Sachverhalt:
A. Der von Einsiedeln Richtung Süden nach Alpthal-Haggenegg-Schwyz weiterführende Jakobsweg ist kantonaler Hauptwanderweg Nr. 1 des Kantons Schwyz (§ 6 und Anhang der kantonalen Verordnung vom 18. Mai 2004 zum Bundesgesetz über Fuss- und Wanderwege [KVzFWG, SRSZ 443.210). Der ca. 1.5 km lange Abschnitt Chriegmatt (Bezirksgrenze Einsiedeln/Schwyz) bis zum Gämschtobelbach verläuft seit ca. 10 Jahren auf dem asphaltierten Trottoir entlang der Hauptstrasse. Gegen die Nutzung des bestehenden Forstwegs auf der rechten Uferseite der Alp als Wanderweg widersetzten sich Xa._ und Xb._. Diese sind Eigentümer der Parzelle Kat.-Nr. 407, über die der bestehende Forstweg südlich und nördlich auf einer Länge von ca. 7 m bzw. 17 m führt.
B. Das Umweltdepartement des Kantons Schwyz legte vom 29. Oktober bis 29. November 2010 den kantonalen Nutzungsplan Hauptwanderweg Nr. 1, Jakobsweg, Teil "Chli Schnüerlismatt" öffentlich auf. Dagegen erhoben Xa._ und Xb._ Einsprache und - nach deren Abweisung - Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Schwyz. Dieser wies die Beschwerde am 31. Mai 2011 ab.
C. Dagegen gelangten die Einsprecher an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses wies die Beschwerde am 21. September 2011 im Sinne der Erwägungen ab. Es hielt das Umweltdepartement an, das Erlass- und Genehmigungsverfahren durchzuführen und seinen Entscheid umgehend zur allfälligen inhaltlichen Koordination dem Verwaltungsgericht zuzustellen.
Am 14. November 2011 genehmigte das Umweltdepartement den Nutzungsplan Hauptwanderweg Nr. 1, Jakobsweg, Teil "Chli Schnüerlismatt", setzte ihn sofort in Kraft und ordnete die Publikation im Amtsblatt an.
Nachdem der Genehmigungsbeschluss am 17. November 2011 beim Verwaltungsgericht eingegangen war, teilte der instruierende Richter dem Umweltdepartement mit, die sofortige Inkraftsetzung sei nicht zulässig, da das Beschwerdeverfahren noch nicht rechtskräftig erledigt sei. Zudem sei der Genehmigungsbeschluss mit dem Erlass der Nutzungsplanung zu ergänzen.
Am 18. November 2011 erliess und genehmigte das Umweltdepartement den Nutzungsplan Hauptwanderweg Nr. 1, Jakobsweg, Teil "Chli Schnüerlismatt".
Am 23. November 2011 eröffnete das Gericht Xa._ und Xb._ den Erlass- und Genehmigungsbeschluss des Umweltdepartements und stellte fest, dass dieser keinen Anlass zur inhaltlichen Koordination mit dem Urteil vom 21. September 2011 gebe. Es eröffnete dessen Dispositiv den Beschwerdeführern nochmals, diesmal fristauslösend mit Rechtsmittelbelehrung.
D. Gegen die verwaltungsgerichtlichen Entscheide vom 23. November 2011 und vom 21. September 2011 erhoben Xa._ und Xb._ am 31. Januar 2012 Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragen, die angefochtenen Entscheide des Verwaltungsgerichts seien aufzuheben. Verfahrensrechtlich ersuchen sie um den Beizug sämtlicher Akten der Baubewilligungen betreffend den bestehenden Wegabschnitt zwischen der Chriegmatt und der Chli Schnüerlismatt sowie den Ausbau der Alp und den Bau des neuen Forstweges entlang der Alp zwischen Chriegmatt bis zum Gämschtobelbach im Jahre 1984.
E. Das Verwaltungsgericht und der Regierungsrat schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, dass die Linienführung des Hauptwanderweges Nr. 1 auf dem umstrittenen Streckenabschnitt das Flachmoorobjekt von nationaler Bedeutung Chlösterliweid (Nr. 3154 des Bundesinventars der Flachmoore von nationaler Bedeutung) nicht beeinträchtige und das Bundesrecht über den Moorschutz nicht verletze.
F. In ihrer Replik vom 18. Juni 2012 äussern sich die Beschwerdeführer zur Vernehmlassung des BAFU und halten an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Die angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Verwaltungsgerichtsentscheide bestätigen einen kantonalen Nutzungsplan, mit dem der bestehende Hauptwanderweg Nr. 1, Jakobsweg, auf einer Strecke von ca. 1'500 m im Gebiet "Chli Schnüerlismatt" von der Hauptstrasse (links der Alp) auf den bestehenden Forstweg am rechten Ufer der Alp verlegt wird. Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten i.S.v. <ref-law> offen. Die Beschwerdeführer sind als Eigentümer einer Waldparzelle, über die der neue Streckenabschnitt führen soll, zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes von wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliessliche die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) wird vom Bundesgericht nur insoweit geprüft, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeführer rügen zunächst eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung und die Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>), weil das Verwaltungsgericht ihrem Antrag, sämtliche Akten für die Bewilligung und den Bau des bestehenden Wegabschnitts zwischen der Chriegmatt und der Chli Schnüerlismatt beizuziehen, nicht entsprochen habe.
Aus dem Gebot der Gewährung des rechtlichen Gehörs im Sinne von <ref-law> folgt der Anspruch der Parteien, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen und Vorbringen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind (<ref-ruling> E. 2b S. 56; <ref-ruling> E. 3b S. 383; <ref-ruling> E. 2b S. 162, je mit Hinweisen).
2.1 Die Beschwerdeführer hatten die Aktenedition beantragt, um zu belegen, dass der Pilgerweg immer entlang des linken Alpufers verlaufen sei. Es bestehe der Verdacht, dass die historische bauliche Substanz bundesrechtswidrig entfernt und der umstrittene Wegabschnitt vor etwa nur zehn Jahren widerrechtlich auf das Trottoir entlang der Strasse verlegt worden sei.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die umstrittene Frage nicht entscheiderheblich sei, weshalb auf weitere Sachabklärungen verzichtet werden könne: Die Vorinstanzen hätten zu Recht und überzeugend auf die fehlende historische bauliche Substanz und auf den Umstand hingewiesen, dass die Verlegung auf die andere Uferseite zu keiner Qualitätseinbusse führe. Zudem befinde sich auf der rechten Uferseite bereits ein begehbarer Forstweg. Die bisherige Führung des Wanderwegs auf dem Trottoir sei aufgrund des Widerstands der Beschwerdeführer erfolgt. Bei dieser Sachlage komme dem früheren historischen Verlauf des Wanderweges keine entscheidende Bedeutung zu. Aus diesem Grund verzichtete das Verwaltungsgericht auf weitere Sachverhaltsabklärungen.
2.2 Diese Ausführungen sind aus bundesrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden: Das Bundesgesetz vom 4. Oktober 1985 über Fuss- und Wanderwege (FWG; SR 704) sieht in Art. 3 Abs. 3 vor, dass Wanderwegnetze insbesondere für die Erholung geeignete Gebiete, schöne Landschaften (Aussichtslagen, Ufer usw.), kulturelle Sehenswürdigkeiten, Haltestellen des öffentlichen Verkehrs sowie touristische Einrichtungen erschliessen; historische Wegstrecken sind "nach Möglichkeit" einzubeziehen (Art. 3 Abs. 2 Satz 2 FWG). Fuss- und Wanderwege sind insbesondere zu ersetzen, wenn sie auf einer grösseren Wegstrecke mit Belägen versehen werden, die für die Fussgänger ungeeignet sind (Art. 7 Abs. 2 lit. d FWG), namentlich mit bitumen-, teer- oder zementgebundenen Deckbelägen (Art. 6 der Verordnung vom 26. November 1986 über Fuss- und Wanderwege [FWV; SR 704.1]).
Selbst wenn der Jakobsweg früher auf der linken Seite der Alp verlief, gibt es sachliche Gründe, den heutigen Wanderweg auf das andere Ufer abseits der Hauptstrasse zu verlegen, wenn keine historische Bausubstanz mehr vorhanden und der jetzige Belag für Wanderwege ungeeignet ist. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer spielt es hierfür keine Rolle, ob die Errichtung des Trottoirs vor ca. 10 Jahren rechtmässig erfolgte oder Bestimmungen des Bundes- oder des kantonalen Rechts verletzte: Die Bewilligung ist längst rechtskräftig geworden und ist im vorliegenden Verfahren nicht vorfrageweise zu überprüfen.
Nach dem Gesagten durfte das Verwaltungsgericht den Beweisantrag mangels Entscheiderheblichkeit abweisen. Es liegt deshalb keine Verletzung des rechtlichen Gehörs oder des Willkürverbots vor.
3. Die Beschwerdeführer rügen weiter eine Verletzung von Art. 21 Abs. 2 RPG: Diese Bestimmung sehe eine Anpassung von Nutzungsplänen nur bei erheblicher Änderung der Verhältnisse vor; eine solche Änderung liege hier nicht vor.
Art. 4 Abs. 1 lit. a FWG sieht vor, dass die Kantone dafür sorgen, dass bestehende und vorgesehene Fuss- und Wanderwegnetze in Plänen festgehalten werden. Diese sind periodisch - in der Regel alle 10 Jahre (Art. 1 Abs. 1 FWV) - zu überprüfen und nötigenfalls anzupassen (Art. 4 Abs. 1 lit. b FWG). Die Kantone legen die Rechtswirkungen der Pläne fest und ordnen das Verfahren für deren Erlass und Änderung (Art. 4 Abs. 2 FWG). Die Betroffenen sowie die interessierten Organisationen und Bundesstellen sind an der Planung zu beteiligen (Art. 4 Abs. 3 FWG).
Für den Kanton Schwyz bestimmt § 5 Abs. 1 KVzFWG, dass der Regierungsrat die Haupt- und Verbindungswanderwege in einem behördenverbindlichen Plan (Wanderwegplan) bezeichnet. Eine Festlegung der genauen Linienführung in einem kantonalen Nutzungsplan sieht § 6 Abs. 2 KVzFWG nur - soweit notwendig - vor, wenn Hauptwanderwege neu angelegt oder bestehende erheblich geändert werden.
Bisher wurde für den Hauptwanderweg Nr. 1 Jakobsweg noch kein Nutzungsplan erlassen; der umstrittene Nutzungsplan für den Abschnitt "Chli Schnüerlismatt" ist somit der erste seiner Art (zum behördenverbindlichen Wanderwegplan vgl. unten, E. 4). Art. 21 Abs. 2 RPG ist deshalb nicht anwendbar.
4. Weiter rügen die Beschwerdeführer, für den umstrittenen Nutzungsplan fehle eine Grundlage im kantonalen Richtplan: Bislang sei das Fuss- und Wandernetz nicht in den kantonalen Richtplan aufgenommen worden. Die Bevölkerung habe deshalb auch nicht bundesrechtskonform an der Festlegung des Fuss- und Wanderwegnetzes gemäss Art. 4 Abs. 1 und 2 RPG mitwirken können. Das vom Regierungsrat mit Beschluss Nr. 1439/2006 festgelegte Wanderwegnetz sei damit bundesrechtswidrig. Entgegen der Auffassung des Verwaltungsgerichts spiele es keine Rolle, dass ein öffentliches Mitwirkungsverfahren zum kantonalen Wanderwegplan durchgeführt wurde, da dieses Verfahren nicht im Rahmen einer Richtplanänderung durchgeführt worden sei.
4.1 Wie oben (E. 3) dargelegt wurde, sieht § 5 KVzFWG vor, dass der Regierungsrat die Haupt- und Verbindungswanderwege in einem behördenverbindlichen Plan (Wanderwegplan) bezeichnet. Dieser wird nach den Vorschriften über die Richtplanung erlassen, wobei zunächst eine Anhörung gemäss Art. 4 Abs. 3 FWG und anschliessend eine öffentliche Auflage gemäss Art. 4 RPG erfolgt (vgl. RRB Nr. 1439/2006 vom 24. Oktober 2006 E. 2.6).
Bisher ist der formelle Erlass des Wanderwegplans allerdings noch nicht erfolgt: Mit Beschluss vom 24. Oktober 2006 hat der Regierungsrat das Volkswirtschaftsdepartement lediglich ermächtigt, den Planentwurf der Haupt- und Verbindungswanderwege vom 31. August 2006 den Bezirken und Gemeinden sowie den interessierten Organisationen und dem Bundesamt für Strassen (ASTRA) zu unterbreiten. Im Anschluss an diese Konsultation wurde der Entwurf am 18. Juli 2008 während 60 Tagen öffentlich aufgelegt. Insofern wurde das Mitwirkungsrecht der Bevölkerung gewahrt. Der Entscheid des Regierungsrates steht aber noch aus. Dementsprechend finden sich auch im geltenden Richtplan noch keine Festsetzungen von Wanderwegen.
4.2 Dies kann aber nicht zur Folge haben, dass bis zum Erlass des kantonalen Wanderwegplans keinerlei Nutzungspläne für neue bzw. für die Verlegung bestehender Wanderwegstrecken erlassen werden könnten; dies würde den Verpflichtungen des Kantons gemäss Art. 4 und 7 FWG widersprechen und ist auch raumplanungsrechtlich nicht geboten: Beim Jakobsweg handelt es sich um einen historischen Verkehrs- und Wanderweg, der schon lange besteht und dessen Fortbestand unstreitig ist. Von Bundesrechts wegen gehören nur die "wesentlichen" Ergebnisse der Nutzungs- und der Koordinationsrichtplanung in den Richtplan (Art. 5 Abs. 1 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 [RPV; SR 700.1] i.V.m. Art. 8 RPG). Dazu gehört wohl die generelle Streckenführung der Hauptwanderwege, nicht aber deren parzellenscharfe Linienführung im Gelände. Insofern bedarf die Frage, ob der Jakobsweg im Bereich Chli Schnüerlismatt auf 1'500 m auf dem linken oder rechten Ufer der Alp geführt wird, keiner vorgängigen Festsetzung im kantonalen Richtplan bzw. im kantonalen Wanderwegplan.
5. Weiter rügen die Beschwerdeführer eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil sie nicht vor Erlass des Erlass- und Genehmigungsentscheids des Umweltdepartements vom 18. November 2011 angehört worden seien.
5.1 Im Nutzungsplanverfahren verlangt Art. 25a RPG eine Koordination des Rechtsmittelentscheids mit dem Genehmigungsentscheid (<ref-ruling> E. 1.2 S. 24 ff. mit Hinweisen). Diese muss (von Ausnahmen abgesehen) spätestens im Verfahren vor der letzten kantonalen Rechtsmittelinstanz erfolgen, die den Genehmigungsentscheid unter Wahrung des Anspruchs auf rechtliches Gehör bei ihrer Beurteilung einbeziehen muss (<ref-ruling> E. 1.3 S. 27 f.).
Vorliegend holte das Verwaltungsgericht zwar den Erlass- und Genehmigungsentscheid ein, allerdings erst nachdem es das Rechtsmittel der Beschwerdeführer mit Entscheid vom 21. September 2011 abgewiesen hatte. Der Erlass- und Genehmigungsbeschluss wurde somit nicht in das Rechtsmittelverfahren integriert, sondern es wurde ein separates Koordinationsverfahren eröffnet, in dem das Verwaltungsgericht prüfte, ob Anlass zur inhaltlichen Koordination bestehe. In diesem Verfahren wurden die Beschwerdeführer nicht angehört; ihnen wurden lediglich der Erlass- und Genehmigungsentscheid des Umweltdepartements gemeinsam mit den Dispositiven des Verwaltungsgerichts vom 21. September 2011 und vom 23. November 2011 zugestellt.
Allerdings ist zu berücksichtigen, dass es sich vorliegend um einen kantonalen Nutzungsplan handelte. Wie das Sicherheitsdepartement in seinem Schreiben vom 22. August 2011 ausführte, gingen der kantonale Gesetzgeber und die bisher unangefochtene Praxis des Kantons davon aus, dass beim Erlass eines kantonalen Nutzungsplans durch das zuständige Departement als kantonale Behörde keine separate Genehmigung erforderlich sei bzw. die Genehmigung mit den Erlass des kantonalen Nutzungsplans zusammenfalle. Das Umweltdepartement war vorliegend Planungs-, Erlass und Genehmigungsbehörde zugleich. Der Erlass- und Genehmigungsentscheid stellte deshalb, nach Abschluss des Rechtsmittelverfahrens, nur noch eine Formalität dar. Das Umweltdepartement fällte seinen Erlass- und Genehmigungsentscheid denn auch, ohne weitere Akten einzuholen oder neue Anordnungen (z.B. Auflagen und Bedingungen) zu treffen. Unter diesen besonderen Umständen verletzte das Vorgehen des Verwaltungsgerichts weder das Koordinationsgebot (Art. 25a RPG) noch den Anspruch der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör. Diese konnten sich vielmehr im Rechtsmittelverfahren umfassend zu allen Aspekten äussern.
6. Weiter rügen die Beschwerdeführer eine Verletzung des verfassungsrechtlichen Schutzes von Treu und Glauben (<ref-law>).
6.1 Sie verweisen auf den Beschluss des Vorstehers des Amts für Wald, Jagd und Fischerei vom 1. Juli 2006. Schon damals sollte der Jakobsweg auf den Forstweg am rechten Ufer der Alp geführt werden; dem widersetzten sich die Beschwerdeführer als Eigentümer der Parzelle Nr. 407. Im Anschluss an einen Augenschein hielt der Amtsvorsteher im Protokoll folgende "Beschlüsse" fest: Mit Rücksicht auf die Gesundheit und das Wohlergehen der Beschwerdeführer werde auf die rechtliche Durchsetzung des Wegrechts gemäss § 13 Abs. 3 KVzFWG verzichtet. Die Grundeigentümer erklären sich bereit, den Bikerverkehr über ihr Grundstück auf Zusehen hin zu tolerieren. Der Bezirk Schwyz gestattet den Grundeigentümern von Kat.-Nr. 407, die Dammkrone (Eigentum des Bezirks) und das darauf stockende Uferholz zweckmässig zu bewirtschaften und das anfallende Holz für sich zu behalten.
6.2 Die Vorinstanzen verneinten den Vertrauensschutz, weil der Amtsvorsteher weder für den Erlass der Nutzungsplanung noch für die Anordnung der Enteignung zuständig gewesen sei; die Beschwerdeführer hätten daher den "Beschluss" höchstens in dem Sinne verstehen dürfen, dass sich der Amtsvorsteher verwaltungsintern in diesem Sinne zugunsten der Beschwerdeführer einsetzen werde. Zudem sei nicht erkennbar, inwiefern die Beschwerdeführer im Vertrauen auf diesen Beschluss nachteilige Dispositionen getroffen hätten. Schliesslich widerspreche eine Bindung auch den öffentlichen Interessen.
6.3 Ob die Beschwerdeführer als Laien die Unzuständigkeit des Amtsvorstehers hätten erkennen müssen, kann vorliegend offenbleiben. Jedenfalls fehlt es an einer Vertrauensbetätigung: Wie die Vorinstanzen richtig ausführen, haben die Beschwerdeführer der Benützung ihres Geländes durch Biker nur "auf Zusehen" hin zugestimmt, d.h. dieses Einverständnis kann jederzeit rückgängig gemacht werden. Zwar wenden die Beschwerdeführer ein, sie hätten im Vertrauen auf die Wirksamkeit des Beschlusses darauf verzichtet, im öffentlichen Mitwirkungsverfahren über den kantonalen Wanderwegplan vom 19. Juli bis 18. September 2008 gegen den in diesem Verfahren umstrittenen Hauptwanderweg Nr. 1 genügend zu opponieren. Wie oben (E. 4) dargelegt wurde, ist jedoch der Wanderwegplan noch gar nicht rechtskräftig festgelegt worden; zudem ist er auch nicht für die Detaillinienführung im vorliegend streitigen Bereich massgeblich. Insofern ist kein Nachteil für die Beschwerdeführer ersichtlich.
7. Schliesslich rügen die Beschwerdeführer, die geplante Wegführung verletze die Schutzziele für das Flachmoor von nationaler Bedeutung Chlösterliweid. In diesem Zusammenhang werfen sie dem Verwaltungsgericht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und eine ungenügende Sachverhaltsabklärung vor.
7.1 In erster Linie rügen sie, es sei nie geprüft worden, ob für die umstrittene Forststrasse entlang dem Flachmoorobjekt eine Baubewilligung vorliege oder nicht. Wäre schon der bestehende Forstweg rechtswidrig, so dürfe darauf auch kein Hauptwanderweg bewilligt werden. Sie rügen in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil von Beginn weg die Herausgabe der Baubewilligungsakten verweigert worden sei. Aus diesem Grund hätten sie die Rechtswidrigkeit der bestehenden Forststrasse nie beweisen können.
Diese Rüge ist neu: Im kantonalen Verfahren hatten die Beschwerdeführer geltend gemacht, die Erstellung des Trottoirs entlang der Hauptstrasse vor ca. 10 Jahren sei rechtswidrig erfolgt und hatten deshalb den Beizug der diesbezüglichen Baubewilligungsakten verlangt. Dagegen gingen alle Beteiligten davon aus, dass der Forstweg seit vielen Jahren bestehe. Seine Bewilligung wurde von den Beschwerdeführern nicht angezweifelt; vielmehr machten sie geltend, die neue Nutzung des bisher ausschliesslich Forst- und Unterhaltszwecken dienenden Wegs als Wanderweg sei unzulässig. Der Beizug der Bewilligungsakten für den Forstweg wurde im kantonalen Verfahren nicht beantragt, weshalb keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vorliegt.
Soweit die Beschwerdeführer vor Bundesgericht den Beizug der Bewilligungsakten beantragen, handelt es sich um einen neuen, erstmals vor Bundesgericht gestellten Antrag, der nach <ref-law> unzulässig ist.
Es liegen auch keinerlei Anhaltspunkte dafür vor, dass der Weg nicht rechtskräftig bewilligt worden sei. Dieser ist bereits im Bundesinventar der Flachmoore von nationaler Bedeutung (Objekt Nr. 3154) als bestehender Feld- bzw. Waldweg eingezeichnet. Im Folgenden ist daher nur zu prüfen, ob die Nutzung der bestehenden Forststrasse als Hauptwanderweg Nr. 1/Jakobsweg mit dem Moorschutz vereinbar ist.
7.2 Gemäss <ref-law> sind Moore und Moorlandschaften von besonderer Schönheit und gesamtschweizerischer Bedeutung geschützt. Es dürfen darin weder Anlagen gebaut noch Bodenveränderungen vorgenommen werden. Ausgenommen sind Einrichtungen, die dem Schutz oder der bisherigen landwirtschaftlichen Nutzung der Moore und Moorlandschaften dienen. <ref-law> verweist für den Schutz der Moore auf die Art. 18a, 18c und 18d NHG. Nach <ref-law> bezeichnet der Bundesrat nach Anhören der Kantone die Biotope von nationaler Bedeutung; er bestimmt die Lage dieser Biotope und legt die Schutzziele fest. Die Kantone legen den genauen Grenzverlauf der Objekte fest und scheiden ökologisch ausreichende Pufferzonen aus (Art. 3 Abs. 1 der Verordnung vom 7. September 1994 über den Schutz der Flachmoore von nationaler Bedeutung [Flachmoorverordnung; SR 451.33; im Folgenden: FlachmoorV]). Die Kantone ordnen den Schutz und den Unterhalt der Biotope von nationaler Bedeutung; sie treffen rechtzeitig die zweckmässigen Massnahmen und sorgen für ihre Durchführung (<ref-law>).
Art. 4 FlachmoorV bestimmt, dass die inventarisierten Flachmoore von besonderer Schönheit und nationalem Interesse ungeschmälert erhalten werden müssen; in gestörten Moorbereichen soll die Regeneration, soweit es sinnvoll ist, gefördert werden. Zum Schutzziel gehören insbesondere die Erhaltung und Förderung der standortheimischen Pflanzen- und Tierwelt und ihrer ökologischen Grundlagen sowie die Erhaltung der geomorphologischen Eigenart.
Die Kantone treffen die zur ungeschmälerten Erhaltung der Objekte geeigneten Schutz- und Unterhaltsmassnahmen (Art. 5 Abs. 1 FlachmoorV); dazu gehören insbesondere die in Abs. 2 aufgezählten Massnahmen. Sie müssen namentlich dafür sorgen, dass Pläne und Vorschriften, welche die zulässige Nutzung des Bodens im Sinne der Raumplanungsgesetzgebung regeln, mit der Verordnung übereinstimmen (lit. a). U.a. müssen sie die Moore vor dauernden Schäden durch Trittbelastung schützen (lit. l). Die touristische und die Erholungsnut-zung muss mit dem Schutzziel in Einklang stehen (lit. m). In Puffer-zonen sind Bauten, Anlagen und Bodenveränderungen zulässig, so-fern sie das Schutzziel nicht beeinträchtigen (Art. 5 Abs. 3 Flach-moorV).
7.3 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass der bestehende Forstweg den Flachmoorperimeter nur am äussersten Rande des Objekts quere. Mit der Verlegung des Wanderwegs seien keine baulichen Massnahmen verbunden. Aufgrund der konkreten Umstände (Randlage entlang eines fliessenden Gewässers, Leinenzwang für Hunde) sei nicht zu erwarten, dass die Schutzziele mit der Verlegung des Wanderwegs und damit der Zweckerweiterung des bestehenden Forstwegs in relevanter Weise gefährdet sein könnten. Vielmehr sei davon auszugehen, dass die Wegverlegung im Einklang mit den Schutzzielen stehe.
Diese Sichtweise wird vom BAFU geteilt. Es weist darauf hin, dass der bestehende Forstweg das Flachmoor lediglich über eine kleine Strecke von ca. 75 m in direkter Weise tangiere. Zwischen dem Weg und dem Flachmoor befänden sich zwei Waldareale, welche den grösseren nordöstlichen und südöstlichen Teil des Flachmoors begrenzten. Diese Waldflächen übernähmen auf dem grössten Teil des Wegabschnitts die Funktion einer ausreichenden Pufferzone im Sinne von Art. 3 Abs. 1 FlachmoorV. Lediglich im Mittelbereich grenze der Weg unmittelbar an das Flachmoor. Eine schwerwiegende Beeinträchtigung des Flachmoors durch den bestimmungsgemässen Gebrauch des Weges durch Wanderer etc. sei nicht zu erwarten; andernfalls müssten entsprechende Massnahmen angeordnet werden.
7.4 Die Beschwerdeführer bestreiten, dass die Waldgebiete eine ausreichende Pufferzone für das Flachmoor darstellen. Das BAFU hätte die Pufferzonen nach dem von ihm herausgegebenen Pufferzonen-Schlüssel überprüfen müssen. Sie sind der Auffassung, dass der geplante Wegabschnitt auf einer Länge von ca. 350 m ohne Pufferzone und auf einer Länge von ca. 250 m mit ungenügender Pufferzone an das Flachmoor angrenze.
Die Beschwerdeführer verkennen, dass es im vorliegenden Verfahren nicht um die Festlegung von ökologisch ausreichenden Pufferzonen i.S.v. Art. 3 Abs. 1 FlachmoorV geht, sondern ausschliesslich um die Frage, ob die vorgesehene Verlegung des Hauptwanderwegs auf den z.T. an das Flachmoor angrenzenden Forstweg im Einklang mit dem Moorschutz steht. Der vom BUWAL herausgegebene Pufferzonen-Schlüssel (1997) enthält detaillierte Vorgaben für die Ausscheidung von Nährstoff- und hydrologischen Pufferzonen, verweist dagegen für die faunistische Pufferzone und andere flankierende Massnahmen auf eine Einzelfallbetrachtung (Ziff. 4.5 S. 19 und Ziff. 6 S. 30).
Entgegen der Darstellung des BAFU sind allerdings nicht nur "schwerwiegende Beeinträchtigungen" des geschützten Moorbiotops zu vermeiden, sondern zusätzliche Beeinträchtigungen jeglicher Art. Vorliegend ist davon auszugehen, dass die Verlegung des Hauptwanderwegs Nr. 1/Jakobsweg auf den Forstweg zur Folge haben wird, dass dessen Nutzung durch Wanderer und Pilger zunimmt, was u.U. zu Störungen der Fauna (Lärm, freilaufende Hunde) und Flora (z.B. Trittschäden durch Wanderer, die den Weg verlassen, Feuerstellen, Abfallablagerungen) führen kann. Immerhin befinden sich auf dem grössten Teil der Strecke kleine Waldgebiete zwischen dem Forstweg und dem Moorgebiet, die dieses gegen Störungen abschirmen. Unter diesen Umständen erscheint die Verlegung des Wanderwegs grundsätzlich mit dem Moorschutz vereinbar. Jedoch ist zu verlangen, dass die zuständige Behörde die bereits bestehende Leinenpflicht für Hunde (gemäss § 2 Abs. 1 des Schwyzer Gesetzes vom 23. Juni 1983 über das Halten von Hunden [SRSZ 546.100]) im Bereich des Flachmoors konsequent durchsetzt und Informationsschilder zum Schutz des Moores entlang des Wanderwegs aufstellt. Sollte dies nicht ausreichen, um Beeinträchtigungen des Moorgebiets zu verhindern, müsste der Kanton zusätzliche Schutzvorkehrungen treffen.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Umweltdepartement, dem Amt für Wald und Naturgefahren, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Die Gerichtsschreiberin: Gerber