Fatti:
A. Nell'ambito della revisione generale del piano regolatore del Comune di E._, alcuni fondi situati in località Z._ erano stati gravati da vincoli destinati alla realizzazione di un giardino pubblico e alla protezione del panorama. Per quanto qui interessa, il Municipio aveva poi pubblicato una variante di poco conto, che prevedeva una sensibile riduzione della superficie delle particelle xxx e yyy vincolata a punto panoramico. La variante, approvata dal Dipartimento del territorio, pubblicata all'albo comunale nell'autunno 2000 e notificata ai proprietari dei fondi gravati, non è stata oggetto di ricorsi.
B. Verso la fine del 2005, i proprietari della particella yyy hanno inoltrato al Municipio una domanda di costruzione, alla quale si è opposta A._, che nel 2002 aveva acquistato il fondo sovrastante zzz, contestando la legittimità delle modifiche apportate al piano regolatore dalla citata variante nel 2000. Il 9 aprile 2008, B.B._, C.B._ e D._, nuovi proprietari del fondo xxx, hanno chiesto al Municipio il permesso di costruire due case di abitazione sull'area che, grazie alla variante di poco conto, era stata liberata dai vincoli di protezione del punto di vista panoramico. A._ vi si è opposta, riproponendo le censure sollevate nel 2005 e lamentando in particolare il mancato avviso personale della modifica di poco conto. Respinta l'opposizione, l'11 luglio 2008 il Municipio ha rilasciato la licenza richiesta, confermata dal Consiglio di Stato il 9 dicembre successivo. Il 26 febbraio 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso sottopostogli da A._.
C. Avverso questo giudizio A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di concedere l'effetto sospensivo al gravame, di annullare la decisione impugnata, quella governativa e la licenza edilizia.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale emanata in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente, proprietaria di una particella contigua a quella dedotta in edificazione, è pacifica (<ref-ruling> consid. 1.3) e la legale ha dimostrato la sua facoltà di patrocinarla.
1.2 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono presentate nella sede federale. Per di più, quando il ricorrente invoca, come in concreto, la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito), il Tribunale federale esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2): ciò vale anche per la critica d'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 3.2).
1.3 Riservati i casi dell'art. 95 lett. c-e LTF, la violazione del diritto cantonale o comunale non costituisce di per sé un motivo di ricorso, ma può configurare una violazione del diritto federale giusta l'<ref-law>, segnatamente qualora disattenda il divieto dell'arbitrio sancito dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3). Non basta inoltre, che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 4.1), ciò che spetta al ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2).
2. 2.1 La Corte cantonale ha rilevato che la ricorrente contesta la legittimità della riduzione dei vincoli gravanti il fondo xxx, apportata al piano regolatore nel 2000, e in particolare l'omessa notificazione personale di questa modifica operata con la variante di poco conto. Ha rilevato che, secondo l'art. 15 cpv. 1 del regolamento del 29 gennaio 1991 della legge cantonale di applicazione della legge federale sulla pianificazione del territorio (RLALPT), gli atti per le modifiche di poco conto allestiti dal Municipio e approvati dal Dipartimento sono pubblicati per un periodo di 30 giorni: la pubblicazione è annunciata agli albi comunali e con avviso personale ai proprietari dei fondi interessati, allo scopo di facilitare l'esercizio dei loro diritti di difesa. Ha ricordato che per principio l'erronea notificazione di una decisione non può pregiudicare i diritti delle parti, per cui essa può essere impugnata anche dopo la scadenza del termine di ricorso. L'interessato non può tuttavia differire a piacimento l'inoltro di un ricorso, dovendo attivarsi secondo le regole della buona fede per tutelare i suoi diritti: il termine di ricorso inizia in ogni caso a decorrere da quando egli ha avuto conoscenza della decisione (art. 46 cpv. 1 della legge di procedura per le cause amministrative del 19 aprile 1966).
Il Tribunale amministrativo ha accertato che la ricorrente per sua stessa ammissione ha avuto conoscenza della criticata variante di poco conto al più tardi il 12 dicembre 2005, quando si era opposta alla domanda di costruzione per edificare il fondo yyy, contestandone la legittimità poiché non le era stato comunicato l'avviso di pubblicazione. Ha stabilito che, indipendentemente dal quesito di sapere se l'avviso personale doveva essere notificato a lei o al precedente proprietario della particella n. zzz, rispettivamente se quest'ultimo ne avesse avuto conoscenza e sia rimasto passivo, qualsiasi contestazione inerente al merito della variante avrebbe dovuto essere proposta al più tardi entro 30 giorni dalla sua conoscenza. Accertata la passività della ricorrente per oltre due anni, la Corte cantonale ha ritenuto ch'ella si è preclusa la facoltà di contestarla in via pregiudiziale nel quadro della procedura di rilascio del permesso di costruzione in esame.
2.2 La ricorrente incentra il gravame sul mancato esame da parte della Corte cantonale delle sue censure di merito, secondo le quali la procedura di variante utilizzata nel 2000 per modificare il punto di vista panoramico non sarebbe applicabile alla fattispecie, ciò che comporterebbe la nullità della contestata licenza edilizia. Al suo dire, la questione avrebbe dovuto essere risolta nel quadro di una procedura ordinaria di modifica del piano regolatore e non nell'ambito di una modifica di poco conto secondo l'art. 14 RLALPT (su questa procedura cfr. sentenza 1A.53/2006 del 15 gennaio 2007 consid. 2 in RtiD 2007 II n. 16). La ricorrente critica poi, invero in maniera generica, le modalità e il contenuto dell'accordo intervenuto in tale ambito tra il Comune e i proprietari del fondo dedotto in edificazione.
2.3 L'assunto è privo di fondamento. La ricorrente disattende in effetti che la Corte cantonale non ha esaminato le predette censure siccome tardive. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>). La ricorrente neppure tenta di dimostrare perché l'accertata tardività delle sue censure sarebbe arbitraria.
2.3.1 Certo, ella insiste sul fatto che la variante in esame non le sarebbe mai stata notificata con un avviso personale ai sensi dell'art. 15 RLALPT, nonostante avesse un interesse particolare per il fatto che in relazione al punto di vista panoramico sarebbe prevista la creazione sul suo fondo di quattro posteggi. Sulle conseguenze giuridiche della mancata comunicazione, non decisiva in concreto, la ricorrente si limita a richiamare un passaggio della dottrina, secondo cui quando la notifica di una domanda di costruzione non viene fatta alla persona giusta, ma a un terzo impedito di agire in buona fede, occorre assegnare a questi un congruo termine affinché motivi le ragioni di merito dell'opposizione, eccetto il caso ove l'interessato poteva rendersi conto dell'esistenza della domanda a seguito della modinatura (Scolari, Commentario,1996, n. 790 ad art. 6 LE). Aggiunge d'aver ripetutamente invitato, senza successo, il Municipio a fissarle un siffatto termine, indicando documenti non prodotti, che figurerebbero negli "incarti richiamati", e accennando alla restituzione in intero.
2.3.2 Questi accenni sono inconferenti. La restituzione in intero è peraltro applicabile, semmai, quando l'omissione processuale incolpevole o negligente è causata da una parte e non, come preteso in concreto, dall'amministrazione (cfr. Borghi/Corti, Compendio di procedura amministrativa ticinese, 1997, n. 1 ad art. 12 e n. 4 ad art. 26 e Frésard, Commentaire de la LTF, 2009, n. 5 ad art. 49). La ricorrente sostiene quindi a torto che l'assenza dell'avviso personale e il mancato seguito ai suoi solleciti le avrebbero impedito di contestare la variante. Del resto, ella neppure tenta di dimostrare l'arbitrarietà dell'impugnato giudizio, per il quale avrebbe dovuto impugnare la variante entro trenta giorni dalla sua conoscenza.
2.3.3 In effetti, come rettamente ritenuto dai giudici cantonali, secondo la giurisprudenza la notificazione irregolare di una decisione non deve comportare pregiudizio alla parte ricorrente, per la quale pertanto il termine di ricorso inizia a decorrere solo dalla conoscenza della decisione. L'interessato non può tuttavia differire a piacimento il suo intervento, ricordato che il principio della buona fede gli impone di informarsi dell'esistenza e del contenuto di un atto che lo riguarda, non appena ne sospetti l'esistenza: ciò vale anche nell'ambito di una modifica del piano regolatore e del rilascio di una licenza edilizia, pena il rischio di vedersi opporre l'irricevibilità del gravame per tardività (DTF 116 I a 215 consid. 2c e d; <ref-ruling> consid. 2d; <ref-ruling> consid. 4a).
È quindi a ragione che la Corte cantonale non ha esaminato le censure inerenti al merito della variante di poco conto, poiché tardive. Gli asseriti pregiudizi, in particolare economici, che ne deriverebbero alla ricorrente, sono quindi riconducibili, se del caso, all'intempestiva impugnazione della variante, per cui la criticata sentenza non è arbitraria neppure nel risultato (<ref-ruling> consid. 4.1).
In siffatte circostanze, anche l'accenno a una lesione dei diritti di difesa, perchè la Corte cantonale, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2.1), non ha assunto l'incarto relativo alla domanda di costruzione del 2005 e quelli inerenti alla riduzione del punto di vista panoramico sul fondo xxx, è inconferente.
3. 3.1 La ricorrente fa pure valere una violazione dell'art. 33 cpv. 2 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR) di E._. Al riguardo, la Corte cantonale ha ritenuto che, dalla situazione dei luoghi e dalla rappresentazione cartografica del vincolo di punto panoramico, appare evidente come la limitazione d'altezza sancita dalla citata norma può gravare soltanto i fondi a valle del punto di vista panoramico. Sorgendo sul pianoro situato a monte, le due progettate case non possono evidentemente arrecare alcun pregiudizio al panorama protetto. Ha quindi ritenuto palesemente infondata la tesi ricorsuale secondo cui occorrerebbe fare riferimento alla strada d'accesso al punto di vista panoramico che scende da monte, poiché, avallandola, il fondo in esame, situato alla stessa quota della strada, verrebbe completamente sottratto all'edificazione.
3.2 Questa argomentazione non è addirittura insostenibile e quindi arbitraria, ricordato peraltro che, come rilevato nella decisione governativa, il vincolo a tutela del punto di vista panoramico è istituito nell'interesse pubblico e non per garantire un più ampio diritto di vista al fondo della ricorrente. Del resto, al proposito, la ricorrente si limita a sostenere, in maniera appellatoria e quindi inammissibile (<ref-law>), che le progettate case non si concilierebbero con l'art. 33 cpv. 2 NAPR.
3.3 La Corte cantonale ha poi respinto la censura secondo cui le progettate case dovrebbero allinearsi di regola, come richiesto dall'art. 7 NAPR, sull'asse della strada. Ha ritenuto che il Municipio non ha ecceduto il margine di manovra di cui dispone, considerato che l'orientamento prescelto, conforme alla morfologia del terreno e in linea con quello delle case circostanti, è giustificato da considerazioni oggettive e pertinenti. Limitandosi ad addurre, sempre in maniera appellatoria, che questa tesi sarebbe fuorviante e imprecisa, la ricorrente non dimostra che si sarebbe in presenza di un accertamento arbitrario dei fatti (art. 97 cpv. 1 e art. 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3) e ancor meno di un'interpretazione insostenibile e quindi arbitraria dell'art. 7 NAPR.
4. 4.1 Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere quindi respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
4.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di E._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.