Sachverhalt:
A.
Nachdem die Ehegatten B.A._ und A.A._ (nachfolgend: die Steuerpflichtigen) ihre Steuererklärung für die Steuerperiode 2009 trotz zweimaliger Mahnung nicht eingereicht hatten, schätzte sie die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt mit Verfügungen vom 15. Dezember 2011 nach pflichtgemässem Ermessen ein. Dabei wurde der Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer auf Fr. 0.-- gesetzt. Am 30. Juli 2012 reichten die Steuerpflichtigen die Steuererklärung für das Jahr 2009 ein. In der Folge teilte ihnen die Steuerverwaltung mit, dass die Veranlagungen vom 15. Dezember 2011 und damit auch der Entscheid über die Rückerstattung der Verrechnungssteuer bereits in Rechtskraft erwachsen seien, weshalb ihre Eingabe nicht behandelt werde.
B.
Am 7. September 2012 erhoben die Steuerpflichtigen Einsprache. Mit Entscheid vom 19. Oktober 2012 trat die Steuerverwaltung in Bezug auf die kantonalen Steuern und die direkte Bundessteuer nicht darauf ein; den Antrag auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer wies sie ab. Die Steuerpflichtigen gelangten daraufhin bezüglich der Verrechnungssteuer an die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt. Diese hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 24. Oktober 2013 gut und entsprach dem Antrag auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer pro 2009. Sie begründete den Entscheid im Wesentlichen damit, dass die Steuerverwaltung die verrechnungssteuerrelevanten Einkünfte der Steuerpflichtigen hätte ermitteln können und Letztere keine Hinterziehungsabsicht gehabt hätten. Der Rückerstattungsantrag sei somit nicht verwirkt.
C.
Mit Eingabe vom 1. Dezember 2014 erhebt die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid der Steuerrekurskommission sei aufzuheben und der Antrag der Steuerpflichtigen auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer für das Jahr 2009 in der Höhe von Fr. 41'301.-- abzuweisen.
Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission verzichten explizit auf eine Stellungnahme. Die Steuerpflichtigen haben sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Rückerstattung der Verrechnungssteuer und damit eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts; er unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a BGG). Die Steuerrekurskommission ist die kantonale Rekurskommission für die Verrechnungssteuer, die als letzte kantonale Instanz entscheidet (§ 2 der Verordnung des Kantons Basel-Stadt vom 19. September 1966 über den Vollzug der Eidgenössischen Verrechnungssteuer im Kanton Basel-Stadt [SG 660.220] i.V.m. § 136 des Gesetzes des Kantons Basel-Stadt vom 12. April 2000 über die direkten Steuern [StG/BS; SG 640.100]). Sie ist folglich im Bereich der Verrechnungssteuer eine letzte kantonale Instanz im Sinne von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG. Deren Entscheid kann gemäss Art. 56 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG; SR 642.21) beim Bundesgericht angefochten werden. Die ESTV ist gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 4 Abs. 1 und Art. 12 der Organisationsverordnung vom 17. Februar 2010 für das Eidgenössische Finanzdepartement (OV-EFD; SR 172.215.1) beschwerdeberechtigt. Die begründete Ausfertigung des Entscheids wurde der ESTV am 31. Oktober 2014 zugestellt. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 3 S. 415).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 116).
2.
2.1. Der Bund erhebt gestützt auf Art. 132 Abs. 2 BV eine Verrechnungssteuer unter anderem auf dem Ertrag von beweglichem Kapitalvermögen (Art. 1 Abs. 1 VStG). Die Verrechnungssteuer wird an der Quelle erhoben. Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung (Art. 10 Abs. 1 VStG). Er hat die Leistung bei der Auszahlung, Überweisung, Gutschrift oder Verrechnung ohne Rücksicht auf die Person des Gläubigers um den Steuerbetrag zu kürzen (Art. 14 Abs. 1 VStG). Der Empfänger der um die Steuer gekürzten Leistung kann aber nach Massgabe des Gesetzes die Rückerstattung der Verrechnungssteuer verlangen. Voraussetzung ist, dass die mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte ordentlich deklariert werden (Art. 1 Abs. 2 und Art. 22 f. VStG). Darin kommt der Sicherungscharakter der Verrechnungssteuer zum Ausdruck: Im inländischen Verhältnis bezweckt die Verrechnungssteuer in erster Linie, die Deklaration der Erträge beweglichen Kapitalvermögens zu sichern. Dem Steuerehrlichen wird sie zurückerstattet (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 533; <ref-ruling> E. 4 S. 352 f.; je mit Hinweisen). Wer die mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte und Vermögenswerte, aus denen solche Einkünfte fliessen, entgegen den gesetzlichen Vorschriften den zuständigen Steuerbehörden nicht angibt, verwirkt daher den Rückerstattungsanspruch (Art. 23 VStG).
2.2.
2.2.1. Nach der Rechtsprechung zu Art. 23 VStG verwirkt der Rückerstattungsanspruch, wenn der Steuerpflichtige mit der Verrechnungssteuer belastete Einkünfte nicht in der nächsten Steuererklärung nach Fälligkeit der Leistung deklariert oder die Selbstdeklaration nicht wenigstens so frühzeitig mit korrekten Angaben ergänzt, dass die Einkünfte noch vor der Rechtskraft der Veranlagung berücksichtigt werden können (<ref-ruling> E. 2b S. 130; Urteile 2C_85/2015 vom 16. September 2015 E. 2.2; 2C_172/2015 vom 27. August 2015 E. 4.1; 2C_949/2014 vom 24. April 2015 E. 3.1; je mit Hinweisen). Massgebend ist das Einhalten der Deklarationspflicht, die mit dem von der Steuerbehörde versandten Steuererklärungsformular eingeleitet wird. Das fristgerechte Einreichen der Steuererklärung bildet die Messlatte der formkorrekten Deklaration, wobei Ergänzungen oder Korrekturen bis zur Veranlagung noch möglich sind (vgl. , in: Zweifel/Beusch/Bauer-Balmelli (Hrsg.), Kommentar zum VStG, 2. Aufl. 2012, N. 3 zu Art. 23 VStG). Praxisgemäss kann der Steuerpflichtige seinen Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer somit durch Einreichen der Steuererklärung auch noch nachträglich bis zum Eintritt der Rechtskraft der ordentlichen Veranlagung wahren (Urteile 2C_85/2015 vom 16. September 2015 E. 2.4; 2C_80/2012 vom 16. Januar 2013 E. 2.2; 2C_95/2011 vom 11. Oktober 2011 E. 2.1 und insb. 4.1; je mit Hinweisen).Bernhard Zwahlen
Der Steuerpflichtige muss die Einkünfte, die der Verrechnungssteuer unterliegen, selbst deklarieren. Es kommt nicht darauf an, ob die Steuerbehörde die Unvollständigkeit der Deklaration hätte erkennen und an die erforderlichen Informationen durch entsprechende Nachfrage oder Vergleich mit Steuerakten dritter Personen hätte gelangen können. Die Steuerbehörden können grundsätzlich davon ausgehen, dass der Steuerpflichtige das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllt, entsprechend den Anforderungen von Art. 124 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) und Art. 42 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14). Erst offenkundige Mängel können weitere Untersuchungen der Steuerbehörden erforderlich machen (vgl. Urteile 2C_85/2015 vom 16. September 2015 E. 2.3; 2C_172/2015 vom 27. August 2015 E. 4.1; 2C_949/2014 vom 24. April 2015 E. 3.2; 2C_95/2011 vom 11. Oktober 2011 E. 2.1; je mit Hinweisen).
2.2.2. Im Entscheid 2C_95/2011 vom 11. Oktober 2011 war das Bundesgericht zum Schluss gekommen, dass die Kreisschreiben der ESTV Nr. 8 vom 8. Dezember 1978 und Nr. 14 vom 29. Dezember 1988 (betreffend Verwirkung des Anspruchs auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer), soweit sie in gewissen Situationen die Rückerstattung vorsehen, obwohl der Steuerpflichtige seiner Deklarationspflicht nicht im dargelegten Sinne nachgekommen war, nicht mit Art. 23 VStG konform sind (Urteil 2C_95/2011 vom 11. Oktober 2011 E. 4.1). Die ESTV hat in der Folge am 11. März 2014 das Kreisschreiben Nr. 40 "Verwirkung des Anspruchs von natürlichen Personen auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer gemäss Art. 23 VStG" erlassen und die früheren Kreisschreiben aufgehoben. Das Kreisschreiben Nr. 40 hält zur Auslegung von Art. 23 VStG im Falle der Ermessenstaxation u.a. fest, dass die Einreichung der Steuererklärung als Beweismittel im Rahmen eines Einspracheverfahrens gemäss Art. 132 Abs. 3 DBG und Art. 48 Abs. 2 StHG unter vollständiger und korrekter Deklaration des beweglichen Vermögens und seines Ertrags einer ordnungsgemässen Deklaration im Sinne von Ziff. 3.1 des Kreisschreibens gleichgestellt werden könne, sofern auf die Einsprache einzutreten sei (Ziff. 3.3 des Kreisschreibens Nr. 40). Als ordnungsgemäss deklariert gelten danach die mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte sowie das Vermögen, woraus solche Einkünfte fliessen, wenn die steuerpflichtige Person sie in der ersten Steuererklärung, welche nach Fälligkeit der steuerbaren Leistung einzureichen ist, deklariert. Ausserdem gelten jene Einkünfte, welche spontan nach Einreichung der Steuererklärung, aber spätestens bis zum Eintritt der Rechtskraft der ordentlichen Veranlagung deklariert werden, ebenfalls noch als ordnungsgemäss deklariert (Ziff. 3.1 des Kreisschreibens Nr. 40). Umgekehrt gelten als nicht mehr ordnungsgemäss deklariert u.a. die Deklaration nach Eintritt der Rechtskraft der ordentlichen Veranlagung. Im Übrigen entbindet die Tatsache, dass die Steuerbehörden von sich aus eine unvollständige Deklaration hätten feststellen können und sich den Zugang zu den fehlenden Informationen mittels Vergleich mit Steuerunterlagen von Drittpersonen oder durch Rückfragen bei der steuerpflichtigen Person, bei anderen Steuerbehörden oder Dritten hätten beschaffen können, die steuerpflichtige Person nicht davon, ihrer Deklarationspflicht bezüglich der mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte im Sinne von Ziff. 3.1 des Kreisschreibens nachzukommen (Ziff. 3.2 des Kreisschreibens Nr. 40).
3.
3.1. Die Vorinstanz war in ihrem Entscheid zum Schluss gekommen, dass die Steuerverwaltung angesichts der früheren ermessensweisen Einschätzungen von der Grössenordnung des Einkommens und des Vermögens der Beschwerdegegner Kenntnis gehabt habe. Sie hätte demnach die verrechnungssteuerrelevanten Einkünfte der Beschwerdegegner ermitteln können. Da Letztere keine Hinterziehungsabsicht gehabt hätten, sei deren Rückerstattungsanspruch nicht verwirkt.
3.2. Dagegen wendet die Beschwerdeführerin ein, die Beschwerdegegner hätten die Möglichkeit gehabt, die Steuerveranlagung innert der ordentlichen Rechtsmittelfrist anzufechten. Nachdem sie dies unterlassen hätten, sei die Veranlagungsverfügung vom 15. Dezember 2011 zusammen mit dem Kontoauszug kantonale Steuern 2009 und dem Entscheid über die Rückerstattung der Verrechnungssteuer in Rechtskraft erwachsen. Die Begründung der Vorinstanz basiere auf den älteren Kreisschreiben Nr. 8 resp. 14 der ESTV, welche angesichts der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung seit dem Urteil 2C_95/2011 vom 11. Oktober 2011 inzwischen durch das Kreisschreiben Nr. 40 ersetzt worden seien. Danach hätten die mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte nur bis zum Eintritt der Rechtskraft der ordentlichen Veranlagung deklariert werden können, um den Anspruch auf Rückerstattung nicht zu verwirken. Es komme nicht mehr darauf an, dass die Steuerverwaltung von den verrechnungssteuerbelasteten Einkünften und den entsprechenden Vermögen hätte wissen können. Vielmehr müssten diese durch die Steuerpflichtigen korrekt deklariert werden.
3.3.
3.3.1. Nachdem die Beschwerdegegner für die Steuerperiode 2009 trotz zweimaliger Mahnung die Steuererklärung nicht eingereicht hatten, schätzte sie die Steuerverwaltung - wie schon in den Vorjahren - mit Verfügungen vom 15. Dezember 2011 nach pflichtgemässem Ermessen ein. Im Kontoauszug kantonale Steuern 2009 wurde der Rückerstattungsanspruch betreffend Verrechnungssteuer auf Fr. 0.-- festgesetzt. Bereits für die Steuerjahre 2007 und 2008 hatte die Steuerverwaltung einen Betrag von Fr. 0.-- eingesetzt, ohne dass dies jeweils bemängelt worden wäre. Die Beschwerdegegner reichten die Steuererklärung 2009 mit Datum vom 30. Juli 2012 ein und erhoben am 7. September 2012 Einsprache gegen die Veranlagungsverfügungen. Zu diesem Zeitpunkt war die 30-tägige Einsprachefrist (vgl. Art. 132 Abs. 1 DBG resp. § 160 Abs. 1 StG/BS) indes bereits abgelaufen. Der Antrag auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer wurde somit erst nach Eintritt der Rechtskraft der Veranlagungsverfügungen eingereicht. Damit ist er nicht rechtzeitig im Sinne der Rechtsprechung erfolgt, weshalb die Steuerverwaltung in ihrem Einspracheentscheid zu Recht von der Verwirkung des Anspruchs gemäss Art. 23 VStG ausgegangen ist. Da der Anspruch somit bereits aus sachlichen Gründen verwirkt ist, kommt die - von den Beschwerdegegnern im vorinstanzlichen Verfahren angerufene - dreijährige Frist von Art. 32 Abs. 1 VStG nicht zum Tragen (, Kommentar zum VStG, N. 2 zu Art. 32 VStG). Im Übrigen ist es - entgegen den Ausführungen der Vorinstanz - wie gesehen nicht (mehr) entscheidend, ob die Steuerverwaltung von den Vermögensverhältnissen und den verrechnungssteuerrelevanten Einkünften Kenntnis gehabt hatte, sondern dass diese korrekt - und damit auch rechtzeitig - deklariert worden sind (siehe vorstehend E. 2.2.1).Michael Beusch
3.3.2. Das von der Beschwerdeführerin angeführte Kreisschreiben Nr. 40 wurde nach dem angefochtenen Urteil erlassen. Die Vorinstanz konnte es daher nicht berücksichtigen. Als Verwaltungsweisung richtet sich das Kreisschreiben zwar vorab an die Vollzugsorgane und ist für Gerichte nicht verbindlich, wenn auch diese es bei ihrer Entscheidung berücksichtigen, sofern es eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulässt (vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 108; <ref-ruling> E. 5.2.3 S. 8 f.; Urteile 2C_949/2014 vom 24. April 2015 E. 4.2; 2C_103/2009 vom 10. Juli 2009 E. 2.2; je mit Hinweisen). Von einer rechtmässigen Verwaltungsverordnung weicht das Bundesgericht daher nicht ohne triftigen Grund ab. Auf diese Weise nimmt es das Anliegen der Verwaltung auf, anhand interner Weisungen einen rechtsgleichen, einheitlichen und sachgemässen Vollzug der massgebenden Rechtssätze herbeizuführen (<ref-ruling> E. 5.5 S. 205; <ref-ruling> E. 6.2 S. 362; <ref-ruling> E. 8.1 S. 315; je mit Hinweisen). Soweit das Kreisschreiben Nr. 40 die mit dem hiervor bereits zitierten Urteil 2C_95/2011 vom 11. Oktober 2011 präzisierte und seither bestätigte Rechtsprechung des Bundesgerichts zur Verwirkung des Anspruchs auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer wiedergibt (siehe vorstehend E. 2.2.2), erweist es sich als rechtmässig und in Übereinstimmung mit der dargelegten bundesgerichtlichen Praxis (siehe E. 2.2.1). Das Kreisschreiben Nr. 40 ist insoweit nicht zu beanstanden.
3.4. Die Beschwerde erweist sich damit als begründet und ist gutzuheissen. Der Entscheid der Steuerrekurskommission vom 24. Oktober 2013 ist aufzuheben und der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung vom 19. Oktober 2012 zu bestätigen.
4.
Dem Verfahrensausgang entsprechend werden die unterliegenden Beschwerdegegner kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführerin, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 24. Oktober 2013 wird aufgehoben und der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt vom 19. Oktober 2012 bestätigt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kostenfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Fuchs