Sachverhalt:
A. Die Mitarbeiter der Walliser Spitäler waren bis 1984 bei der im Jahre 1966 gegründeten Pensionskasse des Schweizerischen Gemeindeverbands, ab 13. Januar 1988 Stiftung "Comunitas Pensionskasse des Schweizerischen Gemeindeverbandes", heute "Comunitas Vorsorgestiftung", (im Folgenden: Comunitas) berufsvorsorgeversichert. Am 22. Oktober 1984 vereinbarten die Comunitas und die Spitäler, dass die ab 1. Januar 1985 neu angestellten Mitarbeiter bei der Stiftung Pregehval (jetzt: Presv) versichert werden. Die vorher angestellten Mitarbeiter blieben bei der Comunitas versichert. Mit Dekret über das Gesundheitsnetz Wallis vom 4. September 2003 wurde das Gesundheitsnetz Wallis (im Folgenden: GNW) als öffentlich-rechtliche Persönlichkeit geschaffen, welche die einzelnen Spitäler zu einer Einheit zusammenschloss. Nachdem die Comunitas auf 1. Januar 2004 eine Prämienanpassung angekündigt hatte, prüfte das GNW, alle seine Mitarbeiter bei der Presv zu versichern. Nach einiger Korrespondenz zwischen dem GNW und der Comunitas kündigte diese am 28. Juni 2004 die bestehenden Anschlussverträge per 31. Dezember 2004.
B. Nachdem über die Modalitäten der Auflösung keine Einigung zustande gekommen war, erhob die Comunitas am 3. Mai 2006 beim Kantonsgericht des Kantons Wallis Klage gegen das GNW mit dem Antrag, die Beklagte sei zu verurteilen, der Klägerin Fr. ... zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Februar 2005 zu bezahlen. Mit Urteil vom 5. November 2008 erkannte das Kantonsgericht:
"Das Gesundheitsnetz Wallis bezahlt der Comunitas als Einmalbeitrag zur Finanzierung des künftigen Teuerungsausgleichs von 2,22 % im Jahresdurchschnitt auf den laufenden Renten den hierfür nach den versicherungstechnischen Grundlagen der Comunitas benötigten Betrag, zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 1. Februar 2005; im Mehrbetrag wird die Klage abgewiesen."
Das GNW wurde zudem zur Bezahlung der Gerichtskosten und einer Parteientschädigung an die Comunitas verpflichtet.
C. Das GNW erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Klage abzuweisen; eventualiter sei die Sache zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Comunitas stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat keine Stellungnahme eingereicht.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid erging in deutscher Sprache. Das Verfahren wird daher in dieser Sprache geführt und das Urteil in der Sprache des angefochtenen Entscheides ausgefertigt, auch wenn die Beschwerde zulässigerweise (<ref-law>) französisch verfasst ist (<ref-law>).
2. 2.1 Das Verfahren betrifft eine Streitigkeit zwischen einer Vorsorgeeinrichtung und einer Arbeitgeberin über eine Frage der beruflichen Vorsorge. Diese Streitigkeit unterliegt der Gerichtsbarkeit des nach Art. 73 BVG zuständigen Gerichts und letztinstanzlich der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht (<ref-law>).
2.2 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen End- und Teilentscheide (Art. 90 und 91 BGG), gegen Vor- und Zwischenentscheide jedoch nur unter den Voraussetzungen der Art. 92 oder 93 BGG. Die Beschwerdegegnerin hat vor der Vorinstanz ein beziffertes Klagebegehren eingereicht. Die Vorinstanz hat die Klage im Grundsatz gutgeheissen, aber erwogen, sie sei bei der derzeitigen Aktenlage ausserstande, den entsprechenden Betrag zu beziffern. Erwachse das Urteil in Rechtskraft, so sei der Betrag in einem zweiten Schritt, vorbehältlich einer gütlichen Einigung der Parteien, mittels Gerichtsexpertise zu ermitteln. Die Vorinstanz hat damit einen Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von Art. 92/93 BGG gefällt. Die zur Quantifizierung erforderliche Expertise wäre nach der glaubhaften Darstellung des Beschwerdeführers teuer und zeitlich aufwändig. Die Beschwerde ist daher nach <ref-law> zulässig.
3. Es ist nicht umstritten, dass auf Ende 2004 die aktiven Versicherten des Beschwerdeführers aus der Beschwerdegegnerin ausgetreten, die Rentner aber darin verblieben sind. Streitgegenstand ist, ob und allenfalls in welcher Höhe der Beschwerdeführer (Arbeitgeber) verpflichtet ist, der Beschwerdegegnerin (Vorsorgeeinrichtung) die Kosten für künftige Teuerungszulagen auf den Renten zu vergüten.
3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, gemäss Art. 9 Abs. 4 der Anschlussvereinbarungen sei der austretende Arbeitgeber verpflichtet, der Vorsorgeeinrichtung den Barwert der künftigen Teuerungszulagen zu vergüten; dieser ergebe sich aus der Differenz zwischen dem Rentenbarwert zum technischen Zins und dem Rentenbarwert zum Zins Null. Diese anschlussvertragliche Beitragspflicht bleibe aufgrund von Art. 53e Abs. 6 BVG mit Bezug auf die verbleibenden Rentenbezüger weiter bestehen. Das Reglement der Beschwerdegegnerin sehe in Übereinstimmung mit Art. 36 Abs. 2 und 3 BVG den Teuerungsausgleich auf den laufenden Renten im Rahmen der finanziellen Möglichkeiten vor. Die anschlussvertragliche Regelung sei gesetzmässig. Die Comunitas dürfe daher von der Arbeitgeberin diejenige Summe verlangen, die sie zur Finanzierung der künftigen Teuerungsausgleiche mit überwiegender Wahrscheinlichkeit benötige. In den vergangenen 22 Jahren habe die Comunitas die Teuerung mit durchschnittlich 2,22 % pro Jahr ausgeglichen; von einer gleich hohen Teuerungsanpassung könne auch für die Zukunft ausgegangen werden. Die Arbeitgeberin schulde daher der Comunitas per Ende 2004 den für die Finanzierung des künftigen Teuerungsausgleichs auf den laufenden Renten von 2,22 % im Jahresdurchschnitt nach den versicherungstechnischen Grundlagen der Comunitas benötigten Betrag.
3.2 Der Beschwerdeführer beanstandet in sachverhaltlicher Hinsicht, die Beschwerdegegnerin habe in der Vergangenheit nicht jährlich die Renten der Teuerung angepasst. In rechtlicher Hinsicht bringt er vor, Art. 9 Abs. 4 der Anschlussvereinbarungen sei gar nicht anwendbar, da die Rentner gemäss Art. 53e Abs. 6 BVG in der bisherigen Vorsorgeeinrichtung verbleiben und insoweit kein Austritt vorliege. Die anschlussvertragliche Regelung verstosse gegen Art. 53e BVG und sei gemäss <ref-law> nichtig. Zudem bestehe kein unbedingter Anspruch auf zukünftige Teuerungsanpassungen der Renten; der Teuerungsausgleich hänge vielmehr vom jährlich zu treffenden Beschluss der Stiftungsorgane ab. Es könne daher nicht ein Beitrag des Arbeitgebers verlangt werden für die Finanzierung eines Teuerungsausgleichs, dessen Auszahlung ungewiss sei. Der angefochtene Entscheid verletze auch Art. 66 Abs. 1 BVG, indem er den Arbeitgeber zu Beiträgen verpflichte, die nicht reglementarisch vorgesehen seien. Zudem sei die Annahme, es würden in Zukunft jährliche Teuerungsanpassungen von 2,22 % ausgerichtet, willkürlich und in Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>, Art. 6 EMRK) und des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 73 Abs. 2 BVG) zustande gekommen. Schliesslich sei Art. 9 Abs. 4 der Anschlussvereinbarungen rechtswidrig wegen Verstosses gegen die Ungewöhnlichkeitsregel (<ref-law>, <ref-law>) und gegen die Planmässigkeit der beruflichen Vorsorge (Art. 1 Abs. 3 BVG), weil damit Beiträge erbracht würden für Leistungen, deren Erbringung nicht zugesichert sei. Schliesslich wird eine Verletzung von <ref-law>, <ref-law> sowie <ref-law> gerügt.
3.3 Die Beschwerdegegnerin ist der Ansicht, die vorinstanzliche Annahme einer in der Vergangenheit erfolgten und in Zukunft zu erwartenden Teuerungsanpassung von durchschnittlich jährlich 2,22 % sei eine für das Bundesgericht verbindliche Sachverhaltsfeststellung. Wenn die Anschlussverträge in Kraft blieben, so stehe auch deren Art. 9 Abs. 4 weiterhin in Kraft. Diese Bestimmung sei zulässig, weil sie eine Frage beantworte, welche in Art. 53e BVG nicht geregelt sei. Für die Vorsorgeeinrichtung bestehe im Rahmen der finanziellen Möglichkeiten eine Pflicht zum Ausgleich der Teuerung. Sie müsse dafür aufgrund der Anschlussvereinbarungen und des Äquivalenzprinzips einen entsprechenden Beitrag erhalten.
4. 4.1 Bis zur 1. BVG-Revision war die Auflösung von Anschlussverträgen im BVG nicht ausdrücklich geregelt; namentlich fehlte es an einer Regelung darüber, was bei einer Auflösung des Anschlussvertrags für die Rentenbezüger gilt. Nach der Rechtsprechung wurde verlangt, dass das kasseninterne Recht eine entsprechende Regelung enthält. Fehlte es an einer solchen Regelung, so hatten die Rentenbezüger Anspruch darauf, dass die bisherige Vorsorgeeinrichtung weiterhin die gesetzlichen und reglementarischen Leistungen erbringt (<ref-ruling> E. 5b S. 383 f.). Mit dem am 1. April 2004 in Kraft getretenen (AS 2004 1700) und intertemporalrechtlich hier anwendbaren Art. 53e BVG, der auch für die weiter gehende Vorsorge gilt (Art. 49 Abs. 2 Ziff. 12 BVG), besteht nun eine ausdrückliche gesetzliche Regelung für diesen Fall.
4.2 Nach Wortlaut und Systematik von Art. 53e BVG besteht in Bezug auf das Schicksal der Rentenbezüger bei Vertragsauflösung eine differenzierte Regelung je nach dem, wer den Anschlussvertrag kündigt (Jürg Brechbühl, Umsetzungsprobleme im Einzelfall, in: Schaffhauser/Schlauri (Hrsg.), Die 1. BVG-Revision, St. Gallen 2005, S. 43 ff., 50 f.; Stauffer, Berufliche Vorsorge, S. 480 ff., Rz. 1282 ff.): Löst der Arbeitgeber den Anschlussvertrag auf, so gilt in erster Linie die Regelung, welche der Anschlussvertrag für diesen Fall vorsieht. In zweiter Linie haben sich die bisherige und die neue Vorsorgeeinrichtung über den Verbleib der Rentenbezüger bei der bisherigen oder den Wechsel zur neuen Vorsorgeeinrichtung zu einigen. Kommt auch eine solche Einigung nicht zustande, so verbleiben in dritter Linie die Rentner bei der bisherigen Vorsorgeeinrichtung (Abs. 4). Löst hingegen die Vorsorgeeinrichtung den Anschlussvertrag mit dem Arbeitgeber auf, so haben sich in erster Linie die bisherige und die neue Vorsorgeeinrichtung zu einigen. Kommt keine Vereinbarung zustande, so verbleiben in zweiter Linie die Rentenbezüger bei der bisherigen Vorsorgeeinrichtung (Abs. 5). In beiden Fällen gilt: Verbleiben die Rentenbezüger bei der bisherigen Vorsorgeeinrichtung, so bleibt der Anschlussvertrag mit Bezug auf die Rentenbezüger weiter bestehen (Abs. 6 Satz 1). Anders als im Falle der Kündigung durch den Arbeitgeber (Abs. 4) kann also die Vorsorgeeinrichtung, wenn sie selber kündigt (Abs. 5), nicht die Anwendbarkeit derjenigen Regelung herbeiführen, welche der Anschlussvertrag für diesen Fall enthält; es gibt nur zwei Möglichkeiten, nämlich entweder die Einigung der beiden Vorsorgeeinrichtungen oder der Verbleib bei der bisherigen Vorsorgeeinrichtung. Aufgrund dieser Systematik kann sich die Bestimmung in Abs. 6 Satz 1, wonach der Anschlussvertrag mit der bisherigen Vorsorgeeinrichtung in Bezug auf die Rentenbezüger weiter bestehen bleibt, nur auf diejenigen Bestimmungen des Anschlussvertrags beziehen, welche die gegenseitigen Rechte und Pflichten während der Geltungsdauer dieses Vertrags regeln, aber nicht auf diejenigen Bestimmungen, welche die Rechtsfolgen einer Auflösung des Vertrags regeln; diese Bestimmungen sind nur (gemäss Abs. 4) im Fall einer Kündigung durch den Arbeitgeber anwendbar.
4.3 Dieser sich aus Wortlaut und Systematik ergebende Sinn wird auch durch die Entstehungsgeschichte bestätigt:
4.3.1 Der heutige Art. 53e BVG war im Entwurf des Bundesrates für die 1. BVG-Revision (BBl 2000 2713) noch nicht enthalten. In der nationalrätlichen Subkommission wurde in Bezug auf die Auflösung von Anschlussverträgen Handlungsbedarf festgestellt. Zunächst wurde ein Vorschlag ausgearbeitet, wonach im Falle einer Auflösung von Kollektivversicherungsverträgen zwischen Versicherungseinrichtungen und Vorsorgeeinrichtungen ein Anspruch auf Deckungskapital besteht (entsprechend den heutigen Abs. 1-3 von Art. 53e BVG). In diesem Zusammenhang wurde festgestellt, dass Anschlussverträge oft vorsehen, dass bei Vertragsauflösung auch die Rentenbezüger die Vorsorgeeinrichtung wechseln müssen, was aber zu Problemen führe, da die neue Vorsorgeeinrichtung in der Regel ein höheres als das vorhandene Deckungskapital verlange (Protokoll der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrats [SGK-N], Subkommission BVG, vom 3. September 2001, S. 28-30). Zur Lösung dieses Problems standen zwei Varianten zur Diskussion: Nach der einen, ursprünglich vom BSV vorgeschlagenen, sollte, wenn die Rentner in der bisherigen Vorsorgeeinrichtung verbleiben und somit Aktive und Rentner getrennt werden, die Vorsorgeeinrichtung für die Absicherung der finanziellen Belastungen verantwortlich sein, was allerdings vorfinanziert werden müsste. Nach der anderen sollte der Anschlussvertrag in Bezug auf die Rentner weiterlaufen und die Kosten dann finanziert werden, wenn sie anfallen. Dazu wurde die Formulierung vorgeschlagen: "Verbleiben die Rentner bei der bisherigen Vorsorgeeinrichtung, so bleibt der Anschlussvertrag mit Bezug auf die Rentner weiterhin bestehen" (entspricht heute Abs. 6 Satz 1). So müsse der Arbeitgeber den Anschlussvertrag weiterhin einhalten und könne die Rentner nicht einfach "abhängen" (Protokoll SGK-N, Subkommission BVG, vom 1. Oktober 2001, S. 13 ff., 44 ff.). Die Kommission einigte sich auf die zweite Lösung; auch der Vertreter des BSV schloss sich dem an und führte dazu aus, damit sei nur eine Teilauflösung des Anschlussvertrags möglich. In Bezug auf Rentner müsse der bisherige Anschlussvertrag weiterlaufen. Das bisherige Vorsorgewerk sowie der Arbeitgeber behielten ihre Verpflichtungen gegenüber den Rentnern im gleichen Ausmasse, wie wenn die Aktiven bei der bisherigen Vorsorgeeinrichtung bleiben würden (a.a.O., S. 52). Somit beschloss die Subkommission, in Art. 53c des Entwurfs (entspricht dem heutigen Art. 53d) einen neuen Abs. 3bis einzufügen, welcher dem heutigen Art. 53e Abs. 4 Satz 1, ohne den letzten Relativsatz, sowie Abs. 6 BVG entsprach. Ferner wurde ein neuer Art. 53d vorgeschlagen, welcher etwa den heutigen Abs. 1-3 und 8 von Art. 53e BVG entsprach. Die Gesamtkommission folgte diskussionslos dem Vorschlag der Subkommission (Protokoll SGK-N vom 30.Januar/1. Februar 2002, S. 59), der auch im Nationalrat ohne Diskussion angenommen wurde (Amtl. Bull N 2002 553 f.).
4.3.2 Der Ständerat übernahm diese Fassung, fügte allerdings den Abs. 3bis von Art. 53c des Entwurfs ebenfalls in den neuen Art. 53d (heute Art. 53e BVG) ein (Amtl. Bull. S 2002 1050).
4.3.3 In der Differenzbereinigung wurde die Bestimmung von der nationalrätlichen Subkommission unter Beizug von Experten nochmals überprüft. Dabei wurde auch der vorher nicht geregelte Fall diskutiert, dass die Vorsorgeeinrichtung den Anschlussvertrag kündigt. Dafür schlug ein Experte die Lösung vor, die dem heutigen Abs. 5 von Art. 53e BVG entspricht. Im Unterschied zum Fall der Kündigung durch den Arbeitgeber (Abs. 4) wurde hier kein Vorbehalt der anschlussvertraglichen Regelung aufgenommen. Damit sollten ausdrücklich anderslautende vertragliche Regelungen ausgeschlossen werden; die zwingende Regelung des BVG (Verbleib bei der bisherigen Vorsorgeeinrichtung) sollte vorgehen, wenn sich die Vorsorgeeinrichtungen nicht einigen können; damit sollte vermieden werden, dass die Rentenbezüger die Leidtragenden sind, wenn die Vorsorgeeinrichtung den Vertrag kündigt, weil z.B. der Arbeitgeber die Beiträge nicht mehr bezahlt. Für diesen Fall (Zahlungsunfähigkeit des Arbeitgebers) wurde dann eine Gesetzesdelegation an den Bundesrat vorgesehen (heutiger Abs. 7 von Art. 53e BVG; Protokoll SGK-N, Subkommission BVG, vom 6. März 2003, S. 18 ff.). In dieser Form wurde der Vorschlag vom Nationalrat (Amtl. Bull. N 2003 629) und in der Folge auch vom Ständerat (Amtl. Bull. S 2003 452) angenommen.
4.3.4 Damit bestätigt sich auch aus der Entstehungsgeschichte: Im Falle der Kündigung durch die Vorsorgeeinrichtung sollen mangels Einigung zwischen den Vorsorgeeinrichtungen die Rentner unter Weitergeltung des Anschlussvertrags in der bisherigen Vorsorgeeinrichtung verbleiben; der Arbeitgeber (und die bisherige Vorsorgeeinrichtung) soll im Verhältnis zu den Rentenbezügern weiterhin diejenigen Pflichten haben, welche er hätte, wenn der Anschlussvertrag nicht gekündigt worden wäre.
5. 5.1 Vorliegend ist unbestritten, dass die bestehenden Anschlussvereinbarungen von der Vorsorgeeinrichtung gekündigt wurden und keine Einigung zwischen der bisherigen und der neuen Vorsorgeeinrichtung über die Übernahme der Rentner vorliegt. Damit besteht nach der dargelegten gesetzlichen Regelung der Anschlussvertrag mit Bezug auf die Rentenbezüger weiter (Art. 53e Abs. 5 und 6 BVG).
5.2 Die Beschwerdegegnerin gründet ihren Anspruch auf Art. 9 Ziff. 4 der bisherigen Anschlussverträge bzw. auf Art. 11 Abs. 2 ihrer Reglemente. Art. 9 der Anschlussvereinbarungen trägt den Titel "Auflösung der Anschlussvereinbarung". Nach Abs. 1 kann der Anschlussvertrag vom Arbeitgeber oder von der Vorsorgeeinrichtung gekündigt werden. Die Kündigung des Anschlusses zieht den Austritt sämtlicher bei der Comunitas versicherten Personen nach sich (Abs. 2). Die gesamte Austrittsleistung entspricht dem Total der für alle versicherten Personen individuell berechneten Guthaben (Abs. 3). Abs. 4 lautet sodann (gleichlautend mit Art. 11 der Reglemente):
"Alle bereits ausgelösten Leistungen der rentenberechtigten Personen werden an die neue Vorsorgeeinrichtung übertragen. Ist dies nicht möglich, verpflichtet sich der austretende Arbeitgeber, der COMUNITAS den Barwert der künftigen Teuerungszulagen zu vergüten. Dieser Barwert ergibt sich aus der Differenz zwischen dem Rentenbarwert zum technischen Zins und dem Rentenbarwert zum Zins Null."
Art. 9 des Anschlussvertrags regelt somit nach seinem Wortlaut und Sinn die Rechtsfolgen einer Vertragskündigung. Er sieht in diesem Fall grundsätzlich den Austritt der Versicherten und die Übertragung des Austritts- bzw. Deckungskapitals vor. Wenn dies bezüglich der Rentenbezüger nicht möglich ist, bleiben diese zwar in der Vorsorgeeinrichtung, aber der Vertragsinhalt wird geändert: Anstatt wie bisher die laufenden vertraglichen Pflichten zu erfüllen, muss der Arbeitgeber im Sinne einer einmaligen und endgültigen finanziellen Auseinandersetzung der Vorsorgeeinrichtung diejenigen Mittel vergüten, die zur Sicherstellung künftiger Teuerungszulagen erforderlich sind.
5.3 Nach der dargelegten gesetzlichen Regelung sind jedoch im Falle der Kündigung durch die Vorsorgeeinrichtung gerade nicht diejenigen Bestimmungen anwendbar, welche im Anschlussvertrag selber für den Fall seiner Beendigung enthalten sind. Es erfolgt nicht eine endgültige finanzielle Auseinandersetzung zwischen Arbeitgeber und Vorsorgeeinrichtung, wobei der Arbeitgeber zwecks Vorfinanzierung künftiger Leistungen einen einmaligen Beitrag schuldet. Eine solche Regelung stand zwar im Gesetzgebungsverfahren zur Diskussion, doch wurde gerade die andere Lösung gewählt, wonach in Bezug auf die Rentenbezüger der Anschlussvertrag weitergeführt wird, wie wenn er nicht gekündigt worden wäre (vorne E. 4.3.1). Diese zwingende gesetzliche Regelung geht den anschlussvertraglichen und reglementarischen Regelungen vor (Art. 50 Abs. 3 BVG; vorne E. 4.3.3). Art. 9 (inkl. Abs. 4) des Anschlussvertrags und Art. 11 des Reglements sind damit nicht anwendbar. Es besteht somit keine Verpflichtung des Beschwerdeführers, den Barwert der künftigen Teuerungszulagen zu vergüten.
5.4 Der Beschwerdeführer wird stattdessen weiterhin in Bezug auf die Rentenbezüger seine anschlussvertraglichen Pflichten zu erfüllen haben und der Beschwerdegegnerin diejenigen Leistungen aus dem Anschlussvertrag schulden, welche allenfalls darin zur Finanzierung der laufenden Leistungen der Rentenbezüger vorgesehen sind. Dies bedeutet, dass er die Leistungen, die er gemäss Anschlussvertrag allenfalls für die Finanzierung von Teuerungszulagen zu leisten hat, auch in Zukunft jeweils erbringen muss, aber gerade nicht im Zeitpunkt der Auflösung des Anschlussvertrags auf einmal bezahlen muss. Er macht geltend, er habe im Vorfeld des hängigen Prozesses angeboten, der Beschwerdegegnerin jährlich die effektive Erhöhung der Renten zu finanzieren, was die Beschwerdegegnerin jedoch abgelehnt habe. Die Beschwerdegegnerin bestätigt diese Darstellung. Derartige jährliche Leistungen sind nicht eingeklagt worden und bilden nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Es braucht daher nicht beurteilt zu werden, ob die Anschlussverträge tatsächlich eine Verpflichtung des Arbeitgebers zur Finanzierung von Teuerungszulagen auf laufenden Renten enthalten bzw. ob die Teuerungsanpassungen nach dem Reglement der Beschwerdegegnerin umlagefinanziert sind, wie die Vorinstanz angenommen hat. Ebensowenig ist im vorliegenden Verfahren zu entscheiden, ob ein nicht vorfinanzierter Teuerungsausgleich zu einer Unterdeckung und einem entsprechenden Abzug bei dem von der Beschwerdegegnerin an die neue Vorsorgeeinrichtung überwiesenen Deckungskapital (Art. 53d Abs. 3 BVG; Art. 19 FZG) geführt hätte, wie die Vorinstanz weiter erwogen hat. Immerhin ist zu bemerken, dass eine Unterdeckung nur entsteht, soweit das notwendige Vorsorgekapital nicht gedeckt ist (BVV 2 Anhang), worunter der Barwert einer Teuerungsanpassung, welche nur nach Massgabe der finanziellen Möglichkeiten entrichtet wird (Art. 36 Abs. 2 BVG), grundsätzlich nicht gehört; denn eine solche Teuerungsanpassung wird primär aus den freien Mittel finanziert (BBl 2000 2693), welche definitionsgemäss nicht zum Deckungskapital gehören.
6. Die unterliegende Beschwerdegegnerin, um deren Vermögensinteresse es geht, bezahlt die Verfahrenskosten (Art. 65 Abs. 3 lit. b sowie Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der obsiegende Beschwerdeführer hat als öffentlich-rechtliche Körperschaft keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>; Urteil 2C_212/2007 vom 11. Dezember 2007, E. 5).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Kantonsgerichts Wallis vom 5. November 2008 aufgehoben. Die Klage vom 3. Mai 2006 wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 25'000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Wallis und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Juni 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer