Stiftungsaufsicht, hat sich ergeben:
A.- Auf Ersuchen des Eidgenössischen Departements des Innern (EDI) in seiner Funktion als eidgenössische Stiftungsaufsicht stellte die Sozialbehörde Embrach die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung gestützt auf <ref-law> unter Beistandschaft (Verfügung vom 28. Mai 1999). Zum Beistand wurde Rechtsanwalt Dr. Stephan Eschmann, Zürich, ernannt.
Diese Anordnung wurde gerichtlich bestätigt, zuletzt vom Bundesgericht mit Urteil vom 3. Oktober 2000 (teilweise publiziert in <ref-ruling>).
Nachdem das Amtsgericht Baden-Baden (BRD) das Begehren von Rechtsanwalt Stephan Eschmann um Bestellung eines Betreuers für den Stifter und Stiftungsratspräsidenten Dr.
Gustav Rau abgelehnt und vorfrageweise dessen Geschäftsfähigkeit festgestellt hatte (Beschluss vom 20. September 2000), forderte dieser den Beistand mit Schreiben vom 30. November 2000 zum sofortigen Rücktritt auf. Da Stephan Eschmann der Aufforderung nicht nachkam, gelangte Gustav Rau am 15. Januar 2001 an das EDI mit dem Begehren um sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost, Dr. Werner Thost und Pierre Boissonas, um Ernennung von Fürsprecher Dietrich Stettler, Dr. Lukas Imark und René Peterhans zu Stiftungsräten und um Aufhebung der Beistandschaft zufolge Neubestellung des Stiftungsrates.
B.-Daraufhin erliess das EDI am 26. Februar 2001 eine Verfügung, worin es die Vormundschaftsbehörde von Embrach anhielt, Stephan Eschmann als Beistand unverzüglich abzuberufen (Ziff. 1a) und ihn anzuweisen, sämtliche Akten betreffend die Medizinalstiftung dem neuen Stiftungsrat zu übergeben (Ziff. 1b). Weiter ordnete es die sofortige Abberufung der Stiftungsräte Sigrid Thost, Werner Thost und Pierre Boissonas an und ernannte Dietrich Stettler, Lukas Imark und René Peterhans zu neuen Stiftungsräten (Ziff. 2).
Mit Ziff. 3 der Verfügung wurde das Handelsregisteramt Zürich angewiesen, die entsprechenden Eintragungen im Handelsregister vorzunehmen, und in Ziff. 4 wurde die Vormundschaftsbehörde um sofortige Aufhebung der Beistandschaft für die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung ersucht. Einer allfälligen Beschwerde gegen die Verfügung entzog das EDI die aufschiebende Wirkung (Ziff. 7).
C.- Mit Eingabe vom 4. März 2001 führt die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung vom 26. Februar 2001 nichtig zu erklären, eventuell aufzuheben. Die Beschwerdeführerin ersucht im Weiteren um Erlass vorsorglicher Massnahmen, insbesondere um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Der Einladung des Präsidenten der II. Zivilabteilung an die Verfahrensbeteiligten, sich zu diesem Gesuch zu äussern (Verfügung vom 6. März 2001), sind das EDI mit Stellungnahme vom 16. März 2001 und Fürsprecher Dietrich Stettler mit Eingabe vom 19. März 2001 gefolgt. In der Folge hat der Präsident der Verwaltungsgerichtsbeschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt und das Massnahmegesuch soweit weitergehend abgewiesen (Verfügung vom 22. März 2001).
Am 29. März 2001 hat die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung ihre Verwaltungsgerichtsbeschwerde ergänzt. In der gleichen Eingabe hat sich der Beistand der Beschwerdeführerin, Stephan Eschmann ebenfalls als Beschwerdeführer konstituiert.
D.- Das EDI schliesst in seiner Vernehmlassung vom 30. April 2001 auf Abweisung der Beschwerde.
Dietrich Stettler beantragt dem Bundesgericht mit Eingabe vom 30. April 2001, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten, eventuell die Beschwerde abzuweisen.
E.- Einem Ersuchen der Beschwerdeführer vom 7. Mai 2001, sich zu neuen Vorbringen in den Stellungnahmen vom 30. April 2001 äussern zu können, hat der Instruktionsrichter mit Verfügung vom 9. Mai 2001 entsprochen. Die zusätzliche Eingabe ist am 22. Mai 2001 eingereicht worden. Anschliessend haben die übrigen Beteiligten Gelegenheit erhalten, sich ein weiteres Mal zu äussern (Verfügung vom 5. Juni 2001). Das EDI hat seine Stellungnahme am 26. Juni 2001 eingereicht; Dietrich Stettler antwortete mit Eingabe vom 27. Juni 2001.
F.- Am 30. Mai 2001 haben die Beschwerdeführer das Begehren um Durchführung einer öffentlichen Parteiverhandlung im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK gestellt, und mit Eingabe vom 27. Juni 2001 haben sie die Bundesrichter Bertrand Reeb, Niccolò Raselli und Thomas Merkli sowie Gerichtsschreiber Beat Zbinden abgelehnt.
Mit Entscheid vom 3. Juli 2001 hat das Bundesgericht das Ablehnungsbegehren abgewiesen. Am 11. Juli 2001 ist die verlangte öffentliche Verhandlung durchgeführt worden. Die Beschwerdeführer haben darauf verzichtet zu plädieren.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gegen Verfügungen des EDI als Aufsichtsbehörde ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig (Art. 97 Abs. 1 OG i.V.m. <ref-law> und Art. 98 lit. b OG; <ref-ruling> E. 2 S. 388 mit Hinweisen). Die Dr. Rau'sche Medizinalstiftung ist als Verfügungsadressatin zur Beschwerde befugt und durch den immer noch amtierenden und im Handelsregister als zeichnungsberechtigt eingetragenen Beistand Stephan Eschmann rechtsgültig vertreten. Dieser ist durch die angefochtene Verfügung persönlich ebenfalls berührt und in schutzwürdigen Interessen betroffen (Art. 103 lit. a OG), da das EDI Anordnungen erlassen hat, die seine Rechtsstellung betreffen. Die Argumentation von Dietrich Stettler, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei überhaupt nicht einzutreten, weil keine schutzwürdigen Interessen berührt seien, geht deshalb fehl. Dietrich Stettler wäre im Falle der Gutheissung der Beschwerde seinerseits in seiner Rechtsstellung betroffen; er ist daher zumindest als Beteiligter im Sinne von Art. 110 Abs. 1 OG zur Ausübung von Parteirechten befugt.
b) Ungeachtet der Bezeichnung eines Verwaltungsaktes sind nur auf öffentliches Recht des Bundes gestützte Anordnungen anfechtbar, mit denen im Einzelfall Rechte oder Pflichten begründet, geändert oder aufgehoben werden, oder mit denen das Bestehen, Nichtbestehen oder der Umfang von Rechten oder Pflichten festgestellt wird, oder mit denen Abweisung oder Nichtanhandnahme von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten beschlossen wird (Art. 97 Abs. 1 OG i.V.m. <ref-law>). Die Verfügung vom 26. Februar 2001 enthält zu einem wesentlichen Teil keine derartigen Anordnungen. So hat das EDI mit Ziff. 1 und Ziff. 4 der Verfügung nicht im Sinne von <ref-law> verfügt, sondern bloss die Vormundschaftsbehörden von Embrach eingeladen ("angehalten") bzw.
ersucht, dies zu tun. Das Vorgehen des EDI leuchtet denn auch ohne weiteres ein, weil das Departement als Stiftungsaufsichtsbehörde auf dem Gebiet des Vormundschaftsrechts keine Kompetenzen hat (<ref-law>; nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts vom 12. Juli 1999 i.S. Dr. Rau'sche Stiftungen, E. 3 [5A. 6/1999]). Insofern ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
c) Trotz der in französischer Sprache eingereichten Beschwerde ist der vorliegende Entscheid entsprechend der allgemeinen Regel in Deutsch zu verfassen (Art. 37 Abs. 3 Satz 1 OG).
2.- Die Beschwerdeführer betrachten die angefochtene Verfügung in verschiedener Hinsicht als nichtig bzw. rechtswidrig.
Insbesondere sehen sie einen schweren Verfahrensfehler darin, dass das EDI das Handelsregisteramt angewiesen hat, die Unterschriftsberechtigungen entsprechend dem neu zusammengesetzten Stiftungsrat einzutragen und die Berechtigung des Beistandes zu löschen (Ziff. 3 der Verfügung).
Sie weisen darauf hin, dass das EDI zu einer solchen Anordnung nicht zuständig sei. Ebenso wenig habe es die Neuzusammensetzung des Stiftungsrates verfügen dürfen, da sich der Stifter die Ernennung der Stiftungsratsmitglieder in Art. 6 Abs. 1 der Statuten vorbehalten habe.
a) Nach einem allgemeinen Grundsatz führt eine Gesetzesverletzung nur dann zur Nichtigkeit, d.h. absoluten Unwirksamkeit der betreffenden Handlung, wenn dies im Gesetz ausdrücklich vorgesehen ist oder sich aus dem Sinn und Zweck der verletzten Norm ergibt. Nichtigkeit wird nur in Ausnahmefällen angenommen, wenn Umstände vorliegen, in denen das System der Anfechtungsmöglichkeit offensichtlich nicht den nötigen Schutz verleiht (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 99; <ref-ruling> E. 1a S. 159). Um Nichtigkeit zu begründen, muss der Mangel, der einer Verfügung anhaftet, deshalb besonders schwer und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar sein; zudem darf durch die Annahme der Nichtigkeit die Rechtssicherheit nicht ernsthaft gefährdet werden (<ref-ruling> E. 2c S. 219). Materielle Mängel führen nur in seltenen Ausnahmefällen zur Nichtigkeit einer Verfügung oder eines Entscheids.
Umgekehrt können schwere Verfahrensfehler sowie die offensichtliche Unzuständigkeit der Behörde, die den fehlerhaften Verwaltungsakt erlassen hat, die Nichtigkeit zur Folge haben (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 99; <ref-ruling> E. 3g S. 47 f., mit Hinweisen auf die Lehre).
b) Es trifft zu, dass das EDI keine Eintragungen im Handelsregister vornehmen kann. Vorbehalten bleibt stets die Prüfung der Eintragungsvoraussetzungen durch den Registerführer (Prüfungspflicht; <ref-law>; Art. 21 Abs. 1 der Handelsregisterverordnung vom 7. Juni 1937 [HRegV; SR 221. 411]). Er allein nimmt Eintragungen vor (<ref-law>). Indessen können Gerichte und Verwaltungsbehörden im Rahmen ihrer Zuständigkeit über die materiellen Voraussetzungen zur Eintragung in das Handelsregister entscheiden, mit der Folge, dass die Prüfung der materiellen Eintragungsvoraussetzungen für den Registerführer insoweit weitgehend entfällt und auf die formellen Voraussetzungen beschränkt bleibt (vgl. zur Prüfungspflicht des Handelsregisterführers <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen; Martin Eckert, Basler Kommentar, N. 1 ff. zu <ref-law>; Rolf Bär, Kognitionsbefugnisse des Handelsregisterführers, BN 1978 S. 410 ff.). In diesem Sinne kann die interessierende Anordnung des EDI denn auch verstanden werden: Mit seiner "Anweisung" an das Handelsregisteramt hat das EDI nicht selber eine Eintragung im Handelsregister vorgenommen oder vornehmen wollen, sondern bloss über die materiellen Voraussetzungen zur Änderung der Registereintragung betreffend die Unterschriftsberechtigung befunden; sein Vorgehen steht insoweit durchaus mit den einschlägigen Vorschriften im Einklang (vgl. <ref-law>) und ist vom Handelsregisteramt auch richtig verstanden worden (vgl. die Verfügung des Handelsregisteramts Zürich vom 9. Februar 2001 betreffend eine analoge Anordnung für die Dr. Rau'sche Kunststiftung). Zwar lag die Aufhebung der Beistandschaft ausserhalb des Zuständigkeitsbereichs des EDI. Zur Regelung der Vertretungs- und Unterschriftsberechtigung innerhalb des gesetzlichen Rahmens (vgl. Art. 393 Ziff. 4 i.V.m. <ref-law>) war das Departement als Stiftungsaufsichtsbehörde jedoch kompetent.
Zudem ist die Anweisung zur unverzüglichen Löschung der Unterschriftsberechtigung des Beistandes im Zusammenhang mit den weiteren Anordnungen und Mitteilungen in der Verfügung vom 26. Februar 2001 zu betrachten, insbesondere mit der Anzeige und Aufforderung an die Vormundschaftsbehörde, die Verbeiständung sei aus Sicht der Stiftungsaufsicht obsolet und unverzüglich aufzuheben (Ziff. 1a und 4 der Verfügung).
Da das EDI davon ausgehen konnte, dass die Sozialbehörde Embrach die der neuen Situation entsprechenden Anordnungen ohne Verzug treffen werde, kann die Löschungsanweisung überdies zwanglos so verstanden werden, dass sie darauf abgestimmt - und in diesem Sinne "unverzüglich" - zu vollziehen sei. So gesehen erscheint die Anordnung des EDI als hinreichend abgestützt, und es kann weder von Nichtigkeit noch von Rechtswidrigkeit die Rede sein.
Daran ändert der Umstand nichts, dass die Zeichnungsberechtigung des neu zusammengesetzten Stiftungsrates mit ihrer sofortigen Eintragung im Handelsregister neben diejenige des Beistandes treten könnte, solange dessen Abberufung nicht feststeht. Eine solche Doppelzuständigkeit und die damit verbundene Gefahr kollidierender Handlungen ist dem Institut der Beistandschaft eigen (Yvo Biderbost, Basler Kommentar, N. 22 f. zu <ref-law>). Diese hat auf die Handlungsfähigkeit der verbeiständeten Person grundsätzlich keinen Einfluss (<ref-law>). Der Verbeiständete hat somit - auch hinsichtlich der Prozessfähigkeit - den gleichen Status wie vor der Anordnung der Beistandschaft, wenn nichts anderes verfügt worden ist oder sich aus der Natur der Verbeiständung ergibt (Biderbost, a.a.O., N. 1 und 12 zu <ref-law>). Die alleinige Vertretungsbefugnis des Stiftungsbeistandes ist daher zwar gegeben, wenn einer Stiftung die erforderlichen Organe fehlen (<ref-law>). Sie ist aber nicht zwingend in besonderen Fällen weiter Auslegung dieser Vorschrift bzw. analoger Anwendung von <ref-law>, wozu auch der vorliegende Fall gehört (vgl. <ref-ruling> E. 3 und 4 S. 500 ff., mit Verweisungen). Gewiss mag eine Doppelzuständigkeit bei fehlendem Einvernehmen wenig sinnvoll sein (vgl. Biderbost, a.a.O., N. 24 f. zu <ref-law>; zur Massgeblichkeit widersprechender Willenserklärungen in solchen Fällen: nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts vom 22. Mai 2001 i.S. Dr. Rau'sche Kunststiftung u.
Mitbet. , E. 3c [5P. 121/2001]). Rechtswidrig ist eine aufsichtsrechtliche Anordnung mit solcher (Neben-)Wirkung jedoch nicht.
c) Mit der Abberufung der drei Stiftungsratsmitglieder Sigrid und Werner Thost sowie Pierre Boissonas und der Ernennung von Dietrich Stettler, Lukas Imark und René Peterhans zu Stiftungsräten hat das EDI einem Antrag des Stifters Gustav Rau entsprochen (vgl. dessen Eingabe vom 15. Januar 2001 an das EDI). Nachdem das EDI (s. zur Kompetenz <ref-ruling> E. 5) aufsichtsrechtlich eingeschritten war und veranlasst hatte, dass die Zeichnungsberechtigung des Stifters und Stiftungsratspräsidenten gelöscht wurde, und mit Blick auf den Umstand, dass der Beistand die Handlungsfähigkeit von Gustav Rau auch nach Ergehen des Beschlusses des Amtsgerichts Baden-Baden bestritt, erscheint es nur nahe liegend und folgerichtig, dass dieser die personellen Wechsel im Stiftungsrat nicht selber vornahm, sondern nur seine Wünsche äusserte und es der Aufsichtsbehörde überliess, die entsprechenden Anordnungen zu treffen. Bei anderer Vorgehensweise hätte er sich den Vorwürfen der Uneinsichtigkeit und des eigenmächtigen Handelns ausgesetzt. Das Vorgehen des Stifters kann auch zwangslos als (zeitweiliger) Verzicht auf die Ausübung seines Ernennungs- und Abberufungsrechts (vgl. Art. 6 Abs. 1 und 6 der Stiftungsurkunde), verbunden mit dem Begehren, aufsichtsrechtlich das Erforderliche anzuordnen, verstanden werden.
Die darauf gestützte Anordnung des EDI erweist sich jedenfalls ohne weiteres als rechtens.
3.- Die Beschwerdeführer schliessen sodann auf Nichtigkeit bzw. Rechtswidrigkeit der angefochtenen Verfügung, weil das EDI ihnen das rechtliche Gehör verweigert habe. Die Verfügung sei ergangen, ohne dass das EDI den Beistand vorgängig angehört oder auch nur vororientiert habe.
Diese Rüge ist grösstenteils aktenwidrig. Zwar hat das EDI in den Erwägungen zu seiner Verfügung (S. 5) - etwas missverständlich - ausgeführt, dem Gesuch von Gustav Rau könne wegen drohender Gefährdung sowohl des objektiven als auch des subjektiven Stifterwillens und aufgrund des öffentlichen Interesses der Schweiz ohne Anhörung des Beistandes entsprochen werden. Tatsächlich aber hat es den Beistand an der Sitzung vom 10. November 2000 über den Beschluss des Amtsgerichts Baden-Baden vom 20. September 2000 orientiert, dessen Tragweite - auch mit Bezug auf die Geschäftsfähigkeit von Gustav Rau - gemeinsam erörtert und dem Beistand eine Frist eingeräumt, um diesbezügliche Fragen an das Bundesamt für Justiz zu formulieren (vgl. Kurznotiz der Besprechung S. 5). Im Weiteren hat es dem Beistand mit Schreiben vom 4. Dezember 2000 Gelegenheit gegeben, sich zur Rücktrittsaufforderung von Gustav Rau vom 30. November 2000 zu äussern.
Bei dieser Gelegenheit hat es dem Beistand auch mitgeteilt, dass es ihn zu ersetzen gedenke. Stephan Eschmann hat sich dazu schriftlich geäussert (Eingabe vom 18. Dezember 2000 an das EDI).
Nicht angehört worden ist der Beistand daher einzig zu den von Gustav Rau in seiner Eingabe vom 15. Januar 2001 angeregten personellen Wechseln im Stiftungsrat, worauf die erwähnte Erwägung auf Seite 5 der angefochtenen Verfügung wohl Bezug nimmt. Insofern kann eine Gehörsverletzung aber als geringfügig und durch das vollumfängliche Äusserungsrecht im vorliegenden Verfahren, in dem das Bundesgericht volle Überprüfungsbefugnis hat (Art. 105 Abs. 1 OG), geheilt gelten (<ref-ruling> E. 2 S. 72, mit Hinweisen). Gewiss ist auf Grund der bloss summarischen Ausführungen des EDI zu angeblich schwerwiegenden Gefährdungen nicht nachvollziehbar, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> (Möglichkeit zum Verzicht auf Anhörung, wenn Gefahr im Verzug ist) erfüllt sein sollten. Indessen kommt bezüglich der personellen Besetzung des Stiftungsrates <ref-law> nicht zum Zuge. Nach dieser Vorschrift besteht eine ausdrückliche Pflicht zur vorgängigen Anhörung des obersten Stiftungsorgans nur bei Änderung der Organisation. Darunter kann die Verbeiständung der Stiftung verbunden mit der Suspendierung der Befugnisse des Stiftungsrates (bzw. das Rückgängigmachen dieser Massnahme) fallen, nicht aber das Austauschen von Stiftungsratsmitgliedern (vgl. Riemer, Berner Kommentar, N. 2 und 50 zu Art. 85/86 ZGB). Im Weiteren ist vorliegend bezüglich personeller Wechsel weitestgehend der Wille des Stifters zu beachten (Art. 6 Abs. 1 und 6 der Stiftungsurkunde) und kann sich der Stiftungsrat (bzw. die Stiftung) dazu gemäss den Statuten vor dem Ausscheiden des Stifters normalerweise nicht äussern. Der Meinung des Beistandes kann deshalb von vornherein nur ergänzende Bedeutung zukommen. Zudem besteht hinsichtlich der Besetzung des Stiftungsrates ein grosser Ermessensspielraum des entscheidenden Organs und ist festzuhalten, dass sich keine bisherigen oder neuen Stiftungsräte über die angeordneten Wechsel beschwert haben. Diese erscheinen nur dem Beistand als ungeeignet. Soweit er sich persönlich über die Verweigerung des Anhörungsrechts zu den personellen Wechseln aufhält, ist er freilich nur in seiner amtlichen Funktion und nicht in seiner Persönlichkeit betroffen. Die persönlichkeitsbezogene Komponente des Gehörsanspruchs tritt damit insofern in den Hintergrund (vgl. dazu statt vieler <ref-ruling> E. 3a S. 51; <ref-ruling> E. 4a S. 55; Jörg PaulMüller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl. , Bern 1999, S. 510). Bei dieser Sachlage erscheint eine Heilung der Gehörsverletzung als gerechtfertigt.
4.- Nach Auffassung der Beschwerdeführer ist die Verfügung des EDI auch nichtig bzw. rechtswidrig, weil das EDI entschieden habe, obwohl die Crelona-Stiftung am 23. November 2000 (zusammen mit einer Schadenersatzforderung) ein Ausstandsbegehren gegen das EDI eingereicht habe. Zudem seien die Beamten des EDI im Zusammenhang mit der Ausleihe von Bildern der Dr. Rau'schen Kunststiftung bzw. der Collection Rau befangen bzw. verfolgten in dieser Hinsicht persönliche Interessen.
Sie stünden objektiv betrachtet in Allianz mit dem Umfeld von Gustav Rau. Das zeige sich darin, dass das EDI die Handlungsfähigkeit von Gustav Rau gestützt auf den Beschluss des Amtsgerichts Baden-Baden vom 20. September 2000 anerkannt habe, obschon das Gutachten, auf dem der Beschluss beruhe, von einer vom EDI beauftragten Ärztin als ungenügend bezeichnet worden sei. Die Befangenheit ergebe sich ferner aus dem Umstand, dass die Beamten des EDI Gustav Rau immer noch als Eigentümer der Kunstsammlung betrachteten, die er der Crelona-Stiftung und der Kunststiftung geschenkt habe. Auch das Protokoll der Sitzung vom 23. November 2000 mit Vertretern von Gustav Rau mache die Voreingenommenheit der Beamten deutlich.
a) Gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. a und d VwVG haben Personen, die eine Verfügung zu treffen oder vorzubereiten haben, in den Ausstand zu treten, wenn sie in der Sache ein persönliches Interesse haben oder aus anderen Gründen befangen sein könnten. Ist der Ausstand streitig, so entscheidet darüber die Aufsichtsbehörde (<ref-law>). Auf Befangenheit ist zu schliessen, wenn Umstände vorliegen, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit der betreffenden Person zu erwecken. Dabei ist ein objektiver Massstab anzulegen; auf subjektive Empfindungen kommt es nicht an (statt vieler <ref-ruling> E. 2b S. 187; <ref-ruling> E. 5b S. 465 f.). Zu beachten ist auch, dass die für Gerichte geltenden Anforderungen nicht unbesehen auf Verwaltungsbehörden übertragen werden können. Die verwaltungsinterne Rechtspflege vermag ihrer Natur nach nicht die gleichen prozessualen Garantien zu bieten wie die Rechtsprechung durch unabhängige Gerichte. Nicht zuletzt die systembedingten Unzulänglichkeiten der Rechtspflege durch Verwaltungsbehörden haben zur Schaffung unabhängiger Verwaltungsgerichte geführt (vgl. etwa Arthur Haefliger, Alle Schweizer sind vor dem Gesetze gleich, Bern 1985, S. 155 f.; <ref-ruling> E. 8a S. 217 f. mit Hinweisen; ausführlich ZBl. 100/1999 S. 76 f., 99/1998 S. 291 f.). Im Vordergrund steht bei Verwaltungsbehörden daher die Befangenheit aus persönlichem Interesse (Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes,
2. Aufl. 1998, Rz. 251).
b) Es ist nicht einzusehen, weshalb ein Ausstandsbegehren einer am vorliegenden Verfahren nicht beteiligten Partei (Crelona-Stiftung), das in einem anderen Verfahren gestellt wurde (Schadenersatzprozess gegen die Eidgenossenschaft), geboten hätte, dass das EDI den Entscheid im vorliegenden Verfahren aussetzte, bis über das Ausstandsbegehren entschieden war. Dass die Beschwerdeführer glauben, einzelne im vorliegenden Verfahren tätige Mitarbeiter könnten gegenüber der Eidgenossenschaft rückleistungspflichtig werden für von der Crelona-Stiftung geltend gemachten Schaden (vgl.
Art. 7 VG), lässt noch nicht auf Befangenheit oder persönliche Interessen dieser Mitarbeiter schliessen, zumal bisher kein Entscheid ergangen ist, in dem eine Schadenersatzpflicht des Bundes gegenüber der Crelona-Stiftung bejaht wurde.
c) Bezüglich der weiteren genannten Hinweise auf Befangenheit ist vorab festzuhalten, dass sich die Vorwürfe der Beschwerdeführer fast ausschliesslich auf das Verhalten der Mitarbeiter des EDI im Zusammenhang mit der Ausleihe der Kunstsammlungen und damit ebenfalls auf andere Verfahren beziehen.
Aus diesen Verfahren kann aber nicht einfach auf das vorliegende geschlossen werden. Dazu kommt, dass die Argumentation der Beschwerdeführer auch bezüglich des Vorgehens des EDI im Fall der Dr. Rau'schen Kunststiftung nicht stichhaltig erscheint. Die Beschwerdeführer scheinen vor allem auf Befangenheit zu schliessen, weil zu Gunsten von Gustav Rau entschieden worden ist. Jedenfalls ist der Umstand, dass das EDI (gestützt auf ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zur Verbindlichkeit) auf den Beschluss des Amtsgerichts Baden-Baden statt auf eine selber in Auftrag gegebene medizinische Expertise abgestellt hat, nicht geeignet, objektive Zweifel an der Unabhängigkeit des Departements zu wecken. Das Gleiche gilt hinsichtlich der Überlegung des EDI, Gustav Rau vorläufig wie den Inhaber der Rechte an der Collection Rau zu behandeln, nachdem das Schenkungsversprechen an die Crelona-Stiftung nicht vollzogen worden und es dieser Stiftung bisher nicht gelungen sei, ihre Eigentumsansprüche gerichtlich durchzusetzen.
d) Die gerügte Besprechung vom 23. November 2000 zwischen Vertretern der Stiftungsaufsicht und der Direktion für Völkerrecht sowie den von Gustav Rau beigezogenen Rechtsanwälten ist in den Verfahrenszusammenhang zu stellen. Das EDI hat damals die Tragweite des erwähnten Amtsgerichtsbeschlusses mit allen Beteiligten getrennt erörtert und vorgängig, am 10. November 2000, eine analoge Besprechung mit den Stiftungsbeiständen und Vertretern der Vormundschaftsbehörden durchgeführt (ebenfalls unter Beizug eines Mitarbeiters der Direktion für Völkerrecht). Beide Besprechungen fanden in ähnlichem Rahmen statt und dauerten ungefähr zwei Stunden. Solche Kontaktnahmen mit den Beteiligten im Zusammenhang mit Vorabklärungen, Verhandlungen und Einigungsversuchen im Rahmen des Üblichen vermögen noch keine Befangenheit oder persönliche Interessen der mit dem Geschäft befassten Mitarbeiter der Verwaltung zu begründen. Es ist notorisch und zu berücksichtigen, dass die vorliegend zu beantwortenden aufsichtsrechtlichen Fragen schwierig und komplex sind, was mündliche Kontaktnahmen als sinnvoll und im Interesse der Beteiligten liegend erscheinen lässt. Eine Ausstandspflicht der befassten Mitarbeiter bei späteren Entscheiden ist unter solchen Umständen nicht leichthin anzunehmen und ergibt sich noch nicht aus einzelnen ungeschickten Äusserungen oder Vorgehensweisen. Andernfalls wäre es kaum vorstellbar, dass derart aufwändige Verfahren überhaupt durchgeführt werden könnten, weil die damit befassten Mitarbeiter fortlaufend ausgewechselt werden müssten.
5.- Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, die angefochtene Verfügung widerspreche dem Ziel von <ref-law> und sei aus diesem Grunde nichtig bzw. rechtswidrig. Die genannte Bestimmung bezwecke, die Stiftung vor Handlungen ihrer Organe zu schützen, die den Stiftungsinteressen zuwider liefen. Mit seinen Anordnungen habe das EDI aber eine solche Gefährdung in Kauf genommen, weil es dekretiert habe, die Gegenstände der Collection Rau stünden nach wie vor im Eigentum von Gustav Rau, und weil es Dietrich Stettler als Stiftungsrat eingesetzt habe, nachdem es dessen Tätigkeit in früheren Verfügungen als gegen die Interessen der Stiftung gerichtet beurteilt habe. In dieser Hinsicht sei die Verfügung auch unverhältnismässig, weil die angestrebten Ziele mit Dietrich Stettler nicht erreicht werden könnten. Zu Unrecht habe das EDI sodann gestützt auf den Beschluss des Amtsgerichts Baden-Baden die Anträge von Gustav Rau entgegengenommen. Dieser Beschluss müsse nach den international privatrechtlichen Regeln nicht anerkannt werden; vielmehr verstosse er gegen diese, ebenso wie gegen Staatsverträge und den Ordre public.
Endlich könne dem Beistand kein Verhalten vorgeworfen werden, das die umstrittenen Massnahmen rechtfertige.
a) Bereits im Zusammenhang mit der Errichtung der interessierenden Beistandschaft hat das Bundesgericht festgehalten, dass für die Verbeiständung einer Stiftung der Grundsatz der Subsidiarität wegleitend ist; Priorität haben spezifisch aufsichtsrechtliche Massnahmen. Die Verbeiständung hat bloss den Charakter einer Überbrückungsmassnahme in einer Notsituation. Sie ist aufzuheben, wenn für die gehörige Verwaltung der Stiftung gesorgt ist und darf nicht zum Dauerzustand werden (<ref-ruling> E. 3b S. 502, mit Hinweisen).
Soweit die Beschwerdeführer allgemein geltend machen, die angefochtene Verfügung widerspreche den Zielen von <ref-law>, weil dem Beistand hinsichtlich der Amtsführung kein Vorwurf gemacht werden könne und die Voraussetzungen zu einer (erneuten) Änderung der Organisationsform daher nicht gegeben seien, gehen ihre Vorbringen deshalb fehl. Die Beistandschaft ist nicht so lange aufrecht zu erhalten, wie dem Beistand nichts vorzuwerfen ist, sondern nur so lange als unbedingt nötig.
b) Erst in ihrer "Replik" vom 22. Mai 2001 argumentieren die Beschwerdeführer, die Anerkennung des Beschlusses des Amtsgerichts Baden-Baden verstosse gegen international privatrechtliche und staatsvertragliche Normen sowie gegen den schweizerischen Ordre public und sei auch aus diesem Grunde mit <ref-law> nicht vereinbar. Selbst wenn man diese Vorbringen nicht als verspätet erhoben betrachten will, helfen sie den Beschwerdeführern nicht. Diese scheinen die Tragweite der Unsicherheiten um die volle Urteils- und Handlungsfähigkeit von Gustav Rau zu überschätzen: Die Verbeiständung einer Stiftung rechtfertigt sich keineswegs bereits dann, wenn der Stiftungsratspräsident geschäftsunfähig ist, auch wenn dieser Kompetenzen hat wie die in Art. 6 der Stiftungsurkunde genannten. Nach dem erwähnten Grundsatz der Subsidiarität vormundschaftlicher Massnahmen ist in einem solchen Fall grundsätzlich mit geeigneten aufsichtsrechtlichen Vorkehren Abhilfe zu schaffen (vgl. E. 5a hiervor). Das muss jedenfalls dann gelten, wenn der Stiftungsrat weitere, handlungsfähige und unabhängige Mitglieder umfasst, die für die Wahrung des Stiftungszweckes und die Erhaltung des Vermögens ausreichend Gewähr bieten. Die gleichen Überlegungen müssen auch im Zusammenhang mit der Aufhebung einer Beistandschaft gelten. Ist der Stiftungsrat wieder in der Lage, für eine zweckkonforme Geschäftsführung zu sorgen, kann die Beistandschaft aufgehoben werden, selbst wenn die Handlungsfähigkeit des Stiftungsratspräsidenten zeitweilig in Frage stehen sollte.
Für die erforderlichen Rahmenbedingungen kann diesfalls mit aufsichtsrechtlichen Mitteln gesorgt werden. Ebenso verhält es sich, wenn der Stiftungsratspräsident bezüglich einzelner Geschäfte in einem Interessenkonflikt stehen sollte.
Ob der Beschluss des Amtsgerichts Baden-Baden von der schweizerischen Stiftungsaufsicht zu anerkennen sei, ist für den Verfahrensausgang deshalb nicht entscheidend und kann dahingestellt bleiben. Es genügt die Feststellung, dass nach Aufhebung der vormundschaftlichen Massnahmen in Monaco (Beschlüsse des Tribunal de Première Instance vom 22. März 2001) derzeit in keinem Land derartige Anordnungen als nötig erachtet werden. Bei dieser Sachlage hat die eidgenössische Aufsichtsbehörde nicht gegen den Zweck von <ref-law> oder den Ordre public verstossen, wenn sie zum Ergebnis gelangt ist, der mentale Gesundheitszustand von Gustav Rau erfordere die Beibehaltung der Verbeiständung nicht.
c) Soweit die Beschwerdeführer die Umbesetzung des Stiftungsrates als zweckwidrig betrachten, erscheinen ihre Einwände ebenfalls als unbegründet. Mit den Eheleuten Thost sind gerade diejenigen Personen abberufen worden, über deren Wirken sich die Beschwerdeführer am meisten aufhalten. Fürsprecher Dietrich Stettler ist soweit ersichtlich bisher bloss als Rechtsvertreter von Gustav Rau und von Personen aus dessen Umfeld tätig geworden. Die von den Beschwerdeführern angerufenen Beweismittel belegen nichts anderes. Allein der Umstand, dass er im Rahmen seiner Berufstätigkeit die Interessen seiner Auftraggeber vertreten hat, schliesst ihn aber nicht notwendigerweise von der Übernahme eines Amtes als Stiftungsrat aus. Zwar behaupten die Beschwerdeführer zumindest sinngemäss, Dietrich Stettler sei von seinen Klienten Gustav Rau, Sigrid Thost und Werner Thost abhängig. Konkrete Hinweise, die einen solchen Schluss erlauben würden, vermögen sie freilich nicht zu nennen. Die Befürchtungen der Beschwerdeführer erscheinen umso weniger als berechtigt, als es vorliegend um den Stiftungsrat der Medizinalstiftung geht und sich die Vorhaltungen der Beschwerdeführer bezüglich Dietrich Stettler allesamt auf Vorgänge im Zusammenhang mit der Kunststiftung beziehen. Ausserdem hat die Aufsichtsbehörde dem angeblich widerrechtlichen Mitwirken von Dietrich Stettler bei der Weiterleitung von Bildern der sog. Japanausstellung (anstelle der vordem verfügten Rückführung) letztendlich die Genehmigung erteilt (vgl. Zwischenverfügung des EDI vom 20. Dezember 2000). Gegen die beiden anderen neuen Stiftungsräte Lukas Imark und René Peterhans wird in der Beschwerde im Übrigen nichts Substantiiertes vorgebracht.
6.- Da sich die Beschwerde nach dem Ausgeführten als unbegründet erweist, soweit darauf einzutreten ist, werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig. Sie haben die Kosten für das Verfahren vor dem Bundesgericht unter solidarischer Haftung zu tragen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG) und Fürsprecher Dietrich Stettler eine Entschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 und 5 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Beschwerdeführern auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführer haben Fürsprecher Dietrich Stettler für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Eidgenössischen Departement des Innern, Dietrich K. Stettler und dem Handelsregisteramt des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 23. Juli 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: