Sachverhalt:
A. Am 15. März 2011 liess die Anzeigerin bei der Bundesanwaltschaft einen Antrag auf Einleitung einer Strafuntersuchung gegen A._, B._ - vormals C._ - sowie D._ wegen Verdachts der Geldwäscherei nach Art. 305bis i.V.m. <ref-law> und eventualiter wegen Verdachts auf mangelnde Sorgfalt bei Finanzgeschäften nach Art. 305ter i.V.m. <ref-law> einreichen. Die Bundesanwaltschaft erliess am 28. April 2011 eine Nichtanhandnahmeverfügung. Am 12. Mai 2011 liess die Anzeigerin dagegen bei der I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts Beschwerde erheben. Diese wies die Beschwerde mit Beschluss vom 11. Oktober 2011 (BB.2011.45) ab.
B. Eine von der Anzeigerin an die Vereinigte Bundesversammlung dagegen gerichtete Aufsichtsbeschwerde wurde von dieser zuständigkeitshalber an die Geschäftsprüfungskommissionen (GPK) weitergeleitet. Mit Schreiben vom 8. Mai 2012 teilte die GPK der Anzeigerin mit, dass für sie als Oberaufsichtsbehörde kein Anlass zum Tätigwerden bestehe, solange sich nicht die Aufsichtsbehörden über die betreffenden Instanzen mit der Angelegenheit befasst haben.
Mit Eingabe vom 29. Mai 2012 liess die Anzeigerin daraufhin durch ihren Rechtsvertreter beim Bundesgericht Aufsichtsanzeige gegen die drei Bundesstrafrichter Tito Ponti, Emanuel Hochstrasser und Patrick Robert-Nicoud einreichen. Sie beantragt die Einleitung einer Administrativuntersuchung im Zusammenhang mit dem Beschluss des Bundesstrafgerichts vom 11. Oktober 2011.
C. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Anzeigerin bemängelt in ihrer Aufsichtsanzeige, dass die drei angezeigten Richter des Bundesstrafgerichts ihre Beschwerde unter Heranziehung des Opportunitätsprinzips abgewiesen haben. Eine Verfahrenseinstellung gestützt auf das Opportunitätsprinzip gemäss Art. 8 Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) und Art. 52 Strafgesetzbuch (StGB; SR 311.0) sei im vorliegenden Fall nicht gerechtfertigt. Die Angeschuldigten hätten der X._ wissentlich und willentlich ihr gesamtes Aktienkapital von CHF 30 Mio. in deliktischer Art und Weise abdisponiert. Es liege ein besonders schlimmer Fall von Rechtsbeugung vor.
2. Beim vorliegenden Verfahren handelt es sich um eine Aufsichtsanzeige im Sinne von Art. 1 Abs. 2 Bundesgerichtsgesetz (BGG; SR 173.110), Art. 3 lit. f Reglement des Bundesgerichts vom 11. September 2006 betreffend die Aufsicht über das Bundesstrafgericht, das Bundesverwaltungsgericht und das Bundespatentgericht (Aufsichtsreglement des Bundesgerichts, AufRBGer; SR 173.110.132) und Art. 34 Abs. 1 Strafbehördenorganisationsgesetz (StBOG; SR 173.71) i.V.m. Art. 71 Abs. 1 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG; SR 172.021). Das Verfahren wird von Amtes wegen behördenintern durchgeführt und begründet keinen Anspruch auf Parteirechte (Art. 9 Abs. 2 AufRBGer).
Die Aufsicht des Bundesgerichts über das Bundesstrafgericht ist administrativer Art; die Rechtsprechung ist von der Aufsicht ausgenommen (Art. 2 Abs. 2 AufRBGer, <ref-law>). Aufsichtsanzeigen, welche sich in rein appellatorischer Kritik am beanstandeten Urteil erschöpfen, ist daher keine Folge zu geben. Der Aufsicht unterstehen hingegen alle Bereiche der Geschäftsführung, insbesondere die Gerichtsleitung, die Organisation, die Fallerledigung sowie das Personal- und Finanzwesen (Art. 2 Abs. 1 AufRBGer).
3. Die Aufsicht des Bundesgerichts über die erstinstanzlichen eidgenössischen Gerichte geht vom Prinzip der Subsidiarität aus; sie will primär sicherstellen, dass die beaufsichtigten Gerichte mit geeigneten Führungs- und Verwaltungsmassnahmen selber dafür sorgen, dass die ihnen obliegenden Verwaltungs- und Führungsaufgaben umfassend wahrgenommen werden (PAUL TSCHÜMPERLIN, Die Aufsicht des Bundesgerichts, SJZ 105 (2009) Nr. 10, Ziff. III.B.3). Die Führung der Richterinnen und Richter obliegt somit - unter Vorbehalt derer fachlichen Unabhängigkeit - in erster Linie den erstinstanzlichen eidgenössischen Gerichten selbst. Das Bundesgericht hat in seiner Funktion als Aufsichtsbehörde über die erstinstanzlichen eidgenössischen Gerichte keine Disziplinargewalt über die Richterinnen und Richter der beaufsichtigten Gerichte, da hierfür die gesetzliche Grundlage fehlt (HEINRICH KOLLER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. A. 2011, N. 100 und 103 zu <ref-law>, PAUL TSCHÜMPERLIN, a.a.O., Ziff. III.B.3 und IV.C.9).
Insofern sich die vorliegende Anzeige gegen die am Urteil beteiligten Richter persönlich richtet, ist daher einschränkend festzuhalten, dass das Bundesgericht als administrative Aufsichtsbehörde nur beschränkte Interventionsmöglichkeiten diesen gegenüber hat. Sofern sich die Aufsichtsbeschwerde als begründet erwiese, könnte es im Rahmen seiner Aufsichtstätigkeit die beaufsichtigte Instanz lediglich anhalten, den Mängeln abzuhelfen. Weitergehende Massnahmen sind im Rahmen eines administrativen Aufsichtsverfahrens ausgeschlossen.
4. 4.1 Die Rechtsprechung ist, wie in Erwägung 2 ausgeführt, von der Aufsicht des Bundesgerichts ausgenommen. Die Frage, ob das Bundesstrafgericht eine Beschwerde gegen eine Nichtanhandnahme eines Strafverfahrens zu Recht abgewiesen hat oder nicht, ist eine typische Frage der Rechtsanwendung, die der administrativen Aufsicht grundsätzlich entzogen ist. Vorbehalten ist jedoch, dass der Entscheid nicht in eine Rechtsverweigerung mündet, die auf organisatorische Mängel hinweist. Ob überhaupt Recht gesprochen wird, ist nämlich nicht nur eine Rechtsfrage, sondern auch eine Frage, ob der Geschäftsgang den Anforderungen entspricht und das Gericht seine Aufgabe wahrnimmt (<ref-ruling>, E. 2).
4.2 Vorliegend hat die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts die Beschwerde gegen den Nichteintretensentscheid der Bundesanwaltschaft in einem einlässlichen Entscheid behandelt. Sie ist dabei zum Schluss gekommen, dass die Nichtanhandnahme des Strafverfahrens gerechtfertigt und die Beschwerde daher abzuweisen sei. Sie führt aus, dass im vorliegenden Fall die Voraussetzungen für die Heranziehung des Opportunitätsprinzips gemäss <ref-law> i.V.m. <ref-law> gegeben seien. Insbesondere sei kein oder nur ein äussert geringes Organisationsverschulden der angezeigten Unternehmungen ersichtlich. Die Tatfolgen seien nicht primär durch das Handeln der Angezeigten, sondern vorwiegend durch dasjenige von E._ und Konsorten verursacht. Insgesamt komme dem angezeigten Sachverhalt im Gesamtkontext nur eine sehr untergeordnete Bedeutung zu. Schliesslich würde die Ausdehnung des bereits sehr weit fortgeschrittenen Verfahrens in Sachen E._ aufgrund des internationalen Bezugs zu diversen Rechtshilfeverfahren führen, was zu einer untragbaren Verzögerung und Komplexität führen würde, welche dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit krass entgegenlaufen würde. Die Zivilforderungen der Beschwerdeführerin seien davon nicht betroffen, da es ihr unbenommen sei, diese in einem Zivilprozess durchzusetzen.
Die I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts hat somit die Beschwerde im Einzelnen geprüft und abgewiesen. Sie hat damit keine Rechtsverweigerung begangen, die auf organisatorische Mängel hinweist. Vielmehr hat sie u.a. geprüft, ob die Voraussetzungen für die Anwendung des Opportunitätsprinzips vorliegend gegeben sind und hat dies angesichts des Gesamtkontextes bejaht. Die Abweisung der Beschwerde führt im Resultat zwar dazu, dass das von der Anzeigerin eingeleitete Strafverfahren nicht anhand genommen wird. Dies ist aber nicht darum der Fall, weil das Bundesstrafgericht untätig geblieben oder nicht im erforderlichen Mass tätig geworden wäre, sondern weil es in Anwendung der entsprechenden gesetzlichen Normen die Beschwerde abgewiesen hat. Ob dies rechtlich zu überzeugen vermag, hat das Bundesgericht als administrative Aufsichtsbehörde im vorliegenden Verfahren nicht zu beurteilen. Anhaltspunkte für irgendwelche Unregelmässigkeiten, wie sie die Anzeigerin geltend macht, bestehen im Übrigen nicht.
5. Der Aufsichtsanzeige ist damit keine Folge zu geben.
6. Das Aufsichtsverfahren ist - besondere Umstände vorbehalten, die hier nicht vorliegen - kostenlos (Art. 10 der Verordnung über Kosten und Entschädigungen im Verwaltungsverfahren; SR 172.041.0).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Der Aufsichtsanzeige wird keine Folge geleistet.
2. Es werden weder Kosten erhoben noch Entschädigungen zugesprochen.
3. Dieser Entscheid wird dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerde- kammer, Bundesstrafrichter Tito Ponti, Bundesstrafrichter Emanuel Hochstrasser und Bundesstrafrichter Patrick Robert-Nicoud schriftlich mitgeteilt. Der Anzeigerin wird eine Orientierungskopie zugestellt.
Lausanne, 27. August 2012
Im Namen der Verwaltungskommission
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Generalsekretär:
L. Meyer Tschümperlin