Sachverhalt:
A. R._, geboren am 21. August 1947, war seit 1. Februar 2002 als Schadeninspektor tätig und bei der AXA Versicherungen AG (nachfolgend: AXA) obligatorisch gegen Unfallfolgen versichert. Am 3. Juli 2004 wurde er von einem Fussball am Kopf getroffen, als er am Rande eines Liegestuhls am Strand in L._ auf der Insel Z._ sass. Der am 6. Juli 2004 aufgesuchte Dr. med. E._, Allgemeine Medizin FMH, diagnostizierte am 19. Juli 2004 ein therapieresistentes, pseudoradikuläres oberes und unteres HWS-Syndrom rechts. Vom 10. Januar bis 15. Februar 2005 hielt sich R._ in der Rehabilitationsklinik X._ auf, wobei beim Austritt eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit zunächst für 14 Tage bescheinigt wurde. Im Rahmen einer dort durchgeführten neuropsychologischen Abklärung wurden unspezifische Auffälligkeiten der kognitiven Leistungsfähigkeit und des Verhaltens festgestellt, die einerseits mit der suboptimalen Leistungsbereitschaft und andererseits mit der regelmässigen Einnahme von Tramal und Alkohol in Zusammenhang stehen würden (Austrittsbericht vom 15. Februar 2005). Im Bericht vom 14. Juni 2005 führte Dr. phil. T._, Fachpsychologe für Klinische Psychologie und Psychotherapie FSP, visiert von Dr. med. K._, Leitender Arzt FMH Psychiatrie und Psychotherapie, Rehabilitationsklinik X._, aus, dass trotz der Beteiligung von unfallfremden Faktoren in Form einer erhöhten Vulnerabilität und von psychosozialen Belastungsfaktoren die natürliche Kausalität der psychischen Beschwerden zum überwiegenden Teil dem Unfallereignis vom 3. Juli 2004 zuzuschreiben seien. Mit Verfügung vom 10. November 2005 stellte die AXA ihre Leistungen per 30. November 2005 ein. Im Einspracheverfahren erteilte die AXA der Rahabilitationsklinik Y._ den Auftrag zur Erstellung eines Gutachtens, welches am 25. Januar 2007 durch Dr. med. G._, Leitender Arzt der Rahabilitationsklinik Y._, Fachklinik für Rehabilitation, Rheumatologie und Osteoporose, erstattet wurde. Mit Entscheid vom 21. Mai 2007 wies die AXA die Einsprache ab.
B. R._ liess gegen den Einspracheentscheid vom 21. Mai 2007 beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau Beschwerde erheben und die Erbringung der gesetzlichen Leistungen über den 1. Dezember 2005 hinaus, insbesondere die Übernahme der Heilbehandlungskosten und die Zusprechung einer Invalidenrente auf der Basis einer vollständigen Erwerbsunfähigkeit sowie einer Integritätsentschädigung auf der Basis einer Integritätseinbusse von 70 % beantragen. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau gab den Parteien Gelegenheit, zur neuen Adäquanz-Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> Stellung zu nehmen. R._ und die AXA haben davon Gebrauch gemacht. Mit Entscheid vom 29. Oktober 2008 hat das Versicherungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde abgewiesen.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und wiederum beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids seien ihm über den 1. Dezember 2005 hinaus die gesetzlichen Leistungen zu erbringen, namentlich die Übernahme der Heilungskosten, ein Taggeld auf der Basis einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % bis 31. Juli 2006, eine Invalidenrente auf der Basis einer vollständigen Erwerbsunfähigkeit ab 1. August 2007 sowie eine Integritätsentschädigung auf der Basis einer Integritätseinbusse von 70 %.
Die AXA schliesst auf Nichteintreten auf die Beschwerde, eventualiter auf deren Abweisung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdegegnerin, die ihre Leistungspflicht im Anschluss an das Unfallereignis vom 3. Juli 2004 bis 30. November 2005 anerkannt hatte, über den 30. November 2005 hinaus noch leistungspflichtig ist.
2.1 Die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache sind im angefochtenen Entscheid zutreffend dargelegt worden. Hervorzuheben ist, dass die Leistungspflicht des Unfallversicherers nebst anderem einen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden voraussetzt. Liegt eine Gesundheitsschädigung mit einem klaren organischen Substrat vor, kann der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel ohne weiteres zusammen mit dem natürlichen Kausalzusammenhang bejaht werden. Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht ausgewiesenen Beschwerden. Hier lässt sich die Adäquanzfrage nicht ohne eine besondere Prüfung beantworten. Dabei ist vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (sog. Psycho-Praxis), während bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (sog. Schleudertrauma-Praxis; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen). Die Kriterien nach der mit <ref-ruling> begründeten Schleudertrauma-Praxis wurden mit <ref-ruling> teilweise modifiziert. Demgegenüber blieben die Kriterien nach der Psycho-Praxis (<ref-ruling>) unverändert (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 116 und E. 10.3 S. 130).
2.2 Wird durch einen Unfall ein krankhafter Vorzustand verschlimmert oder überhaupt erst manifest, entfällt die Leistungspflicht des Unfallversicherers erst, wenn der Unfall nicht die natürliche und adäquate Ursache des Gesundheitsschadens darstellt, wenn also Letzterer nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht. Dies trifft dann zu, wenn entweder der (krankhafte) Gesundheitszustand, wie er unmittelbar vor dem Unfall bestanden hat (Status quo ante), oder aber derjenige Zustand, wie er sich nach dem schicksalsmässigen Verlauf eines krankhaften Vorzustandes auch ohne Unfall früher oder später eingestellt hätte (Status quo sine), erreicht ist (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b, U 180/93, 1992 Nr. U 142 S. 75 E. 4b, U 61/91, je mit Hinweisen). Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 f. mit Hinweisen) nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalles genügt nicht. Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht bei der versicherten Person, sondern beim Unfallversicherer (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9 E. 2.2, 8C_354/2007; RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45 E. 2, U 355/98, 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b, U 180/93, 1992 Nr. U 142 S. 75 E. 4b, U 61/91). Der Beweis des Wegfalls des natürlichen Kausalzusammenhangs muss nicht durch den Nachweis unfallfremder Ursachen erbracht werden. Ebenso wenig geht es darum, vom Unfallversicherer den negativen Beweis zu verlangen, dass kein Gesundheitsschaden mehr vorliege oder die versicherte Person nun bei voller Gesundheit sei. Entscheidend ist allein, ob unfallbedingte Ursachen des Gesundheitsschadens ihre kausale Bedeutung verloren haben, also dahingefallen sind (Urteile 8C_126/2008 vom 11. November 2008, E. 2.3, und U 143/02 vom 25. Oktober 2002, E. 3.2).
3. Vom Unfallversicherer wird das Vorliegen eines natürlichen Kausalzusammenhangs bezüglich der somatischen Beschwerden mit dem Unfallereignis bestritten und lediglich bezüglich der psychischen Beschwerden anerkannt. Die Frage, ob der natürliche Kausalzusammenhang bezüglich der somatischen Beschwerden nicht gegeben ist, kann letztlich offenbleiben, da - wie weiter unten dargelegt wird - zumindest der adäquate Kausalzusammenhang dafür nicht als gegeben betrachtet werden kann. Die Anerkennung der natürlichen Kausalität was die psychischen Beschwerden anbelangt bewirkt indessen, dass der Unfallversicherer nicht einen Fallabschluss ex nunc et pro futuro verfügen konnte mit der Begründung, es liege gar kein versichertes Ereignis vor (<ref-ruling>).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bringt erstmals im Rahmen seiner Beschwerde vor Bundesgericht vor, die Adäquanzprüfung durch die Beschwerdegegnerin sei verfrüht erfolgt. Weder im Rahmen der Beschwerdeerhebung bei der Vorinstanz noch anlässlich des dem Beschwerdeführer eingeräumten rechtlichen Gehörs zur präzisierten Schleudertraumarechtsprechung (<ref-ruling>) wurde dies geltend gemacht. Veranlassung zu diesem Vorbringen hätte aber im Rahmen der Stellungnahme zur geänderten Rechtsprechung vom 29. September 2008 bestanden, nachdem es in <ref-ruling> E. 4.1 ausführlich behandelt worden war. Die Frage kann indessen einer Überprüfung im vorliegenden Verfahren nicht einfach entzogen werden mit dem Argument, es handle sich um eine Ermessensfrage, wie dies die Beschwerdegegnerin tut.
4.2 Das Bundesgericht hat sich in <ref-ruling> mit der Frage des Zeitpunktes des Fallabschlusses und des in diesem Zusammenhang verschiedentlich erhobenen Einwandes der verfrühten Adäquanzprüfung auseinandergesetzt. Es hat gestützt auf Art. 19 Abs. 1 UVG und die dazu ergangene Rechtsprechung erwogen, dass der Unfallversicherer den Fall (unter Einstellung von Heilbehandlung und Taggeld sowie Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung) abzuschliessen hat, wenn von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind (<ref-ruling> E. 4.1 S. 112 mit Hinweisen). Ob eine namhafte Besserung noch möglich ist, bestimmt sich insbesondere nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit diese unfallbedingt beeinträchtigt ist. Dabei verdeutlicht die Verwendung des Begriffes "namhaft" durch den Gesetzgeber, dass die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen ebenso wenig (besagter BGE E. 4.3 S. 115) wie die blosse Möglichkeit einer Besserung (Urteil U 244/04 vom 20. Mai 2005, in RKUV 2005 Nr. U 557 S. 388 nicht veröffentlichte E. 2 mit Hinweisen).
4.3 Die Beschwerdegegnerin hat erst nach der gegen die Verfügung vom 10. November 2005 erhobenen Einsprache das Gutachten der Rahabilitationsklinik Y._ vom 25. Januar 2007 eingeholt, auf welches sie sich auch im vorliegenden Verfahren massgebend beruft. Vor diesem Gutachten waren keine hinreichenden Grundlagen für die Frage des Zeitpunktes des Fallabschlusses vorhanden. So wurde insbesondere beim Austritt aus der Rehabilitationsklinik X._ am 15. Februar 2005 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit für 14 Tage bescheinigt, wobei eine Steigerung via Hausarzt erfolgen sollte. Begründet wurde dies damit, der Beschwerdeführer sei erst bei Austritt bereit gewesen, die medikamentöse antidepressive Therapie, von welcher eine Verbesserung des Gesamtbildes zu erwarten sei, zu beginnen. Dr. med. G._, Rehabilitationsklinik Y._, gab im Gutachten vom 25. Januar 2007 auf die Frage, ob eine Behandlung erfolgversprechend sei, und wenn nein, ab welchem Zeitpunkt von einer weiteren Behandlung der Beschwerden keine namhafte Besserung mehr erwartet werden konnte, den Zeitraum ab 1. August 2006 an. Er diagnostizierte einen Status nach Kopfkontusion mit HWS-Distorsion am 3. Juli 2004 mit verschiedenen gesundheitlichen Folgen und führte aus, die ärztliche Behandlung sei nach dem Unfall sofort aufgenommen und bis zum aktuellen Zeitpunkt weitergeführt worden sowohl ambulant als auch unter vorübergehend stationären Bedingungen. Aufgrund des bisherigen Verlaufs - so Dr. med. G._ - könne eine namhafte Verbesserung der Beschwerden ab einem Zeitpunkt zwei Jahre nach dem Unfall nicht mehr erwartet werden. Damit sei der Endzustand zwei Jahre ab Ende des Unfallmonats Juli 2004, d.h. ab 1. August 2006 erreicht. Die Beschwerdegegnerin vermag nicht nachzuweisen, dass bereits vor diesem Zeitpunkt keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden konnte. Der Fallabschluss per 30. November 2005 und die Adäquanzprüfung mit Blick auf weitere Leistungen der Unfallversicherung sind somit verfrüht erfolgt. Daran ändert auch die Berufung der Beschwerdegegnerin auf <ref-ruling> nichts, da dort nur festgelegt wurde, dass es nicht zulässig sei, im Rahmen der Adäquanzprüfung einen je nach der konkret zur Diskussion stehenden Leistung unterschiedlichen Massstab anzulegen. Wie bereits dargelegt, obliegt dem Unfallversicherer für anspruchsaufhebende Tatsachen die Beweislast. Wenn der Zeitpunkt, ab welchem keine namhafte Besserung mehr erwartet werden konnte, im eingeholten und den Anforderungen der Rechtsprechung genügenden Gutachten vom 25. Januar 2007 auf den Zeitraum ab 1. August 2006 festgelegt wurde, kann dies nicht ohne weiteres auf einen früheren Zeitpunkt zurückbezogen werden. Die Beschwerdegegnerin hätte bereits im Einspracheentscheid vom 21. Mai 2007 Anlass gehabt, die mit Verfügung vom 10. November 2005 per 30. November 2005 zu früh erfolgte Leistungseinstellung auf 31. Juli 2006 zu korrigieren, anstatt eine integrale Einspracheabweisung auszusprechen. Dies ist somit vorliegend zu korrigieren und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, dem Beschwerdeführer bis 31. Juli 2006 weiterhin die gesetzlichen Leistungen aus obligatorischer Unfallversicherung (Heilbehandlung und Taggeld) zu erbringen.
5. Umstritten ist im Weiteren die Beurteilung der Adäquanz.
5.1 Das kantonale Gericht hat bei der Prüfung der Adäquanz die Schleudertrauma-Praxis (<ref-ruling>) angewendet und ausgeführt, dass mangels Vorliegens der Adäquanz gemäss dieser Prüfung die Frage, ob allenfalls die Psycho-Praxis (<ref-ruling>) anzuwenden gewesen wäre, offengelassen werden könne. Bei dieser Argumentation stützt sich die Vorinstanz auf die Rechtsprechung des Bundesgerichts, wonach die Frage, ob die Adäquanzprüfung nach der Schleudertrauma- oder nach der Psycho-Praxis zu erfolgen habe, nicht abschliessend beurteilt werden muss, wenn der adäquate Kausalzusammenhang auch nach der Schleudertrauma-Praxis, die in der Regel (vgl. aus jüngster Zeit Urteil 8C_25/2009 vom 12. Juni 2009 E. 4.2 mit Hinweis) und jedenfalls hier für die versicherte Person günstiger ist als die Psycho-Praxis, zu verneinen ist.
5.2 Eine eingehende medizinische Abklärung rund sechs Monate nach dem Unfallereignis, wie in <ref-ruling> E. 9.4 S. 124 vorgesehen, hat vorliegend nicht stattgefunden und kann nicht nachgeholt werden. Wie die Vorinstanz festgehalten hat, kann dies jedoch nicht dem Beschwerdeführer angelastet werden, so dass der natürliche Kausalzusammenhang zwischen den geklagten Beschwerden und dem Unfall nicht einfach deswegen verneint werden kann (Urteil 8C_370/2007 vom 26. Juni 2008 E. 3).
6. 6.1 Ausgangspunkt der Adäquanzbeurteilung bildet das (objektiv erfassbare) Unfallereignis. Für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ist im Einzelfall zu verlangen, dass dem Unfall eine massgebende Bedeutung für die Entstehung der Arbeits- bzw. Erwerbsunfähigkeit zukommt. Dies trifft dann zu, wenn er eine gewisse Schwere aufweist oder mit anderen Worten ernsthaft ins Gewicht fällt. Anknüpfend an das Unfallereignis ist - ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf - zu unterscheiden zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte bzw. indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 mit Hinweisen).
6.2 Das Unfallereignis vom 3. Juli 2004 ist sicher nicht als schwer zu beurteilen. Wenn die Vorinstanz auf einen mittelschweren Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen schliesst, lässt sich dies im Lichte der Rechtsprechung zur Unfallschwere nicht beanstanden, jedoch als wohlwollend qualifizieren. Die Adäquanz des Kausalzusammenhangs wäre daher zu bejahen, wenn die in E. 10.2 und 10.2.1-10.2.7 des Urteils <ref-ruling> (S. 127 ff.) überarbeiteten und nunmehr in ihrer Fassung gemäss E. 10.3 (S. 130) relevanten Kriterien gehäuft gegeben wären oder eines der Kriterien in besonders ausgeprägter Weise vorliegen würde (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f.).
6.2.1 Besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls sind nicht auszumachen. Das Aufprallen eines Balles auf den Kopf an einem Strand, an welchem Fussball gespielt wurde, ist mit der Vorinstanz objektiv nicht als besonders dramatisch oder eindrücklich zu bewerten. Auch der Umstand, dass sich der Vorfall in den Ferien ereignete, ändert an dieser Beurteilung nichts. L._, wo sich der Beschwerdeführer zur Zeit des Unfalls aufhielt, ist eine bekannte Destination auf der Insel Z._, weshalb in der Ferienzeit Juli an diesem Ort mit einer belebten Stimmung gerechnet werden musste.
6.2.2 Was das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen anbelangt, hat das Bundesgericht in E. 10.2.2 (mit diversen Hinweisen) des Urteils <ref-ruling> (S. 127 f.) präzisiert, dass die Diagnose eines Schleudertraumas der HWS dieses für sich allein nicht zu begründen vermag. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Verletzungsbild typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können. Es kann sich dabei beispielsweise um eine beim Unfall eingenommene spezielle Körperhaltung und die dadurch bewirkten Komplikationen handeln (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 E. 5.3, U 339/06; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.2.3 mit Hinweisen, U 380/04). Wenn eine Person jedoch auf einem Liegestuhl sitzend von einem Fussball am Kopf getroffen wird, wird dadurch nicht eine besondere Schwere der Verletzung bewirkt. Auch erhebliche Verletzungen, welche sich die versicherte Person neben dem Schleudertrauma, der äquivalenten Verletzung der HWS oder dem Schädel-Hirntrauma beim Unfall zugezogen hat, können bedeutsam sein (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127). Solche sind vorliegend jedoch ebenfalls nicht auszumachen.
6.2.3 Das Kriterium der fortgesetzten spezifischen und belastenden ärztlichen Behandlung kann mit der Vorinstanz nicht als erfüllt betrachtet werden. Der Beschwerdeführer befand sich lediglich ein einziges Mal vom 10. Januar bis 15. Februar 2005 in der Rehabilitationsklinik X._ in stationärer Obhut. Die übrigen Behandlungen erfolgten stets ambulant und die Therapiemassnahmen beschränkten sich im Wesentlichen auf Physiotherapie und Schmerzmedikation. Wohl sind zahlreiche ärztliche Behandlungen ausgewiesen, diese waren aber zum Teil auch durch Arztwechsel bedingt.
6.2.4 Adäquanzrechtlich bedeutsam können im Weiteren nur in der Zeit zwischen dem Unfall und dem Fallabschluss nach Art. 19 Abs. 1 UVG ohne wesentlichen Unterbruch vorhandene erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach Massgabe der glaubhaften Schmerzen und der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Der Beschwerdeführer litt an praktisch permanent bestehenden Kopf- und Nackenschmerzen mit Ausstrahlung in den rechten Arm. Das Kriterium ist daher mit der Vorinstanz - wenn auch nicht besonders ausgeprägt - als gegeben zu betrachten.
6.2.5 Eine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlechtert hat, ist nicht auszumachen und wird auch nicht geltend gemacht.
6.2.6 Das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen kann mit der Vorinstanz unter Hinweis auf das Urteil U 444/05 vom 6. November 2006 E. 7.2 verneint werden. So hat der Beschwerdeführer ihm empfohlene ärztliche Behandlungen abgelehnt oder erst verzögert akzeptiert, wie beispielsweise die medikamentöse antidepressive Therapie. Auch wurden während des Aufenthaltes des Versicherten in der Rehabilitationsklinik X._ unspezifische Auffälligkeiten der kognitiven Leistungsfähigkeit und des Verhaltens diagnostiziert, wobei diese Befunde einerseits mit der suboptimalen Leistungsbereitschaft und andererseits mit der regelmässigen Einnahme von Tramal und Alkohol in Zusammenhang gebracht wurden. Diese Faktoren haben allenfalls den Heilungsverlauf erschwert, sind jedoch auf eigenes Verhalten des Beschwerdeführers zurückzuführen, mit welchem er mitunter auch die ihm obliegende Schadenminderungspflicht nicht erfüllt hat. Das Kriterium "schwieriger Heilungsverlauf" kann damit nicht begründet werden.
6.2.7 Was schliesslich das Kriterium der Arbeitsunfähigkeit anbelangt, ist dem Umstand Rechnung zu tragen, dass bei leichten bis mittelschweren Schleudertraumen der HWS ein längerer oder gar dauernder Ausstieg aus dem Arbeitsprozess vom medizinischen Standpunkt aus als eher ungewöhnlich erscheint. Nicht die Dauer der Arbeitsunfähigkeit ist daher massgebend, sondern eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt. Darin liegt der Anreiz für die versicherte Person, alles daran zu setzen, wieder ganz oder teilweise arbeitsfähig zu werden. Gelingt es ihr trotz solcher Anstrengungen nicht, ist ihr dies durch Erfüllung des Kriteriums anzurechnen. Konkret muss ihr Wille erkennbar sein, sich durch aktive Mitwirkung raschmöglichst wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern. Solche Anstrengungen der versicherten Person können sich insbesondere in ernsthaften Arbeitsversuchen trotz allfälliger persönlicher Unannehmlichkeiten manifestieren. Dabei ist auch der persönliche Einsatz im Rahmen von medizinischen Therapiemassnahmen zu berücksichtigen. Sodann können Bemühungen um alternative, der gesundheitlichen Einschränkung besser Rechnung tragende Tätigkeiten ins Gewicht fallen. Nur wer in der Zeit bis zum Fallabschluss nach Art. 19 Abs. 1 UVG in erheblichem Masse arbeitsunfähig ist und solche Anstrengungen auszuweisen vermag, kann das Kriterium erfüllen (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f. mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer macht diesbezüglich geltend, dass er gemäss Gutachten der Rahabilitationsklinik Y._ vom 25. Januar 2007 nach dem Unfallereignis gar nie mehr arbeitsfähig gewesen sei und er daher keine Versuche habe unternehmen können, seine Arbeitsunfähigkeit durch entsprechende Anstrengungen zu reduzieren. Dem ist jedoch entgegenzuhalten, dass der Versicherte auch dann entsprechende Anstrengungen hätte unternehmen und beispielsweise einen Arbeitsversuch über einen gewissen Zeitraum antreten können. Ein ärztliches Arbeitsunfähigkeitsattest entbindet einen Versicherten rechtsprechungsgemäss letztlich nicht von der Schadenminderungspflicht (vgl. SVR 2009 UV Nr. 13 S. 52, 8C_590/2007). Die Rehabilitationsklinik X._ erwähnt sodann wahrscheinlich vorbestehende akzentuierte Persönlichkeitszüge mit Leistungsorientierung, Rigidität und Eigensinn, wobei auch ein langjähriger schädlicher Gebrauch von Alkohol und Nikotin zu verzeichnen sei. Offensichtlich haben diese Persönlichkeitszüge mitbewirkt, dass der Beschwerdeführer keine Versuche unternahm, seine Arbeitsunfähigkeit zu reduzieren. Schliesslich kann der Versicherte nicht geltend machen, dafür sei sein Alter von 57 Jahren im Zeitpunkt des Unfallereignisses massgebend. Dieses Alter verunmöglicht noch nicht a priori die Wiederintegration in den Arbeitsprozess wie bei einem kurz vor Erreichen des AHV-Alters stehenden Versicherten. Das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesenen Anstrengungen ist daher mit der Vorinstanz zu verneinen.
6.2.8 Zusammenfassend ist höchstens das Kriterium der erheblichen Beschwerden - und dieses auch nicht ausgeprägt - als gegeben zu betrachten. Der adäquate Kausalzusammenhang der vom Beschwerdeführer über den 31. Juli 2006 hinaus geltend gemachten Beschwerden mit dem Unfallereignis ist somit nicht gegeben und die Beschwerde in diesem Hauptpunkt abzuweisen.
7. Der Beschwerdeführer dringt mit seinem Begehren nur zu einem kleineren Teil durch, indem der Zeitpunkt der Leistungseinstellung anstatt auf Ende November 2005 auf Ende Juli 2006 festgesetzt wird. Ihm ist daher im Umfang von Fr. 500.- (inklusive Mehrwertsteuer) eine Parteientschädigung zulasten der Beschwerdegegnerin zuzusprechen. Diese hat zudem Fr. 250.- der Verfahrenskosten zu tragen. Die übrigen Verfahrenskosten von Fr. 500.- hat der Beschwerdeführer zu übernehmen. Von einer Rückweisung an die Vorinstanz zur Neufestlegung der Parteientschädigung wird abgesehen, da der Beschwerdeführer erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren den Zeitpunkt der Adäquanzprüfung beanstandet hatte, währenddem diese Rüge weder in der im kantonalen Verfahren eingereichten Beschwerde noch im Rahmen des ihm vorinstanzlich eingeräumten rechtlichen Gehörs zu <ref-ruling> vorgebracht worden war.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 29. Oktober 2008 und der Einspracheentscheid der AXA Versicherungen AG vom 21. Mai 2007 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer bis 31. Juli 2006 Anspruch auf die gesetzlichen Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (Heilbehandlung und Taggeld) hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer Fr. 500.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 250.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch