Faits:
A. Par contrat de travail du 16 août 2007, X._ (l'employeuse) a engagé Y._ (l'employée) en qualité de serveuse/aide de cuisine pour une durée indéterminée, pour un salaire mensuel qui s'élevait en dernier lieu à 3'330 fr. bruts.
Le 25 mars 2008, une altercation verbale a eu lieu entre les parties, qui a conduit l'employée à quitter précipitamment son travail.
Dès le 26 mars 2008, l'employée a successivement fourni plusieurs certificats médicaux; dans divers avis d'arrêt de travail, son médecin traitant a précisé "conditions de travail (tabagisme passif) incompatibles avec la grossesse", avec mention de "MAP" (menace d'accouchement prématuré); il a en outre certifié par écrit que l'état de santé de sa patiente nécessitait un arrêt de travail à titre préventif pour menace d'accouchement prématuré modérée de par son activité professionnelle, en particulier le port de charges lourdes; il convenait selon lui de poursuivre la cessation d'activité jusqu'au terme de la grossesse; le 10 juin 2008, ledit praticien a encore certifié que l'état de santé de sa patiente ne lui permettait pas une exposition au tabac en raison de sa grossesse.
Le 19 mai 2008, l'assurance perte de gain a fait savoir à l'employeuse qu'en vertu de ses conditions générales, le droit aux prestations en cas d'incapacité de travail due à la maternité n'existait que lors de complications de la grossesse, telles que toxicose et fausse couche; l'employée ne remplissant selon elle pas ces conditions, l'assurance a établi qu'elle ne pouvait prétendre à des prestations de sa part; par courrier du 20 août 2008, l'assurance a rappelé à l'employeuse que le droit aux prestations de l'employée n'était pas établi, d'autant plus que ni celle-ci, ni son médecin traitant ne s'étaient opposés à sa décision de refus d'allouer des prestations; elle a également communiqué qu'elle considérait que la décision avait été acceptée par l'employée et qu'elle clôturait par conséquent le dossier sans suite.
L'employée a accouché le 30 août 2008.
B. L'employée a saisi le Tribunal de prud'hommes de l'arrondissement de La Broye et du Nord Vaudois d'une requête tendant finalement au paiement, par l'employeuse, de la somme de 13'822 fr. 30 représentant l'addition de 11'064 fr. (salaire durant l'incapacité de travail entre le 25 mars et le 30 août 2008), 751 fr. 80 et 777 fr. (remboursement pour les sept jours de carence payés fin mars, respectivement début avril 2008, ces deux montants ayant été portés en déduction sur la fiche de salaire de juillet 2008) et 1'229 fr. 50 (part au treizième salaire); lors d'une audience du 17 novembre 2008, l'employeuse s'est engagée à verser à l'employée une somme de 3'000 fr. à prendre en considération dans le décompte à la fin du litige.
Par jugement du 12 mai 2009, le Tribunal a prononcé que l'employeuse devait payer à l'employée le montant de 2'832 fr. 70 nets (I), constaté qu'un montant de 3'000 fr. avait déjà été versé à cette dernière (II) et rejeté toutes autres ou plus amples conclusions (III).
Saisie par l'employée et statuant par arrêt du 24 août 2009, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a réformé le jugement aux chiffres I et II de son dispositif en ce sens qu'elle a dit que l'employeuse devait à l'employée la somme de 13'822 fr. 30, dont à déduire 3'000 fr. selon convention du 17 novembre 2008 (I) et supprimé le chiffre II; elle a confirmé la décision pour le surplus. En substance, elle a considéré que la relation de travail des parties était soumise à la convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés conclue le 6 juillet 1998, dont le Conseil fédéral avait étendu le champ d'application par arrêtés des 19 novembre 1998 et 8 décembre 2003 (CCNT; FF 1998 4856 et FF 2003 7409); aux termes de l'art. 23 al. 1 CCNT, l'employeur était tenu de souscrire une assurance indemnité journalière - en cas de maladie/grossesse - au bénéfice du collaborateur pour la couverture de 80 % du salaire brut pendant sept cent vingt jours dans un intervalle de neuf cents jours consécutifs et pendant un délai d'attente de soixante jours au maximum par année de travail, il devait verser 88 % du salaire brut; lorsqu'une collaboratrice était déclarée médicalement inapte au travail pendant sa grossesse - notion qui, selon la jurisprudence non publiée du Tribunal fédéral (arrêt 4C.36/2007 du 26 mars 2007 consid. 5), trouvait son origine dans l'état de santé de la travailleuse concernée -, les prestations étaient fournies en vertu dudit article; en l'occurrence, l'intimée avait été empêchée de travailler suite à une grossesse; l'employeuse n'ayant pas conclu une assurance satisfaisant aux principes de l'art. 23 al. 1 CCNT - dès lors qu'elle ne couvrait pas toute inaptitude médicale au travail pendant la grossesse, mais uniquement lors de complications de celle-ci - elle devait fournir les prestations qui découleraient d'une réglementation conforme à la convention.
C. L'employeuse (la recourante) a interjeté, dans un seul et même acte, un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral; elle a conclu principalement à la réforme de l'arrêt du 24 août 2009 dans le sens qu'elle doit à son adverse partie immédiat paiement du montant de 2'832 fr. 70 nets, étant constaté qu'un montant de 3'000 fr. a d'ores et déjà été versé à celle-ci en vertu de la convention partielle passée à l'audience du 17 novembre 2008; elle a sollicité subsidiairement l'annulation de la décision entreprise et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision; elle a également formé une demande d'effet suspensif au recours, qui a été rejetée par ordonnance présidentielle du 20 janvier 2010.
Y._ (l'intimée) a proposé principalement l'irrecevabilité, subsidiairement le rejet du recours; elle a en outre requis l'octroi de l'assistance judiciaire, relevant qu'elle en bénéficiait déjà dans le cadre de la procédure cantonale.

Considérant en droit:
1. La recourante exerce principalement un recours en matière civile. Cette voie n'est en principe ouverte que si la valeur litigieuse minimale fixée par la loi est atteinte. En matière de droit du travail, elle est de 15'000 fr. (<ref-law>). Elle correspond au montant encore litigieux devant la dernière instance cantonale (<ref-law>). En l'espèce, elle est inférieure à ce seuil, ce que la recourante admet d'ailleurs expressément.
Toutefois, le recours en matière civile est exceptionnellement recevable même si la valeur litigieuse requise n'est pas atteinte. C'est notamment le cas lorsque la contestation soulève une question juridique de principe (<ref-law>). Cette notion doit être interprétée de manière restrictive (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 399). En particulier, lorsque le point soulevé ne concerne que l'application des principes jurisprudentiels à un cas d'espèce, il ne peut être qualifié de question juridique de principe (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 117). En outre, la question doit être d'ordre juridique, ce qui exclut d'emblée un problème même difficile qui ne porterait que sur l'établissement des faits (Corboz, Commentaire de la LTF, 2009, n° 36 ad <ref-law>). Il incombe au recourant qui se prévaut de l'exception prévue par l'<ref-law> d'expliquer de manière précise en quoi la contestation soulèverait une question juridique de principe (art. 42 al. 2 2ème phrase LTF).
En l'occurrence, la recourante allègue que la question juridique de principe serait "celle de savoir si un certificat d'arrêt de travail établi au profit du travailleur, afin de prévenir, vu l'activité exercée, les risques d'accouchement prématuré, ferait cesser l'obligation de l'employeur de payer le salaire, et ce indépendamment de la qualification de cet arrêt de travail"; relevant que cette question avait été abordée dans un arrêt non publié du Tribunal fédéral (arrêt 4C.36/2007 du 26 mars 2007 susmentionné), elle estime que la cour cantonale aurait "entrepris de faire contrepoids, et ce malgré des circonstances de fait particulièrement proches de celles qui avaient fait l'objet de l'arrêt précité". Cela étant, force est de constater que dans la motivation de son recours en matière civile, la recourante ne plaide pas à proprement parler la question évoquée, mais se limite à présenter une argumentation fondée sur une prétendue violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. Pour le surplus, il n'apparaît pas que la cour cantonale ait refusé de suivre la jurisprudence; elle l'a au contraire appliquée, mais est parvenue à un résultat inverse à celui résultant du précédent, dès lors que l'état de fait des deux affaires présentait des différences sensibles (cf. Corboz, op. cit., n° 42 ad <ref-law>).
Il s'ensuit que le recours ne pose pas une question juridique de principe au sens de l'<ref-law>, de sorte que le recours en matière civile doit être déclaré irrecevable, faute d'atteindre la valeur litigieuse exigée par l'<ref-law>.
2. Il y a donc lieu d'examiner le recours constitutionnel subsidiaire formé dans le même mémoire (<ref-law>), qui est dès lors recevable (<ref-law>).
2.1 Interjeté par la recourante qui a partiellement succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law> applicable par le renvoi de l'<ref-law>) rendu par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law> en liaison avec l'<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 auquel renvoie l'<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2.2 Le recours constitutionnel peut être formé uniquement pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Seuls les griefs expressément invoqués et motivés sont examinés (<ref-law> applicable par le renvoi de l'<ref-law>). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral doit statuer sur la base des faits établis par l'autorité précédente; il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si les faits ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 1 et 2 LTF).
3. La recourante estime que l'interprétation faite par la cour cantonale des différents certificats médicaux violerait le principe de l'interdiction de l'arbitraire.
3.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
3.2 En l'occurrence, les précédents juges ont retenu que les auteurs des certificats médicaux n'avaient pas émis un simple point de vue général, selon lequel le travail dans un établissement public ne conviendrait pas à une femme enceinte, mais avaient attesté de l'effet d'un tel travail sur la santé de l'intimée; en effet, le premier de ces certificats, émis par un médecin généraliste, indiquait que c'était l'état de santé de celle-ci qui justifiait un arrêt de travail; dans des certificats postérieurs, un médecin gynécologue faisait état, selon une formule préimprimée, d'un état pathologique résultant de la grossesse; il s'ensuivait qu'à la lecture de ces certificats, c'était bien l'état particulier de l'intimée qui avait justifié un arrêt de travail; si cet état n'avait été que la grossesse, il n'aurait pas pu affecter la santé de l'intimée comme dans le premier certificat susmentionné, ni être tenu pour pathologique comme dans les suivants; il était vrai que certains éléments des certificats du médecin gynécologue pourraient laisser entendre que les conditions de travail avaient été pour lui déterminantes au moment de prescrire un arrêt de travail; c'était ainsi qu'il avait fait état d'un "travail pénible" et d'un "tabagisme passif incompatible avec la grossesse"; mais il avait aussi mentionné à plusieurs reprises la menace d'un accouchement prématuré, ce qui, dès lors que l'intimée était alors âgée de près de quarante-trois ans, constituait une donnée particulière et n'était pas lié aux seules conditions de travail.
Les juges cantonaux ont encore relevé que de toute manière, si l'employeuse entendait nier la portée de ces certificats médicaux, il lui incombait de démontrer que leur contenu ne correspondait pas à la réalité; or, la recourante s'était bornée à recevoir l'avis de l'assurance selon lequel la couverture n'était pas donnée, sans chercher à remettre en cause les certificats fournis par l'intimée; de telles déclarations n'avaient pas été émises en l'espèce et les médecins de l'intimée n'avaient pas été invités, après avoir été déliés du secret médical, à fournir une interprétation de leurs certificats; rien ne permettait dès lors de se distancer de la lettre de ceux-ci et de considérer que l'état de santé de l'intimée ne justifiait pas un arrêt de travail.
3.3 En bref, la recourante estime que les expressions utilisées dans les certificats médicaux n'émettraient rien d'autre qu'un simple point de vue général et que le rapport à la pénibilité et aux conditions de travail proprement dites attesteraient manifestement du fait que l'arrêt de travail était purement et simplement "préventif"; même s'il n'était pas contesté que l'arrêt de travail avait été causé par l'état particulier de l'intimée, ce serait sa grossesse et non une quelconque complication liée à celle-ci qui serait à la source de sa mise en arrêt du travail; "l'état pathologique" dont il était question dans un seul des certificats médicaux procèderait manifestement de l'abus de langage, dès lors que la précision qui était donnée - dans le même certificat - par le médecin en question, à savoir "travail pénible post-amniosynhtèse", attesterait à l'évidence du fait que l'intimée ne souffrait d'aucune atteinte à sa santé; enfin, quant au risque d'accouchement prématuré, il aurait existé essentiellement de par l'exposition quasi systématique de l'intimée à la fumée passive; ainsi, la cour cantonale aurait dû procéder à un raisonnement identique à celui tenu par le Tribunal fédéral dans son arrêt non publié (arrêt 4C.36/2007 du 26 mars 2007 susmentionné), en ce sens qu'elle n'aurait pas dû considérer que l'article 23 CCNT pouvait fonder un droit au salaire pendant la période litigieuse.
Si l'argumentation de la recourante n'est pas dénuée de toute pertinence, elle ne suffit toutefois pas pour retenir que celle de la cour cantonale serait arbitraire. En particulier, la recourante ne dit mot au sujet du fait que l'intimée était âgée de près de quarante-trois ans et du rapport entre cette circonstance particulière et les risques d'accouchement prématuré, élément déterminant dans la formation de la conviction des juges cantonaux, selon laquelle les médecins avaient en l'occurrence attesté que l'intimée était concrètement atteinte dans sa santé, ce qui la rendait inapte au travail. Pour le surplus, la recourante ne revient pas davantage sur le fait qu'il lui incombait le cas échéant de démontrer que le contenu des certificats médicaux ne correspondaient pas à la réalité.
4. La recourante expose encore que dans la mesure où la cour cantonale "ne souhaitait visiblement pas rejeter purement et simplement les conclusions prises par l'intimée", elle aurait à tout le moins dû investiguer - ou renvoyer la cause aux premiers juges pour complément d'instruction -, prérogative que lui octroierait l'art. 452 al. 2 du code de procédure civile (du canton de Vaud) du 14 décembre 1966 (CPC/VD; RSV 270.11), la question de savoir quelle interprétation donnaient les médecins aux certificats médicaux qu'ils avaient rédigés.
A supposer que la recourante ait ainsi entendu élever un grief autonome, celui-ci serait irrecevable, faute de motivation suffisante. Au demeurant, il y a derechef lieu de rappeler que la cour cantonale a précisément relevé (cf. supra consid. 3.2) que la recourante n'avait pas entrepris de démontrer que les certificats médicaux ne correspondaient pas à la réalité, ni cherché à obtenir des renseignements complémentaires de la part des médecins qui les avaient établis.
5. Il s'ensuit que le recours constitutionnel doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, sans qu'il soit nécessaire de se pencher sur la question de la quotité des montants alloués par les juges cantonaux, que la recourante ne remet pas en cause dans une motivation subsidiaire.
6. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (<ref-ruling> consid. 5b p. 41), ne dépasse pas le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimée - fixés en considération de la brièveté de sa réponse - sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF). Dès lors, il n'est pas nécessaire de statuer sur la requête d'assistance judiciaire de l'intimée.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière civile est irrecevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 600 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Une indemnité de 1'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 16 février 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz