Fatti:
A. Nel 2007 A._, in seguito alla richiesta di rilasciargli un attestato sulla sua "condotta di vita", aveva chiesto al Municipio di X._, suo Comune di domicilio, d'essere informato circa un incontro che l'autorità comunale aveva avuto con suo fratello B._. Una precisazione aggiunta in tale ambito dal Municipio ha dato inizio a numerosi ricorsi (vedi sentenza 1C_503/2011 del 25 novembre 2011). Il 23 settembre 2009 il segretario comunale, agente come funzionario ausiliario dell'Ufficio esecuzioni e fallimenti di Locarno, visto il rifiuto di A._ di lasciarsi notificare un precetto esecutivo, avrebbe o ha accartocciato o stracciato detto atto. Anche questo fatto ha dato origine a numerosi ricorsi (sentenza 1C_467/2011 del 7 novembre 2011).
B. In quest'ultimo ambito, il 26 novembre 2009 A._ ha inoltrato un'istanza di intervento alla Sezione enti locali (SEL), per denunciare il comportamento inurbano del segretario comunale (sentenza 1C_367/2010 del 1° settembre 2010). La SEL ha ritenuto non adempiuti i presupposti per un suo intervento. Dopo aver consultato più volte l'incarto, l'interessato ha nuovamente sollecitato l'intervento della SEL (cfr. sentenze 1C_251/2010 del 19 maggio 2010 e 1C_503/2011, citata).
C. Per quanto qui interessa, con decisione del 24 gennaio 2012 il Consiglio di Stato, pronunciandosi su numerose richieste di intervento inoltrate da A._ alla SEL, ha ribadito che non sono date le premesse per interventi o provvedimenti di vigilanza nei confronti del Municipio. Con giudizio del 26 novembre 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha dichiarato irricevibili per carenza di legittimazione attiva due ricorsi di A._.
D. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale chiedendone l'annullamento.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (<ref-law>) e se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Nell'ambito di una procedura amministrativa, di massima l'estensore di un atto di ricorso dichiarato irricevibile per carenza di legittimazione ha facoltà di contestare la relativa pronuncia per il tramite di un ricorso in materia di diritto pubblico (art. 89 1 cpv. 1 lett. a-c LTF; <ref-ruling> consid. 3.1-3.2 e rinvii). In tale contesto il ricorrente può far valere soltanto la lesione dei suoi diritti di parte e il diniego, da parte dell'autorità cantonale di ultima istanza, di esaminare nel merito il gravame: nella misura in cui egli adduce censure di merito, come in concreto il divieto dell'arbitrio (<ref-law>) e la protezione della sfera privata (<ref-law> e 8 CEDU), queste sono inammissibili (<ref-ruling> consid. 4 e 6.3; <ref-ruling> consid. 2.1.2 in fondo; <ref-ruling>).
1.3 Nella decisione impugnata, la Corte cantonale ha ricordato che nel quadro della procedura di vigilanza sui comuni il Consiglio di Stato, d'ufficio o su istanza, entra in materia, quando a carico degli organi comunali e dei loro membri ravvisa indizi di cattiva amministrazione a detrimento di importanti interessi collettivi, rispettivamente individua una violazione degli obblighi derivanti dalla carica (art. 196 cpv. 1 della legge organica comunale del 10 marzo 1987, LOC); singole decisioni errate o viziate adottate dagli organi locali non costituiscono di per sé indizio o sospetto di cattiva amministrazione (cpv. 2). L'istanza di intervento all'autorità di vigilanza è un rimedio di diritto sussidiario, riservata ai casi in cui non sia possibile promuovere una normale procedura ricorsuale (art. 196a cpv. 1 LOC): l'introduzione di una siffatta istanza non dà diritto all'entrata in materia e l'istante non ha ruolo di parte (cpv. 2).
La Corte cantonale, richiamando l'art. 207 cpv. 1 LOC, secondo cui solo chi è leso nei suoi interessi legittimi ha diritto di ricorrente al Tribunale cantonale amministrativo contro le decisioni emanate dal Consiglio di Stato quale autorità di vigilanza sui comuni, ha dichiarato irricevibile il gravame del ricorrente per carenza di legittimazione attiva. Ritenuto che la criticata decisione governativa non ha implicato alcuna modifica a svantaggio dell'istante, i giudici cantonali si sono fondati sulla prassi del Tribunale federale, secondo la quale in tale ambito il ricorso del cittadino è ricevibile soltanto in quanto l'autorità di vigilanza abbia modificato, a suo scapito, la situazione giuridica preesistente all'istanza di intervento (<ref-ruling> consid. 2a e riferimenti). Nella fattispecie la criticata decisione governativa ha lasciato immutata la situazione dell'istante. Anche nell'ipotesi in cui quest'ultimo fosse effettivamente stato pregiudicato nei suoi interessi legittimi, la lesione sarebbe infatti da ricondurre all'agire commissivo od omissivo del Comune o dei suoi organi e non alla decisione del Consiglio di Stato agente quale autorità di vigilanza.
1.4 Il ricorrente, disattendendo l'obbligo di motivazione (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF), a lui noto, non si confronta del tutto con questa giurisprudenza, posta a fondamento del criticato giudizio, per cui il ricorso è inammissibile per carenza di motivazione (sentenza 1C_503/2011 del 25 novembre 2011 nei suoi confronti; <ref-ruling> consid. 1.4.1. e 1.4.2). In effetti, egli si limita in sostanza a riproporre le censure più volte sottoposte al Tribunale federale nell'ambito dei suoi precedenti, numerosi ricorsi concernenti il certificato di condotta e l'asserito accartocciamento di un precetto esecutivo, gravami pure dichiarati inammissibili per carenza di motivazione.
1.5 Egli accenna del resto, manifestamente a torto, al fatto che il mancato riconoscimento della sua legittimazione attiva nella procedura di vigilanza sui comuni avrebbe avuto un effetto "diretto" sui paralleli procedimenti penali (vedi al riguardo causa 6B_31/2013), per cui, implicitamente, egli avrebbe avuto un interesse legittimo in tale contesto. Al proposito, egli disattende, circostanza da lui non addotta e che pertanto non dev'essere esaminata (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF), che, semmai, in presenza di una procedura penale pendente, il Consiglio di Stato avrebbe dovuto sospendere la procedura di vigilanza (art. 196a LOC). Questa questione tuttavia non dev'essere esaminata oltre, anche perché nella fattispecie l'assenza di un interesse legittimo del ricorrente nell'ambito della procedura amministrativa è manifesto. Egli misconosce infatti che l'istanza di intervento è un rimedio di diritto sussidiario, riservata ai casi in cui non sia possibile promuovere una normale procedura ricorsuale (art. 196a LOC). Ora, nella fattispecie, il ricorrente si è più volte avvalso, per quanto senza successo, dei rimedi di diritto ordinari.
1.6 Discende da queste considerazioni che le critiche di merito non possono essere esaminate. Richiamati i numerosi gravami inoltrati dal ricorrente, appare nondimeno opportuno far presente che il ricorso sarebbe nondimeno stato dichiarato privo di fondamento. Le censure si esauriscono infatti nell'addurre un accertamento impreciso e inesatto dei fatti, insistendo sulla portata dei termini utilizzati dalle diverse autorità coinvolte, senza tuttavia dimostrare, ciò che è decisivo, l'arbitrarietà della soluzione ritenuta dalla Corte cantonale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 7.1). Insistendo sul fatto che il segretario comunale non avrebbe soltanto accartocciato, ma stracciato il precetto esecutivo e ch'egli non si sarebbe rifiutato di ritirarlo, ma avrebbe chiesto di rinviarlo all'ufficio competente, il ricorrente si diffonde su particolari irrilevanti e privi di portata pratica, per cui non si sarebbe comunque in presenza del sostenuto accertamento arbitrario dei fatti (art. 97 cpv. 1 in relazione all'art. 105 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4). Egli rileva un asserito cambiamento di versione da parte di un'autorità, costitutivo al suo dire di una pretesa lesione del diritto di essere sentito (<ref-law>), poiché la SEL avrebbe ritenuto che "sembra" che il segretario "abbia accartocciato" il precetto esecutivo, mentre il Consiglio di Stato avrebbe esposto ch'egli "ha accartocciato" lo stesso. Il rilievo sarebbe comunque del tutto ininfluente ai fini del giudizio. Gli accenni ricorsuali ad asserite lacune nel quadro del procedimento penale esulano poi manifestamente dall'oggetto del litigio in esame.
La critica principale del ricorrente, secondo cui la Corte cantonale non ha esaminato a torto le sue censure, è priva di fondamento e chiaramente infondata: in assenza della sua legittimazione a ricorrere essa palesemente non era tenuta a esaminarle. La decisione impugnata neppure è arbitraria nel suo risultato. In effetti, contrariamente all'accenno ricorsuale, non si è manifestamente in presenza di indizi di cattiva amministrazione a detrimento di importanti interessi collettivi (<ref-law>) e, anche nell'ipotesi in cui si dovesse essere di fronte a una decisione comunale errata, non si sarebbe comunque davanti a un sospetto di cattiva amministrazione giustificante una procedura di vigilanza (<ref-law>). Per di più, ciò che è decisivo nella fattispecie, l'istanza di intervento, come già visto, costituisce un rimedio di diritto sussidiario. Ora, in concreto, contro il criticato agire del funzionario comunale il ricorrente ha potuto avvalersi, e più volte, delle normali procedure ricorsuali, sfociate in numerose decisioni cresciute in giudicato da anni, per cui il ricorso in questione al proposito è chiaramente temerario (sentenze 1C_145/2010 del 26 aprile 2010, 1C_229/2010 del 31 maggio 2010, 1C_251/2010 del 19 maggio 2010, 1C_395/2011 del 26 settembre 2011, 1C_467/2011 e 1C_503/2011, citate). Il ricorrente, accennando a una violazione degli art. 8 e 13 CEDU, disattende pure che siffatte censure dovevano essere sollevate, se del caso, nell'ambito della normale procedura di ricorso, e non per il tramite di un'istanza di intervento (art. 196a LOC).
Al ricorrente è più volte anche stato spiegato che la sua ripetitiva affermazione, secondo cui le autorità adite con riferimento alla sorte del precetto esecutivo hanno talvolta utilizzato la formulazione "stralciato" invece di "stracciato", è del tutto irrilevante e ininfluente ai fini del giudizio (vedi, oltre alle decisioni citate, la sentenza che pure lo concerne 1F_30/2011 dell'11 novembre 2011).
1.7 Infine, l'accenno a un'asserita violazione del diritto di essere sentito, poiché la SEL non gli avrebbe concesso compiutamente l'accesso agli atti dell'incarto, seppure aveva facoltà di invocarla, non è decisiva, ritenuto che il ricorrente, come da lui precisato, li ha potuti consultare presso la Corte cantonale: l'asserito vizio è quindi stato sanato (<ref-ruling> consid. 2.3.2; <ref-ruling> consid. 2.6.1).
2. Discende dalle suesposte motivazioni che il ricorso, per la maggior parte temerario e quindi manifestamente privo di probabilità di successo, dev'essere respinto nella minima misura della sua ammissibilità. In siffatte circostanze, neppure l'implicita domanda di assistenza giudiziaria potrebbe essere accolta (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.