Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Während Jahren vertrieb die A._ AG (Beklagte) in der Schweiz die Produkte der C._ GmbH mit Sitz in Deutschland. Dabei bezog die Beklagte die Produkte der C._ GmbH zunächst von der ebenfalls in Deutschland domizilierten D._ & Co. KG. Zu diesem Zweck wurde im Jahr 1959 zwischen der C._ GmbH - vertreten durch die D._ & Co. KG - sowie der Beklagten ein Vertrag abgeschlossen, welcher der Beklagten das Alleinvertriebsrecht für alle Produkte der C._ GmbH in der Schweiz sicherte.
Im Jahr 1974 wurde die Belieferung des Schweizer Marktes auf eine neue Grundlage gestellt. Zu diesem Zweck gründete die C._ GmbH die B._ GmbH mit Sitz in Baselland (Klägerin). In der Folge wurden zwischen den Beteiligten zwei neue Verträge abgeschlossen. In einem ersten Vertrag vom 24. Oktober 1974 vereinbarten die D._ & Co. KG und die Klägerin u.a., dass die Klägerin den Vertrieb der von der D._ & Co. KG angebotenen Arzneimittelspezialitäten übernehme, insbesondere den Vertrieb der Produkte der C._ GmbH (sog. Liefervertrag). Mit dem zweiten Vertrag ebenfalls vom 24. Oktober 1974 zwischen der Klägerin und der Beklagten wurde der Beklagten das Alleinvertriebsrecht eingeräumt über alle von der Klägerin angebotenen Arzneimittelspezialitäten der C._ GmbH (sog. Alleinvertriebsvertrag).
Einziger Verwaltungsrat und gleichzeitig Hauptaktionär der Beklagten war E._. Seine Söhne F._ und G._ sowie seine Ehefrau gehörten zur Geschäftsleitung der Beklagten. Gleichzeitig waren E._ sowie seine beiden Söhne F._und G._ auch Verwaltungsräte und Geschäftsleiter der Klägerin. In den Jahren 1987/1988 kam es zu Unstimmigkeiten zwischen den Parteien, worauf G._ mit sofortiger Wirkung als Geschäftsführer der Klägerin freigestellt wurde. Wenig später wurden E._ und sein Sohn G._ aus dem Verwaltungsrat der Klägerin abgewählt.
In der Folge beauftragte der Verwaltungsrat der Klägerin eine Treuhandgesellschaft mit der eingehenden Prüfung der Buchhaltung für die Jahre 1978-1988. Gestützt auf den Bericht der Treuhandgesellschaft wurde der Alleinvertriebsvertrag vom 24. Oktober 1974 von der Beklagten am 31. Mai 1989 fristlos gekündigt.
In der Folge beauftragte der Verwaltungsrat der Klägerin eine Treuhandgesellschaft mit der eingehenden Prüfung der Buchhaltung für die Jahre 1978-1988. Gestützt auf den Bericht der Treuhandgesellschaft wurde der Alleinvertriebsvertrag vom 24. Oktober 1974 von der Beklagten am 31. Mai 1989 fristlos gekündigt.
B. Ebenfalls gestützt auf diesen Bericht verlangte die Klägerin mit Klage vom 30. Januar 1992, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 1'829'614.12 zuzüglich Zins zu verpflichten. Die Beklagte beantragte, auf die Klage sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Mit Urteil vom 20. März 2000 verurteilte das Zivilgericht Basel-Stadt die Beklagte, der Klägerin Fr. 633'615.26 zuzüglich Zins zu bezahlen. Gegen dieses Urteil erhoben beide Parteien Appellation beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Mit Urteil vom 5. Dezember 2001 bestätigte das Appellationsgericht das erstinstanzliche Urteil.
B. Ebenfalls gestützt auf diesen Bericht verlangte die Klägerin mit Klage vom 30. Januar 1992, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 1'829'614.12 zuzüglich Zins zu verpflichten. Die Beklagte beantragte, auf die Klage sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Mit Urteil vom 20. März 2000 verurteilte das Zivilgericht Basel-Stadt die Beklagte, der Klägerin Fr. 633'615.26 zuzüglich Zins zu bezahlen. Gegen dieses Urteil erhoben beide Parteien Appellation beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Mit Urteil vom 5. Dezember 2001 bestätigte das Appellationsgericht das erstinstanzliche Urteil.
C. Mit Berufung vom 13. Juni 2002 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, in Abänderung des Urteils des Appellationsgerichtes Basel-Stadt vom 5. Dezember 2001 sei die im Umfang von CHF 335'954.86 gutgeheissene Forderung unter dem Titel "Falscher Rabattsatz" vollumfänglich abzuweisen und es sei die unter dem Titel "Direktlieferung" geltend gemachte Gegenforderung von CHF 65'466.00 gutzuheissen und zur Verrechnung zuzulassen. Eventuell sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhaltes und zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Klägerin beantragt, auf die Berufung sei nicht einzutreten, soweit sie sich auf die Forderungsposition "Falscher Rabattsatz" beziehe; eventuell sei die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Appellationsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Urteil vom 11. Oktober 2002 ist die gleichzeitig erhobene staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Forderung der Klägerin in der Höhe von CHF 1'829'614.12 setzte sich aus 15 Positionen zusammen. Im erstinstanzlichen Verfahren hat sich das Zivilgericht Basel-Stadt über die einzelnen Positionen in den Erwägungen 4.1 bis 4.15 geäussert. Im Verfahren vor dem Appellationsgericht waren aufgrund der Appellationen der Parteien noch 10 Positionen umstritten, zu denen sich das Appellationsgericht im Einzelnen geäussert bzw. auf die erstinstanzlichen Erwägungen verwiesen hat. Abgesehen davon hatte sich die Vorinstanz zu einer Gegenforderung der Beklagten wegen irrtümlich bezahlter Rechnungen für Ärztemuster in der Höhe von CHF 65'466.-- zu äussern.
1. Die Forderung der Klägerin in der Höhe von CHF 1'829'614.12 setzte sich aus 15 Positionen zusammen. Im erstinstanzlichen Verfahren hat sich das Zivilgericht Basel-Stadt über die einzelnen Positionen in den Erwägungen 4.1 bis 4.15 geäussert. Im Verfahren vor dem Appellationsgericht waren aufgrund der Appellationen der Parteien noch 10 Positionen umstritten, zu denen sich das Appellationsgericht im Einzelnen geäussert bzw. auf die erstinstanzlichen Erwägungen verwiesen hat. Abgesehen davon hatte sich die Vorinstanz zu einer Gegenforderung der Beklagten wegen irrtümlich bezahlter Rechnungen für Ärztemuster in der Höhe von CHF 65'466.-- zu äussern.
2. Die Beanstandungen, die im vorliegenden Verfahren erhoben werden, beziehen sich nur noch auf die von der Klägerin geltend gemachte Position "Falscher Rabattsatz" und auf die von der Beklagten geltend gemachte Gegenforderung für "Zuviel bezahlte Ärztemuster".
2. Die Beanstandungen, die im vorliegenden Verfahren erhoben werden, beziehen sich nur noch auf die von der Klägerin geltend gemachte Position "Falscher Rabattsatz" und auf die von der Beklagten geltend gemachte Gegenforderung für "Zuviel bezahlte Ärztemuster".
3. Zunächst ist zu prüfen, ob die Forderung der Klägerin in Bezug auf die Position "Falscher Rabattsatz" von der Vorinstanz zu Recht geschützt worden ist.
3.1 Die Parteien sind sich einig darin, dass die Beklagte gemäss dem Alleinvertriebsvertrag der Klägerin nur 80% des den Grossisten verrechneten Preises bezahlen musste und 20% als Entgelt für ihre Bemühungen als Alleinvertreterin behalten durfte. Unbestritten ist ebenfalls, dass die Klägerin für die während Jahren gelieferten Produkte geringfügig weniger als die vereinbarten 80% bezahlt hatte. Die Beklagte rechtfertigt dieses Vorgehen damit, dass die jeweiligen Preislisten der Firma D._ & Co. KG zugestellt und von dieser genehmigt worden seien. Es liege daher eine vom Alleinvertriebsvertrag abweichende Regelung vor, so dass keine Rückforderung geltend gemacht werden könne.
3.2 Zutreffend und unangefochten hat die Vorinstanz festgehalten, dass die angebliche Vereinbarung, die zwischen den Parteien in Abweichung vom Alleinvertriebsvertrag vom 24. Oktober 1974 abgeschlossen worden sein soll, wegen Doppelvertretung grundsätzlich unzulässig wäre, da für die Klägerin und die Beklagte die gleichen Organe handelten. Eine abweichende Vereinbarung könne nur dann unterstellt werden, wenn diese von den Aktionären der Klägerin genehmigt worden sei (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 363 m.w.H.). Umstritten ist, ob eine solche Genehmigung vorliegt.
3.3 Die Vorinstanz hat verbindlich festgehalten, dass ein tatsächlicher Wille der Aktionäre der Klägerin, eine vom Alleinvertriebsvertrag abweichende Regelung zu genehmigen, nicht nachgewiesen sei. Es ist deshalb zu prüfen, ob nach dem Vertrauensprinzip von einer Genehmigung durch die Aktionäre der Klägerin - d.h. der C._ GmbH bzw. I._ - ausgegangen werden kann.
3.4 Zunächst ist in diesem Zusammenhang festzuhalten, dass entsprechend den Vorbringen der Beklagten - und entgegen der von den kantonalen Instanzen vertretenen Auffassung - sämtliche Preis- und Preiserhöhungslisten K._ zur Genehmigung zugestellt worden waren. Ferner ist entsprechend der Deposition des Zeugen K._ davon auszugehen, dass dieser sie geprüft sowie zur Einsicht und zum Einverständnis an die C._ GmbH weitergeleitet und die C._ GmbH nie dagegen opponiert hatte. Entgegen der Darstellung der Beklagten kann hingegen von einer ausdrücklichen Genehmigung der jeweiligen Preis- und Preiserhöhungslisten durch die C._ GmbH bzw. durch I._ keine Rede sein. Insbesondere ergibt sich aus der Zeugenaussage von Georg Scheunemann auch nicht, dass er eine Genehmigung als Vertreter der C._ GmbH bzw. von Hans Henning Scharper ausgesprochen habe.
Zu prüfen ist damit nur, ob in Anwendung von <ref-law> aufgrund aller Umstände von einer stillschweigenden Genehmigung durch die C._ GmbH bzw. durch I._ ausgegangen werden kann. Auch dies ist zu verneinen. Entscheidend ist, dass die Klägerin keinen Grund für die Genehmigung eines Rabattes angeben konnte, der von dem in § 8 des Alleinvertriebsvertrages vom 24. Oktober 1974 vereinbarten Rabattsatz von 20% abweicht. Im Verfahren vor dem Zivilgericht hat die Beklagte eine Marge von mehr als 20% zunächst damit begründet, dass sie auch die Kosten der Verzollung getragen habe. In der Folge musste die Beklagte diesen Standpunkt aber fallen lassen und hat im Verfahren vor dem Appellationsgericht keine neue Begründung für einen von § 8 des Alleinvertriebsvertrages abweichenden Rabattsatz vorgebracht. Unter diesen Umständen ist nicht ersichtlich, weshalb die C._ GmbH bzw. I._ einem für die Klägerin ungünstigeren Rabattsatz hätten zustimmen sollen. Aus ihrem Stillschweigen kann daher nicht auf die von der Beklagten behaupteten Genehmigung geschlossen werden. Naheliegend ist vielmehr, dass die C._ GmbH bzw. I._ nicht bemerkt haben, dass die von K._ weitergeleiteten Preis- und Preiserhöhungslisten auf einem falschen Rabattsatz beruhten.
3.5 Insgesamt kann somit festgehalten werden, dass eine Genehmigung durch den Aktionär der Klägerin weder nachgewiesen ist noch sich aus dem Grundsatz von Treu und Glauben ergibt. Die Vorinstanz hat daher die Rückerstattungsforderung von Fr. 335'954.86, deren Quantitativ im Verfahren vor Bundesgericht nicht umstritten ist, zu Recht geschützt.
3.5 Insgesamt kann somit festgehalten werden, dass eine Genehmigung durch den Aktionär der Klägerin weder nachgewiesen ist noch sich aus dem Grundsatz von Treu und Glauben ergibt. Die Vorinstanz hat daher die Rückerstattungsforderung von Fr. 335'954.86, deren Quantitativ im Verfahren vor Bundesgericht nicht umstritten ist, zu Recht geschützt.
4. Weiter macht die Beklagte geltend, dass ihre Gegenforderung wegen irrtümlich bezahlter Rechnungen für Ärztemuster in der Höhe von CHF 65'466.-- von den kantonalen Instanzen zu Unrecht abgewiesen worden sei.
4.1 Unbestritten ist, dass der Klägerin aus der unentgeltlichen Lieferung von Ärztemustern keine Forderung gegenüber der Beklagten zusteht, weil Ärztemuster in der Regel gratis abgegeben werden. Umstritten ist hingegen die Frage, ob der Beklagten, welche der Klägerin für zwei an sich unentgeltliche Musterlieferungen Fr. 65'466.-- bezahlt hatte, ein entsprechender Rückforderungsanspruch zusteht. Die Vorinstanz hält einen Anspruch aus ungerechtfertigter Bereicherung für nicht gegeben und hat zur Begründung im Wesentlichen ausgeführt, die Beklagte habe diese Zahlung freiwillig geleistet und es sei nicht nachgewiesen, dass sie sich dabei in einem Irrtum befunden habe. Dagegen wendet die Klägerin einerseits ein, dass der Rückforderungsanspruch vertraglicher Natur sei, so dass sich die Frage der irrtümlichen Leistung gar nicht stelle; andrerseits kritisiert sie, dass von ihr verlangt worden sei, den Irrtum eigens zu beweisen.
4.2 Zunächst ist festzuhalten, dass der hier zu beurteilende Rückforderungsanspruch entgegen der Auffassung der Beklagten nicht auf vertraglicher Grundlage beruht, sondern sich aus ungerechtfertigter Bereicherung ergibt. In <ref-ruling> ff. wurde zwar ausgeführt, dass Ansprüche nach der Lehre vermehrt auf Vertrag statt auf ungerechtfertigte Bereicherung gestützt würden (E. 3c S. 122). Konkret wurde entschieden, dass zuviel bezahlte Akonto-Zahlungen aus Vertrag - und nicht aus ungerechtfertigter Bereicherung - zurückgefordert werden könnten, weil vertragliche Akonto-Zahlungen definitionsgemäss unter dem vertraglichen Vorbehalt der Abrechnung stünden und dementsprechend für die Nachforderung noch nicht erbrachter Leistungen bzw. die Rückforderung zuviel geleisteter Zahlungen ein vertraglicher Anspruch bestehe (insbes. E. 3d S. 122). Im Unterschied zu <ref-ruling> ff. besteht im vorliegenden Fall kein vertragliches Abrechnungsverhältnis, so dass für die Rückforderung der zu viel bezahlten Leistungen kein vertraglicher Anspruch geltend gemacht werden kann. Die Rückerstattung der zu viel bezahlten Beträge ist vertraglich weder vorgesehen noch in dem Sinn durch den Vertrag bedingt, dass deren Rückabwicklung - wie im Fall ungültiger oder angefochtener Verträge - als mindestens quasi-vertragliche anzusehen wären (<ref-ruling> E. 2d S. 158). Die Vorinstanz hat daher zu Recht aufgrund der Bestimmungen zur ungerechtfertigten Bereicherung geprüft, ob für zu viel bezahlte Ärztemuster eine Rückforderung von Fr. 65'466.-- geltend gemacht werden kann.
4.3 Gemäss <ref-law> kann bei einer freiwilligen Bezahlung einer Nichtschuld das Geleistete nur zurückgefordert werden, wenn der Betreffende nachweisen kann, dass er sich über die Schuldpflicht in einem Irrtum befunden hat. Die Beklagte beanstandet in diesem Zusammenhang, dass von ihr verlangt worden sei, ihren Irrtum eigens zu beweisen, weil sich nach der Rechtsprechung der Irrtum schon aus dem Nachweis des Nichtbestandes der Schuld ergebe. Dieser Einwand ist unbegründet. In BGE 64 II 121 ff., auf welchen Entscheid die Beklagte Bezug nimmt, hat das Bundesgericht erkannt, dass der Irrtum, aus dem eine Nichtschuld bezahlt werde, nicht entschuldbar zu sein brauche; vielmehr genüge zur Rückforderung auch ein unentschuldbarer Irrtum. Damit wurde keineswegs in Frage gestellt, dass die irrtümliche Zahlung Voraussetzung für die Rückforderung einer freiwillig bezahlten Nichtschuld ist (E. 5 S. 127 ff.). Wenn unter anderem in den Erwägungen bemerkt wird, das Erfordernis des Irrtums erkläre sich damit, dass ohne den Irrtum die Leistung vernünftigerweise (ausgenommen bei einer sittlichen Pflicht) nur als Ausfluss eines Schenkungswillens zu begreifen wäre (E. 5f. S. 129), so lässt sich daraus entgegen der Ansicht der Beklagten nicht umgekehrt schliessen, bei fehlendem Schenkungswille könne ohne weiteres auf das Vorliegen einer irrtümlichen Zahlung geschlossen werden. Schenkung und sittliche Pflicht sind nicht die einzig denkbaren Gründe, aus denen Leistungen erbracht werden, die bei genauer Betrachtung keine Vertragsgrundlage haben. Es bedarf daher des Nachweises des Irrtums durch die Partei, welche die Rückforderung anstrebt und behauptet, sie habe irrtümlich das Bestehen einer Verbindlichkeit angenommen. Da im angefochtenen Urteil verbindlich festgehalten wurde, dass ein Irrtum nicht nachgewiesen sei, hat die Vorinstanz den Rückforderungsanspruch gestützt auf <ref-law> zu Recht abgewiesen.
4.3 Gemäss <ref-law> kann bei einer freiwilligen Bezahlung einer Nichtschuld das Geleistete nur zurückgefordert werden, wenn der Betreffende nachweisen kann, dass er sich über die Schuldpflicht in einem Irrtum befunden hat. Die Beklagte beanstandet in diesem Zusammenhang, dass von ihr verlangt worden sei, ihren Irrtum eigens zu beweisen, weil sich nach der Rechtsprechung der Irrtum schon aus dem Nachweis des Nichtbestandes der Schuld ergebe. Dieser Einwand ist unbegründet. In BGE 64 II 121 ff., auf welchen Entscheid die Beklagte Bezug nimmt, hat das Bundesgericht erkannt, dass der Irrtum, aus dem eine Nichtschuld bezahlt werde, nicht entschuldbar zu sein brauche; vielmehr genüge zur Rückforderung auch ein unentschuldbarer Irrtum. Damit wurde keineswegs in Frage gestellt, dass die irrtümliche Zahlung Voraussetzung für die Rückforderung einer freiwillig bezahlten Nichtschuld ist (E. 5 S. 127 ff.). Wenn unter anderem in den Erwägungen bemerkt wird, das Erfordernis des Irrtums erkläre sich damit, dass ohne den Irrtum die Leistung vernünftigerweise (ausgenommen bei einer sittlichen Pflicht) nur als Ausfluss eines Schenkungswillens zu begreifen wäre (E. 5f. S. 129), so lässt sich daraus entgegen der Ansicht der Beklagten nicht umgekehrt schliessen, bei fehlendem Schenkungswille könne ohne weiteres auf das Vorliegen einer irrtümlichen Zahlung geschlossen werden. Schenkung und sittliche Pflicht sind nicht die einzig denkbaren Gründe, aus denen Leistungen erbracht werden, die bei genauer Betrachtung keine Vertragsgrundlage haben. Es bedarf daher des Nachweises des Irrtums durch die Partei, welche die Rückforderung anstrebt und behauptet, sie habe irrtümlich das Bestehen einer Verbindlichkeit angenommen. Da im angefochtenen Urteil verbindlich festgehalten wurde, dass ein Irrtum nicht nachgewiesen sei, hat die Vorinstanz den Rückforderungsanspruch gestützt auf <ref-law> zu Recht abgewiesen.
5. Die Berufung ist abzuweisen und das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 5. Dezember 2001 zu bestätigen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Appellationsgerichtes des Kantons Basel-Stadt vom 5. Dezember 2001 bestätigt.
1. Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Appellationsgerichtes des Kantons Basel-Stadt vom 5. Dezember 2001 bestätigt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3. Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
3. Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2002
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber