hat sich ergeben:
A.- Das Bundesamt für Verkehr (im Folgenden: Bun-desamt) sicherte am 12. Juni 1989 gestützt auf das dama-lige Treibstoffzollgesetz vom 22. März 1985 (TZG; heuti-ger Titel: Bundesgesetz über die Verwendung der zweckgebundenen Mineralölsteuer, [MinVG]; SR 725. 116.2) sowie die damalige Verordnung vom 23. April 1986 über Beiträge an private Anschlussgeleise (Anschlussgeleise-Beitragsverordnung, AnBV; AS 1986 750) der A._ & Co. AG, X._, und der Gemeinde Y._ einen Bundesbei-trag von höchstens Fr. 250'500.-- für den Bau einer Verbindungsgleisanlage in X._ zu. Die jährliche Transportmenge wurde dabei auf 2'000 Tonnen veranschlagt. Am 8. Januar 1990 wurden der A._ & Co. AG Fr. 221'100.-- und der Gemeinde Y._ Fr. 29'400.-- überwiesen. Zusätz-lich sicherten die Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) der A._ & Co. AG einen kommerziellen Beitrag von Fr. 50'000.-- zu, ebenfalls basierend auf einer jährlichen Transportmenge von 2'000 Tonnen.
B.- Mit Verfügung vom 24. Juni 1999 erwog das Bundesamt, in keinem der Jahre 1990 bis 1996 hätten die über das Anschlussgleis abgewickelten Transporte die veranschlagte Tonnage von jährlich 2'000 Tonnen erreicht. Seit 1997 seien die Transporte vollständig eingestellt. Gestützt auf Art. 9 Abs. 4 AnBV sei deshalb der gewährte Beitrag zurückzufordern.
Unter Berücksichtigung der maximal anrechenbaren Betriebsdauer von sieben Jahren seien gemäss Art. 9 Abs. 5 AnBV 65 % des ausgerichteten Beitrages zurückzufordern. Demgemäss verfügte das Bundesamt, die A._ & Co. AG habe von dem für den Bau des Verbindungsgleises ausgerichteten Beitrag eine Rückzahlung von Fr. 143'700.-- zu leisten.
C.- Die A._ & Co. AG erhob gegen diese Verfügung am 18. August 1999 Beschwerde an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (im Folgenden: Departement). Sie brachte vor, die Nichtbenüt-zung des Gleises sei auf nicht konkurrenzfähige Preise und Dienstleistungen der Bahn zurückzuführen. Zudem sei der Rückforderungsanspruch verjährt. Schliesslich machte sie Verrechnung geltend.
Das Departement wies die Beschwerde am 9. Dezember 1999 ab. Es erwog, die Nichterreichung der Transportmenge sei nicht auf die Schwierigkeiten mit dem Bahntransport zurückzuführen.
Zudem berührten allfällige Unzulänglichkeiten des Bahntransports die Rechtsbeziehungen zwischen dem Bund als Subventionsgeber und der Beschwerdeführerin als Subventionsempfängerin nicht. Die Verjährungseinrede sei unbegründet, da das Bundesamt im Einvernehmen mit der Beschwerdeführerin die Rückforderung um zwei Jahre, bis Ende Mai 1999, ausgesetzt habe. Dadurch sei die Verjährung unterbrochen worden. Die Verrechnung mit allfälligen Schadenersatzansprüchen gegen die SBB sei nicht möglich, da diese dafür nach privatrechtlichen Grundsätzen einzustehen habe.
D.- Mit Eingabe vom 19. Januar 2000 erhebt die A._ & Co. AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung vom 9. Dezember 1999 aufzuheben, eventualiter das Verfahren zur Ergänzung der Sachverhaltsabklärung zurückzuweisen.
Das Departement beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die angefochtene Verfügung verpflichtet die Beschwerdeführerin, eine gestützt auf öffentliches Recht des Bundes geleistete Finanzhilfe zurückzuerstatten. Dagegen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (Art. 97 und Art. 98 lit. b OG in Verbindung mit Art. 35 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen [Subventionsgesetz, SuG; SR 616. 1]). Die Beschwerdeführerin ist als Schuldnerin der fraglichen Rückerstattung zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist einzutreten.
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nach Art. 104 lit. a und b OG die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden. Die Beschwerdeführerin rügt ausdrücklich nur noch, das Departement habe in Verletzung von Bundesrecht nicht erkannt, dass der Rückforderungsanspruch verjährt sei; die weiteren Begründungen in der Beschwerde an das Departement seien nicht mehr Gegenstand des Verfahrens vor Bundesgericht. Zwar ist das Bundesgericht an die rechtliche Begründung einer Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht gebunden (Art. 114 Abs. 1 OG).
Wenn aber ein Beschwerdeführer vor Bundesgericht eine im Vorverfahren noch streitige Frage ausdrücklich nicht mehr als Verfahrensgegenstand bezeichnet, so braucht sich das Bundesgericht jedenfalls dann damit nicht mehr zu befassen, wenn jene Rüge nicht eine reine Rechtsfrage zum Gegenstand
hatte, sondern mit umstrittenen Sachverhaltsfragen zusammenhing.
Das ist vorliegend bezüglich der anderen in der Beschwerde vom 18. August 1999 vorgebrachten Aspekte der Fall.
Zu entscheiden ist demnach einzig über die Frage der Verjährung des Rückforderungsanspruchs.
2.- Die Zusicherung und Auszahlung des Beitrags richtete sich ursprünglich nach der Anschlussgeleise-Beitragsverordnung von 1986. Diese Verordnung wurde inzwischen ersetzt durch die Verordnung vom 26. Februar 1992 über die Anschlussgleise (AnGV; SR 742. 141.51). Das Bundesamt hat seine Rückforderungsverfügung noch auf die alte Verordnung gestützt, während nach Ansicht der Beschwerdeführerin die neue Verordnung anwendbar wäre. Welche Ansicht zutreffend ist, kann offen bleiben, da die beiden Verordnungen - soweit hier von Bedeutung - inhaltlich gleich lauten und die hier einzig streitige Frage der Verjährung weder in der einen noch der andern geregelt ist.
3.- a) Nach Art. 32 Abs. 2 SuG, der gemäss Art. 42 Abs. 1 SuG auch für die vor dem Inkrafttreten dieses Gesetzes zugesprochenen und ausbezahlten Finanzhilfen anwendbar ist, verjährt der Anspruch auf Rückerstattung von Finanzhilfen ein Jahr, nachdem die verfügende Behörde vom Rechtsgrund des Anspruchs Kenntnis erhalten hat, in jedem Fall aber zehn Jahre nach der Entstehung des Anspruchs. Für den Beginn der einjährigen Frist ist - wie bei <ref-law> oder <ref-law>, der dem Art. 32 Abs. 2 SuG nachgebildet ist (BBl 1987 I 415 f.) - vorausgesetzt, dass der Gläubiger seinen Anspruch dem Grundsatz und Umfang nach sicher kennt, so dass er ihn mit Erfolg geltend machen kann (<ref-ruling> E. 3a S. 57; <ref-ruling> E. 2 S. 435, mit Hinweisen; vgl. für analoge öffentlichrechtliche Forderungen <ref-ruling> E. 4 S. 123; <ref-ruling> E. 3a S. 158, 180 E. 4 S. 181; <ref-ruling> E. 1c S. 99 f., 150 E. 4d/cc S. 156, 157 E. 2c S. 160 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 398; René A. Rhinow/Beat Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Basel/Frankfurt 1990, Nr. 34 B IV a S. 98). Es genügt nicht, dass der Gläubiger von seinem Anspruch hätte Kenntnis haben können oder müssen (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 435).
b) Die Beteiligten sind sich einig, dass ab 1997 das fragliche Anschlussgleis nicht mehr benutzt wurde. Das Departement geht im angefochtenen Entscheid davon aus, das Bundesamt habe aufgrund eines in Kopie zugestellten Schreibens der SBB an die Beschwerdeführerin vom 10. Juni 1997 Kenntnis davon erhalten, dass die Bedingungen für den Beitrag dahingefallen seien und somit der Rückforderungsanspruch fällig geworden sei. Damit habe die einjährige Verjährungsfrist zu laufen begonnen. Diese sei jedoch unterbrochen worden, da die Rückforderung im Einvernehmen zwischen dem Bundesamt und der Beschwerdeführerin ausgesetzt worden sei. Die Beschwerdeführerin bestreitet ein derartiges Einvernehmen.
c) Der Beschwerdeentscheid des Departements (S. 5 Ziff. 3) stützt sich auf die Vorschrift von Art. 9 Abs. 4 lit. b AnBV (vgl. Art. 23 Abs. 2 lit. a AnGV), wonach der Beitrag anteilsmässig zurückgefordert wird, wenn innert fünf Jahren seit Inbetriebnahme der Anlage nicht die vorgesehene Transportmenge erreicht wird. Dass vorliegend die veranschlagte Transportmenge von 2'000 Tonnen pro Jahr in der
Zeit zwischen 1990 und 1996 nicht erreicht wurde, war dem Bundesamt seit dem Schreiben der SBB vom 10. Juni 1997 bekannt, weshalb für diesen Rückforderungsgrund die Verjährung eingetreten sein könnte (vgl. E. 3a). Doch kann dies offen bleiben; der allfällige Verzicht auf die (rechtzeitige) Geltendmachung des einen Rückforderungsgrundes (Nichterreichen der Transportmenge) schliesst die spätere Geltendmachung eines zweiten Rückforderungsgrundes nicht aus. Das Bundesamt stützte seinen Entscheid vom 24. Juni 1999 denn auch bzw.
nur auf den Rückforderungsgrund, dass eine subventionierte Anlage "endültig eingestellt" wird (vgl. sogleich E. 3d).
d) Der gewährte Bundesbeitrag ist gemäss Art. 9 Abs. 4 lit. a AnBV bzw. Art. 23 Abs. 2 lit. b AnGV anteilmässig zurückzufordern, wenn das Anschlussgleis endgültig nicht mehr benützt wird. Wird ein Betrieb eingestellt, so steht häufig noch nicht fest, ob diese Einstellung endgültig ist. In diesem Fall ist die Entstehung des Rückforderungsanspruchs suspensiv bedingt dadurch, dass sich die Einstellung des Betriebs als endgültig erweist. Vorher kann die zuständige Behörde noch keine hinreichend sichere Kenntnis davon haben, dass ein Rückforderungsanspruch überhaupt besteht.
Demzufolge kann die (relative) Verjährungsfrist nicht zu laufen beginnen, solange die Behörde noch nicht weiss, dass die Einstellung endgültig sein wird.
e) Mit der Kopie des besagten Schreibens vom 10. Juni 1997 erhielt das Bundesamt Kenntnis davon, dass ab 1996 keine Transporte mehr über das Anschlussgleis abgewickelt wurden. In dem Schreiben wird weiter - offensichtlich im Sinne einer Zusammenfassung einer mündlichen Besprechung vom gleichen Tag - ausgeführt:
"Für die Vergabe der Transporte sind [scil. bei der Beschwerdeführerin] die Leiter der einzelnen Bereiche/Abteilungen zuständig. Sie sehen im Moment keine Chance, dass kurzfristig Transporte wieder über Cargo Rail abgewickelt werden (vom Stückgutbereich hat sich die SBB ja zwischenzeitlich zurückgezogen), schliessen aber ein mittelfristiges "zurück zur Bahn" nicht aus.. "
Daraus war zu schliessen, dass das fragliche Gleis kurzfristig nicht mehr in Betrieb genommen werden sollte, dass aber eine grundsätzliche Bereitschaft der Beschwerdeführerin bestand, eine Wiederaufnahme der Transporte zu prüfen. Sodann machte die SBB in diesem Schreiben der Beschwerdeführerin einen "Lösungsvorschlag", der darin bestand, dass die SBB die Rückforderung des kommerziellen Beitrags um zwei Jahre, bis Ende Mai 1999, aussetzte. Diese Zeitspanne sollte der Beschwerdeführerin Gelegenheit geben, gewisse Transporte auf die Bahn zu verlegen. Wohl handelt es sich bei diesem Schreiben um einseitige Äusserungen der SBB.
Die Beschwerdeführerin bestreitet aber nicht, dass Besprechungen zwischen ihr und den SBB über eine Wiederaufnahme der Bahntransporte stattgefunden hätten. Auch aus dem Schreiben der SBB an die Beschwerdeführerin vom 31. Mai 1999 geht - von der Beschwerdeführerin unwidersprochen - hervor (vgl. S. 2 oben), dass ab Juni 1997 diverse Besprechungen über eine allfällige Rückverlagerung von Transporten auf die Bahn stattgefunden haben.
Unter diesen Umständen konnte das Bundesamt auf Grund des Schreibens vom 10. Juni 1997 noch nicht mit hinreichender Sicherheit wissen, dass die Ausserbetriebnahme des Gleises endgültig war und somit die Voraussetzungen des erwähnten Rückforderungsgrundes gegeben waren. Die relative Verjährungsfrist begann deshalb mit Kenntnis dieses Schreibens durch das Bundesamt noch nicht zu laufen (vgl. E. 3a).
Damit stellt sich entgegen der Auffassung des Departements wie der Beschwerdeführerin die Frage einer Unterbrechung der Verjährung nicht. Es ist auch unerheblich, dass die SBB in diesem Schreiben ausdrücklich nur ihren kommerziellen Beitrag erwähnte, da es eben nicht um eine Unterbrechung der Verjährung für einen bestimmten Betrag geht, sondern einzig darum, ob die Voraussetzungen für die Rückforderung erfüllt sind.
f) Wenn die Beschwerdeführerin vorbringen wollte, in Wirklichkeit sei bereits im Juni 1997 klar gewesen, dass der Betrieb endgültig eingestellt würde, so müsste sie sich entgegenhalten lassen, dass sie in diesem Fall dem Bundes-amt von der Ausserbetriebnahme hätte Kenntnis geben müssen (Art. 29 Abs. 3 SuG). Hat sie dies unterlassen, musste sie jedenfalls nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass das Bundesamt das Schreiben der SBB vom 10. Juni 1997 so verstand, dass die Ausserbetriebnahme des Geleises noch nicht endgültig feststehe. Erst mit der Kopie des Schreibens der SBB vom 31. Mai 1999 erhielt das Bundesamt Kenntnis davon, dass das Anschlussgleis endgültig nicht mehr benutzt wird.
Damit begann die einjährige (relative) Verjährungsfrist zu laufen. Der mit Verfügung vom 24. Juni 1999 geltend gemachte Rückforderungsanspruch ist deshalb nicht verjährt.
4.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 12. Mai 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: