità lavorativa accertato dai giudici cantonali non avrebbe di certo provocato un superamento di un valore limite (cfr. <ref-law>). Questa modifica di poco conto nello stato di fatto determinante non consentiva dunque di rivedere il diritto alla rendita, il grado d'invalidità dell'assicurata non avendo subito una notevole modifica per motivi inerenti alla sua situazione personale. In tali condizioni, l'amministrazione non poteva sopprimere, per via di revisione, il diritto alla mezza rendita dell'assicurata per il solo fatto che in applicazione della tabella TA1 dell'ISS (prescritta dalla nuova prassi giudiziaria in materia) il reddito base da invalida risultava nettamente superiore a quello originariamente determinato dall'UAI in occasione dell'assegnazione della prestazione, ripercuotendosi negativamente (per l'assicurata) sul grado d'invalidità finale. Né costituiva del resto un valido motivo di revisione la (immotivata) "correzione" operata dall'Ufficio ricorrente per ridurre dal 25 % all'8 % il tasso di deduzione riconosciuto per tenere conto delle particolarità personali e professionali del caso (<ref-ruling>).
5.5 Contro la soppressione della rendita in una simile evenienza sembrerebbero del resto esprimersi anche Andreas Brunner/Noah Birkhäuser (Somatoforme Schmerzstörung - Gedanken zur Rechtsprechung und deren Folgen für die Praxis, insbesondere mit Blick auf die Rentenrevision, in BJM 2007, pag. 197 seg.), per i quali, in un caso del genere, verrebbe a mancare la necessaria correlazione tra la modifica nelle circostanze di fatto (in casu: peggioramento dello stato di salute) e la conseguente modifica dell'obbligo di prestazione dell'assicurazione per l'invalidità (in casu: soppressione della rendita).
6. Contrariamente a quanto invocato in sede ricorsuale, l'UAI nemmeno può pretendere un adattamento del diritto alla rendita (nel senso di una sua soppressione) a dipendenza della modificata prassi giudiziaria in materia di determinazione del reddito ipotetico da invalido.
6.1 Nel diritto delle assicurazioni sociali, fatte salve le disposizioni transitorie e, se del caso, la presenza di diritti acquisiti, le decisioni inizialmente non erronee riguardanti prestazioni durevoli vanno di regola adattate alle modifiche di legge risultanti dall'intervento del legislatore (<ref-ruling> consid. 4a pag. 161 seg.). Per contro, una nuova prassi amministrativa o giudiziaria non giustifica, di principio, la modifica di prestazioni durevoli fondate su una decisione cresciuta in giudicato (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 202; <ref-ruling> consid. 4a pag. 162; <ref-ruling> consid. 3b pag. 132 con riferimenti). Tuttavia, anche una modifica giurisprudenziale può eccezionalmente comportare la modifica (pro futuro) di una decisione cresciuta in giudicato se la nuova prassi riveste una portata tale che la sua inosservanza darebbe luogo a una violazione del principio dell'uguaglianza di trattamento, in particolare se la precedente prassi rimanesse valida solo per pochi assicurati (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 202; <ref-ruling> consid. 4 pag. 162; <ref-ruling> consid. 3c pag. 132, <ref-ruling> consid. 4a/dd pag. 314). Ciò si impone segnatamente se il mantenimento della decisione iniziale non è assolutamente più sostenibile alla luce della nuova giurisprudenza e se quest'ultima ha una tale portata generale che la sua mancata applicazione in un singolo caso equivarrebbe a privilegiare (o discriminare) l'interessato in maniera scioccante, violando il principio della parità di trattamento (SVR 1995 IV n. 60 pag. 171 consid. 4a pag. 173, I 382/04).
6.2 Di fatto, però, se l'applicazione della nuova prassi va a scapito degli assicurati, la giurisprudenza non ammette quasi mai - in caso di cambiamento di prassi - eccezioni al principio dell'immodificabilità di decisioni riguardanti prestazioni durevoli. Nei casi in cui un simile adattamento (nel senso di una riduzione) è stato riconosciuto (<ref-ruling>, confermata dalla DTF <ref-ruling>), il Tribunale federale delle assicurazioni ha precisato che si trattava di situazioni eccezionali che esigevano una soluzione particolare (DTF <ref-ruling> consid. 4b pag. 316; cfr. pure <ref-ruling> consid. 4b pag. 162). Per contro, il Tribunale federale delle assicurazioni ha ammesso un adattamento a favore degli assicurati a condizioni meno restrittive, in casi particolari (<ref-ruling> consid. 3 pag. 157; SVR 2001 ALV n. 4 pag. 9 consid. 3b pag. 10, C 222/99; cfr. pure <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 203 in alto; <ref-ruling> consid. 3c pag. 132).
6.3 Pronunciandosi a proposito della possibilità - negata - per l'amministrazione di sopprimere il diritto a una rendita d'invalidità in corso per tenere conto della più recente giurisprudenza in materia di disturbi da dolore somatoforme (<ref-ruling>), il Tribunale federale ha ultimamente rilevato fra le altre cose che in caso di riduzione o soppressione di rendite, dove all'aspetto della certezza del diritto si aggiunge anche quello relativo all'affidamento riposto dall'assicurato nel fatto che la prestazione statale continui ad essere versata, gli elementi che depongono in favore del mantenimento della prestazione prevalgono di regola sulla parità di trattamento tra beneficiari della rendita e persone che richiedono per la prima volta una simile prestazione. Ha quindi aggiunto che per giustificare un simile adattamento non basta che la modificata prassi abbia portata generale poiché ciò si verifica regolarmente in caso di cambiamenti della giurisprudenza federale nel settore delle assicurazioni sociali (<ref-ruling> consid. 6.4 pag. 210 seg., 215, 224 consid. 5.4). Pertanto, ha subordinato la possibilità di un simile adattamento anche all'intervento di altri elementi che renderebbero incompatibile con il principio della parità di trattamento la mancata applicazione del cambiamento di prassi. Un simile elemento è stato indicato nell'applicazione della precedente giurisprudenza a un numero esiguo di persone interessate, di modo che queste risulterebbero privilegiate (o discriminate). Oppure nel fatto che l'assegnazione della prestazione non è assolutamente più sostenibile sotto il profilo della nuova giurisprudenza (<ref-ruling> consid. 6.4 pag. 211, 225 consid. 5.4).
6.4 Ora, la nuova giurisprudenza del Tribunale federale (delle assicurazioni) che ha dichiarato non più applicabili i valori salariali statistici regionali non consente, alla luce dei principi suesposti, di adattare a sfavore dell'opponente la decisione di rendita cresciuta in giudicato. Sotto il profilo della parità di trattamento (<ref-law>), un adattamento si imporrebbe segnatamente qualora le decisioni fondate sulla precedente giurisprudenza valessero ormai soltanto per un numero esiguo di assicurati (<ref-ruling> consid. 7.2.2 pag. 214, 227 consid. 6.2.2; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 202; <ref-ruling> consid. 3c pag. 132; <ref-ruling> consid. 3b pag. 413; SVR 2001 ALV n. 4 pag. 10, C 222/99 consid. 3b). Così non è però nel caso concreto, ritenuto che, quantomeno a livello regionale ticinese, la questione dell'adattamento si porrebbe per un grande numero di rendite correnti. Ma anche per il resto non si realizzano le condizioni restrittive esposte in precedenza per eccezionalmente ammettere, a sfavore degli assicurati, l'applicazione del cambiamento di giurisprudenza. In particolare, la nuova (ma controversa: cfr. la mozione - poi accolta - depositata il 2 ottobre 2006 dal consigliere nazionale Meinrado Robbiani intitolata: "Determinazione del reddito da invalido" [06.3466], nonché la lettera circolare AI n. 273 dell'Ufficio federale delle assicurazioni sociali del 6 febbraio 2009) prassi giudiziaria non fa apparire come assolutamente insostenibili le precedenti assegnazioni di rendite fondate sui dati statistici salariali regionali.
7. Ne segue che l'Ufficio ricorrente non poteva sopprimere il diritto alla mezza rendita dell'opponente. Di conseguenza, il giudizio cantonale va confermato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono poste a carico dell'Ufficio ricorrente <ref-law>), il quale rifonderà all'opponente, patrocinata da un'organizzazione sindacale, un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Il ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 2000.- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.