Fatti:
A. Il 12 febbraio 1998 la società svizzera B._SA, quale fornitrice, e la società italiana A._Srl, quale acquirente, hanno concluso un contratto (n. xxx) avente per oggetto la compravendita di due lotti di lamiere in acciaio laminate a caldo e rifilate di qualità ST44.2 rispettivamente ST52.3: il primo di 3'300 tonnellate (+5/-10 %) ad un prezzo definito secondo la clausola Incoterms 1990 CIF free out di US$ 358.-- per tonnellata; il secondo di 1'800 tonnellate (+5/-10 %) ad un prezzo definito di US$ 380.-- per tonnellata; il tutto per un totale di US$ 1'865'400.--.
Il contratto, che le parti hanno esplicitamente concordato di sottoporre al diritto interno svizzero ("This contract shall be governed by the substantive provisions of the Swiss Code of Obligations"), prevedeva fra l'altro che la merce, da trasportarsi via mare da Pohang (Corea del Sud) al porto di Marghera (Italia), avrebbe dovuto essere caricata tra il mese di aprile e il 15 maggio 1998; il pagamento sarebbe poi avvenuto mediante lettera di credito irrevocabile e confermata, utilizzabile per la negoziazione e per il pagamento a 90 giorni dalla data della polizza di carico.
A.a Visto l'andamento del mercato e il continuo ribasso del prezzo delle lamiere, il 7 aprile 1998 l'acquirente ha comunicato alla controparte l'impossibilità di confermare il predetto accordo.
Il 23 aprile 1998 la fornitrice, tramite il suo legale avv. C._, ha eccepito l'illegittimità e l'abusività di tale iniziativa, preannunciando che, qualora l'acquirente non avesse ossequiato gli impegni assunti, avrebbe preteso il risarcimento delle spese di deposito e di stoccaggio come pure della perdita cagionata da un'eventuale vendita "in danno" della merce a terzi.
A.b È seguita una fase di discussioni e trattative, sfociata nell'elaborazione di un nuovo contratto (n. xxxA), datato 8 maggio 1998, nel quale è stata pattuita una riduzione sia della merce sia del prezzo: 2'700 tonnellate di lamiere ST44.2 e 600 tonnellate di lamiere ST52.3, al prezzo di US$ 355.-- per tonnellata, per un totale di US$ 1'171'500.--.
Anche i termini di pagamento hanno fatto l'oggetto di una nuova negoziazione: nel contratto è stato inserito l'obbligo di pagamento a 120 giorni dalla data della polizza di carico e nella lettera accompagnatoria dello stesso giorno è stato precisato che "in caso di arrivo della nave dopo il 1° luglio, ma entro e non oltre il 15 luglio 1998, il pagamento sarà da effettuare a 150 giorni dalla data della polizza di carico".
A.c La merce è stata caricata il 15 maggio 1998.
A.d Venuto a conoscenza dell'intenzione della società italiana di rifiutare il pagamento del prezzo a causa del ritardo della nave, che sarebbe verosimilmente giunta in porto il 19 luglio 1998, con lettera del 10 luglio 1998 l'avv. C._ ha intimato all'acquirente di adempiere immediatamente ai suoi obblighi, avvertendola che in caso contrario la fornitrice avrebbe considerato sciolto l'accordo transattivo dell'8 maggio 1998, con conseguente ripristino del precedente contratto e con gli effetti già prospettati nello scritto del 23 aprile 1998. Non avendo ottenuto alcun riscontro a tale missiva, il 16 luglio 1998 egli ha comunicato l'avvenuta risoluzione della transazione.
L'acquirente ha reagito il 21 luglio 1998, per il tramite del suo avvocato, osservando che la nave non era ancora arrivata, ragione per cui, essendo trascorso il "termine dilatorio essenziale" del 15 luglio 1998, il contratto dell'8 maggio 1998, "l'unico in essere", era da considerarsi risolto.
A.e La nave è per finire giunta in porto il 21 luglio 1998.
Non avendo A._Srl provveduto al ritiro delle lamiere, il 4 agosto 1998 B._SA le ha comunicato l'avvenuta vendita a terzi della merce e le ha chiesto il pagamento di US$ 316'659.-- a titolo di risarcimento del danno. Invano.
B. Il 6 luglio 1999 B._SA ha quindi convenuto A._Srl dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano, chiedendo il pagamento di fr. 516'798.15, oltre interessi, pari al controvalore in franchi di US$ 270'155.55 e Lit. 110'329'118 alla data della petizione. Questo importo si componeva del pregiudizio causato dalla "vendita in danno" della merce oggetto del contratto del 12 febbraio 1998, pari a US$ 241'854.--, degli interessi passivi al 7,5 % derivanti dal mancato incasso al 12 ottobre 1998, per US$ 28'301.55, delle spese di sbarco, di Lit. 52'898'512, delle spese di sdoganamento, di Lit. 1'050'000, delle spese di separazione, di Lit. 37'854'706, e delle spese di sosta, di Lit. 18'525'900.
A._Srl ha avversato la pretesa. A suo modo di vedere, l'unico contratto vincolante era quello dell'8 maggio 1998, stipulato con effetto novatorio, che non è stato rispettato dalla fornitrice, visto che la nave non è giunta in Italia entro il 15 luglio 1998.
Statuendo il 5 agosto 2008, la giudice di primo grado ha integralmente respinto la petizione, aderendo in sostanza agli argomenti della società italiana.
C. Adita dalla soccombente, con sentenza del 27 febbraio 2010 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha riformato la pronunzia pretorile e ha accolto la petizione limitatamente a fr. 403'959.70, oltre interessi al 5 % dal 12 agosto 1998.
Premessa l'illegittimità dell'iniziativa posta in atto dalla società italiana il 7 aprile 1998 - allorquando aveva comunicato l'"impossibilità di confermare" il contratto n. xxx sottoscritto il 12 febbraio precedente per ragioni soggettive e quindi non tutelabili - e dopo aver negato effetto novatorio al contratto n. xxxA dell'8 maggio 1998, il Tribunale d'appello si è chinato sulla clausola che prevedeva il pagamento a 150 giorni dalla data della polizza di carico nel caso in cui la nave fosse arrivata "entro e non oltre il 15 luglio 1998", allo scopo di stabilire se - come preteso dalla società italiana - essa dovesse essere intesa quale fissazione di un ultimo termine di arrivo della nave, con la conseguenza che la venditrice era risultata inadempiente, oppure invece se - come preteso da quest'ultima - essa dovesse essere intesa quale semplice clausola regolante le condizioni di pagamento, ritenuto che, in caso di arrivo della nave dopo quella data, il termine sarebbe stato procrastinato di altri 30 giorni o comunque avrebbe dovuto essere ridefinito tra le parti, con la conseguenza che ad essere inadempiente era invece stata l'acquirente. L'interpretazione della clausola secondo il principio dell'affidamento ha condotto i giudici della massima istanza ticinese a condividere la tesi proposta dalla venditrice.
Ammessa con ciò l'ingiustificata inadempienza contrattuale della società italiana nell'accordo transattivo e, non avendo quest'ultimo effetto novatorio, la conseguente rinascita dell'accordo originario sottoscritto il 12 febbraio 1998, la Corte cantonale è passata alla determinazione del danno da risarcire.
In definitiva, la pretesa di B._SA è stata accolta limitatamente a US$ 197'207.95 per la vendita in danno, US$ 16'604.90 per interessi passivi al 5 %, Lit. 52'898'512 per spese di sbarco, Lit. 1'050'000 per spese di sdoganamento, Lit. 27'278'306 per spese si separazione e di sosta, per un totale di fr. 403'959.70 oltre interessi al 5 % dal 12 agosto 1998, tenuto conto del cambio medio alla data della petizione.
D. Prevalendosi della violazione del diritto federale (<ref-law>), di un apprezzamento arbitrario delle prove e di un accertamento arbitrario dei fatti (<ref-law>), il 21 aprile 2010 A._Srl è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, in via principale, la modifica della sentenza cantonale nel senso della reiezione dell'appello e, di conseguenza, della conferma della pronunzia pretorile con la quale la petizione era stata respinta; in via subordinata ha postulato l'annullamento della sentenza d'appello e il rinvio della causa all'autorità cantonale per nuova decisione nel senso dei considerandi.
Con risposta del 1° giugno 2010 B._SA ha proposto di respingere il gravame, mentre il Tribunale d'appello ha rinunciato a presentare osservazioni, rimettendosi al giudizio del Tribunale federale.

Diritto:
1. Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso in materia civile è ricevibile.
2. Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto federale (<ref-law>) che include anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1).
2.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto (<ref-law>), se i requisiti minimi di allegazione e motivazione posti dall'<ref-law> sono ossequiati. In particolare, la motivazione dell'allegato ricorsuale dev'essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la pronunzia cantonale viene contestata. Se tali requisiti non sono ossequiati, il gravame va dichiarato inammissibile a causa della sua motivazione, se del caso mediante la procedura semplificata prevista dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.1).
Quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali, inclusa la violazione del divieto dell'arbitrio nell'applicazione del diritto cantonale rispettivamente nella valutazione delle prove e dell'accertamento dei fatti, le esigenze di motivazione sono particolarmente rigorose. Il Tribunale federale tratta infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha espressamente sollevate e motivate (<ref-law>). Nell'atto di ricorso è segnatamente necessario menzionare i fatti essenziali ed esporre le ragioni per cui si ritiene che la decisione cantonale abbia leso dei diritti fondamentali, indicando precisamente quali. Solo le censure sollevate in maniera chiara e dettagliata vengono esaminate; censure di carattere appellatorio sono inammissibili. In particolare, qualora venga lamentata una violazione del divieto d'arbitrio (<ref-law>), non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì occorre dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata è manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
2.2 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>), ovvero arbitrario (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.5 pag. 401). Le parti possono censurare l'accertamento dei fatti eseguito dal tribunale inferiore alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
Tocca a chi propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo per il quale ritiene adempiute queste condizioni (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 288), tenendo ben presente che la presentazione di nuovi fatti e nuovi mezzi di prova dinanzi al Tribunale federale non è ammessa, riservato il caso in cui sia la decisione dell'autorità inferiore a darne motivo (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3).
Una critica degli accertamenti di fatto eseguiti dall'autorità cantonale che non ossequia i requisiti appena esposti rende il gravame inammissibile su questo punto (<ref-ruling> consid. 1.3, 393 consid. 7.1, 462 consid. 2.4).
2.2.1 La violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> può risiedere in una fattispecie incompleta, poiché l'autorità inferiore viola il diritto materiale se non accerta tutti i fatti pertinenti alla sua applicazione. Se intende completare l'accertamento dei fatti per ottenere una corretta applicazione del diritto, la parte ricorrente deve tuttavia indicare di aver già allegato le circostanze di fatto addotte nel gravame in sede cantonale, nei modi e nei tempi previsti dalle disposizioni procedurali applicabili e di aver fornito i relativi mezzi di prova (Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001, FF 2001 pag. 3894 e 3899).
2.2.2 Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario, un accertamento dei fatti manifestamente inesatto configura a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>), indi per cui la relativa censura dev'essere motivata conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law> (quanto già esposto al consid. 2.1).
Giovi rammentare che, per giurisprudenza invalsa, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'<ref-law> solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 4). Per quanto concerne più in particolare l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62; <ref-ruling> consid. 2.1).
3. Nella vertenza in esame, la prima questione da risolvere attiene alla portata della clausola contenuta nella lettera allegata al contratto n. xxxA dell'8 maggio 1998, che prevedeva il pagamento a 150 giorni dalla data della polizza di carico nel caso in cui la nave fosse arrivata "entro e non oltre il 15 luglio 1998".
Constatata l'impossibilità di stabilire, sulla base dell'istruttoria, quale sia stata la concorde e comune volontà delle parti, la Corte cantonale ha proceduto a un'interpretazione della clausola secondo il principio dell'affidamento, giungendo alla conclusione ch'essa va intesa quale semplice clausola regolante le condizioni di pagamento, ciò che comporta l'inadempienza della ricorrente.
3.1 Il contenuto di un contratto va stabilito in primo luogo mediante interpretazione soggettiva, ossia secondo la vera e concorde volontà delle parti contraenti (<ref-law>); qualora ciò non sia possibile occorre ricercare la loro volontà presunta applicando il principio dell'affidamento (<ref-ruling> consid. 3.3 pag. 678).
In concreto, la ricorrente non si duole del mancato ossequio della regola di diritto federale, dedotta dall'<ref-law>, della priorità dell'interpretazione soggettiva rispetto a quella oggettiva (<ref-ruling> consid. 2.3.2 pag. 274). Essa accetta la decisione della Corte cantonale su questo punto, ma sostiene che l'interpretazione in base al principio dell'affidamento è "errata in quanto frutto di un arbitrario accertamento delle prove, nel senso di incompleto e, per certi suoi punti unilaterale a favore della controparte". La ricorrente sostiene che le parti hanno inteso definire "un termine ultimo di arrivo della nave entro il quale consegnare la merce, sia anche questo inusuale nel commercio marittimo".
3.2 Nel quadro dell'interpretazione delle dichiarazioni delle parti secondo il principio dell'affidamento il giudice è tenuto a ricercare il senso che ogni contraente poteva e doveva ragionevolmente attribuire all'accordo nella situazione concreta (cosiddetta interpretazione oggettiva; <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 302). Il principio dell'affidamento permette d'imputare a una parte il senso oggettivo della sua dichiarazione o del suo comportamento, anche se questo non corrisponde alla sua intima volontà (<ref-ruling> consid. 2.2.1 pag. 67).
L'applicazione del principio dell'affidamento è una questione che concerne l'applicazione del diritto e può pertanto essere riesaminata liberamente dal Tribunale federale (cfr. quanto esposto al consid. 2.1). Per giudicare tale questione di diritto è tuttavia necessario basarsi sul contenuto delle dichiarazioni di volontà delle parti e sulle circostanze che hanno preceduto o accompagnato la stipulazione del contratto, le quali attengono ai fatti (<ref-ruling> consid. 2.2.1 pag. 67) e possono dunque essere riviste soltanto alle condizioni esposte ai consid. 2.2 e 2.3.
3.3 A mente della ricorrente il tenore letterale della clausola non lascia spazio a un'interpretazione diversa da quella da lei proposta, peraltro condivisa dalla giudice di prima istanza.
È allora opportuno ricordare che la presenza di un testo chiaro non esclude di per sé la possibilità di ricorrere ad altri criteri d'interpretazione. Anche se il tenore di una clausola contrattuale appare a prima vista chiaro, dalle altre condizioni menzionate dal contratto, dallo scopo perseguito dalle parti oppure ancora da altre circostanze può risultare che il testo della menzionata clausola non restituisce con esattezza il senso dell'accordo (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 302).
3.4 Nella fattispecie, i giudici cantonali hanno stabilito che, anche se l'istruttoria ha confermato che il termine di arrivo della merce rivestiva una notevole importanza per la ricorrente, prova ne sia che le parti hanno inserito nella clausola controversa la precisazione "entro e non oltre il 15 luglio 1998", per il resto nulla permette di ritenere che tale data costituisse l'ultimo termine utile per l'arrivo della merce e non invece un termine oltre il quale le condizioni di pagamento sarebbero state ulteriormente modificate.
3.4.1 Né il contratto n. xxx del 12 febbraio 1998 né le prime due proposte di modifica di tale accordo (versate agli atti sub doc. H1 e doc. H2) - hanno osservato i magistrati ticinesi - menzionavano infatti termini di arrivo per la merce e non risulta che una tale discussione sia stata fatta in vista della proposta di cui al doc. H3.
Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente obietta di non aver aderito alle due prime proposte di modifica dell'accordo originario (doc. H1 e H2) proprio perché non includevano "il termine ultimo di arrivo della nave, ergo della consegna". Sennonché quest'affermazione non trova riscontro nella fattispecie accertata nella sentenza impugnata e la ricorrente nemmeno sostiene di aver già fatto valere questo argomento in sede cantonale (cfr. consid. 2.2.1). Si tratta quindi di un fatto nuovo, che - non essendo dati i presupposti dell'<ref-law> (cfr. consid. 2.2), peraltro non addotti - non può essere tenuto in considerazione ai fini del giudizio.
Stando a quanto emerge dalla pronunzia cantonale, l'unica indicazione riguardo ai motivi che hanno impedito la sottoscrizione delle prime due proposte si trova in questi stessi documenti - redatti dal legale dell'opponente sulla base delle informazioni fornitegli dalla sua cliente - laddove si legge che le parti divergevano sui "termini di pagamento in caso di eventuali ritardi nella consegna". Il punto n. 4 della prima lettera del 6 maggio 1998 (doc. H1) recita infatti: "Il pagamento dovrà avvenire tramite lettera di credito irrevocabile a 90 giorni data B/L". Questo punto è stato modificato nello scritto del 7 maggio 1998 (doc. H2): "Il pagamento dovrà avvenire tramite lettera di credito irrevocabile a 90 giorni data B/L in caso la nave arrivi al Porto di Marghera entro il 15 giugno 1998. Nel caso invece l'arrivo sia successivo - tra il 16 giugno ed il 30 giugno - il pagamento avverrà a 120 giorni data B/L o, ancora successivo - tra il 1° ed il 15 luglio 98 - a 150 giorni data B/L". Nella successiva missiva dell'8 maggio 1998 (doc. H3) questa clausola è stata ulteriormente modificata: "Il pagamento dovrà avvenire tramite lettera di credito irrevocabile a 120 giorni data B/L in caso la nave arrivi al Porto di Marghera entro il 30 giugno 1998. Nel caso invece l'arrivo sia successivo - entro e non oltre il 15 luglio 1998 - il pagamento avverrà a 150 giorni data B/L". Per la Corte cantonale, come già scritto, non è scontato che l'accoglimento di quest'ultima proposta, ripresa nella lettera per finire controfirmata dalla ricorrente (doc. B e doc. 2), fosse dovuta alla modifica redazionale "entro e non oltre il 15 luglio 1998" e non invece all'abbandono del termine di pagamento a 90 giorni in caso di arrivo della nave oltre il 30 giugno 1998. A ciò la ricorrente eccepisce che, se tale fosse stato il caso, non sarebbe stato necessario modificare anche la data di arrivo. L'obiezione non è priva di pertinenza. Resta però il fatto che non vi è un accertamento univoco in merito alla sua volontà e che l'assenza di un simile accertamento va ricondotta al suo stesso comportamento, essendosi la ricorrente rifiutata di firmare le proposte della controparte senza esprimersi per iscritto, sicché non vi è una traccia chiara delle sue ragioni, suscettibile d'invalidare la valutazione dei giudici cantonali.
3.4.2 A ogni modo, nella sentenza impugnata sono stati presi in considerazione anche altri elementi.
È stato ad esempio rilevato come, pur essendosi accordate per quella clausola, nel contratto dell'8 maggio 1998 (doc. B) le parti, emblematicamente, non abbiano specificato che il 15 luglio sarebbe stata l'ultima data utile per l'arrivo della merce, ciò che avrebbe costituito un elemento contrattuale nuovo e essenziale - ben più della modifica dei termini di pagamento da 120 a 150 (recte: da 90 a 120) giorni - e che come tale avrebbe dovuto trovare un importante spazio nel testo del contratto.
A sfavore dell'esistenza di un termine ultimo per la consegna della merce, depone pure il fatto - ha osservato la Corte cantonale - che tale aspetto non è nemmeno stato comunicato alla banca incaricata dell'emissione della lettera di credito.
Il fatto poi che il contratto prevedesse un prezzo definitivo con la clausola Incoterms 1990 CIF free out (franco spese di carico) faceva sì che il venditore aveva solo l'obbligo contrattuale di consegnare la merce a bordo della nave nel porto d'imbarco. L'opponente, "che già aveva fatto amplissime concessioni alla controparte, non aveva motivo di spingersi oltre la concessione di una nuova ulteriore facilitazione di pagamento e assumersi un nuovo rischio, che addirittura avrebbe potuto farla rimanere a mani vuote".
Anche il perito giudiziario ha d'altro canto confermato che in questo tipo di contratti la pattuizione di un termine vincolante d'arrivo è inusuale e rara, a maggior ragione nel caso, come quello in esame, in cui il trasporto è volandiero (cioè non effettuato da navi di linea).
I giudici d'appello non hanno per contro condiviso l'ulteriore considerazione del perito, secondo cui, nonostante quanto appena esposto, nella fattispecie le parti avrebbero pattuito un termine ultimo di consegna. In tale occasione il perito, esperto italiano di diritto marittimo ma non di diritto contrattuale svizzero, ha infatti sconfinato dal suo campo di sapere specifico, ragione per cui il suo parere non ha valore di scienza peritale bensì va trattato alla stregua dell'opinione di un laico qualsiasi.
3.4.3 Dinanzi al Tribunale federale la ricorrente contesta solo parzialmente queste considerazioni, fondandosi nuovamente anche su circostanze prive di riscontro rispettivamente diverse da quelle accertate nella sentenza impugnata, senza sostenere di averle già addotte in sede cantonale né indicare quali sarebbero i mezzi di prova arbitrariamente negletti dai giudici ticinesi, suscettibili di confortare le sue asserzioni, ciò che impedisce di tener conto di certi suoi argomenti (cfr. consid. 2.2).
Essa sostiene ad esempio di aver voluto rescindere il contratto originario del 12 febbraio 1998 perché già nel mese di aprile temeva il ritardo nella consegna della merce, ma dalla decisione attaccata risulta solo ch'essa si era dichiarata impossibilitata a confermare il contratto "visto l'andamento del mercato e il continuo ribasso del prezzo delle lamiere".
Lo stesso vale per l'affermazione secondo cui essa avrebbe stipulato l'accordo dell'8 maggio 1998 perché le era stato detto che la merce era già in viaggio: questo fatto non trova conferma nella sentenza impugnata. A dire della ricorrente, l'opponente le avrebbe fornito un'informazione errata a questo riguardo perché sapeva che per lei era indispensabile che la merce arrivasse il prima possibile. In questo caso però, come osservato dai giudici ticinesi, la ricorrente avrebbe potuto e dovuto prevalersi dell'asserito dolo per invalidare l'accordo transattivo entro il termine di un anno (<ref-law>). Per il resto, la consapevolezza dell'opponente circa l'importanza della data di arrivo per la ricorrente - riconosciuta anche dai giudici ticinesi - non basta per ammettere ch'essa abbia inteso garantire la consegna della merce a un momento preciso, circostanza sulla quale essa aveva ben poco influsso una volta partita la nave.
Proprio per questo motivo la pattuizione di simili clausole è inusuale, come spiegato anche dal perito giudiziario. La ricorrente critica la decisione dei giudici ticinesi di far propria questa affermazione del perito, ma di escludere poi valenza a quella per cui, ciononostante, nel caso concreto la stipulazione di una tale clausola andrebbe ammessa. Invano. L'<ref-law>/TI - la cui applicazione non è stata peraltro censurata - stabilisce che il giudice non è vincolato dall'opinione dei periti e pronuncia secondo la propria convinzione. Anche se è vero che alle risultanze peritali viene riconosciuta una certa attendibilità, soprattutto in materia tecnica, la loro portata va comunque valutata dal giudice in unione agli altri elementi acquisiti al processo (cfr. Cocchi/Trezzini, Codice di proceduta civile ticinese massimato e commentato, n. 1 ad <ref-law>/TI) e nel caso in rassegna la Corte cantonale, sulla base appunto di tali elementi, è giunta a una conclusione diversa da quella formulata dal perito.
Non si vede per quale motivo la sua decisione sarebbe arbitraria, né la ricorrente lo spiega adeguatamente, dato che si limita a opporvi la propria lettura degli atti, riferendosi anche, come già detto, a fatti diversi da quelli ritenuti in sede cantonale, di cui non si può tenere conto.
La ricorrente non ha miglior fortuna laddove adduce che la clausola Incoterms 1990 CIF free out non osta alla pattuizione di un termine ultimo di arrivo. La Corte cantonale non ha preteso il contrario; essa si è limitata a spiegare che in virtù di tale clausola l'opponente si impegnava solo a caricare la merce in un determinato momento. Nel contratto dell'8 maggio 1998 l'opponente aveva in effetti esplicitamente garantito che la merce sarebbe stata caricata/spedita il 15 maggio 1998, ciò che è avvenuto. La ricorrente non spiega d'altro canto per quale motivo, se questa era la sua volontà, essa non ha insistito per inserire un impegno analogo con riferimento alla data di arrivo. Già si è detto che, in generale, la ricorrente non risulta essere stata un granché attiva nel quadro dell'elaborazione del nuovo accordo. Essa ha ripetutamente rifiutato di sottoscrivere le proposte della controparte senza che sia però possibile, sulla scorta delle risultanze istruttorie, conoscerne le ragioni esatte (cfr. quanto esposto al consid. 3.4.1).
Infine, non giova alla ricorrente nemmeno il richiamo al principio in dubio contra stipulatorem. A parte il fatto ch'esso è sussidiario e trova piuttosto applicazione in caso di contratti preformulati (<ref-ruling> consid. 2d pag. 124), si può osservare che in concreto, anche se è vero che la clausola controversa è stata redatta dal legale dell'opponente, risulta dai fatti accertati in sede cantonale che è stata la ricorrente ad auspicarne l'inserimento, nel proprio interesse, e per finire l'ha accettata nella forma ora in discussione, sicché la carenza di precisione potrebbe anche essere imputata a lei. A questo proposito si può abbondanzialmente osservare che, dal canto suo, l'opponente nello scritto versato agli atti sub doc. H3 aveva invece specificato che la lettera di credito avrebbe dovuto pervenirle "entro e non oltre il termine essenziale del 12 maggio 1998". Non risulta che la ricorrente abbia preteso una formulazione analoga ("entro e non oltre il termine essenziale del 15 luglio 1998") per la clausola redatta nel suo interesse.
3.5 Da tutto quanto esposto discende che l'interpretazione della clausola contrattuale contenuta nella sentenza cantonale resiste alla critica e che, pertanto, la ricorrente è risultata inadempiente.
Si tratta ora di determinare le conseguenze della sua inadempienza.
4. Occorre segnatamente stabilire se la ricorrente è tenuta a risarcire il danno cagionato dall'inottemperanza dell'accordo dell'8 maggio 1998 oppure del contratto originario del 12 febbraio 1998. La risposta a tale quesito dipende dalla questione di sapere se alla seconda pattuizione debba essere riconosciuto effetto novatorio - come preteso dalla ricorrente - oppure no.
4.1 Giusta l'<ref-law> l'estinzione di un debito precedente mediante la creazione di uno nuovo non si presume. In caso di litigio, spetta dunque a chi se ne prevale, dimostrare la volontà delle parti di annullare il precedente accordo e di sostituirlo con quello nuovo (animus novandi; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 130).
Nella fattispecie in rassegna, il Tribunale d'appello ha stabilito che la ricorrente, gravata dall'onere probatorio, non ha fornito la prova inequivocabile dell'animus novandi delle parti in relazione alla stipulazione del nuovo accordo.
4.2 Dato che la "disdetta unilaterale" del contratto del 12 febbraio 1998 non era valida - hanno premesso i giudici d'appello - l'opponente avrebbe legittimamente potuto esigere dalla ricorrente l'adempimento del contratto rispettivamente il pieno risarcimento del danno cagionato dalla sua preannunciata inadempienza. Considerato che si era già approvvigionata sul mercato in vista dell'esecuzione del contratto e che intendeva proseguire i rapporti commerciali con la ricorrente, essa ha invece optato per la ricerca di una soluzione transattiva, dichiarandosi disposta a ridiscutere i termini contrattuali e accettando un chiaro peggioramento della sua posizione (riduzione dei quantitativi compravenduti e del prezzo, prolungamento dei termini di pagamento), concretizzatasi nell'accordo dell'8 maggio 1998, che emblematicamente riportava lo stesso numero del precedente contratto, n. xxx, con l'aggiunta di una semplice "A".
In queste circostanze, la Corte cantonale ha definito sorprendente la scelta della ricorrente di negare lo scopo transattivo di questo nuovo accordo. Nonostante l'esistenza di una novazione sia frequente in caso di sottoscrizione di un accordo transattivo, la ricorrente avrebbe dovuto essere cosciente che in concreto l'accordo non aveva carattere novatorio - viste le condizioni di estremo favore spuntate con l'accordo transattivo senza alcun apparente vantaggio o contropartita per l'opponente, la quale ha accettato un peggioramento della sua situazione (perdita secca di US$ 23'100.-- sui quantitativi venduti, un peggioramento dei termini di pagamento e soprattutto problemi di rivendita delle rimanenti 1'800 tonnellate) - e che dunque in caso di nuovo inadempimento da parte sua sarebbe stato ripristinato il contratto precedente, tanto più che questa eventualità era stata chiaramente specificata nelle missive del legale dell'opponente, versate agli atti sub doc. H1-H3.
4.3 La ricorrente contesta recisamente le considerazioni formulate dai giudici ticinesi. Ancora una volta, però, a sostegno dei suoi argomenti adduce fatti che trovano solo parzialmente riscontro nella sentenza impugnata, senza sostenere di averli già debitamente allegati in sede cantonale né indicare quali sarebbero i mezzi di prova arbitrariamente negletti dal Tribunale d'appello, suscettibili di confortare le sue asserzioni, ciò che impedisce di tener conto di parte suoi argomenti (cfr. consid. 2.2 e 3.4.3).
4.3.1 In primo luogo reputa perfettamente valida la disdetta notificata il 7 aprile 1998, accettata dalla controparte. Avendo appreso che agli inizi d'aprile la nave non era ancora partita, essa aveva disdetto l'ordine di acquisto e il contratto del 12 febbraio 1998; l'andamento del mercato per il continuo ribasso del prezzo delle lamiere portava infatti a vendite rapide a prezzi scontati, di modo che il presumibile ritardo dell'arrivo della nave rappresentava un rischio troppo grande.
Quest'argomentazione è votata all'insuccesso. L'affermazione secondo la quale l'opponente avrebbe accettato la sua "disdetta" si scontra con l'accertamento contrario contenuto nella decisione impugnata, giusta il quale l'opponente ha sempre contestato l'iniziativa della ricorrente, non da ultimo con la lettera del 23 aprile 1998 (cfr. consid. A.A). Per quanto concerne la data di partenza della nave, giova invece ricordare che nel contratto del 12 febbraio 1998 le parti avevano pattuito che la merce sarebbe stata caricata tra il mese di aprile e il 15 maggio 1998, ragione per cui il fatto che il 7 aprile la nave non fosse ancora salpata non poteva giustificare la rescissione del contratto. Va detto che nel suo scritto la ricorrente non ha nemmeno accennato a tale questione, dicendosi semplicemente impossibilitata a confermare l'accordo concluso il 12 febbraio 1998, "visto l'andamento del mercato e il continuo ribasso del prezzo delle lamiere". In queste circostanze, la decisione dei giudici ticinesi merita di essere condivisa: la ricorrente non poteva recedere dal contratto solo perché questo non era più per lei economicamente interessante.
4.3.2 La ricorrente non può essere seguita nemmeno laddove sostiene che, in ogni caso, le parti avrebbero deciso di comune accordo di formalizzare un nuovo accordo in sostituzione del primo. L'assenza di una volontà dell'opponente di concludere un accordo con effetto novatorio è palese, già perché espressa in ciascuna delle tre lettere da lei inviate alla ricorrente nel quadro delle trattative in vista del secondo contratto e versate agli atti sub doc. H1-H3. È vero che la ricorrente non ha sottoscritto nessuna di esse per accettazione, limitandosi a firmare unicamente lo scritto inviato unitamente al contratto dell'8 maggio 1998, contenente la clausola di pagamento esaminata al considerando precedente; è però altrettanto vero - come rilevato dai giudici ticinesi - che in quest'ultimo scritto l'opponente ha rinviato alla "precedente corrispondenza e accordi". Come pertinentemente evidenziato in sede cantonale, inoltre, in considerazione del principio della buona fede negli affari commerciali, la ricorrente avrebbe se del caso dovuto rifiutare esplicitamente le condizioni proposte dalla controparte, rispettivamente esigere l'inserimento di una clausola secondo la quale il contratto dell'8 maggio 1998 annullava e sostituiva il precedente, per permettere alla controparte di valutare l'opportunità del mantenimento dell'offerta transattiva; quand'anche sottoscritto nell'interesse di entrambe le parti, intenzionate a proseguire i loro rapporti commerciali, l'opponente aveva infatti fatto significative concessioni a favore della ricorrente, accettando sia una riduzione del prezzo che delle quantità della merce. La ricorrente ha invece accettato l'accordo dell'8 maggio 1998, recante il n. xxx, come quello originario, con l'aggiunta di una semplice "A", ben sapendo che la controparte non aveva mai avuto l'intenzione di conferirgli effetto novatorio.
4.4 Alla luce di tutto quanto esposto, la decisione della Corte cantonale secondo la quale la ricorrente non ha provato che in modo non equivoco che la transazione avesse carattere novatorio, non appare manifestamente insostenibile.
5. Venendo al danno da risarcire all'opponente, l'unica censura sollevata nel ricorso riguarda l'applicazione dell'<ref-law>.
5.1 Giusta l'<ref-law> i debiti pecuniari devono essere pagati con mezzi legali di pagamento della moneta in cui è stato contratto il debito. Se il debito è stato contratto in una valuta estera, il creditore può dunque unicamente far valere una pretesa formulata in tale valuta (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 154) e il tribunale adito ha unicamente la facoltà di riconoscere il suo credito in quella stessa valuta (DTF citata consid. 2.4 pag. 155; sentenza 4A_230/2008 del 27 marzo 2009 consid. 5.3.1, in RtiD 2010 I pag. 764).
In forza dell'<ref-law>, salvo pattuizione contraria il debitore ha invece la possibilità di scegliere se saldare il debito nella moneta in cui è stato contratto il debito oppure nella moneta del Paese nel luogo di pagamento (Alternativermächtigung; DTF citata consid. 2.2 pag. 154 con rinvii).
5.2 La controversia in esame trae spunto da un contratto di compravendita di lamiere il cui prezzo era stato fissato in US$. In sede giudiziaria l'opponente, pur indicando tutti gli importi anche nella valuta originaria, ha tuttavia postulato la condanna della ricorrente al pagamento del danno in franchi svizzeri.
Posto che prima dell'appello il problema dell'applicazione dell'<ref-law> non era mai stato sollevato, il 12 gennaio 2010 il vice presidente della II Camera civile ha invitato le parti a prendere posizione su questo tema. L'opponente ha reagito sostenendo l'inapplicabilità della norma all'attuale causa, siccome volta al risarcimento del danno derivante dal mancato adempimento del contratto e non al pagamento del prezzo. La ricorrente, pur rilevando l'esistenza del problema, ha dichiarato di rinunciare a prevalersi della norma citata. In queste circostanze, i giudici cantonali hanno ritenuto di non dover approfondire la questione.
5.3 Nell'allegato sottoposto al vaglio del Tribunale federale la ricorrente si chiede ora se il Tribunale d'appello non avrebbe comunque dovuto determinarsi sull'applicazione dell'<ref-law> in virtù del principio iura novit curia e reputa necessario un giudizio a questo riguardo "al fine di mettere chiarezza sull'applicazione dell'<ref-law> nelle cause condannatorie di natura risarcitoria".
A mente dell'opponente, sempre convinta dell'inapplicabilità dell'<ref-law> alla fattispecie in esame, la richiesta della ricorrente è in contrasto con la buona fede processuale e non può pertanto essere tutelata.
5.4 L'opinione dell'opponente merita di essere condivisa con la seguente precisazione.
Nello scritto indirizzato alla Corte d'appello la ricorrente, consapevole del problema posto dall'applicazione dell'<ref-law>, che le avrebbe permesso di domandare la reiezione della pretesa avversa siccome formulata in franchi svizzeri, non ha dichiarato di rimettersi al giudizio del tribunale cantonale, chiamato ad applicare d'ufficio il diritto federale in virtù dell'<ref-law>/TI, bensì ha esplicitamente rinunciato a prevalersi dell'<ref-law> "per una questione di buona fede processuale, non avendo mai sollevato la questione in precedenza, nonché di economia processuale, trattandosi di una procedura di prima istanza assai complessa e durata alcuni anni". Così facendo, la ricorrente ha espresso la volontà di saldare un eventuale debito in franchi svizzeri, ciò che configura una scelta ai sensi dell'<ref-law>; essa non può ora tornare sulla sua decisione perché per finire è risultata soccombente. Come osservato dall'opponente, un simile comportamento sarebbe del resto in contrasto con la buona fede processuale e quindi non tutelabile.
Nelle circostanze appena descritte, la decisione della Corte ticinese di non esaminare oltre la questione dell'applicazione dell'<ref-law> e di condannare la ricorrente al pagamento in franchi svizzeri può essere confermata.
6. Ne discende l'integrale reiezione del ricorso.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 7'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà fr. 8'000.-- all'opponente per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.