Sachverhalt:
A. Am 25. Juni 2010 reichte X._ gegen Y._ Strafanzeige wegen falscher Anschuldigung im Sinne von Art. 303 StGB und falschem Zeugnis im Sinne von Art. 307 StGB ein.
Hintergrund bildet ein Strafverfahren gegen X._, welches aufgrund einer Strafanzeige von Y._ angehoben worden war. So erstattete der damals gut 16-jährige Y._ am 3. August 2005 Strafanzeige gegen den damals 47-jährigen X._ wegen sexueller Nötigung und Körperverletzung und stellte Strafantrag wegen Körperverletzung. Unbestritten ist, dass sich Y._ am 3. August 2005 in den Räumlichkeiten der A._ GmbH aufgehalten hatte, wo er sich als freiwilliger Helfer im Auftrag und unter Anleitung von X._ um die Betreuung von Kandidaten der Sendungen dieser Produktionsfirma zu kümmern hatte. Gegen 18 Uhr kam es dort im Dreh- und Fotoraum zu von X._ initiierten sexuellen Handlungen, namentlich zur Vornahme des Oralverkehrs an Y._ durch X._, wobei umstritten ist, ob die sexuellen Handlungen einvernehmlich waren. Unbestritten ist demgegenüber, dass Y._ nach dem Vorfall die Polizei alarmieren wollte, dabei beim Verlassen des Raums das Gleichgewicht verlor und an die Türkante prallte, sodass er sich eine Rissquetschwunde an der linken Augenbraue zuzog. Darüber, wie es genau zu dieser Verletzung kam, liegen unterschiedliche Aussagen der Beteiligten vor. Das gegen X._ geführte Strafverfahren wurde schliesslich am 15. September 2009 eingestellt.
Nachdem die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland am 21. Juli 2010 die Akten dieses gegen X._ geführten Strafverfahrens beigezogen und gegen Y._ eine Untersuchung eröffnet hatte, stellte sie das Verfahren am 28. März 2011 ohne weitere Beweiserhebungen ein.
Die von X._ am 18. April 2011 gegen diese Einstellungsverfügung erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 17. November 2011 ab; zugleich verfügte es, das Gesuch von X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung werde infolge Aussichtslosigkeit abgewiesen.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 13. Januar 2012 beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts vom 17. November 2011 sei aufzuheben, und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese sei anzuweisen, ihn als Privatklägerschaft zu konstituieren und ihm für das kantonale Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren. Des Weiteren sei ihm (auch) für das Verfahren vor dem Bundesgericht die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu bewilligen.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf Vernehmlassungen zur Beschwerde verzichtet. Der Beschwerdegegner hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG gegeben. Die Einstellungsverfügung datiert vom 28. März 2011. Anwendbar ist deshalb die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0; siehe Art. 453 f. StPO und <ref-ruling> E. 1.1 S. 221 mit Hinweisen).
1.2 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Da der angefochtene Entscheid nach dem 31. Dezember 2010 datiert, beurteilt sich die Frage des rechtlich geschützten Interesses nach der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Fassung von Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG (Art. 132 Abs. 1 BGG). In Betracht fällt vorliegend Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG. Danach wird der Privatklägerschaft ein rechtlich geschütztes Interesse zuerkannt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Dies verlangt grundsätzlich vom Privatkläger, dass er bereits adhäsionsweise Zivilforderungen geltend gemacht hat. Ausnahmsweise, bei Nichtanhandnahme oder Einstellung des Strafverfahrens, ist auf dieses Erfordernis zu verzichten. Immerhin ist jedoch erforderlich, dass im Verfahren vor Bundesgericht dargelegt wird, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderungen auswirken kann (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 247).
Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Er hat die Strafanzeige wegen falscher Anschuldigung und falschem Zeugnis noch vor Inkrafttreten der Schweizerischen Strafprozessordnung gestellt, weshalb es ihm damals nicht möglich war, im Sinne von Art. 118 Abs. 1 StPO zu erklären, er beteilige sich am Strafverfahren als Straf- oder Zivilkläger. Die Staatsanwaltschaft hat ihn offensichtlich vor Erlass der Einstellungsverfügung auch nicht auf die Möglichkeit einer derartigen Erklärung hingewiesen (Art. 118 Abs. 4 StPO). Unter diesen Voraussetzungen ist für die Bejahung der Legitimation nach Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 ausreichend, dass der Beschwerdeführer den Zusammenhang zwischen dem angefochtenen Entscheid und seinen Zivilforderungen aufzeigt (vgl. Urteil 1B_514/2011 vom 2. Dezember 2011 E. 1.3). Dies hat er getan, indem er in seiner Beschwerdeschrift ausführt, er beabsichtige, wie bereits in der Strafanzeige vom 25. Juni 2010 angekündigt, Schadenersatzansprüche gegen den Beschwerdegegner geltend zu machen, denn das von diesem initiierte Verfahren wegen sexueller Nötigung habe dazu geführt, dass er aus psychischen Gründen nicht mehr arbeitsfähig sei und seine Existenz verloren habe.
1.3 Unabhängig von der möglichen Auswirkung des angefochtenen Entscheids auf die Beurteilung allfälliger Zivilansprüche ist der Beschwerdeführer auch insoweit zur Beschwerdeführung legitimiert, als er die Verletzung von Rechten rügt, die ihm als am Verfahren beteiligte Partei nach dem massgebenden Prozessrecht oder unmittelbar aufgrund der BV oder der EMRK zustehen (<ref-ruling> E. 1.9 S. 40).
Vorliegend geht es um den Fall, dass der Beschwerdeführer als Geschädigter die Nichtverwertung eines Beweismittels, welches seines Erachtens zuungunsten der beschuldigten Person spricht, anficht mit der Begründung, er habe es entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht rechtswidrig erlangt. Aus Art. 29 Abs. 2 BV folgt der Anspruch der Parteien, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen und Vorbringen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind. Der Beschwerdeführer will mit der von ihm eingereichten Videoaufnahme beweisen, dass der Beschwerdegegner ihn wider besseres Wissen einer Straftat beschuldigt und als Zeuge zur Sache falsch ausgesagt hat. Es ist jedenfalls nicht von vornherein ausgeschlossen, dass die als Beweismittel offerierte Videoaufnahme für die Beurteilung eines Zivilanspruchs aus der behaupteten strafbaren Handlung relevant sein könnte. Indem die Vorinstanz die Videoaufnahme mit der Begründung nicht berücksichtigte, diese unterläge einem Beweisverwertungsverbot, und indem sie in der Folge die Verfahrenseinstellung mangels anderweitiger belastender Beweise bestätigte, fällte sie einen Entscheid, der den Gehörsanspruch bzw. das Beweisantragsrecht des Beschwerdeführers betrifft und damit dessen Verfahrensrechte tangiert. Dieser kann daher als Geschädigter mit Beschwerde in Strafsachen geltend machen, die Videoaufnahme sei verwertbar, da sie nicht unrechtmässig erlangt worden sei (vgl. Urteil 6B_536/2009 vom 12. November 2009 E. 1.4.2, in: SJ 2010 I S. 394).
2. 2.1 Verfahrensgegenstand bildet die Einstellung des Strafverfahrens gegen den Beschwerdegegner wegen falscher Anschuldigung und falschem Zeugnis.
Der falschen Anschuldigung im Sinne von Art. 303 Ziff. 1 StGB macht sich strafbar, wer einen Nichtschuldigen wider besseres Wissen bei der Behörde eines Verbrechens oder Vergehens beschuldigt oder in anderer Weise arglistige Veranstaltungen trifft, in der Absicht, eine Strafverfolgung gegen ihn herbeizuführen. In subjektiver Hinsicht ist neben Vorsatz, wobei es hinsichtlich der Nichtschuld des Bezichtigten eines Handelns wider besseres Wissen bedarf, eine besondere Absicht erforderlich.
Des falschen Zeugnisses im Sinne von Art. 307 StGB macht sich strafbar, wer in einem gerichtlichen Verfahren, worunter auch die Strafuntersuchung verstanden wird, als Zeuge zur Sache falsch aussagt. Art. 307 StGB erfasst Aussagen in Vernehmungen durch die zur Durchführung von Zeugeneinvernahmen befugten Untersuchungsbehörden. In subjektiver Hinsicht ist Vorsatz erforderlich, wobei Eventualvorsatz genügt.
2.2 Die Vorinstanz hat ausgeführt, vorab sei zu klären, ob es sich bei der vom Beschwerdeführer eingereichten Videoaufnahme überhaupt um ein zulässiges, d.h. verwertbares Beweismittel handle. Lediglich falls dies bejaht würde, wäre in einem zweiten Schritt die potenzielle Beweistauglichkeit zu prüfen.
Ob der Beschwerdeführer die Videoaufnahme rechtmässig erstellt habe, hänge davon ab, ob der Beschwerdegegner hierzu sein Einverständnis gegeben habe, denn Videoaufnahmen im privaten Bereich tangierten den Persönlichkeitsschutz im Sinne von Art. 28 ZGB. Zudem werde gemäss Art. 179quater StGB auf Antrag bestraft, wer eine Tatsache aus dem Geheimbereich eines andern oder eine nicht jedermann ohne Weiteres zugängliche Tatsache aus dem Privatbereich eines andern ohne dessen Einwilligung mit einem Aufnahmegerät beobachte oder auf einen Bildträger aufnehme.
Aufgrund der in diesem Punkt übereinstimmenden Aussagen des Beschwerdeführers und des Beschwerdegegners im Verfahren betreffend sexuelle Nötigung und einfache Körperverletzung sei davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner am 3. August 2005 seine Zustimmung zu einem "Fotoshooting" für eine Unterwäsche-Firma erteilt habe. Sei der Beschwerdegegner aber von einem "Fotoshooting" ausgegangen, seien einzig Foto- und nicht auch Videoaufnahmen von der Einwilligung gedeckt gewesen. Diese Unterscheidung sei durchaus bedeutsam, greife doch eine Videoaufnahme deutlich tiefer in die Intimsphäre des Betroffenen ein, da sie im Gegensatz zur Fotografie nicht lediglich eine Momentaufnahme darstelle, sondern hierdurch Mimik sowie Gestik erfasst würden und zugleich der Ton aufgezeichnet werde. Mangels Einwilligung des Beschwerdegegners sei die Videoaufnahme rechtswidrig erstellt worden.
Von Privaten rechtswidrig erlangte Beweismittel seien nur verwertbar, wenn sie von den Strafverfolgungsbehörden hätten erlangt werden können und kumulativ dazu eine Interessenabwägung für die Verwertung spreche und diese nicht wegen schwerer Grundrechtsverstösse an sich auszuschliessen sei. Vorliegend hätten die Strafverfolgungsbehörden das Beweismittel nicht erlangen können, da zum Zeitpunkt der Erstellung kein dringender Tatverdacht bestanden habe. Die Verwertbarkeit der vom Beschwerdeführer eingereichten Videoaufnahme sei nach dem Gesagten zu verneinen.
lm Ergebnis habe die Staatsanwaltschaft demzufolge das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers nicht verletzt, indem sie den Beschwerdegegner nicht einvernommen und zu allfälligen Widersprüchen zwischen seinen Aussagen und der beweismässig unverwertbaren Videoaufnahme befragt habe.
Ausgehend von der Unverwertbarkeit der Videoaufnahme hat die Vorinstanz zusammenfassend gefolgert, es stünden sich als Beweise einzig die sich widersprechenden Aussagen des Beschwerdeführers und des Beschwerdegegners im Verfahren betreffend sexuelle Nötigung und einfache Körperverletzung gegenüber. Die Angaben der beiden divergierten insbesondere bezüglich der Frage, ob der Beschwerdegegner seine Unterhose anlässlich des "Fotoshootings" freiwillig ausgezogen oder ob der Beschwerdeführer ihm diese heruntergerissen habe. Die Darstellung des Beschwerdeführers erscheine dabei nicht offensichtlich glaubhafter. Stünden aber den Aussagen des bestreitenden Beschuldigten nur die Aussagen eines an der Verurteilung unmittelbar interessierten Geschädigten gegenüber und fänden dessen Anschuldigungen keine objektive Bestätigung im Untersuchungsergebnis, so liege ein für die Anklageerhebung hinreichender Verdacht nicht vor. Die Einstellung des Verfahrens durch die Staatsanwaltschaft sei folglich im Ergebnis nicht zu beanstanden.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe die von ihm bereits am 30. Januar 2006 als Beweismittel eingereichte Videoaufnahme zu Unrecht als nicht verwertbar eingestuft.
Aus der Videoaufnahme liessen sich einzelne aneinandergereihte Fotografien - nämlich insgesamt 27 Standbilder - "extrahieren". Da der Beschwerdegegner selbst nach Auffassung der Vorinstanz in die Erstellung von Fotos eingewilligt habe, müssten jedenfalls diese 27 Standbilder für die Beweisführung verwendet werden. Ohnehin sei aber von einer zumindest konkludenten Einwilligung des Beschwerdegegners in die Erstellung einer Videoaufnahme auszugehen. Dieser habe gewusst, dass er sich in einem Aufnahmeraum eines Fernsehstudios der "Gruppe B._" befunden habe und dass die dort produzierten Sendungen unter anderem auf dem Fernsehsender "C._" ausgestrahlt worden seien. Weiter habe er insbesondere zu Protokoll gegeben, dass er das "Tape" aus der Kamera habe nehmen wollen; bekannterweise verfügten jedoch einzig Video- und nicht auch Fotokameras über ein "Tape". Ferner habe er ausgesagt, sich gewundert zu haben, dass man mit einer Videokamera Fotos schiessen wolle, was zeige, dass er um den Einsatz einer Videokamera gewusst habe. Wer wie der Beschwerdegegner freiwillig vor einer Videokamera posiere, der erteile (zumindest stillschweigend) sein Einverständnis, dass Videoaufnahmen erstellt würden. Jedenfalls aber stelle es eine unzulässige antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz dar, ohne förmliche Einvernahme des Beschwerdegegners als beschuldigte Person zu folgern, dieser habe nicht in die Erstellung des Beweismittels eingewilligt.
Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, selbst wenn aber von der fehlenden Einwilligung des Beschwerdegegners ausgegangen werden sollte, führe dies nicht zwingend zur Unverwertbarkeit der Videoaufnahme. Vielmehr sei das Interessen des Staats an der Strafverfolgung gegen jenes des Betroffenen an der Wahrung seiner Persönlichkeitsrechte abzuwägen. Diese Interessenabwägung, welche die Vorinstanz zu Unrecht nicht vorgenommen habe, führe zum Ergebnis, dass das öffentliche Interesse an der Aufklärung der Straftaten das Interesse des Beschwerdegegners überwiege. Namentlich könne dem Schutz seiner Persönlichkeit bei einer allenfalls später im Strafverfahren durchzuführenden öffentlichen Verhandlung durch den Ausschluss der Öffentlichkeit Rechnung getragen werden.
Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, selbst wenn aber von der fehlenden Einwilligung des Beschwerdegegners ausgegangen werden sollte, führe dies nicht zwingend zur Unverwertbarkeit der Videoaufnahme. Vielmehr sei das Interessen des Staats an der Strafverfolgung gegen jenes des Betroffenen an der Wahrung seiner Persönlichkeitsrechte abzuwägen. Diese Interessenabwägung, welche die Vorinstanz zu Unrecht nicht vorgenommen habe, führe zum Ergebnis, dass das öffentliche Interesse an der Aufklärung der Straftaten das Interesse des Beschwerdegegners überwiege. Namentlich könne dem Schutz seiner Persönlichkeit bei einer allenfalls später im Strafverfahren durchzuführenden öffentlichen Verhandlung durch den Ausschluss der Öffentlichkeit Rechnung getragen werden.
2.4 2.4.1 Ob der Beschwerdeführer die Videoaufnahme rechtmässig erstellt hat, hängt davon ab, ob der Beschwerdegegner darin eingewilligt hat, dass der Beschwerdeführer ihn nicht nur im Sinne eines "Fotoshootings" fotografiert, sondern ihn auch filmt. Sollte es an der Einwilligung fehlen, so ist die Videoaufnahme als Ganzes rechtswidrig hergestellt worden, weshalb entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers auch aus dem Videomaterial extrahierte Standbilder nicht als rechtmässiges Beweismittel gelten könnten.
2.4.2 Die Frage, ob der Beschwerdegegner mit der Erstellung einer Videoaufnahme einverstanden gewesen ist, betrifft den inneren Sachverhalt und ist damit Tat- und nicht Rechtsfrage (vgl. Erhard Schweri, Eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde in Strafsachen, 1993, S. 207 f.).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Soweit die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet werden und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann nur geltend gemacht werden, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig bedeutet willkürlich (<ref-ruling> E. 2.4 S. 314 mit Hinweis). Zu prüfen ist demnach, ob die tatsächliche Feststellung der Vorinstanz, der Beschwerdegegner habe nicht in die Erstellung einer Videoaufnahme eingewilligt, willkürlich ist.
Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon vor, wenn das angefochtene Urteil nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5).
Die Vorinstanz hat im angefochtenen Beschluss in differenzierter Würdigung der Aussagen des Beschwerdeführers und des Beschwerdegegners im Verfahren betreffend sexuelle Nötigung und einfache Körperverletzung willkürfrei festgestellt, die beiden hätten übereinstimmend angegeben, es sei am 3. August 2005 von einem "Fotoshooting" für eine Unterwäsche-Firma die Rede gewesen. Wenn die Vorinstanz gestützt darauf folgert, die Einwilligung des Beschwerdegegners habe einzig Foto- und nicht auch Videoaufnahmen umfasst, so verfällt sie nicht in Willkür. Der Verweis des Beschwerdeführers auf die äusseren Umstände, wonach der Beschwerdegegner wissentlich in einem Fernsehstudio vor einer Videokamera posiert habe, führt zu keinem anderen Ergebnis, denn dass eine andere Würdigung des Vorfalls vom 3. August 2005 vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt, wie dargelegt, zur Begründung von Willkür nicht. Ist aber die Feststellung der Vorinstanz haltbar, dass der Beschwerdegegner einzig zu einem "Fotoshooting", nicht aber zu einer Videoaufnahme sein Einverständnis erklärt hat, so konnte die Vorinstanz, ohne den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV zu verletzen, in antizipierter Beweiswürdigung auf eine Einvernahme des Beschwerdegegners und auf weitere Beweismassnahmen verzichten.
2.4.3 Der Beschwerdeführer weist in diesem Zusammenhang zwar zu Recht darauf hin, dass die Verwertbarkeit der Videoaufnahme und die damit verbundenen Fragen, welche Bedeutung die Beteiligten in der damaligen Situation dem Begriff des "Fotoshootings" respektive der Unterscheidung zwischen Foto- und Videoaufnahmen beigemessen haben, erstmals im vorinstanzlichen Verfahren thematisiert worden sind und er hierzu nicht hat Stellung nehmen können. Dies bedeutet aber entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Aus Art. 29 Abs. 2 BV lässt sich kein genereller Anspruch der Verfahrensbeteiligten ableiten, sich vor Erlass eines Entscheids zu dessen Begründung äussern zu können. Ein solcher Anspruch bestünde nur, wenn die Vorinstanz ihren Entscheid mit einer rechtlichen Würdigung zu begründen beabsichtigt hätte, die für den Beschwerdeführer völlig überraschend gekommen wäre (<ref-ruling> E. 2c/aa S. 22). Dies ist vorliegend nicht der Fall, denn aufgrund des Umstands, dass zwischen den Beteiligten ausdrücklich von einem "Fotoshooting" die Rede gewesen ist, musste der Beschwerdeführer damit rechnen, dass sich die Frage der Verwertbarkeit der Videoaufnahme stellt. An dieser Schlussfolgerung ändert entgegen dem Vorbringen in der Beschwerde auch die Tatsache nichts, dass sich die Videoaufnahme in Widerspruch zu Art. 141 Abs. 5 StPO, wonach Aufzeichnungen über unverwertbare Beweise aus den Strafakten zu entfernen und bis zum rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens unter separatem Verschluss zu halten sind, weiterhin in den Akten befindet.
2.4.4 Der Beschwerdeführer rügt, wie dargelegt, dass die Vorinstanz keine Interessenabwägung vorgenommen hat. Die Frage, ob respektive wann Beweisverbote auch greifen, wenn nicht staatliche Hoheitsträger, sondern Privatpersonen Beweismittel sammeln, wird in der StPO nicht explizit beantwortet. Die unter Hinweis auf die Doktrin (vgl. Sabine Gless, Basler Kommentar StPO, 2011, Art. 141 N. 42 f.; Gunhild Godenzi, Private Beweisbeschaffung im Strafprozess, Dissertation Zürich, 2008, S. 264 ff.) begründete Auffassung der Vorinstanz, wonach von Privaten rechtswidrig erlangte Beweismittel nur verwertbar sind, wenn sie von den Strafverfolgungsbehörden hätten erlangt werden können und kumulativ dazu eine Interessenabwägung für die Verwertung spricht, überzeugt.
Im zu beurteilenden Fall hat die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung geschlossen, dass die Strafverfolgungsbehörden das Beweismittel der Videoaufnahme nicht selber hätten erlangen können, da zum Zeitpunkt der Erstellung kein dringender Tatverdacht bestanden habe (vgl. Art. 197 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 280 StPO). Dies wird vom Beschwerdeführer auch nicht substanziiert bestritten. Demnach ist die Vorinstanz zu Recht von der Unverwertbarkeit des durch den Beschwerdeführer erstellten Beweismittels ausgegangen, ohne dass sie insoweit eine Abwägung der sich entgegenstehenden öffentlichen und privaten Interessen vornehmen musste.
2.4.5 In dem gegen den Beschwerdegegner geführten und in der Folge eingestellten Strafverfahren ist der Beschwerdeführer nicht beschuldigte Person, sodass sich entgegen dem Vorbringen in der Beschwerde die Frage der Verletzung der Unschuldsvermutung nicht stellt. Klarstellend ist jedoch festzuhalten, dass die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid die Verfahrenseinstellung mit der Begründung geschützt hat, mangels Verwertbarkeit der Videoaufnahme stünden sich als Beweise einzig die sich widersprechenden Aussagen des Beschwerdeführers und des Beschwerdegegners gegenüber; da die Darstellung des Beschwerdeführers nicht offensichtlich glaubhafter sei, liege kein für eine Anklageerhebung hinreichender Verdacht vor. Mit dieser Argumentation wird dem Beschwerdeführer weder direkt noch indirekt vorgeworfen, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden.
2.4.6 Auch soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung des Anspruchs auf ein faires Verfahren gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK rügt, dringt er mit seiner Beschwerde nicht durch. Er macht insoweit geltend, die Staatsanwaltschaft habe im vorinstanzlichen Verfahren ihre Vernehmlassung nicht innert der angesetzten Frist eingereicht. Wenn diese Stellungnahme nun dennoch Eingang in die Entscheidbegründung gefunden habe, anstatt von der Vorinstanz aus den Akten gewiesen zu werden, stelle dies eine Verletzung des "fair trial", konkret des Anspruchs auf Waffengleichheit dar. Der Beschwerdeführer legt insoweit jedoch nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz in der Begründung des angefochtenen Beschlusses tatsächlich auf die angeblich verspätet eingereichten Ausführungen der Staatsanwaltschaft abgestellt hätte.
3. Schliesslich lastet der Beschwerdeführer der Vorinstanz eine unrechtmässige Heilung der im Verfahren vor der Staatsanwaltschaft begangenen Gehörsverletzung an.
3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, gemäss Art. 318 StPO kündige die Staatsanwaltschaft den Parteien in einer Schlussverfügung an, dass der Abschluss der Untersuchung bevorstehe und teile ihnen mit, ob sie Anklage zu erheben oder das Verfahren einzustellen gedenke; gleichzeitig setze sie den Parteien Frist zur Stellung von Beweisanträgen an. Der Erlass einer Schlussverfügung sei zwingend. Vorliegend habe die Staatsanwaltschaft dem Beschwerdeführer keine Schlussverfügung zugestellt und ihm in Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör keine Gelegenheit eingeräumt, sich zur vorgesehenen Einstellung des Strafverfahrens zu äussern und Beweisanträge zu stellen. Dieser Verfahrensmangel könne jedoch geheilt werden, da sie als Rechtsmittelinstanz über volle Kognition verfüge, der Beschwerdeführer seine Beweisanträge im Beschwerdeverfahren habe einbringen können und ihm hierdurch keine Nachteile entstanden seien.
3.2 Der Beschwerdeführer wendet sich insoweit nicht gegen die Heilung der festgestellten Gehörsverletzung als solche, macht jedoch geltend, entgegen der Auffassung der Vorinstanz seien ihm hierdurch sehr wohl Nachteile - und zwar solche finanzieller Art - entstanden. Um seine Beweisanträge stellen zu können, habe er den Beschwerdeweg gegen die Einstellungsverfügung beschreiten müssen, was zu einem Mehraufwand geführt habe.
3.3 In diesem Punkt ist die Argumentation des Beschwerdeführers stichhaltig. Ein Entscheid, der unter Verletzung der Gehörsansprüche einer Partei ergeht, ist stets rechtsfehlerhaft, weshalb die Anfechtung grundsätzlich zu Recht erfolgt. Wenn - wie vorliegend - die Rechtsmittelinstanz diesen Mangel ausnahmsweise heilt, entscheidet sie im Grunde anstelle der ersten Instanz. Erst durch ihren Entscheid erfüllt sich der Anspruch auf eine formell korrekte Streitentscheidung. Erweist sich das Rechtsmittel in der Sache als unbegründet und entscheidet die Rechtsmittelinstanz neu, sind die Kosten der ersten Instanz dem Beschwerdeführer als unterliegende Partei aufzuerlegen. Die Verfahrenskosten des zweitinstanzlichen Verfahrens sind demgegenüber vom Staat zu tragen, weil der Beschwerdeführer diese Kosten nicht verursacht hat (vgl. zum Ganzen Lorenz Kneubühler, Gehörsverletzung und Heilung, in: ZBl 3/1998 S. 97 ff., insb. S. 116 ff.). Da die Rüge der Gehörsverletzung begründet ist, kann entgegen den Ausführungen im angefochtenen Beschluss auch nicht gesagt werden, die Beschwerde sei aussichtslos gewesen. Demnach erweist sich die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege durch die Vorinstanz als nicht haltbar.
4. Zusammenfassend ist die Beschwerde daher teilweise gutzuheissen und der angefochtene Beschluss des Obergerichts vom 17. November 2011 insoweit aufzuheben, als dass das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege abgewiesen und ihm eine Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- auferlegt wurde. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Die Kosten des kantonalen Verfahrens von Fr. 500.-- sind dem Kanton Zürich aufzuerlegen (Art. 67 BGG). Der Kanton Zürich hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Adrian Ramsauer, für das kantonale Verfahren eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 5 BGG).
Dem Beschwerdegegner, der sich im bundesgerichtlichen Verfahren nicht hat vernehmen lassen, und dem Kanton Zürich sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Hingegen hat der Kanton Zürich den Beschwerdeführer im Umfang seines Obsiegens für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Entschädigung wird seinem Rechtsvertreter ausgerichtet. Insofern wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Soweit der Beschwerdeführer mit seiner Beschwerde unterliegt, wird er kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege kann in diesem Umfang gutgeheissen werden. Seine Bedürftigkeit ist ausgewiesen und die Beschwerde war nicht von vornherein aussichtslos. Es sind daher keine Kosten zu erheben (Art. 64 Abs. 1 BGG). Dem Vertreter ist aus der Bundesgerichtskasse eine reduzierte Entschädigung auszurichten (Art. 64 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der angefochtene Beschluss des Obergerichts vom 17. November 2011 insoweit aufgehoben, als dass das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege abgewiesen und ihm eine Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- auferlegt wurde. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten des kantonalen Verfahrens von Fr. 500.-- werden dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist, gutgeheissen. Rechtsanwalt Adrian Ramsauer wird für das bundesgerichtliche Verfahren als unentgeltlicher Rechtsvertreter eingesetzt.
4. Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Der Kanton Zürich hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Adrian Ramsauer, für das kantonale und das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von insgesamt Fr. 2'000.-- auszurichten.
6. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Adrian Ramsauer, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner