Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 21. März 2007 befand das Bezirksstrafgericht Sense X._ der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 und 2 lit. c BetmG), begangen in der Zeit von Anfang Januar 2001 bis Ende Oktober 2002, und des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung (<ref-law>), begangen im September 2005, schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 18 Monaten, unter Aufschub des Vollzugs bei einer Probezeit von vier Jahren. Das Gericht sah es insbesondere als erstellt an, dass X._ durch den Verkauf seines in Litzistorf angebauten Hanfes in den Läden A._ und B._ in Kauf genommen hat, dass dieser Hanf als Betäubungsmittel verwendet wird. Vom Vorwurf des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung (<ref-law>), angeblich begangen im Juni 2005, sprach es X._ hingegen frei. Des Weiteren verurteilte es X._, dem Staat Freiburg eine Ersatzforderung von Fr. 50'000.-- zu bezahlen, und zog die beschlagnahmten Beträge unter Anrechnung an die Ersatzforderung ein. Der beschlagnahmte Hanf wurde zwecks Vernichtung eingezogen.
Das Kantonsgericht Freiburg, Strafappellationshof, wies die von X._ gegen dieses Urteil erhobene Berufung am 24. April 2008 ab und bestätige das erstinstanzliche Urteil.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Strafappellationshofes des Kantonsgerichts Freiburg vom 24. April 2008 sei aufzuheben, und er sei vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, angeblich begangen in der Zeit von Anfang Januar 2001 bis Ende Oktober 2002, freizusprechen, unter Wegfall der verfügten Ersatzforderung. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer wendet sich einzig gegen seine Verurteilung wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Nicht angefochten ist hingegen der Schuldspruch wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung (<ref-law>), begangen im September 2005.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Akkusationsprinzips. Er macht geltend, es sei widersprüchlich und damit willkürlich, den Verkauf von Hanf als Tee einerseits als unter lebensmittelrechtlichen Gesichtspunkten unbedenklich und andererseits als Betäubungsmitteldelikt zu qualifizieren. Da sich die Vorinstanzen mit diesem Argument nicht auseinandergesetzt hätten, hätten sie die Begründungspflicht als Ausfluss des Anspruchs auf rechtliches Gehör verletzt.
2.2 Die Vorinstanz hat in diesem Zusammenhang erwogen, der Beschwerdeführer verkenne, dass sich die Schwere des Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz aus der Qualifizierung als gewerbsmässiges Handeln herleite und nichts mit dem THC-Gehalt des Hanfs zu tun habe. So könne denn ein schwerer Verstoss gegen das Betäubungsmittelgesetz vorliegen und gleichzeitig ein leichter Verstoss gegen das Lebensmittelgesetz festgestellt werden, da bei der Qualifizierung im Lebensmittelrecht das Ausmass der Gefährdung der Gesundheit massgeblich sei. Aufgrund der offensichtlichen Verkennung der Rechtslage durch den Beschwerdeführer sei auch nicht ersichtlich, inwiefern die erste Instanz ihre Begründungspflicht verletzt haben soll, indem sie sich nicht näher mit dem Vorbringen des Beschwerdeführers befasst habe.
2.3 Der Anklagegrundsatz dient dem Schutz der Verteidigungsrechte der angeklagten Person und konkretisiert insofern das Prinzip der Gehörsgewährung (<ref-law> und Art. 6 EMRK). Der Anklageschrift kommt eine doppelte Bedeutung zu. Zum einen dient sie der Bestimmung des Prozessgegenstandes (Umgrenzungsfunktion), zum anderen vermittelt sie dem Angeklagten die für die Durchführung des Verfahrens und die Verteidigung notwendigen Informationen (Informationsfunktion), wobei die beiden Funktionen von gleichwertiger Bedeutung sind (<ref-ruling> E. 2c).
Der Beschwerdeführer hat zu Recht nicht behauptet, dass der Vorwurf der Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz mangelhaft formuliert worden wäre. Es wird nicht geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich, dass der Beschwerdeführer bei der Wahrnehmung seiner Verteidigungsrechte gegen diesen Vorwurf beeinträchtigt gewesen wäre. Eine Verletzung des Anklagegrundsatzes liegt demzufolge insoweit nicht vor.
Eine Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz im Sinne eines leichten Falls ist dem Gericht nicht zur Beurteilung überwiesen worden. Das Gericht hatte demnach diesen Tatbestand auch nicht zu prüfen, so dass nicht feststeht, ob es diesen bejaht hätte. Die Auffassung des Beschwerdeführers, dass eine Annahme eines leichten Falles beim Lebensmittelgesetz eine Einordnung des Sachverhalts beim Betäubungsmittelgesetz verhindere, ist eine blosse Subsumtionsfrage und hat mit dem Anklageprinzip nichts weiter zu tun.
2.4 Der Grundsatz des rechtlichen Gehörs als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (<ref-ruling> E. 3.3. mit Hinweisen).
Inwiefern die Vorinstanz die Begründungspflicht verletzt haben soll, ist nicht ersichtlich. Die Vorinstanz weist zutreffend darauf hin, dass der Beschwerdeführer nicht eine Frage der Anwendung des Anklagegrundsatzes aufwirft, sondern die Qualifizierung seines Verhaltens sowohl als leichten Verstoss gegen das Lebensmittelgesetz als auch als qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz kritisiert. Dass sich die Vorinstanz mit diesem nicht relevanten Argument nicht näher befasst hat, verletzt die Begründungspflicht nicht.
2.5 <ref-law> gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene kantonale Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar als zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 3.1).
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers vermag die Einstellung des Verfahrens wegen der angeblichen Verletzung des Lebensmittelgesetzes für das urteilende Gericht bei der Prüfung des Vorwurfs der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz keine bindende Wirkung zu entfalten. Vorliegend hat die Vorinstanz den Sachverhalt zutreffend unter das Betäubungsmittelgesetz subsumiert und dieses richtig angewendet. Im Übrigen sind die Straftatbestände in den beiden angesprochenen Gesetzen völlig unterschiedlich formuliert und stellen das Ergebnis gesetzgeberischer Entscheide auf Bundesebene dar, zu welchen sich das Bundesgericht nicht zu äussern hat. Es ist demnach nicht ersichtlich, dass der Entscheid der Vorinstanz in willkürlicher Rechtsanwendung erfolgt wäre.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, da sie seinen Beweisantrag, Dr. med. C._ Kantonsarzt des Kantons Basel-Stadt, und Dr. iur. D._, Abteilungsleiterin der Gesundheitsdienste, als Zeugen einzuvernehmen, abgewiesen habe. Der Beschwerdeführer präzisiert, die beiden Personen hätten sich zu dem von ihnen verfassten Schreiben des Sanitätsdepartements des Kantons Basel-Stadt von April 2002 äussern können. Für jeden unbefangenen Leser dieses Schreibens sei nämlich offensichtlich, dass die lokalen Behörden den Verkauf von Cannabis-Produkten unter gewissen Bedingungen tolerierten. Mit der Abweisung seines Beweisantrags sei es ihm im Ergebnis verunmöglicht worden, sein fehlendes Unrechtsbewusstsein im Zeitpunkt der Tat aufzuzeigen und sich auf <ref-law> zu berufen. Schliesslich habe die Vorinstanz in Verletzung der Begründungspflicht nicht dargelegt, weshalb die Hanfpolitik des Kantons Basel-Stadt nicht massgeblich gewesen sein soll.
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die erste Instanz habe in ihrem Urteil zum Schreiben des Sanitätsdepartements des Kantons Basel-Stadt von April 2002 Stellung bezogen und klargestellt, dass der Beschwerdeführer nicht davon habe ausgehen können, dass die Bestimmungen des Betäubungsmittelgesetzes keine Anwendung fänden, sei doch in besagtem Schreiben ausdrücklich darauf hingewiesen worden, dass der Verkauf von Cannabis nach wie vor verboten sei. Die Vorinstanz betont weiter, das Recht, Entlastungszeugen zu laden und zu befragen, sei relativer Natur. Das Gericht könne Begehren auf Befragung von Entlastungszeugen abweisen, wenn es in antizipierter Beweiswürdigung zum Schluss gelange, diese Einvernahmen würden keine weiteren entscheiderheblichen Erkenntnisse bringen. Die damalige lokale Hanfpolitik, zu welcher sich die beiden Zeugen hätten äussern können, sei für die rechtliche Beurteilung des Sachverhalts jedoch nicht von Bedeutung. Die erste Instanz habe daher ohne Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör den Beweisantrag des Beschwerdeführers abweisen können.
3.3 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör folgt, dass das Gericht rechtzeitig und formrichtig angebotene erhebliche Beweismittel abzunehmen hat. Es kann jedoch einen Beweisantrag ablehnen, wenn es willkürfrei annehmen durfte, dass weitere Beweisvorkehren an der Würdigung der bereits abgenommenen Beweise voraussichtlich nichts mehr ändern würden bzw. für den Ausgang des Verfahrens nicht von Bedeutung sind (<ref-ruling> E. 3).
Der Entscheid der Vorinstanz, auf die Einvernahme der beiden beantragten Zeugen zu verzichten, ist nicht zu beanstanden. Wie die Vorinstanz zu Recht erörtert hat, ergibt sich aus dem Schreiben des Sanitätsdepartements des Kantons Basel-Stadt von April 2002, dass der Handel mit und der Verkauf von Cannabis nach wie vor verboten sind. Bei dieser Formulierung bestand mithin für die Leser kein Interpretationsspielraum, weshalb die Vorinstanz willkürfrei annehmen durfte, dass sich durch die Befragung der beiden Verfasser des Schreibens am Beweisergebnis nichts geändert hätte.
Die Vorinstanz hat zudem zutreffend erwogen, dass die Drogenpolitik des Kantons Basel-Stadt für die Strafbarkeit des Beschwerdeführers nicht massgeblich ist und dieser sich gestützt auf die vorinstanzlichen Ausführungen ohne weiteres ein Bild machen konnte, welche Überlegungen das Gericht seinem Entscheid zugrunde gelegt hat. Eine Verletzung der Begründungspflicht als Ausfluss des Anspruchs auf rechtliches Gehör liegt damit nicht vor. Im Übrigen beruft sich der Beschwerdeführer anders als im vorinstanzlichen Verfahren nicht mehr auf Rechtsirrtum.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer sieht schliesslich <ref-law> als verletzt an, da die ausgesprochene Probezeit von vier Jahren unverhältnismässig lange sei. Sein Alter und die Tatsache, dass er nicht vorbestraft sei, sprächen für eine kurze Bemessung der Probezeit, und aus dem angefochtenen Entscheid gehe in keiner Weise hervor, weshalb seine Persönlichkeit und sein Charakter eine solch lange Probezeit rechtfertigen würden. Das Urteil betreffe zudem Handlungen, welche einige Jahre zurücklägen. Das gegen ihn geführte Strafverfahren für die Zeitperiode nach Oktober 2002 sei rechtskräftig eingestellt worden. Damit habe er den Tatbeweis erbracht, dass er sich im Rahmen seiner beruflichen Tätigkeit sehr wohl an die Gesetze halten könne.
4.2 Die Vorinstanz hat ausgeführt, der Beschwerdeführer baue nach wie vor Hanf an, weshalb die Gefahr, rückfällig zu werden, latent vorhanden sei. Im September 2005 habe der Beschwerdeführer zudem entgegen einer behördlichen Verfügung 1'200 Hanfpflanzen geerntet. Von einem Wohlverhalten seit mehr als fünf Jahren könne somit keine Rede sein. Eine Probezeit von vier Jahren sei daher angemessen.
4.3 Schiebt das Gericht den Vollzug einer Strafe ganz oder teilweise auf, so bestimmt es dem Verurteilten eine Probezeit von zwei bis fünf Jahren (<ref-law>).
Welche Bewährungsfrist innerhalb dieses Rahmens als angemessen zu gelten hat, entscheidet sich nach den Umständen des Einzelfalles, insbesondere nach der Persönlichkeit und dem Charakter des Verurteilten sowie der Gefahr seiner Rückfälligkeit. Je grösser diese Gefahr ist, desto länger ist die Probezeit zu bemessen.
Die Vorinstanz hat zutreffend festgehalten, dass der Beschwerdeführer des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung (<ref-law>), begangen im September 2005 im Zusammenhang mit dem Nichtbefolgen von Weisungen für den von ihm getätigten Hanfanbau, schuldig gesprochen worden ist. Damit bestehen gewisse Zweifel an seinem künftigen Wohlverhalten, zumal er offenbar weiterhin Hanf anbaut. Mit der Festsetzung der Probezeit auf vier Jahre hat die Vorinstanz deshalb das ihr zustehende Ermessen nicht überschritten.
5. Die Beschwerde ist folglich vollumfänglich abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. November 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Stohner