A.- Die 1955 in der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik geborene U._ erwarb im August 1981 an der Universität X._ in Deutschland den akademischen Grad einer Diplom-Pharmazeutin. Ein Jahr später am 1. September 1982 wurde ihr die Approbation als Apothekerin erteilt. Und am 21. Februar 1989 schliesslich wurde ihr die staatliche Anerkennung als Fachapothekerin für Allgemeinpharmazie verliehen.
Am 29. April 1992 reiste U._ in die Schweiz ein, um ab 1. Mai als angestellte Apothekerin in der Apotheke Drogerie B._ AG zu arbeiten. Im Hinblick auf die (definitive) Übernahme der Funktion als leitende Apothekerin ersuchte sie im Dezember 1996 um eine Ausnahmebewilligung zur selbstständigen Berufsausübung. Mit Beschluss vom 29. Juli 1997 hiess der Gesundheitsrat des Kantons Z._ das Gesuch gut. Zuvor Ende April 1997 war ihr die Niederlassungsbewilligung C erteilt worden.
Mit Schreiben vom 17. Juli/27. September 1998 gelangte U._ an das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) und beantragte die für die Zulassung als Leistungserbringerin zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung erforderliche Anerkennung der Gleichwertigkeit ihres ausländischen Befähigungsausweises mit dem schweizerischen Apothekerdiplom. Mit Verfügung vom 5. November 1999 wies das BSV das Begehren u.a. gestützt auf eine Weisung des Eidgenössischen Departementes des Innern (EDI) vom 20. Juli 1999 ab. Zwar sei in Anwendung von Ziffer 1 der Weisung die in Deutschland (ex-DDR) erteilte Approbation als Apothekerin als inhaltlich gleichwertig mit einem eidgenössischen Diplom zu betrachten. Dagegen sei die Bedingung des Härtefalles im Sinne von Ziffer 3 der Weisung des EDI "eine vom Kanton nachzuweisende fachlich und örtlich begrenzte Unterversorgung (...) nicht erfüllt, weshalb vorliegend keine Ausnahme vom Erfordernis des Gegenrechts gemacht werden kann".
B.- Entsprechend der Rechtsmittelbelehrung in der Verfügung vom 5. November 1999 hat U._ beim Eidgenössischen Versicherungsgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde einreichen lassen mit dem Rechtsbegehren auf Anerkennung der Gleichwertigkeit ihres deutschen Befähigungsausweises als Apothekerin, eventuell Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an das BSV.
Das Bundesamt beantragt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Gegenstand der angefochtenen Verfügung des BSV ist die (verneinte) Gleichwertigkeit des in der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik erworbenen wissenschaftlichen Befähigungsausweises als Apothekerin (Art. 37 Abs. 1 und 2 KVG sowie Art. 41 KVV) und damit die (Nicht-)Zulassung als Leistungserbringerin zur Tätigkeit zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (Art. 35 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b KVG). Solche Verwaltungsakte sind mangels einer anderslautenden Bestimmung im Krankenversicherungsgesetz durch Verwaltungsbeschwerde gemäss Art. 44 und 47 Abs. 1 lit. c VwVG beim Eidgenössischen Departement des Innern als Aufsichtsbehörde (Art. 37 f. in Verbindung mit Art. 47 Abs. 4 des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes [RVOG; SR 172. 010]) anfechtbar. Dessen Entscheide unterliegen nach Art. 98 lit. b in Verbindung mit Art. 128 OG der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht (vgl. <ref-ruling> Erw. 1).
2.- Die Verfügung des BSV vom 5. November 1999 ist entsprechend der Rechtsmittelbelehrung direkt mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht weitergezogen worden. Ein solcher in Art. 47 Abs. 2 VwVG ausdrücklich vorgesehener so genannter Sprungrekurs unmittelbar an die nächsthöhere Beschwerdeinstanz ist dort zulässig, wo die an sich zunächst zuständige, nicht endgültig entscheidende Beschwerdeinstanz im Einzelfalle eine Weisung erteilt, dass oder wie die Vorinstanz verfügen soll. Dabei gelten als nächsthöhere Beschwerdeinstanzen im Sinne dieser Vorschrift auch das Bundesgericht und das Eidgenössische Versicherungsgericht (Art. 47 Abs. 3 VwVG).
Das Bundesamt hat in der angefochtenen Verfügung die Voraussetzungen für die Anwendbarkeit dieser Regelung mit dem Hinweis auf die vom EDI am 20. Juli 1999 erlassene "Weisung für die Behandlung der Gesuche sowie der Beschwerden betreffend die Anerkennung der Gleichwertigkeit von ausländischen Befähigungsausweisen nach Artikel 39, Artikel 41 und Artikel 43 der Verordnung vom 27. Juni 1995 über die Krankenversicherung (KVV)" als gegeben erachtet.
Bei der departementalen Weisung vom 20. Juli 1999 handelt es sich, wie das Eidgenössische Versicherungsgericht im Urteil H. vom 28. März 2001 (K 153/99) festgestellt hat, um eine auf alle Anerkennungsverfahren anwendbare Verwaltungsweisung. Sie stellt somit keine Weisung im Einzelfall dar, wie es Art. 47 Abs. 2 VwVG vorschreibt. Dass das EDI im konkreten Fall der Beschwerdeführerin dem Bundesamt eine Weisung erteilt hat, ob und wie es über das Anerkennungsgesuch verfügen soll, ist nicht anzunehmen und wird auch nicht geltend gemacht. Die für einen Sprungrekurs vorausgesetzte Konstellation ist somit nicht gegeben. Die vorliegende Streitsache fällt demnach in die Zuständigkeit des EDI und ist an dieses zur Behandlung zu überweisen. Dieses wird seinerseits zu prüfen haben, gestützt auf welche Rechtsnormen welche Stelle des Bundes zur Anerkennung der Gleichwertigkeit im Einzelfall im Sinne von Art. 39 KVV zuständig ist (vgl. dazu Philippe Mastronardi, Grundbegriffe und allgemeine Grundsätze der Verwaltungsorganisation, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR]/Organisationsrecht, Rz 13 mit Hinweisen). Das Departement wird überdies der Beschwerdeführerin noch Gelegenheit zur Stellungnahme zu dem vom Bundesamt in diesem Verfahren eingereichten Rechtsgutachten über die "Problematik der ausländischen Diplome von Ärzten, Zahnärzten und Apothekern" geben, welches das Institut für Gesundheitsrecht der Universität Y._ im Auftrag des Bundesamtes für Gesundheitswesen 1999 erstellt hat.
3.- Verfahren, wo es, wie vorliegend, nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht, sind grundsätzlich kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario). Von der Erhebung von Gerichtskosten ist indessen in Anwendung von Art. 107 Abs. 3 OG, wonach den Parteien aus unrichtiger Rechtsmittelbelehrung keine Nachteile erwachsen dürfen, abzusehen.
Über eine allfällige Parteientschädigung wird das EDI zu befinden haben.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nicht eingetreten.
II.Die Akten werden im Sinne der Erwägungen dem Eidgenössischen Departement des Innern überwiesen.
III. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und es wird im vorliegenden Verfahren keine Parteientschädigung zugesprochen.
IV.Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 500. - wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet.
V.Dieses Urteil wird den Parteien und dem Eidgenössischen
Departement des Innern zugestellt.
Luzern, 27. September 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: