Sachverhalt:
A.
Die A._ SA (Unternehmerin, Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdeführerin) hatte auf Bestellung der C._ SA die Erstellung eines Tiefkühllagers in U._ übernommen. Dabei wurde ein Schmalgangsystem vorgesehen, das mit leitliniengeführten Flurförderzeugen befahren werden sollte, weshalb die Bodenebenheit hohen Ansprüchen genügen musste. Da die Unternehmerin diese Anforderungen nicht erreichen konnte, zog sie die B._ GmbH (Subunternehmerin, Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdegegnerin) bei.
Die Subunternehmerin übernahm zunächst die vertragliche Verpflichtung, vier Schleifspuren einer Gesamtstrecke von 88 Metern auszuführen. Nachdem sie am 14. April 2008 die Arbeiten aufgenommen hatte, machte sie eine Bestandesaufnahme und erstellte die Schleifprofile. Am 15. April 2008 wurde ihre Vertragspflicht dahingehend erweitert, dass sie nicht nur Schleifspuren, sondern die ganze Fahrbahnbreite schleifen sollte. Mit den tatsächlichen Schleifarbeiten begann die Subunternehmerin am 16. April 2008. In der Folge zeigte sich, dass die Schleifmaschine den Boden in Schwingung versetzte, was schleiftellerförmige Strukturen hinterliess. Die Subunternehmerin führte die Arbeiten in Absprache mit der Unternehmerin dennoch weiter, allerdings wiesen die Fahrbahnen nach wie vor Schleifspuren auf. Die Subunternehmerin räumte die Arbeitsstelle am 29. April 2008.
Die Unternehmerin erstellte in der Folge die polierte Oberflächenstruktur, wobei sie sich auf Anraten der Subunternehmerin an die Firma D._ SA wandte, von der sie die erforderlichen Maschinen mietete. Die Unternehmerin stellte sodann fest, dass im Gang 1 an einer Stelle Armierungseisen angeschliffen und teilweise entfernt worden waren. Sie liess Höhenaufnahmen durch einen Geometer erstellen und wertete diese aus, worauf sie der Subunternehmerin mitteilte, im Gang 1 sei tiefer geschliffen worden als vorgesehen, nämlich 27 mm statt 10 mm. Am 18. Juni 2008 fand die Schlussabnahme der von der Subunternehmerin erbrachten Leistungen statt.
B.
B.a. Mit Eingabe vom 13. Januar 2009 reichte die Subunternehmerin beim Zivilgericht des Saanebezirks eine Forderungsklage über EUR 13'076.98 nebst Zins zu 5% seit dem 11. Juni 2008 gegen die Unternehmerin ein. Es handelt sich um den nicht bezahlten Rest des Werklohnes von insgesamt EUR 45'198.12.
Die Unternehmerin schloss auf Abweisung der Klage und erhob Widerklage auf Bezahlung von Fr. 53'194.-- nebst 5% Zins "seit wann rechtens". Sie forderte damit Schadenersatz aus den Kosten für Sanierungs- und Fertigstellungsarbeiten von Fr. 39'649.96 und aus Zusatzaufwendungen, welche die Bauherrschaft ihr gegenüber geltend gemacht hatte im Umfang von Fr. 33'158.50, insgesamt Fr. 72'808.46, wovon sie Fr. 19'614.-- (entsprechend der restlichen Werklohnforderung von EUR 13'077.-- zu einem Mittelkurs von Fr. 1.50) in Abzug brachte.
Das Zivilgericht des Saanebezirks hiess die Klage mit Urteil vom 21. März 2011 gut und verurteilte die Unternehmerin zur Bezahlung von EUR 13'076.98 nebst Zins zu 5% seit dem 11. Juni 2008. Die Widerklage wies das Zivilgericht ab.
B.b. Das Kantonsgericht Freiburg hiess mit Urteil vom 19. August 2013 die von der Unternehmerin eingereichte Berufung teilweise gut und wies die Sache zur Neubeurteilung der Widerklage an die erste Instanz zurück. Die Gutheissung der Klage wurde bestätigt. Auf die gegen dieses Urteil eingereichte Beschwerde der Subunternehmerin trat das Bundesgericht am 21. Oktober 2013 nicht ein (Verfahren 4A_478/2013).
B.c. Mit Entscheid vom 27. Juni 2014 verurteilte das Zivilgericht des Saanebezirks in teilweiser Gutheissung der Widerklage die Subunternehmerin dazu, der Unternehmerin den Betrag von Fr. 15'802.30 nebst Zins zu 5% seit dem 20. Mai 2009 zu bezahlen. Das Gericht hielt die Kosten der Eigenleistungs-Schleifarbeiten der Unternehmerin im Umfang von 194.6 Arbeitsstunden für ausreichend nachgewiesen und sprach die entsprechende Forderung von Fr. 12'777.40 als adäquat kausale Folge der Schlechterfüllung des Vertrags durch die Subunternehmerin zu; die Kosten der Miete der Spezialmaschinen der Firma D._ SA sprach das Gericht der Unternehmerin teilweise im Umfang von Fr. 3'254.80 (von eingeklagten Fr. 7'402.15) zu. Mangels hinreichender Belege und Nachweise wies das Gericht dagegen die Forderungen ab auf Kostenersatz für Miete eines Strahlenventilators der E._ AG (Fr. 1'485.--), für Schutzwände zum Schutz von Regalen gegen Staub (Fr. 40.60/m2), für die Anpassung der Regallager (Fr. 20'251.--) und der Bodenauflagen (Fr. 9'265.--), für Mehrkosten für Ferroscan-Aufnahmen (Fr. 837.50) und Bauingenieursleistungen (Fr. 1'485.--).
B.d. Mit Urteil vom 16. Februar 2015 hiess das Kantonsgericht Freiburg die dagegen eingelegte Berufung der Subunternehmerin gut und wies die Anschlussberufung der Unternehmerin ab. In Abänderung des erstinstanzlichen Urteils erkannte das Kantonsgericht was folgt:
"1. Es wird festgestellt, dass die A._ SA gemäss dem Urteil des Zivilgerichts des Saanebezirks vom 21. März 2011 bzw. des I. Zivilappellationshofs vom 19. August 2013 verurteilt wurde, der B._ GmbH einen Betrag von EURO 13'076.98 nebst Zins zu 5% seit dem 11. Juni 2008, zu bezahlen.
Die Bank F._ wurde angewiesen, auf Vorlage des rechtskräftigen Urteils der B._ GmbH zu Lasten der Zahlungsgarantie Nr. xxx vom 21. Juli 2008 den Betrag von EURO 13'076.98 nebst Zins zu 5% seitdem 11. Juli 2008 auszurichten.
2. Die widerklageweise geltend gemachten Forderungen der A._ SA gegenüber der B._ GmbH werden abgewiesen.
(...)."
Das Kantonsgericht Fribourg kam im Wesentlichen zum Schluss, die erste Instanz habe die abgewiesenen Positionen zu Recht nicht als ausgewiesen erachtet; aber auch die von der ersten Instanz zugesprochenen Beträge seien mangels hinreichender Substanziierung (E. 2a S. 5) bzw. mangels Beweises (E. 2b S. 6) abzuweisen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Unternehmerin dem Bundesgericht den Antrag, in Aufhebung des Urteils des ersten Zivilappellationshofs des Kantonsgerichts Freiburg vom 16.02.2015 sei die Beschwerdegegnerin zu verurteilen, ihr Fr. 64'657.90 nebst Verzugszins zu bezahlen.
Sie rügt im Wesentlichen, die Vorinstanz sei in Willkür verfallen, indem sie ihre Schadenersatzforderungen nicht als ausgewiesen erachtet und darüber hinaus übermässige Beweisanforderungen gestellt habe. Sie hält zusammenfassend daran fest, dass ihr als Aufwendungsersatz für die Ersatzvornahme Fr. 20'179.55 und als Schadenersatz Fr. 44'478.35 zustünden.
Die Beschwerdegegnerin stellt in ihrer Vernehmlassung das Begehren, die Beschwerde sei abzuweisen und das angefochtene Urteil sei zu bestätigen. In der Begründung wendet sie sich nicht nur gegen die Vorbringen in der Beschwerde, sondern kritisiert auch das Urteil vom 19. August 2013.
Zur Kritik am Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 19. August 2013 hat die Beschwerdeführerin in ihrer Replik vom 2. Juli 2015 Stellung genommen.
Das Kantonsgericht hat auf Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>), richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Rechtsmittelbehörde entschieden hat (<ref-law>), und ist von der mit ihren Anträgen unterlegenen Partei (<ref-law>) fristgerecht (<ref-law>) eingereicht worden. Auf das Rechtsmittel ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
1.2. Die Beschwerdegegnerin, deren Anträge im angefochtenen Urteil vollumfänglich geschützt worden sind, wendet sich in der Begründung ihrer Antwort auch gegen den Zwischenentscheid des Kantonsgerichts vom 19. August 2013, in dem ihr Rechtsstandpunkt verworfen worden ist. Dies ist gemäss <ref-law> zulässig, nachdem auf die Beschwerde gegen ihren Zwischenentscheid gestützt auf <ref-law> mit Urteil vom 19. Oktober 2013 (4A_478/2013) nicht eingetreten wurde und die Beschwerdegegnerin mangels Beschwer kein Rechtsschutzinteresse an einer selbständigen Beschwerde hatte. Allerdings gelten die Anforderungen an die Begründung (<ref-law>) auch für die Vorbringen der Beschwerdegegnerin.
2.
Die Beschwerdeführerin stellt wie schon vor der Vorinstanz nicht in Frage, dass sie zur Zahlung des restlichen Werklohns in Höhe von EUR 13'076.98 nebst Zins verpflichtet ist. Sie hält wie schon im kantonalen Verfahren nicht mehr an der Verrechnung dieser Forderung mit den noch streitigen Ersatzansprüchen fest, sondern beantragt die Gutheissung ihrer Widerklage im Umfang von Fr. 64'657.50.
2.1.
2.1.1. Wer die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr ist klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
2.1.2. "Offensichtlich unrichtig" und damit "willkürlich" (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266) ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheids als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9). Eine Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen).
2.1.3. Soweit die Beschwerdeführerin den Sachverhalt auf den Seiten 3 - 12 ihrer Rechtsschrift aus eigener Sicht darstellt, ohne sich mit den Feststellungen im angefochtenen Urteil auseinanderzusetzen, ist sie von vornherein nicht zu hören. Aber auch soweit sie sich gegen die Abweisung einzelner Positionen wendet, ist die Beschwerde insoweit nicht zulässig, als die Begründungsanforderungen nicht erfüllt sind.
2.2. Die Vorinstanz hat die Position "Schleifarbeiten an den Böden der Couloirs und Umschlagszonen" in Höhe von Fr. 12'777.40 mangels genügender Substanziierung abgewiesen. Sie hat festgestellt, die Beschwerdeführerin habe nicht prozessual gehörig bestritten, dass die Umschlagsplätze nicht Gegenstand des Werkvertrags der Parteien gebildet hätten, und dass sich überdies auch aus den Belegen nicht ergebe, dass die Beschwerdegegnerin mehr als die vier Gänge zu bearbeiten hatte. Aus den Arbeitsrapporten, auf die sich die Beschwerdeführerin für ihre Forderung berief, ergibt sich jedoch nach den Feststellungen der Vorinstanz weder, welcher Aufwand für die Gänge und welcher für den Umschlagplatz erfolgte, noch welche der aufgeführten Stunden für Schleifarbeit und welche für andere Arbeiten eingesetzt wurden. Die Miete für Spezialmaschinen der D._ SA, für welche die Beschwerdeführerin Ersatz in Höhe von schliesslich Fr. 7402.15 beanspruchte, wies die Vorinstanz ab, weil von angeblich drei Rechnungen nur eine im Betrag von Fr. 3'254.80 eingereicht wurde, die jedoch nach den Vorbringen der Beschwerdeführerin das Nachschleifen des Umschlagplatzes während dreier Tage betraf, welches der Klägerin nicht angelastet werden kann. Was die Mietkosten für die Spezialmaschinen zum Nachschleifen der Gänge zwischen den Hochregallagern betrifft, stellte die Vorinstanz mit der ersten Instanz fest, dass aus den eingereichten Belegen weder Rechnungsstellung noch Bezahlung hervorgehe, was bei einem nach kaufmännischen Grundsätzen geführten Unternehmen Zweifel an der Realität der Miete aufkommen lasse.
Die Beschwerdeführerin behauptet weder - mit entsprechenden Aktenhinweisen -, dass sie ihren Aufwand für das Nachschleifen der Gänge einerseits und des Umschlagsplatzes andererseits separat ausgewiesen habe, noch stellt sie in Abrede, dass sie für die Miete der Spezialwerkzeuge weder Rechnung noch Zahlungsbeleg eingereicht hat. Ihre Vorbringen zur Unterscheidung von Kosten der Ersatzvornahme einerseits und Schadenersatz andererseits gehen an der Sache vorbei, sind doch auch die Kosten der Ersatzvornahme konkret zu beweisen. Wo der konkrete Beweis der tatsächlich angefallenen Kosten wie vorliegend grundsätzlich möglich ist, genügen blosse Anhaltspunkte nicht, welche möglicherweise eine Schätzung zu stützen vermöchten. Jedenfalls ist die Vorinstanz nicht in Willkür verfallen, wenn sie die von der Beschwerdeführerin eingereichten Arbeitsrapporte und die einzige Mietrechnung nicht als hinreichenden Beweis für den zum Ersatz verstellten Aufwand anerkannte, nachdem sich diese Belege (auch) auf nicht ersatzberechtigte Arbeiten beziehen. Da die Beschwerdeführerin nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil nicht rechtzeitig behauptet hatte, dass ihre Nachbesserungsarbeiten auch den Umschlagsplatz betrafen, konnte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht den Aufwandersatz für das Nachschleifen dieses Platzes ablehnen. Daran vermag weder die angeblich elementare Logik zur Herstellung der Zirkulationsfähigkeit von Staplerfahrzeugen noch die angeblich zurückhaltende und massvolle Berechnung des Aufwandes der Beschwerdeführerin etwas zu ändern. Schliesslich ist die Vorinstanz nicht in Willkür verfallen mit der Annahme, ein zur Führung einer kaufmännischen Buchhaltung verpflichtetes Unternehmen wie die Beschwerdeführerin könne zumutbarerweise tatsächlich bezahlte Kosten für die Miete von Maschinen mit Rechnung und Zahlungsbelegen konkret nachweisen. Es ist jedenfalls nicht erkennbar und auch die Beschwerdeführerin vermag mit ihren Interpretationen und Berechnungen nicht auszuweisen, inwiefern schlechterdings nicht vertretbar sein sollte, mögliche unaufwändig zu beschaffende und übliche konkrete Belege zu verlangen und den Beweis nicht als erbracht anzusehen, der aus allgemeinen "Belegen über die Maschinenmietzinstarife und der Plausibilität und Angemessenheit der Einsatzzeiten dieser Maschinen" abgeleitet werden soll. Die Beschwerdegegnerin bringt in der Antwort zutreffend vor, dass die Beschwerdeführerin damit letztlich eine Schätzung ihres zu ersetzenden Aufwandes verlangt, wofür keine Grundlage besteht.
2.3. Die Vorinstanz hat die Abweisung der schon vom ersten Gericht als nicht nachgewiesen erachteten Schadenersatzpositionen geschützt. Die Vorinstanz hat in dieser Hinsicht festgestellt, dass der Mietvertrag für einen Strahlenventilator der E._ AG zwei Monate vor dem Zeitpunkt abgelaufen sei, in dem die Beschwerdegegnerin zu arbeiten begonnen habe, die Schutzwände gegen Staubentwicklung seien im Mai 2008 errichtet worden und hätten daher nicht gegen die Staubentwicklung beim Schleifen der Gänge dienen können, da diese Arbeit Ende April 2008 beendet gewesen sei. Zu den Kosten von Drittfirmen für die Anpassung der Regallager und des Bodenprofils dieser Lager hielt die Vorinstanz fest, der Beweis fehle, dass die Bauherrin für diese Kosten tatsächlich auf die Beschwerdeführerin Regress genommen habe und den Ersatz der beanspruchten Mehrkosten für Ferroscan-Aufnahmen und den Bauingenieur lehnte die Vorinstanz ab, weil die Armierung falsch verlegt worden sei und daher die Beschädigung und Offenlegung der Armierungseisen nicht der Beschwerdegegnerin angelastet werden könnten; zudem sei auch hier nicht abschliessend bewiesen, dass die Bauherrin die entsprechenden Rechnungen im Regress erfolgreich und vollumfänglich durchgesetzt habe.
Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass die Rechnungen für die Anpassung der Regale und ihrer Bodenprofile an die Bauherrin selbst gerichtet waren und sie stellt letztlich nicht in Abrede, dass sie ihre Behauptung, wonach die Bauherrin Regress "genommen hat", nicht mit Belegen bewiesen hat. Es ist nicht erkennbar, inwiefern schlechterdings nicht vertretbar sein sollte, dass die Vorinstanz unter diesen Umständen eine Zeugenaussage nicht genügen liess und die von der Beschwerdeführerin angerufene allgemeine Erfahrung, dass im Geschäftsverkehr kein unentgeltlicher Rechtsverzicht vermutet wird, nicht als Ersatz für den der Beschwerdeführerin obliegenden konkreten Beweis genügen liess. Die Beschreibung der angeblich wegen der Schlechterfüllung der Beklagten erforderlichen Arbeiten in der Beschwerde vermag die erforderlichen Beweise dafür, dass die Beschwerdeführerin für die Kosten dieser Arbeiten von der Bauherrin in Anspruch genommen wurde und diese bezahlt hat, nicht zu ersetzen. Die Vorinstanz hat den Beweis für den angeblichen Regress ohne Willkür verneint. Dasselbe gilt für die von der Bauherrin bezahlten Rechnungen für zusätzliche Ferroscan-Aufnahmen und Bauingenieurleistungen. Willkürliche Beweiswürdigung ist nicht dargetan. Schliesslich anerkennt die Beschwerdeführerin selbst, dass der von ihr ins Recht gelegte Mietvertrag nicht die zum Ersatz beanspruchten Mietkosten für einen Strahlenventilator betrifft - sie will damit nur allgemein die Höhe der Mietkosten für einen solchen Apparat belegen. Die Vorinstanz hat das Willkürverbot nicht verletzt, wenn sie konkrete Beweise für die zum Ersatz beanspruchten tatsächlich entstandenen Kosten forderte und allgemeine Überlegungen und Indizien nicht genügen liess, wo ein direkter Beweis möglich und zumutbar ist.
3.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet, womit die Kritik der Beschwerdegegnerin am Zwischenentscheid der Vorinstanz vom 19. August 2013 gegenstandslos wird.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat der Beschwerdegegnerin deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, I. Zivilappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. September 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hurni