Sachverhalt:
A. Der Untersuchungsrichter des Kantons Schaffhausen stellte am 26. April 2005 das Strafverfahren gegen A._ wegen einfacher Körperverletzung ein. Zur Begründung führte er an, es sei angesichts der zumeist parteiischen und wenig zuverlässigen Aussagen der Auskunftspersonen nicht nachgewiesen, dass A._ am 22. Mai 2004 im Fussballstadion Breite in Schaffhausen X._ mit einem Stein ins Gesicht geschlagen habe.
Auf Einsprache des Geschädigten X._ hin hob die Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen diese Einstellungsverfügung am 9. August 2005 auf.
Mit Strafbefehl vom 15. Februar 2006 verurteilte der Untersuchungsrichter des Kantons Schaffhausen A._ wegen einfacher Körperverletzung zu einer bedingten Gefängnisstrafe von 14 Tagen.
A._ erhob Einsprache gegen den Strafbefehl und wurde vom Einzelrichter des Kantonsgerichts Schaffhausen am 16. November 2006 wegen einfacher Körperverletzung zu einer bedingten Gefängnisstrafe von 14 Tagen verurteilt. Die Genugtuungs- und Schadenersatzforderung von X._ verwies er auf den Zivilweg.
Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hiess am 15. Mai 2008 die Berufung von A._ gut, sprach ihn frei und trat auf die Genugtuungs- und Schadenersatzforderung des Geschädigten nicht ein.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Dem Beschwerdeführer wurden beim umstrittenen Vorfall vom Beschwerdegegner (angeblich) verschiedene Verletzungen zugefügt (Hirnerschütterung, Nasenbeinprellung, Schürfwunden, Prellungen und Hämatome im Gesicht). Er ist damit Opfer im Sinne von <ref-law> und, da er Zivilforderungen geltend macht, befugt, den Freispruch in der Sache anzufechten (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht willkürliche Beweiswürdigung vor.
2.1 <ref-law> gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Auf dem Gebiet der Beweiswürdigung steht den kantonalen Instanzen ein weiter Ermessensspielraum zu. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dabei genügt es nicht, wenn sich der angefochtene Entscheid lediglich in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2a S. 41; <ref-ruling> E. 2a S. 88, je mit Hinweisen).
2.2 Beide kantonalen Instanzen sind sich insoweit einig, als sie auf die Aussagen der verschiedenen Auskunftspersonen und Zeugen, welche sich nahe beim Tatort befanden, nicht abstellen, da diese widersprüchlich und parteiisch seien. Für die erste Instanz ist der Anklagevorwurf, der Beschwerdegegner habe den Beschwerdeführer mit der Faust ins Gesicht geschlagen, aufgrund des Rapports und der Zeugenaussage des Schiedsrichters S._, der Aussage des Zeugen Z._ und dem Verletzungsbild - einem sogenannten Monokelhämatom, welches nur durch einen Schlag, nicht aber durch den anschliessenden Sturz erklärbar sei - erwiesen.
2.3 Das Obergericht hat erwogen (angefochtener Entscheid E. 4 S. 8 ff.), sowohl die Schilderung des Beschwerdeführers, wonach er vom Beschwerdegegner während der unbestrittenen Auseinandersetzung absichtlich ins Gesicht geschlagen worden sei, als auch die Aussage des Beschwerdegegners, die Verletzungen des Beschwerdeführers seien ohne sein Zutun entstanden, seien grundsätzlich vorstellbar. Wie sich aus den ergänzenden Ausführungen des Gutachters ergebe, sei das Verletzungsbild entgegen der Annahme der Vorinstanz mit beiden Versionen vereinbar. Fehle es somit an einer "objektiven Beweisgrundlage" für die Herkunft der Verletzungen, komme der Aussage von S._ besonderes Gewicht zu, da er mit keiner der Streitparteien bekannt sei und als unabhängiger Spielleiter und Autoritätsperson über eine erhöhte Glaubwürdigkeit verfüge. Nach dem obligatorischen Schiedsrichterrapport hätten sich der Beschwerdeführer und der Beschwerdegegner zunächst auf der Haupttribüne gestritten. In der 82. Spielminute habe sich der Beschwerdegegner dem Beschwerdeführer auf der Stehrampe genähert und ihn mit einem Stein in der Hand oberhalb des linken Auges geschlagen. In der untersuchungsrichterlichen Einvernahme habe er dann als Zeuge ausgesagt, der Beschwerdegegner habe den Beschwerdeführer mit der Hand geschlagen, erst beim Spielunterbruch mit Tatortbesichtigung habe er auf dem Boden den Stein gesehen, er könne aber nicht sicher sagen, ob der Schlag mit dem Stein ausgeführt worden sei. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz seien damit die Darlegungen des Schiedsrichters keineswegs widerspruchsfrei. In seiner Zeugenaussage habe er den Rapport relativiert, was die Aussagekraft sowohl des Rapports als auch der Zeugenaussage erheblich vermindere. Fest stehe nur, dass der Schiedsrichter auf die Auseinandersetzung des Beschwerdeführers mit dem Beschwerdegegner aufmerksam geworden sei, da er aus diesem Grund das Spiel unterbrochen habe. Es sei indessen nicht erstellt, dass er den ganzen Ablauf der Auseinandersetzung mit hinreichender Genauigkeit habe verfolgen können, da er doch seine Aufmerksamkeit primär dem sich ständig in Bewegung befindenden Ball habe widmen müssen. Er habe daher das Geschehen auf den Tribünen realistischerweise nur fragmentarisch beobachten können, weshalb nicht auszuschliessen sei, dass er beim Verfassen des Rapports unbewusst lückenhafte Wahrnehmungen durch Interpretationen geschlossen habe, was zu einem Zerrbild hätte führen können. Ebenso sei nicht auszuschliessen, dass er sich bei der Beobachtung des Streitgeschehens schlicht getäuscht haben könnte. Ohne die Seriosität und die Glaubwürdigkeit des Schiedsrichters grundsätzlich in Frage zu stellen, kommt das Obergericht, gestützt auf diese Überlegungen, zum Schluss, dessen nicht übereinstimmende Darlegungen in Rapport und Aussage würden für eine anklagegemässe Verurteilung nicht ausreichen. Mit der Vorinstanz sei indessen davon auszugehen, dass die Aussagen der weiteren Auskunftspersonen und Zeugen, die sich in der Nähe des Tatorts aufgehalten hätten, wenig ergiebig oder widersprüchlich und unzuverlässig seien, sodass darauf nicht abgestellt werden könne. Dies gelte auch für die aus einer Distanz von 70-80 m gemachten Beobachtungen von Z._, welcher mit dem Beschwerdeführer eng bekannt sei und nach den unbestrittenen Angaben des Beschwerdegegners über ein beeinträchtigtes Sehvermögen verfüge. Zudem habe keiner der Zeugen die Verletzungen des Beschwerdeführers so geschildert, wie sie im Polizeirapport wiedergegeben würden. So habe ein Zeuge eine blutende Kopfwunde gesehen, während im Polizeirapport Schürfungen, eine Schwellung und ein Hämatom oberhalb der linken Augenbraue, aber keine blutende Wunde oder ein "blaues Auge" (Monokelhämatom) festgestellt wurden. Ein solches sei auch erst im späteren Bericht vom 16. März 2005, nicht schon bei der Eintrittsuntersuchung vom 22. Mai 2004 erwähnt worden. Im Übrigen habe sich der Vorfall zwischen ca. 18:00 und 18:30 Uhr ereignet. Die Polizei sei aber erst um 20:54 Uhr darüber unterrichtet worden. Es sei unklar, was in der Zwischenzeit geschehen sei. Insgesamt sei die Beweislage gegen den Beschwerdegegner für eine Verurteilung zu dürftig, weshalb er nach dem Grundsatz im Zweifel für den Angeklagten freizusprechen sei.
2.4 Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, die Aussage von S._ willkürlich gewürdigt zu haben. Dieser habe unter der Strafdrohung von <ref-law> ausgesagt, den Schlag des Beschwerdegegners gegen den Kopf des Beschwerdeführers gesehen zu haben. Die Annahme der Vorinstanz, dass der Schiedsrichter sein Hauptaugenmerk auf das Spiel habe richten müssen und das Geschehen auf der Tribüne nur ausschnittweise mitbekommen habe, könnte allenfalls erklären, dass seine Wahrnehmung des Geschehens lückenhaft wäre, nicht aber, dass eine von ihm genau geschilderte Beobachtung - der Schlag gegen den Beschwerdeführer - unzuverlässig sein könnte. Die Schlussfolgerung des Obergerichts, der Schiedsrichter habe sich allenfalls den Schlag nur eingebildet, sei unhaltbar. Da es zudem ausgeschlossen habe, dass dieser bewusst die Unwahrheit gesagt haben könnte, sei der Freispruch willkürlich.
2.5 Die Kritik des Beschwerdeführers hat zwar einiges für sich. Der Umstand, dass ein Schiedsrichter in erster Linie das Geschehen auf dem Spielfeld zu verfolgen hat, könnte erklären, dass er die Vorgänge auf der Tribüne nur lückenhaft wahrnimmt, nicht aber, weshalb seine Beobachtung der Auseinandersetzung der beiden isoliert stehenden Kontrahenten unzuverlässig sein soll. Entscheidend für das Obergericht ist indessen, dass der Rapport des Schiedsrichters von dessen Zeugenaussage abweicht, indem in ersterem von einem Schlag mit einem Stein, in letzterer nur noch von einem Schlag mit der Hand die Rede ist. Der Schiedsrichter erklärt dies zwar nachvollziehbar damit, dass er bei der Tatortbesichtigung den Stein liegen sah und daraus folgerte, der Angriff sei damit erfolgt. Hat aber der Zeuge in diesem wichtigen Punkt nicht genau zwischen seiner Beobachtung und seiner Schlussfolgerung unterschieden, so ist das Obergericht nicht in Willkür verfallen, indem es nicht vorbehaltlos auf die Aussage des Schiedsrichters abstellte und den Beschwerdegegner mangels weiterer schlüssiger Beweise gegen ihn nach dem Grundsatz "in dubio pro reo" freisprach.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches gutzuheissen ist, da seine Bedürftigkeit ausgewiesen ist und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Roger Gebhard wird für das bundesgerichtliche Verfahren als unentgeltlicher Rechtsbeistand eingesetzt und mit Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt,
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi