Faits:
A. A._ est propriétaire, depuis le 29 avril 2002, de la parcelle n° 35 du registre foncier, sur le territoire de la commune de Cheseaux-Noréaz. Ce terrain est classé dans la zone agricole du plan général d'affectation de la commune, entré en vigueur le 18 avril 2000.
A._ a entrepris, sans autorisation, des travaux de transformation du bâtiment se trouvant sur sa parcelle, bâtiment comprenant à l'origine une écurie, des boxes à chevaux, une sellerie et des locaux de stockage du fourrage. Le 19 septembre 2002, la municipalité de la commune de Cheseaux-Noréaz a fixé à A._ un délai au 31 mars 2003 pour remettre les lieux en état. Cette autorité ainsi que le Service cantonal de l'aménagement du territoire (SAT) ont par ailleurs refusé de délivrer les autorisations requises pour régulariser ces travaux. A._ a recouru contre ces décisions auprès du Tribunal administratif du canton de Vaud. Son recours a été rejeté par un arrêt rendu le 9 septembre 2003, le délai de remise en état étant prolongé au 31 décembre 2003 (arrêt AC.2002.0191). Le recours de droit administratif au Tribunal fédéral formé par A._ contre cet arrêt a été retiré (cause 1A.221/2003, rayée du rôle le 27 novembre 2003).
B. A._ n'ayant pas donné suite à l'ordre de remise en état, la municipalité lui a imparti un "ultime délai", au 30 juin 2005, pour exécuter sa décision du 19 septembre 2002 et quitter les locaux d'habitation aménagés sans autorisation. La propriétaire ayant ignoré cette injonction, la municipalité l'a informée le 22 septembre 2005 que des entreprises qu'elle avait elle-même désignées effectueraient dès le 31 octobre 2005 des travaux de remise en état.
C. Le 13 octobre 2005, A._ a demandé à la municipalité de reconsidérer sa décision d'exécution forcée du 22 septembre 2005. Elle invoquait l'égalité de traitement, en se référant à des travaux de construction réalisés sur une parcelle voisine (n° 473), également classée en zone agricole. Cette demande de reconsidération a été transmise par la municipalité au Tribunal administratif, qui l'a été enregistrée comme recours le 24 octobre 2005. Cette transmission à la juridiction cantonale avait du reste été d'emblée proposée par A._ au cas où la municipalité refuserait de reconsidérer sa décision du 22 septembre 2005.
En enregistrant le recours, le Tribunal administratif a invité A._ à préciser ses conclusions. Cette dernière a pu ensuite déposer un mémoire motivé, le 13 mars 2006. La municipalité et le service de l'aménagement du territoire ont répondu au recours le 1er mai 2006.
Par un arrêt rendu le 1er juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours, dans la mesure où il était recevable.
D. Agissant par la voie du recours de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif et de lui renvoyer l'affaire pour reprise de l'instruction. La recourante se plaint d'une violation du droit d'être entendu.
Il n'a pas été demandé de réponses au recours.
E. La recourante requiert l'effet suspensif, en invoquant un avis de la municipalité, du 28 juin 2006, l'informant de son intention d'exécuter d'office les travaux prescrits à partir du 4 septembre 2006.
F. La recourante demande l'assistance judiciaire.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le présent arrêt rend sans objet la requête d'effet suspensif.
2. La contestation porte sur les conséquences de travaux effectués sans autorisation dans la zone agricole. Il n'est pas certain que la voie du recours de droit public soit ouverte (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 324). Cette question peut toutefois demeurer indécise.
3. La recourante se plaint d'une violation du droit d'être entendu parce que le Tribunal administratif a statué au terme du premier échange d'écritures. Elle se réfère à l'art. 44 al. 3 de la loi cantonale sur la juridiction et la procédure administratives (LJPA), selon lequel le magistrat instructeur peut exceptionnellement ordonner un second échange d'écritures pour inviter les parties à se déterminer sur les moyens invoqués de part et d'autre.
La recourante n'allègue pas avoir demandé l'autorisation de répliquer, en dérogation à la règle de l'unique échange d'écritures (art. 44 al. 1 LJPA). Le Tribunal administratif lui avait pourtant communiqué une copie des réponses des autres parties quelques semaines avant son arrêt, soit à un moment où la fixation d'un délai pour se déterminer aurait encore pu être requise. La recourante soutient toutefois que cette mesure d'instruction aurait dû être ordonnée d'office, la municipalité ayant pris position dans sa réponse au sujet de la situation du propriétaire voisin, autorisé à effectuer des travaux de transformation ou d'agrandissement d'un bâtiment sis lui aussi en zone agricole. Or, comme cela ressort de l'arrêt attaqué, ces ouvrages avaient été autorisés le 25 septembre 2000 et la situation du voisin - dans la mesure où elle était déterminante du point de vue de l'égalité de traitement - pouvait être invoquée déjà dans la procédure ouverte en 2002, lorsque la question de la régularisation des travaux effectués sans autorisation par la recourante a été traitée par la municipalité et le service cantonal. Le recours au Tribunal administratif n'étant actuellement dirigé que contre un refus de reconsidération des premières décisions administratives entrées en force, et en l'absence d'allégation d'éléments factuels nouveaux dans la réponse de la municipalité, le Tribunal administratif n'a manifestement pas violé le droit d'être entendu de la recourante en statuant à l'issue du premier échange d'écritures. Il convient en outre de relever qu'après le dépôt du recours en mains de la municipalité, la juridiction cantonale a permis à la recourante de déposer un mémoire complétif et lui a ainsi donné une occasion supplémentaire de présenter ses arguments. Les conclusions de la recourante doivent donc être rejetées, dans la mesure où elles sont recevables.
4. Le recours au Tribunal fédéral paraissant d'emblée voué à l'échec, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 152 al. 1 OJ). Un émolument judiciaire doit être mis à la charge de la recourante (art. 153, 153a et 156 al. 1 OJ).
La commune intimée, qui n'a pas été invitée à répondre au recours, n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, vu l'art. 36a OJ, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit public est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Un émolument judiciaire de 500 fr. est mis à la charge de la recourante.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires de la recourante, et de la Municipalité de Cheseaux-Noréaz, au Service de l'aménagement du territoire et au Tribunal administratif du canton de Vaud.
Lausanne, le 14 juillet 2006
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: