A.- Das Amt für Sozialbeiträge Basel-Stadt sprach der 1924 geborenen H._ für die Zeit ab 1. März 1999 eine Ergänzungsleistung zur Altersrente der AHV in der Höhe von Fr. 2400.- pro Monat zu (Verfügung vom 26. März 1999). Die Versicherte hielt sich zu diesem Zeitpunkt in einem Spital auf, während ihr Ehemann R._ zu Hause lebte. Die Verfügung erwuchs in Rechtskraft.
Am 17. Mai 1999 verstarb H._. Sie war bis zu ihrem Tod im Spital verblieben.
Mit Verfügung vom 25. Juni 1999 verneinte das Amt für Sozialbeiträge Basel-Stadt einen Ergänzungsleistungsanspruch von H._ rückwirkend ab 1. Mai 1999 und forderte den für den Monat Mai 1999 bereits ausbezahlten Betrag von Fr. 2400.- von R._ zurück.
B.- Die dagegen erhobene Beschwerde wies die Kantonale Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV-Stellen Basel-Stadt ab (Entscheid vom 25. Mai 2000).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV), der vorinstanzlichen Entscheid vom 25. Mai 2000 und die Verwaltungsverfügung vom 25. Juni 1999 seien aufzuheben und es sei festzustellen, dass der Ergänzungsleistungsanspruch Ende Mai 1999 erloschen sei.
Während das Amt für Sozialbeiträge Basel-Stadt auf eine Stellungnahme verzichtet, hat sich R._ nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Gemäss Art. 2 Abs. 1 ELG haben Schweizer Bürger und Bürgerinnen mit Wohnsitz und gewöhnlichem Aufenthalt in der Schweiz Anspruch auf Ergänzungsleistungen, wenn sie eine der Voraussetzungen nach den Art. 2a-d ELG erfüllen, namentlich eine Altersrente der AHV beziehen (Art. 2a lit. a ELG), und die gesetzlich anerkannten Ausgaben (Art. 3b ELG) die anrechenbaren Einnahmen (Art. 3c ELG) übersteigen. Dabei entspricht die jährliche Ergänzungsleistung dem Betrag, um den die anerkannten Ausgaben die anrechenbaren Einnahmen übersteigen (Art. 3a Abs. 1 ELG). Bei Ehepaaren, von denen ein Ehegatte in einem Heim oder Spital lebt, wird die jährliche Ergänzungsleistung für jeden Ehegatten gesondert berechnet (Art. 3a Abs. 5 Satz 1 ELG). Als Ausgaben werden bei Personen, die dauernd oder längere Zeit in einem Heim oder Spital leben, namentlich die Tagestaxe und der Betrag für persönliche Ausgaben anerkannt (Art. 3b Abs. 2 lit. a und b ELG).
2.- a) Der Anspruch auf eine jährliche Ergänzungsleistung erlischt auf Ende des Monats, in welchem eine der Voraussetzungen dahingefallen ist (Art. 21 Abs. 2 ELV).
b) Bei Eintritt einer voraussichtlich längere Zeit dauernden Verminderung der vom ELG anerkannten Ausgaben ist die jährliche Ergänzungsleistung herabzusetzen oder aufzuheben.
Massgebend sind die neuen, auf ein Jahr umgerechneten dauernden Ausgaben und Einnahmen und das bei Eintritt der Veränderung vorhandene Vermögen. Macht die Änderung weniger als Fr. 120.- im Jahr aus, so kann auf eine Anpassung verzichtet werden (Art. 25 Abs. 1 lit. c ELV). Die Ergänzungsleistung ist bei Verminderung des Ausgabenüberschusses spätestens auf den Beginn des Monats, der auf die Verfügung folgt, neu zu verfügen (Art. 25 Abs. 2 lit. c ELV). Art. 25 ELV hat die Revision (Erhöhung, Herabsetzung oder Aufhebung) der Ergänzungsleistung im Sinne der Anpassung an geänderte tatsächliche Verhältnisse zum Gegenstand, regelt also Veränderungen in den persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnissen der Ergänzungsleistungen beziehenden Person während des Leistungsbezuges (<ref-ruling> Erw. 3b mit Hinweisen).
3.- Streitig ist, ob der Ergänzungsleistungsanspruch mit Wirkung per 1. Mai 1999 neu zu berechnen und zu verfügen ist, was die Rückerstattung der im Mai 1999 ausbezahlten Leistung nach sich zöge.
4.- a) Die Versicherte hat zuletzt dauernd in einem Spital gelebt und ist am 17. Mai 1999 verstorben. Geht man von Art. 21 Abs. 2 ELV aus, erlosch der Anspruch auf eine jährliche Ergänzungsleistung Ende Mai 1999. Es fragt sich indessen, ob bereits auf einen früheren Zeitpunkt eine Neuberechnung vorzunehmen ist. Verwaltung und Vorinstanz vertreten die Ansicht, da der Anspruch nur bis zum Todestag bestehe, sei er gestützt auf Art. 25 Abs. 1 lit. c und Art. 25 Abs. 2 lit. c ELV mit Wirkung per Anfang Mai 1999 - auf Grund einer Gegenüberstellung der anrechenbaren Einnahmen und anerkannten Ausgaben dieses Monats - neu festzulegen, da sich durch den Tod und den dadurch bewirkten Wegfall der Tagestaxe des Spitals die Berechnungsgrundlagen geändert hätten. Zum Verhältnis zwischen Art. 21 Abs. 2 und Art. 25 ELV äussert sich die Vorinstanz dahingehend, dass jene die persönlichen und diese die wirtschaftlichen Verhältnisse betreffe. Der Anspruch erlösche daher nur dann auf Ende des Monats, wenn er nicht schon vorher auf Grund einer Neuberechnung nach Art. 25 ELV untergehe. Das BSV stellt sich demgegenüber auf den Standpunkt, Art. 21 Abs. 2 ELV regle den Zeitpunkt des Erlöschens der jährlichen Ergänzungsleistung sowohl beim Wegfall der persönlichen als auch der wirtschaftlichen Voraussetzungen. Im Übrigen sei auch Art. 25 Abs. 2 lit. c ELV nicht in dem Sinne zu interpretieren, dass die jährliche Ergänzungsleistung bereits auf einen Zeitpunkt vor der relevanten Änderung neu verfügt werden könne. Schliesslich sei zu beachten, dass auch die Renten der AHV und der IV für den Monat, in welchem die versicherte Person stirbt, noch ganz ausbezahlt würden.
b) Wenn in <ref-ruling> Erw. 3b gesagt wurde, Art. 25 ELV habe die Revision der Ergänzungsleistung im Sinne der Anpassung an geänderte tatsächliche Verhältnisse zum Gegenstand und regle die Veränderungen in den persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnissen der Ergänzungsleistungen beziehenden Person, bezog sich die Erwähnung der persönlichen Verhältnisse auf Art. 25 Abs. 1 lit. a ELV, also auf Veränderungen der der Berechnung der jährlichen Ergänzungsleistung zu Grunde liegenden Personengemeinschaft und mithin auf einen Anpassungsgrund, welcher vorliegend unbestrittenermassen nicht erfüllt ist. Die lit. b-d der genannten Bestimmung regeln dagegen die Anpassung der jährlichen Ergänzungsleistung an Veränderungen der wirtschaftlichen Verhältnisse.
Stirbt die berechtigte Person, stellt dies keinen Revisionsgrund (im Sinne der Anpassung an geänderte tatsächliche Verhältnisse) dar, sondern führt zum Wegfall der persönlichen Anspruchsvoraussetzungen. Diesbezüglich legt Art. 21 Abs. 2 ELV abschliessend fest, wann die jährliche Ergänzungsleistung erlischt. Art. 25 Abs. 1 lit. c ELV ist daneben nicht anwendbar. Der Ergänzungsleistungsanspruch erlosch daher Ende Mai 1999. Diese Regelung entspricht im Übrigen derjenigen für die Renten der AHV und der IV (vgl. <ref-law>; <ref-law>).
c) Unter diesen Umständen kann die durch das BSV aufgeworfene Frage offen bleiben, ob Art. 25 Abs. 2 lit. c ELV die Aufhebung einer jährlichen Ergänzungsleistung auf einen Zeitpunkt, der vor der relevanten Änderung der Verhältnisse liegt, überhaupt zulässt, was angesichts der Verwaltungspraxis (Rz 7019 der vom BSV herausgegebenen Wegleitung über die Ergänzungsleistungen zur AHV und IV [WEL] in der seit
1. Januar 1998 gültigen Fassung), welche durch die Rechtsprechung als verordnungskonform bezeichnet wurde (nicht veröffentlichtes Urteil B. vom 5. Dezember 1997, P 48/96; die seit diesem Urteil erfolgte Änderung des Wortlauts von Art. 25 ELV ist in diesem Zusammenhang nicht relevant), sowie des mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereichten summarischen Protokolls der Sitzung der Kommission für EL-Durchführungsfragen vom 17. August 1976 als fraglich erscheint.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden
der Entscheid der Kantonalen Rekurskommission für
die Ausgleichskassen und die IV-Stellen, Basel, vom 25. Mai 2000 und die Verfügung des Amtes für Sozialbeiträge
Basel-Stadt vom 25. Juni 1999 aufgehoben und
es wird festgestellt, dass der Anspruch der Versicherten
auf Ergänzungsleistungen am 31. Mai 1999 erloschen
ist.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV- Stellen, Basel, und R._ zugestellt.
Luzern, 2. Mai 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: