Sachverhalt:
A. Die X._ A/S ist eine Gesellschaft mit Sitz in Kopenhagen. Sie ist Inhaberin eines in der Schweiz eingetragenen Patents für ein pharmazeutisches Produkt. Die Y._ AG ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Cham.
B. Am 1. September 2003 erhob die X._ A/S beim Handelsgericht des Kantons Bern gegen die Y._ AG eine Klage auf Unterlassung einer Patentverletzung und auf Leistung von Schadenersatz.
Zur Begründung der Zuständigkeit führte die Klägerin an, da ein internationaler Sachverhalt vorliege, sei das Lugano Übereinkommen anwendbar. Dieses sehe in Art. 5 Ziff. 3 vor, dass Klagen aus unerlaubter Handlung vor den Gerichten des Ortes erhoben werden könnten, an dem das schädigende Ereignis eingetreten sei. Dies sei im vorliegenden Fall Bern, da die Beklagte in einer Apotheke in Bern ein Produkt verkauft habe, welches das Patent der Klägerin verletze. Damit liege der Handlungs- und Erfolgsort der Patentverletzung in Bern.
Die Beklagte wendete ein, das Berner Handelsgericht sei örtlich nicht zuständig.
Mit Verfügung vom 24. November 2003 beschränkte der Instruktionsrichter das Verfahren auf die Frage der Zuständigkeit des Berner Handelsgerichts. Dieses verneinte seine Zuständigkeit und trat daher mit Urteil vom 1. April 2004 auf die Klage nicht ein.
C. Die Klägerin erhebt eidgenössische Berufung mit den Anträgen, das Urteil des Handelsgerichts vom 1. April 2004 sei aufzuheben, die Unzuständigkeitseinrede der Beklagten sei abzuweisen und die Streitsache sei zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Berufung richtet sich gegen ein Endurteil, weil das Verfahren durch den angefochtenen Entscheid beendet wird. Dieser ist berufungsfähig, da er eine Zivilrechtsstreitigkeit mit einem Streitwert von über Fr. 8'000.-- (Art. 46 OG), betrifft und er nicht durch ein ordentliches kantonales Rechtsmittel angefochten werden kann (Art. 48 Abs. 1 OG). Auf die form- und fristgerechte Berufung der durch den angefochtenen Entscheid belasteten Klägerin ist daher einzutreten.
2. 2.1 Das Handelsgericht nahm an, es liege ein internationaler Sachverhalt vor, da die Parteien ihre Sitze in verschiedenen Staaten hätten. Die Zuständigkeit sei daher nach den Normen des internationalen Zivilprozessrechts zu bestimmen.
2.2 Entgegen ihrer ursprünglichen Meinung macht die Klägerin vor Bundesgericht geltend, das Handelsgericht sei zu Unrecht von einem internationalen Sachverhalt ausgegangen. Es habe ausser Acht gelassen, dass die Frage des Auslandsbezugs nicht abstrakt, sondern im Einzelfall zu bestimmen sei. Dass immer dann ein internationales Verhältnis vorliege, wenn mindestens eine Partei ihren Wohnsitz im Ausland habe, sei lediglich eine Faustregel und dürfe nicht unbesehen auf jedes Rechtsverhältnis und jedes Rechtsgebiet angewendet werden. So werde die Auffassung vertreten, es liege kein internationales Verhältnis vor, wenn die Zuständigkeit des schweizerischen Richters wegen des hiesigen Domizils der Beklagten gegeben, schweizerisches Recht anwendbar und überdies die Vollstreckung des Urteils auf die Schweiz beschränkt sei. Der Fall liege erst dann anders, wenn die Beklagte im Ausland domiziliert sei, weil sich dann die Frage der gerichtlichen Zuständigkeit stelle. Demnach sei im vorliegenden Fall ein genügender Auslandsbezug zu verneinen, da die Klägerin eine Verletzung eines schweizerischen Schutzrechts durch eine in der Schweiz domizilierte Gesellschaft geltend mache und die Vollstreckung des Urteils auf die Schweiz beschränkt sei. Da somit kein internationales Verhältnis vorliege, richte sich die örtliche Zuständigkeit nach dem Bundesgesetz über den Gerichtsstand in Zivilsachen (Gerichtsstandsgesetz, GestG). Dieses sehe in Art. 25 vor, dass für Klagen aus unerlaubter Handlung - wozu nach einhelliger Lehre und Rechtsprechung auch Klagen aus Patentverletzungen gehörten - das Gericht am Wohnsitz oder Sitz der geschädigten Person oder der beklagten Partei oder am Handlungs- oder am Erfolgsort zuständig sei.
2.3 Das Gerichtsstandsgesetz kommt nur zur Anwendung, wenn kein internationales Verhältnis vorliegt (Art. 1 Abs. 1 GestG; vgl. auch der spiegelbildliche Art. 1 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes über das Internationale Privatrecht, IPRG). Ein internationales Verhältnis setzt einen über den schweizerischen Rechtsraum hinausreichenden Bezug voraus. Welcher Art und Intensität der Auslandsbezug sein muss, wird gesetzlich nicht definiert. Demnach ist im Einzelfall unter Berücksichtigung des Sachbereichs zu prüfen, ob ein genügender Auslandsbezug vorliegt (Volken, in: Zürcher Kommentar zum IPRG, 2. Aufl. 2004, N. 17 zu <ref-law>; Schnyder, in: Basler Kommentar, N. 2 zu <ref-law>, m.w.H.; Urteil des Bundesgerichts 5C.184/1995 vom 10. Januar 1996, E. 5a). So begründet zum Beispiel die ausländische Staatsangehörigkeit einer Partei nicht in jedem Sachbereich einen relevanten Bezug zum Ausland (Schnyder, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; Dominik Gasser, in: Gerichtsstandsgesetz, Kommentar zum Bundesgesetz über den Gerichtsstand in Zivilsachen, hrsg. von Franz Kellerhals et al., N. 16 zu Art. 1 GestG). Bezüglich des ausländischen Wohnsitzes einer Partei ist zu beachten, dass der Kommissionsberichterstatter Iten im Nationalrat zum Anwendungsbereich des IPRG ausführte, das Gesetz befasse sich mit Rechtsverhältnissen, die wegen des Wohnsitzes oder des Aufenthaltes der beteiligten Personen, wegen des Sitzes einer juristischen Person [oder] wegen der Natur des Geschäftes grenzüberschreitende Merkmale aufweisen (AB 1986 N S. 1282). Diese Aussage lässt darauf schliessen, der Gesetzgeber habe beim ausländischen Wohnsitz einer Partei unabhängig vom Sachbereich einen erheblichen Auslandbezug bejahen wollen. Dies wird durch <ref-law> bestätigt, der vorsieht, dass die Bestimmungen des Kapitels über die internationale Schiedsgerichtsbarkeit für Schiedsgerichte mit Sitz in der Schweiz gelten, sofern beim Abschluss der Schiedsvereinbarung wenigstens eine Partei ihren Wohnsitz oder ihren gewöhnlichen Aufenthalt nicht in der Schweiz hatte. Demnach liegt beim Wohnsitz bzw. Sitz einer Partei im Ausland immer ein internationales Verhältnis vor (Gasser, a.a.O., N. 16 zu Art. 1 GestG; einschränkend: François Knoepfler/Philippe Schweizer, Droit international privé suisse, 2. Aufl., S. 25 Rz. 19, welche annehmen, ein ausländischer Wohnsitz einer Partei begründe oft [souvent] einen genügenden Auslandbezug). Entsprechend hat das Bundesgericht in solchen Fällen stets ein internationales Verhältnis bejaht (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b S. 207; Urteil des Bundesgerichts 4C.477/1993 vom 13. Juni 1994, E. 4a). Dabei ist unerheblich, welche Partei ihren Sitz oder Wohnsitz im Ausland hat. Entgegen der Annahme der Klägerin schafft auch der ausländische Sitz der klagenden Partei bezüglich der Zuständigkeit einen internationalen Bezug. Dies entspricht der Formulierung von <ref-law> und dem Umstand, dass das IPRG regelmässig die Gerichte am Wohnsitz des Beklagten als zuständig erklärt (vgl. <ref-law>) und es damit auch Fälle erfasst, in denen die beklagte Partei in der Schweiz domiziliert ist.
2.4 Nach dem Gesagten ist das Handelsgericht zu Recht davon ausgegangen, auf Grund des Sitzes der Klägerin im Ausland liege ein internationales Verhältnis vor.
3. Im internationalen Verhältnis wird die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichte durch das IPRG geregelt, wobei völkerrechtliche Verträge vorbehalten sind (<ref-law>). Zu diesen Verträgen gehört das Übereinkommen über die gerichtliche Zuständigkeit und die Vollstreckung gerichtlicher Entscheidungen in Zivil- und Handelssachen (Lugano Übereinkommen, LugÜ; SR 0.275.11). Dieses geht von der Regel aus, dass Personen die ihren Wohnsitz im Hoheitsgebiet eines Vertragsstaates haben, ohne Rücksicht auf ihre Staatsangehörigkeit vor den Gerichten dieses Staates zu verklagen sind (<ref-law>). Unter dem Titel besondere Zuständigkeiten sieht <ref-law> Möglichkeiten vor, dass eine Person, die ihren Wohnsitz im Hoheitsgebiet eines Vertragsstaates hat, in einem anderen Vertragsstaat verklagt werden kann. So können gemäss <ref-law> Ansprüche aus unerlaubter Handlung vor dem Gericht des Ortes eingeklagt werden, an dem das schädigende Ereignis eingetreten ist.
3.1 Das Handelsgericht ging davon aus, der Gerichtsstand gemäss <ref-law> komme im vorliegenden Fall nicht zur Anwendung, weil die Beklagte mit Sitz in der Schweiz in diesem Land und nicht in einem anderen Vertragsstaat eingeklagt werde. Diese Einschränkung ergebe sich schon aus dem Wortlaut der Bestimmung und entspreche der herrschenden Lehre, welche zu Recht davon ausgehe, das Lugano Übereinkommen habe nicht den Sinn, die örtliche Zuständigkeit abweichend vom nationalen Recht festzulegen. <ref-law> bestimme daher nicht das innerstaatlich zuständige Gericht, sondern lege lediglich die internationale Zuständigkeit fest. Zur Bestimmung des in der Schweiz örtlich zuständigen Gerichts müsse daher das IPRG, vorliegend dessen Art. 109, herangezogen werden.
3.2 Die Klägerin rügt, das Handelsgericht gehe mit der herrschenden Lehre von einer zu wortlautbezogenen Auslegung von <ref-law> aus und lasse den Sinn und Zweck der besonderen Zuständigkeiten ausser Acht. Dieser bestehe darin, der Sach- bzw. Beweisnähe und der Prozessökonomie Rechnung zu tragen. Wenn demnach in <ref-law> wahlweise der Gerichtsstand des Erfüllungsortes zur Verfügung stehe, so habe dies gemäss der zutreffenden Meinung von Stefan Auer (in: Der internationale Rechtsverkehr in Zivil- und Handelssachen, hrsg. von Böckenstiegel/Geimer/Schütze, München 2003, Band II, S. 77 ff.) unabhängig davon zu gelten, ob der Erfüllungsort sich zufällig im Land befindet, in dem die beklagte Partei ihren Wohnsitz hat. Dasselbe müsse bezüglich des Gerichtsstandes am Handlungs- und Erfolgsort gemäss <ref-law> gelten.
3.3 Das Lugano Übereinkommen ist nach den Grundsätzen über die Auslegung eines internationalen Vertrages auszulegen (vgl. <ref-ruling> E. 2a/aa). Ein solcher ist nach Treu und Glauben in Übereinstimmung mit der gewöhnlichen, seinen Bestimmungen in ihrem Zusammenhang zukommenden Bedeutung und im Lichte seines Zieles und Zweckes auszulegen (Art. 31 Abs. 1 des Wiener Übereinkommens über das Recht der Verträge vom 23. Mai 1969; SR 0.111). Erscheint der Wortlaut einer Bestimmung als eindeutig, so ist von der daraus abgeleiteten Bedeutung nur abzuweichen, wenn aus dem Zweck der Norm, dem Zusammenhang oder seiner Entstehungsgeschichte mit Sicherheit auf eine vom Wortlaut abweichende Willenseinigung der Vertragsstaaten zu schliessen ist (<ref-ruling> E. 4b mit Hinweisen).
3.4 Nach der allgemeinen Zuständigkeitsvorschrift in <ref-law> sind die Gerichte des Vertragsstaates zuständig, in dem der Beklagte seinen Wohnsitz hat. In einem anderen Vertragsstaat kann er nach den besonderen Zuständigkeiten gemäss <ref-law> verklagt werden. Diese Zuständigkeiten kommen damit nach dem Wortlaut und der systematischen Stellung von <ref-law> im Verhältnis zu <ref-law> nur zur Anwendung, wenn in einem anderen als dem Wohnsitzstaat des Beklagten geklagt wird. Dafür, dass diese Bedeutung dem Zweck von Art. 5 widersprechen und dieser über den Wortlaut hinaus auch die Bestimmung des Gerichtsstandes innerhalb des Wohnsitzstaates des Beklagten regeln möchte, bestehen keine hinreichenden Anhaltspunkte. Demnach ist mit der herrschenden Lehre davon auszugehen, das Lugano Übereinkommen bestimme den Gerichtsstand im Wohnsitzstaat des Beklagten nicht (Reinhold Geimer, in: Europäisches Zivilverfahrensrecht, Kommentar zur EuGVVO, EuEheVO, EuZustellungsVO, zum Lugano Übereinkommen und zum nationalen Kompetenz- und Anerkennungsrecht, von Reinhold Geimer und Rolf A. Schütze, 2. Aufl. München 2004, N. 3 zu Art. 5 EuGVÜ/LugÜ; Jan Kropholler, Europäisches Zivilprozessrecht, Kommentar zu EuGVO und Lugano Übereinkommen, 7. Aufl. Heidelberg 2002, N. 4 vor Art. 5 EuGVO, je mit weiteren Hinweisen).
3.5 Nach dem Gesagten ist das Handelsgericht zu Recht davon ausgegangen, <ref-law> komme im vorliegenden Fall nicht zur Anwendung, da die Klägerin die Klage im Sitzstaat der Beklagten erhoben hat.
4. 4.1 Gemäss Art. 25 GestG können Klagen aus unerlaubter Handlung - wozu auch Verletzungen von Patentrechten gehören - unter anderem am Handlungs- oder Erfolgsort erhoben werden (vgl. Flavio Romerio, in: Gerichtsstandsgesetz, Kommentar zum Bundesgesetz über den Gerichtsstand in Zivilsachen, Hrsg. Müller/Wirth, N. 12 zu Art. 25 GestG). Dieser Gerichtsstand steht der Klägerin nicht offen, da sie als Gesellschaft mit Sitz im Ausland gemäss <ref-law> alleine bei den Gerichten am (Wohn-)Sitz der Beklagten klagen kann. Das Handelsgericht kam zum Ergebnis, diese Einschränkung der Wahlmöglichkeit des Gerichtsstandes für ausländische Gesellschaften verstosse nicht gegen das Abkommen über handelsbezogene Aspekte der Rechte an geistigem Eigentum vom 15. April 1994 (Agreement on Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights, TRIPS-Übereinkommen; SR 0.632.20 Anhang C1 zum Abkommen zur Errichtung der Welthandelsorganisation). Zur Begründung führte das Handelsgericht zusammengefasst an, das Prinzip der Inländerbehandlung gemäss Art. 3 Abs. 1 TRIPS-Übereinkommen erfasse gemäss Fn. 214 auch die Durchsetzung der Rechte an geistigem Eigentum und damit auch die Frage der gerichtlichen Zuständigkeit. Jedoch behalte Art. 3 Abs. 1 TRIPS-Übereinkommen gewisse Übereinkommen vor. Dazu gehöre die Pariser Verbandsübereinkunft zum Schutz des gewerblichen Eigentums, revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967 (PVUe; SR 0.232.04), welche in Art. 2 Abs. 3 vorsehe, dass unter anderem Rechtsvorschriften jeder der Verbandsländer über das gerichtliche und das Verwaltungsverfahren und die Zuständigkeit dem Grundsatz der Inländerbehandlung vorgehen würden. Daraus folge, dass von diesem Grundsatz in Zuständigkeitsfragen eine Ausnahme grundsätzlich zulässig sei. Zu beachten sei jedoch, dass gemäss Art. 3 Abs. 2 TRIPS-Übereinkommen Ausnahmen von der Inländerbehandlung nur zulässig seien, wenn diese mit Bestimmungen dieses Übereinkommens vereinbar sind und wenn sie nicht so angewandt werden, dass sie versteckte Handelsbeschränkungen darstellen. Eine Unvereinbarkeit mit den Bestimmungen des TRIPS-Übereinkommens sei zu verneinen, da dieses lediglich verlange, dass die Verfahren zur Durchsetzung von Rechten am geistigen Eigentum recht und billig, weder unnötig kompliziert noch kostspielig seien und keine unangemessenen Fristen oder ungerechtfertigte Verzögerungen mit sich brächten (Art. 41 Abs. 2 und Art. 42 TRIPS). Diese Voraussetzungen würden durch die örtliche Zuständigkeit nicht berührt. Auch stelle eine Einschränkung des Ausländers gegenüber dem Inländer im "forum shopping" keine versteckte Handelsbeschränkung dar. Eine solche könnte allenfalls vorliegen, wenn gewisse Gerichte kostspielige Zulassungsverfahren, wesentlich länger dauernde oder ineffizientere Rechtswege vorsehen oder prohibitive Kostenvorschüsse oder Sicherheitsleistungen verlangen würden. Dies sei in der Schweiz nicht der Fall, da die Gerichtssysteme in den verschiedenen Kantonen grundsätzlich gleichwertig seien. Daran ändere auch die Tatsache nichts, dass Patentsachen in gewissen Kantonen von Handelsgerichten und in anderen Kantonen durch die ordentlichen Gerichte beurteilt würden. Damit sei unabhängig vom Gerichtsstand ein wirksamer Schutz von Patenten gewährleistet. Demnach sei die Ausnahme vom Grundsatz der Nichtdiskriminierung hinsichtlich des Gerichtsstandes mit dem TRIPS-Übereinkommen vereinbar.
4.2 Die Klägerin macht geltend, das Handelsgericht habe bei seinen Ausführungen über die grundsätzliche Gleichwertigkeit der Schweizer Gerichtssysteme ausser Acht gelassen, dass es für die Klägerin ein grosser Vorteil sei, vor einem Gericht klagen zu können, das über Erfahrung in Patentsachen verfüge, wie zum Beispiel das Berner Handelsgericht. So habe das GATT-Panel in einem Entscheid vom 7. November 1998 entschieden, dass eine eingeschränkte Wahlmöglichkeit bezüglich der Gerichtsstände - je nachdem ob in- oder ausländische Produkte betroffen sind - eine ungünstigere Behandlung und damit eine prozessuale Diskriminierung zur Folge haben könne. Eine solche sei gemäss Art. 3 Ziff. 1 TRIPS-Übereinkommen unzulässig. Soweit das Handelsgericht anführe, gemäss Art. 2 Abs. 3 PVUe seien die Bestimmungen der Verbandsländer über die Zuständigkeit vorbehalten, lasse es unberücksichtigt, dass die Pariser Verbandsübereinkunft von 1967 datiere und sich seither die Rechtswirklichkeit, insbesondere bezüglich der Schaffung von Wahlmöglichkeiten hinsichtlich des Gerichtsstandes und den damit zusammenhängenden Vorteilen, erheblich geändert hätten.
4.3 Das Lugano Übereinkommen lässt Übereinkommen unberührt, denen die Vertragsstaaten angehören oder angehören werden und die für besondere Rechtsgebiete die gerichtliche Zuständigkeit, die Anerkennung oder die Vollstreckung von Entscheidungen regeln (<ref-law>). Zu diesen Übereinkommen gehört das TRIPS-Übereinkommen. Dieses sieht in Art. 3 Abs. 1 unter dem Titel "Inländerbehandlung" folgende Regelung vor:
"Die Mitglieder gewähren den Staatsangehörigen der anderen Mitglieder eine Behandlung, die diese gegenüber ihren eigenen Staatsangehörigen in Bezug auf den Schutz214 des geistigen Eigentums nicht benachteiligt, vorbehaltlich der bereits in der Pariser Verbandsübereinkunft (1967), der Berner Übereinkunft (1971), dem Rom-Abkommen oder dem Vertrag über den Schutz des geistigen Eigentums an integrierten Schaltkreisen vorgesehenen Ausnahmen. [...]"
In der Fussnote 214 wird zum Begriff Schutz festgehalten:
"Im Sinne der Artikel 3 und 4 schliesst «Schutz» die Angelegenheiten ein, welche die Verfügbarkeit, den Erwerb, den Umfang, die Aufrechterhaltung und die Durchsetzung der Rechte an geistigem Eigentum betreffen, sowie diejenigen Angelegenheiten, welche die Ausübung der in diesem Abkommen ausdrücklich behandelten Rechte an geistigem Eigentum betreffen."
Die Pariser Verbandsübereinkunft sieht in Art. 2 Abs. 3 folgende Ausnahme von der Inländerbehandlung vor:
"Ausdrücklich bleiben vorbehalten die Rechtsvorschriften jedes der Verbandsländer über das gerichtliche und das Verwaltungsverfahren und die Zuständigkeit sowie über die Wahl des Wohnsitzes oder die Bestellung eines Vertreters, die etwa nach den Gesetzen über das gewerbliche Eigentum erforderlich sind."
Diese Ausnahme erfasst die Zuständigkeit bzw. nach dem französischen Originaltext (Art. 29 Abs. 1 PVUe) "la compétence", worunter namentlich die Zuständigkeit im Prozess bezüglich Rechte am geistigen Eigentum zu verstehen ist (vgl. Karl-Heinz Fezer, in: Markenrecht, Kommentar zum Markengesetz, zur Pariser Verbandsübereinkunft und zum Madrider Markenabkommen, 3. Aufl. München 2001, N. 6 zu Art. 3 PVUe). Demnach ist bezüglich der Zuständigkeit eine Ausnahme von der Inländerbehandlung im Rahmen von Art. 3 Abs. 2 TRIPS-Übereinkommen zulässig. Diese Bestimmung schreibt vor:
"Die Mitglieder dürfen in Bezug auf Gerichts- und Verwaltungsverfahren, einschliesslich der Bestimmung einer Zustellungsanschrift und der Bestellung eines Vertreters im Hoheitsbereich eines Mitglieds, von den nach Absatz 1 zulässigen Ausnahmen nur Gebrauch machen, wenn diese notwendig sind, um die Einhaltung von Gesetzen und sonstigen Vorschriften sicherzustellen, die mit den Bestimmungen dieses Abkommens nicht unvereinbar sind, und wenn diese Praktiken nicht so angewandt werden, dass sie versteckte Handelsbeschränkungen darstellen."
Bei der Prüfung der Vereinbarkeit einer Ausnahme mit den Bestimmungen des TRIPS-Übereinkommen ist zu beachten, dass dieses insbesondere bezweckt, einen wirksamen und ausreichenden Schutz der Rechte am geistigen Eigentum zu fördern, bzw. sicherzustellen und diesbezüglich in Art. 41 und Art. 42 Minimalanforderungen stellt (vgl. Präambel zum TRIPS-Übereinkommen; vgl. Daniel Gervais, The TRIPS Agreement, Drafting History ans Analysis, 2. Aufl. London 2003, S. 101). Bezüglich der Zuständigkeit in der Schweiz ist zu beachten, dass Art. 76 des Bundesgesetzes über Erfindungspatente (SR. 232.14) den Kantonen vorschreibt, für die in diesem Gesetz vorgesehenen Zivilklagen eine Gerichtsstelle zu bezeichnen, welche für das ganze Kantonsgebiet als einzige kantonale Instanz entscheidet.
4.4 Wie das Handelsgericht zu Recht anführt, steht die für die Klägerin gegenüber inländischen Gesellschaften eingeschränkte Wahlmöglichkeit bezüglich des Gerichtsstandes im Widerspruch zum Prinzip der Inländerbehandlung gemäss Art. 3 Abs. 1 TRIPS-Übereinkommen. Dieser Widerspruch ist jedoch durch den Vorbehalt der Ausnahmen in der Pariser Verbandsübereinkunft gedeckt, da diese ein Abweichen von der Inländerbehandlung im Bereich der Zuständigkeit zulässt. Mit dieser Ausnahme wird im vorliegenden Fall nicht gegen die Bestimmungen des TRIPS-Übereinkommens verstossen, da mit dem Handelsgericht davon auszugehen ist, dass in der Schweiz unabhängig vom kantonalen Gerichtsstand ein dem TRIPS-Übereinkommen entsprechender Schutz der Rechte am geistigen Eigentum gewährleistet ist. Daran vermag der Umstand nichts zu ändern, dass gewisse kantonale Gerichte mit Patentprozessen wenig Erfahrung haben (vgl. dazu die Kritik von Werner Stieger, Unklares, Ungereimtes und Unvollendetes beim internationalen Patentprozess (in der Schweiz), in: Internationales Zivilprozess- und Verfahrensrecht III, Hrsg. Karl Spühler, S. 57 ff., S. 65 f). Alsdann ist nicht erkennbar und wird von der Klägerin auch nicht geltend gemacht, dass die fehlende Wahlmöglichkeit bezüglich des Gerichtsstandes zu einer versteckten Handelsbeschränkung führen würde. Demnach liegt die Ausnahme vom Prinzip der Inländerbehandlung bezüglich der örtlichen Zuständigkeit der staatlichen Gerichte in den von Art. 3 Abs. 2 TRIPS-Übereinkommen gezogenen Grenzen und ist damit zulässig. Der Einwand der Klägerin, eine Ausnahme von der Inländerbehandlung bezüglich der Zuständigkeit sei auf Grund der seit der Vereinbarung der Pariser Verbandsübereinkunft veränderten Verhältnisse nicht mehr gerechtfertigt, ist unbeachtlich, da Völkerrecht für das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden massgebend ist, und diese demnach nicht befugt sind, völkerrechtliche Übereinkommen an veränderte Verhältnisse anzupassen (<ref-law>).
5. Nach dem Gesagten ist die Berufung abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG). Bei der Bemessung der Parteientschädigung wird die Mehrwertsteuer im Rahmen des geltenden Tarifs pauschal berücksichtigt (Beschluss der Präsidentenkonferenz vom 8. Mai 1995).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 15'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Oktober 2004
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: