A.- Mit Verfügung vom 9. August 1994 lehnte die Ausgleichskasse des Kantons Zürich ein erstes Gesuch der 1962 geborenen F._ um Zusprechung einer Invalidenrente ab. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich (Entscheid vom 15. November 1996) und das Eidgenössische Versicherungsgericht (Urteil vom 17. Juli 1997) bestätigten diese Verfügung.
B.- Am 25. August 1997 meldete sich F._ erneut zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte einen Bericht von Frau Dr. med. M._, FMH für orthopädische Chirurgie, vom 2. September 1997 ein und erliess am 15. September 1997 einen ablehnenden Vorbescheid. Hiezu nahm F._ am 1. Oktober 1997 Stellung. Mit Verfügung vom 29. Oktober 1997, welche die Begründung des Vorbescheides unverändert übernahm, lehnte die IV- Stelle das Leistungsgesuch ab.
C.- Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Mai 1998 ab.
D.- F._ liess Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und beantragen, die Sache sei "zur rechtskonformen Abklärung und Zusprechung einer Invalidenrente" an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schloss auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherung sich nicht vernehmen liess.
E.- Das Eidgenössische Versicherungsgericht holte eine Auskunft beim kantonalen Gericht ein, führte einen zweiten Schriftenwechsel durch und liess eine postalische Abklärung vornehmen. Die Parteien erhielten Gelegenheit, sich zu den Ergebnissen dieser Ermittlungen zu äussern. Darauf wird in den Erwägungen näher eingegangen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Beschwerdeführerin rügt eine mehrfache Verletzung des rechtlichen Gehörs. Zum einen habe die IV-Stelle dieses verletzt, indem sie in der Verfügung nicht auf die im Rahmen des Vorbescheidverfahrens vorgebrachten Einwände Bezug genommen habe. Sodann hätten weder Vorbescheid noch Verfügung einen Hinweis darauf enthalten, dass bei Dr. med. M._ ein Bericht eingeholt worden sei. Da im kantonalen Prozess kein zweiter Schriftenwechsel durchgeführt worden sei, habe die Beschwerdeführerin erst durch den Entscheid der Vorinstanz von diesem ärztlichen Bericht erfahren. Das kantonale Gericht habe das rechtliche Gehör zudem dadurch verletzt, dass es einzig auf den erwähnten Bericht abgestellt und die beantragte Beiziehung eines im Entscheidzeitpunkt noch nicht fertig erstellten Gutachtens der Unfallversicherung abgelehnt habe. Nachträglich habe sich zudem ergeben, dass die Stellungnahme der Beschwerdeführerin vom 1. Oktober 1997 zum Vorbescheid weder von der IV- Stelle noch von der Vorinstanz zur Kenntnis genommen oder akturiert worden sei, woraus sich die Verletzung weiterer verfahrensrechtlicher Grundsätze ergebe.
2.- Anhand der Akten sowie der vom Eidgenössischen Versicherungsgericht vorgenommenen Abklärungen lässt sich Folgendes festhalten: Am 15. September 1997 erliess die IV- Stelle ihren ablehnenden Vorbescheid. Auf diesen reagierte die Beschwerdeführerin mit eingeschrieben versandter Antwort vom 1. Oktober 1997. Diese gelangte gemäss postalischer Bestätigung am folgenden Tag, dem 2. Oktober 1997, in die Hand der IV-Stelle. Darin wies die Beschwerdeführerin darauf hin, dass in Zusammenarbeit mit der beteiligten Unfallversicherung ein Gutachten von PD Dr. med. L._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie und Konsiliararzt am Spital X._ erstellt werde, das vor Erlass einer Verfügung abgewartet werden sollte. Überdies lag dem Brief vom 1. Oktober 1997 gemäss dessen Text mindestens ein Zeugnis von Dr. M._ bei.
Was mit diesem Schreiben und seinen Beilagen weiter geschah, war nicht exakt zu eruieren. Fest steht, dass sich im Dossier der IV-Stelle keine entsprechenden Aktenstücke finden. Die Vorinstanz hat das Schreiben im Zeitpunkt der Urteilsfällung ebenfalls nicht gekannt, führt sie doch in Erwägung 1b auf Seite 4 ihres Entscheides aus, innert der mit Vorbescheid vom 15. September 1997 angesetzten Frist sei weder zu den Akten noch zur vorgesehenen Verfügung Stellung genommen worden. Indessen ist das Schreiben vom 1. Oktober im Laufe des Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahrens mit den übrigen Akten von der Vorinstanz an das Eidgenössische Versicherungsgericht weitergeleitet und zusammen mit zusätzlichen Belegen erstmals von der Kanzlei dieses Gerichts akturiert worden. Auf Nachfrage, wie diese Unterlagen in das vorinstanzliche Dossier gelangt seien, antwortete das kantonale Gericht, bei der Urteilsfindung hätten ihm die erwähnten Aktenstücke offensichtlich nicht vorgelegen. Es sei nicht mit letzter Sicherheit zu rekonstruieren, auf welche Weise die vormals nicht vorhandenen Akten in das Dossier Eingang gefunden hätten.
3.- a) In <ref-ruling> hat das Eidgenössische Versicherungsgericht mit einlässlicher Begründung erkannt, dass die IV-Stelle sich nicht darauf beschränken darf, die Einwände von Versicherten im Vorbescheidverfahren zur Kenntnis zu nehmen und zu prüfen, sondern in der ablehnenden Verfügung die Gründe angeben muss, weshalb sie diesen nicht folgt oder sie nicht berücksichtigen kann (a.a.O., S. 183 Erw. 2b). Dem hat die IV-Stelle nicht nachgelebt: sie hat in ihrer Verfügung mit keinem Wort angegeben, weshalb sie die von der Beschwerdeführerin vorgebrachten Einwände verworfen hat. Die Vorinstanz hat sodann die bereits im kantonalen Verfahren geltend gemachte Verletzung des rechtlichen Gehörs mit der nach dem Gesagten unzutreffenden Begründung verneint, die Beschwerdeführerin habe sich zum Vorbescheid nicht vernehmen lassen, und sich überdies ebenfalls nicht zu den im Schreiben vom 1. Oktober 1997 vorgetragenen Einwendungen geäussert. Damit liegen mehrere Verletzungen des rechtlichen Gehörs vor.
b) Nach der Rechtsprechung kann eine nicht besonders schwer wiegende (<ref-ruling> Erw. 4a mit Hinweisen) Verletzung des rechtlichen Gehörs als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Die Heilung eines allfälligen Mangels soll aber die Ausnahme bleiben (<ref-ruling> Erw. 4a in fine mit Hinweisen). Vorliegend haben jedoch Verwaltung und Vorinstanz beide das rechtliche Gehör verletzt. Dazu kommt, dass der Bericht von Frau Dr. M._ vom 2. September 1997, auf welchen sich die IV-Stelle ausschliesslich stützt, durch die "Gegendarstellung" der selben Ärztin vom 11. Juni 1998 erheblich an Überzeugungskraft verloren hat. Angesichts derart vieler Mängel ist im vorliegenden Verfahren keine Heilung möglich (vgl. <ref-ruling> Erw. 4b). Die Sache wird daher an die IV-Stelle zurückgewiesen, damit sie unter Berücksichtigung der in der Zwischenzeit ergangenen medizinischen Akten, insbesondere des Gutachtens von Dr. L._ vom 24. August 1998, nochmals ein Vorbescheidverfahren durchführe und hernach über das Leistungsgesuch der Versicherten neu verfüge.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Mai 1998 und die angefochtene Verfügung vom 29. Oktober 1997 aufgehoben, und die Sache wird an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 22. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber:
i.V.