Fatti:
A. La tratta a cielo aperto Biasca campagna - Nodo della giustizia fa parte del progetto relativo alla nuova linea ferroviaria transalpina del San Gottardo ed è disciplinata dal decreto federale del 4 ottobre 1991 sul transito alpino (RS 742.104; cfr. art. 5bis lett. a di tale decreto). Con decisione dell'8 maggio 2001 il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) ha approvato i piani relativi alla citata tratta, presentati dalla società AlpTransit San Gottardo SA (in seguito: AlpTransit), cui spetta l'attuazione dell'opera.
B. Il 9 settembre 2005 AlpTransit ha sottoposto per approvazione all'Ufficio federale dei trasporti, quale autorità con facoltà d'istruzione, la modifica del progetto "Piazza della tecnica ferroviaria", pubblicato nel Foglio ufficiale del Cantone Ticino. Al progetto si sono opposti il Comune di Biasca e A._. Il Patriziato di Biasca ha notificato pretese d'indennità. Mediante decisione del 1° giugno 2006 il DATEC, dopo aver dichiarato irricevibile per carenza di legittimazione l'opposizione di A._, ha approvato il menzionato progetto imponendo ad AlpTransit una serie di oneri.
C. A._ impugna con un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale la decisione di approvazione dei piani, nella misura in cui gli è stata negata, quale cittadino patrizio, la legittimazione. Chiede, in via principale, di annullare la decisione del DATEC invitandolo a esaminare nel merito la sua opposizione e, in via cautelare, di concedere effetto sospensivo al gravame.
Non sono state chieste osservazioni.

Diritto:
1. 1.1 Secondo l'art. 18h cpv. 5 della legge federale sulle ferrovie del 20 dicembre 1957 (Lferr; RS 742.101), in relazione con l'art. 25 cpv. 1 dell'ordinanza sul transito alpino (OTrAl; RS 742.104.1) e <ref-law>, la decisione di approvazione dei piani del Dipartimento può essere impugnata mediante ricorso di diritto amministrativo dinanzi al Tribunale federale (cfr. <ref-ruling> consid. 2.1). Il rimedio, tempestivo, è pertanto ammissibile.
1.2 Il ricorrente può far valere che il DATEC gli avrebbe negato a torto la legittimazione a opporsi all'approvazione dei piani (cfr. <ref-ruling> consid. 1a, 125 II 10 consid. 2b, 123 II 232 consid. 2 pag. 234).
1.3 Secondo l'<ref-law>, chi ha qualità di parte secondo le prescrizioni della legge sulla procedura amministrativa del 20 dicembre 1968 (RS 172.021) o della legge federale sull'espropriazione del 20 giugno 1930 (LEspr: RS 711) può fare opposizione presso l'autorità competente. La questione dev'essere esaminata sulla base dell'<ref-law>, che ha lo stesso tenore dell'art. 103 lett. a OG relativo al ricorso di diritto amministrativo.
1.4 Giusta l'art. 103 lett. a OG la facoltà di interporre ricorso di diritto amministrativo spetta a chiunque è toccato dalla decisione impugnata e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modificazione della stessa. Il ricorrente deve quindi dimostrare che la decisione lo tocca più di chiunque altro nei suoi interessi materiali o ideali, senza riguardo alla circostanza che siano giuridici o di mero fatto. Egli deve avere con l'oggetto litigioso un rapporto stretto, particolare e degno di protezione. Il ricorso volto al semplice rispetto delle normative vigenti o alla pura tutela di interessi di terzi è inammissibile: l'azione popolare è esclusa (<ref-ruling> consid. 2 e 2.1, 125 I 7 consid. 3a-c, 123 II 425 consid. 2). In particolare, nella procedura di approvazione dei piani ferroviari, il privato cittadino interessato dall'edificazione dell'opera deve spiegare concretamente in quale misura il progetto violi il diritto federale riguardo alla situazione del suo fondo (<ref-ruling> consid. 1c e d, 118 Ib 206 consid. 8b, pag. 214 seg.; sentenza 1E.10/2001 del 26 novembre 2001 consid. 1c, apparsa in RDAT I-2002 n. 65). È generalmente legittimato a ricorrere colui che abita vicino a un impianto che sia fonte di un rumore chiaramente percettibile e tale da disturbare la sua tranquillità (<ref-ruling> consid. 2b, 119 Ib 179 consid. 1c pag. 184).
1.5 Il ricorrente non rende per nulla verosimile che queste condizioni sarebbero adempiute nei suoi confronti. È quindi a ragione che il DATEC non ha esaminato la sua opposizione nel merito.
1.6 Il ricorrente, tenuto ad addurre i fatti a sostegno della sua legittimazione e a dimostrarla (<ref-ruling> consid. 1d/bb pag. 165, 125I 173 consid. 1b, 253 consid. 1c) si limita a ribadire l'assunto, compiutamente e rettamente confutato nella decisione impugnata ai cui pertinenti motivi si può rinviare (art. 36a cpv. 3 secondo periodo OG), secondo cui la sua qualità di cittadino patrizio comporterebbe la sua legittimazione ad opporsi alla contestata approvazione dei piani: ciò poiché, al suo dire, l'Amministrazione (Ufficio) patriziale non sarebbe competente a pronunciarsi sull'affitto, la permuta, l'alienazione, la commutazione dell'uso e il godimento dei beni patriziali, queste competenze spettando al Consiglio patriziale. Ora il ricorrente non è manifestamente legittimato a far valere, in nome proprio e personale, l'asserita lesione di interessi di terzi, segnatamente dell'Ufficio o del Consiglio patriziale (cfr. <ref-ruling> consid. 5.2), ch'egli nemmeno sostiene d'essere abilitato a rappresentare. Né egli adduce d'essere toccato, quale proprietario di fondi, dalla decisione impugnata. La circostanza, sulla quale egli insiste, che il progetto è pubblicato sul Foglio ufficiale non comporta chiaramente la legittimazione a fare opposizione per cittadini non toccati dai piani in esame.
2. 2.1 Ne segue che il ricorso dev'essere respinto. Le spese sono poste a carico del ricorrente, il gravame essendo manifestamente infondato (cfr. art. 116 cpv.1 LFespr). Comunque, vista la natura della presente procedura, si giustifica di prelevare una tassa di giustizia ridotta (sentenza 1E.10/2001 consid. 4, citata).
2.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, visto l'art. 36a OG, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 500.-- è posta a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, all'AlpTransit e al Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni.