Sachverhalt:
A. Beim Strafgericht Basel-Stadt ist gegen X._ ein Strafverfahren wegen Körperverletzung, Angriffs, Landfriedensbruchs, Gewalt gegen Beamte und Hinderung einer Amtshandlung hängig. Die Hauptverhandlung ist auf den 16. April 2013 angesetzt.
Am 19. Februar 2013 wies der Strafgerichtspräsident den Antrag von X._ ab, die Hauptverhandlung gegen ihn öffentlich durchzuführen. Er erwog, die Öffentlichkeit könne nach <ref-law> aus Gründen der öffentlichen Sicherheit und Ordnung ausgeschlossen werden. Der einschlägig vorbestrafte Beschuldigte gehöre mutmasslich der gewaltbereiten linksautonomen Szene an. Während seiner Inhaftierung sei es landesweit zu Sympathie- und Solidaritätskundgebungen gekommen. Bei einer öffentlichen Hauptverhandlung gegen den Beschuldigten sei daher eine massive Störung des Gerichtsbetriebs zu erwarten. Die akkreditierte Presse sei zugelassen, und der Beschuldigte könne sich durch drei Personen seines Vertrauens begleiten lassen.
Am 5. März 2013 trat der Appellationsgerichtspräsident auf die Beschwerde von X._ gegen den Ausschluss der Öffentlichkeit von der Hauptverhandlung nicht ein. Er erwog, nach der Praxis des Appellationsgerichts seien Beschwerden gegen verfahrensleitende Verfügungen vor der Hauptverhandlung nur zulässig, wenn sie einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil verursachen könnten. Das sei vorliegend nicht der Fall, weil der angefochtene Entscheid des Instruktionsrichters nicht definitiv sei und der Beschuldigte den Antrag auf Zulassung der Öffentlichkeit zur Hauptverhandlung dem Strafgericht unterbreiten könne, welches darüber nach <ref-law> abschliessend zu befinden habe.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Appellationsgerichtspräsidenten aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt er, der Beschwerde sei im Sinn einer vorsorglichen Massnahme aufschiebende Wirkung zu erteilen und das Strafgericht anzuweisen, die auf den 16. April 2013 angesetzte Hauptverhandlung auf einen Zeitpunkt nach dem Eintritt der Rechtskraft des angefochtenen Entscheids zu verschieben.
C. Das Appellationsgericht beantragt, das Gesuch um aufschiebende Wirkung abzuweisen und verzichtet im Übrigen auf Vernehmlassung. Das Strafgericht beantragt, sowohl auf die Beschwerde als auch auf das Gesuch um aufschiebende Wirkung nicht einzutreten oder eventuell beide abzuweisen.
X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Mit dem angefochtenen Entscheid hat es das Appellationsgericht kantonal letztinstanzlich abgelehnt, auf eine Beschwerde gegen einen vom Instruktionsrichter im erstinstanzlichen Strafverfahren verfügten Ausschluss der Öffentlichkeit einzutreten. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen im Sinn der <ref-law> grundsätzlich zulässig, und der Beschwerdeführer ist befugt, sie zu erheben. Der Entscheid schliesst das Strafverfahren gegen diesen allerdings nicht ab, es handelt sich um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde nach <ref-law> zulässig ist, wenn er einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und dadurch einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Diese Voraussetzungen sind offensichtlich nicht erfüllt. Der Beschwerdeführer erleidet durch den vom Instruktionsrichter verfügten Ausschluss der Öffentlichkeit keinen nicht wiedergutzumachenden Nachteil, weil er an der Hauptverhandlung dem Strafgericht beantragen kann, die Öffentlichkeit zuzulassen, was von diesem unverzüglich vorfrageweise zu beurteilen ist (<ref-law>). Der Einwand des Beschwerdeführers, es sei realistischerweise nicht damit zu rechnen, dass das Strafgericht in Dreierbesetzung den Entscheid des Instruktionsrichters umstosse, ist eine reine Spekulation. Es ist nicht ersichtlich, dass die beisitzenden Richter diese Frage nicht eigenständig zu beurteilen und den Instruktionsrichter bzw. Präsidenten gegebenenfalls zu überstimmen in der Lage sind. Die Voraussetzung von <ref-law> ist ohnehin nicht erfüllt, da die Gutheissung der Beschwerde keinen Endentscheid herbeiführen könnte.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache wird der Antrag, das Strafgericht zur Absetzung bzw. Verschiebung der auf den 16. April 2013 angesetzten Hauptverhandlung anzuhalten, gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Strafgericht und dem Appellationsgericht Basel-Stadt, Appellationsgerichtspräsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi