Sachverhalt:
A. Am 30. Juli 2001 reichte der Architekt X._ bei der Baupolizei St. Gallen ein Baugesuch für ein Einfamilienhaus auf dem Grundstück Nr. C3356 ein. Dagegen erhob der Nachbar und Eigentümer der Parzelle Nr. C3511, Y._, Einsprache, weil aufgrund des massgebenden Überbauungsplans eine Überbauung von Grundstück Nr. C3356 unzulässig sei.
Nach verschiedenen Besprechungen zwischen den Parteien und Behörden zog Y._ seine Einsprache am 17. Juni 2002 zurück.
B. In der Folge bewilligte die Baupolizeikommission der Stadt St. Gallen mit Beschluss vom 1. Juli 2002 das Baugesuch unter Bedingungen und Auflagen. Im Bewilligungsentscheid wurde unter anderem festgehalten, der Überbauungsplan schliesse grundsätzlich eine weitere Überbauung der Parzelle aus, weshalb das Vorhaben baurechtswidrig sei. Es sei eigentlich angezeigt, den Plan aufzuheben. Weil der Perimeter aber viele Parzellen umfasse und der Ausgang eines Aufhebungsverfahrens ungewiss sei, komme die Baupolizeikommission zum Schluss, die im öffentlichen Interesse liegende Verdichtung bzw. bauliche Ausnützung eines eingezonten Grundstückes sei über eine Ausnahmebewilligung zu ermöglichen. Da der Überbauungsplan keine Vorschriften über die Bauweise enthalte, würden ergänzend die Regelbauvorschriften für die Wohnzone 3a gelten. In dieser Zone seien dreigeschossige Bauten mit einer maximalen Gebäudehöhe von 11 m zugelassen. Die Aufnahmen des Vermessungsamtes zeigten, dass mit dem Projekt die maximal zulässige Gebäudehöhe von 11 m ab Niveaupunkt exakt eingehalten werde.
C. Am 7. Juli 2003 reichte der Architekt X._ ein Korrekturgesuch ein. Dieses sah den Einbau eines Lifts mit einer entsprechenden Dachaufbaute sowie zwei gedeckte Parkplätze und eine Grundrissänderung vor. Die Baupolizeibehörde bewilligte den Lifteinbau und die Erweiterung des Autounterstands am 7. August 2003. Am 4. September 2003 ging das Eigentum an der Parzelle Nr. C3356 auf die Ehegatten A._ über.
Am 23. August bzw. 4. September 2003 schlossen die Eigentümer der Liegenschaften Zwinglistrasse 45 und 49 einen Dienstbarkeitsvertrag ab. Zugunsten der Parzelle Nr. C3511 von Y._ und zulasten des Baugrundstücks Nr. C3356 wurde eine Baubeschränkung vereinbart und im Grundbuch eingetragen. Danach ist auf dem Grundstück Nr. C3356 eine maximale Bauhöhe (Dachrand) von 735.5 m ü.M., eine maximale Baubreite von 7.8 m und eine maximale Baulänge von 11.5 m erlaubt.
Die im Rahmen eines weiteren Korrekturgesuchs eingereichten Begehren um Änderung der Umgebung, Fällung eines Baumes und Erstellung eines zusätzlichen Sitzplatzes bewilligte die Baupolizeibehörde am 16. Januar 2004.
D. Anlässlich einer Rohbaukontrolle vom 6. Dezember 2004 stellte die Baupolizeibehörde fest, dass die Konstruktion der Decke über dem zweiten Obergeschoss respektive das Flachdach um ca. 30 cm erhöht worden war. Eine Kontrolle des Ausführungsplans ergab, dass der Dachrand neu auf einer Kote von 735.77 m ü.M. lag, womit die zulässige Gebäudehöhe ohne Bewilligung ca. 30 cm überschritten war. Bei der Rohbaukontrolle war das Dach mit Dachpappe abgedeckt und auf diese Weise vor eindringendem Wasser geschützt. Der Innenraum war im Rohbau fertig erstellt. Hierauf stellte die Baupolizei die Bauarbeiten mit Verfügung vom 10. Dezember 2004 ein. Sie hielt u.a. fest, die Fortsetzung der Bauarbeiten an und im Bereich der Decke über dem zweiten Obergeschoss sei in Bestätigung der bereits mündlich ausgesprochenen Baueinstellung vom 9. Dezember 2004 ausdrücklich untersagt. Bis spätestens 24. Dezember 2004 sei der Baupolizei ein Korrekturgesuch einzureichen. Die Baueinstellung gelte bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Baubewilligung.
E. Am 20. Dezember 2004 reichten X._ und die Grundstückseigentümer ein Korrekturgesuch für die bereits ausgeführte Erhöhung des Gebäudes um 36 cm ein. Dagegen erhoben zwei Nachbarn Einsprache. Die Baupolizeikommission entschied am 21. Januar 2005, es lägen keine Gründe vor, welche die Erteilung einer Ausnahmebewilligung rechtfertigen würden. Die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei allerdings unverhältnismässig. Dagegen gelangten beide Einsprecher sowie der Architekt mit Rekurs ans Baudepartement des Kantons St. Gallen. Das Baudepartement wies sämtliche Rekurse mit Entscheid vom 13. Februar 2006 ab, soweit diese nicht gegenstandslos geworden waren.
F. Die Parteien erhoben hierauf Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Letzteres hiess die Beschwerde der Nachbarn mit Urteil vom 14. September 2006 gut, wohingegen es diejenige von X._ abwies. Die Ehegatten A._ als Grundstückseigentümer wies es an, die Höhe des Wohnhauses auf dem Grundstück Nr. C3356 auf das in der Baubewilligung vom 1. Juli 2002 festgelegte Mass zu reduzieren.
Das Bundesgericht schützte dieses Urteil mit Entscheid vom 13. April 2007 (Verfahren 1P.708/2006 und 1P.710/2006).
G. Mit Eingabe vom 7. April 2009 erhebt der Architekt X._ Revision gegen das bundesgerichtliche Urteil vom 13. April 2007. Zugleich ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Begründetheit des Revisionsgesuchs nach den einschlägigen Art. 121 ff. des BGG, obwohl der Entscheid, dessen Revision beantragt wird, noch gestützt auf das Bundesrechtspflegegesetz vom 16. Dezember 1943 (OG) ergangen ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 47; nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>).
2. 2.1 Das formgerecht eingereichte (<ref-law>) Revisionsgesuch stützt sich auf den Revisionsgrund gemäss <ref-law>. Danach kann die Revision eines Entscheids des Bundesgerichts in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten verlangt werden, wenn die ersuchende Partei nachträglich erhebliche Tatsachen erfährt oder entscheidende Beweismittel auffindet, die sie im früheren Verfahren nicht beibringen konnte, unter Ausschluss der Tatsachen und Beweismittel, die erst nach dem Entscheid entstanden sind.
Fraglich ist, ob die Frist gemäss <ref-law> eingehalten wurde: Der Gesuchsteller stellt zur Fristberechnung auf seine Kenntnis der voraussichtlichen Wiederherstellungskosten ab und damit auf eine Kostengrobschätzung vom 20. Februar 2009. Diese Zahlen hätten aber bereits früher erhoben werden können, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen werden. Die Frage kann aber mit Blick auf das Ergebnis offen gelassen werden.
2.2 Nach der zum analogen Art. 137 lit. b OG ergangenen, gemäss <ref-ruling> E. 2.1 S. 47 weiterhin gültigen Rechtsprechung sind "neue" Tatsachen solche, die sich bis zum Zeitpunkt, da im Hauptverfahren noch tatsächliche Vorbringen prozessual zulässig waren, verwirklicht haben, jedoch dem Revisionsgesuchsteller trotz hinreichender Sorgfalt nicht bekannt waren. Die neuen Tatsachen müssen ferner erheblich sein, d.h. sie müssen geeignet sein, die tatbeständliche Grundlage des angefochtenen Urteils zu verändern und bei zutreffender rechtlicher Würdigung zu einer andern Entscheidung zu führen. Neue Beweismittel haben entweder dem Beweis der die Revision begründenden neuen erheblichen Tatsachen oder dem Beweis von Tatsachen zu dienen, die zwar im früheren Verfahren bekannt gewesen, aber zum Nachteil des Gesuchstellers unbewiesen geblieben sind. Erheblich ist ein Beweismittel, wenn anzunehmen ist, es hätte zu einem anderen Urteil geführt, falls das Gericht im Hauptverfahren davon Kenntnis gehabt hätte. Ausschlaggebend ist, dass das Beweismittel nicht bloss der Sachverhaltswürdigung, sondern der Sachverhaltsermittlung dient (<ref-ruling> E. 2 S. 141; <ref-ruling> E. 1 S. 171; ferner nicht publ. E. 4.1 des Urteils 134 III 286).
2.3 Der Gesuchsteller führt aus, die gesamten Rückbaukosten würden aufgrund von Schätzungen durch Experten nun auf rund Fr. 480'000.-- zu stehen kommen. In den letzen Tagen und Wochen sei ihm darum bewusst geworden, dass die Wiederherstellungskosten insgesamt zwischen 25 und 30 % der Gesamtkosten betragen würden. Dies sei nicht mehr verhältnismässig. Er macht sinngemäss geltend, erst mit dem Rückbauentscheid (Baubewilligung vom 9. Januar 2009) und den hierauf eingeholten Schätzungen seien diese Kosten evident geworden. Weder im kantonalen noch im bundesgerichtlichen Verfahren habe er Anlass gehabt, die vom kantonalen Hochbauamt genannte Summe von Fr. 200'000.-- zu verifizieren resp. zu bestreiten. Zudem habe das fertig gebaute "Baumhaus" zahlreiche Preise und Auszeichnungen erhalten.
2.4 Was der Gesuchsteller vorbringt, stellt keinen Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> dar. Schon im kantonalen Verfahren wie auch vor Bundesgericht war ein zentraler Punkt, den es zu beurteilen galt, ob die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes verhältnismässig sei. Und bereits im zur Diskussion stehenden Urteil vom 13. April 2007 hat das Bundesgericht in E. 5.4 festgehalten, dass die vom Hochbauamt im kantonalen Verfahren geschätzten Wiederherstellungskosten nie bestritten worden seien. Der Gesuchsteller und die Grundstückseigentümer hätten aber jeden Grund gehabt, diese Schätzung in Abrede zu stellen und konkrete Zahlen zu präsentieren, um die von ihnen behauptete Unverhältnismässigkeit zu belegen. Sie konnten sich nicht darauf verlassen, dass das Verwaltungs- bzw. das Bundesgericht von einer Wiederherstellung absehen würden. Die heute präsentierten Expertenberichte hätten ohne Weiteres bereits im damaligen Zeitpunkt eingeholt werden können. Es obliegt den Prozessparteien, rechtzeitig und prozesskonform zur Klärung des Sachverhalts entsprechend ihrer Beweispflicht beizutragen (ELISABETH ESCHER in: Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, N. 8 zu Art. 123).
Dass das Haus inzwischen verschiedentlich ausgezeichnet worden ist, ist im vorliegenden Zusammenhang unerheblich (siehe bereits E. 5.5.2 im Urteil 1P.708/2006 bzw. 1P.710/2006 vom 13. April 2007).
3. Nach dem Gesagten vermögen die neu vorgelegten Zahlen des Gesuchstellers kein vom Haupturteil abweichendes Ergebnis zu begründen. Ein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> liegt nicht vor, weshalb das Gesuch abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Damit wird auch das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Die Gerichtskosten sind dem Gesuchsteller als unterliegender Partei aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen, da in Anwendung von <ref-law> auf die Durchführung eines Vernehmlassungsverfahrens verzichtet worden ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Gesuchsteller auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde St. Gallen, dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer