Faits:
A. Par jugement du 14 septembre 2011, le Juge d'application des peines du canton de Vaud a libéré conditionnellement X._ de l'exécution de trois peines privatives de liberté, totalisant 46 mois, à compter du 15 septembre 2011. Il a fixé la durée du délai d'épreuve à un an, trois mois et neuf jours, ordonné une assistance de probation et dit que l'Office d'exécution des peines était chargé de mettre en oeuvre et de surveiller les conditions de la libération conditionnelle.
B. B.a Par arrêt du 3 novembre 2011, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours du Ministère public central du canton de Vaud et réformé le jugement de première instance en ce sens qu'elle a révoqué la libération conditionnelle accordée à X._ et ordonné la réintégration du condamné.
Contre cet arrêt, X._ a déposé un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Statuant le 8 mai 2012, la Cour de droit pénal a admis ce recours, annulé l'arrêt du 3 novembre 2011 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle a considéré que l'examen auquel la Chambre des recours pénale cantonale avait procédé pour refuser la libération conditionnelle se fondait sur des faits non établis (" présomptions ", " soupçons ") et qu'il ne tenait pas compte de l'ensemble des critères pertinents posés par la jurisprudence.
B.b Saisie à nouveau, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis le 14 juin 2012 le recours du Ministère public et réformé le jugement de première instance en ce sens qu'elle a révoqué la libération conditionnelle et ordonné la réintégration du condamné.
C. Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Dénonçant la violation de la présomption d'innocence et une mauvaise application de l'<ref-law>, il conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que la décision du Juge d'application des peines octroyant la libération conditionnelle est confirmée et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Parallèlement au recours envoyé par son avocat, le recourant a adressé à la cour de céans des " commentaires complémentaires ", dans lesquels il critique certains passages du jugement attaqué. Il ne démontre toutefois pas que des faits, déterminants pour l'issue du litige, auraient été établis de manière manifestement inexacte ou arbitraire (art. 97 al. 1 et 105 al. 1 LTF; <ref-law>). Il n'indique pas non plus les règles de droit qui auraient été violées et en quoi consisterait cette violation (<ref-law>). Les " commentaires complémentaires " du recourant ne satisfont donc pas aux exigences de motivation de recours au Tribunal fédéral et seront écartés. La cour de céans examinera uniquement le mémoire déposé par l'avocat, auquel le recourant renvoie du reste expressément.
2. Dénonçant la violation de la présomption d'innocence (art. 32 al. 1 Cst. et art. 6 al. 2 CEDH), le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir posé un pronostic défavorable en se fondant sur des comportements qui ne constituent pas une infraction pénale et qui n'ont pas fait l'objet d'une condamnation.
2.1 La présomption d'innocence n'interdit pas seulement à l'autorité de prononcer un verdict de condamnation lorsque la culpabilité de l'accusé ne repose pas sur une appréciation objective des preuves recueillies. Elle est aussi méconnue, lorsque sans établissement préalable de la culpabilité du prévenu et, notamment, sans que ce dernier ait eu l'occasion d'exercer ses droits de défense, une décision judiciaire le concernant reflète le sentiment qu'il est coupable, en l'absence d'un constat formel (<ref-ruling> consid. 3b p. 331). Dans son appréciation, l'autorité chargée d'examiner la libération conditionnelle peut sans doute se fonder sur des faits qui font l'objet d'une instruction, lorsque ceux-ci sont admis ou constants, mais doit user à cet égard d'une précaution particulière. Elle ne saurait notamment refuser la libération conditionnelle au motif qu'elle tient le condamné pour coupable d'infractions qui n'ont pas fait l'objet d'une condamnation pénale.
2.2 Lors de l'émission de son pronostic, la cour cantonale a analysé le comportement du recourant depuis sa libération. Premièrement, elle a décrit la page d'accueil de deux sites internet, dont le recourant admet être l'auteur et dont les noms contiennent celui d'un avocat avec lequel le recourant est en conflit. On y voit une tête de vache, un poulet rôti et des canettes de bière. Un clic sur la deuxième image renvoie à la première page du site officiel de l'avocat en question. La cour cantonale a relevé qu'un client qui chercherait des informations sur l'étude de cet avocat en surfant sur le web risquait fort de tomber sur l'un de ces deux sites, dont le contenu ne correspondait pas à l'image de sérieux qu'un justiciable était en droit d'attendre d'un cabinet d'avocats et qui lui laisserait donc une impression défavorable. Elle en a déduit que le recourant continuait à s'en prendre à l'avocat en question de manière attentatoire à la personnalité, mais elle a réservé toute qualification de ces actes.
En second lieu, elle a constaté que le recourant avait distribué des documents lors du procès de Y._ à propos de son expulsion de la salle d'audience et en a repris le contenu; elle a également mentionné les propos figurant sur un site internet auquel renvoyait ces documents (" Les pièces mentionnées et publiées sur internet prouvent que Z._ a été dénoncé dans l'intérêt public comme fraudeur judiciaire de fait ").
Dans son argumentation, la cour cantonale s'est contentée de rapporter des faits - que le recourant ne conteste du reste pas - afin de démontrer qu'il ne s'était pas remis en cause. Elle a clairement précisé qu'elle ne se prononçait pas sur la qualification pénale de ces actes, de sorte qu'elle n'a pas porté atteinte à la présomption d'innocence. Le grief du recourant doit être rejeté.
3. Le recourant dénonce la violation de l'<ref-law>. En particulier, il reproche à la cour cantonale de ne pas avoir examiné l'impact d'une exécution complète de la peine sur sa prétendue dangerosité.
3.1 Selon l'<ref-law>, l'autorité compétente libère conditionnellement le détenu qui a subi les deux tiers de sa peine, mais au moins trois mois de détention, si son comportement durant l'exécution de la peine ne s'y oppose pas et s'il n'y a pas lieu de craindre qu'il ne commette de nouveaux crimes ou de nouveaux délits.
Cette disposition renforce le principe selon lequel la libération conditionnelle est la règle et son refus l'exception. Elle n'exige plus qu'il soit à prévoir que le condamné se conduira bien en liberté (cf. art. 38 ch. 1 al. 1 aCP), mais pose comme condition qu'il ne soit pas à craindre qu'il ne commette de nouveaux crimes ou délits. Autrement dit, il n'est plus nécessaire, pour l'octroi de la libération conditionnelle, qu'un pronostic favorable puisse être posé; il suffit que le pronostic ne soit pas défavorable (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 203).
Les critères déterminants pour le diagnostic développés par la jurisprudence restent valables sous le nouveau droit. Il s'agit d'effectuer une appréciation globale des chances de réinsertion sociale du condamné, en prenant en considération les antécédents de l'intéressé, sa personnalité, son comportement en général et dans le cadre des délits qui sont à l'origine de sa condamnation et, surtout, le degré de son éventuel amendement ainsi que les conditions dans lesquelles il est à prévoir qu'il vivra (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 203/204 et les arrêts cités).
Par sa nature même, le pronostic ne saurait être tout à fait sûr; force est de se contenter d'une certaine probabilité; un risque de récidive est inhérent à toute libération, conditionnelle ou définitive (<ref-ruling> consid. 1b p. 7). Pour déterminer si l'on peut courir le risque de récidive, il faut non seulement prendre en considération le degré de probabilité qu'une nouvelle infraction soit commise, mais également l'importance du bien qui serait alors menacé. Ainsi, le risque de récidive que l'on peut admettre est moindre si l'auteur s'en est pris à la vie ou à l'intégrité corporelle de ses victimes que s'il a commis par exemple des infractions contre le patrimoine (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 203 et les arrêts cités).
Dans l'émission du pronostic, l'autorité compétente dispose d'un large pouvoir d'appréciation, de sorte que le Tribunal fédéral n'intervient que si elle l'a excédé ou en a abusé, notamment lorsqu'elle a omis de tenir compte de critères pertinents et s'est fondée exclusivement sur les antécédents du condamné (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 204).
3.2 En l'espèce, le recourant a subi les deux tiers de sa peine depuis le 15 septembre 2011, et il n'est pas contesté que son comportement en détention peut être qualifié de bon. Les deux premières conditions de la libération conditionnelle sont donc réalisées. Seul reste litigieux le pronostic sur son comportement futur.
3.2.1 Les antécédents du recourant sont mauvais. Outre les condamnations qui sont à l'origine des peines pour lesquelles il demande sa libération conditionnelle, le recourant a occupé régulièrement les autorités judiciaires vaudoises depuis 2002, pour des infractions telles que la diffamation, la calomnie, l'injure, les menaces et la contrainte. Il ressort des jugements, de ses actions et des rapports d'évaluation que le recourant est mû par un profond ressentiment à l'égard de la justice en général et de certains juges en particulier. Il donne l'image d'un homme rigide et " empêtré " dans une logique personnelle imperméable, qui ne se remet pas en question et qui est toujours révolté contre le système judiciaire. C'est ainsi qu'il conteste toujours le bien-fondé de la plupart de ses condamnations, qu'il refuse d'indemniser ses victimes, qu'il n'a pas reconsidéré la question de la pertinence du maintien de certains sites internet et qu'il continue même de créer des nouveaux sites. Compte tenu de ses antécédents, de son parcours de vie depuis 2002, de sa personnalité et de son comportement depuis sa libération, le pronostic est défavorable.
L'ensemble des intervenants à la procédure a du reste posé un pronostic défavorable quant au comportement futur du recourant. C'est ainsi que le premier juge a considéré que le pronostic qui découlait de l'amendement était clairement défavorable (même s'il a ordonné la libération conditionnelle en raison de l'effet dissuasif qu'exercerait la menace d'une révocation de cette libération). Selon la direction des EPO, le pronostic quant à la récidive est plutôt défavorable (bien qu'elle ait préavisé en faveur de l'octroi d'une libération conditionnelle estimant qu'un refus serait de nature à exacerber son sentiment d'injustice). Enfin, l'office d'exécution des peines qualifie également le pronostic de défavorable, se fondant notamment sur le casier judiciaire de X._, le constat de l'absence totale d'amendement ou de remise en question chez celui-ci et l'absence de volonté d'indemniser les victimes de ses agissements.
3.2.2 Selon la jurisprudence, il y a lieu de rechercher si la libération conditionnelle, éventuellement assortie de règles de conduite et d'un patronage, ne favoriserait pas mieux la resocialisation de l'auteur que l'exécution complète de la peine (<ref-ruling> consid. 4d/aa/bb p. 198 ss).
Lors de l'examen du pronostic, la cour cantonale a relevé qu'une éventuelle règle de conduite imposée au recourant ne permettrait pas de préserver d'éventuelles victimes de ses atteintes. Elle a considéré que l'épée de " damoclès " consistant en la révocation de la libération conditionnelle ne serait d'aucune efficacité, puisque, bien que la procédure de libération conditionnelle était encore en cours, il n'a pas reconsidéré son comportement, créant de nouveaux sites internet et distribuant des tracts dans le procès Y._. Enfin, elle a noté que sa libération n'augmenterait pas ses chances de réinsertion, puisque le recourant était retraité. Elle en a conclu que l'octroi de la libération conditionnelle n'était pas de nature à diminuer le risque de récidive. Le raisonnement de la cour cantonale ne suscite pas de critique.
3.2.3 En définitive, la cour cantonale n'a pas violé son pouvoir d'appréciation en refusant au recourant la libération conditionnelle. Le pronostic est clairement défavorable et l'octroi de la libération conditionnelle ne diminuerait pas le risque de récidive. Mal fondé, le grief tiré de la violation de l'<ref-law> doit être rejeté.
4. Le recours doit être rejeté.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 29 octobre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Kistler Vianin