Sachverhalt:
A. Am 16. Februar 2011 genehmigte das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) das Projekt des Bundesamtes für Strassen (ASTRA) zur Lärmsanierung der Nationalstrasse N08 im Abschnitt Alpnach Süd - Alpnachstad mittels Einbaus einer Drainasphalt-Deckschicht PA von km 82.200 bis 83.000. Mit der Plangenehmigung gewährte das UVEK u.a. Erleichterungen für die in der Wohn- und Gewerbezone von Alpnachstad liegenden, nicht überbauten Parzellen Nrn. 211 und 213. Die Einsprache der Erbengemeinschaft X._ (Eigentümerin der Parzelle Nr. 211) wies es ab.
B. Gegen diese Plangenehmigung reichten die Mitglieder der Erbengemeinschaft X._ am 15. März 2011 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht ein. Dieses hiess die Beschwerde am 20. Dezember 2011 teilweise gut und wies die Vorinstanz an, die angemeldete Entschädigungsforderung zusammen mit den notwendigen Unterlagen an den Präsidenten der zuständigen Eidgenössischen Schätzungskommission zu überweisen. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war.
C. Dagegen haben die Mitglieder der Erbengemeinschaft X._ am 2. Februar 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, Ziff. 1 und 2 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben und die Sache sei an das Bundesverwaltungsgericht bzw. an das ASTRA zurückzuweisen, damit das Auflageprojekt zur Lärmsanierung der Nationalstrasse N08 im Abschnitt Alpnach Süd - Alpnachstad mit Sanierungsmassnahmen ergänzt werde, welche die Einhaltung der Immissionsgrenzwerte gemäss Lärmschutz-Verordnung auf ihren Liegenschaften während der Tages- und Nachtzeit sicherstellen.
D. Das ASTRA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das UVEK und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
In ihrer Replik vom 25. April 2012 halten die Beschwerdeführer an ihren Anträge fest.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer sind Gesamteigentümer der nicht überbauten Grundstücke Nrn. 1386, 2388 und 2390 Grundbuch Alpnach in der Wohn- und Gewerbezone von Alpnachstad (Lärmempfindlichkeitsstufe III). Diese entstanden aus der Parzellierung der ehemaligen Stammparzelle Nr. 211, für die in der angefochtenen Plangenehmigung Erleichterungen bewilligt wurden. Die Beschwerdeführer sind damit zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Im Abschnitt Alpnach Süd - Alpnachstad der Nationalstrasse N08 werden die Immissionsgrenzwerte für Strassenverkehrslärm örtlich überschritten, trotz der bereits geltenden Geschwindigkeitsbegrenzung auf 100 km/h.
Im Rahmen der Sanierungsplanung wurden für den gesamten Perimeter (km 80.000 bis 83.000) insgesamt zehn verschiedene Kombinationen von Belagstypen und Lärmschutzwänden einer vertieften Prüfung unterzogenen (Beilagen 17 und 18 Lärmuntersuchung). Mit keiner der geprüften Massnahmen könnten die Immissionsgrenzwerte überall eingehalten werden; die beste Variante wies eine Effektivität (Zielerreichung) von 73 % auf. Weil der Kanton Obwalden und die Gemeinde Alpnach Lärmschutzwände im Gebiet Bahnhofplatz Alpnachstad bis Bahnübergang im Interesse des Landschaftsbildes und aus touristischen Überlegungen ablehnten und die beiden Lärmschutzwände zum Schutz der Einzelliegenschaften ungenügende Effektivität bzw. Effizienz aufwiesen, entschied sich das ASTRA für den Einbau des PA-Deckbelages in der Kurzversion als einzige Lärmschutzmassnahme und verzichtete auf den Bau von Lärmschutzwänden.
Im Bereich der Parzellen der Beschwerdeführer wurde der für die Empfindlichkeitsstufe III massgebende Immissionsgrenzwert für Strassenlärm im Ausgangszustand (2002) am Tag gerade eingehalten und in der Nacht um 1 dB(A) überschritten. Aufgrund der prognostizierten Verkehrszunahme würde der Immissionsgrenzwert ohne Lärmschutzmassnahmen im Beurteilungszustand 2030 am Tag um 2 dB(A) und in der Nacht um 4 dB(A) überschritten werden. Mit dem Einbau des lärmarmen Deckbelags werden die Lärmimmissionen um rund 3 dB(A) vermindert. Dies hat zur Folge, dass auf dem Grundeigentum der Beschwerdeführer im Beurteilungszustand 2030 der Immissionsgrenzwert nachts voraussichtlich um 1 dB(A) überschritten sein wird. Hierfür gewährte das UVEK eine Erleichterung gemäss Art. 17 des Umweltschutzgesetzes (USG; SR 814.01) und Art. 14 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41).
3. Die Beschwerdeführer rügen zunächst, der Sachverhalt sei unvollständig ermittelt worden. Ihres Erachtens könnten die Immissionsgrenzwerte auf ihren Parzellen durch die Errichtung eines Lärmschutz-Erdwalls eingehalten werden. Das Bundesverwaltungsgericht sei davon ausgegangen, dass die Behörde aufgrund einer summarischen Prüfung jene Varianten ausscheiden dürfe, die mit "erheblichen Nachteilen" verbunden seien. Die von den Beschwerdeführern vorgeschlagene Variante sei jedoch im Plangenehmigungsverfahren nie geprüft worden, auch nicht in summarischer Form. Sie weise auch keine erheblichen Nachteile auf: Die Vorinstanz habe ausgeführt, dass die Erstellung eines Lärmschutzwalls von 1.5 m Höhe technisch und betrieblich nicht von vornherein ausgeschlossen werden könne und auch die Interessen des Ortsbild- und Landschaftsschutzes nicht offensichtlich gegen eine solche Variante sprächen. Die geschätzten Kosten von rund Fr. 100'000 seien gering, vor allem im Vergleich zu den Tunnellösungen in Millionenhöhe, die bei der N08 für die Dörfer Sachseln, Giswil und Lungern realisiert worden seien. Das Bundesverwaltungsgericht hätte schon deshalb die Plangenehmigung aufheben und die Sache an das UVEK zurückweisen müssen.
Die Beschwerdeführer werfen dem Bundesverwaltungsgericht eine formelle Rechtsverweigerung vor, weil es die vom ASTRA und vom UVEK vorgelegten unvollständigen Entscheidgrundlagen akzeptiert und überdies seine Kognition in unzulässiger Weise eingeschränkt habe, indem es sich eine gewisse Zurückhaltung, insbesondere bei der Überprüfung von technischen Problemen, auferlegt habe.
3.1 Die Gewährung von Erleichterungen setzt voraus, dass die in Betracht kommenden Sanierungsmassnahmen und ihre Auswirkungen hinreichend geprüft wurden (Urteile des Bundesgerichts 1C_496/2009 vom 16. Juli 2010 E. 3.5, in: URP 2010 S. 729; RDAF 2011 I S. 468; 1C_45/2010 vom 9. September 2010 E. 2.6, in: URP 2010 S. 625). Allerdings müssen im Plangenehmigungsverfahren nicht alle denkbaren Alternativen im Detail projektiert werden. Varianten, die erhebliche Nachteile aufweisen oder offensichtlich unverhältnismässig erscheinen, dürfen nach einer ersten summarischen Prüfung aus dem Auswahlverfahren ausgeschieden werden.
3.2 Im Plangenehmigungsverfahren wurden vier Lärmschutzwände näher geprüft: Zwei zum Schutz von Einzelliegenschaften südlich der hier interessierenden Grundstücke, eine im Bahnhofbereich Alpnachstad westlich der N08 sowie eine zum Schutz der Campingzone Alpnachstad östlich der N08. Im Bereich der Liegenschaften der Beschwerdeführer wurde weder eine Lärmschutzmauer noch ein Lärmschutzwall näher geprüft. Das ASTRA und das UVEK gingen davon aus, dass die Grenzwertüberschreitung nur 1 dB(A) betrage und allenfalls nur die strassenseitige Fassade betreffen werde (Plangenehmigung Ziff. 6 S. 17); da der Charakter künftiger Überbauungen unbekannt sei, seien keine darauf abgestimmten Massnahmen im Ausbreitungsbereich des Lärms möglich (Plangenehmigung Ziff. 4.10 S. 13).
3.3 Für das bundesgerichtliche Verfahren ist allerdings nicht der von der Entscheidbehörde ermittelte, sondern der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt massgeblich (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren vor Bundesverwaltungsgericht gelten die Untersuchungsmaxime (<ref-law>) und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (<ref-law>). Das Bundesverwaltungsgericht verfügt über eine umfassende Kognition (<ref-law>) und kann den angefochtenen Entscheid im Rahmen von <ref-law> zugunsten oder zuungunsten einer Partei abändern.
Vor Bundesverwaltungsgericht äusserten sich sowohl das ASTRA als auch der Kanton zu der von den Beschwerdeführern favorisierten Variante (vgl. E. 9.3.2 des angefochtenen Entscheids). Diesen wurde dazu das rechtliche Gehör gewährt (vgl. E. 9.3.3. des angefochtenen Entscheids). Das Bundesverwaltungsgericht hielt den rechtserheblichen Sachverhalt in diesem Punkt für hinreichend geklärt und verzichtete in antizipierter Beweiswürdigung auf weitere Beweisabnahmen (E. 9.3.6 des angefochtenen Entscheids). Gestützt auf den so ergänzten Sachverhalt entschied es, dass die Beschwerdeführer keinen Anspruch auf zusätzliche, vom Anlagebetreiber zu treffende Schallschutzmassnahmen hätten und die Erleichterungen zu Recht erteilt worden seien.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer legte es sich dabei keine Zurückhaltung auf. Insbesondere spielten technische Probleme, bei denen ein besonderes Fachwissen der Behörden zu beachten gewesen wäre, keine Rolle. Insofern kann dem Bundesverwaltungsgericht keine formelle Rechtsverweigerung vorgeworfen werden.
3.4 Wurde die von den Beschwerdeführern beantragte Sanierungsmassnahme somit im Beschwerdeverfahren vor Bundesverwaltungsgericht geprüft und der Sachverhalt insofern ergänzt, kann offen bleiben, ob schon im Plangenehmigungsverfahren weitere Abklärungen hätten getroffen werden müssen. Vielmehr ist im Folgenden zu prüfen, ob das Bundesverwaltungsgericht aufgrund eines vollständigen Sachverhalts in der Sache richtig entschieden hat.
4. Das Bundesverwaltungsgericht hielt fest, dass ein Lärmschutzdamm im Bereich der Liegenschaften der Beschwerdeführer zu Zusatzkosten von deutlich über Fr. 100'000.-- führen würde und diese Variante mit betrieblichen Nachteilen verbunden wäre. Hierfür verwies es auf die Beurteilung des ASTRA und des Kantons, wonach ein Lärmschutzwall aufgrund der örtlichen Verhältnisse (zwischen den Parzellengrenzen und dem Strassenkörper befinden sich Bahngleise und Parkplätze) nur schwierig zu realisieren sei. Ein Erddamm mit einer Böschungsneigung von 2:3, einer Höhe von 1.5 m und einer oberen Breite von 1.0 m hätte eine Bodenausdehnung von 5.5 m und würde dementsprechend den Freihaltestreifen in Anspruch nehmen. Auch würden die darunter liegenden Zuleitungen verbaut, die für notwendige Unterhaltsarbeiten jederzeit zugänglich sein müssten.
Entscheidend für das Bundesverwaltungsgericht war jedoch, dass die Parzellen der Beschwerdeführer noch nicht überbaut sind und auch noch kein bewilligtes Überbauungsprojekt vorliegt. Praxisgemäss bestehe kein Anspruch auf (zusätzliche) vom Anlagebetreiber zu treffende Schallschutzmassnahmen, wenn aufgrund des kantonalen und kommunalen Bau- und Planungsrechts am Ort der Lärmimmissionen planerische, gestalterische oder bauliche Massnahmen getroffen werden, mit denen die Immissionsgrenzwerte eingehalten werden können (Urteil des Bundesgerichts 1A.269/2006 vom 28. Februar 2007 E. 3.2, in: ZBl 109/2008 S. 338; RDAF 2009 I S. 517). Nach den unbestrittenen Ausführungen des Kantons und des ASTRA könnte auch auf den Parzellen der Beschwerdeführer mit minimalen und einfachen bebauungsseitigen Massnahmen der nächtliche Immissionsgrenzwert eingehalten werden; angesichts der geringen Grenzwertüberschreitung dürften allfällige Massnahmen an den neu zu erstellenden Gebäuden ein tragbares Ausmass annehmen. Dem Schutz der noch nicht erstellten lärmempfindlichen Räume sei somit in erster Linie mit gestalterischen Massnahmen Rechnung zu tragen.
4.1 Die Beschwerdeführer kritisieren, dass <ref-law> den Verzicht auf Sanierungen nur zulasse, wenn aufgrund des kantonalen Bau- und Planungsrechts am Ort der Lärmimmission planerische, gestalterische oder bauliche Massnahmen getroffen werden, mit denen die Immissionsgrenzwerte eingehalten werden können. Das Recht des Kantons Obwalden enthalte keine Instrumente, mit denen die Eigentümer von lärmbelasteten Grundstücken zur Vornahme von Massnahmen verpflichtet werden könnten, die es erlaubten, die Immissionsgrenzwerte am Ort der Einwirkung einzuhalten. Für die Parzellen der Beschwerdeführer bestehe auch keine Quartierplanpflicht; dadurch unterscheide sich der vorliegende Fall von demjenigen des Entscheids 1A.269/2006, wo das Grundstück nur gestützt auf einen Sondernutzungsplan überbaut werden durfte. Im Übrigen werde das kommunale Bau- und Planungsrecht in <ref-law> nicht erwähnt und sei daher nicht massgeblich.
Es sei eine reine Behauptung, dass der nächtliche Immissionsgrenzwert mit minimalen und einfachen bebauungsseitigen Massnahmen auf den Parzellen der Beschwerdeführer eingehalten werden könne. Es wäre Pflicht des Anlagebetreibers und nicht der Beschwerdeführer, hierfür den Beweis zu erbringen.
Entscheidend sei jedoch, dass gestützt auf das Verursacherprinzip der Anlagebetreiber sanierungspflichtig sei (<ref-law>; Art. 2, 11 und 16 USG; Art. 13 und 16 LSV). Es gehe nicht an, ihn von seiner prioritären gesetzlichen Sanierungspflicht zu befreien und die Kompensationsmassnahmen und -kosten in Missachtung des Verursacherprinzips dem privaten Eigentümer der lärmbelasteten Parzellen aufzubürden.
Der von den Beschwerdeführern verlangte Erdwall koste nur rund Fr. 100'000.--, von denen noch die Kosteneinsparungen für die vorgesehene Belagsanierung in Abzug zu bringen seien. Das Kosten-Nutzen-Verhältnis sei daher sehr gut, weshalb die Sanierung nicht unverhältnismässig sei.
4.2 Das ASTRA führt in seiner Vernehmlassung aus, dass zu den Baukosten eines Lärmschutzwalls noch die Kosten für das Verlegen der Kabelkanäle gerechnet werden müssten, welche sich zwischen dem Parkplatz der Pilatusbahn und dem Strassenkörper befinden. Alleine diese Verlegungskosten dürften sich auf ca. Fr. 150'000.-- belaufen, weshalb mit totalen Erstellungskosten von mindestens Fr. 300'000.-- zu rechnen wäre. Davon könnten keine Kosteneinsparungen für die vorgesehene Belagsanierung abgezogen werden: Aufgrund der unterschiedlichen Belagsqualitäten wäre es nicht sinnvoll, auf einer Strecke von 200-300 m einen anderen Belag zu verlegen, weil dies insbesondere in Bezug auf Einbau und Unterhalt zu Problemen führen würde.
Nach Einbau des lärmarmen Strassenbelags würden die Immissionsgrenzwerte auf den Parzellen der Beschwerdeführer tagsüber als auch in der Nacht bis voraussichtlich ins Jahr 2030 eingehalten (Lärmuntersuchung Beilage 15); erst ab diesem Zeitpunkt bestehe die Möglichkeit einer Überschreitung des nächtlichen Immissionsgrenzwerts um lediglich 1 dB(A). Eine solche Überschreitung sei gemäss Stellungnahme der Projektverfasserin vom 8. März 2012 einzig auf der Baulinie im 3. Obergeschoss (ca. 7.5 m über Terrain) zu erwarten. Die Parzellen könnten somit nach der Belagsanierung bis 2030 ohne Einschränkungen genutzt werden; auch nach diesem Datum sei eine Bebauung mit einfachen baulichen oder planerischen Massnahmen möglich (z.B. leichtes Drehen des Gebäudes, Anordnung lärmempfindlicher Räume auf der lärmabgewandten Seite, Belüftung kritischer Räume über seitliche Fenster, Dachflächenfenster oder Lukarnen). Unter diesen Umständen erweise sich die Erstellung eines Lärmschutzwalls allein zum Schutz der unbebauten Parzellen der Beschwerdeführer ohne konkretes Bauprojekt als unverhältnismässig.
Aus <ref-law> folgt nach Auffassung des ASTRA, dass der Lärmschutz nicht allein Sache des Anlagenbetreibers sei, sondern auch der zuständigen Bau- und Planungsbehörden und des Grundeigentümers, der in einem lärmbelasteten Gebiet ein neues Gebäude erstellen wolle. Die Verpflichtung zur Anordnung bauseitiger Massnahmen im Baubewilligungsverfahren ergebe sich bereits aus <ref-law> und <ref-law>, weshalb es keine Rolle spiele, ob solche Massnahmen auch nach kantonalem bzw. kommunalem Recht angeordnet werden könnten.
5. Bestehende ortsfeste Anlagen, die wesentlich zur Überschreitung der Lärmimmissionsgrenzwerte beitragen, müssen saniert werden (<ref-law>; <ref-law>), und zwar so weit, als dies technisch und betrieblich möglich sowie wirtschaftlich tragbar ist (<ref-law>; <ref-law>). Ziel der Sanierung ist, zumindest eine Überschreitung der Immissionsgrenzwerte zu vermeiden (<ref-law>). Die Vollzugsbehörde gewährt Erleichterungen, soweit die Sanierung unverhältnismässige Betriebseinschränkungen oder Kosten verursachen würde oder überwiegende Interessen namentlich des Ortsbild-, Natur- und Landschaftsschutzes, der Verkehrs- und Betriebssicherheit sowie der Gesamtverteidigung der Sanierung entgegenstehen (<ref-law> und <ref-law>).
Bei der Gewährung von Erleichterungen wird die Überschreitung der Immissionsgrenzwerte in einer bestimmten Situation zugelassen. Es handelt sich um eine Ausnahmebewilligung, deren Erteilung nur in Sonderfällen erfolgen soll. Die Gewährung von Erleichterungen soll nach dem Willen des Gesetzgebers restriktiv gehandhabt werden (vgl. SCHRADE/WIESTNER, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, N. 14 zu <ref-law>; Urteil 1C_496/2009 des Bundesgerichts vom 16. Juli 2010 E. 3.1, in: URP 2010 S. 729; RDAF 2011 I S. 468; Urteil 1C_45/2010 vom 9. September 2010 E. 2.1, in: URP 2010 S. 625).
5.1 Vorliegend ist streitig, ob zusätzlich zur geplanten Belagsanierung ein Lärmschutzwall gebaut werden muss, um die Immissionsgrenzwerte im Betriebszustand (2030) auf den unüberbauten (aber in einer erschlossenen Bauzone liegenden) Parzellen der Beschwerdeführer einzuhalten. Andere Sanierungsmassnahmen werden nicht vorgeschlagen und sind auch nicht ersichtlich. Im Folgenden sind daher die Nachteile der von den Beschwerdeführern vorgeschlagenen Sanierungsmassnahme und ihr Nutzen für die Umwelt und für die von Immissionen betroffenen Privaten gegeneinander abzuwägen (Urteil 1A.86/1996 vom 24. Juni 1997 E. 6c, in: URP 1997 S. 495; RDAF 1998 I S. 626; SCHRADE/WIESTNER, a.a.O., N. 18 zu Art. 17).
5.2 Nach den Feststellungen der Vorinstanz würde der Bau eines 1.5 m hohen Lärmschutzwalls im Bereich der Parzellen der Beschwerdeführer Kosten von erheblich über Fr. 100'000.-- verursachen; dazu kommen noch die Kosten für die Verkabelung von Versorgungsleitungen in etwa derselben Höhe. Wie das ASTRA überzeugend dargelegt hat, könnten die Kosten der Belagsanierung dadurch nicht reduziert werden. Im Übrigen ging bereits die Vorinstanz davon aus, dass der nächtliche Immissionsgrenzwert nur durch ein Zusammenspiel von Lärmschutzwall und lärmarmem Belag eingehalten werden könnte (vgl. E. 9.3.5 S. 14 des angefochtenen Entscheids); dies wird von den Beschwerdeführern nicht substanziiert bestritten.
Unbestritten ist weiter, dass ein Lärmschutzwall nicht unerhebliche betriebliche Nachteile hätte; insbesondere würde er den Freihaltestreifen in Anspruch nehmen und die darunterliegenden Zuleitungen verbauen.
5.3 Die Vorinstanz ging davon aus, dass mit einem 1.5 m hohen Erdwall (zusätzlich zum geplanten Einbau eines lärmarmen Belags) die ohnehin nur geringfügig überschrittenen Immissionsgrenzwerte im Betriebszustand 2030 nachts auf den Parzellen der Beschwerdeführer eingehalten werden könnten.
Daran haben die Beschwerdeführer insofern ein Interesse, als sie ihre Parzellen nur überbauen können, wenn die Immissionsgrenzwerte nicht überschritten werden (<ref-law> und <ref-law>). Hierfür muss im Baubewilligungsverfahren eine Lärmprognose vorgenommen werden (<ref-law>), bei der nicht nur die aktuellen Aussenlärmimmissionen der Nationalstrasse, sondern auch die zu erwartende Zu- oder Abnahme der Lärmimmissionen wegen der Errichtung, Änderung oder Sanierung ortsfester Anlagen zu berücksichtigen sind (<ref-law>). Insofern kann - entgegen der Auffassung des ASTRA - nicht ohne Weiteres davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführer ihre Parzellen bis ins Jahr 2030 (Datum der erwarteten Überschreitung des nächtlichen Immissionsgrenzwerts) ohne jegliche Einschränkungen überbauen können.
5.4 Sind die Immissionsgrenzwerte überschritten, muss der Baugesuchsteller mit baulichen oder gestalterischen Mitteln dafür sorgen, dass die Immissionsgrenzwerte in allen lärmempfindlichen Räumen eingehalten werden (<ref-law>; <ref-law>).
Das Bundesverwaltungsgericht ging davon aus, dass dies mit einfachen bauseitigen Massnahmen möglich sei. Es verwies auf die lärmmässig vergleichbaren, inzwischen offenbar überbauten Nachbarparzellen Nrn. 98, 131 und 133 (Kapellenmatte/Rösslimatte), auf denen mit einer Quartierplanung bzw. mit planerischen, gestalterischen und baulichen Massnahmen die Einhaltung der Grenzwerte im Ausgangszustand 2002 und im Betriebszustand 2030 habe erreicht werden können.
Die Beschwerdeführer bestreiten zwar, dass diese Parzellen bereits überbaut seien und belegen dies mit einem Foto; dies ist aber nicht entscheiderheblich. Entscheidend ist vielmehr, dass mit relativ einfachen gestalterischen Mitteln (z.B. leichtes Abdrehen der Bauten, Anordnung der lärmempfindlichen Räume und der Fenster) die Immissionsgrenzwerte im gesamten Quartierplangebiet eingehalten werden können. Dies wird von den Beschwerdeführern nicht bestritten. Insofern erscheint die Annahme der Vorinstanz, dass solche Massnahmen auch genügen würden, um die Immissionsgrenzwerte im Jahr 2030 auf den Parzellen der Beschwerdeführer einzuhalten, plausibel und jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
5.5 <ref-law> bestimmt, dass auf eine Sanierung verzichtet werden kann, wenn aufgrund des kantonalen Bau- und Planungsrechts am Ort der Lärmimmissionen planerische, gestalterische oder bauliche Massnahmen getroffen werden, mit denen die Immissionsgrenzwerte bis zum Ablauf der festgesetzten Fristen eingehalten werden können.
Diese Bestimmung ist vorliegend nicht anwendbar, wie die Beschwerdeführer richtig darlegen: Es sind keine Massnahmen aufgrund des kantonalen Bau- und Planungsrechts (das auch das kommunale Recht mitumfasst) getroffen worden oder bis zum Ablauf der Sanierungsfrist (d.h. bis zum 1. März 2015; vgl. <ref-law>) projektiert.
Dies schliesst es jedoch nicht von vornherein aus, bei der für die Gewährung von Erleichterungen gebotenen Interessenabwägung zu berücksichtigen, dass der Immissionsgrenzwert durch planerische, gestalterische oder bauliche Massnahmen gemäss USG eingehalten werden kann. Zweck des Umweltschutzgesetzes ist es, Menschen (und nicht unüberbaute Grundstücke) vor schädlichen und lästigen Immissionen zu schützen. Dieses Ziel wird auch dann erreicht, wenn die Belastungsgrenzwerte nach der Überbauung der Parzellen eingehalten werden können (so auch <ref-ruling> E. 4.2 S. 625 f.).
5.6 Den Beschwerdeführern ist allerdings einzuräumen, dass es nicht angeht, den Anlagebetreiber durch die Gewährung von Erleichterungen zu Lasten der lärmbelasteten Grundeigentümer von seiner Sanierungspflicht und den damit verbundenen Kosten (vgl. <ref-law>) zu befreien.
Gemäss <ref-law> trägt der Eigentümer die Kosten von bauseitigen Lärmschutzmassnahmen im Baubewilligungsverfahren. Die Gesetzmässigkeit dieser Bestimmung ist allerdings umstritten (vgl. ALAIN GRIFFEL, Die Grundprinzipien des schweizerischen Umweltrechts, Zürich 2001, Rz. 262 S. 195 f.; HERIBERT RAUSCH/ARNOLD MARTI/ALAIN GRIFFEL, Umweltrecht, Zürich 2004, Rz. 111 S. 40; ALAIN GRIFFEL/HERIBERT RAUSCH, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, Ergänzungsband zur 2. Aufl., Zürich 2011, Art. 22 N. 11 S. 310). In <ref-ruling> E. 3.3 entschied das Bundesgericht, dass die Kosten einer Lärmschutzmauer nicht allein den Grundeigentümern aufgebürdet werden dürften, sondern zumindest teilweise vom Kanton als (damaligem) Werkeigentümer und Bauherrn der Autobahn zu tragen seien (ähnlich BEATRICE WAGNER PFEIFER, Umweltrecht I, 3. Aufl., Rz. 573). Dieses Urteil wurde in der Literatur kritisiert, weil es gegen das Verursacherprinzip verstosse, wenn der Kanton als lärmverursachender Werkeigentümer die Kosten (teilweise) auf die lärmbelasteten Grundeigentümer überwälze (THOMAS HERZOG, SJZ 103/2007 S. 217 ff., insbes. S. 221 f.; ALAIN GRIFFEL, Urteilsanmerkung, URP 2006 S. 702 ff.; ANNE-CHRISTINE FAVRE, La protection contre le bruit dans la loi sur la protection de l'environnement, Diss. Lausanne 2002, S. 276; dieselbe, Urteilsanmerkung, RDAF 2007 I S. 487 f.).
Anders als im Fall <ref-ruling> ist vorliegend ein Sanierungsverfahren hängig. In diesem Verfahren ist der Anlageninhaber kostenpflichtig (<ref-law>; <ref-law>); er muss grundsätzlich alle Massnahmen finanzieren, die zur Einhaltung der Immissionsgrenzwerte erforderlich sind. Werden Erleichterungen erteilt, dürfen diese nicht dazu führen, dass den Grundeigentümern erhebliche Mehrkosten für die Überbauung ihrer Parzellen entstehen.
5.6.1 Vorliegend wird die N08 durch den Einbau eines lärmarmen Belags (d.h. einer Massnahme an der Quelle gemäss <ref-law>) weitgehend saniert. Der Immissionsgrenzwert wird auf den Parzellen der Beschwerdeführer erst gegen Ende des Betrachtungszeitraums (2030) und geringfügig (um rund 1 dB(A) nachts) an gewissen Orten (im 3. Obergeschoss ca. 7.5 m über Terrain) überschritten. Solange die Parzellen unüberbaut sind, bedarf es keiner zusätzlichen Lärmschutzmassnahmen. Im Falle ihrer Überbauung ist davon auszugehen, dass die Immissionsgrenzwerte durch einfache bauliche und gestalterische Massnahmen eingehalten werden können, ohne erhebliche Mehrkosten oder wesentliche Einschränkungen der Überbaubarkeit (vgl. oben, E. 5.4).
5.6.2 Allerdings sind Verkehrs- und Lärmprognosen mit Unsicherheiten behaftet. Sollte sich im Zeitpunkt der Überbauung der Parzellen ergeben, dass einfache bauseitige Massnahmen nicht ausreichen, sondern erhebliche Zusatzkosten für die Einhaltung der Immissionsgrenzwerte auf den Parzellen der Beschwerdeführer anfallen, so müssten diese Kosten vom Bund als Inhaber der N08 getragen werden. Dies ist in Form einer Auflage in der Plangenehmigungsverfügung festzuhalten.
5.7 Mit diesem Vorbehalt durften die Vorinstanzen davon ausgehen, dass ein Missverhältnis zwischen den Kosten und den betrieblichen Nachteilen eines Lärmschutzwalls einerseits und dem mit ihm erzielbaren Nutzen andererseits besteht und deshalb auf die Errichtung eines Lärmschutzwalls verzichten. Die Gewährung von Erleichterungen für die prognostizierte geringfügige Überschreitung des Immissionsgrenzwerts auf den Parzellen der Beschwerdeführer im Betriebszustand 2030 verletzt deshalb (mit der gebotenen Auflage betreffend allfällige Mehrkosten) Bundesrecht nicht.
6. Die Beschwerdeführer rügen schliesslich, das Bundesverwaltungsgericht sei auf ihren Antrag, die Erleichterungen im gesamten Bereich von Alpnachstad Westseite zu verweigern, zu Unrecht nicht eingetreten. Würden in Bezug auf die Parzellen Nrn. 213 und 907 Lärmschutzhindernisse erstellt, käme dies auch ihren Parzellen zugute.
6.1 Die Parzelle Nr. 213 schliesst südlich an die Parzelle der Beschwerdeführer an und ist lärmmässig mit dieser vergleichbar. Insofern ist nach dem oben (E. 5) Gesagten davon auszugehen, dass auch auf diesen Parzellen die Immissionsgrenzwerte mit einfachen bauseitigen Massnahmen eingehalten werden können und deshalb weitere Sanierungsmassnahmen unterbleiben dürfen. Es kann daher (wie schon in <ref-ruling> E. 4.1 S. 625) offengelassen werden, ob die Beschwerdeführer berechtigt wären, die diesbezüglich gewährte Erleichterung anzufechten. Jedenfalls sind sie nicht befugt, die Ergänzung der PIangenehmigung mit einem Kostenvorbehalt zugunsten der Eigentümer der Parzelle Nr. 213 zu verlangen.
6.2 Inwiefern eine Sanierungspflicht auch für die Parzelle Nr. 907 (mit Remise der SBB) besteht, wird von den Beschwerdeführern nicht dargelegt und ist auch nicht ohne Weiteres ersichtlich.
6.3 Unter diesen Umständen ist der Antrag auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Prüfung von Sanierungsmassnahmen für die Parzellen Nrn. 213 und 907 abzuweisen.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und die Plangenehmigung mit dem Vorbehalt zu versehen, dass allfällige erhebliche Mehrkosten zur Einhaltung der Immissionsgrenzwerte bei der Überbauung der Parzellen der Beschwerdeführer vom Bund (ASTRA) als Sanierungspflichtigen zu tragen sind. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die um einen Drittel reduzierten Gerichtskosten (<ref-law>). Sie haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für das vorinstanzliche Gerichtsverfahren (Art. 116 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 [EntG: SR 711]) und auf eine reduzierte Parteientschädigung vor Bundesgericht (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Dispositiv-Ziff. 8 der Plangenehmigung Nr. 533-331 vom 16. Februar 2011 wird wie folgt geändert: "Allfällige erhebliche Mehrkosten zur Einhaltung der Immissionsgrenzwerte bei der Überbauung der Parzellen Nrn. 1386, 2388 und 2390 Grundbuch Alpnach sind vom Bund (ASTRA) zu tragen. Im Übrigen ist die Einsprache der Erbengemeinschaft X._ sel. vom 8. Mai 2010 abzuweisen".
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Eidgenossenschaft (ASTRA) hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche und das vorangegangene Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Bundesamt für Strassen (ASTRA), dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber