Faits:
A. A.a M. A.A._, né en 1967, originaire de Genève, et Mme B.A._, née en 1971, de nationalité autrichienne, se sont mariés à Cologny (Genève) le 8 janvier 1996, sans conclure de contrat de mariage.
De cette union est issu un enfant, C._, né en 2002.
Les époux vivent séparés depuis le mois de juillet 2007, Mme B.A._ ayant quitté avec son fils le domicile conjugal, lequel avait été acquis en PPE à raison d'une moitié par chacun des époux. Le prix d'achat de 600'000 fr. de l'immeuble acquis en 2001 avait toutefois entièrement été financé par le père de M. A.A._; sa valeur vénale a été estimée à 1'440'000 fr. par expertise judiciaire du 31 janvier 2011. Des travaux d'une valeur de 50'000 fr. financés par des économies réalisées au moyen de revenus professionnels du couple ont été effectués sur l'immeuble en 2001.
A.b M. A.A._ vit depuis trois ans en concubinage avec son compagnon actuel.
M. A.A._ a démissionné pour la fin du mois de décembre 2011 de son emploi dans les ressources humaines auprès d'une banque. Il réalisait jusqu'alors un revenu mensuel net de 9'400 fr., indemnité de repas, participation à l'assurance maladie et bonus inclus. Depuis le mois d'avril 2012, il perçoit des indemnités de chômage arrêtées à 6'500 fr., correspondant aux 80% de son dernier salaire. Il ne justifie d'aucune recherche d'emploi depuis sa démission intervenue à la fin du mois de septembre 2011.
Ses charges mensuelles ont été arrêtées à 2'500 fr.
A.c Mme B.A._ est directrice d'une société active dans le conseil en matière de ressources humaines ainsi que la sélection et le placement de personnel. Elle perçoit à ce titre un revenu mensuel net de 6'157 fr.
Les charges mensuelles retenues pour Mme B.A._ s'élèvent à 6'129 fr.; celles de C._ ont été arrêtées à 2'880 fr. jusqu'au 31 juillet 2012 et à 3'080 fr. depuis lors.
B. Les modalités de la vie séparée ont été réglées par un jugement du Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après Tribunal de première instance) sur mesures protectrices de l'union conjugale du 19 juin 2008, partiellement modifié par un arrêt du 5 décembre 2008 de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après Cour de justice ou Cour). Les époux ont ainsi été autorisés à vivre séparés, la jouissance exclusive du domicile conjugal a été attribuée au mari et la garde de l'enfant a été confiée à sa mère, un droit de visite en faveur du père étant réservé. La contribution mensuelle de M. A.A._ à l'entretien de sa famille a été arrêtée à 1'400 fr. tant que Mme B.A._ n'aurait pas pris d'appartement à bail et à 3'400 fr. par la suite.
C. C.a Le 28 octobre 2009, Mme B.A._ a déposé une demande unilatérale en divorce, au prononcé duquel M. A.A._ a adhéré.
Statuant sur mesures provisoires, le Tribunal de première instance a, par jugement du 14 octobre 2010, modifié les modalités du droit de visite du père et confirmé pour le surplus les mesures protectrices de l'union conjugale précédemment instaurées.
Par jugement du 26 mai 2011, le Tribunal de première instance a statué sur le fond, prononçant notamment le divorce des époux (chiffre 2) après les avoir déboutés de leur requête respective tendant au prononcé de nouvelles mesures provisoires (chiffre 1).
C.b M. A.A._ a fait appel de cette décision par acte déposé le 27 juin 2011, contestant la quotité de la contribution due à l'entretien de son fils (chiffre 5), le montant de la soulte de 694'486 fr. due à son ex-épouse à titre d'indemnité pour l'attribution en sa faveur de la pleine propriété de l'immeuble (chiffre 12), le nombre de bijoux devant être restitués à cette dernière (chiffre 13) et la répartition de l'émolument de mise au rôle (chiffre 15).
Mme B.A._ a conclu au rejet de l'appel principal et formé un appel joint réclamant une soulte de 700'000 fr. et sollicitant de la Cour qu'elle ordonne un avis aux débiteurs de son ex-époux.
C.c Statuant sur mesures provisionnelles, la Cour de justice a, par arrêt du 23 mars 2012, réduit la contribution mensuelle due par M. A.A._ à son fils et ordonné l'avis aux débiteurs sollicité par Mme B.A._.
Par arrêt du 11 mai 2012, la Cour de justice a notamment annulé le chiffre 12 du jugement entrepris et condamné M. A.A._ à payer à son ex-épouse la somme de 700'000 fr. Elle a en outre ordonné à la Caisse de chômage et/ou à tout futur employeur de M. A.A._ de verser mensuellement à Mme B.A._ toute somme supérieure à 2'500 fr. à prélever sur les indemnités et/ou le salaire de M. A.A._, sur toute commission, treizième salaire ou gratifications éventuelles, à titre de paiement des contributions courantes et futures de l'enfant C._, contributions fixées à 2'400 fr. par mois jusqu'à l'âge de 12 ans, 2'600 fr. par mois de 12 ans à 16 ans et à 2'800 fr. par mois de 16 ans à la majorité, voire au-delà, mais jusqu'à 25 ans au plus en cas d'études sérieuses et régulières. La Cour a finalement condamné Mme B.A._ à verser 5'500 fr. à son ex-mari au titre de remboursement des frais judiciaires avancés par ce dernier et confirmé le jugement entrepris pour le surplus.
D. Le 18 juin 2012, M. A.A._ forme un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre cette décision. Il conclut principalement à ce que l'arrêt entrepris soit partiellement annulé et qu'il lui soit donné acte de son engagement à s'acquitter d'un montant de 1'200 fr. par mois à titre de contribution à l'entretien de son fils jusqu'à ce que ce dernier atteigne l'âge de 12 ans révolus, puis un montant de 1'400 fr. de l'âge de 13 ans à l'âge de 16 ans révolus et finalement de 1'600 fr. de l'âge de 16 ans à l'âge de 18 ans révolus, voire au-delà en cas d'études régulières et sérieuses mais au maximum jusqu'à l'âge de 25 ans révolus. Il sollicite en outre que la somme due à Mme B.A._ à titre de participation à la plus-value résultant de la participation de cette dernière à l'amélioration du bien immobilier sis à l'avenue ... à X._ soit arrêtée à 28'800 fr., à ce que Mme B.A._ soit condamnée à lui restituer une bague en or gris et à ce que l'avis aux débiteurs soit supprimé. Il conclut subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. A l'appui de ses conclusions, le recourant invoque la violation des art. 9, 132, 177, 276, 291 et 937 al. 1 CC ainsi que de l'<ref-law>. Il soulève en outre l'arbitraire dans l'application de l'art. 394 al. 2 de l'ancienne loi de procédure civile genevoise (aLPC) et dans l'attribution à son ex-épouse d'une bague lui appartenant.
Invitées à se déterminer sur le recours, l'intimée conclut à son rejet, tandis que l'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt entrepris est une décision finale (<ref-law>), rendue en matière civile (<ref-law>), dans une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>, <ref-law>). Le recourant, qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'instance précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>); il a en outre agi dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, de sorte que son recours est en principe recevable.
1.2 Aux termes de l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Il s'ensuit que les pièces relatives à la situation de son concubin produites pour la première fois par le recourant devant le Tribunal de céans sont en principe irrecevables. En règle générale, la présentation de vrais nova n'est en effet pas admissible devant une autorité de recours qui ne revoit les constatations de fait du juge a quo qu'avec une cognition restreinte, c'est-à-dire essentiellement sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 2.1; arrêts 5A_485/2012 consid. 1.3; 5A_229/2012 consid. 1.4).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6, 638 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Il ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités).
2.2 De jurisprudence constante, le Tribunal fédéral se montre réservé en matière d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b p. 40; <ref-ruling> consid. 9 p. 399 et les arrêts cités). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables; encore faut-il que la décision en soit viciée dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; cf. aussi <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254/255).
3. L'autorité cantonale a pour l'essentiel confirmé le jugement de première instance, à savoir en particulier le montant de la contribution à l'entretien de C._ due par le recourant, rejetant ainsi les griefs de ce dernier qui contestait autant le montant retenu pour ses propres charges que celui arrêté pour le revenu de son ex-épouse. La juridiction cantonale a légèrement augmenté le montant fixé par les premiers juges pour l'indemnité due par M. A.A._ à son ex-épouse en contrepartie de l'attribution en sa faveur de la part de PPE de cette dernière. Dans le cadre du calcul de cette indemnité, l'autorité cantonale a retenu que les travaux d'une valeur de 50'000 fr. effectués par les époux sur le bien immobilier lors de son acquisition avaient intégralement été financés par des économies communes du couple conformément à leurs déclarations concordantes devant le premier juge, considérant que les dires ultérieurs du recourant selon lesquels seuls 24'000 fr. sur le montant total auraient été financés par le biais du compte joint n'étaient appuyés par aucune pièce. S'agissant d'une bague en or gris et diamants dont M. A.A._ réclamait la restitution, la Cour a également confirmé le prononcé du Tribunal de première instance considérant que la pièce produite à cet égard par le recourant n'avait aucune valeur probante et retenant qu'il s'agissait d'un cadeau du mari à son épouse ainsi qu'en attestaient deux témoins. L'autorité cantonale a finalement fait droit à la conclusion de Mme B.A._ qui sollicitait le prononcé d'un avis aux débiteurs de son ex-mari.
4. Le recourant s'en prend en premier lieu au montant qu'il doit à titre de contribution à l'entretien de son fils C._.
4.1 Pour arrêter la contribution due à l'entretien de l'enfant, l'autorité cantonale a, dans un premier temps, établi la capacité contributive de chacun des deux parents. S'agissant de M. A.A._, elle s'est fondée sur un revenu mensuel de 6'500 fr., correspondant aux indemnités de chômage auxquelles il peut prétendre, à savoir 80% de son précédent salaire. La cour cantonale a renoncé à lui imputer un revenu hypothétique plus élevé considérant que la difficulté actuelle à retrouver du travail dans le secteur bancaire était notoire. S'agissant des charges de M. A.A._ arrêtées à 2'500 fr. en chiffres ronds, elle les a calculées en tenant compte de la moitié du montant de base des normes OP nécessaire à l'entretien de deux personnes vivant en communauté de vie, soit 850 fr., ainsi que de la moitié seulement des charges de copropriété s'élevant à 758 fr., soit 379 fr., considérant que le compagnon de M. A.A._ était en mesure de participer aux frais du ménage commun, dès lors que son incapacité de travailler pour raison de santé et l'absence de revenus qui en découle n'avaient pas été établies, de sa prime LaMal de 390 fr., de frais de transports publics s'élevant à 70 fr. et finalement d'une charge d'impôts estimée à 800 fr. En ce qui concerne Mme B.A._, la Cour de justice a retenu qu'elle percevait un revenu mensuel net de 6'157 fr. pour des charges arrêtées à 6'129 fr. par mois se décomposant comme suit: une charge d'impôts estimée à 1'880 fr. (estimation effectuée sur la base d'un revenu annuel brut de l'ordre de 113'800 fr., d'une contribution alimentaire mensuelle de 2'500 fr. après déduction des cotisations sociales, des frais professionnels et des primes d'assurance-maladie pour elle-même et l'enfant, et finalement d'une fortune d'environ 700'000 fr. correspondant à la soulte à percevoir pour le transfert à son ex-époux de sa part de la PPE), le montant de base au sens des normes OP s'élevant à 1'350 fr., une part s'élevant à 2'000 fr. du loyer de l'appartement qu'elle occupe avec son fils, une prime d'assurance-maladie de 379 fr. et des frais de véhicule à hauteur de 520 fr. Sur la base des éléments qui précèdent, l'autorité cantonale a en définitive retenu que les parties bénéficiaient d'un solde disponible s'élevant à 4'000 fr. pour M. A.A._ et à 30 fr. pour Mme B.A._. S'agissant des charges de l'enfant, la Cour les a arrêtées à 2'880 fr. par mois jusqu'au 31 juillet 2012, se décomposant comme suit: le montant de base selon les normes OP (400 fr.), sa part du loyer (700 fr.), les frais d'écolage privé (1'435 fr.), la prime LaMal (108 fr.) et les cours d'équitation (240 fr.). L'autorité cantonale a retenu que les charges de l'enfant s'élèveraient ensuite à 3'080 fr. depuis le 1er août 2012, du fait qu'il aurait à cette date atteint l'âge de dix ans et que le montant afférent à son entretien de base serait dès lors porté à 600 fr. Elle a en définitive retenu, qu'après déduction des allocations familiales de 300 fr., le solde non couvert de l'enfant était par conséquent de 2'580 fr. jusqu'à la fin du mois de juillet 2012, puis de 2'780 fr. dès le 1er août 2012. Considérant que la mère de l'enfant assumait l'essentiel de la prise en charge quotidienne de celui-ci et qu'elle ne disposait que d'un faible disponible, la Cour a relevé qu'une contribution équivalant à l'intégralité des charges de l'enfant non couvertes par l'allocation familiale aurait pu être imposée au père, mais a toutefois confirmé la quotité de la contribution d'entretien quelque peu inférieure à ces chiffres arrêtée par le premier juge, estimant que ce dernier n'avait pas excédé son pouvoir d'appréciation en la matière.
4.2 Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé l'<ref-law> qui prévoit en particulier que le parent non gardien pourvoit à l'entretien de son enfant par le versement de prestations pécuniaires et conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris sur ce point et à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement à verser mensuellement à titre de contribution à l'entretien de son fils un montant de 1'200 fr. jusqu'à l'âge de 12 ans révolus, de 1'400 fr. de 13 ans à l'âge de 16 ans révolus et de 1'600 fr. de l'âge de 16 ans à l'âge de 18 ans révolus, voire au-delà en cas d'études régulières et sérieuses mais au maximum jusqu'à 25 ans.
4.3 Sous couvert de violation de l'<ref-law>, le recourant s'en prend en réalité à l'appréciation des preuves sur quatre points, à savoir le calcul de ses propres charges (cf. infra consid. 4.4), le calcul des charges de l'intimée ainsi que du revenu de cette dernière (cf. infra consid. 4.5) et enfin l'évaluation des besoins concrets de C._ (cf. infra consid. 4.6).
4.4 Le recourant conteste en premier lieu la manière dont ses propres charges ont été calculées.
4.4.1 Il soutient notamment assumer seul l'intégralité des charges du foyer et que ce serait par conséquent à tort que l'autorité cantonale aurait intégré dans ses charges la moitié du montant de base des normes OP nécessaire à l'entretien de deux personnes vivant en couple, ainsi que la moitié seulement des charges de copropriété s'élevant à 758 fr., estimant que son compagnon était en mesure de participer à ses charges ou du moins que le contraire n'avait pas été démontré. Le recourant soutient à cet égard que l'intimée a fait mention pour la première fois de l'existence de son concubin dans un courrier adressé à la Cour de justice le 28 février 2012, de sorte qu'il n'aurait pas été en mesure de répondre à cet allégué antérieurement, raison pour laquelle il produit pour la première fois devant le Tribunal de céans les pièces attestant de l'incapacité de son compagnon à participer aux charges du ménage en raison de problèmes de santé qui l'empêcheraient de percevoir un revenu. Toujours dans le cadre du calcul de ses charges, le recourant reproche également à la juridiction cantonale de ne pas avoir retenu le montant de 148 fr. 10 relatif aux frais de son assurance-maladie complémentaire, ce qui ne se justifierait pas, la situation financière des parties n'étant pas "catastrophique". Il estime de surcroît que la Cour se serait écartée sans raison des frais d'impôts de 2'506 fr. 45 retenus par l'autorité de première instance pour ne retenir qu'un montant de 800 fr. Il conclut en définitive que le disponible dont il bénéficie serait de 1'364 fr. 45 en lieu et place du montant de 4'000 fr. retenu, compte tenu de ses charges qui s'élèveraient en réalité à 5'135 fr. 55 et non à 2'500 fr.
4.4.2 L'argumentation du recourant pour contester ses charges, qui se fonde pour l'essentiel sur le fait qu'il serait le seul à assumer les frais du foyer, son concubin étant dans l'incapacité d'y participer en raison de problèmes de santé, n'est pas pertinente en l'espèce. En effet, les charges du recourant doivent être calculées dans le seul but d'évaluer sa capacité à contribuer à l'entretien de son fils envers lequel il a une obligation d'entretien légale et donc sans tenir compte des charges de son compagnon envers lequel il n'a pas une telle obligation. L'incapacité de son compagnon à contribuer aux charges du foyer n'a au demeurant quoi qu'il en soit pas été établie, les pièces nouvelles produites par le recourant dans le but d'en apporter la preuve étant irrecevables (cf. supra consid. 1.2). Dans la mesure où le recourant n'a jamais contesté vivre en concubinage avec son compagnon, il n'était par conséquent pas contraire au droit de ne retenir dans ses charges que la moitié de l'entretien de base prévu par les normes OP pour deux personnes vivant en communauté de vie ainsi que la moitié des charges de copropriété et le grief doit par conséquent être rejeté (cf. arrêt 5P.90/2002 du 1er juillet 2002 consid. 2b publié in: FamPra.ch 2002 p. 813). Les griefs du recourant relatifs à l'absence de prise en compte dans ses charges de ses primes d'assurance-maladie complémentaire et au fait que la Cour de justice se serait écartée "sans raison" des montants retenus par l'autorité inférieure pour sa charge d'impôts sont purement appellatoires et partant irrecevables.
4.5 Le recourant conteste dans un deuxième temps autant le calcul du revenu de son ex-épouse que celui des charges de cette dernière.
4.5.1 Il allègue que la Cour de justice aurait retenu de manière inexacte une charge d'impôt de 1'880 fr. pour l'intimée, alors que rien ne lui permettait de s'écarter du montant de 1'037 fr. arrêté par l'autorité de première instance et soutient dès lors que les charges de l'intimée s'élèveraient à 6'365 fr. 85. Le recourant affirme au surplus qu'il y a lieu de "relativiser" le montant de 6'157 fr. retenu au titre de revenu de l'intimée.
4.5.2 Tout comme pour le recourant, l'autorité cantonale s'est écartée des chiffres retenus par l'autorité de première instance pour la charge d'impôts de l'intimée qu'elle a estimée au moyen de la calculette en ligne mise à disposition par l'administration fiscale. Cette façon de procéder ne saurait être qualifiée d'arbitraire dans la mesure où, d'une part, la même méthode de calcul a été utilisée pour évaluer la charge fiscale des deux parties, et où, d'autre part, il se justifiait de s'écarter des chiffres retenus par l'autorité de première instance lesquels n'étaient plus actuels. Au demeurant, même si la charge fiscale de l'intimée venait à être corrigée par la suite en raison de la baisse de l'indemnité à percevoir en contre-partie de l'attribution à son ex-époux de sa part de PPE (cf. infra consid. 6) et que l'autorité cantonale a retenu au titre de sa fortune, ceci n'aurait en définitive pas d'incidence sur le montant de la contribution due par le recourant à l'entretien de son fils. En effet, dans la mesure où le calcul des charges des parties a servi uniquement à évaluer leur capacité respective à contribuer à l'entretien de l'enfant et que l'autorité cantonale a, à juste titre, estimé que le recourant aurait en principe pu être contraint à couvrir l'intégralité des charges de l'enfant non couvertes par l'allocation familiale dès lors qu'il bénéficiait d'un disponible plus important que la mère de l'enfant et que cette dernière assumait l'essentiel de la prise en charge quotidienne de celui-ci, une charge fiscale légèrement inférieure à celle retenue pour l'intimée serait de toute manière sans incidence sur cet état de fait. S'agissant du revenu de l'intimée, le recourant se contente de déclarer qu'il y a lieu de "relativiser ledit montant"; insuffisamment motivé, ce grief doit être rejeté.
4.6 Le recourant soutient finalement que la Cour aurait également établi de manière erronée les besoins de C._.
4.6.1 Il estime que c'est à tort que l'autorité cantonale a mis à la charge de l'enfant une part du loyer à hauteur de 700 fr., affirmant que le loyer devrait être assumé intégralement par l'intimée et que les charges de l'enfant devraient par conséquent être arrêtées à 2'183 fr. au lieu des 2'880 fr. retenus. Il soutient en outre que rien ne justifierait de lui faire supporter l'essentiel des besoins financiers de son fils, alors qu'il ne dispose que d'un simple droit de visite, lequel ne serait au demeurant pas respecté par l'intimée qui ne lui transmettrait en outre aucune information quant au suivi scolaire ou médical de leur fils. Le recourant relève finalement que le choix de la Cour de justice de confirmer les montants des contributions d'entretien successives prononcés par le premier juge serait "étonnant", dès lors que dans son arrêt du 23 mars 2012 statuant sur mesures provisionnelles, elle avait réduit ce montant à 2'000 fr.
4.6.2 Aux termes de l'<ref-law>, les père et mère doivent pourvoir à l'entretien de l'enfant et assumer, par conséquent, les frais de son éducation, de sa formation et des mesures prises pour le protéger (al. 1); l'entretien est assuré par les soins et l'éducation ou, lorsque l'enfant n'est pas sous la garde de ses père et mère, par des prestations pécuniaires (al. 2). Selon l'<ref-law>, la contribution d'entretien doit correspondre aux besoins de l'enfant ainsi qu'à la situation et aux ressources des père et mère, compte tenu de la fortune et des revenus de l'enfant (arrêt 5A_511/2010 du 4 février 2011 consid. 2.1). En principe, les enfants doivent bénéficier du même train de vie que celui effectivement mené par leurs parents (<ref-ruling> consid. 3b/bb p. 291; <ref-ruling> consid. 3a p. 112-113). En vertu du droit à des conditions minimales d'existence garanti par l'art. 12 Cst. (<ref-ruling> consid. 2 p. 370), l'obligation d'entretien trouve sa limite dans la capacité contributive du débirentier, en ce sens que le minimum vital de celui-ci doit être préservé (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 4-5 et consid. 5 in fine; arrêt 5A_248/2011 du 14 novembre 2011 consid. 4.1, publié in: FamPra.ch 2012 p. 500).
Dans ce contexte, le juge applique les règles du droit et de l'équité (<ref-law>). Il n'y a violation du droit fédéral que si le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation en se référant à des critères dénués de pertinence ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels, ou bien encore si, d'après l'expérience de la vie, le montant arrêté paraît manifestement inéquitable au regard des circonstances (<ref-ruling> consid. 2c/aa p. 162; <ref-ruling> consid. 3a p. 141; <ref-ruling> consid. 2f/cc p. 110; arrêt 5A_483/2011 du 31 octobre 2011 consid. 4.1).
4.6.3 En l'espèce, c'est précisément parce que l'enfant n'est pas sous sa garde que le recourant doit contribuer financièrement à son entretien à défaut de pouvoir y contribuer en nature (<ref-law>). Le recourant se méprend ainsi manifestement lorsqu'il soutient qu'il serait injustifié de mettre à sa charge l'essentiel des besoins financiers de son fils, dès lors qu'il ne dispose que d'un simple droit de visite, ceci étant précisément la cause de la pension alimentaire due à son fils. Le fait d'intégrer une part du loyer dans les charges de l'enfant est également conforme à la jurisprudence du Tribunal fédéral, contrairement à ce que prétend le recourant (cf. arrêts 5P.370/2004 du 5 janvier 2005 consid. 4; 5C.277/2001 consid. 3.2). Vu l'absence totale de motivation, le grief du recourant relatif au fait que l'autorité cantonale n'aurait à tort pas confirmé le montant de la contribution d'entretien fixé dans le cadre de son arrêt du 23 mars 2012 sur mesures provisionnelles est irrecevable.
5. Le recourant s'en prend ensuite à l'avis aux débiteurs ordonné par l'arrêt entrepris.
5.1 Considérant qu'on pouvait supposer que le recourant ne se conformerait pas au prononcé de la décision entreprise, dès lors que depuis janvier 2011 il ne s'était acquitté que partiellement de l'obligation d'entretien fixée sur mesures protectrices de l'union conjugale, l'autorité cantonale a par conséquent fait droit à la requête de l'intimée tendant au prononcé d'un avis aux débiteurs de son ex-mari.
5.2 Le recourant, admettant ne s'être acquitté que partiellement de la contribution d'entretien due pour l'année 2011 en raison de sa situation financière, soutient toutefois avoir réglé l'entier de l'arriéré dû en date du 23 septembre 2011 puis avoir versé ensuite mensuellement un montant de 1'929 fr. à l'intimée. Il considère par conséquent que l'avis aux débiteurs ordonné par la Cour de justice est disproportionné, infondé et qu'il viole par conséquent les art. 132, 177 et 291 CC. Il conclut dès lors à sa suppression.
5.3 Aux termes de l'<ref-law>, applicable par renvoi de l'<ref-law>, lorsque les père et mère négligent de prendre soin de l'enfant, le juge peut prescrire à leurs débiteurs d'opérer tout ou partie de leurs paiements entre les mains du représentant légal de l'enfant.
L'avis aux débiteurs constitue une mesure particulièrement incisive, de sorte qu'il suppose un défaut caractérisé de paiement. Une omission ponctuelle ou un retard isolé de paiement sont insuffisants. Pour justifier la mesure, il faut disposer d'éléments permettant de retenir de manière univoque qu'à l'avenir, le débiteur ne s'acquittera pas de son obligation, ou du moins qu'irrégulièrement et ce indépendamment de toute faute de sa part. Des indices en ce sens sont suffisants s'ils reposent sur des circonstances concrètes; le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation (arrêts 5P.427/2003 du 12 décembre 2003 consid. 2.2 publié in: FamPra.ch 2004 p. 372 et la référence; 5A_236/2011 du 18 octobre 2011 consid. 5.3; FRANÇOIS CHAIX in: Commentaire romand, 2010, n° 9 ad <ref-law>; FRANÇOISE BASTONS BULLETTI in: Commentaire romand, 2010, n° 5 ad. <ref-law>).
De manière générale, l'avis aux débiteurs constitue une sanction particulière du droit de la famille en raison de l'inexécution de l'obligation d'entretien, que celle-ci soit due à l'égard du conjoint (<ref-law>), de l'ex-conjoint (<ref-law>) ou de l'enfant (<ref-law>), de sorte que la jurisprudence susmentionnée rendue dans le cadre de l'application de l'<ref-law> peut être appliquée par analogie en l'espèce.
5.4 Il ressort des constatations de fait cantonales que, depuis le mois de janvier 2011, à savoir depuis plus d'une année, le recourant ne s'est acquitté que partiellement de l'obligation d'entretien fixée dans le cadre du prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale, de sorte que le défaut de paiement ne saurait être qualifié de ponctuel. Le recourant admet n'avoir payé que partiellement les montants dus, mais soutient toutefois que l'avis aux débiteurs ne serait pas justifié compte tenu de la régularité des versements effectués et du fait que ces carences seraient justifiées par sa situation financière. Cette argumentation n'est pas pertinente dès lors que l'avis aux débiteurs a, d'une part, précisément pour but de permettre au créancier d'aliments de percevoir l'intégralité de la pension qui lui est due et que la notion de faute ne joue, d'autre part et conformément à la jurisprudence susmentionnée, aucun rôle dans le cadre du prononcé d'un avis aux débiteurs. En définitive, il apparaît que les conditions nécessaires à l'application de l'<ref-law> étaient remplies en l'espèce, de sorte que cette norme n'a pas été violée et que l'avis aux débiteurs prononcé par l'autorité cantonale peut en conséquence être confirmé.
6. Le recourant critique par ailleurs l'indemnité accordée à l'intimée pour l'attribution en sa faveur de la part de PPE de cette dernière.
6.1 La Cour de justice a considéré que, si l'acquisition de l'appartement du couple avait été entièrement financée par des fonds de 600'000 fr. mis à disposition par les parents du mari, les deux époux avaient toutefois été inscrits au registre foncier en qualité de copropriétaires du bien chacun pour moitié au moment de l'acquisition et que cette inscription bénéficiait de la présomption réfragable d'acquisition en copropriété de l'<ref-law>, laquelle n'avait pas été renversée en l'espèce. En outre, l'autorité cantonale a estimé que le fait que les montants de 1'500 fr. versés à vingt-deux reprises durant plus de deux ans par les époux aux parents du recourant aient été prélevés sur les avoirs du ménage, ainsi que le fait que la mère du recourant ait déclaré que son époux et elle-même considéraient leur fils et leur belle-fille comme faisant "tous deux partie de leur famille", permettaient d'en déduire que l'intimée avait bénéficié dans la même mesure que son mari du financement de l'appartement par ses beaux-parents et que le montant investi par ces derniers constituait par conséquent un prêt en faveur des deux époux. La Cour en a déduit que l'intimée était par conséquent en droit d'être indemnisée pour l'attribution de sa part de PPE à son ex-mari et lui a octroyé une indemnité correspondant à la moitié de la valeur vénale de l'immeuble arrêtée à 1'440'000 fr., à savoir 720'000 fr. Elle a toutefois réduit ce montant à 700'000 fr., d'une part, pour tenir compte d'un montant de 10'584 fr. dû par l'intimée à son ex-époux à l'issue de la liquidation du régime matrimonial et, d'autre part, pour ne pas aller au-delà des conclusions de l'intimée.
6.2 Le recourant soutient que la Cour de justice aurait manifestement violé les art. 9 et 937 al. 1 CC en considérant qu'il n'avait pas apporté la preuve que l'appartement avait été acquis au moyen d'une donation faite par sa famille en son unique faveur et en retenant qu'il s'agissait d'un prêt octroyé par son père en faveur des deux époux. Il soutient en particulier que la juridiction cantonale aurait à tort déclaré les pièces n° 29 à 31 qu'il a produites irrecevables, dès lors que ces pièces démontreraient clairement que les travaux effectués dans l'appartement avaient été financés par le biais de montants issus du compte joint des époux, alors que le prix de vente de l'appartement avait été réglé par le notaire à l'aide de fonds versés directement par ses parents sur son compte personnel. Ceci aurait au demeurant été confirmé par plusieurs témoins. Au final, le recourant conclut à ce que l'arrêt entrepris soit annulé sur le point de l'indemnité octroyée à son ex-épouse en contrepartie de l'attribution en sa faveur de la part de PPE de cette dernière. Il soutient qu'elle aurait seulement droit à une participation à la plus-value proportionnelle à la moitié de la somme investie par les époux pour les travaux effectués et provenant de leur compte joint, à l'exclusion de toute participation à la plus-value conjoncturelle. L'intimée ayant selon lui contribué à la plus-value dont a bénéficié le bien immobilier à hauteur de 12'000 fr., correspondant à la moitié des 24'000 fr. utilisés pour les travaux et issus du compte joint des époux, le recourant estime qu'elle aurait par conséquent droit à 2% (12'000 fr./600'000 fr.) de la plus-value totale de 840'000 fr. (1'440'000 fr. - 600'000 fr.), à savoir 16'800 fr., auxquels il faut ajouter 12'000 fr. correspondant à la moitié de l'investissement de 24'000 fr. issu du compte joint des époux. Selon le recourant, l'intimée devrait ainsi en définitive percevoir une indemnité de 28'800 fr. (16'800 fr. + 12'000 fr.).
L'intimée allègue, pour sa part, que dès lors qu'elle-même et son ex-époux étaient considérés indistinctement comme des membres de la famille par les parents de ce dernier, le principe était que, sauf preuve du contraire, toute aide ou prêt des parents en leur faveur n'était pas octroyé exclusivement à l'un ou l'autre d'entre eux. Elle soutient également qu'il aurait été difficilement compréhensible que le recourant accepte l'inscription de son épouse comme copropriétaire au registre foncier, si le bien immobilier avait effectivement été acquis au moyen d'une aide de ses parents accordée exclusivement en sa faveur. Il serait en outre évident que les versements réguliers de montants de 1'500 fr. en faveur des parents du recourant correspondaient au paiement d'intérêts à hauteur de 3% sur le montant prêté, dès lors qu'ils auraient été comptabilisés dans la rubrique "loyer" et seraient intervenus dès le mois de juillet 2001, date de l'achat immobilier. Contrairement à ce que soutient le recourant, ces montants ne pouvaient selon elle constituer une aide temporaire en faveur des parents de ce dernier en raison de difficultés financières rencontrées suite à l'hospitalisation du père, dès lors que cette hospitalisation ne serait intervenue qu'en 2005 et que les parents du recourant auraient au surplus joui de revenus et d'une fortune considérables. Elle conclut que l'autorité cantonale aurait retenu sans arbitraire que le prêt de 600'000 fr. avait été consenti par les parents du recourant en faveur des deux époux sans distinction et que ces derniers devaient par conséquent être mis sur un pied d'égalité quant à leurs investissements respectifs dans l'acquisition et la conservation du bien, ce qui justifiait qu'elle soit indemnisée à hauteur de la moitié de la valeur vénale du bien.
6.3 En cas de divorce, le partage d'un bien en copropriété, comme aussi le règlement des autres rapports juridiques spéciaux existant entre les époux, doit être effectué avant de passer à la liquidation du régime matrimonial selon les <ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.1.1; arrêts 5C.87/2003 du 19 juin 2003 consid. 4.1; 5C.171/2006 du 13 décembre 2006 consid. 7.1; 5A_87/2010 du 5 mai 2010 consid. 3.1; cf. DESCHENAUX/STEINAUER/BADDELEY, Les effets du mariage, 2009, n. 1142 ss).
Il y a donc lieu de procéder en deux étapes.
6.3.1 Dans la première étape, il faut partager la copropriété conformément aux règles ordinaires des art. 650 et 651 CC, auxquelles s'ajoute le mode de partage prévu par l'<ref-law>. En vertu de l'<ref-law>, lorsqu'un bien est en copropriété, un époux peut demander que ce bien lui soit attribué entièrement s'il justifie d'un intérêt prépondérant, à charge de désintéresser son conjoint.
Lorsqu'il attribue l'immeuble à l'un des époux, le juge fixe l'indemnité due à l'autre conformément aux règles de la copropriété, en tenant compte de la valeur vénale de l'immeuble. Si les époux sont inscrits comme copropriétaires au registre foncier, on en déduit qu'ils ont l'un et l'autre voulu être copropriétaires et partager la plus-value proportionnellement à leurs quote-parts, sans égard au financement (<ref-ruling> consid. 5.1.2; arrêt 5A_600/2010 du 5 janvier 2011 consid. 4.1 publié in FamPra.ch 2011 p. 417; pour la propriété commune: arrêt 5A_283/2011 du 29 août 2011 consid. 2 publié in FamPra.ch 2011 p. 965). Dès lors que le droit inscrit est présumé (<ref-law>), il appartient à celui qui conteste la copropriété de la personne inscrite d'établir l'invalidité du titre d'acquisition (<ref-ruling> consid. 5.1.2 et 5.1.4 et les références; arrêts 5A_87/2012 du 25 mai 2012 consid. 5.1; 5A_417/2012 du 15 août 2012 consid. 4.3.1).
Si le bien est attribué à l'un des époux, l'indemnité due à l'autre en contre-partie de cette attribution comprend donc, d'une part, le montant des propres investissements de celui-ci et, d'autre part, la moitié de la plus-value.
En l'espèce, les époux ont été inscrits au registre foncier en tant que copropriétaires du bien immobilier à raison de la moitié chacun. L'attribution du bien au recourant n'étant pas contestée, seul demeure litigieux le montant de l'indemnité due à l'épouse en contre-partie de cette attribution. A cet égard, l'autorité cantonale se méprend lorsqu'elle déduit de l'inscription des deux époux en qualité de copropriétaires chacun pour moitié, que chacun a par conséquent droit à la moitié de la valeur vénale du bien. En effet, la présomption de copropriété a pour seul conséquence en l'espèce le partage à parts égales entre les parties de la plus-value dont le bien a profité, laquelle se calcule en déduisant de la valeur vénale du bien les montants liés aux investissements effectués par chacune des parties. Chaque partie est en effet en droit de récupérer les fonds qu'elle a investis lors de l'acquisition du bien. En l'espèce, l'intégralité du prix d'achat de 600'000 fr. a été financée par les parents du recourant. Lorsque des parents accordent un soutien financier à l'un de leurs enfants en vue de l'acquisition d'un bien, l'aide financière apportée - qu'il s'agisse d'une donation ou d'un prêt qui est ensuite remis faute pour le débiteur de pouvoir le rembourser - tend en principe à aider leur propre enfant. On ne peut en effet présumer, sauf déclaration claire dans ce sens, que la donation ou le prêt remis par la suite, octroyé en vue de l'acquisition du logement familial de leur enfant, aurait été consenti pour moitié au conjoint de celui-ci. Contrairement à ce que semble soutenir l'autorité cantonale, une telle donation ne peut en aucun cas être déduite de la présomption de copropriété et encore moins du fait que l'intimée a été considérée par ses beaux-parents comme faisant partie intégrante de la famille. C'est ainsi à tort que l'autorité cantonale est arrivée à une telle conclusion et le recourant doit en conséquence pouvoir récupérer l'intégralité du montant de 600'000 fr. investi dans le logement familial par ses parents.
En revanche, le recourant se trompe lorsqu'il soutient que son ex-épouse aurait droit à une participation à la seule plus-value réalisée par le bien immobilier suite aux travaux effectués grâce à des fonds issus du compte joint des époux, en tenant certes compte de la valeur actuelle du bien mais à l'exclusion d'une participation à la plus-value conjoncturelle. En effet, conformément à la jurisprudence susmentionnée, dans la mesure où les parties ont été inscrites au registre foncier en qualité de copropriétaires du bien et que la présomption découlant du registre foncier n'a pas été renversée, l'intimée a droit à la moitié de la plus-value dont a profité l'immeuble, à savoir à la moitié du bénéfice net après déduction des investissements de chacun des époux. Pour calculer cette plus-value, il faut partir du prix d'achat de 600'000 fr. financé par les parents du recourant et y ajouter le montant de 50'000 fr. afférant aux travaux d'amélioration effectués par les époux, qui peuvent être qualifiés d'investissements. Compte tenu de la valeur vénale du bien qui s'élève à 1'440'000 fr., la part de l'intimée à la plus-value s'élève à 395'000 fr. ([1'440'000 fr. - 650'000 fr.]/2). Elle reprend également le montant de son investissement de 25'000 fr. correspondant à la moitié du coût des travaux effectués par les époux.
En conséquence, en contre-partie de l'attribution de l'immeuble, le mari doit verser à son épouse une indemnité de 420'000 fr. (395'000 fr. + 25'000 fr.).
6.3.2 Dans la deuxième étape, il faut intégrer le résultat de ce partage de la copropriété dans les différentes masses des époux soumis au régime de la participation aux acquêts.
L'immeuble, qui est attribué en pleine propriété au mari, doit être intégré à la masse de ses biens propres en vertu de l'<ref-law> dès lors qu'il a été acquis intégralement au moyen d'une donation de 600'000 fr. provenant de ses parents (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2.3). Dès lors que la participation de l'époux aux travaux à hauteur de 25'000 fr. (50'000 fr./2) a été financée par le biais d'acquêts, sa masse d'acquêts dispose d'une récompense variable envers sa masse de biens propres en vertu de l'<ref-law>. Compte tenu de la plus-value dont a bénéficié l'immeuble, cette récompense variable s'élève à 55'384 fr. ([25'000 fr. X 1'440'000 fr.]/ 650'000 fr.).
L'indemnité de 420'000 fr. revenant à l'épouse dans la liquidation de la copropriété de l'immeuble grève les biens propres de l'époux, auxquels est attribué l'immeuble. Elle doit être attribuée à la masse des acquêts de l'épouse dès lors qu'elle a été acquise à titre onéreux pendant le mariage, respectivement financée par ses acquêts.
Chaque époux ayant droit à la moitié du bénéfice des acquêts de l'autre (<ref-law>), le mari doit à son épouse la moitié de 55'384 fr., soit 27'692 fr., celle-ci doit à son mari la moitié de 420'000 fr., soit 210'000 fr.
En conséquence, le mari doit à l'épouse un montant de 237'692 fr. (420'000 fr. + 27'692 fr. - 210'000 fr.)
6.3.3 La cour cantonale ayant admis par ailleurs que l'épouse devait 10'584 fr. à l'époux au titre de la liquidation du régime matrimonial, l'arrêt attaqué doit être réformé en ce sens que le recourant doit verser à l'intimée le montant de 227'108 fr. (237'692 fr. - 10'584 fr.).
6.4 Il s'ensuit qu'il est superflu d'examiner les autres griefs du recourant relatifs à la violation de l'<ref-law> et à l'application arbitraire de l'art. 394 al. 2 aLPC/Ge, dans la mesure où les pièces nouvelles qu'il a produites en appel tendent toutes selon lui à établir que l'immeuble avait bien été acquis au moyen d'une donation de ses parents en sa seule faveur, de sorte qu'il en serait le seul propriétaire. En effet, le Tribunal fédéral a, d'une part, déjà affirmé dans sa jurisprudence que la présomption de copropriété découlant du registre foncier ne pouvait être renversée par la seule démonstration d'un financement exclusif, mais qu'il était au contraire nécessaire de démontrer l'invalidité de l'acte d'achat en copropriété (<ref-ruling> consid. 5.1.2; arrêts 5A_28/2009 du 5 février 2010 consid. 4.2.1, publié in: FamPra.ch 2010 p. 420; 5A_87/2012 consid. 5.1) et qu'il a, d'autre part, d'ores et déjà été admis (cf. supra consid. 6.2) que le montant de 600'000 fr. a bien été avancé par ses parents en sa seule faveur et doit par conséquent être comptabilisé dans ses biens propres.
7. En dernier lieu, le recourant allègue que l'autorité cantonale aurait attribué de manière arbitraire à l'intimée une bague lui appartenant.
7.1 La cour cantonale a estimé que, même si le bijou litigieux avait été remis au recourant par ses parents à titre d'avancement d'hoirie, celui-ci était toutefois libre de l'offrir à son épouse. La Cour a retenu à cet égard, tout comme les premiers juges, que le recourant avait offert cette bague à son épouse à l'occasion de la naissance de leur enfant, comme en attestaient deux témoins et a par conséquent refusé d'ordonner la restitution au recourant.
7.2 Le recourant conteste avoir offert ce bijou à son épouse à l'occasion de la naissance de leur enfant, mais soutient qu'elle s'en serait emparée indûment lors de son départ du domicile conjugal. Il ressortirait au surplus du témoignage de son frère que leur mère leur aurait distribué à plusieurs occasions des bijoux de famille mais que ceux-ci devaient cependant rester dans le cercle familial. La Cour aurait en outre écarté de manière arbitraire la pièce n° 20 qu'il a produite, laquelle attesterait de l'inclusion de ce bijou dans la nomenclature des objets assurés par la famille A._ auprès de l'assurance Y._, établissant ainsi, selon lui, que la famille A._ avait l'intention de conserver cette bague. Partant, il conclut à ce que l'arrêt entrepris soit annulé sur ce point également et à ce que l'intimée soit condamnée à lui restituer l'objet en question.
7.3 Se plaignant d'arbitraire, le recourant se limite à affirmer que la bague litigieuse fait partie des bijoux de famille et que la Cour ne pouvait par conséquent déduire qu'il avait offert ce bijou en cadeau à sa femme à l'occasion de la naissance de leur fils. Contrairement à ce qu'il semble soutenir, l'autorité cantonale n'a cependant pas méconnu que la bague provenait de sa famille, mais a toutefois estimé, sur la base des déclarations de deux témoins, qu'il avait effectivement offert cette pièce à sa femme, de sorte qu'elle en était devenue la propriétaire. La critique du recourant, purement appellatoire, ne permet pas de démontrer un quelconque arbitraire dans l'appréciation de la juridiction cantonale.
8. Sur le vu de ce qui précède, le recourant obtient gain de cause sur une question, les griefs concernant les deux autres questions étant écartés. Le recours est donc partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il concerne le montant dû par le recourant à l'intimée, lequel est réduit à 227'108 fr. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. II convient de répartir les frais judiciaires à hauteur de 1'000 fr. à la charge de l'intimée et de 2'000 fr. à la charge du recourant (<ref-law>). Ce dernier versera en outre à l'intimée une indemnité de dépens réduite (<ref-law>). Il appartiendra à l'autorité cantonale de statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que M. A.A._ est condamné à verser à Mme B.A._ un montant de 227'108 fr.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à hauteur de 2'000 fr. à la charge du recourant et à hauteur de 1'000 fr. à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 1'200 fr., à verser à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 30 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Hildbrand