(Kantonaler Sachplan Abbau, Deponie, Transporte), hat sich ergeben:
A.- Der Regierungsrat des Kantons Bern genehmigte am 16. September 1998 den kantonalen Sachplan Abbau, Deponie, Transporte (Sachplan ADT) und eröffnete diesen am 10. Dezember 1998 den betroffenen Gemeinwesen und Behörden. Der Sachplan bezweckt insbesondere das Sicherstellen der nötigen Abbau- und Deponiereserven für eine langfristig ausreichende Versorgung mit Baurohstoffen und Entsorgung der nichtverwertbaren Bauabfälle sowie des haushälterischen Umgangs mit den natürlichen Kiesressourcen, wobei er das gegenseitige Abstimmen der einzelnen Planungen ermöglichen soll. Der Sachplan sieht für das Sicherstellen der Abbau- und Deponiereserven das Prinzip der regionalen Selbstvorsorge vor, bei dem er es grundsätzlich den Regionen überlässt, geeignete Standorte festzulegen. Für den Fall, dass die regionalen und kommunalen Planungsbemühungen nachweislich erfolglos verlaufen sollten, hat der Regierungsrat im Sachplan vorsorglich Standorte von kantonaler Bedeutung bestimmt, an denen er nötigenfalls mit eigenen planerischen Massnahmen eingreifen will. Für die Region Bern wurde als Standort von kantonaler Bedeutung betreffend Kiesabbau und Inertstofflagerung das Gebiet Bubenloo in der Gemeinde Urtenen bestimmt; für die Region Laupen wurde das Gebiet Biberen in der Gemeinde Ferenbalm für den Kiesabbau vorgesehen.
B.- Die Einwohnergemeinden Urtenen und Ferenbalm sind gegen den regierungsrätlichen Genehmigungsentscheid mit staatsrechtlicher Beschwerde ans Bundesgericht gelangt. Sie beantragen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, eventualiter nur soweit, als er sie betrifft. Sie rügen eine Verletzung der Gemeindeautonomie sowie weiterer Verfassungsrechte, wobei sie insbesondere geltend machen, der Kanton habe auf ihrem Gebiet Standorte von kantonaler Bedeutung bezeichnet, ohne die Geeignetheit vorher ausreichend abzuklären und eine umfassende Interessenabwägung vorzunehmen.
Der Regierungsrat des Kantons Bern hat sich zu den staatsrechtlichen Beschwerden vernehmen lassen und deren Abweisung beantragt, soweit darauf einzutreten sei. Aufforderungsgemäss haben die Gemeinden ihre Beschwerden ergänzt (Art. 93 Abs. 2 OG). Der Regierungsrat hat zu diesen Ergänzungen Stellung genommen und an seinen Anträgen auf Abweisung der Beschwerden festgehalten.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der rechtserhebliche Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten. Den Anträgen auf Durchführung eines Augenscheins und Einholung von Gutachten ist daher nicht zu entsprechen (vgl. <ref-ruling> E. 2a).
b) Beide Beschwerden richten sich gegen die Genehmigung des kantonalen Sachplans ADT und enthalten im Wesentlichen dieselben Rügen. Es ist daher gerechtfertigt, die Beschwerdeverfahren zu vereinigen und sie in einem Entscheid zu behandeln (<ref-ruling> E. 1).
2.- a) Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwieweit auf eine Beschwerde einzutreten ist (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen). Das Recht der Gemeinden, die Verletzung ihrer Autonomie mit Beschwerde beim Bundesgericht zu rügen, ist in der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) ausdrücklich in Art. 189 Abs. 1 lit. b gewährleistet.
b) Mit dem vorliegenden Sachplan konkretisiert der Kanton seine Vorsorgepolitik im Sachbereich Abbau, Deponie und Transporte. Der Sachplan umfasst die Ziele, Grundzüge und Grundsätze dieser Politik. Er soll als Grundlage für die geplante Überarbeitung des aus den 80er-Jahren stammenden kantonalen Richtplans dienen (Ziff. 1.6 Abs. 3). Sein Inhalt bedarf somit noch der richtplanerischen Umsetzung. Dies hat in Abstimmung mit den übrigen Interessen, den Richtplänen der Nachbarkantone und den Sachplänen des Bundes zu erfolgen (Art. 6 RPG). Insoweit enthält der Sachplan keine definitiven raumbezogenen Ergebnisse, gegen welche sich die nachgeordneten Planungsträger mit einer selbständigen Autonomiebeschwerde beim Bundesgericht wehren könnten.
Der umstrittene Sachplan verfolgt indessen noch einen anderen Zweck: Er legt bereits "Standorte von kantonaler Bedeutung" fest. Dabei handelt es sich nicht um eine rein informatorische Aufzählung bedeutsamer Kiesressourcen, die sich zum Abbau eignen würden. Es wurden 138 Standorte einer gewissen Evaluierung unterzogen und davon 31 als Abbaustandorte bzw. 24 als Standorte für Inertstoffdeponien bestimmt.
Für diese Standorte enthält der Sachplan Vorgaben an die nachgeordneten Planungsträger. So haben die Regionen, Gemeinden und zuständigen Fachstellen hinsichtlich der Standorte von kantonaler Bedeutung den Auftrag, für spätere Interventionen den notwendigen Handlungsspielraum zu berücksichtigen und insbesondere für langfristige Entwicklungsmöglichkeiten zu sorgen (Ziff. 5.3 Abs. 3). Kommt in der regionalen Abbau- und Deponieplanung an einem der vorgesehenen kantonalen Standorte keine Festsetzung zustande, bestimmt die Region einen gleichwertigen Alternativstandort (Ziff. 5.3 Abs. 4). Bei ungenügenden oder ergebnislosen planerischen Massnahmen der Regionen und Gemeinden interveniert der Kanton an den Standorten von kantonaler Bedeutung mit eigenen planerischen Instrumenten, namentlich dem Mittel der kantonalen Überbauungsordnung nach Art. 102 des bernischen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG). Der Kanton gewährleistet die Versorgung und Entsorgung im Umfang regionaler und kommunaler Planungsdefizite, welche nachweisbar auf erfolglose Planungsbemühungen der Regionen oder Gemeinden zurückzuführen sind, an den vorgesehenen Standorten von kantonaler Bedeutung (Ziff. 5.3 Abs. 2 und 5.4 a.E.).
c) Gemäss Art. 57 Abs. 1 BauG sind Sachpläne behördenverbindlich (vgl. zur Bindungswirkung von Sachplänen:
Peter Balmer, Die Richtpläne nach dem bernischen Baugesetz vom 7. Juni 1970, Diss. Bern 1977, S. 11 f. und 15). Der vorliegende Sachplan enthält in Bezug auf die Standorte von kantonaler Bedeutung verbindliche Vorgaben an die Gemeinden.
Diese Vorgaben engen schon heute den kommunalen Handlungsspielraum ein. Es ist den Gemeinden verwehrt, an den bezeichneten Standorten nutzungsplanerische Massnahmen oder Baubewilligungsentscheide zu treffen, die dem Kiesabbau bzw. der Inertstoffablagerung entgegenstehen. Sie haben ihre Planung nach diesen Festsetzungen auszurichten. In dieser Hinsicht erfüllt der Sachplan richtplanähnliche Funktionen. Es ist daher angezeigt, die von der Rechtsprechung für die Anfechtung kantonaler Richtpläne entwickelten Kriterien auf den vorliegenden Sachplan anzuwenden (<ref-ruling> E. 3b S. 289 f.; <ref-ruling> E. 3). Die beschwerdeführenden Gemeinden sind demnach befugt, mit staatsrechtlicher Beschwerde geltend zu machen, der Sachplan verletze ihre Autonomie, soweit er für ihr Gebiet vorsorglich Abbau- und Deponiestandorte bestimme. Ob den Gemeinden im betreffenden Bereich tatsächlich Autonomie zusteht, ist keine Frage des Eintretens, sondern Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 1c und 285 E. 4a S. 294). Darüber hinaus bleibt es aber dabei, dass kein definitiver Rechtsakt vorliegt, der mit Autonomiebeschwerde angefochten werden könnte. Soweit die beschwerdeführenden Gemeinden Punkte aufgreifen, die nicht in unmittelbarem Zusammenhang mit den sie betreffenden Standortfestsetzungen stehen, kann auf ihre Beschwerden nicht eingetreten werden. Daraus folgt auch, dass sie nicht befugt sind, die vollumfängliche Aufhebung des angefochtenen Genehmigungsbeschlusses zu verlangen.
Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist mit der erwähnten Einschränkung auf die staatsrechtlichen
Beschwerden einzutreten.
3.-a) Die Gemeindeautonomie ist seit dem 1. Januar 2000 ausdrücklich in Art. 50 BV gewährleistet. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist eine Gemeinde in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt (<ref-ruling> E. 2b S. 226 f. mit Hinweisen). Art. 109 in Verbindung mit den Art. 107 ff. der Verfassung des Kantons Bern (KV) gewährleistet den Gemeinden die Autonomie im Rahmen des kantonalen Rechts, das ihnen einen möglichst weiten Handlungsspielraum gewähren soll. Gemäss Art. 108 Abs. 1 KV verfügen die Gemeinden über ein eigenes Gebiet und Vermögen. Verfassungsmässige Schranken bei der Umschreibung der Gemeindeautonomie durch die kantonale Gesetzgebung sind für den hier betroffenen Bereich nicht ersichtlich und auch nicht vorgebracht worden. Die Autonomie der Gemeinden reicht deshalb so weit, als dies die kantonale Gesetzgebung zum Planungs- und Baurecht zulässt.
b) Nach der bundesgerichtlichen Praxis kann der kantonale Gesetzgeber durch Gesetzesänderung die von ihm einmal gezogenen Schranken der Autonomie nachträglich enger ziehen, solange nicht irgend welche unmittelbar durch die Verfassung gewährleisteten Befugnisse oder Anforderungen verletzt werden; gleiches muss für Autonomiebeschränkungen gelten, die sich durch Erlass oder Änderung der kantonalen Richtplanung ergeben (<ref-ruling> E. 4c S. 295 mit Hinweisen).
Wird eine Gemeinde durch eine kantonale Raumplanungsmassnahme in ihrer Autonomie eingeschränkt, so kann sie mit staatsrechtlicher Beschwerde insbesondere verlangen, dass die kantonale Behörde ihre verfahrensmässigen Befugnisse nicht überschreitet und in materieller Hinsicht die kantonal- und bundesrechtlichen Vorschriften, die den autonomen Bereich der Gemeinde betreffen, nicht verletzt. Sie kann insbesondere vorbringen, der Eingriff in ihre Autonomie sei materiell rechtswidrig, etwa weil die planerische Anordnung den gesetzlichen Zweck des betreffenden Planungsinstruments verfehle (<ref-ruling> E. 4c S. 295 f. mit Hinweisen). Soweit die Handhabung von eidgenössischem oder kantonalem Verfassungsrecht zur Diskussion steht, prüft das Bundesgericht das Vorgehen der kantonalen Behörden mit freier Kognition, ansonsten unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-ruling> E. 2b S. 226 f.; <ref-ruling> E. 8b und 8c S. 290 f.; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
c) Wie das Bundesgericht wiederholt festgehalten hat, sind die Gemeinden des Kantons Bern im Bereich der Ortsplanung autonom (Art. 55 Abs. 1 sowie Art. 65 BauG; Urteil des Bundesgerichts vom 18. März 1991 in Sachen Einwohnergemeinde Thun, E. 4b [veröffentlicht in ZBl 92/1991 S. 278 ff.]). In Bezug auf grössere, mehrere Gemeinden umfassende, wirtschaftlich und geografisch zusammenhängende Gebiete ist die Raumplanung Aufgabe der Regionen (Art. 55 Abs. 2 BauG), zu denen sich die Gemeinden zwecks Erfüllung gemeinsamer Aufgaben der Raumplanung in Form von öffentlich- oder privatrechtlichen Vereinigungen zusammenschliessen müssen (Art. 97 Abs. 1 BauG).
d) Zu prüfen ist, ob der Regierungsrat die Autonomie der beschwerdeführenden Gemeinden verletzt hat, indem er die Gebiete Bubenloo und Biberen im Sachplan als mögliche und - für den Fall der innert Frist nachweislich fehlenden Planungsbemühungen seitens der Regionen und der Gemeinden - als endgültige Standorte für den Kiesabbau bzw. die Inertstofflagerung vorgesehen hat. Vorerst ist aber auf die formellen Rügen einzugehen, die zu erheben die Beschwerdeführerinnen befugt sind, da sie durch die angefochtenen Massnahmen des Sachplanes in ihrer Autonomie berührt sind.
4.- a) Die Gemeinden rügen eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil sich die kantonalen Organe mit den von der Gemeinde Urtenen gegen die Ausweisung eines kantonalen Standortes im Bubenloo vorgebrachten Argumente in keiner Weise auseinander gesetzt hätten und die von der Gemeinde Ferenbalm beim Kanton beantragte Besprechung bezüglich des im Gebiet Biberen geplanten Standorts erst nach Erlass des Sachplans stattgefunden habe.
b) Der aus Art. 4 der alten Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 (aBV) abgeleitete Anspruch auf rechtliches Gehör, der heute inhaltlich unverändert in Art. 29 Abs. 2 BV gewährleistet ist (vgl. BBl 1997 I 182; Amtl. Bull. N 1998 234; Amtl. Bull. S 1998 50 f.), dient der Sachaufklärung und garantiert dem Betroffenen ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht im Verfahren. Er soll sich vor der Beschlussfassung zur Sache äussern, erhebliche Beweise beibringen,
Einsicht in die Akten nehmen und an der Erhebung von Beweisen mitwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis äussern können, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 2 und 49 E. 3a; <ref-ruling> E. 1a, 372 E. 3b, je mit Hinweisen).
c) Aus den Akten ergibt sich, dass die Gemeinden im Rahmen des breit angelegten Vernehmlassungsverfahrens Gelegenheit zur Stellungnahme erhielten und davon auch Gebrauch gemacht haben. Ihre zum Sachplanentwurf eingenommenen Standpunkte sind - zusammen mit denjenigen anderer bernischer Gemeinden, die sich vernehmen liessen - in einem Bericht des Amts für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern vom Juli 1998 je in knapper Form zusammengefasst. Dass die kantonalen Behörden weder in diesem Bericht noch im Sachplan selbst detailliert auf die einzelnen Stellungnahmen eingegangen sind, ist angesichts der Weiträumigkeit der Abbau- und Deponieplanung sowie der eher allgemein gehaltenen Zielsetzung des Sachplans, die hauptsächlich in der Vorgabe der Kriterien für die Standortbestimmungen und die Planungsmodalitäten an die nachfolgenden Planungsträger besteht, nicht zu beanstanden.
Aus denselben Gründen verstösst auch die Tatsache, dass die Gemeinde Ferenbalm trotz ihres noch vor Erlass des Sachplans gestellten Gesuchs um eine Besprechung mit den kantonalen Behörden erst im Nachhinein Gelegenheit zu weiteren Ausführungen erhielt, nicht gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör. Diesem wurde demnach in beiden Fällen Genüge getan. Ob und inwieweit das Festhalten an den umstrittenen Standorten mit dem einschlägigen materiellen Recht vereinbar ist, bzw. ob die fraglichen Standortfestsetzungen im Sachplan überhaupt erfolgen durften, sind demgegenüber Fragen, die sich im Zusammenhang mit der Gemeindeautonomie stellen (s. unten E. 5).
5.- a) Der Sachplan legt, wie aus seinen einleitenden Bestimmungen hervorgeht, ein Konzept für die Planung der Abbau- und Deponiereserven fest, gestützt auf welches die Regionen nach dem Prinzip der Selbstvorsorge für ihr Gebiet die geeigneten Standorte zu ermitteln haben (Ziff. 1.3 bis 1.6). Die Abstimmung auf der übergeordneten, insbesondere auch überkantonalen Ebene soll dabei mit Hilfe des - auf der
Grundlage des Sachplans zu überarbeitenden - Richtplans erfolgen (Ziff. 1.6).
b) In verfahrensrechtlicher Hinsicht kommen für die Planung von Abfall- und Kiesabbaustandorten im Kanton Bern mangels entsprechender Sondervorschriften auf kantonaler oder eidgenössischer Ebene die dort allgemein geltenden planungsrechtlichen Vorschriften und Grundsätze zum Tragen (vgl. für den Abfallbereich: Hans-Peter Fahrni, Abfallplanung und Entsorgungspflicht, in: URP 1999 16 ff., S. 26 oben). Nach Art. 99 Abs. 1 BauG bezeichnet der Regierungsrat die Grundlagen, Konzepte und Sachpläne, mit denen die räumliche Entwicklung des Kantons bestimmt werden soll, und er beauftragt die Direktionen mit der Erarbeitung; er beaufsichtigt die Abstimmung der raumwirksamen Tätigkeiten im Kanton und entscheidet im Konfliktsfall. Art. 53 Abs. 2 BauG sieht vor, dass die Gemeinden, die Regionen und der Kanton die zur Erfüllung ihrer raumwirksamen Aufgaben nötigen Planungen erarbeiten und aufeinander abstimmen.
Bei der Erfüllung raumplanerischer Aufgaben haben die Planungsbehörden die Gesamtheit der normierten Ziele und Grundsätze optimal zu berücksichtigen. Solche ergeben sich aus dem Bundesrecht und dem kantonalen Recht. Dazu gehören auch die Ziele und Planungsgrundsätze, wie sie in Art. 1 und 3 RPG umschrieben sind. Was die bevorstehende Abstimmung des Sachplans mit dem Richtplan betrifft, ist zu beachten, dass Richtpläne eine doppelte Funktion erfüllen: Sie dienen sowohl der Nutzungsrichtplanung als auch der Koordinationsrichtplanung (Art. 8 RPG). Hinsichtlich letzterer dient der Richtplan der Koordination raumwirksamer Tätigkeiten, indem er die Aufgaben aller Sachbereiche und aller staatlichen Ebenen miteinander verknüpft und die Handlungsbeiträge der zuständigen Aufgabenträger zur erwünschten Raumordnung bezeichnet.
Zu den raumwirksamen Tätigkeiten, die mit Hilfe des Richtplans aufeinander abgestimmt werden, zählt auch die Festsetzung von Nutzungsplänen. Diese wirken wegen ihres grundsätzlich flächendeckenden Zugriffs, wegen ihrer auf Interessenausgleich verpflichteten breiten Optik und wegen ihrer Allgemeinverbindlichkeit als zentrales Instrument der Raumplanung. Daher hat der Richtplan die Nutzungsplanung in der Sache selbst anzuleiten und sich zu diesem Zweck zu den erforderlichen Änderungen an der geltenden Nutzungsordnung - soweit sie auf andere raumwirksame Tätigkeiten oder auf die anzustrebende Entwicklung hin abgestimmt werden muss - zu äussern (Pierre Tschannen, Kommentar RPG, Vorbemerkungen zu Art. 6 - 12, Rz. 6 ff.).
Hinsichtlich der Planung und Abstimmung raumwirksamer Tätigkeiten schreibt Art. 2 Abs. 1 lit. b der Verordnung über die Raumplanung vom 2. Oktober 1989 (RPV; SR 700. 1) vor, im Hinblick auf eine Lösung die in Betracht fallenden Alternativen und Varianten zu prüfen. Soweit den Behörden im Rahmen der Planung Handlungsspielräume zustehen, haben sie die davon berührten Interessen gegeneinander abzuwägen und in der Begründung ihrer Beschlüsse darzulegen (Art. 3 RPV).
Was die definitive Festlegung von Kiesabbau- und Abfalldeponiestandorten betrifft, so ist in Bezug auf die Beurteilung ihrer Eignung neben der Prüfung gewisser natürlicher Gegebenheiten insbesondere den Anliegen des Umweltschutzes Rechnung zu tragen (für den Kiesabbau: vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 93; für den Abfallbereich: Entscheid des Bundesgerichts vom 28. März 1994 i.S. B., E. 4 [publ. in: URP 1994 148 ff.]; <ref-ruling> E. 3b S. 55 a.E.).
c) Aus den umfangreichen Akten, insbesondere den Protokollen der Projektleitung, des Verwaltungsausschusses und der Sonderkommission sowie im Übrigen auch aus dem Sachplan selbst ergibt sich, dass die umstrittenen Standorte in den kommunalen Gebieten Bubenloo und Biberen in erster Linie aus dem Blickwinkel der ausreichenden Kiesversorgung festgelegt wurden. Eine stufengerechte Prüfung der Erschliessungsproblematik, der Luftbelastungen und des Natur- und Heimatschutzes hat indessen nicht stattgefunden, obwohl im Bubenloo ein Naherholungsgebiet und im Gebiet Biberen ein Landschaftsschutzgebiet betroffen ist. Diese Aufgabe ist im Sachplan vielmehr den bernischen Regionen überbunden worden (Ziff. 1.5, 5.1 a.E.). Zudem ergibt sich aus dem den Standort Bubenloo betreffenden Objektblatt 1995, dass hinsichtlich der Abfallplanung die gemäss Anhang 2 zur Technischen Verordnung über Abfälle vom 10. Dezember 1990 (TVA; SR 814. 600) vorgeschriebenen Nachweise verschiedener natürlicher Gegebenheiten, die nach Art. 30 TVA für die Standortwahl vorausgesetzt werden, nur teilweise erbracht sind. Eine flächendeckende Ermittlung aller für die Region Bern in Betracht fallenden Kiesabbau- und Deponiestandorte sowie eine stufengerechte Bewertung ihrer Geeignetheit sind für die Festlegung von Standorten jedoch unerlässlich.
Dass die Festsetzungen vorwiegend aus der Sicht ausreichender Kiesversorgung erfolgten, ergibt sich indirekt auch aus der Zusammensetzung der Projektleitung, die zusammen mit dem Verwaltungsausschuss und einer Sonderkommission die Projektorganisation bildete und an der Erarbeitung des Sachplans massgeblich beteiligt war: Die Projektleitung setzte sich aus vier Vertretern der kantonalen Verwaltung (Amt für Gemeinden und Raumordnung, Amt für Gewässerschutz und Abfallwirtschaft) und fünf Privaten zusammen, davon ein privater Raumplaner (Bruno Berz), zwei Vertreter der Stiftung Landschaft und Kies (Kurt Baumgartner und Karl Hofstetter, die gleichzeitig für die Kiesunternehmung K. und U. Hofstetter AG in Hindelbank tätig sind) und zwei Vertreter der CSD Colombi Schmutz Dorthe AG (Martin Hostettler und Ernst Schläppi), einem Ingenieur- und Planungsbüro, das regelmässig im Auftrag der Kiesindustrie tätig ist. Die CSD AG beriet die Projektleitung und war federführend für die Bearbeitung der Objektblätter, die der Standortauswahl zugrunde liegen. Wie aus dem Vortrag der kantonalen Baudirektion an den Regierungsrat vom 2. August 1990 hervorgeht, erfolgte die Finanzierung der Sachplanung zu 50% durch das daran interessierte Kiesgewerbe, vertreten durch die Stiftung Landschaft und Kies, einer Interessenvertreterin der Kieswirtschaft. Zudem ist unbestritten, dass die CSD AG für die Unternehmung KSU Kiesabbau Bubenloo im Rahmen eines Kiesabbaubewilligungsverfahrens Aufträge ausführte; das bereits am 7. April 1975 gestellte Kiesabbaugesuch über 2'230'000 m3 ist noch heute hängig, nachdem die Gemeinde Urtenen und die Kiesabbauunternehmung der Sistierung des Rechtsmittelverfahrens zugestimmt haben. Mitglied der KSU Kiesabbau Bubenloo ist u.a. die Kiesunternehmung K. und U. Hofstetter AG in Hindelbank. Es nahmen demnach mehrere Mitglieder in der Projektleitung Einsitz, die am hängigen Verfahren betreffend die Genehmigung des beantragten Kiesabbaus im Bubenloo beteiligt waren. Selbst wenn die Mitwirkung von Wirtschaftsvertretern an der Sachplanung grundsätzlich als sachdienlich und zweckmässig zu betrachten ist (vgl. Art. 41a USG), darf diese im Ergebnis nicht zu einer Vernachlässigung der öffentlichen Anliegen führen. Auch wäre etwa hinsichtlich des Kiesvorkommens in der Gemeinde Ferenbalm aus umweltschutz- und erschliessungstechnischen Gründen eine Abstimmung mit dem Kiesabbau in der freiburgischen Nachbargemeinde Ulmiz erforderlich gewesen, was seitens der Behörden indessen nicht veranlasst wurde.
d) In einem Sachplan können Standorte unter dem eingeengten Blickwinkel der Bedürfnisse der Kiesversorgung bestimmt werden, wenn damit bloss das Versorgungsinteresse für die künftige Richtplanung angemeldet wird. Um den raumplanungsrechtlichen Anforderungen zu genügen, bedarf es dann der Überführung der Sachplanfestsetzungen in den Richtplan. Dies setzt eine Abstimmung mit anderen Sach- und Entwicklungsplänen sowie eine Koordination mit den benachbarten Kantonen voraus (vgl. die im Rahmen der Sachplanung eingeholten Vernehmlassungen des Bundesamts für Raumplanung vom 2. Februar 1998 und des Bundesamts für Umwelt, Wald und Landschaft vom 26. Februar 1998). Der vorliegende Sachplan beruht weder auf einer solchen Abstimmung noch auf einer hinreichenden Interessenabwägung. Dennoch enthält er behördenverbindliche Standortfestsetzungen mit entsprechenden Vorgaben an die betroffenen Gemeinden: Es ist ihnen verwehrt, an den bezeichneten Standorten nutzungsplanerische Massnahmen oder Baubewilligungsentscheide zu treffen, die dem Kiesabbau beziehungsweise der Inertstoffablagerung entgegenstehen. In dieser Hinsicht erfüllt der Sachplan Richtplanfunktionen, ohne aber den Anforderungen an die Richtplanung in formeller und materieller Hinsicht zu genügen (s. vorne E. 2b und 5b). Damit übersteigt der Sachplan seinen Zweck, die Grundlagen und das Konzept für die nachgeordnete Planung aufzuzeigen.
Es ergibt sich somit, dass die beiden umstrittenen Festlegungen von Abbaustandorten von kantonaler Bedeutung über den Inhalt eines reinen Sachplanes hinausgehen und dadurch gegen die Gemeindeautonomie der Beschwerdeführerinnen verstossen. Diese für die beiden Standorte aufgezeigten Mängel am Sachplan können im Rahmen der nachfolgenden Planungsschritte zweckmässig nachgeholt werden.
e) Bei diesem Ausgang des Verfahrens erübrigt es sich, auf die weiteren Rügen einzugehen. Dies betrifft insbesondere die Einwände, der Sachplan sei unter Verletzung der Ausstandsvorschriften zustande gekommen und enthalte entgegen Art. 5 RPG keine Regelung über den Ausgleich der Vor- und Nachteile, die den Gemeinden durch die Planungen entstünden.
6.- Demnach sind die staatsrechtlichen Beschwerden wegen Verletzung der Gemeindeautonomie gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und die angefochtenen Standortfestlegungen aufzuheben. Auf die Erhebung von Gerichtskosten wird verzichtet (Art. 156 Abs. 2 OG). Praxisgemäss wird der Kanton Bern verpflichtet, die beschwerdeführenden Gemeinden Urtenen und Ferenbalm für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtlichen Beschwerden werden gutgeheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und der Sachplan ADT vom 16. September 1998 wird aufgehoben, soweit er in den Gemeinden Urtenen und Ferenbalm Standorte für den Kiesabbau bzw. die Inertstofflagerung festlegt.
2.- Auf die Erhebung von Gerichtskosten wird verzichtet.
3.- Der Kanton Bern hat die Gemeinden Urtenen und Ferenbalm für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 2'500. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen und der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 14. April 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: