Faits :
A. X._ a fait l'objet d'une poursuite pénale, ouverte le 25 août 2005, pour actes d'ordre sexuel sur des enfants, viol, lésions corporelles simples et ivresse au volant. Le 12 mai 2006, il a été mis au bénéfice d'un non-lieu pour les atteintes à l'intégrité sexuelle. Le 7 décembre 2006, il a été acquitté de la prévention de lésions corporelles simples et condamné à une amende de 250 fr. pour conduite en état d'ébriété.
B. Le 14 juin 2006, X._ a déposé auprès de la Chambre pénale du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg une demande d'indemnité, réclamant 10'000 fr. pour le tort moral subi dans la procédure close par un non-lieu, 3'000 fr. à titre de participation à ses frais de défense et 500 francs d'indemnité de partie.
Par arrêt du 23 avril 2007, la Chambre pénale lui a alloué une indemnité pour tort moral de 6'000 fr. et une indemnité de partie de 500 fr. Elle a par contre rejeté la requête de participation aux frais de défense, au motif que les frais d'intervention de l'avocat étaient couverts par l'assistance judiciaire dont avait bénéficié le demandeur et que, dans un tel cas, l'art. 3 de la loi fribourgeoise du 4 octobre 1999 sur l'assistance judiciaire (LAJ) ne pouvait trouver application.
C. X._, par l'entremise de son défenseur Me Y._, et ce dernier, agissant en outre en son propre nom, forment un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral. Invoquant les art. 8 et 9 Cst. ainsi que l'art. 242 du code de procédure pénale fribourgeois (CPP/FR), ils se plaignent du refus de la Chambre pénale d'allouer à X._ une indemnité à titre de participation à ses frais de défense et du fait que ces derniers aient été fixés au tarif de l'assistance judiciaire. Ils concluent à la modification de l'arrêt attaqué en ce sens qu'une indemnité de 3'000 fr. est allouée à X._ pour ses frais de défense, avec intérêt à 5% dès le 1er février 2006; subsidiairement, ils demandent l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. X._ sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire n'est ouvert que si un recours ordinaire est exclu (art. 113 LTF). Il y a donc lieu de rechercher si la décision attaquée peut faire l'objet d'un recours ordinaire.
1.1 La décision attaquée se prononce sur la demande d'indemnisation d'un prévenu mis au bénéfice d'un non-lieu dans le cadre de la procédure pénale qui avait été ouverte contre lui et s'inscrit donc dans le prolongement d'une procédure relevant, sur le fond, du droit pénal. Elle statue sur la base de l'art. 242 CPP/FR, soit de la loi de procédure pénale. Il s'agit par conséquent d'une décision rendue en matière pénale au sens de l'art. 78 al. 1 LTF, par quoi on entend toute décision fondée sur le droit pénal matériel ou sur le droit de procédure pénale ou, autrement dit, toute décision en relation avec la poursuite ou le jugement d'une infraction (cf. Message du 28 février 2001 relatif à la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale; FF 2001, 4000 ss, 4111). La décision attaquée peut donc faire l'objet d'un recours en matière pénale (art. 78 ss LTF), soit d'un recours ordinaire, de sorte que le recours constitutionnel subsidiaire est exclu.
1.2 L'intitulé erroné d'un recours, à lui seul, ne nuit pas à son auteur, pour autant que les conditions d'une conversion en la voie de droit adéquate soient réunies (<ref-ruling> consid. 1b p. 509 et les arrêts cités). Comme tel est en l'occurrence le cas, le présent recours doit être traité comme un recours en matière pénale.
2. A qualité pour former un recours en matière pénale, quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 81 al. 1 let. a et b LTF).
2.1 X._, qui a participé à la procédure devant l'autorité précédente, a manifestement un intérêt personnel et juridique à obtenir l'annulation ou la modification de la décision attaquée, qui lui refuse l'indemnité qu'il réclame à titre de participation à ses frais de défense. Y._ n'a en revanche pas qualité pour se plaindre du refus de cette indemnité, qu'il n'a, personnellement, pas demandée devant l'autorité précédente et qu'il ne peut d'ailleurs réclamer pour lui-même.
2.2 La décision attaquée statue exclusivement sur la demande d'indemnisation de X._, notamment sur sa prétention à une indemnité à titre de participation à ses frais de défense. Elle ne se prononce pas sur le montant alloué à Y._ en sa qualité de défenseur d'office de X._. Cette somme a été fixée par l'autorité compétente à cet effet, dans le cadre de la procédure de taxation. Dans la mesure où ils contestent le montant de cette rémunération, ni X._ ni Y._ n'ont donc d'intérêt à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, parce que la décision entreprise ne statue pas sur le montant de la rémunération de l'avocat d'office.
2.3 Il découle de ce qui précède que seul peut être examiné le grief fait à l'autorité cantonale d'avoir refusé l'indemnité litigieuse, et uniquement dans la mesure où il est soulevé par X._. Pour le surplus, le recours est irrecevable.
3. En novembre 2005, dans le cadre de la procédure pénale ouverte contre lui, X._ a sollicité et obtenu l'assistance judiciaire. Il n'a donc pas eu à rémunérer son défenseur, qui a été indemnisé par l'Etat, pour les opérations couvertes par l'assistance judiciaire. Il n'a dès lors pas subi de préjudice à raison de ses frais de défense, dont il puisse demander à être indemnisé.
Pour le contester, le recourant se prévaut vainement de l'art. 3 LAJ. La décision attaquée considère que cette disposition ne saurait trouver application dans le cas particulier, sous peine de révéler une attitude contradictoire de la part de l'Etat, constitutive d'abus de droit, sans que le recourant ne démontre, conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi ce raisonnement serait arbitraire.
4. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, la requête d'assistance judiciaire de X._ doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF). Compte tenu de sa situation financière manifestement obérée, il sera toutefois dispensé des frais. Y._ devra en revanche s'acquitter d'un émolument judiciaire (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours, traité comme un recours en matière pénale, est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant X._ est rejetée.
3. Aucun émolument judiciaire n'est mis à la charge du recourant X._.
4. Un émolument judiciaire de 1'000 fr. est mis à la charge du recourant Y._.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux recourants ainsi qu'au Ministère public et au Tribunal cantonal, Chambre pénale, de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 11 octobre 2007
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffière: