Sachverhalt:
A. Der 1965 geborene Z._ war als Logistik-Leiter bei der Firma A._ tätig und damit bei den Winterthur Versicherungen (heute AXA Versicherungen AG [AXA]) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 12. März 2005 zog sich Z._ eine stark blutende Rissquetschwunde und eine commotio cerebri zu, als ihm die Zugstange eines Trainingsgeräts auf den Kopf schlug, weil das Zugseil riss. Die Erstbehandlung erfolgte im Spital X._. Ein Schädel-CT ergab einen unauffälligen Befund ohne intracranielle Blutungen, eine Magnetresonanzuntersuchung vom 2. Juni 2005 zeigte eine Diskushernie am Forameneingang C6/7 sowie eine deutliche generelle Degeneration im Sinne von Osteochondrosen, Spondylosen und Unkarthrosen. Der Neurologe Dr. med. R._ stellte in seinem Bericht vom 9. Juni 2005 die Diagnosen eines wahrscheinlich posttraumatischen cervicoradiculären Reizsyndroms rechts, mit sensomotorischen Ausfällen C6/7 rechts, bei Status nach einem axialen HWS-Trauma am 12. März 2005 mit einer Diskushernie C6/7 rechts. Die AXA erbrachte Versicherungsleistungen. Mit Schreiben vom 7. September 2005 informierte sie Z._, sie gedenke ihre Leistungen auf den 11. September 2005 einzustellen, da sechs Monate nach dem Unfallereignis der Status quo sine eingetreten sei. Die weiterhin bestehenden Beschwerden seien auf die unfallfremde Unkarthrose zurückzuführen. Nachdem der Versicherte gegen die beabsichtigte Leistungseinstellung opponierte, liess die AXA am medizinischen Begutachtungsinstitut Y._ ein Gutachten erstellen. PD Dr. med. S._, Facharzt für Neurologie FMH, und Frau Dr. phil. B._, Fachpsychologin für Neuropsychologie und Psychotherapie FSP, kamen zum Schluss, von den geklagten Beschwerden und erhobenen Befunden seien einzig die Kopfschmerzen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit Folge des Unfalls. Das cervicobrachiale Syndrom, das Verschwommensehen und der Tinnitus stünden nur möglicherweise beziehungsweise unwahrscheinlich in einem natürlichen Kausalzusammenhang mit dem versicherten Ereignis. Neuropsychologische Defizite hätten sich nicht objektivieren lassen (Gutachten vom 6. Juli 2006). Mit Verfügung vom 11. Juni 2007 stellte die AXA ihre Leistungen auf den 30. April 2007 ein, da nur noch ein fraglicher natürlicher Kausalzusammenhang zwischen den geklagten Kopfschmerzen und dem versicherten Unfall bestehe, der adäquate Kausalzusammenhang aber sicher zu verneinen sei. Die Unfallversicherung hielt auf Einsprache hin an ihrer Beurteilung fest (Entscheid vom 23. Januar 2008).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 29. April 2008 ab.
C. Z._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der kantonale Entscheid aufzuheben und die AXA zu verpflichten, auch nach dem 30. April 2007 die gesetzlichen Leistungen zu erbringen. Eventualiter sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und Neubeurteilung an die AXA zurückzuweisen.
Die AXA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Strittig ist der von der Beschwerdegegnerin verfügte und vorinstanzlich bestätigte Fallabschluss (Einstellung sämtlicher Leistungen aus dem Ereignis vom 12. März 2005) auf den 30. April 2007. Während die AXA und das kantonale Gericht hinsichtlich der über den genannten Zeitpunkt hinaus vom Versicherten geklagten Beschwerden die Adäquanz des Kausalzusammenhanges mit dem Unfall verneinen, macht der Beschwerdeführer geltend, der anhaltende Gesundheitsschaden stehe in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem versicherten Ereignis. Die Beschwerdegegnerin sei daher weiterhin leistungspflichtig.
2.2 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung im Allgemeinen (Art. 6 Abs. 1 UVG) und auf die einzelnen Leistungsarten im Besonderen (Art. 10 Abs. 1 UVG [Heilbehandlung], Art. 16 Abs. 1 UVG [Taggeld], Art. 18 Abs. 1 UVG [Invalidenrente] und Art. 24 Abs. 1 UVG [Integritätsentschädigung]) sowie über die Voraussetzungen von Leistungskürzungen beim Zusammentreffen verschiedener Schadensursachen im Sinne von Art. 36 UVG richtig wiedergegeben. Gleiches gilt für die Grundsätze über den für einen Leistungsanspruch nebst anderem vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Ebenfalls zutreffend dargelegt ist die Rechtsprechung über den im Weiteren erforderlichen adäquaten Kausalzusammenhang. Danach spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 366 ff. und 369 E. 4 S. 382 ff., 115 V 133 E. 6 S. 138 ff.). Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen (<ref-ruling> E. 6a S. 367; vgl. auch E. 2.2.2 hiernach) und äquivalenten Verletzungen der HWS (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) sowie Schädel-Hirntraumen (<ref-ruling> E. 4b S. 383) auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (vgl. zum Ganzen ferner <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 und SVR 2007 UV Nr. 8 S. 27 E. 2.1 und 2.2, U 277/04, je mit Hinweisen). Korrekt sind auch die vorinstanzlichen Ausführungen zum Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des Status quo sine vel ante und zu den sich dabei stellenden Beweisfragen (<ref-ruling> E. 3b in fine S. 264; RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45, 1994 Nr. U 206 S. 328; Urteil des Bundesgerichts U 241/06 vom 26. Juli 2007 E. 2.2.2). Richtig sind schliesslich die Hinweise zu dem im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 2.1 S. 153 mit Hinweisen) sowie zur Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3a S. 352, SVR 2006 IV Nr. 27 S. 92 E. 3.2.4, I 3/05, je mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
2.3 Anzufügen bleibt, dass das Bundesgericht die sogenannte Schleudertrauma-Praxis in zweierlei Hinsicht präzisiert hat: Zum einen wurden die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung dieser Praxis bei der Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs rechtfertigt, erhöht. Zum anderen wurden die Kriterien, welche abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls in die Adäquanzbeurteilung einzubeziehen sind, teilweise modifiziert (<ref-ruling> E. 9 und 10 S. 121 ff.). Die bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall geltenden Grundsätze (<ref-ruling>) liess das Bundesgericht hingegen unverändert bestehen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116).
3. Das kantonale Gericht hat nach einlässlicher und sorgfältiger Würdigung der medizinischen Unterlagen, insbesondere gestützt auf das schlüssige und in sich widerspruchsfreie Gutachten des PD Dr. med. S._ vom 6. Juli 2006, richtig erkannt, dass spätestens im Zeitpunkt des Berichts das cervicobrachiale Syndrom durch neurologische klinische Untersuchungen ohne pathologischen Befund blieb und zudem das kurz nach dem Unfall angefertigte Computertomogramm bereits vorbestehende degenerative Veränderungen an der HWS zeigte, womit mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit keine objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen mehr vorhanden waren. Das Gleiche gilt hinsichtlich der vom Beschwerdeführer geklagten neuropsychologischen Defizite, des Tinnitus und der Sehstörungen. Einzig die geklagten Kopfschmerzen erachtet der Gutachter - ausgehend vom Unfallmechanismus und der zeitlichen Koinzidenz - als überwiegend wahrscheinliche Unfallfolge. Da sich Kopfschmerzen alleine nicht hinreichend objektivieren lassen, hat das kantonale Gericht für diese Beschwerden zu Recht neben dem anerkannten natürlichen auch den adäquaten Kausalzusammenhang geprüft.
4. Während die Vorinstanz die Adäquanz der Kopfschmerzen in Anwendung der Rechtsprechung bei psychischen Fehlentwicklungen geprüft hat, hält der Beschwerdeführer dafür, diese sei in Anwendung der Rechtsprechung, welche bei HWS-Verletzungen und Schädel-Hirntraumen Anwendung findet (vgl. Erwägung 2.2 und 2.3), zu beurteilen.
Ein Schleudertrauma der HWS oder ein äquivalenter Verletzungsmechanismus im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist nicht festgestellt worden und es fehlen in der medizinischen Aktenlage Hinweise, die auf eine derartige Verletzung schliessen liessen. Dies wird vom Beschwerdeführer denn auch nicht geltend gemacht. Er beruft sich indessen auf das Vorliegen eines Schädel-Hirntraumas und beanstandet, es sei nicht hinreichend abgeklärt worden, wie dieses auf der Glasgow-Coma-Skala (GCS) zu bewerten sei.
4.1 Der Beschwerdeführer hat gemäss Bericht des erstbehandelnden Spitals am 12. März 2005 eine commotio cerebri und damit ein leichtes Schädel-Hirntrauma erlitten. Es habe eine minutenlange Bewusstlosigkeit vorgelegen, andere Bewusstseinsstörungen und Schwindel, Übelkeit oder Erbrechen werden verneint. Das Röntgenbild zeigte keine internen Blutungen oder andere Kontusionszeichen. Das typische Beschwerdebild für eine Distorsion der HWS oder äquivalente Verletzungen und Schädel-Hirntrauma (<ref-ruling> E. 6.2.1. S. 116 mit Hinweis) trat nie auf. Ob die Vorinstanz die Unfalladäquanz der nicht objektiv ausgewiesenen gesundheitlichen Beeinträchtigungen daher zu Recht nicht nach der sogenannten "Schleudertraumapraxis" prüfte, kann indessen offenbleiben, da die Adäquanz auch in Anwendung dieser, mit <ref-ruling> präzisierten Rechtsprechung zu verneinen ist.
4.2 Der Unfall ist dem mittleren Bereich, jedenfalls nicht im Grenzbereich zu den schweren Unfällen zuzuordnen. Die Adäquanz des Kausalzusammenhanges ist demnach zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> S. 367 f.).
4.2 Der Unfall ist dem mittleren Bereich, jedenfalls nicht im Grenzbereich zu den schweren Unfällen zuzuordnen. Die Adäquanz des Kausalzusammenhanges ist demnach zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> S. 367 f.).
4.3 4.3.1 Das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände und der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalles ist ohne weiteres zu verneinen. Das Gleiche gilt für die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen (<ref-ruling> E. 10.2.2, S. 127).
4.3.2 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.3, S. 128), ob nach dem Unfall fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Dieses Kriterium ersetzt dasjenige der "ungewöhnlich langen Dauer der ärztlichen Behandlung", welches in der Anwendung in verschiedener Hinsicht Schwierigkeiten geboten hatte. Nach dem Unfall weilte der Beschwerdeführer während eines Tages zur Überwachung im Spital, wo auch seine Rissquetschwunde versorgt wurde. In der Folge beschränkte sich die Behandlung auf Physiotherapie, die Abgabe von Schmerzmitteln und verschiedenste Untersuchungen zur Abklärung des Sachverhaltes. Auch dieses Kriterium ist nicht erfüllt.
4.3.3 Adäquanzrelevant können im Weiteren in der Zeit zwischen dem Unfall und dem Fallabschluss nach Art. 19 Abs. 1 UVG ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Gemäss Gutachten vom 6. Juli 2006 leidet der Beschwerdeführer insbesondere an chronischen posttraumatischen Kopfschmerzen nach leichtem Kopftrauma mit teilweise migräniformem Charakter. Diese wirken sich im Alltag dahingehend aus, dass die Arbeitsfähigkeit im Rahmen von 10 bis 20 Prozent eingeschränkt ist. Weitere Einschränkungen lassen sich nicht eruieren. Hingegen stellt der Gutachter eine positive Prognose und erachtet die Beschwerden als weiter therapierbar. Auch das Kriterium der wesentlichen Beschwerden ist daher als nicht erfüllt zu betrachten.
4.3.4 Was schliesslich das Kriterium der Arbeitsunfähigkeit anbelangt, ist gemäss <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 dem Umstand Rechnung zu tragen, dass bei leichten bis mittelschweren Schleudertraumen der HWS (und punkto Adäquanzbeurteilung gleich zu behandelnden Verletzungen) ein längerer oder gar dauernder Ausstieg aus dem Arbeitsprozess vom medizinischen Standpunkt aus als eher ungewöhnlich erscheint. Nicht die Dauer der Arbeitsunfähigkeit ist daher massgebend, sondern eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt. Darin liegt der Anreiz für die versicherte Person, alles daran zu setzen, wieder ganz oder teilweise arbeitsfähig zu werden. Gelingt es ihr trotz solcher Anstrengungen nicht, ist ihr dies durch Erfüllung des Kriteriums anzurechnen. Konkret muss ihr Wille erkennbar sein, sich durch aktive Mitwirkung raschmöglichst wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern. Solche Anstrengungen der versicherten Person können sich insbesondere in ernsthaften Arbeitsversuchen trotz allfälliger persönlicher Unannehmlichkeiten manifestieren. Dabei ist auch der persönliche Einsatz im Rahmen von medizinischen Therapiemassnahmen zu berücksichtigen. Sodann können Bemühungen um alternative, der gesundheitlichen Einschränkung besser Rechnung tragende Tätigkeiten ins Gewicht fallen. Nur wer in der Zeit bis zum Fallabschluss nach Art. 19 Abs. 1 UVG in erheblichem Masse arbeitsunfähig ist und solche Anstrengungen auszuweisen vermag, kann das Kriterium erfüllen (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129).
Nach Wiederaufnahme der Arbeit eine knappe Woche nach dem Unfall vom 12. März 2005 war der Beschwerdeführer bis Ende November 2005 - somit während mehr als acht Monaten - zu 100 % arbeitsfähig. In der Folge wurden ihm wechselnde Arbeitsunfähigkeiten im Bereiche von 20 bis 40 Prozent attestiert. PD Dr. med. S._, auf dessen Gutachten vom 6. Juli 2006 abzustellen ist, hat die unfallkausale Arbeitsunfähigkeit auf 10, maximal 20 Prozent geschätzt. Es gibt keinen Grund, weshalb von dieser Einschätzung abzuweichen ist. Damit ist aber auch dieses Kriterium nicht erfüllt, obwohl dem Beschwerdeführer zuzugestehen ist, dass er persönlich grosse Anstrengungen unternommen hat, seine Arbeitsfähigkeit zu erhalten und zu verwerten.
4.3.5 Zusammenfassend hat das kantonale Gericht die Adäquanz zwischen den persistierenden, die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden Kopfschmerzen und dem Unfall vom 12. März 2005 ab 1. Mai 2007 zu Recht verneint.
5. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. Januar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer