Baurecht, hat sich ergeben:
A.- Auf dem Grundstück Nr. 131, Gemeinde X._, ist die Dienstbarkeit "Baurecht für Zugscheibenanlage" zu Gunsten der Einwohnergemeinde X._ im Grundbuch eingetragen (Grundbuch-Auszug vom 27. August 1999, act. 327). Die Dienstbarkeit verfügt als selbstständiges und dauerndes Baurecht über ein eigenes Grundbuchblatt (Baurecht Nr. 228). Im Dienstbarkeitsvertrag vom 20. März 1936 räumte der Eigentümer des Grundstücks alt-Nr. 131, heute aufgeteilt in die Parzellen Nrn. 131 und 546, der Einwohnergemeinde das - örtlich, flächenmässig und bezüglich Zutritt näher umschriebene - dingliche Recht ein, für die Schützengesellschaft von X._ auf seiner "Parzelle eine Zugscheibenanlage zu erstellen und daselbst dauernd zu belassen" (Art. 1).
Das Schiessen auf eine Distanz von 300 m erfolgt vom Grundstück Nr. 4 (Schützenhaus) über die Grundstücke Nr. 187 und alt-Nr. 131 auf die Scheibenanlage im Baurecht Nr. 228.
Zur Datenübermittlung besteht eine unterirdische Leitung zwischen Schützenhaus und Scheibenstand. Das Überschiessen des Grundstücks alt-Nr. 131 wurde in der Vereinbarung vom 13. März 1979 als Ergänzung zum bestehenden Dienstbarkeitsvertrag und als dessen integrierender Bestandteil geregelt und "durch die Grundeigentümer ungeschränkt im bisherigen Rahmen weiterhin gestattet", wobei die Vertragsparteien - Grundeigentümer, Schützengesellschaft und Einwohnergemeinde - diesen Rahmen in der Vereinbarung festhielten mit Gültigkeit auch für einen allfälligen Rechtsnachfolger. Dem Grundbuchamt wurde die Vereinbarung nicht vorgelegt. Am 10. Januar 1996 kündigte der Eigentümer des Grundstücks alt-Nr. 131 die Vereinbarung gegenüber der Einwohnergemeinde und gegenüber der Schützengesellschaft. Am 13. März 1996 und am 6. April 1996 schlossen er und die Einwohnergemeinde neue, die frühere ersetzende Vereinbarungen ab, mit denen der Schiessbetrieb vorläufig, bis zum Abschluss eines Dienstbarkeitsvertrags geregelt wurde. Trotz Verbots der Einwohnergemeinde und des Grundeigentümers führte die Schützengesellschaft ihr Herbstschiessen 1996 durch.
Das Grundstück alt-Nr. 131 wurde 1998 in die Grundstücke Nrn. 131 und 546 aufgeteilt. Das Baurecht Nr. 228 belastet das neue Grundstück Nr. 131, in dessen Erdreich sich die Übermittlungsleitung zwischen Schützenhaus und Scheibenstand befindet. Auf dem neuen Grundstück Nr. 546 sind keine mit dem Schiessbetrieb zusammenhängenden Lasten eingetragen.
Beide Grundstücke werden überschossen und stehen heute im Eigentum von E._, geb. ... 1950, Sohn des E._, Jahrgang 1922.
B.- Auf Klage von E._ und auf Widerklage der Einwohnergemeinde X._ und der Schützengesellschaft X._ hin erkannte der Appellationshof (I. Zivilkammer) des Kantons Bern in zweiter Instanz betreffend das Schiessen auf eine Distanz von 300 m, was folgt:
"2. Der Grundbuchverwalter des Kreisgrundbuchamtes
Y._ wird gerichtlich angewiesen, auf
Kosten der Einwohnergemeinde X._, vgt. ,
ein Kabeldurchleitungsrecht nach <ref-law>
wie folgt im Grundbuch einzutragen:
- als Last auf dem Grundstück X._ Gbbl.- Nr. 131 des E._, vgt. und
- als Recht auf dem Grundstück X._ Gbbl.-
Nr. 228 der Einwohnergemeinde X._,
vgt.
Das Kabeldurchleitungsrecht ist im beigelegten
Plan mit grüner Farbe eingezeichnet.
3. Der Grundbuchverwalter des Kreisgrundbuchamtes
Y._ wird gerichtlich angewiesen, eine
Dienstbarkeit nach <ref-law> als Überschiessrecht,
dessen Inhalt und Umfang in der beigelegten
Vereinbarung vom 13. März 1979 festgelegt
ist, wie folgt im Grundbuch einzutragen:
- als Last auf den Grundstücken X._- Gbbl. Nrn. 131 und 546 des E._, vgt. ,
und
- als Rechte auf den Grundstücken X._
Gbbl. Nrn. 4 und 228 der Einwohnergemeinde
X._, vgt.
- als Recht zugunsten der Schützengesellschaft
X._, vgt.
Das Überschiessrecht ist im beigelegten Plan mit
roter Farbe eingezeichnet.
4. Soweit weitergehend, wird die Klage abgewiesen.
5. ... [Gerichtskosten]
6. ... [Parteikosten] "
Der erwähnte Plan wurde dem Urteil vom 11. Juli 2000 als integrierender Bestandteil desselben beigeheftet. Das Urteil bestätigte im Wesentlichen das Urteil des Gerichtspräsidenten 2 des Gerichtskreises Y._ vom 16. Dezember 1999, das E._ mit Appellation in der Sache und die Einwohnergemeinde X._ mit Anschlussappellation im Kostenpunkt angefochten hatten.
C.- Mit eidgenössischer Berufung erneuert E._ vor Bundesgericht seine Klagebegehren, der Einwohnergemeinde X._ und der Schützengesellschaft X._ sei zu verbieten, seine Grundstücke Nrn. 131 und 546 zu überschiessen.
Das Baurecht Nr. 228 sei in Anwendung von <ref-law> auf ihn zu übertragen. Die Einwohnergemeinde X._ und die Schützengesellschaft X._ seien zu verurteilen, die durch den Schiessbetrieb belastete Fläche des Grundstücks Nr. 131 und des Baurechts Nr. 228 auf ihre Kosten zu sanieren und den ursprünglichen Zustand wieder herzustellen sowie sämtliche unterirdischen Leitungen zwischen der auf Grundstück Nr. 131 stehenden Scheibenanlage und dem Schützenhaus zu entfernen.
Der Appellationshof hat keine Gegenbemerkungen zu den Berufungsanträgen angebracht.
Die Beklagten schliessen auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Zwischen der im Plan rot eingezeichneten Fläche für die Ausübung des Überschiessrechts (act. 765/815) und dem angefochtenen Urteil besteht ein Widerspruch. Während der Plan nur das Grundstück Nr. 546 als belastet ausweist, ist das Überschiessrecht gemäss der Anweisung an den Grundbuchverwalter in Dispositiv-Ziffer 3, erstes Lemma, und gemäss Urteilsbegründung (E. 2b S. 14) auf den Grundstücken Nrn. 131 und 546 als Last einzutragen. Vom unmissverständlichen Urteilstext ist auszugehen. Das Bundesgericht kann dieses Versehen von Amtes wegen berichtigen (Art. 63 Abs. 2 OG). Es führt entgegen der Annahme des Klägers für sich allein nicht zur Aufhebung des angefochtenen Urteils. Ein weiterer Widerspruch bezieht sich auf das Eigentum am Grundstück Nr. 131, das in Dispositiv-Ziffer 3, erstes Lemma, dem Kläger, gemäss Urteilsbegründung (E. 2 S. 4) aber dem Vater des Klägers zugeordnet wird. Das Bundesgericht kann auch diese Unklarheit im Sinne eines Versehens (Art. 63 Abs. 2 OG), auf das auch die beiden Beklagten hinweisen, von Amtes wegen beseitigen. Gemäss dem letzten und damit massgebenden Grundbuch-Auszug vom 27. August 1999 ist Alleineigentümer des Grundstücks Nr. 131 "E._, ... 1950" gestützt auf Beleg "..." (act. 327).
Der Appellationshof hat bezüglich des Sachverhalts primär auf die erstinstanzlichen Erwägungen verwiesen und den Sachverhalt nurmehr kurz und, soweit er für die oberinstanzliche Beurteilung als wesentlich erachtet worden ist, zusammengefasst (E. 1 S. 3). Verbindlich im Verfahren der eidgenössischen Berufung sind deshalb auch die Tatsachenfeststellungen im erstinstanzlichen Urteil (<ref-ruling> E. 1 S. 355). Soweit der Kläger sich dagegen wendet oder teilweise davon abweicht, ohne ausnahmsweise zulässige Sachverhaltsrügen zu erheben und zu begründen (Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG), kann auf seine Vorbringen nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 2a S. 65). Der Appellationshof hat auch in rechtlicher Hinsicht über weite Strecken auf die erstinstanzliche Beurteilung verwiesen, so dass das Bundesgericht die Rechtsanwendung im Lichte jener Erwägungen überprüft, zumal der Kläger diese Vorgehensweise in keiner Weise beanstandet (zum Grundsatz: <ref-ruling> E. 3b S. 494; zu den Grenzen:
BGE 119 II 478 E. 1d S. 480 f.). Die Berufungsschrift genügt unter diesen Umständen den formellen Anforderungen nicht, wenn darin eine Auseinandersetzung mit den rechtlichen Erwägungen der Erstinstanz, die kraft Verweises Teil der Begründung des Appellationshofs geworden sind, fehlt (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; allgemein: <ref-ruling> E. 3 S. 748 f.).
Auf diese beiden formellen Punkte wird im Sachzusammenhang zurückzukommen sein.
Die weiteren Zulässigkeitsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Berufung kann mit den erwähnten Berichtigungen und Vorbehalten eingetreten werden.
2.- Überschossen werden die zwischen dem Grundstück Nr. 4 (Schützenhaus) und dem Baurecht Nr. 228 gelegenen Grundstücke Nrn. 187, 546 und 131 in dieser Reihenfolge. Der Kläger sieht sich als Eigentümer der Grundstücke Nrn. 546 und 131 in seinen Abwehrrechten verletzt (<ref-law>), weil die Beklagten weder über eine dingliche noch über eine obligatorische Berechtigung verfügten, sein Grundeigentum zu überschiessen. Dass den Beklagten das Überschiessen richterlich zu verbieten sei, leitet der Kläger auch aus <ref-law> ab; der durch das Schiessen auf seinen Grundstücken verursachte Schadstoffeintrag sei eine übermässige Einwirkung, deren sich die Beklagten zu enthalten hätten. Diese wenden dagegen ein dingliches Überschiessrecht ein, dessen Eintragung im Grundbuch als Dienstbarkeit sie widerklageweise begehrt und erlangt hätten.
a) Unstreitig ist ein Überschiessrecht weder auf dem Grundstück Nr. 546 noch auf dem Grundstück Nr. 131 im Grundbuch eingetragen, und fehlt nach Angaben des Klägers auch auf dem dritten überschossenen Grundstück Nr. 187, dessen Eigentümer nicht in den hängigen Prozess einbezogen worden ist.
Der Appellationshof hat ein Überschiessrecht als "Dienstbarkeit nach <ref-law>" auf den beiden Grundstücken des Klägers zuerkannt. Er ist einleitend davon ausgegangen, der Dienstbarkeitsvertrag von 1936 könne nur so verstanden werden, dass das Überschiessrecht miteingeschlossen sein sollte, weil das Recht zur Errichtung einer Zugscheibenanlage ohne ein dazu gehöriges Überschiessrecht absolut keinen Sinn machen würde (E. 1 S. 7 f.). Der Appellationshof hat sodann die hier streitentscheidenden Fragen beantwortet, ob das vereinbarte Überschiessrecht dingliche Wirkung entfalten konnte, obwohl es nicht im Grundbuch eingetragen worden ist, und welches die Folgen davon sind, dass die Vereinbarung von 1979 betreffend Überschiessrecht nicht beim Grundbuchamt angemeldet worden ist (E. 2 S. 8 ff.).
Ihrem Inhalt nach gibt es gesetzlich besonders geregelte Dienstbarkeiten (z.B. Baurechte: Art. 674-676 und Art. 779-779l ZGB) und gesetzlich nicht geregelte (Art. 730-744 und <ref-law>). Gemeinsam ist ihnen, dass sie - von hier nicht interessierenden Sonderfällen abgesehen - auf einem Vertrag beruhen, der zu seiner Gültigkeit der schriftlichen Form bedarf (<ref-law>) und nur ausnahmsweise die öffentliche Beurkundung erfordert (z.B. für das selbstständige und dauernde Baurecht: <ref-law>). Der Vertrag auf Errichtung einer Dienstbarkeit schafft eine persönliche Forderung gegen den Vertragsgegner, aber nicht das dingliche Recht. Dieses entsteht - von Ausnahmen abgesehen (z.B. für das Durchleitungsrecht: <ref-law>) - erst durch die Eintragung im Grundbuch (<ref-law>; <ref-law>; vgl. zum Grundsätzlichen statt vieler: Riemer, Die beschränkten dinglichen Rechte, 2.A. Bern 2000, § 11 N. 2, N. 5 und N. 12, S. 54 ff.; Tuor/Schnyder/Schmid, Das Schweizerische Zivilgesetzbuch,
11.A. Zürich 1995, S. 777-780, S. 797 und S. 801).
Das Recht, eines oder mehrere fremde Grundstücke zu überschiessen, kann als Dienstbarkeit im Sinne von <ref-law> vereinbart werden und erlangt dingliche Wirkung durch Eintragung im Grundbuch (Riemer, a.a.O., § 10 N. 9, S. 45).
Von der gesetzlichen Konzeption her ist die erste Frage, ob das vereinbarte Überschiessrecht dingliche Wirkung entfalten konnte, obwohl es nicht im Grundbuch eingetragen worden ist, grundsätzlich zu verneinen und die zweite Frage, welches die Folgen davon sind, dass die Vereinbarung von 1979 betreffend Überschiessrecht nicht im Grundbuch eingetragen worden ist, dahin zu beantworten, dass auf Grund jener Vereinbarung kein dingliches Überschiessrecht entstehen konnte.
Obligatorische (Dienstbarkeitsvertrag) und dingliche Wirkung (Grundbucheintragung) sind auseinander zu halten.
b) Der Appellationshof hat dem von den Beklagten beanspruchten Überschiessrecht dennoch dingliche Wirkung zuerkannt, weil es als Inhalt der grundbuchlich eingetragenen Dienstbarkeit (Baurecht) zu erachten sei. Ausschlaggebend für diesen Baurechtsinhalt soll sein, dass das Grundstück alt-Nr. 131 seit längerer Zeit (1936) unangefochten und in gutem Glauben überschossen wurde (E. 2a/bb S. 10 ff.).
Die Eintragung im Grundbuch enthält unter anderem die Bezeichnung der Dienstbarkeit mit einem Stichwort (z.B.
"Baurecht"; Art. 35 Abs. 2 der Verordnung betreffend das Grundbuch, SR 211. 432.1, GBV). Nach <ref-law> ist dieser Eintrag für den Inhalt der Dienstbarkeit massgebend, soweit sich daraus Rechte und Pflichten deutlich ergeben (Abs. 1; allgemein: <ref-law>), und im Rahmen des Eintrags kann sich der Inhalt der Dienstbarkeit aus ihrem Erwerbsgrund oder aus der Art ergeben, wie sie während längerer Zeit unangefochten und in gutem Glauben ausgeübt worden ist (Abs. 2; allgemein: <ref-law>; vgl. zur Bedeutung der stichwortartigen Benennung der Dienstbarkeit: Huber, Zur Änderung der eidgenössischen Grundbuchverordnung vom 18. November 1987, ZBGR 70/1989 S. 129 ff., S. 136 f. Ziffer 5.2).
Eine Dienstbarkeit nach dem Erwerbsgrund auszulegen, ist gemäss <ref-law> unzulässig, wenn sich ihr Inhalt aus dem Grundbucheintrag deutlich ergibt; dieser ist dannzumal allein massgeblich (<ref-ruling> E. 2b und c S. 464 f.; zustimmend in ihren Urteilsbesprechungen: Schnyder, BR 1998 S. 59, und Rey, ZBJV 134/1998 S. 490 ff.). Der Grundbucheintrag, der den Inhalt der Dienstbarkeit klar ersichtlich macht, setzt sich nicht nur gegen alle anderen Auslegungsmittel durch, wenn danach der Inhalt enger ist (z.B. Urteil des Bundesgerichts vom 11. November 1999, E. 3b, in: ZBGR 81/ 2000 S. 274), sondern auch, wenn danach der Inhalt weiter ist; das ist eine Frage der Teilexistenz des dinglichen Rechts und nicht etwa eine solche des guten oder bösen Glaubens (Homberger, Zürcher Kommentar, N. 21 zu <ref-law>; Deschenaux, Das Grundbuch, SPR V/3, II, Basel 1989, § 29/V/2c S. 622).
Das "Baurecht" (Randtitel zu Art. 675 und Art. 779 ZGB) ist gesetzlich besonders geregelt und beinhaltet, "dass jemand das Recht erhält, auf oder unter der Bodenfläche ein Bauwerk zu errichten oder beizubehalten" (<ref-law>), und hat zum Gegenstand "Bauwerke oder andere Vorrichtungen, die auf fremdem Boden eingegraben, aufgemauert, oder sonstwie dauernd auf oder unter der Bodenfläche mit dem Grundstück verbunden sind" (<ref-law>). Das ist gemeint, wenn der Grundbuchverwalter eine Dienstbarkeit "Baurecht" nennt (vgl. act. 327, Grundbuch-Auszug: "Baurecht für Zugscheibenanlage"). Der Grundbucheintrag "Baurecht" umfasst ohne jeden Zweifel kein Überschiessrecht und ist insoweit einzig massgebend, d.h. unabhängig davon, was die weiteren Auslegungsmittel ergeben.
Daran ändert <ref-law> nichts, wonach die vertraglichen Bestimmungen über den Inhalt und den Umfang des Baurechts, wie namentlich der Zweck der Baute (hier: "Zugscheibenanlage") für jeden Erwerber des Baurechts und des belasteten Grundstücks verbindlich sind. <ref-law> bringt den für alle Dienstbarkeiten geltenden Grundsatz zum Ausdruck, dass die vertraglichen Bestimmungen über Inhalt und Umfang gegenüber jedermann wirken, weil sie Dienstbarkeitscharakter haben und daher Rechte und Pflichten dinglicher Art begründen. Solche Bestimmungen im Baurechtsvertrag dienen - wie alle weiteren Grundbuchbelege - dazu, Inhalt und Umfang des Baurechts - hier: den Zweck der Baute - näher zu konkretisieren (Isler, Basler Kommentar, N. 2 zu <ref-law>, und ders. , Der Baurechtsvertrag und seine Ausgestaltung, Diss.
Zürich 1973, S. 94, je mit weiteren Nachweisen). Sie könnten berücksichtigt werden, wenn über den Zweck der Baute "Zugscheibenanlage" zu entscheiden ist, hingegen sind sie so wenig wie ein langjähriges Überschiessen der klägerischen Grundstücke für den Inhalt der Dienstbarkeit massgebend, wenn sich dieser - wie hier: "Baurecht" - deutlich aus dem Grundbucheintrag ergibt.
c) Der Appellationshof hat dem von den Beklagten beanspruchten Überschiessrecht dennoch dingliche Wirkung zuerkannt, weil es als sog. adminiculum servitutis zum Inhalt der grundbuchlich eingetragenen Dienstbarkeit (Baurecht) gehöre (E. 2a/aa S. 8 ff.). Der Appellationshof hat den Begriff der "adminicula servitutis" zutreffend wiedergegeben: Es geht um Handlungen, mittels welcher die Dienstbarkeit ausgeübt wird, ohne die dies also nicht möglich ist und die als stillschweigend verstattet gelten, weil sie notwendiges Mittel zum Zweck sind; der ursprüngliche, der Dienstbarkeitserrichtung zugrunde liegende Zweck der Dienstbarkeit ist bestimmend für die Beurteilung der Frage, ob eine das belastete Grundstück benutzende Handlung zum Kreis der "adminicula servitutis" gehört (Liver, Zürcher Kommentar, N. 11 und N. 15 zu <ref-law>, Hervorhebungen beigefügt, mit Beispielen in N. 12 ff. zu <ref-law> und N. 74 zu <ref-law>).
Die "adminicula servitutis" berechtigen einerseits dazu, alle Handlungen vorzunehmen, ohne die die im Baurechtsvertrag ausdrücklich genannte Befugnis nicht ausgeübt, d.h.
ohne die die Zugscheibenanlage nicht erstellt und dauernd belassen werden kann. Die Vornahme solcher Handlungen ist im Dienstbarkeitsvertrag bereits geregelt. Die Beklagte 1 bzw.
die Beklagte 2 wird für berechtigt erklärt, "zur Ausführung der Bauarbeiten oder von Reparaturen an der Zugscheibenanlage das dienende Grundstück im Umkreis von 5 Metern um die Anlage jederzeit zu betreten und dort Baumaterial abzulegen, gegen Vergütung allfällig verursachten Kulturschadens" (Art. 1 lit. b), und als "Zu- und Vonfahrt zur Zugscheibenanlage ...
den bestehenden, in unmittelbarer Nähe der Anlage durchgehenden Fahrweg zu benützen und von diesem Wege die Anlage zu betreten" (Art. 1 lit. c des Dienstbarkeitsvertrags). Die Ausübung der Baurechtsdienstbarkeit, "ein Bauwerk zu errichten oder beizubehalten" (<ref-law>), ist vertraglich gewährleistet, so dass für den Zweck des Baurechts keine weiteren "adminicula servitutis" erforderlich sind.
Ob die "adminicula servitutis" andererseits auch dazu berechtigen, alle Handlungen vorzunehmen, die sich aus dem von den Parteien gewollten Zweck der Baute ergeben, muss nicht abschliessend entschieden werden. Dies kommt allenfalls in Betracht, wenn der Zweck der Baute - wie vorliegend - im Grundbuch benannt ist ("Baurecht für Zugscheibenanlage").
Dass die Parteien des Baurechtsvertrags die erstellte Zugscheibenanlage bzw. die dazugehörigen Scheiben beschiessen wollten, liegt nahe, doch kann auf Grund dieser beabsichtigten Nutzung hier kein Überschiessrecht als "adminiculum servitutis" geltend gemacht werden. "Adminiculum" bedeutet gemäss dem Langenscheidts Grosswörterbuch Lateinisch-Deutsch "Stütze, Hilfsmittel, Beihilfe". Es ist - wie auch die Beispiele in der Lehre zeigen - der Dienstbarkeit untergeordnet, darf deshalb nicht selbstständig neben der Dienstbarkeit stehen oder sogar zur Hauptsache werden. So schliesst der weitere Inhalt des Rechts (z.B. Baurecht) den engeren (z.B.
Zutritt) in sich (vgl. Leemann, Berner Kommentar, N. 3 zu <ref-law>). Im vorliegenden Fall sprengt das Überschiessrecht den möglichen Inhalt eines "adminiculum servitutis", weil es dem Baurecht nicht untergeordnet ist, sondern wegen seines Umfangs sogar zur Hauptsache wird: Die vom Schützenhaus aus gesehen an der hinteren Grenze des Grundstücks Nr. 131 im damaligen Halte von 428. 60 Aren auf einer Bodenfläche von rund einer Are eingeräumte Baurechtsdienstbarkeit (Art. 1 lit. a und Art. 3 des Dienstbarkeitsvertrags) belastete die restliche Grundstücksfläche auf der Breite der Scheibenanlage mit einem Sicherheitszuschlag, die sich in Richtung Schützenhaus kegelförmig verringert; das "adminiculum servitutis" beinhaltete damit ein zeitweiliges Zutrittsverbot und für die Dauer des Baurechts überdies ein Bauverbot für sämtliche oberirdischen Bauten, selbst für landwirtschaftliche Fahrnisbauten, und ein Abstellverbot für landwirtschaftliche Gerätschaften. Weiter kann mit der Geltendmachung eines derartigen "adminiculum servitutis" der erwähnte Zweck der Baute wohl nicht gewährleistet werden, weil es demjenigen Eigentümer kaum entgegengehalten werden kann, dessen Grundstück nicht auch mit dem Baurecht belastet ist, was hier jedenfalls für das Grundstück Nr. 187 zutrifft.
d) Der Appellationshof hat der Vereinbarung vom 13. März 1979 dingliche Wirkung zugesprochen mit der Folge, dass sie nicht einseitig vom Vater des Klägers habe gekündigt werden können. Er ist davon ausgegangen, die (schriftliche) Vereinbarung stelle eine Ergänzung des bestehenden Dienstbarkeitsvertrags dar und berechtige zum Schiessen im bisher bereits gestatteten Rahmen. Rechtlich seien darin vertragliche Bestimmungen über den Inhalt und Umfang des Baurechts im Sinne von <ref-law> zu erblicken (E. 2a/bb S. 12 f.).
Es ist an sich nicht daran zu zweifeln, dass mit einer den ursprünglichen Baurechtsvertrag ergänzenden oder ändernden Vereinbarung der Inhalt und Umfang des Baurechts neu oder anders bestimmt werden kann. Dabei mag hier offen bleiben, ob die entsprechende "Zusatz- oder Nachtragsurkunde" - wie der Kläger behauptet und in der Lehre vertreten wird (Isler, N. 37 zu <ref-law>) - der öffentlichen Beurkundung bedarf, wenn Bestimmungen mit dinglicher oder realobligatorischer Wirkung betroffen sind. Entscheidend ist, dass die Zusatz- oder Ergänzungsvereinbarung unstreitig nie dem Grundbuchamt zur Eintragung angemeldet oder vorgelegt worden ist und daher schlechterdings auch nicht dingliche Wirkung haben kann (E. 2a soeben); die für die Anmeldung zur Eintragung aufgestellten Vorschriften gelten auch für die Anmeldung zur Abänderung eines Eintrags (Art. 61 und Art. 65 GBV). Ein allfälliger Anspruch auf Eintragung einer Dienstbarkeit gestützt auf die besagte Vereinbarung dürfte im Übrigen längst verjährt sein (zur Anwendbarkeit der <ref-law>: nicht veröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 15. November 1996 i.S. H.B. gegen S. AG, E. 2a, 5C.94/1996, unter Verweis namentlich auf Gauch/Schluep, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 6. Auflage, Zürich 1995, Rz. 3394).
Selbst wenn mit dem Appellationshof davon ausgegangen werden wollte, die Vereinbarung vom 13. März 1979 gehöre zum im Grundbuch als Beleg II/41 verzeichneten Dienstbarkeitsvertrag vom 20. März 1936, weil sie ja als dessen integrierender Bestandteil abgeschlossen worden ist, führte das zu keinem anderen Ergebnis. Es kann nicht auf diesen Beleg zurückgegriffen werden, um der Baurechtsdienstbarkeit den zusätzlichen Inhalt "Überschiessrecht" nachzuschieben, für den die Eintragung im Grundbuch nach dem Gesagten (E. 2b soeben) keinen Hinweis gibt (<ref-ruling> E. 2b S. 296); das ist eine Frage der Existenz des dinglichen Rechts und nicht etwa eine solche des guten oder bösen Glaubens auf Seiten des Klägers, der die Grundstücke Nrn. 131 und 546 erst 1998 erworben hat (<ref-ruling> E. 2c S. 296).
e) Mit keiner der angeführten Begründungen des Appellationshofs kann ein dingliches Überschiessrecht der Beklagten sachlich gerechtfertigt werden. Aus den dargelegten Gründen muss Dispositiv-Ziffer 3 des angefochtenen Urteils aufgehoben und die Widerklage abgewiesen werden, soweit die Beklagten damit die Eintragung eines Überschiessrechts im Grundbuch als Dienstbarkeit begehrt haben.
f) Es stellt sich damit nur mehr die Frage, ob den Beklagten eine obligatorische Berechtigung zusteht, die Grundstücke des Klägers zu überschiessen. Der Kläger verneint dies, während die Beklagte 2 die obligatorische Wirkung der Vereinbarung vom 13. März 1979 bejaht. Beide Parteien gehen damit über die Tatsachenfeststellungen des Appellationshofs hinaus, der sich mit der Kündigung der Vereinbarung vom 13. März 1979 und den später neu getroffenen Vereinbarungen nicht befasst hat, weil er von einer dinglichen Wirkung jener ersten Vereinbarung ausgegangen ist. Fehlen entsprechende Tatsachenfeststellungen, muss die Sache in diesem Punkt an den Appellationshof zurückgewiesen werden (Art. 64 Abs. 1 OG); eine Vervollständigung des Sachverhalts durch das Bundesgericht anhand der Akten ist ausgeschlossen, da es sich nicht bloss um einen nebensächlichen Punkt handelt (Art. 64 Abs. 2 OG; z.B. <ref-ruling> E. 3c S. 175; <ref-ruling> E. 2b S. 107).
In rechtlicher Hinsicht wird bei der Neubeurteilung auch das Verbot des offenbaren Rechtsmissbrauchs zu beachten sein. Unstreitig sind die Grundstücke des Klägers bzw. seines Rechtsvorgängers seit je her - anscheinend bereits vor Abschluss des Baurechtsvertrags von 1936 - in einem Umfang überschossen worden, wie ihn dann die Parteien in der Vereinbarung von 1979 mit Wirkung für die unterzeichneten Grundeigentümer und allfällige Rechtsnachfolger festgeschrieben haben. Mit Blick darauf hat der Kläger seine Abwehrrechte verwirkt, wenn er nach jahrzehntelanger Duldung plötzlich ein Überschiessen seiner Grundstücke und damit die zweckkonforme Nutzung der im Baurecht eingeräumten Zugscheibenanlage gänzlich verbieten will (vgl. zum Grundsatz: Meier-Hayoz, Berner Kommentar, N. 117, und Wiegand, Basler Kommentar, N. 67, je zu <ref-law>). In diesem Zusammenhang wird allerdings auch zu beurteilen sein, welche Bedeutung es hat, dass die Beklagte 1 in den Vereinbarungen von 1996 der Auflösung der Regelung von 1979 durch den Kläger zugestimmt und sich verpflichtet hat, zum Abschluss eines Dienstbarkeitsvertrags mit dem Kläger betreffend die Regelung des gesamten Schiessbetriebs Hand zu bieten.
3.- Mit Bezug auf das Durchleitungsrecht hat der Appellationshof festgestellt, der Vater des Klägers habe zur Neuverlegung der Leitung im Jahre 1995 sein Einverständnis gegeben und sogar Anweisungen erteilt, wie die Leitung zu verlegen sei. In rechtlicher Hinsicht hat der Appellationshof auf das Urteil des erstinstanzlichen Richters verwiesen (E. 5 S. 15). Dieser hat die Voraussetzungen für ein Notleitungsrecht im Sinne von <ref-law> bejaht. Nach dessen Abs. 3 entsteht das Durchleitungsrecht ausserbuchlich. Der Gerichtspräsident hat erwogen, nicht bloss auf dieses Erfordernis der Grundbucheintragung könne verzichtet werden, sondern auch von der schriftlichen Form des Vertrags über die Errichtung der Grunddienstbarkeit könne abgesehen werden, wenn der Eigentümer des belasteten Grundstücks die Erstellung der Leitung formlos gestattet hat (unter Verweis auf [recte] Liver, Das Eigentum, SPR V/1, Basel 1977, § 36/III-IV S. 260-263 unter Berufung in Anm. 22 auf Liver, Zürcher Kommentar, N. 7 und N. 67 zu <ref-law>). In seiner Berufungsschrift bestreitet der Kläger, dass er die Durchleitung gestattet habe, und wendet sich damit gegen die anderslautenden Tatsachenfeststellungen im angefochtenen Urteil. Sodann macht er geltend, die Voraussetzungen für eine Notleitung seien nicht gegeben, ohne sich auch nur ansatzweise mit den Erwägungen im verwiesenen Urteil auseinander zu setzen. Was das Durchleitungsrecht anbetrifft, kann auf die Berufung deshalb nicht eingetreten werden (E. 1 Abs. 2 hiervor).
4.- Zu den Fragen der Sanierung des Grundstücks Nr. 131 und des Baurechts Nr. 228, der Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes und des vorzeitigen Heimfalls hat der Appellationshof sich nicht geäussert, sondern unter Verweis auf die erstinstanzliche Begründung die klägerischen Rechtsbegehren abgewiesen (E. 4 S. 15). Der Gerichtspräsident hat die Voraussetzungen von <ref-law> verneint, weil weder von einer groben Überschreitung des dinglichen Rechts des Bauberechtigten noch von einer Verletzung der vertraglichen Vereinbarung die Rede sein könne. Er ist davon ausgegangen, dass der Zivilrichter den im öffentlichen Interesse stehenden Schiessbetrieb nicht einstellen könne, dass die erhöhte Bleikonzentration im Boden eine unvermeidbare Folge des Schiessbetriebs bilde, dass gemäss den Feststellungen im eingeholten CSD-Bericht die Bleikonzentrationswerte in Bereichen lägen, die nach den massgebenden Bestimmungen weder Sanierungsmassnahmen noch eine Einstellung des Schiessbetriebs erforderten, und dass die Lärmschutzvorschriften eingehalten würden. In seiner Berufungsschrift stellt der Kläger erneut auf einen Sachverhalt ab, der demjenigen im angefochtenen Urteil nicht entspricht, und setzt sich in keiner den formellen Anforderungen genügenden Weise mit den Erwägungen der kantonalen Instanzen auseinander. Auf die Berufung kann auch in diesem Punkt nicht eingetreten werden (E. 1 Abs. 2 hiervor).
5.- Der Kläger obsiegt mit seinen Berufungsanträgen nur teilweise. Sein Hauptantrag, den Beklagten das Überschiessen seiner Grundstücke zu verbieten, bleibt im gezeigten Rahmen offen. Bei diesem Verfahrensausgang rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten hälftig zu teilen und die Parteientschädigungen wettzuschlagen (Art. 156 Abs. 3 und Art. 159 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und
a) die Dispositiv-Ziffern 3 bis 6 des Urteils des Appellationshofs (I. Zivilkammer) des Kantons Bern vom 11. Juli 2000 werden aufgehoben;
b) die Widerklage der Beklagten 1 und 2 wird abgewiesen, soweit damit die Eintragung eines Überschiessrechts als Dienstbarkeit zu Lasten der Liegenschaft X._ Nr. 546 bzw. der Liegenschaften X._ Nrn. 131 und 546 des Klägers im Grundbuch verlangt wird;
c) die Sache wird zur Ergänzung der Akten und zur neuen Entscheidung an den Appellationshof zurückgewiesen, soweit mit der Klage der Erlass eines Verbots gegen die Beklagten 1 und 2 verlangt wird, die Liegenschaften X._ Nrn.
131 und 546 des Klägers zu überschiessen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird je zur Hälfte dem Kläger einerseits und den Beklagten 1 und 2 unter solidarischer Haftbarkeit andererseits auferlegt.
3.- Die Parteientschädigungen werden wettgeschlagen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationshof (I. Zivilkammer) des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 12. April 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: