Faits:
A. Dans la soirée du 23 janvier 2008, plusieurs policiers se sont rendus au domicile de X._ pour l'interpeller, après que Z._ eut téléphoné aux forces de l'ordre en raison des menaces de mort proférées à son encontre et que Y._ eut déclaré être victime de violences et menaces également commises par l'intéressée.
Au poste de police, les agents ont dû maîtriser X._. Le cours précis des événements prête à controverse entre la prénommée et les policiers.
A.a Les agents soutiennent que X._ était dans un état d'excitation avancée, qu'elle s'est volontairement tapée la tête contre les murs de la salle d'audition, avant de se rouler par terre, de sorte qu'ils ont dû intervenir pour préserver l'intégrité de l'interpellée. Au moment où ils tentaient de l'immobiliser, X._ a saisi le brigadier A._ par les parties génitales, puis l'a mordu au pouce.
A.b X._ affirme s'être faite violemment agressée et frappée par A._, puis d'autres policiers qui l'ont rouée de nombreux coups de pieds. Passablement malmenée, elle a vainement tenté de se débattre et, dans la confusion, a mordu le prénommé au pouce avant d'être finalement immobilisée au sol, poignets et chevilles menottés.
B. Le 24 avril 2008, X._ a déposé plainte pour lésions corporelles et abus d'autorité contre les agents de police concernés. Le même jour, A._ a également déposé plainte contre l'intéressée et produit un certificat médical attestant d'une plaie de 5 millimètres de large sur la face dorsale du pouce, nécessitant un arrêt de travail de trois jours.
Par ordonnance du 19 mai 2008, le Procureur général du canton de Genève a condamné X._ pour les violences exercées sur A._ le 23 janvier 2008. En revanche, il l'a mise au bénéfice du principe de la présomption d'innocence s'agissant des menaces exercées contre Z._ et a classé la procédure en opportunité s'agissant des lésions corporelles, menaces et contrainte exercées sur Y._. Cette décision est devenue définitive et exécutoire, faute d'opposition.
C. Par décision du 22 septembre 2008, le Procureur général du canton de Genève a classé la plainte de X._. Il a estimé que la version des faits donnée par cette dernière ne correspondait pas à la réalité et que les policiers n'avaient pas commis la moindre infraction à l'encontre de la plaignante, mais étaient, au contraire, promptement intervenus pour lui éviter des atteintes physiques graves.
Par arrêt du 12 novembre 2008, la Chambre d'accusation genevoise a rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité, le recours de X._.
D. Cette dernière dépose un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt précité et requiert l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. La recourante déclare agir par la voie du recours en matière pénale (<ref-law>) et, en cas d'irrecevabilité, par celle du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
Cette dernière voie de droit n'est ouverte que contre les décisions de dernière instance cantonale qui ne peuvent faire l'objet d'aucun recours ordinaire (<ref-law>). Le recours en matière pénale étant ouvert contre l'arrêt attaqué (cf. art. 78 al. 1 et 80 al. 1 LTF), le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable. Les moyens soulevés à l'appui de celui-ci seront examinés dans le cadre du recours en matière pénale. Au demeurant, la qualité pour recourir n'est pas plus large dans le recours constitutionnel subsidiaire que dans le recours en matière pénale, puisque l'une et l'autre voie supposent un intérêt juridique au recours (cf. art. 81 al. 1 let. b et 115 let. b LTF).
2. Selon l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Le recourant doit exposer dans quelle mesure les conditions nécessaires à une présentation ultérieure de moyens de preuve sont remplies (<ref-ruling> consid. 3 p. 395).
En l'espèce, l'intéressée produit de nouvelles pièces, sans avancer le début d'une justification à l'administration de celles-ci, de sorte qu'elles sont irrecevables.
3. L'<ref-law> confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, comme par exemple la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5).
3.1 Constituent des prétentions civiles au sens de l'<ref-law> celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et en tort moral au sens des <ref-law>. Les prétentions de droit public, à plus forte raison lorsqu'elles ne peuvent être dirigées contre l'auteur lui-même mais uniquement contre la collectivité, et ne peuvent en conséquence être invoquées dans le procès pénal par voie d'adhésion, ne constituent, en revanche, pas des prétentions civiles au sens de ces dispositions (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 234).
Dans le canton de Genève, tous les services de police dépendent de l'exécutif cantonal (art. 1 et 6 de la Loi du 26 octobre 1957 sur la police; LPol/GE; RS/GE F 1 05). Les policiers sont des fonctionnaires cantonaux (art. 26 al. 1 LPol). En application de la réserve de l'<ref-law>, le canton de Genève a édicté la loi du 24 février 1989 sur la responsabilité de l'Etat et des communes (LREC/GE; RS/GE A 2 40). Selon l'art. 2 de cette loi l'Etat de Genève et les communes du canton sont tenus de réparer le dommage résultant pour des tiers d'actes illicites commis soit intentionnellement, soit par négligence ou imprudence par leurs fonctionnaires ou agents dans l'accomplissement de leur travail (al. 1). Les lésés n'ont aucune action directe envers les fonctionnaires ou les agents (al. 2).
Partant, la recourante ne dispose d'aucune prétention civile à l'encontre des agents genevois. Elle n'a donc pas qualité pour recourir en application de l'art. 81 al. 1 let. b chif. 5 LTF.
3.2 Le lésé qui ne peut se prévaloir de la qualité de victime LAVI n'a en principe pas qualité pour former un recours en matière pénale. Il peut uniquement se plaindre d'une violation de ses droits de partie à la procédure, qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou constitutionnel, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 232 s.). Il peut aussi agir par la même voie pour faire sanctionner une violation de son droit procédural à une enquête officielle approfondie et effective, au sens de la jurisprudence européenne relative à l'art. 3 CEDH (arrêt 6B_319/2007 du 19 septembre 2007, consid. 2), ou pour faire valoir qu'on aurait nié à tort la validité de sa plainte (art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF).
En l'espèce, la recourante se plaint d'une violation de son droit procédural à une enquête officielle approfondie et effective. Elle a qualité pour soulever ce moyen sur lequel il y a dès lors lieu d'entrer en matière, les autres critiques, telle que l'arbitraire dans les constatations cantonales, étant en revanche irrecevables.
4. Invoquant une violation des art. 3 CEDH et 29 al. 2 Cst., la recourante reproche aux autorités cantonales de ne pas avoir auditionné les policiers, le Dr B._ et Y._, qui étaient présents au moment des faits et qui pourraient attester qu'à aucun moment elle n'a pu être soupçonnée d'avoir commis une infraction, qu'elle ne s'est jamais tapée la tête contre les murs, ni roulée par terre et enfin que les agents ont fait preuve d'une brutalité injustifiée à son encontre. Elle estime également que les moyens utilisés par les policiers pour atteindre le but qu'ils s'étaient prétendument fixé n'étaient pas adéquats, dénués de sens et manifestement disproportionnés.
4.1 L'art. 3 CEDH interdit la torture ainsi que les traitements inhumains ou dégradants. Cette disposition, combinée avec l'art. 1 ou avec l'art. 13 CEDH, implique que tout individu qui prétend de manière défendable avoir été traité de façon inhumaine ou dégradante par un ou plusieurs agents de la force publique a droit à une enquête officielle approfondie et effective, qui doit pouvoir mener à l'identification et à la punition des responsables (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.5 p. 462).
Pour constituer un acte prohibé par l'art. 3 CEDH, un mauvais traitement doit atteindre un minimum de gravité. Il ne suffit pas d'alléguer n'importe quelles violences pour que les autorités soient tenues de procéder à une enquête officielle en vertu de l'art. 3 CEDH et pour que, par conséquent, le recours en matière pénale soit ouvert pour faire contrôler par le Tribunal fédéral le caractère approfondi et effectif de l'enquête menée. L'appréciation du minimum de gravité requis est relative par nature. Elle dépend de l'ensemble des données de la cause, notamment de la durée du traitement, de ses effets physiques ou mentaux, ainsi que parfois du sexe, de l'âge et de l'état de santé de la victime. Lorsqu'un individu se trouve privé de sa liberté, l'utilisation à son égard de la force physique alors qu'elle n'est pas rendue strictement nécessaire par son comportement porte atteinte à la dignité humaine et constitue, en principe, une violation du droit substantiel garanti par l'art. 3 CEDH (arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme du 1er juillet 2004 dans la cause Rivas contre France, § 37, et les arrêts cités). De même, lorsqu'un individu est placé en garde à vue alors qu'il se trouve en bonne santé et que l'on constate qu'il est blessé au moment de sa libération, il incombe à l'Etat de fournir une explication plausible quant à l'origine des blessures, faute de quoi l'art. 3 CEDH trouve manifestement à s'appliquer (Caloc C. France, no 33951/96 § 84 CEDH 2000; Selmouni c. France, [GC], no 25803/94, § 87, CEDH 1999, arrêts Tomasi c. France du 27 août 1992, série A no 241-A, pp. 40-41, §§ 108-111 et Ribitsch c. Autriche du 4 décembre 1995, série A no 336, p. 26, § 34).
4.2 S'agissant de l'interpellation de la recourante, il résulte des pièces du dossier P/1240/2008 que les agents avaient de bonnes raisons d'intervenir au domicile de cette dernière. En effet, selon le procés-verbal d'audition établi le 23 janvier 2008, Z._ a affirmé que l'intéressée l'avait menacée de mort et que Y._ lui avait envoyé des sms la suppliant de l'aider, car elle était séquestrée, battue et menacée de mort par la recourante (cf. pièce n° 6 du dossier P/1240/2008). Egalement entendue par la police le soir du 23 janvier 2008, Y._ a notamment déclaré avoir été battue et menacée par sa concubine X._ (cf. pièces n° 1 et 2 du dossier P/1240/2008). Certes, elle a refusé de signer le procès-verbal de son audition, puis de déposer plainte à l'encontre de son amie. Reste que les faits dénoncés ci-dessus étaient suffisamment graves pour justifier l'interpellation de cette dernière par les agents genevois.
S'agissant de l'immobilisation de la recourante au poste de police, la version de l'intéressée, selon laquelle elle aurait été, sans motifs, violemment agressée et frappée par les agents, n'est pas crédible et d'ailleurs contredite par les éléments de l'instruction ouverte à son encontre. Il ressort en effet des pièces du dossier que la recourante était très agitée, voire hystérique, état qui a nécessité l'intervention de quatre agents pour la calmer. L'intéressée elle-même admet qu'elle criait et qu'elle se retenait à un levier de broyeur, alors que les policiers voulaient la sortir d'une salle et que sa compagne hurlait dans une autre pièce (cf. pièces n° 16 s. et 29 et du dossier P/1240/2008). Dans ces circonstances et compte tenu plus précisément de la résistance opposée par la recourante, l'intervention des agents était justifiée. Ces derniers l'ont alors immobilisée au sol. Il résulte des déclarations concordantes de la recourante et des intervenants, que celle-ci s'est débattue lors de cette opération (cf. pièces n° 16 s. et 29 du dossier P/1240/2008). A un moment donné, elle a saisi les parties génitales et mordu violemment la main droite du brigadier A._, lésion qui a été constatée par un certificat médical et admise par l'intéressée. Au regard de ces éléments et plus particulièrement de l'état de la recourante, de sa résistance et des coups portés au prénommé, les policiers avaient de justes motifs d'intervenir et de la menotter.
Par ailleurs, aucun élément ne permet d'affirmer que la force employée lors de cette intervention eut été excessive. Les lésions subies par la recourante telles qu'elles ressortent des certificats médicaux établis les 24, puis 28 janvier 2008, correspondent en effet à la description de l'intervention policière, sans qu'on ne puisse en déduire une violence disproportionnée ou injustifiée. Le premier constat médical (pièce n° 22 du dossier P/1240/2008) met en évidence des erythèmes autour des poignets et des chevilles, une dermabrasion au niveau de la malléole interne gauche, d'une douleur à la palpation du talon gauche et d'un minime hématome au niveau du genou gauche. Le second certificat fait état de 4 croûtes hémorragiques de 8-10 mm sur 3-4 mm (face palmaire poignet gauche, face dorsale racine pouce gauche, face interne cheville gauche, face externe jambe droite), de plusieurs hématomes (face interne et face postérieure cuisse droite, face interne jambe gauche, face externe genou gauche, face dorsale poignet droit) et de palpation douloureuse. Au demeurant, il convient de relever que la recourante ne s'est pas opposée à sa condamnation du 19 mai 2008 (cf. dossier P/1240/2008). Or, cette décision a établi, dans les faits, que l'intéressée avait, dans un état d'excitation avancée, agressé puis blessé un membre des forces de l'ordre, et non le contraire à l'instar de ce qui avait été allégué dans sa plainte du 24 avril 2008.
Les moyens d'instruction supplémentaires requis par la recourante ne sont pas susceptibles de modifier l'appréciation précitée. En effet, les agents qui sont intervenus ont signé le rapport de police figurant dans le dossier P/1240/2008 et ainsi attesté la version des faits telle qu'exposée ci-dessus (cf. pièce n° 10 et 18 du dossier P/1240/2008). Quant à Y._, elle était dans un état extrême au moment des événements et est en outre l'amie intime de l'intéressée, de sorte que son témoignage ne saurait être retenu sans autre précaution. Enfin, le psychiatre requis par la police a lui-même constaté l'état dans lequel se trouvait les deux femmes et les lésions infligées au brigadier A._ (cf. pièce n° 16 du dossier P/1240/2008). Dans ces conditions, le grief doit être rejeté.
4.3 La recourante se plaint également d'une violation de la Convention contre la torture et autres peines et traitements cruels, inhumains ou dégradants ainsi que de l'art. 10 al. 3 Cst. Elle ne motive toutefois ces griefs par aucune argumentation distincte de celle qui précède de sorte qu'il y a lieu d'admettre que ces critiques se confondent.
5. Le recours est donc rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Comme il était voué à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). La recourante devra donc supporter les frais (<ref-law>), fixés en fonction de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 6 avril 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani