Sachverhalt:
A. In der Nacht auf den 16. Juni 2010 fuhr X._ alkoholisiert einen Personenwagen. Gegenüber der Kantonspolizei Basel-Stadt gab er an, am Morgen des 15. Juni 2010 zudem je eine Tablette Dilzem, Co-Diovan, Aspirin Cardio und Metfin eingenommen sowie Insulin Novorapid gespritzt zu haben. Das Institut für Rechtsmedizin der Universität Basel (IRM) stellte für den Zeitpunkt der Verkehrskontrolle eine Blutalkoholkonzentration von zwischen 1.01 und 1.49 Promille fest. Die Polizei Basel-Landschaft, Administrativmassnahmen, (im Folgenden: Polizei) entzog daraufhin X._ mit Verfügung vom 23. August 2010 vorsorglich den Führerausweis und ordnete an, die Fahreignung sei abzuklären. Es wurde festgehalten, dass das Aktendossier zur Begutachtung an die Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) geschickt werde. Gestützt auf das Ergebnis würde entschieden werden, ob zusätzlich eine persönliche verkehrsmedizinische Eignungsabklärung notwendig sei.
Am 31. August 2010 erhob X._ gegen die Verfügung der Polizei Beschwerde beim Regierungsrat. In der Folge reichte er zudem einen Bericht von Dr. med. A._, Facharzt für Gastroenterologie und innere Medizin FMH, ein. Am 28. September 2010 lieferten zudem die UPK das angeforderte Aktengutachten ab. Der Regierungsrat legte der Beschwerde gestützt auf diese neuen Unterlagen die aufschiebende Wirkung bei, nachdem er sie zuvor noch verweigert hatte. Mit Entscheid vom 25. Januar 2011 hiess der Regierungsrat die Beschwerde teilweise gut und hob den vorsorglichen Entzug des Führerausweises auf. Weiter ordnete er an, dass sich X._ einer medizinischen Fahreignungabklärung zu unterziehen habe, und wies die Polizei an, einer medizinischen Fachstelle einen klar umschriebenen Auftrag zu erteilen.
Die von X._ gegen den Entscheid des Regierungsrats erhobene Beschwerde wies die Präsidentin der Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht des Kantonsgerichts Basel-Landschaft mit Urteil vom 30. Juni 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. August 2011 beantragt X._, das Urteil des Kantonsgerichts sei aufzuheben und auf eine medizinische Fahreignungsabklärung sei zu verzichten. Eventualiter sei ein Aktengutachten durch einen unabhängigen Gutachter erstellen zu lassen, welches die Schlüssigkeit des Gutachtens von Dr. A._ beurteile.
Das Kantonsgericht und die Polizei haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Strassen schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In seiner Stellungnahme dazu hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Anordnung einer medizinischen Fahreignungsabklärung im Rahmen eines Verfahrens betreffend Führerausweisentzug und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit (<ref-law>). Der Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab; es handelt sich um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid, der unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar ist. Aufgrund des Eingriffs in das Recht auf persönliche Freiheit, welche eine medizinische Fahreignungsabklärung mit sich bringt, kann der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (<ref-law>). Die Beschwerde ist insofern zulässig. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer kritisiert, dass eine inhaltliche Auseinandersetzung mit dem Gutachten von Dr. A._ nicht stattgefunden habe. Auch die Laborwerte, welche das Institut Viollier am 7. und 9. September erhoben habe, seien unberücksichtigt geblieben. Die Vorinstanz gehe davon aus, dass für die Anordnung einer Fahreignungsüberprüfung gewisse Bedenken bezüglich der Fahreignung ausreichend seien. Derartige Bedenken habe Dr. A._ aber ausgeräumt. Sofern auf dessen Gutachten nicht abgestellt werde, müsse dies inhaltlich begründet werden. Es dürfe nicht pauschal vermutet werden, dass der Alkoholkonsum in erlaubtem Masse durch Zuckerkranke die Fahreignung generell ausschliesse. Die Gefahr einer Hypoglykämie, die allenfalls als Grund für den Verzicht auf Alkohol beim Autofahren sprechen würde, sei individuell verschieden. Die bisherigen Abklärungen belegten, dass diese Gefahr bei ihm nicht bestehe. Der Verhältnismässigkeitsgrundsatz gebiete, dass auf die persönliche verkehrsmedizinische Eignungsabklärung verzichtet werde. Allenfalls sei ein Aktengutachten zur Bewertung des Gutachtens von Dr. A._ in Auftrag zu geben. Das Gutachten der UPK vom 28. Oktober 2010 sei wertlos, weil gar keine Fragen gestellt worden seien. Zudem sei es nicht schlüssig und habe die damals bereits vorhandenen Laborwerte nicht berücksichtigt. Die Vorinstanz würde auch verkennen, dass er seit dem 13. Juli 2010 nicht mehr mit Insulin behandelt werde. Indem sie auf das unzureichende Aktengutachten der UPK abgestellt habe, habe sie das Willkürverbot und den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
2.2 Das Kantonsgericht führte aus, für die Anordnung einer verkehrsmedizinischen Untersuchung reiche es aus, wenn bezüglich der Fahreignung gewisse Bedenken bestünden. Mit Hinweis auf das Blutalkohol-Gutachten des IRM und das Aktengutachten der UPK stellte es fest, beim Beschwerdeführer würden verschiedene Faktoren zusammenfallen, welche zu einer Einschränkung der Fahreignung führen könnten. Die gleichzeitige Einnahme von mehreren Medikamenten, insbesondere in Verbindung mit Alkohol und der Diabetes stünden dabei im Vordergrund. Der Bericht von Dr. A._ vermöge die Bedenken an der Fahreignung nicht zu beseitigen. Dr. A._ führe aus, sämtliche der eingenommenen Medikamente würden weder einzeln noch in Kombination mit Alkohol zu einer verminderten Vigilanz oder Reaktionsfähigkeit und damit zu einer Einschränkung der Fahrtüchtigkeit führen. Wie es sich damit verhalte, habe von den Vorinstanzen jedoch zulässigerweise offen gelassen werden können. Bei Dr. A._ handle es sich um den behandelnden Arzt des Beschwerdeführers. Als solcher werde er naturgemäss bis zu einem gewissen Grad die Interessen seines Patienten vertreten, weshalb auf seine Aussagen von vornherein nicht unbesehen abgestellt werden könne. Die Vorinstanzen hätten sich im Rahmen des ihnen zustehenden Ermessens bewegt, wenn sie gestützt auf die sachlich nachvollziehbare Beurteilung der UPK an einer persönlichen verkehrsmedizinischen Untersuchung des Beschwerdeführers festhielten.
2.3 Gemäss <ref-law> sind Ausweise und Bewilligungen zu entziehen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen. Der Führerausweisentzug wegen fehlender Fahreignung ist in <ref-law> geregelt. Laut Abs. 1 dieser Bestimmung wird der Lernfahr- oder Führerausweis einer Person auf unbestimmte Zeit entzogen, wenn ihre körperliche und geistige Leistungsfähigkeit nicht oder nicht mehr ausreicht, ein Motorfahrzeug sicher zu führen (lit. a); sie an einer Sucht leidet, welche die Fahreignung ausschliesst (lit. b); oder sie auf Grund ihres bisherigen Verhaltens nicht Gewähr bietet, dass sie künftig beim Führen eines Motorfahrzeuges die Vorschriften beachten und auf die Mitmenschen Rücksicht nehmen wird (lit. c). Vor einem Sicherungsentzug ist von Amtes wegen eine genaue Abklärung des Einzelfalls erforderlich. Das Ausmass der notwendigen behördlichen Nachforschungen, namentlich die Frage, ob ein medizinisches Gutachten eingeholt werden soll, liegt im pflichtgemässen Ermessen der Entzugsbehörde (Urteil 1C_248/2011 vom 30. Januar 2012 E. 3.1 mit Hinweisen). Die Behörde hat bei ihrem Entscheid insbesondere den Anspruch auf rechtliches Gehör zu gewährleisten und im Hinblick auf den Eingriff in die persönliche Freiheit den Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu wahren.
2.4 Das Blutalkohol-Gutachten des IRM enthält lediglich einen allgemeinen Hinweis zur Frage der Fahrfähigkeit: Aufgrund individuell unterschiedlicher Reaktionen auf die blutdruck- und blutzuckersenkende Wirkung könne es nach Einnahme der Medikamente zu einer Beeinträchtigung der Fahrfähigkeit kommen, dies gelte insbesondere im Zusammenwirken mit Alkohol. Im Gegensatz dazu geht das Aktengutachten der UPK konkreter auf die Verhältnisse des Beschwerdeführers ein. Die eigentliche Beurteilung fällt indessen äusserst knapp aus. Der Gutachter schreibt, es habe ein Vorfall im Strassenverkehr vorgelegen, der in Verbindung mit einer verkehrsrelevanten Erkrankung zu sehen sei. Aus diesem Grund sei aus verkehrsmedizinischer Sicht eine reguläre Fahreignungsbegutachtung unabdingbar und eine persönliche Anhörung des Exploranden notwendig.
Differenzierter abgefasst ist der Bericht von Dr. A._. Dieser beschreibt die Erkrankung und die Medikation des Beschwerdeführers und hält fest, es bestehe ein metabolisches Syndrom, welches mit der aktuellen Behandlung gut kontrolliert sei (Blutdruck, Blutzucker). Die Medikamente führten weder einzeln noch in Kombination mit Alkohol zu einer verminderten Vigilanz oder Reaktionsfähigkeit und damit zu keiner Einschränkung der Fahrtüchtigkeit. Orale Antidiabetika führten zudem nicht zu Hypoglykämien.
Da der Bericht von Dr. A._ im Aktengutachten der UPK noch nicht berücksichtigt werden konnte, äusserte sich der Gutachter am 22. Oktober 2010 per E-Mail dazu. Auch unter Berücksichtigung des Berichts sei aus verkehrsmedizinischer Sicht ein reguläres verkehrspsychiatrisches Gutachten unerlässlich, da verschiedene verkehrsrelevante Aspekte kumulierten. Dies seien Diabetes mellitus, Hypertonie und Fahren in angetrunkenem Zustand.
2.5 Beim Bericht von Dr. A._ handelt es sich um ein Parteigutachten, weshalb nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz nicht vorbehaltlos darauf abstellte. Der Beschwerdeführer hat solches indessen auch nicht verlangt, sondern forderte lediglich, dass zur Überprüfung des Berichts ein Aktengutachten anzuordnen sei.
Treffen die Darlegungen im Bericht von Dr. A._ zu, so kann nicht davon ausgegangen werden, dass das Fahren in angetrunkenem Zustand mit der Erkrankung bzw. der Medikation in einem relevanten Zusammenhang steht. Vielmehr handelte es sich diesfalls um eine blosse Koinzidenz. Die UPK sind in ihrem E-Mail zum Bericht nicht auf diese Frage eingegangen. Sie haben an der Notwendigkeit eines regulären verkehrspsychiatrischen Gutachtens festgehalten, gleichzeitig aber die Befunde von Dr. A._ auch nicht als falsch bezeichnet. Unter diesen Voraussetzungen durfte das Kantonsgericht nicht einfach davon ausgehen, es könne offen bleiben, ob die Befunde von Dr. A._ zutreffen. Das rechtliche Gehör und der Grundsatz der Verhältnismässigkeit gebieten, dass zunächst zum Bericht von Dr. A._ im Rahmen eines Aktengutachtens Stellung genommen wird, bevor eine persönliche verkehrsmedizinische Untersuchung des Beschwerdeführers angeordnet wird. Der Gutachter wird sich dabei auch mit den Laborwerten des Instituts Viollier, welche bei den Akten liegen, auseinandersetzen müssen.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Die Angelegenheit ist an die Polizei Basel-Landschaft, Administrativmassnahmen, zurückzuweisen, damit diese im Sinne der Erwägungen zunächst ein Aktengutachten einholt und gestützt darauf einen neuen Entscheid fällt. Bei diesem Ergebnis erübrigt es sich, auf die weiteren vom Beschwerdeführer vorgetragenen Rügen einzugehen.
Da das Kantonsgericht die Beschwerde hätte gutheissen müssen, erscheint es als angemessen, dem Beschwerdeführer für das vorinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu gewähren (§ 21 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Basel-Landschaft vom 16. Dezember 1993 über die Verfassungs- und Verwaltungsprozessordnung [VPO; SGS 271]; <ref-law>).
Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das angefochtene Urteil aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Polizei Basel-Landschaft, Administrativmassnahmen, zurückgewiesen.
Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das vorinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Polizei Basel-Landschaft, dem Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, Präsidentin, sowie der Sicherheitsdirektion des Kantons Basel-Landschaft und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold