Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Die kantonale Rekurskommission hat unter Hinweis auf Gesetz (Art. 52 AHVG) und Rechtsprechung (vgl. statt vieler <ref-ruling> Erw. 5a) die Voraussetzungen zutreffend dargelegt, unter welchen Organe juristischer Personen den der Ausgleichskasse wegen Missachtung der Vorschriften über die Beitragsabrechnung und -zahlung (Art. 14 Abs. 1 AHVG; Art. 34 ff. AHVV) qualifiziert schuldhaft verursachten Schaden zu ersetzen haben. Darauf wird verwiesen.
3.- Die Vorinstanz hat für das Eidgenössische Versicherungsgericht verbindlich (Erw. 1 hievor) festgestellt, dass die Ausgleichskasse in der Schadenersatzverfügung versehentlich den Namen "D._ AG" benutzt hat und der Beschwerdeführer selber davon ausgegangen ist, dass Beitragsverfügung, Schlussabrechnung und Schadenersatzverfügung Beiträge betrafen, welche von der D._ AG, Zweigniederlassung, und nicht von der D._ AG geschuldet waren. Inwiefern diese Feststellung bundesrechtswidrig sein sollte, ist nicht ersichtlich. Hat der Beschwerdeführer den massgebenden Sachverhalt trotz der fehlerhaften Firmenbezeichnung richtig erkannt, kann er aus dem Versehen der Kasse nichts zu seinen Gunsten ableiten.
4.- Auch hinsichtlich Schadenhöhe und Verschulden ist der kantonale Entscheid nicht zu beanstanden. Auf die entsprechenden Erwägungen wird verwiesen. Gerade faktisch von der Geschäftsführung ausgeschlossene Verwaltungsräte haben sich umso energischer um Einsicht in die Firmenbücher zu bemühen. Mit den - in den Akten nicht belegten - Mahnungen an den Geschäftsführer allein hat der Beschwerdeführer seine Pflichten als Verwaltungsrat (Art. 716a Abs. 1 und Art. 717 Abs. 1 OR) nicht genügend wahrgenommen. Exkulpationsgründe sind keine ersichtlich. Eine solche Passivität ist grobfahrlässig im Sinne von Art. 52 AHVG (ZAK 1989 S. 104).
5.- Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario). Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von total Fr. 3000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV-Stellen Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 9. Mai 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: