Baubewilligung und Immissionen (Luftreinhaltung), hat sich ergeben:
A.- Nachdem die Baugesuchszentrale (heute: Koordinationsstelle Baugesuche) des Baudepartements des Kantons Aargau am 10. Juni 1998 dem Vorhaben zugestimmt hatte, erteilte der Gemeinderat Reinach der einfachen Gesellschaft Y._, bestehend aus D.Y._, E.Y._ und F.Y._ am 29. Juni 1998 die Baubewilligung für die Erweiterung des Landwirtschaftsbetriebes G._ auf der Parzelle Nr. zzz in der Landwirtschaftszone von Reinach. Das Projekt sieht die Errichtung eines Zweiraum-Laufstalles für 60 Milchkühe und 90 Rindviehmasttiere mit Jauchegrube und Siloanlage sowie Lager- und Nebenräumen vor. Die Bewilligung umfasst die Prüfung der Umweltverträglichkeit (UVP) gestützt auf einen entsprechenden Bericht im Sinne von Art. 9 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG, SR 814. 01).
A.X._, B.X._ und C.X._ sowie die X._ AG gelangten gegen den Bewilligungsentscheid an den Regierungsrat des Kantons Aargau, der die Beschwerde am 28. April 1999 abwies. Auch ein Weiterzug an das kantonale Verwaltungsgericht blieb ohne Erfolg.
B.- A.X._, B.X._ und C.X._ sowie die X._ AG haben am 3. April 2001 gegen das Urteil des Verwaltungsgerichtes vom 27. Oktober 2000 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Sie beantragen die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Verweigerung der Baubewilligung für die Stallbauten.
Das Verwaltungsgericht verzichtete auf Stellungnahme.
Der Regierungsrat und die einfache Gesellschaft Y._ beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) nahm am 24. August 2001 zur Sache Stellung und verlangte zusätzliche Abklärungen. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich dazu zu äussern.
C.- Der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung erteilte der Beschwerde am 18. Mai 2001 die aufschiebende Wirkung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zulässig gegen Verfügungen, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen oder hätten stützen sollen (Art. 97 OG in Verbindung mit <ref-law>), sofern diese von einer in Art. 98 OG genannten Vorinstanz erlassen worden sind und keiner der in Art. 99 ff. OG oder in der Spezialgesetzgebung vorgesehenen Ausschlussgründe greift. Sodann unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemischtrechtliche Verfügungen bzw.
auf unselbständiges kantonales Ausführungsrecht zum Bundesrecht gestützte Anordnungen sowie auf übrigem kantonalem Recht beruhende Anordnungen, die einen hinreichend engen Sachzusammenhang mit der im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu beurteilenden Frage des Bundesverwaltungsrechts aufweisen. Soweit dem angefochtenen Entscheid selbständiges kantonales Recht ohne den genannten Sachzusammenhang zum Bundesrecht zugrunde liegt, steht die staatsrechtliche Beschwerde zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1a/aa S. 361).
Soweit die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig ist, kann der Beschwerdeführer auch eine Verletzung von Bundesverfassungsrecht, das zum Bundesrecht im Sinne von Art. 104 lit. a OG gehört, rügen (<ref-ruling> E. 2d/bb S. 47 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführer rügen ausschliesslich die Verletzung des Umweltschutzgesetzes bzw. der Luftreinhalte-Verordnung vom 16. Dezember 1985 (LRV, SR 814. 318.142. 1). Diese Rügen können ohne weiteres im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde behandelt werden.
b) Die Beschwerdeführer sind Grundeigentümer in der unmittelbaren Nachbarschaft des Baugrundstückes. Sie sind durch die angefochtene Verfügung beschwert und haben ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung (Art. 103 lit. a OG).
Auch die übrigen Voraussetzungen für die Behandlung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde sind erfüllt. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.- Der geplante Stall ist eine ortsfeste Anlage im Sinne von <ref-law>, bei deren Betrieb Geruchsemissionen verursacht werden. Zu entscheiden ist, ob die erforderlichen Massnahmen zur Emissionsbegrenzung angeordnet wurden.
a) Das Verwaltungsgericht hat erwogen, Tierhaltungsanlagen hätten als vorsorgliche Emissionsbegrenzung im Sinne von Art. 3 Abs. 2 LRV die Mindestabstände zu bewohnten Zonen gemäss Ziff. 512 des Anhangs 2 LRV einzuhalten. Diese Abstände seien entsprechend dem Bericht Nr. 476 der eidgenössischen Forschungsanstalt für Agrarwirtschaft und Landtechnik, "Mindestabstände von Tierhaltungsanlagen", Tänikon 1995 (im Folgenden: FAT-Bericht), festzulegen. Unter "bewohnten Zonen" im Sinne von Anhang 2 Ziff. 512 LRV seien entsprechend dem FAT-Bericht Bauzonen nach Art. 15 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG, SR 700) zu verstehen, die vorwiegend der Wohnnutzung dienten.
Vorliegend ergebe sich ein Mindestabstand von 80 m, der gegenüber den nächstgelegenen bewohnten Zonen eingehalten sei. Jenseits der Kantonsstrasse 242 liege die Industriezone C "H._". Hier gelangten die Abstandsvorschriften nicht zur Anwendung. Hingegen sei zu prüfen, ob im Projekt die möglichen vorsorglichen Massnahmen zur Emissionsbegrenzung vorgesehen seien. Dies sei zu bejahen. Somit stelle sich als drittes die Frage, ob in dieser Industriezone übermässige Immissionen zu erwarten seien, die Anlass zu verschärften Emissionsbegrenzungen geben würden. Dies sei nicht der Fall.
Das vom Verwaltungsgericht eingehaltene Prüfprogramm ist nicht zu beanstanden. Zu untersuchen ist in erster Linie, entsprechend den von den Beschwerdeführern vorgebrachten Rügen, ob die voraussichtlichen Immissionen in der Industriezone als übermässig und daher als nicht hinzunehmen gelten müssen.
b) Vorab ist festzuhalten, dass das Verwaltungsgericht seinen Erwägungen eine korrekte Berechnung des Mindestabstandes gegenüber bewohnten Zonen zu Grunde gelegt hat. Namentlich trifft es zu, dass die vorliegend vorgesehene Haltung der Tiere in einem auf einer Seite offenen Freilaufstall keinen Anlass gibt, bei der Ermittlung des Geruchsbelastungsfaktors (fg) gemäss Tabelle 1 des FAT-Berichtes eine Reduktion wegen Aufenthaltes im Freien vorzunehmen.
Dieser Abzug ist nur für Fälle vorgesehen, in denen die Tiere einen erheblichen Teil der Zeit im Freien, d.h. gänzlich ausserhalb des Stalles, weiden können oder auf der Alp verbringen.
Auch Reduktionen des Normabstandes sind für Offenfrontstall, Kaltstall und Freilaufhaltung nur bei Schweinen, Mastkälbern und Geflügel vorgesehen, nicht hingegen bei Rindvieh (Tab. 2 Ziff. 3 FAT-Bericht). Das Verwaltungsgericht hat daher mit Recht erwogen, dass vorliegend der Normabstand gleich dem Mindestabstand sei.
Im Weiteren gelten reine Industrie- und Gewerbezonen entsprechend den Begriffsumschreibungen des FAT-Berichtes (S. 16) nicht als bewohnte Zonen im Sinne von Anhang 2 Ziff. 512 LRV (Urteil des Bundesgerichts vom 25. November 1996, URP 1997 S. 205 E. 3c), ebenso wenig wie Landwirtschaftszonen (vgl. <ref-ruling> E. 4a).
c) Dies hat nicht zur Folge, dass Nachbarn, die ausserhalb von "bewohnten Zonen" wohnen, überhaupt keinen Anspruch auf Schutz vor lästigen oder schädlichen Immissionen besitzen. Namentlich ist zu prüfen, ob die möglichen vorsorglichen Massnahmen zur Minderung der Emissionen getroffen wurden. Als solche Massnahmen kommen etwa ein anderes Fütterungssystem oder eine verbesserte Lüftung in Frage, aber auch die Suche nach einem geeigneteren Standort (<ref-ruling> E. 4b S. 45 f.; FAT-Bericht S. 11 f.). Das Verwaltungsgericht hat erwogen, dass Verbesserungen bei der Fütterung, der Behandlung der tierischen Abgänge und bei der Lüftung nicht ersichtlich seien. Diese Folgerung, der die Beschwerdeführer nichts entgegenhalten, erscheint zutreffend.
Hingegen fehlen im angefochtenen Entscheid Ausführungen zur Frage, ob eine günstigere Plazierung des Bauvorhabens möglich sei - sei es auf einem anderen Grundstück der Beschwerdeführer, sei es auf der Parzelle Nr. zzz selbst.
d) Schliesslich hat das Verwaltungsgericht geprüft, ob auf dem Industriegrundstück der Beschwerdeführer übermässige Immissionen zu erwarten seien. Auszugehen sei grundsätzlich vom FAT-Bericht, wonach dann, wenn der halbe vorsorgliche Mindestabstand unterschritten wird, mit übermässigen Immissionen zu rechnen sei. Diese Grenze von 40 m sei gegenüber der Industriezone "H._" klar unterschritten, weil hier ein Gebäude in nur 25 m Abstand vom geplanten Stall errichtet werden könnte. Im konkreten Fall sei diese Abstandsunterschreitung jedoch hinzunehmen. Es sei zu berücksichtigen, dass die Immissionsempfindlichkeit der Industriezone geringer sei als jene der Wohnzone, dass die Rindviehhaltung generell zu weniger störenden Gerüchen führe als etwa die Schweinehaltung, und vor allem auch, dass im Gebiet der projektierten Stallbaute das ganze Jahr hindurch Westwinde vorherrschten, weshalb die Emissionen von der im Westen des Stalls gelegenen Industriezone "H._" weggetragen würden. Es sei daher nicht zu erwarten, dass diese Industriezone übermässigen Geruchsimmissionen ausgesetzt sein werde.
Zwar befasst sich der FAT-Bericht in erster Linie mit der vorsorglichen Emissionsbegrenzung. Wie das Verwaltungsgericht mit Recht erwogen hat, kann der Bericht aber auch als Hilfsmittel zur Beantwortung der Frage beigezogen werden, ob eine Tierhaltungsanlage voraussichtlich übermässige Immissionen verursachen wird. Dies ist zu erwarten, wenn der halbe Mindestabstand unterschritten ist (FAT-Bericht S. 7). Von dieser Faustregel ist auszugehen, solange nicht aufgrund genauerer Abklärungen etwas anderes zu erwarten ist.
Die weitere Begründung des Verwaltungsgerichts in dieser Frage überzeugt nicht. Zunächst kann in diesem Zusammenhang nicht argumentiert werden, die Industriezone weise generell eine geringere Immissionsempfindlichkeit auf als eine Wohnzone. Die Feststellung ist zwar grundsätzlich richtig; deshalb wird die Anwendbarkeit der ordentlichen Mindestabstandsvorschriften auf Industriezonen ja auch verneint.
Dieses Argument darf aber nicht doppelt gewichtet werden, da auf diese Weise die in der Industrie- und Gewerbezone Arbeitenden den Schutz vor Geruchsimmissionen praktisch ganz verlören. Hinzu kommt im konkreten Fall noch, dass die betroffene Industriezone C gemäss § 25 der Bauordnung der Gemeinde Reinach vom 16. November 1994 einer Gewerbezone entspricht, die für mässig störendes Gewerbe sowie für Dienstleistungen bestimmt ist. In dieser Zone können demnach Betriebe angesiedelt werden, die selbst keine oder bloss mässige Immissionen verursachen, deren Immissionsempfindlichkeit indessen durchaus nicht zum vornherein gering sein muss. Keine Rolle kann es spielen, dass die betroffene Parzelle der Beschwerdeführer zur Zeit nicht überbaut ist, da eine Überbauung jederzeit möglich ist. Weiter trifft es wohl zu, dass der Geruch aus einer Rindviehhaltung regelmässig weniger stört als jener aus Schweine- oder Geflügelhaltung.
Auch diesem Aspekt wird jedoch durch den Geruchsbelastungsfaktor bereits bei der Berechnung der Mindestabstände, und damit auch bei der Berechnung des halben Mindestabstandes, Rechnung getragen.
Die Ermittlung des Mindestabstandes gemäss FAT-Bericht nimmt entgegen der Ansicht der Beschwerdegegner auf die Häufigkeiten von Windrichtungen keine Rücksicht (vgl.
FAT-Bericht S. 6, Sonderfälle). Es ist daher grundsätzlich richtig, gesicherte Erkenntnisse über besondere Windeinflüsse in die Beurteilung der zu erwartenden Immissionen einzubeziehen.
Der Umweltverträglichkeitsbericht vom 21. Juli 1997 führt hierzu (lediglich) aus, nach Auskunft von Anwohnern herrschten in der Regel Winde in west-östlicher Richtung gegen den Reinacher Homberg. Winde von südlicher Richtung seien sehr selten (S. 10). Die kantonalen Instanzen haben diese Darstellung übernommen, obwohl nicht dokumentiert ist, wer befragt wurde, welches die Fragestellung war und wie die Antworten lauteten. Das BUWAL kritisiert diese Sachverhaltsermittlung zu Recht. Sie ist, jedenfalls bei einem UVP-pflichtigen Vorhaben, offensichtlich unvollständig im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG. Es genügt nicht, auf nicht näher spezifizierte Auskünfte von Anwohnern und die Lebenserfahrung abzustellen. Gemäss FAT-Bericht sind allfällige Hinweise von Anwohnern mit einer Standortanalyse und/oder Windmessungen von Wetterstationen der Schweizerischen Meteorologischen Anstalt (heute: MeteoSchweiz) zu verifizieren. Vorliegend würde neben der Häufigkeit von Westwindlagen der Anteil an Calmen und Bisenlagen sowie allfällige lokale Einflüsse (Steig- und Fallwinde am Homberg) interessieren, wozu überhaupt keine Angaben vorliegen. Berechtigt erscheint die Kritik des BUWAL auch insofern, als keine qualifizierte Beurteilung dazu vorliegt, inwiefern der errechnete Mindestabstand von 40 m entsprechend den Windeinflüssen angepasst bzw. gesenkt werden kann.
Solange nicht schlüssig geklärt ist, ob aufgrund der Windsituation der Mindestabstand auf ca. 25 m gesenkt werden kann, muss in der Industriezone "H._" mit übermässigen Geruchsimmissionen gerechnet werden. Zu ihrer Vermeidung wären verschärfte Emissionsbegrenzungen erforderlich.
In diesem Zusammenhang stellt sich wie erwähnt insbesondere auch die nicht hinreichend geklärte Frage, ob die projektierte Stallbaute nicht günstiger plaziert werden kann. Die entsprechenden Abklärungen sind nachzuholen.
e) Der Vollständigkeit halber sei beigefügt, dass es ausschliesslich Sache der Bauherrschaft ist, ob sie die Unterschreitung des halben Mindestabstandes zu ihrem auf der Bauparzelle gelegenen Wohnhaus in Kauf nehmen will oder nicht. Insofern ist dem angefochtenen Entscheid ohne Weiteres beizupflichten.
3.- Die Beschwerde ist daher gutzuheissen und die Angelegenheit zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten den Beschwerdegegnern aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Diese haben zudem die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 27. Oktober 2000 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Beschwerdegegnern auferlegt.
3.- Die Beschwerdegegner haben die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Regierungsrat, Rechtsdienst, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau,
3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 12. November 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: