Sachverhalt:
A. Der 1957 geborene R._, gelernter Brautechniker, Vater von vier Kindern (geboren 1989, 1990, 2000 und 2001) war vom 1. Februar 1998 bis 31. Juli 2000 (letzter effektiver Arbeitstag: 3. März 2000) bei der X._ S.A. als Projektassistent angestellt und dadurch beim Fonds de Pensions X._ (im Folgenden: Fonds de Pensions), berufsvorsorgeversichert. Nach Beendigung dieses Arbeitsverhältnisses beantragte er bei einer Arbeitsfähigkeit von 50 % Leistungen der Arbeitslosenversicherung. Im Juni 2001 gründete er eine GmbH, in welcher er selbst tätig war, und meldete sich zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Nach Gewährung verschiedener beruflicher Massnahmen, auch zur Unterstützung der selbstständigen Tätigkeit, und einer polydisziplinären Untersuchung (internistisch, psychiatrisch, neurologisch) vom 24. Mai 2005 durch den Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD) sprach ihm die IV-Stelle mit Verfügung vom 23. September 2005 rückwirkend ab 1. Oktober 2004 eine halbe Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 50 % zu, nachdem zwar eine erhebliche Einschränkung der Arbeitsfähigkeit ab 1. Dezember 2001 bestanden hatte, R._ aber bis Ende September 2004 Taggelder im Rahmen beruflicher Massnahmen erhalten hatte.
Auf Einsprache hin veranlasste die IV-Stelle eine weitere medizinische Begutachtung (orthopädisch, psychiatrisch) durch das medizinische Gutachtenzentrum Y._ vom 15. November 2006. Die Gutachter schätzten die Arbeitsfähigkeit aus orthopädischer Sicht als Büroangestellter auf 80 % und in angepasster Tätigkeit auf 90 % bei voller Stundenpräsenz. Aus orthopädischer und psychiatrischer Sicht betrage die Arbeitsfähigkeit insgesamt in der bisherigen und auch in einer angepassten Tätigkeit bei voller Stundenpräsenz 35 %. Als Diagnosen genannt wurden: Hochgradige degenerative Spinalkanalstenose L2/3 bei deutlicher Diskusprotrusion und hypertropher Spondylarthrose sowie mehrsegmentäre mässige Spondylarthrose mit relativer Verdickung der Ligamenta flava speziell L4/5 und mässige linksseitige degenerative Foraminalstenose und eventuelle Irritation der Nervenwurzel L4 links, Präadipositas, akzentuierte Persönlichkeit mit narzisstischen und histrionischen Zügen, rezidivierende depressive Störung, mittelgradige Episode mit somatischem Syndrom gegenwärtig, schädlicher Gebrauch von Alkohol, schwergradiges obstruktives Schlafapnoe-Syndrom sowie intermittierende Cervicalgie. Mit Vorbescheid vom 22. März 2007 stellte die IV-Stelle die Ausrichtung einer halben Invalidenrente ab 1. Oktober 2004 und neu einer Dreiviertelsrente ab 1. Oktober 2005 samt vier Kinderrenten in Aussicht. Dies verfügte sie am 4. Juli 2007, wogegen R._ Beschwerde ans Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen erhob.
Mit Schreiben vom 27. September 2007 liess R._ beim Fonds de Pensions eine Invalidenrente beantragen, da er während des Arbeitsverhältnisses arbeitsunfähig geworden sei und dies zu seiner Invalidisierung geführt habe. Am 8. Januar 2008 verneinte der Fonds de Pensions seine Leistungspflicht.
B. Mit Klage vom 15. Dezember 2008 beantragte R._ die Ausrichtung einer BVG-Invalidenrente rückwirkend ab 1. Oktober 2004 gestützt auf den Invaliditätsgrad der Invalidenversicherung. In Gutheissung der Klage verpflichtete das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 6. April 2009 den Fonds de Pensions zur Ausrichtung einer Invalidenrente ab Oktober 2004 basierend auf einem Invaliditätsgrad von 62 % und ab März 2007 von 73 % zuzüglich Zins zu 5 % seit 15. Februar 2008, wobei die Angelegenheit zur Berechnung der Leistungen an die Beklagte überwiesen wurde.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Fonds de Pensions die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides beantragen; eventualiter sei in teilweiser Gutheissung der Beschwerde festzustellen, dass er R._ in dem in Dispositivziffer 1 des angefochtenen Entscheides festgelegten Rahmen lediglich eine BVG-Mindestleistung zu erbringen habe.
R._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde und ersucht um unentgeltliche Prozessführung, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. Im angefochtenen Entscheid werden die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorge und zu dem für die Leistungspflicht vorausgesetzten engen zeitlichen und sachlichen Zusammenhang zwischen einer während des Versicherungsverhältnisses eingetretenen Arbeitsunfähigkeit und der späteren Invalidität (Art. 23 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen sowie Art. 23a BVG in der ab 1. Januar 2005 geltenden Fassung; vgl. <ref-ruling> E. 2.6 S. 17; <ref-ruling> E. 3 S. 21 ff.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 275; <ref-ruling> E. 1c S. 264) sowie die Rechtsprechung zur Bindungswirkung der Beschlüsse der Invalidenversicherung für die berufliche Vorsorge (vgl. - zusammenfassend - SVR 2009 BVG Nr. 23 S. 97, 8C_539/2008 E. 2.3; ferner: <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 69; <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 273 f. [je mit Hinweisen]) zutreffend dargelegt. Ebenfalls richtig sind die übergangsrechtlichen Ausführungen des kantonalen Gerichts, wonach für den hier strittigen Leistungsanspruch ab Oktober 2004 sowohl die bis Ende 2004 gültig gewesenen als auch die im Zeitpunkt der leistungsablehnenden Mitteilung vom 8. Januar 2008 geltenden Bestimmungen des BVG anwendbar sind. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig ist der Anspruch des Beschwerdegegners auf eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge. Dabei steht insbesondere in Frage, ob der Vorsorgeversicherer an den Entscheid der Invalidenversicherung gebunden ist.
Während die IV-Stelle in ihren Verfügungen noch von einer erheblichen Arbeitsunfähigkeit ab 1. Dezember 2001 ausgegangen war, verneinte die Vorinstanz eine Bindungswirkung der Verfügungen der IV-Stelle und kam auf Grund eigener Prüfung zum Schluss, die psychisch begründete Arbeitsfähigkeit, welche später zur Rentenzusprache der Invalidenversicherung geführt habe, sei nicht erst am 1. Dezember 2001, sondern bereits während des Vorsorgeverhältnisses eingetreten. Zudem sei neben dem sachlichen auch der zeitliche Zusammenhang zwischen dieser Arbeitsunfähigkeit und der nachfolgend eingetretenen Invalidität gegeben, insbesondere, da der zwischenzeitliche Bezug von Arbeitslosentaggeldern von August 2000 bis November 2001 lediglich auf Grund einer teilweisen Vermittlungsfähigkeit erfolgt sei, der Beschwerdegegner von der Arbeitslosenversicherung wie von der Invalidenversicherung Hilfe zum Aufbau einer selbstständigen Tätigkeit erhalten, aber für 2002 nur rund Fr. 6'000.- beitragspflichtiges Einkommen abgerechnet habe und die von der Invalidenversicherung gewährten Umschulungen im Hinblick auf die Selbstständigkeit von Anfang an nicht planmässig verlaufen seien.
Demgegenüber macht der Beschwerdeführer geltend, entgegen der Auffassung der Vorinstanz bestehe eine Bindungswirkung der Vorsorgeeinrichtung gegenüber den Beschlüssen der Invalidenversicherung, da sie sich auf das von der IV-Stelle Verfügte berufen habe. Die Vorinstanz hätte deshalb das Ausmass und den Eintritt der massgebenden Arbeitsfähigkeit nicht selbstständig festlegen, sondern nur noch prüfen dürfen, ob der von der IV-Stelle angenommene Beginn der entscheidenden Einschränkung der Arbeitsfähigkeit am 1. Dezember 2000 (recte: 2001) offensichtlich unrichtig war. Solches habe sie jedoch nicht dargetan. Ohnehin fehle es am erforderlichen zeitlichen Zusammenhang, da der Aufbau der selbstständigen Tätigkeit in der GmbH von August 2001 bis August 2003 gedauert habe, er in dieser Zeit vollständig arbeitsfähig gewesen sei und eine derart lange Periode uneingeschränkter Arbeitsfähigkeit den zeitlichen Zusammenhang unterbreche.
4. 4.1 Grundsätzlich wird eine Bindungswirkung der Feststellungen der Invalidenversicherung für die Vorsorgeeinrichtung verneint, falls letztere nicht spätestens im Einspracheverfahren in das IV-rechtliche Verfahren miteinbezogen wurde (BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 273; <ref-ruling>). Hält sich die Vorsorgeeinrichtung hingegen im Rahmen des von der IV-Stelle Verfügten, ja stützt sie sich sogar darauf, ist das Problem des Nichteinbezugs des Vorsorgeversicherers in das IV-Verfahren gegenstandslos. In diesem Fall muss sich die versicherte Person die Verbindlichkeit der Feststellungen der Invalidenversicherung unter dem Vorbehalt offensichtlicher Unrichtigkeit des IV-Entscheides selbst dann entgegenhalten lassen, wenn die Vorsorgeeinrichtung im IV-Verfahren nicht beteiligt war (SZS 2004 S. 451, B 39/03). Ob die Vorsorgeeinrichtung an den Entscheid der Invalidenversicherung gebunden ist, ist eine Rechtsfrage, die vom Bundesgericht frei zu prüfen ist (<ref-law>). Dasselbe gilt für die Frage, ob eine allfällige Unrichtigkeit offensichtlich ist und aus diesem Grund die Bindungswirkung entfällt (SZS 2008 S. 383 E. 4.1.1, 9C_182/2007).
Wie der Beschwerdeführer zu Recht vorbringt, wurde ihm die Verfügung der IV-Stelle zwar nicht zugestellt, jedoch hat er sich verschiedentlich auf diese Verfügung, insbesondere auf den dort festgelegten Zeitpunkt des Beginns der Wartezeit bezogen, so auch im Schreiben vom 8. Januar 2008. Daher kommt, entgegen der Auffassung der Vorinstanz, die Verbindlichkeitswirkung der IV-rechtlichen Feststellungen im BVG-Prozess zum Zuge, es sei denn, diese seien offensichtlich unrichtig, was zu prüfen bleibt. Die insoweit rechtlich unrichtige Auffassung der Vorinstanz erlaubt und gebietet folgende zur Prüfung dieser Frage erforderliche ergänzende Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>):
4.2 Die Feststellungen der IV-Stelle, die massgebliche Arbeitsunfähigkeit sei im Dezember 2001 eingetreten, womit das Wartejahr begonnen habe, lässt sich nicht auf die medizinischen Akten stützen. Der Beschwerdegegner wurde vielmehr vom 22. bis 25. Februar 2000 und vom 3. bis 19. März 2000 arbeitsunfähig geschrieben. Auf den entsprechenden Attesten ist der Grund der Arbeitsunfähigkeit zwar nicht angegeben. Aktenkundig hielt sich der Beschwerdegegner aber vom 2. bis 28. April 2000 in der Klinik Z._ auf. Dr. med. H._, Chefarzt der Abteilung Psychosomatik dieser Klinik, attestierte im Bericht vom 26. Juli 2001 gestützt auf die Diagnose einer Anpassungsstörung mit längerer depressiver Reaktion eine vollständige Arbeitsunfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit als angestellter Informatiker bis Ende Juli 2000, sodann eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % ab 1. August 2000 bis Ende Juli 2001. Ab 1. August 2001 sei im neuen selbstständigen Beruf eine Arbeitsfähigkeit gegeben. Der Sachbearbeiter der IV-Stelle wies gegenüber dem RAD-Arzt darauf hin, "dass der VN vom 2.4.00 bis 31.7.01 während mehr als 12 Monaten zu 50-100% arbeitsunfähig geschrieben worden war". Ein später erstelltes Gutachten des RAD vom 7. Juni 2005 führte in der Anamnese eben diese Zeiten der früheren Arbeitsunfähigkeit auf. Auch das psychiatrische Gutachten der Fachstelle für Sozialpsychiatrie und Psychotherapie vom 9. Juli 2002 ging von einer Arbeitsunfähigkeit ab April 2000 aus. Diese mehrfachen Feststellungen von während des Vorsorgeverhältnisses eingetretenen Arbeitsunfähigkeiten deckt sich im Übrigen mit dem Schreiben der ehemaligen Arbeitgeberin des Beschwerdegegners: Am 24. Juli 2000 schrieb die X._ S.A. mit Bezug auf das Kündigungsschreiben vom 14. Februar 2000, der Beschwerdegegner sei seit 5. März 2000 krank geschrieben, weshalb sich die ausgesprochene Kündigung vom 30. April auf den 31. Juli 2000 verschiebe. Angesichts dieses Ablaufs ist die Festsetzung des Eintritts der massgeblichen Arbeitsunfähigkeit durch die IV-Stelle auf Dezember 2001 offensichtlich unrichtig. Vielmehr ist die psychisch bedingte Arbeitsunfähigkeit, wie die Vorinstanz im Ergebnis zutreffend festgestellt hat und wovon auch der Beschwerdeführer ausgeht, im Frühjahr 2000, mithin während der Dauer des Arbeitsverhältnisses eingetreten.
4.3 Das kantonale Gericht stellte sodann fest, dass die durch psychische Leiden begründete Arbeitsunfähigkeit vor Antritt des Arbeitsverhältnisses bei der X._ S.A. und vor Eintritt beim Beschwerdeführer nicht bestanden hatte, dass diese Leiden während des streitigen Vorsorgeverhältnisses entstanden sind und später zur Invalidität geführt haben. Betreffend die zeitliche Konnexität stellte die Vorinstanz mit überzeugender Begründung fest, diese sei durch den Versuch um Aufnahme einer selbstständigen Erwerbstätigkeit nicht unterbrochen worden. Diese tatsächlichen Ausführungen der Vorinstanz zur sachlichen und zeitlichen Konnexität dieser Arbeitsunfähigkeit und der in der Folge eingetretenen Invalidität sind nicht offensichtlich unrichtig. Damit ist der Beschwerdeführer grundsätzlich leistungspflichtig.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht im Eventualstandpunkt geltend, es seien nur die gesetzlichen Mindestleistungen geschuldet, nicht auch weitergehende Leistungen gestützt auf das Vorsorgereglement des Fonds de Pensions (Art. 8.1 des Reglements). Der gemäss Vorsorgereglement erforderliche dauernde Charakter der Arbeitsunfähigkeit sei erst nach der Zugehörigkeit des Beschwerdegegners zur Vorsorgeeinrichtung eingetreten. Unter Verweis auf Urteil 9C_54/2008 vom 9. Oktober 2008, welches das gleiche Vorsorgereglement zum Gegenstand hatte, macht er geltend, Art. 8.1 des Reglements sei eine restriktivere Lösung als die vom Gesetz vorgesehene.
Der Beschwerdegegner wendet hiezu ein, er habe bereits im April 2000 an einer Anpassungsstörung mit depressiver Reaktion gelitten; diese Krankheit habe letztlich auch zur Invalidität geführt. Die Vorinstanz geht schliesslich davon aus, dass Ziff. 8.3 (betreffend Teilinvalidität, mit Verweis auf Ziff. 8.1) vom gleichen Invaliditätsbegriff ausgehe wie die Invalidenversicherung.
5.2 Die von Beschwerdegegner und Vorinstanz vertretene Rechtsauffassung, welche vom Bundesgericht frei zu prüfen ist (<ref-law>), ist nicht zutreffend. Ziff. 8.1 des Reglements geht nicht vom gleichen Invaliditätsbegriff aus wie die Invalidenversicherung. Der Invaliditätsbegriff ist enger gefasst, es bedarf eines dauernden Charakters der Arbeitsunfähigkeit, die während des Arbeitsverhältnisses entstanden sein muss. Von einem dauernden Charakter der Arbeitsunfähigkeit während des Arbeitsverhältnisses kann nicht gesprochen werden, da nach Beendigung des Arbeitsverhältnisses bezüglich der bisherigen unselbstständigen Tätigkeit (BGE <ref-ruling> E. 5.3 S. 27) zwar noch eine vollständige Arbeitsunfähigkeit bestand, diese aber auf den 1. August 2001 terminiert wurde. Der Beschwerdegegner hat somit nur Anspruch auf die minimalen gesetzlichen Invalidenrentenleistungen, nicht aber auf die weitergehenden reglementarischen.
6. Der Beschwerdeführer obsiegt teilweise, indem seinem Eventualantrag stattzugeben ist. Es ist daher gerechtfertigt, die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>), wobei der auf den Versicherten entfallende Anteil auf die Gerichtskasse zu nehmen ist, nachdem seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege entsprochen werden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> hingewiesen, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist. Soweit der Beschwerdegegner obsiegt, hat er Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Daneben ist sein Rechtsvertreter im Rahmen der unentgeltlichen Verbeiständung aus der Gerichtskasse zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 6. April 2009 wird aufgehoben, soweit damit über die minimalen gesetzlichen Leistungen hinausgehende reglementarische Leistungen zugesprochen wurden. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer Fr. 250.- und dem Beschwerdegegner Fr. 250.- auferlegt. Der Anteil des Beschwerdegegners wird vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
4. Rechtsanwalt Marco Büchel wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'400.- ausgerichtet.
5. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. November 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke