Sachverhalt:
A. Die am 2. Februar 1991 geborene A._ lebte auf Grund einer Einweisung durch die Vormundschaftsbehörde im Wohn- und Schulheim S._. Am 10. März 2006 riss sie aus und wurde von der Familie X._, mit deren Sohn B._ sie befreundet gewesen war, aufgenommen. Am 3. April 2006 wurde A._ von der Appenzeller Kantonspolizei am Wohnort der Familie X._ in Herisau aufgespürt und zurückgeschickt.
1 Mit Strafverfügung vom 27. April 2007 bestrafte das Verhöramt Appenzell A.Rh. X._ wegen Entziehens von Unmündigen im Sinne von <ref-law> zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu 30 Franken und auferlegte ihr die Verfahrenskosten von 170 Franken. Es erwog, sie habe eine unmündige Person dem Inhaber der vormundschaftlichen Gewalt entzogen, indem sie sie beherbergt habe, und dadurch den Tatbestand des Entziehens von Unmündigen erfüllt.
2 Auf Einsprache von X._ hin stellte das Verhöramt das Verfahren am 11. Dezember 2007 ein. Es auferlegte ihr die Verfahrenskosten und verweigerte ihr eine Entschädigung. Es erwog, X._ habe A._ aufgenommen, obwohl sie gewusst habe, dass diese sich im Wohn- und Schulheim S._ aufhalten müsste. Es könne ihr aber nicht nachgewiesen werden, dass sie deren Rückführung aktiv hintertrieben habe. Sie habe auch nie abgestritten, dass sich A._ bei ihrer Familie aufhalte. Eine Anzeigepflicht habe für sie nicht bestanden.
3 X._ rekurrierte gegen die Kostenauflage und die Verweigerung einer Entschädigung.
4 Die Staatsanwaltschaft wies den Rekurs am 11. Februar 2008 kostenpflichtig ab. Sie erwog, einer Freigesprochenen könnten nach Art. 242 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons A.Rh. die Kosten auferlegt werden, wenn sie das Strafverfahren durch verwerfliches oder unkorrektes Verhalten veranlasst oder dessen Durchführung erschwert habe. Nach der Rechtsprechung sei dies der Fall, wenn Widerrechtlichkeit im Sinne von <ref-law> gegeben sei, wenn sie gegen privat-, straf- oder verwaltungsrechtliche Normen verstossen habe, die direkt oder indirekt das Vermeiden schädigender Handlungen vorschrieben. Unter den gleichen Voraussetzungen könne von der Zusprechung einer Parteientschädigung abgesehen werden.
Vorliegend sei X._ nach der Ansicht des Verhöramts zwar kein strafrechtliches Verschulden vorzuwerfen. Umgekehrt aber gelte es festzuhalten, dass sie von Anfang an gewusst habe, dass A._ von der Vormundschaftsbehörde in ein Heim eingewiesen wurde und daraus geflohen sei. Dessen ungeachtet habe sie die Flüchtige fast einen Monat bei sich aufgenommen, ohne etwas zu unternehmen oder jemanden zu informieren. Wenn das Verhöramt lediglich von einem strafrechtlichen Grenzfall ausgehe, so sei dies sehr grosszügig und nur auf Grund der gesamten Umstände vertretbar. Hingegen habe sie mit ihrem Verhalten zumindest zivilrechtliche oder gesellschaftliche (Rechts-)Normen verletzt. Sie sei zwar nicht verpflichtet gewesen, das flüchtige Mädchen der Polizei zu überstellen. Hingegen hätte es zu ihrer Pflicht und Verantwortung gehört, die verantwortlichen Stellen über den Verbleib des Mädchens zu orientieren. Es hätte sich für sie einerseits aus dem gesellschaftlichen Zusammenleben und anderseits aus der konkreten Situation die Pflicht ergeben, die zuständigen staatlichen Stellen zu informieren. Indem sie dies unterlassen habe, habe sie die Einleitung des Strafverfahrens verschuldet.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten des Kantons Appenzell Rh. aufzuheben. Für das Verfahren vor Vorinstanz sei ihr eine angemessene Entschädigung zuzusprechen, eventuell sei das Verfahren zu neuem Entscheid im Kostenpunkt an das Verhöramt zurückzuweisen. Für das Verfahren vor Bundesgericht ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Der Verhörrichter verzichtet auf Vernehmlassung, währenddem der Staatsanwalt beantragt, die Beschwerde kostenfällig abzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin rügt, es sei verfassungs- und konventionswidrig, ihr die Verfahrenskosten zu überbinden und eine Parteientschädigung zu verweigern.
1.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK dürfen einem Angeschuldigten bei Einstellung des Verfahrens nur Kosten auferlegt werden, wenn er durch ein unter rechtlichen Gesichtspunkten vorwerfbares Verhalten die Einleitung des Strafverfahrens veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Bei der Kostenpflicht des aus dem Verfahren entlassenen Angeschuldigten handelt es sich nicht um eine Haftung für ein strafrechtliches Verschulden, sondern um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für ein fehlerhaftes Verhalten, durch das die Einleitung oder Erschwerung des Prozesses verursacht wurde. Gemäss <ref-law> ist zum Ersatz verpflichtet, wer einem anderen widerrechtlich Schaden zufügt, sei es mit Absicht, sei es aus Fahrlässigkeit. Im Zivilrecht wird demnach eine Haftung ausgelöst, wenn jemandem durch ein widerrechtliches und - abgesehen von den Fällen der Kausalhaftung - schuldhaftes Verhalten ein Schaden zugefügt wird. Widerrechtlich im Sinne von <ref-law> ist ein Verhalten, wenn es gegen Normen verstösst, die direkt oder indirekt Schädigungen untersagen bzw. ein Schädigungen vermeidendes Verhalten vorschreiben. Solche Verhaltensnormen ergeben sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung, unter anderem aus Privat-, Verwaltungs- und Strafrecht, gleichgültig, ob es sich um eidgenössisches oder kantonales, geschriebenes oder ungeschriebenes Recht handelt. Es ist mit der in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK festgelegten Unschuldsvermutung vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine solche Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b mit Hinweisen). Unzulässig ist es dagegen, die Kostenauflage damit zu begründen, der Angeschuldigte habe sich strafbar gemacht bzw. ihn treffe ein strafrechtliches Verschulden (<ref-ruling> E. 2e S. 175; 1P.372/2000 in ZBl 102/2001 S. 141 E. 3b).
1.2 Mit der rechtskräftigen Einstellung des Strafverfahrens gegen die Beschwerdeführerin ist davon auszugehen, dass das ihr vorgeworfene Verhalten - das Beherbergen eines minderjährigen Mädchens, von dem sie wusste, dass es aus einem Erziehungsheim ausgerissen war, während knapp eines Monats, ohne die Polizei, die zuständige Vormundschaftsbehörde oder die Eltern zu benachrichtigen - strafrechtlich nicht relevant ist. Die Staatsanwaltschaft stellt dagegen im angefochtenen Entscheid fest, das Verhöramt sei "sehr grosszügig" gewesen, wenn es von einem strafrechtlichen Grenzfall ausgehe. Da im Zweifel - also bei Vorliegen eines Grenzfalls - Anklage zu erheben ist, kann dies nur so verstanden werden, dass sie damit die (notabene von ihr genehmigte) Einstellung kritisiert und zum Ausdruck bringt, dass sie den strafrechtlichen Vorwurf gegen die Beschwerdeführerin für begründet hält und ihr deswegen wenigstens die Verfahrenskosten überbinden möchte. Eine derart begründete Kostenauflage stellt eine verfassungs- und konventionsrechtlich verpönte Verdachtsstrafe dar. Die Staatsanwaltschaft nennt denn auch keine zivil- oder verwaltungsrechtliche Norm, welche die Beschwerdeführerin verpflichtet hätte, den Aufenthaltsort des Mädchens der Polizei, der zuständigen Vormundschaftsbehörde oder den Eltern zu melden. Die angefochtene Kostenauflage ist daher mit <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK nicht vereinbar. Da sich nach den Ausführungen der Staatsanwaltschaft die Zusprechung einer Parteientschädigung nach den gleichen Kriterien richtet wie die Verlegung der Kosten, erweist sich damit auch die Verweigerung einer solchen als willkürlich.
1.3 Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Da allseits anerkannt ist, dass die Beschwerdeführerin nicht in der Lage war, sich selber zu verteidigen, der vom Verteidiger geltend gemachte Aufwand von insgesamt 6,25 Stunden für das erst- und das zweitinstanzliche kantonale Verfahren angemessen und der Stundenansatz von 200 Franken plus Spesenpauschale nicht übersetzt erscheint, ist die Angelegenheit spruchreif und kann vom Bundesgericht ohne Rückweisung reformatorisch entschieden werden. Somit sind von allen Instanzen keine Kosten zu erheben, und der Kanton Appenzell A.Rh. hat die Beschwerdeführerin für das kantonale und das bundesrechtliche Verfahren angemessen zu entschädigen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verteidigung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Appenzell A.Rh. vom 11. Februar 2008 aufgehoben.
2. Es werden weder für das kantonale noch für das bundesgerichtliche Verfahren Kosten erhoben.
3. Der Kanton Appenzell A.Rh. hat der Beschwerdeführerin für das kantonale Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'398.80 und für das bundesgerichtliche Verfahren eine solche von Fr. 1'500.--, insgesamt Fr. 2'898.80, zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Staatsanwaltschaft des Kantons Appenzell A.Rh. schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. August 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi