aktienrechtliche Verantwortlichkeit, hat sich ergeben:
A.-Am 12. Januar 1989 wurde die X._ AG mit Sitz in St. Gallen gegründet. B._ war Präsident und C._ Delegierter des Verwaltungsrates. Unter anderem tätigte die X._ AG Vermögensanlagen in Australien. Am 16. August 1993 wurde über sie der Konkurs eröffnet. Darin meldeten C._ und A._ verschiedene Forderungen an. Ferner machten sie weitere Forderungen ihrer Tochter D._ geltend. Im Rahmen eines von B._ vor Bezirksgericht St. Gallen eingeleiteten Kollokationsverfahrens unterzeichnete dieser am 30. März 1995 eine Vereinbarung, worin er die Kollokation der Forderungen von C._, A._ und D._ im Gesamtbetrag von Fr. 6'098'995.-- anerkannte. Nach der Darstellung von A._ soll sie persönlich mit einer Forderung von Fr. 3'142'569.-- kolloziert sein. In der Folge haben sich C._, A._ und D._ die Verantwortlichkeitsansprüche der X._ AG gegen deren Organe von der Konkursverwaltung nach <ref-law> abtreten lassen. Am 31. Oktober 1998 hat D._ - vertreten durch ihren Beistand - ihre im Konkurs der X._ AG angemeldete und kollozierte Forderung an C._ und A._ abgetreten.
B.-Mit Klage vom 7. Juli 1997 beantragte A._ dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen, B._ sei zu verpflichten, ihr Fr. 3'142'569.-- nebst Zins zu 5% seit dem
16. August 1993 zu bezahlen. Im gleichen Verfahren wurden von verschiedenen weiteren Klägern mehrere zusätzliche Forderungen gegen B._ erhoben. Mit Entscheid vom 30. Juni 2000 wies das Handelsgericht des Kantons St. Gallen die Klage von A._ ab und verurteilte sie, Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 27'000.-- sowie B._ eine Prozessentschädigung von Fr. 67'500.-- zu bezahlen.
C.-Mit Berufung vom 14. September 2000 beantragt A._ dem Bundesgericht, den Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen aufzuheben, soweit ihre Klage unter Kosten- und Entschädigungsfolgen abgewiesen worden sei, und das Verfahren zur weiteren Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei B._ zu verpflichten, ihr Fr. 3'142'569.-- zu bezahlen. Die Berufungsantwort von B._ ging verspätet beim Bundesgericht ein.
Mit Beschluss vom 16. November 2000 wurde A._ die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt und Rechtsanwalt Dr. Christoph Bürgi, Blumenbergplatz 1, 9000 St. Gallen, als Rechtsbeistand beigegeben.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Das Handelsgericht hat die Klage abgewiesen, weil die Klägerin einen mittelbaren Schaden - d.h. den Gesellschaftsschaden - weder behauptet noch nachgewiesen habe.
Ebenso wenig habe die Klägerin - teilweise im Unterschied zu anderen klagenden Gläubigern - einen unmittelbaren Schaden substanziiert, so dass ihre Klage auch unter diesem Gesichtspunkt abzuweisen sei. Die Klägerin hält diese Begründung für bundesrechtswidrig. Im Wesentlichen macht sie geltend, dass die Vorinstanz ihr zu Unrecht vorwerfe, in ihrer Eigenschaft als Abtretungsgläubigerin den mittelbaren Schaden nicht substanziiert zu haben. Unbestritten geblieben ist demgegenüber die Auffassung des Handelsgerichts, dass die Klägerin in ihrer Eigenschaft als Gesellschaftsgläubigerin einen allfälligen unmittelbaren Schaden nicht substanziiert habe.
2.-Massgebliches Kriterium für die Abgrenzung von unmittelbarem und mittelbarem Gläubigerschaden bildet nach der Rechtsprechung die Rechtsgrundlage der jeweiligen Schadenersatzpflicht, mithin die Art der Pflichtverletzung, die dem ins Recht gefassten Organ vorgeworfen wird, und die Interessen, deren Schutz die missachtete Vorschrift dient. Ein unmittelbarer Gläubigerschaden liegt demnach vor, wenn das Verhalten eines Gesellschaftsorgans gegen aktienrechtliche Bestimmungen verstösst, die ausschliesslich dem Gläubigerschutz dienen, oder wenn die Schadenersatzpflicht auf einem anderen widerrechtlichen Verhalten des Organs im Sinn von <ref-law> oder einem Tatbestand der culpa in contrahendo gründet. Werden Bestimmungen verletzt, welche sowohl den Interessen der Gesellschaft wie auch dem Schutz der Gläubiger dienen, liegt ein mittelbarer Schaden vor, welcher ausserhalb des Konkurses durch die Gesellschaft, nach Konkurseröffnung jedoch durch die Gläubigergesamtheit, allenfalls durch den an ihrer Stelle klagenden Gläubiger im Sinn von <ref-law> bzw. <ref-law> geltend zu machen ist (<ref-ruling> E. 3a S. 88 m.w.H.).
3.-Im vorliegenden Fall geht die Klägerin mit dem Handelsgericht einig, dass der Beklagte seinerzeit als Verwaltungsrat der X._ AG Vorschriften verletzt habe, die sowohl den Interessen der Gesellschaft wie auch dem Schutz der Gläubiger dienten, indem er zulasten der X._ AG ein Klumpenrisiko begründet, die Überschuldungsanzeige an den Richter unterlassen und nicht für eine ordnungsgemäss geführte Buchhaltung gesorgt habe. Umstritten ist hingegen, ob die Klägerin auch den durch die Organe der X._ AG verursachen Gesellschaftsschaden rechtsgenügend substanziiert habe.
a) Mit dem Hinweis, dass sie im Konkurs der X._ AG angeblich mit einer Forderung von Fr. 3'142'569.-- kolloziert worden sein soll, hat die Klägerin den von ihr geltend gemachten Gesellschaftsschaden offensichtlich nicht substanziiert. Der Kollokationsplan gibt Auskunft, wie die von den Gläubigern geltend gemachten Forderungen bestandes-, betrags- und rangmässig im Konkurs der Gemeinschuldnerin zu behandeln sind. Eine über das konkrete Konkursverfahren hinausgehende materiellrechtliche Bedeutung kommt der Kollokation nicht zu (<ref-ruling> E. 9b S. 202 m.w.H.; Amonn/Gasser, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 6. Auflage, Bern 1997, § 46 Rz. 62). Auch die Klägerin scheint in der Berufung einzusehen, dass die definitive Kollokation einer Gläubigerforderung nicht geeignet ist, im aktienrechtlichen Verantwortlichkeitsprozess einen Gesellschaftsschaden zu substanziieren.
b) Es ist daher zu prüfen, ob die Klägerin durch ihre übrigen Vorbringen den geltend gemachten Gesellschaftsschaden in der Höhe von Fr. 3'142'569.-- genügend substanziiert hat.
aa) Nach Rechtsprechung und Lehre bestimmt Bundesrecht, ob ein Schadenersatzanspruch durch die Sachvorbringen einer Partei ausreichend substanziiert worden ist (<ref-ruling> E. 2c S. 181, 108 II 337 E. 3 S. 341 f.; Oskar Vogel, Grundriss des Zivilprozessrechts, 4. Auflage, Bern 1999, S. 267, Rz. 56). Eine rechtserhebliche Tatsache ist dann genügend dargetan, wenn sie nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar dargelegt worden ist, dass darüber Beweis abgenommen werden kann (<ref-ruling> E. 3 S. 341; Vogel, a.a.O., S. 267, Rz. 55; Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St.
Gallen, Bern 1999, N. 2.a.aa. zu Art. 56 m.w.H.). Wenn der strikte Nachweis des Schadens ausgeschlossen ist, sieht <ref-law> im Sinn einer Beweiserleichterung zwar vor, dass der Schaden aufgrund einer blossen Schätzung als ausgewiesen angesehen werden kann; diese Bestimmung entbindet den Geschädigten indessen nicht davon, alle Umstände, die für den Eintritt eines Schadens sprechen und dessen Abschätzung erlauben oder erleichtern, soweit möglich und zumutbar zu behaupten und zu beweisen (<ref-ruling> E. 3a S. 221 m.w.H.).
bb) Im vorliegenden Fall hat die Klägerin den Schaden, den die X._ AG aufgrund der Geschäftsführung des Beklagten erlitten haben soll, nicht einmal ansatzweise substanziiert.
In ihrer Klageschrift hat sie sich begnügt auszuführen, dass bei der X._ AG gemäss der Buchhaltung für das Geschäftsjahr 1993/94 ein Reinverlust von CHF 1'216'000.-- zu verzeichnen gewesen sei; sie selbst hat indessen sogleich eingeschränkt, dass diese Buchhaltung "mit Vorsicht zu geniessen" bzw. "nicht brauchbar" sei. Abgesehen von diesem Betrag ist in der Klageschrift auf verschiedene weitere Schadenspositionen von insgesamt CHF 6'057'000.-- hingewiesen worden, ohne dass die einzelnen Beträge auch nur in den Grundzügen erläutert worden wären. Zur Schadensposition "Eigenkapital EP-Lot CHF 890'000.--" hat die Klägerin entgegen ihrer Darstellung in der Berufung weder in der Klage vom 7. Juli 1997 noch in ihrem Plädoyer vom 29. Juni 2000 irgendwelche Ausführungen gemacht, welche die geltend gemachte Schadenshöhe zumindest schätzungsweise erklären würden. Im Zusammenhang mit der Schadensposition "Guthaben Budmead CHF 87'000.--" behauptet die Klägerin nicht einmal, im kantonalen Verfahren selbst irgendwelche Erläuterungen abgegeben zu haben; auch ihr Hinweis auf angebliche Ausführungen einer anderen Streitgenossin geht fehl, weil die Vorinstanz bezüglich der betreffenden Klägerin nur einen direkten Gläubigerschaden bejaht hat, hinsichtlich des Gesellschaftsschadens hingegen wie bei allen anderen Klägern von einer ungenügenden Substanziierung ausgegangen ist.
Ebenso wenig behauptet die Klägerin, zur Schadensposition "Anlage Pinjin CHF 250'000" im kantonalen Verfahren eigene substanziierte Ausführungen gemacht zu haben. Das gleiche gilt für die Schadenspositionen "Anlage Accacia Ridge CHF 146'000.--", "Projekt Steisslingen CHF 85'000.--" sowie "Liegenschaft Lahr CHF 1'331'000.--"; was in diesem Zusammenhang in der Berufung vorgebracht wird, läuft darauf hinaus, die im kantonalen Verfahren versäumte Substanziierung nachzuholen, so dass auf diese neuen Sachdarstellungen nicht einzutreten ist (Art. 55 Abs. 1 lic. c OG, Art. 63 Abs. 2 OG). Im Zusammenhang mit den übrigen in der Klageschrift vom 7. Juli 1997 aufgeführten Schadenspositionen - "Reinverlust CHF 2'216'000.--", "Wertschriften (Promissory Notes) CHF 259'000.--", "Liegenschaft Mettlenstrasse CHF 200'000.--" sowie "Liegenschaft Hirm CHF 593'000".-- - behauptet die Klägerin in der Berufung nicht einmal, im kantonalen Verfahren substanziierte Ausführungen deponiert zu haben.
cc) Aus diesen Gründen durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, die Klägerin habe den geltend gemachten Gesellschaftsschaden nicht substanziiert.
Sodann ist auch der Einwand der Klägerin unbegründet, <ref-law> sei dadurch verletzt worden, dass von ihr der Beweis für unbestrittene Tatsachenbehauptungen verlangt worden sei; die Klägerin scheint zu übersehen, dass ihre Klage nicht wegen gescheitertem Beweis, sondern wegen fehlender Substanziierung abgewiesen wurde. Unzutreffend ist schliesslich auch die Meinung der Klägerin, das Handelsgericht habe <ref-law> verletzt, weil die in dieser Bestimmung verankerte Beweiserleichterung den Geschädigten wie gesagt nicht entbindet, seinen Schaden wenigstens soweit wie möglich zu substanziieren.
c) Schliesslich macht die Klägerin geltend, dass zumindest ein Gesellschaftsschaden in der Höhe von Fr. 2'541'335. 30 ausgewiesen sei, nachdem das Handelsgericht den Gläubigern E._, F._, G._, H._ sowie der Y._ insgesamt Schadenersatz in dieser Höhe zugesprochen habe. Auch diesbezüglich erweist sich die Berufung als unbegründet. Das Handelsgericht hat den erwähnten Klägern den genannten Schadenersatz unter dem Titel "direkter Schaden" zugesprochen, weil sich der Beklagte gegenüber diesen Personen widerrechtlich im Sinn von <ref-law> - teilweise kumulativ auch im Sinn einer culpa in contrahendo - verhalten habe. Aus dem Umstand, dass gewissen Gläubigern offenbar ein direkter Schaden erwachsen ist, folgt entgegen der Argumentation der Klägerin keineswegs, dass auch der Gesellschaft ein entsprechender Schaden entstanden ist. Auch wenn der Beklagte Pflichtverletzungen begangen haben mag (vgl. oben E. 3 a.A.), die zu einem Gesellschaftsschaden geführt haben könnten, müsste dieser Schaden wie erläutert behauptet und substanziiert werden. Allein mit dem Hinweis auf einen Gläubigerschaden ist ein Gesellschaftsschaden nicht dargetan. Zwar ist denkbar, dass eine durch deliktisches Verhalten verursachte Gläubigerschädigung (<ref-law>) auch zu einem Gesellschaftsschaden führt, da die Gesellschaft zufolge Organhaftung gegebenenfalls für das Verhalten ihrer Organe einstehen muss (<ref-law>). Dass solche Ansprüche gegenüber der Gesellschaft geltend gemacht wurden, wurde von der Klägerin indessen weder behauptet noch substanziiert. Auch unter diesem Gesichtspunkt durfte die Vorinstanz somit ohne Verletzung von Bundesrecht festhalten, dass ein Gesellschaftsschaden nicht substanziiert behauptet worden sei.
4.-Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und der angefochtene Entscheid ist in Bezug auf die Klägerin zu bestätigen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Klägerin kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist die Gerichtsgebühr einstweilen auf die Bundesgerichtskasse zu nehmen und dem Vertreter der Klägerin eine angemessene Entschädigung zu entrichten. Da die Berufungsantwort verspätet einging, entfällt die Entschädigungspflicht (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und der Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 30. Juni 2000 wird, soweit die Klägerin betreffend, bestätigt.
2.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird der Klägerin auferlegt, einstweilen aber auf die Bundesgerichtskasse genommen.
3.-Rechtsanwalt Dr. Christoph Bürgi wird aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 15'000.-- ausgerichtet.
4.-Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 24. April 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: