Erwägungen:
1. Das Untersuchungsamt Uznach, Zweigstelle Flums, stellte mit Verfügung vom 3. August 2011 das Strafverfahren gegen X._ wegen Verdachts der Veruntreuung, des Betrugs und der ungetreuen Geschäftsbesorgung mangels Tatbestandes ein. Ausserdem verfügte das Untersuchungsamt, dass die auf dem Konto der SGKB liegenden Gelder beschlagnahmt und nach Rechtskraft der Verfügung der Y._GmbH ausgehändigt werden. Gegen die Einstellungsverfügung erhob X._ am 15. August 2011 Beschwerde und beantragte, dass das SGKB Konto ihm gegenüber freizugeben sei. Die Anklagekammer des Kantons St. Gallen hiess mit Entscheid vom 9. November 2011 die Beschwerde gut und hob Ziffer 2 der Einstellungsverfügung (Herausgabe der auf dem SGKB Konto liegenden Gelder) auf. Die Staatsanwaltschaft habe nach Art. 267 Abs. 5 StPO vorzugehen und den Vermögenswert einer Person zuzusprechen unter Fristansetzung an die Ansprecher zur Anhebung einer Zivilklage.
2. X._ führt mit Eingabe vom 16. Februar 2012 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der Anklagekammer des Kantons St. Gallen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab, sondern weist es zurück an die Staatsanwaltschaft. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, so dass die Zulässigkeit der Beschwerde mit Blick auf Art. 93 BGG geprüft werden muss.
Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 1.2 S. 263). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG nicht selbständig anfechten, können sie ihn doch mit dem Endentscheid anfechten, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; <ref-ruling> E. 3.2). Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer, detailliert darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 in fine; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2). Der Beschwerdeführer äussert sich nicht zu den Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 BGG. Die Beschwerde enthält somit insoweit keine hinreichende Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG. Der Beschwerdeführer macht lediglich im Rahmen seines Gesuches um aufschiebende Wirkung geltend, dass ihm ohne Gewährung der aufschiebenden Wirkung ein nicht wieder gutzumachender Nachteil erwachsen könnte. Damit legt der Beschwerdeführer jedoch nicht dar, inwiefern die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG gegeben sein sollten. Da dem Beschwerdeführer gegen die neue Verfügung der Staatsanwaltschaft wiederum alle Rechtsmittel offen stehen, ist nicht ersichtlich, inwiefern der vorliegend angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG bewirken könnte. Auf die Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 BGG nicht einzutreten.
4. Die Beschwerde erweist sich als aussichtslos. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtpflege ist daher abzuweisen (Art. 64 BGG). Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache selbst wird das vom Beschwerdeführer gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Staatsanwaltschaft und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Februar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli