Faits:
A. Par jugement du 15 octobre 2007, le Tribunal de police de Genève a condamné X._ à une peine privative de liberté de deux mois, sous déduction de huit jours de détention préventive, pour avoir violé son obligation d'entretien, s'être rendu coupable d'usure et avoir favorisé le séjour illégal d'étrangers en Suisse. Il a également révoqué un précédent sursis octroyé le 16 mars 2006 et ordonné l'exécution d'une peine privative de liberté de quinze jours. Par arrêt du 14 avril 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel interjeté contre ce jugement.
Statuant le 15 août 2008 sur un recours en matière pénale, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral l'a partiellement admis (6B_387/2008). Elle a annulé l'arrêt cantonal et renvoyé la cause à la cour cantonale afin qu'elle réexamine si les conditions de l'usure étaient réalisées ou non et, le cas échéant, qu'elle fixe à nouveau la peine.
B. Par arrêt du 26 janvier 2009, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a libéré X._ des fins de la poursuite pénale s'agissant de l'infraction d'usure et l'a condamné à une peine pécuniaire de 50 jours-amende d'un montant de 10 fr. Elle a refusé d'entrer en matière sur la question de l'octroi d'un sursis et sur celle de la révocation du sursis accordé le 16 mars 2006 au motif que le Tribunal fédéral n'avait pas critiqué l'arrêt du 14 avril 2008 sur ces questions.
C. Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conteste la quotité des jours-amende, reproche à la cour cantonale d'avoir commis un déni de justice formel en refusant de se prononcer sur l'octroi d'un sursis et la révocation d'un précédent sursis et se plaint de la non-imputation sur sa peine de la détention avant jugement qu'il a subie. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire.
D. Le procureur général a conclu au rejet du recours alors que la cour de justice a renoncé à déposer des observations.

Considérant en droit:
1. Condamné à une peine pécuniaire de 50 jours-amende d'un montant non critiqué de 10 fr., le recourant en conteste la quotité, qu'il juge excessive. Il reproche à la cour cantonale de n'avoir diminué sa peine que de dix jours-amende à la suite de la libération de l'inculpation d'usure.
1.1 Pour fixer le nombre de jours-amende, le juge se fonde sur la culpabilité de l'auteur (<ref-law>). Pour ce faire, il se référera aux critères posés à l'<ref-law>. Il prendra en considération les antécédents et la situation personnelle de l'auteur ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (<ref-law> ). Il tiendra compte de la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, du caractère répréhensible de l'acte, des motivations et des buts de l'auteur et de la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (<ref-law>). Les critères, énumérés de manière non exhaustive par l'<ref-law>, correspondent à ceux fixés par l'art. 63 aCP et la jurisprudence élaborée en application de cette disposition (<ref-ruling> consid. 2.1). Cette jurisprudence conserve toute sa valeur, de sorte que l'on peut continuer à s'y référer (voir <ref-ruling> consid. 6.1 p. 21; <ref-ruling> consid. 2a p. 103; <ref-ruling> consid. 1, 116 IV 288 consid. 2a et les références citées).
1.2 La cour cantonale a considéré que le recourant avait commis deux infractions sans aucun lien entre elles, ce qui démontre, selon elle, sa volonté de ne pas se conformer à la loi dans des situations diverses. D'après les juges cantonaux, la première infraction était parfaitement évitable puisque le recourant aurait pu sans difficulté, compte tenu de l'état du marché locatif, sous-louer son appartement à un tiers autorisé à séjourner en Suisse. En outre, le recourant n'a pas hésité à priver ses enfants des contributions d'entretien qu'il devait leur verser afin de leur permettre de couvrir leurs besoins essentiels.
Pour sa part, le recourant soutient que sa culpabilité est grandement diminuée du fait de sa libération du chef d'inculpation d'usure. D'une part, l'infraction d'usure constituait l'infraction la plus grave pour laquelle il avait été condamné, puisqu'elle était passible d'une peine privative de liberté de cinq ans. D'autre part, la cour cantonale avait retenu, compte tenu de cette infraction, des mobiles crapuleux, lui reprochant d'avoir profité de la position de faiblesse d'un couple de clandestins et exploité leur gêne pour pouvoir leur soustraire des loyers disproportionnés. Selon lui, avec l'abandon de l'infraction d'usure, de tels mobiles ne pouvaient plus lui être imputés. En outre, le recourant explique que s'il a privé ses enfants des contributions qu'il devait leur verser, c'est qu'il en avait été poussé par les circonstances extérieures, car sa seconde femme ne travaillait pas et qu'il ne pouvait dès lors subvenir à l'entretien de sa famille et de ses enfants issus d'un premier lit. C'est en outre par compassion qu'il aurait loué son appartement à la famille de clandestins plutôt qu'à une autre, pensant que le permis qu'ils avaient demandé leur serait prochainement octroyé; il aurait en effet pu sans difficulté, compte tenu de l'état du marché locatif, sous-louer son appartement à un tiers autorisé à séjourner en Suisse.
1.3 Malgré l'abandon de l'infraction d'usure, la faute du recourant reste relativement grave. Il est en effet reconnu coupable de deux infractions, à savoir d'infraction à la LSEE et de violation d'obligation d'entretien, qui entrent en concours (<ref-law>). La seconde est passible d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Par son comportement, le recourant a démontré la volonté de ne pas respecter la loi et a fait preuve d'un manque total de scrupules, puisqu'il n'a pas hésité à priver ses enfants de toute contribution d'entretien. Les griefs soulevés par le recourant pour tenter de diminuer sa faute ne sont pas pertinents. Selon les constatations cantonales, la contribution due à ses enfants n'était pas excessive et ses revenus lui permettaient de la leur verser. Dans la mesure où il soutient qu'il ne pouvait pas subvenir à l'entretien de ses enfants et que, partant, sa faute n'est que légère, il s'écarte des constatations cantonales, sans pour autant en démontrer le caractère arbitraire; ce grief n'est dès lors pas recevable (art. 97 et 106 al. 2 LTF). Le recourant s'écarte à nouveau de l'état de fait cantonal et son grief est également irrecevable, lorsqu'il soutient qu'il a agi par compassion en louant son appartement à la famille de clandestins (art. 97 et 106 al. 2 LTF).
En définitive, la peine modérée infligée au recourant n'apparaît pas, au vu des circonstances, sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. La motivation donnée est suffisante, et le recourant n'invoque aucun élément, propre à modifier la peine, que la cour aurait omis ou pris en considération à tort. Le grief de violation de l'<ref-law> est dès lors infondé.
2. La cour cantonale a refusé d'examiner si la nouvelle peine devait être assortie du sursis et si le précédent sursis devait être révoqué au motif que le Tribunal fédéral n'avait pas critiqué ces points dans son arrêt de renvoi. Le recourant considère que la cour cantonale a commis un déni de justice formel en refusant d'entrer en matière sur ces deux questions.
2.1 Il découle des garanties générales de procédure exposées aux art. 29 al. 1, 29a et 30 al. 1 Cst. que toute personne qui sollicite une décision a le droit, sinon d'obtenir que celle-ci soit effectivement satisfaite, à tout le moins qu'elle soit honorée d'une réponse. L'autorité qui refuse d'entrer en matière sur une demande ou un recours, parce qu'elle estime par exemple que l'une des conditions de recevabilité n'est pas réalisée, alors que cette appréciation est erronée, ou encore parce qu'elle invoque un motif qui s'avère en définitive irrelevant, commet un déni de justice formel. Il en va de même de l'autorité qui statue sur une requête ou un recours, mais sans se prononcer sur le grief soulevé par le recourant (MOOR, Droit administratif, vol. II, Les actes administratifs et leur contrôle, 2e éd., 2002, p. 293).
2.2 Lorsque le Tribunal fédéral, saisi d'un pourvoi en nullité, annulait l'arrêt cantonal et renvoyait la cause à l'autorité cantonale, celle-ci devait, selon l'ancien art. 277ter PPF, fonder sa décision sur les considérants de droit de l'arrêt de cassation. Elle n'était pas habilitée à s'écarter de sa première décision sur les points qui n'avaient pas été mis en cause devant le Tribunal fédéral ou ne l'avaient pas été valablement ni sur ceux à propos desquels le pourvoi avait été rejeté. Dans les limites de l'interdiction de la reformatio in pejus, elle pouvait toutefois toucher des points non remis en cause devant le Tribunal fédéral, pour autant que la connexité l'exigeât (au sujet du pourvoi, <ref-ruling> consid. 4 p. 104 s.; KOLLY, Le pourvoi en nullité à la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral, 2004, p. 97).
Bien que la loi sur le Tribunal fédéral ne contienne pas de disposition semblable à l'art. 277ter PPF, l'autorité cantonale, à laquelle la cause est renvoyée à la suite de l'admission d'un recours en matière pénale, est liée par l'arrêt de renvoi, principe qui découle directement du rôle confié au Tribunal fédéral par la Constitution (art. 188 al. 1 Cst; Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4143 ch. 4.1.4.5 in fine). On peut donc se référer à la jurisprudence rendue à propos de l'art. 277ter PPF.
2.3 En l'espèce, le Tribunal fédéral a annulé l'arrêt du 14 avril 2008 et renvoyé la cause à la cour cantonale afin qu'elle examine à nouveau si les conditions de l'usure étaient réalisées et qu'elle fixe, le cas échéant, une nouvelle peine. Par son arrêt de renvoi, le Tribunal fédéral a donc annulé l'arrêt cantonal sur la question de la peine. Dès lors, dans la mesure où elle abandonnait l'infraction d'usure, la cour cantonale devait fixer une nouvelle peine et, dans ce cadre, examiner si les conditions du sursis étaient réalisées, compte tenu notamment de la diminution de la culpabilité du recourant. La question de l'octroi du sursis est en effet étroitement liée au prononcé d'une peine. Contrairement à l'opinion de la cour cantonale, le Tribunal fédéral ne s'était pas prononcé sur la question du sursis bien qu'elle ait été soulevée dans le cadre du premier recours, car il n'avait pas à la trancher vu le sort de la cause. En ne se prononçant pas sur ce dernier point, la cour cantonale a donc commis un déni de justice formel. Le grief soulevé se révèle ainsi bien fondé.
2.4 La révocation du sursis est également étroitement liée à l'abandon du chef d'inculpation de l'usure. Conformément à l'<ref-law>, applicable selon le chiffre 1 alinéa 1 des dispositions finales de la modification du 13 décembre 2002, la révocation du sursis dépend en effet des infractions commises pendant le délai d'épreuve, lesquelles permettront d'établir un pronostic favorable ou défavorable. La cour cantonale devait dès lors examiner si les infractions finalement retenues permettaient encore de justifier un pronostic défavorable entraînant la révocation du sursis. En n'examinant pas cette question, elle a commis un déni de justice formel. Le recours doit ainsi être également admis sur ce point. Au demeurant, si la cour cantonale venait à confirmer la révocation du sursis, elle devrait aussi se prononcer sur la conversion éventuelle de la peine d'emprisonnement de quinze jours en une peine pécuniaire conformément au chiffre 1 alinéa 1 des dispositions finales de la modification du 13 décembre 2002 et à l'<ref-law> (sur cette dernière disposition, cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 245 s.).
3. Le recourant se plaint de ce que la cour cantonale a omis d'imputer les huit jours de détention avant jugement sur la peine qui lui était infligée.
3.1 Selon l'<ref-law>, le juge impute sur la peine la détention avant jugement subie par l'auteur dans le cadre de l'affaire qui vient d'être jugée ou d'une autre procédure. Un jour de détention correspond à un jour-amende ou à quatre heures de travail d'intérêt général. Selon l'<ref-law>, la détention avant jugement est toute détention ordonnée au cours d'un procès pénal pour les besoins de l'instruction, pour des motifs de sûreté ou en vue de l'extradition. La peine exécutée de manière anticipée (<ref-law>) doit également être imputée sans restriction (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 154).
Selon le nouveau droit, la détention avant jugement est imputée sur la peine même si cette détention résulte d'une autre procédure (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 155 s.). En outre, cette imputation est obligatoire et inconditionnelle et ne peut être refusée en raison du comportement du prévenu. Elle s'impose également en cas de peine pécuniaire, selon la clé de répartition prévue à l'<ref-law>, à savoir un jour de détention avant jugement correspondant à un jour de peine pécuniaire.
3.2 En l'espèce, la cour cantonale a annulé le jugement de première instance, qui déduisait de la peine de deux mois d'emprisonnement les huit jours de détention préventive subie, ainsi que l'arrêt cantonal du 14 avril 2008 qui confirmait ce jugement. En statuant à nouveau, elle devait se prononcer sur le sort de ces huit jours de détention préventive. En ne le faisant pas, elle a violé le droit fédéral. Le recours doit donc également être admis sur ce point.
4. Le recours est ainsi partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle se prononce à nouveau sur les questions de l'octroi du sursis, de la révocation du précédent sursis et de l'imputation de la détention avant jugement. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Le recourant obtient partiellement gain de cause. Il peut prétendre à une indemnité de dépens réduite (<ref-law>). La demande d'assistance judiciaire est sans objet dans cette mesure. Elle est rejetée pour le surplus, le recours au sujet de la quotité de la peine étant dénué de chances de succès (<ref-law>). Le recourant supportera des frais réduits en raison de l'issue du recours et de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de dépens de 1500 fr.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 7 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin