A.- Le 26 juillet 2000, le Procureur général de la République et canton du Jura a ordonné une perquisition dans le magasin "X._", aux fins de saisir "tous objets en relation avec un trafic (vente) de produits consommables comme stupéfiants, y compris les plants cultivés et mis en vente". Ce commerce appartient à C._. La police cantonale a procédé à la perquisition le 27 juillet 2000; elle a notamment saisi vingt-cinq plants de chanvre, en les coupant.
Le 23 août 2000, C._ a déposé une plainte pénale contre inconnu, pour dommages à la propriété (<ref-law>). Il reprochait aux policiers d'avoir coupé les plants de chanvre, au lieu de les emmener dans leurs pots.
B.- Le 20 septembre 2000, le Substitut du Procureur général a décidé de ne pas donner suite à la plainte pénale.
C._ a recouru contre ce classement auprès de la Chambre d'accusation du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, en demandant la mise en oeuvre de poursuites pénales après sa plainte. Le Président de cette Chambre a fixé un délai de réponse au Substitut du Procureur général et à l'inspecteur de police ayant effectué la perquisition.
Le Substitut du Procureur général a déposé ses déterminations le 26 octobre 2000, en indiquant à titre préliminaire qu'il avait requis de la Cheffe de la police de sûreté ainsi que de l'inspecteur compétent toutes les explications nécessaires quant aux conditions d'exécution de la perquisition; aussi ces fonctionnaires de police n'ont-ils pas déposé de réponse au recours.
La Chambre d'accusation, qui n'a pas ordonné de nouvelles mesures d'instruction - et qui n'a en particulier pas communiqué au recourant la réponse déposée par le Ministère public -, a rejeté le recours par un arrêt rendu le 20 novembre 2000. Elle a considéré en substance qu'en coupant les plants de chanvre lors de la perquisition, les policiers n'avaient pas agi dans le dessein de causer un dommage, la saisie ordonnée par le Procureur général devant de toute manière entraîner la destruction de ces plants, conformément à la pratique habituelle; c'est pourquoi l'infraction de dommages à la propriété (<ref-law>) n'était pas réalisée. Les policiers pouvaient en outre se prévaloir de l'<ref-law> (devoir de fonction) et, vu la faible valeur vénale des plants, ils pouvaient penser que leur action était "proportionnée aux circonstances". L'arrêt se réfère sur ces différents points aux indications données dans sa réponse par le Substitut du Procureur général.
C.- Agissant par la voie du recours de droit public, C._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Chambre d'accusation. Il se plaint d'une application arbitraire (cf. art. 9 Cst.) des dispositions du code de procédure pénale (CPP/JU) relatif aux perquisitions et saisies, d'une violation du droit d'être entendu ainsi que des garanties générales de procédure (art. 29 Cst. , en relation avec l'art. 6 par. 1 CEDH), et d'une violation de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.).
Le Substitut du Procureur général et la Chambre d'accusation concluent au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2a p. 42; <ref-ruling> consid. 1 p. 209 et les arrêts cités).
a) La qualité pour agir par la voie du recours de droit public est définie à l'art. 88 OJ. Ce recours est ouvert uniquement à celui qui est atteint par l'acte attaqué dans ses intérêts personnels et juridiquement protégés. Le recours formé pour sauvegarder l'intérêt général ou ne visant qu'à préserver des intérêts de fait est en revanche irrecevable (<ref-ruling> consid. 1a p. 44, 81 consid. 3b p. 85 et les arrêts cités). Selon une jurisprudence constante, le plaignant ou lésé - sous réserve des cas d'application de la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infraction (LAVI; RS 312. 5), qui n'entre manifestement pas en considération en l'espèce (cf. <ref-law> et <ref-ruling> consid. 2a p. 268) - n'a en principe pas qualité pour recourir contre un non-lieu ou un refus d'ouvrir une procédure pénale; il n'est pas atteint dans ses intérêts juridiquement protégés par la décision de ne pas poursuivre ou punir l'auteur d'une prétendue infraction, car l'action pénale appartient exclusivement à l'Etat et ne profite qu'indirectement au lésé (<ref-ruling> consid. 1a p. 99; <ref-ruling> consid. 1b p. 255; <ref-ruling> consid. 3b p. 324 et les arrêts cités).
Celui qui n'a pas qualité pour recourir sur le fond peut cependant, s'il avait qualité de partie dans la procédure cantonale, se plaindre d'un déni de justice formel, ou en d'autres termes de la violation des garanties formelles offertes aux parties par le droit cantonal de procédure ou par le droit constitutionnel, notamment le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst. , art. 4 aCst). L'intérêt juridiquement protégé exigé par l'art. 88 OJ découle alors du droit de participer, comme plaignant ou partie civile, à la procédure cantonale. La partie recourante ne saurait toutefois, par ce biais, remettre en cause la décision attaquée sur le fond, en critiquant l'appréciation des preuves ou en faisant valoir que la motivation retenue serait matériellement fausse (<ref-ruling> consid. 3b p. 86; <ref-ruling> consid. 3b p. 94; <ref-ruling> consid. 3b p. 324 et les arrêts cités).
b) Il en résulte que le recours de droit public est irrecevable en tant qu'il critique les motifs qui ont conduit la Chambre d'accusation à confirmer le classement de la plainte et qu'il dénonce, à ce propos, une application arbitraire des dispositions cantonales sur les saisies et perquisitions (art. 95 et 189 CPP/JU) ainsi qu'une violation de la garantie de la propriété. En revanche, le recourant peut se plaindre d'une violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Il y a donc lieu, dans cette mesure, d'entrer en matière, les autres conditions de recevabilité du recours de droit public étant manifestement remplies (cf. art. 86, 89 et 90 OJ).
2.- Invoquant le droit d'être entendu, le recourant se plaint de n'avoir pas eu connaissance, avant la notification de la décision attaquée, du contenu de la réponse du Ministère public à son recours à la Chambre d'accusation, ni d'autres déterminations éventuelles de la police cantonale.
Il n'a pas pu faire valoir ses arguments à ce propos, alors que la décision attaquée est fondée principalement sur des éléments communiqués par le Substitut du Procureur général.
a) Le droit d'être entendu, selon l'art. 29 al. 2 Cst. (qui reprend les garanties déduites de l'art. 4 aCst.), inclut le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 2 p. 131/132; <ref-ruling> consid. 3a p. 51 et les arrêts cités). De façon générale, la notion de procès équitable (cf. art. 29 al. 1 Cst. , art. 6 par. 1 CEDH) implique en principe le droit pour les parties de prendre connaissance de toute pièce ou observation présentée aux juges et de la discuter (arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme du 28 juin 2001 dans l'affaire F.R. c. Suisse, § 36). Le recourant se prévaut des garanties générales de procédure et du droit au procès équitable, mais ce moyen se confond en l'occurrence avec celui tiré du droit d'être entendu.
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, on ne saurait déduire de l'art. 29 al. 2 Cst. une obligation générale de transmettre dans tous les cas au recourant la réponse de l'autorité dont la décision est attaquée. Cependant, lorsque cette autorité n'a pas - ou pas suffisamment - motivé sa décision et n'a indiqué en détail les motifs de cette décision que dans sa réponse, l'autorité de recours viole le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par la Constitution fédérale, en refusant de transmettre au recourant cette réponse pour qu'il puisse répliquer (<ref-ruling>). Plus généralement, l'autorité a l'obligation de communiquer au recourant les écritures de l'intimé, quand ces déterminations contiennent des éléments nouveaux et importants, au sujet desquels le recourant n'a pas pu prendre position (<ref-ruling> consid. 3 p. 87, 307 consid. 4b p. 314; <ref-ruling> consid. 4a p. 304).
b) La motivation de l'ordonnance de classement est sommaire: le Substitut du Procureur général s'est borné à considérer "qu'il n'y a[vait] pas lieu de donner suite à la plainte contre inconnu pour dommages à la propriété, faute d'acte punissable et de dommages". La réponse de ce magistrat au recours cantonal contient en revanche de nombreux éléments censés justifier l'absence d'acte punissable et de dommage pour le plaignant: il y est fait référence notamment à la pratique de la police lorsqu'elle doit saisir des plants de chanvre - pratique selon laquelle la saisie de plants impliquerait nécessairement leur coupe - et à la valeur économique de ces plants. L'argumentation proposée par le Ministère public dans ses déterminations a été reprise dans l'arrêt attaqué; ces éléments ont donc été considérés comme pertinents.
Cette réponse est au reste la seule écriture sur laquelle la Chambre d'accusation s'est fondée, la police cantonale ayant renoncé à déposer directement des observations.
Dans ces conditions, il appartenait au Président de la Chambre d'accusation de communiquer préalablement au recourant la réponse du Substitut du Procureur général. Cette communication, destinée à permettre l'exercice du droit d'être entendu, n'était au demeurant pas exclue par les règles de procédure cantonale (cf. <ref-law>/JU, par renvoi de l'<ref-law>/JU). Comme la Chambre d'accusation a statué sur le fond sans permettre au recourant d'exercer, le cas échéant, son droit de réplique, elle a violé l'art. 29 al. 2 Cst.
3.- Il s'ensuit que le recours de droit public doit être admis, dans la mesure où il est recevable, et que la décision attaquée doit être annulée.
Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire (art. 156 al. 2 OJ). La République et canton du Jura aura toutefois à payer au recourant, assisté d'un avocat, une indemnité à titre de dépens (art. 159 al. 1 et 2 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Admet le recours de droit public, dans la mesure où il est recevable, et annule la décision attaquée;
2. Dit qu'il n'est pas perçu d'émolument judiciaire;
3. Met à la charge de la République et canton du Jura une indemnité de 1'500 fr. à payer au recourant à titre de dépens;
4. Communique le présent arrêt en copie au mandataire du recourant, au Substitut du Procureur général et au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura.
_
Lausanne, le 4 septembre 2001 JIA/dxc
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,