Faits:
A. La société X._ SA (ci-après: la société X._ SA), dont le siège est à A._, a pour but l'achat, la construction, la location, la vente et l'échange de biens immobiliers. Par acte du 26 mai 1997, inscrit au registre foncier le 30 septembre 1997, la Société a acheté pour le prix de 1'100'000 fr. les parcelles xxx et xxx sises sur la commune de Martigny.
B. Par acte du 3 octobre 1997, inscrit au registre foncier le 3 décembre 1997, la société X._ SA a revendu les deux parcelles à Y._ pour le prix de 1'800'000 fr. Le prix était payable par reprise de dettes de 1'400'000 fr. et pour le solde de 400'000 fr., selon convention entre les parties, les paiements devant intervenir le 10 octobre 1997 au plus tard.
La convention pour le paiement du solde a été passée le 3 octobre 1997. Cette convention comportait les clauses suivantes:
"Art. 3
Les deux parties collaborent sur la base d'un système de partage des profits et des pertes (profit sharing system) depuis la fondation de la société anonyme X._ SA en mars 1995. Un accord antérieur passé entre M. Y._ et la société X._ SA prévoyait que les montants dus par cette dernière ne seraient payés qu'à partir du moment où ses liquidités le lui permettraient.
Art. 4
Compte tenu du prix de revente escompté, la présente opération immobilière doit permettre de régler la créance résultant des rapports décrits à l'article 3, ainsi que le paiement de 400'000 fr.
A ce titre, il est précisé ce qui suit:
Dans ce sens, la société X._ SA accepte que le paiement intervienne au jour de l'encaissement de la revente des deux parcelles mentionnées ci-dessus.
Si M. Y._ devait accepter une contre-affaire afin de permettre la réalisation de l'opération de revente, ce montant ne serait dû qu'au moment de la revente de l'immeuble nouvellement acquis.
Un décompte sera établi entre les parties au jour de la clôture finale de l'opération.
Art. 5
La présente convention est valable jusqu'au 31.12.1998. Passé cette date, toutes les créances reconnues dans la présente convention deviendront immédiatement exigibles à moins qu'un nouvel accord ne soit trouvé entre les parties."
C. Par acte du 30 décembre 1997, Y._ a revendu à Z._, les deux parcelles pour le prix de 1'800'000 fr. L'acte de vente précisait que le prix d'achat était payable à raison de 1'200'000 fr. par reprise de dettes, de 180'000 fr. par versement sur le compte du notaire et pour le solde de 420'000 fr. par compensation avec le prix d'achat de deux propriétés par étage sises dans la commune de B._, vendues par Z._ à la société M._ SA. L'acte précisait encore que les conditions de paiement entre la société M._ SA et Y._ seraient réglées par une convention privée.
Le 30 décembre 1997, Z._ a effectivement vendu pour le prix de 420'000 fr. les propriétés par étage sises à B._ à la société M._ SA, dont l'administrateur est Y._. En janvier 1999, la société M._ SA a revendu les propriétés par étage en cause à un tiers pour le prix de 340'000 fr.
D. Par décision sur réclamation du 29 novembre 2002 portant sur l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de l'année fiscale 1997, la Commission d'impôt des personnes morales a arrêté le bénéfice imposable réalisé par la société X._ SA lors de la vente du 3 octobre 1997 à 450'000 fr.:
Prix de vente
1'800'000
Prix d'acquisition
1'100'000
Part (50%) du bénéfice sur l'immeuble M._ à Y._
170'000
Perte sur vente de l'immeuble M._
80'000
Bénéfice imposable
450'000
E. La société X._ SA ayant comptabilisé un bénéfice de 178'000 fr., la reprise opérée s'élevait à 272'000 fr.
F. Le 19 décembre 2002, la société X._ SA a interjeté recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale contre la décision sur réclamation du 29 novembre 2002, concluant à ce que le bénéfice soit ramené à 178'000 fr.
Pendant la procédure, par nouvelle décision du 12 mars 2003, la Commission d'impôt des personnes morales a reconsidéré sa décision sur réclamation et ramené le bénéfice imposable à 330'000 fr. pour tenir compte d'une commission de vente de 100'000 fr. et des frais de notaire de 20'000 fr. Cette décision a également fait l'objet d'un recours de la société X._ SA auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt, dont l'argumentation et les conclusions étaient similaires à celles exposées dans le recours interjeté le 19 décembre 2002.
La société X._ SA a été entendue par la Commission cantonale de recours en matière fiscale qui l'a informée d'une éventuelle modification à son détriment des décisions attaquées.
G. Par arrêt du 25 mai 2005, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours de la société X._ SA et nouvellement fixé le bénéfice résultant de la vente à fr. 678'000 fr., le bénéfice net imposable de la société étant ainsi arrêté à 605'556 fr. pour l'impôt cantonal et communal 1997 et à 605'500 fr. pour l'impôt fédéral direct 1997. Elle a jugé en substance que le prix d'acquisition s'élevait à 1'100'000 fr. et le prix de vente à 1'800'000 fr. Aucun élément de la convention du 3 octobre 1997 ne permettait de conclure à un partage du bénéfice entre la société X._ SA et Y._. Cette dernière ne pouvait pas non plus tirer argument du principe de la réalité économique ni d'un éventuel rapport de fiducie, dont les conditions n'étaient pas réalisées. Contrairement à l'avis de l'autorité inférieure, il ne pouvait par conséquent être accepté ni une répartition du prix de vente en faveur de Y._ ni la déduction des pertes subies lors de la revente des immeubles par la société M._ SA. Seule une déduction pour les frais d'acte de 22'000 fr. pouvait être admise. La commission de 100'000 fr. payée à des tiers n'avait en effet pas été versée par la société X._ SA mais par la société M._ SA. Enfin, une provision de 400'000 fr. grevant le bénéfice de la vente en cause ne pouvait être admise. Dans ces conditions, il n'était pas nécessaire de procéder à l'édition complète des dossiers fiscaux de Y._ ni d'entendre les nombreux témoins dont l'audition avait été requise par la société X._ SA.
H. Par mémoire unique, la société X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, par la voie du recours de droit administratif 2A.20/2006, d'annuler l'arrêt rendu le 25 mai 2005 par la Commission cantonale de recours en matière fiscale, d'annuler la décision rendue le 12 mars 2003 par le Service cantonal des constructions [recte des contributions], de fixer le bénéfice imposable à 178'000 fr. et de renvoyer le dossier à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants, par la voie du recours de droit public 2P.12/2006, d'annuler l'arrêt rendu le 25 mai 2005 par la Commission cantonale de recours en matière fiscale et de renvoyer le dossier à la Commission cantonale de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A l'appui de son recours de droit administratif, elle reproche à la Commission de recours de n'avoir pas admis qu'elle formait avec Y._ une société simple et décrit les écritures comptables qui auraient dû être passées en relation avec les diverses ventes immobilières et dont ressortirait sans conteste un bénéfice de 178'000 fr. Ce faisant, la Commission de recours aurait violé le principe de la réalité économique qui prévaudrait en droit fiscal. Subsidiairement, elle est d'avis qu'en l'absence de reconnaissance de la société simple, une provision sur débiteur de 420'000 fr. devrait être comptabilisée dans ses comptes, puisque Y._ ne s'est pas acquitté de l'intégralité du prix de vente. Elle confirme ne pas s'être trouvée dans un rapport de fiducie avec Y._. A cet égard, toutefois, elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue, la Commission ayant renoncé à se faire produire le dossier fiscal de Y._, qui aurait permis, selon elle, d'établir une éventuelle double imposition du montant de 400'000 fr. A l'appui de son recours de droit public, elle se plaint essentiellement de multiples violations de son droit d'être entendue.
Le Service cantonal des contributions, la Commission de recours du canton du Valais et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours, sous suite de frais et dépens.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. La recourante a déposé simultanément deux recours, l'un de droit administratif, l'autre de droit public, contre le même arrêt. Par économie de procédure, il convient dès lors de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (<ref-law> et 40 OJ; <ref-ruling> consid. 1 p. 33, 156 consid. 1 p. 157).
2. 2.1 Selon l'art. 97 al. 1 OJ, le Tribunal fédéral connaît en dernière instance des recours de droit administratif contre des décisions fondées sur le droit public fédéral qui émanent de l'une des autorités énumérées à l'art. 98 OJ pour autant qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ ou dans la législation spéciale ne soit réalisée (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 3 et la jurisprudence citée). En tant qu'elle concerne l'impôt fédéral direct, la décision de la Commission de recours a été rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 98 lettre g OJ et art. 8 al. 1 de la loi valaisanne du 24 septembre 1997 d'application de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct); elle se fonde en outre sur le droit public fédéral et n'entre pas dans le champ d'application des articles 99 à 102 OJ, de sorte que, déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi (art. 103 ss OJ), le recours de droit administratif est en principe recevable au regard des art. 97 ss OJ et de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'exigence d'un parallélisme entre les voies de recours en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal harmonisé n'étant pas encore applicable (<ref-ruling>).
Le recours est en revanche irrecevable dans la mesure où il conclut à l'annulation de la décision cantonale de première instance, étant donné l'effet dévolutif du recours déposé auprès de la Commission de recours (<ref-ruling> consid. 2a p. 302/303; <ref-ruling> consid. 1c p. 33; <ref-ruling> consid. 1c p. 416; voir aussi <ref-ruling> consid. 1 p. 441; cf. Ulrich Häfelin/Georg Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4e éd., Zurich 2002, n. 1807 p. 375).
2.2 S'agissant des impôts cantonaux, la décision attaquée est fondée sur le droit cantonal; seul un recours de droit public pourrait être formé à son encontre, l'art. 73 al. 3 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) n'étant pas encore applicable (<ref-ruling> consid. 2 p. 591 ss). Le recours de droit public ne peut être dirigé que contre une décision rendue en dernière instance, soit après épuisement des moyens de droit cantonal. En l'espèce, la recourante pouvait porter sa cause devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal valaisan, de sorte que le présent recours est irrecevable en tant qu'il est dirigé contre la décision rendue le 25 mai 2005 par la Commission de recours et concerne les impôts cantonaux (cf. art. 153bis al. 1 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976).
3. La recourante demande l'audition de Y._ et l'édition du dossier fiscal de ce dernier et de M._ SA ainsi que l'audition des fonctionnaires responsables des dossiers fiscaux de ceux-ci.
Conformément à l'invitation du Tribunal fédéral (art. 93 al. 1 OJ), la Commission de recours a produit son dossier et celui du Service cantonal des contributions concernant la recourante, seule en cause en l'espèce. Le Tribunal fédéral dispose donc de tous les éléments nécessaires pour juger du présent recours, de sorte que les requêtes de la recourante doivent être rejetées.
4. Conformément à l'art. 104 lettre a OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 150, 56 consid. 2a p. 60). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 188; <ref-ruling> consid. 2b p. 60; <ref-ruling> consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 366; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 188; <ref-ruling> consid. 1b p. 12 , 264 consid. 1b p. 268; <ref-ruling> consid. 1b/aa p. 500 et les arrêts cités).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; <ref-ruling> consid. 1 p. 184).
5. 5.1 La recourante se plaint de ce que la Commission de recours n'a pas motivé la raison pour laquelle elle n'a repris que très partiellement l'argumentation présentée dans son recours du 19 décembre 2003.
Selon la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 2 Cst., la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236 et les références citées).
Selon la recourante, la Commission de recours n'aurait pas démontré en quoi ni comment sa présentation comptable ne serait pas conforme à la pratique comptable ni surtout à la réalité des faits découlant des documents déposés et qui correspondraient à la volonté des parties et à la situation effective. Ce grief est mal fondé. La Commission de recours a en effet exposé comment le bénéfice immobilier en cause devait être calculé. Puis, elle a examiné la portée de la convention du 3 octobre 1997 et exposé pour quels motifs elle écartait en l'espèce l'application d'un soi-disant principe de la réalité économique dont se prévalait la recourante. Elle en a fait de même d'un prétendu rapport de fiducie entre les cocontractants. La motivation de la Commission de recours est ainsi claire et parfaitement compréhensible. En fait, la recourante reproche à la Commission de recours non pas tant de ne pas avoir motivé son jugement que de ne pas avoir admis ses arguments.
5.2 Elle se plaint également de ce que cette dernière n'aurait pas procédé à l'audition de Y._ ni fait produire le dossier fiscal le concernant.
Le droit d'être entendu comprend pour les justiciables notamment le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 51; <ref-ruling> consid. 4a p. 55 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait à établir est sans importance pour la solution du cas, qu'il résulte déjà de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avancé est impropre à fournir les éclaircissements nécessaires. L'appréciation anticipée des preuves ne constitue pas une atteinte au droit d'être entendu directement déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 6c/cc p. 135, 417 consid. 7b p. 430; <ref-ruling> consid. 4a p. 211, 241 consid. 2 p. 242; <ref-ruling> consid. 1a p. 181 et les arrêts cités). Au même titre que toute appréciation des preuves, l'appréciation anticipée de celles-ci est soumise à l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5b p. 285 et les références citées).
Comme seule est litigieuse la fixation du bénéfice immobilier provenant de la vente du 3 octobre 1997 et son imposition auprès de la recourante, la Commission de recours pouvait, sans violer le droit d'être entendu de la recourante, renoncer à l'audition des fonctionnaires du Service cantonal des contributions, à celle de Y._ ainsi qu'à la production de son dossier fiscal. En effet du moment que ces offres de preuves tendaient, selon la recourante, à démontrer que le Service cantonal des contributions voulait également imposer le bénéfice immobilier litigieux dans le chapitre de Y._, elles concernaient des faits sans importance pour la solution du présent litige.
6. 6.1 Selon l'<ref-law>, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (lettre a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'actifs immobilisés, les amortissements et les provisions qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (lettre b) ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 (lettre c). Le bénéfice net imposable comprend donc les bénéfices en capital provenant de la vente des immeubles. Le bénéfice immobilier imposable correspond à la différence entre, d'une part, le produit de la vente de l'immeuble en cause, déduction faite des frais d'aliénation, ou en l'absence d'aliénation, la valeur vénale de l'immeuble et, d'autre part, sa valeur comptable déterminante sur le plan fiscal telle qu'elle ressort du dernier bilan précédant l'aliénation, ou à défaut, son prix de revient. La valeur vénale correspond au prix qui aurait pu être atteint sur le marché en cas de vente dans des conditions ordinaires (arrêt 2A.238/2002 du 10 janvier 2003, consid. 2.1; Archives 66, 232 consid. 5b; RDAF 1997 2 478 consid. 7a; Ernst Känzig, Wehrsteuer, Ière Partie, 2ème éd., Bâle 1982, n° 219 ad art. 21 al. 1 lettre d AIFD).
6.2 En l'espèce, par contrat de vente du 26 mai 1997, la recourante a acquis les parcelles n° xxx et xxx du registre foncier de Martigny pour le prix de 1'100'000 fr. Le 3 octobre 1997, la recourante, seule inscrite au registre foncier, a revendu ces parcelles à Y._ pour le prix de 1'800'000 fr., ainsi que cela ressort du contrat de vente notarié. Ces faits ne sont pas contestés par la recourante. Selon les constatations de la Commission de recours, également non contestées par la recourante, les frais d'actes se sont élevés à 22'000 fr.
Par conséquent, c'est à bon droit que la Commission de recours a arrêté le bénéfice immobilier de la recourante à 678'000 fr. et confirmé la reprise de 500'000 fr. dans les comptes de l'exercice commercial 1997 de la recourante, puisque 178'000 fr. y avaient déjà été comptabilisés. Les objections qu'opposent la recourante à cette conclusion ne sauraient être accueillies.
6.3 En premier lieu, comme elle l'avait déjà fait valoir en instance cantonale, la recourante est d'avis qu'elle formait avec Y._ une société simple au sens des <ref-law>, ainsi que cela ressortirait de la convention du 3 octobre 1997. Selon elle, cette convention fixait les modalités de paiement de la somme résiduelle de 400'000 fr. et spécifiait de manière précise la nature des relations contractuelles existant entre la société anonyme et Y._, de sorte que le bénéfice devait être réparti entre les associés simples.
Il est vrai que l'art. 3 de la convention fait état d'un système de partage des profits et des pertes entre la recourante et Y._. Force est néanmoins de constater que ce système ne s'appliquait pas à la vente immobilière des parcelles xxx et xxx. Il ressort en effet de l'art. 4 de la convention que le bénéfice de la revente des parcelles par Y._ (soit, le "prix de revente escompté") doit permettre: "de régler la créance résultant des rapports décrits dans l'article 3" - résultant d'opérations antérieures indéterminées, "ainsi que le paiement de 400'000 fr." Cet article fait donc état, d'une part, de diverses créances de la recourante ou de Y._, résultant d'un éventuel contrat de société simple ou d'un accord antérieur et, d'autre part, de la créance de 400'000 fr. résultant du contrat de vente du 3 octobre 1997. Dans ces conditions, quoi qu'en dise la recourante, la convention du 3 octobre 1997 n'établit pas l'existence d'une société simple entre les parties portant sur la vente des parcelles en cause. A cela s'ajoute que la recourante était l'unique propriétaire des parcelles en cause et que Y._, dans un courrier adressé le 4 février 2003 au Service cantonal des contributions, affirmait qu'"il n'a jamais été question d'une répartition de bénéfice à raison de 50% pour chacune des parties". L'existence d'une société simple entre les parties n'étant pas établie, il est par conséquent superflu d'examiner les constructions comptables y relatives, reconstituées a posteriori par la recourante.
En revanche, comme l'a constaté à juste titre la Commission de recours, la convention du 3 octobre 1997 traite bien des modalités de paiement différé des deux créances dont elle fait état, ce qui, en l'espèce, n'influence nullement le calcul du bénéfice immobilier imposable. En effet, quand bien même elle prétend que Y._ n'aurait pas payé le solde du prix de vente, la recourante n'expose pas avoir entrepris des opérations de recouvrement infructueuses qui justifieraient l'admission d'une provision pour débiteur douteux. Au demeurant, du moment que Y._ avait obtenu 180'000 fr. et deux propriétés par étages lors de la revente des parcelles à Z._, son état d'insolvabilité n'était nullement établi.
6.4 C'est en vain également que la recourante se prévaut, comme elle l'avait déjà fait en instance cantonale, du soi-disant principe de l'imposition selon la réalité économique. En effet, s'agissant de l'impôt fédéral direct, l'autorité fiscale ne peut s'écarter de la forme juridique choisie par le contribuable et procéder à une interprétation selon la réalité économique qu'en présence d'une évasion fiscale, c'est-à-dire lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée, et lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale. Seule l'autorité fiscale peut invoquer pareille interprétation, à l'exclusion du contribuable (<ref-ruling> consid. 3 p. 112 s. ainsi que <ref-ruling> consid. 5.2 p. 635 s.).
En l'espèce, même s'il s'agissait finalement de vendre indirectement les parcelles en cause à Z._, la recourante doit se laisser opposer les effets du contrat de vente immobilière intermédiaire qu'elle a passé avec Y._. Le montage qu'elle prétend avoir mis en place et consistant en une chaîne de ventes immobilières lie la recourante. Les bénéfices immobiliers en résultant doivent par conséquent être imposés séparément dans les chapitres fiscaux respectifs des vendeurs successifs conformément aux art. 18 al. 2 et 58 LIFD. Tel est en particulier le cas du bénéfice de 678'000 fr. provenant de la vente du 3 octobre 1997, qui doit être imposé dans le chapitre de la recourante. Au demeurant, même si l'on suivait l'interprétation de la recourante, le transfert de l'immeuble à une valeur supérieure au prix d'acquisition représenterait une réévaluation comptable elle aussi imposable selon l'art. 58 al. 1 lettre c LIFD.
Enfin, la recourante invoque aussi une soi-disant "convention de portage", dont elle n'expose au demeurant ni le contenu ni les effets, ou encore une convention de fiducie, dont elle dément d'ailleurs l'existence (cf. mémoire de recours, chapitre V, p. 19), contrairement à ce qu'elle soutenait en procédure cantonale. Elle n'expose pas non plus en quoi l'imposition du bénéfice immobilier dans son chapitre fiscal conduirait à une double imposition prohibée. Ces griefs doivent être rejetés dans la mesure où ils sont motivés.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours de droit administratif, dans la mesure où il est recevable. Le recours de droit public est irrecevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ) et n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours n° 2A.20/2006 et n° 2P.12/2006 sont joints.
2. Le recours de droit administratif 2A.20/2006 est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public 2P.12/2006 est irrecevable.
4. Un émolument judiciaire de 3'500 fr. est mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 6 juin 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: