Sachverhalt:
A. X._ wurde am 16. Januar 2007 vom Statthalteramt des Bezirkes Hinwil (im Strafbefehlsverfahren) mit Fr. 290.-- gebüsst. Die kantonalen Behörden werfen ihm vor, er habe am 22. November 2006 auf der Baumastrasse in Bäretswil (Fahrtrichtung Hinwil) als Lenker eines Personenwagens die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h (innerorts) um 16 km/h überschritten. Am 24. Januar 2007 erliess das Strassenverkehrsamt des Kantons Thurgau gegen den Lenker (im Administrativmassnahmenverfahren) eine Verwarnungsverfügung. Einen vom Lenker dagegen erhobenen Rekurs wies die Rekurskommission für Strassenverkehrssachen des Kantons Thurgau am 14. Mai 2007 ab.
B. Gegen den Administrativmassnahmenentscheid der kantonalen Rekurskommission vom 14. Mai 2007 gelangte X._ mit Beschwerde vom 24. September 2007 an das Bundesgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und es sei auf das Ausfällen einer Administrativmassnahme zu verzichten.
Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde, während das kantonale Strassenverkehrsamt auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet hat. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) liess sich am 28. November 2007 vernehmen und beantragt, die Beschwerde sei gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdeführer replizierte zur Eingabe des ASTRA am 20. Dezember 2007. Die Vorinstanz reichte am 8. Januar 2008 eine Vernehmlassung und neue Akten ein, zu denen der Beschwerdeführer am 18. Januar 2008 Stellung nahm.

Erwägungen:
1. Die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> sind erfüllt. Mit der Beschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG).
1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 1-2 BGG). Der Rechtsstreit kann auf Grund der vorliegenden Akten entschieden werden.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Streitig ist aufgrund der Vorbringen des ASTRA, ob der Beschwerdeführer die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h missachtet hat. Allerdings ist fraglich, ob auf diese Vorbringen überhaupt einzutreten ist. Die Frage kann jedoch offen bleiben.
Gestützt auf die Signalisationsverordnung (SSV, SR 741.21) angebrachte Verkehrssignale sind zu befolgen (<ref-law>). Die Signale "Höchstgeschwindigkeit" (Signal Nr. 2.30 gemäss Anhang 2 SSV) und "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Signal Nr. 2.30.1) nennen die Geschwindigkeit in Stundenkilometern (km/h), welche die Fahrzeuge auch bei günstigen Strassen-, Verkehrs- und Sichtverhältnissen nicht überschreiten dürfen. Die signalisierte Höchstgeschwindigkeit wird mit dem Signal "Ende der Höchstgeschwindigkeit" (Signal Nr. 2.53) oder "Ende der Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Signal Nr. 2.53.1) aufgehoben (Art. 22 Abs. 1 SSV). Der Beginn der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h wird mit dem Signal "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Nr. 2.30.1) dort angezeigt, wo die dichte Überbauung auf einer der beiden Strassenseiten beginnt. Das Ende der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h wird mit dem Signal "Ende der Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Nr. 2.53.1) angezeigt; es steht dort, wo keine der beiden Strassenseiten mehr dicht bebaut ist (Art. 22 Abs. 3 SSV). Die Signale, die Beginn und Ende der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h anzeigen, können auf unbedeutenden Nebenstrassen fehlen (wie Strassen, die nicht Ortschaften oder Ortsteile direkt verbinden, landwirtschaftliche Erschliessungsstrassen, Waldwege usw., Art. 22 Abs. 4 SSV).
Gemäss Verkehrsregelnverordnung (VRV, SR 741.11) beträgt die allgemeine Höchstgeschwindigkeit für Fahrzeuge unter günstigen Strassen-, Verkehrs- und Sichtverhältnissen 50 km/h in Ortschaften (Art. 4a Abs. 1 lit. a VRV) und 80 km/h ausserhalb von Ortschaften (ausgenommen auf Autobahnen, Art. 4a Abs. 1 lit. b VRV). Die allgemeine Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h gilt im ganzen dichtbebauten Gebiet der Ortschaft; sie beginnt beim Signal "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Signal Nr. 2.30.1) und endet beim Signal "Ende der Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Signal Nr. 2.53.1; Art. 4a Abs. 2 Satz 1 VRV). Für Fahrzeugführer, die aus unbedeutenden Nebenstrassen (wie Strassen, die nicht Ortschaften oder Ortsteile direkt verbinden, landwirtschaftliche Erschliessungsstrassen, Waldwege usw.) in eine Ortschaft einfahren, gilt sie auch ohne Signalisation, sobald die dichte Überbauung beginnt (Art. 4a Abs. 2 Satz 2 VRV). Die allgemeine Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h ausserorts gilt ab dem Signal "Ende der Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Signal Nr. 2.53.1) oder "Ende der Höchstgeschwindigkeit" (Signal Nr. 2.53; Art. 4a Abs. 3 VRV).
Unter Vorbehalt abweichender Bestimmungen für einzelne Vorschriftssignale gilt die angekündigte Vorschrift an der Stelle oder von der Stelle an, wo das Signal steht, bis zum Ende der nächsten Verzweigung; soll sie weiter gelten, wird das Signal dort wiederholt (Art. 16 Abs. 2 Satz 1 SSV). Das Signal "Höchstgeschwindigkeit" (z.B. 50 oder auch 60, Nr. 2.30) gilt bis zum entsprechenden Ende-Signal (Nr. 2.53), höchstens aber bis zum Ende der nächsten Verzweigung (Art. 16 Abs. 2 Satz 2 SSV). Das Signal "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Nr. 2.30.1) gilt im ganzen dichtbebauten Gebiet von Ortschaften (Art. 16 Abs. 2 Satz 3 SSV; vgl. auch Art. 22 Abs. 3 SSV und Art. 4a Abs. 2 VRV).
3. In seiner Vernehmlassung führt das ASTRA aus, im vorliegenden Fall sei entscheidend, ob beim Ortseingang das Signal "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Nr. 2.30.1) oder das Signal "Höchstgeschwindigkeit" (50 oder auch 60, Nr. 2.30) aufgestellt gewesen sei. Im ersten Fall wäre die Geschwindigkeitsbeschränkung für den Beschwerdeführer auch nach einem Zwischenstopp (und der Weiterfahrt im Bereich 50 generell) verbindlich gewesen. Im zweiten Fall hätte das Signal Nr. 2.30 nach der Verzweigung, die zu der vom Beschwerdeführer (bei seinem Zwischenstopp) besuchten Brockenstube führt, gestützt auf Art. 16 Abs. 2 Satz 1 und 2 SSV wiederholt werden müssen; andernfalls gelte "angesichts des Erscheinungsbildes der Strasse" nach der fraglichen Verzweigung (bzw. im Bereich der erfolgten Geschwindigkeitskontrolle) die allgemeine Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h ausserorts. Die Frage der Signalisation ergebe sich aus den Akten nicht ausreichend. Nötigenfalls sei die Streitsache zur Ergänzung des Sachverhaltes und Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4. Die kantonale Vorinstanz hat aufgrund der Vernehmlassung des ASTRA weitere Sachverhaltsabklärungen getroffen und eine Photodokumentation eingereicht. Die Rekurskommission weist darauf hin, dass die Frage der Signalisation eingangs Neuthal/Bäretswil vom Beschwerdeführer bisher nicht aufgeworfen worden sei. Im Zeitpunkt der Geschwindigkeitskontrolle habe sich (gemäss dem Amtsbericht des Bauamtes der Gemeinde Bäretswil) am Ortseingang gut sichtbar das Signal "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (2.30.1) befunden. Nach dem Zwischenhalt in der Brockenstube sei der Beschwerdeführer nach links in die Hauptachse (Baumastrasse Richtung Hinwil) eingebogen und habe seine Fahrt bis zur Geschwindigkeitskontrolle (Radarmessung) fortgesetzt. Beim Abbiegen nach links habe der Beschwerdeführer (beim Kontrollblick nach rechts) die fragliche Signalisation von hinten deutlich erkennen können (nämlich in Gegenfahrtrichtung mit dem Signal Nr. 2.53.1 "Ende der Höchstgeschwindigkeit 50 generell"). Umso mehr habe für den Beschwerdeführer auch bei der Weiterfahrt nach wie vor die signalisierte Höchstgeschwindigkeit "50 generell" gelten müssen.
5. Der Beschwerdeführer erhielt Gelegenheit, zur Vernehmlassung der Vorinstanz und zu den eingereichten Akten Stellung zu nehmen. Er macht geltend, auch bei einer Signalisation "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" bestehe kein Anlass, eine Administrativmassnahme gegen ihn auszufällen. Das Signal 2.30.1 sei auf dem Zubringer zur Brockenstube bzw. vor dem Wiedereinbiegen in die Hauptachse "nicht wiederholt" worden. Ausserdem habe er bei der Weiterfahrt aufgrund der örtlichen Gegebenheiten "nicht zwingend im Bewusstsein zirkulieren" müssen, es gelte eine Höchstgeschwindigkeit 50 generell.
6. Aufgrund der ergänzten Akten ist erstellt, dass auf dem Strassenabschnitt (Baumastrasse Richtung Hinwil) zwischen dem Ortseingang Neuthal/Bäretswil und dem Bereich der Geschwindigkeitsmessung die "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (Signal Nr. 2.30.1) gültig signalisiert war (Art. 22 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Die vom ASTRA aufgeworfene Frage hat sich damit geklärt. Der Beschwerdeführer bestreitet weder dies, noch das Fahren mit mindestens 66 km/h. Er macht jedoch geltend, er habe die fragliche Signalisation nicht vorsätzlich bzw. schuldhaft missachtet. In der Brockenstube habe er sich etwa eine halbe Stunde aufgehalten. Bei der Weiterfahrt Richtung Hinwil habe er nicht mehr an die Signalisation gedacht und auch nicht daran denken müssen. Er sei schon bei der Fahrt zur Brockenstube von Hinwil her gekommen. Daher sei er (am Ortseingang Neuthal/ Bäretswil Richtung Hinwil) nicht am Signal 2.30.1 ("Höchstgeschwindigkeit 50 generell") vorbeigefahren. Nach dem Wiedereinbiegen in Richtung Hinwil bis zum Standort der erfolgten Radarmessung habe die landschaftliche und bauliche Umgebung der Strasse eindeutig Ausserortscharakter. Schon ab dem Signal 2.30.1 (am Ortseingang Neuthal/Bäretswil vor dem Abzweiger zur Brockenstube) handle es sich um ein "praktisch gar nicht überbautes Überland-Wegstück".
7. Die Vorinstanz geht davon aus, dass die Geschwindigkeitsübertretung (66 km/h anstatt 50 km/h innerorts) eventualvorsätzlich und schuldhaft erfolgt sei. Diese Annahme beruht weder auf offensichtlich unrichtigen Tatsachenfeststellungen, noch auf einer Verletzung von materiellem Bundesrecht (vgl. <ref-law>; <ref-law>):
7.1 Die Angaben des Beschwerdeführers zur Frage, ob er (bei der ersten Fahrt nach Hinwil und bei der anschliessenden Fahrt zur Brockenstube) das Signal 2.30.1 ("Höchstgeschwindigkeit 50 generell") am Ortseingang Neuthal/Bäretswil (Richtung Hinwil) gesehen habe oder nicht, sind nicht sehr klar. In der Beschwerde macht er geltend, er habe die Brockenstube "schon von Hinwil aus angefahren". An der 50er-Tafel sei er daher "gar nicht (mehr) vorbei" gefahren. Gleichzeitig verweist er auf ein von ihm eingereichtes und beschriftetes Aktenstück (Beschwerdebeilage 3). Auf der betreffenden Planskizze ist das fragliche Signal (am Ortseingang Neuthal/Bäretswil beim Industrieareal Neuthal) eingezeichnet. Handschriftlich hat der Beschwerdeführer dazu Folgendes kommentiert: "ca. hier 50er Tafel; hatte ich nach dem Besuch des Brocki nicht mehr im Kopf".
7.2 Es kann letztlich offen bleiben, wie es sich damit im Einzelnen verhält. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass die Signale 2.30.1 "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (rückseitig je mit dem Signal 2.53.1) an beiden Ortseingängen (je in Fahrtrichtung) angebracht waren (vgl. Art. 22 SSV). Bei Einhaltung der von Art. 26 i.V.m. Art. 27 Abs. 1 und 32 Abs. 1-2 SVG geforderten Aufmerksamkeit konnte und musste der Beschwerdeführer somit das Signal 2.30.1 bei der Hinfahrt zur Brockenstube sehen (und zusätzlich wohl auch bei der ersten Fahrt nach Hinwil). Dass er das Signal nach dem Zwischenstopp in der Brockenstube "nicht mehr im Kopf gehabt habe", ändert daran nichts. Von einem sorgfältigen Fahrzeuglenker muss erwartet werden, dass er sich auch nach einer Fahrtunterbrechung im Innerortsbereich bei der anschliessenden Weiterfahrt bewusst macht, in welchem Signalisationsbereich er sich befindet bzw. welche lokale Höchstgeschwindigkeit massgeblich ist. Falls diesbezüglich ein objektiver Anlass zu Zweifeln besteht, muss der Lenker grundsätzlich die allgemeine Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h innerorts einhalten. Ausnahmen davon können nur in aussergewöhnlichen Fällen denkbar sein, bei denen dem Fahrzeuglenker keinerlei Vorwurf gemacht werden kann, es habe Anlass zu solchen Zweifeln bestanden. Anders zu entscheiden hiesse, dass Verkehrsvorschriften für den Innerortsbereich faktisch aufgehoben werden könnten, indem der Fahrzeuglenker seine Fahrt unterbricht.
7.3 Im vorliegenden Fall waren die konkreten Umstände nicht derart ungewöhnlich, dass ausnahmsweise von einem Wegfall des betreffenden Eventualvorsatzes ausgegangen werden könnte: Wie sich aus den Akten ergibt, ist das fragliche Signal gut erkennbar. Es befindet sich kurz vor der Abzweigung zur Brockenstube. Unmittelbar im Bereich dieser Abzweigung beginnt eine dichte Überbauung (Industrieareal Neuthal), zu der auch die Brockenstube gehört. Nach eigenen Angaben des Beschwerdeführers habe der Zwischenhalt bei der Brockenstube bzw. im Industrieareal Neuthal etwa eine halbe Stunde gedauert. Er macht nicht geltend, er sei völlig ortsunkundig gewesen bzw. er habe die Strecke zum ersten Mal befahren. Vielmehr habe er seine in Hinwil wohnhafte Freundin besuchen wollen. Hinzu kommt schliesslich noch, dass (nach den vorliegenden Akten und den nachvollziehbaren Feststellungen der kantonalen Behörden) die Rückseite des am Ortseingang befindlichen Signals 2.30.1 (nämlich das Signal 2.53.1 in Gegenfahrtrichtung) auch beim Wiedereinbiegen nach links (und Kontrollblick nach rechts) sichtbar war. Umso mehr hätte Anlass bestanden, dass sich der Beschwerdeführer an das zuvor (in Fahrtrichtung) passierte Signal 2.30.1 erinnerte.
7.4 Unbehelflich ist das Vorbringen, das Signal "Höchstgeschwindigkeit 50 generell" (2.30.1) sei bei der Verzweigung zur Brockenstube "nicht wiederholt" worden. Das Signal 2.30.1 gilt (im Gegensatz zum Signal 2.30, Art. 16 Abs. 2 Satz 1-2 SSV) grundsätzlich auf der ganzen Strecke zwischen Signalisationsbeginn und Signalisationsende (Signal 2.53.1; vgl. Art. 22 Abs. 3 SSV, Art. 4a Abs. 2 Satz 1 VRV). Es galt daher auch im Bereich der erfolgten Geschwindigkeitsmessung.
7.5 Nach dem Gesagten war für den Beschwerdeführer durchaus erkennbar, dass er sich im Innerortsbereich bzw. im Signalisationsbereich "50 generell" befand. Als er seine Fahrt fortsetzte, hatte er objektiv zumindest Anlass zu entsprechenden Zweifeln. Da er dennoch 66 km/h fuhr, durfte die Vorinstanz annehmen, dass er eine Geschwindigkeitsübertretung bewusst in Kauf nahm. Die Annahme des entsprechenden Eventualvorsatzes (bei leichtem Verschulden) erweist sich als bundesrechtskonform.
8. Im Eventualstandpunkt macht der Beschwerdeführer geltend, es liege (wenn überhaupt) ein besonders leichter Fall einer Widerhandlung (im Sinne von <ref-law>) vor, weshalb von jeglicher Administrativmassnahme abzusehen sei. Es handle sich hier um eine "absolut marginale und vernachlässigbare Übertretung". Die Annahme eines leichten Falles (im Sinne von Art. 16a Abs. 1 lit. a i.V.m. Abs. 3 SVG) bzw. die Ausfällung einer Verwarnung sei bundesrechtswidrig.
8.1 Die Rüge erweist sich ebenfalls als unbegründet. Die gesetzliche Regelung der zulässigen Administrativmassnahmen und die einschlägige Bundesgerichtspraxis werden im angefochtenen Entscheid (S. 6 f.) zutreffend dargelegt. Im vorliegenden Fall hat sich der Beschwerdeführer eine Geschwindigkeitsübertretung innerorts von (nach Abzug der vom ASTRA festgelegten Geräte- und Messunsicherheit) mindestens 16 km/h zuschulden kommen lassen (vgl. oben, E. 7). Er wurde dafür vom Statthalteramt des Bezirkes Hinwil (in Anwendung von <ref-law>) im Strafbefehlsverfahren mit Fr. 290.-- (zuzüglich Verfahrenskosten) gebüsst. Damit liegt zwar ein leichter Fall (im Sinne von Art. 16a Abs. 1 lit. a i.V.m. Abs. 3 SVG) vor, mit relativ leichtem Verschulden und geringer Gefahr für die Sicherheit anderer, aber kein besonders leichter Fall, der noch im Ordnungsbussenverfahren (mit Busse bis maximal Fr. 250.--) hätte erledigt werden können (<ref-law>; Anhang 1 Ziff. 303.1 lit. c zur Ordnungsbussenverordnung vom 4. März 1996, SR 741.031). Im hier zu beurteilenden Administrativverfahren wurde daher ohne Verletzung von Bundesrecht eine Verwarnung ausgesprochen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 88; <ref-ruling> E. 2a S. 477; <ref-ruling> E. 2c S. 111 f.; <ref-ruling> E. 3c S. 131; Urteil 6A.52/2005 vom 2. Dezember 2005, E. 2.2.3).
8.2 Es sind keine Umstände ersichtlich, welche hier ein Abweichen von der einschlägigen Rechtsprechung rechtfertigen würden. Die Berufung auf <ref-ruling> E. 2b S. 100 ist unbehelflich, da der Beschwerdeführer schuldhaft und zumindest eventualvorsätzlich handelte, bzw. weil keine zureichenden objektiven Gründe für die Annahme bestanden, die Fahrt erfolge im Ausserortsbereich (vgl. dazu oben, E. 7). Dass dem Beschwerdeführer bei einem Rückfall (bzw. einer weiteren leichten Widerhandlung) innerhalb von zwei Jahren ein Führerausweisentzug drohe (Art. 16a Abs. 2-3 SVG), vermag daran nichts zu ändern. Es handelt sich dabei um eine vom Gesetzgeber ausdrücklich angestrebte Folge des per 1. Januar 2005 verschärften Administrativmassnahmenrechts (vgl. Botschaft des Bundesrates, BBl 1999 S. 4486 f.).
9. Es ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt und der Rekurskommission für Strassenverkehrssachen des Kantons Thurgau sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster