Sachverhalt:
A. Am 18. Oktober 2006 reichte X._ Strafanzeige gegen A._ u.a. wegen vorsätzlicher Körperverletzung gemäss <ref-law>, Betrug und Urkundenfälschung ein. Gleichzeitig stellte sie vorsorglich Strafantrag, falls das Körperverletzungsdelikt als einfache Körperverletzung qualifiziert werden sollte, da diese nur auf Antrag hin verfolgt wird.
B. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich übernahm am 6. November 2006 die Strafverfolgung und leitete ein Untersuchungsverfahren ein, erliess am 14. August 2008 jedoch eine Einstellungsverfügung, weil sich keinerlei strafrechtlich relevantes Verhalten nachweisen liesse.
C. Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 24. Oktober 2008 Rekurs beim Obergericht des Kantons Zürich, welches diesen am 5. Januar 2009 abwies.
D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen, in welcher sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich anzuweisen, die Untersuchung gegen A._ weiterzuführen.
E. Beide Beschwerdegegnerinnen sowie die Vorinstanz verzichten auf eine Stellungnahme. Die Staatsanwaltschaft beantragt ferner die Bestätigung des vorinstanzlichen Beschlusses.

Erwägungen:
1. Das Opfer ist zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, wenn es bereits vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat und sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. a und lit. b Ziff. 5 BGG). Die Beschwerdeführerin ist zweifellos Opfer im Sinne von <ref-law>. Sie hat sich am kantonalen Verfahren beteiligt und ist deshalb zur Anfechtung des kantonalen Endentscheids berechtigt, mit dem eine sie betreffende Strafverfolgung definitiv nicht eröffnet wurde.
2. 2.1 Die Vorinstanz bestätigte den Einstellungsentscheid der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich, da keine schwere Körperverletzung i.S.v. <ref-law> vorliege, und die Strafantragsfrist wegen einfacher Körperverletzung (<ref-law>) von der Beschwerdeführerin verpasst worden sei.
2.2 Unter welchen Voraussetzungen ein Strafverfahren eingestellt werden darf und wann Anklage zu erheben ist, ergibt sich primär aus dem kantonalen Prozessrecht (vgl. Urteil des Bundesgerichts 6B_588/2007 vom 11. April 2008, in: Pra 2008, Nr. 123, S. 766, E. 3.2.1). Einstellungen aus Opportunitätserwägungen wegen geringfügiger Schuld und Tatfolgen richten sich nach <ref-law> (vgl. FRANZ RIKLIN, Basler Kommentar StGB, 2. Aufl., Vor Art. 52 ff. N 5 ff. und Art. 52 N 12 ff.). Die Vorinstanz stützt ihre Bestätigung des staatsanwaltschaftlichen Einstellungsentscheids nicht auf bundesrechtliche Opportunitätserwägungen, sondern auf kantonales Recht. Die Voraussetzungen der Nichteröffnung einer gerichtlichen Strafverfolgung im Kanton Zürich sind in § 39 StPO/ZH (OS 321) geregelt. Danach erlässt der Staatsanwalt eine begründete Einstellungsverfügung, wenn er auf eine bei ihm angebrachte Strafanzeige nach durchgeführter Untersuchung keine Anklage erheben oder gestützt auf eine gesetzliche Vorschrift von der weiteren Verfolgung einer Straftat absehen will. Er unterbreitet diese Verfügung mit den Akten dem Leitenden Staatsanwalt zur Genehmigung. Neben Gründen der Opportunität gemäss § 39a StPO/ZH kann implicite eine definitive Einstellung sodann erfolgen, wenn eine Straftat nicht vorliegt oder der Tatverdacht sich in der Untersuchung nicht derart verdichtete, dass mit einem verurteilenden Erkenntnis des Gerichts gerechnet werden kann (vgl. hierzu Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, N 796 f.).
2.3 Da es sich bei diesen strafprozessualen Bestimmungen nicht um Bundesrecht im Sinne von <ref-law>, sondern um kantonales Strafverfahrensrecht handelt, kann mit der Beschwerde in Strafsachen lediglich deren willkürliche Anwendung vorgebracht werden. Es stellt sich mithin die Frage, ob die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen, folgern konnte, es liege keine strafrechtlich verfolgbare Tat vor, und gestützt hierauf die Strafverfolgung einstellen durfte.
2.4 Verlangt wird, im Zweifel Anklage zu erheben resp. zu überweisen. Als praktischer Richtwert kann daher gelten, dass Anklage erhoben werden muss, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch. Dahinter steckt die Überlegung, dass bei nicht eindeutiger Beweislage nicht die Untersuchungs- oder Anklagebehörden, sondern die für die materielle Beurteilung zuständigen Gerichte über einen Vorwurf entscheiden sollen. Bei der Anklageerhebung gilt daher der auf die gerichtliche Beweiswürdigung zugeschnittene Grundsatz 'in dubio pro reo' nicht. Vielmehr ist nach der Maxime 'in dubio pro duriore' im Zweifelsfall (wegen des schwereren Delikts) Anklage zu erheben. Der Grundsatz, dass im Zweifelsfall nicht eingestellt werden darf, ist auch bei der gerichtlichen Überprüfung von Einstellungsverfügungen zu beachten (Urteil des Bundesgerichts 6B_588/2007 vom 11. April 2008, in: Pra 2008, Nr. 123, S. 766, E. 3.2.3 mit zahlreichen Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung).
3. Dem zu beurteilenden Fall liegt folgender Sachverhalt zugrunde: Am 7. November 2002 unterzog sich die Beschwerdeführerin in der Arztpraxis der Beschwerdegegnerin 2 einer Gesichtsoperation. Nach dieser Operation kam es zu Komplikationen, wobei strittig ist, ob die Beschwerdegegnerin 2 die Operation lege artis durchgeführt und über die vereinbarte Operation hinaus weitere Eingriffe vorgenommen, d.h. neben einem Facelifting ein Halslifting bzw. anderweitige Eingriffe am Hals durchgeführt hat. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin 2 die Krankengeschichte unvollständig dokumentiert und/oder nachträglich verändert. Die zivilrechtlichen Auseinandersetzungen mündeten am 6. Oktober 2003 in eine Entschädigungsvereinbarung zwischen der Beschwerdeführerin und der Versicherung der Beschwerdegegnerin 2, wobei erstere "als Entschädigung unter allen Titeln" eine Abfindungssumme von Fr. 5'000.-- zugesprochen erhielt.
4. 4.1 Der Begriff der schweren Körperverletzung gemäss <ref-law> stellt einen unbestimmten Rechtsbegriff dar. Wenn ein Grenzfall zur Diskussion steht, weicht das Bundesgericht deshalb nur mit einer gewissen Zurückhaltung von der Auffassung der Vorinstanz ab (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.a). Die in Absatz 1 und 2 genannten Beeinträchtigungen haben beispielhaften Charakter, Absatz 3 nennt im Sinne einer Generalklausel die "andere schwere Schädigung des Körpers oder der Gesundheit". Schwere Körperverletzung gemäss <ref-law> ist unter anderem gegeben, wenn der Täter das Gesicht eines Menschen arg und bleibend entstellt. Aufgrund des Gesetzeswortlautes steht fest, dass eine erhebliche, aber nur vorübergehende Entstellung für die Erfüllung des Tatbestandes nicht ausreicht. Dies ergibt sich auch aus dem Vergleich mit den Tatbestandsalternativen der Verstümmelung oder des Unbrauchbarmachens. Dass die Verletzung im Tatzeitpunkt als arg zu qualifizieren ist, genügt deshalb für die Annahme einer schweren Körperverletzung nicht (<ref-ruling> E. 2.a)
4.2 Im zitierten <ref-ruling> bejahte das Bundesgericht eine schwere Körperverletzung: Die linke Gesichtshälfte der Geschädigten war durch eine lange, wenn auch gut verheilte Narbe für immer gekennzeichnet. Hinzu kam eine geringfügige mimische Beeinträchtigung, die namentlich beim Lachen auffiel. Das Bundesgericht verneinte zunächst die Relevanz der subjektiven Empfindung der verletzten Person, weil es möglich sei, dass sich die Einstellung der Verletzten ändere. Auszugehen sei von objektiven Gesichtspunkten. Es komme ferner nicht auf die Dauer des Spitalaufenthaltes und des Heilungsprozesses an, wenn schon die Verletzung als solche als arg und bleibend eingestuft werden müsse. Die im damaligen Fall verwendeten Kosmetika konnten die Narbe nur teilweise überdecken. Das Bundesgericht befand, dass der Einsatz von Kosmetika nicht zur Beseitigung der Beeinträchtigung führe, zumal die Narbe vollständig sichtbar bleibe, wenn die Geschädigte aus irgendwelchen Gründen (z.B. infolge einer Allergie) darauf verzichte, kosmetische Produkte zu verwenden (<ref-ruling> E. 2.b).
5. 5.1 Die Vorinstanz prüfte zunächst die Tatbestandsvariante der bleibenden Entstellung des Gesichts gemäss <ref-law>. Diese Bestimmung komme von vornherein nicht zum Zug, da sie eine "arge Entstellung" voraussetze, was bei den Narben der Beschwerdeführerin mit Verweis auf diverse aktenkundige Fotoaufnahmen nicht der Fall sei; zudem liesse sich diesbezüglich kein Vorsatz nachweisen. Weiter verneinte die Vorinstanz die Anwendung der Generalklausel in <ref-law>. Die Narben seien zwar unschön, und die Beschwerdeführerin müsse sich seit Monaten bzw. Jahren an den kritischen Stellen einsalben. Sie sei jedoch weder in Spitalpflege gewesen noch hätte die Verletzung zu einer längerfristigen (teilweisen) Arbeitsunfähigkeit geführt. Die Narben seien zart, reizlos und schmal bzw. fingerkuppengross, weisslich narbig beschrieben worden. Schliesslich sei auf den beiden Wangen beim Übergang zu den Ohren eine gerötete Fläche erkennbar. Die bestehenden Schmerzen, welche gemäss behandelndem Arzt im mittleren Bereich angesetzt worden seien, könnten zudem mittels Medikation reduziert werden. Eine schwere Körperverletzung im Sinne von <ref-law> liege daher nicht vor, weshalb sich die Begutachtung durch einen Sachverständigen sowie eine untersuchungsrichterliche Einvernahme der Rekurrentin erübrige (angefochtener Entscheid, S. 15 ff.)
5.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass es beim Tatvorwurf nicht um die Narben gehe, sondern darum, dass die Gesichtshaut (gesamte Wangenpartie rechts und links sowie das Areal hinter den Ohren, die Region um den Mund und insbesondere die ganze Halsvorderseite) vollständig und dauerhaft geschädigt sei und die Haut dort ihre Funktionen verloren habe oder noch verlieren werde. Die Vernarbungen der Gesichts- und Halshaut würden auch in Zukunft voranschreiten und ihr Gesicht wohl fortlaufend arg entstellen. Bezüglich Schmerzen beruhten die Angaben der Intensität auf ihrer Anamnese anlässlich der Konsultation bei Dr. med. D._, Universitätsspital Zürich vom 17. Januar 2007 (act. 23/1). Der Arzt bezeichne die Beschwerden als chronisch, wobei mit einer spontanen Zurückbildung der Beschwerden nicht zu rechnen sei (act. 23/1). Zudem gehe aus dem Bericht hervor, dass sie ihr Gesicht praktisch stündlich mit Salbe einfetten müsse. Die Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz seien daher insgesamt als willkürlich zu betrachten, zumal auf beinahe zwei Jahre alte Befunde abgestützt werde, die letzte Expertenbefragung vom 4. Juni 2003 datiere und sie nie zu ihrem aktuellen Gesundheitszustand befragt worden sei (Beschwerdeschrift, S. 13).
5.3 Gemäss Aktenlage ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin auch über sechs Jahre nach dem chirurgischen Eingriff unter dessen Folgen zu leiden hat. Neben den vom chirurgischen Eingriff stammenden Narben, welche reizlos und schmerzfrei sind, bestehen offensichtliche Schädigungen der Gesichtshaut sowie am Hals. Die blosse Betrachtung der aktenkundigen Fotoaufnahmen der betreffenden Gesichts- und Halsteile aus den Jahren 2002-2006 (act. 20 und 23/3) verdeutlicht, dass eine arge und bleibende Entstellung des Gesichts im Sinne von <ref-law> mit Blick auf die Fotodokumente nicht von vornherein ausser Betracht fällt, wie dies die Vorinstanz annimmt. Indem sich die Vorinstanz nicht näher mit <ref-law> befasste, verletzte sie Bundesrecht. Zudem ist sie in Willkür verfallen, indem sie aus der unbestrittenen Tatsache, dass die Beschwerdeführerin an den Folgen der Operation zu leiden hat, unhaltbare tatbeständliche Schlüsse zog.
5.4 Die Vorinstanz untermauerte ihre Aussage ferner damit, dass sich "diesbezüglich ein Vorsatz nicht nachweisen" liesse. Sie verneinte mit anderen Worten die Anwendung von <ref-law> im vorliegenden Fall, weil es an einem diesbezüglichen Vorsatz fehle. In der Folge prüfte sie <ref-law> (fahrlässige Körperverletzung) jedoch nicht.
Nach Lehre und Praxis ist unbestritten, dass eine fahrlässig begangene Körperverletzung gemäss <ref-law> immer dann schwer ist, wenn die Qualifikationsmerkmale der schweren Körperverletzung nach <ref-law> erfüllt sind (vgl. dazu etwa ANDREAS A. ROTH/TORNIKE KESHELAVA, Basler Kommentar StGB II, 2. Aufl. 2007, <ref-law> N 4; STEFAN TRECHSEL/THOMAS FINGERHUTH, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 3. Aufl. 2008, <ref-law> N 4). <ref-law> bezieht sich auf sämtliche möglichen Tatbestandsvarianten von <ref-law>, somit auch auf die arge und bleibende Entstellung des Gesichts. Die Rechtsanwendung der Vorinstanz verletzt daher Bundesrecht.
6. 6.1 Die Vorinstanz prüfte im Weiteren die Generalklausel nach <ref-law>. Laut dieser Bestimmung begeht eine schwere Körperverletzung, wer eine andere schwere Schädigung des Körpers oder der körperlichen oder geistigen Gesundheit eines Menschen verursacht. Beurteilungskriterien bilden nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung die Dauer eines allfälligen Spitalaufenthaltes oder einer (teilweisen) Arbeitsunfähigkeit, Grad und Dauer einer Invalidität sowie die durch die Verletzung erlittenen Schmerzen (<ref-ruling> E. 2). Bei der Tatbestandsprüfung ist nicht bloss auf die Verletzungshandlung an sich, sondern insbesondere auch auf die Folgen dieser Verletzungen im Sinne einer gesamtheitlichen Würdigung der Tat abzustellen. Die Folgen bestehen vorliegend zum einen in der auch mehr als sechs Jahre nach der Operation starken optischen Beeinträchtigung der in der Öffentlichkeit besonders exponierten Kopf- und Halspartie, zum anderen in den chronischen Schmerzen im Gesichts- und Halsbereich, an welchen die Beschwerdeführerin bis heute leidet. Sie muss deswegen offenbar stündlich stark fettende Salbe auftragen, wobei eine Schmerzreduktion nur mittels permanenter Medikation möglich ist.
6.2 Die vorinstanzlichen Schlussfolgerungen, wonach eine schwere körperliche und geistige Schädigung der Gesundheit im Sinne der Generalklausel in <ref-law> nicht erfüllt sei, erweisen sich vor diesem Hintergrund als unzutreffend und verletzen Bundesrecht. Die Einstellung der Strafverfolgung ist daher nicht angezeigt, da mit einer hinreichenden Wahrscheinlichkeit ein strafbares Verhalten vorliegen könnte. Damit kann offenbleiben, ob die Beschwerdeführerin den Strafantrag betreffend einfacher Körperverletzung im Sinne von <ref-law> rechtzeitig gestellt hat oder nicht.
7. 7.1 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, dass sie nie zu ihrem aktuellen Gesundheitszustand befragt worden sei. Zudem liege nur eine einzige Abklärung betreffend Wangenhaut durch einen Experten aus dem Jahre 2003 vor.
7.2 Die Staatsanwaltschaft unterliess es tatsächlich, die Beschwerdeführerin im Laufe des Verfahrens zu befragen. Ebensowenig wurde ein Sachverständigengutachten eingeholt. Die Vorinstanz hielt hierzu fest, dass sich aufgrund des mangelnden rechtzeitigen Strafantrags bei der einfachen Körperverletzung sowie der nicht erfüllten schweren Körperverletzung eine Begutachtung durch einen Sachverständigen "unter diesen Umständen" erübrige. Ebenso könne diesfalls von einer untersuchungsrichterlichen Einvernahme der Beschwerdeführerin abgesehen werden (angefochtenes Urteil, S. 17). Stattdessen stellten die Staatsanwaltschaft sowie die Vorinstanz einzig auf die Angaben von Ärzten ab, welche die Beschwerdeführerin konsultiert hatte. Dies waren gemäss Beschwerdeführerin Dr. med. E._, Inselspital Bern am 4. Juni 2003 (act. 11), ferner Dr. med. F._ am 15. März 2006 (act. 38/7) und Dr. med. D._, Universitätsspital Zürich am 17. Januar 2007 (act. 23/1). Den entsprechenden Arztberichten geht freilich die Gutachtenqualität ab, zumal sie nur Einzelaspekte der medizinischen Situation beleuchten sowie auf der geschilderten Anamnese der Beschwerdeführerin beruhen, nicht jedoch auf einer neutralen und umfassenden Fragestellung. Zudem liegen diese Befunde mittlerweile mindestens zweieinhalb Jahre zurück.
7.3 Die Staatsanwaltschaft hätte zur Beurteilung der Qualität des ausgeführten chirurgischen Eingriffs, der Schwere und Dauerhaftigkeit der Verletzungen der Beschwerdeführerin, der Heilungschancen, der aktuellen und künftigen Medikation, aber auch der Auswirkungen des Risikoverhaltens der Beschwerdeführerin auf den Heilungsprozess (Rauchen vor und unmittelbar nach dem chirurgischen Eingriff) zwingend ein Sachverständigengutachten einholen müssen, um die bis anhin unzureichende Sachverhaltsfeststellung zu ergänzen. Zu diesem Zweck hätte ausserdem eine untersuchungsrichterliche Befragung der Beschwerdeführerin stattfinden sollen.
7.4 Die Beschwerde ist gutzuheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. Januar 2009 aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Abs. 4 BGG), und hat der Kanton Zürich der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3000.-- auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. Januar 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller