Sachverhalt:
A.
A. und B.X._ erwarben im Jahr 2007 eine Eigentumswohnung in S._/BE. Dabei fielen Kosten für Notariatsdienstleistungen in der Höhe von Fr. 3'218.30, eine Handänderungssteuer von Fr. 9'810.--, Grundbucheintragungskosten von Fr. 350.--, Kosten für den Gläubigerwechsel beim Schuldbrief von Fr. 30.-- sowie Verwaltungskosten für den Vorbezug des Pensionskassenguthabens von Fr. 350.-- an.
B.
Mit Veranlagungsverfügungen vom 10. Juli 2009 verweigerte die Steuerverwaltung des Kantons Bern den Abzug der genannten Kosten und veranlagte A. und B.X._ bei den Kantons- und Gemeindesteuern auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 93'000.-- (Steuerperiode 2006) und Fr. 90'100.-- (Steuerperiode 2007) und bei der direkten Bundessteuer auf ein solches von Fr. 100'400.-- (2006) und Fr. 104'800.-- (2007). Die dagegen erhobenen Einsprachen wies die Steuerverwaltung des Kantons Bern am 12. Oktober 2009 ab. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern bestätigte diese Entscheide am 4. April 2012. Die anschliessenden Rechtsmittel beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern blieben erfolglos (Urteil vom 12. März 2013).
C.
Vor Bundesgericht beantragen A. und B.X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 12. März 2013 aufzuheben und die geltend gemachten Abzüge pro 2007 zuzulassen, eventuell den im Jahr 2006 geleisteten Vorschuss von Fr. 12'467.-- pro 2006 und die übrigen Kosten pro 2007 zum Abzug zuzulassen, subeventuell die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Steuerverwaltung des Kantons Bern, das Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) beantragen die Abweisung der Beschwerden.
D.
Die Beschwerdeführer haben am 16. September 2013 eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (Art. 29 Abs. 1 und Art. 95 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 250; <ref-ruling> E. 1 S. 44; <ref-ruling> E. 1 S. 369).
1.2. Die Vorinstanz hat die Verfahren betreffend direkte Bundessteuer und Kantonssteuern vereinigt und ein einziges Urteil gefällt. Die Beschwerdeführer fechten dieses Urteil mit einer einzigen Beschwerdeschrift an. Dies ist zulässig, sofern in der Beschwerde zwischen der direkten Bundessteuer und den Kantonssteuern unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit die beiden Steuerarten angefochten sind und wie zu entscheiden ist (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 263 f.; <ref-ruling> E. 4.2 S. 559). Diese Voraussetzungen sind vorliegend erfüllt.
Das Bundesgericht hat für die direkte Bundessteuer (2C_385/2013) und die Kantonssteuern (2C_384/2013) praxisgemäss separate Dossiers angelegt. Es rechtfertigt sich, die Verfahren zu vereinigen (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law> [SR 273]; Urteil 2C_309/2013 / 2C_310/2013 vom 18. September 2013 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.3. Angefochten ist mit dem Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor, weshalb die Eingabe als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen ist (Art. 82 ff. und Art. 90 BGG i.V.m. <ref-law> [SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Auf die fristgerecht eingerechte Beschwerde der hierzu legitimierten Beschwerdeführer ist einzutreten (Art. 89 Abs. 1 und Art. 100 BGG).
I. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Zur Ermittlung des Reineinkommens werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die Aufwendungen und allgemeinen Abzüge nach den Art. 26-33a DBG abgezogen (<ref-law>). Bei Liegenschaften im Privatvermögen können namentlich die Unterhaltskosten i.e.S., die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte von den steuerbaren Einkünften abgezogen werden (Art. 32 Abs. 2 Satz 1 DGB [in der Fassung bis 31. Dezember 2009]). Solche Unterhaltskosten (i.w.S.) sind mit Erzielung von Ertragseinkommen aus der Liegenschaft verbunden und stellen Gewinnungskosten dar (<ref-ruling> E. 3.1 S. 287; <ref-ruling> E. 3g S. 198; Urteil 2A.683/2004 vom 15. Juli 2005 E. 2.3, in: ASA 77 S. 161). Dabei wird bei den von der steuerpflichtigen Person selbst genutzten Liegenschaften vorausgesetzt, dass die Unterhaltskosten mit dem (steuerbaren) Eigenmietwert in unmittelbarem Zusammenhang stehen (Urteile 2C_390/2012 / 2C_391/2012 vom 7. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 691; 2C_878/2010 vom 19. April 2011 E. 5.1; 2A.683/2004 vom 15. Juli 2005 E. 2.5, in: ASA 77 S. 161). Die übrigen Kosten und Aufwendungen sind grundsätzlich nicht abziehbar (<ref-law>). Dies betrifft namentlich die Aufwendungen für den Unterhalt der steuerpflichtigen Person oder ihrer Familie (sog. Lebenshaltungskosten, <ref-law>) sowie die Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen (sog. Anlagekosten, <ref-law>).
2.2. Der Begriff der Anlagekosten nach <ref-law> umfasst die Anschaffungs-, Herstellungs- und wertvermehrenden Kosten. Zu den Anschaffungskosten zählen vorliegend die Kosten, die mit dem Erwerb der Liegenschaft zusammenhängen. Sie dienen der Schaffung einer Einkommensquelle und sollen damit auf unbestimmte Zeit hinaus die Erzielung eines Einkommens ermöglichen oder fördern (<ref-ruling> E. 3d S. 35; Urteil 2A.566/1996 vom 28. August 1997 E. 2d, in: ASA 67 S. 477; BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 250). Unter die Anschaffungskosten fallen neben dem Kaufpreis für das Grundstück auch Nebenkosten, soweit sie wesentlich durch die Anschaffung des Vermögenswerts veranlasst sind. Nicht erforderlich ist, dass die steuerpflichtige Person für jede einzelne Kostenposition einen entsprechenden Gegenwert erhält (vgl. Urteil 2A.369/1994 vom 20. November 1995 E. 3a, in: ASA 65 S. 750 [Baukreditzinsen]). Zu den Anlagekosten zählt das Bundesgericht bei der Überbauung einer Liegenschaft beispielsweise die Landkosten, die Baukosten, die Honorare für Architekten und Notare sowie gewisse weitere mit der Liegenschaft verbundene Finanzierungs- bzw. Investitionskosten wie namentlich die Baukreditzinsen (vgl. z.B. Urteile 2C_516/2011 / 2C_517/2011 vom 28. Dezember 2011 E. 3.1, in: StR 67/2012 S. 185; 2A.369/1994 vom 20. November 1995 E. 2b und 3a, in: ASA 65 S. 750; 2A.356/1989 vom 25. Juni 1990 E. 1a, in: ASA 60 S. 191; A.631/1987 vom 28. Oktober 1988 E. 2a, in: ASA 57 S. 654).
2.3. Die von den Beschwerdeführern geltend gemachten Kostenpositionen werden weder in der Liegenschaftskostenverordnung (SR 642.116) noch in der Verordnung der ESTV über die abziehbaren Kosten von Liegenschaften des Privatvermögens bei der direkten Bundessteuer (ESTV-Liegenschaftskostenverordnung; SR 642.116.2) näher geregelt. Die Kosten sind allesamt im Zusammenhang mit dem Erwerb der Liegenschaft angefallen. Dabei sind die Kosten für die Notariatsdienstleistungen, die Grundbucheintragung und den Gläubigerwechsel beim Schuldbrief sowie die Handänderungssteuer unmittelbar durch den Erwerb der Liegenschaft veranlasst und daher den Anschaffungs- bzw. Anlagekosten zuzurechnen. Ob dies auch für die Kosten des Vorbezugs des Pensionskassenguthabens gilt oder ob es sich bei ihnen um nicht abziehbare Finanzierungskosten handelt, kann mit der Vorinstanz letztlich offenbleiben. Jedenfalls gehören diese Kosten nicht zu den abziehbaren Unterhaltskosten, stellen mithin keine Gewinnungskosten dar, sondern zählen zu den übrigen Kosten und Aufwendungen nach <ref-law>, für die ein Abzug nicht zugelassen ist.
2.4. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer als unbegründet und ist abzuweisen.
II. Kantons- und Gemeindesteuern
3.
3.1. Die materielle Rechtslage bei den Kantons- und Gemeindesteuern entspricht derjenigen bei der direkten Bundessteuer. Zur Ermittlung des Reineinkommens werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die Aufwendungen und allgemeinen Abzüge abgezogen (Art. 9 Abs. 1 StHG; Art. 30 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 [Steuergesetz, StG; BSG 661.11; nachfolgend StG/BE]). Bei Grundstücken im Privatvermögen können namentlich die Unterhaltskosten, die Versicherungsprämien, die Liegenschaftssteuern der Gemeinde und die Kosten der Verwaltung durch Dritte abgezogen werden (Art. 36 Abs. 1 StG/BE). Zu den nicht abziehbaren Kosten und Aufwendungen gehören namentlich Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen (Art. 9 Abs. 4 StHG; Art. 39 lit. d StG/BE). Dazu zählen bei Grundstücken Planungs- und Vermessungskosten, Handänderungs- und Pfandrechtsabgaben, Notariatsgebühren, Kosten für die Errichtung von Grundpfandschulden, Vermittlungsprovisionen sowie weitere Kosten, die mit dem Erwerb oder der Veräusserung von Grundstücken verbunden sind (Art. 36 Abs. 4 StG/BE i.V.m. Art. 1 Abs. 2 lit. b der Verordnung des Kantons Bern vom 12. November 1980 über die Unterhalts-, Betriebs- und Verwaltungskosten von Grundstücken [VUBV; BSG 661.312.51]).
3.2. Das zur direkten Bundessteuer Ausgeführte gilt somit auch für die Kantons- und Gemeindesteuern. Die diesbezügliche Beschwerde erweist sich ebenfalls als unbegründet und ist abzuweisen.
III. Kosten
4.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_384/2013 und 2C_385/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern (2C_384/2013) wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_385/2013) wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichterin, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Egli