Sachverhalt:
A. A.a Z._ war einziger Verwaltungsrat der W._ AG (im Folgenden: W._). Das Aktienkapital der W._ hatte zuerst Fr. 50'000.-- betragen, aufgeteilt in 50 Namenaktien à Fr. 1'000.--. Am 27. Februar 2003 wurden zunächst diese Aktien gesplittet und 5'000 Aktien à Fr. 10.-- geschaffen. Darauf wurde das Kapital erhöht, und zwar in einem ersten Schritt um 6'500 Aktien à Fr. 10.-- auf Fr. 115'000.--; in der öffentlichen Urkunde über die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung vom 27. Februar 2003 wurde festgehalten, dass die neuen 6500 Aktien an alle Aktionäre "im Verhältnis ihrer bisherigen Beteiligung (...) ausgegeben" werden. Die Kapitalerhöhung um die ersten Fr. 65'000.-- wurde durch Umwandlung frei verwendbaren Eigenkapitals liberiert (Art. 652d OR). Im zweiten, in der gleichen Urkunde festgehaltenen Beschluss der ausserordentlichen Generalversammlung wurde das Kapital von Fr. 115'000.-- auf Fr. 230'000.-- verdoppelt durch eine Verdoppelung des Nennwertes sämtlicher Aktien von bisher Fr. 10.-- auf Fr. 20.--. Diesbezüglich wurde auf eine Liberierung vorerst verzichtet, sodass die neu 11'500 Aktien zum Nennwert von Fr. 20.-- einstweilen nur zu 50 % liberiert waren. Gleichentags verpflichtete sich Z._, die Nennwert-Erhöhung der 11'500 Aktien à Fr. 10.-- voll einzuzahlen.
A.b Die W._ wurde am 29. März 2005 von Amtes wegen aufgelöst, weil sie kein Domizil mehr hatte. Am 9. Juni 2008 wurde der Konkurs über sie eröffnet. X._ und Y._ wurden im Konkurs mit Forderungen von rund Fr. 11'800.-- bzw. Fr. 8'500.-- rechtskräftig kolloziert. Am 7. August 2009 trat die Konkursverwaltung ihnen einen allfälligen Anspruch gegen Z._ aus nicht liberiertem Aktienkapital im Sinn von Art. 260 SchKG ab.
B. Am 1. Juli 2010 reichten X._ und Y._ (nachfolgend: Kläger, Beschwerdeführer) beim Bezirksgericht Uster Klage gegen Z._ (nachfolgend: Beklagter, Beschwerdegegner) ein und beantragten, dieser sei zu verpflichten, ihnen Fr. 115'000.-- zuzüglich 5 % Zins seit dem 9. Juni 2008 zu bezahlen. Der Beklagte trug auf Abweisung der Klage. Mit Urteil vom 20. April 2012 wies das Bezirksgericht Uster die Klage ab. Gleich entschied am 3. Juli 2012 auf Berufung der Kläger das Obergericht des Kantons Zürich.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 11. September 2012 beantragen die Kläger, das Urteil des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 3. Juli 2012 sei aufzuheben und Z._ zu verpflichten, ihnen Fr. 115'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Der Beschwerdegegner trägt auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Am 28. November 2012 reichten die Beschwerdeführer eine nachträgliche Eingabe ein.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Mit Blick auf die Begründungspflicht des Beschwerdeführers (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400 mit Hinweis). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Ausserdem muss sie mit Aktenhinweisen darlegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
2.2 Die Vorinstanz hielt fest, der Beschwerdegegner habe bis zum Zeitpunkt der hier interessierenden Kapitalerhöhung selber keine Aktien der W._ erworben und sei daher nicht Aktionär gewesen. Die Beschwerdeführer hätten im kantonalen Verfahren auch nie klar behauptet, der Beschwerdegegner sei vor der Kapitalerhöhung Aktionär gewesen.
2.3 Wer durch Zeichnung neuer oder den Erwerb bestehender Aktien die Stellung als Aktionär erworben hat, ist eine tatsächliche Frage, wie bereits die Vorinstanz zu Recht festhielt. Soweit die Beschwerdeführer nun im Beschwerdeverfahren neu behaupten, sämtliche 11'500 Namenaktien seien vom Beschwerdegegner gehalten worden, handelt es sich daher um eine unzulässige neue Tatsachenbehauptung, da nicht erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gab (Art. 99 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführer legen auch nicht dar, dass sie bereits im vorinstanzlichen Verfahren in prozessual genügender Weise die Aktionärsstellung des Beschwerdegegners behauptet hätten. Darüber hinaus müssten die Beschwerdeführer dartun, dass die vorinstanzliche Feststellung zum Aktionariat offensichtlich unrichtig und damit willkürlich ist (vgl. E. 2.1). Ihre Vorbringen erschöpfen sich jedoch in unzulässiger appellatorischer Kritik; darauf ist nicht weiter einzugehen. In tatsächlicher Hinsicht ist somit davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner im Zeitpunkt der Kapitalerhöhung nicht Aktionär war.
3. Die Beschwerdeführer berufen sich sodann erneut auf die heilende Kraft der Handelsregistereintragung. Nach der erfolgten Eintragung der Kapitalerhöhung im Handelsregister sei jedenfalls klar gewesen, dass der Beschwerdegegner einziger Aktionär der 11'500 Namenaktien und zur Nachliberierung verpflichtet war. Sie machen damit sinngemäss geltend, dass der Beschwerdegegner durch die Eintragung zum Aktionär geworden sei. Zu dieser Begründung hat bereits die Vorinstanz einlässlich Stellung genommen. Mit deren Argumentation setzen sich die Beschwerdeführer nicht hinreichend auseinander (vgl. E. 1). Insoweit ist der angefochtene Entscheid nicht zu überprüfen.
4. Gegenstand des Verfahrens bildet nur der nach Art. 260 SchKG an die Beschwerdeführer abgetretene Anspruch gegen den Beschwerdegegner aus nicht liberiertem Aktienkapital. Allfällige Ansprüche aus Verantwortlichkeit oder Gründerhaftung im Zusammenhang mit der Kapitalerhöhung sind nicht zu prüfen. Umstritten ist, ob der Beschwerdegegner die Erfüllung der Liberierungsschuld für den noch nicht einbezahlten Teil des Zeichnungsbetrages schuldet.
5. Nach Lehre und Rechtsprechung kann bei der Kapitalerhöhung an die Stelle neuer Aktien auch die Heraufsetzung des Nennwerts der bestehenden Titel treten (BGE 67 I 111; FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, S. 727 § 52 N. 36). Da die Namenaktien einer AG nicht vollständig, sondern nur zu mindestens 20 % liberiert sein müssen, kann bei einer Gesellschaft - die bisher über ein voll liberiertes Aktienkapital verfügte - eine Kapitalerhöhung durchgeführt werden, indem die Nennwerte der Aktien entsprechend erhöht, jedoch keine zusätzlichen Mittel eingeschüttet, sondern neu lediglich erklärt wird, das Kapital sei nur teilweise liberiert (FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, a.a.O., S. 740 f. § 52 N. 147). Diese Art der Kapitalerhöhung setzt somit im Gegensatz zu einer solchen mit Schaffung zusätzlicher Aktien, die auch durch Dritte erworben werden können, voraus, dass die Zeichnung durch die bisherigen Aktionäre erfolgt, da gar keine andere Möglichkeit besteht, als dass jeder Zeichner bereits Aktionär ist und mindestens 20 % des heraufgesetzten Aktiennennwerts einbezahlt hat (BGE 67 I 111 E. 4 S. 117 a.E.).
Da der Beschwerdegegner nicht Aktionär war, konnte er sich somit nicht als Aktionär zur Nachliberierung verpflichten.
6. Es kann somit höchstens darum gehen, dass der Beschwerdegegner sich als Dritter zur Nachliberierung verpflichtet hätte. Das Bundesgericht entschied in Bezug auf Inhaberaktien, der Zeichner könne sich seiner Pflicht, den Nennwert einzuzahlen, nicht dadurch entziehen, dass ein Dritter mit Zustimmung der Gesellschaft seine Schuld übernimmt (<ref-ruling> E. 4 S. 94, bestätigt im Urteil des Bundesgerichts 4C_229/2004 vom 9. August 2004 E. 2.2). Die Schuldübernahme (Art. 176 OR) mit Wirkung gegenüber der Gesellschaft wurde ausgeschlossen, weil dies eine Umgehung von Art. 683 OR bewirken würde. Diese Begründung würde im Hinblick auf nicht voll einbezahlte Namenaktien nicht gleichermassen gelten. Wie es sich damit im Einzelnen verhält, kann jedoch offen bleiben. Obwohl bereits die Vorinstanz darauf hingewiesen hatte, es könnte sich die Frage stellen, ob die Gesellschaft das Handeln des Beschwerdegegners im eigenen Namen so verstehen durfte und musste, dass er die Pflicht der Aktionäre befreiend oder kumulativ hätte übernehmen wollen, äussern sich die Beschwerdeführer nämlich auch im Beschwerdeverfahren mit keinem Wort zu einer solchen möglichen Grundlage der ihnen abgetretenen Forderung. Angesichts der Begründungsanforderungen (vgl. E. 1) ist daher auch hier nicht weiter darauf einzugehen.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftung mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak