Sachverhalt:
A. R._ (geboren 1983) bezieht nebst einer ganzen Invalidenrente eine Entschädigung für Hilflosigkeit schweren Grades sowie Ergänzungsleistungen und kantonale Beihilfen. Er lebt im Haushalt seiner Mutter und wird von ihr gepflegt. Am 12. Juli 2006 reichte seine Mutter der Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich eine Abrechnung für den Monat Juni 2006 im Betrag von Fr. 3'384.05 ein. Der Abrechnung lag eine Rechnung der Stiftung X._ für Behinderte vom 10. Juli 2006 zugrunde, wo sich R._ vom 13. Mai bis 18. Juni 2006 aufgehalten hatte. Mit Verfügung vom 17. August 2006 vergütete die Sozialversicherungsanstalt gestützt auf die eingereichte Abrechnung Krankheitskosten im Betrag von Fr. 599.-. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 19. Februar 2007 fest mit der Begründung, mit dem zugesprochenen Betrag von Fr. 599.- sei der Maximalbetrag für Krankheitskosten von jährlich Fr. 25'000.- für zu Hause wohnende Personen ausgeschöpft.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 16. Dezember 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung der vorinstanzlichen Entscheide sei die Streitsache zur gehörigen Untersuchung und zum Neuentscheid an die Vorinstanz, eventuell an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen. Ferner stellt er das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung.
Kantonales Gericht, Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Die Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung haben durch das am 1. Januar 2008 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 6. Oktober 2006 über die Schaffung und die Änderung von Erlassen zur Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen ([NFA]; AS 2007 5779) eine umfassende Neuregelung erfahren. Gemäss den nunmehr geltenden Bestimmungen werden die vergütbaren Krankheits- und Behinderungskosten im Rahmen bundesrechtlicher Vorgaben (Art. 14 Abs. 1 und 3 ELG) durch die Kantone bezeichnet (Art. 14 Abs. 2 ELG). Die bisherige bundesrechtliche Regelung (Art. 3-18 ELKV) bleibt jedoch während einer Dauer von höchstens drei Jahren ab 1. Januar 2008 anwendbar, solange der Kanton keine diesbezüglichen Normen erlassen hat (Art. 34 ELG). Weil in zeitlicher Hinsicht grundsätzlich diejenigen (materiellen) Rechtssätze massgebend sind, die bei der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes Geltung haben (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen), richtet sich der hier zu prüfende Anspruch auf Vergütung der Kosten für Pflege und Betreuung nach den bis Ende 2007 gültig gewesenen Bestimmungen.
2. 2.1 Die Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung haben durch das am 1. Januar 2008 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 6. Oktober 2006 über die Schaffung und die Änderung von Erlassen zur Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen ([NFA]; AS 2007 5779) eine umfassende Neuregelung erfahren. Gemäss den nunmehr geltenden Bestimmungen werden die vergütbaren Krankheits- und Behinderungskosten im Rahmen bundesrechtlicher Vorgaben (Art. 14 Abs. 1 und 3 ELG) durch die Kantone bezeichnet (Art. 14 Abs. 2 ELG). Die bisherige bundesrechtliche Regelung (Art. 3-18 ELKV) bleibt jedoch während einer Dauer von höchstens drei Jahren ab 1. Januar 2008 anwendbar, solange der Kanton keine diesbezüglichen Normen erlassen hat (Art. 34 ELG). Weil in zeitlicher Hinsicht grundsätzlich diejenigen (materiellen) Rechtssätze massgebend sind, die bei der Erfüllung des zu Rechtsfolgen führenden Tatbestandes Geltung haben (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen), richtet sich der hier zu prüfende Anspruch auf Vergütung der Kosten für Pflege und Betreuung nach den bis Ende 2007 gültig gewesenen Bestimmungen.
2.2 2.2.1 Gemäss Art. 3d aELG (in Kraft gewesen bis 31. Dezember 2007) haben Bezügerinnen und Bezüger einer jährlichen Ergänzungsleistung Anspruch auf die Vergütung von ausgewiesenen, im laufenden Jahr entstandenen Krankheits- und Behinderungskosten für: Zahnarzt (lit. a), Hilfe, Pflege und Betreuung zu Hause sowie in Tagesstrukturen (lit. b), Diät (lit. c), Transporte zur nächstgelegenen Behandlungsstelle (lit. d), Hilfsmittel (lit. e) und die Kostenbeteiligung nach Art. 64 des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung ([KVG], lit. f; Franchise, Selbstbehalte). Diese Aufzählung vergütungsfähiger Krankheits- und Behinderungskosten ist abschliessend (<ref-ruling> E. 3.1; Urteil P 19/03 vom 20. Dezember 2004, E. 4.4, publiziert in SVR 2005 EL Nr. 2 S. 5; AHI 2002 S. 72).
2.2.2 Für zu Hause wohnende alleinstehende Personen beträgt der jährlich zu vergütende Höchstbetrag Fr. 25'000.- (Art. 3d Abs. 2 lit. a aELG). Haben diese Personen einen Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung der Invalidenversicherung oder der Unfallversicherung, so erhöht sich dieser Betrag auf Fr. 90'000 bei schwerer Hilflosigkeit, "soweit die Kosten für Pflege und Betreuung durch die Hilflosenentschädigung nicht gedeckt sind" (Art. 3d Abs. 2bis aELG).
2.3 Gemäss Art. 3d Abs. 4 aELG in Verbindung mit Art. 19 Abs. 1 der Verordnung über die Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELV) bezeichnet das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) die zu vergütenden Krankheits- und Behinderungskosten. Gestützt auf diese Delegationsnorm hat das EDI die Verordnung über die Vergütung von Krankheits- und Behinderungskosten bei den Ergänzungsleistungen (ELKV) am 29. Dezember 1997 (in Kraft seit 1. Januar 1998) erlassen.
Nach Art. 3 Abs. 2 ELKV wird die Hilflosenentschädigung der IV und der Unfallversicherung von den ausgewiesenen Pflege- und Betreuungskosten nach den Art. 13 bis 13b ELKV abgezogen, wenn sich der Betrag der Kostenvergütung nach Art. 3d Abs. 2bis aELG oder Art. 19b ELV erhöht. Der Höchstbetrag nach Art. 3d Abs. 2 aELG darf jedoch nicht unterschritten werden.
3. Im Streit liegt, ob die von der Mutter des Beschwerdeführers gestützt auf die Rechnung der Stiftung X._ vom 10. Juli 2006 vorgenommene Abrechnung für den dortigen Aufenthalt im Monat Juni 2006 im Betrag von Fr. 3'384.05 vollumfänglich zu vergüten ist.
3.1 Nach den verbindlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts hat der Beschwerdeführer bis zum 31. Mai 2006 unter dem Titel "Krankheits- und Behinderungskosten" Fr. 13'001.- sowie Fr. 11'400.- für den Erwerbsausfall seiner Mutter, somit insgesamt Fr. 24'401.- vergütet erhalten. Die strittige Abrechnung vom 12. Juli 2006 berücksichtigte die Beschwerdegegnerin nur noch im Umfang von Fr. 599.-, was der Differenz zum Höchstbetrag von Fr. 25'000.- gemäss Art. 3d Abs. 2 lit. a aELG entspricht.
3.2 Die Beschwerdegegnerin begründete im Einspracheentscheid vom 19. Februar 2007 die nur teilweise Übernahme der geltend gemachten Kosten damit, für zu Hause wohnende Alleinstehende könnten pro Jahr zusätzlich zur jährlichen Ergänzungsleistung höchstens Fr. 25'000.- vergütet werden. Bei vorübergehendem Aufenthalt in einem Heim (beispielsweise zur Entlastung der Angehörigen) werde kein Heimfall geführt, sondern es würden mit den jährlichen Ergänzungsleistungen die notwendigen Zusatzkosten als Krankheits-, Pflege- und Betreuungskosten vergütet (Hinweis auf Art. 10 und 11 ELKV). Vorübergehend sei ein Aufenthalt in einem Heim, solange die eigene Wohnung beibehalten werde und eine Rückkehr nach Hause möglich sei. Dauere der Aufenthalt in der Institution länger als ein Jahr, sei spätestens mit dem Jahresablauf eine Heimfallberechnung vorzunehmen (Hinweis auf Rz. 5048, 5049 und 5051 der Wegleitung des BSV über die Ergänzungsleistungen zur AHV und IV [WEL], gültig ab 1. Januar 2002). Da der Aufenthalt in der Institution nur vorübergehend gewesen sei, sei keine Heimkostenrechnung durchzuführen. Da dem Versicherten als Krankheitskosten bereits Fr. 24'401.- rückvergütet gewesen seien, könne ihm für das Jahr 2006, ausgehend vom Maximum von Fr. 25'000.-, nur noch der Betrag von Fr. 599.- ausbezahlt werden. Im Schreiben vom 27. Februar 2007 machte die Beschwerdegegnerin gegenüber der Mutter des Beschwerdeführers Erläuterungen zur Erhöhung der Vergütungslimite der Krankheitskosten. Die nicht vorgenommene Erhöhung der Vergütungslimite der Krankheitskosten von Fr. 25'000.- auf Fr. 90'000.- begründete sie damit, der Höchstbetrag werde nur dann heraufgesetzt, wenn die ausgewiesenen Pflege- und Betreuungskosten höher seien als die Hilflosenentschädigung der IV. Als ausgewiesene Pflege- und Betreuungskosten würden nur Kosten nach Art. 13 bis 13b ELKV (Hinweis auf AHI 2003 S. 402 f.) gelten. Beim Beschwerdeführer könnten demnach nur die Erwerbseinbusse seiner Mutter von Fr. 11'400.- zu einer Erhöhung der Vergütungslimite der Krankheitskosten führen. Da diese Kosten von Fr. 11'400.- aber tiefer seien als die Hilflosenentschädigung schweren Grades von jährlich Fr. 20'640.-, werde der Höchstbetrag für die Vergütung von Krankheitskosten nicht heraufgesetzt. Für Kosten, die in Tagesstrukturen wie in der Beschäftigungsgruppe der Stiftung X._ entstünden (Art. 14 ELKV), gelte die erhöhte Limite nicht. Da der Gastaufenthalt in der Stiftung X._ nicht unter den Art. 13 bis Art. 13b ELKV abgerechnet werden könne, gelte auch hier die Erhöhung der Vergütungslimite von Fr. 25'000.- auf Fr. 90'000.- nicht.
3.3 Das kantonale Gericht pflichtete der Auffassung der Beschwerdegegnerin vollumfänglich bei, wonach eine Erhöhung der Kostenlimite auf Fr. 90'000.- ausser Betracht falle. Den Akten sei zu entnehmen, dass sowohl stationäre als auch ambulante Kosten vergütet worden seien. In diesem Zusammenhang sei jedoch darauf hinzuweisen, dass unter dem Titel "Krankheits- und Behinderungskosten" gemäss Art. 3d Abs. 1 aELG keinerlei Heimkosten fallen, ausser es handle sich um einen vorübergehenden Spitalaufenthalt, eine ärztlich verordnete Erholungskur oder Badekur (Art. 10 bis 12 ELKV; Hinweis auf <ref-ruling> E. 3.3). Sollte bisher für die über einen Monat dauernden Aufenthalte in der Stiftung X._ eine Heimberechnung durchgeführt worden sein, so entspreche dieses Vorgehen weder der gesetzlichen Regelung noch der Rechtsprechung. Aus dem allenfalls bisher geübten Entgegenkommen könne der Beschwerdeführer jedoch für die Zukunft nichts zu seinen Gunsten ableiten. Zu beachten sei immerhin, dass die Beschwerdegegnerin bis zur Ausschöpfung des Betrages von Fr. 25'000.- entgegenkommenderweise ebenfalls Kosten der Stiftung X._ berücksichtigt habe.
3.4 Der Beschwerdeführer stellt sich auf den Standpunkt, dem Gesetz selbst lasse sich für die Unterscheidung von kurzen und längeren Heimaufenthalten in Art. 3b aELG keine Lösung entnehmen. Betrachte man bereits Heimaufenthalte von mehr als einem Monat als solchen längeren Aufenthalt (Verweis auf Ralph Jöhl, Ergänzungsleistungen zur AHV/IV, in: Ulrich Meyer [Hrsg] Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Band XIIII, Soziale Sicherheit, 2. Aufl., Basel 2007 S. 1714 f.), könnten die gesamten derartigen Heimkosten für solche Aufenthalte gestützt auf Art. 3b aELG in der normalen EL-Berechnung vergütet werden, was dem Ziel der Ergänzungsleistungen, mithin der Existenzsicherung, entspreche. Werde die Grenze bei einem Jahr angesetzt, bestehe die Gefahr einer Leistungslücke, wie der vorliegende Fall exemplarisch zeige. Solchenfalls könnten derartige interne Heimaufenthalte, welche der Entlastung der Angehörigen dienen, zwar im Einklang mit dem Vorgehen der Stadt Y._ und entgegen der Auffassung der Vorinstanz gesondert als Krankheits- und Behinderungskosten nach Art. 3d aELG vergütet werden (nämlich nach der Verwaltungspraxis kraft Art. 11 ELKV); doch seien sie betraglich unter Umständen begrenzt, was zur Folge habe, dass entweder die Existenz der berechtigten Person nicht gedeckt sei oder diese nur wegen fehlender Mittel im Heim leben müsse, was beides den Zielen des ELG widerspreche. Der Begriff der längeren Zeit sei daher weit auszulegen. Er umfasse hier sämtliche sogenannte internen Aufenthalte in der gemeinnützigen Stiftung X._, welche über einen Monat gedauert haben. Die entsprechenden Kosten seien daher im Rahmen der gewöhnlichen EL-Berechnung zu decken und von der separaten Vergütung der Krankheitskosten, welche nicht entfalle, auszunehmen.
Werde von einem Standardfall ausgegangen, sei zu prüfen, welche Obergrenze der gesonderten vergütungsfähigen Krankheits- und Behinderungskosten gestützt auf Art. 3d Abs. 2bis aELG bestehe. Angesichts der Hilflosenentschädigung schweren Grades habe er Anspruch auf die erhöhte Obergrenze von Fr. 90'000.-, wenn die Kosten für Pflege und Betreuung Fr. 20'640.- überstiegen. Die Verwaltungspraxis ziehe für die Vergleichskosten lediglich diejenigen nach Art. 13 bis 13b ELKV in Betracht und lasse die Kosten nach Art. 14 ELKV weg. Diese letzteren Kosten dienten freilich der Betreuung der EL-Bezüger in Tagesstrukturen und könnten für den Fall ihrer Nichtdeckung gleichermassen dazu führen, dass eine betroffene Person aus rein finanziellen Gründen nicht mehr zu Hause leben könne, sondern ganztags in ein Heim wechseln müsse, auch wenn sie keine oder nur marginale Pflege benötige. Sinn und Zweck der gesetzlichen Regelung müsse es daher sein, auch die Kosten nach Art. 14 ELKV in die Vergleichsrechnung einzubeziehen. Die Kosten des externen Aufenthalts als solche seien nach Art. 13 Abs. 3 ELKV zu würdigen und in die Vergleichsrechnung einzubeziehen. Diese Folgerung gebiete sich auch hinsichtlich der sogenannten internen Gastaufenthalte in der Stiftung X._. Denn als Kosten in Tagesheimen etc. könnten durchaus auch vorübergehende, kurze stationäre Aufenthalte fallen (Hinweis auf Jöhl a. a. O., S. 1890), welche keinen Wechsel zur Heimberechnung erlaubten.
4. 4.1 Für die Berechnung und Höhe der jährlichen Ergänzungsleistung unterscheidet das ELG (in der bis Ende Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) zwischen Personen, die dauernd oder für längere Zeit in einem Heim oder Spital leben (vgl. etwa Art. 3a Abs. 3, Art. 3b Abs. 2 und 3 sowie Art. 3d Abs. 3 aELG), und zu Hause wohnende Personen (Art. 3b Abs. 1 und 3, Art. 3d Abs. 2 und 2bis aELG). Im Lichte dieser Gesetzesbestimmungen (vgl. dazu auch Botschaft des Bundesrates vom 16. Februar 2005 zum Bundesgesetz über die Neuordnung der Pflegefinanzierung, BBl 2004 S. 2048 f.) haben Verwaltung und kantonales Gericht den Beschwerdeführer, der sich jeweils nur vorübergehend (dazu <ref-ruling> E. 3.4 S. 380) und für kurze Zeit über Nacht in der Stiftung X._ aufhält, zu Recht als zu Hause wohnend betrachtet und die Ergänzungsleistung entsprechend berechnet. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers geht es angesichts der gesetzlichen Konzeption nicht an, bei zu Hause wohnenden Personen bei vorübergehenden Spital- oder Heimaufenthalten für die Zeit der auswärtigen Unterbringung auf die andere Berechnungsweise zu wechseln.
4.2 Nach Art. 3d Abs. 2 lit. a aELG ist die Vergütung von Krankheits- und Behinderungskosten für zu Hause wohnende, alleinstehende Personen pro Jahr auf Fr. 25'000.- beschränkt. Dieser Betrag erhöht sich für zu Hause wohnende Personen mit einem Anspruch auf Hilflosenentschädigung der IV oder der UV bei schwerer Hilflosigkeit auf Fr. 90'000.-, soweit die Kosten für Pflege und Betreuung durch die Hilflosenentschädigung nicht gedeckt sind (Art. 3d Abs. 2bis aELG). Diese besondere Höchstgrenze bezweckt, pflege- und betreuungsbedürftigen Personen die Gelegenheit zu geben, möglichst lange selbstständig wohnen zu können und nicht in ein Heim eintreten zu müssen. Aus diesem Grund beschränkt sich die Erhöhung der allgemeinen Höchstgrenze von Fr. 25'000.- auf die Vergütung von Pflege- und Betreuungskosten (Jöhl, a. a. O., S. 1907 Rz. 388). Im Unterschied zur allgemeinen Höchstgrenze wird bei der besonderen Höchstgrenze jedoch die Hilflosenentschädigung angerechnet, da die Erhöhung nur in Frage kommt, "soweit die Kosten für Pflege und Betreuung durch die Hilflosenentschädigung nicht gedeckt sind" (Art. 3d Abs. 2bis 2. Halbsatz von Satz 1 aELG). Dementsprechend bestimmt Art. 3 Abs. 2 ELKV in gesetzeskonformer Weise, dass die Hilflosenentschädigung der IV und der UV von den ausgewiesenen Pflege- und Betreuungskosten nach den Art. 13 - 13b ELKV (vgl. dazu Art. 3d Abs. 1 lit. b ELG) abgezogen wird, wenn sich der Betrag der Kostenvergütung nach Art. 3d Abs. 2bis aELG oder Art. 19b ELV erhöht. Der Höchstbetrag nach Art. 3d Abs. 2 aELG darf jedoch nicht unterschritten werden. Der Unterschied zwischen der allgemeinen und der besonderen Höchstgrenze liegt demnach darin, dass die Hilflosenentschädigung nur bei der besondern Höchstgrenze anrechenbar ist. Erst wenn die ausgewiesenen Pflege- und Betreuungskosten höher sind als die Hilflosenentschädigung der IV oder der UV und der Höchstbetrag für die Vergütung von Krankheits- und Behinderungskosten (hier: Fr. 25'000.-) vor Abzug der Hilflosenentschädigung nicht ausreicht, um diese Kosten voll zu vergüten, wird dieser Höchstbetrag heraufgesetzt (Erläuterungen des BSV zur Änderung der ELKV auf den 1. Januar 2004, in: AHI Praxis 2003 S. 402). Die Erhöhung kommt damit erst zur Anwendung, wenn die ausgewiesenen Pflege- und Betreuungskosten zusammen mit den übrigen Krankheits- und Behinderungskosten höher sind als die Hilflosenentschädigung und die allgemeinen Höchstbeträge (Erwin Carigiet/Uwe Koch, Ergänzungsleistungen zur AHV/IV, 2. Aufl., 2009, S. 205).
4.3 Der Beschwerdeführer bezieht eine Hilflosenentschädigung schweren Grades von Fr. 20'640.-. Die Kosten für den Erwerbsausfall der Mutter betrugen im Jahre 2006 Fr. 11'400.-. Da somit die Kosten für die Pflege und Betreuung durch die Hilflosenentschädigung selbst bei Berücksichtigung der ganzen für den Aufenthalt in der Stiftung X._ am 12. Juli 2006 in Rechnung gestellten Aufwendungen von Fr. 3'384.05 durch die Hilflosenentschädigung gedeckt sind, hat die Beschwerdegegnerin zu Recht dem Beschwerdeführer lediglich die Differenz von Fr. 599.- bis zur allgemeinen Höchstgrenze von Fr. 25'000.- vergütet.
4.4 Die Aufzählung der gestützt auf Art. 3d Abs. 1 aELG vergütbaren Krankheits- und Behinderungskosten ist nach ständiger Rechtsprechung abschliessend (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweis; Urteil P 19/03 vom 20. Dezember 2004, E. 4.4, publiziert in SVR 2005 EL Nr. 2 S. 5; AHI 2002 S. 72). Nach lit. b sind die Kosten für Hilfe, Pflege und Betreuung zu Hause sowie in Tagesstrukturen vergütungsfähig. Die Voraussetzungen für die Vergütung werden in den Art. 13 - 13b und Art. 14 ELKV näher umschrieben. Angesichts der abschliessenden Aufzählung des Art. 3 Abs. 1 aELG und des klaren Wortlauts von dessen lit. b lassen sich die streitigen Heimaufenthaltskosten nicht unter die Art. 13 - 13b ELKV subsumieren. Sinn und Zweck dieser Bestimmungen besteht darin, die vergütungsfähigen Kosten für Pflege sowie Hilfe und Betreuung zu Hause zu umschreiben (erwähntes Urteil P 19/03 vom 20. Dezember 2004, E. 4.4). Art. 14 ELKV bezieht sich auf Tagesstrukturen, nicht jedoch auf Heimkosten (<ref-ruling> E. 3.3). Art. 3d Abs. 1 aELG bietet demnach keine gesetzliche Grundlage für die Vergütung von Heimkosten als Krankheitskosten (<ref-ruling> E. 3.3). Indessen können nach der Verwaltungspraxis (Rz. 5057 Abs. 2 der WEL) Kosten von Erholungsaufenthalten zur Entlastung von Angehörigen berücksichtigt werden, wenn der Aufenthalt in einem Heim oder Spital erfolgte (JÖHL, a.a.O., S. 1890 Fn 192, subsumiert Entlastungsaufenthalte unter Art. 14 ELKV), was im vorliegenden Fall auch der Grund für den Aufenthalt des Beschwerdeführers in der Stiftung X._ war. Mit dieser Begründung hat denn auch die Beschwerdegegnerin den Betrag von Fr. 599.- vergütet. Allfällige Drittbetreuung während Entlastungsaufenthalten könnte sodann zu Hause oder in Tagesstrukturen erfolgen und unter den Voraussetzungen der Art. 13 bis 14 ELKV vergütet werden. Endlich ist darauf hinzuweisen, dass die ebenfalls abschliessende Aufzählung in Art. 14 ELG (in der Fassung gemäss Ziff. I 3 des BG zum NFA vom 6. Oktober 2006) als Weiterführung der bisherigen gesetzlichen Regelung von Art. 3d Abs. 1 aELG und die Begrenzung auf einen gesetzlich definierten Höchstbetrag zeigen, dass das EL-System nicht für alle tatsächlich anfallenden Auslagen eine Deckung vorsieht (vgl. auch E. 4 von <ref-ruling>).
4.5 Soweit dem Beschwerdeführer im Laufe des Jahres 2006 nach dem Heimaufenthalt im Juni 2006 weitere Kosten für Pflege und Betreuung entstanden sein sollten, die durch die Hilflosenentschädigung nicht gedeckt sind (vgl. E. 4.2 hievor), könnte er von der Beschwerdegegnerin den Erlass einer Verfügung verlangen. Dass sowohl die Beschwerdegegnerin im Einspracheentscheid wie auch die Vorinstanz sich mit solchen Kosten nicht befasst haben, lässt sich aus bundesrechtlicher Sicht nicht beanstanden (Urteil 9C_165/2007 vom 14. September 2007; RKUV 1998 Nr. U S. 451). Gegenstand der Verfügung vom 17. August 2006 war einzig die Abrechnung vom 12. Juli 2006 über die Kosten für den Heimaufenthalt im Juni 2006 (vgl. dazu auch <ref-ruling> E. 2.1, 130 V 503, 125 V 414 E. 1a).
5. Bei diesem Verfahrensausgang ist der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Ihm kann die unentgeltliche Rechtspflege (Prozessführung und Verbeiständung; <ref-law>) gewährt werden, da die entsprechenden Voraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> E. 7.1, 125 V 201 E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, zufolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege indes auf die Gerichtskasse genommen.
3. Rechtsanwalt lic. iur. Jürg Bügler wird für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- entschädigt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer