Sachverhalt:
A. Der Amtsgerichtspräsident von Dorneck-Thierstein erklärte X._ am 17. Januar 2007 der Veruntreuung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 30.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von 2 Jahren. Auf die Zivilforderungen der Geschädigten trat der Gerichtspräsident nicht ein.
Auf Appellation des Beurteilten hin sprach ihn das Obergericht des Kantons Solothurn mit Urteil vom 17. Juli 2008 vom Vorwurf der Veruntreuung, eventuell der ungetreuen Geschäftsbesorgung, frei. Zudem erkannte es ihm eine Entschädigung für Nachteile (Genugtuung) von Fr. 900.-- und eine Parteientschädigung für das Verfahren vor dem Amtsgerichtspräsidenten sowie dem Obergericht von pauschal Fr. 9'161.50 (inkl. Fr. 374.40 Auslagen und Fr. 647.10 MwSt.) zu.
B. X._ erhob am 15. September 2008 Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht mit den Anträgen, Dispositivziffer 4 betreffend Parteientschädigung sei aufzuheben und ihm eine Parteientschädigung in Höhe von Fr. 12'191.55 zuzusprechen. Das Bundesgericht hiess am 28. November 2008 die Beschwerde gut, hob die Dispositivziffer 4 auf und wies die Sache insoweit zur Neubeurteilung an das Obergericht des Kantons Solothurn zurück.
C. Das Obergericht des Kantons Solothurn sprach mit Urteil vom 25. Februar 2009 X._ erneut eine Parteientschädigung für das Verfahren vor dem Amtsgerichtspräsidenten sowie dem Obergericht von pauschal Fr. 9'161.50 (inkl. Fr. 374.40 Auslagen und Fr. 647.10 MwSt.) zu.
D. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen, in der er beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und ihm für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung in Höhe von Fr. 9'559.60 zuzusprechen.
E. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht hat in seinem ersten Entscheid in vorliegender Sache ausgeführt, dass die Vorinstanz ihrer aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs gemäss <ref-law> abgeleiteten Begründungspflicht nicht nachgekommen sei, indem sie die Kostennote des Beschwerdeführers ohne Begründung deutlich gekürzt habe (Urteil 6B_752/2008 vom 28. November 2008 E. 1.5.2). Die Vorinstanz hatte somit namentlich darzulegen, weshalb sie für den anwaltlichen Rechtsvertreter des Beschwerdeführers einen Stundenansatz von Fr. 230.-- als übersetzt erachtete und einen Verteidigungsaufwand von 47,75 Stunden für das kantonale Verfahren als unangemessen einstufte.
Die Vorinstanz setzte in ihrem neuen Entscheid den Aufwand wiederum auf 37 Stunden und den Stundenansatz auf Fr. 220.-- fest. Sie hielt damit im Ergebnis an ihrem ursprünglichen Entscheid fest und sprach dem Beschwerdeführer eine pauschale Parteientschädigung von Fr. 9'161.50 (inkl. Fr. 374.40 Auslagen und Fr. 647.10 MwSt.) zu.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, dass die Vorinstanz § 37 i.V.m. <ref-law>/SO willkürlich angewendet habe, indem sie den mit dem Privatverteidiger vereinbarten Stundenansatz von Fr. 230.-- auf Fr. 220.-- reduzierte. Die Höhe des Stundenansatzes, welcher der Staat einem Beschuldigten für die Tätigkeit eines Privatverteidigers (maximal) zu entrichten habe, sei weder in der Strafprozessordnung noch im kantonalen Gebührentarif festgelegt. Bei Freispruch sei ihm folglich der vertraglich vereinbarte Stundenansatz zu vergüten. Das Bundesgericht habe in seinem Entscheid vom 28. November 2008 festgehalten, dass sich eine Herabsetzung nur rechtfertige, wenn dieser übersetzt und somit unangemessen hoch erscheine. Die Vorinstanz habe es unterlassen zu begründen, inwiefern der vereinbarte Stundensatz von Fr. 230.-- unangemessen sein soll (Beschwerde, S. 3). Der Beschwerdeführer führt weiter aus, dass der Geschäftsleitungsbeschluss des Obergerichts vom 27. August 2004 mangels Zuständigkeit der Geschäftsleitung, die Höhe der Parteientschädigung verbindlich festzusetzen, nichtig sei. Der Vergleich mit der Entschädigung eines amtlichen Verteidigers sei nicht möglich, weil dieser vom Staat entschädigt werde, bei der privaten Verteidigung jedoch vom Beschuldigten. Die zugesprochene Parteientschädigung sei zudem im Verhältnis Verteidiger und Verteidigtem nicht verbindlich (Beschwerde, S. 4).
2.2 Die Vorinstanz verweist auf ihre ständige Praxis, wonach den durch den Staat auszurichtenden Parteientschädigungen bei privater Verteidigung ein Stundenansatz von Fr. 220.-- zugrunde gelegt wird. In speziellen Fällen könne davon abgewichen werden. Diese Praxis beruhe auf dem Geschäftsleitungsbeschluss des Obergerichts vom 27. August 2004, wonach bei der Festlegung von Parteientschädigungen in der Regel von einem Stundenhonorar von Fr. 220.-- auszugehen sei. Zu berücksichtigen seien bei der Festlegung vor allem die Komplexität und die Schwierigkeit eines Falles. Da vorliegend nicht von einem schwierigen und komplexen Fall auszugehen sei, erscheine der übliche Stundensatz von Fr. 220.-- als angemessen. Die Vorinstanz verweist ferner auf den Umstand, dass dieser Ansatz über 20 % höher sei als derjenige eines amtlichen Verteidigers, der mit Fr. 180.-- pro Stunde entschädigt werde (angefochtenes Urteil, S. 7).
2.2 Die Vorinstanz verweist auf ihre ständige Praxis, wonach den durch den Staat auszurichtenden Parteientschädigungen bei privater Verteidigung ein Stundenansatz von Fr. 220.-- zugrunde gelegt wird. In speziellen Fällen könne davon abgewichen werden. Diese Praxis beruhe auf dem Geschäftsleitungsbeschluss des Obergerichts vom 27. August 2004, wonach bei der Festlegung von Parteientschädigungen in der Regel von einem Stundenhonorar von Fr. 220.-- auszugehen sei. Zu berücksichtigen seien bei der Festlegung vor allem die Komplexität und die Schwierigkeit eines Falles. Da vorliegend nicht von einem schwierigen und komplexen Fall auszugehen sei, erscheine der übliche Stundensatz von Fr. 220.-- als angemessen. Die Vorinstanz verweist ferner auf den Umstand, dass dieser Ansatz über 20 % höher sei als derjenige eines amtlichen Verteidigers, der mit Fr. 180.-- pro Stunde entschädigt werde (angefochtenes Urteil, S. 7).
2.3 2.3.1 <ref-law>/SO legt fest, dass unter Vorbehalt von § 36 (Entschädigung für Nachteile) dem Beschuldigten auf sein Begehren eine durch den Staat auszurichtende Parteientschädigung zuzusprechen ist. Das Bundesgericht führte in seinem ersten Entscheid in vorliegender Sache aus, dass dem Beschwerdeführer grundsätzlich Anspruch auf volle Entschädigung zustehe (Urteil 6B_752/2008 vom 28. November 2008 E. 1.5.2). Das bedeutet jedoch nicht, dass dem Beschwerdeführer unbesehen eine Parteientschädigung in voller Höhe des vertraglich vereinbarten Anwaltshonorars ausgerichtet werden müsste.
2.3.2 Aus <ref-law>/SO geht die Höhe der auszurichtenden Parteientschädigung nicht hervor. Dem Text ist lediglich zu entnehmen, dass dem Beschuldigten auf Gesuch hin eine Parteientschädigung zuzusprechen ist. § 178 des kantonalen Gebührentarifs vom 24. Oktober 1979 (BGS 615.11) bestimmt, dass der Richter die Parteientschädigung bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens nach dem Zeit- und Arbeitsaufwand des Beschuldigten und des Verteidigers festsetzt. Auch hieraus kann nicht ein genereller Anspruch auf volle Parteientschädigung abgeleitet werden. Der solothurnische Gesetzgeber überliess es damit dem zuständigen Gericht, die Parteientschädigung festzulegen. Schranken bilden hierbei die Grundsätze der Verhältnismässigkeit und Angemessenheit (Urteil des Bundesgerichts 6B_752/2008 vom 28. November 2008 E. 1.5.2 mit Hinweisen).
2.3.3 Das Bundesgericht hat in verschiedenen Urteilen bei der Bemessung des Honorars eines amtlichen Rechtsvertreters den Kantonen einen weiten Ermessensspielraum zugestanden. Es erklärte dabei, dass es nur bei Willkür eingreife, d.h. wenn die Honorarfestsetzung ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu den geleisteten Diensten steht und in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstösst. Das Bundesgericht wendet grosse Zurückhaltung an, wenn der Aufwand als übersetzt bezeichnet wird, denn es ist Sache der kantonalen Instanzen, die Angemessenheit anwaltlicher Bemühungen zu beurteilen (Urteil 6B_226/2009 vom 16. Juli 2009 E. 2.3 mit Hinweisen). In einem jüngeren publizierten Entscheid führte das Bundesgericht zudem aus, dass die Entschädigung für einen amtlichen Anwalt "in der Grössenordnung von 180 Franken pro Stunde" liegen müsse, um vor der Verfassung standzuhalten (<ref-ruling> E. 8.7). Wenn - wie im vorliegenden Fall - die Entschädigungspflicht eines Wahlverteidigers im Raume steht, übt das Bundesgericht ebenfalls grosse Zurückhaltung und räumt der Vorinstanz einen erheblichen Ermessensspielraum ein.
2.3.4 Die Vorinstanz legte im zu beurteilenden Fall gestützt auf ihre seit mehreren Jahren ausgeübte Praxis einen Stundenansatz von Fr. 220.-- für einen privaten Verteidiger fest. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern sie damit in Willkür verfallen wäre. Der Beschwerdeführer wendet zwar zu Recht ein, dass ein direkter Vergleich der Entschädigung eines amtlichen Verteidigers mit derjenigen eines privaten Verteidigers nicht möglich sei. Dies hat die Vorinstanz indessen nicht getan. Sie erwähnte lediglich, dass der von ihr als angemessen betrachtete Stundenansatz für einen privaten Verteidiger über 20 % höher sei als derjenige eines amtlichen Verteidigers, der mit Fr. 180.-- pro Stunde entschädigt werde (angefochtenes Urteil, S. 7). Der Beschwerdeführer macht im Weiteren zu Unrecht geltend, der Vorinstanz stehe einzig das Recht zu, die Honorarnote im Lichte des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes auf ihre Angemessenheit zu prüfen. Vielmehr darf sie gestützt auf kantonales Recht den auszurichtenden Stundenansatz festsetzen. Sie ist entsprechend auch befugt, allfällige Kürzungen der geltend gemachten Parteientschädigung vorzunehmen, sofern sie dabei ihrer Begründungspflicht - wie vorliegend - nachkommt. Der Geschäftsleitungsbeschluss des Obergerichts vom 27. August 2004 ist vor diesem Hintergrund, entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers, nicht als nichtig zu betrachten, weil er lediglich eine interne Anweisung zur Festsetzung der Entschädigung eines Wahlverteidigers darstellt.
3. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller