Faits :
A.
A la suite de la plainte pénale déposée par la Commune de B._ contre deux de ses employés, dont A._, une instruction pénale a été ouverte à leur encontre le 15 avril 2014 pour abus de confiance qualifié (<ref-law>) et faux dans les titres (<ref-law>). Il est en particulier reproché à A._, en sa qualité de fonctionnaire communal et de concert avec son collègue, de s'être approprié, à tout le moins entre 2000 et avril 2014, des valeurs patrimoniales appartenant à la commune d'un montant de 622'000 fr., ainsi que d'avoir encaissé des chèques au nom de la commune pour les utiliser pour ses besoins personnels; pendant cette même période, les deux employés auraient également falsifié la comptabilité communale. Au cours de l'enquête, les prévenus et la plaignante ont été entendus à différentes reprises. Il ressort notamment de l'instruction que le co-prévenu a reconnu avoir ponctionné entre 400'000 fr. et 450'000 fr. Quant à A._, il a admis avoir été au courant de ces agissements; cependant, il a affirmé n'en avoir jamais profité. Il a également soutenu avoir toujours remboursé les avances de salaire qu'il s'était octroyées.
B.
Le 15 avril 2014, le Ministère public de la République et canton de Genève a ordonné la mise sous séquestre des avoirs bancaires des deux prévenus (initialement de 37'680 fr. s'agissant de A._). Le 5 juin 2014, le Procureur a refusé de lever les séquestres portant sur les trois comptes de A._; cette décision a été confirmée par la Chambre pénale de recours de la République et canton de Genève le 4 septembre 2014. Le 9 octobre suivant, l'assurance perte de gain de A._ - en incapacité totale de travail - a versé un capital rétroactif de 62'663 fr. 40 sur l'un des comptes bancaires placés sous séquestre. Par ordonnance du 11 février 2015, le Ministère public a rejeté la requête déposée le 9 février 2015 par A._ tendant à la levée, même partielle, des séquestres. Le recours intenté par ce dernier contre cette décision a été rejeté le 9 avril 2015 par la Chambre pénale de recours.
C.
Par acte du 11 mai 2015, A._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement, concluant à son annulation et à la levée partielle, à hauteur de 3'848 fr. 15, des séquestres frappant ses comptes bancaires. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire.
Invitée à se déterminer, la cour cantonale s'est référée à ses considérants. Quant au Ministère public, il a conclu au rejet du recours. La Commune de B._ s'en est remise à justice. Le 30 juin 2015, le recourant a persisté dans ses conclusions, produisant de nouvelles pièces. La commune s'est déterminée sur celles-ci le 8 juillet 2015, concluant à leur irrecevabilité.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale, au sens de l'<ref-law>, est ouvert contre une décision de séquestre, prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (<ref-law>). Le prononcé ordonnant un séquestre pénal constitue une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 1b p. 100 et les références). Selon la jurisprudence, le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'<ref-law>, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 101; voir également <ref-ruling> consid. 4 p. 141; <ref-ruling> consid. 1 p. 131). En tant que titulaire des comptes séquestrés et ayant participé à la procédure devant l'autorité cantonale, le recourant a qualité pour agir (<ref-law>). Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et les conclusions qui y sont prises sont recevables (<ref-law>). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
Le recourant a déposé trois nouvelles pièces avec ses déterminations du 30 juin 2015. Celles-ci tendent à établir le montant de son minimum vital au sens du droit des poursuites. Dès lors que la cour cantonale ne s'est pas prononcée sur cette question, ces documents sont irrecevables (<ref-law>).
2.
La Chambre pénale de recours a retenu que les soupçons d'infractions aux art. 138 ch. 2 et 251 CP s'étaient renforcés au cours de l'enquête. Elle a ensuite relevé qu'il n'avait pas encore été établi que les prélèvements opérés par le recourant auraient été versés sur les comptes séquestrés, ce qui pourrait, cas échéant, permettre une confiscation au sens de l'<ref-law> (en lien avec l'art. 263 al. 1 let. d CPP); cela étant, elle a laissé cette question indécise. En effet, selon l'autorité précédente, la mesure de séquestre pouvait de toute façon être confirmée puisque la confiscation des valeurs litigieuses - par hypothèse de provenance licite - demeurait envisageable afin de garantir une éventuelle créance compensatrice (<ref-law>). Dès lors que cette mesure ne tendait pas à couvrir les frais de procédure (<ref-law>), la cour cantonale a considéré que la problématique du minimum vital du prévenu n'avait pas à être abordée. Quant au montant séquestré (selon les estimations de la cour cantonale de 168'845 fr. au 15 avril 2015), il était inférieur - donc proportionné - à celui du préjudice qui oscillait entre 172'000 fr. et 222'000 fr.; le Ministère public a d'ailleurs été invité à veiller à ce que le montant sous séquestre n'excède pas la quotité du dommage.
3.
Le recourant ne remet pas en cause l'existence de soupçons suffisants, ni ne conteste le principe du séquestre en vue de garantir une créance compensatrice.
En revanche, se référant notamment aux art. 12 Cst., 197 al. 1 let. c et d et 268 al. 2 et 3 CPP, il soutient que ce type de séquestre (<ref-law>) obligerait, contrairement à celui en vue d'une confiscation (<ref-law>), de prendre en considération son minimum vital, ce qui justifierait pour le moins la levée partielle des séquestres ordonnés à son encontre.
3.1. Selon la systématique du CPP, seul le séquestre en couverture des frais impose de prendre en compte le revenu et la fortune du prévenu (<ref-law>) et d'exclure du séquestre les valeurs insaisissables selon les art. 92 à 94 de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP ou loi sur la poursuite; RS 281.1; <ref-law>). Un tel examen s'impose car cette mesure tend exclusivement à la sauvegarde des intérêts publics, soit à garantir le recouvrement de la future dette de droit public du prévenu (<ref-ruling> consid. 4d p. 458; arrêt 1B_274/2012 du 11 juillet 2012 consid. 3). Elle peut, de plus, porter sur tous les biens et valeurs du prévenu, même ceux qui n'ont pas de lien de connexité avec l'infraction (arrêts 1B_136/2014 du 14 mai 2014 consid. 2.1; 1B_274/2012 du 11 juillet 2012 consid. 3.1). Il se justifie donc, sous l'angle du principe de proportionnalité (art. 197 al. 1 let. c et d CPP), de respecter le minimum vital de la personne touchée par ce type de séquestre (arrêts 1B_136/2014 du 14 mai 2014 consid. 2.1; 1P.21/2007 du 2 mai 2007 consid. 4). Le respect du minimum vital est aussi la conséquence du droit fondamental à des conditions minimales d'existence ancré à l'art. 12 Cst., droit qui garantit la couverture des besoins élémentaires pour survivre d'une manière conforme aux exigences de la dignité humaine, tels que la nourriture, le logement, l'habillement et les soins médicaux de base (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 276).
En l'occurrence, le séquestre litigieux - qui tend à garantir une éventuelle créance compensatrice - ne concerne pas les frais de procédure et, par conséquent, l'art. 268 al. 2 et 3 CPP n'est pas applicable.
3.2. Selon l'<ref-law>, l'autorité d'instruction peut placer sous séquestre, en vue de l'exécution d'une créance compensatrice, des éléments du patrimoine de la personne concernée; le séquestre ne donne pas de droit de préférence en faveur de l'Etat lors de l'exécution forcée de la créance compensatrice.
Dans le cadre de l'examen d'un séquestre conservatoire, l'autorité statue sous l'angle de la vraisemblance, examinant des prétentions encore incertaines (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 61 s.). Le séquestre pénal est en effet une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs qui peuvent servir de moyens de preuve, que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou à restituer au lésé, ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice (<ref-law>). Elle est proportionnée lorsqu'elle porte sur des avoirs dont on peut admettre en particulier qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués ou restitués en application du droit pénal (arrêt 1B_109/2015 du 3 juin 2015 consid. 2.1). Tant que l'instruction n'est pas achevée et que subsiste une possibilité de confiscation, de créance compensatrice ou d'une allocation au lésé, la mesure conservatoire doit être maintenue. L'autorité doit pouvoir statuer rapidement (cf. <ref-law>), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 64 et les arrêts cités).
Il n'en va pas différemment dans l'hypothèse particulière où le séquestre tend uniquement à garantir une éventuelle créance compensatrice. Certes, ce type de séquestre peut porter sur tous les biens, valeurs et/ou revenus de l'intéressé sans qu'un lien de connexité avec l'infraction ne soit exigé (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 63 s.). Toutefois, tant que l'étendue de la mesure ne paraît pas manifestement violer le principe de proportionnalité, notamment sous l'angle du respect des conditions minimales d'existence (arrêts 1B_157/2007 du 25 octobre 2007 consid. 2.6; 1P.21/2007 du 2 mai 2007 consid. 4.3), le séquestre doit être maintenu.
C'est devant le juge du fond au moment du prononcé de la créance compensatrice que la situation personnelle, notamment financière, du prévenu sera prise en considération (cf. <ref-law>; sur cet article, cf. notamment DUPUIS/GELLER/MONNIER/MOREILLON/PIGUET/ BETTEX/ STOLL, Petit commentaire, Code pénal, 2012, nos 14 ss ad <ref-law>). Tel est aussi le cas au moment de l'exécution de celle-ci. En effet, le séquestre conservatoire est maintenu une fois le jugement entré en force jusqu'à son remplacement par une mesure du droit des poursuites (arrêts 6B_326/2011 du 14 février 2012 consid. 2.1; 6P.35/2007 du 20 avril 2007 consid. 3.2; MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, in Commentaire Romand, Code pénal I, art. 1-110 CP [ci-après CR CP I], 2009, n° 21 ad <ref-law>; MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, Le nouveau droit de la confiscation pénale et de la créance compensatrice (art. 69 à 73 CP), in PJA 11/2007 p. 1376 ss [ci-après PJA 11/2007], n° 6.1 p. 1390). La poursuite de la créance compensatrice, la réalisation des biens séquestrés et la distribution des deniers interviennent donc conformément à la loi sur la poursuite et auprès des autorités compétentes en la matière (arrêt 1B_300/2013 du 14 avril 2014 consid. 5.3.1 et les arrêts cités; NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3ème éd. 2012, n° 1151; MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, PJA 11/2007, op. cit., n° 6.1 p. 1390).
3.3. En l'espèce, la cour cantonale n'a pas exclu de manière définitive le prononcé d'un séquestre conservatoire en application de l'art. 263 al. 1 let. d CPP; elle a d'ailleurs invité le Procureur à procéder rapidement à l'examen des relevés bancaires afin de déterminer si les prélèvements illicites reconnus par le recourant ont été déposés sur les comptes bancaires séquestrés. La juridiction précédente a cependant confirmé le séquestre uniquement en vue de garantir une possible créance compensatrice (<ref-law>). Elle a ainsi considéré que le montant saisi au 15 avril 2015 (estimé à 168'845 fr.) était proportionné au regard du dommage dont le recourant pourrait avoir à répondre (entre 172'000 fr. et 222'000 fr.). Ayant en l'occurrence exclu l'application de l'art. 268 al. 2 et 3 CPP, elle n'a par conséquent pas examiné dans quelle mesure l'étendue des valeurs saisies pourrait porter atteinte aux conditions minimales d'existence du recourant.
Pour ce qui est de la somme séquestrée à l'origine de la procédure (37'680 fr.), le recourant ne prétend pas que cette mesure aurait alors porté atteinte à son minimum vital. Tel ne pouvait d'ailleurs pas être le cas, s'agissant d'un capital déposé en banque et dont rien ne laisse à penser qu'il aurait été affecté au paiement courant des frais indispensables du recourant.
En ce qui concerne le paiement, en octobre 2014, des arriérés par l'assurance perte de gain (62'663 fr. 40) et les éventuelles autres indemnités perçues jusqu'au dépôt de la demande de levée partielle du séquestre le 9 février 2015, le recourant n'a pas cherché à démontrer au cours de la présente procédure que ses conditions minimales d'existence au sens de l'art. 12 Cst. n'auraient pas été assurées durant cette période. D'ailleurs, le fait qu'il ait attendu près de quatre mois avant de requérir la levée des saisies confirme que tel ne devait pas être le cas. En l'absence d'éléments manifestes concernant la période allant jusqu'au 9 février 2015, il appartiendra en définitive au juge du fond, au moment du prononcé de l'éventuelle créance compensatrice (cf. supra consid. 3.2), d'examiner dans quelle mesure ce montant et ces indemnités périodiques peuvent être encore séquestrés en vue de garantir la créance compensatrice ou doivent être - partiellement - libérés en raison d'une éventuelle atteinte au minimum vital du recourant au moment de leur versement.
Au vu de ces considérations et à ce stade de la procédure, le refus par la cour cantonale de lever les séquestres concernant ces montants ne viole pas le droit fédéral.
3.4. En revanche, il n'en va pas nécessairement de même s'agissant des indemnités perte de gain perçues postérieurement à la requête du 9 février 2015. Ces versements - qui découlent de l'incapacité de travail du recourant - remplacent actuellement le revenu régulier qu'aurait touché celui-ci s'il avait pu exercer une activité lucrative. Comme l'intégralité de ces prestations a été virée à compter du 9 février 2015 sur l'un des comptes séquestrés, le recourant ne peut pas en bénéficier. Il en résulte que ce dernier se voit privé, non pas une fois, mais de manière répétée, de la totalité de ces indemnités perte de gain, soit de toute source de revenu.
Dans la mesure où le séquestre porte ici sur la totalité des revenus du recourant, se pose sérieusement la question du respect des conditions minimales d'existence garanti par le droit constitutionnel (cf. supra consid. 3.1). Dans une telle situation, assimilable matériellement à une saisie de salaire du droit des poursuites, il appartient à l'autorité pénale, déjà au stade du séquestre, de tenir compte de l'éventuelle atteinte du minimum vital du prévenu (dans ce sens, STEFAN HEIMGARTNER, in DONATSCH/HANSKJAKOB/LIEBER, K ommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO), 2ème éd. 2014, nos 13 ss ad <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2ème éd. 2013, n° 6 ad <ref-law>; TRECHSEL/JEAN-RICHARD, in TRECHSEL/PIETH [édit.], Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2ème éd. 2013, n° 3 ad <ref-law>; NIKLAUS OBERHOLZER, op. cit., n° 1149; DUPUIS/GELLER/MONNIER/ MOREILLON/PIGUET/BETTEX/STOLL, op. cit., n° 18 ad <ref-law>; STEFAN HEIMGARTNER, Strafprozessuale Beschlagnahme, Wesen, Arten und Wirkungen, 2011, n° 1.4 p. 269 à 271; LEMBO/JULEN BERTHOD, in Commentaire Romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 28 ad <ref-law>; MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, CR CP I, op. cit., n° 22 ad <ref-law>; MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, PJA 11/2007, op. cit., n° 6.1, p. 1390). Cela implique certes de se référer aux Lignes directrices pour le calcul du minimum vital du droit des poursuites selon l'<ref-law> établies par la Conférence des préposés aux poursuites et faillites de Suisse (à Genève, cf. les Normes d'insaisissabilité pour l'année 2015 [RS GE E 3 60.04]). Une telle opération, courante en droit des poursuites, ne paraît cependant pas aller au-delà de l'examen relativement superficiel auquel peut se limiter l'autorité pénale de séquestre (cf. supra consid. 3.2). En refusant de prendre en considération une éventuelle atteinte aux conditions minimales d'existence du prévenu, la cour cantonale ne s'est pas conformée au principe de proportionnalité. Cette atteinte paraît d'autant plus importante ici que les indemnités séquestrées viennent augmenter périodiquement le montant séquestré, sans que celui-ci ne soit immédiatement réexaminé. La cour cantonale a donc violé le droit fédéral en ne procédant pas à cet examen et en confirmant la saisie de l'entier des indemnités pour perte de gain versées au recourant dès le 9 février 2015, de plus sans limite dans le temps.
4.
Il s'ensuit que le recours est partiellement admis. L'arrêt de la Chambre pénale de recours du 9 avril 2015 est annulé dans la mesure où il confirme le séquestre de l'entier des indemnités d'assurance pour perte de gain versées dès le 9 février 2015. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue au sens des considérants. Pour le surplus, l'arrêt est confirmé et le séquestre est maintenu dans l'intervalle.
Le recourant, assisté par un avocat, obtient partiellement gain de cause. Il a droit à des dépens à la charge de la République et canton de Genève (<ref-law>). La commune, partie plaignante, n'a pas pris de conclusions formelles; il n'y a ainsi pas besoin d'examiner s'il a lieu de lui allouer des dépens ou de les lui faire supporter (<ref-law>). Il n'est pas perçu de frais de procédure (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire du recourant est donc sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt du 9 avril 2015 de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève est annulé dans la mesure où il confirme le séquestre sur l'entier des indemnités d'assurance pour perte de gain versées dès le 9 février 2015. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue au sens des considérants. Pour le surplus, l'arrêt est confirmé.
2.
Une indemnité de dépens de 1'500 fr. est allouée au mandataire du recourant à la charge de la République et canton de Genève.
3.
Il n'est pas alloué de dépens à la Commune de B._.
4.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5.
La requête d'assistance judiciaire est sans objet.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant et de la Commune de B._, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 10 août 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Kropf