A.- Mit Verfügung vom 16. Dezember 1999 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Zürich M._ als ehemaligen Gesellschafter und Geschäftsführer der am 20. August 1998 in Konkurs gefallenen X._ GmbH mit Sitz in Y._ zur Leistung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 48 337. 40 für entgangene paritätische Sozialversicherungsbeiträge (einschl. Verwaltungskosten, Mahngebühren, Verzugs- und Vergütungszinsen, Betreibungskosten etc.).
H 63/01 Ge
B.- Die auf Einspruch hin von der Ausgleichskasse des Kantons Zürich in leicht reduziertem Forderungsbetrag eingereichte Klage hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 9. Januar 2001 gut und verpflichtete M._ zur Bezahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 47 785. 75.
C.- M._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Schadenersatzklage vollumfänglich abzuweisen.
Ausgleichskasse und Bundesamt für Sozialversicherung verzichten auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nur so weit eingetreten werden, als die Schadenersatzforderung kraft Bundesrechts streitig ist. Im vorliegenden Verfahren ist deshalb auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dem Umfang nicht einzutreten, als sie sich gegen die Schadenersatzforderung für entgangene Beiträge an die kantonale Familienausgleichskasse richtet (vgl. <ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweis).
2.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
3.- Die rechtlichen Grundlagen (<ref-law>, <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> in der bis Ende 2000 gültig gewesenen Fassung; <ref-law>) und die zur subsidiären Haftbarkeit der Organe (vgl. statt vieler <ref-ruling> Erw. 5b), zur rechtzeitigen Geltendmachung des Schadenersatzes (<ref-ruling> und 450) sowie zur Haftungsvoraussetzung des zumindest grobfahrlässigen Verschuldens (<ref-ruling> Erw. 1b, 193 Erw. 2b; ZAK 1985 S. 576 Erw. 2, 619 Erw. 3a und b) ergangene Rechtsprechung finden sich im angefochtenen Entscheid des kantonalen Gerichts zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
4.- a) Wie das kantonale Gericht verbindlich festgestellt hat (vgl. Erw. 2 hievor), rechnete die konkursite Firma die paritätischen Beiträge quartalsweise im Pauschalverfahren ab. Nachdem sie bereits früher Zahlungen erst auf Mahnung hin (erstmals im Juni 1996 für die ausstehenden Beiträge des 1. Quartals 1996) oder auf Betreibung hin (erstmals im Juni 1997 für die ausstehenden Beiträge des
4. Quartals 1996) beglichen hatte, entrichtete sie die Pauschalzahlungen ab dem 3. Quartal 1997 bis Ende Mai 1998 sowie auch die Schlussrechnung für 1997 nicht mehr. Ferner nahm sie auf den Lohnzahlungen für den Beschwerdeführer in den Jahren 1997 und 1998, die mit dessen Barbezügen verrechnet wurden, keinen Abzug der Arbeitnehmerbeiträge vor.
Damit verstiess sie gegen die Beitragszahlungs- und Abrechnungspflicht und missachtete dadurch Vorschriften im Sinne von <ref-law>. Dieses Verschulden der Arbeitgeberin hat das kantonale Gericht zu Recht auch dem Beschwerdeführer als grobfahrlässiges Verhalten angerechnet. Es kann in diesem Zusammenhang auf die einlässlichen Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden.
b) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nichts vorgebracht, was die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als mangelhaft im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG oder die rechtliche Würdigung als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Nachdem sich nach seinen eigenen Aussagen die Ereignisse in der Firma im 2. Quartal 1997 überstürzten und ihm zudem bewusst war, dass bereits früher längere Investitionsphasen finanziell überbrückt werden mussten, hätte der Beschwerdeführer entweder mit der im Juli 1997 eingegangenen Zahlung von Fr. 417 121.- die künftig zu entrichtenden Sozialversicherungsbeiträge sicherstellen oder in dieser finanziell angespannten und durch rechtliche Auseinandersetzungen ungewissen Lage darauf bedacht sein müssen, nur so viel Lohn zur Auszahlung zu bringen, als die darauf unmittelbar ex lege entstandenen Beitragsforderungen gedeckt gewesen wären (SVR 1995 AHV Nr. 70 S. 214 Erw. 5). Dies gilt umso mehr, als die Firma in der zweiten Hälfte des Jahres 1997 keine Grossaufträge mehr hatte und Probleme mit dem Produktelieferanten bestanden. Schliesslich gelten auch die eigenen Lohnbezüge des Beschwerdeführers in den Jahren 1997 und 1998 im Zeitpunkt der Verrechnung mit den getätigten Privatbezügen als realisiert und damit die Beitragsschuld als entstanden (vgl. Urteile K. und S. vom 18. Dezember 2001 [H 257/00] und A. vom 4. März 2002 [H 364/00]).
Auch in diesem Zusammenhang ist der Beschwerdeführer seinen beitragsrechtlichen Pflichten als Organ der Arbeitgeberin schlechterdings nicht nachgekommen.
5.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario in Verbindung mit Art. 156 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen,
soweit darauf einzutreten ist.
II. Die Gerichtskosten von Fr. 3500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 7. Juni 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: