Faits:
A. A.a Le 24 octobre 1997, la société H._ a déposé plainte pour gestion déloyale, diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et gestion fautive. A l'appui de cette dénonciation, elle a exposé les indices suivants permettant de soupçonner l'existence d'un transfert illicite d'actifs entre les sociétés A._ SA et B._ SA:
- la transformation d'une société immobilière (C._ SA) en une nouvelle société indépendante, B._ SA, alors que X._ annonçait simultanément aux banques des mesures d'assainissement de A._ SA pour obtenir un moratoire;
- l'administration de B._ SA confiée à l'organe de révision de A._ SA, en particulier à Y._, qui était simultanément chargé de mener les discussions avec les créanciers de cette dernière;
- l'incapacité vraisemblable de B._ SA de payer à A._ SA une contre-prestation correcte pour la reprise de l'ensemble des activités de celle-ci;
- la prétendue découverte d'une perte de 426'089 fr. sur les travaux en cours;
- l'augmentation extraordinaire des frais d'administration de A._ SA.
A.b Après avoir procédé à de nombreuses mesures d'instruction et ordonné l'établissement d'expertises qui ont été remises respectivement les 16 septembre 1998 (expertise D._), 19 novembre 2001 et 19 février 2004 (expertise E._), le juge d'instruction, par ordonnance du 20 décembre 2004, a renvoyé X._ et Y._, devant le Tribunal pénal économique, pour diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers, éventuellement gestion déloyale ou gestion fautive, avantages accordés à certains créanciers, et également faux dans les titres pour ce qui concerne X._.
B. Le 11 octobre 2005, X._ a été dénoncé pour contrainte et délit manqué de contrainte. Il lui était reproché d'avoir menacé les organes de la société H._ du dépôt d'une plainte pénale pour diffamation si la dénonciation dudit établissement n'était pas retirée dans un délai de 10 jours, ainsi que d'avoir fait notifier à F._ et G._, des commandements de payer de respectivement 950'000 fr. et 95'000 fr.
Par ordonnance complémentaire du 3 avril 2006, le juge d'instruction a renvoyé X._ devant le Tribunal pénal économique, pour délit manqué de contrainte s'agissant de la notification des poursuites précitées. Par ordonnance complémentaire du 24 août 2006, il l'a encore une fois renvoyé devant la même autorité, pour délit manqué de contrainte, suite à la notification de nouvelles poursuites aux dénonciateurs.
C. Par jugement du 13 février 2007, le Tribunal pénal économique du canton de Fribourg a notamment reconnu X._ coupable de gestion fautive, de faux dans les titres et de délit manqué de contrainte, l'a acquitté des chefs de prévention de diminution effective de l'actif au préjudice des créanciers et de gestion déloyale et a pris acte de la prescription en tant qu'elle concerne l'infraction d'avantages accordés à certains créanciers. X._ a ainsi été condamné à une peine privative de liberté de 9 mois, avec sursis pendant deux ans.
Par arrêt du 4 juin 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a notamment rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours de X._.
D. Ce dernier a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire, une violation du principe d'accusation et des art. 22 et 181 CP, il a conclu, principalement, à son acquittement des chefs de prévention de gestion fautive, de faux dans les titres et de délit manqué de contrainte et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt entrepris. Il a également requis l'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. Le recourant invoque une violation du principe d'accusation découlant des art. 29 al. 2, 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 CEDH. Il soutient, d'une part, que l'instruction, l'accusation et finalement les faits retenus reposent entièrement sur des preuves illicites, soit les expertises qui ont été écartées du dossier par le Tribunal pénal économique. Il affirme, d'autre part, que le fait d'avoir poursuivi les débats sans l'avoir informé, au préalable, que les expertises étaient nulles ne lui avait pas permis d'assumer correctement sa défense.
1. Le recourant invoque une violation du principe d'accusation découlant des art. 29 al. 2, 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 CEDH. Il soutient, d'une part, que l'instruction, l'accusation et finalement les faits retenus reposent entièrement sur des preuves illicites, soit les expertises qui ont été écartées du dossier par le Tribunal pénal économique. Il affirme, d'autre part, que le fait d'avoir poursuivi les débats sans l'avoir informé, au préalable, que les expertises étaient nulles ne lui avait pas permis d'assumer correctement sa défense.
1.1 1.1.1 Le principe d'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. et peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique que le prévenu sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense. Il n'empêche pas l'autorité de jugement de s'écarter de l'état de fait ou de la qualification juridique retenus dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, à condition toutefois que les droits de la défense soient respectés (<ref-ruling> consid. 2a et c p. 21 ss).
Le principe est violé lorsque le juge se fonde sur un état de fait différent de celui qui figure dans l'acte d'accusation, sans que le prévenu ait eu la possibilité de s'exprimer au sujet de l'acte d'accusation complété ou modifié d'une manière suffisante et en temps utile (<ref-ruling> consid. 2c p. 22). Si l'accusé est condamné pour une autre infraction que celle visée dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, il faut examiner s'il pouvait, eu égard à l'ensemble des circonstances d'espèce, s'attendre à cette nouvelle qualification juridique des faits, auquel cas il n'y a pas violation de ses droits de défense (<ref-ruling> consid. 2d/bb p. 24).
1.1.2 En cas d'infraction grave, la jurisprudence admet exceptionnellement qu'une preuve recueillie sans respecter les règles légales puisse être utilisée, si cette preuve avait été accessible en respectant ces règles. En pareil cas, une pesée des intérêts doit être effectuée entre l'intérêt public à la découverte de la vérité et l'intérêt privé de la personne à laquelle cette preuve est opposée (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 278 s.).
La doctrine est partagée sur la question de savoir si l'interdiction d'utiliser une preuve s'étend aux autres preuves administrées en se fondant sur la preuve originale. Certains auteurs plaident pour une invalidité complète des preuves subséquentes, alors que d'autres considèrent que l'invalidité de la preuve originaire ne déploie pas d'effets sur les preuves subséquentes, sauf si elle en constitue un élément indispensable. La jurisprudence a retenu cette dernière solution, celle-ci tenant compte adéquatement des intérêts en jeu, soit d'une part du souci de ne pas priver l'interdiction légale de toute portée, sans toutefois rendre impossible la recherche de la vérité (<ref-ruling> consid. 4.5 p. 332 s.).
1.2 Après avoir écarté les expertises D._ et E._ SA, le Tribunal pénal économique a estimé que l'administration d'une nouvelle expertise ne lui était pas indispensable. Il a relevé qu'il était une autorité judiciaire composée de spécialistes à même de pouvoir répondre aux questions posées, dès lors qu'il disposait d'éléments de fait suffisants, parmi les documents valablement saisis, en particulier les bilans. Il a aussi constaté que les changements de raisons sociales des divers sociétés, ainsi que les motifs à la base de ces transferts ressortaient de l'instruction probatoire, notamment de l'interpellation des prévenus et des pièces séquestrées. De surcroît, l'état financier des diverses sociétés était documenté.
Selon la Cour d'appel, le recourant ne démontrait pas que les expertises contestées auraient été prises en compte par les premiers juges. Par ailleurs, les faits retenus par le Tribunal pénal économique ne ressortaient pas seulement des expertises, mais aussi des procès-verbaux d'audition des parties et des témoins, suite à la plainte détaillée déposée par la société H._, et des pièces produites ou séquestrées, notamment les bilans, les comptes de 1995 et 1996, les contrats, les factures et autres documents.
1.3 Dans son argumentation, le recourant soutient que les déclarations des prévenus et des témoins ont été faites en rapport avec les éléments contenus dans les expertises D._ et E._, que la plainte pénale n'est pas détaillée et que les pièces ont été séquestrées sur demande de l'un des experts. Ce faisant, il se borne à contester l'appréciation cantonale et à alléguer que les éléments retenus par les autorités découlent des expertises écartées. Il ne démontre toutefois pas, conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2 LTF, que ces derniers documents constitueraient la composante indispensable des autres éléments retenus, ni que l'appréciation des preuves et l'établissement des faits par les juges fribourgeois reposeraient, d'une quelconque manière, sur lesdites expertises. Le seul fait que certains procès-verbaux d'audition contiennent des références aux rapports des experts ne suffit aucunement à démontrer l'arbitraire dans l'appréciation précitée. La critique est insuffisamment motivée au regard des exigences légales et par conséquent irrecevable.
1.3.1 Pour le reste, le recourant ne conteste pas avoir pu se prononcer sur tous les éléments du dossier et plus particulièrement les pièces retenues à charge. Le fait que les expertises n'aient été écartées qu'à la fin de la procédure ne permet pas de conclure à une violation des droits de la défense.
2. Le recourant se plaint d'une violation du principe d'accusation en rapport avec l'infraction de faux dans les titres. Il soutient que l'ordonnance de renvoi ne précise pas quelles sont les personnes qui auraient été trompées par la prétendue fausse comptabilité ou qui auraient dû l'être.
Il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que ce grief eut été soulevé devant la Cour d'appel. Du moins cette dernière ne l'a-t-elle pas examiné, sans que le recourant ne s'en plaigne, ni ne prétende et, moins encore, ne démontre qu'il n'aurait pas pu l'invoquer en vertu du droit cantonal de procédure. Le moyen est donc nouveau et, partant irrecevable, faute d'épuisement des instances cantonales (cf. art. 80 al. 1 LTF).
3. Invoquant l'arbitraire dans l'appréciation des preuves, le recourant conteste que les banques aient été trompées par une comptabilité erronée qui leur aurait fait prendre des engagements lésant leurs intérêts.
3.1 L'infraction de faux dans les titres est intentionnelle, mais le dol éventuel suffit. Bien que l'art. 251 CP ne le dise qu'au sujet de l'usage de faux, la jurisprudence admet que l'élément subjectif de l'infraction requiert, dans tous les cas, l'intention de tromper autrui (<ref-ruling> consid. a). Cette disposition exige de surcroît un dessein spécial, soit celui de nuire ou celui d'obtenir un avantage illicite.
Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté, de même que la détermination de son dessein ou de ses mobiles, relèvent des constatations de faits, qui lient la Cour de droit pénal, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte. C'est en revanche une question de droit que de savoir si l'autorité inférieure s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention et si, sur la base des faits qu'elle a retenus, elle a correctement appliqué cette notion (cf <ref-ruling> consid. 4.1 p. 4).
3.2 Selon les constatations cantonales, le recourant a faussé la comptabilité de A._ SA, en ce sens qu'il a surévalué les travaux en cours de l'exercice 1995, respectivement n'a pas comptabilisé les amortissements nécessaires de 1991 à 1995. En agissant de la sorte, le recourant a voulu améliorer l'image de son entreprise et ne pas faire ressortir des pertes qui auraient commandé de prendre des mesures plus tôt. Certes, les banques créancières auraient pu, à la lecture des comptes, déceler les problèmes au niveau des amortissements. Toutefois, elles voulaient avant tout que leurs intérêts fussent payés et les obligations financières assumées et garanties. Par ailleurs, le recourant leur donnait toujours l'assurance que le carnet de commandes était bien garni. Les autorités fribourgeoises ont également relevé que, de toute façon, l'intention de tromper autrui était déjà réalisée par le fait que la surévaluation des travaux en cours n'était pas décelable et que les autres créanciers potentiels et la clientèle de la société pouvaient aussi être abusés, ce que l'intéressé acceptait par l'établissement d'une comptabilité qui ne reflétait pas l'état financier réel de la société. Enfin, le fait de maintenir l'entreprise en vie, au lieu de déposer le bilan et prendre des mesures d'assainissement, constituait aussi un avantage illicite et le recourant avait de plus un intérêt personnel dans la continuation de l'exploitation de la société, dès lors qu'il était caution ou codébiteur solidaire des crédits et que les comptes clôturés sans perte avaient permis le maintien des crédits bancaires.
Dans son argumentation, le recourant conteste simplement que les banques aient été réellement trompées. Ce faisant, il ne s'en prend pas à l'appréciation précitée et ne nie pas qu'en améliorant sa comptabilité, il acceptait également d'abuser ses créanciers potentiels et la clientèle de son entreprise. Sa critique relative à l'aspect subjectif de l'infraction de faux dans les titres est par conséquent insuffisamment motivée au regard de l'art. 106 al. 2 LTF et donc irrecevable. Par ailleurs, au vu des éléments exposés ci-dessus, les autorités cantonales n'ont pas violé le droit fédéral en retenant que l'aspect subjectif de l'infraction litigieuse était réalisé.
4. Invoquant une violation des art. 22 et 181 CP, le recourant conteste sa condamnation pour délit manqué de contrainte. Il reproche aux autorités de ne pas avoir exposé l'acte qu'il aurait obligé ses victimes à faire, à ne pas faire ou à laisser faire.
4.1 Selon l'art. 181 CP, celui qui, en usant de violence envers une personne ou en la menaçant d'un dommage sérieux, ou en l'entravant de quelque autre manière dans sa liberté d'action, l'aura obligée à faire, à ne pas faire ou à laisser faire un acte sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Cette infraction suppose notamment que l'auteur utilise un moyen de contrainte, que celui-ci soit illicite et qu'il amène le destinataire à adopter un comportement qu'il n'aurait pas eu s'il avait eu toute sa liberté de décision, soit à faire, à ne pas faire ou à laisser faire un acte (<ref-ruling> consid 2a p. 19). La contrainte est une infraction de résultat qui n'est consommée que si la personne visée a commencé à adopter le comportement imposé par le moyen de pression. Si malgré la menace d'un dommage sérieux, la personne visée ne cède pas et n'adopte pas le comportement souhaité par l'auteur, il y a délit manqué de contrainte (<ref-ruling> consid. 2b p. 129).
Pour qu'il y ait tentative de contrainte, il faut que l'auteur ait agi avec conscience et volonté, soit au moins qu'il ait accepté l'éventualité que le procédé illicite employé entrave le destinataire dans sa liberté de décision (<ref-ruling> consid. 2c p. 22).
4.2 Selon les constatations cantonales, le recourant a fait notifier les 14 juillet et 5 août 2005 des commandements de payer à F._ et G._, pour un montant de 950'000 fr., respectivement de 95'000 fr., soit des sommes importantes. Il a répété l'opération les 22 juin et 20 juillet 2006. Or, conformément aux faits retenus, il ne détenait, ni ne détient quelques créances à l'encontre de l'un ou de l'autre des plaignants et a donc engagé les poursuites sans fondement. Il a ainsi accepté de faire supporter, sans raison sérieuse, à ces derniers le poids d'une poursuite. Le recourant ne les a du reste jamais actionnés, ni pour requérir la mainlevée de l'opposition, ni pour demander la reconnaissance judiciaire de sa créance. Les poursuites ont en revanche obligé les plaignants à soutenir une action en justice et à supporter les frais y relatifs, sans compter qu'ils ont dû faire face à une atteinte à leur crédit économique. Le caractère illicite du procédé, consistant à vouloir le paiement d'une somme d'argent sans que celle-ci n'ait un fondement sérieux ne pouvait échapper au recourant, celui-ci étant d'ailleurs à l'époque assisté d'un avocat.
Au regard de cette motivation, les autorités cantonales ont clairement exposé les comportements induis par le moyen de contrainte utilisé, à savoir que les plaignants ont notamment dû supporter le poids de poursuites, soutenir une action en justice et supporter les frais y relatifs. Le grief est donc vain. Pour le reste, sur la base des éléments retenus, les juges fribourgeois n'ont pas violé le droit fédéral en admettant que les conditions du délit manqué de contrainte étaient réalisées. Cela étant, il n'y plus lieu d'examiner le grief relatif aux prétentions civiles des plaignants.
5. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, devra supporter les frais (art. 66 al. 1 LTF).
Vue l'issue de la procédure, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 18 février 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani