Sachverhalt:
A. Die Ärzte A._, D._ und F._ führen seit Mai 1998 in M._ eine Gemeinschaftspraxis ("Praxis Z._") in Form einer einfachen Gesellschaft.
Anlässlich einer Bücherkontrolle betreffend die Geschäftsjahre 1999/ 2000 stellte der Steuerexperte im Juni 2003 verschiedene Mängel der Buchhaltung fest, weshalb er die Bilanzen und Erfolgsrechnungen als unvollständig erachtete und der Buchhaltung die Beweiskraft absprach.
In der Folge eröffnete die Bezirkssteuerkommission für die rechtskräftig veranlagten Steuerjahre 1995 bis 2000 ein Nachsteuerverfahren. Gestützt auf den Expertisenbericht vom 25. August 2003 wurden für die Kantons- und Gemeindesteuern sowie die direkten Bundessteuern mit Nachsteuerveranlagungen für die (rechtskräftig veranlagten) Jahre 1995 bis 2000 (Bemessungsjahre 1993 bis 1998) sowie mit ordentlicher Veranlagung für die Steuerperiode 2001/2002 vom 9. September 2003 gegenüber dem deklarierten Einkommen der einzelnen Gesellschafter Aufrechnungen vorgenommen.
Mit Einspracheentscheiden vom 17. März 2004 wurde die gemeinsame Einsprache der Steuerpflichtigen von der kantonalen Steuerverwaltung abgewiesen. Die von den Steuerpflichtigen gegen die Einspracheentscheide gerichtete Beschwerde wies die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis am 22. Oktober 2008 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen die Steuerpflichtigen dem Bundesgericht, das Urteil der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis vom 22. Oktober 2008 aufzuheben.
Die kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
C. Mit Verfügung vom 5. Februar 2009 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführer erheben "ordentliche Beschwerde wie Verfassungsbeschwerde".
Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) bzw. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist daher nicht einzutreten.
1.2 Soweit die Beschwerdeführer auf Eingaben im kantonalen Verfahren verweisen, ist darauf nicht einzutreten (<ref-law>; vgl. dazu Urteil 4A_137/2007 vom 20. Juli 2007 E. 4).
2. 2.1 Die Beschwerdeführer rügen in erster Linie eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben (<ref-law>) sowie der Eigentumsgarantie (<ref-law>).
Sie machen dazu geltend, sie hätten seit Aufnahme der gemeinsamen Tätigkeit detaillierte Aufstellungen über Einnahmen und Ausgaben ihrer Praxis geführt und der Steuerverwaltung zur Verfügung gestellt; jeweils verlangte zusätzliche Angaben seien geliefert worden. Die Steuerverwaltung habe die entsprechenden Aufstellungen nie beanstandet. Sie hätten somit davon ausgehen dürfen, dass kein Handlungsbedarf bestand.
2.2 Die Vorinstanz hält dem entgegen, die von den Beschwerdeführern eingereichten Unterlagen hätten keine Fehler aufgewiesen, welche prima vista und ohne intensive Überprüfung hätten erkannt werden können. Die Steuerbehörden hätten somit keinen Anlass gehabt, detaillierte Nachforschungen zu betreiben.
2.3 Der Expertisenbericht vom 25. August 2003 - welcher gemäss Titel zwar bloss die Geschäftsjahre 1999 und 2000 umfasst, hingegen Aufrechnungen seit 1993 vornimmt - bildete die Grundlage für die streitigen Steuerbeträge. Der Experte hat aufgrund der festgestellten Mängel der Buchhaltung der Beschwerdeführer die Erfolgsrechnung neu erstellt; die betriebsintern vorgenommenen Buchungen bzw. die Saldi der einzelnen Konten konnten dazu übernommen werden. Diese Neuordnung der Buchhaltung der Beschwerdeführer führte in Bezug auf das steuerbare Einkommen zu den infrage stehenden Gewinnverteilungen bzw. Aufrechnungen für die Jahre 1993 bis 2000 (Expertise Ziff. 4, Anhang B). Dass die durch den Experten neu erstellte Erfolgsrechnung und die entsprechende Gewinnverteilung offensichtlich unrichtig sind, legen die Beschwerdeführer nicht dar. Den Beschwerdeführern wird zudem nicht vorgeworfen, sie hätten steuerbares Einkommen verheimlicht, ansonsten nicht nur Nachsteuer-, sondern ebenfalls Steuerhinterziehungsverfahren hätten eingeleitet werden müssen.
2.4 Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Besteuerung zu ermöglichen (<ref-law>), und hat insbesondere das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig auszufüllen (<ref-law>); er trägt die Verantwortung für deren Richtigkeit und Vollständigkeit. Mit der Steuererklärung zusammen hat er der Veranlagungsbehörde zusätzlich bestimmte Beilagen einzureichen. Ist sich der Steuerpflichtige über die steuerrechtliche Bedeutung einer Tatsache im Unklaren, darf er diese nicht einfach verschweigen, sondern hat auf die Unsicherheit hinzuweisen. Jedenfalls muss er die Tatsache als solche vollständig und zutreffend darlegen. Die Veranlagungsbehörde ihrerseits prüft die eingereichte Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor (<ref-law>). Dabei darf sie sich grundsätzlich darauf verlassen, dass der Steuerpflichtige die Steuererklärung richtig und vollständig ausgefüllt hat; sie ist ohne besonderen Anlass nicht verpflichtet, Quervergleiche mit Akten anderer Steuerpflichtiger vorzunehmen oder selber im Steuerdossier des Betroffenen nach ergänzenden Unterlagen zu suchen. Allerdings darf die Veranlagungsbehörde nicht im gleichen Masse unbesehen auf die in der Steuererklärung gemachten Angaben abstellen, wie sie dies bei einer Selbstveranlagungssteuer tun könnte. Eine Pflicht zur Vornahme ergänzender Abklärungen besteht für die Veranlagungsbehörde aber nur dann, wenn die Steuererklärung Fehler enthält, die klar ersichtlich bzw. offensichtlich sind. Weist die Steuererklärung zwar erkennbare Mängel auf, sind diese aber nicht geradezu offensichtlich, so führt das nicht dazu, dass hiermit zusammenhängende Tatsachen oder Beweismittel als den Behörden schon im Veranlagungszeitpunkt bekannt fingiert werden (bzw. dass sich die Behörden ein entsprechendes Wissen anrechnen lassen müssten; Urteil 2C_26/2007 vom 10. Oktober 2007 E. 3.2, in: StR 63/2008 S. 795). Bei Bilanzierungsfehlern ist meistens von ihrer Nichterkennbarkeit auszugehen (KLAUS A. VALLENDER/MARTIN E. LOOSER, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2. Aufl, 2008, N. 12b zu <ref-law>).
2.5 Die Beschwerdeführer sind unbestrittenermassen nicht buchführungspflichtig. Sie haben indessen nach den Feststellungen der Vorinstanz zusammen mit ihrer Steuererklärung jeweils Geschäftsabschlüsse mit Bilanzen, Erfolgsrechnungen und Abschreibungstabellen eingereicht. Dies entspricht auch dem zwischen ihnen am 4. September 1993 abgeschlossenen Vertrag, nach welchem der "Reingewinn laut Bilanz" unter den Partnern zu 25% bzw. 50% verteilt wird. Dies setzt das Führen einer kaufmännischen Buchhaltung im Sinne der <ref-law> voraus. Auch bei einer freiwillig geführten Buchhaltung darf vorausgesetzt werden, dass sie nach kaufmännischen Grundsätzen erstellt worden ist (<ref-ruling> E. 2.2). Die kantonale Steuerbehörde durfte somit grundsätzlich davon ausgehen, dass die Buchhaltung der Beschwerdeführer, die nach dem zwischen ihnen geschlossenen Vertrag durch einen der Partner (gegen entsprechende Entschädigung) zu führen war, nach kaufmännischen Grundsätzen erstellt worden ist.
2.6 Die Beschwerdeführer legen nicht dar, dass die durch die Expertise festgestellten Mängel ihrer Buchhaltung ohne Weiteres hätten erkannt werden können. Sie vermögen keine in die Augen springenden Ungereimtheiten aufzuzeigen, die die Steuerbehörde unbedingt zu einer genaueren Überprüfung der Buchhaltung hätte veranlassen müssen.
2.7 Allein aus dem Umstand, dass die Steuerbehörden die Beschwerdeführer in den betroffenen Jahren ohne Beanstandungen stets gestützt auf die von ihnen eingereichten Aufstellungen (namentlich Tabelle "Praxis Z._, Steuerbare Beträge der Inhaberinnen") veranlagten, können die Beschwerdeführer keinen Anspruch auf Bestand ihrer rechtskräftigen Veranlagungen ableiten. Daran ändert nichts, dass die Aufstellungen für die infrage stehenden Jahre gleich geführt und nie beanstandet sowie die Steuerbehörden mit Begleitbrief zu den Steuererklärungen eingeladen worden sind, in sämtliche Belege Einsicht zu nehmen. Die blosse zusätzliche Anforderung von einzelnen ergänzenden Angaben in den Jahren 1989 und 1990 (Nachweis Schuldzinse und Schuldsaldo, Lohnausweis, Beginn der Praxisbeteiligung, 2. Abschluss Praxis Z._) und 1992 (Pachtvertrag Reben, Nachweis Schulden und Schuldzinsen, Eigenkapital, Bezug und Finanzierungsnachweis Liegenschaft, Inhaberobligation, Ferienhaus) sowie 1994 (Umsatzbestätigung Krankenkassen, Aufwand Fahrzeuge, Nachweis Schulden und Schuldzinsen) stellt keine behördliche Zusicherung für die Ordnungsmässigkeit der Buchhaltung als Ganzes dar, auf welche die Beschwerdeführer hätten vertrauen dürfen. Dass die Steuerbehörden in den bisherigen Veranlagungen der Beschwerdeführer mangels Zweifel an der Richtigkeit der Buchhaltung keinen Anlass für weitergehende Prüfungen erblickten, steht einer genaueren Prüfung in einer folgenden Veranlagungsperiode von vornherein nicht entgegen (<ref-ruling> 2c/bb S. 425). Es kommt hinzu, dass die Tragweite des Grundsatzes von Treu und Glauben im Steuerrecht, das vom Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Besteuerung beherrscht ist, von vornherein geringer ist als in anderen Rechtsgebieten (Urteil 2A.471/2005 vom 10. November 2006 E. 3.7).
2.8 Die Vorinstanz durfte deshalb ohne Verletzung von Bundesrecht zum Schluss kommen, die Beschwerdeführer könnten sich nicht auf den Vertrauensschutz berufen. Eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben ist nach dem Ausgeführten nicht gegeben.
3. 3.1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass u.a. eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert (Art. 158 Abs. 1 des Walliser Steuergesetzes vom 10. März 1976 [StG/VS]).
Hat der Steuerpflichtige jedoch Einkommen, Vermögen, Reingewinn oder Eigenkapital in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer wegen ungenügender Bewertung erhoben werden (Art. 158 Abs. 2 StG/VS).
Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist (Art. 159 Abs. 1 StG/VS).
3.2 Diese Bestimmungen entsprechen den Art. 151 und <ref-law>, weshalb die Vorinstanz zu Recht auf eine separate Begründung für die direkte Bundessteuer verzichtet hat. Eine entsprechende Differenzierung kann somit auch im vorliegenden Verfahren unterbleiben.
3.3 Die Beschwerdeführer machen geltend, sie hätten Einkommen, Vermögen und Reingewinn stets vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen, weshalb gestützt auf <ref-law> bzw. Art. 158 Abs. 2 StG/VS keine Nachsteuern erhoben werden könnten.
3.4 Die Beschwerdeführer haben den Steuerbehörden ihre Buchhaltung eingereicht. Dass diese die Anforderungen an eine kaufmännische Buchführung nicht erfüllte, anerkennen sie selber. Aus den Akten ergibt sich, dass die Beschwerdeführer tatsächlich - im Konto 400 - alle Honorar-Einkünfte der Gemeinschaftspraxis aufgeführt haben. Die entsprechenden Zahlen wurden vom Steuerexperten denn auch übernommen. Dessen neu erstellte Erfolgsrechnung führte indessen zu abweichenden Ergebnissen beim Gewinnanteil bzw. beim steuerbaren Einkommen. Inwiefern die Erfolgsrechnung und Gewinnverteilung des Steuerexperten für die betroffenen Jahre falsch sein sollen, legen die Beschwerdeführer nicht im Einzelnen und detailliert anhand ihrer vollständigen Buchhaltungsunterlagen dar. Namentlich zeigen sie auch nicht auf, dass die neu vorgenommene Kontierung und Berechnung nicht den Anforderungen an eine kaufmännische Buchhaltung entsprechen würden. Es ist somit davon auszugehen, dass die Neuordnung das Resultat einer - materiell und formell - korrekten kaufmännischen Buchführung darstellt.
Unter diesen Umständen haben die Beschwerdeführer jedoch die massgebenden Steuerfaktoren nicht vollständig und genau angegeben; dies wäre nur bei einer handelsrechtskonformen kaufmännischen Buchführung der Fall; eine solche wurde von den Beschwerdeführern unbestrittenermassen nicht eingereicht. Dass angeblich eine "materielle Ordnungsmässigkeit bestand", namentlich der Ertrag aus Honorareinnahmen in Konto 400 übernommen worden sei, genügt somit nicht, um im vorliegenden Fall nicht auf die durch den Steuerexperten neu erstellte, auch formal korrekte Buchhaltung abzustellen. Damit sind die Voraussetzungen der <ref-law> bzw. Art. 158 Abs. 2 StG/VS nicht gegeben, um trotz ungenügender Bewertung von der Erhebung von Nachsteuern abzusehen.
3.5 Bei dieser Sachlage liegt auch keine Verletzung der derogatorischen Kraft des Bundesrechts (<ref-law>) vor.
3.6 Die Beschwerdeführer haben die Beträge der Nachbesteuerungen bzw. der Aufrechnungen bei der Veranlagung 2001/2002 im Einspracheverfahren nicht bestritten. Vor der Vorinstanz haben sie diese lediglich pauschal als "unverhältnismässig und völlig undurchsichtig" infrage gestellt (Replik S. 3). Auch in der vorliegenden Beschwerde setzen sie sich nicht mit den für die betroffenen Steuerjahre aufgerechneten Beträgen auseinander; insbesondere legen sie nicht im Einzelnen dar, inwieweit diese falsch berechnet worden wären. Es ist daher davon auszugehen, dass die Aufrechnungen betragsmässig den von den Steuerbehörden vorgenommenen buchhalterischen Korrekturen entsprechen.
4. Inwiefern der angefochtene Entscheid auch die Eigentumsgarantie (<ref-law>) verletzen soll, legen die Beschwerdeführer nicht in einer den qualifizierten Begründungsanforderungen genügenden Art und Weise (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.2) dar, weshalb auf diese Rüge nicht einzutreten ist.
5. 5.1 Die Beschwerdeführer gehen davon aus, dass die Verwirkung gemäss Art. 159 StG/VS eingetreten sei.
5.2 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist (<ref-law>, Art. 159 Abs. 1 StG/VS). Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass das Nachsteuerverfahren gegen die Beschwerdeführer mit eingeschriebenem Brief vom 10. September 2003 und somit innerhalb der Verwirkungsfrist eingeleitet worden ist. Mit dieser Begründung setzen sich die Beschwerdeführer nicht auseinander. Es kann daher auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden.
6. Soweit die Beschwerdeführer die Verjährung gemäss <ref-law> bzw. 129 StG/VS geltend machen, ist ihnen entgegenzuhalten, dass diese Bestimmungen allein die Veranlagungsverjährung erfassen. Diese ist hinsichtlich der ordentlichen Veranlagung 2001/2002 klarerweise nicht eingetreten. Für die übrigen Steuerperioden sind die Bestimmungen über die Verwirkung des Nachbesteuerungsrechts massgebend, die dafür eine Frist von fünfzehn Jahren vorsehen (<ref-law>, Art. 159 Abs. 3 StG/VS). Somit ist auch das Recht, die in Frage stehenden Nachsteuern festzusetzen, nicht verwirkt.
7. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang haben die Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter Solidarhaftung auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng