Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht in Bellinzona verurteilte V._ und den Mitangeklagten W._ am 8. Juli 2009 wegen Unterstützung einer kriminellen Organisation. Hingegen sprach es beide vom Vorwurf der qualifizierten Geldwäscherei frei. Die weiteren Mitangeklagten R._, S._, X._, Y._, Z._, T._ und U._ sprach es von den Vorwürfen der Beteiligung an bzw. der Unterstützung einer kriminellen Organisation und der qualifizierten Geldwäscherei bzw. der Gehilfenschaft dazu vollumfänglich frei. Das Bundesstrafgericht bestrafte V._ mit einer bedingten Freiheitsstrafe von zwei Jahren bei einer Probezeit von zwei Jahren. Es auferlegte ihm Verfahrenskosten von Fr. 76'043.85 und setzte die Entschädigung des amtlichen Verteidigers auf Fr. 312'000.-- fest. V._ wurde verpflichtet, der Gerichtskasse für die Entschädigung des amtlichen Verteidigers Ersatz zu leisten.
B. Gegen dieses Urteil erheben V._ sowie RAg._, in Bezug auf das Honorar als amtlicher Verteidiger, Beschwerde in Strafsachen. V._ beantragt, das angefochtene Urteil sei in Ziff. IX.2, IX.3 und IX.6 aufzuheben, und er sei vom Vorwurf der Unterstützung einer kriminellen Organisation freizusprechen. Die erstinstanzlichen Verfahrenskosten seien dem Staat aufzuerlegen. Für die Untersuchungshaft von 274 Tagen seien ihm eine Entschädigung von Fr. 82'200.-- sowie eine Genugtuung nach richterlichem Ermessen zuzusprechen. Dem amtlichen Verteidiger sei eine Entschädigung von Fr. 425'461.80 (inkl. MWST) für das erstinstanzliche Verfahren auszurichten, ohne dass er, V._, der Bundesgerichtskasse dafür Ersatz zu leisten habe. Weiter seien ihm die unentgeltliche Rechtspflege und die amtliche Verteidigung für das Verfahren vor Bundesgericht zu gewähren.
C. Das Bundesstrafgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft stellt den Antrag, das Verfahren 6B_609/2009 sowie das vorliegende Verfahren zu vereinigen. Die Beschwerden von V._ und RAg._ seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft führte gegen das Urteil des Bundesstrafgerichts ebenfalls Beschwerde in Strafsachen (vgl. Urteil 6B_609/2009), über welche das Bundesgericht am 22. Februar 2011 entschieden hat.

Erwägungen:
1. Eine Vereinigung des vorliegenden Verfahrens mit dem Verfahren 6B_609/2009 drängt sich nicht auf. Zwar besteht ein Zusammenhang zwischen beiden Verfahren. Sie behandeln aber unterschiedliche Themen und Problemstellungen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer 1 rügt, die Vorinstanz prüfe die örtliche Zuständigkeit der Schweizer Gerichte pauschal für den ganzen Fall statt in Bezug auf die einzelnen Angeschuldigten. Die letztlich übrig gebliebenen Vorwürfe, er habe Schutzgelder an kriminelle Organisationen bezahlt, hätten sich in Italien zugetragen. Sie wiesen keinen Bezug zur Schweiz auf. Er habe bis im Jahre 1999 solche Zahlungen geleistet und währenddessen ausschliesslich in Neapel gelebt. Eine Zuständigkeit der Schweizer Behörden nach Art. 3 Abs. 1 und <ref-law> sei ausgeschlossen. Auch <ref-law> gelange nicht zur Anwendung, da nach dem angefochtenen Urteil weder die Camorra noch die Sacra Corona Unita ihre verbrecherische Tätigkeit in der Schweiz ausgeübt hätten noch auszuüben beabsichtigten (Beschwerde S. 14 bis 18 oben).
2.2 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (<ref-law>). Dem Schweizerischen Strafrecht ist unterworfen, wer in der Schweiz ein Verbrechen oder Vergehen begeht (vgl. <ref-law>). Die Tat gilt als da begangen, wo der Täter sie ausführt bzw. wo der Erfolg eingetreten ist (vgl. <ref-law>). Strafbar ist auch, wer die Tat im Ausland begeht, wenn die Organisation ihre verbrecherische Tätigkeit ganz oder teilweise in der Schweiz ausübt oder auszuüben beabsichtigt (<ref-law>). Mit dieser Norm wird die im Ausland begangene Tathandlung der Beteiligung oder Unterstützung einer kriminellen Organisation als selbständige Haupttat vom Schweizer Recht erfasst (Botschaft vom 30. Juni 1993 über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes; Revision des Einziehungsrechtes, Strafbarkeit der kriminellen Organisation, Melderecht des Financiers; BBl 1993 III 277 ff., Ziff. 212.5). So ist etwa die schweizerische Zuständigkeit für die Handlungen einer ethnischen Gruppierung aus Albanien zu bejahen, die ihre kriminelle Struktur über Reisebüros in der Schweiz finanziert und über diese Geldwäscherei betreibt (HANS BAUMGARTNER, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 18 zu <ref-law>). Wird eine im Ausland tätige kriminelle Organisation von der Schweiz aus unterstützt oder werden Beteiligungshandlungen hier vorgenommen, so ist <ref-law> nicht relevant. Diesfalls ist schweizerisches Recht bereits aufgrund des in <ref-law> verankerten Territorialitätsprinzips anwendbar (Botschaft vom 30. Juni 1993 über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes a.a.O.). Ergibt sich nach Anklageerhebung, dass schweizerisches Strafrecht nicht anwendbar ist, muss der Angeklagte freigesprochen werden (vgl. <ref-ruling> E. 3g S. 330).
2.3 Das angefochtene Urteil des Bundesstrafgerichts vom 8. Juli 2009 wurde im parallelen Verfahren 6B_609/2009, in welchem die Bundesanwaltschaft Beschwerde führt, mit Entscheid vom 22. Februar 2011 aufgehoben. Die örtliche Zuständigkeit beurteilt sich indessen nach dem angeklagten Sachverhalt. Die Anklageschrift legt dem Beschwerdeführer 1 zur Last, er habe den Zigarettenhandel vorwiegend in der Schweiz im Kanton Tessin beim Mitangeklagten R._ abgewickelt und die mit Hilfe der kriminellen Organisationen im Zigarettenhandel generierten Erträge in die Schweiz überwiesen bzw. hier gewaschen. Im Rahmen seiner Tätigkeit im Zigarettenhandel habe er den kriminellen Organisationen in Italien Schutzgelder bezahlt (Anklageschrift S. 194 ff.). Dabei habe der Mitangeklagte R._ auch für Exponenten der kriminellen Organisationen entsprechende Bankkonten geführt, über welche Gelder aus dem Zigarettenhandel geflossen seien (Anklageschrift S. 53 ff.).
Ein Teil des Sachverhalts, für den der Beschwerdeführer 1 angeklagt ist, ereignete sich nach der Anklageschrift im Ausland, so etwa der Transport der Zigaretten von Montenegro nach Süditalien, der Verkauf der Zigaretten auf dem Schwarzmarkt sowie die Zahlungen der Schutzgelder an die Camorra und Sacra Corona Unita. Dennoch ist die Zuständigkeit der Schweizer Gerichte für alle diese Handlungen gestützt auf <ref-law> sowie <ref-law> zu bejahen. Denn die finanzielle Abwicklung des Zigarettengeschäfts, in welches die kriminellen Organisationen gemäss Anklageschrift involviert waren und aufgrund dessen die Schutzgeldzahlungen erfolgten, wurde gemäss Anklage in der Schweiz vollzogen. Die Anklagebehörde geht davon aus, dass Mitglieder der kriminellen Organisationen beim Mitangeklagten R._ ihre Gelder reinwuschen und Zigarettengeschäfte über ihre hiesigen Konten abwickelten. Die Rüge der fehlenden örtlichen Zuständigkeit erweist sich als unbegründet, soweit vom angeklagten Sachverhalt ausgegangen wird.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer 1 rügt, die Vorinstanz verletze den Anklagegrundsatz. Er beanstandet, die Anklageschrift sei unnötig aufgebläht. Die zahlreichen Verweisungen in den Fussnoten verunmöglichten eine zielgerichtete, effiziente Verteidigung. Die Anklagebehörde verletze zudem die Weisung 02/2007 des Bundesstrafgerichts, da sie nicht auf die Stellen des Schlussberichts hinweise, auf welche sie sich beziehe. Auch in inhaltlicher Hinsicht sei die Anklage ungenügend. Sie enthalte pauschale Vorwürfe, ohne zu präzisieren, auf welche konkreten Tatsachen sie sich stütze, wo und wann sich die strafbaren Handlungen abgespielt haben sollen und inwiefern sich daraus eine Beteiligung bzw. Unterstützung der kriminellen Organisation oder die Geldwäscherei begründen lasse. Die Anklage lasse Interpretationsspielraum, wer mit wem eine kriminelle Organisation gebildet (z.B. die Angeklagten untereinander) bzw. wer sich bei welcher kriminellen Organisation beteiligt habe. Die Vorinstanz habe daher vier Varianten bekannt gegeben, unter welchen sie die Anklage zu prüfen gedenke. Die Anklagebehörde habe mit Schreiben vom 24. April 2009 aus den vier Varianten zwei gemacht, nämlich (a) die Angeklagten hätten Zigaretten an eine bestehende kriminelle Organisation verkauft und diese so unterstützt oder sie seien Mitglieder dieser Organisationen oder (b) die Angeklagten hätten zusammen mit der Sacra Corona Unita oder der Camorra die Zigaretten verkauft und so eine Organisation sui generis gebildet. Dies zeige, dass der historische Lebensvorgang in der Anklage nicht genügend klar dargestellt sei.
Hinsichtlich des subjektiven Tatbestandes fänden sich lediglich an drei Stellen der Anklageschrift Hinweise, was er, der Beschwerdeführer 1, gewusst bzw. in Kauf genommen haben soll. Die subjektive Seite der Tatbestände werde in Bezug auf die verschiedenen Handlungen nicht ansatzweise umrissen. Daraus lasse sich kein Vorsatz hinsichtlich sämtlicher, ihm zur Last gelegter Handlungen konstruieren. Unklar sei im weiteren die Formulierung, er werde gestützt auf <ref-law> "und bzw. eventuell" <ref-law> angeklagt. Nicht möglich sei nach seiner Auffassung eine Verurteilung nur nach <ref-law>, da es diesfalls an einer erforderlichen Vortat fehle. In Bezug auf die qualifizierte Geldwäscherei sei der Anklageschrift nichts zu entnehmen. Die qualifizierte Form werde ihm unter Verletzung des Anklagegrundsatzes unterstellt.
3.2 Die Anklage umschreibt anhand von Aussagen im Zigarettenhandel involvierter Personen, wie der Beschwerdeführer 1 im Jahr 1994 im Zigarettenschmuggel und -handel aufgestiegen ist und die Funktion eines Grossisten auf dem Zigarettenschwarzmarkt in Neapel übernahm (Anklageschrift S. 194 f.). Sie führt aus, wie B._, ein Mitglied der Alleanza di Secondigliano, ab 1995 für jede, auf die Schnellboote verladene Kiste Zigaretten eine Gebühr von den Händlern verlangte, wie der Beschwerdeführer 1 dazu gebracht wurde, diese zu bezahlen, wie die Zahlungen abgewickelt wurden und dass sie bezweckten, nicht von der Sacra Corona Unita und anderen Grossisten in Apulien belästigt zu werden (Anklage S. 195 f.). Sie wirft dem Beschwerdeführer 1 vor, seine monatlichen Zahlungen hätten zwischen 70 und 150 Mio. Lire betragen. Durch die Zahlung der Gewinnbeteiligung an die Spitze der Alleanza di Secondigliano habe sich der Beschwerdeführer 1 in das camorristische System eingegliedert. Die Anklageschrift legt weiter dar, wie und wo die Zigaretten gekauft und transportiert bzw. die Zahlungsmodalitäten vollzogen wurden (S. 196 f.) und wie die Verkäufe an die Kleinhändler, die Kaufpreiszahlungen, die Übermittlung des Erlöses an den Mitangeklagten R._ und die dortige Umbuchung erfolgten (S. 198, 202 ff.). Ab der zweiten Hälfte des Jahres 1999 sei der Zigarettenkauf praktisch ausschliesslich bei den Mitangeklagten X._ und Q._ abgewickelt worden. Der Beschwerdeführer 1 habe dem Mitangeklagten R._ einen mündlichen Dauerauftrag für die Überweisungen auf das Konto der Mitangeklagten X._ und Q._ zur Bezahlung der Lieferantenrechnungen erteilt. Die Handelstätigkeit sei ab Februar 2000 durch Polizeiaktionen erschwert worden, und die Umsätze des Beschwerdeführers 1 seien eingebrochen, weil keine Boote mehr an der Küste Apuliens landen konnten. Deshalb seien der Beschwerdeführer 1 und andere Zigarettenhändler vom Mitangeklagten W._ kontaktiert worden. Der Beschwerdeführer 1 habe den Zigarettenhandel nach einer operativen Pause von Oktober bis November 2000 zusammen mit dem Mitangeklagten W._ im Dezember 2000 wieder aufgenommen. Er sei zwischen 1990 und 1999 regelmässig zwischen Neapel und Lugano hin und her gependelt und habe sich fast wöchentlich von Montag bis Freitag zu Geschäftszwecken in der Schweiz aufgehalten. Am Wochenende sei er jeweils nach Neapel zurückgekehrt (Anklage S. 197 f.). Er habe über Kontakte zu diversen Mitgliedern der Camorra verfügt (so etwa G2._, G1._, D2._ und D5._, HA1._ und HA2._, IA2._ und IA1._, VA1._). VA1._ habe er in der zweiten Hälfte der 90er Jahre beim Übertritt in die Schweiz geholfen, indem er ihm seinen Freund ZA._ vermittelt habe, welcher ihn mit dem Wagen über die Grenze gebracht habe. Der Beschwerdeführer 1 habe im Zigarettenschmuggel Geschäftsbeziehungen zur Sacra Corona Unita gepflegt. Mitglieder dieser Organisation hätten ihm aktiv beim Geschäft geholfen. Er habe in den Jahren 1990 bis 1997 mit dem Clan EA._ von der SCU zusammengearbeitet, dessen Hauptlieferant er gewesen sei. Er habe auf dessen Booten Zigaretten transportiert und ihm eine Schutzgebühr bezahlt. Ebenso habe er ab Anfang 1998 mit dem Clan KA._ Zigaretten geschmuggelt, welcher ihm mit seinen Booten Zigaretten von Montenegro nach Italien beförderte. Er habe diesem Clan Zigaretten aus seinem Lager in Montenegro verkauft. Auch mit dem Clan H._ habe er in der zweiten Hälfte von 1997 Schmuggelgeschäfte abgewickelt. Er habe auf den vom Mitangeklagten R._ geführten Konten von August 1996 bis März 2000 einen Umsatz von 245 Mio. US Dollar erzielt, was eine Anzahl von 662'162 verkauften Mastercases bzw. einen Nettogewinn von 7'158'508.10 US Dollar ergebe (Anklageschrift S. 199 ff.).
3.2 Die Anklage umschreibt anhand von Aussagen im Zigarettenhandel involvierter Personen, wie der Beschwerdeführer 1 im Jahr 1994 im Zigarettenschmuggel und -handel aufgestiegen ist und die Funktion eines Grossisten auf dem Zigarettenschwarzmarkt in Neapel übernahm (Anklageschrift S. 194 f.). Sie führt aus, wie B._, ein Mitglied der Alleanza di Secondigliano, ab 1995 für jede, auf die Schnellboote verladene Kiste Zigaretten eine Gebühr von den Händlern verlangte, wie der Beschwerdeführer 1 dazu gebracht wurde, diese zu bezahlen, wie die Zahlungen abgewickelt wurden und dass sie bezweckten, nicht von der Sacra Corona Unita und anderen Grossisten in Apulien belästigt zu werden (Anklage S. 195 f.). Sie wirft dem Beschwerdeführer 1 vor, seine monatlichen Zahlungen hätten zwischen 70 und 150 Mio. Lire betragen. Durch die Zahlung der Gewinnbeteiligung an die Spitze der Alleanza di Secondigliano habe sich der Beschwerdeführer 1 in das camorristische System eingegliedert. Die Anklageschrift legt weiter dar, wie und wo die Zigaretten gekauft und transportiert bzw. die Zahlungsmodalitäten vollzogen wurden (S. 196 f.) und wie die Verkäufe an die Kleinhändler, die Kaufpreiszahlungen, die Übermittlung des Erlöses an den Mitangeklagten R._ und die dortige Umbuchung erfolgten (S. 198, 202 ff.). Ab der zweiten Hälfte des Jahres 1999 sei der Zigarettenkauf praktisch ausschliesslich bei den Mitangeklagten X._ und Q._ abgewickelt worden. Der Beschwerdeführer 1 habe dem Mitangeklagten R._ einen mündlichen Dauerauftrag für die Überweisungen auf das Konto der Mitangeklagten X._ und Q._ zur Bezahlung der Lieferantenrechnungen erteilt. Die Handelstätigkeit sei ab Februar 2000 durch Polizeiaktionen erschwert worden, und die Umsätze des Beschwerdeführers 1 seien eingebrochen, weil keine Boote mehr an der Küste Apuliens landen konnten. Deshalb seien der Beschwerdeführer 1 und andere Zigarettenhändler vom Mitangeklagten W._ kontaktiert worden. Der Beschwerdeführer 1 habe den Zigarettenhandel nach einer operativen Pause von Oktober bis November 2000 zusammen mit dem Mitangeklagten W._ im Dezember 2000 wieder aufgenommen. Er sei zwischen 1990 und 1999 regelmässig zwischen Neapel und Lugano hin und her gependelt und habe sich fast wöchentlich von Montag bis Freitag zu Geschäftszwecken in der Schweiz aufgehalten. Am Wochenende sei er jeweils nach Neapel zurückgekehrt (Anklage S. 197 f.). Er habe über Kontakte zu diversen Mitgliedern der Camorra verfügt (so etwa G2._, G1._, D2._ und D5._, HA1._ und HA2._, IA2._ und IA1._, VA1._). VA1._ habe er in der zweiten Hälfte der 90er Jahre beim Übertritt in die Schweiz geholfen, indem er ihm seinen Freund ZA._ vermittelt habe, welcher ihn mit dem Wagen über die Grenze gebracht habe. Der Beschwerdeführer 1 habe im Zigarettenschmuggel Geschäftsbeziehungen zur Sacra Corona Unita gepflegt. Mitglieder dieser Organisation hätten ihm aktiv beim Geschäft geholfen. Er habe in den Jahren 1990 bis 1997 mit dem Clan EA._ von der SCU zusammengearbeitet, dessen Hauptlieferant er gewesen sei. Er habe auf dessen Booten Zigaretten transportiert und ihm eine Schutzgebühr bezahlt. Ebenso habe er ab Anfang 1998 mit dem Clan KA._ Zigaretten geschmuggelt, welcher ihm mit seinen Booten Zigaretten von Montenegro nach Italien beförderte. Er habe diesem Clan Zigaretten aus seinem Lager in Montenegro verkauft. Auch mit dem Clan H._ habe er in der zweiten Hälfte von 1997 Schmuggelgeschäfte abgewickelt. Er habe auf den vom Mitangeklagten R._ geführten Konten von August 1996 bis März 2000 einen Umsatz von 245 Mio. US Dollar erzielt, was eine Anzahl von 662'162 verkauften Mastercases bzw. einen Nettogewinn von 7'158'508.10 US Dollar ergebe (Anklageschrift S. 199 ff.).
3.3 3.3.1 Die Anforderungen an den Anklagegrundsatz werden auf unterschiedlichen Stufen umschrieben. Für Verfahren vor dem Bundesstrafgericht legt das seit dem 1. Januar 2011 aufgehobene Bundesgesetz vom 15. Juni 1934 über die Bundesstrafrechtspflege (BStP; BS 3 303) die formellen Erfordernisse an die Anklageschrift fest. Nach Art. 126 Abs. 1 aBStP (in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung) bezeichnet die Anklageschrift unter anderem (1.) den Angeklagten; (2.) das strafbare Verhalten, dessen er beschuldigt wird, nach seinen tatsächlichen und gesetzlichen Merkmalen; (3.) die Bestimmungen des Strafgesetzes, die anzuwenden sind sowie (4.) die Beweismittel für die Hauptverhandlung. Die Anklageschrift enthält keine weitere Begründung (Art. 126 Abs. 2 aBStP [in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung]). Gemäss Art. 169 Abs. 1 aBStP hat das Gericht nur die Tat zu beurteilen, auf die sich die Anklage bezieht. Das Gericht berücksichtigt die während des Vorverfahrens und in der Hauptverhandlung gemachten Feststellungen (Art. 169 Abs. 2 aBStP [in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung]). Sodann räumt Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK zur Sicherstellung eines fairen Verfahrens und zur Ermöglichung einer effektiven Verteidigung einen Anspruch darauf ein, sowohl über den zugrunde gelegten Sachverhalt als auch über die rechtliche Bewertung informiert zu werden. Schliesslich muss nach <ref-law> jede angeklagte Person möglichst rasch und umfassend über die gegen sie erhobenen Beschuldigungen unterrichtet werden und die Möglichkeit haben, die ihr zustehenden Verteidigungsrechte wahrzunehmen.
3.3.2 Gemäss dem Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die dem Beschuldigten zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt damit zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte des Angeklagten und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion). In der Anklage sind namentlich die Umstände aufzuführen, welche zum gesetzlichen Tatbestand gehören (vgl. <ref-ruling> E. 6.3 S. 245; <ref-ruling> E. 2c S. 22; je mit Hinweisen). Ist nur die vorsätzliche Tatbegehung strafbar, erübrigen sich weitere Ausführungen zum subjektiven Tatbestand (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 355 ff. mit Hinweisen).
3.3.3 Nach <ref-law> macht sich strafbar, wer sich an einer Organisation beteiligt, die ihren Aufbau und ihre personelle Zusammensetzung geheim hält und die den Zweck verfolgt, Gewaltverbrechen zu begehen oder sich mit verbrecherischen Mitteln zu bereichern (Ziff. 1 Abs. 1), bzw. wer eine solche Organisation in ihrer verbrecherischen Tätigkeit unterstützt (Ziff. 1 Abs. 2). Charakteristisch für die kriminelle Organisation ist eine etablierte, längerfristig angelegte Gruppenstruktur, eine hochgradige Arbeitsteilung, das Gewinnstreben, ein stark hierarchischer Aufbau, die Abschottung nach Innen und Aussen, das Vorhandensein wirksamer Durchsetzungsmechanismen für interne Gruppennormen sowie die Bereitschaft, zur Verteidigung und zum Ausbau ihrer Stellung Gewaltakte zu begehen und Einfluss auf Politik und Wirtschaft zu gewinnen. Sie ist gekennzeichnet durch Professionalität von Planung, Logistik, Tatausführung, Verwertung der Beute, Legalisierung der Erträge und kann ihre Strukturen informeller Natur rasch und flexibel anpassen. Ihre Aktivitäten sind darauf ausgerichtet, entweder Gewaltverbrechen zu begehen und/oder sich mit verbrecherischen Mitteln zu bereichern. Sie müssen keineswegs ausschliesslich, sondern bloss im Wesentlichen die Verbrechensbegehung betreffen (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 133 ff. mit Hinweisen; Botschaft vom 30. Juni 1993 über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes BBl 1993 III ZIff. 212.1 297 ff.). Für die Beteiligung an bzw. die Unterstützung einer kriminellen Organisation ist der Nachweis einer bestimmten einzelnen Tat nicht erforderlich (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 136 mit Hinweisen).
3.3.3 Nach <ref-law> macht sich strafbar, wer sich an einer Organisation beteiligt, die ihren Aufbau und ihre personelle Zusammensetzung geheim hält und die den Zweck verfolgt, Gewaltverbrechen zu begehen oder sich mit verbrecherischen Mitteln zu bereichern (Ziff. 1 Abs. 1), bzw. wer eine solche Organisation in ihrer verbrecherischen Tätigkeit unterstützt (Ziff. 1 Abs. 2). Charakteristisch für die kriminelle Organisation ist eine etablierte, längerfristig angelegte Gruppenstruktur, eine hochgradige Arbeitsteilung, das Gewinnstreben, ein stark hierarchischer Aufbau, die Abschottung nach Innen und Aussen, das Vorhandensein wirksamer Durchsetzungsmechanismen für interne Gruppennormen sowie die Bereitschaft, zur Verteidigung und zum Ausbau ihrer Stellung Gewaltakte zu begehen und Einfluss auf Politik und Wirtschaft zu gewinnen. Sie ist gekennzeichnet durch Professionalität von Planung, Logistik, Tatausführung, Verwertung der Beute, Legalisierung der Erträge und kann ihre Strukturen informeller Natur rasch und flexibel anpassen. Ihre Aktivitäten sind darauf ausgerichtet, entweder Gewaltverbrechen zu begehen und/oder sich mit verbrecherischen Mitteln zu bereichern. Sie müssen keineswegs ausschliesslich, sondern bloss im Wesentlichen die Verbrechensbegehung betreffen (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 133 ff. mit Hinweisen; Botschaft vom 30. Juni 1993 über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes BBl 1993 III ZIff. 212.1 297 ff.). Für die Beteiligung an bzw. die Unterstützung einer kriminellen Organisation ist der Nachweis einer bestimmten einzelnen Tat nicht erforderlich (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 136 mit Hinweisen).
3.4 3.4.1 Aufbau und Umfang der Anklageschrift sind bei der komplexen Sachlage, in welche nebst dem Beschwerdeführer 1 zahlreiche Personen sowie Gesellschaften verwickelt sind und bei der sich der massgebliche Sachverhalt über einen langen Zeitraum zugetragen hat, nicht zu beanstanden. Die Anklage umschreibt die Vorwürfe nach einleitenden Bemerkungen zum Zigarettenhandel in Italien (S. 13 bis 52) für jeden Angeklagten detailliert (S. 194 bis 204 für den Beschwerdeführer 1) und fasst die angeklagten Punkte übersichtlich zusammen (S. 225 bis 227 für den Beschwerdeführer 1). Die Anklagebehörde belegt ihre Ausführungen mit Hinweisen auf Aussagen des Beschwerdeführers 1, Auskunftspersonen und Zeugen sowie auf schriftliche Beweismittel (so etwa ein bei JB1._ aufgefundener Zettel, Kontoauszüge, Ermittlungsberichte und weitere Unterlagen italienischer Behörden). Die in den Fussnoten enthaltenen Belegstellen zeigen, auf welche Beweise aus den Ermittlungsakten die Anklagebehörde ihre Vorwürfe stützt. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 1 verlangt der in Art. 126 aBStP (in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung) verankerte Anklagegrundsatz nicht, dass die Anklagebehörde den Untersuchungsbericht zitiert. Der von ihm angeführten Weisung des Bundesstrafgerichts kommt kein Gesetzescharakter zu. In formeller Hinsicht genügt die Anklage den Voraussetzungen von Art. 126 aBStP (in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung).
3.4.2 Die Anklage erläutert den massgeblichen Sachverhalt zum Vorwurf der Beteiligung an bzw. der Unterstützung einer kriminellen Organisation in allen Einzelheiten. Sie bezeichnet fortlaufend die Aussagen sowie weitere Beweismitteln, auf welche sie sich stützt. Diese helfen, den strafrechtlichen Vorwurf in zeitlicher, sachlicher und örtlicher Hinsicht zu begrenzen und zu einer Indizienkette bzw. zu einem Gesamtbild zu verdichten. Auch wenn die Anklagebehörde die einzelnen Aktivitäten des Beschwerdeführers 1 zeitlich und örtlich nur ungefähr eingrenzt, indem sie ihm vorwirft, er habe sich im Zeitraum vom 1990 und 1999 praktisch jede Woche von Montag bis Freitag in die Schweiz zum Mitangeklagten R._ begeben, um seinem Zigarettengeschäft nachzugehen bzw. er sei ab September 1999 grösstenteils illegal in der Schweiz geblieben (wobei sie hinsichtlich <ref-law> nur den Zeitraum vom 1. August 1994 bis Anfang 2001 und hinsichtlich der qualifizierten Geldwäscherei den Zeitraum von Januar 1993 bis Anfang 2002 anklagt, vgl. Anklageschrift Ziff. 4.10), so werden diese relativ unbestimmten Angaben durch die Regelmässigkeit der Geschäfte, die präzisen Ausführungen zur Geschäftsabwicklung und zur umgesetzten Menge Zigaretten bzw. zur Höhe der bezahlten Schutzgebühr aufgewogen (z.B. Ziff. 3.7.1.3 zum Zigarettenkauf; Ziff. 3.7.1.3 und 3.7.1.4 zum Zigarettentransport; Ziff. 3.7.4.1 und 3.7.4.2 zur Einkassierung und Übermittlung des Verkaufserlöses an den Mitangeklagten R._; Ziff. 3.7.1.2 zur Einkassierung der Schutzgebühr; Ziff. 3.7.2 zur Mitarbeit der kriminellen Organisationen beim Zigarettenschmuggel). Der angeklagte Sachverhalt genügt insbesondere deshalb den gesetzlichen Anforderungen, weil der Nachweis des einzelnen Verbrechens der kriminellen Organisationen beim Tatbestand von <ref-law> nicht erforderlich ist. Der Anklagegrundsatz verlangt im weiteren nicht, dass die personelle Zusammensetzung der kriminellen Organisation (z.B. ob die Angeklagten unter sich eine solche bildeten) oder die Hierarchie genannt werden. Denn die Frage, wer sich als Mitglied an einer solchen Organisation beteiligte bzw. diese als Nichtmitglied unterstützte, stellt eine rechtliche Würdigung dar, die aufgrund von Tatsachen (z.B. ob ein Aufnahmeritual durchgeführt wurde; zu welchen Personen jemand Kontakte pflegte) vorzunehmen ist. Daher reicht es aus, wenn die einzelnen Geschäftspartner des Beschwerdeführers 1 sowie dessen generelle Beziehungen zu kriminellen Organisationen beschrieben werden. Die Anklage erfüllt diese Anforderungen, da sie die Zusammenarbeit des Beschwerdeführers 1 mit Mitgliedern krimineller Organisationen aufzeigt. Sie legt ihm zur Last, er habe Schutzgelder bezahlt und zieht daraus den rechtlichen Schluss, er habe sich in eine solche Organisation eingegliedert. Auch hinsichtlich des subjektiven Tatbestandes genügt die Anklage den konventions-, verfassungs- und bundesrechtsrechtlichen Anforderungen. Denn die Beteiligung an und die Unterstützung einer kriminellen Organisation sind nur bei vorsätzlicher Tatbegehung strafbar, weshalb weitere Ausführungen zum subjektiven Tatbestand nicht erforderlich sind (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 355 ff. mit Hinweisen).
3.4.3 In Bezug auf den Tatbestand der Geldwäscherei (Anklageschrift S. 78 f. und S. 208 f.) kann in diesem Verfahren offen bleiben, ob der Anklagegrundsatz verletzt ist, da der Beschwerdeführer 1 vom Vorwurf der Geldwäscherei freigesprochen wurde. Es fehlt ihm insoweit an der Beschwerdelegitimation (<ref-law>). Auch die Frage, ob die Formulierung, der Beschwerdeführer 1 werde gestützt auf <ref-law> "und bzw. eventuell" <ref-law> angeklagt, klar ist, braucht deshalb nicht entschieden zu werden. Infolge Rückweisung der Sache infolge Gutheissung der Beschwerde der Beschwerdegegnerin in einem parallelen Verfahren (Urteil 6B_609/2009 vom 22. Februar 2011) wird die Vorinstanz für jeden Angeklagten und jedes Delikt einzeln prüfen müssen, ob der Anklagegrundsatz eingehalten ist, soweit das Bundesgericht diese Fragen vorliegend nicht erörtert.
3.4.4 Nicht einzutreten ist auf die unter dem Titel der Verletzung des Anklagegrundsatz erhobenen Rügen, welche die materielle Richtigkeit des angeklagten Sachverhalts, die Stichhaltigkeit der Beweise und deren Verwertbarkeit (z.B. die Personen, welche in den Fussnoten erwähnt würden, seien nie im vorliegenden Verfahren befragt worden; die Verwertbarkeit der italienischen Telefonüberwachungen sei fraglich) sowie die rechtliche Würdigung des eingeklagten Sachverhalts (so etwa, bei welchen kriminellen Organisationen der Beschwerdeführer 1 eingegliedert war) betreffen. Diesbezüglich genügt der Beschwerdeführer 1 den Begründungsanforderungen von <ref-law> bzw. <ref-law> nicht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz stelle den Sachverhalt hinsichtlich des Deliktsbetrags und seines Tatwillens willkürlich fest (S. 21 und S. 24 bis 26 der Beschwerde). Sie verletze bei der Beweiswürdigung Art. 169 aBStP (Beschwerde S. 4).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz stelle den Sachverhalt hinsichtlich des Deliktsbetrags und seines Tatwillens willkürlich fest (S. 21 und S. 24 bis 26 der Beschwerde). Sie verletze bei der Beweiswürdigung Art. 169 aBStP (Beschwerde S. 4).
4.2 4.2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden und kann deshalb die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 104 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
4.2.2 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) ergibt sich für den Richter die Pflicht, seinen Entscheid zu begründen. Er muss wenigstens kurz die wesentlichen Überlegungen aufzeigen, von denen er sich leiten liess, so dass der Betroffene den Entscheid in voller Kenntnis der Sache anfechten kann. Der Bürger soll wissen, warum entgegen seinem Antrag entschieden wurde. Dabei muss sich der Richter nicht mit allen tatsächlichen Behauptungen und rechtlichen Einwänden auseinandersetzen. Er kann sich vielmehr auf die für seinen Entscheid erheblichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 2b S. 102 f. mit Hinweisen).
4.2.3 Eine Verurteilung ohne die tatbestandsnotwendigen tatsächlichen Grundlagen ist bundesrechtswidrig. Ist ein Sachverhalt lückenhaft, leidet die Entscheidung an derartigen Mängeln, dass die Gesetzesanwendung nicht nachgeprüft werden kann. In einem solchen Fall ist das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur ergänzenden Tatsachenfeststellung und neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 295 f. mit Hinweisen).
4.3 Es ist nicht ersichtlich, weshalb der insgesamt von den kriminellen Organisationen erzielte Gewinn für die Strafbarkeit bzw. die Strafzumessung des Beschwerdeführers 1 entscheidend sein sollte. Denn dieser kann ihm nur insoweit angelastet werden, als er durch seine strafbaren Handlungen dazu beigetragen hat. Der Beschwerdeführer legt nicht hinreichend dar, weshalb der von ihm gerügte Sachverhalt für den Ausgang des Verfahrens entscheidend wäre (vgl. <ref-law>). Auf seine Rüge ist insoweit nicht einzutreten.
4.4 Die Vorinstanz begründet den massgeblichen Sachverhalt zum objektiven Tatbestand im Wesentlichen pauschal und ohne Unterscheidung der einzelnen Angeklagten. Sie führt aus, die in der Anklageschrift geschilderten Geschehensabläufe, die Identität der Käufer, Verkäufer, der weiteren involvierten Personen, die Waren- und Geldflüsse, die Waren- und Geldumsätze, die Finanzierungs- und Zahlungsmodalitäten sowie die Rollen der Beteiligten seien in den Grundzügen nicht bestritten und durch eine nicht näher bezeichnete "Vielzahl von Beweismitteln" erstellt (vgl. angefochtenes Urteil S. 45 Ziff. 2.1.1), ohne dass sie dies mit nachprüfbaren Aktenstellen und Beweismitteln belegt. Es fehlen Aussagen, was der Beschwerdeführer wo wann mit wem und wie gemacht haben soll (so etwa bei der Aussage, der Beschwerdeführer 1 habe "weitergehende Dienstleistungen zu Gunsten italienischer Händler erbracht", angefochtenes Urteil S. 74). Die Vorinstanz setzt sich weder mit dem in der Anklage genannten Sachverhalt und den dortigen detaillierten Hinweisen auf einzelne Aktivitäten des Beschwerdeführers 1 (z.B. zu dessen Handelspartnern, deren Zugehörigkeit zu kriminellen Organisationen, den beteiligten Offshorefirmen, Decknamen, den unüblichen Geldanlagen und Finanztransaktionen bei Geldwechselstuben, den Freistellungsaufträgen und dem anschliessenden Verlad von Zigaretten auf Boote; vgl. zu den Details in der Anklageschrift E. 3.2) noch mit den in der Anklage genannten Indizien und Aktenstellen, den Zeugenaussagen und deren Glaubhaftigkeit auseinander. Sie prüft auch, von wenigen Ausnahmen abgesehen (z.B. zu prozessualen Anträgen, angefochtenes Urteil S. 29 bis 44), keine allfälligen von der Verteidigung erhobenen Einwendungen (z.B. gegen die zahlreichen Beweismittel). Eine umfassende, nachvollziehbare Beweiswürdigung bleibt aus. Soweit sich die Vorinstanz mit den Handlungen des Beschwerdeführers 1 auseinandersetzt, macht sie dies lediglich in summarischer Weise (vgl. z.B. angefochtenes Urteil S. 50 und S. 74 f.). Sie nennt auch über weite Strecken keine Beweismittel, worauf sie ihre Angaben stützt (z.B. angefochtenes Urteil S. 74: Aussage, der Beschwerdeführer 1 habe selbst Abgaben auf den Warenumsatz pro Kiste direkt an die kriminellen Clans bezahlt). Teilweise beschränkt sie sich auf eine auszugsweise Wiederholung des angeklagten Sachverhalts (so etwa auf S. 55 und S. 66 des angefochtenen Urteils). Das vorinstanzliche Urteil erlaubt es mangels eines für jeden Angeklagten erstellten Sachverhalts nicht, die korrekte Anwendung von Bundesrecht (z.B. <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>) zu überprüfen. Die Vorinstanz verletzt die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessende Begründungspflicht nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK, <ref-law> und Art. 169 aBStP, wonach sie (nur) den angeklagten Sachverhalt zu beurteilen hat. Die gestützt auf den ungenügenden Sachverhalt erfolgte Beweiswürdigung ist unvollständig, einseitig und willkürlich nach <ref-law>. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5. Die Beschwerde der Bundesanwaltschaft im parallelen Verfahren 6B_609/2009 wurde am 22. Februar 2011 gutgeheissen und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Deshalb brauchen die vom Beschwerdeführer 1 erhobenen Rügen zur Verletzung von <ref-law> (Frage des unmittelbaren Förderns der kriminellen Tätigkeit: Beschwerde S. 18 bis S. 24, subjektiver Tatbestand: Beschwerde S. 24 bis 26), zu den Rechtfertigungsgründen (Beschwerde S. 27 bis S. 31) sowie das Entschädigungsbegehren für die Haft und die Genugtuung (Beschwerde S. 32) nicht beurteilt zu werden.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, er habe der Vorinstanz am 30. Juni 2009 unter Beilage detaillierter Rapporte in Bezug auf die ausgeführten Arbeiten, den Zeitaufwand und die involvierten Mitarbeiter eine Honorarnote eingereicht. Die Vorinstanz kürze das Honorar um insgesamt Fr. 113'461.80 auf Fr. 312'000.-- (inkl. MWST). Sie reduziere die Anzahl seiner Arbeitsstunden, jene seine Rechtspraktikanten sowie die Höhe des Stundenansatzes. Dabei verletze sie Art. 9 und <ref-law> sowie Art. 38 aBStP (in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung) i.V.m. Art. 2 ff. des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglementes vom 26. September 2006 über die Entschädigungen in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht (AS 2006 4467).
Sie habe ihm keine Gelegenheit gegeben, zu den gekürzten Positionen (Zeitaufwand und Stundenansatz) Stellung zu nehmen. Es handle sich um ein umfangreiches Verfahren mit einem Aktenbestand von über 1000 Bundesordnern sowie einer langen Anklageschrift, welche auf mehrheitlich italienische Aktenstellen verweise. Die Komplexität der Tatbestände könne nicht anhand ihrer Anzahl beurteilt werden. Das Verfahren habe lange gedauert, und es seien rechtsvergleichende Abklärungen notwendig gewesen. Die fast vollständige Absorbierung während der Verhandlungstage habe einen normalen Geschäftsbetrieb verunmöglicht, und er habe in dieser Zeit zahlreiche Mandate nicht annehmen können. Bei der Gerichtsgebühr, welche die Vorinstanz auf Fr. 150'000.-- festsetze, schöpfe sie den höchstmöglichen Rahmen für eine Besetzung des Gerichts mit drei Richtern aus. Dort seien dieselben Kriterien massgebend wie beim Honorar des amtlichen Verteidigers (insbesondere Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung sowie Kanzleiaufwand). Deshalb sei der Stundenansatz in maximal zulässiger Höhe von Fr. 300.-- festzulegen. Die vorinstanzliche Begründung, die Anzahl der Stunden sei im Verhältnis zu den anderen Anwälten zu hoch, sei nicht stichhaltig. Die tieferen Honorarnoten für die Angeklagten Z._ und Y._ seien nicht mit seinem Fall vergleichbar, da die beiden genannten Angeklagten anders als sein Klient eine untergeordnete Rolle gespielt hätten.
6.2 Die Vorinstanz erwägt, der Straffall habe in mehreren Punkten Probleme in tatsächlicher Hinsicht gestellt. Die Anklageschrift umfasse 233 Seiten, die Einvernahmen, Akten und Verhandlungen hätten erhöhte Sprachkompetenzen erfordert. In rechtlicher Hinsicht seien die Schwierigkeiten auf ein Rechtsgebiet begrenzt gewesen, in welchem noch keine umfassende und eindeutige Rechtsprechung bestehe. Es seien jedoch nur ein Sachverhalt und zwei Anklagevorwürfe zu beurteilen gewesen. Der immense Aktenumfang schlage sich weniger im Stundenansatz als in der Anzahl Stunden nieder und sei bei der Festlegung des Stundenansatzes nur am Rande zu beachten. Der Stundenansatz sei unter Berücksichtigung dieser Punkte auf Fr. 260.-- festzulegen, jener für die Reisezeit auf Fr. 200.--. Für die von Rechtspraktikanten geleistete Arbeit werde 100.-- pro Stunde vergütet.
Der Beschwerdeführer 2 sei am 22. September 2004 zum amtlichen Verteidiger des Beschwerdeführers 1 ernannt worden. Er mache einen Zeitaufwand von 1'128 Stunden und 30 Minuten zu einem Stundenansatz von Fr. 300.-- für sich selbst und 198 Stunden und 50 Minuten zu einem Stundenansatz von Fr. 200.-- für Leistungen von Praktikanten geltend. Dieser Zeitaufwand sei im Verhältnis zu den anderen Anwälten zu hoch. Er sei auf 1'000 Stunden des Anwalts zu Fr. 260.-- bzw. auf 150 Stunden zu Fr. 100.-- der Praktikanten festzusetzen. Im Weiteren seien von der Reisezeit Fr. 1'000.-- in Abzug zu bringen, da die anderen Verteidiger eine kürzere Reisezeit in Rechnung gestellt hätten. Zudem seien dem Beschwerdeführer 2 nicht die Benutzung eines Motorfahrzeugs, sondern die Kosten eines Bahnbilletts erster Klasse zu vergüten. Diesbezüglich sei er mit den übrigen Verteidigern gleichzustellen, weshalb ein zusätzlicher Abzug von Fr. 1'030.40 resultiere.
Der Beschwerdeführer 2 sei am 22. September 2004 zum amtlichen Verteidiger des Beschwerdeführers 1 ernannt worden. Er mache einen Zeitaufwand von 1'128 Stunden und 30 Minuten zu einem Stundenansatz von Fr. 300.-- für sich selbst und 198 Stunden und 50 Minuten zu einem Stundenansatz von Fr. 200.-- für Leistungen von Praktikanten geltend. Dieser Zeitaufwand sei im Verhältnis zu den anderen Anwälten zu hoch. Er sei auf 1'000 Stunden des Anwalts zu Fr. 260.-- bzw. auf 150 Stunden zu Fr. 100.-- der Praktikanten festzusetzen. Im Weiteren seien von der Reisezeit Fr. 1'000.-- in Abzug zu bringen, da die anderen Verteidiger eine kürzere Reisezeit in Rechnung gestellt hätten. Zudem seien dem Beschwerdeführer 2 nicht die Benutzung eines Motorfahrzeugs, sondern die Kosten eines Bahnbilletts erster Klasse zu vergüten. Diesbezüglich sei er mit den übrigen Verteidigern gleichzustellen, weshalb ein zusätzlicher Abzug von Fr. 1'030.40 resultiere.
6.3 6.3.1 Nach Art. 38 Abs. 1 aBStP (in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung) setzt das Bundesstrafgericht die Entschädigung des amtlichen Verteidigers fest. Diese umfasst das Honorar für den notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand von 200 bis 300 Franken pro Stunde und die notwendigen Auslagen (Art. 2 Abs. 1 und Art. 3 des zwischenzeitlich aufgehobenen Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht; a.a.O.). Für Reisen werden die Kosten eines Bahnbilletts erster Klasse vergütet (Art. 4 Abs. 2 lit. a des Reglements). Anstelle der Bahnkosten kann ausnahmsweise, insbesondere bei erheblicher Zeitersparnis, für die Benutzung eines privaten Motorfahrzeugs eine Entschädigung ausgerichtet werden (Art. 4 Abs. 3 des Reglements).
6.3.2 Auch wenn die Entschädigung des Beschwerdeführers 2 vom Bundesrecht geregelt wird, überprüft das Bundesgericht deren Bemessung nur mit Zurückhaltung. Als erstinstanzliches Sachgericht ist das Bundesstrafgericht am besten in der Lage, die Angemessenheit der anwaltlichen Bemühungen zu beurteilen, weshalb ihm ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (vgl. 133 IV 187 E. 6.1 S. 196 mit Hinweis). In Fällen, in denen es den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet und entsprechend kürzt, schreitet das Bundesgericht nur ein, wenn es Bemühungen nicht honoriert hat, die zu den Obliegenheiten eines amtlichen Verteidigers gehören und die Entschädigung nicht in einem vernünftigen Verhältnis zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3a S. 2 f. zur Entschädigung des amtlichen Verteidigers im kantonalen Verfahren). Bei der Beurteilung der konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen. Obwohl die Entschädigung des amtlichen Anwalts gesamthaft gesehen angemessen sein muss, darf sie tiefer angesetzt werden als bei einem privaten Rechtsanwalt (<ref-ruling> E. 7.3.4 S. 209 mit Hinweisen). Sie ist allerdings so zu bemessen, dass es den Rechtsanwälten möglich ist, einen bescheidenen - nicht bloss symbolischen - Verdienst zu erzielen (a.a.O. E. 8.5 S. 216 f.).
6.3.3 <ref-law> verpflichtet das Bundesstrafgericht, seinen Entscheid wenigstens summarisch zu begründen. Hat der amtliche Verteidiger eine detaillierte Kostennote eingereicht, so ergibt sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs, dass das Bundesstrafgericht, wenn es diese nicht unbesehen übernimmt, wenigstens kurz in nachvollziehbarer Weise zu begründen hat, weshalb es welche der in Rechnung gestellten Aufwandspositionen für übersetzt hält (Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 2.3 mit Hinweisen).
6.4 Die Vorinstanz setzt sich mit der Honorarrechnung des Beschwerdeführers 2 nicht hinreichend auseinander, sondern hält fest, der Zeitaufwand sei im Verhältnis zum Aufwand der am gleichen Prozess beteiligten Verteidigerkollegen hinsichtlich der Anzahl Stunden, der Reisezeit und der in Rechnung gestellten Fahrtkosten zu hoch. Ein solcher Quervergleich kann zwar für die Beurteilung einer Honorarrechnung durchaus nützlich sein, z.B. bei einer ermessensweisen Festsetzung des Verteidigerhonorars (Art. 3 Abs. 2 des Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht). Der Beschwerdeführer 2 hat indessen seinen Aufwand für die Mandatsführung in allen Einzelheiten ausgewiesen, weshalb das Bundesstrafgericht unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> verpflichtet gewesen wäre, sich damit auseinanderzusetzen und in Bezug auf die konkreten, geltend gemachten Aufwendungen des Beschwerdeführers 2 nachvollziehbar darzulegen, aus welchem Grund es diese als sachfremden oder übertriebenen Aufwand nicht entschädigt (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 3 mit Hinweisen). Hingegen konnte sich der Beschwerdeführer 2 zur Höhe seines Honorars äussern, indem er seine Kostennote einreichte. Entgegen seiner Auffassung lässt sich weder aus <ref-law> noch aus dem Reglement vom 26. September 2006 über die Entschädigungen in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht ein weitergehender Anspruch auf Äusserung ableiten, z.B. durch eine mündliche Anhörung vor Kürzung der Kostennote.
6.5 Die Gutheissung einer Beschwerde wegen Verweigerung des rechtlichen Gehörs führt in der Regel ohne weiteres zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids; der Verfahrensmangel kann im Rechtsmittelverfahren nur ausnahmsweise geheilt werden (zu den Voraussetzungen: <ref-ruling> E. 2.2.3 S. 135; <ref-ruling> E. 2 S. 71f.; je mit Hinweisen). Ob eine Heilung vorliegend möglich wäre, kann offen bleiben. Eine reformatorische Beurteilung der Beschwerde fällt ausser Betracht, da das Bundesgericht nicht in der Lage ist, die Angemessenheit der Forderung des Beschwerdeführers 2 zu überprüfen (Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 5).
6.6 Zu prüfen bleibt die Höhe des Stundenansatzes. Nach Art. 3 des Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht beträgt der Stundenansatz zwischen Fr. 200.-- und Fr. 300.--. Wie der Beschwerdeführer 2 zutreffend ausführt, ist zahlreiches Aktenmaterial vorhanden, es sind mehrere Angeklagte beteiligt, und der Fall ist nicht einfach zu beurteilen. Die Komplexität des Falls schlägt sich aber in erster Linie nicht in der Höhe des Stundenansatzes, sondern im zu entschädigenden zeitlichen Aufwand nieder. Je schwieriger ein Fall ist, desto mehr Stunden sind dem amtlichen Verteidiger zur Erarbeitung einer sachgemässen Verteidigungsstrategie (z.B. Aktenstudium, Besprechungen mit dem Klienten, Rechtsabklärungen) zuzugestehen. Dass der Beschwerdeführer 2 während der Beschäftigung mit dem amtlichen Mandat gegebenenfalls keine weiteren Aufträge angenommen hat, rechtfertigt eine Erhöhung des Stundenansatzes nicht. Ob er weitere Klienten betreuen kann, ist eine Frage seiner zeitlichen Auslastung (welche mit dem amtlichen Mandat abgegolten wird) und der internen Büroorganisation (z.B. telefonische Erreichbarkeit des Sekretariats, Terminkoordination, allfällige Stellvertretung). Hingegen ist bei der Bemessung des Stundenansatzes zu berücksichtigen, dass die im Verfahren verwendeten verschiedenen Fremdsprachen die Verteidigung zusätzlich erschwerten. Die Vorinstanz hat mit Fr. 260.-- einen über dem Durchschnitt liegenden Stundenansatz gewählt. Auch die Gerichtsgebühr von Fr. 150'000.-- hat sie in diesem Rahmen festgesetzt. Die ordentliche Gerichtsgebühr beträgt bei Dreierbesetzung zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 60'000.-- (Art. 2 Abs. 1 lit. b des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht vom 11. Februar 2004; AS 2004 1585). Sie kann, wenn besondere Gründe es rechtfertigen, insbesondere bei umfangreichen Verfahren und mehreren Angeklagten, bis auf Fr. 200'000.-- erhöht werden (vgl. Art. 4 lit. b des Reglements). Zu beachten ist, dass die von der Vorinstanz festgesetzte Gerichtsgebühr, im Gegensatz zum Stundentarif für die anwaltlichen Leistungen, auch den grossen Zeitaufwand abdeckt. Im vorliegenden Fall liegt die Höhe des Stundenansatzes von Fr. 260.-- für die Leistungen des amtlichen Verteidigers gerade noch innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens.
7. 7.1 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 sowie sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege sind gutzuheissen (<ref-law>). Es sind keine Kosten zu erheben, und dem Vertreter des Beschwerdeführers 1 ist eine Entschädigung aus der Bundesgerichtskasse zuzusprechen (<ref-law>).
7.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 ist teilweise gutzuheissen. Im Übrigen ist sie abzuweisen. Der Beschwerdeführer 2 hat die reduzierten Gerichtskosten im Umfang seines Unterliegens selbst zu tragen (<ref-law>). Er ist aufgrund seines teilweisen Obsiegens zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist.
1.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 wird teilweise gutgeheissen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
1.3 Das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 8. Juli 2009 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers 1 um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. 3.1 Für die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.2 Dem Beschwerdeführer 2 werden Gerichtskosten von Fr. 500.-- auferlegt.
4. 4.1 Dem Vertreter des Beschwerdeführers 1, Fürsprecher RAg._, Bern, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
4.2 Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer 2 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch