Faits:
A. Y._ SA, précédemment Z._ SA, est liée à X._ Immobilien GmbH (ci-après: X._ GmbH), par sept contrats de baux. Ces contrats, initialement conclus à des dates différentes entre Z._ SA (locataire) et A._ (bailleresse), dont les actifs et passifs ont été repris par X._ GmbH, portent sur des locaux sis dans l'immeuble 000, à Genève.
Par avis comminatoire du 26 janvier 2004, X._ GmbH sollicitait de Z._ SA le versement du loyer des mois de janvier à mars 2004, représentant la somme de 21'816 fr. (3 x 7'272 fr.); elle indiquait qu'à défaut de paiement dans un délai de 30 jours, le bail serait résilié. Le 23 février 2004, la somme de 7'272 fr., correspondant à un mois de loyer, a été acquittée.
Par avis de résiliation de bail du 23 mars 2004, X._ GmbH a résilié l'ensemble des baux la liant à Z._ SA pour le 30 avril 2004.
Le 2 juin 2004, le conseil de Z._ SA informait X._ GmbH que la locataire libérerait les locaux dès le 1er juin 2004. Une clé des locaux était remise à la bailleresse par ce même courrier.
Par une annonce de presse, X._ GmbH a offert les locaux libérés en location dès le 29 juin 2004.
B. En janvier et mars 2006, X._ GmbH a saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers de plusieurs demandes en paiement, toutes déclarées non conciliées. Saisi, le Tribunal des baux et loyers a ordonné la jonction de l'ensemble des causes. X._ GmbH a conclu, en dernier lieu, à ce qu'Y._ SA soit condamnée à lui verser la somme de 74'808 fr.35, avec intérêts moyens à 5% dès le 15 décembre 2004, représentant la totalité des loyers mis en poursuite, et à ce que le solde du cautionnement auprès de la BCGE reste bloqué. Quant à Y._ SA, elle a pris des conclusions reconventionnelles et requis le paiement des dommages engendrés par la résiliation, qu'elle a chiffré à 51'378 fr.80.
Par jugement du 20 décembre 2007, le Tribunal des baux et loyers a condamné Y._ SA au paiement de 19'065 fr. avec intérêts à 5% dès le 16 juillet 2004, de 13'185 fr. avec intérêts à 5% dès le 16 septembre 2004, de 23'062 fr. avec intérêts à 5% dès le 16 novembre 2004 et de 1'540 fr. avec intérêts à 5% dès le 16 août 2204 (recte: 2004), et prononcé la mainlevée de l'opposition aux commandements de payer no ..., notifié le 8 février 2006 et no ... notifié le 20 septembre 2005.
Les premiers juges ont considéré, en substance, qu'à la suite de la résiliation anticipée des baux en raison de la demeure de la locataire, celle-ci était redevable d'une indemnité correspondant aux loyers qui auraient dû être perçus par la bailleresse jusqu'à la relocation des locaux ou, pour les cas où il n'y a pas eu de relocation, jusqu'à la prochaine échéance contractuelle. Pour ce faire, ils ont tenu compte des dates de relocation indiquées par la demanderesse à l'appui de ses écritures.
La locataire a appelé de ce jugement. A l'appui de son recours, elle contestait le montant de l'indemnité allouée pour occupation illicite des locaux en mai 2004; ce montant ne pouvait pas correspondre au montant du loyer, dès lors qu'elle n'avait, durant ce mois, quasiment pas joui des locaux. Elle contestait par ailleurs devoir une quelconque indemnité à partir du 1er juin 2004, motif pris de la nullité ou de l'inefficacité de la résiliation. Elle requérait, enfin, le remboursement du préjudice subi à la suite de la violation par la bailleresse de ses obligations contractuelles. La bailleresse a, pour sa part, déposé un appel incident, en concluant à la condamnation de la locataire au paiement du montant de 4'980 fr. avec intérêts, correspondant au dommage subi du fait que certaines surfaces ont été relouées avant l'échéance à des loyers inférieurs.
Statuant par arrêt du 27 novembre 2008, la Chambre d'appel en matière de baux et loyers a annulé le jugement du 20 décembre 2007 et condamné Y._ SA à payer à X._ GmbH la somme de 8'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 15 mai 2005, prononcé la mainlevée de l'opposition au commandement de payer no ... à concurrence de ce montant, dit que le solde de l'acte de cautionnement restait bloqué en faveur de X._ GmbH jusqu'au paiement intégral du montant dû et, enfin, condamné Y._ SA et son conseil à une amende de 500 fr. chacun; les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions.
Les juges cantonaux ont estimé qu'il n'y avait pas lieu d'allouer à la bailleresse une somme excédant l'utilisation effective des locaux par la locataire. Comme cette utilisation a duré trente-trois jours au-delà de l'échéance du bail, la cour a considéré, ex aequo et bono, qu'il se justifiait d'allouer à la bailleresse une indemnité de 8'000 francs.
C. Ayant reçu cet arrêt le 3 décembre 2008, X._ GmbH a déposé dans un bureau de poste suisse, le 13 janvier 2009, un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de l'<ref-law>, elle conclut, sous suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la condamnation de la partie adverse à lui payer 56'852 fr. avec intérêts, soit 19'065 fr., avec intérêts à 5% dès le 16 juillet 2004, 13'185 fr., avec intérêts à 5% dès le 16 septembre 2004, 23'062 fr., avec intérêts à 5% dès le 16 novembre 2004 et 1'540 fr., avec intérêts à 5% dès le 16 août 2004. Elle requiert également la mainlevée de l'opposition aux commandements de payer no ..., notifié le 8 février 2006, et no ..., notifié le 20 septembre 2005.
L'intimée a conclu, sous suite de dépens, au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105). Il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par le recourant (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62 - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. La recourante se plaint d'une violation de l'<ref-law>.
Le litige porte sur la question de savoir si, à la suite de la résiliation des baux litigieux conformément à l'<ref-law>, la bailleresse peut prétendre au paiement d'une indemnité en ce qui concerne la période postérieure à l'occupation effective des locaux par la locataire. La bailleresse - recourante -, qui cite la jurisprudence du Tribunal fédéral et plusieurs auteurs de doctrine, estime que tel doit être le cas, contrairement à ce qui a été jugé par l'autorité cantonale de dernière instance, qui a considéré qu'il n'était pas justifié d'allouer à la bailleresse des montants excédant l'utilisation effective de la chose.
Il est de jurisprudence que le locataire qui a donné lieu, par sa faute, à la rupture prématurée du bail a l'obligation d'indemniser le bailleur pour le dommage qu'il lui a causé; l'indemnité à laquelle le bailleur peut prétendre, à la suite d'une résiliation anticipée du contrat pour défaut de paiement - avec effet ex nunc -, équivaut aux loyers fixés contractuellement qu'il n'a pas perçus du fait de la rupture anticipée du bail, cela pendant la période qui s'est écoulée entre, d'une part, la fin prématurée du bail, et, d'autre part, le terme pour lequel la chose pouvait être objectivement relouée, la date de l'échéance contractuelle ordinaire du bail primitivement conclu en constituant la limite maximale (<ref-ruling> consid. 5 p. 552; cf. ég. DAVID Lachat, Le bail à loyer, 2008, p. 674 no 2.3.11; SVIT-Kommentar Mietrecht, 3e éd. 2008, n° 45 ad <ref-law>; ROGER Weber, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4e éd. 2007, n° 13 <ref-law>; Peter Heinrich, in Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 2007, no 16 ad <ref-law>).
Il résulte de l'état de fait (<ref-law>) que la locataire ne s'est pas acquittée des loyers échus dans le délai de paiement imparti par la bailleresse et que les baux ont de ce fait été résiliés le 23 mars 2004 pour le 30 avril 2004; les locaux étant libérés le 1er juin 2004, la bailleresse a cherché, dès la fin de ce mois, par voie d'annonce, un(ou des) locataire(s) de remplacement. A cet égard, il ressort des constatations de fait du jugement de première instance, non remises en cause devant l'autorité cantonale, que la surface de 119 m2, le parking n°..., le box no ... et le dépôt no ... n'ont pas été reloués avant leur échéance contractuelle fixée au 30 septembre 2004 et que les surfaces de 66 et de 67 m2 et le box no ... ont été reloués les 1er février 2005, 1er juin 2005 et 1er décembre 2004, soit avant leurs échéances contractuelles fixées respectivement aux 31 juillet 2005, 28 février 2007 et 31 mai 2005.
Il n'apparaît pas, à la lecture du jugement entrepris, que la locataire ait soutenu, devant l'autorité d'appel, que la bailleresse aurait été en mesure de relouer les locaux susmentionnés aussitôt après la résiliation des baux. On ne voit du reste pas ce qui permettrait d'admettre que la bailleresse n'a pas pris les dispositions qui s'imposaient pour réduire au maximum le dommage subi, ce d'autant qu'il ressort de l'état de fait qu'elle a, dans le mois suivant la libération des locaux, recherché un(ou des) locataire(s) de remplacement par voie d'annonce dans la presse.
Il en découle que la locataire est redevable des loyers correspondant à la période s'écoulant du 30 avril 2004 (date de la fin prématurée des baux) au 30 septembre 2004, pour les locaux non reloués avant l'échéance, et du 30 avril 2004 aux différentes dates de relocation, pour les autres locaux. L'arrêt attaqué sera dès lors réformé en ce sens que l'intimée est condamnée à verser à la recourante les sommes de 19'065 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 juillet 2004, de 13'185 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 septembre 2004, de 23'062 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 novembre 2004 et de 1'540 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 août 2004, le calcul de ces montants et le dies a quo des intérêts n'ayant fait l'objet d'aucune discussion devant la Cour d'appel cantonale. Les oppositions formées dans les poursuites nos ... et ... sont définitivement levées à due concurrence.
La condamnation de l'intimée et de son mandataire à verser une amende de 500 fr. est maintenue, à défaut de toute contestation soulevée sur ce point. Il en va de même du blocage du solde de l'action de cautionnement jusqu'au paiement intégral du montant dû.
3. L'issue du litige commande de mettre les frais judiciaires à la charge de l'intimée (<ref-law>). L'affaire ne justifie toutefois pas l'octroi de dépens, car la recourante n'est pas représentée par un avocat et n'a pas justifié avoir supporté des dépenses particulières (cf. <ref-ruling> consid. 5b p. 519 s.; <ref-ruling> consid. 6b p. 357).
Quant aux frais de la procédure antérieure, ils consistent en deux émoluments de 300 fr. mis à la charge de chacune des parties, dans la mesure où celles-ci « succombent toutes deux en grande partie ». Conséquemment à la réforme de l'arrêt attaqué dans le sens d'une confirmation des montants alloués par les premiers juges, comme demandé par la recourante, l'intimée succombe entièrement à concurrence des prétentions requises à l'appui de son appel. La recourante, pour sa part, n'obtient pas gain de cause s'agissant de son appel incident. Cela étant, il ne se justifie pas de modifier la répartition des frais de la procédure cantonale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que l'intimée est condamnée à verser à la recourante les sommes de 19'065 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 juillet 2004, de 13'185 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 septembre 2004, de 23'062 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 novembre 2004 et de 1'540 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 16 août 2004, les oppositions formées dans les poursuites nos ... et ... étant définitivement levées à due concurrence.
Pour le surplus, le dispositif de l'arrêt attaqué est maintenu.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 17 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin