Sachverhalt:
A. Der 1977 geborene K._ war ab 2001 als Lagerist bei der Firma W._ AG tätig und dadurch bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen Unfallfolgen versichert. Am 14. November 2001 fuhr ein von hinten kommendes Fahrzeug auf seinen von ihm gelenkten, in einer Kolonne stehenden Personenwagen auf. Dr. med. T._, Spezialarzt FMH für Innere Medizin, diagnostizierte am 16. November 2001 eine HWS-Distorsion. Ab 29. November 2001 war der Versicherte wieder zu 50 % und ab 18. Dezember 2001 zu 100 % arbeitsfähig. Am 18. Dezember 2001 wurde die Behandlung abgeschlossen. Am 16. April 2002 erlitt der inzwischen bei der Firma A._ AG tätige und dadurch wiederum bei der SUVA versicherte K._ erneut einen Auffahrunfall, als ein hinter ihm folgender Lastwagen nicht mehr rechtzeitig bremsen konnte. Dr. med. G._, Prakt. Arzt, diagnostizierte ein HWS-Beschleunigungstrauma. Ab 17. April 2002 bestand eine Arbeitsfähigkeit von 50 %, ab 26. April 2002 von 0 % und ab 13. Mai 2002 von 100 %. Wegen persistierender linksbetonter Nacken- und Kopfschmerzen erfolgte am 31. Januar 2003 eine neurologische Abklärung am Spital U._, welche die Diagnose eines belastungsabhängigen cervicocephalen Schmerzsyndroms links, am ehesten myofaszialer/muskuloskelettaler Genese ergab. Am 27. Oktober 2003 fand eine kreisärztliche Untersuchung statt, anlässlich welcher Dr. med. E._ ein MRT des Schädels und der HWS empfahl. Die Tomographie vom 10. November 2003 ergab einen unauffälligen Befund sowie insgesamt kein fassbares Korrelat für die persistierenden cervicocephalen Beschwerden. Im Januar 2004 fand eine neuropsychologische Abklärung statt. Aufgrund verstärkter Nackenschmerzen wurde im August 2004 ein Rückfall gemeldet und der Versicherte ab 3. August 2004 arbeitsunfähig geschrieben. Dr. med. D._, Spezialarzt FMH für Physikalische Medizin, Rehabilitation und Rheumatologie, diagnostizierte im Bericht vom 3. September 2004 ein posttraumatisches myofasciales Schmerzsyndrom. Er schloss die eingeleitete Behandlung am 27. September 2004 ab und attestierte K._ ab 28. September 2004 wieder eine volle Arbeitsfähigkeit. Vom 31. Oktober bis 4. November 2005 erfolgte eine interdisziplinäre Abklärung im Zentrum X._. Im Gutachten vom 6. Dezember 2005 wurde ein leichtgradiges, linksseitiges Cervikalsyndrom mit cervicocephaler Komponente bei Status nach zwei Heckauffahrkollisionen mit HWS Distorsionstraumata diagnostiziert. Am 11. Februar 2006 erlitt der arbeitslose und über die Arbeitslosenkasse wiederum bei der SUVA versicherte K._ einen weiteren Auffahrunfall. Dr. med. S._, Facharzt FMH für Allgemeinmedizin, diagnostizierte wiederum ein HWS-Distorsionstrauma und attestierte eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit. Mit Schreiben vom 24. Juli 2006 hielt die SUVA fest, dass der Versicherte ab 1. September 2006 als 100 % arbeitsfähig angesehen werde und die Taggelder auf dieses Datum hin eingestellt würden. Nach einem stationären Aufenthalt im Zentrum X._ vom 14. bis 17. August 2006 wurde am 16. November 2006 ein zweites Gutachten erstellt. Als Diagnosen mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit festgestellt wurden ein leichtgradiges Cervicalsyndrom mit cervicocephaler Komponente bei Status nach drei Heckauffahrkollisionen mit HWS-Distorsionstraumata, eine narzisstisch-neurotische Persönlichkeitsstörung, eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung sowie Verdacht auf Tablettenabusus. Mit Verfügung vom 2. März 2007 stellte die SUVA die Heilbehandlungskosten per 1. April 2007 ein und hielt fest, dass die Taggeldleistungen bereits per 1. September 2006 eingestellt worden seien. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, die noch vorhandenen Beschwerden könnten nicht mit strukturellen Veränderungen oder einem nachweisbaren organischen Schaden begründet werden und der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den drei Unfällen und den Beschwerden sei zu verneinen. An ihrem Standpunkt hielt die SUVA mit Einspracheentscheid vom 24. Juli 2007 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 13. Juli 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt K._ beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die SUVA zu verpflichten, ihm weiterhin die gesetzlichen Leistungen aus UVG auszurichten. Zudem sei ihm in Nachachtung des Gutachtens des Zentrums X._ eine Integritätsentschädigung von 8 % auszurichten.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer aus den Unfällen vom 14. November 2001, 16. April 2002 und 11. Februar 2006 über den 1. September 2006 (Einstellung der Taggeldleistungen) bzw. über den 1. April 2007 (Einstellung der Heilbehandlungskosten) hinaus Anspruch auf Leistungen der SUVA hat.
2.2 Die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache sind im angefochtenen Entscheid, auf den verwiesen wird, richtig dargelegt. Hervorzuheben ist, dass die Leistungspflicht des Unfallversicherers nebst anderem einen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden voraussetzt. Liegt eine Gesundheitsschädigung mit einem klaren organischen Substrat vor, kann der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel ohne weiteres zusammen mit dem natürlichen Kausalzusammenhang bejaht werden. Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier lässt sich die Adäquanzfrage nicht ohne eine besondere Prüfung beantworten. Dabei ist vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (sog. Psycho-Praxis; <ref-ruling>), während bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (sog. Schleudertrauma-Praxis; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen).
3. Es besteht zunächst Uneinigkeit in der Beantwortung der Frage, ob die noch bestehenden Beschwerden mit einem natürlich unfallkausalen, organisch objektiv ausgewiesenen Gesundheitsschaden zu erklären sind. Dies wird von SUVA und Vorinstanz verneint, vom Beschwerdeführer hingegen bejaht.
3.1 Das kantonale Gericht hat hiezu erwogen, es lägen im Zeitpunkt der Leistungseinstellung keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen vor. Beim im Zentrum X._ festgestellten Hartspann der paravertebralen zervikalen Muskulatur links - so die Vorinstanz - handle es sich nicht um einen organischen Befund im Sinne der Rechtsprechung und die neuropsychologisch diagnostizierte leicht bis mittelstark ausgeprägte Hirnfunktionsstörung sei nicht Folge einer traumatischen Hirnverletzung sondern vorbestehend.
3.2 Die vorinstanzliche Beurteilung beruht auf einer sorgfältigen Auseinandersetzung mit der medizinischen Aktenlage und einer überzeugend begründeten rechtlichen Würdigung. Was der Versicherte vorträgt, führt zu keinem andern Ergebnis. Die umfassenden medizinischen Untersuchungen ergaben weder posttraumatisch bedingte strukturelle Verletzungen noch neurologisch objektivierbare Ausfallerscheinungen. Der Beschwerdeführer beruft sich namentlich auf die anhaltenden Nacken- und Kopfschmerzen. Aus dem Vorliegen von Schmerzen kann indessen nicht auf organisch (hinreichend) nachweisbare Unfallfolgen geschlossen werden. Da die Feststellung von Schmerzen sich einer wissenschaftlichen Beweisführung entzieht, muss eben verlangt werden, dass Schmerzangaben durch damit korrelierende, schlüssig feststellbare Befunde hinreichend erklärbar sind, andernfalls sich eine rechtsgleiche Beurteilung der Leistungsansprüche nicht gewährleisten liesse. Insbesondere können auch Verhärtungen und Verspannungen der Muskulatur, Druckdolenzen im Nacken, Einschränkungen der HWS-Beweglichkeit sowie Nackenverspannungen bei Streckhaltung der HWS für sich allein nicht als klar ausgewiesenes organisches Substrat der Beschwerden qualifiziert werden (vgl. SVR 2009 UV Nr. 18 S. 69 E. 4.5 und 4.6, 8C_744/2007). Aus dem Umstand, dass das Zentrum X._ den Hartspann der paravertebralen zervikalen Muskulatur links als organisch bedingt bezeichnet und einen daraus resultierenden Integritätsschaden von 8 % angenommen hat, lässt sich nichts anderes ableiten. Vielmehr gelten als objektivierbar rechtsprechungsgemäss Ergebnisse, die reproduzierbar und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind (vgl. URS PILGRIM, Nicht oder schwer objektivierbare Gesundheitsbeeinträchtigungen: Erfahrungen des Hausarztes und Rheumatologen, in: Erwin Murer [Hrsg.], Nicht objektivierbare Gesundheitsbeeinträchtigungen: Ein Grundproblem des öffentlichen und privaten Versicherungsrechts sowie des Haftpflichtrechts, Freiburger Sozialrechtstage 2006, S. 3 f.). Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit rechtsprechungsgemäss erst gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt werden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich auf breiter Basis anerkannt sind (<ref-ruling> f. E. 5.1, 109 E. 9 S. 122; SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105 E. 2.1, 8C_413/2008, und Nr. 18 S. 69 E. 4.5, 8C_744/2007).
4. Nach Gesagtem liegen keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen vor. Das schliesst zwar die natürliche Unfallkausalität der bestehenden Beschwerden nicht aus. Anders als bei einem klaren unfallbedingten organischen Korrelat kann der adäquate Kausalzusammenhang aber nicht ohne besondere Prüfung bejaht werden (E. 2.2 hievor).
4.1 Grundsätzlich hat die Adäquanzprüfung, falls im Anschluss an zwei oder mehrere Unfälle eine psychische Fehlentwicklung eintritt, für jeden Unfall gesondert gemäss der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen zu erfolgen. Gleiches gilt prinzipiell auch bei einer Mehrzahl von Unfällen mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung, wobei es in diesem Rahmen rechtsprechungsgemäss nicht generell ausgeschlossen ist, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder die Arbeitsfähigkeit nicht voneinander abgegrenzt werden können (vgl. Urteil 8C_226/2009 vom 6. November 2009 E. 5.1 mit Hinweisen). Das kantonale Gericht hat die Beurteilung der adäquaten Kausalität für alle drei Unfallereignisse gesamthaft nach der mit <ref-ruling> ff. begründeten und in <ref-ruling> präzisierten Schleudertrauma-Praxis vorgenommen, da stets die Halswirbelsäule betroffen war. Bezüglich der Akzentuierung der vorbestehenden Persönlichkeitsstörung durch die Unfallereignisse hat es darauf hingewiesen, dass die Adäquanz nach der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen gemäss <ref-ruling> ff. hätte erfolgen müssen, eine separate Prüfung indessen unterbleiben könne, da für deren Bejahung strengere Voraussetzungen gelten als bei Anwendung der Schleudertrauma-Praxis. Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden.
4.2 Für die Adäquanzprüfung ist an das (objektiv erfassbare) Unfallereignis anzuknüpfen. Abhängig von der Unfallschwere sind je nachdem weitere Kriterien in die Beurteilung einzubeziehen (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126). Massgebend für die Beurteilung der Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.2 und 5.3.1, U 2, 3 und 4/07; Urteil 8C_721/2008 vom 24. April 2009 E. 5.1).
Das kantonale Gericht hat zumindest die Unfälle vom 16. April 2002 und 11. Februar 2006 gestützt auf die biomechanischen Kurzbeurteilungen vom 12. Dezember 2003 und 6. Februar 2007 als mittelschwer - eher im mittleren, sicher nicht im Grenzbereich zu den schweren Unfällen - eingestuft. Diese Beurteilung ist nach Lage der Akten und im Lichte der Rechtsprechung zur Unfallschwere bei einfachen Auffahrkollisionen (vgl. SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 E. 5.2, U 339/06; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 mit Hinweisen, U 380/04) nicht zu beanstanden und unbestritten.
4.3 Von den massgeblichen Kriterien (vgl. <ref-ruling> E. 10.3 S. 130) müssten für eine Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhanges entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f., 117 V 359 E. 6 S. 367 f.).
Das kantonale Gericht hat die beiden Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen und der erheblichen Beschwerden bejaht, jedoch nicht in ausgeprägter oder auffallender Weise. Nach Auffassung des Versicherten ist das Kriterium der erheblichen Beschwerden in ausgeprägter Weise erfüllt und sind darüber hinaus auch die Kriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls, der fortgesetzten spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen gegeben. Die weiteren adäquanzrelevanten Kriterien der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, sowie des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblicher Komplikationen werden, nach Lage der Akten, zu Recht nicht geltend gemacht.
4.3.1 Allen drei Unfällen sind besonders dramatische Begleitumstände - es wird bei diesem Kriterium nur das Unfallgeschehen an sich und nicht die dabei erlittene Verletzung betrachtet (vgl. <ref-ruling> und die darauf beruhende seitherige Rechtsprechung) - und eine besondere Eindrücklichkeit abzusprechen. Wie die Vorinstanz zu Recht festhielt, ändert die Tatsache allein, dass beim zweiten Unfall das auffahrende Fahrzeug ein Lastwagen war, nichts daran, dass rechtsprechungsgemäss ein klassischer Auffahrunfall vorliegt (Urteil 8C_410/2008 vom 13. Mai 2009 E. 4.3). Ebenso wenig lässt sich aus der im Zeitraum von etwas mehr als vier Jahren erfolgten Häufung von drei Auffahrkollisionen, die je für sich betrachtet das Kriterium nicht erfüllen, eine besondere Eindrücklichkeit ableiten.
4.3.2 Für die Bejahung des Kriteriums der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung genügt die Diagnose einer HWS-Distorsion (oder einer anderen, adäquanzrechtlich gleich zu behandelnden Verletzung) für sich allein nicht. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können. Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen. Auch erhebliche Verletzungen, welche sich die versicherte Person neben dem Schleudertrauma, der äquivalenten Verletzung der HWS oder dem Schädel-Hirntrauma beim Unfall zugezogen hat, können bedeutsam sein (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f. mit Hinweisen).
Vorliegend waren die Verletzungen, welche sich der Beschwerdeführer bei den Unfällen zugezogen hat, nicht besonders schwer. Wenn das kantonale Gericht das Kriterium in einfacher Form bejaht mit der Begründung, bei den Unfällen vom 16. April 2002 und vom 11. Februar 2006 sei bereits eine Vorschädigung der HWS gegeben gewesen, ist zu präzisieren, dass sich eine entsprechende Qualifikation der erlittenen Verletzungen rechtsprechungsgemäss nur bei Vorliegen einer erheblich vorgeschädigten Wirbelsäule rechtfertigt (vgl. Urteil 8C_226/2009 vom 6. November 2009 E. 5.3.2 mit Hinweisen). Es kann vorliegend offenbleiben, ob das Kriterium hier eventuell als erfüllt gelten kann, ist es doch entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers mit Sicherheit nicht in besonders ausgeprägter Weise gegeben.
4.3.3 Das Kriterium der ärztlichen Behandlung wurde in <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128 neu gefasst. Nunmehr ist zu seiner Bejahung erforderlich, dass nach dem Unfall fortgesetzt eine spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Eine solche ist vorliegend nicht gegeben. Mit der Vorinstanz können weder die Abklärungsmassnahmen und Verlaufskontrollen noch die medikamentöse Behandlung und Physiotherapie entsprechend qualifiziert werden. Der Beschwerdeführer beruft sich denn auch lediglich auf die Gesamtdauer der ärztlichen Behandlung aufgrund sämtlicher drei Unfallereignisse, was nach Gesagtem nicht genügt. Eine besondere Belastung macht er nicht geltend, weshalb das Kriterium zu verneinen ist.
4.3.4 Von erheblichen Beschwerden kann aufgrund der glaubhaft geklagten Schmerzen und der dadurch bewirkten Einschränkung im Lebensalltag (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128) ausgegangen werden. Entgegen der vom Versicherten vertretenen Auffassung übersteigen die Beschwerden das bei Schleudertrauma-Verletzungen übliche Mass aber nicht derart, dass das Kriterium in besonders ausgeprägter Weise erfüllt erscheint.
4.3.5 Was das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen anbelangt, gilt dieses als erfüllt, wenn die versicherte Person in erheblichem Ausmass arbeitsunfähig ist, obwohl sie alles daran setzt, sich durch optimale Mitwirkung rasch möglichst wieder in den Arbeitsprozess einzugliedern (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.; Urteil 8C_477/2008 vom 19. Dezember 2008 E. 6.3.4.1).
Wie das kantonale Gericht zutreffend dargelegt hat und was auch nicht bestritten wird, war der Beschwerdeführer nach den einzelnen Unfällen sowie nach dem Rückfall im August 2004 jeweils nur während kurzer Zeit in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt bzw. arbeitsunfähig, weshalb nicht von einer erheblichen Arbeitsunfähigkeit gesprochen werden kann. Die vom Versicherten geltend gemachten ernsthaften Anstrengungen zur Überwindung der Arbeitsunfähigkeit vermöchten das Kriterium nur zu erfüllen, wenn er trotz dieser Bemühungen in erheblichem Ausmass arbeitsunfähig gewesen wäre.
4.3.6 Zusammenfassend sind demnach höchstens zwei der adäquanzrelevanten Kriterien erfüllt, womit diese nicht gehäuft vorliegen. Da zudem kein Kriterium in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist, hat die Vorinstanz den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den Unfallereignissen vom 14. November 2001, 16. April 2002 sowie 11. Februar 2006 und den noch bestehenden Beschwerden und damit eine weitere Leistungspflicht des Unfallversicherers zu Recht verneint.
5. Die Kosten des Verfahrens sind vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Januar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Leuzinger Kopp Käch