Sachverhalt:
A.
Am 23. Juli 2007 bewilligte der Gemeinderat der Einwohnergemeinde Wohlen ein Baugesuch der Z._ AG für eine Arealüberbauung auf der Parzelle Nr. 607 in Wohlen. Der Regierungsrat des Kantons Aargau hiess eine von X._ und Y._ gegen das Projekt erhobene Beschwerde am 2. April 2008 gut und hob die Baubewilligung auf. Auf Beschwerden der Einwohnergemeinde Wohlen und der Z._ AG hin hob das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau den Entscheid des Regierungsrats am 16. Juni 2009 auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an ihn zurück. In der Folge befasste sich der Regierungsrat erneut mit der von X._ und Y._ gegen die Baubewilligung erhobenen Beschwerde. Am 30. Juni 2010 wies er die Beschwerde ab und bestätigte die vom Gemeinderat erteilte Baubewilligung. Gegen den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 erhoben X._ und Y._ Beschwerde, welche vom Verwaltungsgericht am 16. November 2011 abgewiesen wurde.
B.
Eine von X._ und Y._ gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 16. November 2011 erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht am 7. August 2012 teilweise gut. Das Bundesgericht erwog, das Verwaltungsgericht habe bei der Auferlegung der Verfahrens- und Parteikosten zu Unrecht überhaupt nicht berücksichtigt, dass X._ und Y._ nur deshalb (vollständig) unterlagen, weil das Verwaltungsgericht einen Verfahrensfehler des Regierungsrats geheilt habe. Das Verwaltungsgericht hätte zudem den Entscheid des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 insoweit anpassen müssen, als damit X._ und Y._ ihr Anteil an den Verfahrenskosten und der Entschädigung an die Gegenpartei (neben dem Anteil einer weiteren Beschwerdeführerin) voll auferlegt worden sei. Das Bundesgericht hob die entsprechenden Ziffern des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 16. November 2011 sowie des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat sowie dem Verwaltungsgericht an das Verwaltungsgericht zurück. Im Übrigen wies das Bundesgericht die Beschwerde von X._ und Y._ ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 1C_98/2012).
C.
Das Verwaltungsgericht entschied am 30. Oktober 2012:
"1. 1.1.
Dispositiv-Ziffer 2 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird bezüglich dem X._ und Y._ auferlegten Verfahrenskostenanteil von Fr. 1'947.50 wie folgt angepasst: X._ und Y._ haben unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 1'298.35 zu bezahlen. Die restlichen Fr. 649.15 gehen zu Lasten des Staates.
1.2.
Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird bezüglich dem X._ und Y._ auferlegten Parteikostenanteil in Höhe von Fr. 8'568.70 wie folgt angepasst: X._ und Y._ haben unter solidarischer Haftbarkeit der Z._ AG, Muri, Fr. 5'712.45 an die Parteikosten zu ersetzen. Die restlichen Fr. 2'856.25 werden der Z._ AG aus der Staatskasse (Regierungsrat) entschädigt.
Dispositiv-Ziffer 3 des Entscheids des Regierungsrats vom 30. Juni 2010 wird bezüglich dem X._ und Y._ auferlegten Parteikostenanteil in Höhe von Fr. 8'568.70 wie folgt angepasst: X._ und Y._ haben unter solidarischer Haftbarkeit der Z._ AG, Muri, Fr. 5'712.45 an die Parteikosten zu ersetzen. Die restlichen Fr. 2'856.25 werden der Z._ AG aus der Staatskasse (Regierungsrat) entschädigt.
2. Die verwaltungsgerichtlichen Verfahrenskosten, bestehend aus einer Staatsgebühr von Fr. 10'000.-- sowie der Kanzleigebühr und den Auslagen von Fr. 786.--, gesamthaft Fr. 10'786.--, sind von den Beschwerdeführern zu 2/3, d.h. mit Fr. 7'190.65, und vom Regierungsrat zu 1/3, d.h. mit Fr. 3'595.35, zu bezahlen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch.
2. Die verwaltungsgerichtlichen Verfahrenskosten, bestehend aus einer Staatsgebühr von Fr. 10'000.-- sowie der Kanzleigebühr und den Auslagen von Fr. 786.--, gesamthaft Fr. 10'786.--, sind von den Beschwerdeführern zu 2/3, d.h. mit Fr. 7'190.65, und vom Regierungsrat zu 1/3, d.h. mit Fr. 3'595.35, zu bezahlen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch.
3. 3.1.
Die der Beschwerdegegnerin 1 vor Verwaltungsgericht entstandenen Parteikosten in Höhe von Fr. 11'162.90 (inkl. Auslagen und MWSt) sind zu 2/3, d.h. zu Fr. 7'441.95, von den Beschwerdeführern und zu 1/3, d.h. zu Fr. 3'720.95, vom Regierungsrat zu ersetzen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch.
3.2.
Die der Beschwerdegegnerin 2 vor Verwaltungsgericht entstandenen Parteikosten in Höhe von Fr. 14'811.80 (inkl. Auslagen und MWSt) sind zu 2/3, d.h. zu Fr. 9'874.55, von den Beschwerdeführern und zu 1/3, d.h. zu Fr. 4'937.25, vom Regierungsrat zu ersetzen. Die Beschwerdeführer haften für ihren Anteil von 2/3 solidarisch."
D.
Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 30. Oktober 2012 haben X._ und Y._ am 10. Dezember 2012 gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, die Dispositiv-Ziffern 1.2 sowie 3.1 und 3.2 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben bzw. durch eine Regelung der ihnen in den kantonalen Verfahren vor Regierungsrat und Verwaltungsgericht entstandenen Parteikosten zu ergänzen. Eventualiter sei die Regelung der Kosten für alle Parteien vorzunehmen. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerinnen und der Regierungsrat haben sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1.
Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
In ihrem Urteil vom 30. Oktober 2012 auferlegte die Vorinstanz den Beschwerdeführern einen Anteil an die Kosten des Beschwerdeverfahrens vor dem Regierungsrat (Dispositiv-Ziffer 1.1) und vor der Vorinstanz (Dispositiv-Ziffer 2). Insoweit blieb der Entscheid der Vorinstanz unangefochten. Die Beschwerde richtet sich einzig gegen die von der Vorinstanz getroffene Regelung hinsichtlich der Verlegung der Parteikosten für das Verfahren vor dem Regierungsrat (Dispositiv-Ziffer 1.2) und der Vorinstanz (Dispositiv-Ziffer 3.1 und 3.2).
3.
Die Beschwerdeführer machen geltend, die von der Vorinstanz vorgenommene Verlegung der Parteikosten für das Verfahren vor dem Regierungsrat und der Vorinstanz verletze § 32 Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Aargau vom 4. Dezember 2007 (VRPG) in willkürlicher Weise (Art. 9 BV) und verstosse gegen Art. 8 Abs. 1 BV. Es gehe nicht an, ihnen ihre eigenen Parteikosten ungeschmälert zu überlassen.
3.1. Gemäss § 32 Abs. 2 VRPG werden die Parteikosten im Beschwerdeverfahren in der Regel nach Massgabe des Unterliegens und Obsiegens auf die Parteien verlegt. Ein Abweichen von der Auferlegung der Parteikosten gemäss dem Unterliegerprinzip ist demnach in begründeten Fällen möglich.
Wie das Bundesgericht im Urteil 1C_98/2012 vom 7. August 2012 festgestellt hat, hat die Vorinstanz in ihrem Urteil vom 16. November 2011 eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) durch den Regierungsrat im Ergebnis bejaht. Die Beschwerdeführer unterlagen vor der Vorinstanz demzufolge nur deshalb (vollständig), weil der Verfahrensmangel von der Vorinstanz geheilt wurde (a.a.O., E. 9.2). Der Fall, dass ein Beschwerdeführer nur deshalb (vollständig) unterliegt, weil ein Verfahrensfehler von der Rechtsmittelinstanz geheilt worden ist, ist im VRPG zwar nicht ausdrücklich geregelt. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist diesem Umstand bei der Regelung der Entschädigungsfolgen aber grundsätzlich angemessen Rechnung zu tragen, wobei der Vorinstanz bei der Auferlegung der Verfahrens- und Parteikosten insgesamt ein weiter Spielraum zukommt (a.a.O., E. 9.3).
3.2. Willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtssatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 7.1 S. 51 mit Hinweisen).
Die Vorinstanz ist bei der Verlegung der Parteikosten vom Grundsatz von § 32 Abs. 2 VRPG abgewichen, wonach die Parteikosten im Beschwerdeverfahren in der Regel nach Massgabe des Unterliegens und Obsiegens auf die Parteien verlegt werden, und hat die Beschwerdeführer trotz vollständigen Unterliegens lediglich zur Bezahlung von zwei Dritteln der gegnerischen Parteikosten für das Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat sowie der Vorinstanz verpflichtet. Den restlichen Drittel der gegnerischen Parteikosten auferlegte sie jeweils dem Regierungsrat. Mit dieser Regelung hat die Vorinstanz dem Umstand, dass der Regierungsrat einen Verfahrensfehler begangen hatte und die Beschwerdeführer vor der Vorinstanz nur deshalb (vollständig) unterlagen, weil der Verfahrensfehler geheilt worden ist, angemessen Rechnung getragen, ohne den ihr bei der Verlegung der Parteikosten zuzugestehenden weiten Spielraum zu überschreiten. Dass die Beschwerdeführer ihre eigenen Parteikosten für das Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat sowie der Vorinstanz selber tragen müssen, ist unter den gegebenen Umständen nicht willkürlich im Sinne von Art. 9 BV. Daran ändert auch der Einwand der Beschwerdeführer nichts, ihre Parteikosten seien wesentlich höher ausgefallen, als diejenigen der Gegenparteien.
3.3. Der Rechtsgleichheitsgrundsatz nach Art. 8 Abs. 1 BV verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Der Anspruch auf rechtsgleiche Behandlung wird insbesondere verletzt, wenn hinsichtlich einer entscheidwesentlichen Tatsache rechtliche Unterscheidungen getroffen werden, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder wenn Unterscheidungen unterlassen werden, die aufgrund der Verhältnisse hätten getroffen werden müssen (<ref-ruling> E. 5.3 S. 29 mit Hinweis).
Im Gegensatz zu den Beschwerdeführern haben die Gegenparteien im Beschwerdeverfahren vor dem Regierungsrat sowie der Vorinstanz vollständig obsiegt. Für die von der Vorinstanz bei der Verlegung der Parteikosten getroffene Lösung bestehen vernünftige Gründe. Eine Verletzung von Art. 8 Abs. 1 BV ist nicht ersichtlich.
4.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (vgl. Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind nicht auszurichten, zumal sich die Beschwerdegegnerinnen im vorliegenden Verfahren nicht vernehmen liessen (vgl. Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle