Faits:
A. Par contrat de bail à loyer du 3 mars 1997, X._ (ci-après : la bailleresse) a loué à H.Y._ et F.Y._ (ci-après: les locataires) un appartement à V._ (Fribourg).
Le contrat de bail, qui porte sur un logement subventionné, indique le loyer (798 fr. par mois) et contient les rubriques "Acompte frais accessoires" (130 fr. par mois), "Acompte chauffage" (70 fr. par mois) et "Téléréseau - Telenet" (12 fr. par mois). Il comporte également une clause selon laquelle le locataire déclare avoir reçu, entre autres, un exemplaire des conditions générales édition 93 et une copie des articles de loi sur les frais accessoires (art. 38 de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements [LCAP; RS 843] et art. 25 de l'ordonnance y relative du 30 novembre 1981 [OLCAP; RS 843.1]). Par leurs signatures, les parties ont déclaré avoir accepté ces documents qui font partie intégrante du bail.
B. Le 19 juin 2007, les locataires ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux à loyer demandant que la bailleresse soit condamnée à leur verser un montant de 14'633 fr. 15 avec intérêt à 5 % l'an dès l'échéance moyenne. Ils ont soutenu que les frais accessoires autres que les frais de chauffage et de téléréseau ont été indûment payés depuis le début du bail, le contrat de bail du 3 mars 1997 ne donnant aucun détail sur ces frais et se limitant à renvoyer aux dispositions légales relatives aux frais accessoires qui peuvent être facturés au locataire dans les logements subventionnés.
Les parties ayant par la suite renoncé à la conciliation, la commission a délivré un acte de non-conciliation le 17 août 2007.
Le 13 septembre 2007, les locataires ont saisi le Tribunal des baux de l'arrondissement de la Gruyère, concluant à ce que la bailleresse soit condamnée à leur verser les montants de 16'745 fr. 70 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er octobre 2001 et 1'875 fr. 70 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er juillet 2006 et qu'elle soit astreinte à leur présenter un nouveau décompte de frais accessoires pour l'année 2006, comptabilisant l'ensemble des acomptes versés par les locataires à concurrence de 3'090 fr.
La bailleresse a conclu au rejet de l'action dans la mesure de sa recevabilité.
Par jugement du 30 avril 2008, le Tribunal des baux a condamné la bailleresse à rembourser aux locataires la somme totale de 17'412 fr. 90, avec intérêt à 5 % l'an dès le 1er octobre 2001 (ch. 1 du dispositif), a pris acte que la bailleresse a reconnu que les locataires ont versé 3'090 fr. à titre de frais accessoires pour l'année 2006 (ch. 2 du dispositif), rejeté toutes autres ou plus amples conclusions (ch. 3 du dispositif) et mis les dépens à la charge de la bailleresse (ch. 4 du dispositif). En substance, le Tribunal des baux a considéré que, le contrat n'indiquant pas en quoi consistaient les frais accessoires et les frais effectivement facturés ne ressortant pas du simple renvoi aux dispositions de la LCAP et de l'OLCAP, il n'était pas possible d'admettre que les parties avaient passé une convention respectant les exigences de l'<ref-law>, applicable en vertu de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11).
Saisie d'un appel de la bailleresse, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté le recours et confirmé le jugement entrepris (ch. 1 à 4 de son dispositif) par arrêt du 26 janvier 2009. Elle a rappelé avoir déjà eu l'occasion de juger le 27 novembre 2003 que l'obligation d'une convention spécifique claire et détaillée, prévue par l'<ref-law>, était aussi applicable aux contrats portant sur des logements subventionnés. Elle a considéré en l'espèce que le renvoi aux catalogues des frais accessoires énumérés aux <ref-law> et 25 OLCAP ne permettait pas de réaliser cette exigence, le contrat ne contenant qu'une rubrique « Acompte frais accessoires », sans toutefois spécifier les postes visés.
C. La bailleresse a déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 26 janvier 2009. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir établi les faits de façon arbitraire (art. 9 Cst.), d'avoir violé les <ref-law>, 18 CO, 38 LCAP et 25 OLCAP en ne reconnaissant pas que les parties ont valablement conclu une convention spéciale portant sur les frais accessoires, d'avoir appliqué arbitrairement les art. 304 et 300 al. 3 let. b du Code de procédure civile fribourgeois du 28 avril 1953 (CPC/FR; RSF 270.1) et violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et art. 6 par. 1 CEDH). Sur le fond, la recourante conclut comme suit :
"I. Le recours en matière de droit civil est admis.
II. L'arrêt de la 2ème Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg du 26 janvier 2009 est modifié comme suit:
1. Le recours en appel est admis.
2. Principalement
Partant, les chiffres 1, 3 et 4 du jugement rendu le 30 avril 2008 par le Tribunal des baux pour les districts de la Gruyère, de la Glâne, de la Broye et de la Veveyse sont annulés. Les chiffres 1 et 3 ont désormais la teneur suivante.
"1. La demande formée par H.Y._ et F.Y._, à V._, contre X._ est intégralement rejetée.
3. Les dépens de la 1ère instance sont mis à la charge de H.Y._ et F.Y._, solidairement entre eux."
(...)."
Les intimés concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
Par ordonnance du 26 mars 2009, la Présidente de la Ire Cour de droit civil a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire en matière de bail à loyer dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. c et <ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105). Il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 4.3 p. 63 - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Une modification de l'état de fait ne peut cependant être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
2. Les intimés considèrent que les conclusions principales de la recourante tendent à la modification de la décision attaquée, en ce sens que le recours en appel doit être (entièrement) admis. Ils en déduisent une contradiction entre les conclusions et les motifs du recours, selon lesquels la recourante renonce à demander la modification du chiffre 2 du jugement du Tribunal des baux, confirmé par la cour cantonale (mémoire de recours, p. 4). Ils estiment que les conclusions sont également contradictoires entre elles, l'une demandant d'annuler les chiffres 1, 3 et 4 du dispositif du Tribunal des baux et l'autre tendant à modifier le chiffre 1 en ce sens que "la demande formée par H.Y._ et F.Y._, à V._, contre X._, est intégralement rejetée". Selon eux, la contradiction est irréductible, puisque le rejet total de la demande du 13 septembre 2007 entraînerait nécessairement celui de la conclusion ayant abouti au chiffre 2 du dispositif, qui n'est pourtant plus contesté devant le Tribunal fédéral.
En l'occurrence, il n'est pas douteux que la recourante conclut à l'admission du recours en faisant référence au ch. 1, 3 et 4 du dispositif du jugement du Tribunal des baux, puisqu'elle demande spécifiquement l'annulation de ces chiffres dans ses conclusions. En ce sens, ces dernières ne sont nullement en contradiction avec les motifs du recours.
Il n'existe pas non plus à proprement parler de contradiction entre les conclusions elles-mêmes. Il suffit de rapprocher les conclusions du mémoire, ses motifs et la décision attaquée (cf. arrêt 4A.346/2008 du 6 novembre 2008 consid. 3.2) pour comprendre que la recourante requiert le rejet de la demande en paiement des intimés, tout en admettant que ceux-ci se sont acquittés de 3'090 fr. au cours de l'année 2006 à titre de frais accessoires, ce qui était encore contesté devant la première instance.
3. 3.1 La recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir pas mentionné le fait que l'annexe auquel renvoie le contrat, intitulée "COPIE DES ARTICLES DE LOI S/FRAIS ACCESSOIRES", précise: "Veuillez trouver ci-après la liste des frais accessoires selon les articles 38 de la loi sur la construction et l'accession à la propriété de logements du 4.10.1974 et l'article 25 de son ordonnance". Selon la recourante, il s'agissait là d'un fait éminemment important, en particulier pour déterminer le sens que les intimés devaient donner à la manifestation de la volonté de la recourante (<ref-law>). Elle est ainsi d'avis que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte (<ref-law>) et qu'il y a eu arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits.
3.2 Les deux griefs invoqués par la recourante se confondent, parce que l'établissement manifestement inexact des faits n'est rien d'autre qu'un cas d'arbitraire (cf. infra consid. 1.3). Il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits qui en découlent, lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
3.3 En l'espèce, il convenait d'établir si les parties avaient connaissance de l'existence de l'annexe au contrat et de son contenu (copie des <ref-law> et 25 OLCAP). La cour cantonale l'a reconnu on ne peut plus clairement puisqu'elle a retenu, d'une part, que le contrat de bail contient une clause selon laquelle les locataires ont reçu, entre autres, une copie des articles de la loi sur les frais accessoires et, d'autre part, que, par leurs signatures, les locataires ont déclaré avoir accepté ces documents qui font partie intégrante du bail. On ne voit pas ce que la clause invoquée par la recourante aurait apporté de plus. En ne la reproduisant pas expressément dans ses considérants, la cour cantonale n'a en tout cas pas écarté un élément de preuve susceptible de modifier sa décision. Le grief de l'arbitraire est infondé.
4. 4.1 La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé les art. 257a al. 2 et 18 CO, ainsi que les <ref-law> et 25 OLCAP. Se basant essentiellement sur ces deux dernières dispositions, elle soutient que la législation fédérale sur l'encouragement à la construction et à l'accession à la propriété de logements contient, par rapport au droit privé, un régime spécifique quant aux frais accessoires. Faisant valoir qu'en matière de bail à loyer portant sur un logement subventionné le loyer proprement dit ne peut comporter ni les frais liés à l'exploitation de l'immeuble ni ceux liés à son utilisation, elle conclut que ces frais sont à supporter par le locataire selon les coûts effectifs (<ref-law>). Elle prétend ainsi que l'interprétation de la cour cantonale reviendrait à admettre qu'un locataire peut jouir de la possession d'un immeuble et utiliser ses installations sans s'acquitter des charges y relatives et qu'ainsi il s'enrichirait illégitimement. Elle n'arrive toutefois pas à la conclusion - qui serait pourtant l'aboutissement logique de son argumentation - que la protection spécifique du locataire découlant de l'<ref-law> ne s'applique pas aux baux portant sur des logements subventionnés. Elle reconnaît en effet la nécessité de donner au locataire, au moment de s'engager contractuellement, l'occasion de se faire une idée précise de l'importance des frais accessoires qu'il devra supporter en sus du loyer. Pour concilier ce besoin de protection avec le régime spécifique de la LCAP préalablement exposé, elle considère qu'un simple renvoi aux frais accessoires énumérés aux <ref-law> et 25 OLCAP suffit pour réaliser les exigences de l'<ref-law>. La recourante met en exergue un extrait d'une lettre du 27 septembre 2007 de l'Office fédéral du logement qui va dans le sens de son argumentation. Elle considère que les Recommandations 2003 de ce même office soutiennent également cet avis. Enfin, la recourante souligne qu'elle est allée au-delà de l'exigence minimale du renvoi aux dispositions de la LCAP et de l'OLCAP, puisqu'elle a même annexé une copie des <ref-law> et <ref-law> au contrat de bail.
4.2 A titre préalable, il convient d'examiner si l'<ref-law> est applicable aux baux de logements subventionnés.
4.2.1 L'arrêt rendu le 2 juillet 1998 par le Tribunal fédéral (<ref-ruling>) n'a pas tranché cette question. Bien que celui-ci ait mentionné - en rappelant la teneur de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11) - que les dispositions matérielles concernant les frais accessoires (art. 257a et 257b CO) s'appliquent également aux loyers contrôlés par les pouvoirs publics, la question qui lui était soumise était celle de l'autorité compétente pour juger la contestation d'une hausse des frais accessoires en matière d'habitations subventionnées. Le Tribunal fédéral a considéré que les dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs ne sont pas applicables en ce qui concerne les locaux d'habitations au bénéfice d'une aide des pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4a p. 465). Jugeant que cette inapplicabilité s'étend également aux frais accessoires, notamment au motif que la distinction entre loyer et frais accessoires revêt, dans ce contexte, un certain "caractère artificiel" (<ref-ruling> consid. 4b/dd p. 467), il a nié la compétence des tribunaux civils et conclu que seule une autorité administrative peut également contrôler la hausse des frais accessoires.
4.2.2 La question présentement litigieuse a trait au contrat conclu entre une bailleresse et des locataires. La convention qui lie les parties est un contrat de bail au sens des <ref-law>, ce qu'elles ne contestent pas. Ces dispositions sont donc en principe applicables et les logements subventionnés n'y échappent pas, à moins qu'une disposition spéciale le prévoie. Seule règle du droit du bail prévoyant une exception pour ces logements, l'<ref-law>, dont le texte est clair, indique - ainsi que cela a été exposé dans l'arrêt du 2 juillet 1998 - que les logements subventionnés ne sont pas soumis aux dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs (Chapitre II du Titre huitième, art. 269 à 270e CO). L'<ref-law> examiné ici ne faisant pas partie de ces dispositions, il n'est pas visé par la règle d'exception. Il est dès lors également applicable aux logements subventionnés.
L'<ref-law> confirme d'ailleurs cette lecture de l'<ref-law>. L'<ref-law> est en effet compris dans les normes qui sont expressément déclarées applicables aux appartements en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité (cf. <ref-law>) (citant un arrêt du Tribunal cantonal fribourgeois [publié dans la RFJ 2003, p. 265] ayant examiné la question sur la base de l'<ref-law>, la doctrine a confirmé la portée ainsi donnée à l'<ref-law>: LACHAT/BÉGUIN, Das Mietrecht für die Praxis, 8e éd. 2009, ch. 14/1.7 p. 238; DAVID LACHAT, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, p. 333; RICHARD PERMANN, Mietrecht Kommentar, 2e éd. 2007, no 6 ad art. 257a-257b CO).
4.2.3 Le but poursuivi par l'<ref-law> confirme les conclusions tirées du texte clair de l'<ref-law>. L'obligation de convenir spécialement les frais accessoires poursuit un but de protection des locataires (ROGER WEBER, op. cit., no 10 ad art. 253a-253b CO; SVIT-Kommentar, 3e éd. 2008, n° 18 ad art. 257-257b CO). Les exigences de clarté et de précision quant à ces frais, déduites de l'<ref-law> par la jurisprudence (cf. supra consid. 4.3.1), confirment ce but. On ne voit pas pour quelles raisons le besoin de protection serait moindre en matière de contrats portant sur des baux subventionnés. Là également, le principe selon lequel les frais accessoires sont à la charge du bailleur (cf. arrêt 4C.24/2002 du 29 avril 2002 consid. 2.1, reproduit in Mietrechtspraxis [mp] 2002 p. 163 ss; PETER HIGI, op. cit., no 12 ad art. 257a-257b CO) est applicable. Les <ref-law> et 25 OLCAP ne restreignent pas la faculté du bailleur de mettre les frais accessoires à la charge du locataire. Il est donc nécessaire que ce dernier connaisse, avant de décider à s'engager dans le bail, le nombre et la nature des frais accessoires qui lui seront facturés en plus du loyer. Contrairement à ce que pense la recourante, il importe donc peu de savoir si, au regard de la LCAP et de l'OLCAP, les frais accessoires peuvent être intégrés dans le loyer (l'<ref-law> paraît l'exclure, mais va toutefois au-delà des exigences figurant à l'<ref-law>).
L'<ref-law> est donc applicable aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité (cf. <ref-law>). Si le bailleur omet de prévoir dans le contrat de bail la facturation des frais accessoires au locataire de manière conforme aux exigences de l'<ref-law> (cf. supra consid. 4.3.1), il doit les prendre à sa charge en faisant appel au rendement sur ses fonds propres, voire à son patrimoine.
L'<ref-law> est donc applicable aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité (cf. <ref-law>). Si le bailleur omet de prévoir dans le contrat de bail la facturation des frais accessoires au locataire de manière conforme aux exigences de l'<ref-law> (cf. supra consid. 4.3.1), il doit les prendre à sa charge en faisant appel au rendement sur ses fonds propres, voire à son patrimoine.
4.3 4.3.1 Selon l'<ref-law>, les frais accessoires ne sont à la charge du locataire que si cela a été convenu spécialement. La loi exige donc que les parties en soient convenues d'une manière suffisamment précise, en détaillant les postes effectifs (<ref-ruling> consid. 2a/aa et les auteurs cités). En concluant le contrat, le locataire doit comprendre facilement quels sont les postes qui lui seront facturés en plus du loyer (arrêt 4P.323/2006 du 21 mars 2007 consid. 2.1 ; DAVID LACHAT, op. cit., p. 334). Le renvoi à une annexe standardisée du contrat, comme les "dispositions générales pour baux d'habitation", ne suffit pas pour admettre que les parties ont passé une convention spéciale sur le paiement des frais accessoires. En effet, on ne peut exiger du locataire qu'il se fasse une idée des frais accessoires qu'il aura à payer par une consultation attentive des conditions annexées au contrat. Il a bien plutôt droit à ne se voir facturer que les frais accessoires clairement et précisément décrits dans le contrat (arrêt 4C.24/2002 du 29 avril 2002, consid. 2.4.2, reproduit in Mietrechtspraxis [mp] 2002 p. 163 ss). Les frais énumérés dans des conditions générales peuvent toutefois, selon les circonstances, être facturés au locataire, dans la mesure où ils peuvent être considérés comme une concrétisation des frais accessoires déjà attribués au locataire dans le contrat (arrêt 4C.250/2006 du 3 octobre 2006 consid. 1.1).
4.3.2 En l'espèce, les parties ont conclu un contrat écrit qui, hormis l'acompte pour le chauffage et les frais de téléréseau (qui ne font pas l'objet du litige), comporte la rubrique "Acompte frais accessoires", en ne détaillant toutefois aucun des postes visés. Ainsi, les frais énumérés dans les catalogues des <ref-law> et 25 OLCAP ne se limitent pas à concrétiser une énumération des frais accessoires déjà entreprise dans le contrat lui-même. L'exigence de la convention spéciale de l'<ref-law>, telle que définie par la jurisprudence fédérale, n'est donc pas réalisée par le simple renvoi aux <ref-law> et 25 OCAP, peu importe que des copies de ces dispositions aient été annexées au contrat.
4.3.3 La recourante prétend qu'une convention renvoyant à des règles légales ne peut en aucun cas être comparée à un contrat renvoyant à des conditions générales d'affaires qui sont souvent des documents très denses, préformulés par la partie contractuelle forte et risquant de ne pas être compris par les locataires. Selon elle, l'intégration au contrat de deux dispositions légales ne présente en aucun cas les mêmes risques.
L'argumentation ne convainc pas. On ne saurait admettre que les locataires, non juristes, ont pu se faire facilement une idée des frais accessoires à leur charge, en particulier en raison de l'imbrication des trois textes qu'ils devaient consulter (contrat, loi et ordonnance). Le risque de confusion est encore augmenté par le fait que la définition des frais accessoires de la LCAP ne se superpose pas avec celle des art. 257a et 257b CO (<ref-ruling> consid. 4b/dd p. 467; RICHARD, op. cit., n. 20 p. 6). Par exemple, la législation publique, contrairement aux dispositions du Code des obligations, vise aussi des coûts liés à l'existence de la chose louée elle-même, comme les impôts (<ref-law>). En outre, les frais énumérés aux <ref-law> et 25 OLCAP le sont de manière exemplaire ("en particulier") et ne représentent ainsi que des catalogues possibles de frais accessoires sur la base desquels les locataires ne peuvent se faire une idée précise, au moment de conclure le bail, des frais qui leur seront concrètement facturés.
4.3.4 Pour la convention sur les frais accessoires, l'<ref-law> n'exige pas de forme spéciale. En conséquence, la validité de la convention ne saurait dépendre du respect de la forme écrite (<ref-law>) et celle-ci peut donc en principe être conclue par écrit, oralement ou par actes concluants. Toutefois, si le contrat a été conclu par écrit, il faut considérer que les parties ont également déterminé par écrit quels frais accessoires étaient mis à la charge du locataire (arrêt 4C.224/2006 du 24 octobre 2006 consid. 2.1; LACHAT/BÉGHIN, op. cit., ch. 14/1.7 p. 239 et les références; PHILIPPE RICHARD, op. cit., n. 43 ss p. 14).
En l'espèce, les parties ont conclu un contrat écrit et la cour cantonale a retenu (<ref-law>) qu'hormis les frais de chauffage et de téléréseau, aucun des autres frais accessoires dont les locataires s'étaient acquittés pendant des années ne figuraient dans le contrat de bail, celui-ci ne contenant que la mention "Acompte frais accessoires". Dès lors, les locataires devaient comprendre, selon la théorie de la confiance, que seuls les frais stipulés pouvaient être mis à leur charge. Le grief de violation de l'<ref-law> n'est donc pas fondé.
5. 5.1 Reprochant à la cour cantonale de ne pas lui avoir donné l'occasion de plaider, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle reconnaît que ce droit, consacré à l'art. 29 al. 2 Cst., n'implique pas nécessairement le droit de s'exprimer oralement devant une instance de recours. Elle laisse cependant entendre que l'<ref-law>/FR, à la teneur duquel chaque partie a la faculté de prendre deux fois la parole pour plaider sa cause devant la cour d'appel, va au-delà de la garantie minimale octroyée par l'art. 29 al. 2 Cst. Elle considère que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en dérogeant à la règle de l'<ref-law>/FR au motif que le recours était manifestement infondé à teneur de l'<ref-law>/FR.
5.2 La question soulevée par le recourant relève entièrement du droit cantonal. Or, le recours au Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une mauvaise application de ce droit (cf. art. 95 et 96 LTF; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Il reste néanmoins possible de se plaindre d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst., ce qui constitue une violation du droit fédéral (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 p. 203, 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). La recourante a valablement soulevé ce grief (<ref-law>). Il faut alors garder à l'esprit que l'examen du Tribunal fédéral se limite à dire si la cour cantonale est ou non tombée dans l'arbitraire.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
5.3 En l'espèce, la cour cantonale a considéré que l'<ref-law> était applicable aux baux de logements subventionnés en se basant sur un de ses précédents ayant tranché sans équivoque la question (arrêt du 27 novembre 2003 publié dans la RFJ 2003, p. 262). Que l'arrêt cantonal de 2003 soit fondé sur un état de fait légèrement différent importe peu. La question pertinente ayant trait à l'applicabilité de l'<ref-law> a été clairement jugée. La recourante prétend qu'en l'absence de jurisprudence fédérale, la cour cantonale ne pouvait faire application de l'<ref-law>/FR. Cet argument ne convainc pas. L'autorité cantonale n'a pas simplement renvoyé à son arrêt de 2003, mais a également constaté que, depuis cette date, la doctrine a fait sienne l'interprétation contenue dans ce précédent cantonal. Le Tribunal fédéral ne s'étant pas prononcé sur la question depuis 2003, on ne saurait reprocher à la cour cantonale de ne pas s'être écartée de sa propre jurisprudence. La recourante fait grand cas de l'avis du 27 septembre 2007 de l'Office fédéral du logement. Cet avis et les recommandations de cet office (l'une d'elle conseillant d'ailleurs aux bailleurs de mentionner les frais accessoires de manière détaillée dans le bail à loyer) n'ont pas de portée juridique sur la question de l'interprétation de l'<ref-law> qui relève du droit privé. Enfin, c'est en s'appuyant sur une jurisprudence abondante (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 495 et les références) que les juges précédents sont arrivés à la conclusion que le contrat - mentionnant uniquement "Acompte frais accessoires" - et l'annexe contenant les <ref-law> et 25 OLCAP ne pouvaient pas être considérés comme une convention spéciale au sens de l'<ref-law>.
La cour cantonale ayant pris sa décision sur la base d'un de ses précédents ayant tranché clairement une question de principe, ainsi que sur une jurisprudence abondante du Tribunal fédéral, on ne saurait lui reprocher d'avoir appliqué de manière insoutenable l'<ref-law>/FR et, par ricochet, l'<ref-law>/FR. Le grief d'arbitraire est infondé.
6. 6.1 La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir passé sous silence les recommandations de l'Office fédéral du logement qui, bien que n'ayant pas de force normative propre, ont contribué à la création d'une certaine pratique, voire un usage. En ne motivant pas les raisons pour lesquels elle s'en écartait, les juges précédents auraient violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et art. 6 par. 1 CEDH).
6.2 Bien que citant également l'art. 6 par. 1 CEDH, la recourante ne soutient pas que la disposition conventionnelle offrirait une protection allant au-delà de celle garantie par l'art. 29 al. 2 Cst. La question peut donc être analysée uniquement sous l'angle de la norme constitutionnelle.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Cette garantie tend à donner à la personne touchée les moyens d'apprécier la portée du prononcé et de le contester efficacement, s'il y a lieu, devant une instance supérieure (<ref-ruling> consid. 2b p. 109; cf. aussi <ref-ruling> consid. 2b p. 102, <ref-ruling> consid. 2c p. 372, <ref-ruling> consid. 2a p. 149). L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties; elle n'est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (<ref-ruling> consid. 2a/aa p. 17; <ref-ruling> consid. 2c p. 372; <ref-ruling> consid. 2a p. 149; <ref-ruling> consid. 1a p. 181 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral examine librement si les exigences posées par l'art. 29 al. 2 Cst. ont été respectées (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3a p. 51; <ref-ruling> consid. 3 p. 158 et les arrêts cités).
6.3 La cour cantonale a clairement expliqué les raisons pour lesquelles elle considérait que l'obligation d'une convention spécifique claire et détaillée, déduite de l'<ref-law>, était aussi applicable aux contrats de bail portant sur des logements subventionnés. On ne saurait lui reprocher de ne pas avoir introduit, dans l'arrêt entrepris, l'intégralité de l'argumentation de sa décision de novembre 2003, le renvoi à ce précédent (publié dans la RFJ 2003, p. 262) permettant parfaitement à la recourante d'apprécier la portée de la décision la concernant. Dans son jugement de 2003, l'autorité cantonale a entrepris l'interprétation de l'<ref-law> en s'exprimant sur le rapport de cette disposition avec les <ref-law> et 25 OLCAP. L'interprétation de l'<ref-law> relevant du droit privé, on ne voit pas pour quelle raison la cour cantonale aurait dû se prononcer plus en détails sur les avis et recommandations de l'Office fédéral du logement, dont l'une tient compte d'ailleurs dans les conseils qu'elle donne, comme déjà relevé, des exigences strictes de l'<ref-law>. Enfin, la cour cantonale a exclu à bon droit qu'un usage, d'ailleurs non établi par la recourante, puisse remplacer la convention requise par l'<ref-law> et qu'un texte légal annexé au contrat de bail soit suffisant pour attester l'usage allégué (cf. arrêt 4P.309/2004 du 8 avril 2005 consid. 3.4).
Le grief de la violation de l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'art. 6 par. 1 CEDH doit être rejeté.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimés solidairement une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 10 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget