Sachverhalt:
A.
A.a. Die 1953 geborene B._ meldete sich am 2. März 2004 wegen erhöhtem Blutdruck, Diabetes, Arthrose, Übergewicht und Sehschwäche zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau holte u.a. ein polydisziplinäres Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle des Medizinischen Zentrums X._ vom 6. Juli 2005 ein und verneinte mit in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 19. Juli 2005 einen Leistungsanspruch mangels gesundheitlich bedingter Einschränkung der Arbeitsfähigkeit im angestammten Beruf als Näherin.
A.b. Am 26. März 2007 liess B._ durch den behandelnden Hausarzt, Dr. med. G._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH, um Neubeurteilung der Arbeitsfähigkeit ersuchen. Auf eine Aufforderung der IV-Stelle hin, die geltend gemachte Verschlechterung des Gesundheitszustandes glaubhaft zu begründen, liess die Versicherte einen Bericht des Dr. med. E._, Facharzt für Neurologie, vom 10. Juli 2007, und nach Erlass des Vorbescheids vom 14. März 2008 weitere ärztliche Stellungnahmen (des Dr. med. E._ vom 26. Mai 2008 sowie des Dr. med. S._, Allgemeinarzt, vom 29. Mai 2008) auflegen. Mit Verfügung vom 5. Juni 2008 trat die Verwaltung auf das Neuanmeldegesuch mangels glaubhaft gemachter veränderter tatsächlicher Verhältnisse nicht ein.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau ab (Entscheid vom 19. November 2008).
C. Mit Beschwerde lässt B._ beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei die Sache an die IV-Stelle zur materiellen Prüfung des Leistungsanspruchs zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; vgl. <ref-ruling> zur auch unter der Herrschaft des BGG gültigen Abgrenzung von Tat- und Rechtsfragen im Bereich der Invaliditätsbemessung).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmung über die hinsichtlich der Prüfung eines Revisionsgesuchs vorausgesetzte Glaubhaftmachung einer anspruchserheblichen Tatsachenänderung (<ref-law>), welche auch bei einer Neuanmeldung nach vorangegangener Rentenverweigerung zu beachten ist (<ref-law>), zutreffend dargelegt. Gleiches gilt für die Ausführungen zu den von der Praxis entwickelten Grundsätzen für die Bestimmung der in zeitlicher Hinsicht massgebenden Vergleichsbasis (vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 75; <ref-ruling> E. 4a S. 265). Darauf wird verwiesen.
3. Nach der Rechtsprechung zur Rechtslage in Bezug auf das IV-rechtliche Verwaltungsverfahren, wie sie bis In-Kraft-Treten des ATSG am 1. Januar 2003 galt, hatten die Gerichte grundsätzlich ihrer beschwerdeweisen Überprüfung einer Nichteintretensverfügung auf eine Neuanmeldung hin den Sachverhalt zu Grunde zu legen, der sich der Verwaltung im Zeitpunkt der Verfügung darbot (<ref-ruling> E. 5.2.5 in fine S. 69). Mit der am 1. Juli 2006 in Kraft gesetzten 4. IV-Revision wurde das mit dem ATSG eingeführte Einspracheverfahren wieder abgeschafft, weshalb die zitierte Praxis hier ohne Weiteres anwendbar ist. Nachdem die IV-Stelle die im Vorbescheidverfahren aufgelegten medizinischen Berichte in der Begründung der Nichteintretensverfügung vom 5. Juni 2008 einbezogen hat (vgl. hiezu Urteil I 619/04 vom 10. Februar 2005 E. 2.2 in fine), hat das kantonale Gericht diese bei der Beurteilung der Frage, ob veränderte tatsächliche Verhältnisse glaubhaft gemacht worden sind, zu Recht berücksichtigt.
4. 4.1 Es ist unbestritten, dass zu den im Gutachten des Medizinischen Zentrums X._ vom 6. Juli 2005 diagnostizierten Beschwerden (Gonarthrose beidseits rechtsbetont; lumbovertebrales Schmerzsyndrom bei degenerativen Veränderungen; metabolisches Syndrom bei Diabetes mellitus Typ II, Hypertonie und familiär bedingter Adipositas; leichte depressive Episode; psychosoziale Belastungssituation; Varicosis) keine neuen Leiden hinzugekommen sind. Die Beschwerdeführerin macht aber geltend, laut ärztlichen Stellungnahmen sei eine deutliche Verschlechterung des Beschwerdebildes eingetreten; die Vorinstanz habe an das Glaubhaftmachen dieser Tatsachenänderung überhöhte Anforderungen gestellt.
4.2 Nach der Rechtsprechung sind die Beweisanforderungen an das Glaubhaftmachen im Sinne von <ref-law> herabgesetzt. Es genügt, dass für den geltend gemachten rechtserheblichen Sachumstand wenigstens gewisse Anhaltspunkte bestehen, auch wenn durchaus noch mit der Möglichkeit zu rechnen ist, bei eingehender Abklärung werde sich die behauptete Sachverhaltsänderung nicht erstellen lassen (Urteil I 460/01 vom 18. Februar 2003 E. 3.2 mit Hinweisen). Bei der Prüfung des Glaubhaftmachens kann der zeitliche Abstand zwischen Ablehnungsverfügung und Neuanmeldegesuch entscheidend sein (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 70 mit Hinweis auf das zitierte Urteil I 460/01 E. 4.1).
4.3 Die Vorinstanz hat die vorhandenen ärztlichen Unterlagen in Bezug auf den massgebenden, bis zum Zeitpunkt des Erlasses der Nichteintretensverfügung vom 5. Juni 2008 eingetretenen Sachverhalt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 234 mit Hinweisen) einlässlich gewürdigt. Nach ihren für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen hält Dr. med. G._ im Neuanmeldegesuch vom 26. März 2007 nicht eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes fest, sondern beanstandet die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit der Gutachter des Medizinischen Zentrums X._ (Expertise vom 6. Juli 2005), was revisionsrechtlich nicht erheblich ist. Den Ausführungen des Dr. med. E._ vom 10. Juli 2007 und 26. Mai 2008 folgend beruht die depressive Störung wie schon im Gutachten des Medizinischen Zentrums X._ vom 6. Juli 2005 hauptsächlich auf soziokulturellen und familiären Belastungen, weshalb in dieser Hinsicht kein invalidisierender Gesundheitsschaden im Rechtssinne vorliegen kann. Schliesslich begründet Dr. med. S._ im Bericht vom 29. Mai 2008 die Verschlechterung des Gesundheitszustands vor allem mit einer Chronifizierung diffuser Schmerzen, wodurch ebenfalls keine Veränderung eines invalidisierenden Gesundheitszustandes glaubhaft gemacht wird. Insgesamt ist aufgrund der Feststellungen im angefochtenen Entscheid nicht ersichtlich, inwiefern das kantonale Gericht in Bestätigung der Verfügung vom 5. Juni 2008 an das Glaubhaftmachen einer Tatsachenänderung im Rahmen der Neuanmeldung gemäss Art. 87 Abs. 3 in Verbindung mit Abs. 4 IVV überhöhte Anforderungen gestellt hat.
5. Die Beschwerdeführerin hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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