Faits:
A. A.a M. A.X._, né en 1969, et Mme B.X._, née en 1977, se sont mariés à L._ le 2 mai 2009 sous le régime de la séparation de biens.
Au début de leur mariage, les époux vivaient en Belgique. Ils se sont séparés quelques mois avant la naissance de leur fille C._, née à D._ le 8 décembre 2010.
Mme B.X._ est domiciliée à D._ depuis le 30 juin 2010.
A.b La situation financière des parties se résume ainsi:
A.b.a Diplômé de HEC Lausanne et de l'IEI (Institut d'Etudes Immobilières genevois), M. A.X._ a été Directeur associé de E._ de 1997 à 2000, puis Vice-Président de F._ de 2000 à 2003. Il est actuellement administrateur délégué et actionnaire à raison de 50% de la société G._, société qu'il a créée en 2007. Cette activité ne lui aurait rien rapporté jusqu'en 2009, ses seuls revenus consistant alors en une contribution de la part de ses parents de 3'500 euros par mois. Selon une attestation établie le 18 avril 2012 par le réviseur de G._ sur la base des comptes annuels de G._ et les déclarations fiscales de M. A.X._, celui-ci aurait perçu une rémunération nette de 11'400 euros en 2009, de 33'531,71 euros en 2010 et de 48'306 euros en 2011. Il devrait percevoir les mêmes revenus nets en 2012 et 2013.
M. A.X._ est également administrateur de la société belge Y._, activité dont le réviseur de la société a établi qu'elle ne lui rapportait toutefois aucune rémunération.
Outre le revenu réalisé en tant qu'administrateur de la société G._, M. A.X._ perçoit des revenus immobiliers à hauteur de 2'431 fr. par mois (montant mensuel annualisé), revenus issus de la location d'appartements dans un immeuble dont il est propriétaire à Z._.
Les charges mensuelles de M. A.X._ ont été arrêtées à 2'864 fr., respectivement 3'415 fr. dès mars 2012 (montant de base OP adapté au coût de la vie belge [1'000 fr.]; intérêts sur le prêt pour l'achat de son appartement [495 fr.]; charges de copropriété [79 fr. 20 de charges communes et 32 fr. 40 de réserve travaux]; loyer pour une place de garage [84 fr.]; essence pour les déplacements personnels [120 fr.]; assurances maladie complémentaires [8 fr. 10 et 87 fr. 66]; assurance habitation [41 fr. 88]; eau, gaz et électricité [240 fr.]; trajets Bruxelles-Genève [552 fr. depuis la reprise du droit de visite en mars 2012]; impôts belges [46 fr. 47 et 8 fr. 90]; impôts suisses relatifs à son bien immobilier en Suisse [620 fr. 13]).
A.b.b Mme B.X._ a occupé un poste d'assistante de projet auprès de H._ du 1er mars au 31 décembre 2008, cessant de travailler lorsqu'elle s'est établie en Belgique avec son mari. Elle a retrouvé un emploi auprès de son ancien employeur à compter du 1er mai 2011, pour un salaire net de 6'470 fr., respectivement de 6'525 fr. 30 depuis le 1er février 2012.
Elle est propriétaire de 527 actions H._ d'une valeur totale de 25'693,89 USD au 1er mai 2009.
Ses charges mensuelles ont été chiffrées à 6'950 fr., respectivement 6'850 fr. dès le 1er janvier 2012 (montant de base OP pour elle et sa fille [1'750 fr.]; loyer [2'155 fr.]; frais de crèche [1'100 fr.]; impôts [1'500 fr.]; assurance-maladie LAMal et LCA [441 fr. 30 pour elle et 134 fr. 50 pour sa fille]; frais de transport publics [70 fr.] et déduction des allocations familiales [200 fr., puis 300 fr. dès le 1er janvier 2012]).
Suite à la séparation des conjoints, Mme B.X._ a été financièrement soutenue par des proches (garantie pour la location de son appartement et différents prêts, en partie garantis par ses actions H._).
B. B.a Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance du canton de Genève le 19 août 2010, Mme B.X._ a sollicité le prononcé du divorce sur la base de l'art. 115 CC. Sur mesures provisoires, elle a réclamé le versement d'une contribution d'entretien d'un montant mensuel de 5'000 fr., puis, dans des écritures ultérieures, le versement d'une provision ad litem de 15'000 fr.
Par jugement du 5 avril 2011, le Tribunal de première instance a partiellement fait droit aux conclusions de l'intéressée en condamnant son époux à s'acquitter d'une contribution de 5'000 fr. dès le 10 mars 2011 (ch. 3) et à verser une provision ad litem d'un montant de 8'000 fr. (ch. 4).
Le 26 août 2011, statuant sur appel de M. A.X._, la Cour de justice a condamné ce dernier à verser à son épouse, à titre de contribution à l'entretien de la famille, la somme de 20'556 fr. pour la période du 10 mars au 30 août 2011, puis de 3'000 fr. par mois dès le 1er septembre 2011, les allocations familiales étant dues en sus. La provision ad litem était maintenue dans son principe comme dans son montant.
Saisi d'un recours de M. A.X._, le Tribunal fédéral l'a partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité, a annulé l'arrêt cantonal et retourné la cause à la Cour de justice afin qu'elle détermine le revenu dont le recourant disposait mensuellement, cas échéant son revenu hypothétique, puis examine si son disponible lui permettait de verser les contributions d'entretien fixées ou s'il convenait de les réduire. La question liée à la provision ad litem a été laissée indécise (arrêt 5A_687/2011 du 17 avril 2012).
B.b Statuant sur renvoi le 14 septembre 2012, la Cour de justice a condamné M. A.X._ à verser à Mme B.X._, à titre de contribution à l'entretien de la famille, la somme totale de 40'550 fr. pour la période du 10 mars 2011 au 31 août 2012, puis de 3'000 fr. par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, dès le 1er septembre 2012. La provision ad litem a été confirmée dans son principe et son montant.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile le 22 octobre 2012, M. A.X._ conclut principalement à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement de verser à son épouse une contribution destinée à l'entretien de la famille d'un montant mensuel de 1'000 fr. du 1er mars au 1er avril 2011 et de 350 fr. à compter du 1er mai 2011; il demande également que l'intimée soit déboutée de ses conclusions en versement d'une provision ad litem. Subsidiairement, le recourant sollicite le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision; très subsidiairement, il réclame le constat de l'irrecevabilité de son recours faute d'intérêt juridique, indiquant à ce propos que son épouse a retiré sa demande unilatérale de divorce antérieurement au prononcé de l'arrêt attaqué.
Appelées à se déterminer, la Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimée s'en rapporte à justice, se limitant à observer que le recourant n'aurait aucun intérêt au recours.

Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2), rendue dans une cause de nature civile (art. 72 al. 1 LTF) et pécuniaire, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, art. 74 al. 1 let. b LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'autorité précédente. Dès lors que la décision querellée a été prise par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 75 LTF) statuant sur renvoi du Tribunal fédéral, le présent recours en matière civile est ouvert aux mêmes conditions que sous l'empire de l'ancien art. 66 OJ (arrêts 4A_71/2007 du 19 octobre 2007 consid. 2.2; 9C_522/2007 du 17 juin 2008 consid. 3.1 et les références).
2. Dès lors que la décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles (<ref-ruling> consid. 5.1), seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels (art. 98 LTF). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de ces droits que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités). Si le recourant se plaint d'arbitraire, il ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité précédente, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application de la loi insoutenable (<ref-ruling> consid. 3.2).
3. Le recourant indique qu'antérieurement au prononcé de l'arrêt attaqué, l'intimée a retiré sa demande unilatérale de divorce: il conclut ainsi très subsidiairement à ce que l'irrecevabilité de son propre recours au Tribunal fédéral soit constatée, faute d'intérêt juridique, et affirme son intérêt de fait à une telle constatation.
Contrairement toutefois à ce qui ressort de la motivation de l'intéressé développée en lien avec cette dernière conclusion, l'arrêt querellé continue à produire ses effets. Lorsque des mesures provisionnelles ont été ordonnées alors que l'action en divorce était pendante, mais que la litispendance cesse par la suite sans toutefois qu'un jugement de divorce n'ait été rendu, le juge des mesures provisionnelles n'est certes plus compétent pour modifier ces mesures, seul le juge des mesures protectrices l'étant désormais, aux conditions de l'art. 179 al. 1 CC; les effets des mesures provisionnelles ordonnées pour la durée de la vie séparée perdurent néanmoins tant que les parties demeurent séparées et que le juge des mesures protectrices ne les a pas modifiées sur requête des parties (<ref-ruling> consid. 3.2.2).
4. Rappelant que le recourant avait travaillé en tant que haut cadre dans le domaine bancaire à D._, les juges cantonaux en ont conclu qu'en admettant que les revenus générés par son activité au sein de sa société allaient se maintenir à 48'000 euros nets par an, il ne pouvait se satisfaire d'un tel salaire. Dit revenu se heurtait de surcroît à la réalité du train de vie mené par les parties durant la vie commune, dont il n'était pas contesté qu'il était élevé et assuré par les seuls revenus de l'intéressé. Cette situation confirmait ainsi l'hypothèse de revenus non déclarés.
Pour déterminer le revenu qu'il convenait d'imputer au recourant, la cour cantonale s'est fondée sur le Communiqué de presse de la Direction générale statistique et information économique belge du 12 octobre 2010. Selon ce document, le revenu d'un cadre supérieur belge est estimé à 5'892 euros bruts par mois (7'070 fr. 40) tandis que celui d'un dirigeant d'entreprise à 7'870 euros bruts par mois (9'444 fr.). Effectuant alors une moyenne entre ces deux revenus (8'300 fr., montant arrondi), puis en en déduisant les charges sociales invoquées (17%) par le recourant, la cour cantonale a fixé à 6'900 fr. le montant des revenus nets auxquels celui-ci pouvait prétendre du seul exercice d'une activité lucrative.
Il convenait d'ajouter à ce montant celui du revenu immobilier perçu par le recourant (2'400 fr.), pour en déduire ensuite ses charges, arrêtées par la cour cantonale à 2'864 fr., respectivement 3'415 fr. dès la reprise du droit de visite sur C._ en mars 2012.
Le disponible de l'intéressé se chiffrait ainsi à 6'436 fr., respectivement à 5'885 fr. dès mars 2012, tandis que l'intimée devait faire face à un déficit de 6'950 fr. avant le 1er mai 2011, respectivement 480 fr. dès cette date, puis de 325 fr. dès février 2012.
Sur le vu de ces différents éléments relatifs à la situation financière des parties, la Cour de justice en a déduit qu'il n'y avait pas lieu de prendre en considération leurs fortunes respectives. En tant que l'intimée assumait les soins quotidiens et l'éducation de l'enfant, le montant de la contribution d'entretien pour les mois de mars et d'avril 2011 pouvait être maintenu à 5'000 fr. Dès le 1er mai 2011, la contribution devait être réduite à 3'000 fr. par mois, montant qui n'était pas de nature à procurer à l'intimée un train de vie supérieur à celui, élevé, qui prévalait durant la vie commune.
5. Le recourant s'en prend essentiellement au montant du revenu que lui a imputé la cour cantonale.
5.1 Dans un premier grief, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir fixé son revenu en violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), la motivation quant à l'ampleur dudit revenu étant à son avis insuffisante.
5.2 Selon la jurisprudence, le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comporte, notamment, l'obligation pour le juge de motiver sa décision, afin que ses destinataires et toutes les personnes intéressées puissent la comprendre et l'attaquer utilement en connaissance de cause, et qu'une instance de recours soit en mesure, si elle est saisie, d'exercer pleinement son contrôle (cf. arrêt 2A.496/2006 du 15 octobre 2007 consid. 5.1.1 non publié in: 133 II 429 et les arrêts cités). Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il s'est fondé pour prendre sa décision (<ref-ruling> consid. 4.3 et les arrêts cités).
5.2.1 On ne saurait en l'espèce reprocher à la cour cantonale de ne pas avoir motivé les raisons l'amenant à fixer le revenu du recourant à 6'900 fr. La juridiction a en effet souligné l'expérience et la position professionnelle acquise par le recourant dans le domaine bancaire, circonstance expliquant sa référence aux statistiques contestées par l'intéressé. Celui-ci a par ailleurs parfaitement été en mesure de critiquer la motivation de l'arrêt attaqué en objectant que le renvoi aux dites statistiques était infondé (cf. infra consid. 5.3).
5.2.1 On ne saurait en l'espèce reprocher à la cour cantonale de ne pas avoir motivé les raisons l'amenant à fixer le revenu du recourant à 6'900 fr. La juridiction a en effet souligné l'expérience et la position professionnelle acquise par le recourant dans le domaine bancaire, circonstance expliquant sa référence aux statistiques contestées par l'intéressé. Celui-ci a par ailleurs parfaitement été en mesure de critiquer la motivation de l'arrêt attaqué en objectant que le renvoi aux dites statistiques était infondé (cf. infra consid. 5.3).
5.3 5.3.1 Le recourant se plaint ensuite d'arbitraire dans l'application de l'art. 176 CC, grief qui se recoupe avec celui de l'appréciation arbitraire des preuves dans la détermination de son revenu. A ce dernier égard, le recourant soutient que les statistiques auxquelles s'est référée la Cour de justice sont fondées sur des entreprises d'au moins 10 salariés alors que lui-même travaille dans une société active dans l'immobilier, dont il est le seul administrateur délégué, sa mère étant la Présidente. Il souligne également que son emploi dans la banque remonte à 2003. Le recourant en conclut que, vu son expérience professionnelle et le marché du travail belge, notoirement sinistré par la crise financière, il n'est pas en mesure de se transformer soudainement en dirigeant d'entreprise, avec une promotion lui permettant de diriger un minimum de 10 personnes. Il remarque également qu'il ne lui est pas envisageable d'obtenir immédiatement un poste de cadre supérieur impliquant une augmentation immédiate de ses revenus à 5'892 euros.
5.3.2 Lorsque le juge procède à la détermination du revenu d'une personne en appréciant les indices concrets à sa disposition, il détermine son revenu effectif ou réel; il s'agit d'une question de fait. En revanche, lorsque le juge examine quelle activité ou quelle augmentation de son activité on pourrait raisonnablement exiger d'une personne et quel revenu il lui serait possible de réaliser, le juge fixe son revenu hypothétique. Le juge doit à ce dernier égard examiner successivement les deux conditions suivantes: il doit avant tout établir si l'on peut raisonnablement exiger de cette personne qu'elle exerce une activité lucrative ou augmente celle-ci, eu égard, notamment, à sa formation, à son âge et à son état de santé; il s'agit d'une question de droit (arrêts 5A_99/2011 du 26 septembre 2011 consid. 7.4.1 non publié aux <ref-ruling> mais publié in: FamPra.ch 2012 228; 5A_18/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.1.1 et 5A_290/2010 du 28 octobre 2010 consid. 3.1 publié in: SJ 2011 I 177). Lorsqu'il tranche celle-ci, le juge ne peut cependant pas se contenter de dire, de manière toute générale, que la personne en cause pourrait obtenir des revenus supérieurs en travaillant: il doit préciser le type d'activité professionnelle que cette personne peut raisonnablement devoir accomplir. Il doit ensuite examiner si la personne a la possibilité effective d'exercer l'activité ainsi déterminée et quel revenu elle peut en obtenir, compte tenu des circonstances subjectives susmentionnées, ainsi que du marché du travail; il s'agit-là d'une question de fait (<ref-ruling> consid. 4.2.2.2; <ref-ruling> consid. 4c/bb; arrêts précités 5A_99/2011 consid. 7.4.1; 5A_18/2011 consid. 3.1.1 et 5A_290/2010 consid. 3.1).
5.3.3 Se référant à l'expérience du recourant dans le domaine bancaire et au train de vie mené par les parties durant la vie commune, lequel était élevé et assuré par les seuls revenus du mari, la cour cantonale en a conclu qu'un revenu annuel de 48'000 euros, tel qu'allégué par l'intéressé, n'était pas suffisant, et que celui-ci devait nécessairement percevoir des revenus non déclarés, revenus qu'elle a estimés en se référant aux statistiques contestées. Ce faisant, la cour cantonale n'a donc pas examiné si, concrètement, le recourant avait la possibilité effective de changer d'activité professionnelle et de trouver un emploi dans le domaine correspondant à sa formation et à son expérience professionnelle. Contrairement à ce que laisse ainsi paraître la conclusion cantonale, il faut retenir qu'en procédant de la sorte, la juridiction n'a pas imputé un revenu hypothétique au recourant, mais qu'elle a en réalité procédé à une appréciation de son salaire effectif, sur la base d'indices concrets. Or, le recourant ne critique pas les éléments de fait essentiels sur lesquels les juges ont fondé leur raisonnement (expérience, train de vie); le renvoi aux données fournies par la Direction générale de la statistique belge pour fixer le montant du revenu qu'il est susceptible de réaliser réellement ne saurait de surcroît être considéré comme arbitraire dès lors que ces données cernent sa catégorie professionnelle (cadre supérieur/cadre dirigeant) et servent de fondement à une simple estimation, appuyée par des indices factuels avérés; quant à la référence aux statistiques moyennes des employés belges à plein temps, souhaitée par le recourant, elle n'est en rien déterminante dès lors que ce document est d'ordre très général, les chiffres fournis étant exclusivement affinés en fonction de l'âge des travailleurs mais non selon leurs activités professionnelles.
5.4 Le recourant affirme encore que la cour cantonale aurait erré en omettant d'adapter sa charge fiscale au revenu qu'elle lui avait imputé: en retenant une charge fiscale belge de 54 fr. 90 (à savoir 46 fr. + 8 fr. 90) seulement, alors que l'impôt belge sur le revenu serait soumis à une forte progressivité, la Cour aurait clairement versé dans l'arbitraire.
En retenant les charges fiscales susmentionnées, alors qu'elle a imputé au recourant un revenu effectif plus élevé (6'900 fr., charges sociales déduites) que le revenu moyen perçu entre 2009 et 2011 (2'590 euros nets ou 3'245 euros bruts), la cour cantonale a manifestement versé dans l'arbitraire: elle aurait dû en effet estimer la charge fiscale du recourant en fonction du revenu effectif estimé. Partant, le recours doit être admis sur ce point et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle procède à l'estimation de la charge fiscale du recourant en fonction du revenu retenu et, le cas échéant, qu'elle fixe à nouveau les contributions d'entretien de l'épouse et de l'enfant en tenant compte du montant ainsi obtenu (cf. dans ce sens l'arrêt 5A_679/2011 du 10 avril 2012 consid. 10).
6. Dans un dernier grief, le recourant reproche à la cour cantonale de l'avoir condamné au versement d'une provision ad litem. Il invoque l'application arbitraire de l'art. 163 CC et l'appréciation arbitraire des faits.
6.1 D'après la jurisprudence, une provision ad litem est due à l'époux qui ne dispose pas lui-même des moyens suffisants pour assumer les frais du procès en divorce; le juge ne peut toutefois imposer cette obligation que dans la mesure où son exécution n'entame pas le minimum nécessaire à l'entretien du conjoint débiteur et des siens (<ref-ruling> consid. 4; arrêt 5A_826/2008 du 5 juin 2009 consid. 2.1). Il est néanmoins incontesté que l'obligation du mari d'affecter une part de son revenu à l'entretien de sa femme est prioritaire par rapport tant à la provision ad litem qu'à l'obligation de faire ses propres avances de frais de l'instance en divorce (cf. <ref-ruling> consid. 4).
Sur le vu du considérant précédent, le grief lié à la provision ad litem peut rester indécis. Dès lors toutefois que cette question dépend des moyens financiers dont dispose l'époux qui la requiert, la cour cantonale devra examiner la question du nantissement des actions H._ que l'intimée concède détenir tout en prétendant qu'elles garantiraient les différents prêts octroyés par sa soeur et son beau-frère.
7. En définitive, le recours doit être partiellement admis, l'arrêt cantonal est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Les frais judiciaires sont partagés entre les parties à raison de la moitié chacune et les dépens sont compensés (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour moitié à la charge du recourant et pour moitié à celle de l'intimée.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 24 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: de Poret Bortolaso