Sachverhalt:
A.
Die X._ AG (Klägerin und Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in der Schweiz. Sie ist weltweit im Luftfahrtgeschäft tätig und erbringt diesbezügliche Dienstleistungen in verschiedenen Bereichen der Luftfahrt.
Die Y._ GmbH (Beklagte und Beschwerdegegnerin) ist eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung nach deutschem Recht mit Sitz in Frankfurt am Main in Deutschland. Ihr Zweck besteht in der Entwicklung und im Vertrieb von Software und EDV-Systemen sowie in der Beratung und Schulung in diesem Bereich.
Die Beklagte sollte der Klägerin eine ERP-Software (Enterprise Resource Planning - Software) liefern. Nach einer Evaluationsphase unterzeichneten die Parteien am 31. Dezember 2010 ein End User Licence Agreement (nachfolgend: EULA) sowie ein Master Services Agreement (nachfolgend: MSA), je mit Ergänzungen und Ausführungsvereinbarungen, insbesondere dem "Supplement to EULA" und dem "Statement of Work" in Ergänzung zum MSA.
In der Folge machte die Klägerin geltend, die ERP-Software sei nicht so geliefert und installiert worden, wie von ihr gewünscht.
B.
Am 27. Juli 2012 reichte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein. In ihrer Klageantwort beantragte die Beklagte primär das Nichteintreten zufolge Unzuständigkeit. Mit Beschluss vom 7. Februar 2013 trat das Handelsgericht auf die Klage nicht ein. Es nahm an, es liege keine gültige Gerichtsstandsvereinbarung im Sinn von <ref-law> (SR 0.275.12) vor, mit der die Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Zürich vereinbart worden wäre. Auch auf <ref-law> (Gerichtsstand am Erfüllungsort) lasse sich die Zuständigkeit des Handelsgerichts nicht abstützen. Somit sei die allgemeine Zuständigkeit nach <ref-law> massgeblich, also der Sitz der Beklagten in Deutschland.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, dieser Beschluss sei aufzuheben, die Unzuständigkeitseinrede sei abzuweisen und die Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Zürich sei zu bejahen. Die Sache sei zwecks Eintretens auf die Klage an die Vorinstanz zurückzuweisen, und diese sei anzuweisen, über die vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen neu zu befinden. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann, während die Vorinstanz auf Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht. Die Beschwerdegegnerin hat die Ausführungen in der Replik pauschal bestritten und auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochten Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid im Sinn von <ref-law>. Für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte besteht kein Streitwerterfordernis (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 69).
1.2. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweis).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
1.4. Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; je mit Hinweisen).
1.5. Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Soweit die beschwerdeführende Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129 mit Hinweisen), was in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 3 S. 395).
1.6. Die Beschwerdeführerin reichte ein neues Aktenstück ein (E-Mail der Beschwerdegegnerin vom 28. Dezember 2010). Es ist nicht ersichtlich, dass erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gegeben hat (<ref-law>), denn die Entstehung der strittigen Zuständigkeitsklauseln und damit auch die Korrespondenz zwischen den Parteien war bereits vorinstanzlich thematisiert worden.
2.
Zwischen den Parteien ist die Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Zürich umstritten. Der Sitz der Klägerin ist in der Schweiz, jener der Beklagten in Deutschland. Es besteht somit ein internationaler Sachverhalt. Im internationalen Verhältnis wird die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichte durch das IPRG (SR 291) geregelt, wobei völkerrechtliche Verträge vorbehalten sind (<ref-law>). Zu diesen Verträgen gehört das Lugano-Übereinkommen vom 30. Oktober 2007 (LugÜ), das in der Schweiz am 1. Januar 2011 und in der Europäischen Union am 1. Januar 2010 in Kraft trat. Massgeblich für die zeitliche Anwendbarkeit ist die Klageanhebung (<ref-law>), die vorliegend nach dem 1. Januar 2011 erfolgte. Dass die Gerichtsstandsvereinbarung, auf die sich die Klägerin beruft, vom 31. Dezember 2010 datiert, ist demgegenüber nicht entscheidend (<ref-ruling> E. 4 S. 441 ff.; BERNHARD BERGER, in: Basler Kommentar, Lugano-Übereinkommen, 2011, N. 19 zu <ref-law>).
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>.
3.1. Nach <ref-law> sind Personen, die ihren Wohnsitz im Hoheitsgebiet eines durch dieses Übereinkommen gebundenen Staates haben, vorbehältlich anderer Vorschriften ohne Rücksicht auf ihre Staatsangehörigkeit vor den Gerichten dieses Staates zu verklagen. Haben die Parteien aber vereinbart, dass ein Gericht oder die Gerichte eines durch dieses Übereinkommen gebundenen Staates über eine bereits entstandene Rechtsstreitigkeit oder über eine künftige aus einem bestimmen Rechtsverhältnis entspringende Rechtsstreitigkeit entscheiden sollen, so sind nach <ref-law> dieses Gericht oder die Gerichte dieses Staates zuständig. Eine Gerichtsstandsvereinbarung muss nach <ref-law> schriftlich oder mündlich mit schriftlicher Bestätigung geschlossen werden oder den Gepflogenheiten der Parteien oder einschlägigen Handelsbräuchen entsprechen (lit. b und c).
3.2. Die Vorinstanz erkannte, zwischen den Dokumenten, auf die sich die Parteien beriefen, bestünde ein Widerspruch. So beziehe sich die Klägerin auf Ziff. 25 des Supplement to EULA und Ziff. 17.9 des MSA. Demgegenüber verweise die Beklagte auf Ziff. 15 f des EULA. Die entsprechenden Klauseln lauten:
Ziff. 15 f EULA: " This Agreement shall be governed and construed in accordance with the laws of Germany, exclusive of its conflicts of law provisions and the Parties hereby submit to exclusive jurisdiction of the German courts. The Parties hereto expressly waive the application of the United Nations Convention on Contracts for the International Sale of Goods to the terms of this Agreement. "
Ziff. 15 h EULA: " Venue for this Agreement wil be Frankfurt am Main. "
Ziff. 23 Abs. 1 Supplement to EULA: " Clause 15 (f) - this clause shall be renumbered as clause 15 (g), and the following shall be inserted as a new clause 15 (f) :
(f) On Y._ written request, ... "
Ziff. 25 Supplement to EULA: " Clause 15 (h) - the existing clause shall be renumbered as clause 15 (i).
In addition the first sentence of this clause shall be replaced by
« Venue for this Agreement will be the Canton of Zurich, Switzerland »".
Ziff. 17.9 MSA: " This Agreement, and each Statement of Work entered into in connection herewith, shall be governed by, and construed in accordance with, the laws of Germany, exclusive of its conflict of laws provisions, and the Parties hereby submit to the exclusive jurisdiction of the ordinary courts of the Canton of Zurich, Switzerland, in relation to any disputes and claims arising out of or related to this Agreement. The Parties hereto expressly waive the application of the United Nations Convention on Contracts for the International Sale of Goods to the terms of this Agreement "
Die Vorinstanz würdigte die von der Klägerin eingereichte Korrespondenz zur Vertragsausarbeitung, namentlich die E-Mail des klägerischen Rechtsvertreters vom 27. Dezember 2010. Mit dieser stellte die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin den abgeänderten Entwurf des Supplement to EULA ("amended draft of the supplement to EULA") zu. Dieser Entwurf enthielt die Klauseln, wie sie schliesslich im endgültigen Supplement to EULA vom 31. Dezember 2010 unter den Ziffern 23 Abs. 1 und 25 unterzeichnet wurden. In der E-Mail hielt der klägerische Rechtsvertreter fest:
"X._ has also let me know that it would prefer the venue / jurisdiction to be the Canton of Zurich, Switzerland. This will also have to be amended in the Master Services Agreement."
Dazu stellte das Handelsgericht fest, zwar lasse sich der Korrespondenz entnehmen, dass das Thema des Gerichtsstandes Zürich angesprochen worden sei. Die Korrespondenz sei aber insofern nicht lückenlos, als sich daraus die gegnerischen Antworten nicht entnehmen liessen. Es gehe daher aus der Korrespondenz nicht hervor, ob die von der Klägerin vorgeschlagenen Änderungen auch von der Gegenpartei "angenommen" und damit akzeptiert worden seien. Zwar sei die Klausel in der darauffolgenden Version nicht mehr im Bearbeitungsmodus enthalten und damit definitiv angenommen, jedoch gehe aus den Akten nicht zweifellos hervor, ob diese Mutation tatsächlich durch die Beklagte vorgenommen worden sei. Auch die Delta-Version gebe darüber keinen Aufschluss, denn gemäss dieser Version sei die fragliche Klausel noch nicht einmal Gegenstand von etwaigen Änderungen/Anpassungen oder Verhandlungen gewesen. In einem späteren Brief vom April 2012 im Vorfeld der gerichtlichen Auseinandersetzung habe die Klägerin zwar das Auseinanderfallen zwischen anwendbarem Recht (Deutsches Recht) und Gerichtsstand (Schweiz) thematisiert und die Beklagte habe in ihrem Schreiben vom 1. Mai 2012 am Gerichtsstand Zürich/Schweiz festhalten wollen. Es sei daher zwar nachvollziehbar, dass die Klägerin der Beklagten nun ein widersprüchliches oder trölerisches Verhalten vorwerfe, doch gehe aus diesem Schreiben der Beklagten nicht hervor, dass sich die Parteien bei den Vertragsverhandlungen oder später betreffend Zuständigkeit geeinigt hätten. Im Übrigen wäre auch die von <ref-law> verlangte Form nicht eingehalten.
3.3. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz Willkür in der Beweiswürdigung vor (<ref-law>). Sie macht geltend, die Nichtanpassung von Ziff. 15 lit. g EULA (ursprünglich lit. f) auf den Gerichtsstand Zürich sei ein redaktionelles Versehen gewesen. Diese von den Parteien nicht nachgeführte Bestimmung drücke nicht das von den Parteien Gewollte aus. Das belege die E-Mail vom 27. Dezember 2010 des damaligen Rechtsvertreters der Beschwerdeführerin. Es komme entgegen der Vorinstanz nicht darauf an, dass die Beschwerdegegnerin die in der vorvertraglichen Korrespondenz gemachten Änderungsvorschläge im Einzelnen "angenommen" habe, da sie ja die schliesslich geänderten Verträge unterschrieben habe. Indem das Handelsgericht eine "definitive Annahme" von markierten Änderungsvorschlägen verlange, stelle es ein zusätzliches Formerfordernis auf, was nach <ref-law> unzulässig sei. Die Vorinstanz habe sodann auch übersehen, dass parallel zur Verhandlung betreffend Änderung des EULA auch der Gerichtsstand im MSA auf Zürich abgeändert worden sei. Dies sei auch von der Beschwerdegegnerin nie bestritten worden. Klar aktenwidrig sei auch die Würdigung der Delta-Version durch die Vorinstanz. Die Beschwerdeführerin habe vorgetragen, dass auch die Beschwerdegegnerin in diesem Dokument ihre Anmerkungen/Änderungen vermerkt habe. Die auf Zürich geänderte Gerichtsstandsklausel habe der Vertreter der Beschwerdegegnerin unverändert belassen. Die Auslegung eines Vertrages erfolge nach dem Vertragsstatut und nicht konventionsautonom. Nach dem anwendbaren deutschen Recht komme es auf eine falsche Bezeichnung nicht an, sondern auf das wirklich Gewollte. Die Vorinstanz habe sich mit der von der Beschwerdeführerin angerufenen Regel "falsa demonstratio non nocet" nicht auseinandergesetzt und damit <ref-law> verletzt. Diese Bestimmung habe sie zudem verletzt, indem sie die zum Vertragsinhalt beantragten Zeugen nicht einvernommen und dies mit keinem Wort begründet habe. Schliesslich verstosse auch die Würdigung des Briefwechsels vom 19. April 2012/1. Mai 2012 gegen <ref-law>. Durch diesen sei nicht nur der zuvor vereinbarte Gerichtsstand Zürich bestätigt worden. Vielmehr stelle der Briefwechsel selber eine gemäss <ref-law> formgültige Prorogation dar. Zudem schliesse die Vorinstanz bei der Würdigung des Briefwechsels vom 19. April und 1. Mai 2012 zu Unrecht einen Rechtsmissbrauch der Beschwerdegegnerin aus.
4.
Ob eine Gerichtsstandsvereinbarung nach <ref-law> zustande gekommen ist, ist in autonomer Auslegung des Abkommens zu ermitteln (zur Publikation bestimmtes Urteil des Bundesgerichts 4A_86/2013 vom 1. Juli 2013 E. 4 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5 S. 400). Die vertragsautonome Auslegung des Begriffs "Vereinbarung" bedeutet freilich nicht, dass sämtliche Voraussetzungen für das wirksame Zustandekommen der Einigung <ref-law> zu entnehmen sind. Soweit diese Bestimmung eine Frage nicht regelt, gilt das nach dem IPRG des Forums für anwendbar erklärte nationale Recht bzw. das nach dem Hauptvertrag anwendbare Recht. Dies gilt auch für Fragen der Auslegung, wobei jedoch schärfere oder mildere Anforderungen des nationalen Rechts an den Begriff der "Vereinbarung" nicht zulässig sind (Urteile des Bundesgerichts 4A_177/2012 vom 17. Juli 2012 E. 3.4; 4C.163/2001 vom 7. August 2001 E. 2b; PASCAL GROLIMUND, in: Lugano-Übereinkommen [LugÜ] zum internationalen Zivilverfahrensrecht, Anton K. Schnyder [Hrsg.], 2011, N. 12 zu <ref-law>; HAUSMANN, in: Internationales Vertragsrecht, Christoph Reithmann/Dieter Martiny [Hrsg.], 7. Aufl., Köln 2010, S. 1966 ff. Rz. 6413 f.; PETER SCHLOSSER, EU-Zivilprozessrecht, 3. Aufl., München 2009, N. 43a zu Art. 23 EuGVO und bei Fn. 2 [explizit bezogen auf das zit. Urteil 4C.163/2001]; PETER GOTTWALD, in: Münchener Kommentar Zivilprozessordnung, 3. Aufl., München 2008, N. 15 zu Art. 23 EuGVO mit Hinweis auf gegenteilige deutsche Lehre; vgl. auch JAN KROPHOLLER/JAN VON HEIN, Europäisches Zivilprozessrecht, 9. Aufl., Frankfurt am Main 2011, N. 28 zu Art. 23 EuGVO).
4.1. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz nicht als zusätzliches Formerfordernis eine "definitive Annahme" von markierten Änderungsvorschlägen verlangt. Ihr ist auch nicht entgangen, dass die eingereichte Korrespondenz für die Darstellung der Beschwerdeführerin spricht. Da die Reaktion der Beschwerdegegnerin nicht hinreichend dokumentiert war, erachtete die Vorinstanz allerdings den Beweis für einen übereinstimmenden Parteiwillen nicht für erbracht. Dass die Beschwerdegegnerin die geänderten Verträge unterzeichnet hat, hilft der Beschwerdeführerin nicht weiter, da in der unterzeichneten Version des EULA die ausschliessliche Gerichtsbarkeit der deutschen Gerichte belassen wurde. Dass dieser Widerspruch übersehen wurde, liegt nahe. Entscheidend ist aber, ob nach dem wirklichen Willen beider Parteien versehentlich die ausschliessliche Zuständigkeit der Deutschen Gerichte belassen wurde, oder ob die Abänderung auf Zürich eingefügt wurde, obwohl die Beschwerdegegnerin für das EULA an der ausschliesslichen Zuständigkeit der Deutschen Gerichte, wie sie im unterzeichneten Text vorgesehen ist, festhalten wollte. Die Gerichtsstandsbestimmungen des EULA und des MSA müssen nicht zwingend parallel geregelt werden. Wenn die Vorinstanz allein die Vertragsunterzeichnung und die Begleitschreiben der Beschwerdeführerin nicht zum Beweis genügen lässt, ist dies nicht offensichtlich unhaltbar.
4.2. Daran vermag auch die Delta-Version der Vereinbarung nichts zu ändern, deren Würdigung durch die Vorinstanz die Beschwerdeführerin als willkürlich rügt. Zwar wird die vorgeschlagene Abänderung in dieser Version vom Vertreter der Beschwerdegegnerin nicht beanstandet, während er zu andern Punkten Bemerkungen anbringt. Der Vorinstanz ging es aber um die Frage, wer die von der Beschwerdeführerin vorgeschlagene Abänderung vom "Abänderungsmodus" zum definitiven Text erhoben hatte. Da dies bereits in der am 27. Dezember 2010 um 22.05 Uhr versendeten Form der Fall war, kann aus der "Delta-Version", die Bemerkungen des Vertreters der Beschwerdegegnerin vom 29. Dezember 2012 enthält, nichts abgeleitet werden.
4.3. Soweit sich die Beschwerdeführerin zum Nachweis des tatsächlichen Konsenses auf die vorprozessuale Korrespondenz zwischen den Parteien beruft (19. April 2012/1. Mai 2012), ist zu beachten, dass der tatsächliche Konsens zur Erfüllung der Formerfordernisse des LugÜ bereits im Moment der schriftlichen Fixierung oder davor bestanden haben muss. In der Korrespondenz wird im Wesentlichen die Höhe der Prozesskosten thematisiert, wenn vor einem Schweizer Gericht Deutsches Recht zur Anwendung kommt, und vorgeschlagen, die Zuständigkeit der Deutschen Gerichte zu vereinbaren. Wenn die Vorinstanz aus der Ablehnung dieses Vorschlags nicht auf eine tatsächliche Einigung bei Vertragsschluss schliesst, verfällt sie nicht in Willkür. Auch die Rüge des rechtsmissbräuchlichen Verhaltens geht ins Leere, da die Beschwerdeführerin ohnehin vor den Zürcher Gerichten zu klagen gedachte, soweit die Beschwerdegegnerin nicht zu einer Anpassung der Gerichtsstandsvereinbarung bereit war.
4.4. Zum Vorwurf, die Vorinstanz habe ohne Begründung zum Inhalt der geschlossenen Vereinbarung beantragte Zeugen nicht abgenommen, verweist die Beschwerdeführerin auf eine Aktenstelle, an der sie ihren externen juristischen Berater und ihren ehemaligen Chief Financial Officer als Zeugen anbot. Der Vorinstanz ging es aber um die Reaktion der Beschwerdegegnerin. Dass sie diesbezüglich Aussagen von Personen, die an den Verhandlungen auf Seiten der Beschwerdeführerin beteiligt waren, nicht zum Beweis genügen lässt, ist ohne Weiteres nachvollziehbar.
4.5. Damit gehen die Ausführungen der Beschwerdeführerin zur "falsa demonstratio" an der Sache vorbei, denn aus dieser Regel kann sie erst etwas zu ihren Gunsten ableiten, wenn der Nachweis des wirklich Gewollten erbracht ist.
4.6. Soweit die Beschwerdeführerin aus der vorprozessualen Korrespondenz der Parteien selbst eine gültige Gerichtsstandsvereinbarung nach <ref-law> ableiten will, übersieht sie, dass dessen Formerfordernisse insbesondere sicherstellen sollen, dass Zuständigkeitsvereinbarungen nicht unbemerkt Inhalt des Vertrages werden (<ref-ruling> E. 6 S. 400 mit Hinweisen; Jan Kropholler/Jan von Hein, a.a.O., N. 25 zu Art. 23 EuGVO). Genau diese Gefahr würde aber bestehen, wenn in einem Schreiben, in dem die Beschwerdegegnerin die von der Beschwerdeführerin vorgeschlagene Anpassung der bestehenden Gerichtsstandsvereinbarung ablehnt, der Abschluss einer Gerichtsstandsvereinbarung gesehen würde.
5.
Die Vorinstanz prüfte, ob in Zürich ein Gerichtsstand am Erfüllungsort im Sinne von <ref-law> gegeben sei. Der Erfüllungsort bestimme sich aufgrund der sowohl im EULA als auch im MSA getroffenen Rechtswahl nach deutschem Recht (§ 269 BGB). Während das Statement of Work bestimme, dass die Implementierung in Zürich und Dubai erfolgen solle, seien den Verträgen im Zusammenhang mit der Lizenzerteilung auch mit Blick auf die Natur des Schuldverhältnisses keinerlei Anhaltspunkte hinsichtlich eines Erfüllungsortes zu entnehmen. Somit sei auf die gesetzlichen Bestimmungen zurückzugreifen, wonach sich der Erfüllungsort am Sitz des Schuldners befinde. Schuldner der streitgegenständlichen Leistung sei die Beklagte, die Sitz in Frankfurt am Main habe. Die beiden gleichrangigen Hauptpflichten, auf welche die Klägerin ihre Ansprüche stütze, führten zu verschiedenen Erfüllungsorten, so dass aus <ref-law> keine einheitliche Zuständigkeit am Erfüllungsort begründet werden könne.
5.1. Die Beschwerdeführerin macht einerseits geltend, bei Fehlen eines parteiautonom festgelegten Erfüllungsortes wäre dieser für den Verkauf beweglicher Sachen oder für die Erbringung von Dienstleistungen (je nach dem, wie man die Einräumung einer Lizenz an einer in die IT-Umgebung des Bestellers einzupassenden Software qualifiziere) übereinkommensautonom gemäss <ref-law> zu bestimmen gewesen. Die lizenzierte Software sei zur Nutzung auf dem Server der Beschwerdeführerin in Zürich vorgesehen gewesen und daher gemäss MSA dort zu installieren. Die Vorinstanz habe in aktenwidriger Weise übersehen, dass ausschliesslicher Erfüllungsort Zürich gewesen sei, weil gemäss den Verträgen die Software lediglich in Zürich habe installiert werden müssen. Von anderen Standorten wie Dubai hätte auf die Software in Zürich zugegriffen werden sollen. Daher sei an diesem Ort der konventionsautonome Gerichtsstand von <ref-law> gegeben.
5.2. Sollte sich der Erfüllungsgerichtsstand nach <ref-law> bestimmen, rügt die Beschwerdeführerin andererseits die willkürliche Anwendung deutschen Rechts. Die Vorinstanz habe von sich aus geprüft, ob in Zürich ein Gerichtsstand am Erfüllungsort bestehe. Damit gebe der angefochtene Entscheid Anlass, die diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz zu rügen (<ref-law>). Die Vorinstanz habe verkannt, dass bei der Rückabwicklung von (Software-) Kaufverträgen nach feststehender deutscher Praxis als Erfüllungsort der Ort angenommen werde, wo die Software im Zug der Rückabwicklung zu desinstallieren sei. Diese Zuständigkeit gelte auch für die Klage des Softwareerwerbers auf Rückgabe der Geldleistung.
5.3. Mit der Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Es kann namentlich geltend gemacht werden, ausländisches Recht sei nicht angewendet worden, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt (<ref-law>). Ob das nach dem schweizerischen internationalen Privatrecht massgebende ausländische Recht richtig angewendet wurde, kann das Bundesgericht nur prüfen, sofern der Entscheid keine vermögensrechtliche Sache betrifft (<ref-law>). In vermögensrechtlichen Streitigkeiten wie der hier zu beurteilenden kann ausschliesslich gerügt werden, die Anwendung des ausländischen Rechts sei willkürlich und verstosse gegen <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.1 S. 447 f.).
5.4. Nach <ref-law> ist vor Bundesgericht das Vorbringen neuer Tatsachen und Beweismittel so weit zulässig, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass bereits das Bestreiten der Zuständigkeit durch die Beschwerdegegnerin Anlass gegeben hätte, sich für den Fall, dass die Gerichtsstandsvereinbarung ungültig sein sollte, auf den Erfüllungsgerichtsstand in Zürich zu berufen. Die tatsächlichen Grundlagen für diesen Gerichtsstand hätte die Beschwerdeführerin daher jedenfalls bereits vor der Vorinstanz behaupten müssen.
5.4.1. <ref-law> regelt den Gerichtsstand nur für den Verkauf beweglicher Sachen und für die Erbringung von Dienstleistungen. Damit ist zu prüfen, inwieweit Software von diesen Bestimmungen erfasst wird. Nach der Lehre werden als Sachen in der Regel nur körperliche Gegenstände angesehen, so dass Computersoftware nur erfasst wird, wenn sie in materialisierter Form übertragen wird DOMENICO ACOCELLA, in: Lugano-Übereinkommen [LugÜ] zum internationalen Zivilverfahrensrecht, Anton K. Schnyder [Hrsg.], 2011, N. 95 zu <ref-law>; DIETER A. HOFMANN/OLIVIER M. KUNZ, in: Basler Kommentar, a.a.O., N. 194 zu <ref-law>; RODRIGO RODRIGUEZ, Beklagtenwohnsitz und Erfüllungsort im europäischen IZPR, 2005, S. 217 N. 666; vgl. auch KROPHOLLER/VON HEIN, a.a.O., N. 41 zu Art. 5 EuGVO). Die Beklagte hätte im kantonalen Verfahren die tatsächlichen Behauptungen aufstellen müssen, aus denen hervorgeht, dass gemäss EULA, Software in einer Art übertragen wird, die eine Behandlung als Warenkauf rechtfertigt, oder dass auch mit dem EULA eine Dienstleistung im Sinne von <ref-law> erbracht wurde.
5.4.2. Die Beschwerdeführerin behauptet sodann zwar, gemäss den Verträgen habe die Software lediglich in Zürich installiert werden müssen, und sie rügt eine Aktenwidrigkeit. Sie verweist dazu aber einfach auf drei Aktenstücke. Inwiefern sich aus diesen die Aktenwidrigkeit ergeben sollte, legt sie aber nicht dar und genügt bereits insoweit den strengen Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>; vgl. E. 1.5 hiervor). An der angegebenen Stelle ihrer Klageschrift (act. 1 Rz. 102) finden sich Ausführungen zu den zusätzlichen Soft- und Hardware Komponenten, welche die Beschwerdeführerin anschaffen musste. Im Statement of Work (act. 3/9) Ziff. 1.3.1 wird zwar festgehalten, dass sämtliche Server als On-Site bei der Beklagten in Zürich angesehen werden. Es wird aber auch festgehalten, dass der Preis für eine zweite Installation in Dubai oder jedem anderen Ort, an dem die Beschwerdeführerin dies verlange, zusätzlich geschuldet ist und zwischen den Parteien vereinbart wird, wobei die im Dokument angegebenen Preisgrundlagen nicht überschritten werden dürfen. Die Möglichkeit einer Zweitinstallation ausserhalb von Zürich ist demnach ausdrücklich vorgesehen. Bei "act. 3/6 S.1" handelt es sich um die erste Seite einer "Order Form / for Phase I" mit den Angaben zum Lizenznehmer (der Beschwerdeführerin), zum Accountmanager der Beschwerdegegnerin, zum Systemingenieur und zu den Server-Typen, der "Database" und der Software. Die Rubrik "Site" wurde, soweit ersichtlich, nicht ausgefüllt. Sodann enthält das Dokument eine Preiszusammenfassung (Price Summary) und Zahlungstermine (Payment Schedules) sowie weitere Erklärungen zum Dokument. Was die Beschwerdeführerin daraus ableiten will, bleibt unklar. Eine Aktenwidrigkeitsrüge lässt sich so nicht begründen.
5.5. Was die Anwendung Deutschen Rechts betrifft, beruft sich die Beschwerdeführerin auf ein Urteil des OLG Bamberg, aus dem hervorgeht, dass nach der in der Rechtsprechung und in der Literatur herrschenden Meinung einheitlicher Erfüllungsort für die bei einem Rücktritt (früher bei einer Wandelung) bestehenden wechselseitigen Pflichten der Ort sei, an dem sich die zurückzugewährende Sache zur Zeit des Rücktritts vertragsgemäß befindet (sog. Austauschort; vgl. Urteil des OLG Bamberg, 8 U 51/10, vom 18. August 2010, Rz. 39, publ. auf www.gesetze-bayern.de/jportal/portal/page/bsbayprod.psml?doc.id=KORE223172010&st=ent&showdoccase=1&paramfromHL=tru, zuletzt besucht am 31. Juli 2013, mit Hinweisen). Dies ergibt sich auch aus weiteren von der Beschwerdeführerin angeführten Literaturstellen und Gerichtsentscheiden. Das OLG Bamberg wendet diese Rechtsprechung zwar auch auf Software-Daten an, es beruft sich in diesem Punkt aber nicht auf eine entsprechende Lehre und Rechtsprechung. Die Beschwerdeführerin verweist zwar auf eine Literaturstelle, in der die Auffassung vertreten wird, die Software sei in aller Regel dort abzuholen, wo sie der Kunde benutzt bzw. benutzen will. Der besondere Gerichtsstand der Erfüllung greife also auch in diesen Rücktrittsfällen ein. Dies gelte ganz besonders dann, wenn Zug-um-Zug Löschung der Software auf der Anlage des Kunden verlangt werde. An derselben Stelle wird aber eingeräumt, dass bei reinen Softwareverträgen die Übertragung der Rechtsprechung nicht ganz offenkundig sei, weil die Software nach der vom Autor vertretenen Ansicht keine Sache ist (Redeker, IT-Recht, 5. Auflage, München 2012). Ist die Übertragung der Rechtsprechung aber nicht offenkundig, erweist sich der Willkürvorwurf als unbegründet.
6.
Die Beschwerde ist insgesamt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Juli 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak