vom 27. März 2001, hat sich ergeben:
A.- Mit Schreiben vom 3. Oktober 2000 (angeblich eingegangen am 9. Oktober 2000) setzte die B._ AG die A._ AG darüber in Kenntnis, dass ihre Klientin C._ AG die beiden Premium Rate Service-Rufnummern 0906-99 99 99 und 0906-88 88 88 auf den nächst möglichen Termin zu B._ AG übertragen (portieren) möchte. Am 6. Oktober 2000 teilte die A._ AG der C._ AG mit, dass sie das Vertragsverhältnis per 15. Januar 2001 kündige und die beiden fraglichen Rufnummern mit Wirkung per
16. Januar 2001 anderweitig vergeben habe. Nachdem die B._ AG dem Bundesamt für Kommunikation mitgeteilt hatte, dass die A._ AG dem Portierungsbegehren nicht Folge leiste, eröffnete das Bundesamt am 22. Februar 2001 gestützt auf Art. 58 des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 (FMG; SR 784. 10) ein Aufsichtsverfahren gegen die A._ AG. Gleichzeitig wurde verfügt, die fraglichen Rufnummern seien für eine allfällige Portierung bereitzuhalten und insbesondere nicht an Dritte weiterzugeben. Mit Entscheid in der Hauptsache vom 27. März 2001 stellte das Bundesamt fest, dass die A._ AG ihre gesetzliche Pflicht, ihren Kunden die Portierung von Rufnummern zu ermöglichen, verletzt habe; die Portierung sei innert zehn Tagen vorzunehmen. Einer allfälligen Beschwerde gegen diese Verfügung wurde die aufschiebende Wirkung entzogen.
B.- Mit Verwaltungsbeschwerde vom 7. April 2001 stellte die A._ AG bei der Rekurskommission des Eidgenössischen Departementes für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation den Antrag, die aufschiebende Wirkung sei wiederherzustellen und bis zum Entscheid in der Hauptsache aufrecht zu erhalten. Am 17. April 2001 wies der Instruktionsrichter der Rekurskommission dieses Begehren ab.
C.- Die A._ AG führt dagegen Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem gleichen Antrag wie vor der Rekurskommission, dass nämlich die vom Bundesamt entzogene aufschiebende Wirkung wiederherzustellen und bis zum rechtskräftigen Entscheid in der Hauptsache aufrecht zu erhalten sei. Gleichzeitig ersuchte die A._ AG um vorsorgliche Anordnung, dass die streitbefangenen Rufnummern bis zum rechtskräftigen Entscheid in der Sache nicht benutzt werden dürften und dass "die vor Bestandskraft des Entscheides erfolgte Portierung" rückgängig gemacht werde.
D.- Mit verfahrensleitender Verfügung vom 2. Mai 2001 setzte der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der C._ AG, dem Bundesamt und der Rekurskommission eine - angesichts der Dringlichkeit des Verfahrens nicht erstreckbare - Frist zur Vernehmlassung bis zum 18. Mai 2001. Gleichzeitig ordnete er superprovisorisch an, dass die fraglichen Rufnummern nicht benutzt werden dürften. Nach Eingaben der C._ AG vom 7. Mai 2001 und der A._ AG vom 9. Mai 2001 wies der Abteilungspräsident am 10. Mai 2001 das Gesuch der A._ AG um superprovisorische Massnahme ab und gestattete der C._ AG, die fraglichen Rufnummern vorerst weiterzuverwenden.
E.- Das Bundesamt für Kommunikation sowie die Rekurskommission des Eidgenössischen Departementes für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Auch die C._ AG äussert in ihrer Vernehmlassung die Auffassung, die Verweigerung der Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung sei nicht zu beanstanden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gemäss Art. 101 lit. a OG (e contrario) sind Zwischenverfügungen nur dann selbständig mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbar, wenn dieses Rechtsmittel auch gegen den Endentscheid offen steht. Weiter ist erforderlich, dass die Zwischenverfügung einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 97 OG in Verbindung mit Art. 5 und 45 Abs. 1 VwVG; <ref-ruling> E. 2a S. 619, mit Hinweisen).
Selbständig anfechtbar sind namentlich Verfügungen über vorsorgliche Massnahmen (<ref-law> unter Verweisung auf Art. 55 und 56 VwVG), zu denen unter anderem die Wiederherstellung einer entzogenen aufschiebenden Wirkung zählt (vgl. <ref-law>). Auch bei den in <ref-law> als selbständig anfechtbar bezeichneten Zwischenverfügungen gilt grundsätzlich als Voraussetzung der Zulässigkeit einer Beschwerde, dass der Beschwerdeführer einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil erleiden muss (<ref-ruling> E. 2a S. 619, mit Hinweis). Im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde genügt freilich ein tatsächliches, insbesondere wirtschaftliches Interesse für die Annahme eines schutzwürdigen Interesses bzw. für die Begründung eines nicht wiedergutzumachenden Nachteils (<ref-ruling> E. 2a S. 620, mit Hinweisen).
b) Beim Entscheid über die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung handelt es sich um einen Zwischenentscheid; dagegen ist jedoch die Verwaltungsgerichtsbeschwerde grundsätzlich zulässig, nachdem gemäss <ref-law> Verfügungen des Bundesamtes für Kommunikation in der Sache mittels Beschwerde an die Rekurskommission des Eidgenössischen Departementes für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation weitergezogen werden können. Die Beschwerdeführerin hat ein tatsächliches Interesse an der Beschwerdeerhebung, das zwar in erster Linie pekuniär ist - womit eine spätere Wiedergutmachung an sich nicht von vornherein ausgeschlossen erscheint (vgl. <ref-ruling> E. 4-6 S. 621 ff.) -, aber auch ihre derzeitige aufsichtsrechtliche Stellung und diejenige als Fernmeldediensteanbieterin betrifft. Damit lassen sich nicht wiedergutzumachende Nachteile nicht von vornherein ausschliessen. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist demnach einzutreten.
c) Da kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, ist auf die nachträglich eingegangene Stellungnahme der Beschwerdeführerin vom 21. Mai 2001 nicht weiter einzugehen (vgl. Art. 110 Abs. 4 OG).
2.- a) Der angefochtene Verfahrensentscheid hat, obwohl er im Zusammenhang mit einer Aufsichtsmassnahme gegenüber der Beschwerdeführerin steht, klare Nebenwirkungen auf die Rechtsstellung der C._ AG. Dieser kann in einem Aufsichtsverfahren gegen Dritte freilich keine eigentliche Parteistellung zukommen; es rechtfertigt sich aber angesichts ihrer schutzwürdigen Interessen bzw. Betroffenheit (vgl.
dazu <ref-ruling> E. 2c S. 360), sie in Anwendung von Art. 110 Abs. 1 OG als "andere Beteiligte" am vorliegenden Verfahren teilnehmen zu lassen (vgl. Isabelle Häner, Die Beteiligten im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, Zürich 2000, Rz. 298 ff., insbes. Rz. 311). Dabei ist auch zu berücksichtigen, dass aufsichtsrechtlich nicht ein allgemeines Verhalten der Beschwerdeführerin beanstandet wurde, welches für eine Vielzahl von Kunden Auswirkungen zeitigt, was eine Beteiligung am Verfahren aller Drittbetroffenen unverhältnismässig erscheinen liesse; vielmehr geht es um ein spezifisches Verhalten der Beschwerdeführerin, das sich lediglich auf die C._ AG - und eventuell mittelbar auf deren Fernmeldepartner - auswirkt. Dass es sich um ein Aufsichtsverfahren handelt, das sich nicht gegen die C._ AG richtet, schliesst aber aus, dieser ein formelles Antragsrecht zu gewähren (vgl. dazu Rhinow/Koller/ Kiss, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Basel/Frankfurt a.M. 1996, Rz. 788 und 1555).
Der C._ AG kann in einem Aufsichtsverfahren gegen Dritte - genau so wenig wie einer Amtsstelle als Anzeigerin - keine eigentliche Parteistellung zukommen. Der Umstand, dass sie tatsächlich ein Rechtsbegehren gestellt hat, ändert daran nichts; der Antrag hat als formell unwirksam zu gelten, die Vernehmlassung ist aber als solche entgegen- und zur Kenntnis zu nehmen. Dabei darf das Bundesgericht zwar über die Begehren der eigentlichen Parteien nicht hinausgehen, an deren Begründung ist es aber nicht gebunden (Art. 114 Abs. 1 OG).
b) Die C._ AG regt an, die B._ AG sei ebenfalls als Verfahrensbeteiligte zu behandeln, da diese riskiere, von ihr haftbar gemacht zu werden. Angesichts des Ausgangs des vorliegenden Verfahrens erübrigt es sich indessen, darauf näher einzugehen bzw. dieser Anregung Folge zu leisten.
3.- a) Gemäss <ref-law> wacht das Bundesamt für Kommunikation darüber, dass die Konzessionäre das internationale Fernmelderecht, das Fernmeldegesetz, die Ausführungsvorschriften und die Konzession einhalten. Stellt es eine Verletzung des anwendbaren Rechts fest, kann es bestimmte Massnahmen ergreifen, sofern ihm die Kompetenz, eine Konzession zu erteilen, übertragen worden ist (Art. 58 Abs. 2 und 3 FMG).
Im vorliegenden Fall hat das Bundesamt eine Verletzung von <ref-law> festgestellt, wonach unter anderem die Fernmeldediensteanbieter die Nummernportabilität, d.h. die Übertragbarkeit bzw. das Beibehalten der (gleichen) Nummer für den Abonnenten (Endkunden) beim Wechsel der Fernmeldeunternehmung, sicherzustellen haben. Das Beschwerdeverfahren in der Hauptsache ist noch vor der Rekurskommission hängig. Der Instruktionsrichter derselben hat es jedoch abgelehnt, die vom Bundesamt entzogene aufschiebende Wirkung wiederherzustellen.
b) Nach <ref-law> kann die Beschwerdeinstanz oder ihr Vorsitzender die von der Vorinstanz entzogene aufschiebende Wirkung wiederherstellen; über ein Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ist ohne Verzug zu entscheiden.
Beim Entscheid über die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung hat die Behörde zu prüfen, ob die Gründe, die eine sofortige Vollstreckung nahe legen, wichtiger sind als jene, die für einen Aufschub sprechen. Bei dieser Interessenabwägung kommt ihr - der Natur der Sache nach - ein erheblicher Beurteilungsspielraum zu. Sie ist nicht gehalten, für ihren Entscheid zeitraubende zusätzliche Abklärungen zu treffen, sondern kann in erster Linie auf die ihr zur Verfügung stehenden Akten abstellen (<ref-ruling> E. 2b S. 191; <ref-ruling> E. 5b S. 45; <ref-ruling> E. 2a S. 116).
Eine erhebliche Rolle spielt namentlich der Gesichtspunkt einer gewissen Kontinuität im Verfahren (nicht veröffentlichtes Urteil vom 22. Oktober 1998 i.S. S.). Das Bundesgericht seinerseits beschränkt sich auf Beschwerde hin erst recht auf eine vorläufige Prüfung der Akten (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 116; <ref-ruling> E. 5 S. 220 f.). Es kontrolliert, ob die Vorinstanz ihr Ermessen überschritten oder missbraucht hat, und hebt deren Entscheid nur auf, wenn sie wesentliche Interessen ausser Acht gelassen oder offensichtlich falsch bewertet hat (unveröffentlichtes Urteil vom 22. Oktober 1998 i.S. S.).
c) Wie aus der Vernehmlassung des Bundesamts für Kommunikation vom 17. Mai 2001 hervorgeht, handelt es sich bei den mit der Kennzahl 0906 beginnenden Premium Rate Service-Rufnummern um solche, die dem Angebot der Erwachsenenunterhaltung dienen. Nachdem der angefochtene Beschwerdeentscheid am 17. April 2001 ergangen war, wurden die beiden fraglichen Rufnummern offenbar zur D._ AG portiert, wo sie im Zeitpunkt der Beschwerdeerhebung an das Bundesgericht (am 27. April 2001) zugunsten der C._ AG in Betrieb waren. Die beiden Rufnummern wurden somit nach einem unfreiwilligen Betriebsunterbruch wieder aufgeschaltet. Damit wurde ein Zustand wiederhergestellt, wie er zu Beginn der Auseinandersetzung bestanden hatte, mit dem Unterschied, dass die Nummern offenbar nunmehr auf einem anderen Fernmeldenetz (demjenigen der D._ AG und nicht mehr demjenigen der Beschwerdeführerin) laufen. Die B._ AG, zu welcher die Nummern ursprünglich hätten portiert werden sollen, scheint im vorliegenden Zusammenhang nicht mehr Vertragspartnerin der C._ AG zu sein. Wie es sich damit genau verhält, braucht vorliegend, wo es lediglich um die Frage der Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung geht, nicht weiter abgeklärt zu werden.
d) Die C._ AG hat die betreffenden zwei Rufnummern während mehr als einem Jahr bearbeitet und dafür geworben.
Bei einem Wegfall der Nummern erwiese sich ein Grossteil dieser Investition als nutzloser Aufwand, der für allfällige Ersatznummern erneut betrieben werden müsste. Zudem könnte ein neuer Nummerninhaber, (fast) zwangsläufig ein Konkurrent der C._ AG, von den durch diese getätigten Investitionen profitieren. Bei einem allfälligen Erfolg der Beschwerdeführerin in der Sache liesse sich demgegenüber die vorgenommene Portierung ohne weiteres rückgängig machen; die Beschwerdeführerin hat insofern noch keine allzu grossen Einschränkungen erlitten, und ihre allfällige Kundschaft hat - für die fraglichen Rufnummern - auch noch nicht Investitionen in vergleichbarer Grössenordnung wie die C._ AG tätigen können. Die Rufnummern erscheinen für die Beschwerdeführerin und ihre Kundschaft eher austauschbar als für die C._ AG, welche bei einem allfälligen Hin- und Herschalten oder auch bei einem erneuten Abschalten gleich mehrfach riskiert, wiederholt denselben Aufwand betreiben zu müssen. Die Auswirkungen einer allfälligen Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung erweisen sich demnach für die C._ AG als bedeutend einschneidender als für die Beschwerdeführerin im entgegengesetzten Fall. Damit überwiegen die Interessen der C._ AG, und es rechtfertigt sich, ihr die Benutzung der fraglichen Rufnummern bis zum Entscheid in der Sache zu gestatten. Dies entspricht im Übrigen der Sachlage zu Beginn der vorliegenden Auseinandersetzung und dem bestehenden Zustand - mit dem Unterschied, dass die Rufnummern offenbar ursprünglich auf einem anderen Fernmeldenetz als heute aufgeschaltet waren. Hinzu kommt, dass die Erfolgsaussichten der Beschwerdeführerin nicht offensichtlich sind, wozu sich vorliegend freilich weitere Erwägungen erübrigen.
e) Die Vorinstanz hat demnach die wesentlichen Interessen berücksichtigt und nicht offensichtlich falsch bewertet; sie hat auch ihr Ermessen weder überschritten noch missbraucht.
4.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich demnach als unbegründet und ist in allen Punkten abzuweisen.
b) Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1, Art. 153 und 153a OG). Da der C._ AG keine eigentliche Parteistellung zukommt und Entschädigungen den Parteien vorbehalten sind (vgl. Art. 159 OG), steht ihr keine Parteientschädigung zu. Im Übrigen trüge sie als "andere Beteiligte" höchstens dann ein Kosten- und Entschädigungsrisiko, wenn sie antragsberechtigt wäre (vgl. Rhinow/Koller/Kiss, a.a.O., Rz. 1555; André Moser, in: Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel/Frankfurt a.M. 1998, Ziff. 3.1), was hier aber nicht zutrifft (vgl. E. 2a); ohne Entschädigungsrisiko rechtfertigt sich aber auch ein Entschädigungsanspruch nicht.
c) Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin, es sei der Beschwerde an das Bundesgericht die aufschiebende Wirkung zu erteilen bzw. es seien provisorische Massnahmen zu treffen, gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bundesamt für Kommunikation, der Rekurskommission des Eidgenössischen Departementes für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation sowie der C._ AG schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 25. Mai 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: