Faits:
A. Par jugement du 5 avril 2007, le Tribunal de police du district du Locle a condamné X._ pour abus de confiance et faux dans les titres à une peine pécuniaire de 50 jours-amende assortie du sursis pendant 2 ans. Le montant du jour-amende a été fixé à 60 fr.
Cette autorité a retenu en substance les faits suivants. X._ a exercé une activité de comptable auprès de la Fondation A._ au Locle. A une époque où elle était seule responsable de la caisse, elle a effectué deux prélèvements frauduleux pour un montant total de 3'236.60 fr. et a passé deux écritures fausses pour masquer ces prélèvements. S'agissant d'autres inscriptions litigieuses, le Tribunal a estimé qu'un doute planait quant à l'origine des différences constatées, doute qui devait profiter à l'accusée.
B. Par arrêt du 28 novembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le pourvoi formé par X._ contre ce jugement.
C. Invoquant l'interdiction de l'arbitraire et le principe "in dubio pro reo", X._ conclut, sous suite de frais, à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause pour nouveau jugement.

Considérant en droit:
1. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir apprécié de manière arbitraire les preuves dont elle disposait. Elle conteste avoir passé de fausses écritures pour masquer des prélèvements indus et prétend avoir fourni des explications plausibles concernant les deux écritures litigieuses. Elle allègue que les pièces qu'on l'accuse d'avoir comptabilisées à double ne l'avaient pas été par la précédente responsable et qu'il n'existe aucune preuve des actes qui lui sont imputés. Enfin, elle se demande pourquoi il n'est pas question d'accuser d'autres personnes, notamment les comptables qui l'ont précédée ou le directeur de la fondation.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable. Il faut encore qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1, p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17 et les arrêts cités).
L'appréciation des preuves est en particulier arbitraire lorsque le juge de répression n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Il en va de même lorsqu'il retient unilatéralement certaines preuves ou lorsqu'il rejette des conclusions pour défaut de preuves, alors que l'existence du fait à prouver résulte des allégations et du comportement des parties (<ref-ruling> consid. 1b p. 30). Il ne suffit pas qu'une interprétation différente des preuves et des faits qui en découlent paraisse également concevable pour que le Tribunal fédéral substitue sa propre appréciation des preuves à celle effectuée par l'autorité de condamnation, qui dispose en cette matière d'une grande latitude. En serait-il autrement, que le principe de la libre appréciation des preuves par le juge du fond serait violé (<ref-ruling> consid. 2d p. 37 s.).
La recourante présente une argumentation de nature purement appellatoire, qui consiste à opposer sa propre version des faits à celle retenue par l'autorité cantonale, sans montrer en quoi celle-ci serait insoutenable. Une telle motivation ne satisfait pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF tel qu'il a été précisé par la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254 et les références citées).
Par ailleurs, l'arrêt attaqué constate que c'est bien la recourante, seule responsable de la caisse à cette époque, qui a passé les écritures litigieuses. L'autorité cantonale a fondé sa conviction sur des déclarations de la recourante elle-même, qui a expressément admis avoir inscrit l'une des écritures. La personne qui l'interrogeait ayant relevé que le montant en question avait été sorti deux fois de la caisse, la recourante a simplement déclaré que c'était inexplicable, précisant que c'était bien elle qui avait remis l'argent à B._. Concernant la seconde écriture, la recourante a admis que la somme en question avait été sortie deux fois du compte alors qu'il n'y avait qu'un justificatif et que l'argent n'avait été remis qu'une fois à B._. Compte tenu de ces éléments, l'appréciation des preuves faite par l'autorité cantonale n'apparaît pas insoutenable et l'argumentation de la recourante ne montre pas que tel serait le cas.
2. La recourante invoque en outre le principe "in dubio pro reo", soutenant qu'il subsistait à tout le moins un doute qui devait lui profiter.
Le principe "in dubio pro reo" est le corollaire de la présomption d'innocence garantie par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH, qui ont la même portée. Il régit tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. En tant que règle de l'appréciation des preuves, il signifie que le juge ne peut se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé lorsqu'une appréciation objective de l'ensemble des éléments de preuve laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait (<ref-ruling> consid. 2a p. 41 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral ne revoit que sous l'angle de l'arbitraire la question de savoir si le juge aurait dû éprouver un doute, c'est-à-dire celle de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2 p. 40 ss; <ref-ruling> consid. 4 p. 211; <ref-ruling> consid. 2d p. 37/38).
La recourante ne prétend pas qu'elle aurait été condamnée faute d'avoir pu prouver son innocence, ni que l'autorité cantonale l'aurait condamnée bien qu'elle ait éprouvé un doute quant à sa culpabilité. Son grief tend en réalité à se plaindre de ce que l'appréciation des preuves aurait été faite de manière arbitraire. Il se confond donc avec celui d'arbitraire qui a déjà été examiné.
3. Mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, les frais de la procédure étant mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante qui succombe.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 17 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay