Sachverhalt:
A. Am 14. Mai 2008 verurteilte das Kreisgericht X Thun A._ und B._ wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und Geldwäscherei zu 6 bzw. 4 1⁄2 Jahren Freiheitsstrafe. Gegen dieses Urteil erhob A._ Berufung, während B._ seine Verurteilung akzeptierte, weshalb dessen Urteil in Rechtskraft erwuchs.
B. Am 16. Oktober 2008 bestätigte das Obergericht des Kantons Bern den erstinstanzlichen Schuldspruch gegen A._ und bestrafte ihn mit 4 1⁄2 Jahren Freiheitsstrafe.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt der Generalprokurator des Kantons Bern, A._ sei zu einer Freiheitsstrafe von 6 Jahren zu verurteilen. Eventuell sei der Entscheid der 1. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Bern aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung der Strafzumessung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragt A._, das vorinstanzliche Urteil sei zu bestätigen.
D. Mit Verfügung vom 6. April 2009 wurde A._ die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und ihm für das bundesgerichtliche Verfahren ein Anwalt bestellt.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz erwähnt in ihrem Urteil, eine Freiheitsstrafe von 6 Jahren erscheine an und für sich als dem Verschulden des Beschwerdegegners angemessen. Die Strafe halte aber im Vergleich zu der gegen den Mittäter B._ ausgesprochenen Strafe von 4 1⁄2 Jahren nicht stand. Die Strafe des Beschwerdegegners sollte in Relation zu derjenigen - eigentlich zu milden - Strafe des Mittäters stehen. Um einen Ausgleich zu schaffen, sei die Strafe des Beschwerdegegners an diejenige von B._ anzupassen und folglich auf 4 1⁄2 Jahre zu reduzieren.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht insbesondere geltend, die Vorinstanz verletze mit dieser Argumentation Art. 63 aStGB, indem sie eine unzulässige Gleichbehandlung vornehme. Eine Korrektur einzig zwecks Anpassung an ein anderes Urteil sehe das Strafrecht grundsätzlich nicht vor, sogar dann nicht, wenn es um Urteile gehe, die den Angeschuldigten selber und nicht nur einen Mittäter betreffen. So sei beispielsweise das Gericht, welches ein Zusatzurteil zu fällen hat, bei der hypothetischen Gesamtbeurteilung nicht an das erste Urteil gebunden. Die Individualisierung im Bereich der Strafzumessung führe zu einer gewissen, vom Gesetzgeber beabsichtigten Ungleichheit. Ein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht sei dem geltenden Strafrecht fremd. Es würde zu unüberwindbaren Abgrenzungsschwierigkeiten führen und die richterliche Entscheidungsfreiheit in unzulässigem Masse beschneiden. Die Staatsanwaltschaft müsste vorsorglicherweise sämtliche Urteile gegen alle an der Tat Beteiligten solange weiterziehen, bis sie vor einem letztinstanzlichen Gericht vereint zu einer vergleichenden Beurteilung kämen, was praktisch gar nicht möglich sei. Nach Auffassung des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz Bundesrecht verletzt, weil sie das Strafmass für den Beschwerdegegner entgegen ihrer eigenen Überzeugung an das von ihr erklärtermassen zu milde Urteil des Mittäters angepasst hat.
2.2 Der Beschwerdegegner stellt sich im Wesentlichen auf den Standpunkt, es sei gar nicht notwendig, mit der Vorinstanz von einem Angleichen der beiden Urteile zu sprechen. Es sei ganz einfach das Strafmass korrekterweise auf 4 1⁄2 Jahre festzusetzen.
3. Das Bundesgericht hat die Grundsätze der Strafzumessung und die an sie gestellten Anforderungen wiederholt dargelegt. Darauf kann verwiesen werden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f; <ref-ruling> E. 6.1 S. 20 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 105, je mit Hinweisen).
3.1 Gemäss Art. 63 aStGB (bzw. <ref-law>) ist das Strafmass individuell nach dem Verschulden eines Täters im Rahmen des richterlichen Ermessens festzusetzen. Der Grundsatz der Individualisierung und der dem Sachrichter vom Gesetz bei der Strafzumessung eingeräumte weite Ermessensspielraum führen nach der Rechtsprechung notwendigerweise zu einer gewissen, vom Gesetzgeber in Kauf genommenen Ungleichheit. Unterschiedliche Gewichtungen der massgebenden Faktoren sind zudem Folge der Unabhängigkeit des Richters, der weiten Strafrahmen, der freien Beweiswürdigung sowie des erheblichen Ermessens des Sachrichters. In dieser Hinsicht ist zu beachten, dass selbst gleich oder ähnlich gelagerte Fälle sich durchwegs massgeblich in zumessungsrelevanten Punkten unterscheiden. Die aus diesen Umständen resultierende Ungleichheit in der Zumessung der Strafe reicht für sich allein nicht aus, um auf einen Missbrauch des Ermessens zu schliessen. Es ist nicht Sache des Bundesgerichts, für eine peinlich genaue Übereinstimmung einzelner Strafmasse zu sorgen. Es hat lediglich für eine korrekte Anwendung von Bundesrecht besorgt zu sein. Soweit die Strafe innerhalb des gesetzlichen Strafrahmens, gestützt auf alle wesentlichen Gesichtspunkte und im Rahmen des richterlichen Ermessens festgesetzt wurde, sind Unterschiede in der Strafzumessungspraxis innerhalb dieser Grenzen als Ausdruck unseres Rechtssystems hinzunehmen (eingehend <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen; ferner Urteil 6S.460/1999 vom 2.9.1999 E. 2b mit Hinweis).
3.2 Hat der Sachrichter im gleichen Verfahren zwei Mittäter zu beurteilen, so ist bei der Verschuldensbewertung mit zu berücksichtigen, in welchem gegenseitigen Verhältnis die Tatbeiträge stehen. Der Grundsatz der Gleichbehandlung und Gleichmässigkeit der Strafzumessung gebietet, dass sich jeder für den ihm zukommenden Anteil an der Unrechtmässigkeit der Tat zu verantworten hat. Ist der Tatbeitrag gleichwertig, so führt das zunächst zu einer gleichen (objektiven) Schuldeinschätzung. Erst wenn auch die subjektive Vorwerfbarkeit identisch ist und sich überdies namentlich die individuellen Täterkomponenten gleichmässig auswirken, drängt sich die gleiche Strafe für beide Mittäter auf. Häufig liegen jedoch ungleiche Strafzumessungsfaktoren vor, weil sich die subjektive Verschuldensbewertung oder die persönlichen Verhältnisse unterscheiden. In diesen Fällen kann es zu unterschiedlichen Strafen kommen. Der Grundsatz der Gleichmässigkeit ist nur verletzt, wenn es der Richter bei der Festlegung der einzelnen Strafen unterlässt, im Sinne einer Gesamtbetrachtung beide Strafzumessungen in Einklang zu bringen. Die Berücksichtigung des richtigen Verhältnisses der Strafe zu derjenigen des Mittäters kann als eigenes und zusätzliches Element der Strafzumessung betrachtet werden. Art. 63 aStGB (wie auch <ref-law>) ist verletzt, wenn dieser Umstand unbeachtet bleibt oder falsch gewichtet wird. Das kann zur Folge haben, dass die Strafe des einen Mittäters angemessen und die andere unangemessen ist. Möglich ist aber auch, dass beide Strafen unvertretbar und damit an sich bundesrechtswidrig sind (vgl. Urteil 6S.410/2005 vom 7.6.2006 E. 17.4.2).
3.3 Ist aus formellen Gründen nur über einen Mittäter zu urteilen, während die Strafe des andern bereits feststeht, so geht es darum, einen hypothetischen Vergleich anzustellen. Der Richter hat sich zu fragen, welche Strafen er ausfällen würde, wenn er beide Mittäter gleichzeitig beurteilen müsste. Dabei hat er sich einzig von seinem pflichtgemässen Ermessen leiten zu lassen. Es wäre mit der richterlichen Unabhängigkeit unvereinbar, müsste er sich gegen seine Überzeugung einem anderen Urteil anpassen. Der Richter findet sich in einer ähnlichen Ausgangslage, wenn er eine Zusatzstrafe zu einem früheren Urteil ausfällen muss (Art. 68 Ziff. 2 aStGB bzw. <ref-law>). Auch hier ist er in seiner Entscheidungsfreiheit nicht eingeschränkt und kann er frei befinden, wie die Strafe lauten würde, wenn er die strafbaren Handlungen gleichzeitig zu beurteilen hätte. Er ist bei der Festsetzung der Zusatzstrafe nicht an das erste Urteil gebunden (<ref-ruling> E. 8.2 S. 105). Die Autonomie des Richters kann zur Folge haben, dass die Strafen zweier Mittäter in einem Missverhältnis stehen. Dies ist verfassungsrechtlich unbedenklich und hinzunehmen, solange die in Frage stehende Strafe als solche angemessen ist. Allerdings ist zu verlangen, dass in der Begründung auf die Strafe des Mittäters Bezug genommen und dargelegt wird, weshalb sich diese nicht als Vergleichsgrösse eignet. Ein Anspruch auf "Gleichbehandlung im Unrecht" besteht grundsätzlich nicht. Die Rechtsprechung hat denn auch stets den Vorrang des Legalitätsprinzips vor dem Gleichheitsprinzip betont. Eine falsche Rechtsanwendung in einem Fall begründet grundsätzlich keinen Anspruch, seinerseits ebenfalls abweichend von der Norm behandelt zu werden (<ref-ruling> E. 2c S. 47 mit Hinweis).
3.4 Die Vorinstanz hält ausdrücklich fest, dass eine Freiheitsstrafe von 6 Jahren angemessen ist. Sie macht sich dabei die Erwägungen der ersten Instanz zu eigen. Entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners ist die Höhe der Strafe in Anbetracht des anzuwendenden Strafrahmens (1 bis 20 Jahre Freiheitsstrafe) nicht übersetzt und liegt insbesondere innerhalb des Ermessens. Der Beschwerdeführer hat sich in zweierlei Hinsicht der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig gemacht, indem er einerseits eine grosse Menge Drogen einführte und verteilte (10.5 kg Kokaingemisch mit einem Reinheitsgehalt von 45%, d.h. 4,725 kg reines Kokain) und anderseits als Mitglied einer Bande handelte. Er war zu verschiedenen Malen deliktisch tätig und verfolgte finanzielle Vorteile. Auch wenn er sich auf einer tiefen Hierarchiestufe ohne Mitbestimmungsrecht befand und relativ wenig verdiente, ist von einem mittleren Verschulden auszugehen. Auch wer nur Anweisungen ausführt, kann innerhalb eines Verteilungsnetzes eine wichtige und unabdingbare Rolle spielen, was einen erheblichen strafrechtlichen Vorwurf zu begründen vermag. Wenn die Vorinstanz festhält, die Strafe für den Mittäter B._ sei zu milde, so bringt sie zum Ausdruck, dass jene Strafe in einem unrichtigen Verhältnis zur Strafe des Beschwerdegegners steht. Dass sie die Strafe des Mittäters nicht auf die ihres Erachtens angemessene - allerdings nicht bezifferte - Höhe anhebt, ist prozessual bedingt, weil das entsprechende Urteil unangefochten blieb. Dies ändert nichts daran, dass die erstinstanzlich ausgefällte Freiheitsstrafe von 6 Jahren auch aus Sicht der Vorinstanz unter Würdigung aller Umstände angemessen ist. Bei dieser Sachlage ist es unzulässig, die Strafe mit dem formalen Argument der fehlenden Relation zu reduzieren. Die Frage würde sich erst stellen, wenn die Strafe für den Beschwerdeführer zu beanstanden wäre. Dies ist jedoch nicht der Fall. Die Vorinstanz nimmt mit ihrem Entscheid letztlich eine "Gleichbehandlung im Unrecht" vor, was grundsätzlich nicht angeht. Es wäre im vorliegenden Fall stossend, wenn neben dem Mittäter auch der Beschwerdegegner von einer zu milden Strafe profitieren könnte, nur weil jenes Urteil nicht angefochten wurde. Einen Anspruch, mit einer unangemessen tiefen Strafe belegt zu werden, besteht offensichtlich nicht. Mit ihrem Vorgehen hat die Vorinstanz Art. 63 aStGB verletzt, weshalb die Beschwerde gutzuheissen ist.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wäre der unterliegende Beschwerdegegner kostenpflichtig (<ref-law>). Da ihm jedoch die unentgeltliche Rechtspflege gewährt worden ist, sind keine Kosten zu erheben. Der Rechtsvertreter des Beschwerdegegners ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 16. Oktober 2008 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdegegners wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch