A.- Die X. mbH mit Sitz in Y., Österreich, betreibt das Bodensee-Dampfschiff X. Sie führte in den Jahren 1995 und 1996 verschiedene Sonderfahrten durch, die von einem schweizerischen Hafen ausgingen und dort auch wieder endeten. Diese Fahrten wurden dem zuständigen schweizerischen Zollamt regelmässig gemeldet. Dabei kam anstelle des Freipassverfahrens ein vereinfachtes Zollverfahren durch Anzeige der Sonderfahrten zur Anwendung.
Mit Verfügung vom 29. Oktober 1996 stellte das Zollinspektorat St. Gallen der X. mbH die Einfuhrsteuer (Entgeltsteuer) für die "schweizerischen Inlandfahrten" des Schaufelraddampfers X. der Jahre 1995 und 1996 in Rechnung.
Die X. mbH führte Beschwerde bei der Direktion des II. Zollkreises. Sie machte geltend, dass es sich ausschliesslich um Beförderungen auf internationalen Gewässern handle, weshalb das Zollinspektorat St. Gallen nicht befugt sei, von der Gesellschaft die Mehrwertsteuer für Beförderungsleistungen zu verlangen.
Mit Entscheid vom 24. Dezember 1996 wies die Direktion des II. Zollkreises die Beschwerde ab. Sie erwog, der Schaufelraddampfer X. gelte immer dann als vorübergehend eingeführt, wenn die Sonderfahrt in einem schweizerischen Hafen beginne und ende. Für solche Einsätze müsse zollrechtlich ein Freipass ausgestellt werden. Auch wenn die Eidgenössische Zollverwaltung Hand für das vereinfachte Freipassverfahren biete, unterliege das Entgelt für den Gebrauch des Dampfers innerhalb des schweizerischen Hoheitsgebiets gemäss Art. 69 Abs. 1 lit. g der Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 (MWSTV; SR 641. 201) der Einfuhrsteuer.
Eine Verwaltungsbeschwerde der X. mbH wies die Oberzolldirektion mit Entscheid vom 23. Mai 1997 ab.
B.- Die X. mbH führte Beschwerde bei der Eidgenössischen Zollrekurskommission. Diese hiess mit Entscheid vom 17. September 1998 das Rechtsmittel gut und hob den Entscheid der Oberzolldirektion auf. Aus den Erwägungen ist hervorzuheben:
Gemäss dem Übereinkommen über die vorübergehende Verwendung, abgeschlossen in Istanbul am 26. Juni 1990, dem auch die Schweiz beigetreten sei, habe eine Vertragspartei die in den Anlagen aufgeführten Waren, einschliesslich Beförderungsmittel, nach den Bestimmungen des Übereinkommens zur vorübergehenden Verwendung zuzulassen, und zwar frei von allen Eingangsabgaben. Gemäss Anlage C Art. 8 lit. a des Übereinkommens habe eine Vertragspartei das Recht, die Abkommenserleichterungen zu versagen, wenn das Beförderungsmittel für die vorübergehende Verwendung im Binnenverkehr eingeführt worden sei. Die Annahme von Binnenverkehr setze voraus, dass sich der ganze Personen- oder Warenverkehr innerhalb des Zollgebiets der vorübergehenden Verwendung abspiele (Kabotage). Diese Voraussetzung sei angesichts der ungeklärten Grenzverhältnisse auf dem Bodensee nicht erfüllt. Sonderfahrten des Schaufelraddampfers X. mit Ablege- und Anlegeort in der Schweiz unterlägen folglich der Einfuhrsteuer nicht.
C.- Das Eidgenössische Finanzdepartement führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, der Entscheid der Eidgenössischen Zollrekurskommission sei aufzuheben.

Erwägungen:
1.- Die Steuer auf den Einfuhren ist in <ref-law> geregelt. Der Steuer unterliegt die Einfuhr von Gegenständen, und zwar auch derjenigen, die zollfrei ins Inland eingeführt werden können (<ref-law>). Von der Steuer befreit ist gemäss <ref-law> die Einfuhr der im Freipassverkehr abgefertigten Gegenstände unter Vorbehalt eines allfälligen Entgelts nach <ref-law>. Das Freipassverfahren ist in Art. 47 des Zollgesetzes vom 1. Oktober 1925 (ZG, SR 631. 0) geregelt. Freipassverkehr bedeutet, dass bestimmte Waren, die zeitweilig im Zollinland gebraucht oder genutzt werden sollen, zollfrei eingeführt werden dürfen, sofern sie anschliessend zur Wiederausfuhr bestimmt sind. Die Zollbefreiung bei der vorübergehenden Einfuhr trägt dem Umstand Rechnung, dass der Gegenstand nicht dauerhaft in die Wirtschaft des Landes eingegliedert wird, weshalb es sich nicht rechtfertigt, darauf die Eingangsabgabe zu erheben (vgl. Remo Arpagaus, Das schweizerische Zollrecht, in: Koller/Müller/ Rhinow/Zimmerli, Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Bd. 4, Rz. 192 ff.). Dem gleichen Grundsatz folgt <ref-law>, der die im Freipassverkehr zur vorübergehenden Einfuhr abgefertigten Gegenstände von der Einfuhrsteuer befreit. Der Freipassabfertigung unterstehen nach <ref-law> auch alle Fahrzeuge, sofern sie dem Personen- und Warentransport über die Grenze dienen und hierauf die Schweiz wieder verlassen.
Aus dem Ausland eingehende Schiffe werden im Freipassverkehr abgefertigt, sofern sie für den Personen- oder Warentransport verwendet werden und danach die Schweiz wieder verlassen (Art. 104 Tabelle A Ziff. I/1 der Verordnung zum Zollgesetz vom 10. Juli 1926, SR 631. 01 in Verb. mit Art. 34 der Schiffszollordnung vom 1. November 1940, SR 631. 253.1).
Zum Schutz des inländischen Wettbewerbs und aus Gründen der Gleichbehandlung mit den Anbietern im Inland ist jedoch die Einfuhr der im Freipassverkehr vorübergehend eingeführten Gegenstände zu versteuern, wenn sie im Inland gebraucht werden. Aus diesem Grund ist ein allfälliges Entgelt auf dem Gebrauch des mit Freipass zur vorübergehenden Einfuhr abgefertigten Gegenstandes zu versteuern, sofern das Entgelt beachtlich ist (Art. 67 lit. h in Verb. mit <ref-law>). Steuerobjekt des im Freipassverfahren zum vorübergehenden Gebrauch zollfrei eingeführten Gegenstandes bleibt indes die Einfuhr ins Inland (vgl. <ref-law>). Das Entgelt für den vorübergehenden Gebrauch, insofern es beachtlich ist, bildet nur Bemessungsgrundlage (vgl. Marginalie zu <ref-law>). Als beachtlich gilt nach der Verwaltungspraxis ein Entgelt, wenn es mehr als Fr. 1'000. -- beträgt (Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994, ad Art. 69 Abs. 1 lit. g).
2.- Beim Schaufelraddampfer X. handelt es sich um ein ausländisch immatrikuliertes, in der Schweiz unverzolltes Schiff. Beginnen und enden Fahrten mit diesem Schiff in einem Hafen des schweizerischen Hoheitsgebiets, muss daher ein Freipass erstellt werden. Zwischen der Beschwerdegegnerin und der Zollkreisdirektion Schaffhausen wurde eine Vereinbarung getroffen, festgehalten in einem Protokoll vom 4. Mai 1990, die ein vereinfachtes Zollverfahren vorsieht. Dieses besteht darin, dass dem Zollamt die vorübergehende Einfuhr nicht mit Freipass, sondern mit einer Sonderfahrtsanzeige anzumelden ist. Die Sonderfahrtsanzeige tritt an die Stelle des Freipasses mit dem amtlichen Formular. Diese Verwaltungspraxis, die aus Gründen der Vereinfachung eingeführt wurde, vermag indes an der gesetzlichen Regelung zur Steuerbefreiung beim Freipassverkehr und der Besteuerung des Entgelts für den vorübergehenden Gebrauch nichts zu ändern. Die Einfuhr des Schiffes für die vorübergehende gewerbliche Verwendung, auch wenn sie im vereinfachten Verfahren erfolgt, untersteht somit nach Massgabe von Art. 66 Abs. 1 und 69 Abs. 1 lit. g MWSTV der schweizerischen Einfuhrsteuer.
Das ist vorliegend unbestritten. Der Streit geht vielmehr darüber, inwiefern das in Istanbul abgeschlossene Übereinkommen über die vorübergehende Verwendung vom 26. Juni 1990, das von der Schweiz am 11. August 1995 ratifiziert worden ist (SR 0.631. 24, nachfolgend: Istanbuler Übereinkommen oder Übereinkommen), dieser Besteuerung Schranken setzt.
3.- a) Art. 2 des Istanbuler Übereinkommens verpflichtet die beteiligten Staaten, die in den Anlagen aufgeführten Waren (auch Beförderungsmittel) nach den Bestimmungen des Übereinkommens zur vorübergehenden Verwendung zuzulassen (Abs. 1). Vorübergehende Verwendung bedeutet, dass die Ware frei von Eingangsabgaben sowie Einfuhrverboten und -beschränkungen wirtschaftlicher Art für einen bestimmten Zweck vorübergehend in das Zollgebiet verbracht werden dürfen (Art. 1 lit. a in Verb. mit Art. 2 Abs. 1 des Übereinkommens). Materiell verpflichtet das Übereinkommen die Schweiz somit, Beförderungsmittel zur vorübergehenden Verwendung im Inland ohne jegliche Eingangsabgaben zuzulassen. Eingangsabgaben sind gemäss Art. 1 lit. b des Übereinkommens neben den Zöllen auch die anderen Abgaben und Steuern, "die anlässlich oder im Zusammenhang mit der Einfuhr der Waren (einschliesslich Beförderungsmittel) erhoben werden". Vom Übereinkommen betroffen ist somit auch die Einfuhrsteuer im Sinne von <ref-law>.
b) Für Beförderungsmittel ist insbesondere Anlage C des Übereinkommens zu beachten. Als Beförderungsmittel im Sinne dieser Anlage (Art. 1 lit. a) gelten namentlich alle Schiffe. Diese sind für die vorübergehende Verwendung und frei von Eingangsabgaben zuzulassen, wenn sie gewerblich verwendet werden (Art. 2 in Verb. mit Anlage C Art. 2 lit. a des Übereinkommens). Die Beförderung von Personen gegen Entgelt gilt als "gewerbliche Verwendung" (Anlage C Art. 2 lit. b des Übereinkommens). Das trifft auf die Beförderung von Personen im Rahmen von Sonderfahrten mit dem Schaufelraddampfer X. offensichtlich zu. Gemäss Anlage C Art. 8 lit. a des Übereinkommens kann jedoch eine Vertragspartei die vorübergehende Verwendung versagen, wenn Beförderungsmittel zur gewerblichen Verwendung im Binnenverkehr benutzt werden. Die Schweiz ist somit berechtigt, die vorübergehende gewerbliche Verwendung des Schaufelraddampfers X. im Sinne des Übereinkommens auszuschliessen, sofern das Schiff im Binnenverkehr eingesetzt wird.
Zu prüfen ist somit, ob die von der Beschwerdegegnerin ausgeführten Sonderfahrten als Binnenverkehr im Sinne von Anlage C zu qualifizieren sind. Unbestritten ist im Übrigen, dass die Beschwerdegegnerin die Voraussetzungen gemäss Anlage C Art. 5 lit. a des Übereinkommens erfüllt, um die Abkommenserleichterungen in Anspruch nehmen zu dürfen.
c) Die Vorinstanz wie auch die Beschwerdegegnerin gehen davon aus, dass der Schaufelraddampfer X. nicht im Binnenverkehr verwendet wird, weil aufgrund der ungeklärten Grenzverhältnisse auf dem Bodensee nicht angenommen werden könne, dass dieser zum schweizerischen Zollgebiet gehöre. Sie sind zudem der Ansicht, die Annahme von Binnenverkehr setze voraus, dass sich der ganze Personen- oder Warenverkehr innerhalb des Zollgebietes der vorübergehenden Verwendung abspielen müsse.
Diese Auslegung des Übereinkommens ist schon aufgrund des Wortlauts unzutreffend. Unter "Binnenverkehr" versteht Anlage C des Übereinkommens die Beförderung von Personen oder Waren, "die im Gebiet der vorübergehenden Verwendung aufgenommen oder eingeladen und auch innerhalb dieses Gebietes wieder abgesetzt oder ausgeladen werden" (Anlage C Art. 1 lit. d des Übereinkommens). Die von der Vorinstanz getroffene Annahme, wonach sich der ganze Personen- oder Warenverkehr innerhalb des Zollgebiets abspielen müsse, lässt sich aus dem Wortlaut dieser Bestimmung nicht ableiten. Dagegen spricht auch die im Kommentar des Rates für die Zusammenarbeit auf dem Gebiet des Zollwesens (Zollrat) vorgesehene Auslegung zu Anlage C Art. 1 lit. d des Übereinkommens, wonach Beförderungsmittel auch dann als im "Binnenverkehr" eingesetzt anzusehen sind, wenn die Beförderung teilweise über fremdes Staatsgebiet führt. Werden also Personen in der Schweiz zu einer Schifffahrt aufgenommen und dort wieder abgesetzt, sind das Leistungen, die im Binnenverkehr erbracht werden. Nicht anwendbar ist der von der Vorinstanz zitierte Zollkodex, bei dem es sich um Recht nur für die Mitgliedstaaten der Europäischen Gemeinschaft handelt, welcher die Schweiz nicht angehört.
d) Handelt es sich nach dem Gesagten um Binnenverkehr, so war die Schweiz befugt, gestützt auf Anlage C Art. 8 lit. a des Übereinkommens die gewerbliche Verwendung des Schaufelraddampfers X. für Sonderfahrten zu versagen. Von dieser Möglichkeit hat sie vorliegend Gebrauch gemacht. Die Beschwerdegegnerin kann sich somit für diese Fahrten nicht auf die Abkommenserleichterungen berufen. Das Entgelt für Sonderfahrten unterliegt gemäss Art. 66 und 69 Abs. 1 lit. g MWSTV der Einfuhrsteuer.
4.- Die Beschwerdegegnerin rügt eine rechtsungleiche Behandlung. Sie macht geltend, ausländische Kursschiffe, welche Passagiere in einem Schweizer Hafen aufnehmen und wieder dorthin zurückbringen, würden nicht besteuert. Auch in den Anrainerstaaten Österreich und Deutschland komme es zu keiner Besteuerung. Vor diesem Hintergrund sei unverständlich, dass das Anlaufen der Häfen Rorschach und Romanshorn der Steuer unterliege.
a) Als Einfuhrsteuerpflichtige kann sich die Beschwerdegegnerin auf das allgemeine Gleichbehandlungsgebot, wie es sich aus <ref-law> ergibt, sowie auf den in der Wirtschaftsfreiheit gemäss <ref-law> mitenthaltenen Gleichbehandlungsanspruch berufen. Insofern hat das neue Recht gegenüber Art. 4 und 31 der alten Bundesverfassung (vgl. <ref-ruling> E. 8a S. 211) nichts geändert. <ref-law> verbietet insbesondere staatliche Massnahmen, die dem Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit zuwiderlaufen. Gegen diesen Grundsatz können auch Differenzierungen verstossen, die an sich auf ernsthaften, sachlichen Gründen beruhen und damit vor dem allgemeinen Gleichbehandlungsgrundsatz gemäss <ref-law> standhalten, gleichzeitig aber einzelne Konkurrenten begünstigen oder benachteiligen. Der in der Wirtschaftsfreiheit im Sinne der Wettbewerbsneutralität staatlicher Massnahmen mitenthaltene Gleichbehandlungsanspruch (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 6a/aa S. 352) steht nach der Rechtsprechung direkten Konkurrenten zu, das heisst Angehörigen der gleichen Branche, die sich mit dem gleichen Angebot an dasselbe Publikum richten, um das gleiche Bedürfnis zu befriedigen (<ref-ruling> E. 4b/aa S. 436). Unter diesem Gesichtswinkel sind die von der Beschwerdegegnerin vorgebrachten Rügen zu prüfen.
b) Die Beschwerdegegnerin verwendet den Schaufelraddampfer nicht im Rahmen von gewöhnlichen Beförderungen, sondern stellt das Schiff für Sonderfahrten Dritten zur Verfügung. Fraglich ist, ob die Beschwerdegegnerin das Schiff im Rahmen von Charterverträgen oder von Beförderungsverträgen einsetzt. Die Frage stellt sich, weil daran im Hinblick auf die Inlandumsatzsteuer - und mithin für die direkten Konkurrenten der Beschwerdegegnerin - unterschiedliche mehrwertsteuerrechtliche Folgen anknüpfen.
Von einer Vercharterung kann analog Art. 94 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Schiffahrt unter Schweizerflagge vom 23. September 1953 (SR 747. 30) dann gesprochen werden, wenn ein Schiff für die Beförderung von Personen ganz oder teilweise für eine bestimmte Zeit oder für eine oder mehrere Seereisen zur Verfügung gestellt wird. Wesentlich ist das Zurverfügungstellen des Schiffes für eine bestimmte Zeit (Zeitcharter) oder für eine oder mehrere Reisen (Reisecharter). Darin unterscheidet sich der Chartervertrag vom Transport- oder Beförderungsvertrag, wie das Bundesgericht bereits in <ref-ruling> E. 4 erkannt hat. In diesem Entscheid hat das Bundesgericht die Vercharterung eines Hochseeschiffes für den Einsatz im Rahmen einer Kampagne als Vercharterung bezeichnet, weil das Zurverfügungstellen eines Schiffes nicht notwendigerweise mit einer Beförderung verbunden sein muss, sondern auch beispielsweise dem Fischfang, wissenschaftlichen Erkundungsfahrten oder Vergnügungsfahrten dienen könne.
Von diesem Begriff ging das Bundesgericht auch in den Urteilen vom 23. Januar 2001 i.S. Lufttransportgesellschaft X. SA und vom 27. Februar 2001 i.S. A. SA für den Luftcharter aus, wobei es zwischen Eigen- und Fremdcharter unterschied. Typisch für den Fremdcharter ist das Dreiparteienverhältnis. Danach liegt ein Chartervertrag vor, wenn der Flugzeugführer (Vercharterer) das Flugzeug oder einen Teil davon einem Dritten (Charterer) zur Verfügung stellt, der damit im Rahmen eines zweiten Umsatzes seine eigenen Passagiere befördert. Nicht als Chartervertrag, sondern als Beförderungsvertrag gilt demgegenüber in der Regel der so genannte Eigencharter (own use charter), weil daran nur zwei Parteien beteiligt sind. Ein Chartervertrag liegt indessen auch im Zweiparteienverhältnis vor, wenn nicht die Beförderung, sondern der Einsatz des Transportmittels für andere Zwecke im Vordergrund steht, z.B. für spezielle Einsätze.
c) Unabhängig davon, ob die Beschwerdegegnerin ihre Transportkapazitäten direkt dem Kunden (Passagier) verkauft oder diese einem Dritten (Tour operator, Reisebüro) zur Verfügung stellt, der damit eigene Umsätze tätigt, müssen die Sonderfahrten mit dem Schaufelraddampfer X. als Vercharterungen qualifiziert werden. Im Vordergrund steht nicht die Beförderung von A nach B, sondern die Überlassung des Schiffes für eine Vergnügungsfahrt, allenfalls verbunden mit weiteren Leistungen wie Restauration.
Mehrwertsteuerrechtlich bewirkt die Vercharterung im Inland eine Lieferung, weil eine solche gemäss <ref-law> auch dann vorliegt, wenn ein Gegenstand zum Gebrauch überlassen wird (zit. Urteile vom 23. Januar und 27. Februar 2001). Die Entgeltsbesteuerung nach <ref-law> knüpft zwar nicht wie die Inlandumsatzsteuer an die Lieferung (Umsatz) an, sondern an die Einfuhr des Gegenstandes, das rechtfertigt jedoch nicht, für die Einfuhrsteuer von einem anderen Begriff der Gebrauchsüberlassung auszugehen.
Sofern die Beschwerdegegnerin mit dem Schaufelraddampfer X. im Rahmen von Vercharterungen Passagiere in der Schweiz aufnimmt und wieder dorthin zurückführt, verwendet sie den Dampfer vorübergehend im Inland. Das dabei vereinnahmte Entgelt unterliegt folglich der Steuer (Art. 11 lit. a und 69 Abs. 1 lit. g MWSTV). Dabei wird aber die Beschwerdegegnerin im Ergebnis gleich behandelt wie ein steuerpflichtiger Inländer. Dieser hat die Inlandumsatzsteuer gemäss Art. 4 lit. a und 5 Abs. 2 lit. b MWSTV zu bezahlen, wenn er ein Schiff verchartert. Insofern wird die Beschwerdegegnerin nicht anders behandelt als ein Inländer, wenn sie den Schaufelraddampfer X. mit Freipass zum vorübergehenden Gebrauch einführt. Das Gebot der rechtsgleichen Behandlung von Gewerbegenossen ist nicht verletzt.
d) Wenn die Beschwerdegegnerin geltend macht, mit der Besteuerung des Schaufelraddampfers X. liege eine Ungleichbehandlung gegenüber den Kursschiffen vor, so verkennt sie, dass die Vercharterung nicht der Beförderung von Passagieren gleichgestellt werden kann. Die Gebrauchsüberlassung und damit auch die Vercharterung gelten nach schweizerischem Recht als Lieferungen, während Beförderungsleistungen den Dienstleistungen zuzurechnen sind (<ref-law>). Diese werden in verschiedener Hinsicht anders behandelt als Lieferungen. Die Rüge ist daher unbegründet. Gesellschaften, welche die Kursschiffahrt betreiben, könnten auch schwerlich als direkte Konkurrenten der Beschwerdegegnerin betrachtet werden. Diese wendet sich mit einem anderen Produkt an ein anderes Publikum als die Betreiber von Kurschiffen. Auch unter diesem Gesichtswinkel dringt die Rüge nicht durch.
Der Hinweis auf das ausländische Recht geht fehl. Die Beschwerdegegnerin übersieht, dass die schweizerische Mehrwertsteuergesetzgebung einen anderen Lieferungs- und Dienstleistungsbegriff verwendet als das Recht der Europäischen Gemeinschaft. Die Schweiz ordnet die Gebrauchsüberlassung von Gegenständen vollumfänglich den Lieferungen zu, während im Ausland die Gebrauchsüberlassung oder Vermietung als "sonstige Leistung" (Dienstleistungen) gilt (für Deutschland und Österreich, vgl. Wolfram Birkenfeld, Umsatzbesteuerung in Österreich, der Schweiz und in Deutschland, Berlin 1996, S. 16 und 141). Das trifft sowohl auf die Inlandumsatz- wie die Einfuhrsteuer (Art. 4 und 5 MWSTV bzw. Art. 66 und 9 MWSTV) zu.
e) Die Beschwerdegegnerin rügt schliesslich, die Zollverwaltung habe die Steuer auf dem Entgelt für die Sonderfahrten ohne nähere Begründung als beachtlich im Sinne von <ref-law> eingestuft. Der Einwand ist unbegründet. Ein Entgelt, das jährlich ein Mehrfaches der von der Verwaltung auf Fr. 1'000. -- festgelegten Minimums beträgt, kann offensichtlich nicht mehr als unbeachtlich angesehen werden. (Gutheissung der Beschwerde. )
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Lausanne, 24. April 2001