A.- Donnant suite à une dénonciation des autorités communales de Vermes, le Procureur général du canton du Jura a ordonné, le 23 décembre 1997, l'ouverture d'une instruction contre les époux X._ pour violation de leur devoir d'assistance ou d'éducation, dont il a confié la conduite au Juge d'instruction du district de Porrentruy, Henri-Joseph Theubet (ci-après, le Juge d'instruction).
B._ a été entendu le 8 janvier 1998 en qualité de personne appelée à fournir des renseignements dans le cadre de cette affaire. A l'issue de son audition, il a été inculpé d'escroquerie, éventuellement d'abus de confiance. Il lui était reproché d'avoir, en sa qualité de membre du conseil d'administration de Y._, déterminé X._ à aliéner un immeuble à Fahy au profit de la société pour un prix correspondant à la valeur officielle, sous prétexte que cet immeuble pourrait être saisi, alors même qu'aucune réquisition de vente n'avait été adressée à l'autorité compétente.
Il a été incarcéré jusqu'au 27 janvier 1998 en raison d'un risque de collusion avec sa fille E._.
B.- Le 6 décembre 1999, B._ a introduit une requête de prise à partie contre le Juge d'instruction et a sollicité sa récusation. Il se plaignait des conditions de son arrestation, de son audition et de son incarcération. Il dénonçait en outre le comportement tour à tour grossier, vulgaire, agressif, insultant, manipulateur et menaçant du magistrat, qui l'aurait empêché de présenter sa version des faits et qui instruirait exclusivement à charge en violation du principe de la présomption d'innocence. Il lui reprochait en outre de ne pas s'être récusé d'office alors qu'il serait impliqué personnellement dans la procédure dans la mesure où l'offre d'achat du domaine des époux X._ présentée par son fermier avait été écartée.
Statuant par arrêt du 14 mars 2000, la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après, la cour cantonale) n'est pas entrée en matière sur la prise à partie en tant qu'elle se fondait sur des faits survenus deux ans avant son introduction, précisant au surplus que, supposée recevable, celle-ci aurait de toute façon dû être rejetée.
Elle a par ailleurs rejeté la demande de récusation en tant qu'elle était recevable, après avoir constaté qu'il n'y avait aucun motif d'incapacité au sens de l'art. 34 du Code de procédure pénale jurassien (CPP jur.) et que les faits avancés à l'appui de la demande n'étaient pas établis pour autant que le requérant ne fut pas déchu du droit de les invoquer.
C.- Agissant par la voie du recours de droit public, B._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt qui violerait, selon lui, son droit d'être entendu et résulterait d'une appréciation volontairement arbitraire des pièces du dossier. Il sollicite l'audition des gendarmes et des geôliers incriminés à titre de moyen de preuves et requiert l'assistance judiciaire.
La cour cantonale conclut au rejet du recours. Le Procureur général du canton du Jura propose également son rejet, dans la mesure où il est recevable. Le Juge d'instruction se réfère à la prise de position qu'il a formulée dans le cadre de la procédure de recours cantonale.

Considérant en droit :
1.- a) Déposé en temps utile contre une décision incidente sur une demande de récusation, prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est en principe recevable au regard des art. 84 ss OJ.
b) Aux termes de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, l'acte de recours doit contenir, à peine d'irrecevabilité, un exposé des droits constitutionnels ou des principes juridiques prétendument violés, précisant en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine ainsi que les griefs exposés de manière assez claire et détaillée pour qu'il puisse déterminer quel est le droit constitutionnel dont l'application est en jeu et dans quelle mesure celui-ci a été violé. Par ailleurs, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst. , le recourant ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué, mais il doit au contraire préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposant sur aucun motif sérieux et objectif, apparaissant insoutenable ou heurtant gravement le sens de la justice (<ref-ruling> consid. 1b p. 495 et les arrêts cités).
C'est à la lumière de ces principes qu'il convient d'examiner les arguments du recourant.
2.- Ce dernier voit une violation de son droit d'être entendu dans le fait que l'autorité intimée ne s'est pas prononcée sur les griefs qu'il avait formulés à l'endroit du Juge d'instruction et qui justifieraient, selon lui, sa récusation. Il lui reproche en outre d'avoir procédé à une appréciation volontairement arbitraire des pièces du dossier.
a) Suivant la jurisprudence rendue en application de l'art. 4 aCst. , qui garde toute sa valeur sous l'angle de l'art. 29 al. 1 Cst. , une autorité cantonale de recours commet un déni de justice formel si elle omet de statuer sur une conclusion du recours dont elle est saisie alors qu'elle est compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 3a p. 117 et les arrêts cités; cf. aussi ZBl 96/1995 p. 174 consid. 2 p. 175). En outre, le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. impose à l'autorité de jugement l'obligation de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient (<ref-ruling> consid. 2c p. 372). Pour satisfaire cette exigence, il suffit que celle-ci mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision.
Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (<ref-ruling> consid. 1a p. 181; <ref-ruling> consid. 2c p. 57 et les arrêts cités).
b) En l'occurrence, il ressort des considérants de l'arrêt attaqué que la Chambre d'accusation n'est pas entrée en matière sur la prise à partie dont elle était saisie car B._ fondait ses griefs sur des faits survenus au début de l'instruction, qu'il n'avait plus un intérêt suffisant à contester lors de l'introduction de sa requête. Elle a par ailleurs considéré que le droit d'exiger la récusation du Juge d'instruction pour les faits avancés dans la demande était périmé parce que le requérant ne l'avait pas exercé en temps utile, participant même à l'instruction personnellement ou par l'intermédiaire de son avocat. Dès lors qu'elle estimait la prise à partie et la demande de récusation irrecevables pour des raisons formelles s'agissant des griefs formulés à l'endroit du Juge d'instruction en relation avec la conduite de la procédure au début de l'instruction, l'autorité intimée n'avait aucune raison d'examiner si les procédés de ce magistrat étaient inconvenants ou d'une toute autre manière propres à justifier l'apparence de prévention du juge à son égard. Elle n'a donc pas commis de déni de justice en ne se prononçant pas expressément à ce propos. Le recours est donc manifestement mal fondé en tant qu'il dénonce une violation du droit d'être entendu.
c) Pour le surplus, la question de savoir si l'autorité intimée a dénié à bon droit au recourant un intérêt juridique suffisant à l'examen de ces questions et si elle a constaté à juste titre la péremption du droit de demander la récusation du Juge d'instruction pour les faits invoqués à l'appui de sa requête (cf. à ce sujet, <ref-ruling> consid. 3 p. 229; RVJ 1999 p. 230 consid. 3d p. 231, 237 consid. 4b p. 240) relève de l'arbitraire. Or, le recourant se borne à rappeler les faits qui établiraient la prévention de ce magistrat à son égard sans chercher à démontrer en quoi les raisons formelles pour lesquelles l'autorité intimée n'est pas entrée en matière seraient insoutenables. Il ne prétend en particulier pas qu'il se trouvait dans l'impossibilité de faire valoir ses motifs de récusation avant le 9 décembre 1999, date à laquelle il a déposé sa requête de prise à partie et de récusation. Le recours ne répond manifestement pas aux exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ au demeurant connues du recourant puisqu'un recours avait déjà été déclaré partiellement irrecevable pour ce motif (cf. arrêt rendu le 24 octobre 1995 en la cause 1P.36/1995).
De même, B._ se borne à rappeler les faits qui établiraient, selon lui, l'implication personnelle du Juge d'instruction dans la procédure pénale litigieuse, sans chercher à démontrer en quoi la motivation retenue pour conclure à l'absence d'un intérêt direct à l'issue du procès et d'un motif d'incapacité, invocable en tout temps, serait arbitraire. Le recours ne répond pas, sur ce point également, aux exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ et est dès lors irrecevable.
3.- Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Tel qu'il était motivé, celui-ci était d'emblée dénué de toute chance de succès, de sorte qu'il y a lieu de rejeter la demande d'assistance judiciaire (art. 152 al. 1 OJ) et de mettre un émolument judiciaire à la charge du recourant qui succombe (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral,
vu l'art. 36a OJ:
1. Rejette le recours dans la mesure où il est recevable;
2. Rejette la demande d'assistance judiciaire;
3. Met à la charge du recourant un émolument judiciaire de 800 francs;
4. Communique le présent arrêt en copie aux parties, au Procureur général et au Tribunal cantonal du canton du Jura.
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Lausanne, le 8 août 2000 PMN/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président, Le Greffier,