Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Mit Verfügung vom 2. August 2006 qualifizierte die Eidgenössische Spielbankenkommission den Spielautomaten TropicalShop als Glücksspielautomaten im Sinne von Art. 3 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 18. Dezember 1998 über Glücksspiele und Spielbanken (Spielbankengesetz, SBG [SR 935.52]) und verbot unter Hinweis auf <ref-law>, den Spielautomaten ausserhalb von konzessionierten Spielbanken zu betreiben. Einer Beschwerde gegen ihre Verfügung entzog sie die aufschiebende Wirkung. Gegen diese Verfügung erhoben unter anderem die X._ GmbH und die Y._ GmbH, welche Spielautomaten TropicalShop erworben, aufgestellt und einige davon in Betrieb genommen hatten, am 14. September 2006 Beschwerde an die Eidgenössische Rekurskommission für Spielbanken. Sie ersuchten um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung. Mit Verfügung des Präsidenten der Rekurskommission vom 19. September 2006 wurde die aufschiebende Wirkung der Beschwerden superprovisorisch wiederhergestellt, jedoch ausschliesslich für die am 2. August 2006 (Verfügungsdatum) bereits in Betrieb stehenden Automaten TropicalShop (Ziff. 4 des Verfügungsdispositivs). Die X._ GmbH und die Y._ GmbH reichten der Rekurskommission am 2. Oktober 2006 aufforderungsgemäss einen Kurzbericht über die belegbaren Auswirkungen einer sofortigen Ausserbetriebsetzung der von ihnen gekauften Spielautomaten TropicalShop ein. Nach Eingang der Stellungnahme der Eidgenössischen Spielbankenkommission hierzu vom 16. Oktober 2006 hob der Präsident der Rekurskommission am 11. Dezember 2006 Ziff. 4 seiner superprovisorischen Verfügung vom 19. September 2006 auf; er wies die Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung vollständig (d.h. auch in Bezug auf die am 2. August 2006 bereits in Betrieb stehenden Automaten) ab (Ziff. 1). Die Kosten des superprovisorischen und des vorsorglichen Zwischenentscheids, die zur Hauptsache geschlagen wurden, auferlegte er den Beschwerdeführenden (Ziff. 2), und er lehnte die Zusprechung einer Parteientschädigung ab (Ziff. 3).
Mit am 28. Dezember 2006 eingereichter, vom 26. Dezember 2006 datierter Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen die X._ GmbH und die Y._ GmbH dem Bundesgericht, die Ziff. 1, 2 und 3 der Präsidialverfügung vom 11. Dezember 2006 seien aufzuheben und es sei die mit superprovisorischer Präsidialverfügung der Vorinstanz vom 19. September 2006 gewährte Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerden vom 14. September 2006 aufrechtzuerhalten bzw. es sei diesen Beschwerden die durch die Vor-Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung im Sinne der Präsidialverfügung der Vorinstanz vom 19. September 2006 zu erteilen.
Die Eidgenössische Spielbankenkommission stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht, welches anstelle der Rekurskommission antwortet, verweist auf die Begründung des angefochtenen Zwischenentscheids und verzichtet im Übrigen auf Stellungnahme.
2. Auf das vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz; BGG [AS 2006 1205]) eingeleitete vorliegende Beschwerdeverfahren finden noch die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (Bundesrechtspflegegesetz, OG) Anwendung (<ref-law>).
3. 3.1 Gemäss <ref-law> hat die Beschwerde aufschiebende Wirkung (Abs. 1). Hat die Verfügung nicht eine Geldleistung zum Gegenstand, kann die verfügende Behörde einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entziehen; dieselbe Befugnis steht - nach Einreichung einer Beschwerde - der Beschwerdeinstanz, bei einer Kollegialbehörde deren Vorsitzenden zu (Abs. 2). Die Beschwerdeinstanz oder deren Vorsitzender kann die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen (Abs. 3). Dass die aufschiebende Wirkung nach <ref-law> die Regel ist, bedeutet entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerinnen nicht, dass davon nur bei Vorliegen aussergewöhnlicher Umstände abgewichen werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 290). Erforderlich sind stichhaltige Gründe.
Ob die aufschiebende Wirkung im Einzelfall zu belassen, zu entziehen oder wiederherzustellen sei, beurteilt sich anhand einer Interessenabwägung. Die zuständige Behörde hat dabei zu prüfen, ob die Gründe, welche für die sofortige Vollstreckung der Verfügung sprechen, gewichtiger sind als jene, die für die gegenteilige Lösung angeführt werden. Dabei kommt ihr - der Natur der Sache nach - ein erheblicher Beurteilungsspielraum zu. Die im Rechtsmittelverfahren über eine allfällige Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung befindende Behörde hat ihrerseits bloss eine summarische Prüfung vorzunehmen und ist nicht gehalten, für ihren Entscheid zeitraubende tatsächliche oder rechtliche Abklärungen zu treffen. Sie wird nicht leichthin von der Einschätzung ihrer Vorinstanz abweichen und hat Prognosen über den Ausgang des Rechtsstreits in der Hauptsache (bloss) dann in Betracht zu ziehen, wenn sie eindeutig sind (vgl. zu Entscheiden über Gewährung, Entzug oder Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung wie auch über vorsorgliche Massnahmen im Allgemeinen <ref-ruling> E. 2.2 S. 155; <ref-ruling> E. 3 S. 288 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 138; <ref-ruling> E. 2b S. 191; <ref-ruling> E. 5b S. 45; <ref-ruling> E. 2a S. 116). Erst recht übt das Bundesgericht Zurückhaltung, wenn es auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde hin einen Entscheid über vorsorgliche Massnahmen (wie Gewährung, Entzug oder Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung) überprüft. Es kontrolliert, ob die Vorinstanz ihr Ermessen überschritten oder missbraucht hat, und hebt deren Entscheid nur auf, wenn sie wesentliche Tatsachen völlig übersehen oder berührte Interessen ausser Acht gelassen oder offensichtlich falsch bewertet hat. Vorliegend hat es zu untersuchen, ob im angefochtenen Entscheid triftige Gründe für ein Abweichen von der Regel von <ref-law> in nachvollziehbarer Weise aufgezeigt bzw. glaubhaft gemacht worden sind und ein gewisses Mass an Dringlichkeit erkennbar ist, die Verfügung schon vor rechtskräftigem Entscheid zu vollziehen (Urteil 2A.128/2003 vom 3. April 2003 E. 2.2 mit Hinweisen).
3.2 Was den Ausgang des Beschwerdeverfahrens vor der Vorinstanz betrifft, so lässt sich keine klare Prognose stellen; insbesondere besteht keine überwiegende Wahrscheinlichkeit für die Gutheissung der dort hängigen Beschwerden. Diesbezüglich können die Beschwerdeführerinnen nichts geltend machen, was bei der Interessenabwägung für sie sprechen würde.
Das Interesse der Beschwerdeführerinnen an der Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung (mit Bezug auf die am 2. August 2006 bereits installierten Geräte) besteht darin, dass sie dadurch einen Ertragsausfall vermeiden könnten, den sie erleiden, wenn die von ihnen aufgestellten Geräte nicht betrieben werden dürfen. In ihrem der Vorinstanz erstatteten Kurzbericht vom 2. Oktober 2006 gaben sie an, pro Apparat sei monatlich mit einem Ertrag von Fr. 750.-- zu rechnen. Ihr Interesse ist von einem gewissen wirtschaftlichen Gewicht. Umgekehrt besteht grundsätzlich ein öffentliches Interesse daran, dass Spielgeräte solange nicht betrieben werden, bis feststeht, dass es sich nicht um Glücksspielautomaten handelt, die allein in konzessionierten Spielbanken aufgestellt werden dürfen. Selbst für Automaten mit relativ kleinem Geld-Einsatz gilt die mit der Glücksspielgesetzgebung verbundene Zielsetzung (Sozialschutz); so können an Geräten, um die es vorliegend geht, schon innert einer Minute mehrere Franken verspielt werden (s. Verfügung der Eidgenössischen Spielbankenkommission vom 2. August 2006 E. 2.3 S. 6 unten). Der Sachverhalt ist jedenfalls nicht, wie in der Beschwerdeschrift behauptet, "völlig harmlos" bzw. "höchst banal". Zwar ist nicht rechtskräftig darüber entschieden, ob es sich beim Gerät TropicalShop um einen Glücksspielautomaten handelt. Dies ändert, anders als die Beschwerdeführerinnen glauben machen wollen, nichts daran, dass ein solches Gerät der Spielbankenkommission grundsätzlich vor seiner Inverkehrsetzung vorgeführt werden muss; die Vorführungspflicht gilt gemäss Art. 61 Abs. 1 der Verordnung vom 24. September 2004 über Glücksspiele und Spielbanken (Spielbankenverordnung, VSBG [SR 935.521]) selbst für Geschicklichkeitsautomaten, ermöglicht doch erst die Vorführung den - unabdingbaren - Entscheid über die Abgrenzung zwischen Geschicklichkeits- und Glücksspielautomaten (Art. 63 und 64 VSBG). Die Beschwerdeführerinnen mussten von dieser Vorführungspflicht und vom laufenden Prüfungsverfahren Kenntnis haben. Schon dies allein erlaubte es der Vorinstanz, das private wirtschaftliche Interesse am vorläufigen Weiterbetrieb von ungeprüft aufgestellten Geräten weniger schwer zu gewichten als das öffentliche Interesse an der umgehenden Durchsetzung des erstinstanzlichen Nichtzulassungsentscheids. Sie durfte annehmen, triftige Gründe sprächen gegen eine Vollzugshemmung. Die angefochtene Präsidialverfügung hält schon aus diesen Gründen der (begrenzten) bundesgerichtlichen Prüfung stand, ohne dass es massgeblich auf den Teil-Aspekt ankäme, ob leicht zwischen am 2. August 2006 bereits installierten Automaten und anderen Geräten unterschieden werden könne. Ohnehin liesse sich der Vorinstanz hinsichtlich dieser Kontrollproblematik, erst recht in Berücksichtigung ihrer dem Verfahrensstadium entsprechenden eingeschränkten Abklärungspflicht, keine offensichtlich unrichtige oder unvollständige Sachverhaltsfeststellung vorwerfen (vgl. Art. 105 Abs. 2 OG); im Übrigen begnügen sich die Beschwerdeführerinnen diesbezüglich damit, blosse Vermutungen anzustellen.
Unerheblich für die Frage der (Wiederherstellung der) aufschiebenden Wirkung ist, ob sich die offenbar erfolgten Beschlagnahmungen einzelner Geräte mit der früheren superprovisorischen Präsidialverfügung vom 19. September 2006 vereinbaren liessen; diesbezüglich kann auf E. 5 der angefochtenen Präsidialverfügung verwiesen werden.
3.3 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet, und sie ist im vereinfachten Verfahren (Art. 36a OG) abzuweisen. Entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten (Art. 153 und 153a OG) den Beschwerdeführerinnen je zur Hälfte unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird den Beschwerdeführerinnen je zur Hälfte unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der Eidgenössischen Spielbankenkommission und der Eidgenössischen Rekurskommission für Spielbanken schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: