Sachverhalt:
A. Mit Beschluss des Amtsgerichts Offenburg vom 30. Dezember 2004 wurde über die deutsche Z._ GmbH mit Wirkung ab 1. Januar 2005 das Insolvenzverfahren eröffnet. Mit Klage vom 7. Juli 2008 machte der Insolvenzverwalter beim Kantonsgericht Glarus gegen die X._ AG eine Gewährleistungsforderung aus Bürgschaft geltend. Gestützt auf ein entsprechendes Gesuch des Insolvenzverwalters anerkannte der Glarner Kantonsgerichtspräsident mit Entscheid vom 2. Februar 2009 das deutsche Konkursdekret für das Gebiet der Schweiz. Das Konkursamt publizierte die Anerkennung, verbunden mit einem Schuldenruf und Fristansetzung zur Forderungseingabe für die privilegierten Gläubiger im Partikularkonkurs. Der vor dem Kantonsgericht hängige Zivilprozess wurde eingestellt.
Am 6. Juli 2009 erhob die X._ AG beim Departement Sicherheit und Justiz des Kantons Glarus als kantonaler Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen (nachfolgend Aufsichtsbehörde) Beschwerde, namentlich mit den Begehren, das Konkursamt Glarus sei anzuweisen, die behauptete Forderung aus Bürgschaft von EUR 437'500.-- bzw. Fr. 725'375.-- aus dem Inventar zu streichen bzw. die am 18. Mai 2009 zur Verrechnung gebrachte Forderung im Kollokationsplan aufzunehmen. Die Aufsichtsbehörde trat auf dieses Ansinnen mit Entscheid vom 14. Januar 2010 nicht ein, das Bundesgericht wies es mit Urteil vom 11. März 2010 ab (Nr. 5A_83/2010).
Mit Verfügung vom 27. April 2010 trat das Konkursamt Glarus die inventarisierte Forderung in analoger Anwendung von <ref-law> an den deutschen Insolvenzverwalter ab unter folgender Bedingung: "Über das Resultat der Geltendmachung der Massarechte, ob sie gerichtlich oder aussergerichtlich erfolgte, ist der Konkursverwaltung ungesäumt unter Vorlage der Belege Bericht zu erstatten und der Prozessgewinn der unterzeichneten Konkursverwaltung zur Verteilung gem. Art. 173 und <ref-law> unverzüglich abzuliefern." In der Folge wurde der sistierte Prozess vor Kantonsgericht wieder aufgenommen.
B. Mit Beschwerde vom 16. Juli 2010 beantragte die X._ AG die Feststellung der Nichtigkeit der Abtretung gemäss <ref-law>, eventualiter deren Aufhebung. Mit Entscheid vom 3. November 2010 wies die Aufsichtsbehörde die Beschwerde ab.
Gegen diesen Entscheid hat die X._ AG am 18. November 2010 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Feststellung der Nichtigkeit der Abtretung bzw. eventualiter um Aufhebung der Abtretung. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (<ref-law>). Bis zum 31. Dezember 2010 war im Kanton Glarus das Departement Sicherheit und Justiz einzige kantonale Aufsichtsbehörde, was aus dem Blickwinkel von <ref-law> möglich ist (statt vieler LEVANTE, Kurzkommentar SchKG, N. 11 zu <ref-law>). Zwar kommen als Vorinstanzen des Bundesgerichtes nur noch obere kantonale Gerichte in Frage (<ref-law>), aber die Übergangsbestimmungen räumen den Kantonen zur Neuordnung eine Frist bis zum Inkrafttreten der schweizerischen ZPO ein (<ref-law>). Das Departement Sicherheit und Justiz durfte mithin am 3. November 2010 übergangsrechtlich noch als kantonale Aufsichtsbehörde amten und hat im Übrigen als letzte kantonale Instanz im Sinn von <ref-law> entschieden (vgl. BBl 2001 S. 4311; Urteile 5A_623/2008, E. 1.3; 5A_83/2010, E. 1). Die Beschwerde erweist sich somit als zulässig.
2. Die Aufsichtsbehörde hat erwogen, im Partikularkonkurs bilde die bestrittene Forderung gegen die Beschwerdeführerin das einzige Aktivum der Masse und es seien keine Gläubiger kolloziert. Das Konkursamt als inländische Konkursverwaltung habe deshalb praktisch kein Interesse, Prozessrisiken einzugehen. Vor diesem Hintergrund sei es statthaft, wenn das Amt die Forderung in analoger Anwendung von <ref-law> an die ausländische Konkursverwaltung abgetreten habe, verbunden mit der Auflage, den gesamten Prozessgewinn an die schweizerische Konkursverwaltung abzuliefern, zumal sich bei einem auf <ref-law> gestützten Verkauf der Forderung an die ausländische Konkursverwaltung die Frage nach dem angemessenen Verkaufspreis gestellt hätte und der Prozessgewinn direkt an die ausländische Konkursverwaltung fliessen würde.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die ausländische Masse sei nicht legitimiert, in der Schweiz ihr (vermeintlich) zustehende Forderungen einzuklagen; diese Befugnis komme nur der inländischen Masse zu. Verzichte diese darauf, könnten Forderung zwar abgetreten werden, aber nach dem Wortlaut von <ref-law> nur an (vorliegend in der Schweiz nicht vorhandene) Gläubiger. Weil der ausländischen Konkursmasse keine Gläubigerstellung zukomme, sei eine Abtretung an diese unzulässig und erweise sich die entsprechende Verfügung des Konkursamtes als nichtig.
3. Wird ein ausländisches Konkursdekret gestützt auf <ref-law> für das Gebiet der Schweiz anerkannt, so zieht dies für das hier gelegene Vermögen des Gemeinschuldners die konkursrechtlichen Folgen des schweizerischen Rechts nach sich, soweit nicht IPRG-Bestimmungen etwas anderes vorsehen (<ref-law>). Das in der Schweiz durchgeführte Verfahren wird als "Partikularkonkurs", "Hilfskonkurs", "Anschlusskonkurs", "Minikonkurs", "Parallelkonkurs", "Sekundärkonkurs" oder "IPRG-Konkurs" bezeichnet (vgl. BERTI, Basler Kommentar, N. 8 zu <ref-law>).
Die Eröffnung des Partikularkonkurses, in welchem eine besondere Partikularmasse gebildet wird, hat zur Folge, dass der Gemeinschuldner auch die Dispositionsfähigkeit über die im Inland gelegenen Vermögenswerte verliert (STAEHELIN, Die Anerkennung ausländischer Konkurse und Nachlassverträge in der Schweiz, Diss. Basel 1989, S. 136; VOLKEN, Zürcher Kommentar, N. 16 zu <ref-law>; WALDER, Konkursrechtliche Bestimmungen des IPR-Gesetzes, in: Festschrift 100 Jahre SchKG, Zürich 1989, S. 338; THEUS SIMONI, Englische, walisische und französische Konkursverwalter in der Schweiz, Diss. Zürich 1997, S. 317). Die ausländische Konkursverwaltung ist nicht aktivlegitimiert, in der Schweiz ihr zustehende Forderungen durchzusetzen (<ref-ruling> E. 5.3 S. 688; <ref-ruling> E. 2.4 und 2.5.1 S. 43 f.). Vielmehr ist das mit der Verwaltung der Partikularmasse betraute schweizerische Konkursamt dazu berufen, die fälligen Forderungen einzuziehen (<ref-law>). Über das Schicksal bestrittener Forderungen hat normalerweise die zweite Gläubigerversammlung zu entscheiden (<ref-law>), welche es im Partikularkonkurs freilich nicht gibt (Art. 170 Abs. 3 IRPG); es liegt nahe, dass das Konkursamt die Gläubiger hier auf dem Zirkularweg anhört (vgl. zur analogen Situation im Summarkonkurs: <ref-ruling> E. 2.3 S. 78; <ref-ruling> E. 4.1 S. 537). Verzichtet die Gläubigergesamtheit auf die Rechtsdurchsetzung, kann jeder einzelne Gläubiger die Abtretung der betreffenden Rechtsansprüche gemäss <ref-law> verlangen. Im vorliegenden Partikularkonkurs gibt es indes keine kollozierten Gläubiger und es stellt sich die Frage, ob die inventarisierte Forderung deshalb in analoger Anwendung von <ref-law> an die ausländische Konkursverwaltung abgetreten werden kann, welche vorliegend an einer Rechtsdurchsetzung interessiert ist.
Kraft ausdrücklicher Regelung in <ref-law> ist eine Prozessführung durch die ausländische Konkursverwaltung bei Anfechtungsansprüchen im Sinn von <ref-law> möglich. Die Lehre ist sich mit Bezug auf diese Norm einig, dass im Sinn einer Kaskade primär das inländische Konkursamt und sekundär die Abtretungsgläubiger zur Geltendmachung berufen sind und erst in dritter Linie die ausländische Konkursverwaltung zum Zuge kommen kann (VOLKEN, a.a.O., N. 21 zu <ref-law>; BERTI, a.a.O., N. 10 zu <ref-law>; STAEHELIN, a.a.O., S. 148 f.; THEUS SIMONI, a.a.O., S. 351; BREITENSTEIN, Internationales Insolvenzrecht der Schweiz und der Vereinigten Staaten, Diss. Zürich 1990, S. 186; WALTHER, Paulianische Anfechtungsansprüche im internationalen Verhältnis - ausgewählte Probleme, in: Internationales Zivilprozess- und Verfahrensrecht V, Zürich 2005, S. 97; STAEHELIN, Konkurs im Ausland - Drittschuldner in der Schweiz, in: Schweizerisches und Internationales Zwangsvollstreckungsrecht, Zürich 2005, S. 416 f.); dies entspricht auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.5.1 S. 44; <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 667 f.). Des Weiteren wird in der Lehre darauf hingewiesen, dass <ref-law> mit Bezug auf das anwendbare Recht nichts anderes festhalte, als was ohnehin bereits aufgrund von <ref-law> gelten würde, und der Sinn der Bestimmung sich letztlich in einer Klarstellung der Aktivlegitimation der ausländischen Konkursverwaltung erschöpfe (BREITENSTEIN, a.a.O., S. 182; NUSSBAUM, Das schweizerische internationale Insolvenzrecht gemäss dem Bundesgesetz vom 18. Dezember 1987 über das internationale Privatrecht und sein Umfeld in Europa, Zürich 1989, S. 27 f.; vgl. auch Botschaft zum IPRG, BBl 1983 I 453). Dies legt nahe, dass die Wahrnehmung auch anderer Ansprüche durch die ausländische Konkursverwaltung nicht per se unstatthaft sein kann, was im Folgenden vor dem Hintergrund der Zweckbestimmung des 11. Kapitels des IPRG näher zu untersuchen ist.
Die Bestimmungen von <ref-law> zielen auf eine Milderung des im Konkursrecht als Grundsatz geltenden Territorialitätsprinzips. Weil der Partikularkonkurs nicht zu einem eigentlichen Parallelkonkurs ausarten soll (vgl. Botschaft, BBl 1983 I 454), können nur pfandversicherte Forderungen und privilegierte Forderungen von Gläubigern mit Wohnsitz in der Schweiz kolloziert werden (<ref-law>). Diese sollen aus der Partikularmasse vorab befriedigt werden (<ref-law>) und nur der allfällige Überschuss ist bei Anerkennung des ausländischen Kollokationsplanes an die ausländische Konkursverwaltung abzuliefern (<ref-law>) bzw. bei Nichtanerkennung an die schweizerischen Kurrentgläubiger zu verteilen (<ref-law>). Sind jedoch im Partikularkonkurs gar keine Gläubiger vorhanden und kann mithin weder ein Beschluss über das Schicksal der bestrittenen Rechtsansprüche gefällt noch eine Abtretung derselben verlangt werden, besteht für das inländische Konkursamt keine Möglichkeit oder jedenfalls kein Anlass zur klageweisen Durchsetzung, zumal es dabei ein Prozess- und Kostenrisiko eingehen müsste. Demgegenüber kann die ausländische Konkursverwaltung, welche die Interessen der Gläubigergesamtheit des Hauptkonkurses vertritt, an einer Rechtsdurchsetzung in der Schweiz interessiert sein. Zumal im vorliegenden Fall keine inländischen Gläubiger vorhanden sind, welche es zu schützen gälte, ist nicht zu sehen, weshalb die Forderung nicht an die ausländische Konkursmasse soll abgetreten werden können. Dies wäre auch im Interesse der nicht privilegierten inländischen Gläubiger, welche nicht am Partikularkonkurs, wohl aber am ausländischen Konkurs teilnehmen dürfen. Für die Abtretungsmöglichkeit plädiert denn auch die Mehrheit der Lehre (WÜTHRICH, Kann eine ausländische Konkursmasse in der Schweiz eine Klage gegen einen ihrer Schuldner mit Sitz oder Wohnsitz in der Schweiz einleiten?, in: Jusletter vom 25. Oktober 2004, Rz. 8; JEANNERET/CARRON, Commentaire romand, N. 55 f. zu <ref-law>; KAUFMANN-KOHLER/RIGOZZI, Commentaire romand, N. 20 zu <ref-law>; sibyllinisch: WALDER, a.a.O., S. 340; a.M.: THEUS SIMONI, a.a.O., S. 353).
Entgegen der letztgenannten Autorenmeinung und den Vorbringen der Beschwerdeführerin kann einem solchen Vorgehen der Wortlaut von <ref-law> nicht entgegenstehen: Dass dieser im Zusammenhang mit den abtretungsberechtigten Personen nur von Gläubigern spricht, ist darauf zurückzuführen, dass beim normalen Konkursverfahren, welches durch eine Betreibung eingeleitet wird, naturgemäss immer mindestens ein Gläubiger vorhanden ist. Dies trifft beim Partikularkonkurs nicht zu; oftmals sind im Inland weder pfandversicherte noch privilegierte und damit keine kollozierbaren Gläubiger vorhanden. Wenn nun <ref-law> für die Folgen des Partikularkonkurses auf das "schweizerische Recht" verweist, so heisst dies mit Bezug auf die Durchführung, dass grundsätzlich die Normen des SchKG Anwendung finden. Freilich führt ein solcher Verweis immer zu einer sinngemässen Anwendung, so dass der äussere Wortlaut von <ref-law> einer Abtretung bestrittener Rechtsansprüche an die ausländische Konkursverwaltung nicht entgegenstehen kann. Anders zu entscheiden, würde bedeuten, dass die fraglichen Ansprüche gar nie durchgesetzt werden könnten und den Gläubigern des Gemeinschuldners definitiv verloren gingen; es bestünde mit anderen Worten ein "rechtsdurchsetzungsfreier" Raum.
Abschliessend ist zu bemerken, dass entgegen einer in der Lehre sinngemäss vertretenen Ansicht (vgl. STAEHELIN, a.a.O., S. 148 f.) die Anerkennung des ausländischen Kollokationsplanes in der Schweiz keine Abtretungsbedingung sein kann. Die Anerkennung des Kollokationsplanes ist gemäss Art. 173 Abs. 2 IRPG einzig für die Auslieferung des Erlöses eine Voraussetzung. Der Abtretungsgläubiger bzw. die ausländische Konkursverwaltung klagt auf eigene Gefahr und übernimmt damit auch das Risiko, dass die Verteilungsfolgen gemäss <ref-law> eintreten, wenn der Kollokationsplan nicht anerkannt werden könnte. Entsprechend hat das Konkursamt in der Abtretungsverfügung denn auch die Ablieferung des Prozessgewinnes zur Verteilung gemäss Art. 173 und 174 IPRG verlangt.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die mangels inländischer Gläubiger vorgenommene Abtretung der bestrittenen Bürgschaftsforderung an die ausländische Konkursverwaltung durch das Konkursamt mit dem Bundesrecht in Einklang steht und demzufolge die dagegen erhobene Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Departement Sicherheit und Justiz Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juli 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli