Sachverhalt:
A. Das Jugendgericht Zurzach sprach Y._ am 26. Juni 2008 schuldig der mehrfachen versuchten vorsätzlichen Tötung, des mehrfachen Angriffs, der einfachen Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, des Raufhandels, der mehrfachen Drohung, der Irreführung der Rechtspflege, der Sachbeschädigung, der Tätlichkeit und der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Von weiteren angeklagten Delikten sprach es ihn frei. Es widerrief den bedingten Vollzug für die Reststrafe von 70 Tagen Einschliessung des Urteils des Jugendgerichts Zurzach vom 17. Oktober 2006. Zusammen mit der neuen Strafe verurteilte es ihn zu einer Gesamtstrafe von drei Jahren Freiheitsentzug, unter Anrechnung der Untersuchungshaft.
B. Die von Y._ gegen die Schuldsprüche erhobene Berufung wies die Jugendstrafkammer des Obergerichts des Kantons Aargau am 12. März 2009 ab. Es bestrafte ihn mit einem Freiheitsentzug von 3 Jahren und ordnete die Unterbringung zur Erziehung an.
C. Gegen dieses Urteil erhebt Y._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei anstelle der mehrfachen versuchten vorsätzlichen Tötung wegen mehrfacher eventualvorsätzlicher schwerer Körperverletzung schuldig zu sprechen. Der Schuldspruch wegen Irreführung der Rechtspflege sei aufzuheben. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie den Vorfall mit A._ zu Unrecht als eventualvorsätzlich versuchte Tötung werte. Er habe nicht mit Eventualvorsatz gehandelt. Er sei sich im Moment der Auseinandersetzung weder der möglichen Todesfolge der Schlägerei mit dem Drehmomentschlüssel bewusst gewesen, noch habe er den Tod in Kauf genommen. Der Schluss auf die Inkaufnahme des Taterfolgs dürfe nicht alleine daraus gezogen werden, dass dem Täter das Risiko der Tatbestandsverwirklichung bewusst war und er dennoch handelte. Für die Bejahung des Eventualvorsatzes müssten weitere Umstände hinzukommen.
Er und sein Bruder X._ hätten nach der Rauferei am Winzerfest in Döttingen ihre Widersacher lediglich verletzen wollen. Es sei ihnen darum gegangen, Gleiches mit Gleichem zu vergelten. Sie hätten sich mit Drehmomentschlüssel und Messer bewaffnet, weil ihnen die Gegner zahlenmässig überlegen gewesen seien. Wer mit Baseballschlägern oder Eisenstangen im Rahmen einer nächtlichen Rauferei auf andere losgehe, die sich wehren, ducken oder ausweichen könnten, mache sich nicht von vornherein der versuchten vorsätzlichen Tötung schuldig.
1.2 Nach den unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz waren der Beschwerdeführer und sein Bruder am 6. Oktober 2007 am Winzerfest Döttingen in einen handgreiflichen Streit mit einer Personengruppe verwickelt. Darunter befanden sich auch die Brüder B._. Der Beschwerdeführer und sein Bruder bewaffneten sich an ihrem Wohnort mit einem Messer und einem Drehmomentschlüssel, in der Absicht, sich für die Streitigkeit zu rächen. Um ca. 1.40 Uhr nachts kam es zu einer Auseinandersetzung mit einer Personengruppe, bei welcher der Beschwerdeführer den Drehmomentschlüssel gegen D._ einsetzte. Sein Bruder beteiligte sich ebenfalls aktiv an der Schlägerei. In der Folge machten sich der Beschwerdeführer und sein Bruder auf die Suche nach weiteren Personen der Gruppe B._. Um ca. 1.50 Uhr bremste der Bruder des Beschwerdeführers mit seinem Fahrzeug A._ auf der Aarebrücke aus. Der Beschwerdeführer und sein Bruder schlugen mit dem Messer, dem Drehmomentschlüssel, Fäusten und Füssen gegen das Auto des Opfers und zerstachen einen Pneu. Als A._ aus dem Fahrzeug ausstieg, gingen sie gemeinsam auf das Opfer los. Der Bruder packte das Opfer und stiess es mit beiden Händen an das Auto zurück. Er versetzte ihm Faustschläge und verletzte es mit dem Messer an der Lippe. Der Beschwerdeführer schlug mindestens dreimal mit Drehmomentschlüssel auf den Kopf des Opfers ein. Dieses hatte nach den Feststellungen der Vorinstanz keine Chance zu fliehen. Durch die Heftigkeit der Schläge ging es zu Boden. Der Bruder hielt ihm drohend das Messer vors Gesicht, worauf es bewusstlos wurde. Es trug von der Auseinandersetzung drei stark klaffende Rissquetschwunden am Kopf sowie eine Verletzung der Oberlippe davon. Die Wunden mussten genäht werden. Sie stammen von den von oben herab geführten Schlägen.
1.3 Der Beschwerdeführer musste sich nach den Erwägungen der Vorinstanz im Klaren sein, dass mehrere unkontrollierte und wuchtige von oben herab geführte Schläge mit einem 57 cm langen und 1.4 kg schweren Drehmomentschlüssel aus Metall auf den ungeschützten Kopf einen Menschen töten könnten. Es sei allgemein bekannt, dass solche Schläge zu schweren Hirnverletzungen und zum Tod führen könnten. Der Beschwerdeführer sei brutal und mit blinder Rachewut vorgegangen. Das Opfer hingegen sei völlig überrascht und wehrlos gewesen. Das Begleitwissen um die Tatumstände genüge. Der Beschwerdeführer müsse sich nicht ausdrücklich gedanklich mit dem möglichen Erfolg auseinandersetzen. Er habe sich an der Gruppe, von welcher er und sein Bruder verprügelt worden seien, rächen wollen. Aus diesem Grund sei er bewaffnet mit seinem Bruder auf Leute dieser Gruppe losgegangen. Er habe ausgesagt, er habe diese Personen "überfahren" wollen. Er habe in blinder Wut kräftig mindestens dreimal mit dem Drehmomentschlüssel auf den Kopf des wehrlosen Opers geschlagen. Die Schläge habe er nicht derart dosieren können, dass tödliche Verletzungen auszuschliessen seien. Er habe trotz seines Wissens um die mögliche Todesfolge mindestens dreimal unkontrolliert auf den Kopf des Opfers eingeschlagen. Dabei habe sich ihm die Möglichkeit von tödlichen Verletzungen als derart wahrscheinlich aufgedrängt, dass sein Verhalten nur als Inkaufnahme des möglichen Todes des Opfers gewertet werden könne.
1.4 Gemäss <ref-law> begeht ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt (Satz 1). Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (Satz 2). Beim Eventualvorsatz strebt der Täter den Erfolg nicht an, sondern weiss lediglich, dass dieser möglicherweise mit der willentlich vollzogenen Handlung verbunden ist. Der Eventualvorsatz ist zu bejahen, wenn der Täter den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt und sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 4.1 S. 3 mit Hinweisen). Die zu aArt. 18 StGB entwickelte Rechtsprechung ist auch auf das neue Recht anwendbar (vgl. Urteil 6B_344/2008 vom 6. März 2009 E. 3.2). Ob der Täter die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen hat, muss der Richter bei fehlendem Geständnis aufgrund der Umstände entscheiden. Dazu gehören die Grösse des dem Täter bekannten Risikos der Tatbestandsverwirklichung, die Schwere der Sorgfaltspflichtverletzung, die Beweggründe des Täters und die Art der Tathandlung. Je grösser die Wahrscheinlichkeit der Tatbestandsverwirklichung ist und je schwerer die Sorgfaltspflichtverletzung wiegt, desto näher liegt die Schlussfolgerung, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen. Der Richter darf vom Wissen des Täters auf den Willen schliessen, wenn sich dem Täter der Eintritt des Erfolgs als so wahrscheinlich aufdrängte, dass die Bereitschaft, ihn als Folge hinzunehmen, vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Erfolgs ausgelegt werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 3 f. mit Hinweisen).
Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft so genannte innere Tatsachen und ist damit Tatfrage. Rechtsfrage ist demgegenüber, ob nach den von der kantonalen Instanz festgestellten Tatsachen der Schluss auf Eventualvorsatz berechtigt erscheint. Das gilt grundsätzlich auch, wenn bei Fehlen eines Geständnisses des Täters aus äusseren Umständen auf jene inneren Tatsachen geschlossen werden muss (<ref-ruling> E. 4.1. S. 17; <ref-ruling> E. 8.5 S. 62; <ref-ruling> E. 3c S. 251 je mit Hinweisen).
Die Feststellungen der Vorinstanz zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>). Die Verletzung des Willkürverbots ist ausdrücklich in der Beschwerde vorzubringen und zu begründen (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss sich dazu mit den Entscheidgründen der Vorinstanz auseinandersetzen und präzise angeben, worin er die Rechtsverletzung erblickt bzw. inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid wird nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 3.3. S. 60 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen).
1.5 Zu prüfen ist ausschliesslich der Tatvorsatz des Beschwerdeführers. Nicht angefochten ist die Annahme mittäterschaftlichen Handelns des Beschwerdeführers mit seinem Bruder.
1.5.1 Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, die Vorinstanz sei bei der Frage, was er wusste, in eine willkürliche Beweiswürdigung verfallen. Er beschränkt sich darauf, in Abweichung zu den vorinstanzlichen Feststellungen zu behaupten, er habe nicht gewusst, dass er mit den Schlägen auf den Kopf des Opfers dessen Tod bewirken könne bzw. das Opfer A._ habe sich wehren können. Damit übt er appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil, auf welche nicht einzutreten ist.
1.5.2 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz schlug der Beschwerdeführer mit einem 1.4 kg schweren und 57 cm langen Drehmomentschlüssel aus Metall auf den ungeschützten Kopf des Opfers ein. Dieses war wehrlos und konnte nicht fliehen, weil es vom Bruder des Beschwerdeführers festgehalten wurde. Der Beschwerdeführer schlug unkontrolliert, wuchtig und von oben herab zu. Der behandelnde Arzt von A._ bestätigte anhand der Verletzungen, dass jeder einzelne Schlag hätte tödlich enden können. Das Risiko eines möglichen Todes des wehrlosen Opfer war nach den vorinstanzlichen Feststellungen hoch. Bei dieser Sachlage durfte die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen, tödliche Verletzungen hätten sich dem Beschwerdeführer als derart wahrscheinlich aufgedrängt, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Todes gewertet werden könne, falls dieser eingetreten wäre. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es unter den gegebenen Umständen nicht notwendig, dass weitere Umstände hinzutreten müssten, um einen Eventualvorsatz zu bejahen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 3 ff. mit Hinweisen).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie den Eventualvorsatz im Zusammenhang mit der versuchten Tötung von EB._bejahe. Das Opfer habe sich während des Angriffs hin- und herbewegt, um nicht getroffen zu werden. Der Vorfall habe sich im Bereich einer Strassenlaterne zugetragen. Deshalb sei davon auszugehen, dass der Stich in den Oberarm des Opfers gezielt erfolgt sei. Er habe nicht in Kauf genommen, dass EB._sterben könne.
2.2 Nach den unangefochtenen vorinstanzlichen Feststellungen ereignete sich die tätliche Auseinandersetzung mit EB._um ca. 2 Uhr nachts, nach jener mit A._. Der Beschwerdeführer und sein Bruder hätten das Opfer zu Fuss verfolgt. Dabei habe der Beschwerdeführer den Drehmomentschlüssel und sein Bruder ein Messer mit einer Klingenlänge von 13 cm mitgeführt. Auf dem ansteigenden Weg hätten sie das flüchtende Opfer eingeholt. Der Bruder habe waagrechte Stichbewegungen gegen das Opfer ausgeführt. Es habe ihn aufgefordert, das Messer wegzulegen. Bei der Abwehr der Stiche habe es sich am Handgelenk verletzt. Darauf habe der Beschwerdeführer dem Opfer mit dem Drehmomentschlüssel einen Schlag auf das Handgelenk versetzt, worauf das Opfer zu Boden fiel. Der Bruder sei mit Fusstritten und dem Messer auf das Opfer losgegangen. Er habe heftig gegen dessen Oberkörper eingestochen. Das Opfer habe dem ersten Stich ausweichen können. Durch die Wucht des verfehlten Stichs sei der Bruder in die Knie gegangen. Mit einer zweiten Stichbewegung gegen den Oberkörper habe er dem links ausweichenden Opfer in den Oberarm gestochen. Die Klinge sei ca. 7 bis 9 cm in den Arm eingedrungen und abgebrochen.
Der mitangeklagte Bruder habe um die grosse Möglichkeit gewusst, dass er das Opfer durch ein Einstechen auf den Oberkörper mit einem Messer töten könne. Dies habe er zugegeben. Er habe mit dem Messer auf den Oberkörper des Opfers gezielt. Durch die Ausweichbewegungen des Opfers habe er nicht genau zielen können. Er habe damit rechnen müssen, lebenswichtige Organe zu treffen, was tödliche Folgen hätte haben können. Er habe kräftig zugestochen, dies zeige die Länge des Stichkanals im Oberarm und das Abbrechen des Messers. Unter den gegebenen Umständen habe sich die Möglichkeit des Todes als derart wahrscheinlich aufgedrängt, dass das Handeln trotz dieses Wissens nur als Inkaufnahme eines allfälligen Erfolgs gedeutet werden könne. Der Beweggrund der Rache und die Art der Tatausführung sprächen für einen Eventualvorsatz. Wer in der Art des Mitangeklagten Stiche mit einem Messer gegen den Oberkörper eines Menschen ausführe, der finde sich mit der allfälligen Todesfolge ab. Der Beschwerdeführer müsse sich als Mittäter das Handeln seines Bruders wie sein eigenes anrechnen lassen. Während der Verfolgung habe sein Bruder gesagt, "auf dä münd mir" und "ich bring dich um". Der Beschwerdeführer habe darauf seinen Bruder aufgefordert, dem Opfer das Messer anzuwerfen. Die folgende Handlung sei vom Vorsatz des Beschwerdeführers getragen gewesen.
2.3 Der Beschwerdeführer wendet sich nicht gegen die vorinstanzliche Würdigung, wonach er gewusst hat, dass Stiche mit dem Messer gegen den Oberkörper tödlich sein können. Er bestreitet auch nicht, dass die objektiven und subjektiven Voraussetzungen der Mittäterschaft gegeben sind. Er behauptet vielmehr ausdrücklich und entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen, er sei derjenige, welcher auf EB._eingestochen. Jedenfalls nehme sowohl das Jugendgericht Zurzach als auch die Vorinstanz zutreffend Mittäterschaft an (Beschwerdeschrift S. 7).
Der Beschwerdeführer macht bezüglich den vorinstanzlichen Feststellungen keine willkürliche Beweiswürdigung geltend. Auf seine gegenteiligen Behauptungen, er sei der Täter, die Stiche seien kontrolliert bzw. nicht gegen den Oberkörper sondern gegen den Oberarm ausgeführt worden, ist nicht einzutreten (<ref-law>).
Die Vorinstanz durfte ohne Bundesrecht zu verletzen davon ausgehen, dass die dem Opfer zugefügten Stiche vom Wissen und Willen des Beschwerdeführers als Mittäter getragen waren, da er geltend macht, die Tatausführung sei durch ihn erfolgt.
Gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen stach der Bruder des Beschwerdeführers nachts unkontrolliert und kräftig mit einem Messer in die Richtung des Oberkörpers des am Boden liegenden Opfers ein. Dabei bewegte sich das Opfer. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung drängt sich einem Täter, der mit einem Messer unkontrolliert fünfmal im Bereich des Oberkörpers auf ein wehrloses Opfer einsticht, die Möglichkeit der tödlichen Verletzung als derart wahrscheinlich auf, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme dieses Erfolgs ausgelegt werden kann (Urteil 6S.553/1991 vom 2. September 1992 E 5c/cc, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auch dem Mittäter, der eine solche Handlung mit Wissen und Willen mitträgt, drängt sich wie dem aktiv handelnden Täter die Gefahr des möglichen Todes des Opfers als derart wahrscheinlich auf, dass sein Verhalten nur als dessen Inkaufnahme gewertet werden kann. Die Annahme eines Eventualvorsatzes durch die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, er sei zu Unrecht der Irreführung der Rechtspflege nach <ref-law> schuldig gesprochen worden. Er bleibe bei der Version, wonach er und nicht sein Bruder mit dem Messer auf EB._eingestochen habe. Das Funktionieren der Strafjustiz sei nicht beeinträchtigt worden. Die Behauptung einer anderen Rollenverteilung bei mehreren Tätern erfülle den Tatbestand von <ref-law> nicht, weil sie ohnehin alle verdächtig seien. Es könne ihm nicht angelastet werden, dass die Untersuchungsbehörden einen zusätzlichen Aufwand betrieben hätten, um die Rollenverteilung des von Anfang an in Frage kommenden mittäterschaftlichen Verhaltens zu klären.
3.2 Die Vorinstanz erwägt unter Hinweis auf die Zeugenaussagen und die Rollenverteilung bei den weiteren Taten, entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers sei nicht er, sondern sein Bruder derjenige, welcher mit dem Messer auf EB._eingestochen habe. Der Beschwerdeführer sei mit dem Drehmomentschlüssel auf das Opfer losgegangen. Er habe sich wahrheitswidrig als jene Person bezeichnet, welche das Messer geführt habe. Der vorinstanzliche Schuldspruch sei zu bestätigen.
3.3 3.3.1 Wer sich selbst fälschlicherweise bei einer Behörde einer strafbaren Handlung beschuldigt, wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>). <ref-law> will verhindern, dass aufgrund unrichtiger Angaben die Strafverfolgungsbehörden gegen eine falsche Person tätig und dadurch von der Verfolgung des wahren Täters abgehalten werden. Diese Bestimmung betrifft auch denjenigen, welcher fälschlicherweise die Rolle des Angeschuldigten übernimmt. Denn infolge der Übernahme der Rolle des Angeschuldigten durch eine Person, welche die angezeigte Tat nicht begangen hat, werden die Behörden zu unnützen Umtrieben veranlasst. Der ordnungsgemässe Gang der Rechtspflege wird gestört, gleichgültig ob die die Rolle des Angeschuldigten übernehmende Person den angezeigten Sachverhalt und/oder dessen rechtliche Subsumtion durch die Strafverfolgungsbehörden anerkennt oder bestreitet. In beiden Fällen werden die Strafverfolgungsbehörden vom wahren Täter abgelenkt und in die Irre geführt (<ref-ruling> E. 1b S. 162 f. mit Hinweisen).
3.3.2 Das Bundesgericht hat den Tatbestand von <ref-law> in einem Fall bejaht, in welchem sich jemand selbst eines Deliktes falsch bezichtigt, welches ihm im Rahmen des gegen ihn bereits geführten Strafverfahrens gar nicht vorgeworfen wird (<ref-ruling> E. 1 S. 184 f. mit Hinweis). Hingegen hat es die Tatbestandsmässigkeit verneint, wo über eine wirklich begangene strafbare Handlung bewusst falsche Angaben gemacht werden, z.B. über den Zeitpunkt oder andere Umstände der Tat (BGE 75 IV 175 E. 2 S. 178 f. mit Hinweis; 72 IV 138 E. 3S. 140 f.). Ein falsches Geständnis des Angeschuldigten, welcher dieser Tat bereits verdächtigt wird, erfüllt den Tatbestand der Irreführung der Rechtspflege nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht. Hingegen macht sich nach <ref-law> strafbar, wer sich bei der Behörde meldet und ihr gegenüber eine strafbare Handlung gesteht, die in Tat und Wahrheit von einem andern verübt wurde. Damit übernimmt der Geständige fälschlicherweise die Rolle des Angeschuldigten (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 161 mit Hinweisen).
3.4 Der Beschwerdeführer behauptet nicht, die Beweiswürdigung der Vorinstanz sei willkürlich. Soweit er geltend macht, er habe auf das Opfer EB._eingestochen, beschränkt er sich auf appellatorische Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung. Darauf ist nicht einzutreten. Auszugehen ist von der verbindlichen Feststellung der Vorinstanz, dass der Bruder des Beschwerdeführers auf das Opfer EB._eingestochen hat.
Der Beschwerdeführer verursachte einen Mehraufwand durch die Angabe, er habe aktiv eine Tathandlung ausgeführt, obwohl sein Mittäter deren Urheber war. Er führte die Untersuchungsbehörden auf eine falsche Fährte und musste damit rechnen, dass unter Umständen eine Verurteilung des wahren Täters unterbleibt. Auch wenn ihm im Nachhinein aufgrund des rechtlichen Konstrukts der Mittäterschaft die Tathandlung als seine eigene angerechnet wird, so hat er durch seine wahrheitswidrige Angabe von Tatsachen den effektiv handelnden Tatbeteiligten gedeckt und die Aufklärung der strafbaren Handlung erschwert. Begehen mehrere Personen gemeinsam ein Delikt, gehört es zur sorgfältigen Ermittlung, die Rollenverteilung und Tatbeiträge abzuklären. Erst dadurch ist es möglich, die Tat rechtlich einzuordnen und die Tatbeteiligten z.B. als Einzeltäter, Mittäter oder Gehilfen zu bezeichnen. Als Tatverdächtige kamen von Anfang an nur der Beschwerdeführer und sein Bruder in Frage (vgl. angefochtenes Urteil S. 27, erstinstanzliches Urteil S. 19 bis 26 zur Würdigung der Aussagen). Aufgrund der ersten Aussagen der Beteiligten war nicht klar, welcher von beiden das Messer bzw. den Drehmomentschlüssel einsetzte. Insofern galten beide als Tatverdächtige. Indem der Beschwerdeführer jedoch wahrheitswidrig zu Protokoll gab, er alleine habe beide Gegenstände auf sich gehabt, bestand die Möglichkeit, dass sein Bruder straffrei ausging. In diesem Sinne bezichtigte er sich einer strafbaren Handlung, die in Tat und Wahrheit (auch) von einem andern ausgeführt wurde. Ob dieser ungeachtet dessen in rechtlicher Hinsicht allenfalls als Mittäter ins Recht gefasst werden kann, ist nicht entscheidend. Das korrekte Funktionieren der Rechtspflege war jedenfalls beeinträchtigt.
3.5 Der Schuldspruch der Vorinstanz wegen Irreführung der Rechtspflege nach Art. 304 Ziff. 1 Abs. StGB ist deshalb nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt abzuweisen.
4. Die Beschwerde ist somit vollständig abzuweisen. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist ebenfalls abzuweisen, da es von vornherein aussichtslos war (<ref-law>). Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. BGG). Den angespannten finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Jugendstrafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch