Faits:
A. Y._ a saisi la juridiction des prud'hommes du canton de Genève d'une demande tendant notamment au paiement, par son ancienne employeuse X._ Sàrl, de la somme de 24'955 fr. 55 plus intérêts à 5 % l'an dès le 19 octobre 2006, à savoir 10'392 fr. 70 à titre de différence de salaire pour 2006, 3'560 fr. 75 à titre d'indemnités maladie, 7'870 fr. 10 à titre de salaire pendant le délai de congé et 3'132 fr. à titre d'indemnités de panier. X._ Sàrl a conclu au rejet de l'action et, reconventionnellement, au paiement, par son adverse partie, de la somme de 7'310 fr., soit 5'310 fr. correspondant à 7h30 de travail payées en trop chaque semaine pendant toute la durée des relations de travail et 2'000 fr. à titre de dommages et intérêts pour violation de l'obligation des devoirs de fidélité du travailleur.
Par jugement du 18 juin 2008, le Tribunal de prud'hommes du canton de Genève a en particulier condamné X._ Sàrl à payer à Y._ la somme brute de 10'329 fr. 25 et la somme nette de 1'716 fr. 60, les deux avec intérêts à 5 % l'an dès le 19 octobre 2006. Il a en outre écarté la demande reconventionnelle.
X._ Sàrl a appelé de la décision du 18 juin 2008, concluant au déboutement de son ancien employé et à l'admission de sa demande reconventionnelle à concurrence de 5'310 fr. Y._ a proposé la confirmation du jugement attaqué.
Statuant par arrêt du 4 décembre 2008, la Cour d'appel a partiellement réformé le jugement du 18 juin 2008 en ce sens qu'elle a condamné X._ Sàrl à payer à Y._ la somme brute de 36'233 fr. 20, sous déduction de 17'487 fr. 75 nets, ainsi que la somme nette de 1'716 fr. 60, les deux avec intérêts à 5 % l'an dès le 19 octobre 2006. Elle a par ailleurs confirmé le rejet de la demande reconventionnelle.
B. X._ Sàrl (la recourante) a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant principalement, avec suite de frais et dépens, à la confirmation du jugement du 18 juin 2008, en particulier dans la mesure où il la condamnait à verser la somme brute de 10'329 fr. 25 avec intérêts. Elle a également requis l'effet suspensif au recours, qui a été accordé par ordonnance présidentielle du 13 février 2009. Y._ (l'intimé) n'a pas déposé de réponse dans le délai qui lui avait été imparti à cet effet.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière civile est ouverte si la valeur litigieuse minimale fixée par la loi, soit 15'000 fr. dans les causes de droit du travail (<ref-law>), est atteinte. Cette valeur est déterminée par les conclusions encore litigieuses devant la dernière instance cantonale (<ref-law>). Le montant d'une demande reconventionnelle et celui de la demande principale ne sont pas additionnés (<ref-law>).
En l'occurrence, à défaut d'appel ou d'appel joint de l'intimé, le montant de la demande encore litigieux devant la cour cantonale correspondait aux sommes au paiement desquelles la recourante avait été condamnée en première instance, qui était inférieur à 15'000 fr. La demande reconventionnelle portait également sur un montant inférieur à 15'000 fr. Il s'ensuit que contrairement à ce qu'a indiqué la cour cantonale, la valeur litigieuse ouvrant la voie du recours en matière civile n'est pas atteinte. C'est donc à juste titre que la recourante a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>). Dans le cadre de ce recours, seuls les griefs, invoqués et motivés, de violation de droits constitutionnels sont examinés (art. 116 et art. 106 al. 2 LTF).
2. Le premier juge a alloué la somme brute de 10'329 fr. 25 et la cour cantonale la somme brute de 36'233 fr. 20, sous déduction de 17'487 fr. 75 nets. La recourante soutient que le montant dû selon l'arrêt querellé est supérieur à celui qu'elle a été condamnée à payer en première instance, alors même que l'intimé n'a pas fait appel ni ne s'est joint à l'appel, demandant uniquement la confirmation du jugement de première instance. Elle se plaint d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application du principe de l'interdiction de la reformatio in pejus, principe qui découlerait de la possibilité prévue dans le droit de procédure cantonal d'interjeter un appel joint (appel incident).
L'interdiction de la reformatio in pejus - qui implique qu'une autorité de recours ne peut pas modifier l'arrêt attaqué au détriment de la partie qui a recouru, sauf si la partie adverse a interjeté un recours joint (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 158) - est un principe de droit cantonal. Comme la recourante l'admet elle-même, il n'est pas expressément prévu par le droit de procédure genevois, que ce soit dans la loi du 25 février 1999 sur la juridiction des prud'hommes (LJP/GE; RSG E 3 10), dans la loi du 10 avril 1987 de procédure civile (LPC/GE; RSG E 3 05) ou dans la loi du 22 novembre 1947 d'organisation judiciaire (LOJ/GE; RSG E 2 05), applicables à titre supplétif (cf. art. 11 al.1 LJP/GE). Le droit cantonal prévoit par contre l'appel incident (art. 62 LJP/GE; cf. également <ref-law>/GE). Or, la jurisprudence et la doctrine admettent que la possibilité d'interjeter un appel joint implique que l'interdiction de la reformatio in pejus s'applique (cf. <ref-ruling> consid. 3a; Hohl, Procédure civile, tome II, 2002, p. 260 n° 2967 in fine; Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3e éd. 1979, p. 497). Pour le surplus, cette interdiction est reconnue comme un principe juridique clair et incontesté; l'ignorer viole l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 419).
En l'espèce, l'arrêt entrepris condamne la recourante à payer à l'intimé la somme brute de 36'233 fr. 20, dont à déduire le montant net de 17'487 fr. 75 qui, compte tenu de la part de charges de 28,73 % découlant de l'état de fait déterminant, correspond au montant brut de (17'487 fr. 75 : 71,27 % =) 24'537 fr. 32. La somme brute allouée est ainsi de (36'233 fr. 20 - 24'537 fr. 32 =) 11'695 fr. 88, dépassant donc de (11'695 fr. 88 - 10'329 fr. 25 =) 1'366 fr. 63 celle de 10'329 fr. 25 que la recourante a été condamnée à payer par le premier juge. L'intimé n'a pas interjeté d'appel joint, et la cour cantonale ne dit pas pour quel motif elle aurait été néanmoins en droit d'allouer à l'intimé un montant supérieur à celui accordé en première instance. Le grief est ainsi fondé.
La cause est en état d'être jugée au fond (art. 117 et 107 al. 2 LTF). L'arrêt attaqué est réformé dans le sens que les montants dus à l'intimé sont ceux retenus dans le jugement de première instance.
3. Le recours portant sur un montant modeste, il est renoncé à percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 1 in fine LTF). En revanche, l'intimé doit verser à la recourante, à titre de dépens, une indemnité qu'il convient de fixer à 500 fr. (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. Le premier alinéa de l'arrêt attaqué est modifié comme suit:
"- condamne X._ Sàrl à payer à Y._ la somme brute de 10'329 fr. 25 (dix mille trois cent vingt-neuf francs et vingt-cinq centimes), plus intérêts moratoires au taux de 5 % l'an dès le 19 octobre 2006".
L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Une indemnité de 500 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 24 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz