Sachverhalt:
A. Am frühen Morgen des 28. März 2010 fuhr X._ am Steuer eines Personenwagens auf der Stadtautobahn St. Gallen zu der Stelle, an der seine Ex-Freundin in einen Unfall verwickelt war. Der mit der Aufnahme des Unfalls beschäftigte Polizeibeamte stellte bei X._ gerötete Augen und Alkoholmundgeruch fest und wies ihn an, kurz hinter dem Patrouillenwagen zu warten. X._ fuhr weg und begab sich zum Kantonsspital St. Gallen, wo er wieder auf die Polizeibeamten traf, welche die Unfallbeteiligte dorthin begleitet hatten. Die Urin- und Blutprobe ergab, dass X._ unter dem Einfluss von Alkohol (Blutalkoholgehalt von mindestens 0,77 Promillen) und Cannabis (THC-Gehalt im Blut von 2,3 Mikrogramm/l bei einem Grenzwert von 1,5 Mikrogramm/l gemäss Art. 34 der Verordnung des ASTRA zur Strassenverkehrskontrollverordnung vom 22. Mai 2008, SR 741.013.1, VSKV-ASTRA) gefahren war.
Am 22. April 2010 verbot das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen X._ vorsorglich das Führen eines Motorfahrzeugs und zog seinen Führerausweis ein. Es teilte ihm weiter mit, dass es beabsichtige, ihn zu einer verkehrspsychologischen Untersuchung aufzubieten. Die Verfügung blieb unangefochten.
A.a Mit Strafbescheid vom 17. Mai 2010 verurteilte das Untersuchungsamt St. Gallen X._ wegen Führens eines Motorfahrzeugs in fahrunfähigem Zustand und Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer bedingten Geldstrafe von 15 Tagessätzen und einer Busse von Fr. 1'500.--.
A.b Am 19. Mai 2010 teilte das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt X._ mit, sein automobilistischer Leumund sei erheblich belastet, sodass Zweifel an seiner Fahreignung bestünden. Es forderte ihn in Anwendung von <ref-law> auf, sich einer verkehrspsychologischen Untersuchung zu unterziehen mit der Androhung, dass der Ausweis vorsorglich entzogen bleibe, wenn er dies unterlasse.
A.c Am 1. Juni 2010 erhob X._ Einsprache gegen den Strafbescheid vom 17. Mai 2010.
A.d Am 4. Juni 2010 ersuchte X._ das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, seine Verfügungen vom 22. April und vom 19. Mai 2010 in Wiedererwägung zu ziehen und das Verfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des Strafverfahrens zu sistieren.
Am 8. Juni 2010 rekurrierte X._ gegen die Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 19. Mai 2010 bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen.
Am 9. Juni 2010 wies das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt die Wiedererwägungsgesuche und das Sistierungsgesuch ab.
Mit Eingabe vom 9. Juli 2010 hielt X._ am Wiedererwägungsgesuch fest, worauf das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt auf das Wiedererwägungsgesuch gegen die Verfügung vom 22. April 2010 vermutlich am 14. Juli 2010 - die Verfügung ist irrtümlich mit 19. Mai 2010 datiert - nicht eintrat.
Mit Rekurs vom 30. August 2010 an die Verwaltungsrekurskommission beantragte X._ u.a., es sei die Nichtigkeit der Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 22. April 2010 festzustellen und diejenigen vom 19. Mai 2010 und vom 14. Juli 2010 aufzuheben. Ausserdem ersuchte er, dem Rekurs die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
A.e Am 29. November 2010 hob das Untersuchungsamt St. Gallen das Strafverfahren gegen X._ wegen Führens eines Motorfahrzeugs in fahrunfähigem Zustand auf. Es hielt ihm einen Sachverhaltsirrtum über seine Fahrunfähigkeit zufolge des rund 10 Stunden zurückliegenden Cannabis-Konsums zugute. Mit Strafbescheid vom gleichen Tag verurteilte es ihn wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand und Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Busse von Fr. 600.--.
A.f Am 8. April 2011 wies der Abteilungspräsident der Verwaltungsrekurskommission den Rekurs ab, soweit er darauf eintrat und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Die Behandlung des Rekurses gegen die Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 19. Mai 2010 stellte er zurück.
Am 11. August 2011 wies der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen die Beschwerde von X._ gegen diesen Rekursentscheid ab. Er erwog, der am 22. April 2010 verfügte vorsorgliche Führerausweisentzug habe lediglich provisorischen Charakter. Daraus folge, dass diese Verfügung während des Verfahrens jederzeit von Amtes wegen oder auf Antrag abänderbar sei. Daraus ergebe sich, dass das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt die Wiedererwägung materiell hätte behandeln müssen und nicht durch Nichteintreten formell hätte erledigen dürfen. Allerdings habe es in der Sache geprüft, ob veränderte Verhältnisse vorlägen, die eine Aufhebung des vorsorglichen Führerausweisentzugs rechtfertigen würden, und auch die Rekursinstanz habe sich damit auseinandergesetzt und mit voller Kognition die Voraussetzungen des vorsorglichen Führerausweisentzugs geprüft. Eine allfällige formelle Rechtsverweigerung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts sei damit geheilt. In der Sache ging der Präsident davon aus, dass der vorsorgliche Führerausweisentzug vom 22. April 2010 in Rechtskraft erwachsen war und prüfte, ob veränderte Umstände vorlägen, die eine Aufhebung der Massnahme rechtfertigen könnten. Er kam zum Schluss, das sei nicht der Fall.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. September 2011 beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung und Neuregelung der Kosten an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der vorsorgliche Führerausweisentzug sei per sofort aufzuheben. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verteidigung.
C. Der Abteilungspräsident der Verwaltungsrekurskommission verzichtet auf Vernehmlassung. Der Verwaltungsgerichtspräsident verweist auf seinen Entscheid. Das ASTRA beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit, gegen den die Beschwerde nach <ref-law> zulässig ist. Die kantonalen Instanzen haben dem Beschwerdeführer den Führerausweis gestützt auf <ref-law> vorsorglich entzogen. Die Verfügung über den vorsorglichen Führerausweisentzug schliesst das Verfahren betreffend den Sicherungsentzug nicht ab. Sie stellt vielmehr einen Zwischenschritt auf dem Weg zum abschliessenden Entscheid über den Sicherungsentzug dar. Angefochten ist damit eine Zwischenverfügung, gegen die die Beschwerde nach <ref-law> unter anderem dann zulässig ist, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a). Ein solcher Nachteil ist bei einem vorsorglichen Führerausweisentzug zu bejahen (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 362; Urteil 1C_233/2007 vom 4. Februar 2008 E. 1.1). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Der vorsorgliche Führerausweisentzug stellt eine vorsorgliche Massnahme zur Sicherstellung gefährdeter Interessen bis zum Abschluss des Hauptverfahrens dar (<ref-ruling> E. 3 S. 401; 122 II 359 E. 1a S. 362). Gemäss <ref-law> kann der Beschwerdeführer somit nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer wirft dem Verwaltungsgerichtspräsidenten eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und Willkür vor, weil er die Beschwerde vollumfänglich abgewiesen habe, obwohl er in den Erwägungen zum Schluss gekommen sei, das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt und der Abteilungspräsident der Verwaltungsrekurskommission hätten die Wiedererwägungsgesuche zu Unrecht nicht materiell behandelt, sondern durch Nichteintreten formell erledigt.
2.2 Die Rüge ist unbegründet. Der Verwaltungsgerichtspräsident hat im angefochtenen Entscheid dargelegt, dass die Vorinstanzen das Wiedererwägungsgesuch auch als materiell unbegründet beurteilten, sodass eine Rückweisung von vornherein einer leeren Formalität gleichgekommen wäre. Damit erwies sich für ihn die Beschwerde in der Sache als unbegründet, weshalb er sie ohne Verfassungsverletzung abweisen konnte.
3. 3.1 Nach <ref-law> sind Ausweise zu entziehen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen für ihre Erteilung nicht mehr gegeben sind. Grundvoraussetzung für die Erteilung des Führerausweises ist die Fahreignung. Ist sie nicht mehr gegeben, weil die körperliche und geistige Leistungsfähigkeit einer Person nicht oder nicht mehr ausreicht, ein Motorfahrzeug sicher zu führen (<ref-law>), weil sie an einer Sucht leidet, die die Fahreignung ausschliesst (lit. b) oder weil sie aufgrund ihres bisherigen Verhaltens nicht Gewähr bietet, dass sie künftig beim Führen eines Motorfahrzeugs die Vorschriften beachten und auf die Mitmenschen Rücksicht nehmen wird (lit. c), ist der Führerausweis auf unbestimmte Zeit zu entziehen. Nach dieser gesetzlichen Regelung muss ein Sicherungsentzug zwingend in jedem Fall angeordnet werden, bei dem die Fahreignung nicht mehr gegeben ist. Da der Sicherungsentzug einen schwerwiegenden Eingriff in den Persönlichkeitsbereich der betroffenen Person bewirkt, setzt er eine sorgfältige Abklärung aller wesentlichen Gesichtspunkte voraus (<ref-ruling> E. 3.1). Vorsorglich kann der Führerausweis bereits entzogen werden, wenn ernsthafte Bedenken an der Fahreignung bestehen (<ref-law>).
3.2 Vorliegend ist in der Sache einzig strittig, ob das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt verfassungsrechtlich verpflichtet gewesen wäre, dem Beschwerdeführer den Führerausweis, den es ihm am 22. April 2010 vorsorglich entzogen hatte, wiedererwägungsweise wieder zurückzugeben. Nicht Gegenstand des Verfahrens ist die vom Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt am 19. Mai 2010 im Hinblick auf einen allfälligen Sicherungsentzug angeordnete verkehrspsychologische Begutachtung.
3.3 Der automobilistische Leumund des Beschwerdeführers ist stark getrübt, der Führerausweis musste ihm in den letzten sieben Jahren viermal entzogen werden: 2004 wegen Missachtung eines Stoppsignals sowie Verursachung eines Selbstunfalls aus Übermüdung für 1 1⁄2 Monate und wegen Führens eines Motorfahrzeugs trotz Ausweisentzugs für 6 Monate. 2005 lenkte er ein Motorrad, ohne im Besitz des entsprechenden Führerausweises gewesen zu sein. Aufgrund einer negativen verkehrspsychologischen Begutachtung wurde ihm daraufhin der Ausweis am 8. September 2005 auf unbestimmte Zeit entzogen. Nach einer positiven verkehrspsychologischen Begutachtung wurde der Sicherungsentzug am 31. Oktober 2007 aufgehoben. Am 14. Oktober 2008 lenkte er ein Motorfahrzeug mit ungenügender Aufmerksamkeit, worauf ihm der Ausweis am 23. Februar 2009 für einen Monat entzogen wurde.
3.4 Vor dem Hintergrund dieser Vorfälle muss die Trunkenheitsfahrt vom 28. März 2010 offensichtlich erhebliche Bedenken erwecken, dass der Beschwerdeführer Gewähr dafür bietet, sich zuverlässig an die Regeln des Strassenverkehrs zu halten und ein Motorfahrzeug sicher zu führen. Seine Fahreignung erscheint mithin fraglich, womit es nicht zu beanstanden ist, dass ihm der Führerausweis vorsorglich entzogen wurde. Er hat diesen Entzug denn auch - zu Recht - zunächst nicht beanstandet. Plausible Gründe, die eine Wiedererwägung dieses Entscheids rechtfertigen würden, sind keine ersichtlich. Der Umstand, dass dem Beschwerdeführer in strafrechtlicher Hinsicht in Bezug auf den Vorwurf, sein Fahrzeug unter Drogeneinfluss gelenkt zu haben, ein Sachverhaltsirrtum zugute gehalten und er dementsprechend strafrechtlich "nur" wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand verurteilt wurde, vermag jedenfalls die Zweifel an seiner Fahreignung nicht zu beheben.
3.5 Wie dargelegt, erweckt vor dem Hintergrund des stark getrübten automobilistischen Leumunds des Beschwerdeführers allein der Umstand, dass er in (mässig) alkoholisiertem Zustand ein Auto lenkte, erhebliche, einen vorsorglichen Führerausweisentzug rechtfertigende Zweifel an seiner Fahreignung. Es ist daher in diesem Verfahrensstadium unerheblich, wie diesbezüglich sein Cannabis-Konsum zu werten ist. Diese Frage und die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Einwände gegen die VSKV-ASTRA sind gegebenenfalls im Hauptverfahren über den Sicherungsentzug zu prüfen. Entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers geht im Übrigen aus der Aufhebungsverfügung vom 29. November 2010 keineswegs hervor, dass er bei seinen hier zur Diskussion stehenden Fahrten vom 28. März 2010 nicht unter Drogeneinfluss gestanden hätte. Davon ist im Gegenteil aufgrund der Blutanalysen auszugehen. Es wurde ihm indessen ein Sachverhaltsirrtum zugute gehalten, was den strafrechtlichen Vorwurf entkräftete. Wie dieser Umstand im Administrativverfahren zu beurteilen ist, bleibt indessen offen.
3.6 Zusammenfassend ergibt sich, dass keine Gründe ersichtlich sind, die den vorsorglichen Entzug des Führerausweises für die Dauer des Administrativverfahrens bundesrechtswidrig erscheinen lassen würden.
4. Die Beschwerde ist unbegründet und damit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches gutzuheissen ist, da die Bedürftigkeit des Beschwerdeführers ausgewiesen scheint und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Pascal Baumgardt, St. Gallen, wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtlicher Verteidiger eingesetzt und mit Fr. 1'500.-- aus der Gerichtskasse entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen, Abteilung Administrativmassnahmen, der Verwaltungsrekurskommission und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi