Sachverhalt:
A. Die Baugenossenschaft B._ ist Eigentümerin des selbstständigen und dauernden Baurechts GB G._ Nr. 8635 mit den Mehrfamilienhäusern an der S._strasse 55 - 65. Sie wollte ihre Häuser an der S._strasse 59/61 sanieren und erweitern lassen und übertrug mit Werkvertrag vom 25. März 2008 die Gerüstarbeiten für den Pauschalbetrag von Fr. 50'300.-- an die K._ AG. Das Gerüst wurde ab 4. Februar 2008 aufgebaut und musste in verschiedenen Bauetappen umgestellt bzw. dem Baufortschritt angepasst, d.h. teilweise abgebaut und in geänderter Form wieder aufgebaut werden. Verwendet wurde kein für das Bauvorhaben eigens hergestelltes Gerüst, sondern ein gängiges Element-/Systemgerüst. Dessen Abbau erfolgte ab 9. Juli 2008 und wurde am 7. August 2008 beendet.
B. Die K._ AG (Beschwerdeführerin) und die Baugenossenschaft B._ (Beschwerdegegnerin) vereinbarten im März/April 2008 die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts zur Sicherstellung des Vergütungsanspruchs von Fr. 50'300.--. Die vorläufige Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts für Fr. 50'300.-- zugunsten der Beschwerdeführerin und zulasten von GB G._ Nr. 8635 im Eigentum der Beschwerdegegnerin wurde am 14. April 2008 im Grundbuch vorgemerkt. Die Beschwerdeführerin erhob am 3. Juli 2008 Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts für Fr. 50'300.-- nebst Zins. Die Beschwerdegegnerin schloss auf Abweisung. Die von der Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin inzwischen gestellten Rechnungen über insgesamt Fr. 51'300.-- blieben unbezahlt. Das Handelsgericht des Kantons Bern wies die Klage ab (Urteil vom 3. Februar 2009).
C. Dem Bundesgericht beantragt die Beschwerdeführerin die Anweisung an das zuständige Grundbuchamt, das vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht für Fr. 50'300.-- nebst 5% Zins seit 11. September 2008 zulasten von GB G._ Nr. 8635 im Eigentum der Beschwerdegegnerin und zugunsten der Beschwerdeführerin definitiv im Grundbuch einzutragen. Eventuell sei die Sache zu weiteren Sachverhaltsabklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung. Das Handelsgericht hat die Akten zugestellt, auf Vernehmlassung aber verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Urteil über die definitive Eintragung des gesetzlichen Grundpfandrechts für die Forderungen der Handwerker und Unternehmer (<ref-law>) betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) und eine vermögensrechtliche Angelegenheit, wobei der gesetzliche Mindeststreitwert überschritten wird, der hier dem - gegenüber der Pfandsache unstreitig geringeren - Wert der zu sichernden Forderung von Fr. 50'300.-- entspricht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 24). Angefochten ist das Urteil eines Fachgerichts als letzter kantonaler Instanz (<ref-law>), das die Beschwerdeführerin als unterliegende Klägerin in ihren rechtlich geschützten Interessen trifft (<ref-law>) und das Verfahren abschliesst (<ref-law>). Zulässig sind die Beschwerdegründe gemäss Art. 95-97 BGG (vgl. für einen Anwendungsfall: <ref-ruling>). Auf die im Weiteren rechtzeitig (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) erhobene Beschwerde kann grundsätzlich eingetreten werden.
2. Anspruch auf Errichtung eines gesetzlichen Grundpfandes besteht gemäss <ref-law> "für die Forderungen der Handwerker oder Unternehmer, die zu Bauten oder andern Werken auf einem Grundstücke Material und Arbeit oder Arbeit allein geliefert haben, an diesem Grundstücke, sei es, dass sie den Grundeigentümer oder einen Unternehmer zum Schuldner haben" (Ziff. 3). Streitig ist, ob der Gerüstbau der Beschwerdeführerin als "Arbeit" im Sinne von <ref-law> erfasst werden kann. Das Bundesgericht hat im Jahr 2005 entschieden, dass der Monteur des Baugerüsts nicht in den Genuss des Bauhandwerkerpfandrechts kommt, unabhängig von der Qualifikation des Vertrags, der ihn mit dem Bauherrn oder dem Unternehmer bindet, zumindest wenn das Gerüst nicht für einen bestimmten Bau hergestellt worden ist (<ref-ruling>). Das Handelsgericht hat sich auf den bundesgerichtlichen Entscheid gestützt. Die Beschwerdeführerin beantragt eine Praxisänderung. Sie begründet die Berechtigung und die Notwendigkeit der Änderung von <ref-ruling> damit, dass die Frage nach der Pfandberechtigung von Bauarbeiten allgemein und insbesondere für den Gerüstbau von erheblicher Tragweite sei, dass <ref-ruling> in der massgebenden Lehre auf heftige Kritik gestossen sei und dass die Rechtssicherheit durch eine Änderung von <ref-ruling> nicht ernsthaft gefährdet werde, da es sich um ein erstmaliges und einmaliges Präjudiz handle, das erst vor relativ kurzer Zeit gefällt worden sei (S. 4 ff. Ziff. 8-15). Wie das Bundesgericht neu zu entscheiden habe, legt die Beschwerdeführerin unter anderem mit Hinweis auf die laufende Gesetzesrevision ausführlich dar. Entscheidend ist ihr Einwand, dass der Anspruch auf Errichtung des Bauhandwerkerpfandrechts zwar eine sachenrechtliche Beziehung zwischen der forderungsbegründenden Leistung und dem Grundstück voraussetze, diese sachenrechtliche Beziehung aber nicht oder zumindest nicht in jedem Fall in einer unmittelbaren Einwirkung der Bauarbeit auf das Baugrundstück bestehen müsse (S. 9 ff. Ziff. 16-35 der Beschwerdeschrift). Die Beschwerdegegnerin verlangt, an <ref-ruling> festzuhalten und auf die sachenrechtliche Betrachtungsweise abzustellen, die den wirtschaftlichen Überlegungen der Beschwerdeführerin weiterhin vorzuziehen sei (S. 2 Ziff. III/1 der Beschwerdeantwort).
3. Eine Änderung der Praxis lässt sich regelmässig nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelter Rechtsanschauung entspricht; andernfalls ist die bisherige Praxis beizubehalten. Eine Praxisänderung muss sich deshalb auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die - vor allem im Interesse der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erachtete Rechtsanwendung gehandhabt worden ist (<ref-ruling> E. 3 S. 82; <ref-ruling> E. 3.2 S. 85; <ref-ruling> E. 2.3 S. 338). Es ist zu prüfen, ob die Vorbringen der Beschwerdeführerin so gewichtig sind, dass sich eine Änderung der vom Bundesgericht in <ref-ruling> eingehend begründeten grundsätzlichen Ablehnung des Bauhandwerkerpfandrechts für Forderungen aus besagten Gerüstbauarbeiten rechtfertigt.
4. Die Beschwerdeführerin begründet die Notwendigkeit einer Änderung von <ref-ruling> mit der daran geübten Kritik in der Lehre und mit der Wichtigkeit des Entscheids über diese Frage für das Baugewerbe.
4.1 Dass die Pfandberechtigung von Forderungen aus Gerüstbau in der Baupraxis wichtig ist, steht ausser Diskussion. Das Bundesgericht hat denn auch bei erster geeigneter Gelegenheit ein Leiturteil dazu gefällt. Es hat sich dabei mit der Lehre befasst und namentlich auf das massgebende Standardwerk "Das Bauhandwerkerpfandrecht" von RAINER SCHUMACHER verwiesen. In der 2. Auflage von 1982 (N. 260) bejaht der Kommentator die Frage, ob der Gerüstbauer einen Anspruch auf Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts habe (<ref-ruling> E. 4.1 S. 304), während er - was hier ergänzt sei - die Frage in der 1. Auflage von 1979 (N. 104) noch verneint hat. Er hat das in <ref-ruling> veröffentlichte Urteil besprochen (in: Baurecht, BR 2005 S. 163-166: Kein Bauhandwerkerpfandrecht beim Gerüstbau?) und an der Pfandberechtigung des Gerüstbaus auch in der 3. Auflage des Standardwerkes von 2008 festgehalten (N. 298 und N. 321-324). Diese Lehrmeinung halten weitere Autoren, die ihr auch schon vor der Veröffentlichung von <ref-ruling> gefolgt sind, für zutreffend, ohne - wie die Beschwerdeführerin zutreffend hervorhebt - einen eigenen Standpunkt zu entwickeln (z.B. JOSEF HOFSTETTER, Basler Kommentar, 2.A. 2003 und 3.A. 2007, je N. 4 zu Art. 839/840 ZGB).
4.2 In seinem Rechtsprechungsbericht fasst HEINZ REY zusammen, bei der Beantwortung der sich in <ref-ruling> stellenden Hauptfrage stehe die sachenrechtliche Betrachtungsweise im Vordergrund, die der Rechtssicherheit dienende Kriterien zu liefern vermöge, um den Kreis der Pfandrechtsprivilegierten zu umgrenzen. Er hält dies für anerkennenswert und fährt fort, indessen wäre zu wünschen, dass vor allem die Doktrin, vom Gesetzeswortlaut des <ref-law> ausgehend, der davon spricht, dass derjenige ebenfalls pfandrechtsprivilegiert ist, der "Arbeit allein" erbracht hat, den Zweck des Bauhandwerkerpfandrechts auch unter anderen Gesichtspunkten (einschliesslich bereicherungs- und gewinnherausgaberechtlichen) neu überdenken würde. Er verweist auf die kritisch-konstruktiven Bemerkungen zu diesem Urteil von RAINER SCHUMACHER (BR 2005 S. 163 ff.) und meint, insbesondere sei seine Qualifikation des Gerüstbaus als eine typische Bauarbeit ebenso beachtenswert wie sein Vorschlag, bei der hängigen Revision des Immobiliarsachen- und Grundbuchrechts die durch den vorliegenden Entscheid geschaffene Problematik in einem grösseren systematischen Rahmen zu reflektieren. Dem könne nur zugestimmt werden (Die privatrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts, veröffentlicht im Jahr 2005. Sachenrecht, ZBJV 143/2007 S. 830). Nicht bloss aus Gründen der Rechtssicherheit, sondern unter dem Aspekt der direkten Wertvermehrung stimmt TAMARA BERCHTOLD dem Urteil in ihrer Doktorarbeit zu. Die Leistungen des Gerüstbauers stellten ein Beispiel für indirekte Arbeiten dar, die sich ebenfalls auf den Bauvorgang auswirkten, aber eben nicht unmittelbar mit der Baute verbunden würden und auch nicht zu einer direkten Wertvermehrung führten (Zur Revisionsbedürftigkeit des Bauhandwerkerpfandrechts, Diss. Zürich 2008, S. 103 f.; gl.M. CHRISTOPH THURNHERR, Das Bauhandwerkerpfandrecht - eine aktuelle Übersicht, ZBJV 142/2006 S. 909 ff., S. 916).
4.3 Die wenigen Hinweise auf die Literatur verdeutlichen, dass das Bundesgericht die unterschiedlichen Lehrmeinungen in <ref-ruling> beachtet und in Weiterführung seiner Rechtsprechung das Bauhandwerkerpfandrecht für Forderungen aus Gerüstbau nicht zugelassen hat. Die seither weiterhin unterschiedlichen Lehrmeinungen wiederholen und verdeutlichen die bisherigen Standpunkte und können deshalb eine Änderung von <ref-ruling> für sich allein nicht rechtfertigen.
5. Entscheidend ist die sachenrechtliche Beziehung, die die pfandberechtigten von den sonstigen Bauarbeiten abgrenzt. Mit ihren Vorbringen zur Auslegung vermag die Beschwerdeführerin keine ernsthaften Gründe darzutun, die eine Praxisänderung stützen könnten.
5.1 Grundgedanke und Rechtfertigung des gesetzlichen Grundpfandes für die Forderungen der Handwerker und Unternehmer bestehen darin, dass ihre Arbeit einen Mehrwert schafft, diese Arbeit in der Regel aber nicht zum Voraus, sondern erst nach Abschluss vergütet wird. Weil das Ergebnis ihrer Arbeit zu einer Baute oder einem anderen Werk auf einem Grundstück sachenrechtlich zu dessen Bestandteil wird, kann die Vergütung der Arbeit nicht anders als durch ein Pfandrecht an diesem Grundstück gesichert werden (TUOR/SCHNYDER/SCHMID/RUMO-JUNGO, Das Schweizerische Zivilgesetzbuch, 13.A. Zürich 2009, § 112 N. 37-38 S. 1117 f.; STEINAUER, Les droits réels, III, 3.A. Bern 2003, N. 2855-2859 S. 267 f.).
5.2 Die sachenrechtliche Betrachtungsweise lässt sich auf den Wortlaut - als Ausgangspunkt jeder Auslegung - von <ref-law> stützen. Voraussetzung des Anspruchs auf Errichtung des gesetzlichen Grundpfandes ist, dass "zu Bauten oder andern Werken auf einem Grundstücke Material und Arbeit oder Arbeit allein geliefert" worden sein muss ("sur l'immeuble pour lequel ils ont fourni des matériaux et du travail ou du travail seulement" bzw. "che avessero fornito materiali e lavoro, o lavoro soltanto, per una costruzione o per altre opere sopra un dato fondo"). Als pfandberechtigt gelten nur Forderungen für "Material und Arbeit" und für "Arbeit allein", die sich mit dem Werk auf dem Grundstück verbinden. Es scheiden damit - wie die Beschwerdeführerin hervorhebt - blosse Materiallieferungen oder geistige Arbeit aus, folgerichtig aber auch die Gerüstbauarbeiten, weil das Gerüst sich nur vorübergehend mit dem Werk auf dem Grundstück verbindet und nicht zu dessen Bestandteil wird. Die Bauarbeit bezieht sich unmittelbar auf das Gerüst und nicht auf das Grundstück (<ref-ruling> E. 3 S. 303 und E. 4.2 S. 305). Der Gerüstbau unterscheidet sich nicht von den Arbeitsleistungen im Zusammenhang mit dem Baubewilligungsverfahren (z.B. Aufstellen des Baugespanns) oder mit der Einrichtung der Baustelle (z.B. Auf- und Abbau des Baukrans). Forderungen daraus sind anerkanntermassen nicht pfandberechtigt (SCHUMACHER, Das Bauhandwerkerpfandrecht, 3.A. Zürich 2008, N. 326).
5.3 Den sachenrechtlichen Bezug hat die Rechtsprechung zum einen insofern gelockert, als alle Leistungen und Lieferungen ein und desselben Handwerkers oder Unternehmers in ihrer Gesamtheit gewürdigt werden müssen. Sind sie als "un seul travail spécifique" zu betrachten, werden sie auch gesamthaft durch ein Baupfand geschützt (<ref-ruling> E. 3 S. 303). In diesem Sinn gelten Leistungen und Lieferungen des gleichen Handwerkers oder Unternehmers, die teils pfandberechtigt, teils nicht pfandberechtigt sind, in ihrem ganzen Umfang als pfandgeschützt, wenn nichts Abweichendes vereinbart worden oder die Ausscheidung unterblieben ist (<ref-ruling> E. 4 S. 40). Dieser Sonderfall wird hier nicht geltend gemacht, geht es doch um eine Forderung einzig aus Gerüstbau, der nach der allgemeinen Regel (E. 5.2 soeben) nicht pfandgeschützt ist.
5.4 Zum anderen und hier entscheidend kann die Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts für die Lieferung von Sachen verlangt werden, die eigens für einen bestimmten Bau angefertigt worden und deshalb sonst nicht oder nur schwer verwendbar sind. Dieser zweite Sonderfall könnte auch das Gerüst erfassen, das im Hinblick auf einen bestimmten Bau hergestellt wird und auf einer anderen Baustelle nicht oder kaum wieder verwendet werden kann (<ref-ruling> E. 3 S. 303 f. und E. 4.2 S. 305). Die Voraussetzung trifft hier nicht zu, da gemäss den handelsgerichtlichen Feststellungen kein speziell für den besagten Auftrag angefertigtes Gerüst, sondern ein Element-/Systemgerüst mit einem Meccano zum Zusammensetzen verwendet wurde (E. III/11 S. 10 des angefochtenen Urteils). Einem derartigen Gerüst fehlt die als dauernd gewollte Verbindung mit dem Bau oder anderen Werken auf dem Grundstück (<ref-ruling> E. 4b S. 337). Der Auf-, Um- und Abbau des Gerüsts unterscheidet sich damit wesentlich von pfandgeschützten Lieferungen wie Frischbeton und ähnliche für einen bestimmten Bau speziell vorfabrizierte Materialien, die zur körperlichen Verbindung mit dem Bau oder anderen Werken auf dem Grundstück vorgesehen sind (STEINAUER, a.a.O., N. 2873a S. 274, mit Hinweisen). Dass in diesem Zusammenhang nicht von Arbeit mit einer "unmittelbaren physischen Einwirkung auf das Grundstück" (E. IV/20 S. 18 des angefochtenen Urteils) gesprochen werden kann, ist richtig (S. 17 f. Ziff. 35 der Beschwerdeschrift), betrifft aber nur die Formulierung und nicht das Ergebnis. Es genügt und ist notwendig, dass die Arbeitsleistung zu einer körperlichen Verbindung mit dem Grundstück bestimmt ist (<ref-ruling> E. 1 S. 215: "destinées à une construction déterminée"). Dass die Arbeit auf der Baustelle selbst geleistet werden muss, ist ebenso wenig vorausgesetzt (STEINAUER, a.a.O., N. 2873b S. 274; vgl. auch SCHMID/HÜRLIMANN-KAUP, Sachenrecht, 3.A. Zürich 2009, S. 436 N. 1710-1712, je mit Hinweisen).
5.5 Die Anerkennung einer Pfandberechtigung für den Bau eines wieder verwendbaren Gerüsts, wie sie die Beschwerdeführerin fordert, bedeutete nicht bloss eine weitere Lockerung der sachenrechtlichen Betrachtungsweise, sondern deren vollständige Aufgabe und damit ein Abweichen vom Konzept des Bauhandwerkerpfandrechts. Vorausgesetzt ist, dass die pfandgeschützten Leistungen "se matérialisent dans la construction" (<ref-ruling> E. 2a S. 427), d.h. sich mit dem Bau oder anderen Werk auf dem Grundstück körperlich verbinden müssen (E. 5.1-5.3) oder zu einer solchen Verbindung wenigstens bestimmt sein müssen (E. 5.4 soeben). Dass der Gerüstbau zu 65 % in manueller Arbeit besteht, unerlässlich für die Erstellung eines Bauwerks auf einem Baugrundstück ist und ein erfolgsbezogenes Mitwirken an der gesamten arbeitsteiligen Bauausführung darstellt (S. 16 Ziff. 33 der Beschwerdeschrift), begründet für sich allein keine Pfandberechtigung, kann doch der Gerüstbau nicht als eine Arbeit zu Bauten oder anderen Werken auf einem Grundstück betrachtet werden, die sich mit dem Grundstück dauernd körperlich verbindet oder zu einer solchen Verbindung bestimmt ist. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin vermögen eine Praxisänderung nicht zu rechtfertigen.
6. Schliesslich verweist die Beschwerdeführerin auf die laufende Gesetzesrevision. Ein "Unmittelbarkeitsprinzip" sei nicht vorgesehen.
Gemäss der Botschaft zur Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (Register-Schuldbrief und weitere Änderungen im Sachenrecht) vom 27. Juni 2007 bleibt das Grundkonzept des Bauhandwerkerpfandrechts unverändert. Neu wird in <ref-law> die Ausdehnung des Pfandschutzes auf Abbrucharbeiten vorgeschlagen ("die zu Bauten oder andern Werken auf einem Grundstück oder zum Abbruch derselben Material und Arbeit oder Arbeit allein geliefert haben"). Die weiteren, teilweise lediglich redaktionellen Änderungen interessieren im vorliegenden Zusammenhang nicht (BBl 2007 5283 S. 5319 f.). Der Ständerat als Erstrat hat den Pfandschutz zusätzlich auf den Gerüstbau, die Baugrubensicherung und dergleichen erweitert (AB 2008 S 415-419: "die auf einem Grundstück zu Bauten oder anderen Werken, zu Abbrucharbeiten, zum Gerüstbau, zur Baugrubensicherung oder dergleichen Material und Arbeit oder Arbeit allein geliefert haben"). Im Nationalrat (AB 2009 N 622-626) wurde die Erweiterung der pfandgeschützten Bauleistungen unterstützt (Voten Thanei, Amherd und Huber, alle S. 624) und vereinzelt auch abgelehnt (Votum Schwander, S. 623), dem Beschluss des Ständerats aber schliesslich zugestimmt (Abstimmung, S. 626). Uneinigkeit besteht in der Frage des Bauhandwerkerpfandrechts für Subunternehmer. Mit Bezug auf <ref-law> ist die Differenzbereinigung erfolgt (AB 2009 S 938-941 und Sitzung des Nationalrats vom 26. November 2009). Im Urteilszeitpunkt stehen die Schlussabstimmungen noch aus.
Nach dem derzeitigen Stand der Revision sollen künftig nicht mehr nur Leistungen zu Bauten oder anderen Werken auf einem Grundstück pfandgeschützt sein, sondern Leistungen auf einem Grundstück auch zu Abbrucharbeiten, zum Gerüstbau, zur Baugrubensicherung und dergleichen. Allein die Formulierung verdeutlicht, dass Arbeit auf einem Grundstück im Zusammenhang mit einem Bauvorhaben genügen soll, die bisherige körperliche Verbindung der Arbeit mit dem Grundstück oder wenigstens die Bestimmtheit der Arbeit zu einer solchen Verbindung hingegen nicht mehr verlangt wird. Der Zusatz "und dergleichen" dürfte bedeuten, dass letztlich jede Lieferung von Material und Arbeit oder Arbeit allein auf einem Grundstück pfandberechtigt sein wird, wenn und soweit sie nur mit einem konkreten Bauvorhaben im Zusammenhang steht. Die vorgesehene Revision passt nicht in das heutige rechtliche Umfeld und läuft auf eine Änderung des bisherigen Rechts hinaus. Unter diesen Umständen kann sie weder bei der Auslegung des geltenden Rechts berücksichtigt werden noch die verlangte Praxisänderung rechtfertigen (vgl. HAUSHEER/JAUN, Die Einleitungsartikel des ZGB, Bern 2003, N. 58 und N. 193 f. zu <ref-law>; Steinauer, Le Titre préliminaire du Code civil, SPR II/1, Basel 2009, N. 274 S. 92, bei/in Anm. 24, und N. 459 S. 160, je mit Hinweisen).
7. Die Voraussetzungen für eine Praxisänderung (E. 3) sind aus den dargelegten Gründen (E. 4-6) nicht erfüllt. Die Beschwerde muss abgewiesen werden. Die Beschwerdeführerin wird damit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl von Roten