Sachverhalt:
A. Am 11. September 2006 beschloss der Grosse Rat des Kantons Luzern verschiedene Änderungen des Steuergesetzes vom 22. November 1999 (StG). § 40 Abs. 1 lit. k StG in der neuen Fassung lautet:
"§ 40 Allgemeine Abzüge
1 Von den Einkünften werden abgezogen:
(...)
k. Die Zuwendungen und Beiträge an die im Grossen Rat vertretenen Parteien, wenn die Zuwendungen in der Steuerperiode 100 Franken erreichen und insgesamt zehn Prozent der um die Aufwendungen nach den §§ 30 - 40 Absatz 1g verminderten steuerbaren Einkünfte nicht übersteigen, höchstens aber 5000 Franken."
Die Steuervorlage unterstand dem fakultativen Referendum. In der kantonalen Volksabstimmung vom 11. März 2007 wurde die Gesetzesnovelle mit 88'813 Ja zu 27'109 Nein angenommen. Das Ergebnis der Volksabstimmung wurde im Luzerner Kantonsblatt vom 17. März 2007 publiziert. Die Änderung trat rückwirkend auf den 1. Januar 2007 in Kraft.
B. Mit gemeinsamer Eingabe vom 20. März 2007 erhoben der Verein CHance21 sowie Peter Mattmann gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der revidierte § 40 Abs. 1 lit. k StG-LU sei aufzuheben. Die Beschwerdeführer machen geltend, der Parteispendenabzug widerspreche dem Artikel 9 des Steuerharmonisierungsgesetzes (Verletzung von <ref-law>). Die Regelung verletze zudem das Gebot der rechtsgleichen Behandlung (<ref-law>).
C. Der Regierungsrat und der Grosse Rat des Kantons Luzern, beide vertreten durch den Rechtskonsulenten des Regierungsrates, beantragen die Beschwerde abzuweisen.
Im zweiten Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Anträgen fest.
Einem Gesuch, es sei der Beschwerde vorsorglich die aufschiebende Wirkung beizulegen, wurde nicht stattgegeben.
D. Mit Eingabe vom 9. März 2009 teilte der Regierungsrat "im Hinblick auf die von Amtes wegen zu klärende Frage der Legitimation der Prozessparteien" mit, dass gemäss einem Bericht der Neuen Luzerner Zeitung der Verein Chance21 künftig ausschliesslich auf die ausserparlamentarischen Tätigkeiten setzen wolle.
Die Beschwerdeführer nahmen mit Eingabe vom 16. März 2009 hierzu Stellung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen).
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten richtet sich gegen eine Änderung des Steuergesetzes, mithin gegen einen kantonalen Erlass. Gegen solche ist die Beschwerde unmittelbar zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (Art. 82 lit. b, 87 Abs. 1 BGG). Der Kanton Luzern kennt kein Normenkontrollverfahren für Gesetze (sondern nur für Verordnungen, § 188 Abs. 2 lit. a VRG; SRL Nr. 40). Es steht daher die Beschwerde an das Bundesgericht offen. Diese wurde im Anschluss an die Publikation des Erwahrungsbeschlusses im kantonalen Amtsblatt vom 17. März 2007 innert dreissig Tagen rechtzeitig eingereicht (vgl. <ref-law>). Dass nicht ein neues Gesetz angefochten ist, sondern die Änderung eines bestehenden Gesetzes, bei dem die maximal abzugsfähigen Beiträge von Fr. 1'500.-- bzw. Fr. 3'000.-- auf Fr. 5'000.-- heraufgesetzt wurden, schliesst die abstrakte Normenkontrolle nicht ohne weiteres aus (vgl. <ref-ruling> E. 1b/aa S. 224 f.; <ref-ruling> E. 1b und c S. 130 f.; s. auch Urteil 2P.440/1995 vom 12. März 1997 E. 1e, in: RDAT 1997 II n. 33 pag. 99).
Näher zu prüfen ist indessen die Beschwerdelegitimation.
2. Das Recht, nach <ref-law> Beschwerde zu führen, setzt voraus, dass die beschwerdeführende Partei vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder dazu keine Möglichkeit hatte (lit. a). Sie muss überdies durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt sein (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung haben (lit. c). Verlangt wird somit neben der formellen Beschwer nach lit. a, dass die beschwerdeführende Partei über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides zieht (lit. b und c). Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (vgl. Botschaft zum BGG vom 28. Februar 2001, BBl 2001 S. 4329). Es gilt im Wesentlichen die bisherige Praxis zur Legitimation bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) auch für <ref-law> (<ref-ruling> E. 3, 409 E. 1.3).
2.1 Der Beschwerdeführer 1 ist ein Verein mit Sitz in Luzern, der sich als politische Bewegung (Partei) versteht. Er setzt sich gemäss seinen Statuten für einen neutralen Kleinstaat Schweiz und dessen Demokratie und für weitere politische Ziele ein. Er nahm an Wahlen teil und hat oder hatte zwei Vertreter in Gemeindeparlamenten (Peter Mattmann im Einwohnerrat von Kriens, Viktor Rüegg im Grossen Stadtrat von Luzern). Er beteiligte sich mit der Liste 11 auch an den Wahlen zum Grossen Rat des Kantons Luzern vom 1. April 2007 und stellte mit Peter Mattmann einen Kandidaten für den Regierungsrat. Die Partei war aber bisher nicht im Grossen Rat vertreten, weshalb nach § 40 Abs. 1 lit. k StG-LU Zuwendungen und Beiträge an den Beschwerdeführer 1 bei den Spendern nicht vom steuerbaren Einkommen abgezogen werden konnten. Er erlitt dadurch gegenüber den etablierten Parteien einen Nachteil und war durch die angefochtene Norm berührt. Er besass im Zeitpunkt der Beschwerdeeinreichung ein schutzwürdiges Interesse, dass die Verfassungsmässigkeit dieser Norm überprüft wird. Seine Legitimation zur Beschwerde war gegeben.
2.2 Fraglich ist jedoch, ob dieses Interesse immer noch besteht. Ein aktuelles schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Hoheitsaktes muss auch im Urteilszeitpunkt noch gegeben sein (<ref-ruling> E. 2a S. 58 f.; Urteil 2P.8/2003 vom 2. Juli 2003 E. 1.3.1, in: ZBl 104/2003 S. 607).
Diesbezüglich räumt der Beschwerdeführer 1 ein, dass er nunmehr beschlossen habe, "auf absehbare Zeit auf Einsitznahme in Parlamenten und Teilnahme an Wahlen zu verzichten". Die politische Bewegung, deren Zweckartikel gemäss Art. 2 der Statuten unverändert sei, wolle sich künftig auf das ausserparlamentarische Politisieren beschränken. Damit steht aber der Beschwerdeführer 1 mit den im Grossen Rat vertretenen Parteien nicht mehr in einem direkten Konkurrenzverhältnis. Er erleidet zwar insofern einen Nachteil und ist persönlich betroffen, dass seine Spender ihre Zahlungen vom steuerbaren Einkommen nicht in Abzug bringen können. Mit der Aufhebung der angefochtenen Regelung will er aber nicht erreichen, dass seine Spender die Zahlungen ebenfalls abziehen können, sondern nur, dass auch die im Grossen Rat vertretenen Parteien dieses Vorteils verlustig gehen. Hierzu ist er nicht legitimiert, da er sich nicht mehr an Wahlen beteiligt und damit auch nicht in direkter Konkurrenz mit den etablierten Parteien steht. Der Beschwerdeführer ist auch nicht bloss virtuell betroffen, wie er geltend macht. Da er sich - unabhängig der Wahlchancen der von ihm aufgestellten Kandidaten - auf absehbare Zeit überhaupt nicht mehr an Wahlen beteiligen will, ist jegliches Interesse dahingefallen.
2.3 Der Beschwerdeführer 2, Peter Mattmann, ist Mitglied des Vereins CHance21 und war nach eigenen unbestrittenen Angaben Kandidat für den Grossen Rat und den Regierungsrat des Kantons Luzern. Er steht aber als Einzelperson zu den durch die Abziehbarkeit von Parteispenden begünstigten Parteien in keinem Konkurrenzverhältnis. Er ist zwar insoweit persönlich betroffen, als er nach der angefochtenen Gesetzesbestimmung Parteispenden an die von ihm bevorzugte politische Partei steuerlich nicht in Abzug bringen kann. Er will diese - von ihm als bundesrechtswidrig erachtete - Begünstigung aber für sich gar nicht in Anspruch nehmen, sondern nur erreichen, dass auch die grösseren Parteien nicht in deren Genuss kommen. Das genügt für die Be-jahung eines schutzwürdigen Interesses an der Aufhebung der angefochtenen Regelung über die Abziehbarkeit von Parteispenden nicht. Der Beschwerdeführer 1 war zur Beschwerde von Anfang nicht legitimiert.
3. Fällt das aktuelle Interesse im Verlauf des Verfahrens dahin, wird die Sache als erledigt erklärt; fehlte es schon bei der Beschwerdeeinreichung, ist auf die Eingabe nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 2 S. 7; <ref-ruling> E. 2). Das Verfahren ist daher als gegenstandslos geworden abzuschreiben, soweit auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden konnte. Über die Kosten- und Entschädigungsfrage ist gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> ohne weitere Parteiverhandlung mit summarischer Begründung auf Grund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes zu entscheiden.
3.1 Die Abzüge von den steuerbaren Einkünften sind in Art. 9 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG, SR 642.14) abschliessend und für die Kantone verpflichtend geregelt (<ref-ruling> E. 4b S. 71). Art. 9 StHG erwähnt unter den zulässigen Abzügen die Parteispenden nicht ausdrücklich. Beiträge an politische Parteien können daher gemäss Art. 9 Abs. 2 lit. i StHG nur zum Abzug zugelassen werden, wenn die politischen Parteien gemäss Art. 23 Abs. 1 lit. f StHG von der Steuerpflicht befreit sind, das heisst, wenn sie im Sinne dieser Vorschrift gemeinnützig sind oder öffentliche Zwecke verfolgen.
3.2 Gemeinnützigkeit im steuerrechtlichen Sinn liegt vor, wenn die juristische Person dauerhaft eine Tätigkeit verfolgt, die im Interesse der Allgemeinheit liegt, und ihrer Betätigung uneigennützige Motive zugrunde liegen. Gemeinnützigkeit wird aber nicht in dem weiten Sinne verstanden, der jede Betätigung im Dienste der Allgemeinheit umfasst und der auch alle Bestrebungen einschliessen würde, welche irgendwie auf wirtschaftliche oder soziale Förderung einzelner Bevölkerungskreise gerichtet sind (vgl. <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2b; 71 I 119 E. 1 S. 124/5).
Eine politische Tätigkeit wird in Lehre und Rechtsprechung seit jeher nicht als gemeinnützig im steuerrechtlichen Sinn anerkannt. Das gilt namentlich für die Tätigkeit von politischen Organisationen und von politischen Parteien. Politischen Parteien fehlt der gemeinnützige Charakter, weil ihre Tätigkeit bezweckt, die Interessen ihrer Mitglieder zu verfolgen (Urteil 2A.647/2005 vom 7. Juni 2007 E. 3.3, in: StR 62/2007 S. 648 = StE 2007 A 23.1 Nr. 14; Urteil vom 14. März 1962, ZBl 64/1963 161; Peter Locher, Kommentar zum DBG, 2001, N. 87 zu Art. 56; Reto Kuster, Steuerbefreiung von Institutionen mit öffentlichen Zwecken, 1997, S. 209; Markus Reich, in: Schweizerisches Steuerrecht I/1, 2. Aufl. 2002, N. 53 zu Art. 9 StHG; Richner/Frei/Kaufmann, Hand-kommentar zum DBG, 2003, N. 67 zu <ref-law>; Danielle Yersin, Le statut fiscal des partis politiques, de leurs membres et sympathisants, ASA 58 S. 106).
3.3 Bei den "öffentlichen Zwecken" geht es nach Rechtsprechung und herrschender Doktrin um Aufgaben, die vom Gemeinwesen wahrgenommen werden oder gelegentlich auch an privatrechtliche oder gemischtwirtschaftliche juristische Personen übertragen werden können (vgl. Thomas Koller, Stiftungen und Steuern, in: Die Stiftung in der juristischen und wirtschaftlichen Praxis, 2001, S. 84; Locher, a.a.O., N. 97 zu Art. 56; Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N. 53 zu <ref-law>; Kuster, a.a.O., S. 211, 234 ff.). Parteien nehmen zwar zentrale öffentliche Funktionen wahr und werden auch in Art. 137 und 147 BV genannt. In der schweizerischen Literatur wird vor allem ihre Stellung als Bindeglied zwischen Staat und Gesellschaft, als "Mittler" zwischen Volk und Behörden hervorgehoben (Wolf Linder, Grundzüge des politischen Systems, in: Verfassungsrecht der Schweiz, 2001, § 64 Rz. 36; Gerhard Schmid, Parlament und Parteien im politischen System der Schweiz, in: Jahrbuch des öffentlichen Rechts der Gegenwart, Tübingen 1982, S. 186, 187 f., 189 f.). Der steuerrechtliche Begriff des öffentlichen Zwecks ist indessen enger. Nur eigentliche Tätigkeiten und Aufgaben, die vom Gemeinwesen wahrgenommen werden oder nach der Volksanschauung wahrgenommen werden können, fallen darunter. Solche Aufgaben nehmen die politischen Parteien nicht wahr, auch wenn ihre Existenz anerkanntermassen im Interesse einer funktionierenden Demokratie liegt. Das entspricht auch der vorherrschenden Auffassung in der Lehre (Kuster, a.a.O., S. 209, 243; Locher, a.a.O., N. 104 zu <ref-law>; Reich, a.a.O., N. 53 zu Art. 9 StHG; Richner/ Frei/Kaufmann, a.a.O., N. 57 zu <ref-law>; Yersin, a.a.O., S. 97 ff. bes. 107; a.M. Yvo Hangartner, Bemerkungen zum Urteil 2A.647/2005 vom 7. Juni 2007, AJP 2007 S. 1167 ff. besonders 1168). Parteispenden können daher auch nicht gestützt auf die von den politischen Parteien wahrgenommenen öffentlichen Funktionen zum Abzug zugelassen werden.
3.4 Die Beschwerde wäre somit wahrscheinlich gutgeheissen worden, wenn die Beschwerdelegitimation nicht nachträglich weggefallen wäre. Dem unterliegenden Kanton sind in Anwendung von <ref-law> keine Gerichtskosten aufzuerlegen. Hingegen ist dem Beschwerdeführer 1 eine Parteientschädigung zuzusprechen, zumal bei zeitgerechter Behandlung der Sache das Urteil wahrscheinlich zu seinen Gunsten gelautet hätte (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Bei deren Bemessung ist zu beachten, dass der Grund für den Wegfall des Interesses durch den Beschwerdeführer 1 selbst veranlasst wurde. Der Beschwerdeführer 2 war von Anfang an nicht zur Beschwerde legitimiert.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird wegen nachträglichen Wegfalls des Interesses abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Luzern hat den Beschwerdeführer 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kanton Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann