Sachverhalt:
A.
Die A._AG erwarb im Dezember 1999 von der H._ (...) die im Jahr 1974 im Baurecht erstellte Fabrikliegenschaft Nr. xxx in U._/BE mit Fabrikgebäude, Lagerhalle, Büroteil, Unterstand und Parkplatz zum Preis von Fr. 2'900'000.--. Die Baurechts-Liegenschaft gehörte früher der B._AG in Nachlassliquidation und war an die C._AG vermietet, welche die Liegenschaft als Lagerhalle benutzte.
Die A._AG ist überdies Eigentümerin der ebenfalls im Baurecht erstellten Liegenschaft Nr. yyy mit Fabrikgebäude in U._, wo die ihr nahestehende D._AG (Muttergesellschaft) einen (...) verarbeitenden Betrieb unterhielt. Dieser Betrieb wurde im Laufe des Jahres 2002 in die Fabrikliegenschaft Nr. xxx verlegt.
B.
Im Rahmen der allgemeinen Neubewertung der Liegenschaften im Kanton Bern setzte die Steuerverwaltung mit Grundstücksprotokoll vom 13. Oktober 1998 den amtlichen Wert der Baurechtsliegenschaft Nr. xxx mit Wirkung ab 1. Januar 1999 auf Fr. 8'938'100.-- fest. Noch im gleichen Jahr korrigierte sie diesen Wert mit Grundstücksprotokoll vom 13. September 1999 ab 1. Januar 1999 auf Fr. 7'596'100.-- (Mutationsgrund: "Änderung des Bestandes").
Am 31. März 2003 nahm die Steuerverwaltung des Kantons Bern eine Neubewertung der Baurechtsliegenschaft Nr. xxx vor und setzte - nach Besichtigung der Liegenschaft durch eine Fachperson - den amtlichen Wert mit Wirkung ab 1. Januar 2002 auf Fr. 5'406'900.-- fest. Mit Einspracheentscheid vom 20. August 2003 wurde diese Bewertung bestätigt.
Die A._AG gelangte mit Rekurs an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern mit dem Antrag, der Wert des Baurechtsgrundstücks sei auf 70 % des Kaufpreises von Fr. 2'900'000.-- festzusetzen. Diese führte einen Augenschein durch und setzte mit Entscheid vom 20. Juni 2006 den amtlichen Wert des Grundstücks auf Fr. 3'107'500.-- fest.
Hiergegen erhoben sowohl die kantonale Steuerverwaltung wie auch die A._AG Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses hiess mit Urteil vom 10. September 2007 die Beschwerden gut und wies die Sache zur weiteren Behandlung an die Steuerverwaltung zurück. Das Gericht befand, es sei unklar, auf welchen Mutationsgrund sich die ausserordentliche Neubewertung stütze. Vorab sei zu prüfen, ob und gegebenenfalls welche Gründe für eine ausserordentliche Neubewertung vorliegen und in welchem Verhältnis diese zueinander stehen.
Auf eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen dieses Urteil trat das Bundesgericht aus formellen Gründen (Zwischenentscheid) nicht ein (Urteil 2C_571/2007 vom 30. Oktober 2007).
C.
Mit Einspracheentscheid vom 16. Juli 2008 wies die Steuerverwaltung die Einsprache erneut ab.
Die in der Folge von der Grundstückeigentümerin angerufene Steuerrekurskommission kam mit Entscheid vom 13. März 2012 zum Schluss, die von der Steuerverwaltung am 31. März 2003 vorgenommenen Anpassungen beträfen die Mietwertcodes. Es handle sich um eine Korrektur infolge "offensichtlicher Unrichtigkeit" (Art. 181 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 [StG; BSG 661.11]), die aber nicht rückwirkend für das Jahr 2002 vorgenommen werden könne. Daher sei der Einspracheentscheid vom 20. August 2003 (amtlicher Wert Fr. 5'406'900.--) aufzuheben und der ursprüngliche amtliche Wert von Fr. 7'596'100.-- zu bestätigen.
Mit Beschwerde beantragte die Steuerpflichtige dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, der amtliche Wert der Liegenschaft Gbbl. Nr. xxx sei auf Fr. 2'900'000.-- festzusetzen. Das Verwaltungsgericht hiess mit Urteil vom 4. Dezember 2013 die Beschwerde teilweise gut. Es erwog, die Steuerrekurskommission sei mit der Bestätigung des ursprünglichen amtlichen Werts von Fr. 7'596'100.-- über den Streitgegenstand (steueramtliche Bewertung vom 31. März 2003, amtlicher Wert Fr. 5'406'900.--) hinausgegangen. Im Übrigen gelinge der Beschwerdeführerin der Nachweis nicht, dass nach Berichtigung des amtlichen Werts durch die Steuerverwaltung im Jahr 2003 eine offensichtliche Unrichtigkeit oder Auslassung im Sinne von Art. 181 Abs. 4 StG oder ein Neubewertungsgrund nach Art. 183 StG gegeben sei. Das Verwaltungsgericht bestätigte somit den amtlichen Wert im Betrag von Fr. 5'406'900.--.
D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die A._AG dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 4. Dezember 2013 sei aufzuheben und der amtliche Wert des Grundstücks Nr. xxx sei auf maximal Fr. 2'900'000.-- festzusetzen. Eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Die Steuerverwaltung des Kanton Bern und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) eingereicht und richtet sich gegen einen Entscheid einer letzten, oberen kantonalen Instanz (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid im Sinne von <ref-law> besonders berührt und zur Beschwerde legitimiert. Fraglich ist, ob es sich um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law> handelt.
1.2. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Das Verfahren zur Festsetzung der amtlichen Werte ist im Kanton Bern in den Art. 179 ff. StG geregelt. Die amtliche Bewertung obliegt der Gemeinde, in welcher sich das Grundstück befindet, sowie der kantonalen Steuerverwaltung. Diese setzt den amtlichen Wert von Grundstücken durch selbständig anfechtbare Verfügung fest. Adressaten sind die steuerpflichtige Person und die Gemeinde (Art. 184 Abs. 2 StG). Damit ist im Kanton Bern das Verfahren zur Festsetzung des amtlichen Werts von Grundstücken vom Steuerveranlagungsverfahren getrennt. Der Entscheid über den amtlichen Wert schliesst ein selbständiges Verfahren ab und ist, wenn kantonal letztinstanzlich, als Endentscheid im Sinne von <ref-law> mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten anfechtbar (Art. 82 f., Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, <ref-law>; s. auch Urteile 2C_742/2010 vom 16. Februar 2011 E. 1.1; 2C_101/2010 vom 24. Juni 2010 E. 1.4; 2C_83/2009 vom 8. Mai 2009 E. 1.2). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
Mit der Beschwerde gegen den neuen Entscheid des Verwaltungsgerichts können auch alle rechtlichen Mängel des Rückweisungsentscheids angefochten werden, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 631).
1.3. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen prüft das Bundesgericht grundsätzlich gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition (<ref-law>; Art. 73 Abs. 1 StHG). In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_95/2013, 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 1.6, in: StE 2013 B 22.2 Nr. 28). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht ist ausdrücklich zu rügen (Rügeprinzip, <ref-law>). Mit freier Kognition ist aber zu untersuchen, ob die kantonale Lösung, die einen kantonalen Freiraum betrifft, mit dem Bundesrecht, namentlich dem StHG, vereinbar ist (Urteile 2C_1050/2013 vom 20. Oktober 2014 E. 1.7; 2C_337/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 1.4, in: StR 68/2013 S. 368, StE 2013 B 42.38 Nr. 36, RDAF 2013 II 350; 2A.9/2004 vom 21. Februar 2005 E. 1.4).
2.
2.1. Der Bund erhebt seit 1959 keine Vermögenssteuer (Art. 26bis des Wehrsteuerbeschlusses, AS 1958 398) und seit der Unternehmenssteuerreform 1997 (AS 1998 669) auch keine Kapitalsteuer mehr (aufgehobene Art. 73-78 aDBG). Die amtliche Bewertung der Grundstücke ist daher bundessteuerlich nicht mehr relevant (Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 234 ff.).
Hingegen ist den Kantonen die Erhebung einer Kapitalsteuer von den juristischen Personen vorgeschrieben (Art. 2 Abs. 1 lit. b, Art. 29 ff. StHG; Markus Reich, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, N. 1 zu Art. 29a StHG). Art. 29 Abs. 2 lit. c StHG verweist allerdings nur für die Berechnung des Reinvermögens von den Vereinen, Stiftungen und übrigen juristischen Personen auf die Bewertung nach den Vorschriften für das Vermögen natürlicher Personen (Art. 14 StHG) und damit implizit auf die kantonale Bewertung von Grundstücken. Für die Berechnung des steuerbaren Eigenkapitals von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften (Art. 29 Abs. 2 lit. a und b StHG; Art. 102 Abs. 1 und 2 StG), zu denen die Beschwerdeführerin gehört, ist die amtliche Bewertung des Grundeigentums nicht von Belang.
Die von den Kantonen nach den kantonalen Vorschriften festgelegten amtlichen Werte von Grundstücken von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften sind daher nur noch im Hinblick auf die kantonalen Grundsteuern relevant. Das betrifft im Kanton Bern die Liegenschaftssteuer. Es handelt sich um eine (fakultative) Gemeindesteuer (Art. 1 Abs. 2, Art. 258 ff. StG), die von allen bernischen Gemeinden erhoben wird. Wenn daher die bernische Praxis für die Bewertung des Vermögens von Aktiengesellschaften für die kantonale Liegenschaftssteuer an die Bewertungsnorm von Art. 14 StHG (Bewertung zum Verkehrswert unter angemessener Berücksichtigung des Ertragswerts, Abs. 1) anknüpft, kommt diese nicht als Bundesrecht, sondern als subsidiäres kantonales Recht zur Anwendung (s. auch Urteil 2C_162/2011 vom 17. Oktober 2011 E. 3.1, in: StR 67/2012 S. 133; 2C_742/2010 vom 16. Februar 2011 E. 2.1).
2.2. Das hat auch Auswirkungen auf die Kognition. Zu prüfen ist die amtliche Bewertung nur daraufhin, ob kantonales Recht verfassungswidrig, insbesondere willkürlich, angewendet worden ist, was in der Beschwerde zu begründen ist (<ref-law>; vorstehende E. 1.4). Die Beschwerdeführerin geht im vorliegenden Fall von der direkten Anwendbarkeit von Art. 14 StHG aus, was nach dem Gesagten (oben E. 2.1) nicht zutrifft. Ihre Beschwerde enthält indessen auch Verfassungsrügen wegen Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) und des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Insofern enthält die Beschwerde die notwendige Begründung (<ref-law>).
Zu beachten ist auch, dass eine kantonale Lösung, die einen kantonalen Freiraum betrifft, das Bundesrecht und damit das harmonisierte Recht nicht vereiteln darf (vorstehende E. 1.3). In Anbetracht der engen Verzahnung des amtlichen Liegenschaftswerts mit dem harmonisierten Steuerrecht (vgl. oben E. 2.1) muss daher die Kompatibilität der kantonalen Lösung mit dem harmonisierten Bundesrecht gleichwohl im Auge behalten werden. Das betrifft vorliegend den Begriff des Verkehrswerts, der für die Vermögenssteuer der natürlichen Personen (Art. 54 StG) sowie die Kapitalsteuer der Vereine, Stiftungen und übrigen juristischen Personen (Art. 105 StG) relevant und harmonisiert ist (Art. 14 StHG). Die kantonalen Instanzen sind somit bei der Auslegung des Begriffs Verkehrswert nicht völlig frei, auch wenn vorliegend die amtliche Bewertung ausschliesslich im Hinblick auf die bernische Liegenschaftssteuer zu prüfen ist.
2.3. In welchem Verfahren die Bewertung der Grundstücke vorzunehmen ist, bestimmt das Steuerharmonisierungsgesetz ebenfalls nicht (Zigerlig/Jud, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl., 2002, N. 2 zu Art. 14 StHG). Die erwähnte Kognitionsbeschränkung gilt somit auch hinsichtlich der verfahrensrechtlichen Vorschriften zur Festsetzung der amtlichen Werte.
3.
3.1. Gemäss Art. 56 Abs. 1 StG werden die land- und forstwirtschaftlichen Grundstücke zum Ertragswert (lit. a und b), die übrigen Grundstücke und ihnen gleichgestellten Rechte zum Verkehrswert unter Berücksichtigung von Ertrags- und Realwert (lit. d) bewertet. Zum amtlich zu bewertenden unbeweglichen Vermögen (Art. 52 Abs. 2 StG) zählen auch die selbständigen und dauernden als Grundstück in das Grundbuch aufgenommenen Baurechte (Art. 655 Abs. 3 Ziff. 1 und 2 ZGB; Kästli/Bärtschi, in: Praxis-Kommentar zum Berner Steuergesetz, Band 1, 2014, N. 2 zu Art. 52 StG). Art. 54 StG definiert die Begriffe Verkehrswert, Realwert und Ertragswert wie folgt:
1 Der Verkehrswert entspricht dem unter normalen Verhältnissen erzielbaren Kaufpreis ohne Rücksicht auf ungewöhnliche oder persönliche Verhältnisse. Er wird in der Regel unter Würdigung der Wirtschaftlichkeit aus Real- und Ertragswert ermittelt.
2 Der Realwert setzt sich aus dem Zeitwert aller baulichen Anlagen inklusive Baunebenkosten und dem relativen Landwert zusammen.
3 Als Ertragswert bei nichtlandwirtschaftlichen Grundstücken gilt der kapitalisierte, in der betreffenden Gegend während der Bemessungsperiode erzielbare Mietertrag.
Weitere Vorschriften zur Bewertung enthält das vom Grossen Rat erlassene Dekret vom 22. Januar 1997 über die amtliche Bewertung der Grundstücke und Wasserkräfte (ABD; BSG 661.543).
3.2. Der Verkehrswert ist der Marktwert, der einem Vermögensobjekt am jeweiligen Stichtag zukommt. Es handelt sich um denjenigen Wert, der bei einer Veräusserung im gewöhnlichen Geschäftsverkehr normalerweise zu erzielen wäre. Massgebend ist somit eine technische bzw. rechtlich-objektive und nicht eine subjektiv-wirtschaftliche Betrachtungsweise. Lässt sich der Wert nicht eindeutig feststellen, müssen allenfalls Handänderungen vergleichbarer Objekte berücksichtigt werden (so Zigerlig/Jud, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl. 2002, N. 1 zu Art. 14 StHG). Auf der gleichen Grundlage steht die amtliche Bewertung von unbeweglichem Vermögen im Kanton Bern, wenn das Steuergesetz bestimmt, dass der Verkehrswert "dem unter normalen Verhältnissen erzielbaren Kaufpreis ohne Rücksicht auf ungewöhnliche oder persönliche Verhältnisse" entspricht (Art. 54 Abs. 1 StG). Insofern ist der Begriff harmonisiert (s. auch oben E. 2.1).
3.3. Gemäss Art. 258 StG wird die bernische Liegenschaftssteuer auf dem amtlichen Wert der Liegenschaften erhoben. Art. 179 ff. StG regelt das Verfahren zur Festsetzung der amtlichen Werte. Zuständig sind die kantonale Steuerverwaltung und die Gemeinden (Art. 180 StG). Zu unterscheiden ist zwischen der allgemeinen Neubewertung (Art. 182 StG) und der ausserordentlichen Neubewertung (Art. 183 StG) sowie der Korrektur offensichtlicher Fehler und Auslassungen in der Bewertung (Art. 181 Abs. 4 StG).
3.3.1. Eine allgemeine Neubewertung (Art. 182 StG) der Grundstücke wird durchgeführt, wenn sich die Verkehrs- oder Ertragswerte seit der letzten allgemeinen Neubewertung erheblich verändert haben und der Grosse Rat eine solche anordnet (Art. 182 Abs. 1 StG). Im Übrigen ist der festgesetzte Wert rechtsbeständig, das heisst, er entfaltet Wirkung auf den Zeitpunkt der allgemeinen Neubewertung (Art. 181 Abs. 1 StG) und gilt bis zur nächsten allgemeinen oder ausserordentlichen Neubewertung (Art. 181 Abs. 3 StG).
3.3.2. Die Voraussetzungen, bei deren Vorliegen eine ausserordentliche Neubewertung durchzuführen ist, sind in Art. 183 Abs. 1 lit. a - f StG aufgeführt. Unter die Neubewertungsgründe fallen u. a. bauliche Veränderungen (lit. a), eine Änderung in der Benützungsart (lit. b) oder im Bestand von Grundstücken oder Gebäuden (lit. f). Nach Art. 183 Abs. 2 StG ist eine ausserordentliche Neubewertung auch durchzuführen, "wenn Eigentümerinnen, Eigentümer oder Gemeinden nachweisen, dass wegen besonderer Verhältnisse eine Neubewertung des Grundstücks einen um wenigstens zehn Prozent höheren oder tieferen amtlichen Wert ergäbe". Nach der Rechtsprechung des Berner Verwaltungsgerichts können im Rahmen einer ausserordentlichen Neueinschätzung (Art. 183 StG) aber nur solche Änderungen berücksichtigt werden, die am Objekt seit der letzten allgemeinen oder ausserordentlichen Neubewertung eingetreten sind (Urteil 22756/22760 des Verwaltungsgerichts vom 10. September 2007 E. 5.2 [= Rückweisungsentscheid in vorliegender Sache]; Bärtschi, a.a.O., N. 2 zu Art. 183 StG; je mit umfassenden Hinweisen).
3.3.3. Auslassungen und offensichtliche Unrichtigkeiten in einer rechtskräftigen amtlichen Bewertung korrigiert die kantonale Steuerverwaltung auf Gesuch hin oder von Amtes wegen (Art. 181 Abs. 4 Satz 1 StG). Die Vorschrift legt fest, unter welchen Voraussetzungen die Steuerverwaltung eine in Rechtskraft erwachsene amtliche Bewertung abändern kann, ohne dass sich die tatsächlichen oder rechtlichen Verhältnisse verändert haben. Die Vorschrift in Art. 181 Abs. 4 StG enthält somit einen besonderen Wiederaufnahmegrund im Sinne von Art 56 Abs. 2 des Bernischen Verwaltungsrechtspflegegesetzes (VRPG), sie knüpft aber an weniger strenge Voraussetzungen an: Eine blosse Feststellung einer Auslassung oder einer offensichtlichen Unrichtigkeit genügt, um eine amtliche Bewertung zu korrigieren. In diesem Fall kann die kantonale Steuerverwaltung von Amtes wegen oder auf Gesuch hin die rechtsbeständige Bewertung korrigieren. Die 10-%-Regel nach Art. 183 Abs. 2 StG kommt nicht zum Zug (zum Ganzen, Urteil 22756/22760 des Verwaltungsgerichts vom 10. September 2007 E 5.3 [= Rückweisungsentscheid in vorliegender Sache] mit Hinweis auf BVR 2005 S. 82 E. 3.2; Annik Bärtschi, in: Praxis-Kommentar zum Berner Steuergesetz, Band 2, 2011, N. 14 zu Art. 181 StG).
4.
Zwischen den Parteien ist umstritten, gestützt auf welchen gesetzlichen Änderungsgrund die neue Bewertung vom 31. März 2003 mit einem amtlichen Wert von Fr. 5'406'900.-- vorgenommen wurde bzw. vorzunehmen gewesen wäre, sowie die Bewertung als solche.
4.1. Im Rahmen der allgemeinen Neubewertung per 1. Januar 1999 wurde der amtliche Wert des Grundstücks Nr. xxx auf Fr. 8'938'100.-- festgesetzt. Dieser Wert wurde in der Folge mehrmals geändert:
4.1.1. Noch im Jahre 1999 wurde infolge Umnutzung der Fabrik in ein reines Lagergebäude eine ausserordentliche Neubewertung vorgenommen (Änderungen in der Benützungsart oder im Bestand, Art. 183 Abs. 1 lit. b StG) und ein amtlicher Wert von Fr. 7'596'100.-- ermittelt. Diese Werte wurden gegenüber der damaligen Eigentümerin B._AG in Nachlassliquidation eröffnet.
4.1.2. Im Jahr 2003 nahm die Steuerverwaltung eine ausserordentliche Neubewertung aufgrund "baulicher Veränderungen" (Art. 183 Abs. 1 lit. a StG) vor. Nach einer Besichtigung des Grundstücks durch eine Fachperson im Januar 2003 setzte sie den Wert des Baurechtsgrundstücks neu auf Fr. 5'406'900.-- fest und eröffnete diesen mit Verfügung vom 31. März 2003. Angeblich seien dabei auch die Marktverhältnisse von 1993 bis 1996 neu beurteilt worden.
4.1.3. Im Rahmen der gerichtlichen Kontrolle dieser ausserordentlichen Neubewertung führte die Steuerrekurskommission des Kantons Bern am 12. November 2004 selbst durch eine Delegation einen Augenschein durch, dessen Ergebnisse in einem Protokoll festgehalten wurden. Mit Entscheid vom 20. Juni 2006 setzte die Steuerrekurskommission den amtlichen Wert gestützt auf die Ergebnisse des Augenscheins ab dem Steuerjahr 2002 auf Fr. 3'107'500.-- fest.
4.1.4. Das in der Folge von beiden Parteien angerufene Verwaltungsgericht befand, dass keine Angaben zur rechtlichen Grundlage für die Vornahme einer ausserordentlichen Neubewertung vorlägen. Es sei nicht klar, ob die Steuerverwaltung eine Korrektur wegen "offensichtlicher Unrichtigkeit" der rechtskräftigen amtlichen Bewertung 1999 vorgenommen habe (Art. 181 Abs. 4 StG) oder ob sie die Voraussetzungen für eine ausserordentliche Neubewertung infolge baulicher Veränderungen (Art. 183 Abs. 1 lit. a StG) als erfüllt betrachte und in welchem Verhältnis die beiden Änderungsgründe zueinander stünden. Vorab sei allerdings zu prüfen, ob überhaupt Gründe für eine ausserordentliche Neubewertung vorliegen würden. Das Verwaltungsgericht wies daher die Angelegenheit zur weiteren Behandlung an die Steuerverwaltung zurück.
4.1.5. Die Steuerverwaltung hielt im neuen Einspracheentscheid vom 16. Juli 2008 fest, dass bei der Neubewertung 2003 weder eine offensichtliche Unrichtigkeit nach Art. 181 Abs. 4 StG, noch bauliche Veränderungen gemäss Art. 183 Abs. 1 StG berücksichtigt worden seien.
4.1.6. Die Steuerkommission kam im zweiten Rechtsgang zum Schluss, dass die "kleinen baulichen Veränderungen" (Ersatz von sechs Toren) mangels Erheblichkeit keine neue Bewertung rechtfertigen würden (Urteil vom 13. März 2012 E. 15, 22). Hingegen stellten die Änderungen der Mietwert-Codes durch die Steuerverwaltung vom 31. März 2003 Korrekturen nach Art. 181 Abs. 4 StG dar. Die Wirkung eines Verfahrens nach Art. 181 Abs. 4 StG trete aber erst im laufenden Steuerjahr (2003) ein und nicht bereits ab 1. Januar 2002. Sie beliess daher den amtlichen Wert unverändert bei Fr. 7'596'100.--.
4.1.7. Die Vorinstanz ihrerseits verneint im angefochtenen Urteil überhaupt das Vorliegen von Tatsachen, die Grund für eine ausserordentliche Neubewertung nach Art. 183 StG oder allenfalls für eine Korrektur im Sinne von Art. 181 Abs. 4 StG bilden würden. Die Marktverhältnisse der Jahre 1993 bis 1996 seien bereits in die rechtsbeständige allgemeine Neubewertung per 1. Januar 1999 (Neubewertung wegen besonderer Verhältnisse, Art. 183 Abs. 2 StG) eingeflossen, weshalb sie nicht erneut berücksichtigt werden könnten. Für einen später eingetretenen Preiszerfall bei Industrie- und Gewerbeliegenschaften in U._ bestünden keine Anzeichen. Auch dass die Produktion der D._AG in die streitbetroffene Liegenschaft verlegt worden sei, genüge für eine ausserordentliche Neubewertung (Änderung in der Benützungsart, Art. 183 Abs. 1 lit. b StG/BE) nicht, da die Liegenschaft schon in der Vergangenheit als (...) fabrik, Büro und Lager genutzt worden sei.
4.2. Die Beschwerdeführerin rügt diesen Entscheid bzw. das Verfahren in mehrerer Hinsicht als willkürlich (auch "stossend", "grotesk"). Sie macht geltend, die umfassende industrielle Umnutzung im Jahr 2002 (Verlegung der (...) verarbeitung und (...) beschichtung nebst weiteren Prozessen der D._AG in die streitbetroffene Liegenschaft), welche Ende 2002 abgeschlossen gewesen sei, sei der Auslöser für die ausserordentliche amtliche Neubewertung gewesen. Die Auffassung der Vorinstanz, (...) fabrik sei gleich (...) fabrik, sei "völlig unqualifiziert" und gehe am Sachverhalt "massgebend" vorbei. Die amtliche Neubewertung sei auch vor dem Hintergrund zu sehen, dass der früher unangefochten gebliebene amtliche Wert per 1. Januar 1999 der Beschwerdeführerin nie eröffnet worden sei (sondern der Nachlasswalterin) und angesichts der zwischenzeitlich eingetretenen Sachverhaltsänderungen die Steuerverwaltung selbst eine umfassende Neubewertung in Aussicht gestellt habe.
Die Beschwerdeführerin beanstandet auch die Schätzerpraxis im vorliegenden Fall, welche zwischen amtlichen Werten von Fr. 3,1 bis 8,9 Mio. "oszilliere", als "reine Willkür". Zudem sei die Kehrtwende im zweiten Rechtsgang, wonach ein Änderungs- oder Korrekturgrund für eine Neubewertung plötzlich nicht mehr gegeben sein soll, grotesk. Der Erwerb der Liegenschaft sei im Rahmen eines Freihandverkaufs erfolgt. Der Kaufpreis widerspiegele die Marktsituation und sei Ausdruck des Verkehrswerts. Das wird gemäss der Ansicht der Beschwerdeführerin auch belegt durch die Preisvorstellung der Verkäuferin, wie sie im Schreiben der E._ vom 25. Juni 1999 zum Ausdruck komme (Mindestverkaufspreis Fr. 3 Mio.). Es sei offensichtlich, dass die Schatzung der Steuerrekurskommission im ersten Rechtsgang von Fr. 3,1 Mio. und der Kaufpreis von Fr. 2,9 Mio. den effektiven Wert wiedergeben würden. Den Argumenten der Steuerverwaltung, wonach die für die beiden Grundstücke vereinbarten Kaufpreise in keiner Weise dem Marktgeschehen entsprochen hätten, sei nicht zu folgen. Vielmehr seien die Banken federführend gewesen. Beide Grundstücke hätten sich zudem längere Zeit auf dem Markt befunden. Es handle sich mithin nicht um Verkäufe zu Tiefstpreisen.
Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör dergestalt, dass die Vorinstanz die vorgelegten Beweismittel nicht gewürdigt habe.
4.3. Es ist offensichtlich, dass angesichts der Spannweite der bisher ergangenen amtlichen Bewertungen, die sich für den selben Stichtag von Fr. 3'107'500.-- bis Fr. 7'596'100.-- belaufen, erhebliche Unsicherheit besteht. Fraglich und zu prüfen ist, ob die ausserordentliche Bewertung vom 31. März 2003 mit einem amtlichen Wert von Fr. 5'406'900.--, die das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid bestätigt hat, dem hier allein massgebenden Verkehrswert (vorstehende E. 3.2) entspricht und sich im Rahmen des Schätzerermessens hält. Allerdings auferlegt sich das Bundesgericht grosse Zurückhaltung. Es schreitet nur ein, wenn der Ermessensbereich klarerweise unter- oder überschritten worden ist und der Entscheid auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 5.4). Willkür liegt zudem nicht bereits dann vor, wenn eine Entscheidung diskutabel oder unrichtig ist. Das Bundesgericht hebt ein kantonales Urteil wegen Willkür nur auf, wenn dieses schlechthin unhaltbar ist, namentlich wenn es mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt (statt vieler <ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) umfasst das Recht der betroffenen Person, sich vor Erlass eines in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheides zur Sache zu äussern, sowie das Recht auf Abnahme der rechtzeitig und formrichtig angebotenen rechtserheblichen Beweise (<ref-ruling> E. 2b S. 56). Die Abweisung eines Beweisantrags erweist sich als zulässig, falls die Verwaltungs- oder Gerichtsbehörde sich ihre Meinung aufgrund zuvor erhobener Beweise bilden konnte und sie ohne Willkür in vorweggenommener, antizipierter Beweiswürdigung annehmen darf, die gewonnene Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht erschüttert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3 S. 157).
5.
5.1. Vorliegend ging die Steuerverwaltung in einer ersten Phase noch von einem amtlichen Wert per 1. Januar 1999 von Fr. 7'596'100.-- aus. An diesem Wert hielt selbst die Steuerverwaltung nicht fest. Dass der - nach Änderung im Bestand - auf rund Fr. 7,6 Mio. geschätzte amtliche Wert der Baurechtsliegenschaft Nr. xxx im kantonalen Vergleich ausserordentlich hoch ist, zeigt bereits ein Blick in die von der kantonalen Steuerverwaltung eingereichten Statistiken der Handänderungen an gewerblichen, geschäftlichen und industriellen Liegenschaften in den Amtsbezirken Aarwangen, Burgdorf, Signau, Trachselwald und Wangen der Jahre 1999 - 2007 (insgesamt 144 Datensätze). Ein amtlicher Wert von Fr. 7,6 Mio. wird nur gerade von zwei Objekten übertroffen (V._, Datensatz Nr. 46, amtlicher Wert Fr. 11'754'500.--; W._, Datensatz Nr. 24, amtlicher Wert Fr. 8'31'400.--). Allerdings lagen bei diesen Objekten die Kaufpreise mit gerundet Fr. 14,8 Mio. (V._) und Fr. 12,3 Mio. (W._) um ein Vielfaches höher als der Kaufpreis für die Liegenschaft der Beschwerdeführerin (Fr. 2,9 Mio.). Ein amtlicher Wert in der Höhe des 2,7-fachen (274 %) des Kaufpreises - wie im Falle der Beschwerdeführerin - wird denn auch von keinem der in den Datensätzen erfassten Objekten erreicht. Eine derartige Relation bedürfte einer speziellen Rechtfertigung (Begründung). Es müsste nachgewiesen sein, dass der Kaufpreis von Fr. 2,9 Mio. auf "ungewöhnlichen oder persönlichen Verhältnissen" beruht und somit nicht "dem unter normalen Verhältnissen erzielbaren Kaufpreis" entspricht (Art. 54 Abs. 1 Satz 1 StG). Ohne solche Rechtfertigung wäre die Annahme, am Markt liesse sich ein Preis von Fr. 7,6 Mio. erzielen, willkürlich. Die Steuerverwaltung hielt denn auch zu Recht an dieser Schätzung nicht mehr fest.
5.2. Vor diesem Hintergrund bedarf auch die am 31. März 2003 durch eine Fachperson der Steuerverwaltung vorgenommene und von der Vorinstanz bestätigte ausserordentliche Neubewertung, gültig ab dem Steuerjahr 2002, von Fr. 5'406'900.-- näherer Prüfung.
5.2.1. Ausgangspunkt für diese Bewertung bildete die ausserordentliche Neubewertung per 1. Januar 1999 (amtlicher Wert Fr. 7'596'100.--). Diese wurde durch eine von der Steuerverwaltung beigezogene Fachperson anlässlich eines Augenscheins auf der streitigen Liegenschaft vom 28. Januar 2003 in verschiedenen Positionen korrigiert resp. angepasst. Die Benotungen der einzelnen Objektteile und der Geschäfts- und Verkehrslage liess die Fachperson unverändert. Hingegen nahm sie Anpassungen beim Mietwert-Code vor. Auch diese Schätzung des amtlichen Werts beträgt fast das 1,9-fache des Kaufpreises, ein Wert, der nur von einem einzigen Datensatz knapp erreicht wird (X._, Datensatz Nr. 35, Kaufpreis Fr. 430'000.--, amtlicher Wert 785'300.--, 182.6 %). Er bedarf ebenso einer Begründung, andernfalls der Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt wäre.
5.2.2. Die Steuerverwaltung sieht sich in ihrer Bewertung dadurch bestätigt, dass sich aufgrund der von der damaligen Mieterin bezahlten Mietzinse eine ausserordentlich hohe jährliche Bruttorendite von 13,6 % auf dem Kaufpreis ergäbe (Bruttomietertrag Fr. 394'200.--; Kaufpreis Fr. 2,9 Mio.). Normal seien Bruttorenditen um 7 %. Dabei lässt die Steuerverwaltung allerdings den hohen Sanierungsbedarf der Liegenschaft ausser Acht. Die Beschwerdeführerin wies bereits im kantonalen Verfahren zu Recht darauf hin, dass bei sanierungsbedürftigen Objekten oft eine überdurchschnittliche Rendite erzielt werde, weil solche Objekte günstiger zu haben seien. Der damalige Sanierungsbedarf wurde im Übrigen nicht nur behauptet, wie die Vorinstanz unterstellt ("angeblicher Sanierungsbedarf"), sondern belegt. Gemäss Schreiben der E._ vom 25. Juni 1999 betrug dieser nach grober Schätzung Fr. 2,6 Mio. Dass die Liegenschaft einen erheblichen Sanierungsbedarf aufwies, ergibt sich zudem aus dem Mietübergabeprotokoll der Lego vom 27. März 1997 sowie dem Augenscheinprotokoll der Steuerrekurskommission vom 12. November 2004. Im Auftrag der Beschwerdeführerin erstellte auch die F._ am 28. Juni 1999 eine Abbruch- und Neubau-Offerte mit einer Kostenübersicht im Betrag von 4'641'000.--. Dieses Schreiben wie auch dasjenige von E._ wurden vor dem Kaufdatum erstellt und erfolgten - wie angenommen werden darf - im Hinblick auf einen möglichen Kauf. Nichts deutet darauf hin, dass der Kaufpreis für das damals wirtschaftlich überalterte Gebäude unangemessen gewesen wäre. Diese Beweismittel hat die Vorinstanz nicht gewürdigt. Sie hat auch nicht begründet, weshalb diese irrelevant, d.h. nicht geeignet sein sollen, Anhaltspunkte über den Zustand und das wirtschaftliche Alter der baulichen Anlagen und die Angemessenheit des bezahlten Kaufpreises zu liefern. Das verletzt den Anspruch auf rechtliches Gehör.
5.2.3. Die Steuerverwaltung weist auch auf "besondere Umstände" hin, welche die Preisfestsetzung beeinflusst haben sollen. Sie ist der Ansicht, dass in Nachlassverfahren generell niedrige Preise bezahlt würden. Demgegenüber hielt bereits die Steuerrekurskommission im ersten Rechtsgang fest, dass beim Erwerb der fraglichen Liegenschaft durch die Beschwerdeführerin die Banken federführend waren. Beide Grundstücke befanden sich zudem längere Zeit auf dem Markt. Es handelte sich nicht um überstürzte Verkäufe zu Tiefstpreisen. Dass vergleichsweise niedrige Preise erzielt worden seien, ist nach Ansicht der Steuerrekurskommission vielmehr der ungünstigen Verkehrslage und dem bedeutenden aufgestauten Sanierungsbedarf zuzuschreiben (Entscheid der Steuerrekurskommission vom 20. Juni 2006 E. 5). Weitere Umstände, welche auf die Preisfestsetzung eingewirkt haben sollen, vermag die Steuerverwaltung nicht zu nennen.
5.3. Nach dem Gesagten lässt sich die angefochtene Bewertung mit keinen sachlichen Gründen halten. Es sind nicht nur die Werte stark übersetzt, sondern es fehlt auch die Begründung und damit Rechtfertigung für derart hohe Werte. Ein Schätzungsverfahren, in dessen Verlauf der amtliche Wert für das gleiche Objekt zwischen Fr. 3,1 Mio. und Fr. 7,6 Mio. pendelt, bietet auch kaum Gewähr, das der amtliche Wert richtig bestimmt worden ist. Die Schätzung erweist sich damit als unhaltbar. Sie ist mit einem amtlichen Wert, der fast das Doppelte des Kaufpreises und mutmasslichen Verkehrswertes beträgt, auch im Ergebnis willkürlich. Für derartige offensichtliche Unrichtigkeiten steht die Korrektur nach Art. 181 Abs. 4 StG offen. Es geht nicht an, an einer offensichtlich unrichtigen amtlichen Bewertung festzuhalten mit der Begründung, ein Grund für eine ausserordentliche Neubewertung (Art. 183 StG) sei nicht erfüllt. Zudem beruht der angefochtene Entscheid in mehrfacher Hinsicht auf einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör infolge mangelnder Begründung und Nichtabnahme von Beweisen. Die Rügen wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör und des Willkürverbots sind folglich begründet, und der angefochtene Entscheid ist aufzuheben.
6.
6.1. Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück (<ref-law>). Im Urteil 4A_338/2007 vom 22. November 2007 E. 1.3 wurde die Frage, ob es auch in Bezug auf kantonales Recht reformatorisch entscheiden könne, offen gelassen. Die Frage ist für den vorliegenden Fall zu bejahen. Es geht um die Anwendung von kantonalem Recht in einem Fall, welcher aufgrund des Urteils der kantonalen Steuerrekurskommission im ersten Rechtsgang bereits materiell entschieden wurde und der liquid ist. Es rechtfertigt sich deshalb, vorliegend gestützt auf dieses Urteil der Steuerrekurskommission ein reformatorisches Urteil zu fällen. Eine Rückweisung liesse sich schon angesichts der langen Verfahrensdauer nicht rechtfertigen (Beschleunigungsgebot).
Allerdings muss der vom Bundesgericht zu fällende Entscheid, was die Anwendung des kantonalen Rechts betrifft, freier Überprüfung standhalten. Eine entsprechende Praxis bestand bereits zur staatsrechtlichen Beschwerde, wenn das Bundesgericht einen kantonalen Entscheid mit anderen, als von der kantonalen Instanz in Betracht gezogenen Motiven schützte (Motivsubstitution; vgl. Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl.1994, S. 391 f. mit Hinweisen).
6.2. Vorliegend hat die Beschwerdeführerin die Baurechtsliegenschaft im Dezember 1999 für Fr. 2'900'000.- von der H._ erworben. Sie wurde durch die kantonale Steuerverwaltung mit Verfügung vom 31. März 2003 mit Wirkung ab Januar 2002 mit einem amtlichen Wert von Fr. 5'406'900.-- bewertet. Bereits vor dieser amtlichen Bewertung war die Baurechtsliegenschaft mit Wirkung ab 1. Januar 1999 mit Fr. 8'938'100.-- (Grundstücksprotokoll vom 13. Oktober 1998) bzw. mit Fr. 7'596'100.-- (Grundstücksprotokoll vom 13. September 1999) amtlich bewertet worden. Angesichts des zeitnahen Liegenschaftskaufs zu einem Preis, der deutlich unter den amtlich festgesetzten Werten liegt, stellte sich für die Steuerrekurskommission die Frage, wie sich diese amtlichen Werte - hier derjenige des Jahrs 2003 - rechtfertigen lassen.
6.3. Die Steuerrekurskommission führte denn auch richtigerweise im ersten Rechtsgang durch ihre Delegation und einen Fachmann selbst einen Augenschein auf der Liegenschaft durch und nahm eine Schätzung vor. Nach deren Feststellungen handelt es sich um ein Büro-, Fabrikations- und Lagergebäude aus den 1970-er Jahren, wobei Büros, Fabrikationsräume und Lager zur Verfügung stehen. Das Gebäude ist unterkellert. Weiter sind 660 m 2 Parkplatz und ein Unterstand von 50 m 2 vorhanden. Allerdings sei der Zustand des Gebäudes vor allem bezüglich der Dachkonstruktion sanierungsbedürftig. Anlässlich der Besichtigung hätten diverse Risse und undichte Stellen im Dach festgestellt werden können, die nur notdürftig geflickt seien.
Die Delegation ging im Übrigen von den Flächenverzeichnissen und Bewertungen (Benotung) des Fachmannes der Steuerverwaltung aus, welche sie als richtig bestätigen konnte. Einzig die Benotung für die Verkehrslage erschien ihr mit Note 8 (Bestnote = 10) etwas hoch, was angesichts der peripheren Lage von U._ nachvollziehbar ist. Insgesamt war sie der Ansicht, dass die Bewertungen durch den Experten der Steuerverwaltung sich im Rahmen des Schätzerermessens halten. Dennoch schien ihr der amtliche Wert angesichts "des klar tieferen Kaufpreises nicht gesetzeskonform und ... klar über einem möglichen Verkehrswert des Jahres 2002" zu liegen. Sie sah einen Änderungsbedarf beim Altersabzug (wirtschaftliches Alter). Sie führte aus, dass die Berechnungsregeln zur amtlichen Bewertung dem wirtschaftlichen Alter einer Baute keine Rechnung tragen würden. Der unterschiedlichen Lebensdauer und dem wirtschaftlichen Alter aufgrund der Bauweise und des Unterhalts der Baute sei nach diesem Konzept vielmehr ersatzweise bei der Berücksichtigung des Realwerts Rechnung zu tragen. Das erfolge durch den Altersabzug in Form eines Prozentsatzes, den der Schätzer aufgrund der geschätzten Gesamtlebensdauer und des wirtschaftlichen Alters bestimme. Unter diesem Titel schien der Delegation der Steuerrekurskommission eine Korrektur (Abzug) von 15 % angemessen.
Schliesslich stellte die Delegation unter dem Titel Leerstandsproblematik auch fest, dass die grossen Flächen der Liegenschaft eher schlecht genutzt würden und Platz oft belegt werde, weil dieser im Überfluss vorhanden sei. Die Delegation war zudem klar der Auffassung, dass es schwierig sei, derart grosse Industrie- und Gewerbeobjekte am (peripheren) Standort U._ zu verkaufen. Diese grundsätzliche Grössenproblematik könne im Rahmen der Schätzungsnormen nur ungenügend berücksichtigt werden. Die Delegation empfahl daher, auch einen Abzug von 30 % für latenten Leerstand zu gewähren. Damit ergäbe sich ein amtlicher Wert von Fr. 3'107'500.--.
6.4. Diese Schätzung ist wesentlich genauer als die nicht weiter spezifizierte und aus der Schätzung von 1999 abgeleitete Schätzung 2003. Sie hält sich an die Bewertungsnormen (Art. 3 Abs. 1 ABD), indem sie diese auslegt und in den Gesamtzusammenhang stellt. Das Gesetz schreibt vor, dass auch dem Real- und Ertragswert Rechnung zu tragen sei (Art. 54 StG). Die Schätzung der Delegation der Steuerrekurskommission kommt damit dem gesetzlichen Begriff des amtlichen Wertes sicher näher, als die Berechnung der Steuerverwaltung aufgrund der Bewertungsnormen. Sie trägt auch dem Kaufpreis besser Rechnung, der als Ausdruck des Verkehrswertes in einem bestimmten Zeitpunkt betrachtet werden kann und bei der Festlegung des amtlichen Wertes ebenfalls zu berücksichtigen ist. Die Schätzung der Steuerrekurskommission im ersten Rechtsgang ist folglich zu bestätigen.
7. Auch wenn die Beschwerdeführerin rein betragsmässig geringfügig unterliegt, rechtfertigt es sich, sie im bundesgerichtlichen Verfahren hinsichtlich der Kostenfolgen (Art. 65, 68 BGG) als vollständig obsiegend zu behandeln.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, Dispositiv Ziffer 1, 3. Satz, des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 4. Dezember 2013 wird aufgehoben, und der amtliche Wert des Grundstücks U._ Gbbl. Nr. xxx wird mit Wirkung ab dem Steuerjahr 2002 auf Fr. 3'107'500.-- festgesetzt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Kanton Bern auferlegt.
3.
Der Kanton Bern hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen der kantonalen Verfahren hat das Verwaltungsgericht neu zu befinden.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. August 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann