B 109762, BA 012/99, hat sich ergeben:
A.- Am 5. Mai 1999 ersuchte die Generalstaatsanwaltschaft der Russischen Föderation die Schweiz um Rechtshilfe in gegen die russischen Staatsbürger B._, G._ und K._ gerichteten Strafverfahren. Diesen Personen werde unter anderem Betrug und Geldwäscherei im Sinne von Art. 159 bzw. 174 des russischen Strafgesetzbuchs (russ.
StGB) vorgeworfen. G._ und K._ seien auf Veranlassung B._s leitende Kader der zu 51% im Staatsbesitz befindlichen Fluggesellschaft A._ geworden. Es bestehe der Verdacht, dass sie dafür gesorgt hätten, dass Dollarbeträge in dreistelliger Millionenhöhe, die der Firma A._ zugestanden seien, über verschiedene Zwischengesellschaften den genannten Personen selbst für eigene Zwecke zugeflossen seien. So habe G._ die Vertretungen der Firma A._ im Ausland angewiesen, 80% ihrer "Gewinne" auf ein Konto zu überweisen, das die Firma Y._ in Lausanne eröffnet habe, deren Hauptaktionäre B._ und G._ gewesen seien. Dieses Konto sei diesen beiden Personen zur Verfügung gestanden. Anderseits seien die Entschädigungen ausländischer Fluggesellschaften für die Benutzung der russischen Luftstrassen auf ein Konto der Firma F._ in Lausanne überwiesen worden, deren Verwaltungsräte wiederum die beiden genannten Personen gewesen seien.
Weitere Beträge seien diesen von der Firma A._ über andere im Ersuchen genannte Gesellschaften zugeflossen. Die Generalstaatsanwaltschaft ersuchte unter anderem darum, Unterlagen über Konten der drei genannten Personen zu übermitteln und die darauf befindlichen Vermögenswerte zu beschlagnahmen.
Am 23. Juni 1999 hat das Bundesamt für Polizei den Vollzug des Rechtshilfeersuchens der Bundesanwaltschaft übertragen. Diese ist mit Verfügung vom 30. Juni 1999 darauf eingetreten und hat die Rechtshilfe für zulässig erklärt.
Mit Schreiben vom 24. Juni 1999 erstattete S._ als Verwaltungsrat der in Bern domizilierten Firma O._ Meldung an die Zentralstelle für Geldwäscherei.
Er habe aus den Medien erfahren, dass B._, der wirtschaftlich Berechtigte der Firma O._, in Russland verdächtigt werde, Vermögenswerte unrechtmässig erlangt zu haben. Das Bundesamt für Polizeiwesen leitete diese Meldung an die Bundesanwaltschaft weiter. Mit Verfügung vom 30. Juni 1999 beschlagnahmte diese die Konten und Depots Nr. XX-XXX'XXX. X (CHF), Nr. YY-YYY'YYY. Y (USD) und Nr. ZZ.ZZZ'ZZZ. Z (USD) der Firma O._ bei der Bank X._ in Bern. S._ und J._, letzterer wohnhaft in Zypern, verfügen über eine Einzelzeichnungsberechtigung für diese Konten und Depots.
Die Russische Föderation hat das Rechtshilfeersuchen fünf mal ergänzt. Am 12. November 1999 teilte sie unter anderem mit, dass der Vorwurf der Geldwäscherei gegen B._, nicht aber gegen G._ und K._, vorderhand fallen gelassen werde. Sie betonte, dass die Verfahren gegen B._ entgegen Presseberichten nicht eingestellt worden seien. Sie erwähnte weitere Firmen, über welche die abgezweigten Gelder den Beschuldigten zugeflossen seien, darunter die Firma O._. Am 22. November 1999 erwähnte sie in diesem Zusammenhang auch die "Firma C._"
Die Ausführung des Ersuchens durch die Beschlagnahme von Unterlagen und die Befragung verschiedener Zeugen ergab, dass B._ oder andere Beschuldigte an allen im Ersuchen genannten Gesellschaften beteiligt gewesen waren und dass namhafte Überweisungen von der Firma A._ an die Firmen Y._ und F._ stattgefunden hatten.
Diese Gesellschaften legten jedoch Wert darauf, dass die Zahlungen wirtschaftlich gerechtfertigt gewesen seien.
Mit Schlussverfügung vom 9. Februar 2000 hat die Bundesanwaltschaft dem Ersuchen samt Ergänzungen unter Vorbehalt des Spezialitätsgrundsatzes entsprochen und die Herausgabe der edierten Kontounterlagen der Firma O._ angeordnet. In der Begründung erwog sie, dass der im Ersuchen geschilderte Sachverhalt unter Art. 312 und 314 in Verbindung mit Art. 146 und 305bis StGB zu subsumieren wäre und dass eine Durchsicht der zu übermittelnden Unterlagen einen Zusammenhang mit dem im Ersuchen erwähnten Sachverhalt ergeben habe. Die Unterlagen hätten den Anschein der Beweiseignung, deren Übermittlung sei zur Belastung und Entlastung der Betroffenen zulässig, sinnvoll und verhältnismässig. Am 8. Dezember 1999 sowie am 7., 9. und 10. Februar 2000 erliess die Bundesanwaltschaft weitere Schlussverfügungen gegenüber den übrigen vom Rechtshilfeersuchen Betroffenen.
Dabei wurde das Ersuchen in jedem Falle gutgeheissen.
B.- Die Firma O._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, die sie betreffende Schlussverfügung der Bundesanwaltschaft vom 9. Februar 2000 sowie die Zwischenverfügung vom 30. Juni 1999 seien aufzuheben und die Rechtshilfe zu verweigern. Eventualiter beantragt sie, die Bundesanwaltschaft sei anzuweisen, eine neue Schlussverfügung zu erlassen, welche die Rechtshilfe auf Dokumente begrenze, die begründbar in einem sachlichen Zusammenhang mit dem Rechtshilfeersuchen stünden. Subeventualiter begehrt sie eine Einschränkung der Rechtshilfe auf die Eröffnungsdokumente, soweit sie sich ausdrücklich auf die Beschuldigten beziehen, und auf nach dem 1. Juni 1996 datierte Unterlagen. Zur Begründung macht die Firma O._ geltend, die beschlagnahmten Unterlagen seien offensichtlich nicht geeignet, die im Rechtshilfegesuch behaupteten Vorgänge zu beweisen. Die Subsumtion des vorgeworfenen Verhaltens unter Art. 312 und 314 StGB sei willkürlich. Eine Übermittlung verstosse gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip und die Beschuldigten seien nicht über das gegen sie eröffnete Verfahren aufgeklärt worden. Die Bundesanwaltschaft habe das Ersuchen gar nicht materiell geprüft. Die Schlussverfügung sei ausserdem unvollständig, weil sie keine Anordnungen bezüglich der gesperrten Konten und Depots enthalte.
Die Bundesanwaltschaft und das Bundesamt für Polizei beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden könne.
C.- Mit Entscheiden vom 19. Juni 2000 weist das Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerden von B._, G._ und K._ sowie, mit einer Ausnahme, beteiligter Gesellschaften und weiterer Einzelpersonen ab, soweit es auf sie eintritt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Beschluss der Bundesanwaltschaft ist eine Schlussverfügung i.S.v. Art. 80g Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen (IRSG; SR 351. 1). Er unterliegt zusammen mit den vorangehenden Zwischenverfügungen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Die Beschwerdeführerin ist als Inhaberin des Kontos, über das Auskunft erteilt werden soll, persönlich und direkt von der Rechtshilfemassnahme betroffen und hat ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung. Sie ist daher zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>, Art. 9a lit. a der Verordnung vom 24. Februar 1982 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen [IRSV; SR 351. 11]). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten, soweit die vorgebrachten Rügen zulässig sind, was im Zusammenhang mit jeder Einzelnen zu prüfen ist.
b) Das Bundesgericht prüft die bei ihm erhobenen Rügen grundsätzlich mit freier Kognition; es ist aber nicht verpflichtet, nach weiteren der Rechtshilfe allenfalls entgegenstehenden Gründen zu forschen, die aus der Beschwerde nicht hervorgehen (<ref-ruling> E. 3 S. 586). Die Sachverhaltsfeststellung der Bundesanwaltschaft als nichtrichterliche Behörde bindet das Bundesgericht zwar grundsätzlich nicht (vgl. Art. 105 OG); ganz allgemein ist allerdings in Rechtshilfesachen vom Sachverhalt auszugehen, wie er im Rechtshilfegesuch und in dessen Ergänzungen bzw. Beilagen geschildert wird, ausser im Falle von offensichtlichen Irrtümern, Widersprüchen oder Lücken, die den von den ersuchenden Behörden aufgezeigten Verdacht sofort zu entkräften vermögen (<ref-ruling> E. 5b S. 121 f.; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 78; <ref-ruling> E. 4b S. 425 f., je mit Hinweisen). Nur in diesem sehr begrenzten Rahmen kann daher auf die Ausführungen in der Beschwerde zur wirtschaftlichen Berechtigung der strittigen Überweisungen von der Firma A._ eingegangen werden. Auch die Ausführungen darüber, dass gewisse Vorwürfe im Rechtshilfeersuchen kommunistischer Denkweise entsprächen, sind aus dieser Sicht unbeachtlich. Im Lichte dieser Rechtsprechung ist ebenfalls der Vorwurf der Beschwerdeführerin an die Bundesanwaltschaft ungerechtfertigt, sie habe das Rechtshilfegesuch gar nicht materiell geprüft. In der Beschwerde wird anerkannt, dass sich die eingeschränkte Prüfung der Bundesanwaltschaft auf das - nach Auffassung der Beschwerdeführerin "unzulängliche" - IRSG stützen kann.
c) Für die hier streitige Rechtshilfe zwischen der Russischen Föderation und der Schweiz sind zunächst die Bestimmungen des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. April 1959 (EUeR, SR 0.351. 1) massgeblich. Dieses Abkommen wurde von der Schweiz am 20. Dezember 1966 und von der Russischen Föderation am 10. Dezember 1999 ratifiziert. Es ist daher gemäss seinem Art. 27 Ziff. 3 zwischen diesen Staaten seit dem 9. März 2000 in Kraft. Somit ist es als völkerrechtliche Verpflichtung der Schweiz nach bundesgerichtlicher Praxis im vorliegenden Entscheid anzuwenden, obwohl es zum Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids noch nicht anwendbar war (vgl.
nicht veröffentlichte E. 4 von <ref-ruling>). Soweit das EUeR bestimmte Fragen nicht abschliessend regelt, gelangt das schweizerische Landesrecht, namentlich das IRSG und die dazugehörende IRSV, zur Anwendung (vgl. <ref-law>).
2.- Die Beschwerdeführerin erwähnt, dass ihr die sie betreffende Zwischenverfügung, das Mitteilungsverbot, die Aufhebung des Mitteilungsverbots und das Rechtshilfeersuchen nie zugestellt worden seien. Es ist jedoch nicht ersichtlich, welcher Nachteil ihr hieraus erwachsen konnte. Die Schlussverfügung wurde ihr zugestellt und zusammen mit dieser kann sie alle Zwischenverfügungen anfechten. Gleichzeitig hätte sie Einsicht in ihr eventuell noch nicht bekannte Unterlagen wie das russische Rechtshilfeersuchen verlangen können. Ein solches Begehren hat sie offensichtlich nicht gestellt, weil ihr Vertreter die Unterlagen und die Tatsache, dass sich das Verfahren auch gegen sie richtete, aus parallelen Rechtshilfeverfahren kannte und weil er als Zeuge befragt worden ist.
3.- Die Beschwerdeführerin erklärt, kommerziell nicht gerechtfertigte Überweisungen der Firma A._ im vorgeworfenen Umfang wären gar nicht möglich gewesen. Sie hätten angesichts der damaligen finanziellen Situation der Gesellschaft zu deren sofortigem Kollaps geführt. Jedenfalls wären sie der international renommierten Revisionsgesellschaft aufgefallen. Diese Überlegungen mögen es als unwahrscheinlich erscheinen lassen, dass der gesamte Umfang der vorgeworfenen Überweisungen den Beschuldigten persönlich zugekommen sein könnte. Sie lassen jedoch den Vorwurf, dass die Beschuldigten überhaupt Gelder der Firma A._ zu ihren Gunsten abgezweigt hätten, nicht als so offensichtlich unrichtig erscheinen, dass das Rechtshilfeersuchen deswegen abzulehnen wäre (vgl. vorne E. 1b). Es fällt auch auf, dass die russischen Behörden, offenbar auf Grund erster Ergebnisse der Strafuntersuchung, das Ausmass der den Beschuldigten vorgeworfenen Bereicherung laufend reduzieren (vgl. etwa die Verlängerung der Voruntersuchung vom 22. November 1999).
4.- Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Subsumtion des Verhaltens der Beschuldigten unter Art. 312 und 314 StGB, die zu einer Übertragung des Verfahrens an die Bundesanwaltschaft geführt habe, sei willkürlich. Soweit die Beschwerdeführerin hiermit geltend machen will, die Voraussetzung der beidseitigen Strafbarkeit (vgl. Art. 5 Ziff. 1 lit. a EUeR und die Schweizer Erklärung zu dieser Bestimmung) des vorgeworfenen Verhaltens sei nicht erfüllt, wäre die Rüge unberechtigt. Die Firma A._ befand sich unbestrittenermassen überwiegend im Staatsbesitz. Auch wenn G._ und K._ deswegen nicht zu Beamten wurden, können sie auch als Kader einer gemischtwirtschaftlichen Gesellschaft unter die genannten Straftatbestände fallen (<ref-ruling> E. 7b S. 183). Selbst wenn dies nicht zuträfe, könnte das im Rechtshilfeersuchen geschilderte Verhalten als ungetreue Geschäftsbesorgung nach <ref-law> angesehen werden. Anderseits will die Beschwerdeführerin eine Aufhebung der angefochtenen Verfügung erreichen, weil die Bundesanwaltschaft zur Ausführung des Ersuchens gar nicht zuständig wäre, wenn der Vorwurf eines Verstosses gegen Art. 312 und 314 StGB entfiele. Dabei übersieht sie jedoch, dass nach <ref-law> die Bezeichnung der mit der Ausführung eines Ersuchens beauftragten Behörde nicht anfechtbar ist.
5.- Die Beschwerdeführerin macht zur Hauptsache geltend, die Rechtshilfe verstosse gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit.
In diesem Zusammenhang sind auch ihre Vorbringen gegen die potentielle Erheblichkeit der zu übermittelnden Dokumente für das ausländische Strafverfahren zu prüfen. Ebenso kann auf die Ausführungen in der Beschwerde, wonach gar keine Anhaltspunkte für die vorgeworfenen strafbaren Handlungen vorlägen, nur im Hinblick auf das aus dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz fliessende Verbot der Beweisausforschung eingetreten werden (vgl. vorne E. 1b).
a) Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes darf Rechtshilfe nicht zu strafprozessualen Untersuchungshandlungen zur Auffindung von Belastungsmaterial zwecks nachträglicher Begründung eines Tatverdachtes dienen. Eine hinreichend präzise Umschreibung der Verdachtsgründe soll möglichen Missbräuchen vorbeugen (<ref-ruling> E. 6b/aa S. 73 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 211 f.).
Im Rahmen der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen sind jedoch grundsätzlich alle Aktenstücke zu übermitteln, welche sich auf den im Ersuchen dargelegten Verdacht beziehen können. Mithin muss ein ausreichender sachlicher Konnex zwischen dem untersuchten Sachverhalt und den fraglichen Dokumenten vorliegen (<ref-ruling> E. 2c S. 371; <ref-ruling> E. 2b S. 463 f.). Darüber hinaus kann der Rechtshilferichter nicht abschliessend prüfen, welche konkreten Informationen innerhalb der erhobenen Kontenunterlagen von beweisrechtlicher Relevanz sein könnten. Für die Ausscheidung derjenigen Akten, die den Behörden des ersuchenden Staates auszuhändigen sind, stellt die bundesgerichtliche Rechtsprechung auf das Kriterium der potentiellen Erheblichkeit ab: Zu übermitteln sind diejenigen Aktenstücke, die sich möglicherweise auf den im Rechtshilfeersuchen dargestellten Sachverhalt beziehen können; nicht zu übermitteln sind nur diejenigen Akten, die für das ausländische Strafverfahren mit Sicherheit nicht erheblich sind (<ref-ruling> E. 2c S. 371). Diese Rechtsprechung beruht auf der Überlegung, dass es ausschliesslich Sache der Strafgerichte des ersuchenden Staates ist, über Schuld oder Unschuld des Beschuldigten zu entscheiden. Die Rechtshilfebehörden, die mit dem ausländischen Ermittlungsverfahren nicht vertraut sind, können in der Regel den Beweiswert jedes Dokuments gar nicht richtig einschätzen.
Gemäss Art. 14 Ziff. 1 lit. b EUeR muss die ersuchende Behörde sodann den Gegenstand und den Grund ihres Gesuches spezifizieren. Daraus leitet die Praxis ab, dass sich die ersuchte Behörde an den Rahmen des Ersuchens zu halten hat und grundsätzlich nicht über die darin gestellten Begehren hinausgehen darf (sogenanntes "Übermassverbot"; vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 375; <ref-ruling> E. 4 S. 131, je mit Hinweisen). Dabei ist das Ersuchen nach Massgabe des Zwecks der angestrebten Rechtshilfe sachgerecht zu interpretieren.
Wenn ein Ersuchen bezweckt, Geldtransfers deliktischer Herkunft zu verfolgen, ist es angezeigt, den ersuchenden Staat über alle Überweisungen auf und von den betroffenen Konten zu informieren.
b) Die Beschwerdeführerin macht geltend, in einem ersten Schritt sollten sich das russische Verfahren und die von der Schweiz zu gewährende Rechtshilfe auf die Frage konzentrieren, ob Gelder von der Firma A._ unzulässigerweise an die Firmen der Gruppen F._ und Y._ geflossen seien. Erst wenn feststehe, dass es zu illegalen Zahlungen gekommen sei, könnten die Konten der Beschwerdeführerin bei der Abklärung der Frage von Interesse sein, wieviel wem zugeflossen sei. Jedenfalls sei es unverhältnismässig, Unterlagen über den gesamten Zahlungsverkehr der Beschwerdeführerin seit ihrer Gründung zu übermitteln, obwohl die behaupteten Straftaten erst später stattgefunden hätten.
Im Weiteren seien die herauszugebenden Unterlagen gar nicht geeignet, zur Klärung der im Rechtshilfeersuchen behaupteten Vorgänge beizutragen. Weder das Rechtshilfeersuchen noch die angefochtene Verfügung würden erklären, worin der Zusammenhang zwischen dem in Russland untersuchten Sachverhalt und den Konten und Depots der Beschwerdeführerin bestünde. Ein solcher existiere auch gar nicht, sondern es handle sich um eine Beweisausforschung zulasten von B._. Der Spezialitätsvorbehalt biete hiergegen keinen Schutz, da er von der Russischen Föderation erfahrungsgemäss nicht eingehalten werde.
c) aa) Es ist nicht am ersuchten Staat zu entscheiden, ob das von der Beschwerdeführerin vorgeschlagene zweistufige oder das von den russischen Behörden gewählte Vorgehen bei der Strafuntersuchung sinnvoller ist. Dazu müsste er einen Gesamtüberblick über die Strafuntersuchung und die bisherige Beweislage haben, die ihm notwendigerweise fehlt.
Jedenfalls erscheint es durchaus als sinnvoll abzuklären, an wen gewisse Gelder letztlich geflossen sind, da streitig ist, ob die Überweisungen kommerziell gerechtfertigt waren, oder Betrug oder ungetreue Geschäftsführung darstellten. Da B._ vorgeworfen wird, die Hauptrolle bei den behaupteten illegalen Transfers gespielt zu haben, und er als der wirtschaftlich Berechtigte der Beschwerdeführerin erscheint, können deren Geldeingänge und -ausgänge durchaus zur Klärung des Sachverhalts beitragen, soweit, was im Folgenden zu prüfen ist, überhaupt ein genügender Konnex zwischen den zu untersuchenden Geldtransfers und dem Konto der Beschwerdeführerin besteht.
bb) Die Beschwerdeführerin bestreitet die potentielle Erheblichkeit der zu übermittelnden Unterlagen für das ausländische Strafverfahren. In der Ergänzung zum Rechtshilfeersuchen vom 12. November 1999 wird ausgeführt, von der Firma A._ stammende Gelder seien getarnt als Zahlungen für fiktive Verträge auf Konten von Drittgesellschaften geflossen, die den drei Hauptverdächtigten zur Verfügung gestanden seien. Als solche Drittgesellschaft wird auch die Beschwerdeführerin genannt, derem Verwaltungsrat der verdächtigte G._ angehört haben soll. Aus den zu übermittelnden Unterlagen ergibt sich, dass Letzteres zwischen November 1994 und November 1996 tatsächlich der Fall war. Diese Dokumente zeigen auch, dass B._ schon an der Gründung der Beschwerdeführerin beteiligt war und dass sie über die Firma Z._ in Togliatti, Russland, mit der Firma Y._ in Lausanne, der Hauptdestinatärin der Überweisungen der Firma A._ wirtschaftlich verflechtet gewesen sein soll. Es fällt ebenfalls auf, dass J._ Verwaltungsrat sowohl der Beschwerdeführerin wie auch von Firmen der Gruppen F._ und Y._ war.
Auf Grund der Unterlagen über den Zahlungsverkehr der Beschwerdeführerin steht keineswegs mit Sicherheit fest, dass diese keinen Zusammenhang mit den Überweisungen der Firma A._ haben. Ein Zufluss von Geldern der Firma A._ an die Beschuldigten kann nicht nur die Form einer direkten Überweisung annehmen, da die Täter, wenn die Vorwürfe im Rechtshilfeersuchen zutreffen, ein Interesse am Verwischen der Spur der Überweisungen haben mussten. In den Unterlagen erscheinen mehrmalige Überweisungen grösserer Beträge von der Firma C._ im Jahre 1997 und eine Überweisung an diese im Jahre 1999. Die Unterlagen der Firma C._ zeigen wiederum eine Überweisung an die Firma R._ Von dieser behauptet wiederum K._, einer der Hauptbeschuldigten, dass sie ihm Boni und Lohnansprüche als Kader der Firma A._ überwiesen habe. In der Beschwerde wird weder behauptet noch belegt, welchen mit dem Gegenstand der Strafuntersuchung nicht zusammenhängenden wirtschaftlichen oder kommerziellen Sinn die in den Unterlagen aufscheinenden Überweisungen zwischen verschiedenen Firmen, deren wirtschaftlich Berechtigter immer B._ ist, haben sollen. Nach bundesgerichtlicher Praxis wäre es an der Beschwerdeführerin gewesen, solche Erklärungen vorzubringen, die gezeigt hätten, dass und welche zur Übermittlung vorgesehenen Akten mit Sicherheit für das russische Strafverfahren ohne Bedeutung sind (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 371 f.). Solche Erklärungen fehlen in der Beschwerde. Sie hätten naturgemäss nur von der Beschwerdeführerin als Kontoinhaberin vorgebracht werden können. Somit kann diese heute der Bundesanwaltschaft nicht vorwerfen, sie habe das Verhältnismässigkeitsprinzip verletzt, indem sie keine Unterlagen von der Übermittlung ausgeschieden habe. Obwohl es zweifelhaft erscheinen mag, dass gewisse der zu übermittelnden Unterlagen eine potentielle Beweiseignung haben, ist mangels hinreichender Rüge das Eventualbegehren der Beschwerdeführerin abzuweisen, wonach die Rechtshilfe auf Unterlagen zu begrenzen sei, die einen begründeten Zusammenhang mit dem im Ersuchen geschilderten Sachverhalt hätten.
Auf Grund des Vorstehenden und weil der wirtschaftlich Berechtigte an den Konten und Depots der Beschwerdeführerin zur Zeit der betreffenden Überweisungen einer der Verdächtigten war, kann nicht ausgeschlossen werden, dass gewisse Unterlagen Finanzbewegungen zur Verschleierung der Herkunft der angeblich ertrogenen oder unterschlagenen Gelder aufzeigen. Dies genügt, um sie für das ausländische Verfahren als potentiell erheblich erscheinen zu lassen.
cc) Weiterhin erscheinen auch Unterlagen über den Zahlungsverkehr der Beschwerdeführerin in der Zeit vor den strittigen Transfers der Firma A._ für die Strafuntersuchung von möglicher Bedeutung, da sie - unter Umständen entlastende - Rückschlüsse auf Gründe für spätere Zahlungen und auf Verbindungen mit anderen involvierten Firmen erlauben.
Da die Beschwerdeführerin nicht ausführt, welche Unterlagen aus der Zeit vor dem 1. Juni 1996 welchen mit dem Rechtshilfeersuchen nicht zusammenhängenden wirtschaftlichen oder kommerziellen Hintergrund haben, ist auch ihr Subeventualbegehren abzuweisen, falls die übrigen Voraussetzungen für eine Rechtshilfe gegeben sind.
dd) Von einer verpönten Beweisausforschung oder "fishing expedition" könnte nur die Rede sein, wenn der ersuchende Staat vor Gewährung der Rechtshilfe noch keine nach Gegenstand und Person konkreten Anhaltspunkte für den Verdacht einer Straftat hatte. Im vorliegenden Fall steht jedoch seit dem ersten Ersuchen vom 5. Mai 1999 derselbe Sachverhalt im Mittelpunkt der Untersuchung. Auf Veranlassung der drei Hauptverdächtigten seien Deviseneinkünfte der Firma A._ auf Konten der Firmen F._ und Y._ in der Schweiz überwiesen worden. Die drei Hauptverdächtigten seien an diesen Firmen wirtschaftlich beteiligt, und ein Teil dieser Gelder sei schliesslich ihnen persönlich zugeflossen.
Die betroffenen Firmen haben diese Sachverhalte während der Untersuchung in der Schweiz nicht bestritten, sondern versucht, deren wirtschaftliche Berechtigung zu erklären.
Die Vorgänge, auf die das Rechtshilfeersuchen gestützt wird, existieren also real, und würden, falls sich die Wertung der russischen Strafverfolgungsbehörden als richtig herausstellt, Straftatbestände erfüllen. Dies schliesst aus, dass das Rechtshilfeersuchen bloss der Beweisausforschung zwecks Auffindens ganz anderer Vorwürfe dient. Auch das bisherige Fehlen einer Anklageerhebung zeigt nicht, dass es in Wirklichkeit gar nicht um ein Strafverfahren wegen der erhobenen Vorwürfe geht. Da die Überweisungen an in der Schweiz geführte Firmen erfolgten, erscheint es vielmehr plausibel, dass die entscheidende Frage der wirtschaftlichen Berechtigung der Überweisungen erst dank der Rechtshilfe der Schweiz geklärt werden kann.
Der ausdrücklich in die angefochtene Verfügung aufgenommene Spezialitätsvorbehalt stellt sicher, dass die übermittelten Unterlagen nicht in Verfahren wegen anderer, unter Umständen gar nicht rechtshilfefähiger Vorwürfe benutzt werden können. Die Beschwerdeführerin behauptet, dieser Vorbehalt biete keinen Schutz, da er von den russischen Behörden nicht eingehalten werde. Sie führt aus, sie habe die Erfahrung gemacht, dass Informationen der Presse zugespielt würden. Das Bundesgericht hat schon entschieden, dass Indiskretionen in der ausländischen Strafuntersuchung keine anderen schweren Mängel des Verfahrens im Sinne von <ref-law> darstellen (BGE <ref-ruling> E. 6 S. 86 f.; <ref-ruling> E. 6b S. 182-184). Weiterhin befürchtet die Beschwerdeführerin, der russische Geheimdienst komme in den Besitz der übermittelten Unterlagen und werde damit darin erwähnte unbeteiligte Dritte zur Bezahlung von Schutzgeldern erpressen.
Da der Geheimdienst eine staatliche Behörde ist, läuft dieses Vorbringen auf die Befürchtung von Menschenrechtsverletzungen durch den ersuchenden Staat hinaus. Die Menschenrechte von Drittpersonen kann die Beschwerdeführerin als juristische Person jedoch nicht anrufen (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 362 ff.; <ref-ruling> E. 6 S. 87). Der in diesem Zusammenhang geäusserte Vorwurf an die Bundesanwaltschaft, sie betätige sich als nachrichtendienstliche Quelle, ist nur zu hören, soweit er sich gegen die im vorliegenden Verfahren streitigen Verfügungen richtet. In diesem Rahmen kann eine den völkerrechtlichen Verpflichtungen der Schweiz und dem Schweizer Landesrecht entsprechende Rechtshilfe offensichtlich kein wirtschaftlicher Nachrichtendienst im Sinne von <ref-law> sein (vgl. Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II, 4. Auflage, 1995, S. 224 mit weiteren Hinweisen auf die Lehre).
Selbst die Beschwerdeführerin behauptet nicht, dass die übermittelten Unterlagen in anderen Strafverfahren benutzt würden. Es gibt auch keinerlei Anhaltspunkte dafür, dass die russischen Behörden den Vorbehalt der Spezialität in Verletzung ihrer völkerrechtlichen Verpflichtungen nicht einhalten würden (vgl. den Schweizer Vorbehalt b zu Art. 2 EUeR, SR 0.351. 1 und AS 1999 1353). Dies gilt umso mehr, als es hier um einen hochpolitischen Fall geht, in den prominente Geschäftsleute und Politiker involviert sind. Deren Verfolgung und Verurteilung in Verletzung des Spezialitätsvorbehalts würde unweigerlich internationales Aufsehen erregen und künftig die Gewährung von Rechtshilfe an die Russische Föderation in Frage stellen.
6.- Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, gegen B._, G._ und K._ sei in Russland kein Strafverfahren eröffnet worden. Aus diesem Grunde könnten die Betroffenen ihre Verteidigungsrechte nicht ausüben.
Gegen B._ sei eine Strafuntersuchung gar nicht möglich, weil er in Russland parlamentarische Immunität geniesse.
Die Beschwerdeführerin kann sich zunächst nicht auf Verteidigungsrechte oder eine Immunität von Drittpersonen berufen (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 362 ff.; <ref-ruling> E. 6 S. 87). Die parlamentarische Immunität eines Beschuldigten hat im Übrigen nur der Sachrichter im ersuchenden Staat zu beurteilen und zu beachten. Sinngemäss ruft die Beschwerdeführerin jedoch mit ihrer Behauptung Art. 1 Ziff. 1 EUeR an, aus dem sich ergibt, dass Rechtshilfe nach diesem Abkommen nur gewährt wird, wenn im ersuchenden Staat ein Strafverfahren läuft. Um diese Voraussetzung zu erfüllen, ist jedoch keine Anklageerhebung nötig. Die Eröffnung einer Voruntersuchung genügt, wenn diese dazu bestimmt ist, später ein Strafverfahren herbeizuführen (<ref-ruling> E. 3a S. 165 mit Hinweisen).
Die Bundesanwaltschaft verweist auf die Ergänzung des Rechtshilfeersuchens vom 12. November 1999. Diese belege, dass in Russland eine Strafuntersuchung gegen B._ und seine angeblichen Komplizen fortgesetzt werde. Darin kündigt der Untersuchungsrichter die Erhebung einer Anklage wegen Betruges an. Der Vorwurf der Geldwäscherei werde gegen B._, nicht aber gegen G._ und K._, vorderhand fallen gelassen, könne aber unter Umständen dank der aus der Schweiz erhaltenen Unterlagen wieder aufleben. Die Untersuchungsbehörden betonten, dass die Verfahren gegen B._ entgegen Presseberichten nicht eingestellt worden seien. In dieselbe Richtung weist die vom stellvertretenden Generalstaatsanwalt am 22. November 1999 bewilligte Verlängerung der Frist für die Voruntersuchung bis zum 18. Juni 2000. Es trifft zwar zu, dass die ersuchenden Behörden darin neue, teilweise nicht rechtshilfefähige Vorwürfe erheben.
Entgegen den Behauptungen der Beschwerdeführerin bleiben aber auch im Verlängerungsentscheid die Überweisungen von der Firma A._ an die Firma Y._ Mittelpunkt und Ausgangspunkt der Vorwürfe. Somit bleibt es die Absicht der ersuchenden Behörden, wegen rechtshilfefähiger Straftaten Anklage zu erheben. Dafür kann Rechtshilfe gewährt werden.
7.- Schliesslich kritisiert die Beschwerdeführerin, dass sich das Dispositiv der angefochtenen Verfügung nicht zum Schicksal der mit Zwischenverfügung vom 30. Juni 1999 beschlagnahmten Konten und Depots äussere. Sie verlangt deren Freigabe. Es gehe nicht an, dass deren weiteres Schicksal, wie in der Begründung der angefochtenen Verfügung ausgeführt werde, in das Belieben des ersuchenden Staates gestellt werde. Auf die Konten seien nie Gelder der Firma A._ geflossen und das Verfahren in Russland sei weder fair noch effizient.
Dass die Beschlagnahme angesichts der Gutheissung des Rechtshilfeersuchens fortdauert, ergibt sich eindeutig aus den Erwägungen des angefochtenen Entscheids und der darin erwähnten Rechtslage (vgl. <ref-law> und <ref-law>). Da der ersuchende Staat den Verdacht untersucht, dass die auf Konten der Beschwerdeführerin geflossenen Gelder den Erlös aus einer strafbaren Handlung darstellen, konnten diese zu Sicherungszwecken beschlagnahmt werden. Im Hinblick auf eine mögliche Herausgabe an den ersuchenden Staat gestützt auf dessen rechtskräftiges Strafurteil dürfen sie weiterhin beschlagnahmt bleiben, bis der ersuchende Staat sie entweder herausfordert oder freigibt. Ob wirklich Erlöse von Straftaten auf die Konten geflossen sind, wird im ausländischen Verfahren zu entscheiden sein. Die Beschwerdeführerin substanziiert in keiner Weise, aus welchen legalen Quellen oder Aktivitäten die Mittel auf ihren Konten stammen.
Ebenso wenig präzisiert sie, inwiefern das ausländische Einziehungsverfahren unfair wäre. Was die Dauer des Verfahrens betrifft, ist diese angesichts der Komplexität der Vorwürfe und der in verschiedenen Ländern zu führenden Untersuchungen vorderhand nicht zu beanstanden. Falls sich künftig ungerechtfertigte Verzögerungen ergeben sollten, kann die Bundesanwaltschaft der ersuchenden Behörde eine Frist für die Einleitung eines formellen Einziehungsverfahrens setzen (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 4c S. 277).
8.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist somit abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie der Schweizerischen Bundesanwaltschaft und dem Bundesamt für Polizei, Abteilung Internationale Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 19. Juni 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: