Sachverhalt:
A.
A.a. Die X._ AG (Bestellerin, Beklagte, Beschwerdeführerin) plante ab 2009 ein neues Zentrallager an ihrem Sitz in A._, Österreich. Im Hinblick darauf schloss sie mit der Y._ GmbH (Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdegegnerin; Sitz in B._, Deutschland) Werkverträge ab. Darin verpflichtete sich die Unternehmerin zur Herstellung und Montage von Regalanlagen nach den Vorgaben der Bestellerin.
A.b. Mit E-Mail vom 14. Oktober 2010 stellte die Unternehmerin der Bestellerin zwei Werkverträge zu, einen betreffend das Schnittholz- und Plattenlager sowie einen betreffend das Automatiklager. Auf den beiden letzten Seiten der Vertragsurkunden wurde auf die Verkaufs-, Liefer- und Zahlungsbedingungen sowie Montagebedingungen bei Montageausführung der Unternehmerin verwiesen sowie darauf, dass diese unter einer bestimmten Faxnummer angefordert werden könnten. In § 15.6 der Verkaufs-, Liefer- und Zahlungsbedingungen befindet sich eine Gerichtsstandsklausel mit folgendem Wortlaut:
"Sämtliche Streitigkeiten aus oder im Zusammenhang mit dieser Vertragsbeziehung (inklusive Streitigkeiten betreffend Gültigkeit und Auflösung dieses Vertrages und der Gültigkeit der Gerichtsstandsklausel) sind ausschliesslich durch die für die Stadt Zürich zuständigen Gerichte zu entscheiden; (...) Soweit gesetzlich zulässig sind vorgenannte Auseinandersetzungen in sachlicher Hinsicht ausschliesslich vom Handelsgericht des Kantons Zürich zu beurteilen. (...) "
Die Bestellerin unterzeichnete je das letzte Blatt der Vertragsurkunden und retournierte diese an die Unternehmerin.
A.c. Anlässlich einer späteren Änderung betreffend das Plattenlager wies die Unternehmerin darauf hin, dass ihre Bedingungen im Internet heruntergeladen werden könnten.
B.
Am 26. Juni 2012 reichte die Unternehmerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein und beantragte, die Bestellerin sei zur Zahlung von EUR 667'603.30 nebst Zins zu verurteilen. Es handelt sich dabei um angeblich ausstehende Beträge für ausgeführte Arbeiten. Mit Eingabe vom 22. Oktober 2012 erhob die Bestellerin die Einrede der Unzuständigkeit.
Mit Beschluss vom 11. Januar 2013 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Unzuständigkeitseinrede der Bestellerin ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. Februar 2013 beantragt die Bestellerin dem Bundesgericht, es sei der Beschluss des Handelsgerichts aufzuheben und die Unzuständigkeit des Handelsgerichts Zürich festzustellen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Beurteilung der Frage, ob eine gerichtsstandsbegründende Erfüllungsortsvereinbarung vorliege. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben unaufgefordert Replik und Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
1.1. Beim angefochtenen Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich handelt es sich um einen selbständig eröffneten Vorentscheid über die Zuständigkeit in einer Zivilsache (<ref-law>), gegen den nach <ref-law> die Beschwerde zulässig ist. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
1.2.
1.2.1. Die Beschwerdegegnerin bringt vor, die Einreichung einer Replik durch die Beschwerdeführerin sei prozessual unstatthaft und führe zu einer ungebührlichen Verlängerung des Verfahrens. Zudem habe die Beschwerdeführerin in der Replik in unzulässiger Weise ihre Beschwerde ergänzt und vier Urteile neu als Beweismittel eingereicht. Die Beschwerdeantwort habe dazu keinen Anlass gegeben, weshalb die Beweismittel aus dem Recht zu weisen seien.
1.2.2. Das Bundesgericht hielt mit Verfügung vom 5. April 2013 fest, ein zweiter Schriftenwechsel werde nicht angeordnet. Allfällige Bemerkungen hätten bis zum 22. April 2013 zu erfolgen. Diese Möglichkeit zur Einreichung von Bemerkungen dient der Wahrung des rechtlichen Gehörs (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 2.2 S. 99). Die Angabe eines Datums, bis zu welchem Bemerkungen eingereicht werden können, stellt insofern keine Fristansetzung dar, sondern konkretisiert lediglich die Rechtsprechung, wonach unaufgeforderte Bemerkungen umgehend einzureichen sind (BGE <ref-ruling> E. 2.2 S. 100, 100 E. 4.8; <ref-ruling> E. 3.3.4; vgl. auch Urteil 4A_332/2011 vom 21. November 2011 E. 1). Die Beschwerdeführerin war demnach befugt, weitere Bemerkungen einzureichen, was sie rechtzeitig tat.
Was die Berücksichtigung des Inhalts der Replik angeht, ist Folgendes festzuhalten: Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (<ref-law>). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf der Beschwerdeführer die Replik nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.3.4). Soweit die Beschwerdeführerin dies missachtet, können ihre Ausführungen nicht berücksichtigt werden.
1.2.3. Die vier von der Beschwerdeführerin eingereichten Urteile stellen zwar keine neuen Beweismittel i.S.v. <ref-law> dar, sondern sind Angriffs- bzw. Verteidigungsmittel rechtlicher Natur. Sie müssen indessen wie Rechtsgutachten innert der Rechtsmittelfrist eingereicht werden (<ref-ruling> E. 4b S. 96; <ref-ruling> E. 1 S. 71 f.; Urteil 4A_190/2007 vom 10. Oktober 2007 E. 5.1). Da die Dokumente erst nach deren Ablauf mit der Replik eingereicht wurden, sind sie für das vorliegende Verfahren unbeachtlich.
2.
Zwischen den Parteien ist die Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Zürich umstritten. Da die Beschwerdeführerin ihren Sitz in Österreich und die Beschwerdegegnerin den ihren in Deutschland hat, liegt ein internationaler Sachverhalt vor (<ref-ruling> E. 2.1 S. 483; <ref-ruling> E. 2). Im internationalen Verhältnis wird die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichte durch das IPRG geregelt, wobei völkerrechtliche Verträge vorbehalten sind (<ref-law>). Zu diesen Verträgen gehört das Lugano-Übereinkommen vom 30. Oktober 2007 (LugÜ; SR 0.275.12), das in der Schweiz am 1. Januar 2011 und in der Europäischen Union am 1. Januar 2010 in Kraft getreten ist. Damit ist der räumlich-persönliche und nach Art. 1 Ziff. 1 und 2 LugÜ auch der sachliche Anwendungsbereich gegeben. Da die Beschwerdegegnerin ihre Klage nach dem 1. Januar 2011 eingereicht hat, ist das LugÜ auch in zeitlicher Hinsicht anwendbar (vgl. <ref-law>).
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 2 und 23 Ziff. 1 LugÜ.
3.1. Nach <ref-law> sind Personen, die ihren Wohnsitz im Hoheitsgebiet eines durch dieses Übereinkommen gebundenen Staates haben, vorbehältlich anderer Vorschriften ohne Rücksicht auf ihre Staatsangehörigkeit vor den Gerichten dieses Staates zu verklagen. Haben die Parteien aber vereinbart, dass ein Gericht oder die Gerichte eines durch dieses Übereinkommen gebundenen Staates über eine bereits entstandene Rechtsstreitigkeit oder über eine künftige aus einem bestimmten Rechtsverhältnis entspringende Rechtsstreitigkeit entscheiden sollen, so sind nach <ref-law> dieses Gericht oder die Gerichte dieses Staates zuständig. Eine Gerichtsstandsvereinbarung muss nach <ref-law> schriftlich oder mündlich mit schriftlicher Bestätigung geschlossen werden (lit. a), in einer Form, welche den zwischen den Parteien entstandenen Gepflogenheiten entspricht (lit. b), oder im internationalen Handel in einer Form, die einem Handelsbrauch entspricht, den die Parteien kannten oder kennen mussten und den Parteien von Verträgen dieser Art in dem betreffenden Geschäftszweig allgemein kennen und regelmässig beachten (lit. c). Elektronische Übermittlungen, die eine dauerhafte Aufzeichnung der Vereinbarung ermöglichen, sind der Schriftform gleichgestellt (<ref-law>).
3.2. Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Beschwerdeführerin bestreite nicht, dass sie die Verträge unterzeichnet habe. Ebenso wenig bestreite sie, dass sich in § 15.6 der Verkaufs-, Liefer- und Zahlungsbedingungen der Beschwerdegegnerin eine an sich gültige Gerichtsstandsklausel befinde. Sie mache jedoch geltend, sie habe dieser Klausel nicht zugestimmt. Der Verweis darauf, dass die Bedingungen per Fax angefordert oder auf der Internetseite der Beschwerdegegnerin abgerufen werden könnten, sei nicht ausreichend. Bei Einhaltung der Formvorschriften nach <ref-law> sei aber davon auszugehen, dass eine tatsächliche Willenseinigung in Bezug auf die Gerichtsstandsvereinbarung vorliege. Es komme demnach nicht darauf an, ob die Beschwerdeführerin von den AGB tatsächlich Kenntnis genommen habe. Es genüge die Möglichkeit, darauf zuzugreifen. Auch wenn die AGB im Zeitpunkt des Vertragsschlusses nicht im Internet abrufbar gewesen wären, was die Beschwerdegegnerin mit Nichtwissen bestreite und wovon nicht leichthin ausgegangen werden könne, hätte die Beschwerdeführerin immer noch die Möglichkeit gehabt, die AGB unter der angegebenen Faxnummer anzufordern. Unter Anwendung des Vertrauensprinzips müsse auch erwartet werden, dass jede Partei einen Vertrag (und damit auch die AGB) sorgfältig prüfe, bevor sie ihn unterzeichne. Dazu gehöre auch, sich darum zu bemühen, Kenntnis von denjenigen Vertragsteilen zu erhalten, auf welche im Vertragstext bloss verwiesen werde.
3.3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die AGB hätten ihr im Zeitpunkt des Vertragsschlusses tatsächlich vorliegen müssen. Ein blosser Hinweis, die AGB könnten auf der Internetseite des Verwenders abgerufen werden, reiche ebenso wenig wie die Möglichkeit, die AGB per Fax anzufordern. Nur wenn die AGB beiden Parteien vorliegen würden, könne sichergestellt werden, dass diese der Gerichtsstandsvereinbarung tatsächlich zugestimmt hätten. Im Zusammenhang mit dem Abruf per Fax sei zudem zu beachten, dass dies kein automatisierter Vorgang sei, sondern die Beschwerdegegnerin eine entsprechende Nachfrage erst hätte verarbeiten müssen. Folglich stelle diese Abrufmöglichkeit lediglich eine Offerte zur Bestellung der AGB dar. Schliesslich werde in den Vertragsurkunden lediglich auf "Verkaufs-, Liefer-, Zahlungs- und Montagebedingungen" hingewiesen, nicht aber auf "Allgemeine Geschäftsbedingungen".
4.
Ob eine Gerichtsstandsvereinbarung nach <ref-law> gültig zustande gekommen ist, ist in autonomer Auslegung ohne Berücksichtigung des nationalen Rechts zu ermitteln (<ref-ruling> E. 5 S. 400; BERNHARD BERGER, in: Basler Kommentar, Lugano-Übereinkommen, 2011, N. 42 zu <ref-law>; GERHARD WALTER/TANJA DOMEJ, Internationales Zivilprozessrecht der Schweiz, 5. Aufl. 2012, S. 299; YVES DONZALLAZ, La Convention de Lugano, Bd. III, 1998, N. 6798; LAURENT KILLIAS, Die Gerichtsstandsvereinbarungen nach dem Lugano-Übereinkommen, 1993, S. 149 (nachfolgend: KILLIAS, Gerichtsstandsvereinbarungen); REINHOLD GEIMER/ROLF SCHÜTZE, Europäisches Zivilverfahrensrecht, 3. Aufl. 2010, N. 97 zu Art. 23 EuGVVO; WALTER LINDACHER, Internationale Gerichtsstandsklauseln in AGB unter dem Geltungsregime von Brüssel I, in: Festschrift für Peter Schlosser zum 70. Geburtstag, 2005, S. 496; JAN KROPHOLLER/JAN VON HEIN, Europäisches Zivilprozessrecht, 9. Aufl. 2011, N. 17 zu Art. 23 EuGVO; CHRISTOPH REITHMANN/DIETER MARTINY, Internationales Vertragsrecht, 7. Aufl. 2010, N. 6431). Die Rechtsprechung des EuGH zu dieser Bestimmung ist dabei grundsätzlich auch von den schweizerischen Gerichten zu beachten (<ref-ruling> E. 2.6 S. 392, 304 E. 5.3.1 S. 313; <ref-ruling> E. 4 S. 524; <ref-ruling> E. 3.2; je mit Hinweisen).
4.1. Um dem Schriftformerfordernis nach <ref-law> zu genügen, muss eine Gerichtsstandsklausel nicht direkt in die Vertragsurkunde aufgenommen werden, sondern kann auch in den AGB einer Vertragspartei enthalten sein. Diesfalls muss im Vertrag auf diese AGB, nicht aber auch auf die Gerichtsstandsklausel selbst hingewiesen werden ( BERGER, a.a.O., N. 42 zu <ref-law>; LAURENT KILLIAS, in: Lugano-Übereinkommen, Felix Dasser/Paul Oberhammer [Hrsg.], 2. Aufl. 2011, N. 96 zu <ref-law> (nachfolgend: KILLIAS, Lugano-Übereinkommen); derselbe, Gerichtsstandsvereinbarungen, a.a.O., S. 154; PETER SCHLOSSER, EU-Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 2009, N. 20 zu Art. 23 EuGVVO; KROPHOLLER/VON HEIN, a.a.O., N. 38 zu Art. 23 EuGVO; GEIMER/SCHÜTZE, a.a.O., N. 86 zu Art. 23 EuGVVO; REITHMANN/MARTINY, a.a.O., N. 6437; HÉLÈNE GAUDEMET-TALLON, Compétence et exécution des jugements en Europe, 4. Aufl. 2010, N. 138; differenzierend LINDACHER, a.a.O., S. 497 f.).
4.2. Umstritten ist die Frage, ob die AGB im Zeitpunkt des Vertragsschlusses beiden Parteien tatsächlich vorliegen müssen. Der EuGH hatte diese Frage bisher (nur) für den Fall zu beantworten, dass die Parteien im Vertragstext auf ein vorangegangenes Angebotsschreiben ausdrücklich Bezug nehmen, in dem seinerseits auf die eine Gerichtsstandsklausel enthaltenden AGB hingewiesen worden war. Diesfalls ist das Erfordernis der Schriftlichkeit nach dem EuGH nur gewahrt, wenn mit dem Angebot, auf das Bezug genommen worden ist, die die Gerichtsstandsklausel enthaltenden AGB der anderen Partei tatsächlich zugegangen sind (Urteil des EuGH vom 14. Dezember 1976 C-24/76 Estasis Salotti gegen RÜWA, Slg. 1976 S. 1842 Randnrn. 11 f.; dem folgend: WALTER/DOMEJ, a.a.O., S. 298; KILLIAS, Lugano-Übereinkommen, a.a.O., N. 97 zu <ref-law>; KROPHOLLER/VON HEIN, a.a.O., N. 36 zu Art. 23 EuGVO; GEIMER/SCHÜTZE, a.a.O., N. 87 zu Art. 23 EuGVVO). Ein Teil der Lehre vertritt die Ansicht, dass die AGB bei Vertragsschluss der Vertragspartei des AGB-Verwenders auch dann tatsächlich vorliegen müssen, wenn auf diese wie hier im Vertragstext selbst hingewiesen wird und nicht bloss in einem früheren Angebot, auf das im Vertrag Bezug genommen wird ( KROPHOLLER/VON HEIN, a.a.O., N. 35 zu Art. 23 EuGVO; REITHMANN/MARTINY, a.a.O., N. 6440; wohl auch PASCAL GROLIMUND, in: Lugano-Übereinkommen [LugÜ] zum internationalen Zivilverfahrensrecht, Anton K. Schnyder [Hrsg.], 2011, N. 22 zu <ref-law>, vgl. aber N. 23 zu <ref-law>). Der Hinweis, die AGB könnten auf der Internetseite des Verwenders abgerufen werden, reiche entsprechend nicht aus ( KROPHOLLER/VON HEIN, a.a.O., N. 35 zu Art. 23 EuGVO). Nach einer Gegenmeinung reicht es, wenn der andere Vertragsteil sich den Text der AGB durch Rückfragen unschwer und prompt verschaffen kann ( SCHLOSSER, a.a.O., N. 20 zu Art. 23 EuGVVO). Nach einer vermittelnden Meinung greift zwar keine Erkundigungsobliegenheit, der AGB-Verwender muss seinem Vertragspartner aber die Möglichkeit zumutbarer Kenntnisnahme in der Weise verschaffen, dass er ihm die AGB, die eine Gerichtsstandsklausel enthalten, bei Abschluss des Vertrages zugänglich macht ( GRAF VON WESTPHALEN/THÜSING, Vertragsrecht und AGB-Klauselwerke, 32. Aufl. 2013, Gerichtsstandsklauseln, N. 42; DONZALLAZ, a.a.O., N. 6834).
4.3. Die Formerfordernisse des <ref-law> sollen gewährleisten, dass eine Einigung zwischen den Parteien tatsächlich feststeht (<ref-ruling> E. 6 S. 400; Urteil des EuGH vom 19. Juni 1984 C-71/83 Tilly Russ gegen Nova, Slg. 1984 S. 2432 Randnr. 14 mit Hinweisen). Die in dieser Bestimmung aufgestellten Voraussetzungen für die Wirksamkeit von Gerichtsstandsvereinbarungen sind streng auszulegen, für die Erfüllung der Formerfordernisse werden mithin hohe Anforderungen gestellt (<ref-ruling> E. 6 S. 400; Urteil des EuGH Tilly Russ gegen Nova, Randnr. 14 mit Hinweisen; vgl. auch Urteil des EuGH vom 16. März 1999 C-159/97 Castelletti, Slg. 1999 I-1656 Randnr. 48; KILLIAS, Gerichtsstandsvereinbarungen, a.a.O., S. 146 f.; KROPHOLLER/VON HEIN, a.a.O., N. 38 zu Art. 23 EuGVO; REITHMANN/MARTINY, a.a.O., N. 6431). Eine Erkundigungsobliegenheit des Vertragspartners ist deshalb abzulehnen. Das Interesse am Einbezug der AGB in den Vertrag geht vom Verwender aus. Dieser hat seinem Vertragspartner vor Vertragsabschluss zumindest eine zumutbare Möglichkeit der Kenntnisnahme der AGB zu verschaffen.
4.4. Fraglich ist, ob ein Zugänglichmachen mit dem Hinweis, die AGB könnten auf der Internetseite des Verwenders oder über eine Faxnummer abgerufen werden, eine zumutbare Möglichkeit der Kenntnisnahme darstellt. Bei der Beantwortung dieser Frage ist zu beachten, dass selbst bei Übergabe der AGB an die andere Vertragspartei nicht sichergestellt ist, dass diese die AGB tatsächlich liest und von einer darin enthaltenen Gerichtsstandsklausel Kenntnis nimmt. Auch wenn sich eine Gerichtsstandsklausel im Vertragsdokument selbst befindet, ist nicht ausgeschlossen, dass ein Vertragspartner den Vertrag unterzeichnet, ohne die Gerichtsstandsklausel gelesen zu haben. Das Erfüllen der Formerfordernisse nach <ref-law> setzt denn auch nicht voraus, dass beide Parteien tatsächlich von der Gerichtsstandsklausel Kenntnis genommen haben (vgl. SCHLOSSER, a.a.O., N. 16 zu Art. 23 EuGVVO; DONZALLAZ, a.a.O., N. 6834; KILLIAS, Gerichtsstandsvereinbarungen, a.a.O., S. 155; GAUDEMET-TALLON, a.a.O., N. 138).
4.4.1. Kommunizieren die Parteien wie vorliegend per E-Mail, besteht nur ein vernachlässigbarer Unterschied zwischen dem Öffnen eines dem E-Mail beigefügten Dokuments, das die AGB enthält, und dem Aufrufen der Internetseite des AGB-Verwenders oder gar nur dem Anklicken eines entsprechenden Links. Der Verwendung dieser Kommunikationsform zum Abschluss des Vertrags kann weiter einerseits das Einverständnis der Vertragsparteien entnommen werden, das Internet für diesen Zweck zu nutzen. Andererseits ist damit auch sichergestellt, dass der Vertragspartner über die Möglichkeit der Internetnutzung verfügt. Unter diesen Voraussetzungen ist es dem Vertragspartner zumutbar, einem Hinweis des AGB-Verwenders auf seine Internetseite nachzugehen und die AGB dort zur Kenntnis zu nehmen. Ob ein blosser Verweis auf die Internetseite des Verwenders ohne Übergabe der AGB auch genügt, wenn die Parteien nicht per E-Mail kommunizieren, kann offengelassen werden.
4.4.2. Im Vergleich mit dem Abruf der AGB auf dem Internet ist die Bestellung der AGB per Fax umständlicher. Die Beschwerdeführerin weist zu Recht darauf hin, dass dabei der Fax vom AGB-Verwender wiederum beantwortet werden muss, was eine Zeitverzögerung bewirkt. Zudem besteht hier eine gewisse Nähe zur Erkundigungsobliegenheit, da der Vertragspartner zur Nachfrage beim AGB-Verwender gezwungen ist und nicht ohne dessen Zutun von den AGB Kenntnis nehmen kann. Dazu kommt weiter, dass Faxgeräte nicht mehr so verbreitet sind wie elektronische Geräte mit Internetzugang. Aus diesen Gründen stellt der Hinweis, die AGB könnten unter einer bestimmten Faxnummer abgerufen werden, keine zumutbare Möglichkeit der Kenntnisnahme dar und genügt den strengen Formerfordernissen des <ref-law> somit nicht. Es kann dem Verwender der AGB, wenn dieser die AGB schon zu Vertragsbestandteil machen will, zugemutet werden, diese entweder im Internet einfach und schnell zugänglich aufzuschalten oder aber dem Vertragspartner zusammen mit dem Vertrag (gegebenenfalls elektronisch) zuzustellen.
4.5. Dass die Formerfordernisse von Art. 23 Ziff. 1 lit. b oder c LugÜ erfüllt wären, wurde nicht geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich.
5.
Nach dem Gesagten ist die Rüge der Beschwerdeführerin teilweise begründet. Da in den Vertragsurkunden betreffend das Schnittholz- und Plattenlager sowie betreffend das Automatiklager lediglich darauf hingewiesen wurde, die AGB könnten unter einer bestimmten Faxnummer angefordert werden, ist mangels Einhaltung der Formerfordernisse nach <ref-law> anlässlich dieser Vertragsabschlüsse zwischen den Parteien keine Gerichtsstandsvereinbarung zustande gekommen. Aus dem festgestellten Sachverhalt geht aber hervor, dass die Beschwerdegegnerin anlässlich einer späteren Änderung betreffend das Plattenlager darauf hinwies, dass ihre Bedingungen im Internet heruntergeladen werden könnten. Die Vorinstanz hat offengelassen, ob die AGB zum Zeitpunkt des Vertragsschlusses im Internet abrufbar waren. Sollte dies der Fall gewesen sein, wäre zu prüfen, ob die Parteien anlässlich der Änderung eine Gerichtsstandsvereinbarung abgeschlossen haben. Sollten die AGB nicht abrufbar gewesen sein, so hätte die Vorinstanz zu prüfen, ob eine Erfüllungsortsvereinbarung besteht. Die Sache ist daher zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
6.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
Die Beschwerdeführerin dringt mit ihren Begehren nur teilweise durch. Da zum jetzigen Zeitpunkt zudem noch ungewiss ist, in welchem Umfang sie obsiegen wird, erscheint es gerechtfertigt, die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen (vgl. Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Beschluss des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 11. Januar 2013 wird aufgehoben. Die Sache wird zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juli 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier