Sachverhalt:
A. Am 15. Februar 2007 reichte X._ gegen Y._ einen Strafantrag wegen fahrlässiger Körperverletzung ein. Sie warf ihm vor, ihr am 1. Juni 2004 eine schlecht angepasste Oberkieferprothese eingesetzt zu haben, was zu erheblichen gesundheitlichen Beeinträchtigungen - Schmerzen, muskulären Verspannungen, Ohrenproblemen, Augenflimmern, reduziertem Allgemeinzustand - geführt habe.
Am 17. August 2007 stellte das Amtsstatthalteramt Luzern die Strafuntersuchung gegen Y._ ein und trat auf die Zivilforderung von X._ nicht ein. Es erwog, die von ihr geschilderten Beschwerden stellten keine schweren Körperverletzungen im Sinn von Art. 122 und Art. 125 Abs. 2 StGB dar. Es handle sich daher um ein Verfahren wegen fahrlässiger einfacher Körperverletzung im Sinn von <ref-law>, mithin ein Antragsdelikt. Die Antragsfrist betrage nach <ref-law> drei Monate und beginne mit dem Tag, an dem der antragsberechtigten Person der Täter bekannt sei. X._ habe nach der Behandlung vom 1. Juni 2004, nach welcher sie immer wieder Schmerzen gehabt habe, Kenntnis von Tat und Täter gehabt. Spätestens mit der Beurteilung der Situation durch die zahnärztliche Begutachtungskommission vom 17. November 2004 habe sie volle Kenntnisse von den Tatumständen gehabt. Der Strafantrag vom 15. Februar 2007 sei daher verspätet erfolgt.
Am 13. November 2007 schrieb die Kriminal- und Anklagekommission des Kantons Luzern die von X._ gegen die Einstellung und deren Kostenfolgen erhobenen Rekurse als durch Rückzug erledigt ab.
B. Am 24. Januar 2010 beantragte X._ dem Amtsstatthalteramt Luzern sinngemäss, das Strafverfahren gegen Y._ weiterzuführen bzw. wieder aufzunehmen.
Am 10. Dezember 2010 stellte das Amtsstatthalteramt die Strafuntersuchung gegen Y._ wegen schwerer fahrlässiger Körperverletzung ein und nahm das Strafverfahren gegen ihn wegen einfacher fahrlässiger Körperverletzung nicht wieder auf. In Bezug auf die Wiederaufnahme des Verfahrens wegen einfacher Körperverletzung führte es aus, dieses sei eingestellt worden, weil X._ die Strafantragsfrist nicht eingehalten habe und es deshalb an einer Prozessvoraussetzung gefehlt habe. X._ äussere sich zu diesem Umstand nicht, weshalb keine Gründe für eine Wiederaufnahme vorlägen. In Bezug auf die Anzeige wegen schwerer Körperverletzung ergebe sich, dass X._ seit einem Jahr beschwerdefrei lebe bzw. ihre Schmerzen im Oberkiefer behoben worden seien, dass sie die ganze Zeit arbeitsfähig gewesen und nicht ersichtlich sei, dass die Prothese ihr Gesicht dauernd entstellt habe. Es liege daher keine schwere Körperverletzung vor, weshalb das Verfahren wegen schwerer Körperverletzung einzustellen sei. Dazu komme, dass auch ein kausaler Zusammenhang zwischen der beanstandeten Prothese, die X._ nur rund drei Monate getragen habe, und den langjährigen Beschwerden nicht rechtsgenüglich belegt sei.
C. X._ legte gegen diesen Entscheid bei der Staatsanwaltschaft Rekurs ein, welche das Rechtsmittel zuständigkeitshalber dem Obergericht zur Beurteilung überwies.
Das Obergericht trat am 29. März 2011 auf den Rekurs nicht ein.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen obergerichtlichen Entscheid aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung nach Massgabe der höchstrichterlichen Erwägungen an die zuständige Instanz zurückzuweisen.
Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen, bzw. sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
X._ hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid bestätigt, dass die von der Beschwerdeführerin angestrebte strafrechtliche Verfolgung des Beschwerdegegners unterbleibt. Er schliesst damit das Verfahren ab. Es handelt sich um den Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Als Opfer einer (angeblichen) Körperverletzung ist die Beschwerdeführerin zudem befugt, sie zu erheben. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist, soweit der kantonale Instanzenzug ausgeschöpft wurde (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> nicht publ. E. 5).
2. Der erste Entscheid in dieser Sache erging am 10. Dezember 2010 nach der bis Ende 2010 in Kraft stehenden Strafprozessordnung des Kantons Luzern vom 3. Juni 1957. (StPO/LU). Am 1. Januar 2011 trat die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (SR 312.0; StPO) in Kraft (AS 2010 1881), welche die kantonalen Strafprozessordnungen ablöst. Nach der einschlägigen Übergangsbestimmung von <ref-law> ist auf Rechtsmittel gegen vor dem 1. Januar 2011 gefällte Entscheide das bisherige Recht anwendbar. Das Obergericht beurteilte den Rekurs am 29. März 2011 daher zu Recht nach den Bestimmungen der StPO/LU, welche auch für die vorliegende Beschwerde massgebend sind.
Die Beschwerdeführerin macht zwar geltend, nach dem massgebenden kantonalen Verfahrensrecht wäre zur Behandlung des Rekurses nicht das Obergericht, sondern die Staatsanwaltschaft zuständig gewesen. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten, da die Verletzung kantonalen Gesetzesrechts nicht gerügt werden kann (<ref-law> e contrario) und die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang keine Verfassungsrüge erhebt. Sie wäre im Übrigen auch unbegründet. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin war die Staatsanwaltschaft nach altem Recht nicht zuständig, einen ihrer Auffassung nach unbegründeten Rekurs gegen eine Verfahrenseinstellung zu beurteilen (<ref-law>/LU). Daran ändert nichts, dass der Rekurs gemäss zutreffender Rechtsmittelbelehrung des Entscheids des Amtsstatthalteramts vom 10. Dezember 2010 bei der Staatsanwaltschaft einzureichen war (<ref-law>/LU).
3. Die Beschwerdeführerin bestreitet vor Bundesgericht nicht mehr, dass sie den Strafantrag wegen fahrlässiger Körperverletzung im Sinn von <ref-law> verspätet stellte. Die Entscheidung, das Strafverfahren wegen (einfacher) Körperverletzung nicht wieder aufzunehmen, bleibt damit unangefochten.
4. Das Obergericht geht im angefochtenen Entscheid davon aus, die Beschwerdeführerin habe die Einstellung des Strafverfahrens wegen schwerer Körperverletzung nicht angefochten, weshalb diese nicht Gegenstand des Rekursverfahrens gewesen sei (E. 3.2 S. 4). Die Beschwerdeführerin bestreitet dies.
Im Verfahren um die Wiederaufnahme der Strafuntersuchung gegen den Beschwerdegegner erklärte die Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe vom 17. November 2010 ans Amtsstatthalteramt ausdrücklich und unmissverständlich, sie werfe dem Beschwerdegegner keine schwere Körperverletzung vor. Dessen ungeachtet prüfte das Amtsstatthalteramt, ob die von der Beschwerdeführerin geschilderten Verletzungen den Tatbestand der schweren Körperverletzung erfüllen könnten, und verneinte dies. Zudem fand es auch den von ihr behaupteten ursächlichen Zusammenhang zwischen der mangelhaften Prothese und den gesundheitlichen Problemen als nicht rechtsgenüglich erstellt. In ihrer Rekurseingabe vom 26. Dezember 2010 nennt die Beschwerdeführerin zwar als Betreff: "Rekurs: Einstellung Strafuntersuchung", was sich, jedenfalls nach dem Wortsinn, nur auf die Einstellung des Verfahrens wegen schwerer Körperverletzung beziehen kann. Inhaltlich nimmt sie indessen keinerlei Bezug auf die Ausführungen des Amtsstatthalteramts, die von ihr geschilderten Verletzungen seien nicht schwer im Sinn von Art. 122 und Art. 125 Abs. 2 StGB und die Prothese sei nicht deren (adäquat kausale) Ursache. Unter diesen Umständen konnte das Obergericht ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen, dass sich der Rekurs der Beschwerdeführerin nur gegen die Nicht-Wiederaufnahme des Verfahrens wegen einfacher Körperverletzung richtete. Dementsprechend kann die Frage, ob das Verfahren gegen den Beschwerdegegner wegen schwerer Körperverletzung zu Recht eingestellt wurde, mangels Erschöpfung des Instanzenzugs im bundesgerichtlichen Verfahren kein Thema sein. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
5. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien sowie der Oberstaatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Luzern, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juli 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Störi