<ref-law>; Vertragsauslegung, hat sich ergeben:
A.- Die Vesten AG mit Sitz in Stans verkauft Behälter der Marke "Tendertainer", welche der Fleischveredelung dienen.
Im November 1993 lieferte sie der in Deutschland ansässigen Robert Raffalt Fleischwarenfabrik GmbH (im Folgenden:
Raffalt) 100 solche Behälter. Mit Vertrag vom 20. April 1995 verpflichtete sich die Raffalt gegenüber der Robert Müller GmbH, ebenfalls mit Sitz in Deutschland, zur Lieferung von mittels Tendertainer gereiftem Rind-, Schweine- und Kalbfleisch.
Unter Ziff. 7 sah der Vertrag vor:
"Firma Robert Müller verpflichtet sich, falls sie das
unter Punkt 1 aufgeführte Sortiment andersweitig
produzieren möchte, für eine Kündigungsfrist von 4
Monaten und die Rücknahme der Tendertainer für den
Restbuchungswert bei einer linearen Abschreibung von 5
Jahren.. "
Die Vesten AG, welche diesen Vertrag vermittelt hatte, machte die Raffalt mit Fax vom 24. April 1995 darauf aufmerksam, dass sie für die Bewältigung des Auftragsvolumens mindestens 200 Tendertainer benötigen werde, weshalb sie weitere 100 Stück bei ihr bestellen solle, was die Raffalt in der Folge auch tat. Nach der Auslieferung wurde die Bestellmenge aber durch Vereinbarung vom 13. September 1995 auf 52 Behälter reduziert und der Kaufpreis auf DM 394'082.-- festgesetzt.
Die Raffalt beglich diesen Preis, soweit er nicht bereits durch eine Anzahlung gedeckt war, noch am selben Tag.
Am 15. September 1995 wurden die von der Bestellungsstornierung betroffenen 48 Behälter bei der Raffalt abgeholt und am 22. September 1995 an die Steinbachtaler Fleisch- und Wurstwarenfabrik Reinhardt GmbH (nachstehend: Reinhardt) geliefert.
Die Vesten AG bestätigte der Reinhardt mit Schreiben vom 22. September 1995 einen Kaufpreis für die 48 Tendertainer von DM 363'768.--. Mit gleichem Datum unterbreitete sie der Robert Müller GmbH ein Schreiben folgenden Inhalts:
"Wir bestätigen Ihnen hiermit, dass die Metzgerei Robert
Müller Ihren Vertrag vom 20.4.95 betreffend der Rücknahme
der von der Firma Raffalt gekauften Tendertainer
(52 Stück), an die Vesten AG abtritt, und die Vesten AG
die Abtretung annimmt.. "
Die Robert Müller GmbH unterzeichnete dieses Schreiben.
Mit Fax vom 28. September 1995 teilte die Vesten AG der Raffalt mit, die dieser verbliebenen 52 Tendertainer reichten für die Bewältigung des reduzierten Auftrages nicht aus. Die Raffalt antwortete darauf am 4. Oktober 1995, sie habe von der anderweitigen Produktion des restlichen Fleischprogramms erfahren und verlange die vorgesehene Kündigung des Vertrages und die Übernahme der 160 Tendertainer. Die Vesten AG informierte die Robert Müller GmbH, welche der Raffalt am 9. Oktober 1995 schriftlich mitteilte, sie werde das Schweinefleisch selber reifen und einen Teil des Sortiments durch die Reinhardt beziehen. In der Folge kam es zu einer gerichtlichen Auseinandersetzung zwischen der Raffalt und der Robert Müller GmbH vor dem Landgericht Fulda. Dieses hielt in seinem Urteil vom 31. Oktober 1996 fest, die Robert Müller GmbH habe das Vertragsverhältnis mit der Raffalt mit ihrem Schreiben vom 9. Oktober 1995 wirksam gekündigt und sei gemäss der Vereinbarung vom 20. April 1995 verpflichtet, die von der Raffalt für die Erfüllung des Auftrages angeschafften und noch vorhandenen 160 Tendertainer gegen Erstattung des Kaufpreises zu übernehmen. Mit Schreiben vom 12. Dezember 1996 forderte die Robert Müller GmbH die Vesten AG unter Hinweis auf die Vereinbarung vom 22. September 1995 auf, 52 Tendertainer gegen Bezahlung von DM 394'082.-- bis am 2. Januar 1997 zurückzunehmen. Die Vesten AG wies dies mit der Begründung zurück, sie habe ihre Verpflichtung aus der fraglichen Vereinbarung durch die Rücknahme von 48 Tendertainern am 15. September 1995 bereits erfüllt.
B.- Mit Klage vom 20./23. Oktober 1997 beantragte die Robert Müller GmbH dem Kantonsgericht Nidwalden, die Vesten AG Zug um Zug gegen die Übergabe von 52 Tendertainern zur Bezahlung von DM 394'082.--, eventuell von sFr. 324'132.--, nebst Zins zu 5 % seit 3. Januar 1997 zu verpflichten. Das Kantonsgericht hiess die Klage gut. Auf Appellation der Beklagten hin bestätigte das Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, den erstinstanzlichen Entscheid.
C.- Die Beklagte führt gegen den Entscheid des Obergerichts sowohl Berufung als auch staatsrechtliche Beschwerde.
Das Bundesgericht hat die Beschwerde mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit es darauf eintrat. Mit der vorliegenden Berufung beantragt die Beklagte die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Abweisung der Klage, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist in der Berufungsschrift anzugeben, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie der angefochtene Entscheid verletzt. Unzulässig sind dagegen Rügen, die sich gegen die tatsächlichen Feststellungen und gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz richten (<ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2 S. 93, 480 E. 3d S. 489, 745 E. 3 S. 749 mit Hinweisen), es sei denn, es werde dieser zugleich ein offensichtliches Versehen, eine Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften (Art. 63 Abs. 2 OG) oder unvollständige Ermittlung des Sachverhalts vorgeworfen (Art. 64 OG). Soweit die Beklagte, ohne eine der erwähnten Ausnahmen geltend zu machen, sachverhaltliche Ausführungen macht, die in den Feststellungen der Vorinstanz (welche diesbezüglich auf das erstinstanzliche Urteil verweist) keine Stütze finden, sind diese unbeachtlich.
2.- Die Beklagte macht geltend, die Vorinstanz habe in verschiedener Hinsicht <ref-law> verletzt.
a) <ref-law> regelt nach der Rechtsprechung einerseits die Beweislastverteilung und gibt anderseits der beweisbelasteten Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, zum Beweis zugelassen zu werden, sofern ihr Beweisantrag rechtserhebliche Tatsachen betrifft und nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht. Dieser Beweisführungsanspruch ist insbesondere verletzt, wenn der kantonale Richter Behauptungen einer Partei unbekümmert darum, dass sie von der Gegenpartei bestritten worden sind, als richtig hinnimmt oder über rechtserhebliche Tatsachen überhaupt nicht Beweis führen lässt.
b) Die Beschwerdeführerin reichte im Verfahren vor der Vorinstanz neu Kopien eines schriftlichen Auftrages der Raffalt vom 20. April 1995 sowie eines Vertrages der Reinhardt mit der Beschwerdegegnerin zu den Akten. Die Vorinstanz liess die beiden Urkunden nicht zum Beweis zu, da sie nach <ref-law>/NW als verspätet zu erachten seien. Die Beklagte rügt, die Nichtzulassung der beiden Urkunden zum Beweis verletze <ref-law>.
Da die Vorinstanz die Konformität der Beweisanträge mit dem kantonalen Recht verneint (vgl. auch E. 4b im konnexen Beschwerdeverfahren [4P. 113/2000]), besteht nach dem Gesagten kein Beweisführungsanspruch aus <ref-law>. Die Rüge stösst damit ins Leere.
c) Im Verfahren vor der Vorinstanz hatte die Beklagte die Edition des Originalvertrages vom 22. September 1995 durch die Klägerin u.a. deshalb verlangt, weil "aller Wahrscheinlichkeit nach" auf dem Original ein Vermerk über die bereits erfolgte Umplatzierung von 48 Tendertainern an die Reinhardt angebracht worden sei. Die Vorinstanz wies den Editionsantrag ab, weil die Beschwerdegegnerin glaubhaft dargelegt habe, dass sie gar nicht im Besitz des Originalvertrages sei.
Die Beklagte rügt, die Behauptung der Klägerin, über den Originalvertrag nicht zu verfügen, sei unglaubwürdig. Die Beweislast treffe die Klägerin, weshalb es <ref-law> verletze, wenn die Vorinstanz "die bestrittene Behauptung der Gegenpartei in Bezug auf die erfolgte Umplatzierung der 48 Tendertainer an Steinbachtaler-Reinhardt als richtig erachtet".
Diese Ausführungen sind nicht nachvollziehbar. Die Verletzung kantonalen Rechts, namentlich die Frage, ob aus der Editionsverweigerung seitens der Klägerin auf die Richtigkeit der beklagtischen Behauptungen über den Inhalt des Originalvertrages zu schliessen sei, kann mit der Berufung nicht gerügt werden (vgl. aber E. 4c im konnexen Beschwerdeverfahren [4P. 113/2000]). Im Übrigen trägt die Beklagte die Beweislast und damit das Beweisrisiko für den von ihr behaupteten Inhalt des Originalvertrages. Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht ersichtlich.
d) Die Vorinstanz befand sodann die beiden von der Beklagten im Zusammenhang mit dem Gerichtsverfahren zwischen der Klägerin und der Raffalt anbegehrten Urkunden für die sich im vorliegenden Verfahren stellenden Rechtsfragen als unbehelflich. Die Beklagte rügt, dies verletze <ref-law>.
<ref-law> schreibt dem Richter nicht vor, mit welchen Mitteln er den Sachverhalt abzuklären und wie er das Ergebnis seiner Abklärungen zu würdigen hat. Namentlich ist ihm nicht verboten, angebotene Beweise vorweg zu würdigen und auf ihre Abnahme zu verzichten, wenn er davon überzeugt ist, sie vermöchten zum massgeblichen Beweisergebnis nichts mehr beizutragen (<ref-ruling> E. 6b S. 450 mit Hinweis). Es liegt hier daher keine Verletzung von <ref-law> vor; ob die antizipierte Beweiswürdigung zutreffend vorgenommen wurde, ist im Lichte von <ref-law> nicht zu prüfen.
e) Die Vorinstanz verzichtete auf die Einvernahme der von der Beklagten gestellten Zeugen Wolfgang Schilling und Susanne Rieder, die hätten bestätigen sollen, dass die Klägerin die Beklagte mit der Suche nach einer neuen Produzentin und Lieferantin von gereiftem Fleisch beauftragt habe, nachdem sie mit den von der Raffalt gebotenen Qualitätsstandards nicht zufrieden gewesen sei. Die Vorinstanz betrachtete die Frage, ob dies zutreffe, als nicht entscheidwesentlich; auch die beantragte Aussage der Zeugen zu anderen Sachverhaltsfragen vermöchte am massgebenden Beweisergebnis nichts zu ändern. Die Beklagte erblickt darin eine Verletzung von <ref-law>. Sie legt aber nicht dar, und es ist auch nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz die Entscheidwesentlichkeit der beantragten Aussagen zu Unrecht verneinte.
3.- Die Beklagte rügt, mit der Vereinbarung vom 22. September 1995 habe sie sich entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht unter der Suspensivbedingung der Auflösung des Vertrages vom 20. April 1995 durch die Klägerin verpflichtet, dieser die zurückzunehmenden Tendertainer abzukaufen, sondern es handle sich um eine Schuldübernahme bzw. um die Übernahme eines Vertragsverhältnisses. Die Schuldübernahme habe gemäss <ref-law> durch Vertrag des Übernehmers mit dem Gläubiger vollzogen zu werden. Ein solcher sei aber vorliegend nicht geschlossen worden.
In der Tat erscheint fraglich, ob die Vereinbarung vom 22. September 1995 nicht eher als Schuldübernahme gemäss <ref-law> denn als Kaufvertrag zu qualifizieren wäre. Dass sich die Beklagte verpflichtete, sich unter Befreiung der Klägerin zur Schuldnerin der Raffalt zu machen, geht daraus aber nicht hervor; es handelte sich vielmehr allenfalls um eine interne Schuldübernahme, welche die Beklagte verpflichten würde, an der Klägerin Statt an die Raffalt zu leisten.
Es ist aber weder dargelegt noch - angesichts der rein internen Natur der Schuldübernahme - ersichtlich, inwiefern die Beklagte dadurch, dass die Klägerin nunmehr sich selbst als Zahlstelle bezeichnet, benachteiligt würde, oder welche schützenswerten Gründe sie dafür hegen könnte, entgegen dem Willen der Gläubigerin einzig an die Raffalt zahlen zu wollen.
Die Tendertainer befinden sich nach den eigenen Angaben der Beklagten noch bei der Raffalt, doch wäre auch hier kein Nachteil dargetan oder ersichtlich, wenn die Behälter bei der Klägerin zu behändigen wären. Eine Verweigerung der Erfüllung an die Klägerin unter Berufung darauf, es sei an die Raffalt zu leisten, wäre - falls die Ausführungen der Beklagten überhaupt in diesem Sinne zu deuten sind - rechtsmissbräuchlich und damit nicht zu schützen (vgl. auch E. 5).
4.- Das Kantonsgericht, auf dessen Erwägungen die Vorinstanz in Bezug auf die rechtliche Würdigung verweist, erachtete die aufschiebende Bedingung, unter welcher das Übernahmeversprechen vom 22. September 1995 stand, mit dem Schreiben der Klägerin an die Raffalt vom 9. Oktober 1995 als eingetreten.
In dem Schreiben erkläre die Klägerin, das Schweinefleisch inskünftig selbst reifen und einen Teil der Produktion durch die Reinhardt vornehmen lassen, insoweit also das Fleischsortiment anderweitig produzieren zu wollen. Die Beklagte rügt, nach dem Vertrag vom 20. April 1995 bestehe eine Rücknahmepflicht nur für den Fall, dass die Klägerin das Fleischsortiment anderweitig produzieren lassen wolle; es genüge also nicht, wenn der Vertrag wegen Ungenügens der Leistungen der Raffalt aufgelöst werde. Da die Klägerin gemäss ihrem Schreiben vom 9. Oktober 1995 das Schweinefleisch selbst reifen lassen wolle, sei das Erfordernis, dass sie "anderweitig" produzieren lassen wolle, insoweit nicht erfüllt.
Diese Argumentation ist nicht nachvollziehbar. Die Rücknahmepflicht gemäss dem Vertrag vom 20. April 1995 bezog sich unmissverständlich auf den Fall, dass die Klägerin die Fleischproduktion anders als durch die Raffalt bewerkstelligen wollte; dabei kann es keine Rolle spielen, ob sie entsprechende Aufträge an Dritte vergab oder die Produktion selbst übernahm.
5.- Die Beklagte behauptet, die Tendertainer befänden sich nach wie vor bei der Raffalt, so dass die Klägerin diese der Beklagten nicht übergeben könne und die Klage schon aus diesem Grund abzuweisen sei. Dem ist nicht zu folgen. Soweit nicht ohnehin davon auszugehen ist, dass die Beklagte die Behälter bei der Raffalt zu behändigen hat (vgl. E. 3), ist es Sache der Klägerin, deren Übernahme durch die Beklagte zu ermöglichen, verpflichtet doch das angefochtene Urteil die Beklagte nur "Zug um Zug gegen Übergabe" der 52 Tendertainer zur Bezahlung der Urteilssumme. Welche Abmachungen diesbezüglich zwischen der Klägerin und der Raffalt getroffen wurden, ist unerheblich.
6.- Die Beklagte kritisiert schliesslich, dass die Vorinstanzen davon ausgingen, die Raffalt habe im Nachgang zum Vertrag vom 20. April 1995 lediglich 52 Tendertainer von der Beklagten gekauft. In Tat und Wahrheit seien 100 Tendertainer gekauft, das Geschäft dann aber in Bezug auf 48 Behälter rückgängig gemacht worden. Diese Frage ist im Hinblick auf die Ermittlung des tatsächlichen Parteiwillens beim Abschluss der Vereinbarung vom 22. September 1995 von Bedeutung; es handelt sich mit anderen Worten um eine Vorfrage im Rahmen der Sachverhaltsermittlung (vgl. E. 3 im konnexen Beschwerdeverfahren [4P. 113/2000]). Die Feststellungen der Vorinstanz über den tatsächlichen Parteiwillen sind für das Bundesgericht als Berufungsinstanz grundsätzlich verbindlich (Art. 63 Abs. 2 OG); Ausnahmen von diesem Grundsatz werden nicht geltend gemacht. Damit ist auf die Rüge nicht einzutreten.
7.- Nach dem Gesagten ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts (Zivilabteilung Grosse Kammer) des Kantons Nidwalden vom 9. März 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (Zivilabteilung Grosse Kammer) des Kantons Nidwalden schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 21. August 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: