Faits:
A. Le 15 janvier 2008, la Municipalité d'Etagnières a délivré à A._ l'autorisation de construire deux villas contiguës sur la parcelle n° 507, située en zone villas. Les bâtiments sont d'un étage sur rez plus des combles utilisables. Le permis de construire porte notamment la condition suivante:
"... seule la tuile plate Morandi type Vaudaire Rna (rouge naturel) non mécanique est autorisée sur l'ensemble du territoire communal. Toutes autres teintes ou modèles devront être soumis à l'approbation de la Municipalité".
A._ a recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP), en demandant l'annulation de cette condition.
B. Par arrêt du 13 octobre 2008, la CDAP a rejeté le recours et confirmé la décision municipale. Même si le choix des matériaux et des couleurs extérieures ne figuraient plus dans la nouvelle teneur de l'art. 47 al. 1 ch. 1 de la loi vaudoise sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC), cette disposition n'avait pas un caractère exhaustif et constituait dès lors une base légale suffisante pour des prescriptions communales de ce genre. L'art. 25 du règlement communal sur l'aménagement du territoire et les constructions (le règlement) imposait une couverture en tuiles et permettait à la municipalité d'imposer un autre mode de couverture. La construction projetée était située sur un épaulement particulièrement visible, dans le voisinage immédiat du plan de quartier "A la Combaz" pour lequel des toits en tuiles plates Morandi de type Vaudaire étaient prévus. La condition posée par la Municipalité répondait à un souci d'intégration dans l'environnement bâti; elle respectait le principe de la proportionnalité puisque le constructeur pouvait proposer un autre type de couverture, moyennant approbation municipale. Constatant par ailleurs que la construction projetée n'était pas réglementaire sur plusieurs points (forme des toits, habitabilité des combles, coefficient d'utilisation du sol, taille des lucarnes et hauteur du faîte), la CDAP a toutefois renoncé à une reformatio in peius.
C. A._ forme un recours en matière de droit public. Il conclut à la réforme de l'arrêt de la CDAP en ce sens que la condition litigieuse dans le permis de construire est supprimée. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à la CDAP pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
La CDAP se réfère aux considérants de son arrêt en relevant que, compte tenu de la différence de coûts, la condition imposée au constructeur ne constituerait pas une atteinte grave au droit de propriété. La Municipalité d'Etagnières conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public des constructions. Il est en soi recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>.
1.1 Le recourant, qui conteste l'une des conditions posées à la délivrance de son permis de construire, a qualité pour recourir (<ref-law>).
1.2 La Municipalité considère que l'arrêt attaqué serait incident puisque, dans la mesure où le recourant désirerait utiliser d'autres tuiles que celles mentionnées dans l'autorisation de construire, il devrait encore requérir l'approbation municipale.
Selon l'<ref-law>, le recours est recevable contre les décisions finales, soit celles qui mettent fin à la procédure. L'arrêt attaqué confirme l'octroi d'un permis de construire, aux conditions fixées par la Municipalité. S'il est vrai qu'il ne statue pas sur la couverture qui sera finalement autorisée par la municipalité, il permet en tout cas à cette dernière de refuser une couverture de couleur noire ou grise, en ardoise ou en béton, telle que prévue par le recourant. Dans cette mesure, l'arrêt attaqué met un terme à la procédure d'autorisation de construire, et apparaît final au sens de l'<ref-law>.
2. Le recourant invoque la garantie de la propriété (art. 26 Cst.). Il conteste que l'art. 47 al. 2 ch. 1 LATC constitue une base légale suffisante pour une réglementation communale imposant de manière générale un type de couverture des toits. Une telle restriction ne pourrait reposer que sur la clause d'esthétique de l'art. 86 LATC, dont l'application devrait faire l'objet d'un examen au cas par cas. L'art. 25 du règlement ne permettrait donc pas d'imposer un type précis de tuiles et de couleurs sur tout le territoire communal. Du point de vue esthétique, la parcelle du recourant se trouverait dans un quartier de villas où les toits sont en tuiles grises ou noires, teintes qui conviendraient davantage à la toiture projetée puisque le recourant envisage d'y poser des panneaux solaires. Aucun intérêt public ne justifierait le choix de la Municipalité. Les dispositions sur le plan de quartier "A la Combaz" seraient au surplus inapplicables à la parcelle du recourant.
2.1 La propriété est garantie par l'art. 26 al. 1 Cst. Toute restriction de ce droit fondamental doit être fondée sur une base légale, être justifiée par un intérêt public et être proportionnée au but visé (art. 36 al. 1 à 3 Cst.; <ref-ruling> consid. 14.2 p. 362; <ref-ruling> consid. 2a p. 221, consid. 2c p. 221/222 et les arrêts cités).
2.2 L'art. 47 al. 2 ch. 1 LATC donne aux communes le pouvoir de réglementer, par le biais de plans et de règlements, les conditions de construction "telles qu'implantation, distances entre bâtiments ou aux limites, cote d'altitude, ordre des constructions, limites des constructions, [...], destinations et accès des niveaux ou de locaux à usage commun, isolation phonique". Cette disposition ne mentionne certes pas expressément la question du choix des matériaux et des couleurs de l'extérieur des bâtiments, mais il apparaît clairement que l'énumération précitée n'est qu'exemplative. La cour cantonale relève pertinemment que la volonté du législateur, lors de la modification de cette disposition en 1998, n'était pas de restreindre sur ce point les compétences communales, mais simplement de regrouper certaines dispositions existantes. Il ne serait d'ailleurs guère logique que le législateur cantonal ait confirmé les compétences communales sur des questions telles que l'implantation, les distances et les ordres de construction, mais pas sur des points comme les revêtements extérieurs qui, par nature, relèvent de l'appréciation des autorités locales.
C'est dès lors à tort que le recourant dénie à la commune le droit d'imposer, de manière générale, un matériau et une couleur déterminés pour les couvertures de toits. Cette compétence n'est donc pas limitée à une simple application de la clause cantonale d'esthétique (art. 86 LATC).
2.3 Selon l'art. 25 du règlement, les toits sont "en principe recouverts de tuiles; ... Un autre mode de couverture peut être autorisé - voire imposé par la municipalité - s'il est compatible avec les constructions avoisinantes et le caractère des lieux". Le recourant ne conteste pas que cette disposition constitue une base légale (communale) formelle suffisante.
2.4 Quant à l'intérêt public justifiant la clause litigieuse, il est suffisamment démontré: selon les constatations de fait de la cour cantonale, la construction projetée est située sur un lieu particulièrement visible de la zone de villas, sur un épaulement. Le recourant conteste cette affirmation mais ne prétend pas que la cour cantonale, qui s'est rendue sur les lieux, aurait constaté les faits de manière manifestement inexacte (<ref-law>). Par ailleurs, la parcelle du recourant est située en bordure du plan de quartier "A la Combaz", dont le règlement prévoit des couvertures en tuiles plates de même modèle et de même couleur que celles imposées au recourant par la Municipalité. Le recourant conteste que la réglementation de ce plan de quartier soit directement applicable à sa parcelle, même si la partie nord de cette dernière constitue une "aire de dégagement" du plan de quartier. Il n'en demeure pas moins que, compte tenu de sa position et de sa visibilité, la construction projetée doit s'accorder avec l'importante surface bâtie qui fait l'objet du plan de quartier. La cour cantonale pouvait se montrer d'autant plus stricte, sur le plan de l'intégration à l'environnement bâti, que les villas projetées sont d'une hauteur excessive et comportent des toitures surélevées, aux formes tourmentées et peu habituelles. Compte tenu de la volonté, manifestée par la commune dans sa réglementation, d'unifier l'aspect des toitures, l'existence de toits de couleur noire ou grise dans le même quartier n'apparaît pas déterminante.
Du point de vue de la proportionnalité, le recourant ne prétend pas que l'exigence posée dans le permis de construire engendrerait des frais excessifs. Le grief doit par conséquent être rejeté.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté, aux frais de son auteur (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge du recourant. Il n'est pas alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant et de la Municipalité d'Etagnières et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 26 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz