Rechtsverzögerung, hat sich ergeben:
A.- Am 24. Dezember 1998 erteilte der Gemeinderat Hergiswil D._ die nachträgliche Baubewilligung für eine bereits erstellte Palisadenwand auf der Parzelle GB Hergiswil Nr. 1'039. A.C._ und B.C._ erhoben dagegen am 11. Januar 1999 Beschwerde beim Regierungsrat des Kantons Nidwalden. Dieser hiess am 20. September 1999 die Beschwerde gut, hob die Baubewilligung auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an den Gemeinderat zurück. In den Erwägungen führte der Regierungsrat aus, der Gemeinderat habe zur Abklärung der materiellen Baurechtskonformität insbesondere die Höhe der Palisadenwand und deren Grenzabstand festzustellen.
Dieser Entscheid wurde rechtskräftig.
B.- Am 17. August 2000 erhoben A.C._ und B.C._ gegen den Gemeinderat Hergiswil Aufsichtsbeschwerde an den Regierungsrat gemäss § 111 Abs. 1 Ziff. 1 der kantonalen Verwaltungsrechtspflegeverordnung vom 8. Februar 1985 mit dem Antrag, der Gemeinderat sei zu verhalten, innert 30 Tagen die widerrechtlich erstellte Palisadenwand auf ihre materielle Baurechtskonformität zu prüfen und eine entsprechende Verfügung zu erlassen. Zu diesem Zweck sei insbesondere die Höhe der Palisadenwand und deren Grenzabstand festzustellen. Zudem sei der Gemeinderat Hergiswil zu verhalten, D._ innert 30 Tagen angemessen zu bestrafen.
Zur Begründung führten sie unter anderem aus, der Gemeinderat habe sich bisher geweigert, den regierungsrätlichen Beschluss vom 20. September 1999 korrekt zu vollziehen.
Der Regierungsrat wies die Beschwerde am 1. Mai 2001 ab. Er erwog, die Aufsichtsbeschwerde sei als Rechtsverzögerungsbeschwerde entgegenzunehmen. Die Dauer, die seit dem regierungsrätlichen Beschluss vom 20. September 1999 verstrichen sei, erscheine zwar für sich allein betrachtet überaus lang, doch sei der Vorwurf der Rechtsverzögerung in Anbetracht der konkreten Umstände haltlos. Zur Bestrafung von D._ sei der Gemeinderat nicht zuständig, weshalb die Beschwerde auch in diesem Punkt abzuweisen sei.
C.- A.C._ und B.C._ haben am 29. Mai 2001 staatsrechtliche Beschwerde erhoben mit dem Antrag, der Aufsichtsbeschwerdeentscheid vom 1. Mai 2001 sei aufzuheben und die Aufsichtsbeschwerde vom 17. August 2000 sei vollumfänglich gutzuheissen. Der Regierungsrat des Kantons Nidwalden beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat Hergiswil stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. A.C._ und B.C._ haben am 16. Juli 2001 (Postaufgabe) unaufgefordert eine weitere Stellungnahme eingereicht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts ist die staatsrechtliche Beschwerde unzulässig gegen Entscheide, mit denen eine Aufsichtsbeschwerde abgewiesen oder ihr keine weitere Folge gegeben wird (<ref-ruling> E. 1c S. 234; <ref-ruling> E. 2a S. 45, 87 E. 1a S. 90, je mit Hinweisen).
Zulässig ist hingegen eine Rechtsverzögerungsbeschwerde, sofern der Beschwerdeführer einen Anspruch darauf hat, dass die Behörde in seiner Sache entscheidet (Art. 29 Abs. 1 BV; <ref-ruling> E. 2a S. 238; Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl. , Bern 1994, S. 148 f.). Zulässig ist ebenso eine staatsrechtliche Beschwerde gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid über eine Rechtsverzögerungsbeschwerde.
b) Die "Aufsichtsbeschwerde" gemäss § 111 Abs. 1 Ziff. 1 der nidwaldnerischen Verwaltungsrechtspflegeverordnung kann erhoben werden gegen die unberechtigte Verweigerung oder Verzögerung einer Amtshandlung. Entgegen der Auffassung des Gemeinderats Hergiswil handelt es sich dabei nicht um eine eigentliche Aufsichtsbeschwerde, sondern um eine Rechtsverweigerungs- oder Rechtsverzögerungsbeschwerde.
Der Regierungsrat hat sie denn auch mit Recht als solche entgegengenommen. Die Beschwerdeführer waren im Baubewilligungsverfahren, welches zum Entscheid des Regierungsrats vom 20. September 1999 geführt hat, als Partei beteiligt. Sie haben als Nachbarn, die in jenem Verfahren eine Verletzung von baurechtlichen Bestimmungen über Höhe und Grenzabstand gerügt haben, ein rechtlich geschütztes Interesse daran, dass der Gemeinderat als Baubewilligungsbehörde innert angemessener Frist den vom Regierungsrat getroffenen Anweisungen nachkommt. Sie können daher staatsrechtliche Beschwerde erheben, soweit der Regierungsrat im angefochtenen Entscheid eine Rechtsverweigerung verneint hat.
c) Hingegen ist - vorbehältlich der hier nicht zur Diskussion stehenden Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über die Hilfe an Opfer von Straftaten (Opferhilfegesetz, OHG; SR 312. 5) - der durch eine angeblich strafbare Handlung Geschädigte nicht legitimiert zur staatsrechtlichen Beschwerde gegen die Nichteröffnung oder Einstellung eines Strafverfahrens, da der Strafanspruch nur dem Staat zusteht (<ref-ruling> E. 1b S. 255; <ref-ruling> E. 1a S. 102 und E. 2b S. 106, 157 E. 2a/aa S. 159 f. und E. 2c S. 161). Soweit die Beschwerdeführer rügen, der Gemeinderat Hergiswil wäre verpflichtet gewesen, D._ strafrechtlich anzuzeigen, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.- a) Rechtsverzögerung liegt vor, wenn eine Sache innert angemessener Frist nicht entschieden wird (Art. 29 Abs. 1 BV). Ob eine gegebene Verfahrensdauer als angemessen zu betrachten ist, muss im Hinblick auf die Natur und den Umfang des Rechtsstreites beurteilt werden (<ref-ruling> 1c S. 197). In Betracht zu ziehen ist auch, ob die Behörde oder der Beschwerdeführer durch sein Verhalten zur langen Verfahrensdauer beigetragen hat (<ref-ruling> E. 2a S. 191; <ref-ruling> E. 5b S. 325). Ein Verschulden der Behörde bzw.
der betreffenden Amtspersonen ist nicht erforderlich; Rechtsverzögerung kann auch vorliegen, wenn die Verzögerung auf Umstände zurückgeht, die nicht einzelnen Beamten anzulasten sind (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 165).
b) Vorliegend ist der Gemeinderat Hergiswil durch den Entscheid des Regierungsrates vom 20. September 1999 verpflichtet worden, nachzuprüfen, ob die bereits erstellte Palisadenwand dem materiellen Baurecht entspricht. Um dies festzustellen, war bloss erforderlich, die Höhe der bestehenden Wand und deren Abstand von der Parzellengrenze zu messen. Der Gemeinderat hat damit ein Vermessungsbüro beauftragt und dessen Aufnahme den Parteien zur Vernehmlassung zugestellt. Anschliessend hat er das Vermessungsbüro um Stellungnahme zu den Äusserungen der Parteien ersucht. Nach verzögertem Eingang dieser Stellungnahme hat der Gemeinderat D._ mit Schreiben vom 15. Mai 2000 aufgefordert, bis zum 31. Mai 2000 die Palisadenwand bis auf "die bewilligte Höhe, d.h. bis UK Fenstersturz" zu kürzen. Dieses Schreiben ist zwar innert vertretbarer Frist seit dem Regierungsratsbeschluss ergangen, insbesondere wenn die nicht dem Gemeinderat Hergiswil anzulastende Verzögerung durch das Vermessungsbüro berücksichtigt wird. Es stellt indessen nicht eine ordnungsgemässe neue Baubewilligung dar, zu deren Erlass der Gemeinderat Hergiswil durch den Regierungsratsbeschluss verpflichtet worden ist. Sowohl der Gemeinderat Hergiswil als auch der Regierungsrat gehen denn auch davon aus, dass bis zur Einreichung der Aufsichtsbeschwerde vom 17. August 2000 in der streitigen Angelegenheit nicht materiellrechtlich entschieden worden ist.
c) Der Regierungsrat vertritt im angefochtenen Entscheid die Auffassung, eine Bearbeitungsdauer von rund zehn Monaten sei zwar überaus lang, in Anbetracht der dokumentierten Bemühungen der Gemeinde aber noch keine Rechtsverzögerung.
Diese Beurteilung mag allenfalls noch angehen für die Zeit bis zum August 2000. Hingegen hat der Gemeinderat nicht nur bis zu diesem Zeitpunkt, sondern auch während des anschliessenden regierungsrätlichen Verfahrens nichts weiter unternommen. Er hat sich dabei auf § 78 der Verwaltungsrechtspflegeverordnung gestützt, wonach die Vorinstanz während des Rechtsmittelverfahrens ihren Entscheid weder ändern noch aufheben kann. Diese Auffassung war offensichtlich unzutreffend, da die Gemeinde ja gar keinen Entscheid gefällt hatte; es ist ein allgemeiner Grundsatz, dass das Einreichen einer Rechtsverzögerungsbeschwerde die Vorinstanz nicht daran hindert, den verlangten Entscheid zu treffen (was zur Gegenstandslosigkeit der Rechtsverzögerungsbeschwerde führt). Der Regierungsrat hat denn auch festgestellt, dass der Gemeinderat während der Rechtshängigkeit des Aufsichtsbeschwerdeverfahrens in der Hauptsache durchaus materiell hätte entscheiden können.
d) Insgesamt ist damit von September 1999 bis Mai 2001 die vom Regierungsrat in seinem ersten Entscheid vom 20. September 1999 angeordnete neue Beurteilung nicht ordnungsgemäss erfolgt. Diese Dauer ist für die Prüfung des äusserst einfachen Sachverhalts eindeutig zu lang. Die Beschwerdeführer müssen sich nicht gefallen lassen, dass eine formell und möglicherweise auch materiell baurechtswidrige Baute während über 18 Monaten nicht beurteilt und gegebenenfalls auf das zulässige Mass reduziert wird. Den Beschwerdeführern kann auch nicht vorgehalten werden, sie hätten durch ihre eigene Intervention die Länge des Verfahrens verursacht. Sie haben, nachdem ihnen am 20. Dezember 1999 der Aufnahmeplan des Vermessungsbüros zugestellt worden war, bereits am 30. Dezember 1999 eine Stellungnahme dazu abgegeben. Das war ihr gutes Recht und hat das Verfahren nicht übermässig verzögert.
e) Die Rechtsverzögerungsbeschwerde erweist sich damit, soweit auf sie eingetreten werden kann, als begründet, und der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Der Regierungsrat wird den Gemeinderat Hergiswil umgehend anzuweisen haben, eine baurechtliche Verfügung über die Palisadenwand zu erlassen.
3.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Verfahrenskosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Die Gemeinde Hergiswil hat den obsiegenden Beschwerdeführern die Parteikosten zu ersetzen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird, soweit darauf eingetreten werden kann, gutgeheissen, und der Entscheid des Regierungsrats des Kantons Nidwalden vom 1. Mai 2001 wird aufgehoben.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Die Gemeinde Hergiswil hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Gemeinderat Hergiswil sowie dem Regierungsrat des Kantons Nidwalden schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Juli 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: