Sachverhalt:
A. Am 14. Januar 2009 erhob A.X._ Strafklage gegen seine von ihm getrennt lebende Ehefrau B.X._ wegen Verdachts der Veruntreuung und Falschbeurkundung. Am 21. Januar 2009 ergänzte er die Strafklage, nachdem ihm die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen am 19. Januar 2009 diesbezüglich verschiedene Fragen gestellt hatte. Mit Verfügung vom 26. Januar 2009 trat das Untersuchungsamt St. Gallen auf die Strafklage von A.X._ wegen Verspätung des Strafantrags betreffend Veruntreuung sowie offenkundiger Ermangelung der objektiven und subjektiven Tatbestandsmässigkeit der Urkundenfälschung/Falschbeurkundung nicht ein.
B. Gegen diese Nichteintretensverfügung erhob A.X._ am 10. Februar 2009 Beschwerde an die Anklagekammer des Kantons St. Gallen. Am 29. April 2009 wies diese die Beschwerde ab.
C. A.X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen anzuweisen, gegen B.X._ eine Strafuntersuchung wegen Veruntreuung, Urkundenfälschung sowie allfälliger weiterer Tatbestände zu eröffnen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen sowie B.X._ beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Anklagekammer des Kantons St. Gallen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. A.X._ hat eine Stellungnahme eingereicht und seine in der Beschwerde vorgebrachte Argumentation unterstrichen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; und b) ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Zur Beschwerde berechtigt ist insbesondere auch das Opfer, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Die Liste gemäss <ref-law> ist, wie sich aus dem Wort "insbesondere" ergibt, als nicht abschliessend zu verstehen (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweis). Nach der Rechtsprechung ist der Geschädigte, der nicht Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes ist, allerdings nicht zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, soweit es um den staatlichen Strafanspruch geht. Dieser steht einzig dem Staat zu. Der Geschädigte hat an der Bestrafung des Täters nur ein tatsächliches und kein rechtlich geschütztes Interesse (<ref-ruling> E. 2.3). Der Beschwerdeführer ist hinsichtlich der von ihm angezeigten Urkundenfälschung bzw. Falschbeurkundung nicht Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes, weshalb ihm kein rechtliches Interesse an der diesbezüglichen Strafverfolgung der Beschwerdegegnerin 1 zukommt. Auf seine Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
1.2 Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, er habe seinen Strafantrag betreffend Veruntreuung gegenüber Angehörigen (<ref-law>) innerhalb der gesetzlich vorgesehenen Frist von drei Monaten seit Kenntnis der Tat und des Täters eingereicht, ist gestützt auf Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 6 BGG auf seine Beschwerde einzutreten. Nach dieser Bestimmung kommt der Person, die den Strafantrag stellt, soweit es um das Strafantragsrecht als solches geht, ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zu. Im Folgenden ist somit zu prüfen, ob der Beschwerdeführer von seinem Antragsrecht rechtzeitig Gebrauch gemacht hat.
2. Der Beschwerdeführer liess sich anlässlich der Pensionierung im Jahre 1996 seine Pensionskassenguthaben auszahlen. Er übergab seiner Ehefrau im Zeitraum von Anfang 1999 bis September 2001 insgesamt Fr. 170'000.-- zur Einzahlung auf ein Konto bei der Volksbank in Konstanz, das auf seinen Namen lauten sollte. Die Beschwerdegegnerin 1 zahlte das Geld jedoch auf ein auf ihren Namen eröffnetes Konto ein. Eine Vollmacht für dieses Konto besass der Beschwerdeführer nicht.
Im November 2007 machte der Beschwerdeführer beim Kreisgericht St. Gallen ein Eheschutzverfahren anhängig und stellte dabei namentlich das Begehren, die Beschwerdegegnerin 1 sei zu verpflichten, ihm vollumfänglich Auskunft über den Verbleib seiner Pensionskassengelder zu erteilen sowie diese wieder herauszugeben. An der Gerichtsverhandlung vom 18. Dezember 2008 unterschrieb die Beschwerdegegnerin 1 eine Bankvollmacht für den Beschwerdeführer.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer erklärt, dass er nach Erhalt der Bankvollmacht am 8. Januar 2009 einen Auszug über das fragliche Konto erhalten habe, woraus ersichtlich gewesen sei, dass sich darauf von den ursprünglich einbezahlten Geldern von Fr. 170'000.-- nur noch EUR 17.71 befunden hätten. Damit habe er erstmals von der Veruntreuung seiner Altersvorsorge Kenntnis erhalten. Die Vorinstanz verletze die <ref-law> sowie <ref-law> und damit Bundesrecht, indem sie im Einklang mit der ersten Instanz das "Kennenmüssen" von Tat und Täter für das Auslösen der Strafantragsfrist genügen lasse.
Der Beschwerdeführer macht weiter verschiedene besondere Umstände geltend, weshalb er den Beteuerungen der Beschwerdegegnerin 1 trotz Misstrauen, über Jahre hinweg Vertrauen geschenkt habe. Die Vorinstanz habe insgesamt den Sachverhalt willkürlich festgestellt bzw. massgebliche Aspekte des Sachverhalts gar nicht berücksichtigt. Schliesslich habe sie Art. 173 Abs. 1 StPO/SG grob unrichtig und willkürlich angewendet (Beschwerde, S. 3 ff.).
3.2 Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer habe gemäss seiner Strafanzeige im September 2004 zufälligerweise davon erfahren, dass die Beschwerdegegnerin 1 das Konto bei der Volksbank Konstanz auf ihren eigenen Namen eröffnet habe. Er sei damals "erstmals stutzig" geworden, dass der Saldo des Kontos nur noch EUR 13'332.39 betragen habe, zumal er noch keine Kenntnis des Wertschriftendepots gehabt habe. Der Beschwerdeführer habe in der Folge wiederholt erfolglos die Vollmacht über das fragliche Konto zu erhalten versucht. Nach Einleitung des Eheschutzverfahrens sei es zu Vergleichsverhandlungen gekommen, wobei der Beschwerdeführer die Verhandlungen von einer umgehenden Zahlung einer bestimmten Summe abhängig gemacht haben soll. Die Beschwerdegegnerin habe sich bereit erklärt, EUR 25'000.-- zu überweisen, was jedoch nie geschehen sei, und habe sich weiterhin geweigert, eine Vollmacht für das Konto zu erteilen.
Vor diesem Hintergrund habe der Beschwerdeführer bereits seit 2004 Kenntnis davon, dass die Beschwerdegegnerin 1 ein auf ihren Namen lautendes Konto verfügte, ohne dem Beschwerdeführer eine Vollmacht erteilt zu haben. Sie habe sich deshalb die ihr anvertrauten Pensionskassengelder bereits damals angeeignet, zumal sie ohne Ermächtigung Wertschriftenanlagen getätigt habe. Spätestens im Juli/August 2008 hätten dem Beschwerdeführer, gestützt auf den Verlauf des Eheschutzverfahrens, genügend Anhaltspunkte vorgelegen, dass die Beschwerdegegnerin 1 seine Pensionskassengelder mutmasslich veruntreut habe. Ihm seien "entsprechende Tatbestandselemente der Veruntreuung" sowie die Täterin (die Beschwerdegegnerin 1) bekannt gewesen. Indem er erst Mitte Januar 2009 den Strafantrag eingereicht habe, sei sein Antragsrecht verwirkt (angefochtenes Urteil, S. 5 f.).
Die erste Instanz, deren Ausführungen sich die Vorinstanz explizit anschloss, erwähnte ausserdem, dass ab dem Zeitpunkt der Weigerung der Beschwerdegegnerin 1, die gemäss Vergleich im Eheschutzverfahren vereinbarten EUR 25'000.-- auf das Konto des Beschwerdeführers zu überweisen, allerspätestens aber mit der Niederlegung des Mandats des Rechtsanwalts der Beschwerdegegnerin 1 am 22. September 2008 Tat und Täterin mit genügender Sicherheit bekannt gewesen seien (erstinstanzliche Nichteintretensverfügung, S. 3 f.).
3.3 Gemäss <ref-law> erlischt das Antragsrecht nach Ablauf von drei Monaten. Die Frist beginnt mit dem Tag, an welchem der antragsberechtigten Person der Täter bekannt wird, was auch die Kenntnis der Straftat voraussetzt (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a; Christoph Riedo, Basler Kommentar, <ref-law> N 5, 12). Solange aufgrund der Sachlage unklar ist, ob überhaupt ein Delikt begangen wurde, beginnt die Frist mithin nicht zu laufen. Dies ist erst der Fall, wenn der antragsberechtigten Person neben den objektiven auch die subjektiven Tatbestandselemente bekannt sind, da eine Tat nur vorliegt, wenn der Täter auch den subjektiven Tatbestand erfüllt (Urteil des Bundesgerichts 6B_396/2008 vom 25. August 2008 E. 3.3.3 mit Hinweisen). Bekannt im Sinne von <ref-law> ist der Täter nicht schon, wenn der Verletzte gegen eine bestimmte Person einen Verdacht hegt. Erforderlich ist vielmehr eine sichere, zuverlässige Kenntnis, die ein Vorgehen gegen den Täter als aussichtsreich erscheinen lässt und die antragsberechtigte Person gleichzeitig davor schützt, wegen falscher Anschuldigung oder übler Nachrede belangt zu werden (<ref-ruling> E. 2a). Die berechtigte Person ist nicht verpflichtet, nach dem Täter zu forschen, und blosses Kennenmüssen des Täters löst die Antragsfrist nicht aus (BGE 76 IV 1 E. 2).
3.4 3.4.1 Der Beschwerdeführer bestreitet im Wesentlichen, dass er vor dem 8. Januar 2009 eine sichere, zuverlässige Kenntnis von Tat und Täter gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung gehabt habe. Ihm ist entgegen der Ansicht der Vorinstanz zuzustimmen, dass seine wiederholt erfolglosen Bemühungen, Zugriff auf das von der Beschwerdegegnerin 1 eröffnete Konto bei der Volksbank in Konstanz zu erlangen, jedenfalls bis im Juli/August 2008 die Strafantragsfrist nicht auslösen konnten, da er zwar (wie er selber einräumt) stutzig geworden ist, jedoch keine sichere und zuverlässige Kenntnis der Tat hatte.
3.4.2 Zu prüfen ist, ob die Strafantragsfrist im Juli/August 2008 zu laufen begann, wie die Vorinstanz annimmt. Das Eheschutzverfahren wurde auf Ersuchen des Beschwerdeführers und der Beschwerdegegnerin 1 (act. 1a/8) infolge Vergleichsverhandlungen zunächst bis zum 31. August 2008 (act. 1a/9) und anschliessend letztmalig bis zum 30. September 2008 sistiert (act. 1a/10). Am 22. September 2008 teilte der Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin 1 ohne weitere Begründung mit, dass das erteilte Mandat in der Zwischenzeit als erloschen zu betrachten sei (act. 1a/11). Es ist nicht ersichtlich und wird von der Vorinstanz auch nicht ausgeführt, inwiefern der Beschwerdeführer während der Vergleichsverhandlungen auf eine Veruntreuung der Pensionskassengelder schliessen musste. Die Vorinstanz legt auch nicht dar, weshalb aus der nicht begründeten Mandatsniederlegung des Rechtsvertreters der Beschwerdegegnerin 1 ein strafbares Verhalten abzuleiten sei.
3.4.3 Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers verlangte mit Schreiben vom 25. September 2008 die Weiterführung des Eheschutzverfahrens, da der Beschwerdeführer von der Beschwerdegegnerin 1 "immer wieder vertröstet und hingehalten worden" sei. Dieses Eheschutzverfahren leitete der Beschwerdeführer insbesondere ein, um Auskunft über den Verbleib der Pensionskassengelder zu erlangen und zu erreichen, dass diese herausgegeben bzw. zugänglich gemacht würden (act. 5/26, S. 2). Es erscheint nachvollziehbar, wenn der Beschwerdeführer nach den gescheiterten Vergleichsverhandlungen zunächst die formelle Durchführung des Eheschutzverfahrens anstrebte, um Klärung über die Gelder zu erlangen, statt bereits einen Strafantrag wegen einer allfälligen Veruntreuung einzureichen.
3.4.4 Mit Schreiben vom 2. Dezember 2008 leitete die für das Eheschutzverfahren zuständige Gerichtsinstanz dem Beschwerdeführer die zwischenzeitlich eingereichte Umsatzliste des fraglichen Kontos weiter, aus der sich eine Überweisung von EUR 50'000.-- per 1. Oktober 2008 nach Luxemburg ergab (act. 2/17). Der Beschwerdeführer räumte im vorinstanzlichen Verfahren ein, dass frühestens mit Kenntnis dieser Überweisung die Frist für den Strafantrag wegen Veruntreuung zu laufen begonnen habe (act. 1, S. 5). Dem ist zuzustimmen. Nachdem aus dem früher eingereichten Kontoauszug vom 10. Dezember 2007 der Beschwerdegegnerin 1 (act. 5/24) hervorging, dass das gesamte Vermögen (wenn auch grösstenteils in einem Wertschriftendepot) noch vorhanden war, setzte der Fristenlauf des Strafantrags noch nicht ein, sondern begann erst mit Zustellung der Umsatzliste durch die zuständige Gerichtsinstanz im Eheschutzverfahren zu laufen. Die Vorinstanz ist daher zu Unrecht nicht auf den Strafantrag wegen Veruntreuung eingetreten und hat damit Bundesrecht verletzt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen. Die Vorinstanz wird materiell zu prüfen haben, ob die Beschwerdegegnerin 1 hinsichtlich der Pensionskassengelder des Beschwerdeführers eine Veruntreuung begangen hat.
4. 4.1 Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit der Beschwerdeführer geltend macht, er habe seinen Strafantrag betreffend Veruntreuung gegenüber Angehörigen rechtzeitig gestellt. Im Übrigen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
4.2 Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Soweit er obsiegt, wird das Gesuch gegenstandslos, im Übrigen war die Beschwerde aussichtslos und ist das Gesuch abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Seiner finanziellen Lage ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).
4.3 Der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin 1 werden im Umfang ihres Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Sie haben daher je 1/3 der auf Fr. 1'500.-- festzusetzenden Gerichtskosten zu tragen. Der Beschwerdegegnerin 2 bzw. dem Kanton St. Gallen sind keine Verfahrenskosten aufzuerlegen (<ref-law>).
4.4 Entsprechend dem Unterliegen sind die Beschwerdegegnerinnen verpflichtet, dem Beschwerdeführer eine auf 1/3 reduzierte Entschädigung für das bundesgerichtliche Verfahren zu bezahlen (somit je Fr. 500.--) (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das angefochtene Urteil der Anklagekammer des Kantons St. Gallen vom 29. April 2009 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3. Dem Beschwerdeführer und der Beschwerdegegnerin 1 werden Gerichtskosten von je Fr. 500.-- auferlegt.
4. Die Beschwerdegegnerin 1 und der Kanton St. Gallen (Beschwerdegegnerin 2) haben den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller