Faits:
A. D'une surface de 4'053 m2, la parcelle n° 169 de la commune de Préverenges est sise en bordure de la route cantonale Lausanne-Morges, à la sortie de la localité, direction Morges. Elle est affectée à la zone industrielle laquelle est définie ainsi par l'art. 46 du règlement communal du plan d'extension et de la police des constructions (RPE) approuvé par le Conseil d'Etat le 24 octobre 1984: "la zone industrielle est réservée aux établissements industriels tels que fabriques, garages-ateliers ou garages industriels, ainsi qu'aux entreprises artisanales. La Municipalité peut interdire des industries ou artisanats susceptibles de porter préjudice au-delà de la zone (al. 1). Des logements nécessités par une obligation de gardiennage ou d'autres raisons jugées valables par la Municipalité peuvent être aménagés dans les constructions industrielles à la condition de répondre aux exigences de salubrité (al. 2). Les dépôts ne sont autorisés que s'ils constituent l'accessoire nécessaire d'une industrie établie dans cette zone (al. 3)".
Le 23 juin 2006, la parcelle n° 169 a été acquise par la société anonyme A._ et B._, respectivement à raison de 80 et de 55/135e. Par acte du 28 juin 2006, la société anonyme C._ est devenue promettant-acquéreur de la part de copropriété de B._.
Dès juillet 2005, A._ s'est approchée du Service technique communal de Préverenges et des différents services de l'Etat concernés dans le but d'implanter une station-service avec bar, shop, station de lavage et places de stationnement. Une note de séance du 21 novembre 2005 relève notamment ce qui suit:
B. "Implantation d'une station-service A._ à la Taudaz
Présence:
MM. D._ et E._, A._
M. F._, propriétaire
M. G._, voyer du 2ème arrondissement
H._, I._, J._, K._, Commune de Préverenges
De la discussion, il ressort:
A._ veut implanter une station-service avec lavage et shop sur la parcelle 169
Les ex parcelles du complexe Panel et Gardy sont destinées à recevoir des « discounter »
Ces constructions entraîneront un surplus de circulation d'où la nécessité d'un réaménagement du carrefour RC 1a et du chemin Vuasset, en accord avec la commune et le canton.
Il est décidé:
A._ soumet à l'enquête publique le projet tel que présenté y compris l'aménagement du carrefour
Une étude de trafic doit être fournie avec l'enquête
Un giratoire n'est pas souhaité. Il n'entre pas dans le schéma directeur de la RC 1b
L'aménagement de 2 giratoires (Gracieuse et Rionzi) est prévu à long terme
Prévoir plutôt des présélections et des feux cadencés avec les feux du Rionzi et de la Gracieuse
Un cheminement piétonnier doit être maintenu côté Jura
Service technique
K._"
C. Après plusieurs échanges de courriers et rencontres avec le Service des routes, ainsi que la réalisation d'une étude de bruit en février 2006, A._, alors promettant-acquéreur de la parcelle concernée, a déposé un projet auprès de la Commune de Préverenges le 29 mars 2006.
Ce projet prévoyait de diviser la parcelle n° 169 en deux. La partie ouest, d'une surface de 1'650 m2, accueillait le tunnel de lavage, quatre places "aspirateurs" et quatre places "hypromats". Le tunnel était implanté parallèlement à la limite de propriété avec la parcelle n° 168, sur une longueur de 40 m 14. Le long de sa façade est étaient accolées en contiguïté quatre places "aspirateurs" et quatre places "hypromats". La partie ouest, séparée de la précédente par une bande de douze places de parc sur grille-gazon, supportait un couvert de 21 m 7 par 19 m 7, abritant les pompes à essence, et, dans son prolongement au nord, un bâtiment d'un niveau de 15 m 6 par 16 m 8, contenant un bar, un shop, des sanitaires, une cuisine et trois locaux techniques. Sur cette surface d'environ 260 m2, 46 étaient consacrés au bar et 118 au shop. Le site était accessible par une première entrée depuis la route cantonale, uniquement pour les véhicules circulant en direction de Genève, et par une seconde entrée à l'ange nord-est de la parcelle n° 169 par le chemin de Vuasset. Ce dernier accès servait également de sortie. Une dernière sortie débouchait sur le même chemin, à une vingtaine de mètres plus au sud de la précédente.
Selon le rapport d'étude de bruit de février 2006, les valeurs de planification diurne et nocturne étaient atteintes pour les locatifs situés de l'autre côté de la route cantonale, en raison de l'entrée du tunnel de lavage et des "hypromats". Pour le bâtiment administratif avoisinant, ces valeurs étaient dépassées à cause de la sortie du tunnel de lavage. Des mesures de protection spéciales, telles que des parois anti-bruit et des murs de séparation en dur étaient nécessaires pour respecter les valeurs de planification.
Au terme de l'enquête publique, qui s'est déroulée du 18 avril au 8 mai 2006, 16 oppositions ont été déposées, une d'entre elles regroupant 155 signatures.
A la demande du Service cantonal de l'environnement et de l'énergie (SEVEN), une étude complémentaire de bruit a été réalisée en juillet 2006 pour connaître les sources de bruit dues à l'exploitation de la station-service. Cette dernière a confirmé que les valeurs de planification étaient respectées moyennant les mesures de protection contre les nuisances intégrées au projet (parois anti-bruit et aménagement des installations bruyantes [compresseurs et groupes froids] dans le shop).
Par synthèse du 2 août 2006 de la Centrale des autorisations du Département des infrastructures (ci-après: CAMAC), le Service des eaux, sol et assainissement, l'Etablissement cantonal d'assurances contre l'incendie et les éléments naturels, le Service de l'emploi, le Laboratoire cantonal, le Service de l'économie, du logement et du tourisme, le Service de l'environnement et de l'énergie, le Service des routes et le Voyer du IIème arrondissement, ont délivré les autorisations spéciales requises, assorties de plusieurs conditions.
D. Par décision du 11 septembre 2006, la Municipalité de Préverenges (ci-après: la municipalité) a refusé d'accorder le permis de construire sollicité. Elle a considéré d'une part que le bar et le shop avaient un caractère uniquement commercial et ne correspondaient dès lors pas à l'affectation exclusivement industrielle ou artisanale de la zone. Elle a d'autre part relevé que cinq places de parc auraient dû être implantées en retrait des alignements du 8 avril 1970.
A._, B._ et C._ ont recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif) contre cette décision, concluant à sa réforme en ce sens que le permis de construire est accordé aux conditions émises par les décisions spéciales contenues dans la synthèse de la CAMAC du 2 août 2006. Elles se plaignent de la violation du principe de la bonne foi, mentionnant qu'elles ont élaboré le projet litigieux en collaboration avec le Service technique communal depuis l'été 2005, lequel n'avait jamais mentionné qu'un bar et un shop étaient contraires à la réglementation communale. Elles ajoutent que la municipalité abuse de son pouvoir d'appréciation en interprétant les activités admissibles en zone industrielle de façon extrêmement restrictive et contraire à la réalité. Elles précisent enfin que les activités du shop et du bar sont des activités commerciales accessoires à la station-service et à la station de lavage, lesquelles répondent à la définition de la zone industrielle. Pour le surplus, elles renoncent aux cinq places de parc litigieuses.
E. Le Tribunal administratif a procédé à une inspection locale le 22 mai 2007 en présence des parties et de leurs représentants. A cette occasion, L._, conseiller municipal, a été entendu en qualité de témoin. Il a déclaré ne pas avoir participé aux négociations avant la mise à l'enquête du projet litigieux et n'avoir connaissance du problème lié à l'affectation de ce dernier qu'au moment de la décision de la municipalité. Lors d'une séance du conseil communal, un conseiller avait demandé à la municipalité de refuser la construction en cause.
Procédant à la visite de la zone industrielle concernée (Rionzi), le Tribunal cantonal a constaté qu'elle était occupée pour l'essentiel par des entreprises industrielles, des artisans et des ateliers de réparation, à l'exception d'un terrain de football, un appartement de fonction, le Centre d'essai et de formation (CEF) et un commerce vendant notamment des produits artisanaux dont une partie était fabriquée dans les sous-sols du bâtiment qu'il occupait. Ce magasin avait récemment été rénové et agrandi avec l'autorisation de la municipalité.
Le Tribunal cantonal s'est encore rendu dans la zone industrielle du Trési, située le long de la route de Denges au nord de la commune, où il a relevé que plusieurs bâtiments y étaient consacrés à l'industrie, à des ateliers mécaniques, à des garages et à des carrosseries. Deux bâtiments importants accueillaient, outre des artisans, des entreprises de service. L'un d'eux, divisé en quatre ailes, abritait par ailleurs le restaurant "Le Cap d'Or" réservé aux sociétés et entreprises du bâtiment. Certains tenanciers de cet établissement avaient été remis à l'ordre par la municipalité, notamment en 1995 et en 1996 parce qu'ils avaient tendance à ouvrir au public. Il devrait au demeurant prochainement être fermé, la Police du commerce ayant prononcé un retrait de patente. La municipalité a également expliqué que deux appartements avaient été réalisés illégalement dans le périmètre du plan de quartier du Rionzi. Elle a en outre déploré l'occupation de la zone industrielle par des entreprises qui ne répondaient pas à la définition du règlement communal et qui n'avaient jamais été autorisées. Elle a confirmé sa volonté de se montrer stricte dorénavant à ce sujet et de remettre de l'ordre.
Par arrêt du 29 octobre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours et a confirmé la décision de la municipalité du 11 septembre 2006.
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._ et C._ demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 29 octobre 2007 en ce sens que le projet déposé auprès de la commune de Préverenges, une station-service avec bar, shop, station de lavage et places de stationnement, est autorisé. Subsidiairement, elles demandent que l'arrêt précité soit annulé et que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elles se plaignent d'une application arbitraire de l'art. 46 RPE ainsi que d'une violation des garanties de la propriété et de la liberté économique. Elles invoquent enfin le principe de l'égalité dans l'illégalité.
Le Tribunal administratif renonce à déposer une réponse et se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt. La Commune conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110). Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. Les recourantes ont pris part à la procédure devant le Tribunal administratif et elles sont particulièrement touchées par la décision attaquée, qui confirme le refus d'autorisation de construire qui leur a été opposé. Elles ont donc la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Pour le surplus, interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. Les recourantes reprochent au Tribunal administratif de ne pas avoir déduit du manque de cohérence constaté dans l'application de la réglementation en cause par la commune, une pratique constante de cette dernière visant à la diversification des activités en zone industrielle, allant largement au-delà du libellé strict de l'art. 46 RPE. Elles considèrent dans ces circonstances que cette disposition a été interprétée arbitrairement.
Subsidiairement, elles invoquent les garanties de la propriété et de la liberté économique. Elles font valoir qu'un refus de permis n'est justifié par aucun intérêt public et qu'il viole au demeurant le principe de la proportionnalité. Enfin, les recourantes estiment pouvoir être mises au bénéfice du principe de l'égalité dans l'illégalité, au motif que l'administration persistera vraisemblablement dans sa pratique illégale.
3. D'après la jurisprudence du Tribunal fédéral relative au principe d'égalité (art. 8 al. 1 Cst.), lorsqu'une autorité, non pas dans un cas isolé, ni même dans plusieurs cas, mais selon une pratique constante, ne respecte pas la loi et qu'elle fait savoir qu'à l'avenir également, elle ne respectera pas la loi, le citoyen est en droit d'exiger d'être mis au bénéfice de l'illégalité, pour autant que cela ne lèse pas d'autres intérêts légitimes (<ref-ruling> consid. 3a p. 2; <ref-ruling> consid. 6a p. 392; <ref-ruling>).
L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 219; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 178).
4. 4.1 Le Tribunal administratif a retenu que les explications de la commune relatives à son interprétation du règlement avaient été peu convaincantes et que la pratique de cette dernière était incohérente. La municipalité s'écartait en effet sciemment du texte de l'art. 46 RPE en admettant en zone industrielle des entreprises de services, des dépôts non liés à l'activité dans cette zone et des locaux de musique notamment, tout en se référant aux termes de la même norme pour exclure les commerces et les restaurants. Il n'en demeurerait pas moins que le texte clair de l'art. 46 RPE excluait les activités commerciales et qu'il n'était pas possible de s'en écarter, même si l'autorité intimée l'avait fait pour les activités susmentionnées.
4.2 En l'espèce, l'implantation d'une station-service dans la zone industrielle de la commune de Préverenges n'est pas litigieuse. Seule la conformité du shop et du bar est discutée.
Aucune des parties ne semble remettre en cause la jurisprudence cantonale selon laquelle les activités sans rapport avec la production, la fabrication ou la transformation de biens matériels ne seraient en principe pas compatibles avec la définition d'une zone industrielle réservée aux activités de type industriel. Il faut donc admettre que le shop ainsi que le bar projetés ne correspondent pas à l'affectation de la zone industrielle (arrêt du Tribunal administratif vaudois AC.2002.0080 du 28 février 2003).
La jurisprudence cantonale a néanmoins réservé les cas dans lesquels la commune avait montré dans une pratique constante une interprétation large de la notion d'activité industrielle en admettant des activités commerciales non industrielles, comme la vente, les activités de service ou encore celles de détente et de loisir (arrêt du Tribunal administratif vaudois AC.2002.0222 du 26 juin 2003).
4.3 Dans le cas particulier, il apparaît certes difficile d'établir que la commune a autorisé des activités commerciales en zone industrielle par une pratique constante. En revanche, il ressort des observations de la municipalité que cette dernière justifie une application stricte de l'art. 46 RPE uniquement en vue de prévenir la mixité de la zone. Il transparaît cependant de l'instruction de la cause que la commune a autorisé des activités qui n'étaient pas typiquement industrielles. Elle a donc montré ne pas être rigoureusement attachée à ce principe d'interdiction de mixité.
Par ailleurs, la note du 21 novembre 2005 qui résume les négociations intervenues avant la mise à l'enquête du projet émane du service technique, qui est à disposition pour les demandes d'autorisation de construire. Il apparaît également que le conseiller municipal actuellement en charge de l'urbanisme, de l'aménagement et de la police des constructions et travaux était présent à la réunion. S'il semble effectivement difficile de reprocher à la commune une violation du principe de la bonne foi, l'autorisation de construire relevant de la compétence de la municipalité in corpore, le fait que le projet ait été mis à l'enquête est de nature à montrer que l'interprétation de l'art. 46 RPE n'est pas aussi clairement restrictive que la commune aimerait le faire admettre. Conformément à la jurisprudence rappelée par le Tribunal administratif (RDAF 1992 p. 225), la municipalité peut renoncer à mettre un projet à l'enquête qui enfreint manifestement les dispositions réglementaires. Benoît Bovay va encore plus loin en soutenant que l'autorité municipale doit refuser d'emblée un projet par trop lacunaire ou manifestement contraire au règlement, sans enquête publique, sauf si le constructeur insiste pour qu'une telle enquête ait lieu, à ses frais (Benoît Bovay, Le permis de construire en droit vaudois, 2ème édition, Lausanne 1988, p. 79 s.).
En outre, on ne saurait déduire, sur la seule base d'un refus d'autorisation pour de la vente à l'emporter de pizzas en mai 2007, une volonté expresse de la commune de dorénavant appliquer strictement la loi. On notera également qu'il existe une différence notable entre la vente à l'emporter de pizza et un bar et un shop qui ne sont qu'accessoires à une activité principale qui est elle autorisée (seulement 164 m2 et 1,5 millions de chiffre d'affaires annuel contre 1'487 m2 et 6,25 millions pour la station-service).
Pour le surplus, l'explication de la commune selon laquelle "elle aurait été mise devant le fait accompli par des réalisations/affectations/ constructions sauvages sans être préalablement requise de donner une autorisation pour ce qui se passait de manière plus ou moins occulte à l'intérieur de tel ou tel bâtiment" n'apparaît pas suffisamment étayée pour emporter conviction. Le manque de réaction de la commune penche au contraire en faveur d'une application large de la réglementation communale.
Enfin, la commune n'explique pas quel serait l'intérêt à interdire une certaine mixité et pour quelle raison elle aurait soudainement décidé, plus de vingt ans après l'entrée en vigueur de la réglementation litigieuse, d'appliquer cette dernière de façon restrictive. Il convient au demeurant d'observer qu'il existe une certaine incohérence, sous l'angle du rapport avec la production, à admettre la vente d'essence et non le commerce de denrées alimentaires, comme un conseiller municipal s'en est d'ailleurs étonné dans un des courriers électroniques figurant au dossier.
Dans ces conditions, l'interprétation donnée par les autorités municipales à l'art. 46 RPE et son application dans le cas d'espèce apparaissent non seulement insoutenables mais également arbitraires dans leur résultat. Cette conclusion rend superflu l'examen des autres griefs.
5. Le recours doit par conséquent être admis et la décision attaquée annulée. Il n'en découle cependant pas nécessairement l'octroi du permis de construire aux recourantes. Il ressort en effet du dossier que la municipalité ne s'est pas prononcée sur les oppositions qui ont été formées. Or aucune d'entre elles ne contenait le grief d'absence de conformité à la destination de la zone mais bien d'autres, notamment relatifs aux nuisances engendrées par le projet. La nécessité de s'assurer qu'aucun autre intérêt légitime n'est lésé par l'octroi du permis de construire aux recourantes impose dès lors le renvoi de la cause à la municipalité afin qu'elle se détermine sur les oppositions.
Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire (<ref-law>). La commune de Préverenges versera en revanche une indemnité de dépens aux recourantes qui obtiennent gain de cause avec le concours d'avocats. Cette dernière sera augmentée afin de tenir compte des dépens de l'instance précédente (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 29 octobre 2007 par le Tribunal administratif est annulé. La cause est renvoyée à la municipalité de Préverenges pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à payer aux recourantes à titre de dépens dans la procédure cantonale et fédérale, est mise à la charge de la commune de Préverenges.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal administratif du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann