Sachverhalt:
A. Die X._ AG verfügte bei der Y._, heute Y._ AG, (Beschwerdegegnerin) seit 1986 über eine kollektive Krankentaggeldversicherung nach dem VVG. Per 1. Januar 2002 nahmen die X._ AG, handelnd durch ihren damaligen Verwaltungsratspräsidenten X._ (Beschwerdeführer), geboren 1932, und die Beschwerdegegnerin eine Versicherungsanpassung vor. Gemäss der ab 1. Januar 2002 bis 31. Dezember 2003 gültigen Police vom 20. März 2002 waren einerseits das gesamte Personal und andererseits in der Kategorie "Betriebsinhaber" X._ versichert. Im Versicherungsvertrag ab 1. Januar 2004 war für den Beschwerdeführer keine Versicherung mehr vorgesehen.
Der Beschwerdeführer war ab dem 1. November 2003 arbeitsunfähig. Die Beschwerdegegnerin richtete nach Ablauf der Wartezeit ab 1. Dezember 2003 bis 28. Mai 2004 während 180 Tagen Taggelder aus. Am 18. Juni 2004 schrieb sie dem Beschwerdeführer, dass mit der Abrechnung per 28. Mai 2004 die maximale Leistungsdauer erreicht sei. Der Beschwerdeführer machte darauf geltend, es sei eine Leistungsdauer von 730 Tagen verabredet worden. Er sei weiterhin arbeitsunfähig, weshalb ihm zusätzliche Taggeldleistungen zustünden.
B. Nach erfolglosem Sühnverfahren vor dem Friedensrichteramt der Stadt Dübendorf erhob der Beschwerdeführer am 12. Dezember 2005 Klage beim Bezirksgericht Uster, welches zufolge sachlicher Unzuständigkeit auf die Klage nicht eintrat und dieselbe dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich überwies. Dieses führte einen zweiten Schriftenwechsel durch. In der Replik beantragte der Beschwerdeführer, die Beschwerdegegnerin sei zu verurteilen, ihm Fr. 126'454.-- zuzüglich 5 % Verzugszins p.a. seit dem 15. Februar 2005 sowie Fr. 450.-- Friedensrichterkosten zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin beantragte die Abweisung der Klage. Mit Urteil vom 31. März 2009 wies das Sozialversicherungsgericht die Klage ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts vom 13. März 2009 aufzuheben. Die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm Fr. 126'454.-- zuzüglich 5 % Verzugszins p.a. seit dem 15. Februar 2005 sowie Fr. 450.-- Friedensrichterkosten zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Streitig sind Leistungen aus einer Zusatzversicherung zur sozialen Krankenversicherung. Derartige Zusatzversicherungen unterstehen gemäss Art. 12 Abs. 2 und 3 des Bundesgesetzes vom 18. März 1994 über die Krankenversicherung (KVG; SR 832.10) dem Versicherungsvertragsgesetz vom 2. April 1908 (VVG; SR 221.299.1). Streitigkeiten aus solchen Versicherungen sind privatrechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 2.1 S. 442). Bei der vorliegenden Streitsache, mit der Taggeldleistungen verlangt werden, handelt es sich überdies um eine vermögensrechtliche Angelegenheit. Der Streitwert übersteigt die Grenze von Fr. 30'000.-- (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid wurde vom Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gefällt. Dieses entscheidet gemäss kantonalem Recht als einzige kantonale Instanz. Es nimmt zwar von der Einbettung in die zürcherische Gerichtsorganisation her die Stellung eines oberen Gerichts ein, fungiert aber im vorliegenden Fall nicht als Rechtsmittelinstanz im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.2.2.2 S. 443 f.). Dies schadet nicht, da die Frist zur Anpassung der kantonalen Ordnung nach <ref-law> noch läuft. Eine solche Anpassung wird sich ohnehin mit Inkrafttreten der schweizerischen Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 (ZPO; BBl 2009 21) erübrigen. Denn nach <ref-law> können die Kantone für Streitigkeiten aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung ein Gericht bezeichnen, das als einzige kantonale Instanz zuständig ist. Gleichzeitig wird <ref-law> dahingehend abgeändert, dass als Ausnahme vom Grundsatz des doppelten Instanzenzuges eine einzige kantonale Instanz nicht mehr von einem Bundesgesetz vorgeschrieben sein muss, sondern dass es genügt, wenn ein Bundesgesetz eine solche vorsieht.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Parteien streiten sich über die für den Beschwerdeführer geltende Leistungsdauer.
2.1 Ist hinsichtlich der Tragweite einer Klausel der vorformulierten allgemeinen Versicherungsbedingungen (AVB) ein übereinstimmender wirklicher Wille der Parteien nicht festgestellt, richtet sich die Auslegung nach den Grundsätzen der normativen Vertragsauslegung. Vorformulierte Vertragsbestimmungen sind grundsätzlich nach den gleichen Regeln wie individuell verfasste Vertragsklauseln auszulegen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 227 mit Hinweis); es ist demnach zu eruieren, wie der Versicherungsnehmer die AVB nach Treu und Glauben verstehen durfte (<ref-ruling> E. 3.3 S. 681 f.). Dabei hat der Richter vom Wortlaut auszugehen und die Klauseln im Zusammenhang so auszulegen, wie sie nach den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten; er hat dabei auch zu berücksichtigen, was sachgerecht ist (<ref-ruling> E. 2.2). Von der global erklärten Zustimmung zu allgemeinen Vertragsbedingungen sind indessen alle ungewöhnlichen Klauseln ausgenommen, auf deren Vorhandensein die schwächere oder weniger geschäftserfahrene Partei nicht gesondert aufmerksam gemacht worden ist, da davon auszugehen ist, dass ein unerfahrener Vertragspartner ungewöhnlichen Klauseln, die zu einer wesentlichen Änderung des Vertragscharakters führen oder in erheblichem Masse aus dem gesetzlichen Rahmen des Vertragstypus fallen, nicht zustimmt. Je stärker eine Klausel die Rechtsstellung des Vertragspartners beeinträchtigt, desto eher ist sie als ungewöhnlich zu qualifizieren (<ref-ruling> E. 1.3 S. 227 f. mit Hinweisen). Diese Auslegungsgrundsätze werden vom Bundesgericht als Rechtsfragen frei überprüft (<ref-ruling> E. 2.2, 675 E. 3.3 S. 682).
2.2 Die Vorinstanz stellte keinen übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen fest. Sie prüfte, ob bei objektivierter Auslegung der Police von einer auch nach Eintritt des AHV-Alters geltenden, individuell vereinbarten Leistungsdauer von 730 Tagen auszugehen sei, welche widersprechenden AVB-Bestimmungen vorginge. Dies verneinte sie. Vielmehr sehe die individuelle Abmachung diesbezüglich ausdrücklich die Anwendbarkeit von Art. B 3 Abs. 6 AVB vor. Mangels Mehrdeutigkeit bestehe für die Unklarheitsregel kein Raum. Auch sei die Regelung weder ungewöhnlich noch unbillig.
2.3 Die Police sieht in der Kategorie 1 "Personal" das gesamte Personal (ohne den Beschwerdeführer) mit den effektiven Löhnen vor. Versichert ist ein Krankentaggeld von 90 % des versicherten Lohnes. Unter dem Titel "Leistungsdauer" wird festgehalten: "730 Tage abzüglich Wartefrist, für Versicherte im AHV-Alter siehe auch Art. B 3 Absatz 6 der AVB". Die Wartefrist beträgt 7 Tage.
In der Kategorie 2 "Betriebsinhaber" ist einzig der Beschwerdeführer, geboren am 7. Februar 1932, mit einem Jahreslohn von Fr. 84'000.-- versichert. Die Police sieht weiter Folgendes vor:
"Krankentaggeld (EVB 70 und 71) 100 % des versicherten Lohnes
- Leistungsdauer 730 Tage abzüglich Wartefrist
für Versicherte im AHV-Alter siehe
auch Art. B 3 Absatz 6 der AVB
- Wartefrist 30 Tage
- Prämiensatz 2.33 %"
Als Vertragsgrundlagen der kollektiven Krankentaggeldversicherung führt die Police die AVB, Ausgabe 05.1999, an sowie Nrn. 70, 71 und 73 der "Ergänzenden Vertragsbedingungen" (EVB), Ausgabe 05.1999. Unter "Besonderen Vertragsbedingungen" (BVB) wird unter dem Titel "Betriebsinhaber" aufgeführt:
"Herr X._, geb. 07.02.1932, gilt als Betriebsinhaber im Sinne der Allgemeinen und Ergänzenden Bedingungen. In teilweiser Abänderung von Art. A 4 Abs. 2 der Allgemeinen Bedingungen erlischt der Versicherungsschutz für Herrn X._ nach Vollendung des 75. Altersjahres."
Art. B 3 AVB ist mit "Leistungsdauer" überschrieben. Absatz 6 lautet folgendermassen:
"Vom AHV-Rentenalter an besteht ein Leistungsanspruch nur noch solange, bis die gesetzliche Lohnfortzahlungspflicht des Arbeitgebers abgegolten ist, maximal jedoch noch für insgesamt 180 Tage für alle laufenden und künftigen Versicherungsfälle zusammen, es sei denn, die auf der Police aufgeführte Leistungsdauer werde vorher erreicht. Mit der Vollendung des 70. Altersjahrs endet jeglicher Leistungsanspruch."
Art. 70 EVB sieht für Betriebsinhaber und Familienmitglieder mit fester Lohnsumme Regelungen vor, die teilweise von den AVB abweichen. Art. 70 Abs. 5 EVB lautet wie folgt:
"In Abänderung von Art. B 3 Absatz 6 der AVB ist die Leistung im AHV-Rentenalter nicht durch die Dauer der gesetzlichen Lohnfortzahlungspflicht beschränkt."
2.4 Die Police bestimmt demnach für beide Kategorien von Versicherten die Leistungsdauer grundsätzlich auf 730 Tage (abzüglich Wartefrist) und verweist für Versicherte im AHV-Alter auf Art. B 3 Abs. 6 AVB, der den Leistungsanspruch vom AHV-Alter an zeitlich beschränkt. Diese Regelung gibt klar und deutlich darüber Auskunft, welche Leistungsdauer gilt. Es mag sein, dass die Erwähnung der grundsätzlichen Leistungsdauer von 730 Tagen in der Kategorie 2 überflüssig war bzw. ohne Anwendungsbereich blieb, weil in dieser Kategorie nur eine Person, nämlich der bereits im AHV-Alter stehende Beschwerdeführer, und keine anderen, nicht im AHV-Alter stehenden Personen versichert waren. Auch bei der gewählten Formulierung wird aber klar, dass betreffend die Leistungsdauer für Versicherte im AHV-Alter Art. B 3 Abs. 6 AVB zu konsultieren ist, auf den gut erkennbar, unmittelbar im Anschluss an die angeführte grundsätzliche Leistungsdauer von 730 Tagen hingewiesen wird. Es sind keine sachlichen Gründe ersichtlich, die dem Beschwerdeführer erlaubt hätten anzunehmen, dass der klare Hinweis auf die Regelung der Leistungsdauer für Versicherte im AHV-Alter für ihn nicht massgebend sei. Der Beschwerdeführer macht denn auch keine entsprechenden Gründe geltend und zeigt nicht auf, welche Bedeutung dem Hinweis sonst hätte zukommen sollen.
Für den Vertragsinhalt ist nicht der Versicherungsantrag, sondern die Police massgebend (vgl. <ref-law>). Die Bezugnahme auf den Versicherungsantrag vermag deshalb dem Beschwerdeführer für seine Argumentation nicht weiterzuhelfen. Die Police ist nach Treu und Glauben eindeutig dahingehend zu verstehen, dass die Leistungsdauer für Versicherte im AHV-Alter, also namentlich für den Beschwerdeführer, aufgrund von Art. B 3 Abs. 6 AVB bestimmt wird. Diese Regelung ist nicht mehrdeutig. Für die Unklarheitsregel besteht daher entgegen dem Beschwerdeführer von vornherein kein Raum (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.2.3 S. 69, 607 E. 2.2, je mit Hinweisen). Ebenso wenig gelangt <ref-law> zur Anwendung, da Art. B 3 Abs. 6 AVB keinen Ausschlusstatbestand statuiert.
Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) ging es bei der Vertragsanpassung per 1. Januar 2002 insbesondere auch darum, dass die Versicherung für den Beschwerdeführer, der am 7. Februar 2002 das 70. Altersjahr vollendete, weitergeführt werden würde. Entsprechend sahen die besonderen Vertragsbedingungen in Abweichung von den AVB vor, dass für den Beschwerdeführer der Versicherungsschutz erst nach Vollendung des 75. Altersjahrs ende. Der Beschwerdeführer durfte aber nicht erwarten, dass bei erhöhtem Risiko (infolge höheren Alters) für die gleichen Prämien die früheren Leistungen erbracht würden. Ohnehin blieb im vorinstanzlichen Verfahren die Behauptung des Beschwerdeführers unbewiesen, dass im vorherigen Versicherungsvertrag die Prämie bei Versicherung einer Leistungsdauer von 730 Tagen gleich hoch gewesen sei. Der Beschwerdeführer kann daher aus dieser Behauptung nichts für seinen Standpunkt ableiten.
Zusammenfassend hat die Vorinstanz mit ihrer Auslegung, wonach aufgrund der Police nicht von der individuellen Vereinbarung einer im AHV-Alter geltenden Leistungsdauer von 730 Tagen ausgegangen werden kann, den Vertrauensgrundsatz nicht verletzt.
2.5 Die Vorinstanz legte - unter Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung - überzeugend dar, dass die getroffene Regelung inhaltlich weder ungewöhnlich noch unbillig ist. Der Beschwerdeführer stellt dies grundsätzlich nicht in Abrede, hält der Vorinstanz aber vor, dass sie nicht geprüft habe, ob die beschränkte Leistungsdauer im vorliegenden Einzelfall unbillig sei. Er nennt jedoch keine Umstände, die er vor der Vorinstanz geltend gemacht hätte und aufgrund derer auf eine Unbilligkeit in seinem spezifischen Fall hätte geschlossen werden müssen. In der Beschwerde führt er lediglich aus, dass er "über das Erreichen des AHV-Alters weiter arbeiten wollte oder musste". Das reicht nicht, um Unbilligkeit zu indizieren.
Die Vorinstanz konnte auch keine Ungewöhnlichkeit aus anderen Gründen, etwa wegen einer versteckten Platzierung, erkennen. Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, die Vorinstanz blende aus, dass unmittelbar vor dem Hinweis auf Art. B 3 Abs. 6 AVB von einer Leistungsdauer von 730 Tagen gesprochen werde und dass andererseits eine weitere Bestimmung in einem dritten Dokument, nämlich Art. 70 Abs. 5 EVB die Geltung von Art. B 3 Abs. 6 AVB wieder einschränke. Dies erscheine sowohl unklar wie ungewöhnlich, wenn man bedenke, wie einfach es gewesen wäre, direkt auf eine Leistungsdauer von bloss 180 Tagen hinzuweisen.
Dem kann nicht gefolgt werden. Der für Versicherte im AHV-Alter geltende Hinweis auf Art. B 3 Abs. 6 AVB findet sich in der Police unter dem massgebenden Titel "Leistungsdauer", also am Ort, wo er hingehört und gesucht wird. Indem er unmittelbar auf die angeführte grundsätzliche Leistungsdauer von 730 Tagen folgt, ist auch leicht erkennbar, dass es sich um eine vom Grundsatz abweichende, speziell für Versicherte im AHV-Alter geltende Regelung handelt. Die Platzierung ist daher nicht ungewöhnlich.
Ebenso wenig wird die Regelung durch Art. 70 Abs. 5 EVB unklar. Diese Bestimmung stellt zugunsten von Betriebsinhabern sicher, dass die nach Art. B 3 Abs. 6 AVB maximale Leistungsdauer von 180 Tagen nicht durch die Dauer der gesetzlichen Lohnfortzahlungspflicht verkürzt wird. Wohl wäre es möglicherweise einfacher gewesen, in der Police bei der Leistungsdauer für den Beschwerdeführer direkt 180 Tage aufzuführen. Es ist allerdings zu berücksichtigen, dass die Versicherung des Beschwerdeführers im Rahmen und als Teil der Police der gesamten kollektiven Krankentaggeldversicherung erfolgte, in der das Zusammenspiel von Police, AVB und EVB Sinn macht und erforderlich ist. Zudem kann eine Regelung nicht nur deshalb als unklar betrachtet werden, weil eine andere einfacher gewesen wäre.
3. Die Beschwerde erweist sich demzufolge als unbegründet und ist abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, I. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juli 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer