Fatti:
A. Con decisione del 18 gennaio 2012 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, per il tramite della Sezione amministrativa del Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport, ha aperto nei confronti di L._, un procedimento amministrativo, immediatamente sospeso nell'attesa delle risultanze del procedimento penale avviato a carico di un suo collega docente e allenatore di nuoto per l'ipotesi di molestie e abusi sessuali commessi negli anni ottanta su ex allievi e nuotatori.
B. L._ si è aggravato al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino chiedendo in sostanza l'annullamento della risoluzione governativa. Con pronuncia del 26 luglio 2012 la Corte cantonale ha dichiarato inammissibile il ricorso, poiché il provvedimento litigioso doveva essere qualificato quale decisione incidentale non suscettibile di causare all'insorgente un pregiudizio irreparabile sia per quanto concerneva l'apertura del procedimento amministrativo, sia per quanto riguardava la sospensione dello stesso.
C. Patrocinato dall'avv. Mario Branda, L._ ha presentato ricorso in materia costituzionale al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, chiede di annullare il giudizio cantonale e di rinviare gli atti alla precedente istanza affinché si pronunci sul merito del gravame interposto contro la risoluzione governativa. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Il Consiglio di Stato propone la reiezione del gravame, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si riconferma nelle conclusioni del suo giudizio.
D. Con decreto dell'11 dicembre 2012 il Tribunale federale ha sospeso la procedura in corso fino ad evasione, da parte del Tribunale cantonale amministrativo, di una domanda di revisione parallelamente presentata dal ricorrente contro la pronuncia del 26 luglio 2012. La procedura è stata riattivata con decreto del 25 gennaio 2013, dopo che la Corte cantonale ha comunicato al Tribunale federale di aver respinto l'istanza.
E. Il 7 febbraio 2013 il Ministero pubblico ha emanato nei confronti del ricorrente un decreto di non luogo a procedere per titolo di favoreggiamento e complicità in atti sessuali con fanciulli. Su richiesta del Tribunale federale, il Consiglio di Stato ha comunicato di avere riattivato il 12 febbraio 2013 il procedimento controverso. Con scritto 8 aprile 2013, il ricorrente ha informato questa Corte di intendere mantenere il proprio ricorso, rivolto pure avverso l'apertura del procedimento amministrativo nei suoi confronti.

Diritto:
1. Con un ricorso sussidiario in materia costituzionale può essere censurata la violazione di diritti costituzionali (art. 116 LTF). Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti costituzionali soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura (art. 117 e 106 cpv. 2 LTF). Questo significa che egli deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi dell'impugnata pronuncia, in quale misura sarebbero stati violati diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 234).
2. Nell'evenienza concreta, il ricorrente lamenta una violazione del divieto d'arbitrio e del diritto al rispetto della dignità umana (art. 7 Cost.) nonché una lesione della garanzia della via giudiziaria (art. 29a Cost.) da parte dei primi giudici.
2.1 La Corte cantonale ha considerato che la decisione governativa di aprire un procedimento amministrativo nei confronti del ricorrente costituiva una decisione incidentale. Il fatto non è contestato. Secondo il diritto cantonale di procedura applicabile (art. 44 della legge di procedura per le cause amministrative), una tale decisione è impugnabile solamente se provoca all'insorgente un danno non altrimenti riparabile. I primi giudici hanno negato, in concreto, l'esistenza di un simile pregiudizio. In particolare hanno osservato che la decisione di aprire un procedimento amministrativo per far luce sulla posizione di un dipendente era un atto che decretava una fase in cui il Consiglio di Stato si riservava di procedere ai necessari accertamenti in punto alla verifica dell'eventuale sussistenza di motivi che potevano influire sul rapporto di lavoro con il suo dipendente, senza peraltro determinare o imporre alcuna misura amministrativa o disciplinare per l'interessato, che rimaneva in carica a tutti gli effetti e senza restrizioni di sorta. In quanto tale, il provvedimento non arrecava alcun pregiudizio, né giuridico né fattuale, che non potesse essere eliminato con una decisione conclusiva favorevole all'interessato. Secondo i giudici cantonali, l'avviso di apertura di un procedimento come quello in parola costituiva semmai un atto di garanzia che non pregiudicava, ma tutelava gli interessi del dipendente.
2.2 Contrariamente a quanto pretende il ricorrente, la decisione della Corte cantonale non è arbitraria.
2.2.1 Secondo la giurisprudenza un provvedimento è arbitrario e viola quindi l'art. 9 Cost. qualora disattenda gravemente una regola di diritto o un principio giuridico chiaro e indiscusso o contraddica in modo urtante il sentimento di equità. La violazione deve essere manifesta e riconoscibile di primo acchito. Non è ravvisabile arbitrio per il solo fatto che appaia concepibile o persino preferibile una soluzione diversa. Infine un provvedimento deve essere annullato se è arbitrario nel suo risultato - ma non quando solo i suoi motivi siano insostenibili - oppure ove esso non è motivato (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 133; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 153 e riferimenti).
2.2.2 Nel caso di specie il ricorrente non subisce pregiudizio finanziario alcuno (cfr. pure sentenza 1P.613/1999 del 24 gennaio 2000 consid. 2c). Il suo rapporto d'impiego ha continuato a sussistere in misura integrale anche dopo l'apertura del procedimento in parola. Ben si comprende come la decisione in lite possa colpire e pesare sull'interessato e la sua famiglia. Tale spiacevole situazione non è tuttavia costitutiva di un pregiudizio irreparabile ai sensi di legge. L'apertura di un'inchiesta è infatti sempre suscettibile di causare simili inconvenienti alle persone interessate. Il che non deve però far desistere l'autorità dall'aprire un previsto procedimento. Non è pertanto ravvisabile un'applicazione arbitraria del diritto cantonale.
2.2.3 Analogo discorso vale per quel che riguarda l'incertezza connessa con la sospensione del procedimento amministrativo per tempo indeterminato. Si rilevi innanzitutto che la sospensione è stata nel frattempo annullata e il procedimento riattivato. Vero è che l'apertura d'inchiesta con simultanea sospensione del procedimento risulta solo difficilmente comprensibile. Non si vede in effetti come l'autorità possa ottenere i risultati istruttori auspicati se il procedimento nemmeno è stato avviato. Tuttavia anche su questo punto ciò non significa che il diritto cantonale sia stato applicato in maniera arbitraria.
2.3 Nel caso concreto non è nemmeno ravvisabile una violazione della garanzia della via giudiziaria. È vero che al momento attuale la risoluzione governativa in lite non è suscettibile di essere esaminata giudizialmente. Lo sarà comunque in occasione di un eventuale ricorso contro la decisione finale del Consiglio di Stato.
3. Ne segue che il ricorso, infondato, dev'essere respinto e la pronuncia impugnata confermata. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e al Tribunale cantonale amministrativo.