Erwägungen:
1. X._ ist geständig, am 31. Mai 2008 an der Hardturmstrasse in Zürich im Rahmen einer verbalen und tätlichen Auseinandersetzung zwei Beteiligte mit einem einhändig bedienbaren Stellmesser (mit automatischer Öffnungsvorrichtung) verletzt zu haben. Es besteht darum der dringende Tatverdacht der mehrfachen versuchten vorsätzlichen Tötung und des Vergehens gegen das Waffengesetz. Die am 2. Juni 2008 angeordnete Untersuchungshaft wurde vom Haftrichter mit Kollusionsgefahr begründet.
Mit Verfügungen vom 3. September 2008 und 28. November 2008 wurde jeweils die Fortsetzung der Untersuchungshaft bewilligt.
2. Am 20. Januar 2009 stellte der Beschuldigte Antrag auf Haftentlassung. Dieses Gesuch wies der Haftrichter unter Hinweis auf die mögliche Verhandlung vor dem Geschworenengericht und die anhaltende Kollusionsgefahr am 28. Januar 2009 ab.
3. Mit Eingabe vom 5. Februar 2009 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen und beantragt die Aufhebung der haftrichterlichen Verfügung vom 28. Januar 2009 sowie die Entlassung aus der Untersuchungshaft. Eventualiter sei die angefochtene Verfügung aufzuheben und der Haftrichter anzuhalten, dem Beschwerdeführer bei einer mündlichen Anhörung das rechtliche Gehör zu gewähren. In verfahrensrechtlicher Hinsicht stellt der Beschwerdeführer den Antrag auf unentgeltliche Prozessführung und ersucht um die Bestellung von Rechtsanwalt Heinz Birchler als unentgeltlichem Rechtsvertreter, da er sich mit seinem amtlichen Verteidiger nicht verstehe.
4. Die Staatsanwaltschaft erhob am 23. Februar 2009 Anklage gegen den Beschwerdeführer wegen mehrfacher versuchter vorsätzlicher Tötung und eines Vergehens gegen das Waffengesetz. Am 27. Februar 2009 führte die Präsidentin der Anklagekammer des Obergerichts eine Anhörung durch, in deren Anschluss sie die Haftentlassung des Beschwerdeführers verfügte.
5. Das Verfahren vor Bundesgericht ist damit gegenstandslos geworden. Der Instruktionsrichter entscheidet als Einzelrichter über die Abschreibung (<ref-law>). Das Bundesgericht forderte die Parteien darum auf, sich zur Frage der Gegenstandslosigkeit und zur Kostenregelung zu äussern. Der Beschwerdeführer stellt Antrag, dem Kanton die Verfahrenskosten aufzuerlegen, während der Haftrichter ausdrücklich auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft hat sich nicht zur Angelegenheit geäussert.
6. Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos oder fällt er mangels rechtlichen Interesses dahin, entscheidet das Bundesgericht mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Dabei wird in erster Linie auf den mutmasslichen Prozessausgang abgestellt. Lässt sich dieser nicht bestimmen, gehen die Kosten zulasten jener Partei, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst hat oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit des Prozesses geführt haben (<ref-ruling> E. 4a S. 494). Die Regelung bezweckt, denjenigen, der in guten Treuen Beschwerde erhoben hat, nicht im Kostenpunkt zu bestrafen, dass die Beschwerde infolge nachträglicher Änderung der Umstände abzuschreiben ist, ohne dass ihm dies anzulasten wäre.
7. Der Beschwerdeführer stellt in seiner Beschwerde die Kollusionsgefahr in Abrede. Die Staatsanwaltschaft und der Haftrichter begründeten die Kollusionsgefahr unter anderem mit dem Umstand, dass das Hauptverfahren allenfalls vor dem Geschworenengericht stattfinden könnte, vor welchem das Unmittelbarkeitsprinzip gelte. Dies würde zur Folge haben, dass die Zeugen nochmals einzuvernehmen wären. Grund zu dieser Annahme hatten die kantonalen Behörden ihrer Meinung nach, weil der Beschwerdeführer zwar in Bezug auf die eigentliche Tat geständig war, sich aber auf Notwehr berief. Gemäss <ref-law>/ZH hat der Angeklagte die Wahl zwischen Geschworenengericht oder Obergericht, wenn er lediglich die rechtliche Würdigung des anerkannten eingeklagten Sachverhaltes bestreitet.
Die Präsidentin der Anklagekammer hält dazu in ihrem Entscheid fest, der Beschwerdeführer anerkenne den Eventualvorsatz, habe aber am 23. Dezember 2008 daran festgehalten, dass er in rechtfertigender oder zumindest entschuldigender Notwehr gehandelt habe. Am 17. Februar 2009 habe er wiederum den Eventualvorsatz eingeräumt und angefügt, er habe sich verteidigen wollen. Die nun vorliegende Anklageschrift entspreche, was den Sachverhalt betreffe, den Zugeständnissen des Beschwerdeführers. Der amtliche Verteidiger habe in der Anhörung vom 27. Februar 2009 in Aussicht gestellt, der Beschwerdeführer werde neben dem Anklagesachverhalt auch die rechtliche Würdigung anerkennen. Er sei nicht an einem Verfahren vor Geschworenengericht interessiert. Die Präsidentin der Anklagekammer zieht ergänzend in Erwägung, selbst wenn der Beschwerdeführer anstelle einer entschuldbaren wieder eine schuldausschliessende oder rechtfertigende Notwehrsituation geltend machen sollte, läge darin eine blosse Bestreitung der rechtlichen Würdigung. Dies stehe einem Verfahren vor Obergericht nicht im Wege. Es bestehe darum keine Kollusionsgefahr mehr, zumal der Angeklagte allein gehandelt habe und keine Mittäter vorhanden seien, die ein eigenes Interesse haben könnten, sich mit ihm abzusprechen.
8. Aus diesen Ausführungen der Präsidentin der Anklagekammer wird deutlich, dass die Umstände, welche zur Gegenstandslosigkeit des Haftprüfungsverfahrens vor Bundesgericht geführt haben, nicht dem Beschwerdeführer anzulasten sind. In Anwendung von <ref-law> ist darum von einer Kostenerhebung abzusehen.
Der Beschwerdeführer war im bundesgerichtlichen Verfahren nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihm keine Entschädigung zuzusprechen ist.

Demnach verfügt der Instruktionsrichter:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Diese Verfügung wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Die Gerichtsschreiberin:
Aemisegger Scherrer