Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ sind Eigentümer eines Zweifamilienhauses an der A._strasse auf der Forch, Gemeinde Küsnacht/ZH. Die eine Wohnung wird von den Eigentümern genutzt, die andere ist vermietet. Die Liegenschaft befindet sich in der Anflugschneise der Piste 34 des Flughafens Zürich-Kloten.
In der Steuererklärung 2003 deklarierten die Eheleute X._ gegenüber den Formelwerten von Fr. 50'316.-- bzw. Fr. 1'757'000.-- gemäss der im Jahr 2003 erfolgten Neubewertung einen um 30 % verminderten (Brutto-)Eigenmietwert von Fr. 31'640.-- und einen im gleichen Umfang herabgesetzten Vermögenssteuerwert von Fr. 1'229'000.--. Zur Begründung führten sie Lärmimmissionen an, welchen ihre Liegenschaft wegen verstärkter Flugbewegungen (Südanflüge) seit Ende Oktober 2003 ausgesetzt sei. Analoge Abzüge von 30 % nahmen die Steuerpflichtigen in der Steuerklärung 2004 vor.
Mit Einschätzungs- bzw. Einspracheentscheiden vom 16. Oktober 2006 bzw. 3. Mai 2007 hielt das Kantonale Steueramt an den Formelwerten fest und schätzte die Steuerpflichtigen entsprechend ein.
Gegen den Einspracheentscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gelangten die Steuerpflichtigen an die Steuerrekurskommission des Kantons Zürich, welche - nach Beizug sämtlicher Handänderungsanzeigen an unüberbauten Grundstücken in den Jahren 2002-2004, der Grundlagen zur Weisung des Regierungsrates 2003 an die Steuerbehörden über die Bewertung von Liegenschaften und die Festsetzung der Eigenmietwerte ab Steuerperiode 2003, Durchführung eines Augenscheins sowie Beizug des Lageklassenplans der Gemeinde Maur/ZH - den Rekurs wegen Verletzung des Gebotes der rechtsgleichen Behandlung (<ref-law>) guthiess und die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an das kantonale Steueramt zurückwies.
Das daraufhin vom Kantonalen Steueramt angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess dessen Beschwerde gut, hob den Entscheid der Steuerrekurskommission auf und bestätigte die Einschätzung gemäss Einspracheentscheiden.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Eheleute X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den Entscheid der Steuerrekurskommission wiederherzustellen.
Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch den Entscheid besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht worden. Sie richtet sich gegen einen von einer letzten oberen kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor.
1.2 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht prüft frei, ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt (<ref-law>). Soweit sich die Besteuerung nach kantonalem Recht richtet, prüft es dessen Anwendung nur unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten, namentlich auf Willkür (<ref-law>) hin. Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht nach <ref-law>, das heisst, das Bundesgericht prüft nur die ausdrücklich erhobenen und ausreichend begründeten Rügen.
1.3 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
1.4 Angefochten ist eine Steuerveranlagung betreffend die direkten Steuern des Kantons. Der kassatorische Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung ist zulässig, soweit das Bundesgericht nicht in der Sache selber entscheiden könnte oder soweit sich aus der Beschwerde zweifelsfrei ergibt, was die Beschwerdeführer anstreben (<ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2). Der Antrag auf Wiederherstellung des durch das angefochtene Urteil ersetzten Entscheides der Steuerrekurskommission kann in diesem Sinne als materieller Antrag entgegengenommen werden.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung ihres Anspruches auf Gewährung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Diese erblicken sie darin, dass die Vorinstanz die von ihnen in ihrer Rekursschrift vom 31. Mai 2007 (d.h. in ihrer Eingabe an die Steuerrekurskommission) anerbotenen Beweise bezüglich der bestehenden Preisdifferenzen zwischen Küsnacht-Dorf und Küsnacht-Berg - namentlich ein Zeuge und zwei einzuholende Amtsberichte - nicht abgenommen hat.
2.2 Die Steuerrekurskommission hat die erwähnten Beweisofferten in antizipierter Beweiswürdigung abgelehnt bzw. nach vergeblichen Bemühungen beim Grundbuchamt auf einen solchen Beweis verzichtet. In ihrer Beschwerdeantwort an die Vorinstanz haben die Beschwerdeführer für den Fall, dass das Verwaltungsgericht die in Frage stehenden Boden-Preisunterschiede als nicht dargetan erachte, lediglich beantragt, dass die Sache an die Rekurskommission zur Einholung eines Gutachtens über die Bodenpreise ausgewählter Grundstücke in den beiden Ortsteilen zurückgewiesen werde. Da sie indessen ihre früheren Beweisanträge vor der Vorinstanz nicht erneuert haben, brauchte sie sich mit diesen nicht näher zu befassen. Ob damit auf die Rüge von vornherein nicht einzutreten wäre (vgl. <ref-law>), kann offen bleiben. Denn die Vorinstanz durfte aufgrund der umfangreichen Sachverhaltsermittlungen der Steuerrekurskommission davon ausgehen, dass sich die genauen Unterschiede des Preisniveaus zwischen Küsnacht-Dorf und Küsnacht-Berg mangels vergleichstauglicher Transaktionen nicht ermitteln lassen. Sie hat im Übrigen die Feststellung der Steuerrekurskommission, dass die Landpreise für die besten Lagen im Dorf Küsnacht höher seien als auf der Forch nicht in Frage gestellt. Wenn die Beschwerdeführer weiterhin geltend machen, auch die Landpreise für die gleichen Lageklassen zugeteilten Grundstücke seien in Küsnacht-Dorf deutlich höher als auf der Forch, hätten sie dafür im vorinstanzlichen Verfahren nähere Anhaltspunkte vorbringen müssen, zumal die Erhebungen der Steuerrekurskommission einen solchen Befund nicht erbrachten. Jedenfalls kann aufgrund einer allgemeinen Aussage des Notars vom 18. Oktober 2007, dass die Preise in Küsnacht-Dorf und Küsnacht-Berg völlig verschieden seien, nicht auf solche Unterschiede innerhalb der gleichen Lageklasse geschlossen werden. Eine Gehörsverletzung liegt unter diesen Umständen nicht vor.
3.1 3.1.1 Alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, unterliegen der Einkommenssteuer (Art. 7 Abs. 1 StHG). Mit dieser Regelung ist den Kantonen die Besteuerung des Eigenmietwertes von Grundstücken ausdrücklich vorgeschrieben.
Während bei der direkten Bundessteuer der Mietwert der selbstgenutzten Wohnung ausschliesslich nach dem objektiven Marktwert festgelegt wird - der sich jedoch innerhalb einer gewissen Bandbreite bewegen darf - kann der Eigenmietwert für die kantonalen Steuern tiefer angesetzt werden, sofern er im Einzelfall die verfassungsrechtliche Untergrenze von 60 % der Marktmiete nicht unterschreitet. In dieser Bandbreite enthält Art. 7 Abs. 1 StHG für die Kantone bei der Bemessung des Eigenmietwertes grundsätzlich keine engeren Schranken, als sich schon aus dem verfassungsrechtlichen Gleichbehandlungsgebot von <ref-law> und den Besteuerungsgrundsätzen von <ref-law> ergeben. Der kantonale Gesetzgeber verfügt daher über einen entsprechenden Gestaltungsspielraum (<ref-ruling> E. 3.3, mit Hinweisen).
3.1.2 Das Steuerharmonisierungsgesetz schreibt den Kantonen ebenfalls zwingend vor, von den natürlichen Personen eine Vermögenssteuer zu erheben (Art. 2 Abs. 1 lit. a) und das Vermögen, insbesondere die nicht land- oder forstwirtschaftlich genutzten Grundstücke (vgl. Art. 14 Abs. 2), zum Verkehrswert zu bewerten; dabei kann der Ertragswert angemessen berücksichtigt werden (Art. 14 Abs. 1). Abweichungen vom Grundsatz der Verkehrswertbewertung sind in Art. 14 Abs. 2 und 3 StHG abschliessend aufgezählt. Nach welchen Regeln der Verkehrswert zu ermitteln ist, sagt das Gesetz nicht. Den Kantonen verbleibt sowohl bei der Wahl der anzuwendenden Methode als auch in der Frage, ob und in welchem Mass der Ertragswert in die Bewertung einbezogen werden soll ("Kann-Vorschrift"), ein grosser Regelungs- und Anwendungsspielraum, wobei sie eigentumspolitische Aspekte mit berücksichtigen können. Dies kann im Ergebnis dazu führen, dass die so festgelegten Steuerwerte auch unter der Herrschaft des Steuerharmonisierungsgesetzes allgemein mehr oder weniger deutlich unter dem effektiven Verkehrs- oder Marktwert liegen. Unzulässig wäre immerhin eine reine Ertragswertbewertung bei nicht land- oder forstwirtschaftlich genutzten Grundstücken (<ref-ruling> E. 3.6, mit Hinweisen).
3.2 Eine mathematisch exakte Gleichbehandlung jedes einzelnen Steuerpflichtigen ist im Abgaberecht aus praktischen Gründen nicht erreichbar, weshalb eine gewisse Schematisierung und Pauschalisierung unausweichlich und zulässig ist. Es genügt daher im Lichte von <ref-law>, wenn die angefochtene Regelung nicht in genereller Weise zu einer wesentlich stärkeren Belastung oder systematischen Benachteiligung bestimmter Gruppen von Steuerpflichtigen führt (<ref-ruling> E. 2.3).
3.2.1 Steuerbar ist gemäss § 21 Abs. 1 lit. b des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) der Mietwert von Liegenschaften oder Liegenschaftsteilen, die dem Steuerpflichtigen aufgrund von Eigentum oder eines unentgeltlichen Nutzungsrechts für den Eigengebrauch zur Verfügung stehen. § 21 Abs. 2 StG/ZH ermächtigt den Regierungsrat zum Erlass der für die durchschnittlich gleichmässige Bemessung des Eigenmietwertes notwendigen Dienstanweisungen. Dabei kann eine schematische, formelmässige Bewertung der Eigenmietwerte vorgesehen werden, wobei folgende Leitlinien zu beachten sind: Der Eigenmietwert ist unter Berücksichtigung der Förderung von Eigentumsbildung und Selbstvorsorge auf maximal 70 % des Marktwertes festzulegen; Qualitätsmerkmalen der Liegenschaften oder Liegenschaftsteile, die im Fall der Vermietung auch den Mietzins massgeblich beeinflussen würden, ist im Rahmen einer schematischen, formelmässigen Bewertung der Eigenmietwerte angemessen Rechnung zu tragen (lit. b); bei am Wohnsitz selbst bewohnten Liegenschaften oder Liegenschaftsteilen ist der Eigenmietwert zudem unter Berücksichtigung der tatsächlichen Nutzung festzulegen (lit. c).
3.2.2 Gemäss § 39 Abs. 1 und 3 StG wird das Vermögen zum Verkehrswert bewertet, wobei der Regierungsrat die für die gleichmässige Bewertung von Grundstücken notwendigen Dienstanweisungen erlässt.
3.3 Gestützt auf § 21 Abs. 2 und § 39 Abs. 3 StG hat der Regierungsrat am 19. März 2003 die Weisung an die Steuerbehörden über die Bewertung von Liegenschaften und die Festsetzung der Eigenmietwerte ab Steuerperiode 2003 erlassen. Diese schreiben eine schematische, formelmässige Bewertung des Eigenmietwertes sowie des Vermögenssteuerwertes selbst genutzter Einfamilienhäuser und Eigentumswohnungen vor. Massgebende Grössen sind der Landwert und der Zeitbauwert.
3.3.1 Führt die schematische, formelmässige Ermittlung zu einem Vermögenssteuerwert, welcher über 100 % des Verkehrswertes oder unter 70 % desselben liegt, ist eine individuelle Schätzung vorzunehmen.
Dass die formelmässige Bewertung wegen Besonderheiten des Grundstücks oder der örtlichen Verhältnisse zu einem übersetzten, über dem effektiven Marktwert liegenden Vermögenssteuerwert führt, ist vom betroffenen Eigentümer nachzuweisen (<ref-ruling> E. 3.4.2).
Liegt der Formelwert unterhalb der Bandbreite, wird er auf 70 % angehoben, beträgt er mehr als der Verkehrswert, ist er auf 90 % festzusetzen (Weisung 2003 Rz. 79-82). Mit der zulässigen Bandbreite von 70 bis 90 % des Verkehrswertes ist das Gebot der Rechtsgleichheit im Steuerrecht (<ref-law>) gewahrt (vgl. Urteil 2C_823/2008 vom 21. Juli 2009 E. 4.3).
3.3.2 Auch für die Festlegung des Eigenmietwertes ist eine individuelle Schätzung vorzunehmen, wenn die schematische, formelmässige Bewertung einen über 70 % oder unter 60 % der Marktmiete liegenden Eigenmietwert ergibt (Weisung 2003 Rz. 83).
Beträgt der Formelwert weniger als 60 % des Marktmietwertes, wird er auf 60% desselben festgelegt; beträgt er mehr als 70 % des Marktmietwertes, wird er auf 70 % festgesetzt. Wurde indessen der Vermögenssteuerwert auf Grund einer individuellen Schätzung ermittelt, richtet sich der Eigenmietwert nach diesem (Weisung 2003 Rz. 86 f.).
3.4 Dabei kann in beiden Fällen zunächst u.a. auf ein nach anerkannten Bewertungsgrundsätzen erstelltes Privatgutachten abgestellt werden. Führt dies nicht zu einer gesicherten Schätzung kann die hedonische Methode angewandt werden. Ist auch deren Ergebnis unsicher, so darf schliesslich ein amtliches Gutachten angeordnet werden (Weisung Rz. 80 f. und 84 f.).
Nach der Zürcher Praxis hat der Steuerpflichtige zudem ganz allgemein Anspruch darauf, die Angemessenheit des Formelwertes im konkreten Einzelfall zu bestreiten und die Einholung eines amtlichen Gutachtens zu verlangen (angefochtenes Urteil E. 2.3, mit Hinweis auf ZStP 2000, 18).
3.5 Das Bundesgericht hat eine solche Regelung zur Ermittlung des Vermögenssteuerwertes von Liegenschaften und des Eigenmietwertes nach der Formelmethode (bereits nach der Weisung 1999, die für den Eigenmietwert noch eine grössere Bandbreite von 60-90 % der Marktmiete vorsah) als mit dem Gebot der Rechtsgleichheit im Steuerrecht (<ref-law>) vereinbar erachtet; sie verletze auch das Legalitätsprinzip nicht. Es hat denn auch erkannt, dass kein Anlass für eine individuelle Anpassung bestehe, sofern die entsprechenden Werte innerhalb der durch die Weisung definierten Bandbreiten liegen; hervorgehoben hat es die Möglichkeit einer Korrektur, um Fälle, die ausserhalb der zulässigen Bandbreite liegen, auf vertretbare Werte zurückzuführen, was eben durch die individuelle Schätzung erfolge, wobei der Steuerpflichtige die entsprechenden Belege selber beibringen könne (Urteil 2C_823/2008 vom 21. Juli 2009 E. 4-8; vgl. auch <ref-ruling>). Eine Bandbreite des formelmässig bestimmten Eigenmietwertes von 60 bis 90 % des Marktmietwertes hat das Bundesgericht bereits im Falle des Kantons Solothurn - obwohl damit eine nicht geringfügige Ungleichbehandlung hingenommen werde - als verfassungsmässig erachtet (Urteil 2P.36/1999 vom 3. November 2000). Dies gilt erst recht, wenn entsprechende Korrekturmöglichkeiten durch eine individuelle Schätzung bestehen, mit welcher überholte Schätzwerte den grösseren Veränderungen des Marktes angepasst werden können (vgl. Urteil 2P.272/1999 vom 22. Juni 2000).
4. 4.1 Die Steuerrekurskommission ist zum Schluss gelangt, der Formelwert sei ausser den in den Weisungen vorgesehenen Korrekturmöglichkeiten ebenfalls zu korrigieren, wenn sich ergebe, dass neben der Abstufung in Lageklassen - mit welcher der unterschiedlichen Standortattraktivität des Grundstücks (Immissionen, Aussicht und Besonnung, Infrastruktur, Verkehrsanbindung, Zone und Umgebung) innerhalb der Gemeinde Rechnung getragen wird - ein Ortsteil insgesamt neu bewertet werden müsse, indem zwei (oder mehrere) Lageklassensysteme geschaffen werden. Die Weisung sehe eine solche Unterteilung für die Nachbargemeinde Zollikon vor, wo die Formelwerte für Zollikon-Dorf auf Grund der attraktiveren Wohnlage deutlich höher lägen als für Zollikon-Berg (Ortsteil Zollikerberg).
Die Steuerrekurskommission hat dazu festgestellt, zwischen Küsnacht-Dorf und Küsnacht-Berg bestehe aufgrund verschiedener Kriterien (Siedlungszusammenhang, Nutzung, Einkaufsmöglichkeiten, Dienstleistungen, Schulen, Seeanstoss, Lärmimmissionen [Bahn, Strasse, Flugverkehr], öffentlicher Verkehr, Nachfrage, Sozialprestige) eine natürliche Vermutung für einen ausgeprägten, unter dem Gesichtswinkel der Rechtsgleichheit beachtlichen Unterschied der Bodenpreise. Dem sei zwar mit der Zuordnung der attraktivsten Wohnlagen auf der Forch nur zur Lageklasse 2, während sich ausgedehnte Bereiche von Küsnacht-Dorf in der Lageklasse 1 befänden, Rechnung getragen worden. In der Nachbargemeinde Zollikon sei jedoch eine Zweiteilung vorgenommen worden, wobei die Formellandwerte für Zollikon-Berg rund 25 % unter jenen für Zollikon-Dorf lägen. Für den östlich an die Forch anstossenden Ortsteil Aesch der Gemeinde Maur sähen die Formelwerte denn auch bedeutend tiefere Zahlen vor. Die in der Weisung 2003 unterbliebene Unterscheidung zwischen Küsnacht-Dorf und Küsnacht-Berg verstosse insgesamt gegen das Gebot der rechtsgleichen Behandlung gemäss <ref-law>. Es sei indessen Sache des Regierungsrates, die gebotene Korrektur vorzunehmen.
4.2 Die Vorinstanz hat dazu festgestellt, das Grundstück der Beschwerdeführer sei mit weiteren Liegenschaften an erstklassiger Lage auf der Forch gleich eingeordnet wie weite Teile des Ortsteils Itschnach oder Liegenschaften in Küsnacht-Dorf, welche etwa durch Zufahrt, Besonnung oder Aussicht schlechter gestellt seien als die der Lageklasse 1 zugewiesenen besten Lagen in Küsnacht-Dorf. Dies lasse sich damit erklären, dass sie insgesamt, insbesondere im Licht der guten Aussichtslage und Besonnung und der unmittelbaren Nähe zur Erholungszone mit dem Ortsteil Itschnach und zweitklassigen Lagen in Küsnacht-Dorf vergleichbar seien. Ob mit dem gewählten Vorgehen dem bestehenden Preisgefälle von Küsnacht-Dorf zu Küsnacht-Berg und der Fluglärmimmission in allen Teilen und für jede einzelne Liegenschaft ausreichend Rechnung getragen sei, könnte letztlich lediglich die individuelle Schätzung der einzelnen Liegenschaften erhellen. Eine generell rechtsungleiche Behandlung der Steuerpflichtigen im Ortsteil Küsnacht-Berg im Vergleich mit den Steuerpflichtigen im Ortsteil Küsnacht-Dorf sei nicht erstellt; die planmässige Festlegung der Lageklassen lasse sich vielmehr auf sachliche und ernsthafte Gründe stützen. Was die speziellen Verhältnisse bei Zollikon-Dorf und Zollikerberg betreffe, seien diese schon deshalb nicht vergleichbar, weil auf der Forch kein eigentliches zweites Dorfzentrum bestehe. Damit seien die Beschwerdeführer für den Nachweis einer gesetzwidrig überhöhten Besteuerung des Wohneigentums auf die individuelle Schätzung zu verweisen. Eine solche hätten sie aber nie beantragt. Ebenso wenig seien sonstige Hinweise in den Akten ersichtlich, dass die Anwendung der Formelwerte auf die Liegenschaft der Beschwerdeführer bei der vorliegenden, konkreten Einschätzung dazu führe, dass die gesetzlich zulässige Bandbreite verlassen würde. Dies hätten die Beschwerdeführer auch nie behauptet.
4.3 Inwieweit die tatsächlichen Feststellungen - insbesondere mit Blick auf die Vergleichbarkeit der örtlichen Verhältnisse - der Vorinstanz willkürlich sein sollen, legen die Beschwerdeführer nicht in einer den Begründungsanforderungen von Art. 42 bzw. <ref-law> genügenden Weise dar. Auch aus den Akten ergeben sich keine entsprechenden Anhaltspunkte.
4.4 Die Beschwerdeführer stellen nicht in Abrede, dass die Weisung 2003 in den meisten Fällen zu Ergebnissen führe, die den Geboten der Rechtsgleichheit standhalte. Sie erklären sogar, sie würden sich nicht gegen die Einteilung ihres Grundstücks in die Lageklasse 2 und damit in dieselbe Lageklasse, wie sie für Itschnach und Teile von Küsnacht-Dorf vorgesehen sei, wehren. Sie beharren indessen auf ihrer Behauptung, dass sie in den Jahren 2003/2004 für ihr Land nur ca. Fr. 1'300.--/m2 hätten lösen können, während in den beiden anderen erwähnten Ortsteilen Preise zwischen Fr. 2'000.-- und 2'500.-- erzielbar gewesen seien. Diese erhebliche Differenz von mindestens 35 % dränge im Lichte von <ref-law> eine weitere Differenzierung der steuerlich massgebenden Werte auf, wie sie im Falle von Zollikon vorgenommen worden sei.
Die Beschwerdeführer legen damit indessen nicht rechtsgenüglich dar, inwiefern der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzen soll (vgl. <ref-law>). Dessen Begründung erweist sich im Lichte der dargelegten bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht als unhaltbar. Dass die Anwendung der Formelwerte auf die Liegenschaft der Beschwerdeführer zu einem Eigenmietwert führt, der ausserhalb der verfassungsrechtlich zulässigen Bandbreite liegt, haben die Beschwerdeführer weder im vorinstanzlichen Verfahren belegt, noch ergibt sich dies aus den Akten. Dass dies von der Steuerrekurskommission als erwiesen erachtet worden sei, trifft nicht zu.
4.5 Wenn die Beschwerdeführer weiter geltend machen, es müssten in der Gemeinde Küsnacht gleich wie in der Gemeinde Zollikon zwei Lageklassensysteme eingeführt werden, übersehen sie, dass eine solche Ordnung nicht ohne weiteres zu einem tieferen Landpreis für ihre Liegenschaft führen müsste. Denn es ist offen, wie ein gesondertes Lageklassensystem für Küsnacht-Berg aussähe und welcher Klasse das Grundstück der Beschwerdeführer zuzuordnen wäre. Im Übrigen ist es durchaus vertretbar, wenn die Vorinstanz die Verhältnisse in den beiden Gemeinden Küsnacht und Zollikon nicht für vergleichbar erachtet. Von seiner Lage her ist der Ort, wo sich die Liegenschaft der Beschwerdeführer befindet, denn auch weniger mit dem Zollikerberg oder dem Ortsteil Aesch der Gemeinde Maur vergleichbar, sondern viel eher mit den oberhalb der alten Forchstrasse gelegenen Wohngebieten der Gemeinde Zumikon. Diese befinden sich in der Lageklasse 2 der Gemeinde Zumikon, und deren Landpreis nach der Weisung 2003 ist praktisch gleich hoch wie jener der Lageklasse 2 in Küsnacht.
4.6 Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht den auf Grund der Formelwerte ermittelten Eigenmietwert bzw. Vermögenssteuerwert sowie die sich daraus ergebende Einschätzung gemäss Einspracheentscheid bestätigen und den diesem entgegenstehenden Entscheid der Steuerrekurskommission aufheben.
5. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang haben die Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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