Sachverhalt:
A. X._ wurde am 23. November 2008 wegen dringenden Tatverdachts der Brandstiftung und Fortsetzungsgefahr verhaftet. Er befindet sich seither in Untersuchungshaft. Nach der Anklageschrift der Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft vom 24. März 2009 wird ihm mehrfache (teilweise versuchte) Brandstiftung, Widerhandlung gegen das Waffengesetz sowie mehrfache Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz vorgeworfen.
Am 7. April 2009 ersuchte X._ um Entlassung aus der Untersuchungshaft, eventuell unter Anordnung geeigneter Ersatzmassnahmen. Er machte geltend, die Fortsetzungsgefahr sei weggefallen, weil die Gefahr eines Rückfalls nach dem über ihn erstellten Gutachten vom 11. Februar 2009 als gering eingestuft werden müsse.
Der Präsident des Strafgerichts Basel-Landschaft wies das Haftentlassungsgesuch mit Verfügung vom 17. April 2009 ab, weil der dringende Tatverdacht und die Fortsetzungsgefahr fortbestünden. Er bestätigte die Verlängerung der Untersuchungshaft (nunmehr Sicherheitshaft) vorläufig bis zur Durchführung der gerichtlichen Hauptverhandlung, längstens bis zum 24. September 2009.
B. Mit Beschwerde vom 19. Mai 2009 beantragt X._, die Verfügung des Präsidenten des Strafgerichts sei aufzuheben und er sei aus der Haft zu entlassen. Eventuell sei er unter Anordnung geeigneter Ersatzmassnahmen aus der Haft zu entlassen. Er rügt in mehrfacher Hinsicht die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) und des Verhältnismässigkeitsprinzips sowie willkürliche Beweiswürdigung.
C. Die Staatsanwaltschaft und das Strafgerichtspräsidium beantragen die Abweisung der Beschwerde. Aus der ausführlichen Vernehmlassung des Präsidenten des Strafgerichts geht hervor, dass er mit Verfügung vom 12. Mai 2009 einem Antrag des Beschwerdeführers um Verlegung in eine geeignete Massnahmenanstalt entsprochen hat.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Ein kantonales Rechtsmittel gegen den angefochtenen Entscheid steht nicht zur Verfügung. Die Beschwerde ist nach Art. 80 i.V.m. <ref-law> zulässig. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Er ist nach <ref-law> zur Beschwerde berechtigt. Das Bundesgericht kann nach <ref-law> bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Deshalb ist der Antrag auf Haftentlassung zulässig (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 272 f. mit Hinweisen). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Nach <ref-law> darf die Freiheit einer Person nur in den vom Gesetz selbst vorgesehenen Fällen entzogen werden. Die Präventivhaft bildet einen schwerwiegenden Eingriff in das verfassungsmässige Recht auf persönliche Freiheit im Sinne von <ref-law>. Sie bedarf nicht nur einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage, sondern sie muss auch im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (<ref-law>). Nach der Praxis des Bundesgerichts kann die Anordnung von Haft wegen Fortsetzungsgefahr dem strafprozessualen Ziel der Beschleunigung dienen, indem verhindert wird, dass sich das Verfahren durch immer neue Delikte kompliziert und in die Länge zieht. In Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK wird die Notwendigkeit, Angeschuldigte an der Begehung strafbarer Handlungen zu hindern, ausdrücklich als Haftgrund anerkannt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 72 mit Hinweis).
2.2 Die Anordnung oder Verlängerung einer Untersuchungshaft ist gemäss § 77 der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Landschaft vom 3. Juni 1999 (StPO/BL; SGS 251) nur zulässig, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ausserdem ein besonderer Haftgrund vorliegt. Der besondere Haftgrund der Fortsetzungsgefahr ist erfüllt, wenn aufgrund konkreter Indizien ernsthaft zu befürchten ist, der Beschuldigte werde die Freiheit zur Fortsetzung der deliktischen Tätigkeit benützen, sofern diese "eine erhebliche Gefahr für Leib, Leben, Freiheit oder Eigentum anderer Personen" darstellt (<ref-law>/BL). Der Beschwerdeführer bestreitet den dringenden Tatverdacht nicht, stellt aber das Vorliegen eines besonderen Haftgrunds in Abrede.
2.3 Bei der Annahme, dass der Angeschuldigte weitere Verbrechen oder erhebliche Vergehen begehen könnte, ist Zurückhaltung geboten. Die Aufrechterhaltung von strafprozessualer Haft wegen Fortsetzungsgefahr ist verhältnismässig, wenn einerseits die Rückfallprognose sehr ungünstig und anderseits die zu befürchtenden Delikte von schwerer Natur sind. Die rein hypothetische Möglichkeit der Verübung weiterer Delikte sowie die Wahrscheinlichkeit, dass nur geringfügige Straftaten verübt werden, reichen dagegen nicht aus, um eine Präventivhaft zu begründen. Schliesslich gilt auch bei der Präventivhaft - wie bei den übrigen Haftarten - dass sie nur als "ultima ratio" angeordnet oder aufrecht erhalten werden darf. Wo sie durch mildere Massnahmen ersetzt werden kann, muss von der Anordnung oder Fortdauer der Haft abgesehen und an ihrer Stelle eine dieser Ersatzmassnahmen verfügt werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 73 mit zahlreichen Hinweisen).
2.4 Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 und Art. 31 BV) wegen der Ablehnung eines Haftentlassungsgesuchs erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs die Auslegung und Anwendung des kantonalen Prozessrechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 73 f. mit Hinweis).
3. Dem grundsätzlich geständigen Beschwerdeführer wird im Wesentlichen vorgeworfen, 20 Brände (meist Personenfahrzeuge, 1 Fahrradunterstand, 1 Gartenhäuschen) gelegt und dabei Sachschäden von insgesamt rund Fr. 400'000.-- angerichtet zu haben. Im psychiatrischen Gutachten vom 11. Februar 2009 wird eine Rückfallgefahr bejaht, wobei Straftaten nach Art und Umfang wie bisher mit mässig hoher Wahrscheinlichkeit zu erwarten seien. Bei einer strikten Alkoholabstinenz und einer generellen Abstinenz von psychotropen Substanzen sei die Rückfallgefahr als eher gering einzuschätzen, sofern weitergehende Therapiemassnahmen begleitend erfolgreich durchgeführt werden. In einer schriftlichen Stellungnahme vom 23. März 2009 zu weiteren Fragen des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft präzisierte der Gutachter, von einer ambulanten Therapie und einer ambulanten suchtspezifischen Behandlung sei keine weitere Verminderung des Rückfallrisikos zu erwarten. Nur eine Behandlung im stationären Rahmen sei hinsichtlich der Reduktion des Rückfallrisikos erfolgversprechend. Im Rahmen der Prüfung des Haftentlassungsgesuchs vom 7. April 2009 fragte das Strafgericht den Gutachter am 16. April 2009 telefonisch an, wie der Begriff des "mässig hohen" Rückfallrisikos im Gutachten vom 11. Februar 2009 zu verstehen sei. Aus der zu diesem Telefonat vom 16. April 2009 erstellten Aktennotiz ergibt sich, dass damit ein Risiko, das zwischen mittel und hoch liege, gemeint sei. Es liege nach Auffassung des Gutachters daher eine ungünstige Rückfallprognose vor und die zu befürchtenden Delikte seien von schwerer Natur. Zudem falle ins Gewicht, dass der Beschuldigte bereits bei laufender, tagesklinischer Therapie delinquiert habe. Eine ambulante Therapie gewähre noch weniger Betreuung, was als Massnahme nicht ausreiche. Zum jetzigen Zeitpunkt erscheine nur eine stationäre Massnahme für junge Erwachsene geeignet.
3.1 Der Beschwerdeführer kritisiert, dass das Strafgericht ihm die Aktennotiz über das Telefonat mit dem Gutachter vom 16. April 2009 erst mit dem angefochtenen Entscheid vom 17. April 2009 zur Kenntnis gebracht habe. Sein Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) sei verletzt worden, weil ihm nicht vor Erlass des angefochtenen Entscheids die Möglichkeit zu einer Stellungnahme zu dieser telefonischen Auskunft eingeräumt worden sei.
3.2 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung einer Person eingreift. Dazu gehört insbesondere deren Recht, sich vor Erlass des in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277; <ref-ruling> E. 3.1 S. 370 mit Hinweisen).
Zu den in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK enthaltenen Ansprüchen einer Partei, gehört auch, sich zu neuen Beweismitteln äussern zu können, bevor der Entscheid ergeht. Die Gerichte dürfen einer Partei das Äusserungsrecht zu eingegangenen Stellungnahmen bzw. Vernehmlassungen der übrigen Verfahrensparteien, unteren Instanzen und weiteren Stellen nicht abschneiden. Die Partei ist vom Gericht nicht nur über den Eingang dieser Eingaben zu orientieren; sie muss ausserdem die Möglichkeit zur Replik haben (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 47 mit Hinweisen auf die Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte). <ref-law> gebietet, dass die Gerichte diesen Grundsatz auch ausserhalb von Art. 6 Ziff. 1 EMRK beachten. In diesem Sinne kommt <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK im Hinblick auf das Replikrecht in gerichtlichen Verfahren dieselbe Tragweite zu (<ref-ruling> E. 2.1 S. 99; vgl. <ref-ruling> E. 4.6 S. 104). Diese Grundsätze gelten auch für Erkundigungen, welche die Gerichte von Amtes wegen einholen, wobei im vorliegenden Verfahren mangels entsprechender Rüge (<ref-law>) offen bleiben kann, inwieweit telefonische Auskünfte eines Gutachters im gerichtlichen Verfahren als Beweismittel zulässig sind.
3.3 Die in der Aktennotiz des Strafgerichts wiedergegebenen Äusserungen des Gutachters betreffen die für die Beurteilung des besonderen Haftgrunds der Fortsetzungsgefahr wesentliche Frage des Risikos eines möglichen Rückfalls des Beschwerdeführers nach Entlassung aus der Haft. Das Strafgericht stützt sich im angefochtenen Entscheid ausdrücklich auf die telefonischen Erläuterungen des Gutachters, ohne dass der Beschwerdeführer dazu vorgängig hätte Stellung nehmen können. Darin liegt eine offensichtliche Verletzung des Anspruchs des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör. Dieser Anspruch ist - entgegen der Ansicht des Strafgerichtspräsidenten in seiner Vernehmlassung - auch dann zu gewährleisten, wenn das Gericht die Beweise frei würdigt. Es handelt sich bei der vorliegenden Gehörsverletzung um einen schweren Verfahrensfehler, der im bundesgerichtlichen Verfahren nicht geheilt werden kann (zur Heilung von Gehörsverletzungen vgl. GEROLD STEINMANN, Die schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, 2. Auflage 2008, <ref-law> Rz. 32 f.). Es ist Sache des zur Haftprüfung zuständigen Strafgerichtspräsidiums, die Beweiswürdigung nach Anhörung der Betroffenen vorzunehmen und dabei auch die Argumente, welche gegen die Erörterungen des Gutachters vorgebracht werden, in die Beurteilung miteinzubeziehen.
3.4 Es ergibt sich, dass die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben ist. Dem Antrag des Beschwerdeführers auf Haftentlassung kann indessen zurzeit nicht entsprochen werden. Das Strafgerichtspräsidium wird zunächst den besonderen Haftgrund der Fortsetzungsgefahr unter ordnungsgemässer Wahrung des rechtlichen Gehörs zu beurteilen haben. Dabei wird zu beachten sein, dass über die Rechtmässigkeit des Freiheitsentzugs möglichst rasch zu entscheiden ist (<ref-law>). Dieser Anspruch kann mitunter dazu führen, dass die gerichtliche Befragung eines Gutachters zu relevanten Zusatzfragen bezüglich des besonderen Haftgrunds der Fortsetzungsgefahr nicht in einem Telefonat zwischen der Gerichtsschreiberin und dem Gutachter, sondern in Anwesenheit des Beschuldigten und der Verteidigung zu erfolgen hat. Dabei kann auch das rechtliche Gehör des Angeschuldigten unmittelbar ohne zusätzliche Verzögerungen gewährleistet werden. Die Sache ist in diesem Sinne zur Gewährleistung des Gehörsanspruchs an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>).
3.5 Damit erübrigt es sich grundsätzlich, auf die weiteren Rügen des Beschwerdeführers einzugehen. Aus prozessökonomischen Gründen ist indessen darauf hinzuweisen, dass die freie Beweiswürdigung die zuständige Haftprüfungsinstanz nicht davon entbindet, ihren Entscheid nachvollziehbar zu begründen und zu den wesentlichen Beweismitteln Stellung zu nehmen. Im Haftrichterentscheid sind sämtliche Gesichtspunkte darzulegen, die für die Beurteilung der strafprozessualen Haft wesentlich sind (<ref-law>). Nur auf diese Weise kann ein den verfassungs- und konventionsrechtlichen Grundsätzen genügender Entscheid erfolgen. Gerade weil es sich bei der Vorinstanz um die einzige richterliche Instanz zur Überprüfung der Sicherheitshaft handelt, darf an die Begründungspflicht kein tiefer Massstab angelegt werden. Zu berücksichtigen ist auch, dass es bei der Frage der Zulässigkeit der Haft um einen äusserst schwerwiegenden Eingriff in die persönliche Freiheit geht. Zu einem verfassungsrechtlich einwandfreien Verfahren gehört, dass der Haftrichter die wesentlichen Tatsachen und Rechtsfragen umfassend erhebt und würdigt und diese Beurteilung in seinem Entscheid darlegt (<ref-ruling> E. 3.5.1 S. 283 f. mit Hinweisen).
Nach ständiger Rechtsprechung sind sodann anstelle von Untersuchungshaft Ersatzmassnahmen zu verfügen, wenn und solange sich der Haftzweck auch auf diese Weise erreichen lässt (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 279). Das hierin zum Ausdruck kommende Verhältnismässigkeitsprinzip (Art. 5 Abs. 2 und Art. 36 Abs. 3 BV) gilt auch für die Haftmodalitäten. Das Verhältnismässigkeitsprinzip gebietet, dass der Angeschuldigte, der sich aufgrund einer zu erwartenden stationären therapeutischen Massnahme in Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft befindet, grundsätzlich - d.h. unter Vorbehalt des Haftzwecks - nicht schlechter gestellt wird, als wenn die Massnahme bereits angeordnet worden wäre. Dies verlangt, dass die Haftmodalitäten den Bestimmungen über die stationären therapeutischen Massnahmen entsprechen, soweit sich der Haftzweck auch auf diese Weise erreichen lässt. Die betreffenden Bestimmungen sind analog anzuwenden (<ref-law> und Art. 90 i.V.m. <ref-law>). Der Haftrichter hat demnach sowohl Vollzugsöffnungen zu prüfen als auch, ob der Inhaftierte in analoger Anwendung von <ref-law> unter der Verpflichtung zu ambulanter Behandlung entlassen werden kann (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1B_42/2009 vom 5. März 2009 E. 3.3.2 mit Hinweis). Das Interesse an einer wirksamen Therapie und Resozialisierung ist gerade auch bei therapiebedürftigen jungen Erwachsenen verstärkt zu berücksichtigen. Aus der Vernehmlassung des Präsidenten des Strafgerichts geht hervor, dass er mit Verfügung vom 12. Mai 2009 einem Antrag des Beschwerdeführers um Verlegung in eine geeignete Massnahmenanstalt entsprochen hat. Dieser Entscheid entbindet das Strafgerichtspräsidium jedoch nicht von der Aufgabe, die Haftprüfung unter Wahrung der verfassungsrechtlichen Ansprüche (rechtliches Gehör, Beschleunigungsgebot etc.) vorzunehmen.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben ist. Die Sache wird zur neuen Beurteilung im Sinne der vorangehenden Erwägungen an den Präsidenten des Strafgerichts zurückgewiesen (<ref-law>).
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Verfügung des Präsidenten des Strafgerichts des Kantons Basel-Landschaft vom 17. April 2009 aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an den Präsidenten des Strafgerichts zurückgewiesen.
2. Das Haftentlassungsgesuch wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Basel-Landschaft hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und der Staatsanwaltschaft sowie dem Präsidenten des Strafgerichts des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juni 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag