Sachverhalt:
A. Der 1978 geborene K._ war ab Januar 2000 als Schleifer der Firma H._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Berufskrankheiten versichert. Am 11. Dezember 2002 diagnostizierte Dr. med. P._, Innere Medizin FMH, speziell Pneumologie, ein Lungenleiden. Nach medizinischen Abklärungen erklärte die SUVA den Versicherten mit Verfügung vom 13. Oktober 2003 als nicht geeignet für alle Arbeiten mit Exposition zu Schleifaerosolen von mineralölhaltigen und synthetischen Kühlschmieremulsionen. Dr. med. P._ hielt in seinem Bericht vom 12. November 2003 fest, dass die Lungen des Versicherten wieder so gut wie gesund seien. Mit Schreiben vom 4. Dezember 2003 anerkannte die SUVA die Atemwegbeschwerden des Versicherten als Berufskrankheit und sprach ihm die gesetzlichen Leistungen zu. Nachdem Dr. med. P._ am 5. Oktober 2006 noch einmal bescheinigt hatte, dass Lungen und Bronchien wieder gesund seien, diagnostizierte derselbe Arzt am 15. Januar 2008 ein akutes Rezidiv des Lungenleidens und erklärte den Versicherten als zu 100 % arbeitsunfähig. Die SUVA lehnte es mit Verfügung vom 17. März 2008 und Einspracheentscheid vom 25. Juni 2008 ab, das Rezidiv des Lungenleidens als Rückfall einer Berufskrankheit anzuerkennen.
B. Die von K._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 17. Juni 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt K._, es sei die Sache unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu weiteren Abklärungen an die SUVA zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt K._ ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
1.3 Die Begründung der Beschwerde gemäss <ref-law> hat in der innerhalb der Rechtsmittelfrist (vgl. <ref-law>) einzureichenden Beschwerdeschrift zu erfolgen. Ergänzende Beschwerdeschriften sind nur unter den engen Voraussetzungen von <ref-law> möglich (vgl. auch Urteil 8C_300/2008 vom 28. November 2008 E.2.2). Diese sind vorliegend nicht erfüllt. Da die Beschwerdeschrift vom 19. Oktober 2009 jedoch den Begründungsanforderungen von <ref-law> genügt, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Streitig und zu prüfen ist, ob das im Winter 2007/2008 aufgetretene akute Rezidiv des Lungenleidens des Beschwerdeführers als Rückfall einer Berufskrankheit zu qualifizieren ist.
3. Die SUVA hat in ihrem Einspracheentscheid vom 25. Juni 2008 die Gesetzes- und Verordnungsbestimmung zur Leistungspflicht der Unfallversicherung aufgrund von Berufskrankheiten (<ref-law>) und bei Rückfällen und Spätfolgen (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass beim Versicherten im Winter 2007/2008 neben seinen psychiatrischen Beschwerden erneut ein organisches Lungenleiden aufgetreten ist. Unter den beteiligten medizinischen Fachpersonen besteht insoweit Einigkeit, als es sich bei diesem Leiden um ein Rezidiv des durch die SUVA im Jahre 2003 unter anderem gestützt auf das Gutachten des Dr. med. R._, Professor des Departementes für Innere Medizin (Pneumologie) des Spitals X._, vom 21. August 2003 als Berufskrankheit anerkannten Leidens handelt. Während der SUVA-Arzt Dr. med. H._, FMH Allgemeinmedizin und Arbeitsmedizin, in seinem Aktenbericht vom 1. Februar 2008 ausführt, ein Rezidiv spreche, nachdem der Versicherte während mehr als vier Jahren nicht mehr beruflichen Noxen ausgesetzt war, im Nachhinein gegen eine Verursachung des Leidens und damit auch des ersten Schubes im Jahre 2003 durch die berufliche Tätigkeit, weist der behandelnde Pneumologe, Dr. med. P._, in seinem Schreiben vom 13. März 2008 darauf hin, dass eine familiäre Erkrankung weiterhin als sehr unwahrscheinlich anzusehen sei und dass auch andere exogene Faktoren im Umfeld nicht eruierbar seien. Nach seinen Einschätzungen ist die Frage, ob die Lungenkrankheit durch die berufliche Exposition verursacht wurde, nochmals differenziert zu diskutieren.
4.2 Den Berichten versicherungsinterner Ärztinnen und Ärzten kommt rechtsprechungsgemäss zwar nicht derselbe Beweiswert wie einem im Verfahren nach <ref-law> eingeholten Gutachten externer Fachpersonen oder gar wie einem Gerichtsgutachten zu, sie sind aber soweit zu berücksichtigen, als auch nicht geringe Zweifel an der Richtigkeit ihrer Schlussfolgerungen bestehen (BGE 8C_216/2009 E. 4.7). Wie Dr. med. P._ in seinem Schreiben vom 13. März 2008 darlegt, wird im Bericht des SUVA-Arztes Dr. med. H._ vom 1. Februar 2008 die Tatsache nicht diskutiert, dass die Lungenkrankheit des Versicherten sich erstmals nach beruflicher Exposition zu Noxen manifestiert hatte. Ebenfalls wird nicht auf den im Gutachten des Dr. med. R._ vom 21. August 2003 als erheblich erachteten Umstand eingegangen, wonach andere als berufsbedingte Ursachen für eine interstitielle Lungenkrankheit (Systemerkrankung mit Lungenbeteiligung, pneumotoxische Medikamente, exogen-allergische Alveolitis, Sarkoidose, Raucher-assozierte Bronchiolitis/desquamative Pneumopathie oder Histiozytosis-X) ausgeschlossen werden konnten. Somit kann nicht gesagt werden, es bestünden keinerlei Zweifel an den Schlussfolgerungen der versicherungsinternen Fachperson. Anderseits kann aufgrund der durch das Rezidiv veränderten Situation auch nicht mehr ohne weiteres auf das mehr als vier Jahre zuvor erstellte Gutachten abgestellt werden. Bei dieser Ausgangslage erscheint eine erneute Begutachtung des Beschwerdeführers durch einen unabhängigen Pneumologen als unumgänglich. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen, Einsprache- und kantonaler Gerichtsentscheid sind aufzuheben und die Sache ist an die SUVA zurückzuweisen, damit diese nach erfolgter Begutachtung durch einen unabhängigen Pneumologen über den Leistungsanspruch des Beschwerdeführers neu verfüge.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Diese hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>). Damit wird das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Prozessführung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 17. Juni 2009 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 17. März 2008 werden aufgehoben. Die Sache wird an die SUVA zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Februar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer