nach <ref-law> - Militärflugplatz Dübendorf, hat sich ergeben:
A.- Seit der Festsetzung der Belastungsgrenzwerte für den Lärm von Militärflugplätzen im Jahre 1995 hat das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) die nötigen Vorkehren zur Ermittlung und Beurteilung der Fluglärm-Immissionen sowie für die allfälligen Sanierungen unternommen. Für den Militärflugplatz Dübendorf wurde zunächst 1997 ein Lärmbelastungskataster erstellt, der die bisherigen provisorischen Lärmbelastungspläne ersetzt und auf den - damals prognostizierten - Flugbewegungszahlen des Jahres 2000 beruht. Gestützt auf diesen Lärmbelastungskataster liess das Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe (BABLW) ein Schallschutzkonzept erarbeiten. Dieses sieht für den Militärflugplatz weitgehende Sanierungs-Erleichterungen vor. Im Gegenzug sollen an den Gebäuden, welche von Lärmimmissionen betroffen werden, die den Alarmwert übersteigen, auf Kosten des Inhabers der militärischen Anlage Schallschutzmassnahmen getroffen werden. Am 25. Januar 1999 reichte das BABLW das Schallschutzkonzept mit dem entsprechenden Erleichterungsgesuch dem VBS als Vollzugs- und Entscheidbehörde ein.
B.- Mit Verfügung vom 2. März 2000 gab das VBS dem Gesuch des BABLW um Sanierungs-Erleichterungen statt. Gleichzeitig verpflichtete das Departement die Eigentümer der über den Alarmwert hinaus lärmbelasteten Gebäude zur Vornahme von Schallschutzmassnahmen auf Kosten des BABLW. Zudem wurde festgehalten, dass die dem Lärmbelastungskataster vom 15. September 1997 zugrunde liegenden Flugbewegungszahlen 2000 für den Inhaber der Anlage im Sinne einer Höchstgrenze verbindlich sind.
Das Departement führt in seiner Verfügung unter anderem aus, dass es sich beim Militärflugplatz Dübendorf um eine bestehende ortsfeste Anlage handle, deren Betrieb wesentlich zur Überschreitung der Immissionsgrenzwerte beitrage und die daher grundsätzlich sanierungspflichtig sei.
Zusätzliche lärmreduzierende Massnahmen an den Flugzeugen seien jedoch nach dem heutigen Stand der Technik nicht möglich.
Verschiedene betriebliche Vorkehren zur Lärmverminderung seien bereits ergriffen worden; insbesondere seien die An- und Abflugrouten optimiert und die Flugbewegungszahlen herabgesetzt worden. Trotz dieser Einschränkungen könnten beim Militärflugplatz weder die für die Empfindlichkeitsstufen II und III geltenden Immissionsgrenzwerte noch die Alarmwerte eingehalten werden. Allein um Alarmwert-Überschreitungen zu vermeiden, müssten die Jet-Flugbewegungen um mehr als 60 % reduziert werden. Eine solche Betriebseinschränkung würde jedoch die Ausbildung und Schulung der Piloten stark behindern. Die Luftwaffe könnte daher die Aufgabe, die ihr im Rahmen der Gesamtverteidigung zukomme, nicht mehr hinreichend erfüllen. Die für den zweckmässigen Weiterbetrieb der Anlage erforderlichen Sanierungs-Erleichterungen seien demnach zu gewähren. Das bedeute für die Grundeigentümer, deren Parzellen in Gebieten liegen, in denen der Fluglärm den Immissionsgrenzwert übersteigt, dass sie diese an sich übermässige Lärmbelastung im öffentlichen Interesse erdulden müssten.
C.- Gegen die Verfügung des VBS vom 2. März 2000 haben G._ sowie T.M._ und C.M._, alle wohnhaft an der X._strasse in Dübendorf, Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. G._ macht geltend, dass der Lärm des Flugzeuges F/A-18 (Hornet) den Lärm der übrigen Jet-Flugzeuge deutlich übersteige, was bei der Erstellung des Lärmbelastungskatasters nicht genügend berücksichtigt worden sei. Zudem bemerkt er, dass eine Entschädigung für Lärmschutzmassnahmen "längst abverdient" sei. T.M._ und C.M._ beklagen sich ebenfalls über den Lärm der F/A-18, der die Gebäude erzittern lasse und dadurch beschädige.
Auch nach Meinung dieser Beschwerdeführer ist der Kreis der Entschädigungsberechtigten bzw. der zu kostenlosen Schallschutzmassnahmen Berechtigten zu eng gezogen worden.
D.- Das VBS stellt den Antrag, die Verwaltungsgerichtsbeschwerden seien vollumfänglich abzuweisen, soweit auf sie einzutreten sei.
Das zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) hat in seiner Stellungnahme vom 16. August 2000 bestätigt, dass der Lärmbelastungskataster und das Schallschutzkonzept gemäss den gesetzlichen Vorschriften und nach den Regeln der Fachkunde erstellt worden seien. Das BUWAL hält die angefochtene Verfügung für gesetzeskonform.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- In den beiden eingereichten Beschwerden werden die gleichen Einwendungen erhoben und sinngemäss die selben Begehren gestellt. Es rechtfertigt sich daher, die zwei Beschwerden in einem einzigen Urteil zu behandeln.
2.- Die Liegenschaften der Beschwerdeführer gehören gemäss Lärmbelastungskataster und Schallschutzkonzept zu den Grundstücken, die einer Lärmbelastung von etwas mehr als 65 dB(A) ausgesetzt sind und für welche Sanierungserleichterungen gewährt worden sind. Die Beschwerdeführer werden insofern durch den Sanierungsentscheid berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung.
Sie sind mithin zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde befugt (Art. 103 lit. a des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege; OG, SR 173. 110).
3.- Die Beschwerdeführer bezweifeln zunächst, dass der Lärm des Militärjets Hornet F/A-18 richtig erfasst und in den Lärmbelastungskataster eingeflossen sei.
Wie sich aus dem Erläuterungsbericht zum Lärmbelastungskataster Flugplatz Dübendorf vom September 1997 ergibt, ist die Lärmermittlung für den Kataster und das Schallschutzkonzept anhand des an der Eidgenössischen Materialprüfungs- und Forschungsanstalt EMPA entwickelten Fluglärmsimulationsprogramms FLULA 2 erfolgt. Danach wird zunächst durch Messungen das Abstrahlverhalten jeden einzelnen Flugzeugtyps festgestellt. Zur Ermittlung des Lärms eines Einzelfluges wird eine Schallquelle mit der Abstrahlcharakteristik des entsprechenden Flugzeugtyps auf einer räumlichen Flugbahn bewegt und für jede Position des Flugzeugs die Lärmbelastung auf einem dichten Netz von Bodenpunkten berechnet.
Solche Einzelflugsimulationen werden für jeden Flugzeugtyp auf allen An- und Abflugwegen vorgenommen. Aus der Überlagerung der simulierten Einzelflüge lässt sich schliesslich aufgrund der Anzahl Flugbewegungen die Gesamtbelastung berechnen. Solche Messungen und Berechnungen sind, wie sich den Eingabedaten des Erläuterungsberichts entnehmen lässt, auch für die Hornet F/A-18 vorgenommen worden. Nach den ausgewiesenen Lärmpegeln (maximaler Pegel [a-bewertet, slow] eines Vorbeiflugs in 305 m Entfernung) erreicht der Startlärm dieses Flugzeugs - sofern der Nachbrenner nicht zugeschaltet wird - 110 dB(A) und damit etwa den gleichen Pegel wie jener der Flugzeugtypen Tiger und Mirage. Dagegen übersteigt der Landungslärm der F/A-18 von 99 dB(A) jenen der übrigen Jets deutlich.
Es besteht kein Anhaltspunkt dafür, dass die durch den Militärjet Hornet F/A-18 verursachte Lärmbelastung nicht richtig erfasst worden wäre. Das Fluglärmmodell FLULA 2 ist international anerkannt und wird auch zur Feststellung der Lärmsituation rund um die Landesflughäfen eingesetzt (vgl.
BGE 126 II 522 E. 48a S. 592, 123 II 481 nicht publ. E. 4).
Das BUWAL hat im bundesgerichtlichen Verfahren bestätigt, dass die Ermittlung der Lärmimmissionen - auch hinsichtlich der Hornet F/A-18 - korrekt erfolgt ist und die Isophonen richtig festgelegt worden sind. In solchen rein technischen Fragen darf und muss sich das Bundesgericht auf die Meinung der eidgenössischen Fachstelle verlassen. Die Kritik am Lärmbelastungskataster ist daher zurückzuweisen.
4.- Die Beschwerdeführer verlangen ausdrücklich oder sinngemäss, dass auch an ihren Häusern auf Kosten des Inhabers des Militärflugplatzes Schallschutzfenster eingebaut würden. Wie in der angefochtenen Verfügung dargelegt wird, sehen jedoch Art. 20 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG, SR 814. 01) und Art. 15 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV, SR 814. 41) die Pflicht zur Vornahme baulicher Schallschutzmassnahmen bei bestehenden öffentlichen oder konzessionierten Anlagen erst vor, wenn die Alarmwerte überschritten werden. Anderes gilt nur, wenn solche lärmerzeugenden Anlagen neu errichtet oder wesentlich geändert werden. In diesem Fall wird die Schallschutzpflicht schon ausgelöst, wenn die Immissionsgrenzwerte nicht eingehalten werden können (<ref-law>, Art. 10 in Verbindung mit Art. 7 Abs. 2 und Art. 8 Abs. 2 LSV). Da es sich beim Militärflugplatz Dübendorf um eine bestehende Anlage handelt und die Alarmwerte gegenüber den Beschwerdeführern eingehalten werden können, steht diesen aufgrund der eidgenössischen Umweltschutzgesetzgebung kein Anspruch auf Einbau von Schallschutzfenstern auf Kosten des Inhabers der Anlage zu.
5.- In den Beschwerden werden sinngemäss vorsorgliche Begehren um Entschädigung für die durch Überflüge verursachten Gebäudeschäden gestellt.
Es trifft zu, dass den Eigentümern von Grundstücken, die durch den Betrieb eines Militär- oder Zivilflugplatzes übermässig belastet werden, unter bestimmten Voraussetzungen aufgrund des eidgenössischen Enteignungsrechts Entschädigungsansprüche erwachsen können. Dies kann entweder dann der Fall sein, wenn durch übermässige Lärmimmissionen in nachbarliche Abwehrrechte im Sinne von Art. 684 des Zivilgesetzbuches (ZGB) eingegriffen wird, oder, wenn durch Überflüge in geringer Höhe das Recht des Grundeigentümers zur Freihaltung des Luftraumes gemäss <ref-law> beeinträchtigt wird (vgl. etwa <ref-ruling> E. 7 und 8, 124 II 543 E. 3). Ob die Voraussetzungen für die Zusprechung solcher Entschädigungen erfüllt seien, ist jedoch nicht im Lärmsanierungsverfahren, sondern im enteignungsrechtlichen Verfahren vor der Eidgenössischen Schätzungskommission zu prüfen. Falls die Beschwerdeführer Entschädigungsforderungen erheben wollen, müssen sie daher das VBS um Einleitung eines entsprechenden Verfahrens bei der zuständigen Schätzungskommission ersuchen. Im vorliegenden Verfahren kann jedenfalls auf Entschädigungsfragen nicht eingetreten werden.
6.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden sind nach dem Gesagten abzuweisen, soweit überhaupt auf sie eingetreten werden kann.
Da die eingereichten Beschwerden sinngemäss als Einsprachen gegen übermässige Lärmimmissionen betrachtet werden können, ist die Kosten- und Entschädigungsregelung entsprechend den Spezialbestimmungen des eidgenössischen Enteignungsgesetzes zu treffen. Somit ist die Gerichtsgebühr, die niedrig gehalten werden kann, dem BABLW als Inhaber des Militärflugplatzes Dübendorf zu überbinden. Parteientschädigungen sind den Beschwerdeführern nicht zuzusprechen, weil sie sich nicht durch einen Anwalt vertreten liessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe auferlegt.
3.- Parteientschädigungen werden nicht zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe (BABLW), der Baudirektion des Kantons Zürich sowie dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) und dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 1. Mai 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: