A.- Une procédure ordinaire d'approbation des plans, au sens de l'ordonnance du 23 décembre 1932 sur les projets de construction de chemins de fer (ordonnance qui a été abrogée le 1er mars 2000 avec l'entrée en vigueur de la nouvelle ordonnance sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires [RS 742. 142.1]), a été introduite à la requête des Chemins de fer fédéraux (CFF) en vue de l'assainissement (élargissement et rehaussement) du tunnel de Saint-Blaise, sur la ligne CFF Yverdon-Bienne. L'Office fédéral des transports (OFT) a approuvé ce projet le 19 novembre 1998.
A._, B._, C._, D._, F._ et E._ (A._ et consorts), propriétaires fonciers voisins de la ligne CFF, qui s'étaient opposés au projet lors de l'enquête publique, ont recouru contre la décision de l'OFT auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC). Ce département a rejeté le recours par une décision du 30 juillet 1999.
A._ et consorts ont recouru contre ce prononcé auprès du Conseil fédéral, en critiquant en substance les effets des travaux projetés sur le site et sur les eaux souterraines. Par une décision prise le 13 septembre 2000, le Conseil fédéral a rejeté le recours, dont il avait admis la recevabilité.
B.- Agissant par la voie du recours de droit administratif, A._ et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler la décision du Conseil fédéral et de renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision. Ils se plaignent, au sujet des qualités du site, des dangers pour les eaux souterraines et de l'examen des variantes possibles pour l'assainissement du tunnel, d'une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents ainsi que d'un abus du pouvoir d'appréciation.
Il n'a pas été demandé de réponse au recours.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 83; <ref-ruling> consid. 2 p. 463 et les arrêts cités).
a) Conformément à l'art. 98 OJ, le recours de droit administratif au Tribunal fédéral n'est recevable contre les décisions du Conseil fédéral que dans un domaine particulier:
celui des rapports de service du personnel fédéral, si le droit fédéral prévoit que le Conseil fédéral statue comme autorité de première instance (let. a). Les autres décisions du gouvernement ne peuvent en principe pas faire l'objet d'un tel recours. Cette clause d'exclusion du recours de droit administratif s'applique, selon le texte clair de la loi, aux décisions prises par le Conseil fédéral comme autorité de recours (cf. art. 72 let. a de la loi fédérale sur la procédure administrative [PA; RS 172. 021]), notamment en matière d'infrastructures ferroviaires.
b) En dehors de l'hypothèse de l'art. 98 let. a OJ, la jurisprudence a admis la recevabilité du recours de droit administratif dans un autre cas où le Conseil fédéral devait statuer comme autorité de première instance, pour ordonner la confiscation et la destruction de matériel de propagande en application de l'arrêté du 29 décembre 1948 visant la propagande subversive (<ref-ruling> consid. 4 p. 420 ss). Le Tribunal fédéral s'est alors fondé directement sur l'art. 6 par. 1 CEDH, qui permet d'exiger le contrôle judiciaire d'une décision prise par une autorité publique dans une contestation sur des droits et obligations de caractère civil; il a fait prévaloir le respect de cette garantie fondamentale sur les clauses légales d'exclusion du recours de droit administratif, aucune autre voie d'accès à un tribunal n'entrant alors en considération (<ref-ruling> consid. 4d p. 424). En l'occurrence, les recourants invoquent cette jurisprudence pour demander au Tribunal fédéral d'entrer en matière, nonobstant l'art. 98 OJ. Or la situation dans laquelle ils se trouvent n'est pas comparable à celle du propriétaire du matériel de propagande confisqué, recourant dans l'affaire précitée.
Le Conseil fédéral ne s'est en effet pas prononcé comme autorité de première instance, mais comme autorité de recours de dernière instance, après un recours auprès d'une autorité administrative inférieure (le DETEC).
Les recourants auraient dû, s'ils estimaient que l'art. 6 par. 1 CEDH leur permettait d'exiger un contrôle judiciaire de l'approbation des plans de l'ouvrage ferroviaire, recourir au Tribunal fédéral contre le prononcé du DETEC, sans requérir préalablement une décision du Conseil fédéral.
Certes, au moment où ce département a statué (le 30 juillet 1999), sa décision ne pouvait en principe pas faire l'objet d'un recours de droit administratif en raison de son objet (art. 99 al. 1 let. c OJ - d'où le choix du Conseil fédéral d'admettre sa compétence). Mais, comme le Tribunal fédéral était alors l'autorité de recours ordinaire contre les décisions des départements fédéraux (art. 98 let. b OJ), sous réserve des cas énumérés aux art. 99 à 101 OJ, la bonne foi commandait aux recourants d'agir d'emblée par la voie du recours de droit administratif contre le prononcé du DETEC - le cas échéant en présentant parallèlement un recours au Conseil fédéral - pour demander une interprétation restrictive, ou en d'autres termes compatible avec l'art. 6 par. 1 CEDH, de l'art. 99 al. 1 let. c OJ (cf. <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2b/bb et les arrêts cités). En choisissant de contester la décision du DETEC exclusivement devant le Conseil fédéral, puis d'attendre le résultat de cette procédure pour se plaindre devant le Tribunal fédéral d'une lacune dans la réglementation légale des voies de recours, les recourants ont laissé se périmer leur droit de demander un contrôle judiciaire de la décision d'approbation des plans de l'ouvrage litigieux (pour autant que, dans le cas particulier, pareil droit puisse être déduit de l'art. 6 par. 1 CEDH, ce qu'il n'y a pas lieu d'examiner plus avant).
c) Il s'ensuit que le recours de droit administratif est manifestement irrecevable.
2.- Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais de justice (art. 153, 153a et 156 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral,
vu l'art. 36a OJ:
1. Déclare le recours de droit administratif irrecevable;
2. Met un émolument judiciaire de 2'000 fr. à la charge des recourants, solidairement entre eux;
3. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des recourants, aux Chemins de fer fédéraux, au Conseil fédéral suisse, au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication et, pour information, au Département de la gestion du territoire de la République et canton de Neuchâtel.
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Lausanne, le 20 octobre 2000 JIA/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,