Sachverhalt:
A. X._ ist seit Anfang 2005 Eigentümer einer 41⁄2-Zimmer-Wohnung an der A._-Strasse in P._. Die Wohnung hat er zu einem Jahresmietzins von Fr. 13'800.-- an seine Mutter vermietet.
In der Steuererklärung 2005 deklarierte X._ Mietzinseinnahmen von Fr. 13'800.-- und Unterhaltskosten von Fr. 13'380.--, was einen Nettoertrag von Fr. 420.-- ergab. Das Steueramt der Stadt P._ setzte demgegenüber die Höhe der Mietzinseinnahmen bei den Staats- und Gemeindesteuern 2005 auf Fr. 21'420.-- fest und akzeptierte Unterhaltskosten im Betrag von Fr. 10'885.-- (Verfügung vom 8. März 2006; Einspracheentscheid vom 12. April 2006).
B. Ein Rekurs des Steuerpflichtigen mit dem Antrag, es sei der effektiv vereinnahmte Mietzins von Fr. 13'800.-- und nicht der Eigenmietwert von Fr. 21'420.-- zu berücksichtigen, wurde von der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 13. Oktober 2006 abgewiesen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau hiess eine Beschwerde von X._ gegen den Rekursentscheid am 14. März 2007 gut und wies die Sache zur Neuveranlagung an die Steuerverwaltung zurück. Das Gericht liess die Frage offen, ob bei einem Mietertrag von 64,5 % des Eigenmietwerts bereits von einer unterpreislichen Vermietung gesprochen werden könne. Auf jeden Fall habe der Grundeigentümer nach kantonalem Steuerrecht Anspruch auf den Abzug von 40 % vom Eigenmietwert. Solange der tatsächliche Mietertrag die Grenze von 60 % des Eigenmietwerts nicht unterschreite, sei dieser massgebend. Die Verweigerung des Selbstnutzungsabzugs bei Vorzugsmieten würde zu einer rechtsungleichen Behandlung führen.
C. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau hat am 4. Mai 2007 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 14. März 2007 sei aufzuheben und der Entscheid der Steuerrekurskommission vom 13. Oktober 2006 sei zu bestätigen. Die Beschwerdeführerin rügt, aufgrund des klaren Gesetzeswortlauts sei der Selbstnutzungsabzug auf am Wohnsitz selbstgenutztes Wohneigentum beschränkt. Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, der Abzug müsse aus Gründen der Rechtsgleichheit auch bei Vorzugsmieten gewährt werden, widerspreche sowohl dem Steuerharmonisierungsrecht als auch dem kantonalen Steuerrecht und sei unhaltbar.
D. Der Beschwerdegegner und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf einen Antrag verzichtet, weil die Problematik einzig die Auslegung von kantonalem Recht betreffe.

Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht in Kraft getreten (BGG; SR 173.110). Da der angefochtene Entscheid nach diesem Zeitpunkt ergangen ist, untersteht die Beschwerde dem neuen Verfahrensrecht (<ref-law>).
1.2 Die Eingabe der Beschwerdeführerin ist als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen (<ref-law> in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, StHG; SR 642.14). Es kann mit ihr die Verletzung von Bundesrecht im Sinn von <ref-law> gerügt werden, hier von Vorschriften des Steuerharmonisierungsgesetzes sowie der Bundesverfassung.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> beruhen (<ref-law>).
1.4 Die thurgauische Steuerverwaltung ist beschwerdeberechtigt (vgl. Art. 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit <ref-law>). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.5 Das angefochtene Urteil schliesst das Verfahren prozessual nicht ab, vielmehr wird die Sache zur Neuveranlagung an die Steuerverwaltung zurückgewiesen. Indessen erschöpft sich vorliegend die von der Steuerverwaltung vorzunehmende Neuveranlagung in einer rein rechnerischen Operation, indem statt des Eigenmietwerts von Fr. 21'420.-- der tatsächlich vereinnahmte Jahresmietzins von Fr. 13'800.-- berücksichtigt werden soll. Die einzig strittige Frage wurde also vom Verwaltungsgericht für die untere Instanz verbindlich beantwortet; zusätzliche Abklärungen sind keine vorzunehmen. Unter diesen Umständen ist der angefochtene Rückweisungsentscheid, der formell einen Zwischenentscheid im Sinn von <ref-law> darstellt, als Endentscheid zu betrachten, gegen den gemäss <ref-law> die Beschwerde uneingeschränkt zulässig ist (vgl. dazu eingehend <ref-ruling> ff., mit Hinweisen).
1.6 Die Beschwerdeführerin beantragt nicht nur die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, sondern darüber hinaus auch die Bestätigung der Veranlagung. Bei Beschwerden gemäss Art. 73 Abs. 3 StHG durfte das Bundesgericht bisher bei Gutheissung des Rechtsmittels bloss das angefochtene Urteil aufheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückweisen (sog. kassatorische Natur der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemäss Art. 73 Abs. 3 StHG).
Im Gegensatz dazu kann das Bundesgericht nunmehr, wenn es die Beschwerde gutheisst, selber in der Sache entscheiden oder sie zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz oder an die erste Instanz zurückweisen (<ref-law>). Diese jüngere Bestimmung geht, wie das Bundesgericht kürzlich entschieden hat, als lex posterior dem insoweit widersprechenden Art. 73 Abs. 3 StHG vor, zumal dessen formelle Anpassung an das Bundesgerichtsgesetz nur aus einem gesetzgeberischen Versehen unterblieben sein dürfte (vgl. zur Korrekturmöglichkeit <ref-law>). Somit kann das Bundesgericht bei Gutheissung einer Beschwerde, auch wenn diese eine in Art. 73 Abs. 1 StHG genannte Materie betrifft, selber in der Sache entscheiden (vgl. dazu eingehend das zur Publikation in der amtlichen Sammlung bestimmte Urteil 2C_637/2007 vom 4. April 2008, E. 1.5). Der Antrag auf Bestätigung der Veranlagung ist somit grundsätzlich zulässig.
2. 2.1 Alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten unterliegen der Einkommenssteuer (Art. 7 Abs. 1 StHG). Mit dieser Regelung ist den Kantonen die Besteuerung des Eigenmietwerts von Grundstücken ausdrücklich vorgeschrieben.
Bei der direkten Bundessteuer wird der Mietwert der selbstgenutzten Wohnung nach dem objektiven Marktwert festgelegt; er kann sich jedoch innerhalb einer gewissen Bandbreite bewegen (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 14 f.).
Für die kantonalen Steuern kann der Eigenmietwert tiefer angesetzt werden (<ref-ruling> E. 3g S. 325), darf aber im Einzelfall die verfassungsrechtliche Untergrenze von 60% der Marktmiete nicht unterschreiten (<ref-ruling> E. 4d S. 156 f.). In dieser Bandbreite enthält Art. 7 Abs. 1 StHG für die Kantone bei der Bemessung des Eigenmietwerts grundsätzlich keine engeren Schranken, als sich schon aus dem verfassungsrechtlichen Gleichbehandlungsgebot von <ref-law> und den Besteuerungsgrundsätzen von <ref-law> ergeben. Das Steuerharmonisierungsgesetz sieht weder eine unterschiedliche Besteuerung von Erst- und Zweitwohnungen vor, noch schliesst es eine solche aus, sondern es belässt dem kantonalen Gesetzgeber einen Gestaltungsspielraum (<ref-ruling> E. 3.3 S. 162, mit Hinweisen).
2.2 Nach der Praxis des Bundesgerichts zur direkten Bundessteuer kann bei Mietverträgen unter Verwandten nicht bereits aus der Tatsache, dass der vereinbarte Mietzins unter dem Eigenmietwert liegt, auf Eigennutzung geschlossen werden. Liegt jedoch der vereinbarte Mietzins unter dem Eigenmietwert und ist der Schluss berechtigt, dass ein so tiefer Mietzins missbräuchlich einzig aus Gründen der Steuerersparnis gewählt wurde, so muss Eigennutzung angenommen werden und ist die Differenz zwischen dem vereinbarten Mietzins und dem Eigenmietwert dem Eigentümer als steuerbares Einkommen aus unbeweglichem Vermögen zuzurechnen; allerdings muss es sich um einen bedeutenden Differenzbetrag handeln (Urteil 2C_12/2007 vom 22. Februar 2007, E. 3.2, mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 2A. 535/2003 vom 28. Januar 2005, E. 3, in: StE 2005 B 25.2 Nr. 7).
2.3 Im kantonalen Steuerrecht haben verschiedene Kantone (OW, NW, AR, AI, SG, GR, JU) eine klare gesetzliche Grundlage geschaffen, die es erlaubt, die Differenz zwischen vereinbartem Mietzins und Eigenmietwert steuerlich zu erfassen (vgl. Roman Blöchliger, Die Besteuerung der Vorzugsmiete an Liegenschaften, StR 62/2007, S. 610 ff., insbesondere S. 613 f.). Diesem Zweck dient auch § 23 des Gesetzes vom 14. September 1992 über die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Thurgau (StG/TG), der im hier interessierenden Teil wie folgt lautet:
"1 Steuerbar sind die Erträge aus unbeweglichem Vermögen, insbesondere:
1. alle Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung;
2. der Mietwert von Liegenschaften oder Liegenschaftsteilen, die dem Steuerpflichtigen aufgrund von Eigentum oder eines unentgeltlichen Nutzungsrechtes für den Eigengebrauch zur Verfügung stehen; die unterpreisliche Vermietung an eine nahestehende Person ist dem Eigengebrauch gleichgestellt;
.. ....
.. ....
2 Der Mietwert von am Wohnsitz selbstgenutztem Wohneigentum ist aufgrund der ortsüblichen Verhältnisse und tatsächlichen Nutzung festzulegen.
3 Zur Bildung und Förderung von am Wohnsitz selbstgenutztem Wohneigentum und zur Begünstigung der Selbstvorsorge wird von dem gemäss Absatz 2 festgelegten Mietwert ein Abzug von 40 Prozent vorgenommen."
Das Bundesgericht hatte sich zu dieser Bestimmung bereits einmal zu äussern; insbesondere erblickte es in der Tieferbewertung gemäss § 23 Abs. 3 StG/TG keinen in Art. 9 StHG nicht vorgesehenen, unzulässigen "Abzug" (<ref-ruling> E. 2 S. 67).
Die Bestimmung ist aber auch unter dem Gesichtswinkel von Art. 7 Abs. 1 StHG nicht zu beanstanden: Als spezielle gesetzgeberische Massnahme, die aufgrund und im Rahmen des dem Kanton belassenen Gestaltungsspielraums getroffen wurde, dient sie dazu, eine sachlich richtige Besteuerung herbeizuführen und so ein Unterlaufen der Eigenmietwertbesteuerung zu verhindern.
3. 3.1 Im vorliegend zu beurteilenden Fall hat der Beschwerdegegner seine Eigentumswohnung zu einem Mietzins von jährlich Fr. 13'800.-- an seine Mutter vermietet, während der Eigenmietwert unbestrittenermassen Fr. 21'420.-- beträgt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz kann bei diesem Sachverhalt nicht zweifelhaft sein, dass eine "unterpreisliche Vermietung an eine nahestehende Person" gegeben ist, die von Gesetzes wegen dem Eigengebrauch gleichgestellt ist (vgl. § 23 Abs. 1 Ziff. 2 in fine StG/TG). Mit dieser Bestimmung wollte der (kantonale) Gesetzgeber sicherstellen, dass auch im Fall einer Vorzugsmiete, namentlich unter Verwandten, eine rechtsgleiche Besteuerung durchgesetzt werden kann. Sie sollte der ständig wachsenden Zahl von Umgehungen entgegenwirken, bei denen Wohnliegenschaften namentlich an Kinder nicht mehr übereignet, sondern zu einem weit unter dem Marktwert liegenden Mietzins zur Verfügung gestellt werden (vgl. Botschaft des Regierungsrats des Kantons Thurgau vom 14. Dezember 1999 zur Änderung des StG/TG vom 24. Mai 2000).
Mit § 23 Abs. 1 Ziff. 2 StG/TG besteht demnach eine ausreichende gesetzliche Grundlage für die von der Veranlagungsbehörde vorgenommene Aufrechnung der Differenz zwischen dem vereinbarten Mietzins und dem Eigenmietwert.
3.2 Umstritten ist jedoch, ob der Beschwerdegegner Anspruch auf den Abzug von 40 Prozent vom Eigenmietwert hat, wie er gemäss § 23 Abs. 3 StG/TG für das "am Wohnsitz selbst genutzte Wohneigentum" vorgesehen ist.
Die Vorinstanz vertritt - freilich ohne stichhaltige Begründung - die Auffassung, eine Verweigerung des Selbstnutzungsabzugs beziehungsweise eine Schlechterstellung der Verwandten lasse sich "in der vorliegenden Konstellation aus Gründen der rechtsgleichen Behandlung nicht rechtfertigen". Die beschwerdeführende Steuerverwaltung rügt diese Auffassung zu Recht als unhaltbar.
3.2.1 Der Selbstnutzungsabzug wird nach dem klaren Gesetzeswortlaut nur für das "am Wohnsitz selbstgenutzte Wohneigentum" gewährt. Die fragliche Stockwerkeigentumswohnung befindet sich an der A._-Strasse in P._, der steuerrechtliche Wohnsitz des Beschwerdegegners aber an der B._-Strasse. Schon vom Wortlaut der Norm her kann er sich deshalb nicht auf § 23 Abs. 3 StG/TG berufen. Triftige Gründe, vom klaren Gesetzeswortlaut abzuweichen, werden keine dargetan.
3.2.2 Die Vorinstanz argumentiert, die einschlägige Botschaft des Regierungsrats des Kantons Thurgau zur Gesetzesänderung vom 12. Mai 1997 enthalte lediglich den Hinweis, dass bei Selbstnutzung ein Abzug vom Eigenmietwert von 40 % zulässig sein solle, nicht jedoch für Ferien- oder Zweitwohnungen. Die Vermietung unter nahen Verwandten sei von diesem Ausschluss nicht betroffen; vielmehr werde sie gemäss § 23 Abs. 1 Ziff. 2 StG/TG ausdrücklich dem Eigengebrauch, also der Selbstnutzung gleichgestellt.
Aus der Botschaft lässt sich indessen nichts zu Gunsten der Auffassung der Vorinstanz ableiten. Dass der Selbstnutzungsabzug bei Ferien- oder Zweitwohnungen nicht gelten soll, ergibt sich bereits aus dem Gesetzeswortlaut, wonach nur das "am Wohnsitz selbstgenutzte Wohneigentum" in den Genuss der Tieferbewertung nach § 23 Abs. 3 StG/TG kommen darf. Zwar handelt es sich beim fraglichen Stockwerkeigentum des Beschwerdegegners weder um eine Ferien- noch um eine Zweitwohnung (vgl. zur Differenzierung der Mietwerte in solchen Fällen <ref-ruling> E. 5 S. 164 ff., mit Hinweisen). Ein Selbstnutzungsabzug fällt aber trotzdem nicht in Betracht: Die Änderung vom 24. Mai 2000 betreffend § 23 Abs. 1 Ziff. 2 StG/TG würde ihren Zweck verfehlen, wenn die dort vorgesehene Aufrechnung bei unterpreislicher Vermietung unter Verwandten durch den drei Jahre früher eingeführten "Abzug" wiederum neutralisiert würde. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz kann daher nicht unterstellt werden, dass der Gesetzgeber den "Eigengebrauch" durch Nahestehende im Sinn von § 23 Abs. 1 Ziff. 2 StG/TG als Selbstnutzung am Wohnsitz im Sinn von § 23 Abs. 3 StG/TG aufgefasst habe.
3.2.3 Die Anwendung der fraglichen Norm entgegen ihrem klaren Wortlaut, wie sie von der Vorinstanz befürwortet wird, verstösst weiter gegen deren Sinn und Zweck: Mit dem Selbstnutzungsabzug von 40 % verfolgte der Gesetzgeber das Ziel, die Bildung von am Wohnsitz selbstgenutztem Wohneigentum zu fördern, was gleichzeitig eine Form der individuellen Selbstvorsorge darstellt (vgl. § 23 Abs. 3 StG/TG). Die Gewährung des Abzugs auch bei Vermietung an einen Dritten, selbst wenn es sich um eine nahestehende Person handelt, ist von diesem im Gesetz umschriebenen doppelten Zweck nicht mehr gedeckt.
Zwar trifft zu, dass der Eigentümer, der seine Wohnung selber nutzt und deshalb abzugsberechtigt ist, gegenüber demjenigen, der sie einer nahestehenden Person vermietet oder unentgeltlich zur Verfügung stellt, privilegiert erscheint. Diese Konsequenz ergibt sich indessen daraus, dass die fragliche Steuernorm nicht das Wohneigentum schlechthin begünstigen will, sondern genau den im Gesetz formulierten, spezifischen doppelten Zweck der Wohneigentumsbildung und Selbstvorsorge. Andere mögliche Funktionen von Wohneigentum, wie etwa die vom Beschwerdegegner geltend gemachte unterpreisliche Vermietung an nahestehende Personen "rein aus moralischen und ethischen Gründen" liegen ausserhalb des mit dem Abzug gemäss § 23 Abs. 3 StG/TG verfolgten Zweckes; solchen Unterstützungsverpflichtungen wird steuerrechtlich gegebenenfalls durch die sogenannten Sozialabzüge Rechnung getragen.
3.2.4 Die rechtliche Unterscheidung zwischen selbstgenutztem und nicht selbstgenutztem Wohneigentum ist im Gesetz selber angelegt. Abzugsberechtigt soll nach dem klaren Wortlaut und, wie aufgezeigt, auch nach dem Sinn und Zweck des Gesetzes (nur) derjenige Eigentümer sein, der sein Wohneigentum am Wohnsitz selber nutzt. Für diese Beschränkung nennt das Gesetz mit der Bildung und Förderung solchen Wohneigentums sowie der Begünstigung der Selbstvorsorge sachliche und vernünftige Gründe; von einer Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots, wie dies die Vorinstanz annimmt, kann jedenfalls keine Rede sein. Unter diesen Umständen erscheint deren Anwendung der fraglichen Bestimmungen als unvertretbar und damit willkürlich.
4. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten begründet und deshalb gutzuheissen ist. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben, und der Einspracheentscheid vom 12. April 2006 des Steueramts der Stadt P._ ist zu bestätigen.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben. Der Einspracheentscheid vom 12. April 2006 des Steueramts der Stadt P._ wird bestätigt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juni 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Fux