Sachverhalt:
A. S._ übergab in einem Strafverfahren gegen seinen Stiefsohn dessen Rechtsanwalt Fr. 25'000.--, der die Summe als Kaution für die Freilassung des Stiefsohns aus der Haft beim Obergericht des Kantons Bern hinterlegte.
Das Obergericht verurteilte den Stiefsohn am 12. April 2007 wegen verschiedener Delikte zu 4 Jahren Zuchthaus und Fr. 5'000.-- Busse. Zudem auferlegte es ihm die Zahlung einer Ersatzforderung von Fr. 40'000.-- an den Kanton Bern und verfügte, die Kaution von Fr. 25'000.-- werde mit der Busse und den Verfahrenskosten verrechnet.
Das Bundesgericht wies am 8. Januar 2008 eine Beschwerde des Stiefsohnes ab, soweit es darauf eintrat. Auf seinen Antrag, die Verrechnung der Kaution mit der Busse und den Verfahrenskosten sei aufzuheben, trat es mangels Beschwer nicht ein.
B. Mit Schreiben vom 15. März 2008 ans Obergericht forderte S._ die Haftkaution über Fr. 25'000.-- zurück.
Das Gericht beschied ihm am 3. April 2008, es könne auf sein rechtskräftiges Urteil nicht zurückkommen, und legte dem Schreiben einen Auszug aus dem Urteil vom 12. April 2007 bei.
C. S._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das erwähnte Urteil sei betreffend Verrechnung mit der Kaution aufzuheben, eventualiter sei die Verweigerung der Rückzahlung mit Brief vom 3. April 2008 aufzuheben, und es sei das Obergericht anzuweisen, dem Beschwerdeführer den Kautionsbetrag zuzüglich eventuell aufgelaufener Zinsen auszuzahlen.

Erwägungen:
1. Unter Formelles trägt der Beschwerdeführer vor, er sei am kantonalen Verfahren in keiner Weise beteiligt gewesen, und ihm sei das Urteil vom 12. April 2007 auch nie eröffnet worden. Die Frist zur Einreichung der vorliegenden Beschwerde hätte, wenn überhaupt, erst mit dem Erhalt des Briefes vom 3. April 2008 und des Urteilsauszuges begonnen und sei demnach eingehalten (Beschwerdeschrift, S. 2 Ziff. 3).
2. Zur Beschwerde in Strafsachen ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b). Die Aufzählung in lit. b Ziff. 1 - 6, wer ein rechtlich geschütztes Interesse hat, ist nicht abschliessend.
In der Literatur werden unter anderen auch Personen als beschwerdeberechtigt genannt, die von Kosten- und Entschädigungsentscheiden beschwert sind. Aber auch von ihnen wird verlangt, dass sie sich am vorinstanzlichen Verfahren beteiligt oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten haben (Niklaus Schmid, Die Strafrechtsbeschwerde nach dem Bundesgesetz über das Bundesgericht - eine erste Auslegeordnung, ZStrR 124/2006 S. 187).
Für Opfer und (einfache) Geschädigte ist die Teilnahme am Verfahren fakultativ. Von ihnen wird erwartet, dass sie sich aktiv darum bemühen. Wer im vorinstanzlichen Verfahren Gleichgültigkeit und Interesselosigkeit bekundet, soll von der Beschwerde in Strafsachen ausgeschlossen bleiben (NIKLAUS SCHMID, a.a.O., S. 179 oben unter Hinweis auf die Botschaft).
3. Der Beschwerdeführer liess die Fr. 25'000.--, die er anderweitig ausgeliehen hatte, dem Gericht als Kaution übergeben. Dieses verrechnete den Betrag mit der Busse und Gerichtskosten des Stiefsohnes. Durch diesen Kostenentscheid ist der Beschwerdeführer vergleichbar wie ein (einfacher) Geschädigter betroffen (weil sein Schwiegersohn anscheinend mittellos ist).
Als Geschädigter hätte er sich aber aktiv am vorinstanzlichen Verfahren beteiligen müssen. Sei es, dass er einen Antrag hätte stellen lassen, der Betrag sei bei Wegfall des Kautionsgrundes an ihn herauszugeben, oder dass er an Schranken seine Berechtigung an der Kaution bekannt gegeben hätte.
Dass der Beschwerdeführer daran gehindert worden wäre, am Verfahren teilzunehmen, macht er selbst nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich.
Unter diesen Umständen fehlt dem Beschwerdeführer die Legitimationsvoraussetzung, vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten zu haben. Folglich kann auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 3. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. November 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Borner