Sachverhalt:
A. A._ (Klägerin, Beschwerdeführerin) und B._ (Beklagter, Beschwerdegegner) lernten sich Ende der 1980er-Jahre kennen. Sie führten eine Paarbeziehung, ohne zu heiraten. Im Jahr 1994 wurde eine gemeinsame Tochter geboren. A._ und B._ trennten sich im Mai 2006.
B. B.a Am 15. Mai 2009 reichte A._ beim Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland gegen B._ Klage ein und beantragte, dieser sei zu verpflichten, ihr die Hälfte der während der 17-jährigen Konkubinatszeit geäufneten Ersparnisse auszuzahlen, wobei der genaue Forderungsbetrag nach Abschluss des Beweisverfahrens beziffert werde.
Mit Entscheid vom 31. Mai 2011 wies das Kreisgericht Werdenberg-Sarganserland die Klage ab.
B.b Dagegen erhob A._ Berufung beim Kantonsgericht St. Gallen mit dem Antrag, der Entscheid des Kreisgerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Als Eventualantrag wiederholte sie ihr erstinstanzlich gestelltes Begehren.
Mit Entscheid vom 8. Oktober 2012 wies das Kantonsgericht St. Gallen die Berufung ab (Dispositiv-Ziff. 1) und verpflichtete A._ zur Zahlung der Gerichts- und Parteikosten (Dispositiv-Ziff. 2 und 3).
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 15. November 2012 beantragt A._ dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell seien Dispositiv-Ziff. 2 und 3 des Entscheids aufzuheben und der Beschwerdegegner sei zur Zahlung von angemessenen Gerichtskosten und eines angemessenen Parteikostenersatzes an die Beschwerdeführerin zu verpflichten, wobei die Bezifferung dieser Beträge in das richterliche Ermessen gestellt würden. Die Beschwerdeführerin beantragt zudem die Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien reichten unaufgefordert Replik und Duplik ein.
D. Mit Präsidialverfügung vom 14. Dezember 2012 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>; vgl. E. 2) einzutreten.
1.2 Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (<ref-law>). Die Einreichung einer ergänzenden Beschwerdeschrift ist einzig auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen grundsätzlich möglich (<ref-law>). Die Unterlagen, welche die Beschwerdeführerin einen Tag nach Einreichung der Beschwerde verspätet nachgereicht hat, können somit im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden.
1.3 Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), ist grundsätzlich ein materieller, d.h. bezifferter Antrag erforderlich. Dies gilt auch hinsichtlich der vom Ausgang der Hauptsache unabhängigen Anfechtung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsregelung (Urteil 4A_375/2012 vom 20. November 2012 E. 1.2 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>). Ein Rückweisungsantrag reicht aber ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung die Sache ohnehin zurückweisen würde, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1). Die Rechtsbegehren sind unter Berücksichtigung der Beschwerdebegründung nach dem Vertrauensprinzip auszulegen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 136; <ref-ruling> E. 1.4.2; <ref-ruling> E. 1).
Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz, eventualiter die Neuverlegung der vorinstanzlichen Kosten nach richterlichem Ermessen. Die Vorinstanz hat festgehalten, die Klage der Beschwerdeführerin beruhe auf der Anwendung der Liquidationsregeln der einfachen Gesellschaft. Da ihr der Nachweis nicht gelungen sei, dass die Parteien eine einfache Gesellschaft gegründet hätten, fehle ihrer Klage die rechtliche Grundlage. Entsprechend hat die Vorinstanz keine Sachverhaltsfeststellungen zur Höhe der Forderung getroffen, weshalb die Beschwerdeführerin diese auch noch gar nicht hat beziffern können. Im Falle der Gutheissung der Beschwerde müsste das Bundesgericht die Sache daher ohnehin an die Vorinstanz zurückweisen. Der Hauptantrag der Beschwerdeführerin erweist sich damit als zulässig.
Auf den Eventualantrag betreffend die vorinstanzliche Kosten- und Entschädigungsregelung kann hingegen nicht eingetreten werden, da er nicht beziffert ist und sich auch der Beschwerdebegründung nicht entnehmen lässt, wie die Prozesskosten nach Ansicht der Beschwerdeführerin auf die Parteien aufzuteilen seien.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2; <ref-ruling> E. 6, 439 E. 3.2).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1).
2.3 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, wenn sie über weite Strecken appellatorische Kritik vorbringt, sich hauptsächlich auf die Darstellung ihrer eigenen Sicht beschränkt und nicht auf die Erwägungen der Vorinstanz eingeht.
2.3.1 So rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe nicht zwischen Tat- und Rechtsfragen unterschieden. Die Frage, ob die Parteien gemeinsame Ersparnisse mit gemeinsamer Kasse generiert hätten, sei eine Tatsache und nicht wie von der Vorinstanz ausgeführt eine Rechtsfrage. Diese elementare Unterscheidung sei im angefochtenen Urteil konsequent ausgeblendet worden, was zu einem durchgängigen "Chuddel-Muddel" geführt habe. Rechtsfragen seien dem Beweis nicht zugänglich. Entsprechend habe die Vorinstanz den wahren Sachverhalt nicht festgestellt bzw. zu den entscheidenden Fragen kein Beweisverfahren durchgeführt. Die Beschwerdeführerin führt zudem einzelne Sätze aus dem vorinstanzlichen Urteil an, die objektiv nicht nachvollziehbar seien. Die Klage in dieser Situation mangels Beweisen abzuweisen, sei willkürlich, stelle eine materielle Rechtsverweigerung dar und verletze ihren Anspruch auf rechtliches Gehör. Willkürlich sei auch die Feststellung der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin habe den natürlichen Konsens nicht bewiesen. Da die Vorinstanz dazu keine Beweise abgenommen habe, sei auch hier das rechtliche Gehör verletzt und liege eine materielle Rechtsverweigerung vor.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin hat sich die Vorinstanz ausführlich mit den eingereichten Beweismitteln befasst. In seitenlangen Erwägungen setzt sie sich mit den relevanten Dokumenten und mit Zeugenaussagen auseinander. Auf diese Ausführungen der Vorinstanz geht die Beschwerdeführerin in keiner Weise ein. Auch zur Begründung ihrer Rüge betreffend die Feststellung des natürlichen Konsenses beschränkt sich die Beschwerdeführerin darauf, ihre eigene Sicht darzustellen und seitenweise Ausführungen aus früheren Rechtsschriften zu zitieren. Dabei ergänzt sie den Sachverhalt völlig frei, ohne zu rügen, dieser sei unvollständig festgestellt worden. Dies genügt den Begründungsanforderungen nicht, weshalb auf diese Rügen nicht eingetreten werden kann.
2.3.2 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz weiter vor, einige Dokumente zu Unrecht als verspätet eingereicht qualifiziert zu haben. Dies sei willkürlich und verletze ihren Anspruch auf rechtliches Gehör. Die Beschwerdeführerin verkennt indessen, dass die Vorinstanz ein Dokument zwar als verspätet eingereicht bezeichnet, dieses aber auch als inhaltlich irrelevant beurteilt hat. Darauf geht die Beschwerdeführerin nicht ein. Die Rüge ist somit unbegründet, soweit darauf überhaupt einzutreten ist.
2.3.3 Als willkürlich rügt die Beschwerdeführerin auch die Erwägungen der Vorinstanz, wonach mit den von der Beschwerdeführerin eingereichten Tabellen weder ein natürlicher noch ein normativer Konsens dahingehend nachgewiesen sei, dass diese eine einfache Gesellschaft hätten gründen wollen. In Bezug auf die Tabellen "Lebenshaltungskosten" hat die Vorinstanz ausgeführt, es handle sich dabei um Arbeitspapiere, in denen für lediglich zwei Jahre (von mindestens neun und höchstens 17 des gemeinsamen Zusammenlebens) Einnahmen und Ausgaben der Parteien einander gegenübergestellt worden seien. Die Tabellen würden nichts enthalten, was auf einen gemeinsamen Willen hindeute, für die Dauer des gesamten Zusammenlebens das jeweilige Vermögen in eine einfache Gesellschaft einzubringen. Zudem sei unklar, wer die Tabellen verfasst habe. Eine weitere eingereichte Tabelle enthalte nichts weiter als eine Gegenüberstellung von Einkommen und Steuern, welche die Parteien mutmasslich in den Jahren 2000 und 2001 erzielt bzw. bezahlt hätten. Die Tabelle, deren Erstellungsdatum, Urheber und (bezüglich der Zahlen) Korrektheit unbekannt seien, weise keinen rechtsgeschäftlichen Erklärungsgehalt auf.
Die Beschwerdeführerin rügt, der Beschwerdegegner habe weder bestritten, dass die Berechnungstabellen für die gesamte Dauer des Konkubinats Gültigkeit gehabt hätten, noch habe er behauptet, die Zahlen seien nicht korrekt gewesen. Den Berechnungstabellen hat die Vorinstanz keinen übereinstimmenden Willen der Parteien entnehmen können, für die Dauer des Zusammenlebens eine einfache Gesellschaft zu gründen. Dadurch würde Bundesrecht selbst dann nicht verletzt, wenn für die gesamte Dauer des Konkubinats Berechnungstabellen vorliegen würden. Denn entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin kann alleine aus der Erstellung von Berechnungstabellen mit einer Gegenüberstellung von Einkommen und Ausgaben noch nicht geschlossen werden, dass eine einfache Gesellschaft besteht und ein allfälliger Überschuss beiden Parteien zustehen würde. Im Übrigen beschränken sich die Vorbringen der Beschwerdeführerin auf appellatorische Kritik oder finden keine Stütze im vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt. Was die Korrektheit der Zahlen angeht, so ist unklar, inwiefern eine Behebung des angeblichen Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnte. Darauf ist nicht einzutreten.
2.3.4 Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich als willkürlich, dass die Vorinstanz den Beschwerdegegner nicht sofort zum Gegenbeweis aufgefordert habe. Dieser habe behauptet, von der Beschwerdeführerin periodische Zahlungen als Ausgleich für die Vorfinanzierung ihres Lebensunterhalts erhalten zu haben. Die Vorinstanz habe ausgeführt, dem Beschwerdegegner würde der Beweis für die Ausgleichszahlungen im Sinne eines Gegenbeweises nur dann obliegen, wenn der Beschwerdeführerin der Hauptbeweis der umfassenden Vergemeinschaftung der Vermögenssphären der Parteien gelungen wäre. Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihre Rechtsposition wäre wesentlich gestärkt worden, wenn der Gegenbeweis misslungen wäre. Mit dem willkürlichen Verzicht auf die Anordnung des Gegenbeweises werde die Beschwerdeführerin de facto so gestellt, wie wenn der Beschwerdegegner den Gegenbeweis erfolgreich geführt hätte, was nicht angehe.
Das aus <ref-law> abgeleitete Recht zum Gegenbeweis bezweckt die Erschütterung des Hauptbeweises (<ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 4b S. 397). Die Beschwerdeführerin verkennt, dass das Führen des Gegenbeweises gar nicht notwendig ist, wenn der Hauptbeweis nach Ansicht des Gerichts ohnehin nicht gelungen ist. Es kann somit keine Rede davon sein, die Erwägungen der Vorinstanz seien willkürlich. Die Rüge erweist sich als unbegründet.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Mai 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier