Art. 8 und 9 BV (Strafverfahren), hat sich ergeben:
A.- X._ wird vorgeworfen in seinem Ladengeschäft in Z._ zwischen Dezember 1996 und Mitte 1998 Hanfprodukte verkauft zu haben, die als Betäubungsmittel konsumiert werden konnten. Am 12. Februar 1999 erhob die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau gegen ihn Anklage wegen mehrfacher, teils qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und das Heilmittelgesetz und beantragte eine bedingte Gefängnisstrafe von 14 Monaten sowie eine Busse von Fr. 1'000.--. Ferner beantragte sie die Einziehung von beschlagnahmten Gegenständen und von zu Unrecht erzieltem Erlös.
Weil X._ die inkriminierte Tätigkeit trotz des Strafverfahrens fortsetzte, wurde gegen ihn im März 1999 erneut eine Strafuntersuchung eröffnet. Die Staatsanwaltschaft beantragte mit Zusatzanklageschrift vom 22. April 1999 nunmehr die Ausfällung einer Strafe von 16 Monaten Gefängnis bedingt und Fr. 1'000.-- Busse. Am 14. November 1999 fand die Hauptverhandlung vor dem Bezirksgericht Weinfelden statt.
Im Zusammenhang mit der zweiten Strafuntersuchung verfügte das Bezirksamt Weinfelden am 5. März 1999 die Schliessung des Ladengeschäfts. Am 8. März 1999 wurde die Schliessung rückgängig gemacht, da sich X._ schriftlich verpflichtet hatte, keinen Hanf mehr an Drittpersonen abzugeben.
In der Folge betrieb X._ den Laden weiter.
Nachdem verschiedene Anzeigen über den weiteren Verkauf von Betäubungsmittel eingegangen waren, beschlagnahmte das Bezirksamt Weinfelden am 26. Januar 2000 im Laden eine Hanf-Trockenblume, von deren Art X._ grosse Mengen zum Verkauf anbot. Deren Analyse ergab einen THC-Gehalt von über 0,5 %. Das Bezirksamt veranlasste daraufhin mit Schreiben vom 7. Februar 2000 und Verfügung vom 10. Februar 2000 die amtliche Ladenschliessung. Ferner verfügte sie die Beschlagnahme aller Verkaufs- und Einrichtungsgegenstände im Verkaufslokal und in den zugehörigen Nebenräumen zur Sicherung der künftigen Vollstreckung des Strafurteils.
Hiergegen gelangte X._ mit mehreren Beschwerden an die Staatsanwaltschaft, welche diese mit Entscheid vom 23. Februar 2000 abwies. Auch ein gleichentags gestelltes Gesuch, mit dem X._ beantragte, das Ladengeschäft sei für die Dauer des Verfahrens zu entsiegeln und die mit Beschlag belegten Gegenstände für die Dauer der Beschlagnahmung sofort aus dem Ladengeschäft zu entfernen, damit der Laden sofort wieder geöffnet werden könne, wies die Staatsanwaltschaft am 24. Februar 2000 ab.
B.- X._ focht beide Entscheide bei der Anklagekammer des Kanton Thurgau an. Der Präsident der Anklagekammer wies am 5. April 2000 ein Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde hinsichtlich der Beschlagnahme von Gegenständen ab. Mit gleicher Verfügung ordnete er für die Ladenschliessung die Durchführung des Haftprüfungsverfahrens nach § 113 der Strafprozessordnung des Kantons Thurgau an, da es sich bei dieser um eine Ersatzmassnahme für Haft handle. Am 10. April 2000 führte er eine Anhörung von X._ durch. Mit Entscheid vom 14. April 2000 schloss er das Haftprüfungsverfahren ab, indem er erkannte, dass die angeordnete Ladenschliessung als Ersatzmassnahme zulässig sei. Gleichzeitig wies er das Bezirksamt an, die Angemessenheit der Massnahme alle zwei Monate neu zu prüfen.
C.- X._ führt hiergegen mit Eingabe vom 22. Mai 2000 staatsrechtliche Beschwerde. Er beantragt, der Entscheid des Präsidenten der Anklagekammer vom 14. April 2000 sei aufzuheben und die Vorinstanz sei anzuweisen, die Schliessung des Ladenlokals "Y._" in Z._ sofort aufzuheben und das Lokal sofort zu entsiegeln. Sodann sei die "Vorinstanz" anzuweisen, über die Freigabe der mit Verfügung des Bezirksamtes Weinfelden vom 10. Februar 2000 beschlagnahmten Verkaufs- und Einrichtungsgegenstände sofort zu entscheiden. Ferner sei ihm die unentgeltliche Prozessführung zu bewilligen und ein unentgeltlicher Rechtsbeistand beizugeben. Zur Begründung der Beschwerde beruft er sich auf die Wirtschaftsfreiheit, auf das Verbot der Rechtsverzögerung und auf das Willkürverbot.
D.- Die Staatsanwaltschaft und der Präsident der Anklagekammer beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bezirksamt hat sich ohne Antragstellung zur Beschwerde geäussert.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Beim angefochtenen Entscheid des Präsidenten der Anklagekammer vom 14. April 2000, mit dem über die Aufrechterhaltung der vom Bezirksamt verfügten Ladenschliessung entschieden wurde, handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid im Sinne von Art. 86 Abs. 1 OG, gegen den die staatsrechtliche Beschwerde grundsätzlich zulässig ist.
Nach ständiger Rechtsprechung zu Art. 88 OG kann mit der staatsrechtlichen Beschwerde nur die Verletzung rechtlich geschützter eigener Interessen gerügt werden (<ref-ruling> E. 5b S. 42 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 374, je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer ist durch den angefochtenen Entscheid in eigenen rechtlichen Interessen betroffen und zur Beschwerde befugt. Soweit er sich allerdings zur Bestreitung der Verhältnismässigkeit der Ladenschliessung auf Interessen Dritter und auf das staatliche Interesse an der Sicherung der Verfahrenskosten beruft, kann auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden.
Die staatsrechtliche Beschwerde ist grundsätzlich kassatorischer Natur, es sei denn, die Wiederherstellung der verfassungsmässigen Lage verlange eine weiter gehende Massnahme (ausführlich dazu <ref-ruling> E. 4 S. 332 ff; siehe auch <ref-ruling> E. 5a S. 96). Der Beschwerdeführer macht geltend, die Schliessung und Versiegelung seines Ladenlokals verletze die Wirtschaftsfreiheit. Ob seine diesbezüglichen Anträge (vgl. oben C.-) zur Wiederherstellung der verfassungsmässigen Lage erforderlich und damit zulässig sind, kann vorliegend mit Blick auf den Verfahrensausgang offen bleiben.
b) Seinen Antrag, die "Vorinstanz" sei anzuweisen, über die Freigabe der vom Bezirksamt Weinfelden am 10. Februar 2000 beschlagnahmten Verkaufs- und Einrichtungsgegenstände sofort zu entscheiden, begründet der Beschwerdeführer damit, dass die Anklagekammer eine formelle Rechtsverweigerung begangen habe, indem sie bis heute nicht über die Herausgabe verschiedener Gegenstände aus dem Laden, die zweifellos legal seien, entschieden habe.
Gegen die damit geltend gemachte Rechtsverzögerung steht soweit ersichtlich kein kantonales Rechtsmittel zur Verfügung. Sie kann grundsätzlich im Rahmen der staatsrechtlichen Beschwerde gerügt werden (Art. 86 Abs. 1 OG; vgl. § 212 f. der Strafprozessordnung des Kantons Thurgau vom 30. Juni 1970/5. November 1991 (StPO); <ref-ruling> E. 2 S. 238 f.; <ref-ruling> E. 1a, je mit Hinweisen). Bei allgemeinen Rechtsverzögerungsbeschwerden kann das Bundesgericht mit der Gutheissung der Beschwerde die Anordnung an die entsprechende kantonale Behörde verbinden, eine Sache an die Hand zu nehmen (vgl. Bundesgerichtsentscheid vom 10. Februar 1987 i.S. G., ZBl 88/1987 463, E. 1b; Lorenz Meyer, Das Rechtsverzögerungsverbot nach <ref-law>, Diss. Bern 1982, S. 134).
Am 21. Juli 2000, also während des bundesgerichtlichen Verfahrens, reichte das Bezirksamt Weinfelden eine Verfügung zu den Akten, aus der hervorgeht, dass dem Beschwerdeführer gewisse der beschlagnahmten Gegenstände herausgegeben werden sollen. Es ist daraus allerdings nicht klar ersichtlich, ob alle Gegenstände, deren Beschlagnahme der Beschwerdeführer beanstandet, herausgegeben werden sollen und demnach das aktuelle praktische Interesse an der Beschwerdeführung, wie es Art. 88 OG grundsätzlich voraussetzt, bezüglich der Fällung eines Entscheides über die Beschlagnahme entfallen ist. Wie es sich damit verhält, kann jedoch mit Blick auf den Ausgang des Verfahrens auch hinsichtlich dieser Rüge offen bleiben.
2.- Nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG muss eine staatsrechtliche Beschwerde die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind.
Insbesondere muss sich der Beschwerdeführer mit der von der letzten kantonalen Instanz angeführten Begründung auseinander setzen und darf sich nicht auf eine reine Wiederholung der im kantonalen Verfahren vorgebrachten Argumente beschränken.
Im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren prüft das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene Rügen.
Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (vgl.
BGE 125 I 492 E. 1b S. 495 mit Hinweisen).
Diesen Anforderungen vermag die vorliegende Beschwerde nicht in allen Teilen zu genügen, wie in den nachfolgenden Erwägungen darzulegen ist.
3.- Der Beschwerdeführer macht geltend, der Präsident der Anklagekammer habe mit der Bestätigung der amtlichen Schliessung des Verkaufsladens das verfassungsmässige Recht der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) verletzt.
a) Der Präsident der Anklagekammer erwog, die Vorinstanzen hätten die Ladenschliessung materiell als Ersatzmassnahme im Sinne von <ref-law> für Untersuchungshaft wegen Gefahr einer Fortsetzung der deliktischen Tätigkeit durch den Beschwerdeführer angeordnet. Er prüfte deshalb, ob die Voraussetzungen für die Anordnung von Sicherheitshaft gegeben wären und ob die an deren Stelle angeordnete Ladenschliessung das Prinzip der Verhältnismässigkeit wahrt.
b) Der Beschwerdeführer rügt, die Staatsanwaltschaft und das Bezirksamt hätten die Ladenschliessung nicht auf <ref-law>, sondern auf <ref-law> und <ref-law> über die Sicherungsbeschlagnahme für den Staat abgestützt.
Erst der Präsident der Anklagekammer habe in der Ladenschliessung eine Ersatzmassnahme für eine mögliche Haft gesehen, da sich <ref-law> als Grundlage für eine vorläufige Ladenschliessung für die Dauer des Verfahrens nicht eigne. Die falsche Abstützung der Massnahme auf eine Bundesnorm führe dazu, dass die Massnahme über keine genügende Rechtsgrundlage verfüge und als willkürlich und nichtig erscheine. Der Präsident der Anklagekammer hätte diesen Mangel nicht dadurch heilen dürfen, dass er in der Ladenschliessung eine Ersatzmassnahme sehe.
Diese Rügen sind offensichtlich unbegründet, soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen an eine staatsrechtliche Beschwerde genügen (Erwägung 2 oben). Es geht bereits aus dem Hinweis auf die "Verhinderung der Betäubungsmittelhandeltätigkeit" in der Verfügung des Bezirksamts vom 10. Februar 2000 hervor, dass Zweck der Massnahme die Unterbindung der weiteren Geschäftstätigkeit des Beschwerdeführers sei, um weitere Verstösse gegen das Betäubungsmittelgesetz zu verhindern. Zudem hatte die Staatsanwaltschaft in ihrem Entscheid vom 23. Februar 2000 die Möglichkeit einer Sicherheitshaft wegen Fortsetzungsgefahr anstelle der aus Verhältnismässigkeitsgründen angeordneten Ladenschliessung erwähnt. Der Präsident der Anklagekammer fand für die Ladenschliessung angesichts ihres Zwecks, eine Fortsetzung der inkriminierten Tätigkeit zu unterbinden, in <ref-law> eine - wie der Beschwerdeführer selber einräumt - mögliche gesetzliche Grundlage. Es ist nicht nachvollziehbar, weshalb er in Willkür verfallen sein soll, als er die Massnahme, die er nach <ref-law> im Ergebnis als rechtmässig beurteilte, nicht allein deshalb aufhob, weil sie die Vorinstanzen unter Anrufung einer allenfalls ungeeigneten gesetzlichen Grundlage begründeten.
c) Sicherheitshaft kann im Kanton Thurgau (u.a.) verhängt werden, wenn der Angeschuldigte eines Vergehens oder Verbrechens dringend verdächtig ist und Flucht- oder Fortsetzungsgefahr besteht (§ 105 Abs. 2 i.V.m. § 106 Abs. 1 Ziff. 1 und 3 und Abs. 3 StPO; <ref-ruling> E. 2a).
aa) Der Beschwerdeführer bestreitet die Voraussetzung eines dringenden Tatverdachtes. Nach <ref-law> sei der Anbau oder die Inverkehrsetzung von alkoloidhaltigen Pflanzen oder Hanfkraut nur strafbar, wenn diese zur Betäubungsmittelgewinnung erfolge, womit eine besondere Absicht verlangt werde. Eine solche könne ihm nicht zweifelsfrei und rechtsgültig nachgewiesen werden.
Bei der Überprüfung des dringenden Tatverdachts kann es nicht Sache des Bundesgerichts sein, dem Sachrichter vorgreifend eine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Umstände vorzunehmen. Zu prüfen ist vielmehr, ob genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat des Beschwerdeführers vorliegen, dass der Präsident der Anklagekammer das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durfte (vgl. <ref-ruling> E. 3c). In diesem Sinn braucht der subjektive Tatbestand, vorliegend etwa der Wille der Gewinnung von Betäubungsmitteln, entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht "nachgewiesen" zu werden. Auch die Prüfung der rechtlichen Qualifikation der vorgeworfenen Handlungen kann nur in eingeschränkter Weise erfolgen.
Der Präsident der Anklagekammer hielt fest, der Beschwerdeführer habe eingeräumt, Hanf-Trockenblumen in grösserem Ausmass verkauft zu haben, und aufgrund von Abklärungen sei erstellt, dass diese einen recht hohen THC-Gehalt aufgewiesen hätten und als Betäubungsmittel Verwendung finden konnten. Nach diesen unbestrittenen Ausführungen durfte er einen dringenden Tatverdacht jedenfalls mit vertretbaren Gründen bejahen, zumal die neueste bundesgerichtliche Rechtsprechung für die Erfüllung des subjektiven Tatbestandes des strafbaren Betäubungsmittelhandels in solchen Fällen Eventualvorsatz genügen lässt (zur Publikation bestimmtes Bundesgerichtsurteil vom 13. März 2000 i.S. R., E. 2).
bb) Die Fortsetzungsgefahr hat der Präsident der Anklagekammer im Wesentlichen damit begründet, dass der Beschwerdeführer die Verkäufe von als Betäubungsmittel verwendbaren Hanfprodukten auch beharrlich fortgesetzt habe, nachdem die Staatsanwaltschaft am 12. Februar 1999 bereits Anklage gegen ihn erhoben hatte und nachdem er sich in der Folge der Ladenschliessung vom 5. März 1999 im Wissen darum, wie die Staatsanwaltschaft die Verkäufe rechtlich beurteilt, klar und unmissverständlich verpflichtet hatte, keinen Hanf mehr einzukaufen oder abzugeben. So habe er einfach anstelle von Hanfduftkissen getrocknete Hanfblumen verkauft. Diese Tätigkeit habe er auch fortgesetzt, nachdem er am 26. Januar 2000 vom Bezirksamt Weinfelden nochmals darauf hingewiesen worden sei, dass die Schliessung des Ladenlokals wiederum in Erwägung gezogen werden müsse, falls er weiterhin Hanfprodukte verkaufe, die als Betäubungsmittel Verwendung finden könnten. Anlässlich der Anhörung vom 10. April 2000 habe er dargelegt, dass er weiterhin Hanfprodukte verkaufen würde, wenn sich ihm entsprechende Gelegenheit biete, solange die Frage nicht geklärt sei, ob er damit gegen das Betäubungsmittelgesetz verstossen habe.
Der Beschwerdeführer macht dagegen geltend, er habe sich am 8. März 1999 zwar verpflichtet, keinen Hanf mehr einzukaufen oder abzugeben, wenn die Ladenschliessung vom 5. März rückgängig gemacht würde; dieses Versprechen habe er aber, was der Präsident der Anklagekammer in willkürlicher Weise ausser Acht gelassen habe, nur unter der Bedingung abgegeben, dass er eine schriftliche Begründung für die Ladenschliessung erhalte. Diese Bedingung sei aber nie erfüllt worden.
Die Behauptung, das Versprechen sei nur bedingt abgegeben worden, findet in den Akten keine Stütze. Die Rüge der Aktenwidrigkeit erweist sich als offensichtlich unbegründet; abgesehen davon ist fraglich, ob es sich dabei nicht ohnehin um ein hier unzulässiges neues Vorbringen handelt.
Angesichts des gebrochenen Versprechens, keine Hanfprodukte mehr abzugeben, ist demnach auch der Einwand des Beschwerdeführers unbehelflich, er habe zwar nach der Ladenschliessung vom 5. bis 8. März 1999 noch Trockenblumen verkauft, dieses Vorgehen indessen unter dem geltenden Betäubungsmittelgesetz als zulässig erachtet. Zu berücksichtigen ist auch, dass über die grundsätzliche Strafbarkeit des Verkaufs von Hanfprodukten mit einem THC-Gehalt, wie sie die vom Beschwerdeführer verkauften Hanfblumen aufwiesen, nach der publizierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung ohnehin keine Zweifel bestehen können (vgl. z.B. <ref-ruling> E. 2 mit zahlreichen Hinweisen), und dass gegen ihn bereits Anklage erhoben worden war. Trotzdem machte der Beschwerdeführer die Unterlassung des Weiterverkaufs von Hanfprodukten in der Anhörung vom 10. April 2000 - wie der Präsident der Anklagekammer festhielt und entgegen den anderslautenden Vorbringen in der vorliegenden Beschwerde - von der Klärung der Frage abhängig, ob er damit gegen das Betäubungsmittelgesetz verstosse.
Der Beschwerdeführer bringt auch sonst nichts vor, was den Schluss des Präsidenten der Anklagekammer, die Rückfallprognose sei sehr ungünstig und es bestehe nicht nur eine rein hypothetische Möglichkeit der Verübung weiterer Delikte (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 5 S. 213; <ref-ruling> E. 2c S. 271, je mit Hinweisen), als verfassungswidrig erscheinen liesse.
cc) Wie es sich angesichts der von der Staatsanwaltschaft gegen den Beschwerdeführer erhobenen Schuldvorwürfe mit der - von diesem bestrittenen - Verhältnismässigkeit der Anordnung von Haft im Sinne der soeben zitierten Rechtsprechung verhielte, kann offen bleiben, da die kantonalen Behörden vorliegend auf die Anordnung von Haft verzichtet und mildere Ersatzmassnahmen gewählt haben.
d) Der Beschwerdeführer bestreitet allerdings auch die Verhältnismässigkeit der angeordneten Ladenschliessung.
aa) Er macht dazu zunächst geltend, es hätte angesichts des in der Stellungnahme seines Verteidigers zur Anhörung vom 10. April 2000 Ausgeführten ausgereicht, wenn ihm als milderes Mittel eine Weisung erteilt worden wäre.
Er hätte darauf Anspruch gehabt, dass nicht sofort zum stärksten Mittel gegriffen werde. So sei nicht erstellt, dass der Grund der Ladenschliessung vom 5. bis 8. März 1999 von ihm verstanden worden sei. Auch seien weit über 25 % des Umsatzes des Ladens mit dem Verkauf von absolut legalen Hanfprodukten erzielt worden.
Diese Rügen erweisen sich nach dem in vorstehender Erwägung 3c/bb Ausgeführten als unbegründet. Es ergibt sich daraus ohne weiteres, dass der Präsident der Anklagekammer die Ladenschliessung als erforderliches Mittel zur Unterbindung einer weiteren Delinquenz bestätigen durfte. Er hat darüber hinaus in nachvollziehbarer Weise dargelegt, die Ladenschliessung sei ein adäquates Mittel, um zu verhindern, dass der Beschwerdeführer seine Verkäufe von Produkten, die als Betäubungsmittel verwendbar sind, fortsetze, weil das bestehende Lokal dafür weitherum bekannt sei. Der Beschwerdeführer setzt sich damit mit keinem Wort auseinander, weshalb vorliegend nicht weiter darauf einzugehen ist (vgl.
E. 2 oben).
bb) Der Beschwerdeführer rügt, die Ladenschliessung stelle angesichts der daran geltend gemachten öffentlichen Interessen einen unverhältnismässigen Eingriff dar, da sie seine ihm als Ladeninhaber vorliegend einzig zumutbare Erwerbstätigkeit im Ladengeschäft auch unterbinde, soweit sie unbestrittenermassen legale Verkaufsartikel betreffe, und ihn in den wirtschaftlichen Ruin treibe. Die unbestrittenermassen legale Verkaufstätigkeit bringe entgegen den willkürlichen und unter Verletzung des rechtlichen Gehörs zustandegekommenen Sachverhaltsfeststellungen im Entscheid der Staatsanwaltschaft einen genügend grossen Teil des Bruttoumsatzes, um das Geschäft damit allein rentabel betreiben zu können. Die ihm, dem Beschwerdeführer, vorgeworfenen Delikte wögen nicht so schwer, dass sich die angeordnete Massnahme rechtfertigen würde. Ein dringender Handlungsbedarf bestehe bezüglich der beanstandeten Hanfverkäufe offensichtlich nicht, da sich die Strafuntersuchungsbehörden angesichts der berechtigten Zweifel an der Illegalität der Trockenblumen sehr lange Zeit gelassen hätten, gegen deren Vertrieb zu intervenieren, was offensichtlich gegen eine grosse Gefahr für Polizeigüter spreche. Das öffentliche Interesse an der getroffenen Massnahme sei deshalb gering, zumal diese die unter dem Schutz der Wirtschaftsfreiheit stehende und im öffentlichen Interesse liegende Versorgung der Bevölkerung mit Hanfprodukten verunmögliche.
Es kann vorliegend offen bleiben, ob der Anteil der unzweifelhaft legalen Geschäftstätigkeit am Gesamtumsatz, der im Ladengeschäft erzielt wurde, hinreichend war, um für sich allein einen wirtschaftlichen Betrieb des Ladens zu ermöglichen. Nach dem vorstehend (E. 3c/bb) Ausgeführten durften die kantonalen Behörden die Ladenschliessung unabhängig davon als erforderliche Massnahme zur Erreichung des angestrebten Zwecks der Verhinderung einer Fortsetzung der deliktischen Tätigkeit anordnen.
Als Ersatzmassnahme für eine Untersuchungshaft können auch Tätigkeiten unter Einschluss legaler Aktivitäten unterbunden werden, sofern dies zur Verhinderung weiterer Delikte erforderlich ist (vgl. Sylvia Fisnar, Ersatzanordnungen für Untersuchungshaft und Sicherheitshaft im zürcherischen Strafprozess, Zürich 1997, S. 63-65; <ref-ruling> f.). Der Beschwerdeführer hat es seinem eigenen beharrlichen Verhalten bzw. seinem Nichteinhalten von Versprechungen gegenüber den Untersuchungsbehörden (vgl. E. 3c/bb oben) zuzuschreiben, dass es die kantonalen Behörden nicht bei einer blossen Weisung einer Unterlassung des Verkaufs von als Betäubungsmittel konsumierbaren Hanfprodukten bewenden lassen konnten, weshalb die Massnahme insoweit nicht als unverhältnismässig erscheint.
Die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Handlungen können zwar nicht schon deshalb als schwerer Fall einer Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz angesehen werden, weil sie im Sinne von <ref-law> die Gesundheit vieler Menschen in Gefahr bringen könnten.
Dies trifft für den Handel mit Cannabisprodukten nicht zu (<ref-ruling> E. 2 S. 315 ff.; <ref-ruling> E. 2 S. 258 ff.). Hingegen konnte der Haftrichter angesichts der Vorwürfe der Bezirksanwaltschaft einen schweren Fall nach <ref-law> wegen gewerbsmässigen Handels mit einem grossen Umsatz annehmen. Solche Handlungen sind als Verbrechen zu qualifizieren (vgl. <ref-law> und <ref-law>) und verstossen in schwerer Weise gegen die öffentliche Ordnung. Damit besteht vorliegend ein hinreichend gewichtiges öffentliches Interesse, eine Fortsetzung der deliktischen Tätigkeit des Beschwerdeführers zu verhindern, um den mit der Ladenschliessung verbundenen Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit zu rechtfertigen. Dass die Strafverfolgungsbehörden nicht früher gegen den Verkauf der Hanfblumen eingeschritten sind, ändert daran nichts, zumal der Beschwerdeführer nicht dartut, dass sie vor dem erneuten Tätigwerden zu Beginn des Jahres 2000 von der Fortsetzung des Verkaufs von illegalen Hanfprodukten Kenntnis erlangten.
Der angefochtene Entscheid verstösst damit nicht gegen die Wirtschaftsfreiheit. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.- Der Beschwerdeführer rügt, die Anklagekammer habe eine formelle Rechtsverweigerung begangen, indem sie bis zum Zeitpunkt der Einreichung der staatsrechtlichen Beschwerde nicht über die Herausgabe verschiedener Gegenstände aus dem Laden entschieden habe, die zweifellos legal seien und von denen die Staatsanwaltschaft in aktenwidriger Weise behaupte, sie seien gar nicht beschlagnahmt.
Das hier sinngemäss angerufene Verbot der Rechtsverzögerung, das die Rechtsprechung aus Art. 4 aBV abgeleitet hat und das in Art. 6 Ziff. 1 EMRK und nunmehr auch ausdrücklich in <ref-law> statuiert ist, wird verletzt, wenn die zuständige Behörde sich zwar bereit zeigt, einen Entscheid zu treffen, diesen aber nicht binnen der Frist fasst, welche nach der Natur der Sache und nach der Gesamtheit der übrigen Umstände als angemessen erscheint (<ref-ruling> E. 1c S. 197; <ref-ruling> E. 3b, je mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall gelangte der Beschwerdeführer mit Beschwerde vom 6. März 2000 an die Anklagekammer und beantragte unter anderem die sofortige Herausgabe von beschlagnahmten "legalen" Gegenständen. Am 5. April 2000 wies der Präsident der Anklagekammer ein Gesuch um aufschiebende Wirkung, mit dem ebenfalls die sofortige Herausgabe der beschlagnahmten Gegenstände beantragt worden war, ab und hielt fest, die Anklagekammer werde das Begehren an ihrer nächsten Sitzung behandeln. Aus den Akten geht nicht hervor, ob sich in diesem Verfahren bis zur Einreichung der staatsrechtlichen Beschwerde am 22. Mai 2000 etwas weiteres ereignete.
Einerseits handelt es sich bei der Überprüfung der vorsorglichen Beschlagnahme vorliegend nicht um eine Angelegenheit von besonderer Komplexität. Andererseits macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist nicht ersichtlich, dass er vor der Einreichung der staatsrechtlichen Beschwerde das Ausbleiben des Entscheides bei der Anklagekammer beanstandet hätte. Unter den gegebenen Umständen ist die Dauer von zweieinhalb Monaten zwischen der Erhebung der Beschwerde an die Anklagekammer und der Einreichung der staatsrechtlichen Beschwerde, während welcher der Präsident der Anklagekammer immerhin über das Gesuch um aufschiebende Wirkung entschieden hat, noch nicht zu beanstanden. Die Beschwerde erweist sich somit auch in diesem Punkt als unbegründet.
5.- Nach dem Ausgeführten ist die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist zu entsprechen, da die in Art. 152 OG genannten Voraussetzungen erfüllt sind.
Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben;
b) Rechtsanwalt Hans Ulrich Würgler, Winterthur, wird als amtlicher Anwalt des Beschwerdeführers bezeichnet und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit einem Honorar von Fr. 1'200.-- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Weinfelden sowie der Staatsanwaltschaft und dem Präsidenten der Anklagekammer des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 11. September 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: