Faits:
A. A._, B._, C._ et D._ sont propriétaires de parcelles sises dans la zone d'activité de Rosé, sur le territoire de la Commune d'Avry (FR). Ces bien-fonds sont situés au sud de la route cantonale et à l'ouest de la route des Tuileries, qui dessert certains d'entre-eux. A._ possède les parcelles n° 617 et 694, B._ les parcelles n° 500, 699 et 700 et C._ la parcelle n° 907. Celle-ci est située en bordure de la route cantonale et supporte une station-service. Quant à D._, elle est propriétaire de la parcelle n° 28, également située au bord de la route cantonale.
A.a Dans le but de créer un parking d'échange en lien direct avec la gare CFF de Rosé, la Commune d'Avry (ci-après: la Commune) a mis à l'enquête publique une modification de son plan d'affectation des zones, du 28 octobre au 28 novembre 2005. Selon ce projet, un certain nombre de terrains situés à proximité des parcelles appartenant aux prénommées seraient transférés de la zone d'activité à la zone d'intérêt général (parcelles n° 499aaa, 499b, 516 et 995). Parallèlement, la Commune a mis en consultation publique une adaptation du plan directeur des circulations, selon lequel la route des Tuileries serait décalée de 25 m vers l'est, afin de servir d'accès au futur parking d'échange.
Le 28 novembre 2005, A._, B._, C._ et D._ ont formé opposition à la modification du plan d'affectation et contesté l'adaptation du plan directeur des circulations. Une séance de conciliation s'est tenue le 25 janvier 2006, sans succès. Le plan de l'avant-projet de l'étude de valorisation de la traversée de localité (Valtraloc) du secteur "Chenil-Auberge" (ci-après: le plan "Valtraloc") ayant été présenté aux opposantes, une nouvelle séance de conciliation devait être organisée le 29 mars 2006. Elle a été renvoyée à la demande des intéressées, qui ont requis préalablement une inspection des lieux. A l'issue de cette inspection, les opposantes ont requis la modification du plan "Valtraloc", de sorte que la Commune a renoncé à organiser la seconde séance de conciliation. Par décision du 27 juin 2006, la Commune a rejeté les oppositions. Les opposantes ont recouru contre cette décision auprès de la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions du canton de Fribourg (ci-après: la Direction).
A.b Le 9 février 2007, la Commune a mis à l'enquête publique les plans relatifs à l'aménagement du parking d'échange et au déplacement de la route des Tuileries. A._, B._, C._ et D._ se sont opposées à ce projet. L'opposition relative à la construction du parking a été transmise au Préfet du district de la Sarine (ci-après: le Préfet) comme objet de sa compétence. Par décision du 5 juin 2007, la Commune a rejeté l'opposition relative au déplacement de la route des Tuileries. Les opposantes ont également contesté cette décision auprès de la Direction.
A.c Le 20 février 2007, la Commune a déposé auprès du Préfet une demande de permis pour procéder à la démolition partielle du bâtiment sis sur la parcelle n° 499b, sur le futur tracé de la route des Tuileries.
A.d Le 20 juillet 2007, la Commune a mis à l'enquête publique les plans relatifs à la construction d'un giratoire sur la route cantonale, à la hauteur du futur tracé de la route des Tuileries et du parking d'échange projeté. Ce projet a lui aussi fait l'objet d'oppositions de A._, B._, C._ et D._. Après avoir organisé en vain une séance de conciliation, la Commune a rejeté l'opposition, par décision du 29 novembre 2007. Cette décision a également été contestée devant la Direction.
A.e Par décisions du 14 mai 2008, le Préfet a accordé le permis de construire le parking d'échange ainsi que le permis de démolir une partie du bâtiment sis sur la parcelle n° 499b. Il a rejeté les oppositions dans la mesure de leur recevabilité.
B. Par quatre décisions séparées du 15 mai 2008, la Direction a rejeté les trois recours formés par A._, B._, C._ et D._ et elle a approuvé le plan d'affectation des zones modifié de la Commune d'Avry, conformément à l'art. 26 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). Les prénommées ont recouru contre les trois premières décisions auprès du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIe Cour administrative (ci-après: le Tribunal cantonal). Elles ont également recouru devant cette autorité contre les décisions rendues par le Préfet le 14 mai 2008. Elles se plaignaient notamment d'une violation du principe de coordination et faisaient valoir que la distance entre le giratoire et la station-service était insuffisante et que les normes de protection contre le bruit n'avaient pas été correctement appliquées. Elles invoquaient en outre leurs intérêts économiques et leur droit d'être entendues.
Par arrêt du 23 mars 2009, le Tribunal cantonal a rejeté les recours. Il a considéré en substance que le principe de coordination n'avait pas été violé - une légère informalité ayant été corrigée par la notification simultanée des décisions de la Direction et du Préfet - et que la distance entre le giratoire et la station-service ne présentait pas de problème de sécurité. S'agissant de la protection contre le bruit, il renvoyait à la décision de la Direction, en précisant que le giratoire était une installation notablement modifiée au sens de l'art. 8 al. 2 de l'ordonnance fédérale du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41). Quant aux autres griefs, le Tribunal cantonal a considéré qu'ils étaient sans fondement.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._, C._ et D._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de dire, en substance, que l'actuelle route des Tuileries n'est pas démolie, que la route située sur les parcelles n° 617, 694 et 500 est une route privée, que le plan directeur des circulations doit être corrigé en conséquence, que les projets de construction du parking, de la nouvelle route des Tuileries et du giratoire sont corrigés dans le sens de leurs griefs, que le permis de démolir s'étend à l'entier du bâtiment sis sur la parcelle n° 499b, que le giratoire et la nouvelle route doivent respecter les valeurs de planification en matière de bruit et, enfin, qu'une nouvelle mise à l'enquête est exigée pour l'entier du projet. Elles se plaignent d'une violation de l'OPB, du principe de coordination, du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), de la liberté économique (art. 27 Cst.) et du droit à la protection de la bonne foi. Elles requièrent en outre l'octroi de l'effet suspensif. Le Tribunal cantonal s'est déterminé; il conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La Commune d'Avry a présenté des observations, le Préfet du district de la Sarine y a renoncé. La Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions conclut au rejet du recours. Les recourantes ont présenté des observations complémentaires.
D. Par ordonnance du 17 juin 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 24).
1.1 Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public (<ref-law>), aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Propriétaires de parcelles sises à proximité immédiate des projets litigieux et sur lesquelles elles exercent leurs activités économiques, les sociétés recourantes ont la qualité pour agir (<ref-law>). Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner la qualité pour agir de D._, propriétaire d'une parcelle non bâtie légèrement plus éloignée, le Tribunal cantonal ayant au demeurant laissé cette question indécise.
1.2 Pour être recevable, le recours doit satisfaire aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Aux termes de l'alinéa 2 de cette disposition, les motifs du recours doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Le recourant ne saurait dès lors se limiter à renvoyer aux actes cantonaux ou reproduire la motivation déjà présentée dans la procédure cantonale: l'<ref-law> exige qu'il discute au moins de manière succincte les considérants de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.1 à 2.3 p. 246 s.).
En l'espèce, les recourantes reprennent plusieurs griefs qu'elles avaient déjà formulés devant l'instance précédente. Ainsi, le grief relatif au droit d'être entendu a déjà été soumis au Tribunal cantonal qui y a répondu dans l'arrêt attaqué. Les recourantes ne discutent pas l'appréciation de cette autorité, mais elles se bornent à reprendre leur argumentation, en y apportant des modifications minimes. Lorsqu'elles n'introduisent pas des faits nouveaux qui sont irrecevables (cf. infra consid. 3), elles procèdent de la même manière en ce qui concerne le grief relatif au principe de la coordination. Elles ne contestent pas les considérants de l'arrêt querellé, qui relèvent à cet égard qu'une "légère informalité" avait été corrigée par la notification simultanée de toutes les décisions de la Direction et du Préfet. Les recourantes affirment seulement que "l'autorité intimée n'a pas réparé le défaut de coordination", sans étayer cette allégation. Elles se plaignent en outre du fait qu'elles ont dû déposer plusieurs recours pour un même projet, sans contredire l'appréciation du Tribunal cantonal selon laquelle le principe de coordination n'a pas pour but de leur épargner des démarches procédurales, mais de leur donner une vision globale et cohérente du projet. Dans ces conditions, il est pour le moins douteux que les griefs en question soient conformes aux exigences de motivation précitées. Quoi qu'il en soit, dans la mesure où ils ne remettent pas en cause les arguments développés par le Tribunal cantonal, ils peuvent être rejeté sommairement, les recourantes étant renvoyées sur ce point aux considérants de l'arrêt attaqué (<ref-law>).
1.3 Les conclusions du recours demandant au Tribunal fédéral de dire que la route des Tuileries n'est pas démolie (conclusion n° 4), que la route située sur les parcelles n° 617, 694 et 500 est une route privée et que le plan directeur des circulations doit être corrigé en conséquence (n° 5), que les projets de construction du parking, de la nouvelle route des Tuileries et du giratoire sont corrigés dans le sens des motifs invoqués (n° 6 et 7), que le permis de démolir s'étend à l'entier du bâtiment sis sur la parcelle n° 499b (n° 8), que le giratoire et la nouvelle route doivent respecter les valeurs de planification en matière de bruit (n° 9 et 10) et qu'une nouvelle mise à l'enquête est exigée pour l'entier du projet (n° 11) n'ont pas été présentées devant le Tribunal cantonal. Il s'agit donc de conclusions nouvelles, qui sont irrecevables (<ref-law>).
1.4 Pour le surplus, interjeté en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. Il n'y a pas lieu de procéder à l'inspection des lieux requise, le Tribunal fédéral étant suffisamment renseigné par le dossier.
3. A l'appui de leurs griefs, les recourantes allèguent de nombreux faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué. Elles perdent ainsi de vue que le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Le recourant ne peut critiquer la constatation de faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135; pour une définition de l'arbitraire cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153), ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'<ref-law>, respectivement de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). Une telle démonstration faisant défaut en l'espèce, il n'y a pas lieu de s'écarter des faits retenus dans la décision attaquée.
4. Dans un premier grief, les recourantes se plaignent d'une violation de l'ordonnance fédérale sur la protection contre le bruit. Elles soutiennent que le giratoire et le nouveau tracé de la route des Tuileries devaient être considérés comme des nouvelles installations fixes au sens de l'<ref-law>, de sorte qu'ils devaient respecter les valeurs de planification.
4.1 En principe, une installation qui existait déjà avant l'entrée en vigueur de la LPE, le 1er janvier 1985, n'est pas une installation nouvelle. La jurisprudence assimile toutefois à de telles installations celles qui ont été modifiées après cette date, sur un plan fonctionnel, dans une mesure telle que les éléments subsistants apparaissent secondaires par rapport aux éléments nouveaux. De même, la transformation, par des travaux de construction ou par un changement du mode d'exploitation, d'une installation existante silencieuse ou peu bruyante en une installation provoquant des nuisances dans le voisinage peut être traitée de la même manière que la construction d'une nouvelle installation du point de vue de la limitation des émissions de bruit (<ref-ruling> consid. 17a p. 670; <ref-ruling> consid. 4c/aa p. 329; <ref-ruling> consid. 5d/bb p. 443; <ref-ruling> consid. 5a p. 466; arrêt 1A.272/2003 du 27 juillet 2004 et les références citées).
4.2 En l'occurrence, le Tribunal cantonal a considéré que le giratoire n'était pas une nouvelle installation, mais une installation notablement modifiée au sens de l'<ref-law>. Par conséquent, seules les valeurs limites d'immission devaient être respectées, ce qui était le cas en l'espèce. Dans ses observations, l'Office fédéral de l'environnement partage cette analyse. Les recourantes ne présentent pas d'arguments pertinents contre cette appréciation, qui apparaît au demeurant conforme à la jurisprudence susmentionnée. En effet, sur un plan fonctionnel, le remplacement du carrefour existant par un giratoire n'entraîne pas des modifications telles que les éléments subsistants apparaissent secondaires par rapport aux éléments nouveaux: il s'agit toujours de régler le trafic entre la route cantonale et la route des Tuileries. De plus, la modification litigieuse ne consiste pas à transformer une installation existante silencieuse ou peu bruyante en une installation provoquant des nuisances. Au contraire, comme le relève l'arrêt attaqué, il est vraisemblable que le remplacement du carrefour par un giratoire entraînera une diminution des nuisances sonores en améliorant la fluidité du trafic. Enfin, il est manifeste que le déplacement de la route des Tuileries ne provoque pas de modification significative sur le plan fonctionnel. Contrairement à ce que soutiennent les recourantes, le fait que l'ancien tracé de cette route soit seulement "cancelé" et qu'il subsiste pour le "trafic interne" sur leurs parcelles n'y change rien et ne permet pas de qualifier le nouveau tracé d'installation nouvelle au sens défini ci-dessus. Ce premier grief doit donc être rejeté.
5. Invoquant les art. 26 et 27 Cst., les recourantes se plaignent également d'une violation de la garantie de la propriété et de la liberté économique.
5.1 En tant que droits fondamentaux, la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et la liberté économique (art. 27 Cst.) peuvent être restreintes aux conditions de l'art. 36 Cst: la restriction doit être fondée sur une base légale (al. 1), justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (al. 2) et être proportionnée au but visé (al. 3).
5.2 En l'occurrence, les recourantes voient une restriction aux droits invoqués dans le fait que le projet litigieux ménagerait une distance insuffisante entre le giratoire et l'accès à la station-service sise sur la parcelle n° 907, ce qui aurait pour conséquence de perturber "l'accessibilité nécessaire à ce genre d'exploitation" et de provoquer "des problèmes de sécurité". Les problèmes en question ne ressortent pas des faits constatés par l'autorité intimée et ils ne sont aucunement démontrés. De plus, c'est en vain que les recourantes se réfèrent à des normes relatives à la sécurité routière et à l'implantation des stations-service, le Tribunal cantonal ayant constaté qu'elles n'étaient pas applicables au cas d'espèce, les exigences de sécurité ayant au demeurant suffisamment été prises en compte, comme le démontrerait un préavis du bureau "Valtraloc". Ces constatations ne sont pas contredites de façon motivée. Pour le surplus, l'existence d'une base légale n'est pas sérieusement remise en cause par les recourantes.
De même, l'intérêt public à la réalisation du projet litigieux n'est pas contesté de manière convaincante. Les recourantes soutiennent implicitement que le seul intérêt en cause serait l'intérêt privé de la Commune d'Avry de conserver la maison d'habitation sise sur la parcelle n° 499b. Il est cependant évident que la réalisation du parking d'échange et les améliorations routières qui l'accompagnent présentent d'autres intérêts de nature publique. Le Tribunal cantonal considère en particulier que le giratoire projeté constitue une amélioration indéniable en matière de sécurité et de fluidité du trafic, notamment en ce qui concerne l'accès à la station-service.
Si les recourantes ne remettent pas en question les intérêts publics visés par le projet litigieux, elles soutiennent qu'ils pourraient aussi être atteints par un déplacement du giratoire à l'est. Or, cette affirmation, qui n'apparaît guère étayée, ne peut pas se fonder sur les faits constatés par l'autorité attaquée et dont le tribunal de céans ne saurait s'écarter (cf. supra consid. 3). Reprenant des griefs déjà soumis au Tribunal cantonal, les recourantes remettent en cause la distance séparant le giratoire et la station-service et elles prétendent que le "potentiel client" de celle-ci n'a pas été apprécié correctement. Ce faisant, elles discutent à nouveau des éléments de faits qui ne peuvent pas être revus en l'espèce. Si les recourantes estimaient que le Tribunal cantonal avait omis à tort d'examiner des griefs pertinents et valablement présentés, il leur appartenait de démontrer un défaut de motivation de l'arrêt attaqué, ce qu'elles n'ont pas fait. Par ailleurs, les arguments relatifs à la réalisation d'un carrefour à l'ouest de la zone industrielle sont étrangers à la présente procédure. Enfin, c'est en vain que les recourantes invoquent le caractère disproportionné d'un déplacement de la station-service, dès lors qu'une telle mesure ne leur a aucunement été imposée.
Dans ces conditions, les recourantes ne parvenant pas à démontrer qu'une éventuelle restriction des droits constitutionnels invoqués aurait eu lieu en violation de l'art. 36 Cst., ce moyen doit être rejeté.
6. Dans un dernier grief, les recourantes se plaignent d'une violation du droit à la protection de la bonne foi, en se prévalant d'assurances qu'elles auraient reçues des autorités.
6.1 Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le droit à la protection de la bonne foi préserve la confiance légitime que le citoyen met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 636; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 170; <ref-ruling> consid. 10b/aa p. 125; <ref-ruling> consid. 3a p. 387 et les arrêts cités).
6.2 En l'occurrence, on peine à comprendre quelles promesses effectives les recourantes auraient reçues des autorités compétentes et quels engagements préjudiciables elles auraient pris sur cette base. Elles se réfèrent à des conventions datant de 1979 qui auraient réglé l'accès à la zone industrielle et affirment qu'elles ont "implanté la station-service du côté est de la zone industrielle justement parce que l'accès à ladite zone était prévu par le côté ouest". Elles auraient également "financé le carrefour côté ouest". Les recourantes présentent en outre des développements sur une "route d'exploitation interne" aux abords de laquelle elles auraient fait des aménagements qui deviendraient inutilisables si cette route était "ouverte à tout un cha-cun". Cette argumentation apparaît en partie étrangère à l'objet du litige tel qu'il est défini par l'arrêt attaqué. Elle repose en outre sur des faits nouveaux qui ne sont pas établis et qui n'ont pas été constatés par l'autorité précédente, sans que les recourantes ne démontrent une quelconque constatation arbitraire des faits (cf. supra consid. 3). Il n'est dès lors pas possible de se prononcer sur ce grief, qui doit être déclaré irrecevable.
7. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les recourantes, qui succombent, doivent supporter les frais de la présente procédure (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIe Cour administrative, et à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 12 novembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Rittener