A.- Der 1967 geborene L._ bezog seit dem 1. März 1993 Arbeitslosenentschädigung. Die Arbeitslosenkasse des Christlichen Holz- und Bauarbeiterverbandes (CHB [neu SYNA]) überwies die Akten am 20. Oktober 1993 dem Amt für Industrie, Gewerbe und Arbeit des Kantons Zürich (KIGA; heute Amt für Wirtschaft und Arbeit [AWA]) zum Entscheid über die Vermittlungsfähigkeit. Auf Grund einer Befragung des Versicherten vom 31. Januar 1994 stellte das AWA die Vermittlungsunfähigkeit ab dem 1. Juni 1994 fest (Verfügung vom 10. Februar 1994). Während des hängigen kantonalen Beschwerdeverfahrens "korrigierte" das AWA diese angefochtene Verfügung am 29. August 1994 dahingehend, dass die Vermittlungsfähigkeit bereits ab 1. Juni 1993 verneint wurde. L._ führte auch gegen diese zweite Verfügung Beschwerde bei der Rekurskommission des Kantons Zürich für die Arbeitslosenversicherung (seit 1. Januar 1995 Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich).
Bei diesem Verfahrensstand forderte die Kasse die im Zeitraum vom Juni 1993 bis Mai 1994 ausbezahlte Arbeitslosenentschädigung im Betrage von Fr. 43'673. 15 zurück (Verfügung vom 2. November 1994).
B.- Beschwerdeweise beantragte L._ die Aufhebung der Verfügung vom 2. November 1994. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich sistierte am 12. Juni 1995 das Verfahren bis zum rechtskräftigen Entscheid über die Frage der Vermittlungsfähigkeit. Mit Urteil vom 27. November 1995 wies das Eidgenössische Versicherungsgericht die Sache betreffend Vermittlungsfähigkeit zur Aktenergänzung und Neubeurteilung an die Verwaltung zurück, welche am 15. Oktober 1996 erneut verfügte. Das nunmehr zuständige Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich bestätigte die Vermittlungsunfähigkeit ab 1. Juni 1993 mit Entscheid vom 15. Januar 1998, welcher unangefochten in Rechtskraft erwuchs. Es nahm das Verfahren betreffend die Rückforderung am 11. März 1998 wieder auf und wies die Beschwerde ab (Entscheid vom 28. Oktober 1998).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt L._ die Aufhebung des kantonalen Entscheides, eventuell den Verzicht auf eine Rückforderung der nach dem 31. Januar 1994 geleisteten Arbeitslosenentschädigung.

Kasse und Vorinstanz verzichten auf Stellungnahmen; das Bundesamt für Wirtschaft und Arbeit (ab 1. Juli 1999: Staatssekretariat für Wirtschaft [seco]) hat sich nicht vernehmen lassen. Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach <ref-law> muss die Kasse Leistungen der Versicherung zurückfordern, auf welche der Empfänger keinen Anspruch hatte. Eine auf Grund einer formell rechtskräftigen Verfügung ausgerichtete Leistung ist in der Sozialversicherung nur zurückzuerstatten, wenn entweder die für die Wiedererwägung oder die prozessuale Revision erforderlichen Voraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> Erw. 3a).
2.- Der Beschwerdeführer macht geltend, eine Rückforderung könne nur erfolgen, wenn eine qualifizierte Unrichtigkeit der erfolgten Leistung vorliege. Zwar habe vorliegend das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 15. Januar 1998 die Vermittlungsfähigkeit des Beschwerdeführers mit Wirkung ab 1. Juni 1993 verneint, doch könne aus dessen abwägender Begründung bloss von einer "durchschnittlichen" Unrichtigkeit der Leistungsausrichtung ausgegangen werden.
a) Eine der gesetzlichen Voraussetzungen für den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung ist die Vermittlungsfähigkeit (<ref-law>). Nachdem die Arbeitslosenkasse die Anspruchsberechtigung zunächst bejaht hatte, im Laufe der Leistungsausrichtung jedoch Zweifel aufkamen, unterbreitete sie die Sache im Rahmen eines Zweifelsfallverfahrens (<ref-law>; <ref-ruling>) am 20. Oktober 1993 dem Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich (AWA) zum Entscheid über die Frage der Vermittlungsfähigkeit. In einer ersten Verfügung vom 10. Februar 1994 begrenzte dieses die Anspruchsberechtigung auf Ende Mai 1994. In einer zweiten lite pendente am 29. August 1994 ergangenen Verfügung verneinte das AWA die Vermittlungsfähigkeit rückwirkend ab dem 1. Juni 1993. Die Verwaltung hat damit die Frage der Vermittlungsfähigkeit rückblickend neu beurteilt, nachdem sie diese anfänglich (bis Ende Mai 1994) bejaht hatte. Im darauf folgenden Rechtsmittelverfahren hat das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die nachträglich festgestellte Vermittlungsunfähigkeit mit Entscheid vom 15. Januar 1998 rechtskräftig bestätigt. Davon ist auszugehen.
b) Es ist im Folgenden zu prüfen, ob die Verwaltung berechtigt ist, auf ihre formlose, jedoch rechtsbeständige Leistungsausrichtung (<ref-ruling> Erw. 3) zurückzukommen.
aa) Gemäss einem allgemeinen Grundsatz des Sozialversicherungsrechts kann die Verwaltung eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hat, in Wiedererwägung ziehen, wenn sie zweifellos unrichtig und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-ruling> Erw. 3a, 173 Erw. 4a, 271 Erw. 2, 368 Erw. 3, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen).
Die für die Wiedererwägung formell rechtskräftiger Verfügungen massgebenden Voraussetzungen gelten auch mit Bezug auf die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Geldleistungen der Arbeitslosenversicherung gemäss <ref-law> (<ref-ruling> Erw. 2c, 272 Erw. 2, 368 Erw. 3) und finden ebenfalls Anwendung, wenn die zur Rückforderung Anlass gebenden Leistungen formlos verfügt worden sind (<ref-ruling> Erw. 2a in fine).
bb) Eine zweifellose Unrichtigkeit liegt nicht nur vor, wenn die in Wiedererwägung zu ziehende Verfügung auf Grund falscher oder unzutreffender Rechtsregeln erlassen wurde, sondern auch, wenn massgebliche Bestimmungen nicht oder unrichtig angewandt wurden (ARV 1996/97 Nr. 28 S. 158 Erw. 3c). Eine gesetzwidrige Leistungszusprechung gilt regelmässig als zweifellos unrichtig (<ref-ruling>).
Der Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung setzt u.a. die Vermittlungsfähigkeit des Versicherten voraus (Art. 8 Abs. 1 lit. f in Verbindung mit <ref-law>). Für die Frage der zweifellosen Unrichtigkeit ist entscheidend, ob sich die gesetzliche Anspruchsvoraussetzung der Vermittlungsfähigkeit klar verneinen lässt (ARV 1996/97 S. 158 Erw. 3c/aa).
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hat im Entscheid vom 15. Januar 1998 die Vermittlungsfähigkeit rechtskräftig verneint. Dadurch erweist sich die früher vorgenommene Taggeldausrichtung im Nachhinein als materiell unrechtmässig, weshalb die erste Rückforderungsvoraussetzung nach <ref-law> erfüllt ist. Damit ist aber über die Zulässigkeit der Rückforderung noch nicht abschliessend entschieden. Zwar ist die Kasse an den aus der Durchführung des Zweifelsfallverfahrens resultierenden (allenfalls gerichtlich bestätigten) Feststellungsentscheid der kantonalen Amtsstelle gebunden. Hingegen fragt sich, wer die Rückkommenstitel (prozessuale Revision oder Wiedererwägung) beurteilt, nachdem für die Rückforderung nicht die kantonale Amtsstelle, sondern die Arbeitslosenkasse zuständig ist (<ref-law>).
cc) Die gesetzliche Zuständigkeitsordnung ist eindeutig: Nach <ref-law> klärt die kantonale Amtsstelle in den ihr übertragenen Fällen einzig die Anspruchsberechtigung ab (lit. b) oder überprüft die Vermittlungsfähigkeit der Arbeitslosen (lit. d). In den Fällen nach <ref-law> entscheidet sie über die Anspruchsberechtigung, gegebenenfalls die Vermittlungsfähigkeit (<ref-law>). Dies geschieht, wie erwähnt, in Form einer Feststellungsverfügung. Wird diese rechtskräftig, ist die Feststellung der kantonalen Amtsstelle (oder, im Falle der Anfechtung, des Gerichts) bezüglich der Vermittlungsfähigkeit für die Kasse bindend. Doch trifft dies nur insofern zu, als diese zu entscheiden hat, ob und allenfalls für welchen Zeitraum eine versicherte Person diese materielle Anspruchsvoraussetzung erfüllt oder nicht. Daraus ergibt sich dreierlei: Wird die Vermittlungsfähigkeit bejaht, so hat die Kasse ihre Leistungen, allenfalls auch nachträglich, zu erbringen und es ist ihr verwehrt, bereits erfolgte Zahlungen zurückzufordern (nicht publiziertes Urteil F. vom 12. Mai 1999 [C 289/98]). Wurde, zweitens, die Vermittlungsfähigkeit hingegen verneint und hat die Kasse noch keine Leistungen erbracht, so darf sie für den fraglichen Zeitraum keine Leistungen erbringen. Hat die Kasse, drittens, für einen Zeitraum bereits Taggelder ausbezahlt, für welche zufolge des negativen rechtskräftigen Entscheids der kantonalen Amtsstelle im Zweifelsfallverfahren die Anspruchsvoraussetzungen nachträglich nicht mehr erfüllt sind, gelten diese Leistungen als unrechtmässig bezogen, weshalb die Kasse diese gemäss <ref-law> zurückzufordern hat. Dies darf sie nach der Rechtsprechung jedoch nur, wenn die Wiedererwägungs- oder Revisionsvoraussetzungen erfüllt sind. Ob dies zutrifft, hatte die kantonale Amtsstelle weder zu prüfen noch zu entscheiden; denn im Zweifelsfallverfahren geht es weder um eine Wiedererwägung noch um allfällige Rückforderungen, sondern einzig um die - unter Umständen rückwirkende - Prüfung der materiellen Anspruchsvoraussetzungen. Deshalb obliegt es der Kasse bei im Zweifelsfallverfahren festgestellter Rechtswidrigkeit einer bestimmten Leistungsausrichtung, ihrerseits im Rückforderungsverfahren zu prüfen, ob die zweifellose Unrichtigkeit und die erhebliche Bedeutung ihrer Berichtigung als Voraussetzungen der Wiedererwägung (oder gegebenenfalls die Voraussetzungen der prozessualen Revision) der verfügten Taggeldzusprechung erfüllt sind. Soweit dem erwähnten Urteil F. etwas anderes entnommen werden könnte, ist daran nicht festzuhalten.
dd) Nach dem Gesagten ist im vorliegenden Rückerstattungsprozess nur zu prüfen, ob Kasse und Vorinstanz die Wiedererwägungsvoraussetzungen, insbesondere jene der offensichtlichen Unrichtigkeit, zu Recht als erfüllt annehmen durften. Gemäss eigener - gegenüber dem amtsstelleninternen Protokoll "korrigierter" - Darstellung in der "Persönlichen Stellungnahme des Versicherten vom 11.07.96" erledigte der Beschwerdeführer als Teilhaber der zusammen mit seinem Partner K._ gegründeten Firmen, die im Import und Export tätig waren, von allem Anfang an alle anfallenden Arbeiten (Studium des Inseratemarktes, Lektüre spezieller Zeitschriften, Telefonarbeit, Postversand, Besuch von Börsen); er hielt sich - alleine oder zusammen mit dem Partner - zudem ab 1993 regelmässig im Ausland auf; die beiden Firmeninhaber betätigten sich in gleicher Weise, es gab keine Arbeitsaufteilung. Aus den Akten ergibt sich schlüssig, dass die selbstständige Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers gleich wie jene von K._ nicht nur als vorübergehend geplant war. Dafür spricht auch, dass er sich in der Steuererklärung 1994 als seit 21. Januar 1993 Selbstständigerwerbender bezeichnet. Zu beachten ist schliesslich, dass in der Erfolgsrechnung 1993 für Werbekosten immerhin Fr. 12'000. - ausgewiesen sind. Bei dieser Aktenlage steht fest, dass der Beschwerdeführer tatsächlich in einer selbstständigen Erwerbstätigkeit beschäftigt war (ARV 1996/1997 Nr. 36 S. 202 Erw. 3). In Würdigung der gesamten Aktenlage ist die anfängliche Annahme der Vermittlungsfähigkeit durch die Kasse zweifellos unrichtig. Die Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vermögen daran nichts zu ändern.
ee) Der hier strittige Betrag von über Fr. 43'000. - erfüllt das Kriterium der erheblichen Bedeutung ohne weiteres.
3.- Zu prüfen bleibt, ob der Rückforderungsanspruch verwirkt ist.
a) Gemäss <ref-law> verjährt der Rückforderungsanspruch innert einem Jahr, nachdem die auszahlende Stelle davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber fünf Jahre nach der Auszahlung der Leistung. Bei diesen Fristen handelt es sich um Verwirkungsfristen (Rivista di diritto amministrativo ticinese [RDAT] 1993 II 76 S. 210 Erw. 2). Unter dem Ausdruck "nachdem die auszahlende Stelle davon Kenntnis erhalten hat" ist der Zeitpunkt zu verstehen, in welchem die Verwaltung bei Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit hätte erkennen müssen, dass die Voraussetzungen für eine Rückerstattung bestehen (vgl. <ref-ruling> Erw. 3a, 112 V 181 Erw. 4a, 110 V 307; ZAK 1989 S. 559 Erw. 4b). Die zitierte Bestimmung unterwirft den Rückforderungsanspruch somit - gleich wie <ref-law> - einer doppelten Verwirkungsdrohung: Einerseits ist die Rückforderung zeitlich daran gebunden, dass die Verwaltung innert Jahresfrist seit zumutbarer Kenntnis des rückforderungsbegründenden Sachverhalts verfügt. Erlässt die Verwaltung innert dieser einjährigen relativen Verwirkungsfrist die Rückerstattungsverfügung, kann sie gegebenenfalls die Erstattung bis auf die in den letzten fünf Jahren ausgerichteten Leistungen ausdehnen, indem die Rückforderung andererseits absolut verwirkt ist, soweit die Leistungsauszahlung mehr als fünf Jahre zurückliegt (<ref-ruling> Erw. 5a).
b) Die Frage, ob die Rückforderung der Arbeitslosenkasse verwirkt ist, stellt sich hier nur unter dem Blickwinkel der relativen einjährigen Verwirkungsfrist, wogegen die absolute Verwirkungsfrist von fünf Jahren jedenfalls gewahrt ist. Entscheidend ist somit, ob die Verfügung vom 2. November 1994 innert Jahresfrist, seitdem die Verwaltung zumutbarerweise Kenntnis von der den Entschädigungsanspruch ausschliessenden Vermittlungsunfähigkeit haben konnte, erlassen wurde. Das Eidgenössische Versicherungsgericht stellt dabei auf jenen Tag ab, an dem sich die Verwaltung unter Anwendung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit über ihren Fehler hätte Rechenschaft geben müssen (<ref-ruling> f. Erw. 2b in fine).
Mit zutreffender Begründung hat die Vorinstanz dargelegt, dass die Verwirkungsfrist nicht bereits am 20. Oktober 1993 zu laufen begonnen hatte. Es ist ihr auch darin zuzustimmen, dass die Kasse in der Regel nach der Aktenergänzung durch das AWA ausreichend Kenntnis vom Sachverhalt hat. Die Frist begann daher jedenfalls nicht vor dem 31. Januar 1994 zu laufen. Ob sich allenfalls in Fällen wie dem vorliegenden, wo die kantonale Amtsstelle zunächst einen Entscheid mit Wirkung pro futuro erlässt und zu einem späteren Zeitpunkt darauf zurückkommt und rückwirkend die Anspruchsvoraussetzungen verneint, die Frist später zu laufen beginnt, kann offen bleiben.
4.- Die Rückforderung von Fr. 43'673. 15 ist masslich nicht zu beanstanden.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Amt für Wirtschaft und Arbeit, Arbeitslosenversicherung, Zürich, und dem Staatssekretariat für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 8. August 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
i.V.
Der Gerichtsschreiber: