Faits:
A. Suite à la rupture, le 12 décembre 2000, du puits blindé du complexe Cleuson-Dixence, une procédure pénale a été engagée par le Ministère public contre C._, A._, D._ et E._.
Par jugement du 6 août 2007, le juge II des districts d'Hérens et Conthey a notamment libéré A._ des accusations d'homicide par négligence, d'inondation et d'écroulement par négligence, d'entrave par négligence à la circulation publique ainsi qu'aux services d'intérêt général. Il l'a néanmoins condamné à une participation aux frais à hauteur de 844'135 fr., ses propres frais d'intervention restant au surplus à sa charge.
Le 28 septembre 2007, A._ a déposé une déclaration d'appel contre ce jugement, requérant au surplus la mise en oeuvre d'une expertise métallurgique ainsi que le dépôt du rapport du professeur F._ du 25 septembre 2007, subsidiairement l'audition de son auteur.
B. Par décision du 3 décembre 2007, la Présidente de la Cour pénale II du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: la présidente de la Cour pénale), B._, a rejeté la requête de complément d'instruction, à l'exception du dépôt du rapport du professeur F._. Elle a jugé qu'une nouvelle expertise métallurgique destinée à établir la cause de la rupture du puits et l'adéquation des réparations ordonnées n'était ni essentielle ni déterminante, le premier juge ayant reproché à A._ d'avoir décidé de remettre le puits en eau alors que les causes des fissures découvertes dès juillet 1999 n'étaient pas connues avec certitude et d'avoir eu conscience de la possibilité d'apparition de nouvelles fissures.
Le 17 décembre 2007, A._ a demandé la récusation de B._. Le 7 janvier 2008, la Cour pénale II a rejeté cette requête.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision de la Cour pénale II du 7 janvier 2008 ainsi que le jugement rendu par la même autorité le "5 février 2008" et enfin d'admettre la requête de récusation dirigée contre B._. Il se plaint d'une violation des art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH.
Par lettre du 6 février 2008, A._ a fait savoir au Tribunal fédéral qu'il avait, lors des débats d'appel du 15 janvier 2008, formé une nouvelle requête de récusation dirigée cette fois contre la Cour elle-même. Vu le rejet de cette dernière, il a sollicité la suspension de la cause jusqu'à droit connu sur la décision du Tribunal cantonal sur cette nouvelle demande de récusation.
Par ordonnance du 8 février 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a fait droit à cette demande et a suspendu l'instruction du recours.
Par courrier du 4 avril 2008, A._ a informé le Tribunal fédéral que la Cour pénale II avait rendu, le 1er février 2008, un jugement final portant notamment sur la question de la récusation. Il a indiqué vouloir déposer un recours contre ce prononcé auprès du Tribunal fédéral.
Par ordonnance du 8 avril 2008, le Président de la Ire Cour de droit public a ordonné la reprise de l'instruction du recours. Il a estimé que l'affaire pouvait être traitée de manière séparée, quand bien même le dépôt d'un autre recours, dirigé contre le jugement final de la juridiction d'appel, avait été annoncé.
La Cour pénale II s'est référée aux considérants de son jugement. B._ a pour sa part renoncé à déposer une réponse.

Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un juge - ou d'un tribunal - pénal peut immédiatement faire l'objet d'un recours en matière pénale. Le recourant a certes été acquitté mais une partie des frais de justice a été mise à sa charge, une violation du devoir de prudence commandé par sa fonction (<ref-law>) ayant été retenu contre lui. Dans ces conditions, le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, a un intérêt juridique à l'annulation de la décision attaquée (<ref-law>). Le délai de trente jours prescrit à l'<ref-law> ayant été respecté et la décision attaquée ayant été rendue en dernière instance cantonale, le recours est par conséquent recevable.
2. Le recourant invoque les art. 6 par. 1 CEDH et 30 al. 1 Cst. Il relève que la Présidente de la Cour pénale est appelée à se déterminer à trois reprises sur le droit à l'administration des preuves. Premièrement, en qualité de Présidente de l'autorité d'appel, avant les débats, en application de l'<ref-law>/VS. Ensuite, en tant que Présidente et juge rapporteur de la Cour pénale examinant le même objet à l'ouverture des débats selon les art. 190 ch. 4 in fine et 128 ch. 2 CPP/VS. Enfin, en statuant sur l'appel lui-même, qui comporte un grief dirigé contre le refus du juge de district d'administrer les preuves requises.
Le recourant souligne l'importance de la décision sur l'expertise complémentaire sollicitée pour l'issue de la cause. Il soutient avoir été condamné aux frais pénaux en raison d'un risque de création de nouvelles fissures alors que l'expertise judiciaire réalisée était lacunaire s'agissant de la concrétisation de ce danger.
3. Le code de procédure pénale du canton du Valais (ci-après: CPP/VS) prévoit que le président du tribunal d'appel prononce sur les réquisitions de preuves, sous réserve de décision du tribunal lors des débats (<ref-law>/VS). Aux termes de l'<ref-law>/VS, un complément d'instruction n'est possible en appel que lorsque les parties justifient la découverte, depuis les débats, de nouveaux faits et moyens essentiels et déterminants quant au fond (let. a); lorsque le président du tribunal, hors des débats, et le tribunal pendant les débats ordonnent d'office un complément de preuve qu'ils estiment nécessaire (let. b); dans tous les cas où le complément de preuve proposé serait recevable dans une procédure de révision (let. c). A l'ouverture des débats, les parties sont notamment invitées à déclarer si elles soulèvent des questions préliminaires telles que des requêtes tendant à compléter les preuves ou à ajourner les débats (art. 128 ch. 2 cum 191 ch. 1 CPP/VS). La décision concernant les questions préliminaires est notifiée à l'audience. Il peut être fait appel de la décision incidentelle qui met fin préjudiciellement au procès. Dans les autres cas, la décision ne peut être attaquée que cumulativement avec le jugement au fond (art. 128 ch. 4 cum 191 ch. 1 CPP/VS).
4. 4.1 La garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH - qui ont, sous cet angle, la même portée (<ref-ruling> consid. 2e p. 138) - permet, indépendamment du droit de procédure cantonal, d'exiger la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à susciter un doute quant à son impartialité; elle vise, notamment, à éviter que des circonstances extérieures à la cause ne puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, car une telle disposition interne ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention, et fassent redouter une activité partiale du tribunal. Seules des circonstances objectivement constatées doivent être prises en compte; les impressions purement individuelles des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 6; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 25 et les arrêts cités).
4.2 Le fait que le juge a déjà participé à l'affaire à un stade antérieur de la procédure peut éveiller le soupçon de partialité. La jurisprudence a renoncé à résoudre une fois pour toutes la question de savoir si le cumul des fonctions contrevient ou non aux art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH (cf. <ref-ruling> consid. 3d p. 57 ss et les arrêts cités). Elle exige, cependant, que l'issue de la cause ne soit pas prédéterminée, mais qu'elle demeure au contraire indécise quant à la constatation des faits et à la résolution des questions juridiques. Il faut, en particulier, examiner les fonctions procédurales que le juge a été appelé à exercer lors de son intervention précédente, prendre en compte les questions successives à trancher à chaque stade de la procédure, et mettre en évidence leur éventuelle analogie ou leur interdépendance, ainsi que l'étendue du pouvoir de décision du juge à leur sujet; il peut également se justifier de prendre en considération l'importance de chacune des décisions pour la suite du procès (<ref-ruling> consid. 3b p. 139 et les arrêts cités; cf. aussi: <ref-ruling> consid. 2a p. 169).
5. Il a en particulier été jugé, en matière pénale, que si une réquisition de preuve est rejetée par le président du tribunal lors de la préparation des débats et qu'elle est renouvelée à l'audience devant le tribunal, le président ne peut pas être récusé au motif qu'il s'est déjà prononcé sur la requête (<ref-ruling> consid. 3b p. 139 ss). Le Tribunal fédéral a en effet estimé que la décision du président et celle du tribunal n'étaient pas prises dans le même contexte. Le président n'avait pas la possibilité d'interroger l'accusé, de l'inviter à prendre position de façon détaillée sur les preuves déjà rassemblées et à préciser les motifs de sa réquisition. Aux débats, toutes les preuves pouvaient faire l'objet d'une discussion contradictoire, en présence de l'accusé et des autres parties, de sorte que le tribunal était en mesure de les apprécier d'une manière plus nuancée et plus complète. Il en résultait que les preuves supplémentaires demandées par l'accusé, qui paraissaient superflues à l'examen du dossier, pouvaient se révéler opportunes au cours des débats (ATF 116 Ia consid. 3b p. 140).
5.1 Cette jurisprudence concerne la récusation d'un président de tribunal de première instance. En outre, la législation cantonale concernée prévoyait qu'il était possible d'offrir des preuves jusqu'à la clôture des débats qui étaient au besoin ajournés. En l'espèce, le litige porte sur l'apparence de partialité d'une présidente d'une Cour d'appel et le code de procédure pénale du canton du Valais permet aux parties de requérir elles-mêmes des preuves en appel sous forme de question préliminaire (art. 128 ch. 2; art. 190 ch. 1 let. b par opposition à l'<ref-law>/VS). A l'ouverture des débats, le mandataire de l'accusé est amené à présenter ses réquisitions de preuve. La situation est dès lors différente de celle du président qui doit statuer avant les débats sur la base du seul dossier. En outre, le tribunal a toujours la possibilité d'ordonner d'office un complément de preuve qu'il estime nécessaire au cours des débats (<ref-law>/VS). La position de la Présidente de la Cour pénale s'apparente dès lors également à la participation répétée, considérée conforme au droit à un juge impartial (<ref-ruling> consid. 3b p. 35 ss), des membres du tribunal en cas d'admission d'une demande de relief d'un jugement rendu par défaut (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 140 s.).
5.2 Le recourant ne saurait se prévaloir de la jurisprudence selon laquelle il existe en principe une apparence de partialité lorsque le juge appelé à statuer à nouveau a déjà manifesté son intime conviction, en particulier au terme d'une appréciation anticipée d'un moyen de preuve (<ref-ruling> consid. 2b p. 30 ss; arrêt 1P.371/2005 du 6 septembre 2005 consid. 4.3 publié in SJ 2006 I p. 5). En effet, si la Présidente de la Cour pénale a certes apprécié les moyens de preuve requis et ce de façon circonstanciée, il ne transparaît en aucune façon de sa décision la manifestation de son intime conviction quant à l'issue du litige et le recourant ne le soutient d'ailleurs à juste titre pas (cf. arrêt 1P.206/2001 du 15 juin 2001 consid. 3b/bb publié in RDAT 2002 I n. 40 p. 294).
5.3 Le Tribunal fédéral a certes jugé que l'union personnelle du juge de la recevabilité de l'opposition et du juge de l'action du non-retour à meilleure fortune (art. 265a al. 1 et 4 LP) contrevenait à la garantie d'un tribunal impartial (ATF <ref-ruling>). L'application de cette jurisprudence au litige en cause, comme le requiert le recourant, ne saurait cependant davantage entrer en considération. En effet, dans cette constellation, la première procédure avait exactement le même objet que l'action au fond, ce qui n'est pas le cas en l'occurrence. Il en va de même s'agissant de la jurisprudence rendue en matière de surveillance des télécommunications (<ref-ruling> consid. 1 p. 240) évoquée par le recourant.
5.4 Il est toutefois vrai que les circonstances du cas d'espèce ne se recoupent pas entièrement avec celles de l'affaire qui a donné lieu à l'<ref-ruling>, l'administration des preuves supplémentaires ayant en l'espèce déjà été requise et refusée en première instance.
La Cour pénale a à cet égard relevé que le grief lié à la violation, par le premier juge, du droit de faire administrer des preuves pertinentes n'avait pas été tranché, ni même évoqué, dans la décision de la Présidente du 3 décembre 2007. Par ailleurs, lorsque cette dernière devrait examiner ce grief, les débats en appel auraient eu lieu et son appréhension de la cause serait donc différente de celle qu'elle pouvait avoir au moment de la décision précitée.
Cette appréciation doit être confirmée. On rappellera que les réquisitions de preuves ne sont pas soumises aux mêmes conditions en première instance qu'en appel. Dans cette dernière hypothèse, les conditions sont plus strictes (cf. consid. 3). La décision de la Présidente prise en application de l'<ref-law>/VS ne préjuge dès lors en rien de l'issue du grief relatif au refus du juge de district de donner suite aux offres de preuves des parties.
Il résulte de ce qui précède que c'est à bon droit que la Cour pénale a considéré que la récusation de la Présidente ne se justifiait pas.
6. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties ainsi qu'à la Cour pénale II du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 21 mai 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud e.r. Kurz