Widerhandlung gegen das SVG(Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 5. Juni 2000), hat sich ergeben:
A.- S._ fuhr am 2. Juni 1999 um 16.30 Uhr auf der Autobahn A 1, Fahrtrichtung Bern, mit seinem Personenwagen "Porsche 911" zunächst auf dem Überholstreifen, schloss auf der Höhe Neuenhof auf einen schwarzen "Alfa" auf, bog dann rechts auf den Normalstreifen aus, fuhr an insgesamt zwei Fahrzeugen vorbei und schwenkte anschliessend wieder auf die Überholspur zurück.
B.- Das Bezirksamt Baden verurteilte S._ mit Strafbefehl vom 21. Juli 1999 wegen Rechtsüberholens auf der Autobahn durch Ausschwenken und Wiedereinbiegen in Anwendung von Art. 90 Ziff. 1 des Strassenverkehrsgesetzes (SVG; SR 741. 01) zu einer Busse von Fr. 400.--.
Auf Einsprache der Staatsanwaltschaft hin erliess das Bezirksamt Baden am 9. August 1999 gestützt auf denselben Sachverhalt, neu aber in Anwendung von <ref-law> einen neuen Strafbefehl, wiederum mit einer Busse von Fr. 400.--.
C.- Auf Einsprache von S._ hin verurteilte ihn das Bezirksgericht Baden am 11. November 1999 wegen unerlaubten Rechtsüberholens auf der Autobahn in Anwendung von <ref-law> zu einer Busse von Fr. 300.--.
D.- Gegen dieses Urteil erhoben sowohl die Staatsanwaltschaft wie auch S._ Berufung. Das Obergericht des Kantons Aargau wies mit Urteil vom 5. Juni 2000 die Berufung von S._ ab und hiess die Berufung der Staatsanwaltschaft gut. S._ wurde wegen unerlaubten Rechtsüberholens auf der Autobahn in Anwendung von <ref-law> schuldig gesprochen und mit einer Busse von Fr. 400.-- bestraft.
E.- S._ erhebt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichtes aufzuheben.
F.- Das Obergericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Beschwerdeführer macht geltend, beim Fahren in parallelen Kolonnen sei das Ausschwenken von der linken Fahrspur (Überholspur) auf die rechte Fahrspur (Normalspur) und das Einbiegen von der rechten Fahrspur auf die linke Fahrspur für sich allein ebenso zulässig, wie es erlaubt sei, auf der rechten Fahrspur an Fahrzeugen vorbeizufahren, welche sich auf der linken Fahrspur befinden.
Für die Konstellation des Fahrens in parallelen Kolonnen hätte man ein Kriterium finden müssen, um zu unterscheiden zwischen der Kombination von erlaubtem Spurwechsel mit erlaubtem Rechtsvorbeifahren einerseits und unerlaubtem Rechtsüberholen andererseits. In <ref-ruling> E. 3b sei diese Frage ausführlich erörtert und festgehalten, unerlaubtes Rechtsüberholen liege dann vor, wenn das Ausschwenken, Vorbeifahren an einem oder wenigen Fahrzeugen und das anschliessende Wiedereinbiegen in einem Zuge erfolge; dies treffe vor allem dort zu, wo ein Fahrzeuglenker die Lücken in den parallelen Kolonnen so ausnütze, dass er nur um zu überholen kurz auf der rechten Fahrbahn fahre und gleich wieder nach links einbiege. Das Ausschwenken, Vorbeifahren an einem oder wenigen Fahrzeugen und das anschliessende Wiedereinbiegen in einem Zuge und das Ausnützen der Lücken in den parallelen Kolonnen in dem Sinne, dass der Fahrzeuglenker nur um zu überholen kurz auf der rechten Fahrbahn fahre und gleich wieder nach links einbiege, setze direkten Vorsatz voraus. Begrifflich sei insbesondere ausgeschlossen, dass ein Fahrzeuglenker eventualvorsätzlich nur um zu überholen in einem Zuge ausschwenkt, rechts an anderen Fahrzeugen vorbeifährt und wieder einschwenkt.
Das angefochtene Urteil gehe - mit dem erstinstanzlichen Urteil - davon aus, der Beschwerdeführer habe eventualvorsätzlich gehandelt. Da dies nach dem Gesagten für die Erfüllung des Tatbestandes des Rechtsüberholens in parallelen Kolonnen nicht genüge, habe die Vorinstanz mit ihrer Verurteilung Bundesrecht verletzt.
Für den Fall, dass seine Beschwerde in diesem Punkt nicht begründet sei, macht der Beschwerdeführer geltend, die Anwendung von Art. 90 Ziff. 2 statt von <ref-law> auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt verletze Bundesrecht.
2.- a) Nach <ref-law> ist links zu überholen, woraus ein Verbot des Rechtsüberholens folgt. Ein Überholen liegt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vor, wenn ein schnelleres Fahrzeug ein in gleicher Richtung langsamer vorausfahrendes einholt, an ihm vorbeifährt und vor ihm die Fahrt fortsetzt, wobei weder das Ausschwenken noch das Wiedereinbiegen eine notwendige Voraussetzung des Überholens bildet (<ref-ruling> E. 2, 114 IV 55 E. 1 mit Hinweisen).
Eine Ausnahme vom Verbot des Rechtsüberholens sieht Art. 8 Abs. 3 Satz 1 der Verkehrsregelnverordnung (VRV; SR 741. 11) allgemein und Art. 36 Abs. 5 lit. a VRV besonders auf Autobahnen "beim Fahren in parallelen Kolonnen" vor, jedoch lediglich in der Weise, dass bloss das Rechtsvorbeifahren an anderen Fahrzeugen gestattet ist. Das Rechtsüberholen durch Ausschwenken und Wiedereinbiegen ist gemäss Art. 8 Abs. 3 Satz 2 VRV ausdrücklich untersagt. Ein Ausschwenken für sich allein oder ein Einbiegen für sich allein sind hingegen gemäss <ref-law> wiederum gestattet; danach darf der Führer auf Strassen, die für den Verkehr in gleicher Richtung in mehrere Fahrstreifen unterteilt sind, seinen Streifen verlassen, allerdings nur, wenn er dadurch den übrigen Verkehr nicht gefährdet (<ref-ruling> E. 2).
Beim Fahren in parallelen Kolonnen auf Autobahnen darf deshalb in keinem Falle durch Ausschwenken und Wiedereinbiegen rechts überholt werden. Blosses Rechtsvorbeifahren an anderen Fahrzeugen unter Wechsel des Fahrstreifens, wenn dies ohne Behinderung des übrigen Verkehrs möglich ist, ist hingegen gestattet (<ref-ruling> E. 3).
Nicht blosses Vorbeifahren, sondern ein Überholen durch Ausschwenken nach rechts und Wiedereinbiegen nach links liegt jedenfalls dann vor, wenn das Ausschwenken, das Vorbeifahren an einem oder bloss wenigen Fahrzeugen und das anschliessende Wiedereinbiegen in einem Zuge erfolgten; also etwa dann, wenn ein Fahrzeuglenker die Lücken in den parallelen Kolonnen so ausnützt, dass er nur um zu überholen kurz auf der rechten Fahrbahn fährt und gleich wieder nach links einbiegt (<ref-ruling> E. 3b).
b) Der Beschwerdeführer fuhr auf dem Überholstreifen, schloss auf ein anderes Auto auf, bog rechts auf den Normalstreifen aus, fuhr an insgesamt zwei Fahrzeugen vorbei und schwenkte anschliessend auf die Überholspur zurück. Objektiv sind damit die Voraussetzungen des verbotenen Rechtsüberholens auf der Autobahn offensichtlich gegeben, was im Übrigen auch der Beschwerdeführer nicht in Abrede stellt.
c) Neu und vom Bundesgericht bisher nicht entschieden ist die vom Beschwerdeführer aufgeworfene Frage, ob die Durchführung des verbotenen Manövers "in einem Zuge" nur mit direktem Vorsatz begangen werden kann.
Der Straftatbestand der qualifizierten Verkehrsregelverletzung gemäss <ref-law> kann grundsätzlich auch fahrlässig begangen werden (Bussy/Rusconi, Code suisse da la circulation routière, Kommentar,
3. Aufl. , Lausanne 1996, Art. 90 N 4.3 mit Hinweisen). Schon deshalb kommt für die Anwendung von <ref-law> grundsätzlich auch dolus eventualis in Betracht.
Es besteht kein Anlass, von diesen Regeln abzuweichen beim hier in Frage stehenden verbotenen Rechtsüberholen und insbesondere für die Frage, ob ein Fahrzeuglenker das verbotene Ausschwenken, Vorbeifahren und anschliessende Wiedereinbiegen in einem Zuge vorgenommen hat. Ob ein derartiges Manöver in einem Zuge geschehen ist, beurteilt sich nach objektiven Kriterien. Das Bezirksgericht hat gestützt auf die Zeugenaussagen des Polizeibeamten festgestellt, dass der Beschwerdeführer im Vorfeld des umstrittenen Manövers auffällig die Fahrspuren gewechselt habe. Der "Porsche" sei "pressant unterwegs" gewesen. Im Ermittlungsverfahren habe der Zeuge angegeben, dass es "den Anschein machte, als würde der Angeklagte verschiedene Fahrzeuge rechts überholen". Das Bezirksgericht kommt einerseits auf Grund der vorangegangenen Fahrweise und andererseits zufolge des Manövers, welches zur Verurteilung des Lenkers führte (in einem Zug ausscheren, vorbeiziehen und wieder einschwenken), zum Schluss, der Beschwerdeführer habe verbotenes Rechtsüberholen jedenfalls in Kauf genommen. Sowohl der Schluss des Bezirksgerichtes, dass gestützt auf diese Vorsatz-Indizien auf dolus eventualis geschlossen werden kann, wie auch die Auffassung, dass dolus eventualis unter solchen Umständen für die Erfüllung des Tatbestandes genügt, verletzt kein Bundesrecht. Dasselbe gilt für das Urteil der Vorinstanz, die insoweit teilweise implizit dem Bezirksgericht folgt.
3.- Es bleibt zu prüfen, ob die Vorinstanz durch die Anwendung von <ref-law> Bundesrecht verletzt hat. Die einfache Verkehrsregelverletzung nach <ref-law> wird mit Haft oder Busse bestraft.
Demgegenüber wird, wer durch grobe Verletzung der Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt, nach <ref-law> mit Gefängnis oder mit Busse bestraft. Die grobe Verkehrsregelverletzung ist also ein Vergehen und führt auch zu einem Führerausweisentzug (<ref-ruling>). <ref-law> ist objektiv erfüllt, wenn der Täter eine wichtige Verkehrsvorschrift in objektiv schwerer Weise missachtet und die Verkehrssicherheit abstrakt oder konkret gefährdet. Subjektiv erfordert der Tatbestand, dass dem Täter aufgrund eines rücksichtslosen oder sonst wie schwerwiegend regelwidrigen Verhaltens zumindest eine grobe Fahrlässigkeit vorzuwerfen ist (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
Das Verbot des Rechtsüberholens ist eine für die Verkehrssicherheit objektiv wichtige Vorschrift, deren Missachtung eine erhebliche Gefährdung der Verkehrssicherheit mit beträchtlicher Unfallgefahr nach sich zieht und daher objektiv schwer wiegt (vgl. <ref-ruling> E. 3). Wer auf der Autobahn fährt, muss sich darauf verlassen können, dass er nicht plötzlich rechts überholt wird. Das Rechtsüberholen auf der Autobahn, wo hohe Geschwindigkeiten gefahren werden, stellt eine erhöht abstrakte Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer dar.
Für den vorliegenden Fall hat die Vorinstanz Folgendes festgestellt: Zur fraglichen Zeit herrschte Kolonnenverkehr; die Fahrzeuge fuhren mit reduzierter Geschwindigkeit. Ein eigentlicher Stau habe sich nicht gebildet; es habe sich um den üblichen Baregg-Verkehr gegen Feierabend gehandelt. Die Vorinstanz kommt zum Schluss, der Beschwerdeführer habe durch seine Fahrweise eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer geschaffen.
Zwar sei nicht mit den hohen Geschwindigkeiten gefahren worden, welche auf Autobahnen sonst üblich seien.
Die verminderte Geschwindigkeit sei aber nicht auf eine entsprechende Signalisation zurückzuführen gewesen, sondern auf ein erhöhtes Fahraufkommen. Eine solche Situation erfordere von allen Verkehrsteilnehmern eine erhöhte Disziplin, vermehrte Aufmerksamkeit sowie Rücksichtnahme.
Es sei allgemein bekannt, dass es sich bei den Automobilisten, die sich gegen Abend auf der Strasse befinden, in der Regel um solche handle, welche auf dem Heimweg seien, bereits einen Arbeitstag hinter sich hätten und entsprechend in ihrer Konzentration eingeschränkt seien. Das Überholmanöver des Beschwerdeführers sei unter solchen Umständen speziell geeignet gewesen, andere Verkehrsteilnehmer zu gefährlichen Fehlreaktionen zu veranlassen (etwa brüskes Bremsen, wenn sie überraschend rechts überholt würden; oder unvermitteltes Ausweichen, wenn sie selber gerade dazu ansetzen wollten, auf die rechte Spur zu wechseln). Dadurch hätte eine ganze Gefahrenkette ausgelöst werden können.
Derartige Gesichtspunkte haben das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3b veranlasst, eine grobe Verkehrsregelverletzung nach <ref-law> anzunehmen.
Zutreffend bemerkt die Vorinstanz, dass bei dichtem Feierabendverkehr ein Rechtsüberholmanöver leicht zu einer Massenkollision mit unabsehbaren Folgen führen kann.
Die Annahme einer qualifizierten Verkehrsregelverletzung nach <ref-law> verletzt damit kein Bundesrecht.
4.- Die Beschwerde wird abgewiesen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 278 Abs. 1 BStP).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht (3. Strafkammer) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
--------- Lausanne, 18. August 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: