Sachverhalt:
A. Der 1966 geborene K._ war seit 1994 als Betriebsmitarbeiter bei der Firma X._ angestellt. Ab 15. Mai 2004 musste er seiner Tätigkeit aus gesundheitlichen Gründen fern bleiben. Am 21. Februar 2005 meldete er sich unter Hinweis auf Wirbelsäulenprobleme bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Gestützt auf die beigezogenen medizinischen Unterlagen lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen das Leistungsgesuch am 30. Oktober 2006 verfügungsweise ab, widerrief diese Verfügung nach Eingang einer Beschwerde jedoch am 8. März 2007, um weitere Abklärungen vorzunehmen. Aufgrund eines Gutachtens der Klinik Y._ vom 20. November 2007 eröffnete die IV-Stelle K._ nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 19. Februar 2008, dass er keinen Anspruch auf eine Invalidenrente oder Integrationsmassnahmen habe. Der Invaliditätsgrad betrage 11 %, und eine leidensangepasste Tätigkeit wäre ihm vollumfänglich zumutbar.
B. K._ liess Beschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung der Verfügung vom 19. Februar 2008 sei die IV-Stelle zu verpflichten, berufliche Massnahmen zu treffen und gegebenenfalls eine Invalidenrente auszurichten. Mit Entscheid vom 9. März 2009 wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt K._ beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, berufliche Massnahmen zu treffen und hernach eine neue Rentenprüfung vorzunehmen.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz ermittelte im Rahmen eines Einkommensvergleichs nach Vornahme eines leidensbedingten Abzuges von 10 % vom Invalideneinkommen gemäss Tabellenlohn einen Invaliditätsgrad von 20 oder 22 % und verneinte demgemäss den Anspruch auf eine Invalidenrente. Mit Bezug auf berufliche Eingliederungsmassnahmen gelangte das Versicherungsgericht zum Schluss, der Beschwerdeführer sei subjektiv eingliederungsunfähig; dies ergebe sich namentlich aus dem Gutachten der Klinik Y._.
2.2 Der Beschwerdeführer bestreitet das Fehlen der Eingliederungswilligkeit und wirft der IV-Stelle vor, während Jahren von Eingliederungsmassnahmen abgesehen zu haben, obwohl die Voraussetzungen gegeben gewesen wären. Das Zuwarten habe zu einer Chronifizierung und einer gewissen Resignation geführt, worauf ihm nunmehr seitens der Invalidenversicherung und der Vorinstanz mangelnde subjektive Eingliederungsbereitschaft unterstellt werde. Schliesslich macht der Versicherte geltend, dass ein Mahn- und Bedenkzeitverfahren durchgeführt werden müsse, bevor Eingliederungsmassnahmen abgelehnt würden.
3. Für ihre Aussage, dem Beschwerdeführer fehle die subjektive Eingliederungsfähigkeit, stützt sich die Vorinstanz auf das Gutachten der Klinik Y._ vom 20. November 2007 und den Abklärungsbericht des Regionalen Arbeitsvermittlungszentrums (RAV) vom 6. Juli 2007 über ein dreimonatiges Einsatzprogramm. Das RAV stellt wohl fest, der Einsatz des Beschwerdeführers lasse zu wünschen übrig; indessen wird ausdrücklich darauf hingewiesen, diese Beurteilung beziehe sich nicht auf die innere Einstellung des Versicherten, sondern sei der gegenwärtigen gesundheitlichen Verfassung zuzuschreiben. Bei den vom kantonalen Gericht erwähnten Aussagen im Gutachten der Klinik Y._ wiederum handelt es sich um die Angaben des Beschwerdeführers, wogegen die Experten in ihrer Beurteilung und Prognose, auf welche in beweismässiger Hinsicht abzustellen ist, keine mangelnde Eingliederungsbereitschaft feststellen. Auch andere Arztberichte lassen sodann entgegen den vorinstanzlichen Ausführungen nicht auf mangelnden Eingliederungswillen des Beschwerdeführers schliessen. Soweit die Vorinstanz die subjektive Eingliederungsfähigkeit verneint hat, ist die Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts unvollständig. Da sowohl die Expertise der Klinik Y._ vom 20. November 2007 wie auch der Abklärungsbericht des RAV vom 6. Juli 2007 nicht erkennen lassen, dass es dem Beschwerdeführer am Eingliederungswillen gebricht, ist der Sachverhalt insoweit zu berichtigen, als nicht von fehlender subjektiver Eingliederungsfähigkeit auszugehen ist. Dazu besteht im übrigen umso mehr Anlass, als auch die Berichte und Zeugnisse des Psychiaters Dr. med. A._, der den Beschwerdeführer seit August 2006 behandelt, keine Hinweise auf fehlende Eingliederungswilligkeit enthalten, und ebenso im neuesten Bericht des Hausarztes Dr. med. B._, vom 21. Februar 2008 keine Anhaltspunkte für eine solche Annahme zu finden sind.
4. Gestützt auf einen rechtskonform durchgeführten Einkommensvergleich hat das Versicherungsgericht einen Invaliditätsgrad von rund 20 oder 22 % ermittelt, wovon auszugehen ist, zumal der Beschwerdeführer gegen die Invaliditätsbemessung keine Einwendungen erhebt. Da eine invaliditätsbedingte Erwerbseinbusse von etwa 20 % rechtsprechungsgemäss Anspruch auf Umschulung verleiht (<ref-ruling> E. 2b S. 110; SVR 2006 IV Nr. 15 S. 53, I 18/05), wenn die weiteren Erfordernisse erfüllt sind, hat der Versicherte Anspruch auf diese und auch die weiteren (beruflichen) Massnahmen nach Art. 14a, 15 und 18 IVG, welche keinen Mindestinvaliditätsgrad verlangen, soweit die übrigen gesetzlichen Voraussetzungen gegeben sind.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden IV-Stelle aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde werden der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 9. März 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 19. Februar 2008 aufgehoben. Die Sache wird an die Verwaltung zurückgewiesen, damit sie die in Betracht fallenden beruflichen Massnahmen prüfe und hernach über den Anspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der IV-Stelle des Kantons St. Gallen auferlegt.
3. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. November 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer