Faits:
A. George Horace Gallup a développé aux États-Unis d'Amérique une technique de sondage d'opinion connue dès 1935 sous la dénomination "The Gallup Poll". Cette année-là, il a fondé l'American Institute of Public Opinion (ci-après: AIPO). Désireux d'étendre sa technique de sondage au-delà des États-Unis d'Amérique, il a autorisé des sociétés de divers pays à utiliser la dénomination d'institut "Gallup". En 1947, il a mis sur pied un réseau informel d'instituts de sondage d'opinion à travers le monde, appelé International Association of Public Opinion Institutes (ci-après: IAPOI).
Le 30 août 1947, un institut néerlandais de sondage d'opinion membre de l'IAPOI, ultérieurement devenu l'Institut "Gallup" néerlandais, a procédé au dépôt du nom "Gallup", sous référence n° 132'442, comme marque aux Pays-Bas et par voie internationale pour plusieurs pays dont la Suisse, en classe 16 de la classification internationale, pour des imprimés divers concernant l'étude de l'opinion publique, du marché et de la publicité. La marque internationale a ultérieurement été cédée à la société néerlandaise Het Nederlands Instituut voor de Publieke Opinie en het Marktonderzoek (ci-après: NIPO), qui a été inscrite comme titulaire au registre international des marques.
En 1958, George Horace Gallup a fondé la société américaine The Gallup Organization Inc., devenue ultérieurement Gallup Inc., dont le siège était à Lincoln dans l'État du Nebraska et dont il était l'actionnaire principal et le président. Dans les années 1980, cette société a repris les activités de sondage d'opinion de l'AIPO. Le 6 juillet 1981, elle a déposé la marque américaine "The Gallup Poll", avec revendication de priorité d'usage depuis le 1er août 1935. L'enregistrement a été fait dans une classe qui correspond à la classe internationale 42.
Cette même année 1981, les membres du réseau IAPOI ont adopté les statuts d'une association de droit suisse. Celle-ci a été inscrite au registre du commerce du canton de Zurich l'année suivante. George Horace Gallup l'a présidée jusqu'à son décès survenu en 1984 en Suisse. Le siège était à l'adresse d'Isopublic AG à Schwerzenbach (Zurich), société suisse qui était membre de l'IAPOI. En 1978, George Horace Gallup lui avait confirmé qu'elle avait le droit exclusif d'utiliser en Suisse les termes "Gallup" et "Gallup Poll", possibilité dont elle a fait usage dès 1981.
En 1989, un tiers investisseur a acquis le capital-actions de Gallup Inc. Cet achat a inauguré un changement de stratégie. Gallup Inc. a projeté une expansion mondiale et décidé de revendiquer, dans cette optique, l'utilisation exclusive du nom, respectivement de la marque "Gallup", dans le monde entier. Outre l'activité de sondage d'opinion, Gallup Inc. offre aussi des services consultatifs et des cours de perfectionnement dans le domaine du management.
Les 1er et 20 avril 1993, Isopublic AG a déposé au registre suisse la marque n° 407'695 "Gallup" en classe 35 pour des sondages d'opinion et études de marché, ainsi que les marques dérivées n° 407'694 "EOS Gallup Europe", n° 407'696 "Gallup Brand Monitor", n° 407'697 "Gallup Europe", n° 407'698 "Gallup News Surwey", n° 407'699 "Gallup Quality Barometer" et n° 411'341 "Gallup International". Elles ont été inscrites les 5 janvier et 18 juillet 1994.
Le 2 septembre 1993, Gallup Inc. a déposé au registre suisse la marque n° 416'571 "Gallup" pour les classes 16 et 35. Le 8 août 1994, elle a déposé la marque n° 428'420 "Gallup" pour la classe 41.
Le 12 septembre 1995, la société allemande Gallup GmbH, une filiale de Gallup Inc. fondée en 1993, s'est fait céder la marque internationale n° IR 132'442 "Gallup" par la société néerlandaise NIPO.
B. Le 4 mars 2004, Isopublic AG a saisi la Cour de justice du canton de Genève d'une demande dirigée contre Gallup Inc., tendant à ce que les marques "Gallup" nos 416'571 et 428'420 soient déclarées nulles.
Suite à cette ouverture d'action, les fils de feu George Horace Gallup, sur papier a en-tête de The Gallup Organization, ont déclaré révoquer, en leur nom personnel et en leur qualité d'organes de Gallup Inc., respectivement de "Gallup Poll", tout droit d'utilisation du nom "Gallup" par Isopublic AG.
Gallup Inc. a proposé le rejet de la demande. A titre reconventionnel, elle a conclu à ce que la nullité des enregistrements des marques suisses "Gallup", principale et dérivées, d'Isopublic AG soit constatée, à ce que le nom de domaine "gallup.ch" soit radié et à ce qu'il soit fait interdiction à Isopublic AG d'utiliser le nom "Gallup" comme marque ou sous toute autre forme en relation avec des services de sondage d'opinion ou de marché.
A la suite d'un arrêt incident de la Cour de justice déclarant irrecevable une demande d'intervention de Gallup GmbH aux côtés de Gallup Inc., celle-là a cédé à celle-ci, pour la Suisse, la marque internationale n° IR 132'442 "Gallup". Cette cession partielle a été inscrite le 4 mars 2005 au registre international des marques, sous le n° IR 132'442A.
Le 15 juillet 2005, Isopublic AG a conclu, de façon additionnelle, à ce que la marque internationale susmentionnée soit déclarée nulle, en tant qu'elle vise la Suisse.
Par arrêt du 18 avril 2008, la Cour de justice, admettant la demande et rejetant la demande reconventionnelle, a constaté la nullité des marques suisses "Gallup" nos 416'571 et 428'420 de Gallup Inc. ainsi que de la marque internationale n° IR 132'442A cédée à celle-ci.
C. Gallup Inc. (la recourante) a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant au rejet de la demande et à l'admission de sa demande reconventionnelle, avec suite de dépens. Elle a également requis l'effet suspensif, qui a été refusé par ordonnance présidentielle du 23 juin 2008.
Isopublic AG (l'intimée) a proposé le rejet du recours et la confirmation de l'arrêt attaqué, sous suite de dépens.
La Cour de céans a délibéré en séance publique le 14 octobre 2008.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1).
1.1 Exercé par la recourante, qui a succombé, et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) en instance cantonale unique (<ref-law> et <ref-law> [RS 232.11]), le présent recours est recevable sans égard à la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. b. LTF; cf. <ref-ruling> consid. 2.2.2.2). Il a par ailleurs été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation (art. 42 al. 1 et 2 LTF), sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104 s.). En outre, il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>). Pour ces griefs, les exigences en matière de motivation correspondent à celles prévues à l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour l'ancien recours de droit public; la partie recourante doit discuter les attendus de la décision attaquée et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation du droit constitutionnel (cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Si la partie recourante entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées. A ce défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut être pris en compte. La faculté que l'<ref-law> confère au Tribunal fédéral de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> ne dispense pas la partie recourante de son obligation d'allégation et de motivation. Il n'incombe pas au Tribunal fédéral de rechercher lui-même dans le dossier si ce dernier pourrait éventuellement contenir des indices d'une inexactitude de l'état de fait de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 6.2). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
L'ancien droit réservait expressément la possibilité de compléter les constatations de la dernière autorité cantonale (art. 64 OJ). Bien qu'il ne règle pas spécifiquement la question, le nouveau droit n'exclut pas cette faculté. Il considère que l'hypothèse de l'état de fait incomplet entre dans les prévisions de l'<ref-law>, en ce sens que l'autorité précédente viole le droit matériel en n'établissant pas tous les faits pertinents pour l'application de celui-ci. Ainsi, le Tribunal fédéral doit-il, en tout cas, pouvoir continuer à sanctionner un état de fait incomplet qui l'empêcherait d'appliquer correctement le droit privé fédéral. Mais il ne le fera pas d'une manière plus large que celle avec laquelle il usait des pouvoirs que lui accordait jadis l'art. 64 OJ. Cette disposition ne conférait pas aux parties la faculté de compléter ad libitum les faits constatés par l'autorité cantonale, sous prétexte qu'un complètement desdits faits conduirait à une solution juridique différente du litige. Elle n'entrait en ligne de compte que si la décision attaquée ne contenait pas les constatations nécessaires à l'application du droit fédéral, alors que les faits pertinents passés sous silence avaient été allégués en conformité avec les règles fixées par la procédure cantonale et qu'un complètement de l'état de fait était encore objectivement possible (arrêt 4A_290/2007 du 10 décembre 2007 consid. 5.4, in SJ 2008 I p. 346). Il appartenait à la partie recourante de démontrer que ces faits avaient été allégués correctement en instance cantonale, à défaut de quoi ils étaient considérés comme nouveaux (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 486; plus récemment arrêt 4A_214/2008 du 9 juillet 2008 consid. 1.2, non publié in <ref-ruling>).
2. La cour cantonale a admis la nullité de la marque suisse "Gallup" n° 416'571 pour les produits et services de la classe 16, à savoir les imprimés et publications, au motif que la recourante ne l'avait pas utilisée en Suisse ou en Allemagne durant les cinq dernières années. Dans ce contexte, la recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir violé les art. 11 et 12 LPM; en résumé, elle est d'avis que ceux-ci ont erré en exigeant une activité principale et indépendante en relation avec le produit ou service concerné, en qualifiant ses publications de produits auxiliaires, en refusant de considérer que l'activité d'édition en ligne pouvait constituer un usage valable de la marque et en exigeant que le titulaire ait lui-même fait usage de la marque.
2.1 La protection n'est accordée à une marque inscrite que pour autant qu'elle soit utilisée en relation avec les produits ou les services enregistrés (<ref-law>). Si pendant une période ininterrompue de cinq ans, le titulaire n'utilise pas la marque, il ne peut plus faire valoir son droit à la marque (<ref-law>).
Selon le principe de la territorialité, le droit à la marque n'est conservé que par l'usage en Suisse (<ref-ruling> consid. 1c p. 360; plus récemment arrêt 4C.159/2005 du 19 août 2005 consid. 2.2, in sic! 2006 p. 99). L'usage en Allemagne vaut usage en Suisse (cf. art. 5 de la Convention du 13 avril 1892 entre la Suisse et l'Allemagne concernant la protection réciproque des brevets, dessins, modèles et marques [RS 0.232.149.136]), pour autant que les personnes se prévalant d'un tel usage soient des ressortissants suisses ou allemands ou des ressortissants d'États tiers ayant un domicile ou établissement en Suisse ou en Allemagne; pour les personnes morales, il suffit qu'elles aient un établissement industriel ou commercial réel et non seulement fictif dans un des deux pays (<ref-ruling> consid. 2c p. 283 s.). La cour cantonale a retenu que la recourante, en tant que cessionnaire de la société allemande Gallup GmbH, pouvait se prévaloir d'un éventuel usage en Allemagne. Les parties ne remettent pas en cause la décision attaquée dans la mesure où elle considère un usage de la marque par la recourante ou par Gallup GmbH en Suisse ou en Allemagne nécessaire et suffisant. Il n'y a donc pas à y revenir. Cela étant, la notion d'usage est celle du droit suisse, que la marque ait été utilisée en Suisse ou en Allemagne. Le fait qu'un tribunal allemand ait admis qu'il y avait usage selon le droit allemand n'est pas en soi déterminant (cf. <ref-ruling> consid. 1c).
L'usage de la marque doit être sérieux. Notamment, un usage purement symbolique, fait à seule fin de ne pas perdre le droit à la marque, ne suffit pas; le titulaire doit manifester l'intention de satisfaire toute demande de marchandise ou de service (<ref-ruling> consid. 3 p. 116 s.). Par ailleurs, l'usage doit être économiquement raisonnable et intervenir dans le commerce. Enfin, l'usage doit intervenir conformément à la fonction de la marque, pour distinguer les produits ou les services; la marque doit être utilisée de telle façon que le marché y voit un signe distinctif, condition qui est remplie dès que la marque est apposée sur la marchandise ou son emballage (<ref-ruling> consid. II/3b); la marque peut également être utilisée autrement en rapport avec les produits pour lesquels sa protection est revendiquée, du moment que le milieu intéressé la comprend comme un signe distinctif (arrêt 4C.159/2005 du 19 août 2005 consid. 2.2, in sic! 2006 p. 99).
2.2 En l'occurrence, la cour cantonale a retenu en fait que les Éditions Campus à Francfort/New York publiaient, depuis 2001, quatre livres en allemand qui, en traitant de management, faisaient référence, dans leur contenu et parfois même dans leur titre, aux "méthodes Gallup", faisant ainsi plus ou moins directement la publicité des services de la recourante, dont l'un des organes était co-auteurs de ces livres; le site internet de sa filiale allemande comme celui de la maison d'édition allemande faisaient la publicité des livres susmentionnés; un dernier livre, en anglais, qui pouvait être commandé par le biais d'internet, y compris sur le sites comportant l'indication géographique ".ch" ou ".de", avait été publié par la maison d'édition Gallup Press à New York, en date du 24 septembre 2004.
L'on ne voit pas que, sur la base des faits ainsi établis, la cour cantonale ait violé le droit fédéral en retenant le défaut d'usage de la marque litigieuse pour les produits de la classe 16. En particulier, il a été constaté que les quatre livres en allemand, publiés par les Éditions Campus, faisaient référence, dans leur contenu voire leur titre, à la "méthode Gallup", mais il n'apparaît pas qu'ils aient été édités sous la marque "Gallup"; ce dernier terme n'ayant donc pas été employé dans une fonction de signe distinctif, il ne saurait être question d'usage au sens de la jurisprudence susmentionnée. Quant au livre publié en anglais aux États-Unis d'Amérique par "Gallup Press", le simple fait qu'un client potentiel domicilié en Suisse puisse le commander par internet et se le faire livrer ne permet pas davantage de retenir l'existence d'un usage en Suisse au sens de l'<ref-law>.
Cela étant, dans le cadre de son argumentation tendant à faire admettre que la cour cantonale aurait violé le droit fédéral en niant un usage juridique valable de la marque litigieuse, la recourante soutient que les juges cantonaux auraient "arbitrairement omis de prendre en compte des faits et pièces pertinentes, quand bien même les preuves topiques auraient été dûment versées à la procédure, s'agissant de l'usage de la marque « Gallup » par Gallup Inc et Gallup GmbH en Suisse et en Allemagne dans le domaine des produits de l'imprimerie" et, partant, constaté les faits de manière grossièrement incomplète. En bref, elle allègue qu'elle commercialise en Suisse et en Allemagne, sous la marque "Gallup", diverses revues périodiques qui compteraient de nombreux abonnés, que sa filiale allemande offre un service de nouvelles électroniques en ligne à l'attention du public et utilise sa marque "Gallup" notamment par le biais de la diffusion de communiqués de presse, enfin qu'elle commercialise en Suisse et en Allemagne plusieurs ouvrages sous la marque "Gallup". Force est toutefois de constater que l'arrêt litigieux ne contient aucune constatation à ce sujet et que la recourante ne démontre pas, dans son écriture au Tribunal fédéral, avoir allégué, en instance cantonale, les faits pertinents en conformité avec les règles fixées par la procédure cantonale, ce qui lui incombait pourtant si elle entendait obtenir un complètement de l'état de fait, étant rappelé qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral de rechercher les allégations déterminantes dans le dossier cantonal (cf. supra consid. 1.3). Faute de répondre aux exigences de motivation applicables en la matière, l'argumentation de la recourante relative à l'établissement des faits ne peut donc qu'être écartée.
3. Les juges cantonaux ont admis la nullité de la marque internationale "Gallup" n° IR 132'442A en classe 16 pour des imprimés divers en matière d'études d'opinion, du marché et de la publicité; ils ont constaté, comme pour la marque suisse, le défaut d'usage, et les considérations qui précèdent relatives à celle-ci valent également mutatis mutandis pour celle-là. Cela étant, l'argumentation de la recourante fondée sur la prémisse qu'elle peut se prévaloir de la marque internationale "Gallup" n° IR 132'442A pour les produits et services de la classe 16 est sans objet.
4. La cour cantonale a admis la validité de la marque n° 407'695 "Gallup" et des six marques dérivées de l'intimée; pour l'essentiel, elle a retenu que ces marques bénéficiaient de l'antériorité par rapport aux marques suisses, partiellement identiques, de la recourante (n° 416'571 "Gallup" pour la classe 35 et marque n° 428'420 "Gallup" pour la classe 41) et que ces dernières étaient nulles à cause d'un danger réel de confusion.
4.1 La recourante dénonce une violation des art. 11 et 12 LPM, au motif que la cour cantonale n'a pas constaté la nullité des six marques dérivées pour cause de non-usage; elle se plaint en particulier de constatations incomplètes au sujet du non-usage de ces six marques.
Quiconque invoque le défaut d'usage doit le rendre vraisemblable; la preuve de l'usage incombe alors au titulaire (<ref-law>). Celui qui se prévaut du non-usage par le titulaire ne doit ainsi pas apporter de preuve stricte pour ce fait négatif, mais doit tout de même le rendre vraisemblable. S'il y parvient, mais alors seulement, le titulaire de la marque doit prouver le contraire. La règle générale en matière de fardeau de la preuve selon laquelle la preuve d'un fait doit être apportée par celui qui en déduit un droit (<ref-law>) est ainsi relativisée, mais pas renversée. Celui qui invoque le non-usage doit donc d'abord le rendre vraisemblable; à défaut, le non-usage n'est pas retenu. Il y a vraisemblance lorsque, sur la base d'indices objectifs, il existe une certaine probabilité pour la réalité du fait invoqué. Il faut donc que le fait apparaisse plus que simplement possible, sans qu'il soit toutefois exclu que la réalité soit autre; mais la probabilité pour l'existence du fait doit être plus importante que pour le contraire (cf. <ref-ruling> consid. 3.3; cf. également arrêt 4C.31/2003 du 1er mai 2003 consid. 2.1, in sic! 2004 p. 325).
Dans son écriture au Tribunal fédéral, la recourante expose avoir demandé à la cour cantonale, notamment dans son mémoire de duplique, de constater la nullité des six marques susmentionnées de l'intimée; elle relève en particulier que l'intimée n'a apporté aucune preuve visant à démontrer un usage de ses marques dérivées en Suisse. Cela étant, une simple allégation ne suffit pas à rendre le prétendu non-usage vraisemblable et il appartenait bien plus à la recourante de démontrer qu'elle avait elle-même produit des pièces ou requis l'administration de moyens de preuves à ce sujet, ce qu'elle n'a pas fait. Dès lors, il n'y avait pas lieu pour l'intimée d'établir l'usage et la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en ne déclarant pas les marques dérivées nulles faute d'usage.
4.2 Les juges cantonaux ont rejeté la demande de déclarer les marques de l'intimée nulles en application de l'<ref-law>. La recourante se plaint d'une violation de cette disposition, qui prévoit que les marques enregistrées sans le consentement du titulaire au nom notamment d'un utilisateur autorisé ne sont pas protégés et qu'il en va de même des marques qui n'ont pas été radiées du registre, bien que le titulaire ait révoqué son consentement.
Le motif d'exclusion prévu par cette disposition ne s'applique que s'il existe un contrat en vertu duquel le représentant a été autorisé à utiliser la marque en étant mandaté aux fins de représenter les intérêts de l'ayant droit. Il suppose donc qu'il ait existé ou qu'il existe un rapport contractuel entre le véritable titulaire de la marque et l'usurpateur dont le contenu était ou est nécessairement la sauvegarde des intérêts commerciaux du premier (cf. <ref-ruling> consid. 2). Une telle relation contractuelle entre la recourante et l'intimée n'existe pas et n'a jamais existé, ce qui scelle le sort du grief.
5. La cour cantonale a rejeté la demande de la recourante de déclarer les marques de l'intimée nulles pour cause de violation de son droit au nom; elle a motivé ce rejet principalement par le fait que l'intimée avait déjà utilisé sa marque en Suisse depuis de nombreuses années lorsque la recourante a commencé à fournir ses services à des entreprises en Suisse, sans pour autant y créer une filiale ou succursale. La recourante y voit une violation de l'<ref-law> et de l'art. 8 de la Convention de Paris pour la protection de la propriété industrielle révisée à Stockholm le 14 juillet 1967 (CUP; RS 0.232.04).
5.1 L'art. 8 CUP prévoit que le nom commercial sera protégé dans tous les pays de l'union sans obligation de dépôt ou d'enregistrement, qu'il fasse partie ou non d'une marque de fabrique ou de commerce. Cette disposition n'offre pas une protection absolue au nom commercial. En vertu du principe du traitement national figurant à l'art. 2 CUP, les États s'engagent seulement à accorder la même protection à un nom commercial étranger que celle octroyée aux noms commerciaux nationaux. Or, en droit suisse, lorsqu'une entreprise n'est pas inscrite au registre du commerce suisse, sa désignation n'est protégée qu'à la condition que son droit au nom ait été atteint (<ref-law>) ou en présence d'un acte de concurrence déloyale (<ref-ruling> consid. 2 p. 108; plus récemment arrêt 4C.199/2001 du 6 novembre 2001 consid. 5b, in sic! 2002 p. 162).
La protection de la raison de commerce non inscrite est limitée au rayon de l'activité commerciale du titulaire. Le nom devait être connu en Suisse lors de l'usurpation critiquée, parce qu'il y avait été utilisé en affaires dans une mesure notable ou parce qu'il jouissait d'une réputation mondiale (<ref-ruling> consid. I/1).
5.2 L'<ref-law> permet à celui qui est lésé par l'usurpation de son nom d'intenter action pour la faire cesser.
L'usage du nom d'autrui n'est constitutif d'une usurpation que s'il porte atteinte à un intérêt digne de protection, c'est-à-dire lorsque l'appropriation du nom entraîne un danger de confusion ou de tromperie ou que cette appropriation est de nature à susciter dans l'esprit du public, par une association d'idées, un rapprochement qui n'existe pas en réalité entre le titulaire du nom et le tiers qui l'usurpe sans droit. On se trouve également en présence d'une usurpation inadmissible de nom quand celui qui l'usurpe crée l'apparence que le nom repris a quelque chose à voir avec son propre nom ou sa propre entreprise ou encore que des relations étroites, sur un plan personnel, idéologique, intellectuel ou commercial, sont nouées entre les parties, alors qu'il n'en est rien. Le degré de l'atteinte requis par la loi est encore réalisé lorsqu'une association d'idées implique le titulaire du nom dans des relations qu'il récuse et qu'il peut raisonnablement récuser (<ref-ruling> consid. 4 p. 358 s.).
La notion de risque de confusion, qui est identique pour tout le domaine des signes distinctifs, est tirée de celle admise en droit de la concurrence. L'<ref-law> (RS 241) qualifie de déloyal le comportement de celui qui "prend des mesures qui sont de nature à faire naître une confusion avec les marchandises, les oeuvres, les prestations ou les affaires d'autrui". Est visé tout comportement au terme duquel le public est induit en erreur par la création d'un danger de confusion, en particulier lorsque celui-ci est mis en place pour exploiter la réputation d'un concurrent. Le risque de confusion est une notion de droit que le Tribunal fédéral apprécie librement, du moins dans les cas où le litige revient à évaluer l'impact du comportement contesté sur le grand public, et non sur un cercle de personnes disposant de connaissances spécifiques dans un secteur particulier (<ref-ruling> consid. 4 p. 359).
Les collisions entre droit au nom, ou à la raison de commerce, d'une part et droit des marques et de la concurrence déloyale d'autre part ne peuvent pas être résolues de façon schématique au moyen de règles uniformes. Il est nécessaire, dans chaque cas particulier, de peser les intérêts en présence, afin de parvenir à la solution la plus équitable possible (<ref-ruling> consid. 3 p. 358). Dans ce cadre, celui qui invoque son droit au nom ne peut pas se prévaloir du droit au nom d'une tierce personne portant ou ayant porté le même nom que lui, au motif qu'il utilise ce nom avec le consentement de cette tierce personne (arrêt 4C.516/1996 du 4 juin 1997 consid. 3d/aa, in sic! 1997 p. 493).
5.3 La recourante allègue que l'intimée n'a jamais été autorisée à faire enregistrer, en son propre nom, une ou des marques suisses comportant le nom "Gallup", ni par feu George Horace Gallup ou ses héritiers ou l'AIPO, ni par elle-même en tant que bénéficiaire d'un droit propre et originaire à la protection de son nom en Suisse, si bien que l'enregistrement et l'utilisation des marques suisses constitueraient une atteinte illicite à son droit au nom; fondée en 1958 et titulaire de la marque américaine "The Gallup Poll" enregistrée en 1981 avec effet rétroactif au 1er août 1935, alors que les marques de l'intimée ont été enregistrées en 1993 seulement, elle devrait dès lors bénéficier de la priorité.
La cour cantonale a retenu en fait que feu George Horace Gallup avait clairement autorisé l'intimée, en 1978 déjà, à utiliser son nom en Suisse, et ceci de façon exclusive et sans paiement d'aucune contre-prestation; elle a également retenu qu'il savait que l'intimée utilisait son nom comme marque et que cette utilisation, en Suisse, correspondait aux règles de l'association internationale mise sur pied par lui-même.
La recourante veut faire une distinction selon laquelle l'intimée aurait seulement été autorisée à utiliser le nom "Gallup", mais pas à le faire enregistrer comme marque, et elle expose les motifs qui l'amènent à cette conclusion. Ce faisant, elle donne son interprétation des faits, mais ne démontre pas que les constatations contraires de la cour cantonale sont arbitraires, c'est-à-dire insoutenables. La recourante ne démontre en particulier pas pour quel motif la lettre de feu George Horace Gallup confirmant à l'intimée "your exclusive right to the names Gallup and Gallup Poll in Switzerland" ne peut pas être comprise autrement que comme excluant le droit de faire enregistrer ces noms comme marque en Suisse. La recourante ne démontre pas non plus pour quel motif il serait insoutenable de retenir que feu George Horace Gallup savait que l'intimée utilisait son nom comme marque et n'a pas réagi; le fait que l'intimée ait déposé les marques après le décès de celui-ci n'a pas de signification dans ce contexte, dès lors que l'enregistrement des marques de service n'était pas possible avant le 1er avril 1993.
L'intimée, avec l'accord de feu George Horace Gallup, a donc utilisé le nom "Gallup" comme marque en Suisse dès 1981. La recourante a commencé à fournir ses services à des entreprises en Suisse en 1997 seulement; elle n'y a ni filiale ni succursale. Dans ces circonstances, il n'y a pas usurpation du nom de la recourante; c'est donc à bon droit que la cour cantonale a refusé de déclarer les marques de l'intimée nulles pour cause de violation du droit au nom de la recourante.
6. La cour cantonale a rejeté la demande de la recourante d'ordonner la radiation du nom de domaine "gallup.ch" de l'intimée. La recourante y voit une violation des art. 28 et 29 CC et de l'art. 13 al. 2 let. e LPM. Cette dernière disposition permet au titulaire d'une marque d'interdire à des tiers l'usage de signes dont la protection est exclue en vertu de l'<ref-law> (signes identiques ou similaires pour des produits identiques ou similaires), en particulier de les apposer sur des papiers d'affaires, de les utiliser à des fins publicitaires ou d'en faire usage de quelqu'autre manière dans les affaires.
Les noms de domaine désignent pour les internautes un site comme tel et identifient également les personnes, les produits ou les services derrière ce site, du moins lorsque la présentation est appropriée à cette fin; ils constituent donc des signes distinctifs comparables, suivant les cas, à un nom, une raison sociale ou une marque (<ref-ruling> consid. 2b). Cette fonction de signe distinctif fait que les noms de domaine doivent se différencier suffisamment des signes distinctifs appartenant à des tiers pour éviter toute confusion. Au cas où le nom de domaine utilisé peut se confondre avec un nom, une raison sociale ou une marque protégée, l'ayant droit peut faire interdire l'usage du nom de domaine. S'il existe un conflit entre différents droits, il y a lieu de procéder à une pesée des intérêts en présence. En outre, les noms de domaine sont soumis à l'obligation de loyauté qui découle du droit de la concurrence déloyale (<ref-ruling> consid. 2c p. 244 s.; plus récemment arrêt 4C.376/2004 du 21 janvier 2005 consid. 3.1, in sic! 2005 p. 390).
La recourante se plaint à tort d'une atteinte à son droit au nom; il peut simplement être renvoyé à ce qui est dit ci-dessus. Au demeurant, le fait que le nom "Gallup" soit suivi du code géographique ".ch", alors que la recourante n'a ni filiale ni succursale en Suisse, réduit singulièrement le risque de confusion. Pour le surplus, une radiation du nom de domaine "gallup.ch" sur la base de l'<ref-law> suppose en premier lieu que la recourante ait en Suisse le droit exclusif à la marque "Gallup"; tel n'étant pas le cas, le grief est sans objet.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
8. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 9'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 14 octobre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz