A.- Mit Verfügung vom 9. August 1994 liess die Erziehungsdirektion (heute: Bildungsdirektion) des Kantons Zürich die Schule X._ als Sonderschule im Einzelfall für C._ (geb. 1986) für das Schuljahr 1994/95 zu, worauf die Invalidenversicherung Sonderschulbeiträge leistete.
Mit Verfügung vom 19. Juli 1996 erteilte die Erziehungsdirektion der Schule rückwirkend die Zulassung auch für das Schuljahr 1995/96. Hierauf sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich C._ mit Verfügung vom 30. Juli 1996 Sonderschulmassnahmen "weiterhin bis Ende Schuljahr 1998/1999" zu.
Mit Verfügung vom 18. März 1998 hob die IV-Stelle die Verfügung vom 30. Juli 1996 wiedererwägungsweise auf und hielt fest, dass für den Besuch der Primarstufe an der Schule X._ keine Sonderschulbeiträge geleistet würden, solange diese Institution keine Zulassung vorweisen könne.
B.- Auf Beschwerde der Eltern von C._ hin sistierte das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich das Verfahren bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheides betreffend Zulassung der Schule X._ als Sonderschule. Nachdem das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) mit Verfügung vom 17. August 1999 und auf Beschwerde der Schule hin das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) mit rechtskräftig gewordenem Entscheid vom 15. Juni 2000 die Zulassung der Schule abgelehnt hatten, wies das kantonale Gericht die Beschwerde der Eltern von C._ mit Entscheid vom 21. Februar 2001 ab.
C.- Die Eltern führen Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der kantonale Entscheid und die Wiedererwägungsverfügung vom 18. März 1998 seien aufzuheben.
Eventuell sei die Bildungsdirektion des Kantons Zürich anzuweisen, die Schule X._ als Sonderschule für C._ zuzulassen. Subeventuell sei den Eltern das rechtliche Gehör zu gewähren.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das BSV auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Anspruch auf Sonderschulunterrichts-Beiträge (<ref-law>, <ref-law>) besteht nach der Rechtsprechung (AHI 2000 S. 77) nur, wenn das besuchte Institut formell, sei es generell durch das BSV (Art. 10 Abs. 1 SZV), sei es im Einzelfall durch die zuständige kantonale Amtsstelle (Art. 10 Abs. 2 SZV), als invalidenversicherungsrechtliche Sonderschule zugelassen worden ist (<ref-law>, Art. 1 ff. SZV).
a) In casu steht fest, dass die frühere Erziehungsdirektion des Kantons Zürich als zuständige kantonale Stelle nach Art. 10 Abs. 2 SZV für die Versicherte die Schule X._ letztmals mit Verfügung vom 19. Juli 1996 für das Schuljahr 1995/96 als Sonderschule im Einzelfall zugelassen hat. Für die Schuljahre 1996/97, 1997/98 und 1998/99, welche von der materiellen Zusprechungsverfügung der IV-Stelle vom 30. Juli 1996 erfasst sind, liegt hingegen keine Zulassung vor.
b) Fehlt somit das formelle Zulassungserfordernis als Anspruchsvoraussetzung für Beiträge nach <ref-law>, ist es - da auch die Wiedererwägungsvoraussetzungen der offensichtlichen Unrichtigkeit und der erheblichen Bedeutung der Berichtigung (<ref-ruling> Erw. 2) zu bejahen sind - vorbehältlich des öffentlichen Vertrauensschutzes (dazu Erw. 2 hienach) nicht zu beanstanden, dass die IV-Stelle die Sonderschulbeiträge durch Verfügung vom 18. März 1998 mit Wirkung ex nunc et pro futuro eingestellt hat.
2.- a) Das kantonale Gericht geht im Grundsatz zu Recht davon aus, dass "auch bei Wiedererwägungen" das Prinzip von Treu und Glauben zu beachten ist. In der Tat können nicht nur Auskünfte oder Zusicherungen eine Vertrauensposition begründen, welche bei Vorliegen der weiteren Vorausetzungen (<ref-ruling> Erw. 2a, 116 V 298 Erw. 3a) gegebenenfalls dazu führen, abweichend vom Gesetz behandelt zu werden, sondern es kann diese vertrauensbildende Funktion auch formellen Verfügungen zufallen (zuletzt Urteil A.
vom 7. Mai 2001, C 27/01, mit vielen Hinweisen). Hiezu hat das kantonale Gericht erwogen, die IV-Stelle habe von einer Rückforderung der bis anhin zu Unrecht erbrachten Sonderschulunterrichts-Beiträge abgesehen, womit Treu und Glauben Genüge getan sei. Sodann führt die Vorinstanz aus, die Versicherte habe während des hängigen sistierten Gerichtsverfahrens genügend Zeit gehabt, die gewählte Schule zu veranlassen, ein entsprechendes Gesuch um Zulassung zu stellen, was einzig zur Leistungsgewährung als Voraussetzung noch gefehlt habe; das Verfahren sei bis zum rechtskräftigen Entscheid über die generelle Zulassung sistiert worden.
b) Diese Auffassung verkennt, dass nach ständiger Rechtsprechung weder die Versicherten (oder im Falle von Minderjährigen deren gesetzliche Vertreter) noch sonst eine zur Geltendmachung des Anspruchs legitimierte Person (<ref-law>) befugt sind, ein Zulassungsgesuch nach Art. 10 SZV zu stellen. Eingereicht werden muss ein derartiges Gesuch zwingend durch die Schule, und nicht durch die versicherte Person, die IV-Stelle oder das Sozialversicherungsgericht (zuletzt AHI 2000 S. 201 mit zahlreichen Hinweisen). Die vorinstanzliche Argumentation, die Beschwerdeführerin (oder ihre Eltern) hätten genügend Zeit gehabt, die gewählte Schule zu veranlassen, ein entsprechendes Gesuch um Zulassung zu stellen, greift zu kurz.
Denn die Beschwerdeführerin und ihre Eltern hatten, wie aus den aktenmässig ausgewiesenen Kontakten zwischen IV-Stelle, Bildungsdirektion und BSV hervorgeht, überhaupt keinen Einfluss auf dieses Verfahren. Im Gegenteil, das für den Einzelfall der Beschwerdeführerin am 3. Mai 1998 gestellte Gesuch wurde nicht von der Bildungsdirektion als der nach Art. 10 Abs. 2 SZV zuständigen kantonalen Amtsstelle behandelt, geschweige denn innert nützlicher Frist (d.h. vor Beginn des Schuljahres 1998/99) entschieden; sondern das Bildungsdepartement beschränkte sich darauf, sich, entsprechend den in den Vorjahren gewährten Zulassungen, positiv über eine weitere Zulassung auszusprechen. Statt selber zu entscheiden, unterbreitete es das Dossier dem BSV, welches die Sache unter dem Gesichtswinkel einer generellen Zulassung der Schule X._ betrachtete und zu den schliesslich durch das EDI am 15. Juni 2000 bestätigten Entscheiden vom 17. Dezember 1998 und 17. August 1999 führte.
Bestand damit für die Versicherte und ihre Eltern im Nachgang zur Wiedererwägungsverfügung vom 18. März 1998 objektiv gar keine Möglichkeit, die Zulassung der Schule X._ zu erwirken, sind sie in dem durch die Zusprechungsverfügung vom 30. Juli 1996 erweckten Vertrauen zu schützen, welches ihnen die Sonderschulunterrichts-Beiträge bis Ende Schuljahr 1998/99 zusprach. Sie hatten keine Veranlassung, daran zu zweifeln, dass die kantonale Bildungsdirektion die Zulassung aussprechen würde, wie sie das in den Vorjahren wiederholt getan hatte, und mussten nicht damit rechnen, dass die Sache in ein generelles Zulassungsverfahren ausmünden werde, auf dessen Ausgang sie keinen Einfluss nehmen konnten.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts
des Kantons Zürich vom 21. Februar 2001 und die
Wiedererwägungsverfügung der IV-Stelle des Kantons
Zürich vom 18. März 1998 mit der Feststellung aufgehoben,
dass die Beschwerdeführerin gemäss Verfügung
vom 30. Juli 1996 Anspruch auf Beiträge an Sonderschulmassnahmen
für den Rest des Schuljahres 1997/98
und für 1998/99 hat.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 14. Februar 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: