Faits:
A. N._ est affilié à la Caisse Maladie Intras (ci-après: Intras) au titre de l'assurance-maladie obligatoire des soins. Il ne dispose pas d'une couverture d'assurance-accidents au sens de la LAA auprès de cet assureur. En 2006, en compagnie d'un autre alpiniste, il a été surpris par le brouillard dans la région de X._, à une altitude d'environ 3'150 m, les deux alpinistes s'étant retrouvés hors tracé en descente, au pied d'un à-pic, selon leurs dires sans possibilité de remonter pour prendre une autre voie. A 13h46 ils ont appelé les secours par téléphone au 144 et, après avoir discuté la situation avec deux guides de montagne, ils ont été secourus sains et saufs moyennant treuillage effectué à 17h50 par hélicoptère de Air Zermatt et de l'Organisation cantonale valaisanne des secours (OCVS). Intras a refusé de prendre en charge le cas et de rembourser les factures de 3'728 fr. et de 509 fr. 50 établies pour le sauvetage. Elle a maintenu sa position notamment par lettre du 23 janvier 2007 et en dernier lieu par écrit du 12 avril 2007.
B. Saisi d'un recours formé par N._, le Tribunal des assurances du canton de Vaud l'a admis par jugement du 26 septembre 2007. Il a déclaré d'une part que le pourvoi était recevable même à défaut de décision formelle (<ref-law>), l'assureur ayant par ailleurs procédé sans réserve sur le fond. Les juges cantonaux ont d'autre part statué que Intras est débitrice de l'assuré de la somme de 2'118 fr. 75.
C. Intras interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement à être libérée du versement de la somme litigieuse, subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour complément d'instruction et, plus subsidiairement encore, à ce que celle-ci l'invite à rendre une décision formelle.
N._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Du point de vue formel, le litige a pour objet les points de savoir si le Tribunal des assurances du canton de Vaud était la juridiction inférieure compétente ou si l'affaire aurait dû être jugée par un tribunal arbitral, et si, à défaut d'une décision formelle, l'autorité judiciaire cantonale, sa compétence étant admise, pouvait valablement statuer sur le fond du litige. Du point de vue matériel, se pose la question de savoir si, en se prononçant sur l'affaire, le tribunal de première instance a établi les faits de manière manifestement inexacte, si les frais de sauvetage litigieux ne doivent pas être pris en charge par la recourante dans la mesure où l'intervention par hélicoptère en 2006 ne peut pas être considérée comme une situation de sauvetage au sens de la loi, et si le jugement cantonal est fondé sur une motivation insuffisante.
1.2 Le recours peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>), que le Tribunal fédéral applique d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Le Tribunal fonde son jugement sur les faits retenus par la juridiction de première instance qui le lient (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>).
2. Se prononçant sur les questions formelles du litige, les premiers juges ont constaté, sur la base de la procuration donnée par l'assuré, que la Garde aérienne suisse de sauvetage (Rega) était la représentante de l'intéressé. Ils en ont déduit qu'elle était dès lors légitimée à demander une décision à Intras au nom de son mandant. La juridiction cantonale a en outre admis implicitement que le refus de rendre une décision formelle et celui de prendre en charge les frais de transport en question touchaient directement l'assuré. Elle en a déduit qu'il ne s'agissait pas d'un litige entre un fournisseur de prestations et un assureur relevant d'un tribunal arbitral, mais bien du Tribunal des assurances du canton de Vaud, dont la compétence était incontestable. Les juges de première instance ont d'autre part considéré que, même à défaut de décision formelle, le recours était recevable. Ils ont enfin admis que, dans la mesure où Intras avait déjà procédé sans réserve sur le fond, le Tribunal cantonal pouvait statuer sans qu'un renvoi de l'affaire à l'assurance ne se justifie (cf. SVR 2005 IV No. 26 p. 101).
Ces questions formelles ont été correctement examinées par la juridiction cantonale et le jugement entrepris n'est pas contestable sur ces points, ni pour établissement de façon manifestement inexacte des faits, ni pour violation du droit fédéral.
3. L'obligation de prendre en charge des frais de sauvetage est basée sur l'art. 25 al. 2 let. g LAMal, selon lequel l'assurance obligatoire des soins assume « une contribution aux frais de transport médicalement nécessaires ainsi qu'aux frais de sauvetage », et sur l'<ref-law>, qui dispose que « l'assurance prend en charge 50 % des frais de sauvetage en Suisse » et que « le montant maximum est de 5'000 francs par année civile ».
3.1 Les juges cantonaux ont établi l'état de fait en se fondant sur les allégations de l'assuré, selon lequel les deux alpinistes s'étaient retrouvés hors-tracé en descente, au pied d'un à-pic, sans possibilité de remonter pour prendre une autre voie. Ils ont également admis, sur la base des arguments invoqués par l'assuré, que continuer la descente hors-tracé dans le brouillard aurait à tout le moins constitué un risque aigu pour leur santé. La juridiction cantonale a ainsi exclu que l'assuré eût été victime d'un accident et qu'il eût présenté une atteinte à la santé, mais admis en revanche qu'il s'était trouvé dans une situation de danger indirect. L'établissement de ces faits ne résulte pas d'un procédé manifestement inexact et lie dès lors le Tribunal fédéral. Dans la mesure où les éléments du dossier et les circonstances concrètes ne permettaient pas de conclure qu'une instruction complémentaire de la cause aurait pu se révéler indispensable, l'état de fait n'a pas non plus été établi de manière incomplète (<ref-law>).
3.2 Le Tribunal cantonal a considéré, en motivant son arrêt de façon certes succincte, mais non pas insuffisante, que l'obligation de la recourante de prendre en charge les frais de sauvetage litigieux ne présuppose pas que l'assuré ait été blessé, mais qu'il suffit qu'il se soit trouvé dans une situation dont il n'aurait pu s'échapper sans aller au devant d'un accident. Néanmoins, il n'a ainsi pas tenu compte du fait qu'il est pratiquement toujours soutenable, dans une situation de cette nature, qu'un danger accru pour la santé de l'assuré existe. Ceci n'est toutefois pas suffisant pour admettre la prise en charge des frais de transport par un assureur social, dès lors que la loi prévoit en principe une obligation de prendre en charge les frais de sauvetage uniquement dans le cas d'une atteinte à la santé qui s'est effectivement réalisée.
Sur la base de l'état de fait établi par la juridiction cantonale, qui lie la Cour fédérale, se pose ainsi la question de droit de savoir à quelles conditions une obligation de prendre en charge les frais de sauvetage de l'assuré existe. Le Tribunal fédéral n'a pas eu à se prononcer, à ce jour, sur cette question, ni dans le cadre de l'art. 25 al. 2 let. g LAMal en relation avec l'<ref-law>, ni dans celui des <ref-law>/<ref-law> ou encore de l'<ref-law>, ces trois dernières dispositions, qui concernent l'assurance-accidents et l'assurance militaire, ayant une teneur analogue à celle des articles précités relatifs à l'assurance-maladie. Une telle obligation suppose en principe toujours la réalisation du risque assuré, tandis qu'un simple danger accru ne constitue pas, sous réserve des mesures de prévention (<ref-law>) dont les conditions ne sont pas réalisées en l'espèce, une maladie assurée ni - dans le cadre de la LAMal à titre subsidiaire - un accident au sens de la LAA. Dans deux jugements cantonaux, il a été dit que les frais de sauvetage doivent être pris en charge par l'assureur lorsqu'un danger sérieux existe. Toutefois, dans les deux cas relevés, la réponse à cette question n'avait pas été déterminante, puisque dans le premier il existait une suspicion fondée de blessure (BVR 2002 p. 421 ss consid. 3a/bb, 3b et 3c), tandis que dans le second la personne en danger avait effectivement eu besoin d'une aide de nature médicale (RVJ 2001 p. 108 consid. 2b p. 110 s. et 2d p. 112 s.). Dans la doctrine, l'opinion d'après laquelle un danger sérieux est requis, est partagée par Maurer (Alfred Maurer, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, Berne 1985, p. 318; Alfred Maurer, Mélanges en l'honneur de Jean-Louis Duc, Lausanne 2001, Transport- und Rettungskosten in der Krankenversicherung und anderen Zweigen der Sozialversicherung, p. 185) et Eugster (Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, Bâle 1998, 1re éd., p. 77 ch. 151). Les autres opinions de doctrine sont nettement plus réservées, une obligation de prendre en charge les frais de sauvetage n'étant admise que si, à défaut d'une intervention, la survenance d'un accident, voire la réalisation d'une atteinte à la santé est inévitable ou certaine (Morger, RSAS 1985, p. 246 s.; Ghélew/Ramelet/Ritter, Commentaire de la loi sur l'assurance-accidents [LAA], Lausanne 1992, p. 80; Maeschi, Kommentar zum Bundesgesetz über die Militärversicherung [MVG], Berne 1999, p. 182 ch. 18 ad Art. 19; dans le même sens Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2e éd., Bâle 2007, E, p. 536 ch. 421 et 422) ou encore, étant même exclue aussi longtemps qu'une atteinte à la santé n'est pas survenue (Franz Schlauri, Die Militärversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2e éd., Bâle 2007, G, p. 1093 s. ch. 98). La pratique administrative (qui semble inspirée de l'<ref-law>, qui concerne l'obligation de sauvetage dans le cadre de la loi sur le contrat d'assurance) est un peu plus large, puisque la Commission ad hoc des sinistres LAA (Recommandation No 1/94, révisée en 2002 et entrée en vigueur le 1er janvier 2003) préconise le remboursement des frais de sauvetage pour un blessé qui ne peut pas se dégager ou pour un non-blessé ne pouvant pas se libérer lui-même d'une situation qui causerait sans aucun doute un dommage (par ex. chute dans une crevasse).
Aux yeux du Tribunal fédéral, une interprétation extensive des conditions requises conduirait à prendre en charge des frais d'évacuation sans aucun rapport avec un événement accidentel et donc avec l'objet même de l'assurance. Il se justifie dès lors d'exiger en tout cas l'existence d'une certaine relation entre la situation dans laquelle se trouve la personne assurée et la notion d'accident pour que soient pris en charge des frais d'évacuation d'un non-blessé. Il faut, à tout le moins, qu'intervienne sur le corps de l'assuré un facteur extérieur extraordinaire susceptible de provoquer, après coup et indubitablement, une atteinte à la santé (chute, glissade). Tel n'est pas le cas d'une personne qui se trouve en difficulté en montagne à la suite d'une erreur d'orientation ou de la survenance de conditions météorologiques défavorables.
3.3 En l'espèce, il est constant que l'assuré n'a pas été victime d'un accident et qu'il ne présentait aucune atteinte à la santé avant, durant ou après son évacuation effectuée par hélicoptère. D'autre part, l'existence d'un risque d'atteinte à la santé qui se serait sans aucun doute réalisé dans le sens d'une exception restrictive en cas de danger accru pour la santé de l'assuré n'a pas été établie en l'occurrence, une simple situation objectivement dangereuse dont un assuré peut se libérer moyennant un transport de sauvetage par hélicoptère ne constituant pas un cas d'assurance conformément à la loi. L'obligation de la recourante de prendre en charge les frais de sauvetage litigieux doit dès lors être niée.
Dans ces conditions, le jugement cantonal n'est pas conforme au droit fédéral, les premiers juges ayant admis à tort que, sur la base des faits déterminants, les conditions requises pour la prise en charge des frais de sauvetage par la recourante étaient réunies. Le recours doit dès lors être admis en ce sens que le jugement cantonal peut être annulé, sans qu'il soit nécessaire de renvoyer la cause pour instruction complémentaire.
4. L'intimé, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 1ère phrase LTF), tandis qu'une indemnité de dépens ne peut pas être accordée à la partie recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, le jugement du Tribunal des assurances du canton de Vaud du 26 septembre 2007 étant annulé.
2. Les frais de justice, d'un montant de 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 27 janvier 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Scartazzini