Sachverhalt:
A. Die Arbeitsgemeinschaft Y._ AG fabrizierte und montierte gestützt auf einen mit dem Kanton Uri (Beklagter) und dem Kanton Tessin abgeschlossenen Werkvertrag Niederspannungs- und Schwachstromverteilungen in den Schutzräumen des Gotthard-Strassentunnels. Da an den Verteilungen verschiedene Mängel auftraten, mussten Sanierungsarbeiten durchgeführt werden, zu denen die Y._ AG die X._ AG als Subunternehmerin beizog.
A._ (Kläger) ist in Bezug auf die eingeklagte Forderung der Rechtsnachfolger der X._ AG.
B. Am 31. Dezember 1993 erhob die X._ AG gegen den Kanton Uri Klage mit dem Rechtsbegehren, der Beklagte sei zu verurteilen, der Klägerin Fr. 955'911.-- zuzüglich gerichtlich festzulegendem Zins seit 31. Dezember 1993 zu bezahlen. Sie verlangte damit die Differenz zwischen den ausbezahlten Monatslöhnen und den höheren Stundenlöhnen, die ihr zugesagt worden seien, nachdem sie wegen der zu tiefen Ansätze die Einstellung der Sanierungsarbeiten angedroht habe.
Das Landgericht Uri wies die Klage der X._ AG bzw. des Klägers als deren Rechtsnachfolger am 7. September 2000 ab. Auf Berufung des Klägers wies das Obergericht des Kantons Uri die Sache an das Landgericht zurück, damit dieses in vollständig neuer Besetzung über die Klage neu entscheide. Die dagegen erhobene staatsrechtliche Beschwerde des Kantons Uri wies das Bundesgericht am 14. April 2003 ab, soweit es darauf eintrat.
Mit Urteil vom 11. Juli 2005 verpflichtete das Landgericht Uri den Beklagten, dem Kläger Fr. 587'139.90 nebst Zins zu 6.77 % für die Zeit vom 31. Dezember 1993 bis zum 1. April 2003 und zu 6.25 % seit dem 2. April 2003 zu bezahlen. Es kam zum Schluss, dass die vom Kläger behauptete Krisensitzung in der Bauamtsbaracke "Winterberg" stattgefunden haben müsse und dass anlässlich dieser Besprechung auch höhere Stundenansätze ausgehandelt worden seien. Es verneinte, dass zwischen der Bauherrschaft und der Arbeitsgemeinschaft Y._ AG im Sinn eines Vertrags zugunsten eines Dritten ein direktes Forderungsrecht der X._ AG gegen die Bauherrschaft vereinbart worden sei, weshalb dem Kläger eine vertragliche Grundlage für die geltend gemachten Forderungen fehle. Es bejahte hingegen, dass dem Kläger gegenüber dem Beklagten Schadenersatzansprüche aus erwecktem und enttäuschtem Vertrauen zuständen. Es sprach dem Kläger die Differenz zwischen den in der Zeit vom 1. November 1983 bis zur Beendigung der Sanierungsarbeiten bezahlten Monatslöhnen und den vereinbarten höheren Stundenlöhnen zu.
C. Der Beklagte erhob am 5. Oktober 2005 Berufung und beantragte dem Obergericht des Kantons Uri, das angefochtene Urteil des Landgerichts Uri sei aufzuheben und es seien die klägerischen Rechtsbegehren vollumfänglich abzuweisen. Das Obergericht hiess die Berufung mit Entscheid vom 22. Juni 2006 gut. Es hielt fest, der Beklagte habe gewusst, dass die Y._ AG nicht bereit gewesen sei, der X._ AG höhere Entschädigungen auszurichten. Der Kläger habe umgekehrt davon ausgehen können, dass die Y._ AG der X._ AG höhere Entschädigungen nicht vorenthalten könne, wenn der Beklagte bereit sei, der Y._ AG ebenfalls angepasste Regieansätze zu vergüten. Insofern habe der Beklagte zur X._ AG in einer garantenähnlichen Stellung gestanden. Der Beklagte, der die Sanierung durch die X._ AG gewollt und darauf gedrängt habe, dass die Sanierungsarbeiten fortgesetzt würden, wäre verpflichtet gewesen, die X._ AG über die interne Kostenregelung aufzuklären. Durch die höheren Regieansätze und das gleichzeitig vereinbarte Kostendach sei das Risiko allfälliger Mehrkosten auf die Y._ AG verlagert worden. Diese Risikoverteilung habe sich für den Beklagten erkennbar negativ auf die X._ AG ausgewirkt. Der Beklagte habe sich treuwidrig verhalten, als er mit der Schlussrechnung vom 7. November 1986 die Angelegenheit erledigt habe, ohne dafür besorgt zu sein, dass die Arbeiten der X._ AG entsprechend den vereinbarten Regieansätzen vergütet würden. Die Vorinstanz kam gestützt darauf zum Schluss, die Voraussetzungen der Vertrauenshaftung seien im vorliegenden Fall erfüllt. Die vorinstanzliche Schadensberechnung beruhe aber zu Unrecht auf dem Erfüllungsinteresse, da sich der Schadenersatzanspruch auf das negative Interesse beschränke. Die Schadenspositionen, die unter dem Gesichtspunkt des negativen Interesses geschuldet seien, habe der Kläger jedoch weder vor der Vorinstanz noch vor dem Obergericht substanziiert dargelegt und unter Beweis gestellt, weshalb die Klage abzuweisen sei.
D. Mit Berufung vom 13. Januar 2007 beantragt der Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts Uri vom 22. Juni 2006 sei vollumfänglich aufzuheben und die Klage in Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils gutzuheissen (Ziff. 1). Eventualiter sei die Streitsache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Ziff. 2).
Der Beklagte beantragt die Abweisung der Berufung.
Am 10. Mai 2007 wies das Bundesgericht eine gleichzeitig eingereichte staatsrechtliche Beschwerde des Klägers ab, soweit es darauf eintrat.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006, 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem OG (<ref-law>).
2. Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht grundsätzlich an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 5.2 S. 573 mit Hinweis). Ausnahmen von dieser Bindung kommen nur in Betracht, wenn die Vorinstanz bundesrechtliche Beweisvorschriften verletzt hat, wenn ihr ein offensichtliches Versehen unterlaufen ist (Art. 63 Abs. 2 OG) oder wenn der von ihr ermittelte Sachverhalt im Hinblick auf die Anwendung des Bundesrechts der Ergänzung bedarf (Art. 64 OG). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106; <ref-ruling> E. 2a S. 485 f., je mit Hinweisen). Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und sind damit unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2c S. 252). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 6a S. 81; <ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 3 S. 85). Soweit die Ausführungen in der Rechtsschrift des Klägers bzw. des Beklagten diesen Anforderungen nicht genügen, sind sie nicht zu hören.
3. Der Kläger verlangt vom Beklagten die Differenz zwischen den von der Y._ AG bezahlten Monatslöhnen und den höheren Stundenlöhnen. Zur Begründung zieht er die im Gesetz vorgesehenen Anspruchsgrundlagen Vertrag, Delikt und ungerechtfertigte Bereicherung heran.
3.1 Der Kläger macht geltend, der Oberbauleiter habe ihm im Namen des Beklagten und für diesen verbindlich die erhöhten Stundenlöhne zugesagt, um die X._ AG zur Wiederaufnahme der Sanierungsarbeiten zu veranlassen. Es habe deshalb diesbezüglich zumindest ein normativer Konsens vorgelegen. Damit beruft sich der Kläger sinngemäss auf einen Vertragsschluss zwischen der X._ AG und dem Beklagten. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 63 Abs. 2 OG) wusste der Kläger jedoch sehr wohl, dass er in keinen direkten vertraglichen Beziehungen zum Beklagten stand; er hatte noch nicht einmal von Seiten der Y._ AG, mit der die X._ AG durch den Subunternehmervertrag verbunden war, die Zusicherung, dass effektiv Regieansätze gemäss der Vereinbarung vom 9. Dezember 1983 vergütet würden. Ein normativer Konsens fällt damit von vorneherein ausser Betracht. Eine vertragliche Grundlage für die geltend gemachte Forderung besteht nicht.
3.2 Der Kläger beruft sich weiter darauf, der Oberbauleiter habe als Hilfsperson des Beklagten den Kläger mit falschen Zusagen über höhere Stundenlöhne getäuscht, um ihn zur Wiederaufnahme der Sanierungsarbeiten zu veranlassen. Dieses Verhalten sei widerrechtlich im Sinn von <ref-law>, weshalb eine unerlaubte Handlung vorliege. Der Beklagte müsse den daraus entstandenen Schaden im Umfang des Wertes der aufgrund der Täuschung geleisteten Arbeitsstunden ersetzen.
Wer einem anderen widerrechtlich Schaden zufügt, wird ihm gemäss <ref-law> zum Ersatz verpflichtet. Handelt es sich - wie im vorliegendem Fall - um einen reinen Vermögensschaden, liegt nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung Widerrechtlichkeit nur bei Verletzung einer Verhaltensnorm vor, die nach ihrem Zweck vor derartigen Schädigungen schützen soll (<ref-ruling> E. 4a S. 312; <ref-ruling> E. 7b S. 192; <ref-ruling> E. 3 S. 128 f., je mit Verweisen). Die Beweislast für die Verletzung einer solchen Schutznorm trifft den Geschädigten (<ref-ruling> E. 3b S. 89). Der Kläger zieht als Schutznorm <ref-law> heran. Der Hinweis auf den Betrugstatbestand ist allerdings schon deshalb unbehelflich, weil sich aus dem angefochtenen Urteil keinerlei Hinweise darauf ergeben, dass der Beklagte dem Kläger die Lohnerhöhungen in täuschender Absicht in Aussicht stellte. Es ist nicht ersichtlich und wird vom Kläger auch nicht behauptet, dass eine andere Schutznorm verletzt wäre. Damit entfällt <ref-law> als Anspruchsgrundlage für die eingeklagte Forderung.
3.3 Der Kläger hält schliesslich die Voraussetzungen der ungerechtfertigten Bereicherung für erfüllt. Nach der vorläufigen Arbeitseinstellung der X._ AG habe der Beklagte durch die täuschende Zusage höherer Stundenlöhne die Wiederaufnahme der Sanierungsarbeiten erwirkt. Dadurch seien ihm ohne entsprechende Gegenleistung Arbeitsleistungen im Mehrwert von rund einer Million Franken zugeflossen. In diesem Umfang liege beim Beklagten somit eine Bereicherung aus nicht verwirklichtem Rechtsgrund (condictio ob causam futuram) vor.
Wer in ungerechtfertigter Weise aus dem Vermögen eines anderen bereichert worden ist, hat die Bereicherung gemäss <ref-law> zurückzuerstatten. Nach Abs. 2 der Bestimmung tritt diese Verbindlichkeit unter anderem dann ein, wenn jemand aus einem nicht verwirklichten Grund eine Zuwendung erhalten hat. Der Kläger behauptet selbst nicht, die X._ AG habe die Sanierungsarbeiten im Hinblick auf einen späteren Vertragsschluss weitergeführt, der dann nicht erfolgt sei. Sämtliche Arbeitsleistungen beruhten vielmehr auf einem vor Beginn der Sanierung mit der Y._ AG abgeschlossenen Vertrag. Schon deshalb kann keine Rede davon sein, dass der Beklagte eine Zuwendung aus einem nicht verwirklichten Grund erhalten hat. Eine ungerechtfertigte Bereicherung liegt nicht vor.
4. Als weitere Grundlage für die eingeklagte Forderung macht der Kläger eine Haftung aus erwecktem und enttäuschtem Vertrauen geltend.
4.1 Das Bundesgericht anerkennt seit einiger Zeit die Rechtsfigur der Vertrauenshaftung als eigenständige Haftungsgrundlage (<ref-ruling> E. 2.1 S. 349; <ref-ruling> E. 6a S. 304; <ref-ruling> E. 6c S. 355; <ref-ruling> E. 5a S. 336; Urteile des Bundesgerichts 4C.299/1998 vom 7. Januar 1999, E. 4a, publ. in: recht 2001 S. 68; 4C.280/1999 vom 28. Januar 2000, E. 3a, publ. in: SJ 2000 I S. 549). Es geht dabei um die Haftung eines vertragsfremden Dritten, die zum Tragen kommt, wenn der Dritte zunächst schutzwürdiges Vertrauen erweckt und dieses anschliessend treuwidrig enttäuscht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 349 mit Verweisen). Die Vertrauenshaftung wurde gestützt auf das der Culpa-Haftung zugrundeliegende, bestimmte gegenseitige Treuepflichten der Partner begründende Vertragsverhandlungsverhältnis aus der Überlegung heraus entwickelt, dass in wertungsmässig vergleichbaren Fällen der haftpflichtrechtliche Schutz ebenfalls nicht versagt bleiben darf (BGE <ref-ruling> E. 5a S. 335 f.). Das Bundesgericht knüpft die Haftung aus erwecktem und enttäuschtem Vertrauen allerdings an strenge Voraussetzungen. Schutz verdient nicht, wer bloss Opfer seiner eigenen Unvorsichtigkeit und Vertrauensseligkeit oder der Verwirklichung allgemeiner Geschäftsrisiken wird, sondern nur, wessen berechtigtes Vertrauen missbraucht wird (BGE <ref-ruling> E. 6a S. 303 f.; <ref-ruling> E. 6c S. 355 f.; <ref-ruling> E. 5a S. 336). Insbesondere ist die Erwartung, dass der Partner ohne vertragliche Verpflichtung eine Leistung erbringe, grundsätzlich nicht schützenswert, da es dem Vertrauenden in aller Regel zumutbar ist, sich durch einen entsprechenden Vertragsschluss abzusichern. Die Anerkennung der Vertrauenshaftung darf nicht dazu führen, dass das Rechtsinstitut des Vertrags ausgehöhlt wird (Peter Loser, Die Vertrauenshaftung im schweizerischen Schuldrecht, Habil. Basel 2006, Nr. 971; Claus-Wilhelm Canaris, Die Vertrauenshaftung im deutschen Privatrecht, Habil. München 1971, S. 364 f. und 369). Das Vertrauen auf eine freiwillige Leistungserbringung kann deshalb nur ganz ausnahmsweise Schutz finden, namentlich wenn der Vertragsschluss auf Grund der bestehenden Machtverhältnisse oder der Abhängigkeit des Vertrauenden faktisch nicht möglich ist und dem Vertrauenden gleichzeitig der Verzicht auf das Geschäft bzw. auf die Geschäftsbeziehung nicht zugemutet werden kann (Loser, a.a.O., Nr. 971 und 981; Canaris, a.a.O., S. 355, 366 und 369).
4.2 Im vorliegenden Fall führte die X._ AG die Sanierungsarbeiten weiter, weil sie darauf vertraute, die in Aussicht gestellten höheren Entschädigungen ausbezahlt zu bekommen. Gegenüber dem Beklagten richtete sich das Vertrauen darauf, dieser werde sicherstellen, dass der X._ AG entweder durch die Y._ AG oder sonst durch ihn selbst die Differenz zu den ausbezahlten Monatslöhnen vergütet werde. Eine derartige Erwartung ist nach dem Gesagten nur dann schützenswert, wenn ein entsprechender Vertragsschluss nicht möglich und ein Verzicht des Klägers auf das Geschäft nicht zumutbar gewesen wäre. Der Kläger behauptet selbst nicht, der Abschluss eines entsprechenden Garantievertrags mit dem Beklagten wäre auf Grund der bestehenden Machtverhältnisse nicht möglich gewesen. Er macht im Gegenteil geltend, der Beklagte wäre mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit sogar bereit gewesen, mit der X._ AG direkt einen Werkvertrag abzuschliessen, wenn diese ihre Arbeiten als Subunternehmerin definitiv eingestellt hätte, da er keine realistische Alternative gehabt hätte. Nach Angaben des Klägers befand sich die X._ AG also gegenüber dem Beklagten in einer starken Verhandlungsposition. Dennoch unterliess sie es, einen Garantievertrag mit dem Beklagten abzuschliessen, um die Bezahlung der Differenz zwischen den Monatslöhnen und den in Aussicht gestellten Stundenlöhnen sicherzustellen. Unter diesen Umständen kann ihr Vertrauen nicht als schützenswert angesehen werden. Es liegt kein Fall einer Vertrauenshaftung vor.
5. Das Bundesgericht hat das Bundesrecht von Amtes wegen anzuwenden und ist insbesondere nicht an die rechtlichen Erwägungen im angefochtenen Urteil gebunden. Es kann deshalb die Berufung mit einer rechtlichen Begründung abweisen, die von derjenigen der kantonalen Instanz abweicht (<ref-ruling> E. 2c S. 252 f.). Aus den obigen Erwägungen folgt, dass das angefochtene Urteil im Resultat kein Bundesrecht verletzt. Die Berufung ist deshalb abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Kläger kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'500.-- wird dem Kläger auferlegt.
3. Der Kläger hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: