Faits:
A. Par jugement du 29 février 2008, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a acquitté X._ et Y._ des infractions de faux renseignements sur des entreprises commerciales, gestion déloyale et faux dans les titres qui leur étaient reprochées dans le cadre de l'exécution du mandat de révision de la Banque cantonale vaudoise qu'ils avaient assumée en tant que collaborateur de la société Z._.
B. Sur recours du Ministère public, notamment, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a, par arrêt du 29 avril 2009, maintenu l'acquittement de X._ et Y._. Elle les a néanmoins condamnés à supporter une partie des frais de première instance à concurrence de 4'000 francs chacun. Cet arrêt retient, en résumé, ce qui suit.
B.a X._ et Y._ ont été mis en cause par le Ministère public pour faux dans les titres, d'une part au motif que le rapport de révision des comptes 1996 ne mentionnait pas le changement de méthode d'évaluation intervenu ni n'émettait de réserve quant au montant des provisions et, d'autre part, au motif que le rapport de révision des comptes 1997 n'indiquait pas que la provision de 250'000'000 fr. prévue au titre de "réserve pour risques potentiels futurs sur débiteurs" était destinée à couvrir des risques de débiteurs non déterminés.
La cour cantonale a écarté cette infraction en considérant que les premiers juges avaient retenu une modification d'un paramètre de provisionnement, et non un changement de méthode d'évaluation, et que cette modification n'avait pas à être mentionnée dans le rapport de révision 1996, ni même à faire l'objet d'une quelconque réserve dans ce rapport, qui n'était donc pas mensonger. Quant aux autres reproches adressés à X._ et Y._, elle les a écartés en observant que l'intitulé "réserve pour risques potentiels futurs sur débiteurs" indiquait que la provision de 250'000'000 fr. était affectée à la garantie de débiteurs "douteux", ce qui ne signifiait pas "indéterminés", de sorte que les rapports de révision n'étaient pas non plus mensongers sur ce point.
B.b En ce qui concerne l'infraction de complicité de gestion déloyale, le Ministère public faisait valoir que X._ et Y._, bien qu'informés du manque de provisions, avaient laissé entendre qu'il n'y avait pas de mesure d'assainissement à prendre, hormis de signaler que les "autres provisions" étaient suffisantes pour couvrir celles pour débiteurs, et qu'ils n'avaient pas procédé à l'opération comptable qui s'imposait.
Pour l'année 1996, la cour cantonale a nié la réalisation de cette infraction au motif qu'il n'était pas établi que X._ et Y._, qui, en tant que réviseurs, n'avaient pas de pouvoir de gestion - cette responsabilité incombant aux organes de la banque -, avaient voulu que le problème de l'insuffisance de provisions soit complètement occulté par les dirigeants de la banque. Pour l'année 1997 et au-delà, elle a relevé que les intéressés, bien qu'ils étaient au courant du manque de provision, avaient encouragé l'adoption de la nouvelle méthode de provisionnement ainsi que le fait de retenir le montant du risque technique Z._, de 10 % inférieur à celui usuellement retenu par la banque. En outre, le rapport de révision 1997 ne faisait aucune mention de l'insuffisance constatée au mois de juin 1997. Elle a toutefois considéré que ces manquements, parce qu'ils étaient postérieurs, et non antérieurs ou simultanés, à l'acte qui eût été imputable à l'auteur principal, n'étaient pas constitutifs de complicité de gestion déloyale, de sorte que X._ et Y._ devaient être libérés de cette infraction. Ils justifiaient en revanche de mettre partiellement les frais de première instance à leur charge.
C. Contestant cette condamnation, X._ et Y._ ont recouru au Tribunal fédéral, notamment pour application arbitraire des art. 158 et 447 al. 2 de l'ancien code de procédure pénale vaudois en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010 (ci-après: aCPP/VD; RS/VD 312.0). Par arrêts du 23 avril 2010 (6B_999/2009 et 6B_1008/2009), la Cour de céans a partiellement admis les recours, annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision, faute de motivation suffisante quant à la réalisation des conditions de l'art. 158 aCPP/VD. L'autorité cantonale n'avait en effet pas précisé à quelle règle de l'ordre juridique suisse les recourants auraient contrevenu de manière fautive, ni en quoi ils auraient, de la sorte, provoqué l'ouverture de la procédure pénale et le dommage ou les frais que celle-ci a entraînés. La Cour de céans a en revanche écarté le grief selon lequel la condamnation des recourants à une partie des frais de première instance reposait sur un état de fait retenu en violation arbitraire de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD.
D. Statuant par arrêt du 4 septembre 2010 après renvoi du Tribunal fédéral, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a confirmé sa décision du 29 avril 2009 mettant une partie des frais de la cause à la charge de X._ et Y._, retenant trois violations distinctes de leurs obligations de réviseur aux art. 727c, 728, 729a et 729b aCO, dans leur teneur en vigueur au moment des faits.
E. X._ et Y._ forment chacun un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral contre cet arrêt. Ils concluent à leur libération de toute charge de frais.
Invités à se prononcer, le Ministère public a conclu au rejet des recours et la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal s'en est remise à justice.

Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre le même arrêt, opposent les mêmes parties et portent sur un état de faits identique. Il y a donc lieu de joindre les causes et de statuer par un seul arrêt (cf. <ref-law>, applicable par renvoi de l'<ref-law>).
2. La décision attaquée concerne la question des frais dans le cadre d'une procédure pénale ayant conduit à un acquittement. Il s'agit donc d'un arrêt rendu en matière pénale au sens de l'<ref-law> (cf. arrêt 6B_656/2010 du 17 février 2011 consid. 1).
A. Recours de X._
3. Le recourant invoque une violation de l'interdiction de l'arbitraire, de la présomption d'innocence et de son droit d'être entendu (cf. recours p. 11). Il ne motive pas les deux derniers griefs par une argumentation spécifique. En particulier, il n'indique pas et n'établit en tout cas pas conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 234 et les arrêts cités) en quoi l'arrêt attaqué, de par son contenu ou sa motivation, violerait les garanties conventionnelles et constitutionnelles des art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH, respectivement de l'art. 29 al. 2 Cst. Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière.
4. Le recourant invoque une violation de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD. Il conteste, notamment, qu'il a contribué à l'information tronquée donnée aux autres organes et aux actionnaires, que l'adoption d'un risque technique inférieur de 10% à celui retenu par la banque n'avait pas été signalée ou qu'une nouvelle méthode de provisionnement avait été adoptée.
Ce grief a déjà été rejeté par la cour de céans dans son arrêt du 23 avril 2010 (cf. arrêt 6B_999/2009 consid. 1.3). Or, les parties ne peuvent plus faire valoir, dans un nouveau recours de droit fédéral contre la nouvelle décision cantonale, des moyens que le Tribunal fédéral a expressément rejetés dans l'arrêt de renvoi (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 208). Le recourant n'est dès lors pas recevable à invoquer à nouveau, sous le couvert d'une critique de l'arrêt du 4 septembre 2010, une violation de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD au motif que la cour cantonale aurait retenu des faits dont il a déjà été considéré qu'ils ne s'écartaient pas de ceux retenus par les premiers juges.
Tel qu'il est, pour le surplus, invoqué, le grief de violation de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD se confond avec celui de violation de l'art. 158 aCPP/VD. En effet, le recourant conteste avoir adopté un comportement contraire à ses obligations dans la mesure où, en particulier, les manquements qui lui sont reprochés ne ressortent pas ou sont en contradiction avec les constatations cantonales. Il n'y a dès lors pas lieu de traiter ces griefs séparément, mais dans le cadre de la violation de l'art. 158 aCPP/VD.
5. Le recourant conteste que les conditions de l'art. 158 aCPP/VD soient remplies en l'absence de manquement civil de sa part à ses obligations et d'un lien de causalité entre ses agissements et l'ouverture et la poursuite de la procédure pénale.
5.1 A teneur de la disposition précitée, lorsque le prévenu est libéré des fins de la poursuite pénale, il ne peut être condamné à tout ou partie des frais que si l'équité l'exige, notamment s'il a donné lieu à l'ouverture de l'action pénale ou s'il en a compliqué l'instruction.
5.1.1 Cette disposition confère au juge un pouvoir d'appréciation étendu, qui est toutefois limité par les garanties découlant du droit constitutionnel. Ainsi, la condamnation d'un prévenu acquitté à supporter tout ou partie des frais doit respecter la présomption d'innocence, consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH, qui interdit de rendre une décision défavorable au prévenu libéré en laissant entendre que ce dernier serait néanmoins coupable des infractions qui lui étaient reprochées. Elle n'est admissible que si le prévenu a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168).
5.1.2 Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168 ss). Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement (<ref-ruling> consid. 1b p. 334, <ref-ruling> consid. 2d p. 171 et 2e p. 175). La relation de causalité est réalisée lorsque, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le comportement de la personne concernée était de nature à provoquer l'ouverture de la procédure pénale et le dommage ou les frais que celle-ci a entraînés. Le juge doit se référer aux principes généraux de la responsabilité délictuelle (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 169) et fonder son prononcé sur des faits incontestés ou déjà clairement établis (<ref-ruling> consid. 2a in fine p. 374; arrêt 1B_120/2011 du 16 juin 2011 consid. 2.2). Une condamnation aux frais ne peut se justifier que si, en raison du comportement illicite du prévenu, l'autorité était légitimement en droit d'ouvrir une enquête. Elle est en tout cas exclue lorsque l'autorité est intervenue par excès de zèle, ensuite d'une mauvaise analyse de la situation ou par précipitation (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 171).
5.1.3 Le Tribunal fédéral examine sous l'angle de l'arbitraire l'appréciation de l'autorité cantonale selon laquelle le comportement du prévenu libéré des fins de la poursuite pénale serait répréhensible du point de vue civil, aurait provoqué la procédure pénale ou en aurait entravé le cours (ATF <ref-ruling> consid. 2f p. 175). Il ne s'écarte donc pas de la solution retenue du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5 et les arrêts cités). Il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.4).
5.1.3 Le Tribunal fédéral examine sous l'angle de l'arbitraire l'appréciation de l'autorité cantonale selon laquelle le comportement du prévenu libéré des fins de la poursuite pénale serait répréhensible du point de vue civil, aurait provoqué la procédure pénale ou en aurait entravé le cours (ATF <ref-ruling> consid. 2f p. 175). Il ne s'écarte donc pas de la solution retenue du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5 et les arrêts cités). Il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.4).
5.2 5.2.1 Le recourant soutient en premier lieu (recours p. 21) que s'il était responsable du mandat de révision de la Banque cantonale vaudoise, il était toutefois entouré de plusieurs collaborateurs et que la responsabilité des prétendues violations des devoirs de l'organe de révision ne peut lui être intégralement imputée.
5.2.2 Il ressort toutefois de l'état de fait cantonal, que le recourant ne conteste pas sur ces points, que les manquements qui lui sont reprochés visent des prestations qu'il a lui-même fournies dans le cadre de l'exécution du mandat de révision de la Banque cantonale vaudoise pour le compte de Z._, à savoir qu'il a participé personnellement à des séances, notamment celle du 21 janvier 1997 relative au bouclement des comptes de l'exercice 1996, fixant le montant des correctifs de valeurs et provisions pour risques de défaillance (cf. infra consid. 5.3), qu'il a signé le rapport de révision 1997 qui ne fait pas état du besoin complémentaire de provisions de l'ordre de 154'000'000 fr. qui résultait de la note qu'il avait rédigée le 6 juin 1997 (cf. infra consid. 5.4) et qu'il a participé à la séance du 7 novembre 1997 à Berne lors de laquelle les modifications que la Banque cantonale vaudoise entendait apporter à la manière de déterminer les provisions et le risque technique ont été présentées à la Commission fédérale des banques (cf. infra consid. 5.5). Le grief selon lequel l'arrêt attaqué lui imputerait personnellement, à tort, des manquements est ainsi infondé.
5.2.2 Il ressort toutefois de l'état de fait cantonal, que le recourant ne conteste pas sur ces points, que les manquements qui lui sont reprochés visent des prestations qu'il a lui-même fournies dans le cadre de l'exécution du mandat de révision de la Banque cantonale vaudoise pour le compte de Z._, à savoir qu'il a participé personnellement à des séances, notamment celle du 21 janvier 1997 relative au bouclement des comptes de l'exercice 1996, fixant le montant des correctifs de valeurs et provisions pour risques de défaillance (cf. infra consid. 5.3), qu'il a signé le rapport de révision 1997 qui ne fait pas état du besoin complémentaire de provisions de l'ordre de 154'000'000 fr. qui résultait de la note qu'il avait rédigée le 6 juin 1997 (cf. infra consid. 5.4) et qu'il a participé à la séance du 7 novembre 1997 à Berne lors de laquelle les modifications que la Banque cantonale vaudoise entendait apporter à la manière de déterminer les provisions et le risque technique ont été présentées à la Commission fédérale des banques (cf. infra consid. 5.5). Le grief selon lequel l'arrêt attaqué lui imputerait personnellement, à tort, des manquements est ainsi infondé.
5.3 5.3.1 Le recourant conteste avoir violé son devoir d'indépendance selon l'art. 727c aCO. Il fait valoir que si Z._ était représentée chaque année à la séance de bouclement des comptes, notamment celle du 21 janvier 1997 à laquelle il a assisté, il ne prenait pas part à la décision d'approbation de ceux-ci, qui revenait à la direction générale de la banque. En outre, il était habituel que l'organe de révision soit consulté en cours d'exercice à propos de questions variées, telle celle de l'appréciation des risques et des provisions.
5.3.2 La décision cantonale considère que la participation du recourant à des réunions de travail permet de considérer que celui-ci a violé son devoir d'indépendance dans la mesure où il s'était placé dans une situation dans laquelle il ne pouvait que savoir qu'il serait incapable d'effectuer sa mission puisqu'il serait appelé à contrôler son propre travail. Une telle participation, ainsi que le fait d'envisager des variantes à un problème, ne contreviennent cependant pas encore clairement au devoir d'indépendance de l'organe de révision (cf. Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3ème éd., 2004, §15 n. 82 p. 1867). Il n'est pas reproché au recourant, pour le surplus, d'avoir effectivement participé à la prise même de décisions. En outre, ainsi que le recourant le relève, il ressort des constatations cantonales qu'il n'existait aucun indice suffisant qui autoriserait à penser que les auteurs du rapport de révision ont abandonné leur indépendance d'analyse pour cautionner les décisions de la banque en matière de couverture des risques (cf. jugement du 29 février 2008 consid. 6.2.2.2.2. p. 123). Il était donc arbitraire de retenir une violation claire par le recourant de son devoir d'indépendance au sens de l'art. 727c aCO.
5.3.2 La décision cantonale considère que la participation du recourant à des réunions de travail permet de considérer que celui-ci a violé son devoir d'indépendance dans la mesure où il s'était placé dans une situation dans laquelle il ne pouvait que savoir qu'il serait incapable d'effectuer sa mission puisqu'il serait appelé à contrôler son propre travail. Une telle participation, ainsi que le fait d'envisager des variantes à un problème, ne contreviennent cependant pas encore clairement au devoir d'indépendance de l'organe de révision (cf. Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3ème éd., 2004, §15 n. 82 p. 1867). Il n'est pas reproché au recourant, pour le surplus, d'avoir effectivement participé à la prise même de décisions. En outre, ainsi que le recourant le relève, il ressort des constatations cantonales qu'il n'existait aucun indice suffisant qui autoriserait à penser que les auteurs du rapport de révision ont abandonné leur indépendance d'analyse pour cautionner les décisions de la banque en matière de couverture des risques (cf. jugement du 29 février 2008 consid. 6.2.2.2.2. p. 123). Il était donc arbitraire de retenir une violation claire par le recourant de son devoir d'indépendance au sens de l'art. 727c aCO.
5.4 5.4.1 Le recourant conteste la décision cantonale en tant qu'elle retient qu'il a violé ses obligations résultant des art. 728 à 729b aCO en ne signalant pas au conseil d'administration ou à l'assemblée générale qu'il avait déterminé, en juin 1997, que la banque avait un besoin de provisions complémentaires, au 31 décembre 1996, de l'ordre de 154'000'000 fr. par rapport au risque technique retenu par la banque et en attestant, par sa signature du rapport de révision, de la régularité des comptes alors que ceux-ci étaient établis en violation des règles comptables. Il soutient qu'il n'était pas possible de modifier en juin 1997 les comptes de la banque au 31 décembre 1996 et les comptes 1997 n'avaient pas à faire une quelconque réserve quant à un constat qui concernait l'exercice précédent. Les organes dirigeants de la banque disposaient d'un pouvoir d'appréciation en matière de provisions et l'arrêt du 29 avril 2009 ne considérait pas que les comptes au 31 décembre 1996 étaient faux, pas plus que ceux au 31 décembre 1997. Il explique enfin que Z._ estimait que le manque de provisions était couvert par d'autres provisions ou réserves.
5.4.2 Si l'art. 728 al. 1 aCO prévoit que le réviseur doit vérifier la comptabilité, les comptes annuels et la proposition concernant l'emploi du bénéfice résultant du bilan, la cour cantonale n'indique en revanche pas sur quels dispositions ou principes comptables elle se fonde pour affirmer qu'il avait l'obligation de faire mention, en cours d'exercice ou dans le rapport de révision 1997, de son constat selon lequel un besoin de provisions complémentaires pour l'exercice précédent avait été identifié. Par son argumentation, le recourant démontre par ailleurs que la décision entreprise est contradictoire en tant qu'elle retient, d'une part, une violation de ses obligations du fait qu'il n'a pris aucune mesure après avoir établi un manque de provisions de 154'000'000 fr. au 31 décembre 1996 et, d'autre part, qu'il n'avait pas à s'occuper de la comptabilité à l'époque où ce montant a été déterminé (arrêt du 29 avril 2009 consid. B/III/a/8.2 p. 69-70), que l'état des risques de l'année 1996 était admissible et qu'il n'était pas démontré que la direction générale avait abusé de son pouvoir d'appréciation en la matière (arrêt du 29 avril 2009 consid. B/II/a/4.2. p. 43) et qu'elle ne retient pas que les comptes au 31 décembre 1997 auraient été faux au motif qu'ils n'indiquaient pas qu'il manquait 154'000'000 fr. à cette date, mais bien qu'aucun principe comptable n'a été violé (arrêt du 29 avril 2009 consid. B/II/f/1.1 p. 57). Enfin, l'autorité précédente n'explique pas en quoi le comportement du recourant était fautif en ne faisant pas état de ce manque de 154'000'000 fr. alors qu'il estimait par ailleurs que les provisions existantes suffisaient. Les éventuels manquements du recourant invoqués par la cour cantonale ne sont dès lors pas clairement établis et ils ne pouvaient justifier la mise à la charge de celui-ci d'une partie des frais de la procédure.
5.4.2 Si l'art. 728 al. 1 aCO prévoit que le réviseur doit vérifier la comptabilité, les comptes annuels et la proposition concernant l'emploi du bénéfice résultant du bilan, la cour cantonale n'indique en revanche pas sur quels dispositions ou principes comptables elle se fonde pour affirmer qu'il avait l'obligation de faire mention, en cours d'exercice ou dans le rapport de révision 1997, de son constat selon lequel un besoin de provisions complémentaires pour l'exercice précédent avait été identifié. Par son argumentation, le recourant démontre par ailleurs que la décision entreprise est contradictoire en tant qu'elle retient, d'une part, une violation de ses obligations du fait qu'il n'a pris aucune mesure après avoir établi un manque de provisions de 154'000'000 fr. au 31 décembre 1996 et, d'autre part, qu'il n'avait pas à s'occuper de la comptabilité à l'époque où ce montant a été déterminé (arrêt du 29 avril 2009 consid. B/III/a/8.2 p. 69-70), que l'état des risques de l'année 1996 était admissible et qu'il n'était pas démontré que la direction générale avait abusé de son pouvoir d'appréciation en la matière (arrêt du 29 avril 2009 consid. B/II/a/4.2. p. 43) et qu'elle ne retient pas que les comptes au 31 décembre 1997 auraient été faux au motif qu'ils n'indiquaient pas qu'il manquait 154'000'000 fr. à cette date, mais bien qu'aucun principe comptable n'a été violé (arrêt du 29 avril 2009 consid. B/II/f/1.1 p. 57). Enfin, l'autorité précédente n'explique pas en quoi le comportement du recourant était fautif en ne faisant pas état de ce manque de 154'000'000 fr. alors qu'il estimait par ailleurs que les provisions existantes suffisaient. Les éventuels manquements du recourant invoqués par la cour cantonale ne sont dès lors pas clairement établis et ils ne pouvaient justifier la mise à la charge de celui-ci d'une partie des frais de la procédure.
5.5 5.5.1 Le recourant conteste avoir violé ses obligations de réviseur au sens des art. 728 à 729b aCO en attestant de la régularité des comptes alors que ceux-ci auraient été établis en violation des règles comptables, en particulier le principe de continuité dans la présentation et l'évaluation au sens de l'<ref-law>, et étaient trompeurs. D'une part, il n'y avait pas eu de modification de la méthode de provisionnement en 1997, mais d'un paramètre, comme en 1996, et il n'y avait pas lieu de traiter de manière différente les modifications apportées en 1996 et 1997. En outre, l'abattement de 10% n'avait pas à être signalé dans la mesure où il s'agissait d'une décision de gestion qui ne nécessitait pas de mention particulière de l'organe de révision dès lors qu'elle lui paraissait acceptable, sa préoccupation étant limitée à la vérification que les provisions décidées n'étaient pas inférieures aux besoins de la banque tels que Z._ les estimait.
5.5.2 L'arrêt de la cour de céans du 23 avril 2010 ne retient pas que la cour cantonale aurait violé l'art. 447 al. 2 aCPP/VD en considérant qu'une nouvelle méthode de provisionnement avait été adoptée en 1997 et le recourant ne peut dès lors revenir sur cette question (cf. supra consid. 4). Cela étant, la distinction n'est pas claire et la cour cantonale n'explique pas sur quelle règle elle se fonde pour affirmer qu'une réserve n'était pas nécessaire en cas de changement de paramètre, mais qu'elle l'était en cas de changement de méthode. La cour cantonale a en outre indiqué aux termes de son arrêt du 29 avril 2009 qu'à l'époque des faits, le principe de continuité n'exigeait pas l'exposé des méthodes d'évaluation dans l'annexe aux comptes annuels et que ce n'est que depuis le 1er janvier 2008 que l'<ref-law> prévoit que ladite annexe doit contenir des indications sur la réalisation d'un éventuel risque (consid. B/II/b/1.4.2 p. 48). Le réviseur doit par ailleurs s'assurer que les comptes annuels respectent les principes comptables applicables et en attester, mais il n'a pas à fournir d'explications sur des points qui ne doivent pas figurer dans les comptes. En outre, la cour cantonale qui n'avait pas retenu la violation du principe de clarté invoquée par le Ministère public concernant les comptes et le rapport annuel 1997 (cf. arrêt du 29 avril 2009 consid. B/II/e p. 55 ss; consid. B/II/f/1.1 p. 57) ne peut retenir le contraire aux termes de son arrêt du 4 septembre 2010. Il n'est dès lors pas clairement établi que le recourant a violé ses obligations en n'indiquant pas les modifications intervenues dans l'évaluation des provisions et notamment l'abattement de 10%. Il était donc arbitraire, pour ce motif également, d'invoquer une violation fautive de ses obligations de réviseur par le recourant.
5.5.2 L'arrêt de la cour de céans du 23 avril 2010 ne retient pas que la cour cantonale aurait violé l'art. 447 al. 2 aCPP/VD en considérant qu'une nouvelle méthode de provisionnement avait été adoptée en 1997 et le recourant ne peut dès lors revenir sur cette question (cf. supra consid. 4). Cela étant, la distinction n'est pas claire et la cour cantonale n'explique pas sur quelle règle elle se fonde pour affirmer qu'une réserve n'était pas nécessaire en cas de changement de paramètre, mais qu'elle l'était en cas de changement de méthode. La cour cantonale a en outre indiqué aux termes de son arrêt du 29 avril 2009 qu'à l'époque des faits, le principe de continuité n'exigeait pas l'exposé des méthodes d'évaluation dans l'annexe aux comptes annuels et que ce n'est que depuis le 1er janvier 2008 que l'<ref-law> prévoit que ladite annexe doit contenir des indications sur la réalisation d'un éventuel risque (consid. B/II/b/1.4.2 p. 48). Le réviseur doit par ailleurs s'assurer que les comptes annuels respectent les principes comptables applicables et en attester, mais il n'a pas à fournir d'explications sur des points qui ne doivent pas figurer dans les comptes. En outre, la cour cantonale qui n'avait pas retenu la violation du principe de clarté invoquée par le Ministère public concernant les comptes et le rapport annuel 1997 (cf. arrêt du 29 avril 2009 consid. B/II/e p. 55 ss; consid. B/II/f/1.1 p. 57) ne peut retenir le contraire aux termes de son arrêt du 4 septembre 2010. Il n'est dès lors pas clairement établi que le recourant a violé ses obligations en n'indiquant pas les modifications intervenues dans l'évaluation des provisions et notamment l'abattement de 10%. Il était donc arbitraire, pour ce motif également, d'invoquer une violation fautive de ses obligations de réviseur par le recourant.
5.6 5.6.1 Le recourant conteste enfin l'existence d'un lien de causalité entre son comportement et l'ouverture et la poursuite de la procédure pénale. Il fait valoir que l'enquête n'avait été ni ouverte ni compliquée par son comportement, mais résultait du rapport A._ qui, selon le jugement de première instance, avait servi de base, puis de fil conducteur aux travaux du magistrat instructeur. Il critique ainsi la décision cantonale en tant qu'elle retient que l'enquête pénale avait été ouverte à la suite d'un rapport de B._ de janvier et avril 2002 qui avait démontré ses manquements.
5.6.2 Ledit rapport révèle un important besoin de provisions au 31 décembre 2001 pour des crédits antérieurs à 1997. Un tel constat ne permettait toutefois pas encore à la cour cantonale d'en déduire que le recourant avait manqué à ses obligations ou commis des infractions pénales en 1996 ou 1997. Les faits tels qu'ils ont été constatés n'indiquent d'aucune manière que le rapport précité ferait naître un quelconque soupçon que le recourant aurait fautivement manqué à ses devoirs.
Il ressort bien plus de l'état de fait cantonal auquel le recourant se réfère que la Banque cantonale vaudoise et l'Etat de Vaud ont décidé en novembre 2002 de mettre en ?uvre un "expert neutre", soit A._, qui avait pour mission d'identifier les éventuelles responsabilités personnelles, pénales ou administratives qui pourraient être engagées dans le cadre des difficultés financières rencontrées par la banque. Ce dernier avait ainsi déposé des conclusions le 28 janvier 2003 et un rapport le 16 mai suivant. Selon le jugement du 29 février 2008, ce rapport avait servi de base, puis de fil directeur aux travaux du magistrat instructeur. Des critiques avaient été adressées à l'encontre de celui-ci, relatives notamment à ses conclusions et à l'usage qu'en ont fait les organes d'instruction pénales. Celles-ci étaient largement justifiées s'agissant d'un travail exécuté dans un très bref laps de temps, sur mandat privé, de surcroît confié par les parties civiles, et de l'autorité que lui avait conférée le magistrat instructeur dans l'action publique, sans lui opposer une quelconque contradiction (jugement du 29 février 2008 p. 92). Il est également rappelé que la Banque cantonale vaudoise et l'Etat de Vaud, qui s'étaient dans un premier temps constitués partie civile les 25 novembre et 6 décembre 2002 - la procédure ayant été formellement ouverte à la suite de la plainte d'un particulier le 8 novembre 2002 - ont déposé plainte pénale un jour, respectivement, trois jours après le dépôt des conclusions de l'expert qu'ils avaient mandaté. Il apparaît ainsi, comme le relève le recourant, que c'est le rapport de A._, à l'exclusion de celui de B._, qui a influé sur le cours de la procédure pénale et que les autorités sont intervenues à la suite de l'analyse rapide de la situation résultant de celui-ci. Il était dès lors arbitraire de justifier le lien de causalité entre les manquements invoqués du recourant et l'ouverture de la procédure pénale par les constats figurant dans le rapport de B._.
5.7 Il s'ensuit qu'en l'absence de manquement civil clairement établi et d'un lien de causalité entre ceux invoqués par l'autorité cantonale et l'ouverture et la poursuite de l'instruction dirigée contre le recourant, la mise à la charge de celui-ci d'une partie des frais, malgré son acquittement, n'est pas conforme aux exigences constitutionnelles et conventionnelles rappelées ci-dessus (cf. supra consid. 5.1) et que la décision entreprise est arbitraire dans son résultat également. Le recours doit donc être admis, dans la mesure où il est recevable, et l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il met une partie des frais de la cause à la charge de X._.
B. Recours de Y._
6. 6.1 Y._ se plaint, dans un premier moyen, d'une violation du principe accusatoire (art. 6 par. 3 lit. a CEDH et 32 al. 2 Cst.) et de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Il soutient qu'ainsi qu'il l'a déjà relevé tout au long de la procédure, son droit à la notification des charges n'a pas été respecté. L'ordonnance de renvoi en particulier ne permettait pas de discerner à satisfaction de droit la cause de l'accusation portée à son encontre. De plus, les reproches qui lui sont adressés dans l'arrêt entrepris le sont pour la première fois et il n'a jamais été entendu à leur propos.
6.2 A l'appui de son recours contre l'arrêt de la Cour de cassation vaudoise du 29 avril 2009, le recourant a fait valoir trois griefs (cf. n. 9 p. 3), soit un établissement inexact des faits selon l'<ref-law>, une application arbitraire de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD ainsi qu'une violation de la présomption d'innocence (art. 6 par. 2 CEDH et 32 Cst.) et l'application arbitraire de l'art. 158 aCPP/VD. Les parties ne peuvent plus faire valoir, dans un nouveau recours de droit fédéral contre la nouvelle décision, des moyens que le Tribunal fédéral n'avait pas eu à examiner, les parties ayant omis de les invoquer dans la première procédure de recours, alors qu'elles pouvaient - et devaient - le faire (<ref-ruling> consid. 2 p. 95/96; arrêt 6B_27/2011 du 5 août 2011 consid. 1.2). Le recourant n'est donc pas recevable à invoquer dans son nouveau recours devant la cour de céans une violation du principe accusatoire qu'il n'avait pas précédemment invoquée.
Le recourant a par ailleurs eu l'occasion de faire valoir sa position sur ses éventuels manquements civils aux termes du mémoire qu'il a adressé à la Cour de cassation du Tribunal cantonal vaudois le 5 juillet 2010, à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral du 23 avril 2010. Son droit d'être entendu n'a dès lors pas été violé.
7. 7.1 Y._ fait valoir la violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire dans l'application de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD. Selon lui, il est inexact de retenir qu'il a été informé du problème de provisions, qu'il a néanmoins encouragé l'adoption d'une nouvelle méthode de provisionnement et d'un risque technique inférieur de 10% à celui retenu par la banque et qu'il a contribué à l'information tronquée donnée aux organes et aux actionnaires.
7.2 Le recourant avait déjà soulevé, sans succès, le grief invoqué dans son premier recours contre l'arrêt cantonal du 29 avril 2009 (cf. arrêt 6B_1008/2009 du 23 avril 2010 consid. 1.5). La violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire dans l'application de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD qu'il invoque aux termes de son nouveau recours est donc irrecevable (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 208; cf. supra consid. 4).
8. Le recourant invoque la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'application de l'art. 158 aCPP/VD.
8.1 A l'appui de son grief, le recourant fait d'abord valoir que sa condamnation repose sur un état de fait inexact. Le grief de violation de l'art. 447 al. 2 aCPP/VD qu'il a soulevé ayant été déclaré irrecevable, une violation de l'art. 158 aCPP/VD ne saurait être retenue pour ce motif.
8.2 Il conteste ensuite l'existence de manquements à ses obligations et d'un lien de causalité entre ses agissements et l'ouverture et la poursuite de la procédure pénale. L'autorité cantonale a imputé les mêmes violations de leurs obligations aux deux recourants et considéré qu'elles présentaient un lien de causalité avec l'ouverture et le déroulement de la procédure pénale pour les mêmes motifs (cf. arrêt du 4 septembre 2010 consid. 3.3 et 4). Il peut dès lors être renvoyé sur ces questions aux développements relatifs au recours de X._ (cf. supra consid. 5.3 à 5.6), qui sont intégralement applicables à celui de Y._. Il doit dès lors également être admis concernant ce dernier qu'il était arbitraire de retenir qu'il a violé ses obligations et que ses manquements sont en relation de causalité avec l'ouverture et la poursuite de la procédure pénale.
Le recours doit donc être admis, dans la mesure où il est recevable, et l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il met une partie des frais de la cause à la charge de Y._.
C. Frais
9. Les recourants obtiennent gain de cause. Ils ne supportent pas de frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu non plus de mettre une part des frais à la charge du canton de Vaud, représenté par son Ministère public (<ref-law>). Le canton de Vaud versera aux recourants une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 6B_99/2011 et 6B_100/2011 sont jointes.
2. Les recours sont admis dans la mesure où ils sont recevables. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il met une partie des frais de la cause à la charge de X._ et Y._.
3. Il n'est pas perçu de frais de justice.
4. Le canton de Vaud versera une indemnité de dépens de 3'000 francs à X._.
5. Le canton de Vaud versera une indemnité de dépens de 3'000 francs à Y._.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 13 septembre 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben