Fatti:
A. Il 6 aprile 2001 il dott. med. A._, radiologo, ha sottoposto B._, nato nel 1939, a un intervento ambulatoriale di embolizzazione di un "endoleak tipo II" con il mezzo embolizzante ethibloc. Sebbene l'intervento sia riuscito (chiusura della sacca contenente l'endoleak), il paziente ha riportato una lesione del plesso lombosacrale di natura ischemica (ischemia bilaterale) con relative paresi causate da un accumulo in quest'area del prodotto embolizzante. Il 18 giugno successivo, il paziente ha denunciato il radiologo per lesioni colpose gravi, subordinatamente per lesioni semplici.
B. Con decreto di accusa del 10 maggio 2005 il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha ritenuto il radiologo autore colpevole di lesioni semplici, per avere intenzionalmente cagionato un danno al corpo o alla salute del paziente. Il PP gli ha rimproverato d'aver eseguito presso l'Ospedale civico di Lugano il citato intervento di embolizzazione transarteriale percutanea sotto fluoroscopia senza il valido consenso del paziente, in particolare di aver omesso d'informarlo adeguatamente sui possibili effetti e sulle possibili complicazioni dell'operazione, segnatamente riguardo al carattere controverso nella letteratura scientifica del trattamento dell'endoleak tipo II, sulla complessità, sulla difficoltà e sul carattere "nuovo" dell'intervento proposto con la citata sostanza embolizzante e quindi sulla scarsa esperienza generale maturata in questo campo, sulla scarsa esperienza personale del medico per questo specifico intervento, sui dolori che il paziente avrebbe potuto avvertire, sull'usuale associazione all'intervento di fenomeni ischemici transitori e, infine, sul rischio di embolizzazioni indirette, non volute e imprevedibili contestuali all'intervento. Il medico avrebbe inoltre proseguito l'intervento nonostante i forti dolori manifestati dal paziente e il fatto ch'egli abbia lasciato intendere di non volerlo continuare.
Il PP ha inoltre ritenuto il medico autore colpevole di lesioni colpose gravi per avere, per negligenza, impiegato un mezzo embolizzante (ethibloc) non abbastanza sperimentato per il menzionato trattamento, per avere proceduto a una cateterizzazione non abbastanza superselettiva dei soli rami che contribuivano alla formazione dell'endoleak, determinando quindi un'embolizzazione diffusa dei rami periferici delle arterie lombari, e per aver proseguito nell'operazione anche dopo che il paziente, terminata la procedura di embolizzazione della parte sinistra, aveva manifestato forti dolori, nonché per non avere considerato, per imprevidenza colpevole, la possibilità di un'ischemia nervosa, provocando al paziente una lesione del plesso lombare di natura ischemica con relativa paresi. Egli ne ha proposto la condanna a 20 giorni di detenzione sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, al pagamento di una multa di fr. 3'000.-- e delle spese giudiziarie, compresi i costi della perizia, di fr. 22'500.--. Contro il decreto d'accusa A._ ha sollevato opposizione.
C. Dinanzi alla Pretura penale, autorità alla quale l'opposizione era stata trasmessa per competenza, il PP ha integrato l'atto di accusa con l'aggiunta, all'accusa di lesioni semplici, di una subordinata di lesioni semplici colpose, in relazione all'ottenimento del consenso del paziente, mentre l'accusa di lesioni colpose gravi è stata precisata nel senso che la cateterizzazione non fu abbastanza superselettiva dei soli rami che contribuivano alla formazione dell'endoleak e/o preparando in modo inadeguato il mezzo embolizzante (troppo liquido/troppo fluido) e/o attuando una pressione troppo elevata nell'iniettarlo. Sempre durante il dibattimento, il PP ha poi proposto la condanna del medico, oltre al pagamento della multa, a una pena pecuniaria di 20 aliquote sospese condizionalmente per due anni.
D. Il giudice della Pretura penale, con sentenza del 15 marzo 2007, ha prosciolto l'accusato da ogni capo di imputazione e ha respinto le pretese di risarcimento avanzate dalla parte civile, ponendo le tasse e le spese a carico dello Stato.
E. Contro questo giudizio sia il PP sia B._ sono insorti dinanzi alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP). Il PP riproponeva, in via principale, le predette richieste e, subordinatamente, il rinvio degli atti a un altro giudice per un nuovo giudizio di merito. La parte civile chiedeva inoltre la condanna alla rifusione delle ripetibili di prima istanza e al pagamento delle tasse e spese di giustizia.
F. Con sentenza del 24 giugno 2008, la CCRP ha respinto, in quanto ammissibili, entrambi i ricorsi, dichiarando gran parte delle censure proposte irricevibili per carenza di motivazione.
G. Il PP impugna questa decisione al Tribunale federale con un ricorso in materia penale del 4 agosto 2008. Rilevato che il termine di prescrizione di 7 1⁄2 anni secondo il diritto previgente scadrebbe il 6 ottobre 2008, egli chiede, in via principale, di annullare la sentenza impugnata e di riconoscere il medico autore colpevole di lesioni semplici, eventualmente di lesioni colpose semplici e di lesioni colpose gravi, in sostanza nella formulazione adottata in sede di dibattimento davanti alla Pretura penale, e, in via subordinata, di trasmettere gli atti alla CCRP per nuovo giudizio.
Con lettera del 6 agosto 2008 B._, richiamando la giurisprudenza (<ref-ruling>; sentenza 6B_697/2007 del 30 novembre 2007), rileva di non ricorrere per carenza di legittimazione, le sue pretese di risarcimento essendo oggetto della responsabilità primaria dell'Ente Ospedaliero Cantonale.
A._ propone, in via principale, di dichiarare inammissibile il ricorso per carenza di motivazione e, in via subordinata, di respingerlo in quanto ammissibile. Egli accenna pure alla parallela causa civile promossa dal paziente contro l'Ente Ospedaliero Cantonale, con la quale sarebbe stata formulata una richiesta per danni e torto morale di fr. 3'814'343.--.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Il ricorso, tempestivo e diretto contro una decisione finale (art. 100 cpv. 1 e 90 LTF) resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 80 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile.
1.3 La legittimazione del ricorrente è pacifica. Il Tribunale federale ha infatti stabilito che l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 3 LTF non limita il diritto del pubblico ministero a interporre ricorso in materia penale e ch'esso può far valere tutti i motivi di ricorso previsti dagli art. 95-98 LTF, segnatamente il divieto dell'arbitrio e, in particolare, l'asserita valutazione arbitraria delle prove e l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti, critiche sulle quali è incentrato il ricorso in esame (<ref-ruling> consid. 1.4.1-1.4.5).
1.4 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia penale al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto. Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 2.2). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Trattandosi infatti di garanzie di rango costituzionale, il Tribunale federale esamina le relative censure soltanto se siano motivate in modo chiaro e preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2). In questa misura, argomentazioni vaghe o meramente appellatorie e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
L'atto di ricorso adempie solo in parte queste esigenze di motivazione: in larga misura esso si limita in effetti a criticare in maniera appellatoria e generica la decisione impugnata, richiamando semplicemente determinate dichiarazioni di parti, testi o periti, senza confrontarsi tuttavia con la dettagliata valutazione globale delle prove operata dal primo giudice e avallata dalla Corte cantonale.
2. 2.1 Il PP contesta in primo luogo le modalità di verbalizzazione delle dichiarazioni rese dalle parti al dibattimento, in particolare la mancata verbalizzazione di determinate affermazioni, poi nondimeno riprese nelle motivazioni del giudizio di prima istanza. Quest'ultimo si fonderebbe quindi anche su deposizioni fatte al dibattimento da testi o periti, che hanno aggiunto o parzialmente modificato proprie precedenti dichiarazioni, senza che le stesse siano state verbalizzate. Altre loro dichiarazioni, che completavano o contestualizzavano il loro pensiero, non sarebbero state per contro riferite nella sentenza. Il PP indica poi alcune dichiarazioni riportate nella decisione di primo grado, ma non verbalizzate.
2.1.1 Al riguardo, la CCRP, ammesso che sarebbe stato più indicato se il primo giudice avesse riportato in sentenza solo le dichiarazioni effettivamente verbalizzate, ha ritenuto che si è in presenza di due questioni distinte: quella della mancata verbalizzazione di deposizioni che interessavano il ricorrente da una parte e quella dell'uso nella sentenza di dichiarazioni fatte al dibattimento, ma non verbalizzate, dall'altra. Riguardo al primo quesito, la Corte cantonale ha stabilito che il PP poteva solo rimproverare sé stesso, visto che nulla gli impediva di esigere la verbalizzazione delle dichiarazioni da esso ritenute utili ai fini del giudizio, conformemente a quanto previsto dall'art. 255 cpv. 3 lett. b (recte: c) CPP/TI nella misura della sua applicabilità giusta il rinvio di cui all'art. 273 CPP/TI. Non avendo reagito al dibattimento, ha proseguito la CCRP, il PP non potrebbe supplire alla sua passività lamentando dinanzi ad essa l'operato del primo giudice in tale ambito: il ricorso per cassazione è infatti ammesso per vizi essenziali di procedura, purché il ricorrente abbia eccepito l'irregolarità non appena possibile (art. 288 b CPP/TI).
2.1.2 Secondo l'art. 255 CPP/TI, il verbale del dibattimento deve indicare, tra l'altro, sommariamente lo svolgimento del dibattimento, nonché l'osservanza di tutte le formalità essenziali: deve pure menzionare tutti gli atti scritti dei quali è stata data lettura, le istanze e conclusioni, le decisioni pronunciate e il dispositivo della sentenza; a richiesta di una parte, la verbalizzazione di quanto precede può avvenire dettagliatamente (cpv. 2). Nel verbale sono riportate inoltre le risposte dell'accusato, le deposizioni dei periti e dei testimoni, se queste persone sono interrogate per la prima volta al dibattimento, o modificano al dibattimento quanto hanno dichiarato in istruttoria (cpv. 3 lett. b), o d'ufficio o su richiesta delle parti (cpv. 3 lett. c). Per i dibattimenti celebrati davanti alla Pretura penale l'art. 275 CPP/TI prevede per la redazione del verbale formalità minori. Questa regolamentazione non impedisce ovviamente una verbalizzazione che si riferisca alla norma valida per i processi davanti ad una Corte del Tribunale penale cantonale, ritenuto che il verbale del dibattimento deve comunque assolvere i requisiti imposti dal rispetto del diritto di essere sentiti (art. 29 cpv. 2 Cost.) e dall'art. 6 n. 1 CEDU (cfr. <ref-ruling>; sentenza 6B_84/2008 del 27 giugno 2008, consid. 1).
2.1.3 Il ricorrente si limita a sostenere che non si sarebbe in presenza di due problemi distinti, poiché il modo di procedere del primo giudice l'avrebbe (involontariamente) tratto in inganno: non avendo questi proceduto alla verbalizzazione di passaggi da lui ritenuti rilevanti, egli non avrebbe chiesto di verbalizzare quelle deposizioni. Il PPP aggiunge che, contrariamente a quanto stabilito dalla CCRP, nel gravame avrebbe indicato i contestati passaggi, sostenendo che con le asserite omesse indicazioni sulla complessità dell'intervento, sulla possibile insorgenza di fenomeni ischemici transitori e sui dolori, egli "intendeva segnalare" la carente informazione del paziente.
Con questi semplici assunti, il ricorrente, sperimentato nell'ambito della procedura penale, non dimostra l'arbitrarietà del giudizio impugnato: anziché fondarsi su supposizioni circa i fatti che sarebbero stati ritenuti rilevanti dal giudice, nulla gli impediva infatti di esigere la verbalizzazione delle dichiarazioni ch'egli riteneva atte a sostenere la tesi accusatoria. Egli, fondandosi anche sul diritto di essere sentito, aveva il diritto di esigere che le dichiarazioni di testimoni, importanti per l'esito del processo e rilasciate nel corso del dibattimento, figurassero in un verbale: eventuali carenze dovevano tuttavia essere contestate già durante il dibattimento, visto che, in caso contrario, si può ammettere una rinuncia al predetto diritto (<ref-ruling> consid. 2a/aa; sentenza 1P.584/1993 del 20 aprile 1994 consid. 5). D'altra parte, il ricorrente non dimostra, tranne che per il generico accenno a una lesione del diritto di essere sentito, perché le censurate carenze violerebbero il diritto cantonale o costituzionale, rilevato che, come ritenuto dalla CCRP, egli non pretende che il verbale contenga inesattezze o citazioni non conformi alla realtà e che, per di più, egli aveva peraltro contestato soltanto "prudenzialmente" le mancate verbalizzazioni.
3. 3.1 Il PP sostiene che i fatti sarebbero stati accertati in maniera arbitraria, in particolare, come ancora si vedrà, circa le asserite carenti informazioni fornite al paziente e al suo consenso, assunto sul quale è imperniato il ricorso. Egli insiste sulla circostanza che il paziente, definito "più ansioso degli altri, molto preoccupato per la sua salute" dal primo giudice, sarebbe stato estremamente esigente, ben oltre un paziente medio: già in passato egli si era infatti rivolto all'estero per trovare uno specialista che gli desse sufficiente fiducia per un'operazione. Il PP rileva che l'intervento litigioso è stato preceduto da tre incontri con il dott. A._ tendenti a chiarire tutti gli aspetti inerenti all'operazione: il paziente aveva anche chiesto il consiglio e l'assistenza di due altri medici, suoi amici, il dott. C._ e la dott.ssa D._, che l'anno assistito sia nella fase preparatoria e di informazione sia durante l'esecuzione dell'intervento, attivandosi per raccogliere tutte le informazioni pertinenti per prendere una decisione informata. L'opponente, adduce il PP, avrebbe pertanto dovuto informarlo dettagliatamente, tenendo conto dei suoi bisogni individuali. La CCRP, ritenute generiche queste critiche, le ha dichiarate inammissibili.
3.1.1 Secondo la giurisprudenza, ove l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso inammissibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, il ricorrente deve addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali e si sarebbe quindi a torto rifiutata di procedere all'esame di merito (<ref-ruling> consid. 2b, 134 consid. 2; sentenza 6B_489/2007 del 26 novembre 2007 consid. 2.2). Se il ricorrente, come nella fattispecie, non lo dimostra, ma ripropone le argomentazioni di merito addotte davanti all'ultima istanza cantonale, la critica è inammissibile.
3.1.2 La censura sarebbe d'altra parte infondata. Infatti la CCRP ha accertato che il paziente era esigente e ansioso: ha tuttavia concluso, contrariamente all'assunto ricorsuale, che proprio la sua insistenza a volere legittimamente conoscere nel dettaglio le informazioni richieste porterebbe semmai a concludere che le stesse gli siano state effettivamente e compiutamente fornite. Del resto, il medico ha dedicato in totale circa tre ore per informare il paziente e i due professionisti che lo accompagnavano, quindi un lasso di tempo largamente superiore a quello usualmente dedicato ai colloqui precedenti le operazioni. Queste constatazioni non sono criticate dal ricorrente e sono quindi vincolanti. Da esse risulta d'altra parte che il medico ha considerato sia la situazione personale e concreta sia i timori del paziente (<ref-ruling> consid. 4.1.3 in fine pag. 130). In seguito, la Corte cantonale si è poi nuovamente pronunciata su tali aspetti. Ora, quando la decisione impugnata, come nella fattispecie, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>). La censura, peraltro di natura meramente appellatoria, è quindi inammissibile anche per questo motivo.
3.2 Il ricorrente fa valere un accertamento arbitrario dei fatti anche in relazione al carattere controverso e dibattuto, nella letteratura scientifica, del trattamento di un endoleak tipo II. Adduce che la questione litigiosa non sarebbe stata quella di sapere se, come ritenuto dal primo giudice, l'intervento litigioso risultava comunque indicato dal profilo medico, ciò che non è criticato, ma bensì di non avere segnalato al paziente che si trattava di un intervento ancora "controverso e dibattuto" nella dottrina, nel senso che non vi era comunque una soluzione ottimale a tale trattamento e che la scelta della migliore opzione dipendeva da un complesso di fattori.
3.2.1 La critica, peraltro meramente appellatoria, non regge. La CCRP ha infatti ritenuto che dagli accertamenti operati dal primo giudice sulla base delle perizie, si evince che l'embolizzazione era idonea per curare la patologia del paziente e che la tecnica dell'embolizzazione è quella preferita in Svizzera: non risulta inoltre che la tecnica proposta era ancora controversa e dibattuta o perlomeno che non fosse a uno stato di sufficiente conoscenza medica. La Corte ha aggiunto che, secondo i periti incaricati della relazione tecnica medico-legale, la criticata scelta terapeutica era "condivisibile ed idonea": essi semmai non hanno condiviso la procedura impiegata dal medico e l'utilizzo del materiale embolizzante ehtibloc, senza accennare tuttavia al carattere controverso del metodo. La critica è poi stata ulterioremente trattata dalla CCRP, la quale ha aggiunto che la domanda da porsi era eventualmente quella di sapere se il paziente sia stato compiutamente informato dei relativi rischi, accertando, sulla base delle dichiarazioni espresse dai medici di fiducia del paziente, che "ciò sembra sia stato".
3.2.2 Limitandosi ad accennare al fatto che il perito della parte civile giudicava "controverso" l'intervento litigioso e a rilevare semplicemente che i periti della difesa hanno dichiarato che tutti i sistemi di trattamento di endoleak tipo II sono discussi e applicati in Svizzera, in Europa e in America e che, dopo sei anni dalla prima descrizione di una siffatta embolizzazione, non esiste ancora la soluzione ottimale per risolvere questo problema, il PP non dimostra l'insostenibilità e quindi l'arbitrarietà del criticato accertamento. Non lo dimostra neppure il semplice richiamo all'ulteriore accertamento dei periti della difesa, secondo cui "Die Indikation für den Eingriff ist nach heutiger Ansicht der meisten Spezialisten im Gebiet gegeben" e la conclusione ricorsuale secondo cui si tratterrebbe di una terapia nuova e dibattuta, su cui non tutti gli specialisti si trovano d'accordo. D'altra parte, il medico imputato aveva riferito al dott. C._ che vi erano tre modalità diverse di intervento e quindi opinioni differenti sullo stesso. Nulla impediva pertanto sia al paziente sia ai suoi medici di fiducia, qualora l'avessero ritenuto necessario, di porre precise ulteriori domande complementari all'opponente, la cui disponibilità al riguardo è già stata rilevata.
3.3 A comprova di un ulteriore asserito accertamento arbitrario dei fatti, il PP adduce che non si sarebbe trattato di un intervento semplice e facile, come ritenuto dalla CCRP, bensì di un intervento mediamente complesso: circostanza di cui il paziente non sarebbe stato consapevole. Anche questa censura, appellatoria, è inammissibile, visto che il ricorrente, limitandosi a indicare determinati passaggi di alcune audizioni che sosterrebbero il suo punto di vista, non si confronta con la loro valutazione complessiva operata dalle istanze cantonali, né con i diversi argomenti esposti nella sentenza impugnata. Ciò vale in particolare riguardo alle differenze tra le deposizioni rese nell'ambito dell'istruttoria, dalle quali secondo la CCRP emerge che il paziente riteneva che l'intervento fosse facile, e quelle rese durante il dibattimento, delle quali il ricorrente non critica l'inesattezza, secondo cui ai medici di fiducia e al paziente era noto che l'intervento "non fosse facile, ma mediamente difficile", come ha concluso il primo giudice. La CCRP rileva d'altra parte che il PP non ha contestato che l'intervento avesse una connotazione innovativa.
3.4 Anche l'accenno di critica alla contestata urgenza dell'intervento è manifestamente irricevibile per carenza di motivazione. La stessa conclusione vale pure per l'asserita carente informazione sull'associazione all'intervento di fenomeni ischemici transitori.
3.5 Il ricorrente fa poi valere che il medico avrebbe avuto un'esperienza limitata nel trattamento dell'endoleak tipo II, avendone eseguiti tre in Inghilterra, sotto supervisione di un medico superiore, utilizzando spirali metalliche in due casi e un collante (ma non ethibloc) nell'altro, oltre un intervento, sempre sotto supervisione, non completato a Basilea. Egli sostiene che il primo giudice avrebbe ritenuto a torto, come frutto di una "incomprensione" ininfluente sulla correttezza complessiva di quanto riferito al paziente, il fatto che la dott.ssa D._ avesse capito che il medico aveva già eseguito 18 interventi uguali, mentre quest'ultimo parlava di embolizzazione come "concetto tecnico generale". Il primo giudice ha ritenuto che fosse evidente, per "tutti", che l'intervento fosse "nuovo" e che pertanto il medico operante aveva poca esperienza pratica.
3.5.1 Ora, oltre ai citati passaggi invocati dal ricorrente, concernenti soltanto dichiarazioni dei suoi medici di fiducia, dagli atti di causa risulta, come ritenuto dalle istanze cantonali, la professionalità del medico e la sua esperienza pregressa in ambito di embolizzazioni: il medico avrebbe infatti effettuato, oltre alle operazioni appena descritte, un centinaio di embolizzazioni superselettive, con tecnica simile e difficoltà paragonabili a quella su endoleak di tipo II in almeno una ventina di casi. La sua esperienza è stata compiutamente illustrata nella sentenza di primo grado, la quale conclude, valutando globalmente numerose dichiarazioni di medici e ospedali dettagliatamente esposte e con le quali il ricorrente non si confronta, che ben difficilmente si poteva vantare maggiore maturità pratica di quella dell'opponente per effettuare un intervento su un endoleak di tipo II. Anche in quest'ambito le critiche ricorsuali, appellatorie e fondate soltanto su una testimonianza e non su una valutazione globale delle prove, non dimostrano alcun arbitrio nell'accertamento dei fatti.
3.5.2 La CCRP ha del resto sottolineato che decisiva è la questione di sapere cosa abbia compreso il paziente riguardo al numero di interventi di questo tipo, non tanto quanto fosse competente il medico; circostanza quest'ultima peraltro non contestata, secondo la Corte cantonale, dal PP. Certo, la Corte cantonale ha rilevato che per il giudice di primo grado l'esperienza del medico era manifesta, ritenendo che per il paziente l'uso di un embolizzante valeva l'altro, mentre che per lo stesso decisiva era la sua esperienza specifica su endoleak tipo II con l'ehtibloc: la CCRP ne ha concluso che questa diversa aspettativa fu frutto di una "incompresione". Ha quindi stabilito che il giudizio finale del primo giudice nel non ravvedere disinformazione sull'esperienza del medico è sostenibile, anche se potrebbe sorgere qualche dubbio circa la corretta informazione sul numero di interventi d'embolizzazione effettuati con l'ehtibloc e che egli ha comunque spiegato perché fosse più credibile la versione del medico. Il ricorrente, limitandosi ad addurre alcuni stralci di deposizioni, non si esprime sulla valutazione globale delle prove compiuta dal primo giudice, avallata poi dalla Corte cantonale.
3.6 Il PP accenna poi all'asserita arbitrarietà dell'accertamento sulla manifestazione di dolore da parte del paziente e sulla presenza di dolori già molto forti durante la prima parte dell'intervento, per sostenere che le conclusioni del primo giudice e della CCRP, secondo cui in definitiva vi sia una differenza tra la prima e la seconda parte dell'intervento, sarebbe arbitraria. Pure questo rilievo non dimostra che la fattispecie sarebbe stata accertata in maniera insostenibile e quindi arbitraria.
3.7 Secondo il ricorrente, anche l'informazione circa il rischio di embolizzazioni non volute e imprevedibili di arterie e rami periferici sarebbe stata insufficiente. Sarebbe inoltre arbitrario sostenere che detto rischio non fosse conosciuto all'epoca e non potesse pertanto essere comunicato al paziente. Al riguardo, la CCRP ha ritenuto che il ricorrente non aveva spiegato l'arbitrio della soluzione ritenuta dal primo giudice sulla base delle perizie giudiziarie. L'accenno di critica è pertanto inammissibile e non dimostra comunque l'arbitrarietà dei contestati accertamenti fattuali.
4. 4.1 Il ricorrente ripropone di seguito sostanzialmente le stesse censure, adducendo ch'esse sarebbero lesive anche del diritto federale. Al proposito, egli insiste in particolare sull'asserita carenza di una corretta informazione del paziente, sull'assenza di un suo consenso debitamente informato o ipotetico, sull'asserito ritiro del consenso e sul suo mancato ripristino durante l'intervento. Riguardo all'obbligo di informazione, il ricorrente insiste sui bisogni individuali del singolo paziente e sulle risposte alle sue attese individuali e specifiche, sostenendo che dati più esaustivi devono essere forniti laddove sono richiesti dal cliente. Al suo dire, occorrerebbe considerare che persone, come B._, prudenti o timorose, nell'elaborazione del consenso terrebbero in considerazione anche eventi rischiosi con limitate possibilità di realizzazione.
4.2 L'esigenza del consenso del paziente debitamente informato, quale fattore giustificante un danno all'integrità corporale rappresentato da un intervento medico, è un principio giurisprudenziale derivante dal diritto alla libertà personale e all'integrità fisica (<ref-ruling> consid. 4.1 e rinvii; <ref-ruling> consid. 2 e 3). Al medico spetta quindi, eccetto segnatamente in casi di necessità, l'obbligo di informare in maniera chiara e completa il paziente, in particolare sulla diagnosi, la terapia, la prognosi, le alternative al trattamento proposto, i rischi dell'operazione, le probabilità di successo e le questioni finanziarie che ne derivano, affinché il paziente possa fornire il suo consenso con cognizione di causa (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4 e 6; sentenza 6B_640/2007 dell'11 febbraio 2008 consid. 3.1; cfr. <ref-ruling> consid. 4.1.1-4.1.3 circa la responsabilità civile del medico che effettua un'operazione senza informare il paziente o non ottenendone il consenso; sull'obbligo di informazione del medico e sul consenso informato del paziente vedi CLAUDIA FINK, Aufklärungspflicht von Medizinalpersonen, 2008, pag. 133 segg. e 249 segg.; WALTER FELLMANN, Arzt und das Rechtsverhältnis zum Patienten, e BRIGITTE TAG, Strafrecht im Arztalltag, entrambi in Arztrecht in der Praxis, 2a ed. 2007, pag. 167 segg. e 207 segg., rispettivamente pag. 694 segg. e 705 segg.; PASCAL PAYLLIER, Rechtsprobleme der ärztlichen Aufklärung, 1999, pag. 212 segg.; ANTOINE ROGGO, Aufklärung des Patienten, 2002, pag. 189 segg., lo stesso, Roadmap Aufklärung von Patienten e MONIKA GATTIKER, Die Verletzung der Aufklärungspflicht und ihre Folgen, entrambi in Die Haftung des Arztes und des Spitals, 2003, pag. 73 segg. rispettivamente pag. 111 segg.; HANS-PETER KUHN, Devoir du médecin d'information en matière de risques - un plaidoyer en faveur du respect de la volonté du patient e OLIVIER GUILLOD, Le consentement éclairé: de la théorie à la pratique, ambedue in, Colloque Le consentement éclairé du patient, 1994, pag. 28 segg. rispettivamente pag. 67 segg.).
4.3 Occorre tuttavia sottolineare che nell'ambito di un procedimento penale, a differenza della procedura civile, spetta all'accusa provare una violazione dell'obbligo d'informazione del medico (sentenze 6B_640/2007 dell'11 febbraio 2008 consid. 3.1 e 1P.71/2007 del 12 luglio 2007 consid. 3.3; GUNTHER ARZT, Die Aufklärungspflicht des Arztes aus strafrechtlicher Sicht in, Arzt und Recht, Berner Tage für die juristische Praxis, 1984, pag. 56). Costituisce poi una questione di fatto stabilire quali informazioni sono state fornite dal medico, mentre il quesito di sapere se l'informazione sia sufficiente è una questione di diritto (sentenze appena citate).
4.4 Dalla sentenza di primo grado e dagli atti, risulta che nella fattispecie vi furono colloqui "atipicamente lunghi e ripetuti" con l'opponente, pure in presenza dei dottori di fiducia C._ e D._, che hanno accompagnato il paziente anche in ambulatorio; ciò che del resto ha suscitato la sorpresa dei due tecnici di radiologia presenti. Il giudice di primo grado e la CCRP hanno quindi ritenuto a ragione che il paziente prima dell'intervento era stato adeguatamente ragguagliato, per cui si era in presenza di un consenso informato. La Corte cantonale ha anche stabilito che le informazioni fornite ed accertate in modo non arbitrario dal primo giudice erano, sotto il profilo del diritto, sufficienti per raggiungere un valido consenso del paziente.
4.5 Anche in tale contesto, nel quadro dell'asserita carente informazione del paziente, il ricorrente si limita a ribadire le critiche sul carattere controverso del trattamento dell'endoleak tipo II, sulla complessità dell'intervento, sulla limitata esperienza del medico, sull'associazione all'intervento di fenomeni ischemici transitori, sull'entità dei dolori che avrebbe avvertito e sul rischio di embolizzazioni non volute e imprevedibili. Queste censure, appellatorie e fondate soltanto su determinate dichiarazioni e non su una valutazione globale dei mezzi di prova, sono inammissibili. Neppure su questi punti il ricorrente tenta di dimostrare perché la CCRP avrebbe dichiarato a torto inammissibili, per carenza di motivazione, dette critiche. Per di più, anche in tale ambito, egli si limita ad addurre il proprio punto di vista fondato su singoli passaggi di dichiarazioni, senza confrontarsi con la valutazione globale dei mezzi di prova compiutamente operata dalle istanze cantonali.
Poiché i giudici cantonali hanno legittimamente ritenuto che il paziente era stato informato in maniera sufficiente, l'assunto ricorsuale relativo all'assenza di un consenso implicito o ipotetico (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 4.1.3 pag. 130; <ref-ruling> consid. 5a-c) non dev'essere esaminato oltre.
5. Più delicata è per contro la questione di sapere se, come sostenuto dal ricorrente, durante l'intervento, il paziente in seguito ai dolori avvertiti l'abbia ritirato e semmai ripristinato in seguito; circostanza quest'ultima da lui contestata.
5.1 Al proposito la CCRP ha rilevato che il giudice di primo grado aveva ritenuto che il medico poteva attendersi a un "paziente-tipo", già avvezzo a interventi chirurgici, a riguardo del quale, seppure sapeva fosse ansioso, inizialmente nulla conosceva sulla sua tolleranza al dolore. Il primo giudice ha accertato che il medico avrebbe informato il dott. C._ sul fatto che il paziente avrebbe potuto sentire dolori "al momento dell'introduzione del mezzo embolizzante, anche acuti, che potevano durare qualche minuto". È poi stato constatato, che il paziente ha raggiunto la punta massima dei dolori ("atroci" e "fortissimi") al momento dell'embolizzazione dell'ultima parte, quella destra. Di fronte a tanta manifestazione di dolore, attesa nei momenti corrispondenti alle iniezioni, ma che aveva stupito tutti per la sua intensità, il medico ha sospeso l'intervento e, per prudenza, ha effettuato un controllo angiografico delle arterie delle gambe, che non ha rilevato nulla di anormale. Secondo il giudizio di prima istanza, a questo punto il paziente manifestò, nel modo di cui si dirà, di non voler continuare l'intervento sulla parte destra: rassicurato dai medici di fiducia, egli si convinse nondimeno di lasciarlo portare a termine.
5.2 La CCRP ha stabilito che le critiche mosse a questi accertamenti fattuali erano in gran parte inammissibili per carenza di motivazione. Il ricorrente non dimostra perché questa conclusione sarebbe arbitraria, limitandosi a citare determinati stralci di dichiarazioni delle parti e di un testimone, senza tuttavia confrontarsi, anche in questo ambito, con la valutazione globale delle prove circa l'asserita revoca del consenso, compiutamente effettuata dal primo giudice e avallata dalla CCRP. Certo, occorre dare atto al ricorrente che su questo punto l'accertamento dei fatti non è del tutto chiaro: il PP non dimostra tuttavia ch'essi sarebbero stati accertati in maniera arbitraria e che la valutazione delle prove da parte delle istanze cantonali, pur se discutibile, sia addirittura insostenibile e quindi arbitraria.
5.2.1 Il primo giudice ha precisato che, nel decreto di accusa, il paziente non ha "esplicitato, reso chiaro" il proprio volere di far interrompere l'intervento, ma lo ha solo "lasciato intendere". Egli si è poi chinato sul ruolo svolto dai due medici di fiducia, sempre presenti durante gli atipicamente lunghi e ripetuti colloqui con il medico, fungendo da interpreti dalla lingua tedesca e assicurandosi di persona, ponendo numerose domande nella lingua materna del medico, sulla validità dell'intervento. Essi hanno poi accompagnato il paziente, molto teso, anche in ambulatorio, assistendolo durante tutto l'intervento, posti ognuno a un lato, tenendolo e tranquillizzandolo, ciò che, si ricorda, ha suscitato la sorpresa dei due tecnici di radiologia. I due medici di fiducia erano quindi percepiti dall'opponente come professionisti che hanno rivestito costantemente una parte attiva. Durante il primo interrogatorio, il medico ha rilevato che il paziente, fin dall'inizio dell'intervento, continuava a lamentarsi e a chiedergli quanto sarebbe ancora durato, ch'egli cercava di tranquillizzarlo, sottolineando di avergli ripetutamente offerto la possibilità di smettere quando voleva. Contrariamente all'assunto ricorsuale, il medico non ha quindi tenuto conto di un modello astratto di un "paziente ragionevole", ma, rettamente, della situazione personale e concreta di B._ (<ref-ruling> consid. 4.1.3 in fine pag. 130). I medici di fiducia intervenivano per tranquillizzare il paziente, che per finire diceva di continuare. Il medico ha dichiarato che il paziente "mentre esprimeva la sua paura può aver detto anche che non voleva più continuare, ricredendosi però subito dopo; era un continuo dire e disdire. Gli ho anche offerto la possibilità di smettere prima di effettuare la seconda punzione inguinale."
Il primo giudice, dopo aver accertato che l'intervento era stato sospeso in seguito alle manifestazioni di dolore del paziente per effettuare il citato controllo angiografico, si è chiesto se a questo punto il medico avesse dovuto ritenere ritirato il consenso e cessare quindi l'intervento. Al riguardo il dott. C._ ha dichiarato che il paziente sempre "sveglio e lucido", "chiese esplicitamente di interrompere l'intervento" dicendo, secondo la dott.ssa D._, "che si poteva farlo un'altra volta e che lui non sopportava il dolore". Dal verbale del suo interrogatorio, risulta tuttavia che il dott. C._ è stato più vago, rilevando che il paziente aveva ancora dei dolori e che disse qualcosa del tipo "aspettiamo" o "smettiamo" o "facciamolo un'altra volta".
5.2.2 Il paziente ha dichiarato che, dopo la nota pausa di 5-10 minuti, disse al medico che era meglio continuare e completare l'intervento: "io ero talmente demoralizzato che non riuscii ad oppormi con sufficiente forza e lui continuò". Il dott. C._ ha ricordato che né lui né l'altro medico di fiducia intervennero per far smettere il medico: "anzi abbiamo pronunciato parole rassicuranti, dicendo a B._ che non si poteva interrompere l'intervento a metà e che era meglio portare a termine l'operazione. Detto questo mi pare di poter dire che l'alt espresso dal paziente e debitamente contestualizzato non apparve come la lucida e ferma volontà dello stesso paziente d'interrompere l'operazione tanto è vero che il dott. A._ continuò ad operare e nessuno dei presenti intervenne per sospendere quanto in atto". Il primo giudice ha aggiunto che uno dei tecnici di radiologia ha confermato che a un certo punto il medico aveva offerto la possibilità di interrompere l'intervento, chiedendo agli altri cosa fare: dopo aver discusso in tedesco, hanno continuato l'intervento. Al dire del teste, durante l'intervento i tre medici discutevano molto fra loro in tedesco, anche dell'eventualità di interromperlo: i due medici di fiducia intervennero più volte sul paziente per tranquillizzarlo e invitarlo ad andare avanti. Anche secondo questo teste, i due medici di fiducia svolgevano un ruolo attivo, come percepito pure dall'opponente. In aula, egli ha aggiunto che i due medici dissero di continuare e ha ricordato che, in altre occasioni, il dott. A._ non aveva esitato a interrompere l'intervento, quando il paziente aveva troppo male o vi erano complicazioni.
In siffatte, particolari circostanze, ha ritenuto il primo giudice, in un contesto ove il paziente continuava a lamentarsi ben oltre la media, il medico non aveva motivo di non proseguire. In nessun modo, ha aggiunto, i medici/amici, accortisi che l'opponente non aveva percepito la reale volontà del paziente, gli avevano significato che questa andava rispettata e nessuno dei due ha detto di smettere. La dott.ssa D._ precisa d'aver capito che il paziente aveva dolori atroci quando il medico iniziò a iniettare il liquido otturante dalla parte destra e ormai era troppo tardi per fermare l'intervento, a quel punto quasi terminato.
5.2.3 Il giudice di primo grado ha sottolineato che non si tratta di sussumere il consenso come mediato da terzi: egli ha ritenuto infatti che il consenso era stato dato prima dell'intervento, durante il quale poi il paziente, sempre rimasto lucido, non l'ha ritirato. Ha stabilito, che nemmeno i due medici di fiducia hanno inteso un'effettiva volontà da parte del paziente di interrompere l'intervento, né essi, in quanto medici e quindi cogniti degli obblighi professionali, hanno indicato all'opponente che non avrebbe potuto continuare senza il consenso del paziente. In effetti, sempre secondo il primo giudice, nemmeno i due medici di fiducia, che conoscevano bene il paziente, hanno ritenuto che ciò fosse il caso. Egli ne ha concluso di non vedere perché, in siffatte circostanze, il medico avrebbe dovuto ritenere il contrario. Il ricorrente non si esprime su queste variegate e differenti motivazioni.
5.2.4 Il primo giudice ha inoltre accertato che l'opponente non aveva alcun interesse particolare a proseguire l'intervento litigioso. Al dibattimento egli è apparso come un medico che non fa della carriera professionale un punto d'arrivo a ogni costo e che il prestigio di essere il primo medico a compiere il citato intervento in Ticino, per essere se del caso menzionato su qualche rivista specializzata, non sembra averlo spinto a continuare, visto che altre volte non aveva esitato a non proseguire. D'altra parte, egli ha lasciato il citato ospedale poiché non poteva ridurre dell'80 % la sua attività per occuparsi, come ha fatto in seguito, d'altro. Per di più, andava pure escluso uno stimolo economico a proseguire l'intervento, visto ch'egli era stipendiato e non percepiva bonus sugli interventi effettuati e poteva anche essere ricordata la sua disponibilità per i colloqui precedenti l'operazione molto più lunghi di quelli usualmente dedicati allo scopo.
5.3 Certo, il punto di vista del paziente, condiviso dal PP, è comprensibile: è infatti manifesto ch'egli poteva senz'altro ritirare il consenso precedentemente dato in ogni momento, per lo meno fino a che il medico non avesse iniziato a iniettare il liquido otturante dalla parte destra. Nella fattispecie occorre tuttavia ricordare, che nell'ambito del procedimento penale l'accusato beneficia della presunzione d'innocenza (art. 6 n. 2 CEDU e 32 cpv. 1 Cost.) e che, in virtù del principio in dubio pro reo che ne deriva, come si è visto, spetta in primo luogo all'accusa provare la colpa dell'imputato e non a quest'ultimo dimostrare la propria innocenza. Di conseguenza, compete di massima all'accusa provare la violazione dell'obbligo di informazione del medico o il mancato rispetto di un eventuale ritiro del consenso (sentenza 1P.71/2007 del 12 luglio 2007 consid. 3.3).
5.4 Ora, dagli accertamenti fattuali - vincolanti - risulta che il medico, dopo aver ripetutamente offerto al paziente la possibilità di interrompere l'intervento, non ne ha percepito la sua reale volontà, che nemmeno per il dott. C._ appariva come lucida, ferma e tendente al ritiro del consenso. In effetti, quando il medico, dopo aver discusso con quelli di fiducia, continuò ad operare, né il paziente ha ribadito il suo asserito ritiro del consenso né ha invitato questi ultimi a intervenire in tal senso: al contrario, essi intervennero più volte sul paziente per tranquillizzarlo e invitarlo a continuare l'operazione.
Come precisato dalla CCRP, se essi avessero avuto l'impressione che veramente qualche cosa non andava, avrebbero sconsigliato al paziente di proseguire. Ora, se i due medici di fiducia non hanno percepito la chiara volontà del paziente, del quale conoscevano sia l'ansia sia le paure sia il modo di comportarsi, di ritirare il consenso, non si può rimproverare al medico di non aver ritenuto il contrario, come a ragione stabilito dal primo giudice e dalla CCRP. Nulla impediva infatti ai due medici di fiducia, accortisi che il medico non avrebbe percepito il senso delle dichiarazioni del paziente quale chiara volontà di ritirare il consenso, di indicarglielo chiaramente e di invitarlo quindi a interrompere l'operazione, invito al quale, ricordato anche il suo precedente comportamento in situazioni analoghe, egli avrebbe senz'altro dato seguito. Dagli atti di causa non risulta peraltro ch'essi si sarebbero accertati, discutendone con il paziente, se egli intendesse effettivamente e definitivamente ritirare il consenso, né ch'essi, in caso affermativo, avrebbero comunicato detta volontà al medico operante. Quest'ultimo poteva quindi fare affidamento anche sulla mancata reazione dei due medici di fiducia, confermativa della sua percezione di non essere in presenza di un ritiro del consenso. Nelle descritte circostanze, la soluzione adottata dal primo giudice e confermata dalla CCRP regge. Poiché il consenso non è stato revocato, non occorre esprimersi sul suo ripristino durante l'intervento.
6. Ne segue, che il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere respinto. Non si prelevano spese giudiziarie (art. 66 cpv. 3 LTF; <ref-ruling> consid. 4 inedito). Le spese ripetibili sono poste a carico del Cantone Ticino.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie. Lo Stato della Repubblica e Cantone del Ticino rifonderà all'opponente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione al ricorrente, ai patrocinatori delle parti e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.