Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ und Y._ betrieben zusammen die Personengesellschaft A._, Personal- und Unternehmensberatung, in R._, wobei sie bis Ende 1998 zu je 60% und 40% beteiligt waren. Anfangs 1999 gab die Gattin ihre selbständige Erwerbstätigkeit auf, um fortan nur noch zu rund 20% als Teilzeitangestellte für die Firma tätig zu sein. Gleichzeitig wurden zwei neue Mitarbeiter eingestellt. Die Gewinne des Unternehmens entwickelten sich wie folgt:
1997/1998
1999/2000
2001/2002
2003/2004
CHF 372'856.--
CHF1'692'359.--
CHF 515'646.--
CHF 53'590.--
B. Am 21. August 2003 wurden die Eheleute X._ - Y._ für die direkte Bundessteuer der Periode 1999/2000 veranlagt. Der Gattin wurde eine Zwischenveranlagung wegen Aufgabe der selbständigen Erwerbstätigkeit verweigert. Dagegen erhob das Ehepaar erfolglos Einsprache und danach Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern.
C. Am 20. November 2008 haben die Eheleute X._ - Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen, das Urteil der Steuerrekurskommission vom 14. Oktober 2008 aufzuheben; per 4. Januar 1999 sei eine Zwischenveranlagung für das Erwerbseinkommen der Ehefrau vorzunehmen.
D. Die Steuerverwaltung und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) eingereicht worden und richtet sich gegen den von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>; vgl. auch Art. 146 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 [DBG; SR 642.11]). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerdeführer sind durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>).
1.2 Die sich nach der Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen, wenn (wie im Kanton Bern) für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher kantonaler Instanzenzug besteht (vgl. <ref-ruling> ff.), kommt hier in Bezug auf die direkte Bundessteuer 1999/2000 noch nicht zur Anwendung. Die den Kantonen eingeräumte Frist zur Anpassung ihrer Gesetzgebungen an die harmonisierten Gesetze war dann noch nicht abgelaufen (vgl. Art. 72 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, StHG; SR 642.14).
1.3 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>).
2. 2.1 Nach <ref-law> wird eine Zwischenveranlagung durchgeführt bei dauernder und wesentlicher Änderung der Erwerbsgrundlage infolge Aufnahme oder Aufgabe der Erwerbstätigkeit oder Berufswechsels. Diese Bestimmung beruht im - hier noch anwendbaren - System der zweijährigen Vergangenheitsbemessung auf dem Grundgedanken, dass es einer Zwischentaxation bedarf, wenn sich die Einkommensverhältnisse in der Steuerperiode tiefgreifend ändern und deshalb keine Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit mehr erfolgt. Es müssen aber qualitative, zeitliche und persönliche Bedingungen kumulativ erfüllt sein. Erforderlich ist nicht nur, dass sich das Einkommen während des massgeblichen Zeitraums in der Höhe wesentlich verändert, sondern auch, dass einer der in <ref-law> abschliessend genannten Gründe gegeben ist. Der Übergang zur Gegenwartsbemessung soll grundsätzlich die Ausnahme bleiben, weshalb jeweils nur mit Zurückhaltung auf eine dauernde und wesentliche Veränderung der Veranlagungsgrundlagen zu schliessen ist, insbesondere nicht schon bei teilweiser Verminderung oder Erhöhung der Berufstätigkeit, bei Aufnahme oder Aufgabe einer Nebenerwerbstätigkeit oder wenn eine von verschiedenen Erwerbsquellen (auch der selbständigen Erwerbstätigkeit) versiegt. Die mit solchen Entwicklungen üblicherweise verbundenen Einkommensschwankungen gleichen sich auf die Dauer aus und können in der ordentlichen Veranlagung hinreichend berücksichtigt werden.
Eine Zwischentaxation ist nur dann vorzunehmen, wenn es sich nicht mehr rechtfertigen liesse, das Auseinanderklaffen zwischen Steuerbelastung und wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit im Rahmen der zweijährigen Vergangenheitsbemessung aufrecht zu erhalten, also namentlich bei einer tiefgreifenden strukturellen Änderung der gesamten beruflichen Situation. Die dadurch verursachten Einkommensveränderungen werden von der Praxis in der Regel dann als dauerhaft eingestuft, wenn sie mindestens zwei Jahre anhalten; wesentlich sind sie, wenn sich das Gesamteinkommen um mindestens 20 Prozent verändert (vgl. zum Ganzen: Pra 2003 Nr. 192 S. 1055 E. 4.1; 1998 Nr. 101 S. 582 E. 2 u. 3a; siehe auch schon: <ref-ruling> E. 3a S. 10 f.; Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 26. April 1993 zur zeitlichen Bemessung der direkten Bundessteuer bei natürlichen Personen, ASA 62 312 ff., insb. S. 323).
2.2 Das Einkommen der Ehegatten, die in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe leben, wird ohne Rücksicht auf den Güterstand zusammengerechnet (<ref-law>). Sie bilden eine wirtschaftliche Einheit und haben ihr Gesamteinkommen zu versteuern. Deshalb beurteilt sich die Frage, ob eine wesentliche Veränderung des Einkommens vorliegt, nach dem gesamten Einkommen der Eheleute (vgl. u.a. ASA 71 558 E. 2a; Pra 1998 Nr. 101 S. 582 E. 3b; mit Hinweisen). Somit drängt sich eine Zwischenveranlagung u.a. dann nicht auf, wenn der eine Ehepartner zwar sein Arbeitspensum auf 50% reduziert, der andere aber gleichzeitig eine Halbtagesstelle annimmt (vgl. BStP IX 172 E. 2 u. 3; siehe auch ASA 59 556 E. 4 u. 5; 60 186 E. 2). Dasselbe gilt, wenn der Ehefrau, die weiterhin im Betrieb ihres Mannes mitarbeitet, wohl kein Gehalt mehr ausbezahlt wird, aber wegen dieses Lohnverzichts der Gewinn, den der Gatte als Selbständigerwerbender zu versteuern hat, in annähernd gleichem Masse ansteigt (vgl. Pra 1998 Nr. 101 S. 582 E. 2 u. 3).
2.3 Hier ist unbestritten, dass die Voraussetzungen für eine Zwischenveranlagung bei der Ehefrau grundsätzlich erfüllt wären, wenn deren Einkommensverhältnisse für sich allein zu betrachten wären (Reduzierung des durchschnittlichen Erwerbseinkommens von Fr. 149'062.-- für 1997/98 auf Fr. 24'000.-- per 1999/2000). Ausser Streit steht auch, dass im Allgemeinen eine Gesamtbetrachtung der Gewinn- bzw. Lohnsituation beider Ehepartner angestellt werden muss. Die Beschwerdeführer meinen jedoch, dass eine solche Gesamtbetrachtung in ihrem konkreten Einzelfall unterbleiben müsse, u.a. weil ihre Berufssituation in den streitbezogenen Jahren sich massgeblich von den beiden eben genannten Fällen unterscheide.
Es trifft zu, dass es hier weder um eine Reduzierung des Berufspensums beim einen Ehepartner und eine gleichzeitige Erhöhung der Arbeitszeit beim anderen Gatten geht, noch um eine zeitlich unveränderte, aber einfach nicht mehr bezahlte Weiterarbeit der Ehefrau im Betrieb ihres selbständig erwerbstätigen Mannes. Die Beschwerdeführer machen geltend, diese wesentlichen tatsächlichen Unterschiede gegenüber den bisher von der Praxis beurteilten Fällen seien von der Steuerrekurskommission verkannt worden, insbesondere der Umstand, dass der hier massgebliche Unternehmensertrag nicht nur durch den der Ehefrau bezahlten Lohn geschmälert wurde, sondern auch durch die Gehaltsauszahlungen an die beiden Mitarbeiter, die frisch eingestellt worden waren.
Damit wird in erster Linie die Sachverhaltsermittlung durch die Vorinstanz kritisiert. Der angefochtene Entscheid erwähnt die beiden Neueinstellungen im Sachverhalt, nicht aber in den hier wesentlichen Erwägungen (vgl. dort E. 5 u. 7). Es erübrigt sich indessen zu fragen, ob die Steuerrekurskommission die Neueinstellungen und die dadurch hervorgerufenen Veränderungen der Gesamteinkommens-, -kosten- und -gewinnlage nicht in die tatsächlichen Feststellungen mit einbezogen hat, die sie ihrer Rechtsbeurteilung zugrunde gelegt hat. Denn es gelingt den Beschwerdeführern auf jeden Fall nicht, diese Feststellungen als geradezu qualifiziert unrichtig oder unvollständig darzutun (vgl. oben E. 1.3). Aus der Beschwerdeschrift wird u.a. nicht genügend klar, in welchem Umfang die beiden Mitarbeiter eingestellt wurden, um den Arbeitsausfall der Ehefrau zu kompensieren oder aber aufgrund der damaligen Branchenkonjunktur (sog. Informatikblase). Ebenfalls nicht ganz deutlich wird in tatsächlicher Hinsicht, wie die Gewinnverteilung zwischen den Ehegatten im Hinblick auf die veränderten Einkommensverhältnisse gehandhabt wurde. Somit erweist sich die Sachverhaltsermittlung der Vorinstanz nicht als offenkundig fehlerhaft und ist sie für das Bundesgericht verbindlich.
Auf dieser Grundlage ist aber nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Entscheid im Ergebnis gegen Bundesrecht verstossen würde. In einem Fall wie dem vorliegenden kann es sich erübrigen, eine detaillierte Gegenüberstellung der verschiedenen Einkommens-, Kosten- und Gewinnfaktoren vorzunehmen. Zu Recht hat die Steuerrekurskommission als ausschlaggebend betrachtet, dass das Gesamteinkommen in der hier massgeblichen Zeitspanne nicht ab-, sondern sogar beträchtlich zugenommen hat (1997/98: Fr. 372'856.--; 1999/2000: Fr. 1'692'359.--). Bundesrechtskonform hat sie davon abgesehen, die Gründe dieser Zunahme einzeln zu gewichten. Mit der erforderlichen Zurückhaltung hat sie erwogen, dass es sich hier um Einkommensschwankungen handelt, die sich im Rahmen der ordentlichen Besteuerung ausgleichen.
3. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Matter