Sachverhalt:
A. Per 1. Januar 1988 schlossen A._ (Beschwerdeführer) als Vermieter und B._ (Beschwerdegegner) als Mieter einen Vertrag über die Miete eines Einfamilienhauses in C._. Der Mietzins betrug monatlich Fr. 1'150.--.
Während der Dauer des Mietverhältnisses erhöhte der Beschwerdeführer den Mietzins mehrmals: Im September 1990 kündigte er dem Beschwerdegegner brieflich eine Erhöhung auf Fr. 1'360.-- pro Monat an unter Hinweis auf drei Hypothekarzinserhöhungen seit Vertragsabschluss. Die Parteien unterzeichneten einen vom Beschwerdeführer verfassten Zusatzvertrag zum Mietvertrag, worin ein neuer Mietzins von monatlich Fr. 1'360.-- ab 1. April 1991 aufgeführt war. Mit Schreiben vom 17. März 1992 erhöhte der Beschwerdeführer den Mietzins per 1. Juli 1992 um weitere Fr. 150.-- auf Fr. 1'510.-- monatlich. Als Begründung führte er die Teuerung des Eigenkapitals und die nicht immer ganz durchgeführte Anpassung an die Hypothekarzinserhöhung an. In einem Schreiben vom 22. November 2000, das vom Beschwerdegegner unterzeichnet wurde, fasste der Beschwerdeführer mit dem Beschwerdegegner mündlich getroffene Abmachungen zusammen. Am 12. Dezember 2000 unterzeichneten die Parteien auf dem Formular des aargauischen Hauseigentümerverbands einen neuen Mietvertrag mit einem Mietzins von Fr. 1'700.-- pro Monat ab 1. Januar 2001. Das Mietverhältnis endete am 31. Januar 2004.
B. Am 1. Dezember 2004 erhob der Beschwerdegegner beim Bezirksgericht Laufenburg Klage mit dem Antrag, der Beschwerdeführer sei zur Zahlung von Fr. 47'350.-- nebst Zins zu 5 % ab 1. Juni 1999 zu verpflichten, entsprechend den noch nicht verjährten nichtigen Mietzinserhöhungen ab 1. Oktober 1994.
Mit Urteil vom 13. Dezember 2006 hiess das Bezirksgericht Laufenburg die Klage teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer, dem Beschwerdegegner Fr. 7'030.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 15. Juli 2002 zu zahlen. Das Gericht kam zum Schluss, dass keine der vorgenommenen Mietzinserhöhungen mit dem von <ref-law> vorgeschriebenen Formular erfolgt und der Beschwerdeführer der Begründungspflicht für Mietzinserhöhungen nicht rechtsgenügend nachgekommen sei. Dies habe die Nichtigkeit der Erhöhungen zur Folge. Der Grundsatz von Treu und Glauben stehe einer Rückforderung für die beiden ersten Mietzinserhöhungen jedoch entgegen; die Geltendmachung der Rückforderung für die letzte Mietzinserhöhung per 1. Januar 2001 sei hingegen nicht rechtsmissbräuchlich.
C. Das Obergericht des Kantons Aargau hiess die Appellation des Beschwerdegegners teilweise gut und verpflichtete den Beschwerdeführer zur Bezahlung von Fr. 47'350.-- nebst Zins von 5 % seit dem 13. September 2004; die Anschlussappellation des Beschwerdeführers wies es ab. Das Obergericht gelangte zum Schluss, dass der Beschwerdegegner bei Zahlung der Mietzinse weder die Formvorschriften noch die Anfechtungsmöglichkeiten gekannt habe und verneinte ein rechtsmissbräuchliches Verhalten des Beschwerdegegners.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 28. April 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 18. März 2008 sei aufzuheben und die Klage des Beschwerdegegners abzuweisen. Eventualiter beantragt er die Rückweisung an die Vorinstanz zur Neubeurteilung. Er rügt eine Verletzung von Art. 2 Abs. 2 und <ref-law> sowie von <ref-law>.
Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die vorliegende Beschwerde hat einen Entscheid in Zivilsachen zum Gegenstand (<ref-law>). Sie betrifft eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert von mehr als Fr. 15'000.-- (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Die Vorinstanz hat als letzte kantonale Instanz endgültig entschieden (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die rechtzeitig eingereichte Beschwerde (<ref-law>) ist grundsätzlich zulässig. Unter Vorbehalt zulässiger Rügen (<ref-law>) und gehöriger Begründung (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich dabei nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4. S. 466).
2.3 Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law> rügt, genügt die Begründung den Anforderungen von <ref-law> nicht. Er macht lediglich geltend, die Nichtanhörung von Zeugen im vorinstanzlichen Verfahren verletze <ref-law>, legt jedoch mit keinem Wort dar, welche Zeugen und wozu sie hätten einvernommen werden sollen.
2.4 Die Vorinstanz stellte fest, der Beschwerdegegner habe bei der Zahlung der Mietzinsen weder die Formvorschriften noch die Anfechtungsmöglichkeiten gekannt noch zum Voraus auf die Anfechtung des erhöhten Mietzinses verzichtet. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, diese Sachverhaltsfeststellung sei unrichtig. Es dürfe erwartet werden, dass der Beschwerdegegner nach einer so langen Dauer des Mietverhältnisses über solche minimalste Kenntnisse verfüge; die Vorinstanz sei in überspitzten Formalismus verfallen. Der Beschwerdeführer begnügt sich im Wesentlichen damit, seine Sichtweise aufzuzeigen und beruft sich dabei auf verschiedene Tatsachen, die sich dem angefochtenen Entscheid nicht entnehmen lassen. Er zeigt jedoch nicht auf, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich im Sinne von <ref-law> sein sollen. Auf die Rüge ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
Ferner ist der Verweis des Beschwerdeführers auf die Akten des kantonalen Verfahrens unbeachtlich, hat doch die Begründung der Beschwerde in der Eingabe selbst enthalten zu sein (<ref-ruling> E. 1d S. 201 mit Hinweis).
3. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz unter Berufung auf <ref-law> vor, sie habe zu Unrecht einzig auf den formalen Aspekt der Kenntnisnahme der Anfechtungsmöglichkeit der Mietzinserhöhungen abgestellt. Es lägen Umstände vor, die - entgegen dem angefochtenen Entscheid - ein rechtsmissbräuchliches Verhalten des Beschwerdegegners nahelegen würden. Alle drei Mietzinserhöhungen seien vom Beschwerdegegner vorbehaltlos akzeptiert worden. Mit seinem Verhalten, insbesondere seinem Stillschweigen, habe er bei ihm, dem Beschwerdeführer, ein schutzwürdiges Vertrauen erweckt und ihn daran gehindert, zu irgendeinem Zeitpunkt den über 14 Jahre zurückliegenden formalen Mangel zu beheben. Der Rückforderungsanspruch sei daher offensichtlich rechtsmissbräuchlich. Eventualiter gelte es erneut die Einrede der Verjährung zu prüfen (<ref-law>).
3.1 Nach <ref-law> kann der Vermieter den Mietzins jederzeit auf den nächstmöglichen Kündigungstermin erhöhen, indem er dem Mieter die Mietzinserhöhung mindestens zehn Tage vor Beginn der Kündigungsfrist auf einem vom Kanton genehmigten Formular mitteilt. Verwendet der Vermieter nicht das vorgeschriebene Formular, ist die Mietzinserhöhung nichtig (<ref-law>). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung sind Mitteilungen von Mietzinserhöhungen, welche nicht mit dem amtlichen Formular erfolgen, als absolut nichtig anzusehen (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 511 und 123 III 70 E. 2a und 3d). Eine konsensuale Mietvertragsänderung kann zwar einen Verzicht auf die Einhaltung der Formularpflicht rechtfertigen, setzt aber voraus, dass der Mieter über die Anfechtungsmöglichkeit informiert war, dass er mit dem Verzicht auf das Formular bewusst zum Voraus auf die Anfechtung verzichtet hat und überdies ausgeschlossen werden kann, dass er unter Druck stand. Allein aus der formellen Unterschrift des Mieters unter eine allenfalls vom Vermieter vorbereitete Vertragsänderung kann nicht auf einen Verzicht auf die Einhaltung der Formularpflicht und somit auf einen Konsens geschlossen werden (<ref-ruling> E. 3b S. 74).
Die absolute Nichtigkeit ist von Amtes wegen festzustellen und kann daher durch den Mieter jederzeit geltend gemacht werden, selbst wenn er den erhöhten Zins bereits bezahlt hat. Die Nichtigkeit der Mitteilung hat diejenige der Mietzinserhöhung zur Folge, weshalb der Mieter die zuviel bezahlte Miete als ungerechtfertigte Bereicherung (<ref-law>) vom Vermieter zurückfordern kann. Diese Rückforderung muss innerhalb eines Jahres ab dem Zeitpunkt, ab welchem der Mieter vom Rückforderungsanspruch Kenntnis hat, spätestens aber innerhalb von zehn Jahren geltend gemacht werden (<ref-law>; vgl. hierzu <ref-ruling> E. 6.2 S. 511).
Eine Ausnahme vom Rückforderungsrecht ist dann zuzulassen, wenn die Berufung auf Formmängel rechtsmissbräuchlich ist (<ref-law>). Dies ist der Fall, wenn der Mieter den Formmangel zwar erkannt hat, auf dessen Geltendmachung aber verzichtet, um gegebenenfalls später daraus einen Nutzen zu ziehen. Bei der Beurteilung der Frage, ob die Berufung auf Formnichtigkeit rechtsmissbräuchlich ist, sind sowohl die näheren Umstände als auch die Art und Weise der formungültigen Mietzinserhöhung zu berücksichtigen (vgl. <ref-ruling> E. 3c und 3d S. 74 f.).
3.2 Der Beschwerdeführer kann nichts aus der Tatsache ableiten, dass der Beschwerdegegner die Mietzinserhöhungen bzw. die neuen Verträge jeweils unterschrieben hat, da er nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) nicht zum Voraus bewusst auf die Anfechtung der Mietzinserhöhungen verzichtet hat und nicht über die Anfechtungsmöglichkeit informiert war. Eine solche Kenntnis ist jedoch Voraussetzung für ein rechtsmissbräuchliches Verhalten. Infolge der Unkenntnis des Beschwerdegegners kann auch aus dem Umstand, dass er den erhöhten Mietzins über Jahre hinweg vorbehaltlos bezahlt hat, kein Rechtsmissbrauch abgeleitet werden, da der Mieter die Nichtigkeit von Mietzinserhöhungen jederzeit geltend machen und die zuviel bezahlten Mietzinse vorbehältlich <ref-law> innerhalb der Verjährungsfrist zurückfordern kann (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 511). Schliesslich kann ein Rechtsmissbrauch auch nicht darin erblickt werden, dass der Beschwerdegegner nach Aufsuchen eines Rechtsanwalts (gegen Ende 2003) keine unmittelbare Beanstandung der Mietzinserhöhungen vorgenommen habe. Die Geltendmachung einer Forderung innerhalb der Verjährungsfrist wäre höchstens dann rechtsmissbräuchlich, wenn ganz besondere Umstände hinzukämen; andernfalls würde das Rechtsinstitut der Verjährung weitgehend ausgehöhlt (<ref-ruling> E. 2 S. 431; <ref-ruling> E. 2 S. 275). Solche Umstände lassen sich dem angefochtenen Entscheid nicht entnehmen. Soweit der Beschwerdeführer eventualiter eine Verletzung von <ref-law> rügt, zeigt er nicht auf, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben soll, zumal die Verjährung mit der Einreichung der Klage bei der Schlichtungsbehörde am 9. September 2004 vor Ablauf eines Jahres seit Kenntnis des Bereicherungsanspruchs unterbrochen worden ist und die Vorinstanz die Klage des Beschwerdegegners nur für die noch nicht verjährten nichtigen Mietzinserhöhungen ab 1. Oktober 1994 gutgeheissen hat.
Die Vorinstanz gelangte ohne Verletzung von Bundesrecht zum Schluss, dass die Mietzinserhöhungen nichtig sind und kein Rechtsmissbrauch des Beschwerdegegners vorliegt.
Es ist im Übrigen nicht ersichtlich, was der Beschwerdeführer aus der Vertrauenshaftung zu seinen Gunsten ableiten will, handelt es sich dabei um die Haftung eines vertragsfremden Dritten, die zum Tragen kommt, wenn der Dritte schutzwürdiges Vertrauen erweckt und dieses anschliessend treuwidrig enttäuscht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 349 mit Hinweisen). Vorliegend bestand zwischen den Parteien jedoch ein Vertragsverhältnis.
4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Feldmann