Garantievertrag; IPRG, hat sich ergeben:
A.- Im Jahre 1990 verkaufte die Maschinenfabrik C._ GmbH in Schweinfurt (Deutschland) der Firma D._ in Belgrad vier Maschinen zum Kaufpreis von insgesamt DM 960'000.--. Der Gesamtkaufpreis war, nebst 9 % Zins auf dem jeweils ausstehenden Betrag, in 12 halbjährlichen Raten ab 11. April 1991 zahlbar, wobei die fälligen Halbjahreszinsen mit jeder Rate zu bezahlen waren. Die Bank A._ (Beklagte) garantierte gegenüber der Maschinenfabrik C._ GmbH mit Schreiben vom 8. Oktober 1990 unter Bezugnahme auf den von dieser mit der Firma D._ geschlossenen Vertrag die Einhaltung dieser Zahlungsverpflichtungen durch die Firma E._, Beograd, welche sie als ihre Auftraggeberin bezeichnete. Der Gesamtbetrag der Garantie wurde unter Einschluss des Zinsenanteils mit DM 1'240'800.-- beziffert. Mit Abtretungs- und Liefererklärung vom 19. November 1990 trat die Maschinenfabrik C._ GmbH die gesamte Forderung sowie ihre Ansprüche aus der Garantie der Beklagten an die Bank F._ AG, Filiale Schweinfurt, ab. Diese zedierte gleichentags und in der gleichen Urkunde sämtliche Ansprüche und Rechte weiter an die G._ AG (später B._ AG; Klägerin) in Zürich.
Mit Schreiben vom 26. Dezember 1990 bestätigte die Beklagte der Klägerin, dass die Maschinenfabrik C._ GmbH ihre Verpflichtungen aus dem Vertrag mit der Firma D._ vollumfänglich erfüllt habe, dass sie - die Beklagte - von der unwiderruflichen Abtretung seitens der Lieferantin zustimmend Kenntnis genommen habe und dass sie der Klägerin die einzelnen Raten zu den vorgesehenen Terminen bezahlen werde. Die erste Rate von DM 123'200.-- wurde bei Fälligkeit bezahlt. Weitere Zahlungen blieben aus. Die Beklagte bestätigte jeweils den Erhalt der entsprechenden Mahnungen.
Am 11. Oktober 1996 rief die Klägerin mittels Telex die Garantie insgesamt ab und verlangte die Zahlung des ausstehenden Betrages von DM 1'117'600.-- zuzüglich 9 % Zins ab dem Datum des Verfalls der einzelnen Raten.
B.- Auf Begehren der Klägerin erliess der Arrestrichter des Bezirks Zürich am 1. Oktober 1997 für eine Forderungssumme von Fr. 1'283'695. 70 nebst 9 % Zins seit 1. August 1997 einen Arrestbefehl über sämtliche Vermögenswerte der Beklagten bei der damaligen Bank H._, bei der Bank I._ und bei der damaligen Bank J._ in Zürich Kreis 1. Ein weiterer Arrestbefehl erging am 7. Oktober 1997 für dieselbe Forderung über sämtliche Vermögenswerte der Beklagten bei der Bank I._ in Zürich Kreis 3. Auf Einsprache der Beklagten wurde in diesem zweiten Arrestbefehl die Arrestforderung auf Fr. 1'271'453. 30 reduziert. Gegen die zur Arrestprosequierung ausgestellten Zahlungsbefehle erhob die Beklagte Rechtsvorschlag.
C.- Am 5. Mai 1998 klagte die B._ AG beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Bank A._ mit dem Begehren, die Beklagte sei zur Zahlung von DM 1'540'126. 90 nebst 9 % Zins seit 1. August 1997 zu verpflichten und es sei in der Betreibung Nr. 1._ des Betreibungsamtes Zürich 3 für den Betrag von Fr. 1'271'453. 30 nebst Zins die definitive Rechtsöffnung zu erteilen. Diese Klage ergänzte sie am 10. Juli 1998 mit dem Begehren auf Erteilung der definitiven Rechtsöffnung für den gleichen Betrag in der Betreibung Nr. 2._ des Betreibungsamtes Zürich 1. In der Klageantwort beantragte die Beklagte die Aussetzung des Verfahrens, bis die jugoslawische Entscheidung über die von ihr in der gleichen Sache eingereichte negative Feststellungsklage zur Anerkennung in der Schweiz vorgelegt werden könne. Zur Klage selbst beantragte sie Nichteintreten, soweit die Klage den Betrag der verarrestierten Vermögensgegenstände übersteige, und Abweisung der Klage, soweit auf sie eingetreten werde. Mit Urteil vom 13. Dezember 1999 hiess das Handelsgericht die Forderung im Betrag von DM 1'117'600.-- nebst 9 % Zins seit 26. Oktober 1996 gut und hob in diesem Umfang in der Betreibung Nr. 1._ des Betreibungsamtes Zürich 3 den Rechtsvorschlag auf. Mit Beschluss vom 20. Januar 2000 fasste das Handelsgericht das Urteilsdispositiv teilweise neu und hob auch in der Betreibung Nr. 2._ des Betreibungsamtes Zürich 1 im gleichen Umfang den Rechtsvorschlag auf.
D.- Gegen das Urteil des Handelsgerichts reichte die Beklagte beim Kassationsgericht des Kantons Zürich kantonale Nichtigkeitsbeschwerde ein. Mit Beschluss vom 19. Dezember 2000 hiess das Kassationsgericht diese teilweise gut und änderte den Kostenspruch. Im Übrigen wies es die Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit auf sie einzutreten war.
E.- Mit Berufung beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben, die Klage abzuweisen und die definitive Rechtsöffnung zu verweigern; eventuell das Urteil des Handelsgerichts, soweit die Klage geschützt wurde, aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an dieses zurückzuweisen.
Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Handelsgericht hat das Vertragsverhältnis zwischen der Maschinenfabrik C._ GmbH bzw. der Klägerin und der Beklagten dem jugoslawischen Recht unterstellt und als Garantievertrag gemäss Art. 1083 ff. des Gesetzes über die Obligationenverhältnisse qualifiziert. In Anwendung von <ref-law> hielt es fest, dass die Verjährung der Forderung ebenfalls dem jugoslawischen Recht als lex causae unterstehe. Die Frage, ob die Verjährung nach jugoslawischem Recht eingetreten sei, liess das Handelsgericht jedoch offen, da die von der Beklagten erhobene Verjährungseinrede diesfalls gemäss <ref-law> rechtsmissbräuchlich und damit unbeachtlich wäre. In der Berufung rügt die Beklagte, dass das Handelsgericht mit dieser Argumentation in Missachtung von <ref-law> auf die Frage der Verjährung nicht jugoslawisches Recht angewendet und seinen Entscheid nicht gemäss dem Ergebnis dieser Anwendung des ausländischen Rechts gefällt habe.
a) Mit der Berufung kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid habe nicht ausländisches Recht angewendet, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt (Art. 43a Abs. 1 lit. a OG). Von einer Anwendung des ausländischen Rechts im Sinne dieser Bestimmung kann nur gesprochen werden, wenn das Gericht den Sachverhalt tatsächlich unter die Normen des vom schweizerischen internationalen Privatrecht bezeichneten ausländischen Rechts subsumiert und sein Urteil dem Ergebnis dieser Subsumtion entspricht. Dagegen liegt keine Anwendung ausländischen Rechts vor, wenn das Gericht wegen des schweizerischen Ordre public von diesem Ergebnis abweicht (<ref-law>) oder ohne Rücksicht auf das verwiesene Recht eine Bestimmung des schweizerischen Rechts wegen ihres besonderen Zweckes zwingend anwendet (<ref-law>). Auf die Rüge der Beklagten ist damit einzutreten.
b) Die Tragweite der im IPRG enthaltenen Verweisungen auf ein ausländisches Recht wird im 3. Abschnitt der Gemeinsamen Bestimmungen (Art. 13-19) geregelt. Für die einzelnen Verweisungen gelten damit generell die Einschränkungen der Ausnahmeklausel (Art. 15), der Vorbehaltsklausel (Art. 17) und der zwingenden Anwendung des schweizerischen Rechts (Art. 18). <ref-law> enthält den Vorbehalt des negativen Ordre public. Dieser Vorbehalt greift erst ein, wenn das Ergebnis der Beurteilung nach dem verwiesenen ausländischen Recht ermittelt ist und dieses Ergebnis das einheimische Rechtsgefühl in unerträglicher Weise verletzt bzw. auf stossende Weise Sinn und Geist der eigenen Rechtsordnung widerspricht. Von der Ermittlung und der hypothetischen Anwendung des an sich anwendbaren ausländischen Rechts ist indessen von vornherein abzusehen, wenn schweizerische Rechtsvorschriften gemäss <ref-law> unmittelbar, das heisst unabhängig von dem durch das Gesetz bezeichneten Recht, zwingend anzuwenden sind. Diese sog. lois d'application immédiate umfassen den positiven Ordre public (<ref-ruling> E. 3d S. 447; <ref-ruling> E. 7 S. 501; Vischer, IPRG-Kommentar, N. 7 zu <ref-law>). Die zwingend anwendbare Bestimmung des schweizerischen Rechts hat somit einen eigenen räumlichen Anwendungsbereich, der sich gegen die allgemeinere Kollisionsregel durchzusetzen vermag und sie ausschaltet. Für eine solche Bestimmung erfolgt eine kollisonsrechtliche Sonderanknüpfung (Dutoit, Droit international privé suisse, 3. Aufl. 2001, N. 2 zu <ref-law>; Mächler-Erne, Basler Kommentar, N. 23 zu <ref-law>; Schwander, Einführung in das Internationale Privatrecht, 1. Bd.: Allgemeiner Teil, 3. Aufl. 2000, S. 239 und 243 f.). Zum positiven Ordre public gehören namentlich Normen, welche den wesentlichen Interessen der Gesellschaftsordnung, der politischen oder wirtschaftlichen Ordnung Rechnung tragen (<ref-ruling> E. 3d S. 447; Schnyder, Das neue IPR-Gesetz, 2. Aufl. , Zürich 1990, S. 35; Knoepfler/Schweizer, Droit international privé suisse, 2. Aufl. , Bern 1995, Nr. 383). Besondere Zurückhaltung ist geboten bei der ausnahmsweisen Anwendung sowohl des negativen wie des positiven Ordre public im Fall, dass die zu beurteilende Sache praktisch keine Beziehung zur Schweiz hat (<ref-ruling> E. 3d S. 448; Vischer, a.a.O., N. 20 zu <ref-law>; Mächler-Erne, a.a.O., N. 14 zu <ref-law>; Keller/Siehr, Allgemeine Lehren des internationalen Privatrechts, Zürich 1986, S. 544).
In der Berufung macht die Beklagte geltend, zur Anwendung des ausländischen Rechts auf die Frage der Verjährung gehöre auch die Anwendung allfälliger im dortigen Recht enthaltener Korrekturnormen. Nur wenn das so ermittelte Resultat zu einem Ergebnis führen würde, das mit dem schweizerischen Ordre public unvereinbar ist, sei die Anwendung der einschlägigen Bestimmungen ausgeschlossen. Um dies feststellen zu können, müsse aber zuerst das Resultat der Rechtsanwendung unter den für anwendbar erklärten ausländischen Rechtsnormen bekannt sein. Diese Argumentation der Klägerin ist auf einen Fall der Anwendung des negativen Ordre public gemäss <ref-law> zugeschnitten. Davon unterscheidet sich jedoch grundsätzlich die Situation beim Vorliegen zwingend anwendbarer Bestimmungen des schweizerischen Rechts im Sinne von <ref-law>. Solche Bestimmungen verdrängen die Anwendung des verwiesenen ausländischen Rechts ohne Rücksicht auf das konkrete Ergebnis ihrer Anwendung. Einzelne Autoren vertreten zwar die Meinung, dass auch die an sich anwendbare lex causae daraufhin zu prüfen sei, ob sie die vom Inland verfolgten Ziele nicht gleich oder besser verwirklichen kann (Vischer, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>). Dies würde aber bedeuten, dass je nachdem die Norm der einen verwiesenen ausländischen Rechtsordnung anwendbar ist, jene einer andern jedoch nicht, und stände im Widerspruch dazu, dass die unmittelbar anwendbare Norm des schweizerischen Rechts einen eigenen räumlichen Anwendungsbereich hat und die allgemeine Kollisionsregel ausschaltet. Die von der Klägerin erhobene Rüge erweist sich als unbegründet.
c) Zu prüfen ist damit, ob das Rechtsmissbrauchsverbot (<ref-law>) zu den zwingend anwendbaren Bestimmungen des schweizerischen Rechts im Sinne von <ref-law> gehört.
<ref-law> ist eine Grundschutznorm, welche der Durchsetzung der öffentlichen Ordnung und Sittlichkeit dient (Baumann, Zürcher Kommentar, N. 3 f. zu <ref-law>). Ihre Geltung erstreckt sich auf die gesamte Rechtsordnung mit Einschluss des öffentlichen Rechts sowie des Prozess- und Zwangsvollstreckungsrechts. Der Grundsatz von Treu und Glauben ist in jeder Instanz von Amtes wegen anzuwenden, was auch für die Frage gilt, ob ein Rechtsmissbrauch vorliegt (<ref-ruling> E. 3d; <ref-ruling> E. 2c/bb; Baumann, a.a.O., N. 42 zu <ref-law>; Merz, Berner Kommentar, N. 99 zu <ref-law>). Soweit die als rechtsmissbräuchlich betrachtete Rechtsanwendung in einer gerichtlichen Rechtsdurchsetzung besteht, hat der Grundsatz einen engen inneren Zusammenhang mit der Rechtsanwendung durch den Richter. Dieser soll nicht gehalten sein, einem Ergebnis der formalen Rechtsordnung zum Durchbruch zu verhelfen, das in offensichtlichem Widerspruch zu elementaren ethischen Anforderungen steht (Baumann, a.a.O., N. 14b zu <ref-law>; Merz, a.a.O., N. 21 zu <ref-law>).
Das Bundesgericht hat deshalb bereits im Urteil 5C.255/1990 vom 23. April 1992 festgehalten, dass sich die Voraussetzungen des Rechtsmissbrauchsverbots in jedem Fall im Sinne von <ref-law> nach schweizerischem Recht richten, unabhängig davon, welches Recht in der Sache anwendbar ist. Die Frage stellte sich damals im Zusammenhang mit dem Durchgriff bei einer juristischen Person. In jenem Entscheid wurde ausdrücklich vermerkt, dass es sich um einen Anwendungsfall des Rechtsmissbrauchsverbotes handelt. Auch in einem kantonalen Entscheid ist festgehalten worden (ZR 1999 Nr. 52, Urteil A, E. 5, S. 238 f.), dass das Rechtsmissbrauchsverbot gestützt auf <ref-law> auch bei transnationalen Rechtsverhältnissen seine volle Wirkung entfaltet. Das Gebot von Treu und Glauben im Geschäftsverkehr, welches wie das Rechtsmissbrauchsverbot eine Ausprägung des gleichen Grundsatzes ist, gehört ebenfalls zum Kreis der universell anerkannten Rechtsgüter, deren Schutz der positive Ordre public dient.
Die Zuordnung des Rechtsmissbrauchsverbots zum positiven Ordre public der schweizerischen Rechtsordnung muss deshalb auch für andere Anwendungsfälle gelten wie zum Beispiel die Rechtsmissbräuchlichkeit einer erhobenen Verjährungseinrede.
Dass das Rechtsmissbrauchsverbot ungeachtet des anwendbaren Rechtes im Bereich der Verjährung absolute Geltung im Sinne des positiven Ordre public beansprucht, wird auch von Keller/Girsberger (IPRG-Kommentar, N. 64 zu <ref-law>) bejaht (ebenso Schnitzer, Handbuch des Internationalen Privatrechts, 4. Aufl. 1958, S. 670). Davon ging auch das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3b S. 8 aus, wo es das Vorliegen eines Rechtsmissbrauchs allerdings verneinte.
Keller/Girsberger führen an der von der Beklagten zitierten Stelle (N. 31 zu <ref-law>) lediglich aus, dass der negative Ordre public im Sinne von <ref-law> nicht das geeignete Mittel sei, um Ergebnisse zu korrigieren, die auf unterschiedlichen gesetzgeberischen Wertungen oder auf historischen Gründen beruhen, selbst wenn diese vom materiellen Recht des Forums grundlegend abweichen. Unter Hinweis auf eine nicht einschlägige Stelle in einem Bundesgerichtsentscheid und auf deutsche Lehrmeinungen vertreten die genannten Autoren allerdings die Auffassung, die Frage, ob im konkreten Einzelfall ein Recht missbraucht worden sei, unterliege dem Statut, das das Recht beherrscht, dessen unzulässige Ausübung behauptet wird (N. 65 zu <ref-law>).
Diese Auffassung verträgt sich jedoch nicht mit dem Charakter des Rechtsmissbrauchsverbots als Grundschutznorm, welche die ganze schweizerische Rechtsordnung und damit auch die hiesige Rechtsdurchsetzung beherrscht. Diese Funktion kann die Bestimmung nur erfüllen, wenn der Richter bei ihrer Anwendung auf die grundlegenden ethischen Wertungen der eigenen Rechtsordnung und nicht auf jene einer fremden Rechtsordnung abstellt. Wenn der schweizerische Richter auch bei transnationalen Sachverhalten <ref-law> gemäss <ref-law> zwingend anzuwenden hat, beurteilt sich somit auch nach schweizerischem Recht, ob die Rechtsausübung aufgrund der konkreten Umstände als rechtsmissbräuchlich erscheint.
d) Entgegen der Auffassung der Beklagten ist sodann ein genügender Inlandbezug gegeben. Die Klägerin hat ihren Sitz in der Schweiz. Die von ihr geltend gemachten Ansprüche beruhen zwar auf einer Abtretung durch die seinerzeitige deutsche Lieferfirma. Diese Abtretung erfolgte jedoch schon vor vielen Jahren und nicht etwa erst im Hinblick auf die gerichtliche Geltendmachung der Ansprüche. Auch der ganze Schriftverkehr, aus welchem der Einwand des Rechtsmissbrauchs abgeleitet wird, fand zwischen ihr und der Beklagten statt. Es ist deshalb nicht zu beanstanden, dass das Handelsgericht trotz Anwendbarkeit des jugoslawischen Rechts auf die Frage der Verjährung der eingeklagten Forderungen geprüft hat, ob die von der Beklagten erhobene Verjährungseinrede gegen das der schweizerischen Rechtsordnung zugehörige Rechtsmissbrauchsverbot verstösst.
e) Die Beklagte weist schliesslich darauf hin, dass das in der Schweiz ergehende Urteil im Ausland auch durchsetzbar sei für jenen Teil der eingeklagten Forderung, welcher nicht durch die in der Schweiz verarrestierten Vermögenswerte gedeckt ist. Dies trifft zu, soweit die Anerkennungsvoraussetzungen des jeweiligen ausländischen Staates gegeben sind, kann aber nicht gegen die Zugehörigkeit des Rechtsmissbrauchsverbots zum positiven Ordre public im Sinne von <ref-law> sprechen. Gegebenenfalls müsste der ausländische Vollstreckungsstaat auch ein schweizerisches Urteil mit dem gleichen Ergebnis anerkennen, wenn das schweizerische IPR das Rechtsverhältnis zwischen den Parteien überhaupt oder nur die Verjährungsfrage dem schweizerischen Recht unterstellen würde.
2.- Die Beklagte bestreitet weiter, dass ihre Verjährungseinrede rechtsmissbräuchlich sei, und wirft dem Handelsgericht insoweit eine Verletzung von <ref-law> vor.
a) Die Einrede der Verjährung stellt einen Rechtsmissbrauch im Sinne von <ref-law> dar und ist nicht zu schützen, wenn sie gegen erwecktes Vertrauen verstösst, der Schuldner insbesondere ein Verhalten gezeigt hat, das den Gläubiger bewogen hat, während der Verjährungsfrist rechtliche Schritte zu unterlassen, und das seine Säumnis auch bei objektiver Betrachtungsweise als verständlich erscheinen lässt (<ref-ruling> E. 2e S. 269 mit Hinweisen; Merz, a.a.O., N. 410 ff. zu <ref-law>; Baumann, a.a.O., N. 393 zu <ref-law>). Dabei ist kein arglistiges Verhalten erforderlich (<ref-ruling> E. 5b S. 287).
b) Nach den Feststellungen des Handelsgerichts hat die Klägerin bei Fälligkeit der Raten Zahlungserinnerungen gesandt. Die Beklagte bestätigte jeweils den Erhalt der Mahnungen. Im Oktober 1996, das heisst bei Fälligkeit der letzten Rate verlangte die Klägerin die Zahlung des ganzen ausstehenden Betrags von DM 1'117'600.-- zuzüglich Zins bis
25. Oktober 1996. Darauf erfolgte keine Antwort der Beklagten mehr. Das Handelsgericht stützt die Annahme eines Rechtsmissbrauchs auf die Telexschreiben der Beklagten an die Klägerin vom 9. September 1992, 3. November 1992,
14. Dezember 1992 und 26. April 1995. Die Beklagte habe in ihren Rechtsschriften zwar darauf hingewiesen, dass die Telexschreiben nicht unterzeichnet seien und der Telex vom 9. September 1992 von einer nicht einzelzeichnungsberechtigten Person abgegeben worden sei. Sie habe aber darauf verzichtet, den insoweit folgerichtigen Verlauf der aktenkundigen Korrespondenz hinsichtlich der Zahlungen durch detaillierte Bestreitung in Zweifel zu ziehen und beispielsweise die Zurechenbarkeit des Inhaltes der Telexschreiben zu bestreiten.
Die letztgenannte Feststellung des Handelsgerichts ficht die Beklagte als aktenwidrig an und verweist auf Stellen in ihren Rechtsschriften, wo sie die Zurechenbarkeit des Inhalts der Telexschreiben bestritten haben will. Die bezeichneten Ausführungen der Beklagten stehen indessen jeweils im Abschnitt über die Unterbrechung der Verjährung und befassen sich mit der Frage, inwieweit diese Telexschreiben Schuldanerkennungen darstellen. Auch der Hinweis, dass die Telexschreiben nicht unterzeichnet seien bzw. von einer nichtzeichnungsberechtigten Person geschrieben worden seien, steht in diesem Zusammenhang. Dass die Telexschreiben tatsächlich von der Beklagten übermittelt wurden und von ihren Mitarbeitern stammten, wurde von der Beklagten auch an den angegebenen Stellen in ihren Rechtsschriften nicht bestritten.
Ebenso fehlt jeder Beleg für einen späteren nachträglichen Widerspruch zu deren Inhalt seitens der Beklagten. Die beanstandete Feststellung des Handelsgerichts steht damit im Einklang mit den Akten.
Für die Annahme eines Rechtsmissbrauchs ist nicht erforderlich, dass das Verhalten des Schuldners, welches den Gläubiger bewegt, während der Verjährungsfrist rechtliche Schritte zu unterlassen, die Voraussetzungen einer Schuldanerkennung erfüllt. Liegt eine Schuldanerkennung vor, wird damit die Verjährung unterbrochen, womit sich die Frage einer rechtsmissbräuchlichen Berufung auf die Verjährungseinrede nicht mehr stellt. Damit kann die Beklagte auch nichts zu ihren Gunsten aus dem Umstand ableiten, dass die Telexschreiben nicht unterzeichnet sind und dass sie von nichteinzelzeichnungsberechtigten Personen stammen sollen. In Ergänzung des Sachverhalts (Art. 64 Abs. 2 OG) kann im Übrigen festgestellt werden, dass in den Telexschreiben der Beklagten jeweils auf die vorangehenden Telexschreiben der Klägerin Bezug genommen und in einzelnen dieser Schreiben am Schluss die Garantieabteilung als Absender genannt wurde.
Damit bestätigt sich, dass diese Äusserungen von der in der Sache zuständigen Abteilung des Geschäftsbetriebs der Beklagten ausgingen.
Bereits im Telex vom 9. September 1992 wies die Beklagte darauf hin, dass sie aufgrund der gegen Jugoslawien auferlegten Blockade nicht in der Lage sei, ihre Verbindlichkeiten zu erfüllen, und bestätigte ihren Willen, dies "nach Verbesserung der Umstände, die unsere Tätigkeit gefährden", zu tun. Die Klägerin schlug darauf einen Zahlungsaufschub für die verfallene 2. und 3. Rate bis zum 11. Oktober 1993 vor mit Überweisung der 4. Rate per 30. Oktober 1992. Zu diesem Zahlungsaufschub erklärte die Beklagte dann in den Telexschreiben vom 3. November und 14. Dezember 1992 ihr Einverständnis. Im Telex vom 26. April 1995 wies sie erneut darauf hin, dass die Zahlungen aus ihrer Garantie wegen der Sanktionen der Weltgemeinschaft und der Aufhebung des zwischenstaatlichen Geldumlaufs in Verzug geraten seien. Mit diesen Äusserungen hat die Beklagte gegenüber der Klägerin zu erkennen gegeben, dass sie die Zahlungsverpflichtungen weiterhin als bestehend betrachtet und gewillt ist, diesen nachzukommen, sobald die Umstände dies möglich machen. In den Telexschreiben finden sich keinerlei Hinweise auf irgendwelche allfällige Einwendungen gegen die Zahlungspflicht oder auch nur auf Umstände, aus welchen sich allenfalls solche Einwendungen ableiten liessen. Wenn in den Telexschreiben (mit Ausnahme jenes vom 9. September 1992) jeweils davon die Rede ist, dass das Einverständnis der Firma E._ eingeholt werde bzw. die Mahnungen der Klägerin an diese weitergeleitet worden seien, musste die Klägerin daraus nicht etwa ableiten, die Beklagte verneine damit eine eigene Zahlungspflicht. In ihrer Bestätigung vom 26. November 1990 hatte die Beklagte gegenüber der Klägerin ohne jeden Vorbehalt und ohne jeden Hinweis auf die Firma E._ eigene Zahlungen zu den festgelegten Daten der Fälligkeit der einzelnen Raten versprochen. Davon hat sie sich in der Folge nie distanziert. Da die Beklagte die Garantie im Auftrag der Firma E._ abgegeben hatte, durfte die Klägerin die erwähnten Hinweise jeweils als bloss interne Kontaktaufnahme auf der Gegenseite betrachten. Auch der Umstand, dass die
1. Rate anstandslos beglichen worden war, bestärkte die Klägerin im Vertrauen auf den Zahlungswillen der Beklagten.
Dass trotzdem eine Zahlung ausblieb, hatte seinen Grund in den UN-Sanktionen gegen Jugoslawien. Auch bei objektiver Betrachtungsweise ist es damit verständlich, dass die Klägerin aufgrund der Äusserungen der Beklagten rechtliche Schritte zur Eintreibung ihrer Forderung unterliess.
Dass in den Telexschreiben der Beklagten die Höhe ihrer Verpflichtungen jeweils nicht ziffernmässig angegeben wurde, ist für die Frage, ob die Verjährungseinrede rechtsmissbräuchlich sei, nicht von Bedeutung. Die einzelnen Beträge ergaben sich zweifelsfrei aus der ursprünglichen Garantiezusage vom 8. Oktober 1990 und der Bestätigung an die Klägerin vom 26. Dezember 1990. Die verfallenen Beträge wurden jeweils auch in den Telexmitteilungen der Klägerin, auf welche die Beklagte dann Bezug nahm, genannt. Im Unterschied zum Sachverhalt in <ref-ruling> ff. handelte es sich also nicht etwa nur um vage, ziffernmässig unbestimmte Versprechungen im Zusammenhang mit betragsmässig noch gar nicht festgelegten Verpflichtungen. Unerheblich ist auch der Hinweis der Beklagten, die Klägerin hätte schon vor dem 12. Oktober 1996 ihre Ansprüche am schweizerischen Arrestgerichtsstand oder am deutschen Erfüllungsort gerichtlich durchsetzen können. Wenn sie in ihren Telexschreiben die Klägerin um Verständnis ersuchte für die Hindernisse, die einer Erfüllung der Verpflichtungen objektiv im Wege standen, kann der Klägerin nicht entgegengehalten werden, sie hätte diese ja durch ausserordentliche Vorkehren rechtlich durchsetzen können.
Es ist auch nicht belegt, dass damals verarrestierbares Vermögen der Beklagten in der Schweiz gelegen hatte. Selbst wenn eine Klage am deutschen Erfüllungsort rechtlich möglich gewesen wäre, hätte dieses der Klägerin nur ein zu ihren Gunsten lautendes Urteil, aber noch keine tatsächliche Erfüllung der Verbindlichkeiten seitens der Beklagten verschafft.
Aufgrund der Äusserungen der Beklagten erschien jedoch ein gerichtliches Urteil über die Zahlungspflicht gerade als entbehrlich, da jeglicher Hinweis auf eine allfällige Bestreitung der Zahlungspflicht fehlte und lediglich die bekannten objektiven Hindernisse als Grund für das Ausbleiben der Zahlungen zu betrachten waren.
Der Klägerin kann auch nicht vorgehalten werden, sie habe nach dem letzten Telex der Beklagten vom 26. April 1995 zu lange zugewartet, bis sie dann mit dem Arrestbegehren, welches zum Arrestbefehl vom 1. Oktober 1997 führte, rechtliche Schritte unternahm. In ihrer Zahlungsaufforderung vom 7. März 1996 hatte sie zwar selbst darauf hingewiesen, dass die internationalen Sanktionen nun aufgehoben seien.
Auch darauf teilte die Beklagte im Telex vom 15. März 1996 wieder mit, sie habe ihren Kunden mit dem Hinweis dieses Fernschreibens bekanntgemacht, ohne jede Andeutung, dass die Zahlungspflicht aus irgendeinem Grund in Frage gestellt würde.
Erst auf die Zahlungsaufforderung der Klägerin vom 11. Oktober 1996 bei Fälligkeit der letzten Rate hat die Beklagte dann überhaupt nicht mehr reagiert. Wenn sie sich nun auf den Standpunkt stellt, für den gesamten klägerischen Anspruch sei am 12. Oktober 1996 und für den grössten Teil der einzelnen Raten bereits zu einem viel früheren Zeitpunkt die Verjährung eingetreten, muss dies jedoch in Übereinstimmung mit dem Handelsgericht unter Berücksichtigung der Gesamtheit der Umstände als rechtsmissbräuchlich betrachtet werden. Die Berufung erweist sich damit auch in diesem Punkt als unbegründet.
3.- Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann, und das angefochtene Urteil zu bestätigen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend ist die Gerichtsgebühr der Beklagten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 13. Dezember 1999/20. Januar 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 15'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. Januar 2002
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: