Sachverhalt:
A. V._ arbeitet als selbstständiger Landwirt und Treuhänder. Mit Verfügungen vom 24. Oktober 2006, 8. März und 25. Mai 2007 setzte die Ausgleichskasse des Schweizerischen Gewerbes die persönlichen AHV/IV/EO-Beiträge für die Jahr 2001 bis 2003 basierend auf einem Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 182'025.-(2001), Fr. 173'195.- (2002) und Fr. 172'855.-(2003) fest, wobei sie in Übereinstimmung mit der Steuerveranlagung und der Steuer-Selbstdeklaration verschiedene Schulden als privat qualifizierte und daher die entsprechenden Schuldzinsen nicht zum Abzug zuliess. Die von V._ gegen alle drei Verfügungen erhobenen Einsprachen wies die Kasse mit Einspracheentscheiden vom 11. Januar, 13. März und 13. Juli 2007 ab.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau vereinigte die gegen die drei Einspracheentscheide erhobenen Beschwerden mit Instruktionsverfügung vom 5. September 2007 und wies diese mit einem einzigen Entscheid vom 22. April 2008 ab.
C. V._ lässt Beschwerde führen und beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Ausgleichskasse reicht keine Vernehmlassung ein, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>).
1.2 Grundsätzlich wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Rechtsverletzungen und Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262, 130 III 136 E. 1.4 S. 140).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob verschiedene Schuldpositionen auf privater oder geschäftlicher Basis beruhen, können doch Schuldzinsen AHV-beitragsrechtlich nur auf Geschäftsschulden als Gewinnungskosten vom rohen Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit abgezogen werden (<ref-law>).
3. 3.1 Nach <ref-law> obliegt es in der Regel den Steuerbehörden, das für die Berechnung der Beiträge Selbstständigerwerbender massgebende Erwerbseinkommen auf Grund der rechtskräftigen Veranlagung für die direkte Bundessteuer und das im Betrieb investierte Eigenkapital auf Grund der entsprechenden rechtskräftigen kantonalen Veranlagung zu ermitteln. Die Angaben der Steuerbehörden hierüber sind für die Ausgleichskassen verbindlich (<ref-law>).
3.2 Die absolute Verbindlichkeit der Angaben der Steuerbehörden für die Ausgleichskassen und die daraus abgeleitete relative Bindung des Sozialversicherungsgerichts an die rechtskräftigen Steuertaxationen sind auf die Bemessung des massgebenden Einkommens und des betrieblichen Eigenkapitals beschränkt. Diese Bindung betrifft also nicht die beitragsrechtliche Qualifikation und beschlägt daher die Frage nicht, ob überhaupt Erwerbseinkommen und gegebenenfalls solches aus selbstständiger oder aus unselbstständiger Tätigkeit vorliegt und ob die Person, die das Einkommen bezogen hat, beitragspflichtig ist. Somit haben die Ausgleichskassen ohne Bindung an die Steuermeldung auf Grund des AHV-Rechts zu beurteilen, wer für ein von der Steuerbehörde gemeldetes Einkommen beitragspflichtig ist (<ref-ruling> E. 2c S. 83, 114 V 72 E. 2 S. 75, je mit Hinweisen).
4. Vorinstanz und Beschwerdegegnerin haben die in E. 3 dargestellte Rechtslage zwar korrekt wiedergegeben, sie aber auf den konkreten Fall nicht angewendet. Sie haben vielmehr ohne weiteres auf die Steuermeldung abgestellt, obwohl im Steuerverfahren eine Überprüfung der Zuordnung der verschiedenen Schulden nicht vorgenommen worden war und auch nicht vorgenommen werden musste, weil im Steuerrecht die Schuldzinsen sowohl auf Geschäftsschulden als auch auf Privatschulden (mit der hier nicht zum Tragen kommenden Begrenzung) abgezogen werden können (Art. 27 Abs. 2 lit. d und Art. 33 Abs. 1 lit. a DBG; Art. 9 Abs. 2 lit. a und Art. 10 Abs. 1 lit. e StHG). Vorliegend wurden denn auch steuerrechtlich die gesamten Schuldzinsen zum Abzug zugelassen, so dass das steuerbare Einkommen deutlich tiefer ist als das ahv-rechtlich veranlagte. Demgemäss bestand für den Beschwerdeführer weder ein Rechtsschutzinteresse noch Veranlassung, die Steuerveranlagung anzufechten, um die Qualifikation der Schulden zu bestreiten. Deshalb kann im ahv-rechtlichen Verfahren insoweit keine Bindungswirkung an die Steuermeldung bestehen (<ref-ruling> E. 3b S. 373; Urteil H 64/06 vom 11. April 2007 E. 3.4, in: SVR 2007 AHV Nr. 11 S. 29). Auch der Selbstdeklaration im Steuerveranlagungsverfahren kann nicht ausschlaggebende Bedeutung beigemessen werden, da der Beschwerdeführer im Lichte der dargelegten Rechtslage nicht davon ausgehen musste, dass die (steuerrechtlich im Ergebnis irrelevante) Zuordnung für die AHV rechtsverbindlich ist. Nach dem Gesagten hätten die Ausgleichskasse im AHV-Beitragsverfahren oder spätestens die Vorinstanz im Beschwerdeverfahren eine selbstständige Qualifikation vornehmen müssen.
5. Steuerrechtlich erfolgt die Abgrenzung zwischen privaten und geschäftlichen Schuldzinsen auf Grund der von der steuerpflichtigen Person nachgewiesenen Verwendung der fremden Mittel bzw. nach der technisch-wirtschaftlichen Funktion des Darlehens, mangels eines solchen Nachweises nach dem Verhältnis der Aktiven (KLÖTI/SIEGRIST/ WEBER, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 2004, N. 59 zu § 36; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N. 32 zu Art. 27, N. 8 zu Art. 33; ZWEIFEL/ATHANAS [Hrsg.], Kommentar zum DBG, 2. A. 2008, N. 62 zu Art. 27, N. 7a zu Art. 33; NOËL, in YERSIN/NOËL [éd.], Commentaire romand LIFD, N. 45 zu Art. 27; Kreisschreiben Nr. 1 der Eidg. Steuerverwaltung vom 19. Juli 2000, ASA 69 176, Ziff. 3). Auch Zinsen für Hypothekarkredite, die auf privaten Liegenschaften aufgenommen werden, kann teilweise geschäftlicher Charakter zukommen (ZWEIFEL/ATHANAS, N. 64 zu Art. 27). Im Lichte der grundsätzlich anzustrebenden Parallelität von Steuer- und AHV-Beitragsrecht (<ref-ruling> E. 3.3 S. 253 f., 134 V 297 E. 2.3 S. 302) besteht kein Grund, im AHV-Recht von der steuerrechtlichen Betrachtung abzuweichen.
6. Die Darlehen, deren Zinsen streitig sind, wurden gemäss der Darstellung des Beschwerdeführers teilweise für den Ankauf von Landwirtschaftsland (Geschäftsvermögen), teilweise für Baukosten der Liegenschaft X._ (Geschäftsvermögen) aufgenommen. Die Schuldzinsen für die Darlehen S._ und E._ betreffen nach den Vorbringen des Beschwerdeführers Grundpfandschulden, die auf der im Privatvermögen liegenden Liegenschaft Y._ lasten. Das Darlehen Z._ betrifft gemäss den Ausführungen des Beschwerdeführers einen "Verpfändungskredit" für die Liegenschaft X._. Eine geschäftliche Verwendung der Mittel ist damit zwar behauptet, aber nicht nachgewiesen, umgekehrt indessen auch nicht ausgeschlossen, und zwar auch nicht bezüglich derjenigen Darlehen, die gegen Verpfändung der im Privatvermögen stehenden Liegenschaften gewährt worden sind. Die Sache ist daher an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit sie im Lichte des Dargelegten dem Beschwerdeführer Gelegenheit gibt, die behauptete geschäftliche Verwendung der Darlehen nachzuweisen. Gestützt darauf hat sie gemäss dem in E. 5 Dargelegten die Qualifikation der umstrittenen Schuldpositionen vorzunehmen und entsprechend neu zu verfügen.
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Ausgleichskasse, um deren Vermögensinteresse es geht, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 22. April 2008 und und die Einspracheentscheide der Ausgleichskasse des Schweizerischen Gewerbes vom 11. Januar, 13. März und 13. Juli 2007 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Ausgleichskasse des Schweizerischen Gewerbes zurückgewiesen, damit sie über die AHV-Beiträge des Beschwerdeführers für die Jahre 2001 bis 2003 im Sinne der Erwägungen neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1400.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. November 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Maillard