Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zug wies am 2. März 2010 die Berufung von X._ gegen seine erstinstanzliche Verurteilung ab und verurteilte ihn wegen Gefährdung des Lebens, einfacher Körperverletzung, Sachbeschädigung, Drohung, etc. zu einer Freiheitsstrafe von 30 Monaten. Es ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe auf.
B. B.a Mit Eingaben vom 27. Juni und vom 16. Juli 2012 beantragte X._, dieses Urteil zu revidieren.
Mit Präsidialverfügung vom 10. September 2012 setzte das Obergericht für das Revisionsverfahren Rechtsanwalt Y._, Zürich, als amtlichen Verteidiger von X._ ein.
Am 8. Oktober 2012 beantragte X._ einen Wechsel des amtlichen Verteidigers.
Mit Präsidialverfügung vom 31. Oktober 2012 wies das Obergericht das Gesuch von X._ um Wechsel des amtlichen Verteidigers ab.
B.b Am 19. November 2012 ersuchte Rechtsanwalt Y._ seinerseits um einen Wechsel des amtlichen Verteidigers.
Mit Präsidialverfügung vom 10. Dezember 2012 wies das Obergericht das Gesuch von Rechtsanwalt Y._ um Wechsel des amtlichen Verteidigers ab.
C. Mit Beschwerde vom 6. Januar 2013 beantragt X._, die Präsidialverfügung vom 10. Dezember 2012 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, Oberrichter P. Kuhn anzuweisen, wegen Befangenheit in den Ausstand zu treten, die Kosten des Beschwerdeverfahrens der Beschwerdegegnerschaft aufzuerlegen und ihm unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
D. Rechtsanwalt Y._ und die Staatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung. Oberrichter Kuhn beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten oder sie abzuweisen.
Repliken sind innert Frist keine eingegangen. Das Obergericht reicht einen von ihm an den sich im Hungerstreik befindenden X._ gerichteten Brief vom 20. März 2013 ein.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über den Wechsel des amtlichen Verteidigers in einem Revisionsverfahren gegen ein Strafurteil; dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 BGG). Er schliesst das Verfahren indessen nicht ab; es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde u.a. dann zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>). Die Ablehnung eines Gesuchs um einen Wechsel des amtlichen Verteidigers hat in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur zur Folge (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2b; zur Veröffentlichung bestimmter Entscheid 1B_387/2012 vom 24. Januar 2013, E. 1.1). Der Beschwerdeführer legt unter Verletzung seiner Begründungspflicht von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2) nicht dar, weshalb dies vorliegend ausnahmsweise (dazu <ref-ruling> E. 4) der Fall sein könnte. Das ist auch nicht ersichtlich, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer legt zudem mit keinem Wort dar, inwiefern der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt. Auch aus diesem Grund kann auf die Beschwerde wegen Verletzung der Begründungspflicht von <ref-law> nicht eingetreten werden.
Der Beschwerdeführer begründet in seiner Beschwerde lediglich sein gegen Oberrichter Kuhn gerichtetes Ausstandsbegehren. Dieses Begehren erhebt er indessen erstmals vor Bundesgericht. Es ist neu und damit unzulässig (<ref-law>).
Ist somit auf die Beschwerde bereits aus den erwähnten Gründen nicht einzutreten, kann offen bleiben, ob der Beschwerdeführer überhaupt legitimiert wäre, sie zu erheben. Das erscheint fraglich, nachdem er die Präsidialverfügung des Obergerichts vom 31. Oktober 2012, mit welchem das von ihm selber gestellte Gesuch um einen Wechsel des amtlichen Verteidigers abgewiesen wurde, unangefochten liess und er sich am hier zu beurteilenden, durch das Gesuch von Rechtsanwalt Y._ ausgelöste Verfahren vor Obergericht nicht beteiligte (vgl. <ref-law>).
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Unter den vorliegenden Umständen rechtfertigt sich, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, III. Abteilung, Rechtsanwalt Y._ und dem Obergericht des Kantons Zug, Präsident der Strafabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi