Sachverhalt:
A. Am 24. Juli 2005 stellte N._ Antrag auf Arbeitslosenentschädigung ab 30. Juni 2005. Mit Verfügung vom 27. Juni 2006 forderte die UNIA Arbeitslosenkasse von der Versicherten Fr. 1'237.85 für im März und April 2006 zuviel bezahlte Leistungen zurück und korrigierte die Bezugstage wegen falsch abgerechneten Ferientagen. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 4. September 2006 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 20. November 2006).
C. N._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, die Abrechnungen seien an die UNIA zurückzuweisen, damit diese sie neu berechne.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Damit wurden das Eidg. Versicherungsgericht und das Bundesgericht in Lausanne zu einem einheitlichen Bundesgericht (an zwei Standorten) zusammengefügt (Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, S. 10 Rz 75) und es wurde die Organisation und das Verfahren des obersten Gerichts umfassend neu geregelt. Dieses Gesetz ist auf die nach seinem Inkrafttreten eingeleiteten Verfahren des Bundesgerichts anwendbar, auf ein Beschwerdeverfahren jedoch nur dann, wenn auch der angefochtene Entscheid nach dem Inkrafttreten dieses Gesetzes ergangen ist (<ref-law>). Da der kantonale Entscheid am 20. November 2006 und somit vor dem 1. Januar 2007 erlassen wurde, richtet sich das Verfahren nach dem bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandenen Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) vom 16. Dezember 1943 (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Streitig und zu prüfen ist einzig die Rechtmässigkeit der Rückforderung von Fr. 1'237.85.
2.1 Als Zwischenverdienst gilt jedes Einkommen aus unselbstständiger oder selbstständiger Erwerbstätigkeit, das die arbeitslose Person innerhalb einer Kontrollperiode erzielt. Der anzuwendende Entschädigungssatz bestimmt sich nach <ref-law>. Als Verdienstausfall gilt die Differenz zwischen dem in der Kontrollperiode erzielten Zwischenverdienst, mindestens aber dem berufs- und ortsüblichen Ansatz für die betreffende Arbeit, und dem versicherten Verdienst. Ist das Einkommen geringer als die dem Versicherten zustehende Arbeitslosenentschädigung, so besteht innerhalb der Rahmenfrist für den Leistungsbezug ein Anspruch auf Kompensationszahlungen (<ref-law>). Unrechtmässig bezogene Leistungen sind nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> zurückzuerstatten (<ref-ruling>). Gemäss <ref-law> kann der Versicherungsträger auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und wenn ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist.
2.2 Unbestritten und erstellt ist die Höhe des versicherten Verdienstes von Fr. 4'767.- und der Zwischenverdienste für die Monate März und April 2006 von je Fr. 3'466.65.-. Gestützt darauf ermittelte die Vorinstanz einen Taggeldanspruch in Höhe von 70 % des versicherten Verdienstes von Fr. 153.80 (Art. 22 Abs. 1 und 2 AVIG) und auf Grund der erzielten Zwischenverdienste einen Bruttotagesverdienst von Fr. 159.75. Im Monat März 2006 wurde der Versicherten Arbeitslosenentschädigung in Höhe von Fr. 478.25 und im Monat April 2006 Fr. 759.60 zugesprochen. Diese Taggelder von insgesamt Fr. 1'237.85 forderte die UNIA mit Verfügung vom 27. Juni 2006 zurück und zog damit ihre ursprüngliche Verfügung vom 5. Juni 2006, da sie bei der Berechnung des Zwischenverdiensts (Fr. 3'200.-) den Anteil des 13. Monatslohns vergass, in die Berechnung einfliessen zu lassen, in Wiedererwägung. Das kantonale Gericht folgerte daraus, dass kein Anspruch auf Leistungen der Arbeitslosenversicherung für die Monate März und April 2006 besteht, da der erzielte Bruttotagesverdienst den Taggeldanspruch übersteigt (<ref-law>); deshalb sei die Rückforderungsverfügung vom 27. Juni 2006 zu Recht erfolgt ist.
2.3 Die Einwendungen der Beschwerdeführerin sind unbegründet. Insbesondere stimmen die Ausführungen bezüglich der Reduktion des Arbeitspensums auf 71.40 % nicht mit den Akten überein, die eine Reduktion ab 1. September 2005 auf 50 % dokumentieren. Ferner entbehrt auch das Argument der Versicherten, sie habe Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung und deshalb auf 80 % des anrechenbaren Verdienstausfalls, einer rechtlichen Grundlage, lässt sie doch ausser Acht, dass nur der Arbeitgeber Kurzarbeitsentschädigung geltend machen kann (<ref-law>). Die Verfügung vom 27. Juni 2006 ist entgegen der Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nachvollziehbar und legt die vorgenommenen Berechnungen klar dar. Schliesslich hat die Vorinstanz zu Recht eine überproportionale Lohnkürzung im Sinne von <ref-law> verneint, nachdem das Pensum mit Faktor 0,714 (von 70 % auf 50 %) und der Lohn mit Faktor 0,72 (von Fr. 4'400.- auf Fr. 3'200.-) herabgesetzt wurden. Der angefochtene Entscheid sowie die Rückforderung von Fr. 1'237.85 sind demnach rechtens.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 27. Juni 2007
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: