Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Per l'attività contabile e amministrativa svolta tra il 1993 e 1994 a favore della X._ SA, la Y._ SA ha emesso varie fatture, che sono state solo parzialmente onorate. Preso atto dell'impossibilità di incassare la rimanenza, di fr. 17'092.10, la Y._ SA ha fatto spiccare un precetto esecutivo, al quale la X._ SA ha interposto opposizione.
2. Onde ottenere il pagamento della predetta somma, oltre interessi, e il rigetto dell'opposizione al precetto esecutivo, il 24 settembre 2002 la Y._ SA (attrice) ha promosso causa dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano, sezione 1. La X._ SA (convenuta) ha avversato la petizione, contestando l'ammontare della pretesa attorea e sollevando l'eccezione di prescrizione.
Con sentenza del 29 gennaio 2004 il Segretario assessore ha accolto la domanda limitatamente a fr. 8'111.90, oltre interessi del 5% dal 2 aprile 1996 su fr. 2'475.10, dal 3 aprile 1996 su fr. 1'300.-- e dal 3 ottobre 1998 su fr. 4'236.80.
3. L'impugnativa inoltrata dalla soccombente è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello il 21 aprile 2005.
Come il primo giudice, anche la massima istanza ticinese è infatti giunta alla conclusione che le prestazioni fornite dall'attrice non sottostanno al termine di prescrizione quinquennale di cui all'<ref-law> bensì a quello decennale stabilito dall'<ref-law>.
4. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso per riforma fondato sulle predette disposizioni del diritto federale, la convenuta postula la modifica della pronunzia impugnata nel senso di accogliere integralmente l'appello e, di conseguenza, respingere la petizione del 24 settembre 2002.
Con risposta del 10 agosto 2005 l'attrice propone la reiezione del gravame e la conferma della sentenza cantonale.
5. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
5.1 Interposto in tempo utile (art. 54 cpv. 1 OG) dalla parte soccombente contro una decisione finale emanata dal tribunale supremo del Cantone Ticino (art. 48 cpv. 1 OG) in una causa civile di carattere pecuniario, il cui valore litigioso davanti all'ultima istanza cantonale era superiore a fr. 8'000.-- (art. 46 OG), il ricorso per riforma risulta, sotto questo profilo, ricevibile.
5.2 In questa sede, l'ammontare del credito riconosciuto all'attrice per il lavoro svolto tra il 1993 e il 1994 non è più controverso. Né viene asserito che la pretesa dell'attrice sarebbe prescritta qualora ci si dovesse riferire al termine di prescrizione ordinario di dieci anni stabilito dall'<ref-law>.
Dinanzi al Tribunale federale la convenuta rimprovera unicamente all'autorità cantonale di aver negato a torto l'applicazione del termine di prescrizione più corto, di cinque anni, previsto dall'<ref-law>, dato che, a suo modo di vedere, le prestazioni fornite dall'attrice rientrano fra quelle contemplate da questa norma.
6. Giusta l'<ref-law>, si prescrivono col decorso di cinque anni le azioni per lavori d'artigiani, vendita di merce al minuto, cura medica, funzioni d'avvocato, procuratore e notaio, rapporti di lavoro di lavoratori ("aus Handwerksarbeit, Kleinverkauf von Waren, ärztlicher Besorgung, Berufsarbeiten von Anwälten, Rechtsagenten, Prokuratoren und Notaren sowie aus dem Arbeitsverhältnis von Arbeitnehmern"; "les actions des artisans, pour leur travail; des marchands en détail, pour leurs fournitures; des médecins et autres gens de l'art, pour leurs soins; des avocats, procureurs, agents de droit et notaires, pour leurs services professionnels; ainsi que celles des travailleurs, pour leurs services").
6.1 Mediante l'introduzione di questo disposto - che configura un'eccezione al principio della prescrizione decennale sancito dall'<ref-law> - il legislatore mirava, originariamente, a sottoporre a breve prescrizione i crediti derivanti da contratti sinallagmatici caratterizzati da una rapida esecuzione e per i quali non si redige generalmente un contratto scritto né si conserva a lungo una ricevuta (<ref-ruling> consid. 2a pag. 113 e <ref-ruling> consid. 3b, entrambi con rinvii al messaggio del Consiglio federale del 27 novembre 1879, FF [edizione francese] 1880 I pag. 115 segg.; cfr. anche Karl Spiro, Zur Entstehung und Entwicklung der Verjährungsbestimmungen, in: Peter/Stark/Tercier [ed.], Hundert Jahre Schweizerisches Obligationenrecht, Friburgo, 1982 pag. 127-142; Andreas von Tuhr/Arnold Escher, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, vol. II, Zurigo 1974, pag. 214).
Considerata l'evoluzione degli usi commerciali, questa ratio legis risulta oggi ampiamente superata, ragione per cui la norma va interpretata restrittivamente e, in ogni caso, il suo campo di applicazione non può essere esteso mediante interpretazione (<ref-ruling> consid. 2b pag. 123; <ref-ruling> consid. 1b pag. 431; <ref-ruling> consid. 2a pag. 114 Pascal Pichonnaz, in: Commentaire romand, n. 4/15 ad <ref-law>; Eugen Bucher, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2a ed., Zurigo 1988, pag. 456 seg.).
6.2 Dal tenore dell'<ref-law> non è possibile desumere, con certezza, se il criterio fondamentale per determinare le pretese che soggiacciono a questa disposizione sia la persona del creditore oppure la natura della prestazione fornita (sulla controversia esistente nella dottrina cfr. René Frank Vaucher, La prescription des actions des artisans pour leur travail (art. 128 ch. 3 CO), in: JdT 1963 pag. 233 segg.).
6.3 Con riferimento ai "lavori d'artigiani" menzionati nell'<ref-law> il Tribunale federale ha già avuto modo di chiarire che l'applicazione del termine di prescrizione più corto dipende dal genere di lavoro svolto (DTF <ref-ruling> consid. 1a pag. 429 con rinvii; cfr. anche la sentenza del 12 febbraio 1992 nella causa 4C.318/1991 consid. 3 e sentenza del 20 maggio 1996 nella causa 4C.416/1995 consid. 2a, pubblicata in: Pra 1997 n. 8 pag. 38). Tenuto conto dello scopo originario della norma, la giurisprudenza ha inoltre escluso dal campo di applicazione dell'<ref-law> quei lavori che, per loro natura o dimensione, richiedono misure di pianificazione e coordinazione particolari (<ref-ruling> consid. 2b pag. 123). Questa limitazione è stata accolta favorevolmente dalla dottrina (cfr. Pierre Tercier, in: Baurecht 1997 pag. 127; Wolfgang Wiegand, in: ZBJV 1998 pag. 689; Pascal Pichonnaz, op. cit., n. 18f ad <ref-law>).
6.4 Non ci si è per contro ancora espressi sulle "funzioni d'avvocato, procuratore e notaio".
6.4.1 La questione è già stata trattata in alcune decisioni cantonali, nelle quali sono stati adottati criteri diversi.
In una sentenza del 23 ottobre 1981, ad esempio, il Tribunale superiore (Obergericht) del Canton Zurigo non ha reputato decisivo il tipo di mandato concretamente affidato bensì l'attività globale del gruppo professionale interessato, la lunga lista contenuta nell'<ref-law> deponendo a favore di un'interpretazione estensiva della norma. Evidenziata la crescente similitudine dell'attività svolta dai gruppi professionali menzionati nell'<ref-law> con quella di fiduciari e società fiduciarie, la Corte ha quindi esteso il termine di prescrizione quinquennale anche al lavoro svolto da fiduciari e società fiduciarie, eccezion fatta per le ditte attive esclusivamente nel settore della contabilità (ZR 1982 n. 55 consid. III. pag. 138 seg.).
Sempre all'inizio degli anni ottanta, il 31 agosto 1982, il Tribunale superiore (Obergericht) del Cantone di Basilea Campagna ha rifiutato, per contro, di estendere il termine di prescrizione quinquennale all'attività dei commissari del concordato, per il motivo che - nonostante presenti delle analogie con quella di un fiduciario, per la quale sono necessarie delle conoscenze giuridiche - essa non mira direttamente all'attuazione del diritto (unmittelbare Rechtsdurchsetzung) bensì consiste essenzialmente nel fornire servizi di tipo commerciale (BJM 1983 pag. 73 seg.).
Infine, in un giudizio più recente, datato 11 dicembre 2000, il Tribunale commerciale (Handelsgericht) di Zurigo ha stabilito, in contrasto con la precedente pronunzia zurighese, ormai superata, che anche nell'ambito delle prestazioni di tipo giuridico - come in quello del lavoro degli artigiani (cfr. DTF <ref-ruling>) - il criterio determinante è solamente quello del tipo di lavoro concretamente svolto e che la revisione dei conti effettuata da una società fiduciaria non rientra nel campo di applicazione dell'<ref-law> (ZR 2001 n. 28 pag. 90 segg.).
6.4.2 Anche la dottrina è incline a ritenere determinante, per le "funzioni d'avvocato, procuratore e notaio", il genere di lavoro concretamente svolto e a considerare decisivo il fatto di offrire al cliente, perlomeno in maniera preponderante, conoscenze giuridiche specifiche volte all'attuazione immediata del diritto. Sono pertanto escluse dal campo di applicazione dell'<ref-law> quelle attività che, pur richiedendo delle nozioni giuridiche, contribuiscono solo indirettamente alla realizzazione del diritto e mirano piuttosto a fornire servizi tecnici o commerciali.
Le prestazioni degli uffici fiduciari rientrano di regola in quest'ultima categoria (Karl Spiro, Die Begrenzung privater Rechte durch Verjährungs-, Verwirkungs- und Fatalfristen, vol. I, Berna 1975, § 281 pag. 656 seg.; Robert K. Däppen, in: Basler Kommentar, n. 12 ad <ref-law>; Ingeborg Schwenzer, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 3a ed., Berna 2003, n. 84.06 pag. 452).
V'è poi chi reputa necessaria, oltre all'offerta di un servizio giuridico nel senso appena descritto, anche l'appartenenza a una delle categorie professionali enunciate nell'<ref-law>, così che i fiduciari non sottostanno al termine di prescrizione più corto nemmeno qualora le loro prestazioni siano paragonabili a quelle di avvocati, procuratori e notai (René Frank Vaucher, op. cit., pag. 230 e 237), a meno che l'attività svolta nel caso concreto non li faccia rientrare nel gruppo dei procuratori (Pascal Pichonnaz, op. cit., n. 15 e 28 ad <ref-law>; Stephen Berti, in: Zürcher Kommentar, n. 51 e 59 seg. ad <ref-law>).
6.4.3 Alla luce di quanto esposto, si deve giungere alla conclusione che, come già ammesso per il lavoro artigianale, anche per le "funzioni d'avvocato, procuratore e notaio" ci si riferisce innanzitutto al lavoro concretamente svolto. Deve trattarsi di una prestazione che contribuisce direttamente all'attuazione del diritto, rispettivamente che consiste, in primo luogo, nel fornire una consulenza giuridica specifica. Occorre inoltre che la persona che presta i suoi servizi possa essere inserita in una delle categorie esplicitamente indicate nell'<ref-law>.
Di per sé, i fiduciari non fanno parte di nessuna delle categorie enunciate dalla legge. La questione di sapere se i loro crediti si prescrivono in cinque anni dipende pertanto dal tipo di attività svolta in maniera predominante. Qualora emerga, ad esempio, che un fiduciario si occupa prevalentemente di consulenza e assistenza fiscale, egli può essere collocato fra i procuratori e le sue pretese sottostanno al termine di prescrizione più breve.
6.5 In concreto, la Corte cantonale non ha effettuato alcun accertamento in merito ai servizi usualmente proposti dall'attrice. Ha tuttavia determinato - in maniera vincolante per il Tribunale federale (art. 63 cpv. 2 OG; <ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140) - che le pretese controverse riguardano attività che non hanno per oggetto una consulenza legale né mirano alla realizzazione immediata del diritto.
Stando a quanto indicato nella sentenza impugnata, l'attrice ha infatti effettuato lavori di contabilità nonché consulenze amministrative e aziendali relative ad un esercizio pubblico. Ora, anche se per una simile attività, a dipendenza delle circostanze, può essere necessario disporre di conoscenze giuridiche, essa non rientra fra le prestazioni contemplate dall'<ref-law>, nel senso sopra descritto.
Ciò significa che la Corte cantonale ha deciso in maniera conforme al diritto federale dichiarando applicabile, al caso concreto, il termine di prescrizione decennale di cui all'<ref-law>. La pretesa dell'attrice non può pertanto reputarsi prescritta.
7. Ne discende la reiezione del ricorso per riforma.
Gli oneri processuali e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 e 159 cpv. 1 e 2 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 2'000.-- è posta a carico della convenuta, la quale rifonderà all'attrice fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.