Faits:
A. Au début des années quatre-vingt, X._, né en 1965, a intégré le club Y._.
En 1992, X._, qui avait obtenu, au sein du club, une formation de pilote de planeur, est entré au comité, en qualité de chef instructeur. En 1993, il a été élu trésorier, puis caissier de 1996 à 1997. Le 24 janvier 1998, il a succédé à A._ à la présidence. Il a été remplacé à la fonction de caissier par B._, auquel ont succédé C._ en 2001 et D._ en 2003. Il a quitté la présidence lors de l'assemblée générale du 5 février 2005.
Comme caissier, X._ était chargé du paiement des factures du club, tâche qu'il n'a pas abandonnée lorsqu'il est devenu président. Bien que les statuts prévoyaient la signature collective à deux, l'autorisation d'agir individuellement sur les comptes bancaires et postaux du club a été octroyée au président et au caissier. Le club fonctionnait sur la base du bénévolat.
A.a Entre le 2 août 1996 et le 15 février 2005, X._ a, à des fins personnelles et selon diverses méthodes, prélevé dans les comptes du club Y._ un montant total de 645'693 fr. 85, après déduction des paiements et avances de l'intéressé pour le club.
A.b Durant la période qu'il a passée au comité de l'association, X._ a présenté à l'assemblée générale des bilans et comptes de pertes et profits qui ne correspondaient pas à la vérité dans le but de masquer des recettes et donc de diminuer le volume apparent des produits enregistrés.
Ainsi, en 1997, à la suite d'un accident d'avion, la Winterthur Assurances a versé une indemnité de 80'000 fr. à l'association, montant que X._ n'a pas porté dans la comptabilité. En 2002, l'assurance a versé 300'000 fr. à titre de dédommagement pour trois planeurs, mais X._ n'a porté que 100'000 fr. dans les produits du compte d'exploitation, soustrayant sans droit le solde. Le 14 février 2005, X._, qui avait quitté le comité du club à l'assemblée du 5 février précédent, a retiré 14'714 fr. 85 au moyen de la postcard de l'association. E._, le nouveau caissier, lui a demandé de justifier ce retrait. X._ lui a alors remis un faux ordre de paiement signé de sa main faisant état d'une transaction fictive, à savoir le rachat par l'association d'un beamer pour 6'000 fr. ainsi qu'un deuxième ordre de paiement falsifié incluant le montant d'une fausse facture pour la commande d'appareils par le club.
B. F._, membre du club et propriétaire d'un planeur acheté en 1999 au prix de 51'000 fr., remorque et équipements compris, est décédé à Vienne en novembre 2001.
B.a Le 9 février 2002, X._ a établi le relevé des heures de vol effectuées en 2001 par F._ dans le cadre de l'activité du club Y._. Il a introduit dans ce décompte des temps de vol effectués et déjà payés par d'autres membres. Il a encore ajouté des dettes et un arriéré fictifs au 31 décembre 2000. Compte tenu d'un solde créditeur de 5'245 fr. 75, la facture adressée à la succession présentait finalement un solde débiteur de 6'145 fr. 45., qui a été payé par le liquidateur, G._.
B.b En août 2002, en compagnie de H._, X._ s'est rendu à Vienne chercher les biens laissés par F._, notamment son planeur. Dans le but de minimiser la valeur réelle de cet objet aux yeux de l'héritière, I._, et de la convaincre d'en faire cadeau au club, il a confectionné et envoyé par télécopie à G._ un faux rapport d'expertise daté du 12 mars 2003, émanant soi-disant de la société J._, qui avait construit l'appareil. En réalité, il s'agissait d'un photomontage, non reconnaissable comme tel, sur lequel X._ avait apposé une signature fictive. Le document indiquait que la valeur du planeur était de l'ordre de 5'000 euros.
Le 25 avril 2003, avec l'annonce de la réception du rapport précité, X._ a fait parvenir à G._ une facture des frais qu'il disait avoir encourus lors de son voyage à Vienne. Les montants allégués, pour un total de 10'777 fr. 70, étaient gonflés ou inventés et la surfacturation a été établie à 10'552 fr. 70. Faute de pièces justificatives, l'exécuteur testamentaire a refusé de payer.
Le 26 septembre 2003, G._ a délivré à X._ une autorisation écrite de vendre le planeur et d'encaisser le produit de la réalisation pour le compte de l'hoirie. X._ l'a vendu, le 8 octobre 2003, à un membre du club, pour la somme de 10'000 fr. qu'il a utilisée pour ses propres besoins, la gardant, à ses dires, en compensation de sa facture de 10'777 fr. 70.
C. Par jugement du 15 octobre 2007, le Tribunal du IIème arrondissement pour le district de Sion a condamné X._, pour abus de confiance, escroquerie et faux dans les titres, à une peine privative de liberté de trois ans et demi, sous déduction de la détention préventive.
Par jugement du 6 mars 2009, la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a admis partiellement l'appel de X._ en ce sens qu'elle l'a condamné, pour abus de confiance, escroquerie et faux dans les titres, à une peine privative de liberté de trente mois, sous déduction de la détention préventive, et mis au bénéfice du sursis partiel à l'exécution de la peine, à concurrence de quinze mois, pendant un délai d'épreuve de trois ans.
D. Invoquant une violation des art. 42, 43, 47, 138, 146 et 251 CP, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à l'annulation du jugement cantonal, subsidiairement, à ce qu'il soit condamné à une peine entièrement compatible avec le sursis total et, plus subsidiairement, à ce qu'il soit condamné à une peine compatible avec le sursis partiel, la peine ferme correspondant alors à une durée de six mois. Il requiert également l'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. Les faits reprochés au recourant ont été commis avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal. La Cour cantonale, qui a rendu l'arrêt attaqué postérieurement à cette date, était saisie d'un appel, voie de droit ordinaire produisant un effet dévolutif complet (cf. art. 189 ch. 1 CPP; RVJ 1996 p. 308 consid. 5b). C'est donc à juste titre qu'elle a examiné et considéré, en application de la lex mitior (<ref-law>), que le nouveau droit était plus favorable au recourant, ce dernier pouvant bénéficier d'un sursis partiel, la peine privative de liberté prononcée étant de trois ans (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 86 ss).
2. Dans le premier chapitre de son mémoire, le recourant expose une nouvelle des versions des faits fondée sur sa propre appréciation des preuves. Il n'invoque toutefois pas l'arbitraire, ni ne motive ce grief par rapport aux constatations cantonales, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner une éventuelle violation de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 397)
3. Invoquant l'arbitraire et une violation de l'<ref-law>, le recourant conteste sa condamnation pour faux dans les titres en relation avec la comptabilité du club Y._, au motif que celle-ci ne constituerait pas un titre. Il explique, en bref, que cette comptabilité était tenue sous la forme d'un carnet de lait, que ce document n'était pas transmis lors des changements successifs de caissiers et que le club ne possédait pas de grand-livre. Il soutient que la comptabilité établie n'était pas un outil de gestion fiable, qu'elle ne reflétait pas l'ensemble des dépenses du club et qu'elle n'était donc pas probante au sens de l'<ref-law>.
3.1 Selon l'<ref-law>, celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constaté ou fait constater faussement, dans un titre, un fait ayant une portée juridique, ou aura pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre, sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Le recourant a été condamné pour avoir faussé les comptes du club Y._. On ne se trouve pas dans l'hypothèse d'un document dont l'auteur apparent ne coïncide pas avec l'auteur réel (faux matériel), mais dans celle d'un document qui est simplement mensonger dans son contenu (faux intellectuel).
Selon la jurisprudence, pour qu'un mensonge écrit soit propre à servir de preuve, il faut qu'il inspire une confiance particulière en raison de la personne dont il émane ou de la valeur que lui attribue la loi (<ref-ruling> consid. 2a p. 28). La comptabilité constitue un titre, doté d'une garantie objective de véracité (<ref-ruling> consid. 2b p. 28/29). La comptabilité commerciale et ses éléments (pièces justificatives, livres, extraits de compte, bilans ou comptes de résultat) sont des titres au sens des art. 110 ch. 4 et 251 CP, dès lors qu'ils sont, en tout cas en vertu de l'<ref-law>, destinés et propres à prouver des faits ayant une portée juridique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 135; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 23). Une comptabilité facultative constitue également un titre, bien que son auteur ne soit pas soumis à l'obligation légale de régularité découlant de l'<ref-law>, si elle est tenue dans le même but que celui en vue duquel l'<ref-law> oblige les personnes assujetties à l'inscription au registre du commerce à tenir des livres (ATF <ref-ruling> consid. 2b/aa p. 26 s.). Le critère est fonctionnel: si, quoique n'émanant pas d'une personne astreinte à tenir des livres, elle comprend des justificatifs et des livres prétendant à l'exhaustivité et donne une image qui se veut complète de la situation financière de l'entreprise, de l'état des dettes et des créances se rattachant à l'exploitation ainsi que du résultat des exercices annuels, la comptabilité vaut titre (ATF <ref-ruling> consid. 2b/aa p. 26 s.). Les tiers qui voudraient connaître la situation financière de l'entreprise doivent pouvoir s'y fier (ATF <ref-ruling> consid. 2b/dd p. 29).
3.2 Invoquant l'arbitraire, le recourant cite quelques exemples et se réfère à divers témoignages pour tenter de démontrer que le bilan et le compte d'exploitation du club ne seraient pas probants et reproche à la Cour pénale de ne pas s'être référée aux comptes d'exploitation et au bilan 2002.
Ce faisant, le recourant se contente de nier le fait contesté - à savoir que la comptabilité reflétait une image complète de la situation financière du club - en opposant sa propre appréciation des preuves à celle de l'autorité (cf. jugement p. 28 et 36), ce qui ne suffit manifestement pas à faire admettre l'arbitraire allégué. Le recours sur ce point ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'<ref-law>, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'entrer en matière.
3.3 Selon les constatations cantonales, le club Y._ est une association d'environ 130 membres, à but non lucratif au sens des <ref-law> et non inscrite au registre du commerce. Ses organes sont l'assemblée générale, la commission de révision des comptes et le comité.
D'après les faits retenus, après avoir accédé à la présidence, en 1998, le recourant est resté en charge de la comptabilité du club qu'il dressait lui-même. Ainsi, le caissier B._ n'a pas élaboré les bilans, hormis celui de l'exercice 2000 qu'il a établi en compagnie du recourant et qui a été remis à un institut bancaire pour l'obtention d'un prêt. En réalité, la tâche de B._ se limitait à remettre au recourant les données informatiques qu'il avait lui-même saisies. C._ a déclaré qu'au terme du premier exercice, il n'avait pas participé au bouclement des comptes ni à leur élaboration et qu'il a démissionné de cette fonction à la fin de l'exercice suivant car il ne pouvait exercer son travail de caissier. Son successeur, D._, jouait un rôle accessoire dans l'établissement de la comptabilité qui était restée en mains du recourant. Chaque année étaient dressés le bilan, le compte d'exploitation et des tableaux annexes (amortissement, locations hangars, statistiques). Outre des frais administratifs, la comptabilité traitait de toutes les questions spécifiques à un groupe d'aviation, à savoir les facturations des vols, les cotisations, les loyers et les assurances, achats, ventes et entretiens des machines; elle retraçait l'ensemble de l'activité du club. Les pièces justificatives étaient détruites après l'approbation des comptes par l'assemblée générale. Le réajustement des cotisations y était discuté en référence aux comptes.
Selon l'arrêt entrepris, le recourant n'a pas intégré les opérations qu'il effectuait lui-même avec l'association et qui auraient dû figurer comptablement dans un compte courant à son nom. Durant la période qu'il a passée au comité de l'association, il a présenté à l'assemblée générale des bilans et des comptes de pertes et profits qui ne correspondaient pas à la vérité dans le but de masquer des recettes, et donc de diminuer le volume apparent des produits enregistrés. Après son départ, la comparaison des données des comptes d'exploitation avec celles encore disponibles des recettes vol et cotisations a d'ailleurs montré que celles-ci étaient sous-comptabilisées.
Sur le vu de ce qui précède, la comptabilité du club Y._ constituait bel et bien, au regard de sa nature et de sa destination, un titre au sens des art. 110 ch. 4 et 251 CP. En effet, les comptes du club comportaient un bilan ainsi qu'un compte d'exploitation, dressés sur la base de pièces justificatives, et présentant une image en principe voulue complète de la situation financière du club. Cette comptabilité était destinée et propre à renseigner sur la situation financière réelle du club, puisque, d'une part, les membres du club décidaient, en assemble générale, du montant des cotisations sur la base desdits comptes et que, d'autre part, des crédits pouvaient être accordés par des tiers sur la base de ces mêmes éléments. Le grief est donc vain.
Pour le reste, le recourant, à juste titre, ne conteste pas la réalisation des autres conditions de l'infraction visée par l'<ref-law>, de sorte que sa condamnation pour faux dans les titres ne viole pas le droit fédéral.
4. Se plaignant d'une violation de l'<ref-law>, le recourant nie s'être rendu coupable d'abus de confiance en effectuant des retraits dans les comptes du club. Il conteste, en substance, que les valeurs du club Y._ lui aient été confiées à titre personnel et dans un but déterminé et qu'il ait eu l'obligation de conserver les actifs de ladite association.
4.1 Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, sans droit, aura employé à son profit ou au profit d'un tiers des valeurs patrimoniales qui lui avaient été confiées, sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Il y a emploi illicite d'une valeur patrimoniale confiée lorsque l'auteur l'utilise contrairement aux instructions reçues, en s'écartant de la destination fixée. L'alinéa 2 de l'<ref-law> ne protège pas la propriété, mais le droit de celui qui a confié la valeur patrimoniale à ce que celle-ci soit utilisée dans le but qu'il a assigné et conformément aux instructions qu'il a données. Est ainsi caractéristique de l'abus de confiance au sens de cette disposition le comportement par lequel l'auteur démontre clairement sa volonté de ne pas respecter les droits de celui qui lui fait confiance (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 259).
S'agissant du transfert d'une somme d'argent, on peut concevoir deux hypothèses: soit les fonds sont confiés à l'auteur par celui qui les lui remet, soit les fonds sont confiés par celui en faveur duquel l'auteur les encaisse. Pour que l'on puisse parler d'une somme confiée, il faut cependant que l'auteur agisse comme auxiliaire du paiement ou de l'encaissement, en tant que représentant direct ou indirect, notamment comme employé d'une entreprise, organe d'une personne morale ou fiduciaire. Cette condition n'est pas remplie lorsque l'auteur reçoit l'argent pour lui-même, en contrepartie d'une prestation qu'il a fournie pour son propre compte, même s'il doit ensuite verser une somme équivalente sur la base d'un rapport juridique distinct. L'inexécution de l'obligation de reverser une somme ne suffit pas à elle seule pour constituer un abus de confiance (<ref-ruling> consid. 2b p. 241 s).
4.2 Selon l'arrêt entrepris, le club fonctionnait sur la base du bénévolat. Les membres du comité n'étaient pas dédommagés en espèces pour leurs activités. En pratique, l'intégralité de leur cotisation annuelle leur était cependant ristournée, ce qui suffisait à couvrir leurs frais. Comme caissier, le recourant était chargé du paiement des factures du club, tâche qu'il n'a pas abandonnée lorsqu'il est devenu président. Il avait l'autorisation d'agir individuellement sur les comptes bancaires et postaux du club. Depuis le 2 août 1996 jusqu'au 15 février 2005, le recourant a ainsi effectué, sur les comptes du club Y._, des prélèvements à des fins propres pour un montant total de 645'693 fr. 85, en agissant à pas moins de 700 reprises.
Il résulte de ces faits que l'argent du club a bel et bien été confié au recourant, ce dernier ayant obtenu, en sa qualité de caissier, puis de président, l'autorisation individuelle d'agir sur les comptes bancaires et postal de l'association. Il découle également des constatations précitées que l'argent confié devait être utilisé dans un but déterminé, à savoir servir exclusivement au paiement des factures du club. Or, le recourant a employé sans droit ces valeurs, pourtant destinées à l'association, en les affectant à ses besoins personnels ou à ceux de ses proches. Dans ces conditions, les conditions objectives de l'abus de confiance sont réalisées et la critique du recourant doit être rejetée.
Pour le reste, l'intéressé ne critique pas, à juste titre, la réalisation de l'aspect subjectif de l'infraction, de sorte que sa condamnation pour abus de confiance ne viole pas le droit fédéral.
5. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant conteste s'être rendu coupable d'escroquerie dans le cadre de la succession de F._. Il nie le caractère astucieux de son comportement et reproche à la dupe de ne pas avoir requis de justificatifs à la facture du 9 février 2002.
5.1 Aux termes de l'<ref-law>, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais, ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
L'astuce est réalisée non seulement lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il se borne à donner de fausses informations dont la vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire, par exemple en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 4.4.3; <ref-ruling> consid. 3a p. 20). Tel est notamment le cas si l'auteur exploite un rapport de confiance préexistant qui dissuade la dupe de vérifier (<ref-ruling> consid. 3a p. 248) ou encore si la dupe, en raison de sa situation personnelle (faiblesse d'esprit, inexpérience, grand âge ou maladie), n'est pas en mesure de procéder à une vérification et que l'auteur exploite cette situation (<ref-ruling> consid. 1a p. 188).
L'astuce n'est toutefois pas réalisée si la dupe pouvait se protéger avec un minimum d'attention ou éviter l'erreur avec le minimum de prudence que l'on pouvait attendre d'elle. Il n'est pas nécessaire, pour qu'il y ait escroquerie, que la dupe ait fait preuve de la plus grande diligence et qu'elle ait recouru à toutes les mesures de prudence possibles. La question n'est donc pas de savoir si elle a fait tout ce qu'elle pouvait pour éviter d'être trompée. L'astuce n'est exclue que lorsque la dupe est coresponsable du dommage parce qu'elle n'a pas observé les mesures de prudence élémentaires que commandaient les circonstances (ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 20).
5.2 D'après les constatations cantonales, le recourant a établi, le 9 février 2002, un relevé des heures de vol effectuées en 2001 par F._ dans le cadre de son activité auprès du club Y._. En détournant le fonctionnement du système informatique, il a pu introduire dans ledit relevé des temps de vol effectués et déjà payés par d'autres membres. Il y a également ajouté des dettes et un arriéré fictifs au 31 décembre 2000. Eu égard à un solde créditeur de 5'245 fr. 75, la facture du 9 février 2002 adressée à la succession de F._ présentait finalement un solde débiteur de 6'145 fr. 45., qui a été payé par le liquidateur, G._.
Il résulte de ces éléments que le recourant a créé, au moyen de données informatisées, une fausse facture contenant un descriptif très spécialisé, qu'il a adressée à la dupe, soit à la succession de F._. Par ailleurs, cette dernière, représentée par son liquidateur, était dans l'impossibilité de vérifier le bien-fondé du décompte, puisque, d'une part, le relevé en question reposait sur des données informatiques « trafiquées » et maîtrisées par le président du club et que, d'autre part, les pièces justificatives comptables des exercices antérieurs à 2002 avaient été détruites. Dans ces conditions, l'astuce est bien réalisée et on ne saurait tenir la dupe pour coresponsable du dommage subi. Le grief est donc infondé.
Pour le reste, les autres conditions de l'escroquerie ne sont, à juste titre, pas contestées, de sorte que la condamnation du recourant pour ce chef d'accusation ne viole pas le droit fédéral.
6. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant se plaint de la peine infligée.
6.1 Selon l'<ref-law>, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
Les critères, énumérés de manière non exhaustive par cette disposition, correspondent à ceux fixés par l'art. 63 aCP et la jurisprudence y relative (<ref-ruling> consid. 2.1), qui conserve par conséquent toute sa valeur (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 21). Par ailleurs, le critère de l'effet de la peine sur l'avenir de l'auteur, même s'il n'était pas prévu à l'art. 63 aCP, était déjà pris en compte en application de la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 21; <ref-ruling> consid. 3b p. 126)
Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Il n'y a violation du droit fédéral que si la peine a été fixée en dehors du cadre légal, si elle repose sur des considérations étrangères à l'<ref-law>, si elle ne tient pas compte des critères découlant de cette disposition ou si le juge s'est montré à ce point sévère ou clément que l'on doive parler d'un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 6.1).
6.2 En relation avec la peine infligée, le recourant invoque également une violation de son droit d'être entendu. Il n'étaye toutefois cette critique par aucune argumentation distincte de celle présentée à l'appui du grief de violation de l'<ref-law>. Dans la mesure où il entendrait néanmoins en faire un argument séparé, celui-ci serait dès lors irrecevable, faute d'être étayé par une motivation qui satisfasse aux exigences de l'<ref-law>.
6.3 Le recourant conteste la quotité de la peine au motif qu'il devrait être libéré de plusieurs chefs d'accusation. Cette critique est irrecevable dans la mesure où elle ne répond pas aux exigences de motivation posées par l'<ref-law>, l'intéressé ne discutant nullement les motifs de l'arrêt attaqué et le recours en matière pénale sur les infractions visées par les art. 138, 146 et 251 CP étant rejeté (cf. supra consid. 3, 4 et 5).
6.4 Le recourant reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir tenu compte des conséquences de la peine ferme de 15 mois d'emprisonnement sur son avenir. Il relève que cette sanction l'empêchera de rembourser sa dette, conformément à la convention signée avec le club Y._.
Dans le cadre de l'appréciation de la peine, la Cour pénale a tout d'abord largement exposé la situation personnelle, professionnelle et familiale de l'intéressé et ainsi tenu compte du fait que celui-ci travaillait, depuis le 1er juillet 2007, comme consultant pour une société installée à Abu Dhabi pour un salaire mensuel de base de quelque 13'000 fr., sans compter un bonus qui pourrait être de l'ordre de trois mois de salaire, auquel s'ajoutait une indemnité pour les frais de voyage, logement et téléphone. Elle a ensuite relevé la gravité des faits qui lui étaient reprochés eu égard en particulier au nombre et à la durée des actes commis, les mobiles poursuivis, ceux-ci étant essentiellement égoïstes et le concours d'infraction. Elle a aussi pris en considération l'absence d'antécédent du recourant et l'atteinte à son statut social en raison de la procédure et son retentissement médiatique. Elle a enfin retenu la circonstance atténuante du repentir sincère, soulignant précisément que l'héritière de F._ avait été désintéressée par le recourant et que celui-ci avait passé avec le club Y._ une convention d'indemnisation à hauteur de 600'000 fr. dont il respectait les conditions de remboursement, lesquelles impliquaient d'importants sacrifices de sa part. Ainsi, au regard de ces éléments, l'autorité inférieure n'a manifestement pas perdu de vue les engagements financiers de l'intéressé, ni sa situation professionnelle au moment de la fixation de la peine. Par ailleurs, les considérations de prévention spéciale ne peuvent jouer qu'un rôle marginal dans la fixation de la peine eu égard à la gravité de la faute. Le grief est donc vain.
En définitive, le recourant ne cite aucun élément important, propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort. Par ailleurs, au regard des éléments exposés aux pages 41 à 43 du jugement attaqué, la peine infligée n'apparaît pas exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'examen par l'autorité cantonale.
7. Le recourant invoque une violation des art. 42 et 43 CP.
7.1 Selon l'<ref-law>, le juge peut suspendre partiellement l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine privative de liberté d'un an au moins et de trois ans au plus afin de tenir compte de façon appropriée de la faute de l'auteur (al. 1). La partie à exécuter ne peut excéder la moitié de la peine (al. 2). En cas de sursis partiel à l'exécution d'une peine privative de liberté, la partie suspendue, de même que la partie à exécuter, doivent être de six mois au moins. Les règles d'octroi à la libération conditionnelle (art. 86) ne lui sont pas applicables (al. 3).
7.1.1 Les conditions subjectives permettant l'octroi du sursis (<ref-law>), à savoir les perspectives d'amendement, valent également pour le sursis partiel prévu à l'<ref-law> dès lors que la référence au pronostic ressort implicitement du but et du sens de cette dernière disposition. Ainsi, lorsque le pronostic quant au comportement futur de l'auteur n'est pas défavorable, la loi exige que l'exécution de la peine soit au moins partiellement suspendue. En revanche, un pronostic défavorable exclut également le sursis partiel. En effet, s'il n'existe aucune perspective que l'auteur puisse être influencé de quelque manière par un sursis complet ou partiel, la peine doit être entièrement exécutée (<ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 10).
En revanche, les conditions objectives des art. 42 et 43 CP ne correspondent pas. Ainsi, les peines privatives de liberté jusqu'à une année ne peuvent être assorties du sursis partiel. Une peine de 12 à 24 mois peut être assortie du sursis ou du sursis partiel. Le sursis total à l'exécution d'une peine privative de liberté est exclu, dès que celle-ci dépasse 24 mois. Jusqu'à 36 mois, le sursis partiel peut cependant être octroyé (<ref-ruling> consid. 5.3.2 p. 10).
7.1.2 Lorsqu'il prononce une peine privative assortie d'un sursis partiel, le juge doit non seulement fixer au moment du jugement la quotité de la peine qui est exécutoire et celle qui est assortie du sursis, mais également mettre en proportion adéquate une partie à l'autre. Pour fixer dans ce cadre la durée de la partie ferme et avec sursis de la peine, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. A titre de critère de cette appréciation, il y a lieu de tenir compte de façon appropriée de la faute de l'auteur (<ref-law>). Le rapport entre ces deux parties de la peine doit être fixé de telle manière que, d'une part, la probabilité d'un comportement futur de l'auteur conforme à la loi, mais aussi sa culpabilité soient équitablement prises en compte. Ainsi, plus le pronostic est favorable et moins l'acte apparaît blâmable, plus la partie de la peine assortie du sursis doit être importante. Mais en même temps, la partie ferme de la peine doit demeurer proportionnée aux divers aspects de la faute (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 15).
7.2 En l'occurrence, le sursis total au sens de l'<ref-law> est exclu, la peine privative de liberté prononcée à l'encontre du recourant étant de trois ans.
S'agissant du sursis partiel, la Cour pénale n'a pas outrepassé son pouvoir d'appréciation, en s'écartant du minimum légal et en fixant à quinze mois la partie de la peine à exécuter. En effet, d'une part, la faute du recourant est lourde. Entre août 1996 et février 2005, soit pendant plus de huit ans, il a, par quelque 700 opérations, détourné un montant de l'ordre de 645'000 fr. au détriment de l'association dont il était l'un des responsables et qu'il a longtemps présidée. De plus, pour arriver à ses fins, il a non seulement profité de la confiance, voire de l'amitié, de ses collègues et autres membres du club, mais s'est aussi servi de son autorité. Pour opérer ses malversations, il a su recourir à diverses méthodes, qu'il a pris soin d'améliorer au fil des ans et sa duplicité a été extraordinaire. D'autre part, le pronostic est très mitigé, dès lors que, selon les faits retenus, le risque de récidive n'est pas négligeable, eu égard à la personnalité du recourant, lequel est peu enclin à respecter les lois lorsque son intérêt est en cause. Le grief doit donc être rejeté.
8. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (cf. <ref-law>).
La cause étant ainsi jugée, la requête d'effet suspensif n'a plus d'objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 20 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani