Sachverhalt:
A. Mit Strafurteil vom 18. Juni 2004 verurteilte das Kantonsgericht Basel-Landschaft X._ wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von 16 Monaten und auferlegte ihm die Gerichtsgebühren der ersten und zweiten Instanz sowie die Kosten zur Pflege des Pflanzenmaterials zu zwei Dritteln.
Gestützt auf dieses Urteil, in welchem von der Höhe her einzig die zweitinstanzliche Gerichtsgebühr genau ausgewiesen ist, erging am 10. November 2005 die detaillierte Kostenrechnung, mit der X._ zur Zahlung von Fr. 85'265.65 verpflichtet wurde.
Gegen die Kostenrechnung erhob X._ Beschwerde mit dem Begehren um Kostenerlass, eventuell um Ratenzahlung. Mit Beschluss vom 21. Februar 2006 hiess die Kantonsgerichtspräsidentin das Eventualbegehren gut und gewährte Ratenzahlungen. Die gegen diesen Beschluss erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht am 12. September 2006 ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Zahlungsbefehl vom 4. September 2007 leitete die Justizverwaltung für den Kanton Basel-Landschaft für den Betrag von Fr. 84'695.65 die Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes A._ ein. X._ erhob Rechtsvorschlag, worauf die Justizverwaltung ein Rechtsöffnungsgesuch stellte, das die Bezirksgerichtspräsidentin B._ am 12. Dezember 2007 abwies. In Gutheissung der dagegen erhobenen Beschwerde der Justizverwaltung erteilte das Kantonsgericht Basel-Landschaft dem Kanton mit Urteil vom 27. Mai 2008 definitive Rechtsöffnung.
C. Gegen dieses Urteil hat X._ am 3. September 2008 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Rechtsöffnungsentscheid ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert, gegen den grundsätzlich die Beschwerde in Zivilsachen ergriffen werden kann (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
Rechtsöffnungen sind keine vorsorglichen Massnahmen im Sinn von <ref-law>, weshalb alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig sind und das Bundesgericht behauptete Rechtsverletzungen mit freier Kognition prüft (<ref-ruling> E. 1.5 S. 400).
2. Der Beschwerdeführer macht vorab eine Verletzung von <ref-law> geltend und rügt in diesem Zusammenhang, die Justizverwaltung sei wie die Abteilung Zivil- und Strafrecht eine Abteilung des Kantonsgerichts Basel-Landschaft; mithin habe eine Abteilung über die Appellation einer anderen Abteilung des gleichen Gerichts entschieden, was nicht angehe.
Was zunächst die Unabhängigkeit des Gerichts mit Bezug auf den Kanton anbelangt, kann auf das Bundesgerichtsurteil 5D_21/2008 verwiesen werden, das ebenfalls in Betreibung gesetzte Verfahrenskosten aus Prozessen vor dem Kantonsgericht Basel-Landschaft betroffen hat. Das Bundesgericht hat dort in E. 2 und 4 festgehalten, dass die Forderung aus den urteils- oder verfügungsmässig auferlegten Kosten dem Kanton zustünden, und erwogen, dass im Verfahren der definitiven Rechtsöffnung auf der Grundlage eines in Rechtskraft erwachsenen Urteils oder einer rechtskräftigen Kostenverfügung gerade nicht mehr über die Forderung selbst, sondern über einen anderen Tatbestand zu befinden sei, nämlich darüber, ob die Forderung inzwischen getilgt, verjährt oder gestundet worden sei (<ref-law>). Die Gerichte seien im Übrigen unbesehen der Tatsache, dass sie Organe des Staates und ein Teil der staatlichen Gewalt seien, institutionell und organisatorisch von diesem unabhängig und in ihrer Entscheidung allein dem Recht verpflichtet (§ 82 Abs. 1 KV). Die zwangsläufige Einbindung der Gerichte in die staatliche Handlungs- und Wirkungseinheit sei systemimmanent und vermöge ihre Unabhängigkeit nach dem Gesagten nicht in Frage zu stellen, insbesondere auch dann nicht, wenn sie Ansprüche des eigenen Kantons oder gegen diesen gerichtete Ansprüche zu beurteilen hätte.
Daran vermag schliesslich der in der Beschwerde schwergewichtig thematisierte Umstand nichts zu ändern, dass als Inkassomandatar für die Forderung des Kantons die Justizverwaltung auftritt, die formell dem Kantonsgericht angegliedert bzw. ein Teil desselben ist. Die Kantone regeln autonom, wer mit dem Inkasso der staatlichen Forderungen betraut ist. Für den Kanton Basel-Landschaft gilt, dass die Justizverwaltung den Gerichten obliegt (§ 82 Abs. 2 KV), welche diese selbständig wahrnehmen, soweit nicht andere Organe zuständig sind (§ 24 Abs. 2 GOG). Aus diesem Grund tritt als Inkassomandatarin eine Abteilung des Kantonsgerichts auf, gehört doch zur Justizverwaltung insbesondere auch der Kosteneinzug (§ 60 Abs. 1 des Reglementes über die Justizverwaltung, SGS 170.111). Weil die Forderung indes nicht dem Gericht, sondern dem Kanton zusteht, lässt sich nicht sagen, dass dieses sich selbst bzw. in eigener Sache Rechtsöffnung erteile.
Ferner ist nicht zu sehen, was für einen Einfluss die Fragen rund um den Forderungsgrund, den Rechtsöffnungstitel und die notwendigen bzw. korrekten Angaben im Zahlungsbefehl auf die richterliche Unabhängigkeit haben sollen. Diese Punkte wurden vom Kantonsgericht denn auch vollumfänglich geprüft.
Als Zwischenergebnis ist festzuhalten, dass es vor der Garantie des unabhängigen Richters gemäss <ref-law> standhält, wenn das Kantonsgericht für die auferlegten Gerichtskosten aus Verfahren, die seinerzeit vor ihm hängig gewesen sind, Rechtsöffnung erteilt hat und dabei die Justizverwaltung als Inkassomandatarin des Kantons aufgetreten ist.
3. Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung von <ref-law>, indem das Obergericht für die Rechtsöffnung letztlich auf die Kostenrechnung vom 10. November 2005 abgestellt habe, obwohl im Zahlungsbefehl als Forderungsgrund (allein) das Strafurteil vom 18. Juni 2004 angegeben sei. In jenem Urteil sei aber nur die Gerichtsgebühr der zweiten Instanz genau beziffert; im Übrigen halte das Urteil nur den Grundsatz fest, wonach ihm die gesamten Verfahrenskosten sowie diejenigen zur Pflege des Pflanzenmaterials zu zwei Dritteln auferlegt würden.
Mit diesen Ausführungen wird letztlich nicht die Verletzung von <ref-law>, sondern eine solche von <ref-law> bei der Ausstellung des Zahlungsbefehls moniert, sind doch nach dieser Bestimmung im Betreibungsbegehren die Forderungsurkunde und subsidiär der Grund der Forderung aufzuführen. Hierfür hätte der Beschwerdeführer aber innert der dafür massgeblichen Frist Beschwerde gegen den Zahlungsbefehl gemäss <ref-law> erheben müssen. Allfällige Mängel des Zahlungsbefehls könnten bei der Rechtsöffnung nur dann noch berücksichtigt werden, wenn dieser als nichtig anzusehen wäre; davon kann indes keine Rede sein: Die in <ref-law> erwähnte Forderungsurkunde kann nicht mit dem Rechtsöffnungstitel gleichsetzt werden, kann doch für beliebige Forderungen die Betreibung eingeleitet werden; verfügt der Schuldner über einen Rechtsöffnungstitel, versetzt ihn dies einzig in die vorteilhafte Lage, dass er die Beseitigung des Rechtsvorschlages in einem raschen (in der Regel summarischen) Verfahren verlangen kann und nicht den ordentlichen Prozessweg beschreiten muss. Bei <ref-law> geht es aber nicht um die prozessuale Art der Beseitigung des Rechtsvorschlages; das Gesetz stellt die erwähnte Forderungsurkunde vielmehr in Zusammenhang mit dem Forderungsgrund. <ref-law> zielt darauf, dass sich der Schuldner über die Person des Gläubigers, die Natur der Forderung, den Anlass der Betreibung und die Art des Zwangsvollstreckungsverfahrens im Klaren und damit zur Entscheidung befähigt ist, ob er Rechtsvorschlag erheben will; es soll mit anderen Worten sichergestellt werden, dass der Schuldner aufgrund der Angaben im Zahlungsbefehl aus dem Sachzusammenhang heraus namentlich erkennen kann, was für eine Forderung in Betreibung gesetzt worden ist (vgl. <ref-ruling>). Aus diesem Grund ist die Nennung eines eigentlichen bzw. des späteren Rechtsöffnungstitels nicht zwingend erforderlich (STAEHELIN, Basler Kommentar, N. 37 zu <ref-law>).
Für den vorliegenden Fall ergibt sich, dass die genaue Forderungshöhe zwar allein aus der schliesslich als Rechtsöffnungstitel vorgelegten Kostenrechnung hervorgeht, die Kostenforderung aber auf das Strafurteil vom 18. Juni 2004 zurückzuführen ist. Dieses umschreibt gleichsam den zugrunde liegenden Lebensvorgang (vgl. STAEHELIN, a.a.O., N. 37) und dem Beschwerdeführer war mit der Erwähnung des Strafurteils im Zahlungsbefehl klar, was für eine Forderung in Betreibung gesetzt worden ist. Insofern sind die an einen Zahlungsbefehl zu stellenden Anforderungen erfüllt und leidet dieser jedenfalls an keinem Nichtigkeitsgrund, der im Stadium der Rechtsöffnung hätte beachtet werden müssen.
War aber die Erwähnung der schliesslich als Rechtsöffnungstitel vorgelegten Kostenrechnung im Zahlungsbefehl nicht zwingend erforderlich, so ist auch <ref-law> nicht verletzt, wenn das Obergericht gestützt hierauf Rechtsöffnung erteilt hat. Dass die Kostenrechnung im Übrigen eine mit einem gerichtlichen Urteil gleichgestellte Verfügung und damit ein tauglicher Rechtsöffnungstitel ist (§ 53 GOG/BL i.V.m. <ref-law>), bestreitet auch der Beschwerdeführer nicht.
4. Mit Bezug auf die Kostenrechnung als solche bringt der Beschwerdeführer vor, sie habe dem Rechtsöffnungsbegehren nicht beigelegen. Diese Behauptung ist offensichtlich falsch, ist sie doch in den erstinstanzlichen Akten als Seite 17 paginiert, weshalb sie bereits dem erstinstanzlichen Gericht vorgelegen haben muss.
Sodann macht der Beschwerdeführer geltend, das Kantonsgericht sei fälschlicherweise von der Rechtskraft der Kostenrechnung ausgegangen. Er habe diese jedoch frühestens am 23. November 2005 von seinem Anwalt erhalten und dann mit Eingabe vom 1. Dezember 2005 sofort dagegen opponiert; das betreffende Verfahren sei noch gar nicht an die Hand genommen worden und damit nach wie vor hängig.
Das Obergericht hat diesbezüglich festgehalten, der Beschwerdeführer habe am 1. Dezember 2005 ein Gesuch um nachträglichen Kostenerlass, eventualiter um Teilzahlung gestellt und zudem das Gericht aufgefordert, gewisse Fragen betreffend Polizei- und Überwachungskosten der Hanfplantage zu beantworten. Mit Beschluss vom 21. Februar 2006 habe die Kantonsgerichtspräsidentin das Eventualbegehren gutgeheissen und Ratenzahlung gewährt. Die hiergegen erhobene Beschwerde habe das Kantonsgericht am 12. September 2006 abgewiesen und dieser Beschluss sei nicht angefochten worden. Damit sei die Kostenrechnung, welche diesem Beschwerdeverfahren zugrunde gelegen habe, in Rechtskraft erwachsen.
Das Kantonsgericht ging folglich davon aus, dass die Kostenrechnung am 12. September 2006 bzw. nach Ablauf der diesbezüglichen Rechtsmittelfrist, mithin ein Jahr vor Anheben der Betreibung in Rechtskraft erwachsen ist. Was an diesen Erwägungen unhaltbar sein soll, ist nicht ersichtlich. Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer kann jedenfalls nicht zwei Jahre später ernsthaft behaupten, seine damaligen Fragen bezüglich der Überwachungskosten wären richtigerweise als Beschwerde zu verstehen gewesen und müssten jetzt noch vorgängig beurteilt werden; vielmehr hätte er gegen den Beschluss vom 12. September 2006 Beschwerde erheben oder bezüglich seiner Fragen im damaligen Zeitpunkt einen separaten bzw. einen weiteren Entscheid verlangen müssen.
Ist aber die Kostenrechnung nach dem Gesagten in Rechtskraft erwachsen, stossen diesbezügliche Gehörsrügen ins Leere und können auch keine inhaltlichen Mängel mehr geltend gemacht werden (angeblich fehlender Detaillierungsgrad, insbesondere mit Bezug auf die Überwachungskosten betreffend die verschiedenen Pflanzeneigentümer).
5. Vor Kantonsgericht machte der Beschwerdeführer erstmals geltend, durch die Gewährung von Ratenzahlungen im Beschluss der Kantonsgerichtspräsidentin vom 21. Februar 2006 sei die Kostenforderung gestundet worden, weshalb er für die noch nicht fälligen Raten die Stundungseinrede gemäss <ref-law> erhebe.
Das Obergericht verwies auf <ref-law>/BL, wonach in zweiter Instanz neue Tatsachen nur berücksichtigt werden können, wenn sich diese nach der ersten untergerichtlichen Verhandlung zugetragen haben. Diese habe vorliegend am 12. Dezember 2007 stattgefunden, als dem Beschwerdeführer der angerufene Beschluss vom 21. Februar 2006 längst zur Kenntnis gelangt sei; die Stundungseinrede sei daher verspätet.
Die in diesem Zusammenhang erhobene Behauptung des Beschwerdeführers, die Stundungseinrede sei weder eine Tatsache noch ein Beweismittel, sondern eine Willenserklärung und damit jederzeit beachtlich, ist doppelt falsch. Bereits bei der Verjährungseinrede handelt es sich nicht um einen frei überprüfbaren Rechtsstandpunkt, sondern um eine Willenserklärung, deren (rechtzeitige) Abgabe oder Unterlassung eine Tatsache darstellt (vgl. <ref-ruling> betreffend die analoge Bestimmung des früheren Art. 55 Abs. 1 lit. c OG und ferner <ref-ruling> betreffend <ref-law>). Bei der Stundungseinrede kommt hinzu, dass sie im Unterschied zur Verjährungseinrede nicht infolge blossen Zeitablaufes, sondern aufgrund der Stundungserklärung des Gläubigers erhoben werden kann, die ihrerseits vom Schuldner als Tatsache zu behaupten und zu beweisen ist. Dass er diese Tatsachenelemente rechtzeitig im Sinn des massgeblichen Zivilprozessrechts in das Verfahren eingeführt hätte, behauptet auch der Beschwerdeführer nicht.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Möckli