Sachverhalt:
A. X._ schlich im Zeitraum von ca. Dezember 2004 bis Oktober 2006 insgesamt neun Mal in verschiedene Schulhäuser, zwei Restaurants und eine Sportanlage ein und stahl jeweils hauptsächlich mehrere Paar getragene Turnschuhe.
B. Das Gerichtspräsidium Lenzburg sprach X._ mit Entscheid vom 18. September 2008 schuldig des einfachen Diebstahls sowie des mehrfachen Hausfriedensbruchs. Es verurteilte ihn, als Zusatzstrafe zum Entscheid des Bezirksamts Lenzburg vom 30. Januar 2007, zu einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen à Fr. 175.--, bei einer Probezeit von zwei Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 2'000.--. Das Gerichtspräsidium Lenzburg qualifizierte acht Diebstähle als geringfügige Vermögensdelikte im Sinne von <ref-law> und stellte das Verfahren insoweit mangels Strafantrags ein. Die von der Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 11. März 2009 ab.
C. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau sei aufzuheben und X._ des mehrfachen Diebstahls und des mehrfachen Hausfriedensbruchs schuldig zu sprechen. Eventualiter sei die Sache zwecks Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Streitgegenstand bildet die Verfahrenseinstellung betreffend acht Diebstähle. Dem Beschwerdegegner wird insoweit angelastet, aus mehreren Schulhäusern, zwei Restaurants und einer Sportanlage jeweils drei bis vier Paar getragene Turnschuhe gestohlen zu haben. In den genannten Fällen wurden die Strafanträge wegen Hausfriedensbruchs, nicht aber wegen Diebstahls gestellt.
2. Die Beschwerdeführerin rügt sinngemäss eine Verletzung von <ref-law>. Bei Einschleichdiebstählen finde die Privilegierung gemäss <ref-law> keine Anwendung. Im Übrigen seien die Vermögensdelikte nicht geringfügig im Sinne der genannten Bestimmung; der Beschwerdegegner habe die Diebstähle aus Sammelleidenschaft begangen. Folglich bestehe für das Deliktsgut kein funktionierender Markt. Massgebend sei derjenige Preis, welchen der Beschwerdegegner für die Turnschuhe zu zahlen bereit gewesen wäre. Dieser Preis betrage Fr. 80.-- bis Fr. 90.-- pro Paar. Bei vier Paar gestohlenen Schuhen sei somit die Grenze von Fr. 300.-- für den geringen Vermögenswert nach <ref-law> gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung überschritten.
3. Die Vorinstanz führt mit Verweis auf die erstinstanzlichen Erwägungen aus, die Anwendung von <ref-law> falle nicht bereits deshalb ausser Betracht, weil der Beschwerdegegner sowohl mehrere Diebstähle als auch mehrmals Hausfriedensbruch begangen und damit zwei verschiedene Straftatbestände erfüllt habe. Der Beschwerdegegner habe den Neupreis der Schuhe auf Fr. 90.-- bis Fr. 160.-- und den im Internet verlangten Preis auf Fr. 20.-- bis Fr. 60.-- beziffert. Weiter habe er den Maximalbetrag, den er jemals für gebrauchte Schuhe bezahlt habe, auf Fr. 80.-- oder Fr. 90.-- veranschlagt. Die Grenze für geringfügige Vermögensdelikte gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung betrage Fr. 300.--. Ausgehend von vier Paar Schuhen und einem Preis von je Fr. 60.-- werde dieser Wert nicht überschritten. Ebenso wenig sei der Deliktsbetrag höher als Fr. 300.--, wenn zwei Paar Schuhe auf Fr. 60.-- und zwei Paar auf Fr. 90.-- bemessen würden. Auch bei nicht wertbeständigen Sachen sei vom Verkehrswert auszugehen.
4. 4.1 Richtet sich die Tat nur auf einen geringen Vermögenswert oder auf einen geringen Schaden, so wird der Täter, auf Antrag, mit Busse bestraft (<ref-law>). Diese Vorschrift gilt nicht bei qualifiziertem Diebstahl (Art. 139 Ziff. 2 und 3 StGB), Raub und Erpressung (<ref-law>).
<ref-law> gilt für Taten, die sich nur auf einen geringen Vermögenswert oder auf einen geringen Schaden richten. Die Bestimmung führt unter Vorbehalt von Abs. 2 zu einer Privilegierung der geringfügigen Vermögensdelikte des Zweiten Titels des Besonderen Teils des Strafgesetzbuchs (Strafbare Handlungen gegen das Vermögen). Damit werden Bagatellverstösse im gesamten Vermögensstrafrecht zu Übertretungen und nur noch auf Antrag verfolgt. Der Gesetzgeber wollte die Strafverfolgungsbehörden von der Bagatellkriminalität entlasten und damit Kräfte für die eigentliche Aufgabe der Bekämpfung der Schwerkriminalität freimachen. Die Bestimmung soll einerseits den privaten Ausgleich zwischen Täter und Opfer fördern und es anderseits den Gerichten ermöglichen, den unterschiedlichsten Sachverhalten Rechnung zu tragen und die Bagatellkriminalität einzelfallgerecht zu beurteilen (ausführlich <ref-ruling>). In diesem Entscheid setzte das Bundesgericht die Grenze für den geringen Vermögenswert im Sinne von <ref-law> bei Fr. 300.-- fest (<ref-ruling> E. 3d S. 118 f. mit Hinweisen).
4.2 Die Beschwerdeführerin beanstandet, die Vorinstanz habe die Diebstähle zu Unrecht als geringfügige Vermögensdelikte im Sinne von <ref-law> qualifiziert. Der Beschwerdegegner habe zusätzlich mehrfach Hausfriedensbruch begangen, weshalb die genannte Bestimmung nicht angewendet werden dürfe. Diese Rüge ist aus nachstehenden Motiven unbegründet:
Gemäss Abs. 2 der zitierten Bestimmung gilt die Privilegierung ausdrücklich nicht bei qualifiziertem Diebstahl (Art. 139 Ziff. 2 und 3 StGB), Raub und Erpressung. Ein qualifizierter Diebstahl liegt vor, wenn der Täter gewerbsmässig oder als Mitglied einer Bande stiehlt, die sich zur fortgesetzten Verübung von Raub oder Diebstahl zusammengefunden hat, wenn der Täter eine Schusswaffe oder eine andere gefährliche Waffe mit sich führt oder wenn er sonstwie durch die Art, wie er den Diebstahl begeht, seine besondere Gefährlichkeit offenbart. Die Einschränkung im Sinne von <ref-law> erklärt sich aus der Charakterisierung der betreffenden Tatbestände als teilweise zusammengesetzte Delikte, die auch das Rechtsgut der Freiheit verletzen. Dazu kommt, dass es sich hier fast nie um Bagatelldelikte handelt (Peter Albrecht, Bemerkungen zum Tatbestand der geringfügigen Vermögensdelikte gemäss <ref-law>, ZStrR 114/1996 S. 138 f.). Schleicht oder bricht der Dieb, um an das Deliktsgut zu gelangen, in ein Gebäude ein, so fällt sein Handeln nach dem Wortlaut von <ref-law> nicht unter die genannte Restriktion. Ebenso wenig fällt eine Privilegierung per se ausser Betracht, weil der Täter verschiedene Tatbestände erfüllt und sein Handeln neben dem Vermögen auch das Rechtsgut der Freiheit verletzt. Seine Taten büssen in einem solchen Fall nicht stets den Charakter eines kleinen Vermögensdelikts ein, und es lässt sich mit Sinn und Zweck von <ref-law> vereinbaren, entsprechende Vermögensdelikte als geringfügig zu qualifizieren. Die gegenteilige Ansicht der Beschwerdeführerin, wonach bei Einschleichdiebstählen die genannte Bestimmung nie zur Anwendung gelange, ist deshalb abzulehnen. Sie findet auch keine Stütze in dem von ihr zitierten <ref-ruling>. Das Bundesgericht hat darin erwogen, dass der Tatbestand von <ref-law> ausscheide, wenn Geringfügigkeit zu verneinen sei oder sich die Handlung gegen weitere Rechtsgüter richte. Dabei hat es auf Abs. 2 der genannten Bestimmung verwiesen. Dieser hat einzig den qualifizierten Diebstahl, den Raub und die Erpressung zum Gegenstand. Ebenso verweisen sämtliche im genannten Entscheid erwähnten Materialen und die zitierte Literatur auf die in <ref-law> erwähnten Straftatbestände (<ref-ruling> E. 2c S. 267). Im Übrigen ist auch nicht ersichtlich, weshalb derjenige, der sich - wie vorliegend - unbefugt in eine Sportanlage schleicht, ohne eine Sachbeschädigung zu begehen, und dort einen geringfügigen Diebstahl begeht, in Bezug auf das Vermögensdelikt schlechter gestellt werden müsste, als derjenige, der dasselbe Delikt in einem Laden begeht, den er berechtigterweise betreten hat. Der Unwert beider Handlungen ist, soweit sie gegen das Vermögen gerichtet sind, vergleichbar.
Selbst bei einem Einbruchdiebstahl ist die Privilegierung im Sinne von <ref-law> nicht ausgeschlossen (Albrecht, a.a.O., S. 139 f.). In <ref-ruling> E. 3f S. 120 wurde die Frage offengelassen, ob in Fällen, in denen die Tat auf den Erwerb eines Vermögenswerts unter Beschädigung von Sachen gerichtet ist bzw. die Beschädigung in Kauf genommen wird, der Vermögenswert und der Schaden zusammenzuzählen sind. Sie wird in der Literatur mehrheitlich bejaht (Philippe Weissenberger, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 44 zu <ref-law>; Christian Favre und andere, Code pénal annoté, 3. Aufl. 2007, N. 1.5. zu <ref-law>; Stratenwerth/Jenny, Schweizerisches Strafrecht, Straftaten gegen Individualinteressen, 6. Aufl. 2003, § 25 N. 18; Trechsel/Crameri, in: Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 2 zu <ref-law>; a.M. Albrecht, a.a.O., S. 141). Diese Frage braucht auch hier nicht näher beurteilt zu werden.
4.3 Zu prüfen ist weiter, ob die Vermögensdelikte geringfügig im Sinne von <ref-law> sind. Für die Ermittlung des Vermögenswerts hat die Vorinstanz gestützt auf die erstinstanzlichen Erwägungen den Verkehrswert der gebrauchten Turnschuhe herangezogen. Dabei berücksichtigte sie die vom Beschwerdegegner bezahlten Durchschnittspreise von Fr. 20.-- bis Fr. 60.-- sowie den von ihm bezahlten Maximalbetrag für gebrauchte Schuhe von Fr. 80.-- oder Fr. 90.--. Bei vier Paar gestohlenen Schuhen schätzte die Vorinstanz den Deliktswert auf Fr. 240.-- (4 X Fr. 60.--) respektive auf Fr. 300.-- (2 X Fr. 60.-- + 2 X Fr. 90.--).
4.3.1 Für die Ermittlung des relevanten Vermögenswerts ist bei Sachen mit einem Marktwert bzw. einem objektiv bestimmbaren Wert allein dieser entscheidend (<ref-ruling> E. 3d S. 119; <ref-ruling> E. 2c S. 266). Bei Sachen ohne Marktwert respektive bestimmbaren Wert ist massgebend, welchen Wert die Sache im konkreten Fall für den Geschädigten hat; dabei kann auch berücksichtigt werden, welchen Geldbetrag der Täter dem Geschädigten für die Sache zu zahlen bereit wäre (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 192).
Die Vorinstanz hat einen Marktwert bejaht. Sie stützt diese Feststellung auf die Ausführungen des Beschwerdegegners, wonach die von ihm entwendeten Turnschuhe im Internet einen bestimmten durchschnittlichen Preis hätten (mindestens Fr. 20.-- und maximal Fr. 60.--) und er entsprechende Schuhe auch schon für einen höheren Preis (Fr. 80.-- oder Fr. 90.--) gekauft habe. Die Beurteilung im angefochtenen Urteil, ob getragene Turnschuhe in der Art der vom Beschwerdegegner entwendeten Schuhe tatsächlich angeboten, auf welchen Märkten sie gehandelt und zu welchen Konditionen sie verkauft werden, erfolgt mithin unter Berücksichtigung der Aussagen des Beschwerdegegners. Wird die Frage, ob ein Markt respektive ein Marktwert vorhanden ist, wie vorliegend auf Grund einer konkreten Beweiswürdigung beantwortet, handelt es sich um eine Tatfrage. Anders verhält es sich nur, wenn sich das Gericht unabhängig vom konkreten Sachverhalt auf einen aus der allgemeinen Lebenserfahrung gewonnenen Erfahrungssatz stützt, welchem allgemeine Geltung für gleichgelagerte Fälle und damit normativer Charakter zukommt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 398 f. betreffend Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen im Rahmen von <ref-law>; Ulrich Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 35a zu <ref-law>; Urteil 9C_854/2008 vom 17. Dezember 2008 E. 3.2).
4.3.2 Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, der Beschwerdegegner habe aus Leidenschaft am Sammeln gestohlen, weshalb die Turnschuhe nicht anders erhältlich gewesen seien und kein Markt existiert habe, handelt es sich um eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass die Vorinstanz den Sachverhalt offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> bzw. willkürlich im Sinne von <ref-law> festgestellt habe.
Im Übrigen geht der Einwand der Beschwerdeführerin in verschiedenen Punkten fehl. Dass Gegenstände gesammelt werden, schliesst einen entsprechenden Markt nicht aus. Die Feststellung der Vorinstanz, wonach mit gebrauchten Turnschuhen gehandelt wird, ist denn auch nicht zu beanstanden. Ebenso wenig ist an der Berechnung des Deliktswerts im angefochtenen Entscheid Kritik zu üben. Diesbezüglich sind die Einwände der Beschwerdeführerin unzutreffend. Wird mangels Marktwerts respektive eines objektiv bestimmbaren Werts berücksichtigt, was der Täter dem Geschädigten zu zahlen bereit gewesen wäre, dann geht es nicht an, auf den Maximalpreis abzustellen, den der Beschwerdegegner jemals für ein Paar Schuhe bezahlt hat, um diesen auf sämtliches Deliktsgut ohne Differenzierung anzuwenden. Vielmehr ist der Wert der Sache im konkreten Fall (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 192) respektive die Summe massgebend, die der Täter im Einzelfall zu leisten bereit ist.
Die Beschwerdeführerin hat schliesslich zu Recht nicht verlangt, es sei auf den Gesamtwert sämtlicher Turnschuhe abzustellen. In <ref-ruling> hat das Bundesgericht erwogen, eine natürliche Handlungseinheit sei gegeben, wenn mehrere Einzelhandlungen auf einem einheitlichen Willensakt beruhen und wegen des engen räumlichen und zeitlichen Zusammenhangs bei objektiver Betrachtung noch als einheitliches Geschehen erscheinen würden. Eine natürliche Handlungseinheit falle jedoch ausser Betracht, wenn zwischen den einzelnen Handlungen - selbst wenn diese aufeinander bezogen seien - ein längerer Zeitraum liege (<ref-ruling> E. 2.4.5 S. 94; <ref-ruling> E. 4.5 S. 265 f.; vgl. auch Peter Müller, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 18 zu <ref-law>; Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Die Straftat, 3. Aufl. 2005, § 19 N. 9 ff.). Wie die erste Instanz zutreffend ausgeführt hat, liegt keine natürliche Handlungseinheit vor (vorinstanzliche Akten pag. 267).
Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
5. Die Beschwerdeführerin beanstandet ferner die Strafzumessung unter Hinweis auf die insgesamt neun Diebstähle. Da die Vorinstanz acht Diebstähle zutreffend als geringfügige Vermögensdelikte im Sinne von <ref-law> qualifiziert hat und der Beschwerdegegner mangels Strafantrags diesbezüglich nicht verurteilt wurde, ist die Beschwerde auch in diesem Punkt abzuweisen.
6. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihm im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Faga