Faits:
A. Y._ et X._ ne se sont pas présentés à l'audience du 27 mai 2008, alors qu'ils avaient été dûment convoqués par le greffe de la Cour correctionnelle. Leurs avocats ont demandé, en vain, le renvoi des débats. Le conseil de Y._ avait été constitué en qualité d'avocat nommé d'office, par décision de l'assistance juridique du 18 septembre 2006.
Les mandataires de Y._ et X._ ont alors sollicité une suspension d'audience aux fins de demander l'intervention du Bâtonnier de l'Ordre des avocats. A l'issue de cette suspension, ils ont remis à la Présidente de la Cour correctionnelle deux décisions du Bâtonnier constatant l'existence d'un motif légitime pour qu'ils fussent relevés de leurs nominations d'office. Sur ce, les deux avocats ont quitté la salle. Les débats se sont alors poursuivis en l'absence des intéressés et de leurs conseils.
B. Par arrêt du 29 mai 2008, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a notamment reconnu Y._, défaillant, coupable d'abus de confiance aggravés et d'instigation à abus de confiance aggravés et l'a condamné à quatre ans de réclusion. Elle a également reconnu X._, défaillant lui aussi, coupable des mêmes infractions et l'a condamné à six ans de réclusion.
C. Par arrêt du 24 novembre 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice a rejeté l'opposition à défaut formée par Y._ contre la décision précitée. Par arrêt du 6 mars 2009, la Cour de cassation a annulé ce jugement, pour violation du droit d'être entendu, et renvoyé la cause à la Chambre pénale pour nouvelle décision.
Par arrêt du 23 janvier 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le recours interjeté par Y._ contre l'arrêt de la Cour correctionnelle du 29 mai 2008.
D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de son droit d'être entendu, de son droit à un procès équitable et de son droit à l'égalité des armes, il conclut à l'annulation des arrêts genevois des 29 mai 2008 et 23 janvier 2009.
La Cour de cassation a renoncé à déposer des observations. Le Ministère public a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, celles de la PCF sont applicables par analogie. D'après l'<ref-law>, le juge peut ordonner la suspension pour des raisons d'opportunité, notamment lorsque le jugement d'un autre litige peut influencer l'issue du procès.
En l'occurrence, la procédure par défaut est encore pendante devant les autorités genevoises (cf. supra consid. C). Il ne se justifie toutefois pas de suspendre la présente procédure, étant donné que la Cour correctionnelle devra de toute évidence reprendre les débats, vu l'issue de ce recours (cf. infra consid. 2 et 3).
2. 2.1 Le principe d'égalité des armes requiert que chaque partie se voie offrir une possibilité raisonnable de présenter sa cause dans des conditions qui ne la placent pas dans une situation de net désavantage par rapport à son adversaire (arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme Yvon c. France du 24 avril 2003, par. 31). Au pénal, ce principe suppose un équilibre non seulement entre l'accusé et le ministère public soutenant l'accusation, mais également entre l'accusé et la partie civile. Cette égalité doit permettre d'assurer un débat contradictoire (G. PIQUEREZ, Traité de procédure pénale suisse, 2ème éd., n° 348 p. 229; N. SCHMID, Strafprozessrecht, Zurich, 4ème éd., n° 236 p. 79).
2.2 Selon l'art. 29 al. 3 Cst., toute personne qui ne dispose pas de ressources a droit, à moins que sa cause ne paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert. Aux termes de l'art. 6 § 3 let. c CEDH, tout accusé a droit à se défendre lui-même ou à avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, à pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent.
Selon la jurisprudence, il se justifie en principe de désigner un avocat d'office à l'indigent lorsque la situation juridique de celui-ci est susceptible d'être affectée de manière particulièrement grave. Lorsque, sans être d'une portée aussi capitale, la procédure en question met sérieusement en cause les intérêts de l'indigent, il faut en sus que l'affaire présente des difficultés en fait et en droit que le requérant ou son représentant légal ne peuvent surmonter seuls (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 182). Le point décisif est toujours de savoir si la désignation d'un avocat d'office est objectivement nécessaire dans le cas d'espèce (<ref-ruling> consid. 2.5.2 p. 233; <ref-ruling> consid. 2b/cc p. 147).
La désignation d'un défenseur d'office dans la procédure pénale est en tout cas nécessaire lorsque le prévenu est exposé à une longue peine privative de liberté ou qu'il est menacé d'une peine qui ne peut être assortie du sursis. Elle peut aussi l'être, selon les circonstances, même lorsque le prévenu n'encourt une peine privative de liberté que de quelques semaines à quelques mois si, à la gravité relative du cas, s'ajoutent des difficultés particulières du point de vue de l'établissement des faits ou des questions juridiques soulevées qu'il ne serait pas en mesure de résoudre seul. En revanche, l'assistance d'un défenseur peut être refusée pour les cas de peu d'importance, passibles d'une amende ou d'une légère peine de prison (<ref-ruling> consid. 2a p. 44).
2.3 Aux conditions précitées, les art. 29 al. 3 Cst. et 6 § 3 let. c CEDH confèrent à l'accusé le droit à une défense compétente, assidue et efficace. Ils peuvent dès lors être violés non seulement par le refus ou l'omission de l'autorité compétente de désigner un avocat d'office à l'accusé malgré la complexité ou la gravité de l'affaire, mais encore par l'inaction du juge qui tolère que le défenseur d'office néglige ses devoirs professionnels au détriment de l'accusé (<ref-ruling> consid. 3d p. 198 s.) ou qu'il soit empêché de remplir convenablement ses fonctions.
Toutefois, n'importe quelle erreur, maladresse ou faute, ou n'importe quel empêchement, du défenseur d'office ne suffit pas. Pour qu'une violation des art. 29 al. 3 Cst. et 6 § 3 let. c CEDH puisse être retenue, il faut, d'abord, que les carences du défenseur d'office aient pour effets d'empêcher l'exercice des droits procéduraux que les art. 29 Cst. et 6 CEDH confèrent à l'accusé et, ainsi, de rendre le procès inéquitable (cf. KARSTEN GAEDE, Fairness als Teilhabe, th. Zurich 2005, éd. Berlin 2007, p. 897/898). Ensuite, on ne saurait imputer au juge la responsabilité de toute défaillance, même grave, du défenseur d'office. De l'indépendance des barreaux cantonaux par rapport à l'État, il résulte que la conduite de la défense appartient pour l'essentiel à l'accusé et à son avocat, commis d'office au titre de l'assistance judiciaire ou rétribué par son client.
Aussi les art. 29 al. 3 Cst. et 6 § 3 let. c CEDH n'obligent-ils le juge à intervenir que si la carence de l'avocat d'office est manifeste ou si elle lui a été suffisamment signalée de quelque autre manière (<ref-ruling> consid. 3d p. 199). Le juge ne saurait donc intervenir à raison des choix stratégiques de la défense. Les facteurs à considérer en la matière sont nombreux et souvent contradictoires. Ils offrent une large marge d'appréciation au défenseur, dont les décisions peuvent d'ailleurs être influencées par des éléments ignorés des autorités et couverts par le secret professionnel (<ref-ruling> consid. 3d p. 200).
Reste que, dans les causes de défense obligatoire ou nécessaire, l'avocat doit être présent aux débats et la tenue de ceux-ci en son absence viole, dans tous les cas, les art. 29 Cst. et l'art. 6 § 1 et 3 let. c CEDH. Les débats doivent être ajournés même si l'avocat fait défaut aux débats sans motif valable, l'obligation d'ajournement étant indépendante des raisons de l'absence du défenseur (<ref-ruling> consid. 3c et d p. 222).
2.4 Cela dit, le droit de l'accusé à un avocat trouve certaines limites. Ainsi, l'abus de droit, applicable à l'ensemble de l'ordre juridique, ne mérite pas de protection. En effet, les garanties conventionnelles et constitutionnelles prévoyant le droit de l'accusé à un défenseur ne sauraient être utilisées à des fins étrangères à celles pour lesquelles elles ont été instituées, ou en vue de manoeuvres dilatoires. Constitue notamment un tel abus de droit le comportement contradictoire d'un accusé qui renonce, en cas de défense nécessaire, à la présence de son avocat pour après se plaindre de son absence (<ref-ruling> consid. 3.2.4 p. 192).
3. Le recourant invoque une violation de son droit d'être défendu par un avocat, de son droit à un procès équitable et de son droit à l'égalité des armes au motif que les débats devant la Cour correctionnelle se sont poursuivis alors que, défaillant, il n'était plus représenté par son défenseur.
3.1 Dans le cas particulier, il est constant que le recourant se trouvait dans un cas de défense nécessaire (cf. supra consid. 2.2), compte tenu de la gravité des actes à raison desquels il devait comparaître dès le 27 mai 2008, du fait que plusieurs accusés se retrouvaient à la barre dans un contexte dans lequel les faits et la participation des uns et des autres à leur réalisation étaient sujets à contestation et, enfin, de l'importance de la peine encourue.
3.2 Selon les constatations cantonales, l'avocat d'office du recourant, Me Z._ a, dans un courrier du 23 mai 2008, pris acte que son client ne se présenterait pas à l'audience et l'a informé qu'il solliciterait le renvoi des débats tout en indiquant qu'il le représenterait en cas de refus de la Cour. Par courriel du 27 mai 2008, l'avocat a ensuite informé le recourant du déroulement de l'audience et de sa décision de ne pas prendre part aux débats, ce qui relevait d'une stratégie de procédure. En effet, il lui a expliqué, en bref, que la Présidente de la Cour correctionnelle avait refusé l'ajournement, que les mandataires s'étaient alors référés à l'Ordre des avocats, que le représentant du coaccusé X._ avait obtenu du Bâtonnier la levée de sa nomination d'office et décidé de ne pas prendre part aux débats et qu'il avait par conséquent lui-même jugé opportun de se joindre à la démarche de son confrère, voyant notamment que, dans ces conditions, la tenue du procès serait défavorable au recourant qui serait, toujours aux yeux de cet avocat, devenu la seule cible du Procureur en l'absence de X._ et de son conseil, ce qui n'aurait pas été bon aux yeux du jury.
Sur la base de ces éléments, la Cour de cassation a admis que c'était en fonction de sa vision stratégique et du moment du dossier que Me Z._ avait pris, spontanément, la décision de faire en sorte que Y._, défaillant, ne fut pas assisté d'un défenseur pour la suite de l'audience. Elle a conclu que cet avocat n'avait agi, ni en raison de la rupture du lien de confiance, ni sur instruction de son client, mais de sa propre initiative et à des fins strictement procédurales et dilatoires, afin que le recourant fût jugé par défaut sans être assisté d'un défenseur ce qui, à ses yeux, aurait dû faciliter les chances de pouvoir faire opposition à la décision rendue par défaut.
3.2.1 La Cour de cassation a rappelé que le justiciable devait se laisser opposer les options prises, voire les erreurs commises par son mandataire, dans la mesure où la faute éventuelle de l'avocat - en l'occurrence, avoir contribué à l'absence de toute défense pour la suite des débats - serait opposable aux clients. Elle a considéré qu'en application de ces principes, la défense du recourant devait s'appréhender comme un tout, ce qui revenait à retenir, au préjudice de l'intéressé, une attitude contradictoire constitutive d'abus de droit et le mettant dans l'impossibilité de se prévaloir après coup des garanties conventionnelles ou constitutionnelles auxquelles son défenseur avait volontairement renoncé au dernier moment, à des fins purement stratégiques.
3.2.2 Ce dernier raisonnement ne saurait être suivi. En l'espèce, il est constant, d'une part, que l'assistance d'un défenseur était nécessaire pour assurer les droits du recourant et, d'autre part, que l'abus de droit ne saurait être retenu à son encontre, la décision de ne pas assurer sa défense étant une initiative spontanée de son seul mandataire. Dès lors, conformément à la jurisprudence citée ci-dessus (cf. supra consid. 2), la Cour de cassation ne pouvait poursuivre les débats en l'absence du défenseur de l'intéressé et ce quels que fussent les motifs du mandataire. Certes, le justiciable doit se laisser opposer les options prises, voire les erreurs de son avocat dans le cadre de la défense, tel le fait de ne pas citer de témoins, de ne pas requérir d'expertise ou de ne pas soulever certains incidents. Reste que l'option de cesser et d'abandonner une défense nécessaire ne saurait être considérée comme une stratégie de procédure opposable au mandant; elle constitue au contraire une carence manifeste de l'avocat d'office. Une telle option méconnaît en effet les principes du procès équitable et de l'égalité des armes, puisqu'elle empêche l'exercice des droits procéduraux que les art. 29 Cst. et 6 CEDH confèrent à l'accusé. Elle ne saurait par conséquent valoir en cas de défense nécessaire.
Dans ces conditions, la Cour de cassation a violé le droit constitutionnel et conventionnel et plus particulièrement les art. 29 Cst. et 6 CEDH en estimant que l'autorité de première instance ne pouvait se voir reprocher d'avoir poursuivi les débats en l'absence du défenseur d'office du recourant.
4. En conclusion, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé. Le recourant qui obtient gain de cause ne supporte pas de frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF), ce qui rend sans objet la requête d'assistance judiciaire.
Vu l'issue du recours, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Genève versera au recourant la somme de 3'000 francs à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 13 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani