Sachverhalt:
A. Im Dezember 2005 schlossen die X._ AG (Beschwerdeführerin) und die "Y._ Baumeister" für die Baumeisterarbeiten am Neubau Y._ einen Werkvertrag. Bei der Ausführung des Werkvertrags entstanden Differenzen über die Qualität und die vertragskonforme Ausführung des betonierten Hallenbodens. In der Folge weigerte sich die Beschwerdeführerin, die Schlussabrechnung der "Y._ Baumeister" vom 28. März 2007 in Höhe von Fr. 143'138.10 zu bezahlen.
Am 21./24. September 2007 schlossen die Parteien vor dem Kreisgerichtspräsidenten Rheintal einen Vergleich ab, wonach die Beschwerdeführerin der Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts auf den Grundstücken der Y._ in Höhe von Fr. 143'138.10 nebst Zins zustimmte. Mit Entscheid vom 1. Oktober 2007 verfügte der Kreisgerichtspräsident, dass das vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht definitiv im Grundbuch eingetragen werde. Für die Einreichung der Forderungsklage wurde eine Frist von sechs Monaten vereinbart, andernfalls die Eintragung dahin fallen würde.
B. Innert Frist reichten die A._ AG, die B._ AG, die C._ AG, die D._ AG und die Baugeschäft E._ AG (damals noch Einzelunternehmen "Baugeschäft E._" respektive dessen Inhaber, E._) (Beschwerdegegnerinnen) als Gesellschafter der "Y._ Baumeister" am 3. April 2008 beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen Klage ein, mit der sie beantragten, die Beschwerdeführerin sei zu verurteilen, ihnen Fr. 147'565.05 nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdeführerin beantragte Abweisung der Klage. In der Duplik anerkannte sie grundsätzlich die Forderung im Umfang von Fr. 40'753.40, erhob jedoch diesbezüglich Verrechnungseinrede. In den Jahren 2009 bis 2011 war das Verfahren infolge Konkurseröffnung über die Zweigniederlassung, welche die Beschwerdeführerin in W._ unterhielt, sistiert.
An der Verhandlung vom 6. März 2012 machte die Beschwerdeführerin geltend, die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerinnen sei nicht gegeben, weil nicht alle Gesellschafter der einfachen Gesellschaft "Y._ Baumeister" als Kläger aufgetreten seien.
Mit "Teilentscheid" vom 6. März 2012 beschränkte das Handelsgericht das Verfahren auf die Vorfrage der Aktivlegitimation und bejahte die Aktivlegitimation der Kläger. Es befand, die erstmals anlässlich der Verhandlung vorgebrachte Behauptung, die "Y._ Baumeister" bestehe noch aus weiteren Gesellschaftern, sei verspätet vorgebracht worden, weshalb sie aus dem Recht zu weisen sei. Entsprechend der Verhandlungsmaxime sei auf die bis zur Hauptverhandlung unbestritten gebliebene Tatsachenbehauptung abzustellen, die "Y._ Baumeister" bestehe aus den von der Klägerschaft erwähnten Gesellschaftern. Im Übrigen wäre der Einwand der fehlenden Aktivlegitimation rechtsmissbräuchlich. Die Beschwerdeführerin handle offensichtlich widersprüchlich, wenn sie einerseits die Aktivlegitimation der Kläger im Verfahren betreffend Bauhandwerkerpfandrecht im Jahre 2007 nicht bestritten und mit den Klägern sogar einen Vergleich geschlossen habe und andererseits nun im Forderungsprozess die fehlende Aktivlegitimation moniere.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 3. April 2012 und Ergänzung vom 20. April 2012, den Teilentscheid des Handelsgerichts vom 6. März 2012 betreffend Bejahung der Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerinnen aufzuheben. Ferner beantragt sie Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen.
Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Die Beschwerdeführerin reichte eine Replik ein. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, diese aus dem Recht zu weisen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdegegnerinnen begründen ihren Antrag, die Replik sei aus dem Recht zu weisen, damit, dass vor Bundesgericht in der Regel nur ein Schriftenwechsel stattfinde und die Beschwerdeführerin keine hinreichenden Gründe vorbringe, die für ein Abweichen von diesem Grundsatz ausreichten.
Der Antrag ist abzulehnen. Das Bundesgericht stellte der Beschwerdeführerin am 1. Juni 2012 die Beschwerdeantwort zu und hielt fest, allfällige Bemerkungen hätten bis 15. Juni 2012 zu erfolgen. Die Beschwerdeführerin war demnach befugt, eine Replik einzureichen. Von daher besteht kein Grund, die Replik aus dem Recht zu weisen.
Was die Berücksichtigung des Inhalts der Replik anbelangt, ist Folgendes festzuhalten: Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (<ref-law>). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf der Beschwerdeführer die Replik nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4). Die Replik ist nur zu Darlegungen zu verwenden, zu denen die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten Anlass geben (vgl. <ref-ruling> E. 2.2). Soweit die Beschwerdeführerin dies missachtet, können ihre Ausführungen in der Replik nicht berücksichtigt werden.
2. Die Beschwerdeführerin beantragt formell lediglich die Aufhebung des angefochtenen Entscheids bzw. die Rückweisung an die Vorinstanz, was nicht genügt, wenn das Bundesgericht in der Sache selber entscheiden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383). Die Beschwerdebegründung verdeutlicht indessen, dass die Beschwerdeführerin die Abweisung der Klage mangels Aktivlegitimation anstrebt. In Berücksichtigung der Beschwerdebegründung kann von einem hinreichenden Rechtsbegehren ausgegangen werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.2).
3. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1, 470 E. 1; <ref-ruling> E. 1); immerhin muss die Eingabe auch bezüglich der Eintretensvoraussetzungen hinreichend begründet werden (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1).
3.1 Der angefochtene Entscheid bejaht die Aktivlegitimation der Klägerschaft und behandelt damit eine Vorfrage. Er schliesst das Verfahren somit bezüglich der Klagebegehren weder ganz noch teilweise ab, weshalb er entgegen der vorinstanzlichen Bezeichnung nicht als Teilentscheid (<ref-law>), sondern als Vor- und Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist (BGE <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweis).
3.2 Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 631). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben. Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer, darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht ohne weiteres in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 in fine S. 429; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2). Macht der Beschwerdeführer geltend, die Voraussetzung von <ref-law> sei erfüllt, ist zu differenzieren: Geht bereits aus dem angefochtenen Urteil oder der Natur der Sache hervor, dass ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erforderlich sein wird, darf auf lange Ausführungen verzichtet werden. Andernfalls hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzutun, welche Tatfragen offen sind und welche weitläufigen Beweiserhebungen in welchem zeit- oder kostenmässigen Umfang erforderlich sind. Zudem hat er unter Aktenhinweisen darzulegen, dass er die betreffenden Beweise im kantonalen Verfahren bereits angerufen oder entsprechende Anträge in Aussicht gestellt hat (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1a S. 92 mit Hinweis; Urteil 4A_172/2011 vom 28. Juni 2011 E. 2.1).
3.3 Die Beschwerdeführerin beruft sich auf <ref-law>. Die erste Teilvoraussetzung, dass das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin teilen, einen verfahrensabschliessenden Endentscheid fällen könnte, ist erfüllt: Bei fehlender Aktivlegitimation wäre die Klage in einem Endurteil abzuweisen. Die weitere Teilvoraussetzung, dass mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, begründet die Beschwerdeführerin in den Schriftsätzen vom 3. und 20. April 2012 nicht näher, was an sich Nichteintreten nach sich ziehen würde. Nun geht aber vorliegend aus dem angefochtenen Entscheid hervor, dass diese Teilvoraussetzung ebenfalls als gegeben angesehen werden kann. Denn die Vorinstanz führte selber aus, zur Beurteilung der streitgegenständlichen Forderung müssten ein umfassendes Gutachten über die Ausführung der Betonarbeiten erstellt und umfangreiche Zeugen- und Parteieinvernahmen betreffend Erhebung der Mängelrügen bzw. Erteilung von Zusatzaufträgen und allenfalls ein Augenschein vor Ort durchgeführt werden.
Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
4. Prozessthema des angefochtenen Entscheids ist einzig die Frage, ob die Beschwerdegegnerinnen zur Geltendmachung der eingeklagten Forderung aktivlegitimiert sind. Die Beschwerdeführerin hält dafür, die Klage sei mangels Aktivlegitimation abzuweisen, da nicht sämtliche der gesamthaft berechtigten Gesellschafter der einfachen Gesellschaft "Y._ Baumeister" geklagt hätten.
4.1 Nach <ref-law> gehören Sachen, dingliche Rechte oder Forderungen, die an die einfache Gesellschaft übertragen oder für sie erworben sind, den Gesellschaftern nach Massgabe des Gesellschaftsvertrags gemeinschaftlich. Sofern vertraglich nichts anderes bestimmt ist, sind daher die Gesellschafter am Gesellschaftsvermögen zu gesamter Hand berechtigt mit der Wirkung, dass sie nur gemeinsam, gegebenenfalls durch Stellvertreter, darüber verfügen können (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2a S. 345 mit Hinweisen). Prozessual bedeutet die Berechtigung zur gesamten Hand, dass Forderungen, welche der einfachen Gesellschaft gegenüber Dritten zustehen, nur von allen Gesellschaftern gemeinsam als notwendige "aktive" Streitgenossenschaft geltend gemacht werden können (Urteil 4A_275/2010 vom 11. August 2010 E. 4.2 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4a S. 52).
4.2 Die Sachlegitimation als materiellrechtliche Voraussetzung des eingeklagten Anspruchs ist vom Richter von Amtes wegen zu prüfen (<ref-ruling> E. 1a S. 63 mit Hinweisen). Unter der Herrschaft der Verhandlungsmaxime gilt dies allerdings bloss nach Massgabe des behaupteten und festgestellten Sachverhalts (<ref-ruling> E. 1).
4.3 Nach der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung wurde der streitgegenständliche Werkvertrag im Namen der Gesellschaft "Y._ Baumeister" abgeschlossen. Entsprechend dem Gesagten steht die eingeklagte Forderung deren Gesellschaftern gesamthänderisch zu. Der Anspruch ist demnach von den Gesellschaftern als notwendige Streitgenossenschaft gemeinsam einzuklagen. Dies hat die Vorinstanz zutreffend erkannt.
Gestützt auf die Verhandlungsmaxime stellte sie auf die in der Klageschrift enthaltene (sinngemässe) Behauptung der Klägerschaft ab, die "Y._ Baumeister" bestehe für die vorliegend umstrittenen Arbeiten aus den erwähnten fünf Gesellschaftern. Diese Tatsachenbehauptung sei von der Beschwerdeführerin nie bestritten worden. Die neue, von der Beschwerdeführerin erstmals anlässlich der Hauptverhandlung vorgebrachte Behauptung, die "Y._ Baumeister" bestehe noch aus weiteren Gesellschaftern, sei verspätet erfolgt. Da in keiner Weise dargetan sei, dass diese neue Tatsachenbehauptung unter Berücksichtigung der erforderlichen Sorgfalt nicht bereits früher hätte vorgebracht werden können, sei sie gestützt auf Art. 164 Abs. 1 lit. a des Zivilprozessgesetzes des Kantons St. Gallen vom 20. Dezember 1990 (aZPO/SG) aus dem Recht zu weisen und es sei auf die bis zur Hauptverhandlung unbestrittene Tatsachenbehauptung abzustellen, die Gesellschaft bestehe aus den klagenden fünf Gesellschaftern.
4.4 Die Vorinstanz stützte ihren Entscheid demnach primär auf kantonales Recht. Die Anwendung des kantonalen Zivilprozessrechts kann vom Bundesgericht einzig unter dem Blickwinkel eines Verstosses gegen Bundesrecht bzw. gegen Bundesverfassungsrecht überprüft werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 1.2), was das Vorbringen entsprechender und gehörig begründeter Rügen in der Beschwerdeschrift voraussetzt (<ref-law>)
4.5 Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung. Es sei aktenwidrig, dass sie die Behauptung der Klägerschaft, die "Y._ Baumeister" bestehe aus den von ihr angeführten Gesellschaftern, bis zur Hauptverhandlung nie bestritten habe. Als Beleg verweist sie auf die Klageantwort und die Duplik, wo sich je eine allgemeine Bestreitung der Sachverhaltsdarstellung der Klägerschaft findet.
Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin vermag dieser allgemeine Bestreitungsvermerk indessen nicht zu genügen. Bei detailliert vorgetragenen Behauptungen ist der Bestreitende gehalten, detailliert zu erklären, ob und was er nicht anerkennt (so für das st. gallische Zivilprozessrecht LEUENBERGER/UFFER-TOBLER, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, 1999, N. 1a zu Art. 91 aZPO/ SG). Vorliegend haben die Beschwerdegegnerinnen detailliert die einzelnen Gesellschafter aufgeführt, die für die streitigen Arbeiten die "Y._ Baumeister" ausmachen sollen. Dass sie dies nach der Ausdrucksweise der Vorinstanz "sinngemäss" behauptet haben, indem sie die entsprechenden Gesellschafter als Kläger aufführten, ändert nichts daran, dass eine detaillierte und konkrete Tatsachenbehauptung der Klägerschaft vorlag. In diesem Fall genügte die Floskel, die Ausführungen der Kläger würden bestritten, soweit sie nicht ausdrücklich anerkannt würden, als Bestreitung nicht. Auch der Zusatz in der Duplik, die Sachverhaltsdarstellungen der Kläger würden "als Ganzes und in allen Einzelpunkten" bestritten, soweit und sofern sie nicht mit den Sachverhaltsdarstellungen der Beklagten übereinstimmten, macht aus der allgemeinen Bestreitungsfloskel noch keine detaillierte und konkret auf die genannte Behauptung der Klägerschaft bezogene Bestreitung, wie sie vorliegend erforderlich gewesen wäre. Schliesslich erscheint abwegig, wenn die Beschwerdeführerin aus dem von den Beschwerdegegnerinnen eingereichten Werkvertrag vom Dezember 2005, in dem neben den als Kläger auftretenden Hochbaufirmen vier im Tiefbau tätige Firmen aufgeführt sind, zu ihren Gunsten ableiten will, ihre Behauptung anlässlich der Hauptverhandlung, dass die "Y._ Baumeister" noch weitere Gesellschafter umfasse, sei gar nicht neu. Zwar lag der Werkvertrag als Beilage zur Klage im Recht. Es kann jedoch nicht jeder Umstand, der aus einer Klagebeilage entnommen werden könnte, als Parteibehauptung betrachtet werden. Eine solche Argumentation trägt nicht.
Es ist daher jedenfalls nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz von einer fehlenden Bestreitung im Schriftenwechsel der von der Klägerschaft zur Beurteilung der Aktivlegitimation vorgetragenen Behauptung ausging. Ebenso wenig ist die Vorinstanz in Willkür verfallen, wenn sie die erstmals an der Hauptverhandlung vorgetragene beklagtische Behauptung, die "Y._ Baumeister" umfasse noch weitere Gesellschafter, als verspätet zurückwies: Die Beschwerdeführerin bringt zur Begründung der Rechtzeitigkeit dieses Einwands im Wesentlichen vor, es handle sich dabei um einen rechtlichen Vortrag, den sie in der Hauptverhandlung erstmals habe halten können und der somit nicht verspätet sein könne. Die Vorinstanz verkannte indessen nicht, dass die Sachlegitimation als Rechtsfrage zu prüfen war und dass es der Beschwerdeführerin freistand, an der Hauptverhandlung rechtliche Ausführungen zu diesem Thema zu machen. Die Prüfung der Rechtsfrage der Aktivlegitimation hatte aber auf der Grundlage und nach Massgabe des rechtzeitig behaupteten Sachverhalts zu erfolgen (vgl. Erwägung 4.2). Dass sie den entsprechenden Sachverhalt rechtzeitig vorgetragen hätte, vermag die Beschwerdeführerin aber nicht aufzuzeigen.
Schliesslich verfängt auch die Rüge, die Vorinstanz habe nicht beachtet, dass die Klägerschaft der nachträglichen Eingabe zugestimmt habe, nicht: Sie beruft sich dabei auf <ref-law>/SG, gemäss dem eine nachträgliche Eingabe ohne weiteres zugelassen wird, wenn die Gegenpartei ausdrücklich zustimmt. Dass eine ausdrückliche Zustimmung ergangen sei, macht die Beschwerdeführerin indessen gerade nicht geltend. Vielmehr meint sie, es genüge, wenn die Beschwerdegegnerinnen den neuen Vorbringen konkludent zugestimmt hätten. Die Beschwerdegegnerinnen hätten den Einwand der fehlenden Aktivlegitimation nämlich lediglich in der Sache bestritten und nicht vorgebracht, er sei verspätet erfolgt. Sie seien somit vorbehaltlos auf die Vorbringen eingegangen. Der Beschwerdeführerin gelingt es nicht, den angefochtenen Entscheid damit als willkürlich auszuweisen: Mit Blick auf den Wortlaut von <ref-law>/SG ist es nachvollziehbar und jedenfalls nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz die inhaltlichen Ausführungen der Beschwerdegegnerinnen zu ihrer Aktivlegitimation nicht als Zustimmung zu den verspäteten Vorbringen würdigte, zumal die Beschwerdegegnerinnen die neuen Ausführungen der Gegenpartei bestritten. Die Vorinstanz musste sich daher mit dieser verspäteten Behauptung nicht auseinandersetzen. Auch von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs kann mithin keine Rede sein, wie die Beschwerdeführerin rügt, aber ohnehin kaum rechtsgenüglich begründet.
4.6 Da es demnach nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz die Aktivlegitimation bejahte, erübrigt es sich, zu den Einwänden Stellung zu nehmen, welche die Beschwerdeführerin gegen die Eventualbegründung der Vorinstanz vorträgt, wonach der Einwand der fehlenden Aktivlegitimation ohnehin als rechtsmissbräuchlich zu betrachten wäre.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren insgesamt mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juli 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz