Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer stellte im Rahmen eines von ihm eingeleiteten Privatstrafklageverfahrens wegen Verdachts der üblen Nachrede bzw. Verleumdung Strafklage gegen seinen Nachbarn wegen Verdachts auf falsche Anschuldigung im Sinne von <ref-law>, weil er - der Beschwerdeführer - wider besseres Wissen der Tätlichkeiten beschuldigt und ihm gegenüber der Vorwurf erhoben worden sei, er sei ein Voyeur. Mit Verfügung vom 10. Juni 2008 trat das Untersuchungsamt Uznach auf die Strafklage nicht ein. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies die Anklagekammer des Kantons St. Gallen ab. Der Beschwerdeführer gelangt mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht.
2. Soweit sich die Beschwerde gegen die Nichteintretensverfügung des Untersuchungsamtes Uznach vom 10. Juni 2008 richtet, kann darauf schon deshalb nicht eingetreten werden, weil Anfechtungsobjekt der Entscheid der Anklagekammer ist (<ref-law>).
3. Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b), insbesondere die in Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 1-6 BGG genannten Personen. Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Er fällt jedoch unter keine der im Gesetz ausdrücklich aufgeführten Beschwerdeberechtigten. Namentlich ist er nicht Opfer im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG, weil falsche Anschuldigung (<ref-law>) eine Straftat gegen die Rechtspflege darstellt und eine unmittelbare Beeinträchtigung der psychischen Integrität des Beschwerdeführers in der erforderlichen Erheblichkeit weder ersichtlich noch belegt ist (vgl. <ref-law>). Da er auch sonst kein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat, ist er zur Beschwerde nicht legitimiert.
Unabhängig von der Legitimation in der Sache kann eine Verfahrenspartei die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihr nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund der Bundesverfassung zustehen (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 220) Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Der Beschwerdeführer macht Verfahrensfehler geltend. Seine Ausführungen bzw. diesbezüglichen Vorwürfe beziehen sich ganz überwiegend auf das ebenfalls von ihm eingeleitete Privatstrafklageverfahren wegen Ehrverletzung vor dam Kreisgericht Werdenberg-Sargans bzw. vor dem Kantonsgericht St. Gallen (vgl. kantonale Akten, act. 1 mit Beilage "Berufungsbegründung"). Dass und inwiefern er aber im vorliegenden Strafverfahren eine formelle Rechtsverweigerung erlitten haben sollte, legt er nicht hinreichend dar und ist auch nicht ersichtlich. Damit genügt seine Beschwerde den minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. 106 Abs. 2 BGG nicht. Darauf ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
4. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. November 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill