Sachverhalt:
A. Im Juni 1999 ersuchte der Kanton Zürich als damaliger Flughafenhalter die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, um Eröffnung formeller Enteignungsverfahren zur Beurteilung der eingegangenen Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen. Diese Forderungen betreffen unter anderem zahlreiche Grundstücke in Opfikon-Glattbrugg, die im Bereich der Abflugschneise der Piste 16 liegen. Am 25. Mai 2001 wurde die unique zurich airport Flughafen Zürich AG (im Folgenden: Flughafen Zürich AG) als neue Flughafenhalterin auf ihr Gesuch hin unter Zuerkennung der Parteistellung zum Verfahren beigeladen.
Der Kanton Zürich und die Flughafen Zürich AG erhoben als Flughafenhalter und Enteigner in den Fällen von Opfikon-Glattbrugg die Einrede der Verjährung und verlangten, dass über diese in einem Teilentscheid befunden werde. Die Verjährungseinrede wurde vom Präsidenten der Schätzungskommission am 11. Juni 2003 abgewiesen. Das Bundesgericht wies die hierauf von den Enteignern ergriffene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 27. Juni 2004 ab (<ref-ruling>).
In der Folge bestimmten die Parteien und der Präsident der Schätzungskommission 18 Verfahren, die als sog. Pilotfälle vorweg behandelt werden sollten. Zu diesen gehört das Verfahren um die Mehrfamilienhaus-Parzelle Kat.-Nr. 5710 (GBBl. 2439 Glattbrugg), Wydackerstrasse 8, von X._.
B. Die Einigungsverhandlungen in den 18 ausgewählten Verfahren verliefen im November 2005 erfolglos. Nach Durchführung eines weiteren Schriftenwechsels wurde die Schätzungsverhandlung auf den 4. April 2006 angesetzt. An dieser forderte die Grundeigentümerin eine Minderwertsentschädigung von 40 % des Verkehrswertes ihrer Liegenschaft nebst Zins seit 30. September gemäss den vom Bundesgericht festgelegten Ansätzen. Die Entschädigung sei auch für direkten Überflug durch die neuen Südanflüge zu entrichten. Die Enteigner beantragten, die Entschädigungsforderung abzuweisen; allenfalls sei der Grundeigentümerin - unter bestimmten Vorbehalten und Auflagen - eine geringere als die verlangte Minderwertsentschädigung zuzusprechen.
Mit Entscheid vom 29. November 2006 wies die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, das Entschädigungsbegehren der Grundeigentümerin ab. Die Verfahrenskosten wurden den Enteignern auferlegt und diese zudem verpflichtet, der Grundeigentümerin eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
C. X._ hat beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und verlangt, dass ihr eine Minderwertsentschädigung in Höhe von 30 % des Verkehrswertes ihrer Liegenschaft zuzusprechen sei, ohne dass Zahlungen für den baulichen Schallschutz angerechnet würden. Diese Entschädigung sei als einmalige Zahlung zu leisten und ab dem dies aestimandi zu verzinsen. Im Übrigen sei die zugesprochene pauschale Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- angemessen zu erhöhen. In prozessualer Hinsicht beantragt die Beschwerdeführerin, es sei ein zweiter Schriftenwechsel, ein Augenschein durch eine Delegation des Bundesgerichts und eventualiter eine mündliche Verhandlung durchzuführen. Ausserdem habe die Oberschätzungskommission den Minderwert der Liegenschaften zu schätzen.
Die Enteigner beantragen Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Falls der Grundeigentümerin eine Entschädigung zugesprochen werden sollte, seien jedenfalls gewisse Abzüge vorzunehmen. Die Zinsforderung sei abzuweisen und die Entschädigungszahlung im Grundbuch einzutragen.
Die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, hat Antrag auf Abweisung der Beschwerde gestellt und auf weitere Bemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, ist im Jahr 2006 ergangen. Das Rechtsmittelverfahren bestimmt sich daher noch nach dem Bundesgesetz über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; vgl. Art. 132 des Bundesgesetzes über das Bundesgericht, AS 2006 S. 1205).
2. Wie bereits erwähnt (Sachverhalt lit. A), sind von zahlreichen Eigentümern von Grundstücken in der Gemeinde Opfikon-Glattbrugg Entschädigungsforderungen für übermässige Fluglärm-Immissionen erhoben worden (vgl. auch <ref-ruling> Sachverhalt S. 398). Im Einvernehmen mit den Parteien hat daher die Schätzungskommission 18 Verfahren ausgewählt, um wegweisende Entscheide zu fällen, welche (nach altem Verfahrensrecht) allenfalls direkt dem Bundesgericht unterbreitet werden könnten. In diesen 18 Fällen geht es um Liegenschaften unterschiedlicher Natur, so um Einfamilienhäuser, Mehrfamilienhäuser, Geschäftshäuser, öffentliche Gebäude, landwirtschaftliche Bauten und unüberbauten Boden. In all den Verfahren sind aber vor Bundesgericht prinzipielle Rechtsfragen aufgeworfen worden, von denen - unabhängig von den besonderen Eigenschaften der einzelnen Grundstücke - die Anerkennung der Entschädigungspflicht überhaupt oder das Vorgehen bei der Entschädigungsfestsetzung abhängt. Das Bundesgericht hat über den Grossteil dieser Fragen im Leitentscheid vom 8. Februar 2008 befunden. Soweit die dort angestellten Überlegungen hier nur zusammengefasst wiedergegeben werden, kann auf jenes Urteil verwiesen werden (1E.15/2007, 1E.16/2007; zur Publikation bestimmt).
3. Die Parteien stellen verschiedene Beweisanträge und ersuchen insbesondere um Befragung von Experten oder um Beizug zusätzlicher Fachberichte wie auch um Vornahme eines Augenscheins. Solche weiteren Instruktionsmassnahmen sind jedoch, wie sich aus dem Folgenden ergibt, nicht erforderlich.
4. Wie in den übrigen Fällen ist hier zunächst umstritten, ob die Liegenschaft der Beschwerdeführerin durch direkte Überflüge betroffen werde und sich schon aus dieser Eigentumsverletzung ein Entschädigungsanspruch ergebe. Die Schätzungskommission hat einen solchen Anspruch für die Starts ab Piste 16 verneint, da - wie das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3.2 dargelegt habe - die Abflüge nicht zu den gleichen Einwirkungen wie die Landeanflüge führten. Zudem verliefen die Abflugspuren deutlich östlich der fraglichen Liegenschaft und erreichten eine Höhe von in der Regel deutlich über 200 m.
Die Enteigner stimmen den Ausführungen der Schätzungskommission zu und bezeichnen die Entschädigungsforderung für Überflug durch startende Flugzeuge zudem als verjährt. Die Beschwerdeführerin bringt vor, eine Entschädigung sei schon dann geschuldet, wenn ein Grundstück nur selten oder sogar bloss einmal überflogen werde, wobei auch nahe seitliche Vorbeiflüge mit in Betracht zu ziehen seien. Sie bestreitet ausserdem, dass die von der Flughafenhalterin vorgelegten Aufzeichnungen der Flugspuren repräsentativ und zuverlässig seien.
4.1 Das Bundesgericht spricht vom enteignungsrechtlich relevanten "eigentlichen Überflug" (Überflug stricto sensu), wenn die Flugzeuge derart tief unmittelbar über ein Grundstück fliegen, dass der nach Art. 667 Abs. 1 ZGB dem Grundeigentum zuzurechnende Luftraum verletzt wird (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 332; <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 8 S. 494; <ref-ruling> E. 5d S. 557; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3 S. 145). Geht es somit um ein direktes Eindringen in das Grundeigentum und nicht um eine im Sinne von Art. 684 ZGB mit übermässigen Einwirkungen verbundene Nutzung eines Nachbargrundstücks, so spielen die in der Rechtsprechung für diesen Fall aufgestellten Voraussetzungen der Unvorhersehbarkeit und der Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des Schadens keine Rolle. Ein enteignungsrechtlicher Entschädigungsanspruch für Überflug erwächst dem Grundeigentümer indes nur dann, wenn die Flugzeuge tatsächlich in die Luftsäule über seinem Grundstück eindringen und dies in einer derart geringen Höhe, dass seine schutzwürdigen Interessen an der ungestörten Nutzung seines Eigentums betroffen werden. Zudem wird in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine gewisse Regelmässigkeit solchen Eindringens in den zum Grundeigentum gehörenden Luftraum verlangt ("passage régulier" vgl. BGE <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355 und <ref-ruling> E. 2.2 S. 75). Nur vereinzelte Überflüge ("atteinte trop occasionnelle" vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 151) lassen keinen enteignungsrechtlichen Entschädigungsanspruch entstehen.
4.2 Gemäss bundesgerichtlicher Praxis kann somit nur von einem eigentlichen Überflug die Rede sein, wenn ein Flugzeug ganz oder teilweise (etwa mit einem Flügel) in die Luftsäule über dem fraglichen Grundstück eindringt. Bei seitlichen Vorbeiflügen - so beeindruckend diese auch sein mögen - wird das Grundeigentum nicht berührt und sind die Einwirkungen nur unter dem Gesichtswinkel einer Nachbarrechtsverletzung zu prüfen.
Der Auffassung der Beschwerdeführerin, wonach die Häufigkeit der Ausübung einer Dienstbarkeitsberechtigung für die Entschädigungspflicht zivilrechtlich nicht massgeblich sei und eine solche auch hier schon bei einem einzigen Durchflug entstehe, ist ebenfalls nicht zu folgen. Wohl hat das Bundesgericht die Inanspruchnahme des zum Grundeigentum gehörenden Luftraums beim eigentlichen Überflug mit der Belastung durch ein Durch- oder Überflugsservitut verglichen (vgl. etwa BGE <ref-ruling> E. 2.8 S. 80 "assimiler en quelque sorte"). Es ist jedoch immer klargestellt worden, dass dieser Eingriff in das Grundeigentum - da er durch ein mit dem Enteignungsrecht ausgestattetes Unternehmen erfolgt - nicht zivilrechtliche, sondern enteignungsrechtliche Folgen habe. So fallen die im ZGB dem Grundeigentümer oder dem Nachbarn zur Verfügung gestellten Abwehrrechte dahin und richtet sich auch der Entschädigungsanspruch nach den enteignungsrechtlichen und nicht nach den zivilrechtlichen Regeln. Der Hinweis der Beschwerdeführerin auf die zivilrechtlichen Prinzipien über die Ausübung und Abgeltung von Dienstbarkeiten geht demnach an der Sache vorbei.
4.3 Die Enteigner ersuchen das Bundesgericht, die kritische Flughöhe für den eigentlichen Überflug ein für allemal zu bestimmen.
Nach Art. 667 Abs. 1 ZGB erstreckt sich das Eigentum an Grund und Boden nach oben und unten auf den Luftraum und das Erdreich, soweit für die Ausübung des Eigentums ein Interesse besteht. Wie gross diese räumliche Ausdehnung ist, lässt sich nicht in allgemein gültiger Weise festlegen, sondern bestimmt sich von Fall zu Fall nach den konkreten Umständen und dem schutzwürdigen Interesse des Eigentümers, diesen Raum selbst zu nutzen oder zu beherrschen und das Eindringen anderer abzuwehren. Das Bundesgericht hat es daher - in der zivilrechtlichen und in der enteignungsrechtlichen Praxis - stets abgelehnt, generell zu bestimmen, auf welcher Höhe ein Flugzeug in die Interessenssphäre der Grundeigentümer und damit in das Grundeigentum selbst eindringe. Dies hange von der Nutzung und Lage der konkret betroffenen Liegenschaft, aber auch von der Art und Grösse der Flugzeuge und den entsprechenden Auswirkungen des Überflugs ab (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 146, E. 3.2.2 und 3.2.3 S. 150 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 76; <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 4a/cc S. 355; <ref-ruling> E. 2 S. 89 f., je mit Hinweisen). Indessen lässt sich aufgrund der bereits ergangenen Entscheide die kritische Höhe des Überflugs über Wohngebieten etwas eingrenzen. Eigentliche Überflüge sind bei landenden Grossraumflugzeugen bejaht worden, welche Wohnliegenschaften in der Höhe von 125 m oder darunter überqueren (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 147 mit Hinweisen). Dagegen ist festgestellt worden, dass Überflüge solcher Maschinen in der Höhe von mindestens 400 m das Grundeigentum nicht verletzen (BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150 und E. 3.2.3 S. 151; s.a. BGE <ref-ruling> E. 8 S. 495). Ebenfalls zu keinem Eingriff führten vereinzelte Flüge insbesondere kleinerer Maschinen in der Höhe von etwa 220 m bzw. 250 m (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 150). Anhand dieser Kriterien lässt sich im vorliegenden Fall die Frage des Überflugs stricto sensu beantworten und besteht kein Anlass zu weiteren Abgrenzungen.
4.4 Die von der Beschwerdeführerin kritisierten Aufzeichnungen der Flugspuren der Starts ab Piste 16 in der Woche vom 16. bis 22. Mai 2006 sind im bundesgerichtlichen Verfahren durch die Überflugsdaten zweier weiterer Wochen (9. bis 16. Januar 2006 und 17. bis 23. Juli 2006) ergänzt worden. Für die Darstellung der Überflugsituation wurden gemäss den Ausführungen der Enteigner die Multilaterationsdaten des Bodenradars SAMAX verwendet. Die Daten stammen von Skyguide und sind zur Auswertung direkt dem Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR) übermittelt worden. Die Beschwerdeführerin bestreitet weiterhin, dass die Aufzeichnungen genau und aussagekräftig seien. Entgegen ihrer Meinung kann jedoch auf die ermittelten Flugspuren abgestellt werden, da diese im Lichte der anwendbaren Kriterien ein genügendes Bild der Überflugsituation abgeben und gewisse Messunsicherheiten ohnehin nicht ausgemerzt werden können.
4.5 Die Aufzeichnungen der Flugspuren bestätigen die Feststellung der Schätzungskommission, dass das rund 2,2 km vom Pistenende entfernt liegende Grundstück der Beschwerdeführerin von startenden Flugzeugen nur selten direkt überflogen wird und der Grossteil der Maschinen östlich daran vorbeizieht. Die Mehrzahl der Flugzeuge erreicht dabei bereits eine Höhe von 400 bis 600 m oder jedenfalls - bei sehr hohen Temperaturen - von über 300 m. Nur vereinzelt wird eine Höhe von um die 200 m verzeichnet. Es ist daher mit der Schätzungskommission davon auszugehen, dass die Liegenschaft der Beschwerdeführerin nicht durch Überflüge stricto sensu von startenden Maschinen betroffen werde (für die Landeanflüge vgl. unten E. 7).
5. Im angefochtenen Entscheid ist weiter untersucht worden, ob der Beschwerdeführerin ein Entschädigungsanspruch für die Unterdrückung ihrer nachbarlicher Abwehrrechte gegenüber Lärmeinwirkungen zustehe. Ein solcher setzt nach der Rechtsprechung voraus, dass - kumulativ - die drei Bedingungen der Unvorhersehbarkeit der Lärmimmissionen, der sog. Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des immissionsbedingten Schadens gegeben sind (vgl. etwa BGE <ref-ruling> E. 7 S. 490 ff.; <ref-ruling> E. 7.1 S. 402, E. 9.2 S. 410, E. 12 S. 414, je mit Hinweisen).
Die Schätzungskommission hält nur zwei der drei Voraussetzungen für erfüllt. Im angefochtenen Entscheid wird ausgeführt, der Vater der Beschwerdeführerin habe das umstrittene Grundstück im Jahre 1932 erworben und das Mehrfamilienhaus 1960 erstellt. Die Liegenschaft sei im September 1991 im Rahmen einer Erbteilung von der Beschwerdeführerin übernommen worden. Damit sei die Voraussetzung der Unvorhersehbarkeit für die Liegenschaft erfüllt. Da die Immissionsgrenzwerte im fraglichen Gebiet, das der Empfindlichkeitsstufe II (ES II) zugewiesen sei, überschritten würden, sei auch die Voraussetzung der Spezialität der Einwirkungen gegeben. Was den fluglärmbedingten Minderwert betreffe, so sei dieser bei Ertragsliegenschaften wie dem umstrittenen Mehrfamilienhaus grundsätzlich anhand von Ertragswertschätzungen zu bestimmen. Die von der Beschwerdeführerin vorgelegten Unterlagen wiesen indes keine Ertragseinbussen aus. Die Bruttoerträge der ausserordentlich gut unterhaltenen Liegenschaft seien seit dem Stichtag durchwegs hoch, insbesondere wenn - was der Lehre entspreche - die von der Familie selbst genutzten Wohnungen zu Marktbedingungen in die Renditeberechnung einbezogen würden. Ein Minderwert im Sinne eines schweren Schadens könne im Verhältnis zum Gesamtwert der Liegenschaft (gemäss Schätzungskommission Fr. 2'275'433.--) auf Grund der Wirtschaftlichkeit des Objektes nicht festgestellt werden. Die Entschädigungsforderung sei demnach abzuweisen.
Diese Erwägungen der Schätzungskommission werden von beiden Parteien kritisiert.
5.1 Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass bei Ertragsliegenschaften der Schadensnachweis nur schwer möglich sei und insbesondere in den Pilotfällen bloss geringe Mietzinsausfälle belegt werden könnten. Dies erkläre sich mit der zurzeit noch herrschenden Nachfrage und vor allem mit den tiefen Mietpreisen. Würden die Eigentümer marktübliche Mietzinse verlangen, wären Leerstände und höhere Einbussen die Folge. Die Lärmbelastung verunmögliche klarerweise eine ertragsoptimierte Vermietung und erhöhe andererseits den Aufwand für Vermietung und Unterhalt. Renovationskosten könnten insbesondere bei älteren Gebäuden kaum noch auf die Mieter überwälzt werden. Langfristige Anlagestrategien seien nicht mehr möglich. Da sich gut Verdienende nicht an lärmigen Orten niederliessen, ändere sich auch die Mieterschaft. Die fluglärmbelasteten Gebiete würden, wie die Nachbarschaften von Autobahnen und stark befahrener Hauptstrassen, zu Lärmghettos mit überwiegend ausländischer Bevölkerung.
5.2 Die Enteigner stimmen den Überlegungen der Schätzungskommission im Ergebnis zu. Sie machen jedoch vorab geltend, dass hier unklar sei, ob die Voraussetzung der Unvorhersehbarkeit der Immissionen erfüllt sei. Zur Bedingung der Schwere des Schadens wird vorgebracht, in Fällen der Enteignung nachbarrechtlicher Abwehrbefugnisse wegen übermässigen Lärms könne - infolge der Nähe und der Verwandtschaft zur materiellen Enteignung - nur dann von einem schweren Schaden ausgegangen werden, wenn der Minderwert wegen Fluglärms einen Drittel des Verkehrswertes einer Liegenschaft übersteige. Jedenfalls müssten die fluglärmbedingten Minderwerte von Ertragsliegenschaften durch entsprechende Ertragseinbussen nachgewiesen werden, was vorliegend nicht der Fall sei.
6. Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> E. 12.1 S. 415 ausdrücklich bestätigt, dass die für die (Un-)Vorhersehbarkeit der Fluglärm-Immissionen massgebende Schwelle, die in der Rechtsprechung auf den 1. Januar 1961 gelegt worden ist, auch für die durch den Abflugverkehr betroffenen Grundeigentümer in Opfikon-Glattbrugg gilt. Hat ein Anwohner sein Grundstück erst nach diesem Zeitpunkt anders als durch Erbgang erworben, gelten die Einwirkungen als vorhersehbar und kann kein Entschädigungsanspruch entstehen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 142 mit zahlreichen Hinweisen). Ebenso wenig ist Entschädigung für ein Gebäude zu leisten, das erst nach diesem Datum erstellt worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 50; <ref-ruling> E. 2a; nicht publ. Entscheid E.22/1992 vom 24. Juni 1996 E. 3b, während in <ref-ruling> E. 6c/aa die Frage offen gelassen worden ist). Wird ein Gebäude in der fraglichen Periode erbaut, ist ausschlaggebend, ob der Baubeginn oder der Abschluss des Werkvertrages in die Zeit vor oder nach dem 1. Januar 1961 falle (Urteil 1E.15/2007 und 1E.16/2007 vom 8. Februar 2008 E. 7).
Es ist unbestritten, dass das Grundstück Kat.-Nr. 5710 schon vor dem 1. Januar 1961 im Eigentum der Familie der Beschwerdeführerin stand. Aus den Akten ergibt sich auch, dass die Baubewilligung für das Mehrfamilienhaus am 5. Juli 1960 erteilt worden ist. Die Enteigner haben jedoch schon im vorinstanzlichen Verfahren geltend gemacht, das Haus sei erst im Jahre 1961 erstellt worden. Im angefochtenen Entscheid wird hierzu ausgeführt, eine Rückfrage des Koreferenten bei der Gebäudeversicherung des Kantons Zürich habe ergeben, dass bei dieser 1960 als Erstellungsjahr vermerkt sei. Die entsprechende Auskunft findet sich jedoch nicht bei den Akten. Auf den Formularen, die bei den Akten liegen, wird 1961 als Erstellungsjahr genannt. Die Enteigner beharren deshalb darauf, dass die Bedingung der Unvorhersehbarkeit der Immissionen für die fragliche Liegenschaft nicht gegeben sei.
Selbst wenn sich aber ergäbe, dass das Mehrfamilienhaus erst im Jahre 1961 erstellt worden ist, schlösse dies eine Entschädigungsleistung für die lärmbedingte Beeinträchtigung des Landwertes nicht aus. Wie im Entscheid 1E.11/2007 vom 14. April 2008 (zur Publikation bestimmt) dargelegt worden ist, geht der Entschädigungsanspruch für Boden, der bereits am 1. Januar 1961 im Eigentum eines Ansprechers oder seiner Vorfahren stand, bei der Überbauung des Grundstücks nach diesem Zeitpunkt nicht unter. Vielmehr ist in solchen Fällen zu prüfen, welchen Schaden die Liegenschaft, so wie sie sich am Stichtag darstellt, durch die Lärmeinwirkungen erlitten hat. Erweist sich der Schaden im Sinne der Rechtsprechung als schwer, so ist der Schaden in einen auf das Gebäude entfallenden und in einen auf dem Boden entfallenden Teil aufzugliedern und letzterer abzugelten.
Es fragt sich somit, ob erneut Abklärungen hinsichtlich des Überbauungszeitpunkts vorzunehmen seien. Von solchen Nachprüfungen kann indes im vorliegenden Fall abgesehen werden, wenn sich ergibt, dass die Liegenschaft der Beschwerdeführerin von direkten Überflügen der von Süden her landenden Flugzeuge betroffen ist. Unter diesen Umständen spielen wie dargelegt (E. 4.1) die Voraussetzung der Unvorhersehbarkeit der Immissionen wie auch die Bedingungen der Spezialität der Einwirkungen und der Schwere des Schadens keine Rolle.
7. Die Beschwerdeführerin hat an der Schätzungsverhandlung vom 4. April 2006 zusätzlich Entschädigung für die Einwirkungen verlangt, die von den Ende Oktober 2003 eingeführten sog. Südanflügen auf die Piste 34 (Gegenrichtung von Piste 16) ausgehen. Die Schätzungskommission hat sich, ohne sich zur Verfahrensfrage der Ausweitung des Streitgegenstandes zu äussern, auch mit dieser Entschädigungsforderung befasst. Die Enteigner haben sich der Verfahrenserweiterung nicht widersetzt. Da die in das Verfahren einbezogene heutige Flughafenhalterin ebenso für die Einwirkungen der Südanflüge einzustehen hat, erscheint es denn auch als sinnvoll, über sämtliche Beeinträchtigungen ein- und desselben Objektes im gleichen Verfahren zu befinden (vgl. BGE <ref-ruling>).
Im angefochtenen Entscheid wird festgestellt, die Südanflüge fänden in den frühen Morgenstunden von 06.00 bis 07.08 Uhr sowie an Wochenenden und Feiertagen von 06.00 bis 09.08 Uhr sowie allenfalls in den ersten beiden Nachtstunden statt. Die Liegenschaft der Beschwerdeführerin werde in einer Höhe von knapp unter 150 m überflogen. Allerdings werde der Luftraum über der Liegenschaft in der Regel nicht direkt beansprucht; dies treffe nur bei seitlichen Abweichungen der Anflüge innerhalb des Toleranz-Winkels zu. Die Landeanflüge von Süden her seien auf Grund der zeitlichen Beschränkung dieser Anflüge und des "ausnahmsweise wirklich direkten Überflugs" nicht von einer Regelmässigkeit und Häufigkeit, die eine Entschädigung rechtfertigten.
Diesen Erwägungen kann nicht gefolgt werden.
7.1 Die Enteigner haben an der Schätzungsverhandlung ausdrücklich anerkannt, dass das Grundstück der Beschwerdeführerin durch die landenden Flugzeuge im Sinne der Rechtsprechung direkt überflogen werde. Es liege am Rande des Landekorridors längs des ILS-Leitstrahls 34 (Anflug-Toleranz-Winkel 1.25°), in welchem die landenden Maschinen die Höhe von 150 m unterschritten. Wird in Betracht gezogen, dass der Landekorridor an der fraglichen Stelle nur gut 100 m breit ist und Grossraumflugzeuge Flügelspannweiten von bis zu 60 m aufweisen, darf ohne weiteres angenommen werden, dass der Luftraum über dem Grundstück der Beschwerdeführerin häufig beansprucht wird. Es liegen denn auch keine Aufzeichnungen von Flugspuren vor, welche die Vermutung der Schätzungskommission, das Grundeigentum werde nur "ausnahmsweise" betroffen, bestätigen würden. Entsprechend dem Zugeständnis der Enteigner ist davon auszugehen, dass die Voraussetzungen für direkte Überflüge durch die Anflüge auf die Piste 34 in räumlicher Hinsicht erfüllt sind und der fragliche Luftraum auch mit der geforderten Häufigkeit beansprucht wird.
7.2 Die Schätzungskommission hält die Bedingung der Regelmässigkeit des Überflugs offenbar auch deshalb nicht für erfüllt, weil die Anflüge auf die Piste 34 täglich nur während kürzerer Zeit stattfänden. Die Tatsache, dass grundsätzlich täglich mehrere direkte Überflüge stattfinden, genügt jedoch zur Bejahung der in der Rechtsprechung geforderten Regelmässigkeit solcher Eingriffe ("passage régulier" vgl. BGE <ref-ruling> E. 3 S. 80, mit Hinweis). Dass die Überflüge während des ganzen Tages andauern, wird nicht verlangt. Wohl sind die Überflüge hier zeitlich eingeschränkt, doch fallen sie gerade in die frühen Morgen- und (allenfalls in) die Nachtstunden, in denen das Bedürfnis nach Ruhe besonders ausgeprägt ist. Neuere wissenschaftliche Untersuchungen im Umfeld des Flughafens Zürich haben denn auch ergeben, dass der Fluglärm am frühen Morgen und am Abend als besonders belästigend oder sogar unzumutbar empfunden wird (Mark Brink/Katja Wirth/Regula Rometsch/Christoph Schierz, Lärmstudie 2000, Zusammenfassung, ETH Zürich 2005, S. IV, 37, 39 ff.; Katja Wirth/Mark Brink/Christoph Schierz, Lärmstudie 2000, Schlussbericht zur 2. Befragungsstudie vom August 2003, ETH Zürich 2006, S. 61 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 45b S. 587 f., mit Hinweisen). Auch unter diesem Gesichtswinkel lässt es sich nicht rechtfertigen, die Entschädigungsansprüche wegen der zeitlichen Beschränkung der direkten Überflüge zu verneinen.
7.3 Es kann sich daher nur noch fragen, ob durch die Überflüge bzw. den Flugbetrieb irgendwelcher Schaden entstanden sei oder nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge noch eintreten werde (vgl. Art. 19 lit. c des Bundesgesetzes über die Enteignung [EntG; SR 711]). Bei dieser Beurteilung sind, wie in BGE <ref-ruling> E. 3 und 4 ausgeführt worden ist, grundsätzlich sämtliche vom Flugbetrieb ausgehenden Beeinträchtigungen, das heisst sowohl die Einwirkungen durch den direkten Überflug wie auch die Belästigung durch den Abfluglärm, mit in Betracht zu ziehen.
8. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung hat der Grundeigentümer, der durch den Flugbetrieb in seinen dinglichen Rechten beeinträchtigt wird, Anspruch auf Ersatz des Minderwertes, den sein Grundstück durch die dingliche Belastung erleidet, d.h. auf die Vergütung der Wertdifferenz, die sich zwischen dem Verkehrswert des unbelasteten Grundstücks und jenem des belasteten Grundstücks ergibt (vgl. Art. 19 lit. b EntG; <ref-ruling> E. 3 S. 245; <ref-ruling> E. 4c S. 343; Urteil 1E.15/2007 und 1E.16/2007 vom 8. Februar 2008 E. 11). Die Bestimmung des Verkehrswertes richtet sich für vermietete Mehrfamilienhäuser wie das hier umstrittene grundsätzlich nach den für die Bewertung von Ertragsliegenschaften geltenden Regeln. In Betracht fallen somit die - allenfalls mit einer Realwertermittlung kombinierte - Ertragswertmethode (Kapitalisierung der Netto- oder Bruttomieterträge) sowie die neuere Discounted Cash Flow Methode (DCF), bei der die mutmasslichen künftigen Einnahme- und Ausgabenströme für einen Zeitraum von fünf bis zehn Jahren festzulegen und auf den Bewertungsstichtag abzuzinsen sind (vgl. dazu etwa: Das Schweizerische Schätzerhandbuch, Bewertung von Immobilien, Ausgabe 2005, Hrsg. Schweiz. Vereinigung kantonaler Grundstücksbewertungsexperten SVK und Schweiz. Schätzungsexpertenkammer/Schweiz. Verband der Immobilien-Treuhänder SEK/SVIT, S. 49, 81; Kaspar Fierz, Der Schweizer Immobilienwert, 5. Aufl. 2005, S. 150 ff.). Die Ermittlung des Minderwertes der flugbetriebsbelasteten Miethäuser dürfte aber unabhängig von der angewendeten Methode nicht leicht fallen:
Während sich bei Einfamilienhäusern und Stockwerkeigentum der Verkehrswert nach dem Interesse der Käufer und den möglichen Marktpreisen bestimmt, die relativ rasch auf äussere Einflüsse wie Überflüge und Lärmbelastungen reagieren, wird sich nach der Lebenserfahrung bei Mietobjekten, die Wohnzwecken dienen, die Ertragslage bei solchen Einwirkungen nur langsam verschlechtern. Die meisten Mieter scheuen die Mühen und Kosten eines Umzugs. Alteingesessene Mieter werden ihre Wohnungen nicht leicht aufgeben, sondern eher geneigt sein, die Immissionen zu erdulden. Mieterwechsel und Leerstände werden sich daher erst allmählich, im Laufe mehrerer Jahre, häufen. Die abgeschlossenen Mietverträge enden denn auch nicht beim Auftreten der Einwirkungen. Mietzinsreduktionen infolge Immissionsbeeinträchtigungen sind gestützt auf Art. 259a Abs. 1 lit. b bzw. Art. 259d OR in der Praxis nur schwer durchsetzbar. Die Mietzinse werden daher häufig noch einige Jahre gleichgehalten oder - insbesondere nach grösseren Renovationen - in Einzelfällen sogar noch erhöht werden können. Dies ändert jedoch nichts daran, dass Wohnliegenschaften, die Überflügen und übermässigem Fluglärm ausgesetzt werden, eine wertmässige Einbusse erleiden und sich die schleichende Entwertung über kurz oder lang darin zeigen wird, dass für die belasteten Wohnungen nicht (mehr) die selben Mietzinse erzielt werden können wie für vergleichbare Objekte in unberührter, ruhiger Lage. Der Ertragsverlust kann sich auch darin äussern, dass überdurchschnittliche Investitionen getätigt werden müssen, um die Belastungen durch höheren Komfort und Standard auszugleichen.
Es kann demnach im Entschädigungsverfahren - selbst wenn dieses etwas länger dauert - vom Eigentümer nicht verlangt werden, dass er den nach der Belastung eingetretenen Wertverlust seiner Liegenschaft konkret belege. Ebenso wenig kann es bei einer Vielzahl von Verfahren Aufgabe der Schätzungskommission sein, in jedem Einzelfall aufgrund der vorgelegten, häufig dürftigen Unterlagen abzuklären, ob und in welcher Höhe eine Ertragseinbusse eingetreten sei oder noch eintreten werde. Dabei müsste auch der Frage nachgegangen werden, ob trotz gleich bleibender Einnahmen ein Ausfall entstehe, weil die Mietzinse nicht oder nicht mehr dem sonstigen Markt gemäss erhöht werden könnten. Zudem wäre zu prüfen, ob sich die Aufwendungen für Unterhalt und Renovation im Rahmen des Üblichen hielten und künftig nicht vergrössert werden müssten. Angesichts all dieser Schwierigkeiten hat für Ertragsliegenschaften, die Wohnzwecken dienen und sich nicht für eine andere, weniger lärmempfindlichere Nutzung eignen, eine schematische Beurteilung des fluglärmbedingten Schadens zu erfolgen, die nicht nur im Sinne der Praktikabilität, sondern auch der Gleichbehandlung liegt.
9. Es ist nicht Sache des Bundesgerichts als Beschwerdeinstanz, einen Raster bzw. die geeigneten Kriterien zur schematischen Beurteilung der überflugs- und immissionsbedingten Entwertung von Mehrfamilienhäusern aufzustellen. Vielmehr ist die vorliegende Streitigkeit zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Schätzungskommission zurückzuweisen, die über Fachrichter verfügt und der die örtlichen Verhältnisse vertraut sind. Immerhin mögen hier einige Anhaltspunkte für die vorzunehmenden schematischen Minderwertsermittlungen genannt werden:
9.1 Die Flughafenhalterin hat durch Experten ein auf ökonometrischen Grundlagen beruhendes sog. hedonisches Modell (MIFLU "Minderwert Fluglärm") ausarbeiten lassen, anhand dessen sich der Wert der verschiedenen Merkmale von Immobilien - so insbesondere auch die Ruhe oder das Fehlen der Ruhe im Quartier - ermitteln lässt. Das Bundesgericht hat im Leitentscheid 1E.15/2007 und 1E.16/2007 vom 8. Februar 2008 die Anwendbarkeit dieser Methode zur Bestimmung des fluglärmbedingten Minderwertes von selbst genutztem Wohneigentum (Einfamilienhäuser und Stockwerkeigentum) anerkannt. Nun ist das MIFLU-Modell zwar zur Ermittlung des lärmbedingten Wertverlustes vermieteter Mehrfamilienhäuser nicht einsetzbar. Ergibt sich jedoch anhand des Modells, dass das selbstgenutzte Wohneigentum in einem bestimmten Quartier fluglärmbedingt einen schweren Schaden im Sinne der Rechtsprechung erleidet, so liegt der Schluss nahe, dass auch die Mehrfamilienhäuser, die gleich oder stärker lärmbelastet oder sogar auch überflugsbelastet sind, in zumindest ähnlicher Weise beeinträchtigt werden. Die Lärmsituation in den betroffenen Quartieren kann aufgrund der von der EMPA Dübendorf mittels FLULA2 (Fluglärmsimulationsprogramm) erstellten Belastungskarten hektargenau festgestellt werden.
9.2 Der Umstand, dass sich Mietertragsverluste häufig erst allmählich einstellen (vgl. E. 8), kann etwa dadurch berücksichtigt werden, dass eine zu leistende Entschädigung nicht schon ab dem Schätzungsstichtag zu verzinsen ist. Mit einem späteren Zinsbeginn kann hier auch der Tatsache Rechnung getragen werden, dass die direkten Überflüge erst Ende 2003 aufgetreten sind.
9.3 Die schematische Bewertung soll im Übrigen nicht ausschliessen, dass den örtlichen Gegebenheiten oder besonderen Merkmalen der Mehrfamilienhäuser Rechnung getragen wird. Wird ein Mietobjekt auch vom Strassenlärm betroffen oder ist sein Unterhalt vernachlässigt, so wird der Einfluss des Fluglärms auf den Mietwert wesentlich geringer sein als bei gut gepflegten Wohnhäusern in (vom Fluglärm abgesehen) ruhiger Lage. In diesem Zusammenhang kann der Einsatz einer Bewertungstabelle, die feinere Unterscheidungen trifft als der von der Schätzungskommission in anderen Fällen verwendete Lageklassenschlüssel, von Nutzen sein.
9.3 Die schematische Bewertung soll im Übrigen nicht ausschliessen, dass den örtlichen Gegebenheiten oder besonderen Merkmalen der Mehrfamilienhäuser Rechnung getragen wird. Wird ein Mietobjekt auch vom Strassenlärm betroffen oder ist sein Unterhalt vernachlässigt, so wird der Einfluss des Fluglärms auf den Mietwert wesentlich geringer sein als bei gut gepflegten Wohnhäusern in (vom Fluglärm abgesehen) ruhiger Lage. In diesem Zusammenhang kann der Einsatz einer Bewertungstabelle, die feinere Unterscheidungen trifft als der von der Schätzungskommission in anderen Fällen verwendete Lageklassenschlüssel, von Nutzen sein.
10. Der angefochtene Entscheid ist demnach in Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde aufzuheben und die Sache an die Schätzungskommission zurückzuweisen. Diese wird in Berücksichtigung der bundesgerichtlichen Erwägungen eine Neuermittlung des überflugs- und lärmbedingten Schadens bzw. der Entschädigung vorzunehmen haben. Ist das vorinstanzliche Verfahren wieder aufzunehmen, erübrigt es sich, über den Antrag der Beschwerdeführerin auf Erhöhung der Parteientschädigung für das Verfahren vor der Schätzungskommission zu befinden.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Regel von Art. 116 Abs. 1 EntG entsprechend den Enteignern aufzuerlegen. Diese sind zudem zu verpflichten, der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Bei der Bemessung der Parteientschädigung darf dem Umstand Rechnung getragen werden, dass die Rechtsschriften der Grundeigentümer in den Pilotfällen über weite Teile gleich lauten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, vom 29. November 2006 aufgehoben.
Die Sache wird zur Neubeurteilung an die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den beiden Enteignern unter solidarischer Haftbarkeit je zur Hälfte auferlegt.
3. Die beiden Enteigner haben der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer