Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene Z._, Gipser von Beruf, gründete im Jahr .... die Firma R._ AG. Wegen Kniebeschwerden verkaufte er seinen Betrieb am .... . Seitdem arbeitet er in einem 50 %-Pensum für diese Firma und ist in den Bereichen Offertwesen, Ausmessungen, Chauffeurtätigkeiten sowie Kundenaquisition tätig. Z._ leidet an beiden Kniegelenken an Gonarthrose mit Chondrokalzinose bei Status nach Implantation einer Hemischlittenprothese links im Mai 2007. Am 27. März 2007 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Bezug von Leistungen an.
Aufgrund medizinischer Erhebungen und eines Abklärungsberichtes für Selbstständigerwerbende teilte die IV-Stelle Schwyz dem Versicherten mit Vorbescheid vom 20. Mai 2008 mit, bei einem Invaliditätsgrad von 32 % bestehe kein Rentenanspruch. Nach dagegen erhobenem Einwand hielt die IV-Stelle daran fest und wies das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 26. Juni 2008 ab.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 19. Dezember 2008 ab.
C. Z._ führt Beschwerde an das Bundesgericht mit den Anträgen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen sei der angefochtene Entscheid dahingehend abzuändern, dass ihm eine Invalidenrente zusteht. Eventualiter sei die Streitsache an die IV-Stelle Schwyz zu ergänzenden Abklärungen zurückzuweisen. Die IV-Stelle Schwyz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen und von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze richtig dargelegt. Hierauf wird verwiesen.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, seine gesundheitlichen Probleme hätten bereits im Jahr 2002 bestanden und seien immer schlimmer geworden. Ab 2004 hätten sie begonnen, sich auch deutlich auf seine Arbeitsfähigkeit auszuwirken. Verwaltung und Vorinstanz hätten den Invaliditätsgrad zu Unrecht in Anwendung der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs und nicht aufgrund des ausserordentlichen Bemessungsverfahrens des Betätigungsvergleichs mit erwerblicher Gewichtung festgestellt, wobei die Wahl der anwendbaren Methode der Invaliditätsbemessung eine Rechtsfrage beschlage. Die Feststellung der Vorinstanz, eine bereits ab dem Jahr 2004 bestehende körperliche Einschränkung bzw. Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit lasse sich aus den dürftigen Akten über diesen Zeitraum nicht belegen, bedeute eine offensichtlich unrichtige bzw. unvollständige Sachverhaltsfeststellung. Dem beiliegenden Bericht des Dr. S._ vom 10. Februar 2009 könne entnommen werden, wie sich die Krankengeschichte entwickelt hat. Dabei sei überwiegend wahrscheinlich, dass eine körperliche Einschränkung bzw. Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit bereits ab dem Jahr 2004 bestanden habe. Die Feststellungen der Verwaltung würden somit das Erfordernis des Beweismasses der überwiegenden Wahrscheinlichkeit verletzen, was vom Bundesgericht mit voller Kognition zu überprüfen sei. Aufgrund der Aktenlage sei klarerweise erstellt, dass das Geschäft des Beschwerdeführers erst mit dem Beginn der gesundheitlichen Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit nicht mehr gut gelaufen sei. Massgebend für das Valideneinkommen sei demzufolge der betriebliche Bruttogewinn. Da der Verlust in den einzelnen Jahresabschlüssen zu einem grossen Teil "behinderungsbedingt" zustande gekommen sei, wäre es offensichtlich unrichtig und rechtswidrig, wenn man den Verlust der Aktiengesellschaft beim Valideneinkommen miteinbeziehen würde. Schliesslich stelle auch der fehlende Beizug eines IK-Auszugs eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung dar und entspreche daher einer Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes. Selbst wenn man vom Zeitraum 2001 bis 2003 ausgehe, resultiere aus der Gegenüberstellung eines hypothetischen Invalideneinkommens von höchstens Fr. 52'000 auf der einen und des Valideneinkommens von mindestens Fr. 97'360.- auf der anderen Seite ein Mindereinkommen von Fr. 45'360.- und damit ein Invaliditätsgrad von immerhin 47 %, welcher den Anspruch auf eine Viertelsrente begründe.
3. Demgegenüber setzt sich die IV-Stelle in ihrer Vernehmlassung zur Beschwerde mit den Einwendungen des Beschwerdeführers auseinander und zeigt unter Hinweis auf die medizinischen Unterlagen und den Abklärungsbericht für Selbstständigerwerbende auf, dass die Argumente des Beschwerdeführers unbegründet sind. Dies gilt einerseits hinsichtlich der ärztlichen Fachmeinungen, welche von einer erheblichen und andauernden Einschränkung des Gesundheitszustandes des Versicherten erst ab Februar 2006 ausgehen: Nicht nur die Ärzte Dres. med. A._, W._ und G._, sondern auch Hausarzt Dr. med. S._ attestieren eine massgebliche Einschränkung der Arbeitsfähigkeit erst ab 2006. Wenn sodann die umfangreichen, mehrere Jahre erfassenden Buchhaltungsunterlagen die Firma R._ AG, Verwaltung und Vorinstanz dazu veranlasst haben, den Invaliditätsgrad in Anwendung des Einkommensvergleichs und nicht aufgrund des beantragten ausserordentlichen Bemessungsverfahrens (Betätigungsvergleichs mit erwerblicher Gewichtung) zu ermitteln, liegt darin keine Bundesrechtsverletzung. In der Tat sind genügend zuverlässige Zahlen für einen Einkommensvergleich vorhanden. Deren Aufarbeitung und Interpretation durch den Abklärungsbericht für Selbstständigerwerbende vom 9. Mai 2008 erscheint als fachgerecht und nachvollziehbar. Jedenfalls vermag keines der Vorbringen der Beschwerde die darauf gestützte Festlegung des Valideneinkommens auf Fr. 76'646.- als offensichtlich unrichtig darzutun (E. 1). Zudem ist im Rahmen der Einkommensvergleichsmethode der von einer Aktiengesellschaft erwirtschaftete Betriebsgewinn u.a. deshalb nicht einfach dem Erwerbseinkommen des geschäftsführenden Alleinaktionärs (unter Aufrechnung des bezogenen Eigenlohnes) gleichzusetzen, weil diesem dadurch auch jener Teil des Betriebsgewinnes zugerechnet würde, welcher nach den zwingenden aktienrechtlichen Vorschriften als Reservekapital in der Gesellschaft verbleiben muss und gar nicht als Dividende ausgeschüttet werden darf (Urteil S. vom 18. Januar 2000, I 5/99, E. 3b/bb).
Der angefochtene Entscheid, auf welchen verwiesen wird, beruht somit weder auf einer offensichtlich unrichtigen noch unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts, noch verstösst er sonstwie gegen Bundesrecht. Für die letztinstanzlich im Eventualbegehren verlangte Rückweisung an die IV-Stelle bleibt kein Raum.
4. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Dezember 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Scartazzini