Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Gericht hat die gesetzliche Bestimmung über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> Erw. 1, 118 V 289 Erw. 1b, je mit Hinweisen), zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> Erw. 3a; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 5a, 123 III 112 Erw. 3a, 123 V 103 Erw. 3d, je mit Hinweisen), bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> Erw. 2a, 115 V 133; RKUV 1996 Nr. U 248 S. 176) sowie Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (117 V 359) im Besonderen zutreffend dargelegt. Sodann hat das kantonale Gericht zu Recht festgestellt, dass die Beurteilung der Adäquanz in Fällen, in welchen die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der HWS gehörenden Beschwerden zwar teilweise gegeben sind, im Vergleich zur ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten, nach den für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelten Kriterien vorzunehmen ist (<ref-ruling> Erw. 2a). Darauf kann verwiesen werden. Entsprechendes gilt für die Bedeutung und den Beweiswert ärztlicher Stellungnahmen für die Prüfung des natürlichen Kausalzusammenhanges und die Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen) sowie die Würdigung ärztlicher Berichte und Gutachten im Allgemeinen (<ref-ruling> Erw. 3a, 122 V 160 Erw. 1c).
2.- Die SUVA hat ihre Leistungspflicht im Anschluss an den ersten Unfall vom 6. Dezember 1995 und den zweiten Unfall vom 12. Februar 1996 bis zur Einstellung ihrer Leistungen per 30. Juni 1998, demnach während rund 2 1/2 Jahren, anerkannt. Da die Verfügung vom 29. Mai 1998 leistungsaufhebend ist, liegt die Beweislast, dass bei der Beschwerdeführerin der status quo ante oder status quo sine erreicht ist und die SUVA damit nicht mehr leistungspflichtig ist, bei dieser (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 46 Erw. 2).
3.- a) Die Rehabilitationsklinik R._ diagnostizierte im Austrittsbericht vom 16. April 1999 einen Status nach Verkehrsunfall am 6. Dezember 1995 mit HWS-Distorsion mit zervikozephalem Symptomenkomplex sowie einen Status nach Verkehrsunfall am 12. Februar 1996 mit HWS-Distorsion und leichter traumatischer Hirnverletzung mit postcommotionellem Syndrom, zervikobrachialem und zervikothorakalem Syndrom, neuropsychologischen Defiziten, posttraumatischer Anpassungsstörung und vegetativer Dysregulation. Die unfallanamnestischen Angaben zum zweiten Unfall, die eindeutig die Kriterien einer traumatischen Hirnverletzung erfüllten, stünden im Widerspruch zur Beurteilung des Dr. med. B._ vom 9. Dezember 1998. Die multiplen Beschwerden hätten die Versicherte zusammen mit den kognitiven Beeinträchtigungen und einer posttraumatischen Anpassungsstörung sowie einer vegetativen Dysregulation in ihrer psychophysischen Belastbarkeit deutlich eingeschränkt.
Die Beschwerdeführerin sieht den Kausalzusammenhang zwischen den beiden Unfällen und ihren Leiden durch diesen Bericht bestätigt.
SUVA und Vorinstanz sprechen diesem Bericht den Beweiswert ab, da er ohne Kenntnis der vollständigen SUVA-Akten, insbesondere der Berichte des Kreisarztes Dr. med. C._, der neurologischen (und neuropsychologischen) Erhebungen der Klinik Z._ sowie des Dr. med. F._ erstellt worden sei. Die SUVA macht zudem geltend, die Rehabilitationsklinik R._ sei nicht über die aktenkundige Echtzeitanamnese der Unfallereignisse informiert gewesen. Weiter habe ihr der Vertreter der Versicherten die vorinstanzliche Beschwerdeschrift zugestellt, womit der Anschein für einen unzulässigen Beeinflussungsversuch bzw. eine Instruktion der Klinikärzte gegeben sei.
b) aa) Vorab ist festzuhalten, dass die Klinik R._ nicht vom Vertreter der Beschwerdeführerin, sondern von Dr. med. O._ zu ihrer Behandlung beigezogen wurde. Aus der Stellungnahme von Prof. E._ vom 2. November 2000 geht hervor, dass ihm der Vertreter der Versicherten nicht nur die vorinstanzliche Beschwerdeschrift, sondern auch den Bericht des Dr. med. B._ vom 9. Dezember 1998 und den angefochtenen Einspracheentscheid der SUVA zugestellt hat. Damit hat er die Rehabilitationsklinik R._ nicht nur über seine Argumentation, sondern auch über diejenige der SUVA aufgeklärt. Von einer unkorrekten Beeinflussung bzw. Instruktion der Klinik kann daher nicht gesprochen werden.
bb) Gemäss der Stellungnahme des Prof. E._ vom 2. November 2000 standen der Rehabilitationsklinik R._ die Berichte des Dr. med. O._ vom 1. Dezember 1997 und 26. Februar 1998, des Dr. med. C._ vom 14. April 1998, der Klinik Z._ vom 2. Dezember 1996, 29. Januar 1997 und 3. März 1997, sowie des Dr. med. B._ vom 9. Dezember 1998 zur Verfügung.
Entgegen dem Vorbringen von SUVA und Vorinstanz kannte die Rehabilitationsklinik R._ mithin den Abschlussbericht des Dr. med. C._ und sämtliche Berichte der Klinik Z._.
Soweit SUVA und Vorinstanz insbesondere den Berichten des Dr. med. B._, des Dr. med. C._ und des Dr. med. F._ einen höheren Beweiswert zuerkennen wollen, ist dem entgegenzuhalten, dass Dr. med. F._ und Dr. med. C._ nicht im Besitz des Berichts der Klinik Z._ vom 2. Dezember 1996 waren, der bei der SUVA nachträglich am 21. Juni 1999 einging und erst in die Beurteilung des Dr. med. B._ vom 28. Juni 1999 einbezogen wurde. Im Weiteren kann die Beurteilung des Dr. med. F._ vom 17. Juli 1997 nicht als abschliessend beurteilt werden, da er selber einen stationären Aufenthalt in der psychosomatischen Klinik B._ oder in der Klinik S._ vorgeschlagen hat. Schliesslich hat Dr. med. B._ die Beschwerdeführerin nicht selber untersucht, sondern sich lediglich theoretisch aufgrund der Akten geäussert.
Nach dem Gesagten ist dem Bericht der Rehabilitationsklinik R._ vom 16. April 1999 der Beweiswert nicht abzusprechen, sondern er ist wie die anderen medizinischen Berichte in die Beweiswürdigung einzubeziehen, zumal der Richter grundsätzlich alle Beweismittel zu würdigen hat (<ref-ruling> Erw. 3a).
4.- a) aa) Nach den übereinstimmenden ärztlichen Feststellungen hat die Beschwerdeführerin beim ersten Unfall vom 6. Dezember 1995 ein HWS-Schleudertrauma erlitten (Berichte des Dr. med. M._ vom 16. Januar 1996, des Kantonsspitals X._ vom 19. Februar 1996, der Klinik Z._ vom 3. März 1997, des Dr. med. F._ vom 11. März 1997, des Dr. med. O._ vom 1. Dezember 1997, des Dr. med. C._ vom 14. April 1998 und der Rehabilitationsklinik R._ vom 16. April 1999). Die SUVA bestreitet dies unter Hinweis auf die Ausführungen des Dr. med. B._. Diese Streitfrage ist indessen im vorliegenden Zusammenhang nicht entscheidend. Dass die SUVA den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen diesem Unfall und den Beschwerden bejaht hat, hat sie nämlich durch die Erbringung ihrer Leistungen zum Ausdruck gebracht.
bb) Am 12. Februar 1996, also rund zwei Monate später, hat sich der zweite Unfall (Auffahrkollision eines Lieferwagens) ereignet. Auch in diesem Fall haben die Ärzte ein Schleudertrauma der HWS diagnostiziert. Diesbezüglich kann auf die in Erw. 4a/aa hievor zitierten Arztberichte verwiesen werden. Die anschliessenden Beschwerden der Versicherten während rund 2 1/4 Jahren bis zur Einstellung der Leistungen durch die SUVA waren unbestrittenermassen schwergewichtig durch diesen zweiten Unfall geprägt; die Vorinstanz bejaht denn auch zutreffend das Vorliegen des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen diesem Unfall und den Beschwerden der Versicherten. Ob die Beschwerden nach dem ersten Unfall durch ein Schleudertrauma der HWS oder durch andere Verletzungen hervorgerufen wurden, ist deshalb nur bei der Beurteilung der Adäquanzkriterien von Interesse (vgl. Erw. 4b hiernach). Ebenfalls nicht entscheidend ist die von der SUVA verneinte Frage, ob bei der Beschwerdeführerin beim zweiten Unfall eine kurze Bewusstlosigkeit vorlag oder nicht. Unabhängig auch davon, ob die Beschwerdeführerin (entsprechend der Annahme der Rehabilitationsklinik R._) eine leichte traumatische Hirnverletzung erlitten hat, ist - wie gesagt - danach zu fragen, ob sie im Zeitpunkt der Leistungseinstellung den status quo ante oder den status quo sine erreicht hat. Ein solcher Beweis ist der SUVA jedoch in keiner Weise gelungen. Vielmehr leidet die Beschwerdeführerin - wie auch die Vorinstanz festgestellt hat - weiterhin an Kopf- und Nackenschmerzen, Sehstörungen (Augenflimmern), Lärmempfindlichkeit, häufig auftretendem Schwindel, selten an Übelkeit, Ein- und Durchschlafstörungen sowie an Konzentrationsproblemen und Gedächtnisstörungen (Berichte der Rehabilitationsklinik R._ vom 16. April 1999, des Dr. med. C._ vom 14. April 1998 sowie des Dr. med. O._ vom 26. Februar 1998 und 1. Dezember 1997).
Dr. med. O._ und Dr. med. B._ erwähnen in ihren Berichten vom 1. Dezember 1997 bzw. 9. Dezember 1998 beiläufig einen Treppensturz, den die Beschwerdeführerin am 5. September 1994, als sie noch nicht bei der SUVA versichert war, erlitten hat. Zusätzlich wird im Bericht der Rehabilitationsklinik R._ vom 16. April 1999 ein Motorradunfall mit ausgedehnter Weichteilverletzung am linken Bein festgehalten, allerdings ohne Angabe eines Datums. Es wird jedoch nicht behauptet, die Beschwerden der Versicherten seien auf diese beiden Unfälle bzw. auf einen von ihnen zurückzuführen. Dr. med. O._ legte im Bericht vom 1. Dezember 1997 vielmehr dar, die nach dem Unfall vom 5. September 1994 aufgetretenen Nackenbeschwerden seien relativ prompt zurückgegangen. Er bejaht denn auch den Kausalzusammenhang zwischen den beiden HWS-Distorsionen vom 6. Dezember 1995 und 12. Februar 1996 und den anhaltenden Beschwerden. Die Distorsionen hätten zwar ein bezüglich Haltung/Form pathologisch vorverändertes Achsenorgan und eine haltungsmässig pathologisch vorveränderte HWS getroffen. Diese vorbestehende, kombinierte Fehlform und Fehlhaltung des Achsenorgans sowie die damit assoziierte Haltungsinsuffizienz Grad II seien vor den besagten Unfallereignissen jedoch asymptomatisch gewesen und hätten nie Anlass zu diagnostischen und/oder therapeutischen Interventionen gegeben. Die bei den streitigen Unfallereignissen stattgehabten Traumatisierungen dürften vor allem den Kapselbandapparat im Bereich der oberen HWS sowie die gesamte Schultergürtelmuskulatur in Mitleidenschaft gezogen haben.
cc) Die Diagnose des Dr. med. F._ im Bericht vom 11. März 1997, die Kopfschmerzen der Beschwerdeführerin könnten als "Migraine accompagnée" angesehen werden, wird selbst von Dr. med. B._ verworfen. Aber auch wenn der Auffassung des Dr. med. F._ zu folgen wäre, könnte die SUVA daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten, da er als Auslöser wahrscheinlich das HWS-Beschleunigungstrauma ansieht.
b) aa) Die Vorinstanz legt dar, bei der Beschwerdeführerin seien die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der HWS gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben, träten aber im Vergleich zur ausgeprägten psychischen Problematik ganz in den Hintergrund. Denn Dr. med. C._ habe ausgeführt, für die Beschwerden der Versicherten seien vermutlich psychosoziale Gründe ausschlaggebend (Bericht vom 22. Juli 1996) bzw. sie hinterlasse einen weinerlichen, mutlosen, wenn nicht sogar depressiven Eindruck (Bericht vom 14. April 1998). Weiter habe Dr. med. F._ im Bericht vom 17. Juli 1997 dargelegt, sie drohe gesundheitlich und sozial zu entgleiten, was aus medizinischer Sicht nicht zwingend sei; er habe deshalb eine stationäre psychosomatische Behandlung empfohlen. Auch Dr. O._ habe sie als leicht deprimiert und resigniert eingestuft (Bericht vom 1. Dezember 1997). Schliesslich habe die Eingliederungsstätte V._ festgehalten, die Versicherte bedürfe weiterer psychologischer Behandlung, da sie die Unfälle psychisch noch nicht verarbeitet habe (Bericht vom 30. Oktober 1997). Weiter führt die Vorinstanz aus, der Unfall vom 12. Februar 1996 sei gemäss den für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelten Kriterien nicht geeignet, eine psychische Fehlreaktion zu verursachen, weshalb der adäquate Kausalzusammenhang zu verneinen sei.
bb) Dieser Auffassung ist nicht beizupflichten. Prof. E._ legte in der Stellungnahme vom 2. November 2000 dar, bei der Beschwerdeführerin seien alle subjektiven Symptomangaben der körperlichen Beschwerden für einen Zustand nach zweifacher HWS-Distorsion und einer zusätzlichen Hirnerschütterung beim zweiten Unfall typisch. Zusätzlich lägen objektive klinische Befunde am Weichteilsystem des Nackens und des Schultergürtels sowie des oberen Rumpfes vor, die mit den Symptomen korrelierten und diese erklärten. Es handle sich dabei um ein klinisch gut fassbares myofasziales Syndrom mit den umschriebenen Bewegungseinschränkungen an der Halswirbelsäule, Verspannungszuständen an bestimmten Muskeln und Muskelsystemen, wie sie ausführlich und kompetent auch durch Dr. med. O._ im Bericht an die SUVA vom 1. Dezember 1997 zusammengefasst worden seien. In psychischer Hinsicht hätten sie eine sogenannte Anpassungsstörung diagnostiziert. Damit seien die psychischen Symptome gemeint, die in Reaktion auf die körperlichen Unfallfolgen aufgetreten seien, weil diese trotz aller therapeutischer Bemühungen persistiert und auch die Konsequenz der beruflichen Neuorientierung mit sich gebracht hätten. Auf der psychischen Ebene lägen ängstliche und depressive Stimmungsaspekte vor, die jedoch nicht ein Ausmass hätten, das Anlass zu einer weitergehenden ambulanten psychotherapeutischen Behandlung gegeben habe. Die psychischen Symptome seien also eine Reaktion auf die persistierenden körperlichen Probleme und nicht deren Ursache. Es lägen keine Anhaltspunkte für eine psychische Fehlreaktion vor.
Aus diesen Ausführungen des Prof. E._ in Verbindung mit dem Bericht des Dr. O._ vom 1. Dezember 1997 (vgl. Erw. 4a/bb hievor) ergibt sich, dass nicht die psychische Problematik, sondern die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der HWS gehörenden Beeinträchtigungen im Vordergrund stehen. Es bestehen keine Gründe, von der Einschätzung des Prof. E._ abzuweichen, da sie sich auf eine stationäre, einmonatige Beobachtung und Behandlung der Beschwerdeführerin unter Beizug einer Psychologin stützt. Unter diesen Umständen vermögen die von der Vorinstanz angeführten Arztberichte zu keiner anderen Beurteilung zu führen. Der adäquate Kausalzusammenhang ist daher nach Massgabe von <ref-ruling> zu beurteilen.
5.- Im Rahmen der Einteilung, wie sie für die Belange der Adäquanzbeurteilung vorzunehmen ist, sind die Unfälle, namentlich der bedeutendere zweite Unfall vom 16. Februar 1996, in Übereinstimmung mit der Vorinstanz im mittleren Bereich anzusiedeln. Die Kriterien der langanhaltenden Schmerzen, des schleppenden Heilungsverlaufs und der lange dauernden Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling>) sind als erfüllt anzusehen, letzteres auch dann, wenn hinsichtlich der Verletzungen beim ersten Unfall nicht von einem Schleudertrauma der HWS auszugehen wäre. Selbst bei Abzug der Dauer von rund zwei Monaten vom ersten bis zum zweiten Unfall wäre das Kriterium der langen Arbeitsunfähigkeit als gegeben zu erachten, da der Beschwerdeführerin bis 15. Februar 1998 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit und ab 16. Februar 1998 für körperlich leichte Tätigkeiten lediglich eine 25%ige Arbeitsfähigkeit attestiert wurde (Berichte des Dr. med. O._ vom 26. Februar 1998 und 21. Januar 1999). Erst im August 1998 konnte sie dann eine 50%ige Arbeit bei der Firma T._ aufnehmen. Die Adäquanz des Kausalzusammenhangs ist daher zu bejahen.
Damit ist die Sache an die SUVA zur Bemessung des Invaliditätsgrades und zur Festsetzung der entsprechenden Leistungen zurückzuweisen.
6.- Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend steht der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu (Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ist demnach gegenstandslos.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden
der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons
Aargau vom 28. Juni 2000 und der Einspracheentscheid
vom 17. Dezember 1998 aufgehoben, und es wird
die Sache zur Festsetzung der Leistungen im Sinne der
Erwägungen an die SUVA zurückgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die SUVA hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren
vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 2500.- (inkl. Mehrwertsteuer)
zu bezahlen.
IV. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wird über
eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren
entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht
des Kantons Aargau, dem Bundesamt für
Sozialversicherung und der Helsana Versicherungen AG
zugestellt.
Luzern, 20. Juli 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: