Sachverhalt:
A. Mit Beschluss der Stimmberechtigten von Engelberg vom 28. September 1986 wurde die damals Marie Barmettler gehörende, unbebaute Parzelle Nr. 1866 der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen zugewiesen. Der Regierungsrat des Kantons Obwalden genehmigte diese zonenplanerische Festsetzung am 21. April 1987. Das genannte Grundstück liegt bei der Talstation der Bergbahnen und ist seit vielen Jahren als Parkplatz an die Bergbahnen Engelberg-Trübsee-Titlis AG verpachtet.
B. Mit Klage bei der kantonalen Schätzungskommission in Enteignungssachen vom 18. April 1997 machte Marie Barmettler das Heimschlagsrecht gegenüber der Einwohnergemeinde Engelberg geltend und verlangte überdies eine Entschädigung wegen materieller Enteignung. Die Schätzungskommission wies die Klage bezüglich der Entschädigung wegen materieller Enteignung mit Entscheid vom 12. April 2000 ab. Zur Begründung führte sie aus, die Festsetzung der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen im Jahre 1987 stelle eine Nichteinzonung dar, und die Voraussetzungen für eine ausnahmsweise Entschädigung im Falle der Nichteinzonung seien nicht erfüllt. Auch sei der Grundeigentümerin kein Sonderopfer im Sinne der Rechtsprechung zur materiellen Enteignung auferlegt worden. Das Gesuch um Heimschlag hiess die Schätzungskommission in ihrem Entscheid vom 12. April 2000 gut und setzte die Heimschlagentschädigung zu Lasten der Einwohnergemeinde Engelberg anstelle der verlangten rund Fr. 2,4 Mio. auf Fr. 966'231.60 fest. Das Heimschlagsrecht ergebe sich aus Art. 21 des Baureglements der Einwohnergemeinde Engelberg (BR, in der Fassung vom 22. Februar 1994), welcher den Grundeigentümer berechtige, sein in der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen gelegenes Grundstück innert zehn Jahren seit deren Erlass der Gemeinde heimzuschlagen, auch wenn keine materielle Enteignung vorliege.
Am 25. Mai 2000 erklärte Marie Barmettler gegenüber der Schätzungskommission, sie nehme den Entscheid nicht an und halte ihre Klagebegehren vollumfänglich aufrecht. Diese Nichtannahme-Erklärung übermittelte die Schätzungskommission dem Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden.
Mit Schreiben vom 30. Mai 2000 teilte der Verwaltungsgerichtspräsident Marie Barmettler mit, ihr komme im Gerichtsverfahren wegen materieller Enteignung die Klägerrolle zu. Zur Einreichung der Klage setzte er eine Frist von 30 Tagen. In der Folge ersuchte Marie Barmettler regelmässig um Fristerstreckung, welche der Verwaltungsgerichtspräsident jeweils gewährte.
C. Am 25. September 2004 veräusserte Marie Barmettler die Parzelle Nr. 1866 an ihre sieben Töchter, welche das Grundstück als Erbvorbezug zu Gesamteigentum erwarben.
D. Am 20. April 2005 beantragte die Einwohnergemeinde Engelberg beim Verwaltungsgericht, den Klägerinnen sei eine letztmalige Frist anzusetzen zur Einreichung der Klageschrift mit Androhung von Säumnisfolgen. Weitere Fristerstreckungen seien nicht zu gewähren. Die Töchter von Marie Barmettler beantragten die Abweisung der Begehren der Gemeinde und ersuchten um eine weitere Fristerstreckung. Mit Entscheid vom 29. Juli 2005 wies der Verwaltungsgerichtspräsident das Gesuch der Gemeinde um Ansetzung einer Verwirkungsfrist zur Klageanhebung ab und trat auf das Fristerstreckungsgesuch der Gesuchsgegnerinnen nicht ein.
E. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 23. August 2005 beantragt die Einwohnergemeinde Engelberg, der Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten vom 29. Juli 2005 sei aufzuheben und dieser sei anzuweisen, den Beschwerdegegnerinnen eine Frist zur Klageerhebung mit Verwirkungsfolgen im Säumnisfall anzusetzen. Eventuell seien weitere Massnahmen zur Prozessbeschleunigung anzuordnen. Die Beschwerdeführerin macht Rechtsverweigerung bzw. Rechtsverzögerung geltend, welche Art. 5 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700) in Verbindung mit <ref-law> verletze.
F. Der Verwaltungsgerichtspräsident schliesst unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zulässig gegen Verfügungen, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen oder hätten stützen sollen (<ref-law> i.V.m. Art. 97 OG), sofern diese von einer in Art. 98 OG genannten Vorinstanz erlassen worden sind und keiner der in Art. 99 ff. OG oder in der Spezialgesetzgebung vorgesehenen Ausschlussgründe greift. Sodann unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemischtrechtliche Verfügungen bzw. (auch) auf unselbständiges kantonales Ausführungsrecht zum Bundesrecht gestützte Anordnungen sowie auf übrigem kantonalem Recht beruhende Anordnungen, die einen hinreichend engen Sachzusammenhang mit der im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu beurteilenden Frage des Bundesverwaltungsrechts aufweisen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 474; <ref-ruling> E. 1b/aa; <ref-ruling> E. 1a/aa S. 361, je mit Hinweisen).
1.2 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht im Sinne von Art. 97 OG in Verbindung mit <ref-law> ist nach Art. 34 Abs. 1 RPG zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen über Entschädigungen als Folge von Eigentumsbeschränkungen (Art. 5 RPG; vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 574 mit Hinweisen). Verfahrensleitende und andere Zwischenverfügungen in einem der Endverfügung vorangehenden Verfahren, die einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können, sind selbständig durch Beschwerde anfechtbar (<ref-law>). Als selbständig anfechtbare Zwischenverfügungen gelten unter anderem Verfügungen über die Sistierung des Verfahrens (<ref-law>).
1.3 Nach der Rechtsprechung ist gegen Entscheide über die Festsetzung der Entschädigung für die Ausübung des Heimschlagsrechts jedenfalls dann die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegeben, wenn der kantonale Gesetzgeber das Heimschlagsrecht als Folge einer Planungsmassnahme gemäss RPG gewährt, in welcher eine enteignungsähnliche Eigentumsbeschränkung liegt oder liegen könnte, und wenn - zumindest unter anderem - umstritten ist, ob und in welchem Masse eine Entschädigung für den planerischen Eingriff geschuldet sei (<ref-ruling> E. 1 S. 257 f. mit Hinweisen).
Diese Voraussetzungen sind im vorliegenden Fall erfüllt: Beim Zonenplan der Einwohnergemeinde Engelberg handelt es sich um einen Nutzungsplan, der für die betroffenen Grundeigentümer zu Eigentumsbeschränkungen im Sinne von Art. 5 Abs. 2 und 34 Abs. 1 RPG führt. In Art. 26 Abs. 2 des Baugesetzes des Kantons Obwalden vom 12. Juni 1994 (BauG) wird zudem ausdrücklich das Recht des Eigentümers anerkannt, gegen volle Entschädigung die Übernahme des Bodens durch das Gemeinwesen zu verlangen, wenn die auf einem Grundstück lastende Zone für öffentliche Bauten und Anlagen in ihrer Wirkung einer Enteignung gleichkommt. Art. 21 BR bestimmt darüber hinaus, dass jeder Grundeigentümer berechtigt ist, sein in der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen gelegenes Grundstück innert zehn Jahren seit deren Erlass der Gemeinde heimzuschlagen. Dieses Recht besteht neben einem allfälligen Entschädigungsanspruch aus materieller Enteignung, doch hat sich der Grundeigentümer bereits erhaltene Vergütungen anrechnen zu lassen (Art. 21 Satz 3 BR).
Dem vorliegenden Verfahren liegt somit in dreifacher Hinsicht eine Streitigkeit zu Grunde, die eine Entschädigung für eine Eigentumsbeschränkung aufgrund einer Nutzungsplanung im Sinne des RPG betrifft. Zunächst kann die Festsetzung der Zone für öffentliche Bauten und Anlagen eine materielle Enteignung im Sinne von Art. 5 Abs. 2 RPG bewirkt haben (vgl. Art. 26 Abs. 1 BauG). Zudem kann als Folge der Eigentumsbeschränkung ein Heimschlag nach Art. 26 Abs. 2 BauG in Frage kommen, und schliesslich steht - selbst wenn keine materielle Enteignung vorliegt - das Heimschlagsrecht nach Art. 21 BR zur Diskussion. Die Problematik der Heimschlagsentschädigung nach Art. 21 BR steht in der vorliegenden Angelegenheit in einem derart engen Sachzusammenhang mit Art. 5 Abs. 2 RPG, dass auch sie im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu behandeln ist (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 175 und 3b S. 177 f.).
1.4 Die Einwohnergemeinde Engelberg macht zu Recht geltend, der angefochtene Entscheid wirke wie eine Sistierung des Entschädigungsverfahrens. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit zulässig im Lichte von <ref-law> in Verbindung mit Art. 101 lit. a OG (e contrario; vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 213 mit Hinweisen). Die Beschwerdefrist gegen Zwischenentscheide von 10 Tagen (Art. 106 Abs. 1 OG) ist eingehalten.
1.5 Gemäss Art. 34 Abs. 2 RPG sind die Gemeinden zur Beschwerde gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen über Entschädigungen als Folge von Eigentumsbeschränkungen im Sinne von Art. 5 Abs. 2 RPG berechtigt. Die Einwohnergemeinde Engelberg ist demnach befugt, den Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten beim Bundesgericht anzufechten. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
2. 2.1 Nach Art. 104 lit. a OG kann mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens gerügt werden. Soweit die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig ist, kann die Beschwerdeführerin auch geltend machen, der angefochtene Entscheid verletze Bundesverfassungsrecht, weil dieses zum Bundesrecht im Sinne von Art. 104 lit. a OG gehört (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2 d/bb S. 47, 72 E. 1b, je mit Hinweisen). Ist in einer Streitsache sowohl materielles kantonales als auch eidgenössisches Verwaltungsrecht anwendbar, so kann auch geltend gemacht werden, die Anwendung des kantonalen Rechts stelle zugleich eine Bundesrechtsverletzung dar, insbesondere eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte. Kommt dem kantonalen Recht gegenüber dem Bundesrecht selbständige Bedeutung zu, so prüft das Bundesgericht dessen Auslegung und Anwendung auf Willkür hin, soweit nicht spezielle Normen des eidgenössischen oder kantonalen Verfassungsrechts in Frage stehen (<ref-ruling> E. 2a S. 5; <ref-ruling> E. 1 S. 238; <ref-ruling> E. 1b S. 329 f., je mit weiteren Hinweisen).
2.2 Das Bundesgericht darf in Fällen wie dem vorliegenden weder zu Gunsten noch zu Ungunsten der Parteien über deren Begehren hinausgehen. An die Begründung der Begehren ist es nicht gebunden (Art. 114 Abs. 1 OG).
3. 3.1 Die Festsetzung der Entschädigung für materielle Enteignung und für die Ausübung des Heimschlagsrechts erfolgt im Kanton Obwalden gemäss einer vom Verwaltungsgerichtspräsidenten als "nicht leicht nachvollziehbar" bezeichneten Ordnung, die "nicht mehr in das heutige System der Verwaltungsrechtspflege passe". Die Normen seien aus ihrem historischen Kontext heraus zu verstehen und seien auch dementsprechend von der Praxis interpretiert worden. Die Rechtslage nach Obwaldner Recht kann wie folgt zusammengefasst werden:
3.1.1 Gemäss Art. 13 Abs. 2 des kantonalen Gesetzes über die Zwangsenteignung vom 9. April 1877 (EntG/OW; GDB 760.1) urteilt die Schätzungskommission über die Frage der Entschädigung und alle mit derselben in Verbindung stehenden, zur Erörterung gelangenden Nebenfragen und teilt ihren Entscheid den Parteien beförderlichst mit. Wird von einer Partei nicht innert 14 Tagen nach Mitteilung des Entscheids die Behandlung der Frage durch das Verwaltungsgericht verlangt, so wird der Entscheid der Schätzungskommission rechtskräftig (Art. 13 Abs. 3 Satz 1 EntG/OW). Falls aber die Nichtannahme erklärt wird, gelangt insoweit die Frage der Entschädigung an das Verwaltungsgericht, in dessen Hand es sodann liegt, weitere Sachverständige zuzuziehen oder nicht (Art. 13 Abs. 3 Satz 2 EntG/OW). Nach Art. 14 Abs. 1 EntG/OW ist angreifender Teil im gerichtlichen Verfahren in der Regel der Expropriant. Für das Verfahren gelten im Allgemeinen, jedoch unter Berücksichtigung der Sonderbestimmungen des Enteignungsgesetzes, die Bestimmungen über das Klageverfahren vor Verwaltungsgericht (Art. 14 Abs. 2 EntG/OW).
3.1.2 Diese Bestimmungen werden in der publizierten Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts wie folgt interpretiert (vgl. Niccolò Raselli, Aus der Rechtsprechung in Enteignungssachen, in: Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsentscheide des Kantons Obwalden, VVGE, 1978-1980, S. 147 ff.; vgl. etwa auch VVGE 1995/96, Nr. 50; 1985/86, Nr. 64):
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Die Durchführung des Verfahrens vor der Schätzungskommission gilt sowohl bei der formellen als auch bei der materiellen Enteignung als Prozessvoraussetzung für das nachfolgende Klageverfahren vor dem Verwaltungsgericht (Niccolò Raselli, a.a.O., S. 150). Die Nichtannahme des Entscheids der Schätzungskommission wird als Rechtsmittel sui generis bezeichnet, welches wie ein ordentliches Rechtsmittel die Rechtskraft hemme, jedoch keinen Devolutiveffekt entfalte. Die Sache werde durch die Nichtannahme allein nicht zur Entscheidung vor eine höhere Instanz befördert. Das Schätzungsverfahren erscheine somit nicht als eigentliches erstinstanzliches Verfahren, sondern als ein dem ordentlichen Verfahren vorgelagertes, besonderes Verfahren, das - ähnlich dem Vermittlungsversuch im Zivilprozess - Voraussetzung für das ordentliche Verfahren vor dem Verwaltungsgericht sei. Bei Nichtannahme des Schätzungsentscheids werde der Weg frei zur gerichtlichen Beurteilung der Sache. Gegenstand des anschliessenden gerichtlichen Verfahrens sei nicht der Entscheid der Schätzungskommission, sondern die Klage. Das Gesetz enthalte keine Bestimmung darüber, ob dies innert einer bestimmten Frist zu geschehen habe. In der Praxis teile deshalb der Präsident der Schätzungskommission die Nichtannahme dem Präsidenten des Verwaltungsgerichts mit. Dieser setze derjenigen Partei, welcher die Klägerrolle zufalle, eine Frist zur Erhebung der verwaltungsgerichtlichen Klage. Obwohl eine solche Frist nicht eigens vorgesehen sei, habe sie sich im Interesse eines geordneten Verfahrens in der Praxis als zweckmässig erwiesen. Die Frist sei nach der kantonalen Rechtsprechung erstreckbar, und selbst das unbenützte Verstreichen der Frist habe keine Verwirkung des Klagerechts zur Folge (Niccolò Raselli, a.a.O., S. 150 f. mit Hinweisen).
Im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht, das sich nach den Regeln des Zivilprozesses richte und von der Dispositionsmaxime beherrscht sei, werde der nicht angenommene Entscheid der Schätzungskommission als neutrales, amtliches Gutachten betrachtet. In Fällen materieller Enteignung habe in der Regel der Enteignete als Kläger aufzutreten (Niccolò Raselli, a.a.O., S. 151 ff.).
3.1.3 Aus der beschriebenen Rechtslage soll sich nach den Ausführungen im angefochtenen Entscheid ergeben, dass die Gutheissung des Antrags der Gemeinde, den Klägerinnen eine Klagefrist mit Verwirkungsfolge anzusetzen, voraussetzt, dass die Gemeinde über ein schutzwürdiges Interesse zur Klageprovokation oder zur Einreichung einer negativen Feststellungsklage verfüge (<ref-ruling> E. 3 S. 22 ff. mit Hinweisen). Ein entsprechendes hinreichendes Rechtsschutzinteresse der Gemeinde wird im angefochtenen Entscheid sowohl in Bezug auf die Frage der Entschädigung wegen materieller Enteignung als auch hinsichtlich des Heimschlags verneint. Die Gemeinde habe kein erhebliches Schutzbedürfnis, bereits heute zu wissen, ob sie nach allfälliger Durchführung des Klageverfahrens in Zukunft einmal aus materieller Enteignung entschädigungspflichtig werde. Die Fortdauer der bestehenden Ungewissheit behindere sie nicht in unzumutbarer Weise in ihrer Bewegungsfreiheit. Zum Heimschlagsrecht wird im angefochtenen Entscheid ausgeführt, es handle sich dabei um ein Recht, das nicht dem Gemeinwesen, sondern nur den Grundeigentümern zustehe. Im Kanton Obwalden sei gegen den Willen des Grundeigentümers namentlich die Erweiterung der materiellen zur formellen Enteignung unzulässig, wenn die Voraussetzungen der formellen Enteignung nicht vorlägen. Benötige das Gemeinwesen das fragliche Land, so habe es den Weg der formellen Enteignung zu beschreiten.
3.2 Das Verfahren für die Beurteilung von Entschädigungen als Folge von Eigentumsbeschränkungen wird weitgehend im kantonalen Recht geregelt (Art. 36 RPG). Dieses muss jedoch den bundesrechtlichen Mindestanforderungen an das kantonale Verfahren genügen und hat der Verwirklichung des materiellen Rechts zu dienen. Seit dem Inkrafttreten des RPG am 1. Januar 1980 besteht für die Kantone die Pflicht, mindestens ein Rechtsmittel gegen Verfügungen aus dem Anwendungsbereich des RPG vorzusehen (Art. 33 Abs. 2 RPG; EJPD/BRP, Erläuterungen zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Bern 1981, N. 12 zu Art. 33). Zudem sind die Gemeinden nach Art. 34 Abs. 2 RPG ausdrücklich zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Entscheide über Entschädigungen als Folge von Eigentumsbeschränkungen (Art. 5 RPG) berechtigt. Das kantonale Recht muss die Beschwerdeberechtigung im kantonalen Rechtsmittelverfahren im gleichen Umfang gewährleisten (Art. 33 Abs. 3 lit. a RPG) und die volle Überprüfung durch wenigstens eine Beschwerdebehörde sicherstellen (Art. 33 Abs. 3 lit. b RPG; <ref-ruling> E. 3b/aa S. 242 f. mit Hinweisen). Mit dieser Regelung hat der Bundesgesetzgeber den Kantonen die Pflicht auferlegt, für den Prozess über die Entschädigung als Folge von Eigentumsbeschränkungen einen Rechtsmittelweg einzurichten, der auch den Gemeinden offen steht. Den Gemeinden stehen als Prozesspartei vor allen Instanzen von Verfassungs wegen die gleichen prozessualen Rechte zu wie den Grundeigentümern, und sie haben auch Anspruch auf eine Beurteilung innert angemessener Frist (<ref-law>).
Aus den Materialien zum RPG ergibt sich, dass Art. 33 Abs. 2 RPG nicht zwingend eine "Beschwerde" zur Gewährung des Rechtsschutzes verlangt. Hingegen muss das kantonale Rechtsmittel im Ergebnis den bundesrechtlichen Standard erfüllen (EJPD/BRP, a.a.O., N. 13 zu Art. 33).
3.3 Bei den im vorliegenden Fall umstrittenen Entschädigungsfragen handelt es sich um eine Entschädigung für eine nutzungsplanerische Massnahme im Sinne des RPG. Dies gilt auch für den Fall, dass lediglich eine Entschädigung für den Heimschlag nach Art. 21 BR in Frage kommen sollte. Die Tatsache, dass der Heimschlag auch für nicht enteignungsgleich wirkende Eingriffe zur Verfügung steht, bedeutet allein noch nicht, dass dieser ein selbständiges Institut des kantonalen Rechts ist und nie Folge einer Planungsmassnahme im Sinne des RPG sein kann (<ref-ruling> E. 3a S. 177; Urteil des Bundesgerichts 1P.119/1991 vom 1. Februar 2000, in: ZBl 101/2000 S. 635 E. 2b; Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 4. Aufl., Bern 2002, S. 624). Ungeachtet der Frage, ob sich die Entschädigungspflicht schliesslich aus Art. 5 RPG, Art. 26 BauG oder Art. 21 BR ergibt, muss das kantonale Verfahren somit ein Rechtsmittel zur Verfügung stellen, das den Anforderungen von Art. 33 Abs. 2 RPG genügt, soweit die Entschädigung für die mit dem Zonenplan direkt festgelegte Eigentumsbeschränkung umstritten ist.
3.4 Die Ausführungen im angefochtenen Entscheid, die sich auf die kantonale Praxis stützen (E. 3.1 hiervor), tragen den genannten bundesrechtlichen Grundsätzen nicht hinreichend Rechnung. Sie beruhen auf der noch vor 1980 geltenden Rechtslage, als es den Kantonen von Bundesrechts wegen lediglich verwehrt war, den Bürgern eine Entschädigung für schwere Eigentumsbeschränkungen zu Unrecht zu verweigern. Seit der Einführung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in diesem Bereich haben sich die Gerichte jedoch auch zu den Grenzen der Entschädigungspflicht zu äussern (vgl. Enrico Riva, Hauptfragen der materiellen Enteignung, S. 17). Dabei handelt es sich um einen Anspruch der Kantone und Gemeinden, den die Kantone mit ihrem Verfahrensrecht nicht vereiteln dürfen, ansonsten sie gegen die verfahrensrechtlichen Minimalanforderungen im RPG sowie <ref-law> verstossen würden.
3.4.1 Es ist unbestritten, dass das Obwaldner Recht keine Beschwerde und auch sonst kein Rechtsmittel gegen den Entscheid der Schätzungskommission vom 12. April 2000 vorsieht. Stattdessen steht den Grundeigentümern bei Nichtannahme des Entscheids der Schätzungskommission die Klage an das Verwaltungsgericht offen. Für die Gemeinde soll - nach Auffassung des Verwaltungsgerichtspräsidenten im angefochtenen Entscheid - die negative Feststellungsklage gegeben sein, wobei das Rechtsschutzinteresse der Gemeinde zumindest zweifelhaft sei. Die Beschwerdeführerin macht geltend, den Grundeigentümerinnen sei eine Verwirkungsfrist anzusetzen, innert welcher sie ihren Entschädigungsanspruch einzuklagen haben.
3.4.2 Weder die negative Feststellungsklage noch die von der Beschwerdeführerin verlangte Verwirkungsfrist zur Klageeinreichung sind geeignet, einen den Anforderungen von Art. 33 Abs. 2 RPG genügenden Rechtsschutz zu gewährleisten. Gegenstand des an die Nichtannahme-Erklärung anschliessenden gerichtlichen Verfahrens ist nach dem kantonalen Recht nicht der Entscheid der Schätzungskommission, sondern die Klage an das Verwaltungsgericht (s. vorne E. 3.1.2). Da Art. 33 Abs. 2 RPG nach seinem klaren Wortlaut jedoch wenigstens ein Rechtsmittel gegen den erstinstanzlichen Entscheid verlangt, genügt es nicht, wenn das kantonale Recht eine selbständige Klage zur Geltendmachung der Enteignungsentschädigung zur Verfügung stellt, welche nicht die Überprüfung des Entscheids der Schätzungskommission zum Gegenstand hat. Der Entscheid der Schätzungskommission stellt im Lichte von Art. 33 Abs. 2 RPG eine Verfügung über die Entschädigungsfrage dar, die bei einer kantonalen Rechtsmittelinstanz anfechtbar sein muss. Diese Anforderung erfüllt nur ein Rechtsmittel, das von allen am Schätzungsverfahren beteiligten Parteien erhoben werden kann. Die Klage an das Verwaltungsgericht steht jedoch nach der kantonalen Praxis in Fällen wie dem vorliegenden nur den Grundeigentümern zu. Aber auch die negative Feststellungsklage, welche nach dem angefochtenen Entscheid bei Bejahung des Rechtsschutzinteresses zulässig sein könnte, bietet keine Gewähr, dass der Entscheid der Schätzungskommission vollständig überprüft wird. Da die Grundeigentümerinnen nicht verpflichtet sind, im Rahmen einer solchen Klage das vor der Schätzungskommission ursprünglich geltend gemachte Heimschlagsrecht auszuüben, kann der Entscheid des Verwaltungsgerichts unter Umständen lediglich auf Nichtbestand des Anspruchs auf eine Entschädigung lauten, weil die Grundeigentümerinnen das Heimschlagsrecht noch gar nicht ausgeübt haben. Über den Heimschlag selbst wäre damit nicht entschieden, obwohl das Gesuch um Heimschlag von der Schätzungskommission in ihrem Entscheid vom 12. April 2000 gutgeheissen wurde. Damit besteht im Kanton Obwalden für die Überprüfung des Entscheids der Schätzungskommission kein Rechtsmittel, das den Anforderungen von Art. 33 Abs. 2 RPG genügt.
3.5 Für die Beurteilung eines Rechtsmittels gegen den Entscheid der Schätzungskommission im Sinne von Art. 33 Abs. 2 RPG kommt nach der kantonalen Zuständigkeitsordnung lediglich das Verwaltungsgericht in Frage (Art. 10 und 62 ff. des kantonalen Gesetzes vom 22. September 1996 über die Gerichtsorganisation, GOG). Dieses muss eine gegen den Entscheid der Schätzungskommission eingereichte Nichtannahme-Erklärung gestützt auf die bundesrechtliche Garantie gemäss Art. 33 Abs. 2 RPG als ordentliches Rechtsmittel entgegennehmen und nach den üblichen für die kantonale Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltenden Grundsätzen behandeln (vgl. Art. 8 ff. der kantonalen Verordnung vom 9. März 1973 über das Verwaltungsgerichtsverfahren, VGV/OW). Auf diese Weise kann ein Art. 33 Abs. 2 RPG genügender Rechtsschutz gewährleistet werden. Der damit verbundene Eingriff in die kantonale Organisationshoheit ergibt sich aus dem Bundesrecht (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 334 f. mit Hinweisen). Der Kanton Obwalden wird diesen Grundsätzen sowie den Anforderungen an das kantonale Verfahren, die sich aus dem neuen Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005 (BGG, BBl 2005 4045 ff.; s. insbesondere Art. 86 Abs. 2 und 3 BGG) ergeben werden, im Rahmen der Anpassung seiner Rechtsordnung an das Bundesrecht Rechnung zu tragen haben.
3.6 In Bezug auf die vorliegende Angelegenheit ergibt sich, dass die Frist von 30 Tagen zur Einreichung einer kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemäss Art. 8a VGV/OW längst verstrichen ist. Nach Treu und Glauben kann der unbenützte Ablauf der Beschwerdefrist den am vorliegenden Verfahren beteiligten Parteien nicht entgegengehalten werden. Das Verwaltungsgericht hat deshalb den Grundeigentümerinnen als Rechtsnachfolgerinnen von Marie Barmettler, welche die Nichtannahme des Entscheids der Schätzungskommission am 25. Mai 2000 erklärt hatte, im Anschluss an das vorliegende Urteil eine neue Frist zur Begründung des Rechtsmittels zu eröffnen. Sollten die Grundeigentümerinnen die festgesetzte Frist unbenützt verstreichen lassen, so wäre das Rechtsmittel aufgrund der blossen Nichtannahme-Erklärung vom 25. Mai 2000 durch das Verwaltungsgericht zu behandeln.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass das Klageverfahren, wie es im Kanton Obwalden für Fälle wie den vorliegenden vorgesehen ist, den bundesrechtlichen Rechtsschutzanforderungen gemäss Art. 33 Abs. 2 RPG nicht genügt. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Gemeinde Engelberg ist deshalb im Sinne der Erwägungen gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Der Verwaltungsgerichtspräsident hat den privaten Beschwerdegegnerinnen eine angemessene Frist zur Begründung ihrer Nichtannahme-Erklärung, welche als kantonale Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu behandeln ist, anzusetzen.
Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens erscheint es gerechtfertigt, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (Art. 156 Abs. 2 OG). Obsiegenden Gemeinden wird im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in der Regel keine Parteientschädigung ausgerichtet (Art. 159 Abs. 2 OG). Den Beschwerdegegnerinnen ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da sie mit ihren Anträgen im bundesgerichtlichen Verfahren nicht durchdringen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen, und der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten des Kantons Obwalden vom 29. Juli 2005 wird aufgehoben.
2. Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden wird verpflichtet, den privaten Beschwerdegegnerinnen eine angemessene Frist zur Begründung der Nichtannahme-Erklärung vom 25. Mai 2000 zu gewähren.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgerichtspräsidenten des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2006
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: