Sachverhalt:
A. Der gestützt auf <ref-law> bevormundete X._ (Beschwerdeführer) lebt in der Herberge Y._, wo er aufgrund einer Absprache zwischen seiner Vormündin und der Anstaltsleitung mit Klopin behandelt wird. Mit Schreiben vom 21. Oktober 2007 stellte er der Einzelrichterin betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung am Bezirksgericht Horgen den Antrag, es sei die Dosis des ihm verschriebenen und ihm gegen seinen Willen verabreichten Medikaments gerichtlich zu beurteilen. Die Einzelrichterin trat mit Verfügung vom 26. Oktober 2007 auf sein Begehren mangels Zuständigkeit nicht ein. Sie hielt insbesondere dafür, der Beschwerdeführer befinde sich weder im fürsorgerischen Freiheitsentzug, noch liege ein Beschluss der Vormundschaftsbehörde betreffend Zwangsmedikation vor, weshalb keine Zwangsmedikation im Sinn des Patientinnen- und Patientengesetzes vom 5. April 2004 (LS 813.13) vorgenommen werde.
B. Mit Beschluss vom 14. November 2007 wies das Obergericht des Kantons Zürich den vom Beschwerdeführer erhobenen Rekurs ab und bestätigte die angefochtene erstinstanzliche Verfügung, wobei auch diese Instanz die Anwendbarkeit des vorgenannten Gesetzes verneinte und den Beschwerdeführer überdies an die Vormündin und das Verfahren nach <ref-law> verwies.
C. Mit Eingabe vom 3. Dezember 2007 beantragt der Beschwerdeführer sinngemäss, die fürsorgerische Freiheitsentziehung aufzuheben und ihn aus der Anstalt zu entlassen. Ferner ersucht er um Aufhebung der Zwangsbehandlung mit Klopin. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.1 Angefochten ist ein Beschluss im Zusammenhang mit einer behaupteten Zwangsbehandlung. Der Beschwerdeführer rügt überdies sinngemäss eine Verletzung der Bestimmungen über die fürsorgerische Freiheitsentziehung (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen ist daher grundsätzlich gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG).
1.2 Der angefochtene Beschluss verneint die (sachliche) Zuständigkeit der Einzelrichterin betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung am Bezirksgericht Horgen und schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich damit um einen Endentscheid im Sinn von <ref-law> (5A_539/2007 vom 4. Januar 2008, E. 1; <ref-ruling> E. 1.1 S. 139). Überdies gilt er als letztinstanzlich im Sinn von <ref-law>. Auf die Beschwerde ist damit grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Das Obergericht hielt dafür, die Zulässigkeit der Zwangsbehandlung ergebe sich grundsätzlich aus § 24 Abs. 1 des Patientinnen- und Patientengesetzes (PatG). Demnach sei eine Zwangsbehandlung nur für Personen zulässig, die sich in fürsorgerischer Freiheitsentziehung oder im Straf- und Massnahmevollzug befänden oder sie komme für nicht urteilsfähige Personen in Betracht, bei welchen die Zustimmung der gesetzlichen Vertretung oder der vormundschaftlichen Organe nicht rechtzeitig eingeholt werden könne. Vorliegend ergebe sich weder aus den Akten noch aus den Ausführungen des Beschwerdeführers, dass sich dieser gegen seinen Willen in der Herberge befinde, weshalb die Bestimmungen des vorgenannten Gesetzes nicht zur Anwendung gelangten und die Einzelrichterin im summarischen Verfahren für die Behandlung der Zwangsmedikation insbesondere im Sinn von <ref-law> nicht zuständig sei. Aus den Akten ergebe sich, dass der Beschwerdeführer bevormundet sei und offenbar aufgrund einer Absprache zwischen der Heimleitung und der Vormündin die Medikamente einnehmen müsse, um im Heim bleiben zu können. Entscheidend dafür, dass der Beschwerdeführer Medikamente in einer Dosierung einzunehmen habe, die er ablehne, sei die Zustimmung der Vormündin. Er habe sich somit an diese zu wenden und könne gegen deren abschlägigen Entscheid an die Vormundschaftsbehörde gelangen.
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, ihm sei fürsorgerisch die Freiheit entzogen worden. Er lehnt sich nach wie vor gegen die Zwangsbehandlung auf und verlangt deren Absetzung.
3. Nach der unumstrittenen Auslegung des Obergerichts bildet die fürsorgerische Freiheitsentziehung Voraussetzung für die Zuständigkeit der Einzelrichterin betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung zur Beurteilung von Zwangsmassnahmen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Das Obergericht hat das Vorliegen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung ausdrücklich verneint. Soweit der Beschwerdeführer Gegenteiliges überhaupt rechtsgenüglich behauptet (<ref-law>), vermag er keine Bundesrechtsverletzung darzutun. Den Akten lässt sich entnehmen, dass er in Anwendung von Art. 397a Abs. 1 und 2 ZGB für die Dauer der sozialen und medizinischen Notwendigkeit in der Psychiatrischen Klinik B._ zurückbehalten und aufgrund des Beschlusses der Vormundschaftsbehörde C._ vom 2. Juni 2004 in das Wohnheim D._ überwiesen worden ist. Von dort gelangte er aufgrund einer Anordnung der Vormundschaftsbehörde in die Herberge Y._, wo er sich heute noch befindet. Den Akten lässt sich nicht entnehmen, dass die Unterbringung des Beschwerdeführers in der Herberge gegen dessen Willen und in Anwendung der Bestimmungen über die fürsorgerische Freiheitsentziehung (<ref-law>) vorgenommen worden wäre. Beruht die Unterbringung in der Herberge Y._ nicht auf einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung, verletzt die Verneinung der sachlichen Zuständigkeit der Einzelrichterin betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung zur Beurteilung der beanstandeten Behandlung ebenso wenig Bundesrecht. Will sich der Beschwerdeführer gegen eine Behandlung mit Klopin zur Wehr setzen, hat er sich - wie ihm dies das Obergericht bereits bedeutet hat - an seine Vormündin zu wenden. Weigert sich diese, auf ihre Absprache mit der Anstaltsleitung zurückzukommen, kann er sich dagegen bei der Vormundschaftsbehörde beschweren (<ref-law>) und gegebenenfalls gegen deren Entscheid an die Aufsichtsbehörde gelangen (<ref-law>).
4. Die Beschwerde ist damit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist von der Erhebung von Gerichtskosten abzusehen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden