Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind die Eltern des im Jahr 1992 geborenen Sohn A._. Eine Gefährdungsmeldung der Kreisschule B._ führte im Frühling 2006 zu Abklärungen der Sozialdienste. Seither stehen diese in mehr oder weniger dauerndem Kontakt mit den Eltern, die sich wiederholt dahingehend äusserten, A._ sei zu Hause nicht mehr tragbar, dann aber mehrere Male wieder bekundeten, die Situation habe sich gebessert. Während dieser Zeit kam es auch immer wieder zu tätlichen Auseinandersetzungen mit polizeilichen Interventionen, und im Frühling 2007 verfügte die Kreisschule B._ nach Tätlichkeiten ein "Timeout".
Im Anschluss an erneute Tätlichkeiten Ende März 2008 und der Bitte der Eltern anlässlich eines Gespräches um Fremdplatzierung von A._ begannen die Sozialdienste mit der Suche nach einem geeigneten Platz für einen Abklärungsaufenthalt. Dabei wurde als mögliche Institution insbesondere das für solche Fälle spezialisierte Aufnahmeheim in C._ erwähnt.
Nach einer Eskalation der Situation in der Familie wurde A._ am 28. Mai 2008 vom Jugendanwalt inhaftiert. Am Folgetag wurde A._ im Sinn einer notfallmässigen Zwischenplatzierung in der Stiftung "D._" in E._ untergebracht. Gleichzeitig wurde aber die Anmeldung im Aufnahmeheim C._ aufrechterhalten.
B. Mit Beschluss vom 7. Juli 2008 entzog der Gemeinderat F._ den Eltern die Obhut über A._, errichtete über diesen eine Beistandschaft, verfügte eine Platzierung im Aufnahmeheim C._ ab 22. Juli 2008 und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
Gegen diesen Beschluss erhoben Y._ und X._ am 16. Juli 2008 Beschwerde, im Wesentlichen mit dem Begehren um dessen Aufhebung, eventualiter um Belassung von A._ in der Stiftung "D._".
Mit Zwischenentscheid vom 18. Juli 2008 wies das Bezirksamt Z._ den Verfahrensantrag auf Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ab.
Diesen Zwischenentscheid fochten Y._ und X._ am 21. Juli 2008 an. Mit Präsidialverfügung vom 21. Juli 2008 erteilte das Obergericht des Kantons Aargau der Beschwerde betreffend die Umplatzierung von der Stiftung "D._" in das Aufnahmeheim C._ superprovisorisch die aufschiebende Wirkung und lud die Gemeinde F._ zur Stellungnahme ein. Nach deren Eingang wurde das Gesuch um vorsorgliche Erteilung der aufschiebenden Wirkung mit Präsidialverfügung vom 30. Juli 2008 abgewiesen.
C. Gegen diese Verfügung haben Y._ und X._ am 7. August 2008 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung und um Erteilung der aufschiebenden Wirkung für die gegen den Beschluss des Gemeinderates F._ vom 7. Juli 2008 erhobene Beschwerde an das Bezirksamt Z._. Mit Präsidialverfügung vom 15. August 2008 wurde der Beschwerde in Zivilsachen antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Die angefochtene Verfügung betrifft eine nicht vermögensrechtliche Zivilsache und wurde von der letzten kantonalen Instanz erlassen (Art. 72 Abs. 1 und Art. 75 Abs. 1 BGG). Die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung ist ein Zwischenentscheid, der einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>; Urteile 5A_17/2007, E. 2.2; 5A_107/2008, E. 1.2). Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
Weil es sich um eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law> handelt, kann mit der Beschwerde nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden und es gilt hierfür das Rügeprinzip (<ref-law>; Urteile 5A_537/2007, E. 1.2; 5A_107/2008, E. 1.3). Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung des Rechts auf Familienleben, der persönlichen Freiheit und des Willkürverbots bei der Anwendung von <ref-law>.
2. Das Obergericht hat seinen Entscheid damit begründet, dass die Platzierung in der Stiftung "D._" von Anfang an nur eine Zwischenplatzierung gewesen und die Institution in C._ für den Abklärungsaufenthalt prädestiniert sei. Die Gefahr einer unkontrollierten Situation durch Wiedererteilung der aufschiebenden Wirkung sei daher höher einzustufen als die aus der angefochtenen Verfügung sich ergebende Einschränkung der Elternrechte für die Dauer des Verfahrens.
3. Hat eine Beschwerde gegen eine Kindesschutzmassnahme aufschiebende Wirkung, so kann ihr diese von der anordnenden oder von der Beschwerdeinstanz entzogen werden (<ref-law>).
Die genannte Bestimmung räumt den kantonalen Behörden ein weites Ermessen ein. Willkür bei der Ermessensausübung liegt vor, wenn die letzte kantonale Instanz von dem ihr zustehenden Ermessen falschen Gebrauch gemacht hat, wenn sie Gesichtspunkte berücksichtigt hat, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht gelassen hat; aufzuheben und zu korrigieren sind ausserdem Ermessensentscheide, die sich als im Ergebnis offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 15; <ref-ruling> E. 1 S. 99).
Dass A._ eines Abklärungsaufenthaltes bedarf, ergibt sich nicht nur aus dem geschilderten Sachverhalt, sondern auch aus den von den Beschwerdeführern angerufenen psychiatrischen Berichten von Dr. G._. Zwar hält dieser dafür, dass eine Platzierung im Aufnahmeheim C._ aus psychiatrischer Sicht nicht medizinisch bedingt dringlich, ja sogar als kontraproduktiv zu werten sei. Indes hat Dr. G._ eine Störung des Sozialverhaltens mit aufsässigem oppositionellem Verhalten (ICD 10 F91.3) diagnostiziert, das sich bei fehlender Behandlung verfestigen könne und in einigen Jahren als passiv aggressive Persönlichkeitsstörung umzuklassifizieren wäre.
Vor diesem Hintergrund ist nicht ersichtlich, inwiefern das Obergericht von seinem Ermessen falschen Gebrauch gemacht haben soll, wenn es die Einweisung von A._ in das Aufnahmeheim C._ als dringlich erachtet und der dagegen erhobenen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entzogen hat, umso mehr als die genannte Institution nach den verbindlichen kantonalen Sachverhaltsfeststellungen geeignet ist und eine Platzierung in der Stiftung "D._" nie vorgesehen war, sondern es einzig wegen der Inhaftierung durch den Jugendanwalt im Sinn einer notfallmässigen Zwischenlösung dazu gekommen ist.
Ist die sofortige Platzierung von A._ im Aufnahmeheim C._ zur Vornahme der notwendigen Abklärungen indiziert und hält insofern der auf die Ermessensnorm von <ref-law> gestützte Entzug der aufschiebenden Wirkung vor dem Willkürverbot stand, steht dem weder das Grundrecht auf Achtung des Familienlebens noch der persönlichen Freiheit entgegen. Ohnehin wehren sich die Beschwerdeführer gar nicht in erster Linie gegen eine Platzierung, sondern gegen die Verlegung von A._ ins Aufnahmeheim C._; die aus der verbleibenden elterlichen Sorge fliessenden Rechte werden aber mit der einen Platzierung nicht stärker beschnitten als mit der anderen.
4. Nicht nachvollziehbar ist die Verfahrensrüge der willkürlichen Handhabung von § 57 Abs. 1 VRPG/AG: Nach dieser Bestimmung wird, wie die Beschwerdeführer selbst festhalten, über vorsorgliche Massnahmen präsidialiter entschieden; nicht anders wurde in der angefochtenen Verfügung vorgegangen.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Gemeinwesen wird in der Regel keine Entschädigung zugesprochen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Kammer für Vormundschaftswesen als zweitinstanzliche vormundschaftliche Aufsichtsbehörde, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. September 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Möckli