Sachverhalt:
A. Am 24. April 2007 starb R.F._ im Kantonsspital Schaffhausen. Da ihr Gatte, W.F._, den Verdacht schöpfte, bei der Behandlung seiner Frau sei es zu strafrechtlich relevanten Verfehlungen gekommen, erstattete er Strafanzeige gegen die behandelnden Personen. Im Juli 2007 eröffnete das Untersuchungsrichteramt des Kantons Schaffhausen ein Untersuchungsverfahren.
Am 26. Oktober 2007 zeigte Rechtsanwalt G._ dem Untersuchungsrichteramt an, dass W.F._ ihn mit der Wahrung seiner Interessen bevollmächtigt hatte.
Das Untersuchungsrichteramt stellte das Verfahren am 17. Juli 2008 ein und sandte die Verfügung dem Rechtsanwalt zu.
B. Am 27. November 2008 erhob W.F._ Einsprache. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen trat am 12. Dezember 2008 auf die Einsprache nicht ein, weil sie verspätet eingereicht worden sei.
Eine Beschwerde gegen diesen Entscheid wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen am 6. Februar 2009 ab.
C. W.F._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und auf seine Einsprache sei einzutreten.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz begründet ihren Entscheid mit dem Hinweis auf Art. 92 Abs. 1 der Schaffhauser Strafprozessordnung (StPO/SH). Danach sind, wenn eine Partei in der Schweiz einen Vertreter hat, die Zustellungen an diesen zu richten, und es ist dessen Sache, den Vertretenen zu benachrichtigen.
Der Beschwerdeführer macht geltend, gemäss Art. 227 StPO/SH hätte das Untersuchungsrichteramt ihm die Einstellungsverfügung auch persönlich zustellen müssen. Damit rügt er sinngemäss, die Vorinstanz habe kantonales Recht willkürlich angewandt.
2. Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das bedeutet, dass - entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG - klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 3.2; vgl. zu Art. 90 OG: <ref-ruling> E. 1.3 je mit Hinweisen).
Diesen Anforderungen genügt die Beschwerdeschrift nicht. Der Beschwerdeführer macht nämlich weder geltend, <ref-law> sei verletzt, noch setzt er sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen zu Art. 92 StPO/SH auseinander. Insbesondere legt er nicht dar, inwiefern die Vorinstanz diese Bestimmung willkürlich angewandt haben soll. Folglich ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner