Sachverhalt:
A. A.a Am 1. Dezember 1995 unterzeichneten A. X._ (Darlehensnehmer, Kläger, Beschwerdeführer) und dessen Ehefrau einerseits sowie B._ (Darlehensgeberin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) andererseits eine Vereinbarung mit folgendem Wortlaut:
"DARLEHENSVERTRAG
(...)
Frau B._ gewährt A. und C. X._ ein Darlehen von Fr. 380'000.--
Der vereinbarte Zins beträgt 2,75 % pro Jahr. Das Darlehen wird nicht zurückbezahlt, sondern in einem späteren Zeitpunkt umgewandelt, in den Kauf einer Eigentumswohnung. Die auf den Namen von Frau B._ grundgebucht wird."
A.b Mit Urteil vom 15. September 2009 gewährte das Gerichtspräsidium Lenzburg in der von der Darlehensgeberin gegen den Darlehensnehmer angehobenen Betreibung Nr. yyy._ des Betreibungsamtes Rupperswil die provisorische Rechtsöffnung für den Betrag von Fr. 44'412.20, entsprechend einem Zins zu 2,75 % auf Fr. 380'000.-- für 51 Monate von Oktober 2004 bis Dezember 2008.
B. B.a Mit Eingabe vom 21. Oktober 2009 erhob der Darlehensnehmer beim Bezirksgericht Lenzburg eine Aberkennungsklage gegen die Darlehensgeberin mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass die von der Darlehensgeberin betriebene Forderung von Fr. 44'412.50 nicht bestehe.
Mit Urteil vom 13. Januar 2011 wies das Bezirksgericht Lenzburg die Klage ab. Es führte aus, dass die Vereinbarung vom 1. Dezember 1995 als Darlehensvertrag zu qualifizieren und die darin vereinbarten Zinsen - mangels Erlass - geschuldet seien.
B.b Gegen dieses Urteil vom 13. Januar 2011 reichte der Kläger beim Obergericht des Kantons Aargau Berufung ein. Mit Urteil vom 20. Dezember 2011 wies das Obergericht des Kantons Aargau die Berufung ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 20. Dezember 2011 sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die von der Beklagten betriebene Forderung von Fr. 44'412.50 (Betreibung Nr. yyy._; Zahlungsbefehl vom 10. Juli 2009) nicht bestehe und abzuerkennen sei. Eventualiter sei die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 44'412.50, womit der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert erreicht ist (<ref-law>). Da auch die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389 mit Hinweisen).
1.3 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>. Die Vereinbarung vom 1. Dezember 1995 sei nicht nur teilweise, sondern gänzlich nichtig. Damit seien keine Zinsleistungen geschuldet und die bereits ausgetauschten Leistungen seien infolge ungerechtfertigter Bereicherung zurückzuerstatten, wobei der Beschwerdeführer dem Rückerstattungsanspruch die Verjährungseinrede entgegenhält.
2.1 Die Vorinstanz hat erwogen, dass der im "Darlehensvertrag" vereinbarte Rückerstattungsvorgang - die spätere Umwandlung des Darlehens in den Kauf einer Eigentumswohnung - der öffentlichen Beurkundung bedurft hätte. Die Nichtbeachtung dieser Formvorschrift habe die Nichtigkeit der entsprechenden Abmachung zur Folge; diese Teilnichtigkeit berühre jedoch die Gütigkeit der Darlehensvereinbarung nicht, womit die im Vertrag vom 1. Dezember 1995 vereinbarten Zinsen durch den Beschwerdeführer geschuldet seien.
2.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe ausser Acht gelassen, dass der Vertrag ohne diesen nichtigen Teil nicht geschlossen worden wäre. Es sei nicht der Wille der Parteien gewesen, dass das "Darlehen" zurückbezahlt werden müsse, sondern einzig, dass die Beschwerdegegnerin im Gegenzug für diesen Betrag eine Wohnung zu Eigentum übernehme.
2.3 Gemäss <ref-law> sind, sofern ein Mangel bloss einzelne Teile des Vertrages betrifft, nur diese nichtig, sobald nicht anzunehmen ist, dass er ohne den nichtigen Teil überhaupt nicht geschlossen worden wäre. Diese Regel ist eine Ausprägung des allgemeinen Grundsatzes, wonach im Sinne einer geltungserhaltenden Reduktion die Nichtigkeit nur so weit reichen soll, als es der Schutzzweck der verletzten Norm verlangt (<ref-ruling> E. 2e/aa S. 298 f.). Die Frage, ob der Vertrag ohne den nichtigen Teil geschlossen worden wäre, ist grundsätzlich nach dem Vertrauensprinzip zu beantworten, indem der mutmassliche bzw. hypothetische Parteiwille ermittelt wird, sofern nicht ein diesbezüglicher tatsächlicher Parteiwille nachgewiesen werden kann. Die Bestimmung des hypothetischen Parteiwillens ist eine vom Bundesgericht zu überprüfende Rechtsfrage, wobei es an die Feststellung des kantonalen Gerichts über die Tatsachen, die als Anhaltspunkte dafür in Betracht kommen, gebunden ist (BGE 107 Il 216 E. 3b S. 218 f. mit Hinweis). Dabei ist danach zu fragen, welche Vereinbarung die Parteien unter den konkreten Umständen in Kenntnis des Mangels getroffen hätten (<ref-ruling> E. 3c S. 60 mit Hinweisen), wobei der Zeitpunkt des Vertragsschlusses dafür massgeblich ist.
2.4 Die Behauptung des Beschwerdeführers, er hätte keine Anzahlung von der Beschwerdegegnerin entgegengenommen, wenn er gewusst hätte, dass sie nicht die Absicht gehabt habe, in einem späteren Zeitpunkt eine Eigentumswohnung zu übernehmen und dass er zudem auf den Bau einer zusätzlichen Wohnung verzichtet oder die Wohnung anders finanziert hätte, widerspricht den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid und ist damit unbeachtlich (vgl. <ref-law>).
Die Vorinstanz hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass es im Moment des Vertragsschlusses die Meinung aller Beteiligter gewesen sei, dass die Beschwerdegegnerin mit dem Überlassen eines Betrages in der Höhe von Fr. 380'000.-- dem Beschwerdeführer und seiner Ehefrau in erster Linie bei der Finanzierung ihres Bauprojekts habe helfen wollen. Der Kauf einer Wohnung durch die Beschwerdegegnerin sei bei der Vereinbarung vom 1. Dezember 1995 kein oder jedenfalls nicht das im Vordergrund stehende Thema gewesen. Damit hat die Vorinstanz verbindlich festgestellt, dass es der Wille der Parteien war, den Beschwerdeführer mit dem Geld bei seinem Bauvorhaben zu unterstützen und nicht die Übertragung einer Eigentumswohnung anzustreben. Die Hingabe des Geldes war nicht untrennbar mit dem Kauf einer Wohnung durch die Beschwerdegegnerin verknüpft. Es ging den Parteien mit der Vereinbarung vom 1. Dezember 1995 einzig darum, dem Beschwerdeführer bei der Ausführung seines Bauprojekts finanziell zu helfen. Demnach durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, dass die Parteien die Vereinbarung auch ohne den nichtigen Teil geschlossen hätten. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz somit die Frage der Teilnichtigkeit geprüft und ohne Bundesrechtsverletzung bejaht.
Ohnehin verkennt der Beschwerdeführer, dass bei Zweifeln am Bestehen eines hypothetischen Parteiwillens der Teilnichtigkeit der Vorzug zu geben ist (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 39 mit Hinweisen). Der Vorinstanz ist keine Missachtung der massgeblichen Grundsätze hinsichtlich der Beurteilung des hypothetischen Parteiwillens vorzuwerfen. Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht dargetan.
2.5 Der Beschwerdeführer bringt für den Fall der Bejahung der Teilnichtigkeit vor, dass die Vereinbarung lückenhaft und hinsichtlich der Rückerstattungsmodalitäten nach Massgabe des hypothetischen Parteiwillens zu ergänzen sei; keine der beiden Vorinstanzen habe sich mit dieser Frage befasst.
Der Beschwerdeführer verkennt dabei, dass Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ausschliesslich der Bestand der Zinsforderung aus der Vereinbarung vom 1. Dezember 1995 ist. Die Rückerstattungsmodalitäten des Darlehens waren nicht Streitgegenstand und stehen nicht zur Diskussion. Demnach haben sich die Vorinstanzen zu Recht nicht mit dieser Frage befasst.
2.6 Nach dem Gesagten sind die in der Vereinbarung vom 1. Dezember 1995 vereinbarten Zinsen geschuldet.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau Zivilgericht 1. Kammer schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juni 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze