Sachverhalt:
A. Am 7. März 2011 erteilte der Gemeinderat Greifensee C.Y._ und D.Y._ unter verschiedenen Auflagen und Bedingungen die baurechtliche Bewilligung für den Neubau eines Einfamilienhauses mit einer angebauten Doppelgarage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1215 an der Seestrasse 4 in Greifensee. Der Gemeinderat erwog insbesondere, die Westfassade müsse einen Grenzabstand von 3,5 m aufweisen. Dieser werde eingehalten. Die Garage werde auf die Grenze gebaut und verletze die Abstandsvorschriften für besondere Gebäude nicht.
Dagegen erhoben A.X._ und B.X._ Rekurs beim Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses trat darauf am 6. Juli 2011 nicht ein.
Hiergegen führten A.X._ und B.X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Am 25. Oktober 2011 hiess dieses die Beschwerde gut, hob den Entscheid des Baurekursgerichts auf und wies die Sache an dieses zurück.
Am 30. Januar 2012 führte eine Delegation des Baurekursgerichts einen Augenschein durch. Am 14. März 2012 wies es den Rekurs ab.
Die von A.X._ und B.X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 30. Mai 2012 ab.
B. A.X._ und B.X._ führen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 30. Mai 2012 sowie die Baubewilligung für die Erstellung der angebauten Garage als besonderes Gebäude seien aufzuheben. Eventualiter sei beim vorgesehenen Bauvorhaben durch Einhalten eines Grenzabstandes von 1,5 m bei der Errichtung der Garage die Zerstörung der bestehenden Naturhecke sowie des hochstämmigen Kirschbaums abzuwenden.
C. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verzicht auf Gegenbemerkungen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat beantragt unter Hinweis auf seine Rekursantwort vom 23. Mai 2011 an das Baurekursgericht die Abweisung der Beschwerde. Die Baudirektion beantragt unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil die Abweisung der Beschwerde. C.Y._ und D.Y._ haben sich vernehmen lassen mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
A.X._ und B.X._ haben eine Replik eingereicht. C.Y._ und D.Y._ haben dupliziert. A.X._ und B.X._ haben hierzu Stellung genommen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> entscheiden die Abteilungen in Dreierbesetzung bei Einstimmigkeit über die Abweisung offensichtlich unbegründeter Beschwerden (Abs. 2 lit. a). Der Entscheid wird summarisch begründet. Es kann ganz oder teilweise auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Abs. 3).
1.2 Mit ihrem Rechtsbegehren verlangen die Beschwerdeführer zwar die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids. In der Begründung der Beschwerde setzen sie sich mit diesem jedoch nicht näher auseinander. Vielmehr kritisieren sie in verschiedener Hinsicht den Entscheid des Baurekursgerichts vom 14. März 2012. Dieser ist nicht Anfechtungsobjekt. Vor Vorinstanz war nur noch die Frage des Grenzabstands des Garagen- und Hauptgebäudes streitig. Die Vorinstanz hat dazu das Wesentliche gesagt (S. 4 E. 3). Sie stützt ihren Entscheid auf kommunales und einfaches kantonales Recht. Dass sie dieses in Verletzung von <ref-law> willkürlich angewandt habe, machen die Beschwerdeführer nicht in einer den qualifizierten Begründungsanforderungen von <ref-law> genügenden Weise geltend (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.8 S. 494 mit Hinweisen). Willkür wäre ohnehin zu verneinen. Der vorinstanzliche Entscheid ist nicht offensichtlich unhaltbar. Dass dieser sonstwie Bundesrecht verletzen könnte, ist weder hinreichend substanziiert dargetan noch ersichtlich.
Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).
Sie haben den privaten Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Die Gemeinde beantragt ebenfalls eine Entschädigung. Darauf hat sie keinen Anspruch (<ref-ruling>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den privaten Beschwerdegegnern eine Entschädigung von Fr. 2'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Greifensee, der Baudirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Härri