Sachverhalt:
A. Die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) ist ein auf Vermittlung von Werbung und Sponsoring im Sportbereich spezialisiertes Unternehmen. Die Stade de Suisse Wankdorf Nationalstadion AG (Beschwerdeführerin) vermarktet und betreibt das ehemalige Wankdorfstadion in Bern als Nationalstadion. Die Parteien arbeiteten seit 1999 zusammen. Am 26. November 2003 schlossen sie einen Vermarktungsvertrag (Vermarktungsvertrag I) ab, den die Beschwerdeführerin im November 2005 kündigte. Indem die Parteien am 4./7. April 2006 einen in verschiedenen Punkten abgeänderten Vermarktungsvertrag (Vermarktungsvertrag II) schlossen, legten sie ihre Meinungsverschiedenheiten bei. Im Vermarktungsvertrag II räumte die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin diverse Rechte zur exklusiven und nicht-exklusiven Vermarktung von Werbeflächen und Werbemitteln im Stade de Suisse Wankdorf Bern ein. Während die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin für die exklusiven Rechte eine Pauschalentschädigung pro Saison zu entrichten hatte, stand ihr für die nicht-exklusiven Rechte ein Provisionsanspruch zu. Die Beschwerdeführerin löste den Vermarktungsvertrag II am 5. März 2007 per 30. Juni 2007 ausserterminlich unter Berufung auf "wichtige Gründe" auf, nachdem die Beschwerdegegnerin infolge Streitigkeiten ein gerichtliches Verfahren eingeleitet hatte.
B. Die Beschwerdegegnerin erachtete die Kündigung als unzulässig und erhob im Mai 2007 Klage beim Handelsgericht des Kantons Bern. Sie machte gegenüber der Beschwerdeführerin sowohl Ansprüche für die Saison 2006/07 als auch Schadenersatz für entgangenen Gewinn in der Höhe von Fr. 1'900'800.-- für die Saison 2007/08 geltend. Die Beschwerdeführerin wandte ein, die Beschwerdegegnerin habe den Vermarktungsvertrag II mehrfach in schwerer Weise verletzt. Sie warf ihr unter anderem ungenügende Vermarktung (Underperformance) sowie eine daraus resultierende Verschlechterung der Attraktivität der Beschwerdeführerin für potentielle Werbekunden vor. Zudem habe die Beschwerdegegnerin die zugesicherte Professionalität und Sorgfalt sowie weitere vertragliche Vermarktungsgrundsätze verletzt. Die vorzeitige Auflösung des Vertragsverhältnisses sei somit berechtigt gewesen. Die Parteien schlossen hinsichtlich der Saison 2006/07 einen Vergleich ab, worauf die Beschwerdegegnerin die entsprechenden Rechtsbegehren zurückzog. Das Handelsgericht schrieb die Klage diesbezüglich als erledigt ab. Mit Bezug auf die Schadenersatzforderung für die Saison 2007/08 hiess das Handelsgericht die Klage mit Urteil vom 3. März 2009 im Umfang von Fr. 1'100'000.-- gut.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventualiter sei der Schadenersatz neu zu bemessen, subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht ab.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin berechtigt war, den Vermarktungsvertrag vom 4./7. April 2006 vorzeitig aufzuheben.
1.1 Der Vermarktungsvertrag II wurde für eine feste Dauer bis zum 30. Juni 2010 abgeschlossen. Gemäss dessen Ziffer 4.2.2 ist jede Partei im Falle einer schweren Vertragsverletzung der anderen Partei berechtigt, den Vertrag ohne Kündigungsfrist vorzeitig mittels schriftlicher Mitteilung aufzuheben. Als schwere Vertragsverletzung wird insbesondere der Fall aufgeführt, dass die Beschwerdegegnerin die geschuldete Pauschalentschädigung nicht fristgerecht bezahlt.
1.1.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der in Ziffer 4.2.2 des Vermarktungsvertrags II beispielhaft erwähnte Verzug mit der Leistung lasse erkennen, dass die Parteien niedrige Anforderungen an die Schwere der Vertragsverletzung gestellt hätten. Nach den unangefochtenen Feststellungen der Vorinstanz hat jedoch keine Partei behauptet, die zusätzliche Detailregelung würde den Grad der Schwere der Vertragsverletzung auf die eine oder andere Seite beeinflussen. Da die Beschwerdeführerin nicht behauptete, sie sei in tatsächlicher Hinsicht bezüglich der Schwere der Vertragsverletzung von besonders niedrigen Anforderungen ausgegangen, war die Vorinstanz nicht gehalten, zu prüfen, ob sie die entsprechende Vereinbarung nach dem Vertrauensprinzip so hätte verstehen dürfen (Art. 18 OR).
1.1.2 Die Beschwerdeführerin geht in ihrer Beschwerde über weite Strecken selbst davon aus, eine ausserterminliche Kündigung sei nur bei Vorliegen eines wichtigen Grundes zulässig. An einer Stelle weist sie allerdings auf das zwingende Kündigungsrecht von Art. 404 OR hin und macht geltend, sie könne den Vertrag auch ohne wichtigen Grund auflösen. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, der Vermarktungsvertrag II enthalte namentlich Elemente eines Auftrags sowie eines Pachtvertrags. Mit Bezug auf die Kündigung will sie infolge des zwischen den Parteien bestehenden Vertrauensverhältnisses, das durch die Exklusivität der Vermarktungsrechte betont werde, Auftragsrecht zur Anwendung bringen. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass sie gemäss Vertrag die Entschädigung für die Einräumung der exklusiven Vermarktungsrechte unabhängig von der Art und dem Ausmass der Tätigkeit der Beschwerdegegnerin sowie unabhängig von der Anzahl der abgeschlossenen Verträge erhielt. Da sich der Umfang und die Art der entfalteten Tätigkeit der Beschwerdegegnerin im Gegensatz zum Exklusivmaklervertrag grundsätzlich für die Beschwerdeführerin nicht finanziell auswirkte, erscheint ein jederzeitiges Kündigungsrecht analog Art. 404 OR ohne wichtigen Anlass nicht gerechtfertigt, zumal der Exklusivbereich den zentralen Punkt der Vertragsbeziehungen betrifft, während dem nicht-exklusiven Bereich nur untergeordnete Bedeutung zukommt (vgl. <ref-ruling> E. 7.1.1 S. 531 f.; 118 III 157 E. 3a S. 162). Entsprechend spielt das für den Auftrag typische Vertrauensverhältnis keine Rolle; ein solches wird von der Beschwerdeführerin lediglich behauptet, ist aber von der Vorinstanz nicht festgestellt. Die Parteien sahen eine ausserordentliche Kündigung denn auch nur bei einer schweren Vertragsverletzung vor. Zu prüfen ist, ob die vorzeitige Auflösung des Vermarktungsvertrags II wegen eines wichtigen Grundes gerechtfertigt war.
1.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, ein wichtiger Grund für die vorzeitige Vertragsauflösung liege vor, da die Beschwerdegegnerin das sich unmissverständlich aus Ziffer 1.4.1 des Vermarktungsvertrags II ergebende Höchstmass an Vermarktungstätigkeit jederzeit habe vermissen lassen. Der Einsatz verhältnismässig sehr geringer personeller Ressourcen sei dem Erfordernis der "höchsten Professionalität und Sorgfalt" nicht gerecht geworden. Eine höchst professionelle Vorgehensweise würde einen Personalaufwand aufweisen, der das bestehende Vermarktungspotential mit grosser Wahrscheinlichkeit erreicht hätte. Die Beschwerdeführerin habe unabhängig von der Entschädigung durch die Beschwerdegegnerin ein immanentes Interesse an einer höchst professionellen Vermarktung der Werbeflächen gehabt. Eine entsprechende Bestimmung sei bereits im Vermarktungsvertrag I enthalten gewesen und könne nur dahingehend interpretiert werden, dass die Beschwerdegegnerin für die Bewirtschaftung der Werbeflächen den maximal zumutbaren Aufwand zu leisten habe. Bereits unter dem Vermarktungsvertrag I, den die Vorinstanz zu Unrecht nicht berücksichtigt habe, seien Differenzen über die Vermarktung entstanden. Der Vermarktungsvertrag II hätte der Beschwerdegegnerin eine zweite und letzte Chance gewähren sollen. Eine Verbesserung der Leistung sei conditio sine qua non für die Fortführung der Vereinbarung gewesen. Die Botschaft habe "top oder flop" gelautet. Die mangelnde Performance habe zu einem schweren Imageschaden der Beschwerdeführerin geführt. Auch dadurch habe die Beschwerdegegnerin den Vertrag in schwerer Weise verletzt.
1.2.1 Die Vorinstanz hielt fest, der Vermarktungsvertrag I erwähne ausdrücklich eine Pflicht zum Tätigwerden, d.h. zum Vermarkten. Im Vermarktungsvertrag II sei eine solche nicht zu finden, aber sie ergebe sich aus dem allgemeinen Vertragsinhalt. Wäre die Performance ein entscheidendes Kriterium gewesen, hätte man sie wohl erwähnen müssen. Die Beschwerdegegnerin sei auf jeden Fall nicht untätig geblieben, sondern habe in der Saison 2006/07 unbestrittenermassen und trotz widriger Umstände einen Umsatz von Fr. 1'149'522.-- erzielt. Angaben über das Mass der Nutzung bzw. darüber, was als genügend oder ungenügend zu erachten sei, fehlten allerdings im Vertrag, so dass ein Normalmass gelte, welches vom Gericht festzulegen sei und sich auch aus Ziffer 1.4.1 des Vermarktungsvertrags II ergebe. Der Beschwerdeführerin sei der Nachweis dafür nicht gelungen, dass die Performance der Beschwerdegegnerin das vertragliche Normalmass zur Vermarktung des Stadions nicht erreicht hätte. Im Übrigen kam die Vorinstanz zum Schluss, nicht die Leistung der Beschwerdegegnerin habe Anlass zur vorzeitigen Vertragsauflösung gegeben, sondern vielmehr die von der Beschwerdegegnerin wegen Eingriffen der Beschwerdeführerin in den Exklusivbereich der Beschwerdegegnerin erhobenen Zusatzforderungen. Das Vorliegen eines wichtigen Grundes verneinte die Vorinstanz.
1.2.2 Gemäss den in Ziffer 1.4.1 des Vermarktungsvertrags II festgehaltenen Vermarktungsgrundsätzen hat die Beschwerdegegnerin in Ausübung ihrer Tätigkeit höchste Professionalität und Sorgfalt zu gewährleisten und bei ihrem Marktauftritt die Prinzipien der Fairness und Gleichbehandlung aller Marktteilnehmer zu beachten. Die Begriffe "höchste Sorgfalt und Professionalität" charakterisieren nach Treu und Glauben in erster Linie die Qualität der zu entfaltenden Tätigkeit. Eine Pflicht zur Entfaltung der Tätigkeit mit dem maximal zumutbaren (Personal-)Aufwand kann daraus nicht abgeleitet werden. Im Übrigen legt die Beschwerdeführerin nicht dar, wie der maximal zumutbare (Personal-)Aufwand festzusetzen wäre. Allein aus der Tatsache, dass die Beschwerdegegnerin ein 50%-Pensum für die Projektbearbeitung eingesetzt hat, kann nicht auf eine schwere Vertragsverletzung geschlossen werden. Soweit die Beschwerdeführerin aus der Exklusivität der Vermarktungsrechte analog zum Maklervertrag eine besonders intensive Tätigkeitspflicht der Beschwerdegegnerin ableiten will (die sie im Übrigen auch auf den nicht-exklusiven Bereich angewendet wissen will), lässt sie ausser Acht, dass sie für die Einräumung der Exklusivrechte pauschal entschädigt wurde und diese Entschädigung unabhängig vom Ausmass der Tätigkeit der Beschwerdegegnerin geschuldet war. Eine Analogie zum Exklusivmaklervertrag besteht insoweit nicht.
Aus dem Vermarktungsvertrag I kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Wäre die ungenügende Vermarktungstätigkeit der Beschwerdegegnerin Hauptstreitpunkt gewesen, hätte die Beschwerdeführerin eine diesbezügliche Pflicht oder einen erhöhten Personalaufwand ohne Weiteres in den Vermarktungsvertrag II aufnehmen oder darin thematisieren bzw. die Verletzung dieser Pflichten als wichtigen Grund für die Vertragsauflösung vorsehen können. Dies ist jedoch nicht der Fall. Vielmehr stand die rechtzeitige Erbringung der Leistung, die pauschal ohne Rücksicht auf die entfaltete Tätigkeit geschuldet war, im Zentrum und wurde als wichtiger Grund für eine vorzeitige Auflösung des Vertrags ausdrücklich erwähnt. Dies ergibt sich auch daraus, dass im Vermarktungsvertrag I demgegenüber nur eine prozentuale Entschädigung geschuldet war.
1.2.3 Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, durch die behauptete Underperformance sei ihr ein Imageschaden entstanden, legt sie nicht dar, welche Beweise sie für ihre diesbezüglichen Vorbringen im kantonalen Verfahren angeboten hätte, die nicht abgenommen worden wären. Eine Ergänzung des Sachverhalts scheidet somit aus. Die Vorinstanz verneinte einen Imageverlust. Die blosse Behauptung, die Ausschöpfung des Vermarktungspotentials durch die Beschwerdeführerin in der Saison 2007/08 schliesse einen Imageverlust nicht a priori aus, genügt nicht, um den gegenteiligen Schluss der Vorinstanz als willkürlich auszuweisen. Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich noch geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht darauf abgestellt, ob das Publikum die Unternutzung bemerkt hätte. Es sei vielmehr auf die Perspektive der "potentiellen Vertragspartner" abzustellen. Dass die potentiellen Vertragspartner eine allfällige Unternutzung tatsächlich bemerkt haben, ist eine blosse Behauptung. Die Beschwerdeführerin legt wiederum nicht dar, entsprechende Beweismittel prozesskonform im kantonalen Verfahren angerufen zu haben, weshalb sie mit ihren Vorbringen nicht zu hören ist.
1.3 Hinsichtlich der von der Beschwerdeführerin geltend gemachten weiteren Vertragsverletzungen, hielt die Vorinstanz fest, diese würden - selbst wenn sie im Einzelfall unter Umständen zu bejahen seien - nicht ausreichen, um einen wichtigen Grund anzunehmen. Dass die Verletzung dieser Pflichten einzeln oder insgesamt für die Beschwerdeführerin wirtschaftlich zu Konsequenzen geführt haben soll, die eine Qualifikation als schwere Vertragsverletzung und damit die ausserterminliche Kündigung als gerechtfertigt erscheinen lassen, ist in tatsächlicher Hinsicht nicht festgestellt und legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Bundesrechtlich ist es daher nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz das Vorliegen eines wichtigen Grundes verneint hat und die Kündigung der Beschwerdeführerin als unzulässig erachtete. Die Beschwerdegegnerin hat demnach Anspruch auf Schadenersatz.
2. Die Beschwerdegegnerin machte als Schaden entgangenen Gewinn für die Vermarktung des Stadions in der Saison 2007/08 geltend.
2.1 Bei der Schadenersatzberechnung stützte sich die Vorinstanz zur Schätzung des entgangenen Gewinns der Beschwerdegegnerin in der Saison 2007/08 auf deren effektive Verkaufszahlen in der Saison 2006/07, d.h. auf einen - von der Beschwerdeführerin vor der Vorinstanz unter Vorbehalten anerkannten - Umsatz von Fr. 1'149'522.--. Gestützt auf die Erfolgsrechnungen der Beschwerdegegnerin ging die Vorinstanz davon aus, diese hätte in der Saison 2007/08 mit entsprechend höherem Aufwand theoretisch dieselben Resultate wie die Beschwerdeführerin erzielen können bzw. das Potential dazu gehabt. Daher zog sie als ergänzende Grundlage die effektiven Verkaufszahlen der Beschwerdeführerin in der Saison 2007/08 in den gemäss dem Vertrag zu vermarktenden Exklusivbereichen hinzu. Zusätzlich sprach die Vorinstanz der Beschwerdegegnerin einen Korrekturbetrag von Fr. 100'000.-- zu, da diese mit einem im Vergleich zur Vorsaison vergrösserten Beziehungsnetz nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge eine Steigerung ihrer Geschäftstätigkeit hätte erreichen können. Vom hypothetischen Bruttogewinn zog die Vorinstanz den hypothetischen Aufwand ab. Sie erwog, dieser und die Kapazitäten der Beschwerdegegnerin könnten nicht beliebig erhöht werden, selbst wenn davon ausgegangen werde, dass die Beschwerdegegnerin mit entsprechendem Mehraufwand theoretisch das erreicht hätte, was die Beschwerdeführerin geleistet habe. Es sei jedoch unrealistisch, wenn die Beschwerdegegnerin das behauptete Potential nur mit einem 50%-Pensum für den Projektverantwortlichen realisiert haben wolle. Ihr Netzwerk beschränke sich in erster Linie auf den Grossraum Zürich, während es im Raum Bern erst im Aufbau gewesen sei. Aufgrund der langjährigen Erfahrung in Zürich wäre die Beschwerdegegnerin wahrscheinlich mit weniger Aufwand zum selben Resultat wie die Beschwerdeführerin gekommen, die sich erstmals auf diesem Gebiet betätigt habe. Damit der hypothetische Bruttogewinn erreicht werden könne, sei jedoch von einem 100%-Pensum auszugehen.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die gesamte Schadenersatzberechnung basiere auf der "fundamental falschen Annahme", die Beschwerdegegnerin hätte in dem von ihr zu vermarktenden Exklusivbereich in der Saison 2007/08 mit entsprechend höherem Aufwand die Verkaufszahlen der Beschwerdeführerin erzielen können. Die Vorinstanz gehe ohne Begründung und ersichtlichen Grund von einem hypothetisch geleisteten Mehraufwand der Beschwerdegegnerin aus, obwohl diese einen solchen nicht behauptet habe. Ginge man davon aus, die Beschwerdegegnerin hätte das tatsächliche Vermarktungspotential der Beschwerdeführerin erreicht, müsste der Beschwerdegegnerin derselbe Personalaufwand angerechnet werden. Die Vorinstanz anerkenne den von der Beschwerdegegnerin eingesetzten Personaleinsatz ebenfalls als ungenügend. Als hinreichend substanziierte Berechnungsgrundlage komme nur der Umsatz der vorangehenden Saison 2006/07 in Frage. Die Vorinstanz habe die faktischen Verhältnisse offensichtlich falsch und willkürlich gewürdigt und das ihr nach Art. 42 Abs. 2 OR zukommende Ermessen verletzt.
2.3 Als Rechtsfrage prüft das Bundesgericht, ob das Sachgericht seinem Urteil einen zutreffenden Schadensbegriff zugrunde gelegt und den Schaden nach zutreffenden Rechtsgrundsätzen berechnet hat. Schaden ist nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts die ungewollte Verminderung des Reinvermögens. Er kann in einer Verminderung der Aktiven, einer Vermehrung der Passiven oder in entgangenem Gewinn bestehen und entspricht der Differenz zwischen dem gegenwärtigen Vermögensstand und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (<ref-ruling> E. 8.1 S. 205 mit Hinweis). Entgangener Gewinn liegt vor, wenn sich das Vermögen des Geschädigten ohne die schädigende Handlung in Zukunft vergrössert hätte. Nach den Grundsätzen des Obligationenrechts ist nur dann Ersatz von entgangenem Gewinn geschuldet, wenn es sich um einen üblichen oder sonst wie sicher in Aussicht stehenden Gewinn handelt (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 384; <ref-ruling> E. 6 S. 401; Roland Brehm, Berner Kommentar, 3. Aufl. 2006, N. 70e zu Art. 41 OR; Heinz Rey, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 4. Aufl. 2008, Rz. 347 f.).
Der Schaden ist vom Geschädigten grundsätzlich ziffernmässig nachzuweisen (Art. 42 Abs. 1 OR). Ist das nicht möglich, ist der Schaden vom Richter "mit Rücksicht auf den gewöhnlichen Lauf der Dinge" abzuschätzen (Art. 42 Abs. 2 OR). Diese Bestimmung bezieht sich sowohl auf das Vorhandensein wie auf die Höhe des Schadens. Dieser gilt als erwiesen, wenn sich genügend Anhaltspunkte ergeben, die geeignet sind, auf seinen Eintritt zu schliessen. Der Schluss muss sich mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdrängen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 381; <ref-ruling> E. 3a 222). Eine Anwendung von Art. 42 Abs. 2 OR setzt voraus, dass ein strikter Beweis nach der Natur der Sache nicht möglich oder nicht zumutbar ist. Die Herabsetzung des Beweismasses darf im Ergebnis nicht zu einer Umkehr der Beweislast führen. Die beweispflichtige Partei hat alle Umstände, die für die Verwirklichung des behaupteten Sachverhalts sprechen, soweit möglich und zumutbar zu behaupten und zu beweisen (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 276 f. mit Hinweisen).
2.4 Die Vorinstanz hielt mit Bezug auf die zu vermarktenden Banden fest, die Beschwerdegegnerin habe in der Saison 2006/07 Bandenwerbung im Wert von Fr. 267'700.-- verkaufen können. Da die Drehbanden eines der beliebtesten Werbemittel (gewesen) seien und sich sehr gut verkauft hätten, hätte die Beschwerdegegnerin in der Saison 2007/08 mit entsprechendem Mehraufwand dieselben Resultate wie die Beschwerdeführerin erreichen, und die ihr zustehenden fünf TV-Drehbanden und vierzehn lokalen Banden zum Vollpreis verkaufen können. Daraus ergebe sich ein geschätzter entgangener Gewinn von insgesamt Fr. 1'020'000.-- (effektive Verkäufe in der Saison 2006/07 von Fr. 267'700.-- plus geschätzter Mehrertrag in der Saison 2007/08 von Fr. 752'300.--). Hinsichtlich der Seats habe die Beschwerdegegnerin in der Saison 2006/07 nur einen Bruchteil verkauft (Champions-Club-Seats für Fr. 189'800.-- und Future-Club-Seats für Fr. 45'250.--). Die Vorinstanz legte der Schätzung der diesbezüglichen hypothetischen Einnahmen der Beschwerdegegnerin die effektiven Verkaufszahlen der Beschwerdeführerin in der Saison 2007/08 zugrunde, da aufgrund der Erfolgsrechnungen der Beschwerdegegnerin davon auszugehen sei, dass diese das Potential gehabt hätte, verhältnismässig gleich viele Sitze wie die Beschwerdeführerin zu verkaufen, und ging von einem entgangenen Gewinn in der Höhe von Fr. 400'400.-- aus (Fr. 315'000.-- für die Champions-Club-Seats und Fr. 85'400.-- für die Future-Club-Seats).
2.5 Soweit die Vorinstanz bei der Schadensberechnung darauf abstellt, was die Beschwerdegegnerin mit "entsprechend höherem Aufwand" hätte erreichen können, verkennt sie, dass im Licht von Art. 42 Abs. 2 OR der Gewinn massgeblich ist, den die Beschwerdegegnerin nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge mit den tatsächlich eingesetzten Ressourcen erzielt hätte. Auf einen Gewinn, der mit einem 100%-Pensum hätte erreicht werden können, dürfte nur abgestellt werden, wenn die Beschwerdegegnerin ihre Ressourcen nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge in diesem Umfang aufgestockt hätte. Umstände, die dies indizieren, sind jedoch nicht festgestellt, und werden von der Beschwerdegegnerin nicht behauptet. Im Gegenteil hat die Beschwerdegegnerin für die Vermarktung des Stadions unbestrittenermassen ein 50%-Pensum eingesetzt und beharrt selbst darauf, dass dies vertragskonform gewesen sei. Die Vorinstanz durfte deshalb nicht einfach auf den Gewinn abstellen, den die Beschwerdegegnerin mit einem 100%-Pensum hätte erzielen können, sondern hätte der Schadensberechnung die von der Beschwerdegegnerin nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge eingesetzten, effektiv zur Verfügung stehenden Ressourcen zugrunde legen müssen. Indem die Vorinstanz darauf abstellte, was die Beschwerdegegnerin mit einem 100%-Pensum hätte erreichen können, hat sie den Schaden nicht nach den zutreffenden Rechtsgrundsätzen berechnet und somit Bundesrecht verletzt. Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen. Die Vorinstanz wird zu prüfen haben, was für einen Gewinn die Beschwerdegegnerin nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, d.h. mit einem 50%-Pensum, erzielt hätte. Sie wird ihren Entscheid auch insoweit im Licht der neu zu berechnenden Schadenssumme zu überprüfen haben, als sie von der Beurteilung der von der Beschwerdegegnerin geltend gemachten Schadensposten mit Blick auf die von ihr gewählte Schadensberechnung absah.
2.6 Gemäss Vermarktungsvertrag II gibt es im Stadion insgesamt 14 TV-Drehbanden, wovon neun durch die Beschwerdeführerin selbst und die restlichen fünf auf exklusiver Basis durch die Beschwerdegegnerin vermarktet werden. Sämtliche lokale Drehbanden werden exklusiv durch die Beschwerdegegnerin vermarktet. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerin habe der Z._ vertraglich zehn Banden bzw. Rotationen zur Verfügung gestellt und behauptet, diese kämen zu den ihr eingeräumten Banden hinzu. Einen vom klaren Wortlaut abweichenden Konsens habe die Beschwerdeführerin jedoch nicht beweisen können und sich daher vertragswidrig verhalten. Zwar stehe im Vermarktungsvertrag I, im neuen Stadion werde es vermutlich 22 Banden geben, was aber nicht bedeute, dass dies auch realisiert worden sei. Im Vermarktungsvertrag II fehlten jegliche Hinweise darauf. Die vertragliche Regelung, wonach im Stadion insgesamt nicht mehr als 14 TV-Drehbanden hätten verkauft werden dürfen, sei somit abschliessend und übereinstimmend gewollt gewesen. Die Vorinstanz übertrug die aus der Saison 2006/07 gewonnenen Erkenntnisse unverändert auf die Saison 2007/08, da nicht behauptet worden sei, die Situation habe sich verändert. Für den geschätzten Anteil Überbelegung sprach die Vorinstanz der Beschwerdegegnerin Fr. 91'500.-- zu. Die Beschwerdeführerin rügt die Würdigung der vertraglichen Regelung durch die Vorinstanz zwar als willkürlich, sie beschränkt sich aber darauf, ihre eigene Auffassung darzulegen, wonach die Rechte der Beschwerdegegnerin durch die Bandenbelegung nicht beeinträchtigt worden seien. Dabei setzt sie sich nicht hinreichend mit dem angefochtenen Entscheid auseinander und genügt somit den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge in keiner Weise. Auf derartige appellatorische Kritik ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweisen).
2.7 Soweit die Beschwerdeführerin die Zusprechung des Korrekturbetrags von Fr. 100'000.-- als willkürlich rügt, genügt sie den Begründungsanforderungen ebenfalls nicht. Mit der Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe keine hypothetische Steigerung ihrer Geschäftstätigkeit geltend gemacht und eine solche lasse sich auch aufgrund der vorangehenden geschäftlichen Entwicklungen nicht ohne weiteres ableiten, vermag sie den Schluss der Vorinstanz, die Beschwerdegegnerin hätte ihr bereits bestehendes Beziehungsnetz in der Saison 2007/08 ausbauen und eine Steigerung ihrer Geschäftstätigkeit erreichen können, nicht als offensichtlich unhaltbar auszuweisen, zumal die Beschwerdegegnerin nach den Feststellungen der Vorinstanz erfolgreich im Grossraum Zürich tätig war und ihr Beziehungsnetz in Bern im Aufbau begriffen war. Die Annahme der Vorinstanz, die Beschwerdegegnerin hätte mit dem im Vergleich zur Vorsaison vergrösserten Beziehungsnetz in Bern nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge eine Steigerung ihrer Geschäftstätigkeit erreichen können, ist somit nicht offensichtlich willkürlich.
2.8 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz schliesslich vor, es sei unzulässig, eine Schadenminderungspflicht der Beschwerdegegnerin von vornherein zu verneinen. Dabei übersieht sie, dass die Vorinstanz feststellte, diesbezügliche Vorbringen würden fehlen. Da die Beschwerdeführerin diese Feststellung nicht als unzutreffend ausweist, sind ihre Vorbringen neu und somit nicht zu hören (Art. 99 Abs. 1 BGG).
3. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese hat zu prüfen, was für einen Gewinn die Beschwerdegegnerin nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, d.h. mit einem 50%-Pensum, erzielt hätte, und den Schaden im Sinne der Erwägungen neu zu berechnen. Die Beschwerdeführerin dringt zwar nur mit dem Rückweisungsantrag hinsichtlich gewisser, allerdings wesentlicher Schadensposten durch, so dass es mit Blick auf den Ausgang des Verfahrens gerechtfertigt erscheint, die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 3. März 2009 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann