Erwägungen:
1. 1.1 X._ (geb. 1971) stammt aus dem Kosovo. Nachdem er in der Schweiz wiederholt erfolglos um Asyl nachgesucht hatte (1992, 1995, 1998), heiratete er am 21. November 2006 eine Schweizer Bürgerin (geb. 1963). Er erhielt in der Folge eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei seiner Ehefrau.
1.2 Am 27. Oktober 2011 lehnte das Migrationsamt des Kantons Zürich es ab, die Bewilligung weiter zu verlängern, da eine Scheinehe vorliege bzw. zumindest keine gelebte Ehegemeinschaft mehr bestehe. Hiergegen gelangte X._ erfolglos an die Sicherheitsdirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Eingabe vom 9. Oktober 2012 beantragt er, dessen Urteil vom 5. September 2012 aufzuheben und das Migrationsamt anzuweisen, seine Aufenthaltsbewilligung zu verlängern.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die beschwerdeführende Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt bzw. die beanstandete Beweiswürdigung klar und eindeutig mangelhaft erscheint (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3). Auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung geht das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 3 S. 104 f.). Der Beschwerdeführer muss zudem - in Auseinandersetzung mit der Begründung im angefochtenen Entscheid - dartun, inwiefern dieser Recht verletzt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 - 2.3). Ob die vorliegende Eingabe diesen Voraussetzungen in allen Punkten genügt, kann dahin gestellt bleiben, da sie sich so oder anders als offensichtlich unbegründet erweist und ohne Weiterungen im Verfahren nach Art. 109 BGG erledigt werden kann.
3. 3.1 Ausländische Ehegatten von Schweizer Bürgern haben unter Vorbehalt von Art. 51 Abs. 1 AuG (SR 142.20) Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit ihrem Partner zusammenwohnen (Art. 42 Abs. 1 AuG). Der Bewilligungsanspruch besteht trotz Auflösens bzw. definitiven Scheiterns der Ehegemeinschaft fort, wenn diese mindestens drei Jahre gedauert und die betroffene ausländische Person sich hier erfolgreich integriert hat (Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG; <ref-ruling> E. 3.3.3). Eine (relevante) Ehegemeinschaft liegt vor, solange die eheliche Beziehung tatsächlich gelebt wird und ein gegenseitiger Ehewille besteht. Dabei ist im Wesentlichen auf die Dauer der nach aussen wahrnehmbaren ehelichen Wohngemeinschaft abzustellen (Urteil 2C_544/2010 vom 23. Dezember 2010 E. 2.2).
3. 3.1 Ausländische Ehegatten von Schweizer Bürgern haben unter Vorbehalt von Art. 51 Abs. 1 AuG (SR 142.20) Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit ihrem Partner zusammenwohnen (Art. 42 Abs. 1 AuG). Der Bewilligungsanspruch besteht trotz Auflösens bzw. definitiven Scheiterns der Ehegemeinschaft fort, wenn diese mindestens drei Jahre gedauert und die betroffene ausländische Person sich hier erfolgreich integriert hat (Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG; <ref-ruling> E. 3.3.3). Eine (relevante) Ehegemeinschaft liegt vor, solange die eheliche Beziehung tatsächlich gelebt wird und ein gegenseitiger Ehewille besteht. Dabei ist im Wesentlichen auf die Dauer der nach aussen wahrnehmbaren ehelichen Wohngemeinschaft abzustellen (Urteil 2C_544/2010 vom 23. Dezember 2010 E. 2.2).
3.2 3.2.1 Im vorliegenden Fall bestehen verschiedene Hinweise dafür, dass der Beschwerdeführer weniger als drei Jahre mit seiner Gattin zusammengelebt bzw. kein gegenseitiger Ehewille während der erforderlichen Dauer fortbestanden hat. Die Problematik brauchte indessen nicht weiter vertieft zu werden, da die Vorinstanz davon ausgehen durfte, dass der Beschwerdeführer in der Schweiz zumindest nicht als erfolgreich integriert gelten kann: Der Beschwerdeführer spricht nur "gebrochen Deutsch" und ist hier straffällig geworden. Mit Strafbefehl vom 7. Juni 2011 wurde er unter anderem wegen mehrfachen Betrugs, mehrfacher Gehilfenschaft zum Betrug, mehrfacher Urkundenfälschung sowie wegen Fälschung von Ausweisen verurteilt. Der Beschwerdeführer bzw. sein Arbeitgeber hatten insgesamt unrechtmässig Krankentaggelder in der Höhe von Fr. 17'875.65, SUVA-Unfallleistungen von Fr. 52'185.65, Schlechtwetterentschädigungen von Fr. 277'270.90 sowie Arbeitslosengelder von Fr. 9'878.75 bezogen. Im Übrigen ist der Beschwerdeführer bereits am 5. Dezember 2006 und am 18. Juli 2007 für sein früheres Verhalten ausländerrechtlich verwarnt worden. Mit der Vorinstanz ist unter diesen Umständen davon auszugehen, dass ihm die Fähigkeit oder die Bereitschaft fehlt, sich in die hiesige Rechtsordnung einzugliedern und sich an die in der Schweiz geltenden rechtlichen und gesellschaftlichen Regeln zu halten.
3.2.2 Nach Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG besteht der Bewilligungsanspruch nach einer gescheiterten Ehe fort, falls wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 348 ff.). Dabei ist ausschlaggebend, ob die persönliche, berufliche und familiäre Wiedereingliederung der betroffenen ausländischen Person bei einer Rückkehr in ihre Heimat als stark gefährdet zu gelten hätte und nicht, ob ein Leben in der Schweiz einfacher wäre und von ihr vorgezogen würde (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 350 und die Urteile 2C_489/2011 vom 16. Juni 2011 E. 2.2 sowie 2C_216/2009 vom 20. August 2009 E. 3). Ein persönlicher, nachehelicher Härtefall setzt aufgrund der gesamten Umstände eine erhebliche Intensität der Konsequenzen für das Privat- und Familienleben voraus, die mit der Lebenssituation nach dem Dahinfallen der gestützt auf Art. 42 Abs. 1 AuG abgeleiteten Anwesenheitsberechtigung verbunden sein muss (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 350 und das Urteil 2C_781/2010 vom 16. Februar 2011 E. 2.2). Wurden wie im vorliegenden Fall keine engen Beziehungen zur Schweiz geknüpft und war der Aufenthalt im Land nur von kurzer Dauer, besteht praxisgemäss kein Anspruch auf einen weiteren Verbleib, auch wenn die betroffene ausländische Person hier nicht straffällig geworden ist, gearbeitet hat und inzwischen allenfalls auch eine Landessprache beherrscht.
3.2.3 Der Beschwerdeführer ist in seiner Heimat sozialisiert worden. Er lebt - abgesehen von einigen kürzeren illegalen Aufenthalten oder jenen im Rahmen der Asylverfahren - erst seit 2006 in der Schweiz, wobei er lediglich von November 2006 bis November 2010 über eine Aufenthaltsbewilligung verfügt hat. Mit den Verhältnissen in seiner Heimat ist er nach wie vor vertraut. Neben drei Kindern verfügt er dort über weitere familiäre Beziehungen; es kann somit keine Rede davon sein, dass seine Wiedereingliederung gefährdet wäre. Der Umstand, dass die wirtschaftlichen Verhältnisse im Kosovo ungünstiger sind als in der Schweiz, begründet keinen nachehelichen Härtefall. Dass sich ein solcher aus seiner gesundheitlichen Situation ergeben würde, macht der Beschwerdeführer vor Bundesgericht nicht mehr geltend. Die Vorinstanz hat die Frage im Übrigen detailliert geprüft; es kann diesbezüglich sowie in allen weiteren Punkten ergänzend auf die zutreffenden Ausführungen im angefochtenen Urteil verwiesen werden (Art. 109 Abs. 3 BGG).
4. 4.1 Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf (überhaupt) eingetreten werden kann. Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache selber wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
4.2 Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar