Sachverhalt:
A. B._, geboren 1947, war seit dem 1. Mai 1974 bei der Firma S._ AG als Ingenieur tätig und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert. Am 27. Juni 1998 erlitt er einen Unfall, als sein Motorrad von einem rückwärts auf die Strasse einbiegenden Fahrzeug gerammt und er dabei zu Fall gebracht wurde. Im Spital X._ wurden eine offene proximale Tibiakopf-Trümmerfraktur, eine proximale Fibulaköpfchenfraktur sowie ein ossärer Abriss des Patellaunterpols diagnostiziert und ein operativer Eingriff vorgenommen. Gemäss Zwischenbericht des Hausarztes Dr. med. Z._, Allgemeine Medizin FMH, vom 29. Dezember 1999 konnte B._ die Arbeit am 1. Februar 1999 wieder zu 50 % aufnehmen und am 1. Mai 1999 auf 60 % steigern. Dr. med. D._, leitender Arzt Orthopädie der Klinik C._, hielt am 8. Juni 2000 fest, dass dem Patienten in der Zwischenzeit eine 40%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert worden sei, welche Einschätzung der Situation auch seiner Auffassung nach gerecht werde. Gemäss Bericht über die Abschlussuntersuchung von SUVA-Kreisarzt Dr. med. A._ vom 14. Juli 2000 verblieben als Unfallfolgen eine verminderte Belastbarkeit des rechten Knies, ein Streckdefizit von 14 Grad, ein Muskeldefizit sowie eine verminderte Kraft und es bestand ein erhöhtes Arthroserisiko. Tätigkeiten mit Schlägen und Fibrationen auf die rechte Beinachse, Tätigkeiten in hockender oder kniender Stellung sowie häufiges Begehen von Leitern, Treppen und unebenem Gelände seien nicht mehr zumutbar. Günstig seien Wechselbelastungen. Das Tragen von Lasten sei auf maximal 10 bis 12 kg reduziert. Rein repetitive Arbeiten seien für dieses Gelenk nur ausnahmsweise zumutbar. Andere Einschränkungen, insbesondere zeitlicher Art, würden nicht bestehen. Am 21. Dezember 2000 sprach die SUVA B._ mit Wirkung ab 1. Januar 2001 eine Invalidenrente basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 20 % zu.
Im Rahmen des von der SUVA gegenüber der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft als Haftpflichtversicherin des Unfallverursachers geltend gemachten Regresses führte diese am 8. Juli 2002 an, es sei lediglich eine Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit von 25 % ausgewiesen. Nach weiteren Abklärungen reduzierte die SUVA die Invalidenrente am 7. Juni 2005 mit Wirkung ab dem 1. Mai 2004 unter Annahme einer Erwerbsunfähigkeit von 23 %. Gleichzeitig forderte sie die seither zu viel bezahlten Rentenleistungen in der Höhe von Fr. 14'962.- zurück und verrechnete sie mit Rentenzahlungen bis zum 31. Juli 2007. Mit Einspracheentscheid vom 30. November 2006 legte sie die Erwerbsunfähigkeit ab dem 1. Juni 2004 auf 26 % fest.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 25. November 2008 ab. Das Gericht verneinte das Vorliegen eines Revisionstatbestandes, stellte jedoch eine zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Verfügung (soweit sie die Rentenzusprechung betraf) fest und schützte den angefochtenen Einspracheentscheid mit der substituierten Begründung der Wiedererwägung.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm auch weiterhin eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 40 % auszurichten; eventualiter sei die Sache zur ergänzenden Abklärung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Ändert sich der Invaliditätsgrad eines Rentenbezügers erheblich, so wird gemäss <ref-law> die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben. Dies gilt auch für andere formell rechtskräftig zugesprochene Dauerleistungen, deren Sachverhaltsgrundlage sich nachträglich erheblich verändert hat. Die Frage der wesentlichen Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen beurteilt sich durch Vergleich des Sachverhalts, wie er im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung bestanden hat, mit demjenigen zur Zeit der streitigen Revisionsverfügung. Eine rechtskräftige Revisionsverfügung gilt - im Hinblick auf eine weitere Revision - ihrerseits als (neue) Vergleichsbasis, wenn sie auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Durchführung eines Einkommensvergleichs (bei Anhaltspunkten für eine Änderung in den erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitszustands) beruht (<ref-ruling>).
2.2 Anlass zur Revision einer Invalidenrente im Sinne von <ref-law> gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen. Die Invalidenrente ist somit nicht nur bei einer wesentlichen Veränderung des Gesundheitszustandes, sondern auch dann revidierbar, wenn sich die erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitsschadens erheblich verändert haben (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349; siehe auch <ref-ruling>).
2.3 Der Revisionsordnung nach <ref-law> geht der Grundsatz vor, dass die Verwaltung befugt ist, jederzeit von Amtes wegen auf eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hatte, zurückzukommen, wenn sich diese als zweifellos unrichtig erweist und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist. Unter diesen Voraussetzungen kann die Verwaltung eine Rentenverfügung auch dann abändern, wenn die Revisionsvoraussetzungen des <ref-law> nicht erfüllt sind. Wird die zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung erst vom Gericht festgestellt, so kann es die auf <ref-law> gestützte Revisionsverfügung der Verwaltung mit dieser substituierten Begründung schützen (<ref-ruling> E. 2 S. 369 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 373 und 387 E. 1b S. 390).
2.4 Das Erfordernis der zweifellosen Unrichtigkeit ist in der Regel erfüllt, wenn die gesetzeswidrige Leistungszusprechung aufgrund falscher oder unzutreffender Rechtsregeln erlassen wurde oder wenn massgebliche Bestimmungen nicht oder unrichtig angewandt wurden (<ref-ruling> E. a; ARV 1996/97 Nr. 28 S. 152 E. 3c). Anders verhält es sich, wenn der Wiedererwägungsgrund im Bereich materieller Anspruchsvoraussetzungen liegt, deren Beurteilung in Bezug auf gewisse Schritte und Elemente (z.B. Invalidität[sbemessung], Einschätzungen der Arbeitsunfähigkeit, Beweiswürdigungen, Zumutbarkeitsfragen) notwendigerweise Ermessenszüge aufweist. Erscheint die Beurteilung solcher Anspruchsvoraussetzungen (einschliesslich ihrer Teilaspekte wie etwa die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit) vor dem Hintergrund der Sach- und Rechtslage, wie sie sich im Zeitpunkt der rechtskräftigen Leistungszusprechung darbot, als vertretbar, scheidet die Annahme zweifelloser Unrichtigkeit aus (Urteile I 907/06 vom 7. Mai 2007 E. 3.2.1, 9C_215/2007 vom 2. Juli 2007 E. 3.2). Zweifellos ist die Unrichtigkeit, wenn kein vernünftiger Zweifel daran möglich ist, dass die Verfügung unrichtig war. Es ist nur ein einziger Schluss - derjenige auf die Unrichtigkeit der Verfügung - möglich (<ref-ruling> E. 6a S. 393; SVR 2006 UV Nr. 17 S. 60, U 378/05 E. 5.2 und 5.3; SVR 2005 AlV Nr. 8 S. 25, C 214/03 E. 3.1.1; Urteil 9C_575/2007 vom 18. Oktober 2007 E. 2.2).
2.5 Der Umstand, dass das Gericht eine Verfügung auf Beschwerde hin mit einer gegenüber der Verwaltung abweichenden Begründung schützt, ist Ausfluss des Grundsatzes, wonach es das Recht von Amtes wegen anzuwenden hat (vgl. <ref-law>). Das Gericht erwägt im Rahmen der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege, eine im Ergebnis richtige, aber falsch begründete Verfügung sei aus anderen rechtlichen Überlegungen haltbar. Es schützt die angefochtene Verfügung mit der zutreffenden Begründung. Damit liegt keine unzulässige Vermischung der Aufgaben der Verwaltung und des Gerichts vor (<ref-ruling> E. 3b S. 369 f.). Den Parteien ist diesbezüglich vorgängig in der Regel das rechtliche Gehör zu gewähren (<ref-ruling> E. 4 S. 370).
3. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen zu den Voraussetzungen des Anspruchs auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law>) und über die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Die Vorinstanz hat - nachdem sie die Parteien eingeladen hat, sich dazu zu äussern - erwogen, dass die ursprüngliche Verfügung vom 21. Dezember 2000, mit welcher die SUVA dem Versicherten eine Invalidenrente basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % zugesprochen hatte, zweifellos unrichtig gewesen sei. Dem ist im Ergebnis beizupflichten.
Rechtsprechungsgemäss kann, wie ausgeführt (E. 2.4), eine zweifellose Unrichtigkeit dann nicht angenommen werden, wenn die damalige Beurteilung materieller Anspruchsvoraussetzungen wie etwa der Invalidität, einschliesslich der dabei zugrunde liegenden Teilaspekte, insbesondere die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit, vor dem Hintergrund der Sach- und Rechtslage, wie sie sich im Zeitpunkt der rechtskräftigen Leistungszusprechung darbot, als vertretbar erscheint. Dies ist vorliegend indessen nicht der Fall.
Die SUVA ist bei der damaligen Rentenzusprechung im Dezember 2000 gestützt auf die Aktenlage, so insbesondere die ärztliche Stellungnahme der Klinik C._ vom 8. Juni 2000, aber auch die Angaben des Versicherten am 11. September 2000, wonach er (seit der Steigerung der Arbeitsfähigkeit auf 60 %) keine volle Präsenzzeit einhalten, während dieser Zeit jedoch eine volle Leistung erbringen könne, davon ausgegangen, dass der Beschwerdeführer am bisherigen Arbeitsplatz zu 60 % leistungsfähig sei. Wie die späteren Abklärungen der SUVA ergaben, wurde indessen bereits im Januar 2001 eine anders lautende Vereinbarung zwischen Arbeitgeberin und Arbeitnehmer getroffen. Deren Inhalt, welcher in einer Aktennotiz vom 30. Januar 2001 festgehalten worden sei, liegt nur auszugsweise (in einem Schreiben der Arbeitgeberin vom 25. März 2004 zuhanden der SUVA) vor. Es geht daraus ausdrücklich hervor, dass zu diesem Zeitpunkt eine Leistungsfähigkeit von 75 % bestand.
Unter diesen Umständen kann die Zusprechung einer Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 40 % ab Januar 2001 nicht als vertretbar bezeichnet und muss von einer zweifellosen Unrichtigkeit der damaligen Rentenzusprechung ausgegangen werden. Dass die Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist, kann ohne Weiteres bejaht werden (Urteil 9C_342/2008 vom 20. November 2008 E. 5.3 in fine, nicht publ. in: <ref-ruling>). Das kantonale Gericht hat daher den Einspracheentscheid der SUVA vom 30. November 2006 (mit Herabsetzung der Rente per 1. Mai 2004) mit dieser substituierten Begründung zu Recht geschützt.
5. 5.1 Der Einkommensvergleich ist auf den Zeitpunkt des Rentenbeginns vorzunehmen (<ref-ruling>, 129 V 222), hier somit, nachdem die ursprüngliche Verfügung vom Dezember 2000 mit Rentenzusprechung ab Januar 2001 zu beurteilen ist, auf das Jahr 2001. Da die SUVA offensichtlich davon ausgegangen ist, dass der Versicherte seine Restarbeitsfähigkeit an der bisherigen Stelle - selbst mit einem Pensum von 60 % - in zumutbarer Weise verwerte und der Invaliditätsgrad entsprechend der 40%igen Lohneinbusse 60 % betrage, ist bei einer Leistungsfähigkeit von 75 % ohne Weiteres ein solcher von 75 % anzunehmen (vgl. Urteil I 1/03 vom 15. April 2003 E. 5.2 betreffend einen Fall, in dem vom gleichen Tabellenlohn auszugehen war). Die Annahme eines Invaliditätsgrades von 26 % im Einspracheentscheid vom 30. November 2006 ist insofern nicht zu beanstanden.
5.2 Im Zusammenhang mit der (damaligen) Invaliditätsbemessung wird geltend gemacht, dass zufolge beruflicher Karriereentwicklung von einem wesentlich höheren Valideneinkommen hätte ausgegangen werden müssen. Der Beschwerdeführer kann sich diesbezüglich indessen einzig auf ein Schreiben vom 20. September 2001 zuhanden der Haftpflichtversicherin des Unfallverursachers stützen. Dessen Inhalt ist ziemlich vage. Zwei frühere Geschäftsleitungsmitglieder der Arbeitgeberin, K._ und P._, führen darin aus, dass der Beschwerdeführer als Verkaufsingenieur für den Verkauf International tätig sei. Auf Grund seiner beruflichen Ausbildung sowie seiner grossen Erfahrung im Produkte- und Verkaufsbereich wäre er als Kandidat für die Verkaufsleitung der Skandinavischen Länder vorgesehen gewesen. Als weitere Option wäre für ihn auch ein direkter Einsatz in Y._ als Leiter des Verkaufsbüros für rund drei bis fünf Jahre in Betracht gezogen worden. Daraus lässt sich lediglich schliessen, dass der Versicherte als Kandidat für die entsprechenden Tätigkeiten grundsätzlich in Frage gekommen wäre; mehr kann daraus jedoch nicht abgeleitet werden. Auch aus den weiteren Erhebungen der SUVA bei der Arbeitgeberin am 22. Februar 2005 ergeben sich keine konkreten Indizien für einen höchstwahrscheinlichen Karriereschritt. Der Personalleiter führte damals aus, dass sich im Personaldossier ausser dem genannten Schreiben vom 20. September 2001 keine schriftlichen Angaben oder Vermerke für eine konkrete Karriereoption finden würden. Hätte eine konkrete Karriereplanung bis zum Unfallzeitpunkt im Jahr 1998 bestanden, müsste es solche Hinweise geben. Da entsprechende schriftliche Unterlagen im Personaldossier jedoch fehlen, kann in antizipierter Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 4.1 S. 400, 124 V 90 E. 4b S. 94; SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27, I 362/99 E. 4b) davon ausgegangen werden, dass heute auch von einer Befragung der genannten Personen als Zeugen keine weiteren Erkenntnisse zu erwarten sind. Mit dem kantonalen Gericht kann daher der geltend gemachte Karriereschritt und die damit verbundene Lohnentwicklung nicht mit genügender Wahrscheinlichkeit angenommen werden.
5.3 Dass sich seither die erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitsschadens erheblich verändert hätten (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349), wird nicht geltend gemacht und es sind diesbezüglich auch keine Anhaltspunkte ersichtlich.
6. Unrechtmässig bezogene Leistungen sind gemäss <ref-law> zurückzuerstatten. Das kantonale Gericht hat sich zu der von der SUVA mit Wirkung ab dem 1. Mai 2004 verfügten Rückforderung einlässlich und zutreffend geäussert und der Beschwerdeführer bringt diesbezüglich keine Rügen vor. Es ist hier daher nicht weiter darauf einzugehen.
7. Zusammengefasst ist die von der SUVA mit Verfügung vom 7. Juni 2005 und Einspracheentscheid vom 30. November 2006 mit Wirkung ab 1. Mai 2004 vorgenommene Herabsetzung der gewährten Invalidenrente wegen zweifelloser Unrichtigkeit der ursprünglichen Verfügung vom 21. Dezember 2000 (soweit diese die Rentenzusprechung betraf) zu schützen und es ist damit nicht zu beanstanden, dass die seither zu viel bezogenen Rentenzahlungen zurückgefordert wurden.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo