Sachverhalt:
A. A.a X._ (geb. 1940) trat am 15. Oktober 1968 im Rahmen eines Strafverfahrens in die Kantonale Psychiatrische Klinik (KPK) Y._ ein, nachdem er in A._ grundlos mehrere Passanten angegriffen hatte. Am 17. Juni 1969 wurde er zufolge Unzurechnungsfähigkeit von der Anklage der einfachen Körperverletzung und der Tätlichkeit freigesprochen und in einer Heil- oder Pflegeanstalt verwahrt. Eine formelle Aufhebung dieser Massnahme erfolgte nicht. X._ verblieb aber weiterhin in der Anstalt, wurde schliesslich am 30. März 1999 entlassen und in einem Pflegeheim auf dem Klinikareal untergebracht.
A.b Am 5. November 1999 verfügte der Bezirksarzt-Stellvertreter B._ im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung die Einweisung von X._ in die KPK Y._. Mit Eingabe vom 15. Januar 2009 stellte X._ ein Entlassungsgesuch, welches die Klinik mit Entscheid vom 16. Januar 2009 abwies.
B. B.a Am 20. Januar 2009 erhob X._ gegen die verweigerte Entlassung Klage bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen mit den Anträgen, ihn sofort aus der Klinik zu entlassen, ihm die unentgeltliche Prozessführung zu bewilligen und seinen Vertreter als unentgeltlichen Rechtsbeistand zu bestellen.
Am 22. Januar 2009 wurde X._ im Beisein seines Anwalts durch den bezeichneten Fachrichter einvernommen, welcher überdies gleichentags seinen gutachterlichen Bericht erstattete. Nach diesem Bericht leidet X._ an einer paranoiden Schizophrenie (ICD: 20) mit persistierendem Grössenwahn. Aus den Akten ergibt sich zudem, dass X._ tätlich und aggressiv wird.
B.b Mit Präsidialverfügung vom 19. Februar 2008 (recte 2009) wurde X._ die unentgeltliche Verbeiständung bewilligt.
Anlässlich der mündlichen Verhandlung vom 26. Januar 2009 wurde X._ im Beisein seines Vertreters und eines Pflegers und des begutachtenden Fachrichters durch die urteilende Kommission angehört. In diesem Verfahren beantragte der Beschwerdeführer die sofortige Entlassung und ersuchte ferner darum, die angeordneten Zwangsmassnahmen (zwangsweise Verabreichung von Medikamenten) aufzuheben. Am 27. Februar 2009 erklärte sich die Kommission für die Beurteilung der Zwangsmassnahmen nicht zuständig, erachtete die Aufrechterhaltung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung für rechtmässig und wies aus diesen Überlegungen die Klage ab, soweit darauf einzutreten war. Auf die Erhebung von Kosten wurde verzichtet und der Anspruch des X._ aus unentgeltlicher Rechtsverbeiständung im Klageverfahren gegenüber dem Staat auf Fr. 2'735.20 festgesetzt.
C. X._ gelangt mit einer am 1. April 2009 der Post übergebenen Beschwerde in Zivilsachen seines Anwalts an das Bundesgericht. Er beantragt, den Entscheid der Verwaltungsrekurskommission vom 27. Februar 2009 aufzuheben und ihn sofort aus der Anstalt zu entlassen. Auf seinen vor der kantonalen Instanz gestellten Antrag auf Aufhebung der Zwangsbehandlung sei einzutreten und diese Massnahme aufzuheben. Schliesslich sei dem Rechtsvertreter der mit detaillierter Aufstellung ausgewiesene Aufwand von Fr. 6'392.-- zuzusprechen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht der Beschwerdeführer ebenso um unentgeltliche Rechtspflege.
Es ist keine Vernehmlassung eingeholt worden.
D. Nachdem das Urteil in der Sache im Dispositiv an die Betroffenen versandt worden war, ging beim Bundesgericht am 29. April 2009 die am 28. April 2009 der Post übergebene Begründung zum Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren ein.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist zunächst ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (Art. 75 Abs. 1 BGG) betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist insoweit unter Vorbehalt der nachstehenden Ausführungen einzutreten.
1.2 Nebst dem Entscheid betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung ist die Weigerung der Vorinstanz angefochten, auf das Gesuch um Aufhebung der Zwangsbehandlung einzutreten. Die strittige Zwangsbehandlung erfolgte im Rahmen der fürsorgerischen Freiheitsentziehung, so dass die Beschwerde in Zivilsachen auch in diesem Punkt gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Der Entscheid, auf den die Aufhebung der Zwangsmassnahme lautenden Antrag nicht einzutreten, kann folglich mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden.
1.3 Da im vorliegenden Fall die Höhe der Entschädigung nicht ausschliesslich, sondern zusammen mit dem Entscheid über die fürsorgerische Freiheitsentziehung angefochten worden ist, erweist sich die Beschwerde in Zivilsachen ungeachtet des mangelnden Streitwertes gemäss Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG auch in dieser Hinsicht als zulässig (Umkehrschluss aus Urteil 5D_88/2008 vom 14. August 2008 E. 1). Allerdings wird der amtlich bestellte Rechtsanwalt für seine Bemühungen direkt vom Staat entschädigt und ist insbesondere nicht befugt, sich von der durch ihn verbeiständeten Partei eine zusätzliche Entschädigung auszahlen zu lassen (<ref-ruling> E. 3b S. 325). Ob der Beschwerdeführer unter den gegebenen Umständen über ein rechtlich geschütztes Interesse verfügt (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG), ist daher fraglich, kann aber hier offen bleiben, zumal er nicht einmal ansatzweise begründet, inwiefern für ihn unter den gegebenen Umständen ein rechtlich geschütztes Interesse bestehen könnte (zur Begründungspflicht bezüglich des rechtlich geschützten Interesses: Urteil 5P.113/1997 vom 13. Juni 2006 E. 5). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.4 Die Beschwerde ist sodann zu begründen. Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern dieser Bundesrecht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Verfassungsverletzungen werden nur geprüft, wenn sie gerügt und gehörig begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich oder durch eine andere Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG (z.B. Art. 29 Abs. 2 BV oder Art. 8 ZGB) zustande gekommen ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 und 1.4.3 S. 255) und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in fine BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22). Auf rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein. In der Beschwerde in Zivilsachen dürfen überdies keine neuen Tatsachen und Beweismittel vorgebracht werden, es sei denn, erst der Entscheid der Vorinstanz habe dazu Anlass gegeben (Art. 99 Abs. 1 BGG). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die Voraussetzung für eine nachträgliche Einreichung von Tatsachen und Beweismitteln erfüllt sein soll (<ref-ruling> E. 3 S. 395).
1.5 Die dem Bundesgericht am 29. April 2009 zugegangene Begründung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege ist verspätet und daher unbeachtlich.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, das Protokoll der fachrichterlichen Einvernahme vom 22. Januar 2009 beweise, dass er während der gesamten Einvernahme auf einem Bett mit Gurten fixiert gehalten worden sei und die Verhandlung in einem geschlossenen Isolierzimmer stattgefunden habe. Die Berichte über den Verlauf der Pflege hätten bewiesen, dass er sich weder am 22. Januar 2009 noch davor oder danach in einem Zustand befunden habe, welcher eine solche Zwangsmassnahme notwendig gemacht hätte. Der Umstand, dass er selbst für die Befragung durch den Fachrichter im Rahmen des Verfahrens nicht losgebunden und in ein normal bestuhltes Zimmer geführt worden sei, verletze Art. 7 und 29 Abs. 2 BV sowie Art. 3 und 6 Ziff. 1 EMRK.
Die vom Beschwerdeführer im Zusammenhang mit der Art und den Umständen der Befragung durch den Fachrichter vom 22. Januar 2009 gerügte Verletzung verfassungsmässiger Rechte bildete nicht Gegenstand des kantonalen Verfahrens betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung und wurde dort weder thematisiert noch überprüft. Insoweit liegt demnach kein letztinstanzlicher Entscheid im Sinn von Art. 75 Abs. 1 BGG vor. Darauf ist nicht einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, sie habe ihm das an der Hauptverhandlung vom 26. Januar 2009 geschriebene Handprotokoll nicht in Protokollform erstellt und den Beteiligten auch nicht zugestellt. Damit habe sie Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK verletzt.
Wie der Beschwerdeführer selbst einräumt, ist an der Verhandlung ein handschriftliches Protokoll erstellt worden, das sich allerdings nicht in den Akten befindet, zumal das Handprotokoll in ein separates Heft geschrieben wird; den Beteiligten wird keine Abschrift des Protokolls zugestellt. Das angefochtene Urteil nimmt aber ausdrücklich auf die Verhandlung vom 26. Januar 2009 Bezug (Lit. D) und gibt die Aussagen der Beteiligten in ihrer Substanz wieder. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, das Urteil in der Sache erhalten zu haben. Insoweit kann nicht gesagt werden, es liege überhaupt kein Protokoll vor bzw. dieses sei dem Beschwerdeführer nicht zugestellt worden. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, welchen kantonalen Normen diese Art der Protokollverfassung bzw. die erfolgte Art der Zustellung zuwiderliefe. Im Übrigen legt er nicht rechtsgenüglich dar (E. 1.4), inwiefern das Vorgehen der Verwaltungsrekurskommission gegen Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK verstösst. Soweit die Rüge überhaupt begründet ist, muss sie abgewiesen werden.
4. Als Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV bzw. Art. 6 Ziff. 1 EMRK rügt der Beschwerdeführer ferner, die Vorinstanz habe seinem Antrag um Aufzeichnung der Gerichtsverhandlung nicht entsprochen. Die Rechtsprechung des Bundesgerichts hat sich, soweit ersichtlich, noch nicht dazu geäussert, ob sich aus den vorgenannten Bestimmungen ein Anspruch auf (Tonband-)Aufzeichnung der Gerichtsverhandlung ergibt.
4.1 Nach § 149 Abs. 1 des Gerichtsverfassungsgesetzes des Kantons Zürich werden in der Verhandlung die Äusserungen und weiteren Wahrnehmungen im Handprotokoll festgehalten. Das Gericht kann aber gemäss § 149 Abs. 2 GVG Aufzeichnungsgeräte zur Unterstützung der Protokollführung verwenden. Eine ähnliche Regelung kennt der Kanton Aargau (§ 192 ZPO/AG), wonach ein Handprotokoll zu verfassen ist und nur zur Unterstützung der Protokollführung Aufzeichnungsgeräte verwendet werden können (§ 192 Abs. 1 und 2 ZPO/AG). Gemäss Art. 176 des Entwurfs der Schweizerischen Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 werden die Aussagen in ihrem wesentlichen Inhalt zu Protokoll genommen und von der Zeugin oder dem Zeugen unterzeichnet. Laut Absatz 2 können Aussagen zusätzlich auf Tonband, auf Video oder mit anderen geeigneten technischen Hilfsmitteln aufgezeichnet werden. Entsprechendes gilt für die Beweisaussage der Parteien (Art. 193 ZPO).
4.2 Die Wahrnehmung des Akteneinsichts- und Beweisführungsrechts durch den von einer Verfügung Betroffenen setzt eine Aktenführungspflicht der Gerichte voraus. Diese haben alles in den Akten festzuhalten, was zur Sache gehört und entscheidwesentlich sein kann (<ref-ruling> E. 3b). Dieser ursprünglich für das Strafverfahren entwickelte Grundsatz gilt als Gehalt von Art. 29 Abs. 2 BV für alle Verfahrensarten (<ref-ruling> E. 4.1 S. 477), insbesondere auch für das Zivilrecht (<ref-ruling> E. 2 b S. 370 f.). An einer Gerichtsverhandlung wird der Anspruch auf rechtliches Gehör nur dann gewahrt, wenn das Gericht die Ausführungen und Eingaben auch tatsächlich zur Kenntnis nimmt und pflichtgemäss würdigt; dafür besteht nur Gewähr, wenn die Ausführungen und Eingaben der Parteien und allfälliger Dritter (Zeugen, Sachverständige usw.) zu Protokoll genommen werden. Das bedeutet allerdings nicht, dass sämtliche Parteiäusserungen zu protokollieren sind; vielmehr kann sich das Protokoll auf die für die Entscheidfindung im konkreten Fall wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 4 S. 390 f.). Mündliche Äusserungen einer Partei sind nach ihrem wesentlichen Inhalt zu protokollieren (<ref-ruling> E. 4.4 S. 479). Aus der durch die Minimalgarantie von Art. 29 Abs. 2 BV begründeten Pflicht zur Erstellung eines Verhandlungsprotokolls lässt sich indes kein Anspruch der Parteien des Inhalts ableiten, dass Aussagen nicht nur zu protokollieren, sondern zusätzlich auf Tonband, auf Video oder mit anderen geeigneten technischen Hilfsmitteln aufzuzeichnen sind. Der verfassungsmässigen Pflicht zur Erstellung von Akten wird nachgelebt, wenn die für den Entscheid wesentlichen Aussagen und Wahrnehmungen in einem Protokoll festgehalten werden. Soweit sich aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK eine Protokollierungspflicht ergibt (vgl. dazu: Müller/Schefer, Grundrechte in der Schweiz, 4. Aufl. 2008, S. 877, Fn. 261), geht diese nicht weiter als jene gemäss Art. 29 Abs. 2 BV. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht zusammengefasst geltend, nach Art. 75 f EGZGB/SG sei die fürsorgerische Freiheitsentziehung mit öffentlich-rechtlicher Klage bei der Verwaltungsrekurskommission anzufechten, welche entsprechende Klagen gemäss Art. 71a Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes als oberes Gericht beurteile. Dies führe dazu, dass in diesem Bereich lediglich ein einziges kantonales Gericht vorgesehen sei, während die Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen für die Beurteilung der zivilrechtlichen Verhältnisse mindestens ein zweistufiges Verfahren gewähre und auch das öffentlich-rechtliche Verfahren zweistufig aufgebaut sei. Anders als in diesen Verfahren könne der Sachverhalt im Bereich der fürsorgerischen Freiheitsentziehung nicht durch zwei Instanzen voll überprüft werden. In dieser Unterscheidung erblickt der Beschwerdeführer eine Verletzung des Gleichbehandlungs- und des Diskriminierungsverbots (Art. 8 Abs. 3 BV) sowie eine Verletzung des Anspruchs auf ein gleiches gerechtes Verfahren (Art. 29 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK).
5.2 Der Beschwerdeführer beklagt sich darüber, dass das Gesetz für das Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung eine von der übrigen Verfahrensordnung abweichende Regelung des Instanzenzuges vorsieht. Seine Kritik erschöpft sich somit im Vorwurf rechtsungleicher Behandlung durch das Gesetz (Art. 8 BV). Den Rügen der Verletzung des Diskriminierungsverbots (Art. 8 Abs. 3 BV), sowie von Art. 6 Ziff. 1 und Art. 29 BV kommt keine selbständige Bedeutung zu.
5.3 Das Rechtsgleichheitsgebot (Art. 8 BV) gilt auch gegenüber den gesetzgeberischen Erlassen. Ein Erlass verletzt das Gebot der Rechtsgleichheit, wenn er rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder Unterscheidungen unterlässt, die sich aufgrund der Verhältnisse aufdrängen (<ref-ruling> E. 5 S. 192; <ref-ruling> E. 4.2 S. 6 f.).
5.4 Nach Art. 5 Ziff. 1 i.V.m. Art. 5 Ziff. 1 lit. e EMRK darf psychisch Kranken, Alkohol- oder Rauschgiftsüchtigen auf die gesetzlich vorgeschriebene Weise die Freiheit entzogen werden. Ferner steht laut Art. 5 Ziff. 4 EMRK jeder Person, welcher die Freiheit entzogen worden ist, das Recht zu, die Rechtmässigkeit des Freiheitsentzugs innerhalb kurzer Frist durch ein Gericht überprüfen zu lassen. Mit der Einführung der Art. 397a bis 397f ZGB unter dem Titel "Die Fürsorgerische Freiheitsentziehung" (BG vom 6. Oktober 1978, in Kraft seit 1. Januar 1981) wurden alle fürsorgerischen freiheitsentziehenden Massnahmen in Übereinstimmung mit der EMRK einheitlich für die ganze Schweiz geregelt (Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [Fürsorgerische Freiheitsentziehung] und den Rückzug des Vorbehaltes zu Artikel 5 der Konvention zum Schutze der Menschenrechte und Grundfreiheiten vom 17. August 1977, BBl 1977 III S. 21 15). Nach Art. 397d ZGB kann derjenige, dem die Freiheit entzogen oder dessen Entlassungsgesuch abgewiesen worden ist, innert 10 Tagen nach der Mitteilung schriftlich das Gericht anrufen. Gemäss Art. 397f Abs. 1 ZGB entscheidet das Gericht in einem einfachen und raschen Verfahren. Artikel 397f Abs. 1 ZGB schreibt den Kantonen nicht vor, ein Rechtsmittel gegen den erstinstanzlichen Entscheid vorzusehen (Geiser, Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch I, 3. Aufl. 2006, N. 8 zu Art. 397f ZGB). Angesichts der Forderung nach einem einfachen und raschen Verfahren im heiklen Bereich des Entzuges der persönlichen Freiheit bestehen sachliche Gründe für die vom Kanton St. Gallen vorgesehene Lösung, zumal damit dem Beschleunigungsgebot von Art. 5 Ziff. 4 EMRK bzw. Art. 397f Abs.1 ZGB besser Rechnung getragen wird, als mit einem zweistufigen Verfahren. Eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots ist nicht ersichtlich.
6. Im Zusammenhang mit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung erhebt der Beschwerdeführer zahlreiche Sachverhaltsrügen. Er beanstandet die vorinstanzlichen Tatsachenfeststellungen in wesentlichen Teilen als "falsch und damit willkürlich" und rügt eine Verletzung von Art. 9 und 29 Abs. 1 und 2 BV, Art. 6 Ziff. 1 und Art. 5 Ziff. 4 EMRK; insbesondere erhebt er den Vorwurf, die Verwaltungsrekurskommission habe seine Vorbringen nicht gewürdigt und im Entscheid nicht berücksichtigt.
6.1 So kritisiert er zunächst verschiedene in lit. A des angefochtenen Entscheids enthaltene Feststellungen, so namentlich: "Er wurde als schwieriges, reizbares und eigensinniges Kind beschrieben"; "Sozial war er völlig bindungslos."; "Im Rahmen einer Begutachtung im Jahr 1965 wurde er als narzisstischer, egozentrischer Psychopath mit schwer gestörtem Sexualverhalten beschrieben.". In diesem Zusammenhang fehle jede Angabe darüber, woher die Kommission diese Angaben beziehe. Auch sei er dazu nicht befragt worden.
Die entsprechenden Feststellungen, die Tatumstände aus den Jahren 1955 bis 1968 betreffen, befinden sich am Anfang der Prozessgeschichte und es ist insbesondere nicht ersichtlich, dass diese Angaben für den Entscheid eine Rolle gespielt haben. Entsprechendes legt der Beschwerdeführer auch nicht substanziert dar. Insoweit ist auf die Sachverhaltsrüge nicht einzutreten.
6.2 Weiter äussert sich der Beschwerdeführer zu verschiedenen in lit. D des angefochtenen Entscheids enthaltenen Feststellungen.
6.2.1 Es betrifft dies einmal folgende Passage, wo der Beschwerdeführer mit den Worten wiedergegeben wird: "es sei das Dämonische, das ihn in den Dreck ziehe." Der Beschwerdeführer bringt hier Erläuterungen an, indem er in der Beschwerdeschrift behauptet, er habe hier Ausführungen zu den Medikamenten gemacht, die ihm zwangsweise verabreicht worden seien und ihn in schwerer Weise beeinträchtigt hätten. Die Gesprächsprotokolle zwischen ihm und dem Oberarzt bewiesen, dass er immer wieder eine Reduktion der Medikamente verlangt habe. Das Dämonische habe sich auf die Wirkung der Medikamente bezogen.
Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, dass er dies in der Verhandlung vorgetragen hat. Insbesondere wird auch nicht erläutert, inwiefern die Behebung dieses behaupteten angeblichen Mangels einen Einfluss auf den Entscheid haben soll (E. 1.4 hiervor). Darauf ist nicht einzutreten.
6.2.2 Beanstandet wird sodann die Passage: "Wenn er entlassen werde, werde er zuhause immer kalt essen und nur einmal in der Woche in der Migros Spaghetti essen gehen." Er habe ausgeführt, dass er einfache Mahlzeiten selbst zubereiten könne und manchmal ins Migros-Restaurant gehe.
Auch hier wird nicht aufgezeigt, inwiefern die Berichtigung einen Einfluss auf den Entscheid haben könnte. Darauf ist nicht einzutreten.
6.2.3 Der Beschwerdeführer zitiert sodann die Feststellung: "Es sei normal, dass man in der Klinik verärgert werde. Deshalb habe er jemandem ein Glas über den Kopf geschlagen." Dazu führt er in der Beschwerde aus, die Aussage sei verkürzt und irreführend wiedergegeben. Er habe ausführlich über den Konflikt mit dem Mitpatienten erzählt, wie dieser ihn gereizt habe und es schliesslich zu einem gegenseitigen Konflikt gekommen sei; zudem fehle der zeitliche Bezug dieses Konfliktes.
Soweit der Beschwerdeführer damit seine Gewaltbereitschaft und seine Aggressionen in Abrede stellen will, vermag dies nicht zu überzeugen: Im angefochtenen Entscheid wird an verschiedenen Stellen auf die Aggressionen Bezug genommen. So wird der Beschwerdeführer als Mensch beschrieben, der an Wahnvorstellungen leidet und unter anderem glaubt, dass er jemanden schlagen müsse, um ihn zu heilen. Auch der Vertreter der Klinik hatte in der Verhandlung bemerkt, er sei psychisch krank und reagiere immer wieder tätlich aggressiv. Schliesslich sei an dieser Stelle auf den im Urteil erwähnten Vorfall vom 21. Januar 2009 verwiesen; der Beschwerdeführer hatte einen Stationsleiter tätlich angegriffen und ihn gekratzt. Insgesamt vermag das heutige Vorbringen des Beschwerdeführers die gerichtliche Feststellung nicht als willkürlich erscheinen zu lassen, der Beschwerdeführer sei aggressiv und werde tätlich. Soweit eine Willkürrüge überhaupt rechtsgenügend erhoben wird, erweist sie sich als unbegründet.
6.2.4 Anlass zur Kritik bildet sodann die Feststellung der Vorinstanz: "Dr. C._ erklärte namens der Vorinstanz, dass es verschiedene Versuche gegeben habe, den Kläger anderweitig unterzubringen. Diese seien alle gescheitert." Der Beschwerdeführer behauptet dazu, er habe diese Versuche in seiner Stellungnahme vom 9. Februar 2009 thematisiert, worauf der Oberarzt in seiner Stellungnahme vom 17. Februar 2009 zugegeben habe, dass während der ganzen, seit 10 Jahren bestehenden FFE kein einziger Versuch einer Platzierung unternommen worden sei. Das habe der Beschwerdeführer in seiner Stellungnahme vom 23. Februar 2009 festgehalten.
Die Aussage, die Klinik habe die letzten zehn Jahre nicht versucht, den Beschwerdeführer in einer anderen Institution unterzubringen, ist ihrerseits verkürzt wiedergegeben und wird der Aussage des Oberarztes nicht gerecht: Dieser hatte auf die Frage, warum seit 1999 kein anderer Platz gesucht worden sei, geantwortet: "Herr X._ ist unserer Beurteilung nach wegen seiner unberechenbar auftretenden psychotisch bedingten Gewalttätigkeit einem Pflegeheim, welches auf solches Verhalten nicht spezialisiert ist, nicht zuzumuten. Wir stehen mit den Verantwortlichen des Pflegeheims D._ in regelmässigem Kontakt um eine Verlegung von Herrn X._ so bald als möglich, wenn sich sein Zustand gebessert hätte, einzuleiten. Bis jetzt haben wir vom Pflegeheim D._ allerdings regelmässig Absagen erhalten." Insgesamt sind die Vorbringen im Zusammenhang mit der Unterbringung in einer anderen Anstalt nicht geeignet, eine willkürliche bzw. gegen das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verstossende Feststellung des Sachverhalts darzutun. Die Ausführungen des Beschwerdeführers in der Beschwerde und der Verweis auf die Stellungnahmen lassen jedenfalls die Wiedergabe der Erklärung von Dr. C._ nicht irreführend unrichtig und unvollständig erscheinen.
6.2.5 Die Ausführungen des Beschwerdeführers zu denjenigen des ärztlichen Fachrichters unter lit. D c des angefochtenen Entscheids sind aus sich heraus nicht verständlich. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern auf die Aussagen unter lit. D c Bezug genommen wird. Darauf ist nicht einzutreten.
6.2.6 Auch auf die übrigen Ausführungen des Beschwerdeführers zum Sachverhalt ist nicht einzutreten. Der Beschwerdeführer zeigt damit nicht rechtsgenügend auf, inwiefern die Behebung dieser angeblichen Sachverhaltsmängel einen Einfluss auf den angefochtenen Entscheid nehmen könnten (E. 1.4).
6.3 Der Beschwerdeführer beanstandet sodann die im Entscheid wiedergegebenen Aussagen seines Vormunds, welcher nicht an der Verhandlung teilgenommen hatte und deshalb telefonisch befragt worden war und dessen Angaben schriftlich festgehalten worden waren. Es wird jedoch in der Beschwerde nicht substanziiert begründet, inwiefern die Aussage des Vormunds willkürlich wiedergegeben worden sein soll. Darauf ist nicht einzutreten.
6.4 Soweit der Beschwerdeführer schliesslich behauptet, die Stellungnahmen vom 9. und 23. Februar 2009 samt Beilagen zu den Stellungnahmen und die Stellungnahme der Klinik vom 17. Februar 2009 beinhalteten und bewiesen den richtigen Sachverhalt kann auf die Ausführungen unter E. 6.2.4 verwiesen werden. Die Vorbringen sind insgesamt nicht geeignet, eine Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK zu belegen. Diesen Stellungnahmen lässt sich nichts zu Gunsten des Beschwerdeführers entnehmen. Wenn die Stellungnahme der Klinik vom 17. Februar 2009 im Gesamtzusammenhang wiedergegeben wird, ergibt sich daraus ohne Willkür, dass eine Umplatzierung des Beschwerdeführers wegen seines Gewaltpotentials zur Zeit nicht Frage kommt. Unter diesen Umständen wurden weder Art. 29 Abs. 2 BV noch Art. 6 Ziff. 1 EMRK dadurch verletzt, dass das Gericht nicht speziell darauf Bezug nahm, kann doch der Beschwerdeführer aus diesen Stellungnahmen nichts zu seinen Gunsten ableiten. Darauf ist insgesamt nicht einzutreten.
6.5 Zusammenfassend erweisen sich die Sachverhaltsrügen als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
7. Die übrigen in der Beschwerde enthaltenen Ausführungen des Beschwerdeführers setzen sich nicht rechtsgenüglich mit den Motiven auseinander, welche die Verwaltungsrekurskommission dazu bewogen haben, den Beschwerdeführer weiter in der Anstalt zurückzubehalten. Insgesamt wird damit nicht dargetan, inwiefern der angefochtene Entscheid im Zusammenhang mit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung Bundesrecht verletzt.
8. Die Verwaltungsrekurskommission ist auf den Antrag des Beschwerdeführers, die Zwangsmedikation aufzuheben, mit der Begründung nicht eingetreten, sie sei für die Beurteilung der Zulässigkeit dieser Massnahme nicht zuständig.
Der Beschwerdeführer rügt zwar in diesem Punkt eine Verletzung von Art. 3 und 5 Ziff. 4 EMRK, Art. 10 i.V.m. Art. 26 BV und sinngemäss eine willkürliche Anwendung von Art. 75cbis EGZGB. Er moniert mit anderen Worten eine Verletzung der kantonalen Bestimmung über die Zwangsbehandlung und behauptet in diesem Zusammenhang eine Verletzung mehrerer verfassungsmässiger Rechte; er zeigt aber nicht auf, inwiefern der Entscheid der Kommission, auf das Gesuch um Aufhebung der Zwangsmassnahmen nicht einzutreten, gegen Bundesrecht verstösst (vgl. E. 1.4).
9. Damit ist die Beschwerde insgesamt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Im vorliegenden Fall rechtfertigt es sich, von der Erhebung von Kosten abzusehen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
10. Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Er hat die fürsorgerische Freiheitsentziehung ohne stichhaltige Argumente angefochten und die Kritik am Entscheid zum grossen Teil auch nicht den eingangs wiedergegebenen Begründungsanforderungen (E. 1.4) entsprechend vorgetragen. Insgesamt erweist sich die Beschwerde somit als von Anfang an aussichtslos im Sinn von Art. 64 Abs. 1 BGG. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist daher abzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen, Abteilung V, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden