Sachverhalt:
A. Der 1961 geborene A._ arbeitete als Koch im Restaurant X._ und war in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen National-Versicherungs-Gesellschaft (National) obligatorisch gegen Unfälle versichert. Am 26. Oktober 2002 drangen nachts um 2.45 Uhr zwei maskierte Unbekannte in die Wohnung oberhalb des Restaurants ein, welche der Versicherte mit seinem Bruder bewohnte. A._ erwachte und versuchte, die Eindringlinge durch Geräusche zu vertreiben, was ihm nicht gelang. Die vermummten Einbrecher schlugen ihn mit einem unbekannten, harten, länglichen Gegenstand auf den Kopf und bedrängten ihn. Schliesslich konnte der Bruder des Versicherten die Täter mit Gläsern und Aschenbechern als Wurfgeschosse aus der Wohnung vertreiben. Im Spital Y._ stellte man beim sofort eingelieferten Versicherten multiple Rissquetschwunden und Prellungen am Schädel und am linken Arm fest. Der Hausarzt Dr. med. H._ berichtete der National, welche Versicherungsleistungen ausrichtete, sein Patient habe ein schweres psychisches Trauma erlitten und müsse Antidepressiva einnehmen. Am 4. November 2002, eine Woche nach dem Vorfall, nahm A._ seine Arbeit als Koch wieder vollumfänglich auf.
Am 30. Juni 2003 berichtete Dr. med. H._ von andauernden Rücken- und Nackenschmerzen und nächtlichen Angstzuständen, welche immer noch medikamentös und mittels psychologischer Betreuung behandelt würden. Der wegen der starken Schmerzen konsultierte Dr. med. E._, Facharzt FMH für Neurologie, erhob am 20. Oktober 2003 in somatischer Hinsicht keine Befunde und stellte die Diagnose einer posttraumatischen Belastungsstörung. Diese wurde vom Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, Dr. med. R._ in seinem Bericht vom 25. Januar 2004 bestätigt. Ab 5. April 2004 wurde dem Versicherten eine volle Arbeitsunfähigkeit attestiert. Die National liess in der Folge die (ehemalige) Arbeitgeberin des A._ durch ihren Schadeninspektor ohne Anwesenheit des Betroffenen über den Gesundheitszustand und ihren persönlichen Eindruck in Bezug auf die Kausalität zwischen den Gesundheitsschäden des Versicherten und dem Ereignis vom 26. Oktober 2002 befragen. Auf Grund des Berichts vom 28. Mai 2004 teilte die Unfallversicherung A._ mit, seine psychischen Beschwerden und die daraus resultierende Arbeitsunfähigkeit seien nicht auf den Unfall, sondern auf Unstimmigkeiten am Arbeitsplatz zurückzuführen, weshalb sie ihre Leistungen wegen fehlender natürlicher Kausalität einstelle (Verfügung vom 2. September 2004). Im daraufhin folgenden Einspracheverfahren liess sie den Versicherten bei der Psychiatrie Z._ fachärztlich begutachten. In der Expertise vom 28. April 2005 stellten Dr. med. L._, Assistenzarzt, und med. pract. K._, leitender Arzt, die Diagnose einer posttraumatischen Belastungsstörung (ICD-10 F43.1) in mild- bis mässiggradiger Ausprägung mit protrahiertem Verlauf. Sie bejahten einen ursächlichen Zusammenhang zwischen dem Unfall und ihrem Befund. Im Einspracheentscheid vom 5. August 2005 zog die National einen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Gesundheitsschaden und dem Überfall vom 26. Oktober 2002 nach wie vor in Zweifel, lehnte ihre Leistungspflicht aber auch wegen eines fehlenden adäquaten Kausalzusammenhanges ab.
B. Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau am 7. Juni 2006 gut.
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die National, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid sei zu bestätigen.
A._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen und stellt das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurden das Eidgenössische Versicherungsgericht und das Bundesgericht in Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, S. 10 Rz. 75) und es wurde die Organisation und das Verfahren des obersten Gerichts umfassend neu geregelt. Dieses Gesetz ist auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann anwendbar, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Gerichtsentscheid am 7. Juni 2006 und somit vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Streitig und zu prüfen ist unter dem Blickwinkel der in <ref-law> angelegten Anspruchsvoraussetzung der Kausalität, ob der (allenfalls zu Arbeits-, Erwerbsunfähigkeit, Integritätseinbusse usw. führende) Gesundheitszustand des Beschwerdegegners nach dem 4. November 2002 (bezüglich der Taggeldleistungen begründenden Arbeitsfähigkeit) beziehungsweise 3. September 2004 (in Bezug auf Heilbehandlung) in einem rechtserheblichen Kausalzusammenhang zum versicherten Unfall vom 26. Oktober 2002 steht. Die Vorinstanz hat die dabei rechtsprechungsgemäss massgeblichen Grundsätze zutreffend dargelegt. Es betrifft dies namentlich - neben dem Erfordernis des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 1 S. 337, 117 V 359 E. 4a S. 360, je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.1 S. 181, 402 E. 4.3.1 S. 406) - die Adäquanzprüfung im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 5a S. 361, 115 V 133 E. 4a S. 135) sowie bei organischen (<ref-ruling> E. 5b/bb [mit Hinweisen] S. 103) und psychogenen Unfallfolgen im Besonderen (<ref-ruling> E. 6 S. 138 ff 103).
3. 3.1 Die Beschwerde führende Unfallversicherung bestreitet den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den diagnostizierten psychischen Beschwerden und dem versicherten Ereignis.
3.2 Auf Grund des Gutachtens der Psychiatrie Z._ vom 28. April 2005 ist der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Überfall und der Diagnose einer posttraumatischen Belastungsstörung und damit den psychischen Unfallfolgen ausgewiesen. Es findet sich in den Akten keine anderslautende ärztliche oder psychotherapeutische Meinungsäusserung. Die National beruft sich zur Verdeutlichung ihrer Sichtweise auf das Protokoll einer Besprechung ihres Schadeninspektors mit einer ehemaligen Arbeitgeberin des Beschwerdegegners. Als nicht medizinisch ausgebildete Laien sind ein Schadeninspektor und eine Wirtin indessen offensichtlich nicht in der Lage, eine Diagnose zu stellen und sich qualifiziert über den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen einem Ereignis und dem in der Folge eingetretenen Schaden zu äussern, weshalb die protokollierte persönliche Meinung keinen Zweifel an der gutachterlichen Darstellung des medizinischen Sachverhalts zu erwecken vermag. Der natürliche Kausalzusammenhang ist gegeben.
4. 4.1 Zu prüfen ist zudem die Adäquanz der psychischen Fehlentwicklung nach dem erlittenen Unfall.
4.1.1 Neben der allgemeinen Adäquanzformel (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis) hat das Eidgenössische Versicherungsgericht besondere Regeln für die Beurteilung der Adäquanz psychischer Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt. Danach setzt die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs grundsätzlich voraus, dass dem Unfallereignis für die Entstehung einer psychisch bedingten Erwerbsunfähigkeit eine massgebende Bedeutung zukommt. Dies trifft dann zu, wenn es objektiv eine gewisse Schwere aufweist oder mit anderen Worten ernsthaft ins Gewicht fällt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 183 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 7 S. 141). Für die Beurteilung dieser Frage ist gemäss <ref-ruling> E. 6 S. 138 an das Unfallereignis anzuknüpfen, wobei - ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf - eine Katalogisierung der Unfälle in leichte (banale), im mittleren Bereich liegende und schwere Unfälle vorzunehmen ist. Bei leichten Unfällen kann der adäquate Kausalzusammenhang zwischen Unfall und psychischen Gesundheitsstörungen in der Regel ohne weiteres verneint (<ref-ruling> E. 4.1 S. 183 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 6a S. 139), bei schweren Unfällen bejaht werden (<ref-ruling> E. 4.1 S. 183 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 6b S. 139). Bei Unfällen aus dem mittleren Bereich lässt sich die Frage nicht auf Grund des Unfalls allein beantworten. Weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte bzw. indirekte Folgen davon erscheinen, sind in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Als wichtigste Kriterien sind zu nennen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 184, 115 V 133 E. 6c/aa S. 140; zu den teilweise unterschiedlichen Kriterien vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103, 117 V 359 E. 6a S. 366, E. 4b S. 382):
- besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrück- lichkeit des Unfalls;
- die Schwere oder besondere Art der erlittenen (somatischen) Ver- letzungen, insbesondere ihre erfahrungsgemässe Eignung, psychi- sche Fehlentwicklungen auszulösen;
- ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung;
- (körperliche) Dauerschmerzen;
- ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich ver- schlimmert;
- schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
- Grad und Dauer der (physisch) bedingten Arbeitsunfähigkeit.
4.1.2 Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhanges allenfalls ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Andererseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes beziehungsweise ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden, Dies gilt umso mehr, je leichter der Unfall ist. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht werden kann ( <ref-ruling> E. 6 c/bb S. 140).
4.2 Gemäss Polizeibericht über das Ereignis vom 26. Oktober 2002 stiegen zwei vermummte Unbekannte nachts um ca. 2.45 Uhr über die Waschküche in das Gebäude Restaurant X._, in welchem der als Kellner tätige Versicherte mit seinem Bruder im ersten Obergeschoss wohnte. Der Beschwerdegegner hörte die Einbrecher und versuchte sie durch Betätigen der Wohnungstürfalle in die Flucht zu schlagen. Dies misslang und der Versicherte wurde in seiner Wohnung überfallen und mit einem unbekannten, harten, länglichen Gegenstand (gemäss Arztzeugnis: Eisenstangen) auf den Kopf und die schützenden Arme/Hände geschlagen. Schliesslich konnte sein Bruder helfend einschreiten und die Täter in die Flucht schlagen. Gemäss Bericht der Notfallstation des Spitals Y._ vom 13. Dezember 2004 wurde der Versicherte am 26. Oktober 2002 vom Rettungsdienst eingeliefert. Er wies eine 6 cm lange klaffende Rissquetschwunde frontal am Haaransatz und eine kleinere Rissquetschwunde rechts davon auf. Im Weiteren fanden sich im Occiputbereich (Hinterkopf) 3 Rissquetschwunden mit stark gequetschten Wundrändern von gesamthaft ca. 8 cm und Prellungen am linken Arm sowie am laterobasalen Rippenthorax. Die Röntgenkontrolle ergab keinen Hinweis auf ossäre Läsionen. Die Behandlung bestand im Nähen und Verbinden der Wunden. Der Hausarzt des Beschwerdegegners, Dr. med. H._ berichtete am 25. November 2002 von einem Behandlungsabschluss der physischen Gesundheitsschädigung auf Ende November und bemerkte gleichzeitig, sein Patient habe ein schweres psychisches Trauma erlitten, welches die Einnahme von Antidepressiva notwendig mache. Auch eine neurologische Beurteilung der anhaltenden Beschwerden durch Dr. med. E._ vom 23. September 2003 ergab keine abnormen Befunde. Der Arzt stellte die Diagnosen einer posttraumatischen Belastungsstörung und einer ausgeprägten Depression. Diese wurde in dem von der Unfallversicherung in Auftrag gegebenen Gutachten der Psychiatrie Z._ vom 28. April 2005 bestätigt.
4.3 Für die Klassifikation eines Unfalles als leicht, schwer oder mittelschwer ist in erster Linie auf den äusseren, augenfälligen Geschehensablauf abzustellen (Urteil U 2/07 vom 19. November 2007, E. 5.3.1 mit Hinweis). Vorliegend kann mit der Vorinstanz weder von einem leichten, noch von einem schweren Unfall, vielmehr muss von einem mittelschweren Ereignis gesprochen werden, wobei der "augenfällige Geschehensablauf" (<ref-ruling> E. 6 S. 139) bei einer objektivierten Betrachtungsweise eher für einen mittelschweren Unfall im Grenzbereich zu den schweren Unfällen spricht (vgl. auch Urteil J. vom 28. August 2001 [U 9/00] teilweise veröffentlicht in RKUV 2001 Nr. U 440 S. 350).
4.3.1 Der nächtliche tätliche Angriff durch maskierte Einbrecher in der eigenen Wohnung erfüllt zweifellos das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände und der besonderen Eindrücklichkeit. Das wird auch von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Es ist nachvollziehbar, dass der Versicherte das Ereignis (objektiv) als lebensbedrohlich empfand. Dies, weil der Überfall von vermummten Tätern ausgeführt wurde, was darauf schliessen lässt, dass sie von Beginn weg nicht ausschlossen, im Gebäude, in das sie eindrangen, auf Bewohner zu stossen. Sie liessen sich denn auch durch ein Bemerkbarmachen (Rütteln an der Türfalle, bevor sie geöffnet wurde, vgl. Polizeirapport S. 3) des Versicherten nicht zur Flucht bewegen, sondern suchten die Konfrontation. Sie waren mit langen harten Gegenständen (gemäss Arztzeugnis: Eisenstangen) bewaffnet und schlugen ihrem Opfer damit auf den Kopf. Sie legten eine Skrupellosigkeit an den Tag und nahmen gravierende Verletzungen in Kauf, was dem Versicherten bewusst war. Der Umstand, dass sich der nur mit einer Turnhose bekleidete und damit schutzlose Angegriffene der Übermacht von zwei Tätern gegenübersah, ist vergleichbar mit dem in RKUV 2001 a.a.O. geschilderten Sachverhalt; in jenem Fall wurde eine Frau von einem wesentlich jüngeren Mann in der eigenen Wohnung attackiert, das Eidgenössische Versicherungsgericht hat die besondere Eindrücklichkeit als in ausgeprägter Weise als erfüllt erachtet und die Adäquanz allein deswegen bejaht.
4.3.2 Ob als ein weiteres Element, das geeignet sein könnte, nachhaltige psychische Schwierigkeiten nach sich zu ziehen, der Umstand zu werten ist, dass der tätliche Überfall in der eigenen Wohnung, also an einem Ort stattfand, der eigentlich Sicherheit und Geborgenheit bieten soll, kann offenbleiben. Das gleiche gilt für die Tatsache, dass die durch die Schläge mit der Eisenstange hervorgerufenen körperlichen Verletzungen vorsätzlich herbeigeführt worden sind. Jedenfalls kann einer vorsätzlichen Körperverletzung durch eine Drittperson der Charakter einer besonderen Verletzung mit der erfahrungsgemässen Eignung, psychische Fehlentwicklungen auszulösen, nicht zum vornherein abgesprochen werden.
4.3.3 Da von den beiden angeführten Kriterien das erste in ausgeprägter Weise gegeben ist, ist der adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem Überfall vom Oktober 2002 und den psychischen Beeinträchtigungen des Beschwerdegegners zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung zu bejahen. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher abzuweisen und die National wird über die Art und die Höhe der geschuldeten Leistungen zu befinden haben.
4.4 Die Vorinstanz hat es unter Hinweis auf die doch nicht unerheblichen körperlichen Beeinträchtigungen, welche der Beschwerdegegner erlitten hat, (vgl. dazu Urteile B vom 14. April 2005, U 390/04 und R. vom 4. August 2005, U 2/05), verneint, den Vorfall vom 26. Oktober 2002 als Schreckereignis zu qualifizieren. Selbst wenn man dies in Betracht zöge, würde sich am Ausgang des Verfahrens nichts ändern. Diesfalls wäre die Adäquanz nach der allgemeinen Formel zu prüfen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 185). Beurteilt nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung war der Überfall, bei dem die Täter es nicht bei blossen Drohungen beliessen, sondern eine erhebliche Gewaltbereitschaft an den Tag legten, auch unter Berücksichtigung einer weiten Bandbreite von Versicherten geeignet, eine psychische Störung herbeizuführen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Mai 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer