Faits:
A. Par décision du 6 juillet 2007, le Président de la Chambre pénale du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a désigné X._, avocate, en qualité de défenseur d'office de Y._ pour la procédure d'examen de l'internement de ce dernier selon les dispositions transitoires relatives à l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du Code pénal.
Par jugement du 17 décembre 2007, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a maintenu l'internement. Le dispositif de sa décision précise par ailleurs que suite à la libération conditionnelle accordée le 13 janvier 1995, l'intéressé devait se soumettre à un traitement ambulatoire ainsi qu'à l'assistance de probation. X._ a formé un appel. La cause a toutefois été rayée du rôle ensuite du décès de Y._, le 19 juin 2008.
Par arrêt du 5 janvier 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a fixé à 2486 fr., TVA incluse à raison de 175 fr. 60, l'indemnité globale équitable allouée à X._.
B. Cette dernière forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme en ce sens que l'indemnité soit arrêtée à 5141 fr., TVA comprise et, à titre subsidiaire, à l'annulation de la décision entreprise ainsi qu'au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Invitée à présenter des observations sur le recours, la cour cantonale y a renoncé.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué, rendu en unique instance cantonale, peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF). La recourante est habilitée à le former en sa qualité d'avocate d'office dont l'indemnité est litigieuse (<ref-law>). La Cour de droit pénal est compétente pour examiner le recours (<ref-law>).
2. La fixation de l'indemnité allouée à l'avocat d'office pour son activité devant les juridictions cantonales relève en principe du droit cantonal (<ref-ruling> consid. 7.2 et 7.3 p. 205 et 206; <ref-ruling> consid. 1b p. 362). L'avocat d'office a cependant droit au remboursement intégral de ses débours ainsi qu'à une indemnité s'apparentant aux honoraires perçus par le mandataire plaidant aux frais de son client. Pour fixer cette indemnité, l'autorité doit tenir compte de la nature et de l'importance de la cause, des difficultés particulières que celle-ci peut présenter en fait et en droit, du temps que l'avocat lui a consacré, de la qualité de son travail, du nombre des conférences, audiences et instances auxquelles il a pris part, du résultat obtenu ainsi que de la responsabilité assumée. Elle ne doit pas couvrir les seuls frais généraux de l'avocat (d'ordinaire 40% au moins du revenu professionnel brut, voire la moitié de celui-ci; cf. <ref-ruling> consid. 3a et 3c p. 2 et 3 et les références citées; voir aussi <ref-ruling> consid. 3b p. 325). Selon la jurisprudence la plus récente, elle doit aussi lui permettre de réaliser un gain modeste et non seulement symbolique (<ref-ruling> consid. 8.6, p. 217).
L'autorité compétente dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans l'application des normes cantonales relatives à l'indemnisation de l'avocat d'office. Le Tribunal fédéral n'intervient que si cette autorité a abusé du pouvoir d'appréciation qui lui est accordé ou si elle l'a excédé. Il en est ainsi lorsque la décision repose sur une appréciation insoutenable des circonstances, qu'elle est inconciliable avec les règles du droit et de l'équité, qu'elle omet de tenir compte de tous les éléments de fait propres à fonder la décision, ou encore lorsqu'elle prend au contraire en considération des circonstances qui ne sont pas pertinentes (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 3a p. 2 et les arrêts cités). Enfin, il ne suffit pas que l'autorité ait apprécié de manière erronée un poste de l'état des frais ou qu'elle se soit fondée sur un argument déraisonnable. Le montant global alloué à titre d'indemnité doit se révéler arbitraire (sur cette notion: <ref-ruling> consid. 5.4 et les arrêts cités p. 148, 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les références).
3. La recourante ne conteste pas le tarif horaire appliqué de 180 fr. Elle reproche à l'autorité cantonale de lui avoir, en se fondant sur l'art. 27 de la loi fribourgeoise du 4 octobre 1999 sur l'assistance judiciaire (LAJ/FR; RS/FR 136.12), refusé toute indemnité pour l'appel interjeté, au motif qu'il était manifestement infondé. Selon la recourante, la cour cantonale aurait à tort considéré que l'internement de Y._ avait été levé depuis février 1995 déjà, en application d'une décision du 13 janvier 1995 le libérant à l'essai, après qu'il eut été placé depuis 1994 dans sa famille, avec mise en place d'un traitement ambulatoire. La recourante objecte que la mesure d'internement était toujours en cours, même si l'intéressé avait été libéré conditionnellement. Il y avait en conséquence un intérêt à faire examiner cette mesure au regard du nouveau droit, respectivement à appeler de la décision la maintenant.
4. Conformément à l'art. 27 LAJ/FR, la Cour d'appel pénal statue sur les opérations relatives aux deux instances. Elle peut refuser toute indemnité au défenseur d'office, pour la deuxième instance, lorsque le recours est manifestement irrecevable ou manifestement infondé. Il s'agit, en l'espèce, d'examiner s'il en allait ainsi comme l'a retenu l'autorité cantonale pour justifier la réduction de l'indemnité allouée à la recourante.
4.1 Conformément à l'art. 2 al. 1 des dispositions transitoires relatives à l'introduction de la nouvelle partie générale du Code pénal, dans leur teneur selon la modification du 24 mars 2006 (RO 2006 3542), et sous réserve des exceptions mentionnées aux lettres a et b de cette norme, qui ne sont pas pertinentes en l'espèce, les dispositions du nouveau droit relatives aux mesures (art. 56 à 65) et à leur exécution (art. 90) s'appliquent aussi aux auteurs d'actes commis ou jugés avant leur entrée en vigueur. Selon l'alinéa 2, dans un délai de douze mois à compter de l'entrée en vigueur du nouveau droit, le juge examine si les personnes qui sont internées selon les art. 42 ou 43 ch. 1 al. 2 de l'ancien droit remplissent les conditions d'une mesure thérapeutique (art. 59 à 61 ou 63). Dans l'affirmative, le juge ordonne cette mesure; dans le cas contraire, l'internement se poursuit conformément au nouveau droit.
4.2 Aux termes de l'ancien <ref-law>, l'autorité compétente mettait fin à la mesure concernant un délinquant anormal lorsque la cause en avait disparu (al. 1). Si la cause de la mesure n'avait pas complètement disparu, l'autorité compétente pouvait ordonner la libération à l'essai de l'établissement ou du traitement. Le libéré pouvait être astreint au patronage. La libération à l'essai et le patronage étaient rapportés, s'ils ne se justifiaient plus (al. 2). Contrairement au régime de la libération conditionnelle des délinquants d'habitude (ancien <ref-law>) ainsi que des alcooliques et toxicomanes internés (ancien <ref-law>), l'ancien <ref-law> ne fixait pas de limite à la durée de la période probatoire en cas de libération à l'essai d'un délinquant anormal interné (MARIANNE HEER, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch, 1re éd., 2003, art. 43 n. 249 et art. 45 n. 8 ainsi que la référence citée). C'est sous un tel régime que se trouvait le client d'office de la recourante à l'entrée en vigueur du nouveau droit. Libéré à l'essai de l'internement, il demeurait soumis, d'une part, à l'obligation de suivre un traitement ambulatoire et, d'autre part, à une assistance de probation. Sa liberté était restreinte dans cette mesure.
4.3 Dans le nouveau droit, qui ne connaît plus le régime de la libération à l'essai (sans limite dans le temps) de l'internement mais différents régimes de libération conditionnelle (cf. art. 62 et 64a CP), l'obligation de suivre un traitement ambulatoire et de se soumettre à une assistance de probation peut constituer une mesure ambulatoire au sens de l'<ref-law>, susceptible d'être prolongée de un à cinq ans chaque fois (<ref-law>). Ces obligations peuvent aussi constituer des modalités de la libération conditionnelle d'une mesure institutionnelle (<ref-law>), susceptibles d'être prolongées de un à cinq ans chaque fois (<ref-law>). En revanche, la loi ne prévoit pas la possibilité d'un tel traitement dans le cadre de la libération conditionnelle d'un internement (<ref-law>). Il s'ensuit que dans le cas du client de la recourante, l'art. 2 al. 1 des dispositions transitoires, qui exprime simplement le principe de l'application du nouveau droit à l'exécution des mesures, ne permettait pas à lui seul, de régler de manière satisfaisante le statut de l'intéressé sous le nouveau droit. L'application mécanique de cette règle aurait en effet conduit soit à la levée pure et simple de l'obligation de suivre un traitement ambulatoire soit à sa réintégration dans l'internement. La procédure prévue par l'art. 2 al. 2 des dispositions transitoires n'était ainsi pas exclue d'emblée, comme l'a retenu à tort la cour cantonale, du seul fait de la libération à l'essai de la mesure d'internement, mais devait au contraire permettre de déterminer concrètement un nouveau régime d'exécution conforme au nouveau droit. On ne saurait dès lors, comme l'autorité cantonale, conclure de la prétendue inutilité de cette procédure de première instance - au demeurant requise par l'autorité d'exécution des peines - qu'un appel dirigé contre la décision rendue à l'issue de cette procédure apparaissait manifestement irrecevable ou infondé.
4.4 A cela s'ajoute que la décision rendue par l'autorité de première instance en application de l'art. 2 al. 2 des dispositions transitoires, le 17 décembre 2008, prononçait, d'une part, le maintien de l'internement dans son principe ainsi que sa poursuite en application des dispositions y relatives du nouveau droit et, d'autre part, ensuite de la libération conditionnelle de l'intéressé, l'obligation de ce dernier de se soumettre à un traitement ambulatoire et à une assistance de probation. Or, une telle combinaison n'est pas prévue par le nouveau droit (<ref-law>), ce qui se conçoit si l'on considère que l'internement suppose désormais que même une mesure institutionnelle semble vouée à l'échec (<ref-law>; cf. MARIANNE HEER, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2e éd. 2008, <ref-law>, n. 25). A ce jour, le Tribunal fédéral ne s'est pas encore prononcé sur le point de savoir si cela était néanmoins possible dans certaines hypothèses, en particulier en cas de libération à l'essai selon l'ancien droit. Cette question peut demeurer ouverte en l'espèce. En relation avec le droit de la recourante à une indemnisation en qualité de conseil d'office, on peut en effet se borner à constater que la décision contre laquelle la recourante a fait appel n'apparaissait, au moins à première vue, pas conforme à la loi. Par ailleurs, si les restrictions à la liberté du client de la recourante pouvaient encore lui être imposées en application du nouveau droit à titre de traitement ambulatoire (<ref-law>) ou de conditions assortissant la libération d'un traitement institutionnel (<ref-law>), ce qui aurait supposé une modification de la mesure ordonnée initialement, le maintien de son statut d'interné n'en jouait pas moins un rôle notamment quant à la durée de renouvellement de la période probatoire (deux à cinq ans en cas d'internement [<ref-law>]; un à cinq ans dans les autres cas [art. 62 al. 2 et 6; <ref-law>]) et dans l'hypothèse d'une réintégration (art. 62a al. 1 let. a et art. 95 al. 3 et 5 en corrélation avec l'<ref-law>). Dans ces conditions, un appel dirigé contre une telle décision, dans le but d'obtenir, conformément au principe de la proportionnalité (<ref-law>), le prononcé d'une mesure ambulatoire ou un régime de libération conditionnelle selon l'<ref-law>, n'apparaît pas manifestement irrecevable ou infondé. L'autorité cantonale ne pouvait, sans arbitraire, réduire pour ce motif l'indemnisation accordée à la recourante en sa qualité de défenseur d'office.
Enfin, les opérations ainsi non indemnisées représentant près de 50% du temps consacré par la recourante à ce dossier, la rémunération globale accordée à cette dernière, fondée sur un tarif horaire de 180 fr. - qui n'est pas supérieur au tarif de base admis par la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 8.6 et 8.7 p. 217 s.) -, apparaît globalement arbitraire.
4.5 La décision entreprise doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle fixe à nouveau le montant de l'indemnité.
5. La recourante obtient gain de cause. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Bien que plaidant sa propre cause, elle peut néanmoins prétendre des dépens (<ref-ruling>; v. aussi arrêt du 22 novembre 2007, 6B_493/2007 consid. 3), qu'il convient de mettre à la charge du canton de Fribourg (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. La décision entreprise est annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais.
3. Le canton de Fribourg versera à la recourante la somme de 1500 francs à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties.
Lausanne, le 14 avril 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat