Faits:
A. A.a X._ est propriétaire d'un immeuble locatif sis dans le canton de Vaud. En 2004, elle a décidé d'entreprendre des transformations consistant notamment à procéder à l'isolation thermique des appartements et à remplacer des corps de chauffe. Elle a confié cette dernière tâche à la société Z._ SA (ci-après: l'entreprise de chauffage, l'entreprise). Celle-ci devait en substance démonter et évacuer d'anciens radiateurs, les remplacer par de nouveaux modèles et allonger les tuyaux de raccordement entre les radiateurs et l'installation de chauffage préexistante. Le mari de la propriétaire, qui exerce la profession de maçon, a érigé de nouveaux murs par la pose de doublages en plaques; il s'agissait en particulier de cacher les colonnes montantes de chauffage. Il a coordonné ses travaux avec l'entreprise de chauffage.
En 2005, la propriétaire a procédé à de nouvelles transformations et a confié à l'entreprise des travaux de chauffage similaires à ceux réalisés en 2004.
A.b Des désagréments sonores sont apparus dès la mise en marche du chauffage. Deux types de bruit étaient observés, soit d'une part des bruits de dilatation produisant l'effet de "coups de bélier", d'autre part des bruits d'écoulement d'eau "en cascade". A cela s'ajoutaient des problèmes de réglage de température.
Dans les derniers mois de l'année 2005, la propriétaire a fait appel à un chauffagiste bernois qui a installé un dispositif dénommé "by-pass"; l'intervention n'a pas eu d'effet. Au début de l'année 2006, la propriétaire a mandaté un ingénieur-conseil qui a constaté un problème d'ajustement entre l'ancien système de distribution de chaleur et les nouveaux corps de chauffe. Il a recommandé de changer le vase d'expansion et la pompe de circulation au profit d'un modèle à régulation différentielle intégrée permettant d'ajuster la puissance de la pompe aux besoins de l'installation. Il préconisait aussi une purge complète de celle-ci et un contrôle général de la régulation automatique.
L'entreprise de chauffage a remplacé le vase d'expansion et posé à ses frais une pompe à débit variable. Avec le concours d'un technicien, elle a en outre procédé gratuitement à des réglages sur le débit des radiateurs, sans succès.
A.c Constatant l'échec des mesures entreprises, la propriétaire s'est opposée au plus tard au début du mois de mars 2006 à ce que l'entreprise et le technicien reviennent sur les lieux. Le 20 mars 2006, la propriétaire a requis et obtenu la mise en oeuvre d'une expertise hors procès.
Dans son rapport du 26 juin 2006, l'expert A._, ingénieur ETS, est arrivé à la conclusion que les travaux réalisés par l'entreprise de chauffage n'avaient pas été exécutés dans leur intégralité selon les règles de l'art. Les bruits de dilatation lors de changements de régime provenaient du fait que les colonnes montantes de chauffage avaient été prises dans le plâtre et cachées par des doublages en plaques sans avoir été préalablement enrobées d'une bande d'isolation, qui aurait permis une libre dilatation; la tuyauterie de raccordement des radiateurs était également noyée dans les nouveaux doublages sans aucun enrobage isolant. Quant au bruit de "chuintement" à l'ouverture des vannes, il avait trois causes principales, soit un mauvais choix de la pompe, la décision d'équiper tout le système de chauffage de vannes thermostatiques, ce qui ne garantissait pas un débit minimal, et l'absence de préréglage des corps de chauffe. Il était indispensable de suppléer à ce dernier point afin d'équilibrer l'installation et d'éviter toute propagation des bruits de circulation de l'eau par un débit trop élevé. Entre autres mesures complémentaires, l'expert préconisait de réduire la température de l'eau au départ du circuit de chauffage et proposait une valeur de réglage; cette opération devait avoir un effet positif sur les bruits de dilatation. L'expert chiffrait à 65'000 fr. le coût lié à l'isolation des colonnes de chauffage et des tuyaux de raccordement.
Les frais liés à la procédure d'expertise hors procès se sont élevés à 16'083 fr.90.
B. B.a Le 28 juin 2007, la propriétaire a ouvert action contre l'entreprise devant le Tribunal civil de l'arrondissement de La Broye et du Nord vaudois en concluant au paiement de 85'210 fr.90. Elle prétendait à l'allocation de 65'000 fr. pour le coût de réparation des défauts ou la moins-value liée à ceux-ci, au dédommagement de ses frais d'avocat et d'expertise avant procès et au remboursement des factures des diverses entreprises consultées. La propriétaire concluait en outre à la mainlevée de l'éventuelle opposition au commandement de payer dont la notification était requise le même jour.
Le 13 juillet 2007, l'entreprise s'est opposée à la poursuite notifiée deux jours auparavant. Le 26 octobre 2007, elle a conclu au rejet de l'action et, reconventionnellement, au paiement de 3'668 fr.60 à titre de paiement du solde de sa facture finale.
Une expertise a été confiée à l'ingénieur ETS B._. Avec l'accord de la propriétaire, celui-ci a modifié le réglage de la chaudière. Le deuxième essai effectué le 17 février 2009 a permis, par l'abaissement de la température de l'eau de chauffage, de réduire considérablement les bruits de dilatation et d'écoulement d'eau, au point que ceux-ci sont devenus acceptables. La chaudière a pu être réglée sur position 10 (44° C par - 5° C de température extérieure), alors que l'expert A._ l'avait dans un premier temps réglée sur position 18 (64° C par - 5° C de température extérieure). Dans son rapport du 27 avril 2009, l'expert B._ a conclu que les travaux demandés par le maître avaient été réalisés dans les règles de l'art, même si certains détails auraient pu être traités avec plus de soin. L'entreprise aurait en outre pu proposer les compléments nécessaires pour l'isolation des conduites et le préréglage du débit d'eau à chaque radiateur. L'isolation des conduites devait éviter toute perte thermique et tout risque de frottement avec le plâtre. Toutefois, la résistance du plâtre n'était pas suffisante pour provoquer des bruits de dilatation, à tout le moins pas à long terme; on ne pouvait imputer la totalité de l'origine de ces bruits aux travaux en cause. En outre, la température de l'eau de chauffage aurait dû être réduite après l'achèvement des travaux d'amélioration thermique de l'immeuble. Il était recommandé de renoncer à baisser le chauffage la nuit pour éviter tout risque de bruit de dilatation. Quant au préréglage de l'ensemble des radiateurs, il aurait certes été préférable, mais cette opération n'était pas réalisée d'emblée lors de travaux de rénovation pour lesquels aucune étude thermique n'avait été demandée par le maître. En définitive, l'expert B._ a jugé déraisonnable de procéder aux travaux de 65'000 fr. suggérés par l'expert A._ dès lors que les bruits de dilatation étaient fortement réduits et ne pouvaient être imputés de façon certaine aux travaux de rénovation réalisés entre 2004 et 2005; il a nié l'existence d'une moins-value pour l'immeuble.
La propriétaire ayant requis la mise en ?uvre d'une deuxième expertise, une audience incidente s'est tenue le 10 novembre 2009 en présence des experts A._ et B._. Ceux-ci ont maintenu leur point de vue respectif. L'expert B._ a précisé qu'un préréglage des radiateurs était d'autant moins nécessaire en présence de vannes thermostatiques que celles-ci créaient une pression autorégulant l'installation, et que cette opération ne devait se faire que postérieurement au réglage de la température de l'eau au départ de l'installation, lequel n'avait pas été effectué.
Les parties ont convenu de fixer l'audience de jugement au printemps 2010. La propriétaire s'est réservé le droit de faire constater par l'expert B._ l'éventuelle persistance des problèmes au cours de l'hiver, cas échéant de renouveler sa requête de deuxième expertise, éventuellement de se réformer. Elle n'a toutefois pas fait usage de ce droit. L'expert B._ est encore intervenu en avril 2010 pour effectuer un réglage après que la propriétaire eut observé l'apparition de bruit dans certains radiateurs.
B.b Par jugement du 7 avril 2011, le Tribunal civil a rejeté l'action principale et admis la demande reconventionnelle en ce sens que la propriétaire doit payer à l'entreprise la somme de 3'668 fr.60.
Le tribunal a passé en revue chacune des anomalies répertoriées par l'expert A._ en se ralliant en substance à l'avis exprimé par l'expert B._. En droit, il a conclu que l'ouvrage n'était pas défectueux. Il a constaté que les "coups de bélier" étaient dus à la dilatation des tuyaux de chauffage et que les travaux exécutés par l'entreprise ne portaient pas à proprement parler sur ces tuyaux; en outre, le problème avait été résolu par le réglage de la chaudière, laquelle n'était pas concernée par les travaux en question. Quant aux bruits de cascade et aux problèmes de température, ils étaient dus au défaut d'équilibrage de l'installation. Sur ce point non plus, ce n'était pas à proprement parler l'ouvrage livré par l'entreprise qui était défectueux; celle-ci avait tenté à bien plaire de résoudre ce problème postérieurement à l'exécution des travaux. Par équilibrage, il fallait comprendre la régulation [thermo-hydraulique, réd.] de l'installation de chauffage par le réglage de la chaudière et des différents corps de chauffe.
Le tribunal a retenu une violation du devoir d'informer en ce sens que l'entreprise aurait dû signaler la nécessité d'isoler les conduites de chauffage; toutefois, le maçon assumait une part de responsabilité. A été laissée indécise la question de savoir si l'entreprise aurait dû spontanément se déclarer incompétente pour procéder à l'équilibrage de l'installation de chauffage et recommander de faire appel à un tiers. Aucun dommage ne pouvait de toute façon être retenu en relation avec les obligations enfreintes.
B.c La propriétaire a déféré ce jugement à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois. Elle a conclu au paiement de 30'000 fr., à la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de ce montant et au rejet de toute autre conclusion.
L'appel a été rejeté par arrêt du 23 juin 2011.
C. La propriétaire (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Elle réitère les conclusions prises devant l'autorité précédente.
L'entreprise (ci-après: l'intimée) conclut au rejet du recours. La Cour d'appel se réfère à son arrêt.
La recourante s'est déterminée sur la réponse de l'intimée. Cette dernière a bénéficié d'un délai pour dupliquer, droit qu'elle a renoncé à exercer.

Considérant en droit:
1. Le présent recours satisfait aux conditions de recevabilité du recours en matière civile (cf. art. 72 al. 1, art. 75, 76 al. 1 et <ref-law>). En particulier, la valeur litigieuse excède le minimum légal de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). Les exigences de délai (<ref-law>) et de forme (<ref-law>) sont également respectées sur le principe.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le recourant ne peut pas se plaindre d'une violation du droit cantonal en tant que tel, mais peut faire valoir que l'application de ce droit est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels et contrevient ainsi au droit fédéral (<ref-ruling> consid. 1.2).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). N'étant pas lié par l'argumentation des parties, il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions de droit que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4). A cet égard, le recourant doit se déterminer au moins brièvement par rapport aux considérants de l'arrêt entrepris et expliquer, ne serait-ce que succinctement, en quoi l'autorité cantonale supérieure viole le droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2.1 et 2.3). Par exception à la règle de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine la violation d'un droit constitutionnel ou une question relevant du droit cantonal que s'il est saisi d'un grief motivé de manière précise (cf. <ref-law>); le recourant doit énoncer le droit ou principe constitutionnel violé et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.2).
2.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il tient compte non seulement des faits retenus par la décision de dernière instance attaquée, mais aussi de ceux figurant dans le jugement de l'autorité inférieure, pour autant que l'arrêt attaqué reprenne au moins implicitement cet état de fait (cf. <ref-ruling> consid. 1, confirmé après l'entrée en vigueur de la LTF notamment par l'arrêt 4A_565/2009 du 21 janvier 2010 consid. 2.2.4).
3. 3.1 La recourante reproche à la Cour d'appel de ne pas avoir complété l'instruction pour établir le dommage causé par la violation du devoir d'information de l'intimée. La cour lui aurait reproché à tort de ne pas avoir allégué un tel dommage. La recourante ne pouvait pas anticiper quelle appréciation les juges porteraient sur les deux expertises divergentes. Dès lors que le Tribunal civil envisageait de retenir une notion nettement plus restreinte du dommage, il aurait dû spontanément ordonner un complément d'instruction pour établir celui-ci; l'ancienne procédure accélérée vaudoise prévoyait en effet l'instruction d'office (art. 339a al. 3 aCPC/VD [ancien Code de procédure civile vaudoise du 14 décembre 1966]). La Cour d'appel aurait pu et dû suppléer à cette omission en ordonnant elle-même une telle mesure d'instruction. Elle aurait aussi dû ordonner un complément d'expertise ou une deuxième expertise afin notamment de déterminer si des défauts subsistent malgré l'intervention de l'expert B._.
3.2 Le Tribunal civil a considéré que l'ouvrage était exempt de défauts mais que l'intimée n'avait pas donné l'information nécessaire pour une utilisation conforme. Dès lors que la violation contractuelle ne prenait pas corps dans un défaut, le maître devait être dédommagé en fonction de son intérêt positif à l'exécution régulière du contrat. En l'occurrence, le dommage résidait dans la différence entre la situation patrimoniale actuelle du maître et la situation dans laquelle il se serait trouvé si l'entrepreneur avait en temps utile attiré son attention sur la nécessité d'isoler les conduites, et éventuellement s'il s'était déclaré d'emblée incompétent pour procéder à l'équilibrage de l'installation. Au vu du succès des réglages effectués par l'expert B._, le dommage pouvait tout au plus consister en une différence de consommation entre l'installation sans isolation et l'installation avec isolation, ou cas échéant en une diminution de loyer accordée aux locataires du fait des désagréments sonores jusqu'à l'intervention de l'expert. Or, la recourante n'avait pas allégué un tel dommage ni proposé de méthode pour un calcul normatif.
La Cour d'appel a confirmé ce point de vue en relevant que sur la base de l'expertise B._ et de la confrontation des deux experts à l'audience incidente du 10 novembre 2009, la recourante aurait pu se réformer pour alléguer les éléments nouveaux résultant de l'instruction, faculté qu'elle s'était d'ailleurs réservée et qu'elle avait renoncé à utiliser.
La Cour d'appel a confirmé ce point de vue en relevant que sur la base de l'expertise B._ et de la confrontation des deux experts à l'audience incidente du 10 novembre 2009, la recourante aurait pu se réformer pour alléguer les éléments nouveaux résultant de l'instruction, faculté qu'elle s'était d'ailleurs réservée et qu'elle avait renoncé à utiliser.
3.3 3.3.1 L'ancien droit cantonal régissait la procédure de première instance jusqu'au jugement du Tribunal civil (<ref-law>). La recourante ne prétend pas que les normes cantonales déterminant le moment et la manière d'introduire des allégations nouvelles auraient été appliquées de façon arbitraire. Elle ne soulève pas non plus le grief d'arbitraire en relation avec l'art. 339a al. 3 aCPC/VD, de sorte que la cour de céans ne saurait contrôler l'application (ou non-application) de cette disposition. La cour de céans est ainsi liée par le point de vue selon lequel la recourante, au regard de l'ancien droit de procédure cantonal, aurait pu et dû alléguer les éléments du dommage.
Pour le surplus, la recourante ne prétend à juste titre pas que le principe de la bonne foi aurait dû conduire le Tribunal civil à attirer son attention sur le fait qu'il s'apprêtait à retenir une définition plus stricte du dommage. Il ne s'agissait en effet pas de modifier une conception juridique. A l'issue de l'audience incidente, il apparaissait que les experts ne s'accordaient pas sur l'état de l'ouvrage et la manière dont l'intimée avait exécuté ses obligations, élément qui était propre à influer sur la question des défauts, de la responsabilité assumée par l'intimée et du dommage subi. La recourante, assistée d'un avocat, ne pouvait ignorer les conséquences juridiques qu'impliquaient les avis divergents émis par les deux experts.
3.3.2 L'appel au Tribunal cantonal était soumis à la nouvelle procédure fédérale (<ref-law>). Cette voie de droit permettait de contrôler l'application de l'ancien droit de procédure civile par l'autorité de première instance (DENIS TAPPY, in Code de procédure civile commenté, 2011, n° 24 s. ad <ref-law>; IVO SCHWANDER, in Schweizerische Zivilprozessordnung, DIKE-Kommentar, 2011, n° 5 ad <ref-law>; FRIDOLIN WALTHER, Das Übergangsrecht zur neuen ZPO - offene Fragen und mögliche Antworten, RSPC 2010 p. 416). En revanche, la nouvelle procédure déterminait à quelles conditions des allégations nouvelles pouvaient être introduites en deuxième instance (TAPPY, op. cit., n°s 14 et 25 ad <ref-law>). L'<ref-law> dispose que les faits et moyens de preuve nouveaux ne sont pris en compte que s'ils ne pouvaient être invoqués ou produits devant la première instance bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise. Dans la mesure où des faits ont été fautivement passés sous silence en première instance, ils ne peuvent être présentés en appel (DAVID HOFMANN/CHRISTIAN LÜSCHER, Le Code de procédure civile, 2009, p. 197). Le nouveau droit n'offrait ainsi aucune possibilité de remédier au défaut d'allégation en première instance. On ne saurait dès lors reprocher à l'autorité d'appel de s'être abstenue d'ordonner une mesure d'instruction sur le dommage alors que la recourante avait fautivement omis d'alléguer les éléments topiques.
3.3.3 La recourante prétend encore que la Cour d'appel aurait pu chiffrer le dommage en équité en vertu de l'<ref-law>.
L'application de cette règle suppose que la preuve du dommage ou de son étendue ne puisse pas être rapportée ou ne puisse pas être raisonnablement exigée (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 312; <ref-ruling> consid. 3a). Une telle impossibilité n'est pas établie en l'espèce. L'<ref-law> ne saurait servir à remédier au défaut d'allégation des faits pertinents par la recourante.
3.4 Contrairement à ce que plaide la recourante, la Cour d'appel a suffisamment motivé sa décision en se concentrant sur l'argument décisif du défaut d'allégation. Elle n'avait pas à expliquer la portée de l'<ref-law>, ni à rappeler par le détail les règles de l'ancienne procédure relatives à l'introduction d'allégués nouveaux et au pouvoir du juge en procédure accélérée. Le grief formel de violation du droit d'être entendu doit également être rejeté (sur l'étendue du devoir de motivation déduit de l'art. 29 al. 2 Cst., cf. par ex. <ref-ruling> consid. 3.6.5).
3.5 Quant au fait que la Cour d'appel n'a pas ordonné d'instruction complémentaire sur l'éventuelle persistance de défauts nonobstant l'intervention de l'expert, il peut être renvoyé aux considérations qui précèdent. La recourante ne prétend pas avoir fait à cet égard les allégations nécessaires en temps utile.
3.6 Dans ses déterminations du 5 décembre 2011, la recourante souligne que la Chambre des recours (sic) s'est limitée à constater l'absence d'arbitraire dans l'appréciation des preuves alors qu'elle disposait d'un plein pouvoir d'examen.
Dans sa première écriture, la recourante précisait ne pas remettre en cause le ralliement des juges à l'expert B._ et ne formulait aucun grief d'appréciation arbitraire des preuves. Le moyen est tardif dès lors qu'il a été soulevé après l'échéance du délai de recours. Supposé recevable, il devrait de toute façon être rejeté. Après avoir rappelé qu'elle pouvait revoir librement les faits sur la base des preuves administrées en première instance, la Cour d'appel civile a conclu que l'appréciation des preuves opérée par le Tribunal civil ne prêtait pas le flanc à la critique et devait être confirmée. Il n'y a ainsi aucun indice que la cour aurait restreint à tort son pouvoir d'examen.
4. 4.1 La recourante, qui ne conteste pas la qualification de contrat d'entreprise au sens des <ref-law>, reproche à la Cour d'appel d'avoir méconnu le fait qu'il subsistait des défauts après l'intervention de l'expert B._. Ainsi, la diminution du réglage de la puissance de la pompe induirait le risque que le deuxième étage de l'immeuble ne soit pas correctement chauffé en cas de grand froid. Par ailleurs, la suppression de l'abaissement nocturne du chauffage entraînerait une surconsommation de gaz.
4.2 L'<ref-law> prévoit une réglementation spéciale en cas d'exécution défectueuse de l'ouvrage. C'est une question de droit que de dire si l'ouvrage est entaché de défauts au sens de cette disposition. En revanche, la détermination de l'état de l'ouvrage et des éventuels inconvénients qui en découlent relève du fait et peut notamment être établie par expertise (cf. PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5e éd. 2011, p. 595 s. n°s 1511-1513).
4.3 La recourante ne prétend pas que les inconvénients qu'elle énonce résulteraient de l'état de fait de l'arrêt attaqué. Il apparaît tout au plus que les experts A._ et B._ ont discuté du problème de surconsommation qui pourrait découler de la renonciation au réglage différentiel diurne et nocturne, sans qu'une telle surconsommation ne soit précisément établie. Faute de constatations de fait, la question de savoir si les inconvénients invoqués pourraient constituer des défauts au sens de l'<ref-law> est privée d'objet.
Sur le plan formel, la Cour d'appel n'a pas méconnu le grief de la recourante, qu'elle a résumé au considérant 4.2.2 de l'arrêt attaqué, avant d'y répondre au chiffre suivant; le grief de violation du droit d'être entendu est ainsi infondé, la recourante invoquant du reste par inadvertance l'art. 9 Cst. en lieu et place de l'art. 29 al. 2 Cst.
4.4 La recourante paraît en outre reprocher à la Cour d'appel de ne pas avoir retenu l'existence de défauts entre l'achèvement de l'ouvrage et l'intervention réussie de l'expert. Le grief est toutefois insuffisamment motivé pour être recevable.
5. 5.1 La recourante soutient que l'intimée devrait assumer une pleine et entière responsabilité pour ne pas avoir attiré son attention sur la nécessité d'isoler les conduites de chauffage. A tout le moins la Cour d'appel aurait-elle dû admettre que l'intimée devait réparer une partie du dommage dès lors qu'elle lui imputait une part de responsabilité, en concours avec le maçon.
5.2 Les autorités cantonales ont considéré que le dommage résultant de la violation du devoir d'informer ne pouvait résider que dans une éventuelle différence de consommation entre l'installation actuelle et l'installation avec isolation, ou éventuellement dans une perte de loyer. Or, un tel dommage n'était pas établi.
La recourante a soulevé un grief relatif à l'établissement du dommage, qui s'est révélé infondé (cf. supra, consid. 3.3). Pour le surplus, elle ne prétend pas que l'autorité cantonale se serait fondée sur une conception erronée du dommage, de sorte qu'il n'y a pas à discuter le point de vue exprimé par la Cour d'appel. En l'absence de dommage, la question d'un éventuel partage de responsabilité importe peu.
5.3 La recourante reproche à l'intimée d'avoir en outre enfreint son devoir d'information en omettant de lui conseiller la mise en ?uvre d'une étude thermique avant d'engager les travaux de rénovation, l'expert B._ s'étant à tort borné à constater que la recourante n'en avait pas demandé. Elle fait aussi grief à l'intimée de n'avoir pas su équilibrer l'installation de chauffage nonobstant le temps suffisant dont elle aurait disposé, alors que l'expert B._ y est rapidement parvenu. L'intimée devrait ainsi assumer les frais des divers intervenants auxquels la recourante a légitimement fait appel, dont 16'083 fr.90 pour les frais de la procédure d'expertise hors procès.
5.3.1 L'entrepreneur assume un devoir de diligence (cf. <ref-law> en relation avec l'<ref-law>) dont découlent des devoirs de renseigner et conseiller le maître. Compte tenu de sa qualité de spécialiste, l'entrepreneur doit signaler toute circonstance importante pour l'exécution de l'ouvrage (<ref-ruling> consid. 4.1). S'il a connaissance d'éléments susceptibles de compromettre l'exécution de l'ouvrage, il doit les communiquer immédiatement au maître (FRANÇOIS CHAIX, La violation par l'entrepreneur de ses devoirs d'information vis-à-vis du maître de l'ouvrage, SJ 2009 II p. 121 n° 10). Il ne doit accepter des travaux que s'il a les compétences nécessaires (cf. <ref-ruling> consid. 2e/bb p. 324). Le devoir de renseigner peut perdurer après la livraison de l'ouvrage (GAUCH, op. cit., p. 332 n° 821; CHAIX, op. cit., p. 132 n° 34). Pour prévenir un dommage, l'entrepreneur peut être tenu de renseigner le maître sur l'utilisation adéquate de l'ouvrage (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 611); ainsi, l'installateur d'un chauffage central doit fournir des indications précises sur la qualité d'eau à utiliser (<ref-ruling> consid. 5). L'obligation d'informer et de conseiller porte tant sur les faits que l'entrepreneur connaît effectivement que sur ceux qu'il aurait dû connaître; il doit se laisser imputer la connaissance d'un entrepreneur diligent placé dans les mêmes circonstances (GAUCH, op. cit., p. 336 n° 831; CHAIX, op. cit., p. 121 s. n° 10).
5.3.2 L'expert B._ a concédé qu'il aurait été préférable d'effectuer un préréglage du débit d'eau sur chaque radiateur et que l'intimée aurait pu proposer ce complément, mais il a ajouté qu'une telle opération n'était pas réalisée d'emblée lors de travaux de rénovation pour lesquels aucune étude thermique n'avait été demandée par le maître. A l'audience, il a précisé qu'un préréglage s'imposait d'autant moins que les radiateurs étaient équipés de vannes thermostatiques et qu'à l'issue de travaux entraînant une amélioration thermique de l'immeuble, il convenait de régler correctement la température de l'eau au départ de la chaudière, avant même de procéder au préréglage des radiateurs.
L'expert a ainsi laissé entendre qu'une étude thermique préalable était nécessaire avant d'effectuer le préréglage des radiateurs, préréglage que l'intimée aurait dû proposer. Quoi qu'il en soit, l'expert a expliqué que l'omission de l'intimée n'avait pas prêté à conséquence dès lors qu'il convenait de procéder en premier lieu à la régulation de la température de l'eau et que ce travail, une fois effectué, avait permis de résoudre le problème des bruits d'écoulement. Se pose donc tout au plus la question de savoir si l'intimée aurait dû indiquer qu'il importait de régler la température de l'eau à l'issue des travaux. S'agissant d'un élément de moindre importance, la Cour d'appel pouvait s'épargner de discuter l'argument de l'étude thermique; le grief de violation du droit d'être entendu doit dès lors être rejeté.
5.3.3 La recourante reproche essentiellement à l'intimée de n'avoir pas trouvé la solution aux problèmes de bruit et de température observés après les travaux alors que l'expert B._ y est rapidement parvenu.
Encore une fois, la solution du problème résidait dans le réglage de la température d'eau chaude au départ de la chaudière. L'expert B._ ne prétend pas que l'intimée aurait enfreint son devoir d'information et de conseil en ne suggérant pas cette mesure; un tel reproche n'est pas non plus formulé par l'expert A._, lequel avait aussi recommandé une telle mesure, sans insister sur son caractère prioritaire, soulignant plutôt la nécessité de prérégler les radiateurs.
De surcroît, la difficulté à identifier la cause, respectivement à trouver la solution aux problèmes de bruit et de température est démontrée par le nombre de propositions faites par les différents intervenants. Le chauffagiste bernois consulté par la recourante a procédé à une opération qui s'est révélée inutile. L'ingénieur-conseil qu'elle a ensuite sollicité a fait état d'un problème de pompe et de vase d'expansion, matériaux qui ont été changés sans que les problèmes ne soient résolus. Le technicien du fournisseur de l'intimée a mis en cause un mauvais choix des vannes. L'expert A._ a énoncé une série de causes possibles, en particulier l'absence d'isolation des colonnes montantes et des tuyaux de raccordement, le choix de la nouvelle pompe, la décision d'équiper la totalité des chauffages de vannes thermostatiques et l'absence de préréglage des corps de chauffe. Entre autres mesures, il a préconisé de baisser la température au départ de l'installation; la réduction qu'il a proposée s'est toutefois révélée insuffisante, l'expert B._ ayant finalement réglé la température en-deçà de la valeur indiquée par son confrère.
Au vu de ces éléments, l'on ne saurait reprocher à l'intimée d'avoir enfreint son obligation de diligence en ne parvenant pas à équilibrer l'installation, respectivement en n'indiquant pas à la recourante quelle opération devait être faite pour supprimer les problèmes.
Dès lors que l'intimée n'assume aucune responsabilité contractuelle, l'on ne saurait mettre à sa charge les frais engagés par la recourante pour constater l'état de l'ouvrage, établir la cause des bruits et problèmes de température et y mettre un terme. Il en est de même pour les frais d'avocat antérieurs au procès, la recourante admettant expressément qu'il s'agit d'un poste lié à l'admission de son action.
La recourante paraît également contester la mise à sa charge des frais et dépens de première instance, respectivement des frais d'appel. En tant que le moyen est lié à l'admission d'une responsabilité de l'intimée, il ne peut qu'être rejeté. Quoi qu'il en soit, s'agissant des frais de première instance, la recourante n'a pas soulevé le grief d'application arbitraire du droit de procédure cantonal, de sorte qu'il n'y a pas à entrer en matière. Quant aux frais d'appel, le droit fédéral prévoit qu'ils sont en principe supportés par la partie qui succombe (cf. <ref-law>).
6. La recourante reproche enfin à la cour cantonale de ne pas avoir discuté son moyen tendant au rejet de la prétention reconventionnelle de 3'668 fr.60.
Le grief liait le rejet de l'action reconventionnelle à la reconnaissance d'une mauvaise exécution contractuelle de l'intimée, respectivement à une compensation avec une prétention de la recourante. Ces conditions n'étant manifestement pas réalisées, la cour cantonale pouvait s'épargner d'expliquer pour quels motifs le jugement attaqué devait être confirmé sur ce point. La recourante ne soulevant qu'un grief d'ordre formel, l'admission de la conclusion reconventionnelle ne peut qu'être confirmée.
7. En définitive, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. En conséquence, la recourante supportera les frais judiciaires et versera des dépens à l'intimée (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 janvier 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Monti