Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der IR-Marke Nr. 000 AFRI-COLA (Wortmarke) mit Priorität der am 15. Juli 2003 in Deutschland hinterlegten Basiseintragung. Die Beschwerdeführerin beantragte den Schutz dieser Marke für das Gebiet der Schweiz für folgende Waren: Mélanges à tartiner essentiellement fabriqués à base de produits compris dans la classe (Klasse 29), café, thé, cacao, sucre, riz, tapioca, sagou, succédanés de café; farines et préparations faites de céréales; pain, pâtisserie et confiserie; miel, sirop de mélasse; levure, poudre pour faire lever; sel; moutarde; vinaigre, sauces (condiments); épices; glace à rafraîchir; glaces comestibles et préparations essentiellement à base de glaces comestibles; crèmes glacées, glaces à la crème, sorbets, vacherins; sucreries, chocolat, produits au chocolat y compris les produits au chocolat fourrés; pralines, y compris celles fourrées aux fruits, au café, aux boissons sans alcool, au vin et/ou autres spiritueux ainsi que celles à base de lait ou produits laitiers, notamment de yaourt; pâtisseries de longue conservation, notamment gâteaux prêts à la consommation et gaufres, bonbons (Klasse 30).
A.b Mit Schreiben vom 15. März 2005, irrtümlich datiert auf den 15. August 2005, erliess das Institut für Geistiges Eigentum (IGE; Beschwerdegegner) eine "Notification de refus provisoire total (sur motifs absolus)" mit der Begründung, AFRI-COLA sei für die beanspruchten Waren beschreibend, allenfalls täuschend. Einerseits sei AFRI eine geografische Herkunftsangabe, andererseits weise COLA für Extrakte aus dem Kolabaum bzw. der Kolanuss auf einen Bestandteil der gekennzeichneten Ware hin. Als Ganzes werde das Zeichen ohne Fantasieaufwand als "Extrakt der afrikanischen Kolanuss" verstanden und gehöre deshalb zum Gemeingut. Für Waren, die nicht aus Afrika stammten, sei AFRI-COLA zudem täuschend.
Mit Verfügung vom 11. Januar 2006 verweigerte das IGE der IR-Marke Nr. 000 AFRI-COLA definitiv den Schutz für die beanspruchten Waren.
B. B.a Die Beschwerdeführerin erhob gegen diese Verfügung Beschwerde an die damalige Eidgenössische Rekurskommission für geistiges Eigentum. Per 1. Januar 2007 wurde das Verfahren an das Bundesverwaltungsgericht überwiesen.
Mit Verfügung vom 30. November 2007 wurden die Parteien aufgefordert, beweiskräftige Belege zur Beantwortung von drei Sachverhaltsfragen im Zusammenhang mit der bestrittenen Qualifikation der Marke AFRI-COLA als irreführend bzw. als Gemeingut für die beanspruchten Waren der Klasse 29 und 30 einzureichen.
Die Beschwerdeführerin antwortete mit Schreiben vom 17. Januar 2008, dass sie für die Beantwortung dieser Sachverhaltsfragen keine Mitwirkungspflicht treffe, weshalb sie auf die Einreichung von Beweismitteln verzichte.
Mit Schreiben vom 18. Februar 2008 reichte das IGE Belege über Fair trade- und Entwicklungshilfeprojekte in Afrika, Auszüge aus dem Datenbanksystem der Eidgenössischen Zollverwaltung im Bereich Aussenhandelsstatistik ("Swiss-Impex") für das Jahr 2007 sowie Auszüge aus dem schweizerischen Pressearchiv ("Swissdox") ein.
B.b Mit Urteil vom 1. Oktober 2008 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut; es hob Ziff. 1 der Verfügung vom 11. Januar 2006 teilweise auf und wies das IGE an, die Marke AFRI-COLA für die Waren glace à rafraîchir, glaces comestibles et préparations essentiellement à base de glaces comestibles, crèmes glacées, glaces à la crème, sorbets, vacherins, tapioca, pain, pâtisserie et confiserie, sirop de mélasse, levure, poudre pour faire lever, sauces (condiments), miel, moutarde, vinaigre, sucreries, chocolat, produits au chocolat y compris les produits au chocolat fourrés, pralines, y compris celles fourrées aux fruits, au café, aux boissons sans alcool, au vin et/ou autres spiritueux ainsi que celles à base de lait ou produits laitiers, notamment de yaourt, pâtisseries de longue conservation, notamment gâteaux prêts à la consommation et gaufres und bonbons (Klasse 30) ins Markenregister einzutragen. Im Übrigen wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab und bestätigte die angefochtene Verfügung.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. Oktober 2008 betreffend die internationale Registrierung Nr. 000 aufzuheben, soweit er die von dieser Registrierung beanspruchten Waren nicht zum Markenschutz zulasse, d.h. für mélanges à tartiner essentiellement fabriqués à base de produits compris dans la classe (Klasse 29), café, thé, sagou, sel, sucre, riz, cacao, épices, farines et préparations faites de céréales und succédanés de café (Klasse 30), und diese Registrierung sei in der Schweiz für alle beanspruchten Waren zuzulassen. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin die Aufhebung des angefochtenen Entscheids sowie die Rückweisung zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, subeventualiter an das IGE.
Das IGE schliesst in seiner Antwort auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 In der vorliegenden Registersache ist nach Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG die Beschwerde in Zivilsachen das zulässige Rechtsmittel. Als Vorinstanz hat das Bundesverwaltungsgericht entschieden (<ref-law>). Der Entscheid erging nicht im Rahmen des Widerspruchsverfahrens (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Begehren vor der Vorinstanz teilweise unterlegen und damit formell zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Da sie den gewünschten Markenschutz für ihr Zeichen nicht für alle beanspruchten Waren erhalten hat, ist sie auch materiell beschwert (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren betreffend die internationale Registrierung Nr. 000 ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (<ref-law>). Die Beschwerdefrist von 30 Tagen (<ref-law>) wurde eingehalten. Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3). Auf die Beschwerde ist demnach einzutreten, soweit zulässige Rügen (<ref-law>) erhoben und rechtsgenügend begründet (Art. 42 und Art. 106 BGG) sind.
1.2 Das IGE hat das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. Oktober 2008 nicht angefochten. Soweit die Vorinstanz die Beschwerde gegen die Verfügung des IGE vom 11. Januar 2006 gutgeheissen und der Marke AFRI-COLA für bestimmte Waren die Schutzfähigkeit zuerkannt hat, ist der Entscheid vom 1. Oktober 2008 in Rechtskraft erwachsen. Im vorliegenden Beschwerdeverfahren ist nurmehr zu prüfen, ob das Zeichen AFRI-COLA auch für die Waren mélanges à tartiner essentiellement fabriqués à base de produits compris dans la classe (Klasse 29), café, thé, sagou, sel, sucre, riz, cacao, épices, farines et préparations faites de céréales und succédanées de café (Klasse 30) zum Markenschutz zuzulassen sei.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.3 Die Beschwerdeführerin beruft sich vor Bundesgericht erstmals auf die Bekanntheit des Zeichens AFRI-COLA als Getränkemarke und macht sinngemäss eine Verkehrsdurchsetzung für die beanspruchten Waren geltend. Mit dieser neuen Behauptung ist sie nicht zu hören.
3. Sowohl Deutschland als auch die Schweiz sind Vertragsstaaten des Madrider Abkommens über die internationale Registrierung von Marken (MMA; SR 0.232.112.3; revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967). Beide Staaten sind auch dem Protokoll vom 27. Juni 1989 zum Madrider Abkommen über die internationale Registrierung von Marken (MMP; SR 0.232.112.4) beigetreten. Art. 9sexies Abs. 1 MMP sieht vor, dass für Staaten, die sowohl an das MMA als auch an das MMP gebunden sind, nur noch die Bestimmungen des MMP anwendbar sind; der Vorrang des MMA wird durch den Vorrang des MMP ersetzt. Nach Art. 5 Abs. 1 MMP darf die Behörde einer Vertragspartei einer international registrierten Marke den Schutz nur aus Gründen verweigern, die nach der Pariser Verbandsübereinkunft zum Schutz des gewerblichen Eigentums, revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967 (PVÜ; SR 0.232.04) vorgesehen sind. Dazu gehören nach Art. 6quinquies lit. B Ziff. 2 und 3 PVÜ namentlich die Fälle, in denen die Marke jeder Unterscheidungskraft entbehrt, als Gemeingut anzusehen ist oder gegen die guten Sitten verstösst, insbesondere zu Täuschungen des Publikums Anlass gibt. Diese zwischenstaatliche Regelung entspricht den in <ref-law> (SR 232.11) vorgesehenen Ablehnungsgründen, wonach namentlich Zeichen, die Gemeingut sind (lit. a), sowie irreführende Zeichen (lit. c) vom Markenschutz ausgeschlossen sind (<ref-ruling> E. 2 S. 457 mit Hinweisen).
3.1 Als Gemeingut nach <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen sind auch geografische Herkunftsangaben (Art. 6quinquies lit. B Ziff. 2 PVÜ. Vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 S. 458 mit Hinweisen). Darunter fallen nach <ref-law> direkte oder indirekte Hinweise auf die geografische Herkunft von Waren oder Dienstleistungen, einschliesslich Hinweise auf die Beschaffenheit oder auf Eigenschaften, die mit der Herkunft zusammenhängen. Jedem Produzenten muss es möglich sein, auf die Herkunft seiner Waren oder Dienstleistungen hinzuweisen. Herkunftsangaben gelten daher solange als freihaltebedürftig, als nicht ausgeschlossen werden kann, dass sich weitere Produzenten oder sonstige Anbieter im entsprechenden Gebiet niederlassen. Unmittelbare Herkunftsangaben, also die Namen von Städten, Ortschaften, Talschaften, Regionen, Ländern und Erdteilen bilden daher Gemeingut und sind nicht eintragungsfähig (vgl. EUGEN MARBACH, Markenrecht, in: Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht [SIWR], Bd. III, 1996, S. 52 f.; KARL-HEINZ FEZER, Markenrecht, 3. Aufl., München 2001, N. 205 f. zu § 8 MarkenG). Dies gilt nicht bloss soweit solche geografische Bezeichnungen von den massgeblichen Verkehrskreisen aktuell mit der betreffenden Warengruppe in Verbindung gebracht werden können, sondern auch soweit sie künftig von den betroffenen Unternehmen als Herkunftsangabe für diese verwendet werden könnten (<ref-ruling> E. 2.1 S. 458 mit Hinweisen).
Nicht als Herkunftsangabe gelten nach <ref-law> geografische Namen und Zeichen, die von den massgebenden Verkehrskreisen nicht als Hinweis auf eine bestimmte Herkunft der Waren oder Dienstleistungen verstanden werden (dazu <ref-ruling> E. 2.1 S. 458 ff.).
3.2 Irreführend ist eine Marke unter anderem dann, wenn sie eine geografische Angabe enthält oder gar ausschliesslich aus einer geografischen Bezeichnung besteht, und damit den Käufer zur Annahme verleitet, die Ware stamme aus der Gegend, dem Land oder von dem Ort, auf den die Angabe hinweist, obschon das in Wirklichkeit nicht zutrifft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 772; <ref-ruling> E. 2.2 S. 460 f.; <ref-ruling> E. 1a S. 328; je mit Hinweisen).
3.3 Das Bundesgericht prüft als Rechtsfrage grundsätzlich frei, wie der massgebende Adressatenkreis für die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen abzugrenzen ist und wie die Adressaten aufgrund der erwarteten Aufmerksamkeit das Zeichen wahrnehmen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 551; <ref-ruling> E. 4 S. 347; je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4b S. 317). Es beurteilt demnach als Rechtsfrage, welchen Sinngehalt der durchschnittlich aufmerksame schweizerische Konsument dem Zeichen AFRI-COLA beimisst und ob dieses irreführend ist. Der Einwand der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe ihr zu Unrecht die Beweislast für das Fehlen einer Herkunftserwartung auferlegt, verfängt nicht. Das Bundesverwaltungsgericht hat aufgrund verschiedener Tatsachenfeststellungen (insbesondere unter Berücksichtigung der Importstatistik "Swiss-Impex") erwogen, dass das Zeichen AFRI-COLA bezüglich mélanges à tartiner essentiellement fabriqués à base de produits compris dans la classe (Klasse 29), café, thé, sagou, sel, sucre, riz, cacao, épices und farines et préparations faites de céréales (Klasse 30) eine Herkunftsangabe im Sinne von <ref-law> darstelle, die irreführend sei, weil sie die Käuferschaft zur Annahme verleite, die Ware stamme aus Afrika. Diese rechtliche Würdigung unterliegt - im Gegensatz zu den dem angefochtenen Entscheid zugrundeliegenden Sachverhaltsfeststellungen (<ref-law>) in Form von Indizien - der Prüfung durch das Bundesgericht. Die Beschwerdeführerin ist demnach mit ihrer Rüge zu hören, das Zeichen AFRI-COLA sei keine Herkunftsangabe.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin bringt zur Begründung ihrer Rüge vor, die Wahrnehmung des Zeichens AFRI-COLA sei entgegen der Ansicht der Vorinstanz im Hinblick auf die angebliche Herkunftserwartung bezüglich aller beanspruchter Waren gleich. Die von der Vorinstanz vorgenommene Unterscheidung in zugelassene und zurückgewiesene Waren erscheine willkürlich. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin verbinden die massgebenden Verkehrskreise mit dem Zeichen AFRI-COLA ungeachtet der damit gekennzeichneten Waren keine Herkunftsangabe, sondern es werde von den Abnehmern als Fantasiebezeichnung aufgefasst. Wie die Vorinstanz für die zugelassenen Waren zutreffend festgehalten habe, würden die Abnehmer das Zeichen AFRI-COLA insgesamt nicht mit einer Herkunftserwartung im Sinne eines afrikanischen Produktions- und Handelsorts verbinden. Diese Ansicht müsse auch für die im angefochtenen Entscheid noch zurückgewiesenen Waren gelten. Der gegenteilige Standpunkt der Vorinstanz, der sich im Wesentlichen auf die Importstatistik "Swiss-Impex" sowie auf entsprechende Angaben von zwei Fair Trade-Unternehmen stütze, sei unzutreffend; der Schluss von der Zollstatistik auf die Verkehrserwartung überzeuge nicht.
4.2 Die Vorinstanz hat im ersten Teil des Zeichens AFRI-COLA zutreffend eine Wortabwandlung von "Afrika" erblickt, die durch Weglassen der beiden letzten Buchstaben entstanden ist. Sie hat zu Recht erwogen, dass der Zeichenbestandteil AFRI ein bekanntes und verbreitetes Wortbildungselement ist, um auf den Begriff "Afrika" hinzuweisen, während andere Bedeutungen den massgebenden Verkehrskreisen kaum bekannt sein dürften. Dass das fragliche Zeichen von den Abnehmern als Fantasiebezeichnung und nicht als Hinweis auf eine bestimmte Weltgegend aufgefasst werden soll, wie dies die Beschwerdeführerin behauptet, ist nicht ersichtlich und wird in der Beschwerdeschrift auch nicht näher begründet. Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, vermag der Zeichenbestandteil COLA den Gesamteindruck der Marke nicht derart zu verändern, dass eine Herkunftserwartung ausgeschlossen würde.
Die Marke AFRI-COLA enthält demnach den Hinweis auf einen bestimmten Erdteil, der unbestrittenermassen allgemein bekannt ist. Eine solche geografische Angabe weckt beim Käufer der damit bezeichneten Ware im Allgemeinen die Vorstellung, die bezeichnete Ware stamme aus der Gegend, auf die hingewiesen wird (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 772; <ref-ruling> E. 2.2 S. 460; <ref-ruling> E. 1 S. 80; <ref-ruling> E. 3 S. 571). Dies gilt grundsätzlich unabhängig davon, ob und in welchem Ausmass entsprechende Erzeugnisse tatsächlich aus dieser Gegend in die Schweiz eingeführt werden. Wie die Beschwerdeführerin zu Recht vorbringt, lassen die berücksichtigten Aussenhandelsstatistiken entgegen der Annahme der Vorinstanz gerade im Hinblick auf die konkret zu beurteilenden Waren, die überwiegend von durchschnittlichen Konsumenten gekauft werden, keine unmittelbaren Rückschlüsse auf die Herkunftserwartung zu. Dennoch ist die Vorinstanz im Ergebnis zu Recht von einer Herkunftserwartung im Sinne eines afrikanischen Produktions- bzw. Handelsorts ausgegangen. Soweit die Bezeichnung nicht bereits aktuell mit der beanspruchten Warengruppe in Verbindung gebracht werden sollte, ist angesichts der Grösse und Vielfältigkeit des afrikanischen Kontinents jedenfalls davon auszugehen, dass sie nach der nicht ausserhalb jeder Wahrscheinlichkeit liegenden künftigen Entwicklung der wirtschaftlichen Verhältnisse in verschiedenen Ländern dieses Erdteils ernsthaft in Betracht fällt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 458). Damit ist die Marke grundsätzlich geeignet, den Käufer zur Annahme zu verleiten, die Waren stammten aus einem afrikanischen Land, obschon das in Wirklichkeit nicht zutrifft (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 460).
Abgesehen davon, dass die geografische Angabe keinen erkennbaren Fantasiecharakter aufweist, ist auch kein anderer von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung anerkannter Grund ersichtlich, der ausschliessen würde, dass das Zeichen AFRI-COLA als Herkunftsangabe aufgefasst werden könnte (dazu namentlich die Fallgruppen gemäss <ref-ruling> E. 2.1.1-2.1.6 S. 459 ff.). So hat das Bundesverwaltungsgericht richtig erkannt, dass die geografische Angabe AFRI weder einen klar erkennbaren Symbolgehalt aufweist noch als Typen- bzw. Gattungsbezeichnung für die beanspruchten Waren aufgefasst werden kann. Ebenso wenig kann davon ausgegangen werden, dass der bezeichnete Kontinent in den Augen der massgeblichen Schweizer Abnehmerkreise offensichtlich nicht als Produktions- oder Handelsort in Frage kommt, wie dies etwa bei Namen von unbesiedelten Gegenden oder von Bergen, Seen und Flüssen grundsätzlich der Fall ist (<ref-ruling> E. 2.1.3 S. 459). Dass sich die Herkunftsangabe im Verkehr als Kennzeichen für das Unternehmen der Beschwerdeführerin durchgesetzt hätte, macht diese im Übrigen erstmals vor Bundesgericht sinngemäss geltend, weshalb sie damit nicht zu hören ist (siehe vorn E. 2.3).
4.3 Aufgrund des Gesagten ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass das Zeichen AFRI-COLA bezüglich der im vorliegenden Beschwerdeverfahren noch streitigen Waren mélanges à tartiner essentiellement fabriqués à base de produits compris dans la classe (Klasse 29), café, thé, sagou, sel, sucre, riz, cacao, épices und farines et préparations faites de céréales (Klasse 30) eine irreführende Herkunftsangabe darstellt, weil es die Käuferschaft zur Annahme verleitet, diese stammten aus Afrika, obwohl dies in Wirklichkeit nicht zwingend der Fall ist. Dies gilt auch für die zurückgewiesene Ware succédanés de café, für welche die Vorinstanz eine Herkunftserwartung zu Unrecht allein deshalb verneint hat, weil diese in der Regel nicht aus Afrika in die Schweiz importiert werde, weshalb die Importzahlen nach den Auszügen aus der Zollstatistik "Swiss-Impex" entsprechend tief seien. Die Marke AFRI-COLA ist demnach aufgrund der geografischen Angabe auch für succédané de café irreführend und daher nicht zum Markenschutz zuzulassen. Bei diesem Ergebnis erübrigt es sich darauf einzugehen, ob die Vorinstanz das Zeichen der Beschwerdeführerin aufgrund des Bestandteils COLA für diese Ware zu Recht als sachlich irreführend erachtet hat.
5. Aus den genannten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen werden keine zugesprochen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Leemann