Sachverhalt:
A. Y._ verkaufte Mitte Juli 2009 über eine Zwischenhändlerin 48 Schweine aus seinem Schweinemastbetrieb zur Lebensmittelgewinnung. Die Schweine wurden am 16. Juli 2009 beim Schlachtbetrieb A._ AG in X._ angeliefert und gleichentags geschlachtet. Anlässlich der Fleischkontrolle wurden an zwölf Schweinen Gesundheitsstörungen festgestellt. Ein Schwein (Schlachttiernummer 401'396) wies hochgradige Abzehrungen auf. Drei weitere Schweine (Schlachttiernummern 401'392, 401'414 und 401'406) hatten Abszesse, zum Teil mit einer Brustfellentzündung bzw. einer Leberverwachsung. Das Fleisch der vier Tiere wurde für genussuntauglich erklärt.
Y._ unterliess es, den Kontrollorganen bei der Schlachtung über die Gesundheitsstörungen der Tiere Meldung zu erstatten, und deklarierte auf dem Begleitdokument für Klauentiere, diese seien nicht krank und hätten keine Medikamente erhalten, bei denen die Absetzfrist noch nicht abgelaufen sei. Obschon er bezüglich der Schweine mit den Schlachttiernummern 401'396 und 401'414 um die Beeinträchtigung des Gesundheitszustands und die damit einhergehende Einschränkung des Wohlbefindens der Tiere wusste, zog er keinen Tierarzt bei und unternahm er nichts, um eine Behandlung der Tiere oder eine vorzeitige Tötung in die Wege zu leiten und deren Leiden zu verkürzen. Die Abszesse beim Schwein mit der Schlachttiernummer 401'392 und die Schwellungen sowie das Geschwulst am Bein des Schweins mit der Schlachttiernummer 401'406 bemerkte Y._ nicht, obschon diese deutlich sichtbar waren. Durch seine Unaufmerksamkeit blieben diese Tiere ohne angemessene Behandlung.
B. Das Kreisgericht Toggenburg verurteilte Y._ am 25. Oktober 2010 wegen Unterlassung der Meldung über Gesundheitsstörungen von Tieren im Sinne von Art. 48 Abs. 1 lit. i des Bundesgesetzes vom 9. Oktober 1992 über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände (Lebensmittelgesetz, LMG; SR 817.0) zu einer Busse von Fr. 600.--. Von den Vorwürfen der Tierquälerei im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a des Tierschutzgesetzes vom 16. Dezember 2005 (TSchG; SR 455) und der Verletzung von <ref-law> sprach es ihn frei. Gegen diesen Entscheid führten die Staatsanwaltschaft Berufung und Y._ Anschlussberufung.
C. Das Kantonsgericht St. Gallen sprach Y._ am 4. Juli 2011 der mehrfachen vorsätzlichen sowie der mehrfachen fahrlässigen Tierquälerei im Sinne von <ref-law> und der mehrfachen vorsätzlichen sowie der fahrlässigen Übertretung des Lebensmittelgesetzes im Sinne von <ref-law> schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu je Fr. 35.-- und einer Busse von Fr. 800.--. Vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz im Sinne von <ref-law> sprach es ihn frei.
D. Die Staatsanwaltschaft führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt im Wesentlichen, die vorinstanzlichen Schuldsprüche aufzuheben und Y._ wegen vorsätzlicher Tierquälerei im Sinne von <ref-law> und vorsätzlicher Übertretung des Lebensmittelgesetzes im Sinne von <ref-law> schuldig zu sprechen und zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu je Fr. 60.--, davon 50 Tagessätze bedingt, sowie einer Busse von Fr. 600.-- zu verurteilen. Eventualiter sei das Strafverfahren zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
E. Y._ beantragt in seiner Vernehmlassung, die Anträge der Staatsanwaltschaft abzuweisen, den Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und ihn von sämtlichen Vorwürfen freizusprechen. Das Kantonsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe bezüglich der Tierquälerei fälschlicherweise eine Mehrfachbegehung angenommen. Bei der Unterlassung von Pflegehandlungen gegenüber Tieren in einer Masteinheit sei von einer Tateinheit auszugehen.
1.2 Nach <ref-law> macht sich strafbar, wer ein Tier misshandelt, vernachlässigt, es unnötig überanstrengt oder dessen Würde in anderer Weise missachtet. Werden mehrere Tiere vernachlässigt, ist gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung von einer Tatmehrheit auszugehen (vgl. Urteile 6B_1096/2010 vom 7. Juli 2011; 6B_660/2010 vom 8. Februar 2011; 6B_711/2009 vom 26. Februar 2010). Dies muss auch gelten, wenn die Tiere in einer Mast- oder Zuchteinheit gehalten werden. Der Halter ist diesfalls wegen mehrfacher Tierquälerei zu verurteilen. Das schweizerische Tierschutzgesetz gewährt Tieren, die individuell, und solchen, die in einer (Mast-)Einheit gehalten werden, grundsätzlich den gleichen Schutz. Die von der Beschwerdeführerin angerufene Lehrmeinung (vgl. ORT/RECKEWELL, in: Kommentar zum Tierschutzgesetz, Hans-Georg Kluge [Hrsg.], 2002, N. 199 und 200 zu § 17) entstammt dem deutschen Recht und nimmt auf die deutsche Rechtsprechung Bezug. Diese kann nicht auf den schweizerischen Tatbestand von <ref-law> übertragen werden. Im Übrigen scheint die diesbezügliche Praxis auch in Deutschland wenig einheitlich zu sein, wie der zitierten Literaturstelle entnommen werden kann.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin wendet ein, ein Tierhalter, der täglich die Tiere füttere, pflege und kontrolliere, stelle unverzüglich Gesundheitsstörungen, Körperschäden etc. an den Tieren fest. Der Beschwerdegegner habe sich entgegen der Auffassung der Vorinstanz auch bezüglich der Schweine mit den Schlachttiernummern 401'392 und 401'406 der vorsätzlichen und nicht bloss der fahrlässigen Tierquälerei schuldig gemacht.
2.2 Die Abgrenzung zwischen Vorsatz und Fahrlässigkeit kann im Einzelfall schwierig sein. Der Vorsatz basiert auf einer inneren Tatsache, die oftmals nur anhand äusserer Kennzeichen feststellbar ist. Deshalb ist die Rechtsfrage ohne Bewertung der Tatfrage kaum zu beantworten (<ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 2c). Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft innere Tatsachen, welche das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>; <ref-law>) prüft (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 3c S. 252; je mit Hinweisen).
2.3 Dem Beschwerdegegner wird nicht vorgeworfen, er habe es unterlassen, die Tiere zu füttern, zu pflegen oder zu kontrollieren. Vielmehr geht auch die Anklage davon aus, dass er diese täglich kontrollierte. Ihm wird jedoch angelastet, bezüglich zweier Schweine die Gesundheitsstörungen bei der Kontrolle nicht bemerkt zu haben. Nicht jede Erkennbarkeit begründet Vorsatz. Wer pflichtwidrig nicht bemerkt, dass ein Tier einer tierärztlichen Behandlung bedarf, handelt fahrlässig. Ein Wissen des Halters um diese Tatsache muss als erwiesen gelten, wenn die gesundheitlichen Probleme des Tieres derart offensichtlich waren, dass die Behauptung des Halters, er habe diese nicht bemerkt, nicht mehr glaubhaft ist. Insoweit geht es um eine Tatfrage. Die Abszesse beim Schwein mit der Schlachttiernummer 401'392 und die Schwellungen sowie das Geschwulst am Bein beim Schwein mit der Schlachttiernummer 401'406 waren gemäss der Vorinstanz deutlich sichtbar. Daraus muss nicht zwingend der Schluss gezogen werden, sie seien vom Beschwerdegegner entgegen seinen Aussagen bemerkt worden und er habe es in Kenntnis dieser Tatsache unterlassen, einen Tierarzt beizuziehen. Der Vorinstanz kann keine Verletzung des ihr auf dem Gebiet der Beweiswürdigung zustehenden Ermessens vorgeworfen werden. Eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung wird von der Beschwerdeführerin nicht gerügt.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Tatbestand der Vernachlässigung im Sinne von <ref-law> sei als abstraktes Gefährdungsdelikt ausgestaltet. Der Tatbestand sei bereits erfüllt, wenn die körperliche Gesundheit der Tiere durch unangemessene Pflege in abstrakter Weise gefährdet worden sei. Vorliegend sei ein Erfolg eingetreten. Das geschützte Rechtsgut sei tatsächlich verletzt worden. Die Vorinstanz habe diesem Umstand bei der Strafzumessung ungenügend Rechnung getragen.
3.2 Der Begriff des Vernachlässigens im Sinne von <ref-law> ergibt sich indirekt aus <ref-law>. Diese Norm verpflichtet jenen, der ein Tier hält oder betreut, es angemessen zu nähren, zu pflegen und ihm die für sein Wohlergehen notwendige Beschäftigung und Bewegungsfreiheit sowie soweit nötig Unterkunft zu gewähren. Wer diese gesetzlich vorgeschriebenen Handlungen nicht vornimmt, vernachlässigt das Tier im Sinne von <ref-law> (Urteil 6B_660/2010 vom 8. Februar 2011 E. 1.2.1).
3.3 Eine arge bzw. starke Vernachlässigung des Tieres, wie dies in Art. 264 aStGB bzw. Art. 27 Abs. 1 lit. a aTSchG noch verlangt wurde, ist seit Inkrafttreten von Art. 26 Abs. 1 lit. a des revidierten Tierschutzgesetzes vom 16. Dezember 2005 keine Tatbestandsvoraussetzung mehr. Die frühere Rechtsprechung, wonach eine Tierquälerei durch Vernachlässigung nur vorlag, wenn von einem beträchtlichen oder erheblichen Leiden des Tieres bzw. einer erheblichen Beeinträchtigung seines Wohlbefindens auszugehen war (vgl. <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2; Urteil 2A.429/1990 vom 17. September 1991 E. 3b), hat unter dem revidierten Tierschutzgesetz daher keine Gültigkeit mehr. Ebenso wenig wird die Gefahr eines starken Leidens verlangt. Dennoch muss auch eine strafrechtlich relevante Vernachlässigung im Sinne von <ref-law>, wie die übrigen Tatbestandsvarianten der Bestimmung (Misshandlung, Überanstrengung), mit einer Missachtung der Würde des Tieres einhergehen, ansonsten nicht von einer Tierquälerei durch Vernachlässigung gesprochen werden kann und allenfalls der Übertretungstatbestand von <ref-law> zur Anwendung gelangt. Dies ergibt sich sowohl aus dem Zusatz "oder dessen Würde in anderer Weise missachtet" als auch aus der Marginale der Gesetzesbestimmung, welche die "Tierquälerei" unter Strafe stellt. Die Begriffe der Würde und des Wohlergehens werden in Art. 3 lit. a und b TSchG definiert. Die Würde des Tieres wird missachtet, wenn seine Belastung nicht durch überwiegende Interessen gerechtfertigt werden kann. Eine Belastung liegt vor, wenn dem Tier insbesondere Schmerzen, Leiden oder Schäden zugefügt werden, es in Angst versetzt oder erniedrigt wird, wenn tief greifend in sein Erscheinungsbild oder seine Fähigkeiten eingegriffen oder es übermässig instrumentalisiert wird (<ref-law>). Von einer Missachtung der Würde ist auszugehen, wenn das Wohlergehen des Tieres beeinträchtigt ist, weil Schmerzen, Leiden, Schäden oder Angst nicht vermieden werden (vgl. <ref-law>). Die Leiden oder Schmerzen des kranken Tieres brauchen nicht besonders stark zu sein. Davon ging das Bundesgericht auch im Urteil 6B_660/2010 vom 8. Februar 2011 aus. Ob der Tatbestand der Vernachlässigung im Sinne von <ref-law> erfüllt ist, beurteilt sich bei der unterlassenen Pflege eines kranken Tieres in erster Linie nach dem Krankheitsbild.
3.4 Die Vorinstanz weist in ihren Erwägungen ausdrücklich darauf hin, dass die Pflege der Tiere mangelhaft war, was sich auf deren Wohlbefinden ausgewirkt habe. Die Tiere hätten Schmerzen gehabt (angefochtenes Urteil S. 7 f. und 13). Dass die Vorinstanz diesem Umstand bei der Strafzumessung ungenügend Rechnung getragen hätte, ist nicht ersichtlich. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen den Freispruch vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz im Sinne von <ref-law>.
4.2 Die Vorinstanz führt aus, lebende Tiere seien keine Lebensmittel im Sinne von <ref-law>. <ref-law> korrespondiere mit Art. 4 Abs. 1 der Lebensmittel- und Gebrauchsgegenständeverordnung vom 23. November 2005 (LGV; SR 817.02). Sofern lebende Tiere als Lebensmittel gälten, würden sie in Art. 4 Abs. 1 LGV ausdrücklich genannt. Lebende Schweine, die zur Lebensmittelgewinnung bestimmt seien, seien Ausgangsprodukte im Sinne des Lebensmittelgesetzes (vgl. Art. 7 Abs. 1 und 3 LMG). Erst das durch ihre Schlachtung gewonnene Fleisch gelte als Lebensmittel. Die Abgabe von lebenden Schweinen an den Schlachtbetrieb stelle somit definitionsgemäss keinen Verstoss gegen <ref-law> dar (angefochtenes Urteil S. 9-11).
4.3 Das Lebensmittelgesetz regelt u.a. das Herstellen, Behandeln, Lagern, Transportieren und Abgeben von Lebensmitteln (<ref-law>). Der Geltungsbereich des Lebensmittelgesetzes umfasst gemäss der bundesrätlichen Botschaft den ganzen "Lebensweg" eines Lebensmittels, vom Anbau von Pflanzen bzw. von der Mast von Tieren bis zur Abgabe des Endproduktes an die Konsumenten. Das Gesetz bezieht sich insbesondere auch auf Fleisch und Fleischerzeugnisse (Botschaft vom 30. Januar 1989 zu einem Bundesgesetz über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände, BBl 1989 913). Gemäss <ref-law> müssen Tiere, soweit sie zum Herstellen von Lebensmitteln verwendet werden, so beschaffen sein, dass die entsprechenden Lebensmittel die menschliche Gesundheit nicht gefährden. Für die Beurteilung massgeblich sind bei Tieren die Fütterung und Pflege (<ref-law>). <ref-law> ermächtigt den Bundesrat zum Erlass von Ausführungsvorschriften. Solche sind u.a. in der Verordnung vom 23. November 2005 über das Schlachten und die Fleischkontrolle (VSFK; SR 817.190) enthalten. Wer Tiere hält, die zum Schlachten bestimmt sind, hat gemäss Art. 9 Abs. 1 lit. a VSFK dafür zu sorgen, dass diese zum Zeitpunkt der Schlachtung gesund sind. Die Tiere müssen so gefüttert und gepflegt werden, dass sich im Fleisch keine verbotenen Stoffe und keine Stoffe in Mengen finden, welche die vorgeschriebenen Grenz- oder Toleranzwerte übersteigen (Art. 9 Abs. 1 lit. b VSFK). Krankes Schlachtvieh muss zeitlich oder örtlich getrennt von anderen Tieren geschlachtet werden (Art. 12 Abs. 1 VSFK). Die Pflicht, Tiere, die zur Herstellung von Lebensmitteln bestimmt sind, gesund zum Schlachthof zu bringen, ergibt sich daher aus dem Lebensmittelgesetz und den dazu ergangenen Ausführungsvorschriften.
4.4 Widerhandlungen gegen das LMG und dessen Ausführungsvorschriften werden in Art. 47 f. LMG unter Strafe gestellt. Danach wird u.a. mit Busse bis zu Fr. 40'000.-- bestraft, wer vorsätzlich Lebensmittel so herstellt, dass sie den Anforderungen des Lebensmittelgesetzes nicht entsprechen (<ref-law>). Bei fahrlässiger Tatbegehung beträgt die Busse bis zu Fr. 20'000.-- (<ref-law>). <ref-law> ist im Vergleich zu den übrigen Strafbestimmungen von <ref-law> als Auffangtatbestand ausgestaltet (BBl 1989 960; <ref-ruling> E. I.2b/cc).
Wohl sind lebende Schweine keine Lebensmittel. Ein Lebensmittel entsteht erst durch die Schlachtung. Dennoch ist der Umgang mit lebenden Tieren vom Anwendungsbereich von <ref-law> nicht ausgenommen, nachdem die Bestimmung ausdrücklich auch die Herstellung von Lebensmitteln erfasst. <ref-law> bezieht sich gemäss der bundesrätlichen Botschaft auf Art. 4 des Entwurfs, der <ref-law> des Gesetzes entspricht (BBl 1989 960; <ref-ruling> E. I.2b/cc). Gemäss <ref-law> dürfen Lebensmittel, Zusatzstoffe und Gebrauchsgegenstände, die den Anforderungen des LMG und seinen Ausführungsbestimmungen nicht genügen, insbesondere jene, die Grenz- oder Toleranzwerte überschreiten, nicht oder nur mit Auflagen verwendet oder an den Konsumenten abgegeben werden. Der Hinweis in der Botschaft kann nicht dahin gehend ausgelegt werden, dass <ref-law> entgegen seinem klaren Wortlaut nur die "Abgabe" von Lebensmitteln an den Konsumenten im engeren Sinne unter Strafe stellt, unter Ausschluss von vorgelagerten Handlungen wie der Herstellung oder auch der Lagerung oder des Transports (vgl. <ref-ruling> E. I.2c).
Unter "Herstellen" im Sinne des Lebensmittelgesetzes werden alle Fabrikationsprozesse, Herstellungs- und Verarbeitungsvorgänge, das Schlachten sowie die vorgelagerten Produktionsstufen in der Landwirtschaft verstanden (BBl 1989 917). Zur Lebensmittelherstellung nach <ref-law> gehört bei Fleischerzeugnissen daher auch der Schlachtprozess. Unerheblich ist, ob daraus ein Lebensmittel resultierte, d.h. der Herstellungsprozess im Zeitpunkt der Ungeniessbarerklärung der Tiere bzw. der Aufdeckung des Mangels bereits abgeschlossen war. Indem die Vorinstanz den Beschwerdegegner mit der Begründung von der Widerhandlung gegen <ref-law> freispricht, das Schlachten von Tieren falle nicht unter den Tatbestand, verletzt sie Bundesrecht.
5. Die Beschwerdeführerin geht davon aus, der Tatbestand von <ref-law> werde durch eine Verurteilung im Sinne von <ref-law> konsumiert. Sie beantragt daher die Aufhebung des vorinstanzlichen Schuldspruchs wegen Verletzung von <ref-law>.
Nach <ref-law> macht sich strafbar, wer die vorgeschriebene Meldung an die Kontrollorgane über Gesundheitsstörungen und Behandlungen von Tieren vor der Schlachtung unterlässt. Die Bestimmung stellt das Unterlassen der Meldung im Sinne von <ref-law> und Art. 24 VSFK unter Strafe. Wer Tiere zur Schlachtung liefert, muss gemäss Art. 24 Abs. 1 VSFK zuhanden der Fleischkontrolle eine schriftliche Meldung erstatten, wonach die Tiere gesund sind und innerhalb der letzten zehn Tage weder krank noch verunfallt waren (lit. a), alle Absetzfristen nach einer allfälligen Behandlung mit Arzneimitteln abgelaufen sind (lit. b) und die Tiere keine Futtermittel mit Wirkstoffen in Mengen erhalten haben, die im Fleisch Rückstände in unzulässigen Konzentrationen verursachen können (lit. c). Treffen die Sachverhalte nach Abs. 1 nicht zu, müssen die Krankheit oder der Unfall, die Arzneimittel und die Absetzfrist oder der Wirkstoff angegeben werden (Art. 24 Abs. 2 VSFK). <ref-law> geht als speziellere Bestimmung dem Auffangtatbestand von <ref-law> grundsätzlich vor. Wird der Unrechtsgehalt der zu beurteilenden Handlungen durch eine Bestrafung im Sinne von <ref-law> nicht abgegolten, können die Tatbestände von <ref-law> und <ref-law> jedoch nebeneinander, d.h. in echter Konkurrenz zur Anwendung gelangen. Die Rechtsprechung nimmt unechte Konkurrenz in Form der sogenannten straflosen bzw. mitbestraften Vortat respektive Nachtat nur mit Zurückhaltung an (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 4a/aa mit Hinweisen).
Schlachttiere werden durch die Meldung des Halters oder Abnehmers an die Kontrollorgane noch nicht zwingend als genussuntauglich erklärt. Mit der Meldung im Sinne von Art. 24 VSFK wird lediglich dafür gesorgt, dass die Tiere speziell untersucht werden (vgl. BBl 1989 937). Der Beschwerdegegner unterliess diese Meldung bzw. gab darin wahrheitswidrig an, die Tiere seien gesund. Darüber hinaus veranlasste er in Verletzung von <ref-law> i.V.m. Art. 9 Abs. 1 lit. a VSFK, dass die kranken und genussuntauglichen Tiere wie gesunde Tiere zur Lebensmittelgewinnung geschlachtet wurden. Insoweit besteht zwischen <ref-law> und <ref-law> echte Konkurrenz. Die Vorinstanz weist zutreffend darauf hin (angefochtenes Urteil S. 12), dass die amtliche Kontrolle den Tierhalter nicht von der Pflicht zur Selbstkontrolle entbindet (vgl. <ref-law>). Dies muss auch für den Schlachtprozess gelten, obwohl es sich bei der Schlachttier- und Fleischuntersuchung im Sinne von Art. 27 ff. VSFK nicht um eine blosse Stichprobenkontrolle handelt (vgl. dazu BBl 1989 937). Der Schuldspruch wegen Verletzung von <ref-law> wird von einer Verurteilung nach <ref-law> daher nicht tangiert. Den Tatumständen, d.h. dem trotz allem engen Zusammenhang zwischen der unterlassenen Meldung im Sinne von Art. 24 VSFK und dem Schlachten der kranken Tiere ist bei der Festsetzung der schuldangemessenen Busse Rechnung zu tragen (Art. 104 i.V.m. <ref-law>; vgl. Urteil 6B_65/2009 vom 13. Juli 2009 E. 1.3).
6. Hingegen ist der Beschwerdeführerin insofern beizupflichten, als bei der einmaligen Abgabe von mehreren kranken Tieren zur Schlachtung bzw. der Unterlassung der Meldung im Sinne von Art. 24 VSFK mittels eines einzigen Begleitdokuments jeweils von einer Handlungseinheit auszugehen ist. Nach der Rechtsprechung können mehrere tatsächliche Handlungen ausnahmsweise im Sinne einer die Anwendung von <ref-law> ausschliessenden natürlichen Handlungseinheit zusammengefasst werden, wenn sie auf einem einheitlichen Willensakt beruhen und wegen des engen räumlichen und zeitlichen Zusammenhangs bei objektiver Betrachtung als ein einheitliches, zusammengehörendes Geschehen erscheinen (<ref-ruling> E. 4.5.3).
Davon ist vorliegend auszugehen. Der Tierhalter muss auf dem Begleitdokument für Klauentiere des Bundesamtes für Veterinärwesen (BVET) Art und Anzahl der Tiere melden (Ziff. 2.1 und 2.2 des Formulars) sowie deren Bestimmungsort und -zweck (Ziff. 3 des Formulars) angeben. Unter Ziff. 5 ("Bestätigung über Medikamentenabgabe und Tiergesundheit") muss er durch Ankreuzen des entsprechenden Feldes u.a. bestätigen, dass die unter Ziff. 2.1 und Ziff. 2.2 aufgeführten Tiere nicht krank sind. Kann er dies nicht, muss er unter Angabe der Identifikationsnummer das Tier bzw. die Tiere melden, die innerhalb der letzten 10 Tage krank oder verunfallt sind, und die Art der Krankheit bzw. des Unfalls mitteilen. Das Begleitdokument ist ausschliesslich am Ausstellungstag gültig (vgl. die Erläuterungen des BVET zum Begleitdokument). Für Tiere, die den Herkunftsbetrieb zwecks Schlachtung zusammen verlassen, muss der Tierhalter jedoch nur ein Begleitdokument ausfüllen. Macht er sich durch einmaliges Ankreuzen der Bestätigung gemäss Ziff. 5 des Begleitdokuments im Sinne von <ref-law> strafbar, ist von einer Handlungs- bzw. Unterlassungseinheit auszugehen, auch wenn die Angabe bezüglich mehrerer Tiere falsch war. Handelte der Tierhalter hinsichtlich einzelner Tiere mit Vorsatz, bezüglich anderer fahrlässig, ist er wegen einfacher (vorsätzlicher und fahrlässiger) Übertretung des Lebensmittelgesetzes im Sinne von <ref-law> schuldig zu sprechen. Gleiches muss auch im Rahmen von <ref-law> gelten, wenn mehrere kranke Tiere zusammen geschlachtet werden. Sind mehrere oder gar eine grosse Anzahl Tiere betroffen, wirkt sich dies hingegen auf die Höhe der Busse aus. Die Frage ist im Ergebnis daher von geringer praktischer Bedeutung (vgl. bereits <ref-ruling> E. 6), zumal das Gericht vorliegend gemäss Art. 104 i.V.m. <ref-law> auch bei der Annahme einer Tatmehrheit an das gesetzliche Höchstmass der Busse gebunden wäre.
7. Der Beschwerdegegner geht auf die Einwände der Beschwerdeführerin nur sehr am Rande ein. Nicht einzutreten ist auf seine Anträge, er sei - über die blosse Abweisung der Beschwerde hinaus - von sämtlichen Anklagevorwürfen freizusprechen sowie auf die in diesem Zusammenhang vorgebrachten rechtlichen und tatsächlichen Rügen, da er selbst den vorinstanzlichen Entscheid nicht mittels Beschwerde anficht.
8. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen. Der Beschwerdegegner wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Soweit er obsiegt, ist ihm keine Parteientschädigung zuzusprechen, da er nicht anwaltlich vertreten war. Die Beschwerdeführerin hat gemäss <ref-law> ebenfalls keinen Anspruch auf eine Entschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 4. Juli 2011 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Dem Beschwerdegegner werden Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Januar 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld