Sachverhalt:
A.
Am 3. Juli 2012 reichte die X._ GmbH bei der Gemeinde Disentis/Mustér zwei Gesuche um Erstellung je eines Mehrfamilienhauses mit Einstellhalle auf den Parzellen 1046 und 1047 ein. Dagegen erhob u.a. Helvetia Nostra Einsprache. Die Gemeinde Disentis/Mustér bewilligte die Vorhaben am 30. und 31. August 2012 unter Bedingungen und Auflagen und wies gleichzeitig die Ein-sprachen ab.
Dagegen erhob die Helvetia Nostra am 1. Oktober 2012 in zwei getrennten Eingaben Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses vereinigte die Verfahren und trat mit Urteil vom 12. November 2012 auf die Beschwerden nicht ein.
B.
Gegen das verwaltungsgerichtliche Urteil gelangte die Helvetia Nostra mit Beschwerde vom 8. Januar 2013 ans Bundesgericht. Sie beantragte, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter seien die der X._ GmbH in Disentis/ Mustér erteilten Baubewilligungen aufzuheben.
C.
Mit Urteil 1C_16/2013 vom 4. September 2013 schrieb das Bundesgericht das Verfahren als gegenstandslos geworden ab. Es stellte fest, dass die am 30./31. August 2012 ergangenen kommunalen Baubewilligungs- und Einspracheentscheide sowie das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 12. November 2012 gegenstandslos geworden seien und wies die Sache zur Neuverlegung der Kostenfolgen an das Verwaltungsgericht zurück. Im Sachverhalt und in den Erwägungen des Urteils ging es davon aus, dass die X._ GmbH ihre Baugesuche zurückgezogen habe; durch diesen Rückzug sei die Beschwerde gegenstandslos geworden.
D.
Mit Eingabe vom 8. Oktober 2013 ersuchte die X._ GmbH (im Folgenden: die Gesuchstellerin) um Erläuterung und Berichtigung, eventualiter um Revision des bundesgerichtlichen Urteils.
Sie macht geltend, sie habe mit Eingabe vom 5. Juli 2013 lediglich die Legitimation der Helvetia Nostra und damit die Begründetheit der Beschwerde anerkannt, nicht aber das Baugesuch zurückgezogen. Vielmehr habe sie die Rückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht zwecks materieller Beurteilung beantragt.

Erwägungen:
1.
Das Dispositiv des Urteils vom 4. September 2013 ist weder unklar noch unvollständig oder zweideutig; das Dispositiv steht auch nicht im Widerspruch zu der Urteilsbegründung und enthält keine Redaktions- oder Rechenfehler. Insofern bedarf es weder der Erläuterung noch der Berichtigung i.S.v. <ref-law>. Das Gesuch ist daher - wie im Eventualantrag verlangt - als Revisionsgesuch entgegen zu nehmen.
2.
Das Urteil vom 4. September 2013 wurde der Gesuchstellerin am 4. Oktober 2013 zugestellt. Das Revisionsgesuch wurde somit fristgerecht gestellt (<ref-law>).
Das Bundesgericht ging in seinem Urteil von einem Rückzug der Baugesuche aus (wie in anderen, die Gesuchstellerin und die Gemeinde Disentis/Mustér betreffenden Fällen geschehen). Der gemeiname Antrag der Bauherrschaft und der Gemeinde vom 5. Juli 2013 auf Gutheissung der Beschwerde und Rückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht wurde entweder nicht gesehen oder nach dem tatsächlichen Wortlaut unrichtig wahrgenommen (vgl. ELISABETH ESCHER, in: Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl., N. 9 zu Art. 121). Dies war für den Ausgang des Verfahrens (Abschreibung als gegenstandslos) massgeblich. Damit wurde eine erhebliche, in den Akten liegende Tatsache aus Versehen nicht berücksichtigt, d.h. es liegt ein Revisionsgrund i.S.v. <ref-law> vor.
Das Revisionsgesuch ist daher gutzuheissen und das Urteil 1C_16/ 2013 vom 4. September 2013 aufzuheben. Dies hat zur Folge, dass über die Beschwerde der Helvetia Nostra im Verfahren 1C_16/2013 neu zu entscheiden ist (<ref-law>).
3.
Die Plafonierung des Zweitwohnungsbaus gemäss <ref-law> stellt eine Bundesaufgabe dar, die der Schonung der Natur und des heimatlichen Landschaftsbildes dient. Die nach Art. 12 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) beschwerdebefugten Organisationen im Bereich des Natur- und Heimatschutzes - zu denen auch die Helvetia Nostra gehört - können daher Baubewilligungen wegen Verletzung von <ref-law> und seiner Übergangs- und Ausführungsbestimmungen anfechten (<ref-ruling> E. 11 S. 276 ff.). Das Verwaltungsgericht Graubünden hat somit die Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin zu Unrecht verneint.
Das Verwaltungsgericht ging überdies davon aus, dass die neuen Verfassungsbestimmungen nicht anwendbar seien auf Baubewilligungen, die zwischen dem 11. März 2012 und dem 31. Dezember 2012 erstinstanzlich erteilt wurden (<ref-law> e contrario). Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> (E. 9-11 S. 249 ff.) entschieden, dass <ref-law> seit seinem Inkrafttreten am 11. März 2012 anwendbar ist. Zwar bedarf diese Bestimmung in weiten Teilen der Ausführung durch ein Bundesgesetz. Unmittelbar anwendbar ist sie jedoch insoweit, als sie (in Verbindung mit <ref-law>) ein Baubewilligungsverbot für Zweitwohnungen in allen Gemeinden anordnet, in denen der 20 %-Zweitwohnungsanteil bereits erreicht oder überschritten ist. Dies hat zur Folge, dass Baubewilligungen für Zweitwohnungen, die zwischen dem 11. März und dem 31. Dezember 2012 in den betroffenen Gemeinden erteilt wurden, auf Beschwerde aufzuheben sind.
4.
Die Beschwerde ist daher gutzuheissen. Fraglich ist, ob die Sache an das Verwaltungsgericht oder (unter Mitaufhebung des Einsprache- und Baubewilligungsentscheids) an die Gemeinde zurückzuweisen ist (<ref-law>).
Im vorliegenden Fall besteht die Besonderheit, dass noch eine Beschwerde vor dem Verwaltungsgericht gegen die streitigen Bauvorhaben hängig ist (Verfahren R 12 124). Es erscheint sinnvoll, dieses Verfahren mit dem Vorliegenden zu koordinieren. Dem Antrag beider Parteien auf Rückweisung an das Verwaltungsgericht ist daher zu entsprechen.
5.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt die Gesuchstellerin im Revisionsverfahren; für dieses Verfahren sind keine Kosten zu erheben und der Gesuchstellerin ist eine Entschädigung aus der Bundesgerichtskasse zuzusprechen.
Dagegen obsiegt im Beschwerdeverfahren die Helvetia Nostra. Dies hat zur Folge, dass die private Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig wird (Art 66 und 68 BGG). Zwar hat sie vor Bundesgericht die Beschwerde anerkannt; dies führt jedoch nicht zu einer Kostenfreistellung. Vielmehr hat sie durch die Einreichung der Baugesuche das Verfahren veranlasst; zudem beantragte sie vor Verwaltungsgericht das Nichteintreten auf die Beschwerden. Die Anerkennung der Beschwerde kann jedoch bei der Kostenbemessung berücksichtigt werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Das Revisionsgesuch wird gutgeheissen und das Urteil des Bundesgerichts vom 4. September 2013 im Verfahren 1C_16/2013 aufgehoben.
2.
Die Beschwerde im Verfahren 1C_16/2013 wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden, 5. Kammer, vom 12. November 2012 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
3.
Die Kosten des Beschwerdeverfahrens 1C_16/2013 von Fr. 1'000.-- werden der X._ GmbH auferlegt. Für das Revisionsverfahren werden keine Kosten erhoben.
4.
Die X._ GmbH hat die Helvetia Nostra für das bundesgerichtliche Verfahren 1C_16/2013 mit insgesamt Fr. 1'500.--zu entschädigen.
5.
Der X._ GmbH wird im Verfahren 1G_2/2013 eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse zugesprochen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Disentis/Mustér und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Oktober 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber