Fatti:
A. Nell'ambito del preventivo 2005 del Cantone, il Gran Consiglio ticinese ha adottato una serie di misure di contenimento del disavanzo d'esercizio, tra cui l'introduzione di un contributo straordinario per gli anni 2005, 2006 e 2007 a carico dei dipendenti dello Stato, dei Magistrati e dei Consiglieri di Stato. Secondo gli art. 1 e 2 del relativo decreto legislativo del 14 dicembre 2004 (di seguito anche decreto sull'introduzione del contributo), il contributo consisteva in una riduzione degli stipendi del 2,2% (esclusi i primi fr. 20'000.--), maggiorata di un ulteriore 1% per i Consiglieri di Stato. L'art. 3 prevedeva poi che il contributo sarebbe stato restituito annualmente nella misura del 50% se, tenendo conto anche della restituzione, a consuntivo si fosse registrato un autofinanziamento superiore a zero; il rimborso sarebbe invece stato integrale se, sempre tenendone conto, a consuntivo si fosse ottenuta la chiusura in pareggio del conto d'esercizio.
B. Nel corso del 2005, il Canton Ticino ha ricevuto 557 milioni di franchi quale quota parte del ricavo conseguito con la vendita degli attivi liberi della Banca Nazionale Svizzera (BNS). Contabilizzato quale entrata corrente nei conti dello Stato, questo provento avrebbe comportato il decadimento delle misure di risanamento vincolate al risultato d'esercizio e all'autofinanziamento adottate con il preventivo 2005. Ritenendo opportuno neutralizzare l'impatto budgetario dell'entrata straordinaria, con decreto legislativo dell'8 novembre 2005 (di seguito anche decreto sull'applicazione del contributo) il Gran Consiglio ha perciò modificato il decreto legislativo del 14 dicembre dell'anno precedente, introducendo un secondo capoverso all'art. 3 dello stesso. La nuova disposizione sancisce che "ai fini dell'applicazione del capoverso 1, sono determinanti l'autofinanziamento ed il risultato del conto d'esercizio dopo la restituzione, dedotto il valore nominale della quota parte cantonale sui proventi della vendita degli attivi liberi della Banca Nazionale Svizzera". Il decreto, apparso nel Foglio ufficiale ticinese del 15 novembre 2005, è stato pubblicato nel Bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del 10 gennaio 2006 ed è entrato in vigore il medesimo giorno.
C. Contro il suddetto atto legislativo, il 15 dicembre 2005 A._ ha presentato un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale. Ne chiede l'annullamento nella misura in cui aggiunge l'art. 3 cpv. 2 al decreto legislativo sull'introduzione del contributo straordinario a carico dei dipendenti dello Stato e postula inoltre che sia accertato il diritto al rimborso, da parte degli interessati, dei contributi versati nel 2005. In sostanza, lamenta la violazione dei principi di non retroattività e della buona fede, nonché del divieto d'arbitrio.
Chiamato ad esprimersi, il Gran Consiglio, rappresentato dal Consiglio di Stato, ha chiesto che il gravame, nella misura in cui sia ammissibile, venga respinto. Nell'ambito di un secondo scambio di allegati, le parti si sono riconfermate nelle rispettive conclusioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sull'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1, 364 consid. 1).
1.1 Rivolto contro un decreto cantonale di portata generale ed astratta, il ricorso di diritto pubblico è l'unico rimedio di diritto federale con cui si possa censurarne la costituzionalità. Il diritto ticinese non prevede inoltre alcuna procedura di controllo astratto degli atti legislativi cantonali. Il gravame risulta pertanto ammissibile sotto il profilo degli art. 84 cpv. 1 lett. a, 84 cpv. 2 e 86 cpv. 1 OG (<ref-ruling> consid. 1a e 1b).
Pur se prematura, essendo stata inoltrata prima della pubblicazione del decreto legislativo contestato nel Bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi, l'impugnativa è comunque ricevibile anche in relazione all'art. 89 cpv. 1 OG (<ref-ruling> consid. 1b; <ref-ruling> consid. 1d; <ref-ruling> consid. 1b).
In quanto dipendente dello Stato soggetto alla riduzione straordinaria dello stipendio disciplinata dal decreto litigioso, il ricorrente è toccato nei suoi interessi giuridicamente protetti ed è pertanto legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 88 OG.
1.2 Salvo eccezioni in concreto non realizzate, il ricorso di diritto pubblico ha natura meramente cassatoria (<ref-ruling> consid. 1.2.1; <ref-ruling> consid. 2c). Nella misura in cui il ricorrente chiede più o altro del semplice annullamento della decisione impugnata, in particolare laddove domanda l'accertamento del diritto al rimborso dei contributi pagati nel 2005, il gravame è di conseguenza inammissibile (<ref-ruling> consid. 1.3).
1.3 Secondo i principi dedotti dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, nell'ambito di un ricorso di diritto pubblico il Tribunale federale non applica d'ufficio il diritto, ma statuisce unicamente sulle censure sollevate dall'insorgente e solo se le stesse sono sufficientemente sostanziate, ossia corredate da una chiara e dettagliata motivazione giuridica (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3c). Queste esigenze valgono anche nell'ambito del cosiddetto controllo astratto delle norme (<ref-ruling> consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 1c). Come rileva l'autorità cantonale, è invero dubbio che l'atto ricorsuale adempia pienamente tali requisiti, peraltro particolarmente rigorosi quando viene fatta valere la censura d'arbitrio (<ref-ruling> consid. 7a; <ref-ruling> consid. 1b). In alcuni punti le presunte violazioni costituzionali vengono infatti allegate sulla base di considerazioni che non vi si rapportano in modo preciso e circostanziato dal punto di vista giuridico, ma contestano piuttosto l'opportunità dal profilo politico della norma controversa. Per le ragioni che seguono, l'ammissibilità dell'impugnativa sotto questo aspetto non necessita comunque di ulteriore disamina.
2. 2.1 Tra le altre critiche, il ricorrente fa valere che la disposizione impugnata costituirebbe un inammissibile provvedimento retroattivo. Essa modificherebbe infatti i criteri per la restituzione dei contributi straordinari dopo che i dipendenti pubblici li avrebbero versati per l'intero 2005 sulla base di altre condizioni. Sebbene il ricorso non si dilunghi su tale censura, ma ne accenni semplicemente, è opportuno esaminarla in primo luogo. La stessa solleva infatti questioni che, in ordine logico, appaiono per certi versi preliminari rispetto a quelle poste dall'eventuale disattenzione delle regole della buona fede o del divieto d'arbitrio.
2.2 Secondo la giurisprudenza, vi è retroattività in senso stretto quando un nuovo regime legale viene applicato a fatti accaduti nel passato e completamente conclusi al momento dell'entrata in vigore del nuovo diritto. Una tale retroattività (propria) è di principio vietata, a meno che ricorrano presupposti del tutto particolari (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 2b/cc; <ref-ruling> consid. 4b, 254 consid. 3b). Da ciò va distinta la retroattività in senso improprio, ovvero l'applicazione del nuovo diritto a situazioni che hanno avuto origine sotto la pregressa normativa, ma perdurano ancora dopo la modifica legislativa. Dal profilo costituzionale, questo secondo tipo di retroattività è di massima ammissibile, se non va ad intaccare dei diritti acquisiti (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 4e; <ref-ruling> consid. 3b/dd).
2.3 La fattispecie potrebbe semmai configurare un caso di retroattività in senso proprio se il decreto legislativo impugnato avesse introdotto esso stesso, ad inizio 2006, il prelievo straordinario sugli stipendi a decorrere dal gennaio 2005. L'atto legislativo dell'8 novembre 2005 si limita per contro a modificare le condizioni di bilancio alle quali assoggettare un'eventuale restituzione dei contributi. A questo proposito, già il precedente decreto del 14 dicembre 2004 vincolava il rimborso al risultato d'esercizio e all'autofinanziamento registrati nell'anno contabile 2005. Il diritto alla restituzione non avrebbe quindi potuto concretizzarsi, se del caso, che nella primavera del 2006, al momento dell'approvazione dei conti consuntivi del Cantone per il 2005 (cfr. il relativo decreto legislativo del 21 giugno 2006, in BU/TI 2006 pag. 194 seg.). Nemmeno il ricorrente pretende invero di considerare determinante la semplice scadenza del periodo contabile, cioè la fine dell'anno. Ne discende che, mutando i parametri di consuntivo da cui far dipendere l'eventuale rimborso, il nuovo art. 3 cpv. 2 del decreto non si riferisce ad accadimenti conclusisi nel 2005, né misconosce diritti già definitivamente maturati al momento della sua entrata in vigore. Esso non esplica dunque effetti retroattivi in senso stretto. Per il resto, la questione dell'esistenza di diritti acquisiti si riallaccia a quella della conformità del provvedimento al principio della buona fede.
3. 3.1 Sotto il profilo della garanzia testé menzionata, il ricorrente sostiene che lo Stato del Canton Ticino sarebbe venuto meno al patto concluso con i propri dipendenti, i quali avrebbero accettato il prelievo del contributo confidando in ben precise condizioni di rimborso, poi disattese. Tale cambiamento non sarebbe peraltro dovuto a circostanze del tutto imprevedibili, poiché già a fine 2004 la possibilità di beneficiare dei proventi derivanti dalla vendita degli attivi liberi della BNS costituiva un'ipotesi concreta. Inoltre nemmeno il carattere straordinario dell'entrata giustificherebbe la modifica legislativa; considerata la situazione finanziaria del Cantone, già al momento dell'adozione del primo decreto era infatti evidente che solo una tale entrata avrebbe potuto dar luogo alla restituzione parziale o totale dei contributi.
3.2 Come ogni autorità statale che fornisce informazioni o assicurazioni al cittadino, a determinate condizioni pure il legislatore è vincolato al principio della buona fede, sancito dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 10b/aa). Questa garanzia costituzionale non impedisce tuttavia che le leggi vengano modificate e nemmeno che lo siano in ogni tempo, come impone di per sé la nozione stessa di democrazia (<ref-ruling> consid. 8.1). È in particolare ovviamente lecito attuare una revisione legislativa allo scopo di adeguare le spese dello Stato alle sue condizioni finanziarie e alle sue possibilità (<ref-ruling> consid. 2b; sentenza 2P.276/1995 del 3 aprile 1996, in: Pra 1997 n. 1, consid. 3a). Una violazione del diritto alla protezione della buona fede è pertanto data soltanto quando il legislatore ha assicurato nella legge che la stessa non sarebbe stata modificata o sarebbe stata mantenuta uguale per un certo periodo, fondando in tal modo un diritto acquisito (<ref-ruling> consid. 8.1; <ref-ruling> consid. 10b/aa; <ref-ruling> consid. 3b/cc; <ref-ruling> consid. 5a e 5b).
3.3 Le pretese pecuniarie dei funzionari pubblici non rappresentano di regola dei diritti acquisiti. Diversamente dai contratti di lavoro di diritto privato, i rapporti di servizio di diritto pubblico non sono retti da un atto bilaterale, ma dalla legislazione vigente, stabilita e modificata unilateralmente dallo Stato. Anche dal profilo patrimoniale, questi rapporti seguono dunque di per sé l'evoluzione conosciuta dall'ordinamento giuridico (DTF <ref-ruling> consid. 5b; <ref-ruling> consid. 1a; sentenze 2P.298/1998 del 2 luglio 1999 in: Pra 2000 n. 22, consid. 3b; 2P.158/1997 dell'11 agosto 1998 in: Pra 1999 n. 3, consid. 6; 2P.276/1995 del 3 aprile 1996, in: Pra 1997 n. 1, consid. 3b e 4a). Nella misura in cui gli aspetti retributivi degli impieghi pubblici non costituiscono dei diritti acquisiti, essi sono tutelati nei confronti di provvedimenti del legislatore soltanto entro i limiti del divieto d'arbitrio e della parità di trattamento (DTF <ref-ruling> consid. 5b; sentenze 2P.298/1998 del 2 luglio 1999 in: Pra 2000 n. 22, consid. 3b; 1P.58/2004 del 15 novembre 2004, consid. 3.1).
3.4 In base alla giurisprudenza esposta, l'opinione secondo cui il legislatore ticinese avrebbe violato le regole dell'affidamento non può venir condivisa. Il decreto sull'introduzione del contributo non escludeva infatti la possibilità di una modifica delle condizioni di restituzione né, più in generale, conteneva vincoli o impegni espressamente sottratti a qualsiasi cambiamento legislativo e pertanto atti a conferire dei diritti acquisiti. Dal profilo costituzionale non appaiono determinanti, in senso inverso, né il tempo relativamente breve intercorso tra l'adozione del primo decreto e la sua revisione, né la durata già di per sé limitata a soli tre anni dell'atto legislativo di base. Una garanzia di stabilità meritevole di tutela legale non può nemmeno venir dedotta dal fatto che i presupposti per il rimborso previsti in origine fossero il risultato di trattative tra lo Stato e le organizzazioni sindacali. Del resto, neppure il ricorrente sostiene che l'immutabilità di tali presupposti era stata assicurata, in particolare, anche a fronte di eventuali entrate conseguite dal Cantone a seguito della vendita dell'oro in esubero della Banca Nazionale. Quando è stato introdotto il contributo straordinario, simile evenienza costituiva inoltre solo una possibilità, non un dato certo, per cui non è infondato che la regolamentazione iniziale non riservasse espressamente tale ipotesi. In ogni caso, diversamente da quanto sostiene l'insorgente, una modifica legislativa non presuppone necessariamente un cambiamento di circostanze imprevedibile e straordinario. Una revisione può infatti intervenire già quando, sulla base di mutate valutazioni politiche, il legislatore prediliga una soluzione diversa per problemi e situazioni rimasti identici (sentenza 2P.276/1995 del 3 aprile 1996, in: Pra 1997 n. 1, consid. 3a).
4. 4.1 Resta quindi da verificare se il controverso nuovo art. 3 cpv. 2 del decreto legislativo integri gli estremi dell'arbitrio. Al riguardo il ricorrente, con argomentazioni invero piuttosto generiche (cfr. art. 90 cpv. 1 lett. b OG), sostiene che la revisione attuata urterebbe il senso di giustizia e costituirebbe un abuso di diritto da parte dello Stato, rilevando che in alcuni anni si sono già registrate entrate straordinarie di natura fiscale e ribadendo la prevedibilità degli introiti conseguiti nel 2005. Inoltre adduce che la novella legislativa non si fonderebbe su ragioni d'interesse pubblico poiché secondo alcune dottrine economiche sarebbe in tale interesse proprio una politica basata sull'incremento del debito pubblico ed il cumulo dei deficit d'esercizio.
4.2 Secondo un consolidato principio, un decreto di portata generale è arbitrario se non si fonda su motivi seri e oggettivi o non ha né senso né scopo. Esso non deve risultare semplicemente discutibile, ma addirittura insostenibile, visto che al legislatore spetta un ampio margine di apprezzamento nella scelta delle varie possibilità per raggiungere gli scopi prefissi (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 6, 1 consid. 3; <ref-ruling> consid. 5).
4.3 Come emerge dai relativi materiali legislativi, con il decreto sull'applicazione del contributo le autorità ticinesi hanno inteso neutralizzare l'impatto sul processo budgetario ordinario della quota parte spettante al Cantone a seguito della vendita degli attivi liberi della BNS. In effetti, questo ingente ricavo avrebbe (ed ha effettivamente) permesso di chiudere i conti con un avanzo d'esercizio ed un autofinanziamento positivo, annullando in pratica le misure di riequilibrio decise in sede di preventivo (cfr. Messaggio del Consiglio di Stato n. 5700 del 27 settembre 2005, pag. 3, e relativo Rapporto della Commissione della gestione del 18 ottobre 2005, pag. 2; cfr. anche Messaggio n. 5772 del 29 marzo 2006 concernente il consuntivo 2005, pag. 4). Ora, tale giustificazione non può manifestamente venir definita addirittura priva d'ogni fondamento e pertanto arbitraria. Nell'ottica di un risanamento a medio e lungo termine delle finanze cantonali, non è infatti fuori luogo ritenere che, negli intendimenti del legislatore, la restituzione del contributo prelevato sui salari dei dipendenti sarebbe potuta intervenire soltanto a fronte di risultati di bilancio positivi in virtù di fattori strutturali o congiunturali. In questo senso, non risulta quindi privo di ragioni oggettive escludere il rimborso nel caso di un'entrata unica e sostanzialmente irripetibile come quella derivante dalla realizzazione dell'oro in esubero della BNS, pari a circa un quinto delle entrate correnti totali previste per il 2005. La soluzione contraria avrebbe effettivamente vanificato gli obiettivi perseguiti con le misure di risparmio che, in quanto tali, sono peraltro incontestabili a questo stadio. Apparendo coerente con le finalità del decreto legislativo del 14 dicembre 2004, la relativa modifica introdotta l'8 novembre dell'anno successivo resiste di conseguenza anche sotto questo profilo alle critiche ricorsuali.
5. Sulla base delle considerazioni che precedono, il ricorso, laddove è ammissibile, va pertanto respinto. Siccome manifestamente infondato, esso può venir evaso secondo la procedura semplificata prevista dall'art. 36a OG.
Le spese processuali vanno poste a carico del ricorrente, secondo soccombenza (art. 156 cpv. 1, 153 e 153a OG). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).

Per questi motivi, visto l'art. 36a OG, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 2'000.-- è posta a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, in rappresentanza del Gran Consiglio.