Faits:
A. Entre le 23 août 2006 et le 20 septembre 2008, le Service des contraventions du canton de Genève a infligé à X._ 144 amendes d'ordre, d'un montant total de 8'160 fr., pour des infractions à la loi sur la circulation routière.
X._ n'a pas payé ces amendes, sans pour autant les contester.
B. Sur réquisition du Procureur général du canton de Genève, le Tribunal d'application des peines et mesures de ce canton a, par jugement du 9 avril 2009, converti les amendes en une peine privative de liberté de substitution de 86 jours.
Par arrêt du 22 novembre 2010, la Chambre pénale de la Cour de Justice du canton de Genève a partiellement admis l'appel formé par X._. Elle a annulé le premier jugement, réduit la peine privative de liberté à 84 jours, suspendu l'exécution de cette peine et ordonné à la place un travail d'intérêt général de 336 heures.
C. X._ forme un recours en matière pénale. Il conclut principalement à l'annulation de l'arrêt cantonal, à ce que les amendes infligées avant le 22 novembre 2007 soient considérées comme prescrites et à ce que seules les amendes non prescrites soient converties en travail d'intérêt général. Subsidiairement, il demande à pouvoir prouver les faits allégués.
Il sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le litige a trait à l'exécution d'une peine. La voie du recours en matière pénale est ouverte (<ref-law>). Le recourant a participé à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>). Contestant les modalités d'exécution de la peine, il a un intérêt légitime au recours (<ref-law>).
2. Le recourant soutient que, au regard de l'<ref-law>, la peine serait prescrite pour une partie des amendes converties.
2.1 La Chambre pénale ne s'est pas prononcée sur cette question, le recourant n'ayant pas expressément invoqué cette disposition dans son recours cantonal. Il convient dès lors d'examiner la recevabilité de ce moyen nouveau.
Il découle du principe de l'épuisement préalable des voies de droit cantonal, consacré à l'<ref-law>, que seuls sont recevables devant le Tribunal fédéral les griefs qui, pouvant l'être, ont été présentés à l'autorité cantonale de dernière instance (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). La jurisprudence admet toutefois la recevabilité de moyens de droit nouveaux lorsque l'autorité cantonale de dernière instance disposait d'un pouvoir d'examen libre et devait appliquer le droit d'office (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 33; pour la prescription pénale : Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, n. 53 ad <ref-law>; Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, n° 4084; Ulrich Meyer in: Commentaire bâlois, n. 33 ad <ref-law>).
En l'espèce, la cour cantonale a statué en appel (art. 375h du Code de procédure pénale du canton du 29 septembre 1977; CPP/GE) et disposait de ce fait d'un plein pouvoir d'examen. Elle devait en outre examiner d'office la prescription de la peine (Franco del Pero, La prescription pénale, 1993, p. 78; Gérard Piquerez, Traité de procédure pénale suisse, 2ème éd., 2006, n° 1013). Par conséquent, le grief est recevable au regard de l'<ref-law>.
2.2 Selon la loi sur les amendes d'ordre du 24 juin 1970 (LAO; RS 741.03), les contraventions aux prescriptions fédérales sur la circulation routière peuvent être réprimées par une amende d'ordre selon une procédure simplifiée (<ref-law>). Lorsque le contrevenant ne paie pas l'amende, le droit pénal ordinaire et les dispositions cantonales sur la compétence et la procédure en matière de contraventions sont applicables (<ref-law>). La LAO ne contenant pas de normes relatives à la prescription, il convient de se référer aux règles générales du code pénal (cf. art. 104 et 333 ch. 1 CP). L'action pénale et la peine se prescrivent par trois ans (<ref-law>). La prescription de la peine court du jour où la condamnation à l'amende devient exécutoire (<ref-law> applicable par renvoi de l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 et 3; Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, n. 4 ad <ref-law>), ce moment étant déterminé par le droit de procédure applicable (arrêt 1P.554/1996 du 20 février 1996 consid. 3).
Selon l'art. 212 al. 3 CPP/GE, applicable par renvoi de l'art. 217 al. 2 de la même loi mis en relation avec l'<ref-law>, le contrevenant dispose, dès sa notification, d'un délai de trente jours pour payer l'amende (let. a) ou contester la contravention (let. b, c et d); à défaut de paiement ou de contestation dans ce délai, la décision de l'autorité de police a force de jugement exécutoire (let. e). Le délai de prescription commence à courir du jour où les amendes sont exécutoires, soit à l'expiration du délai de trente jours prévu par l'art. 212 al. 3 let. a et e CPP/GE.
2.3 En l'espèce, les 144 amendes ont été prononcées entre le 23 août 2006 et le 20 septembre 2008. Faute de contestation, elles sont devenues exécutoires à l'expiration du délai de trente jours prévu par l'art. 212 al. 3 let. a CPP/GE. La Chambre pénale ayant statué le 22 novembre 2010, les amendes devenues exécutoires avant le 22 novembre 2007 sont prescrites. Il n'est toutefois pas possible, au vu des faits retenus dans le jugement attaqué, de discerner quelles amendes sont concernées par la prescription puisque l'arrêt attaqué n'indique pas à quelles dates elles ont été notifiées. Lorsqu'un état de fait est lacunaire et qu'ainsi l'application de la loi ne peut pas être contrôlée, la décision attaquée doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité précédente afin que l'état de fait soit complété et qu'un nouveau jugement soit prononcé (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 294 ss). Il convient donc d'annuler l'arrêt attaqué, sans demander d'observations, et de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle examine cette question (ATF précité consid. 3.4.2).
3. Le recourant, qui obtient gain de cause, ne supporte pas de frais judiciaires (<ref-law>) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF), ce qui rend sans objet la requête d'assistance judiciaire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouveau jugement.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Genève versera au recourant le montant de 3'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 28 mars 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Rey-Mermet