Sachverhalt:
A.
A.a. Über die A._ AG (nachfolgend: A._), mit Sitz in Schaffhausen, wurde am 16. Dezember 2008 durch Verfügung des Kantonsgerichts Schaffhausen (Einzelrichter) der Konkurs eröffnet. In der Folge ordnete das Konkursgericht die Durchführung des Konkurses im summarischen Verfahren an.
A.b. Am 4. September 2013 erstattete das Konkursamt Schaffhausen den Schlussbericht und beantragte dem Konkursgericht, das Konkursverfahren als geschlossen zu erklären. Mit Verfügung des Kantonsgerichts (Einzelrichter) vom 11. September 2013 wurde das Konkursverfahren geschlossen.
A.c. Gegen die Verfügung über den Konkursschluss erhoben die A._, handelnd durch durch die einzige Verwaltungsrätin C._, sowie die B._ AG, mit Sitz in Schaffhausen, Beschwerde beim Obergericht des Kantons Schaffhausen. Sie verlangten, die Verfügung des Konkursgerichts über den Konkursschluss sei aufzuheben und das Konkursverfahren sei bis zum rechtskräftigen Abschluss des beim Kantonsgericht Schaffhausen hängigen Prozesses Nr. xxx aufrecht zu halten. Eventuell sei das Beschwerdeverfahren bis zum betreffenden Zeitpunkt zu sistieren, subeventuell sei es bis zum rechtskräftigen Abschluss des gegen D._ und E._ im Kanton Bern hängigen Strafverfahrens zu sistieren.
B.
Mit Entscheid vom 2. Dezember 2014 trat das Kantonsgericht Schaffhausen auf die Beschwerden zufolge fehlender Beschwerdelegitimation nicht ein.
C.
Mit Eingabe vom 19. Januar 2015 haben die A._, handelnd durch durch die einzige Verwaltungsrätin, und die B._ AG Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Die Beschwerdeführerinnen 1 und 2 verlangen die Aufhebung des Entscheides des Kantonsgerichts Schaffhausen vom 2. Dezember 2014. In der Sache verlangen sie, die Verfügung des Konkursgerichts über den Konkursschluss sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass das Konkursverfahren über die Beschwerdeführerin 1 nicht geschlossen sei. Eventualiter stellen sie das Gesuch um Sistierung des (bundesgerichtlichen) Beschwerdeverfahrens bis zum rechtskräftigen Abschluss der erwähnten (vor dem Kantonsgericht Schaffhausen und im Kanton Bern) hängigen Verfahren. Subeventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter wird mit Gesuch um aufschiebende Wirkung die vorsorgliche Wiedereintragung der Beschwerdeführerin 1 in das Handelsregister ersucht.
Mit Präsidialverfügung vom 22. Januar 2015 wurde das Gesuch für die beantragte vorsorgliche Massnahme abgewiesen.
Es sind die kantonalen Akten, in der Sache jedoch keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Entscheid der kantonalen Rechtsmittelinstanz, die als oberes Gericht über die Beschwerde gegen den vom Konkursgericht verfügten Konkursschluss befunden hat (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Damit ist die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig eines Streitwertes (<ref-law>) grundsätzlich zulässig. Die Beschwerdeführerinnen sind durch den Nichteintretensentscheid zufolge fehlender Beschwerdelegitimation besonders berührt und haben ein hinreichendes schützenswertes Interesse an dessen Aufhebung (<ref-law>). Sie sind daher zur Beschwerde berechtigt.
1.2. Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen (<ref-law>), wobei hier das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Zulässig ist einzig die Rüge, dass eine Tatsachenfeststellung auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhe oder eine Tatsache offensichtlich unrichtig festgestellt worden sei (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Unbehelflich ist, soweit die Beschwerdeführerinnen ausführen, das Konkursamt habe am 3. Dezember 2014 Forderungen an Gläubiger nach <ref-law> abgetreten, da im bundesgerichtlichen Verfahren nach Erlass des angefochtenen Entscheides (2. Dezember 2014) eingetretene Tatsachen nicht berücksichtigt werden. Das Gleiche gilt für das Vorbringen der Beschwerdeführerin 2, sie sei gemäss Zessionsurkunde vom 19. Januar 2015 Konkursgläubigerin geworden.
2.
Das Obergericht hat im Wesentlichen erwogen, dass die Beschwerdeführerin 1 als Schuldnerin keine Prozessführungsbefugnis habe, um die Konkursschlussverfügung des Konkursgerichts anzufechten. Die Schuldnerin könne ein schutzwürdiges Interesse zur Anfechtung der Konkursschlussverfügung nicht aus einem Anspruch ableiten, weiter zu existieren, weil die Durchsetzung von nach <ref-law> abgetretenen Ansprüchen allenfalls zu einem Überschuss führen könne. Ebenso wenig genüge die Konstituierung der Schuldnerin als Privatklägerin im Strafverfahren D._ und E._, zumal das betreffende Strafverfahren (mit Beschluss des Obergerichts des Kantons Bern vom 14. Oktober 2014) bereits eingestellt worden sei.
Mit Bezug auf die Beschwerdeführerin 2 hat das Obergericht im Wesentlichen festgehalten, dass sie als blosse Aktionärin der Schuldnerin bzw. mangels Eigenschaft als Konkursgläubigerin kein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung der Konkursschlussverfügung habe.
3.
Angefochten ist die Verfügung des Konkursgerichts über den Konkursschluss gemäss <ref-law>. Diese Verfügung ist mit Beschwerde gemäss <ref-law> anfechtbar (vgl. <ref-law>; NÄF, in: Kurzkommentar SchKG, 2. Aufl. 2014, N. 6 zu <ref-law>); die Regeln über die Weiterziehung der Konkurseröffnung (<ref-law>) gelten nicht. Zur Beschwerde ist befugt, wer durch den angefochtenen Entscheid beschwert ist und daher ein schützenswertes Interesse an dessen Korrektur besitzt (vgl. A. Staehelin/ D. STAEHELIN/GROLIMUND, Zivilprozessrecht, 2. Aufl. 2013, § 26 Rz. 30, § 25 Rz. 28). Streitpunkt ist im Wesentlichen die Anfechtung der Schlussverfügung des Konkursgerichts durch den Verwaltungsrat der Gemeinschuldnerin (Beschwerdeführerin 1) sowie durch deren Aktionärin (Beschwerdeführerin 2).
3.1. Das Obergericht hat die Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin 2, welche nach den Sachverhaltsfeststellung Aktionärin, und nicht (auch) Gläubigerin der konkursiten Gesellschaft ist, verneint. Es hat zu Recht festgehalten, dass der Konkurs zur Vollstreckung aller Forderungen der Gläubiger in das gesamte Vermögen des Schuldners führt, und geschlossen, dass die Aktionärseigenschaft kein schutzwürdiges Interesses bietet, den Konkursschluss anzufechten; die Beschwerdeführerin 2 kann daher die Weiterführung des Konkurses nicht verlangen, um die Löschung der Gesellschaft (vgl. <ref-law>) zu verhindern. Der Nichteintretensentscheid der Vorinstanz ist insoweit nicht zu beanstanden.
3.2. Das Obergericht hat der Beschwerdeführerin 1 die Beschwerdebefugnis abgesprochen, weil die Prozessführungsbefugnis gemäss <ref-law> der Konkursverwaltung zustehe, welche die Masse vor Gericht zu vertreten habe. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz erlaubt <ref-law> indes nicht, der Beschwerdeführerin 1 a priori die Beschwerdebefugnis abzusprechen, wenn sie als Schuldnerin in Konflikt mit den Organen steht, welchen die Abwicklung des Konkurses obliegt. So kann ein Schuldner gegen Verfügungen in ganz bestimmten Bereichen, welche in seine Interessensphäre eingreifen, Beschwerde gemäss <ref-law> führen, insbesondere gegen Verfügungen über die Verwertung von Aktiven (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 44; <ref-ruling> E. 1 S. 23; Lorandi, Betreibungsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeit, 2000, N. 177 ff. zu <ref-law>). Ebenso kann dem Schuldner nicht a prioriein schutzwürdiges Interesse abgesprochen werden, wenn er sich gegen eine Entscheidung des Konkursgerichts wehren will. Auf einzelne derartige Entscheidungen ist im Folgenden einzugehen.
3.2.1. Der Schuldner, über welchen der Konkurs eröffnet worden ist, kann sich gemäss Jaeger (Schuldbetreibung und Konkurs, Bd. II, 1911, N. 4 zu <ref-law>) gegen die Einstellung des Konkurses mangels Aktiven gemäss <ref-law> wehren. Er kann wegen der Thematik des fehlenden neuen Vermögens - d.h. an der Erlangung des Verlustscheines und des damit verbundenen Vorteils (<ref-law>) - an der Durchführung des Konkurses interessiert sein (vgl. JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, Bd. II, 4. Aufl. 1997, N. 8 zu <ref-law>; Lustenberger, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 8 zu <ref-law>).
3.2.2. Die Entscheidung des Konkursgerichts, ob der Konkurs im summarischen oder ordentlichen Verfahren durchzuführen ist (<ref-law>), kann mit Beschwerde gemäss <ref-law> angefochten werden (LUSTENBERGER, a.a.O., N. 12 zu <ref-law>). In der Lehre wird auch dem Schuldner grundsätzlich die Berechtigung zum Rechtsmittel zugesprochen ( VOUILLOZ, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 11 zu <ref-law>). Der Schuldner kann ein Interesse daran haben, dass die Verhältnisse als "einfach" (<ref-law>) beurteilt werden, damit er von der Verfahrensbeschleunigung, welche diese Verfahrensart bezweckt (LUSTENBERGER, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>), profitieren kann.
3.2.3. Das Beschwerderecht des Schuldners gegen die Schlussverfügung des Konkursgerichts (<ref-law>) ist in der Rechtsprechung des Bundesgerichts (soweit ersichtlich) nicht näher erörtert worden. In der Lehre finden sich keine Anhaltspunkte, dass der Gemeinschuldner zur Anfechtung der Schlussverfügung des Konkursgerichts gemäss <ref-law>, welche ihm zugestellt werden muss, nicht berechtigt sein soll (vgl. NÄF, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; JEANDIN, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 10 zu <ref-law>; GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Bd. III, 2001, N. 8, 11 zu <ref-law>; M. STAEHELIN, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 8a zu <ref-law>). Nach kantonaler Praxis wird auf die Beschwerde des Schuldners gegen die Schlussverfügung des Konkursgerichts eingetreten; er kann Gründe, welche dem Konkursschluss entgegenstehen, vorbringen (Urteil PS130073 des Obergerichts des Kantons Zürich vom 31. Mai 2013 E. 3). Die Beschwerdelegitimation des Schuldners ist - im Folgenden - zu klären.
3.3. Beim Entscheid gemäss <ref-law> prüft das Konkursgericht gestützt auf den Schlussbericht des Konkursamtes (Art. 92 KOV), ob das Konkursverfahren vollständig durchgeführt worden ist. Es müssen u.a. die Aktiven liquidiert (vgl. <ref-ruling> E. 3 E. 487), Beschwerden gemäss <ref-law> erledigt (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 442; vgl. bereits BGE 36 I 422 E. 2 S. 426) und Prozesse, die gegen die oder von der Masse geführt werden, grundsätzlich erledigt sein (vgl. u.a. M. STAEHELIN, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>; JEANDIN, a.a.O., N. 8, 9 zu <ref-law>). Mit dem Entscheid des Konkursgerichts über den Schluss des Konkursverfahrens erlischt die Zuständigkeit der Konkursverwaltung, über Gegenstände der Masse zu verfügen; sie kann keine amtlichen Handlungen mehr vornehmen, ausser gestützt auf <ref-law> betreffend nachträglich entdeckte Vermögenswerte (<ref-ruling> E. 3 S. 38; JEANDIN, a.a.O., N. 14 zu <ref-law>). Ein fälschlicherweise zu früh geschlossener Konkurs kann daher zu Komplikationen führen, was durch die korrekte Prüfung des Schlussberichts durch das Konkursgericht verhindert werden soll (MARTIN, La surveillance en matière de poursuites et faillites [...], SJ 2008 II S. 214 ff.), zumal ein einmal geschlossener Konkurs nicht wieder eröffnet werden kann (BGE 58 III 3 S. 5 f.; u.a. JEANDIN, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>; M. STAEHELIN, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>). In Anbetracht von Zweck und Wirkung der Entscheidung in konkursrechtlicher Hinsicht kann ein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung des Konkursschlusses durch den Schuldner nicht verneint werden. Wenn das Obergericht die Beschwerdeführerin 1 insoweit als "nicht beschwerdelegitimiert" bezeichnet hat, ist dies unzutreffend.
3.4. Im konkreten Fall hat sich die Beschwerdeführerin 1 vor dem Obergericht auf zwei noch nicht abgeschlossene Verfahren berufen: Erstens das Strafverfahren im Kanton Bern, in welchem sie Privatklägerin sei, und zweitens der Prozess vor dem Kantonsgericht Schaffhausen, in welchem die Abtretungsgläubiger nach <ref-law> Forderungen geltend machen. Das Obergericht hat trotz Verneinung der Beschwerdebefugnis dennoch geprüft, ob die beiden hängigen Verfahren wie behauptet Gründe darstellen, welche dem Konkursschluss entgegenstehen; die Frage wurde verneint. Damit ist die Vorinstanz auf die Beschwerde eingetreten. Dass die Verneinung mit dem "fehlendem schutzwürdigen Interesse" begründet wurde, ändert nichts am Umstand, dass das Obergericht die Gründe, die den Konkursschluss hindern sollen, einer Prüfung unterzogen hat, deren Ergebnis die Beschwerdeführerin 1 (durch ihren reformatorisch begründeten Antrag) kritisiert. Ob die Vorbringen der Beschwerdeführerin überhaupt geeignet sind, eine Rechtsverletzung darzutun, weil das Obergericht den Konkursschluss im Ergebnis bestätigt hat, ist im Folgenden zu prüfen.
3.4.1. Das Argument der Beschwerdeführerin 1, sie sei Privatklägerin im Strafverfahren D._ und E._, dessen Einstellung letztinstanzlich noch nicht erledigt sei, geht fehl. Da über die Beschwerdeführerin 1 der Konkurs eröffnet wurde, kann sie handelnd durch den Verwaltungsrat selber keine Zivilforderungen geltend machen; Zivilforderungen werden nur über die Konkursverwaltung als ihre gesetzliche Vertreterin (<ref-law>) geltend gemacht. Entsprechend ist das Bundesgericht auf die von der Beschwerdeführerin 1, handelnd durch den Verwaltungsrat, gegen die Einstellung des erwähnten Strafverfahrens erhobene Beschwerde in Strafsachen nicht eingetreten (Urteil 6B_1082/2014 vom 3. März 2015 E. 1.5). Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin 1 ist daher nicht zu erörtern, ob das "hängige Strafverfahren genügt hätte", bzw. ihre Stellung als Privatklägerin im Strafpunkt genügen würde, den Konkursschluss zu verhindern. Im Übrigen beruft sie sich in diesem Zusammenhang weder auf einen Prozess bzw. Anspruch der Masse, noch auf Vermögen, das verwertbar ist, und daher zur Konkursmasse gehört (vgl. <ref-law>). Wenn das Obergericht zum Ergebnis gelangt ist, das erwähnte Strafverfahren sei kein unerledigtes, den Konkursschluss hinderndes Verfahren (vgl. E. 3.3), ist dies nicht zu beanstanden. Von willkürlicher Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes oder von überspitztem Formalismus kann keine Rede sein.
3.4.2. Die Beschwerdeführerin 1 hat im kantonalen Verfahren vorgebracht, dass die nach <ref-law> abgetretenen und im Prozess liegenden Ansprüche zu einem Überschuss führen könnten; die Vorinstanz habe einen Grund zur Verhinderung des Konkursschluss übergangen. Das Vorbringen geht fehl. Gemäss Art. 95 KOV ist der Konkursrichter durchaus dazu ermächtigt, den Konkurs vor der Erledigung abgetretener Rechtsansprüche zu schliessen; eine solche Schliessung setzt den entsprechenden Antrag der Konkursverwaltung voraus und soll nur verfügt werden, wenn anzunehmen ist, dass aus der Verfolgung der nach <ref-law> abgetretenen Rechte sich nicht ein Überschuss zugunsten der Masse ergeben werde. Aus dem blossen Umstand, dass das Konkursgericht dem Antrag der Konkursverwaltung, welche keinen Überschuss erwartet hat, gefolgt ist, kann die Beschwerdeführerin 1 nichts (wie eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte) ableiten. Damit hält die Beschwerdeführerin 1 dem Konkursrichter lediglich die eigene Einschätzung der Erfolgsaussichten entgegen. Die Frage der "vollständigen Durchführung des Konkurses" ist damit nicht betroffen. Mit Beschwerde gegen den Konkursschluss kann die Beschwerdeführerin 1 geltend machen, dass ein Prozess nach <ref-law> hängig sei, ohne dass die Konkursverwaltung Antrag gestellt hat, ob das Konkursverfahren geschlossen werden soll. In diesem Fall läge ein Prozess der Masse vor, der bei Konkursschluss weder erledigt, noch als Ausnahmefall geregelt wäre. Dass die Konkursverwaltung keinen Antrag gemäss Art. 95 KOV gestellt habe, hat die Beschwerdeführerin 1 indes nicht behauptet; im Übrigen gehen Anträge aus dem in den Akten liegenden Konkursbericht vor.
3.4.3. Zu Recht hat die Vorinstanz festgehalten, dass trotz der nach Konkursschluss vorzunehmenden Löschung der Beschwerdeführerin 1 als AG im Handelsregister (<ref-law>) im Falle eines Überschusses für die Masse eine Nachverteilung an die Konkursgläubiger möglich ist (u.a. JEANDIN, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>). Sollte aus den nach <ref-law> verfolgten Ansprüchen über die vollständige Deckung der Konkursforderungen hinaus - wie die Beschwerdeführerin offenbar erwartet - sogar ein Überschuss verbleiben, hätte sie einen Herausgabeanspruch gegenüber der Konkursverwaltung (LORANDI, Aktivenüberschuss in der Generalexekution [...], BlSchK 2013 S. 221; JEANDIN, a.a.O., N. 15 zu <ref-law>). Dies kann ein rechtliches Interesse auf Wiedereintragung der Gesellschaft im Handelsregister begründen (vgl. <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 551; vgl. JEANDIN, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>; M. STAEHELIN, a.a.O., N. 8 a.E. zu <ref-law>; vgl. <ref-law>). Wenn aber das Obergericht zum Ergebnis gelangt ist, dass der Prozess vor dem Kantonsgericht Schaffhausen betreffend die nach <ref-law> verfolgten Ansprüche ein den Konkursschluss nicht hinderndes Verfahren sei (vgl. E. 3.3), ist dies nicht zu beanstanden.
3.5. Was die Beschwerdeführerin 1 gegen die "vollständige Durchführung" des Konkursverfahrens im Übrigen anführt, vermag an diesem Ergebnis nichts zu ändern.
3.5.1. Die Beschwerdeführerin 1 übergeht im Wesentlichen, dass im summarischen Konkursverfahren keine Verteilungsliste aufgelegt wird (<ref-law>) und Abtretungsgläubiger von den Wirkungen des Konkursschlusses ohnehin ausgenommen sind; ihnen wird der Verlustschein erst später ausgestellt, wenn sie über das Ergebnis des Vorgehens dem Konkursamt Rechnung gestellt haben (BGE 37 II 126 E. 2 S. 129). Dass der erstinstanzliche Entscheid der Begründungspflicht (<ref-law>) nicht genüge, weil rechtserhebliche Vorbringen nicht hinreichend behandelt worden seien, geht fehl, da Anfechtungsobjekt der obergerichtliche Entscheid ist. Soweit die Beschwerdeführerin 1 dem Obergericht vorwirft, es habe nach Konkursschluss eingetretene "neue Umstände" (wie die Eingabe an die Vorinstanz vom 25. Oktober 2014 betreffend Gläubigerzirkular des Konkursamtes vom 14. Oktober 2014) übergangen, legt sie nicht dar, dass diese Vorbringen fristgerecht bzw. nach den Regeln der ZPO zu berücksichtigen gewesen wären.
3.5.2. Schliesslich übergeht die Beschwerdeführerin 1, dass das Konkursgericht nicht Aufsichtsbehörde über das Konkursamt ist; hingegen kann die Aufsichtsbehörde (<ref-law>) aufgrund der allgemeinen Aufsicht die notwendigen Anordnungen, auch betreffend den Konkursbericht bzw. den Antrag auf Konkursschluss erlassen ( JEANDIN, a.a.O., N. 21 zu <ref-law>; Näf, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>; M. STAEHELIN, a.a.O., N. 9 zu Art. 268; vgl. bereits JAEGER, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>). Im Übrigen sind auch nach Konkursschluss getroffene Verfügungen der Konkursverwaltung grundsätzlich mit Beschwerde gemäss <ref-law> (bei gegebener Beschwerdelegitimation) überprüfbar.
4.
Der Beschwerde ist kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die gemeinsam vorgehenden Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftung kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Das Gesuch um Sistierung des Beschwerdeverfahrens wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen zu gleichen Teilen unter solidarischer Haftung auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Konkursamt Schaffhausen, dem Betreibungsamt Schaffhausen, dem Handelsregisteramt des Kantons Schaffhausen und dem Grundbuchamt des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2015
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante