Sachverhalt:
A. X._ war am 29. März 2012 am Steuer eines Personenwagens von Bergün nach Thusis unterwegs. In Alvaschein fiel er einer Polizeipatrouille wegen langsamer Fahrweise auf. Er wurde in Thusis angehalten und kontrolliert. Dabei soll er angegeben haben, seit Jahrzehnten regelmässig Marihuana - wöchentlich ca. 4 Joints jeweils vor dem Zubettgehen - zu rauchen. Der Urin-Schnelltest fiel positiv aus. In der anschliessend im Spital Thusis entnommenen Blutprobe wurde der aktive Cannabiswirkstoff Tetrahydrocannabinol (THC) nachgewiesen, doch lag dessen Konzentration mit ca. 0.8 Mikrogramm/l unterhalb des von Art. 34 lit. a der Verordnung des ASTRA zur Strassenverkehrskontrollverordnung (SR 741.013.1; VSKV-ASTRA) festgelegten Nachweisgrenzwertes für THC von 1,5 Mikrogramm/l.
Am 30. Mai 2012 verfügte das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden (StVA), X._ habe sich zur Abklärung seiner Fahreignung beim Psychiatrischen Dienst Graubünden spezialärztlich untersuchen zu lassen. Für den Fall, dass das Gutachten nicht bis zum 30. Juli 2012 bei ihm eintreffe, drohte es ihm an, den Führerausweis gestützt auf <ref-law> vorsorglich auf unbestimmte Zeit zu entziehen.
Am 30. Juli 2012 wies das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung ab und wies das StVA an, einen neuen Termin für die Einreichung des verkehrsmedizinischen Gutachtens anzusetzen. Dieser wurde vom StVA in der Folge auf den 17. September 2012 gelegt.
Am 18. September 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass die spezialärztliche Begutachtung nicht angeordnet werden dürfe. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C. Der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung wies das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung am 3. Dezember 2012 ab.
D. Das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde gutzuheissen.
X._ verzichtet unter Verweis auf die Vernehmlassung des ASTRA auf eine Replik. Das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit hält an seinem Standpunkt fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid des Verwaltungsgerichts betrifft die Anordnung einer verkehrsmedizinischen Abklärung im Rahmen eines strassenverkehrsrechtlichen Administrativverfahrens und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit. Es handelt sich um einen das Verfahren nicht abschliessenden Zwischenentscheid, der geeignet ist, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zu bewirken (vgl. Urteil 1C_248/2011 vom 30. Januar 2012 E. 1 mit Hinweisen). Dagegen ist die Beschwerde zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG), und der Beschwerdeführer ist als zur verkehrsmedizinischen Abklärung Verpflichteter befugt, sie zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Führerausweise werden entzogen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen (<ref-law>). Nach <ref-law> wird der Lernfahr- oder Führerausweis einer Person auf unbestimmte Zeit entzogen, wenn sie an einer Sucht leidet, welche die Fahreignung ausschliesst. Drogensucht wird nach der Rechtsprechung bejaht, wenn die Abhängigkeit von der Droge derart ist, dass der Betroffene mehr als jede andere Person der Gefahr ausgesetzt ist, sich ans Steuer eines Fahrzeugs in einem - dauernden oder zeitweiligen - Zustand zu setzen, der das sichere Führen nicht mehr gewährleistet (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 3c, je mit Hinweisen). Im Interesse der Verkehrssicherheit setzt die Rechtsprechung den regelmässigen Konsum von Drogen der Drogenabhängigkeit gleich, sofern dieser seiner Häufigkeit und Menge nach geeignet ist, die Fahreignung zu beeinträchtigen. Auf fehlende Fahreignung darf geschlossen werden, wenn der Betroffene nicht mehr in der Lage ist, Haschischkonsum und Strassenverkehr ausreichend zu trennen, oder wenn die nahe liegende Gefahr besteht, dass er im akuten Rauschzustand am motorisierten Strassenverkehr teilnimmt (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 3d).
2.2 Eine verkehrsmedizinische Abklärung darf nur angeordnet werden, wenn konkrete Anhaltspunkte vorliegen, die ernsthafte Zweifel an der Fahreignung des Betroffenen wecken. Nach der Rechtsprechung erlaubt ein regelmässiger, aber kontrollierter und mässiger Haschischkonsum für sich allein noch nicht den Schluss auf eine fehlende Fahreignung (<ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 4d und e). Ob diese gegeben ist, kann ohne Angaben über die Konsumgewohnheiten des Betroffenen, namentlich über Häufigkeit, Menge und Umstände des Cannabiskonsums und des allfälligen Konsums weiterer Betäubungsmittel und/oder von Alkohol, sowie zu seiner Persönlichkeit, insbesondere hinsichtlich Drogenmissbrauch im Strassenverkehr, nicht beurteilt werden (BGE <ref-ruling> E. 4e und 5a; Urteil 6A.93/2002 vom 25. Februar 2003 E. 3.2). Ein die momentane Fahrfähigkeit beeinträchtigender Cannabiskonsum kann hingegen Anlass bieten, die generelle Fahreignung des Betroffenen durch ein Fachgutachten näher abklären zu lassen (<ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 4b mit Hinweis).
2.3 Der Beschwerdeführer wurde am 29. März 2012 kontrolliert, weil er einer Polizeipatrouille durch eine langsame Fahrweise aufgefallen war. Die Zweifel an seiner momentanen Fahrfähigkeit wurden indessen widerlegt: Sein THC-Gehalt im Blut lag deutlich unter dem massgebenden Grenzwert, und seine Fahrfähigkeit war nach der Einschätzung der die Blutentnahme durchführenden Ärztin nicht merkbar beeinträchtigt. Nach seinen unbestrittenen Angaben durfte der Beschwerdeführer nach dem Vorfall mit seinem Personenwagen nach Hause fahren.
Zweifel an seiner Fahrfähigkeit erweckte der Beschwerdeführer indessen beim StVA durch seine von der Polizei protokollierten Aussage, er konsumiere seit Jahrzehnten wöchentlich rund 4 Joints. Der Beschwerdeführer bestreitet diese Aussage und macht geltend, er habe das Protokoll bewusst nicht unterschrieben. Er sei, wenn überhaupt, seltener Gelegenheitskonsument.
Wie das ASTRA zu Recht anführt, kann die Frage nach der Verwertbarkeit des Polizeiprotokolls offen bleiben. Die protokollierte Aussage ist vereinbar mit einem regelmässigen, aber kontrollierten und mässigen Haschischkonsum, der für sich allein noch nicht auf eine Beeinträchtigung der Fahreignung schliessen lässt. Diese Einschätzung wird gerade auch durch die am 29. März 2012 angeordnete Blutanalyse bestätigt, die einen THC-Gehalt weit unter dem massgebenden Grenzwert ergab, obwohl der Beschwerdeführer nach eigenem Zugeständnis am Vorabend einen Joint geraucht hatte. Weitere Hinweise auf eine fehlende Fahreignung sind weder ersichtlich noch dargetan. Für seine Fahrtüchtigkeit spricht im Gegenteil der Umstand, dass sein automobilistischer Leumund ungetrübt ist, obwohl er seit Jahrzehnten zum Führen von Motorfahrzeugen berechtigt ist. Das Urteil 1C_248/2011 vom 30. Januar 2012, auf das sich die Vorinstanzen berufen, bezieht sich auf den Mischkonsum von Ecstasy und Speed und kann daher nicht unbesehen auf den Fall des Beschwerdeführers übertragen werden, der nach seiner unwiderlegten Darstellung keine weiteren legalen oder illegalen Drogen zu sich nimmt. Es liegen damit keine konkreten Anhaltspunkte für eine fehlende Fahreignung des Beschwerdeführers vor, die eine verkehrsmedizinische Untersuchung rechtfertigen könnten. Die Rüge ist begründet.
3. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>), und der Kanton Graubünden hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Bei der Festsetzung der Entschädigung wird zugunsten des Beschwerdeführers berücksichtigt, dass das Strassenverkehrsamt keine verkehrsmedizinische Untersuchung hätte anordnen dürfen und das Departement und das Verwaltungsgericht die Beschwerden mit den entsprechenden Entschädigungsfolgen hätten gutheissen müssen. Wird mit Blick darauf im bundesgerichtlichen Verfahren eine höhere Entschädigung zugesprochen, als das sonst der Fall wäre, kann auf die Rückweisung der Akten an die Vorinstanz zur neuen Festsetzung der Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens verzichtet werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts Graubünden vom 18. September 2012 aufgehoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Graubünden hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Strassenverkehrsamt, dem Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi