Kosten für Ersatzvornahme, hat sich ergeben:
A.- Mit zwei getrennten Verfügungen vom 5. Dezember 1995 verweigerte der Gemeinderat Affoltern a.A. M._ die nachträgliche Baubewilligung für den Wiederaufbau und die Erweiterung des Gartengerätehauses ("Schopfs") Vers. Nr. 1253 auf dem Grundstück Kat. Nr. 1316 (Bauzone) in Affoltern. Er forderte den Gesuchsteller auf, die Baute inkl. Erweiterung innert zweier Monate nach Eintritt der Rechtskraft der Verfügungen abzubrechen (je Dispositiv Ziff. 2). Für den Fall, dass die Beseitigung nicht fristgerecht erfolge, sei das Bausekretariat beauftragt, die Beseitigung als Ersatzvornahme unter Verrechnung der Kosten an den Grundeigentümer ausführen zu lassen (je Dispositiv Ziff. 3).
Die gegen diese beiden Verfügungen erhobenen Rechtsmittel wurden von den kantonalen Instanzen und vom Bundesgericht (Urteil vom 15. Dezember 1997) abgewiesen.
B.- mit Schreiben vom 9. Januar 1998 teilte der Gemeinderat Affoltern a.A. M._ mit Hinweis auf die Beschlüsse des Gemeinderates vom 5. Dezember 1995 und den bundesgerichtlichen Entscheid vom 15. Dezember 1997 "ordnungshalber" mit, dass der Schopf Vers. Nr. 1253 innert zweier Monate nach Rechtskraft der Beseitigungsverfügung abzubrechen sei. In einem weitern Schreiben vom 19. Februar 1998 wies der Gemeinderat M._ darauf hin, dass die erwähnte Frist am 20. Februar 1998 ablaufen werde. Sofern die Beseitigung des Schopfs nicht termingerecht erfolge, sei die Ersatzvornahme für den 2. März 1998 vorgesehen.
Nach einem ersten Versuch der Ersatzvornahme am 4. März 1998, der wegen Drohungen seitens M._s gegen die beauftragten Personen abgebrochen wurde, erfolgte die Ersatzvornahme am 26. März 1998. Mit Verfügung vom 27. April 1998 auferlegte der Gemeinderat Affoltern a.A. M._ die Kosten für die Ersatzvornahme im Betrag von Fr. 6'621. 10.
C.- Gegen die Kostenverfügung erhob M._ Rekurs, der von der Baurekurskommission II am 17. November 1998 abgewiesen wurde. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, Einzelrichter der 1. Abteilung, am 16. Juni 1999 ab.
D.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 6. September 1999 beantragt M._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und von einer Auferlegung der Ersatzvornahmekosten abzusehen. Mit nachträglicher Eingabe vom 29. September 1999 stellt der Beschwerdeführer ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Der Gemeinderat Affoltern a.A. und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
E.- Mit Verfügung vom 13. Oktober 1999 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt und das Verfahren bis zum Entscheid des Verwaltungsgerichts über das vom Beschwerdeführer anhängig gemachte Revisionsgesuch sistiert. Eine vom Beschwerdeführer beantragte weitere Sistierung des Verfahrens bis zur Erledigung des Strafverfahrens gegen Mitglieder der Gemeindebehörde wegen Freiheitsberaubung anlässlich der Ersatzvornahme hat er dagegen abgelehnt.
Nachdem das Verwaltungsgericht am 15. Dezember 1999 auf das Revisionsgesuch des Beschwerdeführers nicht eingetreten ist, hat das Bundesgericht das Verfahren am 31. Januar 2000 wieder aufgenommen.
Der Instruktionsrichter hat mit Verfügung vom 16. Oktober 2000 die vom Beschwerdeführer beantragte Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels abgelehnt und vier in den Vorakten fehlende Schreiben bei der Gemeinde
Affoltern a.A. ediert.
Mit Schreiben vom 17. Oktober 2000 hat der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers mitgeteilt, dass sein Mandat erloschen sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid im Sinne von Art. 86 Abs. 1 OG. Auf das gegen diesen Entscheid angestrengte Revisionsgesuch ist das Verwaltungsgericht mangels Revisionsgrundes nicht eingetreten. Diesen Entscheid hat der Beschwerdeführer nicht angefochten. Die Verpflichtung zur Bezahlung der Ersatzvornahmekosten greift in die Eigentumsrechte (<ref-law>) des Beschwerdeführers ein; er ist deshalb zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert (Art. 88 OG). Da sich der Entscheid ausschliesslich auf kantonales Recht stützt, steht kein anderes Rechtsmittel zur Verfügung (Art. 84 Abs. 2 OG). Die Beschwerde ist form- und fristgerecht erhoben worden. Es ist auf sie einzutreten.
2.- Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 4 aBV, <ref-law>). Er habe vor dem Verwaltungsgericht geltend gemacht, falls seine präventive Verhaftung illegal gewesen sei, müsse das ganze Ersatzvornahmeverfahren und damit auch die Kostenauferlegung als rechtswidrig angesehen werden; das Verwaltungsgericht müsse deshalb entweder die Frage der Rechtmässigkeit der Verhaftung vorfrageweise prüfen oder aber das Verfahren bis zum Abschluss des Strafverfahrens aussetzen. Das Verwaltungsgericht habe weder das eine noch das andere getan und sei mit dem verfehlten Hinweis auf § 43 Abs. 1 lit. g des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; Unzuständigkeit des Verwaltungsgerichts in Straf- und Polizeistrafsachen) auf die Argumentation gar nicht eingegangen.
a) Der Grundsatz des rechtlichen Gehörs als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat. Die Begründung eines Entscheids muss deshalb so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Das bedeutet indessen nicht, dass sich diese ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinander setzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 2b S. 102 f.).
b) Der Beschwerdeführer hat vor dem Verwaltungsgericht vorgebracht, der Verhaftbefehl des Gemeinderates gegen ihn während der Durchführung der Ersatzvornahme sei nicht rechtens gewesen und der Gemeinderat habe sich dadurch strafbar gemacht. Damit sei die ganze Durchführung der Ersatzvornahme in rechtswidriger Weise erfolgt und die Auferlegung der diesbezüglichen Kosten unzulässig. Zwar falle eine allfällige Bestrafung der verantwortlichen Mitglieder des Gemeinderates in die Zuständigkeit der Strafbehörden, doch habe das Verwaltungsgericht vorfrageweise die Rechtswidrigkeit und allfällige Strafbarkeit des Gemeinderates zu beurteilen.
Es trifft zu, dass das Verwaltungsgericht dieses Vorbringen mit dem blossen Hinweis auf seine Unzuständigkeit in Strafsachen beantwortet hat. Damit hat es in der Tat an der Argumentation des Beschwerdeführers vorbeigezielt, der bloss die vorfrageweise Beurteilung der Rechtmässigkeit seiner Verhaftung verlangt hatte, weil seines Erachtens damit auch die Frage der Rechtmässigkeit der Ersatzvornahme verknüpft war. Das heisst aber noch nicht, dass das Verwaltungsgericht eine Gehörsverletzung begangen hätte. Es ist auf das Vorbringen des Beschwerdeführers durchaus eingegangen, hat es aber mit einer unzutreffenden Begründung abgetan. Eine fehlerhafte Begründung allein stellt noch keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör dar. Aus der übrigen Begründung des angefochtenen Entscheids ergibt sich ohne weiteres, dass das Verwaltungsgericht die Frage, ob der Gemeinderat mit dem Ausstellen des Verhaftbefehls rechtmässig gehandelt hatte, für die Beurteilung der Rechtmässigkeit der Ersatzvornahme als unerheblich betrachtet hat. Damit konnte der Beschwerdeführer den Entscheid sachgerecht anfechten. Eine Verletzung von Art. 4 aBV bzw. <ref-law> liegt bei dieser Sachlage nicht vor. Ob die vom Verwaltungsgericht vorgenommene antizipierte Beweiswürdigung vor der Verfassung standhält, ist nicht eine Frage des rechtlichen Gehörs, sondern der materiellen Beurteilung der Beschwerde (<ref-ruling> E. 2, 122 II 464 E. 4a S. 469).
3.-In der Sache selbst rügt der Beschwerdeführer, es habe an einer Vollstreckungsverfügung, welche Ort, Zeit und Modalitäten der beabsichtigten Vollstreckung festgelegt hätte, gefehlt. Dadurch sei ihm die Möglichkeit zu notwendigen Vorbereitungshandlungen zwecks Schadensminderung und zur allfälligen Anfechtung der Vollstreckungsfrist genommen worden. Er habe bereits im Sommer 1997 ein Gesuch um Verschiebung des Schopfes eingereicht, das von der Behörde aber noch nicht behandelt gewesen sei. Deshalb habe er den Schopf auch nicht an einen andern Ort verschieben können. Von einer solchen Möglichkeit sei aber das Bundesgericht in seinem Entscheid vom 15. Dezember 1997 ausgegangen, als es die Verhältnismässigkeit des Abbruchs beurteilt habe. Durch den "überraschenden Abbruch" habe die Gemeindebehörde unverhältnismässig gehandelt und sowohl die Eigentumsgarantie als auch das Willkürverbot verletzt. Die vom Bundesgericht geschützten Verfügungen vom 5. Dezember 1995 stellten keine genügenden Vollstreckungsverfügungen dar und somit auch keine genügende Grundlage für die Auferlegung der Ersatzvornahmekosten. Für den nicht näher definierten Aufwand der Gemeinde im Umfang von insgesamt 22 Stunden und die von ihr gewählten Stundenansätze von Fr. 70.-- bzw. Fr. 50.-- fehle jegliche gesetzliche Grundlage. Auch seien im verrechneten Aufwand Kosten für den "illegalen Verhaftbefehl" enthalten.
a) Die Verfügungen des Gemeinderates vom 5. Dezember 1995, die vom Bundesgericht mit Entscheid vom 15. Dezember 1997 letztinstanzlich geschützt worden sind, enthielten die Aufforderung an den Beschwerdeführer, den widerrechtlich erstellten Schopf und dessen Erweiterung innert zweier Monate nach Eintritt der Rechtskraft der Verfügungen abzubrechen. Für den Fall der nicht fristgemässen Beseitigung durch den Beschwerdeführer drohten sie die Ersatzvornahme auf seine Kosten an.
Entgegen der Meinung des Beschwerdeführers stellten diese Verfügungen nicht blosse Sachverfügungen (Pflicht zum Abbruch des Schopfes), sondern gleichzeitig auch Vollstreckungsverfügungen dar. Sie setzten dem Beschwerdeführer für den Abbruch eine Frist und drohten nach deren Ablauf die Ersatzvornahme an. Die Möglichkeit der Kombination von Sach- mit Vollstreckungsverfügung sieht § 31 VRG ausdrücklich vor. Der Gemeinderat hat mit seinem Schreiben vom 9. Januar 1998 und 19. Februar 1998 vorsorglicherweise klargestellt, dass die rechtskräftig gewordene Wiederherstellungsfrist von zwei Monaten am 20. Februar 1998 ablaufe und dass die zwangsweise Beseitigung der Baute durch vom Bausekretariat beauftragte Dritte voraussichtlich am 2. März 1998 erfolgen werde. Damit waren Ort, Zeit und Modalitäten der Ersatzvornahme genügend festgelegt. Mehr brauchte es für diesen - baulich gesehen - einfachen Fall nicht. Eine weitere anfechtbare Frist war nicht einzuräumen. Der Beschwerdeführer hatte genügend Zeit, den Bau selber zu beseitigen. Seine Behauptung, es sei ihm kein konkretes Datum für die Durchführung des angedrohten Eingriffs bekannt gegeben worden, ist haltlos.
b) Ein Baugesuch für das Aufstellen des Schopfes an einem andern Ort hat der Beschwerdeführer entgegen seiner Behauptung nicht eingereicht. Das Schreiben vom 9. Juli 1997 an die Gemeinde, worin er um Aufzeigen von möglichen Standorten ersuchte (worauf ihm der Bausekretär zwei Varianten nannte), und das Schreiben vom 30. Juli 1997, worin er gegen die aufgezeigten Varianten diverse Vorbehalte anbrachte und unter anderem fragte, ob allenfalls Ausnahmebewilligungen erhältlich wären, können nicht als formelle Baugesuche betrachtet werden. Das musste auch dem Beschwerdeführer bewusst sein. Er kann sich daher nicht in gutem Glauben auf eine hängige Baueingabe berufen. Im Übrigen hätte er genügend Zeit gehabt, sich vor Ablauf der Vollstreckungsfrist nach dem Verbleib eines allfällig noch nicht behandelten Baugesuchs zu erkundigen. Er behauptet nicht, das getan zu haben. Im Umstand, dass die Behörden mit dem zwangsweisen Abbruch der Baute nicht zugewartet haben bis der Beschwerdeführer einen neuen Standort für den Schopf gefunden und bewilligt erhalten hatte, kann bei dieser Sachlage keine Verletzung von Art. 4 und 22ter aBV erblickt werden.
c) Ebenso wenig ist ersichtlich, weshalb die Ersatzvornahme wegen der Verhaftung des Beschwerdeführers verfassungswidrig sein sollte. Die Rechtmässigkeit einer Ersatzvornahme hängt grundsätzlich nicht von der Anwesenheit des Pflichtigen ab, auch wenn diesem nach Möglichkeit Gelegenheit zu geben ist, zugegen zu sein, um allfällige berechtigte Wünsche nach den Modalitäten der Durchführung anzubringen. Nach den Feststellungen des Verwaltungsgerichts musste indessen der erste Versuch der Ersatzvornahme am 4. März 1998 abgebrochen werden, weil der Beschwerdeführer an jenem Tag einem Polizeibeamten drohte, aus dem Haus auf die anwesenden Personen zu schiessen. Am 26. März 1998, als erneut zur Durchführung der Ersatzvornahme geschritten wurde, soll der Beschwerdeführer, als sich ein Polizeibeamter ihm gegenüber auswies, in die Tasche seiner Jacke gegriffen haben, wo er einen geladenen Revolver mit sich führte. Daraufhin seien der Beschwerdeführer in Polizeiverhaft genommen und der Revolver sichergestellt worden. Die Strafuntersuchung gegen den Beschwerdeführer wegen Gewalt und Drohung gegen Beamte sei nur deshalb eingestellt worden, weil ein rechtsgenüglicher Vorsatz nicht habe nachgewiesen werden können.
Der Beschwerdeführer bestreitet, "mit Waffengewalt gedroht zu haben". Dass er überhaupt nicht gedroht habe, behauptet er aber nicht, und auch nicht, dass er in der Tasche keinen geladenen Revolver mitgeführt habe. Ob der Haftbefehl der Gemeindebehörde an sich und die Verhaftung durch die Polizei rechtmässig gewesen sind, kann bei dieser Sachlage dahingestellt bleiben. Selbst wenn die Verhaftung unverhältnismässig oder sonstwie mit einem Rechtsmangel behaftet gewesen wäre, zeigt doch schon der Abbruch des ersten Versuchs der Ersatzvornahme vom 4. März 1998, dass sich die mit den Arbeiten beauftragten Personen jedenfalls bedroht gefühlt haben. Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz ohne Willkür davon ausgehen, dass die Ersatzvornahme in Abwesenheit des Beschwerdeführers rechtmässig war. Der Beschwerdeführer legt im Übrigen nicht dar, inwiefern er auf die Durchführung der Ersatzvornahme hätte Einfluss nehmen wollen und können und dass sie dadurch billiger ausgefallen wäre. Entgegen seiner Meinung hat deshalb die Frage, ob sich die verantwortlichen Organe mit seiner Verhaftung strafbar gemacht haben, auf den Ausgang des vorliegenden Verfahrens keinen Einfluss.
d) Die Rüge der fehlenden gesetzlichen Grundlage für die Auferlegung der Ersatzvornahmekosten ist vor dem Verwaltungsgericht nicht erhoben worden. Auch die Höhe der Kosten hat der Beschwerdeführer vor dem Verwaltungsgericht nicht beanstandet.
aa) Neue tatsächliche Vorbringen sind bei staatsrechtlichen Beschwerden, welche die Erschöpfung des kantonalen Instanzenzuges voraussetzen, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, nicht zulässig; neue rechtliche Vorbringen sind zulässig, wenn es sich nicht um eine reine Willkürbeschwerde handelt, die letzte Instanz volle Überprüfungsbefugnis besass und das Recht von Amtes wegen anzuwenden hatte (vgl. Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl. , Bern 1994, S. 369 f.). Dabei gilt die im Rahmen einer Beschwerde wegen Verletzung der Eigentumsgarantie erhobene Rüge der mangelhaften gesetzlichen Grundlage auch bei auf Willkür beschränkter Kognition des Bundesgerichts nicht als mit der Willkürbeschwerde zusammenfallend (<ref-ruling>).
bb) Der Beschwerdeführer hat die einzelnen Posten der Kostenberechnung der Gemeinde und ihre Höhe vor dem Verwaltungsgericht nicht beanstandet, obschon ihm das zumutbar gewesen wäre. Auf die diesbezüglichen tatsächlichen Vorbringen in der staatsrechtlichen Beschwerde, insbesondere auch die Rüge, in den auferlegten Kosten seien zu Unrecht solche für den "illegalen Verhaftbefehl" enthalten, ist nach den unter Erwägung aa) erwähnten Regeln nicht einzutreten.
cc) In Bezug auf die gesetzliche Grundlage gehen Lehre und Rechtsprechung davon aus, dass es weder für die Ersatzvornahme als solche noch für die Auferlegung der Kosten an den Pflichtigen einer besondern Norm bedarf, da sich die entsprechenden Befugnisse bereits aus der Vollzugskompetenz des Gemeinwesens gegenüber dem säumigen Realleistungspflichtigen ergeben (Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Aufl. , Zürich 1998, Rz. 931; François Ruckstuhl, in Peter Münch/Peter Karlen/ Thomas Geiser [Hrsg. ], Beraten und Prozessieren in Bausachen, Rz. 14.74; Max Imboden/René A. Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Bd. I, S. 310; <ref-ruling> E. 4b S. 345 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 352; <ref-ruling> E. 6 S. 411, je mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall besteht sowohl für die Ersatzvornahme als auch für die Kostenauferlegung eine ausdrückliche gesetzliche Grundlage (§ 30 lit. b VRG; § 341 des Gesetzes vom 7. September 1975 über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht [PBG]). Eines besondern Tarifs mit Festlegung der Höhe der Stundenansätze bedarf es entgegen der Meinung des Beschwerdeführers nicht, wäre es doch ohne unverhältnismässigen Aufwand nicht möglich, in einem solchen sämtliche Arten von Arbeiten zu erfassen, die je nach Bauwerk bei einer Ersatzvornahme anfallen können. Wenn der Beschwerdeführer geltend macht, die Verordnung vom 8. Dezember 1966 über die Gebühren der Gemeindebehörden (Gebührenverordnung) kenne keine stundenweise Verrechnung des Verwaltungsaufwands (sondern nur einen Rahmen für Pauschalgebühren), so übersieht er, dass sich der von der Gemeinde verrechnete Aufwand von Fr. 1'480. -- im Rahmen der tarifmässigen Pauschalgebühren für Aufsichts- und Kontrollfunktionen (§ 1 Bst. A Ziff. 4 Gebührenverordnung: Fr. 25.-- bis Fr. 1'500. --) sowie behördliche Anordnungen (§ 1 Bst. A Ziff. 5 Gebührenverordnung: Fr. 10.-- bis Fr. 3'750. --) hält und die angegebene Anzahl Stunden sowie die erwähnten Stundenansätze lediglich die Berechnungsweise wiedergeben. Von einer ungenügenden gesetzlichen Grundlage bzw. von einem verfassungswidrigen Entscheid kann auch deshalb nicht gesprochen werden.
4.- Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist somit abzuweisen. Da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war, sind die Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege nicht erfüllt und kann das entsprechende Gesuch nicht bewilligt werden (Art. 152 OG). Der Prozessbedürftigkeit des Beschwerdeführers kann hingegen bei der Festsetzung der Gerichtskosten, die entsprechend dem Ausgang des Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen sind (Art. 156 Abs. 1 OG), Rechnung getragen werden. Unter Beachtung der besonderen Umstände der vorliegenden Angelegenheit ist es gerechtfertigt, der Gemeinde Affoltern a.A. keine Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.- Dem Beschwerdeführer wird eine Gerichtsgebühr von Fr. 800. -- auferlegt.
4.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Affoltern am Albis, der Baurekurskommission II des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 7. November 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: