Sachverhalt:
A. Am 31. März 2005 stellten die R._ AG und die S._ AG als Baukonsortium "A._" bei der Gemeinde Niederrohrdorf ein Baugesuch für eine Wohnüberbauung mit sechs Mehrfamilienhäusern und einer Tiefgarage. Mit Teilverfügung vom 8. September 2005 stimmte das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau (BVU; im Folgenden auch: Baudepartement), Koordinationsstelle Baugesuche, dem Bauvorhaben unter Auflagen zu. Der Gemeinderat Niederrohrdorf erteilte die Baubewilligung am 23. Januar 2006 unter Auflagen und wies die Einsprachen ab.
Mit Gebührenverfügung vom 8. September 2005 eröffnete das Baudepartement der R._ AG und der S._ AG:
"Die Gebühr für die kantonale Beurteilung des Gesuchs setzt sich wie folgt zusammen:
Behandlungsgebühr1, reduziert um 25 % Fr. 15'000.--
Unkostenpauschale2 (Porti, Telefonspesen und Kopien) Fr. 0.--
Total Fr. 15'000.--
Zahlungsfrist: 30 Tage netto nach Rechtskraft dieser Gebührenverfügung.
1Verordnung über die vom Departement Bau, Verkehr und Umwelt für Entscheide über Baugesuche zu erhebenden Gebühren vom 17. August 1994 mit Änderungen zuletzt vom 5. November 2003.
2Verordnung über die Kanzleigebühren vom 14. Oktober 1991"
B. Gegen diese Gebührenverfügung erhoben die R._ AG und die S._ AG beim Regierungsrat des Kantons Aargau Beschwerde. Nachdem dieser eine entsprechende Beschwerde in einem Parallelverfahren gutgeheissen hatte, reduzierte das Baudepartement die streitige Behandlungsgebühr mit Verfügung vom 12. Januar 2006 wiedererwägungsweise auf Fr. 13'333.35.
Eine gegen diese neue Gebührenverfügung eingereichte Beschwerde beim Regierungsrat blieb ohne Erfolg (Entscheid vom 16. August 2006).
C. Mit Urteil vom 9. August 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, die von der R._ AG und der S._ AG gegen den regierungsrätlichen Entscheid gerichtete Beschwerde ab.
D. Mit Eingabe vom 19. September 2007 erheben die R._ AG und die S._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Beschwerdesache an dieses "zu neuem Entscheid nach Gewährung des rechtlichen Gehörs" zurückzuweisen. Eventuell sei eine "angemessene Gebühr" festzusetzen. Im Weiteren wird beantragt, die Kosten des Verfahrens vor den Vorinstanzen der Staatskasse des Kantons Aargau aufzuerlegen bzw. den Beschwerdeführerinnen für das Verfahren vor den Vorinstanzen zulasten des Kantons eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen. Schliesslich wird die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels beantragt.
E. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau schliesst in seiner Vernehmlassung vom 16. November 2007 auf Abweisung der Beschwerde. Der Regierungsrat des Kantons Aargau hat sich nicht vernehmen lassen.
F. Mit Verfügung vom 28. September 2007 wies das präsidierende Mitglied der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das von den Beschwerdeführerinnen gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
G. Mit Eingabe vom 29. Februar 2008 nehmen die Beschwerdeführerinnen Stellung zur Vernehmlassung des Verwaltungsgerichts vom 16. November 2007. Das Verwaltungsgericht verzichtete auf eine nochmalige Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG).
Als Abgabepflichtige sind die Beschwerdeführerinnen, welche am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen haben, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und besitzen ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung, womit sie zur Beschwerde legitimiert sind (<ref-law>).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
1.4 Die Beschwerdeführerinnen haben die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels beantragt (vgl. <ref-law>). Das Begehren hat sich mit ihrer Eingabe vom 29. Februar 2008, worin die Beschwerdeführerinnen zur Vernehmlassung des Verwaltungsgerichts Stellung nehmen konnten, erledigt.
2. 2.1 Streitig ist die Bemessung der seitens des Kantons von den Beschwerdeführerinnen erhobenen Gebühr für die Behandlung ihres Baugesuches durch die kantonalen Behörden. Die Beschwerdeführerinnen berufen sich auf das Gebot der Verhältnismässigkeit (<ref-law>), das Willkürverbot (<ref-law>), das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>) sowie auf die Garantie des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Die materiellen Verfassungsrügen laufen im Wesentlichen auf den Vorwurf hinaus, die erhobene (wiedererwägungsweise reduzierte) Baubewilligungsgebühr von Fr. 13'333.35 sei gemessen am tatsächlichen Verwaltungsaufwand übersetzt und verletze das Äquivalenzprinzip.
2.2 Massgeblich für die Bemessung der streitigen Gebühr, deren gesetzliche Grundlage von den Beschwerdeführerinnen nicht in Frage gestellt wird, ist die aargauische Verordnung vom 17. August 1994 über die vom Departement Bau, Verkehr und Umwelt für Entscheide über Baugesuche zu erhebenden Gebühren (im Folgenden Gebührenverordnung oder GebV). Danach beträgt die Gebühr für die Behandlung von Gesuchen für Bauten und Anlagen 2 ‰ der (anhand von Erfahrungswerten geschätzten) Erstellungskosten, mindestens aber Fr. 300.--, höchstens Fr. 20'000.-- (§ 1 Abs. 1 GebV, jeweils in der Fassung vom 5. November 2003). Die Gebührenverordnung lässt Abweichungen von dieser Bemessungsmethode in zweifacher Hinsicht zu: Einerseits wird die Gebühr "nach dem Behandlungsaufwand sowie der Grösse der Baute oder Anlage berechnet, wenn keine oder nur untergeordnete bauliche Massnahmen (Zweckänderungen usw.) oder der Abbau oder die Ablagerung von Materialien vorgesehen sind" (§ 1 Abs. 2 GebV). Andererseits kann die Gebühr reduziert werden, wenn "das Verfahren nur einen ungewöhnlich geringen Aufwand" erfordert (§ 4 Abs. 1 GebV).
2.3 Das Äquivalenzprinzip stellt die gebührenrechtliche Ausgestaltung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes dar. Es bestimmt, dass eine Gebühr nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert der Leistung stehen darf und sich in vernünftigen Grenzen halten muss. Der Wert der Leistung bemisst sich nach dem Nutzen, den sie dem Pflichtigen bringt, oder nach dem Kostenaufwand der konkreten Inanspruchnahme im Verhältnis zum gesamten Aufwand des betreffenden Verwaltungszweigs, wobei schematische, auf Wahrscheinlichkeit und Durchschnittserfahrungen beruhende Massstäbe angelegt werden dürfen. Es ist nicht notwendig, dass die Gebühren in jedem Fall genau dem Verwaltungsaufwand entsprechen; sie sollen indessen nach sachlich vertretbaren Kriterien bemessen sein und nicht Unterscheidungen treffen, für die keine vernünftigten Gründe ersichtlich sind (<ref-ruling> E. 3a/bb S. 188 mit Hinweisen; eingehend: Adrian Hungerbühler, Grundsätze des Kausalabgabenrechts, in: ZBl 104/2003 S. 522 ff.).
2.4 Die Baubewilligungsgebühr ist eine Verwaltungsgebühr, welche die vom Pflichtigen veranlasste Amtshandlung abgelten soll. Für die Bestimmung des abzugeltenden Aufwandes darf nach dem Gesagten auf schematische Kriterien abgestellt werden. Dabei ist es nicht unüblich, dass Baubewilligungsgebühren nach einem Prozent- bzw. Promillesatz der geschätzten Bausumme (Baukosten) bzw. des Gebäudeversicherungswertes festgelegt werden (vgl. zu einem ähnlich gelagerten Fall betreffend eine von der Stadt Chur erhobene Baubewilligungsgebühr das Urteil 2P.286/2006 vom 27. Februar 2007, E. 3-5). Ein derartiges Kriterium vereinfacht die Gebührenbemessung. Es führt in den meisten Fällen schon deshalb zu vertretbaren Ereignissen, weil mit der Grösse eines Bauvorhabens tendenziell auch der Prüfungsaufwand der Behörde wächst. Im Übrigen darf bei der Bemessung von Verwaltungsgebühren innerhalb eines gewissen Rahmens auch dem involvierten wirtschaftlichen Interesse des Pflichtigen Rechnung getragen werden. Es ist dem Gemeinwesen nicht verwehrt, mit Gebühren für bedeutende Geschäfte den Ausfall in weniger bedeutsamen Fällen auszugleichen (<ref-ruling> E. 6 S. 204, 329 E. 5 S. 335; <ref-ruling> E. 2 S. 82). Dies gilt in ausgeprägtem Masse etwa für Gerichtsgebühren (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 228 f., mit Hinweisen) und muss im Grundsatz auch bei Baubewilligungsgebühren zulässig sein. Wo allerdings bei hohen Bausummen ein starres Abstellen auf einen festen Gebührensatz zu einem offensichtlich übersetzten, durch den tatsächlichen Verwaltungsaufwand in keiner Weise mehr zu rechtfertigenden Abgabebetrag führt, kann das Äquivalenzprinzip eine Korrektur der Berechnungsweise gebieten (vgl. zit. Urteil 2P.286/2006, E. 4.3 und 4.4).
2.5 Nach der vorliegend anwendbaren Gebührenverordnung beträgt die Baubewilligungsgebühr in der Regel 2 ‰ der geschätzten Erstellungskosten, höchstens aber Fr. 20'000.--. Damit wäre die streitige Gebühr - ausgehend von geschätzten Erstellungskosten von insgesamt rund 14 Mio Fr. - an sich gemäss der oberen Limite auf Fr. 20'000.-- anzusetzen gewesen. In Bejahung eines Falles von unterdurchschnittlichem Prüfungsaufwand (§ 4 Abs. 1 GebV) reduzierte das Baudepartement die - bereits zuvor um 25 % gekürzte - Gebühr wiedererwägungsweise auf Fr. 13'333.35 (Reduktion um einen Drittel). Dies entspricht ca. 0,95 ‰ der geschätzten Erstellungskosten; der geschuldete Betrag liegt mithin deutlich unter dem Normalansatz von 2 ‰. Die kantonalen Behörden sind insofern unter Anwendung der im Gebührentarif enthaltenen Korrektive (Gebührenobergrenze und zusätzliche Reduktion zufolge eines unterdurchschnittlichen Prüfungsaufwandes) bereits erheblich von der schematischen Bemessungsmethode einer reinen Prozent- oder Promillegebühr abgewichen. Ob das Baudepartement (im Wiedererwägungsentscheid) und der Regierungsrat (als Beschwerdeinstanz) die erwähnte Kürzung zu Recht auf den Reduktionsgrund von § 4 Abs. 1 GebV stützten, was das Verwaltungsgericht im angefochtenen Urteil verneint hat, kann offenbleiben. Das Verwaltungsgericht scheint zu übersehen, dass eine Reduktion - unabhängig vom Vorliegen der Voraussetzungen eines kantonalrechtlichen Herabsetzungstatbestandes - immer dann als gerechtfertigt bzw. angezeigt erscheint, wenn die übergeordneten abgaberechtlichen Prinzipien (Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip) selber ein solches Abweichen von einer schematischen Bemessungsmethode gebieten. Vorliegend ist aber - wie dargelegt - eine solche Gebührenreduktion erfolgt und sie konnte von der Vorinstanz aus prozessualen Gründen auch nicht rückgängig gemacht werden (E. 3.4 des angefochtenen Urteils). Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerinnen kann somit von einer starren Anwendung der Promillegebühr bzw. von einer willkürlichen (Nicht-)Anwendung von § 4 Abs. 1 GebV im Ergebnis gerade nicht gesprochen werden. Zu prüfen bleibt, ob die reduzierte Gebühr von Fr. 13'333.35 mit dem Äquivalenzprinzip zu vereinbaren ist.
2.6 Vorliegend hat die Abteilung für Baubewilligungen, welche das Baugesuch in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht geprüft hat, als Koordinationsstelle vier weitere kantonale Fachbehörden in das Verfahren einbezogen: Als zur Erteilung der erforderlichen Brandschutzbewilligung zuständige Behörde wurde das Aargauische Versicherungsamt begrüsst, welches allerdings für seine Amtshandlung eine separate Gebühr erhoben hat, weshalb dieser Aspekt nur unter dem Titel des administrativen Koordinationsaufwandes berücksichtigt wurde. Im Weiteren wurden die Abteilungen Verkehr bezüglich Fragen des Lärmschutzes (Überschreitung von Immissionsgrenzwerten durch Strassenlärm vor einigen Fenstern der Wohnnutzung) und Tiefbau einbezogen. Letzteres wurde damit begründet, dass das geplante Bauvorhaben die Baulinien gemäss dem in Zusammenhang mit dem vorgesehenen Ausbau einer Kantonsstrasse stehenden Gestaltungsplan "Mellingerstrasse K271" teilweise überschreite. Schliesslich wurde auch die Abteilung Raumentwicklung, Sektion Regional- und Ortsplanung, angegangen, um Aufschluss darüber zu erhalten, wann die Genehmigung des erwähnten Gestaltungsplans vorgesehen sei und ob Gründe bestünden, die gegen die Abstützung auf diesen Plan sprächen. Inwieweit die letztgenannte Stelle zwingend in das Verfahren hatte miteinbezogen werden müssen, kann dahingestellt bleiben. Der gesamte Verfahrens- und Prüfungsaufwand erscheint jedenfalls nicht als derart gering, dass der erwähnte Betrag als unhaltbar hoch und willkürlich zu taxieren wäre. Wohl war die Änderung des Strassenbauvorhabens, welche eine Anpassung des Bauprojekts erforderlich machte, nicht von den Beschwerdeführerinnen verschuldet, doch erhöhte die erforderliche erneute Prüfung nichtsdestoweniger den mit der Baubewilligung verbundenen tatsächlichen Verfahrensaufwand. Im Hinblick auf die Grösse des Bauprojekts im Umfang von geschätzten Erstellungskosten von 14 Mio Fr. erscheint die (reduzierte) kantonale Baubewilligungsgebühr von Fr. 13'333.35, auch wenn die Prüfung des Vorhabens unterdurchschnittlich aufwendig war, nicht als offensichtlich übersetzt. Von einer gegen das Äquivalenzprinzip verstossenden, unverhältnismässigen oder gar willkürlichen Gebührenerhebung kann nicht gesprochen werden. Worin im Übrigen die mitgerügte Verletzung des Gleichbehandlungsgebots liegen soll, ist nicht ersichtlich.
2.7 Nicht durchzudringen vermögen die Beschwerdeführerinnen mit ihrer Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs und der unrichtigen Sachverhaltsfeststellung. Der Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt nicht, dass sich die Behörde mit jeder tatsächlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand im Einzelnen auseinandersetzt; vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88, mit Hinweisen). Regierungsrat und Verwaltungsgericht haben sich mit der Frage des mutmasslichen Prüfungsaufwandes wie auch mit den von den Beschwerdeführerinnen diesbezüglich erhobenen Einwendungen ausreichend befasst. Zu einer "Neunerprobe" mit nachträglicher Ermittlung des auf die einzelnen Verfahrensschritte entfallenden effektiven Zeitaufwandes waren die kantonalen Rechtsmittelinstanzen aufgrund der geltenden Regelung, welche bewusst auf schematische Kriterien abstellt und zulässigerweise auch das Interesse am Bauvorhaben als Bemessungselement berücksichtigt, nicht verpflichtet.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet abzuweisen.
Damit sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführerinnen aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (<ref-law>).
Für eine Abänderung des vorinstanzlichen Entscheids über die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren besteht bei diesem Ausgang kein Anlass (Art. 67 bzw. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. August 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Moser