Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht erklärte Y._ mit Urteil vom 17. August 2004 des mehrfachen einfachen und des mehrfachen, teilweise versuchten gewerbsmässigen Betruges, der mehrfachen Urkundenfälschung im Amt, der Fälschung von Ausweisen sowie der mehrfachen Geldwäscherei schuldig und verurteilte ihn zu 30 Monaten Gefängnis, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft. In verschiedenen Punkten sprach es ihn von der Anklage der Erschleichung einer falschen Beurkundung sowie von der Anklage der Urkundenfälschung im Amt und der Geldwäscherei frei. Ferner entschied es über die Einziehung der beschlagnahmten Vermögenswerte und Gegenstände. Von einer Ersatzforderung im Sinne von <ref-law> sah es ab. Den Entscheid über die Schadenersatzforderung der Geschädigten setzte es aus.
B. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde, mit der sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Das Bundesstrafgericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet. Y._ beantragt unter Verzicht auf Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Entscheid vom heutigen Datum hat der Kassationshof eine in derselben Sache eingereichte eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde von Y._ abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. b des Bundesgesetzes über das Bundesstrafgericht vom 4. Oktober 2002 (Strafgerichtsgesetz [SGG], SR 173.71) ist das angefochtene Urteil mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde wegen Verletzung eidgenössischen Rechts anfechtbar. Der Bundesanwalt ist nach derselben Bestimmung zur Erhebung der Beschwerde berechtigt.
2. Dem angefochtenen Urteil liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
2.1 Der Beschwerdegegner war seit dem Jahr 1983 in verschiedener Stellung bei der Schweizerischen Eidgenossenschaft tätig. Unter anderem arbeitete er in der Zeit vom 1. August 1992 bis zum 31. Dezember 1995 als Fachstellenleiter Unterhalt im Bereich Führungs- und Telekommunikationssysteme beim Bundesamt für Genie und Festungen (BAGF), vom 1. Januar 1996 bis zum 31. Januar 1997 als Chef Technik im Bereich Führungsanlagen beim Kdo Festungswachtkorps (FWK) Region 9, vom 1. Februar 1997 bis zum 31. August 2000 als Projektleiter des Automatischen Fernmeldenetzes der Untergruppe Führungsunterstützung (UG FU) des Generalstabs der Armee und schliesslich vom 1. September 2000 bis zum 12. Oktober 2001 als Adjunkt bzw. Sektionschef Mobil- und Telefonservices in der Abteilung Telekommunikation des Bundesamtes für Informatik und Telekommunikation (BIT).
Ende des Jahres 1994 begann der Beschwerdegegner unter der Firma "A._ Technik" zum Schein ein Unternehmen zu führen. Am 20. Januar 1995 eröffnete er unter dieser Firma ein Sparkonto bei der Amtsersparniskasse Thun, für welches zunächst er allein, und ab dem 10. Dezember 1996 er selbst und seine mitangeklagte Ehefrau einzelunterschriftsberechtigt waren. Zwischen dem 27. Dezember 1994 und dem 23. August 2001 stellte der Beschwerdegegner auf von ihm angefertigten Rechnungsformularen im Namen der A._ Technik an die eigene oder an andere Dienststellen des Bundes insgesamt 33 fiktive Rechnungen für nicht erbrachte Leistungen im Gesamtbetrag von Fr. 1'926'791.95, deren Bezahlung er, teilweise mittels gefälschter Prüfvermerke und Unterschriften, selbst veranlasste oder veranlassen liess. Die entsprechenden Beträge wurden dem genannten Konto gutgeschrieben, von welchem der Beschwerdegegner und seine Ehefrau über mehrere Jahre hinweg Geld für verschiedene Bedürfnisse und Anschaffungen der Familie bezogen.
Ende des Jahres 1994 begann der Beschwerdegegner unter der Firma "A._ Technik" zum Schein ein Unternehmen zu führen. Am 20. Januar 1995 eröffnete er unter dieser Firma ein Sparkonto bei der Amtsersparniskasse Thun, für welches zunächst er allein, und ab dem 10. Dezember 1996 er selbst und seine mitangeklagte Ehefrau einzelunterschriftsberechtigt waren. Zwischen dem 27. Dezember 1994 und dem 23. August 2001 stellte der Beschwerdegegner auf von ihm angefertigten Rechnungsformularen im Namen der A._ Technik an die eigene oder an andere Dienststellen des Bundes insgesamt 33 fiktive Rechnungen für nicht erbrachte Leistungen im Gesamtbetrag von Fr. 1'926'791.95, deren Bezahlung er, teilweise mittels gefälschter Prüfvermerke und Unterschriften, selbst veranlasste oder veranlassen liess. Die entsprechenden Beträge wurden dem genannten Konto gutgeschrieben, von welchem der Beschwerdegegner und seine Ehefrau über mehrere Jahre hinweg Geld für verschiedene Bedürfnisse und Anschaffungen der Familie bezogen.
2.2 2.2.1 Im Einzelnen reichte der Beschwerdegegner in der ersten Phase seiner strafbaren Tätigkeit zwischen Ende Dezember 1994 und Ende Oktober 1995 über seine Scheinfirma insgesamt neun Rechnungen mit einer Gesamtsumme von Fr. 103'653.-- (Untersuchungsakten act. 13.2, 13.5-9, 13.12, 13.14-15) an die Fachstelle Unterhalt im Bereich Führungssysteme und Telekommunikation beim BAGF ein.
In diesem Bundesamt wurden die Rechnungen jeweils von einem Sachbearbeiter materiell geprüft. Anschliessend kontrollierte eine vorgesetzte Person die Notwendigkeit der Ausgabe und ihre Unterbringung in einem von ihm verwalteten Kredit. Die Prüfung wurde jeweils in einem direkt auf den Rechnungen angebrachten Kontierungsstempel durch Unterschrift oder Visum bescheinigt (sog. "Vier-Augen-Prinzip"). In diesem Sinne unterzeichnete der Beschwerdegegner sechs dieser Rechnungen auf dem Kontierungsstempel als unterschriftsberechtigter Dienststellenchef und fälschte oder erschlich die Visa der Sachbearbeiter. Bei den drei übrigen Rechnungen unterzeichnete der Beschwerdegegner als Sachbearbeiter und legte sie seinem Vorgesetzten zur Visierung vor.
Die Vorinstanz sprach den Beschwerdegegner hinsichtlich sämtlicher Rechnungen in dieser Phase von der Anklage der Urkundenfälschung im Amt frei. Ein Schuldspruch erfolgte lediglich hinsichtlich der Leistungsverträge zu den Rechnungen vom 27. Dezember 1994 und 11. Juli 1995.
2.2.2 Sodann reichte der Beschwerdegegner in der zweiten Deliktsperiode, während seiner Anstellung als Chef Technik im Bereich Führungsanlagen beim FWK zwischen dem 1. Januar 1996 bis zum 31. Januar 1997, zwei Rechnungen an diese Stelle (Untersuchungsakten act. 13.17, 13.21), zwei weitere an das Bundesamt für militärische Bauten (BAB; Untersuchungsakten act. 13.19-20) sowie weitere sieben an die Bundeskanzlei (Untersuchungsakten act. 13.22-28) im Gesamtbetrag von Fr. 114'167.15.
Auch bei diesen Rechnungen unterschrieb der Beschwerdegegner an der entsprechenden Stelle im Kontierungsstempel als verantwortlicher Vorgesetzter mit seinem Namen und brachte den Namenszug eines Mitarbeiters als Sachbearbeiter an.
Hinsichtlich der sieben Rechnungen an die Bundeskanzlei erfolgte ein Schuldspruch wegen Urkundenfälschung im Amt. In Bezug auf die übrigen vier sprach die Vorinstanz den Beschwerdegegner frei.
2.2.3 In der dritten Epoche der strafbaren Handlungen, während seiner Tätigkeit bei der UG FU beim Generalstab vom 1. Februar 1997 bis zum 31. August 2000, fertigte der Beschwerdegegner drei Rechnungen seiner Scheinfirma im Gesamtbetrag von Fr. 90'371.15 an, von welchen er zwei Rechnungen (Untersuchungsakten act. 13.31-32) an diese militärische Stelle und eine weitere an die Swisscom (Untersuchungsakten act. 13.30) adressierte. Auf allen drei Rechnungen hatte der Beschwerdegegner seinen Dienststempel und seine Unterschrift angebracht sowie das Visum eines Mitarbeiters der Gruppe Rüstung, bei der Rechnung an die Swisscom zusätzlich dasjenige einer anderen Person gefälscht.
Hinsichtlich aller drei Rechnungen wurde der Beschwerdegegner der Urkundenfälschung im Amt schuldig gesprochen.
2.2.4 In der vierten Etappe, während seiner Funktion als Verantwortlicher für den Bereich "Mobile und Telefon Service" im BIT seit Anfang 2001 erstellte er 10 fiktive Rechnungen im Total von Fr. 1'618'669.75 für angebliche Kosten der Benützung einer satellitengestützten Kommunikationseinrichtung, die er alle dem Departement für auswärtige Angelegenheiten (EDA) einreichte (Untersuchungsakten act. 13.33-62). Den Fakturen wurde ein Kontierungsblatt angeheftet, auf welchem der Beschwerdegegner stets den vorgedruckten Vermerk "Rechnung kontrolliert und in Ordnung" unterzeichnete. Die Fakturen gingen anschliessend an den Finanzdienst des BIT, wo die Zahlungen ausgelöst wurden.
In diesen Fällen sprach die Vorinstanz den Beschwerdegegner von der Anklage der Urkundenfälschung im Amt frei.
3. 3.1 Die Vorinstanz nimmt in rechtlicher Hinsicht an, soweit der Beschwerdegegner als für den Aufwand verantwortliche Amtsperson oder als amtlicher Sachbearbeiter auf den Rechnungen bzw. einem angehefteten Zettel sein Visum angebracht oder Formulare ausgefüllt und unterzeichnet habe, welche die fakturierten Leistungen als Unterhaltsbedürfnis des Bundes dargestellt hätten, sei der Tatbestand der Falschbeurkundung im Amt gemäss <ref-law> nicht erfüllt. Die Unterschriften des Beschwerdegegners erbrächten im Zusammenhang mit dem Text der Formulare oder dem Kontierungsstempel nur für den Umstand Beweis, dass er der Ausgabe zugestimmt habe, nicht aber dafür, dass die Schuld des Bundes im fakturierten Ausmass bestanden bzw. dass für die in Rechnung gestellten Leistungen ein Unterhaltsbedürfnis des Bundes geherrscht habe. Daran ändere nichts, dass die Rechnungen mit diesen Vermerken über die jeweiligen Finanzdienste Eingang in die Staatsbuchhaltung gefunden hätten. Denn als Zahlungsbelege bestätigten diese lediglich, weshalb der Bund eine Ausgabe von jeweiliger Höhe getätigt, aber nicht, dass er die jeweilige Summe auch vertraglich geschuldet habe.
Soweit dem Beschwerdegegner vorgeworfen wird, er habe die Unterschriften anderer Personen auf die Vorderseite einer Anzahl von Fakturen gesetzt und zwei Leistungsverträge seitens des BAGF mit dem Namenszug seines Vorgesetzten unterzeichnet, gelangt die Vorinstanz zum Schluss, der Beschwerdegegner habe sich der Urkundenfälschung im Amt i.e.S. im Sinne von <ref-law> schuldig gemacht. Bezüglich der Unterschriften auf den Rechnungen sei aber zu prüfen, ob der Schriftzug auf eine bestimmte Person als Aussteller hinweise. Deren Erkennbarkeit sei ein wesentliches Tatbestandsmerkmal, weil sonst der Anknüpfungspunkt für eine Identitätstäuschung fehle. Soweit die vom Beschwerdegegner in den Kontierungsstempeln angebrachten Kürzel oder Signaturen nicht erkennen liessen, welchen Personen sie zuzurechnen seien, sei für diese kein Aussteller ersichtlich, so dass insofern ein Freispruch erfolgen müsse. Damit könne offen bleiben, ob der Beschwerdegegner Urheber all dieser Signaturen sei.
3.2 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen den Freispruch des Beschwerdegegners von der Anklage der Falschbeurkundung im Amt gemäss <ref-law>. Der Beschwerdegegner habe in seiner damaligen Funktion in seinem Aufgabenbereich die Kontrolle der Rechnungen durchgeführt, habe diese visiert und sie dem Finanzdienst des jeweiligen Amtes weitergeleitet. Mit dem ausgefüllten und von ihm (mit)unterzeichneten Kontierungsstempel auf den fiktiven Rechnungen habe er nicht nur bestätigt, dass das betreffende Geschäft in den Akten figuriere und ausgeführt worden sei, sondern auch, dass eine dem geprüften und für in Ordnung befundenen Rechnungsbetrag entsprechende vertraglich begründete Schuld für den Bund bestanden habe. Darin liege gerade der Sinn des von den Verantwortlichen ordnungsgemäss auszufüllenden Kontierungsstempels, ohne den der zuständige Finanzdienst keine Zahlung habe tätigen dürfen. Im Übrigen hätten die fiktiven A._-Rechnungen mitsamt ausgefüllten Kontierungsstempeln bzw. -zetteln Eingang in die Buchhaltung des Bundes gefunden. Indem die Vorinstanz den vom Beschwerdegegner visierten 30 von ihm erstellten fiktiven Rechnungen die erhöhte Glaubwürdigkeit im Sinne von <ref-law> abgesprochen habe, verletze sie Bundesrecht.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> werden Beamte oder Personen öffentlichen Glaubens, die vorsätzlich eine Urkunde fälschen oder verfälschen oder die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützen (Abs. 1), oder die vorsätzlich eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkunden, namentlich eine falsche Unterschrift oder ein falsches Handzeichen oder eine unrichtige Abschrift beglaubigen (Abs. 2), wegen Urkundenfälschung im Amt mit Zuchthaus bis zu fünf Jahren oder mit Gefängnis bestraft. Handelt der Täter fahrlässig, so ist die Strafe Busse (<ref-law>).
Die Tathandlungen gemäss <ref-law> entsprechen der Urkundenfälschung i.e.S. (Abs. 1) und der Falschbeurkundung (Abs. 2) gemäss <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 6b, S. 291). Nach ständiger Rechtsprechung schützen die Tatbestände des Urkundenstrafrechts das Vertrauen, das im Rechtsverkehr einer Urkunde als einem Beweismittel entgegengebracht wird. Mittel zum Beweis kann nur sein, was generell geeignet ist, Beweis zu erbringen. Abgesehen von den Zeichen gelten als Urkunden deshalb Schriften nur, wenn sie bestimmt und geeignet sind, eine Tatsache von rechtlicher Bedeutung zu beweisen (<ref-law>).
Die Urkundenfälschung i.e.S. erfasst das Herstellen einer unechten Urkunde, deren wirklicher Aussteller mit dem aus ihr ersichtlichen Urheber nicht identisch ist. Demgegenüber betrifft die Falschbeurkundung die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der also der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen. Die Falschbeurkundung erfordert eine qualifizierte schriftliche Lüge. Eine solche wird nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur angenommen, wenn der Urkunde eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihr daher ein besonderes Vertrauen entgegenbringt. Das ist der Fall, wenn allgemein gültige objektive Garantien die Wahrheit der Erklärung gegenüber Dritten gewährleisten, wie sie unter anderem in der Prüfungspflicht einer Urkundsperson oder in gesetzlichen Vorschriften wie den <ref-law> liegen, die gerade den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen. Blosse Erfahrungsregeln hinsichtlich der Glaubwürdigkeit irgendwelcher schriftlicher Äusserungen genügen dagegen nicht, mögen sie auch zur Folge haben, dass sich der Geschäftsverkehr in gewissem Umfang auf die entsprechenden Angaben verlässt (<ref-ruling> E. 1; zuletzt 129 IV 130 E. 2.1 und 128 IV 265 E. 1.1.1, je mit Hinweisen).
4.2 Nach den Feststellungen der Vorinstanz hat der Beschwerdegegner auf dem Briefpapier der von ihm zum Schein geführten Firma A._ Technik verschiedenen Bundesstellen, bei denen er selbst als Sachbearbeiter oder in leitender Stellung tätig war, insgesamt 33 fiktive Rechnungen eingereicht. Auf den Rechnungen wurde zu Prüfzwecken ein sog. Kontierungsstempel angebracht bzw. ein Kontierungszettel angeheftet, auf welchem der Beschwerdegegner in den meisten Fällen sein Visum setzte und zum Teil die Signatur einer weiteren Person fälschte.
Diese Tathandlungen sind urkundenstrafrechtlich unter verschiedenen Gesichtspunkten relevant:
Zunächst liesse sich fragen, ob nicht schon in der Erstellung der Rechnungen der A._ Technik eine Urkundenfälschung i.e.S. (nach <ref-law>) liegt, da der aus der Urkunde aufscheinende Aussteller - die A._ Technik, die in Wirklichkeit nicht existierte und der deshalb auch keine Erklärungen allfälliger Vertreter zugerechnet werden konnten - und der wirkliche Urheber - der (insofern als Privater handelnde) Beschwerdegegner - auseinander fallen. Wie es sich damit verhält, kann aber offen bleiben, da sich die Anklageschrift nicht auf diesen Aspekt erstreckt.
Im Weiteren könnte das Erstellen der Rechnungen unter dem Gesichtspunkt der Falschbeurkundung Bedeutung erlangen, da mit ihnen in Wirklichkeit nicht erbrachte Leistungen in Rechnung gestellt wurden, so dass sie inhaltlich unwahr waren. Auch hiezu äussert sich die Anklageschrift nicht. Dies zu Recht, da nach der Rechtsprechung Rechnungen in der Regel keine erhöhte Glaubwürdigkeit zuerkennt (<ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling> E. 2b). Dass die Rechnungen Eingang in die Staatsbuchhaltung gefunden haben, ändert daran nichts, zumal sie nicht für die Buchhaltung bestimmt waren und der Beschwerdegegner mit ihnen auch nicht in erster Linie die Buchhaltung fälschen wollte (vgl. Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Bes. Teil II, 5. Aufl., Bern 2000, § 36 N 40).
Schliesslich fallen als Fälschungshandlungen das Visieren des auf der Rechnung angebrachten Kontierungsstempels bzw. des beigehefteten Kontierungszettels und die Fälschung weiterer Signaturen durch den Beschwerdegegner in Betracht. Durch den Aufdruck des Stempels bzw. die Anheftung des Kontierungszettels entstand eine zusammengesetzte Urkunde. Unter diesen beiden Aspekten würdigt das angefochtene Urteil die angeklagten Tathandlungen des Beschwerdegegners.
4.3 Die Vorinstanz prüft zunächst hinsichtlich sämtlicher Rechnungen den Tatbestand der Falschbeurkundung und beurteilt hernach die Fälle, in denen der Beschwerdegegner Unterschriften gefälscht hat, unter dem Gesichtspunkt der Urkundenfälschung i.e.S. Diese Vorgehensweise erscheint indes nicht als zweckmässig.
Der Tatbestand der Falschbeurkundung betrifft ausschliesslich echte, aber inhaltlich unwahre Urkunden. Ist eine Urkunde unecht, greift immer schon der Tatbestand der Urkundenfälschung i.e.S. ein, so dass sich die Frage nach der Wahrheit nicht mehr stellt (Stratenwerth, a.a.O., § 36 N 29; Andreas Donatsch/Wolfgang Wohlers, Strafrecht IV, Delikte gegen die Allgemeinheit, 3. Aufl., Zürich 2004, S. 147). Soweit sich der Beschwerdegegner der Urkundenfälschung im Amt i.e.S. strafbar gemacht hat, hätte sich somit die Prüfung, ob auch der Tatbestand der Falschbeurkundung erfüllt ist, erübrigt.
4.4 Die Vorinstanz erachtet den Tatbestand der Urkundenfälschung i.e.S. im Amt gemäss <ref-law> in denjenigen Fällen als erfüllt, in denen der Beschwerdegegner die Rechnungen mit dem Namen anderer Personen unterschrieb und der von ihm gesetzte Namenszug erkennbar auf den Kreis der berechtigten und vertretungsbefugten Personen in den jeweiligen Ämtern verwies. Insofern ist das Urteil der Vorinstanz nicht angefochten.
Soweit die vom Beschwerdegegner in den Kontierungsstempeln bzw. auf den Formularen und Rechnungen frei angebrachten Signaturen nicht erkennen liessen, welchen Personen sie zuzurechnen waren, verneint die Vorinstanz den Tatbestand der Urkundenfälschung i.e.S. Rechnungen vom 3. März, 11. Juli, 18. und 20. Oktober 1995 [Untersuchungsakten. 13.7, 13.9-11, 13.14-15], Formulare "Unterhaltsbedürfnis" [Untersuchungsakten act. 30.9, 30.20. 30.47] sowie zwei Rechnungen vom 25. Februar 1999 [Untersuchungsakten act. 13.31-32] in Bezug auf die dort frei angebrachten Signaturen [für die Fälschung des Visums des Mitarbeiters der Gruppe Rüstung ist der Beschwerdegegner hier aber dennoch der Urkundenfälschung im Amt schuldig erklärt worden]. In diesen Fällen fehlt es nach Auffassung der Vorinstanz am Merkmal der Erkennbarkeit des Aussteller und damit an der Urkundeneigenschaft.
Diese Auffassung verletzt Bundesrecht. Das von der Rechtsprechung implizit anerkannte Merkmal der Erkennbarkeit des Ausstellers (vgl. <ref-ruling> E. 1c/bb) grenzt die Urkunde von anonymen Schriften ab, zu denen sich niemand bekennt. Das Merkmal erfordert lediglich, dass die Urkunde den Anschein erweckt, von einer bestimmten Person als Aussteller herzurühren. Dass diese Person tatsächlich existiert oder dass sie gar aus einem konkreten Kreis von bestimmten Personen identifiziert werden kann, ist nicht notwendig (vgl. nur Stratenwerth, a.a.O., § 35 N 20). Die Beschwerdeführerin ficht den Freispruch von der Anklage der Urkundenfälschung im Amt indes nicht unter diesem Gesichtspunkt an, sondern lediglich unter dem Aspekt der Falschbeurkundung.
4.5 Im Folgenden ist somit zu prüfen, ob die Vorinstanz den Beschwerdegegner in den Fällen, in denen er auf den Kontierungsstempeln bzw. auf den den Rechnungen beigehefteten Zetteln sein Visum gesetzt hatte, zu Recht von der Anklage der Falschbeurkundung im Amt gemäss <ref-law> frei gesprochen hat. Die Vorinstanz nimmt an, die Unterschriften des Beschwerdegegners erbrächten im Zusammenhang mit dem Text der Formulare oder dem Kontierungsstempel nur für den Umstand Beweis, dass er der Ausgabe zugestimmt habe, nicht aber dafür, dass die Schuld des Bundes im fakturierten Ausmass bestanden habe (vgl. E. 3.1). Dies betrifft - abgesehen von den obgenannten Rechnungen vom 3. März, 11. Juli, 18. und 20. Oktober 1995 (Untersuchungsakten. 13.7, 13.9-11, 13.14 15) - die Rechnungen vom 27. Dezember 1994, 12. Januar, 14. Februar, 26. April und 18. August 1995 der ersten Phase (Rechnungen BAGF, Untersuchungsakten act. 13.2, 13.5, 13.6, 13.8 und 13.12), die Rechnungen vom 6. und 22. März und vom 6. August 1996 der zweiten Phase an das FWK bzw. BAB (Untersuchungsakten act. 13.17, 13.19-21) sowie sämtliche Rechnungen an das EDA in der vierten Phase (Untersuchungsakten act. 13.35, 13.38, 13.40, 13.43, 13.46, 13.49, 13.52, 13. 55, 13.58, 13.61).
Die Auffassung der Vorinstanz hält in diesem Punkt einer näheren Überprüfung nicht stand. Wohl trifft zu, dass die unrichtige Beurkundung einer rechtlich erheblichen Tatsache voraussetzt, dass sich die Urkunde dazu überhaupt äussert. Insofern erbringt die Schrift nur Beweis für den in ihr selbst unmittelbar bezeugten Sachverhalt, nicht aber für die tatsächlichen oder rechtlichen Voraussetzungen desselben, auf die nur mittelbar aus der Urkunde geschlossen werden kann (Stratenwerth, a.a.O., § 36 N 31 f.; Donatsch/Wohlers, a.a.O., S. 146; Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Aufl. Zürich 1997, <ref-law> N 8). So beweist nach der Rechtsprechung etwa die Beurkundung der Eheschliessung im Eheregister nur die Eheschliessung als solche, nicht aber die Ehefähigkeit der Gatten, und das Jagdpatent nur die Erteilung der Bewilligung zur Jagd, nicht auch das Vorliegen der materiellen Voraussetzungen (<ref-ruling> E. 1 und 2). Desgleichen liegt in der Zahlungsanweisung keine ausdrückliche schriftliche Erklärung des Inhalts, dass die entsprechenden Beträge tatsächlich geschuldet sind (<ref-ruling> E. 6c).
Weiter ist auch richtig, dass dort, wo die Urkunde eine Erklärung über einen Sachverhalt enthält, jeweils zu prüfen ist, ob sich die Urkunde über die Erklärung als solche äussert, mithin lediglich eigene oder fremde Erklärungen wiedergibt (Protokollurkunde), oder über den Sachverhalt, den sie betrifft (vgl. Stratenwerth, a.a.O., § 36 N 33).
Entgegen der Auffassung der Vorinstanz liegt in den unterschriebenen Prüfvermerken in Verbindung mit den jeweiligen Rechnungen indes nicht bloss eine schriftliche Bestätigung dafür, dass der Beschwerdegegner der Ausgabe zugestimmt hatte. Die Urkunden geben mithin nicht bloss eine eigene Erklärung des Beschwerdegegners im Sinne eines Protokolls wieder. Sie beziehen sich vielmehr auf die inhaltliche Prüfung der Rechnungen selbst. Das ergibt sich aus der konkreten Ausgestaltung des Stempels sowie dem gesamten Prozedere der Rechnungsprüfung in den betroffenen Ämtern. Danach wurde in der ersten Phase jede eingegangene Rechnung von einem Sachbearbeiter materiell geprüft und anschliessend von einer vorgesetzten Person auf die Notwendigkeit der Ausgabe sowie ihre Unterbringung in einem von ihm verwalteten Kredit kontrolliert (vgl. oben E. 2.2.1). Die materielle Kontrolle beinhaltete offensichtlich die Prüfung, ob die Rechnung rechnerisch und inhaltlich in Ordnung war (vgl. Rubrik "Qual/Menge/Preis/Kondit." auf dem Kontierungsstempel; vgl. z.B. Untersuchungsakten act. 13.2). Die Kontrolle bei den anderen hier relevanten Rechnungen der zweiten und letzten Periode verlief analog. So unterzeichnete der Beschwerdegegner namentlich bei den Rechnungen an das EDA auf dem angehefteten Kontierungszettel stets in der Rubrik "Rechnung kontrolliert und in Ordnung" (z.B. Untersuchungsakten act. 13.33). Das Visum in der entsprechenden Rubrik der Kontierungsstempel beurkundet somit den Sachverhalt, dass die Fakturen inhaltlich geprüft und rechnerisch für richtig befunden wird. Es liegt insofern genau gleich wie bei der Genehmigung von Unternehmerrechnungen durch den Architekten, die ebenfalls besagt, die Rechnungen seien inhaltlich richtig (<ref-ruling> E. 2d).
Schliesslich kommen der Unterschrift und dem Visum auf den mit der Rechnung verbundenen Stempeln bzw. Zetteln im konkreten Kontext auch erhöhte Glaubwürdigkeit zu. Auch dies folgt aus dem Ablauf von Rechnungsprüfung und Zahlungsverkehr. Denn der Finanzdienst, an welchen die Rechnungen letztendlich nach erfolgter materieller Prüfung zur Auslösung der Zahlung weitergereicht wurden, konnte eine Kontrolle der Rechnungen auf Qualität und Quantität selbst gar nicht vornehmen und musste sich für die inhaltliche Richtigkeit auf die materielle Prüfung durch die zuständigen Stellen verlassen können. Zu keiner anderen Beurteilung führt hier der von der Vorinstanz angeführte <ref-ruling> E. 6. In diesem Entscheid erwog das Bundesgericht, gegen die Annahme, dass ein Beamter im Bereich seiner amtlichen Stellung von vornherein eine erhöhte Glaubwürdigkeit besitze, bestünden erhebliche Bedenken (BGE a.a.O., E. 6b S. 291). Im zu beurteilenden Fall ergibt sich die erhöhte Glaubwürdigkeit der Urkunde aber nicht aus der Beamteneigenschaft des Beschwerdegegners, sondern aus seiner Stellung im Ablauf der Rechnungskontrolle gegenüber dem die Zahlung auslösenden Finanzdienst (vgl. <ref-ruling> E. 2d/dd S. 58 f.).
Der Freispruch des Beschwerdegegners von der Anklage des Falschbeurkundung im Amt verletzt daher hinsichtlich der in E. 4.5 aufgeführten Rechnungen Bundesrecht. Bei diesem Ergebnis kommt den Formularen "Unterhaltsbedürfnis" (Untersuchungsakten act. 30.9, 30.20. 30.47) keine selbständige Bedeutung zu.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als begründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Rüge, die Vorinstanz hätte den Sachverhalt hinsichtlich der Urkundendelikte eventualiter unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> würdigen müssen, gegenstandslos.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin macht im Weiteren geltend, die Vorinstanz habe den Beschwerdegegner hinsichtlich der Leistungsverträge zu den A._-Rechnungen vom 27. Dezember 1994 und 11. Juli 1995 der Urkundenfälschung im Amt i.e.S. gemäss <ref-law> schuldig gesprochen. In ihren Erwägungen führe sie aus, dass auch hinsichtlich des Leistungsvertrages vom 10./13. Oktober 1994 <ref-law> in seiner am 1. Januar 1995 in Kraft getretenen Fassung anzuwenden sei. Letztere Tathandlung bzw. Gesetzesverletzung habe im Urteilsdispositiv indes keinen Niederschlag gefunden, weshalb eine Verletzung von Art. 169 Abs. 1 und Art. 179 Abs. 2 Ziff. 1 BStP vorliege.
5.2 Die Vorinstanz erklärt den Beschwerdegegner der mehrfachen Urkundenfälschung im Amt u.a. hinsichtlich der zwei Leistungsverträge zu den Rechnungen vom 27. Dezember 1994 und 11. Juli 1995 schuldig. Bei diesen soll er seitens des BAGF mit dem Namenszug seines Vorgesetzten unterschrieben haben. Von wann die beiden Leistungsverträge datieren, wird weder im angefochtenen Urteil noch in der Beschwerde ausgeführt. Ebenso wenig findet sich eine Fundstelle in den Untersuchungsakten. Aus der Anklageschrift ergibt sich indes, dass der Beschwerdegegner im Zusammenhang mit der Rechnung vom 27. Dezember 1994 einen fiktiven Auftrag vom 10. Oktober 1994 verfasste und mit einem ihm nicht zustehenden Namen unterschrieb. Am 13. Oktober 1994 bestätigte er diesen Auftrag. Im Zusammenhang mit der Rechnung vom 11. Juli 1995 verfasste er überdies einen fiktiven Werkvertrag vom 13./21. Juni 1995, bei welchem er ebenfalls die Unterschriften fälschte. Es handelt sich somit offenbar lediglich um insgesamt zwei gefälschte Leistungsverträge. Die von der Beschwerdeführerin angeführte Passage im angefochtenen Urteil, wonach auch hinsichtlich des Leistungsvertrages vom 10./13. Oktober 1994 <ref-law> in seiner revidierten Fassung zur Anwendung gelange müsse, bezieht sich offensichtlich auf die gefälschten Schriftstücke im Zusammenhang mit der ersten Rechnung. Dass die Daten der Leistungsverträge im Urteilsdispositiv nicht aufgeführt sind, verletzt kein Bundesrecht. Die Rüge erweist sich als haltlos.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich schliesslich gegen den Schluss der Vorinstanz, hinsichtlich der letzten drei Rechnungen vom 20., 22. und 23. August 2001 an das EDA in der vierten Phase liege lediglich versuchter Betrug vor.
6.2 Die Vorinstanz nimmt an, die durch die Rechnungen vom 20., 22. und 23. August 2001 ausgelösten Zahlungen seien am 10. September 2001 gutgeschrieben worden. Der Beschwerdegegner sei indes am 5. September 2001 verhaftet worden. Am gleichen Tag sei im BIT eine Hausdurchsuchung durchgeführt worden. Dieser Umstand sei den Vorgesetzten des Beschwerdegegners bekannt gewesen. Deren Kenntnis sei dem Bund ebenso zuzurechnen wie dasjenige der Mitarbeiter im Finanzdienst. Wenn also nach der Durchsuchung des Arbeitsplatzes des Beschwerdegegners noch Rechnungen ausbezahlt wurden, die von ihm freigegeben worden seien, so habe für eine gutgläubige Annahme, diese seien richtig, keine Basis mehr bestanden. Das objektive Tatbestandsmerkmal des Irrtums sei für diese drei Rechnungen mithin nicht als erwiesen zu betrachten, weshalb lediglich vollendeter Versuch in Frage komme.
6.2 Die Vorinstanz nimmt an, die durch die Rechnungen vom 20., 22. und 23. August 2001 ausgelösten Zahlungen seien am 10. September 2001 gutgeschrieben worden. Der Beschwerdegegner sei indes am 5. September 2001 verhaftet worden. Am gleichen Tag sei im BIT eine Hausdurchsuchung durchgeführt worden. Dieser Umstand sei den Vorgesetzten des Beschwerdegegners bekannt gewesen. Deren Kenntnis sei dem Bund ebenso zuzurechnen wie dasjenige der Mitarbeiter im Finanzdienst. Wenn also nach der Durchsuchung des Arbeitsplatzes des Beschwerdegegners noch Rechnungen ausbezahlt wurden, die von ihm freigegeben worden seien, so habe für eine gutgläubige Annahme, diese seien richtig, keine Basis mehr bestanden. Das objektive Tatbestandsmerkmal des Irrtums sei für diese drei Rechnungen mithin nicht als erwiesen zu betrachten, weshalb lediglich vollendeter Versuch in Frage komme.
6.3 6.3.1 Die Vorinstanz bejaht für die strafbaren Handlungen im Zeitraum von Dezember 1994 bis Oktober 1996 beim BAGF bzw. beim FWK sowie vom Januar bis August 2001 beim BIT gewerbsmässige Tatbegehung. Damit gehen, wie die Vorinstanz selbst zutreffend ausführt, die versuchten Delikte im Zusammenhang mit den genannten drei Rechnungen im vollendeten gewerbsmässigen Betrug auf (<ref-ruling> E. 2d mit Hinweisen). Indes erlangt die Frage, ob die für die Gewerbsmässigkeit relevanten Einzeltaten versucht oder vollendet sind, im Rahmen der Strafzumessung Bedeutung. Auf die Rüge ist aus diesem Grund einzutreten.
6.3.2 Gemäss <ref-law> macht sich des Betruges u.a. schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt. Irrtum ist die Abweichung von Vorstellung und Wirklichkeit (<ref-ruling> E. 6). Dabei muss sich diejenige Person irren, welche die Vermögensverfügung trifft. Dies sind im zu beurteilenden Fall die Mitarbeiter der Finanzdienste. Soweit die Vorinstanz annimmt, die Vorgesetzten des Beschwerdegegners hätten um seine Verhaftung und Hausdurchsuchung gewusst und dieses Wissen sei dem Bund zuzurechnen, so dass kein Irrtum vorliege, verletzt sie Bundesrecht.
Nach den Erwägungen der Vorinstanz haben die falschen Rechnungen und Prüfungsvermerke bei den Mitarbeitern der Finanzdienste zu einem Irrtum darüber geführt, dass die in Rechnung gestellten Leistungen tatsächlich erbracht worden sind. Ob dies auch für die letzten drei Rechnungen vom 20., 22. und 23. August 2001 zutrifft, stellt die Vorinstanz nicht fest. Insofern kann die Gesetzesanwendung nicht überprüft werden. Immerhin scheint es nach den Ausführungen der Beschwerdeführerin, dass die Mitarbeiter bei den Finanzdiensten zum Zeitpunkt der Auszahlung der fraglichen Rechnungen von den gegen den Beschwerdegegner bestehenden Verdachtsmomenten noch keine Kenntnis hatten. Soweit dies zutreffen sollte, wäre die Annahme, die Zahlungen seien nicht gutgläubig erfolgt, bundesrechtswidrig.
Die Beschwerde erweist sich somit auch in diesem Punkt als begründet.
7. 7.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet zuletzt, die Vorinstanz habe den vom Beschwerdegegner zu tragenden Anteil der von ihr beantragten Gebühr von pauschal Fr. 44'000.--, welche ihre Aufwendungen und diejenigen der gerichtlichen Polizei des Bundes im gerichtspolizeilichen Ermittlungsverfahren, in der eidgenössischen Voruntersuchung sowie für die Anklage umfasse, auf Fr. 20'000.-- (recte: 18'000.--) gekürzt. Die Kostenherabsetzung sei dem erheblichen Zeit- und Arbeitsaufwand nicht angemessen.
7.2 Gemäss Art. 172 Abs. 1 BStP werden dem Verurteilten in der Regel die Kosten des Strafverfahrens einschliesslich derjenigen des Ermittlungsverfahrens, der Voruntersuchung sowie der Anklageerhebung und -vertretung auferlegt. Das Gericht kann ihn aus besonderen Gründen ganz oder teilweise von der Kostentragung befreien. Zu den Kosten des Verfahrens gehören auch die pauschalen Gebühren der Untersuchungs- und Anklagebehörden nach der Verordnung vom 22. Oktober 2003 über die Kosten der Bundesstrafrechtspflege (SR 312.025) sowie die Gebühren des Bundesstrafgerichts nach dem Reglement vom 11. Februar 2004 über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht (SR 173.711. 32). Gemäss Art. 1 Abs. 1 der Verordnung über die Kosten der Bundesstrafrechtspflege umfassen die Verfahrenskosten die Gebühren und Auslagen. Gemäss Abs. 2 derselben Bestimmung sind die Gebühren geschuldet für die Untersuchungshandlungen, welche vom Bundesanwalt, von der Bundeskriminalpolizei und vom eidgenössischen Untersuchungsrichter durchgeführt oder angeordnet worden sind. Hiefür gelten gemäss Art. 4 derselben Verordnung ordentliche Gebührenrahmen von Fr. 500.-- bis Fr. 50'000.-- für die Ermittlungen der gerichtlichen Polizei (lit. b), von Fr. 3'000.-- bis Fr. 50'000.-- für die Voruntersuchung (lit. c) und von Fr. 2'000.-- bis Fr. 20'000.-- für die Anklageschrift und die Anklagevertretung (lit. c). Die zuständige Behörde berücksichtigt bei der Festlegung der Gebühr die Bedeutung des Falles, die betroffenen finanziellen Interessen sowie den Zeit- und Arbeitsaufwand (Art. 3 Abs. 1).
7.3 Der Behörde steht bei der Festsetzung der Höhe der dem Verurteilten aufzuerlegenden Gebühr ein erheblicher Ermessensbereich zu, der nur durch die Mindest- bzw. Höchstansätze des Gebührenrahmens in Art. 4 der Verordnung über die Kosten der Bundesstrafrechtspflege begrenzt wird. Das Bundesgericht greift auf Nichtigkeitsbeschwerde hin nur ein, wenn sie hierbei von rechtlich nicht massgebenden Gesichtspunkten ausgegangen ist oder in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens wesentliche Gesichtspunkte falsch gewichtet hat.
Die Festsetzung der im vorliegenden Fall vom Beschwerdegegner zu tragenden Gebühren durch die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht. Die Vorinstanz nimmt zu Recht an, die von der Bundesanwaltschaft gemäss Kostenaufstellung vom 20. April 2004 veranschlagte Gebühr für beide Angeklagten von Fr. 55'000.-- für Ermittlungsverfahren, eidgenössische Voruntersuchung und Anklageschrift sei übersetzt. In der Tat macht der beantragte Gesamtbetrag beinahe 4/5 des Höchstansatzes von Fr. 70'000.-- gemäss Art. 4 lit. b und der Verordnung aus. Das ist weder der Bedeutung des Falles noch dem angefallenen Zeit- und Arbeitsaufwand angemessen. Dass der Beschwerdegegner sich im Untersuchungsverfahren nur beschränkt kooperativ verhalten hat, kann daran nichts ändern. Die Herabsetzung der Gebühr auf Fr. 20'000.-- für beide Angeklagten bzw. Fr. 18'000.-- für den Beschwerdegegner ist daher nicht zu beanstanden. Jedenfalls hat die Vorinstanz dadurch ihr Ermessen nicht verletzt.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt unbegründet.
8. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens und infolge Gutheissung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege im Parallelverfahren wird auf die Auferlegung von Kosten verzichtet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 17. August 2004 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen; im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juni 2005
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: