Sachverhalt:
A. Vor Inangriffnahme der Bauarbeiten für den Eisenbahntunnel der Doppelspur-Strecke Zürich HB - Thalwil liessen die Schweizerischen Bundesbahnen SBB AG (im Folgenden: SBB oder Enteignerin) an verschiedenen Gebäuden Rissaufnahmen erstellen, so auch am Mehrfamilienhaus Z._-Strasse in Thalwil. Am 27. Mai 1998 nahm das beauftragte Büro eine Zwischenaufnahme und - nach Abschluss der Bauarbeiten - am 1. Oktober 2002 eine Endaufnahme vor. Das abschliessende Rissprotokoll wurde der Grundeigentümerin X._ offenbar am 15. November 2002 zugestellt. Diese versuchte hierauf nach eigener Darstellung mehrmals, mit den zuständigen Verantwortlichen der SBB telefonisch in Kontakt zu treten. Gemäss einer Notiz des Sachbearbeiters auf einem Blatt Papier, das auf der Rückseite das Datum 19. Mai 2003 trägt, wurde schliesslich auf den 6. Juni 2003 eine Besprechung anberaumt. An dieser offerierte die Projektleitung der Grundeigentümerin eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- bis Fr. 3'000.--. Da X._ dieses Angebot ausschlug, übergaben die SBB die Sache ihrer Haftpflichtversicherung. Die Winterthur Versicherungen bestätigten der Grundeigentümerin mit Schreiben vom 23. Juni 2003 ihre Bereitschaft zur Zahlung eines Beitrages von Fr. 3'000.--. In ihrem Schreiben wies die Versicherungsgesellschaft darauf hin, dass nach den vorgenommenen Erschütterungsmessungen in Nähe der fraglichen Liegenschaft die Richtwerte nie überschritten worden und daher tunnelbaubedingte Schäden unwahrscheinlich seien. Andererseits zeige die Schlussaufnahme des Gebäudes, verglichen mit dem Vorzustand, eine Zunahme von Rissbildungen. Das Angebot der SBB zu einer Kostenbeteiligung werde deshalb erneuert, wobei die Frage des Kausalzusammenhangs zwischen den Schäden und den Bauarbeiten der SBB offen bleibe. X._ lehnte die vorgeschlagene Regelung erneut ab.
Nachdem auch weitere Verhandlungen ergebnislos verlaufen waren, gelangte X._ mit Schreiben vom 27. Februar 2004 an den Präsidenten der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, und verlangte, dass die SBB verpflichtet würden, 40% der Kosten für die Gebäude-Renovation in Höhe von Fr. 52'000.-- zu übernehmen.
B. Nach Durchführung einer Augenscheins- und Schätzungsverhandlung entschied die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, am 28. Mai 2004, die Forderung der Enteigneten infolge Verwirkung nicht zuzulassen.
Die Schätzungskommission erwog, die Einhaltung der Verwirkungsfrist sei von Amtes wegen zu prüfen. Da das Verfahren auf Begehren der Enteigneten eingeleitet worden sei, sei diese jedoch verpflichtet, an der Feststellung des Sachverhaltes mitzuwirken. Der Untersuchungsgrundsatz ändere sodann nichts an der Verteilung der materiellen Beweislast bzw. an der Regelung der Folgen der Beweislosigkeit: Der Entscheid falle zu Ungunsten jener Partei aus, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wolle. Nun habe die Enteignete spätestens mit der Mitteilung des Rissprotokolls am 15. November 2002 von der behaupteten Schädigung Kenntnis erhalten. Sie hätte daher ihr Entschädigungsbegehren dem Präsidenten der Schätzungskommission oder einer anderen Behörde bis 15. Mai 2003 zustellen müssen. Die Enteignete sei aber nicht in der Lage gewesen, genauere Angaben darüber zu machen, wann sie mit ihrer Forderung erstmals an die Enteignerin gelangt sei. Beim Präsidenten der Schätzungskommission sei ein Gesuch erst am 2. März 2004 eingegangen. Die Forderung der Enteigneten gelte daher als verwirkt. Selbst wenn aber die Forderungseingabe zugelassen werden müsste, wäre sie abzuweisen, da ein Zusammenhang zwischen den geltend gemachten Gebäudeschäden und den Bauarbeiten nicht nachweisbar sei. Zwar seien die von der Enteignerin vorgelegten Erschütterungsmessungen zur Beweisführung nicht geeignet. Wie sich aus dem Rissprotokoll ergebe, seien jedoch bereits vor dem Baubeginn erhebliche Risse am Gebäude der Enteigneten vorhanden gewesen. Aus dem Umstand, dass nach den Bauarbeiten weitere Risse festgestellt worden seien, lasse sich daher keineswegs ableiten, diese Risse seien Folge der Bauarbeiten. Ebenso wenig könne auf das Empfinden der Bewohner abgestellt werden. Es sei nicht ersichtlich und sei von der Enteigneten auch nicht weiter ausgeführt worden, auf welche Weise ein Zusammenhang zwischen den neuen Rissen und den Bauarbeiten der Enteignerin nachgewiesen werden könnte. Diese Beweislosigkeit wirke sich zu Ungunsten der Gesuchstellerin aus.
C. Gegen den Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, hat X._ sinngemäss Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und um eine angemessene Entschädigung für die Gebäudeschäden ersucht.
Die SBB und die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im angefochtenen Entscheid hat die Eidgenössische Schätzungskommission von Amtes wegen festgestellt, dass die von der Enteigneten angemeldete Entschädigungsforderung aufgrund von Art. 41 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (EntG; SR 711) verwirkt sei.
Gemäss Art. 41 Abs. 1 lit. b EntG können Entschädigungsforderungen nach Ablauf der Eingabefrist unter anderem dann noch geltend gemacht werden, wenn sich eine nicht vorherzusehende Schädigung erst beim Bau oder nach Erstellung des Werkes oder als Folge seines Gebrauchs einstellt. Solche nachträglichen Entschädigungsforderungen gelten nach Art. 41 Abs. 2 lit. b EntG grundsätzlich als verwirkt, falls sie nicht binnen sechs Monaten beim Präsidenten der Eidgenössischen Schätzungskommission oder bei einer anderen Behörde angemeldet werden (vgl. <ref-law>, <ref-ruling> E. 3). Die Verwirkung tritt jedoch nicht in jedem Falle ein und ist nach bundesgerichtlicher Praxis auch nicht ausnahmslos von Amtes wegen zu beachten:
1.1 In formeller Hinsicht wird für die Verwirkung eines Entschädigungsanspruchs vorausgesetzt, dass die Verwirkungsfolge den Enteigneten angedroht worden ist. Die Entschädigungsberechtigten sind daher durch öffentliche Bekanntmachung und/oder persönliche Anzeige, soweit sie Anspruch auf eine solche haben (Art. 31 Abs. 1 EntG), ausdrücklich auf die Bestimmung von Art. 41 EntG aufmerksam zu machen (vgl. Art. 30 Abs. 1 lit. c, Art. 31 ff. EntG). Hat in der fraglichen Gemeinde keine öffentliche Planauflage mit entsprechender Bekanntmachung stattgefunden oder ist dem Enteigneten keine persönliche Anzeige zugegangen, so unterliegen die nachträglichen Entschädigungsansprüche nicht der Verwirkung gemäss Art. 41 Abs. 2 EntG, sondern der Verjährung (vgl. <ref-ruling>, 116 Ib 11 E. 2b/ee S. 19, 120 Ib 76 E. 5a S. 87 f.; s.a. <ref-ruling> E. 11 S. 414).
1.2 Gemäss Art. 38 EntG sind die enteigneten Rechte, soweit sie sich aus der Grunderwerbstabelle ergeben oder offenkundig sind, von der Schätzungskommission auch ohne Anmeldung zu schätzen. Diese Regelung gilt ebenfalls in den durch das Bundesgesetz vom 18. Juni 1999 über die Koordination und Vereinfachung von Entscheidverfahren revidierten spezialrechtlichen Plangenehmigungsverfahren, die mit einem Enteignungsverfahren verbunden sind (so ausdrücklich in Art. 39 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 8. März 1960 über die Nationalstrassen in der Fassung vom 18. Juni 1999). Der Enteigner kann daher hinsichtlich der Rechte, die ihm bekannt sein müssen, keinen Vorteil aus der Säumnis eines Enteigneten ziehen (vgl. <ref-ruling> E. 3d/bb S. 394).
1.3 Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist beim Entscheid über die Verwirkung öffentlichrechtlicher Ansprüche zwar von den allgemeinen (privatrechtlichen) Prinzipien auszugehen, gleichzeitig aber in Betracht zu ziehen, welches der Zweck der vom Gesetzgeber auf dem fraglichen Rechtsgebiet getroffenen Verwirkungsregelung sei (<ref-ruling> E. 3c/bb S. 393 in fine). Da der Zweck der in Art. 41 EntG vorgesehenen Verwirkung in erster Linie darin liegt, den Enteigner vor nachträglichen Entschädigungsforderungen zu schützen, welche er nicht erwarten musste und die sich in unvorhergesehener Weise auf die Kosten seines Werks auswirken könnten, braucht jedenfalls die Verwirkung dann nicht von Amtes wegen berücksichtigt zu werden, wenn der Enteigner selbst von ihr absehen will. In diesem Sinne hat das Bundesgericht die Frage der Rechtzeitigkeit der Forderungsanmeldung offen gelassen, nachdem der Enteigner ausdrücklich darauf verzichtet hatte, sich auf die Verwirkung zu berufen (Urteil i.S. S. vom 29. März 1990). Weiter ist stets betont worden, dass die Verwirkung nicht von Amtes wegen beachtet werden dürfe, wenn die entsprechende Einrede als rechtsmissbräuchlich bzw. unvereinbar mit dem Gebot von Treu und Glauben erschiene. Dies gilt vor allem dann, wenn der Enteignete durch das Verhalten des Enteigners von einer rechtzeitigen Anmeldung seiner Begehren abgehalten wird, so etwa, wenn der Enteignete aufgrund von Verhandlungen mit dem Enteigner zur Annahme berechtigt ist, dieser trete auf seine Ansprüche ein (<ref-ruling> E. 2b S 235 mit Hinweisen, 111 Ib 280 E. 3a S. 284, 113 Ib 34 E. 3 S. 38, 116 Ib 386 E. 3c/bb S. 393).
2. Für den vorliegenden Fall ergibt sich aus diesen Grundsätzen Folgendes:
2.1 Den eingereichten Akten lässt sich entnehmen, dass in der Gemeinde Thalwil für das Tunnelbauprojekt eine öffentliche Planauflage stattgefunden hat. Es darf davon ausgegangen werden, dass die Planauflage mit den nötigen Bekanntmachungen und Hinweisen auf die Rechtsfolgen im Sinne von Art. 30 Abs. 1 lit. c EntG verbunden war. Die Bestimmungen von Art. 41 EntG sind daher grundsätzlich anwendbar.
2.2 Aus den Akten ergibt sich ebenfalls, dass seinerzeit nicht vorgesehen war, ein Rissprotokoll für die hier umstrittene Liegenschaft zu erstellen. Der damalige Eigentümer und Rechtsvorgänger der Beschwerdeführerin hat jedoch die SBB um eine solche Rissaufnahme ersucht. Er wies darauf hin, dass die Zufahrt zur Baustelle für den im Tagbau zu erstellenden Tunnel u.a. über die Z._-Strasse führen werde und mit beträchtlichem Werkverkehr sowie umfangreichen Materialtransporten zu rechnen sei; zudem würden in der Nähe seiner Liegenschaft schwere Baumaschinen eingesetzt, die Vibrationen erzeugten. Die SBB haben dem Gesuch des Grundeigentümers stattgegeben und die verlangten Beweissicherungsmassnahmen treffen lassen. Es fragt sich, ob mit der Anordnung dieser vorsorglichen Beweiserhebung nicht bereits eine Situation geschaffen wurde, in welcher der Grundeigentümer von einer Fortsetzung der Verhandlungen mit der Enteignerin ausgehen durfte. Jedenfalls aber hat die Beschwerdeführerin nach Zustellung des abschliessenden Rissprotokolls, das eine Zunahme der Risse zeigt, ohne weiteres erwarten dürfen, dass die SBB zur Festlegung oder Bestreitung der Entschädigungspflicht mit ihr Kontakt aufnehmen würden. Dass die Beschwerdeführerin erst etwas unternommen hat, nachdem sie längere Zeit ohne Nachricht von der Enteignerin geblieben war, kann ihr daher nicht als Säumnis vorgeworfen werden. Im Übrigen hat die Enteignerin vor der Schätzungskommission die Verwirkung nie angerufen und - wie in einer Aktennotiz festgehalten ist - gegenüber dem Präsidenten sogar erklärt, es wäre wohl stossend, diese Einrede nachträglich zu erheben. Ob darin ein ausdrücklicher Verzicht auf die Verwirkungseinrede erblickt werden könnte, kann offen bleiben, da die Beschwerdeführerin wie dargelegt darauf vertrauen durfte, die Enteignerin trete auf die durch das Rissprotokoll belegten Entschädigungsansprüche ein. Der angefochtene Entscheid, mit dem die Verwirkung der Entschädigungsforderung festgestellt worden ist, ist daher aufzuheben.
3. Die Schätzungskommission hat das Entschädigungsbegehren der Beschwerdeführerin nicht nur für verwirkt, sondern auch für unbegründet erklärt, weil die Enteignete den Kausalzusammenhang zwischen den Bauarbeiten der SBB und den zusätzlichen Rissen an ihrem Haus nicht nachgewiesen bzw. nicht dargelegt habe, wie dieser Zusammenhang nachzuweisen sei. Auch in dieser Hinsicht vermag der angefochtene Entscheid nicht zu überzeugen. Es kann von einem Laien nicht verlangt werden, den - schwierigen - Beweis dafür zu erbringen, dass die Rissbildung an einem Gebäude auf die Bauarbeiten oder den Werkverkehr des Enteigners zurückzuführen sei. Ebenso wenig kann vom Enteigneten erwartet werden, dass er einen Experten mit Abklärungen betraue, sind doch in den Schätzungskommissionen selbst die nötigen Fachleute vertreten oder können solche zusätzlich beigezogen werden (vgl. Art. 40 und Art. 49 der Verordnung vom 24. April 1972 für die eidgenössischen Schätzungskommissionen, SR 711.1; <ref-ruling> E. 3 S. 35 f.). Die Fachrichter der Schätzungskommission haben hier denn auch festgestellt, dass aufgrund der von der Enteignerin vorgelegten Erschütterungsmessungen nicht geschlossen werden könne, die Risse seien zwingend auf andere Ursachen als die Bauarbeiten zurückzuführen. Im Übrigen ist von Seiten der Enteignerin erwogen worden, gewisse Schäden am Gebäude wären wohl ohnehin entstanden, könnten aber möglicherweise infolge der Erschütterungseinwirkungen früher eingetreten sein. Die Enteignerin schliesst somit eine raschere Alterung der Fassaden selbst nicht aus, für welche sie grundsätzlich einzustehen hat (vgl. sinngemäss Urteil 1E.14/1994 vom 31. Dezember 1996 E. 7). Die Sache ist demnach zu zusätzlicher Beweiserhebung an die Schätzungskommission zurückzuweisen. Könnte übrigens der Kausalzusammenhang zwischen Bauarbeiten und Gebäudeschäden weder nachgewiesen noch völlig ausgeschlossen werden, fiele auch die Möglichkeit in Betracht, der Enteigneten einen nach Billigkeitsüberlegungen festzusetzenden Beitrag zur Schadensbehebung zuzusprechen.
4. Die bundesgerichtlichen Kosten sind dem Ausgang des Verfahrens und Art. 116 EntG gemäss der Enteignerin zu überbinden. Da sich die Enteignete nicht hat vertreten lassen, ist ihr auch keine Parteientschädigung zuzuerkennen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, vom 28. Mai 2004 aufgehoben.
Die Sache wird zu neuem Entscheid an die Schätzungskommission zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Schweizerischen Bundesbahnen SBB AG auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, den Schweizerischen Bundesbahnen SBB AG und der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2004
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: