Faits:
A. D._, maçon de profession, a déposé le 14 février 2006 une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Dans le cadre de l'instruction de cette demande, l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI) a recueilli les renseignements médicaux usuels auprès du médecin traitant de l'assuré, la doctoresse P._, et fait verser à la cause le dossier de l'assureur perte de gain en cas de maladie de l'employeur, soit Allianz Suisse Société d'Assurances. Il ressortait de cette documentation médicale que l'assuré souffrait principalement de cervicobrachialgies sur discopathie sévère étagée et de lombosciatalgies récidivantes sur hernies discales L5-S1 et canal lombaire étroit, présentait également un status après discotomie et spondylodèse par cage C6-C7 (janvier 2006) et disposait d'une capacité de travail entière dans une activité adaptée à ses limitations.
L'office AI a mis l'assuré au bénéfice d'une orientation professionnelle visant à déterminer ses possibilités de réinsertion (décision du 4 mai 2007). Dans leur rapport du 10 octobre 2007, les responsables du Centre d'Intégration Professionnelle de Y._ ont estimé qu'il était possible de reclasser l'assuré dans une activité d'ouvrier d'usine (sériel simple à l'établi ou conditionnement léger), activité qu'il pouvait exercer à plein temps avec un rendement escompté de 80 % au minimum et de 100 % si le poste était ergonomiquement bien adapté.
Par décision du 21 février 2008, l'office AI a alloué à l'assuré à compter du 1er septembre 2006 un quart de rente d'invalidité, fondée sur un degré d'invalidité de 45 % calculé sur la base d'une capacité de travail pleine et entière et d'un rendement diminué de 15 %.
B. Par jugement du 12 mars 2009, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a admis le recours formé par l'assuré, annulé la décision litigieuse et mis l'intéressé au bénéfice d'une demi-rente d'invalidité à compter du 1er septembre 2006.
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, concluant à la confirmation de sa décision du 21 février 2008. Il assortit son recours d'une demande d'effet suspensif.
D._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales en propose l'admission.
D. Par ordonnance du 29 juin 2009, le Juge instructeur a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. Dans le cas particulier, le Tribunal cantonal des assurances sociales s'est écarté de l'appréciation de l'office recourant selon laquelle l'intimé subissait une baisse de rendement de 15 %. Malgré les avis médicaux versés au dossier, il a considéré que l'intimé ne pouvait mettre à profit sa capacité résiduelle de travail que dans une activité manuelle au vu de son niveau d'études, de son manque de formation professionnelle et des importantes limitations fonctionnelles qui l'affectaient. Dans la mesure où les stages en entreprise menés au cours de la mesure d'orientation professionnelle avaient mis en évidence un rendement moyen de 80 % sur un plein temps, il apparaissait raisonnable de retenir dans le cas d'espèce une diminution de rendement de 20 %. Examinant ensuite la comparaison des revenus effectuée par l'office recourant, les premiers juges ont estimé que la déduction de 15 % opérée par l'office recourant sur le salaire d'invalide résultant des statistiques était insuffisante et l'ont portée à 20 %. Compte tenu d'une diminution de rendement de 20 % et d'un facteur de réduction de 20 % sur le salaire statistique, le degré d'invalidité passait de 45 à 51 %, ce qui donnait lieu à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité à compter du 1er septembre 2006.
3. 3.1 L'office recourant fait grief au Tribunal cantonal des assurances sociales d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des preuves en retenant un rendement exigible de 80 % seulement. Tous les éléments versés au dossier concordaient et concluaient au caractère raisonnablement exigible d'une activité adaptée exercée à plein temps et avec un rendement proche de la normale.
3.2 Les griefs invoqués par l'office recourant n'apportent aucun élément concret et sérieux laissant à penser que le Tribunal cantonal des assurances sociales aurait apprécié de manière arbitraire les moyens de preuve dont il disposait. Se contentant d'opposer sa propre vision des faits à celle des premiers juges, il ne parvient pas à établir, au moyen d'une argumentation précise et étayée, le caractère manifestement inexact, voire insoutenable du raisonnement ayant conduit ces derniers à privilégier les observations émanant des stages en entreprise aux conclusions ressortant des avis médicaux versés au dossier. Certes faut-il admettre que le point de vue retenu par les premiers juges est bienveillant à l'égard de l'intimé. Cette appréciation reste néanmoins dans les limites du pouvoir d'appréciation qui leur est reconnu et ne viole donc pas le droit fédéral.
4. 4.1 L'office recourant reproche également au Tribunal cantonal des assurances sociales d'avoir substitué sans raison valable son appréciation à celle de l'administration en opérant une déduction de 20 % sur le salaire d'invalide résultant des statistiques.
4.2 La réduction des salaires ressortant des statistiques ressortit en premier lieu à l'office AI, qui dispose pour cela d'un large pouvoir d'appréciation. Cela étant, le juge doit faire preuve de retenue lorsqu'il est amené à vérifier le bien-fondé d'une telle appréciation. L'examen porte alors sur le point de savoir si une autre solution que celle que l'autorité a, dans le cas concret, adopté dans le cadre de son pouvoir d'appréciation et en respectant les principes généraux du droit, n'aurait pas été plus judicieuse quant à son résultat. Pour autant, le juges des assurances sociales ne peut, sans motif pertinent, substituer son appréciation à celle de l'administration; il doit s'appuyer sur des circonstances de nature à faire apparaître sa propre appréciation comme la mieux appropriée (<ref-ruling> consid. 6 p. 81; <ref-ruling> consid. 2 p. 152 et les références).
4.3 Dans sa décision du 21 février 2008, l'office recourant a indiqué avoir opéré un abattement de 15 % afin de tenir compte non seulement du fait que seule une activité légère était possible dans la situation de l'intimé, mais également de l'âge et de facteurs socio-culturels (niveau d'étude et aptitude à parler la langue française).
4.4 D'après le Tribunal cantonal des assurances sociales, la diminution de rendement de 15 % admise par l'office recourant ne tenait pas compte de différents facteurs qui pouvaient influencer le revenu que l'intimé pouvait obtenir en exerçant une activité lucrative adaptée, puisque l'appréciation de l'administration n'incluait comme critère déterminant que le ralentissement du rythme de travail. Un abattement de 20 % semblait plus approprié, car l'intimé ne pouvait exercer qu'une activité légère qui devait respecter d'importantes limitations fonctionnelles. Il convenait par ailleurs de tenir compte d'un certain nombre d'éléments personnels, tels que l'âge, le niveau d'étude, le manque de formation professionnelle, la capacité d'apprentissage réduite ainsi que les difficultés dans la pratique de la langue française.
4.5 Contrairement à ce que constate le jugement entrepris, l'office recourant a procédé à une appréciation globale de la situation tenant compte de l'ensemble des facteurs personnels et professionnels du cas particulier. Sans égard à cette appréciation, le Tribunal cantonal des assurances sociales a effectué sa propre évaluation des circonstances. Hormis des facteurs tels que le manque de formation professionnelle ou la capacité d'apprentissage réduite - critères qui ne peuvent être considérés comme étant déterminants au regard de la nature des activités encore exigibles de la part de l'intimé -, les éléments retenus sont en effet identiques à ceux de l'office recourant. En agissant de la sorte, les premiers juges ont méconnu le fait que l'office recourant s'était prononcé de manière circonstanciée sur la question. De fait, il appartenait à la juridiction cantonale d'expliquer les raisons pour lesquelles l'appréciation de l'office recourant n'était pas satisfaisante au regard des circonstances particulières du cas d'espèce. En réduisant simplement de 20 % le revenu d'invalide de l'intimé, les premiers juges ont en réalité substitué, sans motif déterminant, leur appréciation à celle de l'administration. Le jugement entrepris ne saurait par conséquent être confirmé sur ce point précis.
5. Sur le vu de ce qui précède, il convient de procéder à un nouveau calcul du taux d'invalidité, singulièrement du revenu d'invalide de l'intimé. Eu égard à l'activité de substitution que pourrait exercer l'assuré dans une activité légère et adaptée de type industriel, le salaire de référence est celui auquel peuvent prétendre les hommes effectuant des activités simples et répétitives (niveau de qualification 4) dans le secteur privé, soit en 2006, 4'732 fr. par mois (Enquête suisse sur la structure des salaires 2006, p. 25, TA1). Comme les salaires bruts standardisés tiennent compte d'un horaire de travail de quarante heures, soit une durée hebdomadaire inférieure à la moyenne usuelle dans les entreprises en 2006 (41,7 heures; La Vie économique, 10/2009, p. 90, B 9.2), ce montant doit être porté à 4'933 fr. Compte tenu d'une diminution de rendement de 20 % (cf. supra consid. 3) et d'un facteur de réduction de 15 % sur le salaire statistique (cf. supra consid. 4), on obtient un revenu d'invalide de 3'354 fr. 50 par mois et de 40'254 fr. par an. Comparé au revenu sans invalidité retenu par l'office recourant, soit 76'778 fr., on aboutit à un taux d'invalidité de 48 % qui ouvre droit à un quart de rente d'invalidité. Dans ces circonstances, la décision de l'office recourant du 21 février 2008 se révèle conforme au droit fédéral dans son résultat et le jugement entrepris doit être annulé.
6. L'office recourant obtient gain de cause. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé (<ref-law>) qui ne peut prétendre des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 12 mars 2009 est annulé.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 20 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Piguet