Sachverhalt:
A. Die Liegenschaft F._ in G._ ist in neun Stockwerkeinheiten (vier Wohneinheiten und fünf Garagenplätze) unterteilt. Der Kläger ist Eigentümer der Einheiten 1 und 2 mit einer Wertquote von insgesamt 255/1000. Der Beklagte 2 ist Eigentümer der Einheiten 3, 4 und 5 mit einer Wertquote von insgesamt 230/1000. Die Beklagten 3 sind Eigentümer der Einheiten 6 und 7 mit einer Wertquote von insgesamt 175/1000. Die Beklagten 4 sind Eigentümer der Einheiten 8 und 9 mit einer Wertquote von insgesamt 340/1000.
Im Rahmen eines seitens der Stockwerkeigentümergemeinschaft eingeleiteten Befehlsverfahrens wurde der Kläger am 16. Februar 2007 zum Rückbau seines Gartensitzplatzes, für welchen kein Sondernutzungsrecht vorlag, verpflichtet. Darauf verlangte dieser von den drei anderen Stockwerkeigentümern, die in ihren Wohneinheiten erfolgte Entfernung von tragenden Wänden rückgängig zu machen (Trennwand zwischen Büro und Flur in der Arztpraxis des Beklagten 2; Trennwand zwischen Küche und Flur sowie Wohnzimmer und Flur in der 41⁄2-Zimmer-Wohnung der Beklagten 3; Trennwand zwischen Küche und Essraum in der 71⁄2-Zimmer-Wohnung der Beklagten 4). Mit Beschluss der Stockwerkeigentümerversammlung vom 9. April 2008 wurden die betreffenden Eingriffe gestützt auf einen Expertenbericht, wonach die Eingriffe unbedenklich gewesen seien, mit den Stimmen der Beklagten gegen diejenige des Klägers nachträglich genehmigt.
B. Mit Klage vom 19. Juni 2008 verlangte der Kläger die Aufhebung dieses Beschlusses und die Verpflichtung der anderen Stockwerkeigentümer zur Wiederherstellung der in ihren Einheiten vorgenommenen Eingriffe sowie die Behebung der dadurch verursachten Schäden am gemeinschaftlichen Eigentum.
An seiner Sitzung vom 2./8. April 2009 wies das Landgericht Uri die Klage ab. Die hiergegen erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Uri mit Entscheid vom 26. März 2010 ab.
C. Gegen diesen Entscheid hat der Kläger am 6. Oktober 2010 Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung, um Feststellung der Nichtigkeit bzw. um Aufhebung des Beschlusses der Stockwerkeigentümerversammlung vom 9. April 2008 und um Verpflichtung der beklagten Stockwerkeigentümer zur Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes in ihren Einheiten, eventuell um Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur neuen Beurteilung. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über eine Zivilrechtsstreitigkeit (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Den Streitwert hat das Obergericht auf Fr. 100'000.-- beziffert; der für vermögensrechtliche Streitigkeiten erforderliche Mindeststreitwert von Fr. 30'000.-- (<ref-law>) ist erreicht und somit die Beschwerde in Zivilsachen gegeben. Mit dieser können sämtliche Bundesrechtsverletzungen (inkl. Verfassungsnormen) geltend gemacht werden (<ref-law>) und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist, wie schon ihr Name sagt, ausgeschlossen, wo die Beschwerde in Zivilsachen offen steht (<ref-law>). Auf die gleichzeitig erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde kann mithin nicht eingetreten werden.
2. Das Landgericht hat sich gefragt, ob das Vorgehen des Klägers nicht rechtsmissbräuchlich sei: Er sei Bauingenieur und habe die in den Jahren 1992 (Arztpraxis), 1995 (41⁄2-Zimmer-Wohnung) und 2001 (71⁄2-Zimmer-Wohnung) durchgeführten Mauerdurchbrüche jeweils mit Interesse verfolgt; wie sein Vergleichsvorschlag und die Ausführungen in der Klage zeigten, gehe es ihm denn auch nicht um die Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes in den anderen Wohneinheiten, sondern darum, dass die Beklagten sich von der Anfechtungsklage freikaufen und ihm ausserdem die Möglichkeit eines Gartensitzplatzes einräumen würden. Die Frage des Rechtsmissbrauches liess es aber letztlich offen, weil es, wie sodann auch das Obergericht, zum Schluss kam, dass die (jeweils durch Stahlträger abgestützten bzw. die Statik nicht beeinträchtigenden) Mauerdurchbrüche nützliche bauliche Massnahmen im Sinn von <ref-law> gewesen seien; nicht nur der Wert der einzelnen Einheiten, sondern auch derjenige der Liegenschaft insgesamt sei erhöht worden, und deshalb hätten die baulichen Massnahmen mit dem Mehr der Stimmen und Wertquoten beschlossen, aber auch nachträglich genehmigt werden können. Mit Bezug auf die Behauptung, die Beklagten seien gemäss <ref-law> vom Stimmrecht ausgeschlossen gewesen und es liege deshalb kein Mehrheitsbeschluss vor, haben beide Instanzen erwogen, allfällige Ausstandsgründe hätten sofort geltend gemacht werden müssen; das entsprechende Vorbringen erst nach Ablauf der Anfechtungsfrist und nach Erlass der Beweisverfügung sei verspätet und nicht zu hören, zumal der Kläger bereits vorher anwaltlich vertreten gewesen sei. Das Landgericht hat zusätzlich befunden, <ref-law> betreffe nur Rechtsgeschäfte zwischen Gemeinschaft und Eigentümer, während das Obergericht offen gelassen hat, ob <ref-law> auch auf die Genehmigung baulicher Massnahmen Anwendung finden könnte. Beide Instanzen hielten dafür, dass mangels erfolgreicher Anfechtung des Beschlusses die damit nachträglich genehmigten baulichen Eingriffe rechtmässig (geworden) seien, weshalb die Eigentumsfreiheitsklage nicht zum Ziel führen könne. Verworfen wurde vom Landgericht schliesslich der Antrag auf Anordnung einer gerichtlichen Expertise, weil es nicht angehen könne, damit nach nicht substanziiert behaupteten allfälligen Rissen oder Statikschäden zu suchen; mit einer Expertise sei der behauptete Sachverhalt zu beweisen und nicht umgekehrt.
3. In der Beschwerde in Zivilsachen wird geltend gemacht, der Beschluss der Stockwerkeigentümerversammlung hätte von Amtes wegen auf Nichtigkeit hin überprüft werden müssen; Fristfragen würden sich dann erübrigen. Abgesehen davon bestehe keine Pflicht zur rechtlichen Begründung der Anfechtung, wende doch das Gericht das Recht von Amtes wegen an; ohnehin sei der Anfechtungsgrund ausreichend spezifiziert worden, weil bereits vorgängig zur Versammlung mit eingeschriebenem Brief an die Stockwerkeigentümergemeinschaft geltend gemacht worden sei, dass ein solcher Beschluss rechtswidrig und ungültig wäre. Beim Beschluss gehe es um ein Rechtsgeschäft oder einen Rechtsstreit im Sinn von <ref-law>, weshalb dieser Artikel zum Tragen komme, zumal die anderen Stockwerkeigentümer wirtschaftlich begünstigt worden seien. Weil diese demzufolge nicht am Beschluss hätten teilnehmen dürfen, liege ein Nicht-Beschluss vor, der keinerlei Rechtswirkungen entfalten könne. Entsprechend stellten die baulichen Massnahmen eine (immer noch andauernde) rechtswidrige Störung dar.
4. Ein Stockwerkeigentümer ist zwar in der baulichen Ausgestaltung seiner eigenen, d.h. zu Sonderrecht ausgeschiedenen Räume frei, darf aber keine gemeinschaftlichen Bauteile, Anlagen und Einrichtungen beschädigen oder in ihrer Funktion und äusseren Erscheinung beeinträchtigen (<ref-law>). Tragende Wände sind ungeachtet ihres Standorts stets gemeinschaftlich (Meyer-Hayoz/Rey, Berner Kommentar, N. 15 zu <ref-law>; WERMELINGER, Das Stockwerkeigentum, N. 33 zu <ref-law> und N. 162 zu <ref-law>). Befugnisse des Stockwerkeigentümers zu eigenmächtigen Umbauarbeiten an gemeinschaftlichen Teilen gibt es auch dann nicht, wenn damit keine Beschädigung oder Beeinträchtigung verbunden ist, weil dies nicht mit der gesetzlichen Zuständigkeitsordnung gemäss <ref-law> vereinbar wäre (<ref-ruling> E. 3.2 S. 219); vielmehr wird diesbezüglich in <ref-law> auf die Bestimmungen über das Miteigentum verwiesen, d.h. auf Art. 647-647e ZGB (<ref-ruling> E. 3.3 S. 447).
Als notwendig definiert der Gesetzgeber die Unterhalts-, Wiederherstellungs- und Erneuerungsarbeiten, die für die Erhaltung des Wertes und der Gebrauchsfähigkeit der Sache nötig sind (<ref-law>). Als nützlich bezeichnet das Gesetz solche Erneuerungs- und Umbauarbeiten, die eine Wertsteigerung oder Verbesserung der Wirtschaftlichkeit oder Gebrauchsfähigkeit der Sache bezwecken (<ref-law>), während Bauarbeiten, die lediglich der Verschönerung, der Ansehnlichkeit der Sache oder der Bequemlichkeit im Gebrauch dienen, als luxuriös gelten (<ref-law>). Welche baulichen Massnahmen als notwendig, welche als nützlich und welche als luxuriös anzusehen sind, ist im Einzelfall unter Würdigung aller Umstände zu prüfen; dabei kann ein und dieselbe Massnahme je nach den konkreten Umständen in eine andere Kategorie fallen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 447 m.H.)
Die kantonalen Gerichte haben übereinstimmend festgestellt, dass mit den baulichen Massnahmen nicht nur der Wert der drei fraglichen Stockwerkeinheiten, sondern auch der Wert der Liegenschaft insgesamt gesteigert worden sei. Indes ist offensichtlich, dass die Stockwerkeinheit des Klägers für sich genommen keine Wertsteigerung erfahren hat. Als was bauliche Massnahmen am gemeinschaftlichen Eigentum, die nur einzelnen Stockwerkeigentümern dienen, aus der Sicht der Stockwerkeigentümergemeinschaft zu betrachten sind, wird in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht ganz einheitlich gehandhabt. Während im Urteil 5C.110/2001 vom 15. Oktober 2001 E. 5b und 5c die Erhöhung eines Gartensitzplatzes, der nur einer Stockwerkeinheit diente, als nützliche bauliche Massnahme taxiert wurde, ging das Urteil 5A_108/2010 vom 6. April 2010 E. 2.2 davon aus, dass eine bauliche Massnahme, die ausschliesslich der Wertsteigerung eines einzigen Anteils dient (im betreffenden Verfahren ging es um eine Terrasse, die von der als Restaurant betriebenen Einheit zur Bewirtung der Gäste benutzt wurde; erwähnt wurde auch der Anbau eines Balkons), eher zu den luxuriösen baulichen Massnahmen zu zählen sei. Ähnliche Überlegungen finden sich in <ref-ruling> E. 3.5 S. 449, wo im Zusammenhang mit einer Zentrumsüberbauung, die ein Hotel und Wohnungen umfasste, erwogen wurde, die Einrichtung eines (ausschliesslich vom Hotelbetrieb gewünschten und finanzierten) Wellnessbetriebes könne auch aus Sicht der Gemeinschaft als nützliche bauliche Massnahme betrachtet werden, weil die Steigerung der Attraktivität des Hotels nach allgemeiner Erfahrung zu einer besseren Auslastung der als Aparthotelzimmer ausgestalteten übrigen Stockwerkeinheiten und damit zu einer Verbesserung der Wirtschaftlichkeit bzw. Bewirtschaftungsmöglichkeit der Wohnungen führe.
Ob bei den vorliegend interessierenden Mauerdurchbrüchen in den Einheiten der drei beklagten Eigentümer aus der Sicht der Gemeinschaft eher von nützlichen oder luxuriösen baulichen Massnahmen auszugehen ist, kann letztlich offen bleiben, weil vor dem Hintergrund der kantonalen Sachverhaltsfeststellungen, wonach der Kläger keine Kosten zu tragen hatte und weder er in der Ausübung seiner Rechte noch das Gebäude in seiner Funktion oder Statik beeinträchtigt ist, entweder Art. 647d Abs. 1 oder Art. 647e Abs. 2 ZGB, hingegen weder Art. 647d Abs. 3 noch <ref-law> zur Anwendung kommt; demnach war so oder anders keine Einstimmigkeit erforderlich, sondern konnte mit dem doppelten Mehr nach Köpfen und Wertquoten Beschluss gefasst werden.
Mit dem erwähnten doppelten Mehr haben die Stockwerkeigentümer an der Versammlung vom 9. April 2008 einen die baulichen Massnahmen nachträglich genehmigenden Beschluss gefasst. Der Kläger macht allerdings geltend, dass die drei beklagten Eigentümer aufgrund von <ref-law> in Ausstand hätten treten müssen und demnach an der Beschlussfassung nicht hätten teilnehmen dürfen. Daran ist soviel richtig, dass <ref-law> kraft der Verweisnorm von <ref-law> - und dem analogen Art. 27 Abs. 2 des Stockwerkeigentümer-Reglementes - grundsätzlich auch für Beschlüsse der Stockwerkeigentümerversammlung zum Tragen kommt (<ref-ruling> E. 3.4 S. 486). Indes hätte der Kläger bereits an der Versammlung verlangen müssen, dass die anderen Eigentümer in Ausstand treten: Im Urteil 5C.239/2005 vom 5. Mai 2006 E. 4.2.4 hat das Bundesgericht erwogen, dass der für Gerichtspersonen (dazu <ref-ruling> E. 2c/aa S. 24; <ref-ruling> E. 2 S. 123; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 21), aber auch für Kommissionen (dazu <ref-ruling> E. 4.3 S. 496), Schiedsgerichte (dazu <ref-ruling> E. 3c S. 253 f.) und Prüfungsexperten (dazu <ref-ruling> E. 3 S. 229) geltende allgemeine Grundsatz, wonach Ausstandsgründe nach Treu und Glauben ohne Verzug geltend zu machen sind, sobald der Ausstandsgrund bekannt ist, andernfalls der Anspruch auf Ablehnung verwirkt ist, auch für die Stockwerkeigentümerversammlung gilt. Der erst im Verlauf des erstinstanzlichen Verfahrens erhobene Einwand ist damit verspätet, umso mehr als der Kläger spätestens ab der Klageeinreichung anwaltlich vertreten war.
Nicht weiter hilft in diesem Zusammenhang der Verweis auf das vorgängig zur Versammlung erfolgte Schreiben vom 20. März 2008 und das Protokoll der Stockwerkeigentümerversammlung: Nach den kantonalen Tatsachenfeststellungen hat der Kläger in seinem Schreiben einzig festgehalten, dass es eines einstimmigen Beschlusses bedürfe und er zur nachträglichen Bewilligung der baulichen Massnahmen nicht bereit sei; desgleichen hatte er gemäss Protokoll einzig verlangt, dass auf eine Abstimmung zu verzichten sei, weil Einstimmigkeit erforderlich wäre und er nicht beabsichtige, dem Traktandum zuzustimmen. Inwiefern die in diesem Zusammenhang getroffene Sachverhaltsfeststellung, der Kläger habe nie ein Ausstandsbegehren gestellt bzw. Hinweise auf eine Ausstandspflicht gegeben, mit dem tatsächlichen Inhalt des Schreibens oder des Protokolls in klarem Widerspruch stehen und damit willkürlich sein soll, legt der Kläger nicht dar.
5. Nach dem vorstehend Gesagten wurde der Einwand des Klägers, die anderen Eigentümer hätten bei der Beschlussfassung in Ausstand treten müssen, verspätet erhoben und hat das Obergericht kein Bundesrecht verletzt, wenn es die Klage abgewiesen hat.
Hängt die Anfechtbarkeit des Beschlusses im Zusammenhang mit allfälligen Ausstandsgründen von der Rechtzeitigkeit des betreffenden Vorbringens ab, können begriffslogisch keine Nichtigkeitsgründe gegeben sein. Solche könnten denn auch nur bei schwerwiegenden formellen oder inhaltlichen Mängeln (z.B. Beschluss durch Nicht-Eigentümer; Beschluss über klar ausserhalb des Zuständigkeitsbereiches stehende Traktanden) zur Debatte stehen (vgl. WERMELINGER, Zürcher Kommentar, N. 208 ff. zu <ref-law> mit Anwendungsbeispielen).
Sodann muss die zwischen den Parteien umstrittene und vom Obergericht offen gelassene Frage weiterhin nicht beantwortet werden, ob es sich bei den vorliegend zur Debatte stehenden baulichen Massnahmen überhaupt um ein Rechtsgeschäft oder eine Rechtsstreitigkeit im Sinn von <ref-law> gehandelt hat und deshalb die beklagten Eigentümer, sofern der Kläger dies rechtzeitig verlangt hätte, im Grundsatz ausstandspflichtig gewesen wären.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abgewiesen werden muss, soweit darauf einzutreten ist, und auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenseite ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. März 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli