Faits:
A. La Chapelle du Vorbourg, propriété de la Bourgeoisie de Delémont, se situe sur le territoire de la commune de Delémont (parcelle n° 1600), implantée sur un éperon rocheux surplombant la Birse, hors zone à bâtir. Datant du XIème siècle, reconstruite en 1586 et agrandie au XVIIème siècle, elle constitue un lieu de pèlerinage traditionnel figurant en tant qu'élément individuel dans la fiche ISOS concernant Delémont. Son accès au public se fait actuellement depuis la route par un escalier d'une quinzaine de marches situé au sud entre l'enrochement où est installé un bougeoir, et un kiosque. Les sanitaires sont situés dans une annexe, au nord de la chapelle dont il faut sortir et descendre par un autre escalier.
Le 1er avril 2004 (après un premier refus et au terme d'un concours), le Conseil communal de Delémont a accordé à la Bourgeoisie un permis de construire portant sur le réaménagement des accès sud et nord de la chapelle, destiné à faciliter l'accès aux personnes âgées et handicapées. Le projet, élaboré par le bureau Arches 2000, prévoyait le déplacement en oblique de l'escalier au sud et l'installation d'un monte-personnes face à l'entrée actuelle, la construction d'un nouvel escalier avec un monte-escalier au nord, ainsi que le réaménagement des WC. Les oppositions, formées par Patrimoine Suisse, section jurassienne, et par l'Association pour la sauvegarde du patrimoine rural jurassien (ASPRUJ), ont été rejetées.
B. Les opposants ont recouru auprès de la Juge administrative du Tribunal de première instance du canton du Jura. Par jugement du 5 novembre 2004, cette dernière a rejeté les recours dans la mesure de leur recevabilité.
C. Les opposants ont ensuite saisi la Chambre administrative du Tribunal cantonal jurassien. Par arrêt du 13 mai 2005, cette dernière a déclaré irrecevable le recours de l'ASPRUJ, prononcé qui a été confirmé par le Tribunal fédéral le 25 août 2005 (cause 1P.363/2005). Durant la procédure, Patrimoine Suisse a proposé un contre-projet établi par l'architecte Renato Salvi (ascenseur intérieur), puis une variante de celui-ci. Dans ses déterminations du 25 juin 2007, la Commission fédérale des monuments historiques (CFMH) considéra que le déplacement en diagonale de l'escalier sud banalisait l'accès principal de la chapelle et que l'installation mécanique de l'ascenseur était trop en évidence. La CFMH préconisait la création d'un ascenseur intérieur soit dans le logement (avec déplacement du confessionnal et réduction de la surface habitable pour les religieux), soit sous la tribune de la nef.
Ayant pris connaissance de ces objections, la Bourgeoisie a renoncé au projet litigieux et a présenté un nouveau projet élaboré par le même bureau. L'accès au sud se fait par un ascenseur extérieur installé dans les rochers qui soutiennent la chapelle, à quelque 8 m de l'escalier actuel, qui est maintenu. L'escalier nord est modifié et muni d'un monte-personnes. Mis à l'enquête par la Cour administrative le 5 novembre 2008, le projet a fait l'objet d'une nouvelle opposition de Patrimoine Suisse ainsi que de l'Association suisse des paralysés (ASPr). La CFMH s'est à nouveau déterminée, en recommandant notamment qu'un soin particulier soit apporté au traitement des surfaces de la cage d'ascenseur, et qu'il soit renoncé à un avant-toit. De nouveaux plans ont été produits dans ce sens au mois de février 2010.
D. Par arrêt du 15 juillet 2010, la Chambre administrative a annulé le permis de construire délivré le 1er avril 2004 et confirmé par la Juge administrative, et renvoyé le dossier au Conseil municipal afin qu'il délivre le permis de construire conformément aux plans du 1er février 2010. Le droit cantonal permettait une modification du projet en cours de procédure. Les nouveaux plans déposés par la Bourgeoisie tendaient, comme le projet initial, à garantir l'accès de la Chapelle aux personnes handicapées; la procédure durait depuis plus de huit ans et la question litigieuse devait, conformément à l'économie de procédure, être tranchée à ce stade; toutes les personnes et associations légitimées avaient pu faire valoir leurs points de vue devant une autorité disposant d'un plein pouvoir d'examen. La transformation projetée devait faire l'objet d'une pesée d'intérêts dans le cadre de l'application des art. 24c LAT et 42 OAT. Le nouvel accès par le sud portait nettement moins atteinte au site que celui autorisé par la Juge administrative puisqu'il permettait le maintien de l'escalier historique et que l'ascenseur était partiellement dissimulé dans le rocher. L'accès par l'intérieur préconisé par les opposants (projet "Salvi"), moins cher et ne portant pas atteinte au site, présentait toutefois plusieurs inconvénients (réduction de la surface de l'habitation des bénédictins, nécessité de réaménager le choeur et, surtout, suppression du confessionnal intime se trouvant dans la chapelle). La modification de l'escalier au nord et l'installation d'un monte-personnes ne portaient pas atteinte au site car le bâtiment n'avait, de ce côté, aucun cachet. L'accès indirect par les arcades et la terrasse côté sud et est, préconisé par la CFMH, n'était pas praticable pour les personnes handicapées. Le permis de construire pouvait être accordé, sous réserve des exigences concernant la structure, la texture et la couleur du béton utilisé, les raccords avec le bâtiment existant et la surveillance du projet par le Conservateur des monuments historiques du canton.
E. Par acte du 13 septembre 2010, Patrimoine Suisse forme un recours en matière de droit public (cause 1C_394/2010) par lequel elle demande en substance l'annulation de l'arrêt cantonal dans la mesure où il ordonne la délivrance du permis de construire.
Par acte du 14 septembre 2010, l'Association suisse des Paralysés forme elle aussi un recours en matière de droit public (cause 1C_404/2010) comportant la même conclusion.
La Chambre administrative et la Bourgeoisie de Delémont concluent au rejet des recours dans la mesure où ils sont recevables. Le Conseil communal se rallie à l'arrêt cantonal.
L'Office fédéral du développement territorial n'a pas déposé d'observations.
Les recourantes ont demandé l'effet suspensif, qui a été refusé par ordonnances du 13 octobre 2010.

Considérant en droit:
1. Les recours sont formés contre un même arrêt. Bien que les motifs invoqués tiennent, pour l'un, à la protection du site et, pour l'autre, à la défense des intérêts des personnes handicapées, il y a lieu de joindre les deux procédures et de statuer par un même arrêt, de façon à permettre une pesée globale des intérêts en présence.
2. Les recours sont dirigés contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions. Ils sont dès lors recevables comme recours en matière de droit public selon les <ref-law> et 34 al. 1 LAT. Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. Les recours sont formés dans le délai utile (<ref-law>), et l'arrêt attaqué a un caractère final au sens de l'<ref-law>: en effet, bien que la cause soit renvoyée au Conseil communal de Delémont, ce dernier est enjoint de délivrer le permis de construire, sous réserve de certains points à préciser, qui ne constituent pas l'objet de la présente contestation. Une telle décision de renvoi, contenant des instructions impératives à l'autorité inférieure sur les points tranchés définitivement dans les considérants, n'est pas de nature incidente mais finale, car elle présente les traits d'un arrêt partiel (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 291, 384 consid. 2.3 p. 385; <ref-ruling> consid. 1b p. 99; <ref-ruling> consid. 1b p. 198/199; <ref-ruling> consid. 1b p. 327 et les références citées).
2.1 Selon la disposition spéciale de l'art. 89 al. 2 let. d LTF, ont qualité pour recourir les personnes, organisations et autorités auxquelles une loi fédérale accorde un droit de recours.
2.2 Patrimoine Suisse fait partie des organisations de protection de la nature, du paysage ou du patrimoine ayant qualité pour déposer un recours en matière de droit public en vertu de l'art. 12 al. 1 et 2 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) en relation avec l'art. 1er de l'ordonnance du 27 juin 1990 relative à la désignation des organisations habilitées à recourir (ODO; RS 814.076) et le ch. 5 de l'annexe à cette ordonnance. L'habilitation prévue par l'<ref-law> concerne le recours contre des décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (arrêt 1C_426/2009 du 17 mars 2010 consid. 1 et les arrêts cités). Tel est le cas lorsque le projet requiert une autorisation fondée sur le droit fédéral au sens de l'<ref-law>. En l'occurrence, la Chapelle est située en zone non constructible, de sorte que le projet est notamment soumis aux conditions de l'art. 24c LAT. Il en découle que Patrimoine Suisse a qualité pour agir.
2.3 L'Association suisse des Paralysés est intervenue devant la cour cantonale, qui paraît lui avoir reconnu la qualité de partie en tant qu'opposante au projet mis à l'enquête durant la procédure de recours. Elle ne figure toutefois pas sur la liste de l'annexe 1 de l'ordonnance fédérale sur l'élimination des inégalités frappant les personnes handicapées (OHand, RS 151.31). Il est vrai que cette liste n'a pas d'effet constitutif et que la qualité pour agir peut être reconnue à d'autres associations, dans la mesure où les conditions des <ref-law> (RS 151.3) et 5 OHand sont remplies. L'ASPr est une association d'entraide pour personnes avec un handicap physique, fondée en 1939 et constituée en personne morale. Elle compte 1'812 membres actifs (au 31 août 2010), répartis dans la presque totalité des cantons. Ses buts statutaires sont notamment de "faciliter l'intégration sociale des personnes avec un handicap physique". Cela semble suffire pour lui reconnaître le statut d'organisation d'importance nationale au sens des dispositions précitées. L'ASPr pourrait aussi fonder sa qualité pour recourir sur l'<ref-law> (arrêt 1C_367/2009 du 27 octobre 2009 consid. 3). Le recours corporatif est en effet ouvert lorsqu'une association, sans être elle-même touchée par la décision entreprise, a pour but statutaire la défense des intérêts dignes de protection de ses membres, que ces intérêts sont communs à la majorité ou au moins à un grand nombre d'entre eux et que chacun de ceux-ci ait qualité pour s'en prévaloir à titre individuel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 200; <ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 519 et les arrêts cités). Cette dernière condition paraît réalisée en l'occurrence, compte tenu de la vocation de la Chapelle du Vorbourg comme lieu de pèlerinage.
Il y a dès lors lieu d'entrer en matière sur les deux recours.
3. Les deux recourantes estiment que la cour cantonale aurait fait une application arbitraire de l'art. 46 al. 1 du décret concernant le permis de construire (DPC), disposition dont la teneur est la suivante:
Si, pendant la procédure d'octroi ou de recours, le requérant modifie son projet afin de tenir compte des objections soulevées par les autorités ou les opposants ou pour d'autres motifs importants, la procédure peut se poursuivre sans nouvelle publication, pour autant que la modification ne touche pas à des intérêts publics. Les opposants et les éventuels voisins touchés par la modification seront entendus au sujet de cette dernière.
Les recourantes relèvent que la Bourgeoisie a renoncé à son projet en cours de procédure, de sorte que la nouvelle version, d'ailleurs mise à l'enquête et préavisée négativement par le Conseil communal, constituerait un nouveau projet, l'ascenseur étant situé à un autre emplacement que le monte-personnes initialement prévu. Cela imposerait de recommencer une procédure d'autorisation de construire. Les parties auraient été privées du droit de participer à l'administration des preuves et du droit à une double instance cantonale.
3.1 S'agissant de l'application d'une norme de droit cantonal, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est restreint à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17 et les arrêts cités).
3.2 La disposition cantonale répond à un souci d'économie de procédure. Elle tend à éviter qu'une modification du projet ne conduise systématiquement à la reprise ab ovo de toute la procédure d'autorisation de construire. Elle ne saurait toutefois s'appliquer que lorsque la modification a lieu "afin de tenir compte des objections soulevées" ou pour "d'autres motifs importants", et ne saurait permettre de contourner systématiquement les règles relatives à la mise à l'enquête et aux droits de recours. L'art. 33 al. 2 LAT impose au moins une voie de recours cantonale contre les décisions et les plans d'affectation fondés sur la loi; l'autorité de recours doit avoir un plein pouvoir d'examen (art. 33 al. 3 let. b LAT). La disposition cantonale n'est pas incompatible avec ces exigences, pour autant que le droit d'opposition puisse être exercé par tous les intéressés.
3.3 En l'occurrence, la Bourgeoisie a modifié son projet pour répondre aux objections soulevées durant la procédure par la CFMH, ce qui correspond à l'hypothèse visée à l'art. 46 DPC. Le nouveau projet diffère du précédent en ce sens que l'accès au côté sud ne se fait plus à l'emplacement de l'escalier actuel, par un monte-personnes, mais par un ascenseur implanté dans le rocher, à quelque 8 m de l'accès actuel. L'impact de la nouvelle installation est nettement moindre puisque le déplacement de l'escalier n'est plus nécessaire et que l'ascenseur sera distant de l'entrée actuelle et, en partie tout au moins, dissimulé par le rocher. Du côté nord, les deux projets ne diffèrent pas de manière significative. La cour cantonale a aussi tenu compte du fait que la procédure durait depuis huit ans déjà, et qu'elle avait été précédée d'une première procédure ayant abouti à un refus, puis à un concours d'architecture. Ce faisant, la cour cantonale a tenu compte des motifs d'économie de procédure qui sont à la base de l'art. 46 DPC. L'application de cette disposition est d'ailleurs limitée puisque la cour cantonale a procédé à une nouvelle mise à l'enquête durant laquelle l'ASPr a pu se manifester. Patrimoine Suisse était déjà partie devant l'instance de recours. Il n'est pas contesté que la procédure de recours cantonal a permis aux parties de faire valoir leur droit d'être entendues, réservé à l'art. 46 in fine DPC, et que la cour cantonale disposait d'un pouvoir d'examen aussi large que celui des instances inférieures, conformément à l'art. 33 al. 3 let. b LAT. Si les recourantes prétendent avoir été privées du droit à l'administration de certaines preuves, cela ne tient donc pas à l'application de l'art. 46 DPC.
Dans ces circonstances, l'application de cette disposition n'apparaît pas arbitraire.
4. Dans un grief de nature formelle, Patrimoine Suisse reproche à la cour cantonale de ne pas lui avoir donné l'occasion de se prononcer sur l'avis exprimé en dernier lieu par la CFMH et de poser des questions complémentaires. La nécessité d'une expertise contradictoire (art. 7 à 9 LPN) n'aurait pas été respectée. L'importance du confessionnal intime n'aurait pas non plus fait l'objet d'une administration de preuves. L'ASPr estime pour sa part que l'expertise du Chanoine Crivelli, entachée d'ambiguïtés, aurait dû faire l'objet d'une instruction plus complète.
4.1 Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu permet au justiciable de participer à la procédure probatoire en exigeant l'administration des preuves déterminantes (<ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16 et les arrêts cités). Ce droit ne s'étend toutefois qu'aux éléments pertinents pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 6c/cc in fine p. 135, 417 consid. 7b p. 430; <ref-ruling> consid. 4a p. 211, 241 consid. 2 p. 242, 274 consid. 5b p. 285 et les arrêts cités; sur la notion d'arbitraire, voir <ref-ruling> consid. 5a p. 70). Par ailleurs, le droit d'être entendu doit être exercé dans le respect des règles de procédure cantonales relatives à l'administration des preuves.
4.2 La CFMH s'est prononcée une première fois le 25 juin 2007 après une visite des lieux, à l'attention de l'Office cantonal de la culture, en relevant la nécessité de conserver l'escalier d'entrée dans son état actuel. Elle a évoqué diverses possibilités, en particulier la création d'un ascenseur intérieur dans le logement contigu au choeur ou sous la tribune de la nef. C'est à la suite de cette prise de position, communiquée à la cour cantonale, que la Bourgeoisie a renoncé au projet autorisé en première instance. Interpelée au sujet du nouveau projet, la CFMH s'est déterminée le 9 juillet 2008, en "approuvant pleinement" l'installation d'un ascenseur à l'arrière de la chapelle, sous réserve de la question des surfaces en béton et de l'avant-toit. S'agissant de l'accès nord, la commission estimait largement préférable de renoncer au monte-personnes et de prévoir un accès indirect. Toutefois, si ce dernier devait ne pas être acceptable pour les handicapés, la commission déclarait ne pas s'opposer à la solution prévue. Le 7 août 2009, la Chambre administrative a une nouvelle fois interpelé la CFMH en refaisant l'historique de la contestation et en sollicitant son avis sur l'admissibilité du projet final. Cette interpellation a été communiquée aux parties. Le 5 novembre 2009, la commission a confirmé qu'elle approuvait l'accès sud, sous réserve de différentes mesures d'intégration au site. S'agissant de l'accès nord, elle a confirmé sa précédente prise de position. Ce rapport a été remis aux parties le 23 novembre 2009. Patrimoine Suisse s'est déterminée à ce propos le 16 février 2010. Un dernier délai a été imparti pour présenter leurs remarques finales.
Il apparaît ainsi que la CFMH s'est déterminée trois fois, dont deux au sujet du dernier projet. Les parties ont à leur tour disposé de plusieurs occasions pour se prononcer. Patrimoine Suisse estime que la commission n'aurait pas été rendue attentive au projet Salvi. Tel n'est toutefois pas le cas: la lettre du 7 août 2009 mentionne ce projet en tant qu'alternative proposée par les opposants, et la commission a disposé de l'ensemble des pièces pertinentes à ce propos. Si les recourantes désiraient s'assurer que la commission avait suffisamment étudié la variante Salvi, elles pouvaient proposer des questions complémentaires. Contrairement à ce que soutient Patrimoine Suisse, le droit d'être entendu n'impose pas la présence des parties aux différents actes de l'expert, en particulier d'une inspection des lieux. Le droit d'être entendu a dès lors été respecté.
4.3 Le maintien du confessionnal intime a été évoqué en novembre 2006 par le Chapelain du Vorbourg, comme objection au projet Salvi. La Chambre administrative a alors décidé de demander un rapport au Directeur du Centre romand de pastorale liturgique de Bex, ce à quoi Patrimoine Suisse ne s'est pas opposée tout en se déterminant sur les objections du Chapelain et en proposant diverses questions. Le rapport a été déposé le 22 février 2007, s'opposant en substance à l'installation d'un ascenseur à l'intérieur du bâtiment. Les parties ont eu l'occasion de proposer des questions complémentaires. Patrimoine Suisse y a renoncé, tout en produisant des observations le 13 mars 2007. Le droit d'être entendu des parties a été respecté sur ce point, l'ASPr, intervenue par la suite, ayant eu toute latitude de consulter le dossier déjà constitué et de s'exprimer à ce propos. Elle estime qu'une seconde expertise "aurait pu" être ordonnée, mais cette question, de même que l'interprétation du rapport du 22 février 2007, relève de l'appréciation des preuves et non du droit d'être entendu.
Les griefs d'ordre formel doivent par conséquent être écartés.
5. Sur le fond, les recourantes reprennent leurs motifs d'opposition. S'agissant de l'accès à la Chapelle du côté sud, Patrimoine Suisse estime que le nouveau projet n'aurait pas été clairement accepté par la CFMH, cette dernière s'étant bornée à émettre un simple avis sur l'admissibilité d'un ascenseur. Le creusement d'une tranchée et l'installation d'une cage en béton porteraient une atteinte irréversible au site; on ne pourrait prendre en compte l'effet atténuateur de la végétation. L'importance du confessionnal intime - qui a conduit au rejet de la variante Salvi - devrait être relativisée puisque celui-ci ne se trouve pas dans la chapelle, que les horaires ont été diminués et qu'il existe d'autres confessionnaux dans la chapelle. Les inconvénients du projet "Salvi" auraient été surévalués. L'ASPr se plaint de discrimination. Elle remet en cause l'expertise du Chanoine Crivelli et soutient que l'intérêt des personnes handicapées devrait prévaloir sur une simple modalité de la pratique religieuse. En particulier, l'accès aux toilettes serait, selon les standards actuels, inadapté et dangereux pour les personnes handicapées.
5.1 Le Tribunal fédéral examine en principe librement les questions de l'intérêt public et de la proportionnalité. Il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de trancher de pures questions d'appréciation ou de tenir compte de circonstances locales, mieux connues des autorités cantonales; le Tribunal fédéral n'est pas l'autorité suprême de planification et doit ainsi respecter le pouvoir de détermination des autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 415 s.; <ref-ruling> consid. 3a p. 366 et la jurisprudence citée).
5.2 Les parties ne contestent pas que le projet peut en soi bénéficier de la garantie de la situation acquise selon les art. 24c LAT et 42 OAT, dans la mesure où l'identité de la construction est respectée pour l'essentiel. La cour cantonale s'est ensuite interrogée sur le respect des exigences majeures de l'aménagement du territoire au sens de l'art. 24c al. 2 LAT, et s'est livrée dans ce cadre à une pesée globale des intérêts en présence, soit l'obligation de protéger le site, l'élimination des inégalités frappant les handicapés et les spécificités liées à la pratique religieuse.
5.2.1 L'art. 17 LAT définit les zones à protéger, soit notamment les localités typiques, les lieux historiques, les monuments naturels ou culturels (art. 17 al. 1 let. c LAT). Pour ces objets, il appartient aux cantons de délimiter les zones de protection. Selon l'art. 17 al. 2 LAT, le droit cantonal peut cependant prescrire d'autres mesures adéquates. La LPN a pour but la protection du paysage, des sites évocateurs du passé et des monuments du passé (<ref-law>). Elle distingue les objets d'importance régionale et locale, et les objets d'importance nationale dont le Conseil fédéral établit un inventaire (art. 4 et 5 LPN). L'inscription d'un objet d'importance nationale indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates (<ref-law>). L'ordonnance concernant l'inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (OISOS, RS 451.12) impose aux cantons de tenir compte de l'inventaire fédéral lors de l'établissement de leurs plans directeurs. Delémont y figure, en tant que ville, et la Chapelle du Vorbourg est mentionnée en tant qu'élément individuel dans la fiche ISOS concernant Delémont. Selon l'art. 2.2.1 et l'annexe au règlement communal des constructions, elle constitue un objet à protéger pour sa valeur historique et artistique, qui doit être conservé intact ou en tout cas ménagé le plus possible.
5.2.2 La LHand se fonde sur l'interdiction de toute discrimination posée à l'art. 8 al. 2 Cst. et sur le mandat législatif de l'art. 8 al. 4 Cst. Elle a pour but de prévenir, de réduire ou d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées. Elle crée des conditions propres à faciliter à ces personnes la participation à la vie de la société (<ref-law>).
La loi s'applique en particulier aux constructions et installations accessibles au public pour lesquelles l'autorisation de construire ou de rénover des parties accessibles au public est accordée après l'entrée en vigueur de la loi (art. 3 let. a). Le droit fédéral n'impose donc pas directement la suppression d'une inégalité s'agissant d'un bâtiment existant (<ref-ruling> consid. 2). Par ailleurs, à l'exception des bâtiments de la Confédération ou subventionnés par elle (<ref-law>), la LHand ne contient pas de règles de droit matériel qui s'appliqueraient directement dans le domaine de la construction, mais se borne à fixer des conditions générales d'accessibilité aux bâtiments publics qui doivent être respectées pour éviter de discriminer les personnes handicapées (<ref-ruling> consid. 2.3). L'art. 46 al. 1 de l'ordonnance cantonale sur les constructions et l'aménagement du territoire prévoit en revanche que les bâtiments ouverts au public, telles les églises, doivent être accessibles aux handicapés. A défaut d'autres précisions, la mise en oeuvre de cette disposition doit être faite en s'inspirant des principes posés dans la LHand, en particulier à propos du principe de proportionnalité dont l'application fait l'objet de dispositions détaillées aux art. 11 et 12 LHand. Il y a dès lors lieu de prendre en considération l'aspect financier, les atteintes à l'environnement, à la nature ou au patrimoine, ainsi que la question de la sécurité (<ref-law>). L'<ref-law> précise encore qu'il convient de tenir compte du nombre de personnes qui utilisent la construction, de l'importance de celle-ci et du caractère provisoire ou durable de la construction.
5.2.3 La Cour cantonale a relevé que la fréquentation de la Chapelle du Vorbourg est importante. Les chiffres avancés (15 à 20 personnes à la messe du matin et 70 à 100, voire 200 personnes lors de la messe du dimanche; 30 à 100 personnes fréquentant quotidiennement la chapelle, jusqu'à 300 personnes le dimanche; 5'000 visiteurs lors de la semaine des fêtes du Vorbourg) sont certes remis en cause par Patrimoine Suisse, sans toutefois être qualifiés de manifestement inexacts (<ref-law>). Il n'est pas contesté que la chapelle constitue un lieu de pèlerinage traditionnel reconnu, et que l'intérêt des personnes handicapées à pouvoir y accéder est important.
5.3 Dans le cadre de la pesée des intérêts, la cour cantonale a distingué la question des accès sud et nord. Cette distinction est pertinente, car la question se pose de manière différente dans chaque cas.
6. L'aménagement d'un ascenseur au sud de la Chapelle a pour but unique de permettre l'accès de celle-ci aux personnes à mobilité réduite. Il n'est en effet pas contesté que la Chapelle du Vorbourg est fréquentée par des personnes âgées ou handicapées. La Bourgeoisie a renoncé au premier projet soumis à la cour cantonale, car il impliquait un déplacement de l'escalier d'entrée, jugé digne de protection. Le projet litigieux permet d'éviter une telle atteinte puisqu'il se situe à quelque 8 m. La cage d'ascenseur doit prendre place dans le socle rocheux soutenant la Chapelle. Contrairement à ce que soutient Patrimoine Suisse, l'accès prévu a été clairement approuvé par la CFMH, qui considère l'atteinte au site comme admissible pour autant que diverses mesures d'intégration soient prises. L'installation ne nécessite aucune intervention sur le bâtiment lui-même (art. 6 al. 2 let. b ch. 2 OHand) et son impact sur le site est diminué par son insertion dans le rocher.
6.1 Pour l'essentiel, l'argumentation des recourantes repose sur l'existence de la variante Salvi, à leurs yeux préférable. Ce projet, moins coûteux (260'000 fr. contre 320'000 fr. pour le projet de la bourgeoisie) consiste dans l'installation d'un ascenseur dans le bâtiment attenant à la Chapelle et abritant le kiosque et le logement des pères résidants. Il permet d'accéder directement à la chapelle, à proximité immédiate du choeur, en passant par l'actuel confessionnal intime dont il implique la suppression (et son installation au rez-de-chaussée), ainsi que la réduction de la surface du kiosque et du logement. Selon une variante du projet, des WC handicapés pourraient être installés au rez-de-chaussée, réduisant d'autant la surface du kiosque.
La cour cantonale a requis une expertise afin de déterminer la faisabilité de ce projet. Le rapport du 13 octobre 2006 confirme que celui-ci est techniquement réalisable. L'objection principale élevée contre ce projet réside dans la suppression du confessionnal. Dans une lettre du 2 novembre 2009, le Chapelain du Vorbourg relève que l'arrivée de l'ascenseur directement devant le choeur pouvait causer des dérangements et porter atteinte à la symbolique de ce lieu. Le confessionnal intime ne pouvait être déplacé entre le local technique et les toilettes. Face à ces objections, la cour cantonale a requis un nouvel avis auprès du directeur du Centre romand de pastorale liturgique. Dans son rapport du 22 février 2007, ce dernier estime qu'un ascenseur n'a pas sa place dans un espace liturgique. Il relève aussi qu'en tant que sacrement, la confession doit s'accomplir dans la chapelle. L'ASPr remet en cause ce rapport en estimant qu'il ne pourrait être considéré comme une expertise et qu'il manquerait de clarté. Elle se garde toutefois d'indiquer en quoi son auteur ne disposerait pas des connaissances suffisantes pour s'exprimer sur les questions posées. Il ressort par ailleurs clairement du rapport qu'une installation telle qu'un ascenseur - soit l'élément essentiel du projet Salvi - est considéré comme "obscène dans un espace liturgique", et qu'il est "judicieux voire indispensable de situer le confessionnal dans la chapelle", pour des motifs qui sont par ailleurs clairement exposés. Dans la mesure où les raisons d'ordre religieux ont été exposées par le Chanoine de la Chapelle lui-même, puis confirmées par un spécialiste indépendant, l'abandon du projet Salvi repose sur des motifs suffisamment convaincants. La différence de prix entre les deux projets ne saurait être retenue comme motif d'opposition puisque la Bourgeoisie a décidé d'assumer les coûts plus élevés de son propre projet.
6.2 Le projet finalement retenu permet d'assurer l'accessibilité de la Chapelle aux personnes handicapées tout en portant une atteinte limitée au site. Sur ce point, il a reçu l'aval de la commission fédérale spécialisée, dont il n'y a pas de motif de remettre en cause l'appréciation. Par rapport au projet Salvi, il permet d'éviter une intervention à l'intérieur des bâtiments qui nécessiterait un réaménagement des espaces (logement des moines et choeur de la chapelle) et aurait une incidence sur la pratique religieuse. Or, comme le relève l'arrêt attaqué, la Chapelle du Vorbourg est un lieu de culte et de pèlerinage; les contingences liées à la pratique religieuse ne sauraient être qualifiés de motifs de pure convenance; ils revêtent au contraire une importance particulière dans le cadre de la pesée d'intérêts. Patrimoine Suisse prétend que le confessionnal intime n'aurait aucune valeur historique, qu'il ne serait utilisé que pour le confort du prêtre résidant et que son utilisation serait de moins en moins fréquente. Il s'agit là d'affirmations qui ne trouvent aucune confirmation au dossier. Il n'y a pas de raison de douter des affirmations du chanoine du Vorbourg (notamment lors de l'audience du 24 février 2006) selon lequel le confessionnal intime - qui permet l'anonymat - est régulièrement utilisé et constituerait un élément essentiel de la vie pastorale.
Le projet litigieux apparaît ainsi comme celui qui permet de ménager au mieux les différents intérêts en présence. Pour le surplus, les recourantes ne prétendent pas que des mesures supplémentaires devraient être prévues pour assurer une meilleure intégration de l'installation au site.
6.3 S'agissant de l'accès par le sud, l'ASPr se contente de relever que l'entrée depuis l'ascenseur serait "très éloignée de l'accès principal". On ne voit toutefois pas en quoi il en résulterait une discrimination inadmissible. Aux termes de la loi en effet, il y a inégalité dans l'accès à une construction ou une installation "lorsque cet accès est impossible ou difficile aux personnes handicapées pour des raisons d'architecture" (<ref-law>). Le projet litigieux a précisément pour but de supprimer la difficulté d'accès. Si l'accès par l'ascenseur est distant de quelque 8 m de l'entrée principale, cela tient au fait qu'un aménagement de l'escalier - tel qu'initialement prévu - constituait une atteinte excessive au site selon l'appréciation de la CFMH. Il s'agit d'un motif tenant à la protection du patrimoine et des monuments au sens des <ref-law> et 6 al. 2 OHand. De ce point de vue, la variante Salvi n'apparaît guère préférable puisqu'elle implique elle aussi un accès séparé, par le bâtiment accolé à la Chapelle. Faute d'alternative envisageable, la solution retenue n'est critiquable ni du point de vue de la protection du site, ni de celui de l'accès aux personnes handicapées.
7. L'accès aux sanitaires du côté nord est lui aussi critiqué par les deux recourantes. Patrimoine Suisse y voit une atteinte au site par la modification de l'escalier, en particulier la création d'un palier à son sommet, et craint un enlaidissement des lieux par le mécanisme du monte-personnes.
7.1 Selon la cour cantonale, le côté nord de la Chapelle ne présenterait pas en soi d'intérêt particulier. Il s'y trouve une annexe érigée en 1948/1949, qui ne présente aucun cachet, ainsi que le bâtiment abritant les sanitaires, à 6,5 m de la façade nord. Ces considérations ne sont pas remises en cause par les recourantes. Dans ses prises de position, la CFMH a estimé qu'il serait largement préférable de renoncer au monte-personnes. Toutefois, si un accès indirect n'était pas possible, la commission, tout en regrettant la solution, a déclaré ne pas s'y opposer. L'accès indirect évoqué a été rejeté par la cour cantonale car il impliquait plusieurs passages d'escaliers et 20 m de chemin caillouteux. Les parties ne contestent pas la renonciation à un tel accès. Elles se réfèrent là aussi au projet Salvi, lequel a toutefois été écarté pour des motifs convaincants exposés ci-dessus. Au demeurant, si le projet retenu n'apparaît pas optimal du point de vue de la protection du site, la CFMH l'a tout de même considéré comme acceptable à défaut d'une alternative envisageable. Compte tenu de la configuration des lieux manifestement moins dignes de protection que l'autre versant de la chapelle et de l'impact réduit de l'installation, limitée à la transformation de l'escalier, le projet ne porte pas une atteinte disproportionnée au site.
7.2 L'ASPr estime pour sa part que l'installation ne serait pas pratique, puisqu'elle implique que la personne handicapée traverse la chapelle et emprunte un monte-escalier à l'air libre, ce type d'appareil étant selon elle "lent et fastidieux à utiliser", ce qui pourrait dissuader certaines personnes de se rendre à la Chapelle du Vorbourg. Outre ses difficultés d'utilisation, le monte-personnes serait dangereux pour ses utilisateurs, comme cela ressortirait de la norme SIA 500.
7.3 Lorsque, comme en l'espèce, la construction n'est pas édifiée ou subventionnée par la Confédération (<ref-law>), ni la LHand, ni l'OHand de contiennent, on l'a vu, de prescriptions sur les normes techniques applicables à ce genre d'installation. Le renvoi à la norme SIA 500 "Constructions sans obstacles" n'est en effet directement applicable que pour les unités administratives de la Confédération. En dehors de ces cas, il y a lieu de rechercher, selon les règles générales applicables dans le cadre de la pesée d'intérêts, si l'installation litigieuse est propre à remplir sa fonction. Tel est le cas, en dépit des objections de la recourante. En effet, malgré de nombreux inconvénients recensés dans l'annexe C (concernant les critères "facilité d'utilisation" et "disponibilité et sécurité"), les plateformes élévatrices et les monte-escaliers sont admis par la norme SIA 500 sous certaines réserves (ch. 3.8.1), soit lorsque l'application stricte des prescriptions s'avère impossible ou nécessite une dépense disproportionnée (ch. 1.2). Or, il ne fait guère de doute, dans le cas particulier, qu'une installation présentant un impact visuel plus important qu'un simple monte-escalier se heurterait aux objections de la première recourante, ainsi que de la CFMH.
7.4 Dès lors, même si elle n'apparaît idéale ni du point de vue de la protection du site, ni du point de vue de l'accessibilité pour les personnes handicapées, la solution retenue procède d'une pesée adéquate des intérêts en présence. Comme cela a été relevé ci-dessus, la Bourgeoisie n'avait aucune obligation, découlant de la LHand, d'améliorer l'accessibilité de la Chapelle du Vorbourg. Elle a décidé de le faire en tenant compte de la vocation des lieux, tout en devant respecter l'identité du site. Son dernier projet apparaît ainsi conforme au droit fédéral.
8. Les deux recours doivent par conséquent être rejetés. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourantes. La Bourgeoisie de Delémont agi en tant que propriétaire. Elle a droit, par conséquent à l'allocation de dépens, à la charge solidaire des recourantes.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 1C_394/2010 et 1C_404/2010 sont jointes.
2. Les recours sont rejetés.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de chacune des recourantes.
4. Un indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à la Bourgeoisie de Delémont, à la charge solidaire des recourantes.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Conseil communal de Delémont, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Chambre administrative, et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 10 juin 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Fonjallaz Kurz