Faits :
A.
X._ est entré au Ministère public de la Confédération comme procureur assistant le 1er juin 2007. Il a été nommé procureur fédéral suppléant en date du 1er juillet 2008. Le 7 février 2009, il s'est rendu au Pérou, accompagné de A._, en qualité d'interprète, afin d'assister à l'exécution d'une commission rogatoire internationale. La demande d'entraide pénale, signée par lui, visait à faire procéder à l'audition par les autorités péruviennes de B._ à titre de renseignements, dans le cadre d'une procédure pénale fédérale suisse instruite de manière autonome par ses soins. Le 9 février 2009, X._ a appris dans les bureaux du juge d'instruction péruvien chargé de l'exécution de la commission rogatoire que B._ n'était plus en détention, ayant été mis au bénéfice d'une libération conditionnelle et en ayant profité pour quitter le territoire péruvien. Le jour-même, X._ a pris contact avec un enquêteur à l'époque de la Police judiciaire fédérale suisse et obtenu le numéro de téléphone fixe de l'épouse de B._ à Lausanne. Il a alors pu parler à ce dernier qui se trouvait à Lausanne. Il lui a indiqué être au Pérou et se déplacer dans les prochains jours à Montevideo en Uruguay. Il devait en effet s'y rendre pour assister, le 12 février 2009, à l'exécution d'une demande d'entraide internationale adressée par ses soins aux autorités uruguayennes afin de faire entendre par celles-ci, en sa présence, un tiers en qualité de prévenu dans une autre procédure pénale fédérale. Lors de la conversation téléphonique du 9 février 2009, X._ a menacé B._ d'une arrestation s'il ne déférait pas à son injonction de se déplacer séance tenante et à ses frais à Montevideo pour y être auditionné à titre de renseignements dans la première procédure pénale susmentionnée. B._ a immédiatement cherché à réserver un vol pour Montevideo. Il y a atterri le 10 février 2009 et a été entendu le lendemain par X._, en compagnie de A._, dans les locaux de l'ambassade de Suisse à Montevideo. Les autorités uruguayennes n'avaient pas été informées de cette opération.
B.
Par jugement du 24 septembre 2014, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné X._ pour violation de la souveraineté territoriale étrangère (<ref-law>) et abus d'autorité (<ref-law>) à une peine pécuniaire de 100 jours-amende, à 120 fr. le jour avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 2'400 fr., convertible en 20 jours de peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de cette décision, à son acquittement et à l'octroi d'une indemnité au sens de l'<ref-law>. Subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause au Tribunal pénal fédéral afin qu'il statue à nouveau sur frais et indemnité selon l'<ref-law>.
Par ordonnance du 17 mars 2015, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a rejeté la requête de suspension déposée par X._.

Considérant en droit :
1.
Le recourant conteste sa condamnation pour violation de la souveraineté territoriale étrangère au sens de l'<ref-law>.
1.1. En vertu de cette disposition, celui qui aura violé la souveraineté territoriale d'un Etat étranger, notamment en procédant indûment à des actes officiels sur le territoire de cet Etat ou celui qui aura pénétré sur le territoire d'un Etat étranger contrairement au droit des gens, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
S'agissant de la portée de cette disposition, on peut se référer aux considérants convaincants du jugement entrepris, p. 11 à 13. L'infraction visée par l'<ref-law> est un délit intentionnel (<ref-law>). L'auteur agit intentionnellement lorsqu'il commet l'infraction avec conscience et volonté (art. 12 al. 2 1ère phrase CP). Il agit déjà intentionnellement lorsqu'il tient pour possible la réalisation de l'infraction et l'accepte au cas où celle-ci se produirait (dol éventuel; art. 12 al. 2 2ème phrase CP).
1.2. Le recourant ne conteste à juste titre pas avoir objectivement procédé indûment à un acte officiel sur le territoire d'un Etat étranger, par l'audition de B._ dans les locaux de l'ambassade de Suisse à Montevideo, sans avoir respecté la procédure d'entraide applicable dans les circonstances. Il invoque uniquement que l'élément subjectif de l'infraction n'était pas réalisé et qu'il se trouvait dans une erreur sur les faits.
1.3. L'autorité précédente a retenu que subjectivement le recourant avait la conscience et la volonté de procéder à un acte officiel dans les locaux de l'ambassade de Suisse à Montevideo. Il savait également que cet acte n'avait pas été autorisé par les autorités uruguayennes. Sur la base d'un ensemble d'éléments (cf. jugement entrepris, p. 15 ss ch. 2.1.4), dont la formation, l'expérience (le recourant avait beaucoup travaillé à la rédaction de commissions rogatoires au Ministère public de la Confédération) et la fonction du recourant au moment des faits litigieux, l'autorité précédente a retenu que ce dernier ne pouvait, au moment des faits qui lui sont reprochés, être convaincu que les ambassades bénéficiaient de l'extraterritorialité. Il ne se trouvait ainsi pas dans une erreur sur les faits au sens de l'<ref-law>. En procédant à l'audition litigieuse à l'insu des autorités uruguayennes, sans entreprendre la moindre démarche préalable pour résoudre la question, il ne pouvait que considérer comme sérieusement possible que son comportement soit constitutif d'un délit pénal et il s'est borné à accepter cette éventualité pour le cas où elle se présenterait. L'autorité précédente a retenu que c'était à tout le moins par dol éventuel que le recourant avait commis l'infraction sanctionnée par l'<ref-law>.
1.4. Le recourant invoque avoir été victime d'une erreur sur les faits. Il allègue avoir procédé les 9 et 12 novembre 2007, alors qu'il était procureur fédéral assistant, à des auditions sans commission rogatoire à l'ambassade de Suisse à Beyrouth, au Liban. Il estime que son supérieur de l'époque le faisant procéder de la sorte, il pouvait raisonnablement et de toute bonne foi penser qu'en agissant comme lui, il ne commettait pas d'infraction.
1.4.1. Aux termes de l'<ref-law>, quiconque agit sous l'influence d'une appréciation erronée des faits est jugé d'après cette appréciation si elle lui est favorable.
1.4.2. L'autorité précédente a exposé en détail pour quels motifs elle considérait qu'en février 2009 le recourant, en raison notamment de sa formation, savait que le statut des ambassades était réglé par le droit international et que cette question était susceptible d'avoir donné lieu à de la jurisprudence et d'avoir été traitée dans des ouvrages de doctrine. Elle a dès lors constaté que le recourant, au moment d'organiser une audition dans une ambassade suisse à l'étranger, ne pouvait qu'avoir à tout le moins envisagé la possibilité que les ambassades ne bénéficient pas de l'extraterritorialité. Il disposait des connaissances pour résoudre cette question de lui-même et était tenu de la résoudre avant d'entreprendre la moindre démarche. Il ne se trouvait par conséquent pas sur ce point dans une erreur sur les faits (cf. jugement attaqué, p. 15-21).
1.4.3. Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève du contenu de la pensée, à savoir de faits " internes ", qui, en tant que faits (<ref-ruling> consid. 8.4.1 p. 84), lient le Tribunal fédéral, à moins qu'ils n'aient été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée. Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
1.4.4. Invoquant ses deux expériences précitées au Liban, le recourant estime qu'il pouvait de bonne foi penser que le comportement adopté en Uruguay était licite. Ce faisant, il s'écarte des constatations de fait de l'autorité précédente qui, comme exposé ci-dessus, a retenu que le recourant ne pouvait qu'avoir à tout le moins envisagé la possibilité que les ambassades ne bénéficient pas de l'extraterritorialité. Il ne développe aucun grief d'arbitraire sur ce point et ne présente qu'une argumentation appellatoire. Son grief de violation de l'<ref-law>, fondé sur une telle motivation, est irrecevable.
Au demeurant, il aurait été infondé. Au moment des faits le recourant était titulaire du brevet d'avocat et procureur fédéral suppléant. Dans son domaine d'activité, il n'est pas plausible qu'il ait ignoré en 2009 la jurisprudence publiée aux <ref-ruling> consid. 1 p. 157, dont il ressort que les missions diplomatiques et leurs locaux font partie intégrante du territoire de l'Etat accréditaire et ne bénéficient pas de l'extraterritorialité. En tant que procureur fédéral suppléant, il gérait des procédures pénales de manière autonome et établissait lui-même des commissions rogatoires en vue d'entendre des personnes à l'étranger. Il lui incombait de vérifier la légalité d'une telle mesure d'instruction avant d'y procéder. Il ne pouvait s'estimer convaincu de la légalité d'un procédé, sans autre vérification, au seul motif qu'il avait été utilisé par le passé dans deux cas seulement et dans un pays différent de celui visé. L'ensemble de ces circonstances permettaient de retenir sans arbitraire que le recourant ne pouvait être convaincu en 2009 que les ambassades bénéficiaient de l'extraterritorialité. Dans ces conditions, l'autorité précédente n'a pas violé l'<ref-law> en niant que le recourant ait agi sous l'influence d'une appréciation erronée des faits sur ce point.
1.5. Le recourant conteste avoir eu la conscience et la volonté de violer la souveraineté territoriale étrangère au sens de l'<ref-law>.
Ce faisant, il s'en prend aux constatations factuelles du jugement entrepris, telles que reprises ci-dessus ad consid. 1.3. A l'appui de son moyen, il se fonde sur des faits qui n'ont pas été retenus par l'autorité précédente (p. ex., recours p. 4 ch. 3), sans invoquer et démontrer l'arbitraire de leur omission. Il présente en outre une argumentation purement appellatoire. Le grief, ainsi motivé, est irrecevable.
Au demeurant, l'appréciation portée par l'autorité précédente sur ce que savait le recourant au moment des faits litigieux (cf. supra consid. 1.3 ) ne prête pas flanc à la critique. Le recourant plaide à cet égard en vain que le statut des ambassades n'était pas clair. Si tel était le cas, il se devait au vu de ses responsabilités d'éclaircir cette question juridique avant d'entendre, sans passer par la procédure d'entraide, une personne à l'étranger dans une ambassade. Retenir dans les circonstances d'espèce que, faute de vérification simple de la part du recourant, celui-ci avait accepté l'éventualité de violer la loi n'est pas insoutenable. En déduire en droit qu'il a violé par dol éventuel l'<ref-law> ne prête pas flanc à la critique.
1.6. Le recourant invoque une violation de la présomption d'innocence au motif que l'autorité précédente a retenu qu'il serait " vraisemblable " qu'il savait qu'une ambassade ne bénéficie pas de l'extraterritorialité et qu'à tout le moins il ne pouvait pas être convaincu de ce fait.
Invoqué en relation avec la constatation des faits, la présomption d'innocence, garantie par les art. 6 par. 2 CEDH, 32 al. 1 Cst. et 10 CPP, n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7p. 82).
Si l'autorité précédente a en effet retenu qu'il était " vraisemblable " qu'en février 2009 le recourant savait que les ambassades ne bénéficiaient pas de l'extraterritorialité, elle a en revanche constaté qu'" à tout le moins ", à l'époque des faits, il ne pouvait pas être convaincu que les ambassades bénéficiaient de l'extraterritorialité et qu'en procédant à l'audition litigieuse sans éclaircir ce point, il ne pouvait que considérer comme sérieusement possible que son comportement soit constitutif d'un délit pénal. Au vu de ce qui précède, le recourant n'a pas été condamné sur la base d'une vraisemblance, mais sur la base d'une certitude de la part de l'autorité précédente. Le recourant n'établit aucun arbitraire quant aux faits retenus. Le grief est infondé dans la mesure où il est recevable.
2.
Le recourant conteste sa condamnation pour abus d'autorité.
2.1. En vertu de l'<ref-law>, les membres d'une autorité et les fonctionnaires qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, ou dans le dessein de nuire à autrui, auront abusé des pouvoirs de leur charge, seront punis d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Cette disposition protège d'une part l'intérêt de l'État à disposer de fonctionnaires loyaux qui utilisent les pouvoirs qui leur ont été conférés en ayant conscience de leur devoir, d'autre part l'intérêt des citoyens à ne pas être exposés à un déploiement de puissance étatique incontrôlé et arbitraire. L'incrimination pénale doit être interprétée restrictivement, compte tenu de la formule très générale qui définit l'acte litigieux. L'auteur n'abuse ainsi de son autorité que lorsqu'il use de manière illicite des pouvoirs qu'il détient de sa charge, c'est-à-dire lorsqu'il décide ou contraint en vertu de sa charge officielle dans un cas où il ne lui était pas permis de le faire. L'infraction peut aussi être réalisée lorsque l'auteur poursuit un but légitime, mais recourt pour l'atteindre à des moyens disproportionnés (<ref-ruling> consid. 1a/aa et b p. 211 ss). On ne peut généralement limiter, en matière de violence physique ou de contrainte exercée par un fonctionnaire, le champ d'application de l'<ref-law> aux cas où l'utilisation des pouvoirs officiels a pour but d'atteindre un objectif officiel. Ainsi, au moins en matière de violence et de contrainte exercées par un fonctionnaire, l'application de l'<ref-law> dépend uniquement de savoir si l'auteur a utilisé ses pouvoirs spécifiques, s'il a commis l'acte qui lui est reproché sous le couvert de son activité officielle et s'il a ainsi violé les devoirs qui lui incombent. L'utilisation de la force ou de la contrainte doit apparaître comme l'exercice de la puissance qui échoit au fonctionnaire en vertu de sa position officielle (<ref-ruling> consid. 1b p. 213).
Du point de vue subjectif, l'infraction suppose un comportement intentionnel, au moins sous la forme du dol éventuel, ainsi qu'un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, celui de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite ou celui de nuire à autrui. L'existence par dol éventuel de l'un ou l'autre de ces desseins suffit (arrêt 6S.885/2000 du 26 février 2002 consid. 4a/bb; DUPUIS ET AL., Petit commentaire du Code pénal, 2012, n° 26 ad <ref-law> et les références citées).
2.2. L'autorité précédente a retenu que le recourant avait agi en qualité de procureur fédéral suppléant, soit comme membre d'une autorité de poursuite pénale de la Confédération et que la citation d'une personne aux fins d'être entendue dans le cadre d'une procédure pénale fédérale était un acte d'exercice de la puissance publique qui relevait des fonctions ordinaires d'un procureur fédéral suppléant. Elle a constaté que durant sa conversation téléphonique du 9 février 2009 avec B._, le recourant avait pour objectif que son interlocuteur se déplace immédiatement et à ses frais de Lausanne à Montevideo. Il savait que B._ n'avait aucune raison de se rendre en Uruguay. Afin de le convaincre, et comme cela ressortait des déclarations de ce dernier, de même que de l'e-mail du recourant du 17 février 2009, le recourant avait placé B._ face à une alternative, soit se déplacer séance tenante et à ses frais de Lausanne à Montevideo, soit s'exposer à une arrestation en Suisse et à une extradition vers le Pérou. Il ressortait clairement de l'état de faits que B._ ne s'était pas déplacé volontairement en Uruguay, mais bien sur citation du recourant, lequel avait exercé sur lui des moyens de contrainte d'ordre psychique. Que les menaces proférées par le recourant n'aient pas eu de fondement juridique ne jouait aucun rôle, B._ n'étant pas en mesure de le vérifier au vu des circonstances. La " citation " du recourant n'était pas licite, un procureur ne pouvant citer une personne en vue d'une audition que sur le territoire suisse, d'une part, et une injonction à comparaître ne pouvant être prononcée que si la personne concernée avait fait défaut à une citation régulière, sans motif suffisant, d'autre part.
Subjectivement, l'autorité précédente a retenu que le recourant était conscient qu'il agissait en qualité de membre d'une autorité, que la citation d'une personne appelée à donner des renseignements était un acte que sa fonction lui commandait d'accomplir ordinairement, qu'au moment d'agir il abusait des pouvoirs inhérents à sa charge, en ce sens qu'il contraignait en vertu de sa charge officielle, dans un cas où il ne lui était pas permis de le faire. L'autorité précédente a constaté que le recourant était pleinement conscient que son comportement ne constituait pas une simple violation de ses devoirs de services, mais bien un manquement important à ses devoirs de fonction. S'agissant du dessein spécial, l'autorité précédente a retenu celui de nuire à B._ en portant atteinte de manière illicite à sa liberté individuelle et de mouvement et à ses intérêts pécuniaires.
2.3. Le recourant invoque qu'il n'avait aucun moyen de pression sur B._, dès lors qu'il ne pouvait concrètement l'arrêter vu qu'il suffisait à B._ de rejoindre l'Italie, pays dont il est ressortissant, pour échapper à toute mesure à son encontre. La question n'est pas de savoir si le recourant pouvait exécuter les menaces proférées, mais si le destinataire de celles-ci les a crues et s'est donc senti contraint. Le grief, tel que soulevé, est infondé.
2.4. Le recourant allègue que B._ d'une part savait qu'il n'avait pas de moyens de l'arrêter, d'autre part avait plusieurs motifs de se rendre volontairement en Uruguay, de sorte qu'il ne s'était pas rendu dans ce pays contraint par le recourant. Ce faisant, il s'écarte des faits retenus par l'autorité précédente, sans invoquer et démontrer leur caractère arbitraire, conformément aux exigences de motivation posées par l'<ref-law>, ce qui n'est pas admissible (cf. supra consid. 1.4.3). Le grief est à cet égard irrecevable.
2.5. Le recourant affirme qu'il n'y avait rien d'illicite pour un procureur fédéral qui avait obtenu des autorités compétentes le droit d'entendre un détenu d'exiger de celui-ci qu'il obtempère et d'ajouter qu'à défaut, des mesures judiciaires seraient envisagées à son encontre. Comme l'a à juste titre retenu l'autorité précédente, le recourant n'était pas autorisé à convoquer une personne à l'étranger. Il n'était de plus, et même s'agissant d'une convocation qui aurait eu lieu en Suisse, pas autorisé à la menacer, si elle ne se présentait pas, de la faire arrêter pour séjour illégal en Suisse et d'accorder son accord à une extradition en faveur du Pérou pour qu'elle finisse d'y exécuter sa peine. En procédant à une telle convocation, même uniquement par oral, le recourant a abusé du pouvoir que lui accordaient ses fonctions de procureur fédéral. Il s'est objectivement rendu coupable d'abus d'autorité au sens de l'<ref-law>.
2.6. Le recourant conteste avoir eu la conscience et la volonté de commettre un abus d'autorité, au motif que s'il avait su que c'était illégal, il ne l'aurait pas fait, n'ayant aucun intérêt à commettre un éventuel abus d'autorité qui lui aurait automatiquement coûté son poste. Il n'aurait pas non plus envoyé l'e-mail du 17 février 2009 expliquant comment il avait procédé. Une telle argumentation, s'écartant des faits retenus sur ce point par l'autorité précédente (jugement attaqué, p. 30-31 let. 2.2.2.3) est purement appellatoire. Elle est irrecevable. Le grief de violation de l'<ref-law> fondé sur une telle argumentation l'est également.
2.7. Le recourant conteste avoir eu le dessein de nuire aux intérêts de B._. Le recourant a contraint, alors qu'il n'en n'avait pas le droit, ce dernier à venir à ses frais de Lausanne à Montevideo. En le citant de manière illicite de l'autre côté de la planète, le recourant a clairement accepté de nuire tant aux intérêts patrimoniaux qu'à la liberté individuelle de B._. Le grief est infondé.
3.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 6 octobre 2015
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod