Vu:
le recours déposé par X._ AG contre l'arrêt rendu le 15 juillet 2011 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud en matière de marché public de fournitures en faveur du Centre hospitalier universitaire vaudois,
le courrier du 20 septembre 2011 de la recourante signifiant le retrait de son recours,
le courrier de l'adjudicataire du 23 septembre 2011 exposant ses dépens,
les observations de la recourante sur ce dernier courrier,
l'<ref-law>,

considérant:
qu'il convient de prendre acte du retrait du recours et de rayer la cause du rôle,
que le montant du marché en cause s'approche de 4 mio de francs,
que l'adjudicataire avait commencé la préparation de la réponse au recours lorsque le retrait a été annoncé,
qu'en revanche, la réponse n'a pas dû être déposée,
qu'en l'espèce, les frais de justice, réduits, sont mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1, 2 et 3 LTF), qui versera en outre une indemnité de partie à Y._ AG, qui obtient gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel (<ref-law>),

par ces motifs, le Président ordonne:
1. La cause 2C_248/2011 est rayée du rôle par suite de retrait du recours.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de dépens de 8'000 fr. à charge de X._ AG est allouée à Y._ AG.
4. La présente ordonnance est communiquée aux mandataires des parties et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 4 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey