Sachverhalt:
A. A._ mietete ein Ladenlokal in C._, das er als Lager nutzte. Vermieter war D._ und nach seinem Tod seine Erbengemeinschaft, bestehend aus B._ und seinen zwei Schwestern. Im Frühjahr 2000 drang Wasser in das Mietlokal ein.
B. Nach der Durchführung eines Verfahrens zur vorsorglichen Beweisaufnahme und nachdem vor der Schlichtungsstelle für Mietangelegenheiten keine Einigung gefunden werden konnte, klagte A._ (Kläger) am 13. März 2006 beim Bezirksgericht Arlesheim gegen B._ (Beklagter) auf Zahlung von Fr. 100'000.-- nebst 5 % Zins ab dem 6. Januar 2006. Der Kläger verlangte damit Ersatz für die durch den Wassereinbruch im Jahr 2000 verursachte Beschädigung seines Fotomaterials.
Das Bezirksgericht Arlesheim wies die Klage am 2. September 2008 ab. Eine dagegen erhobene Appellation des Klägers wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Urteil vom 27. Januar 2009 ab.
C. Der Kläger (Beschwerdeführer) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Begehren, das Urteil des Kantonsgerichts vom 27. Januar 2009 aufzuheben und die Klage gutzuheissen.
Der Beklagte (Beschwerdegegner) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Kantonsgericht wies die Klage namentlich deshalb ab, weil es annahm, der Beschwerdeführer habe nicht nachweisen können, dass der Wassereinbruch im Frühjahr 2000 zur Beschädigung der Fotoausrüstung geführt habe. Der Beschwerdeführer habe es versäumt, nach dem Wassereintritt im Frühjahr 2000 "zeitechte" Beweise zu sichern. Vielmehr habe er mit seinem Antrag auf beweissichernde Massnahmen bis am 10. Dezember 2004 zugewartet. Die Beweisschwierigkeiten des Beschwerdeführers seien daher in seiner mehrjährigen Untätigkeit begründet, weshalb sich eine Herabsetzung der Beweisanforderungen nicht rechtfertige. Zwar genüge für den Nachweis des Kausalzusammenhanges zwischen Schaden und schädigendem Ereignis das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit. Es sei jedoch gleichermassen möglich, dass die Fotoausrüstung bereits vor oder erst nach dem Wassereinbruch im Frühjahr 2000 beschädigt worden sei, weshalb die Sachverhaltsdarstellung des Beschwerdeführers nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zutreffe.
1.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, es sei weltfremd anzunehmen, dass er seine eigenen teuren Apparate beschädigt habe, die er doch viel sicherer via Internet hätte verkaufen können. Höchst unwahrscheinlich sei auch, dass ihn das unglaubliche Pech ereilt habe, vor oder nach dem Schadenereignis im Frühjahr 2000 von einem weiteren Wasserschaden betroffen gewesen zu sein. Die kantonalen Instanzen hätten ihm dies zwar nicht unterstellt, jedoch von ihm zu Unrecht den strikten Beweis gefordert. Da er diesen auch unmittelbar nach dem Schadenereignis nicht hätte erbringen können, hätte die überwiegende Wahrscheinlichkeit, dass der Schaden an der Fotoausrüstung durch den Wassereinbruch im Lagerraum im Frühjahr 2000 verursacht worden sei, genügen müssen.
1.3 Da das Kantonsgericht die Sachverhaltsdarstellung des Beschwerdeführers auch nicht als überwiegend wahrscheinlich erachtete, ist auf die Rüge betreffend das Beweismass mangels Entscheiderheblichkeit nicht einzutreten. Dass das Kantonsgericht im Rahmen der Beweiswürdigung bei der Verneinung der überwiegenden Wahrscheinlichkeit in Willkür verfiel, macht der Beschwerdeführer nicht bzw. zumindest nicht rechtsgenüglich begründet geltend (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4).
2. Neben der genannten Hauptbegründung kommt der Eventualbegründung des Kantonsgerichts betreffend das fehlende Verschulden der Vermieterschaft keine entscheiderhebliche Bedeutung zu, weshalb auf die gegen die Eventualbegründung gerichtete Kritik des Beschwerdeführers nicht einzutreten ist.
3. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde insgesamt nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Mai 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Gelzer