Sachverhalt:
A. A.a Das Bezirksgericht Horgen erklärte Y._ mit Urteil vom 11. Juli 2007 der mehrfachen versuchten Erpressung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law>, des mehrfachen Missbrauchs einer Fernmeldeanlage im Sinne von 179septies StGB, des Fahrens ohne Führerausweis oder trotz Entzug im Sinne von <ref-law> sowie der Übertretung der Verkehrsregelnverordnung im Sinne von Art. 96 VRV i.V.m. Art. 3a Abs. 1 VRV schuldig und verurteilte ihn unter Einbezug der widerrufenen, mit Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland vom 18. Mai 2005 bedingt ausgesprochenen Gefängnisstrafe von 30 Tagen zu einer Gesamtstrafe von 12 Monaten Freiheitsstrafe, unter Anrechnung von 52 Tagen Untersuchungshaft, sowie zu einer Busse von Fr. 1'000.--, im Falle der schuldhaften Nichtbezahlung umwandelbar in 10 Tage Ersatzfeiheitsstrafe. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es bei einer Probezeit von 5 Jahren bedingt auf. Von der Anklage der mehrfachen Vergewaltigung im Sinne von <ref-law> und der mehrfachen Nötigung im Sinne von <ref-law> sprach es Y._ frei. Ferner entschied es über die von den beiden Geschädigten geltend gemachten Schadenersatz- und Genugtuungsforderungen sowie die Herausgabe der beschlagnahmten Gegenstände.
A.b Gegen diesen Entscheid erhoben die Staatsanwaltschaft Limmattal/ Albis, der Beurteilte sowie die Geschädigte 2 Berufung. Mit Urteil vom 2. Juni 2008 sprach das Obergericht des Kantons Zürich Y._ von der Anklage der Vergewaltigung im Sinne von <ref-law>, der mehrfachen Nötigung im Sinne von <ref-law>, der mehrfachen versuchten Erpressung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> und des mehrfachen Missbrauchs einer Fernmeldeanlage im Sinne von 179septies StGB frei. In Bezug auf die Strassenverkehrsdelikte stellte es fest, dass das erstinstanzliche Urteil in Rechtskraft erwachsen sei. Ferner widerrief es die mit Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland vom 18. Mai 2005 bedingt ausgesprochenen Strafe von 30 Tagen Gefängnis und ordnete an Stelle der Freiheitsstrafe eine unbedingte Geldstrafe an, welche es als durch Untersuchungshaft von 30 Tagen geleistet erklärte. Das Obergericht verurteilte Y._ zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 30.--, als Zusatzstrafe zum Strafbefehl des Untersuchungsamtes Altstätten vom 14. Februar 2006, mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 5 Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 500.--. An diese Strafe rechnete es die restlichen 22 Tage der erstandenen Untersuchungshaft an. Die Busse erachtete es durch Untersuchungshaft von 5 Tagen als geleistet. Auf die Zivilforderungen der Geschädigten trat es nicht ein.
B. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich führt Beschwerde beim Bundesgericht, mit der sie beantragt, das angefochtene Urteil sei in Bezug auf die Freisprüche aufzuheben und Y._ sei im Sinne der Anklageschrift der mehrfachen versuchten Erpressung gemäss <ref-law> i.V.m. <ref-law>, der mehrfachen Vergewaltigung gemäss <ref-law>, der mehrfachen Nötigung gemäss <ref-law>, des mehrfachen Missbrauchs einer Fernmeldeanlage gemäss 179septies StGB, des Fahrens ohne Führerausweis gemäss <ref-law> sowie der Widerhandlung gegen die Verkehrsregelnverordnung gemäss Art. 96 VRV schuldig zu sprechen. Der Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland vom 18. Mai 2005 sei zu widerrufen und Y._ sei im Sinne einer Gesamtstrafe zu einer Freiheitsstrafe von 49 Monaten sowie zu einer Busse von Fr. 1'000.-- zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.

Erwägungen:
1. Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 BGG ist die Staatsanwaltschaft zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt. Wer zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert ist, kann grundsätzlich jede Rechtsverletzung geltend machen, die bei der Anwendung von materiellem Strafrecht oder Strafprozessrecht erfolgt, mithin auch eine Verletzung von Bundesverfassungsrecht als Teil des Bundesrechts. Die Staatsanwaltschaft ist nach dem neuen Verfahrensrecht somit auch zur Rüge der Verletzung von Bundesverfassungsrecht befugt und kann gestützt auf den objektiv-rechtlichen Gehalt von <ref-law> oder anderen Grundrechtsnormen nunmehr geltend machen, die Vorinstanz habe deren Tragweite zu Gunsten oder zu Ungunsten der privaten Prozesspartei verkannt (<ref-ruling> E. 1.4).
2. Dem Beschwerdegegner wird im Wesentlichen vorgeworfen, er habe den Geschädigten 1 in der Zeit von Dezember 2005 bis Januar 2006 mehrfach von einem nicht genau bekannten Standort aus angerufen und von ihm innert kurzer Frist die Bezahlung von Fr. 25'000.-- verlangt, ansonsten er, seine Frau und seine Kinder erschossen würden. Ferner habe er im Zeitraum vom 15. August 2005 bis zum 8. September 2005 insgesamt 98 Mal und vom 5. Oktober 2005 bis ca. 1. Februar 2006 insgesamt 85 Mal auf das Festnetz oder den Mobilanschluss des Geschädigten 1 angerufen und sich bei der Annahme des Anrufs zum Teil nicht gemeldet, zum Teil den Geschädigten 1 massiv beschimpft. Schliesslich habe der Beschwerdegegner im Zeitraum von März 2002 bis Juli 2005 mindestens einmal pro Woche mit der Geschädigten 2, der Ehefrau des Geschädigten 1, gegen deren Willen den Geschlechtsverkehr vollzogen, indem er ihr gedroht habe, er werde, wenn sie sich nicht mit ihm einlasse, ihrem Ehemann das Verhältnis offenbaren, so dass sie ihre Familie verlieren werde, oder er werde sie umbringen oder invalide machen (vgl. Anklageschrift S. 2 f.).
Der Beschwerdegegner hat den ihm vorgeworfenen Sachverhalt im Strafverfahren stets bestritten. Die Anklage stützt sich im Wesentlichen auf die Aussagen der beiden Geschädigten. Diese wurden am 15. und 20. Februar 2006 von der Untersuchungsrichterin als Zeugen einvernommen, wobei die erste Zeugenbefragung unter Ausschluss des Beschwerdegegners als Angeschuldigtem und seines Verteidigers erfolgte.
3. 3.1 Die Vorinstanz nimmt an, gemäss <ref-law>/ZH müsse dem Angeschuldigten und seinem Verteidiger Gelegenheit gegeben werden, den Einvernahmen von Zeugen, Auskunftspersonen und Sachverständigen vor dem Untersuchungsbeamten beizuwohnen und an sie Fragen zu richten, welche zur Aufklärung der Sache dienen können. Sei die Beachtung dieser Vorschrift aus tatsächlichen oder rechtlichen Gründen nicht möglich, sei dem Angeschuldigten gemäss <ref-law>/ZH bei nächster Gelegenheit das Protokoll der Einvernahme zu verlesen, mit der Anfrage, ob er Begehren, insbesondere Ergänzungsfragen zu stellen habe. Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, im zu beurteilenden Fall sei der Ausschluss des Beschwerdegegners von der ersten Einvernahme der Zeugen durch die Untersuchungsrichterin vom 15. Februar 2006 ohne sachlichen oder rechtlichen Grund erfolgt, zumal sich der Beschwerdegegner zu jenem Zeitpunkt in Untersuchungshaft befand und für die Zeugeneinvernahmen ohne weiteres greifbar gewesen wäre. Ausserdem seien die beiden Geschädigten am 22. Dezember 2005 bzw. am 26. Januar 2006 einlässlich polizeilich befragt worden, so dass die Belastungen und der Gegenstand der Strafuntersuchung hinlänglich bekannt gewesen seien. Die Zeugeneinvernahmen der Geschädigten vom 15. Februar 2006 seien daher gemäss <ref-law>/ZH nichtig und deren Aussagen mithin nicht verwertbar (angefochtenes Urteil S. 11 ff., 16; erstinstanzliches Urteil S. 11). Dies müsse auch für die Zeugeneinvernahmen durch den Untersuchungsrichter vom 20. Februar 2006 gelten, an welchen der Beschwerdegegner und sein Verteidiger anwesend gewesen seien. Bei der untersuchungsrichterlichen Einvernahme sage die als Zeuge befragte Person unter der Strafdrohung von <ref-law> aus. Eine spätere Änderung der formell als Zeuge gemachten Aussagen setze diese unter Umständen einer Strafuntersuchung wegen falscher Zeugenaussage aus. Der Zeuge lege sich aus diesem Grund in der ersten Einvernahme in einer Weise fest, welche eine Änderung oder Präzisierung seiner Aussagen nicht mehr erwarten lasse. Da das Anwesenheitsrecht dem Angeschuldigten nicht nur ermöglichen solle, den Aussageinhalt unmittelbar zur Kenntnis zu nehmen, und den Vernehmungsvorgang zu kontrollieren, sondern auch das non-verbale Aussageverhalten des Belastungszeugen wahrzunehmen, genüge es auch nicht, wenn die Zeugeneinvernahme im Nachhinein im Beisein des Angeschuldigten und seines Verteidigers wiederholt werde. Damit seien auch die Zeugenaussagen der Geschädigten vom 20. Februar 2006 unverwertbar (angefochtenes Urteil S. 19 f. anders erstinstanzliches Urteil S. 11 f.).
3.2 Die Beschwerdeführerin macht in ihrer Beschwerde, die weitgehend wörtlich mit dem Minderheitsantrag des Vorsitzenden der Vorinstanz übereinstimmt (Akten des Obergerichts Urk. 88), geltend, die Nichtigkeit der Einvernahmen vom 15. Februar 2006 könne nicht die Unverwertbarkeit der Zeugeneinvernahmen vom 20. Februar 2006 bewirken. An diesen Einvernahmen seien der Beschwerdegegner und sein Verteidiger anwesend gewesen, so dass diese für sich allein betrachtet korrekt erfolgt seien (Beschwerde S. 4; Minderheitsantrag S. 2 f.). Nach der kantonalen Rechtsprechung sei es zulässig, Mitangeschuldigte durch die Strafuntersuchungsbehörden zunächst gesondert zu befragen und erst hernach ein Konfrontation durchzuführen. Desgleichen seien auch untersuchungsrichterliche Einvernahmen von Auskunftspersonen oder die Einvernahme von Belastungszeugen im polizeilichen Ermittlungsverfahren verwertbar, wenn dem Zeugen in einer nachfolgenden, unter Wahrung der Anwesenheits- und Teilnahmerechte des Angeschuldigten durchgeführten Einvernahme durch den Richter oder den Untersuchungsrichter seine früheren Aussagen vorgehalten würden. Eine unterschiedliche Vorgehensweise bei untersuchungsrichterlichen Zeugeneinvernahmen rechtfertige sich nicht. Dass Mitangeschuldigte und Auskunftspersonen nicht zur Aussage verpflichtet seien, ändere daran nichts. Denn wenn diese bei der Polizei oder vor dem Untersuchungsrichter falsche Aussagen machten, bestehe für sie die Gefahr der Eröffnung eines Strafverfahrens wegen falscher Anschuldigung im Sinne von <ref-law>. In jedem Fall legten sich auch ein Mitangeschuldigter oder eine Auskunftsperson bezüglich späterer Einvernahmen fest. Die Auffassung der Vorinstanz führe letztlich zu einer Schutzlosigkeit der Opfer gravierender Delikte (Beschwerde S. 4 ff.; Minderheitsantrag S. 3 ff.). Schliesslich hätten die nichtigen Zeugeneinvernahmen vom 15. Februar 2006 weder zum Auffinden weiterer Beweismittel geführt noch seien sie Bestandteil sine qua non eines mittelbar erlangen Beweises. Der Verwertung der Aussagen vom 20. Februar 2006 stehe daher auch unter dem Gesichtspunkt der Fernwirkung des Beweisverbots nichts entgegen (Beschwerde S. 9 f.; Minderheitsantrag S. 12 f.).
4. Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen den Schluss der Vorinstanz, die Zeugenaussagen der beiden Geschädigten vom 20. Februar 2006 seien prozessual nicht verwertbar. Dabei rügt sie die Verletzung von kantonalem Recht.
4.1 Gemäss <ref-law> kann mit der Beschwerde an das Bundesgericht die Verletzung von Bundesrecht (lit. a), Völkerrecht (lit. b), kantonalen verfassungsmässigen Rechten (lit. c), kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen (lit. d) sowie von interkantonalem Recht (lit. e) gerügt werden. Die Anwendung einfachen kantonalen Rechts ist von der Überprüfung durch das Bundesgericht ausgenommen. Sie kann im Verfahren der Beschwerde an das Bundesgericht nur gerügt werden, wenn geltend gemacht wird, sie verletze gleichzeitig das Willkürverbot von <ref-law>. Eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts liegt nach ständiger Rechtsprechung aber nicht schon vor, wenn der angefochtene Entscheid unrichtig ist oder wenn eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen ist, sondern nur, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3.1).
4.2 Gemäss <ref-law> prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Die Begründungsanforderungen entsprechen hier denjenigen, die nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde galten (<ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 2.2 je mit Hinweisen). Das Bundesgericht wendet mithin in diesem Bereich das Recht nicht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es untersucht deshalb nicht von sich aus, ob der angefochtene kantonale Entscheid verfassungsmässig ist, sondern prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf ein blosse appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2).
4.3 Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf, ihrer Beschwerde den Minderheitsantrag des Vorsitzenden der Vorinstanz zugrunde zu legen. Welche verfassungsmässigen Rechte durch das angefochtene Urteil verletzt worden sind und inwiefern dieses an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet, legt sie nicht dar. Damit erschöpfen sich ihre Ausführungen in einer appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil, welche den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht genügen. Auf die Beschwerde kann daher nicht eingetreten werden.
5. Aus diesen Gründen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog