Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene F._ arbeitete als Polierer/Schleifer in einer Maschinenbaufirma, bis er diese Tätigkeit wegen starken Rückenbeschwerden am 26. Februar 2003 aufgeben musste. Im April 2003 wurde eine ventrale Diskektomie HW5/6 durchgeführt. F._ konnte seine bisherige Tätigkeit nicht mehr aufnehmen. Mit Verfügung vom 31. März 2005 und Einspracheentscheid vom 23. Februar 2006 sprach ihm die IV-Stelle Basel eine halbe Invalidenrente zu. Das Sozialversicherungsgericht Basel hiess eine dagegen geführte Beschwerde dahingehend gut, als es den Invaliditätsgrad auf 62 % festsetzte und damit einen Anspruch auf eine Dreiviertelsrente bejahte. Das Bundesgericht wies eine dagegen geführte Beschwerde des Versicherten mit Urteil vom 16. Mai 2007 ab. In Ausführung des rechtskräftigen Urteils verfügte die IV-Stelle am 24. Juli 2007 die Ausrichtung der Dreiviertelsrente.
Während des laufenden Verfahrens bezüglich der Höhe des Rentenanspruchs zog sich F._ bei einem Sturz am 4. März 2006 eine Bimalleolarfraktur rechts zu, wofür die SUVA dem arbeitslosen Versicherten Leistungen erbrachte. Mit Gesuch vom 30. Mai 2006 liess F._ revisionsweise die Gewährung einer ganzen Invalidenrente beantragen. Dieses wies die IV-Stelle mit Verfügung vom 28. November 2007 ab und eröffnete dem Versicherten, sein Invaliditätsgrad betrage immer noch 62 %, womit er weiterhin Anspruch auf die bisherige Dreiviertelsrente habe.
B. Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 24. September 2008 ab.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
2. Streitig ist, ob der Beschwerdeführer ab Juni 2006 Anspruch auf eine höhere als eine Dreiviertelsrente hat.
Das kantonale Gericht hat die einschlägigen materiellrechtlichen ATSG- und IVG-Bestimmungen über die revisionsweise Erhöhung, Herabsetzung oder Aufhebung laufender Invalidenrenten (<ref-law>; vgl. auch <ref-law> [in der seit 1. März 2004 geltenden Fassung]; <ref-ruling> E. 3.5 S. 349 ff., ferner <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.), den revisionsrechtlich massgebenden Vergleichszeitraum (<ref-ruling>) sowie die Abstufung des Rentenanspruchs nach Massgabe des Invaliditätsgrades (<ref-law> in den vor Inkrafttreten der 4. IV-Revision [1. Januar 2004] und ab jenem Zeitpunkt bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassungen) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Die mit der 5. IV-Revision am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Rechtsänderungen sind intertemporalrechtlich nicht anwendbar (<ref-ruling> E. 1 S. 108 f., 133 E. 1 S. 136 und 242 E. 2.1 S. 243 f., je mit Hinweisen).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, der ursprünglichen Rentenverfügung vom 27. Juli 2007 - welche aufgrund der Urteile des Sozialversicherungsgerichts vom 9. Juni 2006 und des Bundesgerichts vom 16. Mai 2007 erlassen wurde - lägen in medizinischer Hinsicht die Berichte der Neurochirurgischen Klinik des Spitals X._ vom 16. September 2003 und vom 28. Januar 2005 sowie derjenige des Hausarztes Dr. med. M._ vom 20. Januar 2005 zugrunde. Demgemäss habe der Beschwerdeführer an einer chronifizierten Zervikobrachialgie auf der Höhe C5/C6 sowie einem residuellen Reiz- und sensomotorischen Ausfallsyndrom auf der Höhe C6 rechts gelitten, was ihm noch ermögliche, in einer leicht bis vereinzelt mittelschwer belastenden Tätigkeit mit einigen Einschränkungen eine 50 % Arbeitsfähigkeit zu verwerten. Hinzu kämen gemäss Austrittsbericht der Klinik Y._ vom 6. November 2006 durch den Unfall vom März 2006 noch protrahierte Mobilisationsbeschwerden am rechten oberen Sprunggelenk sowie eine Sensibilitätsstörung und ein Funktionsausfall des rechten Hallux. Allein bezogen auf die Unfallverletzung am Sprunggelenk und Fuss seien dem Beschwerdeführer leichte bis mittelschwere Tätigkeiten ganztags zumutbar, wobei diese wechselbelastend sein müssten. Das kantonale Gericht hat gestützt darauf, sowie auf die Beurteilung des SUVA-Kreisarztes Dr. med. W._ vom 18. Februar 2008, festgestellt, die Einschätzung der IV-Stelle, wonach der Unfall vom 4. März 2006 die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers nicht wesentlich verschlechtert habe, sei nicht zu beanstanden. Selbst wenn den zusätzlichen Einschränkungen durch eine Erhöhung des Leidensabzugs von 10 % auf 25 % Rechnung getragen würde, erweise sich der verfügte Anspruch auf eine Dreiviertelsrente als richtig.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt, in den medizinischen Berichten, auf welche sich das kantonale Gericht vorwiegend stütze, wie insbesondere dem Austrittsbericht der Klinik Y._ vom 6. November 2006, werde die Zumutbarkeitsbeurteilung allein unter Berücksichtigung der Unfallfolgen getroffen. Einzig derjenige des Kreisarztes vom 18. Januar 2008 erwähne als Diagnosen auch das unfallfremde Cervicobrachialsyndrom und ein psychisches Leiden. Dies alleine belege schon veränderte Verhältnisse, welche zu einer Revision Anlass gäben. Schliesslich sei auch zu berücksichtigen, dass die SUVA eine volle Arbeitsunfähigkeit anerkenne indem sie ein volles Taggeld bezahle, was auch durch die Invalidenversicherung zu berücksichtigen sei; zumindest müsste begründet werden, weshalb man zu einer anderen Einschätzung gelange.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> ist bei einer Verschlechterung der Erwerbsfähigkeit die anspruchsbeeinflussende Änderung zu berücksichtigen, sobald sie ohne wesentliche Unterbrechung drei Monate angedauert hat. Der Beschwerdeführer hat sich die Fussverletzung anlässlich des Unfalls vom 4. März 2006 zugezogen. Die Bimalleolarfraktur wurde mittels Plattenosteosynthese operativ behandelt. Ab jenem Moment bestand auch in einer seiner vorbestehenden Cervicalbeschwerden angepassten Tätigkeit eine volle Arbeitsunfähigkeit. Das kantonale Gericht hat nicht geprüft und daher auch keine verbindliche Feststellung (vgl. E.1) darüber getroffen, wie sich die medizinischen und erwerblichen Verhältnisse drei Monate nach dem Unfall, also im Juni 2006 darstellten. Das Bundesgericht ist daher frei, diesbezüglich eigene Sachverhaltsfeststellungen zu treffen.
4.2 Gemäss Bericht vom 6. Juni 2006 des Dr. med. N._, Oberarzt an der chirurgischen Poliklinik des Spitals X._, bestanden im Bereiche des Achillessehnenansatzes und medial anterior am oberen Sprunggelenk noch belastungsabhängige Beschwerden. Es bestand keine Arbeitsfähigkeit. Der Arzt schlug bei mangelnder Besserung eine stationäre Rehabilitation an der SUVA-Klinik in Y._ vor. Diese fand denn auch vom 16. August bis 27. September 2006 statt. Demnach ist durch den Unfall vom 4. März 2006 eine gesundheitliche Verschlechterung mit entsprechender Auswirkung auf die Erwerbsfähigkeit zu verzeichnen, welche ohne Unterbrechung drei Monate angedauert hat, weshalb der Beschwerdeführer ab Juni 2006 Anspruch auf eine ganze Invalidenrente hatte.
5. Zu untersuchen bleibt, ob es in der Folge wieder zu einer Besserung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse kam.
5. Zu untersuchen bleibt, ob es in der Folge wieder zu einer Besserung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse kam.
5.1 5.1.1 Die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen bezüglich des Gesundheitszustandes und der zumutbaren Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers beziehen sich auf den Zeitpunkt der ablehnenden Revisionsverfügung vom 28. November 2008. Sie stützen sich auf eine sorgfältige Würdigung der medizinischen Akten und sind weder offensichtlich unrichtig noch beruhen sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law>.
5.1.2 Was in der Beschwerde vorgebracht wird, führt zu keiner anderen Betrachtungsweise. Es wird - wie schon im vorinstanzlichen Verfahren - geltend gemacht, die Klinik Y._ habe bei ihrer Zumutbarkeitsbeurteilung im November 2006 das erst im August 2007 diagnostizierte komplexe regionale Schmerzsyndrom Typ I (CRPS Typ I) am rechten Fuss noch nicht miteinbezogen; zudem seien einzig die Unfallfolgen berücksichtigt worden, weshalb darauf nicht abgestellt werden könne. Im angefochtenen Entscheid hat sich das kantonale Gericht eingehend mit den gesamten medizinischen Akten auseinandergesetzt. Im Vergleich der Zumutbarkeitsbeurteilungen, die zur ursprünglichen Rentenverfügung geführt haben, mit derjenigen des Dr. med. W._ vom 18. Februar 2008 hat es für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass sich die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers in Bezug auf die Art der zumutbaren Tätigkeiten etwas verschlechtert, indessen in Bezug auf den zeitlichen Umfang der Arbeitstätigkeit sogar etwas verbessert hat. Ein halbes Arbeitspensum sei ihm aber auch unter Berücksichtigung der hinzugekommenen Fussbeschwerden zumutbar. Diese Würdigung ist im Rahmen der bundesgerichtlichen Überprüfungsbefugnis nicht zu beanstanden. Es ist denn auch nicht einzusehen, weshalb dem Beschwerdeführer eine körperlich leichte wechselbelastende Tätigkeit ohne Überkopfarbeit und ohne Heben und Tragen von schweren Lasten über 15 kg während eines halben Tages - wie sie gemäss Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 6. Juni 2006 (E. 2d S. 4) der ursprünglichen Rentenverfügung zu Grunde lag - auch mit den zusätzlichen Fussbeschwerden nicht zumutbar sein sollte.
5.2 Damit haben sich die gesundheitlichen Verhältnisse seit Juni 2006 wieder gebessert. Nach der primären Heilung der Fraktur und der von Mitte August bis Ende September 2006 erfolgten stationären Rehabilitation in Y._ ist von der Zumutbarkeitsbeurteilung im Austrittsbericht vom 6. November 2006 auszugehen. Ab Beendigung des Aufenthalts in Y._ wurden bezüglich der Sprunggelenke/Füsse wieder eine leichte bis mittelschwere Tätigkeit mit Wechselbelastung als zumutbar erachtet. Dies entspricht dem Profil, wie es schon vor dem Unfall bestand. Hinsichtlich der Bemessung des Invaliditätsgrades kann auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden, die - ausser in Bezug auf die zumutbare Tätigkeit - auch vom Beschwerdeführer nicht bestritten wird. Da bei einer Verbesserung der Erwerbsfähigkeit die anspruchsbeeinflussende Änderung für die Herabsetzung der Leistung von dem Zeitpunkt an zu berücksichtigen ist, in dem angenommen werden kann, dass sie voraussichtlich längere Zeit dauern wird (<ref-law>), ist der ab Juni 2006 bestehende Anspruch auf eine ganze Invalidenrente ab Oktober 2006 zu revidieren. Ab diesem Zeitpunkt besteht wiederum ein solcher auf eine Dreiviertelsrente.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten den Parteien anteilsmässig aufzuerlegen (<ref-law>). Die IV-Stelle hat dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 24. September 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Basel-Stadt 28. November 2007 werden aufgehoben, soweit damit der Anspruch auf eine ganze Invalidenrente für den Zeitraum vom 1. Juni 2006 bis 30. September 2006 abgelehnt wurde. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer Fr. 300.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 200.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1000.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt, der Ausgleichskasse Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer