wird festgestellt und in Erwägung gezogen:
1.- Zum Vermögen der A._-Stiftung mit Sitz in Y._ gehören 92 % des Aktienkapitals der A._ Holding, die ihrerseits die Anteile der Gesellschaften des A._-Konzerns hält. Versuche des Stiftungsrats, der A._-Stiftung das Eigentum an den Holding-Aktien zu entziehen, veranlassten den Regierungsrat des Kantons Y._ als Stiftungsaufsichtsbehörde ab 1988 mehrfach zum Einschreiten. Am 3. März 1995 beschloss der Stiftungsrat unter anderem, die Mehrheit der Holding-Aktien an eine A._ S.A. in Luxemburg zum Gegenwert von Partizipationsscheinen der Holding (ohne Stimmrecht) zuzüglich Barzahlung von rund zwei Millionen Franken zu verkaufen und sofort auszuliefern. Dieser Beschluss führte zur Abberufung der Mitglieder des Stiftungsrats, dem X._ angehört hatte, und zur Bestellung von Sachwaltern für die Stiftung. Die entsprechende Verfügung des Regierungsrats vom 4. Juli 1995 und die damit verbundenen Weisungen an die Sachwalter fochten die abgesetzten Mitglieder des Stiftungsrats erfolglos beim Verwaltungsgericht des Kantons Y._ an. Eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zogen sie zurück (5A. 11/1996).
Gegen zwei weitere Beschlüsse, mit denen der Regierungsrat den Sachwaltern bestimmte Weisungen erteilt und ein Gesuch um Wiedereinsetzung eines statutengemässen Stiftungsrats u.a.m. abgewiesen hatte, erhob X._ Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht. Die Vernehmlassung vom 3. September 1997 "namens und im Auftrag des Regierungsrates" trug die Unterschrift von Z._, Regierungsrat. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde ab. Im folgenden Verfahren vor Bundesgericht wurde am 30. November 1998 eine wiederum von Z._, Regierungsrat, unterzeichnete Vernehmlassung eingereicht "gestützt auf die Vertretungsermächtigung gemäss Regierungsratsbeschluss vom 4. Juli 1995 (Beilage 1) namens und im Auftrag des Regierungsrates des Kantons Y._". Das Bundesgericht hiess die Verwaltungsgerichtsbeschwerde teilweise - betreffend den Eventualantrag, die Sachwalter abzusetzen und durch unabhängige Persönlichkeiten zu ersetzen - gut und wies die Sache an das Verwaltungsgericht zurück (5A. 24/1998).
Das Urteil des Verwaltungsgerichts, die Sache im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat zurückzuweisen bzw.
zu überweisen, machte eine Rechtsverzögerungsbeschwerde von X._ gegenstandslos (5P. 242/1999) und wurde von der A._-Stiftung ohne Erfolg mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten (5A. 17/1999).
Im Verfahren betreffend Ab- und Ersetzung der Sachwalter der A._-Stiftung wies der Regierungsrat das Ausstandsbegehren von X._ ab, das gegen Regierungsrat Z._ sowie gegen alle Personen gerichtet war, die an der Abfassung der Vernehmlassungen an das Verwaltungsgericht und das Bundesgericht mitgewirkt hatten (Beschluss vom 22. Februar 2000). Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von X._ wies das kantonale Verwaltungsgericht ab (Urteil vom 4. Juli 2000).
Mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Verletzung der Art. 8 f. und <ref-law> beantragt X._ dem Bundesgericht, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben, eventuell mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde zusätzlich die Weisung an Regierungsrat Z._ und diejenigen Personen, die an der Abfassung der Vernehmlassungen vom 3. September 1997 und vom 30. November 1998 mitgewirkt hätten, in den Ausstand zu treten. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
2.- Das angefochtene Urteil steht vor dem Hintergrund einer Stiftungsaufsichtssache, hat aber einzig die Frage des Ausstands eines Mitglieds - und von Mitarbeitern - der Stiftungsaufsichtsbehörde zum Gegenstand. Es ist gestützt auf kantonales Recht und vorab den verfassungsmässigen Anspruch auf Unvoreingenommenheit der entscheidenden Behörde ergangen und damit nicht gestützt auf öffentliches Recht des Bundes im Sinne von <ref-law> (i.V.m. Art. 97 Abs. 1 OG), d.h. Bundesverwaltungsrecht; die Verfügungsgrundlage schliesst die Verwaltungsgerichtsbeschwerde aus (vgl. Karlen, Verwaltungsgerichtsbeschwerde, in: Prozessieren vor Bundesgericht, 2.A.
Basel 1998, N. 3.19 f. S. 97, und im Vergleich zu den Beschwerdegründen:
N. 3.56 f. S. 109; z.B. für den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege: <ref-ruling> Nr. 27). Auf Bundesebene kann das kantonal letztinstanzliche (selbstständig eröffnete Zwischen-) Urteil über Ausstandsbegehren einzig mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden (Art. 84 Abs. 1 lit. a und Abs. 2, Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 Abs. 1 OG). Als Partei des kantonalen Verfahrens ist die Beschwerdeführerin berechtigt, ungeachtet ihrer Legitimation in der Sache selbst eine Verletzung der Ausstandsregeln geltend zu machen (Art. 88 OG; <ref-ruling> E. 1 S. 66; Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2.A. Bern 1994, S. 261 bei Anm. 240). Die weiteren Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, wobei auf Einzelfragen und namentlich die formellen Anforderungen an die Beschwerdeschrift (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; allgemein: <ref-ruling> E. 1b S. 495 mit Hinweisen) in der materiellen Beurteilung der erhobenen Rügen zurückzukommen sein wird.
3.- Die Beschwerdeführerin lehnt eine Mitwirkung von Regierungsrat Z._ - und Mitarbeitern - am Entscheid über die Ab- und Ersetzung der Sachwalter ab, weil die nötige Distanz und Objektivität nicht mehr gewährleistet sei. Sie begründet diese Befangenheit oder Voreingenommenheit damit, dass Regierungsrat Z._ sich erstens mit den Sachwaltern der Stiftung identifiziere, dass er zweitens in den von ihm unterzeichneten Vernehmlassungen eine Reihe von Behauptungen aufgestellt habe, von deren Richtigkeit er sich nicht überzeugt habe und von denen er teilweise sogar hätte wissen müssen, dass sie nicht der Wahrheit entsprächen, und dass er drittens mit einem Telephonanruf versucht habe, Schiedsrichter B._ zu beeinflussen, und die über den Inhalt des Telephonanrufs erstellte Aktennotiz in einem Ablehnungsverfahren gegen Schiedsrichter B._ verwendet bzw. den Sachwaltern zu diesem Zweck zur Verfügung gestellt habe. Im Rahmen dieser auch im kantonalen Verfahren erhobenen und näher ausgeführten Rügen wirft die Beschwerdeführerin dem Verwaltungsgericht jeweilen eine Verletzung der verfassungsmässigen Prüfungs- und Begründungspflicht vor. In rechtlicher Hinsicht ist Folgendes hervorzuheben:
a) Stiftungsaufsichtsbehörde im Kanton Y._ ist der Regierungsrat (§ 3 Abs. 1 der Vollziehungsverordnung über die Ausübung der Aufsicht über Stiftungen, BGS 212. 2).
Dieser hat der Justiz- und Polizeidirektion (heute: Sicherheitsdirektion), handelnd durch Regierungsrat Z._, Prozessvollmacht erteilt, was unter anderem die Einreichung der Vernehmlassungen vom 3. September 1997 und vom 30. November 1998 anbetrifft (Regierungsratsbeschluss vom 4. Juli 1995). Die Ausstandspflicht für Mitglieder des Regierungsrats und für deren Mitarbeiter sind in § 11 der Geschäftsordnung (BGS 151. 1) bzw. in § 36 des Personalgesetzes (BGS 154. 21) geregelt. Ausstandsgründe kantonalen Rechts hat die Beschwerdeführerin vor Verwaltungsgericht nicht vorgebracht (E. 2 S. 4 des angefochtenen Urteils) und macht sie auch heute nicht geltend; sie beruft sich vielmehr auf die verfassungsmässigen Minimalgarantien gemäss Art. 8 f. und <ref-law>.
b) Wann die Mitglieder einer Exekutiv- oder Verwaltungsbehörde in den Ausstand zu treten haben, bestimmt sich - der in Anwendung der bisherigen Bundesverfassung ergangenen Rechtsprechung gemäss - nach den aus Art. 4 aBV abzuleitenden Grundsätzen, die weniger weit gehen als die entsprechenden Garantien von Art. 58 aBV und Art. 6 Ziffer 1 EMRK. Die für Gerichte geltenden Ausstandsregeln können nicht unbesehen auf Regierungs- und Verwaltungsbehörden übertragen werden. Stellung und Aufgaben dieser Behörden legen vielmehr eine differenzierte Regelung nahe. Politische Behörden (Kantonsregierungen, Gemeindeexekutiven usw.) sind auf Grund ihres Amtes, anders als ein Gericht, nicht allein zur neutralen Rechtsanwendung oder Streitentscheidung berufen. Sie tragen zugleich eine besondere Verantwortung für die Erfüllung bestimmter öffentlicher Aufgaben. Zu politisch bedeutsamen Streitfällen oder umstrittenen Projekten haben sich die betreffenden Behördenmitglieder - sei es als Politiker oder im Rahmen ihrer bisherigen Amtstätigkeit - häufig schon vor oder ausserhalb der Durchführung eines förmlichen Verwaltungsverfahrens eine bestimmte Meinung gebildet und diese unter Umständen in politischen Gremien oder in der Öffentlichkeit auch bereits geäussert.
Dies allein kann verfassungsrechtlich noch nicht eine Ausstandspflicht begründen, würde doch sonst die Verwaltungsrechtspflege (bzw. die Rechtsanwendung überhaupt) durch politische Behörden in vielen Fällen geradezu verunmöglicht.
Das Bundesgericht hat wiederholt entschieden, dass Behördenmitglieder unmittelbar gestützt auf Art. 4 aBV grundsätzlich nur dann in den Ausstand zu treten haben, wenn sie an der zu behandelnden Sache ein persönliches Interesse haben. Inwieweit sich auch aus weiteren Umständen verfassungsrechtliche Ausstandspflichten bzw. Ablehnungsgründe ergeben können, muss fallbezogen entschieden werden. Es ist zu beachten, dass die verwaltungsinterne Rechtspflege der Natur der Sache nach nicht die gleichen prozessualen Garantien zu bieten vermag wie die Rechtsprechung durch unabhängige Gerichte. Gerade die systembedingten Unzulänglichkeiten der Rechtspflege durch Verwaltungsbehörden haben zur Schaffung unabhängiger Verwaltungsgerichte geführt (vgl. etwa Haefliger, Alle Schweizer sind vor dem Gesetze gleich, Bern 1985, S. 155 ff.; zuletzt die Zusammenfassung der Rechtsprechung in <ref-ruling> E. 8a S. 217 mit Hinweisen; ausführlich die Urteile des Bundesgerichts vom 19. Mai 1998, E. 2b, in: ZBl. 100/1999 S. 76 f., und vom 14. Februar 1997, E. 3b, in: ZBl. 99/1998 S. 291 f.).
Beide kantonalen Instanzen haben sich auf diese Praxis berufen und geprüft, ob Regierungsrat Z._ über "die nötige Distanz und Objektivität" verfüge, um am Entscheid mitzuwirken. Der Prüfungsmassstab findet seine Grundlage im soeben zitierten Urteil vom 14. Februar 1997, in dem das Bundesgericht die Ausstandspflicht eines Mitglieds des Regierungsrats des Kantons Zug bejaht hatte, weil die von diesem verfasste Zeitungskolumne nicht mehr im Rahmen der üblichen politischen Aktivitäten eines Regierungsmitglieds lag und eine persönliche negative Haltung zum Ausdruck brachte, die begründete Zweifel erweckte, ob er im fraglichen aufsichtsrechtlichen Verfahren die nötige Distanz und Objektivität werde wahren können (E. 3c, in: ZBl. 99/1998 S. 292 f.).
Die Beschwerdeführerin schliesst sich diesem Prüfungsmassstab an, wendet aber ein, unter der geltenden Bundesverfassung folge die Ausstandspflicht von Behördenmitgliedern nicht nur aus dem entsprechenden <ref-law> (Anspruch auf rechtliches Gehör), wie die kantonalen Instanzen angenommen hätten, sondern auch aus Art. 8 Abs. 1 (Rechtsgleichheitsgrundsatz), Art. 9 (Schutz vor Willkür) und <ref-law> (Gleichbehandlungsgrundsatz). Es trifft zu, dass die Garantie unabhängiger Verwaltungsbehörden in der geltenden Bundesverfassung nicht eigens erwähnt und als im Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung (Art. 29 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) enthalten gesehen wird (vgl. J.P. Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3.A. Bern 1999, S. 582). Da die Beschwerdeführerin aus diesen Bestimmungen indessen nichts Weitergehendes ableitet als das Verwaltungsgericht aus <ref-law>, braucht das Bundesgericht sich nicht abschliessend festzulegen (Art. 88 OG; zuletzt: <ref-ruling> E. 6c S. 215 und 394 E. 4a S. 397, je mit Hinweis).
Das Verwaltungsgericht hat ferner berücksichtigt, dass der Regierungsrat im gerichtlichen Beschwerdeverfahren als Partei seine Verfügung zu rechtfertigen hatte. Darauf bezieht sich die allgemeine Behauptung der Beschwerdeführerin, Behörden hätten die Pflicht, den Sachverhalt richtig und vollständig zu ermitteln, und diese Pflicht betreffe nicht nur Beschlüsse der betreffenden Behörde, sondern auch deren Vorbringen in Rechtsmittelverfahren. So richtig dieser Grundsatz sein mag, so wenig kann dem gefolgt werden, was die Beschwerdeführerin daraus macht. Mit Blick auf ihre Anwendung müsste der Regierungsrat im gerichtlichen Beschwerdeverfahren nicht bloss seinen Standpunkt in einer Vernehmlassung darlegen, sondern darüber hinaus auch noch vorgängig die zu bestreitenden Tatsachenbehauptungen auf ihren Wahrheitsgehalt überprüfen. Der Regierungsrat, dessen Verfügung angefochten worden ist, kann als Partei betrachtet werden, hat jedenfalls Parteirechte und in dieser Verfahrensstellung dem Verwaltungs- und dem Bundesgericht eine Beschwerdeantwort einzureichen, in der er inhaltlich zu den Ausführungen sachlich Stellung nimmt und von haltlosen Bestreitungen absieht (statt vieler: Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2.A. Bern 1983, § 16 Ziffer 2.1.3 S. 178 und § 17 Ziffer 4.3 S. 193 f.); desgleichen ist er - wie jede Partei - insoweit auf die Wahrheit verpflichtet, als eine absichtliche oder mutwillige Verdrehung der Wahrheit unterbleiben soll (vgl. etwa Gygi, a.a.O., § 7 Ziffer 1 S. 58). Die Ermittlung des Sachverhalts bzw. die Überprüfung der Sachverhaltsfeststellungen aber ist Sache der Beschwerdeinstanz (statt vieler: Häfelin/Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3.A. Zürich 1998, N. 1543 f. und N. 1547 S. 385 f.).
c) Der Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des Betroffenen auch tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt; er bezieht sich auf alle form- und fristgerechten Äusserungen, Eingaben und Anträge des Betroffenen, die zur Klärung der konkreten Streitfrage geeignet und erheblich sind (<ref-ruling> E. 3c S. 3). Daraus folgt die grundsätzliche Pflicht, einen Entscheid zu begründen. Da dem verfassungsmässigen Anspruch gegenüber dem kantonalen Verfahrensrecht nur subsidiäre Bedeutung zukommt, dürfen an die Begründung eines kantonalen Entscheids keine zu hohen Anforderungen gestellt werden. Allgemein muss die Begründung so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling>07 E. 2b S. 110; zuletzt: <ref-ruling> E. 2a/aa S. 17; <ref-ruling> E. 2a S. 149, je mit Hinweisen).
Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin folgt aus der verfassungsmässigen Prüfungs- und Begründungspflicht somit nicht, dass die Behörde sich ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss; sie kann sich vielmehr auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling>07 E. 2b S. 110; zuletzt: <ref-ruling> E. 1a S. 181; <ref-ruling> E. 2c S. 57, je mit Hinweisen). Im gezeigten Umfang ist der Anspruch neu in <ref-law> verankert (Botschaft, BBl. 1997 I 1, S. 182; J.P. Müller, a.a.O., S. 509 ff., insbesondere S. 523 f. und S. 535 ff.).
4.-Die Beschwerdeführerin beruft sich auf S. 18/19 der Vernehmlassung vom 30. November 1998, wo es heisst, "dass die Aufsichtsbehörde über deren (scil. der Sachwalter) Tätigkeit jederzeit voll informiert ist, sich mit ihnen abspricht, sie kontrolliert und ihnen nötigenfalls - wie in diesem Fall - auch Weisungen erteilt". Die Beschwerdeführerin wirft Regierungsrat Z._ vor, dass er sich mit den Sachwaltern identifiziere und deren unzulässigen Handlungen nicht verhindert habe, obwohl er davon Kenntnis gehabt hätte und obwohl sie mit ihnen abgestimmt worden wären.
Das Bundesgericht hat entschieden, allein der Umstand, dass eine verwaltungsinterne Behörde in verschiedener Hinsicht sich mit einer Angelegenheit zu befassen hat - etwa in ihrer Funktion als politische Behörde einerseits und in ihrer Funktion als Verwaltungsjustizbehörde andererseits -, genüge nicht, um ihre Voreingenommenheit zu begründen (<ref-ruling> E. 2b S. 137; <ref-ruling> E. 3b-f S. 123 ff.).
Ferner kann unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten nicht beanstandet werden, wenn bei der Behandlung einer Beschwerde im Gesamtregierungsrat der Vorsteher der Direktion mitwirkt, deren Entscheid angefochten ist (Urteile des Bundesgerichts vom 5. Juli 1978, E. 6d, und vom 2. Mai 1979, E. 1b, in: ZBl. 80/1979 S. 323 f. und S. 485 ff.). Im Rahmen der Stiftungsaufsicht durch den Regierungsrat ist dessen Mitglied Z._ unbestrittenermassen der für die eingesetzten Sachwalter zuständige Ansprechpartner. Seine Funktion ist eine andere, wenn er dem Gesamtregierungsrat betreffend die Absetzung der Sachwalter Antrag stellen und darüber mitentscheiden wird. Unter diesen Umständen besteht kein Anlass, Regierungsrat Z._ als befangen zu betrachten. Die weitergehenden massiven Vorwürfe, dass er ihm bekannte unzulässige Handlungen der Sachverwalter nicht verhindert habe, belegt die Beschwerdeführerin durch nichts; Gründe für ein Überprüfen der gezeigten Praxis nennt sie ebensowenig.
Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin hat das Verwaltungsgericht sich nicht mit der Feststellung begnügt, die Beschwerdeführerin stosse sich an der Formulierung, dass die Aufsichtsbehörde jederzeit über die Tätigkeit der Sachwalter voll informiert sei, doch werde dieser Vorwurf nicht substantiiert. Das Verwaltungsgericht hat den Vorwurf der Beschwerdeführerin zusammengefasst wiedergegeben, den Standpunkt des Regierungsrats dargelegt und dafürgehalten, es bestehe kein Ausstandsgrund darin, dass nach Einsetzung von Sachwaltern die Stiftungsaufsicht über die gewöhnlichen Aufgaben hinausgehe, sondern auf Grund der gegebenen Umstände eine entsprechend intensive Überwachung erforderlich gewesen sei, einschliesslich der genauen Verfolgung des Gangs der verschiedenen Rechtsverfahren (E. 3 S. 4 f.). Damit ist auch die Frage der Beschwerdeführerin beantwortet, ob sie Anspruch darauf habe, dass ihre Vorwürfe gegenüber den Sachwaltern von Personen beurteilt würden, die an den betreffenden Handlungen nicht beteiligt gewesen seien. Eine Verletzung der Prüfungs- und Begründungspflicht liegt nicht vor.
5.-Unhaltbare Vorbringen zur Rechtfertigung des Vorgehens der Sachwalter erblickt die Beschwerdeführerin in drei Punkten:
a) Am 23. Januar 1997 war der A._ Holding und ihren verantwortlichen Organen unter Androhung der Bestrafung gemäss <ref-law> gerichtlich verboten worden, ohne Zustimmung der A._-Stiftung, Beteiligungen oder andere Vermögenswerte zu veräussern oder darüber sonstwie zu verfügen.
Am 20. Juni und am 18. Juli 1997 hatten Generalversammlungen der A._Holding stattgefunden, wobei an der ersten die A._-Stiftung die Aktienmehrheit vertrat und unter anderem zwei Mitglieder des Verwaltungsrats abwählte, während an der zweiten die A._ S.A. und C._ als Eigentümer von insgesamt 83 % der Holding-Aktien auftraten und den Verwaltungsrat in seiner bisherigen Zusammensetzung bestätigten; die Sache führte zu einem handelsregisterrechtlichen Verfahren bis vor Bundesgericht (4A. 11/1998). In der Vernehmlassung vom 30. November 1998 heisst es dazu auf S. 16/17: "Im übrigen konnte die Stiftung angesichts der bisherigen Erfahrungen auch nicht darauf vertrauen, dass diese (scil. die abgewählten) Mitglieder des Verwaltungsrates das richterliche Entäusserungsverbot einhalten würden". Die Beschwerdeführerin wirft Regierungsrat Z._ vor, dass er damit ohne jeden Anhaltspunkt unbescholtenen Bürgern - dem Verwaltungsrat der A._ Holding, vorab den Mitgliedern D._ und E._ - deliktische Absichten unterstelle.
Dass sich Regierungsrat Z._ zum Vorgehen der Sachwalter anlässlich jener Generalversammlung als Prozessbevollmächtigter des Gesamtregierungsrats geäussert hat, schliesst ihn - wie gesagt - vom Entscheid über die Absetzung der Sachwalter nicht aus. Eine andere Frage ist, ob die Äusserung selbst ihn als voreingenommen erscheinen lässt, weil sie für haltlos gewertet werden müsste. Dies ist abzulehnen.
Zunächst kann die eigenwillige Interpretation der Beschwerdeführerin nicht geteilt werden. Die Äusserung enthält direkt keinerlei Unterstellung strafrechtlicher Absichten, sondern bringt unmittelbar lediglich zum Ausdruck, wie enttäuscht die Stiftungsaufsichtsbehörde sich über gewisse Verantwortungsträger zeigt. Diese Vertrauenseinbusse ist im Gesamtzusammenhang auch nachvollziehbar, wenn berücksichtigt wird, wie der ehemalige Stiftungsrat der A._-Stiftung in den Jahren 1993/94 mit der Stiftungsaufsichtsbehörde verhandelt hatte, um sie dann mit dem vorerwähnten Beschluss vom 3. März 1995 zu überraschen, wonach die im Eigentum der Stiftung sich befindenden Holding-Aktien an die A._ S.A. in Luxemburg ausgeliefert werden sollten; zu dieser Transaktion hatte auch der Verwaltungsrat der A._ Holding Hand geboten, zumal die auf einem Sperrdepot liegenden Zertifikate über die Holding-Aktien zuerst für ungültig erklärt und ersetzt werden mussten (vgl. dazu lit. B S. 2 f. des Urteils des Bundesgerichts vom 9. Februar 1999, 5A.24/1998). Weiter ist in Rechnung zu stellen, dass selbst einen Richter nicht jede allenfalls unbedachte Äusserung befangen macht (<ref-ruling> E. 6 S. 21: Scherzbemerkungen; Urteil des Bundesgerichts vom 26. Juni 1996, E. 4c, in: ZBl. 98/1997 S. 518 f., deplatzierte Kommentare), was umso weniger für Behördenmitglieder gilt.
Das Verwaltungsgericht hat die von der Beschwerdeführerin behauptete Unterstellung erwähnt (E. 4a/aa S. 6) und als ein Beispiel für unrichtige tatsächliche Behauptungen erfasst, die Beispiele aber allesamt nicht für geeignet gehalten, Zweifel an der nötigen Distanz und Objektivität von Regierungsrat Z._ oder seiner Mitarbeiterin zu erwecken (E. 4c S. 8 f.). Das Verwaltungsgericht ist zwar nicht eigens auf den konkreten Vorwurf eingegangen, doch ergibt der Gesamtzusammenhang, dass es derartige Äusserungen im Rahmen der Prozessvertretung als tatsächliche und rechtliche Würdigung komplexer Vorgänge hinzunehmen bereit ist. Eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor.
b) Zum Vorhalt der Beschwerdeführerin, Banken hätten sich über die Auswechslung des Verwaltungsrats beunruhigt gezeigt und es drohe die Kündigung von Krediten, was Lohnzahlungen gefährden würde und letztlich die Illiquidität des A._-Konzerns zur Folge haben könnte, heisst es in der Vernehmlassung vom 3. September 1997 auf S. 27: "Damit dramatisiert die Beschwerdeführerin die Folgen der Auswechslung des Verwaltungsrates masslos. Denn tatsächlich hat ... einzig die Crédit Suisse reagiert, indem sie die einstweilige Zurückstellung einer Leasingfinanzierung ankündigte. ... Die Beschwerdeführerin versteigt sich ferner zur Behauptung, dass als Folge der Auswechslung des Verwaltungsrates ... "die Streichung von Grossaufträgen insbesondere aus dem Mittleren und Fernen Osten" drohe. Was sie dann allerdings zur Substantiierung dieser Behauptungen anführt, beschränkt sich auf den Rückzug eines Auftrages ... im Jahre 1984".
Die vervollständigte Wiedergabe der Ausführungen in der Vernehmlassung widerlegen den Vorwurf der Beschwerdeführerin, es würden damit Behauptungen wider besseres Wissen aufgestellt oder Unwahrheiten verbreitet, die Regierungsrat Z._ als befangen erscheinen liessen. Der Regierungsrat hat in der besagten Vernehmlassung Stellung genommen zu den Behauptungen der Beschwerdeführerin, so wie diese sie begründet hatte, und zwar in der Beschwerdeschrift und nicht in der zusätzlichen Noveneingabe, dergegenüber Nichteintreten, eventualiter Ansetzung einer Vernehmlassungsfrist beantragt worden war (S. 1 der Vernehmlassung). Die Darlegungen sind im konkreten Zusammenhang mit der Beschwerdeschrift zu sehen; es ist deshalb nicht unwahr, dass einzig die Crédit Suisse reagiert habe, wenn erstmals in der Noveneingabe behauptet worden ist, auch die UBS habe mit der Geschäftsleitung der A._ Holding Kontakt aufgenommen und Erklärungen verlangt, und es findet sich keine Äusserung darüber, die Auswechslung von Organen eines internationalen Konzerns sei ohne grössere Bedeutung für dessen operative Tätigkeit, sondern die Feststellung die behaupteten Folgen könnten mit einem vor Jahren missglückten Geschäft nicht begründet werden. Eine irgendwie verfälschende Sachverhaltsdarstellung ist in den zitierten Ausführungen der Vernehmlassung schlechterdings nicht feststellbar.
Dass das Verwaltungsgericht auf diese offenkundig haltlosen Vorwürfe nicht näher eingetreten ist, verletzt die verfassungsmässige Prüfungs- und Begründungspflicht nicht.
c) Gegenüber der Amtsführung der Sachwalter hatte die Beschwerdeführerin weiter eingewendet, diese hätten im Herbst 1996 gegen die Mitglieder des Verwaltungsrats der A._ Holding, gegen die Revisionsstelle KPMG und gegen weitere Personen und Kadermitglieder des A_konzerns durch Begehren um Anordnung einer Sühneverhandlung Schadenersatzforderungen von zwanzig Millionen Franken erhoben. Zu diesem Vorwurf heisst es in Ziffer 3.6 auf S. 20 der Vernehmlassung vom 30. November 1998: "Bei dieser Forderung ging es um den Ausgleich des zufolge massiver Unterbewertung der Holding-Aktien der Stiftung entstehenden Verlusts für den Fall, dass der Kaufvertrag zwischen der Stiftung und der A._ S.A. Luxemburg, gerichtlich für gültig erklärt werden sollte".
Dieser Begründung folgt die von der Beschwerdeführerin nicht im Wortlaut zitierte Erläuterung des Vorgehens: "Die Wahl des Zeitpunktes der Verjährungsunterbrechung steht im Belieben des Gläubigers. Mit dem Sühnebegehren haben die Sachwalter die mildeste Form der Verjährungsunterbrechung gewählt".
Eine Vorbefassung vermag die Beschwerdeführerin nicht damit zu begründen, dass eine Unterbewertung von Aktien, ohne Belege oder mindestens Anhaltspunkte dafür zu nennen, nicht behauptet werden dürfe, dass der Verwaltungsrat der A._ Holding für die Festlegung des Kaufpreises nicht verantwortlich sein könne, Regierungsrat Z._ diese Position der Sachwalter aber dennoch wider besseres Wissen verteidigt habe, und dass Regierungsrat Z._ sich widersprüchlich verhalte, wenn er früher an der Ungültigkeit des Kaufvertrages keinen Zweifel geäussert habe, nunmehr das Vorgehen der Sachwalter mit der Vorsorge für eine allfällige Wirksamkeit der Aktienübertragung rechtfertigen wolle. Dem Ausgang des Forderungsprozesses ist im Rahmen des Ausstandsverfahrens nicht vorzugreifen. Aus der Sicht der Stiftungsaufsichtsbehörde, die über die Einhaltung des Zwecks der Unternehmensstiftung "A._" zu wachen hat, können insbesondere stimmrechtslose Partizipationsscheine nie als Ausgleich für den Verlust der beherrschenden Stellung im A._-Konzern gelten, solange diese zur Erreichung des Stiftungszwecks notwendig ist (E. 2b und c S. 7 ff. des Urteils des Bundesgerichts vom 9. Februar 1999, 5A.24/1998); in diesem Sinne darf das Wort "Unterbewertung" verwendet und verstanden werden. Die Weite des Beklagtenkreises und die angeblich "widersprüchlichen" Äusserungen zur Gültigkeit eines Rechtsgeschäftes finden ihre Erklärung, ohne dass dies hier auch noch näher ausgeführt werden müsste, im Zweck des Sühnebegehrens, der vorsorglichen und rechtswahrenden Verjährungsunterbrechung nämlich.
Das Verwaltungsgericht hat sich mit diesen Vorbringen der Beschwerdeführerin befasst und ist dabei ebenfalls davon ausgegangen, hinsichtlich der Beteiligungsverhältnisse gehe es um die Erhaltung der eingebrachten Werte, insbesondere aber der massgeblichen Mehrheit, und die eigentlichen Streitfragen könnten nicht als Vorfragen des Ausstandsverfahrens entschieden werden (E. 4c S. 8 f.). Das Verwaltungsgericht hat damit die wesentlichen Einwände erörtert; seine Begründung genügt den verfassungsmässigen Anforderungen.
6.- Schliesslich wirft die Beschwerdeführerin Regierungsrat Z._ vor, ein Ablehnungsbegehren gegen Schiedsrichter B._ unterstützt und versucht zu haben, auf das Schiedsurteil Einfluss zu nehmen. Der schwerwiegende Vorwurf steht vor Hintergrund des Schiedsverfahrens zwischen der A._ S.A. und der A._-Stiftung betreffend die Gültigkeit des Kaufs und des Vollzugs der Übertragung der Holding-Aktien; das Schiedsurteil vom 8. Januar 1999 wurde den Parteien am 18. Januar 1999 im Dispositiv zugestellt und am 3. März 1999 begründet eröffnet (vgl. lit. B S. 4 f. des Urteils des Bundesgerichts vom 8. September 1999, 4P.108/1999). Am 15. Januar 1999 soll Regierungsrat Z._ sich nach einer Anfrage einer Journalistin bei Schiedsrichter B._, Obmann des Schiedsgerichts, telephonisch nach dem Stand des Verfahrens erkundigt haben. Abgesehen von der behaupteten Verwerflichkeit dieser Einmischung moniert die Beschwerdeführerin, Regierungsrat Z._ habe die über das Telephongespräch erstellte (unvollständige) Aktennotiz den Sachwaltern zur Verfügung gestellt, um damit ein Ablehnungsbegehren gegen Schiedsrichter B._ zu betreiben.
Das gegen alle drei Schiedsrichter gerichtete Ablehnungsbegehren ist gescheitert; eine staatsrechtliche Beschwerde hat zuletzt das Bundesgericht abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte (4P. 108/1999).
Der Einwand der Beschwerdeführerin ist auf Grund ihrer eigenen Sachverhaltsdarstellung nicht geeignet, Zweifel daran zu wecken, es könnte Regierungsrat Z._ an der nötigen Distanz und Objektivität fehlen. Die Stiftungsaufsichtsbehörde ist in Vergleichsgespräche der Parteien, unter Leitung des Schiedsrichters B._, bis im September 1998 einbezogen gewesen; bereits aus dieser faktischen Verfahrensbeteiligung folgt ein ausreichendes Interesse der Stiftungsaufsichtsbehörde, die einem möglichen Vergleich allenfalls hätte zustimmen müssen, sich über den Stand des Verfahrens orientieren zu lassen. Unstreitig ist Regierungsrat Z._ vor besagtem Telephonanruf von einer Journalistin informiert worden, dass das Schiedsgericht sein Urteil gefällt haben solle; er hatte damit ausreichend Grund, sich beim Obmann des Schiedsgerichts über die Richtigkeit dieser Behauptung zu vergewissern. Nicht nachvollziehbar ist, dass mit einem Telephonanruf bzw. einer Aktennotiz darüber nach Ausfällung des Urteils ein beteiligter Schiedsrichter noch beeinflusst bzw. dessen Befangenheit begründet werden könnte.
Dass die Aktennotiz den Sachwaltern ausgehändigt worden ist, kann mit der Befriedigung der gegenseitigen Informationsbedürfnisse einleuchtend erklärt werden; für die von der Beschwerdeführerin unterstellten Absichten bestehen keinerlei Anhaltspunkte.
Zusammengefasst wird nicht ersichtlich, inwiefern das nach dem Entscheid des Schiedsgerichts geführte Telephongespräch für Regierungsrat Z._ einen Ausstandsgrund bewirken könnte. Die übereinstimmende Ansicht im angefochtenen Urteil (E. 5b S. 10) - nach Darstellung der unterschiedlichen Standpunkte - ist als Begründung knapp, aber durchwegs genügend.
7.- Die unterliegende Beschwerdeführerin wird kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht (Verwaltungsrechtliche Kammer) des Kantons Y._ schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 8. September 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: