Sachverhalt:
A. Die Ya._ AG (zwischendurch Yb._ AG; seit 15. Dezember 2008: Y._ AG) baut in Rufswil, auf den Parzellen Nrn. 299 und 316, GB Ufhusen, Kies ab. Diese Grundstücke stehen im Eigentum von C Y._ (Nr. 299) und D Y._ (Nr. 316). Die Befugnis zum Kiesabbau auf dem Grundstück Nr. 299 liegt in einem Abbaurecht, das mit öffentlicher Urkunde vom 29. Oktober 1993 begründet wurde und als selbständiges und dauerndes Recht im Grundbuch Ufhusen eingetragen ist (Baurechtsgrundstück Nr. 709, Eigentümer E Y._). Darauf lastet ein unselbständiges Unterabbaurecht zum Abbau von Kies, Sand und Kiesmaterialien zu Gunsten der Ya._ AG. Diese wiederum übertrug dieses Recht mit Vertrag vom 29. September 2004 der Z._ AG.
B. Am 4. November 1997 stellte die Ya._ AG ein Gesuch für die zweite Abbauetappe auf den Parzellen Nrn. 316 und 299/709. Dagegen gingen mehrere Einsprachen ein.
Das Gesuch umfasste auch eine Teilrodung des Gross-Barenwaldes. Da sich in dieser Hinsicht erhebliche Verzögerungen abzeichneten, wurde das Projekt in einer ersten Phase auf die unbewaldete Fläche beschränkt. Der Regierungsrat des Kantons Luzern genehmigte am 20. März 2001 die zweite Etappe der Abbau- und Deponiezone ohne die im Wald gelegenen Flächen. Am 19. April 2001 stellte der Gemeinderat Ufhusen fest, dass die geplante Erweiterung der Kiesgrube Rufswil, 2. Abbauetappe, unter Auflagen und Bedingungen umweltverträglich sei und bewilligte der Ya._ AG den Abbau von Kies auf dem ausserhalb des Waldes gelegenen Teil des Grundstücks Nr. 316. Diese Bewilligung erwuchs in Rechtskraft.
C. Am 2. März 2004 erteilte das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) die Rodungsbewilligung für das fragliche Gebiet. Diese wurde am 12. Dezember 2006 durch eine Rodungsbewilligung des Bundesamts für Umwelt (BAFU) ersetzt.
D. Zwischen der Ya._ AG und dem Gemeinderat Ufhusen bestand Uneinigkeit, ob für die Erteilung der Abbaubewilligung für den bewaldeten Teil der zweiten Etappe die Durchführung eines erneuten Bewilligungsverfahrens, samt öffentlicher Auflage, erforderlich sei. Mit Urteil vom 9. Dezember 2004 entschied das Verwaltungsgericht Luzern, dass mit der erfolgten Reduktion des Projekts auf die unbewaldeten Flächen kein endgültiger Verzicht auf die Realisierung der bewaldeten Flächen einhergegangen und das Baugesuch vom 4. November 1997 somit weiter hängig sei. Ob ein erneutes Auflageverfahren durchzuführen sei, hänge davon ab, ob die ursprünglichen Gesuchsunterlagen als Grundlage für den Bewilligungsentscheid genügten oder ob sie - wegen Änderungen des Projekts oder der tatsächlichen Verhältnisse - einer wesentlichen Überarbeitung bedürften.
E. Am 27. Januar 2005 teilte die Ya._ AG dem Gemeinderat Ufhusen mit, dass am Projekt wie ursprünglich geplant und beantragt unverändert festgehalten werde.
Überdies gab sie an, fortan als Yb._ AG zu firmieren, aus dem Kiesgeschäft aussteigen und alle Bewilligungen auf die Z._ AG übertragen zu wollen. Mit Eingaben vom 26. August und 2. November 2005 präzisierten die Yb._ AG und die Z._ AG, dass die Baubewilligung der Yb._ AG für die Parzelle Nr. 316 und der Z._ AG als Abbauberechtigte auf Grundstück Nr. 709 auszustellen sei.
Mit Gesuch vom 31. Oktober 2006 beantragte die X._ AG ihren Beitritt zum Bewilligungsverfahren, unter Berufung auf ein im Grundbuch zu ihren Gunsten eingetragenes Ausbeutungsrecht für Kies auf der Parzelle Nr. 316.
F. Am 5. April 2007 stellte der Gemeinderat Ufhusen fest, dass die Erweiterung der Kiesgrube Rufswil, zweite Abbauetappe, Teil Wald, unter Auflagen und Bedingungen umweltverträglich sei und bewilligte den Abbau von Kies auf dem innerhalb des Waldes gelegenen Teil der Parzellen Nrn. 316 und 299/709. Die Baubewilligung wurde der Y._ AG, der Z._ AG und der X._ AG erteilt. Die privatrechtlichen Einsprachen verwies der Gemeinderat an den Zivilrichter.
Am 22. Mai 2007 genehmigte der Regierungsrat die von den Stimmberechtigten der Gemeinde Ufhusen am 24. März 1994 beschlossene Abbau- und Deponiezone, zweite Etappe, Teil Wald, im Gebiet Rufswil (Parzellen Nrn. 316 und 299/709). Im gleichen Entscheid erteilte er die Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG für die Erschliessung der zweiten Abbauetappe im Wald über den Dominiweg. Zusammen mit seinem Entscheid eröffnete der Regierungsrat die Rodungsbewilligung des BAFU vom 12. Dezember 2006 und die Baubewilligung des Gemeinderates Ufhusen vom 5. April 2007.
G. Die Y._ AG sowie die Z._ AG erhoben gemeinsam Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht Luzern mit dem Antrag, die Baubewilligung des Gemeinderats Ufhusen vom 5. April 2007 sei ausschliesslich auf sie zu beschränken und nicht auch zu Gunsten der X._ AG auszusprechen. Überdies verlangten sie die Abänderung des gemeinderätlichen Bewilligungsentscheids in verschiedener Hinsicht (Aufhebung von Beschränkungen der Abbaumenge und der Kiesverarbeitung; Modalitäten der Sicherheitsleistung).
Diese Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht Luzern am 28. Mai 2008 teilweise gut (Entscheid V 07 157). Es änderte den Entscheid des Gemeinderats Ufhusen vom 5. April 2007 dahingehend ab, dass gemeinsame Inhaberinnen der Abbaubewilligung zweite Abbauetappe, Teil Wald, die Y._ AG sowie die Z._ AG seien. Abgeändert wurden auch die Bestimmungen zur Abbaumenge und zur Kiesverarbeitung.
H. Die X._ AG, die W._ AG und F Y._ hatten ihrerseits (je getrennt) Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben mit dem Antrag, Ziff. 3.66 des Bauentscheids vom 5. April 2007 sei aufzuheben und es sei eine andere Erschliessung für den Kiesabbau ab den Grundstücken Nrn. 316 und 299/709 festzulegen. Eventuell sei die Abbauberechtigung lediglich zu Gunsten der X._ AG zu erteilen.
Auf diese Beschwerden trat das Verwaltungsgericht am 28. Mai 2009 nicht ein (Urteile V 07 158-160).
I. Überdies erhob C Y._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht Luzern. Seine Beschwerde richtete sich in erster Linie gegen die Erschliessung des Kiesabbaugebiets über den Dominiweg; überdies verlangte er eine Sicherstellung für die Wiederherstellung der Grube. Diese Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 28. Mai 2009 ab (Urteil V 07 169).
J. Gegen die Urteile V 07 157 und V 07 158-160 vom 28. Mai 2009 hat die X._ AG am 3. Juli 2009 je eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben.
J.a Im Verfahren 1C_300/2009 beantragt sie die Aufhebung des angefochtenen Entscheids (V 07 157) und ihre Integrierung in die Abbaubewilligung, zweite Etappe, Teil Wald, als Bewilligungsinhaberin. Als gemeinsame Inhaberinnen dieser Bewilligung seien die Y._ AG, die X._ AG sowie die Z._ AG zu nennen. Eventualiter sei die X._ AG (gemeinsam mit der Y._ AG) beschränkt auf das Grundstück Nr. 316 als gemeinsame Mitinhaberin der Abbaubewilligung, zweite Etappe, Teil Wald, zu bezeichnen, während die Z._ AG nur für das Grundstück Nr. 709 Mitinhaberin der Abbaubewilligung sei. Subeventuell sei die Bewilligung allein auf die Y._ AG auszustellen.
Das Verwaltungsgericht und die privaten Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Beschwerdeabweisung. Der Gemeinderat Ufhusen verweist auf seine Stellungnahme vom 1. Oktober 2007 im vorinstanzlichen Verfahren. Das Bundesamt für Raumentwicklung und das Bundesamt für Umwelt haben auf eine Stellungnahme verzichtet.
In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträge fest und beantragt neu, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an den Gemeinderat Ufhusen zurückzuweisen.
J.b Im Verfahren 1C_302/2009 beantragt die Beschwerdeführerin, der angefochtene Entscheid (V 07 158-160) sei aufzuheben, ihre Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 19. Juni 2007 sei gutzuheissen und die Beschwerdegegnerinnen seien zu verpflichten, eine anderweitige Erschliessung als über das Grundstück Nr. 320, GB Ufhusen, vorzusehen.
Die Y._ AG und die Z._ AG beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Der Gemeinderat Ufhusen beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest und beantragt neu, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an den Gemeinderat Ufhusen, subeventualiter an die Vorinstanz, zurückzuweisen.
K. Mit Verfügung vom 6. Oktober 2009 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung (im Verfahren 1C_300/2009) abgewiesen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin ficht zwei Urteile des Verwaltungsgerichts Luzern an, die beide die Abbaubewilligung des Gemeinderats Ufhusen vom 5. April 2007 betreffen. Sie macht selbst geltend, dass ihre Beschwerden sinnvollerweise gemeinsam zu behandeln seien, um Widersprüche zu vermeiden: Werde sie (im Verfahren 1C_300/2009) antragsgemäss in die Abbaubewilligung einbezogen, so dürfe auch ihre Fahrberechtigung über das Grundstück Nr. 320 für die Erschliessung des Kiesabbaus verwendet werden, d.h. ihre diesbezügliche Beschwerde (1C_302/2009) würde gegenstandslos. Es rechtfertigt sich daher, beide Verfahren zu vereinigen.
2. Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind in beiden Verfahren gegeben, weshalb auf die Beschwerden grundsätzlich (vorbehältlich genügend begründeter Rügen; Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) einzutreten ist.
Nicht einzutreten ist allerdings auf die Beschwerde 1C_302/2009, soweit darin nicht nur eine Rückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht, sondern ein Sachurteil des Bundesgericht verlangt wird: Angefochten ist ein Nichteintretensentscheid des Verwaltungsgericht. Sollte sich dieser als bundesrechtswidrig erweisen, so wäre er aufzuheben und die Sache zu materieller Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. In der Sache (Erschliessung über das Grundstück Nr. 320) liegt noch kein kantonal letztinstanzlicher Entscheid vor, weshalb diese Frage vom Bundesgericht noch nicht behandelt werden kann.
Beschwerde 1C_300/2009 (Einbezug in die Abbaubewilligung)
3. Im Verfahren 1C_300/2009 ist streitig, wer Inhaberin der Baubewilligung vom 5. April 2007 ist. Baugesuchstellerin war ursprünglich (1997) nur die Ya._ AG. Im Jahr 2005 hatten die Ya._ AG und die Z._ AG gemeinsam beantragt, die Bewilligung sei zugunsten der Ya._ AG als Abbauberechtigte an der Parzelle Nr. 316 und der Z._ AG als Abbauberechtigte an der Parzelle Nr. 709 auszustellen. Mit Eingabe vom 31. Oktober 2006 beantragte sodann die X._ AG ihren Verfahrensbeitritt, unter Berufung auf ein im Grundbuch zu ihren Gunsten eingetragenes Ausbeutungsrecht für Kies auf der Parzelle Nr. 316.
3.1 Der Gemeinderat Ufhusen ging davon aus, dass die Person des Gesuchstellers im Verlauf des Baubewilligungsverfahrens grundsätzlich beliebig wechseln könne. Entsprechend sei auch der Beitritt weiterer Gesuchsteller grundsätzlich zulässig, was sich auch aus § 20 des Luzerner Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 3. Juli 1972 (VRG/LU) betreffend Beiladung Dritter in das Verfahren sowie aus § 42 VRG/LU betreffend Vereinigung von Verfahren ergebe. Alle drei Gesellschaften könnten sich auf ein im Grundbuch eingetragenes Kiesabbaurecht berufen. Die privatrechtliche Frage, ob die Abbaurechte zu Recht im Grundbuch eingetragen worden seien, sei im Baubewilligungsverfahren nicht zu beurteilen. Der Gemeinderat erteilte daher die Baubewilligung allen drei Gesellschaften gemeinsam. Auf eine Zuteilung von Teilflächen zum Abbau durch bestimmte Gesuchsteller wurde verzichtet, da diesbezüglich die privatrechtlichen Berechtigungen massgeblich seien.
3.2 Dagegen entschied das Verwaltungsgericht, dass weder § 20 VRG/LU (Beiladung) noch § 42 VRG/LU (Verfahrensvereinigung) Grundlage für den Beitritt der Beschwerdeführerin in das laufende Bewilligungsverfahren bilden könnten. Die Beschwerdeführerin habe nicht selbst ein Baugesuch eingereicht, weshalb nicht mehrere Gesuche vorgelegen hätten, die nach § 42 VRG/LU hätten vereinigt werden können. Die Beiladung nach § 20 VRG/LU habe den Zweck, nur indirekt Betroffene in die Entscheidfindung einzubinden, d.h. Dritte, deren Rechtsstellung durch den Entscheid beeinflusst werde oder auf deren Rechtsbeziehungen zu einer Hauptpartei sich der zu treffende Verwaltungsakt auswirke. Die Beschwerdeführerin sei aber als Hauptpartei und letztlich als Adressatin des Bewilligungsentscheids ins Verfahren aufgenommen worden, was unter dem Titel der Beiladung nicht zulässig sei.
4. Diese Erwägungen werden von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet.
4.1 Diese beruft sich vielmehr auf ihr bestehendes dingliches Abbaurecht am Grundstück Nr. 316 und macht geltend, sie habe einen Anspruch mindestens auf Gleichbehandlung mit der Z._ AG als dingliche Mitberechtigte über Grundstück Nr. 709. Nur die Z._ AG, nicht aber die Beschwerdeführerin in die Abbaubewilligung einzubeziehen, verletze das wohlerworbene Recht der Beschwerdeführerin. Vollständig willkürlich sei es, wenn die Z._ AG Inhaberin der Abbaubewilligung auch hinsichtlich der Parzelle Nr. 316 sei, an der sie gar keine dingliche Berechtigung habe.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Abbaurecht über Grundstück Nr. 316 diene als Sicherheit für ihre Kiesbezugsrechte. In der Vereinbarung vom 5. November 2002 habe die Ya._ AG ihr zugesichert, ihr (mit gewissen Ausnahmen) sämtlichen Kies ab den Parzellen Nrn. 709 und 316 zu verkaufen. Mit Kieslieferungsvertrag vom 20. März 2003 sei der Beschwerdeführerin das Recht auf einen Bezug von insgesamt 540'000 m3 Kies, insbesondere ab Parzelle Nr. 316, zugesichert worden. Zwar sei vereinbart worden, dass die Y._ AG weiterhin den Kiesabbau vornehme. Würde diese aber in Konkurs fallen, so müsste die Beschwerdeführerin die Möglichkeit haben, den Kiesabbau selbständig vorzunehmen. Hierzu sei sie darauf angewiesen, in die öffentlich-rechtliche Abbaubewilligung einbezogen werden.
4.2 Die Beschwerdegegnerinnen bestreiten diese Darstellung. Ihres Erachtens sind die Vereinbarungen vom 5. November 2002 nie in Kraft getreten: Zum einen sei die zur Gültigkeitsbedingung erhobene Eintragung eines Fahrwegrechts für die Beschwerdeführerin über Parzelle Nr. 711 nicht erfolgt, weil der Eigentümer G Y._ sein Einverständnis widerrufen habe; zum anderen habe die Beschwerdeführerin die vereinbarte Vorauszahlung auch nach Setzung einer Nachfrist nicht geleistet, weshalb die Ya._ AG die abgeschlossenen Verträge für aufgelöst erklärt habe. Überdies sei das Vertragswerk vom 5. November 2002 wegen Verletzung des Kartellrechts ungültig. Im Übrigen sei die Abbaubeteiligung nur als Sicherheit, für den Konkursfall, vorgesehen gewesen. Der Konkurs sei aber nicht eingetreten, weshalb die Y._ AG den Kiesabbau weiterhin selbst vornehmen könne.
Der Kieslieferungsvertrag vom 20. März 2003 sei ein unzulässiges Novum. Eventualiter bringen die Beschwerdegegnerinnen vor, dass die Beschwerdeführerin im Januar 2003 einen gerichtlichen Abbaustopp bewirkt habe, sich aber bereit erklärt habe, ihr Gesuch um vorsorgliche Massnahmen zurückzuziehen, wenn die Ya._ AG den von der Beschwerdeführerin redigierten Kiesliefervertrag unterzeichne. Dabei habe jedoch das rechtliche Schicksal der Verträge vom 5. November 2002 ausdrücklich offen bleiben sollen. In der Folge sei Kies gegen Cash gehandelt worden, bis die Ya._ AG am 26. Mai 2004 unter Berufung auf Zahlungsrückstände der Beschwerdeführerin den Rücktritt vom Kiesliefervertrag erklärt habe.
4.3 In ihrer Replik bestätigt die Beschwerdeführerin, dass die Vereinbarungen vom 5. November 2002 zur Sanierung der Ya._ AG abgeschlossen worden seien, die damals kurz vor dem Konkurs gestanden habe. Die Beschwerdeführerin hätte eine Vorauszahlung von Fr. 1'250'000.-- leisten sollen; im Gegenzug habe sich die Ya._ AG verpflichtet, der Beschwerdegegnerin sämtliche Kiesvorkommen ab den Parzellen 316 und 709 zu liefern. In der Folge sei es zu Problemen bei der Umsetzung des Vereinbarungen gekommen: Der Eigentümer des Grundstücks Nr. 711 habe seine Zustimmung zur Eintragung des Fahrwegrechts verweigert, das erst aufgrund des Urteils des Amtsgerichts Willisau vom 17. November 2005 habe eingetragen werden können. Aus diesem Grund habe die Beschwerdeführerin nur Fr. 250'000.-- der vereinbarten Vorauszahlung geleistet.
Mit dem Kieslieferungsvertrag vom 20. März 2003 seien jedoch die Bezugsmengen an Kies und die Entschädigungen neu geregelt worden. Ansonsten bleibe es aber bei den Vereinbarungen vom 5. November 2002, insbesondere in Bezug auf die dingliche Mitberechtigung am Grundstück Nr. 316 und das Recht, in die Abbaubewilligung einzutreten. Die Beschwerdeführerin beruft sich hierfür auf eine mit E Y._ und der Ya._ AG abgeschlossene Vereinbarung vom 5. November 2002, die ihr einen Anspruch auf Eintritt in das Bewilligungsverfahren und damit Parteistellung i.S.v. § 17 VRG/LU verleihe.
5. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, der Verfahrenseintritt der Z._ AG sei aufgrund eines gemeinsamen Gesuchs der Ya._ AG und der Z._ AG erfolgt; es handle sich um einen Parteiwechsel infolge Einzelrechtsnachfolge (am unselbständigen Kiesabbaurecht der Ya._ AG auf Grundstück Nr. 709), wogegen keine Einwände erhoben worden seien.
Die Beschwerdeführerin habe ihr beschränktes dingliches Recht am Grundstück Nr. 316 im November 2002 erworben. Nach der Vereinbarung zwischen dem Grundeigentümer D Y._, der Ya._ AG und der Beschwerdeführerin stehe das unübertragbare Ausbeutungsrecht neu der Ya._ AG "und/oder" der Beschwerdeführerin zu. Obwohl die Beschwerdeführerin Kenntnis vom laufenden Bewilligungsverfahren gehabt habe, habe sie sich erst am 31. Oktober 2006, d.h. kurz vor Erteilung der Bewilligung, entschlossen, beim Gemeinderat Ufhusen ihren Beitritt zum Verfahren zu erklären.
Dieser Verfahrensbeitritt sei weder von den bisherigen Gesuchstellerinnen gebilligt worden, noch lasse er sich aus der angeführten Vereinbarung vom 5. November 2002 entnehmen: Darin werde der Beschwerdeführerin einerseits erlaubt, in einen damals vor Bundesgericht hängigen Prozess (1A.172/2002) betreffend die 2. Abbauetappe ohne Wald einzutreten; andererseits werde die Ya._ AG verpflichtet, falls dies nicht geschehe, der Beschwerdeführerin die rechtskräftige Abbaubewilligung zu übertragen. Dasselbe Vorgehen gelte auch bei der Bewilligung von weiteren Abbauetappen. Diese zivilrechtliche Verpflichtung - deren Gültigkeit bestritten werde - erlaube der Beschwerdeführerin also nicht den Eintritt in das damals bereits hängige öffentlich-rechtliche Bewilligungsverfahren über die 2. Abbauetappe, Teil Wald, sondern verlange lediglich die Übertragung von rechtskräftigen Abbaubewilligungen.
Bei dieser Beurteilung berücksichtigte das Verwaltungsgericht, dass der Ya._ AG in dem seit 1997 hängigen Gesuchsverfahren erhebliche Umtriebe und Kosten erwachsen seien. Unter diesen Umständen sei grundsätzlich ein Beitritt in das Verfahren nur mit Zustimmung der bisherigen Gesuchstellerinnen und/oder gestützt auf eine unumstrittene Rechtsposition oder klare Rechtsgrundlage zulässig.
Die Gültigkeit der Vereinbarung vom 5. November 2002 sei jedoch zwischen den Parteien streitig. Es sei daher davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin mit ihrem Gesuch um Verfahrenseintritt versucht habe, kurz vor Abschluss des lang dauernden öffentlich-rechtlichen Verfahrens und gegen den Willen der Beschwerdegegnerinnen in den Genuss der Bewilligung zu kommen, ohne dass zivilrechtlich die Gültigkeit der Vereinbarung geklärt worden sei. Ein solches Verhalten verdiene nicht nur keinen Rechtsschutz, sondern es fehle für einen solchen Einbezug schlicht auch an einer öffentlich-rechtlichen Grundlage. Inwiefern die Beschwerdeführerin aufgrund der verschiedenen Vereinbarungen tatsächlich ein Recht auf Übertragung von rechtskräftigen Abbaubewilligungen habe, sei nicht von den Baubewilligungsbehörden, sondern von den zivilen Gerichten zu beurteilen.
Ergänzend hielt das Verwaltungsgericht fest, dass die Erteilung der Abbaubewilligung an mehrere Parteien, über mehrere Grundstücke, gestützt auf umstrittene Vertragsgrundlagen und gegen den Willen der originären Gesuchstellerin auch nicht im öffentlichen Interesse liege. So sei zu befürchten, dass die öffentlich-rechtlichen Auflagen und Bedingungen durch die Querelen zwischen den Beteiligten unter Druck geraten und nicht eingehalten werden könnten. Weiter könne der von beiden Beschwerdegegnerinnen abgelehnte Beitritt der Beschwerdeführerin zu einer unkoordinierten und daher chaotischen Abbautätigkeit führen. Eine zeitliche und räumliche Aufteilung der Abbautätigkeit auf die Beteiligten, die unter den gegebenen Umständen an sich unentbehrlich wäre, sei jedoch der Baubewilligungsbehörde angesichts der verworrenen und umstrittenen zivilrechtlichen Vereinbarungen nicht zuzumuten gewesen.
6. Diese Ausführungen lassen keine Verletzung von Bundesrecht erkennen.
6.1 Zunächst ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin selbst keinen bundes(verwaltungs)rechtlichen Anspruch auf Einräumung der Abbaubewilligung geltend macht; ein solcher ist auch nicht ersichtlich. Insofern handelt es sich um eine Frage des kantonalen Bau- und Verfahrensrechts, welches das Bundesgericht nur unter verfassungsrechtlichen Aspekten (insbesondere Willkürverbot, Rechtsgleichheitsgebot) überprüfen kann, soweit diese genügend gerügt worden sind (<ref-law>).
6.2 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass der Beitritt in ein seit langem hängiges Baugesuchsverfahren, aus welchem der Gesuchstellerin erhebliche Umtriebe und Kosten erwachsen seien, jedenfalls nur mit Zustimmung der bisherigen Gesuchstellerin und/oder gestützt auf eine unumstrittene Rechtsposition oder klare Rechtsgrundlage zulässig sei. Beide Voraussetzungen seien vorliegend nicht erfüllt.
Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern diese Rechtsauffassung eine Norm des kantonalen Rechts oder einen anerkannten Rechtsgrundsatz krass verletzt und daher willkürlich sei. Unbehelflich ist insbesondere ihre Berufung auf § 17 VRG/LU: Danach gilt als Partei eines Verwaltungsverfahrens, wer einen Entscheid anbegehrt oder durch einen Entscheid betroffen werden soll. Diese Bestimmung regelt lediglich, wer sich als Partei an einem Baubewilligungsverfahren beteiligen darf oder allenfalls dazu beigeladen werden muss; dagegen lässt sich aus dieser Bestimmung nicht ableiten, wer als Inhaber der Baubewilligung aufzuführen ist.
6.3 Die Beschwerdeführerin rügt weiter die Verletzung eines wohlerworbenen Rechtes, wenn sie nicht in die Abbaubewilligung einbezogen werde. Der Bestand eines dinglichen Abbaurechts gibt aber grundsätzlich noch keinen Anspruch auf Erteilung einer Bau- bzw. Abbaubewilligung. Im Baubewilligungsverfahren prüft die Bewilligungsbehörde, ob das Bauvorhaben den öffentlich-rechtlichen Bau- und Nutzungsvorschriften entspricht und ob das Baugrundstück erschlossen ist (§ 195 PBG/LU; Mischa Berner, Die Baubewilligung und das Baubewilligungsverfahren unter besonderer Berücksichtigung des luzernischen Rechts, Diss. Bern 2009, S. 21); privatrechtliche Fragen sind dagegen grundsätzlich nicht im Baubewilligungsverfahren zu prüfen, sondern werden auf den Zivilrechtsweg verwiesen. Eine Ausnahme gilt nur, wenn die öffentlich-rechtliche Ordnung ausnahmsweise unmittelbar an das Privatrecht anknüpft (vgl. dazu Andreas Baumann, Das Baubewilligungsverfahren nach aargauischem Recht, Zürich 2007, S. 32. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern dies vorliegend der Fall sei, d.h. das kantonale Recht den Einbezug aller dinglich Berechtigten in eine (Ab-)Baubewilligung verlangt.
Das Verwaltungsgericht hat vielmehr überzeugend dargelegt, dass die Erteilung einer gemeinsamen Abbaubewilligung über mehrere Grundstücke an unter sich zerstrittene Parteien, gestützt auf umstrittene Vertragsgrundlagen, dem öffentlichen Interesse an einem geordneten und kontrollierbaren Kiesabbau unter Einhaltung aller öffentlich-rechtlichen Auflagen und Bedingungen widersprechen würde. Auf seine diesbezüglichen Ausführungen (E. 2f S. 11 Mitte) kann verwiesen werden.
6.4 Eine verfassungswidrige Ungleichbehandlung gegenüber der Z._ AG liegt nicht vor, weil deren Stellung als dinglich Mitberechtigte an der Parzelle Nr. 709 unumstritten ist und sie mit Zustimmung der Ya._ AG als ursprünglicher Gesuchsstellerin in das Bewilligungsverfahren eingetreten ist. Darin unterscheidet sich die Situation der Z._ AG wesentlich von derjenigen der Beschwerdeführerin.
6.5 Das Verwaltungsgericht durfte auch ohne Willkür davon ausgehen, dass die Gültigkeit der Vereinbarungen vom 5. November 2002, auf welche die Beschwerdeführerin ihr Recht, in die Abbaubewilligung einbezogen zu werden, abstützt, umstritten ist.
Zwar ist das Amtsgericht Willisau in seinem Urteil vom 17. November 2005 im Wesentlichen der Darstellung der Beschwerdeführerin gefolgt. Dieses Urteil bezog sich aber auf den zwischen G Y._ und der Beschwerdeführerin abgeschlossenen Dienstbarkeitsvertrag und nicht auf die hier streitigen Vereinbarungen zwischen der Beschwerdeführerin und der Ya._ AG.
Diese Zweifel werden auch durch den Kieslieferungsvertrag vom 20. März 2003 nicht vollständig ausgeräumt (sofern dieser überhaupt ein zulässiges Novum i.S.v. <ref-law> darstellt): Zum einen ist auch der Fortbestand dieses Vertrages umstritten; zum anderen wurde dieser Vertrag "unbeachtlich der Durchsetzungsmöglichkeiten der Vereinbarungen und Verträge vom 5.11.2002" abgeschlossen.
Unter diesen Umständen war es jedenfalls nicht willkürlich, die streitigen zivilrechtlichen Fragen nicht vorfrageweise im Baubewilligungsverfahren zu prüfen, sondern die Parteien hierfür auf den Zivilrechtsweg zu verweisen.
6.6 Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde 1C_300/2009 als unbegründet und ist abzuweisen.
Beschwerde 1C_302/2009 (Verletzung des Fahrwegrechts der Beschwerdeführerin)
7. Ziff. 3.66 der Baubewilligung sieht vor, dass die Zu- und Wegfahrt zum Areal der Kiesgrube Rufswil ausschliesslich über die Werkstrasse zu erfolgen habe.
7.1 Vor Verwaltungsgericht verlangte die Beschwerdeführerin die Aufhebung dieser Regelung und die Festlegung einer anderen Erschliessung. Sie machte geltend, die Werkstrasse führe auf einem kurzen Stück über das Grundstück Nr. 320 von F Y._, welches weder mit einem Fahrwegrecht zu Gunsten der Parzellen Nrn. 316, 299 und 709 noch zu Gunsten der Beschwerdegegnerinnen belastet sei. Ein Fahrwegrecht sei einzig der W._ AG und der Beschwerdeführerin eingeräumt worden. Es sei daher entweder eine andere Erschliessung festzulegen oder aber die Abbaubewilligung sei nur der Beschwerdeführerin zu erteilen.
7.2 Das Verwaltungsgericht verneinte die Legitimation der Beschwerdeführerin und trat auf die Beschwerde nicht ein.
Es stellte fest, dass die Beschwerdeführerin nicht in der Lage gewesen sei, rechtzeitig Einsprache zu erheben, weil ihr das Ausbeutungsrecht erst im November 2002 und das Fahrwegrecht im Jahr 2006 eingeräumt worden sei, lange nach Ablauf der Einsprachefrist. Es prüfte daher, ob ihr die Beschwerdebefugnis gestützt auf § 207 Abs. 2 lit. b des Luzerner Planungs- und Baugesetzes vom 7. März 1989 (PBG/LU) einzuräumen sei. Danach kann auch derjenige, der sich am Einspracheverfahren nicht beteiligt hat, Beschwerde erheben, wenn er durch den Entscheid oder Beschluss nachträglich in seinen schutzwürdigen Interessen betroffen ist.
Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass die Beschwerdeführerin ausschliesslich die fehlende rechtliche Erschliessung rüge und sich auf ihr seit April 2006 im Grundbuch eingetragenes Fahrwegrecht berufe. Sie lege aber nicht dar, inwiefern sie in ihren schutzwürdigen Interessen als Fahrwegberechtigte an Parzelle Nr. 320 betroffen sei und welchen praktischen Nutzen sie aus der Aufhebung oder Änderung von Ziff. 3.66 der Baubewilligung ziehen könnte. Damit verletze sie ihre Begründungs- und Mitwirkungspflicht. Im Übrigen sei nach Lage der Akten auch nicht ersichtlich, dass ihr die Ausübung des Fahrwegrechts durch den angefochtenen Entscheid in irgendeiner Weise erschwert oder gar verunmöglicht werden könnte.
7.3 Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, sie habe ihr Fahrwegrecht gegen Entschädigung erwerben müssen. Ihre Rechtsstellung als Fahrwegberechtigte und ihre wirtschaftlichen Interessen würden daher tangiert, wenn nicht berechtigten Personen, insbesondere der Z._ AG, eine Fahrberechtigung über dasselbe Grundstück quasi als Anhängsel einer öffentlichrechtlichen Bewilligung erteilt werde.
Zudem ergebe sich die Beschwerdelegitimation aus der Stellung der Beschwerdeführerin als Mitgesuchstellerin im Baubewilligungsverfahren und als dinglich Mitberechtigte am Kiesabbaurecht zu Lasten von Grundstück Nr. 316. Als solche habe sie ein tatsächliches und rechtliches Interesse, dass die ausgesprochene Bewilligung auch eine rechtsgenügliche Erschliessung umfasse. Grundsätzlich gehe es ihr darum, dass die Situation betreffend die Durchfahrt über die Parzelle Nr. 320 sauber geregelt sei.
8. Die Beschwerdegegnerinnen wenden dagegen ein, die Beschwerdeführerin sei nach dem Entscheid des Verwaltungsgerichts nicht mehr Mitinhaberin der Abbaubewilligung; im Übrigen wäre sie auch als Bewilligungsträgerin nicht befugt, nachträglich die angeblich fehlende Fahrwegberechtigung noch ins Spiel zu bringen, die im Baubewilligungsverfahren nie thematisiert worden sei.
Die Beschwerdegegnerinnen legen dar, dass die Werkstrasse in den 1980er-Jahren von der Ya._ AG, der Beschwerdeführerin und einem weiteren Kiesabbauunternehmen errichtet worden sei, als neue, die Bewohner Ufhusens weniger störende Zufahrt zu den Kiesgruben, gestützt auf eine Vereinbarung vom 11. Mai 1984. Dies sei mit Einverständnis und sogar auf Wunsch der betroffenen Grundeigentümer geschehen. Allerdings sei die - ursprünglich vorgesehene - Aufteilung der Parzelle Nr. 320 aus unbekannten Gründen unterblieben. Seither sei die Strasse von allen drei Unternehmen benutzt worden. Auch im Einspracheverfahren gegen das Abbaugesuch, zweite Etappe, habe der Eigentümer der Parzelle Nr. 320, J Y._, und sein Sohn, F Y._, der das Grundstück im November 2000 erworben habe, nie die Erschliessung über ihr Grundstück bemängelt.
Die Beschwerdeführerin habe sich das Fahrwegrecht erst im Jahr 2006 einräumen lassen. Auch sie sei daher von 1984 bis 2006 davon ausgegangen, dass sie die Strasse ohne im Grundbuch eingetragene Dienstbarkeit benutzen dürfe. Ihre jetzige Beschwerde diene nicht dazu, das Strassenteilstück von 22 m Länge vor unbefugtem Gebrauch zu schützen, sondern sei lediglich ein Mittel, um ihren Einbezug in die Abbaubewilligung zu erreichen.
9. Gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. a des Raumplanungsgesetzes (RPG; SR 700) gewährleistet das kantonale Recht gegen Verfügungen, die sich auf das RPG und seine kantonalen und eidgenössischen Ausführungsbestimmungen stützen (z.B. Baubewilligungen gemäss Art. 22 RPG) die Legitimation mindestens im gleichen Umfang wie für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Ferner schreibt <ref-law> in Fortführung von Art. 98a des früheren Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) die Einheit des Verfahrens vor: Wer zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist, muss sich am Verfahren vor allen kantonalen Vorinstanzen als Partei beteiligen können (<ref-law>); die unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts muss grundsätzlich mindestens die Rügen nach den Artikeln 95-98 BGG prüfen können (<ref-law>). Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die kantonalen Behörden die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen dürfen, als dies für die Beschwerde an das Bundesgericht vorgesehen ist.
9.1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (<ref-law>). Verlangt ist somit neben der formellen Beschwer (lit. a), dass der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt (lit. b) und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht (lit. c). Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (<ref-ruling> E. 1.3 S. 413 mit Hinweisen). Die Voraussetzungen von Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG hängen eng zusammen; insgesamt kann insoweit an die Grundsätze, die früher zur Legitimationspraxis bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a OG entwickelt worden sind, angeknüpft werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 252 f., 353 E. 3 S. 356 f., 400 E. 2.2 S. 404 f.).
9.2 Wie schon vor Verwaltungsgericht, macht die Beschwerdeführerin auch im bundesgerichtlichen Verfahren nicht geltend, dass die Mitbenützung der Werkstrasse für Zu- und Wegfahrten der Beschwerdegegnerinnen zum Areal der Kiesgrube Rufswil irgendwelche praktischen Nachteile für die Beschwerdeführerin haben oder sich in anderer Weise (z.B. Strassenunterhalt) nachteilig für sie auswirken könnte.
Die Beschwerdeführerin beruft sich ausschliesslich auf die fehlende rechtliche Sicherung der Erschliessung. Zur Behebung dieses Mangels müssten die Beschwerdegegnerinnen vom Grundeigentümer entweder ein dingliches Fahrwegrecht erwerben, oder sich obligatorisch (z.B. durch Abschluss eines Mietvertrags) ein Überfahrtsrecht sichern. Dies könnte dem Grundeigentümer einen praktischen Nutzen (z.B. in Form eines Miet- oder Dienstbarkeitszinses) bringen; dagegen ist nicht ersichtlich, welchen Nutzen dies für die Beschwerdeführerin bedeuten würde.
Weiter beruft sich die Beschwerdeführerin auf ihre Stellung als Mitinhaberin der Baubewilligung. Abgesehen davon, dass diese Stellung inzwischen aufgehoben worden ist, ist auch insoweit kein schützenswertes Interesse erkennbar: Die Beschwerdeführerin bringt selbst vor, dass ihre Beschwerde zum Fahrwegrecht gegenstandslos würde, wenn sie in die Abbaubewilligung einbezogen würde. Den Einwand der (rechtlich) mangelhaften Erschliessung erhebt sie also ausschliesslich für den Fall, dass sie nicht Mitinhaberin der Abbaubewilligung sei. In diesem Fall aber hat sie kein eigenes, schutzwürdiges Interesse an der Sicherstellung einer klaren, rechtlich einwandfreien Regelung der Überfahrtsrechte im Baubewilligungsverfahren.
Nach dem Gesagten hat das Verwaltungsgericht kein Bundesrecht verletzt, als es auf die Beschwerde der Beschwerdeführerin betreffend die Erschliessung nicht eingetreten ist.
10. Beide Beschwerden sind daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1C_300/2009 und 1C_302/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die privaten Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Ufhusen, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber