Faits:
A.
A.a. Par contrat d'affrètement du 3 septembre 2010, B._ SA, sise à Y._ (France), en qualité d'affréteur, a chargé A._ Ltd, sise à Z._ (Bahamas), en qualité de fréteur, de transporter une cargaison de blé.
Suite à un retard dans le déchargement de la cargaison, A._ Ltd a adressé à B._ SA le 23 mars 2011 un décompte final avec un solde en sa faveur de 2'356'115,36 USD, représentant, selon elle, les frais de fret, ainsi que, à titre de dommage supplémentaire, l'indemnité de détention et les surestaries. B._ SA a refusé de payer le montant réclamé.
A.b. Le 29 août 2011, A._ Ltd a requis un premier séquestre des biens de B._ SA, faisant valoir une créance de 2'356'115,36 USD avec intérêts à 3,25% dès le 23 mars 2011, à laquelle elle a ajouté des montants de 15'190,21 USD, à titre d'intérêts courus sur les indemnités de retard jusqu'au 23 mars 2011, et de 8'000 euros, à titre de frais liés à la procédure arbitrale.
Le 30 août 2011, le Tribunal de première instance de Genève a ordonné, sur la base de l'<ref-law> (lien suffisant avec la Suisse), le séquestre n° 1 en mains de X._ SA, à Genève, de tous avoirs et biens, propriété de B._ SA, en garantie de créances de 1'908'453 fr. 44 (contrevaleur de 2'356'115,36 USD) plus intérêts à 3,25% l'an depuis le 23 mars 2011 avec capitalisation trimestrielle, 12'304 fr. 07 (contrevaleur de 15'190, 21 USD) et 9'440 fr. (contrevaleur de 8'000 euros), les titres invoqués comme fondement des créances étant le contrat d'affrètement du 3 septembre 2010 et le décompte final/facture adressé (e) à B._ SA le 23 mars 2011.
Statuant sur l'opposition formée par B._ SA, le tribunal a annulé cette ordonnance par jugement du 15 novembre 2011. La Cour de justice du canton de Genève, en date du 10 février 2012, puis le Tribunal fédéral, en date du 2 novembre 2012 (arrêt 5A_222/2012), ont successivement rejeté le recours interjeté par A._ Ltd.
A.c. Le 29 juin 2012, A._ Ltd a adressé à l'office des poursuites une réquisition de poursuite n° 1 en validation du séquestre n° 1, en indiquant comme titre de la créance le contrat d'affrètement du 3 septembre 2010 ainsi que le décompte final/facture adressée à B._ SA le 23 mars 2011, les intérêts courus sur les indemnités de retard jusqu'au 23 mars 2011, et les frais déjà établis dans la procédure arbitrale.
B.
B.a. Parallèlement à la procédure de séquestre précitée, A._ Ltd a ouvert action en paiement des créances fondées sur le contrat d'affrètement. La Chambre arbitrale maritime de Paris a rendu, le 26 juin 2012, une sentence par laquelle elle a condamné B._ SA à payer à A._ Ltd la somme de 2'047'235,36 USD - le décompte global de fret de 2'356'115,36 USD présenté par A._ Ltd a été réduit d'un montant de 308'880 USD car le tribunal a estimé que la durée des surestaries devait être réduite de 19 jours 19 heures et une minute -, avec intérêts à 3,25% l'an dès le 14 avril 2011 avec capitalisation trimestrielle, ainsi que 8'000 euros à titre de frais.
B.b. Le 31 juillet 2012, A._ Ltd a requis un second séquestre des biens de B._ SA. Le même jour, le Tribunal de première instance de Genève a ordonné, sur la base de l'<ref-law> (titre de mainlevée définitive), le séquestre n° 2 en mains de X._ SA de tous avoirs et biens, propriété de B._ SA en garantie des créances de 2'004'897 fr. 50 (contrevaleur de 2'047'235,36 USD) avec intérêts à 3,25% l'an depuis le 14 avril 2011 avec capitalisation trimestrielle et 9'610 fr. 40 (contrevaleur de 8'000 euros) avec intérêts à 5% l'an depuis le 27 juillet 2012, le titre invoqué étant la sentence arbitrale étrangère précitée du 26 juin 2012.
L'office des poursuites a notifié le procès-verbal de ce séquestre à A._ Ltd le 16 août 2012.
C.
C.a. Par courrier du 17 septembre 2012, l'office a informé A._ Ltd que, dans la procédure de séquestre n° 2, il n'avait pas connaissance de la validation du séquestre par une poursuite ou une action au fond. Il l'invitait dès lors à se déterminer à ce sujet, faute de quoi le séquestre serait levé le vendredi 28 septembre 2012 à 9 heures.
Par courrier adressé à l'office le 21 septembre 2012, A._ Ltd a répondu que ce séquestre avait été validé par anticipation par la réquisition de poursuite n° 1 du 29 juin 2012.
C.b. Par décision du 28 novembre 2012, l'office a constaté que le séquestre n° 1 ( recte : 2) était caduc, au sens de l'<ref-law>, faute d'avoir été validé dans les délais légaux. Il a motivé sa décision en retenant, premièrement, qu'une poursuite antérieure ne peut valider un séquestre qu'au for ordinaire et, secondement, que, le séquestre n° 1 ayant été annulé, la poursuite n° 1 était nulle et ne pouvait donc pas être utilisée pour valider le séquestre n° 2.
C.c. Par arrêt du 14 mars 2013, la Chambre de surveillance a rejeté la plainte déposée par A._ Ltd contre cette décision.
D.
Par acte du 25 mars 2013, A._ Ltd exerce un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens qu'il est constaté que la poursuite n° 1 requise le 29 juin 2012 et le second séquestre n° 2 prononcé le 31 juillet 2012 sont valables et que l'office des poursuites de Genève est invité à l'informer des suites qu'il a données à la poursuite n° 1, et subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale en l'invitant à compléter l'état de fait et à rendre une nouvelle décision. En substance, elle se plaint de la violation de l'<ref-law>, voire de l'application arbitraire de cette norme, ainsi que d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits.
Invités à déposer leurs observations, l'intimée a conclu au rejet du recours, l'office des poursuites s'est référé à ses écritures cantonales et l'autorité cantonale n'a pas répondu.
E.
Par ordonnance du 17 avril 2013, la requête d'effet suspensif de la recourante a été admise, alors que celle tendant à l'octroi de sûretés de l'intimée a été déclarée irrecevable.

Considérant en droit:
1.
1.1. Le recours a été déposé dans le délai légal (<ref-law>) à l'encontre d'une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 et les références) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>) par une autorité de surveillance statuant en dernière instance cantonale (<ref-law>); il est recevable sans égard à la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF); la recourante, qui a été déboutée par l'autorité précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>).
1.2. L'intimée prétend que la recourante n'a pas d'intérêt au recours, au motif que X._ a fait valoir le 21 novembre 2012 une revendication sur les fonds séquestrés fondée sur un acte de nantissement signé par elle le 10 novembre 2004, soit à une date antérieure à celle du second séquestre, et que la recourante n'a aucune chance de succès dans sa contestation de la revendication de la banque, formulée par courrier du 10 décembre 2012.
Cette argumentation ne peut être suivie. L'intimée n'invoque pas que l'autorité compétente aurait tranchée la question de la revendication, de sorte que la recourante conserve un intérêt au présent recours.
2.
La décision attaquée, qui constate la nullité absolue de la poursuite n° 1 en validation du premier séquestre n° 1 et la caducité du second séquestre n° 2, n'a pas pour objet une "mesure provisionnelle" au sens de l'<ref-law>, c'est-à-dire le prononcé du séquestre lui-même, mais un acte de l'office; le recours en matière civile peut donc être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF (<ref-ruling> consid. 1.2; arrêt 5A_197/2012 du 26 septembre 2012 consid. 1.2).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2).
3.
La recourante se plaint tout d'abord de l'établissement arbitraire des faits, au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-law>).
3.1. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir retenu que, par son courrier du 17 septembre 2012, l'office l'avait invitée à valider le séquestre n° 2. Or, selon elle, il n'y avait dans ce courrier aucune invitation à la validation, mais à faire valoir ses observations quant à la question de savoir si ce séquestre avait, ou non, été validé. La recourante précise que cette constatation erronée a une importance pour l'issue du litige, étant donné que l'autorité cantonale l'a sanctionnée pour n'avoir pas saisi cette chance de régulariser la situation.
3.2. Il est vrai que l'autorité cantonale se méprend lorsqu'elle retient que l'office aurait clairement invité la recourante à valider le séquestre dans un certain délai, ce que l'intimée admet d'ailleurs elle aussi. Ce fait n'a toutefois aucune incidence sur le sort du litige (art. 97 al. 1 in fine LTF).
Il s'ensuit que le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits est rejeté.
4.
La recourante se plaint ensuite de la violation de l'<ref-law>.
4.1. L'autorité cantonale a retenu que, le premier séquestre n° 1 ayant été annulé, le for spécial à Genève pour la poursuite en validation de ce séquestre, au sens de l'art. 52 1 ère phr. LP, avait été supprimé et que la poursuite n° 1 requise à Genève était devenue absolument nulle, indépendamment de toute décision formelle. Il était donc, selon elle, nécessaire de valider le second séquestre n° 2 par une autre poursuite. En outre, comme l'issue de la procédure concernant le premier séquestre était incertaine lors du prononcé du second séquestre, les règles de la prudence dictaient à la créancière de requérir une nouvelle poursuite. De surcroît, l'art. 52 1 ère phr. LP ne permettait pas à la créancière de valider le second séquestre par anticipation au for spécial, ce for étant prévu pour les poursuites après séquestre seulement. En conclusion, l'autorité cantonale a considéré que, faute de validation, le séquestre n° 2 était caduc.
4.2. La recourante soutient en substance que le second séquestre n° 2 prononcé le 31 juillet 2012 a été validé par anticipation par la poursuite n° 1 requise le 29 juin 2012 en validation du premier séquestre et portant sur la même créance. La décision du Tribunal fédéral rejetant le recours et confirmant l'annulation du séquestre n° 1 du 30 août 2011 n'a eu aucun effet sur le séquestre n° 2 du 31 juillet 2012 et la poursuite n° 1 du 29 juin 2012 se trouvait légitimée par ce second séquestre exclusivement. Elle ajoute encore que c'est pour cette raison que l'office n'a pu sanctionner la prétendue absence de validation du séquestre qu'en novembre 2012, et non en septembre 2012 déjà lors de l'envoi de son courrier, alors que le délai pour la validation soi-disant omise était pourtant largement dépassé à ce moment-là.
4.3. L'intimée reprend en substance l'argumentation de l'autorité cantonale, notamment celle relative au for spécial de la poursuite en validation du séquestre, en précisant que, même si la poursuite consécutive au premier séquestre a pu, à un certain moment, valider le second séquestre, elle ne le pouvait néanmoins plus une fois rendu l'arrêt du Tribunal fédéral confirmant la caducité du premier séquestre.
5.
La question qui se pose est celle de savoir si la réquisition de poursuite n° 1 formellement en validation du premier séquestre n° 1, introduite le 29 juin 2012 au for du séquestre (<ref-law>), permet de valider par anticipation le second séquestre n° 2 ordonné le 31 juillet 2012, alors même que le premier séquestre a été annulé.
5.1. L'existence simultanée de deux séquestres fondés sur la même créance et portant sur les mêmes biens n'est pas contraire au droit fédéral lorsqu'un doute existe sur la validité du premier séquestre. Est réservé le cas où, abusant de son droit, le créancier tenterait de se dispenser d'intenter l'action en validation par le moyen de nombreux séquestres successifs (arrêt 5A_925/2012 du 5 avril 2013 consid. 6.2 et les références).
5.2. En tant que mesure conservatoire urgente destinée à éviter que le débiteur ne dispose de ses biens pour les soustraire à l'action future de son créancier, le séquestre doit être validé, en ce sens que le créancier doit obtenir un titre exécutoire (commandement de payer non frappé d'opposition ou dont l'opposition a été définitivement levée; GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Art. 271-352 LP, 2003, n° 8 ad <ref-law>). La validation peut se faire soit directement par une poursuite, soit par une action suivie d'une poursuite, que le créancier peut introduire même avant l'octroi du séquestre (<ref-ruling> consid. 4 in initio; arrêt 7B.132/1997 du 22 juillet 1997 consid. 3b [au sujet de l'art. 278 aLP]; Gilliéron, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 5ème éd., 2012, n° 2813 et 2815 [ci-après: Poursuite]; Reiser, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, Art. 159-352 LP, 2ème éd., 2010, n° 1 ad <ref-law>). Pour autant que la créance réclamée en justice ou mise en poursuite soit identique à celle dont le séquestre doit garantir le recouvrement (<ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 2a), le créancier n'a pas besoin de répéter son acte si, au moment de la notification du procès-verbal de séquestre, la poursuite est encore valable (<ref-law>) ou l'action encore pendante (Reiser, op. cit., n° 10 et 13 ad <ref-law>).
5.3. La poursuite en validation du séquestre peut s'opérer au for du séquestre, soit au lieu où l'objet séquestré se trouve (<ref-law>). Normalement, ce for n'est ouvert que pour la poursuite des créances qui sont mentionnées dans l'ordonnance de séquestre (<ref-ruling> consid. 4a). Par ailleurs, le créancier ne peut obtenir la saisie et la réalisation uniquement des biens séquestrés, sous réserve du cas où le for du séquestre coïncide avec un autre for de la poursuite ouvert pour rechercher le débiteur (<ref-ruling> consid. 1b; arrêt 7B.180/2006 du 1er décembre 2006 consid. 1.3 et les références; Gilliéron, Poursuite, n° 418; SCHMID, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs I, Art. 1-158 LP, 2ème éd., 2010, n° 9 ad <ref-law>).
Selon la jurisprudence, il s'ensuit que, si, pour garantir la même créance, le créancier obtient un second séquestre sur des biens autres que ceux sur lesquels porte le premier séquestre, il doit valider le second séquestre par une nouvelle poursuite (<ref-ruling> consid. 1b; arrêts 7B.132/1997 du 22 juillet 1997 consid. 4; 5P.342/1988 du 14 avril 1989 consid. 2).
En revanche, si, pour garantir la même créance, le créancier obtient un second séquestre sur les mêmes biens que ceux sur lesquels porte le premier séquestre déjà exécuté et validé au for de l'<ref-law>, il est superflu de valider ce second séquestre: la poursuite en validation du premier permet de maintenir également le second, si elle est encore valable au moment de l'exécution de celui-ci. Il en découle que, même si le premier séquestre devient caduc, la poursuite en validation ne doit pas être annulée, car elle continue à déployer ses effets pour le second séquestre. Cette solution, qui évite d'avoir, pour la même créance, deux poursuites exécutoires au même for, ne porte pas atteinte aux intérêts du débiteur, ni au bon fonctionnement de l'office.
L'autorité cantonale ne peut être suivie lorsqu'elle affirme que le for de l'<ref-law> serait ouvert exclusivement pour intenter une poursuite consécutive à l'exécution du séquestre. Certes, le commandement de payer ne peut y être notifié avant qu'une ordonnance de séquestre ne soit rendue ( GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Art. 1-88 LP, 1999, n° 18 ad <ref-law>). Néanmoins, une fois ce for créé par un premier séquestre, le créancier peut y valider par anticipation un second séquestre portant sur les mêmes biens et garantissant la même créance; il suffit pour cela que la poursuite validant le premier séquestre soit encore valable au moment où le second séquestre est exécuté.
5.4. En l'espèce, au vu de ce qui précède, il faut admettre que la recourante a valablement validé le second séquestre n° 2 par la poursuite n° 1 introduite antérieurement au for du séquestre.
6.
En conclusion, le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et réformé en ce sens qu'il est constaté que la poursuite n° 1 en validation du séquestre n'est pas nulle et que le séquestre n° 2 n'est pas caduque. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée, qui succombe (<ref-law>). Celle-ci versera en outre à la recourante une indemnité de dépens de 12'000 fr. (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de l'instance cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et réformé en ce sens qu'il est constaté que la poursuite n° 1 en validation du séquestre n'est pas nulle et que le séquestre n° 2 n'est pas caduc.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante la somme de 12'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de l'instance cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des poursuites de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites.
Lausanne, le 6 septembre 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Achtari