Sachverhalt:
A. Seit 1987 hielt die Z._ AG, (ab 2001 Z. G._ AG) eine Mehrheitsbeteiligung von 60 % an der Y._ AG (im Folgenden: Y._ AG). Mitglieder der Familie Y._, zuletzt der am 7. Mai 2001 verstorbene B. Y._, verfügten über eine Minderheitsbeteiligung von 40 % und waren durch A. Y._ im Verwaltungsrat der Y._ AG vertreten.
Am 31. August 2000 schlossen die Z._ AG, B. Y._ und die Y._ AG eine Vereinbarung ab mit dem Zweck, die gegenseitigen Beteiligungen vollständig zu entflechten. Unter anderem übernahm B. Y._ die Aktien der Y._ AG, welche vorher im Eigentum der Z._ AG, gestanden hatten und verkaufte die sich bisher in seinem Eigentum befindlichen Aktien der Z._ AG. Die Vereinbarung wurde per 31. August 2000 vollzogen. Auf diesen Zeitpunkt erklärten Z._, C._ und D._ (alle Verwaltungsräte der Z._ AG) den Rücktritt aus dem Verwaltungsrat der Y._ AG sowie A. Y._ (Verwaltungsrat der Y._ AG) den Rücktritt aus dem Verwaltungsrat der Z._ AG.
Die Y._ AG anerkannte ebenfalls am 31. August 2000 Forderungen der Z._ AG, von Fr. 2'510'740.25. Diese Schuld wurde in ein Darlehen umgewandelt, rückzahlbar in 24 Monatsraten und gesichert durch Bankgarantien der H._ (Fr. 1'630'000.--) und der I._ (Fr. 240'000.-- und 130'000.--). B. und A. Y._ beauftragten gleichentags die H._, die Garantie über Fr. 1'630'000.-- unter ihrer Haftung abzugeben und ermächtigten die H._, die Zahlung zulasten ihrer Konti auszuführen, sofern die Y._ AG ab dem 30. November 2000 trotz schriftlicher Mahnung für eine fällige Darlehensrate mehr als 60 Kalendertage in Verzug sei.
Nach dem Vollzug der Entflechtungsvereinbarung wurde A. Y._ einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsratspräsident der Y._ AG. Mit Sicherungs- und Pfandvertrag vom 30. September 2000 verpflichtete sich die Y._ AG gegenüber B. Y._, A. Y._, der E._ AG und F._, diese im Fall der Belangung durch die H._ im Zusammenhang mit der erwähnten Darlehensrückzahlung schadlos zu halten, und verpfändete ihnen die Rechte an den Marken "J._", "K._", "L._" und "M._".
Aufgrund finanzieller Probleme geriet die Y._ AG mit der Rückzahlung des Darlehens in Verzug. Am 7. November 2001 nahm die Z. G._ AG die Bankgarantie der H._ im Umfang von Fr. 1'404'307.55 in Anspruch. Die H._ nahm umgehend Rückgriff auf B. Y._ (Fr. 1'292'557.--) und auf A. Y._ (Fr. 112'000.55).
B. Am 18. Oktober 2001 wurden der Y._ AG die provisorische, am 14. Dezember 2001 die definitive Nachlassstundung bewilligt. Mit Beschluss vom 12. August 2002 bestätigte das Bezirksgericht Münchwilen den Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung. X._ (als Willensvollstrecker im Nachlass von B. Y._) und A. Y._ gaben im Nachlassverfahren Forderungen von Fr. 1'292'577.-- beziehungsweise Fr. 112'000.55 zuzüglich Zins ein, je gesichert durch das Pfandrecht an den Marken "J._", "K._", "L._" und "M._". Die Nachlassliquidatorin wies die Ansprüche ab.
C. X._ und A. Y._ klagten in der Folge gegen die Masse der Y._ AG in Nachlassliquidation auf Kollokation ihrer pfandgesicherten Forderungen. Mit Urteil vom 9. März 2006/5. Februar 2007 wies das Bezirksgericht Münchwilen die Klagen ab. Gegen diesen Entscheid erhoben X._ und A. Y._ Berufung. Das Obergericht des Kantons Thurgau erklärte die Berufung am 20. November 2007 als unbegründet und wies die Klagen ab.
D. Gegen diesen Entscheid haben X._ und A. Y._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) mit Eingabe vom 24. April 2008 Beschwerde in Zivilsachen erhoben und im Wesentlichen beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei die Forderung zuzüglich Zins als begründete und pfandgesicherte Forderung, eventuell nur die Forderung als begründete Forderung zu kollozieren. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen Entscheide in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 1 BGG). Dieser Beschwerde unterliegen unter anderem auch Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG). Vorliegend handelt es sich um eine von der letzten kantonalen Instanz (Art. 75 BGG) beurteilte Kollokationsklage im Sinne von Art. 250 SchKG mit einem Streitwert von mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG), sodass die Beschwerde in Zivilsachen zulässig und auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde grundsätzlich einzutreten ist. Auf Einzelheiten wird im Sachzusammenhang zurückzukommen sein.
2. Im vorliegenden Fall wurde die Kollokation der Forderungen und der Pfandrechte im Wesentlichen mit der Begründung abgewiesen, diese seien im Sinne der Art. 285 ff. SchKG anfechtbar. Anfechtbar sind gemäss Art. 286 Abs. 1 SchKG mit Ausnahme üblicher Gelegenheitsgeschenke alle Schenkungen und unentgeltlichen Verfügungen, die der Schuldner innerhalb des letzten Jahres vor der Pfändung oder Konkurseröffnung vornahm. Gestützt auf Art. 331 Abs. 1 SchKG unterliegen auch die vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommenen Rechtshandlungen der Anfechtung. Schenkungen sind die vollzogenen Zuwendungen unter Lebenden, womit der Schuldner aus seinem Vermögen den Begünstigten ohne Gegenleistung bereichert (Art. 239 Abs. 1 OR). Art. 286 SchKG erfasst jedoch nicht bloss eigentliche Schenkungen, sondern unentgeltliche Zuwendungen aller Art. Eine Zuwendung ist im Sinne von Art. 286 Abs. 1 SchKG unentgeltlich, wenn der Schuldner damit, ohne eine Gegenleistung zu erhalten, eine Leistung erbringt, zu der er rechtlich nicht verpflichtet ist. Die rechtliche Verpflichtung zur Leistung ist daher entscheidend (<ref-ruling> E. 2 S. 51 f., mit Hinweisen; Staehelin, Basler Kommentar, N. 6 zu Art. 286 SchKG).
3. Mit Sicherungs- und Pfandvertrag vom 30. September 2000 verpflichtete sich die Y._ AG unter anderem gegenüber B. und A. Y._, diese im Fall der Belangung durch die H._ im Zusammenhang mit der Darlehensrückzahlung der Y._ AG an die Z._ AG, schadlos zu halten, und sie verpfändete ihnen die Rechte an den genannten vier Marken. Diese Vereinbarung wurde nach dem Rücktritt der Vertreter der bisherigen Mehrheitsaktionärin, der Z._ AG, abgeschlossen, in einem Zeitpunkt also, als A. Y._ einzelzeichnungsberechtigter Präsident und Delegierter des Verwaltungsrats war. Diese Vereinbarung begründet grundsätzlich gültig eine Forderung von B. und A. Y._ gegenüber der Y._ AG.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Y._ AG habe B. und A. Y._ am 30. September 2000 nicht ohne Anlass einen gegen sie gerichteten Anspruch eingeräumt. Vielmehr hätten B. und A. Y._ im Interesse der Y._ AG die Bankgarantien persönlich abgesichert. Dieses Vorgehen sei zwingend nötig gewesen, weil die Z. G._ AG es zur Bedingung gemacht habe, dass ihre Darlehensforderung gegenüber der Y._ AG durch Bankgarantien abgesichert werde. Die I._ und die H._ wiederum seien nicht bereit gewesen, die Bankgarantien à fonds perdu zu leisten. Sie seien zu diesem Schritt nur bereit gewesen, wenn sie ihrerseits wieder abgesichert würden. Deshalb hätten B. und A. Y._ für die Forderung der Z. G._ AG einstehen müssen, wenn die Y._ AG gerettet werden sollte. Dies stelle offensichtlich eine Leistung dar, welcher als Gegenleistung die Einräumung eines pfandgesicherten Regressrechts durch die Y._ AG gegenübergestanden habe. Ohne diese Leistung wäre es bereits damals zum Zusammenbruch der Y._ AG gekommen.
4.2 Es trifft zu, dass B. und A. Y._ tatsächlich gegenüber den Banken und damit indirekt gegenüber der Z._ AG, für den Fall eingestanden sind, dass die Y._ AG ihr Darlehen nicht mehr abzahlen könne. Damit ist indessen nicht nachgewiesen, dass dies eine Leistung für die Y._ AG war. Einer solchen Annahme stehen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz entgegen. Ziel der Entflechtungsvereinbarung vom 31. August 2000 war nach den Feststellungen der Vorinstanz die Rückführung der Y._ AG in das alleinige Eigentum der Familie Y._ und die Entflechtung von der Z._ AG. Dies war aufgrund der finanziellen Situation der Y._ AG nur mittels Bankgarantien möglich, welche B. und A. Y._ persönlich absichern mussten. Das taten diese nach der Feststellung der Vorinstanz deshalb, weil sie nur so das Ziel erreichen konnten, die Y._ AG wieder selber zu besitzen und zu kontrollieren. Damit steht in tatsächlicher Hinsicht für das Bundesgericht verbindlich fest (Art. 105 Abs. 1 BGG), dass B. und A. Y._ mit ihrer Garantieerklärung nicht eine Leistung zugunsten der Y._ AG erbringen, sondern die Kontrolle über diese Firma erreichen wollten.
5. Die kantonalen Behörden sind zum Schluss gelangt, die Forderung von B. und A. Y._ sei gemäss Art. 286 Abs. 1 SchKG anfechtbar, weil die Y._ AG zu ihrer Einräumung rechtlich nicht verpflichtet gewesen sei. Was den Einwand der Beschwerdeführer betrifft, die Vorinstanz habe sich ausschliesslich zum Erwerb des Pfandrechts geäussert und nicht auch zur Regressforderung allein, ist ihnen entgegen zu halten, dass das Obergericht in seiner E. 4 sehr wohl dargelegt und begründet hat, dass B. und A. Y._ im zeitlichen Zusammenhang mit der Entflechtungsvereinbarung über keinen Rechtsanspruch auf Einräumung des Regressrechts verfügten.
5.1 In rechtlicher Hinsicht war bereits vor Obergericht nicht mehr umstritten, dass das Regressrecht und die Pfandrechte nicht von Gesetzes wegen entstanden. Im Weiteren führt die Vorinstanz mit Recht aus, in der Entflechtungsvereinbarung von Ende August 2000 sei nirgends ein pfandgesichertes Regressrecht zugunsten von B. und A. Y._ eingeräumt worden. Ein solches schriftliches Regressrecht behaupten die Beschwerdeführer vor Bundesgericht nicht mehr und sie räumen auch ein, dass in grundsätzlicher Hinsicht keine rechtliche Verpflichtung der Y._ AG als des Dritten gegenüber B. und A. Y._ als den Garanten bestehe.
5.2 Die Beschwerdeführer meinen, B. und A. Y._ hätten bei ihrer Garantieerklärung im Auftrag der Y._ AG gehandelt und gestützt auf dieses Auftragsverhältnis einen Rechtsanspruch auf die Einräumung des pfandgesicherten Regressrechts erworben. Zumindest konkludent habe die Y._ AG diesen Auftrag erteilt. Im angefochtenen Entscheid fehlen dazu die tatsächlichen Grundlagen. Es wird dort festgestellt, im bis zum 31. August 2000 eingesetzten Verwaltungsrat sei von einem solchen Geschäft oder von einem Pfandrecht zugunsten von B. und A. Y._ nie die Rede gewesen, es existierten keine Belege darüber und mit dem damals einzelzeichnungsberechtigten Präsidenten und Delegierten des Verwaltungsrats, C._, sei die behauptete mündliche oder konkludente Vereinbarung oder das Pfandrecht nie thematisiert worden, was auch A. Y._ bestätigt habe. Die Beschwerdeführer erheben gegen diese Feststellungen keine hinreichend begründeten Willkürrügen, so dass keine übereinstimmende Willensäusserung zur Erteilung und zur Entgegennahme eines Auftrags festgestellt worden ist.
5.2 Die Beschwerdeführer meinen, B. und A. Y._ hätten bei ihrer Garantieerklärung im Auftrag der Y._ AG gehandelt und gestützt auf dieses Auftragsverhältnis einen Rechtsanspruch auf die Einräumung des pfandgesicherten Regressrechts erworben. Zumindest konkludent habe die Y._ AG diesen Auftrag erteilt. Im angefochtenen Entscheid fehlen dazu die tatsächlichen Grundlagen. Es wird dort festgestellt, im bis zum 31. August 2000 eingesetzten Verwaltungsrat sei von einem solchen Geschäft oder von einem Pfandrecht zugunsten von B. und A. Y._ nie die Rede gewesen, es existierten keine Belege darüber und mit dem damals einzelzeichnungsberechtigten Präsidenten und Delegierten des Verwaltungsrats, C._, sei die behauptete mündliche oder konkludente Vereinbarung oder das Pfandrecht nie thematisiert worden, was auch A. Y._ bestätigt habe. Die Beschwerdeführer erheben gegen diese Feststellungen keine hinreichend begründeten Willkürrügen, so dass keine übereinstimmende Willensäusserung zur Erteilung und zur Entgegennahme eines Auftrags festgestellt worden ist.
5.3 5.3.1 Die Beschwerdeführer behaupten soweit ersichtlich neu, es liege zumindest eine Geschäftsführung ohne Auftrag vor. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt seinem Urteil allerdings den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Gestützt auf den festgestellten Sachverhalt kann daher das Bundesgericht prüfen, ob eine Geschäftsführung ohne Auftrag vorliegt.
5.3.2 Geschäftsführung ohne Auftrag setzt voraus, dass der Geschäftsführer für einen andern und nicht für sich selber ein Geschäft besorgt (Art. 419 OR). Die Geschäftsbesorgung muss objektiv und subjektiv im Interesse des Dritten liegen, wobei untergeordnete Eigeninteressen mitwirken dürfen (Schmid, Zürcher Kommentar, N. 13 ff. zu Art. 419 OR; Weber, Basler Kommentar, N. 2 zu Art. 419 OR, je mit Hinweisen). Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz handelten B. und A. Y._ aber nicht für die Y._ AG, sondern verfolgten ihr eigenes Interesse, nämlich die Kontrolle über die Firma zu erwerben. Die Garantieerklärung lag im eigenen Interesse von B. und A. Y._ und hatte den Zweck, die Y._ AG - wie sich B. Y._ gemäss dem angefochtenen Entscheid ausdrückte - wieder selber zu kontrollieren und auf den richtigen Weg in eine sichere Zukunft zurückzubringen. Die Beschwerdeführer rügen diese Feststellung nicht hinreichend begründet als willkürlich. Dass diese Handlungsweise auch im Interesse der Y._ AG liegen mochte, ist dabei - wie ausgeführt - nicht entscheidend. Eine Geschäftsführung ohne Auftrag ist bei dieser Sachlage nicht gegeben.
5.4 Entgegen der Meinung der Beschwerdeführer ging die Vorinstanz auch nicht davon aus, B. und A. Y._ hätten der Y._ AG die Absicherung der Darlehen schenkungsweise übereignet. Vielmehr setzt die Garantie kein Grundgeschäft zwischen dem Dritten und dem Garanten voraus. Dieses Geschäft müsste von den Beschwerdeführern nachgewiesen werden, was ihnen - wie ausgeführt - nicht gelungen ist.
5.5 Was insbesondere die Verpfändung der Markenrechte anbelangt, besteht diesbezüglich im Zusammenhang mit der Entflechtungsvereinbarung unbestrittenermassen kein schriftlicher Vertrag. Soweit die Beschwerdeführer einen mündlichen oder gar konkludenten Vertrag behaupten, sind sie darauf hinzuweisen, dass die Verpfändung von Rechten ausschliesslich schriftlich vereinbart werden kann (Art. 900 Abs. 3 ZGB; Bauer, Basler Kommentar, N. 12 zu Art. 900 ZGB; zur Verpfändung von Marken vgl. Willi, Kommentar zum Markenschutzgesetz, N. 5 zu Art. 19 MSchG; Zobl, Berner Kommentar, N. 129 zu Art. 900 ZGB).
5.6 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass im zeitlichen Zusammenhang mit der Entflechtungsvereinbarung vom 31. August 2000 kein Regressrecht und keine Pfandsicherung durch Markenrechte zwischen B. und A. Y._ sowie der Y._ AG vereinbart wurden. Insbesondere ist nicht nachgewiesen, dass die Y._ AG B. und A. Y._ damals ausdrücklich oder konkludent den Auftrag erteilt hat, die Darlehen abzusichern. Diese gingen ihre Verpflichtung gegenüber den Banken ein, ohne sich im Gegenzug dafür ein Rückgriffsrecht und eine Pfandsicherung gegenüber der Y._ AG auszubedingen. Insgesamt ist die Y._ AG den Sicherungs- und Pfandvertrag vom 30. September 2000 eingegangen, ohne dazu aus einem Rechtsgrund verpflichtet zu sein.
6. Die Beschwerdeführer wenden schliesslich ein, es fehle an der Voraussetzung der Gläubigerschädigung. Dieser Einwand ist offensichtlich unbegründet. Zunächst werden die pfandgesicherten Forderungen aus dem Ergebnis der Verwertung der Pfänder vorweg bezahlt (Art. 324 SchKG), was die Beschwerdeführer auch beantragen und zur Folge hat, dass dieses Substrat den andern Gläubigern verloren geht. Weiter nehmen die ungesicherten, aber kollozierten Forderungen an der Verteilung teil, was die Beschwerdeführer eventualiter beantragen, und was das Ergebnis für die übrigen Gläubiger ebenfalls schmälert. Die Beschwerdeführer gehen fehl in der Annahme, sie könnten einen Vergleich mit und ohne ihre Absicherung der Bankgarantie anstellen und folgern, die Gläubiger stünden nicht besser da, wenn sie die Bankgarantie nicht abgesichert hätten. Die Vorinstanz begründete die Ablehnung der Kollokationsklage denn auch nicht mit der Absicherung der Bankgarantie vom 31. August 2000, sondern mit dem Sicherungs- und Pfandvertrag vom 30. September 2000.
7. Die Beschwerde muss aus diesen Gründen abgewiesen werden, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer unter solidarischer Haftbarkeit kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Da der Beschwerdeführer 1 als Willensvollstrecker im Nachlass von B. Y._ Prozessstandschaft für die Erben ausübt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 117; <ref-ruling> E. 3a S. 134; <ref-ruling> E. 1 S. 144), ist sein Anteil an den Gerichtskosten vom Nachlass zu tragen. Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet, weil keine Vernehmlassung eingeholt worden ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp