Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Laufenburg sprach X._ am 27. März 2009 von der Anklage des gewerbsmässigen Inverkehrbringens von Arzneimitteln ohne Zulassung frei.
Hiergegen erhob die Bundesanwaltschaft auf Ersuchen des Schweizerischen Heilmittelinstituts Swissmedic Berufung an das Obergericht des Kantons Aargau. Dieses hiess die Berufung mit Urteil vom 12. November 2009 teilweise gut, sprach X._ des gewerbsmässigen Inverkehrbringens von Arzneimitteln ohne Zulassung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 240 Tagessätzen zu Fr. 100.-- unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs bei einer Probezeit von drei Jahren sowie einer Busse von Fr. 6'000.--. Ausserdem forderte es von X._ Einnahmen im Umfang von Fr. 13'500.-- zurück.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben. Er sei von Schuld und Strafe freizusprechen, soweit auf die Anklage einzutreten und das Verfahren nicht infolge Verjährung einzustellen sei. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Auf die Rückforderung von Fr. 13'500.-- sei zu verzichten, eventualiter sei dieser Betrag bei einem teilweisen Freispruch anzupassen.
C. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
1.1 Der Beschwerdeführer ist Generalbevollmächtigter (CEO) der im Jahr 2003 gegründeten Y._ Inc. (nachfolgend Y._) mit Hauptsitz in den USA und einer Niederlassung in Österreich. Zudem ist er Geschäftsführer der bereits früher gegründeten Z._ GmbH (Schweiz) [nachfolgend Z._], die gemäss Unternehmenszweck Handel mit Nahrungsmitteln und Nahrungsergänzungsmitteln betreibt.
Um die in der Schweiz nicht zugelassenen Nahrungsergänzungsmittel (Arzneimittel) an schweizerische Konsumenten vertreiben zu können, wurde in Österreich eine Zweigniederlassung, die Z._ Österreich, gegründet. Der Beschwerdeführer überwachte in seiner Funktion den ihm untergeordneten Geschäftsführer der österreichischen Zweigniederlassung. Die Bestellungen der Kunden, die Rechnungen sowie der Einkauf der nicht zugelassenen Produkte erfolgten über den Beschwerdeführer. Die Z._ zahlte der österreichischen Niederlassung jeweils die Kosten für den Versand der Produkte und den Nettopreis der Ware. Den gesamten Gewinn aus dem Produktverkauf erlangte jedoch die Z._.
Da Zweifel an der Rechtmässigkeit dieses Vorgehens aufkamen, liess der Beschwerdeführer die Y._ mit Sitz in den USA gründen, um das Vertriebsverbot von Produkten, die in der Schweiz nicht zugelassen sind, zu umgehen. Seit Gründung der Y._ erfolgten der gesamte Kundenkontakt sowie der Handel über diese Gesellschaft, während die Z._ für Dienstleistungen (Verpacken, Versand, Betreuung Homepage, Einkauf der Produkte in Holland) zuständig ist. Die Kundenbestellungen wurden über die Homepage der Y._ abgewickelt und die Bestellungen automatisch an die Z._ weitergeleitet. Die in der Schweiz verkehrsfähigen Produkte wurden durch die Z._ ausgeliefert, die nicht zugelassenen ab dem österreichischen Lager der Y._ (frühere Zweigniederlassung Z._ Österreich).
Der Beschwerdeführer ist alleiniger Verfügungsberechtigter und Inhaber aller Konti der als Unternehmenseinheit zu betrachtenden Y._ und Z._. Ihm kommt ausserdem die Herrschaft über die gesamte Geschäftstätigkeit zu.
1.2 Mit Schreiben vom 9. Januar 2004 erstattete das Statthalteramt Arlesheim/BL Anzeige gegen unbekannt wegen gewerbsmässiger Vermittlung und Einfuhr in der Schweiz nicht zugelassener Arzneimittel. Am 25. Mai 2005 fing das Zollinspektorat St. Margarethen ein Transportfahrzeug ab, worin sich unter anderem 61 Pakete bzw. Umschläge mit insgesamt sieben nicht zugelassenen und gesundheitsgefährdenden Arzneimitteln ("Stack II", "Stack 5", "T3", "TIGHT", "Methoxybol VII", "Myo Blast", "Instone Forza T") befanden. Diese Arzneimittelsendungen waren an Empfänger in der Schweiz adressiert und versehen mit dem Absender Y._ sowie der Wohnadresse des Beschwerdeführers. Gestützt auf diesen Fund erfolgte die Überweisung an das Bezirksgericht Laufenburg.
2.1 2.1.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den von der Vorinstanz zugrundegelegten Deliktszeitraum. Dieser sei gegenüber der Anklageschrift durch die Vorinstanz erweitert worden, indem sie nicht nur den Sachverhalt vom 25. Mai 2005 beurteilt habe, sondern auch den Verkauf in der Schweiz nicht zugelassener Nahrungsergänzungsmittel zwischen dem 11. Oktober 2002 und dem 25. Mai 2005, obwohl dieser Zeitraum in der Anklageschrift gar nicht erwähnt werde (Beschwerde, S. 8 ff.). In der Anklageschrift werde lediglich ausgeführt, er sei bereits vor Gründung der Y._ am 13. Mai 2003 Geschäftsführer der Z._ gewesen und habe vom 11. Oktober 2002 bis 10. Oktober 2003 einen bestimmten Gewinn erzielt. Hieraus könne nicht ein Deliktszeitraum ab dem 11. Oktober 2002 abgeleitet werden. Ein Ende des Deliktszeitraums sei in der Anklageschrift, entgegen der vorinstanzlichen Auffassung, ebenfalls nicht bestimmt. Es sei nicht anzunehmen, dass er mit dem Tag der Beschlagnahme vom 25. Mai 2005 seine Geschäftstätigkeit eingestellt habe. Es werde ferner in der Anklageschrift nicht behauptet, dass er zwischen dem 11. Oktober 2003 und dem 25. Mai 2005 delinquiert habe, weshalb dieser Zeitraum nicht als angeklagt betrachtet werden könne (Beschwerde, S. 18 ff.).
2.1.2 Der Anklagegrundsatz verlange u.a. eine personelle Trennung der untersuchenden sowie der urteilenden Behörde, weshalb es einem Gericht nicht erlaubt sei, einen nicht angeklagten Sachverhalt zu beurteilen. Weiter bestimme die Umgrenzungsfunktion der Anklageschrift das Verfahrens- und Urteilsthema. Die zeitliche Erweiterung des Anklagesachverhalts durch das Obergericht verstosse gegen den Anklagegrundsatz (Art. 29 Abs. 2, Art. 31 Abs. 1, Art. 32 Abs. 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK; Beschwerde, S. 12 ff.). Die Anklageschrift grenze den betreffenden Zeitraum zu wenig präzise ein. Er habe die Verteidigung gegen die früheren Vorwürfe unterlassen, da er diese in der Anklageschrift schlicht nicht erkannt habe (Beschwerde, S. 16). Zu beurteilen seien richtigerweise einzig die am 25. Mai 2005 beschlagnahmten Sendungen gewesen, wie es die erste Instanz getan habe.
2.2 Die Vorinstanz erwägt, dass sich aus der Anzeige des Statthalteramtes Arlesheim/BL gegen unbekannt kein konkreter Tatverdacht gegen den Beschwerdeführer ergebe. Sie schliesst jedoch unter Einbezug der Sachverhaltselemente in der Einleitung der Anklageschrift, dass der Vorfall vom 25. Mai 2005 darin nur beispielhaft angeführt worden sei und dem Beschwerdeführer schon für die Zeit zuvor ein konkreter Tatverdacht, konkret der Vertrieb nicht zugelassener Produkte ab dem 11. Oktober 2002, angelastet werde (angefochtenes Urteil, S. 12 f.). Dem Anhang der Anklageschrift, der einen Bestandteil der Anklage bilde, sei zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer vom 11. Oktober 2002-10. Oktober 2003 an 405 Kunden die nicht zugelassenen Produkte "Stack II" und "Stack 5" vertrieben und hieraus Fr. 33'894.-- Gewinn erwirtschaftet habe.
Beim Vorwurf des gewerbsmässigen Inverkehrbringens von Arzneimitteln ohne Zulassung stehe nicht jeder mehr oder weniger gleichgelagerte Einzelfall im Vordergrund, sondern die dem Beschwerdeführer vorgehaltene Vorgehensweise insgesamt. Es könne nicht erwartet werden, dass auch für den angeklagten Zeitraum vom 10. Oktober 2003-25. Mai 2005 über jede Handlung Buch geführt werde. Entscheidend sei, dass der Beschwerdeführer den konkreten Tatvorhalt kenne. Er habe gewusst, dass ihm gewerbsmässiges Inverkehrbringen von Arzneimitteln ohne Zulassung vorgeworfen werde. Er habe sich bereits im Untersuchungsverfahren zu den Tatvorwürfen ab dem Jahr 2002 äussern können (angefochtenes Urteil, S. 13). Die Annahme, die vor dem 25. Mai 2005 erfolgten Handlungen bildeten keinen eigenständigen Anklagevorwurf, sei aufgrund der Sachverhaltsschilderung in Ziff. 3 der Anklageschrift sowie der weiteren Sachverhaltselemente und der zeitlichen Angaben in Ziff. 1 hinreichend individualisiert. Der Beschwerdeführer anerkenne zudem in seiner Berufungsantwort, dass die Anklageschrift die Verhältnisse insofern richtig darlege, als er bereits vor Gründung der Y._ in der Schweiz Nahrungs- und Nahrungsmittelergänzungsmittel, darunter auch nicht zugelassene Produkte, vertrieben habe (angefochtenes Urteil, S. 13 f.).
2.3 Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die dem Beschuldigten zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt damit zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte des Angeklagten und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion). In der Anklage sind namentlich die Umstände aufzuführen, welche zum gesetzlichen Tatbestand gehören (Urteil des Bundesgerichts 6B_225/2008 vom 7. Oktober 2008 E. 1.1 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2a). Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde (Urteil 6B_390/2009 vom 14. Januar 2010 E. 1.8; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
Konkretisiert wird der Anklagegrundsatz zur Hauptsache durch die formellen Anforderungen, welche das kantonale Verfahrensrecht an die Anklageschrift stellt. Gemäss <ref-law>/AG hat die Anklageschrift u.a. eine kurze Umschreibung der dem Angeklagten zur Last gelegten Tat zu enthalten. Aus der Gesetzesbestimmung geht indessen nicht hervor - worauf auch die Vorinstanz hinweist (angefochtenes Urteil, S. 11) -, dass die Anklage sämtliche einen Straftatbestand ausmachenden Umstände anführen müsste. Die eingeklagte strafbare Handlung muss jedoch den in Frage stehenden Lebensvorgang identifizieren und individualisieren.
2.4 Die Beurteilung der Verfassungskonformität von Anklageschriften hat gestützt auf die mit dem Anklagegrundsatz verfolgten Ziele zu erfolgen. Durch klare Umgrenzung des Prozessgegenstands und Vermittlung der für die Verteidigung notwendigen Informationen soll den Betroffenen ein faires Verfahren garantiert werden. Entscheidend ist, dass der Angeklagte genau weiss, was ihm konkret vorgeworfen wird (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2c). Kleinere Ungenauigkeiten in den Orts- und Zeitangaben führen nicht zur Unbeachtlichkeit der Anklage. Allgemein gilt, je gravierender die Vorwürfe, desto höher die Anforderungen an das Akkusationsprinzip (Urteil des Bundesgerichts 6B_333/2007 vom 7. Februar 2008 E. 2.1.4 mit Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung).
2.5 Die Tatkonkretisierung hat die Aufgabe, das Gericht an die Anklageschrift zu binden, vor allem insoweit, als die in ihr enthaltenen Angaben unerlässlich sind, um die Tat unverwechselbar zu kennzeichnen. Bei gewerbsmässiger Begehung werden mehrere an sich selbständige strafbare Handlungen durch die gesetzliche Umschreibung im Tatbestand zu einer rechtlichen Handlungseinheit verschmolzen. Gekennzeichnet ist die so umschriebene rechtliche Einheit objektiv durch gleichartige Handlungen, die gegen das gleiche Rechtsgut gerichtet sind und in einem örtlichen und zeitlichen Zusammenhang stehen und subjektiv durch einen alle Handlungen umfassenden Entschluss bzw. Gesamtvorsatz. Wirft die Anklage Gewerbsmässigkeit vor, kommt es deshalb nicht so sehr darauf an, welche einzelnen Handlungen dem Angeklagten vorgeworfen werden können, sondern darauf, dass die Umstände die Verbrechenseinheit erkennen lassen (Urteil des Bundesgerichts 6B_254/2007 vom 10. August 2007 E. 3.2; <ref-ruling> E. 4c; je mit Hinweisen). Bei solchen "Kollektivdelikten" kann daher in gewissem Umfang auf eine abschliessende Aufzählung der Fälle verzichtet werden. Andernfalls würde der Angeklagte, dem Delikte in grosser Zahl vorgeworfen werden, gegenüber dem nur vereinzelt Straffälligen begünstigt (Urteil 6B_528/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 2.15 mit Hinweisen).
2.5 Die Tatkonkretisierung hat die Aufgabe, das Gericht an die Anklageschrift zu binden, vor allem insoweit, als die in ihr enthaltenen Angaben unerlässlich sind, um die Tat unverwechselbar zu kennzeichnen. Bei gewerbsmässiger Begehung werden mehrere an sich selbständige strafbare Handlungen durch die gesetzliche Umschreibung im Tatbestand zu einer rechtlichen Handlungseinheit verschmolzen. Gekennzeichnet ist die so umschriebene rechtliche Einheit objektiv durch gleichartige Handlungen, die gegen das gleiche Rechtsgut gerichtet sind und in einem örtlichen und zeitlichen Zusammenhang stehen und subjektiv durch einen alle Handlungen umfassenden Entschluss bzw. Gesamtvorsatz. Wirft die Anklage Gewerbsmässigkeit vor, kommt es deshalb nicht so sehr darauf an, welche einzelnen Handlungen dem Angeklagten vorgeworfen werden können, sondern darauf, dass die Umstände die Verbrechenseinheit erkennen lassen (Urteil des Bundesgerichts 6B_254/2007 vom 10. August 2007 E. 3.2; <ref-ruling> E. 4c; je mit Hinweisen). Bei solchen "Kollektivdelikten" kann daher in gewissem Umfang auf eine abschliessende Aufzählung der Fälle verzichtet werden. Andernfalls würde der Angeklagte, dem Delikte in grosser Zahl vorgeworfen werden, gegenüber dem nur vereinzelt Straffälligen begünstigt (Urteil 6B_528/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 2.15 mit Hinweisen).
2.6 2.6.1 Die Anklageschrift der Beschwerdegegnerin 2 vom 30. Juli 2008 gliedert sich in drei Teile. Ziff. 1 beschreibt die Geschäftstätigkeit des Beschwerdeführers im Rahmen der Z._ und der Y._ sowie deren Funktionsweise. Ziff. 2 listet die in Frage kommenden Straftatbestände auf, während in Ziff. 3 eine Sachverhaltsschilderung anschliesst. Der Anklagevorwurf wird dadurch unverwechselbar und genügend konkret gekennzeichnet.
2.6.2 Die Erweiterung des massgeblichen Deliktszeitraums durch die Vorinstanz über den Sachverhalt vom 25. Mai 2005 hinaus findet - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - eine Stütze in der Anklageschrift. Dort wird in Ziff. 1 nicht nur ausgeführt, er sei vor Gründung der Y._ am 13. Mai 2003 Geschäftsführer der Z._ Schweiz gewesen, sondern auch, dass er zwischen dem 11. Oktober 2002 und dem 10. Oktober 2003 mit dem Inverkehrbringen der nicht zugelassenen Produkte "Stack II" und "Stack 5" einen Gewinn von Fr. 33'894.-- erwirtschaftet habe (Ziff. 3 der Anklageschrift), wobei die einzelnen Geschäfte im Anhang der Anklageschrift separat aufgelistet sind. Der Anklagevorwurf wird dadurch unverwechselbar und genügend konkret gekennzeichnet.
2.6.3 Wie der Beschwerdeführer zu Recht ausführt, definiert die Anklageschrift kein Ende des Deliktszeitraums, was jedoch keine rechtliche Bewandtnis hat, da er selber einräumt, es sei nicht anzunehmen, dass er mit dem Tag der Beschlagnahme vom 25. Mai 2005 seine Geschäftstätigkeit eingestellt habe.
2.6.4 Zum Zeitraum zwischen dem 11. Oktober 2003 und dem 25. Mai 2005 führt die Anklageschrift aus, dass er seine (deliktische) Tätigkeit über den 11. Oktober 2003 hinaus ohne Änderungen weitergeführt habe, was zur Beschlagnahme der importierten Arzneimittel am 25. Mai 2005 geführt hat. Wenn der Beschwerdeführer ausführt, er habe ab dem 25. Mai 2005 seine (unveränderte) Geschäftstätigkeit nicht eingestellt, wird zudem hinreichend deutlich, dass er vor diesem Stichtag die deliktische Tätigkeit bereits ausgeführt hat. Im Einklang mit der Vorinstanz ist daher der Zeitraum vom 11. Oktober 2003 bis 25. Mai 2005 als angeklagt zu betrachten. Die Argumentation des Beschwerdeführers, er habe die vor dem 25. Mai 2005 datierenden Vorwürfe aus der Anklageschrift nicht erkannt, erweist sich als unbegründet.
Die zeitliche Erweiterung des Anklagesachverhalts durch das Obergericht verstösst nicht gegen den Anklagegrundsatz.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz sowie eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo".
Die Y._ stelle entgegen der vorinstanzlichen Ansicht kein Umgehungsgeschäft dar, sondern sei ein tatsächlich existierendes, selbständiges Unternehmen. Er habe dieses nicht einzig zum Zweck gegründet, durch Vortäuschung eines ausländischen Unternehmens in der Schweiz nicht zugelassene Nahrungsergänzungsmittel zu verkaufen. Die Mitbegründung sowie die Beteiligung an der Leitung der Y._ könnten nicht Ausdruck eines Umgehungsgeschäftes sein. Dieser Schluss der Vorinstanz sei offensichtlich unhaltbar, da hierfür jede Grundlage fehle. Dasselbe gelte für die Feststellung, die strikte Trennung der Z._ von der Y._ sei nur deshalb durchgeführt worden, weil eine Unrechtmässigkeit bestanden habe (Beschwerde, S. 23 f.) Ebenso habe die Vorinstanz die Rechnung an den Klienten A._ und die Offerte der B._ AG offensichtlich unhaltbar gewürdigt (Beschwerde, S. 25 f.). Die Vorinstanz habe auch seine wichtigen und erheblichen Erklärungen zu verschiedenen Beweismitteln unberücksichtigt gelassen, so zu den Aussagen des Steueramts des Kantons Aargau, zu einer Mail vom 6. Januar 2004 sowie zu den angebrachten Adressen. Die Vorinstanz habe schliesslich die von ihm eingereichten Rechnungen der Y._ an ihre Kunden im EU-Raum, die belegten, dass Y._ ein tatsächlich international tätiges Unternehmen sei, nicht beachtet. Dadurch habe sie den Sinn sowie die Tragweite dieses Beweismittels verkannt (Beschwerde, S. 26 ff.).
Die Y._ stelle entgegen der vorinstanzlichen Ansicht kein Umgehungsgeschäft dar, sondern sei ein tatsächlich existierendes, selbständiges Unternehmen. Er habe dieses nicht einzig zum Zweck gegründet, durch Vortäuschung eines ausländischen Unternehmens in der Schweiz nicht zugelassene Nahrungsergänzungsmittel zu verkaufen. Die Mitbegründung sowie die Beteiligung an der Leitung der Y._ könnten nicht Ausdruck eines Umgehungsgeschäftes sein. Dieser Schluss der Vorinstanz sei offensichtlich unhaltbar, da hierfür jede Grundlage fehle. Dasselbe gelte für die Feststellung, die strikte Trennung der Z._ von der Y._ sei nur deshalb durchgeführt worden, weil eine Unrechtmässigkeit bestanden habe (Beschwerde, S. 23 f.) Ebenso habe die Vorinstanz die Rechnung an den Klienten A._ und die Offerte der B._ AG offensichtlich unhaltbar gewürdigt (Beschwerde, S. 25 f.). Die Vorinstanz habe auch seine wichtigen und erheblichen Erklärungen zu verschiedenen Beweismitteln unberücksichtigt gelassen, so zu den Aussagen des Steueramts des Kantons Aargau, zu einer Mail vom 6. Januar 2004 sowie zu den angebrachten Adressen. Die Vorinstanz habe schliesslich die von ihm eingereichten Rechnungen der Y._ an ihre Kunden im EU-Raum, die belegten, dass Y._ ein tatsächlich international tätiges Unternehmen sei, nicht beachtet. Dadurch habe sie den Sinn sowie die Tragweite dieses Beweismittels verkannt (Beschwerde, S. 26 ff.).
3.2 3.2.1 Die Vorinstanz erwägt im Rahmen ihrer Beweiswürdigung, dass der Beschwerdeführer vor Gründung der Y._ nicht verkehrsfähige Produkte als Geschäftsführer der Z._ vertrieben habe, teilweise auch an Wiederverkäufer. Die Y._ habe er einzig zum Zweck einer Gesetzesumgehung gründen lassen und auch bloss aus diesem Grund betrieben, indem er diese als ausländische Lieferantin zum Vertrieb nicht verkehrsfähiger Produkte in die Schweiz benutzt habe (angefochtenes Urteil, S. 22). Die Vorinstanz stützt sich hierbei auf die polizeilichen Einvernahmen vom 30. April 2004 und 17. November 2005 sowie weiterer Untersuchungsakten (angefochtenes Urteil, S. 16 ff.).
3.2.2 Nach Gründung der Y._ habe sich an der Geschäftsabwicklung nichts Grundlegendes geändert. Die angebotenen, nicht verkehrsfähigen Produkte seien wie bisher via Lager in Österreich oder Deutschland in die Schweiz importiert worden, wobei nach ihrer Gründung die Y._ (statt die Z._) gegen aussen in Erscheinung getreten sei. Die mit der Gründung der Y._ beabsichtigte Gesetzesumgehung gehe aus einer E-Mail vom 29. April 2003 (Berufungsbeilage 3 der Vorakten) hervor. Die Kaufpreiszahlungen der vertriebenen Produkte hätten an ein auf die Y._ lautendes Konto gezahlt werden müssen, das jedoch einzig den Beschwerdeführer als verfügungsberechtigten Kontoinhaber ausgewiesen habe (act. 621 der Vorakten). Aus der Vereinbarung zwischen den Gesellschaftern bzw. Aktionären der Z._ und der Y._ gehe hervor, dass darauf geachtet werden müsse, die beiden Unternehmen und deren Gesellschafter nicht in Verbindung zu bringen (Berufungsbeilage 6 der Vorakten). Aus der E-Mail-Korrespondenz ergebe sich ausserdem, dass der Beschwerdeführer von seinem Geschäftspartner und formellen Gründer der Y._ gewarnt worden sei, dass die vielen Bezüge der Y._ zur Schweiz unglaubwürdig seien und auf eine Umgehungsfunktion hinweisen würden (Berufungsbeilage 9 der Vorakten). Ein weiterer Beleg hierfür stelle die E-Mail des Beschwerdeführers an C._ dar, worin er u.a. ausführt "to our good luck, we are not really working in the US!" (Berufungsbeilage 10 der Vorakten). Das Steueramt des Kantons Aargau habe zudem darauf hingewiesen, dass aus den Buchhaltungsunterlagen der Y._ aus verschiedenen Gründen die Vortäuschung einer US-Firma hervorgehe (act. 782 f. der Vorakten).
3.2.3 Weitere Indizien einer Umgehungsfunktion der Y._ erblickt die Vorinstanz in der auf den Lieferscheinen angebrachten Adresse "Y._ Inc. Auslieferungslager Schweiz D._", die entgegen den Angaben des Beschwerdeführers die Funktion als Absenderadresse und nicht eine Rücksendeadresse für Retouren aufweise.
Hinsichtlich der Rechnung an den Klienten A._ hält die Vorinstanz fest, dass die Zahlungskondition "Bar bei Übergabe" und die Verrechnung eines einzelnen Paketes gegen eine separate Zustellung der nicht verkehrsfähigen Produkte ab einem ausländischen Lager spreche.
Schliesslich müsse aus der Offerte der B._ AG für Import-Abfertigung, Übernahme, Absortierung und Feinverteilung der Waren geschlossen werden, dass der Beschwerdeführer als Geschäftsführer der Z._ auch bei einer Lieferung der nicht verkehrsfähigen Produkte aus dem Ausland faktisch selber über den Versand habe bestimmen können und dafür verantwortlich gewesen sei. Damit seien ihm dieselben Aufgaben wie vor Gründung der Y._ zugekommen. Die vom Beschwerdeführer eingereichten 132 Belege für den Vertrieb an Konsumenten in EU-Länder sei deshalb ohne Belang, da es hier um die Beurteilung der angeklagten Inverkehrssetzung nicht zugelassener Arzneimittel in die Schweiz und nicht in den EU-Raum gehe (angefochtenes Urteil, S. 21 f.).
Schliesslich müsse aus der Offerte der B._ AG für Import-Abfertigung, Übernahme, Absortierung und Feinverteilung der Waren geschlossen werden, dass der Beschwerdeführer als Geschäftsführer der Z._ auch bei einer Lieferung der nicht verkehrsfähigen Produkte aus dem Ausland faktisch selber über den Versand habe bestimmen können und dafür verantwortlich gewesen sei. Damit seien ihm dieselben Aufgaben wie vor Gründung der Y._ zugekommen. Die vom Beschwerdeführer eingereichten 132 Belege für den Vertrieb an Konsumenten in EU-Länder sei deshalb ohne Belang, da es hier um die Beurteilung der angeklagten Inverkehrssetzung nicht zugelassener Arzneimittel in die Schweiz und nicht in den EU-Raum gehe (angefochtenes Urteil, S. 21 f.).
3.3 3.3.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
3.3.2 Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre. Andernfalls kann ein Sachverhalt, der von dem im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 2.4).
3.3.3 Dem Sachgericht steht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu (<ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 6.1). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn es diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen im dargelegten Sinn missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem die freie Prüfung aller Tat- und Rechtsfragen zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b).
3.3.4 Der Beschwerdeführer beschränkt sich in weiten Teilen seiner Beschwerde auf eine appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid. Dies betrifft seine Vorbringen im Zusammenhang mit der Mitbegründung sowie die Beteiligung an der Leitung der Y._, die nicht Ausdruck eines Umgehungsgeschäftes sein könne, der Lieferung von Nahrungsergänzungsmitteln an A._, der Offerte der B._ AG sowie den Ausführungen des Steueramts des Kantons Aargau.
Appellatorisch ist auch die Kritik des Beschwerdeführers bezüglich seiner E-Mail an C._, worin er u.a. im Zusammenhang mit seinen mangelnden englischen Sprachkenntnissen ausführte "to our good luck, we are not really working in the US!" Er erklärt seine Mitteilung lediglich damit, dass die Y._ auf dem US-Markt gar keine Nahrungsergänzungsmittel vertrieben, sondern sich auf den Versand in den EU-Raum beschränkt habe. Diese Erklärungen können seine in der E-Mail gemachte Aussage freilich nicht entkräften. Die Konzentration auf den Versand in den EU-Raum würde nämlich nicht bedeuten, dass die Y._ in den USA nicht tätig wäre, zumal sie gleichwohl eine Geschäftstätigkeit entwickeln müsste, um den Export nach Europa organisieren und dauerhaft sicherstellen zu können.
Gleichermassen appellatorisch gestaltet sich die Kritik betreffend die vereinbarte strikte Trennung der beiden Unternehmen sowie die Warnung des formellen Gründers der Y._ an die Adresse des Beschwerdeführers. Auch die Kritik an der Nichtberücksichtigung der Kundenbelieferung der Y._ in den EU-Raum vermag keine Willkür der Vorinstanz aufzuzeigen und die von ihr vorgenommene Sachverhaltsfeststellung im Sinne von <ref-law> nicht in Frage zu stellen. Entsprechend liegt auch keine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungsregel vor.
3.3.5 Der Beschwerdeführer wendet sich auch insofern gegen die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz, als diese in der auf den Lieferscheinen angebrachten Adresse "Y._ Inc. Auslieferungslager Schweiz D._" ein Indiz für die Scheintätigkeit der Y._ erblickt. Hieraus könne - entgegen der Vorinstanz - nicht der Schluss gezogen werden, die Y._ versende ihre nicht zugelassenen Nahrungsergänzungsmittel aufgrund dieser Adresse aus der Schweiz, zumal sie als Rücksendeadresse für Retouren gekennzeichnet und dies aufgrund der verwendeten transparenten Selbstklebe-Plastik-Versandtaschen von aussen auch einsehbar sei.
Selbst wenn die Bewertung der Rücksendeadresse durch die Vorinstanz unzutreffend gewesen sein sollte, was aus der eingereichten Fotokopie (vgl. Beschwerdebeilage 3) nicht hervorgeht, vermag dies insgesamt nichts an ihrem willkürfrei festgestellten Beweisergebnis zu ändern. Der Beschwerdeführer kann damit weder den Gründungszweck der Y._ noch deren Stellung und Funktion bezüglich Einfuhr nicht zugelassener Arzneimittel in die Schweiz entkräften, weshalb die Aufhebung des Entscheids ausser Frage steht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Vorwurf der Gewerbsmässigkeit der Tatbegehung. Diese werde ihm in der Anklageschrift für den angeklagten Zeitraum nicht vorgeworfen, weshalb eine solche auch nicht zur Beurteilung stehe. Die Nennung des deliktischen Gewinns in der Anklageschrift beziehe sich auf den Zeitraum vom 11. Oktober 2002 bis am 10. Oktober 2003 und somit nicht auf den angeklagten Zeitraum. Da bei fehlender Gewerbsmässigkeit lediglich eine Übertretungshandlung vorliege, sei diese bereits verjährt (Beschwerde, S. 20 f.).
Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe zwar auch zugelassene Arzneimittel vertrieben. Für die Qualifikation der Gewerbsmässigkeit sei weder die durchschnittliche Erfolgsquote noch deren Relation zum ordentlichen Erwerbseinkommen massgebend. Wesentlich sei jedoch, dass er sich darauf eingerichtet habe, durch deliktische Handlungen relativ regelmässige Einnahmen zu erzielen, die einen namhaften Beitrag an seine Lebenshaltungskosten darstellten (angefochtenes Urteil, S. 28 f.).
4.2 Wie sich aus den vorstehenden Erwägungen ergibt (vgl. oben E. 2.3-2.7), bildet der gesamte Zeitraum vom 11. Oktober 2002 bis zum 25. Mai 2005 Gegenstand der Anklage. Die Argumentation des Beschwerdeführers, Gewerbsmässigkeit werde ihm nicht vorgeworfen, weil gemäss Anklageschrift lediglich der Sachverhalt vom 25. Mai 2005 zur Beurteilung stehe, zielt deshalb ins Leere.
Aufgrund der Gewerbsmässigkeit stellt sich auch die Frage des Eintritts der Verjährung einer Übertretungshandlung nicht, da <ref-law> bei gewerbsmässiger Handlung ein Vergehenstatbestand ist. Der Beschwerdeführer übersieht ausserdem, dass gemäss der verjährungsrechtlichen Spezialbestimmung in <ref-law> eine Übertretung und die Strafe für eine Übertretung in fünf Jahren verjähren, wobei diese ordentliche, relative Verjährungsfrist im Sinne des alten Verjährungsrechts gemäss <ref-law> neurechtlich auf zehn Jahre verdoppelt wird. Das Bundesgericht hat zu dieser Verjährungsregel im Urteil 6B_115/2008 vom 4. September 2008 E. 2.7 zwar eine differenzierte Regelung mit einer Verjährungsfrist von 7 1⁄2 Jahren angewandt. Dies ändert jedoch nichts daran, dass im vorliegenden Fall - ungeachtet der Anwendung von neuem oder altem Verjährungsrecht - weder im Falle der Annahme eines Vergehens noch einer Übertretung die Verjährung eingetreten ist.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht einen Verbotsirrtum gemäss <ref-law> geltend. Sowohl E._ vom Kantonalen Amt für Lebensmittelkontrolle als auch Rechtsanwalt F._ hätten ihm bestätigt, die Lieferung in der Schweiz nicht zugelassener Nahrungsergänzungsmittel in die Schweiz sei rechtlich unproblematisch. Auf diese Auskünfte habe er sich verlassen. Er habe als juristischer Laie nicht wissen können, dass die Gründung der Y._ als Umgehungsgeschäft qualifiziert würde (Beschwerde, S. 32 f.).
5.2 Die Vorinstanz verneint einen Verbotsirrtum beim Beschwerdeführer. Diesem sei die Rechtswidrigkeit seines Tuns bewusst gewesen. Er habe den Eindruck erwecken wollen, die Y._, die nicht der schweizerischen Bewilligungspflicht unterstehe, sei die ausländische Lieferantin der in der Schweiz nicht zugelassenen Nahrungsergänzungsmittel. Der Beschwerdeführer habe mit der Gründung und Zwischenschaltung der Y._ die schweizerischen Vorschriften des Heilmittelgesetzes umgehen wollen, womit er um die Rechtswidrigkeit seiner Handlungen gewusst habe und daher ein beachtlicher Verbotsirrtum von vornherein ausser Betracht falle (angefochtenes Urteil, S. 31).
5.3 Nach <ref-law> handelt nicht schuldhaft, wer bei der Begehung der Tat nicht weiss und nicht wissen kann, dass er sich rechtswidrig verhält. In einem Rechts- oder Verbotsirrtum handelt daher, wer in Kenntnis aller Tatumstände und somit vorsätzlich handelt, sein Tun jedoch versehentlich, aber aus zureichenden Gründen, für erlaubt hält (BGE <ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Die Vorinstanz verneint zu Recht einen Verbotsirrtum beim Beschwerdeführer. Aus dem von der Vorinstanz verbindlich festgestellten Sachverhalt geht hinreichend hervor, dass sich der Beschwerdeführer der Rechtswidrigkeit seines Tuns bewusst war und die Y._ als Umgehungsgeschäft der schweizerischen Rechtsordnung gegründet hat. Die von ihm angeführten Auskünfte von E._ und Rechtsanwalt F._ vermögen hieran nichts zu ändern, zumal er diese nicht belegt, sondern lediglich auf seine Aussagen vom 17. November 2005 vor der Polizei verweist (act. 210 ff. der Vorakten).
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Er verlangt bei vollständigem oder teilweisem Freispruch einen Verzicht oder eine entsprechende Herabsetzung der Ersatzforderung gemäss <ref-law> (Beschwerde, S. 34). Da der Beschwerdeführer weder ganz noch teilweise freizusprechen ist, stellt sich die Frage einer Anpassung der Ersatzforderung nicht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Keller