Sachverhalt:
A. Im Juni 1999 ersuchte der Kanton Zürich als damaliger Flughafenhalter die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, um Eröffnung formeller Enteignungsverfahren zur Beurteilung der eingegangenen Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen. Diese Forderungen betreffen unter anderem zahlreiche Grundstücke in Opfikon-Glattbrugg, die im Bereich der Abflugschneise der Piste 16 liegen. Am 25. Mai 2001 wurde die unique zurich airport Flughafen Zürich AG (im Folgenden: Flughafen Zürich AG) als neue Flughafenhalterin auf ihr Gesuch hin unter Zuerkennung der Parteistellung zum Verfahren beigeladen.
Der Kanton Zürich und die Flughafen Zürich AG erhoben als Flughafenhalter und Enteigner in den Fällen von Opfikon-Glattbrugg die Einrede der Verjährung und verlangten, dass über diese in einem Teilentscheid befunden werde. Die Verjährungseinrede wurde vom Präsidenten der Schätzungskommission am 11. Juni 2003 abgewiesen. Das Bundesgericht wies die hierauf von den Enteignern ergriffene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 27. Juni 2004 ab (<ref-ruling>).
In der Folge bestimmten die Parteien und der Präsident der Schätzungskommission 18 Verfahren, die als sog. Pilotfälle vorweg behandelt werden sollten. Zu diesen gehört das Verfahren um die Liegenschaft Kat. Nr. 4170 (GBBl. 1545 Glattbrugg), Wohnhaus mit Werkstatt, Schaffhauserstrasse 129, von X._.
B. Die Einigungsverhandlungen in den 18 Verfahren verliefen im November 2005 erfolglos. Nach Durchführung eines weiteren Schriftenwechsels wurde die Schätzungsverhandlung auf den 4. April 2006 angesetzt. An dieser forderte X._ eine Minderwertsentschädigung von 30 % des von der Schätzungskommission ermittelten Verkehrswertes seiner Liegenschaft nebst Zins zu den üblichen Zinssätzen. Die Enteigner beantragten, die Entschädigungsforderung abzuweisen; allenfalls sei dem Grundeigentümer - unter bestimmten Vorbehalten und Auflagen - eine geringere als die verlangte Entschädigung zuzusprechen.
Mit Entscheid vom 29. November 2006 wies die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, das Entschädigungsbegehren von X._ ab. Die Verfahrenskosten wurden den Enteignern auferlegt und diese zudem verpflichtet, dem Grundeigentümer eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
C. X._ hat beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und verlangt, dass ihm eine Minderwertsentschädigung von 30 % des Verkehrswertes der Liegenschaft Schaffhauserstrasse 129 zugesprochen werde, wobei die Aufwendungen für die Schallschutzvorkehren anzurechnen seien. Die Entschädigung sei als einmalige Zahlung zu leisten und ab dem dies aestimandi zu verzinsen. Im Übrigen sei die zugesprochene pauschale Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- angemessen zu erhöhen. In prozessualer Hinsicht beantragt der Beschwerdeführer, es sei ein zweiter Schriftenwechsel, ein Augenschein durch eine Delegation des Bundesgerichts und eventualiter eine mündliche Verhandlung durchzuführen. Ausserdem habe die Oberschätzungskommission den Minderwert der Liegenschaften zu schätzen.
Die Enteigner beantragen Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Falls den Grundeigentümern eine Entschädigung zugesprochen werden sollte, seien jedenfalls gewisse Abzüge vorzunehmen. Die Entschädigungszahlung sei im Grundbuch einzutragen.
Im zweiten Schriftenwechsel haben die Parteien an ihren Begehren und ihren Standpunkten festgehalten.
Die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, hat Antrag auf Abweisung der Beschwerde gestellt und auf weitere Bemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, ist im Jahr 2006 ergangen. Das Rechtsmittelverfahren bestimmt sich daher noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; vgl. Art. 132 des Bundesgesetzes über das Bundesgericht, AS 2006 S. 1205).
2. Wie bereits erwähnt (Sachverhalt lit. A), sind von zahlreichen Eigentümern von Grundstücken in der Gemeinde Opfikon-Glattbrugg Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen erhoben worden (vgl. auch <ref-ruling> Sachverhalt S. 398). Im Einvernehmen mit den Parteien hat daher die Schätzungskommission 18 Verfahren ausgewählt, um wegweisende Entscheide zu fällen, welche (nach altem Verfahrensrecht) allenfalls direkt dem Bundesgericht unterbreitet werden könnten. In diesen 18 Fällen geht es um Liegenschaften unterschiedlicher Natur, so um Einfamilienhäuser, Mehrfamilienhäuser, Geschäftshäuser, öffentliche Gebäude, landwirtschaftliche Bauten und unüberbauten Boden. In all den Verfahren sind aber vor Bundesgericht prinzipielle Rechtsfragen aufgeworfen worden, von denen - unabhängig von den besonderen Eigenschaften der einzelnen Grundstücke - die Anerkennung der Entschädigungspflicht überhaupt oder das Vorgehen bei der Entschädigungsfestsetzung abhängt. Das Bundesgericht hat über den Grossteil dieser Fragen im Leitentscheid vom 8. Februar 2008 befunden. Soweit die dort angestellten Überlegungen hier nur zusammengefasst wiedergegeben werden, kann auf jenes Urteil verwiesen werden (<ref-ruling>).
3. Die Parteien stellen verschiedene Beweisanträge und ersuchen insbesondere um Befragung von Experten oder um Beizug zusätzlicher Fachberichte wie auch um Vornahme eines Augenscheins. Solche weiteren Instruktionsmassnahmen sind jedoch, wie sich aus dem Folgenden ergibt, nicht erforderlich.
4. Wie in den übrigen Fällen ist hier zunächst umstritten, ob die Liegenschaft des Beschwerdeführers durch direkte Überflüge betroffen werde und sich schon aus dieser Eigentumsverletzung ein Entschädigungsanspruch ergebe. Die Schätzungskommission hat einen solchen Anspruch verneint, da - wie das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3.2 S. 149 ff. dargelegt habe - die Abflüge nicht zu den gleichen Einwirkungen wie die Landeanflüge führten. Im Weiteren zögen die startenden Flugzeuge grösstenteils seitlich an der Liegenschaft des Beschwerdeführers vorbei.
Die Enteigner stimmen den Ausführungen der Schätzungskommission zu und bezeichnen die Entschädigungsforderung für Überflug zudem als verjährt. Der Beschwerdeführer bringt vor, eine Entschädigung sei schon dann geschuldet, wenn ein Grundstück nur selten oder sogar bloss einmal überflogen werde, wobei auch nahe seitliche Vorbeiflüge mit in Betracht zu ziehen seien. Er bestreitet ausserdem, dass die von der Flughafenhalterin vorgelegten Aufzeichnungen der Flugspuren repräsentativ und zuverlässig seien.
4.1 Das Bundesgericht spricht vom enteignungsrechtlich relevanten "eigentlichen Überflug" (Überflug stricto sensu), wenn die Flugzeuge derart tief unmittelbar über ein Grundstück fliegen, dass der nach Art. 667 Abs. 1 ZGB dem Grundeigentum zuzurechnende Luftraum verletzt wird (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 332; <ref-ruling> E. 4 S. 352 ff.; <ref-ruling> E. 8 S. 494; <ref-ruling> E. 5d S. 557; <ref-ruling> E. 2 S. 74 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 145). Geht es somit um ein direktes Eindringen in das Grundeigentum und nicht um eine im Sinne von Art. 684 ZGB mit übermässigen Einwirkungen verbundene Nutzung eines Nachbargrundstücks, so spielen die in der Rechtsprechung für diesen Fall aufgestellten Voraussetzungen der Unvorhersehbarkeit und der Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des Schadens keine Rolle. Ein enteignungsrechtlicher Entschädigungsanspruch für Überflug erwächst dem Grundeigentümer indes nur dann, wenn die Flugzeuge tatsächlich in die Luftsäule über seinem Grundstück eindringen und dies in einer derart geringen Höhe, dass seine schutzwürdigen Interessen an der ungestörten Nutzung seines Eigentums betroffen werden. Zudem wird in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine gewisse Regelmässigkeit solchen Eindringens in den zum Grundeigentum gehörenden Luftraum verlangt ("passage régulier" vgl. BGE <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355 und <ref-ruling> E. 2.2 S. 75). Nur vereinzelte Überflüge ("atteinte trop occasionnelle" vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 151) lassen keinen enteignungsrechtlichen Entschädigungsanspruch entstehen.
4.2 Gemäss bundesgerichtlicher Praxis kann somit nur von einem eigentlichen Überflug die Rede sein, wenn ein Flugzeug ganz oder teilweise (etwa mit einem Flügel) in die Luftsäule über dem fraglichen Grundstück eindringt. Bei seitlichen Vorbeiflügen - so beeindruckend diese auch sein mögen - wird das Grundeigentum nicht berührt und sind die Einwirkungen nur unter dem Gesichtswinkel einer Nachbarrechtsverletzung zu prüfen.
Der Auffassung des Beschwerdeführers, wonach die Häufigkeit der Ausübung einer Dienstbarkeitsberechtigung für die Entschädigungspflicht zivilrechtlich nicht massgeblich sei und eine solche auch hier schon bei einem einzigen Durchflug entstehe, ist ebenfalls nicht zu folgen. Wohl hat das Bundesgericht die Inanspruchnahme des zum Grundeigentum gehörenden Luftraums beim eigentlichen Überflug mit der Belastung durch ein Durch- oder Überflugsservitut verglichen (vgl. etwa BGE <ref-ruling> E. 2.8 S. 80 "assimiler en quelque sorte"). Es ist jedoch immer klargestellt worden, dass dieser Eingriff in das Grundeigentum - da er durch ein mit dem Enteignungsrecht ausgestattetes Unternehmen erfolgt - nicht zivilrechtliche, sondern enteignungsrechtliche Folgen habe. So fallen die im ZGB dem Grundeigentümer oder dem Nachbarn zur Verfügung gestellten Abwehrrechte dahin und richtet sich auch der Entschädigungsanspruch nach den enteignungsrechtlichen und nicht nach den zivilrechtlichen Regeln. Der Hinweis des Beschwerdeführers auf die zivilrechtlichen Prinzipien über die Ausübung und Abgeltung von Dienstbarkeiten geht demnach an der Sache vorbei.
4.3 Der Beschwerdeführer vertritt nebenbei die Auffassung, als Überflugkorridor müsse das ganze Gebiet gelten, in welchem Randwirbelschleppen aufträten und deshalb die Dachziegel verklammert worden seien. Auf dieses Vorbringen ist schon deshalb nicht einzugehen, weil Randwirbelschleppen nur bei Landeanflügen entstehen. Im Streite liegt aber im vorliegenden Fall allein die Frage, ob und welche Entschädigung für die mit den Abflügen ab Piste 16 verbundenen Beeinträchtigungen geschuldet sei.
4.4 Die Enteigner ersuchen das Bundesgericht, die kritische Flughöhe für den eigentlichen Überflug ein für allemal zu bestimmen.
Nach Art. 667 Abs. 1 ZGB erstreckt sich das Eigentum an Grund und Boden nach oben und unten auf den Luftraum und das Erdreich, soweit für die Ausübung des Eigentums ein Interesse besteht. Wie gross diese räumliche Ausdehnung ist, lässt sich nicht in allgemein gültiger Weise festlegen, sondern bestimmt sich von Fall zu Fall nach den konkreten Umständen und dem schutzwürdigen Interesse des Eigentümers, diesen Raum selbst zu nutzen oder zu beherrschen und das Eindringen anderer abzuwehren. Das Bundesgericht hat es daher - in der zivilrechtlichen und in der enteignungsrechtlichen Praxis - stets abgelehnt, generell zu bestimmen, auf welcher Höhe ein Flugzeug in die Interessenssphäre der Grundeigentümer und damit in das Grundeigentum selbst eindringe. Dies hange von der Nutzung und Lage der konkret betroffenen Liegenschaft, aber auch von der Art und Grösse der Flugzeuge und den entsprechenden Auswirkungen des Überflugs ab (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 146, E. 3.2.2 und 3.2.3 S. 150 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 76; <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355; <ref-ruling> E. 2 S. 89 f., je mit Hinweisen). Indessen lässt sich aufgrund der bereits ergangenen Entscheide die kritische Höhe des Überflugs über Wohngebieten etwas eingrenzen. Eigentliche Überflüge sind bei landenden Grossraumflugzeugen bejaht worden, welche Wohnliegenschaften in der Höhe von 125 m oder darunter überqueren (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 147 mit Hinweisen). Dagegen ist festgestellt worden, dass Überflüge solcher Maschinen in der Höhe von mindestens 400 m das Grundeigentum nicht verletzen (BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150 und E. 3.2.3 S. 151; s.a. BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495). Ebenfalls zu keinem Eingriff führten vereinzelte Flüge insbesondere kleinerer Maschinen in der Höhe von etwa 220 m bzw. 250 m (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150). Anhand dieser Kriterien lässt sich im vorliegenden Fall die Frage des Überflugs stricto sensu beantworten und besteht kein Anlass zu weiteren Abgrenzungen.
4.5 Die vom Beschwerdeführer kritisierten Aufzeichnungen der Flugspuren der Starts ab Piste 16 in der Woche vom 16. bis 22. Mai 2006 sind im bundesgerichtlichen Verfahren durch die Überflugsdaten zweier weiterer Wochen (9. bis 16. Januar 2006 und 17. bis 23. Juli 2006) ergänzt worden. Für die Darstellung der Überflugsituation wurden gemäss den Ausführungen der Enteigner die Multilaterationsdaten des Bodenradars SAMAX verwendet. Die Daten stammen von Skyguide und sind zur Auswertung direkt dem Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR) übermittelt worden. Der Beschwerdeführer bestreitet weiterhin, dass die Aufzeichnungen genau und aussagekräftig seien. Entgegen seiner Meinung kann jedoch auf die ermittelten Flugspuren abgestellt werden, da diese im Lichte der anwendbaren Kriterien ein genügendes Bild der Überflugsituation abgeben und gewisse Messunsicherheiten ohnehin nicht ausgemerzt werden können.
4.6 Das Grundstück des Beschwerdeführers liegt, um etwa 250 m von der Pistenachse verschoben, nur rund 1,4 km vom Ende der Piste 16 entfernt. Die meisten Flugzeuge ziehen jedoch, wie die Schätzungskommission dargelegt hat und durch die Aufzeichnungen der Flugspuren bestätigt wird, westlich an der Liegenschaft vorbei. Nur wenige Maschinen haben an diesem Punkt schon zum "left turn" nach Osten angesetzt und überfliegen das fragliche Grundstück direkt. Die abdrehenden Maschinen erreichen jedoch - von seltenen Ausnahmen abgesehen - bereits eine Höhe von 300 bis 600 m. Von direkten Überflügen - d.h. wie dargelegt von regelmässigen direkten Überflügen in geringer Höhe - kann daher im vorliegenden Fall nicht gesprochen werden.
5. Zu untersuchen bleibt, ob dem Beschwerdeführer ein Entschädigungsanspruch für die Unterdrückung seiner nachbarlichen Abwehrrechte gegenüber Lärmeinwirkungen zustehe. Ein solcher setzt nach der Rechtsprechung voraus, dass - kumulativ - die drei Bedingungen der Unvorhersehbarkeit der Lärmimmissionen, der sog. Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des immissionsbedingten Schadens gegeben sind (vgl. etwa BGE <ref-ruling> E. 7 S. 490 ff.; <ref-ruling> E. 7.1 S. 402, E. 9.2 S. 410, E. 12 S. 414, je mit Hinweisen).
Die Schätzungskommission hält die Voraussetzungen der Unvorhersehbarkeit und der Spezialität der Lärmimmissionen für erfüllt, nicht dagegen die Voraussetzung des Eintritts eines schweren Schadens. Im angefochtenen Entscheid wird hierzu ausgeführt, vom Fluglärm betroffen sei eine Ertragsliegenschaft, nämlich ein Wohn- und Geschäftshaus an sehr zentraler Lage. Das Gebäude sei vom Beschwerdeführer seinen eigenen Bedürfnissen entsprechend mit Verkaufsladen, Büro und Werkstatt ausgestattet worden. Die vier Wohnungen würden vom Eigentümer teils selbst benutzt und teils vermietet. Seit der Eigentümer nicht mehr berufstätig sei, seien auch die gewerblichen Teile des Gebäudes vermietet. Aus der Vermietung der gut unterhaltenen Liegenschaften ergäben sich seit dem Stichtag durchwegs Bruttorenditen zwischen minimal 6.21 % und maximal 8.56 %. Ertragseinbussen seien nicht nachgewiesen. Auch das künftige Ertragspotenzial der Liegenschaft sei gut. Bei der neusten Bau- und Zonenplanrevision sei die Liegenschaft aufgezont und von der Gestaltungsplanempfehlung befreit worden. Der Einbezug des Grundstücks in ein Projekt für die Neugestaltung des Zentrums längs der Schaffhauserstrasse laufe ebenfalls auf eine Aufwertung hinaus. Ein fluglärmbedingter Minderwert im Sinne eines schweren Schadens sei aufgrund der Wirtschaftlichkeit des Objekts nicht festzustellen. Die Entschädigungsforderung sei demnach abzuweisen.
Der Beschwerdeführer wendet gegen diese Erwägungen ein, die Schätzungskommission hätte sich bei der Minderwertsermittlung auf den Wohnteil der Liegenschaft beschränken und den gewerblichen Teil ausser Acht lassen müssen. Ferner seien die Zukunftsaussichten bei weitem nicht so günstig wie von der Schätzungskommission geschildert. Eine Neuüberbauung des Grundstücks sei jedenfalls nicht geplant und wäre wohl auch nicht wirtschaftlich.
6. 6.1 Dem Beschwerdeführer ist darin zuzustimmen, dass gewerbliche Tätigkeiten in der Regel als unempfindlich gegenüber Aussenlärm gelten und solchen Zwecken dienende Bauten durch übermässige Lärmimmissionen kaum je in ihrem Wert beeinträchtigt werden (vgl. sinngemäss <ref-ruling> E. 3 S. 340 f.; <ref-ruling> E. 10 S. 497). Das heisst jedoch nicht, dass bei der Verkehrs- und Minderwertsermittlung einer Liegenschaft die lärmunempfindlichen gewerblich genutzten Bauteile von vornherein ausser Acht zu bleiben hätten. Vielmehr ist das Ausmass des Schadens gestützt darauf zu beurteilen, wie die fragliche (Gesamt-)Liegenschaft im Schätzungszeitpunkt konkret genutzt worden ist oder hätte genutzt werden können (vgl. <ref-ruling> E. 11.2, 145 E. 6). Liegen unterschiedliche Nutzungen vor, sind alle in die Betrachtung miteinzubeziehen und ist über die Schwere der Lärmbeeinträchtigung für das Grundstück als Ganzes zu befinden. Bei der Ermittlung des Verkehrs- sowie des Minderwertes einer Ertragsliegenschaft, die aus gewerblichen Räumen und Wohnungen besteht, sind mithin sämtliche Erträge zu berücksichtigen und ist der Minderwert gesamthaft zu bestimmen. Wird der Ertrag einer Liegenschaft im Wesentlichen aus gewerblicher Tätigkeit oder der Vermietung gewerblicher Räume erzielt, kann deshalb der lärmbedingte Wertverlust des Grundstücks, auch wenn die Beeinträchtigung der Wohnräume für sich selbst betrachtet als erheblich erscheint, unter der Schwelle der Schwere bleiben.
6.2 Der Beschwerdeführer hat auch im bundesgerichtlichen Verfahren weder behauptet noch belegt, dass er infolge der übermässigen Fluglärmbelastung eine Ertragseinbusse erlitten habe. Er macht jedoch geltend, dass die Mieterträge fluglärmbedingt künftig nicht mehr gesteigert werden könnten. Eine solche Annahme läge tatsächlich nahe, wenn es um eine reine Wohnnutzung ginge (vgl. <ref-ruling> E. 13). Die hier umstrittene Liegenschaft wird jedoch, wie in der Zonenordnung vorgesehen, auch gewerblich genutzt. Dabei lag das Grundstück nach dem im Schätzungszeitpunkt geltenden Zonenplan und der Bau- und Zonenordnung der Stadt Opfikon (BZO) vom 24. September 1995 in der Zentrumszone Z4, in der noch eine Wohnanteilfläche von 50 % galt. Es ist jedoch seither der Zentrumszone Z6 zugewiesen worden, für welche Wohnanteilflächen nicht mehr vorgeschrieben, sondern nur noch geduldet sind (vgl. Art. 9bis BZO vom 7. Juli 2003 mit Ergänzungen vom 5. Dezember 2005 und 6. März 2006). Für den Beschwerdeführer besteht somit die Möglichkeit, künftig auch Wohnräume gewerblich zu nutzen und etwa als Büros zu vermieten. Eine solche Änderung der Verwendung erfordert in der Regel keine allzu grossen Umbauten oder Investitionen. Ausserdem eignet sich hier - anders als bei einer herrschaftlichen Villa in ländlicher Umgebung (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 341) - die Lage und die Ausgestaltung der Baute für eine zusätzliche gewerbliche Nutzung. Nun kann zwar der Eigentümer eines Gebäudes nicht gezwungen werden, von der neu geschaffenen Möglichkeit einer anderen, lärmunempfindlicheren Verwendung Gebrauch zu machen. Nach einem Grundsatz des Enteignungsrechts besteht indes für den Enteigneten die Pflicht, alle zumutbaren Vorkehren zu treffen, um den Schaden zu vermindern oder zu vermeiden (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 50). Obliegt aber dem von übermässigen Lärmimmissionen Betroffenen eine Schadenminderungspflicht, so kann ihm auch kein Ersatzanspruch für den Schaden erwachsen, der vermieden werden könnte, wenn eine mögliche und zumutbare Umnutzung vorgenommen würde. Der Einwand des Beschwerdeführers, dass weitere Erhöhungen der Wohnungsmieten ausgeschlossen seien und er dafür entschädigt werden müsse, geht somit an der Sache vorbei.
6.3 Angesichts der auch nach Eintritt der übermässigen Lärmbelastung erzielten Gesamterträge der Liegenschaft und der neu geschaffenen Nutzungsmöglichkeiten ist wie im angefochtenen Entscheid festzustellen, dass das Grundstück des Beschwerdeführers jedenfalls keinen fluglärmbedingten Schaden erlitten hat, der im Sinne der Rechtsprechung als schwer zu bezeichnen wäre. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist im Hauptpunkt abzuweisen.
7. Der Beschwerdeführer ficht schliesslich auch die von der Schätzungskommission getroffene Kosten- und Entschädigungsregelung an und stellt Antrag auf angemessene Erhöhung der ihm zugesprochenen Parteientschädigung von Fr. 4'000.--. Bei der Überprüfung der für das enteignungsrechtliche Entschädigungsverfahren festgesetzten Parteientschädigung übt das Bundesgericht jedoch nach ständiger Praxis Zurückhaltung, weil die Schätzungskommission oder deren Präsident besser in der Lage ist, die Bemühungen und Leistungen des Anwaltes zu beurteilen und den örtlichen Gebräuchen Rechnung zu tragen. Das Gericht ändert deshalb den zugesprochenen Betrag nur dann, wenn dieser als offensichtlich ungenügend oder unverhältnismässig hoch erscheint (<ref-ruling> E. 5 S. 112 mit Hinweisen).
Im angefochtenen Entscheid wird eingeräumt, dass die Führung des Verfahrens mit erheblichem Aufwand verbunden gewesen sei. Allerdings habe bis zum Entscheid der Schätzungskommission über die Verjährung vom 27. Juli 2004 der gleiche Anwalt sämtliche Enteigneten in Opfikon-Glattbrugg vertreten, welche eine Entschädigung für die Lärmbelastung durch die Abflüge ab Piste 16 verlangten. Dadurch sei der Aufwand im Einzelfall beträchtlich vermindert worden. Mit Rücksicht auf die Vielzahl der Fälle und angesichts des Umstandes, dass die kantonalen Anwaltstarife nicht anwendbar seien, rechtfertige es sich, in jedem Fall unabhängig von der Höhe der gestellten Begehren eine Pauschalentschädigung von Fr. 4'000.-- zuzuerkennen. Dieser Betrag erscheint angesichts der Besonderheit des vorliegenden Falles und der weiteren Pilotverfahren zwar als eher niedrig, aber nicht als offensichtlich ungenügend. Die Beschwerde des Enteigneten ist auch insofern unbegründet.
8. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist nach dem Gesagten in allen Punkten abzuweisen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Regel von Art. 116 Abs. 1 EntG entsprechend den Enteignern aufzuerlegen. Diese sind zudem zu verpflichten, dem Enteigneten für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Bei der Bemessung der Parteientschädigung darf dem Umstand Rechnung getragen werden, dass die Rechtsschriften der Grundeigentümer in den Pilotfällen über weite Teile gleich lauten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den beiden Enteignern unter solidarischer Haftbarkeit je zur Hälfte auferlegt.
3. Die beiden Enteigner haben dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer