Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 20. August 2007 stellte das Strafgericht des Kantons Zug das Verfahren gegen X._ wegen mehrfacher Veruntreuung (Art. 140 aStGB), mehrfacher ungetreuer Geschäftsführung (Art. 159 aStGB) und mehrfacher Unterlassung der Buchführung (Art. 166 aStGB) zufolge Eintritts der Verjährung ein. Zudem sprach es ihn von den Vorwürfen des gewerbsmässigen Betrugs (Art. 146 Abs. 2 StGB) und der Gehilfenschaft dazu, des mehrfachen betrügerischen Konkurses (Art. 163 Ziff. 1 aStGB) und der mehrfachen Erschleichung einer Falschbeurkundung (Art. 253 aStGB) frei. Hingegen auferlegte es ihm die Hälfte der Untersuchungskosten im Betrag von Fr. 4'167.--, die Hälfte der Gerichtskosten von Fr. 1'660.-- sowie die Kosten der amtlichen Verteidigung im Umfang von Fr. 7'250.--, das heisst insgesamt Fr. 13'077.--. Ferner beschloss das Strafgericht, X._ habe dem Staat die Kosten der amtlichen Verteidigung im Betrag von Fr. 5'000.-- zu erstatten, wenn er zu Vermögen gelange. Das Strafgericht begründete die Kostenauflage mit einem dem Beschuldigten vorzuwerfenden zivilrechtlichen Verschulden, insbesondere einer mangelhaften Buchführung und einem Verstoss gegen die Pflicht zur Aufbewahrung der Geschäftsbücher betreffend die A._AG. Diese Pflichtverletzungen hätten die Durchführung des Strafverfahrens massiv erschwert.
Die von X._ gegen dieses Urteil erhobene Kostenbeschwerde wies das Obergericht des Kantons Zug mit Urteil vom 20. Februar 2009 ab.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und Verfassungsbeschwerde sinngemäss mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zug vom 20. Februar 2009 sei insoweit aufzuheben, als das erstinstanzliche Kostendispositiv bestätigt worden sei.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Nach dem Konzept der Einheitsbeschwerde soll der Rechtsmittelweg ans Bundesgericht vom Rechtsgebiet abhängen, auf welches die Streitsache letztlich zurückgeht. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um ein Strafurteil, gegen welches die Beschwerde in Strafsachen gemäss Art. 78 Abs. 1 BGG zulässig ist. Da mit diesem Rechtsmittel auch die Verletzung der Bundesverfassung gerügt werden kann (Art. 95 lit. a BGG), besteht für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde kein Raum (vgl. Urteil des Bundesgerichts 6B_948/2008 vom 23. März 2009 E. 1.1).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer bringt vorab vor, die ihm von der Anklage vorgeworfenen Vorfälle gingen auf das Jahr 1993 zurück. In Bezug auf sämtliche ihm angelasteten Taten sei daher im Herbst 2008 die absolute Verjährung eingetreten. Nachdem kein Strafbedürfnis mehr bestehe, stelle sich die Frage, ob er mit Urteil vom Februar 2009 noch durch die Auferlegung von Verfahrenskosten habe bestraft werden dürfen (Beschwerde insb. S. 5 f.).
2.2 Die Argumentation des Beschwerdeführers ist nicht stichhaltig. Die Vorinstanz hatte zu entscheiden, ob die erstinstanzliche Kostenauflage durch das Strafgericht des Kantons Zug mit Urteil vom 20. August 2007 rechtmässig ist. Für die Beurteilung der Frage, ob der Beschwerdeführer die Einleitung des gegen ihn geführten Strafverfahrens durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Verhalten verursacht oder die Durchführung des Verfahrens erschwert hat, ist ein allfälliger Verjährungseintritt der untersuchten Tatbestände im Herbst 2008 ohne rechtliche Relevanz. Die Beschwerde ist damit insoweit abzuweisen.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, die A._AG habe keine vollständigen Aufzeichnungen über die Geschäftsvorgänge gemacht, weshalb auf dieser Grundlage keine Jahresbilanz hätte erstellt werden können, welche nach allgemein anerkannten kaufmännischen Grundsätzen vollständig und klar gewesen wäre. Der Beschwerdeführer sei als stellvertretender Geschäftsführer, welcher für die Bereiche Lagerbewirtschaftung, Produktion, Materialbestellung, Reparaturen und Garantiearbeiten die Verantwortung getragen habe, für die innerbetriebliche Organisation zuständig gewesen und habe damit eine faktische Organstellung inne gehabt. Wäre bei der A._AG eine ordnungsgemässe Buchhaltung erstellt worden, hätte die Strafuntersuchung betreffend gewerbsmässigen Betrug und Gehilfenschaft dazu sowie betreffend mehrfachen betrügerischen Konkurs vereinfacht werden können, weshalb der Kausalzusammenhang zwischen dem Verhalten des Beschwerdeführers und der hälftigen Kostenauflage erfüllt sei (angefochtenes Urteil S. 3 ff.).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, die A._AG habe keine vollständigen Aufzeichnungen über die Geschäftsvorgänge gemacht, weshalb auf dieser Grundlage keine Jahresbilanz hätte erstellt werden können, welche nach allgemein anerkannten kaufmännischen Grundsätzen vollständig und klar gewesen wäre. Der Beschwerdeführer sei als stellvertretender Geschäftsführer, welcher für die Bereiche Lagerbewirtschaftung, Produktion, Materialbestellung, Reparaturen und Garantiearbeiten die Verantwortung getragen habe, für die innerbetriebliche Organisation zuständig gewesen und habe damit eine faktische Organstellung inne gehabt. Wäre bei der A._AG eine ordnungsgemässe Buchhaltung erstellt worden, hätte die Strafuntersuchung betreffend gewerbsmässigen Betrug und Gehilfenschaft dazu sowie betreffend mehrfachen betrügerischen Konkurs vereinfacht werden können, weshalb der Kausalzusammenhang zwischen dem Verhalten des Beschwerdeführers und der hälftigen Kostenauflage erfüllt sei (angefochtenes Urteil S. 3 ff.).
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer rügt einen Verstoss gegen die Unschuldsvermutung. Die Vorinstanz werfe ihm vor, er habe als Verantwortlicher der A._AG gegen die Pflichten der ordnungsgemässen Buchführung und der Aufbewahrung der Bücher verstossen. Damit aber werde zugleich indirekt der Eindruck erweckt, er habe sich der Unterlassung der Buchführung gemäss Art. 166 aStGB schuldig gemacht (Beschwerde S. 6 f.; vgl. nachfolgend E. 3.4).
3.2.2 Der Beschwerdeführer führt weiter aus, die Vorinstanz laste ihm zu Unrecht ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten an. Er habe insbesondere nicht gegen die Vorschriften der kaufmännischen Buchführung gemäss Art. 957 ff. OR verstossen. Die A._AG sei per 1. September 1993 gegründet worden und habe ihre Geschäftstätigkeit bereits nach drei Monaten wieder aufgegeben. Es sei daher nicht nachvollziehbar bzw. geradezu lebensfremd, von einer juristischen Gesellschaft zu verlangen, sie hätte innerhalb der ersten drei Monate Buch führen respektive einen Kontenplan erstellen und die Belege kontieren müssen.
Der Beschwerdeführer betont zudem, er sei zwar als stellvertretender Geschäftsführer für die Bereiche Lagerbewirtschaftung, Produktion, Materialbestellung, Reparaturen und Garantiearbeiten zuständig gewesen. Gerade nicht in seinen Verantwortungsbereich gefallen seien damit aber die Buchführung und das Finanzwesen. Er habe folglich bei der A._AG auch keine faktische Organstellung wahrgenommen. Dementsprechend sei er von der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug denn auch nicht wegen Mittäterschaft, sondern einzig wegen Gehilfenschaft zu gewerbsmässigem Betrug angeklagt worden (Beschwerde S. 7 ff.; vgl. nachfolgend E. 3.5).
3.2.3 Schliesslich bestreitet der Beschwerdeführer den Kausalzusammenhang zwischen seinem (angeblichen) Verschulden und den entstandenen Kosten. Die Untersuchungsbehörden hätten sich nicht die Mühe gemacht, die vorhandenen Belege auszuwerten. Vielmehr habe er diese selbst sortiert und hierdurch die gegen ihn erhobenen strafrechtlichen Vorwürfe entkräftet (Beschwerde S. 12 ff.; vgl. nachfolgend E. 3.6).
3.3 Gemäss Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK gilt jede Person bis zur rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig. Nach der Rechtsprechung verstösst es gegen Verfassung und Konvention, in der Begründung des Entscheids, mit dem ein Freispruch oder eine Verfahrenseinstellung erfolgt und der beschuldigten Person Kosten auferlegt werden, dieser direkt oder indirekt vorzuwerfen, sie habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise - d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus Art. 41 OR ergebenden Grundsätze - gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die aus der gesamten schweizerischen Rechtsordnung stammen kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Die Kostenauflage zulasten der beschuldigten Person aufgrund verwerflich bewirkter Untersuchungseinleitung setzt mithin adäquate Kausalität zwischen deren Verhalten, der eingeleiteten Untersuchung und den erwachsenen und aufzuerlegenden Kosten voraus (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2f).
3.3 Gemäss Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK gilt jede Person bis zur rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig. Nach der Rechtsprechung verstösst es gegen Verfassung und Konvention, in der Begründung des Entscheids, mit dem ein Freispruch oder eine Verfahrenseinstellung erfolgt und der beschuldigten Person Kosten auferlegt werden, dieser direkt oder indirekt vorzuwerfen, sie habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise - d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus Art. 41 OR ergebenden Grundsätze - gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die aus der gesamten schweizerischen Rechtsordnung stammen kann, klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Die Kostenauflage zulasten der beschuldigten Person aufgrund verwerflich bewirkter Untersuchungseinleitung setzt mithin adäquate Kausalität zwischen deren Verhalten, der eingeleiteten Untersuchung und den erwachsenen und aufzuerlegenden Kosten voraus (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2f).
3.4 3.4.1 Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung des Grundsatzes der Unschuldsvermutung angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob der Kostenentscheid direkt oder indirekt den Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld enthält.
3.4.2 Dies ist vorliegend nicht der Fall. In ihren Erwägungen lastet die Vorinstanz dem Beschwerdeführer nicht an, den objektiven und subjektiven Tatbestand der Unterlassung der Buchführung gemäss Art. 166 aStGB erfüllt zu haben. Ohnehin aber zielt die Argumentation des Beschwerdeführers an der Sache vorbei. Er verkennt, dass sich die hälftige Kostenauflage einzig auf die geführte Untersuchung wegen gewerbsmässigen Betrugs und Gehilfenschaft hierzu sowie wegen mehrfachen betrügerischen Konkurses bezieht und betreffend den Tatbestand der Unterlassung der Buchführung von einer Kostenauflage abgesehen worden ist.
3.4.2 Dies ist vorliegend nicht der Fall. In ihren Erwägungen lastet die Vorinstanz dem Beschwerdeführer nicht an, den objektiven und subjektiven Tatbestand der Unterlassung der Buchführung gemäss Art. 166 aStGB erfüllt zu haben. Ohnehin aber zielt die Argumentation des Beschwerdeführers an der Sache vorbei. Er verkennt, dass sich die hälftige Kostenauflage einzig auf die geführte Untersuchung wegen gewerbsmässigen Betrugs und Gehilfenschaft hierzu sowie wegen mehrfachen betrügerischen Konkurses bezieht und betreffend den Tatbestand der Unterlassung der Buchführung von einer Kostenauflage abgesehen worden ist.
3.5 3.5.1 Nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür untersucht das Bundesgericht, ob die beschuldigte Person in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und durch ihr Benehmen das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Insofern steht nicht der Schutzbereich der Bestimmungen von Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK in Frage, welche den guten Ruf der beschuldigten Person gegen den direkten oder indirekten Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld schützen wollen. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden vielmehr durch die Vorschriften der kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben. Insoweit greift ausschliesslich Art. 9 BV Platz, wonach die betreffenden Gesetzesbestimmungen nicht willkürlich angewendet werden dürfen.
Willkür in der Rechtsanwendung liegt dabei einzig vor, wenn der angefochtene kantonale Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 5.1, 175 E. 1.2).
3.5.2 Gemäss § 56bis Abs. 1 StPO/ZG trägt in der Regel der Staat die Untersuchungs- und Gerichtskosten, wenn die beschuldigte Person freigesprochen wird. Gestützt auf § 56bis Abs. 2 StPO/ZG können die Kosten ganz oder teilweise der freigesprochenen Person auferlegt werden, wenn diese die Einleitung des Strafverfahrens durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Verhalten verursacht oder die Durchführung des Verfahrens erschwert hat.
Gleichlautende oder ähnliche Vorschriften wie § 56bis Abs. 2 StPO/ZG finden sich in fast allen kantonalen Strafprozessordnungen. Ihnen liegt der Gedanke zugrunde, es sollen nicht der Staat und damit nicht der einzelne Bürger als Steuerzahler für Verfahrenskosten aufkommen müssen, die von einer beschuldigten Person durch vorwerfbares Verhalten verursacht worden sind (BGE <ref-ruling> E. 2a).
3.5.3 Die Vorinstanz lastet dem Beschwerdeführer als zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten die nicht ordnungsgemässe Buchführung und Aufbewahrung der Geschäftsbücher betreffend die A._AG an.
Die Vorschriften über die kaufmännische Buchführung gemäss Art. 957 ff. OR dienen der Information und erfüllen Schutzfunktionen. Bei Aktiengesellschaften entsteht mit dem Handelsregistereintrag unmittelbar die Buchführungspflicht. Die Bücher müssen so geführt werden, dass jährlich ein Inventar, eine Bilanz und eine Betriebsrechnung gemäss Art. 958 OR erstellt werden können. Entscheidend ist, dass die Buchführung es erlaubt, die Vermögenslage des Geschäftsbetriebs und die damit zusammenhängenden Forderungs- und Schuldverhältnisse festzustellen. Das blosse Aufbewahren von Unterlagen und Belegen reicht nicht aus, vielmehr müssen fortlaufend systematische, vollständige und klare rechnerische Aufzeichnungen über die Geschäftsvorgänge gemacht werden, so dass die Vermögenslage des Geschäfts jederzeit ermittelt werden kann (Markus Neuhaus/Erik Steiger, Basler Kommentar OR II, 3. Aufl. 2008, Art. 957 N. 18; Karl Käfer, Berner Kommentar OR, 1981, Art. 957 N. 158).
Gemäss Art. 1 der Verordnung über die Führung und Aufbewahrung der Geschäftsbücher (Geschäftsbücherverordnung; GeBüV; SR 221. 431) muss, wer buchführungspflichtig ist, ein Hauptbuch und, je nach Art und Umfang des Geschäfts, auch Hilfsbücher führen. Das Hauptbuch besteht aus Konten (sachlogische Gliederung aller verbuchten Geschäftsvorfälle) und dem Journal (chronologische Erfassung der Geschäftsvorfälle). Die Hilfsbücher müssen in Ergänzung zum Hauptbuch die Angaben enthalten, die zur Feststellung der Vermögenslage des Geschäfts und der mit dem Geschäftsbetrieb zusammenhängenden Schuld- und Forderungsverhältnisse sowie der Betriebsergebnisse der einzelnen Geschäftsjahre nötig sind. Darunter fallen insbesondere die Lohnbuchhaltung, die Debitoren- und Kreditorenbuchhaltung sowie die fortlaufende Führung der Warenbestände bzw. der nicht fakturierten Dienstleistungen.
Innerhalb eines kaufmännischen Gewerbes sind diejenigen Personen für die Buchführung und die Aufbewahrung verantwortlich, die die Geschäftsführung innehaben und damit auch die Verantwortung für die Eintragung im Handelsregister tragen (Neuhaus/Steiger, a.a.O., Art. 957 N. 23). Gemäss Art. 716 Abs. 2 OR führt der Verwaltungsrat die Geschäfte der Aktiengesellschaft, sofern er die Geschäftsführung nicht übertragen hat. Alle Mitglieder des Verwaltungsrats sind Organ im formellen Sinn. Anderen Personen kommt faktisch Organstellung zu, wenn sie tatsächlich die Funktion von Organen erfüllen, indem sie diesen vorbehaltene Entscheide treffen oder die eigentliche Geschäftsführung besorgen und so die Willensbildung der Gesellschaft massgeblich mitbestimmen (<ref-ruling> E. 4.5).
3.5.4 Nach den verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz begnügten sich die Verantwortlichen der A._AG mit dem Sammeln einzelner Buchungsbelege, so dass es nicht möglich gewesen wäre, ein Inventar, eine Bilanz und eine Betriebsrechnung zu erstellen. Sie verletzten somit ihre Pflicht, fortlaufend systematische, vollständige und klare rechnerische Aufzeichnungen über die Geschäftsvorgänge zu machen. Dass die Gesellschaft nur rund drei Monate existierte, vermag die Verantwortlichen nicht zu entlasten, entsteht doch bei der Aktiengesellschaft, wie dargelegt, mit dem Handelsregistereintrag unmittelbar auch die Buchführungspflicht.
Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, es liege ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten in Form einer mangelhaften Buchführung und eines Verstosses gegen die Pflicht zur Aufbewahrung der Geschäftsbücher vor, verletzt demnach kein Bundesrecht.
3.5.5 Der Beschwerdeführer bezog als stellvertretender Geschäftsführer selbst keinen Lohn und trug für zentrale Geschäftsbereiche der Gesellschaft die Verantwortung. Wie die Vorinstanz willkürfrei festgehalten hat, traf er sämtliche, die interne Organisation betreffenden Entscheidungen alleine. Des Weiteren unterzeichnete er im Namen der Gesellschaft einen Arbeitsvertrag und einen Kaufvertrag über ein Aktienpaket. Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz zu Recht geschlossen, dem Beschwerdeführer sei faktisch eine Organstellung bei der A._AG zugekommen.
Aus dem Umstand, dass die Staatsanwaltschaft in der Anklage seine Tathandlungen als Gehilfenschaft zu gewerbsmässigem Betrug eingestuft hat, kann der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten ableiten. Insbesondere kann gestützt hierauf nicht der Schluss auf seine fehlende faktische Organstellung gezogen werden. Die strafrechtliche Qualifikation hängt wesentlich von den konkreten Tathandlungen ab. Ein stellvertretender Geschäftsführer kann ohne weiteres als blosser Gehilfe an im Rahmen der geschäftlichen Tätigkeit der Gesellschaft begangenen Vermögensdelikten in Erscheinung treten.
3.6 Schliesslich hat die Vorinstanz auch die adäquate Kausalität zwischen dem Verhalten des Beschwerdeführers, das heisst der mangelhaften Buchführung bzw. dem Verstoss gegen die Pflichten zur Aufbewahrung der Geschäftsbücher, und der Höhe der überbundenen Verfahrenskosten zu Recht bejaht. Es mag zutreffen, dass der Beschwerdeführer nachträglich die vorhandenen Belege sortiert und dadurch dazu beigetragen hat, dass die Untersuchungskosten nicht höher ausgefallen sind. Dies ändert aber nichts daran, dass sein anfängliches Fehlverhalten die Strafuntersuchung betreffend gewerbsmässigen Betrug und Gehilfenschaft dazu respektive betreffend betrügerischen Konkurs insbesondere mit Blick auf die Abklärung der Zahlungsfähigkeit und der Erfüllungsbereitschaft respektive der Aushöhlung der A._AG erschwert und die ihm überbundenen Untersuchungskosten generiert hat.
3.7 Die Vorinstanz hat somit zusammenfassend kein Bundesrecht verletzt, indem sie gestützt auf die kantonale Strafprozessordnung den erstinstanzlichen Kostenentscheid geschützt hat.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Justizkommission, Strafrechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner