Sachverhalt:
A. Z._ besucht seit August 2011 den Kindergarten in Y._. In den Unterricht werden Yoga-Übungen integriert. Im September 2011 ersuchten die Eltern von Z._, A.X._ und B.X._, die Primarschulpflege von Y._ um Befreiung ihres Sohnes von diesem Teil des Unterrichts, mit der Begründung, Yoga sei eine hinduistisch-religiöse Praxis. Falls eine Dispensation nicht möglich sei, beantragten sie die Umteilung ihres Sohnes.
B. Am 22. September 2011 wies die Primarschulpflege sowohl das Dispensations- wie auch das Umteilungsgesuch ab. Nach verschiedenen Gesprächen wurde Z._ aber dennoch erlaubt, bis zu den Herbstferien dem Yogaunterricht fern zu bleiben. Ein Rekurs von A.X._ und B.X._ gegen den Entscheid der Primarschulpflege wies der Bezirksrat von Q._ am 15. Februar 2012 ab, und eine Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich blieb ebenfalls erfolglos (Urteil vom 11. Juli 2012).
C. A.X._ und B.X._ führen mit Eingabe vom 14. September 2012 beim Bundesgericht "Beschwerde" gegen diesen Entscheid. Sie beantragen, die kantonalen Entscheide seien aufzuheben und die Primarschulpflege Y._ sei zu verpflichten, Z._ vom Yogaunterricht zu befreien. Sie machen geltend, beim Yoga handle es sich um eine hinduistisch-religiöse Praxis. Als gläubige Christen fühlten sie sich in ihren religiösen Gefühlen gestört. Es fehle die gesetzliche Grundlage für den Yogaunterricht und der Staat verletze dadurch seine Pflicht zur religiösen Neutralität.
Die Primarschulpflege Y._ und das Verwaltungsgericht beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen letztinstanzlichen Endentscheid einer Vorinstanz im Sinne von <ref-law> in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der grundsätzlich mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 90 BGG). Die Bezeichnung des Rechtsmittels als blosse "Beschwerde" schadet dabei nicht (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 499; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382; Urteil 2C_528/2012 vom 2. November 2012 E.1.1).
1.2 Die Eltern erheben in eigenem Namen Beschwerde. Dies ist zulässig. Gemäss <ref-law> obliegt ihnen die elterliche Sorge und ihnen kommt das Recht zu, über die religiöse Erziehung des Kindes unter 16 Jahren zu verfügen (Art. 303 Abs. 1 und 3 ZGB; <ref-law>). Das Erziehungsrecht der Eltern bildet nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts Bestandteil ihrer Glaubens- und Gewissensfreiheit (<ref-ruling> E. 1.2 S. 691 f.). Insofern sind die Beschwerdeführenden durch den vorinstanzlichen Entscheid besonders berührt. Sie verfügen auch über ein aktuelles Interesse, da Z._ den Kindergarten seit dem August 2011 besucht und dieser noch bis im Juli 2013 dauern wird (§ 5 Abs. 2 i.V.m. § 3 Abs. 2 und § 5 Abs. 1 des Volksschulgesetzes des Kantons Zürich vom 7. Februar 2005 [VSG/ZH]). Die Beschwerdeführenden sind damit zur Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids beim Bundesgericht legitimiert (<ref-law>).
1.3 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich - ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels ausserdem für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann. Der Betroffene hat darzulegen, dass und inwiefern dies klar und eindeutig der Fall ist (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 187 mit Hinweisen).
1.4 Das Eintreten auf zulässige Beschwerdegründe hängt weiter vom Erfüllen der Anforderungen an die Begründung der einzelnen Rügen ab. Das Bundesgericht prüft, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht behandelt eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; Urteil 2C_594/2012 vom 22. November 2012 E. 1.5).
1.5 Auf das Rechtsmittel kann insoweit nicht eingetreten werden, als die Beschwerdeführenden nicht nur die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils, sondern auch des Entscheids des Bezirksrats sowie der Verfügung der Schulpflege Y._ beantragen. Die erstinstanzliche Verfügung ist durch diejenige des Bezirksrats und diese durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt). Die vorinstanzlichen Verfügungen gelten jedoch als inhaltlich mit angefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
2. Die Beschwerdeführenden werfen der Vorinstanz vor, sie habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig und unvollständig festgestellt. Es treffe insbesondere nicht zu, dass die Kindergärtnerin eine säkular geprägte Form von Yoga unterrichte.
2.1 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz wärmen sich die Kinder im Rahmen der beanstandeten Yogalektionen nach einer Begrüssungsrunde bei einem Bewegungs- und Rhythmusspiel auf, sprechen anschliessend über ein Kindergartenthema wie etwa die Jahreszeit und spielen sodann Geschichten mit Figuren wie Sonne, Mond, Igel, Frosch, Hund, Katze, um sich anschliessend auf einer Matte zu einer "Traumgeschichte" mit leiser Musik zu entspannen. Inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz willkürlich sein sollen, wonach diese Übungen keine Kultushandlungen im eigentlichen Sinne darstellten, wird nicht dargelegt; im Rahmen ihrer Rüge der "offensichtlichen Unrichtigkeit" der tatsächlichen Feststellungen beschränken sich die Beschwerdeführenden auf appellatorische Kritik der vorinstanzlichen Erwägungen. Auf ihre diesbezüglichen Vorbringen kann daher nicht eingetreten werden (E. 1.3). Auch ihre allgemein gehaltene Sachverhaltsrüge, wonach Yoga entgegen der Auffassung der Vorinstanz in einer breiten Öffentlichkeit nicht primär säkular, sondern als Bestandteil östlicher Religionen praktiziert werde, ist zu wenig substanziiert, um die diesbezüglichen Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen. Ihre Einwendung, wonach es "auch Yogastudios und Yogapraxen gibt, bei welchen der religiöse und spirituelle Gehalt von Yoga im Vordergrund steht", kann bei der hier zu beurteilenden Kindergarten-Yogalektion nicht von Bedeutung sein. Die Ausführungen der Beschwerdeführenden, inwieweit sich Christentum und Hinduismus oder Buddhismus unterscheiden sollen oder nicht, hat keine rechtliche Bedeutung. An die Feststellungen der Vorinstanz, wonach im Rahmen der Yogalektionen keine Kultushandlungen im eigentlichen Sinne durchgeführt werden, bleibt das Bundesgericht demnach gebunden (<ref-law>).
2.2 Die Beschwerdeführenden machen weiter geltend, das Verwaltungsgericht habe mit den hier wiedergegebenen Erwägungen den Sachverhalt auch "unvollständig" festgestellt. Es habe den genauen Ablauf des Unterrichts nicht ausführlich genug geschildert, denn die oben erwähnten Bewegungs- und Atemübungen könnten sehr wohl einen religiösen Bezug aufweisen.
Dieses Vorbringen der Beschwerdeführenden beschränkt sich nicht auf eine Sachverhaltsrüge, sondern auf dessen Interpretation; der Einwand bezieht sich auf die Rechtsfrage (vgl. unten E. 4.1 ff.).
Nachfolgend ist daher zu prüfen, inwiefern die verweigerte Dispensation vom Yogaunterricht den Schutzbereich der Glaubens- und Gewissensfreiheit betrifft und ob gegebenenfalls eine Verletzung oder ein zulässiger Eingriff in das Freiheitsrecht vorliegt.
3. 3.1 Kann oder will ein Kind den obligatorischen Schulunterricht ganz oder teilweise nicht besuchen, muss es sich dispensieren lassen. Gemäss § 29 Abs. 1 Satz 1 der Volksschulverordnung vom 28. Juni 2006 des Kantons Zürich (VSV/ZH) ist eine Dispensation vom Unterricht nur unter einem zulässigen Grund gestattet. Wird wie vorliegend um Dispensation von einzelnen Fächern bzw. (regelmässigem) Unterricht ersucht, so ist dies nur ausnahmsweise und bei Vorliegen besonderer Umstände möglich (§ 29 Abs. 3 VSV/ZH). Die Dispensation aus religiösen Gründen wird im hier relevanten Sinne der negativen Grundrechtsausübung im kantonalen Gesetzesrecht nicht erwähnt. Sie hat sich jedoch an übergeordnetem Recht zu orientieren.
3.2 Die durch <ref-law> und Art. 9 EMRK sowie den von den Beschwerdeführenden nicht angerufenen Art. 18 UNO-Pakt II (SR 0.103.2) und Art. 116 Abs. 2 der Kantonsverfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 (SR 131.211) gleichermassen gewährleistete Glaubens- und Gewissensfreiheit umfasst sowohl die innere Freiheit, zu glauben, nicht zu glauben oder seine religiösen Anschauungen zu ändern, wie auch die äussere Freiheit, entsprechende Überzeugungen - innerhalb gewisser Schranken - zu äussern, zu praktizieren und zu verbreiten oder nicht daran teilzunehmen. Die Glaubens- und Gewissensfreiheit schützt in erster Linie vor staatlichem Zwang. Darüber hinaus enthält sie aber auch eine Verpflichtung des Staates zu religiöser und konfessioneller Neutralität (<ref-ruling> E. 5.1 S. 84 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 354 ff.; <ref-ruling> E. 7b S. 253; <ref-ruling> E. 4b/bb S. 308). Dieser allgemeine Grundsatz hat eine besondere Bedeutung und verfassungsrechtliche Verankerung im Bereich der öffentlichen Schule: Nach <ref-law> darf niemand gezwungen werden, eine religiöse Handlung vorzunehmen oder religiösem Unterricht zu folgen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 77; vgl. Urteil 2C_724/2011 vom 11. April 2012 E. 3.1).
Der Grundsatz der religiösen Neutralität der Schule beinhaltet nicht nur das Ziel, die religiösen Überzeugungen der Schüler und ihrer Eltern zu schützen (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 355; <ref-ruling> E. 6 S. 260), sondern umfasst auch den Zweck, den Religionsfrieden zu sichern (BGE <ref-ruling> E. 4a S. 305). Der Grundsatz der Neutralität verbietet daher die Ausrichtung des Unterrichts zugunsten oder zuungunsten einer oder mehrerer Religionen, da Überzeugungen der Lehrerin oder des Lehrers einen gewissen Einfluss auszuüben vermögen (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 354 f.; <ref-ruling> E. 6b S. 261). Ein Verstoss gegen das Neutralitätsgebot liegt jedoch erst dann vor, wenn die religiöse Äusserung seitens der Schule bzw. der Lehrerschaft eine gewisse Intensität erreicht, sodass Auswirkungen auf die geistige Entwicklung der Kinder und auf ihre religiösen Überzeugungen nicht auszuschliessen sind (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 305 ff.; <ref-ruling> E. 7b S. 262 f.).
4. 4.1 Aus der Sicht der Beschwerdeführenden lässt sich der religiöse oder spirituelle Gehalt durch die hier praktizierte, dem kindlichen Empfinden angepasste Form des Yoga nicht eliminieren. In den Übungen könnten ohne Weiteres Gebetshaltungen oder Teile des Sonnengrusses vorkommen, und es würden jeweils Sonne, Mond und Sterne in einer verneigenden Haltung begrüsst. Alle Yogastellungen, ebenso die Entspannungs- und Atemübungen, seien mit Blick auf religiöse Ziele entstanden; es seien religiös motivierte Übungen. Durch den praktizierten Unterricht sei nicht nur das Gebot zu religiöser Neutralität der Schule, sondern auch die Glaubens- und Gewissensfreiheit der Eltern verletzt worden.
4.2 Das Bundesgericht übt Zurückhaltung bei der Prüfung von Glaubensinhalten; staatliche Organe haben von der Überzeugung auszugehen, welche die religiösen Normen für die Betroffenen haben (<ref-ruling> E. 4.4 S. 84; <ref-ruling> E. 5.2 S. 63). Ähnlich wie bei der positiven Grundrechtsausübung das glaubhaft dargelegte religiöse Selbstverständnis der Betroffenen massgeblich ist (vgl. YVO HANGARTNER, Religionsfreiheit, AJP 2010, S. 441 ff.; KELLER/BÜRLI, Religionsfreiheit in der multikulturellen Schulrealität, recht 2009, S. 100 ff., 102 f.; ANDREAS KLEY, in: Die Schweizerische Bundesverfassung, 2008, N. 11 zu <ref-law>; PETER KARLEN, Das Grundrecht der Religionsfreiheit in der Schweiz, Diss., 1982, S. 203 ff.), haben die staatlichen Organe auch bei der negativen Kultusfreiheit grundsätzlich von der Bedeutung auszugehen, welche eine religiöse Praxis für die Beeinträchtigten hat. Die Verpflichtung, im Rahmen der obligatorischen staatlichen Schule an einem Unterricht teilzunehmen, der mit den eigenen (religiösen oder atheistischen) Weltanschauungen in Widerspruch steht, stellt daher einen Eingriff in die Religionsfreiheit dar (<ref-law>, Art. 9 EMRK, Art. 18 UNO-Pakt II; <ref-ruling> E. 4.6 S. 84; <ref-ruling> E. 4e S. 186 f.; Urteil 2C_105/2012 vom 29. Februar 2012 E. 2.2.4).
Indem die Beschwerdeführenden die Gebets- und Entspannungsübungen in den Yogalektionen als religiös begründet ansehen und sich dadurch glaubhaft in ihrer (negativen) Religionsfreiheit beeinträchtigt sehen, wird ihr Wunsch, nicht in religiöse Praktiken einbezogen zu werden, vom Schutzbereich der Glaubens- und Gewissensfreiheit erfasst.
4.3 Eine Verletzung ihrer Glaubens- und Gewissensfreiheit ist hingegen weder durch eine Missachtung des Gebots des religiös neutralen Unterrichts an den öffentlichen Schulen noch durch einen Eingriff in die negative Grundrechtsausübung dargetan:
4.3.1 Das Bundesgericht hat sich in einem kürzlich ergangenen Entscheid zur Tragweite des Neutralitätsgebots geäussert, und zwar zum Recht, keine religiösen Handlungen vornehmen bzw. nicht an religiösem Unterricht teilnehmen zu müssen. Demnach ist das Singen christlicher Lieder vor Weihnachten oder Ostern in der Schule verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, solange dies nicht als bekenntnishafter Akt erscheint. Davon kann solange nicht ausgegangen werden, als es nicht im Übermass geschieht und keine Bekehrung beabsichtigt ist (Urteil 2C_724/2011 vom 11. April 2012 E. 3.1 f.).
Vor diesem Hintergrund kann vorliegend von einem bekenntnishaften Akt keine Rede sein: Wie die Vorinstanz festgestellt hat, bestehen die interessierenden Yoga-Übungen darin, dass sich die Kinder bei einem Bewegungs- und Rhythmusspiel aufwärmen. Sodann stellen sie Geschichten spielerisch mit Figuren wie Tieren oder Himmelskörpern dar. Bei Atemübungen ahmen die Kinder ausserdem gewisse Geräusche nach, und am Ende der Lektion entspannen sich die Kinder bei geschlossenen Augen, auf der Matte liegend (vgl. E. 2.1). Auch wenn sich in diese Bewegungsabläufe (ursprünglich) religiöse Bedeutungen hineinlesen lassen, weist die Vorinstanz zu Recht darauf hin, dass die erwähnten Übungen auch rein motorisch-akrobatisch, d.h. religionsneutral und ohne Weiteres losgelöst von jedwelchem Glaubensbekenntnis praktiziert werden können. Derartige Übungen stellen im schulischen Kontext keine Glaubensäusserungen von einer hinreichenden Intensität dar, um die Kinder diesbezüglich zu beeinflussen (vgl. oben E. 3.2; BGE <ref-ruling> E. 4a S. 305; <ref-ruling> E. 7b S. 262); dies umso weniger, als der Yogaunterricht von keinen religionsspezifischen Handlungen oder Äusserungen (wie sakraler Musik, Räucherstäbchen oder dergleichen) begleitet wird. Es wird entgegen der Ansicht der Beschwerdeführenden weder eine Bekehrung beabsichtigt, noch stellten die Lektionen eine Form religiösen Unterrichts dar (vgl. Urteil 2C_724/2011 vom 11. April 2012 E. 3.1 f.). Die beanstandeten Yoga-Übungen erscheinen vielmehr als eine im Rahmen der pädagogischen Gestaltungsfreiheit der Lehrperson zulässige Methode zur Auflockerung des Unterrichts (vgl. § 23 VSG/ZH). Es liegt somit, wie die Vorinstanz zurecht feststellt, keine Verletzung des Neutralitätsgebots der Schule vor (<ref-law>; Art. 116 Abs. 2 KV/ZH; vgl. auch § 2 Abs. 1 VSG/ZH).
4.3.2 Die Beschwerdeführenden machen weiter geltend, es ergebe sich durch den Yogaunterricht auch ein Eingriff in ihre (negative) Glaubens- und Gewissensfreiheit im Sinne eines Abwehrrechts. Jedoch seien die Eingriffsvoraussetzungen gemäss <ref-law> nicht gegeben; insbesondere bestehe für die Yogalektionen weder eine gesetzliche Grundlage noch ein öffentliches Interesse.
Es würde den Beschwerdeführenden obliegen, in substanziierter Weise darzutun, inwiefern für die Yoga-Übungen "keine gesetzliche Grundlage" bestehe (<ref-law>). Sie führen dies nicht weiter aus, und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Erwägungen der Vorinstanz, welche die Zulässigkeit des Yogaunterrichts unter anderem vor dem Hintergrund der pädagogischen Freiheit der Lehrperson bejahte, willkürlich sein sollten (vgl. § 23 VSG/ZH; vgl. zur pädagogischen Freiheit HERBERT PLOTKE, Schweizerisches Schulrecht, 2. Aufl., 2003, S. 566 ff.). Ein öffentliches Interesse (<ref-law>) an der Teilnahme der Kinder an den Lektionen kann in der sozialen Integration von Z._ in der Kindergartenklasse und im reibungslosen Ablauf des Unterrichts gesehen werden. Bei der vorliegenden Unterrichtsform erfolgen keine Glaubensäusserungen, die von einer hinreichenden Intensität sind, um die Kinder beeinflussen zu können (vgl. E. 4.3.1), sodass der Eingriff in die Glaubens- und Gewissensfreiheit der Eltern geringfügig und in Anbetracht des Interesses an der der sozialen Integration ihres Kindes für die Beschwerdeführenden zumutbar ist (<ref-law>). Dies gilt umso mehr, als gemäss der Rechtsprechung Ausnahmen vom Besuch des regelmässigen Unterrichts oder einzelner Fächer - im Unterschied zu Dispensationen für einzelne Tage (<ref-ruling> ff.; <ref-ruling> ff.) -, nur mit grosser Zurückhaltung gewährt werden (<ref-ruling> E. 7.2 S. 89; Urteil 2C_724/2011 vom 11. April 2012 E. 3.4.1; vgl. im Übrigen auch § 29 Abs. 3 VSG/ZH; oben E. 3.2). Ein unzulässiger Eingriff in die Glaubens- und Gewissensfreiheit der Beschwerdeführenden durch den Yogaunterricht liegt demnach nicht vor.
5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführenden aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin obsiegt in ihrem amtlichen Wirkungskreis, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführenden auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Februar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Hänni