Faits:
A. Dans le cadre d'une procédure de divorce, le Président du Tribunal civil de la Gruyère a, par ordonnance du 29 avril 2005 étendue le 20 mars 2008, octroyé l'assistance judiciaire à Y._ et lui a désigné Me X._ en qualité d'avocat d'office.
Le 12 février 2009, la Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a statué sur le recours en appel formé contre le jugement de divorce. Dans cet arrêt, elle a fixé à 8'375 fr. 60 l'indemnité due à Me X._ pour son activité de défenseur d'office en première et seconde instances cantonales.
B. Agissant le 25 mars 2009 par la voie du recours en matière de droit public et celle du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande qu'il soit préliminairement donné acte à Y._ de ce que le présent recours est sans effet sur l'entrée en force des chiffres du dispositif du jugement de divorce qu'il ne remet pas en question. A titre principal, il demande la fixation de l'indemnité à 13'621 fr. 70 et, subsidiairement, l'annulation de l'arrêt cantonal sur cette question et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
La cour cantonale a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'intitulé erroné d'un recours ne nuit pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soient réunies (<ref-ruling> consid. 1.2 et les arrêts cités).
1.2 En l'espèce, l'arrêt attaqué porte sur la fixation des honoraires d'avocat d'office, soit une matière qui relève du droit public, mais pour une activité déployée dans le cadre d'une procédure de divorce. Le droit qui régit l'affaire au fond étant de nature civile, l'arrêt entrepris peut faire l'objet d'un recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. b LTF; arrêt 5D_145/2007 du 5 février 2008 consid. 1.1) - et non d'un recours en matière de droit public au sens des art. 82ss LTF - , sous réserve des conditions de recevabilité de ce recours (art. 72 ss LTF). Dans le cas particulier, le seuil de la valeur litigieuse requise de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF) applicable aux causes de nature pécuniaire n'est pas atteint et le recourant ne prétend pas (art. 42 al. 2, 2e phrase, LTF) que la contestation soulèverait une question juridique de principe (art. 74 al. 2 let. a LTF), ce qui permettrait de déroger à l'exigence de la valeur litigieuse. La voie du recours en matière civile n'est dès lors pas ouverte.
2. Reste à déterminer si le recours est recevable au titre de recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 ss LTF).
2.1 Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF applicable par renvoi de l'art. 117 LTF) rendue par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF applicable par renvoi de l'art. 114 LTF; art. 27 de la loi fribourgeoise du 4 octobre 1999 sur l'assistance judiciaire; ci-après : LAJ/FR; RFJ 2001 p. 55ss, 56), le recours est en principe recevable. Il a également été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF applicable par renvoi de l'art. 117 LTF) par une partie qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à la modification de l'arrêt attaqué (art. 115 LTF).
2.2 La conclusion préliminaire tendant à la constatation que le recours est sans effet sur l'entrée en force des chiffres du dispositif qui ne sont pas attaqués est superfétatoire et, partant, irrecevable. Le recours n'a en général pas d'effet suspensif (art. 103 al. 1 LTF). Pour le surplus, dans les cas où la loi prévoit un effet suspensif, cet effet ne l'est que dans la mesure des conclusions formulées (art. 103 al. 2 LTF).
3. Le recourant prétend que la Cour d'appel civil aurait violé l'obligation de motiver ses décisions déduite de l'art. 29 al. 2 Cst., en s'écartant sans aucune motivation du décompte de frais qu'il a déposé.
3.1 La jurisprudence a notamment déduit du droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 4.3 et les arrêts cités). Selon la jurisprudence rendue en matière de dépens, qui s'applique aux indemnités dues au défenseur d'office, la décision par laquelle le juge fixe le montant des dépens n'a en principe pas besoin d'être motivée, du moins lorsque celui-ci ne sort pas des limites définies par un tarif ou une règle légale et que des circonstances extraordinaires ne sont pas alléguées par les parties (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2). En revanche, il en va différemment lorsque le juge statue sur la base d'une liste de frais; s'il entend s'en écarter, il doit alors au moins brièvement indiquer les raisons pour lesquelles il tient certaines prétentions pour injustifiées, afin que son destinataire puisse attaquer la décision en connaissance de cause (arrêts 1P.85/2005 du 15 mars 2005, consid. 2; 1P.194/2004 du 18 juin 2004, consid. 5.3.1 in fine; cf. arrêt du Tribunal fédéral des assurances I 308/98 du 28 juillet 1999 consid. 3c publié in Pra 2000 n° 109 p. 638).
Or, la combinaison des art. 24 al. 1 et 27 de la LAJ/FR prévoit que l'Etat paie au défenseur d'office un montant équitable fixé, sur présentation de sa liste de frais, par le président de l'autorité judiciaire compétente ou le juge d'instruction, voire par la Cour d'appel qui tient compte des circonstances de la cause et du nombre des audiences. Cette norme, qui ne s'en tient pas à l'octroi d'une simple indemnité équitable fixée par le juge, a pour conséquence de contraindre l'autorité judiciaire compétente à tenir compte de la liste de frais et à motiver au moins brièvement les postes sur lesquels elle n'entend pas confirmer les montants ou les durées y figurant (arrêt 1P.85/2005 du 15 mars 2005 consid. 2.1).
3.2 En l'occurrence, la Cour d'appel civil a fixé l'indemnité due en qualité de défenseur d'office à 8'375 fr. 60 francs, TVA incluse, alors que le recourant sollicitait une indemnité de 13'261 fr. 70 dans une note de frais qui détaillait les opérations accomplies, le temps qui avait été consacré à chacune d'entre elles et le tarif appliqué. L'autorité cantonale n'a fourni aucune indication sur les raisons qui l'ont poussée à s'écarter de cette note de frais. En particulier, elle ne dit mot du temps qu'elle estimait nécessaire à l'accomplissement du mandat d'office, ni sur les postes de l'état de frais qu'elle juge superflus ou pour lesquels le nombre d'heures indiqué serait trop élevé. En l'absence de ces informations, le recourant n'était pas en mesure de contester en connaissance de cause l'arrêt de la cour cantonale. Cette dernière a donc failli à l'obligation de motiver les décisions fixant le montant de l'indemnité d'office, telle qu'elle découle de l'art. 29 al. 2 Cst. et de la jurisprudence précitée. Comme l'autorité intimée n'a pas complété son prononcé dans ses observations sur le recours, la violation du droit d'être entendu du recours n'a pas pu être réparée (<ref-ruling>ss, 240 consid. 4; <ref-ruling> consid. 5g). L'arrêt attaqué doit par conséquent être annulé sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant (<ref-ruling> consid. 3c) et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle statue à nouveau.
4. Cela étant, le recours est admis. Le canton de Fribourg, qui succombe, est dispensé des frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF); en revanche, il versera une indemnité de dépens au recourant qui, même s'il a plaidé dans sa propre cause, a droit à des dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 5b).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 700 fr., mise à la charge du canton de Fribourg, est allouée au recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant et à la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 26 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet