Sachverhalt:
A. A.Y._ und B.Y._ (Mutter und Tochter) verstarben am 24. Juni 2010 in den Räumlichkeiten des Vereins X._. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland ging von einem durch Mitarbeitende von X._ begleiteten gemeinsamen Freitod aus. Vor ihrem Freitod überwiesen die beiden Frauen gemäss hinterlassenen schriftlichen Aufzeichnungen einen "Sondermitgliedsbeitrag" an X._. Die Staatsanwaltschaft eröffnete in der Folge eine Untersuchung zur Abklärung der aussergewöhnlichen Todesfälle.
Im Rahmen dieses Verfahrens erhob X._ zwei Beschwerden gegen Untersuchungshandlungen der Staatsanwaltschaft. Das Bundesgericht trat mit Urteil vom 8. Februar 2011 (Verfahren 1B_354/2010) auf die erste, gegen eine Editionsaufforderung gerichtete Beschwerde nicht ein. Die zweite Beschwerde gegen die Entsiegelung der in der Zwischenzeit sichergestellten Unterlagen wies es mit Urteil vom 17. November 2011 (Verfahren 1B_516/2011) ab, soweit es darauf eintrat.
Nachdem X._ im Beschwerdeverfahren insbesondere einen hinreichenden Tatverdacht für die Anordnung von Zwangsmassnahmen bestritten hatte, nahm das Bundesgericht im Urteil vom 17. November 2011 dazu ausführlich Stellung. Es gelangte zum Schluss, dass auf der Grundlage der zum damaligen Zeitpunkt bekannten Tatsachen konkrete Anhaltspunkte dafür bestehen, dass im Zusammenhang mit dem Freitod von A.Y._ und B.Y._ "mehr als der gemäss den Statuten des Beschwerdeführers geschuldete Betrag überwiesen worden ist". Dies genüge, "um einen hinreichenden Tatverdacht bezüglich des Tatbestands von <ref-law> zu bejahen" (Urteil 1B_516/2011 vom 17. November 2011 E. 2.4).
B. A._ ist Journalist beim B._ und verfasste einen Artikel über die Sterbehilfeorganisation X._, der in der Ausgabe vom 22. Februar 2011 erschienen ist. Unter dem Titel "Lässt C._ aus 'selbstsüchtigen Motiven' sterben?" berichtete er über die von der Staatsanwaltschaft See/Oberland eröffnete Strafuntersuchung wegen des Verdachts auf strafbare Verleitung und Beihilfe zum Selbstmord (<ref-law>).
C. Der Verein X._ stellte Strafantrag wegen übler Nachrede. Er wirft A._ vor, er habe mit seinen Ausführungen die Beschuldigung eines unehrenhaften Verhaltens weiterverbreitet. Der Tatvorwurf bezieht sich insbesondere auf folgende Textstellen:
"X._ unter Verdacht. Die Sterbehilfeorganisation X._ wird verdächtigt, aus selbstsüchtigen Beweggründen Beihilfe zu einem Doppelsuizid geleistet zu haben. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland hat ein Strafverfahren eröffnet und den Verein aufgefordert, entsprechende Belege einzureichen" (B._ 22.02.2011, Seite 1).
"Sie steht im Verdacht, aus selbstsüchtigen Motiven Sterbehilfe zu leisten. ... Es bestehe ein Anfangsverdacht, dass die Beihilfe aus selbstsüchtigen Beweggründen erfolgt sei. ... Verschiedene Zürcher Kantonsräte vermuten schon seit Längerem, dass die Suizidbegleitung von X._ nicht uneigennützig erfolgt" (B._ 22.02.2011, Seite 15).
D. Das Bezirksgericht Zürich sprach A._ am 2. April 2012 von der Anklage der üblen Nachrede frei. Der Verein X._ erhob Berufung, und das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte mit Urteil vom 27. November 2012 den Freispruch.
E. Der Verein X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, A._ sei der üblen Nachrede schuldig zu erklären und dafür angemessen zu bestrafen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zusätzlich stellt X._ den Antrag, das Urteil sei nach abgeschlossenem Beschwerdeverfahren der Verwaltungskommission des Bundesgerichts zur Überprüfung der Praxis bezüglich der Veröffentlichung von Entscheiden im strafprozessualen Vorverfahren zuzustellen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil (<ref-law>). Er verlangte die Verfolgung und Bestrafung des Beschwerdegegners und machte adhäsionsweise einen Zivilanspruch (Genugtuungsforderung) geltend. Der angefochtene Freispruch kann sich auf die Beurteilung seines Zivilanspruchs auswirken (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Der Beschwerdeführer ist damit zur Beschwerde legitimiert (vgl. Urteil 6B_28/2012 E. 1).
1.2 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesstrafgerichts (<ref-law>). Anfechtungsobjekt bildet der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich. Soweit der Beschwerdeführer sich gegen die Veröffentlichung der ihn betreffenden Entscheide des Bundesgerichts in einem anderen Verfahren wendet (Beschwerde, S. 8-12), kann darauf nicht eingetreten werden. Es ist ihm freigestellt, sich mit seinen diesbezüglichen Anliegen an die dafür zuständigen Instanzen des Bundesgerichts zu wenden.
2. 2.1 Die Vorinstanz erachtet den objektiven und subjektiven Tatbestand der üblen Nachrede ohne weitere Begründung als erfüllt. Es stehe "ausser Frage, dass der Verdacht, ein Verbrechen begangen zu haben, auch für eine juristische Person strafbar ist". Der Wahrheitsbeweis für den Verdacht einer strafbaren Handlung könne nur durch eine entsprechende Verurteilung erbracht werden, und der Gutglaubensbeweis erfordere, dass die Aussage aus zureichenden Gründen für wahr gehalten werde, was bei einem blossen Verdacht von vornherein ausgeschlossen sei (Urteil, S. 4). Sie begründet den Freispruch mit dem "Rechtfertigungsgrund der legalen Weiterverbreitung ehrverletzender Behauptungen, Verdächtigungen oder Gerüchte", da der Beschwerdegegner wahrheitsgetreu über öffentlich interessierende Vorgänge berichtet habe.
2.2 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den von der Vorinstanz zur Anwendung gebrachten Rechtfertigungsgrund. Soweit er sich weitschweifig mit der Person und dem wissenschaftlichen Ruf eines von der Vorinstanz zitierten Autors auseinandersetzt (Beschwerde, S. 14-22), sind seine Ausführungen unbeachtlich. Für die Rechtsanwendung massgebend ist die Überzeugungskraft der vorgebrachten Argumente und nicht die Person oder der Ruf eines Wissenschaftlers.
Der Beschwerdeführer wirft dem Beschwerdegegner vor, er habe keine ernsthaften Gründe für den von ihm verbreiteten Verdacht gehabt, die Orientierung der Öffentlichkeit über den "theoretischen Anfangsverdacht seitens der Staatsanwaltschaft" sei nicht notwendig gewesen, die Äusserungen seien nicht angemessen, sondern reisserisch gewesen und hätten keinen berechtigten Zweck verfolgt.
2.3 Wer jemanden bei einem andern eines unehrenhaften Verhaltens oder anderer Tatsachen, die geeignet sind, seinen Ruf zu schädigen, beschuldigt oder verdächtigt, wer eine solche Beschuldigung oder Verdächtigung weiterverbreitet, wird auf Antrag, wegen übler Nachrede mit Geldstrafe bis 180 Tagessätze bestraft (<ref-law>). Beweist der Beschuldigte, dass die von ihm vorgebrachte oder weiterverbreitete Äusserung der Wahrheit entspricht, oder dass er ernsthafte Gründe hatte, sie in guten Treuen für wahr zu halten, so ist er nicht strafbar (Ziff. 2). Der Beschuldigte wird zum Beweis nicht zugelassen und ist strafbar für Äusserungen, die ohne Wahrung öffentlicher Interessen oder sonst wie ohne begründete Veranlassung, vorwiegend in der Absicht vorgebracht oder verbreitet werden, jemandem Übles vorzuwerfen, insbesondere, wenn sich die Äusserungen auf das Privat- oder Familienleben beziehen (Ziff. 3).
2.4 Die Ehrverletzungstatbestände schützen nach ständiger Rechtsprechung den Ruf, ein ehrbarer Mensch zu sein, d.h. sich so zu benehmen, wie nach allgemeiner Anschauung ein charakterlich anständiger Mensch sich zu verhalten pflegt. Äusserungen, die sich lediglich eignen, jemanden in anderer Hinsicht, zum Beispiel als Geschäfts- oder Berufsmann, als Politiker oder Künstler in der gesellschaftlichen Geltung herabzusetzen, sind nicht ehrverletzend. Voraussetzung ist aber, dass die Kritik an den strafrechtlich nicht geschützten Seiten des Ansehens nicht zugleich die Geltung der Person als ehrbarer Mensch trifft (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2c; je mit Hinweisen; Urteil 6B_333/2008 vom 9. März 2009, E. 1.1 mit Hinweisen).
Welcher Sinn einer Äusserung zukommt, ist eine Rechtsfrage. Bei Äusserungen in Presseerzeugnissen ist auf den Eindruck des unbefangenen Durchschnittslesers mit durchschnittlichem Wissen und gesunder Urteilskraft abzustellen. Dabei ist die Äusserung in dem für den Leser erkennbaren Gesamtzusammenhang zu würdigen (<ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 2c; je mit Hinweisen). Gegenstand eines Strafverfahrens wegen übler Nachrede sind Tatsachenbehauptungen, nicht ein Gesamtbild, welches durch mehrere Tatsachenbehauptungen gezeichnet wird. Ein solches Gesamtbild kann aber für die Auslegung der einzelnen Äusserungen im Gesamtzusammenhang von Bedeutung sein (<ref-ruling> E. 3b zu Art. 23 i.V.m. <ref-law> betreffend unrichtige, irreführende oder unnötig verletzende Äusserungen).
Der Beschwerdegegner hatte im Zeitungsartikel vom 22. Februar 2011 berichtet, dass eine Strafuntersuchung gegen den Beschwerdeführer eingeleitet worden war und der Verdacht bestand, dass dieser aus selbstsüchtigen Motiven Sterbehilfe leiste. Er hat damit den Verdacht weiterverbreitet, Mitarbeitende des Beschwerdeführers könnten sich der strafbaren Verleitung und Beihilfe zum Selbstmord (<ref-law>) schuldig gemacht und damit ein Verbrechen begangen haben.
Der Vorwurf, jemand habe eine strafbare Handlung begangen, ist grundsätzlich ehrverletzend (<ref-ruling> E. 2 mit weiteren Hinweisen). Dies gilt auch, wenn der Vorwurf gegenüber einer juristischen Person erhoben wird (<ref-ruling> E. 2a).
2.5 Den Tatbestand der üblen Nachrede im Sinne von <ref-law> erfüllen ehrverletzende Tatsachenbehauptungen über den Verletzten gegenüber Dritten. Ob die Tatsachenbehauptung wahr oder unwahr ist, betrifft nicht die Tatbestandsmässigkeit, sondern die Strafbarkeit (siehe <ref-law>). Der Wahrheitsbeweis ist erbracht, wenn die Tatsachenbehauptung, soweit sie ehrverletzend ist, in ihren wesentlichen Zügen der Wahrheit entspricht. Verhältnismässig unbedeutende Übertreibungen und Ungenauigkeiten sind unerheblich (BGE 71 IV 187 E. 2; Urteil 6B_333/2008 vom 9. März 2009 E. 1.3).
Die verfassungsrechtlich gewährleistete Medienfreiheit (<ref-law>) verleiht den Medienschaffenden keine Immunität gegen Strafverfolgung wegen Ehrverletzung. Im Sinne einer grundrechtskonformen Auslegung ist aber der besonderen Situation und der Aufgabe der Medien Rechnung zu tragen (BGE 132 IV 160, 163).
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum zivilrechtlichen Persönlichkeitsschutz ist eine Tatsachenbehauptung in der Presse nur unwahr und persönlichkeitsverletzend, wenn sie in wesentlichen Punkten nicht zutrifft und die betroffene Person dergestalt in einem falschen Licht zeigt beziehungsweise ein spürbar verfälschtes Bild von ihr zeichnet, das sie im Ansehen der Mitmenschen - verglichen mit dem tatsächlich gegebenen Sachverhalt - empfindlich herabsetzt (<ref-ruling> E. 4b/aa mit Hinweisen; ebenso, zum unlauteren Wettbewerb im Sinne von <ref-law>, <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Entsprechendes muss konsequenterweise auch für den strafrechtlichen Ehrenschutz gelten (Urteil 6B_333/2008 vom 9. März 2009 E. 1.3).
2.6 Der Wahrheitsbeweis bei einem Vorwurf strafbaren Verhaltens kann - von Ausnahmen abgesehen - grundsätzlich nur mit einer Verurteilung erbracht werden (vgl. <ref-ruling>, E. 4.2). Soweit aber über ein hängiges Strafverfahren wegen des Verdachts auf eine strafbare Handlung berichtet wird, muss es für die Erbringung des Wahrheitsbeweises genügen, dass ein Vorverfahren eröffnet wurde. Voraussetzung für die Eröffnung einer Strafuntersuchung durch die Staatsanwaltschaft bildet ein hinreichender Tatverdacht (<ref-law>), sodass damit jedenfalls ein Nachweis, wenn auch nicht für die Straftat als solche, so aber doch für den entsprechenden Tatverdacht, erbracht ist.
2.7 Bei Berichterstattungen über hängige Strafverfahren ist dem Grundgedanken der Unschuldsvermutung Rechnung zu tragen. Bei der Schilderung einer nicht rechtskräftig beurteilten Straftat kann nur eine Formulierung zulässig sein, die hinreichend deutlich macht, dass es sich einstweilen nur um einen Verdacht handelt und die Entscheidung des zuständigen Strafgerichts noch offen ist (<ref-ruling> E. 5a).
Der Beschwerdegegner hat wahrheitsgemäss darüber berichtet, dass die Staatsanwaltschaft See/Oberland eine Strafuntersuchung eröffnet hat und die Beschwerdeführerin im Verdacht steht, aus selbstsüchtigen Beweggründen Beihilfe zu einem Doppelsuizid geleistet zu haben. Die Eröffnung einer Strafuntersuchung wegen Verleitung und Beihilfe zum Selbstmord (<ref-law>) ist unbestritten, und der Verdacht auf "selbstsüchtige Beweggründe" bildete unerlässliche Voraussetzung für die Einleitung des Strafverfahrens, da es sich dabei um ein gesetzliches Tatbestandsmerkmal handelt.
Nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz bestand ein öffentliches Interesse an der Berichterstattung. Der Beschwerdeführer ist eine national bekannte Sterbehilfeorganisation. Diese ist regelmässig in den Medien präsent und bietet ihre Dienstleistungen einem breiten Publikum an. Ihr Betätigungsfeld ist in der Öffentlichkeit nicht unumstritten und war verschiedentlich Gegenstand kontrovers geführter Diskussionen. Der Zeitungsartikel erschien zwei Monate vor der Abstimmung über eine Volksinitiative, die den "Sterbetourismus" in den Kanton Zürich verbieten wolle. Vier Monate zuvor hatte der Regierungsrat nach den für das Bundesgericht massgebenden Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) bekannt gegeben, dass sämtliche Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer mangels rechtsgenügenden Verdachts eingestellt wurden, was offenbar nicht dem aktuellen Stand der Erkenntnisse entsprach. Im Zeitungsartikel wird mehrmals darauf hingewiesen, dass es sich einstweilen nur um einen Verdacht handelt, der weiterer Abklärungen durch die Staatsanwaltschaft bedarf.
Die Berichterstattung verfolgte somit nicht nur einen berechtigten Zweck, sondern erfolgte auch aus gegebenem Anlass. Er war in Inhalt und Form angemessen.
3. Die gegen den Freispruch des Beschwerdegegners gerichtete Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Mai 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Keller