Sachverhalt:
A. A.X._ und B.X._ betreiben seit 1983 in R._ ein landwirtschaftliches Gewerbe. Sie führen keine Buchhaltung und sind gemäss Aargauer Praxis auf Grund ihres Alters (geb. 1931 bzw. 1930) hiervon befreit. Mit dem Inkrafttreten des revidierten aargauischen Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG) auf den 1. Januar 2001 setzten die Steuerbehörden die Buchwerte für Landwirte in ihrer Situation neu fest.
B. Die Steuerkommission R._ veranlagte A.X._ und B.X._ am 11. Dezember 2003 für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001. Dabei legte sie die Anlagekosten, Abschreibungen und Buchwerte der landwirtschaftlichen Grundstücke und Gebäude per 1. Januar 2001 wie folgt fest:
Anlagekosten
Abschreibungen
Buchwert
Gebäude
Fr. 499'764.--
Fr. 123'914.--
Fr. 375'850.--
Land und Wald
Fr. 78'875.--
Fr. 0.--
Fr. 78'875.--
Mit Einspracheentscheid vom 25. November 2004 hielt die Steuerkommission hieran fest. Das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau hiess den hiergegen gerichteten Rekurs am 5. Juli 2006 in dem Sinne teilweise gut, als es die Abschreibungen auf dem Gebäude erst seit der Hofübernahme im Jahre 1983 berücksichtigte (statt 1968), diese so auf Fr. 102'664.-- reduzierte und den massgebenden Buchwert des Gebäudes auf Fr. 397'100.-- anhob. Im Detail ergaben sich hinsichtlich der Gebäude folgende Werte:
Anlagekosten
Abschreibungen
Buchwert
Hofübernahme
Fr. 50'000.--
Fr. 22'500.--
Fr. 27'500.--
Investition 1983
Fr. 29'764.--
Fr. 29'764.--
Fr. 0.--
Hofumbau 1993
Fr. 420'000.--
Fr. 50'400.--
Fr. 369'600.--
Gebäude total
Fr. 499'764.--
Fr. 102'664.--
Fr. 397'100.--
Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau bestätigte diesen Entscheid auf Beschwerde hin am 19. Dezember 2006.
C. A.X._ und B.X._ beantragen vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die aargauischen Steuerbehörden und Steuergerichte anzuweisen, die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) umzusetzen. Mit Ersatzbeschaffungen verbundene altrechtliche Sofortabschreibungen nach dem bisherigen aargauischen Steuergesetz - wie die von ihnen getätigte Investition aus dem Jahre 1983 - minderten die Anlagekosten (und erhöhten damit den dereinst steuerbaren Grundstückgewinn) und dürften aufgrund des Steuerharmonisierungsgesetzes nicht (mehr) als wiedereingebrachte Abschreibungen einkommenssteuerrechtlich erfasst werden. Das Steueramt des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen; das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verweist auf seine Ausführungen im angefochtenen Entscheid.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten. Da das angefochtene Urteil vor diesem Zeitpunkt ergangen ist, richtet sich das Verfahren nach dem Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; <ref-law>).
1.2 Nach Art. 73 Abs. 1 StHG in seiner für das vorliegende Verfahren gültigen Fassung vom 14. Dezember 1990 ist gegen Entscheide der letzten kantonalen Instanz die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig, falls es um eine der in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelten Materien geht. Dies ist bei der Grundstückgewinnsteuer der Fall (Zweiter Titel; Art. 12 StHG). Der angefochtene Entscheid betrifft die nach dem 1. Januar 2001 aufgeworfene Frage der Abgrenzung der einkommens- oder grundstücksteuerrechtlichen Erfassung von Gewinnen bei der Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich deshalb als zulässig, auch wenn sich der angefochtene Entscheid auf kantonales Recht stützt (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 204).
1.3 Gegenstand des Verfahrens bildet zwar keine Veranlagung im Zusammenhang mit der konkreten Veräusserung eines landwirtschaftlichen Grundstücks, sondern die Frage, von welchen Werten künftig hierbei auszugehen sein wird. An der Klärung dieser Frage haben die Beschwerdeführer dennoch ein schutzwürdiges Interesse: Das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG) hat die Kapitalgewinnbesteuerung bei land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken grundlegend umgestaltet; es rechtfertigt sich deshalb - auch aus Beweisgründen bei altrechtlichen Steueraufschüben -, die künftig zu berücksichtigenden Anlagekosten und Abschreibungen unter dem neuen Recht zu bereinigen, zumal bei den buchführenden Landwirten und jenen mit vollständigen Aufzeichnungen dies bereits bei der Prüfung der Eingangsbilanzwerte geschehen ist. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Eingabe der hierzu legitimierten Beschwerdeführer ist einzutreten, soweit sie nicht mehr verlangen, als das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückweisen; ihre darüber hinausgehenden Rechtsbegehren (Anweisungen an die Steuerbehörden) sind unzulässig (Art. 73 Abs. 3 StHG; vgl. zur neuen Rechtslage unter dem BGG das zur Publikation bestimmte Urteil 2C_637/2007 vom 4. April 2008, E. 1).
2. 2.1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei der Veräusserung eines Grundstücks des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt (Art. 12 Abs. 1 StHG). Die Besteuerung der Grundstückgewinne ist in den Kantonen nicht einheitlich geregelt: Entweder werden diese alle mit einer besonderen Wertzuwachs- oder Grundstückgewinnsteuer erfasst (Objektsteuer), wobei nicht danach unterschieden wird, ob das veräusserte Grundstück zum Privat- oder zum Geschäftsvermögen des Veräusserers gehört (sog. monistisches System). Oder dann unterliegen nur Grundstückgewinne des Privatvermögens dieser Steuer, solche des Geschäftsvermögens hingegen als Subjektsteuer der ordentlichen Einkommens- oder Gewinnbesteuerung (sog. dualistisches System).
2.2 Das Steuerharmonisierungsgesetz folgt grundsätzlich dem dualistischen Modell; es erlaubt aber auch, dass geschäftliche und private Grundstückgewinne ausschliesslich der Grundstückgewinnsteuer unterworfen werden (Art. 12 Abs. 4 StHG). Für beide Systeme hat der Gesetzgeber einen abschliessenden Katalog von Steueraufschubtatbeständen geschaffen; als solcher Grund gilt die vollständige oder teilweise Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstücks oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird (Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG). Damit hat der Gesetzgeber eine gesamtschweizerische, verbindliche "Bundeslösung" angestrebt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 207). Zur Art der Ermittlung des steuerbaren Gewinns äussert sich das Steuerharmonisierungsgesetz nur dem Grundsatz nach: Danach besteht der Gewinn aus der Differenz zwischen Erlös und Anlagekosten (Art. 12 Abs. 1 StHG); das Gesetz definiert diese Begriffe nicht weiter; dem kantonalen Gesetzgeber verbleibt bei der entsprechenden Umsetzung seit dem 1. Januar 2001 indessen bloss noch ein beschränkter Regelungsspielraum, denn Grundstückgewinn und Einkommenssteuer sind eng miteinander verbunden (so <ref-ruling> E. 2.1 S. 723 f.).
2.2 Das Steuerharmonisierungsgesetz folgt grundsätzlich dem dualistischen Modell; es erlaubt aber auch, dass geschäftliche und private Grundstückgewinne ausschliesslich der Grundstückgewinnsteuer unterworfen werden (Art. 12 Abs. 4 StHG). Für beide Systeme hat der Gesetzgeber einen abschliessenden Katalog von Steueraufschubtatbeständen geschaffen; als solcher Grund gilt die vollständige oder teilweise Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstücks oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird (Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG). Damit hat der Gesetzgeber eine gesamtschweizerische, verbindliche "Bundeslösung" angestrebt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 207). Zur Art der Ermittlung des steuerbaren Gewinns äussert sich das Steuerharmonisierungsgesetz nur dem Grundsatz nach: Danach besteht der Gewinn aus der Differenz zwischen Erlös und Anlagekosten (Art. 12 Abs. 1 StHG); das Gesetz definiert diese Begriffe nicht weiter; dem kantonalen Gesetzgeber verbleibt bei der entsprechenden Umsetzung seit dem 1. Januar 2001 indessen bloss noch ein beschränkter Regelungsspielraum, denn Grundstückgewinn und Einkommenssteuer sind eng miteinander verbunden (so <ref-ruling> E. 2.1 S. 723 f.).
2.3 2.3.1 Nach dem bis Ende 2000 geltenden Aargauer Steuergesetz wurde bei der Veräusserung landwirtschaftlicher Grundstücke die Differenz zwischen dem Erlös und dem Buchwert als Kapitalgewinn der Einkommenssteuer unterworfen, sei es als Teilveräusserungsgewinn zusammen mit dem übrigen Einkommen (§ 22 Abs. 1 lit. b/§ 40 aStG), sei es als Liquidationsgewinn mit einer Jahressteuer (§ 34 Abs. 1 lit. c aStG). Bei einer Ersatzbeschaffung von Geschäftsvermögen (§ 24bis aStG) wurden - unter Aufschub der Besteuerung des Kapitalgewinns - die bei der Veräusserung realisierten stillen Reserven auf das Ersatzgut übertragen, was auf diesem zu einer Sofortabschreibung führte (§ 24bis Abs. 1 Satz 2 aStG). Neu wird bei Gewinnen aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken des Geschäftsvermögens die Differenz zwischen den Anlagekosten und dem steuerlich massgebenden Buchwert den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit zugerechnet (§ 27 Abs. 4 StG), während der restliche Gewinn unter die Grundstückgewinnsteuer fällt, indem sich dort die massgeblichen Anlagekosten aus "dem Buchwert zuzüglich der bisher vorgenommenen Abschreibungen nach § 27 Abs. 4" zusammensetzen (§ 106 Abs. 1 StG). Die "wiedereingebrachten" Abschreibungen, d.h. der Betrag, um den die buchhalterisch vorgenommenen oder die bei der Veranlagung nach dem volkswirtschaftlichen Einkommen (gemäss aStG) berücksichtigten Abschreibungen das steuerbare Einkommen reduzierten, werden als Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit einkommenssteuerrechtlich erfasst (Differenz zwischen den Anlagekosten und dem Buchwert); reinvestierte Gewinne aus früheren Veräusserungen mit Steueraufschub unterliegen dagegen der Grundstückgewinnsteuer, soweit die Ersatzbeschaffung nach Grundstückgewinnsteuerrecht erfolgte (§ 106 Abs. 3 StG).
2.3.2 Umstritten ist die (übergangsrechtliche) Frage, wie eine in der Steuerperiode 1985/86 vorgenommene "Sofortabschreibung" von Fr. 29'764.-- gemäss Art. 24bis aStG AG (bzw. § 6 Abs. 4 der Verordnung vom 13. Juli 1984 zum Steuergesetz) im Anschluss an die im Jahre 1983 erfolgte (Teil-)Ersatzbeschaffung steuerlich zu behandeln ist. Nach Ansicht der Vorinstanz bzw. der Steuerbehörden des Kantons Aargau gehört sie zum einkommenssteuerlich zu erfassenden Buchgewinn, während sie nach den Beschwerdeführern - unter Bezugnahme auf die von Marianne Klöti-Weber (Klöti-Weber/Siegrist/ Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 2. Aufl., Muri/Bern 2004, Rz. 7 f. zu § 106) vertretene Auffassung - zufolge Reduktion der Anlagekosten dereinst der Grundstückgewinnsteuer unterliegen soll. Dabei ist unbestritten, dass zum Buchgewinn nach § 27 Abs. 4 StG auch vor dem 1. Januar 2001 vorgenommene Korrekturen zu rechnen sind (vgl. das Urteil 2A.271/2000 vom 2. November 2000, E. 6a, in: StR 56, 103 S. 109 [in <ref-ruling> nicht wiedergegeben]).
3. 3.1 Die Aargauer Steuerbehörden und die Vorinstanz gehen davon aus, dass mit der noch unter altem Recht erfolgten Festlegung des Kapitalgewinns und der Ersatzbeschaffung (verbunden mit der entsprechenden Sofortabschreibung) die rechtliche Qualifikation als der Einkommenssteuer unterworfener Kapitalgewinn feststeht, selbst wenn dessen Besteuerung als Folge der Ersatzbeschaffung aufgeschoben wurde; es brauche deshalb nicht geprüft zu werden, wie sich der damals erzielte und zur Ersatzbeschaffung verwendete Kapitalgewinn zusammensetzte (Wertzuwachs einerseits, wiedereingebrachte Abschreibungen andererseits).
3. 3.1 Die Aargauer Steuerbehörden und die Vorinstanz gehen davon aus, dass mit der noch unter altem Recht erfolgten Festlegung des Kapitalgewinns und der Ersatzbeschaffung (verbunden mit der entsprechenden Sofortabschreibung) die rechtliche Qualifikation als der Einkommenssteuer unterworfener Kapitalgewinn feststeht, selbst wenn dessen Besteuerung als Folge der Ersatzbeschaffung aufgeschoben wurde; es brauche deshalb nicht geprüft zu werden, wie sich der damals erzielte und zur Ersatzbeschaffung verwendete Kapitalgewinn zusammensetzte (Wertzuwachs einerseits, wiedereingebrachte Abschreibungen andererseits).
3.2 Entgegen den Einwendungen der Beschwerdeführer verletzt diese Auffassung das Steuerharmonisierungsgesetz nicht:
3.2.1 Nach § 106 StG entsprechen die für die Grundstückgewinnsteuer massgeblichen Anlagekosten von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken des Geschäftsvermögens dem Buchwert zuzüglich der bisher vorgenommenen Abschreibungen nach § 27 Abs. 4 StG. Der in diesen Anlagekosten enthaltene Erwerbspreis ist nicht massgebend, soweit das Grundstück durch eine steueraufschiebende Veräusserung erworben worden ist; in solchen Fällen ist auf jenen Erwerbspreis abzustellen, welcher der letzten steuerbegründenden Veräusserung zugrunde lag (Abs. 2). Erfolgte eine Ersatzbeschaffung nach Grundstückgewinnsteuerrecht, werden die Anlagekosten um den Gewinn gekürzt, dessen Besteuerung aufgeschoben wurde (Abs. 3): Diese Regelung ist mit Art. 8 Abs. 1 und Art. 12 Abs. 1 StHG (vgl. auch Art. 18 Abs. 1, 2 bzw. 4 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]) vereinbar, deren Ziel es ist, Wertzuwachsgewinne von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken - auch bei Kantonen mit einem dualistischen System - der kantonalen Grundstückgewinnsteuer zu unterstellen (vgl. Bernhard Zwahlen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl., Basel/Genf/München 2002, N 20 zu Art. 12; vgl. auch das Urteil 2A.271/2000 vom 2. November 2000, E. 5e, in: StR 56, 103 S. 108 [in <ref-ruling> nicht wiedergegeben]). Buchgewinne (d.h. die wieder eingebrachten Abschreibungen) sollen sowohl kantonal als auch bundessteuerrechtlich als Einkommen, d.h. als Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit, erfasst werden und nur die eigentlichen Wertzuwachsgewinne unter die Grundstückgewinnsteuer fallen (Botschaft zur Steuerharmonisierung, BBl 1983 III 92, 100 und 162; Markus Reich, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht [I/1], a.a.O., N 45 zu Art. 8 StHG) - dies selbst wenn bzw. gerade weil angesichts der blossen Einfachbelastung sowie der Steuerermässigung bei längerer Haltezeit (vgl. § 109 StG) ein Anreiz besteht, Steuersubstrat nicht der Einkommens-, sondern der Grundstückgewinnsteuer zuzuweisen.
3.2.2 Das gilt auch in Fällen der vorliegenden Art: Nach Art. 12 StHG sind - losgelöst vom jeweiligen Grund - alle Abschreibungen auf dem Buchwert zu berücksichtigen; dabei spielt keine Rolle, ob sie - wie hier - im Rahmen einer Ersatzbeschaffung (Sofortabschreibung) oder als Wertberichtigungen erfolgt sind. Hierfür sprechen bereits Gründe der Praktikabilität (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 in fine S. 133). Richtig ist, dass sich bei diesem Ansatz ein Gewinn, welcher bei der Veräusserung des früheren Grundstücks - aus heutiger Sicht und ohne Steueraufschub - grundstücksteuerrechtlich erfasst worden wäre, nunmehr einkommenssteuerrechtlich besteuert werden könnte; dabei handelt es sich jedoch um eine Konsequenz des Aufschubsystems, welche der Steuerpflichtige hinzunehmen hat. Nur der Mehrwert auf dem ersatzbeschafften Grundstück untersteht nach Art. 12 StHG der Grundstückgewinnsteuer, jener des vorherigen Guts betrifft die Einkommenssteuer. Der Steuerpflichtige kann nicht in guten Treuen davon ausgehen, dass sich die rechtliche Qualifikation des Mehrwerts im Laufe der Zeit nicht ändert, selbst wenn der Gewinn nicht sofort steuerlich erfasst, sondern - wie hier - mit einer Sofortabschreibung auf das Ersatzobjekt übertragen wird; entscheidend ist die Rechtsnatur im Zeitpunkt der Besteuerung und nicht des Aufschubs. Die Steuerordnung für landwirtschaftliche und forstwirtschaftliche Grundstücke bildet eine Sonderregelung, handelt es sich bei diesen der Sache nach doch um Bestandteile des Geschäftsvermögens, deren Mehrwert in einem dualistischen System voll der Einkommenssteuer unterläge (vgl. Reich, a.a.O., N 44). Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich nicht, Art. 12 StHG weit auszulegen und einen an sich die Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit berührenden Mehrwert der Grundstückgewinnsteuer zuzuweisen. Im Übrigen ist nicht in jedem Fall klar, mit welcher Lösung der Steuerpflichtige tatsächlich besser gestellt ist: Die Steuersätze für die Grundstückgewinnsteuer können höher oder niedriger liegen als jene für die Einkommenssteuer. Die ersten variieren allenfalls nach Besitzdauer und Höhe des Gewinns, die zweiten sind vom Einkommen abhängig, zu dem der Gewinn hinzugerechnet wird.
4. Der angefochtene Entscheid ist auch nicht bundes(verfassungs)rechtswidrig:
4.1 Der Regierungsrat hat in seiner Botschaft vom 21. Mai 1997 zur Totalrevision der aargauischen Steuergesetze ausgeführt, dass - wenn unter dem bisherigen Recht eine steueraufschiebende Ersatzbeschaffung stattfinde - das Steuersubstrat der Einkommenssteuer tangiert sei, weshalb "die Besteuerung der bisher vorgenommenen Abschreibungen systemkonform mit der Einkommenssteuer" zu erfolgen habe. Bei den nach neuem Recht erfolgten Ersatzbeschaffungen sei hingegen zu berücksichtigen "dass der Wertzuwachs mit der Grundstückgewinnsteuer zu erfassen ist und somit bei Ersatzbeschaffungen auch dem Grundstückgewinnsteuersubstrat erhalten bleibt"; dies stelle die vorgeschlagene Regelung (heute § 106 StG) sicher. Die Lösung wurde vom Gesetzgeber inhaltlich unverändert übernommen. Wenn das Verwaltungsgericht davon ausgegangen ist, es entspreche somit dessen klar ausgedrücktem Willen, sämtliche unter dem alten Recht vorgenommenen Abschreibungen der Einkommenssteuer zu unterwerfen, insbesondere auch die im Zusammenhang mit Ersatzbeschaffungen vorgenommenen Sofortabschreibungen, d.h. der Abschreibungen, die nicht einen buchmässigen Nachvollzug von Wertabnahmen des Geschäftsvermögens widerspiegeln, sondern der buchtechnischen Abwicklung der Ersatzbeschaffung gedient haben, indem damit die bei der Veräusserung aufgedeckten stillen Reserven einkommensneutral auf das Ersatzobjekt übertragen werden konnten, ist dies nicht offensichtlich unhaltbar. Die Lösung ist - wie erwähnt - mit dem bundesrechtlichen Harmonisierungsgebot von Art. 12 StHG vereinbar; dieses verlangt bezüglich der Anpassung des kantonalen Rechts an das Bundesrecht im Rahmen des den Kantonen bis zum 1. Januar 2001 zustehenden Gestaltungsspielraums keine (rückwirkende) Aufspaltung der aufgedeckten stillen Reserven in solche, die auf Buchgewinnen basieren, und solche, die auf eigentlichen Wertzuwachsgewinnen beruhen.
4.2 Aus den Materialien zum neuen Aargauer Steuergesetz ergeben sich keine Hinweise darauf, dass wiedereingebrachte Abschreibungen anders als die ordentlichen zu behandeln wären, je nachdem, ob sie unter dem neuen oder dem alten Recht verbucht worden sind. Die von den Beschwerdeführern für ihre Auffassung herangezogene Stelle aus der regierungsrätlichen Botschaft bezieht sich nur auf das neue Recht, äussert sich indessen nicht zur hier interessierenden übergangsrechtlichen Problematik. Gemäss § 106 Abs. 2 StG ist der in den Anlagekosten nach § 106 Abs. 1 StG enthaltene Erwerbspreis nicht massgebend, soweit das Grundstück durch eine steueraufschiebende Veräusserung erworben worden ist. In solchen Fällen ist auf den Erwerbspreis abzustellen, welcher der letzten steuerbegründenden Veräusserung zu Grunde lag. Daraus kann nicht geschlossen werden, dass Sofortabschreibungen auf Ersatzbeschaffungen nach § 24bis aStG nicht als wiedereingebrachte Abschreibungen gelten dürften und es sich dabei um eine Minderung der Anlagekosten handle. Der Regelungsgehalt von § 106 Abs. 2 StG bezieht sich - wie das kantonale Steueramt zu Recht einwendet - nicht auf die wiedereingebrachten (Sofort-)abschreibungen. § 106 Abs. 2 Satz 2 StG lässt sich durchaus so deuten, dass unter dem "massgebenden Erwerbspreis" nur jener verstanden wird, welcher der letzten grundstückgewinnsteuerbegründenden Veräusserung zu Grunde lag, was bei einem Erwerbspreis des land- und forstwirtschaftlichen Grundstücks vor dem Jahr 2001 nicht möglich ist. Es erscheint im Rahmen des Ermessensspielraums, der den Kantonen bis zum 1. Januar 2001 harmonisierungsrechtlich zustand (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 206 ff.), folgerichtig und nicht bundesrechtswidrig, im Aargauer System "Sofortabschreibungen" nach Art. 24bis aStG der Einkommenssteuer zu unterstellen - so auch die hier umstrittenen Fr. 29'764.--.
5. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend haben die Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 153 und Art. 153a i.V.m. Art. 156 OG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt des Kantons Aargau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Hugi Yar