Sachverhalt:
A. Im Jahr 1992 gewährte die Banque LBLux S.A. (LBLux) unter ihrer damaligen Firma Bayerische Landesbank International S.A. der Swissair Schweizerische Luftverkehr-Aktiengesellschaft ein Darlehen von Fr. 20 Mio. Das Darlehen war jährlich zum Satz von 73⁄4 % zu verzinsen. Am 28. September 2001 leistete SAir Group AG (SAir), für welche der Kredit inzwischen geführt wurde, die fällige Zinszahlung von Fr. 1'545'694.44.
Auf Gesuch vom 4. Oktober 2001 hin wurde der SAir am Folgetag die provisorische Nachlassstundung bewilligt, welche später in eine definitive umgewandelt wurde. Am 20. Juni 2003 wurde der Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung gerichtlich bestätigt; am 26. Juni 2003 erwuchs die betreffende Verfügung in Rechtskraft.
B. Mit Klage vom 9. September 2005 verlangte die IG Swissair-Obligationäre GmbH (IG) als Abtretungsgläubigerin gemäss <ref-law> gestützt auf Art. 287 und 288 SchKG die Verurteilung der LBLux zur Zahlung von Fr. 1'545'694.45 nebst Zins zu 5 % seit 28. September 2001.
Mit Urteil vom 27. September 2007 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich sowohl die Überschuldungspauliana wegen eingetretener Fälligkeit (der 30. September als Fälligkeitsdatum fiel im Jahr 2001 auf einen Sonntag und zwischen den Parteien war umstritten, ob sich die Fälligkeit deshalb auf den Freitag, 28. September vorverschob oder ob die Zinszahlung erst am Montag, 1. Oktober fällig geworden wäre) als auch die Deliktspauliana wegen fehlender Erkennbarkeit einer allfälligen Schädigungsabsicht ab.
Die dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Zirkulationsbeschluss vom 8. Oktober 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit ausschliesslich gegen das handelsgerichtliche Urteil gerichteter und nur noch auf <ref-law> abgestützter Beschwerde in Zivilsachen vom 4. November 2008 verlangte die IG die Verurteilung der LBLux zur Zahlung von Fr. 1'545'694.45 nebst Zins zu 5 % seit 28. September 2001, eventualiter die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht. In ihrer Vernehmlassung vom 16. Februar 2009 schloss die LBLux auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Endentscheid betreffend eine paulianische Anfechtungsklage mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 1 lit. b und Art. 90 BGG). Das Handelsgericht des Kantons Zürich ist einzige kantonale Sachinstanz (<ref-law>). Es wird eine Verletzung von Normen des SchKG gerügt, was nicht mit voller Kognition dem Kassationsgericht unterbreitet werden konnte, jedoch durch das Bundesgericht frei überprüfbar ist (Art. 95 lit. a i.V.m. <ref-law>); der (allein) angefochtene Entscheid des Handelsgerichts ist demnach mit Bezug auf diese Fragen kantonal letztinstanzlich (<ref-law>). Die Klagefrist ist eingehalten (<ref-ruling>), ebenso die Beschwerdefrist (<ref-law>).
2. Die Anfechtungsklage gemäss <ref-law> ist ein im Dienst der Gläubigergleichbehandlung stehendes Instrument, bei dem es um die Rückführung von aus vollstreckungsrechtlicher Sicht unrechtmässig entäussertem Substrat geht, indem bestimmte Handlungen des Schuldners, die während einer gesetzlich festgelegten Verdachtsperiode vorgenommen worden sind, auf der vollstreckungsrechtlichen Ebene unbeachtlich bleiben, wenn tatsächlich der Konkursfall eingetreten ist oder ein Gläubiger einen Pfändungsverlust erlitten hat. Die betreffenden Rechtsgeschäfte bleiben zwar zivilrechtlich gültig, aber die übertragenen Vermögenswerte werden der Zwangsvollstreckung zugeführt (vgl. Art. 285 Abs. 1 und Art. 291 Abs. 1 SchKG).
Durch die Rückführung von Vollstreckungssubstrat in die Masse wird die dem Insolvenzrecht zugrunde liegende Maxime der Gläubigergleichbehandlung (<ref-law>, unter Vorbehalt von <ref-law>) gewissermassen auf die Verdachtsperiode vorverlagert. In diesem Stadium kann jedoch die Gleichbehandlung der Gläubiger weder absolute Maxime noch Selbstzweck sein; insofern handelt es sich bei der Anfechtungsklage um einen Ausnahmetatbestand, der seiner Natur nach restriktiv zu handhaben ist. Es darf insbesondere nicht aus den Augen verloren gehen, dass zivilrechtliches Handeln immer auch vor dem Hintergrund der Insolvenzbeständigkeit vor sich geht. Es ist im Geschäftsverkehr einerlei, ob ein Rechtsgeschäft durch eine allfällige Anfechtungsklage zivilrechtlich dahinfällt oder ob lediglich die Vollstreckung in die empfangenen Vermögenswerte zu dulden ist; unabhängig von der rechtlichen Ausgestaltung des Institutes der Anfechtung bzw. von der technischen Umsetzung ist das Vertrauen in die Beständigkeit zivilrechtlich gültig geschlossener Verträge und damit die Rechtssicherheit betroffen.
In diesem Sinn geht es beim Institut der Anfechtungsklage nicht darum, den Schuldner faktisch seiner Handlungsfähigkeit zu berauben und ihn zu immobilisieren, zumal damit in der Regel seine sofortige Konkursreife herbeigeführt würde, was selten im Interesse der Gläubigergesamtheit liegen dürfte. Dem Schuldner muss mit anderen Worten selbst in schwierigen Zeiten bzw. bei finanziell angespannter Lage eine normale Geschäftstätigkeit möglich sein (Urteil 5A_386/2008, E. 4.3), und auch sachlich motivierte Entscheide des Schuldners im Rahmen dieser Tätigkeit können naturgemäss eine Ungleichbehandlung der Gläubiger beinhalten. Die Anfechtungsklage soll dort greifen, wo es um unlautere Machenschaften geht, wie es namentlich der Fall ist, wenn Vollstreckungssubstrat beiseitegeschafft worden ist, das sich bei normalem Geschäftsgebaren in der Masse noch vorgefunden hätte.
3. Vorliegend wird die Absichtspauliana gemäss <ref-law> angerufen. Nach dieser Norm sind alle Rechtshandlungen anfechtbar, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Pfändung oder Konkurseröffnung in der dem andern Teile erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen. Der Absichtsanfechtung unterliegen gemäss <ref-law> auch Rechtshandlungen, die der Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommen hat.
Der Tatbestand von <ref-law> kennt drei Voraussetzungen: Die angefochtene Handlung muss die Gläubigergesamtheit nicht nur schädigen, sondern vom Schuldner auch in der betreffenden Absicht vorgenommen worden sein, was schliesslich für den begünstigten Dritten erkennbar gewesen sein muss. Alle drei Voraussetzungen hat zu beweisen, wer aus der Erfüllung des Tatbestandes Rechte ableitet (vgl. <ref-law>), in der Regel also der Anfechtungskläger und hier die Beschwerdeführerin (<ref-ruling> E. 2 S. 454 m.w.H.; siehe auch Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl., Bern 2008, § 52 Rz. 25).
Was das objektive Tatbestandsmerkmal von <ref-law> anbelangt, liegt dieses nach einer stehenden Formel in einer Schädigung der anderen Gläubiger durch eine Beeinträchtigung ihrer Exekutionsrechte begründet, indem ihre Befriedigung im Rahmen der General- oder Spezialexekution oder ihre Stellung im Vollstreckungsverfahren wegen der Bevorzugung des einen Gläubigers beeinträchtigt wird (<ref-ruling> E. 2 S. 267, 513 E. 3.1 S. 515). Daran fehlt es grundsätzlich, wenn die anderen Gläubiger auch bei richtigem Verhalten des Schuldners zum gleichen Verlust gekommen wären (sog. rechtmässiges Alternativverhalten), dient doch die Anfechtungsklage nicht der Bestrafung des beklagten Gläubigers, sondern der Wiederherstellung des Zustandes, in welchem sich ohne das angefochtene Geschäft das zur Befriedigung der übrigen Gläubiger dienende Vermögen des Schuldners im Zeitpunkt der Konkurseröffnung befunden hätte (<ref-ruling> E. 4.1 S. 617; <ref-ruling> E. 2 S. 267). An einer Schädigung fehlt es in der Regel auch, wenn die angefochtene Rechtshandlung im Austausch gleichwertiger Leistungen besteht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 455; <ref-ruling> E. 6.1.2 S. 280). Ein solcher liegt beispielsweise vor, wenn der Schuldner gegen Bestellung eines Pfandes ein Darlehen erhält (BGE 53 III 79), wenn ihm gegen Bestellung eines Pfandes Ware auf Kredit geliefert wird (BGE 63 III 150 E. 3 S. 155), wenn er ihm gehörende Sachen gegen Zahlung des vollen Gegenwertes veräussert (BGE 65 III 142 E. 5 S. 147; 79 III 175) oder wenn ihm bei einem Finanzierungsgeschäft der volle Gegenwert der von ihm unter Garantie der Einbringlichkeit abgetretenen Forderungen vergütet wird (BGE 74 III 84 E. 3 S. 88).
All diesen Geschäften ist gemeinsam, dass der Schuldner anstelle der von ihm veräusserten oder verpfändeten Vermögenswerte Ware oder Geld erhält. Wenn der Schuldner dagegen anstelle der von ihm veräusserten Vermögensstücke bloss eine Forderung erwirbt oder wenn er Geld oder andere Vermögenswerte zum blossen Zweck der Tilgung einer Forderung hingibt, tauscht er für seine Leistung keine Gegenleistung ein, die eine Schädigung der Gläubiger von vornherein ausschliessen würde (<ref-ruling> E. 4 S. 34). Insbesondere ist beim Darlehensvertrag die Rückzahlung nicht eine (gleichwertige) Gegenleistung für die Hingabe des Darlehensbetrages, sondern die Erfüllung der mit der Darlehensaufnahme eingegangenen Pflicht zu späterer Rückzahlung; sie bewirkt deshalb - unter Vorbehalt von Konkursprivilegien und dinglichen Vorrechten - in der Regel eine Schädigung der anderen Gläubiger (<ref-ruling> E. 5 S. 38; <ref-ruling> E. 3.1 S. 455).
4. Das Handelsgericht hat die Gläubigerschädigung bejaht, die Schädigungsabsicht offengelassen und deren Erkennbarkeit verneint. Offenbar wegen der Bejahung der Gläubigerschädigung konzentriert sich die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde auf die beiden subjektiven Tatbestandsmerkmale der Schädigungsabsicht und der Erkennbarkeit. Zu beweisen hat sie nach dem in E. 3 Gesagten jedoch sämtliche Tatbestandselemente, wie sie im kantonalen Prozess auch alle thematisiert worden sind. Unabhängig von der Bejahung durch das Handelsgericht ist das Tatbestandsmerkmal der Gläubigerschädigung vom Bundesgericht im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen (<ref-law>) erneut zu prüfen, was der Beschwerdeführerin bekannt sein musste. Die Beschwerdegegnerin setzt sich in ihrer Vernehmlassung denn auch eingehend damit auseinander, weshalb ihr rechtliches Gehör gewahrt bleibt, wenn das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid in den nachfolgenden Erwägungen aufgrund einer Motivsubstitution schützt, indem es die Gläubigerschädigung anders beurteilt als das Handelsgericht (zur Möglichkeit und Zulässigkeit der Motivsubstitution infolge Rechtsanwendung von Amtes wegen siehe statt vieler <ref-ruling> E. 2.5 S. 262).
5. Während die wohl herrschende Lehre den entgeltlichen Darlehensvertrag als vollkommen zweiseitig ansieht (vgl. Zusammenstellung der Lehrmeinungen bei Schärer/Maurenbrecher, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>), geht das Bundesgericht von einem unvollkommen zweiseitigen Vertrag aus (<ref-ruling> E. 4a S. 334; <ref-ruling> lit. b S. 192), weil die allenfalls hinzutretende Verzinsung für den Darlehensvertrag begrifflich unwesentlich ist (<ref-ruling> E. 4a S. 334). Wie bereits ausgeführt, fehlt es mit Bezug auf das Verhältnis zwischen Darlehenshingabe und Darlehensrückzahlung am gegenseitigen Austauschelement. Hingegen ist mit Bezug auf das Verhältnis zwischen Zinszahlung und Aufrechterhaltung der Wertüberlassung - und diesbezüglich besteht auch in der Lehre Einigkeit (vgl. Higi, Zürcher Kommentar, N. 6 Vorbem. zu Art. 312-318 OR, N. 75 ff. zu <ref-law>, N. 14 zu <ref-law>, je m.w.H.) - von einem echten Synallagma auszugehen: Im marktwirtschaftlichen System hat nicht nur ein Sachgut, sondern auch das Gewähren von Kredit einen Marktpreis. Das Geld wird im Übrigen nicht nur wirtschaftlich, sondern auch rechtlich insofern übertragen, als es durch Vermischung ins Eigentum des Darlehensnehmers übergeht (BGE 78 II 243 E. 5c S. 254; <ref-ruling> E. 4 S. 201), soweit es sich nicht ohnehin um Buchgeld handelt. So oder anders ist der Zins das Entgelt und damit die - bei marktpreisüblichen Zinssätzen gleichwertige - Gegenleistung für das Zurverfügungstellen von Kredit. Dabei ist präzisierend festzuhalten, dass sich das Austauschverhältnis nicht auf die Geldhingabe bei der Gewährung des Darlehens, sondern auf die fortgesetzte Wertgebrauchsüberlassung der Valuta, mithin auf das durative Element bezieht. Das drückt sich in der für die Zinszahlung typischen Periodizität aus (vgl. im Einzelnen E. 6) und folgt wirtschaftlich betrachtet aus dem Umstand, dass der Zins den Ausgleich dafür bildet, dass der Darlehensgeber infolge der Wertübertragung während der Darlehenszeit nicht selbst über das Geld verfügen und damit anderweitig Gewinn erwirtschaften kann.
6. Ausgehend von der dargelegten rechtlichen Natur von Zinszahlungen und von ihrer Einordnung im System des Vertragssynallagmas ist deren Anfechtbarkeit zu prüfen, zunächst unter dem Gesichtspunkt der Gläubigerschädigung als objektivem Tatbestandsmerkmal von <ref-law>.
Jedenfalls bei Geschäftskrediten, welche der Verfolgung bzw. überhaupt erst der Ermöglichung gewinnstrebiger Unternehmenstätigkeit dienen, arbeitet der Darlehensnehmer gewissermassen mit dem Geld, indem er dieses produktiv einsetzt; bei der Swissair dienten die Kredite der Finanzierung des Flugbetriebes und der Generierung von Einnahmen aus dem Flug- und flugverwandten Geschäft. Auch wenn der Konzern insgesamt keinen Gewinn mehr erwirtschaftete, blieb die Geschäftstätigkeit gewinnstrebig und stand die damit verbundene Erzielung von Einnahmen weiterhin im Interesse der übrigen Gesellschaftsgläubiger.
Es ist auch nicht entscheidend, dass die Zinszahlung, soweit sie postnumerando erfolgt, die Gegenleistung für die Kreditierung während der vorangegangenen Periode ist, besteht doch zwischen der Zahlung von Waren (vgl. BGE <ref-ruling> E. 6.3.2 S. 283) und der Zinszahlung in dem Sinn keine Analogie, als der Darlehensvertrag im Unterschied zum Kaufvertrag durativer Natur und die Zinszahlung typischerweise von Periodizität geprägt ist. Der regelmässige Zinsendienst stellt die fortgesetzte Wertüberlassung sicher und insofern besteht wirtschaftlich ein permanenter Ausgleich zwischen Wert und Gegenwert. Anders verhält es sich nur dort, wo erst am Ende der Laufzeit ein Einmalzins zu entrichten ist oder wo längst fällige Zinsen zusammen mit der Rückzahlung des Darlehens geleistet werden; hier dient die Zinsleistung nicht mehr dem weiteren Zurverfügungstellen von Kredit, weshalb sie in diesem speziellen Fall nicht als gleichwertige Gegenleistung für die fortgesetzte Gebrauchsüberlassung betrachtet werden kann und folglich mit Bezug auf das Tatbestandsmerkmal der Gläubigerschädigung das Schicksal der Darlehensrückzahlung teilen muss (vgl. Urteil 5A_116/2009, E. 5 a.E.).
Vor dem Hintergrund der Zwecksetzung der paulianischen Klagen (dazu E. 2) ist schliesslich für den hier zu beurteilenden Fall von entscheidender Bedeutung, dass keine Zinsmachenschaften (beispielsweise vorzeitige oder höhere Zahlungen) vorliegen, welche definitionsgemäss von unlauteren Absichten getragen sind und in der Regel der Begünstigung bestimmter Gläubiger dienen. Vielmehr geht es vorliegend um einen langjährigen Kreditvertrag, bei welchem die Zinsen stets unmittelbar nach dem Fälligkeitsdatum in der von den Parteien vereinbarten Höhe, mithin gewissermassen routinemässig bzw. automatisch beglichen wurden; im Übrigen wurde der Kredit nach der termingerecht erfolgten Zinszahlung, die vorliegend angefochten ist, anstandslos weitergeführt. Das heisst mit anderen Worten, dass der Vertrag von beiden Seiten über alle Jahre hinweg und auch nach der angefochtenen Zahlung stets respektiert worden ist. Bei dieser Ausgangslage ist der Zinsendienst zur gewöhnlichen Geschäftstätigkeit zu zählen, welche dem Schuldner auch in einem schwierigen wirtschaftlichen Umfeld bzw. bei angespannter finanzieller Lage möglich sein muss (vgl. E. 2).
7. Das Vorbringen der Beschwerdeführerin, die drohende Kündigung des Darlehens sei keine Gegenleistung für die Zinszahlung, geht am Kern der Sache vorbei, bilden doch Zinszahlungen nach den vorstehenden Erwägungen periodisch die Gegenleistung für die fortgesetzte Kreditierung. Die Kündigung des Darlehens lässt die Darlehensforderung fällig werden und der Gläubiger kann fällige Forderungen in Betreibung setzen. Für den Fall, dass später tatsächlich der Insolvenzfall eintritt, kann die Masse zwar gegebenenfalls versuchen, gewisse vor der Konkurseröffnung übertragene Vermögenswerte der Exekution zuzuführen; dies setzt aber entsprechende prozessuale Anstrengungen voraus und ist nur möglich, wenn alle Merkmale eines Anfechtungstatbestandes gemäss <ref-law> gegeben sind bzw. bewiesen werden können. Insofern lässt sich entgegen der Beschwerdeführerin nicht sagen, die Situation im Rückforderungsfall unterscheide sich nicht von der Aufrechterhaltung der Kreditierung aufgrund regelmässigen Zinsendienstes.
Vor eben diesem Hintergrund der fortgeführten Kreditierung kann auch der handelsgerichtlichen Auffassung nicht gefolgt werden, im Konkursfall würden sich die Zinszahlungen nicht mehr in der Masse befinden und insofern seien die anderen Gläubiger geschädigt. Entscheidend muss vielmehr sein, dass aufgrund der regelmässigen und termingerechten Zinszahlung die Darlehenssumme beim Schuldner belassen worden ist und sich unabhängig von der Verwendung jedenfalls in dem Sinn wertmässig in der Masse wiederfindet, als diese im Umfang des nicht zurückbezahlten Kapitals grösser ist. Vor dem Hintergrund des Zwecks der Anfechtungsklage, die Begünstigung einzelner Gläubiger zu verhindern, wäre nicht einsichtig, weshalb der Gläubiger, der bereits die Darlehensforderung verliert bzw. hierfür nur eine Konkursdividende erhält, auch noch die Zinsen zurückzahlen soll, welche die Gegenleistung für die fortgesetzte Wertgebrauchsüberlassung der Valuta darstellten.
8. Insgesamt ist im Zusammenhang mit der vorliegend angefochtenen Zinszahlung weder eine Benachteiligung der Gläubigerschaft insgesamt noch die Begünstigung einzelner Gläubiger zum Nachteil der anderen ersichtlich. Mangelt es somit bereits am objektiven Tatbestandsmerkmal der Gläubigerschädigung, erübrigt sich die Prüfung der beiden subjektiven Tatbestandsvoraussetzungen von <ref-law> bzw. der in diesem Zusammenhang gemachten Vorbringen der Beschwerdeführerin.
9. Zufolge Abweisung der Beschwerde wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons Zürich und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli