Sachverhalt:
A. Nach der Anklageschrift wurde auf dem Landwirtschaftsbetrieb von X._ am 8. September 2008 ein Hanffeld entdeckt. Die Pflanzen mit einem THC-Gehalt von 2,9 bis 4,2 % wurden am 24. September 2008 beschlagnahmt.
X._ hatte im Juni 2008 mit der A._ AG einen Anbau- und Abnahmevertrag abgeschlossen, gemäss welchem diese die Pflanzen zu Nahrungsmitteln, Salben usw. verarbeitet.
B. Das Kreisgericht Obertoggenburg-Neutoggenburg sprach am 22. April 2009 X._ mangels rechtsgenüglichen Nachweises des subjektiven Tatbestands vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das BetmG frei und entschied, die ca. 2'400 Hanfpflanzen einzuziehen und zu vernichten.
X._ erhob gegen die Einziehung Berufung. Das Kantonsgericht St. Gallen hob am 17. November 2009 die Beschlagnahmeverfügung vom 24. September 2008 auf.
C. Die Staatsanwaltschaft St. Gallen erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben, die Betäubungsmittel (die ca. 2'400 Hanfpflanzen) einzuziehen und die ersatzlose Vernichtung anzuordnen.
In der Vernehmlassung hält das Kantonsgericht fest, die nicht weiter belegten Vermutungen eines strafbaren Verhaltens des Geschäftsführers der A._ AG im kreisgerichtlichen Urteil verletzten die Unschuldsvermutung und die Parteirechte des Beschwerdegegners. Ferner sei <ref-law> nicht verletzt, da der Hanfanbau weder zur Begehung einer Straftat gedient habe noch dazu bestimmt gewesen sei und der Anbau auch nicht verboten gewesen sei.
Der Beschwerdegegner führt aus, die erste Analyse mit einem THC-Gehalt von 4,2 % sei wegen Fehlerhaftigkeit annulliert worden. Es gelte nur die zweite Analyse "mit 2,9 %, mit Marge nur 2,4 %". Der 0,3 %-Grenzwert sei wissenschaftlich nicht haltbar. Richtig seien 3 %. Da die legale Verwendung seiner Hanfpflanzen erwiesen sei, spiele der Grenzwert hier aber keine Rolle. Weiter sei die (nicht rechtskräftige) Verurteilung von B._ nicht gegen den Geschäftsführer der A._ AG erfolgt. Diese Firma betreibe ein rechtmässiges Gewerbe. Ferner sei sein Hanffeld nicht "entdeckt" worden. Dieses sei, wie jedes Jahr, beim kantonalen Landwirtschaftsamt angemeldet worden.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Ausführungen des Kreisgerichts, welche die Vorinstanz ausdrücklich verwirft (angefochtenes Urteil S. 4 f.), können nicht berücksichtigt werden.
Das noch nicht in Kraft gesetzte revidierte BetmG bleibt "in rechtlicher Hinsicht ohne Bedeutung", wie die Beschwerdeführerin selber festhält. Dabei weist sie zutreffend darauf hin, dass nach dem neuen Recht Firmen und Personen, die Betäubungsmittel anbauen, herstellen, verarbeiten oder damit Handel treiben, einer Bewilligung des Schweizerischen Heilmittelinstitutes bedürfen (nArt. 4. Abs. 1 BetmG; AS 2009 2629). Wie im geltenden (vgl. <ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1) ist mithin auch im zukünftigen Recht unter bestimmten Voraussetzungen der Anbau und Verkauf von Hanf gestattet.
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz verletze <ref-law>.
Die Vorinstanz führt aus, der beschlagnahmte Hanf habe einen THC-Gehalt von über 0,3% und liege damit über dem Grenzwert (BGE <ref-ruling> E. 1). Der objektive Tatbestand von <ref-law> sei somit erfüllt, nicht aber der subjektive. Der Beschwerdegegner habe aufgrund des Abnahmevertrags auch nicht mit einer unbefugten Verwendung rechnen müssen.
3. 3.1 Strafbar ist, wer unbefugt alkaloidhaltige Pflanzen oder Hanfkraut zur Gewinnung von Betäubungsmitteln anbaut (<ref-law>). Aus dem THC-Gehalt lässt sich für sich genommen nicht auf die Strafbarkeit des Produzenten schliessen. Vielmehr muss die Gewinnung von Betäubungsmitteln Handlungsziel sein. Der illegale Gebrauch des Hanfs ist durch die Behörden nachzuweisen (<ref-ruling> E. 1.1).
3.2 Die Einziehung gemäss <ref-law> setzt eine Anlasstat voraus, die objektiv und subjektiv tatbestandsmässig und rechtswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.2.1). Die Vorinstanz verneint die Erfüllung des subjektiven Tatbestands. Der Beschwerdegegner wurde deshalb bereits vom Kreisgericht rechtskräftig freigesprochen. Weder hat der Hanf "zur Begehung einer Straftat gedient" noch wurde er "durch eine Straftat hervorgebracht". Diese beiden Einziehungsvoraussetzungen von <ref-law> scheiden somit aus.
3.3 Gemäss <ref-law> können auch Gegenstände eingezogen werden, die zur Begehung einer Straftat "bestimmt" waren. Die Gefahr einer weiteren deliktischen Verwendung kann sich aus der Beschaffenheit des Gegenstandes ergeben. Es genügt aber nicht, dass der Gegenstand bloss geeignet ("propre") ist, eventuell für eine Straftat gebraucht zu werden (<ref-ruling> E. 7b). Vielmehr muss das Gericht eine Prognose darüber anstellen, ob es hinreichend wahrscheinlich ist, dass der Gegenstand in der Hand des "Täters" in der Zukunft die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährdet (<ref-ruling> E. 3.3.1).
Diese Gefahr verneint die Vorinstanz. Sie begründet ihre Entscheidung aber lediglich mit der Erwägung, die kreisgerichtliche Auffassung vermöge nicht zu überzeugen. Das Kreisgericht urteile auf der Grundlage von Vermutungen und verletze das rechtliche Gehör des Beschwerdegegners (angefochtenes Urteil S. 4). Sie trifft indessen keine eigenen Feststellungen, die es dem Bundesgericht ermöglichen würden, die Rechtsfrage der Prognose zu beurteilen (zum Stand des Verfahrens gegen B._ vgl. Urteil 6B_498/2009 vom 28. September 2009). Das angefochtene Urteil ist deshalb aufzuheben und die Sache zur ergänzenden Tatsachenfeststellung und zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (vgl. <ref-ruling> E. 3.4).
4. Der Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner sind trotz seines Unterliegens in der Sache keine Kosten aufzuerlegen, da er keinen formellen Verfahrensantrag gestellt hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 17. November 2009 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Entschädigungen ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Mai 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw