Sachverhalt:
A. Der 1945 geborene S._ war als Elektro-Techniker bei der Firma K._, bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 3. Februar 2001 als Fahrer eines Personenwagens in eine Auffahrkollision verwickelt wurde. Die erstbehandelnde Ärztin, Dr. med. I._, diagnostizierte eine leichte Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) des Versicherten. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Der Versicherte konnte drei Wochen nach dem Unfall seine bisherige Arbeit wieder voll aufnehmen. Die Behandlung endete am 6. September 2001. Auf Rückfallmeldung vom 18. Januar 2002 hin wurde die Behandlung wegen zunehmender Beschwerden wieder aufgenommen. Nachdem die SUVA über Jahre hinweg Heilbehandlungsleistungen erbracht hatte, stellte sie ihre Leistungen mit Verfügung vom 19. Januar 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 18. Oktober 2007, per 31. Januar 2007 ein und verneinte den Anspruch auf weitergehende Leistungen (Invalidenrente und Integritätsentschädigung), da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal zum Unfallereignis seien.
B. Die von S._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Oktober 2009 ab, soweit es darauf eintrat. Zuvor hatte es mit Verfügung vom 22. Februar 2008 u.a. des Gesuch der Versicherten um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde abgewiesen.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte sinngemäss, die SUVA sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, nach ergänzenden Abklärungen die gesetzlichen Leistungen auch über den 31. Januar 2007 hinaus zu erbringen. Zudem ersucht er um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind grundsätzlich nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen und zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand. Umgekehrt fehlt es an einem Anfechtungsgegenstand und somit an einer Sachurteilsvoraussetzung, wenn und insoweit keine Verfügung ergangen ist (<ref-ruling> E. 2.1, 125 V 412 E. 1a S. 414 mit Hinweisen). Streitgegenstand im System der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege ist das Rechtsverhältnis, welches - im Rahmen des durch die Verfügung bestimmten Anfechtungsgegenstandes - den auf Grund der Beschwerdebegehren effektiv angefochtenen Verfügungsgegenstand bildet. Anfechtungs- und Streitgegenstand sind danach identisch, wenn die Verwaltungsverfügung insgesamt angefochten wird; bezieht sich demgegenüber die Beschwerde nur auf einzelne der durch die Verfügung bestimmten Rechtsverhältnisse, gehören die nicht beanstandeten - verfügungsweise festgelegten - Rechtsverhältnisse zwar wohl zum Anfechtungs-, nicht aber zum Streitgegenstand (<ref-ruling> E. 2.1, 125 V 412 E. 1b in Verbindung mit E. 2a, S. 414 ff.).
2.2 Mit Verfügung vom 19. Januar 2007 stellte die SUVA sämtliche Leistungen per 31. Januar 2007 ein, da die über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien. Bereits in seiner Einsprache vom 19. Februar 2007 beantragte der Versicherte ausdrücklich, es seien nicht nur Heilbehandlungsleistungen auszurichten, sondern auch der Anspruch auf Rentenleistungen und Integritätsentschädigung zu prüfen. Die SUVA bestätigte mit Einspracheentscheid vom 18. Oktober 2007 ihre Verfügung, wiederum begründet mit der fehlenden Adäquanz eines Kausalzusammenhanges. In der Beschwerde an das kantonale Gericht wie auch in der Beschwerde an das Bundesgericht beantragte der Beschwerdeführer wiederum neben der Weiterausrichtung der Heilbehandlungsleistungen über den 31. Januar 2007 hinaus, die Prüfung des Anspruchs auf Rentenleistungen und auf Integritätsentschädigung.
2.3 Das kantonale Gericht ist in seinem kaum verständlichen 11-seitigen dass-Entscheid auf die Anträge des Beschwerdeführers betreffend Rentenleistungen und Integritätsentschädigung nicht eingetreten, mit der Begründung, dass es diesbezüglich an einem Einspracheentscheid mangelt. Dies trifft entsprechend den Akten nicht zu. Haben Verfügung und Einspracheentscheid Bestand, so steht fest, dass der Versicherte - mangels eines adäquaten Kausalzusammenhanges - nicht nur keinen Anspruch auf Heilbehandlungsleistungen zu Lasten der Unfallversicherung, sondern auch keinen Anspruch auf Rentenleistung oder auf Integritätsentschädigung hat. Entgegen den vorinstanzlichen Ausführungen gehören diese Ansprüche somit ebenfalls zum Streitgegenstand. Dies hatte die Vorinstanz in ihrer Verfügung vom 22. Februar 2008 betreffend Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde zunächst auch zutreffend erkannt. Demgegenüber hat sie gegen Bundesrecht verstossen, als sie im angefochtenen Entscheid vom 30. Oktober 2009 davon ausgegangen ist, lediglich Heilbehandlungsleistungen seien streitig und die Leistungseinstellung ausschliesslich damit begründet hat, dass von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten war. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass der Beschwerdeführer über längere Zeit seine bisherige Tätigkeit zu 100 % ausführen konnte und somit kein Taggeld ausbezahlt wurde. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese über alle streitigen Belange materiell entscheide. In diesem Zusammenhang gilt es auch über die im kantonalen Gerichtsentscheid aufgeworfene Frage nach einer durch den Unfall bewirkten vorübergehenden oder richtunggebenden Verschlimmerung der vorbestehenden degenerativen HWS-Veränderungen zu entscheiden. Aufgrund des engen Zusammenhanges zwischen den Heilbehandlungs- und den übrigen Leistungen rechtfertigt es sich, den kantonalen Entscheid vollumfänglich aufzuheben. Dem Beschwerdeführer ist hinsichtlich der zwischenzeitlich präzisierten Schleudertraumarechtsprechung (<ref-ruling>) das rechtliche Gehör zu gewähren.
3. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Mit diesem Entscheid in der Sache wird das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung der Beschwerde im bundesgerichtlichen Verfahren gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Oktober 2009 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) vom 18. Oktober 2007 neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Diese Verfügung wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter