Sachverhalt:
A. Anlässlich eines Vorfalls vom 12. Mai 2007 wurde X._ Opfer einer Auseinandersetzung, in deren Verlauf er durch Y._ verletzt wurde und einen Durchschuss am linken Oberschenkel erlitt. Er wurde im Kantonsspital Zürich ärztlich versorgt, nach rund einer Woche entlassen und zur regelmässigen Wundkontrolle durch den Hausarzt angehalten.
Rechtsanwalt Daniel Christe vertritt X._ als Offizialverteidiger unabhängig vom genannten Vorfall in einem gegen diesen geführten Strafverfahren, in dessen Verlauf am 15. Juni 2007 Untersuchungshaft angeordnet worden ist. Der Rechtsvertreter ersuchte die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich am 29. Juni 2007 um Bewilligung der unentgeltlichen Vertretung des Geschädigten X._ im Verfahren gegen Y._ als mutmasslichen Täter der genannten Schussverletzung. Die Staatsanwaltschaft IV unterbreitete dieses Ersuchen mit dem Antrag um Bewilligung der Präsidentin der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich.
Mit Verfügung vom 9. Juli 2007 wies die Präsidentin der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich das Ersuchen sowohl unter dem Gesichtswinkel von § 10 Abs. 5 der Zürcher Strafprozessordnung als auch nach <ref-law> ab. Sie hielt im Wesentlichen dafür, dass X._ in der Lage sei, seine Anträge für nicht bedeutenden Schadenersatz und für eine Genugtuung selber geltend zu machen.
B. Gegen diesen Entscheid hat X._ beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen erhoben und zur Hauptsache beantragt, es sei ihm unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides ein unentgeltlicher Rechtsbeistand zu bestellen. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Auf eine Vernehmlassung wurde sowohl von Seiten der Anklagekammer als auch von der Staatsanwaltschaft verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im vorliegenden Verfahren ist die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> zulässig. Die Verweigerung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes stellt einen Zwischenentscheid dar, der einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 131, 129 I 281 E. 1.1 S. 283) und demnach gemäss <ref-law> angefochten werden kann. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Im Zusammenhang mit der Schwere des Vorfalls und den sich daraus ergebenden Folgen rügt der Beschwerdeführer vorerst eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts im Sinne von <ref-law>. Er macht insbesondere geltend, die Nachwirkungen des Vorfalls seien nicht richtig festgehalten und im Hinblick auf die Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsvertreters bagatellisiert worden.
Im Gesuch des Rechtsvertreters vom 29. Juni 2007 wurde ausgeführt, dass der Beschwerdeführer Opfer eines schweren Verbrechens geworden sei und erhebliche Körperverletzungen erlitten habe; auch in psychischer Hinsicht mache ihm die Tat schwer zu schaffen. Im angefochtenen Entscheid hielt die Präsidentin der Anklagekammer fest, dass die Verletzungen nicht besonders schwer wögen und keine neuromuskulären Strukturen zeigten, dass keine bleibenden Schäden oder langanhaltenden Schmerzen bekannt seien und dass gesundheitliche oder psychische Schwierigkeiten nicht erwähnt würden.
Diese Ausführungen, die sich auf die der Präsidentin der Anklagekammer zur Verfügung stehenden Akten (Arztbericht bei Austritt aus dem Spital vom 18. Mai 2007, Befragung als Geschädigter vom 21. Mai 2007) stützen, verkennen, dass der Beschwerdeführer in der Zeugenbefragung vom 22. Juni 2007 und anlässlich der Hafteinvernahme vom 13. Juni 2007 wie auch in seinem Ersuchen sowohl körperliche Beschwerden als auch psychische Beeinträchtigungen zum Ausdruck brachte. Diesen Äusserungen, die sich auf den Ausgang des Verfahrens auswirken können, ist bei der nachfolgenden materiellen Beurteilung Rechnung zu tragen.
3. 3.1 Der Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand wird in erster Linie durch das kantonale Verfahrensrecht umschrieben. Dessen Anwendung wird im Verfahren vor Bundesgericht lediglich unter dem Gesichtswinkel der Willkür überprüft. Darüber hinaus gewährt <ref-law> jeder Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, einen Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand. Dabei handelt es sich um eine Minimalgarantie von Verfassung wegen, die im bundesgerichtlichen Verfahren frei überprüft wird (<ref-law>).
3.2 Nach <ref-law> wird einem Geschädigten auf Verlangen ein unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben, wenn es dessen Interessen und persönlichen Verhältnisse erfordern. Der Wortlaut bringt zum Ausdruck, dass die Verbeiständung für die Interessenwahrung erforderlich sein muss (vgl. Max Hauri, Die Bestellung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes für Geschädigte im Zürcher Strafprozess, Zürich 2002, S. 133 ff.). Vor diesem Hintergrund hat die Präsidentin der Anklagekammer im angefochtenen Urteil die interessen-, fall- und personenbezogenen Umstände berücksichtigt und ihren Entscheid aufgrund einer umfassenden Beurteilung der Umstände getroffen.
Der Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung nach <ref-law> besteht, soweit eine solche für die Wahrung der Rechte notwendig ist (und im Übrigen der Betroffene bedürftig ist und das Verfahren nicht als aussichtslos erscheint). Notwendigkeit bedeutet, dass der Betroffene, auf sich selbst gestellt, seine Sache nicht sachgerecht und hinreichend wirksam vertreten kann. Sie beurteilt sich aufgrund der Gesamtheit der konkreten Umstände; dazu zählen namentlich die Schwere der Betroffenheit, die tatsächlichen und rechtlichen Schwierigkeiten sowie die Fähigkeit, sich im Verfahren zurechtzufinden (vgl. <ref-ruling> E. 2.5.2 S. 232).
Vor diesem Hintergrund ist sowohl unter dem Gesichtswinkel von <ref-law> als auch nach <ref-law> vor dem Hintergrund der gesamten Umstände zu prüfen, ob der Beschwerdeführer für die Wahrung seiner Interessen als Geschädigter im Verfahren gegen Y._ auf eine Verbeiständung angewiesen ist.
3.3 In dem gegen Y._ geführten Strafverfahren wird der Beschwerdeführer als Geschädigter teilnehmen. In dieser Eigenschaft kann er insbesondere Ansprüche auf Schadenersatz und allenfalls Genugtuung stellen. Hierfür ist die rechtliche Qualifikation der Y._ vorgeworfenen Tat von untergeordneter Bedeutung.
Im Allgemeinen kann dem Geschädigten zugemutet werden, seine Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung ohne anwaltliche Vertretung geltend zu machen (vgl. <ref-ruling>; Hauri, a.a.O., S. 136 ff.). Der unmittelbar eingetretene Schaden kann im Normalfall leicht belegt werden, sei es durch eine Schätzung oder aber durch die Vorlage von Rechnungen für die Wiedergutmachung. Auch im Hinblick auf eine Genugtuung kann die erlittene Unbill vom Betroffenen üblicherweise ohne weitere Hilfe zum Ausdruck gebracht werden.
Aufgrund der konkreten Umstände ist dies auch im vorliegenden Fall anzunehmen. In Bezug auf den unmittelbar entstandenen Schaden können insbesondere Rechnungen für ärztliche Behandlungen und Belege für allfälligen Verdienstausfall und weitere Nachteile beigebracht werden. Hinsichtlich der erlittenen Verletzungen und der Folgen ist vom Bericht des Spitals vom 18. Mai 2007 und von der Befragung vom 21. Mai 2007 auszugehen, wonach vorerst keine Anhaltspunkte für Verletzungen neuromuskulärer Strukturen bestünden und es dem Beschwerdeführer den Umständen entsprechend gut gehe. In den nachfolgenden Befragungen vom 13. Juni und 22. Juni 2007 gab der Beschwerdeführer indessen an, dass es ihm schlecht gehe. Daraus kann geschlossen werden, dass ihn der Durchschuss stärker beeinträchtigt als vorerst angenommen worden ist. Diese Nachwirkungen konnte der Beschwerdeführer anlässlich der genannten Befragungen klar äussern und wird sie auch im Strafverfahren ohne weiteres zum Ausdruck bringen können. Es ist ihm zuzumuten, sich von einem Arzt behandeln und von diesem ein Zeugnis über allfällige Spätfolgen der Verletzung ausstellen zu lassen. Hierfür Beweis zu erbringen, steht ihm auch während der Untersuchungshaft zu. Gleichermassen kann der Beschwerdeführer seine erlittene Unbill zum Ausdruck bringen und zur Begründung einer Genugtuungsforderung darlegen, in welchem Ausmasse ihn die Auseinandersetzung vom 12. Mai 2007 belaste und verfolge.
Länger andauernde Untersuchungshaft kann die Wahrnehmung der Rechte beeinträchtigen (vgl. Arthur Haefliger, Alle Schweizer sind vor dem Gesetze gleich, Bern 1985, S. 174). Im vorliegenden Fall kann indes nicht gesagt werden, dass die Untersuchungshaft den Beschwerdeführer daran hindern würde, seine Ansprüche sachgerecht geltend zu machen. Wie dargetan, ist es ihm durchaus möglich, seine gesundheitliche Beeinträchtigung zum Ausdruck zu bringen und die hierfür erforderlichen Belege beizubringen sowie die seelische Unbill zu schildern.
In rechtlicher Hinsicht bietet die Geltendmachung von Schadenersatz- und Genugtuungsansprüchen im Normalfall keine besondern Schwierigkeiten. Dies kann dem Beschwerdeführer auch ohne Beihilfe eines Rechtsvertreters zugemutet werden. Daran vermag die angebliche unterdurchschnittliche Bildung grundsätzlich nichts zu ändern. Denn es darf mitberücksichtigt werden, dass die Behörden und Gerichte nach <ref-law> gehalten sind, die Persönlichkeitsrechte der Geschädigten in allen Abschnitten zu wahren und diese über ihre Rechte zu informieren (vgl. Hauri, a.a.O., S. 168).
Aus diesen Umständen ergibt sich, dass der Beschwerdeführer vor dem Hintergrund der zurzeit ersichtlichen Folgen der Verletzung für die Geltendmachung seiner Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung auf keine anwaltliche Vertretung angewiesen ist. Dies schliesst ein neues Ersuchen um Bewilligung eines Rechtsvertreters und eine künftige Neubeurteilung bei veränderten Umständen nicht aus. Dies fällt insbesondere in Betracht, wenn die Untersuchungshaft länger andauern sollte oder wenn sich im Laufe der Zeit schwerere Nachwirkungen der Verletzung sowohl in gesundheitlicher als auch in physischer Hinsicht zeigen sollten, die eine vertiefte Prüfung verlangen und die Geltendmachung von Schadenersatz und Genugtuung erschweren.
Gesamthaft ergibt sich daraus, dass der Beschwerdeführer zur Geltendmachung seiner Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche im Strafverfahren gegen Y._ zurzeit nicht auf einen unentgeltlichen Rechtsvertreter angewiesen ist. Damit erweisen sich die Rügen der willkürlichen Anwendung von <ref-law> und der Verletzung von <ref-law> als unbegründet.
4. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen. Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG ersucht. Angesichts der Bedürftigkeit des Beschwerdeführers und des Umstandes, dass die Beschwerde nicht von vornherein als aussichtslos bezeichnet werden kann, ist dem Begehren stattzugeben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Daniel Christe wird als amtlicher Rechtsvertreter bezeichnet und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV und dem Obergericht des Kantons Zürich, Präsidentin der Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. September 2007
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: