Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin, Klägerin) betrieb bis Ende 1995 eine Weberei und unterhielt im Rahmen dieser Tätigkeit umfangreiche Geschäftsbeziehungen zur F._ AG (nachfolgend "die Gesellschaft"). Diese fiel am 1. Dezember 1995 in Konkurs, in dem die Beschwerdeführerin mit Fr. 647'111.-- zu Verlust kam. Dafür macht diese die D._ AG (vormals G._ AG; Beschwerdegegnerin 4, Beklagte 6) als Revisionsstelle der konkursiten Gesellschaft, C._ als Verwaltungsratspräsidenten (Beschwerdegegner 3, Beklagter 2), A._ (Beschwerdegegner 1, Beklagter 4) und B._ (Beschwerdegegner 2, Beklagter 5) als Berater im textilen Bereich sowie H._ (Beklagter 1) als Geschäftsführer und E._ (Beschwerdegegner 5, Beklagter 3) verantwortlich. Sie liess sich von der Konkursverwaltung die aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsansprüche abtreten.
B. B.a Am 19. September 1997 reichte die Beschwerdeführerin beim Kantonsgericht von Appenzell Ausserrhoden Klage ein mit dem Antrag, es seien die Beklagten 1-6 unter solidarischer Haftbarkeit zur Zahlung von Fr. 647'111.-- nebst Zins zu verpflichten. Dieses wies die Klage am 28. April 1999 ab. Gleich entschied am 27. Juni 2000 auf Appellation der Beschwerdeführerin das Obergericht von Appenzell Ausserrhoden. Es kam zum Schluss, die Beschwerdeführerin habe sowohl unmittelbar ihr selbst entstandenen Schaden geltend gemacht als auch mittelbaren Schaden, der durch die Schädigung der Aktiengesellschaft infolge verspäteter Konkursanmeldung entstanden sei. In Bezug auf den direkten Schaden machte die Beschwerdeführerin geltend, sie sei von den Beschwerdegegnern über die finanziellen Verhältnisse der konkursiten Gesellschaft getäuscht und so veranlasst worden, diese weiter zu beliefern. Das Obergericht war der Auffassung, das Bestehen eines direkten Schadens könne von vornherein ausgeschlossen werden, da sich die Ausstände der konkursiten Gesellschaft seit den fraglichen Zusicherungen nicht vermehrt, sondern vermindert hätten, so dass kein Schaden eingetreten sei. Mit Blick auf den mittelbaren Schaden zählte das Obergericht die ergriffenen Massnahmen zur Erhöhung der Liquidität auf und kam im Rahmen einer Gesamtwürdigung zum Schluss, die Sanierungsbemühungen seien nicht zu beanstanden. Daher sei bedeutungslos, wann die Überschuldung eingetreten sei.
Gegen dieses Urteil führte die Beschwerdeführerin sowohl staatsrechtliche Beschwerde als auch Berufung. Während das Bundesgericht die staatsrechtliche Beschwerde abwies, soweit es darauf eintrat, hiess es die Berufung teilweise gut. Das Bundesgericht erkannte, die tatsächliche Reduktion der Ausstände schliesse das Bestehen eines unmittelbaren Schadens nicht aus, da der Schaden sich aus der Differenz zwischen dem tatsächlichen Vermögenstand und dem hypothetischen ohne das behauptete schädigende Ereignis ergebe. Da das Obergericht bezüglich des hypothetischen Vermögensstandes keine Feststellungen getroffen hatte, wies das Bundesgericht die Angelegenheit zur Ergänzung des Sachverhalts zurück. Was die Sanierungsmassnahmen anbelangt, kam das Bundesgericht zum Schluss, die Erhöhung der Liquidität durch Kreditaufnahme sei im zu beurteilenden Fall nur zulässig gewesen, wenn sie für die Fortsetzung der Geschäftstätigkeit notwendig war und zudem nach dem gewöhnlichen Geschäftsgang mit Gewinnen gerechnet werden durfte oder wenn durch flankierende Massnahmen derartige Gewinnaussichten geschaffen wurden. Es wies die Sache auch diesbezüglich zur Ergänzung der tatsächlichen Feststellungen zurück, einschliesslich solcher über den Wert des Warenlagers, da dieser für die Erfolgsaussichten der Sanierungsbemühungen von Belang sein konnte (Urteil des Bundesgerichts 4C.366/2000 vom 19. Juni 2001).
B.b Mit Urteil vom 29. Mai 2007 wies das Obergericht die Appellation der Beschwerdeführerin erneut ab. Mit Bezug auf den mittelbaren Schaden prüfte es, ob die Beschwerdeführerin im jetzigen Zeitpunkt überhaupt noch zur Geltendmachung eines mittelbaren Schadens legitimiert sei. Dies verneinte es, da die F._ AG am 24. April 1997 von Amtes wegen im Handelsregister gelöscht worden sei, womit die aus <ref-law> abgeleitete Prozessführungsbefugnis der Beschwerdeführerin als Nebenrecht untergegangen sei. Auch einen unmittelbaren Schaden schloss es aus. Die Beschwerdeführerin habe um die angespannte finanzielle Lage der Gesellschaft gewusst, so dass diesbezüglich keine Täuschung denkbar sei.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 22. Mai 2008 teilweise gut und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit diese bezüglich des indirekten Schadens die im Rückweisungsentscheid vom 19. Juni 2001 (4C.366/2000) angeordneten Ergänzungen des Sachverhalts vornimmt. Im Übrigen (bezüglich des direkten Schadens) wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Urteil des Bundesgerichts 4A_5/2008).
B.c Das Obergericht beschränkte daraufhin das Verfahren auf die Frage der Haftbarkeit und stellte in Aussicht, bezüglich der Beklagten 1 und 3-6 ein Teilurteil zu fällen. Mit Teilurteil vom 26. Oktober 2010 wies es denn auch die Appellation ab, soweit sie sich gegen die Beklagten 1 und 3-5 richtete (Dispositiv-Ziffer 1). Ferner verpflichtete es die Klägerin, den Beklagten 1 mit Fr. 109'949.45 (Dispositiv-Ziffer 3.1) und die Beklagten 3-5 mit Fr. 136'261.80 (Dispositiv-Ziffer 3.2) ausseramtlich zu entschädigen. Mit Beschluss vom gleichen Datum sistierte es das Verfahren, soweit es sich gegen die Beklagten 2 und 6 richtet, bis zur Rechtskraft des gefällten Teilurteils.
Das Obergericht erkannte, dass H._ und E._ (Beklagte 1 und 3) als Geschäftsführer bzw. allenfalls untergeordnetes Mitglied der Geschäftsleitung bei der F._ AG und demnach (in der fraglichen Zeit) als Nicht-Mitglieder des Verwaltungsrats keine Pflicht oblag, den Richter im Sinne von <ref-law> zu benachrichtigen. Auch die beiden Beiräte A._ und B._ (Beklagte 4 und 5) könnten höchstens als faktische Organe betrachtet werden. Auch sie seien nicht zu einer Überschuldungsanzeige verpflichtet gewesen und es könne ihnen keine Pflichtverletzung vorgeworfen werden, weshalb auch gegenüber ihnen eine Haftung entfalle.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, Ziffer 1 des Urteils des Obergerichts vom 26. Oktober 2010 sei aufzuheben, soweit die Appellation gegen die Beklagten 4 und 5 abgewiesen worden sei. Ziffer 3.2 des Urteils des Obergerichts sei aufzuheben. Die Vorinstanz sei anzuweisen, die Klage gegen die Beklagten 4 und 5 zusammen mit derjenigen gegen die Beklagten 2 und 6 zu beurteilen und das Verfahren fortzusetzen.
Aufgrund eines Schreibens der Beschwerdeführerin vom 22. August 2011 wurden die Beklagten 2, 6 und 3 als Beschwerdegegner in das Verfahren aufgenommen.
Die Beschwerdegegner 1, 2 und 5 beantragen Nichteintreten auf die Beschwerde. Eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen und das angefochtene Teilurteil zu bestätigen.
Die Beschwerdegegnerin 4 reichte eine (kurze) Vernehmlassung ein, ohne einen Antrag zur Beschwerde zu stellen.
Der Beschwerdegegner 3 beantragt, die Beschwerde zu schützen. Er verweist auf seine eigene Beschwerde an das Bundesgericht gegen das Teilurteil des Obergerichts (Verfahren 4A_468/2011).
Die Vorinstanz liess sich nicht vernehmen.
Die Beschwerdeführerin replizierte mit Eingabe vom 25. Oktober 2011 zu einem Punkt der Beschwerdeantwort der Beschwerdegegner 1, 2 und 5.
Mit Präsidialverfügung vom 20. September 2011 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin ficht mit ihrer Beschwerde die Klageabweisung nur betreffend die Beklagten 4 und 5 (A._ und B._ = Beschwerdegegner 1 und 2) an. Die Klageabweisung gegenüber dem Beklagten 1 (H._) und dem Beklagten 3 (E._ = Beschwerdegegner 5) lässt sie unbeanstandet.
Innerhalb der Beschwerdefrist teilte die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht mit, dass die im Prozess verbleibenden Beklagten 2 und 6 (C._ und die D._ AG = Beschwerdegegner 3 und 4) mit Blick auf die Solidarhaftung und der Beklagte 3 (E._ = Beschwerdegegner 5) wegen des ebenfalls angefochtenen Entscheids über die Parteientschädigung von der Beschwerde betroffen sein könnten. Das Bundesgericht nahm diese Parteien deshalb als weitere Beschwerdegegner in das Rubrum auf.
2. Das angefochtene Urteil des Obergerichts als einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) beendet das Verfahren für die Beklagten 1 und 3-5, indem die gegen diese Beklagten gerichtete Klage bzw. die Appellation der Klägerin abgewiesen wird. Dabei handelt es sich um einen Teilentscheid (<ref-law>), gegen den die Beschwerde zulässig ist. Sodann übersteigt der Streitwert die Grenze nach <ref-law>. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
3. Streitig ist, ob die Vorinstanz eine allfällige Haftung der Beklagten 4 und 5 zu Recht verneint hat.
3.1 Das Bundesgericht führte im Rückweisungsentscheid vom 19. Juni 2001 Erwägung 6b/bb aus:
"Erweist sich einer der geltend gemachten Schadenersatzansprüche als begründet, wird das Obergericht zu entscheiden haben, gegenüber welchen Beklagten er besteht. Diese Frage ist für den mittelbaren und den unmittelbaren Schaden allenfalls unterschiedlich zu beantworten.
aa) [...]
bb) In Bezug auf den indirekten Schaden fällt in Betracht, dass die Pflicht zur Benachrichtigung des Richters grundsätzlich allein dem Verwaltungsrat obliegt, der diese Aufgabe nicht delegieren kann (FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, a.a.O., § 50 Rz. 209). Selbst faktische Organe können daher nicht für eine verspätete Benachrichtigung des Richters zur Rechenschaft gezogen werden, es sei denn, sie hätten den Verwaltungsrat von der Benachrichtigung abgehalten oder ihn über das Bestehen der Überschuldung zu informieren unter- lassen (unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 2. November 1998 i.S. B. E. 4c und d). Die Verantwortlichkeit der Revisionsstelle in Bezug auf die Benachrichtigung des Richters beurteilt sich nach Massgabe von <ref-law>. "
3.2 In Nachachtung dieser bundesgerichtichen Erwägung prüfte die Vorinstanz für die einzelnen Beklagten, ob sie für die einzig verbleibende in Betracht kommende Pflichtverletzung der verspäteten Überschuldungsanzeige nach <ref-law> aufgrund ihrer je gegebenen Stellung verantwortlich gemacht werden können. Dies verneinte sie sowohl für die Beklagten 1 und 3 (H._ und E._) als auch für die beiden Beiräte A._ und B._ (Beklagte 4 und 5).
Bezüglich der Beklagten 4 und 5 hielt die Vorinstanz fest, dass sie nicht im Handelsregister eingetragen gewesen seien. Zur Behauptung der Beschwerdeführerin, die beiden Beiräte seien wie die Verwaltungsräte von der Generalversammlung gewählt worden, lasse sich den Akten nichts entnehmen. Ob sich die beiden Beiräte tatsächlich Organen vorbehaltene Kompetenzen angemasst hätten oder lediglich als textiltechnische Sachverständige tätig gewesen seien, könne offen bleiben. Denn die Beschwerdeführerin behaupte nicht, sie hätten den Verwaltungsratspräsidenten C._ von einer Benachrichtigung des Richters abgehalten oder ihn über das Bestehen einer Überschuldung nicht informiert. Sie werfe den beiden Beiräten einzig vor, sie seien trotz Kenntnis der prekären finanziellen Lage untätig geblieben. Da sie aber höchstens als faktische Organe betrachtet werden könnten, entfalle nach der bundesgerichtlichen Erwägung eine Haftung der Beklagten 4 und 5.
3.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, der formellen Überschuldungsanmeldung müsse ein Beschluss des Verwaltungsrates zugrunde liegen. Zum Verwaltungsrat gehörten auch stille und faktische Verwaltungsräte. Verantwortlich für die Fällung des Beschlusses sei der Gesamtverwaltungsrat, das heisse alle Mitglieder, formelle, stille und faktische. Die Beklagten 4 und 5 seien in Wirklichkeit Verwaltungsratsmitglieder gewesen. Mit ihrem anderslautenden Urteil treffe die Vorinstanz aktenwidrige Feststellungen und verletze Bundesrecht, namentlich Art. 754, 725 und 716a OR. Soweit diese Rügen überhaupt rechtsgenüglich begründet und daher zu prüfen sind, gehen sie fehl.
3.4 Aufgrund der verbindlichen Erwägung des Bundesgerichts im Rückweisungsentscheid vom 19. Juni 2001 käme eine Haftung der Beklagten 4 und 5 im Zusammenhang mit einer verspäteten Überschuldungsanzeige nur in Betracht, wenn sie die Stellung formeller (oder allenfalls stiller) Verwaltungsräte inne gehabt hätten oder wenn sie zwar bloss faktische Organe waren, aber den formellen Verwaltungsrat von der Benachrichtigung abhielten oder es unterliessen, diesen über das Bestehen der Überschuldung zu informieren. Alle diese Voraussetzungen sind nach den vorinstanzlichen Feststellungen nicht gegeben:
So ist unbestritten, dass die Beklagten 4 und 5 nicht formell dem Verwaltungsrat angehörten, waren sie doch nicht im Handelsregister eingetragen.
Ebenso wenig könnten sie als stille Verwaltungsratsmitglieder angesehen werden. Ein stilles Verwaltungsratsmitglied ist ordnungsgemäss von der Generalversammlung in den Verwaltungsrat gewählt, was aber vor Dritten geheim gehalten wird, indem die gewählte Person nicht im Handelsregister eingetragen wird (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. Zürich/Basel/Genf 2009 § 13 Rz. 91; CHRISTA SOMMER, Die Treuepflicht des Verwaltungsrats gemäss <ref-law>, Diss. Zürich/St. Gallen 2010, S. 30). Gemäss der verbindlichen und von der Beschwerdeführerin nicht (substanziiert) angefochtenen Feststellung der Vorinstanz (<ref-law>) ist aufgrund der Akten nicht dargetan, dass die Beklagten 4 und 5 von der Generalversammlung in den Verwaltungsrat gewählt wurden. Sie scheiden somit von vornherein auch als stille Verwaltungsratsmitglieder aus.
Damit kommen die Beklagten 4 und 5 höchstens als faktische Organe in Betracht. Als faktische Organe gelten Personen, die tatsächlich Organen vorbehaltene Entscheide treffen oder die eigentliche Geschäftsführung besorgen und so die Willensbildung der Gesellschaft massgebend mitbestimmen (<ref-ruling> E. 4.5. S. 528 f.; <ref-ruling> E. 3a, 92 E. 3a; <ref-ruling> E. 3 S. 571). Laut Vorinstanz lässt sich den Akten, insbesondere den Protokollen der Verwaltungsrats-, Generalversammlungs- sowie Geschäftsleitungssitzungen, nicht schlüssig entnehmen, ob sich die Beklagten 4 und 5 tatsächlich den Organen vorbehaltene Kompetenzen angemasst haben. Die Beschwerdeführerin beanstandet diese Feststellung als offensichtlich unrichtig und aktenwidrig und hält dafür, es ergebe sich aus "allen Dokumenten", dass die Beklagten 4 und 5 tatsächlich Mitglieder des Verwaltungsrats gewesen seien. Ihre diesbezüglichen Ausführungen sind jedoch nicht entscheiderheblich, und es ist nicht weiter darauf einzugehen. Denn die Vorinstanz hat die Frage, ob die Beklagten 4 und 5 als faktische Verwaltungsräte oder lediglich als textiltechnische Sachverständige anzusehen sind, offen gelassen. In der Tat braucht diese Frage nicht entschieden zu werden, da nach der zitierten bundesgerichtlichen Erwägung eine Haftung der Beklagten 4 und 5, selbst wenn sie als faktische Organe zu qualifizieren wären, im Zusammenhang mit einer verspäteten Überschuldungsanzeige nur in Betracht käme, wenn sie den formellen Verwaltungsrat von der Benachrichtigung abhielten oder es unterliessen, diesen über das Bestehen der Überschuldung zu informieren. Solches hat die Beschwerdeführerin aber nach den Feststellungen der Vorinstanz nicht einmal behauptet.
Nach dem Gesagten ist es bundesrechtlich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz eine Haftung der Beklagten 4 und 5 verneinte.
3.5 Demnach ist auch die ebenfalls angefochtene Dispositiv-Ziffer 3.2 des vorinstanzlichen Urteils korrekt, wonach die Vorinstanz den obsiegenden Beklagten 3-5 eine Parteientschädigung (für den gemeinsamen Rechtsvertreter) zusprach. Die Beschwerdeführerin bringt dazu in ihrer Beschwerdebegründung denn auch nichts weiter vor.
4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Eine Parteientschädigung ist lediglich an die Beschwerdegegner 1 und 2 sowie den Beschwerdegegner 5, die alle vom gleichen Rechtsanwalt vertreten sind, zuzusprechen. Der Beschwerdegegner 3 beantragte, die Beschwerde zu schützen, und gilt daher nicht als obsiegende Partei. Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung. Die Beschwerdegegnerin 4 äusserte sich in ihrer halbseitigen Stellungnahme nicht eigentlich zu den in der Beschwerde aufgeworfenen Fragen und stellte keinen Antrag zur Beschwerde. Es erscheint daher nicht gerechtfertigt, ihr eine Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner 1 und 2 sowie 5 für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 9'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht von Appenzell A.Rh., 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Januar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze