Sachverhalt:
A. Die Kontrollstelle zur Bekämpfung der Geldwäscherei (Kontrollstelle GwG) erhebt Gebühren für ihre Verfügungen und Dienstleistungen. Das Bundesgesetz vom 10. Oktober 1997 zur Bekämpfung der Geldwäscherei im Finanzsektor (Geldwäschereigesetz, GwG; SR 955.0) sieht vor, dass die Selbstregulierungsorganisationen (SRO; <ref-law>) und die direkt durch die Kontrollstelle GwG beaufsichtigten Finanzintermediäre (DUFI; <ref-law>) zur Deckung der nicht individuell zurechenbaren Kosten eine jährliche Aufsichtsabgabe zu entrichten haben (<ref-law> in der Fassung gemäss Ziff. I 17 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 2003 über das Entlastungsprogramm 2003, in Kraft seit 1. Januar 2006 [AS 2004 1647]). Der Bundesrat hat deren Einzelheiten in der Verordnung vom 26. Oktober 2005 über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei geregelt (Gebührenverordnung Kontrollstelle, GebV Kst; SR 955.033.2).
B. Am 7. September 2006 legte die Kontrollstelle GwG die vom VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen geschuldete Aufsichtsabgabe für das Jahr 2006 auf Fr. XXX.-- fest. Der Betrag war in eine für alle SRO gleiche Grundabgabe von Fr. 41'038.-- und eine nach Bruttoertrag und Anzahl der jeweils angeschlossenen Finanzintermediäre berechnete Zusatzabgabe aufgeteilt. Diese machte beim VQF Fr. XXX.-- aus (Bruttoertrag: Fr. XXX.--; angeschlossene Finanzintermediäre: XXX). Das Bundesverwaltungsgericht legte auf Beschwerde hin am 7. November 2007 unter Berücksichtigung einer Verminderung der Bruttoerträge und der Aufsichtskosten die vom VQF zu leistende Aufsichtsabgabe auf Fr. XXX.-- fest. Es berechnete die geschuldete Abgabe unter Ausklammerung der in Art. 7 GebV Kst vorgesehenen Grundabgabe ausschliesslich nach den Kriterien für die Zusatzabgabe und begründete dies damit, dass der Bundesrat mit Art. 7 GebV Kst den ihm in <ref-law> eingeräumten Ermessensspielraum überschritten, dem Legalitätsprinzip zu wenig Rechnung getragen und die verschiedenen SRO in gesetzwidriger Weise rechtsungleich behandelt habe.
C. C.a Die Eidgenössische Finanzverwaltung ist am 14. Dezember 2007 gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts an das Bundesgericht gelangt (Verfahren 2C_726/2007). Sie beantragt, (Ziff. 1) diesen aufzuheben und (Ziff. 2) festzustellen, dass die Grundabgabe gestützt auf Art. 7 GebV Kst zu Recht erhoben worden sei. Die Aufsichtsabgabe 2006 des VQF Vereins zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen sei (Ziff. 3) auf Fr. XXX.-- festzulegen (Grundabgabe: Fr. 43'899.--; Zusatzabgabe: Fr. XXX.--). Die Eidgenössische Finanzverwaltung macht geltend, die Ausgestaltung der Aufsichtsabgabe, bestehend aus einer fixen Grundgebühr und einer variablen Zusatzgebühr, sei sachlich gerechtfertigt und treffe keine rechtsungleichen Unterscheidungen. Die Vorinstanz habe die geschuldete Abgabe zudem insofern falsch berechnet, als sie zwar den bereits bezahlten Betrag von Fr. XXX.-- einer nicht beschwerdeführenden SRO von den Kosten abgezogen, es jedoch unterlassen habe, auch die Zahl von deren Mitgliedern (XXX) sowie ihren Bruttoertrag (Fr. XXX.--) von den jeweiligen Gesamtwerten in Abzug zu bringen, was dazu führe, dass Fr. 11'527.-- der abzugeltenden Kosten ungedeckt geblieben seien. Der VQF beantragt, die Anträge der Finanzverwaltung in Ziffer 1 und 2 gutzuheissen; Ziffer 3 sei abzuweisen.
C.b Am 17. Dezember 2007 ist der VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen seinerseits mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sowie die Verfügung der Kontrollstelle GwG vom 7. September 2006 aufzuheben und (eventuell) die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 2C_741/2007). Die Eidgenössische Finanzverwaltung, Kontrollstelle GwG, beantragt, die Beschwerde abzuweisen, festzustellen, dass die Erhebung der Aufsichtsabgabe gemäss <ref-law> und der Verordnung des Bundesrats rechtens sei und die Aufsichtsabgabe 2006 für den VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen auf Fr. XXX.-- festzulegen.
D. Das Bundesverwaltungsgericht hat in beiden Verfahren darauf verzichtet, eine Vernehmlassung einzureichen. Mit Verfügung vom 17. Januar 2008 hat der Abteilungspräsident die Verfahren 2C_726/2007 und 2C_741/2007 vereinigt. Am 27. Februar 2008 legte er der Beschwerde des VQF Vereins zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen antragsgemäss aufschiebende Wirkung bei.

Erwägungen:
1. Aufsichtsrechtliche Entscheide der Kontrollstelle GwG können beim Bundesverwaltungsgericht und hernach mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (vgl. <ref-law>; Art. 31, 32 i.V.m. Art. 33 lit. d VGG [SR 172.32] bzw. Art. 82, Art. 83 i.V.m. 86 Abs. 1 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 1 [zum OG]). Die Kontrollstelle GwG wird durch die Eidgenössische Finanzverwaltung geführt (<ref-law>); der angefochtene Akt ist geeignet, die Bundesgesetzgebung (GwG) in deren Aufgabenbereich zu beeinträchtigen. Die Eidgenössische Finanzverwaltung ist deshalb befugt, gegen das angefochtene Urteil an das Bundesgericht zu gelangen (vgl. <ref-law> und Art. 5 der Organisationsverordnung vom 11. Dezember 2000 für das Eidgenössische Finanzdepartement; OV-EFD; SR 172.215.1). Dasselbe gilt gestützt auf <ref-law> für den VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen. Auf die frist- und formgerecht eingereichten Beschwerden ist unter folgenden Vorbehalten einzutreten: Über die dem Bundesgericht unterbreiteten Fragen kann ein Leistungsentscheid ergehen, weshalb die Finanzverwaltung kein schutzwürdiges Interesse an ihrem Feststellungsbegehren hat (<ref-ruling> E. 2c; Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 1). Der Antrag des VQF, die Verfügung der Kontrollstelle GwG vom 7. September 2006 aufzuheben, ist unzulässig; deren Entscheid wurde durch das angefochtene Urteil ersetzt (Devolutiveffekt); er gilt lediglich inhaltlich als mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 441; <ref-ruling> E. 1c S. 33).
2. Der VQF macht in formeller Hinsicht geltend, das Bundesverwaltungsgericht habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt; er habe - entgegen seinen Anträgen - keine Einsicht in die Akten der Parallelverfahren der anderen Selbstregulierungsorganisationen und keine Gelegenheit erhalten, in sinnvoller Weise zu der ihm in Aussicht gestellten Erhöhung der Aufsichtsabgabe Stellung zu nehmen. Seine Ausführungen überzeugen nicht (zum Anspruch auf rechtliches Gehör: <ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen): Die Verfügung der Kontrollstelle GwG war unbestrittenermassen ungenügend begründet; es fehlten ihr wesentliche Hinweise zur Art und zu den Grundlagen der Berechnung der Aufsichtsabgabe. Die Verletzung ist indessen im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht geheilt worden (vgl. <ref-ruling> E. 5.1). Die Kontrollstelle GwG hat dort die entscheidwesentlichen Daten und Überlegungen nachgereicht, wobei sich der VQF zu diesen äussern konnte. Mit Schreiben vom 7. September 2007 teilte der Instruktionsrichter ihm mit, dass und auf welcher Basis das Bundesverwaltungsgericht eine reformatio in peius ins Auge fasste; auch hierzu konnte er Stellung nehmen. Eine Einsicht in die Verfahrensakten bzw. die Geschäftsdaten der anderen Selbstregulierungsorganisationen war hierfür nicht nötig; die diesbezüglich entscheidwesentlichen Faktoren konnten dem Schreiben vom 7. September 2007 entnommen werden. Im Übrigen wird die Kontrollstelle GwG die geschuldeten Abgaben im Sinne der Erwägungen neu zu berechnen und in diesem Rahmen wiederum das rechtliche Gehör zu gewähren haben, wobei sie alle für die Berechnung relevanten Zahlen (allenfalls in geeignet "anonymisierter" Form) wird offenlegen müssen.
3. 3.1 Nach <ref-law> deckt die von den SRO und DUFI zu erhebende Aufsichtsabgabe die "Aufsichtskosten, soweit sie nicht aus dem Ertrag der Gebühren gedeckt sind"; die Abgabe wird auf der Grundlage der Kosten erhoben, die der Kontrollstelle im Vorjahr entstanden sind. Bei den Selbstregulierungsorganisationen bemisst sie sich "nach dem Bruttoertrag und der Anzahl Mitglieder" und bei den direkt unterstellten Finanzintermediären nach dem "Bruttoertrag und der Betriebsgrösse" (<ref-law>). Der Bundesrat regelt die Einzelheiten, "namentlich die Gebührenansätze, die anrechenbaren Aufsichtskosten und die Aufteilung der Aufsichtsabgabe unter die Selbstregulierungsorganisationen und die der Kontrollstelle direkt unterstellten Finanzintermediäre" (<ref-law>).
3.2 Die Aufsichtsabgabe setzt sich aus einer Grund- und einer Zusatzabgabe zusammen (Art. 1 Abs. 2 GebV Kst). Sie wird auf der Basis der nicht individuell zurechenbaren Kosten erhoben, die der Kontrollstelle durch die Aufsicht über die Selbstregulierungsorganisationen bzw. über jene der DUFI entstehen, sowie aufgrund des allgemeinen Aufwands (Art. 1 Abs. 3 GebV Kst). Von diesem sind 25 Prozent der Gruppe der direkt unterstellten Finanzintermediäre zuzuordnen (Art. 5 Abs. 1 lit. a GebV Kst); die restlichen 75 Prozent werden "im Verhältnis der Anzahl Selbstregulierungsorganisationen zu Kontrollstelle auf die Gruppe der Selbstregulierungsorganisationen und die Gruppe der direkt unterstellten Finanzintermediäre aufgeteilt" (Art. 5 Abs. 1 GebV Kst).
3.3 Die von den Selbstregulierungsorganisationen zu tragenden Kosten umfassen deren Anteil an den Kosten für den allgemeinen Aufwand nach Art. 5 GebV Kst und die nicht individuell zurechenbaren Kosten, die der Kontrollstelle durch die Aufsicht über die Selbstregulierungsorganisationen entstehen (Art. 6 GebV Kst). Die Grundabgabe beträgt nach Art. 7 Abs. 1 GebV Kst 25 Prozent der Kosten gemäss Art. 6 GebV Kst; diese werden "gleichmässig" auf alle Selbstregulierungsorganisationen verteilt (Art. 7 Abs. 2 GebV Kst). Die Grundabgabe wird durch die Zusatzabgabe ergänzt, die 75 Prozent der Kosten nach Art. 6 GebV Kst ausmacht und sich nach der Anzahl Finanzintermediäre, die der jeweiligen SRO angeschlossen sind (Faktor 0.75), und ihrem Bruttoertrag (Faktor 0.25) berechnet (Art. 8 i.V.m. Art. 11 GebV Kst).
3.4 Der Bruttoertrag umfasst sämtliche Einnahmen aus Leistungen und Lieferungen nach <ref-law>, abzüglich der Erträge aus: (a) Schulungen, welche die Selbstregulierungsorganisationen anbieten und (b) Revisionen nach dem Geldwäschereigesetz, soweit externe Revisionsgesellschaften mit der Revision der angeschlossenen Finanzintermediäre beauftragt werden und die Abrechnung über die Selbstregulierungsorganisationen erfolgt (Art. 10 Abs. 1 GebV Kst). Bei Selbstregulierungsorganisationen, die keine getrennte Rechnung führen, wird der Bruttoaufwand anstelle des Bruttoertrags zur Berechnung der Aufsichtsabgabe beigezogen (Art. 10 Abs. 3 GebV Kst). Nach Art. 11 GebV Kst bestimmt sich die Zusatzabgabe demnach wie folgt: Anzahl der Finanzintermediäre der Selbstregulierungsorganisation geteilt durch die Summe aller Finanzintermediäre, die Selbstregulierungsorganisationen angeschlossen sind, mal 0.75; hierzu ist der Bruttoertrag der jeweiligen Selbstregulierungsorganisation geteilt durch die Summe der Bruttoerträge aller Selbstregulierungsorganisationen mal 0.25 zu addieren und dieser Wert hernach mit den durch die Abgabe zu deckenden Kosten zu multiplizieren.
4. 4.1 Der VQF macht geltend, die Aufsichtsabgabe gemäss <ref-law> sei eine (Kostenanlastungs-)Steuer und entbehre als solche der erforderlichen verfassungsmässigen Grundlage. Die durch die Kontrollstelle beaufsichtigten Selbstregulierungsorganisationen bzw. Finanzintermediäre profitierten in keiner Weise von einer individuell zurechenbaren Gegenleistung des Staates. Die Tätigkeit der Kontrollstelle als Aufsichtsbehörde werde nicht durch die Existenz der Selbstregulierungsorganisationen verursacht; es bestehe weder eine Individual- noch eine Gruppenäquivalenz, weshalb es sich bei der Aufsichtsabgabe um eine Steuer handle.
4. 4.1 Der VQF macht geltend, die Aufsichtsabgabe gemäss <ref-law> sei eine (Kostenanlastungs-)Steuer und entbehre als solche der erforderlichen verfassungsmässigen Grundlage. Die durch die Kontrollstelle beaufsichtigten Selbstregulierungsorganisationen bzw. Finanzintermediäre profitierten in keiner Weise von einer individuell zurechenbaren Gegenleistung des Staates. Die Tätigkeit der Kontrollstelle als Aufsichtsbehörde werde nicht durch die Existenz der Selbstregulierungsorganisationen verursacht; es bestehe weder eine Individual- noch eine Gruppenäquivalenz, weshalb es sich bei der Aufsichtsabgabe um eine Steuer handle.
4.2 4.2.1 Ob es sich bei Abgaben der vorliegenden Art wegen der fehlenden "Individualäquivalenz" um eine Sonderanlastungssteuer oder wegen der "Gruppenäquivalenz" um eine Sonderform einer Kausalabgabe handelt, ist in Praxis und Literatur umstritten: Der Bundesgesetzgeber hat verschiedene ähnliche Abgaben als (besondere) Kausalabgabe betrachtet, die keiner eigenen verfassungsrechtlichen Grundlage bedürfen (vgl. <ref-law> [SR 935.52; BBl 1997 S. 195]; Art. 83 des Kernenergiegesetzes [SR 732.1; BBl 2001 S. 2796]; <ref-law> [SR 952.0; BBl 2002 S. 8076 ff.] usw.). Das Bundesamt für Justiz geht davon aus, dass es sich bei diesen um eine Sonderform der Kausalabgabe handelt, falls eine "qualifizierte Gruppenäquivalenz" besteht; es sieht in diesem Fall deren verfassungsrechtliche Grundlage als in der jeweiligen Sachkompetenz des Bundes mitenthalten (VPB 2000 S. 337 ff. Nr. 64.25; THOMAS BRAUNSCHWEIG, Verfassungsrechtliche und gesetzliche Anforderungen an die Erhebung von jährlichen Pauschalabgaben zur Finanzierung allgemeiner Aufsichtstätigkeit, in: LeGes 2000/2 S. 9 ff.). In der Doktrin sind OBERSON/HOTTELIER anderer Meinung: Mangels einer individuellen Äquivalenz sei die Aufsichtsabgabe von <ref-law> als Steuer zu behandeln, die einer eigenen Verfassungsgrundlage entbehre und sich deshalb als verfassungswidrig erweise (OBERSON/HOTTELIER, La taxe de surveillance perçue auprès des organismes d'autorégulation en matière de lutte contre le blanchiment d'argent: nature juridique et constitutionnalité, in: AJP 2007 S. 51 ff.).
4.2.2 Wie es sich damit verhält, kann dahingestellt bleiben: Nach <ref-law> sind Bundesgesetze für das Bundesgericht verbindlich. Es kann ihnen die Anwendung nicht versagt werden. Zwar handelt es sich bei <ref-law> nicht um ein Prüfungsverbot (<ref-ruling> E. 5a/aa S. 93 mit Hinweisen; YVO HANGARTNER, in: Ehrenzeller/Mastronardi/ Schweizer/Vallender, Die schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, 2. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2008, Bd. 2, N. 8 zu <ref-law>), doch besteht im vorliegenden Fall kein Anlass, auf die Frage der Verfassungsmässigkeit der umstrittenen Aufsichtsabgabe näher einzugehen (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 3): Der Gesetzgeber hat sich mit der Problematik intensiv befasst und die Verfassungsmässigkeit von <ref-law> bejaht (vgl. AB 2003 S 845 [Votum Frick]; AB 2003 N 1706 [Votum Kaufmann]). Er hat diese Auffassung jüngst bestätigt, und <ref-law> in das Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (Finanzmarktaufsichtsgesetz, FINMAG; BBl 2007 S. 4625 ff.) übernommen. Das Erfordernis der verfassungsrechtlichen Grundlage zur Erhebung von Steuern dient in erster Linie dazu, die Steuerhoheiten von Bund und Kantonen abzugrenzen; es ist verfassungsrechtlich nicht zum Vornherein und offensichtlich ausgeschlossen, die Kompetenz zur Erhebung von Aufsichtsabgaben in der entsprechenden Sachzuständigkeit des Bundes zu sehen, falls die Voraussetzungen von <ref-law> (Grundsätze der Abgabenerhebung auf Gesetzesstufe) erfüllt sind (vgl. Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 3).
4.2.3 <ref-law> bezeichnet den Kreis der Abgabepflichtigen (SRO/DUFI); Gegenstand der Abgabe bilden die Aufsichtskosten, die der Kontrollstelle im Vorjahr entstanden sind und nicht durch den Gebührenertrag gedeckt werden konnten (<ref-law>). Als Bemessungskriterien nennt das Gesetz für die Selbstregulierungsorganisationen den Bruttoertrag sowie die Zahl der Mitglieder (<ref-law>). Zwar können die einzelnen Pflichtigen gestützt hierauf ihre konkret geschuldete Abgabe nicht zum Voraus detailliert berechnen, doch ist deren Umfang gestützt auf die gewählten Kriterien (Anzahl Finanzintermediäre/Bruttoertrag) für sie doch absehbar. Die abzugeltenden Kosten können durch den formellen Gesetzgeber nicht ein für alle Mal festgeschrieben werden, da sie vom jeweiligen tatsächlich angefallenen Aufsichtsaufwand abhängen. Die korrekte Führung der Bücher und die sachadäquate Verwendung der Mittel wird im Rahmen des Budgets und der Jahresrechnung durch das Parlament überwacht; der Bundesrat regelt seinerseits die Einzelheiten der Abgabe, namentlich die Gebührenansätze, die anrechenbaren Aufsichtskosten und die Aufteilung der Aufsichtsabgabe unter die SRO und die DUFI (<ref-law>). Er ist dabei wiederum an die gesetzlichen und abgaberechtlichen Vorgaben (Äquivalenzprinzip, Rechtsgleichheit, Willkürverbot usw.) gebunden. <ref-law> bildet deshalb eine hinreichende gesetzliche Grundlage, um die hier umstrittene Abgabe zu erheben.
5. 5.1 Aus den Materialien zu <ref-law> und den Regelungen in anderen Bereichen der Finanzmarktaufsicht ergibt sich, dass der Begriff der durch die Aufsichtsabgabe zu deckenden Kosten weit zu verstehen ist (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 4). Bereits in der Botschaft vom 22. Oktober 2003 zum Entlastungsprogramm für den Bundeshaushalt (EP; BBl 2003 S. 5615 ff.) war davon die Rede, dass über <ref-law> "sämtliche" Kosten der Kontrollstelle GwG überwälzt werden sollten, die nicht durch Gebühren gedeckt werden können; die Beaufsichtigten hätten "die gesamten Kosten der Kontrollstelle" zu tragen (BBl 2003 S. 5774). Hiervon ging auch das Parlament aus, wenn in seinen Beratungen gesprochen wurde, dass darunter auch die Kosten für "Abklärungen allgemeiner Art", die "Marktrecherchen", die "Infrastruktur", das "Personal", die "Büros" bzw. die "Konferenzbesuche im Ausland" und die "allgemeine staatliche Tätigkeit" fielen (AB 2003 S 845 f. [Voten Lauri, Frick und BR Villiger], AB 2003 N 1706 [Votum Kaufmann]). Der Gesetzgeber hat den Beaufsichtigten somit sämtliche Kosten und nicht nur die Aufsichtskosten im engeren Sinn auferlegen wollen. Dabei spielt keine Rolle, ob diese durch die "direkte" (DUFI) oder "indirekte" (SRO) Aufsicht verursacht sind. Dem entsprechenden Unterschied hat der Verordnungsgeber insofern Rechnung getragen, als 25 Prozent der Kosten für den allgemeinen Aufwand zum Vornherein zulasten der DUFI gehen (Art. 5 Abs. 1 lit. a GebV Kst). Der Nationalrat lehnte bei den Beratungen des Finanzmarktaufsichtsgesetzes mit deutlichem Mehr einen Minderheitsantrag ab, der die überwälzbaren Kosten auf die "reinen Aufsichtskosten ohne allgemeine staatliche Tätigkeit der FINMA" beschränken wollte (AB 2007 N 81 ff.); der Ständerat schloss sich dieser Auffassung diskussionslos an (AB 2007 S 411 f.).
5.2 Gemäss <ref-law> bestimmt sich die Aufsichtsabgabe bei den Selbstregulierungsorganisationen nach dem Bruttoertrag und der Anzahl Mitglieder. Dies schliesst eine unterschiedliche Gewichtung der beiden Kriterien auf Verordnungsstufe nicht aus: Die bundesrätliche Lösung bewertet die Zahl der angeschlossenen Finanzintermediäre zum Bruttoertrag im Verhältnis drei zu eins. Richtig ist, dass eine Selbstregulierungsorganisation, der viele Intermediäre angeschlossen sind, durch diese Vorgabe gegenüber jener benachteiligt ist, die bei wenigen angeschlossenen Intermediären einen hohen Bruttoertrag ausweist. Die entsprechende Ungleichbehandlung lässt sich jedoch sachlich rechtfertigen und hält sich im Rahmen des dem Bundesrat zustehenden Ermessens: Die Mitgliederzahlen der verschiedenen SRO bleiben mehr oder weniger stabil, womit deren etwas höhere Gewichtung die geschuldete Aufsichtsabgabe berechenbarer macht. Tendenziell verursacht eine SRO mit vielen Finanzintermediären der Kontrollstelle mehr Aufwand als eine kleinere, auch wenn diese mehr Bruttoertrag ausweist. Dessen Umfang hängt weitgehend von der internen Organisation der jeweiligen Selbstregulierungsorganisation ab und ist deshalb weniger stabil und leichter beeinflussbar als die Zahl der angeschlossenen Mitglieder (vgl. die Erläuterungen zur Verordnung über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei, Ziff. 5.5, S. 20 und das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 6.3).
5.3 Der VQF macht geltend, gewisse Bestimmungen der GebV Kst seien in seinem Fall falsch angewendet worden. Zu Unrecht: Zwar befinden sich unter seinen Mitgliedern auch 177 nicht berufsmässige Finanzintermediäre, diese profitieren indessen durch ihren (indirekten) Anschluss an das abzugeltende Aufsichtssystem, indem sie jederzeit die Schwelle zur Berufsmässigkeit überschreiten und bereits vorher vom Ansehen eines (indirekt) überwachten Intermediärs profitieren können; wollen sie dies nicht, steht es ihnen frei, auf ihren Anschluss zu verzichten, solange sie nicht von Gesetzes wegen hierzu verpflichtet sind (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 8.2). Zu Recht hat das Bundesverwaltungsgericht auch die Mitgliederbeiträge bei der Festlegung des Bruttoertrags mitberücksichtigt. Diesen stehen als Gegenleistung die Dienstleistungen der jeweiligen SRO gegenüber, weshalb sie ohne Verletzung von Bundesrecht unter Art. 10 GebV Kst subsumiert werden konnten. Heikler erscheint die Problematik, ob und wieweit die internen Revisionskosten in diesem Zusammenhang nicht wie die externen, über die Selbstregulierungsorganisation abgerechneten Kosten im Sinne von Art. 10 Abs. 1 lit. b GebV Kst behandelt werden sollten. Die Vorinstanzen nahmen an, Ziel dieser Regelung sei es, die Unabhängigkeit der Revisionsstelle zu fördern, indem die Abrechnung und der Revisionsauftrag über die SRO und nicht den einzelnen Intermediär laufen, weshalb die damit verbundenen Kosten vom Bruttoertrag zum Abzug zuzulassen seien. Inwiefern angestellte Revisoren gegenüber den angeschlossenen Intermediären weniger unabhängig sein sollen als externe, ist indessen nicht ohne Weiteres nachvollziehbar. Da es den einzelnen Selbstregulierungsorganisationen indessen freigestellt ist, sich den entsprechenden Vorgaben anzupassen, braucht die Problematik nicht weiter vertieft zu werden; die entsprechende Lösung hält sich noch im Rahmen des verfassungsrechtlich Zulässigen (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 7).
6. 6.1 Das Bundesverwaltungsgericht hat in seinem Urteil die Gesetzmässigkeit der Grundabgabe in Frage gestellt, was die Eidgenössische Finanzverwaltung als bundesrechtswidrig kritisiert. Es kam in seinem Urteil zum Schluss, "dass 1. die in Art. 7 GebV Kst geregelte Grundabgabe einer gesetzlichen Grundlage entbehrt, 2. die Verordnung vorsieht, einen relativ hohen Anteil (25 %) durch Grundabgaben zu finanzieren, 3. die Höhe der Grundabgabe - im Gegensatz zu allen übrigen Rechtsgebieten - nicht nach Grösse der SRO differenziert wird, und 4. die Grundabgabe im Fall der kleinsten SRO über 80 % der Aufsichtsabgabe ausmacht"; hieraus werde "ersichtlich", dass der Verordnungsgeber beim Erlass von Art. 7 GebV Kst das ihm in <ref-law> eingeräumte Ermessen überschritten habe. Diese Beurteilung bzw. der damit verbundene Verzicht darauf, die Grundabgabe gemäss Art. 7 GebV Kst zu erheben, und die Aufsichtsabgabe stattdessen ausschliesslich nach den in <ref-law> genannten Kriterien und der (berichtigten) Formel von Art. 11 GebV Kst zu berechnen, ist nicht bundesrechtswidrig (vgl. zur richterlichen Überprüfung von unselbständigen bundesrätlichen Verordnungen: <ref-ruling> E. 3.2 S. 566; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 32 mit Hinweisen):
6. 6.1 Das Bundesverwaltungsgericht hat in seinem Urteil die Gesetzmässigkeit der Grundabgabe in Frage gestellt, was die Eidgenössische Finanzverwaltung als bundesrechtswidrig kritisiert. Es kam in seinem Urteil zum Schluss, "dass 1. die in Art. 7 GebV Kst geregelte Grundabgabe einer gesetzlichen Grundlage entbehrt, 2. die Verordnung vorsieht, einen relativ hohen Anteil (25 %) durch Grundabgaben zu finanzieren, 3. die Höhe der Grundabgabe - im Gegensatz zu allen übrigen Rechtsgebieten - nicht nach Grösse der SRO differenziert wird, und 4. die Grundabgabe im Fall der kleinsten SRO über 80 % der Aufsichtsabgabe ausmacht"; hieraus werde "ersichtlich", dass der Verordnungsgeber beim Erlass von Art. 7 GebV Kst das ihm in <ref-law> eingeräumte Ermessen überschritten habe. Diese Beurteilung bzw. der damit verbundene Verzicht darauf, die Grundabgabe gemäss Art. 7 GebV Kst zu erheben, und die Aufsichtsabgabe stattdessen ausschliesslich nach den in <ref-law> genannten Kriterien und der (berichtigten) Formel von Art. 11 GebV Kst zu berechnen, ist nicht bundesrechtswidrig (vgl. zur richterlichen Überprüfung von unselbständigen bundesrätlichen Verordnungen: <ref-ruling> E. 3.2 S. 566; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 32 mit Hinweisen):
6.2 6.2.1 Die Finanzverwaltung bestreitet die vom Bundesverwaltungsgericht seinem Entscheid zugrunde gelegten Zahlen zu den Konsequenzen der Grundabgabe nach Art. 7 GebV Kst nicht: Bei der SRO mit dem höchsten Bruttoertrag und der höchsten Mitgliederzahl macht sie 10 Prozent der gesamten Aufsichtsabgabe aus, bei der kleinsten indessen 82 Prozent. Diese bezahlt nach dem bundesrätlichen System 2,8 Prozent sämtlicher Aufsichtsabgaben; ohne die Grundabgabe betrüge ihr Anteil hieran 0,6 Prozent. Die grösste SRO trägt demgegenüber 22 Prozent der Aufsichtsabgaben; ohne die Grundabgabe müsste sie jedoch 27 Prozent hiervon übernehmen. Relativ grosse Unterschiede bestehen auch hinsichtlich der Kosten, die von den einzelnen SRO - als nicht lukrative Organisationen - auf die ihnen angeschlossenen Finanzintermediäre überwälzt werden müssen: Diese variieren - bei einem Gesamtdurchschnitt von rund Fr. 300.-- pro Finanzintermediär - zwischen Fr. 240.-- und Fr. 1'264.--.
6.2.2 Solche Unterschiede sind geeignet, zu einer relevanten Marktverzerrung unter den SRO und den durch diese beaufsichtigten Finanzintermediären zu führen (vgl. die Erläuterungen zur Verordnung über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei, Ziff. 5.5, S. 20); sie sprengen deshalb den Delegationsrahmen und die gesetzliche Grundlage von <ref-law>. Das Gesetz teilt die Aufsichtsabgabe selber nicht in eine Grund- und Zusatzabgabe auf; als Berechnungskriterien nennt es ausschliesslich den "Bruttoertrag" und die "Anzahl Mitglieder" der einzelnen SRO. Wenn der Bundesrat gestützt hierauf ein Berechnungsmodell entwickelt hat, bei dem sich in gewissen Fällen die gesetzlichen Kriterien nur gerade (noch) hinsichtlich eines Fünftels der geschuldeten Aufsichtsabgabe auswirken, überschritt er - wie das Bundesverwaltungsgericht ohne Verletzung von Bundes(verfassungs)recht annehmen durfte - den ihm in <ref-law> eingeräumten Gestaltungsspielraum (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 5).
6.2.2 Solche Unterschiede sind geeignet, zu einer relevanten Marktverzerrung unter den SRO und den durch diese beaufsichtigten Finanzintermediären zu führen (vgl. die Erläuterungen zur Verordnung über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei, Ziff. 5.5, S. 20); sie sprengen deshalb den Delegationsrahmen und die gesetzliche Grundlage von <ref-law>. Das Gesetz teilt die Aufsichtsabgabe selber nicht in eine Grund- und Zusatzabgabe auf; als Berechnungskriterien nennt es ausschliesslich den "Bruttoertrag" und die "Anzahl Mitglieder" der einzelnen SRO. Wenn der Bundesrat gestützt hierauf ein Berechnungsmodell entwickelt hat, bei dem sich in gewissen Fällen die gesetzlichen Kriterien nur gerade (noch) hinsichtlich eines Fünftels der geschuldeten Aufsichtsabgabe auswirken, überschritt er - wie das Bundesverwaltungsgericht ohne Verletzung von Bundes(verfassungs)recht annehmen durfte - den ihm in <ref-law> eingeräumten Gestaltungsspielraum (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 5).
6.3 6.3.1 Soweit die Finanzverwaltung geltend macht, dass auch bei den Kosten im Bereich der Eidgenössischen Bankenkommission eine Grund- und eine Zusatzabgabe erhoben werden, verkennt sie, dass dies dort formellgesetzlich so vorgesehen ist (<ref-law> [SR 952.0]); zudem wird die Höhe der fixen Grundabgabe in diesem Bereich für die verschiedenen Gruppen von Abgabepflichtigen abgestuft und nicht - wie hier - ohne Unterschied pro Kopf berechnet (vgl. Art. 4 EBK-GebV [SR 611.014]). Mit der Grundabgabe wird zwar der Aufwand für die "Sockel"-Aufsicht abgegolten, wie er regelmässig unabhängig von der jeweiligen Unternehmensgrösse für alle Beaufsichtigten allein aufgrund ihrer Tätigkeit im entsprechenden Wirtschaftsgebiet anfällt; die Grundabgabe muss sich indessen dennoch am Äquivalenzprinzip ausrichten, d.h. die einzelnen pauschalen Abgaben dürfen im Vergleich zum allgemeinen Aufsichtsaufwand der betroffenen Gruppe bzw. zur Abgabe der anderen Gruppenmitglieder nicht in einem Missverhältnis stehen, sondern haben sich insgesamt in einem vernünftigen, verursacheradäquaten Rahmen zu bewegen (vgl. HANS-PETER SCHAAD, in: BSK Bankengesetz, Basel/Genf/München 2005, N. 15 und 17 zu Art. 23octies). Dies gilt auch hier. Obwohl gewisse Pauschalisierungen aus Praktikabilitätsgründen erforderlich und zulässig sind, trägt die bundesrätliche Regelung in Art. 7 GebV Kst den Besonderheiten der verschiedenen SRO bei der Grundabgabe zu wenig Rechnung: Der Bruttoertrag der grössten SRO ist fast 12mal höher als jener der kleinsten; die Zahl der angeschlossenen Mitglieder schwankt ihrerseits zwischen einem und 1'680, was eine ausgeglichenere Abstufung der Grundabgabe nötig macht.
6.3.2 Das Bundesverwaltungsgericht hat - zu Recht - nicht die Zulässigkeit der Sockelabgabe als solche in Frage gestellt. Das Geldwäschereigesetz schliesst diese nicht aus; sie darf jedoch im Einzelfall nicht ohne sachlichen Grund und damit in rechtsungleicher, wettbewerbsverzerrender Art einen erheblichen Teil der gesamten Aufsichtsabgabe einer SRO ausmachen, soll den gesetzlichen Vorgaben von <ref-law> angemessen Rechnung getragen werden (vgl. E. 6.8 des angefochtenen Entscheids). Die Aufteilung in eine fixe Grund- und in eine variable Zusatzgebühr muss insgesamt zu einem sachgerechten Ergebnis führen, was bei den hier festgestellten Unterschieden nicht mehr der Fall ist. Das Bundesverwaltungsgericht durfte deshalb die Kostenverteilung für das Jahr 2006 nach den gesetzlichen Kriterien von <ref-law> (in Verbindung mit Art. 11 GebV Kst) berechnen und damit die Unterschiede in einem verfassungs- und gesetzesrechtlich zulässigen Rahmen halten (Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 9). Dem Verordnungsgeber steht es frei, künftig eine andere Regelung zu treffen, soweit er diese verfassungs- und gesetzeskonform ausgestaltet.
6.3.3 Zwar hätte es sachgerechter sein können, bei der Berechnung der einzelnen Abgaben den Faktor des Bruttoertrags gleich stark zu gewichten wie die Zahl der angeschlossenen Finanzintermediäre, um damit die mit dem Dahinfallen der Grundabgabe verbundene Bevorzugung kleiner Selbstregulierungsorganisationen etwas auszugleichen. Wenn das Bundesverwaltungsgericht hiervon abgesehen und sein Ermessen in diesem Punkt nicht an die Stelle jenes des Bundesrats gesetzt hat, verstösst dies nicht gegen Bundes(verfassungs)recht, da für die in Art. 8 in Verbindung mit Art. 11 GebV Kst vorgesehene Gewichtung als solche - wie dargelegt - hinreichend sachliche Gründe sprechen (vgl. E. 5.2).
6.3.4 Nichts anderes ergibt sich schliesslich aus dem von der Finanzverwaltung angerufenen Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht: Dessen Art. 15 Abs. 3 sieht zwar vor, dass der Bundesrat die Aufsichtsabgabe in eine fixe Grundabgabe und eine variable Zusatzabgabe aufteilen kann; die Regelung steht indessen noch nicht in Kraft und setzt wiederum voraus, dass die Verteilung der Aufsichtskosten trotz der linearen Grundabgabe insgesamt verursachergerecht, rechtsgleich und verhältnismässig erfolgt.
7. 7.1 Die Beschwerden sind insofern begründet, als das Bundesverwaltungsgericht bei der Berechnung der verschiedenen Aufsichtsabgaben übersehen hat, dass wegen der Rechtskraft einer der Verfügungen der Kontrollstelle die von ihm verwendete Berechnungsformel den Umständen nicht mehr angemessen war. Durch die unvollständige Berechnungsweise wurden entgegen dem Willen des Gesetzgebers (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 4.3) nicht alle Kosten der Kontrollstelle berücksichtigt; zudem erfolgte die Berechnung der Abgabe der SRO, welche ihre Aufsichtsgebühr akzeptiert hatte, anders als für die zehn anderen, was sich auf deren Kostenanteil auswirkt und wiederum zu einer rechtsungleichen Behandlung führt (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 9): Die von den SRO für das Jahr 2006 geschuldeten Aufsichtsabgaben müssen für alle Selbstregulierungsorganisationen - unter Einschluss derjenigen, die nicht Beschwerde geführt hat - nach denselben Regeln neu berechnet und auf die einzelnen SRO verteilt werden. Resultiert dabei für die an den Beschwerdeverfahren unbeteiligte SRO ein Betrag, der vom anerkannten abweicht, kann die Differenz wegen der Rechtskraft der entsprechenden Verfügung indessen weder nachgefordert noch erstattet werden; zudem wird die Kontrollstelle GwG berücksichtigen müssen, dass der Betrag der Aufsichtsgebühr die vom Bundesverwaltungsgericht festgelegte Summe (Fr. XXX.--) - nicht übersteigen darf (vgl. <ref-law> und das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 10.1).
7.2 Die Beschwerden sind in diesem Punkt gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neuberechnung der einzelnen Abgaben an die Eidgenössische Finanzverwaltung (Kontrollstelle GwG) zurückzuweisen; das Bundesverwaltungsgericht wird allenfalls über eine Neuverteilung seiner Verfahrenskosten zu befinden haben. Für das bundesgerichtliche Verfahren wird die Eidgenössische Finanzverwaltung im Rahmen ihres Unterliegens kostenpflichtig, da sie mit ihrer Beschwerde Vermögensinteressen des Bundes wahrgenommen hat (<ref-law>). Der VQF Verein zur Qualitätssicherung obsiegt im Vergleich zu den von ihm erhobenen Rügen in untergeordneter Weise; er hat deshalb ebenfalls als weitgehend unterliegend zu gelten (vgl. <ref-law>). Es rechtfertigt sich demnach, die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- im Umfang von Fr. 6'000.-- dem VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen und mit Fr. 2'000.-- der Eidgenössischen Finanzverwaltung aufzuerlegen. Es sind weder dieser noch dem VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen Parteientschädigungen zuzusprechen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerden 2C_726/2007 und 2C_741/2007 werden, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen; das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 7. November 2007 wird teilweise aufgehoben, und die Sache zur Neuberechnung im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Finanzverwaltung, Kontrollstelle zur Bekämpfung der Geldwäscherei, zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 8'000.-- werden mit Fr. 6'000.-- dem VQF Verein zur Qualitätssicherung von Finanzdienstleistungen und mit Fr. 2'000.-- der Eidgenössischen Finanzverwaltung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Oktober 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Hugi Yar