Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner) arbeitete seit dem 1. Januar 2000 als Verantwortlicher für Informationstechnologie bei der X._ AG (Beschwerdeführerin). Das Arbeitsverhältnis dauerte bis Ende Juli 2008. Ziff. 5.3 des Arbeitsvertrags lautet wie folgt:
"Gratifikation/13. Monatslohn
- je nach Leistung und Geschäftsgang max. 1 Monatsgehalt. Eine solche Auszahlung stellt stets eine freiwillige Leistung der Firma dar und begründet keinerlei Ansprüche des AN, auch wenn die Zahlungen während mehrerer aufeinanderfolgender Jahre ausgerichtet wurden
- bei Kündigung des Arbeitsverhältnisses in den ersten 6 Monaten besteht kein Anspruch auf pro rata Zahlung.
- Die Jahresgratifikation wird um einen Drittel gekürzt, wenn bei deren Fälligkeit der AN in gekündigtem Arbeitsverhältnis steht."
Dem Beschwerdegegner wurde seit Beginn des Arbeitsverhältnisses bis und mit 2006 jährlich ein Monatslohn als Gratifikation ausbezahlt. Vom 5. Juni 2007 bis zum 4. Dezember 2007 war der Beschwerdegegner zufolge Krankheit arbeitsunfähig. Nach seiner Genesung wurde er wegen Kündigung des Arbeitsverhältnisses bis zu dessen Beendigung freigestellt. Für das Jahr 2007 erhielt der Beschwerdegegner im November dieses Jahres noch einen halben Monatslohn als "freiwillige Gratifikation". Im Jahr 2008 erfolgte keine Zahlung mehr unter diesem Titel.
B. Mit Eingabe vom 18. November 2008 klagte der Beschwerdegegner vor dem Arbeitsgericht St. Gallen auf Zahlung von Fr. 6'240.-- (Fr. 2'880.-- als Anteil des 13. Monatslohnes 2007 und Fr. 3'360.-- pro rata 13. Monatslohn 2008) nebst Zins. Mit Entscheid vom 27. Februar 2009 verpflichtete das Arbeitsgericht die Beschwerdeführerin zur Zahlung von Fr. 3'200.-- brutto nebst Zins an den Beschwerdegegner.
C. Die Beschwerdeführerin hat den Entscheid des Arbeitsgerichts mit Beschwerde in Zivilsachen und mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten. Sie beantragt mit beiden Rechtsmitteln, den Entscheid des Präsidenten des Arbeitsgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ihrem Gesuch um aufschiebende Wirkung hat das Bundesgericht entsprochen. Der Beschwerdegegner schliesst auf Nichteintreten auf die eingereichten Rechtsmittel, eventuell auf deren Abweisung.
D. Nach Fristansetzung zur Vernehmlassung meldete sich das Kreisgericht St. Gallen, 3. Zivilkammer, mit der Mitteilung, diese Instanz sei als ordentliches Zivilgericht seit dem 1. Juni 2009 an Stelle des auf dieses Datum abgeschafften Arbeitsgerichts für die in dessen Zuständigkeitsbereich fallende Verfahren zuständig. Das Kreisgericht verzichtete auf Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend erkennt, wird vorliegend der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert von Fr. 15'000.-- (<ref-law>) nicht erreicht. Die Beschwerdeführerin macht indessen geltend, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, so dass die Beschwerde in Zivilsachen zulässig sei (<ref-law>).
1.1 Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-law>) ist sehr restriktiv auszulegen. Soweit es bei der aufgeworfenen Frage lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht, handelt es sich nicht um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.1 und 1.2 S. 495 f.). Die Voraussetzung von <ref-law> ist hingegen erfüllt, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 648 f.).
1.2 Die Beschwerdeführerin legt selbst dar, die Vorinstanz habe sie zur Ausrichtung der Gratifikation verpflichtet, weil diese nach Auffassung der Vorinstanz gemäss Arbeitsvertrag an die Leistung des Arbeitnehmers und den Geschäftsgang gebunden, die Freiwilligkeit der Ausrichtung mithin insoweit eingeschränkt gewesen sei. In der Tat stellte die Vorinstanz auf die Aussagen von B._, des Vertreters der Beschwerdeführerin, vor Gericht ab, wonach sich die Arbeitgeberin aus kaufmännischer Vorsicht die Möglichkeit habe offen halten wollen, die Gratifikation zu kürzen oder zu streichen, wobei er sich aber zuvor seinen eigenen Lohn reduzieren würde. Daraus schloss die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin habe mit dem Freiwilligkeitsvorbehalt lediglich beabsichtigt, sich die Möglichkeit offen zu lassen, bei schlechtem Geschäftsgang die Gratifikation ausnahmsweise zu kürzen oder gar gänzlich von deren Auszahlung abzusehen, nicht jedoch aus reinem Gutdünken oder aus "unsachgerechten Gründen". Die Vorinstanz hat somit die Streitsache danach entschieden, was die Beschwerdeführerin im zu beurteilenden Einzelfall mit der streitigen Klausel tatsächlich hat zum Ausdruck bringen wollen. Eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung ist nicht gegeben.
2. 2.1 Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (<ref-law>). Das setzt voraus, dass die vor Bundesgericht erhobenen Rügen mit keinem kantonalen Rechtsmittel hätten geltend gemacht werden können. Gemäss Art. 254 lit. c der bei Erlass des angefochtenen Entscheides in Kraft stehenden Fassung des Zivilprozessgesetzes vom 20. Dezember 1990 (ZPO/SG; sGS 961.2) kann indessen mit Rechtsverweigerungsbeschwerde beim Kantonsgericht geltend gemacht werden, ein Arbeitsgericht habe bei Ausübung der Befugnisse willkürlich gehandelt (vgl. LEUENBERGER/UFFER-TOBLER, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, 1999, N. 5a zu <ref-law>/SG, die insoweit von einer eigentlichen kantonalen Willkürbeschwerde sprechen und in N. 5b ausdrücklich festhalten, die Willkür könne sich auf die Rechtsanwendung oder die Feststellung des Sachverhalts beziehen). Die Beschwerdeführerin rügt vor Bundesgericht die Verletzung des Willkürverbots bei der Anwendung von <ref-law> und von <ref-law>. Diese Rügen hätte sie nach dem Gesagten mit der Rechtsverweigerungsbeschwerde erheben können. Insoweit erweist sich der angefochtene Entscheid nicht als letztinstanzlich. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde steht dafür nicht zur Verfügung.
2.2 Darüber hinaus wird die Verfassungsbeschwerde auch den gemäss <ref-law> geltenden formellen Anforderungen von <ref-law> nicht gerecht. Danach ist darzulegen, welche verfassungsmässigen Rechte oder unbestrittenen Rechtsgrundsätze inwiefern verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 143; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444 mit Hinweis). Denn das Bundesgericht prüft im Verfassungsbeschwerdeverfahren nur klar und detailliert erhobene Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen).
2.3 In der subsidiären Verfassungsbeschwerde wirft die Beschwerdeführerin dem Arbeitsgericht eine willkürliche Anwendung von <ref-law> vor. Sie stützt sich zur Begründung indessen einzig auf den Wortlaut der Gratifikationsvereinbarung und übergeht, dass die Vorinstanz deren Bedeutung in Würdigung der Aussage von B._ aufgrund ihres tatsächlichen Willens ermittelt hat. Inwiefern das Arbeitsgericht auf der Grundlage dieses Sachverhalts Bundesrecht willkürlich angewandt haben soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Dasselbe gilt mit Bezug auf die Rüge, das Arbeitsgericht habe <ref-law> ohne Angabe von Gründen in Abweichung vom Gesetzeswortlaut und vom Willen des Gesetzgebers und damit in Verletzung von <ref-law> ausgelegt. Inwiefern dies mit Blick auf den festgestellten Willen der Beschwerdeführerin der Fall sein soll, geht aus der Begründung der Beschwerde nicht hervor. Somit erwiese sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde, wäre sie denn zulässig, als nicht hinreichend begründet.
3. Nach dem Gesagten kann weder auf die Beschwerde in Zivilsachen noch auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde eingetreten werden. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin als vor Bundesgericht unterliegende Partei kosten- und entschädigungspflichtig, wobei nach <ref-law> in Streitigkeiten aus einem Arbeitsverhältnis nur eine reduzierte Gerichtsgebühr in Ansatz kommt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kreisgericht St. Gallen, 3. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak