Sachverhalt:
A. A.X._ erwarb als Mitglied der Geschäftsleitung der Y._ Maschinen AG in den Jahren 2004 bis 2006 Optionen, wovon jede zum Kauf einer Namenaktie der Muttergesellschaft berechtigte:
2004
2005
2006
Total
Anzahl
2750
386
110
3246
Wertschriften-
ertrag
1'196'498.--
111'469.--
10'757.--
1'318'724.--
Nach den ursprünglichen Mitarbeiterbeteiligungsreglementen konnten die Optionen während den ersten drei Jahren der Laufzeit weder veräussert, ausgeübt noch verpfändet werden. Während dieser Sperrfrist verfielen für Angehörige des Managements die Optionen entschädigungslos bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses mit der Gesellschaft, wenn diese Beendigung aus anderen Gründen als durch Tod, Invalidität oder Pensionierung des Optionsempfängers erfolgte.
Am 11. Juli 2006 erliess der Verwaltungsrat der Y._ Group AG ein neues Beteiligungsreglement, welches rückwirkend auch auf die Optionsprogramme 2004 bis 2006 anwendbar ist. Dabei wurde die Bestimmung, wonach Angehörige des Managements in bestimmten Fällen bereits zugeteilte Optionen wieder verlieren können, gestrichen.
B. Aufgrund dieser Reglementsänderung rechnete das kantonale Steueramt Zürich für die Steuerperiode 2006 A.X._ aus der Zuteilung der erwähnten - obwohl noch gesperrten - Optionen geldwerte Vorteile im Jahr 2006 von Fr. 1'318'724.-- auf und veranlagte die Eheleute X._ am 19. Februar 2008 bei der direkten Bundessteuer auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 1'551'100.-- und bei der Staats- und Gemeindesteuer auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 1'546'000.-- (steuerbares Vermögen: Fr. 5'672'000.--). Die dagegen gerichtete Einsprache betreffend die direkte Bundessteuer wurde abgewiesen, betreffend die Staats- und Gemeindesteuer teilweise gutgeheissen (Reduktion der Vermögenssteuer). Sowohl die Rekurse an die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich als auch die Beschwerden an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich waren erfolglos.
C. Gegen die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 9. Dezember 2009 führen A.X._ und B.X._ mit Eingaben vom 12. Februar 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag, diese Urteile aufzuheben und vom steuerbaren Einkommen die "Wertschriftenerträge" 2006 der Optionen Y._ (Zuteilungen 2004 und 2005) im Ausmass von Fr. 1'307'967.-- auszunehmen. Sie rügen sinngemäss eine Verletzung von Bundesrecht und beantragen, der Eingabe die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Das kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung - nur bezüglich der direkten Bundessteuer - beantragen die Abweisung der Beschwerde.
D. Der Präsident erteilte am 17. März 2010 der Beschwerde aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleichlautenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Entscheide und werfen dieselben Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweisen).
1.2 Die Beschwerden richten sich gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von <ref-law> ist nicht gegeben. Die beiden Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind daher insoweit zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit <ref-law> [SR 642.11] bzw. mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]). Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden der gemäss <ref-law> legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>).
Nachdem die Beschwerdeführer vor sämtlichen Instanzen behauptet haben, sie hätten die fraglichen Einkünfte bereits 2004 bzw. 2005 deklariert, bringen sie nun in ihrer Beschwerde vor Bundesgericht erstmals vor, die Optionszuteilungen 2004 und 2005 seien entsprechend auch bereits steuerlich erfasst worden. Diese Behauptung ist neu und kann daher nicht gehört werden (<ref-law>). Insoweit ist darauf nicht einzutreten. Sie trifft zudem ohnehin nicht zu, wurde doch für die 386 im Jahre 2005 zugeteilten Optionen ein steuerbares Einkommen von Fr. 0.00 pro Option deklariert und entsprechend veranlagt, und für die 2750 im Jahre 2004 zugeteilten Optionen wurde zwar ein steuerbares Einkommen pro Option deklariert, aber effektiv nicht steuerlich erfasst.
2. 2.1 Zu den steuerbaren Einkünften aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gemäss <ref-law> gehört auch die Zuteilung von Mitarbeiteraktien oder -optionen zu einem Vorzugspreis (dazu Kreisschreiben Nr. 5 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 30. April 1997, Ziff. 4.1, in: ASA 66 S. 130 ff., 133; vgl. auch Urteil 2A.517/2002 vom 21. Mai 2003 E. 2 f., in: ASA 73 S. 545 ff., 547 ff.; Urteil 2A.573/2002 vom 21. Mai 2003 E. 2 f., in: StE 2003 B 22.2 Nr. 17; sowie Jean-Blaise Eckert, Commentaire romand, 2008, N. 31 ff. zu art. 17 LIFD; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 66 zu <ref-law>; Markus Reich, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. 2008, N. 12 zu <ref-law>; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum DBG, 2. Aufl. Zürich 2009, N. 59 zu <ref-law>). Dieser Grundsatz sowie die Bemessung des steuerbaren Einkommens sind hier unbestritten. Umstritten ist hingegen, wann die Einkünfte insbesondere aus den Optionszuteilungen 2004 bis 2006 einkommenssteuerrechtlich zugeflossen sind.
2.2 Nach dem erwähnten Kreisschreiben stellten bewertbare Mitarbeiteroptionen im Zeitpunkt der Zuteilung steuerbares Einkommen dar (ASA 66 S. 134 f.), nicht bewertbare Mitarbeiteroptionen hingegen erst im Zeitpunkt der Ausübung (ASA 66 S. 134). Mit Urteil vom 20. November 2002 (RB 2002 Nr. 96 = StE 2003 B 21.2 Nr. 16) erkannte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, beim Erwerb von an eine sog. Vesting-Periode (Verfallklausel) gebundenen Optionen sei dieser suspensiv bedingt im Sinne von <ref-law>, weshalb der Zufluss erst nach Ablauf der Vesting-Periode eintrete. Gestützt darauf präzisierte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Praxis der direkten Bundessteuer mit Rundschreiben vom 6. Mai 2003 (Text des Rundschreibens wiedergegeben in VGE SZ vom 22. November 2007 E. 2.1.6, in: StE 2008 B 22.2 Nr. 20 oder in <ref-ruling> E. 5.3.2 S. 350 f.). Dort wird u.a. ausgeführt: "Als Vestingperiode ist der Zeitraum zu verstehen, während welchem der Mitarbeiter die Optionen «verdienen» muss. Werden bestimmte Leistungsziele nicht erreicht oder verlässt der Mitarbeiter die Unternehmung, kann er die Optionen verlieren, bevor sie ausübbar werden. Bis zum Ablauf der Vestingperiode ist der Rechtserwerb somit aufschiebend bedingt. Solange die Bedingung nicht eingetreten ist, liegt kein unwiderruflicher Rechtserwerb vor und es handelt sich folglich um eine blosse Anwartschaft. Die Besteuerung «gevesteter» Optionen im Zuteilungszeitpunkt ist deshalb nicht richtig." Mit der Botschaft vom 17. November 2004 zum Bundesgesetz über die Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen (BBl 2005 575 ff.) versucht der Bundesrat diese Frage nun gesetzlich zu regeln und grundsätzlich am Zeitpunkt der Ausübung anzuknüpfen; die parlamentarischen Beratungen zu dieser Vorlage sind allerdings noch nicht abgeschlossen (vgl. AB 2005 S 420, AB 2006 N 29, AB 2008 S 461; dazu Michael Sterchi/Stephan Immer, Würdigung des neuen Zürcher Merkblattes über Mitarbeiterbeteiligungen, insbesondere aus internationaler Sicht, StR 65 [2010], S. 98 ff.; Andreas Risi/Remo Schmid, Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen - Gesetzesentwurf im Parlament, FStR 5 [2005], S. 200 ff.; Fabian Baumer, Mitarbeiterbeteiligung - eine steuerliche Standortbestimmung, StR 59 [2004], S. 92 ff., insbesondere S. 97 ff.).
3. 3.1 Nach den ursprünglichen Mitarbeiterbeteiligungsreglementen konnten die Optionen des Beschwerdeführers während den ersten drei Jahren der Laufzeit weder veräussert, ausgeübt noch verpfändet werden. Für ihn als Angehöriger des Managements würden während der Sperrfrist die Optionen zudem entschädigungslos bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses mit der Gesellschaft aus anderen Gründen als Tod, Invalidität oder Pensionierung verfallen. Darin erblickte das kantonale Steueramt richtigerweise eine den Erwerb vorläufig hindernde Vestingklausel. Mit der rückwirkenden Änderung des Beteilungsreglements vom 11. Juli 2006, in welchem die Bestimmung gestrichen wurde, dass Angehörige des Managements in bestimmten Fällen bereits zugeteilte Optionen wieder verlieren können, fiel diese Verfallklausel nachträglich für die ab 2004 zugeteilten Optionen dahin. Es ist deshalb nicht zu beanstanden, wenn mit den Vorinstanzen bezüglich sämtlicher in den Jahren 2004, 2005 und 2006 abgegebenen Optionen der unwiderrufliche Rechtserwerb per 2006 angenommen wird.
3.2 Was die Beschwerdeführer dagegen einwenden, überzeugt aus folgenden Gründen nicht:
3.2.1 Zunächst behaupten sie, die Einkünfte aus diesen Optionszuteilungen seien stets in den entsprechenden Perioden deklariert und steuerlich erfasst worden. Jedenfalls für die Steuerperiode 2005 stimmt dies klarerweise nicht. Für die Steuerperiode 2004 wurden die Einkünfte zwar deklariert, aber nicht einkommenssteuerlich erfasst (vgl. E. 1.3). Von einer "Zweifachbesteuerung" derselben Einkünfte kann daher keine Rede sein, wenn nun sämtliche Zuteilungen 2004, 2005 und 2006 im effektiven Realisationszeitpunkt besteuert werden.
3.2.2 Weiter halten die Beschwerdeführer dafür, bei der alten Regelung vor der Reglementsänderung vom 11. Juni 2006 habe es sich nicht um eine aufschiebende, sondern um eine auflösende Bedingung gemäss <ref-law> gehandelt. Deshalb sei der Rechtserwerb schon immer bei der Zuteilung erfolgt, so dass die Reglementsänderung am Besteuerungszeitpunkt gar nichts geändert habe.
Die einzelnen Vestingklauseln - so auch die hier zu beurteilende - enthalten unterschiedlichste Bedingungen suspensiver oder resolutiver Art (vgl. auch Botschaft, BBl 2005 589), weshalb nicht ein einzelnes Zuteilungskriterium verabsolutiert werden darf. Immerhin hat auch schon das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3 S. 617 eine ähnliche Verfallklausel als "condition suspensive" qualifiziert. Zudem ist die zutreffende privatrechtliche Qualifikation der einzelnen Bedingungen weniger entscheidend als die Feststellung, dass der unwiderrufliche Rechtserwerb bei Zuteilungen vor der Reglementsänderung klarerweise noch nicht gegeben war. Die entscheidende Zäsur in Bezug auf die Realisierung des betreffenden Einkommens bildet daher diese Änderung.
Im Übrigen verhalten sich die Beschwerdeführer widersprüchlich, wenn sie für die Steuerperiode 2005 selbst keine Einkünfte aus der Zuteilung der Optionen deklariert haben und nunmehr einwenden, man hätte diese Zuteilungen doch schon 2005 erfassen sollen. Eine solch widersprüchliche Haltung verdient keinen Rechtsschutz.
3.2.3 Unbeachtlich wäre zudem auch der Einwand, die einzelnen Optionszuteilungen seien nachsteuermässig in der jeweiligen Steuerperiode zu erfassen, da keine "neue Tatsache" im Sinne von <ref-law> vorliegen würde. Weil eine Deklaration weder für die Steuerperiode 2004 noch für diejenige 2005 nach der damaligen Rechtslage erforderlich war, wäre das Nachsteuerverfahren ausgeschlossen (vgl. Urteil 2A.517/2002 vom 21. Mai 2003 E. 4, in: ASA 73, S. 545 ff., 551; Urteil 2A.573/2002 vom 21. Mai 2003 E. 2 f., in: StE 2003 B 22.2 Nr. 17).
4. Zusammenfassend hat die Vorinstanz für die direkte Bundessteuer die Besteuerung sämtlicher Einkünfte aus Optionszuteilungen 2004, 2005 und 2006 im effektiven Realisationszeitpunkt 2006 zu Recht geschützt. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten wird.
5. 5.1 Zu den steuerbaren Einkünften aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gemäss § 17 Abs. 1 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG; LS 631.1) gehört auch die Zuteilung von Mitarbeiteraktien oder -optionen zu einem Vorzugspreis. Das kantonale Steueramt Zürich schloss sich mit dem Merkblatt vom 28. November 1997 dem Kreisschreiben Nr. 5 der Eidgenössischen Steuerverwaltung (vgl. E. 2.1) im Wesentlichen an. Auf das Rundschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 6. Mai 2003 (vgl. E. 2.2) reagierte das kantonale Steueramt mit dem Merkblatt vom 1. September 2003 über die Besteuerung von Mitarbeiteroptionen (nZStB I Nr. 13/300) entsprechend (vgl. Sterchi/Immer, a.a.O., S. 100 f., 104 f.). Damit folgt die Besteuerungspraxis für die Staats- und Gemeindesteuern den für die direkte Bundessteuer festgestellten Regeln. Es kann daher auf das dort Ausgeführte verwiesen werden.
5.2 Die Vorinstanz hat damit auch für die Staats- und Gemeindesteuern die Besteuerung sämtlicher Einkünfte aus Optionszuteilungen 2004, 2005 und 2006 im effektiven Realisationszeitpunkt 2006 zu Recht geschützt. Die Beschwerde ist daher ebenfalls abzuweisen, soweit darauf eingetreten wird.
6. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_138/2010 und 2C_139/2010 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer 2006 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuer 2006 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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