Sachverhalt:
A. Das Amtsstatthalteramt Luzern verurteilte X._ mit Strafverfügung vom 23. April 2008 wegen einfacher Körperverletzung sowie Vergehens und Übertretung gegen das Betäubungsmittelgesetz als Gesamtstrafe zu den Urteilen des Amtsgerichtes Luzern-Land vom 15. Februar 2005, des Amtsstatthalteramtes Luzern vom 19. Januar 2006 und 14. Juni 2006 zu gemeinnütziger Arbeit von 720 Stunden sowie zu einer Busse von Fr. 100.--. Die Untersuchungshaft von 9 Tagen rechnete es auf die gemeinnützige Arbeit an.
B. Am 2. Juni 2008 forderten die zuständigen Behörden X._ auf, Anfang Juli 2008 zur Besprechung der Strafvollzugsmodalitäten zu erscheinen. Mit Verfügung vom 31. Juli 2008 legten sie den Arbeitsbeginn auf den 9. August 2008 fest. X._ trat die Arbeit nicht an. Am 12. August 2008 mahnten sie ihn erfolglos zum Stellenantritt. Am 20. April 2009 wandelte das Amtsstatthalteramt Luzern die gemeinnützige Arbeit in eine Freiheitsstrafe von 171 Tagen um. Den dagegen erhobenen Rekurs von X._ wies des Obergericht des Kantons Luzern am 4. August 2009 ab.
C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die gemeinnützige Arbeit sei in eine Geldstrafe umzuwandeln. Gleichzeitig stellt er einen Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Umwandlung der gemeinnützigen Arbeit in eine Freiheitsstrafe. Er verlangt, diese sei in eine Geldstrafe umzuwandeln. Er habe eine Arbeitsstelle in Aussicht und könne zu arbeiten beginnen, sobald er aus der Untersuchungshaft entlassen werde. Sein künftiger Arbeitgeber sei bereit, ihm ein Darlehen zu gewähren, mit welchem er die Geldstrafe bezahlen könne. Dieses werde er mit seinem dereinstigen Lohn ratenweise zurückerstatten. Damit sei der Zweck der Geldstrafe, die Einschränkung in alltäglichen Bedürfnissen, erfüllt. Die Freiheitsstrafe sei gegenüber einer Geldstrafe subsidiär. Letztere sei nicht von vornherein uneinbringlich.
1.2 Soweit der Verurteilte die gemeinnützige Arbeit trotz Mahnung nicht entsprechend dem im Urteil oder den von der zuständigen Behörde festgelegten Bedingungen und Auflagen leistet, wandelt sie das Gericht in Geld- oder Freiheitsstrafe um (<ref-law>). Freiheitsstrafe darf nur angeordnet werden, wenn zu erwarten ist, dass eine Geldstrafe nicht vollzogen werden kann (<ref-law>). Der Richter muss anlässlich der Umwandlung eine Prognose über die Vollziehbarkeit einer Geldstrafe stellen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 122 f.). Die Prognose wird dadurch beeinflusst, dass der Täter die gemeinnützige Arbeit entgegen seinem anfänglichen Einverständnis grundlos nicht leistete. Der Richter muss prüfen, ob dem Verurteilten der Wille für den Vollzug jeglicher Strafe bzw. insbesondere einer Geldstrafe fehlt. Er verfügt über einen weiten Ermessenspielraum, in welche Strafart er die gemeinnützige Arbeit umwandelt. Die direkte Umwandlung in eine Freiheitsstrafe ist nicht ausgeschlossen (a.a.O. E. 3.3.3 S. 124 f.).
1.3 Der Beschwerdeführer befindet sich nach den vorinstanzlichen Feststellungen wegen einer laufenden Strafuntersuchung in Haft. Aufgrund der Beweislage, der Tatvorwürfe, der bestehenden Fluchtgefahr und der zweimaligen Abweisung des Haftentlassungsgesuchs müsse mit einer längeren Haftdauer gerechnet werden. Er habe bereits während sieben Monaten vor der Untersuchungshaft kein Einkommen erzielt. Seine finanziellen Verhältnissen seien bereits damals schlecht gewesen. Er weise Schulden auf, insbesondere gegenüber seiner von ihm getrennt lebenden Ehefrau.
1.4 Die Vorinstanz würdigt die persönliche und finanzielle Situation des Beschwerdeführers zutreffend. Aufgrund ihrer Feststellungen und dem ihr zustehenden weiten Ermessensspielraum ist es nicht zu beanstanden, wenn sie davon ausgeht, der Beschwerdeführer könne nicht innert nützlicher Frist Einkünfte erzielen, die es ihm erlaubten, eine Geldstrafe zu bezahlen. Nicht massgebend für die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit ist die Möglichkeit, ein Darlehen aufzunehmen. Ein solches verbessert das Einkommen, aus welchem die Geldstrafe zu bezahlen ist, nicht. Selbst wenn der Beschwerdeführer durch ein Darlehen kurzfristig über liquide Mittel verfügt, ist es nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht Sinn der Geldstrafe, Vermögen ganz oder teilweise zu konfiszieren. Das Vermögen ist bei der Bemessung des Tagessatzes nur (subsidiär) zu berücksichtigen, wenn besondere Vermögensverhältnisse einem vergleichsweise geringen Einkommen gegenüberstehen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 69 f. mit Hinweisen). Dies ist beim Beschwerdeführer nicht der Fall.
1.5 Die Umwandlung in eine Geldstrafe fällt nach zutreffender Auffassung der Vorinstanz auch wegen der mangelnden Zahlungsbereitschaft des Beschwerdeführers ausser Betracht. Aus dem erstinstanzlichen Urteil ergibt sich, dass dieser erfolglos zu einem Besprechungstermin und zweimal zum Antritt der gemeinnützigen Arbeit aufgeboten wurde. Zudem reichte er trotz Aufforderung keine Stellungnahme im Umwandlungsverfahren ein. Er konnte dazu erst befragt werden, als er wegen eines neuen Strafverfahrens einvernommen wurde. Im Übrigen beanstandet der Beschwerdeführer die vorinstanzliche Feststellung nicht, wonach die Bestätigung über das Darlehen von nahestehenden Personen stammt. Wenn die Vorinstanz aus den erwähnten Umständen auf den fehlenden Zahlungswillen schliesst, ist dies nicht zu beanstanden.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege ist nicht zu gewähren, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Den angespannten finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch