Faits:
A. Par jugement du 26 février 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._, pour contravention à la LStup, dommages à la propriété, violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires et incendie intentionnel, à une peine de cent jours-amende à 15 fr./j., sous déduction de la détention préventive, et à une amende de 300 fr., la peine privative de liberté de substitution étant de 20 jours.
Cette décision retient, en substance, ce qui suit.
A.a Entre le 26 février 2005 et le 19 janvier 2006, X._ a consommé hebdomadairement de la cocaïne.
A.b Le 3 décembre 2004, après avoir été ramené à l'Hôpital de Cery d'où il avait fugué, X._, chaussé de bottes, a asséné un coup de pied dans le ventre ou les parties génitales d'un infirmier qui lui demandait de ramasser le mégot qu'il avait jeté dans l'évier. L'Etat de Vaud a déposé plainte le 28 janvier 2005.
A.c Le 19 janvier 2006, X._ a renversé un scooter normalement stationné, enlevé le bouchon du réservoir d'essence pour en faire couler le contenu et bouté le feu au carburant au moyen d'un briquet, avant de rejoindre le foyer où il séjournait. Le véhicule a été entièrement détruit par les flammes.
B. Par arrêt du 10 avril 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation des art. 221 et 285 CP, il conclut, principalement, à son acquittement des chefs d'inculpation d'incendie intentionnel et de violences ou menaces contre les autorités et les fonctionnaires et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il requiert également l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Se plaignant d'une constatation incomplète des faits et d'une motivation insuffisante, le recourant reproche à l'autorité cantonale de ne pas avoir examiné la question de la possibilité, pour le feu qu'il avait allumé, de se propager à d'autres biens.
Cette critique tombe à faux, la propagation possible du feu n'étant pas forcément, conformément à la jurisprudence exposée ci-dessous (cf. infra consid. 2.1), un élément nécessaire à l'incendie intentionnel au sens de l'<ref-law>.
2. Le recourant conteste s'être rendu coupable d'incendie au sens de l'<ref-law>. Il soutient que cette infraction ne peut être réalisée que si le feu est susceptible de se propager et de créer ainsi un danger collectif.
2.1 A teneur de l'<ref-law>, celui qui, intentionnellement, aura causé un incendie et aura ainsi porté préjudice à autrui ou fait naître un danger collectif sera puni d'une peine privative de liberté de un an au moins (al. 1). Le juge pourra prononcer une peine privative de liberté de trois ans au plus ou une peine pécuniaire si le dommage est de peu d'importance (al. 3).
La notion d'incendie, contenue dans la disposition précitée, vise un feu d'une telle ampleur qu'il ne peut plus être éteint par celui qui l'a allumé; savoir si le feu a pris une telle importance relève des constatations de fait (<ref-ruling> consid. 2a p. 285). Pour que l'infraction prévue par l'<ref-law> soit réalisée, il ne suffit toutefois pas que l'auteur ait intentionnellement causé un incendie. Cette disposition prévoit en effet un élément supplémentaire sous une forme alternative: soit l'auteur a causé ainsi un préjudice à autrui, soit il a fait naître un danger collectif (<ref-ruling> consid. 2a p. 286). Par préjudice à autrui, il faut entendre le dommage patrimonial causé à un tiers et résultant directement des dégâts commis à la chose incendiée. Cette limitation découle de ce que l'incendie intentionnel est considéré comme un cas qualifié de dommages à la propriété (cf. <ref-law>). La notion de danger collectif vise de manière générale une mise en péril, même relativement indéterminée au moment de l'acte, de n'importe quel bien juridiquement protégé, et non pas spécifiquement de la personne humaine (<ref-ruling> consid. 2a p. 286). Elle est remplie lorsque existe le danger que le feu se propage (Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. II, art. 221 n° 23 ss).
2.2 Selon les constatations cantonales, le feu était d'une telle ampleur que le recourant n'a pas été en mesure de le maîtriser et le scooter a été détruit, causant ainsi un préjudice à Y._, propriétaire du véhicule.
Sur la base de ces éléments, la Cour de cassation n'a pas violé le droit fédéral en admettant que les conditions de l'incendie au sens de l'<ref-law> étaient réalisées. Pour le reste, il importe peu qu'un danger de propagation ait existé ou non, cette conséquence n'étant qu'une alternative au préjudice subi par autrui, qui est en l'occurrence réalisé.
3. Le recourant conteste s'être rendu coupable de violence contre les autorités et fonctionnaires au sens de l'<ref-law>.
3.1 D'après l'<ref-law>, celui qui, en usant de violence ou de menace, aura empêché une autorité, un membre d'une autorité ou un fonctionnaire de faire un acte entrant dans ses fonctions, les aura contraints à faire un tel acte ou se sera livré à des voies de fait pendant qu'ils y procédaient, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Selon l'<ref-law>, par fonctionnaires, on entend les fonctionnaires et les employés d'une administration publique et de la justice ainsi que les personnes qui occupent une fonction publique à titre provisoire, ou qui sont employés à titre provisoire par une administration publique ou la justice ou encore qui exercent une fonction publique temporaire.
Les voies de fait se définissent comme des atteintes physiques qui excèdent ce qui est socialement toléré et qui ne causent ni lésions corporelles, ni dommage à la santé. Une telle atteinte peut exister même si elle n'a causé aucune douleur physique (<ref-ruling> consid. 2a p. 26; <ref-ruling> consid. 2a p. 15 ss). L'<ref-law> n'est pas applicable si l'auteur règle un compte privé avec le fonctionnaire, mais à un moment où celui-ci est en fonction. Les voies de fait doivent être motivées par l'acte officiel (<ref-ruling> consid. 2 p. 92).
3.2 Selon les constatations cantonales, l'infirmier frappé par le recourant travaillait à l'hôpital de Cery, lequel dépend du CHUV. D'après l'art. 2 al. 1 de la loi vaudoise sur les Hospices cantonaux du 16 novembre 1993 (LHC, RSV 810.11), le CHUV est rattaché au département en charge de la santé, dont il constitue l'un des services. L'art. 3a al. 1 LHC précise que le personnel du CHUV est soumis à la loi sur le personnel de l'Etat de Vaud, sous réserve des dispositions de la présente loi ainsi que des règlements et conventions propres à certaines catégories de ses collaborateurs. Au regard de ces dispositions, il ne fait pas de doute que le lésé est un employé de l'Etat et donc un fonctionnaire au sens de l'<ref-law>.
L'arrêt attaqué retient que le recourant, après avoir fugué pour consommer du cannabis, a été ramené à l'unité Aster de l'hôpital de Cery où il avait été placé suite à une décision de privation de liberté à des fins d'assistance. Il a été informé par le personnel soignant qu'en raison de cette consommation, il serait maintenu dans un cadre strict, à savoir sans permission de sortir durant vingt-quatre heures. Une fois dans sa chambre, énervé par ces consignes, le recourant a cassé une chaise en bois. Il est ensuite sorti dans le couloir pour fumer une cigarette puis en a jeté le mégot dans l'évier. L'infirmier de l'unité lui a alors demandé de ramasser le mégot et de le mettre à la poubelle, ce que l'intéressé a refusé de faire. L'infirmier a répété deux ou trois fois sa demande, ce qui a énervé le recourant qui a alors frappé son interlocuteur, lui assénant un coup de pied dans le ventre ou les parties génitales. En procédant comme il l'a fait, l'infirmier a agi strictement dans le cadre de ses fonctions et prérogatives, lesquelles incluent nécessairement les règles d'hygiène élémentaires et de prévention des incendies dans un hôpital. Enfin, c'est bien en raison de l'ordre reçu que le recourant a réagi en se livrant à des voies de fait sur l'employé de l'hôpital. Celles-ci ont bel et bien été motivées par les demandes de l'employé d'Etat.
Sur le vu de ces éléments, la condamnation du recourant pour violation de l'<ref-law> ne viole pas le droit fédéral.
4. En conclusion, le recours est rejeté. Comme celui-ci était dénué de chance de succès, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (<ref-law>, a contrario) et supporter les frais de justice, fixés en fonction de sa situation financière (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 20 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani