Faits:
A. A.a La société de promotion immobilière X._ SA a annoncé sur son site internet la construction à ... (VD) de 10 villas faisant chacune une superficie de 219 m2 sur deux niveaux avec mezzanines, dont 19 m2 pour la chambre à coucher principale, plus un sous-sol de 90 m2. Elle a chargé la régie immobilière A._ SA (ci-après: la régie) de rechercher des acquéreurs. Cette dernière a fait des annonces publicitaires indiquant une surface de 219 m2 par villa.
En 2006, les époux H.Y._ et F.Y._, qui souhaitaient agrandir leur famille, se sont intéressés au projet. Ils ont contacté la régie et ont été séduits par la surface proposée.
Le 6 mars 2007, ils ont acquis une part PPE avant construction au prix de 391'000 fr. Simultanément, ils ont conclu avec X._ SA un contrat d'entreprise portant sur la "réalisation d'une maison mitoyenne, sous-sol, rez-de-chaussée, 1er étage, mezzanines, d'une superficie d'env. 219,70 m2 + sous-sol d'env. 90,25 m2, y compris abri". Le prix de l'ouvrage était fixé forfaitairement à 819'500 fr. La livraison devait avoir lieu au plus tard le 31 juillet 2008. Une pénalité de 100 fr. par jour de retard était due, sauf en cas de force majeure telle que mauvais temps ou autre cause indépendante de la volonté de l'entrepreneur. Le for était prorogé à Genève. La norme SIA 118 (1977/1991) était intégrée au contrat, qui renvoyait par ailleurs aux plans d'autorisation de construire.
Selon ces documents peu détaillés, dessinés à l'échelle 1:100, chaque villa devait avoir une emprise au sol de 90,25 m2. La surface totale brute des deux niveaux (rez-de-chaussée et premier étage) était donc de 180,5 m2 (2 x 90,25), à laquelle s'ajoutaient deux mezzanines de respectivement 16 m2 et 18,8 m2. Pour les différentes pièces, les plans indiquaient des surfaces nettes, c'est-à-dire à l'intérieur des murs de chaque pièce. La plus grande chambre à coucher faisait 16,4 m2. L'addition des surfaces nettes aboutissait à un chiffre bien inférieur à 219,7 m2. Selon l'architecte en charge du projet, il était indiqué des surfaces nettes par conformité à l'usage, "de manière à ce que la commune puisse les lire clairement".
Ces plans d'autorisation de construire n'étaient pas annexés au contrat, mais simplement "mis à la disposition" des maîtres de l'ouvrage. En revanche, au moment de la signature du contrat, l'entrepreneur leur a remis d'autres plans, qui ont été signés par les maîtres et datés du même jour que le contrat de construction. Egalement dessinés à l'échelle de 1:100, ces plans étaient quasi identiques à ceux de la mise à l'enquête, sous réserve des éléments suivants: d'une part, les surfaces nettes avaient été remplacées par des surfaces brutes plus importantes, sans précision du caractère brut des chiffres exprimés; ainsi, la plus grande chambre à coucher avait une surface de 19,3 m2. D'autre part, les cotes n'étaient pas indiquées. Même pour les pièces entourées de murs de tous les côtés, il n'était donc pas possible de vérifier les surfaces indiquées par multiplication des cotes. L'addition de toutes les surfaces indiquées au premier étage aboutissait à un total de 90,3 m2.
Le 26 septembre 2007, un sous-traitant de l'entrepreneur a soumis les plans d'exécution de la villa à H.Y._, qui les a signés sans faire de remarques. Plus détaillés que les précédents, ces plans étaient dessinés à l'échelle 1:50. Une modification avait été apportée au premier étage, en ce sens que deux pièces étaient désormais réunies en une seule plus spacieuse. Pour le surplus, les surfaces des autres pièces et espaces du premier étage étaient les mêmes que celles indiquées dans les plans remis lors de la signature du contrat, surfaces qui intégraient à nouveau implicitement les murs intérieurs et extérieurs de la villa.
A.b Par courrier du 20 décembre 2007, le maître a indiqué à l'entrepreneur que les mesures qu'il avait effectuées sur le chantier ne correspondaient pas aux surfaces prévues par le contrat. A titre d'exemple, la plus grande chambre à coucher ne faisait que 16,85 m2.
Le 17 janvier 2008, les maîtres, l'entrepreneur et la régie ont tenu une réunion chez un notaire. Ils ont constaté que les surfaces indiquées dans le descriptif de vente et de construction ne correspondaient ni à des surfaces nettes, ni à des surfaces habitables. Les participants ont par ailleurs "admis (...) que les indications commerciales et contractuelles pouvaient donner lieu à croire qu'il s'agissait des surfaces habitables réelles", selon les termes du procès-verbal établi par le notaire.
Il a été convenu que les maîtres tenteraient de revendre la villa en construction à un tiers jusqu'au 30 septembre 2008; à défaut, elle serait rachetée par l'administrateur et le directeur de X._ SA. Les maîtres s'engageaient à continuer la construction conformément au contrat d'entreprise.
Le 3 octobre 2008, les maîtres ont informé l'entrepreneur qu'ils renonçaient à revendre la villa faute d'avoir trouvé un logement alternatif. Les clés leur ont été remises le 12 décembre 2008.
Les maîtres ont refusé de payer le solde dû, qui s'élevait à 49'825 fr. L'entrepreneur a obtenu l'inscription provisoire d'une hypothèque légale à concurrence de ce montant. Le 1er avril 2009, les maîtres ont fait notifier à l'entrepreneur un commandement de payer chiffré à 307'513 fr., qui a été frappé d'opposition.
Le 4 mai 2009, une expertise judiciaire hors procès a été mise en ?uvre. L'expert a rendu son rapport le 4 septembre 2009. Il a constaté en moyenne une différence de 18% entre les surfaces réelles des pièces (chambres à coucher, salles de bains, salon et salle à manger) et celles indiquées pour les mêmes pièces sur les plans remis à la signature du contrat. En revanche, il n'y avait qu'une très petite différence entre les surfaces nettes réelles (106,92 m2) et les surfaces nettes prévues sur les plans d'autorisation de construire (110,4 m2). La manière de procéder dans les plans annexés au contrat et les plans d'exécution n'était pas conforme à la pratique usuelle en Suisse romande, voire dans l'ensemble de la Suisse. Les cotes figurant sur les plans d'architecte étaient en effet toujours exprimées en chiffres nets, et non pas bruts. Le mode retenu pour calculer les surfaces sur les plans d'exécution et les plans annexés au contrat était erroné, totalement arbitraire et propice à la confusion. Un constructeur expérimenté ne pouvait ignorer que l'indication des surfaces brutes trompait la bonne foi de l'acquéreur.
B. B.a Le 4 juin 2009, l'entrepreneur a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une demande tendant au paiement de 49'825 fr., à l'inscription définitive d'une hypothèque légale de même montant, au remboursement des frais liés à cette inscription et au paiement de dépens pour la procédure provisionnelle, incluant le remboursement des frais liés à l'inscription provisoire. Les maîtres ont conclu au rejet de l'action et, à titre reconventionnel, au paiement de 135'537 fr. 80 ainsi qu'à la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer à concurrence de ce montant.
Par jugement du 10 mars 2011, le tribunal a rejeté l'action principale et partiellement admis l'action reconventionnelle, en ce sens que l'entrepreneur était condamné à payer aux maîtres la somme de 59'310 fr. 80, l'opposition au commandement de payer étant définitivement levée à concurrence de ce montant.
B.b L'entrepreneur a déféré cette décision à la Cour de justice genevoise, réitérant les conclusions prises en première instance. Les maîtres ont conclu au rejet de l'appel principal et, à titre reconventionnel, au paiement de 78'705 fr. 55, la mainlevée définitive devant être prononcée à hauteur de cette somme.
Par arrêt du 9 décembre 2011, la Cour de justice a rejeté l'appel principal et partiellement admis l'appel incident. En conséquence, elle a réformé le jugement en ce sens que l'entrepreneur est condamné à payer aux maîtres 67'585 fr. 80, la mainlevée de l'opposition étant prononcée à due concurrence.
En bref, la Cour de justice a constaté l'absence d'une volonté réelle concordante s'agissant de la surface à construire. Selon le principe de la confiance, les maîtres pouvaient de bonne foi comprendre que la surface globale de 219,70 m2 annoncée de façon constante par l'entrepreneur et celles indiquées pour les différentes pièces dans les plans remis lors de la signature du contrat représentaient des valeurs nettes n'incluant pas les murs intérieurs et extérieurs de la villa. L'entrepreneur avait ainsi promis contractuellement une surface nette totale de 309,95 m2 (219,70 + 90,25); or, la surface nette de l'ouvrage réalisé n'était que de 273,15 m2. L'ouvrage était entaché d'un défaut et les maîtres avaient droit à une réduction correspondante du prix convenu. Le prix réduit s'élevait à 722'202 fr. (819'500 fr. x 273,15 : 309,95). Les maîtres ayant déjà versé la somme de 769'675 fr., ils avaient droit au remboursement de 47'473 fr. L'entrepreneur devait en outre les indemniser pour leurs frais d'expertise judiciaire avant procès, s'élevant à 6'712 fr. 80. Enfin, s'agissant des 134 jours de retard dans la livraison de l'ouvrage, l'entrepreneur n'avait pas pu établir les intempéries alléguées, pas plus qu'un choix tardif des maîtres quant aux carrelages et autres finitions. En conséquence, il devait payer une pénalité de 13'400 fr.
C. Par-devant le Tribunal fédéral, l'entrepreneur (ci-après: la recourante) interjette un recours en matière civile renouvelant les conclusions prises en première instance et en appel.
Les intimés concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'autorité précédente se réfère à son arrêt.
Par ordonnance du 23 février 2012, la Présidente de la Cour de céans a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Le présent recours satisfait aux conditions de recevabilité du recours en matière civile (cf. art. 72 al. 1, art. 75, art. 76 al. 1 et art. 90 LTF). En particulier, la valeur litigieuse excède manifestement le minimum légal de 30'000 fr. (<ref-law>). Les exigences de délai (<ref-law> en relation avec l'art. 46 al. 1 let. c LTF) et de forme (<ref-law>) sont également respectées.
2. 2.1 Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office (<ref-law>), hormis les droits fondamentaux. Pour ceux-ci - notamment la prohibition de l'arbitraire consacrée à l'art. 9 Cst. - prévaut le principe de l'allégation, en ce sens que le recourant doit expressément soulever le grief et exposer de manière claire et circonstanciée, si possible documentée, en quoi consiste la violation du droit constitutionnel invoqué (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Des critiques de type purement appellatoire ne sont pas admissibles. Le grief doit être développé dans le recours même, un renvoi à d'autres écritures ou à des pièces n'étant pas admissible (<ref-ruling> consid. 3.1).
2.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (<ref-law>). Il peut compléter ou rectifier d'office les constatations établies de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. - ou en violation du droit (<ref-law>). Toutefois, le Tribunal fédéral n'a pas à rechercher lui-même dans le dossier si ce dernier pourrait éventuellement contenir des indices d'une inexactitude de l'état de fait arrêté par les autorités cantonales. Il incombe donc à la partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente d'expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées (cf. <ref-law>); à défaut, il ne peut être tenu compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 6.2).
En l'occurrence, le recours contient un chapitre intitulé "en fait", suivi d'un chapitre "droit et discussion", dans lequel sont notamment invoqués des moyens de fait regroupés sous le titre "De l'arbitraire dans la constatation et l'établissement des faits, et l'appréciation des preuves".
Les éléments mis en évidence dans la partie "en fait" ne seront traités que dans la mesure où ils peuvent être reliés à l'un ou l'autre des griefs d'arbitraire dans l'établissement des faits. Pour le surplus, l'on ne saurait tenir compte de la version livrée par la recourante en tant qu'elle s'écarte de celle retenue dans l'arrêt attaqué.
3. 3.1 La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir méconnu le texte même du contrat d'entreprise en tant qu'il déclarait les plans d'autorisation de construire "partie intégrante" de l'accord. Il serait arbitraire de constater que ces plans étaient simplement "tenus à disposition" des maîtres de l'ouvrage.
3.2 La teneur exacte de la convention est la suivante:
"1 Eléments du contrat
Outre le présent texte, font aussi partie intégrante du contrat
1.1 L'offre de l'entrepreneur du [espace blanc]
avec les annexes suivantes (...)
DESCRIPTIF PERSONNALISÉ ANNEXÉ AU CONTRAT D'ENTREPRISE
1.2 les conditions ci-après, particulières à l'ouvrage
LE DOSSIER D'AUTORISATION DE CONSTRUIRE EST MIS À DISPOSITION DU MAÎTRE DE L'OUVRAGE SANS FRAIS
(...)
1.4 les plans
D'AUTORISATION DE CONSTRUIRE
(...)"
La Cour de justice a retenu en fait que ces plans n'avaient pas été annexés au contrat et qu'ils n'avaient même jamais été soumis aux intimés, mais simplement "mis à l[eur] disposition".
3.3 L'on peut donner acte à la recourante du fait que le contrat contenait une clause d'intégration des plans d'autorisation de construire. Toutefois, une telle constatation ne préjuge en rien la question de savoir si ces documents ont été matériellement remis aux intimés, comme annexes au contrat ou d'une autre manière, ou s'ils ont simplement été tenus à leur disposition. Or, sur la base du texte du contrat, il n'était nullement arbitraire de retenir la seconde hypothèse. Contrairement à ce que plaide la recourante, les plans d'autorisation de construire faisaient à l'évidence partie du dossier d'autorisation de construire. La recourante n'invoque pas d'éléments qui permettraient d'établir une remise effective de ces plans. Pour le surplus, c'est une question de droit que de déterminer si, dans de telles circonstances, la connaissance du contenu de ces plans pouvait néanmoins être imputée aux intimés. Enfin, la recourante s'écarte des faits retenus par l'arrêt lorsqu'elle affirme que l'intimé est un entrepreneur rompu aux affaires parfaitement conscient de la portée de ses actes, de sorte qu'il n'y a pas à en tenir compte.
4. 4.1 La recourante reproche en substance à la Cour de justice d'avoir arbitrairement écarté ou ignoré des témoignages établissant que les intimés étaient conscients du caractère brut des surfaces indiquées, respectivement qu'il était conforme à l'usage d'exprimer des superficies brutes s'agissant d'immeubles à construire.
4. 4.1 La recourante reproche en substance à la Cour de justice d'avoir arbitrairement écarté ou ignoré des témoignages établissant que les intimés étaient conscients du caractère brut des surfaces indiquées, respectivement qu'il était conforme à l'usage d'exprimer des superficies brutes s'agissant d'immeubles à construire.
4.2 4.2.1 La Cour de justice a considéré en substance que le témoignage de B._ n'établissait pas que les intimés aient eu connaissance de la valeur brute des surfaces indiquées. Cet ex-employé de la régie, présent uniquement lors de la signature du contrat de construction, avait admis ne pas être certain que l'intimé avec qui il avait alors parlé ait clairement compris quel genre de surface, brute ou habitable, était visée par le contrat.
4.2.2 La recourante ne démontre pas en quoi le résumé de ce témoignage serait arbitraire, et la lecture du procès-verbal ne le fait pas non plus apparaître. La recourante évoque en outre les témoins C._, D._, E._ et F._. Toutefois, elle ne cite pas d'extraits de procès-verbal dans lesquels l'un ou l'autre de ces cinq témoins affirmerait avoir précisé aux intimés que les surfaces indiquées représentaient des valeurs brutes. Tout au plus ressort-il des citations ou résumés livrés par la recourante que ces témoins exprimaient des chiffres correspondant à des surfaces brutes, ce qui ne signifie pas encore que les intimés l'aient compris ainsi. En bref, la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en ne retenant pas que les intimés auraient été informés du caractère brut des surfaces indiquées.
4.2.2 La recourante ne démontre pas en quoi le résumé de ce témoignage serait arbitraire, et la lecture du procès-verbal ne le fait pas non plus apparaître. La recourante évoque en outre les témoins C._, D._, E._ et F._. Toutefois, elle ne cite pas d'extraits de procès-verbal dans lesquels l'un ou l'autre de ces cinq témoins affirmerait avoir précisé aux intimés que les surfaces indiquées représentaient des valeurs brutes. Tout au plus ressort-il des citations ou résumés livrés par la recourante que ces témoins exprimaient des chiffres correspondant à des surfaces brutes, ce qui ne signifie pas encore que les intimés l'aient compris ainsi. En bref, la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en ne retenant pas que les intimés auraient été informés du caractère brut des surfaces indiquées.
4.3 4.3.1 La Cour de justice a constaté qu'aux dires de l'expert judiciaire, l'indication de surfaces brutes n'était pas conforme à la pratique en Suisse romande, voire en Suisse. L'expertise privée demandée par les maîtres, certes dépourvue de force probante en tant que telle, allait dans le même sens, tout comme le règlement de la section vaudoise de l'Union suisse des professionnels de l'immobilier, qui ne concernait toutefois que la vente d'appartements aux membres de l'association. Les ex-employés de l'entrepreneur [recte: de la régie] attestaient certes d'une pratique consistant à indiquer des surfaces brutes, mais leurs déclarations devaient être accueillies avec circonspection, compte tenu de l'implication de ces témoins dans l'opération litigieuse. Du reste, l'un d'eux avait précisé que les plans d'architecte indiqueraient normalement de façon transparente les surfaces brutes ou nettes, ce qui n'était pas le cas des plans d'exécution.
4.3.2 La recourante objecte que les témoins ne sont désormais plus employés par la régie et n'étaient pas personnellement recherchés. Cela n'enlève rien au fait qu'ils étaient objectivement impliqués dans l'opération de promotion. De surcroît, la recourante n'explique pas pour quelle raison ces témoignages devraient l'emporter sur l'avis exprimé par un expert judiciaire - au demeurant corroboré par d'autres indices -, dont elle ne dit mot. La conclusion de la cour cantonale n'avait rien d'insoutenable en tant qu'elle constatait l'existence d'une pratique consistant à indiquer des surfaces nettes, et non pas brutes.
5. 5.1 Dans un grief peu clair, la recourante paraît s'en prendre à la constatation selon laquelle elle a remis "d'autres plans" aux intimés au moment de la signature du contrat, par quoi il faut entendre d'autres plans que ceux du dossier d'autorisation de construire.
5.2 Le seul fait que les plans de mise à l'enquête et les plans annexés au contrat aient été dessinés à la même échelle de 1:100 ne suffit naturellement pas à rendre arbitraire la constatation de la Cour de justice. Celle-ci a expliqué en quoi les deux jeux de plans pourtant très semblables différaient, et la recourante ne s'attache pas à critiquer ces motifs. A supposer que les plans annexés au contrat aient été remis avant la signature de celui-ci - fait qui ne saurait être établi par le simple renvoi à une écriture -, cela n'exclurait toujours pas de retenir que ces plans différaient à certains égards des plans d'enquête.
6. 6.1 La Cour de justice aurait ignoré le fait que les plans d'exécution du 26 septembre 2007 contenaient des cotes précises permettant de contrôler les surfaces des pièces, et que l'architecte auteur de ces plans disait avoir toujours parlé de surfaces brutes.
6.2 L'arrêt attaqué retient que les plans d'exécution, à l'instar de ceux signés et annexés au contrat, indiquaient des surfaces brutes, sans que cela soit précisé. Par ailleurs, l'arrêt laisse entendre que ces plans contenaient des cotes; en page 14, il est en effet précisé que ces documents prêtaient aussi "à confusion en indiquant des surfaces plus importantes (parce que brutes) que celles résultant de la multiplication des cotes à l'intérieur des murs de chaque pièce". Quoi qu'il en soit, l'expert judiciaire a qualifié d'erroné, totalement arbitraire et propice à la confusion le mode retenu pour calculer les surfaces sur les plans d'exécution. De surcroît, à consulter les pièces 36 à 42 citées sans plus autres détails par la recourante, l'on ne saurait affirmer que les mensurations et cotes affichées permettent aisément à un non-professionnel de recalculer la surface de chaque pièce et de comprendre ainsi que les chiffres indiqués sont des chiffres bruts. Le grief tombe à faux.
7. 7.1 La recourante nie avoir admis par-devant notaire que les indications contractuelles et commerciales pouvaient faire accroire qu'il s'agissait de surfaces habitables réelles. La cour cantonale aurait indûment tenu pour acquis un fait qui était en réalité contesté.
7.2 Le fait litigieux découle du procès-verbal de la réunion du 17 janvier 2008, document établi par le notaire à la demande des parties. La cour cantonale n'a donc pas retenu sans preuve une allégation contestée par la partie adverse, ce qui exclut toute violation de l'<ref-law>. Pour le surplus, la recourante ne cherche pas à expliquer en quoi il serait arbitraire d'attacher une valeur probante au procès-verbal et quels motifs justifieraient de s'en écarter.
8.1 8.1.1 La Cour de justice aurait arbitrairement ignoré un passage de l'expertise judiciaire hors procès du 4 septembre 2009 qui permettrait d'exclure l'existence d'un défaut.
8.1.2 En page 3 de son rapport, l'expert judiciaire fait la constatation suivante:
"Les dimensions extérieures de la villa correspondent au règlement communal qui défini [sic] de manière précise le CUS (coefficient d'utilisation du sol). Cette dimension n'a pas changée [sic] et représente 90,25 m2.
Ainsi, la dimension intérieure de l'habitation n'est pas différente entre le contrat, la mise à l'enquête publique et la réalité.
C'est donc l'indication des surfaces de pièce, et ce dès l'origine (contrat) qui est erronée!"
Le deuxième paragraphe explicite le premier, de sorte que l'expression "dimension intérieure" paraît avoir été utilisée par inadvertance en lieu et place de "dimension extérieure". A l'instar des plans de mise à l'enquête, le contrat mentionnait bel et bien le chiffre de 90,25 m2, correspondant à l'emprise au sol de la villa. Quoi qu'il en soit, l'expert incrimine une indication erronée des surfaces des pièces et met clairement en évidence, chiffres à l'appui, que la surface réelle "utile" des pièces est inférieure en moyenne de 18% à la surface indiquée pour les mêmes pièces dans les plans annexés au contrat, conclusion que reproduit l'arrêt attaqué.
Le deuxième paragraphe explicite le premier, de sorte que l'expression "dimension intérieure" paraît avoir été utilisée par inadvertance en lieu et place de "dimension extérieure". A l'instar des plans de mise à l'enquête, le contrat mentionnait bel et bien le chiffre de 90,25 m2, correspondant à l'emprise au sol de la villa. Quoi qu'il en soit, l'expert incrimine une indication erronée des surfaces des pièces et met clairement en évidence, chiffres à l'appui, que la surface réelle "utile" des pièces est inférieure en moyenne de 18% à la surface indiquée pour les mêmes pièces dans les plans annexés au contrat, conclusion que reproduit l'arrêt attaqué.
8.2 8.2.1 La cour cantonale aurait également méconnu un autre passage de l'expertise constatant l'absence de moins-value de l'ouvrage du fait du prétendu défaut.
8.2.2 L'on peut donner acte à la recourante qu'aux dires de l'expert judiciaire, les indications erronées quant à la surface des pièces n'ont pas entraîné de différence de coût, mais peuvent justifier de négocier les soldes dus. Ceci dit, c'est une question de droit que de dire si les maîtres ont droit à une réduction de prix du fait d'un éventuel défaut de l'ouvrage.
9.1 9.1.1 La Cour de justice aurait enfin arbitrairement refusé de retenir des faits propres à exculper la recourante pour son retard dans la livraison de l'ouvrage. Tout d'abord, elle aurait refusé à tort de retenir l'existence d'intempéries qui seraient pourtant établies par les relevés de Météo Suisse et par le témoin G._; la progression du chantier s'en serait trouvée retardée de 45 jours au moins.
9.1.2 La recourante a produit des relevés de pluviométrie effectués à la station météorologique de .... Au regard des taux de précipitation enregistrés, on ne saurait reprocher à la Cour de justice d'avoir versé dans l'arbitraire en considérant que la recourante n'avait pas rapporté la preuve d'intempéries propres à justifier un retard dans l'exécution du contrat; la recourante ne cherche du reste nullement à le démontrer, se bornant à renvoyer à la pièce contenant les relevés. Faute de données statistiques probantes, il n'était pas arbitraire d'ignorer le témoignage de G._, soit le directeur des opérations de la recourante.
9.2 La cour cantonale aurait en outre arbitrairement ignoré le fait que les intimés avaient provoqué le retard du chantier en tardant à effectuer certains choix de finition.
La recourante se réfère aux déclarations de G._ et F._, lequel s'exprimait comme sous-traitant chargé de la coordination du chantier. Ces deux témoins évoquent un retard des intimés dans le choix des finitions ou du carrelage; l'un d'eux fait allusion à une fiche de commande que l'intimé n'aurait signée qu'en août 2008. La recourante ne prétend toutefois pas que cette pièce figurerait au dossier. De surcroît, il est constant que les voisins des intimés ont également reçu leurs villas avec plusieurs mois de retard. Eu égard aux liens entre les témoins et la recourante et à l'absence de preuve par titre, il n'était pas insoutenable d'exclure une responsabilité des intimés dans le retard pris, même en tenant compte du fait qu'ils avaient cherché à revendre la villa jusqu'au mois de septembre 2008.
La Cour de justice a par ailleurs souligné que le droit à la prolongation du délai de livraison, qui permettait d'échapper aux pénalités de retard, supposait un avis immédiat à la direction des travaux ou au maître lui-même (art. 96 al. 2 SIA 118). Or, la recourante n'avait pas allégué ni établi avoir avisé les intimés du report de la livraison de l'ouvrage.
La recourante tente vainement de réfuter ce dernier point. Elle se contente en effet de plaider de façon appellatoire qu'elle a fait les allégations nécessaires et a effectivement prévenu les intimés, renvoyant pour le surplus à une écriture de la procédure d'appel. Un tel renvoi ne satisfait pas aux exigences strictes de l'<ref-law>.
10.
10.1 La recourante se plaint d'une violation de l'<ref-law>. La Cour de justice aurait indûment appliqué le principe de la confiance alors que le contrat, respectivement les plans d'autorisation de construire intégrés au contrat, exprimeraient la volonté commune des parties, soit celle de construire une villa présentant une surface brute de 219 m2, sous-sol non compris. Cette volonté serait encore attestée par la signature ultérieure des plans d'exécution. Subsidiairement, l'interprétation objective de la cour cantonale serait erronée.
10.2 Le juge doit tout d'abord s'attacher à rechercher la réelle et commune intention des parties (cf. <ref-law>). Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté, mais aussi le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté des parties, qu'il s'agisse des déclarations antérieures à la conclusion du contrat, des projets de contrat, de la correspondance échangée, ou encore de l'attitude des parties après la conclusion du contrat (BÉNÉDICT WINIGER, Commentaire romand, Code des obligations I, 2003, n°s 15, 25 et 32-34 ad <ref-law>; ERNST A. KRAMER/BRUNO SCHMIDLIN, Berner Kommentar, 1986, n°s 22 ss ad <ref-law>). Cette interprétation subjective repose sur l'appréciation des preuves. Si la cour cantonale parvient à se convaincre d'une commune et réelle intention des parties, elle tranche une constatation de fait (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 611).
Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie ou si les volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations et comportements des parties selon le principe de la confiance, en recherchant comment une déclaration ou une attitude pouvait de bonne foi être comprise en fonction de l'ensemble des circonstances (<ref-ruling> consid. 2.2.1). Cette interprétation dite objective, qui relève du droit, s'effectue non seulement d'après le texte et le contexte des déclarations, mais également sur le vu des circonstances qui les ont précédées et accompagnées (<ref-ruling> consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 3a), à l'exclusion des circonstances postérieures (<ref-ruling> consid. 3.1).
10.3
10.3.1 La Cour de justice a constaté un désaccord des parties quant à la surface de la construction. Alors que la recourante avait en vue une surface brute de 90,25 m2 par étage, correspondant à l'emprise au sol, les intimés n'imaginaient pas que cette surface incluait les murs intérieurs et extérieurs.
10.3.2 Le contrat ne précise pas si la surface indiquée est une valeur brute ou nette. Les plans signés par les intimés le 6 mars 2007 comme ceux signés le 26 septembre 2007 ne comportent pas non plus une telle mention. Il n'est par ailleurs pas établi que la recourante ou les employés de la régie aient expliqué aux intimés que les surfaces exprimées devaient s'entendre brutes; un employé de la régie présent à la signature du contrat de construction a admis ne pas être certain que l'intimé ait clairement compris de quel type de surface il était question. Lorsque les intimés ont pris les premières mesures sur le chantier, ils se sont plaints du fait que le chantier ne correspondait pas aux surfaces indiquées.
Au vu de tous ces éléments, il n'était pas insoutenable de conclure que les intimés n'avaient pas compris que les surfaces exprimées s'entendaient brutes.
La recourante objecte que les intimés ont prétendu avoir été induit en erreur par la mention de surfaces habitables, mention qui n'a pas été démontrée. Que les intimés aient échoué à rapporter la preuve de leurs allégations ne signifie pas pour autant qu'ils étaient de mauvaise foi, et n'implique pas non plus que la version de la recourante devait sans autre l'emporter. Pour le surplus, l'inexistence du motif d'erreur invoqué par les intimés ne s'opposait pas à retenir une méprise fondée sur l'absence d'information quant à la nature brute ou nette des surfaces indiquées.
En l'absence d'une volonté réelle concordante des parties, il était conforme à l'<ref-law> de procéder à l'interprétation objective des déclarations sur la surface.
10.3.3 A cet égard, la cour cantonale a concédé que le contrat de construction renvoyait au dossier d'autorisation de construire, lequel contenait des plans indiquant des surfaces nettes dont l'addition aboutissait à un chiffre bien inférieur aux 219,7 m2 indiqués dans le contrat. Toutefois, ces plans n'avaient jamais été soumis aux intimés. En lieu et place, la recourante leur avait fourni d'autres plans, correspondant exactement aux plans d'enquête, mais qui exprimaient sans le dire des surfaces brutes, alors que des valeurs nettes inférieures avaient été indiquées sur les plans d'enquête, par souci de clarté à l'attention des autorités. En outre, les plans soumis aux intimés ne mentionnaient aucune cote. De l'avis de l'expert judiciaire, l'indication de surfaces brutes était contraire à la pratique ayant cours à tout le moins en Suisse romande; un constructeur expérimenté ne pouvait ignorer qu'un tel procédé était propre à tromper la bonne foi de l'acquéreur. La recourante avait du reste elle-même admis le 17 janvier 2008, en présence d'un notaire, que les indications commerciales et contractuelles pouvaient donner à croire qu'il s'agissait de surfaces habitables réelles. En définitive, les intimés pouvaient de bonne foi comprendre que la surface globale indiquée de façon constante par la recourante [i.e. 219,7 m2] comprenait les surfaces nettes (murs intérieurs et extérieurs non compris) des pièces hors sol [rez et premier étage], mezzanines comprises, respectivement que les surfaces indiquées sur les plans soumis au moment de la signature du contrat correspondaient à des surfaces nettes.
10.3.4 Une telle interprétation ne contrevient nullement à l'<ref-law>. La recourante objecte que les intimés ne sauraient se prévaloir des usages en matière immobilière qu'ils ne pouvaient connaître puisqu'ils sont profanes en la matière. Le grief n'est pas fondé. A dire d'expert, l'indication de surfaces brutes est prohibée par la pratique précisément parce qu'elle est propice à la confusion, ce qu'un constructeur expérimenté n'ignore pas.
La recourante objecte encore que le contenu des plans d'autorisation de construire était réputé connu des intimés puisqu'il était déclaré partie intégrante du contrat. En réalité, l'on ne saurait reprocher aux intimés de n'avoir pas consulté ces plans compte tenu du procédé utilisé par la recourante, consistant à les tenir à disposition des intimés, tout en leur faisant signer d'autres plans quasi identiques, mais modifiés sur la question essentielle des surfaces des pièces, alors même que les surfaces nettes avaient été indiquées à l'attention des autorités par souci de clarté. Par surabondance, l'on observe qu'un autre couple acquéreur de la villa voisine des intimés, actuellement aussi en litige avec la recourante, s'est vu remettre lors de la signature du contrat des plans similaires à ceux soumis aux intimés et a aussi été victime d'une erreur sur la surface.
11.
11.1 La recourante se plaint d'une violation des art. 23, 24 et 31 CO. En renonçant à invalider le contrat pour vice du consentement, les intimés auraient accepté que le contrat soit validé tel qu'il avait été voulu et compris par la cocontractante.
11.2 La recourante se méprend sur la portée de la jurisprudence publiée aux <ref-ruling>, à laquelle elle se réfère. Il y est précisé qu'en cas de prestation défectueuse de la part du vendeur, l'acheteur peut en principe choisir entre l'action en garantie des défauts ou l'invalidation du contrat en raison d'un vice du consentement. S'il prend la première option, il ratifie du même coup le contrat au sens de l'<ref-law>, car la réglementation relative à la garantie des défauts suppose un contrat valable.
La renonciation à invalider le contrat ne prive toutefois pas l'acheteur du droit d'invoquer, dans le cadre de l'action en garantie, l'absence de volonté réelle concordante. En revanche, il devra cas échéant se laisser imputer le sens qu'un destinataire de bonne foi pouvait et devait donner aux déclarations de la partie adverse, quand bien même ce sens irait à l'encontre de sa volonté intime (cf. arrêt 4A_483/2011 du 2 décembre 2011 consid. 2.1 et 2.3, où le principe de la confiance est appliqué dans le cadre d'une action en réduction de loyer).
12.
12.1 La recourante invoque enfin une violation de l'<ref-law>. La Cour de justice aurait retenu à tort l'existence d'un défaut. De surcroît, elle aurait indûment accordé une réduction de prix alors qu'aux dires mêmes de l'expert, l'ouvrage ne subissait aucune moins-value du fait de la surface réduite.
12.2 Les parties ont intégré au contrat la norme SIA 118 (éd. 1977/1991) relative aux conditions générales pour l'exécution des travaux de construction. A juste titre, elles ne contestent pas que la notion de défaut au sens de l'art. 166 SIA 118 est, sur le principe, la même que celle découlant de l'<ref-law> (PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5ème éd. 2011, n°s 2648-2650, qui relève toutefois des nuances).
12.3 L'entrepreneur a l'obligation de livrer un ouvrage exempt de défauts (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2c p. 307). La prestation - chose vendue ou ouvrage - est défectueuse lorsqu'elle diverge du contrat, ne possède pas les qualités promises ou les qualités auxquelles le maître pouvait s'attendre d'après les règles de la bonne foi (<ref-ruling> consid. 5a/aa p. 244).
L'indication du volume de la construction à ériger ou de la surface du terrain vendu constitue une qualité promise propre à engager la responsabilité de l'entrepreneur ou du vendeur si la chose livrée n'a pas la contenance indiquée (arrêt C.416/1980 du 3 mars 1981 consid. 2c, in SJ 1981 518, et GAUCH, op. cit., n° 1363; en matière de vente, cf. <ref-law> et <ref-ruling>; arrêt 4A_417/2007 du 14 février 2008 consid. 4 et 5, in RNRF 2009 243).
Les règles ordinaires d'interprétation s'appliquent pour déterminer quelles qualités sont dues en vertu de la convention ou de la promesse de l'entrepreneur. Le principe de la confiance prévaut s'il apparaît que le maître n'a pas compris la promesse dans le sens voulu par l'entrepreneur (GAUCH, op. cit., n°s 1366 et 1372; PIERRE TERCIER/PASCAL G. FAVRE, Les contrats spéciaux, 4ème éd. 2009, n° 746; FRANÇOIS CHAIX, in Commentaire romand, op. cit., n° 5 ad <ref-law>).
12.4 Dans le cas concret, le contrat d'entreprise prévoyait la construction d'une villa d'environ 219,7 m2 pour deux niveaux et deux mezzanines, plus un sous-sol de 90,25 m2. Interprétés selon le principe de la confiance (supra, consid. 10.3.4), ces chiffres visent des surfaces nettes, c'est-à-dire à l'intérieur des murs. Etait ainsi due une surface nette totale de 309,95 m2. Dans les faits, elle n'est que de 273,15 m2, selon les constatations de l'autorité précédente qui lient la Cour de céans.
A juste titre, la recourante ne conteste pas en soi que l'indication d'une surface déterminée constitue une qualité promise dont l'entrepreneur répond en vertu de l'<ref-law>. Elle s'en prend uniquement à l'interprétation des qualités promises; or, il vient d'être souligné que cette interprétation ne contrevient pas à l'<ref-law>. En constatant l'existence d'un défaut, la cour n'a pas contrevenu au droit fédéral. Se pose la question des conséquences du défaut.
12.5 La Cour de justice a constaté qu'une réparation de l'ouvrage n'entrait pas en considération et que les parties y avaient renoncé à juste titre, de sorte que seule une réduction de prix entrait en considération. Ce point n'est pas discuté devant le Tribunal fédéral. Par ailleurs, l'intégration de la norme SIA 118 ne s'oppose pas à ce que la réduction de prix soit déterminée selon les principes développés à propos de l'<ref-law> (cf. GAUCH, op. cit., n° 2661); la recourante ne dit du reste pas le contraire.
12.6 L'<ref-law> dispose que le prix doit être réduit "en proportion de la moins-value". Le droit à la réduction suppose donc une moins-value, qui résulte de la différence entre la valeur objective de l'ouvrage hypothétiquement conforme au contrat et celle de l'ouvrage effectivement livré (GAUCH, op. cit., n°s 1627-1628; CHAIX, op. cit., n°s 29-31 ad <ref-law>). En général, la valeur objective d'un ouvrage se détermine d'après sa valeur commerciale ou vénale (<ref-ruling> consid. 4a; GAUCH, op. cit., n° 1628; CHAIX, op. cit., n° 31 ad <ref-law>). Lorsqu'une moins-value objective est établie, le droit à la réduction existe même si le coût pour établir un ouvrage défectueux est le même - voire plus élevé - que le coût d'un ouvrage exempt de défaut (GAUCH, op. cit., n°s 1628 et 1631).
Pour calculer la réduction de prix, la jurisprudence et la doctrine majoritaire prescrivent la méthode relative, en ce sens que le rapport entre le prix réduit et le prix convenu doit correspondre au rapport entre la valeur objective de l'ouvrage avec défaut et celle de l'ouvrage sans défaut (<ref-ruling> consid. 3a; GAUCH, op. cit., n°s 1670 et 1674 ss; s'agissant des critiques, cf. notamment TERCIER/FAVRE, op. cit., n°s 879-884). Eu égard à la difficulté pratique d'établir ces valeurs objectives, deux présomptions ont été posées. D'une part, le prix convenu par les parties est réputé correspondre à la valeur objective de l'ouvrage sans défaut. D'autre part, la moins-value est censée équivaloir au coût de l'élimination du défaut (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 3b). La jurisprudence rappelle enfin que le juge dispose d'un pouvoir d'appréciation des faits au sens de l'<ref-law> lorsque l'exactitude du montant de la réduction est difficile à établir, par exemple en matière de défauts esthétiques ou de dommage futur (arrêt 4C.346/2003 du 26 octobre 2004, consid. 4.3.1).
Il convient encore de mentionner l'avis doctrinal selon lequel, en matière de vente immobilière avec indication de surface erronée, la réduction de prix devrait se calculer en multipliant la surface manquante par le prix au mètre carré (HEINRICH HONSELL, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 5ème éd. 2011, n° 9 ad <ref-law>).
12.7 La Cour de justice a fait un résumé fidèle de la jurisprudence relative à la méthode relative et au pouvoir d'appréciation conféré par l'<ref-law>. Elle a réduit le prix en proportion de la différence de surface constatée, pour l'arrêter à 722'202 fr.
12.8 La recourante objecte que le prix avait été fixé en fonction des coûts de l'ouvrage, qu'aux dires de l'expert, la différence de surface constatée n'a précisément pas influé sur les coûts, qu'il n'y a pas de moins-value objective et que l'application de la méthode relative dans ces circonstances conduit à un enrichissement illégitime des intimés.
Les parties ont convenu d'un prix forfaitaire, par quoi il faut entendre un prix ferme total, c'est-à-dire un prix fixé à l'avance qui ne sera en principe plus modifié, prévoyant une somme unique pour tout l'ouvrage, indépendamment de la quantité de travail et de matériaux effectivement fournis (cf. par ex. TERCIER/FAVRE, op. cit., n°s 4663 ss). Le prix ferme total convenu entre les parties peut certes avoir été arrêté en fonction d'une estimation des coûts de construction; cela n'enlève rien au fait qu'en définitive, le prix sera dû sans égard aux coûts effectifs (cf. GAUCH, op. cit., n° 902). Le prix forfaitaire ne peut donc être réduit qu'en raison de la garantie des défauts (cf. arrêt C.416/1980 précité consid. 2c in SJ 1981 518), ce qui suppose d'établir une moins-value objective.
A cet égard, l'expert a tout au plus constaté que les indications erronées quant à la surface des pièces n'avaient pas entraîné de différence de coût. Une telle observation n'exclut pas encore une moins-value objective. Or, l'expert a implicitement reconnu une telle moins-value lorsqu'il a souligné que les indications erronées pouvaient justifier de négocier les soldes dus. Tout au plus s'est-il abstenu de donner des chiffres.
En l'occurrence, il faut admettre qu'il est difficile de chiffrer la moins-value objective d'une villa générée par une différence de surface nette relativement peu importante, alors que l'estimation d'une villa est généralement liée à la valeur du terrain qui l'abrite, et qu'en l'occurrence, des contrats distincts ont été conclus pour l'acquisition de la parcelle et la construction de la villa. Dans de telles circonstances, il faut admettre qu'une réduction de prix de 11,8 % proportionnelle à la différence de surface ne contrevient pas au droit fédéral.
13. En définitive, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. En conséquence, la recourante supportera les frais judiciaires et versera aux intimés une indemnité à titre de dépens (<ref-law>; art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 21 mai 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Monti