Sachverhalt:
A. X._, geb. 1952, dipl. math. und lic. oec., war seit dem 1. Oktober 1996 im Bundesamt für Privatversicherungen angestellt, mit Wirkung ab dem 1. Januar 2002 in einem unbefristeten öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnis. Im Sommer 2002 und ab Mai 2003 musste er je während mehrerer Wochen in einer psychiatrischen Klinik stationär behandelt werden. Mit Vereinbarung vom 23. Oktober 2003 wurde das Arbeitsverhältnis im gegenseitigen Einvernehmen aufgelöst. X._ focht diese Vereinbarung erfolglos beim Eidgenössischen Finanzdepartement (nachfolgend: Finanzdepartement) und sodann bei der Eidgenössischen Personalrekurskommission an, wobei er geltend machte, die Vereinbarung sei nichtig (da in der Kündigungssperrfrist zustande gekommen), wegen seiner damaligen Unzurechnungsfähigkeit ungültig oder zumindest aufgrund einer rechtswidrigen Furchterregung unverbindlich. Am 30. Mai 2007 wies das Bundesgericht eine gegen den Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab (Urteil 2A.650/2006).
B. Am 20. Februar bzw. 22. August 2006 stellte X._ beim Finanzdepartement das Begehren, es seien ihm der durch die Auflösung des Arbeitsverhältnisses zugefügte Schaden (Lohn- und Pensionskassenausfall) von Fr. 3'421'865.-- zu ersetzen und eine Genugtuung von Fr. 300'000.-- zuzusprechen. Zur Begründung machte er im Wesentlichen geltend, das Verhalten seiner Vorgesetzten zwischen Herbst 2002 und Mitte 2003 habe seine Erkrankung verursacht oder zumindest begünstigt, weshalb er die Stelle verloren habe. Er sei mithin Opfer von Mobbing und Bossing. Zudem hätten die Vertreter des Bundes rechtswidrig vertrauliche Informationen weitergegeben und in der Versicherungsbranche den Ruf verbreitet, er sei krank und nicht belastbar und genüge den Anforderungen am Arbeitsplatz nicht mehr. Das habe dazu geführt, dass er bis heute keine andere Stelle gefunden habe, als nicht vermittelbar gelte und daher eine volle Rente der Invalidenversicherung beziehen müsse.
C. Mit Verfügung vom 12. August 2008 wies das Finanzdepartement das Gesuch von X._ ab. Am 9. November 2009 wies das Bundesverwaltungsgericht eine dagegen erhobene Beschwerde ebenfalls ab. Dieses erwog im Wesentlichen, soweit sich die Beschwerde auf die Auflösungsvereinbarung vom 23. Oktober 2003 beziehe, stehe die materielle Rechtskraft des bundesgerichtlichen Urteils vom 30. Mai 2007 einer erneuten Überprüfung derselben Rechtsfragen entgegen. Zulässig sei die Beschwerde hingegen, soweit als Haftungsgrund Handlungen und Unterlassungen der früheren Vorgesetzten von X._, welche die Erkrankung und die andauernde Erwerbslosigkeit verursacht haben sollten, sowie die Verletzung datenschutzrechtlicher Bestimmungen im Sinne einer Persönlichkeitsverletzung angerufen würden. Der geltend gemachte Schadenersatzanspruch sei noch nicht verwirkt; wie es sich insoweit beim behaupteten Genugtuungsanspruch verhalte, könne offen bleiben. Die vom Beschwerdeführer angerufenen Handlungen der Behördenvertreter des Bundes seien so oder so nicht für den geltend gemachten Schaden und für die wegen der Krankheit erlittene Unbill ursächlich gewesen, womit eine Haftung des Bundes schon aus diesem Grunde entfalle. Für einen Genugtuungsanspruch aus sonstigen Handlungen fehle es sodann an der dafür erforderlichen Schwere der Persönlichkeitsverletzung.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Dezember 2009 an das Bundesgericht beantragt X._, die Schweizerische Eidgenossenschaft sei zu verpflichten, ihm "als Schadenersatz Fr. 3'260'102.80 und als Genugtuung Fr. 300'000.-- zu bezahlen, zuzüglich Zins zu fünf Prozent, und zwar für den bisherigen Anteil des Schadenersatzes ab dem mittleren Datum zwischen dem 1. September 2004 und dem Urteilstag, für den kapitalisierten künftigen Schaden ab dem Urteilstag, und für die Genugtuung ab dem 1. Januar 2003".
E. Das Finanzdepartement schliesst unter Hinweis auf das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Ein Ausschlussgrund gemäss <ref-law> liegt nicht vor, und die Streitwertgrenze von <ref-law> auf dem Gebiet der Staatshaftung ist überschritten. Der Beschwerdeführer hat am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen, ist als direkter Adressat vom Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Anfechtung, womit er zur Beschwerde legitimiert ist (vgl. <ref-law>).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an, prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht werden (vgl. <ref-law>). Dabei gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254, 396 E. 3.1 S. 399). Insbesondere tritt das Bundesgericht im Zusammenhang mit der Willkürrüge auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht ein (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 399; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweis). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
1.3 Der Beschwerdeführer rügt, mit Schwerpunkt auf die Beweisabnahme und -würdigung durch das Bundesverwaltungsgericht, die Verletzung von Art. 3 und 6 des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten (Verantwortlichkeitsgesetz, VG; SR 170.32), sowie Verstösse gegen das Willkürverbot (<ref-law>), den Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law> und Art. 6 EMRK), das Diskriminierungsverbot (<ref-law> und Art. 14 in Verbindung mit Art. 8 EMRK) sowie das Recht auf unparteiliche Rechtsprechung (<ref-law> und Art. 6 EMRK). Weiter wird eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes durch das Bundesverwaltungsgericht geltend gemacht. Dabei handelt es sich grundsätzlich um zulässige Rügen (vgl. Art. 95 und 97 BGG).
1.4 Soweit allerdings in der - teilweise eher weitschweifigen - Begründung der Beschwerde die behauptete Willkür des angefochtenen Entscheids belegt werden soll, erweist sie sich verschiedentlich als appellatorisch, weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
1.5 Nach <ref-law> dürfen vor dem Bundesgericht neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Soweit sich der Beschwerdeführer auf solche neuen Umstände beruft bzw. dem Bundesgericht verschiedene Unterlagen einreicht, die dem Bundesverwaltungsgericht nicht vorgelegen haben, tut er nicht nachvollziehbar dar und ist nicht ersichtlich, dass erst das angefochtene Urteil dazu Anlass gegeben hätte. Diese Noven sind daher unzulässig und aus dem Recht zu weisen.
2. 2.1 Gemäss Art. 3 Abs. 1 VG haftet der Bund für Schaden, den einer seiner Angestellten in Ausübung seiner Tätigkeit Dritten widerrechtlich zufügt, ohne dass auf das Verschulden des Angestellten etwas ankommt. Bei widerrechtlicher Verletzung in ihrer Persönlichkeit durch einen schuldhaft handelnden Angestellten des Bundes haben Dritte im Weiteren Anspruch auf Leistung einer Geldsumme als Genugtuung, wenn die Schwere der Verletzung es rechtfertigt und diese nicht anders wieder gutgemacht worden ist (Art. 6 Abs. 2 VG).
2.2 Zwischen dem pflichtwidrigen Verhalten der staatlichen Organe und dem geltend gemachten Schaden muss ein adäquater Kausalzusammenhang bzw. Widerrechtlichkeitszusammenhang bestehen. Dies ist dann der Fall, wenn das Verhalten des Schädigers nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der Erfahrung des Lebens an sich geeignet war, einen Erfolg von der Art des eingetretenen herbeizuführen (<ref-ruling> E. 3a; Urteil 2A.212/2006 vom 9. Oktober 2006 E. 2.4 in Pra 2007 Nr. 54 S. 360).
2.3 Der vom Beschwerdeführer angerufene Anspruch auf rechtliches Gehör ist Teilgehalt des allgemeinen Grundsatzes des fairen Verfahrens von Art. 6 Ziff. 1 EMRK und <ref-law> und wird in <ref-law> ausdrücklich geschützt (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 147). Die Garantie des unparteiischen Richters findet sich in <ref-law> sowie in Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Der Beschwerdeführer macht im vorliegenden Zusammenhang keine eigenständigen über Art. 29 und 30 BV hinausgehenden Garantien gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK geltend, weshalb dieser Bestimmung hier keine besondere Tragweite zukommt.
2.4 Zum Anspruch auf rechtliches Gehör gehört unter anderem das Recht des Betroffenen auf Abnahme der rechtzeitig und formrichtig angebotenen rechtserheblichen Beweismittel. Dies steht einer vorweggenommenen Beweiswürdigung allerdings nicht entgegen. Nach der Rechtsprechung kann das Gericht das Beweisverfahren schliessen, wenn die Beweisanträge eine nicht erhebliche Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind oder wenn es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offensichtlichen Versehen beruht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428).
3. 3.1 Die Vorinstanz ortete die Ursache der Krankheit des Beschwerdeführers in dessen Psyche und nicht im behaupteten Mobbing und Bossing. Das leuchtet schon deswegen ein, weil der erste Krankheitsschub, der zu einer stationären Behandlung führte, sich ereignete, als das Verhältnis am Arbeitsplatz noch ungetrübt war. Überdies haben die von der Ehefrau beschriebenen und im ärztlichen Bericht festgehaltenen Äusserungen des Krankheitsbildes (Drohen mit Messer, Isabelle Adjani-Wahn, übersteigertes Selbstgefühl usw.) nichts mit dem Arbeitsplatz zu tun. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, lässt die Tatsachenfeststellung des Bundesverwaltungsgerichts in keiner Weise als offensichtlich unrichtig erscheinen. Ob sich die schizoaffektive Störung, an welcher der Beschwerdeführer litt, inzwischen "offensichtlich chronifiziert" hat oder nicht, ist entgegen der entsprechenden Rüge des Beschwerdeführers für den Verfahrensausgang unerheblich. Im Übrigen legt die Vorinstanz das Gewicht einzig auf die Möglichkeit und nicht auf die Gewissheit künftiger Störungen.
3.2 Aus analogen Gründen durfte die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen oder den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör zu verletzen, in antizipierter Beweiswürdigung die Einholung des angebotenen Privatgutachtens ablehnen. Dieses sollte nämlich entgegen dem vorliegenden ärztlichen Bericht aufzeigen, dass die Jahre zurückliegende stationäre Behandlung des Beschwerdeführers auf das behauptete Mobbing oder Bossing zurückgehe. Für ein solches Gutachten bestand jedoch kein zwingender Anlass, nachdem willkürfrei davon ausgegangen werden durfte, dass die Krankheit unabhängig von der Arbeitssituation eingetreten war.
3.3 Ebenfalls nicht unhaltbar ist entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers, dass die Vorinstanz nicht angenommen hat, der Bund habe rechtswidrig "die Invalidisierung des Beschwerdeführers betrieben". Diese Behauptung findet keine Stütze in den Akten. Dass das Amt die Möglichkeit einer Invalidisierung in seine Abklärungen und Überlegungen einbezogen hat, ist nicht zu beanstanden und erfolgte, jedenfalls teilweise, auch im Interesse des Beschwerdeführers.
3.4 Der Beschwerdeführer behauptet zudem wiederholt, er sei vom Arbeitsplatz beim Bund "vertrieben" worden. Diese Behauptung ist unbeachtlich, nachdem die Auflösung des Arbeitsverhältnisses rechtskräftig als rechtmässig beurteilt worden ist.
3.5 Sodann kommt es nicht darauf an, ob der Beschwerdeführer heute voll arbeitsfähig ist, wie er selbst behauptet, oder ob er dauerhaft krank bleibt, wie die Vorinstanz aus der Tatsache der Invalidisierung schloss. Die Berechtigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses steht nicht mehr in Frage. Wesentlich ist nur noch, ob die Geschehnisse um den Gesundheitszustand des Beschwerdeführers dessen Chancen auf dem Arbeitsmarkt beeinträchtigen, was die Vorinstanz ohne Willkür annehmen durfte. Im Übrigen leuchtet die Auffassung des Beschwerdeführers, er sei erwerbsunfähig, weil er eine Rente der Invalidenversicherung erhalten habe, nicht ein. Zutreffend ist gerade das Umgekehrte: Die Rente erhielt er, weil er als erwerbsunfähig gilt.
3.6 Rechtlich heikler erscheinen die behaupteten Äusserungen von Mitarbeitern des Bundes über den Gesundheitszustand des Beschwerdeführers gegenüber Dritten. Dennoch war die Vorinstanz nicht verpflichtet, zwei Aktuare einer privaten Versicherungsgesellschaft einzuvernehmen, die vom Hörensagen von negativen Äusserungen des ehemaligen Vorgesetzten des Beschwerdeführers berichtet haben sollen, oder andere Zeugenbefragungen durchzuführen. Das Bundesverwaltungsgericht durfte willkürfrei davon ausgehen, dass bestrittenen Zeugeneinvernahmen über angebliche gesprächsweise Äusserungen Jahre später kaum Beweiswert zukommt. Ebenfalls verzichtet werden durfte auf die Befragung von Ärzten, weil deren allfällige Auskünfte für die behauptete Rufschädigung in Mathematikerkreisen von vornherein unerheblich sind. Schliesslich durfte die Vorinstanz auch ohne Gehörsverletzung und Willkür davon absehen, die für die Bearbeitung von Stellenbewerbungen des Beschwerdeführers verantwortlichen Personen verschiedener Gesellschaften zu befragen, da solche Befragungen über längere Zeit zurückliegende Evaluationen nicht berücksichtigter Bewerbungen ohne konkrete Hinweise auf Fehlhandlungen von Mitarbeitern des Bundes ebenfalls als unergiebig betrachtet werden durften. Aus den Absageschreiben ergaben sich nämlich nicht die geringsten Hinweise auf solche Kontakte. Analoges gilt für die Mitarbeiterinnen der Invalidenversicherungsstelle in Aarau, deren Bestätigung, der Beschwerdeführer gelte in der Branche als krank und sei nicht vermittelbar, in keiner Weise auf eine Mitwirkung der Bundesorgane schliessen lässt.
3.7 Insgesamt verletzte die Vorinstanz mithin bei der Beweisabnahme und -würdigung den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör nicht und verfiel insoweit auch nicht in Willkür.
4. Der Beschwerdeführer hält den angefochtenen Entscheid für diskriminierend und unterstellt der Vorinstanz Parteilichkeit. Dieser Vorwurf ist unbegründet. Der Beschwerdeführer vermag nicht darzutun, dass das Bundesverwaltungsgericht ihn wegen seiner Krankheit massgeblich benachteiligt hätte, schon gar nicht in herabwürdigender Weise, wie dies <ref-law> voraussetzt, oder ihm gegenüber nicht neutral bzw. unvoreingenommen entschieden hätte. Aus dem Verzicht, angebotene Beweise abzunehmen, und aus einer ungünstigen Beurteilung lässt sich noch nicht auf Parteilichkeit der Entscheidinstanz oder Diskriminierung einer Partei schliessen. Die Ausführungen der Vorinstanz gehen vielmehr in der gebotenen Gründlichkeit auf die Rechtsprobleme ein und wahren die Form in jeder Hinsicht. Sie lassen auch nicht auf eine generelle Benachteiligung von Personen mit dem Krankheitsbild des Beschwerdeführers schliessen.
5. 5.1 Mit Blick auf die materiellen Voraussetzungen eines Haftungsanspruchs ist für die Frage des strittigen Schadenersatzes massgeblich, ob die Vorinstanz die Haftung des Bundes bereits wegen Fehlens des nötigen Kausalzusammenhangs ausschliessen durfte, ohne dadurch gegen Bundesrecht zu verstossen.
5.2 Liegt die Ursache für die Krankheit des Beschwerdeführers in dessen Psyche und geht sie nicht auf das Verhalten der Vorgesetzten und Mitarbeiter zurück, kann das angebliche Bossing oder Mobbing nicht adäquat kausal sein für den behaupteten Schaden des Beschwerdeführers. Damit entfällt insoweit eine Haftung des Bundes. Keine Rolle mehr spielen können sodann die Umstände der Auflösung des Arbeitsverhältnisses, nachdem der entsprechende Rechtsstreit rechtskräftig entschieden bzw. die Auflösung des Arbeitsverhältnisses als rechtmässig beurteilt worden ist. Der Bund könnte somit für den Abbruch der beruflichen Laufbahn des Beschwerdeführers, soweit derartige Ansprüche nicht bereits verwirkt sind, nur dann verantwortlich sein, wenn er oder seine Organe sich anderweitig widerrechtlich verhalten hätten und dies für die Beendigung der Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers adäquat kausal gewesen wäre. Solche Umstände behauptet der Beschwerdeführer, indem er den Organen des Bundes vorwirft, sie hätten seinen Ruf in der Branche durch Äusserungen gegenüber Dritten nachhaltig beeinträchtigt. Dafür trägt er allerdings die Beweislast.
5.3 Bei der Auflösung des Arbeitsverhältnisses beschlossen die Parteien Stillschweigen über den Inhalt der Vereinbarung und verpflichteten sich, Äusserungen zu unterlassen, die das private und wirtschaftliche Fortkommen des Beschwerdeführers behindern oder seinen Ruf schädigen könnten, und sich über die interne und externe Kommunikation hinsichtlich der Beendigung des Arbeitsverhältnisses zu verständigen.
5.3.1 Die Vorinstanz durfte, ohne dadurch Bundesrecht zu verletzen, davon ausgehen, es sei den Bundesvertretern lediglich untersagt gewesen, gegen aussen Auskünfte zu erteilen, die über das arbeitsrechtlich Gebotene hinausgehen. Ein absolutes Äusserungsverbot gegenüber Dritten hätte dem Beschwerdeführer nämlich erst recht geschadet. Dass sich der Bund in haftungsrechtlich massgeblicher Weise nicht an diese Vereinbarung gehalten hätte, ist nicht nachgewiesen. Zwar soll sich der ehemalige Vorgesetzte des Beschwerdeführers an einem Treffen von Aktuaren gegenüber Mitarbeitern einer privaten Versicherungsgesellschaft abfällig über den Beschwerdeführer geäussert haben. Die Vorinstanz durfte aber willkürfrei davon ausgehen, dass dieser Vorwurf ohne Beweis blieb (vgl. E. 3.6). Zudem soll es sich nur um eine einmalige Äusserung in sehr begrenztem Personenkreis gehandelt haben, weshalb ohnehin nicht geschlossen werden könnte, sie habe eine bleibende Schädigung des Rufs des Beschwerdeführers in der ganzen Branche bewirkt.
5.3.2 Nicht erkennbar ist ferner, inwiefern Ärzte, die zudem der entsprechenden Schweigepflicht unterstehen, das berufliche Fortkommen des Beschwerdeführers behindert haben könnten. Allfällige Kontakte zwischen Mitarbeitern des Bundes und Ärzten, die den Beschwerdeführer behandelten, sind daher unbeachtlich. Analoges gilt für die Äusserungen von Bundesvertretern gegenüber der Arbeitslosenkasse.
5.3.3 Die freundlichen und einfühlsamen Worte, die eine ehemalige Mitarbeiterin an den Beschwerdeführer gerichtet hat, belegen sodann nicht, dass über die Auflösung des Arbeitsverhältnisses intern in unzulässiger Weise berichtet worden wäre. Nachdem sich der Beschwerdeführer, wie aus den Akten hervorgeht, im Zusammenhang mit seiner Krankheit am Arbeitsplatz mehrmals sehr auffällig verhalten hatte, war ein grösserer Personenkreis darüber aus eigener Wahrnehmung in gewissem Umfang im Bild. Ohnehin nicht nachgewiesen wäre eine Kausalität zwischen internen Äusserungen und der bleibenden Stellenlosigkeit des Beschwerdeführers.
5.3.4 Im Übrigen sind auch andere Gründe möglich, weshalb ein über 50-jähriger, arbeitsloser Mathematiker keine seinen Qualifikationen entsprechende Stelle findet. Es ist daher nicht erstellt, dass die bleibende Arbeitslosigkeit den Organen des Bundes anzulasten wäre.
5.4 Weiter erweisen sich die Äusserungen des Departements im Rahmen des Rechtsmittelverfahrens ebenfalls nicht als Verletzung der Auflösungsvereinbarung oder sonst wie als haftungsbegründend. Es ist den Organen des Bundes selbstverständlich erlaubt, im Prozess uneingeschränkt den Standpunkt des eingeklagten Gemeinwesens zu vertreten und insbesondere auf alle Tatsachen Bezug zu nehmen, die rechtlich von Bedeutung sein könnten.
5.5 Da der Beweis eines widerrechtlichen Verhaltens der Bundesvertreter, das für die bleibende Stellenlosigkeit des Beschwerdeführers adäquat kausal war, nicht erbracht ist, verletzt der angefochtene Entscheid Bundesrecht nicht, soweit damit die Ausrichtung einer Schadenersatzsumme verweigert wird.
6. Was den geltend gemachten Genugtuungsanspruch betrifft, legte das Bundesverwaltungsgericht ausführlich dar, weshalb keine schwere Verletzung der Persönlichkeit des Beschwerdeführers vorliege. Der Beschwerdeführer vermag diese Einschätzung nicht zu widerlegen. Er behauptet, sein entsprechender Anspruch beruhe "auf der fortgesetzten Reihe von Persönlichkeitsverletzungen durch die Ausschlusshandlungen wider besseres Wissen der handelnden Organe". Erwiesen sind solche Handlungen aber nicht. Die Vorinstanz legte überzeugend dar, dass einzig möglicherweise die Kontaktnahme eines Behördenvertreters mit dem Hausarzt des Beschwerdeführers rechtlich fragwürdig war, dadurch aber keine ausserordentliche Kränkung bzw. schwere Verletzung der Persönlichkeit bewirkt wurde. Die übrigen vom Beschwerdeführer behaupteten Rechtsverstösse sind nicht erstellt und würden auch aus einer Gesamtsicht nicht eine schwere Persönlichkeitsverletzung begründen. Die Verweigerung einer Genugtuung verstösst somit nicht gegen Bundesrecht.
7. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Verfahrenskosten von Fr. 15'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Eidgenössischen Finanzdepartement und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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