Faits:
A.
Par jugement du 19 janvier 2011, le Tribunal régional Jura bernois-Seeland, Agence du Jura bernois, a condamné X._, pour homicide par négligence au préjudice de feu A.Y._, à une peine pécuniaire de cinq jours-amende à 96 fr., à savoir à un total de 480 fr., avec sursis pendant deux ans.
B.
Statuant le 3 octobre 2013 sur l'appel de X._, la 2e Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne a confirmé la déclaration de culpabilité d'homicide par négligence, mais a réduit la peine à trois jours-amende à 90 fr., à savoir un total de 270 fr., avec sursis pendant deux ans.
En résumé, elle a retenu les faits suivants:
B.a.
B.a.a. A.Y._, né en 1980, souffrait de troubles de schizophrénie et séjournait dans un foyer. Le samedi 25 août 2007, il a ingurgité divers stupéfiants et bu du vin en vue de mettre fin à ses jours. Il a été retrouvé à Bienne au bord du lac et a été conduit en ambulance à l'Hôpital B._.
B.a.b. A son arrivé à l'Hôpital B._ le patient a fait l'objet d'un premier examen par la Dresse C._. A un moment donné, l'infirmière a averti le médecin que le patient ne pouvait que difficilement être réveillé. La Dresse C._ a alors appelé le chef de clinique, le Dr D._, qui a demandé à l'infirmière de lui injecter une demi-ampoule d'Anexate, pour lutter contre la surdose de Dormicum. Comme, à la suite de cette première injection, aucune amélioration de l'état du patient n'a été constatée, une seconde dose lui a été administrée, mais sans plus de succès. Le Dr D._ a alors ordonné l'administration de Naloxon, pour lutter contre les effets de l'héroïne. Si la première injection n'a rien donné, la seconde a réveillé le patient, qui se trouvait alors dans son état normal.
A la suite d'un entretien avec le patient, qui a formulé avec une grande insistance sa volonté d'en finir avec la vie, le Dr D._ a décidé, avec l'accord de ce dernier, de le transférer à la Clinique E._. La Dresse C._ a organisé son transfert et, en particulier, a pris contact, vers 19h20, avec le médecin de garde de la clinique, le Dr F._. Elle lui a expliqué que A.Y._ avait consommé une grande quantité d'alcool, 19 comprimés de Dormicum et une grande quantité d'héroïne. Elle a justifié son transfert à la Clinique E._, en raison de ses tendances suicidaires et du fait qu'il y avait déjà séjourné.
Environ 20 minutes plus tard, le patient a pris son souper. Afin que l'effet de l'héroïne ne puisse réapparaître, le Dr D._ lui a injecté une nouvelle dose de Nalaxon par voie intramusculaire. Vers 20h00, le patient a quitté l'hôpital à pied et sans aide pour se rendre en ambulance à la Clinique E._.
B.a.c. A la Clinique E._, l'infirmier G._ a pris en charge A.Y._. Le médecin de garde, le Dr F._, s'est entretenu avec lui, mais il était difficile d'avoir une discussion cohérente. Le patient était fatigué et voulait aller se reposer; son pouls et sa tension étaient normaux. Le Dr F._ a posé comme diagnostic d'admission un épisode dépressif sévère avec symptôme psychotique et trouble délirant. Il a informé ses auxiliaires du fait que A.Y._ avait consommé de l'alcool, 19 comprimés de Dormicum et de l'héroïne en quantité indéterminée. Il a demandé aux deux veilleurs de nuit de passer de temps en temps pour voir son état et, en cas d'agitation, de lui administrer de l'Entumine.
A 22h30, l'infirmier G._ a retrouvé son patient dans un sommeil semi-comateux; celui-ci avait vomi et avait une respiration rapide et bruyante. Il a d'abord averti sa collègue, X._, puis a téléphoné au médecin de garde pour l'informer que le patient avait vomi et que les vomissures contenaient des traces de sang. Il a été convenu entre eux que le Dr F._ n'avait pas besoin de se déplacer; ce dernier a indiqué qu'il se tenait à disposition. A un moment donné, G._ a de nouveau demandé à sa collègue de venir voir le patient; ils ont constaté que la respiration de A.Y._ était devenue stertoreuse (à savoir qu'il y avait un râle dans la respiration, surtout à l'expiration).
Peu avant 7h00, les infirmiers H._ et I._ ont pris leur service de jour. G._ a exprimé son sentiment que le patient devait être transféré dans un établissement hospitalier. L'infirmier H._ s'est alors rendu dans la chambre de A.Y._ afin de lui prendre la tension. Il a constaté qu'il avait vomi et que son pouls était filant, faible et rapide. Il s'est alors rendu auprès de son collègue et ils ont averti le Dr F._, qui est arrivé cinq minutes plus tard. Il était alors impossible de prendre le pouls du patient, dont le décès a été constaté à 7h30.
B.b. Selon les rapports d'expertise, le décès de A.Y._ était dû à une inflammation des poumons, qui a conduit à une insuffisance respiratoire. L'inflammation a été causée par l'arrivée dans les poumons du contenu de l'estomac et/ou de la salive. Cette absorption est due au fait que le défunt a souffert pendant plusieurs heures d'un état d'inconscience qui l'a empêché d'utiliser ses réflexes naturels permettant d'éviter l'absorption de corps étrangers par les poumons, notamment en toussant.
B.c. En droit, la cour cantonale a condamné X._ pour homicide par négligence (<ref-law>) pour avoir effectué divers contrôles de la victime entre 22h30 et 6h30 et avoir omis de rappeler le médecin de garde pour l'informer de ses constats et, le cas échéant, le prier de se rendre au chevet du patient.
La cour cantonale a également déclaré responsable du décès de A.Y._ le médecin de garde de la clinique E._, le Dr F._, et classé la procédure à l'encontre de l'infirmier, G._, qui est décédé pendant la procédure d'appel. Elle a condamné les médecins de l'Hôpital B._ pour homicide par négligence. Elle a reproché à l'assistante, la Dresse C._, de ne pas avoir transmis à la Clinique E._ un rapport détaillé au moment du transfert de A.Y._ et au chef de clinique, le Dr D._, de pas avoir suffisamment instruit C._ sur le rapport à fournir à la Clinique E._.
C.
Contre ce dernier jugement cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à sa libération de la prévention d'homicide par négligence.
Parallèlement, le Dr D._ et la Dresse C._ déposent un recours au Tribunal fédéral. Le Dr F._ a renoncé à recourir.

Considérant en droit:
1.
La recourante conteste sa condamnation pour homicide par négligence (<ref-law>).
1.1. En l'espèce, l'acte reproché à la recourante est un comportement passif. Selon l'<ref-law>, un crime ou un délit peut aussi être commis par le fait d'un comportement passif contraire à une obligation d'agir (al. 1). Reste passif en violation d'une obligation d'agir celui qui n'empêche pas la mise en danger ou la lésion d'un bien juridique protégé par la loi pénale bien qu'il y soit tenu à raison de sa situation juridique. La loi énumère plusieurs sources pouvant fonder une position de garant, à savoir la loi, un contrat, une communauté de risques librement consentie ou la création d'un risque (<ref-law>).
N'importe quelle obligation juridique ne suffit cependant pas. Il doit s'agir d'une obligation juridique qualifiée (message du 21 septembre 1998 concernant la modification du code pénal suisse, FF 1999, p. 1808 ; URSULA CASSANI, in Commentaire romand, Code pénal I, n° 21 et 25 ad <ref-law>). Il faut que l'auteur se soit trouvé dans une situation qui l'obligeait à ce point à protéger un bien déterminé contre des dangers indéterminés (devoir de protection) ou à empêcher la réalisation de risques connus auxquels des biens indéterminés étaient exposés (devoir de surveillance), que son omission peut être assimilée au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 191 ; <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 259 s.).
Il est admis que le médecin et le personnel soignant assument une obligation contractuelle de protection vis-à-vis de leurs patients ( MICHEL DUPUIS ET AL., Petit commentaire du Code pénal, 2e éd., 2012, n° 11 ad <ref-law>; PHILIPPE GRAVEN, L'infraction pénale punissable, 2e éd., 1995, p. 81). Pour délimiter les responsabilités en cas de travail médical en équipe, la doctrine pénale recourt au principe de la confiance ( TRECHSEL/JEAN-RICHARD-DIT-BRESSEL, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2e éd., 2013, n° 11 ad <ref-law>; JOSÉ HURTADO POZO, Droit pénal, Partie générale, 2008, n° 1376 ss), développé en matière de circulation routière, selon lequel tout conducteur peut compter, en l'absence d'indice contraire, avec une certaine prudence des autres personnes (<ref-ruling> consid. 4 p. 280 ss). De la même manière, en cas de division horizontale du travail, chaque travailleur doit pouvoir légitimement s'attendre que son collègue respectera ses devoirs, tant qu'aucune circonstance ne laisse présumer le contraire. En cas de répartition verticale, la doctrine subordonne le principe de la confiance à l'obligation, pour le supérieur, de choisir un auxiliaire qualifié, de lui donner les instructions nécessaires et de le surveiller correctement (cura in eligendo, custodiendo et instruendo; KURT SEELMANN, in Basler Kommentar, Strafrecht I, vol. I, 2013, n° 41 ad <ref-law> p. 22; ROBERT ROTH, Le droit pénal face au risque et à l'accident individuels, Lausanne 1987, p. 88 ss; <ref-ruling> consid. 3d/bb p. 310).
1.2. Agit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, commet un crime ou un délit sans se rendre compte des conséquences de son acte ou sans en tenir compte (art. 12 al. 3 1ère phrase CP). Une condamnation pour homicide par négligence suppose que l'auteur ait provoqué le résultat en violant un devoir de prudence. Un comportement viole un devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu et dû, compte tenu des circonstances, de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger des biens juridiquement protégés de la victime et qu'il a simultanément dépassé les limites du risque admissible (cf. art. 12 al. 3 2e phrase CP; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 10).
Le risque de survenance du résultat est reconnaissable ou prévisible pour l'auteur lorsque son comportement est propre, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit ou, au moins, à le favoriser. La chaîne des événements conduisant au résultat doit être prévisible pour l'auteur à tout le moins dans ses grandes lignes. Il faut d'abord se demander si l'auteur aurait pu et dû prévoir, ou reconnaître, la mise en danger des biens juridiquement protégés de la victime. La réponse à cette question nécessite de recourir à la notion de causalité adéquate. Le comportement doit ainsi être propre, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit ou, au moins, à le favoriser (<ref-ruling> consid. 2.1 p 64; <ref-ruling> consid. 3.2 p.10).
La prévisibilité de la cause ayant entrainé le résultat ne doit être niée que lorsque des circonstances tout à fait exceptionnelles, comme la faute concomitante d'un tiers ou le comportement de la victime, interviennent comme causes concurrentes, qu'on ne devait tout simplement pas compter avec elles et qu'elles ont une importance telle qu'elles apparaissent comme la cause la plus probable et la plus immédiate du résultat, reléguant ainsi à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à l'amener, en particulier le comportement de l'accusé (<ref-ruling> consid. 2.1 p 64; <ref-ruling> consid. 3.2 p.10). En règle générale, le concours de plusieurs causes concomitantes ne rompt pas le lien de causalité entre un acte déterminé et le résultat qui s'en suit.
Pour attribuer la survenance du résultat à un comportement coupable de l'auteur, sa seule prévisibilité ne suffit pas. Il faut encore savoir si le résultat était également évitable. Il faut à cet égard analyser et examiner le déroulement causal hypothétique des événements pour déterminer si le résultat ne se serait pas produit si l'auteur avait eu un comportement conforme à ses devoirs. Pour qu'on puisse compter avec le résultat, il suffit que le comportement de l'auteur apparaisse, avec un haut degré de vraisemblance ou avec une vraisemblance confinant à la certitude, comme la cause du résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p 65; <ref-ruling> consid. 3.2 p.11).
1.3.
1.3.1. La recourante fait valoir que les informations lacunaires transmises par l'Hôpital B._ ont causé des erreurs d'appréciation fondamentales de sa part et de celle de son collègue. En particulier, elle avait compris que le patient, hospitalisé la veille à l'Hôpital B._, avait été mis en observation pour 24 heures au moins et qu'il avait reçu tous les traitements appropriés pour les produits consommés, de sorte qu'il se trouvait dans une situation médicalement stable. Cette argumentation ne peut être suivie. On ne peut certes pas nier que les informations lacunaires de la part de l'Hôpital B._ ont favorisé certains manquements du personnel soignant de la Clinique E._. Il n'en reste pas moins que la recourante a constaté elle-même durant la nuit la péjoration de l'état de santé du patient, en particulier que sa respiration était devenue stertoreuse (jugement attaqué p. 29 s.). Elle était consciente de la gravité de la situation, puisqu'elle partageait l'avis de son collègue que le patient aurait dû être transféré dans un hôpital somatique (jugement de première instance p. 35). Ainsi, malgré les informations lacunaires des médecins de l'Hôpital B._, la recourante et son collègue s'étaient rendu compte de la péjoration de l'état de santé du patient et notamment de ses difficultés respiratoires.
Lors du premier coup de téléphone, le médecin de garde avait donné l'injonction d'augmenter le niveau de surveillance et avait dit qu'il se tenait à disposition en cas de besoin (jugement attaqué p. 28). La recourante ou son collègue devaient donc l'aviser de toute dégradation de l'état de santé du patient et notamment de l'apparition de la respiration stertoreuse. La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir établi l'heure de l'entretien téléphonique entre le Dr F._ et l'infirmier G._. Cet élément n'est pas déterminant pour l'issue du litige. En effet, il est établi qu'après ce premier coup de téléphone, l'état de santé du patient s'est encore détérioré et que sa respiration était devenue stertoreuse. Ce constat justifiait un nouvel appel au médecin de garde.
Il ressort des constatations cantonales que la recourante et son collègue G._ assumaient en commun la responsabilité en ce qui concerne la surveillance du patient, même si G._ a peut-être joué un rôle plus actif. Celui-ci n'était pas son supérieur hiérarchique, de sorte que la recourante ne pouvait rester inactive. Si elle estimait que son collègue manquait à ses obligations, elle devait intervenir et téléphoner au médecin de garde. En n'ayant pas averti le médecin de garde de la nouvelle péjoration de l'état de santé du patient elle a ainsi violé son devoir de diligence.
1.3.2. Si le médecin de garde avait été avisé de la respiration stertoreuse, il aurait pu prendre les mesures nécessaires afin d'empêcher une issue fatale et notamment ordonner son transfert dans un hôpital somatique, où des examens approfondis auraient pu être effectués et un traitement approprié ordonné. La recourante fait valoir que son collègue avait appelé le médecin de garde durant la nuit pour lui faire part de ses inquiétudes et notamment du fait que le patient avait vomi du sang et que le médecin de garde ne s'était pourtant pas déplacé au chevet du patient. Selon la recourante, on ne saurait donc considérer comme certain que le médecin de garde se serait déplacé en cas de nouvel appel. Par cette argumentation, la recourante fait un procès d'intention à ce dernier. En effet, lors du premier téléphone, il avait été question de vomissements avec une suspicion de sang. Ce second appel aurait eu pour but de l'informer d'une aggravation de la situation, avec notamment l'apparition d'une respiration stertoreuse. Or, au vu d'un tel constat, on peut admettre que le médecin se serait déplacé et aurait pris les mesures nécessaires. C'est donc avec raison que la cour cantonale a admis que, selon une haute vraisemblance, le rappel du médecin aurait empêché la mort du patient.
La recourante soutient que les experts ne se sont pas prononcés sur la question de savoir à quel moment au plus tard une intervention médicale aurait dû intervenir pour empêcher la mort de la victime et sur les soins que le médecin de garde aurait pu et dû prodiguer pour empêcher la mort de la victime. Si les experts n'ont pas répondu à ces questions, ils ont abordé la possibilité concrète de sauver le patient au moment de l'intervention des deux infirmiers qui ont pris le relais des deux infirmiers assurant la veille de nuit. Dès lors, on peut admettre que quelques heures plus tôt, à savoir au moment où les infirmiers de nuit ont constaté que le patient avait une respiration stertoreuse et qu'il ne pouvait plus être réveillé ou seulement par le contrôle des pupilles, il aurait été encore possible de réagir avec de fortes chances de succès.
La recourante soutient que le lien de causalité adéquate a été rompu. En effet, le patient aurait pris un repas au service des urgences de l'Hôpital B._ peu après l'injection de deux doses d'Anexate et de Narcan et, comme le patient n'était pas réveillé de manière adéquate, cela aurait causé une aspiration de matière gastrique dans les poumons. Selon elle, cet élément, extraordinaire, aurait entraîné la rupture du lien de causalité. Cet argument n'est pas pertinent. En effet, premièrement, il n'est pas établi que le décès soit dû à l'arrivée dans les poumons de nourriture. Selon l'expertise, le décès de la victime est dû à l'arrivée dans les poumons du contenu de l'estomac et/ou de la salive. En second lieu, le lien de causalité ne peut être interrompu que par la survenance de circonstances extraordinaires; le lien subsistera en revanche malgré une circonstance personnelle de la victime, l'intervention simultanée et autonome d'un tiers ou le comportement de la victime elle-même. En l'espèce, selon les experts, il est parfois difficile de maintenir à jeun les patients polytoxicomanes car ceux-ci peuvent devenir agressifs. Le fait de servir un repas au patient ne constituait donc pas un comportement extraordinaire, propre à rompre le lien de causalité.
Enfin, la recourante fait valoir que la volonté délibérée du patient de mettre fin à ses jours constitue une cause concomitante qui entraîne une rupture du lien de causalité. Cet argument ne peut être suivi. La volonté suicidaire de la victime ne modifiait en rien les obligations des divers acteurs du corps médical. Les substances que la victime avait ingurgitées ne l'avaient pas été en dose létale, si bien qu'une prise en charge adéquate, sur la base d'informations fiables, aurait permis d'éviter son décès.
1.4. La cour cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral en condamnant la recourante pour homicide par négligence (<ref-law>).
2.
Le recours doit être rejeté.
La recourante, qui succombe, devra supporter les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, Section pénale, 2ème Chambre pénale.
Lausanne, le 23 juin 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Kistler Vianin