Faits:
A. X._, né en 1960, et Y._, née en 1967, se sont mariés sous le régime de la séparation des biens en 1998. De cette union sont issus deux enfants: A._, né en 2000, et B._, née en 2004.
L'époux est seul propriétaire de la maison familiale sise à Z._. Il réalise un revenu mensuel de 34'000 fr. Quant à l'épouse, elle n'a pas d'activité lucrative.
B. B.a Le 18 février 2010, Y._ a requis du Président du Tribunal civil d'arrondissement de la Veveyse des mesures protectrices de l'union conjugale, en produisant une convention signée par les deux époux et en demandant l'homologation de celle-ci. Chacun des époux a ensuite remis en question certains points de cette convention.
Par jugement du 22 juin 2010, le président a, notamment, attribué la jouissance du logement conjugal à Y._ jusqu'au 31 juillet 2011, à charge pour elle d'en assumer l'entier des frais, et condamné X._ au paiement d'une contribution mensuelle globale de 13'500 fr. en faveur de sa famille, allocations familiales en sus.
B.b Le 1er septembre 2010, Y._ a recouru contre ce jugement auprès du Tribunal civil d'arrondissement de la Veveyse, concluant, notamment, à l'octroi d'une contribution d'entretien mensuelle globale de 15'000 fr., allocations familiales en sus.
Par ordonnance du 3 septembre 2010, le président du tribunal a exigé de chaque partie une avance de frais de 750 fr., dans un délai péremptoire expirant le 4 octobre 2010.
L'époux a presté l'avance alors que l'épouse a requis, le 14 septembre 2010, puis le 1er octobre 2010, le versement d'une provisio ad litem de 10'000 fr.
B.c Le 21 juin 2011, X._ a requis du président de l'autorité saisie la ratification du contrat de vente à terme de la maison de Z._.
B.d Le 27 juin 2011, le Tribunal civil d'arrondissement de la Veveyse s'est dessaisi du recours déposé par Y._ et l'a transmis au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, lequel a admis sa compétence au vu de l'<ref-ruling>.
B.e Statuant le 28 mars 2012, la Cour d'appel civil du Tribunal cantonal a partiellement admis le recours.
Elle a augmenté la contribution à l'entretien de la famille fixée par le premier juge et l'a répartie entre l'épouse et chacun des enfants de la manière suivante, en distinguant trois périodes: du 15 mars 2010 au 31 août 2012, soit tant que l'épouse et les enfants demeuraient dans la maison familiale, dont l'époux assumait l'amortissement et les intérêts hypothécaires, les autres frais restant à charge de l'épouse, 875 fr. pour chacun des enfants et 11'900 fr. pour l'épouse; du 1er septembre 2012 au 31 décembre 2012, soit jusqu'à l'échéance du délai imparti à l'époux pour vendre ou louer la maison, 1'400 fr. pour chacun des enfants et 10'875 fr. pour l'épouse; dès le 1er janvier 2013, 1'400 fr. pour chacun des enfants et 13'775 fr. pour l'épouse.
Par ailleurs, la cour a rejeté la requête de provisio ad litem déposée par Y._ le 14 septembre 2010, réitérée le 1er octobre 2010, ainsi que la requête de ratification du contrat de vente déposée par X._ le 21 juin 2011.
C. Le 4 mai 2012, X._ interjette un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral contre cet arrêt pour en demander la réforme. Principalement, il conclut à ce que le recours déposé le 1er septembre 2010 par Y._ soit déclaré irrecevable et que sa requête du 21 juin 2011 soit admise. Subsidiairement, il conclut à ce qu'il contribue à l'entretien de sa famille par le versement d'une pension mensuelle globale de 8'333 fr. du 15 mars 2010 au 31 août 2012, puis de 13'500 fr. dès le 31 août 2012, allocations familiales en sus. A l'appui de ses conclusions principales, il se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application de l'art. 109 al. 2 ancien Code de procédure civile fribourgeois du 28 avril 1953 (ci-après: aCPC/FR). A l'appui de ses conclusions subsidiaires, il se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application des art. 8, 163, 176 CC et 4 al. 2 aCPC/FR.
Des observations n'ont pas été requises.
D. Par ordonnance présidentielle du 31 mai 2012, la requête d'effet suspensif de X._ a été admise pour les aliments dus jusqu'à la fin avril 2012 et rejetée au surplus.

Considérant en droit:
1. Le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2). Elle est finale selon l'<ref-law>, dès lors qu'elle met fin à l'instance sous l'angle procédural (<ref-ruling> consid. 4). Le recours a en outre pour objet une décision rendue par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (<ref-law>), dans une affaire de nature exclusivement pécuniaire, seule la contribution d'entretien étant encore litigieuse au fond, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>, <ref-law>), et il a été interjeté dans le délai légal (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente (<ref-law>), de sorte qu'il est recevable au regard de ces dispositions.
2. 2.1 Dès lors que les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5), seule peut être invoquée à leur encontre la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine un tel grief que s'il a été dûment invoqué et motivé (principe d'allégation; <ref-law>), à savoir exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 et les références). Le recourant qui se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours dispose d'une libre cognition; il ne saurait se contenter d'opposer son opinion à celle de la juridiction précédente, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable (<ref-ruling> et les références). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, une rectification ou un complément des constatations de fait n'entre en considération que si l'autorité précédente a violé des droits constitutionnels, les art. 95, 97 et 105 al. 2 LTF ne s'appliquant pas directement (<ref-ruling> consid. 7.1, 585 consid. 4.1). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision. Dans le domaine de l'appréciation des preuves et de la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 1b et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
3. Sont litigieuses, à titre principal, la recevabilité du recours cantonal déposé par l'épouse le 1er septembre 2010 (cf. infra consid. 4), et, à titre subsidiaire, la méthode de calcul appliquée à la pension de l'épouse (cf. infra consid. 5) ainsi que la charge de la preuve du niveau de vie antérieur (cf. infra consid. 6).
Dépourvue de toute motivation, la conclusion prise à titre principal tendant à l'admission de la requête en ratification du contrat de vente de la maison familiale doit être déclarée irrecevable (cf. supra consid. 2.1 in fine).
4. S'agissant de la recevabilité du recours cantonal déposé par l'épouse le 1er septembre 2010, le recourant prétend que la cour cantonale a appliqué de manière arbitraire l'art. 109 al. 2 aCPC/FR en entrant en matière alors que l'épouse n'a pas presté l'avance de frais ordonnée par le Président du Tribunal d'arrondissement le 3 septembre 2010, dans un délai péremptoire échéant le 4 octobre 2010.
4. S'agissant de la recevabilité du recours cantonal déposé par l'épouse le 1er septembre 2010, le recourant prétend que la cour cantonale a appliqué de manière arbitraire l'art. 109 al. 2 aCPC/FR en entrant en matière alors que l'épouse n'a pas presté l'avance de frais ordonnée par le Président du Tribunal d'arrondissement le 3 septembre 2010, dans un délai péremptoire échéant le 4 octobre 2010.
4.1 4.1.1 La décision attaquée devant elle ayant été communiquée aux parties avant le 1er janvier 2011, l'autorité cantonale a jugé le recours interjeté le 1er septembre 2010 à l'aune de l'ancien droit de procédure, notamment l'aCPC/FR (cf. <ref-law>), dont l'art. 109 al. 2 aCPC/FR, applicable par analogie à la procédure de recours (art. 109 al. 5 aCPC/FR). Selon cette norme, si l'avance de frais n'est pas faite dans le délai fixé, la demande n'est pas notifiée et la cause rayée du rôle, frais et dépens à charge du demandeur.
L'autorité cantonale a constaté que, par ordonnance du 3 septembre 2010, le Président du Tribunal d'arrondissement avait imparti à la recourante un délai péremptoire expirant le 4 octobre 2010, soit un an et demi auparavant, pour verser une avance de frais. La recourante n'avait ni presté l'avance, ni requis de prolongation de délai pour le paiement, mais elle avait déposé des requêtes de provisio ad litem. Malgré le non-paiement de l'avance de frais, le magistrat alors saisi avait transmis ce recours à l'autorité cantonale, comme objet de sa compétence, qui avait requis de l'intimé de déposer une réponse et cité les parties à comparaître le 7 février 2011. Au vu de ces circonstances, l'autorité cantonale a jugé que, dans le cas très particulier de la cause, ce serait faire preuve de formalisme excessif que de refuser d'entrer en matière sur le recours. Selon elle, la bonne foi attachée au comportement des autorités, qui ont continué à procéder sans relever le non-paiement, exigeait de passer outre le défaut d'avance de frais, ce d'autant plus que l'autorité qui avait fixé le délai n'était pas celle compétente pour statuer sur le recours. En outre, l'intérêt des parties à ce que la cause dans laquelle elles avaient engagé des opérations depuis plus d'un an et demi fût tranchée apparaissait, avec l'écoulement du temps, supérieur à celui de l'Etat à la couverture d'une partie des frais de justice présumés.
4.1.2 S'en prenant à cette motivation, le recourant soutient en substance, que, assistée d'un avocat et rendue attentive aux conséquences du défaut du paiement de l'avance de frais dans l'ordonnance du 3 septembre 2010, l'intimée savait qu'elle s'exposait à une décision de rayé du rôle en ne payant pas, que l'obtention d'une provisio ad litem ne la dispensait de toute façon pas de prester l'avance de frais, que l'art. 109 al. 2 aCPC/FR n'indiquait pas dans quel délai le défaut de paiement devait être relevé, et, enfin, que l'autorité cantonale a ignoré son intérêt à voir la cause rayée du rôle et l'organisation de la vie séparée régie par le jugement du 22 juin 2010 qu'il n'avait, pour sa part, pas attaqué. En conclusion, le recourant prétend qu'en ne déclarant pas le recours irrecevable, l'autorité cantonale a rendu une décision arbitraire.
4.2 Saisi d'un recours en matière civile au sens de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir d'examen limité, seule la violation des droits constitutionnels pouvant être invoquée; il peut procéder à une substitution de motifs pour autant que la nouvelle motivation, conforme à la Constitution, n'ait pas été expressément réfutée par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 4c/aa; arrêts 5A_651/2011 du 26 avril 2012 consid. 6.1.3.1, non publié aux ATF 138; 5A_652/2009 du 18 janvier 2010 consid. 1.4).
4.2.1 Selon la jurisprudence rendue en application des <ref-law> et 62 al. 3 LTF, la requête d'assistance judiciaire suspend le délai imparti pour payer l'avance de frais judiciaires et, en cas de rejet de cette requête, le tribunal doit accorder un délai supplémentaire pour effectuer cette avance. Tant qu'une décision sur l'assistance judiciaire n'a pas été prise, le tribunal ne peut exiger d'avance de frais et fixer de délai à cette fin (<ref-ruling> consid. 4.2 et les références).
Il s'agit-là de principes généraux, qui doivent également s'appliquer lorsqu'une partie requiert une provisio ad litem. En effet, la partie qui ne dispose pas des moyens suffisants pour assumer les frais d'un procès, mais dont le conjoint est en mesure de prendre en charge ces frais, ne peut pas requérir de l'Etat l'octroi de l'assistance judiciaire. De jurisprudence constante, le devoir de l'Etat d'accorder l'assistance judiciaire à un plaideur impécunieux dans une cause non dénuée de chances de succès est subsidiaire par rapport aux obligations d'assistance découlant du droit de la famille (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 3; arrêt 5C.42/2002 du 29 septembre 2002 consid. 6, non publié aux <ref-ruling>). La partie qui doit requérir une provisio ad litem de la part de son conjoint pour financer les frais du procès se trouve toutefois dans une situation identique à celle de la partie qui doit demander l'assistance judiciaire; sans cette aide financière, elle est privée de son droit à l'accès à la justice, garanti par la Constitution.
4.2.2 Il s'ensuit, en l'espèce, que la requête de provisio ad litem déposée par l'épouse le 14 septembre 2010, réitérée le 1er octobre 2010, a suspendu le délai échéant le 3 octobre 2010 pour faire l'avance de frais. L'autorité cantonale n'ayant pas statué séparément sur cette requête, mais ayant rejeté celle-ci dans son arrêt final sur le fond et les autres requêtes déposées de part et d'autre, le 28 mars 2012, elle n'aurait pu ni exiger d'avance de frais de l'épouse, ni lui fixer de délai à cette fin; elle ne l'a d'ailleurs pas fait. Le recours cantonal déposé par l'épouse le 1er septembre 2010 était donc recevable. Partant, le grief du recourant doit être rejeté par substitution des motifs qui précèdent.
5. Subsidiairement, au cas où le recours cantonal serait recevable, le recourant conclut à l'allocation d'une pension mensuelle globale en faveur de sa famille de 8'533 fr. du 15 mars 2010 au 31 août 2012, puis de 13'500 fr. par la suite. Il résulte néanmoins des motifs de son recours qu'il ne remet pas en cause la contribution d'entretien de 875 fr., puis de 1'400 fr., due à chacun des enfants, mais entend faire réduire celle de l'épouse à 5'533 fr. pour la première période, puis à 10'700 fr. par la suite. Il s'en prend à la méthode du minimum vital élargi avec répartition de l'excédent, que l'autorité précédente a utilisée pour fixer cette pension, soutenant qu'il y a lieu d'appliquer la méthode des dépenses effectives nécessaires au maintien du niveau de vie antérieur.
5.1 En cas de situation économique favorable, dans laquelle les frais supplémentaires liés à l'existence de deux ménages séparés sont couverts, l'époux créancier peut prétendre à ce que la pension soit fixée de façon telle que son train de vie antérieur, qui constitue la limite supérieure du droit à l'entretien, soit maintenu (<ref-ruling> consid. 3b; arrêts 5A_475/2011 du 12 décembre 2011 consid. 4.2; 5A_205/2010 du 12 juillet 2010 consid. 4.2.3). La comparaison des revenus et des minima vitaux est alors inopportune; il faut se fonder sur les dépenses nécessaires au maintien du train de vie (<ref-ruling> consid. 2), méthode qui implique un calcul concret (arrêt 5A_661/2011 du 10 février 2012 consid. 4.2.1; arrêt 5A_732/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2). Cela étant, lorsqu'il est établi que les époux ne réalisaient pas d'économies durant le mariage, ou que l'époux débiteur ne démontre pas qu'ils ont réellement fait des économies, ou encore qu'en raison des frais supplémentaires liés à l'existence de deux ménages séparés et de nouvelles charges, le revenu est entièrement absorbé par l'entretien courant, il est admissible de s'écarter d'un calcul selon les dépenses effectives des époux durant la vie commune. En effet, dans de tels cas, la méthode du minimum vital élargi avec répartition, en fonction des circonstances concrètes, de l'excédent entre les époux permet de tenir compte adéquatement du niveau de vie antérieur et des restrictions à celui-ci qui peuvent être imposées au conjoint créancier (arrêt 5A_860/2011 du 11 juin 2012 consid. 5.1; cf. pour une contribution après divorce : <ref-ruling> consid. 4.2.1.1).
5.2 Pour fixer la contribution d'entretien due à l'épouse, l'autorité cantonale a appliqué la méthode du minimum vital élargi avec répartition par moitié de l'excédent. Elle a justifié son choix en expliquant que le recourant avait certes allégué en première instance qu'il avait épargné, dans les cinq ans précédant la séparation, la somme de 605'761 fr. sous la forme d'un rachat de cotisations LPP et requis qu'il en soit tenu compte dans la détermination de la contribution d'entretien due à l'intimée, sans préciser néanmoins à hauteur de quel montant. Toutefois, le recourant n'avait établi ni qu'il avait effectué ces rachats au moyen des seuls revenus de son travail, ni qu'il continuerait à épargner.
5.3 Pour toute critique de la méthode appliquée, le recourant se borne à affirmer que l'autorité cantonale a retenu de manière arbitraire que les époux utilisaient chaque mois l'entier des revenus durant la vie commune alors qu'une partie de ceux-ci était vouée à l'épargne. Il déduit de cette affirmation que l'autorité ne devait pas appliquer la méthode du minimum vital élargi avec répartition par moitié de l'excédent, cette méthode ne rendant pas compte du style de vie adopté par les époux avant la séparation et conduisant à un transfert de fortune qui se répercute lors de la liquidation du régime matrimonial, mais celle des dépenses effectives nécessaires au maintien du niveau de vie antérieur.
Ce faisant, le recourant ne s'en prend pas à la constatation de l'autorité cantonale selon laquelle il n'a pas établi avoir effectué ses rachats LPP à l'aide de ses seuls revenus, constatation qui a amené cette autorité à appliquer la méthode critiquée.
Ainsi, le recourant n'ayant pas démontré le montant des économies qu'il auraient réalisées avec ses seuls revenus, l'autorité cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en appliquant la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent. Le grief du recourant doit dès lors être rejeté.
6. Dans ses autres griefs, le recourant se plaint d'arbitraire dans l'application de la maxime des débats, applicable selon le droit de procédure cantonale au rassemblement des faits nécessaires à déterminer la contribution d'entretien de l'épouse, et dans l'application de l'<ref-law> à l'établissement des dépenses nécessaires à maintenir le niveau de vie antérieur, dont la preuve incombait selon lui à l'intimée. Comme on l'a vu ci-dessus, le recourant n'a pas démontré que l'autorité cantonale a versé dans l'arbitraire dans le choix de la méthode de calcul précitée (cf. supra consid. 5.3). Ainsi, ses autres griefs, qui présupposent tous que l'autorité cantonale aurait dû en réalité appliquer la méthode des dépenses effectives, n'ont plus d'objet.
7. En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de son auteur (<ref-law>). L'intimée, qui n'a pas été invitée à déposer d'observations au fond, n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg Ie Cour d'appel civil.
Lausanne, le 8 août 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Achtari