Faits :
A.
La société valaisanne A._ SA (ci-après: A._ ou la Société) est une société holding ayant pour but la détention de participations. Le vice-président du Conseil d'administration, B._, détenait 28% des actions nominatives avec droit de vote privilégié et 6,3% des actions au porteur, alors que C._ était propriétaire de 3,5% des actions au porteur de la Société.
A._ détenait la totalité du capital-actions de D._ SA, qui a pour but l'exploitation d'une pharmacie à E._. Au début de l'année 2006, le capital-actions de D._ SA se montait à 900'900 fr. et était composé de 2'772 actions au porteur d'une valeur nominale de 325 fr. Ce capital-actions a été réduit à 450'000 fr. par remboursement aux actionnaires à concurrence de 450'900 francs. Depuis cette réduction inscrite au registre du commerce le 7 septembre 2006, le capital-actions de D._ SA s'élève à 450'000 fr. et est constitué de 4'500 actions de valeur nominale de 100 francs. B._ est le président du Conseil d'administration de D._ SA depuis sa fondation, en 1997, et C._ administrateur depuis juillet 2002.
Depuis l'année 2000, A._ a entrepris un processus de vente de diverses participations. Le 4 juillet 2006, son Conseil d'administration a décidé, contre l'avis de B._, de vendre le capital-actions de D._ SA à F._ SA pour le prix de 2'049'100 fr. A._ est toutefois revenue sur sa décision le 10 août 2006 pour céder cette participation à G._ au prix de 2'080'000 fr., soit 462.22 fr. par action. Une convention de cession d'actions a été conclue en ce sens le 29 août 2006.
Le 31 août 2006, G._ a conclu un contrat de prêt avec B._ et C._, par lequel ces derniers lui ont accordé chacun un prêt de 190'000 fr. Ce contrat était complété par deux actes de nantissement portant chacun sur 1'170 actions de D._ SA et précisant qu'à l'échéance des prêts, lesquels étaient conclus pour une durée de six mois, G._ aurait la possibilité de procéder au remboursement par la remise des titres nantis aux prêteurs.
Le 28 décembre 2006, G._ a vendu à H._, un pharmacien employé de D._ SA, 10% du capital-actions de cette dernière pour un prix de 360'000 fr., soit 800 fr. par action.
Le 8 février 2007, G._ a remboursé B._ et C._ par la remise des titres nantis de D._ SA. Rapportée au montant total des prêts qui lui avaient été accordés (380'000 fr.), cette remise représentait une valeur par action de 162.39 fr.
Entre 2007 et 2008, G._ a vendu à des tiers 24% du capital-actions de D._ SA pour un prix de 800 fr. par action.
Le 17 décembre 2009, G._, B._ et C._ ont signé une convention qui explicite ce qu'avaient voulu les parties en 2006 en relation avec les transactions opérées sur D._ SA. Il en ressort que B._ et C._ avaient souhaité acquérir les actions de D._ SA sans fournir eux-mêmes l'entier des fonds nécessaires à cet effet et que G._ avait été d'accord d'investir dans cette société à la condition que son investissement soit garanti et qu'il puisse réaliser un rendement financier approprié. Dès lors, les parties avaient convenu que G._ financerait l'acquisition de l'entier du capital-actions de D._ SA par ses propres moyens et par deux prêts accordés par B._ et C._, que ces derniers acquerraient ensuite de G._ chacun 26% des actions de D._ SA pour un prix de 162.39 fr. par action, garantissant à ce dernier qu'il pourrait vendre les actions restantes pour un prix de l'ordre de 800 fr. par action et qu'en cas de prix inférieur, ils en supporteraient la différence.
En 2010, B._ et C._ ont racheté à G._ le solde des actions qu'il détenait encore (soit 14% du capital-actions) au prix de 800 fr. par action.
B.
Le 29 avril 2011, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) a ouvert une procédure de rappel d'impôt à l'encontre de A._ pour l'année fiscale 2006. Par décision du 29 décembre 2011, il a retenu l'existence d'une prestation appréciable en argent de 1'520'000 fr. en relation avec la vente du capital-actions de D._ SA à G._. Ce montant était obtenu par la différence entre la valeur vénale de D._ SA, évaluée à 3'600'000 fr. sur la base du prix de 800 fr. par action (800 fr. x 4'500 actions), et le prix 2'080'000 fr. payé par G._.
La réclamation élevée par A._ à l'encontre de la décision du 29 décembre 2011 a été rejetée par le Service cantonal le 9 octobre 2012.
Contre cette décision sur réclamation, la Société a interjeté recours auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission de recours), qui a admis le recours et annulé la décision du 9 octobre 2012 du Service cantonal. Cette autorité a estimé que le prix de 2'080'000 fr. n'était vraisemblablement pas inférieur à la valeur vénale ordinaire de D._ SA et a de ce fait exclu l'existence d'une prestation appréciable en argent en relation avec la vente de cette société à G._.
C.
Le 18 novembre 2013, le Service cantonal a déposé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du 18 septembre 2013 de la Commission de recours, portant tant sur l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) que sur l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC). Il conclut principalement à la confirmation de sa décision sur réclamation du 9 octobre 2012 et subsidiairement au renvoi du dossier à la Commission de recours pour nouvelle décision. Par acte du même jour, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) a également déposé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du 18 septembre 2013, concluant à son annulation en tant qu'il porte sur l'IFD et à la confirmation du rappel d'impôt prononcé par le Service cantonal à l'encontre de A._.
Le 7 janvier 2014, le Service cantonal s'est rallié au recours déposé par l'AFC et a conclu à son admission. Le 13 janvier 2014, A._ s'est déterminée sur les recours et a conclu à leur rejet, sous suite de frais et dépens. Le 10 février 2014, la Commission de recours a déposé des observations sur les recours et a proposé de les rejeter. Le 11 mars 2014, l'AFC a déposé d'ultimes observations.

Considérant en droit :
I. Procédure et recevabilité
1.
La Commission de recours a rendu un seul arrêt portant tant sur l'IFD que l'ICC, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôt (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). Contre cet arrêt, tant le Service cantonal que l'AFC ont interjeté recours. Alors que celui formé par le Service cantonal traite dans une même écriture de l'IFD et de l'ICC (cause 2C_1082/2013), ce qui est conforme à la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 264), le recours de l'AFC (cause 2C_1083/2013) ne porte que sur l'IFD. Dès lors que l'état de fait est le même et que les questions juridiques se recoupent, il y a toutefois lieu de joindre les deux causes et de statuer dans un seul arrêt (<ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2.
La décision attaquée, qui concerne le bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 2006, est finale (<ref-law>) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF; RSVS 642.1]), dans une cause de droit public (<ref-law>) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11], ainsi que l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14] pour ce qui concerne l'ICC).
Déposés en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>) par le Service cantonal, qui a qualité pour recourir en vertu de l'art. 89 al. 2 let. d LTF en relation avec les art. 146 in fine LIFD et 73 al. 2 LHID, ainsi que par l'AFC, qui peut agir, en matière d'IFD, sur la base des <ref-law> et 146 LIFD, les recours sont donc en principe recevables.
3.
3.1. D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (<ref-ruling> consid. 2 p. 210), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 310 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88). L'acte de recours doit alors, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 314; <ref-ruling> consid. 2 p. 248).
3.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces derniers n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
II. Impôt fédéral direct
4.
Le litige porte sur le point de savoir si A._ a procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en convenant d'un prix de 2'080'000 fr. avec G._ pour l'acquisition de l'entier du capital-actions de D._ SA par ce dernier.
4.1. Selon l'<ref-law>, le bénéfice imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (al. 1 let. a); tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées commerciales (al. 1 let. b), au nombre desquels figurent les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice (al. 1 let. b 5ème tiret), ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultat, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation (al. 1 let. c).
4.2. Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances. Encore faut-il que les organes de la société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (parmi une abondante jurisprudence, cf. notamment <ref-ruling> consid. 4.1 p. 91 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 59 s.; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 607; <ref-ruling> consid. 2b p. 435).
5.
Concernant la condition de l'existence d'une prestation sans contreprestation correspondante, les administrations fiscales recourantes reprochent à la Commission de recours de ne pas avoir retenu que A._ avait obtenu une contre-prestation insuffisante de la part de G._ en lui vendant les actions de D._ SA au prix de 2'080'000 fr.
5.1. La question de savoir s'il existe une disproportion entre la prestation fournie par la société et la contre-prestation qu'elle en retire se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (" Drittvergleich ") : il s'agit d'examiner si la prestation aurait été accordée, dans la même mesure, à un tiers étranger à la société, soit de vérifier si le principe de pleine concurrence ( "Dealing at arm's length ") a été respecté (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 92 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 549; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 60; arrêt 2C_985/2012 4 avril 2014 consid. 2.3, in Archives 82, p. 749). Ce procédé permet d'identifier la valeur vénale du bien transféré ou du service rendu (cf. arrêts 2C_272/2011 du 5 décembre 2011 consid. 3.2.2, in RF 67/2012, p. 127; 2C_265/2009 du 1er septembre 2009 consid. 2.3, in StE 2010 B 72.13.22 Nr. 52; Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 106 ad 57-58 LIFD; Peter Locher, Kommentar zum DBG, 2004, II. Teil, n° 103 ad art. 58 DBG), avec laquelle la contre-prestation effectivement exigée doit être comparée.
5.2. Lorsqu'il existe un marché libre, les prix qui y sont pratiqués sont déterminants et permettent une comparaison effective avec ceux qui ont été appliqués dans la transaction examinée (méthode de la comparaison effective; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 93; arrêts 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2; 2A.263/2003 du 19 novembre 2003 consid. 2.3, in Archives 74, p. 660; Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), Art. 1-82, 2e éd. 2008, n° 103 ad art. 58 DBG; Danon, in op. cit., n° 110 ad art. 57-58 LIFD; Reto Heuberger, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, p. 194).
S'il n'existe pas de marché libre, mais que des transactions présentant les mêmes caractéristiques ont été conclues avec un tiers ou entre tiers, le prix litigieux doit être comparé avec celui qui a été pratiqué dans ces transactions (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 93; Brülisauer/ Poltera, in op. cit., n° 103 ad art. 58 DBG; Heuberger, op. cit. p. 195; Danon, in op. cit., n° 111 ad art. 57-58 LIFD). Cette méthode correspond à la méthode du prix comparable sur le marché libre présentée dans les Principes de l'OCDE applicables en matière de prix de transfert à l'intention des entreprises multinationales et des administrations fiscales (édition juillet 2010, cf. en particulier § 2.13 ss, ci-après: Principes). Pour que cette méthode soit applicable, la transaction intervenue avec un tiers ou entre tiers doit être similaire à la transaction examinée (Locher, op. cit., n° 103 ad art. 58 DBG), c'est-à-dire avoir été conclue dans des circonstances comparables à celle-ci. La notion de " transaction comparable " n'est toutefois pas aisée à circonscrire (cf. Philip Walter, Die steuerliche Gewinnberichtigung bei den Partnerwerken der Elektrizitätswirtschaft nach Art. 58 Abs. 3 DBG, 1996, p. 136). La pertinence de la comparaison avec des transactions conclues avec des tiers suppose que les circonstances économiques relevantes de ces transactions soient similaires avec celles de la transaction examinée (Michael Buchser, Steueraspekte geldwerter Leistungen. Unter Einbezug der Fifty-Fifty-Praxis, 2004, p. 157; OCDE, Principes, § 1.33 ss). Le caractère comparable des transactions se détermine selon leur nature et en fonction de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce (Walter op. cit., p. 136). Si les conditions économiques relevantes diffèrent de celles de la transaction examinée, des ajustements doivent être effectués, afin de gommer les effets de ces différences (Buchser, op. cit., p. 157; OCDE, Principes, § 1.33 ss). Cela étant, on ne peut totalement exclure qu'une transaction comparable n'ait pas été conclue au prix du marché. La formation du prix peut en effet être influencée par plusieurs éléments, tels que les conditions du marché, les conditions contractuelles (par exemple, l'existence de prestations secondaires, la quantité de biens vendus, les conditions de paiement), la stratégie commerciale poursuivie par ce tiers acquéreur ou les fonctions économiques des parties (cf. Walter, op. cit., p. 137 ss; Buchser, op. cit., p. 157 s.; cf. également arrêt 2A.213/1994 du 8 octobre 1996 consid. 5, in Archives 66, p. 484, RDAF 1998 II 351). Il n'en demeure pas moins que le prix pratiqué dans une transaction comparable est présumé correspondre au prix du marché; en cas de contestation, la preuve du contraire incombe à la société.
Faute de transaction comparable, l'examen du respect du principe de pleine concurrence se fonde alors sur une valeur hypothétique déterminée selon d'autres méthodes, telles que la méthode du coût majoré ("cost plus") ou, dans le contexte d'opérations commerciales telles que la distribution de biens, celle du prix de revente (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 93 s.; arrêt 2A.435/2004 du 23 décembre 2004 consid. 3.3; Danon, in op. cit., n° 112 ad art. 57-58 LIFD; Heuberger, op. cit., p. 195, Brülisauer/Poltera, in op. cit., n° 103 ad art. 58 DBG; Locher, op. cit., n° 103 ad art. 58 DBG; OCDE, Principes, § 2.21 ss et 2.39 ss).
5.3. En ce qui concerne l'estimation de la valeur vénale de titres non cotés, des Instructions concernant l'estimation des titres non cotés en vue de l'impôt sur la fortune ont été éditées par la Conférence suisse des impôts, pour la dernière fois le 28 août 2008 (ci-après les Instructions; cf. arrêt 2C_583/2013 du 23 décembre 2013 consid. 3.1.2), dans le but de prévoir des règles d'estimation uniformes en Suisse, pour l'impôt sur la fortune, des titres qui ne sont négociés dans aucune bourse (cf. Instructions, Chiffre 1 par. 1). Pour les titres non cotés de sociétés commerciales, industrielles et de services dont aucun cours n'est connu, elles prévoient que la valeur de l'entreprise résulte de la moyenne pondérée entre la valeur de rendement qui est doublée et la valeur substantielle déterminée selon le principe de continuation de l'exploitation (cf. Instructions, Chiffre 1 par. 4 et Chiffre 34; "méthode des praticiens "; cf. arrêts 2C_1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.5, in StE 2014 B 72.14.2 Nr. 44; 2C_309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in RF 69/2014, p. 22, traduit in RDAF 2014 II 346).
5.3.1. En tant que directives, les Instructions ne constituent pas du droit fédéral et ne lient donc pas le juge (arrêt 2C_1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.6; arrêt 2C_504/2009 du 15 avril 2010 consid. 3.3). Elles sont toutefois reconnues, de jurisprudence constante, comme présentant une méthode adéquate et fiable pour l'estimation de la valeur vénale des titres non cotés, de sorte que le Tribunal fédéral s'y réfère et les applique non seulement en ce qui concerne l'impôt sur la fortune, mais également lorsqu'il s'agit de procéder à l'estimation de la valeur vénale de titres non cotés dans le contexte de l'impôt sur le bénéfice et de l'impôt sur le revenu (cf. arrêts 2C_1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.6, in StE 2014 B 72.14.2 Nr. 44; 2C_583/2013 du 23 décembre 2013 consid. 3.1.2 et 3.1.3; 2C_952/2010 du 29 mars 2011 consid. 2.1; 2C_952/2010 du 29 mars 2011 consid. 2.1; 2C_504/2009 du 15 avril 2010 consid. 3.3; 2C_800/2008 du 12 juin 2009 consid. 5.2, in RF 64/2009, p. 910; 2A.590/2002 22 mai 2003 consid. 2.3; 2A.443/2001 du 16 mai 2002 consid. 3.1 et 3.2; 2A.213/1994 du 8 octobre 1996 consid. 4, in Archives 66, 484; arrêt A.346/1986 du 4 novembre 1987 consid. 2c, 2d, 3a et 3b). Toutefois, le Tribunal fédéral n'exclut pas que d'autres méthodes d'évaluation reconnues puissent, isolément, s'avérer appropriées (arrêts 2C_1168/2013 du 30 juin 2014 consid. 3.6; 2C_309/2013 du 13 septembre 2013 consid. 3.6, in StE 2013 B 72.14.2 Nr. 42; voir également arrêt A.346/1986 du 4 novembre 1987 consid. 2c in fine).
5.3.2. Conformément au principe du Drittvergleich, il faut réserver la circonstance selon laquelle des titres non cotés et non régulièrement négociés ont fait l'objet d'une transaction avec un tiers. Dans un tel cas, les règles d'estimation des Instructions s'effacent au profit d'une comparaison avec le prix appliqué à ce tiers. Il faut toutefois que cette transaction puisse être considérée comme représentative de la valeur de la société. Cette question ne peut pas être tranchée selon des critères abstraits, mais doit être examinée selon les circonstances de chaque cas d'espèce, en prenant en considération la structure de l'actionnariat (plus le nombre d'actionnaires est faible, plus l'on peut admettre que la vente d'une participation minoritaire peut être considéré comme représentative de la valeur vénale), le volume des transactions (plusieurs transactions intervenant au même prix constituent un indice important que le prix pratiqué correspond au prix du marché), le moment auquel ces transactions interviennent par rapport à la transaction examinée (elles doivent être prises en compte si elles ont lieu quelques mois après la transaction examinée [cf. arrêt 2A.590/2002 du 22 mai 2003 consid. 3.1 in fine], à moins que la situation économique de la société ne se soit modifiée de manière à influer sur sa valeur vénale). Cette approche correspond à celle des Instructions, qui réservent également le prix appliqué lors d'un transfert " substantiel " entre personnes indépendantes (Instructions, Chiffre 2 par. 5). La Conférence suisse des impôts précise à cet égard que le qualificatif " substantiel " vise à " souligner qu'un prix obtenu lors d'un transfert n'est à prendre en considération que s'il permet de déterminer une valeur vénale représentative et plausible. Cela signifie que le prix de transfert est à examiner de cas en cas. Pour cette raison, il sera renoncé volontairement à quantifier « substantiel » par un certain pourcentage. Toutefois, on peut partir de l'idée qu'un volume de transactions de l'ordre de 10 % par année peut être qualifié de substantiel " (Conférence suisse des impôts, Commentaire des Instructions, édition 2013, p. 3).
5.4. Il incombe aux autorités fiscales d'apporter la preuve que la société n'a pas obtenu de contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante à la prestation qu'elle a effectuée (ATF <ref-ruling> consid. 7.1 p. 66; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 158; arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4). Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors à la société d'établir la contre-preuve (arrêts 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4; 2C_554/2013 du 30 janvier 2014 consid. 2.2; 2C_797/2012 du 31 juillet 2013 consid. 2.2 et 2.2.1, in StE 2013 B 72.14.2 Nr. 41).
5.5. La détermination de la valeur vénale de biens ou de services n'est pas qu'une pure question de fait. Elle doit être conforme aux principes du droit fédéral (cf. arrêt du 22 mars 1974 consid. 4, in Archives 43, p. 238), qui ont été dégagés par la jurisprudence rappelée ci-dessus. La loi ne prévoit en effet pas de règles en la matière, sauf à l'<ref-law>, en relation avec les entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public (Danon, in op. cit., n° 108 ad art. 57-58 LIFD; Brülisauer/Poltera, in op. cit., n° 98 ad art. 58 DBG). Si l'estimation effectuée par l'autorité inférieure est conforme à ces principes, ce que le Tribunal fédéral revoit librement, elle doit alors être acceptée si elle n'est pas manifestement insoutenable (arrêt 2A.213/1994 du 8 octobre 1996 consid. 3, in Archives 66, 484, RDAF 1998 II 351). En lien avec l'estimation de titres non cotés, cela implique que le Tribunal fédéral revoit librement si la méthode choisie respecte le principe de pleine concurrence. Celui-ci est en particulier violé si l'autorité se fonde exclusivement sur l'estimation qui découle de la méthode des praticiens, sans tenir compte de l'existence de transactions conclues avec des tiers qui sont représentatives de la valeur de la société.
5.6. En l'espèce, la Commission de recours a nié l'existence d'une prestation appréciable en argent. Elle a considéré que le prix de vente payé par G._ pour l'acquisition de D._ SA, représentant 462.22 fr. par action, n'était vraisemblablement pas inférieur à la valeur vénale de ce titre quand bien même des actions de D._ SA ont été vendues ultérieurement à des tiers au prix unitaire de 800 francs. Les prix pratiqués en cas de vente à des tiers ne refléteraient pas nécessairement la valeur vénale, ces tiers pouvant être trompés ou faire une mauvaise appréciation; en outre, le prix unitaire de 462.22 fr. était largement supérieur à la valeur de l'action résultant de l'application de la méthode des praticiens (soit, pour 2006: 260 fr.; pour 2007: 190 fr.; pour 2008: 130 fr.; pour 2009: 160 fr. et pour 2010: 120 fr.). Aussi, quand bien même celle-ci procédait d'une estimation prudente des titres, la différence avec les 800 fr. pris comme référence par le Service cantonal était telle qu'elle permettait selon un haut degré de vraisemblance d'exclure que le prix convenu pour l'acquisition du capital-actions de D._ SA par G._ puisse être inférieur à la valeur vénale de ces titres.
Dans une motivation identique, les recourants reprochent en substance à la Commission de recours d'avoir méconnu le principe de pleine concurrence en s'écartant arbitrairement des transactions effectuées pour un prix de 800 fr. et qui ont porté sur 48% des actions de D._ SA (recours de l'AFC, § 2.1.1 et recours du Service cantonal, § 5).
5.7. Le litige revient à déterminer si l'autorité inférieure était fondée à comparer le prix de vente litigieux avec la valeur découlant de l'application de la méthode des praticiens ou si elle aurait dû prendre en compte les transactions qui ont été conclues au prix de 800 fr. Avant d'examiner cette question, il convient de préciser deux points. Premièrement, ni la Commission de recours, ni les autorités fiscales recourantes n'ont, à juste titre, pris comme élément de comparaison les conditions de la vente que A._ avait projeté de conclure avec société F._ SA au prix de 2'049'100 francs (soit 455.35 fr. par action). En effet, selon les éléments figurant au dossier (<ref-law>), A._ et F._ SA ne sont pas des tiers, la première détenant 40% de la seconde (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 119; <ref-ruling> consid. 3a p 26 s.). Deuxièmement, sur les 48% des actions de D._ SA qui ont été vendues par G._ au prix unitaire de 800 fr., 14% ont été achetés par B._ et C._ en 2010. Ces derniers n'étant pas des tiers, cette transaction ne peut donc pas, pour cette seule raison déjà, être prise en considération dans la recherche de la valeur vénale de l'action D._ SA, comme semblent le retenir les recourants. Restent les transactions concernant le solde des actions.
5.8. Il ressort de l'arrêt attaqué que G._ a vendu 34% des titres de D._ SA à quatre personnes physiques différentes. Trois d'entre elles sont qualifiées de tiers par l'arrêt attaqué; elles ont acquis respectivement 5%, 10% et 9% des actions de D._ SA entre 2007 et 2008. La quatrième personne est H._, pharmacien employé de D._ SA, qui a acquis 10% du capital-actions à la fin de l'année 2006. L'arrêt attaqué ne précise pas si ce dernier est également un tiers. Ce point n'est toutefois pas décisif. En effet, il ressort de l'ensemble des circonstances que le prix de 800 fr. qui été appliqué aux trois personnes qualifiées de tiers dans l'arrêt attaqué doit être retenu comme correspondant à la valeur vénale de D._ SA, pour les raisons suivantes. Premièrement, ces ventes ont été conclues à des moments relativement proches (2007 et 2008) de la transaction litigieuse (19 août 2006). Deuxièmement, si elles concernent, isolément, une minorité du capital-actions de D._ SA, deux d'entre elles portent toutefois sur une minorité non négligeable (10% et 9%); en outre, considérées ensemble, elles représentent près d'un quart (24%) des titres D._ SA. En pareilles circonstances, il faut admettre que ces trois transactions sont suffisantes pour que l'on puisse en déduire de manière raisonnable qu'elles sont représentatives de la valeur vénale de D._ SA. A._ n'a au demeurant pas fourni la preuve du contraire.
5.9. Il découle de ce qui précède que la Commission de recours a violé le droit fédéral en écartant le prix de 800 fr. au profit de la valeur résultant de l'application de la méthode des praticiens.
6.
Une distribution dissimulée de bénéfice suppose également que le caractère insolite de la prestation ait été reconnaissable par les organes de la société (<ref-ruling> consid. 12a p. 282; <ref-ruling> consid. 2c p. 25).
6.1. Selon la jurisprudence, cette condition est présumée remplie si la disproportion était manifestement reconnaissable (arrêt 2A.590/2002 du 22 mai 2003 consid. 3.3; Brülisauer/Poltera, in op. cit., n° 136 ad art. 58 DBG et les références citées; Danon, in op. cit., n° 140 ad art. 57-58 LIFD; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e éd. 2009, n° 100 ad art. 58 DBG). Tel n'est pas le cas en l'espèce. Le prix de vente litigieux concerne des titres non cotés, pour lesquels la détermination de la valeur vénale n'est pas aisée à déterminer; par ailleurs, la valeur fiscale de ces titres s'élevait, pour 2006, à 260 fr., soit à une valeur nettement inférieure au prix de vente litigieux. Finalement, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que les titres D._ SA aient fait l'objet de transactions antérieurement à 2006; ce n'est au contraire que postérieurement à la vente litigieuse que des titres ont été vendus à des tiers au prix unitaire de 800 francs. L'on ne saurait donc présumer que A._ savait qu'en vendant les titres à G._ au prix de 462.22 fr., la transaction qu'elle opérait présentait un caractère insolite.
6.2. Cela étant, la vente des titres à G._ est intervenue à la suite d'un accord entre ce dernier et B._, ainsi que C._, par lequel G._ a accepté d'acquérir les titres D._ SA pour en céder ensuite une participation majoritaire à B._ et C._ à des conditions avantageuses et le solde au prix unitaire de 800 francs. Ainsi, tant B._ que C._ savaient, au moment de la vente des titres à G._, qu'une partie de ces titres seraient revendus ultérieurement à des tiers à un prix de 800 francs, en d'autres termes que le prix de vente à G._ était inférieur à la valeur vénale du titre D._ SA. Se pose dès lors la question de savoir si l'on peut imputer la connaissance de ces faits à A._.
A cet égard, il convient de se référer à la jurisprudence et la doctrine développées en droit privé concernant l'imputation de la connaissance des organes à la personne morale (" Wissensvertretung "). La jurisprudence actuelle retient, à la suite de la doctrine, que cette imputation ne s'applique pas de manière absolue, mais qu'elle doit intervenir seulement pour ce qui est connu de l'organe qui est au moins saisi de l'affaire, ou alors lorsque les informations acquises par un organe n'ont pas été transmises à un autre organe, en raison d'un défaut d'organisation de la société (arrêt 4C.335/1999 consid. 5a, in SJ 2001 I 86 consid. 5b, commenté par Pierre Tercier/Walter A. Stoffel, Das Gesellschaftrecht 2000/2001, in SZW 2001, p. 285; cf. également Hans Michael Riemer, in Vereins- und Stiftungsrecht (Art. 60-89bis ZGB) : mit den Allgemeinen Bestimmungen zu den juristischen Personen (Art. 52-59 ZGB), 2012, n° 13 ad art. 55 ZGB).
La question de savoir si, en l'espèce, B._ et/ou C._ ont effectivement été impliqués dans le processus de prise de décision qui a abouti à la vente des titres à G._ n'a pas été examinée par l'instance inférieure. Il n'y a toutefois pas lieu de renvoyer l'affaire à la Commission de recours pour instruire ce point. En effet, le procès-verbal de la séance du Conseil d'administration de A._ qui s'est tenue le 10 août 2006 et qui figure au dossier (<ref-law>) mentionne notamment ce qui suit:
2. VENTE DE D._ SA
Deux offres ont été présentées à ce jour. L'une émane de I._ SA et l'autre d'une personne dont l'identité n'a pas été révélée. (...). Monsieur B._ indique qu'il s'agit de Monsieur G._. Il ajoute que celui-ci est prêt à offrir CHF 2'080'000.-- ainsi que le versement intégral du dividende de l'exercice 2005-2006."
Il ressort clairement de cet extrait que B._, vice-président de A._, a été directement impliqué dans le processus décisionnel qui a conduit à la vente des titres D._ SA à G._. Partant, sa connaissance doit être imputée à A._. Il en découle que la condition du caractère reconnaissable du caractère insolite de la transaction est réalisée.
6.3. Une distribution dissimulée de bénéfice suppose encore que la prestation avantageuse soit accordée à l'actionnaire de la société ou à un proche.
6.4. Une distribution dissimulée de bénéfice peut être octroyée à un actionnaire minoritaire. Il n'est pas nécessaire à cet égard que celui-ci ait une position dominante (" beherrschende Stellung ") au sein de la société, un tel élément ne constituant qu'un indice de l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice. Ce qui est déterminant, c'est que la prestation lui ait été octroyée " causa societatis " (arrêts 2C_895/2010 du 27 mai 2011 consid. 2.2.3; 2P.280/2001 du 30 avril 2002 consid. 3.1, in StE 2002 B 24.4 Nr. 67; 2A.146/1992 du 7 juin 1993, in Archives 63, p. 61, traduit in RDAF 1995, p. 47; Locher, op. cit., n° 107 ad art. 58 DBG; Danon, in op. cit., n° 130-1 ad art. 57-8 LIFD; Heuberger, op. cit., p. 209; contra: Brülisauer/Polter, in op. cit., n° 109 ss; Thomas Gehrig, Der Tatbestand der verdeckten Gewinnausschüttung an einen nahestehenden Dritten, 1998, pp. 128 ss). Quant à la notion de proche, elle englobe notamment toute personne avec laquelle la société ou l'actionnaire a des relations économiques ou personnelles qui, selon l'ensemble des circonstances, doivent être considérées comme constituant le véritable motif de la prestation insolite à imposer (cf. arrêts 2C_834/2011 du 6 juillet 2012 consid. 2.2; 2C_377/2009 du 9 septembre 2009, in RF 65/2010, p. 66; 2A.523/1997 du 29 janvier 1999 consid. 3a, in Archives 68, p. 246, traduit in RDAF 1999 II 449; A.28/1976 du 17 septembre 1976 consid. 3b, in Archives 45, 595, traduit in RDAF 1978, p. 195; <ref-ruling>, cons. 9, p. 279). Cela étant, la preuve directe que le bénéficiaire de la prestation est un actionnaire ou un proche n'est pas forcément nécessaire. Elle peut être présumée dans le cas où aucune autre explication du déroulement de l'opération insolite ne peut être trouvée (arrêt 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2, in RDAF 2009 II 560) et que cette conclusion s'impose impérativement (ATF <ref-ruling> consid. 3b p. 436 s.; <ref-ruling> consid. 9b p. 279).
6.5. En l'espèce, la transaction litigieuse a directement profité à G._, qui a payé un prix inférieur à la valeur vénale pour acquérir les actions D._ SA. Vu l'existence de l'accord qui l'a lié à B._ et C._ en 2006, il est indiscutable que G._ est un proche de ces deux actionnaires minoritaires. Cela ne permet pas encore d'en conclure qu'il doit également être considéré comme un proche de A._. Aucun élément de l'arrêt attaqué ne permet de considérer que A._ aurait voulu favoriser G._; il y a au contraire des indices que A._ souhaitait aliéner les titres D._ SA à leur valeur effective, notamment le fait que le prix de vente qui a été pratiqué était nettement supérieur à la valeur fiscale du titre pour la période 2006.
La transaction litigieuse a toutefois également indirectement bénéficié à B._ et à C._. Elle leur a en effet permis, conformément aux termes de l'accord qui les a liés à G._, d'acquérir une majorité du capital-actions de D._ SA (52%, soit 2340 titres) en ne payant que 162.39 fr. par action (cf. supra, consid. A). Même si l'on tient compte du fait qu'ils ont dû acquérir le solde des titres non revendus en 2010 (14%, soit 635 actions) au prix unitaire de 800 fr., cela correspond, en moyenne, à un prix d'achat de 298.50 fr. pour l'acquisition d'une participation de 66%, ce qui reste encore nettement inférieur au prix appliqué aux tiers, et même inférieur au prix payé par G._ lui-même. B._ et C._ n'ont pu bénéficier d'un tel avantage qu'en raison de leur statut d'actionnaire de A._. Partant, il faut admettre que A._ a procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en faveur de B._ et de C._, conformément à ce que ces derniers ont planifié d'entente avec G._.
7.
Il découle de ce qui précède que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice sont réunies. En conséquence, les recours doivent être admis en tant qu'ils concernent l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué doit être annulé en ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2006 et la décision sur réclamation du 9 octobre 2012 confirmée.
III. Impôt cantonal et communal
8.
L'art. 81 al. 1 let. a b LF est libellé de manière identique à l'<ref-law>. La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (arrêts 2C_843/2012 du 20 décembre 2012 consid. 3.1, in RF 68/2013, p. 227; 2C_961/2010 du 30 janvier 2012 consid. 8, non publié in ATF <ref-ruling> mais in StE 2012 B 24.4 Nr. 80). Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD. Le recours du Service cantonal doit par conséquent être admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué doit être annulé en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal 2006 et la décision sur réclamation du 9 octobre 2012 confirmée.
IV. Conséquences, ainsi que frais et dépens
9.
Au vu de l'issue des recours, les frais judiciaires seront mis à la charge de l'intimée, qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
La cause sera renvoyée à la Commission de recours pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure (<ref-law> a contrario ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_1082/2013 et 2C_1083/2013 sont jointes.
2.
Les recours dans les causes 2C_1082/2013 et 2C_1083/2013 sont admis en tant qu'ils concernent l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2006. L'arrêt attaqué est annulé et réformé en ce sens que le rappel d'impôt fixé par le Service cantonal dans la décision sur réclamation du 9 octobre 2012 concernant l'impôt fédéral direct 2006 est confirmé.
3.
Le recours dans la cause 2C_1082/2013 est admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2006. L'arrêt attaqué est annulé et réformé en ce sens que le rappel d'impôt fixé par le Service cantonal dans la décision sur réclamation du 9 octobre 2012 concernant l'impôt cantonal et communal 2006 est confirmé.
4.
La cause est renvoyée à la Commission de recours pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
6.
Il n'est pas alloué de dépens.
7.
Le présent arrêt est communiqué aux recourants, au mandataire de l'intimée et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais.
Lausanne, le 14 janvier 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière : Vuadens