A.- Die 1949 geborene R._, Mutter zweier in den Jahren 1967 und 1972 geborener Töchter, arbeitete ab dem
18. Juni 1979 vollzeitlich als Metzgerei-Angestellte bei der C._. Das Arbeitsverhältnis wurde von der Arbeitgeberin auf Ende 1985 gekündigt. Nach einer erneuten vollzeitlichen Tätigkeit am bisherigen Arbeitsplatz im Juni 1986 und weiteren kurzfristigen Tätigkeiten nahm sie am 1. Juli 1987 eine Arbeit als Aushilfe in der Kantine der G._AG, mit einem Monatspensum von durchschnittlich 77 Stunden auf. Wegen Schliessung des Betriebes wurde ihr die Stelle auf den 30. März 1995 gekündigt. In der Folge bezog sie Arbeitslosenentschädigung. Am 9. August 1996 meldete sie sich wegen Nacken- und Kopfschmerzen zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Der behandelnde Arzt Dr. med. M._, diagnostizierte eine chronifizierte Migräne sowie eine depressiv neurotische Entwicklung und gab eine Arbeitsunfähigkeit von 75 % ab 31. März 1995 an (Bericht vom 15. August 1996). Der von der IV-Stelle Basel-Stadt mit einer Untersuchung und Beurteilung beauftragte Dr. med. E._, Spezialarzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, gelangte mit Bericht vom 23. Oktober 1996 zum Schluss, dass die Versicherte an einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung und einer leichten depressiven Episode leide und aus psychiatrischer Sicht zu etwa 15 % in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt sei. Mit Verfügung vom 2. Januar 1997 lehnte die IV-Stelle das Begehren um berufliche Massnahmen und Ausrichtung einer Rente ab. Diese Verfügung blieb unangefochten.
Am 30. September 1997 meldete sich R._ wegen verstärkter Nacken- und Kopfschmerzen sowie Schwindel erneut zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an.
Dr. med. E._ stellte eine Konversionssymptomatik bei einem sich verschlechternden Gesundheitszustand fest und schätzte die Arbeitsfähigkeit als Hilfsarbeiterin auf 50 % (Bericht vom 17. Oktober 1997). Die IV-Stelle traf weitere Abklärungen, insbesondere zur Frage, in welchem Umfang die Versicherte ohne den Gesundheitsschaden einer Erwerbstätigkeit nachginge, sowie zur Arbeitsfähigkeit im Haushalt, und erliess nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens am 26. Mai 1999 eine neue Verfügung, mit welcher sie das Leistungsbegehren abwies. Dabei ging sie davon aus, dass die Versicherte als Gesunde zu 50 % erwerbstätig und zu 50 % im Haushalt tätig wäre und ermittelte für die Erwerbstätigkeit einen Invaliditätsgrad von 24 % und für die Tätigkeit im Haushalt einen solchen von 32 %, was eine Gesamtinvalidität von 28 % ergab.
B.- R._ liess hiegegen Beschwerde erheben und beantragen, es sei ihr eine ganze, eventuell eine halbe Invalidenrente zuzusprechen. Zur Begründung brachte sie im Wesentlichen vor, sie habe die Erwerbstätigkeit im Jahre 1987 aus gesundheitlichen Gründen reduziert und es sei davon auszugehen, dass sie ohne den Gesundheitsschaden weiterhin vollzeitlich erwerbstätig wäre. Die bestehende Restarbeitsfähigkeit sei auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt nicht verwertbar. Zudem habe die Verwaltung das Valideneinkommen unzutreffend berechnet. Die IV-Stelle anerkannte den Einwand hinsichtlich des Valideneinkommens, hielt dagegen an der Abweisung des Rentenbegehrens fest, weil sich der Invaliditätsgrad auf lediglich 33 % belaufe. Die Kantonale Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV-Stellen, Basel, nahm ergänzende Beweiserhebungen vor und wies die Beschwerde mit Entscheid vom 22. September 2000 ab.
C.- R._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit den Rechtsbegehren, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei festzustellen, dass sie aufgrund eines Invaliditätsgrades von 66,9 % Anspruch auf eine ganze Invalidenrente habe; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht wird die Einräumung des Replikrechts zur Stellungnahme der Beschwerdegegnerin sowie die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung im Falle des Unterliegens beantragt.
Die IV-Stelle verzichtet auf Vernehmlassung und Antrag.
Das Bundesamt für Sozialversicherung lässt sich nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Soweit die Beschwerdeführerin mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels (Art. 110 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 132 OG) beantragt, erweist sich das Begehren als gegenstandslos, nachdem die Beschwerdegegnerin auf eine Vernehmlassung verzichtet hat.
2.- Streitig ist, ob die Invaliditätsbemessung nach der für Erwerbstätige (<ref-law>) oder der für Teilerwerbstätige (<ref-law>) geltenden Methode zu erfolgen hat. Dies beurteilt sich gemäss <ref-law> danach, ob anzunehmen ist, dass die Versicherte im Zeitpunkt der Prüfung des Rentenanspruchs ohne den Gesundheitsschaden voll erwerbstätig gewesen wäre.
a) Ob ein Versicherter als ganztägig oder teilzeitlich Erwerbstätiger oder als Nichterwerbstätiger einzustufen ist, ergibt sich aus der Prüfung, was er bei im Übrigen unveränderten Umständen täte, wenn keine gesundheitliche Beeinträchtigung bestünde. Bei im Haushalt tätigen Versicherten im Besonderen sind die persönlichen, familiären, sozialen und erwerblichen Verhältnisse ebenso wie allfällige Erziehungs- und Betreuungsaufgaben gegenüber Kindern, das Alter, die beruflichen Fähigkeiten und die Ausbildung sowie die persönlichen Neigungen und Begabungen zu berücksichtigen.
Die Statusfrage beurteilt sich praxisgemäss nach den Verhältnissen, wie sie sich bis zum Erlass der Verwaltungsverfügung entwickelt haben, wobei für die hypothetische Annahme einer im Gesundheitsfall ausgeübten (Teil-)Erwerbstätigkeit der im Sozialversicherungsrecht übliche Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erforderlich ist (<ref-ruling> Erw. 2c mit Hinweisen).
b) Im vorliegenden Fall bestehen keine besondern Umstände, welche der Ausübung einer vollen Erwerbstätigkeit entgegenstehen würden. Die Kinder der Beschwerdeführerin sind längst erwachsen; zudem ist die Versicherte schon dann einer vollzeitlichen Erwerbstätigkeit nachgegangen, als die Kinder noch schulpflichtig waren. Anderseits hat sie die volle Erwerbstätigkeit bereits im Jahre 1986 und damit mehr als zehn Jahre vor der erstmaligen Anmeldung bei der Invalidenversicherung aufgegeben, um lediglich noch zu rund 50 % erwerbstätig zu sein. Die Beschwerdeführerin hat zwar wiederholt geltend gemacht, die Reduktion des Arbeitspensums wie auch der spätere Verlust der Halbtagsstelle seien aus gesundheitlichen Gründen erfolgt. Die von Verwaltung und Vorinstanz getroffenen Abklärungen haben hiefür jedoch keine Bestätigung gebracht. Die Auflösung des Arbeitsverhältnisses per Ende 1985 erfolgte seitens der C._ wegen ungenügender Leistungen. Ob die ungenügenden Leistungen auf einen mangelnden Arbeitswillen zurückzuführen waren oder ob hiefür zumindest teilweise gesundheitliche Gründe massgebend waren, konnte von der Arbeitgeberin mangels näherer Angaben in den Personalakten nicht gesagt werden.
Gegen die Annahme gesundheitlicher Gründe spricht indessen, dass die Beschwerdeführerin am 1. Juni 1986 erneut eine vollzeitliche Tätigkeit beim bisherigen Arbeitgeber aufgenommen hat. Sie hat diese Tätigkeit zwar bereits Ende Juni 1986 wieder aufgegeben. Die Auflösung des Arbeitsverhältnisses erfolgte nach den Angaben der Arbeitgeberin jedoch nicht aus gesundheitlichen Gründen, sondern wegen Berufswechsels. In der Folge war sie nurmehr teilzeitlich erwerbstätig. Die Auflösung des Arbeitsverhältnisses bei der G._ AG erfolgte ebenfalls nicht aus gesundheitlichen Gründen, sondern wegen Betriebsschliessung. Die Beschwerdeführerin ist weder nach der angeblich gesundheitlich begründeten Einschränkung der Erwerbstätigkeit im Jahre 1986 noch nach dem Verlust der Halbtagsstelle Ende März 1995 an die Invalidenversicherung gelangt. Vielmehr hat sie sich im Anschluss an den Stellenverlust im März 1995 bei der Arbeitslosenversicherung gemeldet und sich dabei als voll arbeits- und vermittlungsfähig bezeichnet. Es kann daher nicht als überwiegend wahrscheinlich erachtet werden, dass die Reduktion und schliessliche Aufgabe der Erwerbstätigkeit gesundheitsbedingt waren. Etwas anderes ergibt sich auch aus den vorhandenen Arztberichten nicht. Wenn sowohl im Bericht des Dr. med. M._ vom 15. August 1996 als auch im Gutachten von Dr. med. E._ vom 23. Oktober 1996 ausgeführt wird, die Versicherte habe ihren Arbeitsplatz in den Jahren 1987 und 1995 aus gesundheitlichen Gründen verloren, so handelt es sich dabei um anamnestische Feststellungen, die allein auf den Angaben der Versicherten beruhen. Wohl hat sich die Beschwerdeführerin seit Jahren über Kopfschmerzen beklagt. Nach Auffassung von Dr. med.
E._ bestand indessen noch im Oktober 1996 eine Arbeitsunfähigkeit von lediglich 15 %. Dass Dr. med.
M._ die Arbeitsunfähigkeit am 15. August 1996 auf 75 % geschätzt hatte, vermag zu keinem andern Schluss zu führen, hat er doch ausdrücklich festgestellt, dass für die geklagten Beschwerden keine körperlichen, insbesondere keine neurologischen Ursachen vorhanden seien, in erster Linie eine depressiv neurotische Entwicklung zu vermuten und eine psychiatrische Beurteilung erforderlich sei. Für die von der Beschwerdeführerin seit Jahren geklagten Kopfschmerzen konnten schon anlässlich einer CT-Untersuchung vom 11. Dezember 1990 keine pathologischen Veränderungen gefunden werden. Einem Bericht der Neurologischen Klinik des Kantonsspitals vom 3. Oktober 1994 ist zu entnehmen, dass es sich um bloss episodenhaft auftretende Schmerzen handelte, welche in Zusammenhang mit einer chronifizierten Migräne und einem Hyperventilationssyndrom standen. Dr. med.
X._, Neurochirurgie und Neurologie FMH, bei welchem die Beschwerdeführerin bis November 1995 in Behandlung gestanden hatte, teilte der IV-Stelle am 14. August 1996 mit, es sei zwar wiederholt zu Arbeitsunterbrüchen gekommen, von einer dauernden Arbeitsunfähigkeit sei jedoch nichts bekannt.
Aufgrund dieser ärztlichen Feststellungen ist davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin trotz der chronischen Kopfschmerzen nicht in erheblichem Mass in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt war. Eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes ist erst im Laufe des Jahres 1997 eingetreten.
Die Verfügung vom 2. Januar 1997, mit welcher die IV-Stelle die Zusprechung einer Rente mangels einer leistungsbegründenden Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit abgelehnt hat, ist denn auch unbestritten geblieben.
Selbst wenn davon auszugehen wäre, dass die Beschwerdeführerin die Erwerbstätigkeit aus gesundheitlichen Gründen eingeschränkt hat, wäre damit noch nicht gesagt, dass sie ohne den Gesundheitsschaden im Zeitpunkt der Beurteilung des Rentenanspruchs weiterhin vollzeitlich erwerbstätig gewesen wäre. Gegenüber dem Regionalen Aussendienst der Invalidenversicherung gab sie am 15. Januar 1998 an, ohne die gesundheitlichen Beeinträchtigungen würde sie im Rahmen von 4-5 Stunden im Tag arbeiten. Erst anlässlich einer Besprechung vom 24. August 1998 mit der IV-Stelle machte sie in Anwesenheit ihres damaligen Rechtsvertreters geltend, sie würde als Gesunde "ohne jeden Zweifel ganztags arbeiten".
Gemäss einem allgemeinen Beweisgrundsatz, wonach "Aussagen der ersten Stunde" im Zweifelsfall grössere Bedeutung beizumessen ist (<ref-ruling> Erw. 2a; RKUV 2000 Nr. U 377 S. 184; vgl. auch Anna-Katharina Pantli/Ueli Kieser/Volker Pribnow, Die "Aussage der ersten Stunde" im Schadensausgleichsrecht - und die Mangelhaftigkeit ihrer Aufzeichnung, in: AJP 2000 S. 1195 ff.), rechtfertigt es sich, auf die Angaben der Beschwerdeführerin vom 15. Januar 1998 gegenüber dem Aussendienst der IV-Stelle abzustellen.
Verwaltung und Vorinstanz ist daher auch unter diesem Gesichtspunkt darin beizupflichten, dass die Beschwerdeführerin für die Invaliditätsbemessung als Teilerwerbstätige im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist, wobei es sich rechtfertigt, von einer Erwerbstätigkeit von 50 % auszugehen.
3.- Nicht gefolgt werden kann der Beschwerdeführerin auch, soweit sie geltend macht, Verwaltung und Vorinstanz seien ihrer Abklärungspflicht nicht hinreichend nachgekommen und hätten sie im Anspruch auf das rechtliche Gehör verletzt. Nachdem bereits die Verwaltung entsprechende Abklärungen vorgenommen hatte, hat die Vorinstanz zu den Gründen, die zur Auflösung der Arbeitsverhältnisse bei der C._-Metzgerei geführt haben, eine amtliche Erkundigung eingeholt. Wenn sie in der Folge von der zunächst ebenfalls vorgesehenen und von der Beschwerdeführerin beantragten Einholung einer Stellungnahme von Dr. med.
I._ abgesehen hat, so hält sich dies im Rahmen einer zulässigen antizipierten Beweiswürdigung (<ref-ruling> Erw. 1d mit Hinweisen). Dies gilt umso mehr, als die Beschwerdeführerin in der fraglichen Zeit gar nicht bei diesem Arzt in Behandlung war. Nach den Ausführungen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde war sie in den Jahren 1986/87 von Dr. med. S._, Klinik, behandelt worden. Dr. med.
S._ sei jedoch bereits 1990 altershalber aus der Klinik ausgetreten, welche nach dem Rücktritt eines weiteren Arztes im Jahre 1998 geschlossen worden sei. Die Beschwerdeführerin räumt damit selber ein, dass von weiteren Abklärungen kaum neue Erkenntnisse zu erwarten wären. Von den mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragten amtlichen Erkundigungen beim Sanitätsdepartement Basel-Stadt, bei der Medizinischen Gesellschaft bzw. dem Ombudsmann der Medizinischen Gesellschaft sowie bei Dr. med. S._ ist schon deshalb abzusehen, weil die vorhandenen medizinischen Akten zur Beurteilung der streitigen Rechtsfrage genügen.
Entscheidend ist zudem nicht, ob die Beschwerdeführerin die Erwerbstätigkeit aus gesundheitlichen Gründen reduziert hat, sondern ob sie ohne den Gesundheitsschaden mit überwiegender Wahrscheinlichkeit vollzeitlich erwerbstätig gewesen wäre, was nicht vom Arzt zu beurteilen und nach den gesamten Umständen zu verneinen ist. Es muss daher bei der Feststellung bleiben, dass die Beschwerdeführerin zu 50 % als Erwerbstätige und zu 50 % als Hausfrau zu qualifizieren ist. Bei einem unbestritten gebliebenen Valideneinkommen von Fr. 22'798.- (bei einer Erwerbstätigkeit von 50 %) und einem ebenfalls unbestrittenen zumutbaren Invalideneinkommen von Fr. 15'080.- resultiert ein Invaliditätsgrad im erwerblichen Bereich von 34 %. Zusammen mit der Beeinträchtigung im Haushalt von 32 % ergibt sich eine Gesamtinvalidität von 33 %, weshalb der Beschwerdeführerin gemäss <ref-law> keine Rente ausgerichtet werden kann.
4.- Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung beantragt.
Soweit mit dem Begehren um unentgeltliche Prozessführung um Befreiung von den Gerichtskosten ersucht wird, erweist sich das Gesuch als gegenstandslos (Art. 134 OG). Nicht entsprochen werden kann dem Begehren um unentgeltliche Verbeiständung.
Nach Art. 152 Abs. 2 OG besteht Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung durch einen Rechtsanwalt, wenn der Prozess nicht aussichtslos, die Partei bedürftig und die Vertretung durch einen Anwalt notwendig oder doch geboten ist (<ref-ruling> Erw. 4b und 372 Erw. 5b, je mit Hinweisen).
Bedürftig im Sinne von Art. 152 Abs. 1 OG ist eine Person, wenn sie ohne Beeinträchtigung des für sie und ihre Familie nötigen Lebensunterhaltes nicht in der Lage ist, die Prozesskosten zu bestreiten (<ref-ruling> Erw. 3b). Bei verheirateten Personen sind die Einkommens- und Vermögensverhältnisse beider Ehegatten zu berücksichtigen (<ref-ruling> Erw. 3a, 108 Ia 10 Erw. 3, 103 Ia 101 mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall kann die Bedürftigkeit unter Berücksichtigung des vom Ehemann der Beschwerdeführerin erzielten Erwerbseinkommens von brutto rund Fr. 66'560.- (Fr. 32.- x 40 x 52), wozu noch ein 13. Monatslohn kommt, einerseits und der eingereichten Unterlagen zu den Lebenshaltungskosten anderseits nicht als ausgewiesen betrachtet werden.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung wird abgewiesen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV-Stellen Basel-Stadt, der Ausgleichskasse Basel-
Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 16. Mai 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: