Sachverhalt:
A. A.a A._ (Beschwerdeführer) war von März 1992 bis Anfang September 1994 Verwaltungsratspräsident der X._ AG. Als Vizepräsident des Verwaltungsrats der X._ AG amtete von März 1992 bis Dezember 1994 E._. F._ und G._ gehörten dem Verwaltungsrat von März bzw. April 1992 bis Dezember 1994 an. H._ war, ohne vom Verwaltungsrat formell mit der Geschäftsführung betraut worden zu sein, faktisch als Geschäftsführer der Gesellschaft tätig.
B._, C._ und D._ (Beschwerdegegner) bilden gemeinsam die Y._ Familiengesellschaft.
A.b Am 26. Mai 1993 wurde zwischen der Y._ Familiengesellschaft als Darleiherin und der X._ AG als Borgerin ein Darlehensvertrag über DM 2 Mio., rückzahlbar bis 31. Mai 1994, sowie ein Pfandvertrag abgeschlossen. Gleichentags schloss die Y._ Familiengesellschaft mit H._ einen Hinterlegungsvertrag betreffend die verpfändeten Waren ab. Dieser verbürgte sich zudem solidarisch bis zur Höhe von DM 1 Mio. für die Verbindlichkeiten der X._ AG.
Bei Fälligkeit des Darlehens der Y._ Familiengesellschaft am 31. Mai 1994 verfügte die X._ AG nicht über genügend Liquidität, um den Betrag zurückzubezahlen.
Nachdem Ende 1994 sämtliche Verwaltungsräte der X._ AG zurückgetreten waren, wurde im Januar 1995 J._ als neuer Verwaltungsrat eingesetzt und mit der Sanierung der Gesellschaft beauftragt.
Am 17. August 1995 wurde der Konkurs über die X._ AG eröffnet. Die Beschwerdegegner liessen sich in der Folge die Rechtsansprüche der Konkursmasse gegen die Geschäftsführungsorgane der Gesellschaft nach <ref-law> abtreten.
B. Die Beschwerdegegner reichten am 23. Dezember 1998 beim Handelsgericht des Kantons Bern eine aktienrechtliche Verantwortlichkeitsklage gegen den Beschwerdeführer, E._, G._, J._ sowie H._ ein mit dem Rechtsbegehren, die Beklagten seien solidarisch zur Zahlung von Fr. 2'050'491.65 zuzüglich Verzugszinsen zu 5 % seit dem 17. August 1995 zu verpflichten, wobei die Ersatzpflicht jedes Beklagten gerichtlich festzusetzen sei.
Das Verfahren, das in der Folge bis zur rechtskräftigen Erledigung der vor dem Wirtschaftsstrafgericht des Kantons Bern hängigen Strafsache sistiert war, wurde mit Verfügung vom 10. Mai 2006 wieder aufgenommen.
In der Hauptverhandlung wurde zu Beginn festgestellt, dass der Beschwerdeführer den Kostenvorschuss trotz zweimaliger Mahnung nicht bezahlt habe. Er wurde gestützt auf <ref-law>/BE für säumig erklärt und nicht zum Parteivortrag zugelassen.
Mit Entscheid vom 11. Oktober 2007 verurteilte das Handelsgericht des Kantons Bern den Beschwerdeführer sowie E._, G._ und H._, den Beschwerdegegnern den Betrag von Fr. 2'050'491.65 nebst Zins zu 5 % seit 17. August 1995 zu bezahlen. Gestützt auf <ref-law> legte es die Ersatzpflicht jedes einzelnen Beklagten wie folgt fest (wobei diese bis zum Betrag der festgelegten Ersatzpflichten untereinander solidarisch haften):
- Beschwerdeführer: Fr. 615'147.50 (30 % des Gesamtschadens) nebst Zins zu 5 % seit 17. August 1995,
- E._: Fr. 615'147.50 (30 % des Gesamtschadens) nebst Zins zu 5 % seit 17. August 1995,
- G._: Fr. 512'622.90 (25 % des Gesamtschadens) nebst Zins zu 5 % seit 17. August 1995,
- H._: Fr. 2'050'491.65 (100 % des Gesamtschadens) nebst Zins zu 5 % seit 17. August 1995.
Die Klage gegen J._ wies das Handelsgericht ab.
C. Gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 11. Oktober 2007 hat der Beschwerdeführer beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Er verlangt die Aufhebung des Urteils des Handelsgerichts sowie primär die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, subsidiär die Abweisung der Klage.
Mit Präsidialverfügung vom 18. Januar 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.
Die Beschwerdegegner schliessen in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Vorinstanz äussert sich in ihrer Vernehmlassung insbesondere zu den das kantonale Zivilprozessrecht betreffenden Fragen und verweist im Übrigen auf ihre Urteilsbegründung.

Erwägungen:
1. Nach <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen. Das bedeutet, dass der kantonale Rechtsmittelzug ausgeschöpft sein muss, bevor die Beschwerde an das Bundesgericht offensteht.
1.1 Gemäss <ref-law>/BE kann im Kanton Bern gegen ein Urteil des Handelsgerichts mit Nichtigkeitsklage geltend gemacht werden, der Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt worden (Bernhard Berger/Andreas Güngerich, Zivilprozessrecht, Bern 2008, Rz. 1078 ff. und 1087 ff.; Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl., Bern 2000, N. 1a der Bem. vor <ref-law>/BE). Soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz eine Verletzung des Gehörsanspruchs vorwirft, weil es ihm verweigert habe, sich nach Abschluss des Beweisverfahrens im Rahmen eines Schlussplädoyers mündlich zum Beweisergebnis zu äussern, kann darauf nicht eingetreten werden. Entsprechendes gilt, soweit er die Gehörsrüge damit begründet, das Verhältnismässigkeitsprinzip sei verletzt bzw. der Kerngehalt des Anspruchs auf rechtliches Gehör sei tangiert.
1.2 Der Beschwerdeführer vermengt seine Rüge der willkürlichen Anwendung von kantonalem Prozessrecht mit derjenigen der Verletzung des Gehörsanspruchs. Der von ihm erhobenen Willkürrüge kommt keine selbständige Bedeutung zu. Der Beschwerdeführer anerkennt, dass die in Art. 57 Abs. 1 und 2 ZPO/BE normierte Regelung, wonach auch von der beklagten Partei und unter Androhung der Säumnisfolgen gemäss <ref-law>/BE ein Vorschuss für die mutmasslichen Gerichtskosten verlangt werden kann, den verfassungsrechtlichen Anspruch auf rechtliches Gehör nicht verletzt, wie vom Bundesgericht entschieden (<ref-ruling> E. 4c S. 245 f.). Er bringt zusammen mit der Gehörsrüge jedoch vor, die kantonale Zivilprozessordnung stelle keine genügende gesetzliche Grundlage dar, um es einem säumigen Beklagten zu verweigern, sich am Schluss des Beweisverfahrens im Rahmen eines Schlussplädoyers zum Beweisergebnis äussern zu können. Er sieht in einer solchen Folge eine willkürliche Anwendung des kantonalen Prozessrechts. Zur Begründung der Willkürrüge unterbreitet er dem Bundesgericht aber lediglich seine eigene Auffassung, ohne nach <ref-law> im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern die vorinstanzliche Anwendung des kantonalen Prozessrechts offensichtlich unhaltbar sein oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen soll (vgl. <ref-ruling> E. 6; <ref-ruling> E. 2a S. 3 f.). Mangels rechtsgenügender Begründung kann auch auf die Willkürrüge nicht eingetreten werden.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 mit Hinweisen).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich dabei nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4. Ferner die im altrechtlichen Berufungsverfahren ergangenen Urteile BGE <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 1c, je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich dabei nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4. Ferner die im altrechtlichen Berufungsverfahren ergangenen Urteile BGE <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 1c, je mit Hinweisen).
2.3 2.3.1 Diesen Anforderungen genügt die Beschwerde über weite Strecken nicht. So ficht der Beschwerdeführer die Schadensberechnung der Vorinstanz im Zusammenhang mit der gegenleistungslosen Übertragung des Warenlagers an H._ mit der Begründung an, die Vorinstanz stütze sich beim festgestellten Schaden von Fr. 700'000.-- lediglich auf die Aussagen von H._ im Rahmen des Strafverfahrens, obschon dieser sowohl im Strafverfahren als auch im Zivilverfahren sehr unterschiedliche Werte genannt habe. Es gehe nicht an, so der Beschwerdeführer, im Rahmen eines aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsprozesses bei der Beweiserhebung betreffend Schadensnachweis einzig und allein auf eine isolierte Aussage eines Mitbeklagten im Strafverfahren abzustellen. Der Beweis, dass die Gesellschaft überhaupt einen Schaden erlitten habe, sei daher nicht erbracht worden.
Die Vorinstanz setzte sich mit den vom Beschwerdeführer vorgebrachten Elementen auseinander und stellte mit dem Betrag von Fr. 700'000.-- auf den tiefsten von H._ im Strafverfahren angegebenen Wert des Warenlagers ab. Der Beschwerdeführer zeigt mit seiner Rüge vorliegend nicht auf, inwiefern diese Beweiswürdigung unhaltbar sein soll. Er wendet sich vielmehr lediglich gegen das von der Vorinstanz angenommene Beweisergebnis, ohne rechtsgenügend zu begründen, inwiefern dieses offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen soll (<ref-law>). Darauf kann nicht eingetreten werden.
2.3.2 Entsprechendes gilt für die Rüge des Beschwerdeführers, auch betreffend Checkkreisverkehr sei den Beschwerdegegnern der Beweis des Schadens nicht gelungen.
Der Beschwerdeführer wehrt sich unter Berufung auf <ref-law> gegen die Feststellung der Vorinstanz, die X._ AG habe infolge des Checkkreisverkehrs einen Schaden von "rund Fr. 1.5 Mio." erlitten. Er verkennt mit seiner Rüge, dass die Vorinstanz vorliegend keine Schadensschätzung nach <ref-law> vorgenommen hat, als sie den durch den Checkkreisverkehr verursachten Schaden gestützt auf Expertenaussagen auf "rund Fr. 1.5 Mio." veranschlagt hat. Nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid war der von H._ verursachte Schaden mit insgesamt Fr. 2.6 Mio. (Fr. 415'700.-- + Fr. 700'000.-- + rund Fr. 1.5 Mio.) auf jeden Fall grösser als der von den Beschwerdegegnern eingeklagte Schadenersatzanspruch von Fr. 2'050'491.65. Aus diesem Grund erübrigte sich eine detaillierte Berechnung im Frankenbereich betreffend die "rund Fr. 1.5 Mio." aus dem Checkkreisverkehr. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers wurde den Beschwerdegegnern keine Beweiserleichterung nach <ref-law> gewährt, weshalb er sich erfolglos auf diese Bestimmung beruft. Auch eine Verkennung des Rechtsbegriffs des Schadens oder ein Verstoss gegen Rechtsgrundsätze der Schadensberechnung kann darin nicht erblickt werden.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht unter Hinweis auf <ref-law> und <ref-law> im Weiteren geltend, die Vorinstanz habe sich im angefochtenen Entscheid damit begnügt, den geltend gemachten Schaden mit der im Konkurs kollozierten Forderung gleichzusetzen, obwohl gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2.3.3) die Gesamtheit der rechtskräftig kollozierten Forderungen keine bundesrechtlich verbindliche Grundlage bilde, die der Schadensberechnung zugrunde zu legen wäre. Im Zusammenhang mit dem durch die Garantieerklärung entstandenen Schaden habe die Vorinstanz lediglich festgehalten, die Bank Z._ habe die X._ AG aus dieser Garantie in Anspruch genommen, da der Betrag von DM 500'000.-- im Konkurs eingegeben worden sei. Die Vorinstanz stütze ihre Schadensberechnung auf die Tatsache der rechtskräftigen Kollokation dieser Forderung im Konkurs, was unzulässig sei.
3.2 Der Beschwerdeführer vermag mit seinen Vorbringen keine Bundesrechtsverletzung darzutun. Die Vorinstanz hat zur Garantieerklärung über DM 500'000.-- ausgeführt, die Garantieerklärung der X._ AG sei ohne jegliche Gegenleistung erfolgt und in keiner Weise geschäftsmässig begründet gewesen. Zwar erwähnte die Vorinstanz auch, dass die Bank Z._ in der Folge die X._ AG aus dieser Garantie in Anspruch genommen habe und diese Forderung im Konkurs kolloziert worden sei. Der vorliegend relevante Schaden, also die unfreiwillige Vermögenseinbusse, die der konkursiten Gesellschaft durch die pflichtwidrigen Handlungen ihrer Organe entstanden ist, ergibt sich nach den vorinstanzlichen Erwägungen jedoch aus dem Eingehen einer Verpflichtung ohne entsprechende Gegenleistung. Mit der Feststellung, die Bank Z._ habe in der Folge die X._ AG aus der Garantie in Anspruch genommen und den Garantiebetrag im Konkurs eingegeben, erwog die Vorinstanz lediglich, dass die auf dem Garantieversprechen beruhende Verpflichtung tatsächlich entstanden sei. Die Vergrösserung der Schulden im Ausmass der Verpflichtung infolge pflichtwidriger Gewährung der Garantie stellt einen Schaden der Gesellschaft dar. In der entsprechenden Erwägung der Vorinstanz ist keine Bundesrechtsverletzung zu erkennen.
Der angefochtene Entscheid steht - entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers - auch in keinem Widerspruch zur bundesgerichtlichen Rechtsprechung, wonach die Gesamtheit der rechtskräftig kollozierten Forderungen keine bundesrechtlich verbindliche Grundlage für die Schadensberechnung infolge verspäteter Konkurserklärung bildet (siehe <ref-ruling> E. 2.3.3). Weder steht im vorliegenden Fall eine durch verspätete Konkursanmeldung verursachte Schädigung in Frage, noch hat die Vorinstanz die Gesamtheit der rechtskräftig kollozierten Forderungen als erheblich erachtet. Auch aus dem vom Beschwerdeführer erwähnten Entscheid, wonach ein Kläger im Verantwortlichkeitsprozess den von ihm geltend gemachten Schaden offensichtlich nicht mit dem Hinweis substantiieren kann, dass er im Konkurs mit einer bestimmten Forderung kolloziert worden sei (Urteil 4C.275/2000 vom 24. April 2001, E. 3a), lässt sich nichts zugunsten des Beschwerdeführers ableiten, da die Vorinstanz bei der Schadensberechnung keineswegs auf die Kollokation der Forderung der Beschwerdegegner abgestellt hat. Inwiefern die Vorinstanz <ref-law> bzw. <ref-law> verletzt haben soll, legt der Beschwerdeführer im Übrigen nicht rechtsgenügend dar und ist auch nicht ersichtlich.
4. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 9'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Leemann