Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Nell'ambito della causa di accertamento della paternità promossa da B._ il 12 ottobre 2004 nei confronti di A._, il Pretore della giurisdizione di Mendrisio-Sud ha emanato un decreto di edizione 5 marzo 2009 in cui veniva invano ordinato alla madre dell'attore di produrre entro 15 giorni una serie di documenti. Il 26 ottobre 2009 la nuova patrocinatrice del convenuto ha chiesto al Pretore di sollecitare con la comminatoria dell'art. 292 CP la madre dell'attore a produrre la documentazione richiesta, nonché di procedere al richiamo della documentazione fiscale presso l'autorità di tassazione. Il 5 febbraio 2010 la predetta legale ha nuovamente invitato il Pretore a procedere come richiesto.
2. Con ricorso in materia civile per ritardata giustizia del 5 marzo 2010 A._ ha adito il Tribunale federale e ha chiesto di ordinare al Pretore di procedere come domandato.
3. Il 12 marzo 2010 il Pretore ha emanato un nuovo decreto di edizione in cui viene ordinato alla madre dell'attore di produrre una specificata serie di documenti con la comminatoria di cui all'art. 292 CP e indicato che il richiamo degli atti fiscali viene disposto direttamente presso il competente Ufficio circondariale di tassazione.
4. Con scritto 16 marzo 2010 le parti sono state invitate a determinarsi sulla questione a sapere se il ricorso è divenuto privo di oggetto e sulla ripartizione delle spese e delle ripetibili. Il 22 marzo 2010 il ricorrente ha riconosciuto che l'emanazione del predetto decreto rende privo di oggetto il suo rimedio, ma ha chiesto che le spese e le ripetibili siano poste a carico del Cantone Ticino. Con lettera del giorno seguente il Pretore si è rimesso al giudizio del Tribunale federale e ha rilevato che "la situazione avrebbe potuto essere sbloccata con una semplice telefonata".
5. Da quanto precede è pacifico che il ricorso è divenuto privo d'oggetto. Giusta l'art. 32 cpv. 2 LTF il giudice dell'istruzione decide quale giudice unico circa lo stralcio dai ruoli delle cause divenute prive d'oggetto.
6. Quando una lite diventa senza oggetto o priva d'interesse giuridico per le parti, il tribunale, udite le parti, dichiara il processo terminato e statuisce con motivazione sommaria sulle spese, tenendo conto dello stato delle cose prima del verificarsi del motivo che termina la lite (art. 71 LTF in relazione con l'art. 72 PC). Nell'esame sommario del presumibile esito della procedura ricorsuale non occorre pronunciarsi in modo dettagliato su tutte le censure ricorsuali (<ref-ruling> consid. 4a pag. 495).
6.1 Giusta l'art. 29 cpv. 1 Cost. in procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative ognuno ha diritto ad essere giudicato entro un termine ragionevole. L'autorità viola tale norma se non emana la decisione che le incombe di pronunciare in un lasso di tempo che il tipo di causa e tutte le altre circostanze fanno apparire ragionevole. Per tale valutazione occorre fondarsi su elementi oggettivi, fra cui segnatamente la complessità della causa, gli interessi in gioco e il comportamento dell'interessato e quello dell'autorità (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2a).
6.2 Ora il tempo impiegato per emanare l'ordinanza in questione appare manifestamente eccessivo. Se non fosse divenuto privo d'oggetto, il ricorso in materia civile avrebbe quindi dovuto essere accolto. In queste circostanze, rilevato pure che il Pretore non contesta di aver ricevuto i menzionati solleciti, il Cantone Ticino deve versare un'indennità per ripetibili della sede federale al ricorrente (art. 68 cpv. 2 LTF). Non si prelevano invece spese giudiziarie (art. 66 cpv. 4 LTF).

Per questi motivi, la Presidente decreta:
1. La causa è stralciata dai ruoli in quanto divenuta priva d'oggetto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie. Il Cantone Ticino rifonderà al ricorrente fr. 1'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione alla patrocinatrice del ricorrente e alla Pretura della Giurisdizione di Mendrisio-Sud.