Sachverhalt:
A. B._, geboren 1967, war als Chauffeuse bei der Firma P._ AG angestellt und arbeitete nebenbei als Hauswartin für den Hauseigentümerverband Z._ sowie als PT-Washer/Hiker für die Autovermietung X._ AG. Am 20. April 2006 erlitt sie einen Unfall, als sie in Ausübung ihrer Tätigkeit als Chauffeuse beim Entladen ihres Lastwagens am Flughafen W._ von der etwa 1,5 m hohen Rampe stürzte. Sie fiel dabei auf den Hinterkopf und den Rücken. Nach der Erstversorgung im Airport Medical Center (Bericht vom 22. September 2006) wurde sie über Nacht zur neurologischen Überwachung im Spital L._ hospitalisiert (Bericht vom 21. April 2006). Es wurden eine commotio cerebri und ein Hämatom occipital diagnostiziert. Nach einmonatiger 100%iger Arbeitsunfähigkeit nahm B._ ihre Tätigkeit als Chauffeuse am 29. Mai 2006 wieder auf. An diesem ersten Arbeitstag erlitt sie erneut einen Unfall. Am Steuer ihres Lastwagens verlor sie das Bewusstsein und kollidierte mit einem Stützpfeiler. In der Folge litt sie unter persistierenden Nacken- und Kopfschmerzen. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher sie für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach, stellte die Versicherungsleistungen indessen nach einem Aufenthalt der Versicherten in der Rehaklinik Y._ (vom 6. Dezember 2006 bis zum 8. Februar 2007) und einer kreisärztlichen Untersuchung vom 10. Juli 2007 mit Verfügung vom 6. September 2007 und Einspracheentscheid vom 3. April 2008 per 30. September 2007 ein mit der Begründung, dass die geklagten Beschwerden nicht mehr in adäquat-kausalem Zusammenhang mit den erlittenen Unfällen stünden.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 5. Dezember 2008 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihr auch über den 30. September 2007 hinaus die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Beschwerdeführerin reicht letztinstanzlich neue Arztberichte ein. Gemäss <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dies gilt auch auch im Verfahren um Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- und Unfallversicherung (BGE 8C_934/2008 vom 17. März 2009). Diese Voraussetzung ist hier nicht erfüllt. Dr. med. M._ hatte sich bereits in einem ausführlichen audio-neurootologischen Bericht vom 27. August 2007 geäussert; bei den übrigen Stellungnahmen handelt es sich um Arztzeugnisse, die sich im Wesentlichen zur Arbeitsfähigkeit äussern. Die letztinstanzlich eingereichten Beweismittel sind daher unbachtlich.
4. Das kantonale Gericht hat die medizinischen Akten einlässlich und sorgfältig gewürdigt und ist gestützt auf die Rechtsprechung zu den Unfallfolgen bei Schleudertraumen zu Recht zum Schluss gelangt, dass die noch geklagten Beschwerden zumindest nicht in adäquat-kausalem Zusammenhang mit den erlittenen Unfällen stünden.
5. Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, sie leide unter organischen Unfallfolgen, weshalb die Schleudertrauma-Praxis nicht zur Anwendung gelangen könne. Dabei beruft sie sich auf den Bericht des Dr. med. M._ vom 27. August 2007 und beantragt eventualiter die Anordnung einer interdisziplinären Begutachtung.
5.1 Rechtsprechungsgemäss sind die mit der Untersuchungsmethode der dynamischen Posturographie, welche zur Abklärung nicht fassbarer Gleichgewichtsstörungen eingesetzt wird, gewonnenen Erkenntnisse insofern begrenzt, als sie keine Informationen zur Ätiologie dieser Störungen und damit zur allfälligen Unfallkausalität liefern. Aus dem Umstand, dass Dr. med. M._ die geklagten Gleichgewichtsstörungen objektiviert hat, kann die Beschwerdeführerin somit nichts zu ihren Gunsten ableiten. Selbst wenn diese Beschwerden erst nach dem Unfall aufgetreten sind, kann daraus nicht der Schluss gezogen worden, dass sie durch den Unfall verursacht worden seien, denn die Argumentation "post hoc ergo propter hoc" ist beweisrechtlich nicht zulässig (vgl. <ref-ruling> E. 2b/bb S. 341 f.; SVR 2008 UV Nr. 11 S. 34, U 290/06 E. 4.2.3). Anhaltspunkte für andere organische Schädigungen bestehen nicht; so wurden auch keine Befunde erhoben, die für eine von einem Fazettengelenk ausgehende Symptomatik kennzeichnend oder verdächtig wären (vgl. die ärztliche Beurteilung des Dr. med. E._, SUVA Versicherungsmedizin, vom 10. März 2008). Damit sind unfallbedingte organische Beschwerden nicht ausgewiesen.
5.2 Im Übrigen können beweismässige Weiterungen bezüglich der natürlichen Kausalität der geklagten Beschwerden unterbleiben, wenn die adäquate Kausalität zu verneinen ist (Urteil 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2 Ingress).
6. Zu prüfen bleibt damit die Adäquanz der organisch nicht ausgewiesenen Beschwerden, nachdem nicht erstellt ist, dass organisch objektive Beschwerden vorliegen, welche auch natürlich-kausal zum Unfallereignis stehen. Diese Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ist mit dem kantonalen Gericht nach der Rechtsprechung zu den Unfällen mit Schleudertrauma vorzunehmen.
6.1 Gemäss <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. ist zu prüfen, ob, ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf, ein leichter, mittlerer oder schwerer Unfall vorliegt. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte beziehungsweise indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden.
6.2 In diesem Zusammenhang wird beschwerdeweise geltend gemacht, dass es sich beim Unfall vom 20. April 2006 um einen mittelschweren Fall im Grenzbereich zu den schweren Unfällen handle. Dem kann mit Rücksicht darauf, dass diesbezüglich allein der augenfällige Geschehensablauf massgebend ist (oben E. 6.1; vgl. auch SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1), und mit Blick auf vergleichbare Fälle nicht gefolgt werden, sind nach der Praxis doch Unfälle, bei welchen ein Sturz aus einer gewissen Höhe als Ursache vorliegt, regelmässig dem mittleren Bereich zuzuordnen (vgl. RKUV 1998 Nr. U 307 S. 448, U 169/97 E. 3a; Urteil 8C_396/2007 vom 30. Mai 2008 E. 3.3). Soweit sich die Beschwerdeführerin auf medizinische Unterlagen (beziehungsweise deren Unvollständigkeit) beruft, ist anzumerken, dass diese allenfalls Aufschluss über den natürlichen Kausalzusammenhang zu erbringen vermöchten, was indessen für den Verfahrensausgang nicht entscheidend ist (oben E. 5.2). Die Rechtsfrage nach dem adäquaten Kausalzusammenhang lässt sich damit jedoch nicht beantworten. Mit der Vorinstanz ist der Unfall vom 20. April 2006 damit dem mittleren Bereich zuzuordnen.
6.3 Zu den zu berücksichtigenden Kriterien hat sich das kantonale Gericht einlässlich und zutreffend geäussert und einzig das Kriterium der erheblichen Beschwerden als erfüllt erachtet; es kann auf die diesbezüglichen Erwägungen verwiesen werden. Die Beschwerdeführerin erhebt dagegen keine Einwände.
6.4 Zusammengefasst fehlt es bei den noch geklagten Beschwerden, soweit sie objektivierbar sind, an der natürlichen Kausalität, soweit sie organisch nicht ausgewiesen sind, an der adäquaten Kausalität zu .
6.5 3den erlittenen Unfällen. Weitere Abklärungen erübrigen sich daher und Verwaltung und Vorinstanz haben eine über den 30. September 2007 hinaus gehende Leistungspflicht der SUVA zu Recht verneint.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo