Sachverhalt:
A. Die X._ GmbH (Verkäuferin) erwarb am 23. Januar 2008 das Grundstück GB AB._ und begann mit dem Bau eines Einfamilienhauses. Im August 2008 unterzeichnete sie mit Y._ (Käufer) einen nicht datierten, handschriftlich abgefassten "Vorvertrag zum Abschluss eines Kaufvertrages".
Am 2. Oktober 2008 schlossen die Parteien einen öffentlich beurkundeten Kaufvertrag über das Grundstück GB AB._ zum Preis von Fr. 650'000.--. Zu diesem Zeitpunkt war das Haus im Rohbau fertiggestellt und der Innenausbau weitgehend vollendet, es standen aber noch Umgebungsarbeiten aus. Der Niveauunterschied zwischen Garten und Oberkant Erdgeschoss betrug ca. 50 cm.
Vom Kaufpreis bezahlte der Käufer Fr. 600'000.-- und behielt Fr. 50'000.-- zurück mit der Begründung, das Haus sei wegen des Niveauunterschieds mangelhaft und wegen Nichtfertigstellung des Gartens unvollendet.
Die Verkäuferin betrieb den Käufer am 8. Januar 2009 über Fr. 50'000.-- nebst Zins zu 5% seit 31. Oktober 2008. Der Käufer erhob Rechtsvorschlag und leistete am 28. Januar 2009 eine weitere Zahlung von Fr. 20'000.--.
B. B.a Mit Klage vom 13. Juli 2009 vor dem Richteramt Solothurn Lebern beantragte die X._ GmbH (Klägerin und Widerbeklagte) die Verurteilung des Y._ (Beklagter und Widerkläger) zur Bezahlung von Fr. 30'000.-- zuzüglich Zins zu 5% seit 31. Oktober 2008, Fr. 313.86 zuzüglich Zins zu 5% seit 1. Mai 2009 und Fr. 224.--, sowie Aufhebung des Rechtsvorschlages in der Betreibung Nr. 210922 des Betreibungsamtes Region Solothurn vom 8. Januar 2008 für den Betrag von Fr. 30'000.-- zuzüglich Zins zu 5% seit 31. Oktober 2008. Der Beklagte und Widerkläger beantragte Abweisung der Klage und widerklageweise die Verurteilung der Klägerin und Widerbeklagten zur Bezahlung von Fr. 15'000.--.
Mit Urteil vom 15. Dezember 2010 wies das Richteramt Solothurn Lebern die Klage ab und hiess die Widerklage gut.
B.b Gegen dieses Urteil erhob die Klägerin und Widerbeklagte am 17. bzw. 29. Dezember 2010 Appellation an das Obergericht des Kantons Solothurn.
Mit Urteil vom 18. Oktober 2011 bestätigte das Obergericht den erstinstanzlichen Entscheid.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 21. November 2011 liess die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils beantragen und ihre vor dem Richteramt Solothurn-Lebern gestellten Klagebegehren erneuern.
Mit Vernehmlassung vom 17. Januar 2012 liess Y._ (Beschwerdegegner) Abweisung der Beschwerde beantragen. Die Vorinstanz verzichtete am 7. Dezember 2011 auf Vernehmlassung und beantragte Abweisung der Beschwerde unter Hinweis auf die Akten und die Motive ihres Urteils.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; <ref-ruling> E. 1 S. 216).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Rechtsmittelentscheid eines oberen kantonalen Gerichts (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden und bei der Streitsache handelt es sich um eine Zivilsache (<ref-law>) mit einem Streitwert von Fr. 30'000.-- (Art. 53 und 74 Abs. 1 lit. b BGG). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht gerügt werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382). Nicht zu den in <ref-law> vorgesehenen Rügegründen gehört hingegen die Verletzung der kantonalen Zivilprozessordnung, deren Anwendung und Auslegung das Bundesgericht einzig unter dem Blickwinkel eines Verstosses gegen Bundesrecht oder gegen Bundesverfassungsrecht beurteilen kann (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 4.3 S. 521; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382 f.).
Auf das Verfahren vor der Vorinstanz fand die nunmehr aufgehobene Zivilprozessordnung des Kantons Solothurn Anwendung. Soweit die Verletzung von Normen des kantonalen Zivilprozessrechts gerügt wird, ist in der Beschwerdeschrift mithin darzutun, dass dabei auch ein Verstoss gegen Bundes- oder Bundesverfassungsrecht vorliegt.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht zwar von Amtes wegen an (<ref-law>; vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Es prüft dabei aber nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Dazu ist unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung ist die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b aOG weiterhin gültig (<ref-ruling> E. 1.4.2). Dies gilt insbesondere für das Willkürverbot gemäss <ref-law>.
Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, namentlich die Parteivorbringen (Urteile 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 2; 4A_439/2010 vom 20. Oktober 2011 E. 2.1). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
2. Die Beschwerdeführerin rügt die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz betreffend das Gartenniveau.
2.1 Diesbezüglich hat die Vorinstanz ausgeführt, im Vorvertrag vom August 2008 sei die Kaufsache beschrieben als ein sich im Bau befindliches, freistehendes Einfamilienhaus gemäss Baubeschrieb und Plänen. Das Umgebungsniveau sei einzig aus den Plänen des Baubewilligungsverfahrens ersichtlich, und es sei nicht einsichtig, weshalb ausgerechnet diese nicht unter den im Vorvertrag verwendeten Begriff "Pläne" fallen sollten.
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt dies als unhaltbar, weil im Vorvertrag auf Pläne verwiesen werde, welche anlässlich der Verurkundung des Kaufvertrages zu unterschreiben wären; es sei aber unbestritten, dass die Parteien anlässlich der Verurkundung des Kaufvertrages am 2. Oktober 2008 nicht wie vorgesehen die Pläne und den Baubeschrieb unterzeichneten. Damit will die Beschwerdeführerin offenbar eine willkürliche Feststellung des tatsächlichen Parteiwillens rügen, ohne jedoch auch nur mit einem Wort zu begründen, weshalb es willkürlich sein soll, trotz der unterbliebenen Unterzeichnung der Pläne des Baubewilligungsverfahrens diese bei der Ermittlung des Parteiwillens zu berücksichtigen. Auf die Rüge ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
2.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet sodann eine tatsächliche Feststellung der Vorinstanz bezüglich der Konformität des Gartenniveaus mit der Baubewilligung, indes auch hier ohne eine den Begründungsanforderungen genügende Sachverhaltsrüge zu formulieren. Darauf kann nicht eingetreten werden.
2.4 Ist die vorinstanzliche Feststellung des tatsächlichen Parteiwillens bezüglich des vertraglich geschuldeten Gartenniveaus nicht zu beanstanden, so erweist sich die weitere Rüge, die Vorinstanz habe keine Feststellungen darüber getroffen, ob dieses am 2. Oktober 2008 bereits erstellt worden sei oder nicht, obwohl die Beschwerdeführerin den Gartenbauunternehmer als Zeugen beantragt habe, als gegenstandslos. Aus dem gleichen Grund erübrigt sich eine Prüfung der Rüge, die Vorinstanz habe in einer ergänzenden Begründung gestützt auf die Baubewilligungspläne zu Unrecht auch einen normativen Konsens zwischen den Parteien angenommen.
3. Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren die vorinstanzlichen Erwägungen zur Frage der Kosten der Ersatzvornahme bei der Gartengestaltung.
3.1 Die Vorinstanz hat ausgeführt, das Richteramt habe zur Frage der Kosten der Ersatzvornahme erwogen, es sei gerichtsnotorisch, dass für eine einfache Gestaltung der Gartenfläche ein Betrag von Fr. 80.-- pro Quadratmeter veranschlagt werden müsse. Dieser in der regionalen Immobilienbranche anerkannte Wert könne als gerichtsnotorisch gelten und bilde einen valablen Ausgangspunkt für die Bestimmung der Kosten der Ersatzvornahme. Bei einer Gartenfläche von gut 625 m2 und einem Ansatz von Fr. 80.-- pro m2 ergäben sich Kosten von Fr. 50'000.--. Diese Summe lasse sich auch bei bescheidenster Ausstattung um nicht mehr als 20% reduzieren, so dass in jedem Fall ein Betrag von Fr. 40'000.-- verbleibe. Ausserdem sei zu berücksichtigen, dass zusätzliche Kosten für die Anhebung des Terrains anfielen, die auf jeden Fall mit deutlich mehr als Fr. 10'000.-- beziffert werden müssten. Damit ergäben sich zusätzliche Kosten von mindestens Fr. 50'000.--, so dass die Forderung des Beklagten die Restpreisforderung der Klägerin um mehr als die widerklageweise geforderten Fr. 15'000.-- auf jeden Fall übersteige.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, ein Richter dürfe nur auf Gerichtsnotorietät erkennen, wenn er selber die fragliche Tatsache unmittelbar in richterlicher Funktion wahrgenommen habe. Ohne Kenntnis des Baugrundstücks sei keine Kostenschätzung möglich. Die Feststellung der Vorinstanz über die Kostenhöhe ohne Augenschein und ohne Konsultation eines Sachverständigen sei willkürlich. Es handle sich bei den hier vorliegenden konkreten Verhältnissen nicht um allgemeines Wissen, das einer Notorietät überhaupt zugänglich sein könne, und es gehe auch der Vorinstanz die Fachkunde ab. Deshalb seien die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz willkürlich im Sinn von <ref-law>. Sie seien auch in Verletzung von <ref-law> getroffen worden, weil der Beschwerdegegner für die Höhe der Forderung beweispflichtig sei und den Beweis nicht erbracht habe.
3.3 Nach dem vorliegend weiterhin anwendbaren kantonalen Zivilprozessrecht ist die Sachverhaltsermittlung grundsätzlich Frage des kantonalen Rechts (<ref-ruling> E. 5 S. 327), dessen Anwendung das Bundesgericht auf Zivilbeschwerde hin nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel der Willkür prüft (oben E. 1.2). Der Willkürrüge der Beschwerdeführerin mangelt es indessen an einer rechtsgenügenden Begründung (oben E. 1.3). Ihr lässt sich weder entnehmen, weshalb der von den kantonalen Instanzen angenommene Ansatz von Fr. 80.-- an sich, noch weshalb ihre Berechnung der Kosten der Ersatzvornahme im Ergebnis willkürlich sei. Auf die Willkürrüge kann nicht eingetreten werden.
3.4 Die Beschwerdeführerin rügt sodann zu Unrecht eine Verletzung von <ref-law>. Gemäss dieser Bestimmung hat, wo es das Gesetz nicht anders bestimmt, derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet (<ref-ruling> E. 3.1 S. 323; <ref-ruling> E. 2 a/aa S. 273 mit Hinweisen). Hält ein Instanzengericht eine Tatsache für erstellt, fällt eine Verletzung von <ref-law>, der an die Beweislosigkeit anknüpft, ausser Betracht (<ref-ruling> E. 4.3.4; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f.; vgl. auch WALTER, in: Berner Kommentar, 2012, N. 118 zu <ref-law>). Die Vorinstanz nahm vorliegend keine Beweislosigkeit an, womit sich die Rüge einer Verletzung von <ref-law> als unbegründet erweist.
4. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe § 203 der Zivilprozessordnung des Kantons Solothurn willkürlich missachtet, indem sie dem Beschwerdegegner immer noch den gleichen Betrag wie die erste Instanz zugesprochen habe, obwohl sie eine Teilforderung im Betrag von Fr. 2'216.60 abwies. Ihr Vorbringen genügt den Anforderungen an eine Willkürrüge nicht. Die Rüge ist auch unbegründet, hat doch die Vorinstanz willkürfrei (vgl. E. 3.3) festgestellt, dass sich die Gegenforderung des Beschwerdeführers auf über Fr. 50'000.-- belaufe, derweil die Summe des abgewiesen Klage- und des gutgeheissenen Widerklagebegehrens Fr. 45'558.30 beträgt.
5. Die Vorinstanzen haben den Anspruch des Beschwerdegegners auf Ersatzvornahme gestützt auf Werkvertragsrecht zugesprochen. Die Beschwerdeführerin schliesst sich zwar dieser Qualifikation grundsätzlich an, erhebt aber für den Fall, dass diesbezüglich Kaufrecht anwendbar sein soll, Eventualrügen.
Verpflichtet sich - wie hier - die Veräusserin gegenüber dem Erwerber in einem einheitlichen Vertrag, ein Grundstück zu verkaufen und das darauf im Bau befindliche Gebäude fertigzustellen, weist die Vereinbarung kauf- und werkvertragliche Elemente auf (Urteile 4C.79/2006 vom 22. Juni 2006 E. 1; 4C.301/2002 vom 22.1.2003 E. 2.1). Diesfalls unterliegt die Mängelhaftung für das Bauwerk dem Werkvertragsrecht, und zwar grundsätzlich auch insoweit, als es bei Vertragsabschluss bereits bestanden hat (<ref-ruling> E. 1a S. 144; Urteile 4C.301/2002 vom 22. Januar 2003 E. 2.2; 4C.190/2003 vom 28. November 2003 E. 2.2 und E. 2.4). Die von der Beschwerdeführerin gestützt auf Kaufrecht erhobenen Eventualrügen zielen damit ins Leere.
6. Ausgehend von der Anwendbarkeit von Werkvertragsrecht rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law>. Der Beschwerdegegner habe anfänglich Nachbesserung verlangt, aber den Nachbesserungsanspruch im Prozess durch Klageänderung fallen gelassen; die Vorinstanz habe Schadenersatz zugesprochen, ohne dass der Beschwerdegegner nachgewiesen habe, die Nachbesserung durch einen Dritten ausgeführt zu haben.
6.1 Die Vorinstanz hat festgehalten, die Beschwerdeführerin sei ihren werkvertraglichen Pflichten bezüglich des Gartenniveaus nicht nachgekommen. Sie habe im Verlauf weiterer Verhandlungen zwischen den Parteien zwar verschiedene Lösungen angeboten, um die Auswirkungen des Niveauunterschieds von 50 cm zu vermindern, aber der Beschwerdegegner sei nicht verpflichtet gewesen, diese zu akzeptieren oder selbst Alternativen vorzuschlagen. Vielmehr sei er berechtigt, im Sinne von <ref-law> die Nachbesserung von einem Dritten vornehmen zu lassen und vollen Ersatz der entsprechenden Aufwendungen zu fordern.
6.2 Die Bestimmungen des Werkvertragsrechts regeln nicht, wie vorzugehen ist, wenn sich der Unternehmer weigert, die Nachbesserungsarbeiten vorzunehmen. Diesfalls gelangen die <ref-law> zur Anwendung (<ref-ruling> E. 2.3 S. 275). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann der Besteller namentlich gemäss Art. 107 Abs. 2 Halbsatz 2 Variante 1 OR auf seinen Nachbesserungsanspruch verzichten und Schadenersatz in der Höhe des Gegenwerts der unentgeltlichen Leistung verlangen, die der Unternehmer zur Verbesserung des Werkes hätte erbringen müssen (sog. dommages-intérêts compensatoires; <ref-ruling> E. 2.4 in fine, S. 276; <ref-ruling> E. 7a/bb S. 235 f.). Der aus Nichterfüllung der Nachbesserung zu ersetzende Schaden entspricht mindestens dem Wert der ausgebliebenen Nachbesserung, welcher sich wiederum nach den Verbesserungskosten bemisst, die zur Beseitigung des Mangels voraussichtlich aufzuwenden wären oder vom Besteller (unter Vermeidung unnötigen Aufwandes) tatsächlich aufgewendet wurden, jeweils reduziert um einen allfälligen Kostenanteil, der bei einer Nachbesserung durch den Unternehmer auf den Besteller gefallen wäre (PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, N 1798).
Geht aus dem Verhalten des Schuldners hervor, dass die Ansetzung einer Frist zur nachträglichen Nachbesserung im Sinne von <ref-law> sich als unnütz erweisen würde, ist eine solche nicht erforderlich (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 in fine, S. 275).
6.3 Aus den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid wie auch aus der beharrlichen Bestreitung der Nachbesserungspflicht in der Beschwerdeschrift ergibt sich, dass die Ansetzung einer Frist zur nachträglichen Nachbesserung im Sinne von <ref-law> sich als unnütz erwiesen hätte. Indem die Vorinstanz dem Beschwerdegegner Schadenersatz zugesprochen hat, ohne dass der Beschwerdegegner nachgewiesen hat, die Nachbesserung durch einen Dritten ausgeführt zu haben, hielt sie sich an die soeben zitierte bundesgerichtliche Rechtsprechung. Gemäss dieser braucht der Besteller entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin namentlich keine tatsächlich aufgewendeten Verbesserungskosten nachzuweisen. Die Rüge, die Vorinstanz habe dabei Art. 368 Abs. 2 i.V.m. 102 ff. OR verletzt, ist unbegründet.
7. Die Beschwerde erweist sich damit insgesamt als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann. Sie ist demnach abzuweisen.
Diesem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. August 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni