Sachverhalt:
A. Am 1. März 1997 verursachte ein bei der X._ AG (Beschwerdegegnerin) versicherter Lenker einen Unfall, bei welchem D._ (Beschwerdeführerin) als Beifahrerin Verletzungen erlitt. Am 9. Mai 2007 erhob die Beschwerdeführerin Klage beim Handelsgericht Zürich. Sie verlangte zunächst Schadenersatz "nach dem freien richterlichen Ermessen", wobei sie den Streitwert mit Fr. 1'500'000.-- angab. Nachdem sie mit Verfügung vom 11. Mai 2007 aufgefordert worden war, ihr Rechtsbegehren zu beziffern, stellte sie mit Eingabe vom 15. Mai 2007 das Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 1'000'000.-- nebst Zins zu bezahlen, und es sei unter Vorbehalt der Klageänderung davon Vormerk zu nehmen, dass es sich um eine Teilklage handle.
B. Das Verfahren wurde auf die Frage der Verjährung beschränkt. Mit Urteil vom 19. März 2008 wies das Handelsgericht die Klage infolge Verjährung ab. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht gut und wies die Sache zur materiellen Entscheidung an das Handelsgericht zurück (<ref-ruling>). Daraufhin setzte der Instruktionsrichter der Beschwerdeführerin Frist zur Replik an und verband dies mit diversen Substanziierungshinweisen. So sei unter anderem genau anzugeben, wie sich der Klagebetrag rechne. Nachdem die Beschwerdeführerin die Replik erstattet hatte, verwies der Instruktionsrichter auf die genannten Substanziierungshinweise und setzte der Beschwerdeführerin Frist, ihr Rechtsbegehren zu beziffern, und zwar in einer Weise, dass klar aufscheint, welche konkreten Schadenselemente in welcher konkreten Höhe eingeklagt seien. Daraufhin beantragte die Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten ihr "vorläufig einmal" den Betrag von Fr. 1'500'000.-- nebst Zins seit dem 1. März 1997 zu bezahlen.
C. Mit Urteil vom 28. September 2010 wies das Handelsgericht die Klage erneut ab. Die dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 27. Dezember 2011 ab, soweit darauf eingetreten werden konnte. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, den Entscheid des Handels- und jenen des Kassationsgerichts aufzuheben, festzustellen, dass das Handelsgericht des Kantons Zürich kein unabhängiges und unparteiisches Gericht und Handelsrichter Stephan Weber kein unparteiischer Richter sei, und die Sache zur Beurteilung der Schadenersatzansprüche an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, während die kantonalen Instanzen auf Vernehmlassung verzichten.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, das Handelsgericht sei kein unabhängiges und unparteiisches Gericht, und sie stellt die Unparteilichkeit des Handelsrichters Weber in Abrede.
1.1 Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Verbot des Rechtsmissbrauchs ist es nicht zulässig, formelle Rügen, die in einem früheren Prozessstadium hätten geltend gemacht werden können, bei ungünstigem Ausgang noch später vorzubringen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 336 mit Hinweisen). Zudem sind nach einem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts sowohl dieses selbst als auch die kantonalen Instanzen an die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wurde, gebunden. Wegen dieser Bindung der Gerichte ist es ihnen wie auch den Parteien, abgesehen von allenfalls zulässigen Noven, verwehrt, der Beurteilung des Rechtsstreits einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu unterstellen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden waren (<ref-ruling> E. 2 und 2.1 S. 335 mit Hinweisen).
1.2 Die Beschwerdeführerin ist bereits einmal an das Bundesgericht gelangt. Die Frage, ob das Handelsgericht als unabhängiges und unparteiisches Gericht angesehen werden kann, hätte sich bereits in diesem Zeitpunkt gestellt. Daher ist es grundsätzlich nicht zulässig, den Prozessstoff nach dem Rückweisungsentscheid nachträglich auszuweiten. Die Beschwerdeführerin macht zwar geltend, sie habe von den Missständen erst aufgrund einer Publikation erfahren und danach umgehend gerügt. Sie zeigt aber nicht im Einzelnen auf, welche "Missstände" sie erst aufgrund dieser Publikation hätte erkennen können, sondern diskutiert die kantonalrechtlichen Bestimmungen über die Zusammensetzung des Handelsgerichts. Weshalb diesbezügliche Ausführungen nicht bereits anlässlich der Anfechtung des ersten Urteils hätten erfolgen können, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Damit ist auf ihre Ausführungen unabhängig von der Frage, ob sie ihr Recht, die mangelnde Unabhängigkeit zu rügen, durch verspätete Anrufung nach Treu und Glauben verwirkt hat, bereits zufolge der Bindung an den Rückweisungsentscheid nicht einzutreten.
1.3 Handelsrichter Weber war am vom Bundesgericht beurteilten Entscheid des Handelsgerichts noch nicht beteiligt. Gemäss den Feststellungen des Kassationsgerichts erlangte die Beschwerdeführerin erst mit dem nunmehr angefochtenen Urteil des Handelsgerichts Kenntnis von seiner Beteiligung, die sie in ihrer kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde umgehend rügte. Die Rüge, Handelsrichter Weber sei befangen, ist daher zulässig.
1.4 Das Kassationsgericht hat im Wesentlichen auf die Stellungnahme des Handelsrichters abgestellt. Die darin enthaltenen Ausführungen stellt die Beschwerdeführerin in tatsächlicher Hinsicht nicht in Abrede. Sie ist aber der Meinung, gestützt darauf sei die Befangenheit ausgewiesen.
1.4.1 Handelsrichter Weber hatte im Wesentlichen ausgeführt, er sei bis Ende 2001 Mitglied der Direktion der Beschwerdegegnerin gewesen. Im Jahr 2002 sei die Herstellerin des Leonardo-Programmes gegründet worden, an welcher die Beschwerdegegnerin zu 40 %, er selbst und Rechtsanwalt F._ je mit 30 % beteiligt gewesen seien. Die Beschwerdegegnerin habe nebst anderen Beteiligten die Weiterentwicklungen während weiteren drei Jahren mitfinanziert. Im Gegenzug seien Vergünstigungen für den Bezug von Software eingeräumt worden. Im Jahr 2004 hätten F._ und er die von der Beschwerdegegnerin gehaltenen Aktien im Nennwert von Fr. 96'000.-- zu einem Kaufpreis von Fr. 48'000.-- übernommen. Zudem sei der Beschwerdegegnerin für Fr. 96'000.-- das Recht eingeräumt worden, Lizenzen bzw. Wartungsgebühren (Updates) zu beziehen. Weitere Sonderkonditionen bestünden nicht. Für Lizenzen und Wartung seien der Herstellerin des Leonardo-Programmes von der Beschwerdegegnerin in den letzten fünf Jahren insgesamt Fr. 240'000.-- vergütet worden, was rund 4 % des Gesamtumsatzes entspreche.
1.4.2 Das Kassationsgericht ging davon aus, bis zum Jahr 2004 habe eine enge Beziehung zwischen dem Handelsrichter und der Beschwerdegegnerin bestanden. Seit der Übernahme der Aktien der Beschwerdegegnerin und damit seit sechs Jahren vor Ausfällung des angefochtenen Urteils des Handelsgerichts bestehe bloss eine branchenübliche Geschäftsbeziehung zwischen der Beschwerdegegnerin und der Herstellerin des Leonardo-Programmes, bzw. Handelsrichter Weber. Der Anteil von 4 % am Gesamtumsatz sei nicht dominierend. Da das Leonardo-Programm für entsprechende Berechnungen üblicherweise angewendet werde, bestünden für die Beschwerdegegnerin, wenn überhaupt, nur geringe Möglichkeiten, auf ein Konkurrenzprodukt auszuweichen. Die heutige Geschäftsbeziehung begründe kein Abhängigkeitsverhältnis zur Beschwerdegegnerin. Einem Richter könne grundsätzlich zugetraut werden, dass er mehrere Jahre nach Beendigung des Arbeitsverhältnisses beziehungsweise der Beteiligung der Beschwerdegegnerin an der Aktiengesellschaft, mit welcher der Handelsrichter verbunden ist, über die nötige Distanz verfüge, um unvoreingenommen zu urteilen.
1.4.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, massgebend sei nicht, was von einem Richter erwartet werden könne, sondern ob objektiv der Anschein der Befangenheit bestehe. Handelsrichter Weber sei als bei der Beschwerdegegnerin angestellter Schadensleiter Chef der seit 1997 bis heute mit dem Fall betrauten Sachbearbeiter gewesen. Er habe die Verantwortung für die Rückstellungen in diesem Komplexschaden mit einem Schadensvolumen von über einer Million Franken getragen. Auch zur Anerkennung relativ kleiner Beträge habe die Person, die den Schadensfall betreute, jeweils das Einverständnis ihres Vorgesetzten, des Direktors und Schadensleiters, einholen müssen. Mit Bezug auf die Geschäftsbeziehungen komme es nicht darauf an, ob diese branchenüblich seien. Gerade weil die Barwerttafeln als Normhypothesen gesetzesähnlichen Charakter hätten, könne eine allzu versicherungsfreundliche [sic! gemeint ist wohl eine allzu versichertenfreundliche bzw. versicherungsfeindliche] Kommentierung (wie zum Beispiel, dass der Kapitalisierungszinsfuss schlicht nicht mehr haltbar sei) dazu führen, dass die Nachfolgebestellungen für das Leonardo-Programm stark zurückgingen. Die Geschäftsbeziehung als solche erwecke den äusseren Anschein der Befangenheit.
1.5 Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person, deren Sache in einem gerichtlichen Verfahren beurteilt werden muss, Anspruch darauf, dass ihre Streitsache von einem unbefangenen, unvoreingenommenen und unparteiischen Richter beurteilt wird. Es soll garantiert werden, dass keine sachfremden Umstände, welche ausserhalb des Prozesses liegen, in sachwidriger Weise zugunsten oder zulasten einer Partei auf das gerichtliche Urteil einwirken. Die Garantie des verfassungsmässigen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Voreingenommenheit und Befangenheit in diesem Sinne werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn sich im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Umstände Gegebenheiten ergeben, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Dabei kommt es nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei an. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken. Für die Ablehnung wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 240; <ref-ruling> E. 3.1 S. 210; je mit Hinweisen).
1.5.1 Handelsrichter Weber war Mitglied der Direktion der Beschwerdegegnerin, so dass zu dieser eine enge Beziehung bestand. Dass es zu Prozessen über Schäden kommt, gehört aber zum Geschäftsalltag der Beschwerdegegnerin. Diese hat zwar ein Interesse an einem für sie günstigen Ausgang des Verfahrens. Ein solcher ist für sie aber offensichtlich nicht von existenzieller Bedeutung. Mit Bezug auf derartige Alltagsfälle genügt allein die Tatsache, dass Handelsrichter Weber vor Jahren Mitglied der Direktion der Beschwerdegegnerin war und danach während einer gewissen Zeit in enger geschäftlicher Beziehung zu ihr stand, bei objektiver Betrachtung nicht, um den Anschein der Befangenheit und der Voreingenommenheit zu erwecken. Das Abhängigkeits- oder spezifische Näheverhältnis, das objektiv geeignet war, den Anschein der Befangenheit hervorzurufen (vgl. KIENER, Richterliche Unabhängigkeit, 2001, S. 106 f.), bestand im Zeitpunkt der Urteilsfällung bereits seit mehreren Jahren nicht mehr.
1.5.2 Handelsrichter Weber war allerdings zu einem Zeitpunkt für die Beschwerdegegnerin tätig, als diese den Schadensfall der Beschwerdeführerin bereits bearbeitete. Hätte er sich bereits während seiner Anstellung mit dem zu beurteilenden Fall befasst, bestünde die Möglichkeit, dass er sich bereits eine Meinung über die Angelegenheit gebildet hat, was objektiv betrachtet den Anschein der Befangenheit erwecken kann. Wie es sich damit verhält, kann aber offen bleiben. Die Beschwerdeführerin beruft sich vor Bundesgericht zwar auf eine Vorbefassung wegen der Tätigkeit für die Beschwerdegegnerin. Dem Entscheid des Kassationsgerichts und den darin wiedergegebenen Ausführungen des Handelsrichters ist dazu aber nichts zu entnehmen. Der Beschwerdeführerin wurden diese zur Stellungnahme unterbreitet, wovon sie keinen Gebrauch gemacht hat. Sie hat insbesondere vom Handelsrichter keine weiteren Auskünfte betreffend eine allfällige Vorbefassung verlangt. Spätestens die Stellungnahme des Handelsrichters, in der er die Funktion, die er bei der Beschwerdeführerin inne hatte, offen legte, hätte Anlass zu den Behauptungen zur Vorbefassung gegeben, welche die Beschwerdeführerin nun dem Bundesgericht vorträgt. Dass sie diese im kantonalen Verfahren bereits aufgestellt hätte, zeigt sie nicht auf und ist dem Entscheid des Kassationsgericht nicht zu entnehmen. Damit sind die Vorbringen im bundesgerichtlichen Verfahren verspätet (<ref-law>). Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
1.5.3 Mit Bezug auf die Barwerttafeln und das Leonardo-Programm ist zwar denkbar, dass eine allzu versicherungsfeindliche Kommentierung zu einem Rückgang der Nachfolgebestellungen führen könnte. Hier geht es aber nicht um die Barwerttafeln oder deren Kommentierung, sondern um die Entscheidung eines Einzelfalles. Dass die Versicherung wegen einer derartigen Einzelfallentscheidung auf die Benutzung des Leonardo-Programmes verzichten würde, ist bei objektiver Betrachtung nicht anzunehmen, zumal gemäss den Feststellungen der Vorinstanz kaum Alternativprodukte auf dem Markt erhältlich sind. Auch mit Blick auf das Leonardo-Programm ist mithin nicht dargetan, dass Handelsrichter Weber befangen war.
2. Das Handelsgericht erachtete die Ausführungen der Beschwerdeführerin betreffend die Anrechnung der geltend gemachten Ansprüche an den eingeklagten Teilbetrag als ungenügend. Das Klagefundament lasse keine Beurteilung der Teilklage zu.
2.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe nicht eine Teilklage, sondern eine unbezifferte Klage eingereicht. Es verletze <ref-law>, eine Bezifferung zu verlangen. Überdies stelle es eine willkürliche Anwendung der Dispositionsmaxime dar, das abschliessende Rechtsbegehren ("vorläufig einmal den Betrag von Fr. 1'500'000.--") als Teilklage zu qualifizieren.
2.2 Die Beschwerdeführerin war bereits zur Bezifferung ihres Anspruchs angehalten worden, bevor sie zum ersten Mal an das Bundesgericht gelangt war. Mit Eingabe vom 15. Mai 2007 hatte sie das Rechtsbegehren gestellt, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 1'000'000.-- nebst Zins zu bezahlen, und es sei unter Vorbehalt der Klageänderung davon Vormerk zu nehmen, dass es sich um eine Teilklage handle. Die Beschwerdeführerin bringt vor, in dieser Eingabe habe sie darauf hingewiesen, die Verfügung vom 11. Mai 2007, mit der sie unter der Androhung, dass sonst nicht auf die Klage eingetreten werde, zur Bezifferung der Klage angehalten worden sei, verstosse gegen Bundes- und kantonales Recht. Auf den nunmehr geltend gemachten formellen prozessualen Mangel der Verfügung hätte sich die Beschwerdeführerin, auch wenn der Prozess vorerst auf die Frage der Verjährung beschränkt war, bereits in ihrer ersten Beschwerde an das Bundesgericht berufen können und müssen. Es musste ihr bewusst sein, dass das Handelsgericht sonst ihr Begehren nach dem Rückweisungsentscheid als Teilklage behandeln und den Prozess entsprechend weiterführen würde. Gemäss Rückweisungsentscheid war eine Teilklage über Fr. 1'000'000.-- zu beurteilen. Damit hat es sein Bewenden.
3. Die Beschwerde erweist sich insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons Zürich und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. April 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak