Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümerin der Parzellen Nrn. 2987 und 2299 am Lägernsüdhang in Baden. In diesem Bereich gilt bis anhin der Überbauungsplan vom 1. September 1942. Vom 9. August bis 7. September 2004 legte der Stadtrat Baden den revidierten Baulinien- und Überbauungsplan "Innenstadt - Rechts der Limmat" öffentlich auf. Dagegen erhob u.a. X._ Einsprache.
Im Anschluss an die Einspracheverhandlung vom 3. November 2004 erhielten die Einsprecher einen Planausschnitt und ergänzte Sondernutzungsvorschriften, aus welchen die gegenüber der Planauflage gemachten Änderungen ersichtlich waren. X._ hielt an ihrer Einsprache fest.
B. Der Stadtrat von Baden wies am 24. Oktober 2005 die Einsprachen ab, soweit ihnen nicht durch die vorgenommenen Anpassungen bereits entsprochen worden war und sie nicht infolge Rückzuges erledigt werden konnten. Gleichentags beschloss der Stadtrat den Baulinien- und Überbauungsplan "Innenstadt - Rechts der Limmat".
C. Gegen den Beschluss des Stadtrats gelangte X._ an den Regierungsrat des Kantons Aargau. Dieser wies die Beschwerde am 30. August 2006 ab und genehmigte den umstrittenen Plan am gleichen Tag.
D. Daraufhin erhob X._ Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht. In erster Linie beantragte sie den Verzicht auf die planerische Sicherstellung einer Verbindungsmöglichkeit für Fussgänger und Radfahrer zwischen dem Mühlbergweg und der Schartenrainstrasse. Eventualiter ersuchte sie das Verwaltungsgericht darum, festzustellen, dass mit der Genehmigung des Plans das Enteignungsrecht für die Fussgänger- und Radfahrerverbindung zwischen Mühlbergweg und Schartenrainstrasse nicht erteilt sei.
Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 26. Juni 2008 ab.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. September 2008 beantragt X._ dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 26. Juni 2008 und damit auch den Beschluss des Stadtrats Baden vom 24. Oktober 2005 aufzuheben. Eventuell sei die Angelegenheit zur Neuentscheidung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Der Stadtrat Baden schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das kantonale Departement für Bau, Verkehr und Umwelt auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau lässt sich zur Angelegenheit vernehmen, ohne einen formellen Antrag zu stellen.
In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (<ref-law>). Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251). Der umstrittene Beschluss des Stadtrats betrifft einen kommunalen Sondernutzungsplan, der vor Bundesgericht den Regeln über die Anfechtung von Verfügungen im Sinne von <ref-law> unterworfen ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 358; vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 305 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 211, je mit Hinweisen). Als Eigentümerin der Grundstücke Nrn. 2987 und 2299, über welche letztere die geplante Fussgänger- und Radwegverbindung verlaufen soll, hat die Beschwerdeführerin ein schützenswertes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Urteils. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (E. 1.2 hienach) einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn - wie hier - die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (E. 1.2 hiervor). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.4 Unzulässig ist der Antrag der Beschwerdeführerin, auch den stadträtlichen Beschluss vom 24. Oktober 2005 aufzuheben: Letzterer ist durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführerin rügt vorab eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Sie habe vor dem Verwaltungsgericht wie bereits vor dem Regierungsrat unter Hinweis auf § 132 Abs. 1 des kantonalen Gesetzes über Raumplanung, Umweltschutz und Bauwesen (BauG/AG; SAR 713.100) geltend gemacht, dass das Erfordernis der genügenden Bestimmtheit als Voraussetzung für eine Enteignung nur erfüllt sei, wenn die zu enteignende Fläche in örtlicher Hinsicht parzellenscharf festgelegt sei. Diese Anforderung sei mit einem Pfeil, der lediglich den Rahmen vorgebe, innerhalb dessen die genaue Lage des Werks noch festzulegen sei, nicht erfüllt. In ihren abschliessenden Ausführungen anlässlich der Augenscheinverhandlung habe die Beschwerdeführerin diesen Standpunkt bekräftigt und ein zusätzliches Argument vorgebracht. § 17 Abs. 2 BauG/AG bestimme abschliessend, mit welchem Instrumentarium die Lage und Ausdehnung von Erschliessungsanlagen festgelegt werden dürfe, nämlich mit Baulinien, Strassen-, Niveau- und Leitungslinien nebst Sichtzonen. Doppelpfeile und ähnliche symbolhafte Darstellungen seien in § 17 Abs. 2 BauG/AG nicht erwähnt und deshalb unzulässig.
Dabei handle es sich um ein wesentliches, für den materiellen Verfahrensausgang relevantes Argument, das gehört und berücksichtigt werden müsse. Das Verwaltungsgericht habe dies nicht getan.
2.1 Der Grundsatz des rechtlichen Gehörs als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des Betroffenen auch tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, weshalb die Begründung des Entscheids so abgefasst sein muss, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur dann möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Demgegenüber ist nicht erforderlich, dass sich Letztere ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand des Rechtsuchenden auseinandersetzt. Vielmehr kann sie sich auf die für ihren Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken und in der Begründung bloss diejenigen Argumente aufführen, die tatsächlich ihrem Entscheid zugrunde liegen (<ref-ruling> E. 2b 102 f.).
2.2 Das Verwaltungsgericht hat sich mit der genügenden Bestimmtheit des Planinhaltes - wenn auch nur am Rande - auseinandergesetzt (etwa in E. 4.4.1 S. 16, 2. Absatz) und in Erwägung 7.3 des angefochtenen Entscheids auch ausdrücklich auf § 17 BauG/AG Bezug genommen. Aus dem Urteil geht ganz offensichtlich hervor, dass das Verwaltungsgericht der Argumentation der Beschwerdeführerin nicht folgen wollte, sondern die Darstellung im umstrittenen Plan als für einen Enteignungstitel hinreichend erachtet hat. Wenn es sich nicht zu der nach Meinung der Beschwerdeführerin abschliessend genannten Darstellung von Erschliessungsanlagen in § 17 Abs. 2 BauG/AG geäussert hat, dann offenbar, weil es diese Bestimmung nicht als einschlägig erachtet hat. Das Urteil vermag vor den Anforderungen der Begründungspflicht standzuhalten, da es sich mit allen massgeblichen Rechtsfragen befasst. Dass das Verwaltungsgericht nicht ausdrücklich auf jede Einwendung im Detail eingegangen ist, verletzt <ref-law> nicht.
3. Sodann erhebt die Beschwerdeführerin die Rüge, der Sondernutzungsplan verstosse gegen das Legalitätsprinzip und die Eigentumsgarantie. Im Plan werde die örtliche Lage der geplanten Fuss- und Radwegverbindung lediglich durch einen symbolhaften Doppelpfeil in einem grün schraffierten Bereich dargestellt. Zu diesem Doppelpfeil erwähne die Plan-Legende, dass die im Plan vermasste minimale Breite von 2 m innerhalb des grün schraffierten Bereichs sichergestellt werden müsse. Die genaue Lage werde mit der Überbauung festgelegt. Für die grüne Schraffur gebe es weder eine separate Plan-Legende, noch scharfe Begrenzungslinien. Damit halte sich der Sondernutzungsplan nicht an das gesetzlich vorgeschriebene Instrumentarium: Die geplante Fuss- und Radwegverbindung werde nicht durch Strassenlinien (oder allenfalls andere Instrumente gemäss §§ 17 ff. BauG/AG) bezeichnet. Der Sondernutzungsplan scheide das für die Erschliessungsanlagen erforderliche Land nicht aus. Die Funktion der Schraffur sei nicht klar. Wenn die Beschwerdeführerin ihr Land überbauen wolle, sei nicht klar, wo das Trassee des in Frage stehenden Verbindungsweges verlaufen solle. Es sei nicht möglich, beispielsweise den Grenzabstand zu diesem öffentlichen Weg zu ermitteln.
3.1 § 132 Abs. 1 BauG/AG legt fest, dass mit der Genehmigung von kantonalen Nutzungsplänen sowie von Erschliessungs- und Gestaltungsplänen das Enteignungsrecht für die darin mit genügender Bestimmtheit festgelegten, im öffentlichen Interesse liegenden Werke erteilt ist. Bei der Auflage der Planentwürfe ist auf diese Rechtsfolge aufmerksam zu machen. Im vorliegenden Fall ist das fragliche Wegstück im Plan mit einem blauen Doppelpfeil, der in beide Richtungen zeigt, angedeutet. Der Doppelpfeil ist eingebettet in einer grünen Schraffur und beschriftet mit "2 m". In der zum Plan gehörenden Legende ist dazu vermerkt:
"Fuss- und Radwegverbindung, kein motorisierter Verkehr.
Die Fuss- und Radwegverbindung dient der Realisierung eines durchgehenden Weges zwischen den im Plan bezeichneten Punkten A und B. Die im Plan vermasste minimale Breite von 2 m muss innerhalb des grün schraffierten Bereiches sichergestellt werden. Die genaue Lage wird mit der Überbauung festgelegt (Enteignungsrecht gemäss § 132 BauG). Die bestehenden Natursteinmauern sind soweit wie möglich in die Projektierung einzubeziehen und die Terrainanpassungen sind möglichst sanft zu gestalten."
Die Breitenangabe dient sicherlich dem Detaillierungsgrad; auch die Weglänge resp. west-östliche Ausdehnung lässt sich ungefähr abschätzen, sollen doch die Enden des Mühlbergweges und der Schartenrainstrasse verbunden werden. Die in diesem Zusammenhang erhobenen Vorwürfe der Beschwerdeführerin, wonach das Verwaltungsgericht den Sachverhalt offensichtlich falsch festgestellt habe, sind denn auch unbegründet: Die Vorinstanz hält in E. 7.3 des angefochtenen Urteils ausdrücklich fest, das Enteignungsrecht werde "für den Bau einer Wegverbindung von zwei Metern Breite im Bereich der grün schraffierten Fläche erteilt". Die Bezeichnung "minimale Breite von 2 m" in der Legende zum Plan mag auf den ersten Blick zwar verwirren, ist aber aus der Geschichte der Planrevision unmissverständlich: Das Wegstück darf nicht breiter als 2 m, aber auch nicht schmaler werden. Im rechtskräftigen Überbauungsplan Scharten von 1942 ist eine Baulinie von 10 m vorgesehen. Im Rahmen des Einspracheverfahrens wurde die im Auflageplan vorgesehene Breite von 3 m vom Stadtrat noch um einen weiteren Meter herabgesetzt (vgl. den Regierungsratsbeschluss vom 30. August 2006 E. 3c). Mit der "minimalen Breite von 2 m" sollte ausgedrückt werden, dass eine nochmalige Verringerung nicht möglich sei. Der geschilderte Verfahrensablauf ist der Beschwerdeführerin bekannt. Wenn das Verwaltungsgericht an anderer Stelle (in E. 2.2) eine Breite von "mindestens 2 m" erwähnt, handelt es sich offensichtlich um eine sprachliche Ungenauigkeit. Aus dem restlichen Kontext des Urteils geht jedenfalls hervor, dass auch das Verwaltungsgericht von einer Wegbreite von 2 m ausgegangen ist.
Nicht falsch ist auch die Feststellung des Verwaltungsgerichts, wonach das noch zu erstellende Wegstück eine Länge von ungefähr 25 m aufweise. Es bezieht sich damit nicht auf die im strittigen Plan vermasste Länge, sondern auf die tatsächlichen Verhältnisse vor Ort. Der Mühlbergweg verläuft heute bis fast an die Grenze zur Parzelle Nr. 2299, wobei er sich nördlich des Grundstücks Nr. 2987 gegen sein Ende hin verjüngt. Die Schartenrainstrasse andererseits ist seit der Überbauung der Parzelle Nr. 3143 bis dorthin erstellt (vgl. die Pläne im Anhang zum Augenscheinprotokoll und den von der Gemeinde im Vernehmlassungsverfahren eingereichten Situationsplan 1:500). Abstellend auf diese beiden Endpunkte ist die Feststellung des Verwaltungsgerichts nicht zu beanstanden, wonach das noch zu erstellende Wegstück ungefähr 25 m lang sei.
3.2 Die detaillierte Lage des Wegstückes in seiner nord-südlichen Ausrichtung ist damit aber nicht definiert. Zu Recht bezeichnet die Beschwerdeführerin die Planangaben in dieser Hinsicht als zu ungenau: Die schraffierte Fläche lässt nicht mit Bestimmtheit erkennen, wo der Weg exakt zu liegen kommt. Im Regierungsratsbeschluss vom 30. August 2006 wird immerhin erwähnt, die Schraffur umfasse eine Breite von 3-7 m. Damit sind der Beschwerdeführerin die Hände für allfällige Bauprojekte auf ihren Parzellen weitgehend gebunden, ist doch nicht hinreichend geklärt, inwiefern sie über das Land im nördlichen Bereich verfügen kann. Der von der Enteignung Betroffene soll aufgrund des für die Enteignung massgeblichen Plans in die Lage versetzt werden, die flächenmässige Ausdehnung eines Werkes in Länge und Breite und die allfällige Ausdehnung in die Höhe sowie dessen Lage im Gelände herauslesen zu können (vgl. für das Eidgenössische Enteignungsgesetz: HEINZ HESS/HEINRICH WEIBEL: Das Enteignungsrecht des Bundes, Band I, Bern 1986, N.12 zu Art. 27). Die kantonale Baugesetzgebung hat zu diesem Zweck verschiedene, von der Beschwerdeführerin zitierte Instrumente vorgesehen. Zunächst nennt § 17 BauG/AG den Erschliessungsplan, welcher bezweckt, Lage und Ausdehnung von Erschliessungsanlagen und Bahngeleisen festzulegen und das hiezu erforderliche Land auszuscheiden (Abs. 1). Erschliessungspläne können Baulinien, Strassen- Niveau- und Leitungslinien sowie Sichtzonen enthalten (Abs. 2). So bezeichnen etwa die Baulinien den Mindestabstand der Bauten von Erschliessungsanlagen, Gewässern, Wäldern und Schutzzonen (§ 18 BauG/AG). Einschlägig dürfte im vorliegenden Fall insbesondere § 19 BauG/AG sein. Laut Abs. 1 dieser Norm bezeichnen Strassenlinien die räumliche Ausdehnung neuer oder neu zu gestaltender Verkehrswege. Sie umfassen diejenige Fläche, die zur Erstellung oder zum Ausbau der Verkehrswege abzutreten ist. Von keiner dieser Möglichkeiten wurde im vorliegenden Fall Gebrauch gemacht. Mit dem von der Planbehörde gewählten Vorgehen würde es genügen, mittels Schraffur eine Art Baubann über eine beträchtliche Grundstücksfläche zu legen und den Grundeigentümer damit zum Zuwarten zu zwingen, bis das Detailprojekt die genaue Lage der Erschliessung definiert. Wohl kennt das kantonale Gesetz die Möglichkeit zum Erlass einer Planungszone (§ 29 BauG/AG), die Sicherstellung von Land für Erschliessungsanlagen aufgrund einer Schraffur ist jedoch nicht vorgesehen. Seiner Unschärfe wegen kann der umstrittene Plan darum nicht als Enteignungstitel dienen.
4. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen. Damit erübrigen sich weitere Erwägungen. Aus prozessökonomischen Gründen sei angemerkt, dass die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zum öffentlichen Interesse an der Rad- und Fusswegverbindung grundsätzlich nachvollziehbar und schlüssig begründet scheinen. Das Verwaltungsgericht zeigt detailliert und in einer umfassenden Interessenabwägung auf, warum sich die Distanz für die Anwohner im Gebiet Schartenrainstrasse ins Zentrum von Baden mit der geplanten Verbindung deutlich verkürzt und legt dar, dass der neue Weg zu einer spürbaren Verbesserung der Quartierdurchlässigkeit führt. Dies entspricht denn auch Art. 3 Abs. 3 lit. c RPG, wonach Rad- und Fusswege geschaffen und erhalten werden sollen. Die Verhältnismässigkeit des Eingriffs lässt sich indessen zum heutigen Zeitpunkt nicht abschliessend beurteilen, da nicht hinreichend geklärt ist, wo die Wegverbindung zu liegen kommt.
5. In Gutheissung der Beschwerde ist das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts demnach aufzuheben und die Angelegenheit an die Vorinstanz zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Indessen hat der Stadtrat Baden die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 26. Juni 2008 aufgehoben. Die Angelegenheit wird zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Stadtrat Baden hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Stadtrat Baden, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer