Sachverhalt:
A. A. X._ führte seit April 1987 die Einzelfirma Treuhand X._ (ab Januar 2003: Treuhand X._ GmbH); per 1. Juli 1990 beteiligte er sich mit Fr. 10'000.-- bzw. zu 10 % an der C._ AG, welche die Fabrikation und Herstellung von Einzelteilen und Maschinen bezweckte. Die Treuhand X._ gewährte der C._ AG im September 1990 ein Darlehen von Fr. 130'000.--; die Gesellschaft fiel in der Folge indes in Konkurs. Im Mai 1991 kauften A. X._ und seine Ehefrau B. X._ ein Patent der D._ AG, Werkzeug- und Apparatebau, sowie die Einzelfirma E._, jeweils zum Preis von Fr. 150'000.--; die Treuhand X._ übernahm darauf diese Werte zum Gesamtbetrag von Fr. 300'000.--. Im Juni 1991 gründete das Ehepaar X._ mit C._ die E._ AG, die im Bereich Ventiltechnik Handel und Fabrikation bezweckte; die Eheleute X._ beteiligten sich zu 90 % am Aktienkapital dieser Gesellschaft und waren deren einzige Verwaltungsräte. Die Treuhand X._ gab dem Unternehmen im Juli 1991 ein Darlehen von Fr. 300'000.-- in Form eines Kaufs des Betriebs und der Patente für die Ventiltechnik; später gewährte sie noch ein weiteres Darlehen von Fr. 20'000.--. Im Dezember 1992 verzichtete die Treuhand X._ auf die erste Darlehensforderung; die Liquidation der E._ AG wurde eingeleitet und diese in der Folge im Handelsregister gelöscht.
Für die Steuerperiode 1993/94 veranlagte die Kantonale Steuerverwaltung/Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz A. und B. X._ am 27. Juli 1995 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 203'500.-- für die kantonalen Steuern bzw. von Fr. 220'900.-- für die direkte Bundessteuer. Dabei gewährte sie keinen Abzug für den deklarierten Aufwand aus Wertberichtigungen auf dem Darlehen an die E._ AG sowie aus Abschreibungen auf den Beteiligungen an dieser Gesellschaft und der C._ AG; sie sah dies nicht als Geschäftsaufwand, sondern als privaten Kapitalverlust an. Eine Einsprache des Ehepaars X._ vom 8. September 1995 gegen diese Veranlagungsverfügung wies die Kantonale Steuerkommission/Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer am 19. September 2005 ab.
B. Gegen diesen Einspracheentscheid gelangten die Ehegatten X._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses wies die Beschwerde am 16. Februar 2006 ab (Versand: 1. März 2006).
C. A. und B. X._ haben am 23. März 2006 gegen diesen Entscheid beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde und staatsrechtliche Beschwerde eingereicht mit dem Antrag, das angefochtene Urteil aufzuheben. Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen sie zudem, gemäss Steuerveranlagung veranlagt zu werden und das steuerbare Einkommen bei der direkten Bundessteuer um durchschnittlich Fr. 233'127.-- zu reduzieren.
Das Verwaltungsgericht, die Kantonale Steuerkommission, die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Rechtsmittel abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerden richten sich gegen die Einkommensbesteuerung der Periode 1993/94 aufgrund des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (Bundessteuerbeschluss; BdBSt) und des alten Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 28. Oktober 1958 (aStG/SZ); es geht um die Anerkennung von Wertberichtigungen auf Darlehen bzw. von Abschreibungen auf Beteiligungen, welche die Beschwerdeführer als Inhaber einer Treuhand(einzel)firma übernommen hatten. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde und die staatsrechtliche Beschwerde werfen im Wesentlichen die gleichen Rechtsfragen auf; die Beschwerdeschriften enthalten denn auch nahezu identische Begründungen. Es rechtfertigt sich daher, über die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu entscheiden bei getrennter Prüfung der anwendbaren Verfahrensbestimmungen.
I. Verwaltungsgerichtsbeschwerde
2. Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Dessen Feststellung durch die Vorinstanz bindet das Bundesgericht im Rahmen von Art. 105 Abs. 2 OG. An die Begründungen der Parteien ist das Bundesgericht nicht gebunden (Art. 114 Abs. 1 OG); es kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 3.4 S. 188; StE 2004 21.14 Nr. 15, 2A.52/2003, E. 1.2, je mit Hinweisen).
3. 3.1 Gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. a BdBSt fällt in die Steuerberechnung grundsätzlich das gesamte Einkommen des Steuerpflichtigen aus Erwerbstätigkeit, Vermögensertrag oder anderen Einnahmequellen, insbesondere jedes Einkommen aus einer Tätigkeit. Vom rohen Einkommen werden nach Art. 22 Abs. 1 BdBSt unter anderem abgezogen die geschäftsmässig begründeten Abschreibungen und Rückstellungen geschäftlicher Betriebe (lit. b) sowie die eingetretenen und verbuchten Geschäftsverluste (lit. c).
3.2 Ob ein Vermögenswert der selbständigen Erwerbstätigkeit dient, beurteilt sich aufgrund der aktuellen technisch-wirtschaftlichen Funktion des Wirtschaftsguts. Wenn ein solcher Wert im Beurteilungszeitpunkt objektiv erkennbar für Geschäftszwecke verwendet wird bzw. der selbständigen Erwerbstätigkeit dient, ist er dem Geschäftsvermögen zuzurechnen. Dies ist von Fall zu Fall, unter Würdigung der Gesamtheit der tatsächlichen Verhältnisse zu entscheiden. In dieser Frage stimmt der hier noch anwendbare Bundessteuerbeschluss im Übrigen mit dem Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) überein (StE 2004 A 21.14 Nr. 15, 2A.52/2003, E. 2.2 und 2.3; ASA 71 S. 288 E. 4a und d; Urteile 2A.40/2001 vom 4. Oktober 2001, E. 2b; 2A.110/1989 vom 17. November 1989, E. 2b; 2A.17/1989 vom 28. Juni 1989, E. 4a, je mit Hinweisen; vgl. auch StR 54/1999 S. 474, 2A.391/1995, E. 3a; ASA 63 S. 37 E. 5a).
4. Die Vorinstanz hat zu Recht festgestellt, dass die streitigen Beteiligungen nicht zum Geschäftsvermögen der Beschwerdeführer gehören.
4.1 Anders würde es sich nach der Praxis (vgl. ASA 71 S. 288 E. 4b und c; 49 S. 72 E. 1; Urteile 2A.547/2004 vom 22. April 2005, E. 2.3; 2A.40/2001 vom 4. Oktober 2001, E. 3b; 2A.110/1989 vom 17. November 1989, E. 2c; siehe auch RDAT 1998 I Nr. 23t S. 468, 2A.554/1996, E. 3b) dann verhalten, wenn eine enge wirtschaftliche Beziehung zwischen der Beteiligung und dem Geschäft des Steuerpflichtigen besteht; das ist insbesondere der Fall, wo die Beteiligung für Geschäftszwecke erworben wurde oder sie dem Inhaber einen massgeblichen Einfluss auf eine Gesellschaft verschafft, deren geschäftliche Tätigkeit seiner eigenen entspricht oder diese sinnvoll ergänzt, was ihm erlaubt, seine ursprüngliche Geschäftstätigkeit auszudehnen. Diese Voraussetzung ist gegeben, wenn der Steuerpflichtige die Beteiligungsrechte konkret dazu einsetzt, um das Geschäftsergebnis seines eigenen Unternehmens bzw. dessen Gewinnchancen zu verbessern.
4.2 Das ist hier nicht der Fall: Die erworbenen Beteiligungen an der C._ AG und der E._ AG haben mit dem Geschäftszweck der von den Beschwerdeführern betriebenen Treuhandfirma nichts zu tun, und sie haben dieser auch nur unbedeutende Honorare eingebracht. Dazu kommt, dass von Anfang an Zweifel an der Werthaltigkeit der betreffenden Aktiven bestanden, die im Übrigen aus dem Privatvermögen erworben wurden. Unter diesen Umständen kann es nicht entscheidend sein, dass sie in die Buchhaltung der Einzelfirma aufgenommen wurden (vgl. StE 2004 A 21.14 Nr. 15, 2A.52/2003, 2.3; siehe auch Urteil 2A.40/2001 vom 4. Oktober 2001, E. 3c). Die Abschreibung wurde daher zu Recht nicht zugelassen.
5. Die Beschwerdeführer berufen sich auf Verjährung.
5.1 Die Vorinstanz verweist diesbezüglich auf ein Schreiben der Steuerkommission vom 11. Juli 2003 an die Beschwerdeführer, worin auf das pendente Einspracheverfahren hingewiesen und ein baldiger Entscheid in Aussicht gestellt wurde. Im Übrigen forderte die Steuerkommission die Beschwerdeführer am 30. Juli 1998 auf, verschiedene Unterlagen einzureichen, was diese in der Folge auch taten. Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> entschieden hat, gilt eine Mitteilung wie diejenige vom 11. Juli 2003 (und übrigens auch das Schreiben vom 30. Juli 1998) als Einforderungshandlung im Sinne von Art. 128 BdBSt, so dass die fünfjährige Verjährungsfrist rechtzeitig unterbrochen wurde (vgl. E. 2c S. 3 und E. 2f S. 4 f. des Urteils; siehe auch ASA 73 S. 237 E. 3d; RDAF 2005 II S. 468, 2P.221/2004, E. 5.3). Die Beschwerdeführer behaupten allerdings, diese Mitteilung nicht erhalten zu haben.
5.2 Die Beschwerdeführer haben die Einrede der Verjährung erst in der Beschwerde an das Verwaltungsgericht erhoben. Die Steuerkommission wies in ihrer Vernehmlassung vom 18. November 2005 unter anderem auf das Schreiben vom 11. Juli 2003 hin, das offensichtlich erfolgreich habe zugestellt werden können; den Akten lasse sich nicht entnehmen, dass diese Sendung von der Post als unzustellbar zurückgesandt worden sei. Zum Beweis offerierte sie den Postlaufzettel, wobei sie bemerkte, ein Nachforschungsbegehren gestellt zu haben, das sie nachreichen werde. Die Vernehmlassung wurde den Beschwerdeführern zur Kenntnisnahme zugestellt. Unter diesen Umständen hätten sie umgehend reagieren müssen, wenn sie geltend machen wollten, der eingeschrieben versandte Brief vom 11. Juli 2003 sei ihnen entgegen der Darstellung der Steuerkommission nicht zugegangen. Jedenfalls können sie nach Treu und Glauben nicht einwenden, ihnen sei das rechtliche Gehör verweigert worden, da ihnen keine Gelegenheit gegeben wurde, zu der in Aussicht gestellten Bestätigung der Post Stellung zu nehmen; dieser Beleg war in der Folge denn auch tatsächlich eingegangen und bestätigte die Darstellung der Steuerkommission. Die Einrede der Verjährung ist damit unbegründet.
II. Staatsrechtliche Beschwerde
6. 6.1 Das Bundesgericht prüft im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde nur klar und detailliert erhobene Rügen hinsichtlich konkreter Verletzungen verfassungsmässiger Rechte (vgl. Art. 90 Abs. 1 lit. b OG). Die Beschwerdeführer haben sich mit der Begründung im angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen und zu erklären, welches verfassungsmässige Individualrecht ihrer Ansicht nach verletzt sein soll. Werfen sie der kantonalen Behörde vor, diese habe mit ihrer Anwendung des kantonalen Rechts Art. 9 BV verletzt, genügt es nicht, einfach zu behaupten, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Sie haben vielmehr die Rechtsnorm, die qualifiziert unrichtig oder gar nicht angewendet worden sein soll, zu bezeichnen und anhand der angefochtenen Subsumtion zu zeigen, inwiefern der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Auf ungenügend begründete Rügen und appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (vgl. etwa <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 178).
6. 6.1 Das Bundesgericht prüft im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde nur klar und detailliert erhobene Rügen hinsichtlich konkreter Verletzungen verfassungsmässiger Rechte (vgl. Art. 90 Abs. 1 lit. b OG). Die Beschwerdeführer haben sich mit der Begründung im angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen und zu erklären, welches verfassungsmässige Individualrecht ihrer Ansicht nach verletzt sein soll. Werfen sie der kantonalen Behörde vor, diese habe mit ihrer Anwendung des kantonalen Rechts Art. 9 BV verletzt, genügt es nicht, einfach zu behaupten, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Sie haben vielmehr die Rechtsnorm, die qualifiziert unrichtig oder gar nicht angewendet worden sein soll, zu bezeichnen und anhand der angefochtenen Subsumtion zu zeigen, inwiefern der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Auf ungenügend begründete Rügen und appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (vgl. etwa <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 178).
6.2 6.2.1 Die Beschwerdeschrift genügt diesen Anforderungen kaum; sie hat weitgehend appellatorischen Charakter, und die Beschwerdeführer setzen sich darin nicht mit den einschlägigen Bestimmungen des noch anwendbaren früheren kantonalen Steuergesetzes auseinander (vgl. § 22 Abs. 1 lit. b und c aStG/SZ zum Abzug von geschäftsmässig begründeten Abschreibungen und Rückstellungen geschäftlicher Betriebe sowie von eingetretenen und verbuchten Geschäftsverlusten; § 82 Abs. 2 und § 101 Abs. 1 aStG/SZ zur Verjährung; siehe auch RDAF 2004 II S. 384, 2P.299/2002, E. 2); sie erwähnen diese nicht einmal. Die Beschwerdeführer wiederholen weitgehend ihre bereits im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorgetragenen Argumente, ohne auf die angefochtene Begründung im Hinblick auf die behauptete Verfassungswidrigkeit im Einzelnen einzugehen. Soweit das kantonale Recht mit dem Bundesrecht übereinstimmt, was sowohl bezüglich der Abschreibungen bzw. Wertberichtigungen, als auch gemäss der kantonalen Praxis mit Bezug auf die Verjährung der Fall ist (vgl. § 139 Abs. 3 lit. a des Schwyzer Steuergesetzes vom 9. Februar 2000), könnte im Übrigen von einer willkürlichen Rechtsanwendung keine Rede sein, nachdem die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer, die das Bundesgericht mit freier Kognition prüfen kann (Art. 114 Abs. 1 OG; E. 2), abgewiesen werden muss.
6.2.2 Soweit die Beschwerdeführer geltend machen, das Verwaltungsgericht habe ihnen das rechtliche Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verweigert, da es ihre einzelnen Argumente, die vorgenommenen Abschreibungen seien geschäftsmässig begründet, nicht gewürdigt habe, entspricht dies nicht den Tatsachen. Das Verwaltungsgericht hat zu der von den Steuerpflichtigen getroffenen Zuteilung der Beteiligungen zum Geschäftsvermögen Stellung genommen; es hat ausgeführt, die fraglichen Beteiligungen hätten deren Treuhandfirma weder tatsächlich gedient noch einen feststellbaren unternehmerischen Nutzen verschafft. Sodann hat es dargelegt, dass die Firma auch aus den Darlehen zu keinem Zeitpunkt einen Nutzen gezogen habe. Das Gericht hat sich ebenso zur buchmässigen Behandlung der streitigen Vermögenswerte geäussert und der bilanzmässigen Erfassung im vorliegenden Fall die Eigenschaft eines allein massgeblichen Abgrenzungskriteriums zu Recht nicht zuerkannt (vgl. auch StR 49/1994 S. 575, 2A.28/1993, E. 3b). In diesem Zusammenhang hat es auch die Herkunft der Mittel zutreffend als Indiz für die Abgrenzung zwischen Privat- und Geschäftsvermögen angesehen (StE 2004 A 21.14 Nr. 15, 2A.52/2003, E. 2.3). Den Beschwerdeführern ist dadurch das rechtliche Gehör nicht verweigert worden, waren doch deren Vorbringen gegen die von den Steuerbehörden verweigerte Zuteilung zum Geschäftsvermögen als nicht stichhaltig abzulehnen (vgl. auch <ref-ruling> E. 4.3 S. 540; StE 2005 B 95.1 Nr. 9, 2A.39/2004, E. 8, je mit Hinweisen).
III. Kosten und Entschädigung
7. Demnach ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen. Die staatsrechtliche Beschwerde ist ebenfalls abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten den unterliegenden Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 7 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2A.178/2006 und 2P.91/2006 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
3. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer Schwyz, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II und der Kantonalen Steuerkommission Schwyz sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: