Sachverhalt:
A. Der US-Bundesanwalt für den Bezirk Kalifornien-Mitte (im Folgenden: US-Bundesanwalt) eröffnete gegen Y._ und dessen Ehefrau X._ ein Strafverfahren wegen falscher Angaben und Meineids in einem Konkursverfahren, Verbergung von Vermögenswerten vor dem Konkursverwalter und Geldwäsche.
Am 5. Juli 2001 übermittelte das Justizdepartement der Vereinigten Staaten der Zentralstelle USA des Bundesamtes für Justiz (im Folgenden: Zentralstelle) ein vom gleichen Tag datiertes Rechtshilfeersuchen des US-Bundesanwalts. Dem Ersuchen liegt im Wesentlichen folgender Sachverhalt zugrunde:
Am 7. März 1995 hätten Y._ und X._ beim zuständigen Konkursgericht in den Vereinigten Staaten den gemeinsamen Konkurs angemeldet. Dabei hätten sie über ihre finanzielle Lage unwahre Angaben gemacht. So sei es ihnen gelungen, sich im Konkursverfahren auf betrügerische Weise einer Schuldenlast von über 4 Millionen USD zu entledigen. Einen Teil ihrer Vermögenswerte hätten sie auf Konten bei der Bank A._ verborgen.
Der US-Bundesanwalt ersuchte um die Herausgabe von Unterlagen zu Konten bei der Bank A._; ausserdem um die Einvernahme von Angestellten dieser Bank.
Mit Verfügung vom 22. Oktober 2001 entsprach die Zentralstelle dem Rechtshilfeersuchen. Sie beauftragte die Bezirksanwaltschaft IV für den Kanton Zürich (heute: Staatsanwaltschaft I) als Vollzugsbehörde mit der Durchführung der verlangten Untersuchungshandlungen.
Dagegen erhoben Y._ und X._ am 31. Oktober 2001 Einsprache.
Mit Schreiben vom 6. November 2001 setzte die Zentralstelle Y._ und X._ eine Frist bis zum 29. November 2001 an zur Begründung der Einsprache, zur Nachreichung der Anwaltsvollmachten im Original und zur Überweisung eines Vorschusses auf die Kosten des Einspracheverfahrens von Fr. 6'000.--.
Mit Verfügung ebenfalls vom 6. November 2001 forderte die Vollzugsbehörde die Bank A._ auf, die verlangten Bankunterlagen einzureichen. Zudem verpflichtete sie die Bank, ihr die Namen der zuständigen Mitarbeiter mitzuteilen, damit sie diese zu einem späteren Zeitpunkt als Zeugen einvernehmen könne.
Am 28. November 2001 leisteten die Einsprecher den Kostenvorschuss.
Innert zweimal erstreckter Frist begründeten Y._ und X._ ihre Einsprache am 20. Dezember 2001.
Am 13. Februar 2002 teilten die Einsprecher der Vollzugsbehörde mit, Y._ sei am 5. Februar 2002 gestorben.
Auf entsprechende Rückfrage der Zentralstelle vom 14. Februar 2002 hin teilte der US-Bundesanwalt am 7. Oktober 2002 mit, das gegen X._ geführte Strafverfahren sei nach wie vor hängig, weshalb die verlangten Beweismittel weiterhin benötigt würden.
Mit Eingabe vom 10. Dezember 2002 bestritt X._ die Ausführungen des US-Bundesanwalts in dessen Schreiben vom 7. Oktober 2002. Sie machte geltend, entgegen den Angaben der ersuchenden Behörde sei die von der Schweiz verlangte Rechtshilfe für den Abschluss des Strafverfahrens bedeutungslos geworden.
Am 8. und 27. Januar 2003 sandte X._ der Zentralstelle zwei weitere Schreiben, welche eine von X._ in den USA beim zuständigen Gericht zu leistende Sicherheit von 1,2 Millionen USD betrafen.
Am 2. Februar 2005 ersuchte die Zentralstelle das US-Justizdepartement um ergänzende Informationen.
Am 14. April 2005 antwortete die ersuchende Behörde, sie verlange die Übermittlung der Bankunterlagen und Einvernahmeprotokolle nach wie vor.
Mit Eingabe vom 14. Juli 2005 an die Zentralstelle bekräftige X._ ihre Auffassung, wonach die mit dem Rechtshilfeersuchen verlangten Unterlagen und Informationen im gegen sie geführten Strafverfahren nicht mehr verwendet werden könnten, weshalb die Rechtshilfe zu verweigern sei.
Am 31. August 2005 reichte X._ der Zentralstelle ein gegen sie gefälltes Urteil ein mit dem Hinweis, damit sei klar, dass die verlangten Unterlagen und Informationen für das amerikanische Verfahren nicht mehr erforderlich seien.
Am 7. Oktober 2002 und am 1. November 2005 sandte die Vollzugsbehörde der Zentralstelle die Erledigungsakten.
Mit Verfügung vom 31. Dezember 2008 wies die Zentralstelle die Einsprache ab, soweit sie darauf eintrat. Sie ordnete die Herausgabe von Unterlagen zu verschiedenen Konten bei der Bank A._ und von Einvernahmeprotokollen an die ersuchende Behörde an.
B. X._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, die Verfügung der Zentralstelle vom 31. Dezember 2008 sei aufzuheben und keine Rechtshilfe zu gewähren; es sei festzustellen und die Zentralstelle entsprechend anzuweisen, dass auch bezüglich der B._ Corporation mit Sitz auf den Britischen Jungferninseln keine Rechtshilfe zu gewähren sei.
C. Die Zentralstelle hat sich vernehmen lassen. Sie beantragt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Für die Rechtshilfe zwischen der Schweiz und den Vereinigten Staaten von Amerika sind der am 25. Mai 1973 zwischen diesen Staaten insoweit abgeschlossene Staatsvertrag (RVUS; SR 0.351.933.6) und das dazugehörige Bundesgesetz vom 3. Oktober 1975 (BG-RVUS; SR 351.93) massgebend. Soweit sich diesem Staatsvertrag und Bundesgesetz keine Regelung entnehmen lässt, sind das Bundesgesetz vom 20. März 1981 über internationale Rechtshilfe in Strafsachen (IRSG; SR 351.1) und die dazugehörige Verordnung vom 24. Februar 1982 (IRSV, SR 351.11) anwendbar (<ref-ruling> E. 1a, mit Hinweis).
1.2 Das BG-RVUS ist am 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Januar 2007, geändert worden.
Gemäss Art. 37b BG-RVUS richten sich Einsprache- und Beschwerdeverfahren gegen Verfügungen, die in erster Instanz vor dem Inkrafttreten dieser Änderung getroffen worden sind, nach dem bisherigen Recht.
Die Vorinstanz hat die Eintretensverfügung am 22. Oktober 2001 und damit vor dem 1. Januar 2007 erlassen. Das vorliegende Verfahren richtet sich deshalb nach dem bisherigen Recht (Urteile 1A.65/2007 vom 13. November 2007 E. 1 und 1A.61/2007 vom 5. Oktober 2007 E. 1).
1.3 Die Verfügung, mit der die Vorinstanz die Rechtshilfe gemäss Art. 5 Abs. 2 lit. b BG-RVUS gewährt und eine Einsprache nach Art. 16 aBG-RVUS abweist, kann gemäss Art. 17 Abs. 1 aBG-RVUS mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (<ref-ruling> E. 1b S. 126, mit Hinweis).
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist hier somit gegeben.
1.4 Gemäss Art. 80h lit. b IRSG ist zur Beschwerde berechtigt, wer persönlich und direkt von einer Rechtshilfemassnahme betroffen ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat. Nach Art. 9a lit. a IRSV gilt als persönlich und direkt betroffen im Sinne von Art. 80h IRSG bei der Erhebung von Kontoinformationen der Kontoinhaber.
Die Beschwerdeführerin ist Inhaberin von Bankkonten, über die der ersuchenden Behörde Unterlagen herausgegeben werden sollen. Sie ist insoweit zur Beschwerde befugt.
Ob sie zur Beschwerde auch berechtigt ist, soweit der ersuchenden Behörde Einvernahmeprotokolle herausgegeben werden (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2), kann offen bleiben, da die Beschwerde aus den folgenden Erwägungen jedenfalls abzuweisen ist.
1.5 Die Beschwerdeführerin kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - wozu auch das Staatsvertragsrecht gehört - rügen (Art. 104 lit. a OG).
1.6 Das Bundesgericht ist an die Begehren der Parteien nicht gebunden (Art. 25 Abs. 6 aIRSG). Es prüft die bei ihm erhobenen Rügen grundsätzlich mit freier Kognition. Es ist aber nicht verpflichtet, nach weiteren der Rechtshilfe allenfalls entgegenstehenden Gründen zu forschen, die aus der Beschwerde nicht hervorgehen (<ref-ruling> E. 1d S. 136 f.; <ref-ruling> E. 2d S. 372, mit Hinweisen).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin ist wirtschaftlich berechtigt an der B._ Corporation, über deren Bankkonten Unterlagen an die ersuchende Behörde herausgegeben werden sollen. Die Vorinstanz ist (angefochtene Verfügung S. 13 f. E. IV.A.3) insoweit auf die Einsprache der Beschwerdeführerin mangels Legitimation nicht eingetreten.
Die Beschwerdeführerin bringt (S. 3 ff.) vor, die angefochtene Verfügung verletze damit Bundesrecht. Die Kontrolle über die B._ Corporation übe einzig Z._, der ehemalige Rechtsberater der Beschwerdeführerin, aus. Dieser habe in den Vereinigten Staaten in ein "plea agreement" eingewilligt. Damit werde ihm eine erhebliche Strafreduktion in Aussicht gestellt für den Fall, dass er mit der Anklagebehörde zusammenarbeite, d.h. gegen die Beschwerdeführerin aussage und belastendes Material gegen sie vorlege. Durch das "plea agreement" mit Z._ hätten die USA die Kontrolle über die B._ Corporation erlangt. Dass sich die USA nicht gegen ihr eigenes Rechtshilfeersuchen richten wollten, liege auf der Hand. Könne oder wolle sich mithin niemand gegen die Rechtshilfemassnahmen wehren, welche die Beschwerdeführerin wirtschaftlich beträfen, sei ihr auch die Legitimation hinsichtlich der B._ Corporation bzw. deren Konten zuzuerkennen.
Die Beschwerdeführerin bringt (S. 3 ff.) vor, die angefochtene Verfügung verletze damit Bundesrecht. Die Kontrolle über die B._ Corporation übe einzig Z._, der ehemalige Rechtsberater der Beschwerdeführerin, aus. Dieser habe in den Vereinigten Staaten in ein "plea agreement" eingewilligt. Damit werde ihm eine erhebliche Strafreduktion in Aussicht gestellt für den Fall, dass er mit der Anklagebehörde zusammenarbeite, d.h. gegen die Beschwerdeführerin aussage und belastendes Material gegen sie vorlege. Durch das "plea agreement" mit Z._ hätten die USA die Kontrolle über die B._ Corporation erlangt. Dass sich die USA nicht gegen ihr eigenes Rechtshilfeersuchen richten wollten, liege auf der Hand. Könne oder wolle sich mithin niemand gegen die Rechtshilfemassnahmen wehren, welche die Beschwerdeführerin wirtschaftlich beträfen, sei ihr auch die Legitimation hinsichtlich der B._ Corporation bzw. deren Konten zuzuerkennen.
2.2 2.2.1 Zur Beschwerde ist berechtigt, wer der Vorinstanz vorwirft, sie habe die Legitimation zu unrecht verneint (<ref-ruling> E. 1b S. 126; <ref-ruling> E. 1 S. 132; je mit Hinweisen). Die Rüge ist somit zulässig.
2.2.2 Nach der Rechtsprechung ist der lediglich wirtschaftlich an einer juristischen Person Berechtigte nur ausnahmsweise zur Beschwerde befugt; dies dann, wenn die juristische Person aufgelöst worden und deshalb nicht mehr handlungsfähig ist. Andernfalls könnte sich in diesem Fall niemand gegen die Rechtshilfemassnahme wehren (<ref-ruling> E. 2c f. S. 157 f.).
2.3 Nach der unbestrittenen Feststellung der Vorinstanz (S. 13 E. IV. A.3) ist die B._ Corporation nicht aufgelöst worden. Ein sich in den Eröffnungsunterlagen des Kontos Nr. ... befindliches "Secretary's Certificate" vom 14. Juli 1993 nennt ihre zeichnungsberechtigten Organe. Darin ist Z._ nicht aufgeführt. Er ist somit kein Organ der B._ Corporation. Existiert die B._ Corporation nach wie vor und hat sie Organe, ist sie handlungsfähig und wäre somit in der Lage gewesen, gegen die Übermittlung der ihre Konten betreffenden Informationen Beschwerde zu erheben; dies auch dann, wenn Z._ ihre Interessen nicht mehr wahrzunehmen vermöchte. Bei dieser Sachlage hatte die Vorinstanz im Lichte der dargelegten Rechtsprechung keinen Anlass, ausnahmsweise der Beschwerdeführerin die Legitimation in Bezug auf die Konten der B._ Corporation zuzuerkennen.
Die Beschwerde ist im vorliegenden Punkt unbegründet.
2.4 Nach dem Gesagten ist die Beschwerdeführerin in der Sache auch nicht zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde befugt, soweit es um die Konten der B._ Corporation geht.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bringt (S. 10 f.) vor, das in den Vereinigten Staaten gegen sie geführte Strafverfahren sei abgeschlossen. Damit habe der ersuchende Staat kein Interesse mehr an der rechtshilfeweisen Übermittlung von Informationen.
3.2 Nach der Rechtsprechung hat die schweizerische Behörde, an die ein gültiges Rechtshilfeersuchen gerichtet worden ist, die inzwischen im ersuchenden Staat ergangenen Entscheide nicht zu interpretieren. Solange die zuständige ausländische Behörde das Rechtshilfeersuchen nicht zurückgezogen hat, ist es zu vollziehen (Urteil 1A.218/2003 vom 17. Dezember 2003 E. 3.5).
3.3 Die Beschwerdeführerin legt zwei sie betreffende Urteile des United States Court of Appeals for the Ninth Circuit vom 12. Juli 2005 bzw. 27. September 2007 sowie eine Anordnung des United States District Court Central District of California Southern Division vom 24. November 2008 ins Recht (Beschwerdebeilagen 4-6).
Zur Tragweite dieser Entscheide hat sich das Bundesgericht nach dem Gesagten nicht näher auszusprechen. War die Beschwerdeführerin der Auffassung, damit sei das gegen sie in den Vereinigten Staaten geführte Strafverfahren rechtskräftig abgeschlossen, wäre es ihr ohne Weiteres möglich gewesen, die zuständige amerikanische Behörde aufzufordern, das Rechtshilfeersuchen zurückzuziehen. Bis heute ist das Ersuchen jedoch nicht zurückgezogen worden. Nach der dargelegten Rechtsprechung ist es deshalb zu vollziehen.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin bringt (S. 11 f.) vor, das Rechtshilfeverfahren habe bisher gesamthaft mehr als 7 1⁄2 Jahre gedauert. Erschwerend komme hinzu, dass nach ihrer Eingabe im August 2005 das Verfahren infolge Untätigkeit der Vorinstanz während rund 3 1⁄2 Jahren stillgestanden sei, bevor am 31. Dezember 2008 die angefochtene Verfügung ergangen sei. Damit liege eine krasse Verletzung des Rechtsverzögerungsverbots und Beschleunigungsgebots vor. Dies könne nur durch die Abweisung des Rechtshilfegesuchs sanktioniert werden.
4.2 Gemäss Art. 31 Ziff. 5 RVUS wird ein Ersuchen so schnell ausgeführt, wie es die Umstände gestatten.
Auch Art. 17a IRSG enthält das Gebot der raschen Erledigung. Danach erledigt die zuständige Behörde die Ersuchen beförderlich. Sie entscheidet ohne Verzug (Abs. 1).
4.3 Das vorliegende Rechtshilfeersuchen vom 5. Juli 2001 ging vorab per Fax einen Tag darauf bei der Vorinstanz ein. Bis zur angefochtenen Verfügung dauerte es rund 7 1⁄2 Jahre. Diese Zeitspanne ist als ausserordentlich lange zu beurteilen. Nicht ersichtlich ist insbesondere, weshalb zwischen dem 27. Januar 2003, als die Beschwerdeführerin der Vorinstanz ein Schreiben betreffend die von ihr in den USA zu leistende Sicherheit sandte (act. 52), und dem 9. September 2004, als die Vorinstanz eine Anfrage an die ersuchende Behörde richtete (act. 53), mehr als 1 1⁄2 Jahre verstrichen, ohne dass das Rechtshilfeverfahren vorangetrieben worden wäre. Unverständlich ist sodann, weshalb die Vorinstanz, nachdem sie am 3. November 2005 die Erledigungsakten erhalten hatte (act. 75), bis zur angefochtenen Verfügung über drei Jahre untätig blieb. Die Vorinstanz nimmt dazu in der Vernehmlassung keine Stellung. Sie wehrt sich darin nicht gegen den Vorwurf der Verletzung des Gebots der raschen Erledigung. Sie bemerkt (S. 3 Ziff. 3) lediglich, selbst wenn dieses Gebot verletzt worden sein sollte, änderte dies nichts am Anspruch des ersuchenden Staates, Rechtshilfe zu erhalten.
In Anbetracht der Verfahrensdauer von insgesamt rund 7 1⁄2 Jahren sowie der dargelegten Zeitspannen von über 1 1⁄2 und 3 Jahren, in denen das Verfahren ruhte, ist hier offensichtlich eine schwer wiegende Verletzung des Gebots der raschen Erledigung zu bejahen.
4.4 Die Verzögerung des schweizerischen Rechtshilfeverfahrens hat nicht der ersuchende Staat zu vertreten. Sie darf deshalb nicht zu seinen Lasten gehen. Die Voraussetzungen der Rechtshilfe sind hier erfüllt. Damit ist die Schweiz staatsvertraglich zur Rechtshilfe verpflichtet (Art. 1 Ziff. 1 lit. a RVUS). Die Verletzung des Gebots der raschen Erledigung stellt nach der zutreffenden Ansicht der Vorinstanz kein Rechtshilfehindernis dar (ebenso Urteile 1A.70/1999 vom 25. Juni 1999 E. 13 f., nicht publ. in: <ref-ruling>, und 1A.100/1998 vom 7. Juli 1998 E. 6 und 8).
4.5 Die schweizerischen Behörden haben dafür besorgt zu sein, dass dem Gebot der raschen Behandlung Nachachtung verschafft wird.
Die ständige und systematische Aufsicht über die Bundesverwaltung übt der Bundesrat aus (Art. 187 Abs. 1 lit. a BV; Art. 8 Abs. 3 des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes vom 21. März 1997 [SR 172.010]). Mit der Aufsicht stellt der Bundesrat die Erfüllung der verfassungsmässigen und gesetzlichen Aufgaben sicher (Art. 24 Abs. 1 der Regierungs- und Verwaltungsorganisationsverordnung vom 25. November 1998 [SR 172.010.1]). In der Praxis konzentriert sich die Aufsicht durch den Bundesrat auf die obersten Verwaltungseinheiten und auf bedeutende Situationen (Thomas Sägesser, Handkommentar zum Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetz, 2007, Art. 8 RVOG N. 42). Eine derartige Situation ist hier gegeben.
Der vorliegende Entscheid wird deshalb dem Bundesrat mitgeteilt. Dieser wird die geeigneten Massnahmen zu treffen haben, damit die Vorinstanz dem Gebot der raschen Erledigung künftig nachkommt und sich Fälle wie hier nicht wiederholen.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen.
Die Beschwerdeführerin unterliegt. Sie hat jedoch - auch wenn sich daraus kein Rechtshilfehindernis ergibt - zutreffend auf die Verletzung des Gebots der raschen Erledigung hingewiesen. Auf die Erhebung von Kosten wird deshalb verzichtet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bundesamt für Justiz und dem Bundesrat schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri