Erwägungen:
1. Die 2005 geborene A._, Tochter von X._ und Y._, besuchte ab dem Schuljahr 2009/2010 einen Kindergarten in St. Gallen. Wegen Spannungen wurde am 7. April 2011 ein Kindergartenwechsel verfügt. Sodann erfolgte am 6. Juni 2011 im Hinblick auf den Eintritt von A._ in die 1. Primarklasse die Zuteilung zum Schulhaus B._. Die gegen beide Verfügungen erhobenen Rekurse wies die Rekurskommission Schule der Stadt St. Gallen am 21. Juni 2011 ab, soweit sie darauf eintrat. Der gegen diesen Entscheid erhobene Rekurs an die Regionale Schulaufsicht St. Gallen blieb erfolglos (Entscheid vom 30. September 2011); eine diesbezügliche Rechtsverweigerungsbeschwerde wies das Bildungs-departement des Kantons St. Gallen am 27. Februar 2012 ab. Bereits seit dem 7. März 2011 hatte A._ den Kindergarten nicht mehr besucht, und sie trat auch nie in die Primarschule ein. Nach einer darauf basierenden Gefährdungsmeldung des Schulamtes St. Gallen entzog die Vormundschaftsbehörde X._ und Y._ mit Entscheid vom 7. Dezember 2011 die Obhut über A._ und deren Bruder; beide Kinder sind seither an einem geheimen Ort platziert.
Anlass zu einem weiteren Rechtsmittelverfahren gab die Verfügung vom 6. Juli 2011 des Schulleiters der Primarschule B._ über die Klassenzuteilung von A._. Auf einen dagegen erhobenen Rekurs trat die Rekurskommission Schule der Stadt St. Gallen am 9. Mai 2012 nicht ein. Am 23. Juli 2012 lehnte das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das diesbezügliche Rekursverfahren vor der Regionalen Schulaufsicht St. Gallen ab. Die gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 29. August 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
Mit als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegengenommener Eingabe vom 26. September 2012 beschwert sich X._ im Namen der Familie X._ und Y._ über den verwaltungsgerichtlichen Entscheid. Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein. Die Beschwerde führende Partei muss sich mit den für den angefochtenen Entscheid massgeblichen Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen.
Das Verwaltungsgericht bestätigt, dass den Beschwerdeführern die unentgeltliche Rechtspflege für das Rekursverfahren vor der Regionalen Schulaufsicht wegen Aussichtslosigkeit des Rekurses verweigert werden durfte. Es stellt darauf ab, dass es dort letztlich um eine Wiedererwägungsproblematik gehe, wobei die restriktiven Voraussetzungen für eine Neuüberprüfung der Angelegenheit (Schul- bzw. Klassenzuteilung von A._) jedoch nicht erfüllt seien. Ergänzend erwähnt es, dass es höchst fraglich sei, ob die Beschwerdeführer angesichts des derzeitigen Obhutsentzugs überhaupt noch legitimiert seien, sich rechtlich gegen die Schulhauszuweisung zu wehren. Zu diesen Erwägungen äussern sich die Beschwerdeführer nicht gezielt. Sie kritisieren grundsätzlich behördliches Vorgehen, wobei sich ihre Anträge und die Beschwerdebegründung wesentlich auf die Frage des (trotz E. 3.3 des angefochtenen Entscheids) nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildenden Obhutsentzugs beziehen.
Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (<ref-law>), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
Dem auch vor Bundesgericht gestellten Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann wegen Aussichtslosigkeit des bundesrechtlichen Rechtsmittels nicht entsprochen werden (<ref-law>). Damit sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführer nach Massgabe von Art. 66 Abs. 1 erster Satz und Abs. 5 BGG aufzuerlegen.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller