ordonne:
1. Il est pris acte du retrait du recours.
2. La cause 4A_291/2012 est rayée du rôle.
3. Un émolument judiciaire de 300 fr. est mis à la charge du recourant.
4. La présente ordonnance est communiquée aux mandataires des parties et à la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 18 septembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge unique: Kolly
La Greffière: Monti