Faits:
A. A.a X._SA, société active dans le domaine du multi-média, d'internet, des arts graphiques, de l'impression numérique, de toutes formes d'impression et d'édition, ainsi que dans l'import-export en ces domaines, a également exploité, jusqu'au 31 décembre 2007, à son adresse, un magasin d'articles pour animaux domestiques à l'enseigne de V._.
Dans le cadre de cette dernière activité, X._SA a commandé de la marchandise à Y._ SA de septembre à décembre 2007. C'est ainsi que des articles pour animaux ont été livrés à V._, les 28 septembre 2007, 21 novembre 2007 et 7 décembre 2007. Trois factures ont été adressées par Y._ SA à X._SA en lien avec ces livraisons, la première, le 28 septembre 2007, à concurrence de 2'700 fr.75, la deuxième, le 20 novembre, à concurrence de 1'134 fr.95, et la troisième, le 6 décembre 2007, à concurrence de 1'242 fr.40. Les deux dernières factures comprenaient une déduction de 4%.
A la suite d'une erreur d'enregistrement de la commande, les quantités livrées en septembre 2007 se sont avérées être supérieures à celles commandées, ce qui a motivé l'envoi par X._SA d'une première facture de 591 fr.80 au titre de "location, surface en magasin, marchandise à enlever" pour la période du 28 septembre au 28 octobre 2007, puis d'une seconde facture de 414 fr.26 pour la période du 29 octobre au 19 novembre 2007.
De son côté, le 21 novembre 2007, Y._ SA a fait parvenir à X._SA une note de crédit de 1'259 fr.10 en relation avec la facture erronée du 28 septembre 2007. Une seconde note de crédit a été expédiée le 12 décembre 2007, à concurrence de 155 fr.55.
A.b Le 10 janvier 2008, sur demande de X._SA, Y._ SA a fait parvenir une liste des postes ouverts, d'où résultait un solde de 5'348 fr.20 en faveur de Y._ SA.
Le 18 janvier 2008, X._SA prenait acte dudit montant, duquel elle déduisait la somme de 2'222 fr.50, composée de 160 fr.45 (réduction de 3% pour paiements groupés), de 1'056 fr. (réduction de 4% à titre de bonus annuel), de 591 fr.80 et de 414 fr.25 (indemnisation pour l'entreposage de la marchandise livrée par erreur).
Le 21 janvier 2008, X._SA a versé à Y._ SA la somme de 3'125 fr.70 (5'348 fr.20 - 2'222 fr.50). Un commandement de payer, poursuite ..., a été notifié à X._SA le 2 septembre 2008, à concurrence de 2'221 fr.80, avec intérêts à 6% à partir du 27 novembre 2007, de 325 fr. à titre de dommage de retard et de 16 fr.15 pour les frais accumulés. La débitrice a formé opposition au commandement de payer.
B. Après avoir saisi la justice de paix, Y._ SA, une fois l'acte de non-conciliation délivré, a déposé, le 2 octobre 2009, devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, une action en paiement contre X._SA d'un montant de 1'134 fr.95 avec intérêts à 5% dès le 20 décembre 2007, sous déduction de la note de crédit de 155 fr.55 du 12 décembre 2007, et d'un montant de 1'242 fr.40 avec intérêts à 5% dès le 5 janvier 2008. La demanderesse requérait également la mainlevée de l'opposition faite au commandement de payer susmentionné.
A l'appui de ses conclusions, la demanderesse faisait valoir que la facture du 20 novembre 2007 et celle du 6 décembre 2007, sous déduction de la note de crédit, par 155 fr.55, n'avaient pas été payées, ce qui a été contesté par la partie adverse pour qui les deux factures litigieuses ont été acquittées le 21 janvier 2008, selon décompte du 18 janvier 2008.
Par jugement rendu le 27 mai 2010, le Tribunal de première instance a condamné X._SA à payer à Y._ SA 2'221 fr.80 avec intérêts à 5% l'an dès le 11 janvier 2008. Il a déclaré non fondée, à concurrence dudit montant, l'opposition formée par X._SA au commandement de payer, poursuite ..., condamné cette dernière au dépens de la procédure et débouté les parties de toutes autres conclusions. En substance, l'autorité de première instance a considéré que les déductions opérées par X._SA au titre des paiements groupés (3%), du bonus annuel (4%) et de l'entreposage de la marchandise livrée par erreur étaient infondées.
Statuant le 21 janvier 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel extraordinaire interjeté le 30 juin 2010 par X._SA et condamné celle-ci aux dépens d'appel comprenant une indemnité de procédure de 800 fr. à titre de participation aux honoraires d'avocat de la partie adverse. Les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions.
L'autorité cantonale a considéré que le premier juge n'a pas fait preuve d'arbitraire, en ayant nié la conclusion d'un contrat de gardiennage entre les parties et en ayant refusé de compenser les créances de l'intimée avec les prétendues créances invoquées par l'appelante. Les juges cantonaux ont réfuté la thèse selon laquelle Y._ SA avait accepté le versement de 3'125 fr.70 pour solde de tout compte et ont rejeté toute violation des art. 102 et 120 CO. Enfin, l'autorité cantonale a écarté le grief d'arbitraire en lien avec l'appréciation des preuves effectuée par le premier magistrat, en particulier s'agissant des déclarations du témoin A._ et du refus d'ordonner un transport sur place aux fins d'établir le montant du dommage lié à l'entreposage de la marchandise livrée par erreur.
C. X._SA (la recourante) exerce un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt de la Cour de justice du 21 janvier 2011. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt entrepris, à ce qu'il soit dit que l'opposition formée le 2 septembre 2008 au commandement de payer, poursuite ..., est fondée et que ladite poursuite n'ira pas sa voie et, enfin, au déboutement de la partie adverse de toutes autres ou contraires conclusions. A titre subsidiaire, elle demande l'annulation de l'arrêt entrepris, le renvoi de la cause à la Cour de justice pour qu'elle tranche à nouveau dans le sens des considérants et le déboutement de la partie adverse de toutes autres ou contraires conclusions.
Y._ SA (l'intimée) sollicite le rejet du recours, avec suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un jugement rendu en matière civile (<ref-law>). La valeur litigieuse n'atteint pas le minimum légal de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF) et aucun des cas de dispense prévus par la loi ne se trouve réalisé (<ref-law>); en conséquence, la cause n'est susceptible que du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>), à l'exclusion du recours ordinaire en matière civile.
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et qui a un intérêt juridique à l'annulation de la décision (<ref-law>), le recours déposé dans le délai (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, est en principe recevable, puisqu'il est dirigé contre un arrêt final (art. 117 et 90 LTF) rendu par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>).
1.3 Le recours subsidiaire ne peut être interjeté que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'<ref-law> (par renvoi de l'<ref-law>) prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88 et les arrêts cités). Le recourant doit ainsi indiquer quel droit constitutionnel aurait été violé et démontrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste cette violation (133 III 439 consid. 3.2 p. 444). Ainsi, s'il entend se prévaloir d'une application arbitraire (art. 9 Cst.) du droit fédéral, il doit désigner avec précision quelle est la norme fédérale dont il se prévaut.
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que s'ils ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 2 et 116 LTF), ce que la partie recourante doit invoquer avec précision (art. 117 et 106 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision attaquée (art. 117 et 99 al. 1 LTF).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 117 et 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 117 et 99 al. 2 LTF).
2. La recourante soutient que l'arrêt attaqué se trouve en contradiction claire avec la situation de fait et dénonce une violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
2.1 Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 318 s.; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560). S'agissant plus précisément de l'appréciation des preuves, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.2 La recourante prétend que le montant acquitté (3'125 fr.70) a permis de payer les premières factures du décompte de l'intimée du 10 janvier 2008 (5'348 fr.20) et qu'ainsi les factures des 20 novembre 2007 et 6 décembre 2007 ont été acquittées entièrement, pour la première, et partiellement, pour la seconde. Sur la base de ces faits, qu'elle dit être "clairs et non contestés", la recourante affirme que la créance de l'intimée, à concurrence de 2'222 fr.50 (5'348 fr.20 - 3'125 fr.70), ne peut qu'être fondée sur un autre titre que les factures susmentionnées. Cela étant, la décision entreprise, qui confirme la mainlevée définitive pour la somme de 2'221 fr.80 fondée sur les factures des 20 novembre 2007 et 6 décembre 2007, est arbitraire.
La cour cantonale a confirmé le jugement de première instance, qui condamnait la recourante à payer à l'intimée la somme susmentionnée avec intérêts à 5% l'an dès le 11 janvier 2008, et a déclaré non fondée, à concurrence dudit montant, l'opposition formée par la recourante au commandement de payer, poursuite ....
Il découle du jugement entrepris que le solde des factures ouvertes en faveur de l'intimée était, selon le décompte établi le 10 janvier 2008, de 5'348 fr.20 et que la recourante s'est acquittée de la somme de 3'125 fr.70 - après déduction de la créance qu'elle prétend détenir à l'encontre de l'intimée à concurrence de 2'222 fr.50. Sur le solde dû (2'222 fr.50), l'intimée n'a réclamé qu'un montant de 2'221 fr.80 (1'134 fr.95 [facture du 20 novembre 2007] - 155.55 [note de crédit] + 1'242 fr.40 [facture du 6 décembre 2007]), lequel montant a été accordé par les instances cantonales pour ne pas statuer ultra petita. L'existence de toute créance compensante de la recourante a été écartée, sans que - comme on le verra ci-après (cf. infra, consid. 4 et 5) - l'arbitraire ne soit valablement démontré sur le sujet.
Quoi qu'en dise la recourante, les juges cantonaux ne se sont pas distancés des faits de la cause pour trancher le litige, puisqu'il n'a pas été retenu que le montant versé par la recourante venait "recouvrir les premières factures" du décompte du 10 janvier 2008. La recourante ne soutient pas avoir déclaré, lors du paiement, l'ordre dans lequel elle désirait que les dettes soient acquittées et ne prétend pas que, sur ce point, l'état de fait aurait été établi de manière arbitraire. L'état de fait est par ailleurs muet sur l'établissement d'une éventuelle quittance délivrée par l'intimée qui désignerait les factures acquittées, et le grief d'arbitraire ne porte nullement sur cette question.
L'intimée a imputé le paiement effectué par la recourante sur trois des cinq factures encore ouvertes selon le décompte du 10 janvier 2008 et réclamé le paiement des factures des 20 novembre et 6 décembre 2007, qui figurent comme titres de la créance sur le commandement de payer notifié à la recourante et fondent l'action en paiement. Ce procédé semble avoir été admis par les instances cantonales qui ont accordé à l'intimée le montant réclamé et levé à due concurrence l'opposition faite audit commandement de payer.
La recourante ne dénonce aucune violation insoutenable du droit fédéral sur la question de l'imputation des paiements effectués, traitée aux <ref-law>; aucune norme fédérale n'est désignée par la recourante, ce qui ne répond pas aux exigences de motivation qualifiées propres au recours de droit constitutionnel (cf. supra, consid. 1.3). Il n'y a donc pas lieu d'examiner cette question, ce qui a pour conséquence de sceller le sort du grief.
3. La recourante critique, sous l'angle de l'arbitraire, le taux d'intérêt octroyé par les magistrats cantonaux en partant du constat que ces derniers auraient accordé, sans aucune motivation, un taux de 6%. Dès lors que le taux effectivement octroyé est de 5% et non pas de 6%, la critique est infondée.
Le taux appliqué par les juges cantonaux correspond au taux légal de l'<ref-law>, lequel taux a du reste été requis par la créancière devant les instances judiciaires. On ne perçoit à cet égard aucune violation du droit d'être entendue de la recourante.
4. L'autorité cantonale a nié l'existence de créances liées à des frais d'entreposage de la marchandise livrée par erreur et a donc refusé d'admettre toute compensation au sens de l'<ref-law> à due concurrence, contrairement à ce qui était plaidé par la recourante. Les magistrats cantonaux ont considéré que la preuve de la conclusion d'un contrat de gardiennage (ou de location ou d'entreposage) venu à chef entre les parties au sujet de la marchandise livrée par erreur n'a pas été apportée.
La recourante revient sur le raisonnement des instances cantonales fondé sur le contrat de gardiennage, de location ou encore d'entreposage. De son point de vue, un tel raisonnement est faux, puisqu'il ne pouvait s'agir que d'une gestion d'affaires sans mandat au sens de l'<ref-law>. Pour justifier le remboursement des frais encourus, la recourante invoque l'<ref-law>, qui permet au gérant (elle-même) d'exiger du maître (l'intimée) le remboursement de toutes ses dépenses nécessaires ainsi que de ses dépenses utiles justifiées par les circonstances.
Aucune démonstration de l'arbitraire dans l'application du droit fédéral n'est entreprise par la recourante, ce qui, d'emblée, rend le grief irrecevable (cf. <ref-law>).
Par ailleurs, il a été retenu que l'entreposage de la marchandise dans l'arrière boutique de la recourante n'avait généré aucun dommage (jugement entrepris, ch. 2.6, p. 9; premier jugement, let. F, dernier §, p. 7). L'existence de dépenses "nécessaires" ou "utiles justifiées par les circonstances" ou encore "de tout autre dommage" au sens de l'<ref-law> ne ressort pas de l'état de fait, sans que l'arbitraire ne soit démontré à satisfaction. C'est en effet de manière purement appellatoire que la recourante prétend, devant le Tribunal fédéral, que la place occupée par la marchandise l'a privée de la possibilité d'entreposer d'autres marchandises et qu'elle a dû utiliser son personnel pour déplacer la marchandise. Au regard de ce qui précède, les développements entrepris par la recourante (appréciation arbitraire des pièces produites et des témoignages recueillis) qui tendent à démontrer que la marchandise livrée était volumineuse ne lui sont d'aucun secours.
On observera encore que la thèse avancée ici par la recourante apparaît en contradiction avec celle soutenue devant l'instance cantonale, puisqu'elle plaidait alors l'existence d'un "accord entre les parties sur les conditions financières de conservation de la marchandise". L'argumentation de la recourante n'ayant nullement porté en appel sur la gestion d'affaires sans mandat, on ne décèle sur ce point aucune violation du droit d'être entendue de la recourante, contrairement à ce que prétend cette dernière.
Le moyen ne saurait être accueilli favorablement.
5. Le premier juge a refusé de compenser les créances de l'intimée avec les prétendues créances invoquées par la recourante et l'autorité de recours a nié tout arbitraire sur la question de la compensation. Pour la recourante, l'arrêt entrepris est arbitraire pour être en contradiction manifeste avec l'état de fait s'agissant du rabais de 4% et du bonus de 3%; elle invoque une violation de l'art. 9 Cst.
Il ressort des constatations cantonales qu'un rabais de 4% a déjà été appliqué sur les factures litigieuses. La recourante ne remet pas en cause cette constatation, mais soutient que les factures litigieuses ne correspondent pas aux créances de l'intimée. Dans la mesure où cet argument a été précédemment écarté (cf. supra, consid. 2), le grief tombe à faux.
En ce qui concerne le bonus de 3% pour paiement groupé, il a été constaté qu'aucun accord n'a été trouvé sur le sujet, contrairement à ce que soutient, de manière appellatoire, la recourante. Sur ce point également, la critique est vaine.
On ne voit dès lors pas que les considérations de la cour cantonale en lien avec l'objection de compensation procèdent d'une appréciation insoutenable de la situation concrète ni que la décision attaquée parviendrait à un résultat arbitraire.
6. Le recours constitutionnel subsidiaire doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 23 mai 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin