Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach <ref-law> haben Versicherte bis zum vollendeten 20. Altersjahr Anspruch auf die zur Behandlung von Geburtsgebrechen notwendigen medizinischen Massnahmen (Abs. 1). Der Bundesrat bezeichnet die Gebrechen, für welche diese Massnahmen gewährt werden; er kann die Leistung ausschliessen, wenn das Gebrechen von geringfügiger Bedeutung ist (Abs. 2).
Als Geburtsgebrechen im Sinne von <ref-law> gelten Gebrechen, die bei vollendeter Geburt bestehen (Art. 1 Abs. 1 GgV). Die Geburtsgebrechen sind in der Liste im Anhang aufgeführt; das Eidgenössische Departement des Innern kann eindeutige Geburtsgebrechen, die nicht in der Liste im Anhang enthalten sind, als Geburtsgebrechen im Sinne von <ref-law> bezeichnen (Art. 1 Abs. 2 GgV). Als medizinische Massnahmen, die für die Behandlung eines Geburtsgebrechens notwendig sind, gelten sämtliche Vorkehren, die nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sind und den therapeutischen Erfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anstreben (Art. 2 Abs. 3 GgV). In analoger Weise hält auch <ref-law> im Zusammenhang mit medizinischen Massnahmen im Sinne von <ref-law> fest, dass die Vorkehren nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sein und den Eingliederungserfolg in einfacher und zweckmässiger Weiseanstrebenmüssen.
b) In der Invalidenversicherung besteht eine Leistungspflicht bei medizinischen Massnahmen im Allgemeinen (<ref-law>) und bei Geburtsgebrechen (<ref-law>) im Besonderen somit unter anderem nur, wenn die Massnahmen nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sind (Art. 2 Abs. 1 in fine IVV und Art. 2 Abs. 3 GgV). Nach der Rechtsprechung gilt eine Behandlungsart dann als bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft entsprechend, wenn sie von Forschern und Praktikern der medizinischen Wissenschaft auf breiter Basis anerkannt ist. Das Schwergewicht liegt auf der Erfahrung und dem Erfolg im Bereich einer bestimmten Therapie (<ref-ruling> Erw. 4b mit Hinweisen). In <ref-ruling> Erw. 2b/cc führte das Eidgenössische Versicherungsgericht aus, die Definition der Wissenschaftlichkeit, wie sie auf dem Gebiet der Krankenpflege definiert worden sei, finde grundsätzlich auch auf die medizinischen Massnahmen der Invalidenversicherung Anwendung. Wenn mithin eine Vorkehr mangels Wissenschaftlichkeit nicht als Pflichtleistung der Krankenkassen nach KUVG anerkannt sei, könne sie auch nicht als medizinische Massnahme nach <ref-law> zu Lasten der Invalidenversicherung gehen (vgl. auch <ref-ruling> Erw. 4b, 114 V 22 Erw. 1a). Diese Einschränkung erscheine in diesem Leistungsbereich umso gebotener, als die Invalidenversicherung die medizinischen Massnahmen als Naturalleistungen erbringe und aufgrund des dieser Leistungsart innewohnenden Eingliederungsrisikos nach <ref-law> bzw. <ref-law> im Falle eines Behandlungsmisserfolges unter Umständen haftbar werden könne.
<ref-law> setzt für eine Übernahme der Kosten bei sämtlichen der im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu erbringenden Leistungen (Art. 25 bis 31 KVG) voraus, dass diese wirksam, zweckmässig und wirtschaftlich sein müssen (Satz 1). Die Wirksamkeit muss nach wissenschaftlichen Methoden nachgewiesen werden (Satz 2), wobei sie - ebenso wie die Zweckmässigkeit und die Wirtschaftlichkeit der Leistungen - periodisch überprüft wird (<ref-law>). Nach <ref-law> kann der Bundesrat die von Ärzten und Ärztinnen (...) erbrachten Leistungen bezeichnen, deren Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung nicht oder nur unter bestimmten Bedingungen übernommen werden. Gemäss <ref-law> bestimmt der Bundesrat, in welchem Umfang die obligatorische Krankenpflegeversicherung die Kosten einer neuen oder umstrittenen Leistung übernimmt, deren Wirksamkeit, Zweckmässigkeit oder Wirtschaftlichkeit sich noch in Abklärung befindet. Er setzt Kommissionen ein, die ihn bei der Bezeichnung der Leistungen beraten (<ref-law>), wobei er die Aufgaben nach den Abs. 1-3 von <ref-law> dem Departement oder dem Bundesamt übertragen kann (<ref-law>). Nach Ausschöpfung dieser Subdelegationskompetenz durch den Bundesrat (vgl. Art. 33 der Verordnung über die Krankenversicherung vom 27. Juni 1995 [KVV]) hat das EDI im Rahmen der Verordnung über die Leistungen in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung vom 29. September 1995 (Krankenpflege-Leistungsverordnung, KLV) unter anderem die in Art. 33 Abs. 1 und 3 KVG (bzw. Art. 33 lit. a und c KVV) angesprochenen Leistungen bezeichnet und die Voraussetzungen sowie den Umfang der Kostenübernahme durch die obligatorische Krankenpflegeversicherung bestimmt (<ref-law> in Verbindung mit Anhang 1).
2.- a) Das kantonale Gericht räumt zunächst unter Hinweis auf die Ausführungen des Dr. med. E._ im Kostenübernahmegesuch vom 30. Mai 1997 ein, dass Erfahrungen mit dem Magenbanding bei PWS-Patienten in der Schweiz zwar noch weitgehend fehlten. Gemäss Ziffer 1.1 von KLV Anhang 1 werde jedoch unter gewissen Voraussetzungen die Leistungspflicht der Krankenversicherung für die operative Adipositasbehandlung (Magenreduktionsplastik usw. ) bejaht. Insofern seien die Kriterien der Wissenschaftlichkeit wie auch jene der Wirksamkeit, Zweckmässigkeit oder Wirtschaftlichkeit gegeben. Von den im erwähnten Anhang angeführten Kontraindikationen treffe keine auf die Versicherte zu. Da bei ihr Massnahmen wie Selbstkontrolle/Selbstdisziplin und Motivation zur Einhaltung von Diätprogrammen wegen der mit dem PWS einhergehenden geistigen Behinderung ausschieden, mache es keinen Sinn, der aktenkundigen akzentuierten Gewichtszunahme tatenlos zuzuschauen, bis ein bestimmtes Mass an Übergewicht erreicht sei, zumal auch der für morbide Adipositas zuständige Chirurg der Klinik X._ und der verantwortliche Psychiater die geplante Behandlung als sinnvoll erachteten.
b) Das BSV stellt in Abrede, dass das Magenbanding im Rahmen des PWS - zumindest im heutigen Zeitpunkt - eine Vorkehr darstellt, die nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt ist und den therapeutischen Erfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anstrebt. Die Magenplastik setze eine Essdisziplin voraus, welche bei PWS-Patienten wegen der mit der Krankheit einhergehenden geistigen Behinderung nicht gegeben sei. Die Betroffenen seien aufgrund ihres mentalen Entwicklungsrückstandes nicht in der Lage, ein kontrolliertes Essverhalten an den Tag zu legen, wobei es sich nicht um ein Nichtwollen, sondern um ein Nichtkönnen handle. In der medizinischen Literatur werde fehlende Kooperationsbereitschaft als Kontraindikation für eine operative Adipositasbehandlung ausdrücklich erwähnt. Dass die Eidgenössische Fachkommission für allgemeine Leistungen der Krankenversicherung dies nicht ebenfalls getan habe, sei wohl auf die Selbstverständlichkeit dieser Gegenindikation zurückzuführen. Wegen der fehlenden Einsicht dürfte die Beschwerdegegnerin zudem zu den so genannten "sweet-eaters" gehören, für welche das Magenbanding wegen des fehlenden Sättigungsgefühls auch bei normaler Intelligenz eine ungeeignete Massnahme darstelle. Es bestehe daher keine genügende Gewähr dafür, dass der Eingriff den erhofften Erfolg auch tatsächlich bringen werde und die Massnahme nicht wieder rückgängig gemacht werden müsse.
c) Dr. med. E._ stellt sich demgegenüber namens der Beschwerdegegnerin auf den Standpunkt, die vom BSV vertretene Auffassung stütze sich ausschliesslich auf die Meinung eines Autors, ohne indessen auf nachvollziehbaren wissenschaftlichen Daten zu gründen. Abgesehen davon sei die geistige Behinderung beim PWS sehr variabel, weshalb nicht generell alle Patienten, bei denen die Diagnose gestellt worden sei, von einem Magenbanding ausgeschlossen werden dürften. Ein solches Vorgehen käme nach den Darlegungen des Facharztes einer unakzeptablen Diskriminierung einer bestimmten Gruppe von Behinderten gleich. Die Intelligenz der Betroffenen reiche nicht von Schwachsinn bis Idiotie, sondern es bestehe im Durchschnitt eine "borderline or mild mental retardation", wobei 3 % eine normale Intelligenz aufwiesen. Im Weiteren sei die Kooperationsfähigkeit - welche PWS-Patienten nicht grundsätzlich abgesprochen werden könne - nicht nur von der Intelligenz, sondern auch von einer entsprechenden Schulung abhängig, welche in den letzten Jahren massiv habe verbessert werden können.
3.-Zubeurteilenistvorerst, obdieanbegehrteVorkehreineunterArt. 13IVGfallendeEingliederungsmassnahmedarstellt.
a) Nach der Rechtsprechung erstreckt sich der Anspruch auf medizinische Massnahmen ausnahmsweise - und vorbehältlich der hier nicht zur Diskussion stehenden Haftung für das Eingliederungsrisiko nach <ref-law> - auch auf die Behandlung sekundärer Gesundheitsschäden, die zwar nicht mehr zum Symptomenkreis des Geburtsgebrechens gehören, aber nach medizinischer Erfahrung häufig die Folge dieses Gebrechens sind. Zwischen dem Geburtsgebrechen und dem sekundären Leiden muss demnach ein qualifizierter adäquater Kausalzusammenhang bestehen. Nur wenn im Einzelfall dieser qualifizierte ursächliche Zusammenhang zwischen sekundärem Gesundheitsschaden und Geburtsgebrechen gegeben ist und sich die Behandlung überdies als notwendig erweist, hat die Invalidenversicherung im Rahmen des <ref-law> für die medizinischen Massnahmen aufzukommen (<ref-ruling> mit Hinweisen).
b) Bei der Beschwerdegegnerin soll mittels Magenbanding die mit einer unkontrollierbaren Esssucht einhergehende Adipositas, welche selber nicht in der Liste als Geburtsgebrechen genannt wird, therapeutisch angegangen werden. Nicht behandelt und somit auch nicht geheilt werden kann mit dieser Massnahme dagegen das PWS an sich. Vielmehr vermag die Vorkehr höchstens gewisse Auswirkungen des Leidens zu beheben oder zumindest in Grenzen zu halten. Die Invalidenversicherung hat im Rahmen des <ref-law> für die Kosten des medizinischen Eingriffs somit nur aufzukommen, wenn die Adipositas mit dem PWS in einem qualifizierten adäquaten Kausalzusammenhang steht. Nach Pschyrembel (Klinisches Wörterbuch, 258. Aufl. , Berlin/New York 1998, S. 1285) handelt es sich beim PWS um ein ätiologisch heterogenes Fehlbildungssyndrom mit den typischen Symptomen von geistiger Behinderung, Adipositas, Minderwuchs, Diabetes mellitus, angeborener Muskelhypotonie mit verzögerter Entwicklung der statischen Funktionen, Akromikrie und meist auch Hypogenitalismus und Maldescenus testis. Gemäss den Ausführungen des Dr. med. E._ ist die morbide Adipositas eine fast zwangsläufige Konsequenz des PWS, welche in gewissen Fällen zu schwersten Komplikationen führen kann. Aufgrund dieser Beschreibungen ist ein Zusammenhang zwischen Geburtsgebrechen und Adipositas in dem Sinne zu bejahen, als das PWS nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge geeignet ist, zu einer Adipositas zu führen. Der von der Rechtsprechung geforderte qualifizierte adäquate Kausalzusammenhang ist damit gegeben.
4.- Es ist weiter zu prüfen, ob ein Magenbanding bei PWS-Patienten eine nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigte Massnahme darstellt.
a) Gemäss Bericht des Prof. Dr. med. S._ an das BSV zur Frage der Leistungspflicht der Krankenkassen für die operative Behandlung der Adipositas vom 9. März 1983 ist die chirurgische Behandlung der morbiden Fettsucht in extremen, genau zu definierenden Fällen, in denen eine erhebliche Gefährdung der Gesundheit des Patienten abgewendet werden muss, als wissenschaftlich anerkannte Behandlungsmethode anzusehen, auch wenn das letzte Wort über ihre langfristige Bewährung noch nicht gesprochen sei und sich der Eingriff technisch noch weiter entwickeln und verbessern werde. Wie bereits die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, ist die Leistungspflicht der Magenreduktionsplastik gemäss KLV Anhang 1 unter anderem gegeben bei Übergewicht von über 180 Prozent des Idealgewichts nach mindestens 2-jähriger, nachweislich unter kompetenter Führung und mit adäquaten Methoden versuchter, ununterbrochener, aber erfolgloser Behandlung sowie bei trotz einjähriger adäquater Therapie persistierendem Übergewicht von weniger als 180 Prozent des Idealgewichts, aber von mehr als 45 kg über dem Idealgewicht bei gleichzeitigem Bestehen eines oder mehrerer der anschliessend aufgezählten aggravierenden Faktoren und Umstände. Als Kontraindikationen werden genannt: Alter unter 18 oder über 50 Jahren, Niereninsuffizienz, symptomatische koronare Herzkrankheit, entzündliche Darmkrankheiten, Leberzirrhose, aktive Hepatitis, chronischer Alkoholabusus und Lungenembolien (vgl. Ziff. 1.1 KLV Anhang 1 in der bis 31. Dezember 1999 gültig gewesenen Fassung). Es ist demnach davon auszugehen - und wird von den Parteien auch nicht bestritten -, dass das Magenbanding unter gewissen Voraussetzungen eine wissenschaftlich anerkannte Methode der Adipositasbehandlung darstellt (vgl. auch KLV Anhang 1 Ziff. 1.1 in der ab 1. Januar 2000 gültigen Fassung).
b) Obwohl das PWS gemäss KLV Anhang 1 (in der Fassung bis 31. Dezember 1999) nicht unter den Gegenindikationen für eine Adipositasoperation figuriert, bedeutet dies noch nicht, dass die Vorkehr von der Invalidenversicherung zu übernehmen ist. Vielmehr müssen auch die Voraussetzungen des Art. 2 Abs. 3 GgV erfüllt sein, d.h. die Massnahme muss nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sein, den Eingliederungserfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anzustreben. Wie jede Eingliederungsmassnahme unterliegt auch die medizinische Behandlung von Geburtsgebrechen dem Verhältnismässigkeitsprinzip. Damit die Massnahme zu Lasten der Invalidenversicherung geht, muss sie daher geeignet und notwendig sein, um den angestrebten Erfolgzuerreichen(Meyer-Blaser, BundesgesetzüberdieInvalidenversicherung, Zürich1997, S.105f. ).
c) Gemäss den Angaben des Dr. med. E._ im Schreiben an die IV-Stelle vom 30. Mai 1997 konnte die Beschwerdegegnerin ihr Gewicht dank einer rigorosen Kontrolle der Essgewohnheiten durch die Mutter konstant halten. Dies habe sich jedoch mit zunehmender Autonomie seit dem 15. Altersjahr geändert. Insbesondere während der Schnupperlehre habe sie innerhalb von drei Wochen 5 kg zugenommen. Aufgrund dieser Erfahrung und weil die Versicherte ab August 1997 eine Anlehre beginnen werde, müsse punkto Gewichtszunahme mit dem Schlimmsten gerechnet werden. Es sei daher sinnvoll, die Magenoperation durchzuführen, bevor das Körpergewicht endgültig explodiere und sich auch bezüglich der Narkosefähigkeit Probleme einstellten. Das aktuelle Gewicht gab der Facharzt mit 55 kg bei einer Körpergrösse von 147 cm an (Gewicht pro Grösse weit über P97, +4.0 SD). Angesichts dieser Daten erscheint es zumindest fraglich, ob überhaupt eine operationsbedürftige Adipositas im Sinne von Ziff. 1.1 KLV Anhang 1 gegeben ist, zumal aufgrund einer bei der Versicherten während drei Wochen beobachteten massiven Gewichtszunahme nicht ohne weiteres auf die künftige Entwicklung geschlossen werden kann.
In erster Linie zu berücksichtigen gilt es indessen, dass die Behandlung mittels Magenbanding von PWS-Patienten, bei denen die Gewichtszunahme nicht die einzige Symptomatik darstellt, derzeit noch in einer Experimentierphase steht. Dr. med. E._ führte gegenüber der IV-Stelle denn auch selber aus, es erscheine ihm sinnvoll, die Operation vorerst bei drei Betroffenen vornehmen zu lassen und bei diesen den weiteren Verlauf zu beobachten. Später präzisierte er diese Aussage dahingehend, dass er damit ganz allgemein eine gewisse Skepsis dem Magenbanding gegenüber zur Darstellung habe bringen wollen. Die Erfahrungen mit dieser Massnahme erschienen ihm nicht durchwegs positiv, wobei die Kontroverse insbesondere darum gehe, wie weit - auch bei Patienten mit normaler Intelligenz - durch ein Magenbanding überhaupt der Essensdrangbehobenwerdenkönne.
In der medizinischen Fachliteratur wird fehlende Kooperation als Kontraindikation für eine operative Obesitastherapie angeführt (vgl. Stieger/Thurnheer/Lange, Chirurgische Therapie der morbiden Obesitas: Indikation, Technik des Laparoscopic Gastric Banding und erste Resultate, in: Therapeutische Umschau, Bd. 54, Bern 1997, S. 524). Dies leuchtet insofern ein, als das Magenbanding nur das Volumen des Magens verkleinert und selbst unter Fachärzten umstritten ist, ob und allenfalls inwieweit damit überhaupt eine Appetitregulation erreicht werden kann, wie auch Dr. med. E._ einräumt. Dem BSV ist daher beizupflichten, dass die mit dem PWS einhergehende zweite Hauptproblematik der verminderten Intelligenz nur ungenügende Gewähr für den erhofften Erfolg des Eingriffs bieten dürfte. Obwohl Dr. med. E._ eine generelle Kontraindikation der chirurgischen Vorkehr bei von einem PWS betroffenen Versicherten mit dem Hinweis auf die unterschiedliche Ausprägung der geistigen Behinderung innerhalb dieser Patientengruppe in Abrede stellt, bestätigt er mit Bezug auf die Beschwerdegegnerin indirekt die Befürchtungen des BSV, wenn er bei der Versicherten eine Gewichtsexplosion zufolge fehlender Überwachung nach der Entlassung aus der elterlichen Obhut befürchtet. Ob Fälle von PWS-Patienten denkbar sind, bei denen die Kooperation spielt, braucht im vorliegenden Fall nicht weiter geklärt zu werden. Denn für die Ablehnung der Leistungspflicht genügt es, dass mit Bezug auf die Versicherte die dargelegten Gründe gegen die Geeignetheit der Massnahme sprechen. Von einer Diskriminierung der PWS-Patienten gegenüber anderen Behinderten kann bei dieser Betrachtungsweise nicht die Rede sein, zumal Adipositas an sich in der Invalidenversicherung nicht unter die Geburtsgebrechen fällt und auch keine Invalidität im Sinne von <ref-law> begründet (vgl. ZAK 1984 S. 345). Ergänzende medizinische Abklärungen - beispielsweise bei der von Dr. med. E._erwähntenKlinik Y._ - erübrigen sich, weil aus einem behandelten und beobachteten Einzelfall zum Vornherein keine Rückschlüsse auf bewährte Erkenntnisse der medizinischen Wissenschaft gewonnen werden könnten.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 3. Dezember 1997 aufgehoben.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und der IV-Stelle Schwyz zugestellt.
Luzern, 19. Mai 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: