Faits:
A. S._, né en 1955, est assuré auprès de la Caisse vaudoise (ci-après: la Caisse) pour l'assurance obligatoire des soins. Le 15 septembre 2008, il a transmis à sa caisse-maladie une facture du laboratoire X._ SA d'un montant de 739 fr. 80 relative au «Test Prostate Cancer Gene 3» (Test PCA 3) prescrit par le docteur M._. Après que le médecin conseil de la Caisse eut demandé l'avis de la doctoresse D._, membre de la Commission fédérale des analyses, moyens et appareils (CFAMA-LA), celle-ci a préconisé, dans un courriel du 8 janvier 2009, le refus de la prise en charge du Test PCA 3 par l'assurance obligatoire des soins. Par décision formelle du 6 mai 2009, la Caisse a refusé la prise en charge du Test PCA 3. L'assuré s'est opposé à cette décision le 5 juin 2009. Par courrier du 25 juin 2009, la Caisse a demandé à la doctoresse D._, du Département fédéral de l'Intérieur, de bien vouloir lui confirmer par courrier officiel signé la réponse transmise antérieurement par courriel à son médecin conseil. Le 26 août 2009, la doctoresse D._ a répondu à la demande de la Caisse. Cette pièce a ensuite été versée au dossier sans que l'assuré n'en ait été avisé.
Se fondant essentiellement sur le courrier de la doctoresse D._ du 26 août 2009, la Caisse a, par décision sur opposition du 21 octobre 2009, rejeté l'opposition et confirmé sa décision du 6 mai 2009 refusant la prise en charge du Test PCA 3.
B. S._ a recouru contre cette décision.
Par jugement du 27 janvier 2010, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis le recours, annulé la décision attaquée et renvoyé la cause à la Caisse vaudoise, afin qu'elle statue à nouveau après avoir communiqué à l'assuré le courrier de la doctoresse D._ du 26 août 2009 et lui avoir donné la possibilité de s'exprimer à ce propos.
C. La Caisse vaudoise interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation, en concluant au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle statue sur le fond du litige.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 29 al. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 2 p. 188 et les références).
2. 2.1 Le premier juge ne s'est pas prononcé sur le fond du litige car il a admis une violation du droit d'être entendu de l'intimé. Il a ainsi renvoyé la cause à la Caisse vaudoise pour qu'elle rende une nouvelle décision, après avoir communiqué à l'intimé le courrier de la doctoresse D._, du 26 août 2009, et lui avoir donné la possibilité de s'exprimer à ce propos. En tant qu'il ne met pas fin à la procédure, le jugement entrepris revêt un caractère incident.
2.2 Dès l'instant où, comme décision incidente, le jugement attaqué ne porte pas sur la compétence ou sur une demande de récusation (cf. art. 92 LTF), il ne peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral que si l'une des deux conditions posées par l'art. 93 al. 1 LTF est réalisée. En d'autres termes, il faut soit que le jugement attaqué cause un préjudice irréparable (let. a; cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 632 s.), soit que l'admission du recours conduise immédiatement à une décision finale qui permette d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b; cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 633 s.).
En l'espèce, la recourante ne prétend pas que l'arrêt de renvoi lui causerait un préjudice irréparable; en particulier, elle ne soutient pas qu'elle subirait un tel préjudice, même si la décision finale devait lui être favorable. Reste l'éventualité prévue par l'art. 93 al. 1 let. b LTF, laquelle suppose la réalisation de deux conditions cumulatives; d'une part, le Tribunal fédéral peut mettre fin une fois pour toutes à la procédure en jugeant différemment la question tranchée dans la décision préjudicielle ou incidente; d'autre part, il appartient à l'auteur du recours d'établir, si cela n'est pas manifeste, qu'une décision finale immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-ruling> consid. 2.4, 2.4.1 et 2.4.2 p. 633 et les arrêts cités).
2.3 S'agissant de la première condition d'application de l'art. 93 al. 1 let. b LTF, celle-ci n'est manifestement pas remplie. En effet, même dans l'hypothèse où le Tribunal fédéral admettrait le recours, il ne serait pas en mesure de modifier la décision rendue par la recourante mais devrait renvoyer la cause à l'autorité précédente pour qu'elle se prononce d'abord sur le fond du litige. Dès lors que le Tribunal fédéral ne pourrait pas mettre fin à la procédure tout de suite, simplement en statuant sur le recours, la condition de l'art. 93 al. 1 let. b LTF n'est pas remplie (cf. BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 22 ad art. 93).
Le recours en matière de droit public est dès lors manifestement irrecevable et doit être liquidé selon la procédure prévue à l'art. 108 al. 1 let. a et b LTF.
3. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 LTF).

Par ces motifs, le Président prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 7 mai 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz