Sachverhalt:
A.
Mit Baugesuch vom 1. Oktober 2012 beantragten X._ und Y._ die Erteilung einer Baubewilligung für den Neubau eines Mehrfamilienhauses auf Parzelle 1449 in Flims Dorf. Dagegen erhob die Helvetia Nostra Einsprache. Der Gemeindevorstand Flims trat auf die Einsprache am 13. November 2012 mangels Legitimation nicht ein und erteilte gleichentags die Baubewilligung.
Diese enthält eine Auflage zur Lenkung des Zweitwohnungsbaus. Danach beträgt die geplante Bruttogeschossfläche (BGF) des Neubaus 640 m2, der Anteil der altrechtlichen Wohnung 140 m2 und der Anteil der deklarierten Erstwohnung (im Erdgeschoss) 117 m2. Somit ergibt sich eine restliche BGF (Zweitwohnung) von 393 m2, welche dem Kontingent unterstellt sei. Mit dem Neubau dürfe im Jahr 2015 begonnen werden.
B.
Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mangels Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra am 11. Dezember 2012 nicht ein.
Im Übrigen ging es davon aus, dass <ref-law> erst auf Baubewilligungen anwendbar sei, die nach dem 1. Januar 2013 erteilt würden. Daraus ergebe sich, dass auch in Gemeinden wie Flims, in denen die kritische Grenze von 20 % Zweitwohnungen überschritten sei, im Jahr 2012 noch Baubewilligungen für Zweitwohnungen nach bisherigem Recht erteilt werden durften.
C.
Dagegen erhob die Helvetia Nostra am 28. Januar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter sei die dem Projekt von X._ und Y._ in Flims erteilte Baubewilligung aufzuheben.
D.
Mit Verfügung vom 25. Februar 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt und das Verfahren bis zum Vorliegen eines Grundsatzentscheids des Bundesgerichts zur Frage der Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra und der Anwendbarkeit von <ref-law> und <ref-law> sistiert.
E.
Am 22. Mai 2013 fällte das Bundesgericht die ersten Leitentscheide: Es bejahte die Beschwerdebefugnis der Helvetia Nostra (<ref-ruling>) sowie die direkte Anwendbarkeit von <ref-law> und <ref-law> ab dem 11. März 2012 (<ref-ruling> und 263).
Mit Verfügung vom 1. Juli 2013 wurde das Verfahren wieder aufgenommen.
F.
Die Beschwerdegegner beantragen, die Sache sei zu materieller Prüfung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie gehen davon aus, dass ihr Bauvorhaben bewilligungsfähig sei, weil es sich um den Ersatz einer bestehenden Zweitwohnung handle und die Erweiterung des Baus als Erstwohnung genutzt werde. Hinzu komme, dass eine touristische Bewirtschaftung des "Überschusses" der erweiterten Zweitwohnung im Baubewilligungsverfahren als Auflageoption zur Erteilung der Bewilligung geltend gemacht worden sei.
Die Gemeinde und das Verwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Die Plafonierung des Zweitwohnungsbaus gemäss <ref-law> stellt eine Bundesaufgabe dar, die der Schonung der Natur und des heimatlichen Landschaftsbildes dient. Die nach Art. 12 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) beschwerdebefugten Organisationen im Bereich des Natur- und Heimatschutzes - zu denen auch die Helvetia Nostra gehört - können daher Baubewilligungen wegen Verletzung von <ref-law> und seiner Übergangs- und Ausführungsbestimmungen anfechten (<ref-ruling> E. 11 S. 276 ff.). Das Verwaltungsgericht und die Gemeinde Flims haben somit die Einsprache- und Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin zu Unrecht verneint.
2.
Das Verwaltungsgericht ging überdies davon aus, dass die neuen Verfassungsbestimmungen nicht anwendbar seien auf Baubewilligungen, die zwischen dem 11. März 2012 und dem 31. Dezember 2012 erstinstanzlich erteilt wurden (<ref-law> e contrario).
Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> (E. 9-11 S. 249 ff.) entschieden, dass <ref-law> seit seinem Inkrafttreten am 11. März 2012 anwendbar ist. Zwar bedarf diese Bestimmung in weiten Teilen der Ausführung durch ein Bundesgesetz. Unmittelbar anwendbar ist sie jedoch insoweit, als sie (in Verbindung mit <ref-law>) ein Baubewilligungsverbot für Zweitwohnungen in allen Gemeinden anordnet, in denen der 20 %-Zweitwohnungsanteil bereits erreicht oder überschritten ist. Dies hat zur Folge, dass Baubewilligungen für Zweitwohnungen, die zwischen dem 11. März und dem 31. Dezember 2012 in den betroffenen Gemeinden erteilt wurden, auf Beschwerde aufzuheben sind.
3.
Nach dem Gesagten steht fest, dass der angefochtene Entscheid aufzuheben ist. Fraglich ist, ob die Sache an das Verwaltungsgericht oder - unter Mitaufhebung des Einspracheentscheids und der Baubewilligung - an die erste Instanz, d.h. an die Gemeinde, zurückzuweisen ist (<ref-law>).
Für letztere Lösung spricht der Umstand, dass die Gemeinde zu Unrecht auf die Einsprache der Helvetia Nostra nicht eingetreten ist, sich also noch nicht mit deren Einwänden befasst hat.
Hinzu kommt, dass das Bauvorhaben in der ursprünglichen Form jedenfalls insofern gegen <ref-law> verstösst und nicht bewilligt werden kann, als die für Zweitwohnungen genutzte BGF um 393 m2 erhöht wird.
Zwar machen die Beschwerdegegner geltend, das geplante Mehrfamilienhaus z.T. mit bewirtschafteten Zweitwohnungen realisieren zu wollen. Dies setzt jedoch Modifikationen des Baugesuchs voraus, zu denen der Helvetia Nostra im Einspracheverfahren das rechtliche Gehör gewährt werden muss.
4.
Unter diesen Umständen erscheint es sinnvoll, in Gutheissung des Eventualantrags der Beschwerdeführerin den Einspracheentscheid und die Baubewilligung aufzuheben und die Sache an die Gemeinde zurückzuweisen.
Wollen die Beschwerdegegner an ihrem Bauvorhaben festhalten, müssen sie das Baugesuch mit den nötigen Angaben ergänzen. Verzichten sie dagegen auf das Baugesuch, kann die Gemeinde einen Abschreibungsbeschluss erlassen und darin auch ihre Kosten neu verlegen.
5.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt die Beschwerdeführerin. Die privaten Beschwerdegegner werden daher kostenpflichtig, und zwar sowohl für das bundesgerichtliche Verfahren (<ref-law>) als auch für das Verfahren vor Verwaltungsgericht (<ref-law>).
Zwar haben sie weder vor Verwaltungsgericht noch vor Bundesgericht die Abweisung der Beschwerde beantragt. Sie haben jedoch durch die Einreichung des Baugesuchs das Verfahren veranlasst und sind deshalb im vorliegenden Verfahren notwendigerweise Gegenpartei bzw. Beschwerdegegner; als solche tragen sie grundsätzlich das Prozess- und Kostenrisiko (<ref-ruling> E. 3c S. 158). Im Übrigen hatten sie schon im Einspracheverfahren Nichteintreten auf die Einsprache beantragt.
Die Beschwerdeführerin war weder vor Verwaltungsgericht noch vor Bundesgericht anwaltlich vertreten, weshalb ihr praxisgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 11. Dezember 2012, der Einspracheentscheid des Gemeindevorstands Flims vom 13. November 2012 sowie die Baubewilligung vom 13. November 2012 werden aufgehoben. Die Sache wird im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde Flims zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- für das bundesgerichtliche Verfahren und Fr. 1'033.-- für das verwaltungsgerichtliche Verfahren werden den Beschwerdegegnern (X._ und Y._) auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Flims und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber