Sachverhalt:
A. B._, geboren 1960, arbeitete als Schadeninspektorin bei der Versicherung X._ AG und war bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Zürich) obligatorisch gegen Unfall versichert. Nachdem sie im Mai 1991 bei einem Skiunfall eine Schädelkontusion sowie eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) erlitten hatte, sich in der Folge jedoch wieder erholte und voll arbeitsfähig war, zog sie sich am 18. Mai 1993 bei einer Auffahrkollision erneut eine HWS-Distorsion zu. Die Zürich kam für die Heilbehandlung auf und erbrachte Taggelder. Im Juli 1993 nahm B._ ihre Tätigkeit wieder auf, konnte ihre Arbeitsfähigkeit jedoch nicht über ein 50%-Pensum steigern und es kam zu wiederholten Arbeitsunterbrüchen. 1996 und 1998 wurden ihre beiden Kinder geboren. Die Arbeitsstelle wurde ihr auf Ende Oktober 1998 gekündigt. Mit Verfügung vom 29. April 1998 schloss die Zürich den Fall ab und sprach der Versicherten mit Wirkung ab 1. Mai 1998 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 50% sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 30% zu.
Im Zuge eines Revisionsverfahrens, welches nach Gewährung einer Dreiviertelsrente durch die Invalidenversicherung (Verfügung vom 13. April 2004) eingeleitet wurde, holte die Zürich ein Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ vom 14. Juli 2006 mit Ergänzung vom 8. Juni 2009 ein. Gestützt darauf verneinte sie den Anspruch auf eine Invalidenrente mit Wirkung ab 1. September 2006 und lehnte auch die Übernahme weiterer Behandlungskosten ab (Verfügung vom 8. November 2006 und Einspracheentscheid vom 30. Juni 2009).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 14. Februar 2011 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihr auch über den 1. September 2006 hinaus eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 50% zuzusprechen und die Zürich zur Übernahme der Behandlungskosten zu verpflichten.
Während die Zürich auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Voraussetzung für eine Rentenrevision ist die Änderung des Grades der Invalidität eines Rentenbezügers in einer für den Anspruch erheblichen Weise (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.5 S. 349). Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen. Die Invalidenrente ist somit nicht nur bei einer wesentlichen Veränderung des Gesundheitszustandes, sondern auch dann revidierbar, wenn sich die erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitsschadens erheblich verändert haben (BGE <ref-ruling> E. 3.5 S. 349 mit Hinweisen). Die Frage der wesentlichen Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen beurteilt sich durch Vergleich des Sachverhalts, wie er im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung bestanden hat (beziehungsweise der letzten rechtskräftigen Verfügung, welche auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Durchführung eines Einkommensvergleichs beruht), mit demjenigen zur Zeit der streitigen Revisionsverfügung (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 75 f. und 133 V 108).
3. Der Revisionsordnung nach <ref-law> geht der Grundsatz vor, dass die Verwaltung befugt ist, jederzeit von Amtes wegen auf eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hatte, zurückzukommen, wenn sich diese als zweifellos unrichtig erweist und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist. Unter diesen Voraussetzungen kann die Verwaltung eine Rentenverfügung auch dann abändern, wenn die Revisionsvoraussetzungen des <ref-law> nicht erfüllt sind. Wird die zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung erst vom Gericht festgestellt, so kann es die auf <ref-law> gestützte Revisionsverfügung der Verwaltung mit dieser substituierten Begründung schützen (<ref-ruling> E. 2 S. 369 mit Hinweisen; in <ref-ruling> nicht publizierte E. 5.1 des Urteils 9C_342/2008 vom 20. November 2008; vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 373 und 387 E. 1b S. 390).
Das Erfordernis der zweifellosen Unrichtigkeit ist in der Regel erfüllt, wenn die gesetzeswidrige Leistungszusprechung aufgrund falscher oder unzutreffender Rechtsregeln erlassen wurde oder wenn massgebliche Bestimmungen nicht oder unrichtig angewandt wurden (<ref-ruling> E. a S. 128; ARV 1996/97 Nr. 28 S. 152 E. 3c). Anders verhält es sich, wenn der Wiedererwägungsgrund im Bereich materieller Anspruchsvoraussetzungen liegt, deren Beurteilung in Bezug auf gewisse Schritte und Elemente (z.B. Invalidität[sbemessung], Einschätzungen der Arbeitsunfähigkeit, Beweiswürdigungen, Zumutbarkeitsfragen) notwendigerweise Ermessenszüge aufweist. Erscheint die Beurteilung solcher Anspruchsvoraussetzungen (einschliesslich ihrer Teilaspekte wie etwa die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit) vor dem Hintergrund der Sach- und Rechtslage, wie sie sich im Zeitpunkt der rechtskräftigen Leistungszusprechung darbot, als vertretbar, scheidet die Annahme zweifelloser Unrichtigkeit aus (Urteile I 907/06 vom 7. Mai 2007 E. 3.2.1; 9C_215/2007 vom 2. Juli 2007 E. 3.2).
4. Nach einlässlicher Würdigung der medizinischen Berichte hat die Vorinstanz erwogen, dass zum Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 18. Mai 1993 und den geklagten Beschwerden (noch) bejaht worden sei, während er nunmehr von den Gutachtern der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ verneint werde. Damit sei eine revisionsrelevante Änderung eingetreten. Es sei denn auch zwar unstreitig, dass die Versicherte beim Unfall vom 18. Mai 1993 eine HWS-Distorsion erlitten habe, die Beschwerden indessen organisch objektiv nicht ausgewiesen gewesen seien. Heute jedoch leide sie nicht mehr an dem für ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule typischen bunten Beschwerdebild, sondern insbesondere unter Nackenschmerzen, welche für sich gesehen unspezifisch seien, sowie leichten kognitiven Defiziten ohne organisches Korrelat, was jedoch nicht ausreiche.
5. Demgegenüber wird beschwerdeweise geltend gemacht, dass eine Verbesserung des Gesundheitszustandes nicht eingetreten sei, wovon auch die Vorinstanz insofern ausgehe, als sie die Revision nicht damit, sondern mit dem ihrer Auffassung nach dahingefallenen natürlichen Kausalzusammenhang begründe. Auf das Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ könne namentlich deshalb nicht abgestellt werden, weil die Ärzte nach 13 Jahren davon ausgingen, dass spätestens zwei Jahre nach dem Unfall der status quo erreicht gewesen sei, was indessen mit Blick auf die damaligen medizinischen Berichte und die Zusprechung einer Invalidenrente auf der Basis einer 50%igen Erwerbsunfähigkeit fünf Jahre nach dem Unfall nicht schlüssig und nachvollziehbar sei. Zumindest sei damit eine erhebliche Veränderung seit der ursprünglichen Rentenzusprechung nicht zu begründen, sondern hätten die Gutachter vielmehr eine andere Beurteilung eines an sich unveränderten Sachverhaltes vorgenommen, womit die Revisionsvoraussetzungen nicht erfüllt seien.
6. 6.1 Zu Recht rügt die Beschwerdeführerin, dass durch die nachträgliche Verneinung der natürlichen Kausalität durch die Gutachter der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ eine erhebliche Verbesserung des Gesundheitszustandes als Revisionsvoraussetzung nicht ausgewiesen ist. Massgeblich ist, ob sich seit der Rentenzusprechung am 29. April 1998 eine rentenerhebliche Veränderung eingestellt hat. Davon geht die Vorinstanz aus, indem sie annimmt, dass der natürliche Kausalzusammenhang zwischen Unfall und Beschwerden damals noch bejaht, von den Gutachtern der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ im Jahr 2006 jedoch verneint worden sei.
6.2 Gemäss Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ ist das kognitive Funktionieren insgesamt leicht bis mässig beeinträchtigt. Die neuropsychologische Untersuchung ergab, dass die visuellen Gedächtnisfähigkeiten im Vergleich zum intellektuellen Funktionieren leicht reduziert und die verbalen Gedächtnisfähigkeiten, das verbale und visuelle Lernen, die komplexe auditive Aufmerksamkeitsspanne und die einfache Informationsverarbeitungsgeschwindigkeit mässig vermindert waren. Die komplexe Informationsverarbeitungsgeschwindigkeit sowie die Feinmotorik in der rechten Hand seien stark eingeschränkt. Selbst wenn die Versicherte eine Commotio cerebri erlitten haben sollte, was unklar sei, vermöchte diese zu keinen langfristigen Einschränkungen zu führen. Gemäss psychiatrischer Einschätzung besteht Verdacht auf eine konversionsneurotische Symptomatik (ICD-10 F44.7). Aus rheumatologischer Sicht fanden sich keine Einschränkungen.
Nach Auffassung der Gutachter stehen die heute geklagten Beeinträchtigungen - neben den erwähnten neuropsychologischen Defiziten namentlich Hinterkopfschmerzen und persistierende, intermittierende und belastungsabhängige occipitale Kopfschmerzen - nur möglicherweise in Zusammenhang mit dem Unfall vom 18. Mai 1993. Mit überwiegender Wahrscheinlichkeit sei der "Status quo" spätestens zwei Jahre nach dem Unfall erreicht gewesen.
6.3 Nach aktueller ärztlicher Einschätzung ist die natürliche Kausalität somit bereits im Verlaufe des Jahres 1995 dahingefallen. Dass seit der Rentenzusprechung am 29. April 1998 eine erhebliche Sachverhaltsänderung eingetreten wäre, ist damit nicht erstellt. Vielmehr haben die Gutachter der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ den bereits bekannten, im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung gegebenen Sachverhalt anders bewertet und daraus andere Schlussfolgerungen gezogen als die Ärzte, welche im Verfahren der ursprünglichen Rentenzusprechung mit der medizinischen Einschätzung betraut waren. Dies genügt jedoch nicht für eine Rentenrevision. Vielmehr bedürfte es neuer Elemente tatsächlicher Natur, die nach der ursprünglichen Rentenverfügung eingetreten und zu dem damals gegebenen Sachverhalt hinzugekommen sind oder diesen verändert haben (Urteil I 633/03 vom 9. Juni 2004 E. 4.2). Eine Neubeurteilung nach besserem Wissen genügt nicht (Urteil 9C_114/2008 vom 30. April 2008 E. 2.1).
7. Zu prüfen bleibt, ob die ursprüngliche Rentenzusprechung zweifellos unrichtig war und die Revisionsverfügung mit dieser substituierten Begründung zu schützen ist.
7.1 Der Unfallversicherer stützte sich damals namentlich auf die Einschätzung des PD Dr. med. E._, Neurologie FMH, vom 27. Oktober 1995. Schon der behandelnde Neurologe Dr. med. L._ hatte unfallfremde Faktoren ausgeschlossen (vgl. zuletzt den Bericht vom 24. März 1994). Anlässlich der Hospitalisierung in der Rehaklinik H._ vom 4. Januar bis zum 15. Februar 1994 wurden namentlich auch neuropsychologische Defizite festgestellt (Bericht vom 15. Februar 1994), welche im weiteren Verlauf noch einmal abgeklärt wurden (neuropsychologischer Bericht vom 23. Dezember 1994). Insbesondere gestützt darauf standen die noch geklagten Beschwerden nach Auffassung des PD Dr. med. E._ in natürlichem Kausalzusammenhang zum erlittenen Unfall und war deshalb eine Arbeitsunfähigkeit auch weiterhin ausgewiesen (Bericht vom 27. Oktober 1995). Auch nach einem weiteren, neurologischen Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik S._ vom 10. Oktober bis zum 10. November 1995 (Bericht vom 20. November 1995) verblieben gemäss neuropsychologischer Stellungnahme vom 12. November 1995 kognitive Teilleistungsstörungen, ein chronifizierter Schmerz sowie daraus resultierende Coping-Probleme. Schliesslich wurde die Versicherte durch Frau Dr. phil. O._ abgeklärt, welche die kognitiven Defizite ebenfalls bestätigte und als unfallbedingt erachtete (Bericht vom 11. April 1997).
Mit Blick auf die eingehenden Untersuchungen und die gestützt darauf ergangenen eindeutigen ärztlichen Stellungnahmen kann eine offensichtliche Unrichtigkeit der damaligen Beurteilung der natürlichen Kausalität nicht angenommen werden und bestehen auch keine Anhaltspunkte dafür, dass diese schon vor der Rentenzusprechung dahingefallen wäre.
7.2 Zu der für seine Leistungspflicht weiter vorausgesetzten adäquaten Kausalität (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181; <ref-ruling> E. 2.1 S. 112; <ref-ruling> E. 6 S. 366 ff.) hat sich der Unfallversicherer in seiner Verfügung vom 29. April 1998 nicht explizit geäussert. Daraus kann indessen nicht geschlossen werden, dass er sie nicht geprüft hätte, war er doch nicht gehalten, seine Verfügung weiter zu begründen. Von einer zweifellosen Unrichtigkeit des früheren Entscheides kann diesbezüglich in der Regel nicht ausgegangen werden (SVR 2009 UV Nr. 6 S. 21, U 5/07 E. 5.3.2.1 u. 5.3.2.2). Es bestehen auch hier keine Anhaltspunkte dafür, dass die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhanges zweifellos unrichtig war.
7.3 Wie das Bundesgericht jüngst entschieden hat, ist bei spezifischen und unfalladäquaten HWS-Verletzungen (Schleudertraumen) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle sinngemäss die Rechtsprechung zur anhaltenden somatoformen Schmerzstörung (<ref-ruling>) anzuwenden und zu klären, ob ein invalidisierendes Leiden vorliegt (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 283 f.).
Auch bei organisch objektiv nicht ausgewiesenen Beschwerden, die natürlich- und adäquat-kausal auf eine Schleudertrauma-Verletzung zurückzuführen sind, ist daher abzuklären, ob eine psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Intensität, Ausprägung und Dauer (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f.) und die von der Praxis alternativ dazu umschriebenen Kriterien, welche eine adäquate Schmerzbewältigung objektiv konstant und intensiv können (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.3 S. 354 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f.), vorliegen. Die ärztlichen Stellungnahmen zum psychischen Gesundheitszustand und zu dem aus medizinischer Sicht (objektiv) vorhandenen Leistungspotential (vgl. dazu <ref-ruling> E. 6 S. 399 ff.; <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 281 f.) bilden unabdingbare Grundlage für die zu beurteilende Rechtsfrage, ob und gegebenenfalls inwieweit einer versicherten Person unter Aufbringung allen guten Willens die Überwindung ihres Leidens und die Verwertung ihrer verbleibenden Arbeitskraft zumutbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 353; <ref-ruling> E. 5.3.2 S. 398 f.).
Eine psychiatrische Begutachtung wurde im vorliegenden Fall erst im Revisionsverfahren, nicht aber anlässlich der ursprünglichen Rentenzusprechung veranlasst. Die Gutachter der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ führen dazu aus, dass der erhebliche Beschwerdekomplex somatischerseits weder damals noch heute hinreichend habe erklärt werden können, wobei im Verlauf von fast 13 Jahren nie der Versuch einer psychotherapeutischen Behandlung stattgefunden habe. Es bestehen anhand des Gutachtens der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ weder Anhaltspunkte für eine psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Intensität, Ausprägung und Dauer noch dafür, dass Kriterien erfüllt wären, welche von der Praxis alternativ zum Vorliegen einer psychischen Komorbidität umschrieben wurden.
Damit sind heute die Voraussetzungen für eine Rentenzusprechung nicht erfüllt. Indessen bildet die mit <ref-ruling> begründete Rechtsprechung, wonach eine diagnostizierte anhaltende somatoforme Schmerzstörung allein in der Regel keine lang dauernde, zu einer Invalidität führende Einschränkung der Arbeitsfähigkeit zu bewirken vermag, keinen Grund für die Herabsetzung oder Aufhebung einer laufenden Rente unter dem Titel der Anpassung an geänderte Rechtsgrundlagen (<ref-ruling>; <ref-ruling>). Gleiches muss auch hinsichtlich der hier zu beurteilenden Beschwerden gelten, welche gemäss der ursprünglichen Rentenverfügung vom 29. April 1998 auf die beim Unfall vom 18. Mai 1993 erlittene Schleudertrauma-Verletzung zurückzuführen waren.
7.4 Zusammengefasst bestehen keine Anhaltspunkte für eine zweifellose Unrichtigkeit der Beurteilung der natürlichen und adäquaten Kausalität anlässlich der ursprünglichen Rentenzusprechung und ist darauf daher nicht zurückzukommen. Gemäss ärztlicher Einschätzung im Revisionsverfahren sind die somatischen Beschwerden nicht zu erklären, finden sich aber auch keine Einschränkungen der psychischen Ressourcen, die nach den rechtsprechungsgemäss massgeblichen Kriterien auf ein invalidisierendes Leiden schliessen lassen, was für die Beurteilung des Rentenanspruchs zum heutigen Zeitpunkt entscheidwesentlich wäre. Dies rechtfertigt indessen eine Aufhebung der laufenden Rente nicht.
8. Da die Voraussetzungen für eine Rentenrevision nicht erfüllt sind und die Rentenaufhebung auch nicht mit der substituierten Begründung der zweifellosen Unrichtigkeit der früheren Rentenzusprechung zu schützen ist, besteht auch über den 1. September 2006 hinaus Anspruch auf eine Invalidenrente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 50%.
9. Bei diesem Ergebnis ist auf die weitergehende Kritik der Beschwerdeführerin am Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle Y._ nicht näher einzugehen. Gleiches gilt hinsichtlich der Rüge, dass die Vorinstanz an ihren Entscheid vom 16. Januar 2009 im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren, mit welchem (nach einer vergleichsweisen Verständigung der Parteien) festgestellt wurde, dass ab 1. März 2007 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente bestehe, gebunden gewesen wäre.
10. Die Beschwerdeführerin beantragt die Zusprechung von Heilbehandlung über den 1. September 2006 hinaus.
Gemäss <ref-law> fällt die Heilbehandlung mit dem Rentenbeginn dahin (vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 4.1 u. 4.2 S. 113 ff.). Dies wurde auch in der Rentenverfügung vom 29. April 1998 ausdrücklich festgehalten. Inwiefern eine besondere Voraussetzung im Sinne von <ref-law> vorliegen würde (vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 4.2 S. 114 f.) und der Unfallversicherer daher ab dem 1. September 2006 Heilbehandlung zu gewähren hätte, wird in der Beschwerde nicht dargelegt und es bestehen nach Lage der Akten auch keine diesbezüglichen Anhaltspunkte.
11. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 14. Februar 2011 und der Einspracheentscheid der Zürich Versicherungs-Gesellschaft AG vom 30. Juni 2009 werden insoweit abgeändert, als festgestellt wird, dass die Beschwerdeführerin auch über den 1. September 2006 hinaus Anspruch auf eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 50% hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. Juni 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo