Sachverhalt:
A. Die Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 7. Oktober 2004 wegen Gehilfenschaft zu mehrfacher Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> zu 10 Tagen Gefängnis mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren.
Auf Einsprache des Beurteilten hin erklärte der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirks Zürich X._ am 7. April 2005 als nicht schuldig und sprach ihn frei. Eine hiegegen von der Staatsanwaltschaft erhobene Berufung blieb ohne Erfolg. Mit Urteil vom 6. Februar 2006 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich das erstinstanzliche Urteil.
B. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde, mit der sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen an diese Instanz zurückzuweisen.
C. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet. Eine Vernehmlassung des Beschwerdegegners wurde nicht eingeholt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die Vorinstanz stellt für den Kassationshof folgenden verbindlichen Sachverhalt fest (Art. 277bis Abs. 1 BStP):
Der Beschwerdegegner war Ende 2000 als Leiter Aktienhandel Schweiz bei der Bank A._ AG in Zürich tätig und als Verantwortlicher für den Geschäftsbereich Schweizer Aktien unter anderem für den börsenmässigen Handel der an der SWX Swiss Exchange kotierten Namenaktie der B._ Holding zuständig, insbesondere für das Market Making. Die B._ Holding AG wurde damals von der A._ Gruppe verwaltet. Da der Kurs der Namenaktien der Firma B._ seit April 2000, namentlich seit August 2000, stetig fiel, trieb der Beschwerdegegner am 29. Dezember 2000, dem letzten Handelstag des Jahres 2000, auf Veranlassung seiner Vorgesetzten deren Kurs durch gezielte Massnahmen in die Höhe. Insbesondere in der Schlussauktion bewirkte er durch 9 Kaufabschlüsse ohne Vorliegen von Kundenaufträgen im Umfang von 910 Aktien für das Nostro der Bank und durch das Löschen von durch seine Mitarbeiter ins System eingegebenen Verkaufsaufträgen in diesen Aktien einen Kursanstieg von 8,4% gegenüber dem letzten Kurs vor der Schlussauktion. Dabei nützte er den Umstand aus, dass in der Schlussauktion, die während der letzten 10 Handelsminuten stattfindet, eine Aktie auch bei grösseren Kursausschlägen nicht in eine Stop-Trading-Phase fällt. Insgesamt trat der Beschwerdegegner bzw. die Bank A._ von 30 Abschlüssen an jenem Börsentag, welche die B._-Aktien betrafen, 27 Mal als Käuferin in Erscheinung. Durch seine Machenschaften trieb der Beschwerdegegner den Kurs der Aktien von CHF 442 (Eröffnungskurs) auf den Monatsspitzenwert von CHF 490 hinauf, was einer Kurssteigerung von 10,86% entsprach.
Dieser Börsenkurs wurde zur Jahresendbewertung der Namenaktien der Firma B._ in den Nostrokonten der A._ Gruppe und damit als Bewertungsgrundlage für den Jahresabschluss des Konzerns sowie in den Jahresendbewertungen der Portefeuilles aller Bankkunden herangezogen, die diesen Titel in ihren Depots hielten. Der vom Beschwerdegegner hochgetriebene Kurs war vom Markt nicht getragen, weshalb es am nächsten Handelstag bei Handelseröffnung bei einem Eröffnungskurs von CHF 459 zu einem Stop Trading kam.
1.2 Die Strafverfolgungsbehörden sahen davon ab, die vom Beschwerdegegner betriebene Beeinflussung der Aktienkurse als Kursmanipulation im Sinne von <ref-law> anzuklagen, da keine Scheingeschäfte vorlagen. Indes warfen sie dem Beschwerdegegner vor, er habe Gehilfenschaft zu mehrfacher Urkundenfälschung geleistet, indem er durch die Kurssteigerung zu einer überhöhten Bewertung der B._-Namenaktien in den Nostrokonten und im Jahresabschluss der A._ Gruppe sowie in den Kundendepots beigetragen habe.
2. Die Handlungen, mit denen der Beschwerdegegner den Kurs der B._-Namenaktien in die Höhe trieb, stellen, wie die kantonalen Instanzen zu Recht annehmen, keine strafbare Kursmanipulation im Sinne von <ref-law> dar. Diese Strafnorm erfasst nur eng umschriebene Scheingeschäfte, nicht aber andere Transaktionen zur Beeinflussung des Kurses. Die Vorinstanz legt eingehend dar, dass die vom Beschwerdegegner getroffenen Massnahmen weder unter die sog. "wash sales" (Effektengeschäfte zwischen nicht rechtlich, aber wirtschaftlich identischen Personen) noch unter die sog. "matched orders" (sich kompensierende gegenläufige Kaufs- und Verkaufsaufträge unter den beteiligten Parteien) fallen. Nicht als Kursmanipulation erfasst werden kann auch das von der A._ Gruppe praktizierte sog. parking, mit welchem ein Teil der ausgegebenen Titel vom Markt genommen wird, um eine Verengung des Angebots zu bewirken (vgl. zum Ganzen Marc Amstutz/Mani Reinert, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, Art. 161bis N 20 f.).
Die Beschwerdeführerin teilt diese Auffassung, vertritt jedoch gleichzeitig die Ansicht, die umstrittenen Transaktionen verletzten die Verhaltensregeln der Effektenhändler gemäss Art. 11 des Bundesgesetzes über die Börsen und den Effektenhandel vom 24. März 1995 (BEHG; SR 954.1) und dazu ergangene Ausführungsbestimmungen. Ob dies zutrifft, braucht nicht geprüft zu werden. Wie sich aus den nachstehenden Erwägungen ergibt, hängt die Beurteilung des Vorwurfs der Gehilfenschaft zu mehrfacher Urkundenfälschung nicht von dieser börsenrechtlichen Qualifikation ab.
3. 3.1 Die Vorinstanz gelangt in rechtlicher Hinsicht zum Schluss, dass die Depotverzeichnisse, in denen der Kurs von CHF 490 für die B._-Namenaktien figuriert, lediglich den Kurswert festhalten müssten und nicht deren inneren Wert. Dieser Preis sei von der Bank tatsächlich bezahlt worden. Die Depotauszüge könnten höchstens den massgebenden Börsenkurs einer Effekte beweisen, nicht aber den wahren Wert der einzelnen Positionen oder des ganzen Portefeuilles. Da die fraglichen Aufstellungen des Depotbestandes somit nicht der Bewertung der Effekten dienten, komme ihnen in dieser Hinsicht keine Beweiseignung und damit auch kein Urkundencharakter zu.
3.2 Die Beschwerdeführerin räumt ein, dass die Depotauszüge in formeller Hinsicht der Wahrheit entsprachen, indem sie den Börsenkurs der B._-Namenaktien mit CHF 490 korrekt verzeichneten. Sie stellt sich jedoch auf den Standpunkt, die fraglichen Dokumente hätten auch in materieller Hinsicht wahr sein, also nicht nur eine rechnerisch richtige Bewertung der Wertschriften enthalten müssen. Sie beruft sich dabei auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach die kaufmännische Buchhaltung gemäss ihrer Zielsetzung die der tatsächlichen wirtschaftlichen Lage entsprechende Vermögenssituation wiederzugeben hat und insbesondere die Belege auch materiell richtig sein müssten.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> macht sich der Urkundenfälschung schuldig, wer in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen, eine Urkunde fälscht oder verfälscht, die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützt oder eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt. Die Tatbestände des Urkundenstrafrechts schützen das Vertrauen, welches im Rechtsverkehr einer Urkunde als einem Beweismittel entgegengebracht wird. Mittel zum Beweis kann nur sein, was generell geeignet ist, Beweis zu erbringen. Als Urkunden gelten deshalb unter anderem nur Schriften, die bestimmt und geeignet sind, eine Tatsache von rechtlicher Bedeutung zu beweisen (<ref-law>).
Der Tatbestand der Falschbeurkundung erfasst die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der also der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen. Die Falschbeurkundung erfordert eine qualifizierte schriftliche Lüge. Eine solche wird nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur angenommen, wenn der Urkunde eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihr daher ein besonderes Vertrauen entgegenbringt. Dies ist der Fall, wenn allgemein gültige objektive Garantien die Wahrheit der Erklärung gegenüber Dritten gewährleisten. Blosse Erfahrungsregeln hinsichtlich der Glaubwürdigkeit irgendwelcher schriftlicher Äusserungen genügen dagegen nicht (<ref-ruling> E. 1; zuletzt 132 IV 12 E. 8.1 und 131 IV 125 E. 4.1 je mit Hinweisen).
Nach ständiger Rechtsprechung wird der kaufmännischen Buchführung und ihren Bestandteilen bezüglich der in ihnen aufgezeichneten wirtschaftlichen Sachverhalte kraft Gesetzes (<ref-law>) Wahrheitsgarantie zuerkannt. Die Buchhaltung muss ein genaues und vollständiges Bild der tatsächlichen wirtschaftlichen Lage vermitteln. Eine falsche Buchung erfüllt den Tatbestand der Falschbeurkundung, wenn sie ein falsches Gesamtbild der Buchführung zeichnet und dabei Buchungsvorschriften und -grundsätze verletzt, die errichtet worden sind, um die Wahrheit der Erklärung und damit die erhöhte Glaubwürdigkeit der Buchführung zu gewährleisten. Solche Grundsätze werden namentlich in den gesetzlichen Bestimmungen über die ordnungsgemässe Rechnungslegung des Aktienrechts in <ref-law> und in den Bilanzvorschriften in <ref-law> aufgestellt, die den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen (zuletzt <ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 2.2 und 2.3 mit Hinweisen).
4.2 Die unrichtige Beurkundung einer rechtlich erheblichen Tatsache setzt voraus, dass sich die Urkunde dazu überhaupt äussert. Insofern erbringt die Schrift nur Beweis für den in ihr selbst unmittelbar bezeugten Sachverhalt (<ref-ruling> E. 4.5, S. 130 f. mit Hinweisen). Die Angabe von Börsenkurswerten in den Depotauszügen erlaubt von vornherein keine Aussage über den inneren Wert einer Effekte, weil die Kurse nicht den wahren Wert wiedergeben und sich ein solcher auch gar nicht genau feststellen lässt. Der Kurs eines Wertpapiers bildet den Börsen- oder Marktpreis ab, der je nach Angebot und Nachfrage ständig Schwankungen unterworfen ist. Der im Depotauszug aufgeführte Kurs besagt nichts anderes, als dass die Effekte am angeführten Datum zum angegebenen Kurs gehandelt worden ist. Ob dieser Kurs vom Markt getragen ist oder - wie im zu beurteilenden Fall - durch künstliche Eingriffe in den Preisbildungsprozess verfälscht wurde, bleibt dabei ohne Bedeutung. Der Depotauszug bezeugt nur, dass die Effekte zum genannten Wert gehandelt wurde. Zu keinem anderen Ergebnis führt entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch der Umstand, dass in den Depotauszügen zusätzlich ein "Kurswert" aufgeführt ist. Denn dieser bildet nicht das Resultat einer Bewertung oder Einschätzung, sondern dasjenige einer blossen Rechenoperation, nämlich der Multiplikation des Bestands der einzelnen Titel mit dem jeweiligen Kurs. Das bedeutet, dass die Angabe des Börsenkurses der B._-Namenaktien in den Depotverzeichnissen keine definitive Bewertung der fraglichen Effekten darstellt.
Dasselbe gilt im Hinblick auf die Buchhaltung der A._ Gruppe. <ref-law> sieht vor, dass Wertschriften mit Kurswert höchstens zum Durchschnittskurs des letzten Monats vor dem Bilanzstichtag bewertet werden dürfen. Auch wenn die Banken nach den vorinstanzlichen Feststellungen offenbar teilweise nach dem Kurs am Stichtag bewerten, so gilt dies nur für einfache und unproblematische Fälle. Die Revisionsstelle der A._ Gruppe erklärt im Schreiben vom 4. Februar 2005, die Schlusskurse am Bilanzstichtag würden nur bei liquiden Titeln ohne vertiefte Abklärungen als Bewertungsgrundlage akzeptiert. Im vorliegenden Fall habe die A._ Gruppe selber wegen des überhöhten Schlusskurses der B._-Namenaktien eine Wertberichtigung von CHF 5 Mio. vorgenommen, was sie als vertretbar angesehen habe. Aus dem erwähnten Schreiben ergibt sich weiter, dass der Schlusskurs der B._-Namenaktie lediglich den Ausgangspunkt für die Bewertung in der Konzernrechnung bildete, aber gerade keine definitive Bewertung darstellte. Somit wurde auch die Buchführung nicht verfälscht. Auch die Steuerbehörden haben den Wert der B._-Namenaktien am Ende des Jahres 2000 nicht einfach anhand des Börsenschlusskurses von CHF 490 bestimmt. Vielmehr setzte die Eidgenössische Steuerverwaltung den steuerbaren Wert der B._-Aktien anhand des Durchschnittswerts im Monat Dezember 2000 auf CHF 425 fest.
Aus dem von der Beschwerdeführerin angerufenen Entscheid des Bundesgerichts, bei dem unzutreffende Gutschriften auf einem Bankkonto zu beurteilen waren (<ref-ruling>; vgl. auch <ref-ruling>), ergibt sich nichts anderes. Wohl besagt die zitierte Rechtsprechung, dass die kaufmännische Buchhaltung und die dazugehörigen Belege über die tatsächliche wirtschaftliche Situation des Buchführenden Aufschluss zu geben haben. Im Unterschied zu jenem Entscheid wird dem Beschwerdegegner hier vorgeworfen, durch das Hinauftreiben des Kurses der B._-Namenaktien auf CHF 490 bewirkt zu haben, dass in den Nostrokonten der A._ Gruppe und in den Depotverzeichnissen der Kunden bei den B._-Namenaktien Kurse verzeichnet wurden, die nicht der wirtschaftlichen Situation entsprochen hätten. Soweit die Beschwerdeführerin die Verbuchung von Börsenkurswerten derjenigen einer Gutschrift auf einem Bankkonto gleichsetzen will, übersieht sie, wie sich aus den obstehenden Erwägungen ergibt, dass diesen beiden Vorgängen nach der Vorstellung des Gesetzgebers und in der Praxis nicht die gleiche Bedeutung zukommt.
Insgesamt ist der Ausweis über die Schlusskurse der Börse zwar nicht ohne Einfluss auf die Bewertung der Wertschriften. Doch erfolgt damit noch keine Bewertung der Effekten selber. Die Beschwerdeführerin geht daher zu weit, wenn sie verlangt, dass die in den Depotauszügen angegebenen Kurse nicht nur den tatsächlich verzeichneten Börsenkursen entsprechen müssten, sondern auch den wirtschaftlichen Wert der Wertschriften richtig wiedergeben müssten. Die Vorinstanz erklärt deshalb zu Recht, die fraglichen Auszüge seien nicht geeignet, den wirtschaftlichen Wert der B._-Namenaktien zu beweisen, weshalb eine Verurteilung wegen Falschbeurkundung ausscheide.
5. Aus diesen Erwägungen erweist sich die Nichtigkeitsbeschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 278 Abs. 2 BStP). Dem Beschwerdegegner ist mangels Umtrieben im bundesgerichtlichen Verfahren keine Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2006
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: