Faits:
A. B._, ressortissant étranger, est entré en Suisse le 15 décembre 2005 et y a déposé une demande d'asile. L'Office fédéral des migrations n'est pas entré en matière sur cette demande et a rendu une décision de renvoi de Suisse le 19 janvier 2006. La Commission de recours en matière d'asile a rejeté le recours de l'intéressé, par jugement du 2 février 2006.
Dès le 13 février 2006, le canton de Vaud a alloué à B._ des prestations d'aide sociale, par l'intermédiaire de la Fondation vaudoise pour l'accueil des requérants d'asile (FAREAS, dont les tâches ont été reprises, depuis le 1er janvier 2008, par l'Etablissement vaudois d'accueil des migrants; ci-après : EVAM). Depuis le 9 novembre 2006, ces prestations sont réduites à une aide d'urgence sous la forme d'un hébergement au centre d'accueil X._, ainsi que de denrées alimentaires, articles d'hygiène et autres prestations de première nécessité en nature; il a par ailleurs accès à des soins médicaux d'urgence prodigués par la Policlinique médicale universitaire. Cette aide d'urgence est renouvelée par des décisions du Service de la population de l'Etat de Vaud (ci-après : SPOP), rendues périodiquement, sur demande de l'intéressé. Par décision du 20 février 2007, le SPOP a ainsi reconnu à B._ le droit à une aide d'urgence pour la période du 20 février au 6 mars 2007.
B. B._ a recouru devant le Tribunal administratif du canton de Vaud contre la décision du 20 février 2007 du SPOP, en concluant à son annulation. Par jugement du 11 mars 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours. En substance, elle a considéré que l'EVAM devait mettre à disposition du recourant, dans le cadre de l'hébergement collectif, un espace privatif auquel il puisse accéder au moins à titre temporaire; elle a rejeté le recours pour le surplus.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Il conclut, formellement, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle statue à nouveau, sous suite de dépens. Il demande également l'octroi de l'assistance judiciaire partielle pour l'instance fédérale, sous la forme d'une dispense de l'obligation d'avancer les frais de justice.

Considérant en droit:
1. 1.1 Aux termes de l'<ref-law>, les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. S'il s'agit d'un recours, les conclusions doivent indiquer sur quels points le jugement entrepris est attaqué et quelles sont les modifications demandées. Elles doivent permettre au Tribunal fédéral de comprendre clairement ce que veut obtenir le recourant. A défaut, le recours est d'emblée irrecevable, sans qu'il y ait lieu d'impartir un délai pour le compléter (FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire de la LTF, 2009, nos 14, 18 et 20 ad art. 42; LAURENT MERZ, in Commentaire bâlois, Bundesgerichtsgesetz, 2008, nos 20 et 22 ad art. 42). Afin d'éviter tout formalisme excessif, le Tribunal fédéral doit cependant replacer les conclusions dans leur contexte et les interpréter à la lumière du mémoire de recours dans son ensemble, en particulier en tenant compte de sa motivation (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 135; AUBRY GIRARDIN, loc. cit.; MERZ, op. cit., no 18 ad art. 42).
1.2 L'<ref-law> déclare irrecevable toute conclusion nouvelle, c'est-à-dire toute conclusion qui n'aurait pas été soumise à l'autorité précédente et qui tend, par conséquent, à élargir l'objet du litige (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, du 28 juin 2001, p. 4137; BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, no 30 ad art. 99). En outre, des conclusions uniquement constatatoires sont en principe irrecevables, faute d'intérêt digne de protection au recours, lorsque le recourant peut obtenir en sa faveur un jugement condamnatoire ou formateur; en ce sens, le droit d'obtenir un jugement en constatation de droit est subsidiaire (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 290; <ref-ruling> consid. 1b p. 24). Dans le contexte de l'aide d'urgence, cependant, une constatation d'une violation de droits fondamentaux en raison des conditions de vies concrètes dans une centre d'hébergement peut en principe être obtenue conformément à la procédure prévue, dans le canton de Vaud, par les art. 72 ss de la loi sur l'aide aux requérants d'asile et à certaines catégories d'étrangers, du 7 mars 2006 (LARA, RSV 142.21; cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 55 ss; <ref-ruling> consid. 4a p. 154; ATF 8C_681/2008 du 20 mars 2009 consid. 8.2).
1.3 Le recourant conclut formellement à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision. Cette conclusion ne permet pas de déterminer ce que le recourant entend obtenir en lieu et place du jugement entrepris. A première vue, le mémoire de recours donne l'impression que le recourant recherche uniquement la constatation, par le Tribunal fédéral, d'une violation de l'art. 5 CEDH par les instances précédentes. Une telle conclusion, indépendamment du caractère en principe subsidiaire des conclusions en constatation de droit, serait nouvelle au sens de l'<ref-law>, et par conséquent irrecevable. En instance cantonale, le recourant s'est plaint d'une violation de diverses dispositions de la Constitution fédérale et de la Convention européenne des droits de l'homme, sans toutefois demander la constatation d'une violation de l'art. 5 CEDH, ni même évoquer cette disposition. Cela étant, on peut tout de même déduire de l'ensemble du mémoire de recours, interprété relativement largement et replacé dans le contexte de la procédure menée devant les premiers juges, que le recourant entend, en réalité, obtenir que l'intimé soit condamné à lui allouer des prestations d'assistance plus étendues que celles qui lui ont été reconnues; plus exactement, il souhaite que ces prestations soient fixées d'après les mêmes normes que celles applicables aux personnes dont la demande d'asile n'a pas fait l'objet d'une décision de refus ou de non-entrée en matière. Il convient d'interpréter dans ce sens les conclusions du recourant et d'entrer en matière sur son recours.
2. Le recourant invoque une violation de l'art. 5 CEDH. En substance, il soutient qu'en limitant à une aide d'urgence en nature les prestations d'assistance qui lui sont allouées, l'intimé lui applique en réalité une mesure de contrainte équivalant à une privation de liberté, en vue de l'inciter à quitter la Suisse. La disposition invoquée admet qu'une personne peut être privée de liberté, mais à des conditions qui, toujours d'après le recourant, ne sont pas remplies en l'espèce. En particulier, aucune procédure d'expulsion ou d'extradition n'est en cours au sens de l'art. 5 § 1 let. f CEDH; en outre, le droit du recourant à ce qu'un tribunal statue à bref délai sur la mesure privative de liberté (cf. art. 5 § 4 CEDH), ainsi que son droit à un recours effectif pour se plaindre d'une violation de l'art. 5 CEDH, garanti par l'art. 13 CEDH, ont été violés.
3. L'art. 5 § 1 CEDH prévoit que
« toute personne a droit à la liberté et à la sûreté. Nul ne peut être privé de sa liberté, sauf dans les cas suivants et selon les voies légales :
[...]
f. s'il s'agit de l'arrestation ou de la détention régulière d'une personne pour l'empêcher de pénétrer irrégulièrement dans le territoire, ou contre laquelle une procédure d'expulsion ou d'extradition est en cours. »
L'art. 5 § 4 CEDH prévoit, par ailleurs, que
« toute personne privée de sa liberté par arrestation ou détention a le droit d'introduire un recours devant un tribunal afin qu'il statue à bref délai sur la légalité de sa détention et ordonne sa libération si la détention est illégale. »
Enfin, l'art. 13 CEDH prévoit le droit pour toute personne dont les droits et libertés reconnus dans la Convention à un recours effectif devant une instance nationale.
4. 4.1 En ce qui concerne les violations alléguées des art. 5 § 4 CEDH et 13 CEDH (en relation avec l'art. 5), le recours est manifestement mal fondé. B._ n'ayant jamais invoqué une violation de l'art. 5 CEDH devant les premiers juges, il ne saurait leur faire grief aujourd'hui de n'avoir pas examiné sa cause en vérifiant explicitement le respect de cette disposition par l'intimé.
4.2 Une privation de liberté, au sens de l'art. 5 § 1 CEDH, implique que la personne concernée soit retenue contre sa volonté dans un espace limité pendant un minimum de temps. Elle se distingue d'une simple restriction de la liberté de circuler - qui n'entre pas dans le champ d'application de l'art. 5 § 1 CEDH - par l'intensité de l'atteinte. Pour opérer cette distinction, il faut partir de la situation concrète et prendre en considération un ensemble de critères tels que le genre, la durée, les effets et les modalités d'exécution de la mesure contestée (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 143; <ref-ruling> consid. 3b p. 197; arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme Engel et autres contre Pays-Bas du 8 juin 1976, Série A no 22 § 58, Guzzardi contre Italie du 6 novembre 1980, Série A no 39 § 92, Amuur contre France du 25 juin 1996, Recueil CourEDH1996-III p. 846 § 42). Constituent typiquement une privation de liberté relevant du champ d'application de l'art. 5 CEDH une peine d'emprisonnement dans un établissement pénitencier, une détention provisoire pendant une procédure d'instruction pénale, ou encore une détention administrative en vue du refoulement d'un étranger en situation irrégulière. Constitue également une telle mesure le confinement dans une zone de transit d'un aéroport, quand bien même l'intéressé demeure libre de quitter cette zone s'il décide de repartir de son propre chef vers son pays d'origine (cf. ATF <ref-ruling> précité, consid. 3c et consid. 4 p. 197 ss; arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme Amuur contre France précité, § 49). Ne constitue pas, en revanche, une privation de liberté au sens de l'art. 5 CEDH une interdiction de périmètre et de communiquer avec une personne déterminée, à titre de mesure de protection d'un tiers contre des violences domestiques (<ref-ruling> précité, consid. 3.3 p. 144).
4.2 Une privation de liberté, au sens de l'art. 5 § 1 CEDH, implique que la personne concernée soit retenue contre sa volonté dans un espace limité pendant un minimum de temps. Elle se distingue d'une simple restriction de la liberté de circuler - qui n'entre pas dans le champ d'application de l'art. 5 § 1 CEDH - par l'intensité de l'atteinte. Pour opérer cette distinction, il faut partir de la situation concrète et prendre en considération un ensemble de critères tels que le genre, la durée, les effets et les modalités d'exécution de la mesure contestée (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 143; <ref-ruling> consid. 3b p. 197; arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme Engel et autres contre Pays-Bas du 8 juin 1976, Série A no 22 § 58, Guzzardi contre Italie du 6 novembre 1980, Série A no 39 § 92, Amuur contre France du 25 juin 1996, Recueil CourEDH1996-III p. 846 § 42). Constituent typiquement une privation de liberté relevant du champ d'application de l'art. 5 CEDH une peine d'emprisonnement dans un établissement pénitencier, une détention provisoire pendant une procédure d'instruction pénale, ou encore une détention administrative en vue du refoulement d'un étranger en situation irrégulière. Constitue également une telle mesure le confinement dans une zone de transit d'un aéroport, quand bien même l'intéressé demeure libre de quitter cette zone s'il décide de repartir de son propre chef vers son pays d'origine (cf. ATF <ref-ruling> précité, consid. 3c et consid. 4 p. 197 ss; arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme Amuur contre France précité, § 49). Ne constitue pas, en revanche, une privation de liberté au sens de l'art. 5 CEDH une interdiction de périmètre et de communiquer avec une personne déterminée, à titre de mesure de protection d'un tiers contre des violences domestiques (<ref-ruling> précité, consid. 3.3 p. 144).
4.3 4.3.1 Le recourant allègue en instance fédérale qu'il a été « assigné à un centre collectif d'hébergement surveillé nuit et jour par des agents de sécurité en uniforme qui exercent une fonction de police ». Cette mesure, ainsi que « la réglementation de la vie dans le centre, la distribution des biens par l'autorité, la suppression des prestations financières et de toutes les prestations en matière de transports et communications, de toute forme de vie privée à l'abri des regards de l'autorité ou en dehors du contrôle et de la surveillance de l'autorité, l'obligation de se rendre par quinzaine au moins auprès de l'autorité de police des étrangers pour le renouvellement de la décision d'octroi d'aide d'urgence » restreignent sa liberté personnelle au sens de l'art. 5 CEDH. Dans ce contexte, il soutient que « les aménagements proposés par l'EVAM en matière de communications et d'espace privé restent des biens contrôlés et distribués par l'autorité ».
4.3.2 L'ensemble des faits allégués ne correspond pas entièrement aux constatations effectuées par les premiers juges, auxquels le Tribunal fédéral est en principe lié (<ref-law>). Il est vrai que ces constatations sont en l'occurrence succinctes. Il ressort néanmoins du jugement entrepris que le recourant doit effectivement s'annoncer régulièrement auprès du SPOP pour le renouvellement de l'aide d'urgence, qu'une place dans un centre d'hébergement collectif est mise à sa disposition dans le cadre de cette aide et qu'il n'y disposait pas, au moment où le jugement entrepris a été rendu, de la possibilité de se retirer, serait-ce à titre temporaire, dans un espace privé (les premiers juges ont toutefois ordonné à l'autorité de veiller à ce que le recourant dispose désormais d'une telle possibilité). En outre, le recourant ne perçoit plus de prestations en espèces. Pour le surplus, les premiers juges n'ont pas constaté plus précisément les mesures de surveillance auxquelles le recourant est soumis; en particulier, il n'ont pas constaté que la surveillance policière serait particulièrement intense, voire tatillonne ou vexatoire, comme le laisse entendre le recourant. Ce dernier ne soulève pas, dans ce contexte, le grief de constatations effectuées de façon manifestement inexactes ou en violation du droit (<ref-law>).
4.3.3 Sur la base des faits constatés par les premiers juges, le recourant ne démontre pas que sa liberté de circulation serait entravée au point que la situation relèverait de l'art. 5 § 1. Il est vrai qu'il est dépendant dans une large mesure de l'aide d'urgence que lui fournissent les autorités, de sorte qu'il n'a guère le choix de se présenter régulièrement ou non pour obtenir le renouvellement de cette aide, ni de se conformer ou non au règlement du centre d'hébergement collectif. Comme déjà exposé dans l'ATF 8C_681/2008 (consid. 8.2) précité, le recourant se trouve, par rapport à l'autorité, dans un rapport particulier de dépendance en raison de l'illégalité de son séjour en Suisse. Ce rapport de dépendance lui confère le droit d'obtenir de l'aide, conformément à l'art. 12 Cst., mais implique également qu'il se soumette à certaines contraintes pouvant limiter sa liberté, à tout le moins tant que celles-ci restent dans des limites acceptables et ne constituent pas une atteinte grave à ses droits fondamentaux. En l'occurrence, les contraintes auxquelles le recourant est soumis n'entravent sa liberté de circulation que dans une mesure limitée; en particulier, il reste libre de se déplacer dans et hors du centre d'hébergement collectif X._ s'il le souhaite. A défaut d'intensité suffisante, l'entrave à sa liberté de circuler ne correspond pas à une privation de liberté au sens de l'art. 5 CEDH, même prolongée sur une longue période. Par ailleurs, en instance fédérale, le recourant ne soutient plus, ou en tout cas pas de manière suffisamment motivée, que les autorités précédentes auraient violé d'autres droits fondamentaux, de sorte qu'il n'y pas lieu de se prononcer sur ce point (<ref-law>).
5. Le recourant voit ses conclusions rejetées, de sorte qu'il ne peut pas prétendre de dépens à la charge de l'intimé (<ref-law>). Il convient par ailleurs de renoncer à la perception de frais judiciaires (art. 66 al. 1, 2ème phrase, LTF), ce qui rend sans objet la demande d'assistance judiciaire déposée par le recourant.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal vaudois.
Lucerne, le 28 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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