Sachverhalt:
A. X._, Y._ und Z._ sind Geschwister und stehen in einem Erbteilungsprozess aufgrund des Todes ihrer Eltern. Dabei geht es praktisch nur noch um das Schicksal der Seeparzelle Nr. xxxx in S._/TG; über weitere strittige Punkte (Schmuck, weitere Objekte sowie ein Bankkonto) ist ein Teilvergleich zustande gekommen. Mit Klage vom 23. September 2004 gegen Z._ und X._ beantragte Y._ (Kläger, Berufungsbeklagter 1), dass ihm die fragliche Parzelle zuzuteilen sei, unter Einräumung eines durch Dienstbarkeitsrecht gesicherten Nutzungsrechts zugunsten von Z._; eventualiter sei die Parzelle unter den Erben real zu teilen. Z._ (Beklagte, Berufungsbeklagte 2) anerkannte die Klage, währenddem X._ (Beklagter, Berufungskläger) die Zuteilung der Parzelle an ihn beantragte (unter Einräumung einer Dienstbarkeit an Z._); eventualiter verlangte er die öffentliche Versteigerung.
B. Mit Urteil vom 29. Juni 2005 wies das Bezirksgericht die umstrittene Parzelle Y._ zu, und zwar zum Anrechungswert von Fr. 153'000.-- und unter Einräumung eines durch Dienstbarkeit gesicherten Nutzungsrechts von Z._ für das Badehäuschen "A". Sodann wurde zugunsten von X._ und Z._ ein Gewinnbeteiligungsrecht bei Veräusserung der Parzelle innert 20 Jahren nach Rechtskraft des Teilurteils eingeräumt. Hiergegen gelangte X._ mit Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau. Mit Urteil vom 29. August 2006 hiess das Obergericht die Berufung gut und wies die Streitsache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zu neuer Entscheidung an die Erstinstanz zurück.
C. X._ führt mit Eingabe vom 14. März 2007 Berufung und beantragt dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und es sei die umstrittene Parzelle öffentlich zu versteigern und der Nettoerlös aus der Versteigerung im Rahmen der Erbteilung entsprechend den Erbquoten den Erben zuzuweisen. Eventualiter sei die Parzelle entsprechend den Erbquoten real zu teilen und es sei das Grundbuchamt anzuweisen, die entsprechende Parzellierung einzutragen.
Eine Berufungsantwort wurde nicht eingeholt. Das Obergericht schliesst in seinen Gegenbemerkungen (Art. 56 OG) auf die Abweisung der Berufung.
D. In der gleichen Sache gelangt X._ auch mit staatsrechtlicher Beschwerde an das Bundesgericht (Verfahren 5P.55/2007).

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil ist vor dem 1. Januar 2007 ergangen (vgl. <ref-law>), so dass auf das Verfahren das Bundesgesetz über die Bundesrechtspflege (OG) anzuwenden ist.
2. In Abweichung vom Art. 57 Abs. 5 OG festgelegten Grundsatz rechtfertigt es sich im vorliegenden Fall, die Berufung vor der gleichzeitig erhobenen staatsrechtlichen Beschwerde zu behandeln.
3. 3.1 Die Berufung ist in der Regel erst gegen einen Endentscheid der oberen kantonalen Gerichte zulässig (Art. 48 Abs. 1 OG). Ein Endentscheid im Sinne von Art. 48 Abs. 1 OG liegt nach der Rechtsprechung vor, wenn das kantonale Sachgericht über den im Streit stehenden Anspruch materiell entschieden oder dessen Beurteilung aus einem Grund abgelehnt hat, der endgültig verbietet, dass derselbe Anspruch nochmals geltend gemacht wird, weshalb er insoweit materiell rechtskräftig wird (<ref-ruling> E. 1b/aa S. 436; <ref-ruling> E. 2 S. 789).
Mit Ausnahme der Zuständigkeitsentscheide (Art. 49 Abs. 1 OG) steht die Berufung nur ausnahmsweise gegen einen getrennt vom Endentscheid gefällten Vor- oder Zwischenentscheid offen (Art. 50 Abs. 1 OG). Ein Entscheid gilt als Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von Art. 50 Abs. 1 OG, wenn die kantonale Instanz, ohne den Prozess zu beenden, vor dem Endentscheid eine Prozess- oder Anspruchsvoraussetzung urteilsmässig erledigt, sei es, dass dies im Urteilsdispositiv ausdrücklich angeordnet wird, oder sei es, dass die im Dispositiv enthaltende Rückweisung sich damit begnügt, auf die Erwägungen Bezug zu nehmen (<ref-ruling> E. 1b/bb und c/aa S. 436; <ref-ruling> E. 2 S. 789).
Die Rechtsprechung lässt schliesslich die Berufung gegen Teilurteile zu, mit denen endgültig über Begehren entschieden wird, die zum Gegenstand eines besonderen Prozesses hätten gemacht werden können und deren Beurteilung für den Entscheid über die anderen Begehren präjudiziell ist (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 789). Dazu gehört nach der Praxis etwa die gesonderte Beurteilung der Integralzuweisung nach Art. 620 ff. aZGB (<ref-ruling> E. 1b S. 287).
3.2 Das Bezirksgericht wies die umstrittene Parzelle dem Berufungsbeklagten 1 zu, und zwar zum Anrechungswert von Fr. 153'000.-- und unter Einräumung eines durch Dienstbarkeit gesicherten Nutzungsrechts der Berufungsbeklagten 2 für das Badehäuschen "A". Sodann wurde zugunsten des Berufungsklägers und der Berufungsbeklagten 2 ein Gewinnbeteiligungsrecht bei Veräusserung der Parzelle innert 20 Jahren nach Rechtskraft des Teilurteils eingeräumt.
Das Obergericht wies auf Berufung hin die Streitsache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zu neuer Entscheidung an die Erstinstanz zurück. Aus den Erwägungen im angefochtenen Entscheid geht hervor, dass die vom Berufungsbeklagten 1 im Hauptantrag verlangte und vom Bezirksgericht vorgenommene Zuweisung der Parzelle nicht zu beanstanden sei; hingegen sei der Anrechnungswert der Parzelle neu durch einen Sachverständigen gemäss <ref-law> festzustellen, weshalb die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen sei. Der Berufungskläger ist mit seinem Hauptantrag, die Parzelle sei öffentlich zu versteigern und den Erlös nach Erbquoten den Erben zuzuteilen, nicht durchgedrungen.
3.3 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich nicht um einen Endentscheid gemäss Art. 48 OG, weil er das Verfahren nicht zum Abschluss bringt. Zu prüfen ist folglich, ob ein Vor- bzw. Zwischenentscheid gemäss Art. 50 Abs. 1 OG oder ein Teilurteil im Sinne der dargelegten Erwägungen vorliegt.
3.4 Die selbständige Anfechtung eines Teilurteils ist insoweit zuzulassen, als die Voraussetzungen von Art. 50 OG erfüllt sind, da es insoweit einem Vor- bzw. Zwischenentscheid gleichsteht (Poudret/ Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. II, N. 2.1.4 zu Art. 50 OG, S. 346). Im Falle eines Vor- bzw. Zwischenentscheides im Sinne von Art. 50 Abs. 1 OG ist erforderlich, dass das Bundesgericht in einem vom angefochtenen Entscheid abweichenden Urteil abschliessend und endgültig entscheiden kann (BGE <ref-ruling> E. 4.1 S. 791). Diese Voraussetzung ist - wie sich aus dem Folgenden ergibt - nicht erfüllt, so dass eine abschliessende Qualifikation des angefochtenen Entscheides offen bleiben kann.
3.4.1 Würde die Berufung abgewiesen, bliebe es zwar bei der Zuweisung der Parzelle an den Berufungsbeklagten 1, doch hätte das Bezirksgericht infolge der Rückweisung den Anrechnungswert festzulegen, so dass ein endgültiger Entscheid nicht möglich wäre.
3.4.2 Würde die Berufung gutgeheissen und der Hauptantrag des Berufungsbeklagten 1 auf Zuweisung der Parzelle abgewiesen, stünden zum einen das Eventualbegehren des Berufungsbeklagten 1 auf Realteilung und zum anderen das Hauptbegehren des Berufungsklägers auf öffentliche Versteigerung zur Beurteilung. Was die öffentliche Versteigerung anbelangt, verweist der Berufungskläger unter anderem auf den erblasserischen Willen und den Erbteilungsvertrag. Was die eventualiter beantragte Realteilung anbelangt, behauptet er unter anderem, es sei notorisch, dass die Aufteilung der Parzelle zu einer Wertsteigerung führen würde und dass die Parzelle für eine andere als die gegenwärtige Nutzung kaum in Frage komme. In Bezug auf alle diese Vorbringen finden sich im angefochtenen Entscheid keine Sachverhaltsfeststellungen (vgl. Art. 63 Abs. 2 OG). Unter diesen Umständen wäre es bei einer Gutheissung der Berufung nicht möglich, endgültig zu entscheiden.
3.4.3 Nach dem Dargelegten kann das Bundesgericht in einem vom angefochtenen Entscheid abweichenden Urteil nicht abschliessend und endgültig entscheiden, so dass die Berufung unzulässig ist.
4. Aus diesen Gründen kann auf die Berufung nicht eingetreten werden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Berufungskläger kostenpflichtig (Art. 156 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht zu sprechen, da keine Berufungsantwort eingeholt worden ist und den Berufungsbeklagten keine Kosten entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Berufung wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Berufungskläger auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante