Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1960) stammt ursprünglich aus Mazedonien. Aus einer ersten Ehe, die im September 1994 geschieden wurde, sind die beiden Kinder Z._ (geb. 1990) und Y._ (geb. 1992) hervorgegangen, die unter seiner elterlichen Sorge stehen bzw. standen. Mitte 1998 heiratete X._ eine 1942 geborene Schweizerin, worauf das Migrationsamt des Kantons Zürich ihm eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei seiner Gattin erteilte. Im Juni 2004 wurde die Ehe geschieden. Im März 2005 heiratete X._ die ehemalige Schweizer Ehefrau (geb. 1940) seines Bruders. Am 10. Dezember 2006 ersuchte er erfolglos darum, seine beiden Kinder aus erster Ehe in die Schweiz nachziehen zu können (negativer Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. April 2008).
B. Am 15. Januar 2010 beantragte X._ erneut, seinem Sohn Y._ die Einreise zum Verbleib bei ihm zu bewilligen. Das Migrationsamt des Kantons Zürich lehnte dies am 26. Oktober 2010 ab, da X._ am 28. Januar 1999 die Aufenthaltsbewilligung erhalten habe und ab diesem Zeitpunkt seinen Sohn altrechtlich hätte nachziehen können; neurechtlich hätte er sein Gesuch bis zum 31. Dezember 2008 einreichen müssen, was er nicht getan habe. Dass er erst am 16. März 2010 eingebürgert worden sei und damit einen Nachzugsanspruch erworben habe, ändere nichts daran, dass sein Gesuch verspätet erfolgt sei. Es lägen keine stichhaltigen Gründe vor, um einen nicht fristgerechten Nachzug zu gestatten. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich bestätigte diese Verfügung am 30. Mai 2011. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die von X._ und Y._ hiergegen eingereichte Beschwerde am 21. September 2011 gut und wies das Migrationsamt an, den Nachzug zu bewilligen. Es ging davon aus, dass die neurechtlichen Fristen erst mit Entstehen des gesetzlichen Anspruchs auf Familiennachzug zu laufen begonnen hätten, was hier am 16. März 2010 mit der Einbürgerung des Vaters der Fall gewesen sei.
C. Das Bundesamt für Migration (BFM) beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben. Dieses verkenne Sinn und Zweck der neurechtlich eingeführten Nachzugsfristen; falls die betroffene Person bereits vor der Erteilung der Niederlassungsbewilligung oder der Einbürgerung die Möglichkeit des Familiennachzugs gehabt habe, sei dies bei der Berechnung der Nachzugsfristen zu berücksichtigen.
Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde gutzuheissen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. X._ und Y._ ersuchen darum, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Das Bundesamt für Migration ist im Ausländerrecht befugt, gegen kantonal letztinstanzliche richterliche Entscheide mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zu gelangen (<ref-law> in Verbindung mit Art. 14 Abs. 2 der Organisationsverordnung vom 17. November 1999 für das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement [OV-EJPD; SR 172.213.1]; <ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweisen). Seine Beschwerdemöglichkeit dient der richtigen und einheitlichen Anwendung des Bundesrechts; sie setzt kein hierüber hinausgehendes spezifisches schutzwürdiges (öffentliches) Interesse voraus. Immerhin muss ein mit Blick auf die einheitliche Anwendung des Bundesrechts in vergleichbaren Fällen zureichendes Interesse an der Beurteilung der aufgeworfenen Probleme bestehen (Urteil 2A.709/2006 vom 23. März 2007 E. 2.2). Dies ist hier der Fall: Die Frage der Berechnung der Nachzugsfristen hat Auswirkungen auf die künftige Praxis; im konkreten Einzelfall wäre der Nachzug allenfalls zu verweigern, sollte die Rechtsauffassung des Bundesamts zutreffen. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist deshalb einzutreten.
2. 2.1 Ausländische Ehegatten und ledige Kinder unter 18 Jahren von Schweizerinnen und Schweizern haben Anspruch auf Erteilung oder Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit diesen zusammenwohnen (Art. 42 Abs. 1 AuG). Das entsprechende Recht muss innerhalb von fünf Jahren geltend gemacht werden; Kinder über zwölf Jahre sind innerhalb von zwölf Monaten nachzuziehen (Art. 47 Abs. 1 AuG). Die Fristen beginnen mit der Einreise oder der Entstehung des Familienverhältnisses zu laufen (Art. 47 Abs. 3 AuG). Wurde der Nachzug fristgerecht beantragt, ist er zu bewilligen, wenn kein Rechtsmissbrauch bzw. kein Widerrufsgrund vorliegt (vgl. Art. 51 Abs. 1 und Art. 63 AuG), der Nachzugsberechtigte über das Sorgerecht verfügt und das Kindeswohl dem Nachzug nicht offensichtlich entgegensteht (vgl. <ref-ruling> E. 4.7 und 4.8 S. 85 ff.; vgl. MARC SPESCHA, in: Spescha/Thür/Zünd/Bolzli, Migrationsrecht, 3. Aufl. 2012, N. 3a zu Art. 42 und N. 2 zu Art. 43 AuG). Ein nachträglicher, d.h. ein nicht fristgerechter, Familiennachzug wird dagegen nur bewilligt, wenn hierfür wichtige familiäre Gründe sprechen (Art. 47 Abs. 4 AuG; Urteil 2C_276/2011 vom 10. Oktober 2011 E. 4, nicht publ. in: <ref-ruling> ff.).
2.2 Der Gesetzgeber hat den Familiennachzug im Ausländergesetz mit Blick auf die angestrebte frühzeitige Integration grundlegend neu gestaltet (vgl. <ref-ruling> E. 4) und in den Übergangsbestimmungen (Art. 126 AuG) geregelt, wie der Systemwechsel zwischen dem alten und dem neuen Recht vollzogen werden soll: Auf Gesuche, die vor dem Inkrafttreten des Ausländergesetzes eingereicht worden sind, bleibt das bisherige Recht anwendbar (Art. 126 Abs. 1 AuG). Ist die Einreise vor diesem Zeitpunkt erfolgt oder das Familienverhältnis zuvor entstanden, läuft die Nachzugsfrist ab dem 1. Januar 2008 (Art. 126 Abs. 3 AuG; Urteil 2C_624/2009 vom 5. Februar 2010 E. 3.2). Diese Regelung wollte bereits anwesenden Ausländern oder Schweizer Staatsangehörigen ermöglichen, von der neuen, weniger hohe Anforderungen stellenden Nachzugsregelung (vgl. <ref-ruling> ff.) innerhalb der Jahresfrist profitieren zu können, ansonsten ihr Anspruch unter Umständen bereits erloschen gewesen wäre, bevor er überhaupt entstehen konnte (vgl. BBl 2002 3709 Ziffer 3.1.2 S. 3840; MARTINA CARONI, in: Caroni/Gächter/Thurnherr, Bundesgesetz über die Ausländerinnen und Ausländer [AuG], 2010, N. 19 zu Art. 47). Entsprechende Nachzüge waren, soweit sie Kinder über 12 Jahre betrafen, während eines Jahres möglich; die Frist ist seit dem 1. Januar 2009 abgelaufen (vgl. das Urteil 2C_606/2009 vom 17. März 2010 E. 2.3).
2.3 Dasselbe gilt für ausländische Personen, die - wie hier - aufgrund der Ehe mit Schweizer Staatsangehörigen im Rahmen eines gefestigten Anwesenheitsrechts unter dem alten Recht über eine Aufenthaltsbewilligung und damit verbunden einen potenziellen Nachzugsanspruch gestützt auf Art. 8 EMRK verfügt haben (vgl. <ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 145 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 285; zum neuen Recht [Art. 44 AuG und Art. 8 EMRK]: <ref-ruling> E. 2; SPESCHA, a.a.O., N. 5 zu Art. 47 AuG). Auch für sie gilt, dass sie ihr Nachzugsgesuch unter dem neuen Recht aufgrund der veränderten Umstände fristgerecht zu stellen oder zu erneuern hatten (vgl. auch <ref-ruling> E. 2), wollten sie von der grosszügigeren Nachzugsmöglichkeiten für Teilfamilien profitieren (vgl. <ref-ruling> ff. und 136 II 78 ff.); soweit sie dies nicht getan haben, steht ihnen heute bei einem Statuswechsel bloss (aber immerhin) die Möglichkeit eines neurechtlichen, nachträglichen Familiennachzugs im Sinne von Art. 47 Abs. 4 AuG offen, womit den Anforderungen von Art. 8 EMRK (bzw. <ref-law>) genüge getan ist (vgl. SPESCHA, a.a.O., N. 6 zu Art. 47 AuG).
2.4 Hieran ändert entgegen der Ansicht der Vorinstanz nichts, dass die Fristen von Art. 47 AuG nur für jene Nachzugssituationen gelten, in denen ein Rechtsanspruch auf den Familiennachzug besteht, Art. 44 AuG für den Familiennachzug von Personen mit Aufenthaltsbewilligung keinen solchen vorsieht, Art. 47 Abs. 3 AuG aber dennoch festhält, dass der Fristenlauf für Ausländerinnen und Ausländer mit Aufenthaltsbewilligung mit deren Erteilung bzw. der Entstehung des Familienverhältnisses einsetzt. Das Bundesgericht hat bereits ausgeführt, dass es sich hierbei um ein Versehen handelt (<ref-ruling> E. 3.3): Der Gesetzgeber hat den vom Bundesrat ursprünglich vorgeschlagenen Rechtsanspruch auf Familiennachzug auch für bloss aufenthaltsberechtigte Personen in Art. 44 AuG abgelehnt, unterliess es in der Folge aber, die Fristenregelung von Art. 47 AuG seinem Beschluss entsprechend anzupassen, weshalb der Bundesrat mit Art. 73 eine analoge Fristenregelung für Personen mit Aufenthaltsbewilligung in die Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit (VZAE; SR 142.201) aufnahm (<ref-ruling> E. 3.3 mit Hinweisen). Ausländische Personen, die über keinen Anspruch auf Familiennachzug verfügen und erfolglos ein erstes Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung zugunsten von Familienangehörigen gestellt haben, können nach Ablauf der Frist gemäss Art. 47 AuG (<ref-law>) erneut ein (fristgerechtes) Gesuch einreichen, falls sie erst nachher in die Lage gekommen sind, einen Anspruch auf Familiennachzug geltend zu machen; dadurch soll die mit dem neuen System verbundene Härte gemildert werden, dass die aufenthaltsberechtigte Person die strengen Fristen von Art. 47 AuG (in Verbindung mit <ref-law>) einzuhalten hat, gleichzeitig aber keinen Nachzugsanspruch anrufen und von dem damit verbundenen Rechtsschutz profitieren kann. Dies gilt indessen nur, falls sowohl das erste, erfolglose, wie auch das zweite Gesuch innerhalb der Fristen von Art. 47 AuG (bzw. 73 VZAE) gestellt worden sind, also beide Gesuche übergangsrechtlich nach dem neuen Gesetz zu beurteilen waren bzw. sind (<ref-ruling> E. 3.3 S. 397). Das Gericht wollte diesbezüglich nicht altrechtlich (bloss) Aufenthaltsberechtigte gegenüber bereits Niedergelassenen oder Eingebürgerten hinsichtlich des neuen Rechts besser stellen.
2.5 Der Beschwerdegegner 2 war am 1. Januar 2008 bereits über 12 Jahre alt; es galt für ihn somit eine Nachzugsfrist nach dem neuen Recht von zwölf Monaten. Zwar haben die Beschwerdegegner im Jahre 2006 altrechtlich erfolglos um einen Familiennachzug ersucht, indessen nicht gestützt auf das neue Recht innerhalb der übergangsrechtlichen Frist bis zum 31. Dezember 2008. Der noch auf den altrechtlichen Grundlagen beruhende verwaltungsgerichtliche Entscheid erging zwar erst am 29. April 2008, doch befreite dies die Beschwerdegegner nicht davon, innerhalb der Nachzugsfrist in Anwendung des neuen Rechts um den Familiennachzug zu ersuchen, zumal ihr Gesuch von 2006 mangels der nach dem alten Recht bei nachträglichen Teilfamiliennachzügen noch erforderlichen vorrangigen Beziehung zwischen dem nachzugswilligen Elternteil und den nachzuziehenden Kindern abgewiesen worden war und nicht wegen fehlender finanzieller Mittel oder einer ungenügenden Wohnungsgrösse (vgl. Art. 44 AuG; RASELLI/HAUSAMMANN/MÖCKLI/URWYLER, in: Uebersax/Rudin/Hugi Yar/ Geiser [Hrsg.], Ausländerrecht, 2009, N. 16.11 und 16.21). Nachdem die Beschwerdegegner nicht fristgerecht ein erstes Mal gestützt auf das neue Recht um den Familiennachzug ersucht haben, lief hierfür keine neue Frist ab dem Datum der Einbürgerung des Vaters (16. März 2010) und war der Familiennachzug entgegen der Auffassung der Vorinstanz ausschliesslich in Anwendung von Art. 47 Abs. 4 AuG zu beurteilen.
3. 3.1 Ein in diesem Sinn "nachträglicher" Familiennachzug wird bewilligt, wenn "wichtige familiäre Gründe" vorliegen (Art. 47 Abs. 4 AuG). Solche bestehen unter anderem dann, wenn das Kindeswohl schwergewichtig nur durch einen Nachzug in die Schweiz sachgerecht gewahrt werden kann (vgl. <ref-law>). Es bedarf diesbezüglich einer Gesamtsicht unter Berücksichtigung aller relevanten Elemente. Dabei ist auch dem Sinn und Zweck der Fristenregelung Rechnung zu tragen, wonach die Integration der Kinder bzw. Jugendlichen möglichst frühzeitig erfolgen soll. Zudem geht es darum, Nachzugsgesuchen entgegenzuwirken, die rechtsmissbräuchlich erst kurz vor Erreichen des erwerbstätigen Alters gestellt werden und im Resultat die erleichterte Zulassung zur Erwerbstätigkeit und nicht (mehr) die Bildung einer echten Familiengemeinschaft bezwecken (BBl 2002 3754 f. Ziff. 1.3.7.7). Die Bewilligung des Nachzugs ausserhalb der Fristen hat nach dem Willen des Gesetzgebers die Ausnahme zu bleiben, soll die Fristenregelung nicht ihres Sinnes entleert werden; dabei ist Art. 47 Abs. 4 Satz 1 AuG aber dennoch so zu handhaben, dass der Anspruch auf Schutz des Familienlebens nach Art. 8 EMRK bzw. <ref-law> im Rahmen der erforderlichen Interessenabwägung gewahrt bleibt (Urteile 2C_765/2011 vom 28. November 2011 E. 2.1; 2C_205/2011 vom 3. Oktober 2011 E. 4.2 und 2C_709/2010 vom 25. Februar 2011 E. 5.1.1).
3.2 Zu Recht macht das Bundesamt geltend, dass im vorliegenden Fall - wie das Migrationsamt und die Sicherheitsdirektion ausgeführt haben - keine wichtigen Gründe ersichtlich sind, welche den Nachzug rechtfertigen würden; es erübrigt sich, die Sache in diesem Punkt zu neuem Entscheid (noch) an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen (vgl. <ref-law>): Y._ ist in Mazedonien geboren, hat dort die Schulen besucht und wurde vollumfänglich in seiner Heimat sozialisiert. Zum massgeblichen Zeitpunkt der Gesuchseinreichung (vgl. <ref-ruling> E. 3) am 15. Januar 2010 war er über 171/2 Jahre alt, seit dem xx.xx.2010 ist er volljährig. Gemäss den Angaben im Nachzugsgesuch will er in der Schweiz erst Deutsch lernen und dann eine Lehre antreten. Im Vordergrund steht damit nicht mehr die Zusammenführung der (Teil-) Familie, sondern in erster Linie der Zugang zum hiesigen Arbeitsmarkt. Obwohl X._ seit 1994 über seinen Sohn sorgeberechtigt war und er seit 1998 in der Schweiz lebte, hat er sich erst 2006 um dessen Nachzug bemüht; Y._ hat seine gesamte Jugend bei den Grosseltern und später bei seinem Grossonkel in der Heimat verbracht und vom Vater getrennt gelebt. Es ist den Beschwerdegegnern unter diesen Umständen zumutbar, ihre familiären Beziehungen im bisherigen Rahmen weiter zu pflegen; eine Anwesenheit des Sohns in der Schweiz ist hierzu nicht erforderlich, zumal auch seine Schwester in der Heimat verblieben ist. Ausser der Beziehung zu seinem Vater und allenfalls gewissen anderen Familienmitgliedern bestehen keine Berührungspunkte zur Schweiz; der Beschwerdegegner 2 spricht keine Landessprache und eine Integration in den hiesigen Verhältnissen erscheint erschwert. Es sind somit keine stichhaltigen Gründe ersichtlich, weshalb Y._ knapp zwei Monate vor seiner Volljährigkeit noch in die Schweiz sollte nachgezogen werden können; die geltend gemachten wirtschaftlichen Überlegungen bilden keine solchen.
4. 4.1 Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und der Entscheid der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich zu bestätigen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat über die Kostenregelung für sein Verfahren neu zu befinden.
4.2 Es rechtfertigt sich, für das vorliegende Verfahren keine Kosten zu erheben; es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (vgl. Art. 66 u. Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 21. September 2011 aufgehoben und der Entscheid der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich vom 30. Mai 2011 bestätigt.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Juni 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar