Erwägungen:
1. Vor dem Obergericht des Kantons Zürich ist ein Verfahren betreffend die Verwahrungsüberprüfung des Beschwerdeführers sowie ein weiteres betreffend die bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug hängig. Der Beschwerdeführer gelangt mit einer Rechtsverzögerungsbeschwerde direkt an das Bundesgericht. Er macht geltend, die Überprüfung der Verwahrung hätte gemäss Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen des StGB (SchlBestStGB) innerhalb von 12 Monaten seit dem Inkrafttreten des neuen Rechts erfolgen müssen. Dies sei bis heute nicht geschehen. Ebenso wenig habe das Obergericht innert angemessener Frist über seine bedingte Entlassung befunden. Die letzte Überprüfung sei am 20. Dezember 2006 erfolgt. Das Vorgehen des Obergerichts verletze das Beschleunigungsgebot im Sinne von <ref-law> und der EMRK.
Das Obergericht des Kantons Zürich und die Justizdirektion des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
2. Wegen Rechtsverweigerung oder Rechtsverzögerung der Gerichtsbehörden kann im Kanton Zürich bei der nächst übergeordneten Aufsichtsbehörde Beschwerde geführt werden (§ 108 des Gerichtsverfassungsgesetzes des Kantons Zürich [GVG/ZH]). Dem Obergericht - als Gesamtgericht - steht gemäss § 106 GVG/ZH die Aufsicht über seine Kammern zu. Eine Beschwerde von Rechtssuchenden wegen Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung durch die Kammern des Obergerichts ist mithin im Gesetz vorgesehen. Besteht somit eine entsprechende Beschwerdemöglichkeit im Kanton, so ist die direkte Anrufung des Bundesgerichts ausgeschlossen. Da der Beschwerdeführer den kantonalen Instanzenzug nicht ausgeschöpft hat, ist auf die Beschwerde folglich nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 2b).
3. Wenn darauf eingetreten werden könnte, wäre die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten wäre. Dies aus folgenden Gründen:
3.1 Der Beschwerdeführer befindet sich seit dem 1. Januar 2007 nicht mehr im Verwahrungs-, sondern im Strafvollzug. Das zuständige Gericht - vorliegend das Obergericht - hat deshalb nicht nur zu prüfen, ob er aus der Freiheitsstrafe bedingt entlassen werden kann (<ref-law>; vgl. hierzu das Urteil des Bundesgerichts vom 4. März 2008 6B_589/2007), sondern auch, ob die angeordnete Verwahrung durch eine therapeutische Massnahme zu ersetzen ist. Nach Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB sind die laufenden Verwahrungen innerhalb Jahresfrist nach Inkrafttreten des neuen Rechts zu überprüfen.
Bei Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB handelt es sich um eine (reine) Ordnungsvorschrift. Ein (auch massives) Überschreiten des gesetzlichen Zeitrahmens von einem Jahr kann daher allenfalls Indiz für eine verfassungswidrige Rechtsverzögerung sein, genügt aber für sich allein nicht, um eine solche anzunehmen. Davon geht der Beschwerdeführer indessen zu Unrecht aus, indem er ausschliesslich aus der Fristüberschreitung auf das Vorliegen einer unzulässigen Rechtsverzögerung schliesst. Dass und inwiefern das Obergericht das Verfahren verschleppt haben sollte, ergibt sich aus der Beschwerde jedoch nicht. Mangels einer genügenden Begründung (<ref-law>; <ref-law>) ist darauf nicht einzutreten. Im Übrigen erwiese sich sein Vorbringen als unbegründet, zumal eine verzögerliche Behandlung des Verfahrens durch das Obergericht nicht ersichtlich ist. Die vorliegende Verfahrenslänge ist vielmehr zum grossen Teil dem Verhalten des Beschwerdeführers bzw. seines Verteidigers zuzuschreiben (vgl. kantonale Akten, act. 42, Fristerstreckungen zur Stellungnahme zur Eingabe des Amts für Justizvollzug; act. 50/58, Fristerstreckungen zur Stellungnahme zum Gutachten).
Nichts anderes gilt für das vor Obergericht hängige Verfahren betreffend die bedingte Entlassung. Nachdem sich der Beschwerdeführer mit dem diesbezüglichen Verfahrensgang überhaupt nicht auseinandersetzt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Anzumerken bleibt, dass das Bundesgericht am 4. März 2008 entschied, dass das Obergericht für die Beurteilung der bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug zuständig ist. Eine verfassungs- bzw. konventionswidrige Rechtsverzögerung ist mithin nicht erkennbar.
3.2 Soweit die Ausführungen des Beschwerdeführers ausserhalb des Verfahrensgegenstands liegen, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das gilt insbesondere für seine Vorbringen, die übergangs-rechtliche Anwendung des neuen Rechts verstosse gegen das Verschlechterungs- und das Rückwirkungsverbot. Ebenfalls nicht einzutreten ist auf die Kritik, welche der Beschwerdeführer hinsichtlich des Mitteilungsschreibens des Bundesamts für Justiz vom 7. Juli 2009 anbringt. Es handelt sich dabei nicht um ein taugliches Anfechtungsobjekt (vgl. <ref-law>).
4. Auf eine Kostenauflage kann ausnahmsweise verzichtet werden. Anspruch auf eine Entschädigung hat der Beschwerdeführer nicht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, und der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill