Faits:
A.
Depuis le 24 juin 2005, le Ministère public de la Confédération (MPC) instruit une enquête pour blanchiment d'argent, gestion déloyale des intérêts publics et faux dans les titres. Dans ce cadre, il a ordonné le séquestre auprès de A._ (ci-après: la banque) de différents comptes bancaires, en particulier celui n o xxx de la société panaméenne X._ dont l'ayant droit économique était l'un des prévenus, B._. L'acte d'accusation a été déposé le 20 octobre 2011.
Par requête du 8 mai 2013, A._ a sollicité son admission en tant que partie à la procédure; cette demande a été rejetée par la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral (ci-après: la Cour des affaires pénales) - oralement le 13 mai 2013, puis par écrit le 21 suivant - en raison de sa tardiveté et de l'absence de pièce permettant d'attester de la vraisemblance de l'intérêt de la banque à se constituer participante dans cette cause. La Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (ci-après: la Cour des plaintes) a confirmé cette décision le 16 juillet 2013. Le 10 octobre 2013, la Cour des affaires pénales s'est prononcée sur les questions de la culpabilité et de la peine; en revanche, la partie du jugement relative aux confiscations devait intervenir vers fin novembre 2013.
A._ a demandé le 10 septembre 2013 la levée partielle du séquestre touchant le compte n o xxx, requête qui a été déclarée irrecevable par la Cour des affaires pénales le 26 septembre 2013, faute pour le requérant d'être partie à la procédure et de fait nouveau commandant de réexaminer cette question.
B.
Par arrêt du 22 novembre 2013, la Cour des plaintes a déclaré irrecevable le recours intenté par la banque contre cette décision. Si cette autorité a rappelé que A._ bénéficiait d'un intérêt juridiquement protégé pour recourir, celui-ci ne présentait pas un caractère d'actualité dès lors que, d'une part, la Cour des affaires pénales n'avait pas encore rendu de jugement confisquant les fonds séquestrés et que, d'autre part, le risque - soit le défaut de paiement sur les prêts accordés - couvert par le nantissement dont se prévalait la banque sur le compte n o xxx ne s'était pas produit.
C.
Par mémoire du 23 décembre 2013, A._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement, concluant à son annulation et au renvoi de la cause pour nouvelle décision à l'autorité précédente. A l'appui de son recours, il s'est notamment référé au prononcé de la Cour des affaires pénales du 29 novembre 2013.
Invitées à se déterminer, la Cour des plaintes a persisté dans les termes de sa décision les 8 et 28 janvier 2014, tandis que la Cour des affaires pénales a conclu au rejet du recours dans la mesure où il était recevable, renvoyant à ses arrêts des 21 mai et 26 septembre 2013. Quant au MPC, il a conclu en substance à l'irrecevabilité du recours en raison du prononcé du 29 novembre 2013 et, subsidiairement, à son rejet. Les 31 janvier et 6 février 2014, la banque recourante a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement les conditions de recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 133).
1.1. Selon l'<ref-law>, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral qui portent sur des mesures de contrainte, dont font partie les décisions relatives au séquestre (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 94). Les décisions d'irrecevabilité prises par cette autorité ne font pas exception et ne peuvent faire l'objet d'un tel recours que si elles se rapportent à une mesure de contrainte (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 94; arrêt 1B_24/2013 du 12 février 2013 consid. 2).
1.2. Sans tenir compte du défaut de qualité pour agir dans la cause elle-même, la partie recourante peut faire valoir la violation de ses droits procéduraux si le fait de ne pas en avoir tenu compte constitue un déni de justice formel. L'intérêt juridiquement protégé qu'exige l'<ref-law> ne découle pas, dans cette situation, d'une légitimation sur le fond, mais bien d'un droit de participer à la procédure. Peuvent ainsi être invoqués tous les griefs qui sont de nature formelle et qui peuvent être séparés de l'examen de la cause au fond. Ne sont en revanche pas recevables les griefs qui visent quant au résultat un examen matériel de la décision attaquée et le recourant qui n'a pas qualité pour recourir ne peut dès lors ni critiquer l'appréciation des preuves, ni faire valoir une motivation insuffisante (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44). Le recourant doit aussi justifier d'un intérêt actuel et pratique à ce que son grief - formel - soit examiné; cet intérêt s'apprécie en fonction des effets et de la portée d'une éventuelle admission du recours (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 2a p. 492).
En l'espèce, la banque recourante est particulièrement touchée par la décision attaquée lui déniant la capacité de recourir au sens du Code de procédure pénale, ne pouvant ainsi pas faire examiner ses griefs au fond (arrêts 1B_24/2013 du 12 février 2013 consid. 2; 1B_94/2012 du 2 avril 2012 consid. 1 publié in SJ 2012 I p. 353). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
Invoquant une violation de l'<ref-law>, A._ reproche aux juges précédents d'avoir considéré qu'il ne disposerait pas d'un intérêt juridique actuel à l'annulation de la décision de la Cour des affaires pénales du 26 septembre 2013.
2.1. Selon l'<ref-law>, toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci. Cet intérêt doit être actuel et pratique (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 299). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 276). Ainsi, l'existence d'un intérêt de pur fait ou la simple perspective d'un intérêt juridique futur ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 2b p. 42; <ref-ruling> consid. 1a p. 166; <ref-ruling> consid. 3c p. 53, 488 consid. 1a p. 490 et les arrêts cités). Une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède donc pas la qualité pour recourir et son recours est irrecevable (arrêt 1B_669/2012 du 12 mars 2013 consid. 2.3.1 et la référence citée).
Il n'est en outre renoncé à cette condition que si la contestation peut se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, si sa nature ne permet pas de la soumettre à une autorité judiciaire avant qu'elle ne perde son actualité et s'il existe un intérêt public suffisamment important à la solution des questions litigieuses en raison de leur portée de principe (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 208; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 300ss; <ref-ruling> consid 1.3 p. 276 s.; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 81 et l'arrêt cité).
2.2. En l'occurrence, la banque recourante soutient tout d'abord que son intérêt à recourir ne pouvait pas être nié en raison du fait que le risque de défaut sur les lignes de crédit accordées ne se serait pas encore réalisé. Ce faisant, elle reconnaît toutefois que ses créances ne sont pas impayées à ce jour. Elle ne démontre en outre pas qu'elle serait en droit de faire valoir préalablement à la réalisation du risque susmentionné les éventuelles prérogatives en matière de recouvrement qui lui auraient été concédées contractuellement par ses débiteurs lors de la constitution du gage.
Un intérêt actuel à recourir ne résulte pas non plus du jugement intervenu le 29 novembre 2013; si ce fait nouveau est postérieur à l'arrêt attaqué, il est recevable dès lors que la juridiction précédente a également motivé son prononcé par l'absence de décision de la Cour des affaires pénales sur la question des fonds séquestrés (<ref-law>). Selon tant la banque recourante que le MPC, il ressortirait de cet arrêt qu'une créance compensatrice en faveur de la Confédération à charge des héritiers de B._ aurait été ordonnée. Cette mesure ne nuit pas aux possibles droits de la recourante sur les fonds séquestrés - contrairement peut-être à ce qui aurait pu résulter d'un prononcé de confiscation (<ref-law>) - puisque le séquestre en vue de garantir une créance compensatrice ne crée pas de droit de préférence en faveur de l'Etat lors d'une exécution forcée (cf. art. 71 al. 3 2 ème phrase CP). La banque recourante, en tant qu'éventuelle créancière poursuivante, ne se trouve ainsi pas désavantagée par rapport à la Confédération, bénéficiaire de la créance compensatrice selon l'arrêt du 29 novembre 2013. En effet, l'Etat doit agir par la voie de la poursuite au sens de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP; RS 281.1) pour recouvrer sa créance, procédure dans laquelle elle ne bénéficie d'aucun droit préférentiel par rapport à d'autres poursuivants (arrêt 6B_694/2009 du 22 avril 2009 consid. 1.4.2; JEANNERET/KUHN, Précis de procédure pénale, 2013, no 14088; Florian Baumann, in BSK StGB I, 3ème éd. 2013, no 69 ad art. 70/71 CP; Madeleine Hirsig- VOUILLOZ, in ROTH/MOREILLON, Commentaire romand CP I, 2009, n o 34 ad <ref-law>). Cela vaut d'ailleurs d'autant plus en l'espèce que la banque recourante allègue pouvoir se prévaloir d'un droit de gage, circonstance lui concédant certains avantages en matière de poursuite (cf. en particulier les art. 151 ss et/ou 219 LP).
Au demeurant, le maintien du séquestre pénal permet aussi de garantir dans une certaine mesure à la banque le recouvrement de ses éventuelles futures créances, puisqu'en l'état ses débiteurs ne peuvent disposer de l'argent saisi.
Partant, la recourante ne disposait pas d'un intérêt juridique actuel à recourir en application de l'<ref-law>. C'est donc à bon droit que la juridiction précédente lui a dénié la qualité pour recourir.
2.3. La banque recourante se prévaut également en vain d'une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. Dès lors qu'elle ne remplissait pas les conditions de recevabilité, les autorités appelées à statuer sur ses demandes et sur ses recours n'avaient pas à examiner le fond des questions qui leur étaient soumises; une issue différente de celle envisagée par la recourante ne constitue en principe pas une violation du droit d'être entendu ou un déni de justice (arrêt 1B_789/2012 du 24 janvier 2013 consid. 2 in fine et les références citées). La banque ne prétend au demeurant pas avoir été privée de déposer des requêtes et sa possible qualité de tiers intéressé n'a pas été exclue de manière définitive par les différentes autorités pénales ayant examiné la cause. Ainsi, la Cour des affaires pénales a, le 26 septembre 2013, envisagé l'hypothèse de faits nouveaux pour un possible réexamen de la question. Quant à l'arrêt attaqué, seule l'actualité de l'intérêt juridique à recourir a été niée, constatation laissant sous-entendre que la situation pourrait évoluer.
3.
Privé de fondement, le présent recours doit donc être rejeté.
La banque recourante qui succombe supporte les frais de procédure (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas alloué de dépens.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de A._.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de A._, au Ministère public de la Confédération, à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral et à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 6 mars 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Merkli
La Greffière: Kropf