Faits:
A. Par jugement du 6 mars 2012, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ pour violation simple des règles de la circulation routière, tentative d'opposition ou dérobade aux mesures visant à déterminer l'incapacité de conduire, conducteur se trouvant dans l'incapacité de conduire et violation des devoirs en cas d'accident, à une peine pécuniaire de 80 jours-amende, à 75 francs le jour, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 1'125 francs à titre de sanction immédiate, peine convertible en 15 jours de peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif.
B. La Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté, par arrêt du 4 juin 2012, l'appel dont le condamné l'avait saisie. Cette condamnation se fonde sur les faits suivants.
Le 11 juin 2011 au soir, X._ a mangé chez un ami à Clarens. Il s'est ensuite rendu en taxi dans une discothèque à Montreux. Il a quitté celle-ci le 12 juin 2011 aux alentours de 4h30 dans un taxi qui l'a ramené à Clarens pour qu'il récupère sa voiture. Sur le chemin de son domicile, au volant de son véhicule, il a percuté, vers 5h00, une clôture de jardin ainsi qu'une haie. Il a poursuivi sa route jusque chez lui et s'est couché sans avertir la police.
Informée des dégâts, la police a retrouvé X._ grâce à la plaque d'immatriculation de sa voiture qui avait été perdue sur les lieux de l'accident. Il résulte du test effectué que l'intéressé présentait à 10h10 un taux d'alcool dans le sang compris entre 1,7 et 1,8 g/kg. Son alcoolémie s'élevait, au moment des faits, à au moins 2,12 g/kg. Le véhicule de X._ était fortement endommagé à l'avant.
C. X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cette décision. Il conclut à l'annulation de celle-ci et à son acquittement, subsidiairement, au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant soutient qu'il n'était pas au volant de sa voiture au moment de l'accident. Il fait valoir que celle-ci était conduite par un tiers rencontré le soir même en discothèque, dont il ne connaît pas le nom, qui avait pris le volant pour le raccompagner à son domicile. Il invoque la violation du principe de la présomption d'innocence en tant que règle sur l'appréciation des preuves.
1.1 La présomption d'innocence, garantie par les art. 32 al. 1 Cst., 10 CPP, 14 par. 2 du Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe in dubio pro reo, concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2c p. 36 et les références citées).
Comme principe présidant à l'appréciation des preuves, la présomption d'innocence est violée si le juge du fond se déclare convaincu de faits défavorables à l'accusé sur lesquels, compte tenu des éléments de preuve qui lui sont soumis, il aurait au contraire dû, objectivement, éprouver des doutes (<ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 2c p. 37). Il importe peu qu'il subsiste des doutes seulement abstraits et théoriques, qui sont toujours possibles, une certitude absolue ne pouvant être exigée. Il doit s'agir de doutes sérieux et irréductibles, c'est-à-dire de doutes qui s'imposent à l'esprit en fonction de la situation objective. Dans cette mesure, la présomption d'innocence se confond avec l'interdiction générale de l'arbitraire (art. 9 Cst.). En bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560). L'invocation de l'arbitraire suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 365).
1.2 La cour cantonale a considéré que l'affirmation du recourant selon laquelle il n'était pas au volant de sa voiture au moment de l'accident était rocambolesque et qu'elle était dictée, à l'évidence, par la crainte d'un retrait de permis. Elle a fondé son appréciation sur les différents éléments suivants.
1.2.1 Elle a relevé, en premier lieu, que le siège du conducteur de la voiture était réglé à la taille du recourant, alors que ce dernier avait indiqué que le tiers qui l'avait raccompagné mesurait 10 centimètres de moins que lui. Le rapport de police avait constaté qu'une personne de taille inférieure à celle du recourant n'aurait pas pu atteindre le fond du pédalier tout en tenant le volant.
Le recourant soutient qu'une différence de taille de 10 centimètres n'était pas de nature à nécessiter un réglage différent du siège pour le conducteur. Il fait ainsi valoir sa propre appréciation des preuves de manière appellatoire et, partant, irrecevable.
Le recourant invoque en outre que le chiffre de 10 centimètres ne constituait qu'une estimation de sa part et que s'il était inférieur, l'argument de la cour cantonale devrait être relativisé. Par cette affirmation, le recourant ne démontre pas encore que la décision cantonale serait manifestement insoutenable tant dans sa motivation que dans son résultat. La police a expliqué qu'un conducteur n'aurait pas pu atteindre les pédales du véhicule s'il avait une taille inférieure à celle du recourant, sans préciser que pour cela, la différence devait être d'au moins 10 centimètres. Le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1.2.2 Selon la cour cantonale, le fait que le recourant n'avait pas relevé l'identité du conducteur pour ne pas lui nuire n'était pas crédible.
En effet, si le conducteur était sobre, il ne risquait pas de se voir retirer son permis de conduire. Le recourant ne critique pas la décision attaquée à cet égard.
En outre, en travaillant dans une assurance, le recourant ne pouvait ignorer que les dommages occasionnés à son véhicule allaient lui être imputés, alors qu'ils auraient pu être pris en charge par l'assurance du prétendu conducteur. Le recourant fait valoir que selon les conditions générales de son assurance, celle-ci couvrait les dommages accidentels au véhicule assuré, subis contre la volonté du preneur d'assurance. Il n'explique toutefois pas en quoi, s'il bénéficiait d'une telle couverture - ce que la seule production de conditions générales, et non de sa police d'assurance, ne démontre pas -, la décision attaquée serait arbitraire dans son résultat. Son argumentation ne répond pas aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Elle est irrecevable.
1.2.3 La cour cantonale a considéré que le recourant ne pouvait pas se prévaloir du fait qu'il était incapable d'apprécier la situation au moment des faits en raison de son alcoolémie dans la mesure où il avait prétexté, pour expliquer pourquoi il n'avait pas pris l'identité du conducteur, qu'il ne voulait pas le compromettre. Cet argument démontrait une forme de lucidité et de réflexion de sa part.
Le recourant fait valoir que, compte tenu de son alcoolémie de 2,12 g/kg, il était illusoire de penser qu'il pouvait se préoccuper de prendre les coordonnées précises du conducteur en vue de régler les suites d'un accident mineur, qu'il n'avait pas pu évaluer. De la sorte, il oppose de manière appellatoire sa propre appréciation à celle de l'autorité cantonale, qu'il ne critique pas. Son argumentation est irrecevable. Au demeurant, il n'était pas arbitraire de considérer que le recourant avait fourni différentes explications incompatibles sur un élément pourtant essentiel dans la mesure où il paraît difficilement concevable que l'intéressé, indépendamment de ses conditions d'assurance, n'ait pas demandé l'identité de celui qui aurait endommagé sa voiture.
1.2.4 Enfin, la décision attaquée relève que si le recourant était allongé sur la banquette arrière de sa voiture, comme il l'avait affirmé, il n'aurait pas pu guider le conducteur qui ne connaissait pas le chemin. Le recourant ne conteste pas cet élément, qui était également de nature à fonder l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle il n'était pas crédible en affirmant qu'il n'était pas au volant.
1.3 En définitive, le recourant ne soulève aucun grief de nature à démontrer que la décision attaquée serait arbitraire, tant dans sa motivation que dans son résultat, en tant qu'elle retient, en se fondant sur l'ensemble des éléments indiqués supra, qu'il était au volant de sa voiture au moment de l'accident. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recourant, qui succombe, supporte les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 29 novembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben