Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach Auffassung von Verwaltung und Vorinstanz liegen keine Unfallfolgen mehr vor, die einen Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung begründen könnten. Demgegenüber macht der Beschwerdeführer Kopf- und Nackenschmerzen, Schwindel, Rückenbeschwerden, linksseitige Schmerzen im Bereich der Schulter sowie des Gesässes und Gefühlsstörungen in den linken Zehen geltend, wobei die Unfallkausalität dieser Beschwerden teils feststehe und teils abgeklärt werden müsse. Zu prüfen ist, ob die im Zeitpunkt des Erlasses des Einspracheentscheides (16. Januar 1998; vgl. <ref-ruling> Erw. 1b, 116 V 248 Erw. 1a; RKUV 2001 Nr. U 419 S. 101) bestehenden Beschwerden des Versicherten auf den Unfall vom 29. September 1995 zurückzuführen sind.
2.- Wie die Vorinstanz richtig dargelegt hat, setzt eine Leistungspflicht der SUVA voraus, dass zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden sowohl ein natürlicher als auch ein adäquater Kausalzusammenhang besteht, wobei es für die Bejahung der natürlichen Kausalität genügt, dass der Unfall eine Teilursache darstellt (<ref-ruling> Erw. 1), und dem Erfordernis der adäquaten Kausalität eine haftungsbegrenzende Funktion zukommt (<ref-ruling> Erw. 5c).
a) Ob zwischen einem schädigenden Ereignis und einer gesundheitlichen Störung ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht, bestimmt sich nach dem im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit. Die blosse Möglichkeit eines Zusammenhangs genügt für die Begründung eines Leistungsanspruches nicht (<ref-ruling> Erw. 1). Die allgemeinen Beweisgrundsätze gelten auch in Fällen mit einem Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS), einem solchen äquivalenten Verletzungen (Kopfanprall mit Abknickung der HWS) und Schädel-Hirntraumen mit jenen eines Schleudertraumas vergleichbaren Folgen (<ref-ruling> Erw. 1; RKUV 2000 Nr. U 395 S. 317, 1997 Nr. U 272 S. 170, Nr. U 275 S. 192 Erw. 3a). Auch hier bilden zuallererst die medizinischen Fakten, wie die fachärztlichen Erhebungen über Anamnese, objektiven Befund, Diagnose, Verletzungsfolgen, unfallfremde Faktoren, Vorzustand usw., die massgeblichen Grundlagen für die Beurteilung der natürlichen Kausalität. Das Vorliegen solcher Verletzungen und ihre Folgen müssen somit durch zuverlässige ärztliche Angaben gesichert sein. Auch in Fällen ohne organisch nachweisbare Beschwerden ist für die Leistungsberechtigung gegenüber dem Unfallversicherer erforderlich, dass die geklagten Beschwerden medizinisch einer fassbaren gesundheitlichen Beeinträchtigung zugeschrieben werden können und dass diese Gesundheitsschädigung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit in einem ursächlichen Zusammenhang mit dem versicherten Unfall steht. Der Umstand, dass der sich im Zusammenhang mit solchen Verletzungen manifestierende Beschwerdekomplex mitunter noch andere Ursachen haben kann, darf nicht von vornherein zur Verneinung der natürlichen Kausalität führen, weil der Unfall als eine Teilursache für die Bejahung des natürlichen Kausalzusammenhangs genügt (<ref-ruling> Erw. 2b; RKUV 2000 Nr. U 395 S. 317 Erw. 3).
Führen die von Amtes wegen vorzunehmenden Abklärungen die Verwaltung oder das Gericht bei pflichtgemässer Beweiswürdigung zur Überzeugung, ein bestimmter Sachverhalt sei als überwiegend wahrscheinlich zu betrachten und es könnten weitere Beweismassnahmen an diesem feststehenden Ergebnis nichts mehr ändern, so ist auf die Abnahme weiterer Beweise zu verzichten (antizipierte Beweiswürdigung; Kieser, Das Verwaltungsverfahren in der Sozialversicherung, S. 212, Rz 450; Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., S. 39, Rz 111 und S. 117, Rz 320; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., S. 274; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 4a, 122 III 223 Erw. 3c, 120 Ib 229 Erw. 2b, 119 V 344 Erw. 3c mit Hinweis). In einem solchen Vorgehen liegt kein Verstoss gegen das rechtliche Gehör gemäss <ref-law> (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 28 Erw. 4b; zu Art. 4 Abs. 1 aBV ergangene, weiterhin geltende Rechtsprechung: <ref-ruling> Erw. 4b, 122 V 162 Erw. 1d mit Hinweis).
b) Bei der Beurteilung der Adäquanz von Unfallfolgeschäden, für die ein natürlicher Kausalzusammenhang medizinisch zwar angenommenen wird, jedoch nicht oder nicht hinreichend organisch nachweisbar ist (vgl. <ref-ruling> Erw. 3b), ist wie folgt zu differenzieren: Es ist zunächst abzuklären, ob die versicherte Person beim Unfall ein Schleudertrauma der HWS, eine einem solchen äquivalente Verletzung oder ein Schädel-Hirntrauma erlitten hat. Ist dies nicht der Fall, gelangt die die psychischen Unfallfolgen betreffende Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> Erw. 6 zur Anwendung. Ergeben die Abklärungen indessen, dass die versicherte Person eine der soeben erwähnten Verletzungen erlitten hat, muss beurteilt werden, ob die zum typischen Beschwerdebild einer solchen Verletzung gehörenden Beeinträchtigungen (vgl. dazu <ref-ruling> Erw. 1, 117 V 360 Erw. 4b und 382 Erw. 4b) zwar teilweise vorliegen, im Vergleich zur psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten. Trifft dies zu, sind gemäss <ref-ruling> Erw. 2a für die Adäquanzbeurteilung ebenfalls die in <ref-ruling> Erw. 6 für Unfälle mit psychischen Folgeschäden aufgestellten Grundsätze massgebend; andernfalls erfolgt die Beurteilung der Adäquanz gemäss den in <ref-ruling> Erw. 6a und 382 Erw. 4b für Schleudertraumen der HWS und Schädel-Hirntraumen festgelegten Kriterien (<ref-ruling> Erw. 5b/bb). Bei beiden Methoden wird für die Beantwortung der Frage der adäquaten Kausalität an die Schwere des Unfalls und gegebenenfalls bestimmte unfallbezogene Kriterien angeknüpft (<ref-ruling> Erw. 6a und 382 Erw. 4b, 115 V 138 Erw. 6). Der Unterschied besteht darin, dass bei HWS-Schleudertraumen, diesen äquivalenten Verletzungen und Schädel-Hirntraumen mit jenen eines Schleudertraumas vergleichbaren Folgen im Rahmen der Prüfung der massgebenden unfallbezogenen Kriterien im Gegensatz zur Rechtslage bei psychischen Fehlentwicklungen auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten zu verzichten ist, weil nicht entscheidend ist, ob die Beschwerden medizinisch eher als organischer und/oder psychischer Natur bezeichnet werden (<ref-ruling> Erw. 6a und 382 f.; RKUV 2000 Nr. U 395 S. 317, 1997 Nr. U 272 S. 174 Erw. 4a).
3.- Der Beschwerdeführer litt nach dem Unfall insbesondere an Kopfschmerzen, Schwindel und Übelkeit mit Erbrechen sowie an einer minimalen neuropsychologischen Funktionsstörung. In der Neurochirurgischen Abteilung des Spitals X._ wurde nebst dem offenen Schädelbruch eine Commotio cerebri diagnostiziert (Bericht vom 20. Oktober 1995). Aufgrund der von Anfang an geklagten Sensibilitätsstörung im linken Fuss, einer diskreten motorischen Halbseitensymptomatik links (mit diskreter Fazialisparese, Reflexsteigerung und abgeschwächten Bauchhautreflexen) und des Durarisses stellte Dr. med. O._, Spezialarzt FMH für Neurologie, in einem Gutachten vom 18. November 1996 zudem eine lokale Hirnkontusion fest. Schon im Bericht des Spitals X._ vom 20. Oktober 1995 war darauf hingewiesen worden, dass die Gefühlsstörungen im linken Bein durch eine leichte Hirnkontusion aufgrund der Impressionsfraktur bedingt sein dürften; ebenso hatte Dr. med. F._, Chefarzt Neurologie am Medizinischen Zentrum Y._, in einem Bericht vom 27. November 1995 bemerkt, die rückläufige Hypästhesie am linken Fuss sei wahrscheinlich postkontusionell. Aufgrund der medizinischen Akten steht demnach fest, dass der Versicherte ein Schädel-Hirntrauma mit einer Häufung von Beschwerden erlitten hat, die mit jenen eines Schleudertraumas vergleichbar sind (siehe zum typischen Beschwerdebild <ref-ruling> Erw. 1, 117 V 360 Erw. 4b und 382 Erw. 4b).
4.- Zu untersuchen ist zunächst, ob und inwieweit zwischen dem Unfall vom 29. September 1995 mit Schädel-Hirntrauma und den gesundheitlichen Störungen des Versicherten ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht.
a) aa) Der Beschwerdeführer leidet seit dem Unfall an Kopfschmerzen, die schon bald als insbesondere am Hinterhaupt lokalisiert beschrieben wurden. Die Kopfschmerzen des Versicherten werden durchwegs als (jedenfalls teilweise) postkommotionell bezeichnet (Bericht des Dr. med. F._ vom 27. November 1995; Austrittsbericht der Rehabilitationsklinik Q._ vom 19. April 1996; Bericht des Dr. med. M._ vom 23. Juli 1996; Bericht des SUVAKreisarztstellvertreters Dr. med. G._ vom 9. August 1996; Bericht des SUVA-Kreisarztes Dr. med. H._ vom 8. November 1996; Gutachten des Dr. med. O._ vom 18. November 1996; Austrittsberichte der Rehabilitationsklinik Q._ vom 10. Juni 1997 und vom 29. September 1997 mit Ergänzung vom 9. Januar 1998). Kopfschmerzen gehören denn auch zum typischen Beschwerdebild eines Schädel-Hirntraumas. Vor dem Hintergrund der vom Beschwerdeführer erlittenen strukturellen Schädel-Hirn-Verletzung erscheinen die noch von der Rehabilitationsklinik Q._ im Austrittsbericht vom 29. September 1997 attestierten und in einer Ergänzung vom 9. Januar 1998 als Unfallfolge bezeichneten postkommotionellen Kopfschmerzen als, medizinisch gesehen, plausible Unfallfolgen. Dies genügt in Bezug auf die Kopfschmerzen trotz nicht hinreichender organischer Nachweisbarkeit (Austrittsbericht der Rehabilitationsklinik Q._ vom 29. September 1997) für die Annahme des natürlichen Kausalzusammenhanges (vgl. <ref-ruling> Erw. 2c).
bb) Obwohl keine Verletzung eines Bewegungssegmentes der HWS festgestellt werden konnte, die einen Dauerschaden hätte hinterlassen können (Bericht des Dr. med. H._ vom 11. April 1997), erscheinen auch die Nackenschmerzen als für die Bejahung des natürlichen Kausalzusammenhangs hinreichend plausible Unfallfolge. Denn erstens bezeichnet die Rehabilitationsklinik Q._ die Nackenschmerzen trotz Verneinung eines die Beschwerden erklärenden somatischen Korrelats (Austrittsbericht vom 29. September 1997) ebenso wie die Kopfschmerzen als Unfallfolge (ergänzender Bericht vom 9. Januar 1998). Zweitens lassen sich Nackenschmerzen und okzipitale Kopfschmerzen vorliegend in Anbetracht der Enge der Verhältnisse im Kopf-/HWS-Bereich bei der Kausalitätsbeurteilung sinnvollerweise nicht trennen. Denn Dr. med. O._ sah die Grundlage der Nackenschmerzen in einer Irritation und teilweisen Blockierung der Kopf- und oberen Nackengelenke, nahm an, dass die Schädelkontusion in Axialrichtung auch zu einer Stauchung im Atlantodentalgebiet geführt habe, und sah die okzipitalen Kopfschmerzen als Ausdruck einer posttraumatischen Kraniozervikalgie (Gutachten vom 18. November 1996). Drittens werden im sich auf die Folgen eines Schädel-Hirntraumas beziehenden <ref-ruling> Erw. 4b bei der Beschreibung der Symptome auch Nackenschmerzen erwähnt, wobei sich das typische Beschwerdebild nach Schädel-Hirntrauma gerade dadurch auszeichnet, dass die Beschwerden oft organisch nicht oder nicht hinreichend nachweisbar sind (vgl. RKUV 2000 Nr. U 395 S. 317 Erw. 3).
cc) Als medizinisch plausible Unfallfolgen erscheinen schliesslich auch die ebenfalls zum typischen Beschwerdebild eines Schädel-Hirntraumas gehörenden Schwindelgefühle, auf die indessen nicht weiter eingegangen zu werden braucht, da aufgrund der Akten nicht anzunehmen ist und vom Versicherten auch nicht behauptet wird, dass diesen bei der Beurteilung des Gesundheitszustandes und dessen Folgen neben den Kopfschmerzen eine ins Gewicht fallende selbstständige Bedeutung zukommt.
dd) Dass die vorstehend (Erw. aa-cc) als Unfallfolgen anzuerkennenden Beschwerden nicht nur dem Schädel-Hirntrauma zuzuschreiben, sondern zudem möglicherweise psychisch überlagert sind (Erw. 4c und 5 hienach), ist schon deshalb irrelevant, weil eine Teilursächlichkeit des Unfalls für die Bejahung der natürlichen Kausalität genügt.
b) Gemäss Bericht der Medizinischen Abteilung des Spitals Z._ vom 24. Juni 1997, wo der Versicherte vom 1. bis zum 13. Juni 1997 wegen einer akuten Lumboischialgie links L5 hospitalisiert war, war der Röntgenbefund der Lendenwirbelsäule (LWS) unauffällig. Die Computertomographie der LWS zeigte fragliche mediale kleine Diskushernien zwischen L4/L5 und L5/S1 ohne sicheren Nachweis einer Kompressionswirkung auf die entsprechenden Nervenwurzeln. Chronische Rückenschmerzen seien seit mehreren Jahren bekannt.
Entgegen der Auffassung des Versicherten lässt sich die Unfallkausalität der Rückenbeschwerden ohne Vornahme diesbezüglicher medizinischer Abklärungen verneinen. Die Bejahung der natürlichen Kausalität im Sinne einer richtungweisenden Verschlimmerung eines degenerativen Vorzustandes der Wirbelsäule durch einen Unfall würde voraussetzen, dass röntgenologisch, in einer begrenzten Zeitspanne betrachtet, ein Zusammensinken der Wirbelkörper sowie das Auftreten oder die Verschlimmerung von Verletzungen nach einem Trauma ersichtlich wäre (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 46 Erw. 3a). Für ein solches Vorkommnis enthalten die Akten bezüglich der erst nach einer über 1 1/2-jährigen Latenzzeit akut aufgetretenen LWS-Problematik des Versicherten keinerlei Anhaltspunkte, nachdem der Röntgenbefund unauffällig war. Dementsprechend bezeichnet auch der Hausarzt des Versicherten, Dr. med. M._, dessen Rückenbeschwerden als krankheitsbedingt (Berichte vom 14. Juli 1997 und vom 21. November 1997).
c) Soweit sich das Beschwerdebild lange nach dem Unfall z.B. in Form von nicht auf den Befund in der Lendenwirbelsäule zurückzuführenden (Bericht des Dr. med. M._ vom 28. Februar 1998) Beschwerden im linken Bein noch ausweitete, ohne dass auf somatischer Ebene ein Korrelat hätte gefunden werden können und ohne dass es sich um typische Schädel-Hirntraumabeschwerden handeln würde, ist die natürliche Kausalität ebenfalls zu verneinen. Die medizinischen Akten enthalten hinreichende Anhaltspunkte für die Annahme, dass die auch neuropsychologisch dokumentierte Verschlechterung des Zustandes auf die psychosoziale Situation des Beschwerdeführers zurückzuführen ist. Dr. med. K._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie an der Psychosomatischen Abteilung der Rehabilitationsklinik Q._, diagnostizierte in seinem psychosomatischen Konsilium vom 18. September 1997 ein subdepressives Zustandsbild, welches vom Schweregrad her die Kriterien einer depressiven Episode nicht erfülle, und erklärte, die soziale Situation und die Perspektiven seien für den Exploranden reichlich deprimierend und aussichtslos, wobei seine psychische Reaktion etwa dem entspreche, was normalpsychologisch zu erwarten wäre. Gemäss neuropsychologischem Bericht der Frau lic. phil. C._, Psychologin FSP, und des Dr. med. D._, FMH für Neurologie, Leitender Arzt an der Rehabilitationsklinik Q._, vom 17. September 1997, weisen die Befunde auf im Vordergrund stehende schmerzbedingte und psychoreaktiv bedingte Leistungsschwankungen sowie eine schmerzbedingte und psychoreaktive partielle Leistungsdekompensation hin. Die depressive Entwicklung wird zum einen mit den anhaltenden Kopfschmerzen und zum andern mit der ungesicherten sozialen Situation mit unsicherer Zukunftsperspektive begründet. Soweit die depressive Entwicklung auf die seit dem Unfall bestehenden Kopfschmerzen zurückzuführen ist, ist sie mit der Bejahung des natürlichen Kausalzusammenhangs der Kopfschmerzen mitsamt psychischer Überlagerung (Erw. 4a/aa hievor) bereits berücksichtigt. Soweit sie indessen mit der psychosozialen Situation zu erklären ist, ist ohne weitere Abklärungen davon auszugehen, dass es sich um einen unfallfremden Aspekt handelt (vgl. RKUV 2001 Nr. U 412 S. 80).
d) Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die verbleibenden Folgen der vom Beschwerdeführer beim Unfall vom 29. September 1995 erlittenen schweren Kopfverletzung nicht nur aus den organisch gesicherten Befunden in Form einer Sensibilitätsstörung in den linken Zehen und einer diskreten Halbseitensymptomatik bestehen. Vielmehr sind nebst diesen als solche nicht invalidisierenden Befunden - nach Auffassung des Dr. med. O._ stand Ende 1996 aus neurologischer Sicht nichts entgegen, dass der Versicherte ausser dem Tragen oder Anheben schwerer Lasten (einschliesslich Arbeiten mit der Schaufel) wieder als Bauhilfsarbeiter tätig würde - und der die Arbeitsfähigkeit ebenfalls nicht nennenswert einschränkenden (ergänzender Bericht der Rehabilitationsklinik Q._ vom 9. Januar 1998) minimalen Hirnfunktionsstörung auch die Kopf- und Nackenschmerzen als Unfallfolgen zu betrachten, nicht dagegen die weiteren Rückenbeschwerden und die (zum Teil damit einhergehende) Symptomausweitung (partielle Leistungsdekompensation, betontes Schmerzverhalten, Subdepressivität usw.).
5.- Zu prüfen bleibt, ob hinsichtlich der Kopf- und Nackenschmerzen, in Bezug auf welche der natürliche Kausalzusammenhang zwar anzunehmen, jedoch nicht hinreichend organisch nachweisbar ist, sowie der ebenfalls auf den Unfall zurückzuführenden minimalen Hirnfunktionsstörung (mit Sensibilitätsstörung und Halbseitensymptomatik als Folgen) auch die adäquate Kausalität gegeben ist.
a) Das Beschwerdebild des Versicherten weist auch eine psychische Komponente auf. Während des vom 24. Januar 1996 bis zum 17. April 1996 dauernden Aufenthaltes in der Rehabilitationsklinik Q._ wurde eine medikamentöse antidepressive Behandlung eingeleitet (Austrittsbericht vom 19. April 1996). Dr. med. G._ schrieb, wieweit Kopfschmerzen und Schwindel irgendwie psychisch fixiert seien, könne nicht klar ausgemacht werden. Dr. med. O._ führte im neurologischen Gutachten vom 18. November 1996 aus, der Versicherte biete psychopathologisch erstaunlich wenig Besonderheiten. Dr. med. M._ rapportierte am 4. März 1997 eine deutlich depressive Grundstimmung. Dr. med. K._ stellte ein subdepressives Zustandsbild fest, ohne jedoch eine Depression zu diagnostizieren (psychosomatisches Konsilium vom 18. September 1997), und bemerkte, die psychische Reaktion des Exploranden entspreche etwa dem, was normalpsychologisch zu erwarten sei. Unter diesen Umständen und in Anbetracht der Tatsache, dass Depressionen gerade zum typischen Beschwerdebild eines Schädel-Hirntraumas gehören, kann vorliegend nicht gesagt werden, die zum typischen Beschwerdebild eines SchädelHirntraumas gehörenden Beeinträchtigungen träten im Vergleich zu einer ausgeprägten psychischen Problematik ganz in den Hintergrund. Demnach hat die Adäquanzbeurteilung entgegen der Auffassung von Verwaltung und Vorinstanz nicht nach den in <ref-ruling> Erw. 6 für Unfälle mit psychischen Folgeschäden aufgestellten Grundsätzen, sondern nach den in <ref-ruling> Erw. 4b für Schädel-Hirntraumen festgelegten Kriterien zu erfolgen (<ref-ruling> Erw. 2a; Urteil W. vom 18. Juni 2002, U 164/01, Erw. 3a und b).
b) Aufgrund des Geschehensablaufs und der zugezogenen Verletzungen (vgl. <ref-ruling> f., 115 V 139; SVR 2001 UV Nr. 8 S. 33 Erw. 6, UV Nr. 22 S. 82 Erw. 6) ist der Unfall vom 29. September 1995 als mittelschweres Ereignis zu qualifizieren und dabei eher den schwereren Unfällen im mittleren Bereich zuzurechnen.
c) Bei mittelschweren Unfällen sind für die Beantwortung der Frage der adäquaten Kausalität objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte oder indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Als wichtigste Kriterien sind bei Vorliegen eines Schädel-Hirntraumas zu nennen: besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls; die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzung; ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung; Dauerbeschwerden; ärztliche Fehlbehandlung, welche Unfallfolgen erheblich verschlimmert; schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen; Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling> Erw. 4b). Je nach den konkreten Umständen kann für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schwereren Unfall zu qualifizieren ist. Andererseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalls zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> Erw. 4c).
d) Der Versicherte leidet seit dem Unfall glaubhafterweise an einen beträchtlichen Leidensdruck bewirkenden Kopfschmerzen. In Anbetracht des Schweregrades des Unfalles genügt die Erfüllung dieses Kriteriums erheblicher Dauerbeschwerden für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs, ohne dass das Vorliegen weiterer Kriterien geprüft werden müsste. Dass die dauernden Kopfschmerzen mit der Zeit - möglicherweise - teilweise psychisch unterlegt sind, kann dem Versicherten nicht entgegengehalten werden. Wenn nämlich bei der Prüfung der unfallbezogenen Kriterien im Rahmen der Adäquanzbeurteilung schon bei Schädel-Hirntraumen ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle auf eine Unterscheidung von physischen und psychischen Gesichtspunkten verzichtet wird (<ref-ruling>; RKUV 2000 Nr. U 395 S. 317), so muss dies um so mehr dort seine Richtigkeit haben, wo ein Versicherter, wie hier der Fall, eine organisch fassbare Schädel-Hirnverletzung mit bleibenden Folgen erlitten hat. Der Unfall vom 29. September 1995 ist somit für die im Sinne des natürlichen Kausalzusammenhangs auf den Unfall zurückzuführenden Beschwerden, insbesondere für die streitigen Kopf- und Nackenschmerzen, adäquat kausal. Demzufolge hat die SUVA auch für diese aufzukommen, soweit sie einer (noch eine namhafte Verbesserung des Gesundheitszustandes versprechenden; vgl. <ref-law>) Behandlung bedürfen, einen Integritätsschaden darstellen und/oder die Arbeitsfähigkeit erheblich limitieren sollten. Die SUVA hat abzuklären, ob dies zutrifft, und über die in Frage kommenden Leistungsansprüche zu befinden.
6.- Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens hat die SUVA dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
werden der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Glarus vom 23. November 1999 und der Einspracheentscheid
der SUVA vom 16. Januar 1998 mit der
Feststellung aufgehoben, dass (nebst der minimalen
Hirnfunktionsstörung) die Kopf- und Nackenschmerzen
rechtserhebliche Folgen des am 29. September 1995
erlittenen versicherten Unfalles sind. Im Übrigen wird
die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
II. Die Sache wird an die SUVA zurückgewiesen, damit sie
über die in Betracht fallenden Leistungsansprüche in
masslicher und zeitlicher Hinsicht befinde.
III. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
IV. Die SUVA hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren
vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine
Parteientschädigung von Fr. 2'000.- (einschliesslich
Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
V. Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus wird über
eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren
entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
VI. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Glarus und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 18. Juli 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: