Faits:
A. Dès le 12 mars 2001, X._ a travaillé en qualité d'aide de bureau temporaire auprès de Y._. Le contrat de travail, conclu pour trois mois, disposait expressément que les rapports contractuels étaient réglés par les dispositions du Code des obligations et que le règlement du personnel de l'employeur - qui prévoyait notamment une assurance perte de gain en cas de maladie - ne s'appliquait pas aux employés temporaires. A son échéance, le contrat a été prolongé pour trois nouveaux mois.
X._ a été en incapacité de travail pour cause de maladie durant une semaine à partir du 13 juillet 2001 et pour une durée de deux à trois semaines dès le 26 juillet 2001. Ensuite de ce second arrêt, il ne s'est plus présenté à son poste. Le 20 août 2001, Y._ a résilié le contrat de travail avec effet immédiat.
Le 28 septembre 2005, X._ a demandé à Y._ 6'400 fr. bruts à titre de salaire pour la période du 18 août au 30 septembre 2001 et d'indemnité en compensation du droit aux vacances, ainsi que 23'040 fr. à titre de dommages-intérêts en compensation de l'indemnité que l'assurance perte de gain aurait dû verser pour la période du 1er octobre 2001 au 1er juillet 2002. Y._ a refusé d'y donner suite.
B. Le 13 avril 2006, X._ a ouvert action contre Y._ en paiement des sommes susmentionnées. Par jugement du 30 août 2007, la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine a rejeté la demande.
X._ a interjeté recours en appel contre ce jugement, augmentant ses conclusions à 30'000 fr., au motif qu'il avait appris que Y._ assurait les salaires de ses employés à 100% et pas seulement à 80%. Par arrêt du 13 août 2008, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a rejeté le recours.
C. X._ (le recourant) dépose un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que son adverse partie soit condamnée à lui verser 30'000 fr. avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er janvier 2002, avec suite de dépens des instances cantonales et fédérale. Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours, sous suite de dépens.
La Cour de céans a délibéré en séance publique le 13 janvier 2009.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par le recourant qui a succombé dans ses conclusions condamnatoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse - déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF) - atteint le seuil de 15'000 fr. applicable en matière de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), dont il ne peut s'écarter que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral n'est lié ni par les moyens invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par la juridiction cantonale; il peut dès lors admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104).
2. 2.1 En cas de litige sur le consentement (art. 1 CO) ou son interprétation (art. 18 CO), il y a lieu d'examiner tout d'abord si les parties se sont effectivement exprimées et comprises de manière concordante. Dans l'affirmative, il existe un accord de fait. Si, au contraire, les parties se sont bien comprises, mais n'ont pas réussi à s'entendre, il y a entre elles un désaccord patent et le contrat n'est pas conclu. Si les parties se sont exprimées de manière concordante, mais comprises de manière divergente, il y a un désaccord latent, qui n'empêche toutefois pas la conclusion du contrat lorsque le sens que l'une des parties a attribué aux déclarations - respectivement du comportement - de son interlocuteur doit être objectivement admis en vertu du principe de la confiance. En pareil cas, l'accord est dit normatif ou de droit (<ref-ruling> consid. 2b p. 39 s.).
Ainsi, selon le principe de la confiance, celui qui fait une déclaration de volonté adressée à autrui est lié par sa déclaration dans le sens que le destinataire peut et doit lui attribuer de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances; il importe peu que l'auteur de la déclaration n'ait pas saisi la portée de ce qu'il disait et qu'elle ne corresponde pas à sa volonté intime tant que le destinataire ne pouvait pas s'en apercevoir (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 681; <ref-ruling> consid. 2e/aa p. 380).
2.2 En l'espèce, la cour cantonale a considéré en substance que le premier contrat ainsi que la lettre de prolongation du contrat prévoyaient expressément que le règlement du personnel ne s'appliquait pas aux employés temporaires; le simple fait que l'employeur ait déduit (par erreur) des cotisations d'assurance perte de gain ne suffisait pas à remettre en cause le texte clair du contrat; le recourant n'avait pas été induit en erreur par le système - contraire - en vigueur avant les pourparlers d'embauche, dont il ne prétendait au demeurant pas avoir eu connaissance; le fait que le recourant n'ait pas fait valoir ses prétentions tout de suite après son licenciement tendait à démontrer qu'il ne pensait pas être couvert par une assurance perte de gain au moment de la survenance de la maladie; le recourant n'avait dès lors pas rendu vraisemblable qu'il avait compris le contrat différemment de sa lettre, ni qu'il ait eu des motifs de penser de bonne foi qu'il était assuré en perte de gain.
2.3 Dans son écriture au Tribunal fédéral, le recourant déclare expressément ne pas remettre en cause le fait qu'au moment de la conclusion du contrat, il ne bénéficiait pas d'un droit élargi au salaire en cas de maladie. Il plaide en revanche l'existence d'un accord tacite subséquent, aux termes duquel l'intimé se serait engagé à le mettre au bénéfice d'une couverture d'assurance perte de gain; il soutient en résumé qu'à la lecture de ses fiches de salaire - qui faisaient systématiquement état d'une déduction à titre de cotisation en faveur d'une assurance perte de gain -, et compte tenu des circonstances, il était en droit de penser qu'il bénéficiait d'une couverture en cas de maladie semblable à celle prévue par le règlement du personnel; il en déduit qu'un accord normatif dans ce sens aurait été conclu entre lui et l'intimé.
2.4 Il est incontesté que le contrat de travail prévoyait expressément que les rapports contractuels étaient réglés par les dispositions du Code des obligations et que le règlement du personnel de l'intimé ne s'appliquait pas aux employés temporaires. Il en résulte que les parties ont initialement voulu que le recourant ne soit pas assuré contre la perte de gain et l'on ne voit pas - et le recourant n'avance rien à ce propos - ce qui aurait pu justifier que l'intimé change ultérieurement d'avis et décide d'assurer néanmoins son employé, ce d'autant plus qu'il a été constaté en fait que l'intimé venait de changer de système peu avant l'engagement du recourant, en ce sens qu'il n'assurait plus ses collaborateurs temporaires contre la perte de gain; c'est le lieu de préciser que le recourant se prévaut vainement de cette dernière circonstance pour appuyer sa thèse, dès lors que la cour cantonale a retenu à cet égard que celui-ci n'avait pas prétendu avoir connaissance de l'ancien système. Cela étant, la lettre prolongeant le contrat, excluant derechef l'application du règlement du personnel de l'intimé aux employés temporaires, a été écrite après trois mois d'activité et donc après l'établissement de fiches de salaire avec déduction des cotisations pour l'assurance perte de gain; dans ces circonstances, le recourant ne pouvait pas de bonne foi comprendre les déductions comme une offre de l'intimé de modifier le contrat en sa faveur. De surcroît, les fiches de salaire, documents établis unilatéralement par l'employeur dans le but d'indiquer le montant du salaire versé et la manière dont il est calculé, n'étaient de par leur nature objectivement pas appropriées pour constituer une proposition de modification du contrat, acte bilatéral conclu entre les parties et faisant loi entre elles. En définitive, la déduction des cotisations ne pouvait raisonnablement être comprise que comme une erreur émanant du collaborateur de l'intimé chargé des salaires, erreur dont le recourant ne pouvait pas de bonne foi déduire une offre de modifier le contrat.
2.5 Il résulte de ce qui précède que la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant que le recourant ne pouvait prétendre bénéficier d'une couverture d'assurance perte de gain. Par conséquent, le recours doit être rejeté.
3. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (<ref-ruling> consid. 5b p. 41), ne dépasse pas le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, les frais et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg
Lausanne, le 13 janvier 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz