Fatti:
A. A.a A._, nato nel 1971, ha ripetutamente svolto attività lavorativa presso il Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport (DDPS), tra l'altro nella funzione di quartiermastro. L'ultimo contratto risale al periodo dal 21 gennaio al 20 marzo 2008.
A.b Dopo varie trattative, nel cui ambito l'interessato si è avvalso del proprio avvocato, in data 9 agosto 2008 A._ ha concluso con il DDPS un nuovo contratto di lavoro a tempo determinato (dal 1° agosto 2008, con entrata in funzione il 12 agosto, al 31 maggio 2009) quale quartiermastro presso la scuola dei blindati 21 in seno alle Forze terrestri (in seguito scuola bl 21), in cui è stato previsto un periodo di prova scadente il 18 novembre 2008.
A.c In seguito alla scoperta di alcune irregolarità nella contabilità, in data 7 novembre 2008 la scuola bl 21 ha sospeso dal servizio A._, mentre con rapporto sul periodo di prova del 13 novembre 2008 gli ha comunicato di voler disdire il rapporto di lavoro.
Il provvedimento preannunciato, motivato da irregolarità nella contabilità e qualità insufficiente del lavoro, è stato poi concretizzato con decisione formale del 17 novembre 2008, pronunciata dal comandante delle Forze terrestri con effetto dal 31 dicembre 2008, a cui l'interessato si è opposto.
Il comandante ha quindi chiesto al DDPS di confermare la disdetta.
A.d Contro il provvedimento amministrativo, in data 12 gennaio 2009 A._ ha presentato ricorso al DDPS, tramite l'avv. Fiorenzo Cotti, chiedendone l'annullamento, con conseguente reintegrazione nelle proprie funzioni.
Il gravame è stato respinto con decisione del 16 luglio 2010.
A.e Con rapporto di chiusura del 3 agosto 2009 il giudice istruttore militare aveva nel frattempo concluso che l'uso a scopo privato del veicolo di servizio e della X._ Card per pagare la benzina costituivano un'infrazione al codice penale militare così come l'errato e lacunoso completamento dei quaderni di controllo.
B. Contro il provvedimento amministrativo A._, ancora rappresentato dall'avv. Cotti, ha interposto ricorso di diritto amministrativo al Tribunale amministrativo federale, chiedendone in via principale, l'accoglimento, con conseguente annullamento della disdetta e offerta del precedente lavoro o di un altro ragionevolmente esigibile. In via subordinata il ricorrente ha postulato sia l'annullamento della decisione impugnata che della disdetta con conseguente riconoscimento di un'indennità pari a sei stipendi mensili. In via ancora più subordinata è stato chiesto l'annullamento del provvedimento, con retrocessione degli atti per istruzione e nuova decisione.
Il Tribunale amministrativo federale ha respinto il gravame con giudizio del 19 maggio 2011.
C. Avverso la pronunzia, A._, sempre rappresentato dall'avv. Cotti, ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendone in via principale l'accoglimento con conseguente annullamento della decisione impugnata e quindi della disdetta rispettivamente offerta del precedente lavoro o di un altro ragionevolmente esigibile. In via subordinata ha postulato sia l'annullamento della decisione impugnata che della disdetta con conseguente riconoscimento di un'indennità pari a sei stipendi mensili. In via ancora più subordinata è stato chiesto l'annullamento della decisione, con retrocessione degli atti per istruzione e nuova decisione. Dei motivi si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
Chiamati a pronunciarsi sul gravame, il DDPS ne ha chiesto la reiezione, mentre il Tribunale amministrativo federale non ha preso posizione.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è il corretto scioglimento del rapporto di lavoro concluso tra A._ e il DDPS il 9 agosto 2008, segnatamente il diritto alla reintegrazione nella funzione precedentemente svolta oppure ad un risarcimento danni.
1.1 Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 pag. 465, 630 consid. 2).
Secondo l'<ref-law> il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico. Per l'art. 83 lett. g LTF il ricorso è inammissibile tra l'altro contro le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi.
Al riguardo il Tribunale federale ha già decretato che, malgrado l'insorgente non avesse postulato il versamento di una somma di denaro, bensì soltanto la reintegrazione nella funzione precedentemente esercitata, la pretesa perseguiva, seppure parzialmente, un fine economico e nella misura in cui l'oggetto litigioso poteva essere valutato in denaro, andava considerato di natura pecuniaria (sentenza 1C_116/2007 del 24 settembre 2007 consid. 2 e dottrina citata; cfr. anche sentenze 8C_411/2009 del 6 novembre 2009, 8C_322/2009 del 9 settembre 2009 e 8C_169/2009 del 28 luglio 2009 consid. 1.1).
Da questo punto di vista il ricorso in materia di diritto pubblico è ricevibile, a maggior ragione per il fatto che l'interessato ha postulato anche il versamento di un importo in denaro a titolo di risarcimento danni.
Da questo punto di vista il ricorso in materia di diritto pubblico è ricevibile, a maggior ragione per il fatto che l'interessato ha postulato anche il versamento di un importo in denaro a titolo di risarcimento danni.
1.2 1.2.1 Per l'<ref-law> in materia patrimoniale il ricorso è inammissibile nel campo dei rapporti di lavoro di diritto pubblico, se il valore litigioso è inferiore a 15'000 franchi. L'<ref-law> precisa che se nelle conclusioni non è chiesto il pagamento di una somma di denaro determinata, il Tribunale federale stabilisce il valore litigioso secondo il suo apprezzamento. Le rendite e prestazioni periodiche hanno il valore del capitale che rappresentano. Se la loro durata è incerta o illimitata, è considerato valore del capitale l'importo annuo della rendita o della prestazione moltiplicato per venti o, se si tratta di rendite vitalizie, il valore attuale del capitale corrispondente alla rendita (cpv. 4).
1.2.2 In concreto il ricorso è ammissibile sia in via principale che in via subordinata. Il salario annuo dell'assicurato era stato infatti fissato in fr. 81'905.-, tredicesima inclusa, corrispondente a fr. 6'300 mensili. Sia tenuto conto della richiesta di reintegrazione (dal 1° gennaio al 31 maggio 2009, data della scadenza del contratto) che della richiesta di indennizzo pari a sei mensilità, il valore litigioso è raggiunto.
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Pur applicando d'ufficio il diritto (<ref-law>), tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF - che se disattesa può anche comportare l'inammissibilità del gravame (<ref-law>) -, il Tribunale federale esamina solamente le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 550), mentre non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate in sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254).
Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali solo se tale censura è stata sollevata e motivata (<ref-law>). Ciò significa che il ricorrente deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata li leda (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 53, 65 consid. 1.3.1).
Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). Chi intende scostarsi dai fatti stabiliti dall'autorità precedente deve spiegare in maniera circostanziata i motivi per cui ritiene realizzate le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law>. In caso contrario, a meno di lacune manifeste da rettificare d'ufficio, non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello posto a fondamento della decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 1.4.3 pag. 254).
3. 3.1 Il ricorrente fa valere in via preliminare la violazione del diritto di essere sentito, sostenendo, da un lato, che la decisione amministrativa non sarebbe sufficientemente motivata, mentre dall'altro che le istanze precedenti, ai fini di appurare l'entità dei rapporti di lavoro conclusi con il DDPS, in particolare tra il 2004 e il 2008, non avrebbero assunto le prove richieste, consistenti nell'intero incarto relativo alla sua vita militare.
3.2 Dal canto suo il Tribunale amministrativo federale, dopo aver accertato che l'amministrazione non aveva violato le norme sull'assunzione delle prove, ha respinto la richiesta anche in sede giudiziaria, in quanto il ricorrente non avrebbe invocato di aver lavorato più frequentemente di quanto esposto e comprovato dai contratti di lavoro da lui prodotti, limitandosi ad affermare che i rapporti di lavoro avrebbero potuto essere più numerosi, viste le lacune riscontrate nella lista prodotta dall'amministrazione. Al riguardo il Tribunale di prime cure ha ritenuto in particolare sorprendente che il ricorrente non ricordi i rapporti di lavoro conclusi tra il 2004 e il 2008, malgrado sia stato in grado di produrre numerosi contratti. A suo dire infine neppure lo scritto del colonnello T._ del 25 giugno 2008 dimostrerebbe l'esistenza di altri rapporti di lavoro, atteso che è incontestato che tra il 2004 e il 2008 egli ha lavorato per l'esercito.
3.2 Dal canto suo il Tribunale amministrativo federale, dopo aver accertato che l'amministrazione non aveva violato le norme sull'assunzione delle prove, ha respinto la richiesta anche in sede giudiziaria, in quanto il ricorrente non avrebbe invocato di aver lavorato più frequentemente di quanto esposto e comprovato dai contratti di lavoro da lui prodotti, limitandosi ad affermare che i rapporti di lavoro avrebbero potuto essere più numerosi, viste le lacune riscontrate nella lista prodotta dall'amministrazione. Al riguardo il Tribunale di prime cure ha ritenuto in particolare sorprendente che il ricorrente non ricordi i rapporti di lavoro conclusi tra il 2004 e il 2008, malgrado sia stato in grado di produrre numerosi contratti. A suo dire infine neppure lo scritto del colonnello T._ del 25 giugno 2008 dimostrerebbe l'esistenza di altri rapporti di lavoro, atteso che è incontestato che tra il 2004 e il 2008 egli ha lavorato per l'esercito.
3.3 3.3.1 Ai sensi dell'<ref-law> le parti hanno diritto d'essere sentite. Per costante giurisprudenza, dal diritto di essere sentito deve essere dedotto il diritto per l'interessato di esprimersi su tutti i punti essenziali di un procedimento prima della resa di una decisione sfavorevole nei suoi confronti (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 277; <ref-ruling> consid. 2a/aa pag. 16; <ref-ruling> consid. 3a pag. 51), quello di fornire prove circa i fatti suscettibili di influire sul provvedimento, quello di poter prendere visione dell'incarto, quello di partecipare all'assunzione delle prove, di prenderne conoscenza e di determinarsi al riguardo (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 370 e sentenze ivi citate).
ll diritto di essere sentito di cui all'<ref-law> comprende anche l'obbligo per l'autorità di motivare le proprie decisioni. Tale obbligo ha lo scopo, da un lato, di porre la persona interessata nelle condizioni di comprendere le ragioni poste a fondamento del provvedimento, di rendersi conto della sua portata e di poterlo impugnare con cognizione di causa, e, dall'altro, di permettere all'autorità di ricorso di esaminarne la fondatezza. Ciò non significa tuttavia che l'autorità è tenuta a pronunciarsi in modo esplicito ed esaustivo su tutte le argomentazioni addotte; essa si può infatti occupare delle sole circostanze rilevanti per il giudizio, e meglio atte ad influire sulla decisione (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 236; <ref-ruling> consid. 2a/aa pag. 16, 97 consid. 2b; <ref-ruling> consid. 2c pag. 372; <ref-ruling> consid. 2c pag. 14).
Va ancora rammentato che il Tribunale federale controlla l'applicazione dell'<ref-law>, determinandone il contenuto e la portata in funzione della situazione concreta e tenuto conto degli interessi in gioco (<ref-ruling> consid. 2d pag. 68 seg.). Vanno in particolare considerati, da un lato, il pregiudizio per la persona interessata, così come risulta dalla decisione che deve essere adottata, e, dall'altro, l'importanza e l'urgenza dell'intervento amministrativo (sentenza 2P.63/2003 del 29 luglio 2003 consid. 3.2). In generale, quanto più la decisione è suscettibile di pregiudicare la posizione dell'interessato, tanto più il diritto di essere sentito va accordato e riconosciuto ampiamente (cfr. <ref-ruling> consid. 2b/cc pag. 197; cfr. pure sentenza 2P.46/2006 del 7 giugno 2006 consid. 4.3 con riferimenti).
Essendo il diritto di essere sentito una garanzia costituzionale formale, la sua violazione implica l'annullamento della decisione impugnata, a prescindere dalle possibilità di successo nel merito (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 390; <ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437). Ai sensi della giurisprudenza, una violazione del diritto di essere sentito - nella misura in cui essa non sia di particolare momento - è da ritenersi sanata qualora l'interessato abbia la facoltà di esprimersi innanzi ad un'autorità di ricorso che gode di piena cognizione. La sanatoria di un eventuale vizio deve comunque avvenire solo in via eccezionale (DTF <ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437).
Se, infine, in base ad una valutazione anticipata, il Tribunale può ritenere, senza incorrere nell'arbitrio, che il convincimento raggiunto non verrà modificato dall'assunzione di ulteriori prove, la rinuncia ad assumere altri mezzi di prova non viola il diritto di essere sentito (<ref-ruling> consid. 5.3 pag. 236; <ref-ruling> consid. 5.3 pag. 148; <ref-ruling> consid. 3 pag. 157 con riferimenti).
3.3.2 Secondo l'<ref-law> l'autorità accerta d'ufficio i fatti. Per l'<ref-law> inoltre le parti sono tenute a cooperare all'accertamento dei fatti, tra l' altro, in un procedimento da esse proposto (lett. a; <ref-ruling> consid. 6.6.1 pag. 464; si confronti in proposito anche Krauskopf/Emmenegger, Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, n. 54 ad art. 12, secondo cui le parti sono obbligate a collaborare secondo il principio della buona fede di cui all'<ref-law>).
4. 4.1 Dai fatti accertati nel giudizio impugnato, vincolanti per questa Corte, risulta che la lista prodotta dall'amministrazione riguardante i rapporti di lavoro conclusi da A._ con il DDPS era incompleta. Pur dimostrato è tuttavia che, accertata la carenza, in sede giudiziaria il ricorrente è stato perfettamente in grado di produrre ben undici contratti di lavoro - nove conclusi a tempo determinato e due mandati brevi ("Kleinaufträge") - tra cui anche quelli perfezionatisi tra il 2004 (un contratto di lavoro a tempo determinato per un anno intero) e il 2008 (tre mandati brevi).
Non si può inoltre negare che, avendo il ricorrente concluso numerosi contratti di durata determinata (a suo dire almeno tredici da luglio 1998 a novembre 2008, alcuni definiti "Kleinaufträge" per importi massimi di fr. 10'000.- e durata di circa due mesi l'uno, di cui dodici prodotti agli atti), è senz'altro possibile che qualche esemplare gli sia sfuggito.
Del tutto improbabile è per contro che non sia stato in grado di reperirne un numero rilevante, rispettivamente che abbia dimenticato di aver lavorato per un lasso di tempo incisivo tra il 2004 e il 2008, considerato che è stato in grado di produrre ben dodici contratti e che un semplice controllo presso gli organi dell'AVS avrebbe permesso di definire precisamente gli eventuali periodi mancanti.
Del tutto inverosimile è altresì il fatto che qualche mandato breve gli avrebbe permesso di raggiungere il periodo necessario per tramutare il rapporto di lavoro in un contratto di durata indeterminata. Per adempiere il termine di cinque anni consecutivi previsto dall'<ref-law> - secondo il Tribunale amministrativo federale dal 17 novembre 2003 al 17 novembre 2008 -, vi è carenza di un lasso di tempo assai lungo, pari a due anni e nove mesi consecutivi. Dai contratti prodotti agli atti emerge infatti che l'interessato, nel lasso di tempo indicato, ha lavorato dal 17 novembre al 31 dicembre 2003, dal 1° aprile al 31 dicembre 2004, dal 1° ottobre al 30 novembre 2007, dal 1° dicembre 2007 al 20 gennaio 2008, dal 21 gennaio al 20 marzo 2008 e dal 1° agosto al 17 novembre 2008. Nel 2005, 2006 e per nove mesi nel 2007 non risulta invece alcun contratto.
Diversa, ma purtroppo anche irrilevante in concreto, risulta la situazione nel periodo dal 2000 al 2004, in cui vi sarebbe stata carenza di un mese e sette giorni soltanto.
Infine va precisato che lo scritto prodotto in sede precedente sub doc. J, consistente in una lettera di raccomandazione del comandante in carica presso i granatieri dal 2004 al 2007, colonnello T._, indica la possibilità che esistano contratti conclusi tra il 2004 e il 2007, ma non prova in alcun modo che esistano ulteriori contratti, segnatamente distinti da quelli, citati, già versati agli atti dallo stesso ricorrente e riguardanti il medesimo periodo.
In simili circostanze, come indicato dal Tribunale amministrativo federale, alla luce di un'ammissibile apprezzamento anticipato delle prove (<ref-ruling> consid. 5.3 pag. 236), l'assunzione della documentazione richiesta non appare rilevante ai fini dell'esito della procedura, essendo del tutto convincente la conclusione secondo cui eventuali altri contratti non permetterebbero di raggiungere la durata contrattuale di cinque anni consecutivi.
Poiché, quindi, in concreto non vi è alcuna violazione del diritto di essere sentito, la censura va respinta.
4.2 Neppure la censura riguardante un'eventuale motivazione insufficiente della decisione del DDPS va tutelata. Malgrado infatti il DDPS si sia fondato sull'estratto dedotto dal sistema di gestione del personale BVplus, senza verificarne la completezza, il ricorrente è stato posto nelle condizioni di comprendere le ragioni poste a fondamento del provvedimento, di rendersi conto della sua portata e di impugnarlo con cognizione di causa.
5. Nel merito il ricorrente sostiene che applicare alla disdetta le disposizioni sul contratto di lavoro a tempo determinato (<ref-law>) configura, contrariamente a quanto sostenuto dal Tribunale amministrativo federale, un chiaro abuso di diritto, in quanto vi è un'elusione delle regole sulla protezione della disdetta. Tenuto conto infatti dei numerosi contratti di lavoro (volontari e non) conclusi con l'esercito dal 1991 al 2009, il rapporto di lavoro decorrente dal 1° agosto 2008 deve essere considerato di durata indeterminata e pertanto vanno applicate le disposizioni sulla disdetta di cui all'<ref-law>, i cui estremi non sono dati.
Pure un abuso di diritto configura, per l'insorgente, sottoporre il rapporto d'impiego ad un periodo di prova, malgrado i numerosi rapporti di lavoro già precedentemente conclusi tra le parti e il fatto che il DDPS abbia fissato in sole due occasioni un periodo di prova. In simili condizioni non vi era infatti alcuna necessità di verificare la sua idoneità.
6. 6.1 Per l'<ref-law> se il contratto di lavoro non è limitato nel tempo, il rapporto di lavoro è di durata indeterminata. Il secondo capoverso precisa che il rapporto di lavoro di durata determinata è concluso per cinque anni al massimo; oltre i cinque anni è considerato di durata indeterminata. I contratti di durata determinata che si succedono senza interruzione sono pure considerati di durata indeterminata dopo cinque anni. Il Consiglio federale può prevedere eccezioni per talune categorie professionali.
Il diritto svizzero ammette la possibilità di concludere i cosiddetti contratti a catena ("Kettenverträge"), e meglio rapporti di lavoro a tempo determinato che si susseguono tra loro, anche nell'ambito dei rapporti di lavoro di diritto pubblico (sentenza 1C_450/2007 del 26 marzo 2008 consid. 4.1 e dottrina citata; v. pure sentenza 2P.26/2007 del 28 giugno 2007).
Tuttavia, l'<ref-law>, che vieta l'abuso di diritto, si oppone alla conclusione di contratti con le citate modalità se non vi è alcun motivo oggettivo e se lo scopo perseguito è quello di eludere le disposizioni sulla protezione della disdetta o di impedire la venuta in essere di pretese giuridiche riconducibili ad una durata minima del rapporto di lavoro (v. ad es. art. 324a, 335c, 336c, 339b CO; DLA 2001 pag. 80 [C 180/99] consid. 2c con riferimenti; Rehbinder, Commentario bernese, n. 12 all'art. 334; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 624; sentenza citata 1C_540/2007 consid. 4.1; cfr. pure sentenza 4C.155/2003 del 3 novembre 2003). In tale ipotesi i rapporti di lavoro a tempo determinato vengono trasformati in rapporti di lavoro a tempo indeterminato.
L'intenzione di eludere la legge può essere considerata comprovata quando nessun motivo ragionevole giustifica la conclusione ripetuta di contratti limitati nel tempo (Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6a ed. Zurigo 2006, n. 7 ad art. 334).
Motivi obbiettivi atti a giustificare la conclusione di contratti a catena sono dati secondo giurisprudenza e dottrina in particolare in caso di assunzione di artisti (attori, musicisti), sportivi di professione, docenti assunti semestralmente o annualmente e in caso di lavori occasionali (sentenza citata 2P.26/2007 consid. 3-5).
6.2 In concreto dai fatti accertati nel giudizio impugnato e vincolanti per questa Corte (<ref-law>) emerge che il contratto di lavoro in esame è stato concluso il 9 agosto 2008, con scadenza il 31 maggio 2009, e quindi a tempo determinato. Come già indicato in precedenza, dai contratti prodotti, richiamati nel giudizio impugnato, non risultano rapporti di lavoro susseguitisi per cinque anni senza interruzione (v. consid. 4.1), fatto del resto non contestato neppure dal ricorrente.
Il testo di legge inoltre è chiaro e non dà adito a dubbi interpretativi. Alfine del riconoscimento di un rapporto di lavoro a tempo indeterminato ai sensi dell'art. 9 Lpers, i rapporti di lavoro si devono susseguire senza interruzione per cinque anni. Il fatto che siano stati conclusi numerosi contratti a tempo determinato non è pertanto rilevante. Del resto occorre far notare che per un lasso di tempo piuttosto lungo, e meglio dal 1° gennaio 2005 al 30 settembre 2007, non è stato concluso alcun contratto o perlomeno l' interessato non è stato in grado di dimostrarlo.
Eventualmente ci si potrebbe chiedere se la verifica eseguita dal Tribunale amministrativo federale in relazione all'esistenza di un contratto della durata di cinque anni consecutivi è del tutto corretta, ritenuto che il contratto di lavoro si è concluso il 31 dicembre 2008 (v. sub Fatti A.c), segnatamente la disdetta pronunciata durante il periodo di prova ha esplicato i suoi effetti a quella data. La questione non necessita tuttavia di essere risolta, poiché in ogni caso il periodo preteso dalla legge non sarebbe adempiuto neppure in questa ipotesi.
Ne consegue che non vi sono, in concreto, contratti a catena, ai sensi dell'<ref-law>, tali da permettere di riconoscere l'esistenza di un contratto di lavoro a tempo indeterminato.
6.3 L'applicazione delle disposizioni sul contratto di lavoro a tempo determinato non configura neppure un abuso di diritto. Come già accennato al consid. 6.2, i contratti di lavoro si susseguono l'un l'altro solo occasionalmente. Se è vero, inoltre, che dal 7 febbraio 2000 al 31 dicembre 2004 i rapporti di lavoro sono stati conclusi ininterrottamente per quasi cinque anni, è pur vero che in seguito non risultano nuovi contratti fino al 1° ottobre 2007.
Dal tenore dei contratti risulta poi che l'interessato ha svolto attività lavorativa in occasione di scuole reclute e scuole per sottoufficiali, formazioni che, in base alla generale esperienza della vita, hanno luogo per uno scopo preciso, durante un lasso di tempo limitato e in un determinato periodo dell'anno. Si tratta quindi di attività occasionali, che implicano, proprio per lo scopo perseguito, la conclusione di rapporti di lavoro limitati nel tempo. In concreto la conclusione ripetuta di contratti di lavoro a tempo determinato è chiaramente suffragata da motivi ob-biettivi.
Ne consegue che, essendo la censura di abuso di diritto infondata, non è possibile applicare in concreto le disposizioni riguardanti i rapporti di lavoro a tempo indeterminato.
Ne consegue che, essendo la censura di abuso di diritto infondata, non è possibile applicare in concreto le disposizioni riguardanti i rapporti di lavoro a tempo indeterminato.
6.4 6.4.1 Per l'<ref-law> il rapporto di lavoro è un rapporto di diritto pubblico e nasce dalla conclusione per scritto di un contratto di lavoro. È fatto salvo l'art. 9 capoversi 3-5.
Le disposizioni d'esecuzione disciplinano il periodo di prova, che può essere di sei mesi al massimo. Al riguardo l'<ref-law> prevede che il periodo di prova è di tre mesi. In casi giustificati può essere prolungato di tre mesi al massimo o fissato per contratto a sei mesi al massimo (cpv. 1). Se il contratto è di durata determinata o se l'impiegato passa a un'altra unità amministrativa ai sensi dell'art. 1, si può rinunciare al periodo di prova o concordarne uno più breve (cpv. 2).
Se la disdetta viene data durante il periodo di prova, il datore di lavoro non deve addurre uno dei motivi elencati all'art. 12 cpv. 6 lett. a-f LPers; tuttavia deve agire senza arbitrio. Egli è cioè autorizzato a disdire il rapporto di lavoro, se motivi obbiettivi lo giustificano (<ref-ruling> consid. 2a pag. 134; <ref-ruling>; Nötzli, Die Beendigung von Arbeitsverhältnissen im Bundespersonalrecht, Berna 2005, pag. 136 n. 222).
II divieto dell'abuso di diritto, sancito dall'<ref-law>, è un principio fondamentale dell'ordinamento giuridico svizzero, valido in tutti i campi del diritto e applicabile d'ufficio dinnanzi a tutte le istanze giudiziarie (<ref-ruling> consid. 1c pag. 206); esso impedisce l'utilizzazione di un istituto giuridico ai fini di realizzare scopi ad esso del tutto estranei (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 72; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 151; sentenza 1P.596/2000 del 15 giugno 2001 consid. 3b e riferimenti, in RDAT II-2001 n. 20 pag. 82 segg.).
La censura presuppone che i fatti che la giustificano siano stati addotti nei modi prescritti dalla procedura e siano accertati (<ref-ruling> consid. 3d pag. 63; sentenza 4A_131/2011 del 4 agosto 2011).
6.4.2 Dai fatti accertati dal Tribunale amministrativo federale, che vincolano questa Corte, emerge che il DDPS ha previsto un periodo di prova nel contratto oggetto di discussione in questa sede e altresì in occasione degli accordi intervenuti nel 2001 e nel 2002.
Se corrisponde al vero che l'interessato aveva lavorato ripetutamente per il DDPS, è pure comprovato che, in occasione delle trattative per la conclusione del nuovo contratto - che avrebbe avuto durata annuale e che prevedeva un periodo di prova di tre mesi - trasmesso all'insorgente in seguito alla candidatura da lui inoltrata, sono sorti dei contrasti in relazione alle referenze che hanno indotto la scuola bl 21 a ritirare l'offerta. Solo grazie a ulteriori trattative, un nuovo contratto ha potuto essere concluso, con effetto dal mese di agosto e con periodo di prova prolungato.
Tali incertezze in relazione alle referenze, così come il fatto che dopo il 2004 erano stati conclusi con l'interessato soltanto tre nuovi contratti di breve durata (circa due mesi l'uno) a partire dal novembre 2007, che non permettevano necessariamente di valutarne a fondo l'idoneità, dopo un'assenza durata quasi tre anni, erano senz'altro atti a giustificare l'introduzione di un periodo di prova.
In simili circostanze, come indicato nel giudizio impugnato, il periodo di prova era chiaramente giustificato da motivi obiettivi e non costituiva quindi un abuso di diritto.
7. Alla luce delle considerazioni esposte nei paragrafi precedenti, il giudizio impugnato risulta conforme al diritto federale e va quindi confermato, mentre il ricorso in materia di diritto pubblico va respinto, in quanto infondato.
8. Visto l'esito della procedura, gli oneri processuali seguono la soccombenza (<ref-law>). Le spese giudiziarie sono poste a carico del ricorrente, mentre non si assegnano spese ripetibili all'opponente (<ref-law>; sentenza 1C_68/2007 del 14 settembre 2007 consid. 5).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Non si assegnano indennità di parte.
4. Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale.