Sachverhalt:
A.
Am 4. Oktober 1994 trat § 42 Abs. 5 KV/AG (SR 131.227) in Kraft. Demnach hat der Kanton Aargau innert zwanzig Jahren nach Inkrafttreten dieser Bestimmung zum Schutz des bedrohten Lebensraums der Flussauen und zur Erhaltung der landschaftlich und biologisch einzigartigen, national bedeutsamen Reste der ehemaligen Auengebiete einen Auen-Schutzpark zu schaffen. Dieser setzt sich, ausgehend vom Wassertor der Schweiz, aus Teilflächen längs der Flüsse Aare und Reuss und ihrer Zuflüsse zusammen. Er weist eine Gesamtfläche von mindestens einem Prozent der Kantonsfläche auf.
Im Jahr 2001 wurde das Gebiet "Reussegger Schachen" bei Sins per Richtplan-Beschluss in den Auen-Schutzpark Aargau aufgenommen. In der Folge wurde die Bodenverbesserungsgenossenschaft Sins-Reussegg gegründet zwecks Durchführung einer Güterzusammenlegung (Moderne Melioration) nach Landwirtschaftsrecht (§ 9 ff. des Gesetzes des Kantons Aargau vom 11. November 1980 über die Erhaltung und Förderung der Landwirtschaft [aLwG/AG; SAR 910.100; in Kraft bis am 31. Juli 2012]).
Vom 10. August bis zum 8. September 2009 legte die Gemeinde Sins das generelle Projekt der Modernen Melioration Sins-Reussegg öffentlich auf. Im Perimeter der gemäss generellem Projekt geplanten Auenlandschaft befinden sich zwei Grundwasserpumpwerke, nämlich Reussegg I und Reussegg II, welche beide im Eigentum der Wasserversorgungsgenossenschaft Auw stehen. Deren Grundwassernutzungskonzession für die beiden Pumpwerke läuft noch bis Ende 2013. Das generelle Projekt sieht vor, in einer ersten Etappe das Pumpwerk Reussegg II aufzuheben. Um die Trinkwasserversorgung sicherzustellen, ist die Errichtung eines Ersatzpumpwerks Reussegg Süd ausserhalb des Auenschutzgebiets geplant. Mittelfristig soll alsdann auch das Pumpwerk Reussegg I stillgelegt werden.
Gegen dieses generelle Projekt erhoben die Wasserversorgungsgenossenschaft Auw und die Gemeinde Auw Einsprache an den Regierungsrat des Kantons Aargau. Sie beantragten in der Hauptsache, die Pumpwerke Reussegg I und II seien unverändert beizubehalten und mit einem genügenden Hochwasserschutz gegen die geplante Auenlandschaft abzugrenzen. Mit Beschluss vom 11. Januar 2011 hiess der Regierungsrat die Einsprache teilweise gut und verpflichtete den Kanton Aargau, als Ersatz für die Pumpwerke Reussegg I und II ausserhalb des neu zu gestaltenden Auenregenerationsgebiets für die Wasserversorgungsgenossenschaft Auw ohne deren Kostenbeteiligung ein neues Pumpwerk zu erstellen und den Fassungsbereich des Pumpwerks Reussegg I mit einem temporären Wall so lange vor oberirdischen Überflutungen bei Hochwasser zu schützen, bis auf dieses Pumpwerk verzichtet werden könne. Die entsprechende Übergangsfrist sei in der neuen Konzession festzuhalten. Im Übrigen wies der Regierungsrat die Einsprache ab.
Die von der Wasserversorgungsgenossenschaft Auw und der Gemeinde Auw gegen diesen Beschluss geführte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 18. Juni 2012 ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 29. August 2012 beantragen die Wasserversorgungsgenossenschaft Auw und die Gemeinde Auw, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 18. Juni 2012 sei aufzuheben, und die Sache sei an den Regierungsrat zurückzuweisen, um für die Pumpwerke Reussegg I und II definitive Hochwasserschutzmassnahmen festzulegen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur weiteren Sachverhaltsabklärung an die Vorinstanzen zurückzuweisen.
Mit Verfügung vom 18. September 2012 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat eine Stellungnahme zur Beschwerde eingereicht, ohne ausdrücklich Anträge zu stellen. In ihrer Replik vom 25. Januar 2013 halten die Beschwerdeführerinnen an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil der Vorinstanz ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt eine gewässerschutz- und landwirtschaftsrechtliche Streitigkeit und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde (<ref-law>). Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund (<ref-law>).
Zwar schliesst der Entscheid über das generelle Projekt das Verfahren nicht ab. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid, der nur unter bestimmten Voraussetzungen angefochten werden kann (<ref-law>). Indessen sind diese Voraussetzungen hier erfüllt, da im Rahmen der ersten Etappe bereits Arbeiten ausgeführt werden müssen, die für die Beschwerdeführerinnen einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge haben (<ref-law>; dazu nachfolgend E. 3.1), und zusätzlich auch, weil die Gutheissung der Beschwerde für die Beschwerdeführerinnen sofort einen Endentscheid bewirken und weitläufige weitere Abklärungen ersparen würde (<ref-law>).
1.2. Die Beschwerdeführerinnen haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen (<ref-law>). Als Eigentümerin der Pumpwerke Reussegg I und II, welche aufgehoben und ersetzt werden sollen, und als Trägerin der Wasserversorgung ist die Beschwerdeführerin 1 durch den Entscheid der Vorinstanz besonders berührt (<ref-law>). Gleiches gilt in Bezug auf die Beschwerdeführerin 2, deren Trinkwasserversorgung durch die Beschwerdeführerin 1 sichergestellt wird. Die Beschwerdeführerinnen haben ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-law>), da diesfalls beide Pumpwerke weiter betrieben werden können. Die Beschwerdeführerinnen sind damit zur Beschwerde legitimiert (vgl. auch <ref-ruling> E. 1.2 S. 139).
1.3. Die Beschwerdeführerinnen rügen eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung (vgl. nachfolgend E. 2) in Sinne von <ref-law> sowie Verletzungen der Verfassungsgrundsätze des öffentlichen Interesses (vgl. nachfolgend E. 3) und der Verhältnismässigkeit (vgl. nachfolgend E. 4) gemäss <ref-law>.
Das angefochtene Urteil führt dazu, dass die Beschwerdeführerin 1 den Betrieb der beiden in ihrem Eigentum stehenden Pumpwerke einstellen muss. Damit wird die Eigentumsgarantie nach <ref-law> tangiert. Eingriffe in dieses Grundrecht bedürfen einer gesetzlichen Grundlage, müssen im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (<ref-law>). Das Verhältnismässigkeitsprinzip besagt, dass Eingriffe in die Eigentumsgarantie für das Erreichen des im öffentlichen Interesse liegenden Ziels geeignet, erforderlich und dem Betroffenen zumutbar sein müssen. Ob eine Eigentumsbeschränkung im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die Vorinstanz habe den Sachverhalt in verschiedener Hinsicht unvollständig und damit offensichtlich unrichtig festgestellt. Sie führen aus, es seien bislang noch nicht alle für die Festlegung des definitiven Ersatzstandorts des Pumpwerks Reussegg Süd erforderlichen Pumpversuche durchgeführt respektive ausgewertet worden. Zudem sei nicht hinreichend abgeklärt worden, ob von der sich in der Nähe des geplanten Pumpwerks Reussegg Süd befindlichen ehemaligen Kiesgrube eine Gefährdung für das Grundwasser ausgehe. Ferner sei anzunehmen, dass die Bevölkerung und damit auch der Wasserbedarf im Gemeindegebiet in den nächsten Jahren zunehmen werde. Die Vorinstanz habe nicht untersucht, ob das Pumpwerk Reussegg Süd in der Lage sein werde, diesen erweiterten Wasserbedarf zu decken.
2.2. Die Vorinstanz hat erwogen, dass für die Festlegung des definitiven Feinstandorts der Ersatzfassung Reussegg Süd noch weitere Pumpversuche durchgeführt würden, ändere nichts an der positiven Beurteilung des generellen Projekts. Dies gelte umso mehr, als dass der Betrieb des Pumpwerks Reussegg I aufrechterhalten werde, bis das neue Pumpwerk Reussegg Süd während mehrerer Jahre einwandfrei funktioniere. Gemäss den durchgeführten technischen Untersuchungen liege der Grobstandort des geplanten Pumpwerks Reussegg Süd ausserhalb der beiden Ablagerungsstandorte der ehemaligen Kiesgrube, weshalb von dieser nach dem jetzigen Wissensstand keine Gefährdung für das Grundwasser ausgehe. Der definitive Feinstandort der neuen Fassung werde aber erst bestimmt, wenn die noch fehlenden Unbedenklichkeitsnachweise vorliegen würden. Der Hinweis der Beschwerdeführerinnen auf eine mögliche künftige Bevölkerungszunahme sei nicht stichhaltig, denn gestützt auf die vorgenommene Analyse des Trinkwasserbedarfs sei davon auszugehen, dass die jetzige Entnahmemenge langfristig genüge (Bericht der X._ AG vom 9. Juni 2010: Trinkwassernutzung im Reussegger Schachen, Aktuelle Situation und Skizzierung des zukünftigen Versorgungskonzepts).
2.3. Gemäss <ref-law> kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 129). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2.4. Gegenstand des Verfahrens bildet das generelle Projekt der Modernen Melioration Sins-Reussegg, mit welchem insbesondere der Grobstandort des geplanten Ersatzpumpwerks Reussegg Süd festgelegt worden ist. In diesem Verfahrensstadium ist es nicht erforderlich, dass bereits sämtliche Abklärungen zur Festsetzung des definitiven Feinstandorts der Ersatzfassung durchgeführt worden sind (vgl. § 15 ff. aLwG/AG). Die Beschwerdeführerinnen legen nicht substanziiert dar, inwiefern die noch ausstehenden Untersuchungen für die Beurteilung des generellen Projekts von Entscheidrelevanz sein sollen. Dies ist auch nicht ersichtlich.
Des Weiteren hat die Vorinstanz unter Bezugnahme auf den Bericht der X._ AG vom 9. Juni 2010 willkürfrei festgestellt, dass die geplante Ersatzfassung Reussegg Süd die nötige Kapazität aufweist, um den Trinkwasserbedarf im Gemeindegebiet langfristig zu decken.
Eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung kann der Vorinstanz damit nicht angelastet werden. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
3.
3.1. Gemäss Art. 19 Abs. 1 des Gewässerschutzgesetzes (GSchG; SR 814.20) teilen die Kantone ihr Gebiet nach der Gefährdung der ober- und der unterirdischen Gewässer in Gewässerschutzbereiche ein. <ref-law> verpflichtet die Kantone, Schutzzonen für die im öffentlichen Interesse liegenden Grundwasserfassungen und -anreicherungsanlagen auszuscheiden und die notwendigen Eigentumsbeschränkungen festzulegen (vgl. auch Art. 29 der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 [GSchV; SR 814.201]). Die Grundwasserschutzzonen bestehen aus dem Fassungsbereich (Zone S1), der Engeren Schutzzone (Zone S2) und der Weiteren Schutzzone (Zone S3; vgl. Anhang 4 Ziff. 121 - 124 GSchV).
Für die Durchführung der ersten Etappe des Auenschutzprojekts sind im Fassungsbereich (S1) des Pumpwerks Reussegg II Bodenabtragungen notwendig. Diese Eingriffe sind unzulässig, da in der Fassungszone (S1) einzig bauliche Eingriffe und andere Tätigkeiten erlaubt sind, welche der Trinkwasserversorgung dienen. Bei Durchführung des Projekts kann die Fassung mithin nicht mehr gewässerschutzrechtskonform geschützt werden. In der zweiten Etappe ist vorgesehen, den Rückbau des Uferschutzes weiter flussaufwärts auszudehnen, sodass sich die Schutzzonen des Pumpwerks Reussegg I im Auenregenerationsgebiet befinden werden. Die Fassungszone (S1) des Pumpwerks Reussegg I wird teilweise in einem Aushub für ein Seitengerinne liegen, weshalb die Trinkwasserfassung aus Sicht des Gewässerschutzes stillgelegt werden muss, da solche Eingriffe in der Fassungszone (S1) nicht zulässig sind (vgl. Anhang 4 Ziff. 223 GSchV; siehe zudem Stellungnahme des BAFU vom 10. Dezember 2012).
Das Auenschutzprojekt ist folglich in der geplanten Form nicht mit dem Weiterbestand der beiden Grundwasserfassungen Reussegg I und II vereinbar. Die Vorinstanz ist damit zu Recht davon ausgegangen, dass ein Konflikt zwischen zwei öffentlichen Interessen besteht. Dies wird auch von den Beschwerdeführerinnen anerkannt.
Die Umweltschutzgesetzgebung enthält keine Vorgaben, wie ein solcher Konflikt zwischen dem öffentlichen Interesse der Trinkwasserversorgung und jenem des Auenschutzes zu lösen ist. Nach den allgemeinen Grundsätzen ist daher eine Interessenabwägung vorzunehmen, um zu entscheiden, welches der beiden öffentlichen Interessen im konkreten Fall überwiegt. Ein wichtiges Beurteilungskriterium bildet dabei die Standortgebundenheit.
3.2. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, vorliegend sei das Interesse an der standortgebundenen und gut funktionierenden Trinkwasserversorgung durch die beiden Pumpwerke Reussegg I und II höher zu gewichten als jenes an der Realisierung eines Auen-Schutzparks, der auch andernorts verwirklicht werden könne, wo die Trinkwasserversorgung nicht beeinträchtigt werde.
3.3. Die Vorinstanz hat erwogen, die Lage der beiden Pumpwerke Reussegg I und II verhindere ein zusammenhängendes dynamisches Auengebiet. Zur Evaluation des Grobstandorts des geplanten Ersatzpumpwerks seien im Jahr 2008 Sondierbohrungen und Pumpversuche in den Gebieten Reussegg Mitte und Süd durchgeführt worden. Im Bericht der Y._ AG habe der Gutachter die möglichen Standorte für eine neue Grundwasserfassung mit denjenigen der heute bestehenden Fassungen verglichen. Nach Auffassung des Gutachters erweise sich die Lage des Versuchsbrunnens Reussegg Süd als günstiger, denn die jetzigen Fassungen seien bei Hochwasserereignissen nicht ausreichend gegen Überflutungen geschützt. Die Wasserqualität im Versuchsbrunnen Reussegg Süd sei nicht schlechter als jene in den bestehenden Fassungen. Unter Berücksichtigung der massgeblichen hydrogeologischen und grundwasserschutztechnischen Ansprüche der Beschwerdeführerin 1 sei die Errichtung eines neuen Pumpwerks im Gebiet Reussegg Süd die beste Lösung (Bericht der Y._ AG zur Grundwassernutzung von Juni 2008). Die Vorinstanz hat gefolgert, gestützt auf diese gutachterlichen Ausführungen sei erstellt, dass mit dem geplanten Ersatzpumpwerk Reussegg Süd eine hochwertige Trinkwasserversorgung sichergestellt werden könne. Gewährleistet sei auch die Versorgungssicherheit, da der Betrieb des Pumpwerks Reussegg I vorläufig beibehalten und erst nach Vorliegen der Ergebnisse der noch durchzuführenden Untersuchungen mit der Projektierung der neuen Fassung Reussegg Süd begonnen werde.
Zusammenfassend hat die Vorinstanz geschlossen, das gewichtige öffentliche Interesse an der Realisierung der standortgebundenen Auenlandschaft überwiege jenes am Erhalt der nicht standortgebundenen Fassungen Reussegg I und II.
3.4. Das BAFU hat in seiner Stellungnahme festgehalten, die zuständigen kantonalen Behörden hätten nachvollziehbar dargelegt, dass die Revitalisierung auf den Standort angewiesen sei, während die durch das Projekt betroffene Trinkwassergewinnung durch die Ersatzfassung Reussegg Süd sichergestellt werden könne. Es sei sinnvoll, beide Pumpwerke zu entfernen, weil nur so das ganze Potenzial des geplanten Auenschutzgebiets ausgeschöpft werden könne. Die Stilllegung des Pumpwerks Reussegg I schaffe die Grundlage für eine eigendynamische Entwicklung des Gewässers und für die Ausleitung und Rückhaltung des Schwemmholzes. Demgegenüber würde sich bei einem Weiterbetrieb des Pumpwerks Reussegg I der Pflegeaufwand klar erhöhen. Der Entscheid des Kantons zugunsten des Revitalisierungsprojekts sei damit nachvollziehbar.
3.5. Für das Bundesgericht besteht vorliegend kein Grund, von der mit der Einschätzung der kantonalen Behörden übereinstimmenden Fachmeinung des BAFU abzuweichen. Die Beschwerdeführerinnen bringen nichts vor, was die Ausführungen des BAFU in Frage stellen würde. Die kantonalen Behörden haben plausibel dargelegt, dass kein anderes, für die Revitalisierung ebenso geeignetes Gebiet entlang der Flüsse Aare und Reuss sowie ihrer Zuflüsse besteht. Des Weiteren ist durch verschiedene fachtechnische Abklärungen aufgezeigt worden, dass mit dem ausserhalb des geplanten Auen-Schutzparks gelegenen Pumpwerk Reussegg Süd eine hochwertige Trinkwasserversorgung sichergestellt werden kann, sodass sich die beiden bestehenden Pumpwerke Reussegg I und II ersetzen lassen. Diese sind damit nicht absolut standortgebunden. Ausgehend hiervon hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt, indem sie geschlossen hat, das öffentliche Interesse an der Realisierung der Auenlandschaft überwiege jenes am Erhalt der Fassungen Reussegg I und II.
4.
Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die Aufhebung des Pumpwerks Reussegg I sei unverhältnismässig, da diese Massnahme weder erforderlich (vgl. nachfolgend E. 4.1 ff.) noch zumutbar (vgl. nachfolgend E. 4.4 ff.) sei.
4.1. Die Beschwerdeführerinnen führen aus, die im generellen Projekt vorgesehene Variante sei von den Gutachtern zwar als beste Lösung qualifiziert worden. Es könne aber nicht davon ausgegangen werden, dass einzig diese "Maximalvariante" dem öffentlichen Interesse gerecht werde. Bei einem Weiterbetrieb des Pumpwerks Reussegg I könne das Auenregenerationspotenzial möglicherweise nicht ausgeschöpft werden; es könne aber gut genutzt werden. Da ein Auen-Schutzpark mithin auch ohne Aufhebung des Pumpwerks Reussegg I realisiert werden könne, erweise sich der weitergehende Eingriff, auch wenn er zu einem besseren Resultat führe, als nicht erforderlich und damit als unverhältnismässig.
4.2. Die Vorinstanz hat zusammenfassend hervorgehoben, für eine optimale Auenentwicklung und einen effektiven Hochwasserschutz sei die mittelfristige Stilllegung des Pumpwerks Reussegg I erforderlich, denn einzig bei einem Verzicht auf beide Fassungen könne eine zusammenhängende Aufwertung der Flussdynamik und ein guter Schwemmholzrückhalt erreicht werden. Es sei mithin keine gleich geeignete, aber mildere Massnahme ersichtlich, welche ausreichen würde, um das angestrebte Ziel des Auenschutzes zu erreichen.
4.3. Eine Verwaltungsmassnahme muss im Hinblick auf das im öffentlichen Interesse angestrebte Ziel nicht nur geeignet, sondern auch erforderlich sein. Sie hat zu unterbleiben, wenn eine gleich geeignete, aber mildere Massnahme für den angestrebten Erfolg ausreicht.
Mit ihren Ausführungen bestreiten die Beschwerdeführerinnen nicht, dass die Variante der Stilllegung (auch) des Pumpwerks Reussegg I unter dem Gesichtspunkt des Auenschutzes besser abschneidet als die Variante, welche den Weiterbetrieb des Pumpwerks Reussegg I erlaubt. Damit aber ist gleichzeitig gesagt, dass die von den Beschwerdeführerinnen vorgeschlagene Massnahme zur Zielerreichung (Revitalisierung) weniger geeignet ist als die im generellen Projekt vorgesehene Lösung. Die Vorinstanz hat die Erforderlichkeit der Massnahme demnach zu Recht bejaht.
4.4. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, die Aufhebung der Pumpwerke Reussegg I und II sei nur zumutbar und damit verhältnismässig, falls hierfür ein gleichwertiger Ersatz geschaffen werde. Das geplante Ersatzpumpwerk Reussegg Süd erfülle diese Vorgabe nicht. Die beiden bestehenden Pumpwerke Reussegg I und II würden durch zwei unterschiedliche Grundwasserströme gespiesen, was einen erheblichen Vorteil darstelle, da im Falle einer Verunreinigung der einen Wasserfassung die Wasserversorgung durch die andere Wasserfassung sichergestellt werden könne. Weiter sei davon auszugehen, dass man beim neuen Pumpwerk Reussegg Süd dem Wasser Sauerstoff zuführen müsse, was einen grösseren Wartungs- und Energieaufwand bedinge und damit zu Mehrkosten führe.
4.5. Die Vorinstanz hat ausgeführt, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen sei die Gleichwertigkeit der im generellen Projekt vorgesehenen Lösung zu bejahen. Die Behauptung, die bestehenden Fassungen würden durch zwei verschiedene Grundwasserströme gespiesen, sei nicht belegt. Zudem stehe dem Vorteil von zwei unterschiedlichen Fassungsstandorten der für die Schutzzonen erforderliche Mehrbedarf an Fläche entgegen. Hinzu komme, dass die neue Trinkwasserfassung mehr Wasser fördern könne und besser gegen Hochwasser geschützt sei als die aktuellen Pumpwerke. Eine allenfalls notwendige Sauerstoffzufuhr sei mit verhältnismässigem Aufwand möglich, weshalb dieser Aspekt nicht massgeblich ins Gewicht falle. Entscheidend sei, dass die geplante Variante insgesamt besser abschneide und hierdurch eine quantitativ und qualitativ gleichwertige Trinkwasserversorgung sichergestellt werden könne.
4.6. Eine Verwaltungsmassnahme ist nur gerechtfertigt, wenn sie ein vernünftiges Verhältnis zwischen dem angestrebten Ziel und dem Eingriff, den sie für den betroffenen Privaten bewirkt, wahrt. Ist dies nicht der Fall, ist die Massnahme nicht zumutbar.
Die von den Beschwerdeführerinnen geforderte und von der Vorinstanz bejahte Gleichwertigkeit des Ersatzpumpwerks Reussegg Süd mit den beiden bestehenden Fassungen folgt nicht unmittelbar aus dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz, sondern geht darüber hinaus und ergibt sich aus den kantonalen Bestimmungen zur Güterzusammenlegung (vgl. insbesondere § 18 Abs. 1 aLwG/AG).
4.7. Beim Vergleich, ob die im generellen Projekt vorgesehene Lösung gleichwertig ist, ist von der bestehenden Situation auszugehen. Nicht von Entscheidrelevanz ist deshalb der Hinweis der Beschwerdeführerin 1, bei einem Weiterbetrieb der Pumpwerke Reussegg I und II plane sie die Erstellung eines zweiten Reservoirs, um hierdurch die Energiekosten senken zu können.
Bei der Beurteilung der Gleichwertigkeit ist eine Gesamtwürdigung vorzunehmen, d.h. es ist zu klären, ob unter Würdigung sämtlicher Vor- und Nachteile von einer gleichwertigen Lösung gesprochen werden kann. Die Vorinstanz hat unter Bezugnahme auf die Einschätzung des Gutachters (Bericht der Y._ AG zur Grundwassernutzung von Juni 2008) nachvollziehbar begründet, weshalb die vorgesehene Variante insgesamt vorteilhafter ist (vgl. E. 3.3 hiervor). Insbesondere ist die Ersatzfassung Reussegg Süd besser gegen Überflutungen geschützt als die bestehenden Pumpwerke; des Weiteren wird sie über zwei Pumpen verfügen, welche mehr Wasser fördern können als die jetzigen Pumpwerke. Der Schluss der Vorinstanz, der Vorteil von zwei unabhängigen Fassungsstandorten - selbst wenn diese durch zwei unterschiedliche Grundwasserströme gespiesen werden sollten - vermöge diese Nachteile nicht aufzuwiegen, ist nicht zu beanstanden. Nicht entscheidend ins Gewicht fällt insoweit auch der Aspekt der Sauerstoffzufuhr. Nach den unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz ist es problemlos möglich, das Wasser mit dem notwendigen Sauerstoff anzureichern. Soweit die Beschwerdeführerin 1 deswegen künftig einen betrieblichen Mehraufwand befürchtet, steht es ihr offen, diesen zu evaluieren und ihre Forderungen bei der meliorationsrechtlichen Kostenverlegung bzw. der Regelung des neuen Konzessionsverhältnisses geltend zu machen.
5.
Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Den Beschwerdeführerinnen, die im Interesse der öffentlichen Trinkwasserversorgung Beschwerde führen, sind für das bundesgerichtliche Verfahren keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Die kantonalen Behörden haben keinen Anspruch auf Zusprechung einer Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Regierungsrat des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner