Sachverhalt:
A. Das Untersuchungsamt Gossau führt ein Strafverfahren gegen A._ wegen des Verdachts auf Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Er wird von einer Drittperson belastet, dieser im Jahr 2010 zweimal je 150 Hanfpflanzen zu jeweils Fr. 15'000.-- verkauft zu haben. Mit Verfügungen vom 25. und 29. März 2011 beschlagnahmte das Untersuchungsamt im Anschluss an eine Hausdurchsuchung am Wohnort von A._ verschiedene Hanfpflanzen (Hanfstauden, Hanfschnitt, Hanfblüten etc.) als Beweismittel und zur Einziehung.
Die X._ AG verlangte mit Beschwerde an die Anklagekammer des Kantons St. Gallen die Aufhebung der Beschlagnahme und die Rückgabe der Hanfpflanzen. Sie machte an den beschlagnahmten Hanfpflanzen teilweise Miteigentum und an gewissen Anteilen Alleineigentum geltend. Die Anklagekammer hiess die Beschwerde am 10. Mai 2011 gut und gab die beschlagnahmten Hanfpflanzen frei, soweit sie durch die X._ AG abgenommen werden.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 15. Juni 2011 beantragt die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, der Entscheid der Anklagekammer vom 10. Mai 2011 sei aufzuheben und ihrer Beschwerde sei aufschiebende Wirkung beizulegen.
Die Anklagekammer stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Mit Schreiben vom 31. August 2011 ersucht die X._ AG um beförderliche Behandlung der Beschwerde. Am 17. September 2011 teilt die X._ AG dem Bundesgericht mit, sie habe die Beschwerde der Staatsanwaltschaft nicht erhalten, weshalb es ihr nicht möglich sei, dazu Stellung zu nehmen. Gleichzeitig ersucht sie wiederum um beförderliche Behandlung der Angelegenheit.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Der angefochtene Entscheid ist kantonal letztinstanzlich (<ref-law>) und schliesst das Verfahren mit der Aufhebung der Beschlagnahme der Hanfpflanzen ab (<ref-law>). Zur Beschwerde in Strafsachen ist berechtigt, wer am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (<ref-law>). Die Staatsanwaltschaft gehört grundsätzlich zum Kreis der beschwerdebefugten Parteien (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 3 BGG; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1.3 S. 24, 87 E. 3 S. 89 ff.). Die von der Anklagekammer gegen das Beschwerderecht der Staatsanwaltschaft angeführten Gründe sind nicht stichhaltig (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 89 ff.). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Mit Eingabe vom 17. September 2011 bringt die X._ AG vor, sie habe die Beschwerde der Staatsanwaltschaft nicht erhalten, weshalb es ihr nicht möglich sei, dazu Stellung zu nehmen. Diese Behauptung widerspricht den Akten. Nach dem Entscheid der Anklagekammer vom 10. Mai 2011 wurde die X._ AG im kantonalen Verfahren durch ihren Geschäftsführer B._ vertreten. Diesem hat denn auch das Bundesgericht am 17. Juni 2011 ein Doppel der Beschwerde der Staatsanwaltschaft vom 15. Juni 2011 und eine Einladung zur Vernehmlassung zugestellt. Mit Schreiben vom 12. August 2011 an das Bundesgericht bestätigt B._, dass er als Geschäftsführer der X._ AG handle, wobei er präzisiert, dass er die X._ AG nicht als Rechtsanwalt vertrete, sondern einzig als Geschäftsführer, weshalb die Korrespondenz an die X._ AG und nicht direkt an ihn zu adressieren sei. In ihrem Schreiben vom 31. August 2011 bezieht sich die X._ AG auf die Beschwerde der Staatsanwaltschaft und verlangt eine beförderliche Behandlung der Beschwerde. Obwohl dem Geschäftsführer der X._ AG bereits am 17. Juni 2011 ein Doppel der Beschwerde und eine Einladung zur Vernehmlassung zugestellt worden waren, behauptet die X._ AG in ihren Schreiben vom 31. August 2011 und 17. September 2011, keine Mitteilungen erhalten zu haben. Diese Erklärungen sind nicht nachvollziehbar, hat der Geschäftsführer der X._ AG doch seinem Schreiben vom 12. August 2011 an das Bundesgericht die Mitteilungen des Bundesgerichts und die Beschwerde der Staatsanwaltschaft beigefügt. Es ergibt sich somit nach Treu und Glauben, dass diese Aktenstücke in den Geschäftsbereich der X._ AG gelangt sind. Weitere Verzögerungen der Angelegenheit erscheinen nicht gerechtfertigt, zumal es sich beim beschlagnahmten Hanf um eine verderbliche Ware handelt und - wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt - die Beschwerde der Staatsanwaltschaft abzuweisen ist.
3. Die Staatsanwaltschaft bringt vor, der beschlagnahmte Hanf diene als wichtiges Beweismittel im Strafverfahren gegen A._. Die Übergabe an die X._ AG verstosse gegen <ref-law>. Zudem sei bei dem Hanf ein THC-Gehalt von 2.5 % bis 6 % festgestellt worden. Es handle sich somit eindeutig um Drogenhanf, der in Anwendung von <ref-law> einzuziehen sei. Die Freigabe dieses Hanfs während dem Strafverfahren sei somit auch mit <ref-law> nicht vereinbar. Zudem gehe die Anklagekammer zu Unrecht davon aus, dass der Hanf in der Hand der X._ AG keine Gefahr darstelle. Mit dem angefochtenen Entscheid greife die Anklagekammer dem Entscheid des Sachrichters über die Einziehung nach <ref-law> vor, was mit dem Bundesrecht nicht vereinbar sei. Schliesslich sei das Verfahren gemäss <ref-law> für die Übergabe des Hanfs an die X._ AG als Drittansprecherin nicht eingehalten worden.
3.1 Strafbar ist, wer unbefugt alkaloidhaltige Pflanzen oder Hanfkraut zur Gewinnung von Betäubungsmitteln anbaut (Art. 19 Ziff. 1 des Betäubungsmittelgesetzes, BetmG; SR 812.121). Aus dem THC-Gehalt lässt sich für sich genommen nicht auf die Strafbarkeit des Produzenten schliessen. Vielmehr muss die Gewinnung von Betäubungsmitteln Handlungsziel sein. Der illegale Gebrauch des Hanfs ist durch die Behörden nachzuweisen (<ref-ruling> E. 1.1). Die Anklagekammer legt dar, dass bei Überschreitung des festgelegten Grenzwerts von 0.3 % THC-Gehalt (s. dazu <ref-ruling> E. 1) im Sinne einer Beweislastumkehr eine Nachweispflicht für die legale Zweckbestimmung des Hanfs besteht. Inwiefern diese Rechtslage mit dem Inkrafttreten der Teilrevision des Betäubungsmittelgesetzes am 1. Juli 2011 und dem Erlass der Verordnung des EDI vom 30. Mai 2011 über die Verzeichnisse der Betäubungsmittel, psychotropen Stoffe, Vorläuferstoffe und Hilfschemikalien (SR 812.121.11) geändert wurde, ist vorliegend nicht zu prüfen, da der angefochtene Beschwerdeentscheid noch unter altem Recht erging.
3.2 Gegenstände und Vermögenswerte einer beschuldigten Person oder einer Drittperson können nach <ref-law> unter anderem beschlagnahmt werden, wenn die Gegenstände und Vermögenswerte voraussichtlich als Beweismittel gebraucht werden (lit. a) oder einzuziehen sind (lit. d).
Es ist unbestritten, dass der beschlagnahmte Hanf ein wichtiges Beweismittel im Strafverfahren gegen A._ darstellt. Die Anklagekammer weist zu Recht darauf hin, dass die Beweissicherung im vorliegenden Fall - in welchem sich der Tatvorwurf im Wesentlichen auf den (bereits erfolgten) Verkauf von Hanfpflanzen an eine Drittperson stützt - auch durch das Verzeichnis der beim Beschuldigten aufgefundenen weiteren Hanfpflanzen und allfällige Fotografien sichergestellt werden kann. Proben betreffend der Eruierung des THC-Gehalts der Pflanzen seien bereits erstellt und ausgewertet worden.
Der Einwand der Staatsanwaltschaft, A._ habe in einem Presseartikel die Richtigkeit der Auswertung der Proben bezweifelt, darf im Lichte des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes nicht dazu führen, dass die Hanfpflanzen - eine verderbliche Ware, welche die X._ AG einem legalen Verwendungszweck zuführen will, - während der gesamten Dauer des Strafverfahrens beschlagnahmt werden. Die erstellten Proben und Auswertungen erlauben dem Sachrichter die erforderliche Beweiswürdigung. Der angefochtene Entscheid verletzt somit <ref-law> nicht.
3.3 Die Anklagekammer stellt im angefochtenen Entscheid zudem darauf ab, dass keine Anhaltspunkte oder gar Urteile vorliegen, wonach die Tätigkeit der Beschwerdegegnerin im bundesgerichtlichen Verfahren eine missbräuchliche Verwendung des Hanfs zu Betäubungsmittelzwecken beinhalten könnte. Bislang seien keine Einwände gegen die Tätigkeit der Beschwerdegegnerin bekannt, noch würden solche von der Staatsanwaltschaft vorgebracht. Vielmehr habe das Untersuchungsamt Gossau im Dezember 2008 ein Verfahren gegen die Beschwerdegegnerin wegen des Verdachts des Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz aufgehoben. Sodann bestätigte die Fachmesse Tier & Technik (Ausstellung in den Olma-Messen St. Gallen) mit Schreiben vom 5. März 2009, dass die Beschwerdegegnerin Produkte aus einheimischem lndustriehanf (Kosmetika, Zahnpasta, Shampoo, Tee, Sirup etc.) ausgestellt und beworben habe; dies habe nie zu Beschwerden oder anderen Interventionen, insbesondere auch nicht der Polizei oder der Strafbehörden, geführt.
3.3.1 Damit kam die Anklagekammer zum zutreffenden Schluss, dass keine Anhaltspunkte vorliegen, wonach die beschlagnahmten Hanfpflanzen in der "Hand" der Beschwerdegegnerin nicht für einen legalen Verwendungszweck, sondern zur Herstellung von Betäubungsmitteln und damit in einer die Sicherheit gefährdenden Weise verwendet werden könnten. Da eine weiterbestehende Gefahr der beschlagnahmten Hanfpflanzen in der "Hand" der Beschwerdegegnerin nicht anzunehmen sei, könnten die beschlagnahmten Hanfpflanzen insoweit freigegeben werden, als sie durch die Beschwerdegegnerin, welche ein Allein- und Miteigentum an den Pflanzen geltend mache, abgenommen werden. In ihrem Entscheid berücksichtigte die Anklagekammer, dass es sich bei der Beschwerdegegnerin um eine Aktiengesellschaft handelt, deren Zweck gemäss Handelsregisterauszug der Anbau, Kauf, Verkauf und Vertrieb des einheimischen, agrar-industriellen Hanfs ist und deren Geschäfte von B._ geführt werden. Aufgrund dieser Angaben durfte die Vorinstanz davon ausgehen, dass die Aktivitäten der Beschwerdegegnerin sich auf die Herstellung und den Vertrieb von legalen Produkten wie Salben, Schönheits- und Gesundheitspflegeprodukten, Nahrungsmittel (Öl, Sirup, Tee) etc. zu beschränken scheinen.
3.3.2 Die Staatsanwaltschaft bringt gegen die Argumentation der Anklagekammer insbesondere vor, es bestehe begründeter Anlass zur Annahme, dass Hanf in der Hand des Geschäftsführers der X._ AG, B._, eine Gefahr darstelle. Die Anklagekammer lasse insbesondere die neuesten Urteile des Bundesgerichts 6B_122/2011 und 6B_140/2011 vom 17. Mai 2011 betreffend B._ ausser Acht, nach welchen dieser wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz im Zusammenhang mit Hanf verurteilt worden sei. Dieser biete auch keine Gewähr dafür, dass der Hanf nicht wieder in die Hand von A._ gelange, gegenüber welchem die Beschlagnahme im Hinblick auf eine Einziehung auch nach Auffassung der Anklagekammer gerechtfertigt wäre.
3.3.3 Aus den von der Beschwerdeführerin erwähnten Urteilen des Bundesgerichts 6B_122/2011 und 6B_140/2011 vom 17. Mai 2011 ergibt sich, dass B._ am 23. November 2010 insbesondere wegen einfacher und qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Freiheitsstrafe von 11 Monaten, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von fünf Jahren, als teilweise Zusatzstrafe zum Urteil des Tribunal du District de Martigny/St. Maurice vom 16. Januar 1997 und als Zusatzstrafe zum Urteil des Kantonsgerichts Graubünden vom 27. November 2000, sowie zu einer Busse von Fr. 1'000.-- verurteilt wurde. Bei dieser Verurteilung wurde berücksichtigt, dass sich B._ seit nunmehr fünf Jahren trotz unbeirrbarer Weiterbefassung mit Hanf wohl verhalten habe, was eine bedingt vollziehbare Freiheitsstrafe bei Ansetzung einer Probezeit von fünf Jahren rechtfertige.
Aus den erwähnten Urteilen kann entgegen der Auffassung der Staatsanwaltschaft nicht der Schluss gezogen werden, dass eine Herausgabe des beschlagnahmten Hanfs an die X._ AG zu einer Gefährdung der Öffentlichkeit führen muss. Auch für die Weitergabe des Hanfs an A._ liegen nach dem von der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellten Sachverhalt (<ref-law>) keine Anhaltspunkte vor. Das Vorbringen der Beschwerdeführerin, A._ habe nach Ergehen des vorinstanzlichen Entscheids die Hanfplanzen im Auftrag der X._ AG selber abholen wollen, ist neu und kann keine Berücksichtigung finden (<ref-law>). Im Übrigen ist die Staatsanwaltschaft nicht gehalten, die beschlagnahmte Ware A._ auszuhändigen, selbst wenn dieser eine Vollmacht der X._ AG vorweisen würde, da A._ nach den Feststellungen der Vorinstanz keine Gewähr für eine legale Verwendung bietet.
3.4 Es ergibt sich, dass die Anklagekammer mit ihrem Entscheid <ref-law> nicht verletzt hat. Auch ist ihr Entscheid unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> nicht zu beanstanden, da die Vorinstanz wie erwähnt von einer legalen Verwendung des Hanfs durch die X._ AG ausgehen durfte. Schliesslich ergeben sich aus den Akten der vorliegenden Angelegenheit keine Hinweise, dass zwischen A._ und der X._ AG ein Konflikt über die Eigentumsrechte am beschlagnahmten Hanf bestünde, welcher im Rahmen einer Zivilklage geklärt werden müsste. Der Vorwurf der Staatsanwaltschaft, das Verfahren gemäss <ref-law> für die Übergabe des Hanfs an die X._ AG als Drittansprecherin sei nicht eingehalten worden, geht somit ebenfalls fehl.
4. Die Beschwerde der Staatsanwaltschaft ist demnach abzuweisen. Mit diesem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend ist auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (<ref-law>). Der nicht anwaltlich vertretenen privaten Beschwerdegegnerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigung zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag