Sachverhalt:
A. Die 1956 geborene G._ bezog Taggelder der Arbeitslosenversicherung und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 13. November 2004 beim Duschen ausrutschte und auf Rücken und Kopf fiel. In der chirurgischen Klinik des Spitals X._ wurde in der Folge eine stabile Kompressionsfraktur des Lendenwirbelkörpers (LWK) 1 und der Verdacht auf eine Commotio cerebri diagnostiziert. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 27. Oktober 2006 sprach sie G._ eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 10 % sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 15 % zu. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 9. März 2009 fest.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 16. Dezember 2010 ab.
C. Mit Beschwerde lässt G._ rückwirkend ab 1. Oktober 2006 die Ausrichtung einer Invalidenrente basierend auf einem IV-Grad von mindestens 28 % beantragen.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist die Höhe des Invaliditätsgrades. Unbestritten ist, dass die Beschwerdeführerin im rheumatologischen Bereich unfallbedingt in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt ist, während zusätzliche psychische Beschwerden ausser Acht zu lassen sind.
2.1 Die Annahme eines Invaliditätsgrades von 10 % durch die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz beruht auf der medizinischen Beurteilung im Austrittsbericht der Klinik Y._ vom 30. Januar 2006. In diesem Bericht kamen die Ärzte zum Schluss, die Beschwerdeführerin sei, nur unter Berücksichtigung der unfallbedingten organischen Befunde, in einer wechselbelastenden Arbeit mit Belastungen von maximal 10 - 15 kg zu 100 % arbeitsfähig. Diese Beurteilung wird auch von der Beschwerdeführerin nicht grundsätzlich bestritten. Sie verweist jedoch auf das spätere interdisziplinäre Gutachten des Instituts B._ vom 14. Oktober 2008, welches von der Invalidenversicherung eingeholt worden war. Die Gutachter des Instituts B._ gaben an, bis zur Beurteilung der Klinik Y._ im Januar 2006 habe eine Arbeitsfähigkeit von 100 % für leichte wechselbelastende Tätigkeiten bestanden. Seither sei es zu einer objektivierbaren Verschlechterung aus rheumatologischer Sicht gekommen, sodass noch eine Arbeitsfähigkeit von 80 % für leichte wechselbelastende Tätigkeiten gelte. Die Verschlechterung liege in einer muskulären Dekonditionierung. Klinisch finde sich eine myostatische Insuffizienz mit entsprechenden muskuloligamentären Überlastungsreaktionen im Lendenbeckenhüftbereich.
2.2 Die von den Gutachtern des Instituts B._ festgestellte muskuläre Dekonditionierung stellt einen objektivierbaren rheumatologischen Befund dar. Zu prüfen ist, ob es sich dabei um die Folge der unfallbedingten LWK1-Kompressionsfraktur handelt oder unfallfremde Ursachen dafür verantwortlich sind. Die Vorinstanz geht davon aus, die Dekonditionierung sei die Folge eines nicht objektivierbaren und nicht unfallkausalen Schonverhaltens (Selbstlimitierung). Tatsächlich ergibt sich aus den medizinischen Unterlagen, dass die Dekonditionierung keine Folge der ausgeheilten LWK1-Kompressionsfraktur oder der dadurch bedingten Arbeitsunfähigkeit war. Weder verlor die Beschwerdeführerin durch den Unfall ihre Arbeitsstelle, wodurch aufgrund der fehlenden praktischen Tätigkeit im Beruf eine muskuläre Dekonditionierung eingetreten wäre, noch lag eine durch die organische Unfallfolgen bedingte Einschränkung der Arbeitsfähigkeit in dem Umfang vor, dass die Dekonditionierung dadurch erklärbar wäre, wie dies im Urteil 8C_456/2009 vom 28. Juli 2009 der Fall war, auf das die Beschwerdeführerin verweist. Eine Einschränkung für das Tragen von Lasten bestand aus rheumatologischer Sicht während der ersten drei Monate nach dem Unfall. Die erlittene Fraktur wäre an sich in zwei bis sechs Monaten praktisch folgenlos abgeheilt gewesen. Als die Dekonditionierung eintrat, war die Beschwerdeführerin in einer wechselbelastenden Tätigkeit mit einem Gewichtslimit von 10-15 kg zu 100 % arbeitsfähig. Der Umstand, dass sie diese Arbeitsfähigkeit nicht ausschöpfte und damit dekonditionierte, ist in ihrer von den Ärzten festgestellten nicht unfallkausalen Selbstlimitierung zu sehen. Ein adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 13. November 2004 und der Dekonditionierung mit der dadurch bedingten Einschränkung der Arbeitsfähigkeit um 20 % ab Juli 2008 ist daher zu verneinen. Die zugesprochene Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 10 % ist somit nicht zu beanstanden. Im Übrigen ist aufgrund des im Gutachten des Instituts B._ empfohlenen aktiven Kräftigungsprogramms für die Rumpfmuskulatur davon auszugehen, dass in Bezug auf die Dekonditionierung noch eine namhafte Besserung erwartet werden kann. Die Beschwerdegegnerin übernimmt weiterhin die von der Beschwerdeführerin hierzu verlangten physiotherapeutischen Massnahmen (vgl. Einspracheentscheid vom 9. März 2009 E. 3).
3. Gemäss <ref-law> sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig (vgl. zur Geltung dieses Grundsatzes im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung: <ref-ruling> E. 3.4 S. 199 f.). Die Beschwerdeführerin rügt vor Bundesgericht die Höhe des ermittelten Invalideneinkommens mit Verweis auf eine neu von ihr aufgenommene effektive Erwerbstätigkeit. Der hierzu eingereichte Teilzeitarbeitsvertrag datiert vom 13. Juni 2008 und setzt den Arbeitsbeginn auf den 16. Juni 2008 fest. Es handelt sich somit um ein unechtes Novum, das bereits im Verwaltungsverfahren vor Erlass des Einspracheentscheides hätte vorgebracht werden können, womit es vorliegend unbeachtlich ist. Die Beschwerde ist demgemäss abzuweisen.
4. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Mai 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner