Sachverhalt:
A.
A.a. Mit Arbeitsvertrag vom 19. November 2001 stellte die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) B._ (Kläger, Beschwerdegegner) als stellvertretenden Geschäftsführer und Verkaufsleiter an. Der Lohn setzte sich aus einem Fixum (Grundlohn) von brutto Fr. 11'500.--, einem 13. Monatslohn in der Höhe des 1,5-fachen Grundlohns und einem Jahresbonus von Fr. 25'000.-- bei Erreichung eines Deckungsbeitrages von Fr. 1'800'000.-- zusammen.
Am 29. Oktober 2003 offerierte die Beklagte dem Kläger unter dem Titel "Aufhebung/Kündigung des Arbeitsvertrages vom 19. November 2001" mit Hinweis auf dessen neue Budgetverantwortung neu ein Fixum von Fr. 100'000.-- (12 x Fr. 8'333.35) sowie einen Bonus von Fr. 60'000.-- bei Erreichen eines Deckungsbeitrages von Fr. 500'000.--, von Fr. 80'000.-- bei Erreichen eines Deckungsbeitrages von Fr. 600'000.-- und von Fr. 100'000.-- bei Erreichen eines Deckungsbeitrages von Fr. 800'000.--. Ab 1. Januar 2004 bezog der Kläger einen Monatslohn von Fr. 8'333.35, ab 2005 zusätzlich einen 13. Monatslohn in gleicher Höhe. Am 29./30. Juni 2004 vereinbarten die Parteien für das Jahr 2004 zusätzlich zum vereinbarten Jahresgehalt eine Prämie von netto Fr. 25'000.--.
Am 29. September 2008 kündigte die Beklagte das Arbeitsverhältnis per 31. Dezember 2008.
A.b. Gestützt auf den Arbeitsvertrag vom 19. November 2001 forderte der Kläger von der Beklagten vorerst für die Jahre 2004 bis 2008 Fr. 242'915.60 an (Grund-) Lohn nach. In der Folge machte er im Sinne einer Alternativbegründung Bonusansprüche für die Jahre 2004 bis 2008 von Fr. 340'000.-- geltend. Am 16. Oktober 2009 betrieb der Kläger die Beklagte über einen Betrag von Fr. 400'000.-- zuzüglich 5 % Zins ab 17. Oktober 2009. Die Beklagte erhob Rechtsvorschlag.
B.
B.a. Mit Klage vom 4. Dezember 2009 beim Bezirksgericht Weinfelden verlangte der Kläger im Wesentlichen, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 388'338.70 brutto zuzüglich Zins und Betreibungskosten, eventuell zur Zahlung von Fr. 289'587.79 brutto zuzüglich Zins und Betreibungskosten zu verpflichten. Die Forderung basierte auf den für die Jahre 2004 bis 2008 geltend gemachten Boni für die Erreichung der vereinbarten Zielvorgaben (Deckungsbeiträge) abzüglich die zu viel ausbezahlten 13. Monatslöhne und zuzüglich Fr. 25'000.-- (drei Monatslöhne für die Monate Januar bis März 2009).
Das Bezirksgericht führte ein Beweisverfahren durch und holte ein Gutachten zur Höhe der massgeblichen Deckungsbeiträge ein. Gestützt auf dieses Gutachten schützte es mit Entscheid vom 1. Oktober 2013 die Klage teilweise und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger Fr. 368'338.70 (brutto) zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 250'000.-- seit dem 28. Februar 2009 sowie auf Fr. 118'338.70 seit dem 25. November 2009 zu bezahlen.
B.b. Gegen diesen Entscheid reichte die Beklagte am 8. November 2013 Berufung beim Obergericht des Kantons Thurgau ein und beantragte im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Abweisung der Klage. Der Kläger beantragte Abweisung der Berufung und erhob Anschlussberufung mit dem Begehren, die erstinstanzliche Kostenverteilung sei aufzuheben und der Beklagten sämtliche Kosten und Entschädigungen aufzuerlegen.
Das Obergericht erklärte mit Entscheid vom 1. April 2014 die Anschlussberufung als unbegründet und die Berufung als teilweise begründet. Es schützte die Klage teilweise und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger Fr. 288'338.70 zuzüglich 5 % Zins auf Fr. 250'000.-- seit dem 28. Februar 2009 sowie auf Fr. 38'338.70 seit dem 25. November 2009 zu bezahlen. Die Beklagte sei berechtigt, die von ihr abzuführenden Sozialversicherungsbeiträge vom zugesprochenen Betrag in Abzug zu bringen, sofern sie nachweise, dass diese tatsächlich geschuldet und bezahlt worden seien. Entgegen der Erstinstanz war das Obergericht der Auffassung, es könne nicht ohne Weiteres auf die Ergebnisse des Gutachtens abgestellt werden, weil der Experte den Umsatz, den Wareneinkauf (variable Kosten) und somit den Deckungsbeitrag für die gesamte Sparte (Fenster/Türen/Parkett/Laminat) berechnet habe und darin auch die nicht (jedenfalls nicht ohne weitere Abklärungen) dem Kläger zurechenbare Anteile enthalten seien. Aufgrund einer Würdigung von den vom Gutachten bestätigten Teilaspekten, namentlich der eindeutig dem Kläger zurechenbaren Umsätze, der von der Beklagten mit der Klage eingereichten Tabellen mit Soll/Ist-Vergleichen und unter Berücksichtigung eines herabgesetzten Beweismasses (überwiegende Wahrscheinlichkeit) bzw. in Anwendung von <ref-law>, ermittelte es die Deckungsbeiträge selber.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 1. April 2014 sei aufzuheben und es sei die Klage vom 4. Dezember 2009 abzuweisen. Eventualiter sei der Entscheid aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge für die beiden kantonalen Verfahren und das Beschwerdeverfahren zu Lasten des Beschwerdegegners. Ausserdem stellte sie den Verfahrensantrag, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Der Beschwerdegegner trägt auf Abweisung der Beschwerde und des Verfahrensantrags an. Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung sowie auf eine Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung.
Die Beschwerdeführerin reichte unaufgefordert eine Replik ein.
D.
Mit Präsidialverfügung vom 14. Oktober 2014 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungspflicht der Beschwerdeführerin (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f., 115 E. 2 S. 116). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit die beschwerdeführende Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211).
2.
Für das im Jahr 2009 eingeleitete erstinstanzliche Verfahren galt noch das frühere Verfahrensrecht, also die Thurgauische Zivilprozessordnung (<ref-law>). Für das Verfahren vor Obergericht war indessen die Schweizerische Zivilprozessordnung anwendbar, da der erstinstanzliche Entscheid erst nach Inkrafttreten der ZPO eröffnet wurde (<ref-law>).
3.
3.1. Es ist unbestritten, dass massgebliche Grundlage für die Beurteilung der Klageforderung die arbeitsvertragliche Regelung gemäss Offerte der Beschwerdeführerin vom 29. Oktober 2003 ist, die ab Januar 2004 galt und mit der ein im Vergleich zur früheren Regelung tieferer Fixlohn und andererseits höhere variable Lohnbestandteile vereinbart wurden.
3.2. Unbestritten blieb auch die Feststellung der Vorinstanz, die Parteien seien davon ausgegangen, dass die Bonusberechnung gestützt auf die dem Beschwerdegegner zurechenbaren, d.h. von ihm verantworteten Umsätze erfolgen solle und nicht auf der Basis aller Umsätze der ganzen Abteilung des Beschwerdegegners (Türen, Fenster, Parkett, Laminat). Schliesslich wird auch die grundsätzliche Berechnungsweise der einzelnen Deckungsbeiträge - nämlich, dass von den einzelnen Bruttoumsätzen (Rechnungen) die Erlösminderungen und die variablen Kosten abzuziehen sind - nicht gerügt.
3.3. Die Vorinstanz (so wie auch die Erstinstanz) qualifizierte den vereinbarten Bonus als Provision (<ref-law>). Dabei ging sie davon aus, mangels anderer Vereinbarung sei die Beschwerdeführerin verpflichtet gewesen, dem Beschwerdegegner gemäss <ref-law> jährlich eine Abrechnung unter Angabe der bonuspflichtigen Geschäfte zu übergeben. Wenn nicht ein Anteil am Umsatz vereinbart sei, seien auch die Abzüge zu spezifizieren. Die Abrechnung der Beschwerdeführerin hätte somit im Einzelnen die dem Beschwerdegegner zurechenbaren Geschäfte, die Umsätze, die Erlösminderungen, die variablen Kosten und die Deckungsbeiträge umfassen müssen. Die Beschwerdeführerin habe aber während der Dauer des Arbeitsverhältnisses keine solche Abrechnungen erstellt. Auch dies wird nicht gerügt. Die Beschwerdeführerin bemängelt aber die von der Vorinstanz aus <ref-law> gezogenen Schlüsse hinsichtlich der Beweisanforderungen.
4.
Für den Bonusanspruch trägt der Arbeitnehmer die Beweislast. Bewiesen werden müssen nur behauptete Tatsachen, die genügend bestritten sind. Die Vorinstanz hat wiederholt festgestellt, die Beschwerdeführerin habe massgebliche Eckwerte für die Berechnung der Deckungsbeiträge - namentlich hinsichtlich der von den Umsätzen abzuziehenden Erlösminderungen und der variablen Kosten - nicht rechtzeitig genügend substanziiert. Konkret wies sie diesbezüglich darauf hin, im (erstinstanzlichen) Beweisverfahren habe die Beschwerdeführerin beispielsweise auf die Aufforderung zur Edition vollständiger Soll/Ist-Vergleiche solche (wenn auch nicht vollständig) eingereicht, welche bereits der Beschwerdegegner in den Prozess eingeführt hatte und welche die Beschwerdeführerin ihrerseits aber bestritten habe, obwohl die Zahlen in ihr System geflossen und die gemeldeten Umsätze Basis ihrer Rechnungen gebildet hätten. Oder sie habe bloss Jahresgesamtsummen für den Einkauf (variable Kosten) und den Verkauf sowie sieben Schadenpositionen angegeben, ohne irgendeine Zahl auch nur ansatzweise zu erklären. Aufgrund der von ihr angenommenen ungenügenden Substanziierung stellte die Vorinstanz verschiedentlich auf die vom Beschwerdegegner in den von diesem mit der Klageschrift gelieferten Tabellen (Soll/Ist-Vergleiche) enthaltenen Beträge ab. Ausserdem stützte sie sich zum Teil auf eine Schätzung gemäss <ref-law>.
5.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law> und <ref-law>. Sie behauptet, das Obergericht habe seinem Entscheid vom 1. April 2014 ein bundesrechtswidriges Beweismass zugrunde gelegt und die Beweislast umgekehrt. Dies, indem es davon ausgegangen sei, ohne eine von der Arbeitgeberin erstellte Abrechnung gemäss <ref-law> sei "der Beweis über Bestand und Umfang der Boni naturgemäss (...) kaum zu erbringen", weshalb eine Herabsetzung des Beweismasses, zumindest auf das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit gerechtfertigt sei. Die zitierte Aussage der Vorinstanz beinhalte auch eine offensichtlich unrichtige und aktenwidrige Feststellung des Sachverhalts. Die Beschwerdeführerin ist grundsätzlich der Auffassung, sie habe "sämtliche dafür (gemeint: für eine Expertise) erforderlichen Unterlagen, Informationen und elektronischen Daten dem Experten zur Verfügung" gestellt. Der Beweis könne daher jederzeit durch Expertise erbracht werden. Hätte der Experte aufgrund der vorhandenen Unterlagen und Angaben keine Expertise erstellen können, hätte er dies feststellen und den Auftrag zurückgeben müssen. Die Vorinstanz habe faktisch eine Beweislastumkehr vorgenommen. Eine solche wäre aber - wenn überhaupt - nur denkbar bei der Verweigerung der Auskunfterteilung oder Rechnungslegung i.S. von <ref-law> trotz einer im Rahmen einer Stufenklage ergangenen dahinzielenden Verurteilung. Vorliegend habe der Beschwerdegegner aber gerade keine Stufenklage gemacht. Da klar gewesen sei, dass jede von ihr erstellte Abrechnung vom Beschwerdegegner ohnehin nicht akzeptiert worden wäre, habe sie im Beweisverfahren mitgewirkt und in "Absprache und mit ausdrücklicher Zustimmung des Bezirksgerichts Weinfelden" alle Buchhaltungs- und Projektunterlagen zur Einsicht durch den Experten vorgelegt.
5.1. Ein Beweis gilt als erbracht, wenn das Gericht nach objektiven Gesichtspunkten von der Richtigkeit einer Sachbehauptung überzeugt ist. Absolute Gewissheit kann dabei nicht verlangt werden. Es genügt, wenn das Gericht am Vorliegen der behaupteten Tatsache keine ernsthaften Zweifel mehr hat oder allenfalls verbleibende Zweifel als leicht erscheinen. Eine Herabsetzung des Beweismasses insbesondere auf überwiegende Wahrscheinlichkeit setzt voraus, dass ein strikter Beweis nach der Natur der Sache nicht möglich oder nicht zumutbar ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 324, 128 III 271 E. 2b/aa S. 275). Die Herabsetzung des Beweismasses darf im Ergebnis nicht zu einer Umkehr der Beweislast führen (Urteil 4A_338/2011 vom 14. Dezember 2011 E. 2.1).
Vorliegend wird ein Erfüllungsanspruch aus Arbeitsvertrag geltend gemacht. Im Hinblick auf dessen Bezifferung und Nachweis kann grundsätzlich <ref-law> analog angewendet werden (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 275 ff.; Urteile 4A_208/2014 vom 9. Oktober 2014 E. 6.2.2 und 4A_459/2013 vom 22. Januar 2014 E. 5.2.2; je mit Hinweisen). Auch eine Anwendung von <ref-law> setzt aber voraus, dass ein strikter Beweis nach der Natur der Sache nicht möglich oder nicht zumutbar ist, und die Herabsetzung des Beweismasses darf im Ergebnis nicht zu einer Umkehr der Beweislast führen. Die beweispflichtige Partei hat alle Umstände, die für die Verwirklichung des behaupteten Sachverhalts sprechen, soweit möglich und zumutbar zu behaupten und zu beweisen (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 276 f.; Urteile 4A_208/2014 vom 9. Oktober 2014 E. 6.2.2 und 4A_127/2011 vom 12. Juli 2011 E. 6.3; je mit Hinweisen).
5.2. Wie weit die anspruchsbegründenden Tatsachen inhaltlich zu substanziieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können, bestimmt das materielle Bundesrecht. Die jeweiligen Anforderungen ergeben sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und anderseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen dabei so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann. Bestreitet der Prozessgegner das an sich schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserheblichen Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann. Auf welchem Weg ein subsumptionsfähiger Sachverhalt erlangt werden soll, bestimmt dagegen das Prozessrecht, das die Frage regelt, in welcher Form und bis zu welchem Zeitpunkt die inhaltlich genügenden Sachvorbringen in das Verfahren einzuführen sind. Dieses entscheidet auch darüber, ob eine Ergänzung der Sachvorbringen aufgrund des Beweisverfahrens zulässig ist oder ob bereits die vorgängigen Behauptungen so konkret und detailliert sein müssen, dass das Beweisverfahren allein noch ihrer Überprüfung dient (<ref-ruling> E. 2.b und c; <ref-ruling> E. 3; Urteile 4A_387/2014 vom 27. Oktober 2014 E. 2.2 und 4A_623/2011 vom 10. Februar 2012 E. 2.3, mit Hinweisen).
5.3. Vor diesem Hintergrund erweisen sich die Einwände der Beschwerdeführerin als unbehelflich:
5.3.1. Im Kern geht es darum, wie detailliert der Provisionsanspruch zu behaupten und zu bestreiten ist. Während das Bezirksgericht offenbar annahm, es genüge, bestimmte Provisionsbeträge zu behaupten und würden diese ebenso allgemein bestritten, seien sie vom Gutachter unmittelbar gestützt auf dessen Einsicht in die Buchhaltung zu ermitteln. Demgegenüber ging die Vorinstanz vom Inhalt der materiellen Abrechnungspflicht gemäss <ref-law> aus, die eine Spezifizierung der dem Beschwerdegegner zurechenbaren Geschäfte, der Erlösminderungen und der variablen Kosten verlangt (E. 3.3 hiervor). Und sie verlangte, dass die Beschwerdeführerin diese Eckwerte im Rahmen ihrer Bestreitung hätte substanziieren müssen.
Das ist nicht zu beanstanden. Kommt die Arbeitgeberin ihrer Abrechnungspflicht, die unabhä ngig davon besteht, ob deren Erfü llung mittels der von der Beschwerdeführerin erwähnten Stufenklage eingeklagt wird, nicht nach, kann der Arbeitnehmer seine Provisionsforderung in der Regel nicht weiter substanziieren. Es ist dann an der Arbeitgeberin, die eingeklagten Forderungen substanziiert zu bestreiten, wozu nachvollziehbare Angaben zu den Berechnungsfaktoren gehören. Das Bundesgericht hat auch im Zusammenhang mit der insofern vergleichbaren Abrechnungspflicht des Beauftragten (<ref-law>) Anforderungen an die prozessuale Substanziierung geschützt, die sich auf die materiellen Grundsätze der Abrechnungspflicht abstützten (Urteil 4A_459/2013 vom 22. Januar 2014 E. 5.2.2). Von einer unzulässigen Umkehr der Beweislast kann nicht die Rede sein.
Soweit die Vorinstanz im konkreten Einzelfall eine ungenü gende Substanziierung feststellte, geht die Beschwerdefü hrerin nicht darauf ein und hat es daher mangels Rüge sein Bewenden (vgl. im Einzelnen E. 6.3 und 6.4).
5.3.2. Wie erwähnt (vorne E. 5.2) entscheidet das Prozessrecht darüber, ob eine Ergänzung der Sachvorbringen aufgrund des Beweisverfahrens zulässig ist oder ob bereits die vorgängigen Behauptungen so konkret und detailliert sein müssen, dass das Beweisverfahren allein noch ihrer Überprüfung dient. Die Beschwerdeführerin geht allenfalls davon aus, es wäre nach dem im Beweisverfahren anwendbaren thurgauischem Prozessrecht (vgl. E. 2) zulässig, den massgeblichen Sachverhalt durch das Gutachten noch zu ergänzen. Sie legt aber mit keinem Wort dar, woraus sich dies ergeben soll. Sofern ihre Einwände in diesem Sinn zu verstehen sind, ist auf die Rüge nicht einzutreten (vgl. E. 1.1).
5.3.3. Die Vorinstanz hat nicht allgemein das Beweismass gesenkt. Sie hat nur in Bezug auf einzelne untergeordnete Berechnungsfaktoren eine Schätzung gemäss <ref-law> vorgenommen. Ob dies zulässig war, ist nachfolgend im Sachzusammenhang zu prüfen.
5.3.4. Die Aussage der Vorinstanz, mangels Abrechnung der Arbeitgeberin gemäss <ref-law> sei "der Beweis über Bestand und Umfang der Boni naturgemäss (...) kaum zu erbringen", beinhaltet schliesslich entgegen der Beschwerdeführerin auch keine willkürliche Tatsachenfeststellung. Aus dem Zusammenhang der vorinstanzlichen Ausführungen ergibt sich, dass die Vorinstanz vielmehr eine rechtliche Würdigung vornahm in dem Sinn, dass der an sich beweisbelastete Arbeitnehmer ohne eine Abrechnung der Arbeitgeberin gemäss <ref-law> seinen Anspruch nicht substanziiert behaupten und demgemäss auch nicht beweisen kann.
6.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 183 und insbesondere <ref-law> durch das Abstellen auf ein nicht vollständiges und nicht schlüssiges Gutachten und den Verzicht auf die Ergänzung des Gutachtens oder dessen Ersatz durch ein Obergutachten. Die Vorinstanz selbst habe das vorliegende Gutachten als nicht schlüssig erachtet, weshalb sie es "in Eigenregie verbessert " habe. Es gehe nicht an, dass ein Gericht ein Gutachten lediglich als "Arbeitspapier " betrachte und die ihm passenden "Erkenntnisse" daraus berücksichtige, andere Aspekte aber unbeachtet lasse. Wenn es nötig sei, dass ein Gericht so vorgehe, könne das Gutachten nicht vollständig klar und schlüssig sein. Daher hätte nicht darauf abgestellt und stattdessen ein Ergänzungs- oder Obergutachten eingeholt werden müssen.
6.1. Ein Gutachten unterliegt wie jedes Beweismittel der freien richterlichen Beweiswürdigung, die das Bundesgericht auf Willkür hin überprüft (vgl. E. 1.2). In Fachfragen darf das Gericht nur aus triftigen Gründen von einem Gerichtsgutachten abweichen. Es hat zu prüfen, ob sich auf Grund der übrigen Beweismittel und der Vorbringen der Parteien ernsthafte Einwände gegen die Schlüssigkeit der gutachterlichen Darlegungen aufdrängen. Erscheint ihm die Schlüssigkeit eines Gutachtens in wesentlichen Punkten als zweifelhaft, hat das Gericht nötigenfalls ergänzende Beweise zur Klärung dieser Zweifel zu erheben. Das Abstellen auf eine nicht schlüssige Expertise bzw. der Verzicht auf die gebotenen zusätzlichen Beweiserhebungen kann gegen das Verbot willkürlicher Beweiswürdigung verstossen (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 198 f. mit Hinweisen).
6.2. Als triftigen Grund für sein Abweichen hat das Obergericht angeführt, dass der Gutachter selber einen Vorbehalt angebracht und darauf verwiesen habe, dass er einerseits Umsätze berücksichtigt habe, die aufgrund einer Referenz auf den Rechnungen dem Beschwerdegegner zurechenbar waren, darüber hinaus aber auch Umsätze aus Fenster-Türen-Projekten ohne Vertreterreferenz. Entsprechend habe der Experte ausgeführt, dass das Gericht hier im Rahmen seiner rechtlichen Beurteilung eine Aufteilung der Umsätze vorzunehmen habe zwischen dem Beschwerdeführer und C._. Genau dies hat die Vorinstanz getan. Sie hat zuerst in rechtlicher Hinsicht dargelegt, massgeblich für die Bonusberechnung seien die vom Beschwerdegegner verantworteten Umsätze und nicht die Umsätze der ganzen Abteilung (vgl. E. 3.2 hiervor). Gestützt auf diese Abgrenzung hat sie dann dem Gutachten jene Umsätze entnommen, die aufgrund einer Referenz in den Rechnungen/Abrechnungen dem Beschwerdegegner zugeordnet werden konnten. Dabei hielt sie fest, die Umsätze gemäss den Soll/Ist-Vergleichen des Beschwerdegegners und seinen Angaben in der Klageschrift seien durch das Gutachten bestätigt worden. In Bezug auf die Berechnung der Umsätze lägen keine Anhaltspunkte für Fehler des Experten vor. Die Beschwerdeführerin kritisiert diese Vorgehensweise zwar (dazu nachfolgend), legt aber nicht dar, dass die dem Gutachten konkret entnommenen Umsätze auf willkürlicher Beweiswürdigung beruhten. Insbesondere rügt sie auch nicht die Feststellung der Vorinstanz, dass sie die vom Gutachter ermittelten Umsatzzahlen im vorinstanzlichen Verfahren stillschweigend akzeptiert und lediglich die davon vorzunehmenden Abzüge (Erlösminderungen, variable Kosten) bemängelt habe. Sie macht nur geltend, die Vorinstanz widerspreche sich "in geradezu diametraler Weise", wenn sie Fehler des Experten negiere, zuvor aber festgestellt habe, dieser habe fälschlicherweise den Deckungsbeitrag auf die ganze Sparte bzw. Abteilung des Beschwerdegegners berechnet. Dieser Einwand ist offensichtlich unbehelflich, denn die Vorinstanz bezog die von ihr festgestellte Fehlerfreiheit klar auf die gutachterliche Feststellung der Umsatzzahlen als solche und nicht auf die anschliessende Berechnungsweise des dem Beschwerdegegner zurechenbaren Deckungsbeitrags.
6.3. Die Vorinstanz wich sodann in Bezug auf die von den Umsätzen abzuziehenden Erlösminderungen vom Gutachten ab. Der Experte zog jeweils ein Prozent Skonto und 1 % wegen WIR-Erlösminderung ab. Bezüglich des Skonto-Abzugs übernahm die Vorinstanz den Ansatz der Expertise. Hingegen verzichtete sie auf einen pauschalen Abzug für WIR-Erlösminderungen, weil die Beschwerdeführerin nicht rechtzeitig substanziiert habe, sie erleide tatsächlich solche Erlösminderungen und es durchaus möglich sei, dass sie von ihr akzeptierte WIR-Beträge ohne Verlust für die Bezahlung ihrer Lieferanten einsetzen könne. Es bestehe sodann kein Anlass, weitere Abzüge vorzunehmen, da die Beschwerdeführerin solche nicht substanziiert habe. Insbesondere fehlten Anhaltspunkte für Rabattgewährungen nach erfolgter Rechnungsstellung, Debitorenverluste und -ausstände. Die Beschwerdeführerin könne sich diesbezüglich auch nicht auf die Expertise berufen, denn es sei nicht Sache des Gutachters, die Provisionsabrechnung anstelle des Arbeitgebers zu machen.
Wie bereits erwähnt (E. 5.3.1) setzt sich die Beschwerdeführerin mit diesen konkreten Begründungen der einzelnen Minderungspositionen nicht auseinander. Es liegt daher keine genügende Rüge (E. 1.1) vor. Darauf ist nicht weiter einzugehen.
6.4. Hinsichtlich der von den Nettoerlösen (Umsätze abzüglich Erlösminderungen) abzuziehenden variablen Kosten (Wareneinkauf/Materialkosten) stellte die Vorinstanz grundsätzlich auf die vom Beschwerdegegner behaupteten Zahlen ab. Denn die Beschwerdeführerin hätte diese Kosten als den Bonusanspruch mindernde Tatsachen nicht bloss allgemein bestreiten dürfen, sondern konkret darlegen und beweisen müssen. Wie bei den Erlösen zog die Vorinstanz aber - in impliziter Anwendung von <ref-law> - auch von den Materialkosten pauschal 1 % Skonto ab. Weitere Abzüge, insbesondere für Schadenfälle, seien mangels Substanziierung durch die Beschwerdeführerin nicht vorzunehmen, abgesehen davon, dass ohnehin fraglich sei, ob Schadenfälle die Deckungsbeitragsprovision überhaupt mindern könnten.
Auch zu diesen Ausführungen äussert sich die Beschwerdeführerin nicht konkret, sodass nicht weiter darauf einzugehen ist.
7.
Ist somit die Vorgehensweise der Vorinstanz in grundsätzlicher Weise nicht zu beanstanden, ergibt sich für die Boni der einzelnen Geschäftsjahre was folgt:
7.1. Bereits vor der Vorinstanz war unbestritten, dass für das Jahr 2004 kein Bonusanspruch besteht, weil das Gutachten einen Deckungsbeitrag unter Fr. 500'000.-- ermittelt hatte.
7.2. Für die Jahre 2005 und 2006 ermittelte die Vorinstanz Provisionsansprüche von Fr. 60'000.-- bzw. Fr. 80'000.--. Da sich die Beschwerdeführerin zur konkreten Berechnung nicht äussert, hat es dabei sein Bewenden.
7.3. Hinsichtlich des Jahres 2007 rügt die Beschwerdeführerin, das Obergericht habe sich mit Hochrechnungen beholfen, weil es davon ausgegangen sei, dass nicht alle nötigen Unterlagen vorlägen und das Gutachten nicht tragfähig sei. Eine solche Hochrechnung und damit eine Schätzung nach <ref-law> sei nicht zulässig, wenn - wie hier - die richtigen Zahlen ermittelt werden könnten.
Die Rüge ist unbegründet. Eine Berechnung wie für die Jahre 2005-2007 gestützt auf die oben dargestellten Grundsätze war der Vorinstanz nur für den Zeitraum bis Ende August 2007 möglich, weil die vom Beschwerdegegner zugestandenen variablen Kosten gemäss ihren Feststellungen vollständig nur bis Ende August 2007 vorgelegen seien. Sie nahm daher einerseits eine Hochrechnung für den Zeitraum September bis Dezember 2007 vor und ermittelte so einen Deckungsbeitrag von Fr. 738'571.-- (abzüglich 1 % Skonto). Mit einer Eventualbegründung führte sie aber aus, für das Jahr 2007 könne auch auf die Zahlen des Experten abgestellt werden, weil die von ihm erhobenen Umsätze, welche im Übrigen auf den Unterlagen der Beschwerdeführerin beruhten, alle dem Beschwerdegegner zurechenbar seien (also keine Abgrenzung mit der Abteilung). Korrigiert um die vom Experten vorgenommenen WIR-Abzüge und den Betrag für einen Schadenfall ergäbe sich ein Deckungsbeitrag von Fr. 686'882.--. Da beide Deckungsbeiträge zwischen Fr. 600'000.-- und Fr. 800'000.-- lägen, ergäbe sich bei der einen oder andern Berechnungsweise ein Bonus von Fr. 80'000.--. Mit dieser Eventualbegründung setzt sich die Beschwerdeführerin nicht konkret auseinander, sodass es auch bezüglich das Jahr 2007 bei dem von der Vorinstanz festgestellten Bonus von Fr. 80'000.-- bleibt.
7.4. Für das Jahr 2008 ermittelte der Gutachter einen Deckungsbeitrag von Fr. 2'351'692.--, wobei er aber offensichtlich von den Umsätzen der ganzen Abteilung (vgl. dazu vorne E. 3.2 und 6.2) ausging. Die Vorinstanz stützte somit richtigerweise für dieses Jahr überhaupt nicht auf das Gutachten ab, da der Beschwerdegegner seit 1. April 2008 Geschäftsführer der D._ AG in U._ gewesen sei. Sie nahm aber an, die Tätigkeit für die D._ AG sei im Auftrag der Beschwerdeführerin erfolgt. Dafür spreche, dass der Beschwerdegegner dort als Geschäftsleiter tätig gewesen sei, jedoch bis Ende 2008 das volle Fixgehalt von der Beschwerdeführerin erhalten habe und diese ihm mit Schreiben vom 29. September 2008 per 31. Dezember 2008 gekündigt und gleichzeitig festgehalten habe, sie sei bereit, ihm "einen neuen Anstellungsvertrag per 1. Januar 2009 mit der Firma D._ AG zu unterbreiten". Damit habe die weisungsberechtigte Arbeitgeberin dem Beschwerdegegner eine andere Tätigkeit zugewiesen und ihm so verunmöglicht, den vereinbarten Bonus zu verdienen. In analoger Anwendung von <ref-law> sowie gestützt auf <ref-law> sei deshalb die Zusprache eines Bonus für 2008 gerechtfertigt und dieser werde wie für die beiden Vorjahre auf Fr. 80'000.-- festgelegt.
Die Beschwerdeführerin rügt unter Hinweis auf eine Literaturstelle (Felix R. Ehrat, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 5. Aufl. 2011, N. 5 zu <ref-law>), es könne grundsätzlich nicht gestützt auf <ref-law> von einer treuwidrigen Vereitelung der Erreichung des Bonus ausgegangen werden. Die zitierte Literaturstelle verweist auf das Urteil des Bundesgerichts 4C.278/2004 vom 29. Dezember 2004 E. 3.2, das einen Mäklervertrag gemäss <ref-law> betraf, und führt aus, nur das treuwidrige Verhalten falle in den Regelungsbereich von <ref-law>, nicht jedes Vereiteln des Bedingungseintritts. Darauf kann sich die Beschwerdeführerin indessen nicht berufen, denn die Abgrenzung zwischen blosser Verhinderung des Bedingungseintritts durch Nichtgenehmigung eines vom Mäkler vermittelten Geschäfts und weitergehendem treuwidrigem Verhalten ist spezifisch für die Situation beim Mäklervertrag, wo die Mäklerentschädigung aufgrund der Art des Vertrags von einer vom Willen des Auftraggebers abhängigen Potestativbedingung abhängt, nämlich dessen Genehmigung des Vertrags. Entsprechend darf der Auftraggeber den vermittelten Vertrag aus beliebigen Gründen nicht genehmigen und damit den Bedingungseintritt vereiteln; er darf dies aber nicht mit dem Ziel, die Mäklerprovision zu verhindern. Letzteres wäre treuwidrig (im Einzelnen zit. Urteil 4C.278/2004 E. 3.2). Der Bonusanspruch gemäss dem zwischen den Parteien bestehenden Arbeitsvertrag war aber nicht in dem Sinn von einer im (grundsätzlichen) Belieben der Beschwerdeführerin liegenden Potestativbedingung abhängig. Mit dem Einsatz für die D._ AG wurde dem Beschwerdegegner eine andere Tätigkeit an einem andern Arbeitsort zugewiesen. Die Vorinstanz nahm an, die entsprechende Anordnung sei im Rahmen des Weisungsrechts der Arbeitgeberin gelegen und habe also - das wird damit implizit ausgeschlossen - keine eigentliche Vertragsänderung beinhaltet (zur Abgrenzung vgl. Ullin Streiff/Adrian von Kaenel/Roger Rudolph, Arbeitsvertrag, Praxiskommentar zu Art. 319-362 OR, 2012, Rz. 3 zu <ref-law>, S. 240f.; Urteil 4C.155/2005 vom 6. Juli 2005 E. 3.2.1). Das wird von keiner Partei beanstandet. Folgerichtig durfte die Vorinstanz davon ausgehen, die Beschwerdeführerin habe durch ihre Weisung weitere Bonusansprüche des Beschwerdegegners einseitig verhindert. Nachdem der Fixlohn zugunsten höherer variabler Lohnbestandteile gesenkt worden war, ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz dem Beschwerdegegner gestützt auf <ref-law> grundsätzlich einen Bonusanspruch zubilligte (vgl. auch Adrian Staehelin, in: Zürcher Kommentar, Obligationenrecht, 4. Aufl. 2006, N. 7 zu <ref-law>; Wolfgang Portmann, in: Basler Kommentar, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>).
Die Beschwerdeführerin ist überdies der Meinung, selbst wenn <ref-law> anzuwenden wäre, sei die Zusprechung eines Bonus für 2008 rechtswidrig, denn sie beruhe auf blosser Schätzung. Konkret rügt sie das Zugrundelegen der Jahre 2006 und 2007 als Schätzungsgrundlage, weil diesbezüglich der vorinstanzlichen Bonusermittlung nicht gefolgt werden könne. Nachdem sich ergeben hat, dass der Vorinstanz hinsichtlich der Jahre 2006 und 2007 zu folgen ist, ist dieser Einwand gegenstandslos. Im Übrigen legt die Beschwerdeführerin nicht dar, weshalb in diesem Fall eine Schätzung nicht zulässig sein soll. Es fehlt daher bereits an einer genügenden Rüge. Aber selbst wenn korrekt gerügt worden wäre, könnte der Vorinstanz keine Verletzung von <ref-law> vorgeworfen werden. Es ist offensichtlich, dass hier keine tatsächlichen Deckungsbeiträge mehr ermittelt werden konnten, nachdem der Beschwerdegegner nicht mehr im Betrieb tätig war, und die Voraussetzungen für ein Vorgehen nach <ref-law> daher gegeben sind. Auch das Abstellen auf die Resultate der beiden Vorjahre ist nicht zu beanstanden.
8.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze