Faits:
A. La société X._ SA, dont le siège est à A._, a notamment pour but d'offrir des prestations liées aux services de traitement, de maintenance et d'entretien des véhicules.
Le 9 février 2011, un architecte mandataire de X._ SA a eu un entretien avec un inspecteur de l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail (ci-après l'Office cantonal) et lui a exposé le projet de la société d'aménager une station de lavage à sec de voitures dans le deuxième sous-sol du parking B._ à Genève. Le 10 février 2011, cet architecte a fourni à l'Office cantonal un descriptif des conditions de travail des employés de la station de lavage projetée.
Par décision du 18 février 2011, l'Office cantonal a refusé d'approuver le projet de station de lavage, les conditions relatives à l'éclairage naturel et à la vue sur l'extérieur n'étant pas remplies.
B. X._ SA a recouru contre cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de Genève (ci-après la Cour de justice) et conclu à l'annulation de la décision du 18 février 2011 et au renvoi de la cause à l'Office cantonal pour approbation du projet.
Par arrêt du 4 octobre 2011, la Cour de justice a rejeté le recours de X._ SA.
C. Par acte du 9 novembre 2011, X._ SA dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 4 octobre 2011 et de la décision de l'Office cantonal du 18 février 2011, ainsi qu'à ce qu'il soit constaté que ses plans relatifs à l'installation concernée ne sont pas assujettis à une procédure d'approbation cantonale au regard de la loi sur le travail, le tout sous suite de frais et dépens.
L'Office cantonal conclut à la confirmation de l'arrêt du 4 octobre 2011, le chef de conclusions relatif au non-assujettissement du projet à une procédure d'approbation devant être déclaré irrecevable. La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Enfin, le Département fédéral de l'économie conclut au rejet du recours.
La recourante a déposé une ultime détermination le 30 mars 2012.

Considérant en droit:
1. 1.1 La présente affaire porte sur un arrêt rendu en application des dispositions de la loi fédérale du 13 mars 1964 sur le travail dans l'industrie, l'artisanat et le commerce (loi sur le travail, LTr; RS 822.11). La décision attaquée a dès lors été rendue dans une cause de droit public au sens de l'<ref-law>. La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et <ref-law>), à l'encontre d'une décision finale (cf. <ref-law>) prise en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public au sens des <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.2 En revanche, dans la mesure où la recourante requiert l'annulation de la décision de l'Office cantonal du 18 février 2011, son recours n'est pas recevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès de la Cour de justice (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 543; rappelé récemment pour Genève in arrêt 2C_436/2011 du 13 décembre 2011 consid. 1).
1.3 Aux termes de l'<ref-law>, toute conclusion nouvelle est irrecevable. L'Office cantonal allègue que tel est le cas de la conclusion de la recourante relative au non-assujettissement de son projet de station de lavage à une procédure d'approbation.
Une conclusion est nouvelle dès lors qu'elle n'a pas été soumise à l'autorité précédente et qu'elle tend à élargir l'objet du litige (cf. arrêt 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5; BERNARD CORBOZ, Commentaire de la LTF, 2009, n° 30 ad <ref-law>). Des moyens de droit nouveaux peuvent, pour leur part, être proposés, à condition qu'ils se déduisent des faits soumis à l'appréciation de la juridiction précédente et constatés par elle dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 5.3.2 p. 651).
Le présent litige a pour objet le refus de l'Office cantonal d'approuver le projet d'aménagement d'une station de lavage de voitures dans un garage souterrain. Pour savoir si cette approbation est conforme au droit, il faut s'interroger sur la compétence, au regard du droit fédéral, de l'autorité cantonale de soumettre la recourante à la procédure d'approbation suivie. Il s'agit là d'une question juridique préalable inhérente à l'objet du litige. Le fait que, devant la Cour de justice, la recourante ait conclu à l'annulation de la décision de l'Office cantonal du 18 février 2011 et au renvoi de la cause à cet office pour que l'approbation lui soit accordée, englobait l'objet du litige dans son entier, y compris les questions préalables. Partant, en se limitant, devant la Cour de céans, à une conclusion portant sur une question préalable, à savoir que ses plans relatifs à l'installation en cause ne sont pas assujettis à une procédure d'approbation cantonale au regard de la loi sur le travail, la recourante ne formule pas une conclusion nouvelle contraire à l'<ref-law>.
Par ailleurs, savoir si l'Office cantonal était en droit de soumettre l'entreprise recourante à une procédure d'approbation des plans concerne la portée du droit fédéral. Cette question peut et même doit par conséquent être revue d'office par le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>). En effet, si cette compétence devait faire défaut, les décisions prises par cet office dans ce contexte seraient illégales et devraient être annulées.
2. La recourante allègue que l'état de fait retenu par la Cour de justice omet de traiter des mesures compensatoires ainsi que de la nécessité structurelle et organisationnelle de l'emplacement de la station de lavage, alors que ces éléments de fait ont été dûment allégués. Elle se plaint ainsi d'une constatation manifestement inexacte et incomplète des faits ainsi que d'une violation du droit d'être entendu.
2.1 Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, à savoir arbitrairement (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.4). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées; à défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
2.2 De son côté, le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. exige que l'autorité examine les allégués de l'intéressé et en tienne compte dans sa décision. Il en découle l'obligation, pour l'autorité, de motiver sa décision. Elle n'est cependant pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ni de statuer séparément sur chacun des allégués qui lui sont présentés. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236).
Le droit d'être entendu implique également le droit de faire administrer des preuves, ce qui suppose cependant que le fait à prouver soit pertinent. Par ailleurs, cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
2.3 En alléguant que l'état de fait retenu par la Cour de justice fait abstraction des mesures compensatoires proposées ainsi que de la nécessité structurelle et organisationnelle de l'emplacement de la station de lavage, la recourante s'en prend non pas à l'état de fait retenu par la Cour de justice, mais à l'application du droit à laquelle celle-ci a procédé. En effet, la Cour de justice a retenu que l'aménagement d'une station de lavage dans un parking souterrain n'était pas admissible, quelles que soient les mesures compensatoires prévues. Le point de savoir si c'est à juste titre que l'instance précédente a considéré que les mesures compensatoires n'étaient pas pertinentes sera examiné ci-après lors de l'examen de la cause au fond. Le grief de violation du droit d'être entendu doit par conséquent être rejeté. Il n'y a au surplus pas lieu de s'écarter des faits ressortant de l'arrêt attaqué.
3. 3.1 La loi sur le travail s'applique à toutes les entreprises publiques et privées (cf. art. 1 al. 1 LTr). Aux termes de l'art. 6 al. 1 LTr, pour protéger la santé des travailleurs, l'employeur est tenu de prendre toutes les mesures dont l'expérience a démontré la nécessité, que l'état de la technique permet d'appliquer et qui sont adaptées aux conditions d'exploitation de l'entreprise. Pour les entreprises industrielles, l'art. 7 LTr prévoit en outre une procédure d'approbation des plans et d'autorisation d'exploiter préalable. Les ordonnances 3 du 18 août 1993 relative à la loi sur le travail (Hygiène, OLT 3; RS 822.112) et 4 du 18 août 1993 relative à la loi sur le travail (Entreprises industrielles, approbation des plans et autorisation d'exploiter, OLT 4; RS 822.114) contiennent les dispositions d'application relatives à ces normes. L'OLT 3 est applicable à toutes les entreprises soumises à la loi sur le travail (cf. art. 1 al. 1 OLT 3) alors que l'OLT 4 ne concerne que les entreprises industrielles (cf. art. 1 OLT 4).
Aux termes de l'art. 3 de la loi genevoise du 12 mars 2004 sur l'inspection et les relations du travail (LIRT; RS-GE J 1 05), l'Office cantonal est chargé de contrôler les installations et l'organisation mise en place, ainsi que les mesures prises pour garantir la protection de la santé et la sécurité des travailleurs. En outre, selon l'art. 6 al. 1 LIRT, tout projet de construction, transformation ou aménagement concernant une entreprise soumise à la loi sur le travail doit recevoir l'approbation de l'Office cantonal. Le règlement genevois du 23 février 2005 d'application de la loi sur l'inspection et les relations du travail (RIRT; RS-GE J 1 05.01) concrétise ces dispositions et prévoit en particulier que l'Office cantonal examine les plans des entreprises non industrielles au regard de l'art. 6 LTr et de l'OLT 3 (cf. art 13 al. 1 RIRT).
3.2 La recourante fait valoir que la loi cantonale et son règlement d'application, en assujettissant l'ensemble des entreprises soumises à la loi sur le travail à la procédure d'approbation des plans, sans distinguer les entreprises industrielles des autres, contreviennent au droit fédéral qui ne prévoit une telle approbation que pour les entreprises industrielles. De son côté, l'Office cantonal expose que cette approbation des plans a pour objectif de lui permettre d'exercer sa compétence en matière de contrôle de la protection des travailleurs, contrôle exercé en l'occurrence à titre préventif.
3.3 L'art. 49 al. 1 Cst. consacre le principe de la primauté du droit fédéral. Celui-ci fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive. Cependant, même si la législation fédérale est considérée comme exhaustive dans un domaine donné, une loi cantonale peut subsister dans le même domaine si elle poursuit un autre but que celui recherché par le droit fédéral. Par ailleurs, dans la mesure où une loi cantonale renforce l'efficacité de la réglementation fédérale, le principe de la force dérogatoire n'est pas violé. En outre, même si, en raison du caractère exhaustif de la législation fédérale, le canton ne peut plus légiférer dans une matière, il n'est pas toujours privé de toute possibilité d'action. Ce n'est que lorsque la législation fédérale exclut toute réglementation dans un domaine particulier que le canton perd toute compétence pour adopter des dispositions complétives, quand bien même celles-ci ne contrediraient pas le droit fédéral ou seraient même en accord avec celui-ci (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 174 s. et la jurisprudence citée). Le Tribunal fédéral examine en principe librement si les normes de droit cantonal sont compatibles avec le droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 2.1. p. 283 s.).
3.4 Aux termes de l'art. 110 al. 1 let. a Cst., la Confédération peut légiférer sur la protection des travailleurs. Elle a fait usage de cette compétence en adoptant la loi sur le travail qui contient notamment des dispositions sur la protection de la santé (art. 6 LTr). L'art. 71 let. c LTr réserve les prescriptions cantonales et communales de police, notamment celles qui concernent la police des constructions, la police du feu, la police sanitaire et la police des eaux, ainsi que le repos dominical et les heures d'ouverture de certaines entreprises. En outre, l'exécution de la loi sur le travail et des ordonnances d'application incombe aux cantons (cf. art. 41 al. 1 LTr).
En ce qui concerne plus particulièrement l'obligation de soumettre les plans de construction d'une entreprise industrielle à l'approbation de l'autorité compétente (cf. art. 7 LTr), sa justification réside dans le fait que les entreprises industrielles, ainsi que les entreprises auxquelles les mêmes règles ont été déclarées applicables (cf. art. 8 LTr et art. 1 al. 2 OLT 4), présentent plus de risques d'accidents que les autres entreprises. La protection des travailleurs doit donc y être renforcée (cf. SECO, Commentaire de la loi sur le travail, 2009, ad art. 5 LTr). L'approbation des plans prévue à l'art. 7 LTr permet de vérifier que le projet d'entreprise respecte les exigences en matière de protection de la santé et de sécurité et, si tel n'est pas le cas, de parer à ces insuffisances durant la phase d'élaboration des plans (cf. HANS-ULRICH SCHEIDEGGER/CHRISTINE PITTELOUD, in GEISER/VON KAENEL/WYLER (ÉD.), Loi sur le travail, 2005, n° 3 ad art. 7 LTr; SECO, Commentaire de la loi sur le travail, 2010, ad art. 7 LTr).
En raison des contraintes liées aux démarches administratives qui en découlent, le législateur fédéral a réservé la procédure d'approbation des plans instituée par l'art. 7 LTr aux entreprises industrielles et à celles qui leur sont assimilées en application de l'art. 8 LTr (cf. F. WALTER BIGLER, Kommentar zum Arbeitsgesetz, 1986, p. 46; SCHEIDEGGER/PITTELOUD, op. cit., n° 2 ad art. 7 LTr). Cependant, même pour cette procédure, dont la sanction la plus importante pourrait être un refus total ou partiel d'approbation des plans, la pratique préconise des mesures destinées à pallier les lacunes des plans et à accorder l'autorisation, le cas échéant assortie de réserves (cf. SCHEIDEGGER/PITTELOUD, op. cit., n°s 14-16 ad art. 7 LTr).
3.5 Peu d'auteurs se sont prononcés sur le caractère exhaustif de la procédure d'approbation des plans. SCHEIDEGGER/PITTELOUD (cf. op. cit., n° 6 ad art. 8 LTr) relèvent que les entreprises qui ne sont pas assujetties aux prescriptions sur les entreprises industrielles ne sont pas tenues de passer par une procédure d'approbation des plans. Ils sont d'avis que la compétence législative en matière de protection des travailleurs est du ressort exclusif de la Confédération selon l'art. 110 Cst., de sorte que les cantons ne peuvent pas édicter des normes sur la protection des travailleurs allant au-delà de ce qui est prévu par le droit fédéral. Selon ces mêmes auteurs, les cantons ne peuvent notamment pas prévoir, dans leur loi d'exécution de la loi sur le travail, que d'autres entreprises sont soumises à une procédure d'approbation des plans, car une telle obligation se heurterait à la primauté du droit fédéral.
Ces considérations sont convaincantes. Il ressort du texte et de la systématique de la loi sur le travail que le législateur fédéral a entendu régler de manière exhaustive la question de la procédure d'approbation des plans pour la réserver aux entreprises industrielles et n'a pas laissé de place pour que les cantons introduisent une telle procédure d'approbation pour les autres entreprises assujetties à la loi sur le travail.
Contrairement à ce que soutient l'Office cantonal, les cantons ne peuvent donc tirer de leur compétence en matière d'exécution de la loi sur le travail, plus particulièrement de leurs tâches de surveillance des dispositions en matière d'hygiène, le droit d'assujettir toutes les entreprises à une procédure d'approbation des plans que l'art. 7 LTr réserve aux entreprises industrielles et aux entreprises qui y sont assimilées (cf. art. 8 LTr). Par conséquent, le canton de Genève ne peut, en application de l'art. 6 LIRT, conditionner l'installation d'une entreprise non industrielle à une approbation de ses plans par l'Office cantonal, sous peine de violer la primauté du droit fédéral.
3.6 En revanche, dans le cadre des tâches de surveillance leur incombant, les cantons peuvent prévoir une procédure de simple préavis, par laquelle ils se prononcent à titre préalable, sur un projet concernant l'installation d'une activité ne relevant pas d'une entreprise industrielle, étant entendu que la procédure ne peut porter que sur la conformité des plans avec l'art. 6 LTr et l'OLT 3, à l'exclusion des exigences supplémentaires prévues pour les entreprises industrielles. En outre, il ne peut s'agir que d'un préavis tendant à informer l'employeur sur les points qu'il lui est conseillé d'améliorer pour se conformer à la législation, et non d'une procédure pouvant aboutir à une interdiction d'installer l'entreprise comme cela est prévu dans le cadre de la procédure d'approbation des plans des entreprises industrielles (cf. supra consid. 3.5). Pour des motifs d'économie de procédure, rien n'empêche ainsi la législation cantonale de prévoir que l'autorité compétente examine la situation de la santé des travailleurs d'une entreprise en voie d'installation à titre préalable et donne un préavis suggérant des améliorations ou des modifications liées à l'hygiène au travail. C'est par ailleurs la voie choisie, par exemple, par les cantons de Fribourg (cf. art. 47 de la loi fribourgeoise du 6 octobre 2010 sur l'emploi et le marché du travail, RS-FR 866.1.1), du Valais (cf. art. 6 de la loi valaisanne du 16 novembre 1966 sur le travail, RS-VS 822.1), des Grisons (cf. art. 6 du Einführungsgesetz zum Arbeitsgesetz und zur Unfallverhütung nach Unfallversicherungsgesetz du 19 octobre 2005, RS-GR 530.100) ou de Thurgovie (cf. § 8 de la Verordnung des Regierungsrates zur Bundesgesetzgebung über die Arbeit in Industrie, Gewerbe und Handel du 16 janvier 1984, RS-TG 822.11), qui prévoient tous une procédure de préavis obligatoire ou facultative pour les entreprises non industrielles.
Une telle procédure ne saurait aboutir à interdire l'activité économique projetée ou à soumettre celle-ci à une autorisation d'exploiter au sens de l'art. 7 LTr. Ainsi, s'agissant des entreprises non industrielles, l'autorité ne pourra intervenir qu'au moment où des manquements sont constatés, que ce soit à la suite d'une plainte d'un travailleur, d'un syndicat, voire d'un tiers ou lors d'une visite décidée d'office (cf. SCHEIDEGGER/PITTELOUD, op. cit., n° 35 ad art. 6 LTr). L'employeur qui ne s'est pas conformé au préavis encourt le risque de mesures ordonnées en application de l'art. 51 LTr, le cas échéant sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CPS. En cas d'inobservation, l'autorité est en outre habilitée à prendre les mesures nécessaires pour rétablir l'ordre légal (cf. art. 52 al. 1 LTr). Enfin, dans le cadre de la procédure de contrôle du respect des dispositions légales, l'autorité devra examiner le caractère opportun et adéquat des mesures compensatoires mises en place au regard des art. 6 LTR, 15 al. 3 et 24 al. 5 OLT 3. Dans ce cadre, il n'est pas inutile de relever qu'il découle de ces dispositions que la législation sur le travail admet, en principe, la possibilité d'un travail effectué sans lumière du jour dans la mesure où elle exige que des mesures compensatoires assurent, dans l'ensemble, le respect des exigences en matière d'hygiène (cf. SECO, Commentaire de l'OLT 3, 2009, ad art. 15 OLT 3).
3.7 En l'espèce, il ressort de l'arrêt attaqué, non contesté sur ce point, que la recourante n'est pas une entreprise industrielle ou une entreprise qui serait assimilée au sens de l'art. 8 LTr. Dans la mesure où l'arrêt de la Cour de justice du 4 octobre 2011 a confirmé l'assujettissement de la recourante à une véritable procédure d'approbation des plans, il viole la primauté du droit fédéral. Cet arrêt, qui maintient le refus d'autoriser l'aménagement des locaux de travail de la recourante, sur la base des plans produits, en raison de l'absence de fenêtres dans ces locaux, doit par conséquent être annulé.
4. Le recours doit ainsi être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt de la Cour de justice annulé. Il sera en outre constaté que la recourante n'est pas assujettie à la procédure d'approbation des plans de l'art. 6 LIRT.
Il n'y a pas lieu de percevoir de frais de justice (cf. <ref-law>). Succombant, le canton de Genève versera à la recourante une indemnité à titre de dépens (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt de la Cour de justice du 4 octobre 2011 annulé. La recourante n'est pas assujettie à la procédure d'approbation des plans de l'art. 6 LIRT.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de CHF 2'500.- à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et au Département fédéral de l'économie.
Lausanne, le 29 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti