Sachverhalt:
A.
Der 1967 geborene P._ war seit 1. April 2004 Vorarbeiter bei der Firma A._ AG. Am 23. Mai 2006 wurde er von einem rückwärts parkierenden Auto angefahren und stürzte zu Boden. Der erstbehandelnde Arzt diagnostizierte am 2. Juni 2006 eine Kontusion von Rücken und Kopf sowie Schürfungen am rechten Ellbogen und an beiden Händen. Am 24. Dezember 2007 meldete sich der Versicherte bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an. Diese zog diverse Arztberichte, die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) als obligatorischem Unfallversicherer und ein vom Versicherten in Auftrag gegebenes Gutachten des Dr. med. Z._, Neurologie, Physikal. Medizin und Rehabilitation FMH, vom 17. Februar 2009 bei. Weiter holte die IV-Stelle einen ergänzenden Bericht des Dr. med. Z._ zu diesem Gutachten vom 11. November 2009 (recte 2010) und ein interdisziplinäres Gutachten des Institutes X._ vom 5. Januar 2012 ein. Mit Verfügung vom 21. Juni 2012 verneinte sie einen Rentenanspruch.
B.
Hiegegen erhob der Versicherte beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde. Er legte unter anderem eine Stellungnahme des Dr. med. Z._ vom 13. Juli 2012 zum Gutachten des Institutes X._ vom 5. Januar 2012 auf. Die Vorinstanz führte am 14. November 2012 eine öffentliche Hauptverhandlung durch. Mit Entscheid vom 14. November 2012 wies sie die Beschwerde ab.
C.
Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihm ab 1. Mai 2007 eine Invalidenrente auszurichten; eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, subeventuell an die IV-Stelle zurückzuweisen. Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Trotzdem prüft es - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen sowie die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> und der Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Akten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Die aufgrund der Letzteren gerichtlich festgestellte Gesundheitssituation bzw. Arbeitsfähigkeit und die konkrete Beweiswürdigung sind Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397; nicht publ. E. 4.1 des Urteils <ref-ruling>, veröffentlicht in: SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164 [9C_204/2009]).
2.
Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass sich der Sachverhalt teilweise vor dem Inkrafttreten der 5. IV-Revision am 1. Januar 2008 verwirklicht hat, weshalb bis 31. Dezember 2007 auf die damals geltenden Bestimmungen und ab 1. Januar 2008 auf die neuen Normen der 5. IV-Revision abzustellen ist (<ref-ruling>). Dies ist jedoch ohne Belang, weil diese Revision keine substanziellen Änderungen bei der Invaliditätsbemessung gebracht hat (Urteil 8C_639/2011 vom 5. Januar 2012 E. 2). Weiter hat die Vorinstanz die Grundlagen über die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Invalidität (<ref-law>; <ref-law>), den Untersuchungsgrundsatz (<ref-law>) und den Beweiswert von Arztberichten (E. 1 hievor) richtig dargelegt. Gleiches gilt betreffend die Rechtsprechung zur Invalidität bei somatoformen Schmerzstörungen bzw. pathogenetisch-ätiologisch unklaren syndromalen Zuständen (<ref-ruling>, 136 V 279, 131 V 49, 130 V 352). Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Dr. med. Z._ diagnostizierte im Gutachten vom 17. Februar 2009 beim Versicherten einen Status nach Sturzverletzung als Fussgänger nach Kollision mit PW am 23. Mai 2006 mit Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS); persistierenden ausgeprägten wechselhaften zervikozephalen Schmerzen; durchgemachter MTBI (leichte traumatische Hirnverletzung) mit weiterhin Gedächtnis- und Konzentrationsstörungen sowie deutlichen Gleichgewichtsstörungen und leichter Beeinträchtigung des Bewegungssehens als fokale neurologische Funktionsstörungen; rezidivierender vegetativer reaktiver Symptomatik bei Überlastung mit Reflux-Problematik und Hautausschlägen. Als Vorarbeiter schätze er die Arbeitsunfähigkeit auf 60 %. Ohne Vorarbeiterfunktion schätze er die Arbeitsunfähigkeit auf 50 %, ebenso in anderen vergleichbaren Tätigkeiten. In den - ohne weitere persönliche Untersuchung des Versicherten erstellten - Berichten vom 11. November 2010 und 13. Juli 2012 hielt Dr. med. Z._ an der MTBI-Diagnose fest.
3.2. Im interdisziplinären (internistischen/allgemeinmedizinischen, psychiatrischen und neurologischen) Gutachten des Institutes X._ vom 5. Januar 2012 wurden keine Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt. Diagnosen ohne Einfluss auf diese seien 1. Leichtes zervikales und panvertebrales Schmerzsyndrom (ICD-10 M53.80, M74.82); 2. Status nach möglicher milder traumatischer Hirnverletzung nach Sturz infolge stumpfem Wirbelsäulentrauma am 23. Mai 2006; 3. Beginnende Coxarthrose beidseits (ICD-10 M16.9); 4. Fortgesetzter Nikotinkonsum, schädlicher Gebrauch (ICD-10 F17.1); 5. Leicht erhöhte Entzündungszeichen unklarer Ätiologie (CRP und BSR leicht erhöht). Dr. med. Z._ habe eine MTBI auf Grundlage der vom Versicherten geschilderten Amnesie für das Sturzereignis diagnostiziert. Es handle sich dabei um eine unspezifische anamnestische Angabe, indem oftmals Personen keine sicheren Angaben zum unmittelbaren Unfallhergang machen könnten (Schrecksekunde). Im Weiteren bestehe der Widerspruch, dass der Versicherte einen Tag nach dem Unfall recht detaillierte Angaben gemacht und gegenüber dem erstbehandelnden Arzt eine Amnesie nicht erwähnt habe. Hinter die MTBI-Diagnose müsse somit ein Fragezeichen gesetzt werden. Selbst unter deren Zulassung wäre lediglich eine Kategorie I vorliegend. Beim Versicherten bestehe für seine angestammte Tätigkeit wie auch für jegliche Verweisungstätigkeiten eine uneingeschränkte Arbeits- und Leistungsfähigkeit. Aufgrund der anamnestischen Angaben, der Untersuchungsbefunde, der vorliegenden Dokumente sowie der früher attestierten Arbeitsunfähigkeiten sei davon auszugehen, dass die aktuell attestierte volle Arbeitsfähigkeit mit Sicherheit ab Gutachtenszeitpunkt gelte. Eine retrospektive Einschränkung der Arbeitsfähigkeit sei aufgrund der vorliegenden Dokumentation und der anamnestischen Angaben des Versicherten nicht sicher zuordenbar. Aus somatischer Sicht scheine er seit der orthopädischen Wirbelsäulenuntersuchung am 8. September 2006 wieder voll arbeitsfähig gewesen zu sein. Aus psychiatrischer Sicht sei er nie relevant in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt gewesen.
4.
4.1. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, die in den medizinischen Akten angegebenen Arbeitsunfähigkeiten des Versicherten basierten auf einem pathogenetisch-ätiologisch unklaren syndromalen Beschwerdebild. Dies sei invalidenversicherungsrechtlich nicht relevant, weil die sog. "Foerster-Kriterien" (hierzu vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 67 f.) nicht erfüllt seien. Diesem Ergebnis ist beizupflichten. Festzuhalten ist Folgendes.
4.2. Der Versicherte beruft sich auf die Einschätzung des Dr. med. Z._ (E. 3.1 hievor) und macht im Wesentlichen geltend, er sei wegen einer natürlich und adäquat kausal auf den Unfall vom 23. Mai 2006 zurückzuführenden MTBI in der Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit eingeschränkt. Die zentralen Diagnose-Kriterien - Amnesie, Gedächtnislücke, Konfusion - seien erstellt. Dr. med. Z._ habe eine intrakranielle Läsion bzw. den messbaren Defektzustand in Form neurologischer Ausfälle bejaht. Er habe einen pathologischen verschärften Romberg-Versuch - einfacher Romberg etwas über der Norm schwankend, verschärfter Romberg stark schwankend mit Falltendenz - beschrieben. Die von ihm objektivierten Sehstörungen - Probleme beim sog. Bewegungssehen - seien auch im Bericht des Dr. med. H._, Facharzt FMH für Neurologie, vom 5. Februar 2008 erwähnt. Für die MTBI sprächen auch die von Dr. med. Z._ festgestellte anamnestisch bestehende massive Vergesslichkeit über mehrere Wochen mit Konzentrationsstörungen. Entgegen dem Gutachten des Institutes X._ vom 5. Januar 2012 habe der Versicherte nicht behauptet, an einer Anosmie zu leiden; er könne lediglich viele Gerüche nicht erkennen. Dieses Gutachten leide insgesamt an schwerwiegenden Mängeln und könne nicht verwertet werden.
5.
5.1. Die MTBI ist ein durch Kontaktkräfte (Kopfanprall, Schlag auf Kopf) oder Akzeleration bzw. Dezeleration bedingtes kraniales Trauma, das zu einer Unterbrechung der zerebralen Funktionen führt. Die Diagnose setzt entweder eine Episode von Bewusstlosigkeit oder einen Gedächtnisverlust für Ereignisse unmittelbar vor oder nach dem Unfall oder eine Bewusstseinsstörung (z.B. Benommenheitsgefühl, Desorientierung) im Zeitpunkt der Verletzung voraus. Anderseits darf die Störung nicht mit einer Bewusstlosigkeit von mehr als 30 Minuten, einem Wert nach der Glasgow Coma Scale (GCS) von 13 bis 15 nach 30 Minuten oder einer posttraumatischen Amnesie von mehr als 24 Stunden verbunden sein. Die MTBI-Diagnose erfolgt aufgrund bestimmter Symptome nach kranialen Traumen und bedeutet nicht schon, dass eine objektiv nachweisbare Funktionsstörung vorliegt (Urteile 8C_487/2012 vom 23. Juli 2012 E. 3.3 und 8C_902/2010 vom 6. April 2011 E. 6.1.3).
5.2. Die Vorinstanz liess offen, ob der Versicherte beim Unfall vom 23. Mai 2006 eine MTBI erlitten hat. Hierzu ist festzuhalten, dass die Voraussetzungen für die Bejahung einer MTBI echtzeitlich nicht erstellt sind. Der Versicherte erwähnte in seinen Unfallbeschreibungen vom 24. Mai und 18. Juli 2006 weder eine Bewusstlosigkeit noch eine Gedächtnislücke noch eine Bewusstseinsstörung. Am 24. Mai 2006 legte er vielmehr dar, nach dem Sturz sei er aufgestanden und habe kurz mit dem Lehrling gesprochen und habe den Unfall anschliessend der Arbeitgeberin gemeldet. Zuerst habe er sich soweit in Ordnung gefühlt und sei seiner organisatorischen Tätigkeit nachgegangen. Der erstbehandelnde Arzt Dr. med. S._, Allgemeine Innere Medizin FMH, der ihn rund drei Stunden nach dem Unfall untersuchte, verneinte eine Amnesie (Bericht vom 2. Juni 2006). Dr. med. U._, Allgemeine Medizin FMH/Manuelle Medizin SAMM, verneinte im HWS-Dokumentationsbogen vom 24. Mai 2006 eine Bewusstlosigkeit, eine Gedächtnislücke, Schwindel, Übelkeit und Erbrechen. Eine MTBI wurde erstmals im Gutachten des Dr. med. Z._ vom 17. Februar 2009 diagnostiziert. In diesem Lichte ist eine MTBI nicht mit dem erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 6 S. 221) erstellt.
Aus dem Bericht des Dr. med. H._ vom 5. Februar 2008, wonach der Versicherte "ab und zu Sehstörungen, wie verschwommen sehen" beklagt habe, kann nicht auf eine unfallbedingte MTBI geschlossen werden. An diesem Ergebnis ändert nichts, dass Dr. med. Z._ im Rahmen der Begutachtung am 5. November 2008 bei einem quantitativen Test (Motor board) eine leicht schlechtere Fingerfeinmotorik auf der dominanten rechten Seite und beim verschärften Romberg-Test (Stehen mit Füssen voreinander, Augen zu) eine leichte, wahrscheinlich zentrale Gleichgewichtsstörung feststellte. Gleiches gilt betreffend die von ihm beschriebene massive Vergesslichkeit des Versicherten über mehrere Wochen mit Konzentrationsstörungen, leichte Hyposmie (der Versicherte habe Tee nicht wahrgenommen, Kaffee erst im dritten Anlauf) und Pathologie beim sog. Bewegungssehen (das Verfolgen eines in ca. 2 m Distanz langsam rhythmisch bewegten Lichtpunktes [horizontal oder vertikal] habe beim Versicherten Missempfindungen verursacht). Vielmehr ist zu beachten, dass Dr. med. Z._ am 17. Februar 2009 selber einräumte, die MRI-Untersuchung des Gehirns im Juni 2006 habe keine zerebralen Läsionen nachweisen können; soweit er ausführte, neuere spezielle Techniken, die traumatische Läsionen eher darstellen liessen, seien dabei nicht angewendet worden, kann der Versicherte daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn abgesehen davon, dass Dr. med. Z._ keine andere Technik vorschlug, führte er in der Stellungnahme vom 13. Juli 2012 aus, MTBI hinterliessen leider in der Bildgebung meistens keine Spuren.
Im Gutachten vom 17. Februar 2009 legte Dr. med. Z._ weiter dar, in den ersten medizinischen Akten, namentlich im "HWS-Fragebogen" des Hausarztes, sei eine durchgemachte Erinnerungslücke verneint worden; es sei aber heute von einer grösseren amerikanischen Studie her bekannt, dass selbst in Notfallstationen in der Mehrheit der Fälle einer traumatischen Hirnverletzung eine durchgemachte Amnesie nicht festgestellt und damit fälschlicherweise in Abrede gestellt werde. In der Stellungnahme vom 13. Juli 2012 argumentierte er, oft werde vom Patienten die amnestische Episode im Verlauf durch Erzählungen des Geschehens durch Dritte gefüllt und dann bei der flüchtigen Anamneseerhebung fälschlicherweise eine "fehlende anamnestische Lücke" festgehalten, auch durch Mediziner; dies sei auch beim Beschwerdeführer beim Ausfüllen des sogenannten Erhebungsbogens geschehen. Dieser Argumentation des Dr. med. Z._ kann im vorliegenden Fall aufgrund der Aktenlage nicht gefolgt werden.
6.
Der Versicherte macht geltend, es liege eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und der Begründungspflicht vor, weil die Vorinstanz nicht berücksichtigt habe, dass seine Hände beim Unfall an der Rückseite statt an der Vorderseite aufgeschürft worden seien. Er habe Schürfungen und Prellungen an beiden Vorderarmen dorsal, am rechten Ellbogen auf der Aussenseite und der linken Wange aufgewiesen. Wäre er beim Sturz bei Bewusstsein gewesen, hätte er sich nicht die Rückseite der Hände und die entsprechenden Seiten der Unterarme, sondern die Vorderseite der Hände aufgeschürft, da davon auszugehen sei, dass er den Sturz reflexartig zumindest teilweise hätte auffangen wollen. Damit sei der infolge einer Amnesie unkontrollierte Sturz bewiesen.
Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88). Diesen Anforderungen genügt der angefochtene Entscheid. Die vom Versicherten angegebenen Schürfungen und Prellungen an den oberen Extremitäten sind irrelevant hinsichtlich der Frage, ob eine unfallbedingte organisch objektiv ausgewiesene Hirnschädigung vorliegt. Diesbezüglich ist somit von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz oder die IV-Stelle abzusehen, zumal von weiteren medizinischen Abklärungen keine entscheidrelevanten neuen Erkenntnisse zu erwarten sind (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148).
7.
7.1. Wenn im Gutachten des Institutes X._ vom 5. Januar 2012 ausgeführt wurde, der Versicherte sei nach dem Unfall vom 23. Mai 2006 bis 7. September 2006 aus somatischer Sicht arbeitsunfähig gewesen (E. 3.2 in fine hievor), kann er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn damit hat er die für den Rentenanspruch vorausgesetzte einjährige Wartezeit nicht erfüllt (<ref-law> in der bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung; <ref-ruling> E. 6b/cc S. 274).
7.2. Unbestritten und aufgrund der Akten nicht zu beanstanden ist die vorinstanzliche Feststellung, dass eine invalidisierende Wirkung der pathogenetisch-ätiologisch unklaren syndromalen Gesundheitsschädigung des Versicherten zu verneinen ist (E. 4.1 hievor).
8.
Der unterliegende Versicherte trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Mai 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Jancar