Sachverhalt:
A. Die 1950 geborene R._ stellte nach einer ersten Anmeldung im Oktober 1999 am 25. März 2004 erneut ein Gesuch zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung. Nach Einholung der Arztberichte, Erstellung eines Haushaltsabklärungsberichts sowie einer Begutachtung in der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) verneinte die IV-Stelle des Kantons Thurgau mit Verfügung vom 5. Januar 2006 den Anspruch auf eine Invalidenrente im Wesentlichen mit der Begründung, die Versicherte würde ohne Gesundheitsschaden weiterhin zu 50 % ihrer Tätigkeit als Telefonistin nachgehen und zu 50 % im Haushalt tätig sein. Während sie im erwerblichen Bereich keine Einbusse erleide, betrage die Einschränkung im Haushalt 32 %, was insgesamt einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 16 % ergebe. An ihrem Standpunkt hielt die IV-Stelle mit Einspracheentscheid vom 14. Januar 2008 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher R._ die Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zur Neubeurteilung beantragen liess, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 25. Juni 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt R._ beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Gerichtsentscheides sei die Streitsache in der Hauptsache an die IV-Stelle, eventualiter an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsdarstellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene kantonale Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte verletzt (Art. 95 lit. a-c BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hingegen hat unter der Herrschaft des BGG eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheids in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben, ausser wenn sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung richtet (<ref-law>).
2. Die Vorinstanz hat erwogen, der Anspruch auf eine Haushalthilfe sei nicht Gegenstand des streitigen Einspracheentscheides und könne mithin nicht Streitgegenstand des Beschwerdeverfahrens sein. Sie ist deshalb auf das diesbezügliche Rechtsbegehren nicht eingetreten. Die Versicherte setzt sich letztinstanzlich mit diesem Nichteintretensentscheid nicht auseinander, weshalb insofern auf die Beschwerde mangels sachbezogener Begründung nicht einzutreten ist, als damit die Kostengutsprache für eine Haushalthilfe beantragt wird (<ref-ruling>; Urteil 8C_684/2008 vom 5. Januar 2009, E. 2).
3. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung hat.
3.1 Am 1. Januar 2008 sind die Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) und anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision, AS 2007 5129 ff.) in Kraft getreten. Bei der Prüfung eines allenfalls schon vorher entstandenen Anspruchs auf eine Rente der Invalidenversicherung sind die allgemeinen intertemporalrechtlichen Regeln heranzuziehen, wonach in zeitlicher Hinsicht diejenigen Rechtssätze massgebend sind, die bei Verwirklichung des zu Rechtsfolgen führenden Sachverhalts galten. Demzufolge ist der vorliegend zu beurteilende Rentenanspruch für die Zeit bis zum 31. Dezember 2007 auf Grund der bisherigen und ab diesem Zeitpunkt - bis zum Erlass des strittigen Einspracheentscheids vom 14. Januar 2008, welcher rechtsprechungsgemäss die zeitliche Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildet (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen) - nach den neuen Normen zu prüfen (<ref-ruling> E. 1 S. 446 f. [mit Hinweis u.a. auf <ref-ruling>]). Dies fällt materiellrechtlich indessen nicht ins Gewicht, weil die 5. IV-Revision hinsichtlich der Invaliditätsbemessung keine substanziellen Änderungen gegenüber der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Rechtslage gebracht hat, sodass die zur altrechtlichen Regelung ergangene Rechtsprechung weiterhin massgebend ist.
3.2 Im kantonalen Entscheid wurden die massgeblichen Bestimmungen, insbesondere zu den Begriffen der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law>), zum Umfang des Rentenanspruchs (aArt. 28 Abs. 1 IVG bzw. - seit 1. Januar 2008 - <ref-law>) sowie zur Neuanmeldung zum Rentenbezug (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Dasselbe gilt hinsichtlich der dazu ergangenen Rechtsprechung. Es betrifft dies nebst den Anforderungen an beweiskräftige medizinische Grundlagen (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) in erster Linie auch die Frage, unter welchen Umständen ein psychisches Leiden als invaliditätsbegründend angesehen werden kann (<ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling> und 396).
3.3 Gemäss Rechtsprechung setzt die Annahme einer invalidisierenden psychischen Gesundheitsstörung, namentlich auch einer somatoformen Schmerzstörung oder Fibromyalgie, zunächst eine fachärztlich (psychiatrisch) gestellte Diagnose nach einem wissenschaftlich anerkannten Klassifikationssystem voraus. Wie jede andere psychische Beeinträchtigung begründet indes auch eine diagnostizierte anhaltende somatoforme Schmerzstörung als solche noch keine Invalidität. Vielmehr besteht eine Vermutung, dass die somatoforme Schmerzstörung oder ihre Folgen mit einer zumutbaren Willensanstrengung überwindbar sind. Bestimmte Umstände, welche die Schmerzbewältigung intensiv und konstant behindern, können den Wiedereinstieg in den Arbeitsprozess unzumutbar machen, weil die versicherte Person alsdann nicht über die für den Umgang mit den Schmerzen notwendigen Ressourcen verfügt. Ob ein solcher Ausnahmefall vorliegt, entscheidet sich im Einzelfall anhand verschiedener Kriterien. Im Vordergrund steht die Feststellung einer psychischen Komorbidität von erheblicher Schwere, Ausprägung und Dauer. Massgebend sein können auch weitere Faktoren, so: chronische körperliche Begleiterkrankungen; ein mehrjähriger, chronifizierter Krankheitsverlauf mit unveränderter oder progredienter Symptomatik ohne längerdauernde Rückbildung; ein sozialer Rückzug in allen Belangen des Lebens; ein verfestigter, therapeutisch nicht mehr beeinflussbarer innerseelischer Verlauf einer an sich missglückten, psychisch aber entlastenden Konfliktbewältigung (primärer Krankheitsgewinn; "Flucht in die Krankheit"); das Scheitern einer konsequent durchgeführten ambulanten oder stationären Behandlung (auch mit unterschiedlichem therapeutischem Ansatz) trotz kooperativer Haltung der versicherten Person. Je mehr dieser Kriterien zutreffen und je ausgeprägter sich die entsprechenden Befunde darstellen, desto eher sind - ausnahmsweise - die Voraussetzungen für eine zumutbare Willensanstrengung zu verneinen (BGE <ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f. mit Hinweisen; vgl. auch den am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen <ref-law>). Diese Grundsätze gelten auch für die zum gleichem Symptomenkomplex gehörenden Somatisierungsstörungen (vgl. Urteil I 70/07 vom 14. April 2008 E. 5).
3.4 Bei der Beurteilung der Frage, ob eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung - oder ein sonstiger vergleichbarer pathogenetisch (ätiologisch) unklarer syndromaler Zustand (<ref-ruling> E. 3.2 S. 399) - mit invalidisierender Wirkung vorliegt, gilt kognitionsrechtlich (vgl. E. 1. hievor) folgende Abgrenzung: Zu den vom Bundesgericht nur eingeschränkt überprüfbaren Tatsachenfeststellungen zählt zunächst, ob überhaupt eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (oder ähnlich) vorliegt und - bejahendenfalls - ob eine psychische Komorbidität oder weitere Umstände gegeben sind, welche die Schmerzbewältigung behindern. Als Rechtsfrage frei überprüfbar ist, ob eine festgestellte psychische Komorbidität hinreichend erheblich ist und ob einzelne oder mehrere der festgestellten weiteren Kriterien in genügender Intensität und Konstanz vorliegen, um gesamthaft den Schluss auf eine nicht mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbare Schmerzstörung und somit auf eine invalidisierende Gesundheitsschädigung zu gestatten (Urteil I 683/06 vom 29. August 2007 E. 2.2, in: SVR 2008 IV Nr. 23 S. 71; Urteil 8C_348/2008 vom 7. Januar 2009 E. 3.2).
4. Unbestrittenermassen ist die Beschwerdeführerin als teilerwerbstätige Versicherte zu qualifizieren, sodass die Invaliditätsbemessung nach der gemischten Methode zu erfolgen hat. Das kantonale Gericht ist - wie bereits die IV-Stelle - davon ausgegangen, dass die Versicherte als Gesunde zu 50 % einer Erwerbstätigkeit nachgehen und zu 50 % im Haushalt arbeiten würde. Diese Sachverhaltsfeststellung wird in der Beschwerde nicht bestritten und ist nach Gesagtem für das Bundesgericht verbindlich. Streitig ist der Invaliditätsgrad der Beschwerdeführerin und dabei im Wesentlichen das Ausmass der leidensbedingten Beeinträchtigung im erwerblichen Bereich.
5. 5.1 Das kantonale Gericht hat in pflichtgemässer Würdigung der medizinischen Aktenlage, insbesondere gestützt auf das MEDAS-Gutachten vom 27. Oktober 2005, welchem es volle Beweiskraft erkannte, erwogen, dass bei der bisherigen Tätigkeit als Telefonistin oder bei einer andern angepassten Tätigkeit - trotz des linksbetonten fibromyalgieformen Ganzkörper-Schmerzsyndroms mit chronischem lumbospondylogenem Syndrom bei linkskonvexer Skoliose und mehrsegmentalen degenerativen Veränderungen inklusive Diskushernie L5/S1, chronischem zervikospondylogenem Syndrom und Übergewicht, einer Hypercholesterinämie und einer Dysphagie unklarer Genese bei Status nach Schilddrüsenoperation1986 und zweimaliger Narbenkorrektur - keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit bestehe. Die (leichten) degenerativen Befunde - so die Vorinstanz - rechtfertigten die Annahme einer vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit und das diagnostizierte Ganzkörper-Schmerzsyndrom führe mangels Vorliegens der von der Rechtsprechung geforderten Kriterien nicht zu einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Die Beschwerdeführerin bestreitet im Wesentlichen die Beweistauglichkeit des MEDAS-Gutachtens.
5.2 Die Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz zum Vorliegen eines fibromyalgieformen Schmerzsyndroms sowie zum Fehlen der psychischen Komorbidität oder weiterer Umstände, welche die Schmerzbewältigung behindern, sind für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (E. 3.4 hievor). Die Versicherte beschränkt sich in der letztinstanzlichen Beschwerdeschrift über weite Teile auf Wiederholungen der Vorbringen im kantonalen Verfahren. Soweit sie sich mit appellatorischer Kritik gegen die Beweiswürdigung und die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz wendet, ist darauf nicht einzugehen. Insbesondere ist es - entgegen der Beschwerdeführerin - im Rahmen der eingeschränkten Sachverhaltskontrolle (<ref-law>) nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die schon im vorinstanzlichen Verfahren im Recht gelegenen medizinischen Berichte neu zu würdigen und die rechtsfehlerfreien Tatsachenfeststellungen des kantonalen Gerichts hinsichtlich der medizinisch begründeten Einschränkung des funktionellen Leistungsvermögens und des Ausmasses der trotz gesundheitlicher Einschränkungen verbleibenden (Rest-) Arbeitsfähigkeit zu korrigieren.
5.3 Das MEDAS-Gutachten erfüllt - wie die Vorinstanz dargelegt hat - die Kriterien der Rechtsprechung für die Beweistauglichkeit eines Gutachtens. Bezüglich Diagnosestellung ergibt sich in Übereinstimmung mit den früheren Arztberichten im Wesentlichen ein fibromyalgisches und somatoformes Beschwerdebild. Für eine umfassende Beurteilung genügen hiezu neben den medizinischen Vorakten entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin die im Rahmen der polydisziplinären Begutachtung durchgeführten rheumatologischen und psychiatrischen Konsilien sowie die zusammenfassende Beurteilung. Die zusätzlich beantragte neurologische und/oder neurochirurgische Untersuchung ist nicht erforderlich, da Frau Dr. med. L._, Neurologie FMH, am 27. Februar 2005 ebenfalls eine somatoforme Schmerzstörung mit diffusen und wechselnden Kribbelparästhesien im Bereich der Hände diagnostiziert hatte. Dass die Neurologin zusätzlich festhielt, die Schmerzanamnese und die generalisierte Druckschmerzhaftigkeit gingen über die Befunde einer Fibromyalgie hinaus, ändert nichts, da für die Beurteilung der Frage der invalidisierenden Wirkung einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung oder einer Fibromyalgie die gleichen Kriterien massgebend sind (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 71, <ref-ruling> E. 1.2 S. 50f. mit Hinweisen). Diebezüglich hat das kantonale Gericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass weder eine psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Ausprägung und Dauer, noch wesentliche, über eine degenerative Veränderung hinausgehende, chronische körperliche Begleiterkrankungen, noch das Scheitern einer konsequent durchgeführten ambulanten oder stationären Behandlung trotz kooperativer Haltung der versicherten Person oder ein sozialer Rückzug in allen Belangen des Lebens gegeben sind. Unter diesen Umständen lässt sich der von der Vorinstanz gezogene Schluss, wonach die Arbeitsfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit als Telefonistin oder in einer andern angepassten Tätigkeit nicht eingeschränkt ist, nicht beanstanden. Mangels Vorliegens der von der Rechtsprechung geforderten Kriterien für die ausnahmsweise invalidisierende Wirkung einer somatoformen Schmerzstörung oder Fibromyalgie ist mit dem kantonalen Gericht davon auszugehen, dass die vorliegende Schmerzstörung oder ihre Folgen mit einer zumutbaren Willensanstrengung überwindbar sind. Die Einwendungen der Beschwerdeführerin vermögen daran nichts zu ändern. Sie sind nicht geeignet, die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen als mangelhaft im Sinne von <ref-law> oder den angefochtenen Entscheid als bundesrechtswidrig (<ref-law>) erscheinen zu lassen.
5.4 Hinsichtlich der Einschränkung im Haushaltbereich und der Invaliditätsbemessung wird mangels entsprechender Parteivorbringen auf die tatsächlich wie rechtlich korrekten Ausführungen im kantonalen Entscheid verwiesen. Die mit angefochtenem Entscheid bestätigte Verneinung des Rentenanspruchs ist bundesrechtskonform.
6. Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch