Faits:
A.
L'entreprise horlogère A._ SA est propriétaire des biens-fonds 4910, 4911, 5072, 5073, 5153, 5154 du cadastre de la commune du Locle, sis en zone d'habitation à faible densité (ZHFD2). Le plan spécial "Montblanc", qui a pour objectif de permettre l'extension de l'entreprise sur ces terrains, a été adopté le 2 juin 2010 par le Conseil général du Locle et mis à l'enquête publique du 13 août au 14 septembre 2014. Il a soulevé deux oppositions, dont celle de BA._ et BB._, propriétaires du bien-fonds 8515, adjacent au périmètre du plan spécial.
B.
Par décision du 27 janvier 2011, le Conseil communal du Locle a levé ces oppositions. Saisi d'un recours, notamment de BA._ et BB._, contre cette décision, le Conseil d'Etat l'a confirmée le 22 août 2012.
Par arrêt du 19 septembre 2013, la Cour de droit public du Tribunal cantonal a admis le recours formé par BA._ et BB._ contre la décision rendue le 22 août 2012 par le Conseil d'Etat. Elle a annulé cette décision, considérant en substance que le projet litigieux nécessitait une modification du plan général d'aménagement, à l'exclusion de l'adoption d'un plan spécial, dès lors que le premier prévoyait des zones pour la réalisation de projets tels que celui de A._ SA.
C.
La Ville du Locle et A._ SA recourent contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal et à la confirmation du plan spécial. Le Tribunal cantonal se réfère aux motifs de son arrêt et conclut au rejet du recours. BA._ et BB._ concluent également au rejet du recours. Le Conseil d'Etat se détermine par le Service juridique du Département de la justice, de la sécurité et de la culture. Il indique se rallier entièrement aux arguments des recourantes et conclut à l'admission du recours. Au cours d'un deuxième échange d'écritures, les recourantes et les intimés ont confirmé leurs conclusions respectives.

Considérant en droit:
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
A._ SA a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui annule le plan spécial régissant l'affectation des parcelles dont elle est propriétaire. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que cette décision soit annulée. Elle a donc qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
La commune du Locle, qui invoque une violation de l'autonomie dont elle bénéficie en matière d'aménagement du territoire, a qualité pour agir en vertu de l'art. 89 al. 2 let. c LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
Les recourantes font valoir que l'appréciation de la cour cantonale - selon laquelle le projet litigieux aurait dû faire l'objet d'une modification du plan d'aménagement, qui prime le plan spécial - viole l'autonomie communale et est arbitraire. Elles font en outre valoir un formalisme excessif dès lors que les procédures d'adoption du plan spécial et du plan d'aménagement sont identiques et que les autorités concernées sont favorables au projet litigieux.
2.1.
2.1.1. Le Tribunal fédéral applique le droit fédéral d'office (art. 106 al. 1 LTF). En revanche, il ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Une commune bénéficie de la protection de son autonomie dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive, mais qu'il laisse en tout ou partie dans la sphère communale, conférant par là aux autorités municipales une liberté de décision relativement importante. L'existence et l'étendue de l'autonomie communale dans une matière concrète sont déterminées essentiellement par la constitution et la législation cantonales (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 172-173; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 244; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 142).
En droit cantonal neuchâtelois, les communes bénéficient d'une liberté d'appréciation suffisamment importante dans l'élaboration et l'adoption des plans d'aménagement et des règlements de construction pour que leur soit reconnue une autonomie protégée par le droit constitutionnel (art. 5 al. 1 let. k Cst./NE; art. 43 et 45 de la loi cantonale du 2 octobre 1991 sur l'aménagement du territoire [LCAT/NE; RSN 701.0]; cf. arrêts 1C_100/2010 du 4 août 2010 consid. 3.1; 1P.260/1999 du 19 août 1999 consid. 2b).
Lorsqu'elle est reconnue autonome dans un domaine spécifique, une commune peut dénoncer tant les excès de compétence d'une autorité cantonale de recours que la violation par celle-ci des règles du droit fédéral, cantonal ou communal qui régissent la matière. Le Tribunal fédéral examine librement l'interprétation du droit constitutionnel (art. 95 let. c LTF); en revanche, il vérifie l'application de règles de rang inférieur à la constitution cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 173; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 270; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 305).
2.1.2. L'obligation d'adopter des plans d'affectation pour gérer l'utilisation du sol découle des art. 2 al. 1 et 14 LAT (RS 700). Le droit fédéral ne se contente pas de prescrire une obligation générale de planifier consistant à répartir le territoire au moins entre les trois types de zones prévus aux art. 15 à 17 LAT (zones à bâtir, zones agricoles et zone à protéger; art. 14 al. 2 LAT). Il prévoit également une obligation spéciale de planifier qui vise des objets ou des activités non conformes à l'affectation de la zone dont l'incidence sur la planification locale ou l'environnement est importante. Ces objets ou activités ne peuvent être correctement étudiés que dans le cadre d'une procédure d'adoption d'un plan d'affectation. La voie d'une simple dérogation au sens des art. 23 LAT (zone à bâtir) ou 24 LAT (hors de la zone à bâtir) est alors inadéquate pour résoudre judicieusement les problèmes d'organisation du territoire qui se posent (cf. arrêt 1C_57/2011 du 17 octobre 2011 consid. 2.1).
Cela étant, le droit fédéral n'instaure que la notion de plan d'affectation (art. 14 LAT). Si cette notion est ainsi relativement uniforme dans les droits cantonaux, les catégories dérivées de plans (plans spéciaux, plans partiels, plans de quartier, etc.) ont en revanche des caractéristiques, des fonctions et des appellations qui divergent d'un canton à l'autre.
2.1.3. Dans une affaire zurichoise - à laquelle se réfère en l'espèce l'arrêt attaqué -, le Tribunal fédéral a annulé un plan de détail qui dérogeait à la réglementation générale sans prendre en considération les exigences de protection de l'inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (ISOS); outre que ce plan ne tenait compte ni des objectifs fondamentaux poursuivis par l'affectation générale, ni de ceux de l'ISOS, aucune pesée des intérêts n'avait été effectuée. Une partie du plan de détail, jugée conforme aux objectifs précités, a toutefois été confirmée (<ref-ruling>).
2.1.4. En droit neuchâtelois, les communes élaborent leurs plans d'affectation dans le cadre du plan directeur et en tenant compte des mesures cantonales (art. 43 al. 1 LCAT/NE). Selon l'art. 43 al. 2 LCAT/NE, les plans d'affectation communaux comprennent les plans d'aménagement communaux (let. a), les plans spéciaux (let. b), les plans d'alignement (let. c), les plans de quartier et de lotissement (let. d) et les plans d'équipement (let. e). Les plans d'aménagement, les plans spéciaux et les plans d'alignement sont soumis à une même procédure d'adoption détaillée aux art. 89 ss LCAT/NE. C'est le législatif communal qui les adopte (art. 92 LCAT/NE), après quoi ils sont soumis à approbation du Conseil d'Etat (art. 96 LCAT/NE). Ils se distinguent en cela du plan de quartier, qui est adopté par le conseil communal - soit l'exécutif communal - (art. 105 LCAT/NE). A teneur de l'art. 66 al. 1 LCAT/NE, le plan d'aménagement peut délimiter des secteurs où des plans spéciaux seront établis avant toute construction. Le conseil communal peut subordonner la construction de bâtiments à l'établissement d'un plan spécial (al. 2). Les plans spéciaux peuvent déroger aux plans d'aménagement (art. 67 al. 1 LCAT/NE).
2.2.
2.2.1. La cour cantonale a confirmé que la réalisation du projet d'extension de l'entreprise horlogère, vu son incidence, devait être prévue dans le cadre d'une planification. Elle a toutefois considéré que le projet ne pouvait être fondé sur un plan spécial, mais devait être prévu par le plan d'aménagement général, qu'il convenait dès lors de modifier. En se fondant sur les travaux préparatoires de la LCAT/NE, la cour cantonale a relevé que le plan spécial ne pourrait être utilisé que pour permettre la réalisation de projets que le plan d'aménagement "n'a pu prévoir "ou "pour des objets devant de par la loi se faire sur la base d'un plan spécial". Toujours selon les travaux préparatoires, les plans d'affectation spéciaux ne devraient être utilisés "que parcimonieusement, de façon à ne pas compromettre l'équilibre général du plan d'aménagement", le plan spécial devant être "une prime à la qualité urbanistique et non pas une solution de facilité ou la réalisation de n'importe quoi". La cour cantonale s'est encore référée aux buts et principes de l'aménagement du territoire et à la structure pyramidale des instruments prévus par la LAT. Ce faisant, elle a souligné l'importance de la cohérence et de la coordination dans laquelle toute planification doit avoir lieu.
Les premiers juges ont ainsi constaté, d'une part, qu'aucune disposition légale ne commandait la réalisation des installations projetées par le biais d'un plan spécial. D'autre part, le plan d'aménagement communal prévoyait des zones pour la réalisation de projets du type de celui en cause, mais pas à l'endroit concerné, de sorte qu'un plan spécial ne se justifiait pas. Dès lors, seule une modification du plan d'aménagement pouvait être envisagée.
Sans apparemment en faire l'élément décisif de son raisonnement, la cour cantonale a encore relevé que le plan général d'affectation était hiérarchiquement supérieur au plan spécial du fait de la pesée globale des intérêts que le premier suppose. Précisant qu'il était impératif d'éviter que les options fondamentales définies par le plan d'affectation soient contournées par des adoptions successives de plans spéciaux ponctuels suivant des intérêts souvent plus particuliers, elle a jugé que, faute de pesée suffisamment globale des intérêts, l'adoption d'un plan spécial était moins adéquate que la modification du plan d'aménagement.
2.2.2. La cour cantonale fait une interprétation historique de la LCAT/NE. Si elle peut certes apparaître stricte, laissant peu de marge de manoeuvre aux communes dans le choix de recourir au plan spécial, cette interprétation correspond à la volonté du législateur. Elle s'inscrit par ailleurs assez naturellement dans la structure pyramidale des instruments de l'aménagement du territoire, le plan général d'aménagement devant prioritairement être utilisé là où il peut l'être. En effet, rien ne justifie de sauter l'échelon du plan général.
Les recourantes ne sauraient déduire de l'identité des procédures d'adoption des deux types de plans que l'un peut indifféremment se substituer à l'autre. Le projet litigieux est défini de manière assez précise dans le plan spécial, plus que ne le ferait usuellement un plan général. Un tel degré de précision (plans, coupes, etc.) démontre que le planificateur aborde différemment, du point de vue de leur contenu, l'un et l'autre instrument. Avec le plan spécial, l'attention des autorités communales est concentrée sur les problématiques de proximité et non plus d'ensemble. Or, en l'espèce, la réalisation du projet litigieux aura pour effet de densifier une zone caractérisée par des maisons patriciennes et des habitations individuelles, dont la forte arborisation constitue l'une des qualités intrinsèques, en y érigeant un bâtiment aux dimensions importantes (certaines façades mesurant jusqu'à 85 m de long, soit plus du triple de ce qu'autorise la zone actuelle). A l'échelle de la commune, ce projet a pour effet de rompre la zone d'habitation à faible densité et plus généralement une ceinture de faible densité entourant la ville, ce qui n'est pas négligeable. Un tel changement d'affectation doit avant tout être évalué dans ses effets globaux du point de vue de son incidence spatiale. Si la commune peut, dans l'autonomie dont elle dispose en matière d'aménagement, revoir les directions antérieurement prises, elle doit le faire en accord avec les principes généraux de l'aménagement du territoire et les autres contraintes du droit supérieur (en l'occurrence le classement de la ville au Patrimoine de l'UNESCO notamment). Dans ces circonstances, le Tribunal cantonal peut, sans violer son autonomie communale, lui imposer de le faire à l'aide du plan d'aménagement général, précisément destiné à assurer une vue globale.
A cet égard, comme le relève l'arrêt attaqué, le plan général d'aménagement de la commune du Locle a récemment fait l'objet d'une modification, alors que le projet "Montblanc" était déjà en cours d'examen. Une adaptation, à ce moment-là, de l'affectation des parcelles litigieuses - et non une simple modification des activités autorisées en zone d'habitation à faible densité 2 - aurait assuré la transparence et la vision d'ensemble nécessaires à une saine évaluation du projet. Si les recourantes exposent que c'est notamment en vue du projet litigieux que le règlement a été modifié, on peine à comprendre pour quel motif la zone d'affectation des parcelles n'a pas été revue à ce moment-là. Les recourantes ne convainquent pas lorsqu'elles exposent que "cette nouvelle affectation correspond exactement à ce que prévoit le plan spécial". Elles ne démontrent en particulier pas en quoi cette zone serait plus adaptée au projet litigieux que la zone mixte (zone réservée aux habitations collectives et aux petites et moyennes entreprises des secteurs secondaire et tertiaire peu incommodantes pour le voisinage, respectant le plan des degrés de sensibilité au bruit), la zone industrielle ou la zone d'activités économiques (zone réservée aux entreprises du secteur secondaire, voire tertiaire, dont les activités et le volume ne peuvent pas s'intégrer dans les zones mixtes ou d'habitation), auxquelles la cour cantonale préconise de recourir. Cela étant, le Tribunal cantonal n'a en l'état pas procédé dans le détail à cet examen, jugeant précisément que cette évaluation globale devait être opérée par le planificateur communal, par le biais d'un instrument de planification générale; il appartient d'autant moins au Tribunal fédéral de s'y livrer.
Quant à l'argumentation des recourantes selon laquelle le projet serait en accord avec le classement de la ville au Patrimoine de l'UNESCO pour son urbanisme marqué par une intime cohabitation entre lieux de fabrication horlogère et lieux de vie, et en accord avec la tendance actuelle à la densification des centres-villes, elle est purement appellatoire; elle ne se réfère à aucun élément du dossier, ce qui tend au contraire à démontrer que les critiques de la cour cantonale envers le choix du plan spécial sont fondées.
Les recourantes s'attachent de la sorte à démontrer que le plan spécial pourrait se substituer au plan d'aménagement général et non seulement y déroger. Or, ainsi qu'on l'a vu, ce ne sont pas ces motifs qui ont conduit la cour cantonale à admettre le recours des opposants. Les développements de l'arrêt attaqué en rapport avec la hiérarchie des plans ne sont pertinents que dans la mesure où ils font prévaloir le recours au plan général plutôt qu'au plan spécial à chaque fois que cela est possible. Ils n'ont pas trait à la question de savoir dans quelle mesure le second peut déroger au premier, cette question ayant au contraire été laissée indécise par les premiers juges (arrêt attaqué consid. 3c p. 13). Ainsi, la portée de l'art. 67 al. 1 LCAT/NE selon lequel les plans spéciaux peuvent déroger aux plans d'aménagement n'est pas pertinente par rapport à l'argumentation sur laquelle est fondé l'arrêt attaqué.
En définitive, l'arrêt attaqué annule le plan spécial sur la base d'une application rigoureuse du droit cantonal - en imposant le recours au plan général d'aménagement lorsque cet instrument le permet - et pour des motifs pertinents - garantir un examen global de tous les intérêts en présence dans la planification d'un projet de l'importance de celui de A._ SA. Les recourantes présentent leur propre interprétation du droit cantonal sans parvenir à démontrer l'arbitraire de l'arrêt attaqué ni en quoi celui-ci violerait la garantie de l'autonomie communale.
3.
Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante A._ SA (art. 66 al. 1 LTF), aucun frais ne pouvant être mis à la charge de la commune (art. 66 al. 4 LTF). En vertu de l'art. 68 al. 2 LTF, les recourantes verseront aux intimés BA._ et BB._ une indemnité à titre de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de A._ SA.
3.
Une indemnité de 3'000 francs est allouée à BA._ et BB._ à titre de dépens, à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Conseil d'Etat de la République et canton de Neuchâtel et au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 29 avril 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali