Sachverhalt:
A. Die I._ AG beabsichtigt, im Gebiet Stockeri, Gemeinde Risch, auf einer Fläche von 12,7 ha eine Deponie für rund 980'000 m3 unverschmutztes Aushubmaterial zu errichten und zu betreiben. Zusammen mit einem Zonierungsgesuch reichte sie beim Kanton Zug ein Gesuch um Erteilung der Errichtungsbewilligung ein. Der Deponiebetrieb ist für eine Dauer von ca. acht Jahren vorgesehen. Die Ablagerung soll etappenweise erfolgen. Nach Abschluss der Deponiearbeiten soll die Fläche rekultiviert, ökologisch aufgewertet und landwirtschaftlich genutzt werden. Die von der Deponie beanspruchte Fläche liegt in der Landwirtschaftszone, welche von einer Landschaftsschutzzone überlagert wird. Im kantonalen Richtplan des Jahres 2004 wurde im Gebiet Stockeri ein Standort für eine Inertstoffdeponie (Aushubmaterial/Inertstoffe) mit einem Volumen von 700'000 m3 festgesetzt. Der Deponiestandort befindet sich im BLN-Objekt 1309 "Zugersee" (vgl. Verordnung vom 10. August 1977 über das Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung [VBLN; SR 451.11]).
B. Während der öffentlichen Auflage des Nutzungsplanungs- und Bewilligungsprojekts gingen 121 Einsprachen ein. Die Unterlagen wurden von verschiedenen kantonalen Fachinstanzen geprüft. Als Bundesstellen wurden das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) und die Eidgenössische Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) zur Stellungnahme eingeladen. Ferner äusserten sich die SBB, die Gemeinden Risch und Meierskappel sowie die Nachbarkantone Luzern und Schwyz und dessen Bezirk Küssnacht zum Deponieprojekt.
Mit Verfügung vom 30. September 2008 erteilte die Baudirektion des Kantons Zug die Errichtungsbewilligung für die Inertstoffdeponie. Die Bewilligung steht unter dem Vorbehalt der Rechtskraft der kantonalen Nutzungszone "Stockeri" und enthält verschiedene Auflagen und Bedingungen. Auf die Einsprachen "aus dem Raum Buonas, Risch und Seefeld (Gemeinde Risch)" trat die Baudirektion "wegen fehlendem Berührtsein und fehlendem schutzwürdigen Interesse" nicht ein.
C. Mit Beschluss vom 30. September 2008 erliess der Regierungsrat des Kantons Zug die kantonale Nutzungszone für Abfallanlagen "Stockeri". Er stellte fest, dass die geplante Deponie umweltverträglich sei. Auf zahlreiche Einsprachen aus dem Raum Buonas, Risch und Seefeld (Gemeinde Risch) trat er nicht ein. In Gutheissung von Einsprachen aus dem Raum Meierskappel sowie der Einsprache des Gemeinderats Meierskappel wies er die Baudirektion an, die Errichtungsbewilligung mit einer Auflage zu versehen, die Erschliessung der Deponie ohne Inanspruchnahme der Lendiswilerstrasse in der Gemeinde Meierskappel festzulegen. Dieser Zonierungsbeschluss wurde gleichzeitig mit der von der Baudirektion erteilten Deponiebewilligung eröffnet.
D. Gegen die Errichtungsbewilligung für die Deponie "Stockeri" und gegen die kantonale Nutzungszone für Abfallanlagen "Stockeri" erhoben unter anderem acht Personen bzw. Ehepaare aus Risch Beschwerde beim Verwaltungsbericht des Kantons Zug. Mit Urteil vom 31. März 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerden ab. Die Vorinstanzen hätten die Einspracheberechtigung der Beschwerdeführenden zu Recht verneint.
E. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts führen folgende Personen aus der Gemeinde Risch beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten:
1. Eheleute A._,
2. Eheleute B._,
3. C._,
4. D._,
5. Eheleute E._,
6. Eheleute F._,
7. G._,
8. Eheleute H._,
Sie reichten zwei weitgehend identische Beschwerdeschriften ein:
In der Beschwerde betreffend die Errichtungsbewilligung (Verfahren 1C_212/2009) beantragen die Beschwerdeführer es sei festzustellen, dass sie einsprache- und beschwerdelegitimiert seien. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 31. März 2009 und die mit Beschluss der Baudirektion vom 30. September 2008 erteilte Errichtungsbewilligung seien aufzuheben. Die Sache sei zur Durchführung eines ordentlichen Verfahrens unter Wahrung der Parteirechte der Beschwerdeführer an das Verwaltungsgericht, eventualiter an die Baudirektion zurückzuweisen.
In der Beschwerde betreffend die kantonale Nutzungszone für Abfallanlagen "Stockeri" (Verfahren 1C_214/2009) stellen die Beschwerdeführer die Anträge, es sei festzustellen, dass sie einsprache- und beschwerdelegitimiert seien. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 31. März 2009 und die mit Beschluss des Regierungsrats vom 30. September 2008 festgesetzte kantonale Nutzungszone für Abfallanlagen "Stockeri" seien aufzuheben. Die Sache sei zur Durchführung eines ordentlichen Verfahrens unter Wahrung der Parteirechte der Beschwerdeführer an das Verwaltungsgericht, eventualiter an den Regierungsrat zurückzuweisen.
F. Die Baudirektion des Kantons Zug beantragt, die Beschwerden seien abzuweisen. Das Verwaltungsgericht und die I._ AG stellen den Antrag, die Beschwerden seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Risch verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) verzichtet in seinen Stellungnahmen auf einen formellen Antrag zur Sache. Es hält unter anderem fest, die durch das geplante Projekt verursachten NO2-Emissionen bei den Beschwerdeführern 5 (Eheleute E._) seien wahrnehmbar. Bei den Beschwerdeführenden 1-3 (Eheleute A._; Eheleute B._ und C._), 5 (Eheleute E._), 6 (Eheleute F._) und 8 (Eheleute H._) würden die Strassenlärmimmissionen um mindestens 1 dB(A) zunehmen. Die Beschwerdeführenden 1-3, 5, 6 und 8 seien durch das geplante Vorhaben deshalb rechtserheblich berührt und zur Beschwerdeführung berechtigt. In weiteren Stellungnahmen halten die Verfahrensbeteiligten an ihren Standpunkten fest.
G. Am 3. Mai 2010 führte eine Delegation des Bundesgerichts einen Augenschein bei der geplanten Deponie durch. Die Verfahrensbeteiligten haben von der Gelegenheit, sich zum Protokoll des Augenscheins zu äussern, teilweise Gebrauch gemacht.

Erwägungen:
1. Die beiden Beschwerden richten sich gegen dasselbe Urteil des Verwaltungsgerichts und weisen einen weitgehend übereinstimmenden Inhalt auf. Sie betreffen denselben Sachverhalt und dieselben Rechtsfragen. Sie werden deshalb vereinigt und in einem bundesgerichtlichen Urteil behandelt.
1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, mit welchem unterinstanzliche Entscheide bestätigt werden, in denen die Baudirektion und der Regierungsrat auf Einsprachen gegen das umstrittene Deponieprojekt "Stockeri" nicht eingetreten sind, weil die Beschwerdeführenden mangels genügender Betroffenheit durch das Vorhaben nicht zur Beschwerde legitimiert seien. Das Urteil des Verwaltungsgerichts stützt sich auf öffentliches Recht (vgl. <ref-law>) und stellt einen kantonalen Endentscheid dar (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
1.2 Die von den Beschwerdeführern beantragten Feststellungen haben im Verhältnis zu ihren Anträgen um Aufhebung des angefochtenen Urteils des Verwaltungsgerichts keine selbstständige Bedeutung, weshalb auf die Feststellungsbegehren nicht einzutreten ist (in <ref-ruling> nicht publ. E. 1).
1.3 Die Beschwerdeführenden verlangen zusätzlich zur Aufhebung des angefochtenen Verwaltungsgerichtsurteils vom 31. März 2009, die mit Beschluss der Baudirektion vom 30. Dezember 2008 erteilte Errichtungsbewilligung und der Beschluss des Regierungsrats vom 30. September 2008 betreffend die kantonale Nutzungszone für Abfallanlagen "Stockeri" seien aufzuheben.
Solche unterinstanzliche Entscheide sind mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht selbstständig anfechtbar. Sie werden mit Blick auf den Devolutiveffekt durch den Entscheid der letzten kantonalen Instanz ersetzt und gelten mit der dagegen gerichteten Beschwerde als mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144; <ref-ruling> E. 1 S. 441; <ref-ruling> E. 1c S. 33 mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 1C_267/2007 vom 28. Februar 2008 E. 1.5).
1.4 Die Beschwerdeführer machen geltend, das Verwaltungsgericht habe die genannten Nichteintretensentscheide der Baudirektion und des Regierungsrats zu Unrecht geschützt und habe dadurch ihre Parteirechte verletzt. Sie berufen sich auf Art. 33 Abs. 3 lit. a RPG (SR 700) sowie die Art. 95-98 und <ref-law>. Zu dieser Rüge sind sie nach <ref-law> befugt, ungeachtet ihrer Legitimation in der Sache. Auf die rechtzeitig erhobenen Beschwerden ist daher grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. a RPG gewährleistet das kantonale Recht gegen Nutzungspläne und raumplanerische Verfügungen (z.B. Baubewilligungen gemäss Art. 22 RPG) die Legitimation mindestens im gleichen Umfang wie für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Ferner schreibt <ref-law> die Einheit des Verfahrens vor: Wer zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist, muss sich am Verfahren vor allen kantonalen Vorinstanzen als Partei beteiligen können (<ref-law>); die unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts muss grundsätzlich mindestens die Rügen nach den Art. 95-98 BGG prüfen können (<ref-law>). Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die kantonalen Behörden die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen dürfen, als dies für die Beschwerde an das Bundesgericht vorgesehen ist (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_379/2008 vom 12. Januar 2009 E. 3.2 mit Hinweisen). Zur Beurteilung, ob das Verwaltungsgericht die Beschwerdeführer vom Rechtsmittel ausschliessen durfte, ist im vorliegenden Fall die Beschwerdeberechtigung nach den Grundsätzen von <ref-law>, welche mit denjenigen des bisherigen Art. 103 lit. a OG übereinstimmen, zu prüfen. Sind die Beschwerdeführer befugt, gegen einen Sachentscheid über das umstrittene Vorhaben beim Bundesgericht Beschwerde zu führen, so müssen die Vorinstanzen auf ihr Rechtsmittel eintreten, soweit die übrigen formellen Voraussetzungen erfüllt sind.
2.2 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist nach <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (lit. c). Verlangt ist somit neben der formellen Beschwer, dass der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht. Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4236). Die Voraussetzungen von <ref-law> hängen eng zusammen. Insgesamt kann insoweit an die Grundsätze, die zur Legitimationspraxis bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a OG entwickelt worden sind, angeknüpft werden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 404 f. mit Hinweisen).
2.3 Die Behauptung allein, jemand sei von den Folgen einer Baubewilligung betroffen, genügt nicht, um die Beschwerdebefugnis zu begründen. Vielmehr muss aufgrund des konkreten Sachverhalts das besondere Berührtsein und das schutzwürdige Interesse glaubhaft erscheinen.
2.3.1 Ein Kriterium für die Beurteilung der Beschwerdebefugnis ist die räumliche Distanz des Nachbarn zum umstrittenen Bauvorhaben, wobei es nicht auf abstrakt bestimmte Distanzwerte ankommt (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_133/2008 vom 6. Juni 2008 E. 2.4 mit Hinweisen). Das Beschwerderecht wird in der Regel anerkannt, wenn der Bau oder Betrieb einer projektierten Anlage mit Sicherheit oder grosser Wahrscheinlichkeit zu Immissionen führt und der Beschwerdeführer durch diese - seien es Lärm-, Staub-, Erschütterungs-, Licht- oder andere Einwirkungen - betroffen wird. Sind solche Beeinträchtigungen zu erwarten, ändert auch der Umstand, dass eine grosse Anzahl von Personen betroffen ist, nichts an der Beschwerdebefugnis. So hat das Bundesgericht schon erkannt, dass bei grossflächigen Immissionen ein sehr weiter Kreis Betroffener zur Beschwerdeführung legitimiert sein kann, zum Beispiel die Anwohner eines Flughafens einschliesslich jener, die in der Verlängerung der Flugpisten wohnen (d.h. im Bereich der An- und Abflugschneisen; BGE <ref-ruling>3 E. 3a S. 303 f.), oder all jene Personen, die von Schiesslärm betroffen sind, wenn sie den Lärm deutlich hören können und dadurch in ihrer Ruhe gestört werden (<ref-ruling> E. 3.2.2 mit Hinweisen). In dicht besiedelten Gebieten kann somit grundsätzlich sehr vielen Personen die Beschwerdelegitimation zukommen, ohne dass von einer unzulässigen Popularbeschwerde gesprochen werden müsste (<ref-ruling> E. 2b S. 174; <ref-ruling> E. 2b S. 178; <ref-ruling> E. 4d S. 388; <ref-ruling> E. 1c S. 102; Urteil des Bundesgerichts 1A.98/1994 vom 28. März 1995 E. 2b, in: ZBl 96/1995 S. 528 f.).
2.3.2 Wird die Einsprache- und Rechtsmittelbefugnis aus den Immissionen des Zubringerverkehrs abgeleitet, so müssen diese für den Beschwerdeführer deutlich wahrnehmbar sein, damit er zur Beschwerde legitimiert ist (<ref-ruling> E. 1c S. 228 f.; <ref-ruling> E. 1c S. 102). In Grenzfällen besteht ein Beurteilungsspielraum, bei dessen Ausübung einerseits eine kaum mehr zu begrenzende Öffnung des Beschwerderechts zu vermeiden ist und andererseits die Schranken auch nicht zu eng gezogen werden dürfen, um nicht die vom Gesetzgeber gewollte Überprüfung der richtigen Rechtsanwendung in Fällen, in denen der Beschwerdeführer ein aktuelles und schützenswertes Interesse besitzt, auszuschliessen (<ref-ruling> E. 3 S. 159 mit Hinweis). Das Bundesgericht prüft die Legitimationsvoraussetzungen in einer Gesamtwürdigung anhand der im konkreten Fall vorliegenden tatsächlichen Verhältnisse. Es stellt nicht schematisch auf einzelne Kriterien (wie z.B. Distanz zum Vorhaben, Sichtverbindung etc.) ab.
So hat das Bundesgericht die Beschwerdeberechtigung verneint in Bezug auf Personen, die in einer Entfernung von rund 250 m bis 1,7 km vom an zentraler Lage in der Innenstadt von Zürich geplanten Casinobetrieb wohnten, weil keine deutlich wahrnehmbare zusätzliche Lärmimmissionen an den bereits vorbelasteten Strassenabschnitten zu erwarten waren (Urteil des Bundesgerichts 1C_405/2008 vom 18. März 2009). In gleicher Weise wurde die Beschwerdelegitimation verneint beim Zufahrtsverkehr zu einer Kiesgrube, weil sich das Grundstück der Beschwerdeführerin in einem hinreichenden Abstand von 60 m zur Kieswerkstrasse jenseits einer Böschung sowie eines kleinen Waldsaums befand, sodass die Immissionen aus dem Kiesgrubenverkehr für sie nicht mehr deutlich wahrnehmbar waren (Urteil des Bundesgerichts 1A.77/2000 vom 7. Februar 2001 E. 2d). In Bezug auf Anwohner der Zufahrt zu einer Tongrube, in welcher eine Inertstoffdeponie eingerichtet werden sollte, bejahte das Bundesgericht die Einsprache- und Beschwerdeberechtigung (Urteil 1C_362/2008 vom 27. April 2009). Ebenfalls bejaht wurde die Legitimation bei Personen, welche ungefähr einen Kilometer vor der Einfahrt in ein Kiesgrubengelände wohnten, wenn während 40 bis 50 Jahren durchschnittlich mit 120 Hin- und Rückfahrten pro Tag zu rechnen war (<ref-ruling> E. 1c S. 228 f.). Bei Lärmimmissionen des Verkehrs zu einem regionalen Einkaufszentrum bezeichnete das Bundesgericht die Bejahung der Legitimation bei einer Verkehrszunahme von 10% als recht- und zweckmässig. Dabei wurde davon ausgegangen, dass eine Steigerung des durchschnittlichen täglichen Verkehrs (DTV) um 25% zu einer Erhöhung des Verkehrslärmpegels um 1dB(A) führte und eine solche wahrgenommen werden könne (Urteil des Bundesgerichts 1A.148/2005 vom 20. Dezember 2005 E. 3.5 f., in: ZBl 107/2006 S. 609; URP 2006 S. 144).
2.4 Die Beschwerdeführer leiten ihre Einsprache- und Beschwerdeberechtigung nicht nur aus der nahen räumlichen Beziehung zum streitbetroffenen Vorhaben als solchem ab, sondern insbesondere aus der wegen des Deponieverkehrs zu erwartenden Zunahme des schweren Lastwagenverkehrs und den damit verbundenen Immissionen an den betroffenen Strassenabschnitten. Als Anwohner seien sie von der Zunahme des Lastwagenverkehrs in schutzwürdigen Interessen direkt und stärker betroffen als die Allgemeinheit und somit zur Einsprache und Ergreifung weiterer Rechtsmittel befugt.
Auch das Verwaltungsgericht geht davon aus, die Beschwerdeführer von Risch wohnten bezüglich der Erschliessung der geplanten Deponie an kritischen Stellen, weil die zu ihren Liegenschaften führende Kantonsstrasse bisher namentlich durch Lastwagen wenig befahren gewesen sei. Unter Berücksichtigung des Deponieprojekts sei im Jahresdurchschnitt über 365 Tage beim Stotzenacker neu mit einer Steigerung des DTV um 8.06% zu rechnen bzw. mit einer Steigerung pro Tag von bisher 670 Fahrzeugen um 60 Lastwagen. Auf der Strecke Landhus-Stotzenacker sei eine Steigerung des DTV von 2.28% bzw. eine Steigerung pro Tag von bisher 2'500 Fahrzeugen um 57 Lastwagen zu erwarten. Beim Stotzenacker ergebe sich eine Frequenz an 220 Betriebstagen mit je bloss 8 Betriebsstunden von täglich knapp 100 Fahrten bzw. von stündlich rund 12 Fahrten und beim Seefeld etwas weniger. Beim Strassenverkehrslärm sei die Erhöhung des Beurteilungspegels um 1 dB(A) gerade noch wahrnehmbar. Diese Zunahme entspreche einer Steigerung des durchschnittlichen täglichen Verkehrsaufkommens um rund 25%. Der prognostizierte Mehrverkehr liege unter 10%.
2.5 Das BAFU weist zutreffend darauf hin, dass die vom Verwaltungsgericht genannten Erfahrungsregeln, zu welchen sich auch das Bundesgericht geäussert hat (s. E. 2.3.2), für Situationen mit gleich bleibender Verkehrszusammensetzung gelten. Beim vorliegend zu beurteilenden Deponieverkehr ändere sich auf den betroffenen Strassen die Verkehrszusammensetzung, weil ausschliesslich der Lastwagen-Anteil zunehme. Die Lärmemissionen eines Lastwagens entsprächen denjenigen von 10 bis 15 Personenwagen. Zudem ändere sich durch den erhöhten Schwerverkehrsanteil die akustische Qualität des Verkehrsgeräusches. Diese Veränderung sei wahrnehmbar, selbst wenn die Erhöhung des Beurteilungspegels unter 1 dB(A) liege. Die vom Verwaltungsgericht genannten Erfahrungsregeln seien deshalb im vorliegenden Zusammenhang nicht anwendbar.
2.5.1 Der bundesgerichtliche Augenschein hat gezeigt, dass die Kantonsstrasse, von welcher die Deponiezufahrt abzweigt und an welcher ein Teil der Beschwerdeführer wohnt, heute kaum von Lastwagen befahren wird. Der Schwerverkehr zwischen Rotkreuz und Küssnacht a.R. wird im Wesentlichen über die Autobahn N 4 abgewickelt. Der Deponiebetrieb hängt zu einem beträchtlichen Teil von der Lieferung des Deponieguts über die Kantonsstrasse (Küssnachterstrasse) ab. Gemäss dem Umweltverträglichkeitsbericht (Kapitel 4.3 Verkehrsgrundlagen), welcher den vorinstanzlichen Entscheiden zugrunde liegt, sollten über 90% der Anlieferungen von Süden (Autobahnausfahrt Küssnacht a.R.) her erfolgen. Die Zufahrt aus Süden war via Kantonsstrasse, die Wegfahrt via Lendiswilerstrasse vorgesehen. Die übrigen 10% der Fahrten wären Richtung Nord über die Kantonsstrasse Holzhäusern-Risch erfolgt. Der Regierungsrat Zug entschied am 30. September 2008 im Rahmen des Rechtsmittel- und Genehmigungsverfahrens, dass die Erschliessung ohne Inanspruchnahme der Lendiswilerstrasse in Meierskappel (Gemeindestrasse) festzulegen sei, weil diese Strasse den gesetzlichen Anforderungen nicht entspreche. Nach dem genannten Entscheid des Regierungsrats muss die Deponiebetreiberin die Lieferanten verpflichten, die Deponie auf den kürzesten Weg vom übergeordneten Verkehrsnetz anzufahren und die Wegfahrt ebenso zu gestalten. Danach würden weiterhin rund 90% des Deponieverkehrs von bzw. nach Süden erfolgen, und zwar einzig über die Kantonsstrasse, nachdem die Lendiswilerstrasse nicht mehr zur Verfügung steht.
2.5.2 In Abweichung von diesem nach dem Umweltverträglichkeitsbericht wahrscheinlichen Verkehrsablauf spricht sich der Regierungsrat für eine Aufteilung des Lastwagenverkehrs auf drei Achsen aus: Vor dem Hintergrund, dass der Hauptanteil des Deponieguts aus dem nördlichen Teil des Einzugsgebiets stamme, wo sich rund 81% der Bevölkerung und der Arbeitsplätze befinden, soll sich der Deponieverkehr nach Ansicht des Regierungsrats gleichmässig auf zwei Achsen von Norden und eine Achse von Süden aufteilen. Zur Verfügung stehen von Norden her ab Autobahnanschluss Rotkreuz die Route Holzhäusern-Buonas-Risch und die Route Rotkreuz-Meierskappel-Risch. Von Süden wird die Deponie ab Autobahnanschluss Küssnacht a.R. über die Kantonsstrasse Richtung Risch erreicht. Das ergäbe für jede dieser Routen einen Anteil am gesamten Lastwagenverkehr von etwa 30% (je 7'150 Fahrten pro Jahr). Für diese Verkehrsverteilung spreche, dass der überwiegende Teil des Deponieguts aus dem Nordteil des Einzugsgebiets stamme. Für Lastwagen aus diesem Gebiet würde der Umweg von 5 km über die Autobahnausfahrt Küssnacht a.R. Mehrkosten von ca. Fr. 40.-- pro Fahrt bedeuten (Schwerverkehrsabgabe und LKW-Mehrbenützung). Dies führe bei einer voraussichtlichen Betriebsdauer von acht Jahren zu Zusatzkosten von insgesamt 5.75 Mio. Franken. Es sei somit aus wirtschaftlichen Gründen angezeigt, die erwähnten kürzeren Zufahrtsrouten von Norden her zu wählen. Ein Verkehrsanteil aus Süden von wesentlich über 30% erscheine somit als unwahrscheinlich. Da sich der Verkehr auf die drei beschriebenen Achsen gleichmässig verteile, sei auch keine relevante zusätzliche Belastung der Anwohner zu erwarten.
2.5.3 Diese Ausführungen des Regierungsrats im bundesgerichtlichen Verfahren sind nicht mit dem Umweltverträglichkeitsbericht, der zum Deponievorhaben ausgearbeitet wurde, vereinbar. Dieser Bericht geht von einem Verkehrsanteil von Süden her in der Grössenordnung von 90% aus. Die Feststellungen im Umweltverträglichkeitsbericht liegen auch den vorinstanzlichen Entscheiden zugrunde, soweit sie nicht - wie hinsichtlich der Benutzung der Lendiswilerstrasse - im Laufe des Verfahrens geändert wurden. Die Darlegungen des Regierungsrats zur gleichmässigen Aufteilung des Verkehrs auf drei Achsen finden in den Projektunterlagen keine Stütze. Die Erschliessung über die Kantonsstrasse und den Autobahnanschluss Küssnacht a.R. gewährleistet im Vergleich zu den beiden anderen Achsen die direkteste und sicherste Verbindung zum übergeordneten Strassennetz. Sie führt unter den Gesichtspunkten der Lärm- und Luftbelastung, der Verkehrssicherheit und der Rücksichtnahme auf bestehende Siedlungen zu deutlich weniger Beeinträchtigungen als die anderen vom Regierungsrat genannten Erschliessungsachsen. Es ist somit im Hinblick auf das in <ref-law> (SR 814.01) verankerte Vorsorgeprinzip bundesrechtlich geboten, den Deponieverkehr im Wesentlichen über den Autobahnanschluss Küssnacht a.R. abzuwickeln. Diese Erkenntnis liegt zu Recht auch dem Umweltverträglichkeitsbericht zugrunde. Eine gleichmässige Aufteilung der strassenmässigen Erschliessung auf drei Achsen, wovon zwei wegen ihrer Lage im Siedlungsgebiet von Meierskappel, Rotkreuz und Buonas/Risch für die Aufnahme des Deponieverkehrs nicht geeignet sind, ist mit dem Bundesumweltschutzrecht nicht vereinbar. Die Deponiebetreiberin wird deshalb im weiteren Verfahren auch verpflichtet werden müssen, die Zu- und Wegfahrten im Wesentlichen über diese Hauptachse von Küssnacht a.R. zu organisieren.
2.5.4 Der auf der Kantonsstrasse ab Autobahnausfahrt Küssnacht a.R. bis zur Abzweigung der Stockeristrasse entstehende Lastwagenverkehr erweist sich nach den zutreffenden Darlegungen des BAFU angesichts der erheblichen Veränderung der Verkehrszusammensetzung als deutlich wahrnehmbar, auch wenn die Lärmzunahme rein rechnerisch unter 1 dB(A) liegt. Dies trifft insbesondere auf die Liegenschaften Stotzenackerweg 1 und 3 zu, welche von der Lärmzunahme bei der Abzweigung der Stockeristrasse am stärksten betroffen sind. Diese Liegenschaften befinden sich mit direkter Sicht- und Hörverbindung leicht erhöht oberhalb des genannten Kreuzungsbereichs, über welchen 12 Lastwagen pro Stunde die Deponie bedienen. Eine durchschnittliche Lastwagenfrequenz von 5 Minuten ist in dieser ruhigen Wohngegend zweifellos wahrnehmbar, weshalb zumindest den in den genannten Liegenschaften wohnenden beschwerdeführenden C._ (Beschwerdeführerin 3) sowie Eheleuten H._ (Beschwerdeführer 8) die Einsprache- und Beschwerdebefugnis nicht abgesprochen werden durfte. Die Legitimation dieser Anwohner ist sowohl für das Nutzungsplanungsverfahren als auch für das Verfahren der Errichtungsbewilligung zu bejahen. Unter diesen Umständen kann offenbleiben, ob auch den übrigen Beschwerdeführenden, deren Wohnhäuser etwas weiter von der Verzweigung Küssnachterstrasse/Stockeristrasse entfernt liegen, die Einsprache- und Beschwerdebefugnis zukommt.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerden teilweise gutzuheissen sind und der angefochtene Entscheid aufzuheben ist. Die Sache ist zur neuen Beurteilung an den Regierungsrat zurückzuweisen (<ref-law>). Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat den Beschwerdeführern eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die bundesgerichtlichen Verfahren 1C_212/2009 und 1C_214/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden teilweise gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 31. März 2009 aufgehoben. Die Angelegenheit wird zu neuer Beurteilung an den Regierungsrat des Kantons Zug zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 4'000.-- werden der I._ AG auferlegt.
4. Die I._ AG hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der Baudirektion und dem Regierungsrat des Kantons Zug sowie dem Gemeinderat Risch, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Verwaltungsrechtliche Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag