Faits:
A. Par décision du 6 août 2012, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a fixé l'indemnité de l'avocate X._ pour la défense d'office du prévenu C._. Le tribunal l'a indemnisée au tarif collaborateur, y compris pour l'activité d'une durée d'une heure et trente minutes que l'avocate X._ avait déléguée à sa chef d'étude et employeuse, l'avocate B._.
B. X._ a recouru contre cette décision, soutenant que l'indemnité accordée devait être augmentée de 121 fr. 50 correspondant à la différence entre le tarif horaire chef d'étude et le tarif horaire collaborateur pour l'activité d'une heure et trente minutes opérée par Me B._.
Par arrêt du 26 septembre 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours. Elle a en particulier relevé que X._ n'avait pas établi l'existence de motifs pertinents pour s'être substituée sa chef d'étude de sorte que sa rémunération devait être calculée sur la base du tarif collaborateur prévu par l'art. 16 al. 1 let. b du règlement sur l'assistance juridique et l'indemnisation des conseils juridiques et défenseurs d'office en matière civile, administrative et pénale (RAJ/GE). Elle a ajouté qu'il n'était ainsi pas nécessaire de se demander à quelles conditions un défenseur d'office pouvait déléguer une partie de sa tâche et si cela pouvait le cas échéant conduire à une indemnisation à un tarif plus rémunérateur.
C. X._ forme un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de dépens, à sa réforme en ce sens qu'en substance, il est dit que l'activité de Me B._ d'une heure et trente minutes doit être indemnisée au tarif de chef d'étude, que la décision d'indemnisation du 6 août 2012 doit être complétée à raison d'un montant de 121 fr. 50 et que l'Etat de Genève est condamné à lui verser le montant de 121 fr. 50.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée a trait à la fixation d'une indemnité de défenseur d'office dans le cadre d'une défense pénale. Le recours en matière pénale est ouvert à cet égard (arrêt 6B_130/2007 du 11 octobre 2007 consid. 1.1). A noter que l'indemnité litigieuse a été fixée par un tribunal de première instance dont la décision a ensuite fait l'objet d'un recours au plan cantonal. On ne se trouve donc pas dans l'hypothèse visée par l'<ref-law> qui prévoit un recours devant le Tribunal pénal fédéral lorsque l'indemnité pour la défense d'office est fixée par l'autorité de recours. Cette hypothèse concerne le cas où l'autorité de recours statue en première instance sur l'indemnité pour la procédure menée devant elle (cf. NIKLAUS RUCKSTUHL, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, no 18 ad <ref-law>).
La recourante a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire et non un recours en matière pénale. A lui seul, l'intitulé erroné d'une voie de recours ne nuit toutefois pas à son auteur, si les conditions d'une conversion en la voie de droit adéquate sont réunies (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 296). Tel est en l'occurrence le cas. Le grief soulevé par la recourante dans son recours constitutionnel subsidiaire peut en effet être invoqué dans un recours ordinaire, dès lors que le droit fédéral au sens de l'<ref-law> comprend les droits constitutionnels. Le recours sera donc traité comme un recours en matière pénale.
2. La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 16 RAJ/GE.
2.1 La violation du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours en tant que tel (cf. <ref-law>). La partie recourante peut uniquement se plaindre de ce que l'application du droit cantonal par l'autorité précédente consacre une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law>, en particulier qu'elle est arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 69; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 251). Le Tribunal fédéral n'examine la violation arbitraire de dispositions de droit cantonal que si ce grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 69; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 286 s.).
Pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153). En matière d'application du droit cantonal, l'arbitraire et la violation de la loi ne sauraient être confondus; une violation de la loi doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 18).
2.2 En matière de fixation de l'indemnité du défenseur d'office dans une procédure pénale, l'<ref-law> prévoit que le défenseur d'office est indemnisé conformément au tarif des avocats de la Confédération ou du canton du for du procès. A Genève, l'art. 16 al. 1 RAJ/GE dispose que l'indemnité est calculée sur la base d'un tarif horaire de 125 fr. pour l'avocat collaborateur (let. b) et de 200 fr. pour l'avocat chef d'étude (let. c). Selon la jurisprudence, l'application d'un tarif horaire différencié à l'avocat indépendant et à l'avocat collaborateur est admissible (arrêts 6B_947/2008 du 16 janvier 2009 consid. 5 et 1P.28/2000 du 15 juin 2000 consid. 4).
2.3 En l'espèce, la recourante a le statut d'avocate collaboratrice et a elle-même été désignée comme avocate d'office. Selon l'art. 16 al. 1 let. b RAJ/GE, son indemnisation pour l'activité menée devait être calculée sur la base d'un taux horaire de 125 francs. La recourante a délégué une partie de sa tâche à sa chef d'étude, qui a fourni une prestation d'une durée d'une heure et trente minutes. La recourante souhaite que cette prestation lui soit rémunérée sur la base d'un tarif horaire de 200 francs. A l'appui de son argumentation, elle se réfère à des instructions cantonales de septembre 2002 relatives à l'établissement de l'état de frais que doit présenter l'avocat pour la fixation de son indemnité comme défenseur d'office. Elle se limite à dire que ces instructions sont accessibles sur Internet et qu'il en ressort que l'état de frais présenté par l'avocat doit spécifier le statut de l'avocat (chef d'étude, collaborateur, stagiaire) qui a accompli les opérations. Elle en déduit que lorsque un avocat collaborateur fait accomplir une opération à un chef d'étude, le tarif horaire relatif à celui-ci doit entrer en ligne de compte, sous peine d'appliquer arbitrairement l'art. 16 RAJ/GE. La motivation présentée apparaît insuffisante au regard des exigences accrues déduites de l'<ref-law> et à ce titre est irrecevable, la recourante opposant son approche à celle retenue par la cour cantonale, sans en démontrer l'arbitraire. Au demeurant, la cour cantonale a notamment expliqué que la recourante n'avait pas établi la nécessité de déléguer une partie de sa tâche à sa chef d'étude. La recourante ne cherche pas à démontrer que cette appréciation serait entachée d'arbitraire, se contentant de dire qu'elle n'a pas à justifier l'organisation du travail au sein de l'étude. Dès lors que la recourante a personnellement été désignée comme avocate d'office et que son statut d'avocate collaboratrice impliquait sur la base de l'art. 16 RAJ/GE une rémunération horaire de 125 fr., la cour cantonale pouvait sans arbitraire appliquer un tel tarif aussi à l'activité déléguée par la recourante à sa chef d'étude, la recourante n'ayant pas démontré la nécessité de faire intervenir celle-ci. Supposé recevable, le grief serait infondé.
3. En conclusion, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 10 décembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet