Faits:
A. A.a Dame A._, née en 1967, et A._, né en 1959, se sont mariés le 25 janvier 2008 devant l'Officier de l'état civil de Berne. Le couple entretenait une relation amoureuse depuis plusieurs années, à tout le moins depuis 2001, alors que A._ était le professeur de musique de dame A._.
Le couple a un enfant, B._, née en 2008.
A.b En 2005, une enquête pénale a été ouverte par l'Untersuchungsrichter III de Berne-Mittelland contre A._, poursuivi pour lésions corporelles graves et propagation d'une maladie de l'homme, actes qui auraient été commis entre 2001 et 2005. A._ est accusé d'avoir inoculé le virus HIV à un groupe de personnes, auquel son épouse n'appartient pas, au moyen de seringues infectées, alors qu'il pratiquait des traitements d'acupuncture. Il a été détenu préventivement à deux reprises dans ce contexte.
Dans le cadre de l'enquête pénale, différentes expertises scientifiques ont été réalisées, à savoir les 28 juin 2007, 17 avril 2009 et 14 septembre 2009 (complément), puis le 21 janvier 2011. Ces expertises concernaient toutes trois l'analyse phylogénétique des virus des victimes afin de comparer leurs profils génétiques. La traduction française de la dernière expertise conclut: "En résumé, on peut constater que, sur la base des informations phylogénétiques, cliniques et épidémiologiques, les infections des vingt personnes examinées avec une souche monophylétique du virus HIV et additionnellement de seize de ces personnes avec le virus de l'hépatite C d'un génotype 4 rare en Suisse, n'ont pas pu se produire sans participation d'une tierce personne".
Une expertise psychiatrique de A._, également mise en oeuvre dans le cadre de l'enquête pénale, a été déposée le 13 décembre 2010. Il en ressort que l'intéressé pourrait présenter un trouble de la personnalité avec des traits psychopathes, combinaison apparaissant comme le facteur de risque le plus important pour la commission de nouveaux délits. A._ a refusé que des examens psychologiques complémentaires soient effectués, arguant qu'il ne faisait pas confiance aux tests et qu'il faudrait disposer de grandes connaissances scientifiques pour les interpréter.
A.c Dame A._, médecin-chef à Y._, a travaillé pendant plusieurs années en tant que médecin-assistant, spécialiste des patientes enceintes atteintes du virus du sida. Dans un premier temps, à tout le moins jusqu'au mois de décembre 2009, elle a soutenu son époux, pensant non seulement qu'il était incapable de commettre les faits qui lui étaient reprochés, mais également qu'il était scientifiquement impossible qu'une personne pût inoculer le virus du sida à tant de victimes. C'est après avoir pris connaissance du second rapport d'expertise phylogénétique que la confiance de l'intimée en son conjoint aurait été ébranlée, conduisant à la détérioration des relations entre les époux, puis à leur séparation le 28 janvier 2010.
Le 4 février 2010, l'intimée a déposé plainte pénale contre son mari pour menaces, contrainte et voies de fait.
B. Dans un premier temps, la séparation des parties a été régie par un prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale ratifiant un accord passé entre les époux et attribuant la garde de l'enfant B._ à sa mère, le père jouissant d'un droit de visite surveillé.
C. C.a Le 10 juin 2010, dame A._ a déposé une demande unilatérale de divorce devant le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne, demande fondée sur l'<ref-law>.
Le 15 novembre 2010, le Président du Tribunal d'arrondissement a ratifié pour valoir ordonnance de mesures provisionnelles une convention signée par les parties prévoyant les modalités de l'exercice du droit de visite par le père. Cette ordonnance a été confirmée le 21 janvier 2011, le Service de protection de la jeunesse se voyant en outre confier un mandat de curatelle pour la surveillance des relations personnelles entre le père et sa fille.
Lors de l'audience préliminaire tenue le 10 février 2011, il a été convenu, d'entente avec les parties, que l'instruction et l'ordonnance sur preuves porteraient uniquement sur les allégués relatifs à l'existence ou non de motifs de divorce au sens de l'<ref-law>, la disjonction de l'instruction sur le principe du divorce et les effets de celui-ci étant dès lors ordonnée.
Les enquêtes ont donné lieu à l'audition de plusieurs témoins, lesquels ont révélé que dame A._ connaissait les faits qui étaient reprochés à son époux par les explications que celui-ci lui donnait, puis confirmé que les accusations dont il faisait l'objet lui apparaissaient fausses, du moins initialement, en raison de leur apparente impossibilité scientifique. Ce n'est qu'après avoir pris connaissance des expertises comparant les profils phylogénétiques des personnes infectées que l'intéressée avait commencé à nourrir de sérieux doutes quant à l'innocence de son époux. L'un des témoins, le Professeur C._, lui-même également médecin, a par ailleurs souligné qu'il avait à cet égard suivi le même cheminement que dame A._ quant à la possibilité scientifique des faits reprochés au mari de cette dernière. La plupart des témoins ont ensuite souligné l'état de peur et de stress dans lequel s'est alors trouvée dame A._ en saisissant que la culpabilité de son mari était envisageable: la découverte d'un aspect jusque-là inconnu de la personnalité de son époux lui avait fait prendre peur et l'avait poussée à partir avec sa fille. Tant le Professeur D._, que E._, psychiatre et thérapeute de dame A._, ont relevé l'état de profonde détresse dans lequel elle était au moment de quitter son conjoint, le second témoin précisant au demeurant que le traitement se poursuivait actuellement, l'intéressée se trouvant dans un processus de survie.
Par jugement du 1er septembre 2011, le Tribunal d'arrondissement de Lausanne a prononcé le divorce des époux A._, admettant ainsi l'existence de motifs sérieux rendant le maintien du mariage insupportable pour l'épouse.
C.b Statuant le 3 janvier 2012 sur appel de A._, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal l'a rejeté, confirmant le jugement de première instance.
L'arrêt a été notifié aux parties le 24 janvier 2012.
D. Par acte du 24 février 2012, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'admission de son recours et à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que la demande en divorce déposée par dame A._ est rejetée.
Des observations n'ont pas été demandées.

Considérant en droit:
1. 1.1 La décision querellée confirme une décision prononçant le divorce des parties et statue ainsi définitivement sur un chef de conclusions pris par l'intimée. Il s'agit donc d'une décision partielle (<ref-law>), qui peut et doit faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.2 Ayant pour objet le principe même du divorce, la présente cause est de nature non pécuniaire, de sorte que le recours est ouvert sans restriction tenant à la valeur litigieuse (<ref-law> a contrario). Rendu par une autorité supérieure de dernière instance cantonale statuant sur recours (<ref-law>), l'arrêt attaqué a été entrepris en temps utile (<ref-law>), par la partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>), si bien que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. Le recourant soutient en substance que l'autorité cantonale aurait faussement appliqué l'<ref-law> dès lors qu'il n'existerait aucun juste motif permettant de prononcer le divorce sur la base de cette disposition.
2.1 L'<ref-law> autorise chaque époux à demander le divorce avant l'expiration du délai de deux ans lorsque des motifs sérieux qui ne lui sont pas imputables rendent la continuation du mariage insupportable (<ref-law>). Cette cause de divorce - subsidiaire à celle de l'<ref-law> - permet de déroger à la règle du divorce sur demande unilatérale dans des cas où il serait excessivement rigoureux d'imposer au demandeur de patienter durant le délai légal de séparation (parmi plusieurs: <ref-ruling> consid. 4c et les références; arrêt 5C.281/2001 du 6 décembre 2001 consid. 2c publié in: SJ 2002 I p. 230). Il s'agit ainsi de déterminer si le maintien du lien légal peut raisonnablement être exigé sur le plan affectif et psychique, autrement dit si la réaction émotionnelle et spirituelle qui pousse le conjoint demandeur à ressentir comme insupportable la perpétuation de ce lien pendant deux ans est objectivement compréhensible (<ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 3a/cc; <ref-ruling> consid. 2.2), des réactions excessives, suscitées par une susceptibilité particulièrement vive, étant toutefois insuffisantes (notamment: <ref-ruling> consid. 3b; arrêts 5C.262/2001 du 17 janvier 2002 consid. 4a/bb; 5C.18/2002 du 14 mai 2002 consid.2.2). Savoir si tel est le cas dépend des circonstances particulières de chaque espèce, de sorte qu'il n'est pas possible, ni souhaitable, d'établir des catégories fermes de motifs sérieux au sens de l'<ref-law>, la formulation ouverte de cette disposition devant précisément permettre aux tribunaux de tenir compte des circonstances du cas particulier et d'appliquer ainsi les règles du droit et de l'équité (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 3b; 342 consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2.2). Il est toutefois unanimement admis que les actes de violence mettant en péril la santé physique et psychique du conjoint demandeur peuvent constituer des motifs sérieux permettant de solliciter le divorce pour rupture du lien conjugal (notamment: <ref-ruling> consid. 4h; arrêts 5C.227/2001 du 10 octobre 2001 consid. 4a publié in: FamPra.ch 2002 p. 136; 5C.281/2001 précité consid. 2c). Une infraction pénale grave contre le conjoint demandeur ou l'un de ses proches (SUTTER/FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, n. 10 ad <ref-law>), des abus sexuels démontrés contre les enfants communs ou issus d'un premier lit (SUTTER/FREIBURGHAUS, op. cit., n. 10 ad <ref-law>; ALEXANDRA RUMO-JUNGO, Die Scheidung auf Klage, in: Pratique juridique actuelle [PJA] 1999 1530 ss, 1536), un délit infamant (SUTTER/FREIBURGHAUS, op. cit., n. 10 ad <ref-law>; RUMO-JUNGO, op. cit., p. 1536; DANIEL STECK, in Basler Kommentar, ZGB I, 4e éd. 2010, n. 16 ad <ref-law>) ou encore une maladie mentale grave (SUTTER/FREIBURGHAUS, op. cit., n. 11 ad <ref-law>; RUMO-JUNGO, op. cit., p. 1536; cf. ATF <ref-ruling> consid. 3; STECK, op. cit., n. 20 ad <ref-law>) peuvent également constituer des motifs sérieux permettant de fonder la demande de divorce sur l'<ref-law>.
2.2 La cour cantonale a en l'espèce considéré qu'il résultait des considérations de fait que l'intimée avait des raisons objectivement compréhensibles de considérer comme insupportable le maintien des liens juridiques du mariage pendant deux ans. Si les faits pour lesquels l'intimée avait déposé plainte pénale contre le recourant en février 2010 (menace, tentative de contrainte et voies de fait) ne constituaient pas un motif suffisant pour fonder le divorce selon l'<ref-law>, les juges cantonaux ont néanmoins rappelé que l'époux était poursuivi pour lésions corporelles graves et propagation d'une maladie de l'homme. Or, la simple séparation des parties n'avait pas permis à l'intimée de vivre libérée de la crainte qu'elle éprouvait pour elle-même et pour sa fille: son psychiatre avait en effet indiqué que la prise en charge de sa patiente était liée à un état de détresse et de stress personnel très profond, l'intéressée craignant fortement pour sa propre vie et celle de sa fille; le médecin avait par ailleurs précisé que le traitement se poursuivait, dès lors que l'intimée se trouvait toujours dans un "processus de survie". La cour cantonale a également relevé que les témoignages administrés en première instance permettaient non seulement de constater à quel point l'intimée était toujours sous l'emprise de la peur que lui inspirait l'appelant, mais également de comprendre le cheminement qui avait été le sien dans la compréhension des faits reprochés à son conjoint; le fait que l'intimée eût, dans un premier temps, fait preuve d'aveuglement en refusant de croire à la culpabilité de son époux ne pouvait en outre avoir pour conséquence qu'elle soit déchue du droit d'obtenir le divorce sur la base de l'<ref-law>. La juridiction a encore précisé que, bien qu'aucun jugement pénal n'eût pour l'heure été rendu à l'encontre du recourant, la présomption d'innocence de ce dernier ne devait pas permettre d'imposer à l'intimée la continuation du mariage.
2.3 Le recourant affirme en revanche que la présomption d'innocence dont il bénéficie empêcherait de fonder le caractère insupportable du mariage en se référant aux éléments de l'enquête pénale dont il fait l'objet: les retenir supposerait précisément qu'il n'est pas présumé innocent. L'expertise psychiatrique à laquelle se réfère la cour cantonale ne démontre au demeurant nullement la prétendue emprise psychologique qu'il aurait exercé sur son épouse. A supposer que les craintes exprimées soient avérées, leur impact psychologique ne permet pas de fonder une rupture du lien conjugal au sens de l'<ref-law>: la seule prise en charge thérapeutique dans un cabinet privé, suite à une séparation, ne constitue pas en effet un élément objectif suffisant pour justifier l'impossibilité psychique du maintien du lien conjugal; seule la fin de la vie commune permettrait de surcroît d'y mettre un terme, à l'exclusion du prononcé du divorce. Le recourant souligne enfin qu'en l'épousant, l'intimée connaissait parfaitement les faits qui lui étaient reprochés, acceptant ainsi le risque de sa culpabilité: un changement d'avis à cet égard ne l'autorisait pas à introduire une demande de divorce fondée sur l'<ref-law>.
2.4 Il est vrai qu'en l'espèce, le recourant n'a pas encore été jugé pénalement, de sorte qu'il est toujours présumé innocent des crimes qui lui sont reprochés. Ce n'est toutefois pas cette circonstance qui est décisive, mais bien plutôt la perte de confiance que l'intimée avait initialement placée en son époux, parfaitement illustrée par son appréhension progressive des faits reprochés à ce dernier. Ayant travaillé plusieurs années comme médecin assistant, spécialiste des patientes enceintes atteintes du virus HIV, l'intimée considérait en effet dans un premier temps que la culpabilité de son époux était impossible sur le plan scientifique; sa conviction a néanmoins été ensuite ébranlée par l'analyse des différentes expertises scientifiques ordonnées dans le cadre de la procédure pénale: alors qu'elle l'avait jusqu'à présent toujours exclue, la culpabilité de son époux lui est alors apparue envisageable, l'intimée découvrant ainsi son mari sous un nouveau jour. Il s'en est alors suivi un état de stress et de crainte particulier, nécessitant une prise en charge par un psychiatre. A cet égard et contrairement à ce que paraît prétendre le recourant, la cour cantonale ne s'est pas fondée sur l'expertise psychiatrique réalisée dans le cadre de la procédure pénale pour appréhender l'état psychique de l'intimée, mais sur les témoignages administrés en première instance, lesquels soulignent la peur que le recourant inspire désormais à l'intimée. Ces différents éléments impliquent ainsi que l'on peut objectivement admettre que, outre l'état de crainte dans lequel l'intimée demeure actuellement, la confiance que celle-ci avait placée en son mari en l'épousant se trouve désormais brisée, de sorte que le maintien du mariage durant le délai de deux ans lui paraisse intolérable. On ne saurait de surcroît reprocher à l'intimée de ne pas avoir agi antérieurement, voire même d'avoir épousé le recourant en connaissance de cause, son aveuglement s'expliquant en effet par ses raisonnements scientifiques initiaux, qui excluaient précisément la culpabilité de son conjoint.
3. En définitive, le recours est rejeté, aux frais de son auteur (<ref-law>). Aucune indemnité de dépens n'est octroyée à l'intimée, qui n'a pas été invitée à présenter d'observations.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 2 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso