Sachverhalt:
A. E._, F._ und G._ (nachfolgend: Beschwerdegegner) sowie A._ und B._ als einfache Gesellschaft, C._ und D._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) sind die Eigentümer der sechs Parzellen H._-Gbbl. Nr. 1 bis 2. Diesen sechs Parzellen ist die Parzelle H._-Gbbl. Nr. 3 als Anmerkungsparzelle im Sinne von unselbständigem Miteigentum gewidmet. Die jeweiligen Eigentümer der sechs Parzellen H._-Gbbl. Nr. 1 bis 2 sind zu je 1/6 Miteigentümer der Parzelle 3.
Bei den Parzellen H._-Gbbl. Nr. 3 bis 2 handelt es sich um eine Terrassensiedlung, welche in Hanglage gebaut ist und über einen Schräglift verfügt.
B. Mit Gesuch vom 5. Dezember 2007 stellten die Beschwerdegegner beim Gerichtskreis IX Schwarzenburg-Seftigen folgende Rechtsbegehren:
"1. Es sei gerichtlich die Sanierung des Schrägliftes auf der Parzelle H._-Gbbl. Nr. 3 gemäss der Offerte der Firma K._ AG vom 22. Mai 2007 sowie gemäss den Offerten der bauseitigen Massnahmen der L._ AG vom 7. September 2006, der M._ AG vom 31. Mai 2007, der N._ AG O._ vom 5. Juni 2007, der Firma P._ vom 29. Juni 2007 sowie der Firma R._ vom 5. Juli 2007 anzuordnen, und es sei ein für die Bauleitung verantwortlicher Fachmann zu bestimmen.
2. Eventualiter: Es sei durch das Gericht ein verantwortlicher Fachmann zu bestimmen, der die technischen Details für die Sanierung des Schrägliftes auf der Parzelle H._-Gbbl. 3 festzulegen sowie die Sanierung zu leiten und zu überwachen habe."
Mit Entscheid vom 19. Februar 2008 ordnete die Gerichtspräsidentin 1 die Sanierung des Schrägliftes gerichtlich an und wies das Gesuch, soweit weitergehend, ab.
C. Mit Eingabe vom 3. März 2008 erklärten die Beschwerdeführer beim Obergericht des Kantons Bern die Appellation und beantragten die Abweisung des Gesuchs sowie die Anordnung eines Augenscheins am T._rain 4 in H._. Da die Appellabilität zweifelhaft erschien, reichten die Beschwerdeführer mit Eingabe vom 25. März 2008 beim Obergericht zusätzlich Nichtigkeitsklage ein und beantragten die Aufhebung des erstinstanzlichen Entscheids und die Zurückweisung der Sache zu neuer Beurteilung.
Das Obergericht trat mit Entscheid vom 16. Juli 2008 auf die Appellation nicht ein und wies mit Entscheid vom 2. September 2008 die Nichtigkeitsklage ab.
D. Mit Beschwerde 5A_604/2008 vom 10. September 2008 beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheids des Obergerichts vom 16. Juli 2008 und die Abweisung des Gesuchs der Beschwerdegegner vom 5. Dezember 2007, eventualiter die Zurückweisung an die erste Instanz, subeventualiter an das Obergericht zu neuer Beurteilung.
E. Sodann beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht mit Beschwerde 5A_681/2008 vom 6. Oktober 2008 die Aufhebung des Entscheids des Obergerichts vom 2. September 2008 sowie der ersten Instanz und die Abweisung des Gesuchs der Beschwerdegegner vom 5. Dezember 2007, eventualiter die Zurückweisung an die erste Instanz zu neuer Beurteilung.
Mit Verfügung vom 8. Oktober 2008 wurde dieses Verfahren antragsgemäss bis zum Abschluss obigen Verfahrens (s. oben, Bst. D) suspendiert, und die Beschwerdeführer wurden angehalten, sich unmittelbar nach dessen Abschluss zur Fortführung des Verfahrens zu äussern. Mit Verfügung vom 11. Februar 2009 wurde die Suspendierung des Verfahrens aufgehoben.
F. In beiden Verfahren wurde keine Vernehmlassung eingeholt.

Erwägungen:
1. An den Verfahren 5A_604/2008 und 5A_681/2008 sind dieselben Parteien beteiligt. Den Beschwerden liegen derselbe Sachverhalt sowie ähnliche rechtliche Fragen zugrunde, und die Beschwerdeführer stellen weitgehend identische Anträge. Es rechtfertigt sich daher, beide Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem Urteil zu behandeln (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 BZP [SR 273]).
2. Sowohl mit der Beschwerde 5A_604/2008 gegen den Nichteintretensentscheid des Obergerichts vom 16. Juli 2008 als auch mit der Beschwerde 5A_681/2008 gegen den Abweisungsentscheid des Obergerichts vom 2. September 2008 wird je ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid (Art. 75 Abs. 1 BGG) angefochten, welcher einen Endentscheid i.S.v. Art. 90 BGG darstellt und einen Streitwert von mehr als Fr. 30'000.-- aufweist (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Gegenstand der angefochtenen Entscheide ist eine Verwaltungshandlung nach Art. 647 Abs. 2 Ziff. 1 ZGB. Nach dieser Bestimmung kann jeder Miteigentümer verlangen, dass die für die Erhaltung des Wertes und der Gebrauchsfähigkeit der Sache notwendigen Verwaltungshandlungen durchgeführt und nötigenfalls vom Gericht angeordnet werden.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bezieht sich der Entscheid des Richters über Verwaltungshandlungen nach Art. 647 Abs. 2 Ziff. 1 ZGB nicht auf einen Streit um die Anerkennung oder Feststellung eines bestrittenen Rechts (<ref-ruling> E. 2c S. 15; <ref-ruling> E. 3b 165; je mit Hinweisen). Daher konnte unter der Herrschaft des OG gegen einen Entscheid des letztinstanzlichen Richters über solche Verwaltungsmassnahmen keine Berufung erhoben werden.
Da das BGG nicht mehr zwischen Zivilrechtsstreitigkeiten und nicht streitigen Zivilsachen unterscheidet, sondern sämtliche Zivilsachen der Beschwerde in Zivilsachen zuweist (Art. 72 Abs. 1 BGG), ist die Unterscheidung von streitiger und nicht streitiger Gerichtsbarkeit insofern entbehrlich geworden (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4306 f. Ziff. 4.1.3.1). Damit unterstehen auch richterliche Entscheide über die Notwendigkeit bestimmter Verwaltungshandlungen nach Art. 647 Abs. 2 Ziff. 1 ZGB der Beschwerde in Zivilsachen.
Auf die Beschwerden ist somit insoweit einzutreten.
3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
4. Strittig ist in der Beschwerde 5A_604/2008 gegen den Nichteintretensentscheid des Obergerichts vom 16. Juli 2008, ob der Ausschluss der Appellation von Bundesrechts wegen zulässig ist und das Obergericht auf die Appellation zu Recht nicht eingetreten ist. Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung des Vorrangs des Bundesrechts (Art. 49 Abs. 1 BV).
4.1 Das Obergericht erwog, dass über die Anordnung notwendiger Verwaltungshandlungen bei Miteigentum nach Art. 2 Abs. 2 des Gesetzes vom 28. Mai 1911 betreffend die Einführung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (EG ZGB/BE; BSG 211.1) i.V.m. Art. 322 Abs. 1 des Gesetzes vom 7. Juli 1918 über die Zivilprozessordnung (ZPO/BE; BSG 271.1) im summarischen Verfahren entschieden werde. Da die zivilrechtlichen Massnahmen und Verfügungen im summarischen Verfahren, gegen welche appelliert werden könne, abschliessend in Art. 336 Abs. 2 ZPO/BE aufgezählt seien und in dieser Bestimmung Art. 647 Abs. 2 Ziff. 1 ZGB nicht genannt werde, sei ein entsprechender Entscheid grundsätzlich als nicht appellabel zu betrachten.
Weiter führte das Obergericht aus, dass ein Urteil in der endgültigen Zuständigkeit des Gerichtspräsidenten mit der Nichtigkeitsklage angefochten werden könne, wenn es klares Recht verletze (Art. 360 Ziff. 2 ZPO/BE). Vor Bundesgericht könnten mit der Beschwerde in Zivilsachen jegliche Rechtsverletzungen in Bezug auf Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung (Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG) gerügt werden. Dies habe zur Folge, dass gegen Entscheide im Kompetenzverfahren sowohl direkt die Beschwerde in Zivilsachen wie auch die kantonale Nichtigkeitsklage erhoben werden könne. Damit sei die Forderung nach einer kantonalen "double instance" seit Einführung des BGG faktisch fallen gelassen worden.
4.2 Indes verkennt das Obergericht, dass Art. 75 Abs. 1 i.V.m. Art. 111 Abs. 3 BGG die Kantone verpflichten, zwei Instanzen vorzusehen, denen mindestens die gleiche Kognition wie dem Bundesgericht zukommen muss (<ref-ruling> E. 2 S. 143). Der Kanton Bern hat die entsprechenden Anpassungen noch nicht vorgenommen. Somit genügt die Möglichkeit der Erhebung einer Nichtigkeitsklage aufgrund der Beschränkung auf die Geltendmachung von Nichtigkeitsgründen gemäss Art. 360 Abs. 2 ZPO/BE diesem Erfordernis nicht.
4.3 Die Kantone haben die Ausführungsbestimmungen über die Zuständigkeit, die Organisation und das Verfahren der Vorinstanzen in Zivilsachen jedoch erst auf den Zeitpunkt des Inkrafttretens einer schweizerischen Zivilprozessordnung zu erlassen (Art. 130 Abs. 2 Satz 1 BGG). Zur notwendigen Anpassung steht ihnen somit eine Übergangsfrist zu (<ref-ruling> E. 2 S. 143). Bis zu deren Ablauf können die Kantone an ihren bisherigen Regelungen festhalten, selbst wenn mit diesen dem Erfordernis der "double instance" nach Art. 75 Abs. 1 i.V.m. Art. 111 Abs. 3 BGG nicht Genüge getan wird. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer gilt Art. 130 Abs. 2 BGG nicht nur für Kantone, welche noch nicht über ein zweistufiges Gerichtsverfahren verfügen, sondern auch für solche, welche das Prinzip der "double instance" auf bestimmte Verfahren ausweiten müssen (s. die vergleichbare Konstellation in <ref-ruling> E. 2 S. 143). Die Rüge einer Verletzung des Grundsatzes des Vorrangs des Bundesrechts ist somit im Ergebnis unbegründet.
5. Im Rahmen der Beschwerde 5A_681/2008 gegen den Abweisungsentscheid des Obergerichts vom 2. September 2008 machen die Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 647c ZGB durch die Vorinstanzen geltend.
Dabei richten sich die Beschwerdeführer zum einen gegen den Entscheid des Obergerichts als letzter kantonaler Instanz. Zum andern wenden sie sich gegen den erstinstanzlichen Entscheid. Dies ist im Rahmen der Mitanfechtung insoweit zulässig, als die entsprechenden Rügen unter die Beschwerdegründe nach Art. 95 ff. BGG fallen, mit der Nichtigkeitsbeschwerde jedoch nicht vorgebracht werden können (sog. Dorénaz-Praxis; <ref-ruling> E. 2 S. 144 mit Hinweisen; vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S.128; <ref-ruling> E. 3.1 S. 586). Im Bereich der Mitanfechtung bildet nicht der zweit-, sondern der erstinstanzliche Entscheid das Anfechtungsobjekt, was in den Rechtsbegehren und in der Beschwerdebegründung zu berücksichtigen ist. Dabei beginnt die Beschwerdefrist erst mit der Eröffnung des Abweisungsentscheids des Obergerichts (Art. 100 Abs. 6 BGG; <ref-ruling> E. 1.3 S. 690).
Da die Beschwerdeführer eine einfache Gesetzesverletzung rügen und im Rahmen der Nichtigkeitsklage nach Art. 360 Ziff. 2 ZPO/BE lediglich die Verletzung klaren Rechts geltend gemacht werden kann (s. oben, E. 4.1), ist die Mitanfechtung des erstinstanzlichen Entscheids insoweit zulässig.
5.1 Soweit sich die Beschwerdeführer gegen den obergerichtlichen Entscheid richten und dessen Aufhebung beantragen, wird in diesem festgehalten, dass die Nichtigkeitsklage den als Nichtigkeitsgrund in Frage kommenden Sachverhalt in vollständiger Weise anführen müsse. Seitens der Beschwerdeführer werde lediglich ausgeführt, wie Art. 647 Abs. 2 Ziff. 1 ZGB anders ausgelegt werden könnte, was jedoch für das Vorliegen eines Nichtigkeitsgrundes nicht genüge, da keine Verletzung klaren Rechts geltend gemacht werde.
Die Beschwerdeführer wenden sich nicht gegen diese Erwägungen des Obergerichts und machen nicht geltend, dieses habe zu Unrecht das Vorliegen eines Nichtigkeitsgrundes verneint. Insofern fehlt es an einer genügenden Begründung der Anfechtung des obergerichtlichen Entscheids und ist auf die Rüge nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG).
Die Beschwerdeführer wenden sich nicht gegen diese Erwägungen des Obergerichts und machen nicht geltend, dieses habe zu Unrecht das Vorliegen eines Nichtigkeitsgrundes verneint. Insofern fehlt es an einer genügenden Begründung der Anfechtung des obergerichtlichen Entscheids und ist auf die Rüge nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG).
5.2 5.2.1 Was die Mitanfechtung des erstinstanzlichen Urteils betrifft, erwog die Gerichtspräsidentin, dass am Anmerkungsgrundstück H._-Gbbl. Nr. 3 seit der Widmung vom 23. Dezember 1969 unselbständiges Miteigentum bestehe. Dieses Grundstück habe den Zugang zu den verschiedenen Hauptgrundstücken nicht nur durch eine Treppe, sondern auch mittels einer Schrägliftanlage ermöglichen sollen. Ausserdem binde der entsprechende Grundbucheintrag sämtliche späteren Erwerber der Hauptgrundstücke.
Weiter sei es zwischen den Miteigentümern (welche weitgehend identisch mit den heutigen Parteien seien) bereits früher zu Meinungsverschiedenheiten bezüglich Kostenaufteilung des Schräglifts gekommen. Sämtliche damaligen Miteigentümer hätten am 13. September 1995 vor der 3. Zivilkammer des Appellationshofes des Kantons Bern einen Vergleich unterzeichnet, welcher auf dem Anmerkungsgrundstück unter dem Stichwort "Nutzungs- und Verwaltungsordnung" angemerkt worden sei. Mit dem Abschluss dieses Vergleichs hätten die Miteigentümer eine von den gesetzlichen Bestimmungen abweichende Regelung betreffend die Benützung des Schräglifts und die Kostentragung getroffen.
Daraus zog die Gerichtspräsidentin den Schluss, dass die Stilllegung des Schräglifts der nach wie vor bestehenden Zweckbestimmung des Grundstücks entgegenstehe und die Frage nach dem Sinn der Schrägliftanlage ohne jede Relevanz sei. Es stehe ausser Zweifel, dass zum erneuten Erhalt einer Betriebsbewilligung von der Kontrollstelle des Interkantonalen Konkordats für Seilbahnen und Skilifte (IKSS) und zur Wiederaufnahme des Betriebs der Schrägliftanlage an dieser Sanierungsarbeiten vorzunehmen seien, welche auf deren körperlichen Zustand einwirkten. Unbestrittenermassen werde die IKSS aufgrund der bestehenden Sicherheitsbedenken eine Betriebsbewilligung für die Schrägliftanlage erst wieder erteilen, wenn Revisionsarbeiten vorgenommen würden. Im Übrigen gehe es vorliegend lediglich um die Grundsatzfrage, ob eine Sanierung überhaupt an die Hand zu nehmen sei, und nicht um die Aufteilung der Kosten oder um den Entscheid darüber, welcher der verschiedenen Varianten einer Sanierung der Vorzug zu geben sei.
5.2.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Notwendigkeit der baulichen Massnahmen beurteile sich nicht ausschliesslich nach dem durch die Widmung der Anmerkungsparzelle bestimmten Zweck, sondern nach den individuellen Umständen. Massgeblich sei dabei der Nutzen, welchen die Anlage für die Eigentümer der Stammparzellen bringe. Die Liftanlage sei für sie nutzlos, stelle ausschliesslich eine Belastung dar und führe aufgrund der Kostenbeteiligung zu einer Entwertung ihrer Stammgrundstücke. Die Widmung bezwecke daher nicht eine Pflicht der Miteigentümer, eine Liftanlage zu bauen und zu erhalten, sondern lediglich die Pflicht, die Anlage zu dulden. Die Annahme einer unbeschränkten Pflicht zum Bau, Unterhalt und Betrieb der Liftanlage bewirkte eine unzulässige übermässige zeitliche Bindung und verstiesse gegen Art. 28 [recte: Art. 27] ZGB.
Weiter wenden die Beschwerdeführer ein, eine Massnahme sei dann nicht notwendig, sondern nur nützlich, wenn sie einer Wiederherstellung einer total entwerteten Sache gleichkomme oder wenn die Sache auch ohne die Erneuerung einzelner nicht mehr brauchbarer Bestandteile gebrauchstauglich sei. Die zu beurteilenden baulichen Massnahmen seien mit dem Wiederaufbau einer zerstörten Anlage oder einem Abbruch und Neubau eines Gebäudes vergleichbar. Der Ersatz der Liftanlage sei weder für die Gewährleistung der Gebrauchstauglichkeit der Anmerkungsparzelle noch der Hauptgrundstücke der Beschwerdeführer und Beschwerdegegner notwendig. Die Werterhaltung könne nicht als Kriterium herangezogen werden, da der Lift bestenfalls den Grundstücken der Beschwerdegegner diene, für diejenigen der Beschwerdeführer jedoch ausschliesslich eine wertvermindernde Belastung darstelle.
Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von Art. 647c ZGB. Weiter machen die Beschwerdeführer eine Verletzung des Rechts auf Beweis (Art. 8 ZGB) bzw. des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) geltend. Letztere Rüge begründen sie damit, dass die erste Instanz zu Unrecht die von ihnen beantragten Beweismittel zu verschiedenen Sachverhalten nicht abgenommen habe, da sie Art. 647c ZGB zu eng ausgelegt habe und daher die betreffenden Sachverhaltselemente als für die Frage der Notwendigkeit der Sanierungsmassnahmen irrelevant betrachtet habe.
Da die Rüge einer Verletzung des Rechts auf Beweis (Art. 8 ZGB) bzw. des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) von der Auslegung von Art. 647c ZGB abhängig ist, ist somit zunächst zu prüfen, ob die erste Instanz letztere Bestimmung korrekt angewendet hat.
5.2.3 Gemäss Art. 647 Abs. 2 Ziff. 1 ZGB kann jeder Miteigentümer verlangen, dass die für die Erhaltung des Wertes und der Gebrauchsfähigkeit der Sache notwendigen Verwaltungshandlungen durchgeführt und nötigenfalls vom Gericht angeordnet werden. Notwendige bauliche Massnahmen sind Unterhalts-, Wiederherstellungs- und Erneuerungsarbeiten, die für die Erhaltung des Wertes und der Gebrauchsfähigkeit der Sache nötig sind (Art. 647c ZGB). Gegenstand der baulichen Massnahmen sind nicht nur Gebäude und gebäudeähnliche Anlagen, sondern jede dauernd mit dem Grundstück oberirdisch oder unterirdisch verbundene Vorrichtung (Arthur Meier-Hayoz, Berner Kommentar, 5. Aufl. 1981, N. 9 zu Art. 647c ZGB; Brunner/Wichtermann, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 3. Aufl. 2007, N. 2 zu Art. 647c ZGB). Mit dem Begriff der "Sache" ist die Gesamtsache gemeint, sodass die notwendigen baulichen Massnahmen den Wert und die Gebrauchsfähigkeit der Gesamtliegenschaft erhalten müssen (<ref-ruling> E. 3.4 S. 448; vgl. auch Brunner/Wichtermann, a.a.O., N. 6 zu Art. 647c ZGB).
Somit stösst der seitens der Beschwerdeführer geltend gemachte Einwand, die Liftanlage sei für sie nutzlos, stelle ausschliesslich eine Belastung dar und führe aufgrund der Kostenbeteiligung zu einer Entwertung ihrer Stammgrundstücke, ins Leere: Da es für die Beurteilung der Notwendigkeit auf die Gebrauchsfähigkeit der Gesamtliegenschaft ankommt, können nicht einzelne Miteigentümer einwenden, sie hätten vom Gegenstand der baulichen Massnahmen keinen persönlichen Nutzen. Für die Auffassung der Beschwerdeführer, massgeblich sei der Nutzen, welchen die Anlage ihnen als Eigentümer der Stammparzellen bringe, findet sich in der Rechtsprechung und Lehre keine Stütze.
Wie die erste Instanz sodann ausgeführt hat, haben sich die Beschwerdeführer den am 13. September 1995 unterzeichneten und auf dem Anmerkungsgrundstück angemerkten Vergleich betreffend die Benützung des Schräglifts und die Kostentragung entgegenzuhalten. So ergibt sich aus der in diesem Vergleich getroffenen Regelung, dass die Liftanlage auf dem Anmerkungsgrundstück mit Kosten verbunden sei und dass diese unter den Miteigentümern aufzuteilen seien, was voraussetzt, dass sie betrieben wird und weiterhin betrieben werden soll. Unbehelflich sind vor diesem Hintergrund die Einwände der Beschwerdeführer, dass die Frage der Kostentragung nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sei und dass die Widmung nicht eine Pflicht der Miteigentümer bezwecke, eine Liftanlage zu bauen und zu erhalten, sondern lediglich die Pflicht, die Anlage zu dulden.
Soweit die Beschwerdeführer geltend machen, die zu beurteilenden baulichen Massnahmen seien mit dem Wiederaufbau einer zerstörten Anlage oder einem Abbruch und Neubau eines Gebäudes vergleichbar, verkennen sie, dass es - wie die erste Instanz bereits ausgeführt hat - vorliegend lediglich um die grundsätzliche Frage geht, ob eine Sanierung des Schräglifts überhaupt an die Hand genommen werden soll, und nicht um die Frage, welcher der verschiedenen Varianten, die sich offenbar in Art und Umfang der auszuführenden Arbeiten erheblich unterscheiden, der Vorzug zu geben ist. Insofern stösst auch ihr Einwand ins Leere, die Annahme einer unbeschränkten Pflicht zum Bau, Unterhalt und Betrieb der Liftanlage bewirkte eine unzulässige übermässige zeitliche Bindung.
5.2.4 Was die Rüge einer Verletzung des Rechts auf Beweis (Art. 8 ZGB) bzw. des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) betrifft, geben diese beiden Bestimmungen der beweisbelasteten Partei einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Sachvorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (Urteile 5A_44/2008 vom 7. Juli 2008 E. 3; 5A_348/2007 vom 22. April 2008 E. 3.2; 5A_141/2007 vom 21. Dezember 2007 E. 2.2; für Art. 8 ZGB: <ref-ruling> E. 2.6 S. 24; für Art. 29 Abs. 2 BV: <ref-ruling> E. 3 S. 157), wobei für die Beurteilung zivilrechtlicher Ansprüche beweisrechtlich Art. 8 ZGB zum Zuge kommt (Urteile 5A_831/2008 vom 16. Februar 2009 E. 2.2.1; 4A_88/2008 vom 25. August 2008 E. 4.3.1; 5A_44/2008 vom 7. Juli 2008 E. 3; 5A_230/2007 vom 7. Juli 2008 E. 3.1; 5A_193/2008 vom 13. Mai 2008 E. 3.1; 5A_348/2007 vom 22. April 2008 E. 3.2; 5A_141/2007 vom 21. Dezember 2007 E. 2.2; 5A_403/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 3.1). Dieses Recht auf Beweis erstreckt sich indessen nur auf rechtserhebliche Tatsachen, d.h. auf Sachumstände, von deren Verwirklichung es abhängt, ob so oder anders zu entscheiden ist (<ref-ruling> E. 2.6 S. 24; <ref-ruling> E. 4a S. 317; <ref-ruling> E. 2b S. 40; <ref-ruling> E. 3c S. 223; je mit Hinweisen; Urteile 4A_88/2008 vom 25. August 2008 E. 4.3.1; 5A_348/2007 vom 22. April 2008 E. 3.2).
Ist vorliegend der ersten Instanz keine Verletzung von Art. 647c ZGB vorzuwerfen (s. oben, E. 5.2.3), sodass die Sachumstände, bezüglich derer der Erstrichter die Abnahme der beantragten Beweise verweigerte, nicht rechtserheblich sind, erweist sich auch die Rüge einer Verletzung von Art. 8 ZGB als von vornherein für den Ausgang des Verfahrens irrelevant und damit als unbegründet.
6. Zusammenfassend sind die Beschwerden 5A_604/2008 und 5A_681/2008 abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des vereinigten Verfahrens sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 5A_604/2008 und 5A_681/2008 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden 5A_604/2008 und 5A_681/2008 werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von gesamthaft Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, und der Gerichtspräsidentin 1 des Gerichtskreises IX Schwarzenburg-Seftigen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp