Sachverhalt:
A. Am 22. Oktober 2004 schlossen X._ und Y._ (Mieter, Kläger, Gesuchsteller, Beschwerdeführer) mit Z._ (Vermieter, Beklagter, Beschwerdegegner) einen befristeten Mietvertrag über die Liegenschaft A._ in B._ ab. Die Mieter hatten die Absicht, die Liegenschaft in einem späteren Zeitpunkt käuflich zu erwerben, weshalb sie gestützt auf verschiedene Zusatzvereinbarungen, dem Vermieter gewisse (An)Zahlungen geleistet haben. In der Folge kam der geplante Kauf der Liegenschaft durch die Mieter jedoch nicht zustande.
B. B.a Am 9. Juli 2007 reichten die Mieter beim Bezirksgericht Zofingen Klage gegen den Vermieter ein mit dem Begehren, der Vermieter sei zu verurteilen, ihnen Fr. 40'000.-- zuzüglich Zins ab dem 1. Dezember 2004, Fr. 40'000.-- zuzüglich Zins ab dem 30. Mai 2005 sowie Fr. 60'000.-- zuzüglich Zins ab dem 10. Januar 2006 aus ungerechtfertigter Bereicherung zu zahlen. Sodann sei der Vermieter zu verurteilen, ihnen Fr. 5'500.-- zuzüglich Zins ab dem 1. Januar 2005 aus Auftrag zu bezahlen. Der Vermieter verlangte wiederklageweise die Zahlung von Fr. 106'894.65 zuzüglich Zins auf dem Betrag von Fr. 19'000.--.
Mit Verfügung vom 7. August 2007 bewilligte das Bezirksgericht Zofingen den Klägern die unentgeltliche Rechtspflege.
B.b Mit Urteil vom 21. Juni 2012 hiess das Bezirksgericht Zofingen die Klage und die Widerklage teilweise gut. Den Klägern wurde Fr. 105'500.-- zuzüglich Zins seit dem 22. Dezember 2006 und dem Beklagten Fr. 25'359.60 zuzüglich Zins seit dem 28. Januar 2008 zugesprochen. Im Übrigen wurden die Klage und die Widerklage abgewiesen.
B.c Gegen dieses Urteil erhoben sowohl die Kläger als auch der Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Aargau. Die Kläger stellten mit separater Eingabe auch ein Gesuch um Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege und Bestellung einer unentgeltlichen Rechtsvertretung für das Berufungsverfahren.
B.d Mit Verfügung vom 19. September 2012 wies das Obergericht des Kantons Aargau das Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege ab und stellte den Gesuchstellern Frist zur Bezahlung eines Kostenvorschusses.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Gesuchsteller dem Bundesgericht, die Verfügung des Obergerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2012 sei aufzuheben und es sei ihnen für die Durchführung des Berufungsverfahrens das Recht zur unentgeltlichen Rechtspflege zu gewähren. So sei ihnen auch für die Durchführung des bundesgerichtlichen Verfahrens die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und für beide Verfahren Rechtsanwältin Michaela Hamberger als amtliche Vertreterin beizuordnen.
Auf eine Vernehmlassung wurde verzichtet.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid (<ref-law>), mit dem die unentgeltliche Rechtspflege verweigert wurde. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, der einen nicht wieder gutzumachender Nachteil bewirken kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 131). Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens sind Zwischenentscheide mit dem in der Hauptsache zulässigen Rechtsmittel anzufechten (<ref-ruling> E. 3 S. 144). Da der Streitwert in der Hauptsache das erforderliche Streitwerterfordernis übersteigt, ist die Beschwerde in Zivilsachen, deren weitere Sachurteilsvoraussetzungen ebenfalls erfüllt sind, zulässig.
2. 2.1 Die Beschwerde ist zu begründen (<ref-law>). Es ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, welche Vorschriften und warum sie von der Vorinstanz verletzt worden sein sollen. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen vorgebracht werden, genügen nicht, da das Bundesgericht nicht gehalten ist, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 584; <ref-ruling> E. 3.3 S. 60).
2.2 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
2.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Neu und damit unbeachtlich sind die von den Beschwerdeführern eingereichten Schreiben vom 1. Oktober 2012 an den Rechtsvertreter des Beschwerdegegners und dessen Antwortschreiben vom 16. Oktober 2012. Dabei handelt es sich um sogenannte "echte" Noven, welche generell nicht berücksichtigt werden können (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 344).
3. Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von <ref-law> und machen geltend, die Vorinstanz habe die Kriterien zur Bestimmung der Mittellosigkeit nicht zutreffend gewählt.
3.1 Gemäss <ref-law> hat eine Person Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn sie nicht über die für die Prozessführung erforderlichen Mittel verfügt (lit. a) und ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (lit. b). Wer diese Bedingungen erfüllt, hat ausserdem Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand, soweit dies zur Wahrung der Rechte notwendig ist (<ref-law>).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu <ref-law>, welche auch unter Geltung der ZPO Gültigkeit behält (vgl. Urteil 4A_459/2011 vom 5. Oktober 2011 E. 1.2 mit Hinweis), gilt eine Person dann als bedürftig, wenn sie die Kosten eines Prozesses nicht aufzubringen vermag, ohne jene Mittel anzugreifen, die für die Deckung des eigenen notwendigen Lebensunterhalts und desjenigen ihrer Familie erforderlich sind (<ref-ruling> E. 2.5.1 S. 232 mit Hinweisen). In Betracht zu ziehen sind dabei nicht nur die Einkommens-, sondern auch die Vermögensverhältnisse (<ref-ruling> E. 3b S. 98 mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, dass die zur Begründung der Mittellosigkeit von den Beschwerdeführern vorgestellte Berechnung, im Wesentlichen mit derjenigen vor erster Instanz gleichlautend sei. Allerdings seien darin zwei Positionen nicht rechtsgenüglich ausgewiesen. Dabei handle es sich um die Positionen "selber zu tragende Krankheits- und Zahnarztkosten" und "Zuschlag für auswärtiges Essen", welche demnach bei der Berechnung des Existenzminimums nicht berücksichtigt werden könnten. Ausgehend von einem Zuschlag von 20% auf den Grundbetrag gemäss der üblichen Praxis, statt der geltend gemachten 30%, ergebe dies einen monatlichen Überschuss von rund Fr. 750.--; mit diesem Überschuss könnten innert zwei Jahren Prozesskosten von Fr. 18'000.-- bezahlt werden.
Hinzu komme, dass das erstinstanzliche Urteil im Umfang von Fr. 40'000.-- unangefochten geblieben sei. Abzüglich der von den Beschwerdeführern in ihrer eigenen Berufung anerkannten Verpflichtung zur Leistung von Fr. 19'000.-- an den Beschwerdegegner, würden die Beschwerdeführer damit über ein vollstreckbares Guthaben von Fr. 21'000.-- verfügen, womit sie ihre Prozesskosten ebenfalls selbst bestreiten könnten.
3.3 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Annahme eines monatlichen Überschusses von Fr. 750.-- verstosse gegen <ref-law>. Der zivilprozessuale Zwangsbedarf und das resultierende monatliche Manko der Beschwerdeführer sei bereits vor der Vorinstanz rechtsgenüglich ausgewiesen gewesen. So sei sowohl ein Betrag von monatlich Fr. 200.-- für die selbst getragenen Krankheits- und Zahnarztkosten als auch ein Betrag von monatlich Fr. 220.-- für die auswärtige Verpflegung bei der Existenzminimumsberechnung zu berücksichtigen. Des Weiteren müsse man beachten, dass die Beschwerdeführer ihren Wohnsitz im Kanton Bern haben, wo die Lebenshaltungskosten höher seien als im Kanton Aargau, weshalb ein zivilprozessualer Zuschlag von 30% auf den Grundbetrag zu berücksichtigen sei.
Sodann bringen die Beschwerdeführer vor, es dürfen nur effektiv vorhandene und verfügbare Vermögenswerte für die Berechnung der Mittellosigkeit herangezogen werden. Nicht fällige, streitige oder noch nicht realisierbare Vermögenswerte dürften demnach nicht berücksichtigt werden. Darunter gehöre auch der Betrag von Fr. 21'000.--; die Vorinstanz habe demnach fälschlicherweise festgestellt, dass es sich beim Betrag von Fr. 21'000.-- um ein vollstreckbares Guthaben handle.
Es sei somit erwiesen, dass die Beschwerdeführer über keinerlei Vermögenswerte verfügen, weshalb ihnen die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren sei.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer begnügen sich damit, in ihrer Beschwerde darzutun, inwiefern die beiden nicht beachteten Positionen "selber zu tragende Krankheits- und Zahnarztkosten" sowie der "Zuschlag für auswärtiges Essen" hätten berücksichtigt werden müssen. Sie tun aber keineswegs dar, inwiefern es ihnen im vorinstanzlichen Verfahren nicht möglich gewesen wäre, ihrer Mitwirkungspflicht gemäss <ref-law> nachzukommen bzw. weshalb sie nicht bereits vor der Vorinstanz die beiden Positionen rechtsgenüglich hätten ausweisen können.
Nach <ref-law> obliegt es den Gesuchstellern, ihre Einkommens- und Vermögensverhältnisse umfassend darzustellen und soweit möglich auch zu belegen. Diesbezüglich trifft sie eine umfassende Mitwirkungspflicht; an ihnen ist es, sowohl ihre Einkommens- und Vermögensverhältnisse als auch sämtliche finanziellen Verpflichtungen vollständig anzugeben und soweit möglich zu belegen. An die klare und gründliche Darstellung der finanziellen Situation durch die gesuchstellende Partei dürfen umso höhere Anforderungen gestellt werden, je komplexer diese Verhältnisse sind. Verweigert ein Gesuchsteller die zur Beurteilung seiner aktuellen Gesamtsituation erforderlichen Angaben oder Belege, so kann die Behörde die Bedürftigkeit ohne Verletzung des verfassungsmässigen Anspruchs verneinen. Insbesondere ist die mit dem Gesuch befasste Behörde weder verpflichtet, den Sachverhalt von sich aus nach jeder Richtung hin abzuklären, noch muss sie unbesehen alles, was behauptet wird, von Amtes wegen überprüfen. Sie muss den Sachverhalt nur dort (weiter) abklären, wo noch Unsicherheiten und Unklarheiten bestehen, sei es, dass sie von einer Partei auf solche - wirkliche oder vermeintliche - Fehler hingewiesen wird, sei es, dass sie sie selbst feststellt (vgl. zum Ganzen: Urteil 5A_451/2012 vom 27. August 2012 E. 2.1 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3a S. 181 f.).
Die Beschwerdeführer waren bereits im vorinstanzlichen Verfahren anwaltlich vertreten und es wäre ihnen durchaus möglich gewesen, dem Gericht die erforderlichen Angaben zu machen, die zur Beurteilung des Gesuchs nötig waren. Nach dem Gesagten ist das Gericht grundsätzlich nicht verpflichtet, den Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären, solange keine Unsicherheiten oder Unklarheiten bestehen. Dessen ungeachtet, kann im vorliegenden Verfahren ohnehin offen gelassen werden, ob die Beschwerdeführer ihrer Mitwirkungspflicht nachgekommen sind, oder ob die Vorinstanz allenfalls von den Beschwerdeführern ergänzenden Unterlagen zu den offenen Positionen hätte einverlangen sollen; die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass insbesondere die Position "Zuschlag für auswärtiges Essen" nicht nur deshalb nicht berücksichtigt werden könne, da sie zu wenig ausgewiesen sei, sondern vor allem, da dem Beschwerdeführer 2 gemäss Lohnausweis pro 2011 jährlich Fr. 5'746.-- für Reise, Verpflegung und Übernachtung als Spesen ausgerichtet werden, was die Kosten für auswärtiges Essen decken würden. Die Beschwerdeführer bringen dagegen vor, die monatlich ausgerichteten Spesen würden nur für eine oder zwei Tankfüllungen monatlich und nicht einmal drei Übernachtungen ausreichen, wobei noch keine Verpflegungskosten gedeckt seien. Damit vermögen sie jedoch die vorinstanzliche Feststellung nicht als willkürlich auszuweisen, zumal aus dem Lohnausweis klar hervorgeht, dass die Spesen auch für die auswärtige Verpflegung ausgerichtet werden.
So ist denn auch nicht nachvollziehbar, inwiefern ein Zuschlag von 30% auf den monatlichen Grundbetrag - entsprechend dem im Kanton Bern Üblichen - hätte berücksichtigt werden müssen, hat sich doch das Verfahren im Kanton Aargau abgespielt, wobei bei Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege auch der Kanton Aargau für die Prozesskosten hätte aufkommen müssen.
4.2 Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz bei der Bestimmung der Mittellosigkeit <ref-law> verletzt haben soll. Die Vorinstanz ist, ohne in Willkür zu verfallen, zu Recht davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführer die Prozesskosten selber bestreiten können.
4.3 Erweisen sich die Einwände der Beschwerdeführer gegen die Hauptbegründung der Vorinstanz als unbegründet, erübrigt es sich, auf die vorinstanzliche Eventualbegründung - wonach die Beschwerdeführer über ein vollstreckbares Guthaben von Fr. 21'000.-- verfügen würden - und die dagegen gerichteten Rügen einzugehen (<ref-ruling> E. 7.2 S. 525). Ohnehin ist hierbei zu erwähnen, dass sich die Beschwerdeführer für die Begründung ihrer Rüge auf die gemäss E. 2.3 unbeachtlichen Beweismittel stützen, womit sie ohnehin nicht zu hören sind.
5. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da sie von vornherein aussichtslos war, kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren nicht entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Die Gerichtskosten sind somit den unterliegenden Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch der Beschwerdeführer um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Januar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze