Sachverhalt:
A. A.a Der 1977 geborene B._ arbeitete seit Mai 2000 bei der Firma H._ als Sanitärmonteur. Wegen einer terminalen Niereninsuffizienz (Schrumpfniere beidseits) mit schwerer arterieller Hypertonie wurde ihm am 26. März 2003 eine Niere seines Bruders transplantiert. B._ meldete sich am 15. Oktober 2004 bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Die behandelnden Nephrologen des Spitals X._ führten auf Anfrage der IV-Stelle des Kantons Thurgau aus, es bestehe eine eingeschränkte körperliche Leistungsfähigkeit, die Arbeitsfähigkeit betrage 50 % und prognostisch müsse von einer weiteren Verschlechterung der Nierenfunktion ausgegangen werden. Die eingeschränkte Arbeitsfähigkeit wurde damit begründet, dass der Patient an einer mittelschweren bis schweren chronischen Transplantatniereninsuffizienz leide, was zu Müdigkeit, rascherer Erschöpfbarkeit und geringerer Belastbarkeit führe; er sei nicht fähig, in vollem Tempo zu arbeiten. Nachdem der Arbeitgeber auf konkrete Nachfrage der IV-Stelle hin mit Schreiben vom 7. Dezember 2004 angab, das Einkommen von B._ betrage bei einem Arbeitspensum von 50 % Fr. 2'200.-- monatlich, ermittelte die Invalidenversicherung einen Invaliditätsgrad von 50 % (ohne Behinderung könne er als Service Monteur ein jährliches Einkommen von Fr. 58'000.-- erzielen; aufgrund der 50%igen Arbeitsfähigkeit für sämtliche Tätigkeiten sei es ihm mit seiner Behinderung zumutbar, ein solches von Fr. 29'000.-- zu verdienen) und sprach B._ mit Verfügung vom 14. Oktober 2005 mit Wirkung ab 1. November 2003 eine halbe Invalidenrente zu.
A.b Anlässlich eines im Oktober 2007 eingeleiteten Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle einen Bericht der Abteilung Nephrologie des Spitals X._ ein, in welchem von einem stationären Gesundheitszustand mit unveränderter Leistungsfähigkeit berichtet wurde. Gemäss IK-Auszug hatte der Versicherte im Jahre 2004 Fr. 57'000.-- und im Jahre 2005 Fr. 49'543.-- verdient. Im Mai 2006 wechselte er die Stelle (neu: Firma Z._) und verdiente in jenem Jahr Fr. 48'531.-- und im Jahr 2007 Fr. 51'600.--. Dies veranlasste die IV-Stelle, weitere Abklärungen über die tatsächlichen Einkommensverhältnisse des Versicherten je beim ehemaligen und beim gegenwärtigen Arbeitgeber sowie bei ihm selbst vorzunehmen. Sie kam dabei zur Erkenntnis, der Invaliditätsgrad habe seit dem Jahre 2005 deutlich unter 40 % gelegen. Mit Verfügung vom 15. Juni 2009 hob die IV-Stelle die Ausrichtung der Rente rückwirkend auf den 14. Oktober 2005 auf. Gleichzeitig hielt sie fest, für die Zeit vom 14. Oktober 2005 bis 8. Juli 2008 liege eine Meldepflichtverletzung des Versicherten vor, weshalb die zu Unrecht bezogenen Leistungen zurückzuerstatten seien.
B. Die gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde, mit welcher B._ in der Hauptsache beantragen liess, die Rente sei erst mit Wirkung für die Zukunft aufzuheben, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 4. November 2009 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und sein vorinstanzlich gestelltes Rechtsbegehren erneuern.
Die IV-Stelle des Kantons Thurgau schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. 2.1 Gemäss <ref-law> kann die Verwaltung auf eine formell rechtskräftige Verfügung zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig ist und wenn ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist.
2.2 Nach <ref-law> sind unrechtmässig bezogene Leistungen zurückzuerstatten. Das setzt voraus, dass rückwirkend eine Korrektur der Leistungszusprache erfolgte, dass also die ursprüngliche Leistungsverfügung in Revision (<ref-law>) oder in Wiedererwägung (<ref-law>) gezogen wurde. Durch die rückwirkende Korrektur einer Verfügung entfällt die rechtliche Grundlage für die zugesprochenen Leistungen, womit sie im Nachhinein zu unrechtmässigen Leistungen werden (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 138; vgl. auch die weiterhin geltenden Grundsätze der vor Inkrafttreten des ATSG herrschenden Rechtsprechung zu <ref-law> [<ref-ruling>]).
Gemäss <ref-law> ist eine Änderung der Leistung nach Überprüfung der invaliditätsmässigen Anspruchsvoraussetzungen erst von dem der neuen Verfügung folgenden Monat an vorzunehmen, wenn diese herabgesetzt oder aufgehoben werden muss. Diese Bestimmung steht in einem gewissen Widerspruch zu <ref-law>, welcher mit der Rückerstattungspflicht eine rückwirkende Änderung eines Leistungsanspruchs vorsieht. Gemäss der mit <ref-ruling> E. 6a S. 170 ff. begründeten und seither bestätigten Rechtsprechung ist bei der Frage, ob der allgemeine sozialversicherungsrechtliche Grundsatz (bis 31. Dezember 2002 <ref-law>; nunmehr <ref-law>) oder die Spezialbestimmung im Invalidenversicherungsrecht (<ref-law>) Anwendung findet, entscheidend, ob die neu beurteilten Faktoren des Leistungsanspruchs spezifisch invalidenversicherungsrechtlicher Natur sind. Zu diesen Faktoren gehört auch die Bemessung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 6a S. 172). Wird eine Leistung wegen eines solchen Faktors verfügungsweise herabgesetzt oder aufgehoben, so richtet sich die Wirkung dieser Änderung nach der spezifisch invalidenversicherungsrechtlichen Regelung des <ref-law> und daher in die Zukunft. Für Renten und Hilflosenentschädigungen verweist diese Bestimmung zudem auf <ref-law>. Demnach kann eine Aufhebung oder Herabsetzung eines Anspruchs auch rückwirkend vom Eintritt der für den Anspruch erheblichen Änderung verfügt werden, wenn die unrichtige Ausrichtung einer Leistung darauf zurückzuführen ist, dass der Bezüger sie unrechtmässig erwirkt hat oder der ihm gemäss <ref-law> zumutbaren Meldepflicht nicht nachgekommen ist (lit. b). <ref-law> sieht vor, dass der Berechtigte oder sein gesetzlicher Vertreter sowie Behörden und Dritte, denen die Leistung zukommt, jede für den Leistungsanspruch wesentliche Änderung, namentlich eine solche des Gesundheitszustandes, der Arbeits- oder Erwerbstätigkeit, der Hilflosigkeit, der persönlichen und gegebenenfalls der wirtschaftlichen Verhältnisse des Versicherten unverzüglich der IV-Stelle anzuzeigen haben.
3. Vorliegend wird von den Parteien nicht bestritten, dass die ursprüngliche Annahme der IV-Stelle, der Beschwerdeführer erhalte aufgrund seiner ärztlich attestierten Arbeitsfähigkeit von 50 % wegen einer entsprechend eingeschränkten Leistung einen jährlichen Lohn von Fr. 29'000.--, nicht den Tatsachen entsprochen hatte. Der Beschwerdeführer hätte daher zugegebenermassen keinen Anspruch auf eine Invalidenrente gehabt, weshalb die IV-Stelle ihre rentenzusprechende Verfügung vom 14. Oktober 2005 zu Recht in Wiedererwägung zog und in Anwendung von <ref-law> aufhob. Streitig ist einzig, ob dem Beschwerdeführer eine Meldepflichtverletzung vorzuwerfen ist und damit, ob die im Zeitraum vom 14. Oktober 2005 bis 8. Juli 2008 ausgerichteten Rentenbetreffnisse zu Recht zurückgefordert werden. Dabei handelt es sich um eine Rechtsfrage, welche das Bundesgericht frei überprüfen kann (vgl. E. 1).
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat erwogen, es liege eine Meldepflichtverletzung im Sinne von <ref-law> von Seiten des Beschwerdeführers vor, weil er mit dem Empfang der Verfügung vom 14. Oktober 2005 festgestellt habe oder unter Aufwendung genügender Sorgfalt hätte feststellen müssen, dass die IV-Stelle von einem unzutreffenden Invalideneinkommen ausgegangen sei. Dies hätte er der Verwaltung melden müssen.
4.2 Dieser Rechtsauffassung kann nicht gefolgt werden. Die Meldepflicht, wie sie auf Seite 4 der Verfügung vom 14. Oktober 2005 aufgeführt ist und wie sie sich aus <ref-law> und <ref-law> ergibt, bezieht sich auf Änderung der Verhältnisse nach Beginn des Leistungsanspruchs (vgl. UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 6 ff. zu <ref-law>). Diese wurde hier zweifellos nicht verletzt, haben sich die Einkommensverhältnisse des Beschwerdeführers doch nicht wesentlich, und schon gar nicht zu seinen Gunsten geändert; er verdiente gemäss IK-Auszug nach seinem Stellenwechsel im Mai 2006 gar weniger als beim vorherigen Arbeitgeber.
4.3 Zu prüfen ist weiter, ob der Versicherte seine allgemeine Mitwirkungspflicht vor Erlass der ursprünglichen Leistungsverfügung im Sinne von <ref-law> verletzt hat.
In der Anmeldung zum Leistungsbezug hat der Beschwerdeführer korrekt angegeben, er verdiene Fr. 4'400.-- im Monat. Den gleichen Betrag hat auch der damalige Arbeitgeber im entsprechenden Fragebogen vom 4. November 2004 unter der Rubrik "AHV-beitragspflichtiges Einkommen der letzten 3 Jahre ohne Ersatzleistungen, wie SUVA oder Krankenkassen-Taggelder etc." vermerkt. Dass von der Firma H._ auf nochmalige Nachfrage der IV-Stelle hin, welches Einkommen Herr B._ im 50 % Arbeitspensum ohne Berücksichtigung von Krankentaggeldern erziele, geantwortet wurde: "Das Einkommen von Herr B._ beträgt bei einem Arbeitspensum von 50 % Fr. 2'200.--" musste und konnte der Beschwerdeführer nicht wissen. Falsche (oder falsch verstandene) Auskünfte Dritter, von denen er gar nichts wusste, muss sich der Beschwerdeführer nicht als eigenes Fehlverhalten anrechnen lassen. Er selbst hat der IV-Stelle gegenüber nie angegeben, in einem "50 %-Pensum" oder bloss halbtags zu arbeiten. Diesen Schluss hat die Verwaltung selbst aus der ärztlich attestierten 50%igen Arbeitsfähigkeit gezogen. Der Beschwerdeführer hat mit anderen Worten den Irrtum, in dem sich die Verwaltung befand, nicht zu vertreten. Er hat demnach auch keine Mitwirkungspflicht verletzt.
4.4 Die Verwaltung und das kantonale Gericht gehen von einer Pflicht jedes Versicherten aus, eine Rentenverfügung bei Eröffnung in allen Bestandteilen kritisch auf eventuelle Unrichtigkeiten hin zu überprüfen und diese gegebenenfalls der verfügenden Behörde zu melden. Ob hiefür überhaupt eine Rechtsgrundlage besteht, kann offenbleiben. Der Beschwerdeführer wendet nämlich zu Recht ein, dass es ihm als juristischem Laien nicht auffallen musste, dass die Rentenverfügung vom 14. Oktober 2005 unrichtig war. In der Verfügung wird angegeben, der Anspruch auf eine Invalidenrente sei geprüft worden, und die Voraussetzungen würden als erfüllt erachtet. Im Weiteren wird angeführt, die Abklärungen hätten ergeben, dass er in seiner angestammten sowie in jeder anderen Tätigkeit eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % erleide. Diese Angabe durfte der Beschwerdeführer als richtig ansehen, entsprach sie doch allen Arztzeugnissen. Schliesslich ist vermerkt: "Aufgrund der 50%igen Arbeitsfähigkeit für sämtliche Tätigkeiten ist Ihnen heute mit Behinderung ein Einkommen von Fr. 29'000.-- pro Jahr zumutbar (50 % von Fr. 58'000.--)". Im Verfügungstext wurde also nicht ausgeführt, er verdiene aktuell nur Fr. 29'000.--. Der Beschwerdeführer hatte daher keine Veranlassung, sich bei der IV-Stelle zu melden und anzugeben, es sei ihm ein höheres als das angegebene Einkommen "zumutbar". Er musste nicht wissen, wie ein Invaliditätsgrad ermittelt wird. Es durfte ihm vielmehr einleuchten, dass ihm eine halbe Invalidenrente zugesprochen wird, nachdem ihm die behandelnden Ärzte eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert hatten. Damit bestand für ihn auch keine Veranlassung sich bei Dritten über den Inhalt der Rentenverfügung zu erkundigen, entsprach doch dieser seinen Erwartungen.
4.5 Umstritten ist im angefochtenen Entscheid weiter, ob der Beschwerdeführer der IV-Stelle mit Schreiben vom 15. Mai 2006 tatsächlich meldete, dass er seine Stelle gewechselt habe. Die Beschwerdegegnerin bestreitet, ein entsprechendes Schreiben erhalten zu haben. Das kantonale Gericht hat erwogen, in beweisrechtlicher Hinsicht sei von der Darstellung der IV-Stelle auszugehen, da der Beschwerdeführer keinen Beweis dafür erbringen könne, dieses Schreiben tatsächlich versandt zu haben.
Weitere Ausführungen über diese Frage erübrigen sich indessen, da es keine Verpflichtung gibt, der IV-Stelle bei laufenden Rentenleistungen einen blossen Stellenwechsel zu melden. Es handelt sich nicht um eine der Tatsachen, wie sie in <ref-law> oder auch in der Leistungsverfügung selbst beispielhaft aufgezählt werden. Auch die IV-Stelle behauptet nicht, der blosse Stellenwechsel ohne Änderung in der Arbeits- oder Erwerbsfähigkeit sei meldepflichtig.
4.6 Schliesslich ist auch irrelevant, dass der ebenfalls eine Invalidenrente beziehende, an gleicher Adresse wohnende und gleichnamige Vater des Beschwerdeführers versehentlich den Revisionsfragebogen vom 14. November 2007 mit eigenen Angaben ausfüllte. Auch dieser Umstand hat keinen Einfluss auf die vorliegend allein interessierende Frage einer Meldepflichtverletzung des Beschwerdeführers, weshalb nicht weiter darauf eingegangen wird.
4.7 Zusammenfassend steht fest, dass der Beschwerdeführer zu keinem Zeitpunkt seine Meldepflicht verletzt hat, womit die Aufhebung des Rentenanspruchs gemäss <ref-law> erst von dem der Wiedererwägungsverfügung vom 15. Juni 2009 folgenden Monat an gilt.
5. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 4. November 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 15. Juni 2009 werden insoweit aufgehoben, als sie die Rückzahlung der vom 15. Oktober 2005 bis 8. Juli 2008 bezogenen Rentenleistungen anordnen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.-- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer