Fatti:
A. Il 25 novembre 2007 ha avuto luogo la votazione consultiva sul progetto di aggregazione, facente seguito al relativo studio promosso dai sette Comuni dell'Alto Vedeggio, segnatamente Bironico, Camignolo, Medeglia, Isone, Mezzovico-Vira, Rivera e Sigirino, in un nuovo Comune denominato Monteceneri. Gli aventi diritto di voto dei Comuni di Isone e di Mezzovico-Vira si sono opposti al progetto con 198 (72,53 %), rispettivamente 333 voti contrari (56,25 %). Negli altri cinque Comuni la proposta ha avuto un ampio consenso (con percentuali che vanno dal 71 all'89 %, corrispondenti a una media favorevole del 77,53 %).
B. Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, ritenuto che non esistevano le premesse per un'aggregazione coatta dei due Comuni contrari, con messaggio n. 6057 del 16 aprile 2008, scartata l'ipotesi di un'aggregazione a sei Comuni, senza Isone ma con Mezzovico-Vira, al fine di non lasciare cadere l'intero progetto, ha proposto una fusione degli altri cinque.
Con decreto legislativo del 2 dicembre 2008, pubblicato, trascorso infruttuoso il diritto di referendum, nel Bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi (BU) n. 4/2009 del 27 gennaio 2009 (pag. 48 segg.), il Gran Consiglio, discusse le tre varianti governative proposte e quella di porre in votazione consultiva il nuovo progetto a cinque, ha infine decretato l'aggregazione a cinque, senza Isone e Mezzovico-Vira.
C. Contro questo decreto, Mario Demarchi e 29 cittadini di Camignolo, Bironico, Rivera, Mezzovico e Medeglia presentano un ricorso in mate-ria di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo. Fanno valere una lesione del loro diritto di voto poiché il Parlamento cantonale non avrebbe potuto decretare la fusione di un progetto aggregativo (concernente cinque Comuni) diverso da quello posto in votazione consultiva (proponente quello a sette Comuni).
Con decreto presidenziale del 27 marzo 2009, al ricorso è stato conferito effetto sospensivo.
D. Il Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, nonché i Comuni di Bironico, Camignolo, Medeglia, Rivera e Sigirino propongono di respingere, in quanto ammissibile, il ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 I ricorrenti fanno valere una lesione del loro diritto di voto ai sensi dell'art. 95 lett. d LTF. Quali aventi diritto di voto nei Comuni coinvolti nella votazione consultiva, essi sono chiaramente legittimati (<ref-law>) a proporre un ricorso in materia di diritto pubblico concernente il diritto di voto e le votazioni popolari (art. 82 lett. c LTF).
1.3 Secondo l'<ref-law>, il Tribunale federale giudica i ricorsi contro gli atti normativi cantonali. In tale nozione rientrano i provvedimenti di natura generale e astratta che toccano la situazione giuridica del singolo, astringendolo a fare, omettere o tollerare alcunché o che regolano in modo vincolante i suoi rapporti giuridici con lo Stato (<ref-ruling> consid. 2,1). L'impugnato decreto, concernente la fusione di Comuni, seppure emanato dal Gran Consiglio, non costituisce tuttavia un atto di natura legislativa bensì amministrativa, ossia una decisione concernente l'applicazione del diritto (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii): le sue motivazioni sono contenute nel messaggio governativo del 16 aprile 2008 e nei relativi rapporti del 10 novembre 2008 della Commissione speciale aggregazione di Comuni del Gran Consiglio (sentenze 1C_41/2008 del 26 maggio 2009 nella causa Comune di Muggio consid. 5.1 e 1C_415/2008 del 24 agosto 2009 in re Comune di San Nazzaro consid 6.1).
1.4 Il ricorso, interposto entro trenta giorni dalla citata pubblicazione del contestato decreto legislativo nel BU, è tempestivo (<ref-law>), rilevato che solo con la sua adozione i ricorrenti hanno saputo in che misura è stato considerato l'esito della votazione consultiva. In effetti, quando un atto cantonale è soggetto, come nella fattispecie, al referendum facoltativo, il termine per impugnarlo dinanzi al Tribunale federale non inizia a decorrere dalla sua pubblicazione nel Foglio ufficiale (cfr. art. 141 cpv. 1 della legge ticinese sull'esercizio dei diritti politici del 7 ottobre 1998, LEDP), ma da quella della decisione di promulgazione, vale a dire dall'accertamento che il termine di referendum è scaduto infruttuoso o, in caso di referendum, che l'atto è stato accettato nella votazione popolare (<ref-ruling> consid. 1 e rinvii; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2 inedito).
1.5 Poiché la decisione di promulgazione è stata emanata nel 2009, è applicabile l'<ref-law>, secondo cui, entro due anni dall'entrata in vigore della LTF, i Cantoni emanano le disposizioni di esecuzione concernenti la competenza, l'organizzazione e la procedura delle giurisdizioni inferiori nella cause di diritto pubblico ai sensi degli art. 86 cpv. 2 e 3 e 88 cpv. 2, incluse le disposizioni necessarie alla garanzia della via giudiziaria di cui all'<ref-law> (cfr. <ref-ruling> consid. 1 in fine; <ref-ruling> consid. 1.2; sentenza 2P.312/2006 del 4 dicembre 2006).
1.5.1 I ricorsi concernenti le votazioni popolari sono ammissibili contro gli atti delle autorità cantonali di ultima istanza (<ref-law>). I Cantoni prevedono un rimedio giuridico contro gli atti delle autorità che possono violare i diritti politici dei cittadini in materia cantonale (art. 88 cpv. 2 primo periodo LTF). Quest'obbligo non si estende agli atti del Parlamento e del Governo (art. 88 cpv. 2 secondo periodo LTF; Steinmann, in Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007 n. 12 segg. ad art. 88). Non rientrano in questa categoria le decisioni su ricorso (<ref-ruling> consid. 1.2; sentenza 1C_11/2009 del 3 giugno 2009 consid. 1.3.1).
Rientrano nella nozione di atti del Parlamento o del Governo ai sensi dell'art. 88 cpv. 2 secondo periodo LTF non solo decisioni e atti normativi, ma pure i cosiddetti atti materiali in relazione a elezioni e votazioni (Regina Kiener, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in Neue Bundesrechtspflege, Tschannen (ed.) 2007, pag. 250 in alto), segnatamente i messaggi esplicativi ufficiali e le informazioni (sentenza 1C_82/2009 del 29 giugno 2009 consid. 2.2.2; Steinmann, loc. cit., n. 13 ad art. 88; Thomas Pfisterer, Der kantonale Gesetzgeber vor der Reform der Bundesrechtspflege, in: Ehrenzeller/Schweizer, Die Reorganisation der Bundesrechtspflege - Neuerungen und Auswirkungen in der Praxis, 2006, pag. 306; cfr. anche Seiler/von Werdt/ Güngerich, Bundesgerichtsgesetz, n. 11 ad art. 88: Interventionen der Regierung in den Abstimmungskampf).
1.5.2 I ricorrenti, richiamato l'<ref-law> e l'art. 166a LEDP, per il quale il Gran Consiglio e il Consiglio di Stato, salvo diversa disposizione della legge, decidono i ricorsi in modo definitivo e rilevato come non consti che sia stata istituita un'istanza di ricorso contro le decisioni del Parlamento cantonale, sostengono che si sarebbe in presenza di una decisione di un'autorità cantonale di ultima istanza secondo l'art. 86 cpv. 1 lett. d LTF. Nella risposta al ricorso, il Consiglio di Stato afferma che il decreto impugnato, di natura amministrativa e di spiccato carattere politico, è di ultima istanza cantonale e pertanto suscettibile di ricorso al Tribunale federale.
1.5.3 Allo scopo di adeguare il sistema giudiziario amministrativo ticinese agli art. 29a e 191b Cost. e 86 cpv. 2 LTF, il Gran Consiglio ha emanato il 2 dicembre 2008 la legge sulla revisione della giurisdizione amministrativa, pubblicata nel BU n. 4/2009 del 27 gennaio 2009, con entrata in vigore immediata. Essa elenca, con il sistema enumerativo, i rimedi di diritto a livello cantonale previsti per le diverse leggi. Riguardo all'impugnazione nella sede cantonale di atti legislativi e di decreti concernenti fusioni coatte, questa non istituisce alcuna autorità di ricorso.
Riguardo all'<ref-law>, secondo cui per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale (<ref-ruling> consid. 3.4; Wurzburger, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 24 seg. ad art. 86), nel messaggio n. 5994 del 13 novembre 2007 relativo alla testé citata legge si rileva che si possono sottrarre a detto esame quegli atti di governo, emanati dal Gran Consiglio o dal Consiglio di Stato, di natura essenzialmente politica, nei quali vi è un potere di apprezzamento estremamente ampio: si precisa che si tratta in particolare anche delle decisioni in materia di aggregazioni comunali. Il Governo cantonale sottolinea che le fusioni di Comuni rappresentano atti aventi uno spiccato carattere politico, ragione per cui suggeriva di non prevedere in questo campo alcuna facoltà di ricorso al Tribunale cantonale amministrativo: il legislatore cantonale ha seguito la proposta.
1.5.4 Sempre nel citato messaggio governativo si ricorda poi che la seconda eccezione riguarda l'<ref-law>, che esonera i Cantoni dall'obbligo di prevedere un rimedio giuridico a un'autorità giudiziaria contro gli atti del Parlamento e del Governo in materia di diritti politici, rilevando che si tratta essenzialmente delle decisioni governative o parlamentari concernenti gli atti preparatori e i risultati delle votazioni o elezioni. Esprimendosi sulla LEDP si indica che, contrariamente alle decisioni emanate da un'autorità comunale contro le quali seguendo le indicazioni del Tribunale federale è stato istituito il ricorso al Tribunale cantonale amministrativo (<ref-ruling> consid. 1.2 e 1.2.1 con rinvii; sentenza 1P.338/2006 del 12 febbraio 2007 consid. 3.10), in mantenimento della situazione previgente e facendo capo all'eccezione dell'<ref-law>, in Ticino le decisioni granconsiliari e governative rimangono definitive.
1.6 Nella fattispecie la vertenza concerne i diritti politici. Il criticato decreto, visto quanto precede, può quindi essere impugnato direttamente dinanzi al Tribunale federale. Il quesito, tutt'altro che scontato, di sapere se la stessa conclusione valga anche nel caso dell'esame di merito di un'aggregazione di Comuni, non dev'essere per contro esaminato oltre.
2. 2.1 Nelle osservazioni al ricorso, il Governo cantonale, sostenendo che i decreti legislativi di aggregazione non sarebbero soggetti a referendum amministrativo ma semmai soltanto a quello finanziario (CORTI, Aggregazioni comunali e referendum popolare, in RtiD 2007 II pag. 349 segg.), rileva che ci si potrebbe chiedere se i ricorrenti non insorgano, in realtà, contro il merito dell'aggregazione, lamentando in particolare la mancata inclusione coatta di Mezzovico-Vira nel nuovo Comune.
2.1.1 Certo, essi adducono, congiuntamente alla violazione del diritto di voto, una lesione del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), asserendo che l'aggregazione in esame disattenderebbe la LASC, tra l'altro per l'assenza di coerenza territoriale. È però manifesto che le censure inerenti al merito della fusione, nella misura in cui non attengano alla formazione della volontà popolare, sono inammissibili e non devono essere esaminate nel quadro di un ricorso per violazione del diritto di voto.
2.1.2 I ricorrenti hanno partecipato a una votazione consultiva e hanno quindi il diritto che la stessa, che costituisce di massima l'unica possibilità attraverso la quale possono esprimere la loro volontà in materia di aggregazioni, rispetti il loro diritto di voto. Il ricorso è d'altra parte fondato in primo luogo sullo scopo e la portata della votazione consultiva litigiosa, nella quale l'esercizio della volontà popolare sarebbe stato falsato.
In effetti, per lo svolgimento di una votazione consultiva valgono, di massima, le stesse disposizioni di procedura applicabili per quelle ordinarie (cfr. <ref-ruling> consid. 1a, 236 consid. 2; sentenza 1C_181/2007 del 9 agosto 2007 consid. 1.3.1 in RtiD 2008 I pag. 539). Per di più, nel Canton Ticino, l'aggregazione di comuni può solo aver luogo previa votazione consultiva delle assemblee comunali (art. 6 cpv. 1 LASC). I ricorrenti hanno inoltre un interesse pratico e attuale alla disamina del gravame, ritenuto che di massima essi come cittadini, contrariamente ai Comuni interessati, non sono legittimati a esprimersi ulteriormente sul merito della fusione (sentenza 1P.242/2005 del 18 aprile 2006 nella causa "Comunità di Aquila", in RtiD 2006 II n. 1).
2.2 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, segnatamente delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari, conformemente a quanto stabilito dall'art. 95 lett. d LTF (sulla cognizione del Tribunale federale vedi <ref-ruling> consid. 4).
3. 3.1 I ricorrenti lamentano in particolare una lesione dei loro diritti politici garantiti dall'art. 6 LASC, secondo cui il Consiglio di Stato esamina lo studio d'aggregazione e trasmette la sua proposta con uno o più scenari di aggregazione ai Municipi dei Comuni interessati, affinché lo sottopongano con il loro preavviso alle rispettive assemblee in via consultiva. Fanno pure valere una violazione degli <ref-law>, 20 Cost./TI (inerente specificamente alla fusione di Comuni) e 34 Cost./TI, secondo il quale le autorità provvedono a informare i cittadini sugli oggetti in votazione, norme ch'essi pongono in relazione con gli art. 4, 5 e 6 LASC e 5 della Carta europea dell'autonomia locale, conclusa a Strasburgo il 15 ottobre 1985 (RS 0.102), Carta direttamente applicabile, secondo cui per ogni modifica dei limiti territoriali le collettività locali interessate devono essere preliminarmente consultate, eventualmente mediante referendum qualora ciò sia consentito dalla legge.
3.2 Sulla portata dell'art. 20 Cost./TI e della norma internazionale, il Tribunale federale si è già espresso nelle citate sentenze nelle cause Comune di Muggio e di San Nazzaro (consid. 3 e 11 rispettivamente consid. 3.5 e 12). I ricorrenti, che si diffondono sull'asserita lesione della Carta, disattendono però che l'impugnato decreto prevede la possibilità di sottoporlo a referendum per lo meno finanziario (cfr. CORTI, loc. cit., pag. 349 segg.), ciò che è sufficiente. D'altra parte, in concreto, i cittadini hanno potuto esprimersi nel quadro di una votazione consultiva e sulle modalità concrete di una siffatta consultazione popolare la garanzia in questione, che rinvia alla legge cantonale (FF 2004 I 81), non eccede quella delle invocate norme (cfr. URSIN FETZ, Gemeindefusion, 2009, pag. 153 e 159; DANIEL THÜRER, Schweizerische Gemeindeautonomie und die Europäische Charta der kommunalen Selbstverwaltung, in Aktuelle Probleme des Staats- und Verwaltungsrechts, 1989, pag. 232 seg.; VINCENT MARTENET, La fusion de communes entre elles ou avec le canton, in L'avenir juridique des communes, 2007, pag. 227 segg.).
3.3 La libertà di voto e di elezione garantisce al cittadino elettore che siano riconosciuti solo i risultati elettorali corrispondenti in modo affidabile e non falsato alla volontà dell'elettore liberamente espressa (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.1 pag. 132; <ref-ruling> consid. 3.1). Una formazione e un'espressione libera della volontà degli elettori presuppone che l'oggetto sottoposto al voto sia portato tempestivamente e in maniera adeguata alla loro conoscenza. Le modalità in cui deve avvenire l'informazione vengono dedotte in primo luogo dal diritto cantonale. Le norme che disciplinano il dovere di informazione delle autorità non sono delle semplici prescrizioni d'ordine (<ref-ruling> consid. 3.1 con numerosi rinvii anche alla dottrina; DTF <ref-ruling> consid. 3.2).
4. 4.1 I ricorrenti lamentano l'assenza di una votazione consultiva sul nuovo progetto aggregativo a cinque Comuni proposto dal Consiglio di Stato, rilevando l'assenza al riguardo di uno studio e di un piano finanziario sottoposto alla popolazione. Questo nuovo Comune, a differenza del progetto votato, a causa in particolare dell'esclusione di Mezzovico-Vira, non costituirebbe un'entità territoriale coerente né sarebbe economicamente sostenibile, non apportando, a loro dire, i vantaggi ventilati nel progetto votato, quale ad esempio lo scioglimento dei consorzi. Certo, il Tribunale federale non deve esprimersi sulla delicata questione della decaduta entità territoriale coerente derivante dall'enclave di Mezzovico-Vira, poiché il criticato decreto non è stato impugnato da un Comune interessato dall'aggregazione. Il quesito era comunque determinante per la libera espressione del voto. I ricorrenti sostengono infatti, che il Gran Consiglio non poteva decretare la fusione di un progetto differente rispetto a quello posto in votazione prima di aver sentito il parere consultivo della popolazione.
Al riguardo essi richiamano il ricorso inoltrato contro la votazione consultiva concernente l'aggregazione del Comune di Cadro con Lugano, indetta prima dell'allestimento di uno studio d'aggregazione. Si tratta tuttavia di una causa differente, ritenuto che in quella vertenza la popolazione poteva ancora essere informata in maniera sufficiente prima della votazione (sentenza 1C_181/2007 del 9 agosto 2007 in RtiD 2008 I pag. 539). Essi ammettono d'altra parte che il messaggio governativo del 16 aprile 2008, che proponeva l'abbandono della fusione dei due citati Comuni, potrebbe valere quale nuovo studio aggregativo: ciò non potrebbe comunque supplire l'assenza di una nuova votazione consultiva.
4.2 L'art. 6 LASC prevede che il Governo cantonale, in vista della votazione consultiva, proponga la sua proposta "con uno o più scenari di aggregazione". Nei casi ove l'opposizione di un determinato comune al progetto di fusione si manifesti chiaramente prima del suffragio popolare, se del caso, potrebbe quindi essere opportuno prevedere una votazione con proposte alternative o eventuali (cfr. FETZ, op. cit., pag. 123; cfr. DTF <ref-ruling> consid. 5.2). In concreto giova tuttavia ricordare che dagli accertamenti esposti nel messaggio governativo del 16 aprile 2008 (pag. 7), non criticati dai ricorrenti e quindi vincolanti per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF), risulta che soltanto a Isone si era manifestato un fronte contrario al progetto. Durante le presentazioni pubbliche non si era mai rilevato in altri Comuni, segnatamente a Mezzovico-Vira un gruppo organizzato con lo stesso intendimento, ciò che ha impedito un dibattito sugli argomenti contrari. In siffatte circostanze, è quindi a ragione che i ricorrenti non rimproverano al Governo cantonale un'informazione carente prima della votazione e di non aver sottoposto alla popolazione più scenari aggregativi (sull'obbligo delle autorità di informare i cittadini prima di votazioni e sul contenuto dei messaggi esplicativi ufficiali, che rappresentano cosiddetti atti materiali, vedi <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 112 e rinvii; <ref-ruling> consid. 3.1-3.2; sulla formulazione del quesito sottoposto alla votazione <ref-ruling>). Del resto, in un tale contesto, ci si potrebbe chiedere se essi non avessero semmai dovuto insorgere già contro gli atti preparativi della votazione consultiva del 25 novembre 2007 (cfr. sentenza in re Comune di Muggio, citata, consid. 10.2 e 10.3; cfr. <ref-ruling> consid. 2c).
4.2.1 L'art. 6 LASC non disciplina la procedura da adottare per il caso oggetto del presente giudizio, segnatamente quello in cui la popolazione di uno o più Comuni interessati abbia espresso voto negativo a un progetto di fusione. Come indicato nel rapporto alla cittadinanza, il responso delle urne ha un duplice significato: sotto il profilo politico, il voto dei cittadini permette al Governo prima e al Parlamento poi una valutazione della volontà popolare e, sotto quello giuridico, qualora i preavvisi assembleari non fossero tutti favorevoli, consente, a determinate condizioni, al Gran Consiglio di eventualmente decidere un'aggregazione coatta.
4.2.2 Nella prassi, in presenza di preavvisi sfavorevoli, il Gran Consiglio decide la fusione senza includervi i Comuni che vi si oppongono, abbandona il progetto aggregativo, oppure, qualora ritenga siano adempiute le relative condizioni, procede a un'aggregazione coatta. Nel caso di specie, sia il Governo sia il Gran Consiglio hanno ritenuto che non sussistevano le premesse per una fusione coatta dei due Comuni opponenti. Certo, una nuova votazione consultiva non si imponeva per la sola esclusione di Isone, Comune non essenziale ai fini della fusione sotto il profilo geografico, finanziario, pianificatorio e per l'apporto di risorse umane, ma bensì di Mezzovico-Vira, Comune situato al centro del comprensorio e il più forte dal profilo finanziario, pur presentando un debito pubblico pro capite estremamente elevato. Si pone quindi chiaramente la questione di sapere se la popolazione degli altri Comuni si sarebbe espressa favorevolmente anche su una fusione solo a cinque. In effetti, se la mancata adesione al progetto da parte di Mezzovico-Vira fosse stata tenuta in conto, l'esito della votazione in tutto il comprensorio avrebbe effettivamente potuto essere un altro, ribadita la sua importanza e la questione del decadimento della coerenza territoriale del nuovo Comune.
4.3 I ricorrenti insistono infatti a ragione sulla sostanziale differenza tra i due progetti aggregativi. Diversità accertata oltre che dal Parlamento, già dal Consiglio di Stato nel messaggio del 16 aprile 2008. Nello stesso si sottolinea infatti che il contestato nuovo progetto "si discosta sostanzialmente" da quello posto in votazione (pag. 3); la nuova proposta riduceva notevolmente la possibilità di abbandonare le collaborazioni intercomunali (pag. 4); il coinvolgimento di Mezzovico-Vira con un moltiplicatore politico dell'85 %, con tendenza al ribasso, aveva imposto parecchie riflessioni sulla pressione fiscale iniziale da assicurare al nuovo Ente (pag. 6); il progetto di fusione posto in votazione era la soluzione ideale, l'unica in grado di assicurare un vero riassetto istituzionale, mentre la proposta di una fusione a cinque costituiva una scelta che, per certi versi, poteva sembrare sorprendente (pag. 9); Mezzovico-Vira rappresentava il perno principale del progetto posto in votazione (pag. 11); un'aggregazione a cinque includeva un comprensorio geograficamente incoerente (enclave di Mezzovico-Vira) e "non è chiaramente il progetto sul quale si è espressa la popolazione" (pag. 13); infine, si trattava di un "progetto nuovo, viste le enormi differenze con quello posto in votazione" (pag. 15). L'esclusione del Comune di Mezzovico-Vira, dove era peraltro prevista la sede del nuovo Municipio, avrebbe quindi comportato, secondo i ricorrenti, uno stravolgimento del progetto votato, per cui la popolazione avrebbe il diritto di esprimersi sulla nuova, differente proposta.
4.4 Il 10 novembre 2008, la Commissione speciale aggregazione di Comuni ha licenziato tre rapporti. Quello di maggioranza invitava il Gran Consiglio a decretare la fusione con sette Comuni e quindi quella coatta di Mezzovico-Vira e di Isone, rilevando che con la fusione a cinque verrebbe "istituzionalizzato qualcosa di cui non si è parlato nella votazione consultiva" (pag. 8). Il rapporto di minoranza 1 proponeva l'abbandono dell'aggregazione di questi due Comuni, mentre il rapporto di minoranza 2 concludeva per l'abbandono del progetto di fusione a sette, invitando a sottoporre in votazione consultiva ai cinque Comuni interessati il nuovo progetto voluto dal Governo. Nella seduta del 2 dicembre 2008, il Gran Consiglio ha accolto, con maggioranza assoluta, il decreto legislativo proposto dall'Esecutivo. Si rilevava nondimeno che non si trattava del progetto posto in votazione consultiva e che ci si poteva chiedere cosa avrebbero votato i cittadini se fosse stata loro proposta una variante escludente "il polo necessario" a tale aggregazione. Si è pure discusso di proporre una nuova consultazione popolare, sostenendo che la fusione a cinque sarebbe in un certo senso coatta, dato che la popolazione non l'ha votata. Si è anche sottolineato che dovrebbe essere la popolazione, e non i Municipi, a decidere la nascita del nuovo Comune: in caso contrario si disattenderebbe la volontà dei votanti, che hanno scelto qualcosa di diverso dalla soluzione adottata.
4.5 I Comuni di Bironico, Camignolo, Medeglia, Rivera e Sigirino sostengono che la volontà popolare sarebbe rispettata, vista la rinuncia all'aggregazione coatta dei due Comuni opponenti e poiché il nuovo progetto, seppur parzialmente diverso da quello originale in particolare riguardo alla configurazione territoriale, ne ricalcherebbe i tratti essenziali. Rilevano che il Comune a sette rimane comunque l'obiettivo principale e ricordano che i ricorrenti non hanno lanciato un referendum contro l'impugnato decreto.
4.6 Nella sua risposta al ricorso, il Consiglio di Stato insiste sul fatto che la votazione consultiva non è vincolante, essendo intesa a determinare innanzitutto la natura volontaria o coatta di una fusione e spettando poi al Gran Consiglio, considerato l'interesse di tutti i Comuni interessati, decidere l'aggregazione. Il suffragio popolare non potrebbe quindi pregiudicare o limitare la facoltà di proposta del Governo e, in seguito, quella di decisione del Parlamento. Ora, la conoscenza della volontà popolare chiaramente non costituisce un impedimento alle facoltà delle Autorità cantonali, bensì la base principale per decidere, con piena cognizione di causa, una questione delicata come quella delle fusioni. Secondo l'Esecutivo cantonale, nel caso di preavvisi assembleari parzialmente sfavorevoli e di rinuncia a una fusione coatta, il numero di Comuni aggregati logicamente non può che essere inferiore a quelli interessati dalla votazione consultiva; la LASC non prevederebbe quindi che l'abbandono della fusione nei confronti di uno o più Comuni che vi si oppongono implichi un'ulteriore e preventiva votazione consultiva in quelli che vi hanno aderito, determinante rimanendo quella già organizzata nell'intero comprensorio; la tesi ricorsuale comporterebbe risultati non voluti dal legislatore, poiché il Gran Consiglio dovrebbe sospendere in pratica la procedura allo scopo di organizzare un nuovo voto consultivo nei Comuni favorevoli alla fusione; ricorda infine che i Municipi dei cinque Comuni interessati sono favorevoli anche alla fusione a cinque.
4.7 Un eventuale prolungamento della procedura aggregativa, che per sua natura si protrae su un arco temporale di più anni, non è decisivo di fronte all'importanza del rispetto della volontà popolare. D'altra parte, l'assunto ricorsuale, ricordate le difficoltà di determinati progetti aggregativi, è stato espressamente proposto anche nel quadro dei dibattiti parlamentari e, in particolare, nel rapporto di minoranza 2. Nello stesso, rettamente, si critica il fatto che la facoltà di proporre un'aggregazione a cinque non può essere delegata ai Municipi dei Comuni interessati, senza una previa verifica della volontà popolare.
Gli aventi diritto di voto non possono insorgere contro il merito di un'aggregazione e la possibilità di lanciare un referendum nella materia in esame nulla toglie all'oggettiva estrema difficoltà di una possibile riuscita. La facoltà di permettere agli stessi di esprimersi con cognizione di causa nel quadro della votazione consultiva è del resto manifesta, come risulta pure dalla scelta del Legislatore cantonale di tenerne conto prevedendo di sottoporre al voto popolare una proposta aggregativa anche con più scenari.
5. 5.1 Decisiva per la formazione della volontà popolare era la documentazione fornita ai cittadini prima della votazione consultiva, segnatamente il rapporto del Governo cantonale alla cittadinanza dell'ottobre 2007, che riporta gli elementi essenziali del rapporto del 14 giugno 2007 della Commissione di studio, riassunto per la popolazione nell'opuscolo "Il nuovo Comune di Monteceneri" del settembre 2007. Questi documenti sono stati presentati alla popolazione durante le serate pubbliche ed erano consultabili presso le relative Cancellerie e su internet. Come si è visto, negli stessi l'eventualità di un'esclusione di Mezzovico-Vira non era indicata.
5.2 Come risulta chiaramente dal messaggio governativo del 16 aprile 2008, nonché dai rapporti e dai dibattiti parlamentari, si è in presenza di un caso particolare, nell'ambito del quale una nuova votazione consultiva s'imponeva. Come precisato e accertato dalle Autorità cantonali, l'aggregazione dell'Alto Vedeggio non è paragonabile a quelle che hanno interessato le Valli. Come ritenuto dal Consiglio di Stato, il progetto a cinque non è manifestamente quello sul quale si è espressa la popolazione e il nuovo Comune, a causa dell'enclave di Mezzovico-Vira, costituisce un comprensorio geograficamente incoerente: non si è in presenza del progetto posto in votazione, ma di uno che presenta fondamentali differenze. Considerate le specificità del caso in esame, sotto il profilo degli <ref-law> e 6 LASC (cfr. <ref-ruling> consid. 3.1 e 3.2), un nuovo scrutinio è quindi necessario, ritenuto anche, sebbene la LASC non preveda un secondo scrutinio, ch'essa, per tutelare l'affidabilità del voto, indica espressamente la possibilità di proporre ai votanti una proposta con più scenari (in tal senso anche Martenet, loc. cit., pag. 229 con riferimento all'art. 5 della Carta). Questa soluzione si giustifica quindi vista l'importanza del diritto di voto su un tema così sensibile come quello delle fusioni (sentenza 1C_37/2008 del 18 marzo 2008 consid. 3.5 in RtiD 2008 II pag. 3 concernente il differimento delle elezioni degli organi comunali a Mezzovico).
5.3 Secondo la giurisprudenza, quando il Tribunale federale accerta che sono state commesse irregolarità, esso annulla la votazione soltanto se queste siano importanti e abbiano potuto influire sull'esito del voto (<ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 5b). Ciò non sarebbe manifestamente stato il caso, qualora si fosse trattato soltanto dell'esclusione del Comune di Isone. Come si è visto, nella fattispecie le Autorità cantonali hanno tuttavia accertato che si era in presenza di un progetto che si discosta sostanzialmente da quello votato e che solleva per di più la delicata e controversa questione della coerenza territoriale. Certo, nel rapporto di minoranza 1 si rileva che a mente della Commissione di studio per l'aggregazione Monteceneri, la criticata opzione non incontrerebbe praticamente alcun ostacolo nella popolazione. Come tuttavia rilevato nell'ambito dei dibattiti granconsiliari, in siffatte circostanze non spetta in primo luogo ai Municipi esprimersi al riguardo, ma alla popolazione toccata dal nuovo progetto, sostanzialmente differente.
6. Ne segue che il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere accolto, l'impugnato decreto annullato e il Consiglio di Stato invitato a indire una nuova votazione consultiva. Come si è visto, il messaggio governativo del 16 aprile 2008 potrebbe valere quale nuovo studio del progetto di aggregazione a cinque. Non si prelevano spese (<ref-law>). Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà ai ricorrenti, che si sono avvalsi dell'assistenza di un legale, ripetibili della sede federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile il ricorso è accolto e il decreto legislativo emanato il 2 dicembre 2008 dal Gran Consiglio del Cantone Ticino è annullato. La causa viene rinviata al Consiglio di Stato per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Non si prelevano spese giudiziarie. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà ai ricorrenti un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, ai Municipi di Bironico, Camignolo, Medeglia, Rivera e Sigirino, al Consiglio di Stato, per sé e per il Gran Consiglio del Cantone Ticino.