Faits:
A. Le 7 mai 1912, la Confédération et le canton de Genève ont signé une convention prévoyant notamment l'établissement et l'exploitation par les Chemins de fer fédéraux d'une ligne de raccordement entre la gare de Cornavin et celle des Eaux-Vives et la remise aux Chemins de fer fédéraux par le canton de Genève de la ligne de chemin de fer des Eaux-Vives à la frontière nationale, près d'Annemasse. Le 10 juillet 1912, l'Assemblée fédérale a adopté une loi fédérale qui autorise le Conseil fédéral à ratifier cette convention.
Le 26 avril 2002, la Confédération, le canton de Genève et les Chemins de fer fédéraux ont passé un protocole d'accord relatif à l'interprétation et à l'actualisation de la convention du 7 mai 1912. Ce protocole confie aux Chemins de fer fédéraux la qualité de maître d'ouvrage. Il les charge, en collaboration avec le canton, d'acquérir par voie d'expropriation, dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, les droits qui n'ont pu l'être de gré à gré auparavant. La construction de la liaison ferroviaire est cofinancée par les Chemins de fer fédéraux et par le canton de Genève, les moyens nécessaires aux Chemins de fer fédéraux à cette fin leur étant alloués par la Confédération. Celle-ci s'engage à soumettre la construction de la liaison ferroviaire à l'approbation de l'Assemblée fédérale. Le canton de Genève s'engage à solliciter de son Grand Conseil les crédits nécessaires au financement de sa part dès la signature du présent protocole. Les parties conviennent de mener à chef les travaux d'adaptation et de construction de la liaison ferroviaire dans les cinq ans suivant l'approbation définitive des plans.
Le 6 mars 2006, le canton de Genève et les Chemins de fer fédéraux ont requis de l'Office fédéral des transports l'approbation des plans de la nouvelle ligne ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA). Ce projet consiste en substance à construire une ligne de chemin de fer à double voie de 14 kilomètres environ entre la gare de Cornavin et la frontière franco-suisse, avec une nouvelle gare aux Eaux-Vives, quatre stations et plusieurs ouvrages d'art. Ce projet a été mis à l'enquête publique dans les communes concernées du 11 septembre au 10 octobre 2006 selon la procédure ordinaire d'approbation des plans prévue aux art. 18 ss de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Dans le même temps, les autorités spécialisées, cantonales et fédérales, ont été invitées à se prononcer à ce sujet.
B. Par arrêté du 29 août 2007, publié dans la Feuille d'avis officielle du 3 septembre 2007, le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève a constaté l'aboutissement de l'initiative populaire cantonale intitulée «Pour une meilleure mobilité franco-genevoise» (IN 139). Cette initiative porte sur l'introduction, dans la Constitution genevoise, d'un nouvel article libellé en ces termes:
"Art. 160C bis (nouveau)
1 L'Etat prend les mesures nécessaires pour réaliser une liaison ferroviaire reliant la gare Cornavin au réseau des chemins de fer français de la Haute-Savoie en lieu et place du projet de liaison CEVA.
2 Il établit le tracé de cette ligne entre le réseau des CFF et celui de la SNCF par une liaison passant par le sud du territoire du canton, en évitant les zones ordinaires ou de développement 1 à 3. Il veille à ce que celle-ci soit efficace, sûre, respectueuse de l'environnement, favorisant l'utilisation du réseau des lignes de transports publics existant ou à développer en complémentarité avec le tracé ferroviaire, de manière à optimiser l'offre de transports publics.
3 La loi fixant le tracé de la liaison et ouvrant le crédit nécessaire à sa réalisation sera soumise obligatoirement à l'approbation du Conseil général (corps électoral)."
Selon l'exposé des motifs, les initiants souhaitent permettre l'établissement d'une ligne ferroviaire entre les réseaux des Chemins de fer fédéraux et de la Société nationale des chemins de fer français, créant moins de nuisances que le projet CEVA et ce pour un prix largement inférieur. La nouvelle ligne devrait favoriser l'accès des frontaliers, notamment de la Haute-Savoie, améliorer efficacement la desserte des communes de la rive gauche du Rhône en optimisant les flux de trafic genevois et transfrontaliers et assurer des raccordements efficaces aux trolleybus.
Au terme de son rapport du 8 novembre 2007, le Conseil d'Etat a invité les membres du parlement cantonal à constater que l'initiative IN 139 est entièrement invalide et à prononcer son irrecevabilité totale, sans proposer de contre-projet. La Commission législative du Grand Conseil chargée d'étudier la validité de l'initiative est parvenue au même constat dans sa majorité, une minorité soutenant l'avis contraire.
Lors de sa séance du 13 mars 2008, le Grand Conseil de la République et canton de Genève a déclaré l'initiative populaire IN 139 invalide en raison de sa non-conformité au droit supérieur et de son inexécutabilité.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Wolfgang Peter, Marietta Bieri, Caroline Stemberger Duri, Denise Fuchser, François Moser et Mauro Poggia demandent au Tribunal fédéral d'annuler cette décision et de constater la validité de l'initiative populaire IN 139 «Pour une meilleure mobilité franco-genevoise».
Le Grand Conseil conclut au rejet du recours. Les recourants ont déposé un mémoire complétif au terme duquel ils persistent dans leurs conclusions. Le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication a formulé de brèves déterminations à propos desquelles les parties ont pu prendre position.

Considérant en droit:
1. Selon l'art. 82 let. c LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires. Cette disposition reprend la règle de l'art. 85 let. a OJ et permet de recourir contre l'ensemble des actes affectant les droits politiques (cf. Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 4118). Le recours en matière de droits politiques permet en particulier au citoyen de se plaindre de ce qu'une initiative a été indûment soustraite au scrutin populaire parce qu'elle a été déclarée invalide par l'autorité cantonale chargée de cet examen (cf. <ref-ruling>). En tant que titulaires des droits politiques dans le canton de Genève et, pour certains d'entre eux, en tant que membres du comité d'initiative, les recourants ont qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>) - y compris les droits constitutionnels - ainsi que pour violation de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens et sur les élections et votations populaires (art. 95 let. c et d LTF). Saisi d'un recours pour violation des droits politiques, le Tribunal fédéral revoit librement l'interprétation et l'application du droit fédéral et du droit constitutionnel cantonal, ainsi que des dispositions de rang inférieur qui sont étroitement liées au droit de vote ou en précisent le contenu et l'étendue (<ref-ruling> consid. 2 p. 190). Toutefois, s'agissant de la conformité de l'initiative au droit supérieur, une invalidation ne doit intervenir, selon l'art. 66 al. 3 Cst./GE, que dans les cas manifestes. Saisi d'un recours dont le but est de contrôler si l'examen effectué par le Grand Conseil est conforme à ses attributions constitutionnelles, le Tribunal fédéral ne peut se reconnaître un pouvoir d'examen plus étendu que celui de l'autorité cantonale. Dans ce cas particulier, il ne doit sanctionner, lui aussi, que les violations manifestes du droit supérieur (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 285).
3. Il y a lieu d'examiner en premier lieu si, ainsi que les recourants le prétendent, c'est à tort que le Grand Conseil aurait déclaré leur initiative irrecevable en raison de sa non-conformité au droit supérieur.
Selon ceux-ci, en tant qu'elle invite l'Etat de Genève à élaborer et à adopter une nouvelle ligne de chemin de fer entre la gare de Cornavin et la frontière franco-suisse selon un tracé alternatif à celui du CEVA, l'initiative n'empiéterait sur aucune compétence exclusive dévolue à la Confédération. Le canton de Genève serait libre de choisir le tracé de la ligne ferroviaire, la seule compétence fédérale en la matière étant celle d'approuver les tracés proposés par les Chemins de fer fédéraux, les cantons et les tiers concessionnaires. L'initiative ne remettrait pas en cause un tracé imposé par le droit supérieur ou une obligation du canton de Genève de réaliser le projet CEVA.
Pour le Grand Conseil, l'initiative se heurterait à la loi fédérale du 10 juillet 1912, à la législation fédérale sur les chemins de fer, à la loi fédérale sur le fonds d'infrastructure du 6 octobre 2006 et à l'arrêté fédéral adopté le même jour, qui accordent la contribution de la Confédération nécessaire à la réalisation du projet CEVA. Elle consacrerait également une violation du droit intercantonal et plus particulièrement de la Convention du 7 mai 1912 et du Protocole d'accord conclu en avril 2002, qui fixerait de manière définitive le tracé du raccordement ferroviaire entre la gare de Cornavin et la frontière franco-suisse. Elle contreviendrait enfin au droit international et plus particulièrement à la Convention conclue par la Confédération avec la France le 18 juin 1881 pour le raccordement d'un chemin de fer d'Annemasse à Genève. La compétence de la Confédération s'étendrait également à la planification des lignes de chemin de fer, les cantons n'ayant aucune compétence quant au choix du tracé, sauf délégation expresse. En imposant un tracé par le biais d'un article constitutionnel voté par le peuple genevois, l'initiative tendrait à conférer au canton de Genève une compétence normative dévolue à la Confédération et violerait la répartition des tâches en matière ferroviaire entre les cantons et la Confédération.
3.1 Une initiative populaire cantonale, quelle que soit sa formulation, doit respecter les conditions matérielles qui lui sont imposées. Elle ne doit, en particulier, rien contenir de contraire au droit supérieur, qu'il soit cantonal, intercantonal, fédéral ou international (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 115/116). En vertu du principe de la force dérogatoire du droit fédéral ancré à l'art. 49 al. 1 Cst., les cantons ne sont pas autorisés à légiférer dans les domaines exhaustivement réglementés par le droit fédéral. Dans les autres domaines, ils peuvent édicter des règles de droit pour autant qu'elles ne violent ni le sens ni l'esprit du droit fédéral, et qu'elles n'en compromettent pas la réalisation (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 128; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 290 et les arrêts cités). L'existence ou l'absence d'une législation fédérale exhaustive constitue donc le premier critère pour déterminer s'il y a conflit avec une règle cantonale. Toutefois, même si la législation fédérale est considérée comme exhaustive dans un domaine donné, une loi cantonale peut subsister dans le même domaine si elle poursuit un autre but que celui recherché par le droit fédéral. Le principe de la force dérogatoire n'est pas non plus violé dans la mesure où la loi cantonale vient renforcer l'efficacité de la réglementation fédérale (<ref-ruling> consid. 5 p. 21). Ce n'est que lorsque la législation fédérale exclut toute réglementation dans un domaine particulier que le canton perd la compétence d'adopter des dispositions complétives, quand bien même celles-ci ne contrediraient pas le droit fédéral ou seraient même en accord avec celui-ci (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 86/87; <ref-ruling> consid. 3b p. 299). Selon la jurisprudence, une divergence générale entre les objectifs poursuivis par le droit cantonal et fédéral ne suffit pas à invalider une initiative; il n'est pas par principe interdit aux cantons de poursuivre d'autres buts que la Confédération (<ref-ruling> consid. 4d/bb p. 233/234; <ref-ruling> consid. 6c p. 311). D'éventuelles compétences cantonales parallèles doivent s'exercer dans le respect des intérêts de la Confédération, ce qui interdit toute mesure d'un canton pouvant contrecarrer ou gêner les relations de la Suisse avec d'autres Etats (<ref-ruling> consid. 5d/bb p. 236 et les références citées). L'autorité appelée à statuer sur la validité matérielle d'une initiative doit en comprendre les termes dans le sens le plus favorable aux initiants, en usant des méthodes d'interprétation reconnues (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 286 et la jurisprudence citée).
3.2 L'initiative litigieuse est une initiative constitutionnelle au sens de l'art. 179 Cst./GE qui vise à l'adoption par le Grand Conseil d'une loi avec un objectif principal assorti d'un objectif secondaire. Il s'agit en effet d'établir le tracé d'une nouvelle ligne de chemin de fer reliant la gare de Cornavin à la frontière franco-suisse par le sud du territoire cantonal en lieu et place de celui du CEVA, qui serait abandonné. C'est la conformité au droit fédéral de la proposition principale de l'initiative qu'il y a lieu d'examiner tout d'abord.
3.2.1 Aux termes de l'art. 87 Cst., la législation sur le transport ferroviaire relève de la compétence de la Confédération, ce qui évince entièrement les cantons, sous réserve de délégation (JEAN-FRANÇOIS AUBERT/PASCAL MAHON, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, 2003, n. 2 ad art. 87 Cst., p. 681; MARTIN LENDI, in St. Galler Kommentar zur Bundesverfassung, 2008, n. 27 ad art. 87, p. 1499; THOMAS PFISTERER, Die Anliegen der Kantone im eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren, in Juridiction constitutionnelle et Juridiction administrative, 1992, ch. 2.1, p. 195). La Confédération a fait usage de sa compétence en édictant la loi fédérale sur les chemins de fer. Cette loi lui accorde une compétence exclusive pour tout ce qui concerne la construction, l'exploitation et la planification des chemins de fer (en particulier art. 17 et 18 ss LCdF). Quant à l'art. 4 al. 3 de la loi fédérale sur les Chemins de fer fédéraux (LCFF; RS 742.31), il prévoit que la construction et l'acquisition de nouveaux tronçons ferroviaires sont soumises à l'approbation de l'Assemblée fédérale. La Confédération agit par la voie de la concession ou de l'autorisation d'accès au réseau (art. 5 à 9 LCdF), l'art. 87 Cst. lui laissant au surplus la possibilité de confier ces tâches à une entreprise jouissant d'un monopole (Message du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle constitution fédérale, FF 1997 I 269).
En matière de planification, la loi fédérale sur les chemins de fer fait peu de place aux cantons puisque, si ceux-ci ont la faculté de se déterminer dans la procédure de mise à l'enquête de la demande d'autorisation des plans (<ref-law>), elle prévoit qu'aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis, le droit cantonal étant pris en compte s'il n'entrave pas de façon disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (<ref-law>). Il n'en demeure pas moins que la Confédération peut également solliciter le concours des cantons voire déléguer ses compétences aux cantons en particulier s'agissant du transport régional ou local. Ceux-ci ne disposent cependant d'une compétence dans le domaine ferroviaire que dans la mesure conférée par la législation fédérale (STEFAN M. SCHERLER, Strukturunterschiede der schweizerischen und der europäischen Verkehrsrechtsordnung, 1995, ch. 2.2, p. 43; OLIVIER BUCHER, Open Access im Schienenverkehr, 2006, p. 201).
Par ailleurs, l'élaboration et la construction d'une nouvelle ligne de chemin de fer ont des effets sur l'organisation du territoire et l'environnement. Les principes énumérés notamment aux art. 73 à 75 Cst. et concrétisés notamment par la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (cf notamment art. 1er à 3 LAT; RS 700), par l'ordonnance sur l'aménagement du territoire (cf notamment art. 1er et 2 OAT; RS 700.1) ainsi que par la législation fédérale sur l'environnement, doivent évidemment être pris en compte en raison de l'impact d'une telle installation (cf. JÜRG RUF, Infrastrukturbauten, in: Peter Münch/Peter Karlen/Thomas Geiser, Beraten und Prozessieren in Bausachen, 1998, n. 21.10, p. 880; MARTIN LENDI, op. cit., n. 30 ad art. 87, p. 1501).
3.2.2 Cela étant, l'initiative contestée, en tant qu'elle enjoint à l'Etat de Genève de fixer le tracé de la nouvelle ligne de raccordement ferroviaire entre les réseaux suisses et français par le sud du canton de Genève est doublement contraire au droit fédéral.
En effet, le canton de Genève n'est pas compétent pour arrêter, seul, le tracé d'une ligne de chemin de fer puisque le droit fédéral ne lui a délégué en l'état aucune compétence pour arrêter un tracé alternatif à celui du CEVA retenu dans la Convention du 7 mai 1912, dans le Protocole d'accord du 26 avril 2002 et dans la loi fédérale sur le fonds d'infrastructure du 6 octobre 2006.
De plus, un tel tracé ne saurait être imposé sans qu'il soit procédé à une évaluation de sa compatibilité avec les principes d'aménagement du territoire et de protection de l'environnement relevant du droit fédéral. Il importe peu à cet égard que l'initiative préconise de choisir le tracé définitif de la ligne de chemin de fer dans le sens qui ménagerait le plus possible les zones ordinaires ou de développement 1 à 3. Une telle cautèle ne suffit pas à la rendre conforme au droit fédéral, l'examen exigé par celui-ci étant manifestement plus large (cf. sur l'obligation d'étudier d'autres variantes pour des projets soumis à une obligation de planifier en raison de leur impact sur l'environnement, <ref-ruling> consid. 3 p. 23, 497 consid. 4c p. 501; <ref-ruling> consid. 6b p. 514).
L'initiative litigieuse ne saurait par ailleurs être interprétée comme une initiative d'ordre programmatique non contraignante, en ce sens qu'elle inviterait l'Etat de Genève à étudier l'éventualité d'un tracé alternatif à celui du CEVA et à prendre les mesures propres à favoriser un tel tracé auprès de la Confédération. Le texte même de l'art. 160C bis al. 2 Cst./GE proposé par l'IN 139 exclut en effet une telle interprétation. Il se comprend comme une injonction claire donnée à l'Etat quant à l'établissement d'un tracé par le sud du canton. L'initiative ne peut donc recevoir une interprétation qui la rendrait conforme au droit supérieur.
3.2.3 En définitive, l'exigence relative à l'établissement du tracé de la ligne ferroviaire reliant les réseaux suisses et français selon une variante passant par le sud du territoire cantonal doit être invalidée.
3.2.3 En définitive, l'exigence relative à l'établissement du tracé de la ligne ferroviaire reliant les réseaux suisses et français selon une variante passant par le sud du territoire cantonal doit être invalidée.
3.3 La seule question qui reste à examiner est celle de savoir si l'initiative litigieuse pourrait n'être que partiellement invalidée en vertu de l'art. 66 al. 3 Cst./GE. Cela suppose que la partie restante de l'initiative respecte en soi le droit supérieur, qu'elle conserve encore un sens et qu'elle corresponde à la volonté des initiants (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 177 et les arrêts cités). La réponse ne peut être que négative. L'alinéa 3 de l'art. 160C bis nouveau Cst., qui prescrit la forme que devrait prendre la décision fixant le tracé de la nouvelle ligne ferroviaire et adoptant le crédit nécessaire à sa réalisation, doit en effet se lire en liaison avec l'alinéa 2, qui en détermine l'emplacement au sud du territoire cantonal. Quant à l'alinéa 1er, il prévoit l'abandon du projet CEVA non pas de façon indépendante mais en tant qu'une variante passant par le sud du territoire cantonal se substitue à lui. L'invalidation de la proposition relative à cette variante fait perdre son sens à la proposition de substitution du CEVA par un tracé alternatif. Elle ne correspondrait pas aux voeux des initiants qui ne contestent pas la nécessité d'une liaison ferroviaire entre les réseaux suisses et français. L'invalidation de l'initiative dans sa totalité ne peut dès lors qu'être confirmée pour cette raison. Au demeurant, on peut douter que, par le biais d'une initiative cantonale contraignante, le tracé du CEVA puisse être abandonné au regard des divers textes législatifs et conventionnels qui fondent ce projet; il est également douteux que l'abandon pur et simple du CEVA puisse être tenu pour conforme au droit supérieur en tant qu'il empiète sur les compétences de la Confédération (cf. arrêt 1P.425/1994 du 19 décembre 1994 consid. 3e où le Tribunal fédéral a jugé contraire au droit fédéral une initiative visant à interdire la construction et l'exploitation d'un héliport, au motif qu'elle empiétait sur les compétences fédérales). Ces questions peuvent toutefois demeurer indécises.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté aux frais des recourants qui succombent (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 143). Le Grand Conseil ne saurait prétendre à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Grand Conseil de la République et canton de Genève ainsi qu'au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication.
Lausanne, le 21 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Parmelin