Faits:
A. Par arrêt du 20 mars 1991, le Tribunal d'accusation vaudois a prononcé un non-lieu en faveur de X._, prévenu de dommages à la propriété, abus de confiance et menaces, et ordonné son internement dans un établissement approprié.
Par décision du 18 janvier 2007, la Commission de libération a ordonné la poursuite de la mesure d'internement prononcée à l'encontre de X._, pour une durée indéterminée, la direction de l'établissement où est placé l'intéressé étant invitée à renseigner deux fois par année le service pénitentiaire sur cette prise en charge et à lui faire à ces occasions toutes propositions opportunes.
B. Par arrêt du 28 novembre 2007, le Tribunal d'accusation vaudois a ordonné que l'internement de X._ se poursuive conformément au nouveau droit.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il invoque l'arbitraire, une violation de son droit d'être entendu, de sa liberté personnelle et de l'<ref-law>. Il conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt précité en ce sens qu'il est soumis à un traitement ambulatoire au sens de l'<ref-law> et, subsidiairement, à l'annulation de la décision cantonale. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Le Tribunal d'accusation vaudois renonce à se déterminer et le Ministère public conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves. En bref, il estime que le Tribunal d'accusation s'est trompé sur le sens et la portée de la décision de la Commission de libération du 18 janvier 2007 et de l'évaluation de la Commission interdisciplinaire consultative concernant les délinquants nécessitant une prise en charge psychiatrique des 10 et 11 septembre 2007 (CIC). Il lui reproche également de ne pas avoir tenu compte de l'expertise psychiatrique du Département universitaire de psychiatrie adulte (DUPA) du 26 octobre 2005, du rapport d'évolution de l'Unité de psychiatrie ambulatoire d'Orbe du 24 août 2006, de la note relative à la rencontre interdisciplinaire du 29 octobre 2007 et du mémo de transmission du 21 novembre 2007 de l'Office d'exécution des peines. Il se plaint enfin d'une violation de son droit d'être entendu, estimant que l'arrêt cantonal est insuffisamment motivé.
1. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'appréciation des preuves. En bref, il estime que le Tribunal d'accusation s'est trompé sur le sens et la portée de la décision de la Commission de libération du 18 janvier 2007 et de l'évaluation de la Commission interdisciplinaire consultative concernant les délinquants nécessitant une prise en charge psychiatrique des 10 et 11 septembre 2007 (CIC). Il lui reproche également de ne pas avoir tenu compte de l'expertise psychiatrique du Département universitaire de psychiatrie adulte (DUPA) du 26 octobre 2005, du rapport d'évolution de l'Unité de psychiatrie ambulatoire d'Orbe du 24 août 2006, de la note relative à la rencontre interdisciplinaire du 29 octobre 2007 et du mémo de transmission du 21 novembre 2007 de l'Office d'exécution des peines. Il se plaint enfin d'une violation de son droit d'être entendu, estimant que l'arrêt cantonal est insuffisamment motivé.
1.1 1.1.1 La notion d'arbitraire a été rappelée récemment aux <ref-ruling> consid. 5.4 p.148 et 133 I 149 consid. 3.1 p. 153, auxquels on peut donc se référer. En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat.
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique que le juge motive sa décision de manière à ce que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu et à ce que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 236 et les références citées). Il suffit, pour satisfaire à ces exigences, que l'autorité examine les questions décisives pour l'issue du litige et expose les motifs qui fondent sa décision de manière à ce que le destinataire de celle-ci puisse en saisir la portée et exercer ses droits de recours à bon escient; elle n'est pas tenue de discuter de façon détaillée tous les arguments avancés et n'est pas davantage astreinte à se prononcer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236).
1.1.2 Le ch. 2 al. 2 des dispositions finales de la modification du 13 décembre 2002 précise que, dans un délai de douze mois à compter de l'entrée en vigueur du nouveau droit, le juge examine si les personnes qui sont internées selon les art. 42 ou 43 ch. 1 al. 2 de l'ancien droit remplissent les conditions d'une mesure thérapeutique (art. 59 à 61 ou 63). Dans l'affirmative, le juge ordonne cette mesure; dans le cas contraire, l'internement se poursuit conformément au nouveau droit.
1.1.2.1 Selon l'<ref-law>, lorsque l'auteur souffre d'un grave trouble mental, le juge peut ordonner un traitement institutionnel si l'auteur a commis un crime ou un délit en relation avec ce trouble (let. a) et s'il est à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec ce trouble (let. b). Le traitement institutionnel s'effectue dans un établissement psychiatrique approprié ou dans un établissement d'exécution des mesures (al. 2). Le traitement s'effectue dans un établissement fermé tant qu'il y a lieu de craindre que l'auteur ne s'enfuie ou ne commette de nouvelles infractions. Il peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'art. 76 al. 2, dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié (al. 3).
D'après l'<ref-law>, lorsque l'auteur souffre d'un grave trouble mental, est toxico-dépendant ou qu'il souffre d'une autre addiction, le juge peut ordonner un traitement ambulatoire au lieu d'un traitement institutionnel, si l'auteur a commis un acte punissable en relation avec son état (let. a) et s'il est à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec son état (let. b). L'autorité compétente peut ordonner que l'auteur soit momentanément soumis à un traitement institutionnel initial temporaire si cette mesure permet de passer ensuite à un traitement ambulatoire. Le traitement institutionnel ne peut excéder deux mois au total (al. 3).
La mesure prononcée doit respecter le principe de la proportionnalité, c'est-à-dire que l'atteinte aux droits de la personnalité qui en résulte pour l'auteur ne doit pas être disproportionnée au regard de la vraisemblance qu'il commette de nouvelles infractions et de leur gravité (<ref-law>). Si plusieurs mesures s'avèrent appropriées, mais qu'une seule est nécessaire, le juge ordonne celle qui porte à l'auteur les atteintes les moins graves (<ref-law>).
1.1.2.2 Si aucune des mesures prévues par les art. 59 à 61 ou 63 CP n'entrent en considération, les conditions y relatives n'étant pas réalisées, l'internement se poursuit alors conformément au nouveau droit. Dans ce cas, l'intéressé peut cependant demander sa libération conditionnelle, laquelle se décide désormais d'après le nouveau droit, soit les <ref-law> et suivant. Or, selon le sens et le but de ces nouvelles dispositions, la condition de la prévisibilité d'une conduite correcte en liberté, prévue à l'<ref-law>, doit être appréciée par rapport aux seules infractions énumérées à l'<ref-law>. Les autres comportements, qui n'entrent pas dans les prévisions de cette disposition, sont irrelevants. Ainsi, un auteur qui a été interné, comme délinquant d'habitude au sens de l'art. 42 aCP ou comme délinquant anormal au sens de l'art. 43 ch. 1 al. 2 aCP, doit être libéré conditionnellement en application de l'<ref-law>, s'il est à prévoir qu'il ne commettra pas, une fois remis en liberté, des infractions qui entrent dans le champ d'application de l'<ref-law>. En revanche, le fait qu'il soit susceptible de se rendre coupable de nouvelles infractions qui ne seraient pas visées par cette norme n'empêche pas le prononcé de sa libération conditionnelle (arrêt du 9 septembre 2008 6B_144/2008 destiné à la publication aux ATF 134 IV consid. 1.1.2).
1.2 Se référant à l'ensemble des éléments figurant au dossier, le Tribunal d'accusation a jugé que les conditions d'un traitement ambulatoire au sens de l'<ref-law> n'étaient, en l'état, pas réalisées. Il a mentionné que, dans son évaluation des 10 et 11 septembre 2007, la CIC avait considéré que le traitement institutionnel de la maladie du recourant était susceptible de favoriser la réinsertion sociale de l'intéressé et de diminuer le risque de récidive. Elle a donc ordonné la poursuite de l'internement conformément au nouveau droit.
1.2.1 Dans leur rapport du 26 octobre 2005 (pièce n° 11), les experts du DUPA ont préconisé un accompagnement du recourant dans son projet d'autonomisation, avec aménagement d'un lieu de vie autonome (projet d'habiter dans un mobilhome), tout en gardant des liens étroits avec son milieu de vie actuel et en maintenant son traitement psychiatrique ambulatoire. Ils ont estimé que l'expertisé devait se rendre au moins une fois par semaine à la Croisée de Joux pour un entretien avec son référent, poursuivre les activités protégées ainsi que ses consultations auprès de la Dresse Y._ à la fréquence actuelle. Ils ont conclu que le maintien de l'art. 43 aCP était souhaitable, une révision de la mesure pouvant être faite fin 2006, avec l'évaluation de l'évolution de l'expertisé après cette période d'autonomisation.
Lors de la séance des 10 et 11 septembre 2007 (pièce n° 30), la CIC a relevé que les démarches entreprises pour trouver un établissement résidentiel adéquat au recourant se poursuivaient avec des perspectives intéressantes, que celui-ci avait commis des délits en lien avec l'évolution de sa maladie mentale et que le traitement institutionnel de cette maladie était susceptible de favoriser la réinsertion sociale de l'intéressé et de diminuer le risque de récidive.
Selon la note du 30 octobre 2007 du Service pénitentiaire des Etablissements de la plaine de l'Orbe (pièce n° 42), la situation du recourant s'est stabilisée et ce comportement est compatible avec l'examen d'un placement institutionnel. Les responsables du Foyer Le Sagittaire ont été rencontrés dans ce but et un processus a été déterminé dans la perspective du placement de l'intéressé au sein de cette institution.
Dans sa décision du 21 novembre 2007 (pièce n° 40), l'Office d'exécution des peines a ordonné la poursuite de l'internement de l'intéressé, avec effet rétroactif au 19 novembre 2007, à la pension Le Sagittaire, à Lucens, et subordonné ce transfert à toute une série de conditions, telles que l'abstinence à l'alcool, le respect des directives données, la participation aux activités proposées, la prise impérative et régulière de sa médication, la poursuite du traitement thérapeutique et le fait qu'il ne bénéficie, durant la phase d'observation, d'aucune sortie non accompagnée par une personne de la pension ou rattachée à cette dernière.
1.2.2 Au regard du contenu des pièces précitées, le renvoi général à l'ensemble du dossier et la seule référence explicite à la dernière évaluation de la CIC ne sont pas suffisants pour suivre l'argumentation de l'autorité précédente et comprendre la manière dont les éléments de preuve ont été appréciés (cf. supra consid. 1.2). Le Tribunal d'accusation conclut à la poursuite de l'internement, un traitement ambulatoire étant encore prématuré, sans toutefois examiner si une autre mesure thérapeutique, comme celle énoncée à l'<ref-law>, pourrait éventuellement entrer en ligne de compte. Il ne se prononce pas sur les questions décisives pour l'issue du litige, soit plus précisément sur la maladie du recourant, sur les risques qu'il présente et les mesures nécessaires, mais suffisantes, pour le détourner de nouvelles infractions en relation avec le trouble constaté. Dans ces conditions, l'arrêt attaqué est insuffisamment motivé et consacre donc une violation du droit d'être entendu du recourant.
2. En conclusion, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale. Dès lors, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant.
Il n'est pas perçu de frais (<ref-law>). Le canton de Vaud versera au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF), le soin de fixer les dépens de l'instance cantonale étant laissé à l'autorité cantonale (<ref-law>). La demande d'assistance judiciaire devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais.
3. Le canton de Vaud versera au mandataire du recourant une indemnité de dépens de 3000 francs.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 13 novembre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani