Faits:
A. B._ SA, dont l'administratrice unique est X._, est propriétaire des parcelles n°s 1 et 2 sises au chemin ..., sur la commune de A._. Ces parcelles font l'objet d'une poursuite en réalisation de gage n° xxxx intentée par Y._ SA auprès de l'Office des poursuites de Genève. La parcelle adjacente n° 3, sur laquelle se trouve la villa de l'administratrice, fait également l'objet d'une poursuite en réalisation de gage n° xxxx.
La créancière poursuivante ayant requis la vente des gages les 30/31 mars 2009, l'office en a avisé les poursuivies par plis recommandés des 7/8 avril 2009. Il a en outre mandaté la société C._ SA aux fins de procéder à l'expertise des biens immobiliers en cause. Par courrier recommandé et simple du 28 avril 2009, il a informé X._ de ce qu'elle serait contactée par ladite société pour fixer un rendez-vous, que des photographies seraient prises lors de cette visite pour illustrer l'expertise et les annonces de la vente, tout en la remerciant d'être présente ou représentée lors de la visite de l'architecte. Le courrier recommandé a été retourné à l'office avec la mention « non réclamé ».
L'expert mandaté, soit D._ de la société C._ SA, a essayé de contacter X._ par courriels pour lui proposer des dates de visite, mais en vain. L'office a alors adressé à celle-ci, le 15 mai 2009, un courrier par voie simple et recommandée lui rappelant la désignation de la société C._ SA comme expert ainsi que les vaines tentatives de M. D._ de la contacter et l'informant que l'expert se rendrait à sa villa le 4 juin 2009 à 9 h 00 pour procéder à l'expertise. Ce courrier contenait en outre l'avertissement suivant: « Dans l'hypothèse où vous ne seriez pas présente ou vous ne vous feriez pas représenter, nous nous verrons contraints de faire ouvrir les locaux par un serrurier avec l'assistance de la force publique, à vos frais », et il était adressé sous menace des peines de droit de l'<ref-law>.
Informée de ce qui précède par l'office, la police a fait savoir à ce dernier que « compte tenu de l'identité de la débitrice, connue de ses services », elle serait présente aux date et heure dites. Un serrurier a également été convoqué. Le 4 juin 2009, la représentante de l'office, l'expert, le serrurier et la police se sont donc rendus sur la propriété de X._. Cette dernière était présente, mais elle a quitté les lieux en refusant d'ouvrir les portes. Quatre serrures ont ainsi dû être forcées, puis remplacées, pour permettre la visite de l'expert, laquelle a duré jusqu'à 11 h 00.
B. Le 15 juin 2009, B._ SA a porté plainte auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève aux fins de faire annuler la mesure d'estimation forcée de sa propriété. En bref, elle estimait l'intervention de l'office contraire aux principes de proportionnalité et de subsidiarité; elle avait certes été informée de la réquisition de vente, mais n'avait pris connaissance des courriels de l'expert que tardivement, à fin mai 2009, et ignorait que l'office allait recourir le 4 juin 2009 à la force publique. La plaignante critiquait en outre le choix de l'expert ainsi que le déroulement de l'expertise.
Par décision du 3 septembre 2009, la commission cantonale de surveillance a déclaré la plainte irrecevable aux motifs que celle-ci était manifestement tardive s'agissant de la désignation de l'expert, que du moment que la plaignante avait requis une nouvelle expertise en date du 20 juillet 2009 sur la base de l'<ref-law> [recte: ORFI], il n'y avait pas lieu de préjuger de l'activité déployée par l'expert mandaté par l'office et que, s'agissant des moyens prétendument disproportionnés dont l'office aurait usé à l'égard de la plaignante, les griefs devaient être considérés comme une dénonciation.
C. Par acte du 14 septembre 2009, B._ SA a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, assorti d'une requête d'effet suspensif. Invoquant la violation des <ref-law>, 8 et 9 ORFI, ainsi que des principes de proportionnalité et de subsidiarité, la recourante conclut à l'annulation de la décision de la commission cantonale de surveillance.
La requête d'effet suspensif a été admise par ordonnance présidentielle du 25 septembre 2009.
Le dépôt d'une réponse n'a pas été requis.

Considérant en droit:
1. Interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>) par une autorité cantonale de surveillance de dernière instance (<ref-law>), le recours est recevable en principe, et ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties. Compte tenu des exigences de motivation posées à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.2). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (<ref-law>), les exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 1.4.2; <ref-ruling> consid. 6).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de la juridiction cantonale doit exposer de manière circonstanciée en quoi les exceptions prévues par l'<ref-law> seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 152). Les faits nouveaux et les preuves nouvelles sont prohibés à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3. La recourante soutient que c'est en violation de l'<ref-law> que sa plainte a été déclarée irrecevable en tant qu'elle portait sur l'identité de l'expert désigné. Elle n'aurait effectivement pris connaissance de cette identité que le jour de l'expertise, le 4 juin 2009, de sorte que sa plainte du 15 juin 2009 aurait été déposée dans le délai de 10 jours prévu par l'<ref-law>.
Se référant à l'<ref-law>, la recourante déclare ne pas contester les faits tels qu'ils ont été constatés par la commission cantonale de surveillance sous lettres A et B de sa décision. Elle ne conteste donc l'existence ni du courrier de l'office du 28 avril 2009 qui l'informait du nom de l'expert et des démarches en vue de l'expertise, ni de celui du 15 mai 2009 qui lui rappelait la désignation de l'expert et les vaines tentatives de prises de contact de celui-ci, et qui l'avisait de la tenue d'une expertise à sa propriété le 4 juin 2009 à 9 h 00. Elle devait s'attendre à recevoir des courriers de ce genre dès lors que, comme elle l'admettait dans sa plainte, elle avait reçu de l'office l'avis de réception de la réquisition de vente des 7/8 avril 2009. Or, selon la jurisprudence, lesdits courriers, en tant qu'ils avaient été envoyés sous plis recommandés et qu'ils avaient fait l'objet d'une tentative infructueuse de notification par la poste, étaient censés avoir été notifiés le septième jour après cette notification en cas de non-retrait (<ref-ruling> consid. 2a/aa; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4a).
Au vu de cette jurisprudence, la commission cantonale de surveillance a eu raison de considérer que la recourante avait été valablement atteinte, lors de l'envoi des courriers des 28 avril et 15 mai 2009, au plus tard le dernier jour du délai de garde et que, partant, la plainte déposée le 15 juin 2009 était manifestement tardive s'agissant de la désignation de l'expert et des mesures prises en vue du déroulement de l'expertise.
4. La plainte ayant été déclarée irrecevable à juste titre, il n'y a pas lieu d'examiner les griefs soulevés sur les deux points précités. On relève néanmoins que l'insertion dans la convocation à l'expertise d'un avertissement selon lequel, en cas de défaut de la poursuivie, les locaux seraient ouverts par un serrurier avec l'assistance de la force publique et la mise à exécution de cette mesure étaient conformes aux dispositions de l'<ref-law> sur les devoirs du débiteur. La recourante tente vainement de le contester sous l'angle de la proportionnalité en se bornant à prétendre n'avoir reçu de l'office que l'avis de réception de la réquisition de vente des 7/8 avril 2009 et n'avoir pas été informée de ce que l'office recourrait, le 4 juin 2009, à la force publique, ce qui à l'évidence ne saurait être retenu (cf. consid. 3 ci-dessus).
5. Quant au déroulement de l'estimation, la critique de la recourante se fonde uniquement sur le fait que l'expert aurait passé moins d'une heure sur les lieux et n'aurait donc pas pris le temps nécessaire à l'appréciation des biens immobiliers concernés.
Selon la décision attaquée, l'expert a été convoqué à 9 h 00 et sa visite a duré jusqu'à 11 h 00. Le Tribunal fédéral est lié par cette constatation, car la réalisation des exceptions prévues par l'<ref-law> n'est pas démontrée en l'espèce (consid. 2.2 ci-dessus). Dès lors qu'elle s'appuie sur un fait divergent, partant sur un fait nouveau inadmissible (<ref-law>), la critique de la recourante est irrecevable.
Au demeurant, il sied de relever que la recourante était mal venue de se plaindre de la qualité du travail de l'expert puisqu'elle n'était pas présente ou représentée lorsque celui-ci a déployé son activité, ayant choisi de quitter les lieux après lui avoir refusé l'accès à sa propriété.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de son auteur (<ref-law>).
Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre au recours.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 10 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Fellay