Faits:
A. Y._ a été engagé le 30 mars 2005 comme collaborateur temporaire par Z._ SA et il a été délégué en qualité d'aide-ferblantier auprès de X._ Sàrl, avec laquelle Z._ SA avait conclu un contrat de location de services. Il a débuté sa mission le lendemain à Villars-sur-Glâne, où la toiture d'un immeuble était en réfection.
Le 5 avril 2005, vers 16h10, Y._ se trouvait sur le toit de l'immeuble. Les plaques de tôle ondulée qui le garnissaient avaient été enlevées et seules des plaques d'isolation subsistaient à titre de couverture. Alors que la pluie menaçait, il a aidé un ouvrier à poser des bâches pour protéger la toiture des intempéries. Au cours de la man?uvre, son pied a glissé et il l'a posé sur une des plaques d'isolation, qui a cédé sous son poids. Il a fait une chute d'une hauteur de cinq mètres sur une machine d'atelier. Il a été hospitalisé du 5 au 9 avril 2005, puis une nouvelle fois le 2 mai 2005, pour contusions lombaires avec fracture des apophyses et fracture de la tête radiale du coude droit. Il en est résulté pour lui une impossibilité définitive d'exécuter certains travaux et son rendement est limité à 50%, même dans une activité professionnelle adéquate.
B. Par jugement du 22 mars 2010, le Juge de police de l'arrondissement de la Sarine a acquitté X._ du chef de prévention de violation des règles de l'art de construire et l'a reconnu coupable de lésions corporelles graves par négligence. Il l'a condamné à une peine pécuniaire de 25 jours-amende, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 400 francs. Enfin, il a reconnu X._ responsable, sur le principe, du dommage subi par Y._ à la suite de l'accident du 5 avril 2005.
C. La Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours dont le condamné l'avait saisie et elle a confirmé le jugement entrepris par arrêt du 18 août 2011. Elle a considéré, en bref, que X._, qui était chargé de la réfection de la toiture, avait failli à son devoir de prudence en ne prenant aucune mesure de protection contre les chutes alors que Y._ pouvait être amené à se trouver sur le toit.
D. X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut à son acquittement du chef d'infraction de lésions corporelles graves.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant invoque en premier lieu l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
1.1 Dans le recours en matière pénale, les faits constatés par l'autorité précédente lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'ils n'aient été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit essentiellement de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si un tel moyen est invoqué et motivé (<ref-law>). Le recourant qui se plaint d'arbitraire doit démontrer, par une argumentation claire et détaillée, que cette décision se fonde sur une constatation des faits ou une appréciation des preuves insoutenables (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 400). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 p. 591 s.).
1.2 Le recourant soutient qu'il était arbitraire de retenir qu'outre des travaux de ferblanterie, il était également chargé de la direction et de la supervision de la réfection de la toiture.
1.2.1 La cour cantonale a considéré que le devis du 21 mars 2005, relatif aux travaux à exécuter, indiquait qu'il concernait non seulement des travaux de ferblanterie, mais également de "couverture à tuile". En outre, il mentionnait la pose de marchandises directement liées à la toiture (sous-couverture, contre-lattage et lattage, visserie, bâche). Il était certes indiqué que le coût de ces marchandises et celui de deux ouvriers était assumé par l'entreprise A._ AG. Il n'en restait pas moins que la pose du matériel était du ressort du recourant. Il était d'ailleurs présent dès le début des travaux puisqu'il avait "tracé le toit" et il avait déclaré que c'était lui qui gérait les travaux. Il ne contestait en outre pas avoir déjà entrepris quelques dizaines de travaux de réfection de toiture. De plus, le témoin B._, qui travaillait sur le chantier, avait expliqué que le recourant avait marqué les distances pour le lattage du toit et avait donné les instructions y relatives et qu'il avait installé le monte-charge pour les tuiles. Enfin, l'intimé avait déclaré qu'il devait effectuer des travaux de rénovation du toit. Dès lors, le Juge de police n'avait pas arbitrairement retenu que le recourant, qui était chargé de la ferblanterie, avait également été mandaté pour diriger et superviser la réfection de la toiture.
1.2.2 A l'appui de son grief, le recourant soutient d'abord qu'il ressort du devis qu'il était chargé de travaux de ferblanterie en fin de chantier, portant sur la fourniture et la pose de garnitures de cheminée, de tablettes pour chenaux et de cuivre pour la toiture. Il ne conteste toutefois pas que le devis mentionnait également dans son intitulé, outre les travaux qu'il évoque, la couverture de la toiture.
Selon le recourant, le prix indiqué n'était en outre pas assez élevé pour qu'il puisse viser d'autres travaux que ceux de ferblanterie. Son assertion ne repose toutefois sur aucun élément retenu par l'autorité cantonale et il ne démontre pas en quoi il pourrait y avoir, sur ce point, une lacune procédant d'une constatation manifestement inexacte au sens de l'<ref-law>.
Le recourant fait encore valoir qu'il ne se serait pas adjoint les services d'un aide-ferblantier s'il avait d'autres travaux que ceux de ferblanterie à effectuer. Il reconnaît toutefois également que l'intimé avait pour tâche de monter des tuiles sur le toit (cf. infra consid. 1.3). Il apparaît dès lors que même s'il avait engagé un aide-ferblantier, celui-ci était affecté, dans les faits, à un travail en relation avec la couverture du toit.
En outre, contrairement à ce que le recourant invoque, le fait que B._ ait déclaré qu'il avait décidé seul d'enlever les plaques de tôle ondulée ne démontre pas qu'il n'était pas lui-même responsable des travaux de toiture. En effet, il s'agit d'une mesure d'exécution des travaux qui entre dans les tâches d'un ouvrier travaillant à la réfection d'un toit et pour laquelle celui-ci n'avait pas besoin de recevoir d'instruction particulière.
Pour le surplus, la cour cantonale n'a pas déduit du fait que le recourant avait informé les ouvriers du risque lié aux plaques d'isolation qu'il était responsable des travaux, mais qu'il avait identifié le danger que celles-ci représentaient. Le recourant ne peut donc en tirer aucun argument pour tenter de démontrer l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits qu'il invoque.
Enfin, le recourant ne conteste pas qu'il était présent dès le début des travaux, qu'il avait marqué les distances pour le lattage, qu'il avait expliqué que c'était lui qui gérait les travaux et qu'il avait déjà entrepris quelques dizaines de travaux de réfection de toiture.
La cour cantonale pouvait dès lors retenir sans arbitraire, sur la base de l'ensemble des éléments cités, que le recourant n'était pas uniquement chargé de travaux de ferblanterie, mais également de la couverture du toit.
1.3 Le recourant critique la décision attaquée en tant qu'elle retient que l'intimé n'a pas outrepassé ses fonctions en montant sur le toit. Il invoque que celui-ci avait été engagé uniquement pour y monter les tuiles au moyen d'un élévateur, comme l'intéressé l'avait lui-même indiqué, et que les travaux de toiture devaient être réalisés par les ouvriers de la société A._ AG.
Ce faisant, il ne démontre pas que la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire en retenant qu'il est usuel qu'un ouvrier qui participe à un chantier de rénovation d'une toiture accède à celle-ci, même si sa tâche principale se déroule au sol. Il n'explique pas davantage en quoi il était manifestement insoutenable de considérer que l'intimé pouvait être amené à évoluer sur le toit compte tenu du fait qu'il lui avait fait des recommandations de prudence au cas où il s'y trouvait, élément qui démontre pourtant que le recourant lui-même avait envisagé cette hypothèse. La cour cantonale a par ailleurs relevé qu'au moment de l'accident, l'intimé couvrait la toiture avec une bâche afin de la protéger des intempéries, ce qui entrait pleinement dans le cadre de la réfection de celle-ci, comme cela ressort d'ailleurs également du devis du 21 mars 2005 qui mentionne la pose de "plastique pour bâcher le toit provisoire". Enfin, le recourant omet de relever que si l'intimé a déclaré qu'il ne se trouvait normalement pas sur le toit puisque sa tâche consistait à charger un élévateur afin d'y monter du matériel, celui-ci a également indiqué que s'il n'avait plus de travail en bas, il y montait afin d'aider les autres ouvriers. Il n'était dès lors pas arbitraire de retenir que l'intimé n'était pas sorti du cadre de ses fonctions en montant sur le toit.
1.4 Le recourant soutient enfin que la décision cantonale est arbitraire en tant qu'elle indique que les inspecteurs qui étaient passés sur le chantier n'avaient pas pour mission d'évaluer la sécurité. Il se réfère à ce propos aux explications de l'un d'eux, C._, qui, lors de l'audience d'instruction du 12 février 2008, a indiqué qu'il était monté sur le toit et avait fait une remarque concernant un garde-corps.
La cour cantonale a fondé sa constatation sur les déclarations de l'inspecteur précité à la gendarmerie le 15 octobre 2007, selon lesquelles il s'était rendu sur le chantier afin de contrôler si des employés en situation irrégulière s'y trouvaient, et non la sécurité (pce 112 de la procédure cantonale). Celui-ci a par ailleurs expliqué lors de l'audience d'instruction du 12 février 2008 qu'il avait été question d'un garde-corps, mais que la solidité de la toiture n'avait pas été abordée, qu'il n'avait donné aucune garantie quant à la sécurité et que les personnes présentes ne pouvaient comprendre que celle-ci était assurée, sous réserve du garde-corps (pces 160-161). Le recourant s'est d'ailleurs déclaré à cette occasion d'accord avec les déclarations de C._ (pce 161). Enfin, contrairement à ce que le recourant indique, le précité n'est pas "inspecteur de la sécurité", mais inspecteur de la construction auprès de la Commission tripartite pour le contrôle du travail au noir (cf. pce 112). La cour cantonale pouvait donc retenir sans arbitraire que la mission des inspecteurs qui s'étaient rendus sur le chantier n'était pas d'évaluer les mesures de sécurité qui avaient été prises.
1.5 Au vu de ce qui précède, le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>.
2.1 La disposition précitée réprime - sur plainte (al. 1) ou d'office si la lésion est grave (al. 2) - le comportement de celui qui, par négligence, aura fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle ou à la santé.
L'infraction est réalisée lorsque trois éléments sont réunis: une négligence commise par l'auteur, une lésion corporelle subie par la victime et un lien de causalité naturelle et adéquate entre la négligence et la lésion.
L'art. 18 al. 3 aCP - en vigueur au moment des faits et repris à l'<ref-law> sans modification autre que rédactionnelle - définit la négligence comme l'imprévoyance coupable dont fait preuve celui qui, ne se rendant pas compte des conséquences de son acte, agit sans user des précautions commandées par les circonstances et sa situation personnelle. Pour qu'il y ait négligence, il faut donc, d'une part, d'un point de vue objectif, que l'auteur ait violé les règles de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et que, d'autre part, d'un point de vue subjectif, il n'ait pas prêté l'attention ou fait les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à son devoir (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 64; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 161/162 et les arrêts cités).
Dans les domaines d'activités régis par des dispositions légales, administratives ou associatives reconnues, destinées à assurer la sécurité et à éviter des accidents, le devoir de prudence comprend en particulier le respect de ces dispositions (<ref-ruling> consid. 2a p. 135 et les arrêts cités). Un comportement viole le devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui. Il faut donc se demander si l'auteur pouvait prévoir, dans les grandes lignes, le déroulement concret des événements. Cette question s'examine en suivant le concept de la causalité adéquate. L'étendue du devoir de diligence doit s'apprécier en fonction de la situation personnelle de l'auteur, c'est-à-dire de ses connaissances et de ses capacités (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 79; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 64; <ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262 et les références).
L'infraction de lésions corporelles par négligence suppose en règle générale un comportement actif. Elle peut toutefois aussi être commise par omission si l'auteur est resté passif au mépris d'une obligation juridique qui lui commandait impérieusement d'agir pour éviter le résultat (cf. <ref-law> qui codifie la jurisprudence rendue en la matière, p. ex. <ref-ruling> consid. 5a p. 72). N'importe quelle obligation juridique ne suffit pas. Il faut qu'elle ait découlé d'une position de garant, c'est-à-dire que l'auteur se soit trouvé dans une situation qui l'obligeait à ce point à protéger un bien déterminé contre des dangers indéterminés (devoir de protection), ou à empêcher la réalisation de risques connus auxquels des biens indéterminés étaient exposés (devoir de surveillance), que son omission peut être assimilée au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (cf. art. 11 al. 2 et 3 CP; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 191 s.; <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 259/260; <ref-ruling> consid. 2a p. 132 s.).
2.2 L'autorité cantonale a considéré qu'il appartenait au recourant, en sa qualité d'employeur, de prendre toutes les mesures nécessaires afin de protéger la vie et l'intégrité physique de l'intimé contre les accidents. Or, il n'en avait pris aucune, bien qu'il eût identifié le danger que les plaques d'isolation représentaient. Il ne pouvait en outre se prévaloir du passage des inspecteurs de la construction dont la mission était de contrôler si des personnes en situation irrégulière travaillaient. Enfin, le comportement de l'intimé n'avait pas été imprévisible puisque le recourant ne pouvait ignorer qu'il allait évoluer sur la toiture, même si sa tâche principale ne l'y amenait pas. Le recourant avait dès lors fait preuve d'une négligence coupable.
Celui-ci fait cependant valoir qu'il ne devait procéder qu'à des travaux de ferblanterie en fin de chantier, que l'intimé avait pour seule tâche de monter les tuiles sur le toit au moyen d'un élévateur et que la sécurité sur le toit incombait dès lors uniquement à la société A._ AG. Aucune négligence ne pouvait dès lors lui être reprochée.
Par son argumentation, le recourant s'écarte des faits constatés, dont l'arbitraire n'a pas été démontré (cf. supra consid. 1). Sa critique est donc irrecevable.
2.3 Cela étant, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant que les conditions de l'<ref-law> étaient réalisées.
2.3.1 Tout d'abord, l'intimé avait été engagé comme collaborateur temporaire par Z._ SA pour être délégué, sur la base d'un contrat de mission, en qualité d'aide-ferblantier auprès de X._ Sàrl. Cette dernière n'était donc pas l'employeur de l'ouvrier, en l'absence d'un contrat de travail (cf. Pierre Matile/José Zila/Dan Streit, Travail temporaire, Commentaire pratique des dispositions fédérales sur la location de services [art. 12-39 LSE], 2010, p. 9; Luc Thévenoz, Le travail intérimaire, 1987, n. 188 p. 82). Il n'en reste pas moins qu'en l'espèce, l'obligation de l'employeur d'assurer la santé du travailleur (cf. <ref-law>) lui incombait en tout premier lieu en sa qualité d'entreprise locataire (même si l'agence bailleresse peut également, le cas échéant, engager sa responsabilité à certaines conditions, cf. arrêt 6B_512/2010 du 26 octobre 2010 consid. 2.2.1.1; Pierre Matile/José Zila/Dan Streit, op. cit., p. 9; Luc Thévenoz, op. cit., n. 458 p. 170). Ainsi, le recourant avait une position de garant à l'égard de l'intimé.
2.3.2 L'étendue du devoir de protection qui pèse sur l'employeur s'apprécie en premier lieu au regard des dispositions spéciales applicables, au nombre desquelles figuraient, au moment des faits, l'ordonnance sur la sécurité et la protection de la santé des travailleurs dans les travaux de construction du 29 mars 2000 (aOTConst; RO 2000 1403, abrogée par l'ordonnance du 29 juin 2005 sur les travaux de construction [OTConst; RS 832.311.141], en vigueur depuis le 1er janvier 2006 [art. 85 et 86 OTConst]). Il en ressortait notamment ce qui suit, au titre de la protection contre les chutes (art. 14 ss). Les endroits non protégés présentant une hauteur de chute de plus de 2 mètres et ceux situés à proximité de cours d'eau et de talus devaient être pourvus d'une protection latérale (art. 15 al. 1 aOTConst). Les ouvertures dans les sols à travers lesquelles il était possible de tomber devaient être pourvues d'une protection latérale ou d'une couverture résistante à la rupture et solidement fixée (art. 16 al. 2 aOTConst). Lorsqu'il était techniquement impossible ou qu'il s'avérait trop dangereux de monter une protection latérale, des échafaudages de retenue, des filets de sécurité, des cordes de sécurité ou des mesures de protection équivalentes devaient être utilisés (art. 18 al. 1 aOTConst). Cette ordonnance prévoyait, par ailleurs, des mesures spécifiques concernant les travaux exécutés sur les toits (chapitre 3), en particulier, pour prévenir les chutes à travers ceux-ci (section 2). Ainsi, l'art. 31 al. 3 aOTConst disposait que des protections contre les chutes devaient être installées aux ouvertures dans la toiture, et ce indépendamment de la hauteur de chute. L'art. 33 al. 2 aOTConst précisait également que lorsque des travaux devaient être exécutés à proximité de surfaces de toitures non résistantes à la rupture, ces dernières devaient être isolées des zones de travail ou munies d'une couverture résistante à la rupture. Enfin, selon l'art. 34 aOTConst, il était permis, pour le montage d'éléments de toiture, de s'engager sur les toitures de résistance limitée à la rupture, voire sur les toitures non résistantes à la rupture, en marchant directement sur les éléments porteurs et sans faire usage de passerelles, si l'écartement entre les éléments porteurs n'est pas supérieur à 70 centimètres dans une direction (al. 1). L'alinéa 3 de cette même disposition précisait que les lattes à tuiles n'étaient pas considérées comme des éléments porteurs.
Ces règles prévoyaient donc que des mesures effectives devaient être prises afin d'éviter les chutes (garde-corps, couverture résistante, etc.) ou en limiter les effets (filets de sécurité). Tel n'a toutefois pas été le cas en l'espèce, bien que les plaques de tôle ondulée aient été retirées et que seules aient subsisté, pour couvrir le toit, des plaques d'isolation qui n'avaient aucune résistance.
Dans la mesure où, conformément aux constatations cantonales dont l'arbitraire n'a pas été démontré, l'intimé pouvait être amené à monter sur le toit, même s'il n'y exerçait pas sa tâche principale, le recourant a violé son devoir de prudence en ne prenant pas les mesures précitées. Il n'appartenait en revanche pas à la société A._ AG d'assurer la sécurité de ceux qui travaillaient sur le toit. Celle-ci avait en effet uniquement fourni du matériel et mis du personnel à disposition, mais elle n'était pas chargée de l'exécution des travaux.
Le recourant n'a par ailleurs pas déployé l'attention et les efforts que l'on pouvait attendre de lui puisqu'il avait déjà effectué quelques dizaines de travaux de réfection de toiture, dont il ne pouvait ainsi ignorer les risques. Il avait d'ailleurs identifié le danger lié aux plaques d'isolation puisqu'il en avait informé les ouvriers. Les inspecteurs qui étaient passés sur le chantier n'avaient pas pour mission de vérifier que les mesures de sécurité adéquates avaient été prises et le recourant ne pouvait donc considérer, en l'absence de remarque de leur part autre que celle relative à un garde-corps, qu'aucune autre mesure n'était nécessaire.
2.3.3 Pour le surplus, il n'est pas contesté que l'intimé a subi des lésions corporelles graves qui présentent un lien de causalité naturelle et adéquate avec la négligence du recourant.
La cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en reconnaissant le recourant coupable d'infraction à l'<ref-law>.
3. Au vu de ce qui précède, le recours, mal fondé, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 5 décembre 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben