Sachverhalt:
A. Das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau (StVA) erteilte X._ am 29. März 2010 einen Lernfahrausweis der Kategorie B (Personenwagen). X._ absolvierte die Theorieprüfung mit Erfolg, scheiterte aber an der praktischen Prüfung dreimal, zuletzt am 4. Juli 2011.
Am 22. Juli 2011 verfügte das StVA gestützt auf Art. 23 Abs. 2 VZV, X._ könne nur nach einem positiven Fahreignungstest zu einer weiteren praktischen Führerprüfung zugelassen werden. Ausserdem hielt es fest, sein Lernfahrausweis sei abgelaufen.
Am 9. Dezember 2011 wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung des StVA ab.
Am 26. September 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung ab, soweit es darauf eintrat.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts sowie das Resultat der dritten Führerprüfung von 4. Juli 2011 aufzuheben. Er sei ohne weitere Auflagen und Bedingungen zur dritten praktischen Führerprüfung zuzulassen, d.h. ohne einen Fahreignungstest zu absolvieren und einen neuen Lernfahrausweis zu lösen.
C. Das StVA, das DVI und das Verwaltungsgericht verzichten auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid das negative Ergebnis der dritten vom Beschwerdeführer absolvierten Führerprüfung im Ergebnis kantonal letztinstanzlich bestätigt. Die praktische Führerprüfung ist eine Fähigkeitsprüfung, gegen deren Ergebnis die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 83 lit. t BGG nicht zur Verfügung steht (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> bezüglich Kontrollfahrten).
Da die falsche Bezeichnung des Rechtsmittels nicht schadet, ist zu prüfen, ob die Beschwerde als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegengenommen werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 296). Diese ist nach Art. 113 BGG zulässig, da vorliegend keine Beschwerde nach den Art. 72-89 BGG erhoben werden kann. Mit Verfassungsbeschwerde kann indessen einzig die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 116 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen (Art. 112 ff. BGG) sind erfüllt. Auf die Eingabe des Beschwerdeführers ist somit insoweit als Verfassungsbeschwerde einzutreten, als er substanziierte Verfassungsrügen erhebt (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2).
2. Der Beschwerdeführer rügt in formeller Hinsicht, die Begründung des negativen Prüfungsergebnisses durch den Prüfungsexperten entspreche den verfassungsrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 29 Abs. 2 BV nicht. Die kantonalen Rechtsmittelinstanzen hätten dies verkannt und dadurch ihrerseits seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
2.1 Aus dem in Art. 29 Abs. 2 BV verankerten Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich für den Prüfungsexperten die Pflicht, das Ergebnis der Führerprüfung in einer Weise zu begründen, die dem Betroffenen die sachgerechte Anfechtung ermöglicht (<ref-ruling> E. 2a, 122 IV 8 E. 2c, 112 Ia 107 E. 2b). Während der Prüfungsfahrt hat der Experte naturgemäss keine Zeit für eine eingehende Protokollierung des Verlaufs der Fahrt, muss er doch die Leistungen des Prüflings fortlaufend beurteilen und zudem stets bereit sein, bei sicherheitsrelevantem Fehlverhalten sofort einzugreifen (Urteil 6A.121/2001 vom 14. März 2001 E. 2a). Es ist daher verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass der Experte die Fahrfehler des Prüflings zunächst bloss durch Ankreuzen auf dem vorgedruckten Formular "Prüfungsbericht Führerprüfung" (rudimentär) festhält und dieses Protokoll anschliessend - wegen der mit dem Zeitablauf verbundenen Abnahme des Erinnerungsvermögens zeitnah, d.h. jedenfalls innert weniger Tage - durch einen schriftlichen "Bericht über die nicht bestandene praktische Führerprüfung" ergänzt.
2.2 Vorliegend hat der Prüfungsexperte auf dem vorgedruckten Formular zehn Beanstandungen angekreuzt, schwergewichtig unter der Rubrik "Verkehrstaktik, Verkehrsvorgänge". In seinem drei Tage später verfassten "Bericht über die nicht bestandene praktische Führerprüfung" hält er zunächst seine Beanstandungen fest und illustriert diese anhand von Beispielen. Daraus geht hervor, dass der Beschwerdeführer vor allem deshalb durchfiel, weil er zu wenig voraus schaute und das Verkehrsgeschehen nicht rechtzeitig wahrnehmen konnte, was zu Überforderung und wiederholt fehlerhaftem Verhalten geführt habe. So sei er in eine Strasse mit Fahrverbot eingefahren, weil er die Signalisation nicht erkannt habe; beim Zurücksetzen habe er dann den Verkehr erheblich behindert. Er habe wiederholt die zulässige Höchstgeschwindigkeit überschritten und unübersichtliche Kreuzungen zu schnell und ohne korrektes Beobachten angefahren. Bei einem Fahrstreifenwechsel und beim Einspuren in die Autobahn habe er den nachfolgenden Verkehr erheblich behindert. Er sei über einen Radstreifen abgebogen, ohne kontrolliert zu haben, ob er frei sei. Er sei trotz übersichtlicher Situation und breiter Strasse nicht in der Lage gewesen, einen am Strassenrand korrekt mit eingeschalteter Warnblinkanlage abgestellten Lastwagen zu überholen.
Dieser Bericht erschöpft sich entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers keineswegs in "Expertenfloskeln". Vielmehr werden verschiedene, teilweise gravierende Fehlleistungen des Beschwerdeführers während der Prüfungsfahrt anschaulich aufgezählt. Daraus ergibt sich ohne weiteres, auf Grund welcher fahrerischer Defizite der Beschwerdeführer gescheitert ist. Der Bericht genügt damit den verfassungsrechtlichen Anforderungen an die Begründung einer Führerprüfung vollauf. Dass weder die gefahrene Strecke noch die Örtlichkeiten, wo die einzelnen Fahrfehler stattgefunden haben, aufgeführt werden, ändert daran nichts, zumal der Beschwerdeführer zumindest die gefahrene Strecke selber kennt. Die Gehörsverweigerungsrüge ist unbegründet.
3. In der Sache überzieht der Beschwerdeführer das Prüfungsergebnis und das dieses schützende Urteil des Verwaltungsgerichts in rein appellatorischer Weise mit weitschweifiger und meist wenig plausibler Kritik. Darauf ist nicht einzutreten. Darüber hinaus macht er geltend, zwischen dem vom Experten am 4. Juli 2011 durch Ankreuzen ausgefüllten Formular "Prüfungsbericht Führerprüfung" und seinem schriftlichen Bericht vom 7. Juli 2011 bestünden unüberbrückbare Widersprüche, weshalb es willkürlich sei, auf die Beurteilung des Experten abzustellen.
3.1 Wie bereits das Verwaltungsgericht dargetan hat, lassen sich einzelne Fahrfehler unter verschiedenen der im Formular aufgeführten Bewertungskriterien beanstanden. Es stellt daher keineswegs einen "unüberbrückbaren Widerspruch" zwischen dem Formular vom 4. Juli 2011 und dem Bericht vom 7. Juli 2011 dar, wenn für einzelne der in letzterem angeführten Fahrfehler nicht alle möglichen Kriterien als beanstandet angekreuzt sind. So ist etwa der Umstand, dass der Experte auf dem Formular das Kriterium Nr. 51 "Fahrstreifenwechsel" ankreuzte, das Kriterium Nr. 73 "Behinderung" aber nicht, keineswegs ein Hinweis darauf bzw. gar ein Beweis dafür, dass der schriftliche Bericht, in welchem angeführt wurde, dass der Beschwerdeführer bei einem Fahrstreifenwechsel den Verkehr erheblich behinderte, falsch sei. Die Willkürrüge ist unbegründet, es kann auf die Ausführungen des Verwaltungsgerichts (E. 7 S. 10 ff.) verwiesen werden.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe den Prüfungsbericht vom 4. Juli 2011 in bundesrechtswidriger Weise gewürdigt. Er habe das Verwaltungsgericht in der Beschwerde darauf hingewiesen, dass sich das Feld "Beanstandungen/Bemerkungen" des Formulars vom 4. Juli 2011 auf die andere Prüfung vom 18. Mai 2011 beziehe. Es habe dazu nicht Stellung genommen und dadurch den Anschein erweckt, diese Beanstandungen fälschlicherweise der Prüfung vom 4. Juli 2011 zugeordnet und damit das Dokument willkürlich gewürdigt zu haben.
Es trifft zu, dass auf dem Formular des Prüfungsberichts vom 4. Juli 2011 das Ergebnis der vom Beschwerdeführer am 18. Mai 2011 (erfolglos) absolvierten Führerprüfung - beanstandet wurden dabei die Kriterien Nrn. 40, 41, 44, 47, 51, 73 und 75 - aufgeführt ist. Dass es sich dabei um die Beanstandungen aus der früheren Prüfung handelt, ist auf dem Formular klar und unverwechselbar ausgewiesen, weshalb das Verwaltungsgericht keinen Anlass hatte, sich dazu zu äussern. Es gibt denn auch nicht den geringsten Hinweis, dass ihm in dieser Beziehung eine Verwechslung unterlaufen sein könnte. Der Beschwerdeführer behauptet zwar, er sei an der Prüfung vom 18. Mai 2011 in verbotener Fahrrichtung in eine Strasse eingebogen, am 4. Juli 2011 hätte es keinen solchen Vorfall gegeben. Damit unterstellt er sinngemäss dem Prüfungsexperten eine Verwechslung, was schon deshalb haltlos ist, weil dieser nur die Prüfung vom 4. Juli 2011, nicht aber diejenige vom 18. Mai 2011 abgenommen hat. Die Willkürrüge ist offensichtlich unbegründet.
4. Damit ergibt sich, dass das Verwaltungsgericht weder Art. 9 noch Art. 29 Abs. 2 BV verletzt hat. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau, dem Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi