Faits:
A. C._, né en 1944, a travaillé au service de Y._ jusqu'à ce qu'il soit licencié avec effet au 30 juin 1999. Par convention de prévoyance du 14 juin 1999, l'intéressé a été affilié à partir du 1er juillet 1999 à la Fondation de libre passage X._ (ci-après: la Fondation). Selon les termes de cette convention, C._ s'engageait à verser à la Fondation la somme de 725'522 fr., répartie pour moitié dans le Fonds d'investissement "OPP2" et pour l'autre moitié dans le Fonds d'investissement "Revenu Fixe". Le 21 juin 1999, le Fonds de Pensions Z._ a avisé C._ qu'il avait versé à la Fondation une prestation de libre passage de 725'522 fr., valeur au 30 juin 1999.
Par lettre du 26 septembre 2007, C._ a demandé à la Fondation qu'elle transfère la moitié de son capital à la Fondation de libre passage de la banque V._. L'intéressé se référait à une lettre de l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) du 14 septembre 2006, selon laquelle il était possible d'avoir simultanément deux comptes de libre passage différents. Le 2 octobre 2007, la Fondation a informé C._ qu'elle ne pouvait donner suite à sa demande de transfert partiel. Elle se fondait à son tour sur une lettre de l'OFAS, du 30 juillet 2007.
B. Le 30 janvier 2008, C._ a ouvert action contre la Fondation devant le Tribunal cantonal, Cour des assurances sociales, du canton de Vaud en concluant, sous suite de frais et dépens, au transfert de la moitié des avoirs de prévoyance déposés auprès de celle-ci à l'institution de prévoyance de son choix.
Dans sa réponse du 11 mars 2008, la Fondation s'en est remise à justice et a conclu à la libération de tout paiement de frais et dépens.
Par jugement du 3 février 2009, la juridiction cantonale a rejeté la demande.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande principalement la réforme, en ce sens qu'il soit ordonné à la Fondation de transférer la moitié de ses avoirs de prévoyance propres à l'institution de prévoyance de son choix. A titre subsidiaire, C._ conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
La Fondation de libre passage X._ et l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. La contestation relève ratione temporis et ratione materiae de la Deuxième Cour de droit social du Tribunal fédéral (<ref-law>, art. 10 al. 3 de l'Ordonnance du 3 octobre 1994 sur le libre passage [OLP] en relation avec l'<ref-law>, <ref-law> et art. 35 let. e du Règlement du Tribunal fédéral du 20 novembre 2006 [RTF]), de sorte que le recours en matière de droit public est recevable de ce chef.
2. Le litige porte sur la question de savoir si le recourant peut exiger le transfert de la moitié de son capital de prévoyance déposé auprès de l'intimée à une autre institution de libre passage.
3. 3.1 Se fondant sur un avis de l'OFAS du 30 juillet 2007, la juridiction cantonale a considéré qu'il y avait lieu de distinguer deux situations différentes, selon que l'assuré sortait d'une institution de prévoyance à la suite de la résiliation des rapports de travail, ou que l'assuré avait déjà transféré la totalité de son avoir de prévoyance auprès d'une seule institution de libre passage. Dans le premier cas, l'<ref-law> permettait à l'assuré de répartir son avoir de prévoyance entre deux institutions de libre passage différentes. Dans le second cas, le droit de l'assuré de changer en tout temps d'institution de libre passage ou de forme de prévoyance (<ref-law>) ne lui permettait pas de ventiler son avoir de libre passage en multipliant les comptes ou les polices de libre passage. Selon les premiers juges, on se trouvait dans la seconde hypothèse, de sorte que c'était à juste titre que l'intimée avait refusé de donner suite à la demande du recourant de transférer la moitié de son avoir auprès de la fondation de libre passage de la banque V._.
3.2 Le recourant se plaint d'une interprétation arbitraire de l'<ref-law> par les premiers juges. Selon lui, «il ne ressort cependant d'aucune disposition légale, ni du Message du Conseil fédéral, ni même du Bulletin de prévoyance professionnelle cité par l'OFAS, que l'al. 1 de l'<ref-law> ne s'appliquerait que si l'assuré sortait d'une institution de prévoyance suite à la résiliation des rapports de travail et non pas si, ultérieurement, il choisissait une autre institution ou une autre forme de prévoyance comme l'y autorise d'ailleurs en tout temps l'al. 2 de l'<ref-law>». A cet égard, le recourant relève que la juridiction de première instance n'a aucunement motivé son point de vue, se contentant de suivre le second avis rendu par l'OFAS, selon lequel la situation du recourant correspondait à la deuxième hypothèse envisagée par cet office. En n'explicitant pas les motifs pour lesquels elle retenait le second avis de l'OFAS et non pas le premier, la juridiction cantonale avait violé son droit d'être entendu.
4. 4.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités).
4.2 En l'espèce, la question de savoir si l'on se trouve en présence d'une violation du droit d'être entendu peut rester ouverte. En effet, l'objet du litige est de savoir si le recourant peut transférer à une seconde institution de libre passage la moitié de la prestation de sortie déposée initialement auprès d'une première institution; s'agissant d'une pure question de droit, le Tribunal fédéral jouit d'un plein pouvoir d'examen et un éventuel défaut sur ce point dans la procédure cantonale serait réparé (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 249; arrêt 8C_140/2008 du 25 février 2009 consid. 6.3).
5. Lorsque l'assuré quitte l'institution de prévoyance avant la survenance d'un cas de prévoyance (cas de libre passage), il a droit à une prestation de sortie (<ref-law>). Si l'assuré n'entre pas dans une autre institution de prévoyance, il doit notifier à son institution de prévoyance sous quelle forme admise il entend maintenir sa prévoyance (<ref-law>). Conformément à l'<ref-law>, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance sur le libre passage dans la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OLP; RS 831.425) du 3 octobre 1994, dans laquelle il a notamment réglementé les formes admises du maintien de la prévoyance. Celles-ci sont au nombre de deux, à savoir le compte de libre passage et la police de libre passage (<ref-law>). Ces deux formes de maintien de la prévoyance sont gérées par des "institutions de libre passage", lesquelles doivent être clairement délimitées des institutions de prévoyance au sens des <ref-law> (cf. à cet égard l'<ref-ruling> consid. 3c p. 326 s.). La prestation de sortie peut être transférée de la dernière institution de prévoyance en date à deux institutions de libre passage au maximum (<ref-law>). L'assuré peut en tout temps changer d'institution de libre passage ou adopter une autre forme de maintien de la prévoyance (<ref-law>).
6. En vertu de l'art. 12, premier alinéa, OLP, la prestation de sortie ne peut pas être transférée à plus de deux institutions de libre passage par cas de libre passage. A cet égard, les assurés peuvent choisir entre deux institutions de même forme ou deux différentes formes d'institution (fondation bancaire ou institution d'assurance; cf. Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 30 du 5 octobre 1994, p. 12). Le texte clair de cette disposition précise sans équivoque que le transfert a lieu «de la dernière institution de prévoyance en date» et non pas d'une institution de libre passage. Ainsi, la seule hypothèse visée par cet alinéa est celle où l'assuré sort d'une institution de prévoyance suite à la dissolution des rapports de travail. Dans ce cas, l'<ref-law> lui permet de répartir sa prestation de sortie entre deux institutions de libre passage différentes.
L'alinéa 2 autorise ensuite la personne assurée à changer en tout temps d'institution de libre passage ou à adopter une autre forme admise de maintien de la prévoyance. Selon l'OFAS, cette disposition vise le cas où l'assuré a déjà transféré la totalité de son avoir de libre passage auprès d'une seule institution de libre passage. Par conséquent, si son choix initial a porté sur un compte de libre passage, il peut ultérieurement transférer son avoir de libre passage soit auprès d'une autre fondation bancaire soit auprès d'une institution d'assurance. A l'inverse, s'il a initialement transféré sa prestation de sortie auprès d'une institution d'assurance, il peut en tout temps changer d'institution d'assurance ou transférer dite prestation sur un compte de libre passage. En revanche, cette réglementation ne permet pas à l'assuré de ventiler son avoir de libre passage en multipliant les comptes de libre passage ou les polices de libre passage (cf. Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 53 du 5 octobre 2000, ch. 315). Les vues de l'autorité dont émane la réglementation litigieuse sont convaincantes et il y a lieu de les suivre. En effet, l'<ref-law> est propre à réaliser objectivement et simplement le but visé par la LFLP, laquelle tend à éviter la dispersion des avoirs de prévoyance d'un assuré (cf. message du Conseil fédéral concernant le projet de loi fédérale sur le libre passage dans la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité du 26 février 1992, FF 1992 III p. 570 ch. 632.2); ainsi, en n'autorisant que le partage de la prestation de sortie - laquelle ne peut provenir que d'une institution de prévoyance - la réglementation décharge les institutions de libre passage de toute instruction sur la question d'un fractionnement préalable des avoirs de prévoyance issus d'un cas de libre passage et évite tout risque d'erreur sur ce point. Il résulte en outre des travaux préparatoires que des considérations fiscales ont joué un rôle important pour l'adoption de la limitation prévue par l'<ref-law>. En effet, en morcelant son avoir de prévoyance par la multiplication de comptes de libre passage, un assuré augmente le risque de fuite devant l'impôt (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 250 s.).
Compte tenu de ce qui précède, la juridiction cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que le recourant ne pouvait pas transférer la moitié de son avoir de prévoyance déposé auprès de l'intimée à une autre institution de libre passage. Le recours est dès lors mal fondé.
7. Vu l'issue de la procédure, les frais de justice y afférents doivent être mis à la charge du recourant, qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 29 mars 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz