Sachverhalt:
A. Am 8. Juni 2006 verfasste A._ ein Schreiben, das den Titel "Familienstiftung" trägt und als Zweck "Förderung einer Landpraxis" nennt. Das Schreiben ist von der am 25. September 2006 verstorbenen Ehefrau, D._, mitunterzeichnet.
B. Am 11. Dezember 2006 reichte A._ dieses Dokument als "Willenserklärung mit dem Stellenwert eines Testaments" beim Gerichtspräsidium E._ ein, wogegen die beiden Söhne B._ und C._ Ungültigkeitsklage gemäss <ref-law> erhoben haben.
Mit Urteil vom 16. Oktober 2007 stellte das Bezirksgericht E._ die Ungültigkeit des "Testamentes" vom 8. Juni 2006 fest.
Das Obergericht des Kantons Aargau wies die hiergegen von A._ erhobene Appellation am 3. März 2009 ab.
C. Gegen dieses Urteil hat A._ am 11. April 2009 "staatsrechtliche Beschwerde" erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung und um Abweisung der Klage. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzliches Endurteil in einer vermögensrechtlichen Zivilrechtsstreitigkeit mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. a, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die als "staatsrechtliche Beschwerde" bezeichnete Eingabe vom 11. April 2009 kann somit als Beschwerde in Zivilsachen entgegengenommen werden.
2. Beide kantonalen Instanzen haben sich die Frage gestellt, ob ein Testament oder ein Rechtsgeschäft unter Lebenden zur Diskussion stehe, aber befunden, so oder anders liege ein Formmangel vor: Handle es sich um ein Testament, gebreche es an der Erfordernis, dass das Testament eigenhändig vom Erblasser verfasst sein müsse (<ref-law>); ebenso wenig könne ein Nottestament vorliegen, sei doch zur Zeit der Errichtung nicht die "Erblasserin", sondern der Beschwerdeführer im Spital gewesen. Handle es sich demgegenüber um eine Stiftungserrichtung unter Lebenden, so setze dies eine öffentliche Beurkundung durch einen Notar voraus (<ref-law>).
3. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt (seine Frau sei voll zurechnungsfähig gewesen; sie habe ihren Willen auch gegenüber anderen Personen geäussert; sie sei einem Rechtsirrtum unterlegen), ist nicht geeignet, eine Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> darzutun. Auch bei einer Rechtsanwendung von Amtes wegen (<ref-law>) ist solches nicht ersichtlich; vielmehr haben die kantonalen Instanzen die einschlägigen Normen (Art. 505 Abs. 1 bzw. <ref-law>) richtig angewandt. Dies gilt auch mit Bezug auf das sinngemässe Vorbringen, es liege ein Nottestament vor, da seine Ehefrau ihren Willen auch auf dem Sterbebett gegenüber Zeugen geäussert habe: Ein Nottestament setzt nicht nur die in <ref-law> genannten Elemente, sondern zusätzlich auch zwingend voraus, dass ein Zeuge die mündliche Verfügung sofort in Schrift verfasst und dieses Dokument von beiden Zeugen unterschrieben ohne Verzug bei einer Gerichtsbehörde niedergelegt wird (<ref-law>). Wenn der Beschwerdeführer schliesslich in allgemeiner Weise festhält, es gehe doch einfach darum, dass der wirklich letzte Wille der Verstorbenen respektiert werde, so sei er auch drittinstanzlich darauf hingewiesen, dass dieser Wille nur respektiert werden kann, wenn er in den vom Gesetz festgelegten Formen geäussert worden ist, was vorliegend nicht der Fall ist.
4. Angesichts der klaren Rechtslage ist sodann nicht zu beanstanden, wenn die kantonalen Gerichte von der Befragung von Personen abgesehen haben, denen gegenüber D._ ihren Willen nach der Darstellung des Beschwerdeführers geäussert haben soll. Ohnehin wären diesbezüglich auch die Rügevoraussetzungen gar nicht erfüllt: Eine antizipierte Beweiswürdigung kann einzig wegen Verletzung des Willkürverbots angefochten werden (<ref-ruling> E. 4a S. 469; <ref-ruling> E. 4a S. 211; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429). Für Willkürrügen gilt jedoch das strenge Rügeprinzip gemäss <ref-law>. Das heisst, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene Rügen prüft, die soweit möglich zu belegen sind, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 1b S. 495; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Diesen Anforderungen vermögen die sich auf die anbegehrte Zeugeneinvernahme beziehenden Äusserungen des Beschwerdeführers nicht zu genügen.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer wird demnach kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli