Sachverhalt:
A. X._ ist Privatklägerin in einem gegen Y._ geführten Strafverfahren. Im Rahmen dieses Verfahrens ersuchte sie die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft um unentgeltliche Rechtspflege. Das Gesuch wurde von der Staatsanwaltschaft mit Verfügung vom 17. April 2012 nur teilweise gutgeheissen: die Staatsanwaltschaft gewährte mit Wirkung ab dem 17. April 2012 die unentgeltliche Prozessführung, wies jedoch den Antrag auf unentgeltliche Verbeiständung ab.
Am 27. April 2012 erhob X._ Beschwerde ans Kantonsgericht Basel-Landschaft. Mit Stellungnahme vom 14. Mai 2012 teilte die Staatsanwaltschaft mit, sie habe mit Verfügung vom 11. Mai 2012 die unentgeltliche Verbeiständung doch noch gewährt, womit die Beschwerde gegenstandslos geworden sei. Das Kantonsgericht lud daraufhin X._ ein mitzuteilen, ob sie an ihrer Beschwerde festhalte oder sie zurückziehe. Nachdem X._ erklärt hatte, sie halte an der Beschwerde fest, beschloss das Kantonsgericht am 24. Juli 2012, auf die Beschwerde werde nicht eingetreten (Dispositiv-Ziffer 1). Es erhob keine Verfahrenskosten (Dispositiv-Ziffer 2), sprach dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin jedoch nur eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 540.-- zu (Dispositiv-Ziffer 3). Zur Begründung hielt es im Wesentlichen fest, aufgrund der Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 14. Mai 2012 sei das Rechtsschutzinteresse entfallen. Die Beschwerdeführerin habe zwar die Beschwerde in guten Treuen erhoben, doch habe sie daran trotz der ihr ausdrücklich eingeräumten Gelegenheit zum Rückzug festgehalten. Der dadurch verursachte zusätzliche Aufwand rechtfertige eine Reduktion der Parteientschädigung.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 27. August 2012 beantragt X._, Dispositiv-Ziffer 3 des Beschlusses des Kantonsgerichts sei aufzuheben und das Kantonsgericht sei anzuweisen, eine volle Parteientschädigung zuzusprechen.
Das Kantonsgericht und die Staatsanwaltschaft beantragen die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdegegner hat sich nicht vernehmen lassen. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid in Strafsachen (Art. 78, 80 und 93 BGG).
1.2 Genauer zu prüfen ist, ob die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind. Sofern sich diese nicht ohne Weiteres aus den Akten ergeben, obliegt es dem Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern sie gegeben sind (<ref-ruling> E. 1.1 S. 328 f.; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2 S. 632 f.; je mit Hinweisen). Vorliegend fällt von vornherein ausschliesslich die Variante von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG in Betracht. Danach ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid zulässig, wenn dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann.
Als oberste rechtsprechende Behörde des Bundes soll sich das Bundesgericht in der Regel nur einmal mit der gleichen Streitsache befassen müssen. Nach ständiger Praxis zu Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist ein Vor- oder Zwischenentscheid daher nur ausnahmsweise anfechtbar, sofern ein konkreter rechtlicher Nachteil droht, der auch durch einen (für die rechtsuchende Partei günstigen) Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte.
1.3 Der in einem Zwischenentscheid enthaltene Kosten- und Entschädigungspunkt kann grundsätzlich nur im Rahmen einer Beschwerde gegen den Hauptpunkt ans Bundesgericht weitergezogen werden (<ref-ruling> E. 1 S. 331 ff. mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin ficht den vorinstanzlichen Entscheid im Hauptpunkt nicht an; ihre Beschwerde richtet sich ausschliesslich gegen den Entschädigungspunkt. Der in einem Zwischenentscheid enthaltene Entscheid über Kosten- und Entschädigungsfolgen kann jedoch allein grundsätzlich keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (<ref-ruling> E. 2.2 f. S. 95 f. mit Hinweisen). Dass es vorliegend anders wäre, ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht geltend gemacht. Auf die Beschwerde ist deshalb nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin wird ihre Kritik nach Vorliegen des Endentscheids (und unabhängig von dessen Inhalt) mit Beschwerde ans Bundesgericht vortragen können (Art. 93 Abs. 3 BGG; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 333; siehe zum Ganzen auch: Urteil 1B_488/2012 vom 21. Januar 2013 E. 1.3).
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin ersucht um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden (Art. 64 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Christian Möcklin wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'000.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold