hat sich ergeben:
A.- Die X._ AG betreibt in Unterengstringen ein Kieswerk, eine Bauschutt-Wiederaufbereitungsanlage sowie eine Bausperrgut-Sortieranlage. Nach zahlreichen früheren Interventionen verfügte die Baudirektion am 7. September 1999:
"I. Der X._ AG, ..............., wird verboten,
ab dem 1. November 1999 Bausperrgut
auf dem Werkreal A._ in Unterengstringen
zu lagern oder zu verarbeiten. Bereits auf
dem Werkareal liegendes Bausperrgut ist bis zu
diesem Datum umweltschutz- und gewässerschutzrechtskonform
zu entsorgen (...).
II. Bei Missachtung des Verbots gemäss Dispositiv Ziffer I erfolgt Verzeigung zur Bestrafung.
Die Übertretung dieses Verbotes ist gemäss
<ref-law> sowie Art. 71 Abs. 1
lit. b GSchG mit Haft oder Busse bedroht.
III. Die X._ AG wird aufgefordert, mit Bezug auf die Lagerung von Bauschutt auf dem Werkareal A._ dem AWEL bis 30. April 2000
ein Sanierungsprojekt vorzulegen.
IV. Die X._ AG wird aufgefordert, bis 31. Dezember 1999 das gesamte Kanalisationsnetz auf dem Werkareal A._ aufnehmen zu
lassen und dem AWEL Amt für Abfall, Wasser,
Energie und Luft nachgeführte Kanalisationspläne
sowie einen technischen Bericht über
den Zustand des Kanalisationsnetzes fünffach
einzureichen.
V. Die X._ AG wird aufgefordert, mit Bezug
auf das ganze betriebliche Kanalisationsnetz
auf dem Werkareal A._ eine fundierte
Gefährdungsabschätzung durchzuführen und die
technisch möglichen Massnahmen zur Minimierung
des Risikos von Gewässerverunreinigungen detailliert
bis zum 30. April 2000 aufzuzeigen.
VI. Die X._ AG wird aufgefordert, die Altlastenverdachtsflächen Nrn. I.522 und D.2 Unterengstringen einer altlastenrechtlichen
Voruntersuchung unterziehen zu lassen und dem
AWEL Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft
bis 28. Februar 2000 einen entsprechenden
Untersuchungsbericht fünffach einzureichen.
..."
B.- Am 22. März 2000 wies der Regierungsrat des Kantons Zürich den Rekurs der X._ AG gegen diese Verfügung ab (Disp.-Ziff. I). Er untersagte der X._ AG unter Ansetzung einer Frist von 30 Tagen ab Zustellung des Beschlusses, auf dem Werkareal A._ Bausperrgut zu lagern oder zu verarbeiten; bereits dort befindliches Bausperrgut sei umwelt- und gewässerschutzkonform zu entsorgen (Disp.-Ziff. II und III). Die Frist für die Erfüllung der übrigen Anordnungen gemäss angefochtener Verfügung legte er auf vier Monate nach Eintritt der Rechtskraft fest (Disp.-Ziff. IV).
C.- Hiergegen erhob die X._ AG Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht erteilte der Beschwerde die aufschiebende Wirkung und führte einen Augenschein durch. Am 28. September 2000 hiess es die Beschwerde insofern teilweise gut, als die Anordnungen gemäss Dispositiv Ziff. I der Verfügung der Baudirektion vom 7. September 1999 neu ab dem 1. Januar 2001 gelten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war.
D.- Hiergegen erhob die X._ AG am 13. November 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei bezüglich der Betriebsstilllegung der Bausperrgut-Sortieranlage aufzuheben, soweit die Beschwerde abgewiesen worden sei. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, so dass die per 1. Januar 2001 verfügte Betriebseinstellung aufzuheben sei.
E.- Das Verwaltungsgericht Zürich, die Baudirektion des Kantons Zürich und der Gemeinderat Unterengstringen beantragen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen. Das BUWAL hält in seiner Vernehmlassung fest, dass die kantonalen Behörden mit der Anordnung, die Anlage stillzulegen, ihr Ermessen nicht überschritten hätten und der Entscheid des Verwaltungsgerichts Zürich im Einklang mit dem Umweltschutzrecht des Bundes stehe.
F.- Am 18. Dezember 2000 wies der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid, der sich im Wesentlichen auf das Gewässerschutzrecht des Bundes und die hierzu erlassenen kantonalen Ausführungsbestimmungen stützt. Hiergegen steht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde grundsätzlich offen (Art. 97 Abs. 1 OG i.V.m. <ref-law>; Art. 98 lit. g OG). Zusammen mit dem auf Bundesverwaltungsrecht gestützten Hauptsacheentscheid kann auch die kantonalrechtliche Kostenverlegung im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (<ref-ruling> E. 1b/aa S. 277 f. mit Hinweisen). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht können die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Hat allerdings - wie im vorliegenden Fall - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden, ist das Bundesgericht an den festgestellten Sachverhalt gebunden, es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden (Art. 105 Abs. 2 OG). Die Anwendung kantonalen Rechts kann das Bundesgericht grundsätzlich nur unter dem Blickwinkel des Willkürverbots überprüfen.
c) Die Beschwerdeführerin wendet sich im vorliegenden Verfahren nur noch gegen die Betriebseinstellung und die Kostenauflage des Verwaltungsgerichts. Alle übrigen Auflagen der Verfügung der Baudirektion vom 7. September 1999 sind somit rechtskräftig geworden.
2.- Die Beschwerdeführerin rügt in erster Linie, die Betriebsstilllegung sei unverhältnismässig: Es liege kein Notfall i.S.v. <ref-law> und § 9 des Zürcher Einführungsgesetzes vom 8. Dezember 1974 zum Gewässerschutzgesetz (EG GSchG) vor. Das Verwaltungsgericht habe festgestellt, dass die Anlage kein grosses Gefährdungspotenzial aufweise: Der Betrieb habe weder eine Kontamination des Erdreichs verursacht, noch bestehe angesichts der bereits getroffenen Sofortmassnahmen zur Sanierung des Kanalisationssystems eine akute Gefährdung des Grundwasservorkommens und der Limmat. Mit der Inbetriebnahme der neuen Halle könne frühestens Ende Juli 2001 gerechnet werden. Die Schliessung der Anlage für mindestens sieben Monate und die Auflage, das angehäufte Material zu entsorgen, verursachten der Beschwerdeführerin einen beträchtlichen Schaden; zudem bestehe auch ein öffentliches Interesse an der Fortsetzung der Bausperrgutsortierung.
a) Das Verwaltungsgericht stützte seinen Entscheid in erster Linie auf § 9 Abs. 1 EG GSchG. Diese Bestimmung lautet:
"Sind Gewässerschutzbestimmungen des Bundes und des
Kantons sowie gestützt darauf erlassene Verfügungen
verletzt, ist die Schaffung oder Wiederherstellung
des vorgeschriebenen Zustandes innert angemessener
Frist und unter Androhung der Ersatzvornahme zu
Lasten des Pflichtigen anzuordnen.. "
§ 9 Abs. 1 EG GSchG verlangt somit eine Verletzung gewässerschutzrechtlicher Bestimmungen oder darauf gestützter Verfügungen, nicht aber einen Notfall oder eine akute Gewässergefährdung. <ref-law>, wonach die Behörden in dringenden Fällen die Sanierung vorsorglich anordnen und notfalls auch die Stilllegung einer Anlage verfügen können, wurde vom Verwaltungsgericht zu Recht nicht angewendet:
Diese Bestimmung betrifft die Stilllegung von Altanlagen, die vor Inkrafttreten des Umweltschutzgesetzes formell und materiell rechtmässig betrieben wurden. Dagegen ist die bestehende Bausperrgut-Sortieranlage der Beschwerdeführerin formell und materiell rechtswidrig (vgl. E. 3b S. 8 des angefochtenen Entscheids); dies wird von der Beschwerdeführerin nicht mehr bestritten. Die Betriebsstilllegung ist damit eine Massnahme zur Wiederherstellung der gesetzmässigen Zustands, die - vergleichbar einem Abbruchbefehl - sogar ohne ausdrückliche gesetzliche Grundlage angeordnet werden dürfte, sofern sie den Grundsätzen der Verhältnismässigkeit und des Vertrauensschutzes nicht widerspricht (<ref-ruling> E. 6c S. 226).
b) Das Verwaltungsgericht hat festgestellt, dass die Bausperrgut-Sortieranlage, so wie sie heute betrieben werde, erheblich vom bewilligungsfähigen Zustand abweiche; insbesondere sei sie nicht überdacht, verfüge nicht durchgehend über einen befestigten Untergrund und die Platzentwässerung erfolge nur behelfsmässig. Bei diesen Verhältnissen besteht die Gefahr, dass Meteorwasser mit dem Bausperrgut in Kontakt kommt, sich mit Schadstoffen anreichert und durch Versickerung oder eine Kanalisation in das Grund- oder Oberflächenwasser gelangt und dieses verunreinigt. Das Werkareal der Bausperrgut-Sortieranlage liegt am Rand des Limmattal-Grundwasserstroms und ist dem besonders gefährdeten Gewässerschutzbereich A zugeordnet. Damit besteht ein öffentliches Interesse an der Stilllegung des Betriebs bis zu dessen Sanierung.
Die Beschwerdeführerin geht selbst davon aus, dass die neue Anlage Ende Juli 2001 in Betrieb genommen werden kann, der Betriebsunterbruch also nur wenige Monate dauern werde. Auch eine längere Betriebsstilllegung würde jedoch die wirtschaftliche Existenz der Beschwerdeführerin nicht gefährden, macht doch die Bausperrgutsortierung nur etwa ein Fünftel ihres Gesamtumsatzes aus. Die kantonalen Behörden haben den nicht bewilligten und nicht bewilligungsfähigen Zustand jahrelang geduldet, um der Beschwerdeführerin Zeit zur Sanierung zu geben. Diese hat es selbst zu vertreten, wenn sie diesen Spielraum nicht genutzt hat, um rechtzeitig ein Sanierungsprojekt zu verwirklichen.
Nach dem Gesagten erweist sich das Verbot, Bausperrgut auf dem Werkareal A._ zu lagern und zu verarbeiten und die Anordnung, das bereits vorhandene Bausperrgut fachgerecht zu entsorgen, als verhältnismässig.
c) Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin verstösst die angeordnete Betriebsstilllegung ab dem 1. Januar 2001 auch nicht gegen den Grundsatz der Rechtsgleichheit:
Mit Schreiben vom 9. Oktober 1998 kündigte die Baudirektion allen Betreibern von Bauabfallanlagen an, dass sie innert drei Jahren die erforderlichen Bewilligungsverfahren durchführen müssten und ab 31. Dezember 2000 im Kanton Zürich nur noch bewilligte Abfallanlagen betrieben werden dürften. Es gibt keine Anhaltspunkte dafür, dass diese Planung nicht eingehalten wird. Würde der Beschwerdeführerin gestattet, ihren nicht bewilligten, den Anforderungen des Umwelt- und Gewässerschutzes nicht entsprechenden Betrieb über den 1. Januar 2001 fortzuführen, würde dies einen unzulässigen Wettbewerbsvorteil gegenüber anderen Betrieben bedeuten, die ihre Sanierung rechtzeitig durchgeführt haben oder ihre nicht bewilligungsfähigen Betriebe schliessen müssen. Schon aus diesem Grund kommt eine spätere Fristansetzung ab Rechtskraft der Baubewilligung für das Sanierungsprojekt, wie sie die Beschwerdeführerin eventualiter beantragt, nicht in Betracht.
d) Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, das Verwaltungsgericht hätte nicht selbst einen Termin für die Betriebsschliessung bestimmen dürfen, sondern es wäre Sache der Baudirektion gewiesen, den Vollzug der Massnahme oder deren Aufschub zu verfügen. Diese Rüge ist offensichtlich unbegründet: Gemäss § 63 Abs. 1 des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes (VRG) entscheidet das Verwaltungsgericht selbst, wenn es die angefochtene Anordnung aufhebt.
Im vorliegenden Fall kam das Verwaltungsgericht zum Ergebnis, die Betriebsschliessung dürfe aus Gründen des Vertrauensschutzes und der Verhältnismässigkeit erst ab dem
1. Januar 2001 angeordnet werden. Es durfte daher diesen Termin selbst festsetzen.
3.- Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, der Kostenentscheid des Verwaltungsgerichts sei willkürlich, weil er ihr vier Fünftel der Gerichtskosten auferlegt und sie verpflichtet habe, eine entsprechend reduzierte Parteientschädigung an die Mitbeteiligten zu zahlen, obwohl sie im Hauptpunkt - der Abwendung der sofortigen Betriebsschliessung - durchgedrungen sei und sich auch gegen den Entzug der aufschiebenden Wirkung mit Erfolg zur Wehr gesetzt habe.
a) Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Instanz nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3a S. 170; <ref-ruling> E. 3a S. 15, 129 E. 5b S. 134; je mit Hinweisen).
b) Gemäss § 13 Abs. 2 VRG tragen mehrere am Verfahren Beteiligte die Kosten entsprechend ihrem Unterliegen.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, die Beschwerde sei in den meisten Punkten unbegründet gewesen, so dass es sich rechtfertige, der Beschwerdeführerin vier Fünftel der Kosten aufzuerlegen.
Diese Kostenaufteilung ist jedenfalls nicht willkürlich:
Die Beschwerdeführerin hatte im Verfahren vor Verwaltungsgericht die vollumfängliche Aufhebung des Rekursentscheids des Regierungsrats beantragt; die Beschwerde bezweckte in erster Linie die Aufhebung des Betriebsverbots und nicht nur dessen zeitlichen Aufschub. Zudem gehörten auch die weiteren von der Baudirektion verfügten und vom Regierungsrat bestätigten Auflagen zum Streitgegenstand, soweit sie nicht bereits gegenstandslos geworden waren (vgl. E. 4 bis 7 des angefochtenen Entscheids). Insofern trifft es zu, dass die Beschwerdeführerin mit ihren Anträgen überwiegend unterlegen ist.
c) Die Gewährung der aufschiebenden Wirkung stellte wirtschaftlich einen Erfolg für die Beschwerdeführerin dar, die ihre Bausperrgut-Sortieranlage während der Dauer des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens weiterbetreiben durfte.
Die aufschiebende Wirkung ist jedoch eine vorsorgliche Massnahme, die aufgrund einer summarischen Prüfung getroffen wird. Für die Kostenverteilung ist dagegen der Ausgang des Verfahrens, d.h. der Hauptsacheentscheid des Gerichts massgeblich.
Es ist daher nicht willkürlich, wenn das Verwaltungsgericht der Gewährung der aufschiebenden Wirkung bei der Kostenverteilung keine Bedeutung beigemessen hat.
d) Ist damit die Verteilung der Gerichtskosten nicht willkürlich, so ist auch die Verpflichtung der Beschwerdeführerin zur Zahlung einer reduzierten Parteientschädigung an die Mitbeteiligten verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden.
4.- Nach dem Gesagten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 156 OG). Der anwaltlich vertretenen Gemeinde Unterengstringen kann als obsiegender Behörde keine Parteientschädigung zugesprochen werden (Art. 159 Abs. 2OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Unterengstringen, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, sowie dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 2. April 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: