Faits :
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A. Les 16 mars et 20 avril 2005, le Procureur général australien et l'Australian Crime Commission (ACC) ont adressé à la Suisse une demande d'entraide judiciaire dans le cadre d'une enquête dirigée notamment contre A._, pour fraude fiscale et association de malfaiteurs. Directeur de la société fiduciaire X._ SA à Genève, A._ aurait mis à disposition de clients australiens des structures permettant le dépôt anonyme de fonds, dans le but d'échapper à l'impôt. X._ permettait aussi de transformer les revenus imposables en emprunts, héritages ou autres formes de revenus non imposables. La demande mentionne divers clients pour lesquels des transactions fictives avaient été mises sur pied par X._. Elle évoque notamment le cas des dénommés B._ et C._ (agissant eux-mêmes pour le compte de nombreux clients), qui avaient créé des fonds d'investissements dans la production et la commercialisation de whisky. Les investisseurs versaient 25% de fonds propres, le solde étant financé par un prêt accordé par Y._ Ltd (Y._), société administrée par X._ pour le compte de B._ et C._. Les investisseurs pouvaient déduire auprès du fisc australien près de 100% de la somme investie. Or, les prêts accordés paraissaient fictifs, Y._ n'ayant apparemment pas les fonds nécessaires. Le cas de D._, associé à B._, est également mentionné. L'autorité requérante demandait une perquisition dans les bureaux de X._.
Le 19 mai 2005, l'Office fédéral de la justice (OFJ) rappela à l'autorité requérante que l'entraide judiciaire n'était pas accordée pour de simples soustractions fiscales; la demande devait notamment exposer en quoi consistaient les fraudes; s'agissant des investissements relatifs au whisky, des précisions supplémentaires étaient demandées quant à l'identité des auteurs, la nature des taxes et des déductions ainsi que l'utilisation de faux documents. Dans sa réponse du 26 mai 2006, l'autorité requérante a en particulier précisé que B._ et C._ avaient dissimulé leurs liens avec Y._, et avaient retiré des bénéfices de ces opérations. De faux documents avaient été établis, notamment à propos de la capacité financière de Y._. D._ avait assisté B._ et C._ dans leurs activités, et aurait reçu des commissions pour avoir apporté des investisseurs.
Le 19 mai 2005, l'Office fédéral de la justice (OFJ) rappela à l'autorité requérante que l'entraide judiciaire n'était pas accordée pour de simples soustractions fiscales; la demande devait notamment exposer en quoi consistaient les fraudes; s'agissant des investissements relatifs au whisky, des précisions supplémentaires étaient demandées quant à l'identité des auteurs, la nature des taxes et des déductions ainsi que l'utilisation de faux documents. Dans sa réponse du 26 mai 2006, l'autorité requérante a en particulier précisé que B._ et C._ avaient dissimulé leurs liens avec Y._, et avaient retiré des bénéfices de ces opérations. De faux documents avaient été établis, notamment à propos de la capacité financière de Y._. D._ avait assisté B._ et C._ dans leurs activités, et aurait reçu des commissions pour avoir apporté des investisseurs.
B. Par ordonnance du 8 juin 2005, le Juge d'instruction du canton de Genève est entré en matière. Les faits décrits pouvaient être qualifiés, en droit suisse, d'escroqueries fiscales, à l'exclusion des faits décrits sous ch. 63 à 68 et 101 à 106 de la demande. La présence de fonctionnaires étrangers a été admise lors de l'exécution des actes d'entraide. La perquisition des locaux et des archives de X._ a été ordonnée, ainsi que la saisie de tous documents ou valeurs en rapport avec les personnes physiques et morales mentionnées dans la demande. La perquisition a eu lieu les 9 et 10 juin 2005, en présence du directeur de X._ et de ses avocats ainsi que d'un représentant de l'ACC. Celui-ci a participé à un tri qui a permis de laisser sur place un certain nombre de classeurs. De nombreux documents papier, inventoriés, ont été emportés; des supports informatiques ont également été saisis.
Par lettre du 13 juin 2005, le Juge d'instruction a remis l'inventaire à l'avocat de X._, lui impartissant un délai afin de se déterminer sur la transmission intégrale qu'il envisageait. Le 12 septembre 2005, X._ s'est opposée à l'octroi de l'entraide s'agissant notamment des faits reprochés à B._ et C._: il s'agissait d'évasion fiscale, déjà qualifiée de la sorte par le fisc australien; l'autorité requérante n'expliquait pas en quoi les pièces mentionnées auraient un caractère mensonger ou trompeur; les faits exposés étaient lacunaires; les prêts accordés par Y._ étaient réels et leur octroi était garanti par gage. Le Juge d'instruction répondit, le 31 octobre 2005, qu'il envisageait la transmission de toute la documentation relative notamment à l'affaire B._/C._.
Le 15 novembre 2005, l'autorité requérante a fourni des éléments complémentaires, à la demande du Juge d'instruction. Les faits avaient été commis entre le 1er janvier 1995 et le 31 mai 2005. Certains documents argués de faux étaient produits, dont une promesse de paiement établie par Y._.
Le 17 février 2006, X._ s'est à nouveau opposée à l'octroi de l'entraide en rapport avec l'affaire B._/C._: les investissements et transactions étaient des opérations réelles, sans aucune dissimulation à l'autorité de taxation. Le 6 mars 2006, X._ s'est également opposée à l'octroi de l'entraide pour l'affaire D._; elle fournissait un tableau des pièces n'ayant selon elle aucun rapport avec les transactions sur le whisky.
Le 17 février 2006, X._ s'est à nouveau opposée à l'octroi de l'entraide en rapport avec l'affaire B._/C._: les investissements et transactions étaient des opérations réelles, sans aucune dissimulation à l'autorité de taxation. Le 6 mars 2006, X._ s'est également opposée à l'octroi de l'entraide pour l'affaire D._; elle fournissait un tableau des pièces n'ayant selon elle aucun rapport avec les transactions sur le whisky.
C. Par ordonnance de clôture du 4 avril 2006, le Juge d'instruction a ordonné la transmission à l'autorité requérante des dossiers relatifs aux sociétés Y._ Ltd, M._ Ltd, N._, O._ et P._, ainsi qu'un CD Rom contenant 323 fichiers concernant ces sociétés, copiés d'un disque dur appartenant à X._. L'existence d'un financement fictif permettait d'admettre l'escroquerie fiscale.
Par ordonnance du 25 septembre 2006, la Chambre d'accusation genevoise a partiellement admis le recours de X._ en refusant la transmission des pièces relatives à P._, à laquelle le Juge d'instruction avait déclaré renoncer en cours de procédure. Pour le surplus, la demande était suffisamment motivée, y compris quant à l'existence d'une escroquerie fiscale. Celle-ci devait être admise, le financement fictif de Y._ ayant permis des déductions d'impôt pour un montant quatre fois supérieur à celui réellement versé par les investisseurs. Les documents transmis (à l'exception de ceux relatifs à P._) étaient propres à vérifier l'éventuelle implication de D._ dans les agissements reprochés à B._ et C._. La perquisition avait été effectuée en présence du directeur de X._; un inventaire avait été dressé, désignant les classeurs, les boîtes et les documents isolés; un inventaire plus détaillé n'était pas exigible, la recourante ayant pu désigner les pièces dont elle contestait la transmission. S'agissant des fichiers sur support informatique, la recourante n'en avait pris connaissance que le 10 avril 2006, mais elle avait eu l'occasion de se déterminer à ce propos dans le cadre de la procédure de recours.
Par ordonnance du 25 septembre 2006, la Chambre d'accusation genevoise a partiellement admis le recours de X._ en refusant la transmission des pièces relatives à P._, à laquelle le Juge d'instruction avait déclaré renoncer en cours de procédure. Pour le surplus, la demande était suffisamment motivée, y compris quant à l'existence d'une escroquerie fiscale. Celle-ci devait être admise, le financement fictif de Y._ ayant permis des déductions d'impôt pour un montant quatre fois supérieur à celui réellement versé par les investisseurs. Les documents transmis (à l'exception de ceux relatifs à P._) étaient propres à vérifier l'éventuelle implication de D._ dans les agissements reprochés à B._ et C._. La perquisition avait été effectuée en présence du directeur de X._; un inventaire avait été dressé, désignant les classeurs, les boîtes et les documents isolés; un inventaire plus détaillé n'était pas exigible, la recourante ayant pu désigner les pièces dont elle contestait la transmission. S'agissant des fichiers sur support informatique, la recourante n'en avait pris connaissance que le 10 avril 2006, mais elle avait eu l'occasion de se déterminer à ce propos dans le cadre de la procédure de recours.
D. Par acte du 13 novembre 2006, X._ SA forme un recours de droit administratif par lequel elle conclut à l'annulation de l'ordonnance de la Chambre d'accusation et à l'irrecevabilité, voire au refus de l'entraide judiciaire. Subsidiairement, elle s'oppose à la transmission de certaines pièces et requiert un tri contradictoire.
La Chambre d'accusation se réfère aux considérants de son ordonnance. Le Juge d'instruction se réfère à ses observations. L'OFJ a renoncé à se déterminer.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Conformément aux art. 110b EIMP et 132 al. 1 LTF, les procédures de recours contre une décision de clôture rendue avant l'entrée en vigueur de la nouvelle réglementation sont régies par l'ancien droit.
1.1 Le recours de droit administratif est interjeté en temps utile contre une décision confirmée par l'autorité cantonale de dernière instance, relative à la clôture de la procédure d'entraide judiciaire (art. 80f de la loi fédérale sur l'entraide internationale en matière pénale - EIMP; RS 351.1). La recourante a qualité pour recourir, en tant que détentrice des documents saisis, soumise à une mesure de perquisition (art. 80h let. b EIMP et 9a let. b OEIMP).
1.2 L'entraide judiciaire en matière pénale entre l'Australie et la Suisse est régie par le Traité bilatéral conclu dans ce domaine (RS 0.351.915.8). L'EIMP et son ordonnance d'exécution (OEIMP; RS 351.11) demeurent réservées pour des questions qui ne sont pas réglées par le traité et la loi fédérale d'application (<ref-ruling> consid. 1a p. 126), dans la mesure où elles peuvent faciliter la coopération internationale (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 464).
1.2 L'entraide judiciaire en matière pénale entre l'Australie et la Suisse est régie par le Traité bilatéral conclu dans ce domaine (RS 0.351.915.8). L'EIMP et son ordonnance d'exécution (OEIMP; RS 351.11) demeurent réservées pour des questions qui ne sont pas réglées par le traité et la loi fédérale d'application (<ref-ruling> consid. 1a p. 126), dans la mesure où elles peuvent faciliter la coopération internationale (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 464).
2. La recourante persiste à considérer que la demande d'entraide serait entachée d'erreurs et de contradictions manifestes. Les autorités requérantes mentionnent l'existence de faux, sans en indiquer la nature et la teneur. La demande fait état d'un prêt fictif, alors qu'il s'agirait d'un prêt soumis à une échéance de douze ans correspondant au délai de commercialisation du whisky. Rien ne permettrait de comprendre en quoi le fisc aurait été trompé. Les explications complémentaires du 7 décembre 2005 passeraient sous silence le fait que lors d'un déplacement en Ecosse, les enquêteurs australiens avaient pu vérifier la réalité des investissements, Y._ disposant d'un droit de gage sur la marchandise; le fisc australien avait déjà eu l'occasion de se prononcer sur le système mis en place, et l'avait qualifié de simple évasion fiscale. Enfin, alors que la demande initiale exposait que les investisseurs privés auraient été escroqués à l'instar du fisc, le complément les dépeint comme des participants à la fraude fiscale.
2.1 Selon l'art. 7 du Traité, la demande d'entraide doit notamment contenir les indications suivantes: l'objet et la nature de l'enquête ou de la procédure pénale, avec une description des principaux actes ou omissions allégués ou à établir (let. b); la raison pour laquelle l'entraide est requise (let. d); l'identité complète des personnes poursuivies (let. e). Ces exigences correspondent à celles posées, en droit interne, à l'art. 28 EIMP. Elles ont pour but de permettre à l'autorité requise de s'assurer que l'acte pour lequel l'entraide est demandée est punissable selon le droit des parties requérante et requise (art. 3 du Traité), qu'il ne constitue pas un délit politique ou fiscal (art. 2 let. a et b), que les intérêts essentiels de l'Etat requis ne sont pas compromis (art. 2 let. f) et que le principe de la proportionnalité est respecté (<ref-ruling> consid. 4b et les arrêts cités). Lorsque l'acte poursuivi est une escroquerie fiscale, la jurisprudence n'exige pas non plus une preuve stricte de l'état de fait; il suffit qu'existent des soupçons suffisamment justifiés, afin d'éviter que l'autorité requérante invoque une telle infraction pour se procurer des preuves destinées à la poursuite d'autres délits fiscaux pour lesquels la Suisse n'accorde pas l'entraide (art. 3 al. 3 EIMP, art. 2 let. b du Traité; <ref-ruling> consid. 3b/bb). Dans tous les cas, l'autorité requérante n'a pas à prouver les faits qu'elle avance.
2.2 La demande d'entraide et ses compléments satisfont à ces exigences. L'autorité requérante expose en effet le mécanisme par lequel les personnes poursuivies auraient tenté d'obtenir des déductions fiscales injustifiées: les investisseurs ne versaient que le quart de la somme, le reste faisant l'objet d'un prêt consenti par Y._. Les déductions étaient calculées sur le total du montant investi. L'autorité requérante expose que les prêts n'étaient qu'apparents et que B._ et C._ avaient dissimulé leurs relations avec Y._; dans sa demande initiale, l'autorité requérante se dit convaincue que le fisc, et "probablement" les investisseurs, ont été trompés par des faux documents. Dans son complément du 26 mai 2005, l'autorité requérante précise que B._ s'était adressé à l'administration fiscale afin d'obtenir une décision de principe sur les opérations pratiquées. A cette occasion, il aurait déclaré qu'il n'existait aucun arrangement entre les parties et une institution financière, et que lui-même n'était pas intéressé aux investissements. L'une et l'autre de ces déclarations se seraient révélées fausses. De faux renseignements auraient aussi été donnés sur la capacité de prêt de Y._. Afin de faire croire à l'autonomie financière du projet, des billets à ordre, également faux, auraient été signés par B._. L'administration fiscale avait demandé à trois reprises des preuves quant à la réalité des prêts, mais celles-ci n'avaient jamais été fournies. Ces explications sont, en soi, suffisamment claires pour comprendre en quoi consiste la fraude. L'autorité requérante mentionne le fait que l'administration fiscale s'était déjà prononcée sur l'admissibilité de l'opération. Toutefois, compte tenu des informations erronées présentées au fisc, cela n'empêche pas la commission d'une escroquerie fiscale. L'autorité requérante reconnaît également que du whisky a bien été produit grâce aux fonds remis par les investisseurs; elle affirme toutefois que les fonds prêtés par Y._ n'ont jamais été versés.
Les recourants ne font, en définitive, qu'opposer leur propre présentation des faits à celle de l'autorité requérante, procédé qui n'est pas recevable dans le cadre de la procédure d'entraide. L'autorité requérante a certes déclaré dans un premier temps que les investisseurs eux-mêmes avaient "probablement" été escroqués, à l'instar du fisc. Cela n'est toutefois pas présenté comme une certitude, les soupçons de l'autorité requérante ayant pu résulter du financement fictif accordé par Y._. Quoi qu'il en soit sur ce point, les soupçons d'escroquerie fiscale au préjudice de l'Etat australien sont suffisamment étayés.
Les recourants ne font, en définitive, qu'opposer leur propre présentation des faits à celle de l'autorité requérante, procédé qui n'est pas recevable dans le cadre de la procédure d'entraide. L'autorité requérante a certes déclaré dans un premier temps que les investisseurs eux-mêmes avaient "probablement" été escroqués, à l'instar du fisc. Cela n'est toutefois pas présenté comme une certitude, les soupçons de l'autorité requérante ayant pu résulter du financement fictif accordé par Y._. Quoi qu'il en soit sur ce point, les soupçons d'escroquerie fiscale au préjudice de l'Etat australien sont suffisamment étayés.
3. La recourante invoque ensuite le principe de la double incrimination. Elle produit des avis de droit concluant à l'absence d'escroquerie fiscale, faute d'astuce. Il y aurait une simple divergence d'appréciation entre l'administration fiscale australienne et les investisseurs sur le caractère déductible de leurs opérations.
3.1 Selon l'art. 3 al. 3 EIMP, la demande d'entraide est irrecevable si la procédure étrangère vise un acte qui paraît tendre à diminuer les recettes fiscales; l'entraide peut en revanche être accordée pour la répression d'une escroquerie fiscale, et cela quand bien même le Traité ne le prévoit pas expressément (principe de faveur, consid. 1.2). L'EIMP ne définit pas la notion d'escroquerie fiscale, mais l'art. 24 al. 1 OEIMP renvoie à l'art. 14 al. 2 de la loi fédérale sur le droit pénal administratif (DPA; RS 313). Cette disposition réprime celui qui, par une tromperie astucieuse, aura soustrait un montant important représentant une contribution. Il y a escroquerie à l'impôt lorsque le contribuable obtient une taxation injustement favorable, non seulement grâce à la production de documents inexacts ou falsifiés, mais aussi à la faveur d'autres manoeuvres frauduleuses tendant à faire naître une vision faussée de la réalité; tel est également le cas lorsque l'auteur dissuade la victime de contrôler l'exactitude de ses déclarations, ou lorsqu'il prévoit qu'un tel contrôle ne pourrait se faire sans grande peine (<ref-ruling> consid. a/bb et la jurisprudence citée; cf. aussi, concernant l'art. 146 CP, <ref-ruling> consid. 1).
3.2 La recourante, de même que les deux auteurs des avis de droit, fondent entièrement leur argumentation sur l'existence d'un prêt réel de la part de Y._, qui ne serait payable qu'au moment de la mise en vente du whisky, soit après douze ans. L'autorité fiscale aurait fait abstraction de la forme choisie par les contribuables, et décidé de les taxer sur la réalité économique, ce qui ne constituerait pas un cas d'escroquerie fiscale. L'ensemble de cette argumentation repose à nouveau sur une version des faits qui n'est pas celle de l'autorité requérante. L'exposé de celle-ci, sur lequel le juge de l'entraide est tenu de se fonder, fait au contraire état de prêts fictifs et de déclarations mensongères destinées à en dissimuler la nature. Même si l'autorité requérante a pu constater sur place que du whisky avait réellement été produit, cela ne prouve rien quant au mode de financement réel de cette production. Si les soupçons de l'autorité requérante devaient se voir confirmer, il ne fait pas de doute que l'opération mise sur pied par B._ et C._ serait constitutive d'escroqueries fiscales. Les investisseurs auraient ainsi tenté d'obtenir, par le biais de fausses déclarations et de faux documents, des déductions ne correspondant pas aux montants réellement investis par eux. L'autorité requérante ne cache pas que l'administration des impôts a été consultée préalablement afin de se déterminer sur l'admissibilité des opérations litigieuses. Cela ne suffit toutefois pas pour qualifier les agissements décrits de simple évasion fiscale, dans la mesure où des faits déterminants auraient été dissimulés au fisc. S'agissant des faits reprochés à D._, ils ne consistent pas uniquement dans le fait d'avoir dissimulé des revenus, mais plutôt dans sa participation à l'escroquerie fiscale par l'apport de nouveaux investisseurs. La demande est donc également recevable sur ce point.
3.2 La recourante, de même que les deux auteurs des avis de droit, fondent entièrement leur argumentation sur l'existence d'un prêt réel de la part de Y._, qui ne serait payable qu'au moment de la mise en vente du whisky, soit après douze ans. L'autorité fiscale aurait fait abstraction de la forme choisie par les contribuables, et décidé de les taxer sur la réalité économique, ce qui ne constituerait pas un cas d'escroquerie fiscale. L'ensemble de cette argumentation repose à nouveau sur une version des faits qui n'est pas celle de l'autorité requérante. L'exposé de celle-ci, sur lequel le juge de l'entraide est tenu de se fonder, fait au contraire état de prêts fictifs et de déclarations mensongères destinées à en dissimuler la nature. Même si l'autorité requérante a pu constater sur place que du whisky avait réellement été produit, cela ne prouve rien quant au mode de financement réel de cette production. Si les soupçons de l'autorité requérante devaient se voir confirmer, il ne fait pas de doute que l'opération mise sur pied par B._ et C._ serait constitutive d'escroqueries fiscales. Les investisseurs auraient ainsi tenté d'obtenir, par le biais de fausses déclarations et de faux documents, des déductions ne correspondant pas aux montants réellement investis par eux. L'autorité requérante ne cache pas que l'administration des impôts a été consultée préalablement afin de se déterminer sur l'admissibilité des opérations litigieuses. Cela ne suffit toutefois pas pour qualifier les agissements décrits de simple évasion fiscale, dans la mesure où des faits déterminants auraient été dissimulés au fisc. S'agissant des faits reprochés à D._, ils ne consistent pas uniquement dans le fait d'avoir dissimulé des revenus, mais plutôt dans sa participation à l'escroquerie fiscale par l'apport de nouveaux investisseurs. La demande est donc également recevable sur ce point.
4. La recourante invoque enfin le principe de la proportionnalité, en rapport uniquement avec l'affaire D._. Malgré la présentation d'un tableau mentionnant les pièces à ne pas transmettre, avec des indications détaillées, le Juge d'instruction n'avait procédé à aucun tri. Le Juge d'instruction avait finalement renoncé, devant la Chambre d'accusation, à transmettre les pièces en lien avec P._, mais certaines pièces relatives à D._ étaient elles aussi sans rapport avec les faits décrits, comme par exemple celles relatives à un compte bancaire détenu par le beau-père de l'intéressé.
4.1 Le principe de la proportionnalité empêche d'une part l'autorité requérante de demander des mesures inutiles à son enquête et, d'autre part, l'autorité d'exécution d'aller au-delà de la mission qui lui est confiée (<ref-ruling> consid. 3a).
4.2 Comme cela ressort de la demande d'entraide et de ses compléments, D._ est expressément visé par l'enquête, pour avoir apporté certains investisseurs en échange d'une partie des commissions perçues par B._ et C._. A priori, les pièces saisies qui le concernent présentent une utilité potentielle pour l'enquête. Les pièces relatives au compte du beau-père de D._ ne peuvent être exclues de la transmission dans la mesure où D._ pouvait apparemment disposer du compte en question. Pour le surplus, les communications entre D._ et X._ font précisément partie des renseignements que l'autorité requérante désire obtenir. La condition de l'utilité potentielle est aussi réalisée à leur égard; la recourante se contente d'affirmer que ces pièces ne concernent pas les transactions sur le whisky, sans indiquer quel intérêt privé l'emporterait sur le droit de l'autorité requérante, découlant du Traité, à une communication la plus complète possible. Le grief doit par conséquent être écarté.
4.2 Comme cela ressort de la demande d'entraide et de ses compléments, D._ est expressément visé par l'enquête, pour avoir apporté certains investisseurs en échange d'une partie des commissions perçues par B._ et C._. A priori, les pièces saisies qui le concernent présentent une utilité potentielle pour l'enquête. Les pièces relatives au compte du beau-père de D._ ne peuvent être exclues de la transmission dans la mesure où D._ pouvait apparemment disposer du compte en question. Pour le surplus, les communications entre D._ et X._ font précisément partie des renseignements que l'autorité requérante désire obtenir. La condition de l'utilité potentielle est aussi réalisée à leur égard; la recourante se contente d'affirmer que ces pièces ne concernent pas les transactions sur le whisky, sans indiquer quel intérêt privé l'emporterait sur le droit de l'autorité requérante, découlant du Traité, à une communication la plus complète possible. Le grief doit par conséquent être écarté.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours de droit administratif doit être rejeté, aux frais de la recourante (art. 156 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 4000 fr. est mis à la charge de la recourante.
2. Un émolument judiciaire de 4000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires de la recourante, au Juge d'instruction et à la Chambre d'accusation du canton de Genève ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice (B 147 199).
Lausanne, le 11 janvier 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: