Faits:
A. A.a Le 11 mars 2008, X._ a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une requête tendant à la saisie-revendication provisionnelle (<ref-law>/GE), en mains soit de la Banque Z._ SA (ci-après: Z._ SA), soit de Y._, du certificat d'actions n° 1040 de B._ Inc., incorporant 400'000 actions de cette société. Il a sollicité que cette mesure fût ordonnée à titre provisoire, avant audition des parties (<ref-law>/GE).
A.b À l'appui de sa requête, X._ a exposé en substance qu'à la recherche d'un financement pour un procédé médical appelé « cavitation » qu'il avait développé, il était parvenu à un accord avec la Société A._ SA (animée par R._, S._ et T._), à laquelle il avait vendu le capital-actions de sa société B._ SA, pour laquelle il devait toutefois continuer à travailler pendant cinq ans. Le prix à payer pour l'achat du capital-actions de B._ SA était la délivrance de 375'000 actions de B._ Inc., société qui était en mains de la Société A._ SA et qui était devenue la maison-mère de B._ SA. Ces 375'000 actions devaient toutefois rester en dépôt auprès de la Société A._ Ltd, Dublin, jusqu'au 31 décembre 2001.
X._ a allégué avoir été victime d'une véritable spoliation de ses droits et n'avoir jamais reçu les 375'000 actions qui lui avaient été promises et qui étaient comprises dans le certificat d'actions n° 1040. Expliquant avoir déposé plainte pénale, il a produit le procès-verbal d'une audition de T._ du 10 janvier 2006, lors de laquelle celui-ci a déclaré que le certificat d'actions litigieux se trouvait sous le contrôle de Y._. X._ a contesté la déclaration de T._ au Juge d'instruction selon laquelle une condition supplémentaire à celle de l'expiration de la date du 31 décembre 2001 avait été convenue, à savoir que B._ Inc. réalise « un résultat de USD 1 million audité », cette condition n'ayant selon lui jamais existé.
X._ a enfin exposé qu'il venait d'apprendre que Y._ avait donné instruction à Z._ SA, dont il était le président, de vendre le certificat d'actions litigieux, lequel se trouvait à cette fin en mains de Z._ SA à Genève.
B. B.a Statuant le 11 mars 2008 à titre provisoire, le Tribunal de première instance a autorisé la saisie-revendication provisionnelle du certificat d'actions n° 1040 de B._ SA en mains de Z._ SA, respectivement de Y._. Ni Z._ SA ni Y._ ne détenaient ce certificat d'actions et, le 19 mars 2008, l'huissier de justice a informé l'avocat de X._ que la saisie-revendication provisionnelle n'avait pas porté.
B.b X._ a persisté dans sa requête, quand bien même il avait appris que le certificat d'actions avait été vendu en février 2008. Z._ SA s'en est rapportée à justice. Y._ a déposé des notes de plaidoiries le 18 avril 2008 ainsi qu'un chargé de cinq pièces, dont l'ordonnance de classement du 13 février 2006 de la plainte pénale de X._ contre S._ et T._ et l'ordonnance de la Chambre d'accusation du 10 mai 2006 qui avait confirmé le classement.
B.c De l'état de fait établi par Y._, complété des éléments de l'ordonnance de la Chambre d'accusation, il résulte ce qui suit :
À la recherche d'un financement pour développer et commercialiser son procédé médical appelé « cavitation », X._ est parvenu à un accord avec la Société A._ SA. Il a été convenu que la filiale de celle-ci, la Société A._ Ltd, rachetait pour CHF 2.- symboliques le capital-actions de la société B._ SA à ses deux actionnaires, soit X._ et U._, tandis que B._ SA se faisait céder par la société B._ Srl, contrôlée par X._ et U._, des brevets et un important contrat de licence au prix de 750'000 fr., montant sur lequel X._ a perçu CHF 400'000.-. B._ Inc. a ensuite racheté les brevets et le contrat de licence à B._ SA, dont elle a ultérieurement acquis l'intégralité du capital-actions pour le prix de CHF 400'000.-.
Le certificat d'actions n° 1040, incorporant 400'000 actions, a été émis par B._ Inc. au nom de la Société A._ Ltd. De ce certificat, 375'000 actions devaient être remises à X._ au 31 décembre 2001, à la condition - que X._ connaissait par ses fonctions d'administrateur de B._ Inc. et pour l'avoir lui-même imposée à certains collaborateurs méritants de l'entreprise dans le cadre de stock options agreements qu'il avait signés dans la période d'octobre 1999 à avril 2002 - que B._ Inc. réalise un bénéfice net audité de USD 1'000'000.-. Le 12 novembre 1999, T._ a signé un courrier par lequel la Société A._ Ltd confirmait détenir 375'000 actions de B._ Inc. pour le compte de X._, sans que le courrier mentionnât la condition suspensive car les perspectives économiques esquissées en octobre 1999 laissaient augurer que B._ Inc. atteindrait USD 1'000'000.- de bénéfice au 31 décembre 2001. Ces perspectives ayant toutefois été largement déçues, la condition n'a pas été réalisée au 31 décembre 2001 et les actions destinées à X._ sont restées inscrites au nom de la Société A._ Ltd.
B.d Par ordonnance du 22 avril 2008, le Tribunal de première instance a rejeté la requête de X._ et a condamné celui-ci aux dépens; il a en outre condamné X._ et son avocat à des amendes de procédure de 400 fr. chacun.
Le Tribunal a notamment retenu, sous l'angle de la vraisemblance, le défaut d'apparence du droit de propriété invoqué. Il a fait sienne sur ce point la motivation de la Chambre d'accusation, fondée sur plusieurs témoignages concordants, et a retenu l'existence d'une condition supplémentaire à celle évoquée dans le courrier du 12 novembre 1999 pour la remise des 375'000 actions, à savoir la réalisation par B._ Inc. d'un bénéfice net audité de USD 1'000'000.-.
B.e Statuant par arrêt du 7 août 2008 sur recours de X._, la Cour de justice du canton de Genève, première Section, a confirmé l'ordonnance du 22 avril 2008 et a condamné le recourant aux dépens de deuxième instance.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile au Tribunal fédéral, X._ conclut avec suite de frais et dépens à l'annulation de cet arrêt et au renvoi de la cause au Tribunal de première instance pour nouvelle décision. Y._ conclut avec suite de dépens au rejet du recours. Z._ SA a indiqué qu'elle n'entendait pas déposer formellement des observations et a invité le Tribunal fédéral à rejeter le recours avec suite de frais. X._ a encore déposé des observations sur la réponse de Y._.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1, 235 consid. 1, 379 consid. 1).
1.1 Comme la saisie-revendication provisionnelle, ordonnée à titre provisoire, n'avait pas porté, le litige devant l'autorité précédente avait pour seul objet la condamnation du recourant aux dépens et à une amende de procédure, à savoir des questions accessoires. La recevabilité du recours au Tribunal fédéral contre une décision portant sur de telles questions se détermine en fonction de la question principale (arrêt non publié 5A_218/2007 du 7 août 2007, consid. 2.1). En l'espèce, celle-ci portait sur l'octroi de mesures provisionnelles sous la forme d'une saisie-revendication provisionnelle (<ref-law>/GE), qui devait être validée dans un certain délai par l'introduction d'une action sur le fond (<ref-law>/GE; Bertossa/Gaillard/Guyet/Schmidt, Commentaire de la loi de procédure civile genevoise, n. 11 ad <ref-law>/GE) et ne valait que pour la durée de cette procédure. La décision sur une telle requête de mesures provisionnelles constitue une décision incidente au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 et les nombreuses références citées). Comme le refus de la requête était de nature à causer un préjudice irréparable, le recours au Tribunal est ouvert au regard de l'<ref-law>.
1.2 Dans les affaires pécuniaires, le recours en matière civile n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (<ref-law>), ce seuil étant abaissé à 15'000 fr. dans les litiges en matière de droit du travail et de droit du bail à loyer (<ref-law>). La valeur litigieuse est déterminée, en cas de recours contre une décision incidente, par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité compétente sur le fond (art. 51 al. 1 let. c LTF).
En l'espèce, le recourant n'a pas conclu devant l'autorité précédente à l'admission de sa requête de saisie-revendication provisionnelle du 11 mars 2008, mais à la constatation que cette requête fût déclarée sans objet, à la condamnation solidaire de Z._ SA et de Y._ aux dépens de première et deuxième instance et à l'annulation de l'amende de procédure prononcée à son encontre. Étaient par conséquent seules litigieuses, devant l'autorité précédente, la répartition des dépens - comprenant les frais exposés dans la cause et une indemnité de procédure (<ref-law>/GE), laquelle a été fixée à 1'500 fr. pour la procédure de première instance et à 1'500 fr. pour la procédure de recours - et la condamnation du recourant à une amende de procédure de 400 fr.
Le recours en matière civile n'apparaît ainsi pas ouvert en l'espèce, dès lors que la valeur litigieuse minimale exigée par l'<ref-law> n'est pas atteinte et que le recourant ne prétend pas que la contestation soulèverait une question juridique de principe (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2.2.1).
1.3 Le recours peut toutefois être converti d'office en recours constitutionnel subsidiaire, dans la mesure où il en remplit les conditions de recevabilité (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.1). En effet, conformément à l'<ref-law>, le recourant invoque uniquement la violation de droits constitutionnels, de sorte que le recours constitutionnel subsidiaire est recevable s'agissant des motifs de recours (<ref-law>). Le recours est en outre dirigé contre une décision prise par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 114 et 75 LTF) et il a été déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prévues par la loi (<ref-law>).
1.4 Tout mémoire doit indiquer les conclusions (<ref-law>). Si le Tribunal fédéral admet le recours, il peut en principe statuer lui-même sur le fond (<ref-law> concernant le recours en matière civile, applicable par renvoi de l'<ref-law> au recours constitutionnel subsidiaire). La partie recourante ne peut dès lors se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais elle doit également, en principe, prendre des conclusions sur le fond du litige; il n'est fait exception à cette règle que lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait de toute manière pas en situation de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités). Se référant au Message, selon lequel le bien-fondé d'un recours pour violation d'une liberté fondamentale aboutira ordinairement à la seule annulation de la décision cantonale (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4000 ss, 4143; cf. <ref-ruling> consid. 1.3), le recourant justifie ses conclusions en annulation par le fait qu'il invoque exclusivement la violation de droits constitutionnels. La question de savoir s'il aurait dû prendre des conclusions sur le fond peut toutefois rester indécise, le recours se révélant de toute manière mal fondé, comme on le verra.
1.5 Le recours constitutionnel subsidiaire ne peut être exercé que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine que les griefs soulevés et motivés de façon détaillée par la partie recourante (art. 117 et 106 al. 2 LTF); l'auteur du recours doit indiquer quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 444).
2. 2.1 À la suite du Tribunal de première instance, la Cour de justice a retenu que le recourant n'avait pas rendu suffisamment vraisemblable, dans le contexte du financement de B._ Inc., sa propriété sur les 375'000 actions de cette société dont il requérait la saisie-revendication provisionnelle. Il avait certes établi que les 375'000 actions qui lui avaient été réservées étaient incorporées dans le certificat d'actions n° 1040 et qu'elles restaient en dépôt auprès de la Société A._ Ltd jusqu'au 31 décembre 2001. Toutefois, les prétentions du recourant se heurtaient à la condition supplémentaire posée à la remise des titres évoquée par T._ lors de son audition par le Juge d'instruction le 10 janvier 2006, condition que le recourant tentait en vain de contester. En effet, comme cela résultait de l'ordonnance de la Chambre d'accusation, toutes les personnes intéressées entendues dans la procédure pénale avaient déclaré connaître l'exigence mise au transfert des 375'000 actions, les représentants des investisseurs ayant en particulier affirmé avoir été expressément informés de ces modalités en 1998 déjà; la condition visait en effet à éviter la dilution de la valeur des titres faute d'une contrepartie adéquate, alors que B._ Inc., qui se trouvait dans une phase de développement, était déficitaire. C'était donc à juste titre, selon la cour cantonale, que le Tribunal de première instance avait condamné le recourant aux dépens, puisque les conditions de la saisie-revendication provisionnelle n'étaient pas réalisées.
2.2 Le recourant fait grief aux juges cantonaux d'avoir violé son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) en ne satisfaisant pas à leur devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (cf. <ref-ruling> consid. 2c). Il fait ainsi valoir qu'afin de se prononcer sur les dépens, le Tribunal de première instance devait se demander si, dans l'hypothèse où la saisie avait porté, il aurait autorisé la mesure provisionnelle ou non, car dans l'affirmative, les dépens devaient être supportés par les intimés; or ni le premier juge, ni la Cour de justice n'auraient examiné et traité cette question, d'où une première violation du droit d'être entendu du recourant. En outre, le premier juge et à sa suite la Cour de justice, s'étant penchés uniquement sur la question de la vraisemblance des faits, n'auraient pas procédé à la mise en balance des intérêts contradictoires des parties exigée par la jurisprudence (cf <ref-ruling> consid. 2.3), d'où une seconde violation du droit d'être entendu du recourant.
Contrairement à ce que soutient le recourant, la Cour de justice - qui a relevé que la procédure n'était pas devenue sans objet à la suite de l'échec de la saisie-revendication provisionnelle autorisée à titre provisoire, mais se poursuivait au chapitre des dépens - n'a pas omis d'examiner si, dans l'hypothèse où la saisie autorisée à titre provisoire avait porté, les conditions posées à l'octroi de la mesure provisionnelle auraient été réalisées. Elle a en effet considéré que tel n'était pas le cas dès lors que le recourant n'avait pas rendu vraisemblable son droit de propriété sur les titres revendiqués (cf. consid. 2.1 supra). C'est donc bien parce que l'une au moins des conditions posées par l'<ref-law>/GE, à savoir la vraisemblance du droit invoqué, n'apparaissait pas réalisée sur le fond que le recourant a été condamné aux dépens en tant que partie qui succombe (cf. <ref-law>/GE).
Cela étant, le second grief du recourant tombe à faux. En effet, ce n'est que dans l'hypothèse où le droit de propriété du requérant aurait été rendu vraisemblable et où cette première condition sine qua non aurait été réalisée que les juges cantonaux auraient encore eu l'obligation de pondérer ce droit présumé avec les conséquences irréparables que l'exécution de la mesure provisionnelle aurait pu entraîner pour la partie intimée (cf. <ref-ruling> consid. 2.3).
2.3 Faisant valoir que la garantie d'accès au juge (art. 29a Cst.) peut être violée si le pouvoir d'examen du tribunal est indûment restreint, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé ce droit constitutionnel en rejetant sa requête en saisie-revendication provisionnelle au motif que la Chambre d'accusation avait confirmé le classement d'une plainte pénale qu'il avait déposée. Il soutient que si rien n'empêchait le juge civil de se rallier in fine à la solution du juge pénal, un tel ralliement ne pouvait intervenir qu'au terme d'une appréciation des preuves par le juge du fond dans la procédure de validation de la mesure provisionnelle.
Ce grief tombe à faux. Comme le recourant précise lui-même ne pas le contester, le juge des mesures provisionnelles peut se limiter à la vraisemblance des faits et à l'examen sommaire du droit (<ref-ruling> consid. 2.3 in limine; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 3a). Or on ne voit pas en vertu de quel principe les juges cantonaux auraient dû - ou même seulement pu - exclure, au moment d'apprécier la vraisemblance des faits, les preuves produites par l'intimé dans l'exercice de son droit à la contre-preuve, droit qui lui est garanti par l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2.6). On ne discerne pas en quoi l'appréciation de l'ensemble des preuves et contre-preuves produites par les parties, dans le cadre de l'examen limité à la vraisemblance qui est inhérent à la procédure de mesures provisionnelles, violerait l'art. 29a Cst. On comprend d'autant moins ce grief que le recourant n'est aucunement privé de la possibilité de faire examiner le mérite de ses prétentions sur le certificat n° 1040 de B._ Inc. dans le cadre d'un procès civil ordinaire.
2.4 Le recourant se plaint d'une application arbitraire (art. 9 Cst.) de la norme non écrite du droit cantonal de procédure qui consacre, dans les limites du droit fédéral, le principe de l'indépendance du juge civil à l'égard d'une décision rendue par une juridiction statuant au pénal (cf. Bertossa/Gaillard/Guyet/Schmidt, op. cit., n. 14 ad <ref-law>/GE). Selon le recourant, ce principe s'opposait à ce que le premier juge, suivi par la Cour de justice, fît sienne l'ordonnance de la Chambre d'accusation. Si rien n'empêchait le juge civil de se rallier à une décision rendue au pénal, un tel ralliement ne pouvait intervenir qu'au terme d'une appréciation des preuves en procédure ordinaire, donc dans le cadre de la décision au fond. En se ralliant à la thèse du juge pénal au terme d'un examen limité à la vraisemblance, la Cour de justice, à l'instar du premier juge, serait tombée dans l'arbitraire.
Par cette argumentation, le recourant ne démontre pas en quoi la norme cantonale invoquée aurait été violée de manière arbitraire. Si le principe de l'indépendance du juge civil à l'égard d'une décision rendue au pénal n'empêche pas le juge civil d'apprécier librement les preuves contenues dans le dossier pénal - cette libre appréciation des preuves pouvant notamment le conduire à trancher des points de fait dans le même sens que le juge pénal -, on ne voit pas pourquoi cela ne vaudrait que pour les procédures au fond et non dans le cadre de l'examen limité à la vraisemblance auquel procède le juge des mesures provisionnelles. Dès lors qu'il ne résulte pas de l'arrêt entrepris que la Cour de justice, ni avant elle le Tribunal de première instance, se seraient tenus pour liés par l'ordonnance de la Chambre d'accusation, mais qu'il en ressort au contraire que les juges cantonaux ont apprécié librement le résultat des preuves administrées dans la procédure pénale, le grief de violation arbitraire du principe de l'indépendance du juge civil par rapport au pénal ne peut qu'être rejeté.
2.5 Selon le recourant, la cour cantonale aurait procédé à une appréciation arbitraire des preuves en retenant l'existence d'une condition supplémentaire à celle évoquée dans le courrier de la Société A._ Ltd du 12 novembre 1999 pour la remise des 375'000 actions, à savoir la réalisation par B._ Inc. d'un bénéfice net audité de USD 1'000'000.-. Ce faisant, les juges auraient arbitrairement ignoré les pièces produites par le recourant, en particulier le courrier du 12 novembre 1999 précité, qui établissait clairement le droit de propriété du recourant et qui aurait mentionné la condition litigieuse si celle-ci avait existé.
Par cette argumentation, le recourant ne démontre pas que l'appréciation des preuves opérée par l'autorité précédente soit arbitraire. Selon la jurisprudence, il n'y a arbitraire dans l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1b et les arrêts cités). Or en l'espèce, les juges cantonaux ont dûment pris en compte toutes les preuves produites par le recourant, mais également les contre-preuves produites par l'intimé, pour considérer que si le recourant avait rendu vraisemblable que la Société A._ Ltd détenait pour son compte 375'000 actions de B._ Inc., incorporées dans le certificat d'actions n° 1040, qui devaient rester en dépôt auprès de la Société A._ Ltd jusqu'au 31 décembre 2001, l'intimé avait de son côté rendu vraisemblable que la remise de ces actions était subordonnée à la condition que B._ Inc. réalise un bénéfice net audité de USD 1'000'000.- (cf. consid. 2.1 supra). Cette seconde constatation se fondait sur plusieurs éléments résultant de l'ordonnance de la Chambre d'accusation, dont le fait que toutes les personnes intéressées entendues dans la procédure pénale avaient déclaré connaître la condition mise au transfert des 375'000 actions (cf. consid. 2.1 supra) et le fait que le recourant connaissait cette condition par ses fonctions d'administrateur de B._ Inc. et pour l'avoir lui-même imposée à certains collaborateurs méritants de l'entreprise (cf. lettre B.c supra); au surplus, l'absence de mention de cette condition dans le courrier du 12 novembre 1999 s'expliquait par le fait que les perspectives économiques esquissées en octobre 1999 laissaient augurer que B._ Inc. atteindrait USD 1'000'000.- de bénéfice au 31 décembre 2001 (cf. lettre B.c supra). Une telle appréciation des preuves, dûment motivée et fondée sur des éléments pertinents, échappe au grief d'arbitraire.
3. 3.1 En ce qui concerne la condamnation du recourant à une amende de procédure de 400 fr., la Cour de justice a exposé que le recourant, dans sa requête de mesures pré-provisionnelles et provisionnelles, avait justifié de la localisation à Genève du certificat d'actions n° 1040 ainsi que de l'implication de Z._ SA et de Y._ dans le litige en produisant le procès-verbal de l'audition de T._ par le Juge d'instruction. Il avait contesté la condition supplémentaire à la remise des actions décrite par ce témoin, sans signaler pour autant que la Chambre d'accusation avait admis la réalité de cette condition lorsqu'elle avait examiné une éventuelle tromperie astucieuse. Les juges cantonaux ont considéré que le recourant avait par là soustrait à l'appréciation du Tribunal de première instance, auquel il demandait de statuer à titre provisoire, un élément qu'il savait pouvoir être décisif dans la décision à rendre. De fait, il avait obtenu par cette omission, qui ne pouvait être que volontaire au vu de la motivation de l'appel, une saisie-revendication provisionnelle à titre provisoire qui n'avait pas été confirmée par la suite. Dans ces conditions, sa condamnation par le Tribunal de première instance à une amende de procédure en application de l'<ref-law>/GE - aux termes duquel est condamné à l'amende la partie qui, pour fonder sa demande ou sa défense, a recours à des allégations intentionnellement inexactes, à des imputations calomnieuses ou à tout autre moyen de mauvaise foi - échappait à la critique.
3.2 Se plaignant d'une application arbitraire de l'<ref-law>/GE, le recourant relève que la Cour de justice ne fait que lui reprocher une omission, à savoir de n'avoir pas produit une ordonnance de la Chambre d'accusation. Il soutient que cette ordonnance n'avait pas à être produite dès lors que le premier juge n'était pas lié par une décision rendue au pénal. En outre, il n'avait pas caché dans sa requête l'existence de la procédure pénale, ni l'allégation par T._ d'une condition supplémentaire (cf. consid. A.b supra).
Ces griefs sont mal fondés. Si, selon la doctrine citée par le recourant, il convient d'être prudent dans l'appréciation du caractère abusif ou téméraire - affirmation qui se réfère à la lettre c de l'<ref-law>/GE et non à sa lettre a, appliquée par les juges cantonaux -, le devoir de loyauté dont le non-respect est sanctionné par l'<ref-law>/GE implique que les parties renoncent au mensonge, que ce soit par action ou par omission (Bertossa/Gaillard/Guyet/Schmidt, op. cit., n. 2 et 4 ad <ref-law>/GE). Or le recourant, s'il n'a certes pas caché l'allégation par T._ d'une condition supplémentaire, n'en a pas moins omis à dessein de produire l'ordonnance de la Chambre d'accusation qui avait admis la réalité de cette condition sur la base notamment de plusieurs témoignages concordants et dont il savait ainsi qu'elle pouvait être décisive dans la décision à rendre. Le recourant, qui invoquait l'urgence pour obtenir la mesure de l'<ref-law>/GE à titre provisoire dès présentation de la requête (<ref-law>/GE), ne saurait prétendre qu'il incombait au premier juge, si celui-ci entendait attacher de l'importance à l'issue de la procédure pénale, de s'en enquérir auprès de lui avant de statuer. Dans ces circonstances, on ne voit pas que l'autorité précédente ait appliqué l'<ref-law>/GE de manière arbitraire en confirmant l'amende de procédure infligée au recourant.
4. Il résulte de ce qui précède que le recours, dans la mesure où il est recevable (cf. consid. 1.4 supra), doit être rejeté. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>) et versera à l'intimé Y._ une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Z._ SA s'est bornée à proposer le rejet du recours sans déposer formellement d'observations, si bien qu'il n'y a pas lieu de lui allouer des dépens qu'elle ne sollicite d'ailleurs pas.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé Y._ à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour de justice du canton de Genève, première Section.
Lausanne, le 9 décembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Corboz Abrecht