Faits:
A. Fondée en 1862, l'école privée évangélique du Mouret (devenue école libre publique de Ferpicloz) a été reconnue comme école publique et son règlement approuvé par arrêté du 11 novembre 1872 du Conseil d'Etat du canton de Fribourg. Ce règlement fixait notamment l'étendue géographique du cercle scolaire spécial, qui comprenait la commune d'Ependes. L'école accueillait les enfants réformés domiciliés dans le cercle et dispensait un enseignement en langue allemande.
Le 17 mai 1884, le Grand Conseil du canton de Fribourg a adopté une loi sur l'instruction primaire qui réglait la situation légale des écoles évangéliques (art. 115 à 119); celles-ci pouvaient soumettre leurs statuts à l'approbation du Conseil d'Etat et demander d'être admises comme école publique (art. 118 al. 1 de la loi scolaire de 1884). L'école privée évangélique du Mouret ne l'a pas fait. Elle a néanmoins dispensé l'enseignement jusqu'en 1970 dans les locaux de son bâtiment scolaire sis à Ferpicloz. Dès 1971, les élèves de cette école - alors nommée école libre publique de Ferpicloz (ci-après: école de Ferpicloz) - ont été scolarisés à l'école libre publique de Fribourg (également de confession réformée et enseignant en langue allemande) aux termes d'un échange de correspondances entre les deux écoles sous les auspices de l'Inspectorat scolaire du canton de Fribourg (courrier du 3 juillet 1970 porté à la connaissance de la Direction de l'instruction publique du canton de Fribourg).
Le 10 mai 1972, le Grand Conseil du canton de Fribourg a adopté une novelle sur le statut des écoles libres et des écoles libres publiques. Les nouveaux art. 115 à 119quater exigeaient que les statuts des écoles libres publiques soient approuvés par le Conseil d'Etat. L'école de Ferpicloz n'a pas soumis ses statuts pour approbation.
Lors de son assemblée générale du 27 mai 1988, l'école de Ferpicloz a établi un projet de nouveaux statuts qu'elle a soumis à la Direction de l'instruction publique du canton de Fribourg par lettre du 14 septembre 1988. Un deuxième projet corrigé, sur demande de la Direction, a été communiqué à celle-ci le 14 novembre 1989. Ces nouveaux statuts n'ont jamais été soumis au Conseil d'Etat pour approbation, sept communes du cercle, dont la commune d'Ependes, ayant refusé d'entrer en matière sur le projet.
La commune d'Ependes appartient au cercle scolaire ordinaire de langue française d'Arconciel, Ependes, Ferpicloz et Senèdes selon convention intercommunale du 5 juin 1989 (reconduite au 1er janvier 2003).Par un tout ménage du 15 mars 1991, elle a informé ses habitants que les parents désirant envoyer leur enfant à l'école libre publique de Fribourg devaient obtenir une autorisation de l'inspecteur scolaire, la commune ne faisant pas partie du cercle de cette école, et que, dans ce cas, une taxe serait perçue auprès des parents.
Le Grand Conseil du canton de Fribourg a adopté la loi du 8 mai 2003 sur les écoles libres publiques (Lelp; RSF 411.4.1). Il s'agissait d'une part, de permettre aux écoles libres publiques dispensant encore un enseignement de poursuivre leur tâche, et, d'autre part, de faciliter la transformation, si elles le souhaitaient, des écoles libres publiques sans activités scolaires en fondations pour leur permettre de subsister sans que l'Etat ne doive les reconnaître.
Par arrêté du 20 avril 2004, le Conseil d'Etat du canton de Fribourg a pris acte de la transformation en fondation de l'école libre publique de Ferpicloz ("Stiftung der ehemaligen freien öffentlichen Schule Ferpicloz).
B. X._ et son épouse ont six enfants: A._, née en 1985, B._, née en 1987, C._, née en 1990, D._, née en 1992, E._, née en 1994, et F._, née en 1996. Toutes sont de langue maternelle allemande, de confession réformée et domiciliées dans la commune d'Ependes. Dès 1992, les six enfants ont été successivement scolarisées à l'école libre publique de Fribourg, sans autorisation.
Par décision du 25 juin 2001, sur requête de X._, qui cherchait vraisemblablement à assurer la situation scolaire de ses enfants au regard de la future loi sur les écoles libres publiques, l'inspecteur scolaire du secteur Sarine-Sud/Gibloux a autorisé E._ à fréquenter l'école libre publique de Fribourg pour l'année scolaire 2001/2002 pour des raisons de langue; par décision du 29 juillet 2002, il a également autorisé F._ à fréquenter l'école libre publique de Fribourg pour l'année scolaire 2002/2003 pour la même raison. Ces décisions précisaient que les frais scolaires devraient être supportés par les parents X._ si la commune d'Ependes n'accordait pas la gratuité.
C. Durant les années scolaires 1993 à 1998, l'école libre publique de Fribourg a, chaque année, envoyé à la commune d'Ependes une facture de frais scolaires pour les élèves domiciliés dans cette commune et fréquentant les écoles libres primaire et secondaire de Fribourg. La commune d'Ependes a toujours refusé de payer au motif qu'aucune autorisation de changement de cercle scolaire n'avait été accordée à ces enfants. La commune d'Ependes a finalement pris en charge les frais de la scolarité secondaire.
Le 10 juin 2003, l'école libre publique de Fribourg a facturé 8'481 fr. à la commune d'Ependes pour les frais scolaires relatifs à l'année scolaire 2001/2002 de C._, D._ et E._. La commune d'Ependes n'a pris en charge que les frais relatifs à E._, soit 2'827 fr. pour l'année 2001/2002, puisqu'elle seule était au bénéfice d'une autorisation de changement de cercle scolaire pour cette période. Pour l'année 2002/2003, l'école libre publique de Fribourg a facturé le 23 avril 2004 un montant de 8'313 fr. pour les frais scolaires relatifs à C._, E._ et D._, dont la commune n'a admis que 2'771 fr. pour la même raison. La facture de l'école libre publique de Fribourg du 19 avril 2005 pour l'année scolaire 2003/2004 s'élevait à 7'746 fr.; la commune d'Ependes n'a pris en charge que les frais relatifs à E._ et F._, soit 5'164 fr., pour les mêmes motifs que précédemment.
D. Le 3 mai 2005, la commune d'Ependes a adressé à X._ les six factures suivantes:
Facture 00-02200-J494 (frais éc. sec. 1998/1999): 2'248,45 fr.
Facture 00-02201-J494 (frais éc. sec. 1999/2000): 1'694 fr.
Facture 00-02202-J494 (frais éc. sec. 2000/2001): 2'891,30 fr.
Facture 00-02203-J494 (frais éc. prim. 2001/2002): 2'827 fr.
Facture 00-02228-J494 (frais éc. prim. 2002/2003): 2'771 fr.
Facture 00-02229-J494 (frais éc. prim. 2003/2004): 7'746 fr.
Par acte de recours du 8 juin 2005, X._ a demandé au Préfet du district de la Sarine d'annuler les décisions rendues le 3 mai 2005. Ce recours, qualifié de réclamation, a été transmis à la commune d'Ependes comme objet de sa compétence.
Par décision sur réclamation, le conseil communal d'Ependes a partiellement admis la réclamation. Il a annulé les factures concernant les frais d'école secondaire. Il a confirmé les factures concernant les frais d'école primaire 2001/2002 et 2002/2003 et réduit celle concernant les frais d'école primaire 2003/2004 à 5'164 fr., pour tenir compte du fait que D._ n'avait pas obtenu d'autorisation de changement de cercle scolaire. A l'appui de sa décision, il a considéré que le cercle scolaire de l'école de Ferpicloz n'existait plus que de facto, puisque les statuts de cette école n'avaient été approuvés ni en 1884 ni en 1973. Les enfants X._ faisaient en revanche partie du cercle scolaire ordinaire des communes d'Arconciel, Ependes, Ferpicloz et Senèdes et devaient être au bénéfice d'une autorisation de changement de cercle pour fréquenter l'école libre publique de Fribourg. La commune ne prenait en charge que les frais scolaires d'enfants ayant obtenu une telle autorisation et facturait aux parents de tels frais lorsque l'autorisation répondait à un motif de langue. La commune d'Ependes n'avait jamais donné d'assurances à X._ que la scolarité de ses enfants à l'école libre publique de Fribourg était gratuite. Par courrier du 15 mars 1991, elle avait informé ses habitants qu'elle percevrait une taxe auprès des parents d'élèves ayant obtenu une autorisation de changement de cercle pour des motifs de langue.
Par mémoire de recours du 27 mars 2006, X._ a demandé au Préfet du district de la Sarine d'annuler la décision sur réclamation rendue le 21 février 2006 par la commune d'Ependes. A son avis, le cercle scolaire de l'école de Ferpicloz n'avait été dissous que lors de la transformation de l'école en fondation le 29 avril 2005. Ses enfants n'avaient pas changé de cercle scolaire, puisqu'ils fréquentaient l'école libre publique de Fribourg à la suite de l'accord intervenu en 1970 entre les deux écoles libres publiques. Il n'avait pas reçu le courrier de la commune du 15 mars 1991. Il alléguait en outre que de nombreux élèves domiciliés à Ependes avaient fréquenté l'école libre publique de Fribourg sans que la commune ne facturât à leurs parents de participations aux frais scolaires. La commune violait le droit à l'égalité.
Sur requête du Lieutenant de Préfet, la commune d'Ependes a précisé que cinq autres enfants domiciliés dans la commune avaient fréquenté l'école libre publique de Fribourg depuis 1991, mais qu'aucun n'avait été mis au bénéfice d'une autorisation de changement de cercle scolaire.
Par décision du 31 octobre 2006, le Lieutenant de Préfet a admis le recours et annulé la décision du Conseil communal d'Ependes.
Il a considéré que l'école libre publique de Ferpicloz était au bénéfice d'une reconnaissance publique qui avait perduré jusqu'à sa transformation en fondation, l'art. 9 de la loi du 8 mai 2003 sur les écoles libres publiques la citant expressément parmi les écoles existantes. La commune d'Ependes faisait partie du cercle scolaire de l'école libre publique de Ferpicloz conformément au règlement de l'école du 27 août 1865. Le transfert des élèves du cercle de l'école de Ferpicloz à celui de l'école libre publique de Fribourg avait en outre fait l'objet d'une convention entre les écoles, avalisée par la Direction de l'instruction publique. Les enfants X._ n'avaient donc pas changé de cercle scolaire et les demandes déposées les 25 juin 2001 et 29 juillet 2002 n'étaient pas nécessaires. Les enfants X._ faisaient partie de deux cercles scolaires, de sorte que X._ pouvait choisir d'envoyer ses enfants dans l'une ou l'autre école publique ou libre publique. Enfin, la commune d'Ependes avait violé le principe de la bonne foi dès lors que, pendant treize ans, elle n'avait jamais facturé à X._ la moindre participation aux frais afférents à la scolarité de ses enfants; ce dernier pouvait légitimement en déduire que la fréquentation de l'école libre publique de Fribourg par ses enfants était gratuite.
Par recours du 4 décembre 2006, la commune d'Ependes a demandé au Tribunal administratif du canton de Fribourg d'annuler la décision rendue le 31 octobre 2006 par le Lieutenant de Préfet.
E. Par arrêt du 27 juin 2007, le Tribunal administratif du canton de Fribourg a admis le recours pour l'essentiel. Il a annulé la décision rendue le 31 octobre 2006 par le Lieutenant de Préfet et condamné X._ à payer la facture 00-02203-J494 (frais éc. prim. 2001/2002) à concurrence de 1'500 fr. et l'intégralité des factures 00-02228-J494 (frais éc. prim. 2002/2003) de 2'771 fr. et 00-02229-J494 (frais éc. prim. 2003/2004) de 5'164 fr.
Il a estimé qu'il n'était pas nécessaire d'examiner si l'école libre publique de Ferpicloz avait l'obligation de faire approuver ses statuts par le Conseil d'Etat au moment de l'entrée en vigueur de la loi scolaire de 1884. Il suffisait d'examiner cette question à la lumière de la novelle de 1972 sur le statut des écoles libres et des écoles libres publiques. Sous cet angle, il a constaté que toute école libre publique existante devait faire approuver de nouveaux statuts par le Conseil d'Etat pour continuer à bénéficier de la reconnaissance de l'Etat et du régime des écoles publiques; cette approbation devait notamment porter sur la délimitation du cercle scolaire pour que les communes concernées puissent donner leur accord en particulier en raison des charges financières que cela impliquait. Non seulement l'école libre publique de Ferpicloz n'avait pas fait approuver de statuts depuis 1872, mais elle ne dispensait plus elle-même d'enseignement depuis 1971. En outre, le projet de statuts qu'elle avait soumis le 14 septembre 1988 à la Direction de l'instruction publique avait été fortement contesté par les communes concernées et n'avait pas été transmis au Conseil d'Etat pour approbation. Par conséquent, il fallait considérer que l'école libre publique de Ferpicloz n'existait plus légalement depuis le 1er janvier 1973 et les communes anciennement membres de son cercle scolaire ne faisaient plus partie que de leur cercle scolaire ordinaire (consid. 4f). L'énumération de l'art. 9 de la loi du 8 mai 2003 sur les écoles libres publiques citant expressément l'école libre publique de Ferpicloz parmi les écoles libres publiques existantes n'avait pas pour effet de lui accorder a posteriori la reconnaissance d'école publique. La commune d'Ependes ne faisait pas non plus partie du cercle scolaire de l'école libre publique de Fribourg, car la formation, la suppression ou la modification d'un cercle scolaire public entrait dans la compétence exclusive du Conseil d'Etat. L'accord passé en 1970 entre les écoles libres publiques de Ferpicloz et de Fribourg, bien que porté à la connaissance de la Direction de l'instruction publique, n'avait pas pour effet de modifier les cercles scolaires des deux écoles. Au demeurant, les statuts de l'école libre publique de Fribourg n'avaient jamais indiqué que la commune d'Ependes faisait partie de son cercle scolaire (consid. 5b). Les enfants domiciliés sur le territoire de la commune d'Ependes devaient obtenir l'autorisation de l'inspecteur scolaire pour fréquenter l'école libre publique de Fribourg, qui ne pouvait facturer des frais à la communes de domicile qu'à cette condition. La loi scolaire disposait en outre que la commune de domicile ne pouvait les refacturer aux parents que lorsque le changement de cercle répondait à des motifs de langue et que le règlement scolaire communal le prévoyait. E._ et F._ avaient obtenu l'autorisation de changer de cercle scolaire pour des motifs de langue. Son règlement scolaire le prévoyant, la commune d'Ependes pouvait par conséquent refacturer à X._ une participation aux frais scolaires les concernant. Pour 2001/2002 toutefois, le règlement communal prévoyait un maximum de 1'500 fr. par an et par élève, raison pour laquelle la facture 00-02203.J494 de 2'827 fr. devait être réduite à 1'500 fr. Pour 2002/2003 et 2003/2004, en revanche, le règlement communal prévoyant un montant de 5'000 fr. par an et par élève, les factures 00-02228-J494 (frais éc. prim. 2002/2003) de 2'771 fr. et 00-02229-J494 (frais éc. prim. 2003/2004) de 5'164 fr. devaient être confirmées. La commune n'avait au surplus pas violé le principe de la bonne foi. Du moment que, sur les 16 élèves y compris les enfants X._ scolarisés depuis 1986/1987 auprès de l'école libre publique de Fribourg, aucun n'avait obtenu d'autorisation de changement de cercle scolaire, la commune d'Ependes avait à juste titre refusé de payer les factures que lui envoyait l'école libre publique de Fribourg. Refusant de telles factures, elle n'avait par conséquent pas à les répercuter sur les parents de ces élèves. La commune n'avait pas varié dans son attitude. Le laxisme de l'école libre publique de Fribourg, qui ne s'était pas retournée contre les parents d'élèves devant le refus de la commune de payer les écolages, n'y changeait rien.
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt rendu le 27 juin 2007 par le Tribunal administratif du canton de Fribourg et de lui allouer une indemnité de 5'000 fr. Il se plaint de la constatation incomplète des faits pertinents, ainsi que de la violation du droit à l'égalité, du principe de la bonne foi et de l'interdiction de l'arbitraire.
Le Tribunal administratif conclut au rejet du recours. La commune d'Ependes conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. Le Lieutenant de Préfet a renoncé à déposer des observations.
Le 6 décembre 2007, sans y avoir été invité, le recourant a adressé au Tribunal fédéral des observations complémentaires.

Considérant en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile et dans les formes prévues par la loi (art. 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) par le destinataire de la décision attaquée (<ref-law>) contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut pas être attaquée devant le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre d LTF; <ref-law>), le présent recours est en principe recevable pour violation du droit fédéral qui comprend les droits constitutionnels (cf. art. 95 lettres a et c LTF).
1.2 En vertu des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués et motivés par le recourant (<ref-law>). Cette disposition reprend le principe du grief (Rügeprinzip) que la jurisprudence relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ (<ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397). Selon celle-ci, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (<ref-ruling> consid. 7a p. 312; <ref-ruling> consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée).
2. Le recourant se plaint de la constatation incomplète des faits pertinents.
2.1 Selon l'<ref-law>, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (arrêt 1C_64/2007 du 2 juillet 2007, consid. 5.1; 6B_15/2007 du 9 mai 2007 consid. 6.5).
2.2 En l'espèce, le recourant se plaint à tort de ce que le Tribunal administratif aurait passé sous silence le fait que de nombreux enfants d'Ependes ont fréquenté l'école de Ferpicloz dans les locaux de Ferpicloz puis, dès 1972, dans les locaux de l'école libre publique de Fribourg. Le Tribunal administratif a retenu que, depuis l'année scolaire 1986/1987, 16 élèves domiciliés à Ependes avaient été scolarisés à l'école libre publique de Fribourg. Il a également retenu qu'aucun de ces élèves n'avait obtenu d'autorisation de changement de cercle scolaire de l'inspecteur (cf. arrêt attaqué consid. 8b).
Le recourant se plaint également à tort de ce que le Tribunal administratif aurait omis de constater que la commune d'Ependes n'avait jamais facturé aux parents des frais scolaires en relation avec la fréquentation de ces écoles. En effet, dans le même considérant de son arrêt, le Tribunal administratif constate que la commune d'Ependes n'a jamais facturé de frais aux parents des enfants scolarisés à l'école libre publique de Fribourg sans autorisation de l'inspecteur scolaire.
3. 3.1 Les écoles publiques (ordinaires) fribourgeoises ont été soumises successivement à la loi du 17 mai 1884 sur l'instruction primaire, puis à la loi du 23 mai 1985 sur l'école enfantine, l'école primaire et l'école du cycle d'orientation (loi scolaire, LS; RSF 411.0.1; entrée en vigueur le 1er août 1987), qui a abrogé celle de 1884, à l'exception de ses art. 115 à 119quater relatifs aux écoles libres publiques. L'art. 132 LS y renvoyait expressément. Ces derniers articles n'ont été abrogés que le 1er janvier 2004 par la loi du 8 mai 2003 sur les écoles libres publiques.
D'après l'art. 6 de la loi de 1884, la création de nouvelles écoles et la suppression d'écoles existantes, la formation ou la dissolution des cercles scolaires ne pouvaient avoir lieu qu'avec l'autorisation du Conseil d'Etat. L'art. 56 LS prévoit encore aujourd'hui que les communes délimitent les cercles d'école enfantine et les cercles scolaires primaires, sous réserve de ratification par le Conseil d'Etat.
Dans le canton de Fribourg, la fréquentation de l'école publique est gratuite durant l'année préscolaire et durant la scolarité obligatoire (art. 6 LS). L'enseignement est donné en français dans les cercles scolaires où la langue officielle est le français et en allemand dans les cercles scolaires où la langue officielle est l'allemand (art. 7 LS). Les élèves sont tenus de fréquenter l'école du cercle scolaire de leur domicile ou de leur résidence habituelle (art. 8 LS). Au titre d'autorité scolaire cantonale (art. 123 ss LS), l'inspecteur scolaire peut, pour des raisons de langue, autoriser un élève à fréquenter l'école d'un cercle scolaire autre que le sien, si l'intérêt de cet élève le commande; il peut également autoriser ou obliger un élève à fréquenter l'école dans un autre cercle scolaire dans d'autres cas, si l'intérêt de cet élève le commande (art. 9 LS). En cas de changement de cercle scolaire, les communes du cercle scolaire d'accueil peuvent demander aux communes du cercle scolaire du domicile ou de la résidence habituelle de l'élève une participation équitable aux frais afférents à la création et au fonctionnement de l'école, sauf à leur part des frais scolaires communs (art. 10 LS). Lorsque la fréquentation de l'école d'un autre cercle scolaire est autorisée pour des raisons de langue, les communes du cercle scolaire du domicile ou de la résidence habituelle de l'élève décident de la gratuité (art. 11 LS) envers les parents.
3.2 Dès 1870, le canton de Fribourg a non seulement autorisé, mais aussi reconnu les écoles libres réformées (Message n° 52 du Conseil d'Etat au Grand Conseil accompagnant le projet de loi sur les écoles libres publiques; BGC 2003, p. 323 ss). D'après l'art. 118 de la loi du 17 mai 1884 sur l'école primaire (ci-après: la loi de 1884; Bulletin officiel des lois du canton de Fribourg 1884/53 p. 72 ss, p. 109), les écoles libres pouvaient ainsi soumettre leurs statuts au Conseil d'Etat et demander à bénéficier du régime des écoles publiques. Dans ce cas, les statuts devaient préciser que celles-ci se conformaient aux prescriptions des lois et règlements scolaires en ce qui concernait la nomination et le traitement des instituteurs, l'enseignement, la discipline, la fréquentation des écoles et l'approbation des comptes scolaires. La commission scolaire nommée par les intéressés avait toutes les attributions dévolues par la loi aux conseils communaux et aux commissions scolaires locales. Lorsqu'un impôt était nécessaire, il était levé sur tous les adhérents aux statuts.
Les articles 115 à 119 de la loi de 1884 ont été abrogés par la novelle du 10 mai 1972 sur le statut des écoles libres et des écoles libres publiques et remplacés par les art. 115 à 119quater, entrés en vigueur le 1er janvier 1973. Comme précédemment, les écoles libres pouvaient demander au Conseil d'Etat de bénéficier du régime des écoles publiques, qui n'était donné que si l'intérêt public le justifiait. Dans ce cas, les statuts devaient fixer les limites territoriales et personnelles du cercle scolaire libre public et étaient soumis à l'approbation du Conseil d'Etat. Les écoles libres publiques étaient également tenues de se conformer aux lois et prescriptions applicables aux écoles publiques (art. 116 rév. de la loi de 1884). La novelle a essentiellement réaménagé le financement des écoles libres publiques, notamment en supprimant l'impôt. L'art. 1er de l'arrêté d'exécution du 18 juin 1973 de la loi du 10 mai 1972 sur le statut des écoles libres et des écoles libres publiques (Bulletin officiel des lois du canton de Fribourg, 1973/142, p. 148 ss) exigeait des écoles libres publiques existantes qui désiraient bénéficier ou continuer de bénéficier du régime des écoles publiques qu'elles soumettent leurs statuts au Conseil d'Etat pour approbation.
Le 1er janvier 2004, la loi du 8 mai 2003 sur les écoles libres publiques (Lelp; RSF 411.4.1) est entrée en vigueur et a abrogé les derniers articles en vigueur de la loi du 17 mai 1884 sur l'instruction primaire [art. 116 à 119quater]. Dans le chapitre "Dispositions transitoires et finales", l'art. 9 Lelp dispose que l'organisation des écoles libres publiques existantes, soit celles de Fribourg, Bulle, Courtepin, Ferpicloz, Fendringen, Corjolens, Gurmels, Obermettlen-Ueberstorf, Heitenried-St. Antoni, Bennewil, Estavayer-le-Lac, Kessibrunnholz et Weissenstein, doit être conforme à la loi au plus tard deux ans après son entrée en vigueur et que celles n'ayant plus d'activité scolaire propre et effective au moment de l'entrée en vigueur de la loi et qui ne remplissent pas les conditions de la reconnaissance publique doivent soit se dissoudre, soit se transformer en fondation, dans un délai de deux ans dès l'entrée en vigueur de la loi.
3.3 Le 18 décembre 1989, l'Assemblée communale d'Ependes a adopté un règlement scolaire. En application de l'art. 11 LS, l'art. 5 al. 3 du règlement prévoit que la taxe perçue auprès de parents de l'élève autorisé à changer de cercles pour des raisons de langue correspond au montant effectif de la participation demandée par l'autre cercle scolaire et des frais de transport éventuel, mais au maximum 1'500 fr. par an et par élève. Le 16 décembre 2002, l'art. 5 al. 3 du règlement scolaire a été modifié: le montant maximal de la taxe par élève et par an a été augmenté à 5'000 fr. Cette disposition est entrée en vigueur le 6 janvier 2003.
4. Invoquant l'art. 9 Cst., le recourant soutient que le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire en jugeant que l'école libre publique de Ferpicloz et son cercle scolaire n'existaient plus depuis le 1er janvier 1973.
4.1 Il est inutile d'examiner ce grief. Les enfants du recourant ayant fréquenté l'école libre publique de Fribourg pour des raisons de langue, alors qu'elles étaient domiciliées sur le territoire de la commune d'Ependes, l'existence ou non de l'école libre publique de Ferpicloz et de son cercle scolaire ne revêt aucune importance. En effet, aucun enseignement n'y était plus dispensé et les filles du recourant ont été scolarisées à l'école libre de Fribourg. Le Tribunal administratif a admis, sans être critiqué sur ce point par le recourant, que la commune d'Ependes ne faisait pas partie du cercle scolaire de l'école libre publique de Fribourg, mais bien du cercle scolaire ordinaire d'Arconciel, Ependes, Ferpicloz et Senèdes. Dès lors, même si le cercle de Ferpicloz existait, les filles du recourant devaient obtenir une autorisation pour en sortir; s'il n'existait plus, elles devaient aussi en obtenir une pour sortir du cercle ordinaire d'Arconciel, Ependes, Ferpicloz et Senèdes.
4.2 Il est vrai que le recourant soutient également que le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire en jugeant que le transfert des élèves entre l'école de Ferpicloz et l'école libre publique de Fribourg n'avait pas été effectué conformément aux dispositions légales applicables (mémoire de recours p. 11). Toutefois comme il n'expose pas quelles dispositions du droit cantonal le Tribunal administratif aurait interprétées ou appliquées de manière arbitraire sur ce point, son grief est irrecevable parce qu'il ne répond pas aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. consid. 1.2 ci-dessus).
Au surplus, c'est à bon droit que le recourant ne prétend pas que l'entente entre les écoles de Ferpicloz et de Fribourg sur le transfert des élèves de la première à la seconde aurait entraîné une "fusion" des cercles scolaires ou aurait représenté une simple délégation de l'enseignement à la seconde, les conditions légales de telles modifications n'étant manifestement pas remplies.
4.3 Dans ces conditions, il n'y a lieu d'examiner ni les conséquences de l'absence d'approbation des statuts de l'école de Ferpicloz par le Conseil d'Etat ou de l'art. 9 Lelp, qui place l'école de Ferpicloz parmi les écoles libres publiques existantes, ni la portée qu'aurait la prise en charge par l'Etat des frais de transport des élèves d'Ependes scolarisés à l'école libre publique de Fribourg.
5. Le recourant se plaint de la violation du droit à l'égalité. Selon lui, il serait contraire à l'art. 8 Cst. de lui facturer des frais scolaires pour ses enfants, puisque la commune d'Ependes n'a jamais par le passé facturé de tels frais aux parents des enfants domiciliés sur son territoire ayant fréquenté l'école libre publique de Fribourg. Concrètement, il plaint d'un changement de pratique illégal.
5.1 Une décision viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (<ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 114; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 125). Pour être compatible avec l'art. 8 al. 1 Cst., un changement de pratique administrative doit reposer sur des motifs objectifs, à savoir une connaissance plus approfondie de l'intention du législateur, un changement des circonstances extérieures ou l'évolution des conceptions juridiques. Une pratique qui se révèle erronée ou dont l'application a conduit à des abus répétés ne peut être maintenue (<ref-ruling> consid. 5.3.3 p. 39; <ref-ruling> consid. 4c/aa p. 163 et les références citées).
5.2 Le Tribunal administratif a affirmé que la commune avait suivi une pratique constante en matière de facturation des frais scolaires bien que, depuis la période scolaire 1986/1987, la commune d'Ependes n'ait pas facturé de frais scolaires aux parents des 16 élèves domiciliés à Ependes et scolarisés à l'école libre publique de Fribourg, à l'exception des frais relatifs à E._ et F._ à partir de 2001.
En effet, le Tribunal administratif a retenu à bon droit que la situation des enfants domiciliés sur le territoire de la Commune d'Ependes ayant fréquenté l'école libre publique de Fribourg sans autorisation de changement de cercle scolaire était différente de celle des enfants du recourant ayant obtenu pareille autorisation. La commune d'Ependes pouvait refuser de prendre en charge les frais scolaires des premiers, parce qu'ils ne bénéficiaient pas d'une telle autorisation, alors qu'en application de l'art. 10 LS, elle était en revanche tenue de s'acquitter d'une participation équitable aux frais afférents à la création et au fonctionnement de l'école libre publique de Fribourg pour les enfants ayant obtenu une autorisation de changer de cercle. Comme, à la demande du recourant, E._ et F._ ont obtenu une telle autorisation, la commune d'Ependes devait honorer les factures envoyées par l'école libre publique de Fribourg et elle était en droit, selon son règlement scolaire, de demander une participation aux parents, puisque les autorisations obtenues répondaient à des motifs de langue. Le recourant et ses filles se sont donc trouvés dans une situation différentes des autres élèves scolarisés à l'école libre publique de Fribourg, ces derniers n'étant au bénéfice d'aucune autorisation. La Commune d'Ependes n'a par conséquent pas changé de pratique en traitant différemment des situations différentes. Certes, la situation peut paraître paradoxale, du moment que ce sont les parents qui ont dûment demandé une autorisation de changement de cercle qui sont astreints à payer une facture communale. Il n'en demeure pas moins qu'en l'espèce, seule la position de la commune doit être examinée et non pas celle de l'école libre publique de Fribourg qui aurait pu faire supporter les frais aux parents d'enfants scolarisés chez elle sans autorisation et dont la commune de domicile refusait la charge.
Pour le surplus, le recourant n'allègue pas que la commune intimée ait renoncé à facturer des frais scolaires aux parents d'autres enfants domiciliés à Ependes qui fréquentent l'école libre publique de Fribourg et seraient au bénéfice d'une autorisation de changement de cercle pour des raisons de langue.
Enfin le Tribunal administratif a jugé sans être critiqué par le recourant que l'art. 11 LS autorisait les communes à ne pas accorder la gratuité de la scolarité lors d'un changement de cercle pour raison de langue et que le règlement scolaire d'Ependes prévoyait précisément le droit de prélever une taxe auprès des parents d'élève dans un tel cas.
Le grief d'inégalité de traitement soulevé par le recourant n'est donc pas fondé.
6. Invoquant l'art. 9 Cst., le recourant soutient que le Tribunal administratif a violé son droit à la protection de la bonne foi en jugeant que la commune d'Ependes ne lui avait pas fait aucune promesse quant à la gratuité de la scolarité de ses filles.
6.1 Découlant directement de l'art. 9 Cst., le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 636 s.; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 170; <ref-ruling> consid. 10b/aa p. 125; <ref-ruling> consid. 3a p. 387 et les arrêts cités). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (a) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (b) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (c) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement ( »ohne weiteres ») de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (d) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, et (e) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 636 s.; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 170; <ref-ruling> consid. 3b/cc p. 123 et les références citées).
6.2 Le Tribunal administratif a constaté que la commune n'avait pas donné au recourant de renseignement selon lequel elle prendrait en charge le frais de scolarisation de ses enfants auprès de l'école libre publique de Fribourg. Elle avait au contraire informé ses habitants par un tout-ménage distribué en 2001 qu'une taxe serait perçue auprès des parents d'élèves fréquentant cette école.
De l'avis du recourant, en revanche, comme la commune d'Ependes n'avait jamais facturé de frais scolaires aux parents des enfants domiciliés sur son territoire qui fréquentaient l'école libre publique de Fribourg, il pouvait de bonne foi partir de l'idée que la scolarité de ses enfants était gratuite. En percevant soudainement une taxe pour les frais scolaires de E._ et F._, la commune aurait adopté un comportement contraire à la bonne foi et arbitraire.
6.3 Le recourant fonde le droit à la protection de sa bonne foi sur le comportement passif de la commune. Les conditions pour qu'une simple abstention constitue une promesse fondant un droit à la protection de la bonne foi (cf. à ce sujet, Beatrice Weber-Dürler, Vertrauenschutz im öffentlichen Recht, Helbing & Lichtenhahn 1983, p. 228) ne sont pas réunies en l'espèce. Le recourant, qui est avocat, ne pouvait ignorer que le règlement scolaire communal autorisait la commune intimée à percevoir une taxe auprès de parents d'élèves autorisés à changer de cercle pour des raisons de langue ni qu'il en remplissait les conditions dès le moment où il avait obtenu une telle autorisation pour ses filles. Il importe peu à cet égard qu'il ait reçu, ou non, le tout-ménage distribué par la commune attirant l'attention des administrés sur cette disposition du droit communal et qu'il n'ait reçu les factures litigieuses que le 3 mai 2005, comme l'a dûment retenu le Tribunal administratif.
Au surplus, les décisions de changement de cercle rendues les 25 juin 2001 et 29 juillet 2002 par l'inspecteur scolaire réservaient le droit de la commune d'Ependes de décider de la gratuité en application de l'art. 11 LS, la première mentionnant au surplus que la commune avait avisé les parents de l'incidence financière liée au changement de cercle pour raison de langue (chiffre 7 de la décision du 25 juin 2001). En outre, à l'appui de la demande du 9 avril 2001 de changement de cercle scolaire en faveur de E._, le recourant promettait de supporter les frais résultant de la fréquentation de l'école si la commune de domicile n'accordait pas la gratuité. Sans promesses formelles des autorités communales, il ne pouvait donc pas déduire de l'absence de facture dans le passé que celles-ci le dispensaient de manière générale de toute la taxe, même lorsque les conditions réglementaires de la perception étaient remplies.
Par conséquent, les première et troisième conditions retenues par la jurisprudence n'étant, comme l'a jugé à bon droit le Tribunal administratif, pas remplies, le recourant ne pouvait pas se prévaloir de son droit à la protection de la bonne foi.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). II n'a pas droit à des dépens (<ref-law>). Bien qu'ayant obtenu gain de cause, la commune d'Ependes, qui agissait dans l'exercice de ses attributions officielles, n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Il n'est pas alloué de dépens à la Commune d'Ependes.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Lieutenant de préfet du district de la Sarine, à la Commune d'Ependes et au Tribunal administratif du canton de Fribourg.
Lausanne, le 29 janvier 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Dubey