Sachverhalt:
A.
Mit öffentlicher Urkunde vom 18. Dezember 2009 verkaufte B._ (Kläger, Beschwerdegegner) der A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) eine Gewerbeliegenschaft (Grundstücke Nr. xxx und yyy, beide GB U._), die vorher an einen galvanischen Betrieb (C._ AG) vermietet war. Der Beklagten waren Kontaminationsschäden im Erd- und Untergeschoss des Kaufobjekts auf dem Grundstück Nr. yyy (Liegenschaft V._) bekannt und sie verfügte in diesem Zusammenhang über verschiedene Unterlagen.
Bereits am 16. Dezember 2009 hatten die Parteien eine Vereinbarung in Bezug auf die vorhandenen Schäden abgeschlossen. Darin verpflichtete sich der Kläger unter anderem dazu, der Beklagten zur Sicherstellung der voraussichtlich anfallenden Schadensbehebungskosten den Betrag von Fr. 200'000.-- zu überweisen (Ziffer II Abs. 1 Satz 1). Sollten die effektiven Schadensbehebungskosten mehr als Fr. 200'000.-- betragen, so verpflichtete sich der Kläger auch zur Bezahlung des übersteigenden Differenzbetrags (Ziffer II Abs. 1 Satz 2). Art und Umfang der effektiv erforderlichen Schadensbehebungsarbeiten sollen durch einen Gerichtsexperten festgelegt werden, anschliessend soll dieser zwei Offerten für die erforderlichen Schadensbehebungsarbeiten einholen; für die Bestimmung der Höhe der Schadensbehebungskosten soll der tiefere Offertbetrag exkl. Mehrwertsteuer massgebend sein (Ziffer II Abs. 1 Satz 3). Zudem tritt die Beklagte dem Kläger sämtliche Ansprüche im Zusammenhang mit der Schadensbehebung des Erdgeschosses sowie des Untergeschosses der Liegenschaft gegenüber der C._ AG ab (Ziffer II Abs. 2 Satz 1). Die Schadensbehebung in den Räumlichkeiten des Untergeschosses sowie des Erdgeschosses der Liegenschaft V._ sowie allfällige Umbau- oder sonstige Arbeiten dürfen ohne ausdrückliche Einwilligung des Klägers erst dann erfolgen, wenn Art und Umfang der Schadensbehebung durch einen Gerichtsexperten rechtskräftig festgelegt worden sind; dies hat spätestens bis zum 30. Juni 2010 zu erfolgen (Ziffer II Abs. 2 Satz 2). Die Verletzung einer dieser obligatorischen Verpflichtungen soll zu Folge haben, dass die vorangehend erwähnte Schadensbehebungspflicht entfällt und die Beklagte den Betrag von Fr. 200'000.-- innert 10 Tagen seit erster Aufforderung an den Kläger zu bezahlen hat (Ziffer II Abs. 2 Satz 3).
Der Kläger kam seiner Verpflichtung gemäss Ziffer II Abs. 1 der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 nach und überwies der Beklagten per 4. Januar 2010 Fr. 200'000.--.
Nach erfolgter Übertragung der Grundstücke wies der Kläger die Beklagte mit E-Mail vom 19. Januar 2010 darauf hin, dass er mit den Sanierungs- bzw. Malerarbeiten im Untergeschoss der Liegenschaft V._ nicht einverstanden sei; die Lokalität hätte nur als Lager exklusive Festinstallationen benutzt werden dürfen. Er verwies des Weiteren auf die Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 und bat um die sofortige Einstellung sämtlicher Arbeiten.
Mit Schreiben vom 21. April 2010 gelangte der Kläger an die Beklagte und gab an, anlässlich einer Besichtigung vor Ort am 16. März 2010 festgestellt zu haben, dass im Untergeschoss erhebliche Sanierungsarbeiten vorgenommen worden seien, d.h. Kontaminationsschäden seien eliminiert worden und die Feststellung der effektiven Schadenssumme durch die noch ausstehende Expertise sei nicht mehr möglich.
Mit Schreiben vom 10. Mai 2010 forderte der Rechtsvertreter des Klägers die Beklagte gestützt auf Ziffer II der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 dazu auf, dem Kläger Fr. 200'000.-- zu überweisen. Die Beklagte verweigerte die Rückerstattung des erhaltenen Betrags.
B.
B.a. Am 10. April 2012 reichte der Kläger beim Kantonsgericht Nidwalden Klage ein mit dem Rechtsbegehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm den Betrag von Fr. 200'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 2. Mai 2010 zu bezahlen.
Das Kantonsgericht hiess die Klage mit Urteil vom 16. Mai 2013 gut. Es erwog, die Beklagte habe ihre vertragliche Pflicht zur Unterlassung von Schadensbehebungs- und sonstigen Arbeiten in der Liegenschaft V._ verletzt und schulde dem Kläger daher eine Konventionalstrafe in genannter Höhe.
Eine von der Beklagten gegen das kantonsgerichtliche Urteil vom 16. Mai 2013 erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Nidwalden mit Urteil vom 5. Juni 2014 ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 5. Juni 2014 aufzuheben (Antrags-Ziffer 1). Eventualiter sei die Streitsache zur Vervollständigung der Sachverhaltsfeststellung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Antrags-Ziffer 2). Subeventualiter sei die Konventionalstrafe auf Fr. 800.-- zu reduzieren (Antrags-Ziffer 3).
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.1. Angefochten ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Das Streitwerterfordernis (<ref-law>) ist erfüllt, die Beschwerdeführerin ist mit ihren Begehren unterlegen (<ref-law>) und die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist eingereicht worden (<ref-law>).
1.2. Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern sie muss einen Antrag in der Sache stellen; ein blosser Antrag auf Rückweisung ist nicht zulässig, ausser wenn das Bundesgericht ohnehin nicht reformatorisch entscheiden könnte (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1). Die Beschwerdeführerin führt in ihrer Antrags-Ziffer 1 formell zwar lediglich die Gutheissung der Beschwerde und die Aufhebung des angefochtenen Entscheids auf. Aus der Beschwerdebegründung, die zur Auslegung des Rechtsbegehrens beigezogen werden kann, in Verbindung mit dem Subeventualantrag (Antrags-Ziffer 3) ergibt sich jedoch, dass sich die Beschwerdeführerin in erster Linie dem Klageanspruch zur Gänze widersetzt und damit - wie bereits vor den Vorinstanzen - die Klageabweisung anstrebt (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1b S. 414).
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde in Zivilsachen unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) einzutreten.
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungspflicht der beschwerdeführenden Partei (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.4). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus. Für die Beschwerdeantwort gelten dieselben Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 2 S. 116).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt, namentlich die Anträge der Parteien, ihre Tatsachenbehauptungen, rechtlichen Erörterungen, Prozesserklärungen und Beweisvorbringen, der Inhalt einer Zeugenaussage, einer Expertise oder die Feststellungen anlässlich eines Augenscheins (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18, 264 E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1, 167 E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; je mit Hinweisen). Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der betreffenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen).
1.5. Die Beschwerdeführerin verkennt diese Grundsätze in verschiedener Hinsicht. Sie stellt ihren rechtlichen Vorbringen eine ausführliche Sachverhaltsdarstellung voran, in der sie unter Hinweis auf zahlreiche Aktenstücke des kantonalen Verfahrens die Hintergründe des Verfahrens aus eigener Sicht schildert und dabei verschiedentlich von den tatsächlichen Feststellungen des Obergerichts abweicht oder diese erweitert, ohne substantiiert Ausnahmen von der Sachverhaltsbindung geltend zu machen. Die entsprechenden Ausführungen haben unbeachtet zu bleiben.
Auch in ihrer weiteren Beschwerdebegründung unterbreitet die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht über weite Strecken unter Hinweis auf verschiedene Urkunden des kantonalen Verfahrens ihre Sicht der Dinge, ohne die gesetzlichen Anforderungen an eine hinreichende Sachverhaltsrüge zu erfüllen. Sie stützt insbesondere ihre Vorbringen zur Auslegung der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 in unzulässiger Weise auf Sachverhaltselemente, die sich nicht aus dem angefochtenen Entscheid ergeben. Damit verkennt die Beschwerdeführerin, dass das Bundesgericht keine Appellationsinstanz ist, die im Beschwerdeverfahren auch sämtliche Tatfragen frei prüfen könnte. Soweit sie ihre rechtlichen Rügen auf einen Sachverhalt stützt, der von den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht, ohne eine hinreichend begründete Sachverhaltsrüge zu erheben, ist sie nicht zu hören. Da die Beschwerdeschrift in unzulässiger Weise tatsächliche und rechtliche Vorbringen vermengt, ist auf ihre Vorbringen im Folgenden nur noch insoweit einzugehen, als daraus wenigstens sinngemäss erkennbar ist, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid der Vorinstanz verletzt sein sollen, wenn die verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid zugrunde gelegt werden (<ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführerin beruft sich zunächst auf die Formungültigkeit (<ref-law>) der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009.
2.1. Sie bringt vor, bei der fraglichen Vereinbarung handle es sich um ein formbedürftiges Rechtsgeschäft, das nach <ref-law> zwingend hätte öffentlich beurkundet werden müssen. Die Vereinbarung stehe in direktem Zusammenhang zum Grundstückkaufvertrag vom 18. Dezember 2009; zwischen den Verträgen bestehe eine enge gegenseitige Abhängigkeit, womit diese als Einheit zu betrachten seien. Die vereinbarte Forderungsabtretung an den Beschwerdegegner bilde einen objektiv wesentlichen Vertragsbestandteil, da dadurch der Kaufpreis betroffen sei. Ferner bilde der Inhalt der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 einen subjektiv wesentlichen Punkt des Kaufvertrags. Die strittige Vereinbarung erweise sich damit als formungültig, weshalb sich der eingeklagte Anspruch nicht darauf stützen lasse.
2.2. Der Einwand der Formungültigkeit, der von der Beschwerdeführerin erstmals vor Bundesgericht erhoben wird, erscheint rechtsmissbräuchlich, nachdem der Grundstückkaufvertrag vom 18. Dezember 2009 im Wesentlichen erfüllt wurde und die Beschwerdeführerin auch den in der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 vorgesehenen Betrag von Fr. 200'000.-- in Empfang genommen hat (vgl. zur rechtsmissbräuchlichen Berufung auf die Formungültigkeit eines Vertrags <ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen). Die Frage der Formbedürftigkeit der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 wie auch des Rechtsmissbrauchs braucht jedoch nicht vertieft zu werden, zumal die Beschwerdeführerin mit ihren Vorbringen verkennt, dass sie im Falle der Formungültigkeit gerade keinen Rechtsgrund für das Behalten des überwiesenen Betrags von Fr. 200'000.-- hätte, sondern nach allgemeinen Grundsätzen zu dessen Rückzahlung verpflichtet wäre (<ref-law>).
3.
Die Beschwerdeführerin beanstandet für den Fall der Gültigkeit der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 das vorinstanzliche Ergebnis der Vertragsauslegung; der tatsächliche übereinstimmende Wille der Parteien weiche von den vorinstanzlichen Feststellungen ab.
3.1. Sie weist darauf hin, dass die Vorinstanz zunächst festhält, der tatsächliche Wille der Parteien im Zeitpunkt des Vertragsschlusses lasse sich nicht eruieren, in der Folge jedoch hinsichtlich des Umfangs des Tätigkeitsverbots feststellt, es sei der übereinstimmende tatsächliche Wille der Parteien gewesen, das Kaufobjekt im damals aktuellen Zustand zwecks Bemessung des Schadens durch einen Gerichtsexperten bis längstens 30. Juni 2010 zu erhalten. Zwar trifft zu, dass die vorinstanzlichen Erwägungen in diesem Punkt widersprüchlich erscheinen; die Beschwerdeführerin vermag damit jedoch den angefochtenen Entscheid im Ergebnis nicht als bundesrechtswidrig auszuweisen, besteht doch trotz des allgemeinen Hinweises auf eine Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip kein Zweifel daran, dass die Vorinstanz hinsichtlich einzelner Punkte, so namentlich des Verbots, Änderungen am Gebäude vorzunehmen, von einer tatsächlichen Willensübereinstimmung der Parteien ausging. Die Beschwerdeführerin stellt zu Recht nicht in Frage, dass die empirische oder subjektive gegenüber der normativen oder objektivierten Vertragsauslegung den Vorrang hat (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666; <ref-ruling> E. 3.2.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 557). Vielmehr stellt sie die vorinstanzlichen Feststellungen hinsichtlich des tatsächlichen Parteiwillens in Frage.
3.2. Die Beschwerdeführerin zeigt weder Willkür (<ref-law>) noch eine Gehörsverletzung (<ref-law>) auf, indem sie sich darauf beschränkt, ohne Bezug zu den vorinstanzlichen Erwägungen verschiedene Beweismassnahmen aufzulisten (Parteibefragung, Durchführung eines Augenscheins, Edition der Akten des Verfahrens um vorsorgliche Beweisführung zwischen dem Beschwerdegegner und der C._ AG sowie der Unterlagen bezüglich Vergleichsverhandlungen zwischen diesen Parteien, Einvernahme des VR-Präsidenten der C._ AG und deren Rechtsvertreters sowie Vornahme einer Expertise zum Schadensumfang) und daraus - ohne weitere Begründung - schliesst, "[f]olglich hätte die Vorinstanz bei korrekter Abnahme der Beweisanträge und Durchführung eines zivilprozesskonformen Beweisverfahrens ein Vertragsauslegungsresultat ermittelt, welches die Nutzung der Liegenschaft [...] nicht komplett ausschliesst".
3.3. Die Beschwerdeführerin zeigt zudem keine willkürliche vorweggenommene Beweiswürdigung auf, wenn sie der Vorinstanz, die nach Würdigung der vorliegenden Urkunden (so unter anderem der nachvertraglichen Korrespondenz) das tatsächliche übereinstimmende Vertragsverständnis der Parteien hinsichtlich des Tätigkeitsverbots als erstellt und eine Parteibefragung für verzichtbar erachtete, ihre eigene Ansicht gegenüberstellt, wonach ihr Organ D._ "den Inhalt sämtlicher Schreiben und Besprechungen mit dem Beschwerdegegner [hätte] bestätigen können und sich über den tatsächlichen Sinn und Tragweite der Vereinbarung [hätte] äussern können" und behauptet, die "Parteibefragung würde ergeben, dass die Feststellung des wirklichen Willens klar vom Resultat der Vorinstanz abweicht". Ausserdem trifft entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht nicht zu, dass die Vorinstanz einzig auf den Wortlaut der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 abgestellt hätte; vielmehr hat sie im Rahmen ihrer Beweiswürdigung auch die nachvertragliche Korrespondenz zwischen den Parteien berücksichtigt.
Mit ihren weiteren Vorbringen verkennt die Beschwerdeführerin, dass keine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law> und <ref-law>) vorliegt, wenn ein Gericht darauf verzichtet, beantragte Beweise abzunehmen, weil es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 5.3; je mit Hinweisen). Sie übersieht insbesondere mit ihren Ausführungen zu der von der Vorinstanz behandelten Gehörsrüge, dass die Vorinstanz den Umstand der beantragten Parteibefragung berücksichtigt, eine solche im Rahmen der Beweiswürdigung aber für entbehrlich erachtet hat. Ausserdem lässt es die Beschwerdeführerin bei der Behauptung bewenden, die Vorinstanz habe im Zusammenhang mit den von ihr beantragten Beweismitteln den Anspruch auf Begründung verletzt, legt jedoch in keiner Weise dar, inwiefern ihr die Begründung des angefochtenen Entscheids verunmöglicht hätte, diesen sachgerecht anzufechten (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen).
Erweist sich die vorinstanzliche Erwägung, wonach keine Gehörsverletzung vorliege, nicht als verfassungswidrig, braucht auf die Vorbringen in der Beschwerde im Zusammenhang mit der vorinstanzlichen Eventualbegründung, nach der eine allfällige Gehörsverletzung als im Rahmen des Berufungsverfahrens geheilt zu betrachten wäre, nicht eingegangen zu werden.
3.4. Soweit die Beschwerdeführerin ausserdem vorbringt, das vorinstanzliche Vertragsauslegungsergebnis verletze "neben dem Gehörsanspruch die elementaren Beweisvorschriften nach <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>-LU (resp. <ref-law>), Art. 191 und Art. 192 ZPO", stossen ihre Vorbringen ins Leere. Sie zeigt mit ihren Ausführungen unter diesem Titel keine Bundesrechtsverletzung auf, sondern übt in unzulässiger Weise appellatorische Kritik an den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen und unterbreitet dem Bundesgericht unter Hinweis auf verschiedene kantonale Aktenstücke ihre Sicht zum tatsächlichen Willen der Parteien bei Vertragsschluss. Insbesondere vermag sie nicht aufzuzeigen, inwiefern sich die Vorinstanz infolge eines Versehens mit den Akten in Widerspruch gesetzt haben soll und geht zur Begründung ihrer Rüge unzutreffend davon aus, dass die Vorinstanz einzig auf den Wortlaut der Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 abgestellt habe.
4.
Die Beschwerdeführerin wehrt sich gegen die vorinstanzliche Feststellung, dass sich der von der Vormieterin (C._ AG) verursachte Schaden am Gebäude aufgrund der nach dem Verkauf vorgenommenen Arbeiten durch einen Experten nicht mehr feststellen lasse.
4.1. Die Vorinstanz stellte unter anderem fest, dass die Beschwerdeführerin den ursprünglichen Zustand des Kaufobjekts ohne ausdrückliche Zustimmung des Beschwerdegegners verändert habe. Es seien Reparaturen am Boden vorgenommen, die Wände gestrichen und die Liegenschaft nicht als Lager, sondern als Werkstatt für Go Carts genutzt worden. Die Beschwerdeführerin habe zudem mit Schreiben vom 20. Januar 2010 selbst eingeräumt, dass sie Gestelle und Maschinen aufgestellt habe und Reparaturen an der elektrischen Zuführung stattfänden, an den Wänden Steckdosenplätze montiert und Leitungen über die Decke angebracht würden. Des Weiteren werde eine Grundbeleuchtung installiert und die seitlichen Wände würden notdürftig gestrichen; in der hinteren Ecke werde eine Wand aufgestellt, damit ein schalldichter Raum für die Motorenprüfung erstellt werden könne. Die Beschwerdeführerin, so die Vorinstanz, habe all diese Arbeiten vorgenommen, wie aus den eingereichten Fotos hervorgehe. Bei den Arbeiten handle es sich im Übrigen um fixe Bauten, schliesslich sei sogar eine Wand aufgestellt worden; diese sei dazu geeignet, Kontaminationsschäden im Boden abzudecken und deren Abriss ohne Beschädigung des Bodens nahezu unmöglich zu machen. Die Vorinstanz schloss daraus, der durch die C._ AG verursachte Schaden lasse sich aufgrund der vorgenommenen Arbeiten durch einen Gerichtsexperten nicht mehr festlegen.
4.2. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass Reparaturen am Boden vorgenommen worden seien. Unter Hinweis auf ein von ihrem Organ D._ verfasstes Schreiben behauptet sie vor Bundesgericht, die vorinstanzliche Feststellung treffe nicht zu, was durch eine Parteibefragung von D._ hätte bestätigt werden können. Damit vermag sie keine verfassungswidrige Sachverhaltsfeststellung aufzuzeigen. Ebenso wenig zeigt sie mit ihren blossen Behauptungen, die Fotodokumentation sei für den Nachweis von Reparaturarbeiten ungeeignet, die Aufnahmen seien unvollständig (da nicht sämtliche Bereiche der Liegenschaft aufgenommen worden seien) bzw. aus der Dokumentation ergebe sich kein vollständiges und schlüssiges Bild der relevanten örtlichen Verhältnisse, Willkür in der Beweiswürdigung auf. Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht kann der Vorinstanz, die eine Dokumentation von Bildaufnahmen vor und nach dem Verkauf verglich, zudem weder Willkür noch eine Gehörsverletzung vorgeworfen werden, indem sie im Urteil nicht die einzelnen Handlungen aufführt, die im Rahmen der Reparaturarbeiten vorgenommen wurden. Konkrete Reparatur handlungen gehen aus einem Vergleich von in einem zeitlichen Abstand aufgenommenen Bildern naturgemäss nicht hervor, weshalb der Einwand der Beschwerdeführerin, es hätte im Urteil aufgeführt werden müssen, "wie (durch welche Handlungen) und wann (Zeitpunkt) sie die Kontaminationsschäden hätte beseitigen sollen", nicht verfängt.
Nachdem die Vorinstanz in Würdigung der ihr vorliegenden Unterlagen zur Überzeugung gelangte, die Vornahme von Reparaturarbeiten nach dem Verkauf sei erwiesen, geht auch der Vorwurf der Verletzung der Beweislastregel (<ref-law>) ins Leere (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 202 mit Hinweisen). Mit der blossen Behauptung, die angeblich unvollständige Fotodokumentation könne keine konkreten Reparaturarbeiten belegen, zeigt die Beschwerdeführerin keine willkürliche vorweggenommene Beweiswürdigung auf, weshalb auch der Hinweis auf den von ihr beantragten Augenschein und die Parteibefragung sowie die in diesem Zusammenhang erwähnten "elementaren Beweisvorschriften nach <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, Art. 191 und Art. 192 ZPO" ins Leere geht.
4.3. Hinsichtlich der Feststellung im angefochtenen Entscheid, die Beschwerdeführerin habe die seitlichen Wände gestrichen, bringt die Beschwerdeführerin in appellatorischer Weise vor, die Parteien hätten sich am 19. Januar 2010 mündlich darauf geeinigt, dass sie entsprechende Arbeiten vornehmen dürfe und diese Massnahme keine Auswirkungen auf die Untersuchungen des Experten habe. Dabei zeigt sie nicht mit Aktenhinweisen auf, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hätte. Sie verkennt, dass es im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren nicht angeht, unter Bezugnahme auf verschiedene in den kantonalen Akten liegende Schreiben der Parteien tatsächliche Behauptungen aufzustellen, die sich nicht auf die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid stützen lassen, um der Vorinstanz in pauschaler Weise vorzuwerfen, sie habe die entsprechende Korrespondenz nicht gewürdigt, obwohl sie aktenkundig sei. Damit wird weder eine Verletzung der Begründungspflicht (vgl. <ref-law>) oder des Grundsatzes der freien Beweiswürdigung (<ref-law>) noch eine Aktenwidrigkeit aufgezeigt.
Entsprechendes gilt hinsichtlich der vorinstanzlichen Feststellungen, die Liegenschaft sei nicht als Lager, sondern als Werkstatt für Go Carts genutzt worden und es seien Reparaturen an der elektrischen Zuführung durchgeführt sowie eine Grundbeleuchtung installiert worden. Mit der blossen Behauptung, die Einrichtung der Werkstatt und die Arbeiten mit den Go Carts bzw. an den elektrischen Einrichtungen hätten keinerlei Einfluss auf die kontaminierten Böden, erhebt die Beschwerdeführerin keine rechtsgenügende Sachverhaltsrüge.
4.4. Bezüglich der im angefochtenen Urteil erwähnten Wand behauptet die Beschwerdeführerin, die Parteien hätten mündlich vereinbart, dass diese von ihr errichtet werden dürfe; ihr Organ D._ habe dies im Schreiben vom 20. Januar 2010 festgehalten und der Beschwerdegegner habe die Wand mangels Opposition gegen das Bauvorhaben gebilligt. Damit geht sie in unzulässiger Weise über den vorinstanzlich verbindlich festgestellten Sachverhalt hinaus (vgl. <ref-law>), ohne eine hinreichende Sachverhaltsrüge zu erheben. Entsprechendes gilt für die Flächenberechnungen in der Beschwerde, mit welcher die vorinstanzliche Feststellung zum Einfluss auf die Möglichkeit der Schadensfeststellung in Frage gestellt wird.
4.5. Insgesamt vermag die Beschwerdeführerin die vorinstanzliche Feststellung, wonach sich der durch die ehemalige Mieterin C._ AG verursachte Schaden aufgrund der nach dem Verkauf vorgenommenen Arbeiten im Gebäude nicht mehr feststellen lasse, nicht als verfassungswidrig auszuweisen. Auf die Ausführungen in der Beschwerde zur Zeugenaussage von E._ braucht nicht eingegangen zu werden, zumal die Vorinstanz unabhängig von dieser Zeugenaussage zur fraglichen Feststellung gelangte.
Nahm die Beschwerdeführerin Arbeiten im Gebäude vor, die dazu führten, dass sich der verursachte Schaden nicht mehr gutachterlich feststellen liess, obwohl sie sich mit Vereinbarung vom 16. Dezember 2009im Hinblick auf die vorgesehene Schadensfeststellung zu einem Verzicht auf Umbau- und sonstige Arbeiten bis spätestens 30. Juni 2010 verpflichtet hatte, ist der Vorinstanz keine Bundesrechtsverletzung vorzuwerfen, wenn sie im Verhalten der Beschwerdeführerin eine Vertragsverletzung erblickte.
5.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe sie zu Unrecht zur Zahlung einer Konventionalstrafe von Fr. 200'000.-- verurteilt.
5.1. Sie bringt zunächst vor, der Beschwerdegegner habe die Tatbestandselemente, die für die Subsumtion unter die Konventionalstrafe (<ref-law>) erforderlich seien, nicht hinreichend substantiiert, weshalb sein Vortrag unschlüssig gewesen sei und die Klage daher hätte abgewiesen werden müssen. So habe er die allgemeine Behauptung, es seien im Untergeschoss Sanierungsarbeiten vorgenommen worden, im gesamten Verfahren nicht näher konkretisiert.
Den Ausführungen in der Beschwerde kann nicht gefolgt werden. Wie der Beschwerdegegner in seiner Antwort zu Recht vorbringt, hat er in seiner Replik vom 14. September 2012 durchaus konkretisiert, aufgrund welcher Sanierungsarbeiten er die Vereinbarung vom 16. Dezember 2009 für verletzt erachtete. Damit substantiierte er die Nichterfüllung bzw. die nicht richtige Erfüllung des abgeschlossenen Vertrags hinreichend, auf die er die Zahlungsverpflichtung der Beschwerdeführerin stützte (vgl. <ref-law>). Der Vorwurf, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt und die Vorinstanz hätte <ref-law> daher nicht von Amtes wegen anwenden dürfen (vgl. <ref-law>), ist unbegründet (vgl. zur Berücksichtigung nicht behaupteter Beweisergebnisse demgegenüber Urteil 4A_195/2014 vom 27. November 2014 E. 7.2, nicht publ. in <ref-ruling>).
5.2. Die Beschwerdeführerin stellt vor Bundesgericht nicht mehr grundsätzlich in Frage, dass auf die im Vertrag vom 16. Dezember 2009 vorgesehene Verpflichtung zur Zahlung von Fr. 200'000.-- im Falle der Vertragsverletzung die Bestimmungen über die Konventionalstrafe (<ref-law>) anwendbar sind. Wie sich erwiesen hat, ist der Vorinstanz keine Bundesrechtsverletzung vorzuwerfen, wenn sie im Verhalten der Beschwerdeführerin eine Vertragsverletzung erblickte. Der in der Beschwerde erhobene Einwand, die Voraussetzungen für die Konventionalstrafe (vgl. <ref-law>) seien mangels Vertragsverletzung nicht erfüllt, ist daher nicht stichhaltig.
5.3. Die Vorinstanz hat den Einwand der Beschwerdeführerin, die vereinbarte Konventionalstrafe verletze <ref-law>, da sie eine widerrechtliche Verpflichtung bekräftige, zurückgewiesen und ist - wenn auch ohne nähere Begründung - von der Zulässigkeit der Vereinbarung einer Konventionalstrafe für das fragliche Verhalten ausgegangen. Der in der Beschwerde erhobene Vorwurf, die Vorinstanz habe ihre Vorbringen missachtet, ist daher unbegründet. Inwiefern ihr die Begründung des angefochtenen Entscheids verunmöglicht hätte, diesen sachgerecht anzufechten (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen), zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf.
Sie vermag auch vor Bundesgericht nicht darzulegen, inwiefern mit der Konventionalstrafe ein widerrechtliches oder unsittliches Versprechen bekräftigt worden wäre (vgl. <ref-law>). Sie beruft sich in allgemeiner Weise auf "elementare Sicherheitsvorschriften im Baurecht", "kantonale und eidgenössische Bestimmungen zum Bau- und Umweltrecht" sowie auf "Richtlinien der SUVA, welche von allen zwecks Aufrechterhaltung des notwendigen Sicherheitsstandards einzuhalten sind, ansonsten Sanktionen drohen", ohne jedoch konkret aufzuzeigen, inwiefern die vertragliche Verpflichtung, den bisherigen Zustand eines Teils des Gebäudes im Hinblick auf eine gutachterliche Schadensfeststellung für eine beschränkte Zeit (bis spätestens 30. Juni 2010) beizubehalten, widerrechtlich bzw. unsittlich sein soll. Inwiefern die vorinstanzliche Annahme der Zulässigkeit der Konventionalstrafe gegen Bundesrecht verstossen soll, ist nicht ersichtlich.
5.4. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz schliesslich vor, sie habe <ref-law> verletzt, indem sie auf eine Herabsetzung der Konventionalstrafe verzichtet habe.
5.4.1. Gemäss <ref-law> hat der Richter übermässig hohe Konventionalstrafen nach seinem Ermessen herabzusetzen. Dabei ist aus Gründen der Vertragstreue und der Vertragsfreiheit Zurückhaltung geboten, denn die Strafe kann von den Parteien an sich in beliebiger Höhe festgesetzt werden (<ref-law>). Ein richterlicher Eingriff in den Vertrag rechtfertigt sich nur, wenn der verabredete Betrag so hoch ist, dass er das vernünftige, mit Recht und Billigkeit noch vereinbare Mass übersteigt (<ref-ruling> E. 3.3.1, 201 E. 5.2 S. 209). Eine Herabsetzung der Konventionalstrafe rechtfertigt sich insbesondere, wenn zwischen dem vereinbarten Betrag und dem im Zeitpunkt der Vertragsverletzung bestehenden Interesse des Ansprechers, daran im vollen Umfang festzuhalten, ein krasses Missverhältnis besteht. Ob diese Voraussetzung gegeben ist, entscheidet sich nicht allgemein, sondern hängt von den Umständen des Einzelfalles ab. Dazu gehören insbesondere die Art und Dauer des Vertrags, die Schwere des Verschuldens und der Vertragsverletzung, das Interesse des Ansprechers an der Einhaltung des Verbots sowie die wirtschaftliche Lage der Beteiligten, namentlich des Verpflichteten. Zu berücksichtigen sind ferner allfällige Abhängigkeiten aus dem Vertragsverhältnis und die Geschäftserfahrungen der Beteiligten. Gegenüber einer wirtschaftlich schwachen Partei rechtfertigt sich eine Herabsetzung eher als unter wirtschaftlich gleichgestellten und geschäftskundigen Vertragspartnern (<ref-ruling> E. 3.3.2, 201 E. 5.2; je mit Hinweisen).
5.4.2. Die Beschwerdeführerin führt selber zutreffend aus, dass die tatsächlichen Voraussetzungen einer Herabsetzung nach <ref-law> und damit auch das Missverhältnis zum Erfüllungsinteresse gemäss <ref-law> nicht vom Gläubiger, sondern vom Schuldner zu behaupten und nachzuweisen sind (<ref-ruling> E. 4.1, 201 E. 5.2 S. 210; <ref-ruling> E. 1b). Sie beanstandet im Übrigen lediglich in allgemeiner Weise, es habe bezüglich der Herabsetzung der Konventionalstrafe kein Beweisverfahren stattgefunden, zeigt jedoch nicht mit Aktenhinweisen auf, welche Tatsachenbehauptungen sie im kantonalen Verfahren aufgestellt hätte, die eine Herabsetzung rechtfertigen würden. Ihre weiteren Vorbringen, wonach ihr Verschulden wie auch das Ausmass der Vertragsverletzung äusserst gering seien, stützt sie in unzulässiger Weise auf Sachverhaltselemente, die sich dem angefochtenen Entscheid nicht entnehmen lassen. Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht ersichtlich.
6.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Leemann