Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer des Grundstücks Parzelle 8379 in der Industriezone IA der Gemeinde Wetzikon/ZH, auf welchem er eine Karosseriewerkstatt betreibt und das er von der SBB mitsamt dem Miteigentumsanteil an der Zufahrtsparzelle 8255 erworben hatte. Das Grundstück grenzt nördlich an das Grundstück Parzelle 8253, östlich an den Fuss- und Radweg Parzelle 8380, südlich an die Grubenstrasse und westlich an die in seinem Miteigentum stehende Zufahrtsparzelle 8255. Der Verlauf des Fuss- und Radweges (Parzelle 8380) beruht auf dem Entscheid der Baukommission Wetzikon vom 18. Mai 2005. Dieser Entscheid wurde vom Beschwerdeführer durch alle Instanzen weitergezogen; das Bundesgericht wies eine staatsrechtliche Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war (vgl. Urteil 1P.157/2006 vom 4. Dezember 2006).
In der Folge wurde der Fuss- und Radweg auf der Parzelle 8380 erstellt, wobei an den Enden des Weges als Abschrankung Mittelpfosten gesetzt wurden. Nachdem die Abschrankung und der Zaun bei der Einmündung des Weges in die Grubenstrasse entfernt worden waren, nützte X._ den Fuss- und Radweg als Zufahrt zu seinem Grundstück Parzelle 8379. Ferner wurde darauf eine Aufschüttung vorgenommen. In einem zivilrechtlichen Verfahren wurde X._ untersagt, die Parzelle 8380 als Zufahrt zu seiner Parzelle 8379 zu benützen.
B. Mit Beschluss vom 5. November 2008 befahl die Baukommission Wetzikon X._ unter Androhung von Straffolgen, die normaliengerechte Zugänglichkeit seines Grundstücks Parzelle 8379 ab der Parzelle 8255 zu ermöglichen und diesen Zustand bestehen zu lassen. Zugleich befahl sie ihm unter Androhung der Ersatzvornahme die Beseitigung der Aufschüttungen auf seinem Grundstück und die Wiederherstellung des ursprünglichen Geländeverlaufs innert drei Monaten.
C. Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Baurekurskommission III des Kantons Zürich ab. Hiergegen reichte X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ein. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2009 wies dieses die Beschwerde ab. Es erwog im Wesentlichen, der Wiederherstellungsbefehl stütze sich auf § 341 des Gesetzes vom 7. September 1975 über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht des Kantons Zürich (PBG; LS 700.1), wonach der rechtmässige Zustand wieder herzustellen sei. Massgebend seien die am 18. Mai 2005 bewilligten und vergeblich angefochtenen Erschliessungsverhältnisse. Im zivilrechtlichen Befehlsverfahren sei dem Beschwerdeführer die Zufahrt über die Parzelle 8380 untersagt worden, während die rechtlich gesicherte Zufahrt über die Parzelle 8255 infolge der Aufschüttungen auf der Parzelle 8379 verunmöglicht werde. Der Wiederherstellungsbefehl sei verhältnismässig. Angesichts der krass baurechtswidrigen Verhältnisse und der Gefährdung von Fussgängern und Radfahrern sei die Wiederherstellungsfrist nicht zu beanstanden.
D. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung der Entscheide des Verwaltungsgerichts, der Baurekurskommission sowie der Baukommission.
Die Baukommission hat sich vernehmen lassen. Sie beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verzicht auf eine Stellungnahme die Abweisung der Beschwerde.
E. Mit Verfügung vom 20. April 2010 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251; <ref-ruling> E. 1.1 S. 411).
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist hier gegeben.
1.2 Die Vorinstanz ist das Verwaltungsgericht. Soweit sich die Beschwerde gegen dessen Entscheid richtet, ist sie zulässig (Art. 86 Abs. 1 lit. d in Verbindung mit Abs. 2 BGG).
Auf die Anträge auf Aufhebung der Entscheide der Baurekurskommission und der Baukommission ist nicht einzutreten, da deren Entscheide durch denjenigen des Verwaltungsgerichts ersetzt worden sind (Devolutiveffekt) und als inhaltlich mitangefochten gelten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 1 S. 441).
1.3 Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wer a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; b) durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist; und c) ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
Der Beschwerdeführer ist Eigentümer des betroffenen Grundstücks und Adressat des angefochtenen Entscheids. Seine Beschwerdelegitimation ist zu bejahen.
1.4 Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren ab. Es handelt sich um einen Endentscheid, gegen welchen die Beschwerde gemäss <ref-law> zulässig ist. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer beantragt die Durchführung eines bundesgerichtlichen Augenscheins. Er begründet diesen damit, dass die Vorinstanz einem entsprechenden Antrag nicht stattgegeben habe.
Die Vorinstanz hat den Verzicht auf einen Augenschein damit begründet, dass die Baurekurskommission einen solchen durchgeführt und ein Protokoll erstellt habe. Daraus, aus der Fotodokumentation, den Plänen und den Akten ergebe sich der massgebende Sachverhalt ausreichend deutlich.
Da sich der Beschwerdeführer mit dieser Begründung der Vorinstanz nicht auseinandersetzt, genügt seine Rüge den Begründungsanforderungen nicht. Der Antrag ist deshalb abzuweisen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer beantragt die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung und beruft sich auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
3.2 Vor Bundesgericht findet eine Parteiverhandlung nur ausnahmsweise statt (<ref-law>). Eine (öffentliche) Parteiverhandlung vor Bundesgericht, das als Rechtsmittelinstanz im Wesentlichen nur eine Rechtskontrolle ausübt, ist grundsätzlich nicht erforderlich (HAEFLIGER/SCHÜRMANN, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2. Aufl. 1999, S. 192) und auch nicht durch <ref-law> indiziert, besteht doch im vorliegenden Rechtsmittelverfahren kein Anspruch auf mündliche Anhörung. Der Beschwerdeführer behauptet nicht, im Verfahren vor den kantonalen Gerichtsbehörden von der ihm zustehenden Möglichkeit, eine öffentliche Verhandlung zu verlangen, Gebrauch gemacht zu haben (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.3 S. 236 f.; <ref-ruling> E. 2e/aa S. 48; <ref-ruling> E. 2d S. 52 mit Hinweisen; Urteil 1C_386/2008 vom 29. Januar 2009 E. 2.4). Der Antrag auf Durchführung einer Parteiverhandlung ist daher abzuweisen.
4. Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt abweichend von den verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid (<ref-law>) darstellt oder ihn ergänzt, ohne aufzuzeigen, dass die von der Vorinstanz gemachten Feststellungen offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich sind (<ref-law>), ist darauf nicht einzutreten.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die bisherige Zufahrt über den Fuss- und Radweg stelle eine genügende Erschliessung dar, sei verkehrssicher, habe Bestandesgarantie und sei nie in einem gesetzmässigen Verfahren aufgehoben worden. Ein Quartierplanverfahren sei nie durchgeführt worden. Dass die Vorinstanz dies für den zu beurteilenden Sachverhalt als unerheblich betrachtet habe, sei rechtswidrig. Das Werkstattgebäude sei seinerzeit so erstellt worden, dass es über die Parzelle 8380 erschlossen werden könne. Die Erschliessung über die Parzelle 8255 würde einen längst benötigten Neubau im nördlichen Grundstücksteil verunmöglichen und den Grundstückwert massiv beeinträchtigen. Die Vorinstanz habe die geltend gemachten Rügen und Rechtsverletzungen zum grössten Teil nicht behandelt. Eine Behandlung der Angelegenheit auf dem Zirkulationsweg mit nur summarischer Begründung sei deshalb nicht zulässig gewesen. Der angefochtene Entscheid verletze verschiedene kantonale Vorschriften, das Willkürverbot sowie das Gebot von Treu und Glauben nach <ref-law> sowie die Art. 26, 27 und 29 BV.
5.2 Die Verletzung des kantonalen Rechts kann nicht gerügt werden, sondern nur dessen willkürliche Anwendung (<ref-law>). Die Rüge von Grundrechtsverletzungen, namentlich des Willkürverbots, bedarf besonderer Begründung (<ref-law>). Die Beschwerde genügt dieser Anforderung hinsichtlich der Rügen der Verletzung von kantonalem Recht und des Willkürverbots nicht, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
5.3 Zur Beurteilung der Erschliessungs- und Eigentumsverhältnisse stellt die Vorinstanz auf die vom Beschwerdeführer vergeblich angefochtene Verfügung der Baukommission vom 18. Mai 2005 ab. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt - insbesondere, dass das Bundesgericht den Entscheid der Baukommission nicht bestätigt habe, sondern auf seine Beschwerde nicht eingetreten sei und die Sache teils wegen fehlender Legitimation abgewiesen habe -, geht an der Sache vorbei und ändert insbesondere nichts daran, dass der Entscheid der Baukommission vom 18. Mai 2005 in Rechtskraft erwachsen ist. Damit steht fest, dass die Erschliessung der Parzelle 8379 nicht über den Fuss- und Radweg zu erfolgen hat, sondern (zwangsläufig) über den rechtlich gesicherten Zufahrtsweg bzw. die Parzelle 8255. Mit dem angefochtenen Entscheid wird nichts anderes gemacht, als diesem Entscheid durch Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands Nachachtung verschafft. Angesichts dieser Ausgangslage ist der Einwand unerheblich, der zivilrichterliche Befehl, die Benutzung der Parzelle 8380 als Zufahrt zu unterlassen, sei noch nicht rechtskräftig.
5.4 Soweit der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe seinen Gehörsanspruch (<ref-law>) verletzt, weil sie die meisten geltend gemachten Rechtsverletzungen nicht behandelt habe, führt er nicht aus, um welche Rügen es sich handelte. Auf die Rüge ist mangels Substantiierung (<ref-law>) nicht einzutreten.
5.5 Die Rügen der Verletzung von Treu und Glauben (<ref-law>), der Eigentumsgarantie (<ref-law>) und der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>), sind nicht nur unsubstantiiert (<ref-law>), sondern neu und daher unzulässig (<ref-ruling> E. 2 S. 639). Darauf ist nicht einzutreten.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Zufahrt mit Lastwagen und Anhängern - womit in einer Industriezone zu rechnen sei - sei über die Parzelle 8255 nicht möglich. Ohne die östliche Zufahrt könne das Gebäude nicht gemäss seiner Zweckbestimmung genutzt werden. Er könne nicht alle Arten von Fahrzeugen wie bisher reparieren. Es sei nicht möglich, auf dem engen Vorplatz zu manövrieren. Die Werkstatt habe keine Zukunft, weil er auf die Ein- und Ausfahrten angewiesen sei. Die Zufahrt über die Parzelle 8255 entspreche weder den kantonalen Zugangsnormalien, noch den VSS-Normen. Zudem verhindere auf der einen Seite ein Hydrant und auf der anderen Seite eine Laternenstange das Einbiegen. Ein Kehrplatz fehle. Mit den auf dem Nachbargrundstück ausgestellten Fahrzeugen sei die Parzelle 8255 in der Industriezone für seinen Betrieb ungenügend.
6.2 Der Beschwerdeführer argumentiert über weite Strecken mit den Schwierigkeiten, die Zufahrt über die Parzelle 8255 zu bewerkstelligen, bzw. den Vorteilen, die eine Erschliessung über die Parzelle 8380 hätte. Soweit er in diesem Zusammenhang Darstellungen des Sachverhalts gibt, die sich mit jenem des angefochtenen Entscheids nicht decken, sind sie unzulässig (<ref-law>), da er nicht aufzeigt, inwiefern die von der Vorinstanz gemachten Feststellungen offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich sind (<ref-law>). In einem Verfahren um Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands ist die vom Beschwerdeführer vorgebrachte Argumentation nicht zulässig. In diesem kann der dieser Anordnung zu Grunde liegende rechtskräftige Entscheid grundsätzlich nicht mehr in Frage gestellt werden, was der Beschwerdeführer zu übersehen scheint. Auf seine Ausführungen kann nicht eingetreten werden.
Dasselbe gilt hinsichtlich des Einwandes des Beschwerdeführers, dass die ihm als Zufahrt zur Reparaturwerkstätte dienende, im Gemeingebrauch stehende Zufahrt (Parzelle 8380) über die alte Schöneichstrasse nie aufgehoben bzw. in einem strassenrechtlichen Verfahren entwidmet worden sei, weshalb er sich weiterhin als berechtigt halte, die Zufahrt (Parzelle 8380) über die alte Schöneichstrasse zu benutzen.
7. Zu der von der Vorinstanz geäusserten materiellen Erwägung, dass nämlich die Wegparzelle 8380 zufolge ihrer Breite von nur drei Metern als Zufahrt nicht genügen würde (E. 2.2), nimmt der Beschwerdeführer nicht Stellung.
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Die Gemeinde hat keinen Anspruch auf Entschädigung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 7 S. 118 f.). Die Frist von drei Monaten gemäss dem Beschluss der Baukommission ist während des Beschwerdeverfahrens abgelaufen, weshalb dafür eine neue Frist anzusetzen ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Frist zur Herstellung des Zustands gemäss der mit Beschluss der Baukommission Wetzikon vom 5. November 2008 getroffenen Anordnungen wird neu auf den 30. September 2010 festgesetzt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Baukommission Wetzikon und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Christen