Faits:
A. Par décision du 12 mars 2009, le Président du Tribunal de l'arrondissement de Lausanne a, notamment, libéré X._, de même qu'une coaccusée, C._, de la prévention de contrainte, subsidiairement de tentative de contrainte, et mis fin, suite à un retrait de plainte, aux poursuites pénales les concernant. Il a néanmoins mis la moitié des frais de justice, y compris la moitié de l'indemnité de leur défenseur d'office, à leur charge, à concurrence des 2/3, soit 5561,15 fr., pour X._ et de 1/3, soit 2780,55 fr., pour C._.
B. X._ et C._ ont chacun recouru contre ce prononcé, contestant leur condamnation aux frais.
Par arrêt du 18 juin 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a écarté, comme tardif, le recours de X._. Elle a rejeté celui de C._, réformant toutefois d'office le prononcé de première instance en ce qui la concernait, en ce sens que la part de l'indemnité allouée au défenseur d'office sera exigible pour autant que la situation économique de l'intéressée se soit améliorée. Elle a mis les frais de seconde instance, d'un montant total de 630 fr., pour 1/4 à la charge de X._ et pour 3/4 à la charge de C._.
S'agissant du recours de X._, la cour cantonale a retenu que le prononcé de première instance lui avait été notifié le vendredi 20 mars 2009, de sorte que le délai de recours, de 10 jours, venait a échéance le lundi 30 mars 2009. Déposé le 31 mars 2009, le recours était donc tardif.
C. Après réception de l'arrêt du 18 juin 2009, qui lui a été notifié le 30 septembre 2009, X._ a adressé, le 12 octobre 2009, une lettre à la cour cantonale. Il faisait valoir, pièces à l'appui, que la décision de première instance lui avait été notifiée le 26 mars 2009, et non le 20 mars 2009, comme retenu dans l'arrêt cantonal. Il demandait que ce dernier soit corrigé pour en tenir compte. Il se disait conscient que son recours serait, de la même manière que celui C._, rejeté au fond. Le fait qu'il soit entré en matière sur son recours aurait toutefois pour effet que, comme pour sa corecourante, il serait précisé dans le dispositif de l'arrêt que le remboursement à l'Etat de la part des frais mise à sa charge ne sera exigible que pour autant que sa situation économique se soit améliorée.
Par lettre du 14 octobre 2009, le président de la cour cantonale a répondu au recourant qu'une rectification par la cour elle-même de son arrêt, non prévue par la loi, ne pourrait éventuellement se justifier que si elle portait sur une inadvertance ou erreur mineure touchant le dispositif. Or, la rectification demandée, consistant à admettre la recevabilité du recours, entraînerait non seulement une modification du dispositif de l'arrêt, mais du considérant 1 relatif à la recevabilité du recours. De plus, outre la précision qui serait apportée quant au remboursement des frais, le dispositif de l'arrêt devrait aussi être rectifié quant à la répartition de la charge des frais de seconde instance. Dans ces conditions, il ne pouvait être donné suite à la demande de rectification.
D. X._ forme un recours au Tribunal fédéral, pour constatation manifestement inexacte des faits. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué en ce qui le concerne, en sollicitant l'assistance judiciaire.
Le Ministère public conclut à l'admission du recours. L'autorité cantonale se réfère à son arrêt et à la lettre adressée le 14 octobre 2009 au recourant.

Considérant en droit:
1. Du chiffre II de son mémoire, il résulte que le recourant, au vu du grief qu'il soulève, pense devoir former un recours constitutionnel subsidiaire, mais qu'il estime, à ce défaut, pouvoir interjeter un recours en matière pénale.
La notion de droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF inclut les droits constitutionnels, dont la violation peut donc être invoquée dans un recours ordinaire, en l'occurrence dans un recours en matière pénale (cf. art. 78 al. 1 LTF). Le recours constitutionnel subsidiaire est ainsi exclu (cf. art. 113 LTF). Partant, le présent recours sera traité comme un recours en matière pénale.
2. Le recourant se plaint d'une constatation manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, des faits. Il reproche à la cour cantonale d'avoir considéré son recours comme irrecevable, parce que tardif, pour avoir retenu erronément que la décision de première instance lui avait été notifiée le 20 mars 2009.
2.1 A l'appui, le recourant produit une copie de l'avis postal, correspondant à l'original annexé à la décision de première instance, attestant que cette dernière lui a été notifiée. Cet avis, signé par lui, porte, à côté de la date de distribution, une date, qui, de prime abord, apparaît être celle du 20 mars 2009, sans que l'on puisse exclure qu'il s'agisse du 26 mars 2009. Sur cet avis figure le cachet du bureau de poste destinataire et celui de l'accusé de réception à renvoyer à l'autorité ayant rendue la décision, portant la date du 26 mars 2009. On doit en déduire que la décision de première instance a bien été notifiée au recourant le 26 mars 2009, et non le 20 mars 2009. Du moins, le doute pouvant subsister sur ce point, doit-il profiter au recourant, conformément à la jurisprudence selon laquelle le fardeau de la preuve de la notification d'un acte et de la date à laquelle celui-ci a été notifié incombe en principe à l'autorité qui entend en tirer une conclusion juridique (<ref-ruling> consid. 3b p. 100; <ref-ruling> consid. 3c et 4 p. 53/54; <ref-ruling> consid. 2a p. 65), laquelle supporte donc les conséquences de l'absence de preuve, en ce sens que, si la notification ou sa date sont contestées et s'il existe un doute à ce sujet, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de l'envoi (ATF <ref-ruling> consid. 2a p. 65).
2.2 Dans la mesure où, comme cela doit être retenu, la décision de première instance a été notifiée au recourant le 26 mars 2009, le recours qu'il a formé à son encontre l'a été en temps utile, puisque déposé le 31 mars 2009, soit avant l'échéance du délai de 10 jours dans lequel il devait être interjeté selon le droit cantonal. Comme rien n'indique, du moins en l'état, que le recours eût été irrecevable pour un autre motif, l'autorité cantonale aurait donc dû entrer en matière sur celui-ci. Or, le cas échéant, elle aurait, selon toute vraisemblance et conformément à la jurisprudence à laquelle elle se réfère (cf. <ref-ruling> consid. 2.4.3 p. 100 ss), réformé d'office la décision de première instance en faveur du recourant, comme elle l'a fait pour C._, en ce sens que le remboursement à l'Etat de la part de l'indemnité allouée au défenseur d'office mise à la charge de celui-ci sera exigible pour autant que sa situation économique se soit améliorée. Le vice allégué est donc, en tout cas à cet égard, propre à modifier l'arrêt attaqué dans son résultat, en faveur du recourant, qui a ainsi un intérêt juridique à en obtenir l'annulation.
3. Le recours doit ainsi être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le canton de Vaud sera dispensé des frais (art. 66 al. 4 LTF). Il versera en revanche au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 2 LTF). La requête d'assistance judiciaire devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais.
3. Le canton de Vaud versera au recourant une indemnité de dépens de 3000 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 21 décembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz