Sachverhalt:
A. Die Steuerverwaltung des Kantons Glarus stellte mit Verfügung vom 30. April 2008 fest, dass Z._ für das Jahr 2008 Anspruch auf einen Prämienverbilligungsbeitrag an die Krankenpflege-Grundversicherung von Fr. 956.- habe. Gleichzeitig hielt sie fest, der genannte Betrag werde in Anwendung von Art. 31 des Einführungsgesetzes des Kantons Glarus zum Bundesgesetz über die Krankenversicherung vom 7. Mai 2006 (EG KVG; VIII GS D/21/1) mit laufenden oder noch geschuldeten Steuern verrechnet. Z._ erhob dagegen Einsprache, mit welcher er einzig die Verrechnung des Beitrages mit Steuerforderungen rügte. Die kantonale Steuerverwaltung wies die Einsprache mit Entscheid vom 30. Juni 2008 ab. Zur Begründung führte sie an, die anspruchsberechtigte Person könne die Auszahlung der Prämienverbilligung verlangen, wenn sie nachweise, dass sie die Krankenkassenprämien bis zum Antrag lückenlos bezahlt habe. Da der Leistungsansprecher diesen Nachweis nicht erbracht habe, sei die vorgenommene Verrechnung mit Steuerforderungen rechtens.
B. Mit Entscheid vom 28. Januar 2009 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus die von Z._ dagegen erhobene Beschwerde gut, stellte fest, dass Art. 31 Abs. 1 und 2 EG KVG bundesrechtswidrig sei, hob den genannten Einspracheentscheid auf und wies die Steuerverwaltung an, den Prämienverbilligungsbeitrag von Fr. 956.- an Z._ auszubezahlen bzw. zu überweisen.
C. Mit Eingabe vom 27. Februar 2009 erhebt der Kanton Glarus, handelnd durch den Regierungsrat, beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, mit welcher die Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts beantragt und darum ersucht wird, den Einspracheentscheid vom 30. Juni 2008 zu bestätigen, eventualiter die Sache an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen, und festzustellen, dass Art. 31 Abs. 1 und 2 EG KVG in der von der Landsgemeinde am 6. Mai 2007 beschlossenen Fassung nicht gegen Bundesrecht verstosse. Zudem wird um Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ersucht.
Das Verwaltungsgericht wie auch Z._ beantragen, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sie abzuweisen. Das Bundesamt für Gesundheit (BAG) liess sich in abweisendem Sinne vernehmen.
D. Am 15. Oktober 2009 hiess der Präsident der I. sozialrechtlichen Abteilung das vom beschwerdeführenden Kanton Glarus gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung gut.
E. Am 15. April 2010 hat die I. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichts eine publikumsöffentliche Beratung durchgeführt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit eines Rechtsmittels von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 96; <ref-ruling> E. 1 S. 140). Der Beschwerdeführer hat seine Eingabe hinreichend zu begründen und in diesem Rahmen nötigenfalls auch darzulegen, dass und inwiefern er die gesetzlichen Legitimationsvoraussetzungen erfüllt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
2. 2.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>), die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt. Da Personen in bescheidenen wirtschaftlichen Verhältnissen gemäss Art. 10 ff. EG KVG ein Anspruch auf Prämienverbilligung zusteht, kommt <ref-law> nicht zur Anwendung (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 314).
2.2 Unter der Herrschaft des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG; BS 3 531) stand gegen letztinstanzliche kantonale Gerichtsentscheide, welche die Prämienverbilligung in der Krankenversicherung zum Gegenstand hatten, grundsätzlich die staatsrechtliche Beschwerde, nicht aber die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen (<ref-ruling>; GEBHARD EUGSTER, Krankenversicherung, in: Soziale Sicherheit, SBVR Bd. XIV, 2007, S. 764 Rz. 1071). Der Hinweis des Verwaltungsgerichts auf diese Rechtsprechung geht insofern fehl, als die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) unabhängig davon zulässig ist, ob sich der angefochtene Entscheid auf Bundesrecht oder auf kantonales Recht stützt (SVR 2008 KV Nr. 19 S. 71, 9C_549/2007 E. 1.1). Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können auch kantonale Erlasse angefochten werden (<ref-law>; HEINZ AEMISEGGER/KARIN SCHERRER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N. 23 ff. zu <ref-law>; HANSJÖRG SEILER, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 41 ff. zu <ref-law>). In Frage kommt hier nur noch die Beschwerde gegen den konkreten Einzelakt oder Entscheid. Mit dieser kann auch die Überprüfung des kantonalen Rechts auf dessen Bundesrechtskonformität hin verlangt werden (<ref-law>), wobei sich die konkrete Normenkontrolle auf die im Einzelfall zur Anwendung gelangende Norm beschränkt.
2.3 Der Entscheid des Verwaltungsgerichts kann daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden, falls der Kanton Glarus hiezu legitimiert ist, was nachstehend zu prüfen ist.
3. 3.1 Die Beschwerdebefugnis des Kantons Glarus lässt sich auf keine besondere Ermächtigungsnorm von <ref-law> abstützen, was von diesem zu Recht auch nicht geltend gemacht wird. Er ist weder Träger von speziellen, für Gemeinden und vergleichbare Körperschaften geschaffene Verfassungsgarantien (<ref-law>), noch ist er gestützt auf eine besondere bundesgesetzliche Norm, insbesondere im Bundesgesetz über die Krankenversicherung vom 18. März 1994 (KVG; SR 832.10) dazu ermächtigt, in vorliegender Angelegenheit ans Bundesgericht zu gelangen (<ref-law>). Der Kanton Glarus leitet denn auch seine Legitimation einzig aus dem allgemeinen Beschwerderecht von <ref-law> ab. Danach ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten befugt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
3. 3.1 Die Beschwerdebefugnis des Kantons Glarus lässt sich auf keine besondere Ermächtigungsnorm von <ref-law> abstützen, was von diesem zu Recht auch nicht geltend gemacht wird. Er ist weder Träger von speziellen, für Gemeinden und vergleichbare Körperschaften geschaffene Verfassungsgarantien (<ref-law>), noch ist er gestützt auf eine besondere bundesgesetzliche Norm, insbesondere im Bundesgesetz über die Krankenversicherung vom 18. März 1994 (KVG; SR 832.10) dazu ermächtigt, in vorliegender Angelegenheit ans Bundesgericht zu gelangen (<ref-law>). Der Kanton Glarus leitet denn auch seine Legitimation einzig aus dem allgemeinen Beschwerderecht von <ref-law> ab. Danach ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten befugt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
3.2 3.2.1 Die Regelung von <ref-law> knüpft im Wesentlichen an die bisherige Beschwerdelegitimation für die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a OG an (<ref-ruling> E. 2.3.3.1 S. 58). Sie ist zwar in erster Linie auf Privatpersonen zugeschnitten, doch kann sich auch das Gemeinwesen darauf stützen, falls es durch einen angefochtenen Entscheid gleich oder ähnlich wie ein Privater betroffen wird (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 406 mit Hinweisen). Dies war unter der bisherigen Rechtsordnung insbesondere bei Anordnungen der Fall, die sich auf das Finanz- oder Verwaltungsvermögen des Gemeinwesens auswirkten (<ref-ruling> E. 1.3 S. 62; <ref-ruling> E. 2a/aa S. 194).
3.2.2 Darüber hinaus anerkannte die Rechtsprechung die Beschwerdebefugnis des Gemeinwesens, wenn es durch die angefochtene Verfügung in seinen hoheitlichen Befugnissen berührt wurde, ein schutzwürdiges eigenes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hatte und in seiner Autonomie betroffen war (<ref-ruling> E. 1.3 S. 61; <ref-ruling> E. 3 a/bb S. 83), etwa als Gläubiger von Kausalabgaben (<ref-ruling> E. 2e S. 391), als Subventionsempfänger (<ref-ruling> E. 2b S. 383), als Inhaber von planungs- und baurechtlichen Kompetenzen (<ref-ruling> E. 1b S. 113) oder als Erbringer von Fürsorgeleistungen (Zbl 98/1997 S. 414 ff., 2P.240/1995).
3.2.3 Das allgemeine Interesse an einer korrekten und einheitlichen Rechtsanwendung verschaffte noch keine Beschwerdebefugnis im Sinne von Art. 103 lit. a OG (<ref-ruling> E. 2.3.3.2 S. 59; <ref-ruling> E. 3a/bb S. 83; <ref-ruling> E. 5a S. 116). An einem schutzwürdigen Interesse mangelte es, wenn es für die kantonale Behörde lediglich darum ging, die Wiederherstellung einer durch das Verwaltungsgericht aufgehobenen Verfügung zu erwirken (<ref-ruling> E. 1.3 S. 62; <ref-ruling> E. 1 S. 129). Das finanzielle Interesse des Staates reichte für sich alleine ebenfalls nicht aus (<ref-ruling> E. 1.3 S. 62).
3.2.4 Die Lehre (SEILER, a.a.O., N. 37 zu <ref-law>; BERNHARD WALDMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N. 38 zu <ref-law>) geht davon aus, dass die Legitimationsbefugnis der Gemeinwesen gegenüber der bisherigen Rechtsprechung zur Beschwerdelegitimation im Sinne von Art. 103 lit. a OG weder eingeschränkt noch ausgeweitet werden sollte und die bisherige Praxis daher weiterhin Anwendung findet. Einzelne Kommentatoren schliessen allerdings nicht aus, dass sich infolge der erweiterten Zulässigkeit der Einheitsbeschwerde gegenüber der Verwaltungsgerichtsbeschwerde eine Erweiterung der Legitimation ergeben kann (SEILER, a.a.O., N. 38 zu <ref-law>; ALAIN WURZBURGER, in: Commentaire de la LTF, 2009, N. 40 zu <ref-law>).
3.2.5 In der Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege war vorgesehen, die Kantonsregierungen für beschwerdeberechtigt zu erklären, wenn der Entscheid einer richterlichen letzten kantonalen Instanz oder die Beachtung desselben in gleichartigen Fällen für den Kanton bedeutende Mehrausgaben oder einen erheblichen Verlust an Einnahmen zur Folge hat (Art. 84 lit. d; BBl 2001 4330 f. Ziff. 4.1.3.3, 4502). Diesem Vorschlag wurde im Verlauf der parlamentarischen Arbeit keine Folge geleistet. Der Ständerat hat die Bestimmung auf Antrag der Rechtskommission gestrichen (AB 2003 S 909). Das Parlament ist diesem Beschluss diskussionslos gefolgt (AB 2004 N 1607; <ref-ruling> E. 2.3.3.3 S. 59; <ref-ruling> E. 2.4.3 S. 407). Dies führte das Bundesgericht zum Schluss, dass mit dem BGG die Legitimation der Kantone im Vergleich zur bisherigen Rechtslage grundsätzlich weder eingeschränkt noch ausgeweitet worden sei (<ref-ruling> E. 2.4.3 S. 408).
3.3 Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, er sei durch den vorinstanzlichen Entscheid auf die gleiche Art und Weise wie eine Privatperson in seinen rechtlichen und materiellen Verhältnissen betroffen. Seine Beschwerdelegitimation begründet er im Wesentlichen damit, dass der Kanton Glarus durch die Bezeichnung von Art. 31 EG KVG als bundesrechtswidrig in seiner hoheitlichen Befugnis beschnitten worden sei, die ihm richtig scheinende Regelung zu treffen. Weil der Entscheid des Verwaltungsgerichts über den beurteilten Einzelfall hinaus Auswirkungen zeige und ein Präjudiz für andere, gleich gelagerte Fälle darstelle, stünden bedeutsame politische und finanzielle Anliegen auf dem Spiel. Da schutzwürdige hoheitliche Interessen erheblich berührt würden, sei die Beschwerdelegitimation gemäss der neuesten bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling>) gegeben. Wie es sich damit verhält, ist nachstehend näher zu prüfen.
3.3.1 In SJ 2008 I S. 453 (1C_384/2007 E. 3.4) verneinte das Bundesgericht gestützt auf <ref-law> die Legitimation einer Gemeinde zur Beschwerde gegen einen kantonalen Erlass betreffend Verkehrszonen. Die Gemeinde hatte geltend gemacht, die kantonale Regelung behindere sie in ihrer Aufgabenwahrnehmung zum Unterhalt des Strassennetzes und damit in schutzwürdigen hoheitlichen Interessen. Dies verneinte das Bundesgericht, weil aufgrund der kantonalen Regelung der Gemeinde in diesem Bereich kein Entscheidungsspielraum zukomme und sich ihr Interesse daher auf das - grundsätzlich ungenügende - allgemeine Interesse an der richtigen Rechtsanwendung beschränke. Dieses Urteil ist in der Literatur als wenig überzeugend kritisiert worden (WURZBURGER, a.a.O., N. 40 zu <ref-law>). Unter Hinweis auf das obige Urteil führte das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 1.3 S. 47 aus, gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel seien öffentliche Gemeinwesen nur restriktiv zur Beschwerdeführung zugelassen. Hinsichtlich des von der Gemeinde angefochtenen kantonalen Erlasses über den interkommunalen Finanzausgleich stehe jedoch ausser Frage, dass dieser zentrale hoheitliche Interessen der Gemeinde berühre, weshalb ihr die Beschwerdelegitimation gestützt auf <ref-law> zustehe.
3.3.2 Im vom Beschwerdeführer erwähnten <ref-ruling>, der die Zulassung einer Psychotherapeutin zur selbständigen Berufsausübung gestützt auf das Binnenmarktgesetz betraf, hat das Bundesgericht das schutzwürdige Interesse des Kantons bejaht. Dabei hat es erwogen, einem Einzelentscheid könne eine erhöhte Tragweite zukommen, wenn er voraussichtlich als Präjudiz die Erteilung einer erheblichen Anzahl weiterer Bewilligungen nach sich ziehen werde. Durch das Risiko einer solchen Entwicklung würden schutzwürdige hoheitliche Interessen des Kantons dann in erheblicher Weise berührt, wenn die zu erteilende Bewilligung der geltenden kantonalen Gesetzgebung widerspreche und zugleich bedeutende gesundheitspolizeiliche und -politische Interessen auf dem Spiele stünden. Die Beschwerdelegitimation des Kantons sei daher insoweit zu bejahen, als es um die der streitigen Bewilligungserteilung zugrunde liegende allgemeine Würdigung des geltend gemachten binnenmarktrechtlichen Zulassungsanspruchs gehe, unter Ausklammerung der rein individuellen Aspekte des streitigen Einzelfalles (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 15). Mit diesem Urteil fand eine gewisse Ausweitung der Beschwerdebefugnis statt (WURZBURGER, a.a.O., N. 40 zu 89 BGG). Der Beschwerde führende Kanton war nicht in vermögensrechtlichen Interessen oder in spezifischen öffentlichen Sachanliegen betroffen wie in anderen Fällen, in denen die Legitimation bejaht wurde, sondern nur allgemein in seinen hoheitlichen Aufgaben beeinträchtigt. Im Urteil 2C_844/2008 vom 15. Mai 2009 (E. 2.2) wurde dieser Entscheid bestätigt.
3.3.3 Im Urteil 2C_440/2008 vom 10. November 2008 hielt das Bundesgericht fest, der Kanton sei als Gemeinwesen regelmässig noch nicht in einem relevanten Ausmass in schutzwürdigen hoheitlichen Interessen berührt, wenn ihn die kantonale Behörde in einem Einzelfall zur Erteilung einer streitigen Bewilligung verpflichte (in diesem Sinne auch: <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 47). Gleichzeitig liess es offen, ob der Kanton, welcher bis zur Schaffung einer vom Rechtsmittelentscheid geforderten gesetzlichen Grundlage generell daran gehindert wird, die bundesgesetzlich vorgesehene Bussenregelung durch das Arbeitsinspektorat ausüben zu lassen, in einem Masse in schutzwürdigen eigenen hoheitlichen Interessen beeinträchtigt werde, welches die Anerkennung eines Beschwerderechts nach <ref-law> zu rechtfertigen vermöge. In <ref-ruling> E. 2.3.3.4 S. 59 f. verneinte das Bundesgericht die Beschwerdebefugnis des Kantons gegen einen Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts betreffend Berechnung der kantonalen Ergänzungsleistungen, weil dieser nicht wie ein Privater betroffen sei und die wirtschaftliche Belastung, welche der Entscheid für den Kanton nach sich ziehen könne, nur das der Erfüllung jeder staatlichen Aufgabe innewohnende finanzielle Korrelat sei, das sich aus den kantonalrechtlichen Bestimmungen im Bereich der Sozialhilfe ergebe. In <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 387 wurde bestätigt, dass bloss allgemeine, mittelbare finanzielle Interessen nicht genügen und daher beispielsweise eine mögliche spätere Staatshaftung keine Legitimation begründet. Wie die vorstehenden Beispiele zeigen, hat sich mit Bezug auf die Beschwerdelegitimation von Gemeinwesen unter der Herrschaft des BGG bisher noch keine gefestigte Rechtsprechung etabliert (vgl. auch WURZBURGER, a.a.O., N. 40 zu <ref-law>).
3.3.4 Indem der angefochtene Entscheid den Kanton Glarus verpflichtet, die Zahlungsmodalitäten der Prämienverbilligung nach <ref-law> anders zu regeln, als es der kantonale Gesetzgeber tun wollte, kommt diesem eine über den Einzelfall hinausgehende Bedeutung zu. Wie in <ref-ruling> rügt der Beschwerde führende Kanton, die Auslegung des Bundesrechts durch das kantonale Verwaltungsgericht und damit die Feststellung, das kantonale Recht widerspreche dem Bundesrecht, sei falsch. Anders als in jenem Fall stehen hier jedoch unbestrittenermassen nicht gesundheitspolizeiliche und -politische, sondern vor allem finanzielle Interessen auf dem Spiel. Der Beschwerdeführer weist darauf hin, dass die Regelung von Art. 31 Abs. 1 und 2 EG KVG, welche die Auszahlung der Prämienverbilligungsbeiträge bzw. die Verrechnung derselben mit Steuerforderungen des Kantons vorsieht, im Bestreben gründet, finanzielle Verluste vom Gemeinwesen abzuwenden oder Mehrkosten zu verhindern. Sowohl in <ref-ruling> wie auch in der vorliegend zu beurteilenden Beschwerdesache geht es indessen um "bedeutsame" öffentliche Interessen des Kantons.
3.3.5 Mit Blick auf <ref-ruling> stellt sich zunächst die Frage, ob zwischen finanziellen und anderen öffentlichen Interessen zu unterscheiden ist. Wie der Beschwerde führende Kanton zutreffend festhält, sprechen gewichtige Gründe dafür, im Rahmen der Beurteilung der Beschwerdelegitimation eines Gemeinwesens bedeutende finanzielle Interessen den anderen öffentlichen Interessen gleichzusetzen. Ein sachlicher Unterschied, welcher es rechtfertigen würde, bedeutsame finanzielle Interessen und andere öffentliche Interessen in diesem Zusammenhang anders zu behandeln, liesse sich in der Tat nur schwer begründen. Die Tatsache, dass es im vorliegenden Fall um finanzielle Interessen des Kantons geht, ist aber insofern von Bedeutung, als das Bundesgericht mehrfach entschieden hat, dass finanzielle Interessen in der Regel keine besondere Betroffenheit des Gemeinwesens begründen. Hinsichtlich derartiger Interessen hat das Bundesgericht anhand der Materialien aufgezeigt, dass mit dem BGG die Legitimation der Kantone im Vergleich zur früheren Rechtslage grundsätzlich nicht ausgeweitet werden sollte (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.3.3 S. 59; <ref-ruling> E. 2.4.3 S. 407).
3.3.6 Indem <ref-ruling> ein schutzwürdiges Interesse des Kantons bejaht, wenn es - wie im vorliegend zu beurteilenden Fall - um die Prüfung geht, wie Bundesrecht auszulegen ist und ob das kantonale Recht dem so ausgelegten Bundesrecht widerspreche, steht dieser Entscheid mit der bisherigen Praxis in einem gewissen Widerspruch. Denn es wird damit eine generelle Beschwerdeberechtigung der Kantone begründet, wenn im Zusammenhang mit der Überprüfung der Bundesrechtskonformität eines kantonalen Erlasses und somit auch der Auslegung des Bundesrechts bedeutende allgemeine Interessen finanzieller oder anderer Natur auf dem Spiel stehen. Dieses Urteil setzt sich indessen in den Erwägungen weder mit den Präjudizien auseinander, die die Beschwerdelegitimation des Kantons - auch mit Blick auf die Gesetzesmaterialien - verneint haben (<ref-ruling>; <ref-ruling>), noch erfolgte eine nähere Befassung mit der Entstehungsgeschichte von <ref-law>. Dessen Tragweite ist daher nicht klar. Ob an der mit <ref-ruling> begründeten Rechtsprechung künftig festzuhalten ist, bleibt offen.
4. In materieller Hinsicht streitig und zu prüfen ist, ob Art. 31 Abs. 1 und 2 EG KVG, welche eine Verrechnung von Prämienverbilligungsbeiträgen mit Steuerschulden vorsieht, bundesrechtskonform ist.
4.1 Gemäss <ref-law> (in der seit 1. Januar 2001 in Kraft stehenden Fassung) gewähren die Kantone den Versicherten in bescheidenen wirtschaftlichen Verhältnissen Prämienverbilligungen (Abs. 1). Die Kantone sorgen dafür, dass bei der Überprüfung der Anspruchsvoraussetzungen, insbesondere auf Antrag der versicherten Person, die aktuellsten Einkommens- und Familienverhältnisse berücksichtigt werden. Nach der Feststellung der Bezugsberechtigung sorgen die Kantone zudem dafür, dass die Auszahlung der Prämienverbilligung so erfolgt, dass die anspruchsberechtigten Personen ihrer Prämienzahlungspflicht nicht vorschussweise nachkommen müssen (Abs. 3). Mit den Schlussbestimmungen der Änderung vom 24. März 2000 werden die Kantone verpflichtet, Ausführungsbestimmungen zu erlassen. Nach der Rechtsprechung geniessen die Kantone eine erhebliche Freiheit in der Ausgestaltung der Prämienverbilligung, indem sie autonom festlegen können, was unter "bescheidenen wirtschaftlichen Verhältnissen" zu verstehen ist. Deshalb stellen die von den Kantonen erlassenen Bestimmungen bezüglich der Prämienverbilligung in der Krankenversicherung grundsätzlich autonomes kantonales Ausführungsrecht zu Bundesrecht dar (<ref-ruling> E. 3 S. 315 mit Hinweisen).
4.2 Laut Art. 27 Abs. 1 EG KVG wird der Anspruch auf Prämienverbilligung grundsätzlich von Amtes wegen ermittelt und ausgerichtet. Nach Art. 31 Abs. 1 EG KVG (in der seit 1. Januar 2008 in Kraft stehenden Fassung) kann die anspruchsberechtigte Person die Auszahlung der vollen Prämienverbilligung an sich verlangen, wenn sie nachweist, dass sie der Zahlung der Prämien bis zum Zeitpunkt des Antrages auf Auszahlung der Prämienverbilligung lückenlos nachgekommen ist. Ein entsprechendes Gesuch ist mit den nötigen Belegen bei der zuständigen kantonalen Verwaltungsbehörde einzureichen. Im Regelungsbereich von Art. 21 (Personen, die wirtschaftliche Hilfe beziehen) und Art. 25 (Asylsuchende) erfolgt keine Auszahlung an die anspruchsberechtigten Personen. Der Regierungsrat regelt die Einzelheiten, namentlich bis zu welchem Zeitpunkt die Auszahlung der vollen Prämienverbilligung verlangt werden kann. Nach Art. 31 Abs. 2 EG KVG wird die Prämienverbilligung mit den geschuldeten Kantons- und Gemeindesteuern verrechnet, wenn die Auszahlung der vollen Prämienverbilligung nicht verlangt wird oder die Voraussetzungen dafür gemäss Absatz 1 nicht erfüllt sind. Gemäss Art. 4 lit. d EG KVG in Verbindung mit Art. 3 Abs. 1 der kantonalen Verordnung über die Prämienverbilligung (GS VII D/21/2; nachfolgend: RIPV) ist die kantonale Steuerverwaltung mit dem Vollzug der Prämienverbilligung betraut. Sie ist insbesondere zuständig für die Verrechnung der Prämienbeiträge mit den Kantons- und Gemeindesteuern bzw. die Auszahlung der Prämienbeiträge an die Berechtigten in besonderen Fällen (Art. 3 Abs. 2 lit. e RIPV).
5. 5.1 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass aufgrund von Art. 3 Abs. 2 lit. e RIPV die Verrechnung der Verbilligungsbeiträge mit Kantons- und Gemeindesteuern die Regel bilde und die Auszahlung an die Berechtigten bloss in "besonderen Fällen" erfolge. Dabei stelle die Voraussetzung gemäss Art. 31 Abs. 1 EG KVG, dass die Auszahlung an die versicherte Person von einer lückenlosen Prämienzahlung bis zum Zeitpunkt des Gesuchs abhänge, eine Bedingung dar, die mit dem vom Bundesgesetzgeber verfolgten Ziel der Prämienverbilligung kaum vereinbar sei. Zudem entspreche es nicht Sinn und Geist von <ref-law>, Steuerausstände oder den diesbezüglichen Inkassoaufwand zu reduzieren und die von Bund und Kanton bereitgestellten Mittel nicht direkt zur Prämienzahlung dem Versicherten oder zur Prämienreduktion dem Versicherer zuzuführen. Mit der Verrechnung mit Steuerforderungen könne überdies auch keine zweckmässige Verwendung der Beiträge sichergestellt werden.
5.2 Der Beschwerde führende Kanton Glarus macht im Wesentlichen geltend, die Umsetzung des Bundesrechts obliege nach <ref-law> den Kantonen. Der Bund habe im KVG nicht vorgeschrieben, welche Auszahlungssysteme im Rahmen der Prämienverbilligung möglich seien. Laut Botschaft vom 21. September 1998 betreffend den Bundesbeschluss über die Bundesbeiträge in der Krankenversicherung (BBl 1999 793 ff. Ziff. 242) sei es Sache eines jeden Kantons, den Kreis der Begünstigten, die Höhe, das Verfahren und den Auszahlungsmodus der Prämienverbilligung festzulegen. Der Kanton Glarus habe ein gemischtes System gewählt, indem die Prämienberechtigung von Amtes wegen mitgeteilt werde, die Auszahlung direkt an die Berechtigten jedoch beantragt werden müsse, wobei bei fehlendem Antrag eine Verrechnung mit geschuldeten Kantonssteuern erfolge. Weder verstosse dieses System gegen <ref-law>, noch bestehe eine Verpflichtung zur Barauszahlung an die Versicherten.
6. 6.1 Der Grundsatz der derogatorischen Kraft des Bundesrechts nach <ref-law> schliesst in Sachgebieten, welche die Bundesgesetzgebung abschliessend regelt, eine Rechtsetzung durch die Kantone aus. In Sachgebieten, die das Bundesrecht - wie bei der Prämienverbilligung - nicht abschliessend ordnet, dürfen Kantone nur solche Vorschriften erlassen, die nicht gegen Sinn und Geist des Bundesrechts verstossen und dessen Zweck nicht beeinträchtigen (ZBl 109/2008 S. 311, 2P.229/2006 E. 3). Die kantonalen Bestimmungen über die Prämienverbilligung müssen sich somit an Sinn und Geist des KVG halten und dürfen den mit der Prämienverbilligung angestrebten Zweck nicht vereiteln (<ref-ruling> E. 4a S. 349; EUGSTER, a.a.O., Rz. 1070 S. 763; URS CH. NEF, Die Prämienverbilligung in der Krankenversicherung, in: LAMal - KVG, Recueil de travaux en l'honneur de la société suisse de droit des assurances, 1997, S. 489).
6. 6.1 Der Grundsatz der derogatorischen Kraft des Bundesrechts nach <ref-law> schliesst in Sachgebieten, welche die Bundesgesetzgebung abschliessend regelt, eine Rechtsetzung durch die Kantone aus. In Sachgebieten, die das Bundesrecht - wie bei der Prämienverbilligung - nicht abschliessend ordnet, dürfen Kantone nur solche Vorschriften erlassen, die nicht gegen Sinn und Geist des Bundesrechts verstossen und dessen Zweck nicht beeinträchtigen (ZBl 109/2008 S. 311, 2P.229/2006 E. 3). Die kantonalen Bestimmungen über die Prämienverbilligung müssen sich somit an Sinn und Geist des KVG halten und dürfen den mit der Prämienverbilligung angestrebten Zweck nicht vereiteln (<ref-ruling> E. 4a S. 349; EUGSTER, a.a.O., Rz. 1070 S. 763; URS CH. NEF, Die Prämienverbilligung in der Krankenversicherung, in: LAMal - KVG, Recueil de travaux en l'honneur de la société suisse de droit des assurances, 1997, S. 489).
6.2 6.2.1 Die individuelle Prämienverbilligung zielt darauf ab, im System des KVG mit einer Einheitsprämie pro Versicherer ohne Berücksichtigung der finanziellen Leistungsfähigkeit der Versicherten, für Personen in bescheidenen Verhältnissen die wirtschaftliche Last der Krankenversicherungsprämien zu mildern. Sie ist damit ein Element der Solidarität zugunsten weniger bemittelter Bevölkerungsschichten (<ref-ruling> E. 3g/bb S. 347). Dabei entschied sich der Bundesgesetzgeber für eine föderalistische Ausgestaltung, indem er die Festlegung des zu erreichenden Sozialziels und die Ausgestaltung der Prämienverbilligung (Festlegung des Bezügerkreises, des Betrags, des Verfahrens und der Zahlungsmodalitäten) an die Kantone delegierte.
6.2.2 Wie der Beschwerdeführer zutreffend festhält, hat der Gesetzgeber den Kantonen im KVG die Auszahlungsmodalitäten der Prämienverbilligung nicht vorgeschrieben. In der Botschaft vom 6. November 1991 über die Revision der Krankenversicherung (BBl 1992 I 93 ff.) wird zur Prämienverbilligung durch die Kantone ausgeführt, wie das Modell in die Praxis umzusetzen sei, werde den Kantonen überlassen. In der Studie der Schweizerischen Vereinigung privater Kranken- und Unfallversicherer (PKU) sei ursprünglich vorgeschlagen worden, dass der Anspruch der Versicherten direkt von der Steuerschuld in Abzug gebracht werde. Die kantonalen Finanzdirektoren hätten seinerzeit gegen ein solches Vorgehen Bedenken geäussert. Die Kantone könnten ein von der Erhebung der Steuern losgelöstes System wählen. Es sei ihnen freigestellt, ob sie die Prämienverbilligung den Versicherten oder direkt den Versicherern ausbezahlen wollten (BBl 1992 I 198 Ziff. 3). In der bereits erwähnten Botschaft vom 21. September 1998 (BBl 1999 I 793 ff. Ziff. 242 f.) wurde festgehalten, es sei Sache eines jeden Kantons, den Kreis der Begünstigten, die Höhe, das Verfahren wie auch den Auszahlungsmodus für die Prämienverbilligung festzulegen. In der Regel erfolge die Auszahlung an den Versicherer, wobei die Berechtigten informiert würden. In Ausnahmefällen werde die Verbilligung den Berechtigten selbst entrichtet. Ein solches Verfahren werde jedoch von der überwiegenden Mehrzahl der Kantone mit dem Hinweis abgelehnt, die Gelder müssten zweckgebunden sein. In der Botschaft vom 26. Mai 2004 zur Änderung des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung (Prämienverbilligung) und zum Bundesbeschluss über die Bundesbeiträge in der Krankenversicherung (BBl 2004 4327 ff.) wird bestätigt, dass bezüglich der Zahlungsmodalitäten zwei Tendenzen hätten beobachtet werden können, wobei die Mehrzahl der Kantone die Subventionen direkt an die Versicherer ausrichte, während einige wenige Kantone den Prämienverbilligungsbetrag den Versicherten bezahlen würden (BBl 2004 4337 Ziff. 1.1.5).
6.2.3 Aufgrund der Ausführungen in den bundesrätlichen Botschaften schloss das Verwaltungsgericht, das vom Kanton Glarus gewählte System der Gutschrift zur Verrechnung mit Steuerforderungen sei nicht in Erwägung gezogen worden. Wie das BAG in seiner Vernehmlassung zutreffend festhält, bestehen gestützt auf die Gesetzesmaterialien darüber hinaus auch keine Hinweise darauf, dass das vom Kanton Glarus gewählte System der Gutschrift zur Verrechnung mit Steuerforderungen als bundesrechtswidrig zu betrachten wäre.
6.2.3 Aufgrund der Ausführungen in den bundesrätlichen Botschaften schloss das Verwaltungsgericht, das vom Kanton Glarus gewählte System der Gutschrift zur Verrechnung mit Steuerforderungen sei nicht in Erwägung gezogen worden. Wie das BAG in seiner Vernehmlassung zutreffend festhält, bestehen gestützt auf die Gesetzesmaterialien darüber hinaus auch keine Hinweise darauf, dass das vom Kanton Glarus gewählte System der Gutschrift zur Verrechnung mit Steuerforderungen als bundesrechtswidrig zu betrachten wäre.
6.3 6.3.1 Das Verwaltungsgericht geht davon aus, dass vor allem jene Versicherten, die aus finanziellen Gründen (in der Vergangenheit) die Prämien nicht bzw. nicht rechtzeitig bezahlen konnten, in den Genuss der Prämienverbilligung kommen würden. Dabei gehe es nicht an, die Verbilligungsbeiträge nur indirekt dem gesetzlichen Zweck der Prämienverbilligung zukommen zu lassen. Wenn dies zulässig sei, würden finanzielle Mittel für andere Zwecke der Anspruchsberechtigten verfügbar gemacht, deren anderweitige Verwendung nicht als missbräuchlich betrachtet werden könne.
6.3.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, zumindest in den Fällen, in welchen die Versicherten weder Krankenkassenprämien noch Steuern zahlen würden, obwohl sie weder Steuererlass genössen noch Sozialhilfeempfänger seien, könne der Aufwand des Staates bei Vorliegen von Verlustscheinen reduziert werden. Damit werde verhindert, dass Beiträge für die Krankenkassenprämien zuerst über die Prämienverbilligung und anschliessend auch noch im Rahmen eines Verlustscheins aufgewendet werden müssten, was eine sinnvolle und zweckgebundene Vollzugslösung darstelle.
6.3.3 Steuern sind grundsätzlich so lange geschuldet, als sie nicht erlassen werden. Ob die Erlassvoraussetzungen gegeben sind, wird in einem selbständigen Verfahren geprüft. Sind Steuerschulden zu begleichen und erfolgt die Tilgung durch Verrechnung, bleibt per Saldo das Vermögen der versicherten Person gleich, wie wenn ihr die Prämienverbilligung ausbezahlt würde. Der Unterschied besteht einzig darin, dass bei der Verrechnung die Passiven reduziert werden, während sich im Fall der Auszahlung die Aktiven erhöhen. Dies bestätigt auch der Beschwerde führende Kanton, wenn er festhält, die Prämien würden insofern ermässigt, indem den Berechtigten andere zwingende Kosten, nämlich die fälligen und zu begleichenden Steuern, abgenommen würden. Ein solches Vorgehen widerspricht grundsätzlich nicht dem Gesetzeszweck. Wie bereits oben anhand der Gesetzesmaterialien dargelegt (vgl. E. 6.2.2), lässt es das Bundesrecht zu, dass die Verbilligung bar an die Versicherten ausbezahlt wird. Damit akzeptiert der Bundesgesetzgeber, dass diese Beträge nicht für die Prämienzahlung, sondern allenfalls für anderweitige Auslagen verwendet werden. Wäre es ihm darum gegangen, nur die direkte Verwendung für die Prämienzahlung zu sichern, hätte er im KVG vorschreiben müssen, dass nur eine Auszahlung an den Versicherer zulässig sei. In diese Richtung zielt denn auch eine parlamentarische Initiative, welche mit einer Revision von <ref-law> die Kantone verpflichten will, die Prämienverbilligung direkt an die Versicherer auszurichten, um künftig zu verhindern, dass diejenigen Versicherten, denen die Prämienverbilligung direkt ausgerichtet wird, die Gelder für andere Zwecke einsetzen (vgl. Bericht der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates vom 28. August 2009 "Parlamentarische Initiative Artikel 64a KVG und unbezahlte Prämien" [09.425]). Dass bei einer Barauszahlung an die Versicherten die Verbilligungen zum Teil anderweitig verwendet werden, ist unbestritten. Der Unterschied zu einer Gutschrift mit Verrechnung der Steuerschulden besteht einzig darin, dass im einen Fall die Tilgung einer zum vornherein bestimmten Schuld erfolgt, während im andern Fall die versicherte Person selber entscheidet, welche Schulden sie tilgen will. Wenn mittels Verrechnung der Prämienverbilligung mit geschuldeten Kantons- und Gemeindesteuern der Missbrauchsgefahr nicht entgegengewirkt wird, kann - solange kein bestimmter Auszahlungsmodus bundesrechtlich vorgeschrieben ist - daraus allein nicht geschlossen werden, das vom Kanton Glarus gewählte System sei bundesrechtswidrig.
6.3.3 Steuern sind grundsätzlich so lange geschuldet, als sie nicht erlassen werden. Ob die Erlassvoraussetzungen gegeben sind, wird in einem selbständigen Verfahren geprüft. Sind Steuerschulden zu begleichen und erfolgt die Tilgung durch Verrechnung, bleibt per Saldo das Vermögen der versicherten Person gleich, wie wenn ihr die Prämienverbilligung ausbezahlt würde. Der Unterschied besteht einzig darin, dass bei der Verrechnung die Passiven reduziert werden, während sich im Fall der Auszahlung die Aktiven erhöhen. Dies bestätigt auch der Beschwerde führende Kanton, wenn er festhält, die Prämien würden insofern ermässigt, indem den Berechtigten andere zwingende Kosten, nämlich die fälligen und zu begleichenden Steuern, abgenommen würden. Ein solches Vorgehen widerspricht grundsätzlich nicht dem Gesetzeszweck. Wie bereits oben anhand der Gesetzesmaterialien dargelegt (vgl. E. 6.2.2), lässt es das Bundesrecht zu, dass die Verbilligung bar an die Versicherten ausbezahlt wird. Damit akzeptiert der Bundesgesetzgeber, dass diese Beträge nicht für die Prämienzahlung, sondern allenfalls für anderweitige Auslagen verwendet werden. Wäre es ihm darum gegangen, nur die direkte Verwendung für die Prämienzahlung zu sichern, hätte er im KVG vorschreiben müssen, dass nur eine Auszahlung an den Versicherer zulässig sei. In diese Richtung zielt denn auch eine parlamentarische Initiative, welche mit einer Revision von <ref-law> die Kantone verpflichten will, die Prämienverbilligung direkt an die Versicherer auszurichten, um künftig zu verhindern, dass diejenigen Versicherten, denen die Prämienverbilligung direkt ausgerichtet wird, die Gelder für andere Zwecke einsetzen (vgl. Bericht der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates vom 28. August 2009 "Parlamentarische Initiative Artikel 64a KVG und unbezahlte Prämien" [09.425]). Dass bei einer Barauszahlung an die Versicherten die Verbilligungen zum Teil anderweitig verwendet werden, ist unbestritten. Der Unterschied zu einer Gutschrift mit Verrechnung der Steuerschulden besteht einzig darin, dass im einen Fall die Tilgung einer zum vornherein bestimmten Schuld erfolgt, während im andern Fall die versicherte Person selber entscheidet, welche Schulden sie tilgen will. Wenn mittels Verrechnung der Prämienverbilligung mit geschuldeten Kantons- und Gemeindesteuern der Missbrauchsgefahr nicht entgegengewirkt wird, kann - solange kein bestimmter Auszahlungsmodus bundesrechtlich vorgeschrieben ist - daraus allein nicht geschlossen werden, das vom Kanton Glarus gewählte System sei bundesrechtswidrig.
6.4 6.4.1 Mit der Vorinstanz gilt es sodann auf den zwischen der Prämienverbilligung und der Prämienzahlungspflicht bestehenden engen Zusammenhang hinzuweisen, welcher in <ref-law> zum Ausdruck kommt, wonach die Auszahlung der Prämienverbilligung so zu erfolgen hat, dass die anspruchsberechtigten Personen ihrer Prämienzahlungspflicht nicht vorschussweise nachkommen müssen. Mit dem am 1. Januar 2006 in Kraft getretenen <ref-law> wurde zudem eine gesetzliche Grundlage für die Prämienzahlungspflicht geschaffen, und es wurden zugleich die Folgen des Verzugs verschärft (vgl. dazu Botschaft vom 26. Mai 2004, a.a.O., BBl 2004 4327 ff. Ziff. 3). Bezahlt die versicherte Person trotz Mahnung nicht und wurde im Betreibungsverfahren ein Fortsetzungsbegehren bereits gestellt, so schiebt der Versicherer nach dieser Bestimmung die Übernahme der Kosten für die Leistungen auf, bis die ausstehenden Prämien, Kostenbeteiligungen, Verzugszinse und Betreibungskosten vollständig bezahlt sind. Gleichzeitig benachrichtigt der Versicherer die für die Einhaltung der Versicherungspflicht zuständige kantonale Stelle über den Leistungsaufschub. Vorbehalten bleiben kantonale Vorschriften über eine Meldung an andere Stellen. Eine Person, die ihre Prämien nicht bezahlt, läuft Gefahr, dass ihr Versicherer die Übernahme der Kosten für ihre Leistungen aufschiebt, was sich auf die betroffenen Versicherten negativ auswirken kann, da für sie unter Umständen keine adäquate Gesundheitsversorgung mehr gewährleistet ist (vgl. den bereits erwähnten Bericht der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates vom 28. August 2009 "Parlamentarische Initiative Artikel 64a KVG und unbezahlte Prämien").
6.4.2 Der Beschwerde führende Kanton bestreitet nicht, dass beim System einer Verrechnung von Steuerschulden die Bestimmung von <ref-law> nicht eingehalten wird. Auch bleibt das Risiko eines Leistungsaufschubs, das mit der Prämienverbilligung verhindert werden soll, bestehen. In seiner Eingabe ans Bundesgericht bringt der Beschwerdeführer lediglich vor, die Verrechnung mit den geschuldeten Steuern werde nicht vorgenommen, wenn die berechtigte Person gemäss Art. 31 Abs. 1 EG KVG Antrag auf Auszahlung der Prämienverbilligung stellen könne und die Verrechnung mit Steuern somit auf freiwilliger Basis geschehe, was aber voraussetzt, dass die Prämien der Vorjahre lückenlos bezahlt wurden. Auch wenn die anspruchsberechtigte Person grundsätzlich die Auszahlung der vollen Prämienverbilligung an sich verlangen kann, knüpft der kantonale Gesetzgeber diese an Bedingungen, die von Versicherten in bescheidenen wirtschaftlichen Verhältnissen im Sinne von <ref-law> nicht einfach zu erfüllen sind. Denn wer offene Steuerschulden hat, kann oftmals auch die Krankenkassenprämien nicht lückenlos bezahlen und somit die Auszahlungsvoraussetzungen gemäss Art. 31 Abs. 1 EG KVG nicht erfüllen. Vor Vorinstanz hielt der Kanton zu diesem Punkt fest, <ref-law> bestimme zwar, dass die Bevorschussung so zu erfolgen habe, dass die anspruchsberechtigte Person ihrer Prämienzahlungspflicht nicht vorschussweise nachkommen müsse. Dies sei jedoch illusorisch und werde wohl von keinem Kanton eingehalten. Dieses Argument hilft dem Beschwerdeführer jedoch insofern nicht weiter, als es vorliegend nicht darum geht, andere Systeme zu würdigen.
6.4.3 Daraus ergibt sich, dass Art. 31 Abs. 1 und 2 EG KVG gegen die Zielsetzung des KVG und dabei namentlich gegen die Vorgabe von Art. 65 Ab. 3 Satz 2 KVG verstösst. Da die kantonalrechtlichen Bestimmungen mit der bundesgesetzlichen Regelung über die Prämienverbilligung nicht vereinbar sind, hat das kantonale Gericht sie zu Recht als bundesrechtswidrig erklärt.
7. Damit ist die Beschwerde als unbegründet abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Kanton Glarus, welcher in Verfolgung von Vermögensinteressen gehandelt hat, die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Glarus hat zudem den privaten Beschwerdegegner angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Hofer