Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführerin), geboren 1966, selbstständig erwerbende Naturärztin, ist seit dem 1. Februar 2005 im Rahmen einer Kollektiv-Krankentaggeldversicherung bei der X._ AG (Beschwerdegegnerin) gegen Erwerbsausfall versichert. Das versicherte Taggeld betrug 80 % des letzten Jahreslohns von Fr. 62'500.-- und war nach einer Wartefrist von 60 Tagen für eine maximale Dauer von 730 Tagen zu leisten.
B. Am 21. März 2006 wurde die Beschwerdeführerin als Autolenkerin Opfer eines Auffahrunfalls mit Heck- und Frontalkollision. Sie erlitt eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) und war in der Folge zu 80 % arbeitsunfähig. Bis zum 31. Dezember 2006 bezog sie Unfalltaggelder von der Beschwerdegegnerin, bei welcher sie auch gegen Unfall versichert war. Ab 1. Januar 2007 verweigerte die Beschwerdegegnerin weitere Taggeldleistungen aus der Unfallversicherung mangels natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs. Hierauf verlangte die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 6. März 2007 Taggeldleistungen aus der Krankentaggeldversicherung für ihre krankheitsbedingte Arbeitsunfähigkeit von 80 % ab dem 1. Januar 2007. Die Beschwerdegegnerin stellte ihre Leistungspflicht in Abrede.
C. Am 27. Juli 2007 klagte die Beschwerdeführerin vor dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Beschwerdegegnerin auf Leistungen aus der Krankentaggeldpolice. Im Laufe des Verfahrens präzisierte sie ihr Begehren und forderte im Wesentlichen ab 2. März 2007 (nach Ablauf der sechzigtägigen Wartefrist) Krankentaggelder für 670 Tage, insgesamt Fr. 73'418.60. Die Beschwerdegegnerin anerkannte die Klage im Betrage von Fr. 1'232.90 und beantragte im Übrigen deren Abweisung. Das Sozialversicherungsgericht wies die Klage in dem den anerkannten Betrag übersteigenden Umfang ab, soweit es darauf eintrat.
D. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihr Fr. 72'185.70, eventuell Fr. 63'227.66 zu bezahlen, je nebst Zins. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Sozialversicherungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung unterliegen nach <ref-law> dem Versicherungsvertragsgesetz (VVG; SR 221.229.1). Streitigkeiten aus solchen Versicherungen sind privatrechtlicher Natur, weshalb als Rechtsmittel an das Bundesgericht die Beschwerde in Zivilsachen in Betracht kommt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 442 mit Hinweis). Bei der vorliegenden Streitsache um Taggeldleistungen handelt es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Streitwert, weshalb die Beschwerde in Zivilsachen unter diesem Gesichtspunkt zulässig ist (<ref-law>). Auch das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit nach <ref-law> ist gegeben, da der angefochtene Entscheid des Sozialversicherungsgerichts innerkantonal ausser mit der Revision mit keinem Rechtsmittel angefochten werden kann (§ 29 des Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht vom 7. März 1993 [LS 212.81]; <ref-ruling> E. 3.1 S. 444). Auf die Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
1.2 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
2. Unter den Parteien ist namentlich die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin ab dem 1. Januar 2007 umstritten.
2.1 Nach Auffassung der Beschwerdeführerin beträgt ihre Arbeitsfähigkeit lediglich 20 %, wogegen die Beschwerdegegnerin den Standpunkt einnahm, ab November 2006 habe sich die Arbeitsunfähigkeit der Beschwerdeführerin von 70 % monatlich um 10 % verringert. Dies entspricht im Wesentlichen einem anlässlich eines Kuraufenthaltes der Beschwerdeführerin von Dr. B._ verfassten Arztbericht vom 10. November 2006, welcher die aktuelle Arbeitsunfähigkeit der Beschwerdeführerin im bisherigen Beruf zunächst noch auf 70 % beziffert, aber davon ausgeht, anschliessend sollte eine Steigerung der Arbeitsfähigkeit parallel zum Rückgang der aktuellen Symptome um 10 % pro Monat möglich sein. Die Beschwerdegegnerin war der Auffassung, ab April 2007 sei von einer Arbeitsunfähigkeit von 20 % auszugehen, was einen Taggeldleistungsanspruch ausschliesse.
2.2 Unter Hinweis darauf, dass es darum gehe, die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin ab 2007, das heisst mit Rücksicht auf die Wartezeit ab 2. März 2007 zu beurteilen, kam die Vorinstanz zum Ergebnis, den früheren ärztlichen Beurteilungen (Kantonsspital Winterthur, Dr. C._, Dr. D._, Dr. E._, Dr. F._ und Dr. B._) komme keine entscheidende Beweiskraft zu. Sie enthielten weder Aussagen zur Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin ab 1. Januar 2007 noch eine zusammenfassende Würdigung ihrer körperlichen und psychischen Beschwerden. Demgegenüber sei das von der eidgenössischen Invalidenversicherung in Auftrag gegebene interdisziplinäre Gutachten des Y._-Institutes vom 2. September 2008, das auf einer persönlichen Untersuchung der Beschwerdeführerin vom 23./24. Juni 2008 sowie auf psychiatrischen und neurologischen Teilgutachten beruhe, hinreichend objektiv, aussagekräftig und überzeugend. Nach einlässlicher Wiedergabe und Würdigung des Gutachtens hielt die Vorinstanz fest, im Zeitpunkt der Begutachtung sei der Beschwerdeführerin die angestammte Tätigkeit als Heilpraktikerin oder eine Bürotätigkeit im Umfang von 80 % zumutbar gewesen. Mithin sei sie im Umfang von 20 % in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt gewesen. Da nach dem Gutachten eine länger andauernde höhere Arbeitsunfähigkeit kaum nachvollziehbar sei, übernahm die Vorinstanz diese Einschätzung auch retrospektiv für den Zeitraum ab 1. Januar 2007 bis zum Datum des Gutachtens, obwohl sie nicht verkannte, dass eine retrospektive Beurteilung kaum möglich sei. Die Vorinstanz hob hervor, dass die Beweislast bei der Beschwerdeführerin liege und die medizinischen Akten keine höhere Arbeitsunfähigkeit für die Zeit vor Erstattung des Y._-Institut-Gutachtens belegten. Auf die abweichende Beurteilung von Dr. G._, welcher der Beschwerdeführerin durchgehend eine achtzigprozentige Arbeitsunfähigkeit attestiert habe, könne nicht abgestellt werden. Dr. G._ begründe das Ausmass der von ihm geschätzten Arbeitsunfähigkeit nicht näher, sondern erachte eine zusätzliche neuropsychologische Untersuchung zur Objektivierung als notwendig. Ebenfalls keine massgebliche Bedeutung legte die Vorinstanz den nicht näher begründeten ärztlichen Attesten auf dem Unfallschein über eine Arbeitsunfähigkeit von 80 % vom 21. März 2006 bis 1. Februar 2008 bei. Da nach Art. 10 lit. e der einschlägigen Allgemeinen Bedingungen (AVB) für Kollektivkranken-Taggeldversicherung die Beschwerdegegnerin erst bei teilweiser Arbeitsunfähigkeit von mindestens 25 % Taggeld bezahlt, besteht nach Auffassung der Vorinstanz ab dem 2. März 2007 kein Anspruch auf Krankentaggelder.
3. Nach Art. 10 lit. a der Allgemeinen Versicherungsbedingungen (AVB) für die Kranken-Taggeldversicherung, Leistungstyp 1.1, Ausgabe 1/1997 bezahlt die Beschwerdegegnerin das vereinbarte Taggeld für die Dauer der ärztlich bescheinigten Arbeitsunfähigkeit, frühestens jedoch nach Ablauf der in der Police festgesetzten Wartefrist.
3.1 Die Beschwerdeführerin vertritt den Standpunkt, diese Bestimmung konkretisiere die materiellen Anspruchsvoraussetzungen. Anspruchsbegründend sei das ärztliche Zeugnis, welches die Arbeitsunfähigkeit ausweise. Bei teilweiser Arbeitsunfähigkeit von mehr als 25 % richte sich der Anspruch nach dem jeweiligen Grad der Arbeitsunfähigkeit (Art. 10 lit. e AVB). Daher genüge für die Anspruchsbegründung eine ärztliche Bescheinigung, welche eine Arbeitsunfähigkeit von mehr als 25 % attestiere. Auf eine vertrauensärztliche Untersuchung gemäss Art. 19 AVB habe die Beschwerdegegnerin verzichtet. Die Beschwerdeführerin habe daher nach Treu und Glauben annehmen dürfen, die Beschwerdegegnerin anerkenne ihre Leistungspflicht. Nachdem die Beschwerdeführerin sämtliche Arztzeugnisse, welche eine Arbeitsunfähigkeit für die vertragliche Leistungsdauer bescheinigten, vollständig eingereicht habe, hätten keine ernsthaften Zweifel an der Vollständigkeit der Behauptungen und Beweismittel bestehen dürfen, welche das Gericht nach der sozialen Untersuchungsmaxime zu weiteren Abklärungen hätten veranlassen dürfen, denn nicht die Arbeitsfähigkeit an sich sei zu prüfen gewesen, sondern lediglich, ob die ärztlichen Bescheinigungen der Arbeitsunfähigkeit vertragsgemäss vorgelegt worden seien. Die Einholung weiterer Gutachten durch die Vorinstanz zur Abklärung der Arbeitsunfähigkeit habe sich demnach weder auf eine rechtsbegründende noch auf eine rechtsaufhebende streitige Tatsache bezogen, weshalb die diesbezüglichen Abklärungen unberücksichtigt zu bleiben hätten.
3.2 Mit diesen Ausführungen verkennt die Beschwerdeführerin, dass die Leistungspflicht des Versicherers primär durch den Eintritt des befürchteten Ereignisses ausgelöst wird, vorliegend also durch die Krankheit, welche behauptetermassen ihrerseits die Arbeitsunfähigkeit bewirkte und zum versicherten Erwerbsausfall führte. Das geht bereits unmissverständlich aus der Bezeichnung der AVB hervor als solche "für die Kranken-Taggeldversicherung", ebenso aus Art. 19 lit. a AVB, der unter dem Titel "Schadenfall" Obliegenheiten des Versicherten aufführt, welche zu erfüllen sind, wenn "eine Krankheit voraussichtlich Anspruch auf Versicherungsleistungen" gibt. Ferner trägt Art. 4 AVB den Titel "Versicherte Krankheiten" und definiert diese. Wenn Art. 10 lit. a AVB, der gemäss seinen Überschriften vom Anspruch auf Taggeld handelt, diesen an die ärztlich bescheinigte Arbeitsunfähigkeit bindet, kann dies nichts anderes heissen als dass die leistungsbegründende Krankheit zusätzlich ärztlich bescheinigt sein muss. Die Auffassung, dass es die Bescheinigung als solche sein soll, die den Anspruch materiell auslöst, erscheint abwegig. Ob die Beschwerdeführerin überhaupt berechtigt ist, sich auf die in der Beschwerde angeführte Lesart der AVB zu berufen, nachdem aus dem angefochtenen Urteil nicht hervorgeht, dass sie im kantonalen Verfahren vorgebracht hätte, die AVB tatsächlich im nunmehr angeführten Sinne verstanden zu haben, kann daher offen bleiben. Die Beschwerde ist unbegründet, soweit die Beschwerdeführerin behauptet, weitere Abklärungen zur Arbeitsfähigkeit hätten von Bundesrechts wegen unterbleiben müssen, und die Verletzung diverser bundesrechtlicher Bestimmungen rügt.
3.3 Aufgrund der dargelegten Würdigung des Y._-Institut-Gutachtens gelangte die Vorinstanz betreffend die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin im massgeblichen Zeitraum zu einem positiven Beweisergebnis. Die Frage der Beweislastverteilung nach <ref-law> ist daher gegenstandslos (BGE 134 ll 235 E. 4.3.4 S. 241; 130 lll 591 E. 5.4 S.601 f., je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht aber auch geltend, das Gutachten habe den durch die eingereichten Atteste betreffend Arbeitsunfähigkeit erbrachten Beweis nicht erschüttern können, da eine retrospektive Beurteilung nicht möglich sei. Die Vorinstanz gehe denn auch mit Bezug auf das Gutachten vom 2. September 2008 von der Unmöglichkeit einer retrospektiven Beurteilung der Arbeitsfähigkeit aus, stützte sich anschliessend aber für eben diese Beurteilung dennoch ausschliesslich auf dasselbe Gutachten. Insoweit leide das angefochtene Urteil an einem inneren Widerspruch und sei willkürlich. Indem die Vorinstanz die für den Zeitraum 1. Januar 2007 bis 1. Januar 2009 eingereichten echtzeitliche Dokumente ausser Acht lasse, verstosse sie gegen den Grundsatz der freien Beweiswürdigung nach <ref-law> in Verbindung mit Art. 85 des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 2004 betreffend die Aufsicht über Versicherungsunternehmen (Versicherungsaufsichtsgesetz, VAG, SR 961.01). Die Beschwerdeführerin rügt überdies, die Vorinstanz begründe nicht, weshalb auf die ärztlichen Atteste auf den Unfallscheinen nicht abzustellen sei.
3.4 Aus dem angefochtenen Entscheid geht klar hervor, dass die Vorinstanz die ärztlichen Atteste auf den Unfallscheinen mangels näherer Begründung für die Arbeitsunfähigkeit von 80 % vom 21. März 2006 bis 1. Februar 2008 nicht für beweistauglich hält. Die Beschwerdeführerin übergeht zudem, dass sich die Vorinstanz auf die Meinung des Y._-Institut-Gutachters gestützt hat, wonach aufgrund der Akten eine frühere, länger andauernde höhere Arbeitsunfähigkeit kaum nachvollziehbar sei. Die Vorinstanz entnimmt der zusätzlichen, auch von Dr. G._ als notwendig erachteten neuropsychologischen Abklärung durch Dr. H._, dass die von dieser Ärztin erhobenen weitgehend unauffälligen Befunde die von Dr. G._ attestierte 80%ige Arbeitsunfähigkeit ausschliessen. Inwiefern die Vorinstanz damit in Willkür verfallen sein soll, indem sie nicht auf die Angaben von Dr. G._, sondern auf das Gutachten abstellte, zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenügend auf. Der Frage, ob behandelnde Ärzte allgemein dazu neigen, ihrer Beurteilung vornehmlich Patientenangaben und nicht objektivierbare Befunde zugrunde zu legen, kommt demnach keine ausschlaggebende Bedeutung zu. Die diesbezüglichen Rügen der Beschwerdeführerin sind nicht zu hören. Wenn die Vorinstanz vor diesem Hintergrund nicht auf die von der Beschwerdeführerin beigebrachten Arztzeugnisse abstellt, verfällt sie nicht in Willkür. Ob eine 80%ige Arbeitsfähigkeit tatsächlich bereits ab 1. Januar 2007 besteht, wie die Vorinstanz gestützt auf das Y._-Institut-Gutachten in einem gewissen Widerspruch zur zeitlich näheren prospektiven Einschätzung von Dr. B._ im Bericht vom 10. November 2006, welcher bei einer aktuellen Arbeitsunfähigkeit von 70 % nur eine graduelle Steigerung der Arbeitsfähigkeit für möglich erachtete, annimmt, ist zudem insoweit nicht entscheidrelevant, als die Beschwerdegegnerin selbst die Klage teilweise anerkannt hat und dabei von einer graduellen Steigerung der Arbeitsfähigkeit ausging.
3.5 Unbehelflich ist der Einwand, die Vorinstanz habe zu Unrecht <ref-ruling> herangezogen und ausgeführt, bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit sei von Bedeutung, wie weit bei Aufbietung allen guten Willens Schmerzen überwunden und die verbleibende Arbeitsfähigkeit verwertet werden könne. Dasselbe gilt für den Einwand, die Beschwerdegegnerin hätte weitere vertrauensärztliche Untersuchungen verlangen müssen, wenn sie die Ansprüche der Beschwerdeführerin hätte bestreiten wollen. Die Vorinstanz erkannte, wie dargelegt, ohne Willkür, die attestierte Arbeitsunfähigkeit von 80 % entspreche nicht den Tatsachen. Damit ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Klage in dem den anerkannten Betrag übersteigenden Umfang abwies.
4. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak