Sachverhalt:
A. A.a Der 1957 geborene M._ arbeitete seit 1985 in der X._ AG als Betriebsmitarbeiter und war bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert. Am 17. Februar 1993 erlitt er bei einem Verkehrsunfall ein Hyperflexionstrauma der Brustwirbelsäule (BWS). Nach verschiedenen Behandlungen bestand ab 15. März 1993 eine teilweise und ab 5. April 1993 eine volle Arbeitsfähigkeit. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht und erbrachte die gesetzlich vorgesehenen Leistungen, insbesondere für weitere Therapien. Mit Verfügung vom 19. Juli 2001 lehnte sie die Ausrichtung einer Invalidenrente sowie einer Integritätsentschädigung ab, anerkannte jedoch die Kostenübernahme für Arztbehandlungen und bis Juli 2002 in reduziertem Umfang für Physiotherapiesitzungen. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 22. Februar 2002 teilweise fest, übernahm hingegen die Kosten der therapeutischen Massnahmen im Rahmen der ärztlich empfohlenen Frequenz, sodann werde über die Frage einer Integritätsentschädigung nach Vornahme einer neurologischen Begutachtung entschieden. Dieser Einspracheentscheid erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
A.b Nach Durchführung der Begutachtung im Frühjahr 2003 arbeitete M._ ab 5. Mai 2003 nicht mehr und nahm, nach verschiedenen gescheiterten Arbeitsversuchen, keine Tätigkeit mehr auf. In der Folge meldete die X._ AG der SUVA am 23. Juni 2003 einen Rückfall. Im Anschluss an einen stationären Aufenthalt in der Rehaklinik Y._ (25. November bis 23. Dezember 2003) stellte die SUVA mit Verfügung vom 15. März 2004 die Leistungen per 5. Mai 2003 ein und lehnte die Ausrichtung einer Invalidenrente und einer Integritätsentschädigung ab. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 2. September 2005 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt nach Beizug der IV-Akten mit Entscheid vom 16. April 2007 ab.
C. Mit Beschwerde lässt M._ beantragen, es sei, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids, die SUVA zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen auszurichten.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Gesundheit auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über den Anspruch auf Heilbehandlung (<ref-law>) und Taggelder (Art. 16 Abs. 1 und 2 UVG) sowie die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod) zutreffend dargelegt (<ref-ruling> E. 1 S. 337). Entsprechendes gilt für die von der Judikatur entwickelten Grundsätze zum Erfordernis des adäquaten Kausalzusammenhanges im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 5a S. 461) sowie bei psychischen Unfallfolgen im Besonderen (<ref-ruling>) und zum Beweiswert medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 1c S. 160). Darauf wird verwiesen.
2. Streitig ist, ob das geklagte Zervikalsyndrom unfallbedingt und in natürlich kausaler Weise auf den versicherten Unfall aus dem Jahr 1993 zurückzuführen ist. Für die Beurteilung der vorliegenden Angelegenheit ist nicht ausschlaggebend, ob der Beschwerdeschub ab 2003 als Rückfall oder als Teil des Grundfalls gesehen wird. Bei beiden Konstellationen muss die beträchtliche Zeit nach dem Unfallereignis festgestellte Gesundheitsstörung mit Auswirkung auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit in einem natürlichen und in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum Unfallereignis stehen; die unterschiedliche Beweislastverteilung beim Nachweis der natürlichen Kausalität wirkt sich im vorliegenden Fall letztlich nicht entscheidwesentlich aus.
2.1 Laut angefochtenem Entscheid gehen die medizinischen Fachleute von einem Zervikalsyndrom aus, welches den Beschwerdeführer zwar subjektiv stark beeinträchtige jedoch ohne erhebliches organisches Substrat sei. Sodann habe er weder eine Commotio cerebri noch eine milde traumatische Hirnverletzung (MTBI) erlitten, demnach seien sich alle Ärzte einig, es liege beim Beschwerdeführer keine unfallkausale, organisch bedingte gesundheitliche Beeinträchtigung vor.
2.2 Der Beschwerdeführer behauptet hingegen, er habe anlässlich des Unfalls eine HWS-Distorsion erlitten. Sodann äussere sich das MEDAS-Gutachten nicht zur Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs. Ferner werde die adäquate Kausalität zu Unrecht verneint, selbst wenn die Adäquanzprüfung nach <ref-ruling> erfolge.
2.3 Gestützt auf die medizinischen Akten ist unklar, ob der Beschwerdeführer anlässlich des Verkehrsunfalls ein HWS-Distorsionstrauma erlitten hat. Ursprünglich wurde ein thorakales Schmerzsyndrom behandelt (Arztzeugnis UVG vom 16. März 1993). Erst im Oktober 1993 wurde eine Symptomatik an der HWS im Bericht des Dr. med. S._, Spezialarzt FMH für Innere Medizin, vom 19. November 1993 erwähnt. Obschon eine HWS-Problematik unter dem Aspekt, dass der Beschwerdeführer den Kopf stark angeschlagen hat, denkbar wäre, kann die Frage offen gelassen werden (vgl. E. 2.4).
2.4 Auf Grund der klinischen Untersuchung von Dr. med. L._, Facharzt FMH für Neurologie (Gutachten vom 16. Mai 2003), ist höchstens ein leichtgradiges Zervikalsyndrom nachweisbar. Deutlich hingegen seien die neuroradiologischen Veränderungen im Bereich der HWS, wobei die Problematik des linken Arms ursächlich unklar sei. Die Nackenproblematik sei sicherlich unfallfremd, da auf degenerative Faktoren zurückzuführen, zumal sie unmittelbar posttraumatisch nicht vorhanden gewesen seien. Bezüglich des thorakalen Schmerzsyndroms sei die Ursache unklar, wobei sich der klinische Befund auf druckdolente Dornfortsätze beschränke und die Beweglichkeit der BWS nicht eingeschränkt sei. Die thorakal linkskonvexe Torsionsskoliose sei ebenfalls eher unfallfremd, da der Beschwerdeführer bereits seit 13 Jahren im linken Schuh eine Einlage trage. Auf Grund der divergierenden subjektiv beklagten Schmerzen und den objektivierbaren Befunden schliesst Dr. med. L._ psychische Komponenten nicht aus. Zusammenfassend geht der Neurologe bei der Wirbelsäulenaffektion von degenerativen Veränderungen aus und schliesst eine Unfallkausalität aus. Die weiteren Beschwerden seien ohne organisches Korrelat, weshalb kein unfallbedingter Befund vorliege.
Anlässlich der Beantwortung von Zusatzfragen hält Dr. med. L._ im Schreiben vom 9. Oktober 2003 fest, dass die zwischenzeitlich eingetretene Arbeitsunfähigkeit aus somatischer Sicht nicht auf das Unfallereignis vom 7. Februar 1993 zurückzuführen sei. Sie würde offensichtlich auf psychiatrischen Faktoren basieren. Dem Bericht des Dr. med. H._, Oberarzt, und der Frau Dr. med. E._, Assistenzärztin, der Rehaklinik Y._ vom 10. Februar 2004 ist nach einem stationären Aufenthalt vom 25. November bis 23. Dezember 2003 zu entnehmen, der Beschwerdeführer leide unter einem progredienten zervikozephalen Syndrom, einer vegetativen Dysregulation und an neuropsychologischen Funktionsstörungen. Eine mögliche Unfallkausalität wurde nicht erwähnt, jedoch gehen die Ärzte mittelfristig von einer uneingeschränkten Arbeitsfähigkeit aus.
In der neurologischen Beurteilung vom 26. Juli 2005 fasst Frau Dr. med. W._, Fachärztin für Neurologie, SUVA, die Beschwerden und Befunde des Beschwerdeführers überzeugend zusammen: Der enge Spinalkanal sei eine Anlagestörung, wobei in den zehn Jahren nach dem Unfall weder objektivierbare Störungen noch manifeste Ausfälle festgestellt worden seien. Bei den vorliegend normalen Resultaten könne eine zervikale Myelopathie ausgeschlossen werden. Anlässlich des stationären Aufenthalts in der Rehaklinik Y._ seien erstmals neuropsychologische Ausfälle aufgetreten, wobei diese weder als Unfallfolgen noch als Rückfall in Frage kämen. Schliesslich ist dem MEDAS-Gutachten vom 4. Dezember 2006 zu entnehmen, der Beschwerdeführer klage über multiple und wechselnde körperliche Symptome, die durch keine diagnostizierbar körperliche Krankheit erklärt werden könnten. Die ständige Beschäftigung mit den Symptomen führe zu einem andauernden Leiden und schliesslich zu einer Einschränkung in der alltäglichen Lebensführung des Patienten. Insgesamt sei die Ätiologie der Leistungseinschränkung unklar, wobei das Unfallereignis als Ursache unwahrscheinlich sei.
3. Der rechtserhebliche Sachverhalt wurde durch die Vorinstanz richtig und vollständig festgestellt. Unter Berücksichtigung sämtlicher für die Beurteilung massgebenden Faktoren kann der natürliche Kausalzusammenhang zwischen den vorhandenen Beschwerden und dem erlittenen Unfall nicht als mehr denn eine blosse Möglichkeit erscheinen, was für die Begründung der Leistungspflicht der Unfallversicherung nicht genügt (Urteil vom 8. Juni 2006 [U 147/05]). Eine unfallbedingte Verschlechterung des Gesundheitszustandes ist nicht mit dem erforderlichen Beweisgrad nachgewiesen. Der Unfall stellt weder die natürliche Ursache des Gesundheitsschadens dar, noch liegt ein die Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin begründender Rückfall vor, weshalb die vorinstanzlich bestätigte Leistungseinstellung auf den 5. Mai 2003 zu Recht erfolgte.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Februar 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Heine