Sachverhalt:
A. Mit Verfügungen vom 6. September 1990, 25. Oktober 1990 und 14. Juni 1991 erteilte das Aargauische Versicherungsamt der A._ AG die kantonalen Brandschutzbewilligungen für die beiden Büro- und Gewerbegebäude (Hochhäuser) Futura I und Futura II in Lupfig. Die Bewilligungen enthielten zahlreiche Nebenbestimmungen. In Bezug auf die Treppenhäuser wurde u.a. verlangt: "Der Zugang zu innenliegenden Treppenhäusern darf nur über statisch entlüftete Schleusenräume (analog Sicherheitstreppenhaus) erfolgen."
Das Aargauische Versicherungsamt stellte anlässlich der brandschutztechnischen Kontrolle vom 22. Oktober 1999 fest, dass statisch entlüftete Schleusenräume in den Treppenhäusern der beiden Gebäude fehlten.
Am 16. Dezember 2002 bewilligte das Aargauische Versicherungsamt ein nachträgliches Gesuch der X._ AG (neue Eigentümerin) für den Einbau von Rauchverdrängungsanlagen in den Treppenhäusern der beiden Gebäude.
B. Die X._ AG beantragte mit Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Aargau, auf weitere brandschutzrelevante Auflagen - insbesondere auf den Einbau von Schleusenräumen - sei zu verzichten. Der Regierungsrat wies mit Entscheid vom 14. Dezember 2005 die Beschwerde ab.
C. Mit Urteil vom 30. Mai 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde der X._ AG ab.
D. Die X._ AG führt mit Eingabe vom 5. Juli 2007 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei festzuhalten, dass die beiden Rauchverdrängungsanlagen in den Büro- und Gewerbegebäuden als alternative Brandschutzmassnahmen gemäss dem kantonalen Recht (§ 6 Abs. 2 Brandschutzgesetz) genügten und zusätzliche statisch entlüftete Schleusen nicht notwendig seien. Eventualiter sei die Streitsache an das Verwaltungsgericht, subeventualiter an das Aargauische Versicherungsamt, zurückzuweisen.
E. Das Aargauische Versicherungsamt, der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht beantragen in der Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Der Gemeinderat Lupfig hat sich nicht vernehmen lassen.
Mit Präsidialverfügung vom 19. September 2007 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. Die Beschwerdeführerin wurde ihrer Erklärung entsprechend gehalten, die beiden Gebäude Futura I und II vor der Klärung der Brandschutzfrage nicht zu benutzen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (<ref-law>). Es untersucht deshalb grundsätzlich von Amtes wegen, ob und inwiefern auf eine Beschwerde eingetreten werden kann (<ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
1.2 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid (<ref-law>) über eine Brandschutzbewilligung, gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law> grundsätzlich offen steht. Ein Ausschlussgrund gemäss <ref-law> liegt nicht vor. Auf die rechtzeitig eingereichte Beschwerde (<ref-law>) ist einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, eine Rauchverdrängungsanlage sei eine gleichwertige Alternative zu statisch entlüfteten Schleusen. Das Verwaltungsgericht habe Verfassungsrecht verletzt, indem es die Verpflichtung zum Bau statisch entlüfteter Schleusen bestätigte. Die Beschwerdeführerin rügt zudem eine Verletzung des Anspruchs auf unabhängige Begutachtung durch den Regierungsrat, weil die beiden von der Beschwerdeführerin vorgeschlagenen Gutachter abgelehnt worden seien. Überdies sei der Leiter der Zürcher Feuerpolizei mit dem Gutachten beauftragt worden, als der Regierungsrat zur Frage der Notwendigkeit der Sicherheitsschleusen und allfälligen Alternativen ein Fachgutachten einholte. Die Aargauischen und Zürcher Behörden hätten beide den Ruf, strenger zu sein als die Behörden der Nachbarkantone. Daher könne der Gutachter als Leiter der Zürcher Feuerpolizei die strenge Zürcher Praxis nicht in Frage stellen und sei nicht frei in der Begutachtung. Zudem habe sich der Gutachter anlässlich der Experteninstruktion vom 2. März 2005 abfällig über die Beschwerdeführerin bzw. ihren Rechtsanwalt geäussert. Im Weiteren sei das Akteneinsichtsrecht verletzt worden, indem der Beschwerdeführerin die Einsicht in einen Beschwerdeentscheid vom 23. März 2005 verweigert worden sei. Die kantonalen Vorinstanzen hätten ausserdem den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie sich dem Argument verschlossen hätten, wonach eine Rauchverdrängungsanlage in bestimmten Fällen eine bessere Wirkung habe als statisch entlüftete Schleusen. Schliesslich sei der Anspruch auf eine öffentliche Gerichtsverhandlung verletzt, da das Verwaltungsgericht einen entsprechenden Antrag abgelehnt habe.
3. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Anspruchs auf öffentliche Gerichtsverhandlung gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK, indem das Verwaltungsgericht einen entsprechenden Antrag abgewiesen habe.
3.1 Nach Ansicht des Verwaltungsgerichts handelt es sich um eine Streitigkeit über zivilrechtliche Ansprüche im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK, da die Beschwerdeführerin verpflichtet werde, in ihren Gebäuden Schleusen einzubauen. Nach der Rechtsprechung könne - so das Verwaltungsgericht - von einer mündlichen Verhandlung jedoch abgesehen werden, wenn eine Streitsache keine Tat- oder Rechtsfragen aufwerfe, die nicht adäquat aufgrund der Akten und der schriftlichen Parteivorbringen gelöst werden können. Ein Absehen von einer mündlichen Verhandlung sei insbesondere dann zulässig, wenn der Sachverhalt unbestritten und keine besonders komplexen Rechtsfragen zu beantworten seien oder wenn es um eine hochtechnische Materie gehe, für deren Behandlung sich ein schriftliches Verfahren besser eigne. Im vorliegenden Fall vermöge eine öffentliche Verhandlung nichts zur Klärung des Falles beizutragen. Der Sachverhalt sei von hoher Technizität und stehe aufgrund der Akten hinlänglich fest. Zu beurteilen seien ausschliesslich Rechtsfragen.
3.2 Das Verwaltungsgericht hat die Rechtsprechung zutreffend wiedergegeben, wonach unter bestimmten Umständen ausnahmsweise auf die Durchführung einer mündlichen Gerichtsverhandlung verzichtet werden kann (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 573/03 vom 8. April 2004 E. 3.5, publiziert in EuGRZ 2004 S. 724, SJZ 100/2004 S. 421; Urteil des Bundesgerichts 4A.9/2006 vom 18. Juli 2006 E. 1; Urteil des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte vom 19. Februar 1998 in Sachen Jacobsson gegen Schweden, Recueil CourEDH 1998-I S. 154, Ziff. 46-49).
Die Beschwerdeführerin beharrt auf ihrem Anspruch auf mündliche Verhandlung, ohne sich mit der im angefochtenen Urteil dargelegten Rechtsprechung auseinanderzusetzen. Sie nennt keine Umstände, weshalb entgegen der genannten Rechtsprechung eine mündliche Verhandlung notwendig wäre. Auch aus dem Sachverhalt ergeben sich dafür keine Indizien. Zum einen geht es um die Frage der Befangenheit des Experten, zum anderen um die Würdigung des Fachgutachtens über eine Brandschutzmassnahme. Beides kann aufgrund der Akten entschieden werden. Die Ansicht des Verwaltungsgerichts, ein schriftliches Verfahren sei besser geeignet, ist im Sinne einer begründeten Ausnahme zulässig. Es durfte somit ausnahmsweise auf die Durchführung einer mündlichen Gerichtsverhandlung verzichtet werden. Die Rüge der Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK geht fehl.
4. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Garantie des unabhängigen Gutachters gemäss <ref-law>. Sie begründet dies mit der Art und Weise der Ernennung des Gutachters, mit seiner beruflichen Tätigkeit als Leiter der Zürcher Feuerpolizei und mit einer behaupteten Äusserung anlässlich der Experteninstruktion.
4.1 Der Gutachter wurde im Verfahren vor dem Regierungsrat eingesetzt. Er ist amtlicher Sachverständiger. Dessen Unabhängigkeit beurteilt sich sinngemäss nach der Garantie des unabhängigen Richters (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 544; <ref-ruling> E. 3c S. 253 betreffend den gerichtlich und schiedsgerichtlich bestellten Sachverständigen). Die Rechtsprechung zur Unabhängigkeit des Richters darf allerdings nicht unbesehen auf den Sachverständigen übertragen werden und Ablehnungsbegehren gegen Sachverständige sind nicht leichthin gutzuheissen (Urteil 1B_22/2007 vom 29. Mai 2007 E. 3.3).
Nach der Rechtsprechung zur Unabhängigkeit des Richters ist die Verfassungsgarantie verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen (<ref-ruling> E. 3.4 S. 116). Dies ist nicht schon dann anzunehmen, wenn sich der Richter in einer bestimmten Sachfrage eine Meinung gebildet hat oder zu Rechtsfragen ausserhalb des Gerichts eine Meinung geäussert hat. Vielmehr bedarf es konkreter Anzeichen, die auf eine abschliessende Meinungsbildung hindeuten, so dass die Meinungsbildung im konkreten Fall nicht mehr offen erscheint (<ref-ruling> E. 3.3 S. 92 f.).
4.2 Gemäss dem kantonalen Recht ist die Auswahl des Sachverständigen Sache der urteilenden Behörde. Dies heisst nach Ansicht des Verwaltungsgerichts, dass die Parteien keinen Anspruch darauf haben, dass ihre Gutachtervorschläge angenommen werden (Vernehmlassung vom 7. August 2007). Im vorliegenden Fall holte die Behörde (das Baudepartement als Instruktionsbehörde im Verfahren vor dem Regierungsrat) zunächst bei den Parteien Vorschläge für mögliche Gutachter ein. Diese wurden aber jeweils von der Gegenseite abgelehnt. Bei dieser Sachlage ist es verständlich, dass die Behörde den Vorschlägen der Beschwerdeführerin nicht folgte. Nachdem bezüglich der Parteivorschläge keine Einigung vorlag, bezeichnete die Behörde den Leiter der Zürcher Feuerpolizei als Gutachter. Sie war zu dieser Gutachterwahl befugt und durfte bei den gegebenen Umständen so vorgehen. Dass die beiden von der Beschwerdeführerin vorgeschlagenen Personen nicht als Gutachter ernannt wurden, nachdem die Gegenpartei sie abgelehnt hatte, begründet keine Befangenheit des bezeichneten Gutachters.
4.3 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, der Gutachter könne als Leiter der Zürcher Feuerpolizei nicht gegen seine Berufsgenossen vom Aargauischen Versicherungsamt Stellung beziehen. Um ihre Bedenken zu veranschaulichen, hat sie bereits im kantonalen Verfahren die Redewendung "eine Krähe hackt der anderen kein Auge aus" verwendet. Zudem gelte die Zürcher Feuerpolizei gemäss einem Zeitungsartikel als besonders streng.
Die Berufstätigkeit des Beschwerdeführers als Leiter der Zürcher Feuerpolizei bietet Gewähr für besondere Fachkenntnis. Insofern steht sie der Expertenwahl nicht entgegen. Mit der Beschwerdeführerin ist anzunehmen, dass der Gutachter wegen seiner beruflichen Aufgabe eine besondere Sensibilität für Fragen des Brandschutzes hat. Dies allein hindert ihn jedoch nicht an einem unabhängigen fachlichen Urteil. Eine Befangenheit wäre nur dann anzunehmen, wenn konkrete Hinweise dafür bestehen, die auf fehlende Neutralität im Einzelfall schliessen lassen. Solche Hinweise bestehen im vorliegenden Fall nicht. Der Umstand, dass der Gutachter die Behörde des Nachbarkantons Zürich leitet, während die Aargauer Behörde Gegenpartei (vor Bundesgericht Beschwerdegegnerin) ist, reicht für die Annahme fehlender Unabhängigkeit im Einzelfall nicht aus.
Die Beschwerdeführerin beruft sich auf einen Zeitungsartikel mit dem Titel "Unmut über die Zürcher Feuerpolizei". Demnach hätten sich Private und Behörden in mehreren Fällen über eine sehr strenge Praxis der Zürcher Feuerpolizei beklagt. Gemäss einem anderen Zeitungsartikel steht die Aargauische Gebäudeversicherung im Ruf, strenger als jene der Nachbarkantone zu sein. Auch wenn die Zürcher Feuerpolizei im Ruf steht, besonders streng zu sein, so gilt ihr Leiter - als Fachmann und ausserhalb der behördlichen Tätigkeit - nicht zum vornherein als befangen. Die zitierten Presseartikel nehmen keinen Bezug auf die konkret zu entscheidende Fachfrage betreffend Brandschutzmassnahmen in Hochhäusern. Die darin behauptete, angeblich strenge Behördenpraxis ist allgemeiner Natur und steht einer unabhängigen Begutachtung des Einzelfalls nicht entgegen.
4.4 Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, der Gutachter habe anlässlich der Experteninstruktion vom 2. März 2005 in abfälliger Weise die Redewendung "eine Krähe hackt der anderen kein Auge aus" zitiert, mit welcher die Beschwerdeführerin ihre Einwendung gegen den Gutachter begründet hatte (Schreiben vom 18. August 2004).
Ob diese Bemerkung wirklich gefallen ist, ist sachverhaltsmässig unklar. Das Augenscheinprotokoll vom 2. März 2005 enthält keinen derartigen Eintrag. Das Verwaltungsgericht hat die Frage offen gelassen, weil eine solche Äusserung jedenfalls keine Befangenheit begründe. Das Aargauische Versicherungsamt bestreitet die Behauptung mit Unkenntnis (Vernehmlassung vom 27. August 2007, Ziff. 2.2.5).
Sollte es sich zugetragen haben, und hat also der Gutachter auf die Redewendung mit der Krähe angespielt, wie behauptet wird, kann darin allenfalls eine scherzhafte oder ungeschickte Äusserung erblickt werden. Solche Äusserungen vermögen nach der Rechtsprechung zur richterlichen Unabhängigkeit in der Regel keine Befangenheit zu begründen, selbst wenn sie deplatziert sind und vom Betroffenen als negativ empfunden werden mögen (<ref-ruling> E. 2d S. 200; <ref-ruling> E. 6 S. 21). Die vorliegende Äusserung des Sachverständigen ist eher als Bagatelle einzustufen. Hinweise auf schwere Verfehlungen des Gutachters, die nach der Rechtsprechung zu einem Ausstand führen können, sind nicht ersichtlich. Die vorgebrachten Gründe reichen nicht aus, um den Eindruck entstehen zu lassen, der Gutachter könne die sich stellenden Fragen nicht mehr umfassend und offen beurteilen. Die Rüge der Verletzung der Garantie des unabhängigen Gutachters ist unbegründet.
5. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts, indem die Rauchverdrängungsanlage nicht als Alternative zur Schleuse zugelassen werde.
5.1 Gemäss dem kantonalen Recht können an die Stelle vorgeschriebener Massnahmen zum Brandschutz Alternativen treten, soweit sie für das Einzelobjekt gleichwertig sind (§ 6 Abs. 2 Brandschutzgesetz vom 21. Februar 1989). Nach Ansicht der kantonalen Behörden ist der Einbau von Schleusenräumen zwischen Treppenhaus und Büroräumen unbedingt erforderlich. Gemäss dem Gutachten vom 29. April 2005 müssen die Schleusen auch dann gebaut werden, wenn eine Rauchverdrängungsanlage besteht. Die fehlenden Schleusen bedeuteten eine Gefährdung der Nutzer des Hochhauses und der Rettungskräfte. Das Treppenhaus sei im Brandfall der einzige Fluchtweg, weshalb auf die Erstellung eines Sicherheitstreppenhauses (d.h. auf den Einbau von Schleusenräumen) nicht verzichtet werden könne. Die kantonalen Behörden haben das Gutachten willkürfrei - d.h. nicht offensichtlich unhaltbar oder widersprüchlich (<ref-ruling> E. 5.1 S. 17 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen) - gewürdigt und sich der Fachmeinung des Gutachters angeschlossen. Der Schluss, die Schleusenräume seien zum Brandschutz unabdingbar, ist verfassungsrechtlich haltbar; die Willkürrüge ist unbegründet. Das Begehren um Feststellung der Tauglichkeit der Rauchverdrängungsanlage als Alternativmassnahme ist abzuweisen.
5.2 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>), indem sich das Verwaltungsgericht ungenügend mit möglichen Alternativen auseinandergesetzt habe. Die Rüge geht fehl: Das Verwaltungsgericht hatte eine Fachfrage zu beurteilen, zu der ein Gutachten vorlag. Das Gutachten äussert sich einlässlich zu den angeordneten Brandschutzmassnahmen und allfälligen Alternativen. Das Verwaltungsgericht bringt zum Ausdruck, dass diese fachliche Beurteilung für den Entscheid wesentlich ist. Das angefochtene Urteil ist damit hinreichend begründet.
6. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Akteneinsichtsrechts, indem sie nicht in einen Beschwerdeentscheid vom 23. März 2005 habe Einsicht nehmen können.
6.1 Der Anspruch auf Akteneinsicht in hängigen Verfahren gemäss <ref-law> bezieht sich auf Aufzeichnungen, die geeignet sind, der Behörde als Grundlage des Entscheids zu dienen (vgl. J.P. Müller, Grundrechte in der Schweiz, Bern 1999, S. 528). Dokumente, die nicht bei den Verfahrensakten liegen und auch nicht in die Akten hätten aufgenommen werden müssen, werden von diesem Einsichtsrecht nicht erfasst.
6.2 Die Beschwerdeführerin hat das Akteneinsichtsgesuch im Schriftenwechsel vor Verwaltungsgericht gestellt. Der Beschwerdeentscheid, den die Beschwerdeführerin einsehen will, stammt aus einem anderen Verfahren; eine persönliche Betroffenheit in Bezug auf dieses Aktenstück macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Das Dokument ist nach Angabe des Verwaltungsgerichts (Vernehmlassung vom 7. August 2007) nicht Grundlage des angefochtenen Entscheids und wurde vom Verwaltungsgericht nicht beigezogen. Dies war auch nicht notwendig, weil sich das Einsichtsgesuch auf einen abgelehnten Gutachtervorschlag bezieht, der vom Verwaltungsgericht nicht zu beurteilen war. Das Verwaltungsgericht durfte sich auf die Prüfung des eingesetzten Gutachters beschränken, ohne sich mit den anderen, früher diskutierten Vorschlägen befassen zu müssen. Demnach betrifft das Akteneinsichtsgesuch eine Frage, die das Verwaltungsgericht nicht zu beurteilen hatte. Bei dieser Sachlage ist der Schluss, wonach sich die Akteneinsicht erübrige, verfassungsrechtlich haltbar. Die Rüge der Verletzung des Akteneinsichtsrechts ist unbegründet.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Aargauischen Versicherungsamt, Abteilung Brandschutz, dem Gemeinderat Lupfig, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Thönen