Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Im Beschwerdeverfahren um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen ist die Überprüfungsbefugnis des Eidgenössischen Versicherungsgerichts nicht auf die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens beschränkt, sondern sie erstreckt sich auch auf die Angemessenheit der angefochtenen Verfügung; das Gericht ist dabei nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden und kann über die Begehren der Parteien zu deren Gunsten oder Ungunsten hinausgehen (Art. 132 OG).
2.- a) Die Vorinstanz hat die vorliegend massgeblichen gesetzlichen Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (<ref-law>), den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 1bis IVG) und die Bemessung der Invalidität von Erwerbstätigen nach der Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
b) Zu den geistigen Gesundheitsschäden, welche in gleicher Weise wie die körperlichen eine Invalidität im Sinne von <ref-law> zu bewirken vermögen, gehören neben den eigentlichen Geisteskrankheiten auch seelische Abwegigkeiten mit Krankheitswert. Nicht als Auswirkungen einer krankhaften seelischen Verfassung und damit invalidenversicherungsrechtlich nicht als relevant gelten Beeinträchtigungen der Erwerbsfähigkeit, welche die versicherte Person bei Aufbietung allen guten Willens, Arbeit in ausreichendem Masse zu verrichten, zu vermeiden vermöchte, wobei das Mass des Forderbaren weitgehend objektiv bestimmt werden muss. Es ist somit festzustellen, ob und in welchem Masse eine versicherte Person infolge ihres geistigen Gesundheitsschadens auf dem ihr nach ihren Fähigkeiten offen stehenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt erwerbstätig sein kann. Dabei kommt es darauf an, welche Tätigkeit ihr zugemutet werden darf. Zur Annahme einer durch einen geistigen Gesundheitsschaden verursachten Erwerbsunfähigkeit genügt es also nicht, dass die versicherte Person nicht hinreichend erwerbstätig ist; entscheidend ist vielmehr, ob anzunehmen ist, die Verwertung der Arbeitsfähigkeit sei ihr sozial-praktisch nicht mehr zumutbar oder - als alternative Voraussetzung - sogar für die Gesellschaft untragbar (<ref-ruling>; AHI 1996 S. 302 Erw. 2a, S. 305 Erw. 1a, S. 308 Erw. 2a; ZAK 1992 S. 170 Erw. 2a mit Hinweisen).
Diese Grundsätze gelten nach der Rechtsprechung für Psychopathien, psychische Fehlentwicklungen, Trunksucht, suchtbedingten Missbrauch von Medikamenten, Rauschgiftsucht und Neurosen (ZAK 1992 S. 171 Erw. 2a mit Hinweisen).
Hinsichtlich der Neurosen ist zu beachten, dass deren Auswirkungen unter Umständen dadurch behoben werden können, dass die Versicherungsleistungen abgelehnt oder - wo gesetzlich vorgesehen - durch eine Abfindung abgegolten werden, was zur Lösung der neurotischen Fixierung führt. Ist deshalb von der Verweigerung einer Invalidenrente wahrscheinlich zu erwarten, dass die versicherte Person von den Folgen der Neurose befreit und wieder arbeitsfähig werde, so ist keine bleibende oder längere Zeit dauernde Erwerbsunfähigkeit vorhanden (<ref-ruling>; vgl. auch <ref-ruling> f., ZAK 1981 S. 134 ff.).
Die Verweigerung der Rente ist so lange aufrechtzuerhalten, als von der (neurotischen) versicherten Person eine Anstrengung zur Verwertung ihrer Arbeitsfähigkeit erwartet werden kann. Es genügt daher nicht, dass eine neurotische Person die ihr zumutbare Willensanstrengung zur Verwertung ihrer Arbeitsfähigkeit unterlässt, um dann nach einer gewissen Zeit die Rente, die sie begehrt und deren Ausrichtung sie sich bewusst oder unbewusst zum Ziele gesetzt hat, doch zugesprochen zu erhalten. Eine solche Praxis würde die erwartete therapeutische Wirkung einer Leistungsverweigerung illusorisch machen (<ref-ruling> f.).
c) Ändert sich der Grad der Invalidität eines Rentenbezügers in einer für den Anspruch erheblichen Weise, so ist gemäss <ref-law> die Rente für die Zukunft entsprechend zu erhöhen, herabzusetzen oder aufzuheben. Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen und die massgeblichen Vergleichszeitpunkte für die in dieser Bestimmung geregelte Rentenrevision zutreffend dargelegt. Darauf kann ebenfalls verwiesen werden.
3.- Das sozialversicherungsrechtliche Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren ist vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht. Danach haben Verwaltung und Sozialversicherungsgericht von sich aus für die richtige und vollständige Abklärung des Sachverhalts zu sorgen. Dieser Grundsatz gilt indessen nicht uneingeschränkt. Die behördliche und richterliche Abklärungspflicht umfasst nicht unbesehen alles, was von einer Partei behauptet oder verlangt wird. Vielmehr bezieht sie sich nur auf den im Rahmen des streitigen Rechtsverhältnisses (Streitgegenstand) rechtserheblichen Sachverhalt. Rechtserheblich sind alle Tatsachen, von deren Vorliegen es abhängt, ob über den streitigen Anspruch so oder anders zu entscheiden ist. In diesem Rahmen haben Verwaltungsbehörden und Sozialversicherungsgericht zusätzliche Abklärungen stets vorzunehmen, wenn hiezu auf Grund der Parteivorbringen oder anderer sich aus den Akten ergebenden Anhaltspunkte hinreichender Anlass besteht (RKUV 1996 Nr. U 239 S. 90 Erw. 4a; AHI 1994 S. 212 Erw. 4a, je mit Hinweisen).
4.- Im vorliegenden Fall datiert die ursprüngliche Rentenverfügung vom 2. Februar 1988. Massgebend und zu prüfen ist demnach, ob sich die für die Invaliditätsbemessung relevanten Verhältnisse seit diesem Zeitpunkt bis zum Erlass der streitigen Revisionsverfügung vom 7. März 1997 in revisionserheblicher Weise geändert haben.
5.- a) In somatischer Hinsicht ist davon auszugehen, dass der zuletzt vor der Rentenverfügung vom 2. Februar 1988 von der Beschwerdeführerin konsultierte (rheumatologische) Spezialarzt Dr. med. N._ bei ihr ein panvertebrales Syndrom (vorwiegend im Cervical- und Lumbalbereich) bei Rundrücken und Skoliose der Brustwirbelsäule diagnostiziert und aus rheumatologischer Sicht eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % bejaht hatte.
Die streitige Revisionsverfügung vom 7. März 1997 beruht auf dem Formularbericht des Orthopädischen Spezialarztes Dr. med. U._ vom 29. Januar 1997, der chronisch rezidivierende Lumbalgien und Lumboischialgien, eine Iliosakralgelenksblockierung rechts und einen Status nach Halswirbelsäulendistorsion und Schädelkontusion diagnostizierte. Zwar ist in den Vorakten nicht dokumentiert, dass die Versicherte beim Unfall vom 24. August 1980 oder später auch eine Schädelkontusion erlitten hat, doch ist ohne Belang, dass Dr. med. U._ wohl zu Unrecht einen entsprechenden posttraumatischen Zustand angenommen hat. Entscheidend ist vielmehr, dass er im Ergebnis gleich wie Dr. med. N._ im Jahre 1987 die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin als Büroangestellte nach wie vor "in der Grössenordnung" von 50 % eingeschätzt hat. Somit ist während der revisionsrechtlich relevanten Zeitspanne keine so erhebliche Verschlimmerung oder Veränderung des körperlichen Gesundheitszustandes der Versicherten eingetreten, dass als Folge davon eine Verminderung der Arbeitsfähigkeit und eine für den Rentenanspruch massgebliche Erhöhung des Invaliditätsgrades angenommen werden könnte. In somatischer Hinsicht liegt folglich keine revisionsrechtlich erhebliche Änderung der tatsächlichen Verhältnisse vor.
b) aa) Was den psychischen Gesundheitszustand betrifft, ist vorab darauf hinzuweisen, dass unter revisionsrechtlichen Gesichtspunkten auch eine Chronifizierung psychischer Störungen, die durch keine weiteren therapeutischen oder rehabilitativen Massnahmen verbessert werden können, von Bedeutung sein kann (ZAK 1989 S. 267 f. Erw. 3). Dabei ist jedoch eine deutliche Wandlung der tatsächlichen Verhältnisse in dem Sinne erforderlich, dass der Versicherte durch eine medizinisch fassbare Verschlechterung oder Veränderung des psychischen Gesundheitszustandes nunmehr an der Verwertung seiner Arbeitsfähigkeit auf dem freien Arbeitsmarkt gehindert ist. Lediglich eine neue Würdigung des medizinischen Sachverhaltes (<ref-ruling> Erw. 4a/bb, 110 V 292 Erw. 2a; SVR 1996 IV Nr. 70 S. 204 Erw. 4a, je mit Hinweisen) oder der blosse Zeitablauf (<ref-ruling>) genügen auch in diesem Zusammenhang nicht.
Diese Revisionsgrundsätze gelten nicht nur bezüglich krankhafter psychischer Störungen, deren invalidisierende Wirkungen anlässlich der ursprünglichen Rentenverfügung verneint wurden, sondern auch für Störungen, welchen beim Erlass der früheren rechtskräftigen Verfügung kein Krankheitswert im Rechtssinne beigemessen wurde.
bb) Es steht fest, dass die Beschwerdeführerin nach dem Unfall vom 24. August 1980 ab 15. Juni 1981 vom Psychiater Dr. med. M._ psychotherapeutisch behandelt wurde. Dieser Arzt hat zunächst ein traumatisch ausgelöstes, typisch depressives Syndrom bei prätraumatischer Disposition zu depressiven Entwicklungen und Reaktionen diagnostiziert (Gutachten vom 14. September 1981). Später, nachdem der neurologische und psychiatrische Spezialarzt Dr. med. X._ ein pseudoneurasthenisches Zustandsbild, das durch den Unfall vom 24. August 1980 ausgelöst worden sei und bei dem der Verlauf zu einer Dekompensation des schon vorher labilen psychischen Gleichgewichts geführt habe, festgestellt hatte (Gutachten vom 25. Februar 1983), hat er eine chronifiziert verlaufende depressive Entwicklung bei deutlich unfallneurotischer Fixierung (Bericht vom 30. April 1984) bzw. eine depressiv gefärbte Neurose und ein chronifiziertes und psychisch fixiertes Schmerzsyndrom (Cervicalsyndrom HWS) mit Dekompensation des schon prätraumatisch labilen psychischen Gleichgewichts diagnostiziert (Formularberichte vom 26. Juli 1984 und 22. Juni 1987). Diesem psychischen Gesundheitsschaden mit Krankheitswert hat die Invalidenversicherungskommission in Übereinstimmung mit den vorstehend (Erw. 2b) dargelegten Rechtsgrundsätzen auch noch im Rahmen der ursprünglichen Rentenverfügung vom 2. Februar 1988 invalidisierende Wirkungen abgesprochen. Denn der ärztliche Dienst des BSV hatte in seiner Stellungnahme vom 13. März 1985 festgehalten, die Ausrichtung einer ganzen Rente würde für die Motivation der Versicherten wohl den "Todesstoss" bedeuten, was vorerst zur Verneinung einer Invalidität und eines Rentenanspruchs (mit Verfügung vom 11. Oktober 1985) führte, weil der von der Invalidenversicherungskommission konsultierte Neurologe Dr. med. S._ in seinem Gutachten vom 16. September 1985 zum Schluss gelangt war, die Beschwerdeführerin sei als Büroangestellte voll arbeitsfähig (vgl. Sitzungsprotokoll vom 15. August 1985). Dass die Invalidenversicherungskommission rund zwei Jahre später dann doch einen Invaliditätsgrad von 50 % ermittelte, war nicht etwa darauf zurückzuführen, dass nun die Verwertung der vorhandenen Arbeitsfähigkeit als für die Versicherte oder die Gesellschaft unzumutbar erachtet wurde, sondern darauf, dass der rheumatologische Spezialarzt Dr. med. N._ und übereinstimmend der Psychiater Dr. med. M._ in ihren Berichten vom 2. März und 22. Juni 1987 ausgeführt hatten, an einer Arbeitsfähigkeit von 50 %, die auch als "Therapie zu werten" sei, müsse unbedingt festgehalten werden. Die ursprüngliche Rentenverfügung vom 2. Februar 1988 beruhte somit weiterhin auf der Annahme, durch die Verweigerung einer ganzen Rente würden die eigenen Anstrengungen der Versicherten zur Verwertung wenigstens ihrer hälftigen Arbeitsfähigkeit unterstützt. Die Beschwerdeführerin war dann in der Tat von Oktober 1987 bis Ende Dezember 1988 nochmals als kaufmännische Hilfsangestellte zu 50 % erwerbstätig und hat erst seit 1989 nie mehr eine Erwerbstätigkeit aufgenommen.
cc) Im Zuge der der steitigen Revisionsverfügung vom 7. März 1997 vorausgegangenen Abklärungen hat es die IV-Stelle ausdrücklich abgelehnt, die Entwicklung der psychischen Krankheit der Versicherten seit der ursprünglichen Rentenverfügung vom 2. Februar 1988 durch einen psychiatrischen Spezialarzt beurteilen zu lassen. Für den Rentenanspruch ist es aber - wie oben in Erw. 5b/aa dargelegt - von ausschlaggebender Bedeutung, ob seither bezüglich des depressiv gefärbten neurotischen Gesundheitsschadens mit psychisch fixiertem Schmerzsyndrom eine deutliche Wandlung der tatsächlichen Verhältnisse im Sinne einer medizinisch fassbaren Veränderung oder Verschlechterung eingetreten ist, so dass der Beschwerdeführerin die Verwertung ihrer hälftigen Arbeitsfähigkeit auf dem freien Arbeitsmarkt nicht mehr zumutbar wäre. Die Unterlassung entsprechender Abklärungen stellt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (oben Erw. 3) und damit des Bundesrechts dar. Der angefochtene Entscheid vom 29. Oktober 1999 und die streitige Verfügung vom 7. März 1997 sind daher aufzuheben und die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie die revisonsrechtlich erhebliche Entwicklung/Veränderung des psychischen Gesundheitszustandes der Versicherten und der daraus resultierenden zumutbaren Arbeitsfähigkeit durch Einholung eines psychiatrischen Gutachtens abkläre.
6.- Die Beschwerdeführerin beantragt Rückweisung der Streitsache an die IV-Stelle zwecks Wiedererwägung der ursprünglichen Rentenverfügung vom 2. Februar 1988. Die Vorinstanz hat zutreffend dargelegt, dass die Verwaltung nach der Rechtsprechung weder vom Gericht noch von der betroffenen Person zur Wiedererwägung einer (rechtlich) zweifellos unrichtigen Verfügung gezwungen werden kann und demgemäss kein gerichtlich durchsetzbarer Anspruch auf Wiedererwägung besteht (<ref-ruling> Erw. 1b/cc, 117 V 12 Erw. 2a). Dieses Rechtsbegehren ist daher unter Hinweis auf die vorinstanzliche Darstellung der entsprechenden Rechtslage abzuweisen.
7.- Das Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Verbeiständung erweist sich als gegenstandslos, weil die Versicherte im Wesentlichen obsiegt und ihr demgemäss eine Parteientschädigung zusteht (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Oktober 1999 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 7. März 1997 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Invalidenrente neu verfüge.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'500. -- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird über eine Parteientschädigung anstelle der unentgeltlichen Verbeiständung für das vorinstanzliche Verfahren zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 9. August 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: