Fatti:
A. Nell'ambito della procedura fallimentare condotta contro F._ SA Impresa Generale, B._ (opponente) ha notificato un credito di fr. 2'219'612.--. Oggetto di un'azione riconvenzionale pendente presso la Pretura di Lugano al momento dell'apertura del fallimento, l'Ufficio esecuzione e fallimenti (UEF) di Bellinzona l'ha iscritto in graduatoria pro memoria ai sensi dell'<ref-law>. La debitrice ha dal canto suo fatto annotare, fra i propri attivi, la pretesa di fr. 955'385.70 da essa fatta valere contro B._ a titolo principale nella procedura giudiziaria menzionata. Divenuta definitiva la graduatoria, con circolare 18 ottobre 2007 l'UEF di Bellinzona ha comunicato ai creditori che rinunciava a far valere alcune pretese della massa, fra le quali quella oggetto del procedimento giudiziario cennato; ha inoltre preavvisato negativamente la continuazione di alcuni processi pendenti nei confronti della fallita al momento dell'apertura del fallimento, fra i quali quello relativo all'azione riconvenzionale promossa da B._. Entro il termine impartito, tanto B._ quanto l'avv. A._ (qui ricorrente) hanno chiesto la cessione ex <ref-law> della pretesa di fr. 955'385.70, il primo postulando altresì la compensazione dei due crediti. Tornando su una propria decisione del 27 precedente, in data 29 novembre 2007 l'UEF di Bellinzona ha, fra l'altro, concesso all'avv. A._ e a due altri creditori (E._ & Co. e D._ SA) l'autorizzazione a continuare il processo contro B._ in luogo e vece della massa. Ha invece iscritto definitivamente nella graduatoria la pretesa riconvenzionale di fr. 2'219'612.-- fatta valere in processo da B._, rifiutando la compensazione dichiarata da quest'ultimo per l'importo della pretesa principale di fr. 955'385.70. Modificando ulteriormente la propria decisione, l'UEF di Bellinzona, in data 5 dicembre 2007, ha ammesso B._ quale (ulteriore) cessionario della pretesa di fr. 955'385.70.
B. Contro le cennate decisioni sono insorti avanti al Tribunale di appello del Cantone Ticino, Camera di esecuzione e fallimenti quale autorità di vigilanza, tanto B._ quanto l'avv. A._, il primo contestando il rifiuto di ammettere la compensazione, il secondo l'iscrizione definitiva nella graduatoria del credito riconvenzionale di fr. 2'219'612.-- insinuato da B._ nonché la cessione a quest'ultimo della pretesa principale di fr. 955'385.70. Il Tribunale di appello ha congiunto i gravami: in parziale ammissione del ricorso dell'avv. A._ e in reiezione di quello di B._, ha annullato la cessione a B._ del credito di fr. 955.385.70. Respingendo per il resto quello dell'avv. A._, ha confermato l'iscrizione definitiva nella graduatoria del credito riconvenzionale di fr. 2'219'612.-- insinuato da B._.
C. Con allegato 3 aprile 2008, l'avv. A._ introduce avverso la sentenza del Tribunale di appello il presente ricorso in materia civile. Censurando un'errata applicazione degli artt. 260 LEF nonché 63 cpv. 2 e 3 RUF ed una violazione dei diritti costituzionali scaturenti dagli artt. 9 e 29 cpv. 1 Cost., egli chiede che venga riformata la sentenza impugnata nel senso che il credito di fr. 2'219'612.-- vantato da B._ rimanga iscritto in graduatoria soltanto pro memoria, e ciò fino alla conclusione del processo pendente avanti alla Pretura di Lugano.
Invitato a rispondere, B._ ha chiesto la reiezione del ricorso. L'UEF di Bellinzona non ha ritenuto di dover presentare osservazioni.
Con decreto 22 aprile 2008, il Presidente della II Corte di diritto civile del Tribunale federale ha conferito al gravame il richiesto effetto sospensivo.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
1.2 Il ricorso appare essere stato interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2) pronunciata dall'autorità cantonale ticinese di vigilanza (<ref-law>) in materia di esecuzione e fallimento (<ref-law>) e si rivela ammissibile senza riguardo al valore di causa (art. 74 cpv. 2 lett. c LTF). Ciò detto, il gravame rispetta le menzionate esigenze formali e può essere esaminato nel merito.
2. 2.1 Il Tribunale federale fonda la propria sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). L'accertamento dei fatti può essere censurato unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> oppure in maniera manifestamente inesatta (<ref-law>); quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio vigente sotto l'egida dell'abrogata legge sull'organizzazione giudiziaria (art. 90 cpv. 1 lett. b OG; <ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (<ref-law>; in proposito, v. consid. 2.3 infra). Inoltre, la censura di arbitrio nell'accertamento dei fatti è ammissibile unicamente qualora l'eliminazione del vizio possa essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>), ciò che il ricorrente deve puntualmente allegare e dimostrare.
2.2 Con ricorso in materia civile il ricorrente può far valere la violazione del diritto svizzero rispettivamente estero ai sensi degli artt. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Non è limitato né dagli argomenti sollevati nel ricorso, né dalla motivazione dell'istanza inferiore. Può pertanto accogliere il gravame per un motivo diverso da quelli invocati, ma pure respingerlo con una motivazione diversa da quella adottata nella decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 1.4 in fine, 297 consid. 3.1). In considerazione delle esigenze di motivazione esposte all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 pag. 591 seg.), il Tribunale federale esamina tuttavia di principio unicamente le censure sollevate; non è tenuto, come lo è invece un'autorità di prima istanza, ad esaminare tutte le questioni giuridiche possibili, se queste non gli vengono (più) riproposte (<ref-ruling> consid. 1.4.1, 545 consid. 2.2).
2.3 In applicazione dell'<ref-law>, il Tribunale federale esamina la pretesa violazione di diritti fondamentali soltanto se tale censura è stata espressamente invocata e motivata dal ricorrente. Come già sotto l'egida dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, le cui esigenze restano determinanti per le censure sottoposte al principio dell'allegazione secondo l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 pag. 639; Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 pag. 3764, n. 4.1.4.5 pag. 3900), il ricorrente che lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 262), bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione precisa, che la decisione impugnata si fonda su un'applicazione della legge od un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (<ref-ruling> [n. 87] consid. 2 pag. 639; <ref-ruling> consid. 1.4). Non basta, in particolare, che il ricorrente affermi l'arbitrarietà della decisione impugnata adducendo considerazioni generiche (<ref-ruling> consid. 2 pag. 591 seg.; <ref-ruling> consid. 1b). Il mancato rispetto di queste esigenze di motivazione conduce all'inammissibilità della censura (<ref-ruling> consid. 2 pag. 591 seg.).
3. 3.1 La presente vertenza si colloca nell'ambito del fallimento della ditta F._ SA. A completazione dello stato di fatto ritenuto dalla Corte cantonale (<ref-law>), si precisa che il fallimento è liquidato in applicazione della procedura sommaria prevista dall'<ref-law> (v. Foglio ufficiale del Cantone Ticino n. 46/2006 del 9 giugno 2006, pag. 3917).
3.2 I giudici cantonali hanno constatato che la decisione 18 ottobre 2007, con la quale l'UEF di Bellinzona ha rinunciato a far valere, tra gli altri, il credito di fr. 955'385.70 contro B._, ed a continuare il processo avviato da quest'ultimo in via riconvenzionale, non è stata contestata ed è divenuta definitiva. Essi hanno inoltre constatato che il qui ricorrente ha tempestivamente "chiesto la cessione unicamente del credito di fr. 955'385.70"; in questa richiesta non poteva essere considerata implicita "una domanda tendente ad essere autorizzato a continuare il processo anche in merito alla pretesa riconvenzionale [...], poiché formalmente la decisione 18 ottobre 2007 esigeva una richiesta esplicita pure per la seconda pretesa". Peraltro, la possibilità che il processo continui solo sulla questione dell'esistenza del credito di fr. 955'385.70 dimostrerebbe che le due pretese siano scindibili.
4. In primo luogo, il ricorrente ritiene che in nessun caso l'UEF potesse applicare l'<ref-law>, poiché non aveva la facoltà, nell'evenienza concreta, di riconoscere la pretesa del terzo.
4.1 I crediti che formano oggetto di liti già pendenti davanti l'autorità giudiziaria al momento dell'apertura del fallimento vengono registrati nella graduatoria soltanto pro memoria (<ref-law>). Se il processo, sospeso in applicazione dell'<ref-law>, non viene continuato né dalla massa, né da qualche creditore a' sensi dell'<ref-law>, il credito si considera riconosciuto, ed i creditori non hanno più diritto d'impugnare il rango loro assegnato in graduatoria, a stregua dell'<ref-law> (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1). La giurisprudenza ha stabilito che, contrariamente a quanto potrebbe far pensare il tenore letterale dell'<ref-law>, non si applica esclusivamente la procedura d'autorizzazione di cui all'<ref-law>, bensì anche le sue varianti esposte agli artt. 49 segg. RUF (<ref-ruling> consid. 2.2). Pertanto, alla liquidazione ordinaria del fallimento si applica l'<ref-law>, mentre a quella sommaria, l'<ref-law>. Secondo quest'ultima norma, il termine di dieci giorni entro il quale i creditori devono inoltrare le loro domande di cessione (<ref-law>) va fissato solo nei casi più importanti; la sua fissazione sarà resa pubblica unitamente al deposito della graduatoria (<ref-ruling> consid. 2.2). Corrisponde infine a giurisprudenza costante del Tribunale federale che una cessione ex <ref-law> debba essere tassativamente preceduta da una esplicita rinuncia della massa ad agire personalmente; mancando, nella liquidazione del fallimento in via sommaria, l'assemblea dei creditori (<ref-law>), la decisione di rinuncia è presa tramite circolare o pubblicazione (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 3).
4.2 Nel caso in esame, con la propria decisione 18 ottobre 2007 l'UEF di Bellinzona - come constatato dalla Corte cantonale (supra consid. 3.2) - in qualità di amministratore del fallimento ha espressamente rinunciato a far valere, tra gli altri, il credito di fr. 955'385.70 contro B._, ed a continuare il processo avviato da quest'ultimo in via riconvenzionale. Così facendo, l'UEF di Bellinzona ha manifestamente rispettato le regole di procedura scaturenti dall'<ref-law>, testé schizzate. Né il ricorrente pretende il contrario.
4.3 Pertanto, nella misura in cui il ricorrente sembra volersi prevalere del fatto che l'UEF non abbia atteso la seconda assemblea dei creditori prima di riconoscere la pretesa del terzo, la sua censura deve essere dichiarata infondata già perché la procedura di liquidazione sommaria del fallimento, applicabile in specie, non prevede alcuna assemblea dei creditori, tanto meno una seconda. Contrariamente a quanto egli afferma, l'UEF - constatata la correttezza del suo modo di procedere relativamente alla comunicazione della propria rinuncia a procedere nonché all'impartizione di un termine ai creditori per farsi cedere singole pretese (qui supra, consid. 4.2) - non poteva far altro che registrare definitivamente nella graduatoria la pretesa vantata dall'opponente, in applicazione dell'<ref-law>, non più osteggiata giudizialmente dall'amministrazione del fallimento né da un creditore in applicazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4 pag. 35 seg.). Né può essere di soccorso al ricorrente la <ref-ruling> consid. 5 pag. 36: la discussione condotta dal Tribunale federale in quel contesto si fonda sull'ipotesi che l'amministrazione del fallimento non si sia pronunciata affatto sul destino da riservare alle pretese oggetto del procedimento giudiziario pendente e sospeso in applicazione dell'<ref-law>; nel presente caso, per contro, è stato accertato - ed è rimasto incontestato - che la decisione 18 ottobre 2007 dell'UEF di Bellinzona si riferisce anche alle pretese oggetto del procedimento giudiziario, per cui non vi è incertezza a proposito del loro destino.
4.4 Quanto appena detto vale, a meno che la facoltà di continuare a contestare la pretesa riconvenzionale in sede giudiziaria non debba essere considerata come implicitamente passata al creditore cessionario della pretesa principale di fr. 955'385.70 contro il qui opponente. A questo secondo fulcro argomentativo del ricorrente sono dedicate le considerazioni che seguono.
5. In secondo luogo, il ricorrente considera che la Corte cantonale sia caduta nel formalismo eccessivo e nell'arbitrio esigendo da lui che formulasse una separata richiesta di autorizzazione relativa alla facoltà di continuare ad opporsi alla pretesa riconvenzionale.
5.1 Come già detto (consid. 3.2), i giudici cantonali hanno ritenuto che con lo scritto 7 novembre 2007, il ricorrente aveva "chiesto la cessione unicamente del credito di fr. 955'385.70". Una richiesta di autorizzazione a continuare il processo anche in merito alla pretesa riconvenzionale del qui opponente non poteva essere considerata implicita, poiché anche per questa seconda pretesa la decisione 18 ottobre 2007 esigeva una richiesta esplicita. Del resto, il processo poteva benissimo continuare solo sulla questione del credito principale di fr. 955'385.70.
5.2 Secondo il ricorrente, considerare la sua domanda 7 novembre 2007 siccome volta unicamente ad ottenere la cessione del credito principale, e non anche l'autorizzazione di opporsi alla contropretesa fatta valere in via riconvenzionale, renderebbe la stessa priva di senso. La scindibilità materiale delle due pretese, allegata dalla Corte cantonale, apparirebbe a suo dire illogica e contraria alle realtà processuali, tanto più che presupposto di una domanda riconvenzionale sarebbe proprio la sua connessione con la causa principale. Infine, ritenere che la sua richiesta 7 novembre 2007 non esponesse anche la sua volontà di proseguire il processo pendente comprensivo di un'azione riconvenzionale rappresenterebbe un eccesso di formalismo totalmente ingiustificato e fine a se stesso, e costituirebbe un'applicazione rigida e formalistica di disposizioni che, oltretutto, non contemplano il caso dell'esistenza contemporanea di un'azione e una riconvenzione.
5.3 Nella misura in cui il ricorrente rivolge le proprie critiche alla decisione 18 ottobre 2007, che egli definisce "equivoca e poco comprensibile", esse sono inammissibili, non avendo questa fatto oggetto della sentenza avversata e non avendola egli altrimenti impugnata. Per il prosieguo della discussione, si dovrà pertanto ammettere che tale decisione era sufficientemente chiara per quanto attiene alle pretese alle quali l'amministrazione del fallimento rinunciava, rispettivamente ai crediti insinuati che l'amministrazione del fallimento rinunciava a contestare ulteriormente in giudizio.
5.4 Quando il ricorrente afferma che la lettura data dalla Corte cantonale alla sua richiesta 7 novembre 2007 rende la stessa priva di senso, si può supporre - a suo beneficio - che intenda invocare l'arbitrarietà di tale lettura, e dunque una violazione dell'<ref-law> Tuttavia, il tenore letterale di quel suo scritto appare inequivocabile: richiesta è unicamente la cessione del credito principale di fr. 955'385.70.
Tale scritto va letto quale risposta alla decisione UEF del 18 ottobre 2007, allora rimasta inoppugnata ed oggi non più suscettibile di essere rimessa in discussione (consid. 5.3 qui supra). Questa decisione menziona effettivamente, in sezioni distintamente separate, da un lato le pretese offerte in cessione ai creditori ex <ref-law>, e dall'altro, le contro-pretese annotate pro memoria ex <ref-law>; in coda ad ogni sezione è fissato il termine per opporsi al modo di procedere delineato dall'UEF, e l'ulteriore termine per domandare la cessione delle pretese rispettivamente della facoltà di opporsi in giudizio alle contro-pretese. Data questa costruzione della decisione 18 ottobre 2007, non appare assolutamente insostenibile pretendere dal ricorrente la chiara formulazione di una domanda di cessione per ognuna delle pretese oggetto del procedimento giudiziario avanti alla Pretura di Lugano. Peraltro, come rettamente ricordano i giudici cantonali laddove affermano che "le due pretese non sono materialmente inscindibili", le due azioni - principale e riconvenzionale - sono indipendenti l'una dall'altra (<ref-ruling> consid. 3c pag. 47, alla quale rimandano Oscar Vogel/Karl Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8a ed. 2006, cap. 7 margin. 50), quantunque talune procedure cantonali esigano una connessione fra di loro (Max Guldener, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3a ed. 1979, pag. 218), almeno in casi particolari (Hans Ulrich Walder-Richli, Zivilprozessrecht, 4a ed. 1996, § 11 n. 4); per questa ragione, inoltre, il fatto che il ricorrente abbia menzionato nella sua richiesta il numero dell'incarto della Pretura non gli è di soccorso, potendosi questo riferire all'una, all'altra o a entrambe le pretese.
Certo, farsi cedere dalla massa una pretesa al fine di continuare a battersi in giudizio per ottenerne il riconoscimento, e omettere di farsi cedere una contro-pretesa fatta valere riconvenzionalmente nel quadro del medesimo procedimento giudiziario, può effettivamente apparire insensato. Ma ciò non basta certo per definire arbitraria la lettura della richiesta di cessione del ricorrente siccome effettivamente circoscritta a quell'unica pretesa che vi è menzionata. Decidere diversamente equivarrebbe a costringere il giudice ad attribuire ad ogni dichiarazione di parte unicamente un significato sensato, facendo astrazione dalle usuali regole interpretative. Che ciò non possa essere, appare evidente a tutti.
5.5 Non è chiaro se l'accusa di eccessivo formalismo sia stata sollevata dal ricorrente quale censura a se stante, oppure allo scopo di suffragare la censura di arbitrio; nella seconda eventualità, essa è stata evasa al considerando precedente, al quale si rimanda.
Se censura autonoma, premesso che il formalismo eccessivo proibito dall'<ref-law> si manifesta in una rigorosa applicazione delle regole di procedura fine a se stessa, atta a complicare in maniera insostenibile l'applicazione del diritto materiale, che impedisce in modo inammissibile l'accesso ai tribunali e non persegue alcun interesse degno di protezione (<ref-ruling> consid. 5.4.1 pag. 183; <ref-ruling> consid. 2a pag. 142), va rilevato che il ricorrente si richiama a non meglio specificate disposizioni, la cui applicazione nel caso concreto viene definita opinabile. Palesemente, questa motivazione non soddisfa le severe esigenze poste all'<ref-law> (supra consid. 2.3): quali siano le disposizioni asseritamente disattese, e in quale modo esse avrebbero dovuto correttamente essere applicate, non viene detto. Pertanto, il Tribunale federale non è in grado di effettuare le verifiche del caso.
La censura si rivela dunque inammissibile.
6. ll ricorso va pertanto respinto nella misura della sua ammissibilità, con conseguenza di tassa e spese a carico del ricorrente soccombente (<ref-law>). Inoltre, egli rifonderà all'opponente adeguate ripetibili per le incombenze sostenute da quest'ultimo per la sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico del ricorrente, che rifonderà all'opponente B._ fr. 3'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione alle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza.