Sachverhalt:
A. Die 1955 geborene A._ war als Reinigungsmitarbeiterin der X._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 9. Juli 2003 Opfer eines Auffahrunfalles wurde. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 6. Juli 2005 per 1. August 2005 ein, da die über dieses Datum hinaus bestehenden Beschwerden nicht mehr in einem rechtsgenüglichen Kausalzusammenhang zum Unfallereignis stünden. Mit Einspracheentscheid vom 2. November 2005 bestätigte die SUVA diese Leistungseinstellung.
B. Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. September 2007 gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zu weiteren medizinischen Abklärung und anschliessender erneuten Verfügung über den Leistungsanspruch an die SUVA zurück.
C. Mit Beschwerde beantragt die SUVA sinngemäss, die Leistungseinstellung sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides zu bestätigen.
Während A._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Die Parteien hielten im Rahmen des ihnen zu dieser Präzisierung gewährten rechtlichen Gehörs an ihren Rechtsbegehren fest.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheides zu weiteren medizinischen Abklärungen an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen. Damit hat sie einen Zwischenentscheid im Sinne der <ref-law> gefällt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481). Da der selbständig eröffnete Entscheid weder die Zuständigkeit noch ein Ausstandsbegehren betrifft, ist eine Beschwerde nur zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>).
2. Es ist nicht erkennbar, dass der vorinstanzliche Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Beschwerdeführerin bewirken würde. Insbesondere wird - da der angefochtene Entscheid keine materiell-rechtlichen Vorgaben enthält - die Versicherung durch ihn nicht gezwungen, einen ihres Erachtens rechtswidrigen neuen Entscheid zu erlassen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.4 S. 484 und Urteil 8C_362/2007 vom 16. Januar 2008, E. 2.2). <ref-law> ist somit nicht erfüllt.
3. Eine Gutheissung der Beschwerde würde zwar einen sofortigen Endentscheid herbeiführen; kantonale Rückweisungsentscheide, mit denen einzig eine ergänzende Sachverhaltsabklärung angeordnet wird, verursachen indessen in der Regel kein weitläufiges Beweisverfahren mit einem bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten im Sinne des Gesetzes (Urteile 8C_742/2007 vom 4. April 2008, E. 3, 8C_222/2007 vom 5. Mai 2008, E. 3 und 8C_222/2008 vom 13. Juni 2008, E. 3). Auch vorliegend ist nicht ersichtlich, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt wären, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Sie hat der Beschwerdegegnerin überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Juni 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer