Sachverhalt:
A. Der 1962 geborene A._ war zuletzt als selbstständiger Automechaniker erwerbstätig gewesen, als er sich am 4. Dezember 2002 unter Hinweis auf einen am 3. August 2001 erlittenen Autounfall bei der IV-Stelle des Kantons Aargau zum Leistungsbezug anmeldete. Die IV-Stelle sprach dem Versicherten mit Verfügung vom 11. Februar 2004 ab 1. August 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Zwei Revisionsverfahren in den Jahren 2005 und 2006 ergaben eine unveränderte Invalidenrente. In einem weiteren Revisionsverfahren holte die IV-Stelle eine Expertise beim Institut X._, (Gutachten vom 2. November 2009) ein. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens stellte die IV-Stelle die laufende Rente mit Verfügung vom 26. Mai 2011 auf Ende des der Zustellung der Verfügung folgenden Monats ein.
B. Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 1. November 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt A._, ihm sei unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides weiterhin eine Rente auszurichten; eventuell sei das angemessene Honorar des unentgeltlichen Rechtsvertreters des vorinstanzlichen Verfahrens per Ablauf der Rechtsmittelfrist des vorinstanzlichen Entscheides fällig zu erklären. In prozessualer Hinsicht beantragt der Versicherte einerseits die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung. Zudem stellt er ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Schliesslich sei die Beschwerdegegnerin anzuweisen, ein Register mit den compatibeln Dok-Nummern der dem Versicherungsgericht und dem unterzeichnenden Anwalt kopierten Akten zu edieren.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
1.3 Gemäss <ref-law> sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig. Die Voraussetzungen, unter denen die von der Versicherten neu eingereichten Unterlagen ausnahmsweise zulässig wären, sind vorliegend nicht erfüllt, so dass diese unbeachtet bleiben müssen.
1.4 Der Beschwerdeführer verlangt, die Beschwerdegegnerin sei anzuweisen, ein Register mit den compatibeln Dok-Nummern der dem Versicherungsgericht und dem unterzeichnenden Anwalt kopierten Akten zu edieren. Ein solches Register erscheint - jedenfalls im jetzigen Verfahrensstadium - entbehrlich, so dass dieses Gesuch abzuweisen ist.
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss <ref-law> die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Ändert sich der Invaliditätsgrad einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers erheblich, so wird in Anwendung von <ref-law> die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben (sog. Rentenrevision).
2.3 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob Vorinstanz und Verwaltung die Rente der Versicherten zu Recht auf Ende des der Zustellung der Verfügung folgenden Monats aufgehoben haben.
4. 4.1 Ein Revisionsverfahren nach <ref-law> kann von der Verwaltung jederzeit von Amtes wegen eingeleitet werden. Somit braucht entgegen den Rügen des Versicherten nicht geprüft zu werden, ob das Revisionsverfahren, welches nach Vorliegen des Gutachtens des Instituts X._ mit der angefochtenen Verfügung abgeschlossen wurde, aufgrund eines Hinweises aus der Bevölkerung eingeleitet wurde.
4.2 Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere aber gestützt auf das Gutachten des Instituts X._, für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, der Gesundheitszustand des Versicherten habe sich in der Zeit zwischen der ersten Rentenzusprache (11. Februar 2004) und der rentenaufhebenden Verfügung massgeblich verbessert. Insbesondere sei es bezüglich der posttraumatischen Belastungsstörung und der depressiven Störung zu einer Remission gekommen. Was der Beschwerdeführer gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. So hat die Vorinstanz nicht offensichtlich unrichtig festgestellt, der Versicherte verfüge über genügende Sprachkenntnisse, so dass der Beizug eines Übersetzers bei der Begutachtung entgegen seinen Vorbringen im Rechtsmittelverfahren entbehrlich war. Andere konkrete Indizien, welche gegen die Zuverlässigkeit des psychiatrischen Teilgutachtens sprechen würden (<ref-ruling> E. 4.4 S. 470) werden vom Versicherten nicht geltend gemacht.
4.3 Wie der Versicherte zu Recht selber schreibt, wurden die psychiatrisch relevanten Diagnosen auch im Bericht der Rehaklinik Y._ vom 1. Dezember 2003 (Eingang bei der IV-Stelle: 26. Januar 2005) noch gestellt. Unter Hinweis auf diesen Bericht bescheinigte Dr. med. M._ dem Versicherten am 24. Januar 2005 einen stationären Gesundheitszustand. Selbst wenn man daher gemäss den Vorbringen des Beschwerdeführers den für die Revision massgebende Zeitpunkt nicht wie die Vorinstanz auf den Erlass der ursprünglichen Verfügung (11. Februar 2004), sondern auf denjenigen der erstmaligen Bestätigung der Rente (15. Februar 2005) festlegen würde, so würde dies nichts daran ändern, dass sich der Gesundheitszustand im relevanten Zeitraum überwiegend wahrscheinlich massgeblich verbessert hat. Die Vorinstanz hat demnach zu Recht einen Revisionsgrund bejaht.
4.4 Das kantonale Gericht hat gestützt auf das erwähnte Gutachten des Instituts X._ grundsätzlich verbindlich festgestellt, der Versicherte sei ab dem Zeitpunkt des Gutachtens in der Lage gewesen, eine leichte bis mittelschwere Tätigkeit zu 80 % eines Vollzeitpensums auszuführen. Was der Beschwerdeführer gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Zwar trifft es zu, dass Dr. med. N._, FMH für Neurologie, in seinem Bericht vom 30. Juli 2010 gestützt auf eine Computertomographie vom 30. Juni 2010 eine Arthrose des linken Atlanto-Occipitalgelenkes diagnostiziert; aufgrund des Berichts des Dr. med. O._, Chefarzt Neurologie an der Klinik Z._, vom 29. Dezember 2010 ist aber davon auszugehen, dass eher die Spondylarthrose C2/3 im Vordergrund steht. Dieser Befund ist vereinbar mit jenem im Gutachten des Instituts X._, wonach leichte Veränderungen der Halswirbelsäule bestehen. Unerheblich ist im vorliegenden Verfahren, ob diese Veränderungen an der Wirbelsäule traumatischer oder degenerativer Natur sind. Somit enthalten diese Berichte keine hinreichend konkreten Indizien, welche gegen die Zuverlässigkeit und die Vollständigkeit des Gutachtens des Instituts X._ in den streitigen Belangen sprechen. Wie die Vorinstanz zudem unter Hinweis auf die Stellungnahme des Instituts X._ vom 1. Juli 2010 zutreffend erwogen hat, trifft dasselbe auch auf die Berichte des Dr. med. P._ und der Klinik für Schlafmedizin zu.
4.5 Der Beschwerdeführer verlangt vor einer allfälligen Renteneinstellung die Durchführung beruflicher Massnahmen. Die Rechtsprechung hat - jedoch nur in ganz besonderen Ausnahmefällen - nach langjährigem Rentenbezug trotz medizinisch wieder ausgewiesener Leistungsfähigkeit vorderhand weiterhin eine Rente zugesprochen, bis mit Hilfe medizinisch-rehabilitativer und/oder beruflich-erwerblicher Massnahmen das theoretische Leistungspotential ausgeschöpft werden kann (vgl. SZS 2009 S. 147, 9C_720/2007 E. 4.1). Es können im Einzelfall Erfordernisse des Arbeitsmarktes der Anrechnung einer medizinisch vorhandenen Leistungsfähigkeit und medizinisch möglichen Leistungsentfaltung entgegenstehen, wenn aus den Akten einwandfrei hervorgeht, dass die Verwertung eines bestimmten Leistungspotentials ohne vorgängige Durchführung befähigender Massnahmen allein mittels Eigenanstrengung der versicherten Person nicht möglich ist (SVR 2010 IV Nr. 9 S. 27, 9C_141/2009 E. 2.3.1). Wie das Bundesgericht in neueren Urteilen erkannt hat, ist diese Praxis jedoch auf Sachverhalte zu beschränken, in denen die revisions- oder wiedererwägungsweise Herabsetzung oder Aufhebung der Invalidenrente eine versicherte Person betrifft, die das 55. Altersjahr zurückgelegt hat oder die Rente mehr als 15 Jahre bezogen hat (Urteil 9C_228/2010 vom 26. April 2011; vgl. auch Urteil 9C_367/2011 vom 10. August 2011). Diese Voraussetzungen erfüllt der Beschwerdeführer nicht.
4.6 Kann eine Rentenaufhebung ohne berufliche Massnahmen abzuwarten vorgenommen werden und ist dabei von einer 80 %-igen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit auszugehen, so sind Verfügung und kantonaler Gerichtsentscheid nicht bundesrechtswidrig. Die Beschwerde ist somit im Hauptpunkt abzuweisen.
5. In seinem Eventualstandpunkt beantragt der Beschwerdeführer, das Honorar des unentgeltlichen Rechtsvertreters des vorinstanzlichen Verfahrens sei bereits per Ablauf der Rechtsmittelfrist des kantonalen Gerichtsentscheides für fällig zu erklären. Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nur berechtigt, wer ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat. Ein solches Interesse ist beim Beschwerdeführer nicht ersichtlich, so dass auf die Beschwerde diesbezüglich nicht einzutreten ist (vgl. auch die Rechtsprechung, wonach die unentgeltlich vertretene Partei nicht zur Beschwerde betreffend der Höhe des amtlichen Honorars seines Vertreters legitimiert ist: Urteil 8C_337/2007 vom 19. Februar 2008 E. 2.1 mit weiteren Hinweisen). Der Rechtsvertreter, welcher allenfalls persönlich ein schutzwürdiges Interesse an der Änderung des vorinstanzlichen Entscheides in diesem Punkt hat, hat selber keine Beschwerde erhoben.
6. 6.1 Mit diesem Entscheid in der Sache wird das Gesuch des Beschwerdeführers, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, gegenstandslos.
6.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Fürsprecher Dr. Hans A. Schibli, Baden, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. April 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer