Sachverhalt:
A. AX._ war Eigentümer eines Grundstücks in D._/NW, das ihm und seiner Ehefrau, BX._, als dauernd und ausschliesslich selbstgenutzte Wohnliegenschaft diente. Am 3. Januar 2001 verkaufte er die Liegenschaft zum Preis von Fr. 1'490'000.-- aus seinem Privatvermögen an eine Drittpartei. Ein Jahr zuvor, am 7. Januar 2000, hatten die Eheleute X._ als Miteigentümer in C._/LU für Fr. 1'093'714.-- Stockwerkeigentum erworben, worin sie hernach wohnten. Der Kanton Nidwalden ermittelte einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 410'500.--, setzte einen Ersatzbeschaffungsanteil am Verkaufserlös von 74 Prozent (aufgerundet) fest, schob die Besteuerung des Betrags von Fr. 303'800.-- auf und rechnete über den Restgewinn von Fr. 83'140.-- (26 Prozent) definitiv ab (Verfügung vom 5. Juni 2001.
Neun Jahre später, mit Vertrag vom 15. März 2010, verkauften die Eheleute X._ ihr im Kanton Luzern gelegenes Stockwerkeigentum. Dabei lösten sie Fr. 1'130'000.--. Infolge ungenügenden Rechtsgrundnachweises wies das Grundbuchamt Luzern-Land die Grundbuchanmeldung mit Verfügung vom 7. Mai 2010 ab. Die Handänderung, gestützt auf den bereinigten Kaufvertrag vom 23. Juli 2010, trug das Grundbuchamt schliesslich am 27. Juli 2010 im Tagebuch ein. Als selbstbewohntes Wohneigentum nutzten die Eheleute X._ fortan eine Stockwerkeinheit, wiederum in D._/NW gelegen, welche sie mit Tagebucheintrag vom 5. Mai 2008 erworben hatten.
B. Die Gemeinde C._/LU veranlagte den Grundstückgewinn mit Verfügung vom 31. März 2011. Vom Bruttoerlös (Fr. 1'130'000.--) brachte sie anrechenbare Aufwendungen (Fr. 30'413.--) und die Anlagekosten (Fr. 1'016'447.--) in Abzug, ehe sie schliesslich das latente Steuersubstrat von Fr. 303'800.-- berücksichtigte. Dies ergab bei einem steuerbaren Gewinn von noch Fr. 386'940.-- eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 83'391.--.
Dagegen erhoben die Eheleute X._ Einsprache. Sie trugen im Wesentlichen vor, entgegen der Auffassung der Gemeinde sei die massgebende Frist von zwei Jahren für die (vorweggenommene) Ersatzbeschaffung durchaus eingehalten. Demzufolge sei die Steuer erneut aufzuschieben. Die Einsprache (Entscheid vom 22. Juni 2011) blieb erfolglos, ebenso wie die dagegen gerichtete Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern (Entscheid vom 23. Februar 2012).
Auch der Kanton Nidwalden zog den aufgeschobenen Grundstückgewinn von Fr. 303'800.-- zur Besteuerung heran. Er begründete dies in seiner Verfügung vom 14. Juli 2011 damit, dass die Voraussetzungen eines (weiteren) Aufschubes der Grundstückgewinnsteuer nicht gegeben seien. Im Kanton Nidwalden ergab sich ein Steuerbetreffnis von Fr. 45'570.--. Die Verfügung vom 14. Juli 2011 trat unangefochten in Rechtskraft.
C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern, Abgaberechtliche Abteilung, vom 23. Februar 2012 erheben die Eheleute X._ (hiernach: die Steuerpflichtigen) mit Eingabe vom 13. April 2012 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragen die Feststellung, dass die gesetzliche Frist zur Vornahme der Ersatzbeschaffung eingehalten sei, weswegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 23. Februar 2012 und die Veranlagungsverfügung des kantonalen Steueramtes Nidwalden vom 14. Juli 2011 betreffend Besteuerung des Grundstückgewinns über Fr. 303'800.-- aufzuheben seien. Eventualiter sei das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 23. Februar 2012 aufzuheben und die Besteuerung des Grundstückgewinns dem Kanton Nidwalden zuzuweisen. "Subsidiär bzw. subeventualiter" seien die Veranlagungsverfügung des Kantonalen Steueramtes Nidwalden vom 14. Juli 2011 aufzuheben und die Besteuerung des Grundstückgewinns der Gemeinde C._/LU zuzuweisen.
D. Während die Gemeinde C._/LU auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragen die Vorinstanz und die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern die Abweisung der Beschwerde. Das Kantonale Steueramt Nidwalden schliesst hinsichtlich des Hauptantrags auf Gutheissung, soweit beantragt wird, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 23. Februar 2012 aufzuheben, im Übrigen auf Abweisung der Beschwerde. Der Eventualantrag sei gutzuheissen, der Subeventualantrag abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung erörtert die Rechtsfrage, praxisgemäss, ohne im konkreten Fall einen Antrag zu stellen. Die Steuerpflichtigen äussern sich abschliessend zum Ergebnis der Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 475; <ref-ruling> E. 1 S. 417).
1.2 Angefochten ist ein letztinstanzlicher (End-)Entscheid einer oberen kantonalen Gerichtsbehörde in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, 83, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, 89 Abs. 1 und <ref-law> in Verbindung mit Art. 73 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die allgemeinen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Sache ist, unter Vorbehalt des Nachfolgenden, materiell einzutreten.
Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit damit die Feststellung der gewahrten Frist zur Geltendmachung des Steueraufschubs begehrt wird. Neben dem Kern des Hauptantrags, zu dessen Klärung die zeitliche Komponente eine nicht unwesentliche Rolle spielt, besteht kein eigenständiges schutzwürdiges Interesse an einer Feststellung der Fristenfrage (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 75; <ref-ruling> E. 1 S. 259; <ref-ruling> E. 2.4 S. 391 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 303; Urteil 2C_423/2012 vom 9. Dezember 2012 E. 4.2 zur Subsidiarität des Feststellungs- gegenüber dem Leistungs- oder Gestaltungsantrag).
1.3 Auch auf dem Gebiet des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung (<ref-law>) ist der Instanzenzug in einem Kanton vollständig zu durchlaufen, ehe das Bundesgericht angerufen werden kann (Art. 86 Abs. 1 lit. d i.V.m. Abs. 2 BGG). Trifft dies zu, kann zusammen mit dem noch nicht rechtskräftigen letztinstanzlichen Entscheid des einen Kantons auch die bereits rechtskräftige Veranlagungsverfügung oder der bereits rechtskräftige Rechtsmittelentscheid eines weiteren Kantons bzw. mehrerer weiterer Kantone angefochten werden. In Bezug auf diese Verfügungen und Entscheide aus einem oder mehreren anderen Kantonen besteht praxisgemäss kein Erfordernis der Letztinstanzlichkeit (<ref-ruling> E. 2.4 S. 307 bzw. <ref-ruling> E. 2.4 S. 313). Die Beschwerdefrist bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt spätestens zu laufen, sobald in beiden (bzw. allen) Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann (<ref-law>; zum Ganzen Urteile 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.3; 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.3, in: StR 67/2012 S. 828).
Vorliegend herrscht ein derartiger (positiver) interkantonaler Kompetenzkonflikt. Er dreht sich um die steuerliche Erfassung des noch nicht besteuerten Gewinnanteils von Fr. 303'800.--. Neben dem (nicht rechtskräftigen) Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 23. Februar 2012 kann auch die (längst rechtskräftige) Veranlagungsverfügung des Kantons Nidwalden vom 14. Juli 2011 angefochten werden.
1.4 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 2.2 S. 540; <ref-ruling> E. 3 S. 386; <ref-ruling> E. 2.2. S. 550).
Die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts prüft das Bundesgericht mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte (Urteile 2C_711/2012, 2C_712/2012 vom 20. Dezember 2012 E. 1.4; <ref-ruling> E. 2 S. 210). In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum ("une certaine marge de manoeuvre") belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (Urteile 2C_91/2012 vom 17. August 2012 E. 1.4 [Liegenschaftsunterhalt im Kanton Luzern]; 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2, in: StE 2012 B 44.12.3 Nr. 6 [Grundstückgewinnsteuer des Kantons Zürich]; 2C_645/2011 vom 12. März 2012 E. 1.5 [Holdingbesteuerung im Kanton Zürich]; 2C_519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 1.3.1 [Berichtigung im Steuerrecht des Kantons Aargau]; 2C_164/2009 vom 13. August 2009 E. 4.2, in: RDAF 2009 II S. 531 [Grundstückgewinnsteuer des Kantons Genf]; <ref-ruling> E. 2 S. 210 [Vermögenssteuer des Kantons Genf]). Wiederum mit freier Kognition ist zu untersuchen, ob die kantonale Lösung, die einen kantonalen Freiraum betrifft, die Anwendung des StHG weder in seiner horizontalen noch vertikalen Harmonisierungsfunktion beeinträchtigt (Urteil 2A.9/2004 vom 21. Februar 2005 E. 1.4 [Grundstückgewinnsteuer des Kantons Zürich]).
Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (<ref-law>), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur, soweit eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (Urteile 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.4; 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.4, in: StR 67/2012 S. 828, je betreffend <ref-law>).
1.5 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356; zum Willkürbegriff: <ref-ruling> E. 7.1 S. 51; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 8.1 S. 153). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
Die Bindung des Bundesgerichts an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (<ref-law>) und das Novenverbot (<ref-law>) gelten auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung (Urteile 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.5; 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.5, in: StR 67/2012 S. 828; <ref-ruling> E. 2.3 S. 306).
1.6 Streitgegenstand vor Bundesgericht ist die Rechtsfrage, ob ein weiterer Fall der (vorweggenommenen) Ersatzbeschaffung vorliege und, sofern diese nicht zutreffen sollte, welcher Kanton kollisionsrechtlich zur Besteuerung des im Kanton Nidwalden angefallenen, mit Verfügung vom 5. Juni 2001 aufgeschobenen Teilgewinns von Fr. 303'800.-- zuständig sei. Zum "Restgewinn" von Fr. 83'140.-- äussern sich die Steuerpflichtigen in ihrer Beschwerde nicht mehr. Mit Blick auf die Dispositionsmaxime (<ref-law>; Urteil 2C_232/2012 vom 23. Juli 2012 E. 2) beschränkt sich der Streitgegenstand damit auf das latente Steuersubstrat von Fr. 303'800.--.
2. 2.1 Die beiderseitige Beanspruchung des latenten Steuersubstrats durch die luzernische Gemeinde und den Kanton Nidwalden stellt sich als aktuelle Doppelbesteuerung im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu <ref-law> dar (<ref-ruling> E. 3.1 S. 300 f.; <ref-ruling>45 E. 2.2 S. 147; <ref-ruling> E. 2.1 S. 306 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 311; <ref-ruling> E. 2.1 S. 31 f.; Urteile 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 2.1; 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 828).
2.2 Unter kollisions- bzw. doppelbesteuerungsrechtlichen Gesichtspunkten steht ausser Frage, dass realisierte Zuwachsgewinne auf unbeweglichem Vermögen, das sich im Privatvermögen der steuerpflichtigen Person befindet, ausschliesslich vom Belegenheitskanton erfasst werden können. Sie sind objektmässig zuzuweisen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 223 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 253; <ref-ruling> E. 3.1 S. 287; <ref-ruling> E. 2b S. 130; <ref-ruling> E. 2b S. 124). Dieser richterrechtliche Grundsatz bildet zwar verfahrens- und an sich auch materiellrechtlich den Ausgangspunkt. Der vorliegenden Konstellation wohnt freilich eine überwiegend harmonisierungsrechtliche Dimension inne. So ermöglicht Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG bei der Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft, soweit die einschränkenden Voraussetzungen vorliegen, die Ersatzbeschaffung über die Kantonsgrenzen hinweg ("... in der Schweiz ..."). Das Steuerharmonisierungsrecht stellt sich, was diesen materiellen Regelungsbereich betrifft, als neueres, spezielleres und durch ein Bundesgesetz geschaffenes Recht dar (vgl. schon Urteil 2P.212/2004 vom 23. November 2004 E. 3.1, in: RtiD 2005 I 689, StR 60/2005 S. 113; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4. Aufl., 2012, § 20 N. 3 f.; PETER MÄUSLI-ALLENSPACH, in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Peter Mäusli-Allenspach [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band III/1, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 2 N. 15 ff.; PETER LOCHER, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl., 2009, S. 5 f.; URS R. BEHNISCH, in: Ehrenzeller/Mastronardi/Schweizer/Vallender [Hrsg.], Die schweizerische Bundesverfassung, 2. Aufl., 2008, N. 17 zu <ref-law>); MARKUS REICH, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, StHG, 2. Aufl., 2002, N. 50 ff. der Vorbemerkungen zu Art. 1/2 StHG). Vorliegend vermag denn auch Art. 12 StHG das Belegenheitsprinzip zurückzudrängen.
2.3 Zu Art. 12 StHG besteht eine reiche bundesgerichtliche Praxis. Ihr zufolge bleibt den Kantonen bei der Umschreibung des steuerbaren Grundstückgewinns lediglich ein beschränkter Gestaltungsraum, wenngleich die massgebenden Rechtsbegriffe - "Erlös", "Anlagekosten" und "Ersatzwert" - von Bundesrechts wegen nicht näher ausgeführt werden (Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.3 mit Hinweisen, in: StE 2012 B 44.12.3 Nr. 6; <ref-ruling> E. 2.1 S. 723 f.). Gleich verhält es sich in Bezug auf die Ausgestaltung des Besitzesdauerabzugs (<ref-ruling> E. 3.2 S. 132). Bei bloss teilweiser Reinvestition des Erlöses in ein Ersatzobjekt sind die Kantone gehalten, die absolute Methode anzuwenden. Ein nicht (wieder) investierter Gewinnanteil bleibt vom Aufschubprivileg ausgenommen und gelangt sofort zur Besteuerung (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 422; <ref-ruling> E. 3.2 S. 206 f.). Ebenso geklärt ist, dass unter dem Begriff der dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft ("ayant durablement servi au propre usage de l'aliénateur") einzig der Hauptwohnsitz zu verstehen ist. Ein sekundäres Domizil genügt nicht (<ref-ruling> E. 6.3.1 S. 108 f.). Schliesslich sind die Kantone befugt, die "angemessene" Frist für die nachträgliche oder vorweggenommene Ersatzbeschaffung festzulegen (Urteile 2C_108/2011 vom 29. August 2011 E. 3.1; 2C_215/2008 vom 21. August 2008 E. 2.2; 2A.490/2005 vom 26. April 2006 E. 2.3, in: RtiD 2006 II 534; PAUL SCHERER/PRISKA RÖSLI, Die Harmonisierung der steuerneutralen Ersatzbeschaffung, in: ST 75/2001 S. 257, insb. 261; BERNHARD ZWAHLEN, in: Zweifel/Athanas, StHG, N. 75 zu Art. 12 StHG).
2.4 Offen ist die Steuerhoheit zum Erfassen von Wertzuwachsgewinnen, welche einer kantonsübergreifenden Ersatzbeschaffung unterliegen. Die Frage ist trotz kollisionsrechtlicher Färbung letztlich harmonisierungsrechtlicher Natur, weswegen das interkantonale Kollisionsrecht keine unmittelbare Erkenntnisquelle bildet. In der Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer (BBl 1983 III 1, insb. 103) war der Steueraufschub beim Ersatz von dauernd und ausschliesslich selbstgenutztem Wohneigentum noch nicht vorgesehen. Erst das Parlament schuf Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG, sah aber von einer Regelung der interkantonalen Ausgestaltung ab. Dies, wenngleich unstreitig war, dass der interkantonale Steueraufschub - ähnlich der Ersatzbeschaffung von betriebsnotwendigem Anlagevermögen (Art. 8 Abs. 4 StHG) - zulässig sein müsse (zur Entstehungsgeschichte namentlich BASTIEN VERREY, L'imposition différée du gain immobilier, 2011, S. 152 f.).
Seitherige Klärungsversuche auf gesetzgeberischer Ebene verliefen ergebnislos. In Erinnerung zu rufen ist die parlamentarische Initiative Hegetschweiler vom 18. Juni 2004 (04.450) unter dem Titel "Ersatzbeschaffung von Wohneigentum. Förderung der beruflichen Mobilität". Sie zielte auch auf eine Regelung der interkantonalen Besteuerung eines bislang aufgeschobenen Grundstückgewinns nach endgültigem Verkauf der Ersatzliegenschaft ab (vgl. den Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrats vom 19. Januar 2010, in: BBI 2010 2585, insb. 2596 ff.). Dabei sollte im Wesentlichen in Art. 12 Abs. 3bis StHG das Kompromisskonzept der Schweizerischen Steuerkonferenz verankert werden (vgl. auch VERREY, S. 240 ff.). Dieses nimmt eine vermittelnde Stellung zwischen den beiden im Vordergrund stehenden Vorgehensweisen, der Einheits- und der Zerlegungsmethode, ein. Ihr zufolge wäre bei ausserkantonalen Handänderungen, die zu keinem weiteren Steueraufschub Anlass geben, innerhalb der ersten fünf Jahre die Zerlegungs-, hernach die Einheitsmethode anzuwenden gewesen. Dies scheiterte letztlich am Widerstand des Ständerats (AB 2011 S 520; zum Ganzen auch MARKUS LANGENEGGER, in: Christoph Leuch/Peter Kästli/Markus Langenegger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Berner Steuergesetz, Band 2, 2011, N. 31 ff. zu Art. 134 StG/BE; JEAN-BLAISE PASCHOUD, Évolution ou révolution du droit fiscal intercantonal?, in: ASA 69 S. 837, insb. 842 f.).
Die Einheitsmethode charakterisiert sich dadurch, dass auch das einst aufgeschobene, damit latente Steuersubstrat in jenem Zuzugskanton erfasst wird, auf dessen Gebiet es zur Veräusserung der Ersatzliegenschaft kommt, ohne dass ein weiterer Steueraufschub in Frage käme. Das latente Steuersubstrat aufgrund der Erstveräusserung, gegebenenfalls auch weitere aufgeschobene Rohgewinne aufgrund zwischenzeitlicher Handänderungen in früheren Zuzugskantonen, und der bei der letzten Handänderung anfallende Gewinn bilden in diesem (letzten) Zuzugskanton ein einheitliches Steuerobjekt.
Demgegenüber beruht die Zerlegungsmethode darauf, dass der bislang aufgeschobene Gewinnanteil weiterhin dem oder den einstigen "Wegzugskanton(en)" zur Besteuerung zur Verfügung steht. Vom (letzten) Zuzugskanton erfasst werden kann einzig ein Zusatzgewinn, der darin besteht, dass der letztlich realisierte Gesamtgewinn die aufgeschobenen Rohgewinne übersteigt.
Ungeachtet eines Steueraufschubs entsteht die Grundstückgewinnsteuerforderung freilich erst mit der letzten, nicht mehr zu einem (weiteren) Steueraufschub berechtigenden Handänderung. Entfällt der Vorbehalt und kommt es zur Besteuerung, bildet der nunmehr "gesamte Gewinn" das Steuerobjekt (zum Ganzen MICHAEL BEUSCH, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 83). Realisiert und besteuert wird damit - auch - das latente Steuersubstrat erst bei Dahinfallen des Steueraufschubs, wobei die dannzumal geltenden Modalitäten (Steuertarif, Steuerbemessungsgrundlage etc.) massgebend sind (FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., 2006, N. 16 zu § 226 StG/ZH).
2.5 Die Methodenfrage wird in der Literatur kontrovers diskutiert. Die ältere Lehre favorisiert ein fortdauerndes, anteiliges Besteuerungsrecht des Wegzugskantons im Sinne der Zerlegungsmethode (so ZWAHLEN, in: Zweifel/Athanas, StHG, N. 76 zu Art. 12 StHG; DERS. in: Ernst Höhn/Peter Athanas [Hrsg.], Das neue Bundesrecht über die direkten Steuern, 1993, S. 106, gestützt auf ein Protokoll der nationalrätlichen Kommission). Zum selben Ergebnis kommt etwa die Berner Praxis, dies unter Bezugnahme auf die Methode der interkommunalen Steuerausscheidung (LANGENEGGER, N. 30 zu Art. 134 StG/BE), und die basel-landschaftliche Doktrin (THOMAS P. WENK, in: Peter Nefzger/ Madeleine Simonek/Thomas Wenk [Hrsg.], Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 2004, N. 52 zu § 73 StG/BL) und jene des Kantons Zürich (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 12 zu § 226 StG/ZH). Für die Zerlegungsmethode spricht danach hauptsächlich die Nähe zum doppelbesteuerungsrechtlichen Belegenheitsprinzip, die Unterstellung der Steuerlatenz unter die Regeln des Wegzugskantons (bezüglich Tarif, Besitzesdauerabzug usw.), die andernfalls erhöhten Anforderungen an das interkantonale Meldewesen sowie unerwünschte Verschiebungen des Steuersubstrats unter den Kantonen.
Demgegenüber folgt das jüngere Schrifttum tendenziell der Einheitsmethode (so namentlich ROMAN SIEBER, in: Zweifel/Beusch/Mäusli-Allenspach, Interkantonales Steuerrecht, § 25 N. 55 a. E.; VERREY, a.a.O., S. 225; PETER LOCHER, Steuerharmonisierung und interkantonales Steuerrecht, in: ASA 65 S. 609, insb. 628 ff.; MARIANNE KLÖTI-WEBER/JÜRG BAUR, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber [Hrsg.], Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl., 2009, N. 22 zu § 98 StG/AG; so schon SCHERER/RÖSLI, a.a.O., S. 264). Angeführt werden praktische und verwaltungsökonomische Gründe, ebenso wie die Wünschbarkeit der gesamthaften, einheitlichen Regeln folgenden Besteuerung des Grundstückgewinns.
2.6 Das Abgaberecht von Bund (<ref-law>) und Kantonen bzw. Gemeinden (<ref-law> sowie kantonales Verfassungsrecht; Urteil 1C_78/2012 vom 10. Oktober 2012 E. 6; <ref-ruling> E. 2d S. 64 ff.) unterliegt dem Legalitätsprinzip (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 35; <ref-ruling> E. 5.1 S. 348 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 159; <ref-ruling> E. 3; Urteile 2C_196/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 3.2.4; 2C_798/2011 vom 24. August 2012 E. 3.11). Auf eine rechtskräftige Steuerverfügung kann nur noch unter besonderen Voraussetzungen zurückgekommen werden (PATRICK M. MÜLLER, Aspekte der Verwaltungsrechtspflege, 2006, S. 8 und 26). Diese unterliegen einem gesetzlichen numerus clausus (KLAUS A. VALLENDER, in: Zweifel/Athanas, StHG, N. 5 zu den Vorbemerkungen zu Art. 51-53 StHG). Dabei handelt es sich um die Revision (zugunsten der steuerpflichtigen Person; Art. 51 StHG), die Berichtigung (zugunsten der steuerpflichtigen Person oder der öffentlichen Hand; Art. 52 StHG) und die Nachsteuer (zugunsten der öffentlichen Hand; Art. 53 f. StHG; Urteil 2C_519/2011 vom 24. Februar 2012 E. 3.3, in: RDAF 2012 II 418, StE 2012 B 97.3 Nr. 9, StR 67/2012 S. 367). Die Subsumtion der "Nachbesteuerung" unter eines dieser drei herkömmlichen Institute ist höchst problematisch: Das Dahinfallen des Steueraufschubs begründet weder eine Tatsache im Sinne von Art. 53 Abs. 1 bzw. Art. 51 Abs. 1 lit. a StHG, noch lässt sich von einem Rechnungsfehler oder Schreibversehen (Art. 52 StHG) sprechen.
Folgt ein Kanton der Zerlegungsmethode und verfügt er die Nachbesteuerung des einst auf seinem Kantonsgebiet angefallenen, aber bislang aufgeschobenen Grundstückgewinns, setzt dies mithin eine besondere gesetzliche Grundlage voraus (PETER MÄUSLI-ALLENSPACH, Interkantonale Steuerausscheidung bei Grundstücken des Geschäfts- und Privatvermögens, in: zsis 2006, Aufsätze Nr. 3, S. 10; LOCHER, Steuerharmonisierung, S. 632). Ein Steuer- oder Nachsteuergrund sui generis findet sich allem voran in § 4 Abs. 4 des Gesetzes [des Kantons Luzern] vom 31. Oktober 1961 über die Grundstückgewinnsteuer (GGStG/LU; SRL 647), darüber hinaus etwa in § 75 Abs. 1 Satz 1 des Gesetzes [des Kantons Basel-Landschaft] vom 7. Februar 1974 über die Staats- und Gemeindesteuern (StG/BL; SGS 331; beschränkt auf 20 Jahre); Art. 136 Abs. 3 des Steuergesetzes [des Kantons Bern] vom 21. Mai 2000 (StG/BE; BSG 661.11); Art. 65 Abs. 2 der Loi [des Kantons Neuenburg] du 21 mars 2000 sur les contributions directes (LCdir/NE; RSN 631.0); Art. 91 Abs. 2 der Loi d'impôt [des Kantons Jura] du 26 mai 1988 (StG/JU; RS 641.11); Art. 145a Abs. 1 i.V.m. Art. 145 Abs. 4 und Art. 230 ff. des Steuergesetzes [des Kantons Obwalden] vom 30. Oktober 1994 (StG/OW; GDB 641.1; beschränkt auf fünf Jahre); Art. 132 Abs. 2 i.V.m. Art. 199 ff. des Steuergesetzes [des Kantons St. Gallen] vom 9. April 1998 (StG/SG; sGS 811.1); § 129 Abs. 4 i.V.m. § 204 ff. des Gesetzes [des Kantons Thurgau] vom 14. September 1992 über die Staats- und Gemeindesteuern (StG/TG; RB 640.1; beschränkt auf fünf Jahre); Art. 130 Abs. 3 des Gesetzes vom 26. September 2010 über die direkten Steuern im Kanton Uri (StG/UR; RB 3.2211; Aufhebung der Verfügung und Nachbesteuerung); Art. 65 Abs. 3 der Loi [des Kantons Waadt] du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS 642.11) und § 226a Abs. 2 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1; beschränkt auf 20 Jahre).
Keine ausdrückliche gesetzliche Grundlage, die ein Vorgehen nach der Zerlegungsmethode zuliesse, enthält namentlich das Gesetz [des Kantons Nidwalden] vom 22. März 2000 über die Steuern des Kantons und der Gemeinden (StG/NW; NG 521.1). Wohl sieht das nidwaldnerische Recht einen Revisionstatbestand sui generis vor (Art. 223 Abs. 1 Ziff. 5 StG/NW), doch bezieht sich dieser auf eine andere Konstellation. Wie beispielsweise in § 165 Abs. 1 lit. f des Gesetzes [des Kantons Solothurn] vom 1. Dezember 1985 über die Staats- und Gemeindesteuern (StG/SO; BGS 614.11) geht es hier darum, die Revision zu ermöglichen, sollte die Voraussetzungen des Steueraufschubs erst nach rechtskräftiger Veranlagung erfüllt werden.
2.7 Verschiedene kantonale Gesetzgeber knüpfen ein Vorgehen nach der Zerlegungsmethode schliesslich an ein bestimmtes Verhalten des Gegenkantons. Der Kanton Luzern erfasst das latente Steuersubstrat lediglich, sofern "der andere Kanton im analogen Fall die Nachbesteuerung beansprucht". Dies erfordert nach luzernischem Steuerrecht eine Gegenrechtsvereinbarung (§ 4 Abs. 4 Satz GGStG/LU). Denselben Ansatz verfolgen etwa die Kantone St. Gallen (Art. 132 Abs. 2 StG/SG), Schaffhausen (Art. 113 Abs. 4 des Gesetzes vom 20. März 2000 über die direkten Steuern (StG/SH; SHR 641.100), Uri (Art. 130 Abs. 3 StG/UR) und Zürich (§ 279 Abs. 2 StG/ZH).
3. 3.1 Im konkreten Fall ereigneten sich die Handänderungen um dauernd und ausschliesslich selbstgenutztes Wohneigentum in den Jahren 2000/2001 und 2008/2010. Die hier interessierenden Kantone Luzern (§ 4 Abs. 1 Ziff. 7 GGStG/LU) und Nidwalden (Art. 143 Ziff. 2 StG/NW) erachten eine zweijährige Frist als im Sinne von Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG "angemessen". Die beiden ersten Handänderungen vom 7. Januar 2000 und 3. Januar 2001 ereigneten sich innerhalb Jahresfrist. Unstreitig musste dies zum (teilweisen) Aufschub des im Kanton Nidwalden erzielten Grundstückgewinns führen. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) ergab sich bei der damals vom Kanton Nidwalden angewandten Methode ein latentes Steuersubstrat von Fr. 303'800.--.
3.2 Mit Bezug auf die Handänderungen 2008/2010 stellt die Vorinstanz verbindlich fest, die Tagebucheinträge seien am 5. Mai 2008 (Kanton Nidwalden) bzw. am 27. Juli 2010 (Kanton Luzern) erfolgt. Das Grundbuchamt habe den ersten Vertrag vom 15. März 2010 zurückgewiesen (u. a. mangels Zustimmung der Stockwerkeigentümergemeinschaft zur Aufteilung der 71/2-Zimmer-Wohnung). Deswegen habe erst die bereinigte Fassung grundbuchlich berücksichtigt werden können. Mit der Gemeinde hält die Vorinstanz die Zweijahresfrist in Anbetracht des Tagebucheintrags vom 27. Juli 2010 für verpasst, was einen [weiteren] Steueraufschubtatbestand ausschliesse. Dies bezeichnen die Steuerpflichtigen als "formalistisch". Die durch den anfänglich ungenügenden Rechtsgrundausweis verursachte Verzögerung dürfte sich nicht zu ihren Lasten auswirken. Sie hätten alles ihnen Mögliche unternommen, um die Ersatzbeschaffungsfrist zu wahren.
3.3 Die Modalitäten der Wahrung der "angemessenen" Frist lässt das Bundesrecht zwar weitgehend offen. Unstreitig bezieht sich die "angemessene Frist" aber auf den Zeitraum zwischen zwei Handänderungen, geht es doch um die Reinvestition in dauernd und ausschliesslich selbstgenutztes Grundeigentum. Der Übergang von Grundeigentum wird von Zivilrechts wegen, abgesehen von Ausnahmen, durch den Grundbucheintrag bewirkt (Art. 656 Abs. 1 und Art. 971 Abs. 1 ZGB; Urteile 2C_798/2011 vom 24. August 2012 E. 2.3, in: ZBJV 148/2012 S. 999; 5A_846/2009 vom 12. März 2010 E. 3.1, in: RNRF 92/2011 S. 112). Ihm kommt konstitutive Wirkung zu, was Ausdruck des absoluten Eintragungsprinzips ist (<ref-ruling> E. 5.3 S. 302). Ebenso von Bundesrechts wegen setzen die Rechtswirkungen des Grundbucheintrags rückwirkend mit dem Tagebucheintrag ein (<ref-law>). Im selben Zeitpunkt entsteht die Grundstückgewinnsteuerforderung, soweit kein Steueraufschub Platz greift (Urteil 2C_798/2011 vom 24. August 2012 E. 2.3; 2C_674/2011 vom 7. Februar 2012 E. 3.3, in: StR 67/2012 S. 357).
Das Steuerrecht knüpft damit an das Zivilrecht an. Raum für eine vom Zivilrecht abweichende Betrachtungsweise, wie sie den Steuerpflichtigen vorschwebt, bleibt keiner. Insbesondere mit Blick auf die Rechtssicherheit ist selbst im Bereich einer Wirtschaftsverkehrssteuer nur zurückhaltend von der zivilrechtlichen Betrachtungsweise als Massstab der steuerlichen Beurteilung abzurücken (Urteil 2C_232/2012 vom 23. Juli 2012 E. 3.6, in: ASA 81 S. 414). Umso deutlicher gilt dies bei Rechtsverkehrssteuern (z. B. Handänderungssteuer; Urteil 2C_20/2012 vom 24. April 2012 E. 3.1, in: StR 67/2012 S. 517) oder Spezialeinkommenssteuern (z. B. Grundstückgewinnsteuer; zum Charakter Urteile 2C_747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.2, in: ASA 80 S. 609, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 25, StR 67 2012 S. 48). Dies gebietet, für Beginn und Ende der Zweijahresfrist auf den jeweiligen Tagebucheintrag abzustellen.
3.4 Zwischen den beiden Tagebucheinträgen sind deutlich mehr als 24 Monate verstrichen. Nach dem Recht des Kantons Luzern, das die Zweijahresfrist kennt, schliesst dies einen weiteren Steueraufschub aus. Ob eine Heilung des Fristversäumnis überhaupt denkbar ist, kann hier offenbleiben. Nach den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen haben es die Steuerpflichtigen unterlassen, rechtzeitig im Hinblick auf den voranrückenden Fristablauf die Zustimmung der Stockwerkeigentümer zu ihrem Vorhaben einzuholen. Die Steuerpflichtigen bringen nicht vor, dass sie die Zustimmung nicht zu rechter Zeit hätten veranlassen können. Fehlt es damit an der "klaren Schuldlosigkeit der betroffenen steuerpflichtigen Person und gegebenenfalls ihrer Vertretung" (Urteile 2C_407/2012 vom 23. November 2012 E. 3.2; 2C_699/2012 vom 22. Oktober 2012 E. 3.1 und 3.2, zusammengefasst in: StR 68/2013 S. 53), könnte einer Wiederherstellung der versäumten Frist von vornherein nicht entsprochen werden. Die zivilrechtliche Handänderung vom 27. Juli 2010 löst mithin die Grundstückgewinnsteuer auf der Luzerner Liegenschaft aus. Ein weiterer Steueraufschub, sollte ein solcher überhaupt angängig sein, ist ausgeschlossen. Die vorinstanzliche Anwendung von § 4 Abs. 1 Ziff. 7 GGStG/LU bzw. Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG erweist sich vor diesem Hintergrund als bundesrechtskonform.
3.5 Zu klären bleibt damit die Frage der Steuerhoheit bezüglich des Erfassens des latenten Steuersubstrats in Höhe von Fr. 303'800.--. Hier stehen die Kantone Luzern (Zuzugskanton hinsichtlich der Handänderungen 2000/2001) und Nidwalden (Wegzugskanton) im Widerstreit. Die Vorinstanz ruft § 4 Abs. 2 GGStG/LU an, wonach bei Veräusserung eines Grundstücks, bei dessen Erwerb oder für dessen Verbesserung ein Steueraufschub (...) gewährt wurde, der wieder angelegte Gewinn von den Anlagekosten abzurechnen ist. Bei Schaffung dieser Norm sei der luzernische Gesetzgeber davon ausgegangen, dass auch interkantonal bei einer Ersatzbeschaffung der aufgeschobene Gewinn übertragen werde.
Konzept und Tragweite der interkantonalen Ersatzbeschaffung dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohneigentums können nicht ohne Seitenblick auf die zum Geschäftsvermögen gehörenden Betriebsliegenschaften natürlicher und juristischer Personen ermessen werden (Art. 8 Abs. 4, Art. 12 Abs. 3 lit. d und Abs. 4 lit. a sowie Art. 24 Abs. 4 StHG). Mit Bezug auf die interkantonale Ersatzbeschaffung von Betriebsliegenschaften geht die herrschende Lehre aufgrund des Konzepts der Ersatzbeschaffung sowie gestützt auf den Wortlaut und Zweck von Art. 8 Abs. 4 StHG nicht nur von einer Übertragung der stillen Reserven aus, sondern auch von einem Wechsel in der Besteuerungszuständigkeit der Kantone. Wie bei der steuerneutralen Sitzverlegung eines Unternehmens in einen anderen Kanton und gleich den Umstrukturierungen über die Kantonsgrenzen hinweg kann deshalb der bisherige Kanton die Besteuerung der übertragenen stillen Reserven anlässlich einer späteren Realisation der stillen Reserven im Zuzugskanton nicht mehr beanspruchen. Der im Zuzugskanton realisierte Gewinn steht diesem vollumfänglich zur Besteuerung zu (REICH, in: Zweifel/Athanas, StHG, N. 86 zu Art. 8 StHG mit Hinweisen).
Weshalb es sich im Bereich des Privatvermögens anders verhalten sollte, ist nicht ersichtlich. Gegenteils ist ein Gleichschritt der Ersatzbeschaffungstatbestände nicht nur wünschbar, sondern harmonisierungsrechtlich geradezu geboten, soll ein einheitlicher "Steuerraum Schweiz" erreicht werden (<ref-law>). Die Kantone dürften sich bei der verbreiteten Einführung der Zerlegungsmethode denn auch weniger von steuersystematischen Überlegungen geleitet haben lassen als von finanzpolitischen Erwägungen. Fehlte es bislang an einer bundesrechtlichen - gesetzlichen oder richterrechtlichen - Lösung, ist dies durchaus verständlich und kann nachvollzogen werden.
Bei gesamtheitlicher Betrachtung steht freilich heute ausser Zweifel, dass das Recht zur Besteuerung des latenten Steuersubstrats auch in den Fällen von Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG (dauernd und ausschliesslich selbstgenutztes Wohneigentum) insgesamt und ausschliesslich dem Zuzugskanton bzw. dem letzten Zuzugskanton zukommt. Es ist dies ebenso die Auffassung der neueren Lehre (KLÖTI-WEBER/BAUR, a.a.O., N. 22 zu § 98 StG/AG; SIEBER, a.a.O., § 25 N. 55 a. E.; VERREY, a.a.O., S. 225; so schon SCHERER/RÖSLI, a.a.O., S. 264; LOCHER, Steuerharmonisierung, S. 628 ff.).
Neben den steuersystematischen Überlegungen darf im konkreten Fall nicht übersehen werden, dass zwischen den beiden Ersatzbeschaffungspaaren verhältnismässig viel Zeit vergangen ist. Offen bleiben kann hier, wie es sich mit der reinvestitionsnahen Handänderung verhält, die zu keinem weiteren Steueraufschub Anlass gibt. Die Schweizerische Steuerkonferenz hat den Grenzwert bei fünf Jahren festgelegt. Fünfjahresfristen sind im Steuerrecht verbreitet, wenn es um die Schaffung eigentlicher Sperrfristen geht (Art. 7a Abs. 1 lit. a [indirekte Teilliquidation], Art. 8 Abs. 3bis [Übertragung eines Betriebs oder Teilbetriebs von einer Personenunternehmung auf eine juristische Person], Art. 24 Abs. 3ter [Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens von einer juristischen Person auf eine inländische Tochtergesellschaft], Art. 24 Abs. 3quinquies StHG [Konzernübertragung]). Nicht zuletzt tritt auch die Veranlagungsverjährung und die Bezugsverjährung nach fünf Jahren ein (Art. 47 Abs. 1 und 2 StHG). Angesichts der beträchtlichen Zeitspanne zwischen den Handänderungen 2000/2001 und 2008/2010 stellt sich die Frage nach einem Vorbehalt zur Einheitsmethode mindestens unter den gegebenen Umständen nicht.
In Anbetracht der harmonisierungsrechtlich gebotenen Einheitsmethode spielt denn auch keine Rolle, dass der Kanton Nidwalden keine ausdrückliche gesetzliche Grundlage für die Anwendung der von ihm verfolgten Zerlegungsmethode anzurufen vermag. Kommt das Besteuerungsrecht insgesamt und ausschliesslich dem Zuzugskanton (hier: Luzern) zu, erübrigt sich eine solche Grundlage, ebenso wie unter diesen Vorzeichen Gegenrechtsvereinbarungen erlässlich sind und zu keinem anderen Ergebnis (mehr) zu führen vermöchten.
Soweit schliesslich administrative Bedenken, konkret erhöhte Anforderungen an das interkantonale Meldewesen, ins Feld geführt werden, ist auf Art. 5 der Verordnung vom 9. März 2001 über die Anwendung des Steuerharmonisierungsgesetzes im interkantonalen Verhältnis (SR 642.141) zu verweisen. Danach haben die steuerpflichtigen Personen den Veranlagungsbehörden der beteiligten Kantone Auskunft über den gesamten Ablauf der Ersatzbeschaffung zu erteilen sowie die entsprechenden Belege vorzuweisen. Der Kanton, der die Ersatzbeschaffung gewährt, hat seinen Entscheid der Veranlagungsbehörde des Kantons, wo sich das Ersatzgrundstück befindet, mitzuteilen.
3.6 Das angefochtene Urteil erweist sich damit im Ergebnis als bundesrechtskonform. Die Beschwerde ist gegenüber dem Kanton Nidwalden begründet und gutzuheissen, soweit auf sie einzutreten ist. Gegenüber dem Kanton Luzern bzw. der betroffenen Gemeinde ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Die Gerichtskosten im Sinne von <ref-law> werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (<ref-law>). Im konkreten Fall unterliegen vorab die steuerpflichtigen Beschwerdeführer. Der Kanton Nidwalden hat die Steuerhoheit über den aufgeschobenen Gewinn erhoben und ist damit nicht durchgedrungen. Seine Veranlagungsverfügung erweist sich inhaltlich als bundesrechtswidrig. Der Kanton Nidwalden nahm mit seinen Anträgen Vermögensinteressen wahr (<ref-law>; Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 6.1, in: StR 67/2012 S. 828). Es rechtfertigt sich, den Beschwerdeführern und dem Kanton Nidwalden die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens je hälftig aufzuerlegen, den Steuerpflichtigen zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit (<ref-law>). Der Kanton Nidwalden hat den Beschwerdeführern eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde gegenüber der Gemeinde C._ wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Beschwerde gegenüber dem Kanton Nidwalden wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und die Verfügung des Kantonalen Steueramtes Nidwalden vom 14. Juli 2011 wird aufgehoben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden zur Hälfte den Beschwerdeführern unter Solidarhaft und zur Hälfte dem Kanton Nidwalden auferlegt.
4. Der Kanton Nidwalden hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Gemeinderat C._, der Dienststelle Steuern des Kantons Luzern, dem kantonalen Steueramt Nidwalden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher