Sachverhalt:
A.
Die B._AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) und die A._AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) haben in den Jahren 2008 bis 2011 auf dem Gebiet der Wasserhöchstdruckarbeiten zur Sanierung von Eisenbahnwagen zusammengearbeitet. Durch Kündigung der Beklagten per 20. November 2011 wurde der am 20. November 2008 geschlossene Zusammenarbeitsvertrag beendet. Im Zuge der Beendigung dieser Zusammenarbeit stellte sich die Frage, was mit der von der Klägerin auf ihre Kosten entwickelten, sich auf dem Sanierungsgelände der Beklagten befindlichen Wasseraufbereitungsanlage geschehen solle. Die Beklagte nutzte die Wasseraufbereitungsanlage noch mindestens (unbestritten) bis zum 9. Mai 2012.
B.
Mit Klage vom 26. Januar 2013 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragte die Klägerin, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihr Fr. 124'800.-- zu bezahlen, zuzüglich Verzugszins von 5 % seit 15. Januar 2012 bzw. (geändertes Begehren) seit 1. Juli 2012.
Mit Beschluss vom 27. März 2015 schrieb das Handelsgericht die Klage zum Teil als erledigt ab, und zwar im Umfang des Zinses von 5 % auf Fr. 124'800.-- für die Zeit vom 12. Januar 2012 bis am 30. Juni 2012 zufolge Rückzugs (B.Disp.Ziff. 1) und im Umfang von Fr. 21'328.-- zufolge Anerkennung der Forderung (B.Disp.Ziff. 2). Mit Urteil vom 27. März 2015 wies es die Klage im Mehrbetrag ab (U.Disp.Ziff. 1). Die Gerichtsgebühr setzte es auf Fr. 11'000.-- fest und auferlegte die Kosten zu 4/5 der Klägerin und zu 1/5 der Beklagten, und es verpflichtete die Klägerin, der Beklagten eine Parteientschädigung von Fr. 10'500.-- zu bezahlen (U.Disp.Ziff. 2 - 4).
C.
Die Beklagte erhebt Beschwerde in Zivilsachen gegen den Beschluss und das Urteil des Handelsgerichts vom 27. März 2015 und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen. Ihr Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung wurde mit Präsidialverfügung vom 16. Juli 2015 abgewiesen.
Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde an. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
1.1. Die Beschwerdeführerin ficht Ziffer 2 des Beschlusses und die Ziffern 1-4 des Urteils des Handelsgerichts an. Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um Endentscheide im Sinne von <ref-law>. Für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte besteht kein Streitwerterfordernis (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 69).
1.2. Die Beschwerdeführerin unterscheidet nicht zwischen dem Beschluss und dem Urteil und geht nicht darauf ein, dass mit Ziffer 2 des Beschlusses eine Abschreibung zufolge Klageanerkennung angefochten wird.
Die Klageanerkennung hat zwar gleich wie der Vergleich und der Klagerückzug die Wirkung eines rechtskräftigen Entscheides (<ref-law>), kann aber einzig mit Revision nach ZPO angefochten werden (<ref-law>). In Bezug auf materielle oder prozessuale Mängel der Klageanerkennung wie des Vergleichs und des Klagerückzugs ist die Revision mithin primäres und ausschliessliches Rechtsmittel und stehen weder die Berufung und Beschwerde nach ZPO noch die Beschwerde nach BGG offen. Der Abschreibungsbeschluss beurkundet den Prozesserledigungsvorgang im Hinblick auf die Vollstreckung (Urteil 5A_327/2015 vom 17. Juni 2015 E. 1; vgl. <ref-ruling> E. 1.2 für den gerichtlichen Vergleich und Urteil 4A_562/2014 vom 20. Februar 2015 E. 1.1 für den Klagerückzug).
Vorliegend ergibt sich jedoch aus dem angefochtenen Urteil, dass die Vorinstanz die Klageforderung im gesamten Umfang von Fr. 124'800.-- beurteilt hat. Sie ging von einer "grundsätzlichen Anerkennung" der klägerischen Forderung im Umfang von Fr. 21'328.-- aus, da die Beschwerdeführerin einen "Anspruch der Klägerin aus 16 gereinigten Wagen" im Betrag von Fr. 21'328.-- anerkannt habe, diesem Anspruch jedoch die Einreden der Verrechnung und der Verjährung gegenüberstelle. Soweit sich diese Einreden als nicht stichhaltig erwiesen - was die Vorinstanz in der Folge prüfte und bejahte - sei die Klage daher im Umfang von Fr. 21'328.-- als durch Anerkennung abzuschreiben. Damit hat die Vorinstanz die Anerkennung einer Tatsache - eines Aufwands für 16 Wagen - beziehungsweise die Anerkennung des Entgelts (Fr. 21'328.--), das die Beschwerdegegnerin beanspruchen kann, und die Anerkennung eines Rechtsbegehrens vermischt. Die Klageanerkennung muss sich auf das Rechtsbegehren des Prozessgegners beziehen; sie ist insofern vom Zugeständnis abzugrenzen, welches sich auf einzelne Tatsachen und nicht auf das Rechtsbegehren des Prozessgegners bezieht (Urteil 4A_187/2015 und 199/2015 vom 29. September 2015 E. 9.3; Laurent Killias, in: Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2012, N. 9 zu <ref-law>). Hat die Vorinstanz demnach auch die Teilforderung von Fr. 21'328.-- tatsächlich beurteilt und insofern materiell die Klage der Beschwerdegegnerin nach Verwerfung der Verrechnungseinrede gutgeheissen, ist die Beschwerde auch unter diesem Gesichtspunkt zulässig.
Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (<ref-law>) ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Die Klägerin stellte sich in ihrer Klage zunächst auf den Standpunkt, die Parteien hätten einen Kaufvertrag über die Wasseraufbereitungsanlage abgeschlossen, und sie verlangte basierend auf diesem Vertrag den ihrer Ansicht nach geschuldeten Kaufpreis in der Höhe von Fr. 124'800.--. Mit der Replik behauptete sie neu nicht mehr das Zustandekommen eines Kaufvertrages über die besagte Anlage, sondern machte den eingeklagten Betrag als Entschädigung für die nachvertragliche Nutzung der Wasseraufbereitungsanlage durch die Beschwerdegegnerin seit der Beendigung der Zusammenarbeit geltend. Die Vorinstanz nahm an, es liege eine Klageänderung durch Veränderung des Klagefundaments vor, denn Grundlage des Rechtsbegehrens sei nicht mehr die Begleichung eines Kaufpreises, sondern die Nutzung der Anlage seit Ende November 2011. Sie bejahte die Zulässigkeit der Klageänderung, da zwischen dem ursprünglichen Klagefundament und dem geänderten ein sachlicher Zusammenhang bestehe.
2.1. Gemäss <ref-law> ist eine Klageänderung zulässig, wenn der geänderte oder neue Anspruch nach der gleichen Verfahrensart zu beurteilen ist und mit dem bisherigen Anspruch in einem sachlichen Zusammenhang steht. Beide Parteien gehen mit der Vorinstanz davon aus, es liege eine Klageänderung vor. Ob diese Annahme zutrifft, kann offen bleiben, da unbestritten ist, dass der neue Anspruch nach der gleichen Verfahrensart zu beurteilen ist, und - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - der sachliche Zusammenhang jedenfalls gegeben wäre.
2.2. Das Bundesgericht hat sich bisher nicht dazu geäussert, wann der vom Gesetz geforderte "sachliche Zusammenhang" ("lien de connexité", "nesso materiale") gemäss <ref-law> gegeben ist.
2.2.1. Nach der Lehre ist dies unter anderem der Fall, wenn zwar ein neues Klagefundament (Tatsachenfundament) geltend gemacht wird, es sich aber um einen "benachbarten Lebensvorgang" handelt ( CHRISTOPH LEUENBERGER, in: Kommentar zur schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Thomas Suter-Somm und andere [Hrsg.], 2. Aufl. 2013, N. 21 zu <ref-law>; FABIENNE HOHL, L'immutabilité de l'objet du litige, in: Unification de la procédure civile, Rita Trigo Trindade/Nicolas Jeandin [Hrsg.], 2004, S. 29 ff., 44 ["même complexe de faits ou complexe voisin"]; KILLIAS, a.a.O., N. 40 zu <ref-law>; MICHAEL WIDMER, in: Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Baker & McKenzie [Hrsg.], 2010, N. 17 zu <ref-law>; GEORG N ae GELI/NADINE MAYHALL, in: Kurzkommentar ZPO Schweizerische Zivilprozessordnung, Paul Oberhammer und andere [Hrsg.], 2. Aufl. 2013, N. 31 zu <ref-law>; FRANK/STRÄULI/MESSMER, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 1997, N. 11 zu <ref-law>/ZH [wonach ein "enger Zusammenhang" bestehen musste]). Nach anderer Umschreibung besteht der sachliche Zusammenhang, wenn Ansprüche dem gleichen Lebensvorgang entspringen oder das gleiche Streitobjekt betreffen ( DANIEL WILLISEGGER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 31 zu <ref-law>; FRANK/STRÄULI/MESSMER, a.a.O., N. 4 zu <ref-law>/ZH; CHRISTOPH ROHNER, Klageänderung, AJP 2001 S. 7 ff., 15).
2.2.2. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, diese Lehrmeinungen gingen von einem zu weiten Begriff aus. Systematisch sei zu beachten, dass <ref-law> (Gerichtsstand der Widerklage), <ref-law> (Gerichtsstand bei Streitgenossenschaft) und <ref-law> (Überweisung bei zusammenhängenden Verfahren) ebenfalls einen "sachlichen Zusammenhang" verlangten. In der Lehre ( PHILIPPE SCHWEIZER, in: CPC Code de procédure civile commenté, François Bohnet und andere [Hrsg.], 2011, N. 21 zu <ref-law> i.V.m. JACQUES HALDY, ebenda, N. 7 zu <ref-law>) werde denn auch ausgeführt, der Begriff "sachlicher Zusammenhang" in <ref-law> sei gleich zu verstehen wie namentlich in <ref-law>. <ref-law> wiederum entspreche Art. 6 Abs. 1 GestG und diesbezüglich müsse "un même contrat ou un même état de fait" vorliegen. Dies sei hier aber nicht der Fall, denn das Tatsachenfundament für den Bereicherungsanspruch sei ganz anders als jenes für die Vertragserfüllungsklage und beide Ansprüche schlössen sich auch aus.
2.2.3. Wenn die Beschwerdeführerin folgert, ein sachlicher Zusammenhang gemäss <ref-law> bestehe nur bei identischer Anspruchsgrundlage ("demselben Vertrag") oder identischem Lebenssachverhalt, so ist dem nicht zu folgen. Vorerst ist festzustellen, dass die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu Art. 6 GestG (AS 2000 2355), namentlich <ref-ruling> E. 3.1 S. 232, auf den sich die von der Beschwerdeführerin zitierte Lehrmeinung bezieht, und damit auch diese Literaturstelle selber, von ihr unvollständig wiedergegeben wird. Die vollständige Formulierung lautet, ein sachlicher Zusammenhang im Sinn dieser Bestimmung sei "gegeben, wenn beide Klagen auf dem gleichen sachlichen oder rechtlichen Grund beruhen, sich insbesondere auf denselben Vertrag stützen oder ihnen derselbe Lebenssachverhalt zugrunde lieg (e) ". Darauf muss indessen nicht weiter eingegangen werden. Das Bundesgericht hat im Hinblick auf die Identität des Streitgegenstands nämlich präzisiert, dieser beurteile sich aufgrund der Rechtsbegehren und dem behaupteten Tatsachenfundament. Soweit in der Rechtsprechung der Begriff "Rechtsgrund" verwendet worden sei, sei dieser "nicht im technischen Sinn als angerufene Rechtsnorm, sondern im Sinne des Entstehungsgrundes zu verstehen" (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 130; Urteil 4A_439/2014 vom 16. Februar 2015 E. 5.4.3.1; vgl. auch die [zustimmenden] Besprechungen von <ref-ruling> durch MARCO STACHER, in: ZZZ 2011/2012 S. 308 ff. und PHILIPPE SCHWEIZER, in: SZZP 2013 S. 209 ff.). Es liegt daher schon gar keine Klageänderung vor, wenn bei gleichem Lebenssachverhalt die Forderung zuerst mit einer Anspruchsgrundlage und dann mit einer anderen begründet wird (L EUENBERGER, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>; WILLISEGGER, a.a.O., N. 23 zu <ref-law>; ERIC PAHUD, in: Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Alexander Brunner und andere [Hrsg.], 2011, N. 4 zu <ref-law>; WIDMER, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>). Die Auffassung der Beschwerdeführerin würde bedeuten, dass ein "sachlicher Zusammenhang" nur in jenen Fällen bestünde, wo bei gleichbleibendem Klagefundament eine Klageänderung durch eine Erhöhung des Rechtsbegehrens stattfindet. Einem derart engen Verständnis steht aber der Zweck von <ref-law> entgegen, einen Interessenausgleich zwischen den Prozessparteien zu ermöglichen, indem einerseits dem Beklagten die Verteidigung nicht übermässig erschwert werden darf, andererseits aber aus Gründen der Prozessökonomie und der materiellen Wahrheit gewisse Änderungen doch zugelassen werden. Letzteres nicht nur, um während des Prozesses eingetretene relevante Tatsachen noch zu berücksichtigen, sondern auch, um während des Verfahrens gewonnene bessere Einsicht in das Streitverhältnis noch auswerten zu können ( KILLIAS, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; FRANK/STRÄULI/MESSMER, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>/ZH).
2.3. Die Vorinstanz hat erkannt, dass sowohl beim Anspruch aus Kaufvertrag als auch beim Anspruch auf Entschädigung der Nutzung die von der Beschwerdegegnerin auf ihre Kosten entwickelte, sich bis im Jahr 2014 auf dem Sanierungsgelände der Beschwerdeführerin befindliche Wasseraufbereitungsanlage das massgebende Objekt war. Auch in zeitlicher Hinsicht bestünden Überschneidungen, indem sowohl beim Kaufvertrag respektive den damit einhergehenden langwierigen Vertragsverhandlungen als auch bei der Nutzung der Anlage der Zeitraum nach der Beendigung der Zusammenarbeit zur Debatte stehe. Vor diesem Hintergrund hat sie zu Recht den sachlichen Zusammenhang bejaht. Es ist nicht ersichtlich, dass die Verteidigung der Beklagten durch die Klageänderung erschwert oder der Prozess verschleppt worden wäre und sie macht dies auch nicht geltend.
3.
Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, der von ihr grundsätzlich anerkannte Teilbetrag von Fr. 21'328.-- sei entgegen der Vorinstanz verjährt.
3.1. Sie rügt in diesem Zusammenhang eine willkürliche Feststellung des (Prozess-) sachverhalts, indem die Vorinstanz ausgeführt habe, die Beschwerdegegnerin habe in ihrer Klage "ein nicht individualisiertes Rechtsbegehren auf Bezahlung von CHF 124'800.--" gestellt. Dies treffe nicht zu, denn die Beschwerdegegnerin habe eine Forderung aus Vertrag erhoben und damit ihr Rechtsbegehren auf Geldzahlung in der Klage individualisiert.
Die Rüge geht fehl. Rechtsbegehren auf Zahlung eines Geldbetrages sind "nicht individualisierte Rechtsbegehren" (statt vieler: LEUENBERGER, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>; PAHUD, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>).
3.2. Eine andere Frage ist, ob mit der eingereichten Klage die Verjährung unterbrochen wurde. Nach der für das Bundesgericht verbindlichen Feststellung der Vorinstanz (<ref-law>) hatte die Beschwerdegegnerin spätestens am 10. Juli 2012 im Sinn von <ref-law> Kenntnis eines Anspruchs aus ungerechtfertigter Bereicherung, womit die einjährige relative Verjährungsfrist vorbehältlich einer Unterbrechung am 10. Juli 2013 ablief.
3.2.1. Die Beschwerdeführerin macht denn auch geltend, die Verjährung könne nur für individualisierte Ansprüche unterbrochen werden. Vorliegend sei von einer Klageänderung auszugehen. Erst mit der geänderten, zweiten Klage sei die Verjährung für den damit geltend gemachten Anspruch unterbrochen worden. Indem die Vorinstanz die Unterbrechung der Verjährung für den Bereicherungsanspruch bereits mit der Klageeinleitung angenommen habe, habe sie Art. 67 Abs. 1 und Art. 135 Ziff. 2 OR verletzt. Die Beschwerdegegnerin habe ihre (angebliche) Forderung aus ungerechtfertigter Bereicherung erst mit der Replik am 17. März 2014 und somit nach Ablauf der am 10. Juli 2013 abgelaufenen Jahresfrist gemäss <ref-law> eingeklagt.
3.2.2. Auch diese Rüge ist nicht begründet. Grundsätzlich wird die Verjährung durch die Unterbrechungshandlung nur für jenen Anspruch unterbrochen, hinsichtlich dem sie stattgefunden hat, ausser wenn die verschiedenen Anspruchsgrundlagen in einer engen Beziehung zueinander stehen (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 679 f. mit Hinweisen). Der Gläubiger soll sein Forderungsrecht nicht verlieren, solange er gegenüber dem Schuldner zu erkennen gibt, dass er befriedigt werden möchte (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 679 mit Hinweisen). Dies gilt namentlich, wenn es sich um Alternativ- oder Eventualansprüche handelt ( PASCAL PICHONNAZ, in: Commentaire romand, Code des obligations I, 2. Aufl. 2012 N. 28 zu <ref-law>; ALFRED KOLLER, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, 3. Aufl. 2009, S. 1118 § 69 Rz. 24; KARL SPIRO, Die Begrenzung privater Rechte durch Verjährungs-, Verwirkungs- und Fatalfristen, Bd. I, 1975, S. 400 ff. § 169 f.; wohl restriktiver: STEPHEN V. BERTI, Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 2002, N. 63 und N. 111 zu <ref-law>). Die Rechtsprechung anerkennt auch, dass bei Gewährleistungsansprüchen wegen Mängeln der Kaufsache der Grund, aus dem die Verjährung für einen der dem Käufer zustehenden Ansprüche unterbrochen wird, auch mit Bezug auf die übrigen wirkt (<ref-ruling> E. 3b S. 185 f.). Zutreffend wird in diesem Zusammenhang darauf hingewiesen, dass als Unterbrechungshandlung auch eine Betreibung genügt und bei einer solchen nicht mehr als allgemeine und vorläufige Angaben zur Begründung der geforderten Zahlung erfolgen ( KARL SPIRO, a.a.O., S. 402 § 169). Die Vorinstanz ging daher zu Recht davon aus, dass mit der innert Frist eingereichten Klage die Verjährung unterbrochen wurde, denn damit hat die Beschwerdegegnerin klar zu erkennen gegeben, dass sie die ihr aus der weiteren Nutzung der Wasseraufbereitungsanlage zustehenden Ansprüche geltend machen will.
3.2.3. Damit kann auch offen bleiben, ob - wie die Beschwerdegegnerin geltend macht - nicht vielmehr anstelle eines Anspruchs aus ungerechtfertigter Bereicherung von einem mietvertragsähnlichen oder einer vergleichbaren (vertraglichen) Gebrauchsüberlassung hätte ausgegangen werden müssen.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wird die Beschwerdeführerin dafür kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Luczak