Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 1. November 2005 sprach die IV-Stelle Bern der 1952 geborenen M._ ab 1. November 2005 eine halbe Rente der Invalidenversicherung bei einem Invaliditätsgrad von 50 % zu. Am 3. Januar 2006 verfügte sie ab 1. Juli 2000 bis 31. Oktober 2005 einen Anspruch auf eine halbe Invalidenrente. Daran hielt die IV-Stelle auf erhobene Einsprachen hin fest (Entscheid vom 12. März 2007).
B. Die von M._ hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 20. November 2007 in dem Sinne teilweise gut, als es ab 1. Januar 2004 bis 31. Juli 2005 eine Dreiviertelsrente und ab 1. August 2005 bis 31. Dezember 2005 eine ganze Invalidenrente zusprach.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, die IV-Stelle sei zu verpflichten, ab 1. Juli 2000 bis 31. Juli 2005 und ab 1. Januar 2006 höhere Rentenleistungen auszurichten.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), den Umfang des Rentenanspruches (<ref-law> sowohl in der bis zum 31. Dezember 2003 als auch in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) und die Bemessung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) richtig wieder gegeben. Weiter lässt sich dem angefochtenen Entscheid korrekt entnehmen, nach welchen Grundsätzen das Validen- und Invalideneinkommen zu ermitteln ist (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224, 129 V 472 E. 4.2.1, 124 V 321 E. 3b/bb S. 323 f.). Darauf kann verwiesen werden.
3. Streitig und zu prüfen ist die Frage, ob die Vorinstanz zur Bestimmung des Invalideneinkommens die Tabelle TA7, Tätigkeit 23 (andere kaufmännisch-administrative Tätigkeiten), Anforderungsniveau 4, der Lohnstrukturerhebung des Bundes (LSE) heranziehen durfte oder ob die Tabelle TA1, Anforderungsniveau 4, Total Frauen, massgeblich ist.
4. 4.1 Als Rechtsfragen charakterisieren sich die gesetzlichen und rechtsprechungsgemässen Regeln über die Durchführung des Einkommensvergleichs (<ref-ruling> E. 3.4, 128 V 30 E. 1, 104 V 136 E. 2a und b), einschliesslich derjenigen über die Anwendung der LSE (<ref-ruling> f. E. 4.2.1, 126 V 77 E. 3b/bb, 124 V 322 f. E. 3b/aa). In dieser Sicht stellt sich die Feststellung der beiden hypothetischen Vergleichseinkommen als Tatfrage dar, soweit sie auf konkreter Beweiswürdigung beruht, hingegen als Rechtsfrage, soweit sich der Entscheid nach der allgemeinen Lebenserfahrung richtet. Letztes betrifft etwa die Frage, ob Tabellenlöhne anwendbar sind, welches die massgebliche Tabelle ist und ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Leidensabzug vorzunehmen sei. Demgegenüber beschlägt der Umgang mit den Zahlen in der massgeblichen LSE-Tabelle Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
4.2 Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdeführerin sei vom 15. Februar 1988 bis Ende Februar 2000 als Innendienstmitarbeiterin einer Versicherungsgesellschaft angestellt gewesen und sie habe allgemeine Büroarbeiten verrichtet. Eine zumutbare Verweistätigkeit habe sie bis anhin keine aufgenommen. Mit Blick auf das ärztlich attestierte Zumutbarkeitsprofil sowie den Umstand, dass die Versicherte während Jahren in der Versicherungsbranche gearbeitet habe, sei davon auszugehen, ihr stünden in erster Linie Tätigkeiten in diesem angestammten Tätigkeitsfeld offen, weshalb sich ihre Stellensuche als Invalide vermutungsweise auf diesen Bereich konzentrieren werde. Dies rechtfertige, das Invalideneinkommen auf der Basis der Tabelle TA7, Tätigkeit 23, Anforderungsniveau 4, zu ermitteln.
Die Beschwerdeführerin bestätigt die vom kantonalen Gericht festgestellten beruflichen Verhältnisse hinsichtlich Arbeitgeber, Dauer und Branche als richtig. Sie rügt indes, die Vorinstanz gehe im Rahmen einer auf einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung beruhenden Würdigung davon aus, es stünden ihr vor allem Tätigkeiten im angestammten Bereich offen, da sie mit überwiegender Wahrscheinlichkeit als Valide heute noch im Versicherungsgewerbe tätig wäre. Weiter trägt sie vor, von ihrem ehemaligen Arbeitgeber ausschliesslich für Archivierungsarbeiten eingesetzt worden zu sein und über keine breite und allgemeine Erfahrung im Bürobereich zu verfügen. Eine entsprechende Beschäftigung lasse sich auf dem Arbeitsmarkt nicht mehr finden.
4.2.1 Zwar ist im Rahmen der Ermittlung des Invalidenlohnes für die Auswahl der LSE-Tabelle von vornherein unmassgeblich, welcher Tätigkeit die Versicherte im Gesundheitsfall nachginge, beschlägt dies doch allein die Frage des Validenlohnes. Im angefochtenen Entscheid ist allerdings auch die nicht offensichtlich unrichtig festgestellte und daher das Bundesgericht bindende (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG) Zumutbarkeitseinschätzung von ausschlaggebendem Gewicht, wonach die Tätigkeit der Bürohilfe gleich wie jede andere körperlich leichte bis mittelschwere Beschäftigung im Umfang von 60 % zumutbar ist. Im Lichte dessen ist das mit der Tabelle TA7, Tätigkeit 23, gewählte kaufmännisch-administrative Berufsfeld den Leiden angepasst und die Tabelle entspricht den tatsächlichen Gegebenheiten.
4.2.2 Das vorinstanzliche Gericht stellte fest, die Beschwerdeführerin habe allgemeine Büroarbeiten verrichtet. Für die zu entscheidenden Belange reicht diese Feststellung aus, da die Einordnung der vormals ausgeübten Arbeit als eine Beschäftigung gemäss LSE-Tabelle TA7, Tätigkeit 23, Anforderungsniveau 4, aus rechtlicher Sicht auch dann nicht zu beanstanden ist, wenn die Darstellung der Versicherten zutreffen sollte, wonach sie ausschliesslich Archivierungsarbeiten ausgeführt habe. Denn das Anforderungsniveau 4 kennzeichnet sich durch einfache und repetitive Arbeiten, welche gerade keine breite Berufserfahrung bedingen (anders Anforderungsniveau 3). Mit der rechtskonformen Zuordnung der angestammten Arbeit unter die LSE-Tabelle TA7, Tätigkeit 23, ist die von der Beschwerdeführerin vertretene Sichtweise widerlegt, der ausgeglichene Arbeitsmarkt kenne die Beschäftigung der Bürohilfe - wie sie vor Eintritt der Gesundheitsbeeinträchtigung ausgeübt worden ist - nicht mehr. Sämtliche Tätigkeitsfelder, die im Rahmen der LSE-Tabellen statistisch ausgewertet werden, sind auf dem Arbeitsmarkt vorhanden, ansonsten Lohnerhebungen nicht möglich wären. Da die Verwendung der LSE-Tabellen die Bezugnahme zur ehemals innegehabten Arbeitsstelle obsolet macht, ist nicht von Belang, ob das Arbeitsverhältnis aus wirtschaftlichen Gründen aufgelöst worden ist und der Arbeitsplatz heute noch besteht. Die Umstände, welche zur Auflösung eines bestimmten Arbeitsverhältnisses geführt haben, lassen - entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin - ohnehin keinen Schluss auf die Existenz einer ganzen Berufssparte zu, so dass die Vorinstanz die Wahl der LSE-Tabelle vornehmen konnte, ohne Feststellungen zum Weiterbestand der früheren Arbeitsstelle oder zum Grund der Beendigung des Arbeitsvertrages treffen zu müssen. Ausserdem hat das kantonale Gericht das Valideneinkommen auf der Basis der angestammten Beschäftigung der Bürohilfe in der Versicherungsbranche ermittelt, was von der Beschwerdeführerin nicht bemängelt wird. In dieser Hinsicht gilt der Grundsatz, dass von demjenigen Lohn auszugehen ist, den die versicherte Person im Gesundheitsfall mit überwiegender Wahrscheinlichkeit verdienen würde (vgl. zur Publikation vorgesehenes Urteil 8C_255/2007 vom 12. Juni 2008 E. 4.1). Es wäre in sich widersprüchlich, für das Valideneinkommen eine einfache Bürotätigkeit zur Grundlage zu nehmen, sie indes bei der Festlegung des Invalidenlohnes als auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt nicht vorhanden auszuschliessen.
4.2.3 Das Bundesgericht hat im Urteil 9C_237/2007 vom 24. August 2007 (nicht veröffentliche E. 5 von BGE 134 V 545) festgehalten, auf den Wert "Total Privater Sektor" abzustellen rechtfertige sich namentlich dort, wo der versicherten Person die angestammte Tätigkeit nicht mehr zumutbar sei und sie darauf angewiesen ist, ein neues Betätigungsfeld zu suchen, wobei grundsätzlich der ganze Bereich des Arbeitsmarktes zur Verfügung stehe. Auch könne es sich nach den konkreten Umständen des Einzelfalls rechtfertigen, anstatt auf die Tabelle TA1 ("Privater Sektor") auf die Tabelle TA7 ("Privater Sektor und öffentlicher Sektor [Bund] zusammen") abzustellen, wenn dies eine genauere Festsetzung des Invalideneinkommens erlaube und dem Versicherten der entsprechende Sektor offen stehe und zumutbar sei (RKUV 2000 Nr. U 405 S. 399 [Urteil U 66/00 vom 19. September 2000 E. 3b]; vgl. auch Urteil 9C_87/2007 vom 25. Juli 2007 E. 3.4).
Nach Massgabe dieser Rechtsprechung durfte die Vorinstanz die Tabelle TA7 verwenden - welche nicht nach Wirtschaftszweigen, sondern nach Tätigkeiten gegliedert ist - ohne eine Verletzung von Bundesrecht zu begehen. Die in der genannten Tabelle ausgewiesene kaufmännisch-administrative Tätigkeit (Tätigkeit 23, Anforderungsniveau 4) ist zumutbar und das kantonale Gericht schloss korrekt, die Versicherte werde im Hinblick auf die zurückgelegte Berufskarriere vermutungsweise in diesem angestammten Betätigungsfeld einen Arbeitsplatz suchen. Die Wahl der LSE-Tabelle ist rechtlich nicht zu beanstanden.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin dringt mit der Rüge nicht durch, die Vorinstanz habe den Gehörsanspruch verletzt, indem sie im Gegensatz zur IV-Stelle nicht die LSE-Tabelle TA1, sondern die Tabelle TA7 beigezogen habe, ohne ihr Gelegenheit zu geben, sich vorgängig dazu zu äussern. Bei der Wahl der LSE-Tabelle handelt es sich um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Die Behörden wenden das Recht von Amtes wegen an (Art. 51 Abs. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern [VRPG], <ref-law>). Daher besteht im Allgemeinen kein Anspruch der Parteien, sich vorgängig zur rechtlichen Beurteilung der Sachlage zu äussern. Falls indes die Behörde einen Entscheid auf eine Norm oder eine rechtliche Begründung abstützen will, welche im Verfahren bis anhin nicht aufgeworfen worden ist und mit deren Anwendung die Parteien nicht rechnen mussten, so ist ihnen Gelegenheit zu geben, sich vorgängig dazu zu äussern (<ref-ruling> E. 1b S. 96).
Die Versicherte vertrat im vorinstanzlichen Verfahren in genereller Weise den Standpunkt, das Invalideneinkommen sei gestützt auf die LSE-Tabellen zu ermitteln. Unter diesen Umständen und mit Blick auf die Tatsache, dass bei der Wahl der massgeblichen Tabelle von vornherein ein gewisser Beurteilungsspielraum besteht (Urteil 9C_237/2007 vom 24. August 2007 a.a.O.), findet mit dem Beizug einer anderen als der Tabelle TA1 nicht eine Rechtsanwendung statt, mit welcher schlechthin nicht zu rechnen war. Das vorinstanzliche Gericht beging daher keine Gehörsverletzung, indem es der Beschwerdeführerin nicht Gelegenheit gab, sich vorgängig zum Entscheid zur gewählten Tabelle TA7 zu äussern.
5.2 Unbegründet ist schliesslich die Rüge der Beschwerdeführerin, das Vorgehen der Vorinstanz verletze mit dem Abstellen auf ein branchenspezifisches Lohnniveau die bundesrechtlichen Grundsätze über den Einbezug von den Streitgegenstand bestimmender, aber nicht beanstandeter Elemente in die verwaltungsgerichtliche Überprüfung. Da die Frage der anwendbaren Tabellen eine Rechtsfrage ist, kann das Gerichte diese Frage von Amtes wegen auch dann aufgreifen, wenn sie nicht von den Parteien thematisiert worden ist.
6. Nicht einzutreten ist auf das Begehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, soweit damit die Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren von Verfahrenskosten befreit worden sei. Das Erfordernis des besonderen Berührtseins, als Eintretensvoraussetzung, ist hiebei nicht erfüllt (<ref-law>).
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 4 lit. a, Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. August 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin