Ausnahmebewilligung für Kiesabbau, hat sich ergeben:
A.- A._ ist Eigentümer der bisher landwirtschaftlich genutzten Parzelle Nr. ... im Gebiet "Ischlag" in der Gemeinde Kernenried. Sie liegt in der Nähe der Autobahn A 1 und grenzt an die künftige Neubaustrecke der SBB. A._ beabsichtigt, auf diesem Grundstück Kies abzubauen und die Grube mit Material, das beim Bau der neuen Eisenbahnlinie anfällt, wieder aufzufüllen. Der Regierungsstatthalter von Burgdorf verweigerte am 17. November 1998 jedoch die für dieses Vorhaben erforderliche Gesamtbaubewilligung, da ihm überwiegende gewässerschutzrechtliche Interessen entgegenstünden. Die von A._ gegen den Bauabschlag erhobenen Beschwerden an die Bau-, Energie- und Verkehrsdirektion und an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern blieben ohne Erfolg.
B.- A._ hat den Entscheid des Verwaltungsgerichts mit einer Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten und beantragt dessen Aufhebung sowie die Erteilung der Kiesabbaubewilligung.
Die Einwohnergemeinde Kernenried stellt den Antrag, es sei die Beschwerde gutzuheissen oder es seien die bernischen Behörden zumindest anzuhalten, einen Bauentscheid auf Grund einer Gesamtwürdigung des Projekts zu fällen. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde. Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) hat zu den gewässerschutzrechtlichen Fragen des beabsichtigten Kiesabbaus Stellung genommen und erklärt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts stehe mit dem Bundesrecht im Einklang. Den Beteiligten wurde Gelegenheit gegeben, sich zur Vernehmlassung des UVEK zu äussern.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Gegen Entscheide über die Erteilung bzw. Verweigerung von Ausnahmebewilligungen nach Art. 24 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700) kann die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht ergriffen werden (Art. 34 Abs. 1 RPG). Der Beschwerdeführer, dem im angefochtenen Entscheid der Kiesabbau auf seinem Land untersagt wird, ist zur Erhebung dieses Rechtsmittels legitimiert. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher einzutreten.
2.- Im angefochtenen Entscheid wird zwar die Standortgebundenheit des Kiesabbauvorhabens des Beschwerdeführers gemäss Art. 24 Abs. 1 lit. a RPG bejaht, dieses jedoch wegen entgegenstehender gewässerschutzrechtlicher Interessen abgelehnt. Die für den Kiesabbau vorgesehene Parzelle liege im Zuströmbereich der Grundwasserfassung Fraubrunnen-Rüetligenwald (Gemeindeverband Wasserversorgung Vennersmühle) und die Kiesausbeutung gefährde daher ein Grundwasservorkommen, das sich nach Menge und Qualität für die Wassergewinnung eigne. In diesem Fall sei nach Art. 44 Abs. 3 des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer vom 24. Januar 1991 (GSchG; SR 814. 20) ein Kiesabbau zwar nicht ausgeschlossen, doch räume diese Bestimmung den Bewilligungsbehörden ein Ermessen ein und eine fehlerhafte Ermessensausübung der Vorinstanzen liege nicht vor.
Der Beschwerdeführer bestreitet zunächst, dass das für den Kiesabbau vorgesehene Land im Zuströmbereich der genannten Wasserfassung liege. Zumindest seien die für eine solche Annahme getroffenen Abklärungen ungenügend. Daneben wirft der Beschwerdeführer dem Verwaltungsgericht vor, einzelne Gesichtspunkte bei der gebotenen Interessenabwägung nicht oder nicht ausreichend gewürdigt und daher eine Ermessensverletzung der Vorinstanzen zu Unrecht verneint zu haben.
3.- a) Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, dass die für den Kiesabbau bestimmte Parzelle nach den Bestimmungen der neuen Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814. 201), die am 1. Januar 1999 in Kraft getreten ist, dem Zuströmbereich Zu der Grundwasserfassung Fraubrunnen-Rüetligenwald zuzuordnen sei. Da in der massgeblichen Gewässerschutzkarte des Kantons Bern die Ausscheidung der Zuströmbereiche nach den neuen Vorschriften noch nicht erfolgt ist, traf es diese Feststellung direkt gestützt auf Ziff. 113 des Anhangs 4 der GSchV allein für die fragliche Parzelle. Es stützte sich dabei auf den Bericht "Grundlagen für Schutz und Bewirtschaftung der Grundwasser des Kantons Bern - Hydrogeologie Urtenental" des Wasser- und Energiewirtschaftsamts des Kantons Bern, Ausgabe 1994/96.
b) Der Beschwerdeführer kritisiert diese Beurteilung unter Berufung auf die von ihm in Auftrag gegebene hydrogeologische Beurteilung der Firma Sieber Cassina + Partner AG. Darin wird zwar ebenfalls davon ausgegangen, dass die fragliche Parzelle im Einzugsbereich der Grundwasserfassung Fraubrunnen-Rüetligenwald liege. Wegen der grossen Distanz zur Fassung und der wegen des geringen Gefälles sehr kleinen Fliessgeschwindigkeit könne jedoch davon ausgegangen werden, dass der Zuströmbereich Zu von den zuständigen Organen nicht bis zum fraglichen Grundstück des Beschwerdeführers gezogen werde.
Ob die Parzelle Nr. ... im "Ischlag" tatsächlich dem Zuströmbereich Zu zuzuweisen ist, kann im vorliegenden Zusammenhang offen bleiben. Das UVEK weist in seiner Vernehmlassung zu Recht darauf hin, dass eine solche Zuordnung Auswirkungen auf die Bodenbewirtschaftung, aber nicht auf die Zulässigkeit der Kiesausbeutung hat (vgl. Ziff. 212 des Anhangs 4 der GSchV). Massgeblich ist im Rahmen der Interessenabwägung gemäss Art. 24 Abs. 1 lit. b RPG vielmehr, dass die Parzelle Nr. ... in einem Gebiet mit Grundwasservorkommen liegt, das gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. a GSchV und Ziff. 111 des Anhangs 4 der GSchV einem Gewässerschutzbereich Au zuzuweisen ist. Dass eine solche Zuweisung geboten ist, ergibt sich nicht nur aus dem Schreiben des Amts für Gewässerschutz und Abfallwirtschaft des Kantons Bern vom 14. April 1999 und der erwähnten Vernehmlassung des UVEK, sondern auch aus der hydrogeologischen Beurteilung der Firma Sieber Cassina + Partner AG. Auch das Verwaltungsgericht geht davon aus, dass das für den Kiesabbau vorgesehene Land in einem Gebiet mit Grundwasservorkommen liegt, das sich nach Menge und Qualität für die Wassergewinnung eignet. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was diese Beurteilung in Frage stellen könnte.
4.- a) <ref-law> lässt die Kiesausbeutung oberhalb des Grundwasserspiegels unter gewissen Voraussetzungen zu. Er gibt jedoch dem Grundeigentümer keinen Anspruch auf eine Bewilligung zum Abbau einer über dem Grundwasser liegenden Kiesschicht. Das Verwaltungsgericht geht zu Recht davon aus, dass sich die Rechtslage in dieser Hinsicht mit dem Inkrafttreten des neuen Gewässerschutzgesetzes nicht geändert hat. Es fragt sich daher, ob die kantonalen Behörden die Bewilligung für den Kiesabbau nach der bereits zum alten Gewässerschutzgesetz entwickelten Praxis (<ref-ruling> E. 2e und f S. 300 ff.) aus Gründen des Grundwasserschutzes verweigern durften. Danach kann wie erwähnt der Kiesabbau auch in Fällen verweigert werden, in denen das Bundesrecht die Erteilung einer Bewilligung nicht ausschliessen würde. Doch hat der Entscheid in jedem Fall auf Grund einer umfassenden Abwägung der für und gegen den Kiesabbau sprechenden Gesichtspunkte zu erfolgen.
b) Der Beschwerdeführer wirft dem Verwaltungsgericht vor, es habe die vom geplanten Kiesabbau ausgehende Gefährdung für das Grundwasser nicht ausreichend geprüft und zu Unrecht die Behauptung des kantonalen Amts für Gewässerschutz und Abfallwirtschaft übernommen, wonach die Kiesausbeutung zu einer unverhältnismässig hohen Gefährdung des Grundwassers führe.
Diese Rüge ist teilweise verständlich. Der Beschwerdeführer behauptet zwar zu Unrecht, es bestünden für die fragliche Parzelle keine einschränkenden planerischen Massnahmen. Denn sein Kiesland liegt bereits heute in einem Gewässerschutzbereich A und wird - wie bereits dargelegt (E. 3b) - künftig einem Gewässerschutzbereich Au zuzuweisen sein. Doch erscheint die Gefährdung des Grundwassers durch den geplanten Kiesabbau nicht nur nach dem vom Beschwerdeführer eingereichten Privatgutachten der Firma Sieber Cassina + Partner AG, sondern auch nach Einschätzung des UVEK als gering. Das kantonale Gewässerschutzamt hat ebenfalls nicht aufgezeigt, worin die von ihm ursprünglich geltend gemachte erhebliche Gefährdung liegen sollte. Es ist daher davon auszugehen, dass der beabsichtigte Kiesabbau lediglich diejenigen Risiken für das Grundwasser mit sich bringt, die sich auch bei sachgerechtem Vorgehen nie ganz vermeiden lassen.
Allerdings übersieht der Beschwerdeführer, dass der geplante Kiesabbau in einem Gebiet erfolgen soll, in dem das Grundwasservorkommen durch das von der Düngung stammende Nitrat bereits erheblich belastet und durch mehrere Altlasten gefährdet ist. Das UVEK legt zu Recht dar, dass in einer solchen Situation ein erhebliches öffentliches Interesse daran besteht, jegliche weitere Gefährdungen des Grundwasservorkommens konsequent zu vermeiden, auch wenn sie für sich allein genommen gering sind. Die Rüge, dem Abbauvorhaben stünden keine Interessen des Grundwasserschutzes entgegen, geht daher fehl.
c) Nach Ansicht des Beschwerdeführers hat das Verwaltungsgericht auch die für einen Kiesabbau sprechenden Gesichtspunkte unzutreffend gewürdigt. So gehe aus dem im angefochtenen Entscheid erwähnten kantonalen Sachplan "Abbau, Deponie, Transporte" nicht hervor, dass in der Region genügend Kies vorhanden sei und dementsprechend kein Bedarf für einen weiteren Abbau bestehe. Es trifft wohl zu, dass der erwähnte Sachplan keine Angaben über die gegenwärtige Versorgung mit Kies in der Region des Abbauvorhabens enthält. Er zeigt vielmehr auf, wie inskünftig die Kiesversorgung im Kanton Bern sichergestellt werden soll und regionalen Unterschieden bezüglich geeigneter Abbaustandorte Rechnung zu tragen ist. Das kantonale Gewässerschutzamt hat jedoch mehrfach dargelegt, dass zur Zeit in der Region des Abbauvorhabens kein Kiesmangel bestehe und die Umsetzung der Vorgaben des kantonalen Sachplans - die Deckung des eigenen Kiesbedarfs - in den Regionen Burgdorf und Oberes Emmental keine Probleme biete. Der Beschwerdeführer setzt sich mit dieser Darstellung nicht auseinander, sondern verweist allein auf das Interesse des örtlichen Baugewerbes, den Kies möglichst in der Nähe beschaffen zu können. Dieses Ziel kann indessen auch ohne das umstrittene Vorhaben erreicht werden. Zudem erscheint das vorliegende, lediglich punktuelle Abbauprojekt wegen seiner präjudiziellen Wirkung als unerwünscht. Bei dieser Sachlage trifft es nicht zu, dass ein öffentliches Interesse an der vorgesehenen Kiesausbeutung besteht. Zu berücksichtigen ist freilich auch das private Interesse des Beschwerdeführers, auf seinem Land Kies abbauen zu dürfen. Diesem Interesse kommt allerdings nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur ein relativ geringes Gewicht zu, weil es sich dabei nicht um eine übliche Bodennutzung, sondern um eine einmalige, nur wenigen Eigentümern mögliche Ausbeutung handelt. Mit einem Verbot wird die normale Nutzung des Bodens nicht tangiert, sondern nur eine zusätzliche einmalige Gewinnerzielung verunmöglicht (vgl. <ref-ruling> E. 2e S. 302). Die kantonalen Instanzen durften daher den Anliegen des Grundwasserschutzes (E. 4b) unter den gegebenen Umständen ein grösseres Gewicht beimessen als den wirtschaftlichen Interessen des Beschwerdeführers.
5.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich demnach als unbegründet und ist daher abzuweisen.
Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000. -- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Kernenried, dem Regierungsstatthalter von Burgdorf, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 18. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: