Faits:
A. En 2007, X._ et Y._ vivaient en couple, avec leur fils né en 2006. Au printemps 2007, X._ a entamé une relation intime avec A._, âgée de 20 ans. Dans le courant de l'été 2007, cette dernière est tombée enceinte.
Fin octobre 2007, X._ et Y._ se sont rendus à Vernier afin d'y repérer un endroit tranquille où tuer A._. Ils ont ensuite acheté des gants, de la chaux et des pelles pour y procéder, puis brûler et enterrer le corps. Le 2 novembre 2007, X._, en présence de Y._, a fini d'étrangler A._ à l'arrière de leur voiture. Ils ont ensuite transféré le corps dans le coffre et se sont rendus dans une forêt près de Fribourg. Là, ils ont dormi puis, le lendemain, ont brûlé le cadavre et enterré celui-ci une vingtaine de mètres plus loin.
B. Par jugement du 1er avril 2011, le Tribunal criminel du canton de Genève a reconnu X._ et Y._ coupables, en qualité de coauteurs, d'assassinat, d'interruption de grossesse punissable et d'atteinte à la paix des morts et les a condamnés à la peine privative de liberté à vie, sous déduction de la détention subie avant jugement. Le Tribunal criminel les a également astreints à verser des indemnités à la mère de feue A._.
C. Par arrêt du 26 janvier 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision du canton de Genève a constaté que la mère de feue A._ n'avait plus d'intérêt juridiquement protégé à participer aux débats d'appel. Statuant sur le fond, cette autorité a rejeté les appels formés contre le jugement du 1er avril 2011 par X._ et Y._ et condamné ces derniers aux frais de la procédure d'appel.
D. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut à l'annulation de cette décision et à sa condamnation à une peine privative de liberté n'excédant pas quinze ans. Subsidiairement, il requiert le renvoi de l'affaire à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite également l'assistance judiciaire.
Y._ forme un recours en matière pénale. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 26 janvier 2012 et à sa condamnation à une peine privative de liberté inférieure à celle prononcée le 1er avril 2011, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur la peine. Elle sollicite aussi l'assistance judiciaire.
La Chambre pénale d'appel et de révision du canton de Genève s'est référée à son arrêt. Le Ministère public a conclu au rejet des recours. X._ et Y._ ont déposé des observations.

Considérant en droit:
1. Les deux recours, dirigés contre la même décision, portent sur les mêmes faits et sur des questions de droit qui se chevauchent. Il se justifie de joindre les causes et de statuer par un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
2. La recourante reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas expliqué pour quels motifs elle avait exclu ses souffrances en lien avec le comportement de la victime en automne 2007 et ainsi n'avait pas pris cet élément en considération dans l'appréciation de sa faute. Elle y voit une violation de son droit d'être entendue.
2.1 Ce droit, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., impose au juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 84).
2.2 L'autorité cantonale a retenu que la recourante avait souffert. Elle a toutefois imputé ses souffrances non au comportement de la victime, comme l'invoquait la recourante, mais à celui du recourant (arrêt entrepris, p. 29). Au vu des circonstances retenues par l'autorité précédente et en particulier du fait que la recourante avait appris que le recourant, avec qui elle vivait et qui était le père de son enfant d'un an, entretenait une relation intime avec une autre femme, qui était en outre tombée enceinte, cette motivation est compréhensible. Le grief de violation du droit d'être entendu est partant infondé. Les souffrances invoquées n'ayant pas été retenues, l'autorité précédente n'avait pas à justifier pour quel motif elle n'en tenait pas compte dans l'appréciation de la faute. Ici encore, le moyen s'avère infondé.
3. Dans le recours en matière pénale, les faits constatés par l'autorité précédente lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'ils n'aient été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, c'est-à-dire de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5). Le Tribunal fédéral n'examine le moyen fondé sur la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 255).
Le recourant fonde son raisonnement sur plusieurs faits ne résultant pas de l'arrêt entrepris, ce sans invoquer ni démontrer qu'ils auraient été omis de manière arbitraire. Il ne peut en être tenu compte.
4. Les recourants ne contestent plus les verdicts de culpabilité. Ils estiment en revanche que le prononcé de peines privatives de liberté à vie viole le principe d'égalité de traitement de même que les art. 19, 47, 49 et 50 CP.
4. Les recourants ne contestent plus les verdicts de culpabilité. Ils estiment en revanche que le prononcé de peines privatives de liberté à vie viole le principe d'égalité de traitement de même que les art. 19, 47, 49 et 50 CP.
4.1 4.1.1 La culpabilité de l'auteur doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution. Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur. A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même, à savoir les antécédents (judiciaires et non judiciaires), la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 19 s.; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 20 s.).
4.1.2 En vertu de l'art. 50 CP, si le jugement doit être motivé, le juge indique dans les motifs les circonstances pertinentes pour la fixation de la peine et leur importance. Ainsi, le condamné doit connaître les aspects pertinents qui ont été pris en considération, et comment ils ont été appréciés (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 19 s). Le juge n'est toutefois pas tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentage l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61). Il peut également passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui paraissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit toutefois justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté (<ref-ruling> consid. 2c p. 104 s. et arrêt 6B_597/2010 du 22 décembre 2010 consid. 5.1).
4.1.3 Les circonstances aggravantes ou atténuantes justifiant l'extension du cadre légal vers le haut ou vers le bas (état de fait qualifié ou privilégié) ne peuvent fonder de nouveau, dans le cadre légal étendu, l'aggravation ou l'allègement de la sanction. La motivation doit ainsi mettre en évidence la mesure particulière dans laquelle ces circonstances sont réalisées dans le cas concret et en quoi elles influencent la quotité de la sanction (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 347; en matière d'assassinat v. aussi arrêt 6B_36/2011 du 18 octobre 2011 consid. 2.1 et arrêts cités).
4.1.4 La peine privative de liberté à vie est la sanction la plus lourde du code pénal (art. 40 CP). Elle constitue le plafond du cadre légal des infractions qui la prévoient, l'assassinat notamment (art. 112 CP). Pour cette raison déjà une motivation particulièrement complète et précise est exigée (cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 105; arrêt 6B_36/2011 du 18 octobre 2011 consid. 2.1). Le juge qui reconnaît un prévenu coupable d'assassinat peut le condamner soit à une peine privative de liberté de durée déterminée de 10 ans au moins mais de 20 ans au plus (art. 40 1ère phrase CP) soit à la peine privative de liberté à vie (art. 112 CP). Quand il décide de franchir le seuil des 20 ans, le juge doit indiquer pour quel motif une peine de durée déterminée, même de 20 ans, ne lui paraît pas suffisante.
4.1.5 Lorsque l'assassinat est en concours ordinaire avec d'autres infractions (art. 49 al. 1 CP), les motifs doivent aussi expliquer comment la peine d'ensemble a été formée. Ils doivent donc permettre d'identifier la peine de base et la peine complémentaire soit, en particulier, quelle infraction justifie, par elle-même, le prononcé de la peine privative de liberté à vie et pourquoi. La jurisprudence exclut en effet que le concours d'infractions fonde à lui seul le prononcé d'une peine privative de liberté à vie si l'infraction passible d'une telle sanction ne justifie pas par elle-même, au vu de la faute commise, le prononcé de cette peine (cf. <ref-ruling> consid. 9.1 p. 105 s.).
4.1.6 En cas de diminution de la responsabilité pénale, le juge doit, d'abord, décider sur la base des constatations de fait de l'expertise dans quelle mesure la responsabilité pénale de l'auteur doit être restreinte sur le plan juridique et comment cette diminution de la responsabilité se répercute sur l'appréciation de la faute. La faute globale doit être qualifiée et désignée expressément dans le jugement (art. 50 CP). Ensuite, le juge doit déterminer la peine hypothétique qui correspond à cette faute. La peine ainsi fixée peut enfin être modifiée en raison de facteurs liés à l'auteur (<ref-ruling> consid. 5.5 s. p. 59 s.; arrêt 6B_1092/2009 du 22 juin 2010, consid. 2.2.2).
4.2 En l'espèce, la cour cantonale a constaté que les verdicts de culpabilité d'assassinat (art. 112 CP), d'interruption de grossesse punissable (art. 118 al. 2 CP) et d'atteinte à la paix des morts (art. 262 CP), non contestés, devaient être confirmés (arrêt entrepris, ch. 3.2 p. 22 à 24). Elle a ensuite relevé que le concours d'infractions constituait un "facteur aggravant justifiant une augmentation de la peine dans une juste proportion". Aucune circonstance atténuante au sens de l'art. 48 CP n'était réalisée. La responsabilité du recourant était entière tandis que celle de la recourante "n'était que légèrement diminuée, élément atténuant compensé tant par l'application de l'art. 49 CP que par sa condamnation en 2000 du chef de brigandage aggravé". La cour cantonale a mis en avant la manière odieuse dont le crime avait été commis, le mobile, la préméditation et le comportement des recourants après les faits et exposé qu'au vu de l'extrême gravité de leur faute, leur situation personnelle ne saurait expliquer leur comportement ni avoir une influence significative sur la quotité de la peine. Elle a finalement relevé qu'il n'existait pas d'élément justifiant de condamner les recourants, qui avaient agi en qualité de coauteurs, à des peines différentes et refusé de comparer leur affaire à d'autres, au vu des difficultés et aléas liés à un tel exercice. Elle a conclu que les premiers juges avaient fait une application correcte des critères de l'art. 47 CP en condamnant les recourants à la prison à vie (arrêt entrepris, ch. 4.2 p. 28 à 31).
4.3 Les circonstances dans lesquelles les infractions ont été commises justifient sans conteste une privation de liberté d'une durée se situant dans la partie supérieure du cadre légal. La lecture de la motivation ne permet cependant pas de comprendre comment les nombreux éléments cités ont été appréciés dans la fixation de la peine des recourants, ni comment les peines d'ensemble ont été formées. On ignore ainsi si l'assassinat a justifié, à lui seul, la peine privative de liberté à vie ou si celle-ci résulte de l'existence du concours d'infractions, hypothèse non admissible (cf. supra consid. 4.1.5). L'arrêt ne contient pas non plus de motif explicitant ce qui justifierait, s'agissant du crime d'assassinat, le prononcé d'une peine privative de liberté non limitée dans le temps, plutôt que d'une peine de durée déterminée d'un maximum de 20 ans. La motivation de l'arrêt entrepris ne répond donc pas aux exigences rappelées ci-dessus. Il doit par conséquent être annulé sur ce point et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision respectant ces exigences.
S'agissant de la recourante dont la responsabilité pénale a été considérée comme faiblement restreinte au moment des faits, sa peine devra être fixée conformément à la méthode rappelée supra ad consid. 4.1.6. La responsabilité restreinte de la recourante devra donc conduire, contrairement aux termes de la loi, à une atténuation non pas de sa peine, mais de sa culpabilité (<ref-ruling> consid. 5.5 p. 59). Cette atténuation de sa faute pourra toutefois être compensée, par d'autres éléments comme les mauvais antécédents (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 103 s.). Dès lors, même en cas de responsabilité restreinte au sens de l'art. 19 al. 2 CP, une peine privative de liberté à vie ne sera pas forcément exclue si la faute de la recourante, une fois la responsabilité restreinte ainsi que toutes les circonstances pertinentes prises en compte, demeure si grave qu'elle justifie une telle sanction.
5. En conclusion, les recours doivent être partiellement admis et l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il rejette les appels formés par les recourants contre le jugement du 1er avril 2011 et condamne ces derniers aux frais de la procédure d'appel. L'affaire doit être renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Conformément à l'art. 66 al. 1 et 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires. Les recourants qui obtiennent gain de cause peuvent prétendre à une indemnité de dépens à verser à leur conseil pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF), ce qui rend sans objet leur demande d'assistance judiciaire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 6B_284/2012 et 6B_285/2012 sont jointes.
2. Les recours sont partiellement admis dans la mesure où ils sont recevables. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il rejette les appels formés contre le jugement du 1er avril 2011 par les recourants et met à charge de ces derniers les frais de la procédure d'appel. Les causes sont renvoyées à la cour cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision sur ces points dans le sens des considérants. Les recours sont rejetés pour le surplus.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le canton de Genève versera au conseil de chaque recourant la somme de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5. Les demandes d'assistance judiciaire sont sans objet.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale d'appel et de révision du canton de Genève.
Lausanne, le 29 octobre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod