Sachverhalt:
A. Die Firma K._ GmbH war der Ausgleichskasse des Basler Volkswirtschaftsbundes als abrechnungspflichtige Arbeitgeberin angeschlossen. R._ war als einzelzeichnungsberechtigter Gesellschafter und Geschäftsführer der Firma K._ GmbH im Handelsregister des Kantons Basel-Stadt eingetragen. Am ... wurde über die Firma K._ GmbH der Konkurs eröffnet und am ... mangels Aktiven wieder eingestellt.
Das Betreibungsamt Basel-Stadt hatte der Ausgleichskasse des Basler Volkswirtschaftsbundes am 31. Oktober 2002 einen und am 22. Januar 2003 zwei Verlustscheine infolge Pfändung für ausstehende Beiträge einschliesslich Folgekosten ausgestellt.
Mit Verfügung vom 4. März 2004 verpflichtete die Ausgleichskasse R._ zur Bezahlung von Schadenersatz für entgangene bundes- und kantonalrechtliche Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 9'855.45. Daran hielt sie auf Einsprache des Versicherten hin fest (Entscheid vom 26. April 2004).
B. Die von R._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 25. Januar 2005 gut und hob den Einspracheentscheid vom 26. April 2004 auf.
C. Die Ausgleichskasse führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und die Verfügung vom 4. März 2004 wiederherzustellen.
R._ schliesst auf Abweisung und das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) auf Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nur so weit eingetreten werden, als die Schadenersatzforderung kraft Bundesrechts streitig ist. Es ist deshalb auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde in dem Umfang nicht einzutreten, als sie sich gegen die Schadenersatzforderung für entgangene Beiträge an die kantonale Familienausgleichskasse richtet (vgl. <ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweis).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Ausgleichskasse die Schadenersatzforderung mit der Verfügung vom 4. März 2004 rechtzeitig geltend gemacht hat.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> in der bis 31. Dezember 2002 gültig gewesenen Fassung verjährt die Schadenersatzforderung, wenn sie nicht innert Jahresfrist seit Kenntnis des Schadens durch Erlass einer Schadenersatzverfügung geltend gemacht wird, auf jeden Fall aber mit Ablauf von fünf Jahren seit Eintritt des Schadens. Nach der Rechtsprechung handelt es sich dabei - entgegen dem Wortlaut - um Verwirkungsfristen (<ref-ruling> Erw. 5a, 17 Erw. 2a, je mit Hinweisen).
Die diese Norm ablösende, auf 1. Januar 2003 (mit der Einführung des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts [ATSG] vom 6. Oktober 2000) in Kraft getretene Bestimmung des <ref-law> sieht vor, dass der Schadenersatzanspruch zwei Jahre, nachdem die zuständige Ausgleichskasse vom Schaden Kenntnis erhalten hat, und jedenfalls fünf Jahre nach Eintritt des Schadens verjährt (Satz 1). Diese Fristen können unterbrochen werden (Satz 2). Der Arbeitgeber kann auf die Einrede der Verjährung verzichten (Satz 3). Dabei handelt es sich, wie das Eidgenössische Versicherungsgericht unlängst unter Hinweis auf den Gesetzeswortlaut und die Materialien (FF 1994 V 964 sv. = BBl 1994 V 983 f.; FF 1999 4422 = BBl 1999 4763) entschieden hat, um Verjährungsfristen (in SJ 2005 I S. 272 publiziertes Urteil F. vom 30. November 2004, H 96/03, Erw. 5.1).
Kenntnis des Schadens ist in der Regel von dem Zeitpunkt an gegeben, in welchem die Ausgleichskasse unter Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit erkennen muss, dass die tatsächlichen Gegebenheiten nicht mehr erlauben, die Beiträge einzufordern, wohl aber eine Schadenersatzpflicht begründen können (<ref-ruling> Erw. 3). Bei Betreibung auf Pfändung besteht Kenntnis des Schadens mit der Zustellung des definitiven Pfändungsverlustscheines (<ref-ruling> f.; ZAK 1991 S. 127 Erw. 2a).
3.2 Weder das AHVG noch das ATSG enthalten eine spezielle Übergangsbestimmung betreffend die Anwendbarkeit der Verwirkungsfrist nach a<ref-law> und der Verjährungsfrist nach <ref-law>.
In der Wegleitung des BSV über den Bezug der Beiträge (WBB) in der AHV, IV und EO, welche indessen als Verwaltungsweisung für das Gericht keine Bindungswirkung entfaltet (vgl. <ref-ruling> Erw. 4.3.1, 232 Erw. 2.1, 129 V 204 Erw. 3.2, 127 V 61 Erw. 3a, 126 V 68 Erw. 4b, 427 Erw. 5a), wird in Rz 7057.1 zum Übergangsrecht vorgesehen, dass die Verjährungsregeln nach <ref-law> nur für Schadenersatzansprüche gelten, die am 1. Januar 2003 (gemäss aArt. 82 AHVV) nicht bereits verjährt (recte: verwirkt) waren.
4. 4.1 Die Vorinstanz begründet die Anwendung der altrechtlichen Bestimmung des <ref-law> damit, dass sich das leistungsspezifische Risiko bei Schadenersatzforderungen gemäss <ref-law> mit dem Tag verwirkliche, an welchem der Schaden eingetreten sei. Vorliegend bilde somit Anknüpfungspunkt für das anwendbare Recht der Tag der Zustellung des ersten Pfändungsverlustscheins (d.h. der 31. Oktober 2002). Damit stehe auch die zu <ref-law> ergangene Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> im Einklang, welche - von den in dieser Bestimmung spezifisch normierten Tatbeständen abgesehen - von den allgemeinen Regeln ausgehe, welche im Bereich des Übergangsrechts entwickelt worden seien. Danach seien in zeitlicher Hinsicht - auch bei einer Änderung der gesetzlichen Grundlage - grundsätzlich diejenigen Rechtssätze relevant, die in Geltung gestanden hätten bei der Verwirklichung des zu Rechtsfolgen führenden Sachverhaltes, welcher sich vorliegend mit dem Zeitpunkt des "Risikoeintrittes" decke. Mangels Übereinstimmung mit diesen übergangsrechtlichen Grundsätzen könne Rz 7057.1 WBB nicht berücksichtigt werden. Im vorliegenden Fall habe die Ausgleichskasse am 31. Oktober 2002 - als der Pfändungsverlustschein zugestellt wurde - Kenntnis von der Uneinbringlichkeit der Beitragsforderungen gegenüber der Firma K._ GmbH und damit vom Schaden gehabt, weshalb sich die Festsetzungsfrist nach der zu diesem Zeitpunkt massgebenden, altrechtlichen Bestimmung des <ref-law> richte. Zu stossenden Ergebnissen würde es führen, wenn auf den Zeitpunkt der Verfügung abgestellt würde, weil es damit ins Belieben der Ausgleichskasse gestellt wäre, mit ihrer Verfügung zuzuwarten, bis das neue Recht in Kraft getreten ist, um alsdann dieses anzuwenden. Die Anwendung des bis 31. Dezember 2002 in Kraft gewesenen <ref-law> führe zum Ergebnis, dass die Schadenersatzforderung verwirkt sei.
4.2 Die Ausgleichskasse wirft der Vorinstanz vor, dass sie sich mit dem Übergangsrecht zu den Verjährungsbestimmungen nicht auseinander gesetzt habe und stattdessen auf die damit in keinem Zusammenhang stehende Rechtsprechung zu den (mit dem Tag des Inkrafttretens sofort und in vollem Umfang anwendbaren) Verfahrensvorschriften einerseits und zum anwendbaren Recht bei Dauerrechtsverhältnissen andererseits gestützt habe. Nach der Rechtsprechung seien verwaltungsrechtliche Verjährungsbestimmungen in neuer Fassung auch auf Rechtsverhältnisse anzuwenden, welche vor deren Inkrafttreten bereits bestanden haben. Es sei allgemein anerkannt und ergebe sich aus dem Zweck der Verjährung, dass eine Ordnung, welche eine Verjährung neu einführe oder ändere, auch auf Ansprüche anwendbar sei, die vor dem Inkrafttreten der neuen Regelung entstanden und fällig geworden seien. Immerhin erfordere der Schutz der bestehenden Rechte, dass in solchen Fällen die neue Verjährungsfrist nicht vor dem Zeitpunkt zu laufen beginne, in dem sie eingeführt werde, also nicht vor dem Inkrafttreten des neuen Rechts.
5. 5.1 Fehlt im Gesetz eine Übergangsbestimmung, hat das Gericht zu prüfen, welche Übergangsordnung zu treffen ist, wobei es aufgrund allgemeiner übergangsrechtlicher Grundsätze entscheidet (<ref-ruling> Erw. 2b; Meyer/Arnold, Intertemporales Recht, Eine Bestandesaufnahme anhand der Rechtsprechung der beiden öffentlich-rechtlichen Abteilungen des Bundesgerichts und des Eidgenössischen Versicherungsgerichts, in: ZSR 2005 S. 115 ff., insbes. S. 127 ff.). Welche Übergangsordnung im Bereich der Schadenersatzverfahren nach <ref-law> sachgerecht ist, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht im Urteil F. vom 30. November 2004, H 96/03 (Erw. 5.2.1), offen gelassen. Für die Anwendung des neuen Rechts (<ref-law>) spricht danach, dass die Schadenersatzforderung als Dauerschuldverhältnis zu betrachten ist, während für die Anwendung des alten Rechts (aArt. 82 AHVV) die enge Verbundenheit zwischen den dem materiellen Recht angehörenden Instituten der Verjährung oder Verwirkung und der Schadenersatzforderung angeführt werden kann.
5.2 Nach Rechtsprechung (<ref-ruling> Erw. 2; <ref-ruling>, 107 Ib 203 f. Erw. 7b/aa) und Lehre (Rhinow/Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Nr. 15 B III d; Attilio Gadola, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, in: AJP 1/95, S. 58) sind die Verjährungs- oder Verwirkungsbestimmungen des neuen Rechts auf altrechtliche Ansprüche anwendbar, sofern diese vor dem Inkrafttreten des neuen Rechts entstanden und fällig, aber vor diesem Zeitpunkt noch nicht verjährt oder verwirkt sind. Mit diesem Grundsatz stimmt Rz 7057.1 WBB, welche die neuen Verjährungsregeln des <ref-law> für diejenigen Schadenersatzansprüche für anwendbar erklärt, die am 1. Januar 2003 (gemäss aArt. 82 AHVV) noch nicht verjährt (recte: verwirkt) waren, überein.
Rechtsprechungsgemäss erfordert der Schutz der bestehenden Rechte, dass in den Fällen, in welchen das bisherige Recht keine Verjährung oder Verwirkung vorgesehen hat, die Verjährungs- oder Verwirkungsfrist für Ansprüche, die unter dem alten Recht entstanden sind, erst mit dem Inkrafttreten des neuen Rechts zu laufen beginnt (<ref-ruling> Erw. 2, 87 I 413 Erw. 1, 82 I 52 f.; vgl. auch Paul Mutzner, Kommentar zum Schweizerischen Zivilgesetzbuch [Berner Kommentar], Schlusstitel: Anwendungs- und Einführungsbestimmungen, Art. 1-50, 2. Aufl., Bern 1926, N 7 zu Art. 49 SchlTZGB [S. 261]; Gadola, a.a.O., S. 58). Ob dies auch gilt, wenn - wie im Falle von a<ref-law> und <ref-law> - eine Verwirkungsfrist durch eine Verjährungsfrist ersetzt wird, kann hier offen gelassen werden (vgl. dazu Urteil F. vom 30. November 2004, H 96/03, Erw. 5.2.1), wie sich aus der folgenden Erwägung ergibt.
5.3 Es steht fest und ist unbestritten, dass die Ausgleichskasse mit der Zustellung des definitiven Pfändungsverlustscheines am 31. Oktober 2002 Kenntnis vom Schaden erlangt hat (vgl. <ref-ruling> f.; ZAK 1991 S. 127 Erw. 2a). Bei dieser Sachlage war der Schadenersatzanspruch bei Inkrafttreten des neuen Rechts am 1. Januar 2003 noch nicht verwirkt, weshalb nach den (in Erw. 5.2 hievor) dargestellten übergangsrechtlichen Grundsätzen die Verjährungsregeln des <ref-law> Anwendung finden. Unabhängig davon, ob die unter altem Recht abgelaufene Zeit an die zweijährige Verjährungsfrist anzurechnen ist (Beginn des Fristenlaufs am 31. Oktober 2002) oder die zweijährige Frist erst mit In-Kraft-Treten des neuen Rechts zu laufen begann (Beginn des Fristenlaufs am 1. Januar 2003), ist die Schadenersatzforderung mit der Verfügung vom 4. März 2004 rechtzeitig geltend gemacht worden.
5.4 Zum selben Ergebnis würde es führen, wenn mit Blick auf die materiellrechtliche Natur der Verjährung die Bestimmung des <ref-law> auf die Ablösung des aArt. 82 AHVV durch <ref-law> angewendet würde (vgl. aber Urteil F. vom 30. November 2004, H 96/03, Erw. 5.2.1). Nach dieser Norm sind materielle Bestimmungen dieses Gesetzes auf die bei seinem Inkrafttreten laufenden Leistungen und festgesetzten Forderungen nicht anwendbar. Durch Umkehrschluss aus <ref-law> ergäbe sich ebenfalls die Anwendung des neuen Rechts auf die erst nach dem 1. Januar 2003 festgesetzte Schadenersatzforderung der Beschwerdeführerin.
5.5 Da das kantonale Gericht zum gegenteiligen Ergebnis (Anwendbarkeit des a<ref-law> und damit verspätete Geltendmachung der Schadenersatzforderung) gelangt ist, hat es über die materiellen Voraussetzungen der Haftung gemäss <ref-law> noch nicht entschieden. Die Sache geht daher an die Vorinstanz zurück, damit diese über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der Kasse vom 26. April 2004, soweit er die Schadenersatzforderung für entgangene bundesrechtliche Beiträge betrifft, entscheide.
6. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdegegner kostenpflichtig (Art. 156 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit darauf einzutreten ist, wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 25. Januar 2005 aufgehoben, und es wird die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit diese über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der Ausgleichskasse des Basler Volkswirtschaftsbundes vom 26. April 2004, soweit es um Schadenersatz für entgangene bundesrechtliche Beiträge geht, neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 1000.- wird der Ausgleichskasse des Basler Volkswirtschaftsbundes zurückerstattet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 27. September 2005
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer: Die Gerichtsschreiberin: