Faits:
A. Par ordonnance pénale du 15 février 2011, X._ a été condamné pour violation grave des règles de la circulation routière à 120 jours-amende à 170 fr., avec sursis pendant 2 ans et à une amende de 5000 francs. A la suite de l'opposition formulée par X._, le ministère public a décidé de maintenir son ordonnance et a transmis le dossier au Tribunal du district de Sierre.
Par décision du 10 février 2012, le Tribunal du district de Sierre a constaté le retrait de l'opposition formulée par X._.
B. Par ordonnance du 6 septembre 2012, la Chambre pénale du Tribunal cantonal valaisan a rejeté le recours formé par X._.
En bref, il en ressort les éléments suivants.
A la suite de la transmission du dossier par le ministère public, le tribunal de district a fixé une audience le 26 août 2011 et cité à comparaître X._ aux débats. Ce dernier a sollicité le déplacement de l'audience en raison d'un voyage à Cancun planifié du 20 au 30 août 2011, ce qui lui a été accordé. Une nouvelle audience a été appointée qui a toutefois dû être reportée dès lors que le mandat de comparution n'avait pas pu être convenablement notifié. Un nouveau mandat de comparution, avec indication des conséquences en cas de non-comparution, a été adressé à X._ pour une audience fixée le 17 janvier 2012.
Le jour des débats, X._ ne s'est pas présenté. Son conseil, Me Marville, a informé le tribunal qu'il venait d'apprendre que son client avait dû se rendre en Espagne, au chevet de sa grand-mère qui se trouvait aux soins intensifs, et a demandé le report de l'audience. A l'invitation du juge, il a produit copie du courriel que lui avait adressé X._ le 16 janvier 2012 à 16h23, mais dont il n'avait eu connaissance qu'une heure avant l'audience en raison d'un problème informatique. Il a également produit une lettre manuscrite de X._, expédiée par télécopie, expliquant que sa grand-mère avait été admise aux soins intensifs dans un hôpital espagnol le 13 janvier 2012, ainsi qu'une attestation de l'hôpital concernant l'admission au service de médecine intensive le 12 janvier 2012 d'une personne nommée A._, accompagnée de X._.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cette ordonnance. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à ce qu'elle soit réformée, respectivement annulée, en ce sens qu'il n'est pas censé avoir retiré son opposition à l'ordonnance pénale du 15 février 2011.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). La partie recourante ne peut ainsi critiquer ces faits que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313; sur la notion d'arbitraire, v. : <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les références citées).
1.2 Dans la première partie de son mémoire, le recourant ne fait que reprendre certains faits. Dans la mesure où il s'écarte des faits constatés par la cour cantonale sans démontrer que ceux-ci auraient été établis de manière arbitraire, son exposé est appellatoire, partant irrecevable.
1.3 Le recourant invoque la violation du principe de la publicité des débats (art. 30 al. 1 Cst; 6 par. 1 CEDH), de la prohibition du formalisme excessif (art. 29 al. 1 et 30 al. 1 Cst.), de l'interdiction de l'arbitraire et du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.; 6 par. 1 CEDH; 14 ch. 1 Pacte ONU II).
Le recourant, après avoir donné une définition et quelques exemples de jurisprudence des différents principes constitutionnels qu'il invoque, n'indique pas en quoi ceux-ci auraient été violés en l'espèce. Insuffisamment motivés, ses griefs sont irrecevables.
2. Le recourant invoque l'interdiction de l'appréciation arbitraire des preuves, du formalisme excessif et la violation de son droit d'être entendu.
2.1 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle dont la violation doit en principe entraîner l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 190). Toutefois, la jurisprudence admet qu'une violation de ce droit en instance inférieure puisse être réparée lorsque l'intéressé a eu la faculté de se faire entendre en instance supérieure par une autorité disposant d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 197 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 204). Une telle réparation dépend de la gravité et de l'étendue de l'atteinte portée au droit d'être entendu et doit rester l'exception (<ref-ruling> consid. 2 p. 72). Elle peut également se justifier en présence d'un vice grave lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure (<ref-ruling> consid. 4.2.2.2 p. 126 s; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 204).
2.2 La cour cantonale a retenu que, selon le certificat médical produit par le recourant, la personne qu'il accompagnait avait été hospitalisée le 12 janvier 2012, ce qui établissait qu'il était déjà présent en Espagne à cette date. Il aurait ainsi pu faire parvenir au tribunal, directement ou par l'intermédiaire de son avocat, une demande motivée de renvoi de l'audience. Dès lors qu'il avait déjà demandé et obtenu un premier report des débats pour des motifs de commodité personnelle (voyage à Cancun), il savait que tout empêchement devait être signalé sans délai à l'autorité. On aurait par conséquent pu attendre d'avantage de diligence de sa part. Or, il n'avait écrit un courriel à son conseil que le 16 janvier 2012 à 16h23, soit la veille des débats, pour l'informer qu'il resterait en Espagne en tout cas jusqu'à la fin de la semaine. Par la suite, il ne s'était pas inquiété de savoir si son mandataire avait bien reçu l'information et quelles seraient les conséquences de sa non-comparution. Cette manière de faire montrait la légèreté avec laquelle le recourant prenait la procédure pénale ouverte contre lui. Invité par le tribunal à justifier son absence, le recourant avait simplement indiqué que sa grand-mère avait été admise aux soins intensifs en Espagne le 13 janvier 2012 (le certificat indiquant toutefois le 12 janvier) et se trouvait depuis lors dans un état critique. A l'appui de ses explications, il avait déposé une attestation médicale qui mentionnait que A._ avait été admise au service de médecine intensive et était toujours suivie. Or, d'une part, rien ne permettait de savoir si la personne concernée était bien la grand-mère du recourant et si la nature des liens qui les unissaient aurait pu justifier un second report des débats et, d'autre part, rien n'indiquait que cette personne se trouvait dans un état critique tel que la présence du recourant était indispensable au point qu'il ne pouvait s'absenter l'espace d'une ou deux journées pour les besoins de la procédure pénale. En l'absence d'élément probant, le juge de première instance n'avait pas fait preuve de formalisme excessif en considérant que la non-comparution du recourant n'était pas justifiée. Faute d'excuse présentée avant les débats et de justes motifs, il ne pouvait être admis la représentation du recourant par son conseil et l'opposition devait être considérée comme retirée.
2.3 Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas l'avoir invité à rapporter la preuve que la personne concernée était bien sa grand-mère, que les liens qu'il entretenait étaient suffisants pour se préoccuper de l'état de santé de son aïeule et s'il était concevable de s'absenter aussi loin l'espace d'une ou deux journées.
Encore une fois, le recourant ne démontre pas en quoi les principes constitutionnels qu'il invoque auraient été violés en l'espèce. Son grief est insuffisamment motivé, partant irrecevable.
S'agissant du droit d'être entendu, à supposer que l'autorité de première instance ait violé celui du recourant, ce qu'il ne démontre pas, le vice aurait de toute façon été réparé en deuxième instance. En effet, le recourant avait connaissance de la motivation de l'autorité de première instance, qui est en substance la même que celle de la cour cantonale, depuis la notification de la décision motivée. La décision de l'autorité de première instance était susceptible d'un recours (cf. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, no 3 ad <ref-law>). Il était ainsi loisible au recourant, dans le cadre de son recours (cf. art. 385 al. 1 let. c et 389 al. 3 CPP), de produire les preuves permettant d'établir que la personne qu'il avait accompagnée à l'hôpital le 12 janvier 2012 était bien sa grand-mère, l'intensité des liens qu'il entretenait avec cette dernière ainsi que la gravité de son état de santé au moment des faits. Le recourant a ainsi eu la possibilité de se faire entendre par la cour cantonale qui disposait d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit (cf. art. 391 al. 1 et 393 al. 2 CPP). L'éventuel vice a été réparé dans le cadre de la procédure de recours.
2.4 Le recourant prétend que la cour cantonale ne pouvait déduire du fait que sa grand-mère avait été hospitalisée le 12 janvier 2012 qu'il était déjà présent en Espagne à cette date. Il ne démontre toutefois pas en quoi cette constatation serait arbitraire dès lors qu'elle se fonde sur le certificat médical produit par le recourant lui-même indiquant que sa grand-mère avait été hospitalisée le 12 janvier 2012 et qu'il l'accompagnait. Insuffisamment motivé, son grief est irrecevable.
3. Le recourant invoque une violation du principe de la légalité (art. 36 al. 1 Cst.) et de l'<ref-law>.
Comme pour les autres griefs d'ordre constitutionnel, le recourant n'expose pas en quoi la cour cantonale aurait violé le principe de la légalité. Insuffisamment motivé, son grief est irrecevable.
3.1 En application de l'<ref-law>, le prévenu qui n'est pas d'accord avec l'ordonnance pénale rendue contre lui peut y faire opposition. Si le ministère public décide de la maintenir, le dossier est transmis au tribunal de première instance en vue de la fixation de débats (<ref-law>). Aux termes de l'<ref-law>, si l'opposant fait défaut aux débats sans être excusé et sans se faire représenter, son opposition est réputée retirée. Lorsque l'opposant est le prévenu, sa représentation n'est toutefois possible que si la direction de la procédure n'a pas exigé sa présence (cf. Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 1057 ss, 1275, ad art. 360 du projet; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Hansjakob/Lieber [éd.], 2010, no 3 ad <ref-law>).
3.2 Le recourant soutient que le raisonnement de la cour cantonale serait contraire à la lettre de l'<ref-law>, en ce sens que ce ne serait pas la conjonction « et » qui devrait être suivie, si son raisonnement était exact, mais la conjonction alternative « ou ». Les textes allemands et italien démontreraient que c'est bien la conjonction et non pas l'alternative qui devrait être retenue. Or, le recourant était bien représenté par son avocat qui était à l'audience.
3.3 Contrairement à ce que semble prétendre le recourant, le fait que son avocat était présent à l'audience pour le représenter ne le dispensait pas de fournir un juste motif à sa non-comparution. En effet, le tribunal de district avait exigé sa comparution personnelle en mentionnant expressément dans le mandat de comparution qui lui avait été adressé que sa présence était obligatoire et spécifiait les conséquences en cas d'absence par la reproduction du texte de l'<ref-law>. Le recourant devait ainsi présenter de justes motifs à son absence. La cour cantonale a exposé en détail pour quelles raisons les motifs du recourant n'étaient pas justifiés. Son raisonnement ne prête pas le flanc à la critique et il peut y être renvoyé (cf. <ref-law>). Au demeurant, le recourant ne formule aucune critique recevable à cet égard. Le tribunal de district ayant exigé la présence du recourant à l'audience du 17 janvier 2012 et faute de motifs justifiés à son absence, la cour cantonale pouvait, sans violation du droit fédéral, retenir que l'opposition du recourant était retirée. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Chambre pénale.
Lausanne, le 11 février 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet