Sachverhalt:
A. A._, geboren 1961, arbeitete zuletzt als Pflegehelferin mit 60%-Pensum in einem Alterspflegeheim. Am 8. März 1994 meldete sie sich zum Bezug einer Rente der Invalidenversicherung an. Sie gab an, seit sieben Jahren unter psychomotorischer Verlangsamung, Blockierung, Konzentrationsstörung, depressiver Entwicklung und Kraftlosigkeit zu leiden. Die IV-Stelle des Kantons Bern sprach ihr mit Verfügung vom 25. August 1995 bei einem Invaliditätsgrad von 76 % rückwirkend ab 1. September 1993 eine ganze Invalidenrente zu. Sie stützte sich dabei auf die Einschätzungen des behandelnden Arztes Prof. Dr. med. V._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH ab, welcher der Versicherten ab September 1992 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit infolge schwerer Depression (mit Differenzialdiagnose Schizophrenie) attestierte (Bericht vom 11. Mai 1994). In den Jahren 1997, 2000 und 2003 überprüfte die Verwaltung den Leistungsanspruch von Amtes wegen. Sie holte dazu jeweils Kurzberichte des Prof. V._ ein. Mit Verfügungen vom 2. Mai 1997, 24. Januar 2000 und 22. Januar 2003 beschied sie A._, weiterhin Anspruch auf die bisherige Rente zu haben.
Am 5. Januar 2006 leitete die IV-Stelle ein weiteres Revisionsverfahren ein und gab in diesem Rahmen bei Dr. med. S._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, ein am 21. Februar 2007 erstattetes Gutachten in Auftrag. Dr. med. S._ diagnostizierte eine rezidivierende depressive Störung z.Z. leichten Grades (ICD-10 F33.0) sowie eine abhängige Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F60.7). Er erachtete die Versicherte in der bisherigen wie auch anderen Vollzeittätigkeiten mit einer Leistungseinbusse von 40 % arbeitsfähig. Gestützt auf den Abklärungsbericht Haushalt vom 30. Juli 2007, in welchem im Gesundheitsfall von einem Status von 60 % Erwerb (mit Einschränkung von 40 %) und 40 % Haushalt (mit einer solchen von 31 %) ausgegangen wurde, ermittelte die IV-Stelle einen Invaliditätsgrad von 36 %. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren hob die IV-Stelle die Rente mit Verfügung vom 21. November 2007, in der Folge ersetzt durch die Verfügung vom 3. Dezember 2007, auf das Ende des der Zustellung des Entscheides folgenden Monats auf unter der Annahme eines Invaliditätsgrades von 36 %.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 2. März 2009 ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihr unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verfügung vom 3. Dezember 2007 eine Invalidenrente zuzusprechen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung dieser Frage einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die revisionsweise Anpassung der Invalidenrente setzt nach <ref-law> Tatsachenänderungen (des Gesundheitszustandes, der Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit usw.) im massgeblichen Vergleichszeitraum (<ref-ruling>) voraus.
3.1 Die Vorinstanz hat die anspruchsrelevante Verbesserung des Gesundheitszustandes bejaht und hierzu Feststellungen getroffen, die für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (E. 1). Die Beschwerdeführerin wendet ein, es sei keine Verbesserung eingetreten; die Vorinstanz habe die Stellungnahmen des behandelnden Facharztes nicht berücksichtigt und alleine auf die gutachterlichen Aussagen abgestützt; damit habe sie den medizinischen Sachverhalt mangelhaft und einseitig festgestellt.
3.2 Die Vorinstanz stützte den Entscheid in der Tat und zu Recht auf das Gutachten des Dr. med. S._ vom 21. Februar 2007 (mit Zusatzbericht vom 24. Januar 2008) ab. Das Gutachten und der Zusatzbericht sind das Ergebnis einer umfassenden und sorgfältigen Untersuchung, die sämtliche von der Rechtsprechung gestellten Anforderungen erfüllt (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweisen) und beweiskräftig ist. Die Rüge einer einseitigen Berücksichtigung der gutachterlichen Erkenntnisse ist unbegründet: Die Vorinstanz hat die entsprechenden Gründe für den konkreten Fall korrekt und auf die Rechtsprechung abgestützt dargelegt. Dies betrifft auch die Auseinandersetzung mit dem im kantonalen Verfahren eingereichten Bericht des Therapiezentrums vom 12. März 2008 (Dres. med. E._ und N._). Bei der Würdigung von divergierenden ärztlichen Stellungnahmen zur Arbeitsfähigkeit ist dem Umstand Rechnung zu tragen, dass allenfalls von unterschiedlichen Krankheitsbegriffen ausgegangen wurde. Das in der Medizin verbreitete bio-psycho-soziale Krankheitsmodell (vgl. dazu CHRISTFRIED-ULRICH MAYER, Schmerz und Arbeitsunfähigkeit, in: Sozialversicherungsrechtstagung 2002, St. Gallen 2002, S. 95) ist weiter gefasst als der für die Belange der Rechtsanwendung massgebende sozialversicherungsrechtliche Begriff der invalidisierenden gesundheitlichen Beeinträchtigung (vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 299). Beruht die Abweichung allein auf der Verwendung unterschiedlicher krankheitsbegrifflicher Prämissen, so liegen keine einander widersprechenden Einschätzungen im Sinne von <ref-ruling> E. 3a S. 352 vor. Von der beantragten Anordnung eines Gerichtsgutachtens ist schon deshalb abzusehen, weil das Bundesgericht die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen kann, wenn sie offensichtlich unrichtig ist (E. 1), was hier nach dem Gesagten aber gerade nicht der Fall ist. Bei dieser Sachlage hat die Vorinstanz mit Recht gefolgert, dass die von Prof. V._ ursprünglich erhobene massive psychische Störung, die zur Berentung führte, nicht mehr feststellbar ist, womit ein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> vorliegt. Der Einkommens- und Betätigungsvergleich zur Bestimmung des Invaliditätsgrades ist nicht zu beanstanden und letztinstanzlich nicht gerügt.
4. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid erledigt wird.
5. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Juni 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz