Sachverhalt:
A. Am 5. Dezember 2011 ersuchte die X._ GmbH beim Regionalgericht Oberland um den Erlass einer vorsorglichen Massnahme gegen Y._. Ihm sei zu verbieten, über gewisse Grundstücke zu verfügen und die Verfügungssperre sei im Grundbuch vorzumerken. Am 21. Dezember 2011 ersuchte die X._ GmbH um Korrektur ihres Gesuchs, da irrtümlicherweise Y._ als Gesuchsgegner genannt worden sei, und nicht die Eigentümerin der Grundstücke, Z._. Nach Durchführung des Schriftenwechsels wies der Gerichtspräsident mit Entscheid vom 13. Februar 2012 das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen infolge mangelnder Passivlegitimation und unzulässigen Parteiwechsels ab, auferlegte der X._ GmbH die Gerichtskosten und verurteilte sie, Y._ eine Parteientschädigung von Fr. 16'200.-- zu bezahlen.
B. Am 27. Februar 2012 erhob die X._ GmbH gegen diesen Entscheid Beschwerde an das Obergericht des Kantons Bern. Sie beantragte, den Kostenentscheid des Gerichtspräsidenten betreffend Parteientschädigung aufzuheben. Mit Entscheid vom 23. April 2012 trat das Obergericht auf die Beschwerde nicht ein.
C. Am 25. Mai 2012 hat die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben. Sie beantragt, der Entscheid des Obergerichts vom 23. April 2012 sei aufzuheben und die Sache sei zur inhaltlichen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei der Kostenentscheid des Regionalgerichts vom 13. Februar 2012 hinsichtlich der Parteientschädigung aufzuheben und diese angemessen zu reduzieren. Zudem ersucht die Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung.
Das Obergericht hat auf Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung verzichtet. Y._ (Beschwerdegegner) hat sich dem Gesuch widersetzt. Mit Präsidialverfügung vom 15. Juni 2012 ist der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, in der Sache aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 331 mit Hinweisen).
1.1 Vor der Vorinstanz war einzig die dem Beschwerdegegner im erstinstanzlichen Verfahren zugesprochene Parteientschädigung umstritten. Die Zulässigkeit der Beschwerde gegen einen solchen Nebenpunkt richtet sich nach der Hauptsache (Urteil 4A_420/2008 vom 9. Dezember 2008 E. 1.1 mit Hinweis). In der Hauptsache beantragte der Beschwerdeführer eine vorsorgliche Massnahme auf Erlass einer Verfügungssperre. Selbständig eröffnete Massnahmenentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, Bestand haben, sind Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 79). Dies gilt nicht nur bei Anordnung der Massnahme, sondern auch bei Verweigerung derselben (<ref-ruling> E. 1.1 S. 328). Die Verweigerung einer Verfügungssperre könnte einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken, so dass die Beschwerde unter diesem Gesichtspunkt zulässig erscheint.
1.2 In der Hauptsache geht es um eine vermögensrechtliche Zivilsache (<ref-law>). Der erforderliche Streitwert beträgt Fr. 30'000.-- (<ref-law>). Gemäss <ref-law> berechnet sich der Streitwert bei Beschwerden gegen Vor- und Zwischenentscheide nach den Begehren, die vor der Instanz streitig sind, wo die Hauptsache hängig ist. Vor Obergericht war die Hauptsache jedoch nicht mehr strittig, sondern einzig die fragliche Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 16'200.--. Es ist deshalb einzig auf diesen Wert abzustellen (Urteil 4A_420/2008 vom 9. Dezember 2008 E. 1.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 1), womit der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert nicht erreicht ist. Der Beschwerdeführer behauptet zwar das Vorliegen einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-law>). Da es in der Hauptsache aber um eine vorsorgliche Massnahme geht, könnte der Beschwerdeführer selbst bei Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen (<ref-law>). Dies deckt sich mit den Rügegründen bzw. der Kognition des Bundesgerichts im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde (<ref-law>). Kann eine Rüge im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde erhoben werden, so besteht von vornherein kein Raum für die Annahme einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-ruling> E. 1.3.3 S. 188). Die Beschwerde ist deshalb insgesamt als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen.
1.3 Angefochten werden können nur auf Rechtsmittel hin ergehende, kantonal letztinstanzliche Urteile (Art. 114 i.V.m. <ref-law>). Sofern der Beschwerdeführer mit seinem Eventualantrag auch das Urteil des Regionalgerichts anfechten möchte, kann darauf nicht eingetreten werden.
1.4 Bei Verfassungsrügen gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 117 i.V.m. <ref-law>). Verfassungsrügen müssen in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-ruling> E. 3.2 S. 88; <ref-ruling> E. 1.4 S. 400 f.). Dies bedeutet, dass anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids klar und detailliert darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 234 mit Hinweisen). Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein. Wird insbesondere die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2. Die Vorinstanz ist auf die kantonale Beschwerde nicht eingetreten, weil das Begehren nicht beziffert sei und damit den Bestimmtheitsanforderungen nicht genüge.
Zunächst habe die Beschwerdeführerin dem Wortlaut nach lediglich einen Aufhebungsantrag gestellt. Der Beschwerdebegründung lasse sich jedoch entnehmen, dass sie einen reformatorischen Entscheid des Obergerichts wünsche und keine Rückweisung an das Regionalgericht. Die Beschwerdeführerin verlange in der Begründung die Festsetzung einer angemessenen Parteientschädigung. Das Obergericht hat deshalb in der Folge untersucht, ob dieser Antrag hätte beziffert werden müssen. Es hat auf <ref-ruling> hingewiesen, wonach in der Berufung Begehren zu beziffern seien, die Geldforderungen betreffen. Nach Ansicht des Obergerichts müsse dies auch für die Beschwerde gelten. Das Bezifferungserfordernis stehe vorliegend zwar in einem gewissen Spannungsverhältnis dazu, dass ein Antrag auf Ausrichtung einer Parteientschädigung nicht beziffert werden müsse. Laut bundesgerichtlicher Rechtsprechung (unter Hinweis auf Urteil 5A_514/2009 vom 25. Januar 2011 E. 1.2) gelte das Bezifferungserfordernis jedoch auch für die selbständige Anfechtung der kantonalen Kostenregelung. Die Bezifferungspflicht sei im Rechtsmittelverfahren sinnvoll, da sie auf dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs beruhe. Die Gegenpartei solle wissen, was die beschwerdeführende Partei fordere bzw. zu zahlen gewillt sei. Bei der Festsetzung der Parteientschädigung handle es sich innerhalb des Rahmentarifs sodann um einen Ermessensentscheid und es könne von der Beschwerdeführerin verlangt werden, zu sagen, was nach ihrer Ansicht angemessen sei.
3. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich weitgehend darauf, den Prozesssachverhalt aus ihrer eigenen Sicht darzulegen und das erstinstanzliche Urteil zu kritisieren. Insbesondere macht sie geltend, der Gerichtspräsident hätte ihr Gesuch als gegenstandslos abschreiben müssen oder mangels schutzwürdigen Interesses darauf nicht eintreten dürfen. Zudem hätte er infolge Gegenstandslosigkeit von einem Streitwert von Fr. 0.-- ausgehen müssen, statt der Berechnung der Parteientschädigung einen Streitwert von Fr. 475'000.-- zugrunde zu legen. Der Gerichtspräsident hätte den Beschwerdegegner auch nicht zu einer Stellungnahme auffordern dürfen und der Gegenanwalt habe diesbezüglich sinnlosen Aufwand betrieben, um ein möglichst hohes Honorar zu erzielen. Auf alle diese Ausführungen kann nicht eingetreten werden, da Gegenstand des vorliegenden Beschwerdeverfahrens einzig der vorinstanzliche Nichteintretensentscheid bildet (vgl. oben E. 1.3).
Daneben wirft die Beschwerdeführerin dem Obergericht einen Verstoss gegen das Willkürverbot (<ref-law>) vor. Sie macht geltend, aus ihrem Rechtsbegehren in der kantonalen Beschwerde gehe hervor, dass sie die ersatzlose Aufhebung der erstinstanzlichen Parteientschädigung beantragt habe. Sie setzt damit der obergerichtlichen Deutung des Wortlauts ihres Rechtsbegehrens aber bloss ihre eigene Sicht der Dinge entgegen, ohne im Einzelnen darzulegen, inwiefern die vorinstanzliche Interpretation willkürlich sein sollte. Insbesondere bestreitet sie nicht, in der Begründung ihrer Beschwerde die angemessene Reduktion der Parteientschädigung verlangt zu haben. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, sie habe gar keine Geldforderung gestellt, so dass die Ausführungen des Obergerichts zur Bezifferung von Geldforderungen an der Sache vorbeigingen. Sie übergeht damit aber, dass die Ausführungen des Obergerichts sich auch und insbesondere auf die Anforderungen an die Begehren der Schuldnerpartei beziehen.
Schliesslich macht sie geltend, dass das Obergericht für das Beschwerdeverfahren von einem Streitwert von Fr. 16'200.-- hätte ausgehen müssen und diesen Betrag der Berechnung der zweitinstanzlichen Parteientschädigung hätte zugrunde legen müssen. Das Obergericht ist tatsächlich in analoger Anwendung von <ref-law> davon ausgegangen, der Streitwert des Beschwerdeverfahrens betrage Fr. 475'000.--, und es hat in der Folge die zweitinstanzliche Parteientschädigung anhand dieses Betrags berechnet. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass sich der Streitwert nach <ref-law> berechne, macht aber ohne weitere Begründung geltend, bei einer Beschwerde gegen einen Kostenentscheid könne dies nicht richtig sein. Mit dieser Argumentation kann sie keine Willkür dartun.
Auf die Beschwerde kann somit insgesamt nicht eingetreten werden.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Der Beschwerdegegner ist für seine erfolglose Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung nicht zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. September 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Zingg