Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 8. Juli 2008 sprach das Obergericht des Kantons Zürich X._ zweitinstanzlich der sexuellen Nötigung (<ref-law>), der Gefährdung des Lebens (<ref-law>), der Freiheitsberaubung (<ref-law>), der versuchten Drohung (Art. 180 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), der Tätlichkeiten (<ref-law>), der geringfügigen Sachbeschädigung (Art. 144 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), des Vergehens gegen Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 BetmG und der Übertretung von <ref-law> schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 28 Monaten, wovon 107 Tage durch Haft erstanden sind, und zu einer Busse von Fr. 500.--. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es im Umfang von 16 Monaten auf und setzte die Probezeit auf vier Jahre fest. Im Umfang von 12 Monaten ordnete es den Vollzug der Freiheitsstrafe an. Des Weiteren verpflichtete das Obergericht X._, der Geschädigten Y._ eine Genugtuung von Fr. 6'000.-- (zuzüglich 5% Zins seit dem 22. April 2005) zu bezahlen.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 8. Juli 2008 sei aufzuheben, und er sei von den Vorwürfen der sexuellen Nötigung, der Gefährdung des Lebens, der Freiheitsberaubung, der versuchten Drohung, der Tätlichkeiten, der geringfügigen Sachbeschädigung und in einem Fall der Widerhandlung gegen Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 BetmG freizusprechen. Für die übrigen Vergehen gegen Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 BetmG und die Übertretung von <ref-law> sei er angemessen zu bestrafen. Eventualiter sei die Sache zur Beweisergänzung und/oder zu neuer Strafzumessung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Auf die Zivilforderung der Geschädigten Y._ sei nicht einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Schliesslich beantragt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in Strafsachen steht gegen "Entscheide in Strafsachen" offen. Dieser Begriff umfasst sämtliche Entscheide, denen materielles Strafrecht oder Strafprozessrecht zugrunde liegt (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BBl 2001 4313). Angefochten ist ein Strafurteil, in dem der Beschwerdeführer als Beschuldigter Partei war. Nach dem Konzept der Einheitsbeschwerde soll der Rechtsmittelweg an das Bundesgericht vom Rechtsgebiet abhängen, auf welches die Streitsache letztlich zurückgeht (Botschaft a.a.O., 4235). Damit ist die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> das zutreffende Rechtsmittel. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist ausgeschlossen (vgl. Urteil 6B_130/2007 vom 11. Okt. 2007, E. 1.1).
1.2 Nach <ref-law> hat die Beschwerde die Begehren und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten. Diesen Anforderungen genügt der Beschwerdeführer insoweit nicht, als er zur Begründung auf die Ausführungen vor der Vorinstanz verweist und diese zum integrierten Bestandteil seiner Beschwerde erklärt. Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (vgl. Urteil 6B_324/ 2007 vom 5. Oktober 2007, E. 2.3).
2. Den Verurteilungen des Beschwerdeführers wegen Übertretung des BetmG (<ref-law>), Tätlichkeiten (<ref-law>), Gefährdung des Lebens (<ref-law>), Freiheitsberaubung (<ref-law>) und sexueller Nötigung (<ref-law>) liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin 1 (nachfolgend als Beschwerdegegnerin bezeichnet) verbrachten die Nacht vom 21. auf den 22. April 2005 in der Wohnung des Beschwerdeführers. Im Laufe der Nacht rauchten sie Kokain. Alsdann kam es zu Meinungsverschiedenheiten, und der Beschwerdeführer zog die Beschwerdegegnerin an den Haaren und schlug sie mit Füssen und Fäusten an Kopf und Körper. Die Beschwerdegegnerin zog sich hierdurch insbesondere eine Prellung hinter dem linken Ohr, eine Schürfwunde an der Stirn und eine blutige Prellung am Hinterkopf zu. Weiter schoss der Beschwerdeführer aus einer Entfernung von 2,4 Metern mit einer Armbrust einen Pfeil in Richtung der auf dem Bettsofa sitzenden Beschwerdegegnerin ab. Der Pfeil blieb ca. 57 bis 68 Zentimeter oberhalb des Kopfes der Beschwerdegegnerin in der Wand hinter ihr stecken.
Etwas später nahm die Beschwerdegegnerin eine Dusche und begann mit einer Intimrasur. Der Beschwerdeführer äusserte den Wunsch, die Rasur vorzunehmen, was die Beschwerdegegnerin jedoch ablehnte. In der Folge wollte diese die Wohnung verlassen, der Beschwerdeführer weigerte sich jedoch, ihr die abgeschlossene Wohnungstür zu öffnen, und behielt den Schlüssel auf sich.
Alsdann verlangte der Beschwerdeführer von der Beschwerdegegnerin Sex. Im Hinblick darauf, dass ihr der Beschwerdeführer versprach, sie danach gehen zu lassen, erklärte sich diese zu Oralverkehr bereit. Trotz seines Versprechens liess er sie daraufhin nicht aus der Wohnung.
Rund drei Stunden später erlaubte der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin, Bier und Zigaretten kaufen zu gehen, wobei er sie zuvor unter Drohungen schwören liess, wieder zu ihm in die Wohnung zurückzukommen, was diese dann auch tat.
Einige Stunden später verliess der Beschwerdeführer seinerseits die Wohnung, um für die Beschwerdegegnerin Methadon zu besorgen, da diese mittlerweile unter Entzugserscheinungen litt. Dabei schloss er sie in der Wohnung ein. Nach rund zwei Stunden, gegen 15.00 Uhr, kehrte er mit einigen Tabletten Methadon zurück und übergab diese der Beschwerdegegnerin, welche das Methadon sogleich zu sich nahm. Gegen 15.30 Uhr erlaubte ihr der Beschwerdeführer schliesslich, die Wohnung zu verlassen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine willkürliche Beweiswürdigung, eine Missachtung des Grundsatzes "in dubio pro reo" sowie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor (Beschwerde S. 10 - 38).
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Die Wendung "offensichtlich unrichtig" entspricht dem Willkürbegriff im Sinne von <ref-law> (Botschaft a.a.O., 4338). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts, mithin der Verletzung des Willkürverbots, prüft das Bundesgericht gemäss <ref-law> nur insoweit, als sie in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert begründet worden ist (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.4).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung einzig vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> nicht publ. E. 4.1; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
3.3 Die im Einzelnen vorgebrachten Rügen des Beschwerdeführers erschöpfen sich weitgehend in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil, wiederholt er doch in seiner Beschwerdeschrift über weite Strecken einzig seine bereits im kantonalen Verfahren erhobenen Tatsachenbehauptungen und stellt damit der Würdigung der Vorinstanz lediglich seine eigene Sicht der Dinge gegenüber, ohne zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis verfassungswidrig sein sollte. Insoweit genügen seine Vorbringen den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht, so dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann. Dies gilt namentlich für seine Einwendungen, die Beschwerdeführerin sei zum Zeitpunkt des Armbrustschusses nicht auf dem Bettsofa gesessen (Beschwerde S. 16) und die von ihr behaupteten Verletzungen seien nicht erstellt (Beschwerde S. 43).
Näher einzugehen ist deshalb einzig auf einzelne ausreichend begründete Rügen des Beschwerdeführers.
3.4 Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, der Aufbau des angefochtenen Urteils zeuge von Willkür, führe zu einer Beweislastumkehr und verletze die Unschuldsvermutung, denn es sei unhaltbar, vorerst seine Aussagen zu würdigen und erst in einem zweiten Schritt die Aussagen des Opfers näher zu prüfen (Beschwerde insb. S. 10 - 15), kann ihm nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat unter Bezugnahme auf das erstinstanzliche Urteil die Aussagen des Beschwerdeführers und jene der Beschwerdegegnerin eingehend gewürdigt und willkürfrei geschlossen, seine Schilderungen seien widersprüchlich, jene der Beschwerdegegnerin im Kernbereich hingegen stimmig und daher glaubhaft (vgl. angefochtenes Urteil S. 9 ff.). Dass die Vorinstanz vorab die Aussagen des Beschwerdeführers würdigte, bevor sie im Einzelnen auf jene der Beschwerdegegnerin einging, bedeutet keine willkürliche Beweiswürdigung.
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers (Beschwerde S. 25) ist auch die Feststellung der Vorinstanz, dass sich aus den Einvernahmeprotokollen vom 10. und 14. Juni 2005 keine Verdachtsgründe ergäben, dass die Beschwerdegegnerin aufgrund ihres vorgängigen Konsums von Methadon und des Benzodiazepins Seresta (1,5 Tabletten) nicht in der Lage gewesen sei, den Einvernahmen zu folgen, keineswegs unhaltbar. Die Vorinstanz hat willkürfrei dargelegt, dass sie anlässlich der Befragungen nicht apathisch, sondern emotional präsent gewesen sei, und ausgeführt, es erscheine angesichts der Methadoneinnahme auch höchst unwahrscheinlich, dass sie an eigentlichen Entzugserscheinungen gelitten habe (angefochtenes Urteil S. 13).
Die Beweiswürdigung der Vorinstanz ist somit zusammenfassend nicht als willkürlich zu qualifizieren. Ebensowenig ist eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" oder eine Missachtung des Anspruchs des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör ersichtlich.
4. 4.1 In Bezug auf seine Verurteilung wegen sexueller Nötigung bringt der Beschwerdeführer vor, eine psychische Drucksituation sei nicht belegt, d.h. der Oralverkehr sei einvernehmlich geschehen (Beschwerde S. 18 f. und S. 38 f.).
4.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Fusstritte und Faustschläge des Beschwerdeführers seien zwar nicht unmittelbar vor der sexuellen Handlung erfolgt, hätten aber bei der Beschwerdegegnerin nicht nur in physischer, sondern auch in psychischer Hinsicht Wirkung gezeigt, habe sie doch jederzeit mit einem erneuten ähnlichen Gewaltausbruch des Beschwerdeführers rechnen müssen. Die Beschwerdegegnerin habe glaubhaft ausgesagt, sie habe Angst vor dem Beschwerdeführer gehabt und nur deshalb in die sexuellen Handlungen eingewilligt, weil ihr dieser versprochen habe, sie anschliessend gehen zu lassen (angefochtenes Urteil S. 17 f.). Es erscheine, so die Vorinstanz weiter, zwar befremdlich, dass sich die Beschwerdegegnerin in Gegenwart des Beschwerdeführers im Intimbereich rasiert habe, allerdings sei der Oralverkehr erst später und nicht in Zusammenhang mit der Intimrasur erfolgt (angefochtenes Urteil S. 19). Zusammenfassend sei somit als erstellt anzusehen, dass die Beschwerdegegnerin sich einzig unter dem Eindruck ihrer ausweglosen Lage und damit aufgrund psychischen Drucks dazu bereit erklärt habe, den Beschwerdeführer oral zu befriedigen (angefochtenes Urteil S. 22).
4.3 Gemäss <ref-law> wird wegen sexueller Nötigung mit Freiheitsstrafe bis zu zehn Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer eine Person zur Duldung einer beischlafsähnlichen oder einer anderen sexuellen Handlung nötigt, namentlich indem er sie bedroht, Gewalt anwendet, sie unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht.
Als unter psychischen Druck gesetzt gilt ein Opfer, welches durch das Vorgehen des Täters in eine ausweglose Situation gerät, in der es ihm nicht zuzumuten ist, sich dem Täter zu widersetzen, auch wenn dieser keine Gewalt anwendet (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2b/aa und 106 E. 3a/bb).
Der Beschwerdeführer wurde, bevor es zu den sexuellen Handlungen kam, der Beschwerdegegnerin gegenüber gewalttätig, indem er sie an den Haaren zog, mit den Füssen trat, mit den Fäusten auf sie einschlug, mit der Armbrust in die Wand hinter ihr schoss, sie verbal bedrohte und sie gegen ihren Willen in der Wohnung festhielt. Es ist, wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, naheliegend, dass sie sich in dieser psychischen Drucksituation, welcher der Beschwerdeführer aufgebaut hatte, nicht getraute, sich seinem Verlangen, ihn oral zu befriedigen, zu widersetzen. Durch sein Vorgehen machte der Beschwerdeführer mithin die Beschwerdegegnerin gefügig und nötigte sie hierdurch zum Oralverkehr. Die Verurteilung wegen sexueller Nötigung verletzt damit kein Bundesrecht.
5. 5.1 Betreffend die Verurteilung wegen Gefährdung des Lebens macht der Beschwerdeführer geltend, mit einer Armbrust lasse sich sehr genau zielen. Selbst wenn die Beschwerdegegnerin somit, wie von der Vorinstanz angenommen, zum Zeitpunkt der Pfeilabgabe auf dem Bettsofa gesessen hätte, hätte für sie keine unmittelbare Lebensgefahr bestanden. Im Übrigen mangle es an Erfahrungswerten, ab welcher Energie Armbrustpfeile tödlich wirken könnten (Beschwerde S. 17 f. und S. 39 f.).
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, das Gutachten des Wissenschaftlichen Diensts der Stadtpolizei Zürich vom 27. Juli 2006 sei in Bezug auf das Einschussloch in der Wohnung des Beschwerdeführers zum Schluss gelangt, es komme aus wissenschaftlicher Sicht einzig ein Direktschuss mit der Armbrust auf die Wand hinter dem Bettsofa in Betracht. Die Vorinstanz betont, gehe man von den (glaubhaften) Angaben der Beschwerdegegnerin aus, wonach sie im Moment der Schussabgabe auf dem Bettsofa gesessen habe, sei gestützt auf das Gutachten davon auszugehen, dass der Abstand zwischen der Flugbahn des Pfeils und dem Kopf der Beschwerdegegnerin rund 57 - 68 Zentimeter betragen habe und dass infolgedessen mit tödlichen Verletzungen habe gerechnet werden müssen (angefochtenes Urteil S. 8 und S. 22 mit Verweis auf die vorinstanzlichen Akten HD act. 80).
5.3 Den Tatbestand der Gefährdung des Lebens gemäss <ref-law> erfüllt, wer einen Menschen in skrupelloser Weise in unmittelbare Lebensgefahr bringt.
Unmittelbar ist die Gefahr, wenn sich aus dem Verhalten des Täters direkt die Wahrscheinlichkeit oder nahe Möglichkeit der Todesfolge ergibt. Skrupellos ist ein in schwerem Grade vorwerfbares, ein rücksichts- oder hemmungsloses Verhalten. Subjektiv ist direkter Vorsatz in Bezug auf die unmittelbare Lebensgefahr erforderlich; Eventualvorsatz genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.1).
Die vom Beschwerdeführer gegen seine Verurteilung erhobenen Rügen sind nicht stichhaltig. Das Gutachten des Wissenschaftlichen Diensts der Stadtpolizei Zürich vom 27. Juli 2006 kam nach ausführlichen Energieberechnungen zum Schluss, dass je nach Auftreffort des Pfeils mit tödlichen Verletzungen habe gerechnet werden müssen. Soweit der Beschwerdeführer weiter vorbringt, mit einer Armbrust lasse sich sehr genau zielen, verkennt er, dass - die die Gutachter explizit betonen - die Waffe zwar eine relativ kleine technische Streuung aufweist, jedoch die Streuung aufgrund der Umgebungsbedingungen (bspw. Sicht), die Schützenstreuung (Fähigkeiten des Schützen) und insbesondere die Situationsstreuung (Alkohol- und Drogeneinfluss, Aufregung) hinzukommt.
Vor diesem Hintergrund ist der Schluss der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe die Beschwerdegegnerin in unmittelbare Lebensgefahr gebracht, zutreffend. Wie im angefochtenen Urteil weiter willkürfrei ausführt wird, wusste der Beschwerdeführer bei seiner Schussabgabe um die Gefahr tödlicher Verletzungen. Da er trotzdem mutwillig und aus nichtigem Motiv auf die Beschwerdegegnerin schoss, handelte er skrupellos.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen seine Verurteilung wegen Freiheitsberaubung und stellt sich auf den Standpunkt, die Beschwerdegegnerin habe sich die ganze Zeit freiwillig in der Wohnung aufgehalten. Dies ergebe sich nicht zuletzt daraus, dass sie die Wohnung am Morgen kurz verlassen habe, um Zigaretten und Bier zu besorgen, und anschliessend freiwillig wieder zu ihm zurückgekehrt sei (Beschwerde S. 41 f.).
6.2 Die Vorinstanz ist demgegenüber zum Schluss gekommen, der Beschwerdeführer habe die Beschwerdegegnerin von ca. 05.00 Uhr morgens, als diese die Wohnung verlassen wollte, bis 15.30 Uhr - mit einem kurzen Unterbruch - gegen ihren Willen in seiner Wohnung eingeschlossen (angefochtenes Urteil S. 15 und S. 23).
6.3 Gemäss <ref-law> wird wegen Freiheitsberaubung mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder mit Geldstrafe bestraft, wer jemanden unrechtmässig festnimmt oder gefangen hält oder jemandem in anderer Weise unrechtmässig die Freiheit entzieht.
Die Vorinstanz hat vorliegend willkürfrei festgestellt, dass die Beschwerdegegnerin, welche sich ursprünglich freiwillig in die Wohnung des Beschwerdeführers begeben hatte, gegen 05.00 Uhr morgens diesem mehrfach kundtat, sie wolle die Wohnung verlassen, was dieser jedoch ablehnte. Er hielt sie mithin ab diesem Zeitpunkt gegen ihren ausdrücklich geäusserten Willen in der Wohnung fest, indem er die Wohnungstür abschloss und den Schlüssel auf sich trug. Des Weiteren ist, wie die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen, erwogen hat, auch als erstellt anzusehen, dass die Beschwerdegegnerin, nachdem sie kurzzeitig die Wohnung verlassen durfte, um Zigaretten und Bier einzukaufen, nicht freiwillig, sondern aufgrund der Androhungen des Beschwerdeführers, dass es noch schlimmer kommen werde, falls sie nicht zurückkomme, wieder in die Wohnung zurückgekehrt ist. Zusammenfassend hat der Beschwerdeführer sie folglich von ca. 05.00 Uhr morgens - mit einem kurzen Unterbruch - bis ca. 15.30 Uhr daran gehindert, die Wohnung zu verlassen und hierdurch den Tatbestand der Freiheitsberaubung gemäss <ref-law> erfüllt.
7. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, es sei einzig gesichert, dass die Beschwerdegegnerin 10 Gramm Kokain besorgt habe. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei jedoch Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 BetmG nicht erfüllt (Beschwerde S. 43).
Der Beschwerdeführer verkennt, dass die Vorinstanz ihn infolge des gestützt auf das chemisch-toxikologische Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin vom 9. Juni 2005 nachgewiesenen Kokainkonsums insoweit einzig wegen <ref-law> schuldig gesprochen hat (angefochtenes Urteil S. 8 und 23 f.). Diese Verurteilung aber ficht der Beschwerdeführer zu Recht nicht an.
Die Verurteilungen des Beschwerdeführers wegen Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 BetmG beziehen sich hingegen auf Verkäufe von Haschisch und den Besitz von Haschisch respektive Marihuana im Oktober und November 2006 (Nachtragsanklage vom 14. März 2007; angefochtenes Urteil S. 26 f.). Weshalb diese Schuldsprüche Bundesrecht verletzen sollten, wird vom Beschwerdeführer nicht substantiiert und ist auch nicht ersichtlich.
8. 8.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen seine Verurteilung wegen versuchter Drohung. Diese beruht auf folgendem Sachverhalt:
Am 28. Oktober 2004 kam es in einem Restaurant in Zürich zu einer Auseinandersetzung zwischen dem Beschwerdeführer und zwei Mitarbeitern des Restaurants. Der Beschwerdeführer fuchtelte mit einem Messer herum, machte "Halsschneidebewegungen" und bedrohte die beiden Mitarbeiter mit dem Tod, indem er ihnen namentlich in Aussicht stellte, er werde sie abstechen wie einen Fisch. Nachdem der Beschwerdeführer zwischenzeitlich das Restaurant verlassen hatte, kehrte er rund eine halbe Stunde später wieder zurück, machte gegenüber dem einen der beiden Mitarbeiter mit den Fingern die Geste einer Schusswaffe nach und zeigte diesem den bräunlichen Griff einer Pistole. Die Polizei konnte den Beschwerdeführer schliesslich verhaften und bei ihm eine Pistole sicherstellen.
8.2 Der Beschwerdeführer rügt, angesichts der eindeutigen Kräfteverhältnisse - die beiden angeblich Bedrohten seien ihm körperlich weit überlegen gewesen - erscheine der Schluss abwegig, dass er gedacht haben könnte, seine Gesten seien wirksam im Sinne einer Drohung (Beschwerde S. 43 - 45).
8.3 Die Vorinstanz hat erwogen, es sei belegt, dass sich die beiden Mitarbeiter des Restaurants durch den Beschwerdeführer nicht in Angst und Schrecken versetzen liessen, obwohl dieser seine Drohungen durchaus ernst gemeint habe. Der Beschwerdeführer sei daher (einzig) der versuchten Drohung schuldig zu sprechen (angefochtenes Urteil S. 25).
8.4 Den Tatbestand der Drohung gemäss <ref-law> erfüllt, wer jemanden durch schwere Drohung in Schrecken oder Angst versetzt. Der Täter muss dem Opfer somit einen schweren Nachteil in Aussicht stellen.
Bei der Prüfung, ob eine Drohung im Sinne des Gesetzes schwer und geeignet ist, den Geschädigten in Schrecken oder Angst zu versetzen, ist nach der Praxis des Bundesgerichtes grundsätzlich ein objektiver Massstab anzulegen. In der Regel ist dabei auf das Empfinden eines vernünftigen Menschen mit einigermassen normaler psychischer Belastbarkeit abzustellen (Urteil 6S.103/2003 vom 2. April 2004, E. 9.4).
Das Herumfuchteln mit dem Messer und das Zeigen des Pistolengriffs, verbunden mit weiteren drohenden Gesten und unterstrichen durch konkrete verbale Todesdrohungen, war objektiv geeignet, auch nicht übertrieben ängstliche Personen in der Situation der beiden Restaurantmitarbeiter in Angst und Schrecken zu versetzen, was, wie die Vorinstanz willkürfrei festgestellt hat, dem Beschwerdeführer auch bewusst war. Vor diesem Hintergrund verletzt der Schluss im angefochtenen Urteil auf ein vorsätzliches Handeln des Beschwerdeführers kein Bundesrecht. Im Übrigen ist bei der Bedrohung mit einer Schusswaffe auch die (angebliche) körperliche Unterlegenheit des Beschwerdeführers nicht von Relevanz. Die Vorinstanz hat ihn somit zu Recht wegen versuchter Drohung schuldig gesprochen.
9. 9.1 Der Beschwerdeführer rügt schliesslich, der Schuldspruch wegen geringfügiger Sachbeschädigung verletze Bundesrecht. Die Vorinstanz geht insoweit von folgendem Sachverhalt aus:
Am 28. Oktober 2004 kurz vor Mitternacht wurde der Beschwerdeführer im Anschluss an den Vorfall in besagtem Restaurant in Zürich (vgl. E. 8.1 hiervor) von der Polizei angehalten und auf die Polizeiwache geführt. Dort setzte er sich gegen die angeordnete Blutentnahme zur Wehr und zog sich leichte Verletzungen an Lippe und Nase zu, so dass er zu bluten anfing und sich am Boden eine Blutlache bildete. Während die Polizisten Reinigungsmaterial besorgten, um das Blut aufzuwischen, verschmierte der Beschwerdeführer mit seinen Händen die Wände, den Tisch und die Sitzbänke mit Blut. Der hierdurch entstandene Schaden belief sich auf schätzungsweise Fr. 200.--.
9.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, ein Schaden sei nicht nachgewiesen, lasse sich doch Blut, wenn es noch nicht geronnen sei, problemlos abwaschen (Beschwerde S. 45).
9.3 Die Vorinstanz hat demgegenüber erwogen, das Blut habe sich nur schwer wegputzen lassen, weshalb der Tatbestand der Sachbeschädigung erfüllt sei. Da der Beschwerdeführer sein Blut grossflächig über Wände, Tisch und Sitzbänke verschmiert habe, sei ein geschätzter Reinigungsaufwand von Fr. 200.-- keineswegs überhöht. In Anbetracht der geringen Schadenshöhe liege ein geringfügiges Vermögensdelikt im Sinne von <ref-law> vor (angefochtenes Urteil S. 25 f.).
9.4 Nach <ref-law> macht sich der Sachbeschädigung schuldig, wer eine Sache, an der ein fremdes Eigentums-, Gebrauchs- oder Nutzniessungsrecht besteht, beschädigt, zerstört oder unbrauchbar macht. Der Tatbestand der Sachbeschädigung dient dem Schutz des Berechtigten vor jeder mehr als nur belanglosen Beeinträchtigung seiner Sache.
Beschädigen ist jeder Eingriff in die Substanz, welcher die Funktion oder auch nur die Ansehnlichkeit der Sache beeinträchtigt wie beispielsweise Verunreinigungen, welche sich nur schwer wegputzen lassen (Stefan Trechsel/Dean Crameri, Schweizerisches Strafgesetzbuch Praxiskommentar, 2008, Art. 144 N. 4 StGB). Das grossflächige Verschmieren von Wänden, Tisch und Sitzbänken mit Blut ist, wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, nicht mehr als unerheblicher Eingriff zu qualifizieren, und als Schaden gilt namentlich auch der Aufwand für die Reinigung, selbst wenn diese vom Geschädigten selber vorgenommen wird (zum Schadensbegriff vgl. Philippe Weissenberger, Basler Kommentar StGB II, 2. Aufl. 2007, Art. 144 N. 57). Der von der Vorinstanz geschätzte Reinigungsaufwand von Fr. 200.-- ist nicht zu beanstanden. Der Beschwerdeführer wurde folglich zu Recht der geringfügigen Sachbeschädigung für schuldig befunden.
10. Die Beschwerde ist vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Da das Rechtsmittel von vornherein aussichtslos war, kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht entsprochen werden (<ref-law>).
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr ist seinen finanziellen Verhältnissen Rechnung zu tragen (<ref-law>). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Stohner