Faits:
A. X._ (ci-après: l'intéressée) est propriétaire de l'immeuble n° XXXX "Les Y._" à Saxon, à usage mixte, servant pour partie de dépôt et pour partie d'habitation louée à la saison à des ouvriers agricoles. Cet immeuble est raccordé au réseau d'adduction et d'évacuation des eaux de la Commune de Saxon.
Le 22 août 2007, la Commune de Saxon a notifié à l'intéressée une facture de taxes 2007 de 8'294 fr. 85 pour l'adduction et l'évacuation des eaux de l'immeuble n° 6563. Le montant facturé comprenait la location annuelle d'un compteur d'eau (60 fr.) ainsi que les taxes d'utilisation de base (adduction: 20 x 160 fr. et évacuation: 20 x 120 fr.) et de consommation (1900 m3 en l'absence de relevé du compteur coûtant 0.80 fr./m3 pour l'eau potable et 0.40 fr./m3 pour l'eau usée).
Par décision sur réclamation du 19 novembre 2007, la Commune a ramené la facture à 8'283 fr. 65, la consommation effective d'eau ayant été arrêtée à 1'891 m3. Par décision du 28 mai 2008, le Conseil d'Etat a rejeté le recours déposé par l'intéressée contre la décision sur réclamation. Contre cette décision, l'intéressée a interjeté recours auprès du Tribunal cantonal du canton du Valais.
B. Par arrêt du 3 octobre 2008, le Tribunal cantonal a rejeté le recours dans la mesure où il était recevable. Il a déclaré irrecevables les griefs dirigés contre l'imputation d'un versement 5'000 fr. effectué par l'intéressée à la commune ainsi que ceux concluant à l'annulation des dispositions de droit communal. Sur le fond, les taxes d'adduction et d'épuration litigieuses pouvaient être facturées au propriétaire de l'immeuble et non pas aux locataires. La commune pouvait percevoir une location pour le compteur d'eau. L'intéressée n'ayant pas remis de plans d'étage à jour contrairement à ses obligations de procédure, la facturation pouvait se fonder sur le relevé du Service technique communal du 28 avril 2004 qui faisait état de 20 unités de logement/ commerce. L'immeuble n'ayant aucune affectation agricole, il n'y avait pas lieu d'appliquer le régime prévu pour un usage agricole. Le prix unitaire à la consommation avait été dûment appliqué et les principes de couverture des frais, d'équivalence et d'égalité de traitement respectés. Il n'était pas nécessaire d'examiner les taux d'amortissement pratiqués par la commune de Saxon du moment que le principe de couverture des frais était respecté même si l'on ne tenait pas compte des amortissements.
C. Agissant par la voie du "recours de droit public", l'intéressée demande, sous suite de frais et dépens, l'annulation de l'arrêt rendu le 3 octobre 2008 par le Tribunal cantonal et de la décision rendue le 19 novembre 2007 par la Commune de Saxon.
Le Tribunal cantonal, le Conseil d'Etat et la Commune de Saxon ont renoncé à déposer des observations sur recours.
D. Par ordonnance du 10 décembre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif déposée par l'intéressée.

Considérant en droit:
1. La recourante a intitulé son mémoire « recours de droit public ». Cette voie de droit n'existe plus depuis l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). L'intitulé erroné du mémoire de recours ne saurait pourtant préjuger de la voie de recours ouverte, ni porter préjudice à la recourante, pour autant que son écriture remplisse les conditions formelles de la voie de droit ouverte (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 302/303, 308 consid. 4.1 p. 314; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 399), soit en l'occurrence le recours en matière de droit public.
1.1 Le recours est dirigé contre un jugement final (cf. <ref-law>) rendu dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d LTF), sans que l'on se trouve dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'<ref-law>. Le recours a en outre été déposé dans le délai (cf. <ref-law>) et, sous réserve des considérations ci-après, en la forme (cf. <ref-law>) prévus par la loi. La recourante étant destinataire de l'arrêt attaqué, elle a qualité pour recourir (<ref-law>).
1.2 La conclusion tendant à l'annulation de la décision rendue le 19 novembre 2007 par la Commune de Saxon est toutefois irrecevable, en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 302 s.).
1.3 D'après l'art. 86 al. 1 lettre d LTF, sous réserve d'une exception non réalisée en l'espèce, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance. La doctrine considère que cet article est le siège de l'exigence de l'épuisement des instances cantonales (ESTHER TOPHINKE, Bundesgerichtsgesetz, Commentaire bâlois, n° 10 ss ad <ref-law>). Ne peuvent par conséquent faire l'objet d'un recours en matière droit public que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité de dernière instance cantonale compétente s'est prononcée préalablement d'une manière qui la lie sous forme d'une décision. En ce sens, la décision attaquée détermine l'objet de la contestation qui peut être porté devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière de droit public. Dans la mesure, en revanche, où aucune décision n'a été rendue, la contestation n'a pas d'objet et un jugement sur le fond ne peut pas être prononcé. C'est pourquoi les conclusions qui vont au delà de l'objet de la contestation sont irrecevables (ULRICH MEYER/ISABEL VON ZWEHL, L'objet du litige en procédure de droit administratif, in Mélanges Pierre Moor, Berne 2005, p. 435 ss, n° 8, p. 439).
Sont par conséquent irrecevables les développements que la recourante consacre au versement et au sort d'un montant de 5'000 fr. ainsi que ceux qu'elle consacre à ce qu'elle considère comme de l'usure qui n'ont pas fait l'objet de l'arrêt attaqué.
2. 2.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les faits constatés de façon manifestement inexacte (soit arbitraire; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398) ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). La recourante peut soulever de tels vices relatifs à la constatation des faits si leur correction est susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>); toutefois, dans la mesure où elle se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits ou d'application inconstitutionnelle de règles de procédure cantonale, elle est tenue de se conformer aux exigences de motivation prévues à l'<ref-law>, soit d'exposer d'une manière circonstanciée ses griefs (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 ss) dans la mesure rappelée ci-dessous.
2.2 Pour le reste, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral et international (<ref-law>). Il n'est limité ni par les arguments des parties ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués devant lui ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de l'autorité attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 262; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Aux termes de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. L'acte de recours doit ainsi, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 30 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397 et la jurisprudence citée).
3. S'exprimant dans une écriture confuse, répétitive et pléthorique, la recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir violé son droit d'être entendue, les règles relatives à l'administration des preuves ainsi que les règles de procédure cantonale. Comme elle n'expose pas quelles règles de droit cantonal auraient été violées, les griefs soulevés doivent être examinés exclusivement à la lumière des principes déduits directement de l'art. 29 al. 2 Cst.
3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277). Le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait à établir est sans importance pour la solution du cas, qu'il résulte déjà de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avancé est impropre à fournir les éclaircissements nécessaires. L'appréciation anticipée des preuves ne constitue pas une atteinte au droit d'être entendu directement déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 6c/cc p. 135). Au même titre que toute appréciation des preuves, l'appréciation anticipée de celles-ci est soumise à l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5b p. 285 et les références citées).
3.2 La recourante reproche au Tribunal cantonal de n'avoir pas donné suite à son offre de preuve tendant à la production de toutes les factures des taxes d'eau et d'épuration qui ont subi une augmentation globale de 300%, de toutes les factures d'eau et d'épuration 2007 adressées aux agriculteurs, maraîchers et d'autres bâtiments qui ont des utilisations particulières ainsi que de toutes les factures d'eau 2007 qui ont reçu des augmentations de 1 à 2%. Ce moyen est dénué de fondement. Du moment que la recourante n'a pas démontré, en raison de caractère général de sa requête, que les factures en cause concernaient des bâtiments dont l'usage, la situation et la configuration étaient semblables au sien, le Tribunal cantonal pouvait renoncer à les administrer.
Quoi qu'en pense la recourante sur ce point, le Tribunal cantonal disposait en outre de la comptabilité de la commune pour les années 2006 et 2007; celle-ci comprenait les comptes de fonctionnement, d'investissement, d'amortissement ainsi que le bilan. Il n'y avait par conséquent pas de nécessité de produire d'autres pièces comptables pour examiner le respect du principe de la couverture des frais. Le droit d'être entendu de la recourante n'a pas été violé sur ce point.
4. La recourante reproche au Tribunal cantonal de n'avoir pas examiné des faits essentiels.
4.1 Elle estime que le Tribunal cantonal n'a pas tenu compte du fait que l'immeuble en cause était un bâtiment préfabriqué, qui avait toujours été utilisé comme dépôt de fruits d'une part et d'autre part comme petits logements et chambres meublés pour des ouvriers saisonniers agricoles et maraîchers. Il aurait dû constater qu'il s'agissait d'un bâtiment industriel, qui devrait être taxé à raison de 500 fr. par année comme les autres bâtiments (bâtiments destinés à l'industrie). Il aurait aussi dû constater qu'il s'agissait d'un immeuble à usage agricole, qui devrait bénéficier du régime légal applicable à de tels bâtiments. Sur ce point, autant qu'on puisse suivre son raisonnement, la recourante ne conteste ainsi pas la constatation des faits mais l'application du droit, qui sera examinée ci-dessous.
Elle fait en outre valoir que la moitié habitable ne comprend que "des chambres pour des ouvriers agricoles et saisonniers avec uniquement 6 petits appartement de 2 pièces" (mémoire de recours, p. 8). Elle n'expose toutefois pas en quoi les constatations du Tribunal cantonal ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. consid. 3 ci-dessus). Comme la recourante ne démontre pas en quoi le Tribunal cantonal aurait fait une application arbitraire des règles de la procédure cantonale, il n'est pas possible de tenir compte sur ce point d'un état de fait qui diverge de celui retenu dans l'arrêt attaqué.
4.2 La recourante fait référence aux anciennes factures (2002 à 2006) établies sous le régime des règlements communaux de 1964 et 1929 qui ont été abrogés par les nouveaux règlements communaux du 19 septembre 2005 (cf. art. 29 du Règlement d'eau potable et 35 du Règlement d'eaux usées). Elle fait également référence aux factures d'électricité liées à l'immeuble, au coût moyen suisse de mètre cube d'eau, à l'augmentation du coût de construction en Suisse et met en évidence des pourcentages d'augmentation entre les factures antérieures à 2007 et les factures en cause. Elle se contente ce faisant de présenter des généralités sur un mode appellatoire sans démontrer en quoi les constatations de faits du Tribunal cantonal seraient arbitraires. Ne répondant pas aux exigences de motivations des art. 97 et 106 al. 2 LTF, ces remarques sont irrecevables.
4.3 Elle prétend aussi que les compteurs d'eau sont à la fois vendu et mis en location d'après les comptes 2006 de la commune qui comprennent un poste vente de compteurs d'eau, ce qui serait arbitraire. Il est vrai que les comptes de fonctionnement comprennent un poste "Vente de compteurs d'eau". Comme l'a jugé le Tribunal cantonal, ce poste prend appui sur l'art. 18 al. 5 du Règlement d'eau potable, qui prévoit que toute détérioration du compteur est portée en compte de l'abonné. Ce compte prend par conséquent en considération les montants versés pour compenser la détérioration de compteurs d'eau. Le montant modique (environ 1'800 fr.) comptabilisé en 2006 corrobore ce fait. La recourante n'a au demeurant rien démontré en relation avec son compteur d'eau.
4.4 La recourante se plaint de ce que le Tribunal cantonal n'a examiné ni les comptes ni les taux d'amortissements comptabilisés par la commune de Saxon. Dans la mesure où il est recevable, puisqu'elle n'explique pas en quoi la correction du vice serait susceptible d'influer le sort de la cause, le grief de la recourante n'a en réalité pas pour but de dénoncer l'établissement inexact des faits mais bien la violation du principe de couverture des frais. Ce grief sera examiné ci-dessous.
5. 5.1 L'art. 3a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20) dispose que celui qui est à l'origine d'une mesure en supporte les frais. A cet égard, l'<ref-law>, relatif aux financements des mesures, prévoit que les cantons veillent à ce que les coûts de construction, d'exploitation, d'entretien, d'assainissement et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux concourant à l'exécution de tâches publiques soient mis, par l'intermédiaire d'émoluments ou d'autres taxes, à la charge de ceux qui sont à l'origine de la production d'eaux usées.
Il ressort du Message qu' « aux termes de la réglementation proposée, la Confédération n'introduit pas elle-même les émoluments nécessaires, mais charge les cantons de le faire dans les limites des conditions-cadres qu'elle a édictées (...). A cet égard, les cantons peuvent décider s'ils veulent agir eux-mêmes ou s'ils préfèrent déléguer l'élaboration de la législation d'exécution à des collectivités locales » (Message du Conseil fédéral du 4 septembre 1996 relatif à la modification de la loi fédérale sur la protection des eaux, in FF 1996 IV 1213 ss, p. 1219 s. et 1227). Le Tribunal fédéral a déjà jugé que, même si les conditions-cadres de l'<ref-law> augmentent les exigences quant aux critères de répartition des frais, il incombe encore aux droits cantonal et communal, qui conservent à cet égard un caractère autonome, de les concrétiser (<ref-ruling> consid. 1b/cc p. 50 s.).
5.2 Dans le canton du Valais, sous réserve des législations cantonale et fédérale, la commune municipale a notamment pour attribution l'alimentation en eau potable, l'évacuation et l'épuration des eaux usées (art. 6 lettre e de la loi valaisanne du 5 février 2004 sur les communes [LCo; RSVS 175.1]). D'après les art. 14 et 15 de la loi valaisanne du 16 novembre 1978 concernant l'application de la loi fédérale sur la protection des eaux contre la pollution (LALPEP; RSVS 814.2), la commune peut prélever des contributions et des taxes pour assurer le financement de la construction et de l'exploitation des réseaux d'égouts et des stations d'épuration d'eaux usées et percevoir une contribution unique, exigible de tous les propriétaires fonciers dont les terrains sont situés à l'intérieur d'un plan de zones à bâtir ou du périmètre du réseau d'égouts, une taxe unique de raccordement exigible au moment de l'établissement du raccordement de l'égout privé au réseau public, une taxe annuelle d'utilisation des canalisations, exigible de tous les propriétaires d'immeubles raccordés au réseau d'égouts publics et une taxe annuelle d'épuration, exigible de tous les propriétaires d'immeubles raccordés au réseau d'égouts public dès la mise en service de la station. Les taxes qu'elle perçoit à cet effet tiennent compte de l'amortissement des investissements, des frais d'entretien et d'exploitation et de la constitution d'un fonds de renouvellement et sont fixées dans un règlement déterminant au moins le montant maximal, le mode de perception et les personnes assujetties (art. 105 LCo). La commune est tenue d'édicter un règlement et des directives sur l'exploitation des réseaux d'égouts et l'épuration des eaux (art. 19 LALPEP).
5.3 Conformément à ses attributions, la Commune de Saxon s'est dotée d'un Règlement communal du 19 septembre 2005 d'eau potable et d'un Règlement communal du 19 septembre 2005 des eaux usées. Ces deux règlements ont été approuvés par l'Assemblée Primaire le 12 octobre 2005 et homologués par le Conseil d'Etat le 25 janvier 2006.
D'après l'art. 22 du Règlement d'eau potable, la commune perçoit une taxe de raccordement ainsi qu'une taxe annuelle d'utilisation pour l'adduction d'eau dont le montant est constitué d'une taxe de location du compteur, d'une taxe de base et d'une taxe de consommation correspondant au nombre de mètres cubes d'eau potable utilisés. D'après l'art. 28 du Règlement des eaux usées, la commune perçoit aussi une taxe annuelle d'utilisation pour l'évacuation des eaux usées dont le montant est constitué d'une taxe de base et d'une taxe de consommation correspondant au nombre de mètres cubes d'eau potable utilisés.
Selon les art. 23 du Règlement d'eau potable et 29 du Règlement des eaux usées, les taxes figurent dans un tarif spécial annexé et faisant partie intégrante des règlements (ci-après: les Tarifs). Le Conseil communal est compétent pour fixer les taxes dans les limites (fourchettes) prévues dans les Tarifs de façon à couvrir les frais propres au service des eaux usées et à permettre de maintenir le réseau ainsi que ses installations dans un état optimal prenant en compte les besoins des usagers en qualité et en quantité. Les taxes décidées par le Conseil communal ne sont pas soumises à homologation par le Conseil d'Etat.
Le Tarif annexé au Règlement d'eau potable prévoit ce qui suit :
"II. TAXES ANNUELLES D'UTILISATION
1) Location du compteur
- pour les compteurs de 1/2" à 1 1/4" Fr. 30.00 à Fr. 60.00
- pour les compteurs de 1 1/2" et plus Fr. 60.00 à Fr. 120.00
2) Base
a) pour les habitations d'un seul logement
- forfait annuel Fr. 180.00 à Fr. 230.00
b) pour les bâtiments de plusieurs unités (logements/commerces)
- forfait annuel par unité de logement Fr. 150.00 à Fr. 200.00
c) pour les autres bâtiments
- commerces importants en surface ou en volume,
usines, industries Fr. 500.00 à Fr. 4'000.00
- foyers, homes, pensions (par lit) Fr. 40.00 à Fr. 80.00
- gîtes, hôtels, colonies (par lit) Fr. 13.00 à Fr. 20.00
d) pour les robinets de jardin ou de cuisine
- forfait annuel Fr. 180.00 à Fr. 230.00
3) Consommation
- par mètres cubes d'eau utilisés Fr. 0.80 à Fr. 1.50"
Le Tarif annexé au Règlement d'Eaux usées prévoit ce qui suit:
"II. TAXES ANNUELLES D'UTILISATION
1) Base
a) pour les habitations d'un seul logement
- forfait annuel Fr. 150.00 à Fr. 200.00
b) pour les bâtiments de plusieurs unités (logements/commerces)
- forfait annuel par unité de logement Fr. 120.00 à Fr. 170.00
c) pour les autres bâtiments
- commerces importants en surface ou en volume,
usines, industries Fr. 400.00 à Fr. 3'200.00
- foyers, homes, pensions (par lit) Fr. 30.00 à Fr. 70.00
- gîtes, hôtels, colonies (par lit) Fr. 10.00 à Fr. 17.00
2) Consommation
- par mètres cubes d'eau utilisés Fr. 0.40 à Fr. 0.80
5.4 Il ressort d'un extrait du procès-verbal de l'Assemblée primaire du 12 octobre 2005 que le Conseil communal a décidé de fixer les taxes pour les eaux usées sur la base des Tarifs planchers mentionnés dans l'annexe au règlement et de fixer les taxes d'eau potable de la manière suivante:
"- Location du compteur: Fr. 30.00
- taxe de base pour les habitations d'un seul logement: Fr. 190.00
- taxe de base pour les bâtiments PPE ou de plusieurs unités
d'habitation: fr. 160.00
- pour les autres bâtiments:
- commerces importants en surface ou en volume,
usines, industries: Fr. 500.00
- foyers, homes, pensions (par lit): Fr. 40.00
- gîtes, hôtels, colonies (par lit): Fr. 13.00
3) taxe de consommation: Fr. 0.80/m3
- pour les robinets de jardin ou de cuisine forfait: Fr. 180.00."
6. La recourante formule de multiples griefs relatifs aux Règlements communaux d'eau potable et d'eaux usées ainsi qu'à leur application.
6.1 Autant qu'on la comprenne, elle semble se plaindre de ce que les taxes fixées par le Conseil communal de Saxon n'ont pas été homologuées par le Conseil d'Etat.
Ce grief doit être rejeté puisque les règlements communaux applicables en l'espèce, y compris les Tarifs qui en font partie intégrante, ont été dûment approuvés par l'Assemblée Primaire le 12 octobre 2005 et homologués par le Conseil d'Etat le 25 janvier 2006, tandis que les taxes fixées par le Conseil communal dans les fourchettes prévues par les tarif ne sont pas soumises à homologation par le Conseil d'Etat. Pour le surplus, la recourante ne précise pas en quoi cette procédure de droit cantonal violerait un droit constitutionnel, en particulier le principe de la légalité.
6.2 Elle se plaint également de ce que la taxe de location de son compteur d'eau a été fixée à 60 fr., montant qui n'a, selon elle, pas été décidé par le Conseil communal. Il est vrai que le montant de la taxe de location d'un compteur d'un calibre supérieur à 1 1⁄2" ne figure pas dans l'extrait des décisions du Conseil communal fourni par la commune intimée. Cette omission n'a pas pour effet d'annuler la perception de la taxe de 60 fr. Du moment que le montant facturé correspond au montant plancher de la fourchette prévue par le Tarif du Règlement d'eau potable, il repose sur une base légale suffisante.
6.3 La recourante soutient qu'il serait contraire au principe de causalité de percevoir la taxe auprès des propriétaire d'immeuble et non pas des locataires. Elle perd de vue que le droit cantonal et communal sont autonomes en la matière (cf. consid. 4.1) et que, comme l'a jugé à bon droit le Tribunal cantonal, le propriétaire bailleur a la possibilité de répercuter les taxes d'adduction d'eau potable ainsi que celles d'évacuation et dépuration des eaux usées, rendant de la sorte les locataires responsables de la quantité d'eau consommée. Le principe de causalité ancré à l'<ref-law> et l'effet incitatif voulu par l'<ref-law> sont par conséquent respectés. Pour le surplus, la recourante ne démontre pas d'une manière conforme aux exigences de motivation de l'<ref-law> en quoi le Tribunal cantonal aurait appliqué de manière arbitraire les art. 15 LALPEP, 13 et 30 du Règlement des eaux usées ainsi que 7, 8 et 24 du Règlement d'eau potable dont il ressort que ce sont les propriétaires des immeubles qui sont débiteurs légaux des taxes d'adduction et d'évacuation des eaux et non pas les locataires. Ce grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
6.4 La recourante est d'avis que le Tribunal cantonal a appliqué de manière arbitraire les Règlements d'eau potable et d'eaux usées à son immeuble. Il aurait dû lui appliquer les tarifs applicables aux autres bâtiments industriels ou encore, selon elle, les tarifs applicables aux bâtiments à usage agricole. Formulés sur un mode appellatoire et fondés sur des faits qui s'écartent des constatations du Tribunal cantonal qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 3.2), ces griefs sont irrecevables.
7. La recourante s'en prend à la constitutionnalité des Tarifs des Règlements communaux d'eau potable et d'eaux usées. Elle se plaint de l'inégalité (art. 8 Cst.) que les Tarifs créeraient. Son grief est recevable dans la mesure où la constitutionnalité d'une disposition peut être examinée à titre préjudiciel, dans le cadre d'un contrôle concret de la norme, c'est-à-dire en rapport avec un acte d'application. Si cette norme s'avérait inconstitutionnelle, le Tribunal fédéral ne saurait, formellement, annuler celle-ci (cf. en matière de recours de droit public <ref-ruling> consid. 2.2 p. 315; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 274 et les arrêts cités) mais il pourrait uniquement modifier la décision qui l'applique.
7.1 Une norme viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer, ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 162; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 399; <ref-ruling> consid. 3.6 p. 70 et la jurisprudence citée).
7.2 En premier lieu, elle soutient que les Tarifs applicables violent l'égalité de traitement en prélevant une taxe annuelle de base de 13 fr. pour un gîte et de 160 fr. dans le cas de son immeuble, alors que, dans les deux cas, il pourrait s'agir de loger le même ouvrier agricole saisonnier. Elle perd de vue qu'un gîte n'est pas comparable à un appartement. Pour le surplus, son argumentation s'écarte des constatations de faits du Tribunal cantonal qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 3.1 ci-dessus). Elle est par conséquent rejetée dans la mesure où elle est recevable.
La recourante semble également se plaindre de ce que certains contribuables seraient taxés selon les montants minimaux des tarifs et d'autres selon les montants maximaux des fourchettes prévues par les tarifs. Sur ce point, il suffit de la renvoyer à la lecture de l'exposé du droit applicable (cf. consid. 4.3, 4.4 et 5.1 ci-dessus), qui expliquent que les taxes appliquées sont celles dûment arrêtées par décision du Conseil communal à l'intérieur des fourchettes prévues par les Tarifs applicables.
La recourante tente enfin de tirer argument d'un raisonnement mathématique abstrait selon lequel il y aurait forcément des inégalités au sein de la commune puisque l'augmentation générale moyenne des taxes encaissées se monte à 16,8% pour l'eau potable et à 21,39% pour les taxes d'épuration, tandis qu'elle subit des augmentations allant de 150% à 600%. Son grief est irrecevable puisqu'elle ne fait pas référence, comme l'exige la jurisprudence en matière de contrôle du respect du droit à l'égalité, à des situations concrètes comparables.
8. Invoquant une violation du principe de causalité (pollueur-payeur), la recourante se plaint de ce que la commune de Saxon a réduit la taxe de raccordement et augmenté la taxe d'utilisation notamment en instaurant une taxe d'utilisation de base qui a pour effet que dite taxe d'utilisation est perçue toute l'année, alors que durant quelques mois, son immeuble n'abrite aucun locataire et ne consomme pas d'eau.
8.1 La Confédération a renoncé à introduire elle-même les émoluments nécessaires à l'évacuation et à l'épuration des eaux; elle a chargé les cantons de le faire dans les limites des conditions-cadres qu'elle a édictées. Si les cantons disposent certes d'une grande souplesse dans l'élaboration d'émoluments conformes au principe de causalité, ils doivent néanmoins prévoir « un système combinant des taxes de bases et des taxes qui sont fonction de la quantité d'eaux usées à évacuer ». Une taxe d'utilisation périodique doit par conséquent tenir compte de paramètres ayant un rapport avec l'utilisation effective de l'installation en question. Les art. 3a et 60a LEaux n'imposent toutefois pas que les coûts soient répartis exclusivement en proportion des quantités d'eaux usées produites (<ref-ruling> consid. 5b/bb p. 55 s.). Le Tribunal fédéral a ainsi considéré qu'une taxe d'épuration calculée sur la valeur d'assurance incendie et sur les factures de fourniture d'eau d'un immeuble (contenant une redevance de base et la consommation effective) n'était pas arbitraire (arrêt 2P.54/1998 du 9 novembre 1998 consid. 4c). De telles taxes, lorsqu'elles sont, comme en l'espèce, destinées à couvrir non seulement les frais de construction des installations mais aussi leur entretien (cf. art. 23 du Règlement d'eau potable et 29 du Règlement d'eaux usées), sont qualifiées de taxes hybrides (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 53).
8.2 En l'espèce, faisant usage de son autonomie (art. 2 LCo), la Commune de Saxon perçoit une taxe périodique d'eaux usées, qui n'est pas calculée uniquement en fonction de la quantité d'eau usée produite, mais comprend également une taxe de base fixe calculée en fonction, notamment, des unités de logement qui se trouvent dans l'immeuble raccordé. Ainsi conçue, une telle taxe est conforme aux art. 3a et 60a LEaux et à la jurisprudence y relative. Il s'ensuit, contrairement à ce que soutient la recourante, qu'une taxe périodique de base, par définition perçue pour toute l'année, n'est pas non plus contraire aux art. 3a et 60a LEaux, dans la mesure où elle est en sus aussi calculée en fonction de la consommation effective d'eau. Pour le surplus, il convient de rappeler que les taxes hybrides sont admises par la jurisprudence, de sorte qu'il entre dans la sphère d'autonomie du droit cantonal et communal voulue par le législateur fédéral (cf. consid. 4.1 ci-dessus) de décider de réduire le montant des taxes de raccordement au profit de la perception de taxes d'utilisation périodiques hybrides. Le grief est rejeté.
Dans la mesure où il concerne aussi les taxes prévues par le Règlement d'eau potable, le grief est irrecevable. En effet, les art. 3a et 60a LEaux n'étant pas applicables en matière d'adduction d'eau potable, la recourante n'a pas démontré d'une manière conforme aux exigences de l'<ref-law> en quoi la taxe d'utilisation périodique d'adduction d'eau potable serait contraire au droit constitutionnel.
9. La recourante se plaint de la violation du principe de la couverture des frais.
9.1 Le principe de la couverture des frais s'applique aux contributions causales dépendant des coûts, qui n'ont pas de base légale formelle suffisamment déterminée ou pour lesquelles le législateur a exprimé clairement (<ref-law>, pour l'évacuation et l'épuration des eaux) ou tacitement que la contribution dépend des coûts (<ref-ruling> consid. 3e p. 235). Ce principe implique que le produit de la taxe ne dépasse pas, ou seulement dans une mesure minime, l'ensemble des coûts engendrés par la branche, ou subdivision, concernée de l'administration, y compris, dans une mesure appropriée, les provisions, les amortissements et les réserves (<ref-ruling> consid. 3a/aa p. 188; <ref-ruling> consid. 6c p. 20). De telles réserves financières violent le principe de la couverture des coûts lorsqu'elles ne sont plus justifiées objectivement, c'est-à-dire lorsqu'elles excèdent les besoins futurs prévisibles estimés avec prudence (<ref-ruling> consid. 4b p. 325).
En droit cantonal valaisan, c'est l'art. 105 LCo qui prévoit que les taxes que les collectivités de droit public perçoivent pour les services, en vertu de la législation spéciale, tiennent compte de l'amortissement des investissements, des frais d'entretien et d'exploitation et de la constitution d'un fonds de renouvellement.
9.2 En matière d'évacuation et d'épuration des eaux, l'arrêt attaqué (cf. consid. 7b) retient que les comptes 2006 révèlent des recettes nettes de fonctionnement de 115'300 fr. qui sont de loin inférieures à l'addition des investissements nets de 157'816 fr. et des amortissements de 115'300 fr. et que, pour 2007, les proportions restent comparables. En matière de fourniture d'eau potable, l'arrêt attaqué retient que les comptes 2006 relatifs à l'eau potable révèlent des recettes nettes de fonctionnement d'un montant de 234'700 fr. Il constate cependant que ce bénéfice ne suffit pas à couvrir les investissements nets d'un montant de 341'587 fr. ni les amortissements s'élevant à 234'700 fr. et que, pour 2007, en faisant abstraction d'un amortissement extraordinaire de 2'298'862 fr. 97 contrebalancé par un revenu spécial de 2'246'404 fr. 62, les proportions restent comparables. Le Tribunal cantonal en a déduit que le principe de couverture des frais n'était pas violé. Il a au surplus jugé qu'il n'était pas nécessaire d'examiner les taux d'amortissement pratiqués par la commune de Saxon du moment que le principe de couverture des frais était respecté même si l'on ne tenait pas compte du tout des amortissements.
9.3 La recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir nié la violation du principe de couverture des frais sur la base d'un examen incomplet des comptes et sans s'intéresser aux taux d'amortissements pratiqués par la commune de Saxon.
Elle soutient en premier lieu que le Tribunal cantonal a arbitrairement fait abstraction d'un amortissement extraordinaire de 2'298'862 fr. 97, équivalant à 50% de la valeur des installations d'adduction d'eau. Ce grief doit être rejeté. La recourante ne prétend pas que le revenu extraordinaire qui a contrebalancé cet amortissement serait financé par les taxes d'utilisation périodiques en cause. Pareille hypothèse semble au demeurant invraisemblable au vu du montant largement inférieur à cette somme des recettes comptabilisées en 2006 et 2007. N'étant pas financé par les taxes périodiques d'utilisation, un tel amortissement a au surplus pour effet de réduire les charges qui doivent être couvertes par les taxes des utilisateurs et par conséquent d'abaisser la limite supérieure qui s'impose à la commune intimée dans la fixation de la taxe d'utilisation. Dans ces conditions, le Tribunal cantonal pouvait faire abstraction de l'amortissement critiqué par la recourante.
La recourante se plaint encore de ce que l'amortissement pour un montant de 234'700 fr. des installations de fourniture d'eau potable est égal au bénéfice net de 234'700 fr. et que l'amortissement pour un montant de 115'300 fr. des installations d'évacuation et d'épuration des eaux usées est égal au bénéfice net de 115'300 fr. Dans la mesure où l'on peut déduire de l'arrêt attaqué une double motivation, le grief de la recourante est irrecevable, dès lors que celle-ci ne critique pas l'argument du Tribunal cantonal selon lequel le principe de couverture des frais est respecté, même si l'on ne tient pas du tout compte des amortissements (cf. <ref-ruling> consid. 1.6 p. 189).
10. De l'avis de la recourante, le Tribunal cantonal a violé les principes d'équivalence et de proportionnalité. On peut douter que l'argumentation de la recourante, qui procède essentiellement par affirmations, satisfasse aux exigences strictes de l'<ref-law>. La question de la recevabilité de ses moyens peut cependant rester ouverte, car ils doivent de toute façon être rejetés.
10.1 En matière de contributions causales, le principe de la proportionnalité trouve son expression dans le principe de l'équivalence. Selon le principe d'équivalence, le montant de chaque redevance doit être en rapport avec la valeur objective de la prestation fournie et rester dans des limites raisonnables. La valeur de la prestation se mesure soit à son utilité pour le contribuable, soit à son coût par rapport à l'ensemble des dépenses administratives en cause, ce qui n'exclut pas un certain schématisme ni l'usage de moyennes d'expérience. Les contributions doivent toutefois être établies selon des critères objectifs et s'abstenir de créer des différences qui ne seraient pas justifiées par des motifs pertinents (<ref-ruling> consid. 4a p. 52 et les arrêts cités). L'avantage économique retiré par chaque bénéficiaire d'un service public est souvent difficile, voire impossible à déterminer en pratique. Pour cette raison, la jurisprudence admet que les taxes d'utilisation soient aménagées de manière schématique et tiennent compte de normes fondées sur des situations moyennes (<ref-ruling> consid. 3b p. 67 et les arrêts cités; arrêt 2P.402/1996 du 29 mai 1997, publié in RDAF 1999 I 94 consid. 3a p. 97 ss).
10.2 En l'espèce, les taxes litigieuses sont destinées à couvrir non seulement les frais de construction des installations mais aussi leur entretien (cf. art. 23 du Règlement d'eau potable et 29 du Règlement d'eaux usées). A cet effet, elles ne sont pas calculées uniquement en fonction de la quantité d'eau consommée, mais comprennent également une taxe de base fixe calculée en fonction, notamment, des unités de logement qui se trouvent dans l'immeuble raccordé. En d'autres termes, elles sont destinées à couvrir le coût de construction des installations en fonction de l'utilisation potentielle des habitants de l'immeuble et le coût de l'entretien en fonction de l'utilisation effective.
Il est vrai qu'ainsi calculé le montant de la taxe est d'autant plus élevé que la consommation effective est faible par rapport à l'utilisation que pourraient faire lesdits habitants. Le Tribunal fédéral a toutefois déjà jugé qu'un tel résultat n'est pas choquant (arrêt 2P.54/1998 du 9 novembre 1998, consid. 4c). En effet, la taxe d'eau potable et d'eaux usées couvre non seulement la construction des installations, mais encore leur entretien. Or le coût de ce dernier dépend, en partie tout au moins, du débit des eaux à épurer que reçoivent les installations. Le système institué par la commune de Saxon prend en considération l'avantage économique que le contribuable retire de l'installation collective d'adduction et d'épuration des eaux (taxe de raccordement). Il tient également compte de l'entretien de ces installations (redevance de base) et de la consommation effectuée (consommation). Ainsi, grâce aux différents éléments auxquels il recourt, le système susmentionné prend en compte de manière différenciée l'utilité pour le contribuable de la prestation accordée. La comparaison de la recourante entre les factures selon le nouveau système et les factures établies sous l'ancien système qui prévoyait un prix forfaitaire jusqu'à 100 m3 par unité de logement, soit à 2000 m3 pour l'immeuble en cause n'y change rien. La recourante ne peut en effet pas s'opposer à une modification des bases légales régissant les taxes; elle n'a aucun droit acquis au maintien de l'ancienne réglementation, d'autant moins lorsque, comme en l'espèce, celle-ci ne contenait aucun élément incitatif répondant aux exigences de l'<ref-law> jusqu'à 100 m3 par unité de logement. Dans ces conditions, le fait que les taxes aient triplé n'est pas déterminant. Tel qu'il est prévu, le système des taxes d'utilisation d'eau potable et d'eau usée de la commune de Saxon ne viole pas le principe de l'équivalence, ni par conséquent celui de la proportionnalité.
11. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire fixé en fonction de la charge de travail qu'elle a provoquée (art. 65 et 66 LTF; Ch. 1 du Tarif des émoluments judiciaires du Tribunal fédéral RS 173.110.210.1). ElIe n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours, considéré comme recours en matière de droit public, est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 27 janvier 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey