Faits:
A. La société X._ SA, sise à B._, a pour but la gérance et l'administration de tous biens immobiliers et mobiliers.
Le 2 juillet 2004, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a notifié à la société un bordereau d'impôt cantonal pour la période fiscale 2001 qui fixait le bénéfice imposable à 79'726 fr., montant correspondant au bénéfice net selon le compte de pertes et profits. Le capital imposable s'élevait à 200'000 fr. Les impôts totaux dus étaient de 6'223 fr. 95.
X._ SA a déposé une réclamation à l'encontre de cette taxation. Elle reprochait au Service des contributions de n'avoir pas tenu compte d'une perte de 91'322 fr. résultant de l'exercice 1994. L'autorité de taxation l'avait pourtant prise en considération pour calculer la perte déduite lors de la taxation de la période fiscale 2000 dont il résultait un solde à reporter sur 2001 de 84'792 fr., indiqué sur le bordereau de la période fiscale 2000 (cf. infra point B). Refusant de déduire ce montant du bénéfice 2001, le Service des contributions a confirmé la taxation du 2 juillet 2004 pour l'impôt cantonal 2001 dans une décision sur réclamation du 6 décembre 2004.
La Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) a rejeté le recours de X._ SA relatif à l'impôt fédéral direct et à l'impôt cantonal et communal 2001 en date du 25 mai 2005.
B. Par arrêt du 3 février 2006, le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ SA. Il a constaté que, dans la décision de taxation de la période fiscale 2000, l'autorité de taxation avait effectivement admis une perte reportée de 136'157 fr. qui incluait la perte de 91'322 fr. de 1994, apparemment en se basant sur la déclaration d'impôt 2000 de la recourante, avec le résultat suivant:
Période fiscale
Bénéfice/perte selon PP (fr.)
Perte reportée des exercices précédents (fr.)
Bénéfice imposable/perte à reporter (fr.)
1993
(49'494)*
(49'494)
1994
(91'322)
(49'494)
(140'816)
1995
4'524
(140'816)
(136'292)
1996
135
(136'292)
(136'157)
1997
0
(136'157)
1998
0
(136'157)
1999
0
(136'157)
2000
51'365
(136'157)
(84'792)
* (69'494 fr.) + reprise de 20'000 fr.
Dans le cadre de la taxation 2001, l'autorité de taxation avait modifié son appréciation: c'était à tort qu'elle avait retenu les chiffres susmentionnés; elle aurait dû se baser sur ses décisions de taxations de 1994 à 1999 (dont aucune ne mentionnait de perte) plutôt que de reprendre, sans les vérifier, les chiffres donnés dans la déclaration 2000 de la recourante. Or, le solde de 84'792 fr. retenu pour 2001 provenait de la perte subie en 1994, année pour laquelle la société n'avait remis ni sa déclaration d'impôt ni ses comptes, de sorte qu'elle ne pouvait se prévaloir d'une perte reportée. Seules pouvaient être prises en compte les pertes reconnues par des taxations entrées en force. Or, les décisions de taxation des années 1994 à 1999, dont certaines étaient des taxations d'office, ne mentionnaient que l'imposition du capital et ne constataient ni bénéfice ni perte à faire valoir ultérieurement. Dès lors, aucune perte subie ces années-là n'aurait dû être reportée sur 2000 et, partant, ne devait l'être sur la période fiscale 2001. Pour faire valoir ses pertes, la recourante aurait dû déposer des déclarations d'impôt à temps et attaquer les décisions de taxation qu'elle contestait.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal et les décisions des autorités inférieures, et de dire que le bénéfice imposable pour l'impôt fédéral direct, l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001 est réduit de 79'726 fr. à 0 fr. Elle invoque une mauvaise application du droit fédéral et cantonal.
Le Service cantonal des contributions renonce à déposer des observations, tout en renvoyant à l'arrêt attaqué. La Commission cantonale de recours conclut au rejet du recours. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours et renvoie à l'arrêt du Tribunal cantonal.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 142).
La loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 p. 1205 ss, p. 1242). L'arrêt attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par la loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (<ref-law>).
1.1 En tant que la décision attaquée concerne l'impôt fédéral direct, elle est fondée sur le droit public fédéral: en conséquent, la voie du recours de droit administratif est ouverte en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11).
1.2 En ce qui concerne l'impôt cantonal et communal, conformément à l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou la loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), les décisions de dernière instance cantonale peuvent faire l'objet d'un recours de droit administratif devant le Tribunal fédéral, lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres deuxième à cinquième et sixième, chapitre premier de la loi sur l'harmonisation (<ref-ruling> consid. 1 p. 58) et concernent une période postérieure à l'échéance du délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de cette loi.
En l'occurrence, l'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance par le Tribunal cantonal (art. 153 bis de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976; ci-après: LF) et porte sur le report de pertes prévu par l'<ref-law> figurant au titre troisième de la loi sur l'harmonisation fiscale. En outre, le recours concerne l'imposition de la recourante pour la période fiscale 2001, soit une période fiscale postérieure au délai de l'<ref-law>. La voie du recours de droit administratif est dès lors ouverte en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 p. 591 ss).
1.3 La recourante prétend déduire de son bénéfice imposable arrêté à 79'726 fr., une perte reportée de 84'792 fr. Elle a un intérêt digne de protection au sens de l'art. 103 lettre a OJ à faire trancher le litige (a contrario: RDAF 2001 II 261 consid. 1, 2A.192/2000).
1.4 Le présent recours est irrecevable en tant qu'il conclut à l'annulation des décisions de la Commission cantonale de recours et du Service cantonal des contributions, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (<ref-ruling> consid. 2a p. 302/303).
1.5 Pour le surplus, le recours qui remplit les conditions des art. 103 ss OJ est recevable.
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 L'<ref-law> prévoit que les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (<ref-law>) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
2.2 Les contribuables doivent déposer une formule de déclaration d'impôt (<ref-law>). Celle-ci doit être remplie de manière conforme à la vérité et complète; le contribuable doit la signer personnellement et la remettre à l'autorité compétente avec les annexes prescrites dans le délai qui lui est imparti (<ref-law>). Les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale (<ref-law>).
L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (<ref-law>). Elle fixe, dans la décision de taxation, les éléments imposables (revenu imposable, bénéfice net imposable), le taux et le montant de l'impôt. En outre, elle indique aux sociétés de capitaux et aux sociétés coopératives le montant du capital propre établi après la taxation de l'impôt sur le bénéfice et la prise en compte des distributions de bénéfice (<ref-law>). Elle communique au contribuable les modifications apportées à sa déclaration au plus tard lors de la notification de la décision de taxation (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, l'autorité de taxation effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. En notifiant la taxation d'office, l'autorité fiscale doit mentionner, dans l'indication des voies de droit, la règle prévue à l'<ref-law>, soit l'obligation de motiver la réclamation, et les conséquences en cas d'inobservation (<ref-ruling> consid. 4f p. 559).
D'après l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 sur la perception d'un impôt fédéral direct (ci-après: AIFD; RO 56 2021), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1994 (cf. art. 85 à 87 AIFD), les obligations du contribuable étaient identiques (cf. art. 95 et art. 92 al. 1 AIFD).
2.3 Il ressort de la jurisprudence constante du Tribunal fédéral qu'une taxation en matière d'impôts directs ne revêt l'autorité de chose jugée que pour la période fiscale concernée; sous réserve du principe de la bonne foi, les circonstances de faits et de droit peuvent être appréciées différemment lors d'une période de taxation ultérieure. L'autorité de la chose jugée ne s'étend pas en principe aux motifs d'un arrêt, mais seulement au dispositif. Dès lors, les considérants, qui ne revêtent que la qualité de motifs, ne participent pas à l'autorité de la chose jugée, à l'inverse des éléments imposables (revenu imposable, bénéfice net et capital imposables), du taux de l'impôt et de son montant (cf. <ref-law>; RDAF 2001 2 p. 261 ss consid. 1 b)bb) p. 262, 2A.192/2000, Archives 37 p. 67 ainsi que les arrêts et les auteurs cités).
2.4 La recourante prétend que les bordereaux de l'impôt fédéral direct 1993/1994, 1995 et 1996 portent la mention "taxation ordinaire" pour le premier et "taxation définitive" pour les deux derniers et, dès lors, qu'il ne s'agit pas de taxations d'office. Ainsi, ces décisions de taxation, prises en considération pour le calcul du montant de la perte reportée déductible en 2001, qui ne mentionnent ni bénéfice imposable ni perte, devraient être considérées comme des taxations ordinaires.
En ce qui concerne les années 1994 à 1996, le dossier ne comporte, outre les bordereaux précités, que les décisions de taxation à l'exception d'autres documents; n'y figurent notamment ni déclarations d'impôt, ni comptes, ni les éventuelles sommations. Il est donc impossible de reconstituer exactement le déroulement de la procédure de taxation. Il n'est pourtant pas contesté que la recourante n'a pas déposé à temps les déclarations d'impôt pour lesdites années. Conformément aux dispositions susmentionnées, elle aurait dès lors été taxée d'office, comme cela ressort des bordereaux pour l'impôt cantonal des années en question. Toutefois, les bordereaux de l'impôt fédéral direct 1993/1994, 1995 et 1996 ne mentionnent pas qu'il s'agit de taxations d'office. Ceux-ci ne sont cependant pas les originaux mais uniquement des imprimés d'écran fournis par le Service des contributions en 2005 apparemment à la demande de la recourante. Il n'est donc pas possible de vérifier s'ils attiraient l'attention de la contribuable sur les conséquences d'une taxation d'office, conformément aux exigences légales (cf. consid. 2.2).
Au vu de ce qui précède, il n'est pas établi que des taxations d'office pour l'impôt fédéral direct 1993/1994, 1995 et 1996 aient été notifiées en bonne et due forme. Il faut donc admettre qu'il s'agit de taxations ordinaires. Par contre, contrairement à ce que soutient la recourante, les éventuels défauts de forme des décisions en cause n'entraînent pas leur nullité (Hugo Casanova, Le rappel d'impôt, in: RDAF 1999 II 3 ss p. 9). Il suffit que leurs lacunes ne provoquent pas de désavantage pour l'intéressée. Celle-ci a reçu les décisions de taxation pour les années en question et ces décisions étaient en principe attaquables. Si la recourante les estimait inexactes ou incomplètes, il lui appartenait d'agir par les voies de droit à sa disposition (art. 99 AIFD et <ref-law>), ce qu'elle n'a pas fait. Les décisions de taxation des années fiscales 1993/1994, 1995 et 1996 sont donc entrées en force.
Dans la mesure où il s'agissait de taxations ordinaires et que, pour les années 1994 à 1999, le bénéfice imposable de l'exercice était de zéro, la recourante n'était pas légitimée à recourir contre le calcul d'une perte reportée non déductible faute de bénéfice suffisant (RDAF 2001 II 261, 2A.192/2000). Par ailleurs, la perte reportée ne doit pas être mentionnée dans la taxation selon l'<ref-law> et ne fait pas partie du dispositif; en règle générale, elle n'acquiert, dès lors, pas l'autorité de chose jugée. En l'espèce, le calcul de la perte reportée ne pouvait pas être contesté avant 2000 puisque, pour les années 1994 à 1999, le bénéfice imposable était de zéro. La taxation 2000 - dans laquelle une déduction de 51'365 fr. a été admise comme perte reportée - n'a pas été contestée et est entrée en force. Cela n'exclut pas que la perte reportée à déduire du bénéfice dans la taxation 2001 soit réexaminée au profit ou au désavantage soit du fisc, soit de la recourante.
A cet égard, la recourante se trompe lorsqu'elle affirme que le solde de la perte reportée de 84'792 fr. de la période fiscale 2000 [bénéfice 2000: 51'365 fr. ./. perte reportée: (136'157 fr.) = (84'792 fr.)] doit impérativement être repris lors de la période fiscale 2001. Comme susmentionné (consid. 2.3), chaque période fiscale étant indépendante, et les circonstances de faits et de droit pouvant être appréciées différemment d'une période à l'autre, l'autorité de taxation pouvait déterminer la perte reportée déductible du bénéfice de l'exercice 2001 indépendamment du calcul opéré lors de la période fiscale 2000, si cela se justifiait.
3. 3.1 La recourante estime que la perte reportée des sept exercices précédant la période fiscale 2001, dont celle de 91'322 fr. subie en 1994, devrait être portée en déduction du bénéfice net de l'exercice 2001, ce qui donnerait le résultat suivant:
Bénéfice de l'exercice 2001 79'726 fr.
Perte reportée (84'792 fr.)
Bénéfice imposable/Perte (5'066 fr.)
En outre, la somme de 84'792 fr. correspond au solde de perte non déduite de la période fiscale 2000.
3.2 Conformément à l'<ref-law>, les pertes de 1994 à 2000 sont déductibles du bénéfice de l'exercice, la période fiscale en cause étant 2001. Les bordereaux 1994 à 1999 ne comportaient aucune mention d'un impôt sur le bénéfice, c'est-à-dire ni de l'éventuel bénéfice ou perte de l'exercice des années concernées, pas plus que d'un bénéfice imposable. En 2000, la recourante a réalisé un bénéfice de 51'365 fr.
En ce qui concerne la perte de l'exercice 1993 de 49'494 fr. invoquée par la recourante, elle ne saurait être prise en compte. En effet, elle n'a pas été subie dans les sept exercices précédant la période fiscale 2001 (<ref-law>). De toute façon, elle a été déduite en intégralité du bénéfice de l'exercice 2000.
Quant à la perte de 1994, elle pourrait entrer en ligne de compte puisqu'elle a été subie dans les sept ans précédant 2001. Toutefois, la recourante n'a pas rempli ses obligations de procédure de manière que l'autorité fiscale puisse établir si les conditions de l'<ref-law> sont réunies et n'a pas prouvé le montant de la perte dont elle demande la déduction (art. 108 al. 2 OJ). Elle n'a produit ni la déclaration d'impôt ni les comptes de 1994 qui attesteraient la perte de 91'322 fr., année dont il résulterait un solde de perte à prendre en considération en 2001. Aucun élément nouveau n'a ainsi été fourni par l'intéressée. Dès lors, il n'y a pas lieu de prendre en considération, dans le calcul du résultat imposable en 2001, la perte revendiquée de 91'322 fr. subie en 1994 et le grief de la recourante doit être rejeté.
II. Impôts cantonal et communal
4. Conformément à l'<ref-law>, l'art. 88 al. 1 LF prévoit que les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 105 LF) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
5. Le recourant revendique, pour les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2001, la déduction de la perte reportée d'un montant de 84'792 fr. du bénéfice de 79'726 fr. de l'exercice 2001.
Le droit cantonal prévoit un système de report de pertes identique au système fédéral. En outre, comme pour l'impôt fédéral direct, le canton du Valais applique le système postnumerando pour les impôts cantonal et communal (art. 105 et 106 LF). En conséquence, les considérations développées ci-dessus pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal (cf. consid. 3).
A la différence des bordereaux d'impôt fédéral direct, ceux pour l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 1994 à 1996 précisent qu'il s'agissait de taxations d'office. Or, ces documents ne mentionnent aucune perte. Par ailleurs, la recourante n'a pas établi non plus l'existence d'une telle perte dans le cadre de la procédure de taxation de 2001. Dès lors, dans la mesure où la contribuable n'a pas rempli ses devoirs de procédure - qui sont les mêmes qu'au niveau fédéral (cf. consid. 2.2 et art. 132 ss LF) - il n'y a pas lieu d'admettre la déduction d'une perte en 2001.
6. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1 OJ). Elle n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
3. Un émolument judiciaire de 2'500 fr. est mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au représentant de la recourante, au Service cantonal des contributions, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 16 février 2007
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: