Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Aktiengesellschaft X._ hat gegen die zwei Einspracheentscheide der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 21. Oktober und 10. November 2004 - betreffend Mehrwertsteuern der ersten drei Quartale des Jahres 2003 - Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission erhoben. Diese forderte sie daraufhin unter Androhung der Säumnisfolgen auf, für die beiden eröffneten Verfahren je einen Kostenvorschuss von 1'000 Franken zu leisten (Verfügungen vom 26. November und 17. Dezember 2004). In der Folge beantragte die Steuerpflichtige eine "Sistierung" der Kostenvorschusspflicht, weil eine Korrektur der streitigen Rechnungen seitens der Steuerverwaltung zu erwarten sei. Mit Schreiben vom 17. Dezember 2004 bzw. 6. Januar 2005 erklärte ihr der Präsident der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, dass eine Sistierung nicht möglich sei, ihr aber für die Bezahlung des Kostenvorschusses eine Nachfrist bis zum 4. Januar 2005 gewährt bzw. an der Frist bis zum 17. Januar 2005 festgehalten werde. Gleichzeitig wurde die Steuerpflichtige erneut darauf aufmerksam gemacht, dass bei nicht rechtzeitiger Leistung des Kostenvorschusses auf ihre Beschwerden nicht eingetreten werde. Für die am 4. Januar 2005 ablaufende Frist ersuchte die Steuerpflichtige dennoch ein weiteres Mal um eine "Sistierung" der Vorschusspflicht, worauf ihr mit Schreiben vom 6. Januar 2005 eine zweite, fünftägige Nachfrist gewährt wurde.
Nachdem in keinem der beiden Verfahren der Kostenvorschuss bezahlt worden war, trat die Eidgenössische Steuerrekurskommission mit Entscheiden vom 11. März 2005 androhungsgemäss nicht auf die beiden Beschwerden ein.
2. Am 27. April 2005 hat die Aktiengesellschaft X._ beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag, die Entscheide vom 11. März 2005 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, auf die "dort anhängig gemachten Beschwerden einzutreten, alles unter nochmaligem Ansetzen einer Frist zur Leistung eines Vorschusses". Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet und im vereinfachten Verfahren nach Art. 36a OG (summarische Begründung, Verzicht auf Einholung von Vernehmlassungen und Akten) abzuweisen:
3. Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin in beiden Verfahren den verfügten Kostenvorschuss trotz mehrfacher Fristverlängerung nicht bezahlt hat. Wenn die Vorinstanz - androhungsgemäss - auf die bei ihr eingereichten Beschwerden nicht eingetreten ist, so verletzt dies nicht Bundesrecht (vgl. Art. 104 OG), sondern stellt vielmehr die gesetzlich vorgesehene Folge für die Säumnis der Beschwerdeführerin dar (vgl. <ref-law>). Dabei ist unerheblich, dass Letztere ursprünglich damit rechnete, ihr Rechtsstreit mit den Mehrwertsteuerbehörden würde gegenstandslos. Den Kostenvorschuss musste sie so oder anders bezahlen, ist doch ein solcher grundsätzlich in jedem Verfahren zu leisten, auch in solchen, die nur zur Wahrung der Beschwerdefrist angehoben und anschliessend gleich eingestellt werden. Nicht ausschlaggebend sein kann schliesslich auch, dass die Beschwerdeführerin heute wider ihr Erwarten dennoch einen materiellen Entscheid der Vorinstanz erlangen möchte. Nach dem Gesagten hat sie es ihrem eigenen säumigen Verhalten zuzuschreiben, dass die Streitsache nicht materiell behandelt werden konnte. Es erscheint nahezu trölerisch, wenn sich die Beschwerdeführerin nunmehr hierüber beschwert, nachdem ihr die Eidgenössische Steuerrekurskommission vorgängig die Rechtslage erläutert und (unüblicherweise) eine mehrfache Verlängerung der Zahlungsfrist gewährt hatte.
4. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (vgl. Art. 156 OG); Parteientschädigung ist keine auszurichten (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und der Eidgenössischen Steuerrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Mai 2005
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: