Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 15. Mai 1986 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem 1958 geborenen L._, der am 17. September 1976 mit dem Motorrad verunfallte und seither an einer Beinlähmung links leidet, nach verschiedenen Eingliederungsmassnahmen ab 1. Mai 1986 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu. Am 28. Februar 1995 ersuchte der Versicherte um Erhöhung der Rentenleistungen. Nach Einholung eines Berichts der Beruflichen Abklärungsstelle (BEFAS) vom 6. Juni 1996 gewährte ihm die IV-Stelle mit Verfügung vom 31. Januar 1997 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 68 % mit Wirkung ab 1. März 1995 eine ganze Rente, welche am 25. März 1998 und am 28. Mai 2001 revisionsweise bestätigt wurde. Infolge der 4. IV-Revision (per 1. Januar 2004 in Kraft) setzte die IV-Stelle die laufende ganze Rente bei unverändertem Invaliditätsgrad mit Verfügung vom 25. Juni 2004 per 1. August 2004 auf eine Dreiviertelsrente herab. Dagegen liess L._ Einsprache erheben, mit der Begründung, sein Gesundheitszustand habe sich verschlechtert. Am 26. September 2005 teilte die IV-Stelle dem Versicherten mit, dass sie nicht nur an der angefochtenen Verfügung vom 25. Juni 2004 festhalte, sondern eine wiedererwägungsweise Herabsetzung der Rente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 50 % beabsichtige. Sodann gab sie ihm die Möglichkeit sich zur Sache zu äussern, kündigte eine reformatio in peius an und stellte ihm frei, die Einsprache zurückzuziehen. Nachdem der Versicherte an seiner Einsprache festhielt, wies die IV-Stelle diese mit Einspracheentscheid vom 13. Januar 2006 ab, setzte die Rente mit Wirkung ab 1. März 1995 basierend auf einem Invaliditätsgrad von 50 % auf eine halbe Rente fest und sprach ihm - unter Berücksichtigung von <ref-law> - mit Wirkung ab 1. März 2006 eine halbe Invalidenrente zu.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde, in deren Folge weitere ärztliche Berichte eingereicht worden waren, mit Entscheid vom 5. Juni 2007 ab.
C. Der Versicherte lässt unter Beilage eines kreisärztlichen Untersuchungsberichts der SUVA (vom 6. Juli 2007) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei festzustellen, dass er ab 1. März 1995 Anspruch auf eine volle Rente bei einem Invaliditätsgrad von 68 % habe. Weiter sei festzustellen, dass ihm eine ganze Rente bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 70 % ab dem 1. März 2006 zustehe. Eventuell sei die Sache zwecks Durchführung medizinischer Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen, zudem sei ein Parteiverhör durchzuführen.
Während die IV-Stelle unter Verweis auf den Gerichtsentscheid auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>), wozu auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteile 9C_40/2007 vom 31. Juli 2007, E. 1; Ulrich Meyer, N 25, 36 und 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008) und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift gehört (Urteile 8C_364/2007 vom 19. November 2007, E. 3.3). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat die Begriffe der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) sowie die gesetzlichen Vorschriften über den Umfang eines allfälligen Rentenanspruchs (<ref-law>) und die Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) einschliesslich der dazu ergangenen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 1 S. 30 f. mit Hinweisen) zutreffend dargelegt, worauf verwiesen wird. Gleiches gilt für die Rentenrevison (<ref-law>) und die massgebende Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3.5 S 349 ff., ferner <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.). Richtig sind auch die Ausführungen zur Bedeutung ärztlicher Auskünfte im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261 und 351 E. 3 S. 352 ff.).
2.2 Zu betonen bleibt, dass die Verwaltung befugt ist, jederzeit von Amtes wegen auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet haben, zurückzukommen, wenn sie zweifellos unrichtig sind und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-law>). Die Wiedererwägung im Sinne dieser Bestimmung dient der Korrektur einer anfänglich unrichtigen Rechtsanwendung einschliesslich unrichtiger Feststellung im Sinne der Würdigung des Sachverhalts (<ref-ruling> E. 2c S. 17 mit Hinweis; Urteil 9C_215/2007 vom 2. Juli 2007 E. 3.1). Ein Verwaltungsakt ist zweifellos unrichtig, wenn kein vernünftiger Zweifel an der Unrichtigkeit möglich ist. Es ist nur ein einziger Schluss - derjenige auf Unrichtigkeit der Verfügung - möglich (SVR 2005 ALV Nr. 8 S. 27 E. 3.1.1 [C 214/03]). Unter diesen Voraussetzungen kann die Verwaltung eine Rentenverfügung auch dann abändern, wenn die Revisionsvoraussetzungen des <ref-law> nicht erfüllt sind (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 469 mit Hinweisen).
3. Streitig und zu prüfen ist zunächst die Frage, ob die Rentenrevisionsverfügung vom 31. Januar 1997 zu Recht in Wiedererwägung gezogen und die Zusprache einer Rente im Ausmass über eine halbe Rente per 1. März 1995 aufgehoben wurde. Mithin gilt zu beurteilen, ob diese Revisionsverfügung zweifellos unrichtig war. Ausser Frage steht indessen, dass deren Berichtigung im Falle zweifelloser Unrichtigkeit von erheblicher Bedeutung wäre.
3.1 Die Vorinstanz erwog im angefochtenen Entscheid, dass sich der von der IV-Stelle revisionsweise vorgenommene Einkommensvergleich als falsch erweise, was im Einspracheentscheid vom 13. Januar 2006 korrekt dargelegt worden sei. Die IV-Stelle habe in der Revisionsverfügung vom 31. Januar 1997 das Valideneinkommen mit Fr. 63'211.- (in der angestammten Tätigkeit als Zementer) und das Invalideneinkommen mit Fr. 20'475.- bemessen und so einen Invaliditätsgrad von 67,7% errechnet. Dabei habe sie das Invalideneinkommen zu Unrecht allein unter Berücksichtigung einer möglichen Tätigkeit als Hilfsmechaniker in einer Velowerkstatt festgelegt.
In der Folge nahm die Vorinstanz einen eigenen Einkommensvergleich vor. Beim Valideneinkommen ging sie davon aus, dass der Beschwerdeführer in seiner angestammten Tätigkeit als Zementer im Jahre 1995 (Zeitpunkt der Rentenerhöhung) ein Einkommen von Fr. 61'750.- (4'750.- x 13) hätte erzielen können und verwies auf ein eigenes Urteil vom 22. September 2000 im entsprechenden Unfallversicherungsprozess. Bei der Bemessung des Invalideneinkommens zog sie die Tabellenlöhne der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) bei und berücksichtigte, da dem Beschwerdeführer nur Hilfsarbeiten offen stehen, die Rubrik "einfache und repetitive Tätigkeiten". Ausgehend vom durchschnittlichen monatlichen Bruttolohn (Zentralwert) für Männer, Anforderungsniveau 4, privater Sektor, total (Tabelle TA1, LSE 1994), aufgerechnet auf die betriebsübliche wöchentliche Arbeitszeit von 41,9 Stunden im Jahre 1995 und unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung von 1,3 % bis ins Jahre 1995, errechnete sie ein Invalideneinkommen von Fr. 52'551.-. Dieses reduzierte sie auf Fr. 37'626.- mit der Begründung, dass der Versicherte bloss noch im Umfang von 30 Stunden pro Woche (sechs Stunden täglich) arbeiten könne. Zudem gewährte sei einen Abzug vom Tabellenlohn von 20 % zufolge mannigfaltig eingeschränkter Einsatzfähigkeit, woraus ein Invalideneinkommen von Fr. 30'100.80 resultierte. In Gegenüberstellung der beiden Vergleichseinkommen (Valideneinkommen von Fr. 61'750.- und Invalideneinkommen von Fr. 30'100.80) errechnete sei einen Invaliditätsgrad von 51,25 % und folgerte, dass der Rentenrevisionsentscheid vom 31. Januar 1997 offensichtlich unrichtig war und zu Recht in Wiedererwägung gezogen wurde.
3.2 Das kantonale Gericht stützte sich bezüglich der Arbeitsfähigkeit in Bestätigung der IV-Stelle auf den Bericht der BEFAS vom 6. Juni 1996. Entgegen den Einwendungen des Beschwerdeführers ist dies nicht zu beanstanden, erfüllt dieser doch alle von der Rechtsprechung aufgestellten Anforderungen an eine beweistaugliche und beweiskräftige medizinische Entscheidgrundlage (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Ausschlaggebend für den Beweiswert ist dabei entgegen dem Beschwerdeführer nicht die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten. In diesem BEFAS-Bericht wird von einer zumutbaren Arbeitsfähigkeit von 50 % für eine vorwiegend sitzend auszuführende, leichtere manuelle Tätigkeit, bei Möglichkeit zu kurzzeitigen Positionswechseln (Sitzen/Stehen oder ein paar Schritte Gehen) ausgegangen. Wegen verminderter körperlicher Belastbarkeit und auch prophylaktisch möglichst zur Vermeidung des Auftretens von Druckulcedra am linken Fuss empfiehlt sich gemäss medizinischer Einschätzung eine Verwertung der Arbeitsfähigkeit bei reduziertem Arbeitspensum (z.B. 4 1⁄2 bis 6 Stunden täglich). Indem die Vorinstanz gestützt darauf bei der Bestimmung des Invalideneinkommens von einer Arbeitsfähigkeit in angepasster Tätigkeit von sechs Stunden täglich, bzw. 30 Stunden wöchentlich ausging, hat sie, wie vom Beschwerdeführer zu Recht gerügt wird, den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, weshalb das Bundesgericht daran nicht gebunden ist. Vielmehr ist auf der Basis einer ausgewiesenen zumutbaren Arbeitsfähigkeit von 50 % von einem Invalideneinkommen von Fr. 26'275.50 (gemäss LSE Fr. 52'551.- : 2) auszugehen. Unter Berücksichtigung eines Abzuges von 20 % resultiert ein Invalideneinkommen von Fr. 21'020.40. Was den beschwerdeweise geltend gemachten höheren Abzug von 25 % betrifft, gilt festzustellen, dass die Frage nach der Höhe eines in einem konkreten Fall grundsätzlich angezeigten leidensbedingten Abzugs eine typische Ermessensfrage darstellt, deren Beantwortung letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht sein Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also Ermessensmissbrauch oder aber Ermessensüberschreitung oder -unterschreitung vorliegt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 in fine S. 399). Davon kann vorliegend indessen keine Rede sein. Die Vorbringen in der Beschwerdeschrift lassen den vorinstanzlich bestätigten 20%igen Abzug nicht als ermessensmissbräuchlich erscheinen, sodass daran festgehalten wird.
Bezüglich des Valideneinkommens ging die Vorinstanz von Fr. 61'750.- aus. Weshalb sie nicht das gleiche Einkommen wie in der Verfügung in Höhe von Fr. 63'211.- zu Grunde legte, welches gemäss dem vorinstanzlich bestätigten Einspracheentscheid aufgrund der Angaben des ehemaligen Arbeitgebers unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung ermittelt wurde, wird nicht begründet, schon gar nicht, dass dieses zweifellos unrichtig war. Der Verweis auf den Einkommensvergleich im Unfallversicherungsprozess vermag nicht zu genügen (vgl. <ref-ruling> und <ref-ruling>). Mithin ergibt sich in Gegenüberstellung des Valideneinkommens von Fr. 63'211.- und des Invalideneinkommens von Fr. 21'020.40 ein Invaliditätsgrad von 66,8 % oder gerundet von 67 %. Bei dieser Ausgangslage erweist sich der in der Revisionsverfügung vom 31. Januar 1997 errechnete Invaliditätsgrad von 67,7 % nicht als zweifellos unrichtig. Somit mag das damalige Vorgehen der Verwaltung (Abstellen auf eine einzige Verweisungstätigkeit) mit der Vorinstanz zwar falsch gewesen sein, allerdings rechtfertigt dies nicht, die Revisionsverfügung vom 31. Januar 1997, mit welcher gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 68 % mit Wirkung ab 1. März 1995 eine ganze Rente zugesprochen wurde, wiedererwägungsweise aufzuheben. Um eine zugesprochene Rente wiedererwägungsweise aufheben zu können, müsste - nach damaliger Sach- und Rechtslage - erstellt sein, dass eine korrekte Invaliditätsbemessung hinsichtlich des Leistungsanspruchs zu einem anderen Ergebnis geführt hätte (vgl. Urteil 9C_575/2007 vom 18. Oktober 2007, E. 3.3 mit Hinweisen).
4. 4.1 Weiter gilt es zu prüfen, ob sich im massgebenden Vergleichszeitraum seit der Rentenverfügung vom 31. Januar 1997 bis zum Einspracheentscheid vom 13. Januar 2006 (<ref-ruling> E. 3.2.3. S. 76 mit Hinweisen) der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers und mithin die Arbeitsfähigkeit in Renten relevantem Ausmass verschlechtert hat, wie der Beschwerdeführer geltend macht.
4.2 Nach überzeugender Würdigung der medizinischen Aktenlage, insbesondere auch der im Rahmen des kantonalen Gerichtsverfahrens eingereichten Berichte des Spitals X._ (vom 13. September 2005, 21. Dezember 2005 und 16. März 2006), wo am 1. September 2005 eine Laminektomie L5, eine mikrochirurgische Dekompression der Wurzeln L4, L5 und S1 beidseits, eine interkorporelle Fusion L4/L5 und L5/S1 mit PEEK-Cages und autologem Knochen, eine dynamische Instrumentierung von L3-S1 mit Dynesys-Pedikelschraubensystem vorgenommen wurden, und des Berichts des Rehabilitationszentrums der Klinik Y._ (vom 30. September 2005), hat die Vorinstanz erwogen, dass sich der Gesundheitszustand seitens der Unfallfolgen nicht verändert hat. Was die vom Hausarzt Dr. med. B._, Facharzt FMH für Allgemeinmedizin, im Bericht vom 31. Dezember 2004 erwähnten, neu aufgetretenen Rückenbeschwerden (als Folge der Fehlbelastung und der Lähmung des linken Beines) betrifft, hielt sie gestützt auf die aktuellen Berichte des Spitals X._ zu Recht fest, dass diese erfolgreich operativ behandelt wurden und anlässlich der Schlusskontrolle Mitte März 2006 keine Einschränkungen mehr erwähnt wurden. Von einer willkürlichen Würdigung der vorhandenen medizinischen Akten und einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung, wie beschwerdeweise geltend gemacht wird, kann nicht die Rede sein. Wenn der Beschwerdeführer mit Hinweis auf den Bericht der kreisärztlichen Untersuchung der SUVA (vom 6. Juli 2007) etwas Gegenteiliges ableiten will, kann dem nicht gefolgt werden. Die darin ergangene medizinische Beurteilung liegt im Wesentlichen ausserhalb des gerichtlichen Prüfungszeitraumes (<ref-ruling> E. 2.1.2.1 S. 412, 116 V 246 E. 1a S. 248). Zudem wäre dieser Bericht als neues Beweismittel ohnehin unzulässig, legt doch der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gab (<ref-law>). Eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz ist nicht zu erkennen, weshalb das Bundesgericht daran gebunden ist. Auch die Einwände des Beschwerdeführers betreffend die vorhandenen Alkoholprobleme und die damit zusammenhängende psychische Problematik, welche in Verletzung des Untersuchunsgrundsatzes nicht weiter abgeklärt worden seien, überzeugen nicht. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, sind die angeführten Alkoholprobleme nicht dergestalt, dass sie eine invalidenversicherungsrechtlich bedeutsame Arbeitsunfähigkeit verursachen würden. Sie stützte sich diesbezüglich auf den Abklärungsbericht der Klinik Z._ (vom 23. Juni 2004), wo am 21. Juni 2004 (wegen wiederholten Fahrens in angetrunkenem Zustand) ein Abklärungsgespräch stattgefunden hatte. Darin wurde von einem Alkoholabhängigkeitssyndrom vom Konsummuster des Intoxikationstrinkens mit episodischem Substanzgebrauch (F10.26) gesprochen und keine Arbeitsunfähigkeit attestiert. Betreffend den geltend gemachten psychischen Problemen finden sich in den Akten keine entsprechenden Anhaltspunkte.
Vor diesem Hintergrund sind von den beantragten weiteren Beweismassnahmen keine entscheidserheblichen neuen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb auf deren Abnahme verzichtet werden kann (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162). Dies gilt insbesondere für das beantragte Parteiverhör (<ref-law> in Verbindung mit Art. 62 - 65 BZP, vgl. Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 11 zu <ref-law>). Im vorliegenden Fall ist nicht ersichtlich und wird in der Beschwerde auch nicht überzeugend begründet, inwiefern von einem Parteiverhör ein entsprechender Erkenntnisgewinn für den massgebenden Beurteilungszeitraum erwartet werden könnte. Davon ist ebenfalls abzusehen.
Vor diesem Hintergrund sind von den beantragten weiteren Beweismassnahmen keine entscheidserheblichen neuen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb auf deren Abnahme verzichtet werden kann (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162). Dies gilt insbesondere für das beantragte Parteiverhör (<ref-law> in Verbindung mit Art. 62 - 65 BZP, vgl. Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 11 zu <ref-law>). Im vorliegenden Fall ist nicht ersichtlich und wird in der Beschwerde auch nicht überzeugend begründet, inwiefern von einem Parteiverhör ein entsprechender Erkenntnisgewinn für den massgebenden Beurteilungszeitraum erwartet werden könnte. Davon ist ebenfalls abzusehen.
4.3 Zusammenfassend steht fest, dass sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers seit der Revisionsverfügung vom 31. Januar 1997 bis zum relevanten Vergleichszeitpunkt vom 13. Januar 2006 gestützt auf die für das Bundesgericht verbindliche vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht verändert hat. Die Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit beträgt somit weiterhin 50% und nicht wie fälschlicherweise die Vorinstanz angenommen hat 6 Stunden pro Tag. Nachdem in erwerblicher Hinsicht unbestrittenermassen keine Veränderung eingetreten ist, ist weiterhin von einem Invaliditätsgrad von 68% auszugehen. Mithin ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, der vorinstanzliche Entscheid und der Einspracheentscheid aufzuheben und dem Beschwerdeführer in Bestätigung der Verfügung vom 25. Juni 2004 - unter Berücksichtigung der 4. IV-Revision - die laufende ganze Rente per 1. August 2004 (<ref-law>) auf eine Dreiviertelrente herabzusetzen.
5. Die Gerichtskosten sind anteilmässig zu verlegen (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat dem teilweise obsiegenden Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 5. Juni 2007 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 13. Januar 2006 werden aufgehoben. Die IV-Stelle hat dem Beschwerdeführer bis 31. Juli 2004 eine ganze und ab 1. August 2004 eine Dreiviertelsrente auszurichten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden im Umfang von Fr. 200.- dem Beschwerdeführer, im Umfang von Fr. 300.- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Ausgleichskasse des Schweizerischen Baumeisterverbandes schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. August 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter