Fatti:
A. Il 19 agosto 2004 A._, cittadino italiano, è stato condannato dalla Corte delle Assise criminali di Lugano alla pena di 18 mesi di reclusione e all'espulsione dal territorio svizzero per 5 anni, entrambe le pene sospese condizionalmente per un periodo di prova di 2 anni, siccome riconosciuto colpevole di infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti (LStup; RS 812.121). Il giudizio è cresciuto in giudicato incontestato.
Preso atto della suddetta condanna, il 4 giugno 2007 l'Ufficio federale della migrazione ha pronunciato nei suoi confronti un divieto d'entrata valevole fino al 3 giugno 2012. Ad un eventuale ricorso è stato tolto l'effetto sospensivo.
B. Il 9 luglio 2007 A._ ha contestato questo provvedimento al Tribunale amministrativo federale, chiedendo preliminarmente la restituzione dell'effetto sospensivo. L'istanza è stata respinta con decisione incidentale del 16 luglio 2007. Richiamandosi alla condanna penale, i giudici federali di prima istanza hanno giudicato che il comportamento dell'insorgente giustificava una deroga al principio della libera circolazione garantito dall'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea ed i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (in seguito ALC o Accordo; RS 0.142.112.681) e che in concreto vi era un interesse pubblico preponderante all'immediata attuazione della misura contestata, prevalente su quello privato dell'interessato.
C. Il 27 luglio 2007 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la decisione incidentale del 16 luglio 2007 sia annullata e che venga restituito ed accordato l'effetto sospensivo al ricorso presentato al Tribunale amministrativo federale contro il divieto d'entrata in Svizzera pronunciato nei suoi confronti. Adduce la lesione degli art. 9 e 10 Cost.
Chiamati ad esprimersi il Tribunale amministrativo federale, Corte III, ha rinunciato a formulare osservazioni, mentre l'Ufficio federale della migrazione ha chiesto la reiezione in ordine e nel merito del gravame.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 2 con riferimenti; <ref-ruling> consid. 1.1).
2. 2.1 Giusta l'art. 83 lett. c cifra 1 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti l'entrata in Svizzera. Tale clausola di esclusione si applica anche quando la decisione impugnata concerne un aspetto di procedura, come ad esempio l'effetto sospensivo (cfr. Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, in: FF 2001 3877). Sennonché come già spiegato dal Tribunale federale in <ref-ruling> consid.1 (vertenza disciplinata dall'allora vigente legge federale sull'organizzazione giudiziaria del 16 dicembre 1943 [OG], il cui art. 100 cpv.1 lett. b n. 3 era dello stesso tenore dell'attuale art. 83 lett. c cifra 1 LTF) così come di recente nella causa 2C_375/2007 dell'8 novembre 2007, consid. 2.2.2 (retta dalla LTF), questo motivo di esclusione non si applica trattandosi dei gravami inoltrati dagli stranieri che possono prevalersi dell'Accordo sulla libera circolazione delle persone: al fine di evitare una violazione del diritto convenzionale, questa Corte entra infatti nel merito dei loro ricorsi basandosi direttamente sull'art. 11 cpv. 3 ALC. Visto quanto precede, la presente impugnativa è quindi, di principio, ammissibile.
2.2 Secondo l'<ref-law> il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Giusta l'<ref-law>, il ricorso è inoltre ammissibile contro le decisioni che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a) o che pongono fine al procedimento solo per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'<ref-law>, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se esse possono causare un danno irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF).
2.3 Come già giudicato da questa Corte, la nozione di pregiudizio irreparabile è stata ripresa dall'art. 87 cpv. 2 OG, di modo che ci si può riferire alla relativa giurisprudenza per interpretare l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 con richiami). Conformemente a questa prassi, il pregiudizio deve essere di natura giuridica e non di mero fatto; esso è irreparabile se sussiste il rischio che neppure una decisione finale favorevole al ricorrente lo elimini completamente. Semplici inconvenienti di fatto, come ad esempio un prolungamento dei tempi procedurali o un aumento dei costi legati alla causa non rappresentano un danno di natura irreparabile, poiché non si tratta di pregiudizi di natura giuridica (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1c e rispettivi rinvii).
2.3.1 Il ricorrente lamenta disagi materiali dovuti al fatto che vive e lavora in un comune situato a meno di 2 km dalla frontiera svizzera, più facilmente accessibile dal nostro Paese che dall'Italia. Sennonché, come concesso dall'interessato medesimo, si tratta d'inconvenienti di fatto i quali, manifestamente, non sono di natura giuridica.
2.3.2 Il ricorrente adduce poi che fintanto che il divieto d'entrata esplica i suoi effetti, egli è privato del diritto di recarsi sul suolo svizzero, garantitogli quale cittadino comunitario dall'art. 3 ALC ed altresì corollario del diritto alla libertà di movimento sancito dall'<ref-law>, al quale anche i cittadini stranieri, secondo lui, possono appellarsi. È vero che l'immediata esecutività del provvedimento contestato comporta nella fattispecie, come addotto dal ricorrente, l'impossibilità per costui di recarsi in Svizzera durante la procedura di merito. In altre parole, fino all'emanazione del giudizio di merito da parte del Tribunale amministrativo federale, egli è effettivamente impedito di esercitare il diritto d'ingresso in Svizzera di cui fruisce in virtù dell'art. 3 ALC. È quindi indubbio che il rifiuto di restituire l'effetto sospensivo gli cagiona un pregiudizio irreparabile di natura giuridica poiché, quand'anche l'autorità precedente dovesse accogliere il suo gravame, il pregiudizio patito (l'impossibilità di esercitare un suo diritto) non verrebbe soppresso con effetto retroattivo, ma verebbe eliminato solo per il futuro. Anche da questo profilo il ricorso è pertanto ammissibile.
2.4 Per il resto, il ricorso è di massima ammissibile siccome interposto da una persona legittimata ad agire (<ref-law>), nei termini legali (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>) e nelle forme richieste (<ref-law>). Va poi ricordato che contro le decisioni in materia di misure cautelari, come in concreto, può essere fatta valere solo la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>), censura alla cui disamina questa Corte procede solo se è stata sollevata e motivata adeguatamente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 e rinvii).
3. Il ricorrente rimprovera all'autorità precedente di essersi limitata a richiamare la condanna penale, senza prendere in considerazione le dettagliate circostanze di fatto e di diritto da lui esposte nella sua impugnativa. Il Tribunale amministrativo federale non avrebbe infatti tenuto conto degli elementi a suo favore risultanti dal giudizio penale, come il suo sincero pentimento, il fatto che era incensurato e la prognosi favorevole emessa dai giudici penali né dell'attenuazione della pena e della colpa dovuta al fatto che si trattava esclusivamente di vendita di marijuana. Avrebbe poi negletto che il divieto d'entrata è stato pronunciato 3 anni dopo la crescita in giudicato della sentenza penale ciò che, a parere del ricorrente, dimostrerebbe l'assenza di pericolo imminente per la sicurezza pubblica poiché, in caso contrario, il provvedimento litigioso sarebbe stato pronunciato già nel 2004. Un tal modo di procedere urterebbe quindi in maniera scioccante il sentimento della giustizia nonché porterebbe ad una decisione inficiata d'arbitro.
4. 4.1 Conformemente all'art. 55 della legge federale sulla procedura amministrativa, del 20 dicembre 1968 (PA), applicabile alla procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale (art. 37 della legge sul Tribunale amministrativo federale, del 17 giugno 2005, LTAF), il ricorso ha effetto sospensivo (cpv. 1). Se la decisione non ha per oggetto una prestazione pecuniaria, l'autorità può tuttavia togliere un tale effetto (cpv. 2). La legge non indica i motivi atti a giustificare un simile provvedimento. La giurisprudenza ha tuttavia stabilito che la concessione, la revoca o la restituzione dell'effetto sospensivo dipendono da una ponderazione dei diversi interessi in gioco, cioè dall'esame se i motivi a favore di un'immediata esecutorietà della decisione appaiano più importanti rispetto a quelli che tendono a una soluzione contraria (ossia mantenere il regime precedente sino alla pronuncia di un giudizio definitivo). L'autorità chiamata a pronunciarsi gode di un certo potere di apprezzamento. In genere, essa poggia la propria decisione sui documenti agli atti, che esamina in un giudizio "prima facie", senza ordinare l'assunzione di nuove prove. Nella propria valutazione l'autorità tiene conto del presumibile esito della lite solo se quest'ultimo appare certo (<ref-ruling> consid. 3). Da parte sua, il Tribunale federale si limita a controllare se l'autorità inferiore ha commesso un eccesso o un abuso del potere di apprezzamento: esso annulla la decisione litigiosa solo se l'autorità precedente ha omesso di considerare degli interessi essenziali o se ha eseguito una ponderazione manifestamente errata oppure se la soluzione scelta pregiudica in maniera inammissibile l'esito del litigio, ciò che la fa apparire arbitraria nel suo risultato.
4.2 Nel caso concreto, si deve tuttavia tenere conto dell'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC, secondo cui i diritti conferiti dalle disposizioni dell'Accordo possono essere limitati soltanto da misure giustificate da motivi di ordine pubblico, pubblica sicurezza e pubblica sanità (sulla nozione di ordine pubblico, cfr. <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 6.2 e riferimenti; causa CGCE del 27 ottobre 1997 Boucherau C-30/77, Racc. 1977 pag. 1999 n. 33-35). Per "misura" va inteso, ai sensi dell'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC e della direttiva 64/221/CEE, ogni atto che ha delle ripercussioni sul diritto di ingresso e di soggiorno (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii). Le deroghe alla libera circolazione vanno quindi interpretate in modo restrittivo. Il ricorso da parte di un'autorità nazionale alla nozione di ordine pubblico per limitare questa libertà presuppone quindi, al di là della turbativa insita in ogni violazione di legge, una minaccia effettiva ed abbastanza grave ad uno degli interessi fondamentali della società. Una condanna penale anteriore sarà quindi determinante unicamente se dalle circostanze che l'hanno determinata emerga un comportamento personale costituente una minaccia attuale per l'ordine pubblico (<ref-ruling> consid. 3.4.1 e richiami). Ciò equivale a valutare il rischio di recidiva il quale, data la portata del principio della libera circolazione delle persone, non dev'essere ammesso troppo facilmente. Si dovrà quindi tenere conto dell'insieme delle circostanze della fattispecie, segnatamente la natura e l'importanza del bene giuridico minacciato così come la gravità dell'ipotizzabile pregiudizio. In altre parole, la misura dell'apprezzamento dipende dalla gravità della potenziale infrazione: tanto più questa appare importante, quanto minori sono le esigenze in merito al rischio di recidiva (<ref-ruling> consid. 3.3 e riferimenti). Inoltre, come nel caso di qualsiasi altro cittadino straniero, l'esame dev'essere effettuato tenendo presente le garanzie derivanti dalla Convenzione europea dei diritti dell'uomo così come del principio della proporzionalità (<ref-ruling> consid. 3.3 e numerosi rinvii).
4.3 Nella fattispecie il Tribunale amministrativo federale si è limitato a richiamare la condanna alla pena di 18 mesi di reclusione e all'espulsione dal territorio svizzero per 5 anni, entrambe le pene sospese condizionalmente con un periodo di prova di 2 anni, per infrazione aggravata alla LStup inflitta al ricorrente il 19 agosto 2004. Esso non ha tuttavia considerato elementi essenziali risultanti dagli atti, segnatamente non ha tenuto conto delle circostanzi attenuanti prese in considerazione dai giudici penali per mitigare la responsabilità del ricorrente e ravvisare nel suo comportamento gli estremi del sincero pentimento, ossia il fatto che era incensurato, che si era spontaneamente consegnato agli inquirenti ed aveva collaborato sin dall'inizio senza riserve, la circostanza che aveva utilizzato parte di un lascito per risarcire l'indebito profitto conseguito e, infine, la particolarità della situazione creatasi in Ticino sulla questione della canapa (sentenza della Corte delle assise criminali del 19 agosto 2004, pag. 32 n.17.1). L'autorità precedente non ha altresì tenuto presente che la condanna risaliva a tre anni quando è stato pronunciato il divieto d'entrata e che nel frattempo, come documentato dal ricorrente medesimo, questi sembra essere tornato ad una vita regolare, occupandosi in Italia di un agriturismo con ristorante, alloggio e centro ippico. In altre parole, il Tribunale amministrativo federale non ha assolutamente considerato che le informazioni fornite sull'evolvere del ricorrente dopo la sua condanna penale sono favorevoli e non lasciano apparire un rischio attuale di recidiva.
4.4 Ne deriva che la decisione querelata, in quanto rifiuta di restituire l'effetto sospensivo, viola manifestamente l'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC ed è arbitraria nel suo risultato.
5. 5.1 Da quel che precede discende che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata, con conseguente restituzione dell'effetto sospensivo al ricorso esperito il 9 luglio 2007 contro il divieto d'entrata emanato dall'Ufficio federale della migrazione.
5.2 Soccombente, l'Ufficio federale della migrazione è comunque dispensato dal pagamento delle spese giudiziarie, in quanto non sono in gioco i suoi interessi pecuniari (<ref-law>). Esso dovrà tuttavia versare al ricorrente, assistito da un avvocato, un'indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto, la decisione impugnata è annullata e viene restituito l'effetto sospensivo al ricorso esperito il 9 luglio 2007 contro il divieto d'entrata valido fino al 3 giugno 2012 pronunciato il 4 giugno 2007 dall'Ufficio federale della migrazione.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. L'Ufficio federale della migrazione rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 1'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura dinanzi al Tribunale federale.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, all'Ufficio federale della migrazione e al Tribunale amministrativo federale, Corte III.