Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Der Verein Z._ ist Eigentümer der insgesamt rund 3'000 m2 umfassenden Parzellen Nrn. 2847, 3099, 4757, 4758, 4759 und 4760 in der Politischen Gemeinde Weinfelden. Nach dem kommunalen Zonenplan und Baureglement vom 30. März 2000 (BR) befinden sich die Grundstücke in der Wohnzone für Ein- und Zweifamilien- sowie Reihenhäuser (W2ER), für welche die Ausnützungsziffer 0.40 und die Lärm-Empfindlichkeitsstufe II gilt (Art. 23b BR). Das Areal wird im Westen und Osten durch bereits überbaute dreigeschossige Wohnzonen für Mehrfamilienhäuser (W3) begrenzt. Nördlich schliessen ebenfalls überbaute, in der W2ER gelegene Grundstücke an. lm Süden des Gebiets fliesst der kanalisierte Bach "Giessen". Entlang dem südlichen Ufer dieses Gewässers verläuft die Freiestrasse mit einem durchschnittlichen Verkehrsaufkommen (DTV) von 8'000 Fahrzeugen pro Tag.
Die Y._ AG reichte am 9./13. Januar 2004 ein Baugesuch ein, um das bestehende Clubhaus abzubrechen und das Areal mit fünf allein stehenden Einfamilienhäusern zu überbauen. Die Baugrundstücke sollen über eine Stichstrasse von der nördlich des Baugebiets gelegenen Thomas Bornhauser-Strasse her erschlossen werden.
Während der Auflagefrist erhob das Ehepaar X._, Eigentümer der östlich an das Areal angrenzenden Parzelle Nr. 3854, Einsprache gegen das Bauvorhaben, welche von der Gemeindebehörde abgewiesen wurde. Gegen diesen Entscheid reichten die Eheleute X._ beim Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau Rekurs ein. Eine nachträgliche Verfügung des Amtes für Umwelt des Kantons Thurgau, mit welcher die Unterschreitung des Gewässerabstands erlaubt wurde, fochten die Eheleute X._ ebenfalls beim Departement für Bau und Umwelt an. Dieses hiess beide Rechtsmittel mit Entscheid vom 7. September 2004 teilweise gut, soweit es darauf eintrat.
Eine Beschwerde der Eheleute X._ gegen den Entscheid des Departements hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Urteil vom 16. Februar 2005 im Sinne der Erwägungen seines Entscheids teilweise gut. Es wies die Sache zur ergänzenden Beurteilung an das Departement für Bau und Umwelt zurück.
Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts gelangten die Eheleute X._ mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde und staatsrechtlicher Beschwerde an das Bundesgericht, welches mit Urteil vom 11. Oktober 2005 auf die staatsrechtliche Beschwerde nicht eintrat und die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abwies, soweit darauf eingetreten werden konnte.
Am 5. Januar 2006 entschied das Departement für Bau und Umwelt, dass ein abgeändertes Projekt für die Tiefgaragenlüftung und ein abgeändertes Entwässerungsprojekt inklusive Versickerungsanlage einzureichen sei. Gegen das neu vom 22. Februar bis 13. März 2006 aufgelegte Baugesuch reichten die Eheleute X._ erneut Einsprache ein und hielten an ihren bisherigen Einwänden gegen das Bauvorhaben fest. Der Gemeinderat Weinfelden wies diese Einsprache am 25./27. April 2006 ab, soweit er darauf eintreten konnte.
Am 5. Januar 2006 entschied das Departement für Bau und Umwelt, dass ein abgeändertes Projekt für die Tiefgaragenlüftung und ein abgeändertes Entwässerungsprojekt inklusive Versickerungsanlage einzureichen sei. Gegen das neu vom 22. Februar bis 13. März 2006 aufgelegte Baugesuch reichten die Eheleute X._ erneut Einsprache ein und hielten an ihren bisherigen Einwänden gegen das Bauvorhaben fest. Der Gemeinderat Weinfelden wies diese Einsprache am 25./27. April 2006 ab, soweit er darauf eintreten konnte.
B. Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 26. Mai 2006 beantragen die Eheleute X._ die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 16. Februar 2005. Sie rügen die Verletzung der Art. 8, 9 und 29 BV.
B. Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 26. Mai 2006 beantragen die Eheleute X._ die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 16. Februar 2005. Sie rügen die Verletzung der Art. 8, 9 und 29 BV.
C. Die Gemeinde Weinfelden verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Das Departement für Bau und Umwelt beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, und das Verwaltungsgericht stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
Mit Eingabe vom 13. September 2006 haben die Beschwerdeführer auf die Stellungnahme des Verwaltungsgerichts repliziert.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid über eine Baubewilligung im Sinne des Art. 22 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700). Dieser ist mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte anfechtbar (Art. 84 ff. OG, Art. 34 Abs. 1 und 3 RPG).
1.1 Die im bundesgerichtlichen Entscheid 1A.130/2005 und 1P.296/2005 vom 11. Oktober 2005 genannten Eintretensvoraussetzungen sind nunmehr erfüllt. Der Gemeinderat Weinfelden hat über die gemäss dem Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts noch zu behandelnden Fragen mit Verfügung vom 27. April 2006 neu entschieden. Diese Verfügung bildet zusammen mit dem Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts vom 16. Februar 2005, in welchem über die hier umstrittenen baurechtlichen Fragen bereits definitiv befunden wurde, einen Endentscheid gemäss Art. 87 OG. Da die Beschwerdeführer nur die schon in diesem Rückweisungsentscheid abschliessend beurteilten Punkte, nicht aber auch die neue gemeinderätliche Verfügung beanstanden wollen (vgl. S. 3 f. der Beschwerdeschrift), brauchen sie das Verwaltungsgericht nicht erneut anzurufen (<ref-ruling> E. 5a/bb S. 11 mit Hinweisen). Sie können im Anschluss an den neuen Einspracheentscheid des Gemeinderats direkt mit staatsrechtlicher Beschwerde an das Bundesgericht gelangen und dürfen sich dabei, da sie die neue Verfügung des Gemeinderats akzeptieren, darauf beschränken, lediglich die Aufhebung der noch umstrittenen Teile des Verwaltungsgerichtsurteils vom 16. Februar 2005 zu verlangen (vgl. <ref-ruling> E. 1a/bb S. 42 f.; <ref-ruling> E. 1b am Ende S. 255).
1.2 Nach ständiger Rechtsprechung zu Art. 88 OG kann mit der staatsrechtlichen Beschwerde nur die Verletzung rechtlich geschützter eigener Interessen gerügt werden. Zur Verfolgung bloss tatsächlicher Vorteile steht dieses Rechtsmittel nicht zur Verfügung. Die eigenen rechtlichen Interessen, auf die sich ein Beschwerdeführer berufen muss, können entweder durch kantonales oder eidgenössisches Gesetzesrecht oder aber unmittelbar durch ein angerufenes spezielles Grundrecht geschützt sein, sofern sie auf dem Gebiet liegen, welches die betreffende Verfassungsbestimmung beschlägt (<ref-ruling> E. 5b S. 42 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 374, je mit Hinweisen).
Nach der Praxis des Bundesgerichts sind die Eigentümer benachbarter Grundstücke befugt, die Erteilung einer Baubewilligung anzufechten, wenn sie die Verletzung von Bauvorschriften geltend machen, die ausser den Interessen der Allgemeinheit auch oder in erster Linie dem Schutz der Nachbarn dienen. Zusätzlich müssen sie dartun, dass sie sich im Schutzbereich der Vorschriften befinden und durch die behaupteten widerrechtlichen Auswirkungen der Baute betroffen werden (<ref-ruling> E. 1c S. 442 f.; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 1a, je mit Hinweisen).
Trotz fehlender Legitimation in der Sache selbst kann ein Beschwerdeführer aufgrund seiner Parteistellung im kantonalen Verfahren die Verletzung von Verfahrensvorschriften rügen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt (<ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 2.3 S. 301; <ref-ruling> E. 3b S. 167, je mit Hinweisen). Dagegen setzt die Rüge, ein Entscheid sei mangelhaft begründet, nach ständiger Rechtsprechung die Legitimation in der Sache voraus, weil die Beurteilung dieser Frage nicht von der Prüfung in der Sache selbst getrennt werden kann. Dies ist der Fall, wenn gerügt wird, die Begründung sei unvollständig, zu wenig differenziert oder materiell unzutreffend. Etwas anderes gilt nur bei gänzlichem Fehlen einer Begründung, da diese Frage getrennt von der Prüfung der Sache selbst beurteilt werden kann (<ref-ruling> E. 1.4 mit Hinweisen).
1.3 Die Beschwerdeführer beanstanden den Entscheid des Verwaltungsgerichts in Bezug auf insgesamt vier Themenkreise (Ausnützung, Erschliessung, Gewässerabstand, Grenzabstand). Das Bundesgericht hat in ständiger Rechtsprechung anerkannt, dass Bestimmungen über den Immissionsschutz, die Ausnützungsziffern und die zulässigen Baumasse und -abstände auch dem Schutz der Nachbarn dienen (<ref-ruling> E. 2d S. 47 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer legen jedoch nicht im Einzelnen dar, inwiefern sie durch die behaupteten widerrechtlichen Auswirkungen der umstrittenen Baubewilligung in ihren eigenen rechtlich geschützten Interessen betroffen sind.
1.3.1 In Bezug auf die Ausnützung der Baugrundstücke berufen sie sich in allgemeiner Weise darauf, dass von den Neubauten negative Immissionen ausgingen und diese die Wohn- und Lebensqualität auf den Nachbargrundstücken beeinträchtigt würden. Damit legen sie keine eigene Betroffenheit in rechtlich geschützten Interessen dar. Soweit die Beschwerdeführer die Berechnung der anrechenbaren Bruttogeschossflächen kritisieren, führt das Verwaltungsgericht im Übrigen willkürfrei aus, dass die Baupolizeibehörde die Verwendung nicht angerechneter Flächen zu Wohnzwecken jederzeit überprüfen und gegebenenfalls korrigieren kann. Eine künftige, allenfalls rechtswidrige Nutzung der bewilligten Bauten ist nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids.
1.3.2 Auch bezüglich des Gewässerabstands und der Grenzabstände zeigen die Beschwerdeführer nicht auf, inwiefern sich die Unterschreitung der gesetzlichen Abstände auf ihre eigene Rechtsstellung auswirkt. In Bezug auf die Grenzabstände ergibt sich im Übrigen aus dem von den Beschwerdeführern ins Recht gelegten Situationsplan, dass die Neubauten zum Grundstück Nr. 3854 der Beschwerdeführer hin den gesetzlichen Grenzabstand von 6 Metern nicht unterschreiten.
1.3.3 Zudem sind Nachbarn in Anwendung von Art. 88 OG zur Rüge befugt, die Zufahrt zum Nachbargrundstück sei ungenügend, wenn ihnen eine Beeinträchtigung der eigenen Zufahrt droht (<ref-ruling> E. 1c/bb; Urteile des Bundesgerichts vom 12. Juli 1978, in: ZBl 79/1978, S. 538 E. 1d, und 1A.93/2005, 1P.251/2005 vom 23. August 2005, E. 1.4 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer machen nicht geltend und es ist auch nicht ersichtlich, dass die behaupteten Mängel der Erschliessung ihre eigene Zufahrt in erheblichem Mass beeinträchtigen. Sie berufen sich einzig auf öffentliche Interessen und legen nicht dar, inwiefern der angefochtene Entscheid die ordnungsgemässe Erschliessung ihres Grundstücks einschränken könnte.
1.3.4 Auf die erwähnten Rügen kann somit mangels Legitimation der Beschwerdeführer in der Sache nicht eingetreten werden.
1.4 Im Zusammenhang mit den genannten Rügen werfen die Beschwerdeführer dem Verwaltungsgericht in zweifacher Hinsicht eine Verletzung der Begründungspflicht (<ref-law>) vor. Diese Rüge ist nach den Ausführungen in E. 1.2 hiervor grundsätzlich zulässig, soweit eine Begründung gänzlich fehlt.
1.4.1 Dies trifft auf die Rüge, das Verwaltungsgericht habe zur Auslegung von § 10 PBV nicht Stellung genommen, nicht zu. Das Verwaltungsgericht hat sich mit dieser Bestimmung in E. 4a des angefochtenen Entscheids auseinandergesetzt. Ob die dort gegebene Begründung materiell zutrifft, ist im vorliegenden Fall nach der in E. 1.2 wiedergegebenen Rechtsprechung nicht zu prüfen.
1.4.2 Schliesslich kritisieren die Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe zur Problematik, dass Ausnahmebewilligungen zur Unterschreitung des Gewässerabstands nach § 80 PBG nur in Einzelfällen erteilt werden dürften, keine Stellung genommen. Auch dieser Kritik kann nicht gefolgt werden. Das Verwaltungsgericht führt in E. 5b des angefochtenen Entscheids aus, mit der erlaubten Unterschreitung des Gewässerabstands werde nicht mehr gestattet, als in der näheren Umgebung der Bauparzellen ohnehin zugelassen worden sei. Die Verringerung des Gewässerabstands zu verweigern, würde eine rechtsungleiche Behandlung bedeuten. Damit hat sich das Verwaltungsgericht mit der von den Beschwerdeführern aufgeworfenen Problematik auseinander gesetzt. Eine inhaltliche Überprüfung der verwaltungsgerichtlichen Erwägungen können die Beschwerdeführer mangels Legitimation in der Sache nicht verlangen (vgl. E. 1.2 und 1.3.2 hiervor).
1.4.2 Schliesslich kritisieren die Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe zur Problematik, dass Ausnahmebewilligungen zur Unterschreitung des Gewässerabstands nach § 80 PBG nur in Einzelfällen erteilt werden dürften, keine Stellung genommen. Auch dieser Kritik kann nicht gefolgt werden. Das Verwaltungsgericht führt in E. 5b des angefochtenen Entscheids aus, mit der erlaubten Unterschreitung des Gewässerabstands werde nicht mehr gestattet, als in der näheren Umgebung der Bauparzellen ohnehin zugelassen worden sei. Die Verringerung des Gewässerabstands zu verweigern, würde eine rechtsungleiche Behandlung bedeuten. Damit hat sich das Verwaltungsgericht mit der von den Beschwerdeführern aufgeworfenen Problematik auseinander gesetzt. Eine inhaltliche Überprüfung der verwaltungsgerichtlichen Erwägungen können die Beschwerdeführer mangels Legitimation in der Sache nicht verlangen (vgl. E. 1.2 und 1.3.2 hiervor).
2. Es ergibt sich somit, dass auf die staatsrechtliche Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 156 Art. 1 und 7 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
1. Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Weinfelden, dem Amt für Umwelt und dem Departement für Bau und Umwelt sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2006
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: