Sachverhalt:
A. S._ amtete seit 1993 als einziger Verwaltungsrat der 1985 ins Handelsregister eingetragenen X._ AG. Diese war der Ausgleichskasse des Kantons Zürich als beitragspflichtige Arbeitgeberin angeschlossen. Am 6. Juli 2000 gewährte der Nachlassrichter des Bezirks der Gesellschaft eine provisorische Nachlassstundung von vier Monaten und setzte eine Sachwalterin ein. Am ... 2000 erfolgte die Publikation der Nachlassstundung im SHAB mit Gläubigeraufruf bis und mit ... 2000. Am 23. August 2000 gab die Ausgleichskasse bei der Sachwalterin ihre Forderung für ausstehende Sozialversicherungsbeiträge ein. In der Folge wurde die Nachlassstundung mehrmals verlängert. Die Gläubigerversammlung fand am 19. Juni 2001 statt. Am 4. Juli 2001 reichte die Sachwalterin dem Nachlassrichter ihren Bericht ein. Mit Entscheid vom 27. August 2001 wurde der Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung zwischen der X._ AG und den Gläubigern gerichtlich bestätigt. Die dagegen von der SUVA erhobene Beschwerde hiess das Obergericht mit Beschluss vom 1. Juli 2002 gut und verweigerte die Bestätigung des Nachlassvertrages. Die von der X._ AG dagegen erhobene Kassationsbeschwerde wies das Kassationsgericht mit Entscheid vom 7. Juli 2003 ab. Am ... 2003 wurde über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet und am ... 2004 mangels Aktiven eingestellt. Mit Verfügung vom 18. Mai 2005 verpflichtete die Ausgleichskasse S._ zur Bezahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 439'531.- für unbezahlt gebliebene Sozialversicherungsbeiträge. Die dagegen erhobene Einsprache hiess die Ausgleichskasse mit Entscheid vom 3. Mai 2006 teilweise gut und reduzierte die Forderung auf Fr. 386'702.90.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 31. Dezember 2007 infolge Verwirkung der Schadenersatzforderung gut und hob den Einspracheentscheid vom 3. Mai 2006 auf.
C. Die Ausgleichskasse erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 31. Dezember 2007 sei aufzuheben und die Sache zur Beurteilung der materiellen Haftungsvoraussetzungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die II. sozialrechtliche Abteilung ist zuständig für den Entscheid über die streitige Schadenersatzpflicht nach <ref-law> (<ref-law> sowie Art. 35 lit. a des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BGerR; SR 173.110.131]). Nach <ref-law> fällt die kantonale Sozialversicherung zwar in die Zuständigkeit der I. sozialrechtlichen Abteilung. Es ist indessen aus prozessökonomischen Gründen sinnvoll, dass die II. Abteilung auch über die Schadenersatzpflicht entscheidet, soweit sie entgangene Sozialversicherungsbeiträge nach kantonalem Recht betrifft (Urteil 9C_465/2007 vom 20. Dezember 2007).
2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
3. In Frage steht die Rechtzeitigkeit der am 18. Mai 2005 erlassenen Schadenersatzverfügung und damit der Zeitpunkt der fristauslösenden zumutbaren Schadenskenntnis. Während die beschwerdeführende Ausgleichskasse zumutbare Kenntnis im Zeitpunkt der Einstellung des Konkurses mangels Aktiven am 25. Mai 2004 annimmt, eventualiter am 7. Juli 2003 (Kenntnis des Entscheids des Kassationsgerichts betreffend Nicht-Bestätigung des Nachlassvertrages), hat die Vorinstanz im Sinne einer Eventualbegründung offengelassen, ob auf den Zeitpunkt der Gläubigerversammlung abzustellen ist, anlässlich welcher eine Dividende zwischen 2.16 % bis 28.28 % in Aussicht gestellt wurde, oder auf den Zeitpunkt des Urteils des Obergerichts vom 1. Juli 2002, da die Schadenersatzverfügung so oder anders verspätet sei.
3.1 Gemäss <ref-law> in der bis 31. Dezember 2002 gültig gewesenen Fassung verjährt die Schadenersatzforderung, wenn sie nicht innert Jahresfrist seit Kenntnis des Schadens durch Erlass einer Schadenersatzverfügung geltend gemacht wird, auf jeden Fall aber mit Ablauf von fünf Jahren seit Eintritt des Schadens. Nach der Rechtsprechung handelt es sich dabei - entgegen dem Wortlaut - um Verwirkungsfristen (<ref-ruling> E. 5a S. 12 mit Hinweisen). Die diese Norm ablösende, auf 1. Januar 2003 in Kraft getretene Bestimmung des <ref-law> sieht vor, dass der Schadenersatzanspruch zwei Jahre, nachdem die zuständige Ausgleichskasse vom Schaden Kenntnis erhalten hat, und jedenfalls fünf Jahre nach Eintritt des Schadens verjährt. Dabei handelt es sich um Verjährungsfristen (in SJ 2005 I S. 272 publiziertes Urteil F. vom 30. November 2004, H 96/03, E. 5.1). Ob die einjährige oder zweijährige Frist zur Anwendung gelangt, beurteilt sich danach, ob der Schadenersatzanspruch am 1. Januar 2003 noch nicht verwirkt war. Diesfalls gelangen die auf diesen Zeitpunkt in Kraft getretenen Verjährungsregeln des <ref-law> zur Anwendung (<ref-ruling> E. 5.1 und 5.2 S. 431).
3.2 In tatsächlicher Hinsicht hat die Vorinstanz festgestellt, dass die Sachwalterin anlässlich der Gläubigerversammlung vom 19. Juni 2001 ausführlich über die Aktiven und Passiven der X._ AG berichtet hat. Bereits am 30. Mai 2001 hatte die Sachwalterin allen bekannten Gläubigern den Entwurf eines Nachlassvertrages und einen ausführlichen Bericht zukommen lassen, in welchem die Vermögenslage der X._ AG ausführlich geschildert wurde und hervorging, dass die Kurrentgläubiger "in einem Konkurs mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit einen Totalausfall" erleiden würden, wohingegen in einem Nachlassvertrag "Aussichten auf eine Nachlassdividende" bestünden, wobei die Schätzungen von 2.16 % bis 28.28 % reichten. Anlässlich der Gläubigerversammlung berichtete die Sachwalterin im Einzelnen über den Vermögensstatus der X._ AG, die Gläubiger konnten der Sachwalterin zu den einzelnen Positionen Fragen stellen und es wurde ein ausführliches Protokoll erstellt. Weiter hat das kantonale Gericht festgestellt, dass die Ausgleichskasse daher spätestens ab 19. Juni 2001 in der Lage war, sich ein umfassendes Bild über die Aktiven und Passiven der Gesellschaft zu machen und nach Lage der Akten offen darüber informiert worden war, dass die Kurrentgläubiger (zu denen nach der damals geltenden Rechtslage auch die Ausgleichskassen gehörten, <ref-law> in der Fassung vom 16. Dezember 1994, in Kraft ab 1. Januar 1997 bis 31. Dezember 2000, und hier gemäss Schlussbestimmung der Änderung vom 24. März 2000 [AS 2000 2532] noch anwendbar, vgl. <ref-ruling>) im besten Fall mit einer kleinen Dividende würden rechnen können. Diese Sachverhaltsfeststellungen sind nicht offensichtlich unrichtig und werden von der Beschwerdeführerin auch nicht bestritten, weshalb sie für das Gericht verbindlich sind (vgl. E. 2 hievor).
3.3 Streitig und zu prüfen ist demgegenüber, ob gestützt auf diese Sachverhaltsfeststellungen von einer zumutbaren Schadenskenntnis im Zeitpunkt der Gläubigerversammlung auszugehen ist. Dies ist entgegen der Ansicht des Beschwerdegegners als Rechtsfrage vom Bundesgericht frei überprüfbar (Urteil H 232/03 E. 5 vom 25. November 2004 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5a S. 238). Die beschwerdeführende Ausgleichskasse wendet dazu im Wesentlichen ein, praxisgemäss könne Schadenskenntnis frühestens mit der Auflage des Kollokationsplanes angenommen werden. Da es aber nicht zur Auflage des Kollokationsplanes gekommen sei, sei die Schadenersatzverfügung nicht verspätet.
3.3.1 Zumutbare Kenntnis des Schadens im Sinne der unter E. 3.1 genannten Bestimmungen ist in der Regel von dem Zeitpunkt an gegeben, in welchem die Ausgleichskasse unter Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit erkennen muss, dass die tatsächlichen Gegebenheiten nicht mehr erlauben, die Beiträge einzufordern, wohl aber eine Schadenersatzpflicht begründen können (<ref-ruling> E. 2.1, S. 195 mit Hinweisen). Im Konkursfall ist dies nicht erst der Zeitpunkt, in welchem die Verteilungsliste erstellt und ein Verlustschein ausgestellt wird; vielmehr erhält die Ausgleichskasse in der Regel schon Kenntnis vom Schaden, wenn das Inventar und der Kollokationsplan aufliegen, welche Auskunft über die Aktiven, den Rang der von der Ausgleichskasse angemeldeten Forderung und die voraussichtliche Höhe der Dividende geben (<ref-ruling> E. 2.3 S. 195, 121 III 388 E. 3b, 119 V 92 E. 3, je mit Hinweisen). Besondere Umstände können zur ausnahmsweisen Vorverlagerung des Zeitpunktes der zumutbaren Schadenskenntnis führen (in <ref-ruling> nicht publizierte E. 3 des Urteils H 65/95 vom 28. Dezember 1995, <ref-ruling> ff. E. 3; ZAK 1992 S. 477 ff. E. 2b und 3). So kann die Frist bei effektiv vorhandener Kenntnis vor oder nach diesem Regelzeitpunkt beginnen, beispielsweise bereits vor Auflage des Kollokationsplanes, wenn feststeht, dass die Schadenersatzforderung ungedeckt bleibt, so bei der Gläubigerversammlung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 355, H 387/01 vom 13. Mai 2002) oder bei der Einsicht in das entsprechende Protokoll (<ref-ruling>, erwähntes Urteil H 387/01); dabei genügt die zumutbare Kenntnis eines Teilschadens (<ref-ruling> E. 4, 121 V 240 E. 3c/bb S. 241 mit Hinweisen). Voraussetzung ist aber, dass die Ausgleichskasse zu diesem Zeitpunkt bereits alle tatsächlichen Umstände über die Existenz des Schadens, die Beschaffenheit und die wesentlichen Merkmale des Schadens sowie die Person des Ersatzpflichtigen kennt (<ref-ruling> E. 5a S. 12 mit Hinweisen). Die Konkurseröffnung als solche stellt zwar praxisgemäss keinen Anknüpfungspunkt für die Schadenskenntnis dar; dies schliesst indes nicht aus, dass die Frist unter Umständen schon vor der Konkurseröffnung laufen kann, nämlich dann, wenn die Ausgleichskasse bei Betreibung auf Pfändung zu einem definitiven Verlustschein gekommen ist (<ref-ruling> f.; ZAK 1991 S. 127 E. 2a).
3.3.2 Die gleichen Grundsätze gelten bei einem Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung (Urteil H 376/01 vom 11. Oktober 2005, E. 3.2). Dabei ist zu unterscheiden, ob die Ausgleichskasse als konkursrechtlich in der zweiten Klasse privilegierte Gläubigerin gemäss <ref-law> (in der Fassung vom 24. März 2000, in Kraft seit 1. Januar 2001) im eröffneten Nachlassverfahren wegen der für eine gerichtliche Bestätigung vorausgesetzten vollständigen Befriedigung der privilegierten Forderungen (<ref-law>) bis zum gerichtlichen Entscheid über Bestätigung oder Nichtbestätigung des Nachlassvertrages gar nicht mit einem Schaden zu rechnen hat, oder ob die Entstehung der Schadenersatzforderung in den Zeitraum vom 1. Januar 1997 bis 31. Dezember 2000 fällt, in welchem die Ausgleichskasse konkursrechtlich nicht privilegiert war (vgl. Übergangsbestimmung zur Gesetzesänderung vom 24. März 2000, AS 2000 2532, <ref-ruling>, vgl. auch <ref-ruling> E. 4c S. 447) und damit die Möglichkeit zumutbarer Schadenskenntnis grundsätzlich schon vor dem gerichtlichen Bestätigungsentscheid bestand. So wurde in AHI 1995 S. 159 im Falle einer privilegierten Ausgleichskasse entschieden, dass sich diese bei der gerichtlichen Nichtbestätigung des Nachlassvertrages über die Gründe für die Verweigerung zu informieren und die notwendigen Massnahmen zur Fristwahrung zu ergreifen hat, und dies in <ref-ruling> E. 3c S. 20 auch für den Widerruf einer Nachlassstundung bestätigt. Im Urteil H 34/04 vom 15. September 2004 wurde festgehalten, dass sich im Sinne dieser Rechtsprechung ebenso die nicht privilegierte Ausgleichskasse im Falle der Bestätigung des Nachlassvertrages (der nur eine Nachlassdividende von 4.8 % bis 7.9 % vorsah) um Informationen hinsichtlich eingegangener Forderungen und vorhandener Aktiven zu bemühen hat. Ob die (nicht privilegierte) Ausgleichskasse in Anlehnung an <ref-ruling> erst am Ende des Bestätigungsverfahrens (Bestätigungs- oder Verwerfungsentscheid des Nachlassgerichts) oder bereits mit Empfang der Einladung zur Gläubigerversammlung zumutbare Kenntnis des Schadens erlangt hatte, konnte im Urteil H 295/02 vom 2. Dezember 2003 offengelassen werden. Im Urteil H 284/03 vom 25. April 2005 wurde Schadenskenntnis spätestens mit der Publikation des Bestätigungsentscheids im SHAB angenommen.
3.3.3 Da die Ausgleichskasse nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (vgl. E. 2 hievor) spätestens im Zeitpunkt der Gläubigerversammlung vom 19. Juni 2001 in der Lage war, sich ein umfassendes Bild über die Aktiven und Passiven der Gesellschaft zu machen, und ab diesem Zeitpunkt wusste, dass die Dividende höchstens 28.28 % betragen würde, was für die Kenntnis eines Teilschadens (<ref-ruling> E. 3c/bb S. 241) bereits genügt, ist nach dem Gesagten ab diesem Zeitpunkt von der zumutbaren Schadenskenntnis auszugehen. Die Ausgleichskasse ermächtigte am 6. Juli 2001 zudem den Beschwerdegegner unter ausdrücklichem Hinweis auf <ref-law>, an ihrer Stelle über den Beitritt zum Nachlassvertrag zu entscheiden, hat dann in Vertretung dem Nachlassvertrag zugestimmt und selbst den Entscheid des erstinstanzlichen Nachlassrichters nicht angefochten. Die Ausgleichskasse wusste also schon damals, dass sie zu Schaden kommen und ein Schadenersatzverfahren gegen den Beschwerdegegner führen würde. Auch wenn allenfalls mit einer Nichtbestätigung des Nachlassvertrages und einem anschliessenden Konkurs zu rechnen war, konnte die Ausgleichskasse auch bei optimistischen Annahmen jedenfalls nicht mit einer höheren Dividende rechnen. Die Nichtbestätigung durch das Obergericht erfolgte denn auch nicht deshalb, weil das Gericht angenommen hätte, es würde im Konkursfall mehr resultieren als im Nachlassvertrag vorgesehen, sondern weil das Quorum nicht erreicht worden war. Daran ändert nichts, dass in einem solchen Fall nachträglich eine Kollokation stattfindet. Massgebend ist einzig, dass bei wie hier vorhandener effektiver Schadenskenntnis auch vor einem Regelzeitpunkt bereits auf diese abzustellen ist (vgl. E. 3.3.1 hievor). Dabei ist zu ergänzen, dass es sich bereits bei der Einladung an die Gläubigerversammlung und dem beigelegten Bericht des Sachwalters um eine offizielle Verlautbarung handelt, welcher fristauslösende Wirkung zukommt (vgl. <ref-ruling>, 126 V 450 und 121 V 240, Urteil H 177/05 vom 13. Dezember 2006).
3.4 Da bei Anwendung der einjährigen Verwirkungsfrist gestützt auf <ref-law> in der bis 31. Dezember 2002 gültig gewesenen Fassung die Schadenersatzforderung bereits im Juni 2002, mithin vor dem 1. Januar 2003, verwirkt war, ist darauf und nicht auf die zweijährige Verjährungsfrist nach <ref-law> abzustellen (vgl. E. 3.1 hievor, <ref-ruling>). Der vorinstanzliche Entscheid ist damit rechtens.
4. Entsprechend dem Verfahrensausgang werden die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 9000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke