Sachverhalt:
A. N._, diplomierte Physiotherapeutin SRK, behandelte auf Verordnung des Dr. med. P._, FMH Rheumaerkrankungen und Innere Medizin, in der Zeit vom 23. Juni bis 25. September 2008 eine 1974 geborene Patientin. Die erbrachten physiotherapeutischen Leistungen rechnete sie mit der Atupri Krankenkasse nach dem Tarifvertrag vom 1. September 1997 zwischen dem Schweizerischen Physiotherapeutenverband (SPV; später: physioswiss) und dem Konkordat Schweizerischer Krankenversicherer (KSK; danach: santésuisse; heute: tarifsuisse AG) sowie weiteren Versicherern und Institutionen (MTK, IV/BSV, BAMV) ab (u.a. nach Tarifposition 7311 ["aufwendige Bewegungstherapie"]; Rechnungen vom 22. August 2008 und 25. September 2008). Die Atupri bestritt die Anwendung der Tarifposition 7311 und war lediglich bereit, nach Tarifziffer 7301 ("allgemeine Physiotherapie") Vergütungen zu leisten, da die medizinischen Voraussetzungen für die Position 7311 "nicht genügend erfüllt" gewesen seien (Schreiben vom 23. Juni 2008). In der Folge riefen die Parteien die im Tarifvertrag vorgesehene Paritätische Vertrauenskommission (PVK) an. Die darin vertretenen Branchenverbände santésuisse und physioswiss konnten sich auf keine gemeinsame Empfehlung einigen und die Kommission verwies die Parteien auf den gerichtlichen Weg (PVK-Bescheid vom 13. März 2009).
B. N._ erhob beim Schiedsgericht gemäss <ref-law> des Kantons Luzern gegen die Atupri Klage auf Zahlung der gestellten Rechnungen über die Beträge von Fr. 652.47 und Fr. 630.65 (zuzüglich 5 % Zins) basierend auf Tarifposition 7311. Mit Entscheid vom 14. März 2011 wies das Schiedsgericht die Klage ab.
C. N._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Schiedsgerichts sei aufzuheben; es sei zu erkennen, dass die Atupri ihre Leistungen so wie am 22. August 2008 und 25. September 2008 in Rechnung gestellt zu vergüten habe.

Erwägungen:
1. Es liegt keine Tarifstreitigkeit im Sinne von <ref-law> (i.V.m. Art. 34 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [VGG] und Art. 83 lit. r BGG) vor. Strittig ist vielmehr die Anwendung eines Tarifes im Einzelfall und damit die Frage, ob die Beschwerdeführerin die von ihr erbrachten Leistungen tarifkonform in Rechnung gestellt hat. Unter diesem Gesichtspunkt ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten (Urteil 9C_252/2011 vom 14. Juli 2011 E. 1).
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
3. Nach <ref-law> werden Tarife und Preise in Verträgen zwischen Versicherern und Leistungserbringern (Tarifvertrag) vereinbart oder in den vom Gesetz bestimmten Fällen von der zuständigen Behörde festgesetzt. Gemäss Art. 43 Abs. 2 lit. a - c KVG kann der Tarifvertrag namentlich auf den benötigten Zeitaufwand abstellen (Zeittarif), für die einzelnen Leistungen Taxpunkte festlegen und den Taxpunktwert bestimmen (Einzelleistungstarif) oder pauschale Vergütungen vorsehen (Pauschaltarif). Dabei ist auf eine betriebswirtschaftliche Bemessung und eine sachgerechte Struktur der Tarife zu achten (Art. 43 Abs. 4 zweiter Satz KVG). Einzelleistungstarife müssen auf einer gesamtschweizerisch vereinbarten einheitlichen Tarifstruktur beruhen. Können sich die Tarifpartner nicht einigen, so legt der Bundesrat diese Tarifstruktur fest (<ref-law>). Die Vertragspartner und die zuständigen Behörden achten darauf, dass eine qualitativ hoch stehende und zweckmässige gesundheitliche Versorgung zu möglichst günstigen Kosten erreicht wird (<ref-law>). Die Leistungserbringer müssen sich an die vertraglich oder behördlich festgelegten Tarife und Preise halten und dürfen für Leistungen nach diesem Gesetz keine weitergehenden Vergütungen berechnen (Tarifschutz; <ref-law>). Der Tarifschutz in weit gefasster Definition umfasst die Pflicht der Leistungserbringer und Versicherer zur Einhaltung der massgeblichen Tarife und Preise sowohl im gegenseitigen als auch im Verhältnis zu den Versicherten (GEBHARD EUGSTER, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], 2. Aufl., S. 678 Rz. 838 und S. 728 Rz. 975).
4. Der am 1. Januar 1998 in Kraft getretene Tarifvertrag zwischen dem SPV und dem KSK sowie weiteren Versicherern und Institutionen beruht auf einer gesamtschweizerisch vereinbarten einheitlichen Tarifstruktur. Er basiert grundsätzlich auf Sitzungspauschalen. Pro Therapiesitzung kann nur eine Sitzungspauschale (Ziffern 7301 bis 7340) verrechnet werden. Die Honorierung der Leistungen erfolgt nach den Bestimmungen des Tarifs im Anhang 1 des Vertrages, welcher auf dem Taxpunktwertsystem beruht (Art. 8 Abs. 3 des Tarifvertrages).
5. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin für die in den umstrittenen Rechnungen fakturierten Behandlungen die Vergütung gemäss Tarifposition 7311 abrechnen durfte (77 Taxpunkte) oder dies nach der Tarifposition 7301 hätte tun müssen (48 Taxpunkte).
5.1 Unter Tarifposition 7301 (Abs. 1) fallen
"alle Einzelbehandlungen (...), die nicht ausdrücklich unter den Tarifpositionen 7311-7340 aufgeführt sind."
5.2 Demgegenüber ist die Tarifposition 7311 eine Sitzungspauschale für
"aufwendige Bewegungstherapie bei cerebralen und/oder medullären Bewegungsstörungen (inkl. Polyradiculitiden, z.B. Guillain-Barré) oder schweren funktionellen Störungen unter erschwerten Umständen (Alter, Allgemeinzustand, Hirnfunktionsstörungen),
für aufwendige bewegungstherapeutische Behandlung mehrerer Gliedmassen bei mehrfachverletzten, mehrfachoperierten oder multimorbiden Patienten,
Atemtherapie bei schweren Lungenventilationsstörungen."
6. 6.1 Die Vorinstanz ist zum Schluss gekommen, in Behandlungsprotokollen vom 20. August und 10. Dezember 2008 seien die Beschwerdebilder LWS (Lendenwirbelsäule) und PHS (Periarthritis humero-scapularis; Schultergelenkentzündung) genannt worden, über deren Schwere sei aber nichts vermerkt gewesen. Es sei nicht belegt, dass für die Behandlungen ein besonderer Aufwand notwendig gewesen sei, welcher sich gegenüber den allgemeinen physiotherapeutischen Therapien abhebe, wie sie in Tarifziffer 7301 vorgesehen seien. Es sei keine Multimorbidität gegeben gewesen, weshalb die Beklagte zu Recht darauf bestanden habe, dass die Tarifziffer 7311 nicht angewandt werden dürfe.
6.2 Die Beschwerdeführerin rügt, die ärztlichen Diagnosen würden eine Meniscopathie am rechten Knie, Beschwerden im Bereich der Lendenwirbelsäule (LWS) und eine Entzündung rund um die Schulter (PHS) festhalten. Die verschiedenen Diagnosen würden eindeutig verschiedene Körperregionen gleichzeitig betreffen. Zudem hätten die damit verbundenen Funktionsstörungen eine unumgängliche, komplexe Behandlung erfordert, weshalb die Tarifposition 7311 zur Anwendung gelange. Dabei verweist sie auf Schiedsgerichtsentscheide aus den Kantonen Genf und Neuenburg, wo jeweils die Anwendbarkeit der Tarifposition 7311 anerkannt worden sei.
Diese Entscheide sind hier nicht zu überprüfen und können das vorliegende Verfahren nicht präjudizieren. Zum Urteil des Genfer Schiedsgerichts vom 5. November 2010 (A/4563/2008) ist aber darauf hinzuweisen, dass es sich um einen erheblich anderen Sachverhalt gehandelt hat, litt doch die betroffene Patientin unter einer Lähmung aller vier Gliedmassen ("Little-Krankheit"; Tetraparese). Im Neuenburger Fall (Schiedsgerichtsurteil vom 15. September 2010 [TARB.2009.1]) waren ein Nacken-Schulter-Arm-Syndrom und chronische Rückenbeschwerden zu behandeln, zudem litt die Versicherte unter Fibromyalgie.
6.3 Die Beschwerdegegnerin hatte im vorinstanzlichen Verfahren vorgebracht, dass für die Verrechnung der Tarifposition 7311 erschwerende Faktoren vorliegen müssten, die hier nicht gegeben gewesen seien. Bei der Patientin sei keine Multimorbidität ausgewiesen gewesen. Gemäss Rundschreiben der santésuisse vom 16. Dezember 2004 sei im Rahmen einer Aussprache zwischen Vertretern der PVK Physiotherapie, der santésuisse sowie den Schweizerischen Gesellschaften für Physikalische Medizin und Rehabilitation sowie für Rheumatologie vereinbart worden, dass vonseiten der Leistungserbringer die Abrechnung der Tarifposition 7311 restriktiv erfolgen soll. Wenn hier, wie von der Leistungserbringerin behauptet, die Abrechnung nach Tarifposition 7311 der gelebten Praxis zwischen den Physiotherapeuten und den Versicherern entsprochen hätte, hätte die angerufene PVK empfohlen, die Rechnungen nach dieser Position zu akzeptieren. Dies sei nicht der Fall gewesen.
7. 7.1 Die jeweilige Argumentation spiegelt die Positionen in der PVK (Bescheid vom 13. März 2009): Für die Repräsentanten der santésuisse war die Vergütung der (normalen) Tarifposition 7301 angezeigt, weil nur zwei Körperregionen betroffen seien und nicht von Multimorbidität gesprochen werden könne, da es sich bei der nur zu Beginn behandlungsbedürftigen Meniskusschädigung lediglich um eine geringfügige gesundheitliche Beeinträchtigung gehandelt habe. Die Vertreter der physioswiss hielten dagegen, die Verrechnung der Tarifposition 7311 sei gerechtfertigt, da mehrere Gliedmassen betroffen gewesen seien. Die erste Verordnung habe die LWS und ein Knie betroffen, die zweite die LWS und die versteifte Schulter (PVK-Bescheid vom 13. März 2009).
7.2 Die fragliche Tarifposition 7311 beinhaltet im Wesentlichen drei Voraussetzungen. Erstens muss es sich um eine aufwendige Behandlung handeln. Zweitens geht es um die bewegungstherapeutische Behandlung mehrerer Gliedmassen. Drittens ist der Patient entweder mehrfachverletzt, mehrfachoperiert oder multimorbid. Im vorliegenden Verfahren sind in erster Linie die Voraussetzungen "aufwendig" und "multimorbid" streitig.
Multimorbidität (synonym auch Polymorbidität, Polypathie) definiert sich nach Pschyrembel (klinisches Wörterbuch, 262. A., 2011, S. 1348) als gleichzeitiges Bestehen von mehreren Krankheiten. Das Roche Lexikon Medizin, mittels CD-Rom konsultiert, spricht von gleichzeitigem Vorhandensein chronisch werdender oder primär chronischer Krankheiten/Leiden, insbesondere beim alternden Menschen. Ob und inwieweit es somit, um die Voraussetzung der Multimorbidität als erfüllt betrachten zu können, allein auf die Anzahl der gleichzeitig gestellten und behandelnden Diagnosen ankommt oder zusätzlich eine Interaktion zwischen den einzelnen Erkrankungen erforderlich ist und sich der Patient in einem fortgeschrittenen Alter befinden muss, kann offenbleiben. Die Beschwerde erweist sich so oder anders als unbegründet. Zum einen stand die Beschwerdeführerin jeweils "nur" wegen zwei gleichzeitig bestehenden Beschwerdebildern in Behandlung (Knie und LWS bzw. LWS und Schulter; Behandlungsprotokolle vom 20. August und 12. Oktober 2008). Bei zwei gleichzeitig bestehenden Erkrankungen ist von Komorbidität zu sprechen (vgl. zum Beispiel <ref-ruling> unten). Zum andern waren in concreto Funktionsstörungen verschiedener Körperregionen gegeben, ohne dass eine unmittelbare Wechselwirkung in Bezug auf deren Behandlung ausgewiesen ist. Im Behandlungsprotokoll vom 20. August 2008 ist ausschliesslich von einer aufwendigen LWS-Behandlung die Rede, die isoliert erfolgte. So heisst es denn auch zum Schluss lediglich "Zusätzlich noch Kniebehandlung notwendig". Im Behandlungsprotokoll vom 12. Oktober 2008 steht sodann ausdrücklich geschrieben, dass die Beschwerdeführerin an der LWS noch Einzeltherapie brauche. Darauf weisen auch die Instruktion und Kontrolle der medizinischen Trainingstherapie mit Geräten, Hanteln und Theraband hin. Schliesslich ist einzig im Zusammenhang mit der LWS von chronischen Schmerzen die Rede und die Beschwerdeführerin gehört der jüngeren Generation an (Jahrgang 1974). Bei dieser Sachlage braucht auch nicht beantwortet zu werden, ob und inwieweit die erste und dritte Voraussetzung letztlich miteinander einhergehen.
8. Dem Verfahrensausgang entsprechend werden die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Schiedsgericht gemäss <ref-law> des Kantons Luzern und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. August 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Schmutz