Fatti:
A. Il 27 maggio 2009 la A._, con sede a Mendrisio, ha presentato all'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) una domanda di autorizzazione per la commercializzazione di una bevanda rinfrescante, fondata sull'art. 8 della legge federale del 9 ottobre 1992 sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso (Legge sulle derrate alimentari, LDerr; RS 817.0) in relazione con gli art. 5 e 6 dell'ordinanza del 23 novembre 2005 sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso (ODerr; RS 817.02), la quale è stata respinta dall'Ufficio federale con decisione del 28 luglio 2009.
B. Il 31 agosto 2009 il Tribunale amministrativo federale, Corte III, al quale la società si è rivolta basandosi sull'indicazione dei rimedi giuridici figuranti nella decisione del 28 luglio 2009, ha dichiarato il gravame inammissibile per difetto di competenza e l'ha trasmesso all'Ufficio federale della sanità pubblica affinché lo trattasse come un'opposizione.
C. Il 29 settembre 2009 il Dipartimento federale dell'Interno ha inoltrato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la sentenza impugnata sia annullata e la vertenza rinviata al Tribunale amministrativo federale per nuovo esame.
La A._ ha rinunciato ad esprimersi e si è rimessa al giudizio del Tribunale federale. Da parte sua il Tribunale amministrativo federale, Corte III, propone che l'impugnativa, nella misura in cui è ammissibile, sia respinta.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.1 con riferimenti).
1.1 La decisione litigiosa è stata emessa nell'ambito di una vertenza concernente il rilascio (negato) di un'autorizzazione per la commercializzazione di una bevanda rinfrescante in applicazione della legislazione federale sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso. Pronunciata dal Tribunale amministrativo federale (<ref-law>) in una causa di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>, il giudizio contestato può, di principio, essere impugnato mediante il rimedio ordinario del ricorso in materia di diritto pubblico.
1.2 Il ricorso è di regola proponibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento (<ref-law>), contro le decisioni parziali indicate nell'<ref-law> così come contro le decisioni pregiudiziali e incidentali separate dal merito che riguardano la competenza o la ricusazione (<ref-law>), trattandosi di questioni che necessitano di essere chiarite immediatamente e non possono più essere sollevate ulteriormente (<ref-ruling> consid. 2.1).
La decisione querelata non pone fine al procedimento. Il Tribunale amministrativo federale si è infatti limitato a declinare la propria competenza ad evadere la fattispecie e ha trasmesso la causa all'autorità di prime cure per trattazione. Si tratta di conseguenza di una decisione incidentale notificata separatamente dal merito e concernente la competenza ai sensi dell'<ref-law>, direttamente impugnabile al Tribunale federale.
1.3 Il ricorrente, contrariamente a quanto suppone il Tribunale amministrativo federale, è legittimato a ricorrere (<ref-law>): in effetti oltre al fatto che la legislazione federale sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso rientra nella propria sfera di competenza, in concreto esso non interviene - come ipotizzato dall'autorità inferiore - per difendere eventuali diritti di parte lesi dell'autorità di prime cure, ma per tutelare una corretta nonché uniforme applicazione della normativa federale (cfr. YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, n. 3136 segg all'art. 89, segnatamente n. 3145; ALAIN WURZBURGER in: Commentaire de la LTF, 2009, n. 43 segg all'art. 89, segnatamente n. 45), nozione che ingloba anche l'uso corretto delle vie di ricorso previste dalla legge federale in esame. Interposto tempestivamente (<ref-law>) e essendo adempite, come illustrato in precedenza, le altre condizioni di ammissibilità, il presente ricorso è, quindi, in linea di massima, ricevibile.
2. Nel giudizio contestato il Tribunale amministrativo federale, statuendo nella composizione di una Corte con un giudice unico, ha dapprima ricordato che, conformemente all'<ref-law>, il ricorso dinanzi ad esso non era ammissibile contro le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, potevano essere impugnate mediante opposizione o ricorso ad un'autorità ai sensi dell'art. 33 lett. c-f LTAF. Al riguardo ha rilevato che, giusta l'<ref-law>, le decisioni sui provvedimenti previsti dalla citata legge potevano essere impugnate con opposizione all'autorità di decisione, ciò che non era stato fatto nel caso di specie. Ha poi giudicato che niente permetteva di far uso del cosiddetto "Sprungbeschwerde" il quale, salvo eccezioni non realizzate in concreto, era comunque di regola escluso quando vi era la possibilità dell'opposizione. Infine ha giudicato che né motivi di economia processuale o di celerità né la pretesa indisponibilità dell'autorità di prime cure a modificare la propria decisione l'autorizzavano a decidere direttamente escludendo in tal modo la procedura d'opposizione. Ha quindi dichiarato inammissibile per difetto di competenza il gravame, trasmettendolo all'autorità di prime cure affinché lo trattasse come un'opposizione.
3. 3.1 Il ricorrente, dopo avere precisato che la domanda di autorizzazione all'origine della vertenza poggiava sull'<ref-law>, fa valere che dal Messaggio del Consiglio federale concernente una legge federale su le derrate alimentari e gli oggetti d'uso del 30 gennaio 1989 (FF 1989 741 segg.) emerge che la procedura dell'opposizione disciplinata dall'<ref-law> è data unicamente nei confronti delle decisioni su provvedimenti previsti dagli art. 27 a 29 LDerr (attuali art. 28 a 30). Per le altre decisioni pronunciate da autorità federali - come quella ora impugnata - è direttamente aperta la via di ricorso al Tribunale amministrativo federale. Considera inoltre che la brevità del termine per formulare un'opposizione - 5 giorni - conforta questa tesi: trattandosi spesso di controllare delle merci deperibili, bisogna infatti agire celermente, ciò che non è affatto il caso per una domanda di autorizzazione fondata sull'<ref-law>. Aggiunge poi che l'Ufficio federale della sanità pubblica non è l'autorità competente per decidere sui provvedimenti figuranti agli (attuali) art. 28 a 30 LDerr. Infine conclude rilevando che la criticata indicazione dei rimedi giuridici (possibilità di ricorrere senza prima esperire un'opposizione) corrisponde alla prassi vigente prima dell'adozione della legge sul Tribunale amministrativo federale e che l'entrata in vigore della stessa non ha originato motivi per derogarvi. La decisione del 31 agosto 2009 deve pertanto essere annullata e la causa rinviata al Tribunale amministrativo federale per nuovo esame.
3.2 Riassunta l'argomentazione del Dipartimento ricorrente, il Tribunale amministrativo federale vi contrappone la propria, adducendo che l'interpretazione letterale dell'<ref-law> induce a ritenere che tutti i provvedimenti previsti dalla legge possono essere impugnati con un'opposizione all'autorità decidente. Solo dal Messaggio del Consiglio federale si desumerebbe la volontà del legislatore di limitare la procedura d'opposizione a determinati provvedimenti. Orbene a prescindere dal quesito di sapere se, di fronte ad un testo chiaro, si possa esigere dagli amministrati che consultino detto Messaggio, il Tribunale amministrativo federale ritiene che non può comunque aprioristicamente essere conferita priorità assoluta all'interpretazione storica. Al riguardo osserva che nel Messaggio si evidenzia che nel settore delle derrate alimentari trattasi sovente di accertamenti e di misure prettamente tecniche, di sola competenza di specialisti. È quindi opportuno, a suo avviso, che l'autorità decisionale riesamini la propria decisione, al fine di eliminare ambiguità ed evitare procedure ricorsuali. Rileva poi che una corretta esegesi non può prescindere dal considerare i contrapposti interessi privati e pubblici nonché aggiunge che le intenzioni perseguite con l'attuazione di una legge non dovrebbero essere inalterabili, ma evolvere con le mutate condizioni temporali (si pensi all'importante riforma della giustizia intervenuta nel frattempo). Dato che lo scopo principale della procedura d'opposizione è di favorire un corretto accertamento dei fatti da parte dell'amministrazione, rispettivamente di sgravare l'autorità di ricorso, non vi è allora, a suo parere, una sostanziale differenza tra i provvedimenti di cui agli art. 28-30 LDerr e i provvedimenti o decisioni ai sensi dell'<ref-law> che dir si voglia, resi sulla base dell'<ref-law>. Infine, riguardo alla pretesa necessità di agire rapidamente, il Tribunale amministrativo federale considera che non va confusa la questione dei termini differenziati con lo scopo primario dell'<ref-law>. A suo avviso è invece determinante il dovere risolvere quesiti prettamente tecnici. Contesta poi la necessità di mantenere la prassi vigente prima dell'entrata in vigore della LTAF e sostiene, infine, che l'interpretazione restrittiva del ricorrente, basata unicamente sul metodo storico, non trova più un sufficiente fondamento di fronte ad una combinazione dei metodi letterale, teologico e sistematico (qualora non fosse già sufficiente il solo metodo letterale) che invece adempie i presupposti di una corretta interpretazione dell'effettiva volontà del legislatore.
3.3 Per interpretare una norma di legge ci si riferisce in primo luogo al suo tenore letterale. Secondo la giurisprudenza, ci si discosta dal senso letterale di un testo chiaro, facendo capo all'interpretazione, solamente qualora delle ragioni obiettive inducano a ritenere che esso non restituisce il vero significato della disposizione in esame. Simili ragioni possono emergere dai lavori preparatori, dallo scopo e dal senso della disposizione legale così come dalla sistematica della legge. Se il testo di una norma non appare invece completamente chiaro o si presta a diverse possibili interpretazioni, la sua portata viene allora determinata tenendo conto dei lavori preparatori (interpretazione storica), del suo senso e scopo (interpretazione teleologica) nonché della sua relazione con altri disposti (interpretazione sistematica). Il Tribunale federale non privilegia un criterio d'interpretazione in particolare; per accedere al senso di una norma preferisce, pragmaticamente, ispirarsi ad un pluralismo interpretativo (<ref-ruling> consid. 4.1 e riferimenti).
Va poi rammentato che le versioni tedesca, francese ed italiana di un testo legale hanno, di principio, il medesimo valore. Sennonché esse non sempre corrispondono, sia a seguito di un errore sorto durante l'elaborazione della legge oppure a causa di differenze di significato apparse ulteriormente o ancora per via di sfumature linguistiche. È allora necessario decidere, conformemente alla prassi appena illustrata, la quale prevale (<ref-ruling> consid. 2.4.2 e richiami).
3.4 L'<ref-law>, il cui titolo marginale è "Procedura d'opposizione", prevede che "le decisioni su provvedimenti previsti dalla presente legge possono essere impugnate con opposizione all'autorità di decisione". A loro volta le versioni tedesca e francese (titolo marginale: "Einspracheverfahren" e "Procédure d'opposition"), sanciscono che "Verfügungen über Massnahmen im Sinne dieses Gesetzes können bei der verfügenden Behörde mit Einsprache angefochten werden" rispettivamente che "les décisions ayant trait à des mesures prévues par la présente loi peuvent faire l'objet d'une opposition devant l'autorité de décision".
3.4.1 Occorre pertanto determinare cosa il legislatore ha voluto intendere con l'espressione "provvedimenti previsti dalla presente legge". Da un confronto delle versioni tedesca "Massnahmen im Sinne dieses Gesetzes" e francese "mesures prévues par la présente loi" con quella italiana scaturisce innanzitutto che il termine "provvedimento" è da comprendere nel senso di "misura, disposizione". Nella legge il termine "provvedimento" appare al Capitolo 3, relativo al controllo delle derrate alimentari, segnatamente alla Sezione 3, intitolata proprio "Provvedimenti" ("Massnahmen", "Mesures"), nella quale gli art. 28 a 30 elencano una serie di misure che gli organi del controllo cantonale e/o federale possono adottare quando, dopo avere effettuato un controllo di merci, procedimenti di fabbricazione, locali, impianti, animali, piante, ecc., constatano (<ref-law>) che, da un determinato aspetto, le esigenze legali non sono rispettate. Dal tenore delle citate norme risulta quindi che i provvedimenti menzionati nella legge sulle derrate alimentari si riferiscono ad una categoria ben definita di misure, di sola competenza di talune autorità e da attuare unicamente nell'ambito del controllo delle derrate alimentari.
Quest'interpretazione trova conferma nel Messaggio del Consiglio federale. Dopo avervi ricordato cosa ricopre il controllo delle derrate alimentari e chi vi procede, il legislatore sottolinea l'importanza rivestita dai provvedimenti che possono essere adottati quando mediante la contestazione viene accertata, tra l'altro, una messa in pericolo della salute ed enumera le diverse possibilità esistenti a disposizione (FF 1989 789), che vanno dalla correzione del vizio alla confisca della merce, dalle misure profilattiche all'avvertimento al pubblico, dal respingimento alla consegna delle merci (FF 1989 790) oppure - quando si tratta di locali, impianti, veicoli, ecc. - dal ripristino di una situazione conforme alle prescrizioni (FF 1989 790) al divieto di sfruttamento o alla chiusura dello stabilimento (FF 1989 791), senza dimenticare le misure provvisionali quali il sequestro, la messa al sicuro, l'uso sotto sorveglianza ufficiale e, infine, l'eliminazione immediata della merce (FF 1989 791 e seg.). Dopo avere elencato le autorità competenti, i cosiddetti organi del controllo cantonale (elencati all'<ref-law>) e federale (i funzionari doganali, i veterinari di confine; cfr. FF 1989 784), il legislatore precisa che la procedura dell'opposizione è data unicamente contro i provvedimenti di cui agli (attuali) art. 28 a 20 LDerr, potendo, a sua volta, la decisione su opposizione essere contestata mediante un ricorso all'autorità superiore, mentre le altre decisioni sono invece direttamente impugnabili (in virtù degli art. 54 o 55 LDerr; cfr. FF 1998 813). Occorre infine rilevare che durante i dibattiti parlamentari gli art. 27 a 29 LDerr (attuali art. 28-30) così come l'<ref-law> sono stati accettati senza discussione alcuna sia dal Consiglio degli Stati che dal Consiglio Nazionale: ciò dimostra, se necessario, che la volontà del legislatore così come espressa nel Messaggio era non solo chiara ma è stata anche pienamente condivisa (cfr. BU CS, ottobre 1990, pag. 761 e segg., segnatamente pag. 782 e 785; BU CN, gennaio 1992, pag. 86 e 92).
Visto quel che precede, il presupposto su cui si fonda l'autorità inferiore, secondo il quale il termine "provvedimento" si riferirebbe a tutte le decisioni prese in base alla legge federale in esame, rispettivamente le parole "provvedimento" e "decisione" sarebbero equivalenti ed avrebbero lo stesso significato (cfr. risposta del Tribunale amministrativo federale del 3 novembre 2009, consid. 1 pag. 2 e 3.3 § 2 pag. 3) risulta errato e va pertanto respinto. Come illustrato in precedenza, i provvedimenti di cui all'<ref-law> concernono una categoria ben definita di misure, di competenza esclusiva di precise autorità e da attuare in casi specifici. Ciò che è confermato peraltro dal fatto che nella legge stessa quando si parla di "provvedimento/i" si rinvia agli art. 28 a 30 LDerr (cfr. art. 55 e 57 LDerr). Orbene, l'istanza all'origine della presente vertenza si differenzia radicalmente dalle situazioni elencate nei citati disposti sia dal profilo dell'oggetto della lite - non si tratta infatti di una merce contestata perché non rispettava le esigenze legali, bensì di un'istanza volta ad ottenere l'autorizzazione per la commercializzazione di un nuovo prodotto - che per quanto concerne l'autorità giudicante, l'Ufficio federale della sanità pubblica non essendo un organo di controllo ai sensi della legge federale sulle derrate alimentari (cfr. <ref-law>). La procedura prevista per l'ammissione di nuove derrate alimentari, disciplinata agli <ref-law>, 5 e 6 ODerr (cfr. anche il relativo Messaggio in FF 1989 771) manifestamente non va annoverata tra i provvedimenti di cui all'<ref-law>, motivo per cui la relativa decisione non è, di conseguenza, soggetta ad opposizione.
3.4.2 Dall'insieme delle considerazioni che precedono emerge che la tesi sostenuta dal Tribunale amministrativo federale non può essere condivisa, senza che occorra ancora pronunciarsi sul quesito della priorità da attribuire ai diversi metodi interpretativi. Riguardo agli ulteriori argomenti sollevati dal medesimo (tra cui la questione dei quesiti tecnici da risolvere), nessuno di loro permette di scostarsi dalla chiara volontà del legislatore e d'instaurare, senza modifica legislativa, un rimedio giuridico che non è stato previsto. Per quanto concerne poi il quesito delle vie legali a disposizione, segnatamente la questione concernente la prassi vigente prima dell'entrata in vigore della LTAF, ci si limita a ricordare che in seguito alla revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, la quale è stata voluta per colmare tra l'altro una lacuna importante nel sistema delle istanze giudiziarie inferiori, più precisamente per concretizzare la garanzia generale della via giudiziaria, i servizi di ricorso dei Dipartimenti sono stati sostituiti dal Tribunale amministrativo federale, dinanzi al quale vanno ora, di norma, direttamente contestate le decisioni delle autorità federali (cfr. Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001 in: FF 2001 3764, segnatamente pag. 3789).
3.4.3 Occorre infine aggiungere che visto quanto precede, segnatamente i quesiti da risolvere, è del tutto sorprendente che il Tribunale amministrativo federale abbia evaso la fattispecie in applicazione dell'<ref-law>, ossia che il giudice dell'istruzione abbia deciso quale giudice unico ritenendo l'impugnazione sottopostagli manifestamente inammissibile.
3.5 In conclusione il ricorso in materia di diritto pubblico si rivela fondato e come tale dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata. La causa va pertanto rinviata al Tribunale amministrativo federale affinché si pronunci sul merito della vertenza.
4. Non si prelevano spese (art. 66 cvp. 1 e 4 LTF) e non si assegnano ripetibili né alla A._, la quale non si è espressa, né al ricorrente vincente (art. 68 cpv. 1 e 3 LTF).

per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto, la decisione impugnata è annullata e la causa è rinviata al Tribunale amministrativo federale, Corte III, affinché si pronunci sul merito della vertenza.
2. Non si riscuotono spese giudiziarie e non si concedono ripetibili per la sede federale.
3. Comunicazione al Dipartimento federale dell'interno, al Tribunale amministrativo federale, Corte III, e alla A._.