Sachverhalt:
Mit Verfügungen vom 20. März und 17. April 2012 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich G._ eine ganze Invalidenrente ab 1. Juli 2009 zu.
Die Pensionskasse SBB, Bern, als Berufsvorsorgeeinrichtung des G._, erhob hiegegen beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde und beantragte, unter Aufhebung der angefochtenen Verfügung sei der Rentenanspruch "seit wann rechtens", spätestens ab 1. April 2010 zu verneinen; die Sache sei zur weiteren Abklärung der Invalidität vom 10. Juli 2009 bis 31. März 2010, eventualiter zur weiteren Abklärung des gesamten Anspruchs, an die IV-Stelle zurückzuweisen. G._ gelangte mit schriftlicher Eingabe vom 13. Juli 2012 an das kantonale Gericht mit der Bitte um Einbezug ins Verfahren als Hauptpartei, allenfalls um Erlass einer begründeten Zwischenverfügung. Das Sozialversicherungsgericht verfügte mit Zwischenentscheid vom 17. Juli 2012 die Abweisung des Gesuchs.
G._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, unter Aufhebung der vorinstanzlichen Verfügung sei das kantonale Gericht anzuweisen, ihn "als ordentliche Hauptpartei in das kantonale Versicherungsgerichtsverfahren einzubeziehen" und ihm Gelegenheit zur Beschwerdeantwort einzuräumen. In prozessualer Hinsicht ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.

Erwägungen:
1. Die angefochtene Verfügung ist eine verfahrensleitende Anordnung, welche nur unter den für den Weiterzug von Vor- und Zwischenentscheiden geltenden Voraussetzungen anfechtbar ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 481; Urteil 8C_356/2010 vom 26. Mai 2010). Die Beschwerde ist daher nur zulässig, wenn entweder der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). In Frage kommt hier nur die alternative Tatbestandsvoraussetzung von <ref-law>.
2. 2.1 Die Vorinstanz stellte fest, sie habe den Beschwerdeführer bis dahin noch nicht zum Verfahren beigeladen, beabsichtige dies aber nach dem zweiten Schriftenwechsel zu tun, was sie ihm auch bereits telefonisch zugesichert habe. Das Gericht erwog, nach kantonaler Regelung (§ 14 Abs. 2 des Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht vom 7. März 1993 [GSVGer; LS 212.81]) werde ihm als Beigeladener von Gesetzes wegen Parteistellung zuerkannt. Seinen Eingaben komme folglich gleiches Gewicht zu wie jenen der Parteien, auch wenn er sich - in Nachachtung des einfachen und raschen Verfahrens (<ref-law>) - erst nach den Stellungnahmen der (übrigen) Parteien werde äussern können. Seinen Gehörsrechten werde damit hinreichend Genüge getan.
2.2 Der Versicherte sieht einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil darin, dass er als Beigeladener seine Rechtsschriften erst ganz am Schluss des Verfahrens einreichen könne und "erst viele Monate später" von der Beschwerdeerhebung gegen die ihn betreffende rentenzusprechende Verfügung erfahre. Es verstosse gegen Bundesrecht, wenn er als Direktbetroffener nicht als Hauptpartei in das Verfahren einbezogen werde, sondern lediglich als Beigeladener. Konkret habe er in Zusammenhang mit einem Akteneinsichtsgesuch Mitte Juli 2012 per Zufall von der am 4. Mai 2012 erhobenen Beschwerde der Vorsorgeeinrichtung erfahren. Schliesslich sei zu bedenken, dass sich eine versicherte Person je nach Länge des Schriftenwechsels während Monaten im falschen Glauben wiegen könne, eine Rente sei definitiv zugesprochen worden und entsprechende Dispositionen (bspw. mit der Haftpflichtversicherung) tätige.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht die mündliche Zusicherung des kantonalen Gerichts, ihn nach Abschluss des Schriftenwechsels zum Verfahren beizuladen. Nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz bewirkt die Beiladung gemäss § 14 Abs. 2 GSVGer eine volle Parteistellung. Die angefochtene Verfügung kann daher für den Beschwerdeführer zum vornherein keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken; insbesondere ist nicht ersichtlich, inwiefern ein solcher im Umstand zu sehen wäre, dass er erst nach den übrigen Rechtsschriften Gelegenheit zur Äusserung erhält. Andere Gründe für eine selbstständige Anfechtbarkeit der Zwischenverfügung sind nicht gegeben. Namentlich erfuhr der Beschwerdeführer nach seiner eigenen Darstellung bereits im Juli 2012 von der am 4. Mai 2012 erhobenen Beschwerde der Vorsorgeeinrichtung, weshalb sich Weiterungen zu allfälligen hypothetischen Nachteilen erübrigen. Lediglich der Vollständigkeit halber ist darauf hinzuweisen, dass nicht einmal dann auf die Beschwerde einzutreten wäre, wenn das kantonale Gericht eine Beiladung abgelehnt hätte, weil der Beschwerdeführer diesfalls seine Rügen mit Beschwerde gegen den Endentscheid geltend machen könnte, was zur Wahrung seiner Rechte genügt (vgl. das bereits zitierte Urteil 8C_356/2010 vom 26. Mai 2010).
3.2 Sofern der Beschwerdeführer aus E. 1.1 des Urteils 9C_58/2008 etwas anderes ableitet, kann ihm nicht gefolgt werden. Die beigeladene Person hat im kantonal zürcherischen Verfahren Parteistellung (E. 3.1 hievor). Als solche hat sie - auch wenn sie erst nach einem Schriftenwechsel in den Prozess eintritt - sämtliche prozessualen Möglichkeiten wie sie auch einer anderen Partei zustehen.
4. Auf die Beschwerde kann nach dem Gesagten nicht eingetreten werden. Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 3 BGG). Indes werden umständehalber keine Gerichtskosten erhoben, weshalb das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege insoweit gegenstandslos wird. Die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung sind nicht erfüllt (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. November 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle