Retentionsrecht, hat sich ergeben:
A.- Die A._ AG (nachfolgend: A._) und die B._ AG (nachfolgend: B._), beide in Niederhasli, liessen in der Zeit vom 6. November 1997 bis zum 26. Februar 1999 insgesamt 71'480 kg Rhabarbern geschnitten, 92'440 kg Zwiebel-Würfel und 5'760 kg Apfel-Würfel, nebst geringen Mengen anderer Gemüse- und Obstsorten, an das Kühl- und Lagerhaus der Y._ in Rümikon überführen und dort einlagern. Am 5./25. Januar 1999 kaufte die X._ AG, Zürich, von der B._ 90'000 kg Zwiebel-Würfel, 35'000 kg Rhabarbern geschnitten und 15'000 kg Apfel-Würfel zum Gesamtpreis von Fr. 273'908. 25.
Über die A._ wurde am 27. April 1999 der Konkurs eröffnet. Am 27. Mai 1999 gab das Konkursamt Niederglatt die bei der Y._ eingelagerten Waren - von den Apfelwürfeln nur 4'500 kg - zu Gunsten der X._ AG frei, falls diese der Y._ deren Lagerkosten bezahle.
Am 8. Juni 1999 stellte die Y._ der X._ AG Fr. 70'744. 15 für aufgelaufene Lagerkosten in Rechnung.
Ebenfalls im Juni 1999 teilte die X._ AG der Y._ mit, sie habe 90'000 kg Zwiebel-Würfel an die C._ AG in Schaan/FL verkauft und verlangte gleichzeitig die Herausgabe der eingelagerten Produkte. Daraufhin beanspruchte die Y._ das Retentionsrecht an der gesamten Lagerware. Die X._ AG liess das Retentionsrecht bestreiten, offerierte aber am 16. September 1999 die Hinterlegung von Fr. 73'000.-- auf ein Sperrkonto beim Bezirksgericht Zürich nach Auslagerung der Zwiebeln. In der Folge verlangte die Y._ AG von der X._ AG die Auslagerung der gesamten Ware gegen Bezahlung der Lagerkosten bis zum 22. September 1999. Später verkaufte die Y._ die bei ihr eingelagerten Zwiebel-Würfel für Fr. 126'000.-- an die C._ AG in Schaan/FL und liess die Rhabarbern und Apfel-Stücke entsorgen. Den Erlös aus dem Verkauf der Zwiebel-Würfel beanspruchte die Y._ zur Deckung ihrer Lagerkosten.
B.- Am 2. Oktober 2000 erhob die X._ AG beim Handelsgericht des Kantons Aargau Klage gegen die Y._ und verlangte deren Verurteilung zu Schadenersatz in Höhe von Fr. 273'908. 25 nebst 5% Verzugszins seit 17. Juni 1999.
Mit Urteil vom 6. September 2001 wies das Handelsgericht die Klage ab.
C.- Mit eidgenössischer Berufung beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, es sei die Y._ zu verpflichten, ihr Schadenersatz in der Höhe von Fr. 251'264.-- nebst Zinsen zu 5% seit 10. März 2000 zu bezahlen (Antrag Ziff. 1). Eventualiter verlangt sie, es sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen (Antrag Ziff. 2) sowie bei Annahme eines gültigen Retentionsrechts die Y._ zu verpflichten, ihr Fr. 177'990.-- nebst Zins zu 5% seit 10. März 2000 zu bezahlen (Antrag Ziff. 3).
Das Handelsgericht des Kantons Aargau hat auf Gegenbemerkungen verzichtet. Eine Berufungsantwort ist nicht eingeholt worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Klägerin begründet ihre Schadenersatzforderung im Wesentlichen damit, dass die Beklagte durch ungerechtfertigte Retention der bei ihr eingelagerten Waren und durch überlanges Zuwarten den Untergang der verderblichen Produkte herbeigeführt und ihr dadurch Schaden zugefügt habe. Das Handelsgericht hat festgehalten, dass die A._ und später die B._ in der Zeit vom 6. November 1997 bis zum 26. Februar 1999 Tiefkühlprodukte in das Kühl- und Lagerhaus der Beklagten einliefern lassen hatten. In Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit Art. 895 (Abs. 3) ZGB ist die Vorinstanz davon ausgegangen, für die Frage nach der Gutgläubigkeit der Beklagten komme es entscheidend darauf an, ob diese den Einlieferer der Lagerware als zur Einlieferung in ihr Tiefkühl- und Lagerhaus für berechtigt ansehen durfte. Sie hat im Wesentlichen festgestellt, dass die Beklagte auf sämtlichen der A._ gestellten Rechnungen - auch auf nach Dezember 1998 datierenden Einlagerungsrechnungen, für welche die Lieferscheine auf die B._ lauteten - die "Einlagerung vom ... LKW A._" vermerkt und die A._ die Einlagerung nie beanstandet hatte. In der Parteibefragung habe sich ergeben, dass die Einlagerungen auch ab Dezember 1998 gleich abgewickelt worden seien wie bis anhin; weder der Ablauf noch das äussere Erscheinungsbild der ab Dezember 1998 erfolgten Einlagerungen hätten sich geändert, und die Einlagerungsrechnungen seien weiterhin auf die A._ ausgestellt worden. Nichts habe ab diesem Zeitpunkt vorgelegen, was für die Beklagte Zweifel an der Berechtigung der für die B._ handelnden Personen hätte begründen können, die angelieferten Waren weiterhin auf Rechnung der A._ einzulagern. Gestützt auf diese Tatsachenfeststellungen hat die Vorinstanz gefolgert, dass die Gutgläubigkeit der Beklagten (im Sinne von <ref-law>) mit Bezug auf die Einlagerungsberechtigung der für die A._ und ab Dezember 1998 für die B._ handelnden Personen für den Zeitpunkt der Einlagerung gegeben gewesen sei; der Beklagten stehe ein Retentionsrecht an den bei ihr eingelagerten Tiefkühlprodukten zu und sie habe dieses Recht nicht übermässig ausgeübt.
2.- a) Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die Feststellungen der letzten kantonalen Instanz über tatsächliche Verhältnisse zugrunde zu legen, es sei denn, sie seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder würden auf einem offensichtlichen Versehen beruhen (Art. 63 Abs. 2 OG); vorbehalten bleibt aufgrund von Art. 64 OG ausserdem die Ergänzung eines unvollständigen Sachverhalts.
b) Die Klägerin wirft dem Handelsgericht vor, die für die Beurteilung des guten Glaubens notwendigen Umstände entweder gar nicht oder doch nur ungenügend abgeklärt zu haben. Insbesondere habe es die erforderlichen Beweiserhebungen nicht vorgenommen, obschon sie insbesondere den Zeugen S._ angeboten habe. Indem die Vorinstanz auf diesen Beweisantrag nicht eingegangen sei, habe sie bundesrechtliche Beweisvorschriften (<ref-law>) verletzt.
<ref-law> verleiht einen bundesrechtlichen Anspruch auf Abnahme von Beweisen, die zum Nachweis einer rechtserheblichen Tatsache frist- und formgerecht anerboten worden sind. Der Beweisführungsanspruch ist insbesondere dann verletzt, wenn der kantonale Richter über rechtserhebliche Tatsachen überhaupt nicht Beweis führen lässt.
<ref-law> bestimmt indessen nicht, mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären ist und wie der Sachrichter das Ergebnis der Abklärungen zu würdigen hat. <ref-law> schliesst auch die vorweggenommene Beweiswürdigung nicht aus, verbietet dem Richter also nicht, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit und Tauglichkeit abzusprechen (<ref-ruling> E. 3c S. 223). Das Handelsgericht hat in tatsächlicher Hinsicht aus den Einlagerungsrechnungen und der Parteibefragung sowie den konkreten Umständen den Schluss gezogen, die Beklagte habe die A._ auch noch ab Dezember 1998 als zur Einlagerung des Gefriergutes berechtigt ansehen dürfen. Wenn das Handelsgericht von der Einvernahme des Zeugen S._ abgesehen hat, weil es seine Überzeugung bereits aus anderen Beweisen gewonnen hat und davon ausgegangen ist, weitere Abklärungen würden am massgeblichen Sachverhalt nichts mehr ändern, stellt dies eine vorweggenommene Beweiswürdigung dar. Soweit die Klägerin mit der Rüge der Nichtberücksichtigung von Zeugen die (vorweggenommene) Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts kritisiert, kann sie im Berufungsverfahren nicht gehört werden; sie wendet sich damit vergeblich gegen die für das Bundesgericht verbindlichen vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen (Art. 63 Abs. 2 OG).
c) Sodann bringt die Klägerin vor, sie habe im kantonalen Verfahren formgerecht die Sachbehauptung aufgestellt, dass die Beklagte um das Dritteigentum an den eingelagerten Produkten gewusst habe, und sie - die Klägerin - habe auch dafür Beweisanträge gestellt. Die Vorinstanz habe sich zu Unrecht auf den Standpunkt gestellt, es sei unerheblich, ob und ab wann die Beklagte gewusst habe oder hätte wissen müssen, dass die A._ nicht Eigentümerin der eingelagerten Ware gewesen sei.
Das Wissen des Retentionsgläubigers darum, dass die Sache nicht im Eigentum des Schuldners steht, vermag grundsätzlich die Entstehung des Retentionsrechts nicht zu hindern. Vielmehr ist die für den Erwerb des Retentionsrechts erforderliche Voraussetzung des guten Glaubens auch dann gegeben, wenn der Gläubiger zwar um das Dritteigentum weiss, aber annimmt bzw. annehmen darf, der Schuldner sei zur Schaffung einer Retentionslage am Dritteigentum berechtigt (<ref-ruling> E. 4c S. 590 ff.; Zobl, Berner Kommentar; Rampini/Schulin/Vogt, Basler Kommentar, N. 50 zu <ref-law>). Wenn die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid erwogen hat, angesichts der zu bejahenden Gutgläubigkeit der Beklagten hinsichtlich der Einlagerungsberechtigung der für die A._ handelnden Personen sei unerheblich, ob und ab welchem Zeitpunkt die Beklagte gewusst habe oder hätte wissen müssen, dass die A._ nicht Eigentümerin der eingelieferten Ware war, so ist dies nicht zu beanstanden.
Die Rüge der Klägerin, der Sachverhalt sei ungenügend abgeklärt (vgl. Art. 64 OG; <ref-ruling> E. 535 5c/aa S. 357), erweist sich als unbehelflich, und der Rückweisungsantrag stösst ins Leere.
d) Die Klägerin bringt sodann vor, die Vorinstanz habe zu Unrecht angenommen, dass die A._ mit den Sacheigentümern der Tiefkühlprodukte in einem Vertragsverhältnis gestanden habe und dass sie im Rahmen dieses Vertragsverhältnisses befugt gewesen sei, diese Produkte zu einem bestimmten Zweck - zur Einlagerung in ein Kühlhaus - der Beklagten anzuvertrauen. Für diese tatsächlichen Feststellungen seien jedoch weder Anhaltspunkte in den Akten noch Parteibehauptungen vorhanden. Soweit die Klägerin dem Handelsgericht diesbezüglich vorwirft, es habe tatsächliche Feststellungen unter Verletzung von bundesrechtlichen Beweisvorschriften getroffen, kann auf ihre Vorbringen nicht eingetreten werden: Sie legt nicht dar (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG), inwiefern das Handelsgericht die Beweislastverteilung gemäss <ref-law> oder ihren Anspruch darauf, zum Beweis zugelassen zu werden (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 223), verletzt habe. Im Übrigen wäre der Vorwurf einer willkürlichen Tatsachenfeststellung durch die Vorinstanz im Berufungsverfahren unzulässig (Art. 43 Abs. 1 OG).
3.- a) Der in Abs. 3 von <ref-law> vorausgesetzte gute Glaube bezieht sich auf die Zulässigkeit der Besitzübertragung an den Gläubiger zu dem der Übertragung zugrunde liegenden Zweck (<ref-ruling> E. 4c S. 590 ff., m.H.; Zobl, a.a.O., N. 260 zu <ref-law>; Rampini/Schulin/Vogt, a.a.O., N. 50 zu <ref-law>). Es kommt m.a.W. darauf an, ob der Gläubiger den Schuldner für berechtigt halten durfte, ihm die Sache zu einem bestimmten Zweck zu überlassen. Ob er das annehmen durfte, beurteilt sich nach dem Vertrauensprinzip.
Dabei spielen die Natur der Objekte, der Zweck der Übergabe und die näheren Umstände eine entscheidende Rolle (Zobl, a.a.O.). Massgebend ist, ob der Gläubiger die redliche Überzeugung hatte, dass der Schuldner zur Besitzübertragung an ihn berechtigt war. Da es sich bei dieser inneren Überzeugung um eine Tatsache des Seelenlebens handelt (Egger, Zürcher Kommentar, N. 4 zu <ref-law>), kann der Sachrichter meist nur darauf abstellen, ob die redliche Überzeugung aufgrund der Merkmale des fraglichen Tatbestandes gerechtfertigt war, ob m.a.W. das Vertrauen des Gläubigers in die Übertragungsbefugnis des Schuldners begründet war. Dabei müssen die Umstände, aus denen auf das Vorhandensein oder Fehlen der redlichen Überzeugung geschlossen wird, objektiv gewürdigt werden (Stark, Berner Kommentar, N. 47 zu <ref-law>; Oftinger/Bär, Zürcher Kommentar, N. 356 zu <ref-law>). Die Annahme der Berechtigung zur Besitzübertragung auf den Gläubiger ist insbesondere dann gerechtfertigt, wenn diese objektiv auch im Interesse des Sacheigentümers liegt (Zobl, a.a.O., N. 266 zu <ref-law>; Rampini/Schulin/Vogt, a.a.O.; Brückner, Gutgläubiger Erwerb des kaufmännischen Retentionsrechts an Sachen Dritter, SJZ 1997, S. 65 f.). Weiter gilt es zu beachten, dass auch beim Retentionsrecht der gute Glaube des Gläubigers vermutet wird (Oftinger/Bär, a.a.O., N. 138 zu <ref-law>; Zobl, a.a.O., N. 272 zu <ref-law>).
Die Klägerin rügt, die Befugnis des Schuldners, zugunsten des Gläubigers für die fragliche Forderung eine Retentionslage zu schaffen, sei vorliegend nicht gegeben.
Die hier interessierenden Produkte seien nämlich ursprünglich im Kühllager der A._ eingelagert gewesen und es habe weder für die B._ noch für sie - die Klägerin - ein Interesse an der Auslagerung dieser Produkte und deren Überführung in das Lager der Beklagten bestanden.
Aber selbst wenn angenommen würde, die A._ sei zur Einlagerung der fraglichen Produkte bei der Beklagten befugt gewesen, so sei sie zweifellos nicht berechtigt gewesen, über Produkte, die ihr gar nicht gehörten, im eigenen Interesse oder gar im Interesse der Beklagten zu verfügen, d.h. sie der Beklagten zur Sicherung irgendwelcher Forderungen zu überlassen. Die Vorbringen der Klägerin gehen fehl:
Nicht entscheidend ist, ob die A._ zur Einlagerung der fraglichen Produkte bei der Beklagten berechtigt war; vielmehr kommt es darauf an, ob diese glaubte und glauben durfte, die A._ sei hierzu befugt. Sodann haben sich nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 63 Abs. 2 OG) - wie erwähnt (vgl. E. 1) - weder der Ablauf noch das äussere Erscheinungsbild der Einlagerungen geändert, sodass auch ab Dezember 1998 die Beklagte annehmen durfte, die für die B._ handelnden Personen seien berechtigt, die angelieferten Waren weiterhin auf Rechnung der A._ einzulagern. Dem hält die Klägerin im Wesentlichen entgegen, dass die Produkte zunächst bei der A._ eingelagert gewesen seien, Z._ die A._-Aktien als Pfand besessen habe, die A._ bereits zur Zeit der Wareneinlieferung in schlechter finanzieller Verfassung gewesen sei, die Einlagerungen durch die A._ bei der Beklagten begonnen hätten, als das Darlehen von S._ gewährt wurde, und die Lagergebühr zum voraus für eine gewisse Zeit bezahlt gewesen sei. Soweit die Klägerin vorbringt, guter Glaube der Beklagten könne unter diesen Umständen nicht angenommen werden, übergeht sie indessen, dass die von ihr als wesentlich behaupteten Sachverhaltselemente im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt worden sind.
Da die Klägerin nicht darlegt, inwiefern das Handelsgericht gestützt auf die verbindlichen vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen <ref-law> unrichtig angewendet habe, kann auf ihre Vorbringen nicht eingetreten werden (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
b) Im Zusammenhang mit dem Retentionsrecht besteht keine allgemeine Erkundigungspflicht des Gläubigers hinsichtlich der Befugnis des Schuldners zur Besitzübertragung und damit zur Schaffung einer Retentionslage; im Einzelfall können Verdachtsgründe und Zweifel aber eine Erkundigungsobliegenheit gebieten (vgl. Zobl, a.a.O., N. 272 zu <ref-law>, unter Verweis auf N. 814 ff. zu <ref-law>; Oftinger/Bär, Zürcher Kommentar, N. 138 zu <ref-law>, unter Verweis auf N. 356 zu <ref-law>; Jäggi, Berner Kommentar, N. 128 zu <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 511).
Nach Ansicht der Klägerin habe die Beklagte nicht nur darum gewusst, dass die A._ nicht Eigentümerin der eingelieferten Produkte gewesen sei, sondern auch Kenntnis von der seit langem bestehenden schlechten Finanzlage der A._ gehabt, zumal sie ihr ein Darlehen von Fr. 600'000.- gewährt habe, nachdem die Banken der A._ keine Kredite mehr bewilligt hätten. Im Hinblick darauf hätte die Beklagte sich unbedingt erkundigen müssen, ob die A._ über die von ihr eingelieferten Produkte überhaupt verfügungsberechtigt gewesen sei. Das Unterlassen dieser Erkundigungsobliegenheit schliesse den Gutglaubensschutz aus, was die Vorinstanz zu Unrecht unbeachtet gelassen habe. Die Vorbringen der Klägerin sind unbehelflich:
Keinen Verdachtsgrund konnte der Umstand begründen, dass die eingelieferten Produkte nicht der A._ gehörten, sondern im Dritteigentum standen. Denn - wie dargelegt - hindert das Wissen des Gläubigers um das Fremdeigentum die Entstehung des Retentionsrechts grundsätzlich nicht (vgl.
E. 2c). Soweit die Klägerin aus der Darlehensgewährung der Beklagten an die A._ etwas für sich ableiten will, geht sie von vornherein fehl, da sie sich diesbezüglich (wiederum) lediglich auf ihre vor dem Handelsgericht vorgebrachte Tatsachenbehauptung stützt. Ebenso wenig lässt sich den - für das Bundesgericht verbindlichen (Art. 63 Abs. 2 OG) - Tatsachenfeststellungen im angefochtenen Entscheid entnehmen, dass die A._ bereits zur Zeit der Wareneinlieferung in schlechter finanzieller Verfassung gewesen sei. Auf die Vorbringen der Klägerin kann daher nicht eingetreten werden.
c) Die Klägerin wirft dem Handelsgericht vergeblich vor, es habe die Erwägungen von <ref-ruling> ff. auf den vorliegenden Fall für anwendbar erklärt, obwohl jener Sachverhalt grundlegend anders sei als der hier zu beurteilende.
Im zitierten Entscheid ging es darum, ob der Garagist ein Auto von einem Eigentumsvorbehalts-Käufer auch dann zur Reparatur entgegennehmen und das Retentionsrecht für den Werklohn ausüben dürfe, wenn er vom Eigentumsvorbehalt schon im Zeitpunkt der Übergabe Kenntnis hatte. Wohl wird der jenem Entscheid zugrunde liegende Sachverhalt in der Literatur als für das kaufmännische Retentionsrecht speziell und untypisch bezeichnet (Brückner, a.a.O., S. 65), doch knüpfte die Vorinstanz an die Kernaussage der rechtlichen Erwägungen an. Diese geht dahin, dass für die Entstehung des Retentionsrechts entscheidend sei, dass der Gläubiger auch bei Kenntnis des fehlenden Eigentums des Schuldners am Retentionsgegenstand ihn als berechtigt ansehen durfte, ihm die Sache zu einem bestimmten Zweck wie Transport, Aufbewahrung oder Reparatur zu überlassen und dass daher als gutgläubig auch ein Erwerber zu gelten habe, der den veräussernden Besitzer zwar nicht als Eigentümer, aber aus anderen Gründen als zur Verfügung über die Sache befugt betrachten durfte (<ref-ruling> E. 4c S. 590 ff.). Die Klägerin legt nicht dar, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, wenn sie auf diese Überlegung für den vorliegenden Fall abgestellt hat, in dem es auch um die Gutgläubigkeit des Gläubigers hinsichtlich der Berechtigung des Schuldners zur Besitzübertragung zu einem bestimmten Zweck - zur Einlagerung in ein Kühlhaus - geht (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
d) Schliesslich dringt auch der Einwand der Klägerin nicht durch, dass selbst im Fall, dass die A._ zur Einlagerung der fraglichen Produkte bei der Beklagte berechtigt gewesen wäre, sie doch keine Befugnis gehabt habe, über ihr nicht gehörende Produkte zur Sicherung irgendwelcher Forderungen zu verfügen. Soweit die Klägerin damit geltend macht, dass die Einlagerung der Tiefkühlprodukte bei der Beklagten angeblich zur Sicherung des von ihr der A._ gewährten Darlehens gedient habe, geht sie fehl: Es bestehen keine Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz dahingehend, dass die Beklagte das Retentionsrecht für etwas anderes als für die Lagerkosten beansprucht habe.
Insoweit kann die Klägerin mit ihrer Argumentation von vornherein nicht gehört werden.
4.- a) Die Vorinstanz hat - was den Vorwurf der übermässigen Ausübung des Retentionsrechts betrifft - erwogen, dass der Retentionsgläubiger nur so viele Gegenstände zurückbehalten dürfe als er zur Sicherstellung und Befriedigung seiner Forderung benötige, dass er aber nicht verpflichtet sei, den Wert der Retentionsobjekte genau zu schätzen; vielmehr dürfe er soviel zurückbehalten, dass er in jedem Fall gedeckt sei. Es verhalte sich dabei analog zum Recht des Bestellers auf Rückbehaltung von Werklohn zur Durchsetzung des Nachbesserungsrechts bei einem mangelhaften Werk. Das Leistungsverweigerungsrecht des Bestellers und Werklohnschuldners sei gleich wie das Retentionsrecht ein Druckmittel, um bei der Gegenpartei den Willen zur Erfüllung ihrer Leistungspflicht zu wecken und es dürfe deshalb in einem so weitgehenden Umfang ausgeübt werden, dass der Gegenanspruch des Gläubigers "ausgiebig" gedeckt sei. In der deutschen Gerichtspraxis zum Werkvertrag werde der zulässige Rückbehalt des Öftern auf das Zwei- bis Dreifache der zu erwartenden Verbesserungskosten angesetzt. Eine analoge Wertung sei auch hinsichtlich des Umfanges des Retentionsrechts gerechtfertigt, weil es auch dabei um ein Zurückbehaltungsrecht des Gläubigers zur Durchsetzung seiner Forderung für die von ihm im Zusammenhang mit der zurückbehaltenen Sache getätigten Aufwendungen gehe. Wenn vorliegend die Beklagte die auch nur teilweise Herausgabe von Lagergut im Wert von mindestens Fr. 100'000.-- (Zwiebeln) für einen Lagergeldanspruch von über Fr. 70'000.-- verweigert habe, so liege darin keine übermässige Ausübung des Retentionsrechts. Die übrige Lagerware (Rhabarbern und Apfel-Würfel), deren Herausgabe von der Klägerin gar nie verlangt worden sei, habe die Beklagte mit Blick auf das entweder schon abgelaufene oder bevorstehende Verfalldatum als praktisch wertlos einstufen dürfen, weshalb sie nicht verpflichtet gewesen sei, diese Produkte anstelle der herausverlangten Zwiebeln freizugeben.
b) Die Klägerin macht geltend, mit dem Sicherungszweck des Retentionsrechts sei es entgegen der Auffassung des Handelsgerichts nicht vereinbar, wenn der Retentionsgläubiger noch eine Sicherheitsmarge zurückbehalte, um auf den Schuldner Druck auszuüben. Vorliegend habe die Beklagte im Juni 1999 gewusst, dass mit dem Verkauf der Zwiebeln für Fr. 126'060.- die Lagerkosten von Fr. 70'774. 15 längst gedeckt gewesen seien, und sie hätte den Deckungsüberschuss, d.h. die Rhabarbern und Äpfel, ohne weiteres herausgeben können. Wenn sie diese gleichwohl und grundlos zurückbehalten habe, so habe sie das Retentionsrecht übermässig und sogar rechtsmissbräuchlich ausgeübt.
c) Dem Umfang nach darf der Gläubiger so viele Retentionsgegenstände zurückbehalten, dass seine Forderung durch den voraussichtlichen Verwertungserlös hinreichend gedeckt ist. Er darf m.a.W. genug retinieren, um auf alle Fälle gedeckt zu sein (BGE 46 II 381 E. 4 S. 390). Dabei darf nicht übersehen werden, dass es sich beim Retentionsrecht um ein gesetzliches Sicherungsinstitut zugunsten des Gläubigers handelt und dass dieser oft nicht in der Lage ist, den Wert der Retentionsgegenstände genau zu beurteilen.
Deshalb ist ihm grundsätzlich ein gewisser Ermessensspielraum einzuräumen. Aus dieser Sicht kann von einer übermässigen Ausübung des Retentionsrechts erst gesprochen werden, wenn der Umfang der beanspruchten Retentionsgegenstände die Restforderung massiv übersteigt. Ob dies zutrifft, ist im Einzelfall nach Treu und Glauben zu beurteilen (Zobl, a.a.O., N. 281 zu <ref-law>).
Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 63 Abs. 2 OG) hatte die Lagerposition Zwiebeln im Zeitpunkt, als die Klägerin die Herausgabe der Lagerware verlangte, d.h. im Juni/Juli 1999, einen Wert von Fr. 100'000.--. Dabei handelte es sich um an sich rasch verderbliche Tiefkühlprodukte, deren Wert weit weniger sicher war als derjenige anderer Objekte mit einem stabilen Marktwert. Ebenfalls nach den verbindlichen Feststellungen des Handelsgerichts betrug der Lagergeldanspruch der Beklagten damals über Fr. 70'000.--. Wenn die Beklagte zur Sicherung dieser Forderung Lagerware im Wert von Fr. 100'000.-- retinierte, so ist dies im Lichte der eben gemachten Ausführungen bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
Denn die Beklagte durfte im Rahmen des ihr zustehenden Ermessensspielraumes die Ungewissheit hinsichtlich des Wertes der Lagerposition Zwiebeln dadurch kompensieren, dass sie eine ausreichende Menge dieser Produkte zurückbehielt, um auf jeden Fall für ihre Lagerkosten gedeckt zu sein. In Bezug auf die Rhabarbern und die Apfel-Würfel hat die Vorinstanz festgestellt, dass die Klägerin deren Freigabe nicht verlangt habe. Die Klägerin rügt, dies sei unrichtig, denn sie habe mit Schreiben vom 1. Juli 1999 den Deckungsüberschuss herausverlangt. Damit wendet sie sich aber gegen tatsächliche Feststellungen bzw. die Beweiswürdigung der Vorinstanz, was im Berufungsverfahren unzulässig ist. Im Übrigen macht sie kein offensichtliches Versehen der Vorinstanz geltend, welche Rüge sie gehörig hätte substantiieren müssen und die ohnehin nur hätte Erfolg haben können, wenn die gerügte Feststellung für den Ausgang des Verfahrens erheblich gewesen wäre (vgl. Art. 63 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 2a S. 506 f.).
d) Weiter hat die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass das Verfalldatum der Rhabarbern und Apfel-Würfel entweder schon vor Juni 1999 abgelaufen war oder aber teilweise in diesem Monat oder dann aber im August 1999 ablief, sodass ungewiss war, ob diese beiden Lagerpositionen bzw. welcher Teil davon ab Juni 1999 überhaupt noch verwertbar gewesen sei. Soweit das Verfalldatum noch nicht abgelaufen gewesen sei, habe der Wert der betreffenden Ware vom raschen Auffinden eines Käufers abgehangen, der die betreffenden Produkte sofort hätte verwerten können. Vor diesem Hintergrund ist die Auffassung des Handelsgerichts, dass die Beklagte wegen der praktischen Wertlosigkeit der Rhabarbern und Apfel-Würfel diese nicht anstelle der herausverlangten Zwiebeln unaufgefordert und ohne vorgängige Bezahlung der Lagerkosten der Klägerin hätte freigeben müssen, bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
5.- Zusammenfassend erweist sich die Berufung, soweit darauf eingetreten werden kann, als unbegründet, und das angefochtene Urteil ist zu bestätigen. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die Klägerin kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Entschädigungspflicht entfällt, da auf die Einholung einer Berufungsantwort verzichtet worden ist und der Beklagten keine Kosten entstanden sind (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 6. September 2001 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 7'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 12. Februar 2002
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: