Sachverhalt:
A. Die Parteien streiten um den Beitrag von A._ (Beschwerdeführer) an den Berufsbildungsfond des X._ Verband (Beschwerdegegner). Da der Beschwerdeführer kein Deklarationsformular ausgefüllt hatte, wurde der Beitrag gestützt auf den Grundbetrag und die Einschätzung der Betriebsgrösse auf drei Mitarbeiter festgesetzt. Nachdem der Beschwerdeführer auf entsprechende Betreibung Rechtsvorschlag erhoben hatte, beantragte der Beschwerdegegner dem Friedensrichteramt Illnau-Effretikon, den Beschwerdeführer zu verpflichten, ihm Fr. 398.10 nebst Zins und Kosten zu bezahlen. Anlässlich der Verhandlung vor dem Friedensrichteramt bestritt der Beschwerdeführer seine Zahlungspflicht zunächst grundsätzlich, ersuchte aber am Ende der Verhandlung um eine Bedenkzeit bis 19. März 2009. Mit Eingabe vom 20. März 2009 teilte er mit, er bestreite die Forderung nicht grundsätzlich, sei jedoch mit deren Höhe nicht einverstanden. Mit Urteil vom 25. März 2009 schützte das Friedensrichteramt die Klage und beseitigte den Rechtsvorschlag. Eine gegen dieses Urteil erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Bezirksgericht Pfäffikon am 10. August 2009 ab.
B. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, den Beschluss des Bezirksgerichts und damit auch das Urteil des Friedensrichteramtes aufzuheben. Sein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 7. Oktober 2009 ab. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Bezirksgericht auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hielt fest, der Beschwerdeführer habe sich in der Hauptverhandlung überhaupt nicht zur Höhe des von ihm zu bezahlenden Betrages geäussert, sondern lediglich seine Zahlungspflicht bestritten. Daran ändere der Umstand nichts, dass der Beschwerdeführer im Nachhinein die Berechtigung des Beschwerdegegners zur Stellung der Rechnung anerkannt und deren Höhe bestritten habe. Diese Ausführungen seien nach der Hauptverhandlung und damit verspätet erfolgt. Da die Höhe des Betrages nicht strittig gewesen sei und der Beschwerdeführer die Forderung im Grundsatz anerkenne, komme der Frage, ob der Beschwerdeführer die Deklarationsformulare erhalten habe, und der Beweislastverteilung keine Bedeutung zu. Daher sei nicht zu beanstanden, dass die erste Instanz kein Beweisverfahren durchgeführt habe.
1.1 Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, die Annahme, er habe nur seine Zahlungsverpflichtung als solche bestritten, sei willkürlich (<ref-law>). Wer eine Forderung bestreite, bestreite immer auch deren Höhe. Es sei überspitzt formalistisch und verletze <ref-law>, das Schreiben vom 20. März 2009 als unbeachtlich zu betrachten, zumal dem Beschwerdeführer mit Ansetzung der Bedenkfrist bis 19. März 2009 keine Säumnisfolgen angedroht worden seien. Zudem habe die Vorinstanz sein rechtliches Gehör verletzt. Es fehle eine Grundlage für die Festsetzung der Grösse des Betriebes und damit der Höhe des Betrages ex aequo et bono. Daher komme der Frage, ob der Beschwerdeführer die Deklarationsformulare erhalten habe, entgegen der Auffassung der Vorinstanz Bedeutung zu.
1.2 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
1.3 Besteht zwischen den Voraussetzungen für die Entstehung einer Forderung und deren Höhe kein Zusammenhang, bezieht sich ein grundsätzliches Bestreiten entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht zwingend auch auf den Forderungsbetrag. Wie aus dem erstinstanzlichen Urteil hervorgeht, hat der Beschwerdeführer anlässlich der erstinstanzlichen Hauptverhandlung ausgeführt, er sei in seinem Betrieb allein tätig und habe keine drei Angestellten beschäftigt, worauf der Vertreter der Klägerin auf die Möglichkeit hinwies, dies anhand betriebsinterner Unterlagen zu beweisen. Der Beschwerdeführer machte jedoch hiervon keinen Gebrauch.
1.4 Dass der Beschwerdeführer die letztgenannte Feststellung als willkürlich ausgegeben hätte, macht er nicht geltend. Auch wenn er im Rahmen des Hauptverfahrens bezüglich der Berechnungsgrundlage für die Festsetzung der Höhe der Forderung abweichende Behauptungen aufgestellt hat, erweist sich der angefochtene Entscheid im Ergebnis nicht als willkürlich. Wenn der Beschwerdeführer trotz entsprechender Aufforderung für seine Behauptungen keinerlei Beweismittel nennt, obwohl ihm dies - im Gegensatz zum Beschwerdegegner - ohne Weiteres möglich wäre, kann dies unabhängig davon, wer insoweit die Beweislast trägt, zu seinen Lasten gewürdigt werden (Kummer, in: Berner Kommentar, 1962, N. 186 zu <ref-law>). Daher ist es jedenfalls im Ergebnis nicht willkürlich, wenn die erste Instanz gestützt auf die grundsätzliche Anerkennung des Beschwerdeführers den vom Beschwerdegegner verlangten Betrag für ausgewiesen erachtete, ungeachtet der Bestreitung der Zustellung der Deklarationsformulare. Daran vermöchte auch das Schreiben vom 20. März 2009 nichts zu ändern, enthält es doch bloss die Anerkennung des Bestandes der Forderung und die Bestreitung ihrer Höhe, jedoch keinerlei Beweisofferte. Das Bezirksgericht verletzte somit im Ergebnis keinerlei verfassungsmässigen Rechte, indem es das Vorliegen eines Nichtigkeitsgrundes verneinte.
2. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit angesichts des fehlenden reformatorischen Antrags (Art. 42 Abs. 1 i.V.m <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen) und der zum Teil appellatorischen Kritik (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; je mit Hinweisen) überhaupt darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bezirksgericht Pfäffikon schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak