Erwägungen:
1. 1.1 Y._ (geb. 1970) stammt aus Brasilien. Sie heiratete am 7. Februar 2005 den Schweizer Bürger X._ (geb. 1980). Am 19. November 2009 wies die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich ihr Gesuch vom 14. Januar 2008 bzw. 9. Juli 2009 ab, ihre Aufenthaltsbewilligung ein weiteres Mal zu verlängern, und wies sie weg. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies am 13. April 2012 kantonal letztinstanzlich die hiergegen gerichtete Beschwerde ab. Die Ehegatten hätten sich im Sommer 2007 getrennt; die eheliche Gemeinschaft sei am 1. September 2008 nur scheinbar wieder aufgenommen worden. Auf eine hiergegen erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht am 22. Mai 2012 nicht ein.
1.2 Am 6. Juni 2012 ersuchte Y._ erneut darum, ihr eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, da sie wieder mit ihrem Gatten zusammenlebe. Das Migrationsamt des Kantons Zürich entsprach dem Gesuch nicht. Die Sicherheitsdirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wiesen die von Y._ und X._ hiergegen gerichteten Beschwerden am 26. Juli bzw. 1. Oktober 2012 ab. Sie gingen davon aus, dass kein Grund zur Wiedererwägung der rechtskräftigen Verfügung vom 19. November 2009 bestehe.
1.3 Mit Eingabe vom 5. Oktober 2012 beantragen X._ und Y._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben und das Migrationsamt anzuweisen, Y._ die Aufenthaltsbewilligung zu erteilen; allenfalls sei die angesetzte Ausreisefrist angemessen zu verlängern.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (<ref-law>). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (<ref-law>). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt bzw. die beanstandete Beweiswürdigung klar und eindeutig mangelhaft erscheint (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3). Auf rein appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 3 S. 104 f.). Die Beschwerdeführer müssen - in Auseinandersetzung mit der Begründung im angefochtenen Entscheid - im Einzelnen dartun, inwiefern dieser Recht verletzt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 - 2.3).
2.2 Die vorliegende Eingabe genügt den entsprechenden Anforderungen weitgehend nicht (vgl. LAURENT MERZ, in: BSK Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 52 ff. zu Art. 42). Die Beschwerdeführer beschränken sich im Wesentlichen darauf, die bereits vor der Vorinstanz erhobenen Einwände zu wiederholen; mit deren Ausführungen dazu setzen sie sich indessen nicht weiter auseinander. Sie legen nicht dar, inwiefern gestützt auf die verschiedenen widersprüchlichen Aussagen, insbesondere der noch am 24. Februar 2012 erfolgten Erklärung, dass die Ehe seit dem 15. Dezember 2009 als gescheitert zu bezeichnen sei, und der Tatsache, dass die Beschwerdeführer nur wenige Tage nach dem bundesgerichtlichen Entscheid vom 22. Mai 2012 wieder zusammengezogen sein wollen, die Annahme der Vorinstanz, es sei keine wirkliche Lebensgemeinschaft, sondern lediglich allenfalls eine zweckorientierte Wohngemeinschaft aufgenommen worden, offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. <ref-law>).
3. 3.1 Im Übrigen ist die entsprechende antizipierte Beweiswürdigung auch inhaltlich nicht zu beanstanden: Das Verwaltungsgericht hat die verschiedenen Einwände der Beschwerdeführer (Meldeverhältnisse, Mietvertrag auf den Namen der beiden Ehegatten, Fotografien) zur Kenntnis genommen und geprüft, diesen jedoch keine überwiegende Bedeutung beigemessen, nachdem sie sich schon früher am gleichen Ort angemeldet hatten, ohne tatsächlich dort zu wohnen, und sie die eheliche Gemeinschaft zuvor während fast fünf Jahren nicht gelebt hatten. Weitere Abklärungen konnten unter diesen Umständen nur ergeben, dass allenfalls eine Wohngemeinschaft bestand, nicht jedoch dass das Eheleben tatsächlich wieder aufgenommen worden ist, wogegen die von der Vorinstanz angeführten Indizien sprechen, welche die Beschwerdeführer nicht zu entkräften vermochten.
3.2 Entgegen ihren Ausführungen ist im Übrigen nicht ersichtlich, inwiefern es Bundesrecht verletzen sollte, wenn die kantonalen Behörden ihre Eingabe als Wiedererwägungsgesuch behandelt haben: Die Anwesenheitsberechtigung von Y._ in der Schweiz ist im ersten Verfahren rechtskräftig beurteilt und diese aus der Schweiz weggewiesen worden. Ihr neues Gesuch bezog sich weitgehend aufgrund der gleichen Begründung (Aufenthaltsverlängerung zum Verbleib beim bzw. aufgrund der früheren Beziehung zum schweizerischen Gatten) auf denselben Lebenssachverhalt. Läge - wie sie geltend machen - ein völlig neues Gesuch vor, wäre Art. 17 AuG anwendbar, wonach der Bewilligungsentscheid grundsätzlich im Ausland abzuwarten ist, da die Zulassungsvoraussetzungen gestützt auf das vorgängige Verfahren und den damit verbundenen Wegweisungsentscheid nicht als offensichtlich erfüllt gelten könnten. Der Hinweis in der Beschwerdeschrift, dass ein völlig neuer Lebenssachverhalt vorliege, "wobei die Beschwerdeführerin gestützt auf Art. 17 Abs. 2 AuG ein Verbleiberecht während des laufenden Beschwerdeverfahrens" habe, "wie es im Übrigen auch im vorausgehenden Rechtsmittelverfahren der Fall" gewesen sei, lässt den Schluss zu, dass es den Beschwerdeführern in erster Linie hierum geht, was missbräuchlich erscheint. Soweit sie sich in diesem Zusammenhang auf die EMRK berufen, kann auf § 87 (Regelungsbefugnis der Staaten bei Heirat) des EGMR-Urteils O'Donoghue u. Mitb. gegen Vereinigtes Königreich vom 14. Dezember 2010 (Nr. 34848/07) verwiesen werden.
3.3 Wenn die Beschwerdeführer schliesslich die Y._ angesetzte Länge der Ausreisefrist beanstanden, übersehen sie, dass es sich hierbei um eine Modalität des Wegweisungsvollzugs handelt, gegen welche die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausgeschlossen ist (<ref-law>). Zwar spricht ihr Rechtsanwalt in seiner Eingabe auch von einer "staatsrechtlichen Beschwerde", wobei er auf das seit dem 1. Januar 2007 aufgehobenen Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege Bezug nimmt (Art. 90 OG), doch erhebt er diesbezüglich keine den Anforderungen von <ref-law> für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde genügend begründeten Rügen (vgl. <ref-ruling> E. 1 - 3); seine Kritik ist rein appellatorischer Natur. Das Verwaltungsgericht hat im Übrigen die Ausreisefrist auf einen Monat ab dem bundesgerichtlichen Urteil festgelegt, was den Vorgaben von Art. 64d Abs. 1 AuG (bzw. Art. 7 Abs. 1 der Rückführungsrichtlinie [RL 2008/115/EG]) entspricht; es ist nicht ersichtlich und wird nicht dargetan, inwiefern dies Verfassungsrecht verletzen würde.
4. 4.1 Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann. Es rechtfertigt sich, sie ohne Weiterungen im Verfahren nach <ref-law> zu erledigen. Zur Begründung wird ergänzend auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen (<ref-law>). Mit dem vorliegenden Urteil in der Sache selber wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
4.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend haben die unterliegenden Beschwerdeführer die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar