Faits:
A. Par arrêt du 18 septembre 2008 et complément du 18 mai 2009, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a notamment condamné F._, pour blanchiment d'argent, à une peine privative de liberté de 486 jours, avec sursis pendant trois ans, à une peine pécuniaire ferme de 54 jours-amende au montant de 340 fr. par jour et au paiement des frais de la cause à hauteur de 59'073 fr.
Cette condamnation repose, en résumé et pour l'essentiel, sur les éléments suivants.
A.a En 1999, le gouvernement de l'Etat de Rio de Janeiro a constitué une nouvelle entité de contrôle fiscal des grandes sociétés implantées dans l'Etat, soit l'Inspectorat des grands contribuables, qui était dirigé par A._ et chargé du redressement fiscal desdites entreprises, comprenant tant l'encaissement des impôts soustraits que les amendes y relatives. Cette structure rapportait plus de 80 % de la recette fiscale de l'Etat précité.
Les agents de cette structure ont rapidement mis en place un système pour obtenir des sociétés inspectées qu'elles versassent des pots-de-vin en échange d'arrangements sur les amendes et redressements à encaisser par l'administration. En bref, ils désignaient un inspecteur qui se rendait dans les locaux de l'entreprise et lui demandait de produire divers documents à bref délai, sous peine d'amende. La brièveté du délai imparti avait pour but et conséquence de mettre l'entreprise dans l'impossibilité de l'observer, ce qui entraînait une série d'amendes et, avec la mise sous pression de la société, créait les conditions utiles au chantage. Apparaissait alors un intermédiaire étranger à l'administration fiscale, venant proposer à la société un accord de clôture d'inspection et/ou de remise finale d'amende contre paiement d'un pot-de-vin. Par l'acceptation de cet accord, l'entreprise voyait l'inspection clôturée, ce qui lui permettait, d'une part, d'éviter de payer de nouvelles amendes et, d'autre part, d'échapper à un redressement fiscal plus important.
Par arrêt du 19 septembre 2007, le Tribunal régional fédéral de la 2ème région, statuant en appel, a confirmé la condamnation des trois agents fiscaux A._, B._ et C._, pour corruption passive notamment.
A.b A._, B._ et C._ ont transféré, par le biais des services d'un changeur, l'argent issu du système de corruption exposé ci-dessus sur des comptes ouverts auprès de la banque D._, dont le siège était à Genève et qui disposait de succursales à Zurich et Lugano.
Cette banque a été dissoute sans liquidation le 26 juin 2002, la banque E._ en ayant repris l'actif et le passif. Elle comprenait un Conseil d'administration et son Comité du Conseil, un Comité de la Direction générale, un Comité de Direction locale pour chacune des succursales, un Comité de conformité, un organe de révision interne, des services juridiques et de compliance auprès du siège comme des succursales, ainsi que des chefs de groupe, des gestionnaires et des assistants gestionnaires. La banque D._ agissait également par ses Bureaux de représentation à l'étranger, fonctionnant notamment comme pourvoyeurs d'affaires.
A.c Le Comité de Direction locale de la succursale de Zurich était notamment composé de X._, directeur du 1er janvier 2000 au 19 juin 2002, et de F._, directeur adjoint et chef du groupe Amérique latine et Brésil I du 1er janvier 1991 au 19 juin 2002. G._ en était le secrétaire.
Le 30 mai 2000, ce dernier a attiré l'attention du Comité de Direction locale sur le fait que A._ était mentionné comme auditeur fiscal pour deux comptes et vendeur de machines agricoles pour un troisième. La question de la possibilité de l'exercice d'une activité accessoire pour un agent public PEP était ainsi posée. De même, l'existence de transferts internes exécutés en faveur d'autres fonctionnaires fiscaux et l'importance des avoirs en compte étaient également relevées.
Le 9 février 2001, le Comité de Direction locale a pris connaissance du tableau établi par G._ montrant l'accroissement des avoirs des clients « fonctions publiques » entre le 1er janvier 2000 et le 5 février 2001. Ainsi, les avoirs de B._ avaient augmenté de 330.10% à près de 6'000'000 USD, ceux de A._ de 257% à plus de 10'000'000 USD sur un compte, son deuxième compte présentant un solde supérieur à 1'000'000 USD et le troisième un montant dépassant 400'000 USD. Les avoirs de C._, déposés sur deux comptes, dépassaient 2'300'000 USD. Les membres du Comité de la Direction locale ont alors chargé F._ de contacter le représentant à Rio de Janeiro pour lui demander des informations complémentaires sur A._. Les éléments disponibles laissaient pourtant déjà présumer que les fonds des agents brésiliens pouvaient avoir une origine criminelle.
Lors des quatre séances suivantes, soit les 13, 20, 27 février et 6 mars 2001, les membres du Comité de la Direction locale n'ont pas abordé la question des comptes des fiscalistes brésiliens. A l'occasion de la séance du 13 mars 2001, ils ne pouvaient que constater qu'ils n'avaient reçu aucune réponse aux questions soulevées par les comptes des agents susmentionnés. Ils devaient par conséquent soumettre ces cas au Comité de Direction générale, ce qu'ils n'ont toutefois pas fait, violant leurs obligations et empêchant de la sorte que les comptes fussent annoncés au Bureau de communication et les avoirs bloqués. Ces manquements se sont perpétués jusqu'à la fusion de la banque D._ avec la banque E._, le 19 juin 2002
B. F._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il a conclu à sa libération de la poursuite, l'action pénale étant prescrite, subsidiairement, à son acquittement, et, plus subsidiairement, à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause au Tribunal pénal fédéral pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Il a également demandé à ce que la constitution de partie civile de la République fédérale du Brésil soit écartée. Il a enfin requis l'effet suspensif en ce qui concerne sa condamnation à une peine pécuniaire ferme.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié par les moyens invoqués. Il n'examine cependant pas toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, mais uniquement celles qui sont soulevées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.2). Pour les griefs de violation des droits constitutionnels, les exigences de motivation sont accrues. Conformément à l'<ref-law>, ceux-ci ne peuvent être examinés que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant. Pour de tels griefs, l'exigence de motivation correspond à celle qui résultait de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 6).
2. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint d'une violation du droit d'être entendu et du droit à obtenir une décision motivée.
2.1 Le droit d'être entendu, garanti notamment par la disposition précitée, implique que l'autorité motive sa décision, afin que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent son prononcé, de manière à ce que l'intéressé puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient. Elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540).
2.2 Le recourant estime que le Tribunal pénal fédéral aurait pu motiver sa décision de manière plus claire et lui reproche de n'avoir examiné sa culpabilité que sur deux pages à peine.
Ce faisant, l'intéressé se limite à critiquer, de manière toute générale, la motivation de l'arrêt entrepris, sans toutefois se soumettre aux exigences de forme prescrites par l'<ref-law>. Il n'indique pas en quoi les éléments invoqués, soit le manque de clarté et l'absence de longue considération sur sa culpabilité, l'auraient empêcher de comprendre et d'attaquer utilement la décision entreprise. Le grief est par conséquent irrecevable.
2.3 Le recourant reproche à la Cour des affaires pénales de ne pas avoir explicité la forme de culpabilité retenue, ni exposé les motifs pour lesquels elle avait conclu à la réalisation de l'intention.
L'autorité précédente a notamment constaté que, dès la séance du Comité de Direction locale du 1er mars 1999, le recourant était informé des montants sur les comptes de deux des agents brésiliens, que son message du 28 juin 2000 adressé au Bureau de représentation à Rio de Janeiro montrait clairement qu'il avait envisagé que les fonds de A._ provinssent de la corruption et que tout le monde d'ailleurs savait que les avoirs du prénommé relevaient du cas douteux. Ainsi, la Cour des affaires pénales a exposé les éléments retenus pour assoir sa conviction quant à la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction retenue. Le grief est donc vain.
3. Invoquant une violation des art. 34, 210 al. 3 et 211 PPF, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral d'avoir admis la constitution de partie civile de la République fédérale du Brésil. Il estime, en bref, que cet Etat ne saurait être considéré comme lésé dans ses intérêts individuels par l'infraction de corruption.
3.1 L'art. 34 PPF prévoit qu'aux termes de la présente loi, sont considérés comme parties l'inculpé, le procureur général et tout lésé qui se constitue partie civile. L'art. 210 al. 3 PPF dispose que dans les cas où le jugement complet des prétentions civiles exigerait un travail disproportionné, le tribunal peut se limiter à adjuger l'action civile dans son principe et renvoyer le lésé pour le reste devant les tribunaux civils. Dans la mesure du possible, il doit cependant juger complètement des prétentions de faible importance. Selon l'art. 211 PPF, le lésé doit se constituer partie civile au plus tard à l'ouverture des débats.
Par lésé, il faut entendre la personne qui prétend être atteinte, immédiatement et personnellement, dans ses droits protégés par la loi, par la commission d'une infraction (<ref-ruling> consid. 2a p. 43-44; <ref-ruling> consid. 2a p. 136). Ainsi, en cas de délits contre des particuliers, le lésé est le titulaire du bien juridique protégé. Lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 99; <ref-ruling> consid. 1c p. 188; <ref-ruling> consid. 3). Le Tribunal fédéral a admis que les actes de blanchiment punissables au sens de l'<ref-law> pouvaient fonder une responsabilité civile de l'auteur à l'égard de la personne lésée par l'infraction principale, dont le produit avait été blanchi (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 323 ss).
3.2 En l'espèce, les actes de blanchiment ont porté sur des sommes issues d'opérations de corruption par des agents du fisc de l'Etat de Rio de Janeiro (cf. supra consid. A.a). Selon les faits retenus, l'intégralité des fonds déposés sur les comptes en Suisse par trois de ces agents, à savoir A._, B._ et C._, provient de cette corruption, puisqu'obtenue sous forme de pots-de-vin versés par des entreprises inspectées aux fonctionnaires précités en échange de la clôture de l'inspection et de rabais sur les montants effectivement dus à l'Etat. Ainsi, par le système mis en place par ses propres employés, l'Etat a manifestement subi un dommage dans la mesure où ces derniers ont détourné des rentrées fiscales qui devaient en réalité lui revenir. Par ailleurs, de manière générale, la corruption d'agents publics pervertit le processus de décisions au sein de l'administration, dessert l'intérêt public et affaiblit l'Etat. Par conséquent, on peut admettre que, dans le cas particulier, l'Etat a été lésé. Le grief doit donc être rejeté.
4. Le recourant se plaint d'une violation du principe de la célérité au sens des art. 29 Cst. et 6 CEDH.
4.1 L'art. 29 al. 1 Cst. garantit notamment à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. A l'instar de l'art. 6 par. 1 CEDH, qui n'offre, à cet égard, pas une protection plus étendue, cette disposition consacre le principe de la célérité, en ce sens qu'elle prohibe le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie constitutionnelle lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 331).
Pour déterminer la durée du délai raisonnable, il y a lieu de se fonder sur des éléments objectifs. Doivent notamment être pris en compte le degré de complexité de l'affaire, l'enjeu que revêt le litige pour l'intéressé ainsi que le comportement de ce dernier et des autorités compétentes. L'attitude de l'intéressé s'apprécie avec moins de rigueur en procédure pénale et administrative qu'en procédure civile. Celui-ci doit néanmoins entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence. Par ailleurs, on ne saurait reprocher à l'autorité quelques temps morts, qui sont inévitables dans une procédure. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activité intense peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires. Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute. Celles-ci ne sauraient donc exciper des insuffisances de leur organisation judiciaire (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 56 s.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 332).
Une violation du principe de célérité doit en principe être prise en compte au stade de la fixation de la peine. Le plus souvent, elle conduit à une réduction de la peine, parfois même à l'abandon de la poursuite (<ref-ruling> consid. 2a p. 140 s.). Il incombe au juge d'indiquer comment et dans quelle mesure il a tenu compte de cette circonstance (<ref-ruling> consid. 3 et 4 p. 126 ss).
4.2 Le recourant fait valoir que les faits pénalement relevant à la base de la présente procédure ont commencé le 22 septembre 2001 et que plus de 7 ans se sont écoulés entre les faits et le jugement attaqué. Il soutient que la durée de 5 ans pour mener l'instruction, puis d'une année pour rendre le jugement, malgré le prescrit de l'art. 180 PPF, ne sont pas raisonnables.
A elles seules, ces allégations ne suffisent pas à faire admettre une durée déraisonnable de la procédure. Encore faudrait-il qu'il soit établi que la durée de celle-ci ne se justifie pas au vu des critères à prendre en considération pour apprécier son caractère raisonnable. Le recourant n'en fait aucune démonstration. En particulier, il n'établit pas que la procédure d'instruction aurait été d'une durée excessive au vu des investigations à mener, ni qu'elle aurait comporté des temps morts d'une durée choquante. Il n'établit pas non plus que l'autorité de jugement serait, sans raison suffisante, demeurée inactive durant une longue période, le jugement entrepris étant volumineux, incluant de nombreux coaccusés et l'examen de multiples pièces. Par ailleurs, l'art. 180 PPF, qui prévoit que la rédaction du jugement motivé doit être achevée, en règle générale, dans les dix jours dès le prononcé, n'institue qu'un délai d'ordre. Une violation du principe de la célérité n'est dès lors pas démontrée à suffisance de droit, ce qui entraîne l'irrecevabilité du grief.
Au demeurant, supposé recevable, le grief devrait être écarté. En effet, la Cour des affaires pénales a constaté, dans le cadre de la fixation de la peine, qu'un temps relativement long s'était écoulé depuis la commission des faits qui étaient reprochés à l'intéressé. En conséquence, la décision rendue est conforme au droit quant à son résultat et ne viole pas les art. 47 et 48 CP.
5. Le recourant invoque l'arbitraire dans l'établissement des faits.
5.1 Une décision est arbitraire et donc contraire à l'art. 9 Cst. lorsqu'elle viole clairement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou contredit de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si sa décision apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision soient insoutenables, il faut encore que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; 134 consid. 5.4 p. 148).
5.2 Le recourant conteste avoir été responsable de l'Amérique latine et plus particulièrement du groupe Brésil II, dont faisaient partie les comptes des fiscalistes brésiliens.
Selon les faits retenus, le recourant, gestionnaire senior, était responsable du groupe Amérique latine, comprenant les sous-groupes Brésil I, Brésil II et Latam. Il était également chef du sous-groupe Brésil I.
Le recourant, s'il conteste avoir été responsable du groupe Brésil II, ne démontre toutefois pas en quoi cette constatation serait arbitraire dans le résultat, soit susceptible de modifier la décision entreprise. En effet, selon les faits retenus, le recourant doit répondre de ses omissions à double titre, soit, d'une part, comme directeur adjoint de la succursale et, d'autre part, comme chef du groupe Amérique latine et du groupe Brésil I. Ainsi, en qualité de directeur adjoint du Comité de Direction locale, il lui appartenait de veiller à ce que, dans sa succursale, les directives internes relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux, la réglementation anti-blanchiment ainsi que les directives sur les clients potentiels ou les clients existants, qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays, soient appliquées correctement. Il lui incombait également, en application des Directives internes relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 29 juin 1998, d'examiner au moins une fois par année les comptes dont le Comité avait autorisé l'ouverture afin de s'assurer que le compte n'était pas utilisé à des fins illicites, respectivement que les fonds provenant sur le compte n'avaient pas une origine illicite. En vertu des Directives sur les clients potentiels ou les clients existants qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays du 6 juillet 1998, il devait aussi soumettre les cas suspects au Comité de Direction générale pour décision quant à la communication de ces comptes ou à leur blocage. Par ailleurs, il résulte clairement du déroulement des événements tels qu'exposés notamment aux pages 99 et 100 de l'arrêt entrepris, que le recourant a effectivement pris une part active dans l'examen des comptes des agents brésiliens. Dans ces conditions, on ne voit pas, et le recourant ne l'explique pas davantage, en quoi le fait contesté serait susceptible de modifier la solution retenue. La critique est donc vaine.
6. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant conteste avoir eu une position de garant au sein de la banque, dès lors qu'aucune obligation légale ou contractuelle ne lui était imposée. Il soutient que, dans l'organisation de la banque, il n'avait aucun rôle à jouer en matière de lutte contre le blanchiment et n'était d'ailleurs pas responsable des comptes des fiscalistes brésiliens.
6.1 Aux termes de l'<ref-law>, celui qui aura commis un acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales dont il savait ou devait présumer qu'elles provenaient d'un crime, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Le blanchiment d'argent peut être commis par n'importe qui, la disposition précitée n'apportant aucune restriction quant à l'auteur de l'infraction. Si cette dernière a été commise au sein d'une entreprise, il convient d'examiner les responsabilités individuelles compte tenu de la division et de la répartition interne des tâches.
Le blanchiment d'argent est une infraction de mise en danger abstraite et non pas de résultat (<ref-ruling> consid. 7a p. 131; <ref-ruling> consid. 3a p. 25 s.). Le comportement délictueux consiste à entraver l'accès de l'autorité pénale au butin d'un crime, en rendant plus difficile l'établissement du lien de provenance entre la valeur patrimoniale et le crime. Il peut être réalisé par n'importe quel acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de la valeur patrimoniale provenant d'un crime (<ref-ruling> consid. 2 p. 215; <ref-ruling> consid. 1a p. 243). Ainsi, le fait de transférer des fonds de provenance criminelle d'un pays à un autre constitue un acte d'entrave (ATF <ref-ruling> consid. 2b/cc p. 24 et 3b p. 26). De même, le recours au change est un moyen de parvenir à la dissimulation de l'origine criminelle de fonds en espèces, qu'il s'agisse de convertir les billets dans une monnaie étrangère ou d'obtenir des coupures de montants différents (cf. U. CASSANI, Commentaire du droit pénal suisse, partie spéciale, vol. 9, n° 37 ad <ref-law>).
6.2 Le blanchiment d'argent peut aussi être réalisé par omission si l'auteur se trouvait dans une position de garant qui entraînait pour lui une obligation juridique d'agir (cf. Message concernant la modification du code pénal suisse du 12 juin 1989 in FF 1989 II p. 983; J. ACKERMANN, Geldwäscherei, in Kommentar Band I, n° 371 et les références citées). En effet, selon l'<ref-law>, un crime ou un délit peut aussi être commis par un comportement passif contraire à une obligation d'agir. Tel est le cas, d'après l'alinéa 2 de cette disposition, lorsque l'auteur n'empêche pas la mise en danger ou la lésion du bien juridique protégé, bien qu'il y soit tenu à raison de sa situation juridique, notamment en vertu de la loi, d'un contrat, d'une communauté de risques ou de la création d'un risque. N'importe quelle obligation juridique ne suffit pas. Il faut qu'elle ait découlé d'une position de garant, c'est-à-dire que l'auteur se soit trouvé dans une situation qui l'obligeait à ce point à protéger un bien déterminé contre des dangers indéterminés (devoir de protection), ou à empêcher la réalisation de risques connus auxquels des biens indéterminés étaient exposés (devoir de surveillance), que son omission peut être assimilée au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 259 s.).
Ainsi, pour déterminer si un délit de commission par omission a été réalisé, il faut rechercher si la personne à laquelle l'infraction est imputée se trouvait dans une situation de garant. La question de savoir si un intermédiaire financier peut, de par sa seule passivité et indépendamment de tout autre acte, se rendre coupable d'une violation de l'<ref-law> n'a encore jamais été tranchée par le TF et est controversée en doctrine.
6.2.1 Avant l'entrée en vigueur de la nouvelle Loi fédérale concernant la lutte contre le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme dans le secteur financier du 10 octobre 1997 (LBA; RS 955.0), les auteurs ont, de manière générale, répondu négativement à cette question. Se référant à l'<ref-ruling> - qui exclut qu'un témoin puisse se rendre coupable d'entrave à l'action pénale sous la forme d'un délit par omission improprement dit, en refusant de nommer un inconnu suspecté d'avoir commis une infraction aux règles de la circulation et qui l'a chargé de réparer le dommage causé lors d'un accident dans lequel il était seul impliqué - G. ARZT estime que la violation de l'obligation d'annonce ne crée pas une responsabilité pénale du banquier, seul un fonctionnaire pouvant être reconnu coupable de blanchiment par omission (G. ARZT, Das schweizerische Geldwäschereiverbot im Lichte amerikanischer Erfahrungen, in RPS 1989 p. 192). CH. GRABER suit l'avis précité, estimant que l'infraction de blanchiment par omission ne peut être commise que par un fonctionnaire et non un employé de banque qui viole l'obligation d'annonce contenue dans son cahier des charges (CH. GRABER, Geldwäscherei, Dissertation, Berne 1990, p. 137). Il admet toutefois, comme d'autres auteurs, que le supérieur hiérarchique qui sait que ses employés commettent des actes de blanchiment et ne fait rien pour les en empêcher, peut se rendre coupable de blanchiment par omission, son devoir d'agir découlant alors de son devoir de surveillance (cf. CH. GRABER, op cit, p. 138; U. CASSANI, op cit, ad art. 305bis n° 44; S. TRECHSEL et al., Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, ad art. 305bis, n° 20). Selon U. CASSANI, n'importe quel citoyen, fût-il un professionnel de la finance, n'a pas un devoir juridique spécial d'agir pour sauvegarder les intérêts de la justice. En matière bancaire, le réviseur a toutefois, en application de l'ancienne loi sur les banques, le devoir de dénoncer l'infraction constatée à la Commission fédérale des banques (art. 21 al. 4 aLB), qui a elle-même le devoir d'avertir les autorités pénales compétentes en application de l'art. 23ter al. 4 aLB. Lorsque les personnes physiques agissant au sein de l'organe de révision ou de la Commission fédérale des banques s'abstiennent de dénoncer les actes de blanchiment constatés, la question d'une violation par abstention de l'art. 305bis peut alors se poser (U. CASSANI, op cit, n° 43 ad art. 305bis).
Suite à l'entrée en vigueur de la LBA, une partie des auteurs répond toujours négativement à la question de savoir si un intermédiaire financier peut se rendre coupable d'une violation de l'<ref-law> par omission. Ainsi, M. PIETH estime que l'obligation de communiquer au sens de l'<ref-law>, dont la violation est sanctionnée séparément à l'<ref-law>, ne fonde pas un devoir juridique d'agir du financier (M. PIETH, Basler Kommentar, Strafrecht II, ad <ref-law>, n° 45 p. 2217). CH. EGGER TANNER soutient le même avis, relevant que, même si les intermédiaires financiers doivent, par le biais de l'<ref-law>, participer à la lutte de l'Etat contre le blanchiment, le devoir d'annonce ne fait pas partie intégrante de leurs obligations professionnelles (CH. EGGER TANNER, Die strafrechtliche Erfassung der Geldwäscherei, Ein Rechtsvergleich zwischen der Schweiz und der Bundesrepublik Deutschland, Dissertation, 1999 p. 137). En revanche, B. CORBOZ admet que, selon la LBA, les intermédiaires financiers sont, dans une certaine mesure, tenus de collaborer à la lutte contre le blanchiment et, dans cette limite, ont une position de garant (B. CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, ad <ref-law> n° 23). J. ACKERMANN considère également que celui qui est responsable, selon l'organigramme de la banque, des questions de blanchiment et qui n'annonce pas le cas, viole son contrat de travail et son cahier des charges et peut ainsi se rendre coupable de blanchiment par omission (J. ACKERMANN, in SCHMID (Hrsg.), Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen und Geldwäscherei, Bd I, Zurich 1998, ad art. 305bis StGB, n° 385).
6.2.1.1 La LBA, en vigueur depuis le 1er avril 1998, définit les règles auxquelles sont astreints les intermédiaires financiers en matière de lutte contre le blanchiment d'argent. Ceux-ci ont désormais des obligations de diligence (art. 3 à 8 LBA) et des devoirs en cas de soupçons de blanchiment d'argent (art. 9 à 11 LBA).
Ainsi, en application de l'<ref-law>, l'intermédiaire financier est tenu d'identifier l'objet et le but de la relation d'affaires souhaitée par le cocontractant. L'étendue des informations à collecter est fonction du risque que représente le cocontractant. L'<ref-law> prévoit une obligation d'établir et de conserver les documents relatifs aux transactions effectuées ainsi qu'aux clarifications requises. L'<ref-law> précise que les intermédiaires financiers prennent dans leur domaine les mesures nécessaires pour empêcher le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme. Ils veillent notamment à ce que leur personnel reçoive une formation suffisante et à ce que des contrôles soient effectués. Selon l'<ref-law>, l'intermédiaire financier informe immédiatement le Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent au sens de l'art. 23 (bureau de communication), s'il sait ou présume, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec une des infractions mentionnées aux art. 260ter, ch. 1, ou 305bis CP, proviennent d'un crime, sont soumises au pouvoir de disposition d'une organisation criminelle ou servent au financement du terrorisme (art. 260quinquies, al. 1, CP). Aux termes de l'<ref-law>, l'intermédiaire financier doit bloquer immédiatement les valeurs patrimoniales qui lui sont confiées si elles ont un lien avec les informations communiquées en vertu de l'art. 9 (al. 1). Il maintient le blocage des avoirs jusqu'à la réception d'une décision de l'autorité de poursuite pénale compétente, mais au maximum durant cinq jours ouvrables à compter du moment où il a informé le bureau de communication (al. 2).
6.2.1.2 La Commission fédérale des banques (ci-après: CFB) a établi des directives relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 26 mars 1998 (ci-après: Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux). Ces directives, applicables à la période concernée, prévoient notamment ce qui suit:
Les intermédiaires financiers ne doivent pas accepter d'avoirs d'origine criminelle. Les organes ou les employés desdits intermédiaires financiers se rendent coupables de blanchiment de capitaux s'ils acceptent, gardent en dépôt ou aident à placer ou à transférer des valeurs patrimoniales, dont ils savent ou doivent présumer qu'elles proviennent d'un crime (<ref-law>). Les intermédiaires financiers ne doivent pas accepter des fonds dont ils savent ou doivent présumer qu'ils proviennent de la corruption ou de détournements de fonds publics. Ils doivent dès lors examiner avec une attention particulière s'ils veulent entrer en relations d'affaires, accepter et garder des avoirs appartenant, directement ou indirectement, à des personnes exerçant des fonctions publiques importantes pour un Etat étranger ou à des personnes et sociétés qui, de manière reconnaissable, leur sont proches. Les intermédiaires financiers doivent, dans le cadre des conditions fixées par la circulaire, éclaircir l'arrière-plan économique et le but d'une transaction ou d'une relation d'affaires lorsque, d'une part, elles paraissent inhabituelles ou, d'autre part, des indices permettent de soupçonner que des valeurs patrimoniales proviennent d'un crime ou qu'une organisation criminelle exerce un pouvoir de disposition sur ces valeurs. Lorsque l'intermédiaire financier sait ou présume, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec une infraction au sens de l'<ref-law>, qu'elles proviennent d'un crime ou qu'une organisation criminelle exerce un pouvoir de disposition sur ces valeurs, il doit en informer sans délai le Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent. L'obligation de communiquer vaut également si un client refuse de coopérer aux clarifications exigées par les directives (cf. Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux, p. 6 ss).
6.2.1.3 Les Directives internes de la banque D._ relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 29 juin 1998, entrées en vigueur le 1er juillet 1998, prévoyaient que l'entrée en relation d'affaires avec des personnes exerçant des fonctions publiques importantes pour l'Etat suisse ou un Etat étranger, ou avec des personnes ou sociétés qui, de manière reconnaissable, leur étaient proches, était de la compétence du Comité de Direction du siège, respectivement de chaque succursale, en application des directives y relatives du Comité de Direction générale. Le Comité de Direction locale concerné s'assurait, avant d'autoriser l'entrée en relations, que les fonds ne provenaient pas de corruption ou du détournement de biens publics. Si l'entrée en relation était autorisée, le gestionnaire du compte s'assurait, sur base continue, que le compte n'était pas utilisé à des fins illicites, respectivement que les fonds parvenant sur le compte n'avaient pas une origine illicite. En cas de doute, il soumettait immédiatement le cas au Comité de Direction locale. Celui-ci examinait au moins une fois par année les comptes dont il avait autorisé l'ouverture.
6.2.1.4 Le 6 juillet 1998, le Comité de Direction générale de la banque D._ a adopté des Directives sur les clients potentiels ou les clients existants, qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays, fixant notamment les principes suivants:
1. Il était formellement interdit d'accepter des fonds provenant de la corruption ou du détournement de biens publics, que ce fût au détriment de l'Etat suisse ou d'un Etat étranger.
2. Par décision de principe, la banque n'ouvre pas de comptes à des chefs d'Etat ou à leurs proches ni à des membres de gouvernement ou à leurs proches (PEP I), sauf accord exprès du Comité de Direction générale.
3. La banque pouvait ouvrir des comptes à des fonctionnaires ou d'autres personnes n'exerçant que des fonctions publiques subalternes et à leurs proches (PEP II). Dans ce cas, les Comités de Direction visaient l'ouverture et chargeaient le gestionnaire de chaque compte de s'assurer, sur base continue, que le compte n'était pas utilisé à des fins illicites, respectivement que les fonds parvenant sur le compte n'avaient pas une origine illicite. Cette exigence s'appliquait également aux comptes déjà existants.
Au moins une fois par année, les Comités de Direction demandaient aux gestionnaires concernés de leur remettre un rapport écrit sur l'évolution du compte, notamment au niveau des entrées/sorties. Si ce rapport (ou la relation en tant que telle) ne soulevait pas de doutes, ils le visaient et le remettaient au fichier central pour conservation dans le dossier du client. Si le rapport (ou la relation en tant que telle) soulevait des doutes que des clarifications complémentaires éventuelles n'avaient pas permis de lever, les Comités de Direction soumettaient le cas au Comité de Direction générale pour décision, en concours avec le Comité de conformité s'il y avait lieu.
6.2.2 Il convient d'admettre, avec la doctrine minoritaire (cf. supra consid. 6.2.1) et conformément à la théorie générale exposée ci-dessus (cf. supra consid. 6.2), que les intermédiaires financiers se trouvent, depuis l'entrée en vigueur de la LBA, dans une situation juridique particulière qui les oblige notamment à clarifier l'arrière-plan économique et le but d'une relation d'affaires lorsque des indices laissent supposer que des valeurs patrimoniales proviennent d'un crime et à informer immédiatement le Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent s'ils savent ou présument, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec un acte de blanchiment ou proviennent d'un crime, ce en application des art. 6 et 9 LBA et des directives de la CFB. Il résulte désormais des normes concernant la lutte contre le blanchiment d'argent que les intermédiaires financiers doivent, dans les limites fixées par la loi (cf. art. 3 à 10 LBA), collaborer avec les autorités compétentes. Ces obligations légales créent une position de garant.
En l'espèce, le recourant était membre du Comité de Direction locale en qualité de directeur adjoint de la succursale de Zurich. En tant que tel, il occupait une position de garant, ses obligations en matière de blanchiment découlant non seulement de la LBA et de la Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux, mais également des directives internes de la banque D._ et par conséquent de son propre cahier des charges.
6.3 Lorsque l'auteur a un devoir de garant, il faut encore déterminer l'étendue du devoir de diligence découlant de cette position et les actes concrets qu'il était tenu d'accomplir.
6.3.1 Le recourant avait tout d'abord des obligations d'analyse des comptes, puis de clarification en cas d'indices de blanchiment.
En application des Directives internes de la banque D._ relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux du 29 juin 1998, il devait effectivement examiner, au moins une fois par année, les comptes dont le Comité avait autorisé l'ouverture afin notamment de s'assurer que les fonds parvenant sur ceux-ci n'avaient pas une origine illicite. Il devait aussi, en vertu des Directives sur les clients potentiels ou les clients existants qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays du 6 juillet 1998, demander, au moins une fois par année, aux gestionnaires concernés de lui remettre un rapport écrit sur l'évolution de ces comptes, notamment au niveau des entrées et sorties.
Conformément à la LBA et à la Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux, l'intermédiaire financier doit clarifier l'arrière-plan économique et le but d'une transaction ou d'une relation d'affaires lorsque celles-ci paraissent inhabituelles ou lorsque des indices laissent supposer que des valeurs patrimoniales proviennent d'un crime (cf. <ref-law>; Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 3). Cette obligation de clarification est accrue lorsque l'intermédiaire financier ouvre et administre des comptes ouverts pour des personnes exerçant des fonctions publiques. Ces clarifications sont notamment nécessaires lorsque, au cours d'une relation d'affaires, le montant d'une transaction ou le nombre de transactions apparaît anormalement élevé eu égard à l'activité et à la situation financière connue du client et/ou lorsque l'intermédiaire financier constate l'existence d'indices de blanchiment de capitaux au sens de l'annexe aux directives de la CFB et/ou constate l'existence d'autres indices lui faisant soupçonner que des valeurs patrimoniales sont d'origine criminelle (cf. <ref-law>; Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6).
Des transactions présentent des risques particuliers de blanchiment, par exemples, lorsque leur construction indique un but illicite, lorsque leur but économique n'est pas reconnaissable, voire lorsqu'elles apparaissent absurdes d'un point de vue économique ou encore lorsqu'elles ne sont pas compatibles avec les informations et les expériences de l'intermédiaire financier concernant le client ou le but de la relation d'affaires. Doit également être considéré comme suspect tout client qui donne à l'intermédiaire financier des renseignements faux ou fallacieux ou qui, sans raison plausible, refuse de lui fournir les informations et les documents nécessaires, admis par les usages de l'activité concernée (cf. Annexe n° 1 chif. II à la Cir-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux).
L'intermédiaire financier doit exiger du cocontractant qu'il fournisse les informations propres à clarifier toutes situation inusuelles ou à dissiper tous doutes raisonnables. Il doit se procurer les informations, dont il doit vérifier la plausibilité et qui puissent lui permettre de porter une appréciation suffisante de l'arrière-plan économique des transactions (cf. Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6). Ainsi, il ne peut accepter n'importe quelles explications de son cocontractant et, nonobstant le rapport de confiance qu'il entretient avec son client, il doit procéder, avec un esprit critique, à un examen de la vraisemblance de ses dires. Le degré de cette analyse dépend en particulier de la nature de la relation d'affaires et des motifs ayant justifié la clarification. Celle-ci doit en particulier porter sur la provenance des fonds déposés, sur l'activité professionnelle ou commerciale du cocontractant ainsi que sur sa situation financière (cf. Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6).
6.3.2 Le recourant avait ensuite une obligation d'informer la Direction générale de l'existence des cas PEP susceptibles de faire l'objet d'une communication ou d'un blocage.
Il lui incombait en effet de soumettre les cas suspects, soit lorsque le rapport (ou la relation en tant que telle) soulevait des doutes que des clarifications complémentaires éventuelles n'avaient pas permis de lever, au Comité de la Direction générale pour décision quant à la communication de ces comptes ou à leur blocage (cf. Directives sur les clients potentiels ou les clients existants qui exercent des fonctions publiques dans leurs pays du 6 juillet 1998; <ref-law>; Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux p. 6).
6.3.3 Selon les faits établis, en décembre 1998, le Comité de Direction locale de la succursale de Zurich a décidé que les comptes des clients exerçant des fonctions publiques devaient être analysés au moins deux fois par an. Aussi, le 1er mars 1999, G._ lui a adressé un bilan des transactions sur les comptes en question entre le 1er juillet 1998 et le 13 février 1999. Parmi ces comptes, ceux de C._ et A._ présentaient, pour le premier, des sorties de 66'890 USD et des entrées de 161'622 USD entre le 20 juillet et le 24 décembre 1998 et un solde de 1'165'470 USD au 23 février 1999 et, pour le second, des entrées de 689'789 USD entre le 1er octobre et le 26 novembre 1998 et un solde de 2'179'165 au 23 février 1999.
Par mémo du 29 juillet 1999, visé par le recourant, R._, gestionnaire des comptes de A._, a indiqué que ce client était fonctionnaire du fisc de l'Etat de Rio de Janeiro. Les valeurs patrimoniales administrées provenaient de ventes immobilières. Un compte séparé sous gestion avec 1'000'000 USD devait être ouvert.
Le 29 mars 2000, G._ a rappelé notamment au recourant qu'il attendait toujours des explications sur la double activité de A._ et lui a demandé d'entreprendre quelque chose à l'occasion de son prochain voyage au Brésil. Du 7 au 14 avril 2000, l'intéressé s'est rendu à Rio de Janeiro, mais n'a pas fait d'investigations sur la question de l'activité accessoire du client précité.
Le 28 juin 2000, le recourant a envoyé un message au Bureau de représentation de Rio de Janeiro, rappelant qu'il y avait de nouvelles règles à respecter en matière de corruption. Sachant que quelques clients exerçaient des fonctions officielles au gouvernement, afin de poursuivre la relation existante, il avait besoin d'une bonne explication selon laquelle les fonds sur les comptes de A._ ne provenaient pas de la corruption. En l'absence d'une telle explication et s'il restait le moindre doute sur l'origine des fonds déposés, il faudrait clore la relation.
Par mémo du 4 juillet 2000, H._ et Q._ ont confirmé au recourant qu'ils connaissaient très bien A._. Ils lui ont notamment expliqué que celui-ci travaillait comme auditeur fiscal et, en sus, comme vendeur à son compte, agissant en qualité d'intermédiaire entre des industries de machines agricoles et des acheteurs à l'extérieur du pays. Les fonds entrant sur ses comptes étaient les commissions qu'il percevait sur ces transactions.
En novembre 2000, le recourant s'est à nouveau rendu au Brésil, sans entreprendre aucune démarche de clarification quant à l'origine des avoirs.
Le 29 novembre 2000, K._ SA, réviseur externe de la banque D._, a adressé à la Direction locale de la succursale de Zurich des recommandations relatives notamment à la nécessité de mieux documenter l'arrière-plan économique des fonds déposés et des transactions et d'actualiser de manière périodique la liste des relations dont l'ayant droit économique était une personne exerçant des fonctions publiques et de la faire approuver par la Direction générale.
Le 9 février 2001, le Comité de Direction locale a pris connaissance d'un tableau montrant l'accroissement considérable des avoirs des clients PEP entre le 1er janvier 2000 et le 5 janvier 2001. Ainsi, les avoirs de B._ avaient augmenté de 330.10% à près de 6'000'000 USD, ceux de A._ de 257% à plus de 10'000'000 USD sur un compte, alors que ses deux autres comptes présentaient des soldes supérieurs à 1'000'000 USD et 400'000 USD. Les avoirs de C._ déposés sur deux comptes dépassaient 2'300'000 USD.
Le 25 juin 2001, le recourant a rencontré A._. Il ne lui a pas posé de questions quant à l'arrière-plan économique des transactions, alors même que cette rencontre intervenait après la séance du Comité de Direction locale du 9 février 2001, où les soupçons quant aux comptes du prénommé avaient été évoqués et où il avait été chargé de prendre des renseignements.
Par courrier électronique du 10 juillet 2001, F._ a indiqué à L._ et G._ avoir rencontré le client à Rio de Janeiro. Il a noté que ce dernier avait le statut de fonctionnaire et était le chef de la recette fédérale à Rio. Il était actif en qualité de conseiller fiscal pour de grosses entreprises, ce qui signifiait qu'il les aidait pour leurs déclarations d'impôts et recevait en conséquence des commissions pour ses conseils. Les entrées de fonds régulières semblaient relativement élevées, mais il lui avait été confirmé qu'il pouvait d'ordinaire s'agir de sommes de cet ordre, par exemple 50'000 USD par mois. Le client lui faisait une impression absolument sérieuse et ne semblait pas non plus vouloir dissimuler quelque chose. Les 750'000 USD entrés le 15 février 2001 lui appartenaient personnellement. Sur la base de ces éléments, F._ a estimé que l'on pouvait maintenir le compte tout en prêtant la plus grande attention aux transactions.
Dans un courrier électronique du 31 mai 2002, adressé notamment au recourant, G._ a indiqué que 499'900 USD étaient arrivés sur l'un des comptes de A._, via le changeur. Depuis le début de l'année, ce compte avait été crédité de 2'638'848 USD, alors que, selon les informations transmises, les entrées normales ne devaient pas excéder 50'000 USD par mois.
Dans sa réponse du 3 juin 2002, le recourant a indiqué que, lors de leur conversation téléphonique du même jour, Q._ lui avait encore confirmé les activités du client telles que décrites dans le mémo du 10 juillet 2001. Le volume des entrées de cette année était effectivement supérieur au cadre initial de 50'000 USD mensuels. L'explication en était que le client travaillait pour une des plus grandes banques d'investissement ainsi que pour le plus grand groupe de boissons brésiliens et percevait des honoraires de conseil pour ces activités.
Le 21 juin 2002, le recourant a adressé un message à G._ et X._. Il indiquait avoir rencontré A._ le jour même à Rio de Janeiro avec Q._. La problématique de l'origine des fonds avait été le sujet principal de leur conversation. Le client avait une nouvelle fois confirmé ses activités. Les notes d'honoraires ou contrats exigés n'existaient toutefois pas sur papier. En ce qui concernait l'accumulation des entrées de cette année pour un montant de 2'800'000 USD, le client détenait ces sommes en espèces depuis environ deux ans, dans des coffres à la maison et auprès d'une banque locale. Comme le cours du change avait été longtemps défavorable, il n'avait procédé au change qu'au cours de cette année.
Le 25 juin 2002, X._ a fait savoir au recourant que la réponse du client était totalement insatisfaisante. Quelques semaines auparavant, il s'agissait encore d'un important contrat de conseil pour une grande entreprise de boissons et maintenant d'argent accumulé au cours des dernières années. Il pensait que tout doute était permis quant à l'origine de cet argent.
6.3.4 Au regard du déroulement des événements exposés ci-dessus, le recourant devait prendre les mesures nécessaires pour clarifier, dans les plus brefs délais, la situation des agents brésiliens et déterminer si leurs fonds avaient une origine illicite, dès lors que les indices étaient à l'évidence suffisants pour douter de la provenance desdits avoirs. Par ailleurs, il ne pouvait à l'évidence se contenter des minces explications qui lui étaient proposées lors de ses déplacements au Brésil, celles-ci étant lacunaires, insatisfaisantes, voire improbables ou contradictoires, et ne permettant en aucun cas d'écarter les doutes existants, les montants entrés sur les compte de A._ ne correspondant d'ailleurs pas aux indications qui lui avaient été transmises. Enfin, le recourant n'a pas davantage alerté le Comité de Direction générale et ne lui a pas non plus soumis les cas pour décision, alors que les informations collectées au sujet des comptes des agents du fisc étaient clairement insuffisantes et que les éléments disponibles laissaient déjà présumer que les fonds en question pouvaient avoir une origine criminelle. Ainsi, le recourant a omis l'accomplissement d'actes qu'il était tenu juridiquement d'accomplir. Il a par conséquent violé, par omission, les devoirs qui lui incombaient.
7. Invoquant l'arbitraire, une violation du principe "in dubio pro reo" et de l'<ref-law>, le recourant conteste la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction retenue à son encontre.
7.1 L'infraction de blanchiment est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant. L'auteur doit vouloir ou accepter que le comportement qu'il choisit d'adopter soit propre à provoquer l'entrave prohibée. Au moment d'agir, il doit s'accommoder d'une réalisation possible des éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit également savoir ou présumer que la valeur patrimoniale provenait d'un crime; à cet égard, il suffit qu'il ait connaissance de circonstances faisant naître le soupçon pressant de faits constituant légalement un crime et qu'il s'accommode de l'éventualité que ces faits se soient produits (<ref-ruling> consid. 2e p. 217; <ref-ruling> consid. 2b p. 247).
Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait, même s'il ne le souhaite pas (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 16; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 4). La négligence consciente s'en distingue par l'élément volitif. Alors que celui qui agit par dol éventuel s'accommode du résultat dommageable pour le cas où il se produirait, celui qui agit par négligence consciente escompte - ensuite d'une imprévoyance coupable - que ce résultat, qu'il envisage aussi comme possible, ne se produira pas (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 16; <ref-ruling> consid. 8.3 p. 61). La distinction entre le dol éventuel et la négligence consciente peut parfois s'avérer délicate, notamment parce que, dans les deux cas, l'auteur est conscient du risque de survenance du résultat. En l'absence d'aveux de la part de l'auteur, la question doit être tranchée en se fondant sur les circonstances extérieures, parmi lesquelles figurent la probabilité, connue de l'auteur, de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont élevées, plus l'on sera fondé à conclure que l'auteur a accepté l'éventualité de la réalisation du résultat. Peuvent aussi constituer des éléments extérieurs révélateurs, les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 16; <ref-ruling> consid. 8.4 p. 62).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception du dol éventuel et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 4).
7.2 Pour l'essentiel, l'argumentation du recourant consiste à opposer sa propre appréciation des preuves et version des faits à celles de la Cour des affaires pénales, ce qui ne constitue toutefois pas une démonstration d'arbitraire conforme aux prescriptions légales (cf. supra consid. 1).
Pour le reste, il résulte de l'arrêt attaqué que le recourant nourrissait des doutes quant au caractère licite des avoirs de A._, doutes qui n'avaient pu être levés à l'occasion de ses rencontres avec ce client. De plus, selon l'intéressé, une double activité de fonctionnaire fiscal et de conseiller fiscal privé d'entreprises brésiliennes aurait été absurde et aurait eu une odeur de corruption. Par ailleurs, tout le monde savait que les avoirs de A._ relevaient du cas douteux. Ainsi, au vu de ses propres déclarations et du déroulement des événements tels qu'exposés ci-dessus (cf. supra consid. 6.3.3), le recourant était parfaitement conscient de la provenance illicite des avoirs des fiscalistes brésiliens, les indices disponibles ne permettant pas une autre conclusion. En restant passif, il s'est à l'évidence accommodé d'une réalisation possible des éléments objectifs constitutifs de l'infraction de blanchiment.
Sur le vu de ce qui précède, le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
8. Invoquant une violation des art. 305bis et 97 al. 1 let. c CP, le recourant reproche au Tribunal pénal fédéral d'avoir retenu à son encontre de prétendues omissions frappées de prescription.
8.1 L'<ref-law> dispose que l'action pénale se prescrit: par 30 ans si l'infraction est passible d'une peine privative de liberté à vie (let. a); par quinze ans si elle est passible d'une peine privative de liberté de plus de trois ans (let. b); par sept ans si elle est passible d'une autre peine (let. c). Aux termes de l'<ref-law>, la prescription court: dès le jour où l'auteur a exercé son activité coupable (let. a); dès le jour du dernier acte si cette activité s'est exercée à plusieurs reprises (let. b); dès le jour où les agissements coupables ont cessé s'ils ont eu une certaine durée (let. c).
Le Tribunal fédéral a abandonné la figure du comportement durablement contraire au droit sous l'angle de la prescription, ce délai devant dorénavant être calculé pour chaque infraction de manière séparée. Il a toutefois admis des exceptions pour les infractions représentant une unité juridique ou naturelle d'actions, celles-ci devant toujours être considérées comme un tout et le délai de prescription ne commençant alors à courir qu'avec la commission du dernier acte délictueux ou la cessation des agissements coupables (cf. art. 71 let. b et c CP; <ref-ruling> consid. 2.4. p. 90 ss).
L'unité juridique d'actions existe lorsque le comportement défini par la norme présuppose la commission d'actes séparés, tel le brigandage (<ref-law>), mais aussi lorsque la norme définit un comportement durable se composant de plusieurs actes, par exemple les délits de gestion fautive (<ref-law>), ou de services de renseignements politiques ou économiques (art. 272 et 273 CP). L'unité naturelle d'actions existe lorsque des actes séparés procèdent d'une décision unique et apparaissent objectivement comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace. Elle vise ainsi la commission répétée d'infractions - par exemple, une volée de coups - ou la commission d'une infraction par étapes successives - par exemple, le sprayage d'un mur avec des graffitis pendant plusieurs nuits successives -, une unité naturelle étant cependant exclue si un laps de temps assez long s'est écoulé entre les différents actes, quand bien même ceux-ci seraient liés entre eux (<ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 93 s.).
8.2 Dans le cadre de l'analyse des comportements des coaccusés, la Cour des affaires pénales a certes retenu que le recourant s'était rendu coupable de blanchiment d'argent par omission au plus tard dès le 13 mars 2001 et ce jusqu'à la fusion de la banque D._ avec la banque E._, le 19 juin 2002 (cf. arrêt p. 100). Elle a toutefois précisé, à titre préalable, que tous les actes et omissions antérieurs au 19 septembre 2001 étaient prescrits (cf. arrêt p. 95). Ce faisant, le Tribunal pénal fédéral n'a pas tenu compte de manquements éventuellement frappés de prescription, mais uniquement des omissions qui pouvaient être reprochées au recourant dès cette dernière date. Le grief est donc infondé.
9. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la présente procédure (<ref-law>).
Vu l'issue du recours, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 3 novembre 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani