Sachverhalt:
A. R._, geboren 1967, Mutter von 1989 geborenen Zwillingen, arbeitete vom 1. November 1995 bis 31. Oktober 2003 als Hilfspflegerin im Zentrum für Pflege und Betreuung E._. Am 17. Dezember 2003 (Eingang) meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Gemäss ihren Angaben litt sie unter Rücken-, Herz-, Handgelenks- und psychischen Beschwerden. Die IV-Stelle des Kantons Aargau holte in der Folge Informationen zur gesundheitlichen, erwerblichen und persönlichen Situation der Versicherten ein. Vom 13. bis 16. November 2006 wurde sie im Zentrum für Medizinische Begutachtung (ZMB) polydisziplinär untersucht und beurteilt; es wurde ihr in der angestammten Tätigkeit eine Einschränkung von 30 % seit November 2003 attestiert (Gutachten vom 23. Januar 2007). Mit Vorbescheid vom 19. November 2007 und Verfügung vom 30. Januar 2008 verneinte die IV-Stelle bei einem Invaliditätsgrad von 30 % den Anspruch auf eine Invalidenrente und berufliche Massnahmen.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 9. September 2008 ab.
C. R._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, beantragt Aufhebung des kantonalen Entscheides und Zusprechung einer ganzen Invalidenrente mit Wirkung ab 5. Januar 2004.
Die IV-Stelle beantragt sinngemäss Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung dieser Frage einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.1 Feststellungen der Vorinstanz hinsichtlich des Grades der Arbeitsunfähigkeit betreffen Tatfragen, soweit sie auf der Würdigung konkreter Umstände beruhen, und sind daher lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbar (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 f.). Bei der Bestimmung der für die Bemessung des Invaliditätsgrades massgebenden hypothetischen Einkommen ist als Rechtsfrage frei überprüfbar, ob sie auf der Grundlage statistischer Durchschnittslöhne zu ermitteln sind, und welches die massgebliche Tabelle ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Frei überprüfbare Rechtsfrage ist auch die getroffene Wahl der massgeblichen Stufe (Anforderungsniveau 1+2, 3 oder 4) beim statistischen Lohnvergleich auf der Grundlage der Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) (SVR 2008 IV Nr. 4 S. 9 [Urteil I 732/06 vom 2. Mai 2007, E. 4.2.2]). Die Frage, ob ein leidensbedingter Abzug nach Massgabe der Grundsätze von <ref-ruling> vorzunehmen sei, ist rechtlicher Natur, die Bestimmung eines solchen Abzuges dagegen Ermessensfrage, die im Gegensatz zum früheren Recht (vgl. Art. 104 lit. c OG) nicht zu prüfen ist (Art. 95 und 97 BGG). Gerügt werden kann die Höhe des Abzuges nur im Hinblick auf Ermessensüberschreitung oder -missbrauch als Formen rechtsfehlerhafter (<ref-law>) Ermessensbetätigung (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das kantonale Gericht habe den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig und bundesrechtswidrig festgestellt, weil sie nicht korrigiert habe, dass im Gutachten die Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit lediglich als Nebendiagnosen ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit aufgeführt worden seien. Ihre Begründung stützt sich vorab auf die vom Gutachten abweichenden Einschätzungen behandelnder Ärzte. Nach der Rechtsprechung sind deren Berichte aufgrund der Verschiedenheit von Expertise und Therapie (siehe Urteil 9C_705/2007 vom 18. August 2008 E. 4.1.1 mit zahlreichen Hinweisen) grundsätzlich mit Vorbehalt zu würdigen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353). Dies gilt für den allgemein praktizierenden Hausarzt, den behandelnden Spezialarzt und ebenso den therapeutisch tätigen Psychiater mit seinem besonderen Vertrauensverhältnis zum Patienten (siehe auch Urteil I 655/05 vom 20. März 2006 E. 5.4). Auch hat sich das Gericht mit der gutachterlichen Zuordnung auseinandergesetzt und begründet, weshalb sie gerechtfertigt ist (E. 5.3.3.2). Es hat erwogen, primär sei hier ausschlaggebend, dass die Beschwerdeführerin sich die unbefriedigenden Behandlungsergebnisse selber zuzuschreiben habe, da sie bisher keine konsequente Therapie durchgezogen und in dieser Richtung keine Motivation gezeigt habe, obwohl ihr dies zumutbar und es erfolgversprechend wäre. Neben der Selbstlimitierung fänden sich Hinweise auf aggravierendes und demonstratives Verhalten (was im Gutachten klar dokumentiert ist). Was die Handgelenksbeschwerden betrifft, rechtfertigt sich der Vorwurf nicht, die Vorinstanz habe die durch die Tendoligamentopathie bei jeder manuellen Tätigkeit verursachten Schmerzen den somatoformen Beschwerden und der Fibromyalgie zugeordnet. Sie hat in E. 5.1.3 lediglich Bezug genommen auf den Bericht des behandelnden Arztes Dr. med. T._, Facharzt FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation sowie Rheumatologie, vom 23. April 2004, der zu den beidseitigen Gelenksschmerzen festgehalten hat, es bestehe radiologisch kein Hinweis auf eine Ganglionbildung und das Beschwerdebild "konfluiert zum Teil mit Anteilen der Fibromyalgie". Es war der Administrativgutachter Dr. med. A._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, der später bei der Untersuchung die fibromyalgischen Kontrollpunkte am Radius beidseits und im Bereich der Fingergelenke als unauffällig befand, aber am linken Radiocarpalgelenk ein kleines Ganglion zu ertasten meinte. Die MEDAS-Gutachterkommission gab darum neben der Tendoligamentopathie (im Sinne einer Differenzialdiagnose) auch ein "intraarticuläres Ganglion links mehr als rechts" an.
2.3 Das Sozialversicherungsgericht beurteilt die Gesetzmässigkeit der angefochtenen Verfügung in der Regel nach dem Sachverhalt, der bis zum Abschluss des Verwaltungsverfahrens (hier am 30. Januar 2008) eingetreten war. Tatsachen, die jenen Sachverhalt seither verändert haben, sollen im Normalfall Gegenstand einer neuen Verwaltungsverfügung sein (<ref-ruling> E. 2.1 S. 243; <ref-ruling> E. 1b S. 366). Nach dem Schreiben des behandelnden Arztes Dr. med. T._ vom 2. Juni 2008 unterzog sich die Beschwerdeführerin am 20. Mai 2008 der Abtragung eines Handrückenhöckers ("Carpe bossu") an der rechten Hand. Erst am 21. November 2008 berichtete Dr. med. L._, Facharzt FMH für Chirurgie und Handchirurgie, es habe mittels MRI und Sonographie ein dorsales Handgelenkganglion im radioscapholunären Bereich dargestellt werden können. Ähnlich verhielt es sich mit der angerufenen Arthroseproblematik. Zunächst berichtete Dr. med. L._ zwar am 9. Januar 2008, es habe sich beidseits eine Arthrose im radiokarpalen Bereich entwickelt, eine Carpaltunnelsymptomatik bestehe nicht. Am 27. Februar 2008 gab er an, im Vorjahr durchgeführte Abklärungen hätten gezeigt, dass es sich um einen progredienten degenerativen Prozess im Sinne einer rechtsseitig betonten Radiokarpalarthrose beidseits handelt. Am 1. September 2008 konstatiert er, klinisch seien keine Anzeichen für eine Rhizarthrose vorhanden, zwar bestünden zum Teil etwas irreführende Schmerzmanifestationen, aber ohne dass wesentliche Zeichen einer Arthrose im radioscaphidalen Anteil zu erkennen wären. Bei einer solch unbestimmten Sachlage bestand für die Vorinstanz mit Recht kein Anlass zu Abklärungen. Sie hat die Beschwerdeführerin richtigerweise auf den Weg der Neuanmeldung verwiesen. Da letztinstanzlich neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden dürfen, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), sind die vor Bundesgericht nachgereichten Arztberichte nicht zu berücksichtigen. Es wird rein appellativ ausgeführt, was bereits der Vorinstanz vorgelegt worden ist.
3. Die Zumutbarkeit einer leidensangepassten Tätigkeit ist nicht aus der subjektiven Sicht der Patientin zu beurteilen, sondern allein relevant aufgrund objektiver ärztlicher Einschätzung wie hier im Rahmen der Begutachtung. Nach der nicht offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann die Beschwerdeführerin die bisherige Arbeit mit eingeschränktem Pensum verrichten und darum grundsätzlich auch ein dem neuen Anstellungsgrad angepasstes Einkommen erzielen. Es erübrigt sich darum die Beurteilung der Rüge einer unrichtigen betraglichen Festsetzung des Valideneinkommens durch die Verwaltung. Korrekt ist ebenso, dass die Vorinstanz keinen leidensbedingten Abzug ("von 20 % bis 25 %") zugestanden hat (oben E. 2.1). Der Abzug hat nicht automatisch zu erfolgen, sondern dann, wenn Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die versicherte Person wegen eines oder mehrerer Merkmale (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad) die verbliebene Arbeitsfähigkeit nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann. Da bei der Beschwerdeführerin der gesundheitlichen Einschränkung mit der Reduktion des Pensums in der bisherigen Tätigkeit Rechnung getragen wird, rechtfertigt sich dafür kein zusätzlicher Abzug; für eine Berücksichtigung der übrigen Kriterien gibt es keinen Anlass.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz