Faits:
A. Le 9 mars 2010, X._ a requis le séquestre des avoirs de Y._ auprès de la banque Z._ "succursale rue ...." à Genève ainsi que des autres succursales et/ou agences de Z._ dans le canton de Genève", à concurrence du montant de 9'925'502 fr. 08 en capital.
B. Par ordonnance du 11 mars 2010, le Tribunal de première instance du canton de Genève a rejeté la requête, faute de biens à séquestrer à Genève et, partant, de compétence pour connaître de la requête.
C. Par acte du 14 avril 2010, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à la juridiction précédente pour nouvelle décision.
L'autorité précédente n'a pas été invitée à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité du recours qui lui est soumis (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.1 La décision rejetant une réquisition de séquestre est une décision finale au sens de l'<ref-law>, en tant qu'elle met fin à l'instance d'un point de vue procédural; le présent recours est donc ouvert, en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5A_317/2009 du 20 août 2009 consid. 1.1).
1.2 Le droit de procédure genevois ne prévoyant aucune voie de recours contre le refus d'un séquestre, le présent recours est recevable au regard de l'<ref-law>, même si l'ordonnance déférée n'a pas été rendue par un tribunal supérieur (<ref-law>; art. 22 al. 1 et 23 de la loi d'application dans le canton de Genève de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite du 16 mars 1912 [LaLP]; arrêt 5P.334/2006 du 4 septembre 2006 consid. 1).
1.3 Créancier séquestrant, le recourant a la qualité pour recourir, dès lors qu'il a succombé dans ses conclusions devant l'autorité précédente (<ref-law>). La valeur litigieuse atteint en outre 30'000 fr. (<ref-law>). Déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, le recours est donc recevable.
2. 2.1 L'ordonnance entreprise porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1). Partant, seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels, grief que le Tribunal fédéral n'examine que s'il a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>); le recourant doit ainsi indiquer quelle disposition ou principe constitutionnel a été violé et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 3 et les arrêts cités).
2.2 En se limitant à inviter le Tribunal fédéral à annuler l'ordonnance attaquée et à renvoyer le dossier à l'autorité précédente pour nouvelle décision, le recourant formule des conclusions cassatoires, en principe insuffisantes dans la mesure où, quel que soit le type de recours, la loi confère au Tribunal fédéral la compétence de statuer lui-même sur le fond (<ref-law>). Par exception, de pareilles conclusions sont recevables dans l'hypothèse où le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond et devrait renvoyer la cause à la juridiction précédente pour qu'elle statue à nouveau (<ref-ruling> consid. 3.1). Tel est le cas en l'occurrence, comme on le verra ci-après.
3. 3.1 L'autorité précédente a rejeté la réquisition de séquestre en considérant que le recourant n'avait pas rendu vraisemblable l'existence de biens à séquestrer à Genève. Après s'être référée à une jurisprudence cantonale d'après laquelle l'existence d'une agence non inscrite au registre du commerce ne faisait en soi pas obstacle à ce que le juge se déclare compétent à raison du lieu pour se prononcer sur le séquestre d'un compte géré depuis l'agence en question, elle a signalé que, dans un autre arrêt prononcé en matière de mesures provisionnelles dans le cadre d'une requête en reddition de comptes, la Cour de justice avait refusé d'admettre cette notion d'agence. L'autorité précédente a finalement retenu que, vu la nature sommaire de la procédure applicable, elle n'avait pas à se déterminer sur l'existence d'une prétendue "succursale de fait" de la banque Z._ à Genève.
3.2 Le recourant dénonce une violation des art. 9 et 29 al. 1 Cst., il se plaint donc notamment d'un déni de justice formel, grief dont la nature formelle impose l'examen préalable.
3.3 Aux termes de l'art. 29 al. 1 Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Il y a déni de justice formel lorsqu'une autorité n'applique pas ou applique d'une façon incorrecte une règle de procédure, de sorte qu'elle ferme l'accès à la justice au particulier qui, normalement, y aurait droit. L'autorité qui se refuse à statuer, ou ne le fait que partiellement, viole l'art. 29 al. 1 Cst. Ainsi, une constatation incomplète des faits pertinents viole le droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2 et les références citées); tel est par exemple le cas d'une autorité qui n'établit pas entièrement les faits ou n'examine qu'une partie de la requête (<ref-ruling> consid. 4). La jurisprudence a par ailleurs eu l'occasion de préciser que le juge, appelé à connaître d'une requête de mainlevée provisoire, ne saurait, en se fondant sur la nature sommaire de la procédure (<ref-law>), se dispenser de se prononcer sur l'objection de compensation soulevée par le débiteur, sans violer le droit d'être entendu de celui-ci (arrêt 5P.457/1994 du 25 janvier 1995 consid. 2d).
3.4 En l'espèce, l'autorité inférieure ne pouvait pas, après avoir admis que sa compétence ratione fori pouvait en soi résulter de la présence d'une "succursale de fait", se dispenser de prendre position sur l'existence d'une telle succursale, par le motif erroné que la nature sommaire de la procédure s'opposait à cet examen. Cette attitude est constitutive d'un déni de justice formel.
Pour cette raison déjà et eu égard à la nature formelle du grief invoqué, l'ordonnance attaquée doit être annulée et l'autorité précédente invitée à statuer à nouveau en examinant, même dans une optique sommaire, la question de l'existence d'une succursale de fait de la banque Z._ à Genève, ainsi que, le cas échéant, les autres conditions du séquestre.
4. Pour assurer pleinement son efficacité, le séquestre doit être exécuté à l'improviste; partant, il n'y a pas lieu d'inviter l'intimé à présenter ses observations, ce qui ne constitue pas une violation de son droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 2 et 3). En revanche, il ne saurait être assimilé à une partie qui "succombe" au sens des art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF. Cela étant, les dépens doivent être supportés par le canton de Genève (<ref-ruling> consid. 5), à l'exclusion des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'ordonnance attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 4'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant et au Tribunal de première instance du canton de Genève.
Lausanne, le 24 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Braconi