A.- P._, gère la boutique de prêt-à-porter dont elle est propriétaire à Renens. A ce titre, elle est affiliée à la Caisse-maladie suisse pour les industries du bois et du bâtiment et branches annexes (ci-après : la caisse) pour l'assurance collective d'une indemnité journalière en cas de maladie et d'accident, depuis le 1er juillet 1998.
Dès le 19 avril 1999, son médecin traitant, le docteur A._, a attesté une incapacité de travail de 50 % pour cause de maladie. Dans un certificat du 26 mai 1999, il a justifié cette incapacité de travail de durée indéterminée, notamment par le diagnostic de fibromyalgie, confirmé par le docteur B._, spécialiste des maladies rhumatismales, dans un rapport du 23 mars 1999.
A la demande de la caisse, l'assurée a été examinée par le docteur C._, spécialiste FMH en médecine interne et rhumatologie. Dans un rapport du 10 septembre 1999, ce praticien a exclu le diagnostic de fibromyalgie, retenant pour sa part l'existence d'un trouble somatoforme douloureux persistant chez une assurée ne présentant ni état dépressif ni trouble de la personnalité et il a préconisé une reprise du travail à 75 % durant 60 jours, puis à 100 %.
Par décision du 3 novembre 1999, la caisse a déclaré l'assurée médicalement apte à reprendre son activité professionnelle à 75 % dès le 8 novembre 1999 et à 100 % à partir du 7 janvier 2000 et elle a réduit dans la mesure correspondante, puis supprimé les indemnités journalières.
Le 11 novembre 1999, le docteur A._ a encore informé la caisse qu'à son avis une reprise de l'activité professionnelle devait intervenir par paliers successifs et lui a transmis un nouveau rapport émanant du docteur B._, du 27 octobre 1999, au terme duquel ce médecin proposait une reprise du travail à 60 % dans un premier temps, puis, progressivement, à 100 %, sans toutefois quantifier plus précisément cette progression.
Le 15 novembre 1999, l'assurée a fait opposition à la décision de la caisse du 3 novembre 1999.
Dans le cadre de la procédure d'opposition, l'assurée a produit un nouveau rapport du docteur B._, du 27 décembre 1999. Ce médecin indiquait une fois encore que, selon lui, la recourante ne pouvait reprendre son activité à plus de 60 % et suggérait une consultation psychiatrique.
A la demande de la caisse, l'assurée a été examinée par le docteur D._, psychiatre FMH, qui a conclu, dans un rapport du 6 mars 2000, à l'absence de tout trouble d'ordre psychique ou psychiatrique et, de ce point de vue, à une capacité de travail pleine et entière.
Par décision sur opposition du 5 avril 2000, la caisse a confirmé sa décision du 3 novembre 1999.
B.- P._ a recouru contre cette décision sur opposition devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud. Par jugement du 13 novembre 2000, ce dernier l'a déboutée.
C.- L'assurée interjette recours de droit administratif contre ce jugement. Elle conclut à son annulation, au paiement par la caisse de 22 135 fr. 70 plus intérêts à 5 % l'an, correspondant aux indemnités journalières échues du 8 novembre 1999 au 28 février 2001 et à ce que la caisse soit tenue de poursuivre le versement des indemnités journalières dès cette date.
La caisse a conclu au rejet du recours.
L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.- La recourante soulève tout d'abord deux moyens de nature formelle qu'il convient d'examiner d'entrée de cause (<ref-ruling> consid. 2).
a) Elle reproche ainsi au Tribunal des assurances de ne pas l'avoir informée de son droit à l'assistance d'un conseil d'office malgré la précarité de sa situation financière.
A cet égard, contrairement à ce que paraît soutenir la recourante, on ne saurait déduire ni de la lettre, ni du sens de l'art. 87 let. f LAMal une telle obligation de renseigner, laquelle ne pourrait se fonder que sur le droit cantonal.
Au demeurant, la recourante n'a pas présenté de requête tendant à l'octroi de l'assistance judiciaire et, en particulier, à la désignation d'un conseil d'office. Le moyen est infondé.
b) Par un second moyen, la recourante soutient qu'en ne lui notifiant le jugement du 13 novembre 2000 que le 30 janvier 2001, les juges cantonaux n'ont pas satisfait aux réquisits d'une procédure simple et rapide.
On ne discerne cependant pas quelle conséquence la recourante, qui avait reçu le jugement entrepris au moment du dépôt de son recours de droit administratif, entend déduire en sa faveur de cette circonstance. Pour le surplus, on relèvera que la durée de la procédure, évaluée globalement (cf. <ref-ruling> consid. 2c), du dépôt du recours, le 12 avril 2000, à la notification du jugement, le 30 janvier 2001, demeure, compte tenu du double échange d'écritures intervenu, dans les limites d'une procédure rapide au sens de l'<ref-law>. Le moyen est également infondé.
2.- a) Il s'agit de déterminer la capacité de travail de la recourante à partir du 8 novembre 1999, en relation avec son droit à des indemnités journalières depuis cette date.
b) Le jugement entrepris expose les dispositions légales ainsi que la jurisprudence applicables aux prestations de l'assurance facultative d'indemnités journalières selon la LAMal, si bien qu'il suffit d'y renvoyer. Il convient cependant d'ajouter que l'assureur a la possibilité, en vertu d'une disposition statutaire ou contractuelle, d'allouer une indemnité journalière déjà à partir d'une incapacité de travail de 25 pour cent au moins (Eugster, in :
Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Krankenversicherung, ch. 369). Les conditions particulières de l'assurance collective de la recourante envisagent une telle éventualité, mais pour une durée de 60 jours au maximum et seulement à la suite d'une incapacité de travail de 50 pour cent au moins (art. 8).
3.- a) En substance, la recourante fait grief aux premiers juges de s'être essentiellement fondés sur l'appréciation de son incapacité de travail par le docteur C._ et d'avoir insuffisamment tenu compte de ses critiques relatives à ce rapport médical, ainsi que de l'avis de son médecin traitant et de certaines pièces qu'elle a produites. Elle soutient par ailleurs qu'un expert neutre aurait dû être désigné et que son incapacité de travail n'est, en réalité, pas inférieure à 50 %.
b) On ne saurait pourtant reprocher aux premiers juges de n'avoir pas retenu l'évaluation plus favorable du docteur A._. Le certificat établi par ce médecin le 26 mai 1999 se limite en effet à une estimation chiffrée en pour cent de l'incapacité de travail, exclusivement justifiée par l'énoncé du diagnostic, sans données anamnestiques ni motivation substantielle. Il ne répond dès lors pas aux exigences posées par la jurisprudence pour lui conférer une pleine valeur probante (<ref-ruling> consid. 3a et les références).
Il convient également de relever que la demande de prestations de l'assurance-invalidité, du 11 avril 2000, produite par la recourante en première instance n'apporte, elle non plus, aucun élément pertinent pour l'évaluation de sa capacité de travail. Cette pièce atteste tout au plus des démarches entreprises par la recourante auprès de cette institution mais ne fournit aucune donnée fiable en relation avec son état de santé et sa capacité de travail.
c) Pour le surplus, la documentation médicale qui figure au dossier renferme des renseignements suffisants sur l'état de santé de la recourante, si bien qu'on ne saurait non plus reprocher aux premiers juges de n'avoir pas ordonné l'expertise judiciaire requise par cette dernière.
Force est en effet de constater que mêmes si leurs diagnostics divergent, les deux rhumatologues consultés aboutissent en réalité à des évaluations relativement proches de la capacité de travail de la recourante, à court terme (respectivement 60 % et 75 %). Le docteur B._ préconise certes le maintien d'une incapacité partielle de travail au-delà des 60 jours prescrits par le docteur C._. Ce point est cependant sans pertinence pour la solution du présent litige. En effet, compte tenu de la réglementation de l'assurance d'indemnités journalières dont bénéficie la recourante, la caisse ne peut être tenue de verser des prestations en cas d'incapacité de travail inférieure à 50 % au-delà 60 jours (art. 8 des conditions particulières de l'assurance d'une indemnité journalière).
Cette circonstance, ainsi que le peu d'écart entre les évaluations des deux spécialistes (15 %) justifiaient qu'on renonçât, pour des motifs d'économie de procédure, à une expertise judiciaire.
Cela étant, il convient de relever que le diagnostic de trouble somatoforme douloureux persistant - soit un diagnostic psychiatrique (VSI 2000, p. 160 consid. 4b) - posé par le docteur C._ n'a trouvé aucun écho dans le rapport de consilium psychiatrique du docteur D._; ce dernier ne remet pas en cause le diagnostic de fibromyalgie. D'un autre côté, il faut reconnaître aux rapports du docteur B._ le mérite d'avoir été rédigés à la suite de plusieurs consultations. Celles-ci ont permis à ce rhumatologue, qui ne fait par ailleurs montre d'aucune complaisance, d'apprécier à plusieurs reprises la capacité de travail de la recourante, en relation avec une symptomatologie douloureuse qu'il décrit comme très fluctuante (rapport du 27 octobre 1999), en particulier, après une première augmentation du temps de travail (rapport du 27 décembre 1999). Ce médecin s'est, enfin, déterminé de manière convaincante sur le rapport du docteur C._.
Il paraît ainsi justifié de suivre les conclusions du docteur B._ et d'admettre que la recourante subissait à la fin de l'année 1999 une incapacité de travail de 40 %, supérieure de 15 % à celle retenue par l'intimée et les premiers juges.
4.- Le recours interjeté par P._ doit en conséquence être partiellement admis et l'intimée condamnée à lui verser un montant correspondant à 15 % de l'indemnité journalière entière pour une durée de 60 jours civils, sans intérêts (<ref-ruling> consid. 3 et les références).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est partiellement admis. Le jugement du
Tribunal des assurances du canton de Vaud, du 13 novembre
2000 ainsi que la décision sur opposition
rendue par la Caisse-maladie suisse pour les industries
du bois et du bâtiment et branches annexes le
5 avril 2000 sont réformés en ce sens que la caisse
est tenue de verser à P._ un montant
correspondant à 15 % de l'indemnité journalière
entière pour une durée de 60 jours civils, sans
intérêts.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 16 août 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIIe Chambre :
Le Greffier :