Fatti:
A. Nella primavera 2003 B._ e C._ hanno appaltato alla A._SA, sulla base di diverse offerte e modifiche scritte e verbali, le opere da capomastro per la ristrutturazione della loro casa sulla part. xxx di Gordola. Al termine dei lavori l'impresa appaltatrice ha emesso una fattura per un totale di fr. 132'752.30; dedotti gli acconti di fr. 50'000.-- rimaneva un saldo a suo favore di fr. 82'752.30. I committenti non l'hanno pagato.
B. Con petizione del 9 settembre 2004 la A._SA ha convenuto in giudizio B._ e C._ davanti al Pretore di Locarno-Campagna, chiedendo in via principale che fossero condannati solidalmente a pagarle fr. 82'752.30, in via subordinata fr. 41'376.15 ciascuno.
I convenuti hanno risposto di respingere interamente la petizione: obiettavano che la fatturazione andava eseguita sulla base di un'offerta diversa da quella considerata dall'attrice, che tra i lavori esposti a regia alcuni non erano stati ordinati e altri andavano fatturati a corpo e anche che l'opera fosse difettosa.
C. Il Pretore ha accolto parzialmente la petizione con sentenza del 21 gennaio 2008, condannando solidalmente i convenuti a pagare all'attrice fr. 48'564.--.
La seconda Camera civile del Tribunale d'appello ticinese, adita dai convenuti, ha praticamente sovvertito il giudizio del Pretore, riducendo il loro debito verso l'attrice a soli fr. 3'791.15 e riformando di conseguenza anche il giudizio su spese e ripetibili.
D. L'attrice insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 13 giugno 2009. Chiede in via principale la conferma della condanna pronunciata dal Pretore, in via subordinata che la causa sia rinviata al Tribunale d'appello per nuovo giudizio nei sensi dei considerandi.
I convenuti hanno chiesto di respingere il ricorso e di confermare la sentenza del Tribunale d'appello con osservazioni del 10 settembre 2009. Questa autorità non ha presentato osservazioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3).
1.1 Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso è ricevibile.
1.2 Il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (<ref-law>), tenuto però conto dell'obbligo minimo di allegazione e motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104). Le esigenze sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale. Il Tribunale federale esamina infatti queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
1.3 In linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti effettuato dall'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Tocca alla parte che propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni (<ref-law>). Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (DTF 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta una violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'<ref-law>. Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere addotti soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore (<ref-law>; cfr. <ref-ruling> consid. 3).
1.4 Qualora sia lamentata la violazione del divieto d'arbitrio (<ref-law>) non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata opponendovi semplicemente la propria opinione, come in una procedura d'appello, ma occorre dimostrare che essa è manifestamente insostenibile con un'argomentazione chiara e dettagliata (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246). Per di più, trattandosi dell'apprezzamento delle prove o dell'accertamento dei fatti in genere, il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale. Chi invoca l'arbitrio deve pertanto dimostrare che la sentenza impugnata ha misconosciuto il senso e la portata di un mezzo di prova, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretando questi in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9 e rif.).
2. Davanti al Tribunale federale la lite è circoscritta alla quantificazione della mercede dovuta per le opere eseguite a regia, non previste nelle offerte, che il perito giudiziario ha determinato in fr. 44'916.80.-- alla posizione H della tabella riassuntiva (al netto dello sconto) e che è stata riconosciuta dal Pretore per questo importo.
La Corte cantonale ha rilevato che il perito ha in sostanza accettato i conteggi presentati dall'attrice, dei quali ha dichiarato di non essere stato in grado di valutare l'esattezza, senza eseguire un accertamento tecnico oggettivo o scientifico né pretendere di avere espresso una valutazione sulla base degli atti e della sua esperienza, contrariamente a quanto ha fatto per altre opere. Di conseguenza i giudici cantonali hanno stabilito che la mercede dovuta per queste opere non è stata provata.
3. Dal profilo formale l'attrice censura a più riprese la violazione del diritto di essere sentiti dell'<ref-law> Asserisce d'un canto che il Tribunale d'appello non ha motivato il proprio giudizio e non ha valutato tutte le prove; dall'altro ch'esso "ha stralciato una sua pretesa senza dargli la possibilità di esprimersi in merito alla valutazione da lei data al referto peritale". Entrambe le censure sono infondate.
3.1 L'<ref-law> offre una garanzia minima e sussidiaria rispetto al diritto processuale cantonale. Essa esige che l'autorità giudicante indichi le considerazioni che l'hanno portata a decidere in un senso piuttosto che in un altro, in modo tale da permettere al destinatario di capire la portata della decisione e di proporre i rimedi adeguati con conoscenza di causa. Il giudice non deve necessariamente pronunciarsi su tutte le questioni e le prove che le parti propongono; è sufficiente che esamini i temi rilevanti per il giudizio (<ref-ruling> consid 3.3 pag. 445 con rinvii).
È indubbio che la Corte ticinese abbia rispettato queste esigenze minime (la ricorrente non menziona disposizioni più severe del diritto cantonale). I motivi per i quali il referto peritale non è stato tenuto in considerazione sono infatti chiari e comprensibili (cfr. consid. 2 e 4.1 della nostra sentenza) e hanno permesso all'attrice di presentare un ricorso articolato al Tribunale federale.
3.2 La ricorrente ha peraltro avuto l'opportunità di pronunciarsi sulla perizia giudiziaria, prima davanti al Pretore con il memoriale conclusivo del 24 ottobre 2007, poi con le osservazioni all'appello del 21 aprile 2008. Dall'<ref-law> non è certamente deducibile l'obbligo del giudice di preannunciare alle parti l'apprezzamento di una prova che si propone di effettuare né, tantomeno, di dare loro la possibilità di esprimersi a tale riguardo prima di pronunciare il giudizio. La ricorrente non pretende nemmeno che un obbligo simile sia imposto dalla procedura civile ticinese.
4. Nel merito il ricorso verte essenzialmente sulla valutazione della perizia da parte del Tribunale cantonale, al quale la ricorrente, riferendosi agli art. 97 cpv. 1 e 95 LTF, rimprovera di essere caduto nell'arbitrio ledendo l'<ref-law>
In primo luogo afferma che i giudici cantonali hanno ignorato la premessa del perito, il quale ha avvertito che a causa dell'insufficienza degli atti non gli è stato possibile esprimersi "con assoluta attendibilità" sulle opere effettive eseguite, sulle ore impiegate e quindi sui costi, e che "si è dunque basato, per rispondere con la maggior attendibilità possibile, sulla sua esperienza, sulla logica e sui riferimenti che ha potuto trovare nei documenti agli atti". Posta tale premessa, la ricorrente ravvisa una contraddizione arbitraria nell'argomentazione secondo cui il perito non avrebbe applicato questo metodo anche per la valutazione delle opere della posizione H. Tanto più che, alla risposta n. 13 del complemento peritale, egli ha precisato che "tutti i quantitativi ritenuti discordanti o ingiustificati sono stati corretti".
4.1 La ricorrente omette di considerare il senso preciso della motivazione del giudizio impugnato e per buona parte di confrontarsi con essa. Vi si legge che per le posizioni B-C-D-E-E*-F-G "il perito giudiziario, dopo esame degli atti e in base alla sua esperienza, nella risposta peritale n. 5 è stato in grado di fornire una quantificazione e con ciò di indicare la relativa mercede"; e che invece, per le opere della posizione H, egli non ha affermato di avere eseguito una valutazione simile, ma si è limitato a osservare che "accetta queste posizioni e le ore conteggiate non potendo, a posteriori, giudicare l'esattezza dei conteggi!!". In altre parole, secondo i giudici cantonali, per le posizioni del primo gruppo il referto peritale evidenzia il ricorso a valutazioni fondate sugli atti e sull'esperienza, mentre per le opere litigiose il perito si è limitato a dare per giusti i costi esposti dall'attrice.
4.2 Di fronte a una situazione del genere non è affatto arbitrario scostarsi dalle conclusioni del perito giudiziario. Non è insostenibile ritenere preponderante la dichiarazione esplicita e puntuale riguardante l'impossibilità di giudicare l'esattezza dei conteggi della posizione H rispetto alla premessa generale sulle difficoltà di eseguire degli accertamenti indiscutibili e sulla conseguente necessità di procedere a valutazioni secondo l'esperienza. Che nel complemento l'esperto abbia precisato di avere corretto "tutti i quantitativi ritenuti discordanti o ingiustificati" nulla muta, poiché egli ha dichiarato anche di non avere potuto controllare proprio quelli relativi alla posizione H.
5. In secondo luogo la ricorrente sostiene che la sentenza impugnata è arbitraria anche perché la Corte ticinese, accortasi che la perizia giudiziaria era discutibile su punti essenziali, avrebbe dovuto raccogliere prove supplementari e chiarire con il perito se la mercede litigiosa fosse stata quantificata "sulla scorta della sua esperienza o basandosi supinamente sulla liquidazione agli atti". Aggiunge che è stato inoltre leso l'<ref-law>, perché è stata data per non provata una circostanza che lo è senza che lei avesse avuto modo "di far valere il proprio diritto".
5.1 La ricorrente cita <ref-ruling> consid. 1c ripresa anche nella sentenza 4P.169/2003 del 30 ottobre 2003, consid. 2.1.3. In queste sentenze il Tribunale federale ha ribadito il principio secondo cui il giudice, pur non essendo vincolato ai risultati di una perizia giudiziaria, per non cadere nell'arbitrio può scostarsene, motivando, soltanto in presenza di circostanze chiare e determinanti. Invece, qualora un referto gli sembri dubbio su dei punti essenziali, deve raccogliere delle prove complementari, perché, se si fondasse su di una perizia non concludente, potrebbe commettere arbitrio nell'apprezzamento delle prove (cfr. anche la sentenza 4P.9/2005 del 10 maggio 2005, consid. 2.1).
5.2 S'è visto che la Corte cantonale ha spiegato in modo chiaro il motivo per il quale non ha tenuto conto dell'accertamento peritale concernente la posizione H e che tale motivo non è arbitrario. A ben vedere il perito, accettando semplicemente i quantitativi esposti nei conteggi dell'attrice, senza eseguire accertamenti o valutazioni propri, non ha espletato un compito peritale, ma ha compiuto un atto di apprezzamento delle prove. Dal canto suo la Corte ticinese, non recependo la cifra proposta alla posizione H, non ha rimediato a una conclusione peritale che le pareva dubbia e non ha sostituito il proprio apprezzamento a quello dell'esperto; ha esercitato una prerogativa sua. Nel processo civile la facoltà di apprezzare le prove compete infatti esclusivamente al giudice, non al perito giudiziario.
5.3 Ne viene che nemmeno sotto questo punto di vista la sentenza impugnata è arbitraria, né lede l'<ref-law>, norma che non interferisce sull'apprezzamento delle prove, ma regge la ripartizione dell'onere probatorio, in particolare le conseguenze della mancata prova di un fatto (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 323 e 127 III 519 consid. 2a pag. 522). Dal momento che l'onere di provare l'ammontare della mercede dovuta secondo l'<ref-law> incombe indubbiamente sull'appaltatore, i giudici cantonali hanno fatto sopportare all'attrice le conseguenze della prova fallita concernente la mercede della posizione H e hanno applicato correttamente l'<ref-law>.
6. Infine la ricorrente invoca la violazione dell'<ref-law>, in forza del quale la mercede, vista l'assenza di una pattuizione, va calcolata secondo il valore del lavoro e le spese sostenute. A suo dire occorreva quindi fondarsi sui costi effettivi che un appaltatore diligente avrebbe dovuto affrontare per l'opera, cosa che il perito avrebbe fatto correttamente effettuando un conteggio a regia sulla base dei documenti agli atti, dei sopralluoghi e della sua esperienza.
Anche questa censura è infondata. Il Tribunale d'appello ha stabilito che la mercede per le opere della posizione H del referto peritale andava calcolata a regia, ossia secondo il valore del lavoro e le spese dell'appaltatore, in conformità con la norma citata e come vuole la ricorrente. È la prova di questi elementi essenziali per il giudizio che è venuta a mancare. In ciò non è ravvisabile nessuna violazione dell'<ref-law>.
7. Le rimanenti argomentazioni con le quali la ricorrente si riferisce ad ampi stralci degli atti istruttori, riproducendoli, non sono ammissibili. Esse riguardano i fatti e non assurgono a censure formalmente corrette (cfr. consid. 1.3 ).
8. In conclusione, il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, dev'essere respinto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza: esse sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà agli opponenti fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Seconda Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.