Sachverhalt:
A. A.a Die X._ Enterprise AG (vormals: X._ Recording Studios AG) betrieb bis zum 30. Juni 1992 ein Tonstudio, in welchem Tonträger mit Musikaufnahmen und anderen Darbietungen (sog. Masterbänder) angefertigt wurden. Ab dem 1. Juli 1992 wurden die Aktivitäten der Gesellschaft durch die Einzelfirma Z._ Tonstudio von Y._ weitergeführt.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führte im Mai 1995 während mehreren Tagen eine Kontrolle im Geschäftsbetrieb der Steuerpflichtigen durch. Sie prüfte dabei sowohl die Unterlagen der Aktiengesellschaft als auch jene der Einzelfirma für die Steuerperiode 1. Quartal 1990 bis 4. Quartal 1994.
A.b Gestützt auf diese Prüfung verlangte die ESTV von der X._ Recording Studios AG am 13. November 1995 die Nachzahlung von Warenumsatzsteuern in Höhe von Fr. 70'304.-- zuzüglich Verzugszinsen (Ergänzungsabrechnung [EA] Nr. 17909). Die EA umfasste verschiedene Steuertatbestände, u.a. Umsätze, die von der Steuerpflichtigen als steuerfreie Vermietung des Tonstudios deklariert wurden, sowie die Aufrechnung von angeblich exportierten Leistungen, für welche keine Ausfuhrbescheinigung vorliegt. Am 23. Juli 1997 erfolgte eine Gutschrift (GS) in Höhe von Fr. 10'889.-- (GS Nr. 73915), mit welcher Eigenverbrauchstatbestände korrigiert wurden, die von der Steuerpflichtigen nachträglich belegt werden konnten.
Da die Steuerpflichtige mit der Steuernachforderung nicht einverstanden war, erliess die ESTV am 27. April 1998 einen förmlichen Entscheid, mit dem die X._ Recording Studios AG zur Bezahlung von insgesamt Fr. 59'415.-- (bestehend aus Fr. 70'304.-- gemäss EA Nr. 17909, abzüglich Fr. 10'889.-- gemäss GS Nr. 73915) zuzüglich Verzugszins verpflichtet wurde.
A.c Aufgrund der im Mai 1995 erfolgten Kontrolle stellte die ESTV am 14. November 1995 auch gegenüber von Y._ eine Steuernachforderung in Höhe von Fr. 144'944.-- zuzüglich Verzugszinsen (EA Nr. 14047). Später erfolgte eine Gutschrift über Fr. 6'662.-- (GS Nr. 73914).
Da der Steuerpflichtige mit der Steuernachforderung nicht einverstanden war, erliess die ESTV am 27. April 1998 einen förmlichen Entscheid, mit dem Y._ zur Bezahlung von insgesamt Fr. 138'282.-- (bestehend aus Fr. 144'944.-- gemäss EA Nr. 14047, abzüglich Fr. 6'662.-- gemäss GS Nr. 73914) zuzüglich Verzugszins verpflichtet wurde.
B. Gegen die förmlichen Entscheide der ESTV vom 27. April 1998 erhoben sowohl die X._ Recording Studios AG als auch Y._ Einsprache. Die Einsprachen wurden von der ESTV am 18. Dezember 2001 abgewiesen, soweit sie darauf überhaupt eintrat und die angefochtenen Entscheide nicht bereits in Rechtskraft erwachsen waren.
Gegen diese Einspracheentscheide beschwerten sich die X._ Recording Studios AG und Y._ bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Diese hiess die Beschwerden mit Urteil vom 25. Juni 2004 bzw. vom 3. September 2004 teilweise gut und wies die Angelegenheit zur Neubeurteilung der Einsprachen an die ESTV zurück.
C. In der Folge verlangte die ESTV mit Schreiben vom 16. November 2004 von der X._ Recording Studios AG und von Y._ verschiedene Unterlagen ein, um die gemäss dem Urteil der Eidgenössischen Steuerrekurskommission erforderlichen Neuberechnungen durchführen zu können. Dieser Aufforderung kamen die Steuerpflichtigen am 15. Dezember 2004 nach. Am 14. Dezember 2005 setzte die ESTV den Pflichtigen zwecks Verbesserung ihrer Einsprachen eine Nachfrist an, welche die X._ Recording Studios AG und Y._ mit ihrer Eingabe vom 19. Dezember 2005 wahrten.
Nachdem die X._ Recording Studios AG und Y._ am 20. Juni 2006 die lange Verfahrensdauer beanstandet und eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes geltend gemacht hatten, erliess die ESTV am 4. September 2006 ihre neuerlichen Einspracheentscheide. In diesen hielt sie fest, dass die X._ Recording Studios AG für die Zeit vom 1. Januar 1990 bis zum 30. Juni 1992 insgesamt noch Fr. 22'015.-- nebst Verzugszins ab dem 30. August 1991 schulde. Y._ schulde für die Zeit vom 1. Juli 1992 bis zum 31. Dezember 1994 insgesamt noch Fr. 38'006.-- nebst Verzugszins ab dem 1. März 1994.
Hiergegen beschwerten sich die Steuerpflichtigen erneut bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Das Bundesverwaltungsgericht, welches per 1. Januar 2007 die Aufgaben der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, wies die Beschwerden mit seinen Urteilen vom 22. Oktober 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
D. Mit Eingabe vom 1. Dezember 2008 führen die X._ Recording Studios AG (per 14. September 2007 umfirmiert auf X._ Enterprise AG) und Y._ gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie verlangen die ersatzlose Aufhebung der angefochtenen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts vom 22. Oktober 2008 und der Einspracheentscheide der ESTV vom 4. September 2006. Eventualiter wird die Aufhebung der mit den Einspracheentscheiden verbundenen Zinsforderungen beantragt. Subeventualiter sei die Angelegenheit zur Ergänzung der Untersuchung an die ESTV zurückzuweisen.
Das Bundesgericht eröffnete daraufhin die zwei Verfahren 2C_872/2008 (Beschwerdeführerin X._ Enterprise AG, Steuerperiode 1. Quartal 1990 bis 2. Quartal 1992) und 2C_873/2008 (Beschwerdeführer Y._, Steuerperiode 3. Quartal 1992 bis 4. Quartal 1994).
Während das Bundesverwaltungsgericht auf eine Vernehmlassung verzichtet, schliesst die ESTV auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Am 20. März 2009 reichen die Steuerpflichtigen eine Replik ein. Die ESTV ihrerseits dupliziert mit Eingabe vom 6. Mai 2009.

Erwägungen:
1. Die von den Beschwerdeführern erhobenen Rügen sind in beiden Verfahren identisch und wurden in einer einzigen Rechtsschrift vorgebracht. Auch die angefochtenen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts lauten im Wesentlichen gleich. Da die beiden Verfahren in einem engen sachlichen Zusammenhang stehen, rechtfertigt es sich, die Verfahren 2C_872/2008 und 2C_873/2008 in sinngemässer Anwendung von Art. 24 des Bundesgesetzes vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess (BZP; SR 273) in Verbindung mit Art. 71 BGG zu vereinigen (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 394; <ref-ruling> E. 1 S. 271 f.).
2. 2.1 Angefochten ist jeweils ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a BGG; Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG; Art. 90 BGG). Als Steuerpflichtige sind die Beschwerdeführer zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten (unter Vorbehalt von E. 2.2 und E. 2.3 hiernach).
2.2 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen (<ref-ruling>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt u.a. hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur dann gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). In der Beschwerdeschrift ist zudem aufzuzeigen, dass die Behebung des behaupteten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
3. 3.1 Die Beschwerdeführer bezeichnen die Sachverhaltsfeststellungen des Bundesverwaltungsgerichts in zwei Punkten als offensichtlich unrichtig:
Einerseits sei es unzulässig, aufgrund des auf einigen Rechnungen ausgewiesenen Pauschalpreises anzunehmen, dass in diesen Fällen nicht nur eine blosse (steuerfreie) Studiovermietung, sondern eine (steuerpflichtige) Vermietung des Studios samt Tonmeister vorgelegen habe.
Andererseits wird beanstandet, dass exportierte Leistungen, für welche kein offizieller Ausfuhrnachweis beigebracht werden konnte, von der ESTV als in der Schweiz warenumsatzsteuerpflichtig erachtet worden seien: Es sei zwar richtig dass für den Nachweis eines Exportes in der Regel das Exemplar Nr. 3 des Einheitsdokumentes verlangt werde, doch müssten auch andere Beweismittel zulässig sein. In sachverhaltlicher Hinsicht müsse daher vom erfolgten Leistungsexport ausgegangen werden.
3.2 Die Einwendungen der Beschwerdeführer überzeugen nicht:
Das Bundesverwaltungsgericht hat in seinen Berechnungen dargelegt, dass die in den betreffenden Fällen vereinbarten Pauschalpreise im Verhältnis zur aufgezeichneten Stundenzahl jeweils Stundenansätze ergäben, welche deutlich über dem Ansatz gemäss der Preisliste der Beschwerdeführer lägen. Diese Differenz sei nur erklärbar, wenn man den Stundenansatz für den Einsatz eines Tonmeisters hinzurechne. Diese Schlussfolgerung erscheint grundsätzlich nachvollziehbar und ist jedenfalls unter den hier massgeblichen Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden.
Soweit die Beschwerdeführer das Einverlangen der zollamtlichen Dokumente sinngemäss als übertriebene Strenge bezeichnen, die Anerkennung des behaupteten Leistungsexports verlangen und die Zulassung anderer Beweismittel als Ausfuhrnachweis fordern, genügen sie den Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge (vgl. E. 2.3) bereits deshalb nicht, weil sie keine anderen Beweismittel beibringen oder benennen. In diesem Zusammenhang ist auf die Beschwerde daher nicht einzutreten.
4. 4.1 Weiter rügen die Steuerpflichtigen eine übermässige Verfahrensdauer und mithin eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes.
4.1.1 Gemäss Art. 29 Abs. 1 BV hat jede Person in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf eine Beurteilung innert angemessener Frist. Die Angemessenheit der Verfahrensdauer bestimmt sich dabei unter Berücksichtigung der gesamten Umstände des Einzelfalls wie etwa der Komplexität der Angelegenheit, dem Verhalten der Behörden, der Bedeutung für die Betroffenen und der für die Sache spezifischen Entscheidungsabläufe (Gerold Steinmann in: Ehrenzeller et al. [Hrsg.], Die Schweizerische Bundesverfassung - Kommentar, 2. Aufl. 2008, Rz. 11 ff. zu Art. 29 BV).
4.1.2 Den Beschwerdeführern ist darin beizupflichten, dass das vorliegende Verfahren übermässig lange gedauert hat: Seit dem Erlass der umstrittenen Ergänzungsabrechnungen am 13./14. November 1995 bis zum heutigen Entscheid sind über 14 Jahre vergangen. Selbst wenn der Einwand der ESTV zutreffen mag, dass sich die Steuerpflichtigen für gewisse Stellungnahmen längere Fristen ausbedungen haben und die mit Urteil der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 25. Juni 2004 erfolgte Rückweisung der Angelegenheit zu einer erneuten Verzögerung des Verfahrens geführt hat, kann die Verfahrensdauer insgesamt keinesfalls mehr als "angemessen" im Sinne von Art. 29 Abs. 1 BV bezeichnet werden.
4.1.3 Aus der festgestellten übermässig langen Verfahrensdauer vermögen die Steuerpflichtigen indes nichts zu ihren Gunsten abzuleiten: Wie diese selbst zutreffend erkannt haben, ist eine gesetzlich geschuldete Steuer selbst bei Verletzung des Beschleunigungsgebots zu bezahlen (Urteil 2A.455/2006 vom 1. März 2007 E. 3.3.2, publ. in: StR 62/2007 S. 592). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer erscheint dieser Umstand nicht stossend, zumal der Steuerpflichtige jederzeit durch Bezahlung der Steuer unter Vorbehalt seiner Steuerpflicht nachkommen kann, ohne dass ihm daraus ein rechtlicher oder finanzieller Nachteil entsteht: Erweist sich eine mittels Ergänzungsabrechnung oder förmlichem Entscheid eingeforderte Steuerforderung nachträglich als unberechtigt, so hat die ESTV zusätzlich zur Rückerstattung des Steuerbetrags auch Vergütungszinsen zu entrichten, wobei der Zinssatz demjenigen zu entsprechen hat, der nach Art. 26 Abs. 2 des Bundesratsbeschlusses vom 29. Juli 1941 über die Warenumsatzsteuer (Warenumsatzsteuerbeschluss, WUStB; AS 1941 821; in Kraft gewesen bis zum 31. Dezember 1994) für Verzugszinse angewandt wird (Urteil A.320/1981 vom 25. November 1983 E. 2, publ. in: ASA 53 S. 558 ff.).
4.2 Im Zusammenhang mit der langen Verfahrensdauer bringen die Beschwerdeführer auch vor, dass von einer "gleichen und gerechten Behandlung" i.S.v. Art. 29 Abs. 1 BV nicht mehr gesprochen werden könne: Die Verwaltung nehme sich mehrere Jahre Zeit, um die Angelegenheit zu behandeln, wogegen ihnen, den Beschwerdeführern, zur Anfechtung der Einspracheentscheide nur eine sehr kurze Rechtsmittelfrist von 30 Tagen zur Verfügung gestanden sei. Diese Frist erweise sich angesichts der Komplexität der Materie sowie der Unübersichtlichkeit des Verfahrens - insbesondere aufgrund des irreführenden Systems von Ergänzungsabrechnungen und Gutschriften - als zu knapp bemessen.
Die Rüge überzeugt nicht: Grundsätzlich bezweckt die Vermeidung von überlangen Rechtsmittelfristen die Beschleunigung des Verfahrens, was in der Regel im Interesse aller Parteien ist. Auch lässt sich der Zeitbedarf für eine Beschwerdeerhebung nicht ohne Weiteres aus der Dauer der Untersuchung bzw. des Veranlagungsverfahrens ableiten. Im vorliegenden Fall haben die angefochtenen Einspracheentscheide den Verfahrensgegenstand klar umgrenzt und den Standpunkt der ESTV aufgezeigt. Da die Beschwerdeführer aufgrund der bis zu diesem Zeitpunkt in der gleichen Sache geführten Rechtsmittelverfahren mit den strittigen Fragen bestens vertraut waren, ist davon auszugehen, dass die Ausformulierung einer Beschwerdeschrift ohne langwierige Abklärungen und Besprechungen möglich und eine Frist von 30 Tagen hierfür ausreichend war. Eine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 BV ist daher in diesem Zusammenhang nicht zu erkennen.
5. Die Beschwerdeführer rügen ferner, dass sie nach erfolgter Rückweisung der Angelegenheit durch die Eidgenössische Steuerrekurskommission nicht erneut von der ESTV angehört worden seien, bevor diese ihre neuerlichen Einspracheentscheide vom 4. September 2006 erlassen habe. Erst auf dem Beschwerdeweg hätten Einwände gegen die (Neu-)Beurteilung durch die ESTV erhoben werden können. Die Beschwerdeführer sehen dadurch den Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verletzt.
Die Rüge dringt nicht durch: Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführer der ESTV vor Erlass der Einspracheentscheide vom 4. September 2006 verschiedene Unterlagen einreichen konnten, anhand welcher die ESTV dann die gemäss Rückweisungsentscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission erforderliche Neuberechnung der geschuldeten Warenumsatzsteuer vorgenommen hat. Anlässlich dieser Eingabe hatten die Beschwerdeführer demzufolge sehr wohl Gelegenheit, ihre Sicht der Streitsache (erneut) darzulegen und die entsprechenden Belege beizubringen. Es trifft zu, dass die ESTV in der Folge zu teilweise anderen Schlussfolgerungen gelangt ist; eine Gehörsverletzung ist in diesem Zusammenhang jedoch nicht ersichtlich.
6. 6.1 Sodann beanstanden die Beschwerdeführer, dass die Werbe-, Mode- und Industriefotografie sowie die Filmherstellung als steuerfrei erachtet würden, die Tonaufnahme dagegen als Ware i.S.v. Art. 17 WUStB und mithin als steuerpflichtig betrachtet werde. Die Beschwerdeführer sehen dadurch das Gebot der rechtsgleichen Behandlung (Art. 8 BV) verletzt.
6.2 Ein Verstoss gegen Art. 8 Abs. 1 BV liegt dann vor, wenn eine Behörde bei vergleichbaren Sachverhalten das Recht ungleich anwendet und dafür keine sachlichen Gründe vorliegen (<ref-ruling> E. 3 S. 3 mit Hinweisen).
6.3 Das Bundesgericht hat sich in verschiedenen Entscheiden mit der Frage befasst, wie die Leistungen eines Tonstudios hinsichtlich der Warenumsatzsteuer zu behandeln sind: In seinem Urteil A.159/1987 vom 20. Januar 1988 (publ. in: ASA 60 S. 360 ff.) hat es erkannt, dass die in einem Tonstudio erstellten Magnetbänder als körperlich greifbare Produkte und damit als Ware im Sinne von Art. 17 WUStB gelten, selbst wenn deren Herstellung mit einer künstlerischen bzw. kreativen Leistung des Tonstudios verbunden sein kann. Dieser Entscheid steht in Übereinstimmung mit der ständigen Praxis, welche den Herstellungsbegriff seit jeher weit verstanden hat: Dieser umfasst jegliche Veränderung an einer beweglichen Sache, selbst wenn keinerlei Material hinzugefügt wird; so wurden beispielsweise das Reinigen von Wäsche (Urteil A.101/1979 vom 25. April 1980 E. 3, publ. in: ASA 49 S. 499 ff.), das Reinigen und Desinfizieren von Telefonapparaten (Urteil des Bundesgerichtes vom 21. März 1947 E. 2, publ. in: ASA 16 S. 100 ff.), das Schärfen von Sägeblättern (Urteil des Bundesgerichtes vom 30. Oktober 1964 E. 1, publ. in: ASA 33 S. 388 ff.) oder das Zusammensetzten von Uhrwerken (Urteil des Bundesgerichtes vom 20. Juni 1969 E. 3, publ. in: ASA 38 S. 242 ff.) als Herstellung einer Ware qualifiziert.
6.4 Ausnahmsweise gelten körperliche Sachen dann nicht als Ware i.S.v. Art. 17 WUStB, wenn sie bloss den Charakter einer untergeordneten Nebenleistung zur Übertragung einer geistigen (Haupt-) Leistung haben. Nach der bundesgerichtlichen Praxis gilt dies etwa für die Architektenpläne, die Rechtsschriften von Anwälten und die Manuskripte von Schriftstellern oder Komponisten. Selbst wenn diese mitunter auch Gegenstand eines Fahrniskaufs bilden können (insb. Architektenpläne), unterliegen sie der Umsatzsteuer nicht, zumal sie gegenüber der geistigen Leistung, die unabhängig von der Art ihrer Aufzeichnung besteht, völlig in den Hintergrund treten (Urteil 2A.312/1991 vom 5. Juni 1992 E. 2c, publ. in: ASA 62 S. 687 ff.; mit Hinweisen). Wie die Beschwerdeführer zutreffend ausführen, betrachtet die ESTV überdies auch gewisse Leistungen der Fotobranche nicht als steuerpflichtige Warenlieferung, wenn dabei die gestalterische Leistung im Vordergrund steht. Nach Auffassung der ESTV ist dies namentlich im Bereich der Werbe-, Mode- und Industriefotografie der Fall. Als steuerpflichtig gilt nach der Praxis der ESTV dagegen die Ausführung von Retouchearbeiten sowie die technische Verarbeitung (Entwickeln, Kopieren, Vergrössern) von Aufnahmen Dritter (vgl. Urteil 2A.373/1989 vom 14. Dezember 1990 E. 2, publ. in: ASA 60 S. 417 ff.).
6.5 Zur Annahme einer steuerfreien Leistung verlangt die Gerichts- und Verwaltungspraxis demzufolge eine besonders ausgeprägte Intensität des geistigen bzw. kreativen Elements eines Verarbeitungsprozesses. Dies erscheint als sachgerecht. Indes leuchtet ein, dass dieses Kriterium nicht in jedem Fall eine eindeutige Abgrenzung erlaubt und der Verwaltungsbehörde hierbei ein gewisses Ermessen zukommen muss.
Im vorliegenden Fall ist festzustellen, dass sich die Aufgabe eines Tontechnikers - auch wenn sie zweifelsohne eine kreative Komponente aufweist - im Wesentlichen darauf beschränkt, die künstlerische Darbietung eines Dritten aufzuzeichnen und aufzubereiten. Beim Fotografen ist dies dagegen nicht notwendigerweise der Fall: Je nach Auftrag und Projekt kann dieser bei der Wahl des Motives sowie der Ausgestaltung des Bildes gänzlich frei sein, oder es kann ihm zumindest ein relativ erheblicher Gestaltungsspielraum zukommen, so dass in diesen Fällen eine eigene geistige Leistung vorliegt, die den Aufzeichnungsvorgang und das daraus resultierende Produkt in den Hintergrund treten lässt.
Aus diesen Gründen liegt kein Verstoss gegen das Rechtsgleichheitsgebot vor, wenn die Vorinstanzen dem geistigen bzw. kreativen Element bei der Herstellung eines Audio-Masterbandes - anders als bei gewissen fotografischen Leistungen - nicht eine derartige Intensität beimessen, dass sich ausnahmsweise eine Befreiung von der Warenumsatzsteuer rechtfertigt.
7. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
Diesem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten im Verfahren 2C_872/2008 der Beschwerdeführerin und im Verfahren 2C_873/2008 dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerdeverfahren 2C_872/2008 und 2C_873/2008 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde 2C_872/2008 wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
3. Die Beschwerde 2C_873/2008 wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
4. Die Gerichtskosten im Verfahren 2C_872/2008 von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Die Gerichtskosten im Verfahren 2C_873/2008 von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
6. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler