Faits:
A. Par courrier du 24 avril 2007, la Société d'assurance Y._ a résilié avec effet au 31 mai 2007 le contrat d'adhésion la liant à X._ Sàrl (ci-après: X._). Par courrier du 2 juillet 2007, la Société d'assurance Y._ a avisé la Fondation institution supplétive LPP, Contrôle de la réaffiliation, sise à Zürich (ci-après: la Fondation institution supplétive à Zürich) de cette résiliation d'un contrat d'affiliation.
Par lettre recommandée du 8 août 2007, la Fondation institution supplétive à Zürich a sommé X._ de se réaffilier à une institution inscrite au registre de la prévoyance professionnelle et de lui adresser une copie de la convention d'affiliation portant les signatures valides, sous peine de se voir affilier d'office auprès d'elle et facturer des frais. Un délai au 20 octobre 2007 a été imparti à X._ pour se conformer à l'injonction précitée. Par lettre du 18 octobre 2007, la Fondation institution supplétive à Zürich a dénoncé le défaut de réaffiliation de X._ à la Fondation institution supplétive LPP, Agence régionale de la Suisse romande, sise à Lausanne (ci-après: Fondation institution supplétive à Lausanne). Cette dernière a à son tour sommé X._, par lettre recommandée du 12 novembre 2007, de se réaffilier à une institution de prévoyance en lui fixant un ultime délai au 12 décembre 2007.
Le 17 décembre 2007, agissant au nom de X._, F._ a demandé à la Société d'assurance Y._ de maintenir son contrat d'affiliation. Par lettre du 21 décembre 2007, la Société d'assurance Y._ lui a répondu qu'elle maintenait l'annulation du contrat d'affiliation.
X._ n'ayant pas apporté la preuve de son affiliation auprès d'une nouvelle institution de prévoyance dans les délais impartis, la Fondation institution supplétive à Lausanne l'a réaffilié d'office avec effet rétroactif au 1er juin 2007, par décision du 13 février 2008. Le coût de cette décision, s'élevant à 825 fr., a été mis à la charge de l'employeur.
B. X._ a recouru contre cette décision, contestant la partie de son dispositif (point 2) mettant 825 fr. de taxes et frais à sa charge.
Par arrêt du 24 février 2009, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours interjeté par X._, en ce sens qu'il a mis les frais de la décision litigieuse à la charge de la Fondation institution supplétive à Lausanne.
C. La Fondation institution supplétive à Lausanne interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à la confirmation du point 2 de sa décision du 13 février 2008 concernant le prise en charge des frais.
X._ n'a pas répondu au recours bien qu'il y ait été invité. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas non plus déterminé.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
2. La juridiction de première instance a constaté que les deux sommations ayant été notifiées à l'intimé avaient été le fait, respectivement de la Fondation institution supplétive LPP, Contrôle de la réaffiliation, à Zürich et de la Fondation institution supplétive LPP, Agence régionale de la Suisse romande, à Lausanne. En revanche, aucune sommation n'avait été adressée à l'intimé par la caisse de compensation de l'AVS. Aussi, dans la mesure où dite caisse de compensation n'avait pas respecté l'<ref-law>, les taxes et frais relatifs à la réaffiliation ne pouvaient être mis à la charge de l'intimé.
3. A l'appui de son recours, la recourante invoque une violation du droit fédéral, plus particulièrement la non-application par l'autorité judiciaire de première instance de l'art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP.
4. Faisant partie du chapitre deux "Obligations de l'employeur en matière de prévoyance" et intitulé "Affiliation à une institution de prévoyance", l'art. 11 de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40) dispose ce qui suit:
"1 Tout employeur occupant des salariés soumis à l'assurance obligatoire doit être affilié à une institution de prévoyance inscrite dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2 [...]
3 [...]
3bis La résiliation de l'affiliation et la réaffiliation à une nouvelle institution de prévoyance par l'employeur s'effectuent après entente avec son personnel, ou, si elle existe, avec la représentation des travailleurs. L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive (art. 60).
3ter [...]
4 La caisse de compensation de l'AVS s'assure que les employeurs qui dépendent d'elle sont affiliés à une institution de prévoyance enregistrée.
5 La caisse de compensation de l'AVS somme les employeurs qui ne remplissent pas l'obligation prévue par l'al. 1 de s'affilier dans les deux mois à une institution de prévoyance enregistrée.
6 Si l'employeur ne se soumet pas à la mise en demeure de la caisse de compensation de l'AVS dans le délai imparti, celle-ci l'annonce à l'institution supplétive (art. 60) pour affiliation rétroactive.
7 L'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Les frais non recouvrables sont pris en charge par le fonds de garantie (art. 56, al. 1, let. d et h)."
5. 5.1 A l'occasion de la 1ère révision de la LPP, le Parlement avait décidé qu'en cas de résiliation par une entreprise de son affiliation à une institution de prévoyance, cette dernière serait tenue d'annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à la caisse de compensation AVS compétente (art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP dans sa teneur en vigueur depuis le 1er avril 2004).
En 2004, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a établi des directives en collaboration avec les représentants des caisses de compensation et de l'institution supplétive. Alors que le contrôle de l'affiliation en tant que tel était réglé conformément au texte de loi, il s'est avéré que ce texte créait des problèmes pratiques lors du contrôle de la réaffiliation. En effet, l'institution de prévoyance ne connaissait souvent pas la caisse de compensation à laquelle l'employeur était affilié et devait au préalable se renseigner auprès de la caisse de compensation du canton dans lequel l'employeur avait son siège. Ce n'est que lorsque l'institution de prévoyance savait quelle caisse de compensation était compétente qu'elle pouvait faire son annonce à cette dernière. L'annonce de la résiliation du contrat d'affiliation revêtait une grande importance surtout dans le cas des institutions collectives et communes. Afin d'éviter cette charge administrative et les coûts afférents, le contrôle de réaffiliation a été délégué à l'institution supplétive. Dans ses "Directives sur le contrôle de l'affiliation des employeurs à une institution de prévoyance professionnelle conformément à l'article 11 LPP" (CAIP), l'OFAS a prévu ce qui suit: "Le contrôle de réaffiliation est exécuté par l'IS [institution supplétive] au nom des caisses de compensation" (n° 2050). "Lorsque l'IS est informée de la résiliation d'un contrat d'affiliation liant un employeur à une IP [institution de prévoyance] conformément à l'<ref-law>, elle examine sur la base de l'annonce de la résiliation du contrat d'affiliation si l'employeur occupe du personnel assujetti à la LPP. Si l'employeur n'a aucun personnel assujetti à la prévoyance professionnelle, le cas est classé. Si l'employeur occupe des salariés qui devraient être assujettis à la prévoyance professionnelle obligatoire, l'IS somme l'employeur de s'affilier dans les deux mois à une IP " (n° 2051).
5.2 Le 9 juin 2005, le Conseiller national Toni Bortoluzzi a déposé une interpellation intitulée "OFAS. Directives contraires à la loi", dans laquelle il dénonçait les directives précitées, plus particulièrement la délégation manifestement abusive du contrôle de la réaffiliation (prescrit par l'<ref-law>), qui passait des caisses de compensation de l'AVS à l'institution supplétive. Dans sa réponse du 31 août 2005, le Conseil fédéral a reconnu que ces directives étaient en contradiction avec le texte de la loi. Dans la mesure où la solution prévue par les directives permettait de simplifier la procédure, le Conseil fédéral a laissé entrevoir une adaptation du droit dans le cadre des débats sur l'initiative parlementaire "Changement d'institution de prévoyance". C'est ainsi que dans son avis relatif au changement d'institution de prévoyance, du 23 septembre 2005 (cf. FF 2005 5586 s. ch. 2.3), le Conseil fédéral a proposé de modifier la formulation de l'art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP comme suit: "L'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive". Cette nouvelle teneur de l'art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP est entrée en vigueur le 1er mai 2007 (RO 2007 1803 1805).
5.3 Il résulte des explications qui précèdent que depuis la modification de l'art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP, il y a lieu de distinguer entre la procédure d'affiliation et la procédure de réaffiliation d'un employeur à une institution de prévoyance.
Avant l'adaptation de l'art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP, l'institution de prévoyance devait, en cas de réaffiliation, annoncer toute résiliation du contrat d'affiliation à la caisse de compensation compétente. On a vu cependant que la mise en oeuvre de cette disposition s'était révélée peu praticable car coûteuse et prenant beaucoup de temps (cf. consid. 5.1 supra). De plus, la raison pour laquelle les caisses de compensation avaient été chargées du contrôle de l'affiliation ne se justifie plus en cas de réaffiliation puisque dans ce dernier cas, il faut s'assurer qu'un employeur dont les salariés continuent d'être assurés à l'assurance obligatoire s'est affilié à une nouvelle institution de prévoyance. Dans la mesure où l'art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er mai 2007, prévoit que l'institution de prévoyance doit annoncer la résiliation du contrat d'affiliation à l'institution supplétive et non plus à la caisse de compensation compétente, il serait inutile et contraire à la volonté du législateur d'inclure à nouveau les caisses de compensation dans le contrôle de la réaffiliation en les obligeant à procéder à la sommation de l'employeur qui ne se conformerait pas à son obligation de réaffiliation.
5.4 En l'espèce, la juridiction de première instance a retenu que ni la Fondation institution supplétive LPP à Zürich, ni la Fondation institution supplétive LPP à Lausanne ne pouvaient agir valablement pour le compte de la caisse de compensation AVS en matière de contrôle de la réaffiliation de l'intimé. Ce faisant, elle a d'une part fait une application erronée de l'<ref-law>, applicable à la procédure d'affiliation initiale d'un employeur et, d'autre part, a omis d'appliquer l'art. 11, al. 3bis, 2ème phrase LPP, norme dont le but est d'exclure l'intervention des caisses de compensation dans la procédure de réaffiliation. Par conséquent, en concluant que la caisse de compensation de l'AVS devait sommer elle-même l'intimé, les premiers juges ont violé le droit fédéral.
5.5 Reste à examiner la question des taxes et frais relatifs à la réaffiliation de l'intimé. Selon l'art. 11, al. 7, 1ère phrase LPP, l'institution supplétive et la caisse de compensation de l'AVS facturent à l'employeur retardataire les frais administratifs qu'il a occasionnés. Cette disposition a été concrétisée, en ce qui concerne l'institution supplétive, à l'art. 3 al. 4 de l'ordonnance du 28 août 1985 sur les droits de l'institution supplétive en matière de prévoyance professionnelle (RS 831.434), dont la teneur est la suivante: "L'employeur doit dédommager l'institution supplétive de tous les frais résultant de son affiliation". Se fondant sur cette dernière disposition, la recourante a édicté le Règlement relatif aux frais de la Fondation institution supplétive LPP destinés à couvrir les travaux administratifs extraordinaires. Les taxes et frais facturés à l'intimé, d'un montant total de 825 fr., dont 450 fr. de taxes liées à une décision relative à une affiliation d'office et 375 fr. de frais pour affiliation d'office, sont en tous points conformes au Règlement précité.
6. Le recours doit ainsi être admis, la décision attaquée annulée et celle de la recourante confirmée. Les frais sont mis à la charge de l'intimé qui succombe (art. 66, al. 1, 1ère phrase LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la recourante, qui est une institution chargée de tâches de droit public au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5b p. 133; arrêt 2A.576/2002 du 4 novembre 2003 consid. 5).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision du Tribunal administratif fédéral, Cour III, du 24 février 2009 est annulée.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 22 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz