Sachverhalt:
A. Am 5. Oktober 2001 wurde der SAirGroup die provisorische Nachlassstundung gewährt, und am 26. Juni 2003 wurde die Bestätigung des von der Schuldnerin mit den Gläubigern geschlossenen Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung rechtskräftig.
B. Am 20. und 27. Juni 2005 leitete die SAirGroup in Nachlassliquidation (Klägerin) bei den Friedensrichterämtern Klage gegen die Credit Suisse (Beklagte) ein. Die Klägerin focht gestützt auf <ref-law> zwei von der Schuldnerin veranlasste und am 29. Mai und 3. August 2001 von der UBS AG ausgeführte Überweisungen von Fr. 4'770'000.-- an die Beklagte an, wovon je Fr. 1'585'333.-- an die Citibank N.A. und an die Deutsche Bank weitergeleitet worden seien; der Rest sei bei der Beklagten verblieben. Am 21. November 2005 reichte sie beim Handelsgericht Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, dass die Beklagte zu verpflichten sei, ihr Fr. 1'603'333.-- zuzüglich Zinsen zu bezahlen.
C. Das Handelsgericht Zürich beschränkte das Verfahren auf die Frage, ob mit der Anfechtungsklage die Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> gewahrt worden sei. Mit Vorurteil vom 11. Mai 2007 stellte das Handelsgericht fest, dass die Klägerin die zweijährige Verwirkungsfrist des Art. 331 i.V.m. <ref-law> bezüglich ihrer Anfechtungsklage gegen die Beklagte gewahrt hat.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 15. Juni 2007 beantragt die Credit Suisse (Beschwerdeführerin) dem Bundesgericht, es sei das Vorurteil des Handelsgerichts vom 11. Mai 2007 aufzuheben und es sei die Anfechtungsklage abzuweisen.
Die SAirGroup in Nachlassliquidation (Beschwerdegegnerin) beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid über eine betreibungsrechtliche Anfechtungsklage gemäss <ref-law>, welcher als Entscheid in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid betreffend die Fristverwirkung, wobei die Vorinstanz die Fristwahrung festgestellt hat. Es ist unbestritten, dass nur für den Fall des Fristbeginns im Zeitpunkt der Bestätigung des Nachlassvertrages die zweijährige Frist gewahrt ist, während bei einem früheren Fristbeginn die Klage verwirkt und abzuweisen wäre. Der selbständig eröffnete Entscheid über die Fristwahrung stellt einen Vor- bzw. Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> dar. Die Beschwerde würde im Falle der Gutheissung sofort einen Endentscheid herbeiführen und einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten ersparen. Die Beschwerde ist daher zulässig (<ref-law>), zumal die Streitwertgrenze offensichtlich erreicht ist (Art. 51 Abs. 1 lit. c, Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) und ein Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten als einzige kantonale Instanz entschieden hat (<ref-law>).
2. Das Handelsgericht ist zur Auffassung gelangt, dass das Anfechtungsrecht nach Ablauf von zwei Jahren seit der Bestätigung des Nachlassvertrages verwirke. Dies ergebe sich aus der Anwendung der Grundsätze nach Art. 285-292 SchKG, wie sie gemäss <ref-law> für die Anfechtung von Rechtshandlungen beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung massgebend seien; <ref-law> sei einzig für die Verdachtsfristen massgebend. Die vorliegende Klage sei fristgerecht erhoben worden.
Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, dass das Anfechtungsrecht nach Ablauf von zwei Jahren seit der Bewilligung der Nachlassstundung verwirke und deshalb die vorliegende Klage verwirkt sei. Dabei stützt sie sich in erster Linie auf den Wortlaut von <ref-law>, welcher die Berechnung der Fristen betreffend die Anfechtung von Rechtshandlungen regle. Nach dieser Bestimmung werde nicht zwischen Verdachts- und Klagefristen unterschieden. Wo immer in den Art. 285-292 SchKG eine Frist an den Zeitpunkt der Pfändung oder Konkurseröffnung anknüpfe, laufe diese Frist im Falle der Anfechtung im Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung seit der Bewilligung der Nachlassstundung oder des Konkursaufschubs, wenn ein solcher der Nachlassstundung vorangegangen sei. Es gebe keinen triftigen Grund, vom Wortlaut des Gesetzes abzuweichen, weshalb die Klage als verwirkt betrachtet werden müsse. Die Beschwerdegegnerin bestätigt die Auffassung des Handelsgerichts. Beide Parteien haben zur Begründung ihrer Standpunkte verschiedene Gutachten eingereicht.
3. Umstritten ist, wann das Recht zur Anfechtung von Rechtshandlungen nach <ref-law> beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung verwirkt ist. Gemäss <ref-law> verwirkt das Anfechtungsrecht nach Ablauf von zwei Jahren seit Zustellung des Pfändungsverlustscheines bzw. seit der Konkurseröffnung. Gemäss <ref-law> unterliegen die vom Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommenen Rechtshandlungen der Anfechtung nach den Grundsätzen der Art. 285-292 SchKG. Gemäss <ref-law> ist für die Berechnung der Fristen anstelle der Pfändung oder der Konkurseröffnung die Bewilligung der Nachlassstundung oder des Konkursaufschubes (Art. 725a, 764, 817 oder 903 OR), wenn ein solcher der Nachlassstundung vorausgegangen ist, massgebend.
3.1 In der Lehre hat die Frage des Beginns der Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung Anlass zu Stellungnahmen gegeben. Bereits im Jahre 1996 hielt Fridolin Walther in seiner Untersuchung zu den Fristen im teilrevidierten SchKG (Inkrafttreten am 1. Januar 1997) fest, dass <ref-law> unklar sei (Neue und angepasste Fristen im revidierten Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, AJP 1996 S. 1392 Fn 174). Henri-Robert Schüpbach kommt nach eingehender Auseinandersetzung zum Schluss, dass Wortlaut und Systematik von <ref-law> fehlerhaft seien und nichts rechtfertige, von der Parallelität zum Konkurs abzuweichen, weshalb die Bestätigung des Nachlassvertrages die Verwirkungsfrist des <ref-law> auslöse. Wäre die Bewilligung der Nachlassstundung, oder erst recht ein vorausgegangener Konkursaufschub fristauslösend, könne das Anfechtungsrecht von der Nachlassmasse nicht innert nützlicher Frist ausgeübt werden (Droit et action révocatoires, Basel 1997, N. 60 f., N. 68 ff. zu <ref-law>). Die ganz überwiegende Lehre teilt diese Meinung (Thomas Bauer, in: Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 9 zu <ref-law>; Alain Winkelmann/Laurent Lévy/Vincent Jeanneret/Olivier Merkt/Francesca Birchler, in: Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 10 zu <ref-law>; Franco Lorandi, Genehmigungsbedürftige Geschäfte während der Nachlassstundung [<ref-law>], ZZZ 2004 S. 77, S. 116 Fn 253; Henry Peter, in: Commentaire Romand, Poursuite et faillite, N. 8 zu <ref-law>; Dominique Junod Moser/Louis Gaillard, in: Commentaire Romand, Poursuite et faillite, N. 19 zu <ref-law>; Pauline Erard-Gillioz, Die Anfechtung, SJK 742, Stand: 1999, Ziff. I.E.2; Thomas Rebsamen, Die Gleichbehandlung der Gläubiger durch die Aktiengesellschaft, Diss. Freiburg 2004, S. 97 Rz. 314; Stefan Knobloch, Die zivilrechtlichen Risiken der Banken in der sanierungsbedürftigen Unternehmung, Diss. Zürich 2006, S. 106). Pierre-Robert Gilliéron hält die Ansicht, dass <ref-law> nur für Verdachtsfristen gilt, für vernünftig und fragt sich, ob die negativen Folgen vom Gesetzgeber gewollt seien, wenn die Bewilligung der Nachlassstundung massgebend sei; dennoch hält er die Anordnung der (provisorischen) Nachlassstundung für den fristauslösenden Zeitpunkt (Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N. 17 zu <ref-law>). Rudolf Tschäni schliesst aus <ref-law> ohne weitere Begründung, dass die Anfechtungsfrist mit Bewilligung der Nachlassstundung beginnt (M&A-Transaktionen nach Schweizer Recht, Zürich 2003, S. 122 Fn 354); ebenso Charles Jaques (Le "rang" des créances dans l'exécution forcée: Le cas des subordinations de créance [postpositions], Diss. Lausanne 1999, S. 731 Rz. 1786). Widersprüchlich äussern sich schliesslich Kurt Amonn/Fridolin Walther sowie Kurt Amonn/Dominik Gasser, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7. Aufl. 2003 bzw. 6. Aufl. 1997, § 52 Rz. 34 bzw. § 55 Rz. 34).
3.2 Das Bundesgericht hat bis anhin keine Gelegenheit gehabt, über den Beginn der Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> für die Anfechtung beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung zu entscheiden. In <ref-ruling> wurde unter anderem auf <ref-law> Bezug genommen, als es um die Frage ging, ob im Nachlassverfahren eine Forderung nach der alt- oder neurechtlichen Privilegienordnung zu kollozieren sei, und in diesem Zusammenhang die Wirkungen von Konkurseröffnung und Bewilligung der Nachlassstundung zu vergleichen waren (E. 3b S. 158). Über den Beginn der Verwirkungsfrist für die Anfechtung beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung wurde damit nicht entschieden.
4. Die Auslegung des Gesetzes ist auf die Regelungsabsicht des Gesetzgebers und die von ihm erkennbar getroffenen Wertentscheidungen auszurichten (<ref-ruling> E. 3b S. 41). Ausgangspunkt der Auslegung einer Norm bildet ihr Wortlaut. Vom daraus abgeleiteten Sinne ist jedoch abzuweichen, wenn triftige Gründe dafür bestehen, dass der Gesetzgeber diesen nicht gewollt haben kann. Solche Gründe können sich insbesondere aus der Entstehungsgeschichte der Norm, aus ihrem Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben. Insoweit wird vom historischen, teleologischen und systematischen Auslegungselement gesprochen. Bei der Auslegung einer Norm sind daher neben dem Wortlaut diese herkömmlichen Auslegungselemente zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 265, mit Hinweisen).
4.1 Nach dem Wortlaut von <ref-law>, der sich in den drei Amtssprachen nicht unterscheidet, ist "für die Berechnung der Fristen anstelle der Pfändung oder der Konkurseröffnung die Bewilligung der Nachlassstundung oder des Konkursaufschubes, wenn ein solcher der Nachlassstundung vorausgegangen ist, massgebend". Die Bestimmung spricht - wie die Beschwerdeführerin zu Recht festhält - einzig von "Fristen", ohne zwischen Verdachts- oder Klagefristen zu unterscheiden. Nach dem Wortlaut der Norm und der darin enthaltenen Verweisung wird die "Pfändung" oder "Konkurseröffnung" in Art. 286-288 SchKG durch die Bewilligung der Nachlassstundung oder des Konkursaufschubes, wenn ein solcher der Nachlassstundung vorausgegangen ist, ersetzt, um den Beginn der Verdachtsfristen zu bestimmen. Für den Beginn der Verwirkungsfrist gilt gemäss <ref-law> die "Zustellung des Pfändungsverlustscheines" (Ziff. 1) oder die "Konkurseröffnung" (Ziff. 2). Da <ref-law> nicht von der "Zustellung des Pfändungsverlustscheines" spricht, sondern nur von der "Pfändung" bzw. "Konkurseröffnung", passt der Wortlaut im Rahmen der Verweisung einzig auf <ref-law>. Wird hier "Konkurseröffnung" entsprechend <ref-law> ersetzt, so führen Wortlaut und Verweisung zum Ergebnis, dass die Anfechtungsfrist im Falle der Anfechtung im Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung ab der Bewilligung der Nachlassstundung oder des Konkursaufschubs, wenn ein solcher der Nachlassstundung vorangegangen sei, läuft.
4.2 Aus der Entstehungsgeschichte ergibt sich, dass <ref-law> nur teilweise mit altArt. 316s SchKG übereinstimmt. Während Abs. 1 die Regelung von altArt. 316s Abs. 1 erster Satz SchKG übernommen hat, sind die Änderungen in Abs. 3 redaktioneller Art und betreffen nur den französischen Text. Die Botschaft über die Änderung des SchKG hält fest (BBl 1991 III S. 194, Ziff. 210.69): "Die Berechnung der Verdachtsfristen wird in Absatz 2 geregelt. Im Übrigen wird dieser Absatz redaktionell nur geringfügig geändert." In den eidgenössischen Räten hat die vom Bundesrat vorgeschlagene Bestimmung so wenig als diejenige von <ref-law> Anlass zu Voten gegeben (AB NR 1993 S. 39, 46; AB SR 1993 S. 655, 657). Zu <ref-law> hält die Botschaft allerdings fest, dass die bei der Anfechtung relevanten zwei Zeitfragen klar getrennt würden: Die Verdachtsperiode in den Anfechtungstatsbeständen (<ref-law>) sage, wann der Schuldner die Handlung vorgenommen haben muss, damit sie anfechtbar ist; währenddem <ref-law> nur noch sage, innert welcher Zeit die Anfechtbarkeit geltend zu machen sei. Diese Frist begrenze das Anfechtungsrecht; ihr Ablauf bedeute Verwirkung desselben (Botschaft, a.a.O., S. 179, Ziff. 209.5). Dennoch spricht die Botschaft zu <ref-law> einzig von der Regelung der Verdachtsfristen. Die Erklärung hierfür liegt in der Grundlage, auf welche sich die Formulierung in der Botschaft stützt. Der Wortlaut von <ref-law> wurde praktisch unverändert vom Vorentwurf der Expertenkommission übernommen (vgl. Art. 331 Abs. 2 des Vorentwurfes für die Gesamtüberprüfung des SchKG vom Dezember 1981). Die Verweisung in <ref-law> des Vorentwurfs bezog sich allerdings auf die mit Pfändung und Konkurseröffnung beginnenden Verdachtsfristen, da im Vorentwurf keine Verwirkungsfristen vorgesehen waren, welche ab Zustellung des Pfändungsverlustscheines bzw. Konkurseröffnung zu laufen beginnen (vgl. Art. 292 des Vorentwurfes; Bericht zum Vorentwurf der Expertenkommission, S. 102 f.). Zu Recht hält Walther (a.a.O.) fest, dass sich <ref-law> gemäss Botschaft nur auf die Verdachtsfristen und nicht auf die Verwirkungsfrist bezieht. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin bietet die Entstehungsgeschichte einen triftigen Anhaltspunkt für die Annahme, dass <ref-law> nur für die Verdachtsfristen, und nicht auch für die Verwirkungsfristen gemäss <ref-law> gelten soll.
4.3 In der Lehre wird - in systematischer Hinsicht - darauf hingewiesen, dass bei Annahme, die Verwirkungsfrist beginne im Zeitpunkt der Bewilligung der Nachlassstundung oder des vorausgegangenen Konkursaufschubs, das Anfechtungsrecht verwirkt wäre, bevor es überhaupt geltend gemacht werden könne (u.a. Winkelmann/Lévy/ Jeanneret/Merkt/Birchler, a.a.O., N. 10 zu <ref-law>).
4.3.1 In einem von der Beschwerdeführerin vorgelegten Gutachten wird ausgeführt, dass auch Konkurse länger als zwei Jahre dauern und auch hier Anfechtungsansprüche verwirken könnten, bevor sie entstehen würden, nämlich wenn sie zwei Jahre nach Konkurseröffnung vorgenommen würden. Das Vorbringen geht an der Sache vorbei. Rechtshandlungen nach Konkurseröffnung können nicht angefochten werden, weil sich die Verdachtsperioden von der Konkurseröffnung an rückwärts berechnen (<ref-law>); sodann gehen Handlungen während des Konkurses nicht vom Gemeinschuldner (dessen Rechtshandlungen nach Konkurseröffnung ungültig sind; <ref-law>), sondern von der Konkursverwaltung aus (Franco Lorandi, Die Wirkungen des Konkursaufschubs, in: Festschrift Spühler, Zürich 2005, S. 223). Die Vorbringen sind nicht geeignet, um darzulegen, dass der Gesetzgeber in <ref-law> die Verwirkung von Anfechtungsansprüchen hinnehme, bevor sie überhaupt geltend gemacht werden können.
4.3.2 Eine Nachlassstundung kann für maximal 24 Monate gewährt werden (<ref-law>). Diese Frist kann sich verlängern, einerseits um die vorausgegangenen zwei Monate einer provisorischen Nachlassstundung (Art. 293 Abs. 3 und 4, <ref-law>), andererseits um die Dauer des Verfahrens für die gerichtlichen Verfahren zur Bestätigung des Nachlassvertrages (<ref-law>). Die Nachlassstundung kann demnach länger als zwei Jahre dauern. Sodann fehlen für die Dauer des Konkursaufschubes nach <ref-law> Minimal- oder Maximalfristen, sondern ist einzig das richterliche Ermessen aufgrund des Sanierungsplanes massgebend (Hans Ulrich Hardmeier, Zürcher Kommentar, N. 1324 zu <ref-law>). Würde die zweijährige Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> mit der Bewilligung der Nachlassstundung oder dem vorangegangenen Konkursaufschub zu laufen beginnen, könnte sie abgelaufen sein, bevor der Nachlassvertrag bestätigt wird.
Dieses Ergebnis steht in Widerspruch zu <ref-law>, wonach die vom Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommenen Handlungen der Anfechtung unterliegen (<ref-law>): Die während der Dauer der Nachlassstundung vorgenommenen Handlungen sind anfechtbar, wobei die Anfechtung auch möglich ist, wenn während der Stundung sowohl der Sachwalter als auch der Nachlassrichter einem Geschäft zugestimmt haben (Lorandi, Genehmigungsbedürftige Geschäfte, a.a.O., S. 105 und 106). Folgte man der Auffassung der Beschwerdeführerin, könnten Handlungen während der Nachlassstundung zwar anfechtbar sein, aber nicht angefochten werden, weil die Klage bereits verwirkt ist; überdies würden Gläubiger in einem Nachlassverfahren mit vorangegangenem Konkursaufschub benachteiligt. Dieses aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften fliessende Ergebnis stellt einen triftigen Grund für die Annahme dar, dass <ref-law> die Verwirkungsfrist nicht regelt.
4.3.3 Die Beschwerdeführerin hält demgegenüber fest, dass die Nachlassstundung nur in Extremfällen die Maximaldauer erreichen würde; in der Praxis würden sich bei einem Beginn der Anfechtungsfrist im Zeitpunkt der Bewilligung der Nachlassstundung keine Probleme stellen; die Berücksichtigung von Extremfällen sei nicht ein gesetzessystematisches, sondern rechtspolitisches Argument. Der Einwand geht fehl. Zum einen ist notorisch, dass durch das Verfahren zur Bestätigung des Nachlassvertrages die effektive Stundungsdauer erheblich länger als die formell bewilligte sein kann (Daniel Hunkeler, Streiflichter durch das gerichtliche Nachlassverfahren, ZZZ 2004 S. 300). Zum anderen hat der Gesetzgeber die Möglichkeit der Verlängerung der Stundungsdauer gerade für "besonders komplexe Fälle" vorgesehen (<ref-law>). Es ist nicht anzunehmen, dass der Gesetzgeber die Nachlassstundung in "besonders komplexen Fällen" regeln, jedoch in diesen Fällen oder den Fällen mit vorausgegangenem Konkursaufschub die faktische Unanfechtbarkeit von Rechtshandlungen als "Extremfälle" hinnehmen wollte. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sprechen nicht rechtspolitische, sondern gesetzessystematische Überlegungen für die Annahme, dass die Anfechtungsfrist nicht mit Bewilligung der Nachlassstundung oder mit dem vorausgegangenen Konkursaufschub zu laufen beginnt bzw. <ref-law> sich nicht auf die Verwirkungsfrist bezieht.
4.4 Was den Zweck der Norm anbelangt, so macht die Beschwerdeführerin geltend, dass die Anfechtungsklage einerseits dem Gläubigerschutz, andererseits der Rechtssicherheit und dem Schutz der Vertragspartner des Schuldners diene. Wegen der gegenläufigen Interessen könnten aus dem Zweck der Norm keine Rückschlüsse für ein überzeugendes Ergebnis gezogen werden.
4.4.1 Mit der Anfechtung sollen Vermögenswerte der Zwangsvollstreckung zugeführt werden, die ihr durch eine Rechtshandlung nach den Art. 286-288 SchKG entzogen worden sind (<ref-law>), und mit der Verwirkung des Anfechtungsrechts nach Ablauf von zwei Jahren (<ref-law>) soll der Zustand der Rechtsunsicherheit begrenzt werden (Bauer, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>). Wenn <ref-law> auch für die Verwirkungsfrist gelten würde bzw. die Bewilligung der Nachlassstundung fristauslösend wäre, hätten die Liquidatoren, welche nach Bestätigung des Nachlassvertrages das abgetretene Vermögen zu liquidieren haben (Art. 319 Abs. 3 und 4 SchKG), weniger als zwei Jahre Zeit, um durch Anfechtung Vermögenswerte der Zwangsvollstreckung zuzuführen, sofern das Anfechtungsrecht nicht bereits im Zeitpunkt der Bestätigung des Nachlassvertrages verwirkt ist. Das Gleiche gilt für die Gläubiger, wenn ihnen - nach einem Verzicht auf Geltendmachung des Anspruchs durch die Liquidatoren und des Gläubigerausschusses - der Anfechtungsanspruch nach <ref-law> abgetreten wird (<ref-law>). Noch weniger Zeit hätten die Liquidatoren (bzw. die Abtretungsgläubiger), wenn der Nachlassstundung ein Konkursaufschub vorausgegangen ist.
Dies ist mit dem Zweck der Anfechtung nicht vereinbar. Diese soll nicht nur Vermögenswerte der Zwangsvollstreckung zuführen, die ihr durch eine anfechtbare Rechtshandlung entzogen worden sind, sondern auch - unter Vorbehalt gesetzlicher Ausnahmen - die Gleichbehandlung der Gläubiger gewährleisten. Im Konkurs gilt grundsätzlich das Prinzip der Gleichbehandlung der Gläubiger, ebenso im gerichtlichen Nachlassvertrag als einem Konkurssurrogat (BGE 50 II 501 E. 2 S. 504; <ref-ruling> E. 2a S. 94; vgl. Amonn/Walther, a.a.O., § 35 Rz. 3, § 53 Rz. 12). Es gibt keinen sachlichen Grund, die Gläubiger beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung schlechter zu stellen als die Gläubiger im Konkurs oder - umgekehrt formuliert - die Anfechtungsgegner beim Nachlassvertrag günstiger zu stellen als die Anfechtungsgegner beim Konkurs. Vielmehr ergibt sich aus dem Zweck des Gesetzes, dass dem Liquidator beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung - wie der Konkursverwaltung im Konkurs - ebenfalls zwei volle Jahre zur Verfügung stehen sollen (vgl. Schüpbach, a.a.O., N. 70 zu <ref-law>), um die Anfechtungsansprüche geltend zu machen. Der Zweck der Norm spricht gegen die Auffassung, dass <ref-law> auch auf die Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> verweist.
4.4.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass nicht erst der Liquidator nach Bestätigung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung, sondern nach Bewilligung der Nachlassstundung bereits der Sachwalter berechtigt sei, eine Anfechtungsklage zu führen; der Sachwalter könne bei Erkennen eines Anfechtungstatbestandes an den Nachlassrichter gelangen und sich zur Anfechtungsklage ermächtigen lassen.
Die während der Dauer der Nachlassstundung vorgenommenen Handlungen unterliegen - wie dargelegt (E. 4.3.2) - der Anfechtung (<ref-law>); dies gilt auch dann, wenn der Sachwalter oder der Nachlassrichter einem Rechtsgeschäft zugestimmt haben (<ref-law>). Eine Anfechtung ist verfahrensrechtlich jedoch nur möglich, sofern es zu einem Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung kommt (<ref-law>). Während der Nachlassstundung (oder bei einem ordentlichen Nachlassvertrag) können Anfechtungsansprüche nicht geltend gemacht werden (Franco Lorandi, Sicherungsgeschäfte in der Insolvenz des Sicherungsgebers, AJP 2005 S. 1301). Mangels einer verselbständigten Liquidationsmasse besteht während der Nachlassstundung (wie beim ordentlichen Nachlassvertrag) keine Anfechtungsmöglichkeit (vgl. Amonn/Walther, a.a.O., § 55 Rz. 34 a.E.). Im Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung stehen hingegen die Anfechtungsansprüche der Nachlassmasse zu; diese ist berechtigt, die Ansprüche geltend zu machen, wobei zunächst nur die Liquidatoren (Art. 319 Abs. 3 und 4 SchKG) Anfechtungsklage erheben können (Gilliéron, a.a.O., N. 45 zu Art. 285, N. 16 zu <ref-law>). Wenn die Liquidatoren und der Gläubigerausschuss auf die Geltendmachung verzichten und es zur Abtretung gemäss <ref-law> (i.V.m. <ref-law>) kommt, so ist derjenige Nachlassgläubiger zum Abtretungsbegehren legitimiert, der im Kollokationsplan berücksichtigt worden ist (<ref-ruling> E. 4c S. 292). Einen Kollokationsplan (<ref-law>) gibt es indessen erst nach Bestätigung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung. Im Übrigen hat das Bundesgericht bereits aufgrund der Rechtslage vor 1997 entschieden, dass im Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung die Geltendmachung des Anfechtungsanspruchs den Liquidatoren zusteht, welche die Klage nach Bestätigung des Nachlassvertrages einreichen können (<ref-ruling> E. 4 S. 45). Sodann behauptet die Beschwerdeführerin selber nicht, dass bereits während des Konkursaufschubs gemäss <ref-law> Anfechtungsansprüche geltend gemacht werden könnten (Lorandi, Die Wirkungen des Konkursaufschubs, a.a.O., S. 224 f., mit Hinweisen). Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin ist demnach eine Anfechtung erst möglich, wenn es nachfolgend zu einem Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung kommt. Mit Blick auf den Zweck der Norm ergibt sich, dass <ref-law> nicht die Verwirkungsfrist regelt.
4.5 Nach dem Dargelegten ist festzuhalten, dass der Wortlaut von <ref-law> die Anwendung auf die Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> wohl zulässt. Aus der Entstehungsgeschichte, dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften und dem Zweck ergeben sich jedoch triftige Gründe, dass der Gesetzgeber dies nicht gewollt haben kann, sondern dass sich <ref-law> nur auf die Verdachtsfristen bezieht.
4.6 Gemäss <ref-law> unterliegen die vom Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommenen Rechtshandlungen der Anfechtung "nach den Grundsätzen der Art. 285-292 SchKG". Da sich <ref-law> - wie dargelegt (E. 4.1-4.5) - nur auf die Verdachts-, nicht aber auf die Verwirkungsfristen bezieht, ist in Anwendung der für die Anfechtung massgebenden Grundsätze zu prüfen, in welchem Zeitpunkt die Anfechtungsfrist gemäss <ref-law> ausgelöst wird.
4.6.1 Der Hinweis der Beschwerdeführerin auf <ref-ruling> führt nicht weiter. Im erwähnten Urteil entschied das Bundesgericht, der Zeitpunkt der Bewilligung der Nachlassstundung und nicht jener der Bestätigung des Nachlassvertrages sei entscheidend, ob eine Forderung nach der alten oder neuen Privilegienordnung zu kollozieren ist (<ref-ruling> E. 3b und c S. 156 ff.). Entscheidend hierfür war der Vergleich der Wirkungen der Konkurseröffnung und der Bewilligung der Nachlassstundung. Daraus kann indessen nicht abgeleitet werden, dass einzig die Bewilligung der Nachlassstundung gleichartige Wirkungen wie die Konkurseröffnung zeitige. Notwendig ist vielmehr ein Vergleich mit der Konkurseröffnung, um zu erkennen, wann die Anfechtungsfrist beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung zu laufen beginnt.
4.6.2 Beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung handelt es sich um eine konkursähnliche Generalliquidation des Schuldnervermögens (<ref-ruling> E. 3 S. 87; <ref-ruling> f.); wie im Konkurs wird das Schuldnervermögen verselbständigt und bildet die Nachlassmasse (<ref-ruling> E. 3c S. 367; Amonn/Walther, a.a.O., § 55 Rz. 22). So wie der Konkursmasse stehen die Anfechtungsansprüche beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung der Nachlassmasse zu; so wie die Konkursverwaltung sind die Liquidatoren berechtigt, die Anfechtungsansprüche geltend zu machen, wobei nur die Konkursverwaltung bzw. Liquidatoren, subsidiär die Konkursgläubiger bzw. Nachlassgläubiger (<ref-law>) Anfechtungsklage erheben können (<ref-law>; Gilliéron, a.a.O., N. 45 zu <ref-law>). Während die Konkursmasse mit der Konkurseröffnung entsteht (<ref-law>), bildet sich die Nachlassmasse mit Bestätigung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung (<ref-law>).
4.6.3 Aus dem Dargelegten ergibt sich der Schluss, dass die zweijährige Verwirkungsfrist von <ref-law> - in Parallelität zum Konkurs (Schüpbach, a.a.O., N. 60 zu <ref-law>) - mit der rechtskräftigen Bestätigung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung zu laufen beginnt.
5. Vorliegend ist unstrittig, dass der Liquidator vor Ablauf von zwei Jahren seit der rechtskräftigen Bestätigung des Nachlassvertrages Anfechtungsklage gegen die Beschwerdeführerin eingereicht hat. Wenn das Handelsgericht festgestellt hat, dass die Klägerin die Verwirkungsfrist gemäss Art. 331 i.V.m. <ref-law> gewahrt hat, stellt dies keine Verletzung von Bundesrecht dar.
6. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, die Beschwerdegegnerin mit Fr. 15'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Februar 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante