Faits:
A. En 1991, A._ a été nommé au poste de sapeur-pompier au Service d'incendie et de secours de la Ville de Genève (ci-après: SIS).
A._ a fait l'objet de plusieurs promotions. La dernière remonte au mois de juillet 2007. Il a alors été promu au grade de sergent chef d'engins. En application de l'art. 21 du Statut du personnel du Service d'incendie et de secours de la Ville de Genève (ci-après: Statut SIS), sa nomination a été prononcée à titre d'essai pour une année, soit jusqu'au 31 août 2008.
B. Par décision du 6 décembre 2007, le Conseil administratif de la Ville de Genève (ci-après: le Conseil administratif) a notifié à A._ l'ouverture d'une enquête administrative à son encontre ainsi que sa suspension temporaire jusqu'au prononcé d'une éventuelle sanction, en raison des faits suivants: "vous auriez exercé ou tenté d'exercer des pressions non seulement psychologiques, mais également physiques, sur certaines de vos collègues de travail; vous auriez même proféré des menaces à leur encontre; vous auriez menacé, puis agressé une collaboratrice de votre service; vous auriez eu une attitude déplacée, voire des gestes déplacés, vis-à-vis d'une collègue de travail; vous auriez entretenu des relations intimes avec plusieurs collègues de travail, dont certaines étaient au moment des faits dans un rapport d'éducation et de formation avec vous; vous auriez eu une attitude incompatible avec vos devoirs de service".
Du 7 au 11 décembre 2007, les enquêteurs ont tenu plusieurs audiences de comparution personnelle et ont procédé à l'audition de douze témoins.
Le rapport d'enquête administrative conclut que A._ a violé, de manière grave et répétée, les obligations découlant du Statut SIS. Il établit que ce dernier s'est engagé dans une relation intime successivement avec deux jeunes femmes, élèves de l'école de formation au sein de laquelle il officiait comme instructeur, dont l'une traversait au demeurant une période très difficile de sa vie; qu'il a agressé une sapeuse-opératrice; et qu'il a eu des gestes déplacés à l'endroit d'une ambulancière. En revanche, le reproche d'avoir exercé des pressions et proféré des menaces n'est pas retenu contre lui.
Par courrier du 19 décembre 2007, le Conseil administratif a transmis le rapport à A._ en lui impartissant un délai au 7 janvier 2008 pour se déterminer. Ce dernier était en outre rendu attentif au fait que, au vu des conclusions du rapport, sa révocation était envisagée.
A._ a déposé ses observations dans le délai fixé. Le 10 janvier 2008, il a sollicité son audition par le Conseil administratif.
C. Le 16 janvier 2008, le Conseiller administratif en charge, B._, a communiqué à A._ une décision de révocation avec effet immédiat. Il a précisé que le salaire serait uniquement versé jusqu'au 16 janvier 2008. La décision était déclarée exécutoire nonobstant recours.
Par lettre du 17 janvier 2008, B._ a confirmé le refus d'entendre A._. Il a précisé que l'art. 9 du Statut SIS n'était pas applicable, cette disposition concernant uniquement les cas de résiliation à l'issue de la période d'essai. A._ avait au demeurant pu exercer son droit d'être entendu par le biais de ses déterminations.
A._ a recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: Tribunal administratif) contre la décision du 16 janvier 2008, concluant préalablement à la restitution de l'effet suspensif, éventuellement limité au paiement de son traitement pendant la durée de la procédure.
Sur effet suspensif, il a indiqué qu'il était menacé d'une pénalité de cinq mois par l'assurance-chômage compte tenu de la gravité de la sanction prononcée. Les charges de son ménage n'étaient en outre pas couvertes par les revenus de son épouse. Enfin, l'état-major du SIS avait déjà annoncé qu'il remettrait prochainement au concours le poste de sergent chef d'engins qu'il avait occupé jusqu'au 16 janvier 2008. Au fond, A._ a fait valoir une violation de son droit d'être entendu. Une "enquête préliminaire interne confidentielle" avait été réalisée; les procès-verbaux des auditions de témoins ne lui avaient été communiqués qu'après l'interrogatoire de ses prétendues victimes; le début des audiences le jour suivant la notification de l'ouverture de l'enquête l'avait empêché de se faire assister par un avocat; il n'avait pas été entendu par le Conseil administratif malgré sa requête. Pour le surplus, il a partiellement contesté les conclusions du rapport d'enquête et a soutenu que la décision de révocation violerait le principe de la proportionnalité.
Par décision du 13 mars 2008, le Président du Tribunal administratif a rejeté la requête en restitution de l'effet suspensif.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision du 13 mars 2008 et de prononcer la restitution de l'effet suspensif au recours interjeté auprès du Tribunal administratif contre la décision du 16 janvier 2008. Subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause au Président du Tribunal administratif pour qu'il ordonne la restitution de l'effet suspensif au recours.
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Ville de Genève conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

Considérant en droit:
1. La décision de refus de restituer l'effet suspensif au recours pendant devant le Tribunal administratif est une décision incidente contre laquelle le recours en matière de droit public (<ref-law>) n'est recevable qu'aux conditions de l'<ref-law>. Une telle décision ne peut donc faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Il est manifeste que la seconde hypothèse n'entre pas en considération ici, de sorte qu'il convient uniquement d'examiner si le recours est recevable au regard de l'<ref-law>.
L'<ref-law> reprend la règle de l'art. 87 al. 2 OJ, qui était applicable en matière de recours de droit public (Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4131). Selon la jurisprudence relative à l'art. 87 al. 2 OJ, un préjudice irréparable s'entendait exclusivement d'un dommage juridique qui ne pouvait pas être réparé ultérieurement, notamment par le jugement final (<ref-ruling> consid. 1 p. 59; <ref-ruling> consid. 1 p. 371; <ref-ruling> consid. 1 p. 398; <ref-ruling> consid. 1c p. 446 et les références). En revanche, pour attaquer une décision incidente par la voie du recours de droit administratif, il n'était pas nécessaire que ce dommage soit de nature juridique (art. 45 aPA en relation avec les art. 97 OJ et 5 PA; cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 1c p. 100 et les références); il ne suffisait cependant pas que le recourant veuille seulement éviter la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci (ATF <ref-ruling> consid. 1c p. 100; <ref-ruling> consid. 1c p. 347 s.).
Dans des arrêts rendus en matière civile et en matière pénale, le Tribunal fédéral a considéré que le préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> devait être de nature juridique, comme sous l'empire de l'art. 87 al. 2 OJ (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 632; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 291; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 647 et les références). Cela étant, certains auteurs soutiennent qu'un préjudice de fait serait suffisant en matière administrative (voir notamment en ce sens: Felix Uhlmann in Basler Kommentar - Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, n. 4 ad <ref-law>; Heinz Aemisegger, Der Beschwerdegang in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in Bernhard Ehrenzeller/ Rainer J. Schweizer (éd.), Die Reorganisation der Bundesrechtspflege - Neuerungen und Auswirkungen in der Praxis, St-Gall 2006, p. 126; cf. 133 V 477 consid. 5.2 p. 483).
En l'espèce, la décision attaquée privant le recourant de son traitement, ce dernier dispose en tout cas d'un intérêt de fait. Il dispose vraisemblablement également d'un intérêt juridique. En effet, contrairement à ce qui est le cas pour le personnel de l'administration cantonale et des établissements publics médicaux du canton de Genève (art. 31 al. 2 LPAC), le Tribunal administratif peut en principe imposer une réintégration (art. 130 al. 6 Statut SIS). Pour autant que cette disposition soit transposable en matière disciplinaire, le recourant aurait donc un droit à être réintégré, de sorte que la décision entreprise pourrait lui causer un dommage irréparable. La question de la recevabilité du présent recours peut cependant rester ouverte, ce dernier devant de toute façon être rejeté.
2. Dans un premier temps, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu, la motivation sommaire de la décision attaquée ne lui permettant pas de comprendre les raisons du rejet de ses conclusions. Le prononcé entrepris ne comporterait au demeurant aucune discussion sur la pesée des intérêts en présence.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., confère à toute personne le droit d'exiger, en principe, qu'un jugement ou une décision défavorable à sa cause soit motivé. Cette garantie tend à donner à la personne touchée les moyens d'apprécier la portée du prononcé et de le contester efficacement, s'il y a lieu, devant une instance supérieure. Elle tend aussi à éviter que l'autorité ne se laisse guider par des considérations subjectives ou dépourvues de pertinence; elle contribue, par là, à prévenir une décision arbitraire. L'objet et la précision des indications à fournir dépend de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée (<ref-ruling> consid. 2b p. 109; voir aussi <ref-ruling> consid. 2b p. 102; <ref-ruling> consid. 2c p. 372; <ref-ruling> consid. 2a p. 149). L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties; elle n'est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 17; <ref-ruling> consid. 1a p. 181 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral examine librement si les exigences posées par l'art. 29 al. 2 Cst. ont été respectées (<ref-ruling> consid. 3a p. 51; <ref-ruling> consid. 3 p. 158 et les arrêts cités).
2.2 Le Président du Tribunal administratif a jugé que l'intérêt public de la Ville de Genève à préserver le bon fonctionnement et l'efficacité de l'entité concernée l'emportait sur l'intérêt privé du recourant à continuer de percevoir son salaire. En cas d'admission du recours, ce dernier ne subirait au demeurant aucun dommage, la solvabilité de la Ville de Genève ne pouvant pas être mise en doute.
2.3 S'agissant de décisions sur effet suspensif, les exigences de motivation sont réduites, notamment au vu de la nécessité de statuer rapidement. Il suffit que l'on comprenne que l'autorité cantonale a procédé à une pesée des intérêts et pour quelle raison elle a privilégié un intérêt plutôt qu'un autre (arrêt 8C_276/2007 du Tribunal fédéral du 20 novembre 2007 consid. 3.3).
2.4 Dans le cas particulier, il résulte de la simple lecture de la décision attaquée que le Président du Tribunal administratif a procédé à une pesée des intérêts et qu'il a privilégié l'intérêt public défendu par la Ville de Genève. L'autorité cantonale n'était pas tenue de discuter tous les points soulevés par le recourant, ce d'autant plus que son examen devait se faire sans tarder et sur la seule base du dossier. En outre, il apparaît que le recourant n'a nullement été empêché de recourir utilement contre le prononcé litigieux. Le grief doit dès lors être rejeté.
3. Dans un second grief, le recourant fait valoir que la motivation lacunaire de la décision attaquée rendrait cette dernière également arbitraire du point de vue de l'application du droit, les conditions de l'art. 66 al. 2 LPA n'ayant pas été discutées.
3.1 Il y a arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., lorsque la décision attaquée viole gravement une règle ou un principe juridique clair et indiscuté ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle est insoutenable ou en contradiction évidente avec la situation de fait, si elle a été adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Par ailleurs, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2 p. 61 et la jurisprudence citée), ce qu'il appartient aux recourants de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et la jurisprudence citée).
3.2 Selon l'art. 66 de la loi genevoise sur la procédure administrative (LPA), sauf disposition légale contraire, le recours a effet suspensif à moins que l'autorité qui a pris la décision attaquée n'ait ordonné l'exécution nonobstant recours (al. 1). Toutefois, lorsque aucun intérêt public ou privé prépondérant ne s'y oppose, la juridiction de recours peut, sur la demande de la partie dont les intérêts sont gravement menacés, retirer ou restituer l'effet suspensif (al. 2).
3.2.1 La Ville de Genève a estimé que le bon fonctionnement de son service serait mis en péril si le recourant devait réintégrer son poste avant la fin du litige. Ce dernier y voit une prévention à son égard. Contrairement à ce qu'il semble penser, il n'a pourtant aucunement été dépeint en "satyre, obsédé sexuellement, irrespectueux de la gente féminine". Le rapport d'enquête ayant au demeurant confirmé la réalité des agissements reprochés (à la seule exception des pressions et des menaces), on ne saurait faire grief à la Ville de Genève d'avoir éprouvé quelque inquiétude vis-à-vis de son personnel féminin. Peu importe par ailleurs que les compétences professionnelles du recourant n'aient jamais été mises en doute, puisqu'il s'agit en l'espèce d'un problème de comportement.
3.2.2 Le recourant ne discute pas la solvabilité de la Ville de Genève et ne nie donc pas qu'il ne court pas le risque de ne pas recevoir le paiement rétroactif de son salaire. Il avait certes fait valoir le caractère précaire de sa situation financière. Il est cependant établi que son épouse gagne près de 10'000 fr. par mois. Malgré la pénalité de cinq mois infligée par l'assurance-chômage, l'importance de ce revenu ainsi que l'absence de charges extraordinaires grevant le budget du ménage permettaient au Président du Tribunal administratif de retenir que l'intérêt économique du recourant n'était pas gravement menacé, sans devoir consacrer de développement particulier sur ce point.
3.2.3 Enfin, s'il est vrai que le Président du Tribunal administratif n'a pas examiné la mise au concours du poste du recourant, on ne saurait néanmoins lui reprocher d'avoir fait preuve d'arbitraire, l'argument n'étant pas pertinent. A supposer que l'art. 130 al. 6 du Statut SIS soit applicable par analogie (cf. consid. 1), en cas de gain de cause du recourant sur le fond du litige, le Tribunal administratif pourrait ordonner la réintégration de ce dernier. Toute appréciation à ce sujet est pour l'heure prématurée, ce d'autant plus que la Ville de Genève ne s'est pas expressément opposée à une éventuelle restitution du poste au recourant.
3.2.4 Pour le surplus, c'est à bon droit que le Président du Tribunal administratif ne s'est pas prononcé sur les chances de succès du recours au fond. En effet, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, certes relative à la procédure administrative fédérale mais transposable au cas d'espèce, lorsqu'une autorité statue sur une demande de restitution de l'effet suspensif, elle n'a pas à tenir compte de l'issue probable du recours, à moins qu'aucun doute n'existe à ce sujet (<ref-ruling> consid. 2.2 p. p. 155; <ref-ruling> consid. 3 p. 138 et les références citées). Le sort du procès au fond ne pouvant en l'état pas être déterminé avec certitude, le Président du Tribunal administratif n'avait donc pas à se prononcer sur le bien-fondé des griefs liés à la validité de la procédure d'enquête et à la proportionnalité de la sanction disciplinaire.
Il résulte de ce qui précède qu'il n'était pas insoutenable de retenir la prépondérance de l'intérêt public mis en avant par la Ville de Genève, les intérêts du recourant n'apparaissant pas gravement menacés. Le grief doit dès lors être rejeté.
4. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Ville de Genève ainsi qu'au Président du Tribunal administratif de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 20 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann