Erwägungen:
1. X._ erstattete am 17. Februar 2010 Strafanzeige gegen Y._ wegen falschen Zeugnisses. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau stellte mit Verfügung vom 21. Juni 2010 das Strafverfahren ein. Gegen die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft erhob X._ Beschwerde, welche die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau mit Entscheid vom 20. Dezember 2010 abwies. Das Bundesgericht trat mit Urteil vom 27. Januar 2011 auf eine gegen den obergerichtlichen Entscheid erhobene Beschwerde in Strafsachen nicht ein (Verfahren 1B_29/2011).
2. Am 5. Mai 2011 erstattete X._ erneut Strafanzeige gegen Y._. Zur Begründung wurde im Wesentlichen ausgeführt, dass durch das neu eingereichte Beweismittel zweifelsfrei erstellt sei, dass Y._ entgegen seiner Aussage vor dem Bezirksgericht Bremgarten gewusst habe, wer der Notar des getöteten Walter Krebs gewesen sei. Die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten wies mit Verfügung vom 6. Juli 2011 das Begehren um Wiederaufnahme des Strafverfahrens ab. Dagegen erhob X._ Beschwerde und beantragte die Aufhebung der angefochtenen Verfügung sowie den Ausstand der Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau wies mit Entscheid vom 23. August 2011 die Beschwerde ab und trat auf das Ausstandsgesuch nicht ein. Zur Begründung führte die Beschwerdekammer zusammenfassend aus, dass auf das Ausstandsbegehren zufolge offensichtlich fehlender Begründung nicht einzutreten sei. Die Staatsanwaltschaft habe das Gesuch um Wiederaufnahme des Strafverfahrens zu Recht abgewiesen. Aus dem vom Beschwerdeführer eingereichten Schriftstück ergebe sich nichts, was in hinreichendem Masse für eine strafrechtliche Verantwortlichkeit von Y._ sprechen würde.
3. X._ führt gegen den Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau mit Eingabe vom 29. September 2011 (Postaufgabe 30. September 2011) Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von Art. 95 ff. BGG nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Der Beschwerdeführer legt mit seinen Ausführungen nicht im Einzelnen dar, inwiefern die Abweisung seiner Beschwerde und das Nichteintreten auf das Ausstandsbegehren rechts- bzw. verfassungswidrig sein sollte. Die Beschwerdekammer würdigte das vom Beschwerdeführer eingereichte Schriftstück und kam zum Schluss, dass dieses keinen Einfluss auf die Entscheidfindung hätte haben können. Mit den entsprechenden Ausführungen setzte sich der Beschwerdeführer nicht auseinander und zeigte nicht auf, inwiefern diese rechts- bzw. verfassungswidrig sein sollten. Mangels einer genügenden Begründung ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli