Sachverhalt:
A. Das Bezirksamt Baden führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen mehrfachen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung und mehrfachen unberechtigten Verwendens eines Fahrrads.
X._ befindet sich seit dem 11. September 2009 in Untersuchungshaft. Am 22. September 2009 ordnete das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau die Verlängerung der Untersuchungshaft bis zum Eingang der Anklage beim Gericht bzw. zumindest bis zum Vorliegen einer Gerichtsstandserklärung an.
B. Mit Eingabe vom 12. November 2009 stellte X._ einen Haftentlassungsantrag. Das Präsidium der Beschwerdekammer gab dessen Verteidiger Gelegenheit, sich zum Schlussbericht des Bezirksamts Baden vom 12. November 2009 zu äussern. Mit Verfügung vom 18. November 2009 wies es das Haftentlassungsgesuch ab.
C. Am 13. November 2009 hat die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau Anklage gegen X._ wegen mehrfachen Diebstahls, mehrfacher Sachbeschädigung, Hausfriedensbruch und der unberechtigten Verwendung eines Fahrrads erhoben. Die Anklage umfasst auch einen in der Nacht vom 16./17. Juni 2009 begangenen Einbruchsdiebstahl in eine Autogarage in Kloten. X._ befand sich deswegen vom 17. Juni bis 27. Juli 2009 im Kanton Zürich in Untersuchungshaft.
D. Mit Verfügung vom 18. November 2009 setzte der Präsident des Bezirksgerichts Baden, 3. Abteilung, die Hauptverhandlung auf den 12. Januar 2010 an. Er ordnete die vorgesehenen Beweiserhebungen an, setzte den Parteien Frist für ergänzende Beweisanträge und bestimmte, dass X._ bis zur Hauptverhandlung in Haft bleibe.
E. Gegen die Abweisung seines Haftentlassungsgesuchs hat X._ am 23. November 2009 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und er sei aus der Haft zu entlassen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
F. Das Präsidium der Beschwerdekammer beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In seiner Replik vom 2. Dezember 2009 hielt der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in Strafsachen einzutreten (<ref-law>).
Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist allerdings nur die Abweisung des Haftentlassungsgesuchs. Die vom Beschwerdeführer gerügten Mängel des Untersuchungsverfahrens sind daher nur insoweit zu prüfen, als sie sich auf die Rechtmässigkeit der Haft auswirken könnten.
2. Nach § 67 Abs. 1 und 2 der Aargauer Strafprozessordnung vom 11. November 1958 (StPO/AG) darf gegen den Beschuldigten ein Haftbefehl erlassen werden, wenn er einer mit Freiheitsstrafe bedrohten Handlung dringend verdächtig und ausserdem Flucht- oder Kollusionsgefahr besteht oder die Freiheit des Beschuldigten mit Gefahr für andere verbunden ist, insbesondere, wenn eine Fortsetzung der strafbaren Tätigkeit zu befürchten ist.
Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2, Art. 31 BV) wegen der Ablehnung eines Haftentlassungsgesuchs erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffes die Auslegung und Anwendung des kantonalen Prozessrechtes frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverlet-zung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 24 mit Hinweisen).
3. Der Beschwerdeführer hat die Beteiligung am Einbruchsdiebstahl in Kloten wie auch die Entwendung des Fahrrads gestanden; dagegen bestreitet er, die ihm zur Last gelegten Diebstähle aus geparkten Autos (unter Einschlagen der Autoscheiben) begangen zu haben. Insoweit bestehe auch kein dringender Tatverdacht.
3.1 Die Untersuchungsbehörden stützen den dringenden Tatverdacht vor allem auf die Umstände der Anhaltung des Beschwerdeführers.
Im Zeitraum vom 12. März bis 12. Juni 2009 sowie ab Ende Juli bis zum 8. September 2009 wurden in Killwangen und Spreitenbach bei insgesamt 35 Personenwagen die Seitenfenster eingeschlagen und aus dem Fahrzeuginnern diverses Deliktsgut entwendet. Bei einigen Fahrzeugaufbrüchen konnte der Täter beobachtet werden; dieser war stets mit einem Fahrrad unterwegs. Am 11. September 2009 um 21.20 wurde der Beschwerdeführer in Spreitenbach, in der Nähe eines öffentlichen Parkplatzes, von einer zivilen Fahndungskontrolle angehalten. Er war mit einem Herrenfahrrad unterwegs und trug einen Glasbruchhammer und Latexhandschuhe bei sich. Die Strafverfolgungsbehörden gehen davon aus, dass er auf der Suche nach einem geeigeten Tatobjekt war.
Weiter sei auffällig, dass die Serie von Autoaufbrüchen unterbrochen wurde, als sich der Beschwerdeführer vom 17. Juni bis 27. Juli 2009 im Kanton Zürich in Untersuchungshaft befand. Auch seit seiner Verhaftung sei es in Killwangen und Spreitenbach nicht mehr zu Autoaufbrüchen gekommen.
Das Präsidium der Beschwerdekammer ging davon aus, dass sich die Indizien für die Täterschaft des Beschwerdeführers im Laufe der Untersuchung konkretisiert hätten, indem er von zwei Tatzeugen eines Personenwagenaufbruchs vom 8. September 2009 mindestens teilweise identifiziert worden sei.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt, dass er bisher noch nie mit den Belastungszeugen konfrontiert worden sei und Gelegenheit erhalten habe, ihnen Fragen zu stellen. Dies verletze Art. 6 Abs. 3 lit d EMRK und führe dazu, dass die Zeugenaussagen nicht zur Begründung des dringenden Tatverdachts herangezogen werden dürften.
Insgesamt sei die Untersuchung völlig ungenügend geführt worden. Der Beschwerdeführer sei nur einmal, anlässlich der Hafteinvernahme, beim Untersuchungsrichter gewesen; anschliessend sei er nur noch vom ermittelnden Polizisten, ohne Beistand seines Verteidigers, befragt worden; dies verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Auch die Fotokonfrontationen sei ohne Teilnahme des Verteidigers durchgeführt worden; zumindest in einem Fall sei das Ergebnis manipuliert worden, indem dem Beschwerdeführer Personen in einem ganz anderen Alter gegenübergestellt worden seien.
Der Beschwerdeführer wirft den Untersuchungsbehörden vor, eine vorgefasste Meinung gegen ihn zu haben. Die Verteidigung habe immer wieder vorgebracht, dass der wirkliche Täter das Polizeiaufgebot auf den Parkplätzen bemerkt, den Glashammer niedergelegt und sich aus dem Staub gemacht haben könnte, während der unbedarfte Beschwerdeführer den Sack mit dem Hammer aufgenommen habe, mit dem Velo weitergefahren und in die polizeiliche Fahndung getappt sei. Die Latexhandschuhe habe er zwecks Reparatur des Fahrrads von einer Kollegin erhalten.
Keiner der Zeugen habe den Beschwerdeführer als Täter identifizieren können. Nur der Zeuge Walti habe behauptet, den Beschwerdeführer, ein Fahrrad stossend, vom Parkplatz in Killwangen kommend gesehen zu haben. Ansonsten seien die Täterbeschreibungen äusserst vage; Videoaufnahmen zeigten nur eine südländische Person mit dunkler Jacke.
Die Tatsache, dass seit der Verhaftung des Beschwerdeführers keine Autoaufbrüche mehr stattgefunden haben, sei kein genügender Beweis. Vielmehr sei davon auszugehen, dass der wahre Täter aufgrund des relativ grossen Polizeiaufgebots auf den Parkplätzen in Spreitenbach und Killwangen das Weite gesucht und seine Diebstähle anderswo fortgesetzt habe.
3.3 Der Ansicht des Beschwerdeführers, der Haftrichter dürfe bei der Prüfung des Tatverdachts belastende Aussagen von Gewährspersonen erst nach erfolgter Konfrontation mit dem Angeschuldigten Rechnung tragen, kann grundsätzlich nicht gefolgt werden. Weder die Bundesverfassung noch die EMRK kennen eine solche Vorschrift. Zwar darf der Strafrichter (im Falle einer strafrechtlichen Anklage vor Gericht) für einen etwaigen Schuldspruch grundsätzlich nur auf belastende Aussagen von Personen abstellen, die mit dem Angeklagten konfrontiert wurden (Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK; vgl. auch Art. 29 Abs. 1-2 i.V.m. <ref-law>). Daraus folgt jedoch kein grundrechtlicher Anspruch darauf, dass bereits im frühen Stadium des Ermittlungs- und Untersuchungsverfahrens alle Konfrontationen erfolgt sein müssten bzw. dass es dem Haftrichter bei der Prüfung der Haftgründe sonst verwehrt wäre, vorläufige Untersuchungsergebnisse bereits sachgerecht und mit der gebotenen Umsicht mitzuberücksichtigen (Urteil 1B_182/2007 vom 20. September 2007 E. 4.4).
Im vorliegenden Fall ist anscheinend vorgesehen, den Beschwerdeführer erst in der Hauptverhandlung mit den Belastungszeugen zu konfrontieren und ihm und der Verteidigung zu diesem Zeitpunkt Gelegenheit zu geben, Fragen zu stellen. Diese Vorgehensweise erlaubt es, das Untersuchungsverfahren schneller abzuschliessen und die Haftdauer zu vermindern. Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern dies dem Aargauer Strafprozessrecht widerspricht. Er weist auch nicht nach, dass er bzw. sein Verteidiger im Untersuchungsverfahren die Konfrontation mit den Belastungszeugen verlangt oder andere Beweisanträge gestellt habe, und diese abgewiesen worden seien.
3.4 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrundes des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften.
Dies ist vorliegend zu bejahen. Die Tatsache, dass der Beschwerdeführer zur Abendzeit auf einem Fahrrad mit Glashammer und Latexhandschuhen in der Nähe der öffentlichen Parkplätze angehalten wurde, auf denen bereits zuvor Aufbruchdiebstähle begangen worden waren, ist ein gewichtiges Indiz für seine Täterschaft, zumal der Beschwerdeführer keine überzeugende Erklärung dafür hat, weshalb er den Glashammer mit sich führte.
Die Tatsache, dass die Autoaufbruchserie in Spreitenbach und Killwangen seither aufgehört hat (und auch während der Untersuchungshaft des Beschwerdeführers in Zürich unterbrochen wurde), ist ein weiteres Indiz für die Täterschaft des Beschwerdeführers. Dieses ist zwar für sich allein nicht ausschlaggebend, verstärkt jedoch den bestehenden Verdacht gegen den Beschwerdeführer.
Schliesslich hat der Zeuge Walti den Beschwerdeführer als denjenigen identifiziert, der am 8. September 2009 gegen 17.30 Uhr mit einem Fahrrad an ihm vorbei gegangen sei, vom Parkplatz der Schreinerei kommend, wo kurz zuvor ein Auto aufgebrochen worden war. Dies beweist zumindest, dass der Beschwerdeführer zur Tatzeit am Tatort war, was er zuvor bestritten hatte.
Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer im Anklagezeitraum unstreitig einen Einbruchsdiebstahl begangen hat. Die Tatsache, dass er diesbezüglich geständig ist (nicht aber hinsichtlich der ihm vorgeworfenen Autoaufbruchdiebstähle) lässt sich ohne Weiteres damit erklären, dass er (zusammen mit drei weiteren Beschuldigten) wenige Stunden nach dem Einbruch angehalten wurde, im Besitz des gestohlenen Tresors und der Einbruchswerkzeuge.
3.5 Insgesamt ist daher der dringende Tatverdacht auch im Hinblick auf die Autoaufbrüche zu bejahen.
4. Das Bestehen von Fortsetzungsgefahr wird vom Beschwerdeführer nicht substantiiert bestritten. Diese ist auch ohne Weiteres zu bejahen, nachdem der Beschwerdeführer dringend verdächtigt wird, unmittelbar nach seiner Entlassung aus der Untersuchungshaft in Zürich weitere Aufbruchdiebstähle begangen zu haben.
Auch die übrigen Rügen erscheinen unbegründet. Die angefochtene Verfügung ist knapp, aber ausreichend begründet. Auch die Gesamtdauer der bisherigen Haft erscheint nicht übermässig lang und rückt nicht in grosse zeitliche Nähe zur konkret zu erwartenden Freiheitsstrafe.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen.
Dem Beschwerdeführer ist die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Dr. Marcel Bühler, Zürich, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsantwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber