Fatti:
A. Il 3 ottobre 2006 la Commissione federale delle case da gioco ha chiesto alla Casinò Locarno SA, titolare di una concessione di tipo B, di abbandonare l'utilizzo della locuzione "Grand Casinò Locarno" nella propria denominazione corrente. Secondo l'autorità tale modifica s'imponeva in virtù della sentenza del 29 marzo precedente con cui il Tribunale federale aveva ordinato ad una società che pure gestiva una casa da gioco con concessione B di tralasciare l'aggettivo "Grand" nella propria ragione sociale (<ref-ruling>). Il 15 febbraio 2007 la Casinò Locarno SA ha risposto di non essere intenzionata ad adottare alcun provvedimento, rilevando in particolare che la sentenza del Tribunale federale non riguardava l'uso del termine controverso in un semplice logo o marchio aziendale.
B. Con decisione del 13 settembre 2007 la Commissione federale delle case da gioco ha allora vietato alla Casinò Locarno SA di usare la denominazione "Grand Casinò Locarno" e le ha concesso un termine di tre mesi dalla crescita in giudicato per eliminare ogni apparenza di questa dicitura. Su ricorso dell'interessata, con sentenza del 29 settembre 2008 il Tribunale amministrativo federale, Corte II, ha confermato la pronuncia di prima istanza.
C. Il 30 ottobre 2008 la Casinò Locarno SA ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale con cui, oltre all'annullamento del giudizio del Tribunale amministrativo federale, chiede, in via principale, di constatare la nullità della decisione emanata dalla Commissione federale delle case da gioco e, in via subordinata, di annullare pure questa decisione. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi.
La Commissione federale delle case da gioco propone di respingere il ricorso. Il Tribunale amministrativo federale ha invece comunicato di rinunciare a pronunciarsi.
D. Con decreto presidenziale del 24 novembre 2008 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame.

Diritto:
1. 1.1 Il ricorso concerne una causa di diritto pubblico (<ref-law>) che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law> ed è diretto contro una decisione finale (<ref-law>) resa dal Tribunale amministrativo federale (<ref-law>). Presentato in tempo utile (<ref-law>) dalla destinataria del giudizio contestato, che ha un interesse degno di protezione all'annullamento del medesimo (<ref-law>), il gravame è pertanto di massima ammissibile.
Un'eccezione va tuttavia ravvisata nella misura in cui la ricorrente domanda che sia constatata la nullità, rispettivamente che sia annullata anche la decisione emanata dalla Commissione federale delle case da gioco. In virtù dell'effetto devolutivo della procedura ricorsuale tale decisione è infatti stata sostituita dalla sentenza del Tribunale amministrativo federale. Soltanto quest'ultima pronuncia può quindi costituire l'oggetto dell'impugnativa (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1).
1.2 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare venir censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>), nozione che comprende anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Di principio il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (<ref-law>) e non è quindi vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente. La violazione di diritti fondamentali è per contro esaminata unicamente se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
L'accertamento dei fatti può venir contestato soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio è determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). Se non ricorrono questi presupposti, che possono indurre anche ad una rettifica o a una completazione d'ufficio (<ref-law>), il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>).
2. 2.1 L'art. 8 della legge federale del 18 dicembre 1998 sul gioco d'azzardo e sulle case da gioco (Legge sulle case da gioco, LCG; RS 935.52) suddivide le case da gioco in due categorie: i gran casinò ed i kursaal. I primi, ovvero le case da gioco al beneficio di una concessione di tipo A, offrono giochi da tavolo e apparecchi automatici per i giochi d'azzardo (art. 8 cpv. 1 LCG), mentre i secondi, con concessione di tipo B, possono offrire al massimo tre giochi da tavolo nonché apparecchi automatici per i giochi d'azzardo con un minor potenziale di vincita e di perdita (art. 8 cpv. 2 LCG).
2.2 Come rilevato nella già citata sentenza pubblicata in <ref-ruling>, i termini di gran casinò e di kursaal sono stati introdotti a livello parlamentare per rendere più immediata la distinzione tra le due tipologie di struttura rispetto alle definizioni tecniche di casa da gioco di categoria A e di categoria B (<ref-ruling> consid. 3.2.1; BU 1997 CS 1312). Considerato il significato ben preciso attribuito dal legislatore alle due locuzioni menzionate, il Tribunale federale ha concluso che la denominazione Grand Casinò deve essere riservata alle società in possesso di una concessione A (<ref-ruling> consid. 3.2.2).
Nel caso allora in esame ha perciò imposto alla Grand Casinò Admiral SA, che gestiva a Mendrisio una casa da gioco con licenza di tipo B, di cambiare la propria ragione sociale, abbandonando l'aggettivo "Grand". Tale menzione disattendeva infatti le regole sulla formazione delle ditte commerciali, segnatamente i principi di veridicità e di divieto d'inganno sanciti dall'<ref-law> e dall'art. 38 cpv. 1 dell'ordinanza del 7 giugno 1937 sul registro di commercio, allora in vigore (aORC; RU 1937 602; cfr. l'Allegato n. I all'ordinanza del 17 ottobre 2007 sul registro di commercio, ORC; RS 221.411; <ref-ruling> consid. 4.2).
3. 3.1 Nella fattispecie, la ragione sociale della ricorrente è conforme alla terminologia prevista dall'art. 8 LCG, in quanto non contiene l'aggettivo "Grand". È tuttavia incontestato che l'insorgente stessa si fregia della denominazione di "Grand Casinò Locarno" nell'insegna affissa all'esterno e all'interno dei locali aziendali nonché nei prospetti pubblicitari, nelle pagine web o ancora sulla propria carta intestata. Tale utilizzo quale insegna e quale nome commerciale è suscettibile di creare confusione nel pubblico, quanto all'offerta di giochi proposta, alla stessa stregua dell'aggiunta del termine "Grand" nella ditta commerciale. Di per sé non vi è quindi alcun motivo plausibile per limitare il divieto d'uso di tale aggettivo alle ragioni sociali delle titolari di una concessione B e non estenderlo pure all'appellativo usuale o al logo con cui queste ultime si indirizzano in generale all'utenza.
3.2 L'autorità di prima istanza ha dedotto questa interdizione anche nel caso concreto dalle regole sulle ditte commerciali, segnatamente dal già citato art. 38 cpv. 1 aORC, in relazione con gli art. 47 e 48 aORC (RU 1997 2231). L'art. 47 aORC, ripreso attualmente dall'<ref-law>, obbliga le società ad indicare in modo completo e senza modifiche la ditta iscritta nel registro di commercio nelle proprie lettere nonché in talloncini di ordinazione, fatture e comunicazioni. Tale norma ammette certo l'utilizzo complementare di abbreviazioni, simboli, nomi commerciali, insegne o indicazioni analoghe, ma tali denominazioni non devono ovviamente indurre il pubblico in errore (MARTINA ALTENPOHL, in Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3a ed. 2008, n. 4 ad <ref-law>). In caso contrario potrebbero addirittura risultare adempiuti gli estremi del reato penale previsto dall'<ref-law>.
3.3 Ora, l'utilizzo dell'appellativo "Grand Casinò" da parte della ricorrente, esclusivo in alcuni contesti ed in forma perlomeno ambigua congiuntamente alla ragione sociale in altri, può effettivamente configurare una violazione dell'art. 47 aORC, rispettivamente dell'<ref-law>. Si tratta infatti di un nome commerciale che ha un significato giuridico ben diverso dal solo sostantivo "Casinò" utilizzato nella ragione sociale e che designa una categoria di case da gioco a cui la ricorrente non appartiene. Tuttavia non v'è bisogno di esulare dalle normative specifiche in materia di case da gioco per ammettere l'esistenza di un'infrazione. Diversamente da quanto addotto nell'impugnativa, il comportamento dell'insorgente può infatti essere ritenuto contrario già allo stesso art. 8 LCG, nonché, come sostenuto nella prima comunicazione dell'autorità di vigilanza, agli art. 2 e 33 LCG.
In effetti, è vero che l'art. 8 LCG definisce innanzitutto i due tipi di case da gioco, ma non è errato ritenere che di riflesso ponga anche dei limiti nelle denominazioni di cui queste possono servirsi per identificarsi. Da par suo, l'art. 2 cpv. 1 lett. a LCG annovera tra gli scopi della legge quello di garantire una gestione sicura e trasparente dei giochi. La ricorrente sostiene che l'esigenza di trasparenza riguarda l'integrità degli enti che partecipano alla casa da gioco al fine di evitare problemi di criminalità e di riciclaggio. In realtà il concetto di trasparenza nella gestione dei giochi ha una portata più generale e può senz'altro anche implicare che i casinò non devono suscitare dubbi in merito ai giochi da loro proposti, dubbi che sono invece alimentati dall'utilizzo della denominazione "Grand Casinò" da parte di una casa da gioco con concessione B. Inoltre il divieto di fare pubblicità importuna prescritto dall'art. 33 LCG non può essere circoscritto all'obiettivo di limitare gli effetti socialmente nocivi del gioco, come addotto nel ricorso. Importuna può infatti essere considerata qualsiasi forma di pubblicità inveritiera o ambigua quanto alla natura della casa da gioco. Infine, come ritenuto dall'istanza precedente, non è nemmeno infondato ammettere che una società titolare di una concessione di tipo B che utilizza nell'insegna e nel nome corrente l'aggettivo "Grand" non offra tutte le garanzie per un'attività irreprensibile ai sensi dell'art. 12 cpv. 1 lett. a LCG.
3.4 Considerato che il comportamento rimproverato alla ricorrente si avvera lesivo anche della legge sulle case da gioco, può evidentemente rimanere indecisa la questione, sollevata nel gravame, di sapere se la Commissione federale delle case da gioco abbia la competenza di imporre provvedimenti sulla base di altre disposizioni, segnatamente dell'ordinanza sul registro di commercio.
Giova comunque osservare che la Commissione federale delle case da gioco ha il compito di sorvegliare le case da gioco e di vigilare sul rispetto delle prescrizioni legali (art. 48 cpv. 1 LCG) ed è tenuta a prendere le misure necessarie al ripristino dello stato legale non solo in caso di violazione della legge sulle case da gioco, ma anche di altre irregolarità (art. 50 cpv. 1 LCG). Nello stesso senso anche l'atto di concessione rilasciato alla ricorrente indica espressamente che quest'ultima è tenuta a rispettare tutte le disposizioni legali, elencando peraltro le normative più pertinenti e non limitando questa lista alla legge e all'ordinanza sulle case da gioco. Ne consegue che perlomeno laddove vi è il rischio concreto di compromettere la realizzazione degli scopi della legislazione in materia di case da gioco, la relativa Commissione federale può fondare un suo intervento anche sulla violazione di una norma legale estranea a tale ordinamento specifico.
3.5 La ricorrente lamenta pure la violazione della garanzia costituzionale alla tutela della buona fede (<ref-law>). Rileva infatti che sin dal 2003, e quindi in numerose occasioni, si è sempre rivolta alla Commissione federale delle case da gioco utilizzando la carta intestata ed il logo con la dicitura "Grand Casinò Locarno". A suo giudizio per atti concludenti la Commissione avrebbe quindi accettato questa denominazione che ella, in buona fede, poteva ritenersi autorizzata ad utilizzare. Tant'è vero, prosegue, che ha proceduto ad ingenti investimenti in materiale, la cui sostituzione, con l'eliminazione del logo attuale, comporterebbe una spesa di circa fr. 300'000.---.
3.5.1 Orbene, è innegabile che fino al mese di ottobre del 2006 l'autorità di vigilanza non ha mai criticato l'uso della denominazione "Grand Casinò" da parte dell'insorgente. Del resto, l'autorità stessa riconosce che l'ordine controverso rappresenta un cambiamento della propria prassi. Secondo giurisprudenza e dottrina, un simile cambiamento può essere attuato se si fonda su motivi seri ed oggettivi, quali la conoscenza più esatta dalle intenzioni del legislatore, la modifica delle circostanze o l'evoluzione dei costumi (<ref-ruling> consid. 5.3.3; <ref-ruling> consid. 4). In concreto, alla base della prassi più rigorosa vi è la sentenza del Tribunale federale relativa al casinò di Mendrisio, che ha sensibilizzato la Commissione federale delle case da gioco sulla portata della distinzione e dell'uso dei termini di grand casinò e di kursaal, menzionati all'art. 8 LCG. La modifica intervenuta si fonda pertanto su una più attenta ed approfondita conoscenza della ratio legis ed è quindi di massima ammissibile.
3.5.2 All'applicazione in un caso specifico di una nuova prassi fondata su motivi di per sé validi può comunque ostare il diritto alla protezione della buona fede (<ref-ruling> consid. 5.1; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5a ed. 2006, n. 515). Detta garanzia costituzionale tutela l'affidamento legittimo riposto nelle assicurazioni ricevute da un'autorità o in un determinato comportamento suscettibile di fondare precise aspettative (<ref-ruling> consid. 3.2.2; <ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 4.1). Affinché in virtù di tale principio si possa pretendere di ottenere un vantaggio contrario alla disciplina usuale, occorre tra l'altro che l'interessato non abbia potuto rendersi immediatamente conto dell'inesattezza dell'informazione ricevuta o dell'irregolarità del comportamento a cui si appella (DTF <ref-ruling> consid. 6.1; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, op. cit., n. 657).
Nella fattispecie può per certi versi sorprendere che, nonostante i numerosi contatti diretti e l'utilizzazione mai sottaciuta della qualifica "Grand Casinò" da parte della ricorrente, la Commissione federale delle case da gioco abbia tollerato questa pratica per oltre tre anni. Ciò non toglie che l'abuso commesso fregiandosi di questa denominazione poteva e doveva apparire sin dall'inizio evidente. Il preciso significato dell'appellativo "Gran Casinò" caratterizzante una delle due categorie di case da gioco è infatti definito in maniera esplicita ed inequivocabile già dalla normativa legale. Per coglierne il senso non occorreva la sentenza del Tribunale federale addotta come motivo dall'autorità per giustificare l'abbandono della propria prassi indulgente. In effetti questa sentenza non ha posto un principio giurisprudenziale interpretando disposizioni silenti o di difficile comprensione, ma ha essa stessa riconosciuto che "il tenore dell'art. 8 LCG ... è formulato in modo chiaro e scevro di ogni ambiguità" (<ref-ruling> consid. 3.2.1).
Di conseguenza, indipendentemente dall'attitudine assunta dalla Commissione federale delle case da gioco, la ricorrente non poteva in buona fede ritenere di essere abilitata a qualificarsi quale "Grand Casinò". Ragionevolmente essa non può che aver speculato sull'inazione dell'autorità di vigilanza per suscitare nella potenziale utenza l'impressione di disporre di una concessione di tipo A, consapevole tuttavia che il titolo di "Grand Casinò" era riservato a questa categoria di case da gioco. D'altronde non risulta che abbia mai chiesto in maniera precisa ed esplicita all'autorità se poteva fregiarsi di tale denominazione. La censura di violazione del diritto alla tutela della buona fede si avvera pertanto priva di fondamento.
3.6 Il provvedimento litigioso non risulta infine lesivo nemmeno del principio di proporzionalità (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 7.2; <ref-ruling> consid. 3.5.1). Il termine di tre mesi dalla crescita in giudicato della decisione fissato dall'autorità di prima istanza per adattare tutte le scritte in cui compaiono il logo e la dicitura "Grand Casinò Locarno" appare infatti adeguato allo scopo di interesse pubblico che questa misura persegue. Questa conclusione s'impone tanto più se si considera che la ricorrente non poteva ignorare l'ambiguità connessa all'utilizzo di tale nome e che tra il primo invito a regolarizzare la situazione e l'adozione della decisione formale da parte dell'autorità di sorveglianza è comunque trascorso già quasi un anno. L'interessata avrebbe quindi dovuto gestire gli investimenti nel materiale con la scritta "Gran Casinò" tenendo conto del rischio di dover un giorno procedere ad una modifica ed ha in ogni caso avuto un certo tempo per ammortizzare le spese sostenute ed esaurire le riserve degli oggetti di consumo su cui figura detta scritta. Ciò vale a maggior ragione al momento attuale, dopo circa due anni e mezzo dalla prima segnalazione da parte della Commissione federale delle case da gioco.
4. In base alle considerazioni che precedono, il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, deve pertanto essere respinto.
Secondo soccombenza, le spese processuali vanno poste a carico della ricorrente (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Commissione federale delle case da gioco e al Tribunale amministrativo federale, Corte II.