Faits:
A. Par jugement du 12 mars 2007, la faillite de la société Y._ Sàrl a été prononcée avec effet le même jour à 16 heures.
Le 11 avril 2007, la première assemblée des créanciers a désigné une administration spéciale, en la personne de Maître X._, avocat, et prévu la constitution d'une commission de surveillance au sens de l'art. 237 al. 3 LP, composée des syndicats, de la caisse de chômage et de Maître Beat Rieder.
B. B.a Le 15 juillet 2011, les sociétés A._ AG, B._ AG, D._ et C._, ont adressé une plainte au Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice, autorité inférieure en matière de plainte LP. Invoquant de nombreuses irrégularités commises par l'administrateur spécial de la faillite ainsi que des retards injustifiés, elles ont notamment pris les conclusions suivantes au fond:
« 1. Herr X._, ausseramtlicher Konkursverwalter der Y._ Sàrl im Konkurs, ist im Sinne von Art. 14 Abs. 2 Ziff. 4 SchKG seines Amtes zu entheben.
2. Das Bezirksgericht Martigny setzt sofort, nach vorheriger Anhörung des Gläubigerausschusses, ein neuen Konkursverwalter ein. ... »
B.b Par décision du 16 août 2011, le juge du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice a déclaré irrecevable l'écriture des plaignantes du 15 juillet 2011 et l'a transmise à l'autorité de surveillance au sens de l'art. 14 LP et 3a de la loi valaisanne d'application de la LP (LALP, RSV 281.1), à savoir au délégué aux poursuites et faillites du canton du Valais, comme objet éventuel de sa compétence.
Statuant sur recours des plaignantes, le Tribunal cantonal du canton du Valais, autorité supérieure de surveillance en matière de LP, l'a rejeté par arrêt du 12 décembre 2011.
Par arrêt du 4 juin 2012, le Tribunal fédéral a admis le recours en matière civile formé par les recourantes et renvoyé la cause au juge du Tribunal de district pour nouvelle décision.
C. C.a Sur renvoi, le juge du Tribunal de district a rejeté la plainte du 15 juillet 2011 tendant à la révocation de l'administrateur spécial de la faillite, par décision du 2 août 2012.
C.b Statuant sur recours, le Tribunal cantonal du canton du Valais a partiellement admis la plainte, par jugement du 26 novembre 2012, et a ordonné à l'administrateur spécial de déposer un inventaire définitif et de convoquer la deuxième assemblée des créanciers dans les meilleurs délais, de prendre les mesures de conservation utiles, ainsi que d'examiner l'opportunité de solliciter la reprise des procédures judiciaires actuellement suspendues.
D. La 10 décembre 2012, les sociétés plaignantes exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elles concluent à la destitution de X._, administrateur spécial de la faillite, et à ce qu'ordre soit donné au Tribunal du district de Martigny, après audition de la commission de surveillance, de nommer un nouvel administrateur de la faillite et de prendre les mesures de sûreté nécessaires. Elles se plaignent d'arbitraire, de déni de justice et de retard injustifié, ainsi que de violation des art. 14, 237 et 240 ss LP.
Dans sa réponse du 28 janvier 2013, l'intimé conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai légal (art. 100 al. 2 let. a LTF) par les plaignantes qui ont partiellement succombé dans leurs conclusions prises devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de surveillance de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable, ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il ne connaît cependant de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
2.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
Lorsque le recourant entend faire compléter les faits - pertinents et qui n'auraient pas été constatés en violation du droit -, il doit les désigner avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (art. 99 al. 1 LTF), partant irrecevables (arrêt 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3, in SJ 2011 I p. 185; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ: <ref-ruling> consid. 2a et la jurisprudence citée).
3. À titre liminaire, il est précisé qu'il ne sera pas tenu compte des allégations de la partie « Sachverhalt » du recours qui ne sont que la reprise partielle et mot pour mot de l'exposé des faits présenté devant l'autorité cantonale et qui diffèrent de l'état de fait contenu dans la décision entreprise. Une telle manière de faire ne répond pas aux exigences de motivation en la matière (cf. supra, consid. 2.2).
4. 4.1 En substance, la cour cantonale a constaté des manquements de la part de l'administrateur spécial dans la gestion de la faillite. Elle a toutefois considéré que ceux-ci n'étaient pas à ce point importants pour emporter une révocation, ce d'autant plus que la nomination d'un nouvel administrateur, devant prendre connaissance du volumineux dossier, serait contre-productive en vue d'un avancement rapide de la procédure. La cour cantonale a néanmoins ordonné à l'administrateur spécial de déposer un inventaire définitif et de convoquer la deuxième assemblée des créanciers dans les meilleurs délais, de prendre les mesures de conservation utiles, ainsi que d'examiner l'opportunité de reprendre les procédures judiciaires actuellement suspendues. Enfin, elle a rappelé au représentant des recourantes qu'en qualité de membre de la commission de surveillance, il lui appartenait de s'opposer aux mesures prises par l'administrateur spécial et de réunir dite commission pour qu'elle prenne des décisions sur la suite de la procédure.
4.2 Pour justifier leur demande de révocation immédiate de l'administrateur spécial, les recourantes invoquent divers graves manquements, qui leur auraient causé un préjudice de près de 5 millions de francs et qui, pris dans leur ensemble, imposeraient la mesure requise. Elles contestent également que la nomination d'un nouvel administrateur se révélerait contre-productive, l'administrateur actuel étant, selon elles, incapable de remédier rapidement aux manquements constatés. Elles en déduisent que seule une révocation permet d'éviter une aggravation du dommage des créanciers.
4.3 L'intimé conclut à l'irrecevabilité du recours invoquant que les recourantes se contentent de critiquer l'opportunité de la décision entreprise mais ne démontrent pas, par une argumentation juridique, que l'autorité cantonale de surveillance aurait abusé ou excédé son pouvoir d'appréciation, ni que dite décision serait arbitraire dans sa motivation et son résultat. Pour le reste, il rejette les griefs formés à l'encontre de sa gestion de la faillite et fait valoir que les interventions récurrentes des recourantes ralentissent la procédure et font perdre de l'argent à la masse en faillite.
5. La question litigieuse est celle de savoir si les manquements de l'administrateur spécial justifient ou non sa révocation.
5. La question litigieuse est celle de savoir si les manquements de l'administrateur spécial justifient ou non sa révocation.
5.1 5.1.1 En vertu de l'art. 17 al. 3 LP, il peut être porté plainte à l'autorité de surveillance en tout temps pour déni de justice ou retard non justifié. Ne constitue un déni de justice au sens de l'art. 17 al. 3 LP que le déni de justice formel, soit le refus de l'office ou de l'autorité de surveillance de procéder à une opération dûment requise ou qu'ils devaient exécuter d'office; il ne saurait être question d'un déni de justice lorsqu'une mesure ou une décision, susceptible d'être attaquée dans les dix jours, a été prise, fût-elle illégale ou irrégulière (<ref-ruling> consid. 5a; arrêt 7B.39/2005 du 9 mai 2005 consid. 2.2 publié in Pra 2005, p. 1012). Le retard injustifié suppose, quant à lui, qu'un acte défini par la loi n'est pas accompli dans le délai légal ou dans le délai indiqué par les circonstances, sans qu'une faute ne soit nécessaire (<ref-ruling> consid. 1c). Les procédures de faillite qui ne sont pas diligentées sans retards inutiles sont représentatives d'un retard injustifié (<ref-ruling>, 107 III 3). En pareils cas, l'autorité de surveillance ne saurait se borner à ordonner l'accomplissement des procédés dont l'accomplissement a été indûment retardé; elle doit prendre en considération l'ensemble de la situation et les causes du retard, puis veiller à ce qu'il y soit remédié (<ref-ruling> consid. 3). Dans certaines situations, l'autorité saisie d'une plainte au sens de l'art. 17 al. 3 LP peut prononcer la révocation d'une administration spéciale si celle-ci reste inactive ou n'exécute pas les tâches pour lesquelles elle a été nommée (arrêt 5A_25/2012 du 4 juin 2012 consid. 4.3 et 4.5 et les références citée).
5.1.2 L'administration spéciale est soumise au contrôle des autorités de surveillance (art. 241 LP), qui peuvent donner des directives à l'administration de la faillite quand cela se révèle nécessaire; elles peuvent en particulier relever de ses fonctions une administration spéciale ou, selon les cas, annuler sa désignation, s'il y a un doute quant à son indépendance, à son impartialité ou à ses capacités (<ref-ruling> consid. 4b; JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1997, n° 6 ad art. 237 LP; BÜRGI, in Hunkeler, Kurzkommentar SchKG, 2009, n° 12 ad art. 237 LP; FRITZSCHE/WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, Vol. II, 1993, p. 267 s.). Il s'agit alors d'une révocation administrative (GILLIÉRON, Commentaire de la LP, 1999, n° 13 ad art. 241 LP; JEANDIN/FISCHER, Poursuite et faillite, Commentaire romand, 2005, n° 7 ad art. 241 LP). Il faut toutefois des motifs impératifs pour révoquer une administration spéciale avec un effet ex tunc, sa désignation fût-elle viciée, surtout si elle a été confirmée dans ses fonctions par la deuxième assemblée des créanciers (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5A_25/2012 du 4 juin 2012 consid. 4.2 et les références citées). L'autorité de surveillance ne doit donc intervenir que dans l'hypothèse de violations flagrantes qui rendraient impossible de maintenir en fonction quelqu'un ne pouvant s'acquitter de sa propre tâche tout en sauvegardant d'égale manière les intérêts du débiteur et des créanciers. En outre, l'incompétence et la partialité ne doivent pas se traduire par de simples soupçons mais se manifester concrètement à travers un préjudice ou une menace graves pour les intérêts des parties (cf. s'agissant d'une destitution à titre de mesure disciplinaire : <ref-ruling> consid. 7a).
5.2 Saisi d'un recours contre une décision de l'autorité cantonale de surveillance statuant sur la désignation, la composition ou la révocation d'une administration spéciale en vertu de son pouvoir de surveillance, le Tribunal fédéral ne peut que rechercher si l'autorité cantonale a excédé son pouvoir d'appréciation ou en a abusé (<ref-ruling>18 consid. 4; <ref-ruling> consid. 5; arrêt 7B.52/2004 du 12 août 2004 consid. 2).
Commet un abus ou un excès de son pouvoir d'appréciation l'autorité qui retient des critères inappropriés ou ne tient pas compte de circonstances pertinentes (<ref-ruling> consid. 2 p. 18 et arrêts cités), rend une décision déraisonnable, contraire au bon sens ou heurtant le but de la procédure de faillite, voire arbitraire (<ref-ruling> consid. 1a/cc; arrêt 7B.52/2004 du 12 août 2004 consid. 2).
5.3 A l'appui de leur demande de révocation immédiate de l'administrateur spécial, les recourantes invoquent divers manquements qu'elles qualifient de graves.
5.3.1 Elles considèrent tout d'abord que le défaut d'inventaire, concernant une masse en faillite d'une valeur de plus 50 millions de francs, suffit à justifier la révocation de l'administrateur.
5.3.1.1 La cour cantonale a constaté que, depuis le retrait d'un premier inventaire en septembre 2008, aucun inventaire n'avait été déposé alors que celui-ci doit être réalisé dès que l'adminstrateur a reçu la communication de la faillite. Elle a relevé que le non-respect de cette obligation constituait une violation de la loi pouvant fonder une action en responsabilité au sens de l'art. 5 LP et que le défaut d'inventaire empêchait les créanciers de contester les mesures prises par l'administration spéciale, notamment en ce qui concerne l'estimation des biens.
5.3.1.2 Les recourantes reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir suffisamment tenu compte du fait que les actifs de la faillie ont été cédés à E._ SA peu de temps après le prononcé de la faillite de sorte que, faute d'inventaire à ce moment-là, il n'est plus possible de comparer les situations prévalant respectivement avant la reprise et après la cessation des activités de E._ SA, ni de faire valoir d'éventuelles prétentions à l'égard du conseil d'administration de cette société. Elles avancent également que de nombreux biens de la faillie ont disparu et qu'il n'est désormais plus possible de procéder à l'inventaire.
5.3.1.3 L'intimé rappelle qu'il a établi un tableau répertoriant le matériel et les matériaux stockés de la faillie qui a servi de base au rapport d'expertise de F._ GmbH du 11 mai 2007, rapport remplissant la fonction d'inventaire, que le 27 avril 2008 un nouveau rapport a été établi, qu'aucun matériel n'était manquant et qu'un inventaire définitif a été dressé le 8 août 2008 mais a dû être retiré à la suite d'une plainte de G._ SA. Il fait donc valoir qu'aucune conséquence préjudiciable aux créanciers n'a découlé du défaut d'inventaire.
5.3.1.4 En l'occurrence, la cour cantonale a expressément reconnu une violation de la loi en raison du défaut d'inventaire. Lorsque les recourantes prétendent que cette constatation suffit, à elle seule, à justifier la révocation de l'administrateur spécial, leur critique toute générale ne permet pas de démontrer que l'instance précédente aurait abusé de son pouvoir d'appréciation. De plus, F._ GmbH a effectué un rapport d'expertise avant la reprise par E._ SA et un autre juste après la cessation des activités de celle-ci. Aussi, même si dits rapports ne remplacent pas l'inventaire de l'art. 221 LP, ils permettent d'évaluer les biens et de comparer les situations respectivement d'avant et d'après la reprise, en particulier de déterminer si des biens ont disparu. Le grief des recourantes est donc infondé.
5.3.2 Les recourantes reprochent ensuite à l'administrateur spécial d'avoir restitué, sans l'accord des créanciers, une partie des sûretés à E._ SA et de n'avoir entrepris aucune démarche à l'encontre de celle-ci en vue de préserver les droits de la masse en faillite.
5.3.2.1 La cour cantonale a constaté que les recourantes n'avaient pas contesté la restitution d'une partie des sûretés, à savoir 200'000 fr. sur 600'000 fr., lorsqu'elles en avaient eu connaissance en août 2008. Elle a ainsi jugé que celles-ci étaient malvenues de s'en plaindre plus de quatre ans après et a considéré leur grief comme tardif.
5.3.2.2 Les recourantes contestent avoir pu s'opposer à la remise d'une partie des sûretés. Invoquant l'arbitraire dans la constatation des faits, elles avancent que l'administrateur avait décidé de remettre une partie des actifs de la faillie à E._ SA sans avoir préalablement établi un inventaire des biens transmis et informé la commission de surveillance, qu'une somme de 600'000 fr. avait été remise à la masse en faillite au titre de sûretés, que les recourantes, informées de ce que la reprenante était insolvable, avaient requis de l'administrateur spécial, en mars 2008, qu'il établisse un inventaire, prenne des mesures de sûreté concernant le matériel, les stocks et d'éventuelles prétentions de la masse en faillite, que, ayant constaté qu'une grande partie des biens de la masse en faillite avait disparu, elles réclamèrent, en juin 2008, le dépôt d'une plainte pénale contre les responsables de E._ SA, qu'elles n'ont appris que le 4 août 2008, soit après la faillite de la reprenante, qu'une partie des sûretés avait été restituée et que, immédiatement, elles ont réclamé que l'administrateur en requière le remboursement, que, le 1er septembre 2008, elles ont demandé qu'une prétention d'au moins 1'612'969 euros soit invoquée à l'encontre de la reprenante et que des mesures de sûreté soient prises à cet effet.
5.3.2.3 Ces critiques concernant l'établissement des faits, pour autant qu'elles soient recevables, ne sont pas en mesure d'influer sur l'issue du litige. En effet, quel que fût le comportement de l'administrateur spécial en relation avec la reprise des activités de la faillie, il n'en demeure pas moins que les recourantes, pourtant dûment informées le 8 août 2008 de la restitution d'une partie des sûretés, n'ont pas saisi l'autorité de surveillance dans un délai de dix jours. Il importe peu à cet égard que E._ SA avait déjà suspendu ses activités à ce moment-là et que le représentant des recourantes ait entrepris plusieurs démarches auprès de l'administrateur spécial en vue de récupérer cette somme. C'est donc à juste titre que la cour cantonale a considéré que leur grief était tardif.
Les recourantes se plaignent également de ce que l'administrateur spécial n'aurait rien entrepris pour faire valoir une prétention d'au moins 1'612'969 euros à l'encontre de la reprenante. Il ressort de l'arrêt cantonal que le choix de poursuivre l'activité a été validé par la première assemblée des créanciers et qu'une expertise de F._ GmbH a été effectuée à la suite de la cessation des activités de E._ SA en avril 2008, de laquelle il ne ressort pas que la poursuite des activités ait pu causer le préjudice allégué par les recourantes et justifier une action en dommages-intérêts. En tant que les recourantes avancent, en faisant référence à des pièces du dossier, qu'elles avaient requis à maintes reprises de l'administrateur spécial qu'il agisse en ce sens et lui avaient transmis une expertise sur ce point, elles ne démontrent pas encore qu'en ne donnant pas suite à ces demandes, l'administrateur aurait contrevenu à ses devoirs. En effet, les recourantes n'indiquent pas, conformément aux exigences en la matière (cf. supra consid. 2.2), avoir offert de prouver devant les instances cantonales qu'une telle prétention était fondée de sorte que l'inaction de l'intimé leur aurait causé le dommage allégué. Leur argumentation repose dès lors sur des faits non constatés dans l'arrêt déféré. Mal fondé, le grief doit ainsi être rejeté.
5.3.3 Les recourantes font encore grief à l'intimé de ne rien avoir entrepris au sujet de prétendus vols de cinquante tonnes de métal.
5.3.3.1 La cour cantonale a considéré que de tels vols n'avaient pas été établis même si le rapport de F._ GmbH du 6 décembre 2011 faisait état de matériel manquant. Elle a en outre précisé que l'administrateur avait réagi de manière appropriée en ce qui concerne les vols de matériel survenus en janvier et février 2007, soit avant son entrée en fonction, et ceux perpétrés par une personne chargée de surveiller le site de l'usine.
5.3.3.2 Les recourantes ne remettent pas en cause le comportement de l'administrateur spécial concernant les vols susmentionnés mais lui reprochent de ne rien avoir entrepris concernant ceux qui ont eu lieu peu de temps après la cessation d'activité de E._ SA en avril 2008, les stocks de métal s'étant alors drastiquement réduits. Elles font valoir qu'elles en ont informé l'administrateur spécial en juin 2008 et qu'il ressort également du rapport de F._ GmbH de mai 2011 qu'un important stock de métal ainsi que des machines avaient disparu depuis le rapport de mai 2007. Elles contestent, pour le surplus, qu'il leur appartenait de démontrer qu'il y avait eu des vols, dès lors qu'il est établi que des biens appartenant à la masse en faillite avaient disparu sans que l'administrateur spécial n'intervienne.
5.3.3.3 En l'espèce, le rapport de F._ GmbH du 6 décembre 2011 fait effectivement état de matériel manquant par rapport à l'expertise de 2007. Il ressort également du dossier que les recourantes ont prévenu l'intimé que de prétendus vols avaient été commis à la suite de la cessation des activités de E._ SA entre avril et juin 2008. En revanche, l'état de fait de la décision entreprise ne permet pas de déterminer si les vols dont l'existence a été constatée - à savoir ceux survenus en janvier et février 2007 et ceux perpétrés par une personne chargée de surveiller le site de l'usine - sont ou non à l'origine de la diminution de matériel constatée ni si celle-ci est nécessairement due à des vols. Aussi, lorsque les recourantes prétendent que des vols sont survenus entre avril et juin 2008 et que l'intimé, qui était informé mais qui n'avait plus la situation sous contrôle, n'a rien entrepris, leurs critiques sont appellatoires, partant irrecevables. Par ailleurs, la constatation selon laquelle du matériel était présent en 2007 et ne l'est plus en 2011, ne démontre pas, à elle seule, un manquement de la part de l'administrateur spécial. Mal fondé, le grief doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5.3.4 Les recourantes s'en prennent également au comportement de l'administrateur spécial à l'encontre de la commission de surveillance.
5.3.4.1 L'instance précédente a considéré que, les recourantes étant représentées par leur mandataire dans la commission de surveillance, elles pouvaient solliciter des renseignements de la part de l'administrateur spécial et l'enjoindre de convoquer la commission en réunion. Elle a en outre estimé que l'administrateur avait donné suite aux nombreux courriers du mandataire des recourantes et que la tenue de réunions de la commission de surveillance n'avait pas été indiquée durant de nombreuses années, la procédure étant bloquée par des procédures en revendication et en contestation de l'état de collocation.
5.3.4.2 Les recourantes contestent avoir été en mesure d'obtenir que la commission de surveillance soit informée et consultée. Elles allèguent avoir maintes fois demandé la convocation de la commission de surveillance sans que l'administrateur spécial ne réagisse et font valoir que celle-ci doit être convoquée, informée et entendue avant la prise de décisions importantes. Or, en l'espèce, elles indiquent que dite commission n'a été convoquée qu'à deux reprises, à leur demande, pour une procédure de faillite ayant duré cinq ans et qu'il n'existe aucun procès-verbal des séances. Elles précisent en particulier que ladite commission n'a pas été informée de la restitution d'une partie des sûretés à la reprenante et de la faillite toute proche de celle-ci.
5.3.4.3 En l'occurrence, il ne ressort pas de l'arrêt cantonal que les recourantes auraient, à réitérées reprises, demandé la convocation de la commission de surveillance. Or, celles-ci ne démontrent nullement dans leur recours au Tribunal fédéral que, en procédure cantonale, elles auraient allégué et offert de prouver - en indiquant précisément des passages de leurs écritures et les pièces y relatives - avoir requis dites convocations. Ce fait doit dès lors être considéré comme nouveau, partant irrecevable (cf. supra consid. 2.2). De plus, même si la commission de surveillance n'a été convoquée qu'à deux reprises, si elle n'a pas été informée de la restitution d'une partie des sûretés et de la faillite toute proche de E._ SA et s'il n'existe pas de procès-verbal des séances, les recourantes ne prétendent pas que l'administrateur aurait violé des dispositions légales ou des prescriptions arrêtées par l'assemblée des créanciers sur ce point. En effet, selon la doctrine, l'administration décide quand elle entend solliciter un préavis de la commission de surveillance, sans n'avoir aucune obligation à cet égard à moins que l'assemblée des créanciers n'ait prévu des règles particulières sur ce point (JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, op. cit., n° 13 ad art. 237 LP; JEANDIN/FISCHER, op. cit., n° 37 ad art. 237 LP). Les critiques des recourantes sont donc mal fondées dans la mesure où elles sont recevables.
5.3.5 Les recourantes estiment encore que la mise en lumière de manquements dans la gestion de la faillite par les autorités de surveillance place désormais l'administrateur spécial dans un conflit d'intérêts; d'une part, il doit veiller à ce que ne soit pas démontré qu'il aurait failli à ses devoirs et, d'autre part, préserver les intérêts des créanciers. Elles indiquent notamment qu'une action en justice contre E._ SA en vue de récupérer la somme de 200'000 fr. et de faire valoir des prétentions contre les organes de celle-ci démontrerait à quel point l'intimé a été défaillant dans la surveillance de la reprenante entre mars 2007 et avril 2008.
5.3.5.1 La cour cantonale a nié tout conflit d'intérêts de la part de l'administrateur spécial. Elle indique que le fait que des reproches pouvaient être formulés quant à la gestion de la procédure de liquidation, ne signifiait pas encore que celui-ci fût partial, précisant, pour le surplus, que de simples allégations quant au dommage des créanciers n'étaient pas suffisantes pour fonder une demande de révocation.
5.3.5.2 Cette appréciation ne prête pas le flanc à la critique. En effet, selon la jurisprudence, des décisions ou des actes de procédure erronés ne fondent pas en soi une apparence objective de prévention (cf. s'agissant d'un magistrat: <ref-ruling> consid. 3e; <ref-ruling> consid. 5b; arrêt 5A_643/2010 du 11 janvier 2011 consid. 3.2).
En outre, les recourantes ne démontrent pas, conformément aux exigences en la matière (cf. supra consid. 2.2), qu'il est insoutenable de considérer que le prétendu dommage dû au comportement de l'administrateur spécial durant la reprise des activités de la faillie n'a pas été établi (cf. à cet égard supra consid. 5.3.2 et 5.3.3). Leurs critiques appellatoires se révèlent par conséquent irrecevables sur ce point.
5.3.6 Les recourantes font aussi valoir, se fondant sur le rapport d'expertise de F._ GmbH, que l'administrateur n'a pas pris les mesures nécessaires afin de maintenir la valeur des biens appartenant à la masse en faillite.
5.3.6.1 L'instance précédente a constaté que, selon le rapport d'expertise de F._ GmbH du 31 mai 2011, toutes les mesures de conservation n'avaient pas été prises par l'administrateur spécial pour préserver les actifs de la faillie (réparation des parties non étanches du toit, couverture adéquate des machines ou fermeture des véhicules), celui-ci ne pouvant se contenter de renvoyer à la responsabilité de la société de surveillance engagée. Elle a cependant jugé que ce manquement ne justifiait pas une révocation, seules des violations flagrantes, qui rendent impossible la continuation de la tâche confiée, entrant en considération.
5.3.6.2 Les recourantes invoquent les lourdes pertes dues à la corrosion des machines et du matériel - qui ne furent pas protégés contre les intempéries et qui n'ont désormais plus aucune valeur - ainsi que la disparition pure et simple de matériel. Elles reprochent à la cour cantonale d'avoir constaté ce manquement et, malgré tout, d'avoir jugé qu'une révocation de l'administrateur spécial ne se justifiait pas, alors que celui-ci, informé de la situation, n'avait jamais rien entrepris pour y remédier durant les cinq ans qu'avait duré la procédure de faillite.
5.3.6.3 En tant que les recourantes affirment, mentionnant des exemples, que les manquements constatés par l'expertise de F._ GmbH ont causé des pertes énormes aux créanciers et attestent clairement l'incompétence de l'administrateur spécial pour poursuivre la procédure de liquidation dans l'intérêt des créanciers, elle ne font qu'opposer leur propre appréciation à celle de la cour cantonale. Elles ne démontrent cependant pas que celle-ci aurait outrepassé son pouvoir en considérant que ces défaillances dans la gestion de la faillite ne justifiaient pas encore une révocation de l'administrateur spécial. Leur critique, pour autant qu'elle soit recevable, se révèle dès lors infondée.
5.3.7 Enfin, lorsque les recourantes font valoir que, durant la présente procédure qui a débuté en été 2011, l'administrateur spécial n'a pris aucune mesure en vue de l'avancement de la liquidation de la faillite, malgré les graves conclusions du rapport d'expertise de mai 2011, et qu'il n'est pas en mesure de le faire dès lors qu'il est resté inactif durant plus de cinq ans, leur critique doit d'emblée être rejetée. Elle se fonde en effet sur des constatations qui ne ressortent pas de l'arrêt entrepris sans que les recourantes n'aient requis, conformément aux exigences en la matière, que les faits soient complétés sur ce point (cf. supra consid. 2.2).
5.4 Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, les recourantes n'ont pas été en mesure d'établir d'autres manquements de la part de l'administrateur spécial que ceux constatés par la cour cantonale. Par ailleurs, il y a lieu d'admettre, avec celle-ci, que la nomination d'un nouvel administrateur spécial - qui devrait prendre connaissance du volumineux dossier - ne serait pas de nature à accélérer la procédure de faillite. Il s'ensuit que, tout bien considéré, la décision de ne pas révoquer l'administrateur en place, malgré les défaillances constatées dans la gestion de la faillite et la durée de la procédure, ne procède pas d'un abus du pouvoir d'appréciation de l'instance précédente (cf. supra consid. 5.2), ce d'autant plus que dit administrateur a été enjoint de pallier les manquements, à savoir plus particulièrement de déposer un inventaire définitif et de convoquer la deuxième assemblée des créanciers dans les meilleurs délais, de prendre les mesures de conservation utiles, ainsi que d'examiner l'opportunité de reprendre les procédures judiciaires actuellement suspendues.
6. En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes qui succombent (art. 66 al. 1 LTF). Celles-ci verseront en outre à l'intimé une indemnité de 6'000 fr., au titre de dépens (art. 68 al. 1 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3. Une indemnité de 6'000 fr., à payer à l'intimé, à titre de dépens, est mise solidairement à la charge des recourantes.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton du Valais, autorité supérieure de surveillance en matière de LP, et au Juge III du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice.
Lausanne, le 18 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
Le Greffier: Richard