Sachverhalt:
A. Der deutsche Staatsangehörige B._ wohnt seit 2001 in der Schweiz. Er ist Kommanditist der deutschen Firma X._ GmbH & Co. KG. Das kantonale Steueramt meldete am 10. Oktober 2007 und am 13. Juni 2008 im Ausland erzieltes Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit sowie investiertes Eigenkapital für die Jahre 2003 bis 2006. Mit Nachtragsverfügungen vom 1. Juli und 5. September 2008 setzte die Ausgleichskasse des Kantons St. Gallen die Beiträge des B._ für das Jahr 2003 auf Fr. 182'721.40, für 2004 auf Fr. 266'234.80, für 2005 auf Fr. 355'480.80 und für 2006 auf Fr. 296'294.40 fest. Am 3. Juli und am 11. August 2008 verfügte sie des Weitern Verzugszinse in der Höhe von Fr. 22'345.55 und von Fr. 66'689.75. An diesen Verfügungen hielt sie mit Einspracheentscheid vom 24. September 2008 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 8. Juni 2009 gut und hob den Einspracheentscheid vom 24. September 2008 auf. Zur Begründung führte es an, der Beschwerdeführer leiste mit seiner Beteiligung als Kommanditist der deutschen X._ GmbH & Co. KG keinen persönlichen Einsatz, der in einem relevanten Zusammenhang mit den ihm zufliessenden Einkünften stehe. Es handle sich um blosse Vermögensverwaltung. Der Beteiligungsgewinn komme einem Kapitalertrag gleich, auf welchem keine sozialversicherungsrechtlichen Beiträge geschuldet seien.
C. Die Ausgleichskasse des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei der Einspracheentscheid vom 24. September 2008 zu bestätigen.
Das kantonale Gericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. B._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) deren Gutheissung beantragt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Im Streit liegt, ob die in betraglicher Hinsicht nicht bestrittenen Einkünfte des Beschwerdegegners, welche er in den Jahren 2003 bis 2006 als Kommanditist der X._ GmbH & Co. KG erzielt, als selbständige Erwerbstätigkeit im Sinne von <ref-law> (SR 831.10) und <ref-law> (SR 831.101) zu qualifizieren sind. Die Beteiligten sind sich darin einig, dass sich die Beitragspflicht aufgrund der Beteiligung des in der Schweiz wohnhaften und in der Schweiz zuletzt unselbständig erwerbstätigen Beschwerdegegners an einer deutschen Kommanditgesellschaft allein nach schweizerischem Recht richtet (Art. 13 Abs. 2 lit. b, Art. 14a Abs. 2 und Art. 14c der Verordnung [EWG] Nr. 1408/71 vom 14. Juni 1971 zur Anwendung der Systeme der sozialen Sicherheit auf Arbeitnehmer und Selbstständige sowie deren Familienangehörige, die innerhalb der Gemeinschaft zu- und abwandern [SR 0.831.109.268.1] in Verbindung mit <ref-law> und mit dem am 1. Juni 2002 in Kraft getretenen Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit [FZA; SR 0.142.112.681]). Vor Inkrafttreten des FZA galt das Abkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Bundesrepublik Deutschland über Soziale Sicherheit vom 25. Februar 1964 (SR 0.831.109.136.1), welches in Art. 5 eine Kollisionsregel enthalten hatte, wonach der Arbeitsort bzw. das Erwerbsortsprinzip massgeblich gewesen waren und somit in der vorliegenden Konstellation das deutsche Recht anwendbar gewesen war, soweit es um die einzig strittige sozialversicherungsrechtliche Qualifikation der aus der Beteiligung an der deutschen Kommanditgesellschaft erzielten Einkünfte ging (Urteile des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 27. November 1980 [H 60/80], E. 1, publiziert in ZAK 1981 S. 517, und vom 4. August 1993 [H 280/92] publiziert in AHI 1994 S. 134). Schliesslich stimmen die Beteiligten auch darin überein, dass es sich bei der Kommanditgesellschaft X._ GmbH & Co. KG nicht um eine juristische Person, sondern um eine Personengesellschaft handelt (vgl. BAUMBACH/HOPT/MERKT, Handelsgesetzbuch [HGB], 34. Aufl., München 2010, N. 1 zu § 124 HGB, N. 2 und 10 zu § 161 HGB).
2. 2.1 Im Streit liegt, ob die in betraglicher Hinsicht nicht bestrittenen Einkünfte des Beschwerdegegners, welche er in den Jahren 2003 bis 2006 als Kommanditist der X._ GmbH & Co. KG erzielt, als selbständige Erwerbstätigkeit im Sinne von <ref-law> (SR 831.10) und <ref-law> (SR 831.101) zu qualifizieren sind. Die Beteiligten sind sich darin einig, dass sich die Beitragspflicht aufgrund der Beteiligung des in der Schweiz wohnhaften und in der Schweiz zuletzt unselbständig erwerbstätigen Beschwerdegegners an einer deutschen Kommanditgesellschaft allein nach schweizerischem Recht richtet (Art. 13 Abs. 2 lit. b, Art. 14a Abs. 2 und Art. 14c der Verordnung [EWG] Nr. 1408/71 vom 14. Juni 1971 zur Anwendung der Systeme der sozialen Sicherheit auf Arbeitnehmer und Selbstständige sowie deren Familienangehörige, die innerhalb der Gemeinschaft zu- und abwandern [SR 0.831.109.268.1] in Verbindung mit <ref-law> und mit dem am 1. Juni 2002 in Kraft getretenen Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit [FZA; SR 0.142.112.681]). Vor Inkrafttreten des FZA galt das Abkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Bundesrepublik Deutschland über Soziale Sicherheit vom 25. Februar 1964 (SR 0.831.109.136.1), welches in Art. 5 eine Kollisionsregel enthalten hatte, wonach der Arbeitsort bzw. das Erwerbsortsprinzip massgeblich gewesen waren und somit in der vorliegenden Konstellation das deutsche Recht anwendbar gewesen war, soweit es um die einzig strittige sozialversicherungsrechtliche Qualifikation der aus der Beteiligung an der deutschen Kommanditgesellschaft erzielten Einkünfte ging (Urteile des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 27. November 1980 [H 60/80], E. 1, publiziert in ZAK 1981 S. 517, und vom 4. August 1993 [H 280/92] publiziert in AHI 1994 S. 134). Schliesslich stimmen die Beteiligten auch darin überein, dass es sich bei der Kommanditgesellschaft X._ GmbH & Co. KG nicht um eine juristische Person, sondern um eine Personengesellschaft handelt (vgl. BAUMBACH/HOPT/MERKT, Handelsgesetzbuch [HGB], 34. Aufl., München 2010, N. 1 zu § 124 HGB, N. 2 und 10 zu § 161 HGB).
2.2 2.2.1 Gemäss <ref-law> werden die Beiträge der erwerbstätigen Versicherten in Prozenten des Einkommens aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit festgesetzt. Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit ist jedes Erwerbseinkommen, das nicht Entgelt für in unselbständiger Stellung geleistete Arbeit darstellt (<ref-law>). Den Begriff des Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit konkretisiert <ref-law> (in der hier anwendbaren Fassung gemäss Änderung vom 1. März 2000, in Kraft seit 1. Januar 2001, i.V.m. Abs. 1 SchlBest. der Änderung) wie folgt:
"Als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinne von Artikel 9 Absatz 1 AHVG gelten alle in selbständiger Stellung erzielten Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf, sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit, einschliesslich der Kapital- und Überführungsgewinne nach Artikel 18 Absatz 2 DBG [SR 642.11] und der Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken nach Artikel 18 Absatz 4 DBG, mit Ausnahme der Einkünfte aus zu Geschäftsvermögen erklärten Beteiligungen nach Artikel 18 Absatz 2 DBG."
2.2.2 Nicht unter den Begriff der selbständigen Erwerbstätigkeit im Sinne von <ref-law> und <ref-law> fällt die blosse Verwaltung des eigenen Vermögens; der daraus resultierende reine Kapitalertrag unterliegt daher nicht der Beitragspflicht. Gleiches gilt in Bezug auf Gewinne aus privatem Vermögen, welche in Ausnützung einer zufällig sich bietenden Gelegenheit erzielt worden sind. Anderseits stellen Kapitalgewinne aus der Veräusserung oder Verwertung von Gegenständen des Privatvermögens, wie Wertschriften oder Liegenschaften, auch bei nicht buchführungspflichtigen (Einzel-)Betrieben, Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit dar, wenn und soweit sie auf gewerbsmässigem Handel beruhen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 253; <ref-ruling> E. 2a S. 385 mit Hinweisen; Urteil 9C_551/2008 vom 16. Januar 2009, E. 2.1).
2.2.3 <ref-law> in der ab 1. Januar 1996 in Kraft stehenden Fassung lautet:
"Die Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften sowie von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit haben die Beiträge von ihrem Anteil am Einkommen der Personengesamtheit zu entrichten."
Nach der geltenden Regelung und der gestützt darauf ergangenen Rechtsprechung sind sämtliche Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften für ihre Anteile am Einkommen der Personengesamtheit der Beitragspflicht aus selbständiger Erwerbstätigkeit unterstellt (<ref-ruling> E. 2a S. 82; <ref-ruling> E. 4 S. 75 ff.; <ref-ruling> E. 2 S. 7; ZAK 1986 S. 459, 1985 S. 523, 316, 1981 S. 519 E. 2b, 1980 S. 222).
3. 3.1 Die Vorinstanz stellte für das Bundesgericht verbindlich fest, dass die deutsche X._ GmbH & Co. KG eine grosse, international tätige Unternehmung mit Sitz in Deutschland ist, in der der Beschwerdegegner im streitigen Zeitraum 2003 bis 2006 Teilhaber (Kommanditist) war, und dass diese Unternehmung einen erwerblichen Zweck verfolgt. Ferner stellte sie fest und ist unbestritten, dass der Beschwerdegegner weder Mitglied der Geschäftsführung noch des Beirates der Komplementärin ist und dass ein Widerspruchsrecht der Kommanditisten gesellschaftsvertraglich wegbedungen worden ist.
Unter Berufung auf die Angaben des Beschwerdegegners und des in den Akten liegenden Gesellschaftsvertrags stellte die Vorinstanz sodann fest, dass bei der Firma X._ GmbH & Co. KG eine juristische Person - eine GmbH - als Komplementärin vorgesehen sei. Die Vorinstanz erwog, dies sei nach deutschem Recht im Unterschied zum schweizerischen Recht möglich, nach welch letzterem die Komplementärin zwingend eine natürliche Person sein müsse (<ref-law>). Als Folge der Ausgliederung bzw. der "Vorverschiebung" einer mit sämtlichen Entscheidbefugnissen ausgestatteten juristischen Person (als Komplementärin) habe der Beschwerdegegner als Kommanditist keine Möglichkeit, Einfluss auf die Betriebsführung zu nehmen, dies nicht einmal für Handlungen, die über den gewöhnlichen Betrieb hinausgingen. Der personenbezogene Charakter der (kleinen) Kommanditgesellschaft nach schweizerischem Recht, welcher für das Bundesgericht in erster Linie Anlass gewesen sei, die blosse Kapitaleinlage der Kommanditäre als Erwerbstätigkeit zu qualifizieren, werde in der vorliegenden Konstellation weitgehend in den Hintergrund gedrängt. Kapitalbezogene Elemente der Unternehmensstruktur würden hier bei dem grossen länderübergreifenden Firmenkonglomerat die Oberhand gewinnen. Die Stellung des Beschwerdegegners in der Unternehmung entspreche somit im Ergebnis derjenigen eines Kapitalgebers/Aktionärs.
3.2 Die Beschwerde führende Ausgleichskasse vertritt die Auffassung, dass kein reiner Kapitalertrag, sondern ein beitragspflichtiger Gewinnanteil eines Personengesellschafters vorliege. Gegen einen reinen Kapitalertrag würden nur schon die hohen prozentualen Erträge sprechen; diese hätten im Jahr 2003 16 %, im Jahr 2004 21 %, im Jahr 2005 24 % und im Jahr 2006 19 % betragen. Eine Kapitalverzinsung von 16 % oder gar 24 % erscheine überhöht und könne mit einer "normalen" Kapitalanlage ohne hohe Risiken nicht erzielt werden. Nicht nur der Kommanditist nach deutschem Recht, sondern auch der Kommanditär nach schweizerischem Recht dürften keinen Einfluss auf die Geschäftsführung ausüben, insofern seien sich die beiden Personengesellschaften ähnlich: Kommanditär nach schweizerischem Recht und Kommanditist nach deutschem Recht seien gleichermassen grundsätzlich reine Kapitalgeber. Die fehlende Entscheidbefugnis könne nicht Grund dafür sein, dass der deutsche Kommanditist anders behandelt werde als der Kommanditär. Bei der Frage, ob Kapitalertrag vorliege oder nicht, spiele sodann die Grösse der Unternehmung keine Rolle. Auch der Unterschied, dass im Gegensatz zur schweizerischen Regelung betreffend die Kommanditgesellschaft nach deutschem Recht eine juristische Person als Komplementär eingesetzt werden könne, sei nicht massgebliches Kriterium für eine unterschiedliche Behandlung im Hinblick auf die sozialversicherungsrechtliche Beitragspflicht. Dieser Unterschied sei lediglich im Zusammenhang mit der Minimierung der Haftungsrisiken des Komplementärs als natürlicher Person von Bedeutung.
3.3 Der Beschwerdegegner bringt vor, er sei Kapitalgeber ähnlich wie ein Aktionär in einer AG. Die Frage der Beitragspflicht der Kommanditisten nach deutschem Recht stelle sich erst seit Inkrafttreten der Verordnung (EWG) 1408/71. Der Kommanditist einer deutschen GmbH & Co. KG könne nicht mit einem Kommanditär einer schweizerischen Kommanditgesellschaft verglichen werden. Beim Kommanditisten seien - wie auch bei der neuen schweizerischen Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen (Art. 9 und 98 ff. des Bundesgesetzes vom 23. Juni 2006 über die kollektiven Kapitalanlagen [Kollektivanlagengesetz, KAG; SR 951.31], in Kraft seit 1. Januar 2007) die beiden Funktionen der Geschäftsführung und der Kapitalgewährung bewusst und strikt voneinander getrennt. Er habe in der Funktion als Kommanditist keine Möglichkeit, auf die Geschäftsführung einzuwirken und trage dementsprechend auch kein über seine Kommandite hinausgehendes Risiko. Auch für die Eidgenössische Steuerverwaltung sei bei der steuerlichen Qualifikation der Kommanditäre entscheidend, ob der Kommanditär Einfluss auf die Geschäftsführung der Komplementärin nehmen könne oder nicht.
4. 4.1 <ref-law> ist vom Eidgenössischen Versicherungsgericht in konstanter Rechtsprechung als gesetzmässig betrachtet worden (<ref-ruling> E. 4.3.3 S. 103, 105 V 8 E. 3, ZAK 1986 S. 460 E. 4a mit weiteren Hinweisen, H 116/97 vom 16. September 1997). Der Beschwerdegegner wirft nun aber die Frage der Gesetzmässigkeit von <ref-law> auf. Er stellt sich auf den Standpunkt, es liege keine "Erwerbstätigkeit" im Sinne des Gesetzes vor. Es sei nicht haltbar, dass alleine aus seiner Eigenschaft als Kapitalgeber gestützt auf <ref-law> eine "Erwerbstätigkeit" abgeleitet werde.
4.2 Eine Auslegung von <ref-law> nach dem Wortlaut ergibt vorerst klar, dass es sich bei der Firma X._ GmbH & Co. KG um eine Kommanditgesellschaft oder eine "auf einen Erwerbszweck gerichtete Personengesamtheit ohne juristische Persönlichkeit" handelt. Es ist nicht ersichtlich und wird auch nicht behauptet, dass die vorliegende Gesellschaft diese Kriterien nicht erfüllt.
4.3 Die Entstehungsgeschichte von <ref-law> zeigt Folgendes:
In der ursprünglichen Fassung von <ref-law> hatten die Teilhaber von Kollektivgesellschaften, die unbeschränkt haftenden Teilhaber von Kommanditgesellschaften und die Teilhaber anderer auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit Beiträge von dem gemäss <ref-law> berechneten Anteil am Einkommen der Personengesamtheiten zu bezahlen. In einem 1974 ergangenen Gesamtgerichtsentscheid (<ref-ruling> E. 3) präzisierte das Eidgenössische Versicherungsgericht die Beitragspflicht der Kommanditäre als Selbständigerwerbende. Dabei wurde grundsätzlich an der bisherigen Praxis der beitragsrechtlichen Erfassung der Gewinnanteile von Teilhabern an Kommanditgesellschaften festgehalten. Die Rechtsprechung bezüglich der ausnahmsweisen Beitragspflicht des Kommanditärs als Selbständigerwerbender sei zudem, so das Gericht damals, in dem Sinne zu bestätigen und zu präzisieren, dass als massgebende Kriterien hiefür der Umfang der im Einzelfall bestehenden Dispositionsbefugnis und des Geschäftsrisikos zu gelten habe. Der von der bisherigen Rechtsprechung ebenfalls verwendete Begriff des "Einsatzes mit der Person" komme demgegenüber lediglich die Bedeutung eines zusätzlichen Abgrenzungskriteriums zu in Fällen, in welchen der Kommanditär ohne entsprechende gesellschaftsvertragliche Regelung eine massgebende Stellung in der Gesellschaft einnehme. Das Gericht verkannte in jenem Entscheid im Jahre1974 nicht, dass die bisherige Praxis mit Abgrenzungsschwierigkeiten verbunden gewesen war, die de lege ferenda eine einfachere Regelung als wünschenswert erscheinen liessen. Weiter führte das Gericht aus, angesichts der sich aus den Art. 17 lit. c und 20 Abs. 3 AHVV ergebenden Ordnung, welche nicht als gesetzeswidrig erachtet werden könne, sei es dem Gericht verwehrt, diesem Umstand durch Änderung der Rechtsprechung Rechnung zu tragen. Bereits 1974 wurde somit die grundsätzliche Gesetzeskonformität der Beitragspflicht von Kommanditären höchstrichterlich festgestellt.
In der ab 1. Januar 1976 geltenden neuen Formulierung von <ref-law> hatte der Verordnungsgeber die Beitragspflicht der unbeschränkt haftenden Teilhaber der Kommanditgesellschaft (= den Komplementären) auf alle Teilhaber, also auf die Kommanditäre ausgedehnt (ZAK 1974 S. 446 ff., insbesondere S. 448). Die Ausweitung der Beitragspflicht auch auf die Kommanditäre, die "als solche(r) zur Führung der Geschäfte der Gesellschaft weder berechtigt noch verpflichtet" sind (<ref-law>), war durch die Aufsichtsbehörden in ZAK 1974 S. 448 f. wie folgt erläutert worden:
"Der Kommanditär ist Teilhaber der Kommanditgesellschaft. Das Einkommen, das ihm als Gesellschafter zufliesst, insbesondere der Gewinnanteil, gehört deshalb zu den aus selbständiger Erwerbstätigkeit, wie das des Komplementärs (...). Die bisherige Regelung, wonach der nicht mitarbeitende Kommanditär lediglich als Kapitalgeber betrachtet wird, entsprach dessen rechtlicher und wirtschaftlicher Stellung nicht. Die Neuregelung tritt erst am 1. Januar 1976 in Kraft."
Der ab 1976 geltende <ref-law> lautete:
"Die Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften sowie von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit haben die Beiträge von dem gemäss Artikel 17 Buchstabe c berechneten Anteil am Einkommen der Personengesamtheiten zu entrichten."
<ref-law> verwies auf <ref-law>: 6,5 % ist Grenze (in Kraft ab 1. Januar 1992).
Die seit dem 1. Januar 1996 in Kraft stehende Fassung von <ref-law> behält das Prinzip der generellen Beitragspflicht aus selbständiger Erwerbstätigkeit gleichermassen für "die Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften sowie von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit" bei. Neu wird der Anteil am Einkommen der Personengesamtheit nicht mehr in Prozentzahlen beziffert, sondern in allgemeiner Form formuliert, wonach Beiträge "von ihrem Anteil am Einkommen der Personengesamtheit" zu entrichten sind.
4.4 Diese Entstehungsgeschichte des <ref-law> zeigt, dass seit Anfang 1976 eine generelle und konstante Beitragspflicht der Kommanditäre bestanden hat und besteht. Grundgedanke dieser Beitragspflicht war und ist, dass der Kommanditär - anders als ein blosser Kapitalgeber - direkt, ähnlich dem Komplementär, am Gesellschaftsgewinn teilnimmt.
4.5 Auch aus gesetzessystematischer Sicht ergibt sich nichts Gegenteiliges: Weder die offene Formulierung in <ref-law>, wonach Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit jedes Erwerbseinkommen ist, das nicht Entgelt für in unselbständiger Stellung geleistete Arbeit darstellt, noch <ref-law>, welcher die Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit näher umschreibt, stehen <ref-law> entgegen. Auch ist nicht ersichtlich, dass <ref-law> in Widerspruch stünde zu <ref-law> (vgl. auch <ref-law>).
4.6 Schliesslich ist die Beitragspflicht der Kommanditäre auch mit dem Sinn und Zweck von <ref-law> zu begründen. Entsprechend seiner wirtschaftlichen Stellung in der Gesellschaft nimmt der Kommanditär als solcher direkt am wirtschaftlichen Erfolg der Gesellschaft teil. Wer sich als Teilhaber einer Kommanditgesellschaft anschliesst, nimmt nicht in erster Linie eine private Vermögensanlage vor (BGE <ref-ruling>; ZAK 1981 S. 517 [H 60/80 vom 27. November 1980]).
4.7 <ref-law> steht auch im Einklang mit dem Zivilrecht, was für die AHV zwar nicht unbedingt ausschlaggebend, aber im Sinne der Einheit der Rechtsordnung soweit möglich anzustreben ist. Zivilrechtlich ist man entweder Einzelfirma oder Mitglied einer Personengesellschaft und damit Selbständigerwerbender; oder man ist an einer juristischen Person beteiligt und ist dann blosser Kapitalgeber und/oder allenfalls unselbständigerwerbender Angestellter der juristischen Person. Erst in letzter Konstellation muss im Einzelfall geprüft werden, wie viel als Dividende und wie viel als Lohn gemäss <ref-ruling>, auf den sich das kantonale Gericht beruft, zu qualifizieren ist. Es ist daher sinnvoll, wenn der Verordnungsgeber auf die zivilrechtliche Regelung abstellt.
4.8 Die Gesetzmässigkeit von <ref-law> ist vom Eidgenössischen Versicherungsgericht und vom Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung bejaht worden (<ref-ruling> E. 2a S. 81 f.; <ref-ruling> [E. 3 publiziert in ZAK 1988 S. 455]; <ref-ruling>; ZAK 1986 S. 460 E. 4a [H 68/85 vom 25. April 1986], 1985 S. 316 [H 147/84 vom 15. März 1985], 1981 S. 519 [H 60/80 vom 27. November 1980, E. 2a], 1980 S. 223 [H 72/79 vom 8. November 1979 E. 1]; Urteil 9C_455/2008, E. 5). Das Einkommen, das Gesellschaftern einer auf Gewinn ausgerichteten Personengesamtheit zufliesst, insbesondere der Gewinnanteil der Gesellschaft, gilt gestützt auf <ref-law> - unabhängig von einer persönlichen Arbeitsleistung - als Einkommen aus selbständiger Tätigkeit. Vorbehalten bleiben Fälle von Rechtsmissbrauch. So hat die Rechtsprechung als Rechtsmissbrauch den Umstand qualifiziert, dass im Rahmen der Beteiligung an einer Kommanditgesellschaft der AHV die Funktion eines reinen Finanzanlageobjekts zugedacht worden ist (<ref-ruling>).
5. Nach dem Gesagten ist <ref-law> gesetzmässig. Es besteht daher kein Anlass, von der bisherigen langjährigen und konstanten Rechtsprechung abzuweichen. Entscheidend für die Anwendbarkeit von <ref-law> ist damit einzig, ob es sich um eine auf einen Erwerbszweck gerichtete Personengesamtheit ohne juristische Persönlichkeit handelt. Dies trifft für die deutsche GmbH und Co. KG zu (E. 2.1 hievor). Es kommt daher nicht darauf an, wie im Einzelfall die Einflussmöglichkeiten in der Gesellschaft sind, ob diese eine familienbezogene Struktur hat und ob sie international tätig ist. Es braucht auch nicht geprüft zu werden, ob die im deutschen Recht vorgesehene Gesellschaftsform der GmbH & Co. KG eine mit der schweizerischen Kommanditgesellschaft vergleichbare Gesellschaftsform darstellt, da <ref-law> nicht nur Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften, sondern auch Teilhaber "von anderen auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit" aufführt. Wegen dem Erwerbszweck (vgl. <ref-law> und § 161 Abs. 1 HGB) lässt sich, wie das BSV zu Recht einwendet, auch nicht ein Vergleich mit der Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen ziehen, deren ausschliesslicher Zweck die kollektive Kapitalanlage ist (Art. 98 Abs. 1 KAG). Die Beschwerde führende Ausgleichskasse hat daher zu Recht die Einkünfte des Beschwerdegegners in den Jahren 2003 bis 2006 als Kommanditist der X._ GmbH & Co. KG als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit qualifiziert.
6. Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind dem Beschwerdegegner als unterliegender Partei aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 8. Juni 2009 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Juli 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer