Sachverhalt:
A. Der 1963 geborene P._ war seit seiner Einreise in die Schweiz im Jahre 1985 bei verschiedenen Arbeitgebern als Bauführer, Vorarbeiter in der Kunststoffverarbeitung sowie als Maschinen- und Anlageführer tätig und gründete im Jahre 2003 eine eigene GmbH im Bereiche Immobilienhandel. Am 28. Dezember 2007 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an, da er seit März/April 2006 an einem Schleudertrauma, Kopfschmerzen, Rückenschmerzen, Brustschmerzen und weiterem mehr leide. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau klärte in der Folge die medizinischen Verhältnisse ab, indem sie u.a. die entsprechenden Akten der Unfallversicherung beizog und den Versicherten durch das medizinische Begutachtungsinstitut X._ begutachten liess. Nach Vorliegen der Expertise vom 11. November 2008 verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 12. März 2009 den Anspruch auf eine Invalidenrente, da P._ nicht während eines Jahres mindestens im Umfang von 40 % arbeitsunfähig gewesen sei.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde des P._ mit dem Antrag, es sei ihm eine ganze Rente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen seines psychischen Gesundheitszustandes zurückzuweisen, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 16. September 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt P._ beantragen, die Sache sei in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides zur weiteren Abklärung und neuen Festsetzung des Rentenanspruchs an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Das Bundesamt für Sozialversicherungen und - unter Verweis auf das vorinstanzliche Urteil - die IV-Stelle haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1.2 Gemäss <ref-law> sind Noven im letztinstanzlichen Verfahren grundsätzlich unzulässig (vgl. zur Geltung dieses Grundsatzes im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung: <ref-ruling> E. 3.4 S. 199 f.). Die Voraussetzungen, unter denen die vom Beschwerdeführer neu eingereichten Unterlagen ausnahmsweise zulässig wären, sind vorliegend nicht erfüllt, so dass diese unbeachtet bleiben müssen.
2. Am 1. Januar 2008 sind die Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) und anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision, AS 2007 5129 ff.) in Kraft getreten. Bei der Prüfung eines allenfalls schon vorher entstandenen Anspruchs auf eine Rente der Invalidenversicherung sind die allgemeinen intertemporalrechtlichen Regeln heranzuziehen, wonach in zeitlicher Hinsicht diejenigen Rechtssätze massgebend sind, die bei Verwirklichung des zu Rechtsfolgen führenden Sachverhalts galten. Demzufolge ist der vorliegend zu beurteilende Rentenanspruch für die Zeit bis zum 31. Dezember 2007 auf Grund der bisherigen und ab diesem Zeitpunkt - bis zum Erlass der strittigen Verfügung, welche rechtsprechungsgemäss die zeitliche Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildet (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen) - nach den neuen Normen zu prüfen (<ref-ruling> E. 1 S. 446 f. [mit Hinweis u.a. auf <ref-ruling>]). Dies fällt materiellrechtlich indessen nicht ins Gewicht, weil die 5. IV-Revision hinsichtlich der Invaliditätsbemessung keine substanziellen Änderungen gegenüber der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Rechtslage gebracht hat, so dass die zur altrechtlichen Regelung ergangene Rechtsprechung weiterhin massgebend ist (Urteil 8C_76/2009 vom 19. Mai 2009 E. 2).
3. Die Rechtsgrundlagen für den streitigen Anspruch auf eine Invalidenrente sind im angefochtenen Entscheid zutreffend dargelegt. Dies trifft insbesondere auch auf die Rechtsprechung über die rechtskonforme Feststellung des zu beurteilenden Sachverhalts und über den Beweiswert und die Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten zu. Es wird darauf verwiesen.
4. 4.1 Das kantonale Gericht kam nach eingehender Würdigung der medizinischen Aktenlage zur Erkenntnis, gemäss Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 11. November 2008, welches insgesamt eine abschliessende und rechtskonforme Beurteilung ermögliche und die an den Beweiswert ärztlicher Gutachten gestellten Anforderungen erfülle, sei der Beschwerdeführer seit März 2003 für leichte bis mittelschwere, vollschichtig auszuführende Tätigkeiten zu 70 % arbeits- und leistungsfähig. Diese Zumutbarkeitsbeurteilung gelte auch für die zuletzt ausgeübte selbstständige Erwerbstätigkeit. Die um 30 % reduzierte Leistungsfähigkeit sei rein psychiatrisch bedingt; aus orthopädischer Sicht bestehe lediglich eine Einschränkung beim Heben und Tragen von Lasten von über 15 Kilogramm, wobei auch wiederholtes Bücken vermieden werden sollte. Schliesslich hielt die Vorinstanz fest, da die 70%ige Arbeitsfähigkeit durchgehend seit März 2003 bestehe, sei bereits die Grundvoraussetzung für die Zusprechung einer Invalidenrente, nämlich eine durchschnittliche 40%ige Arbeitsunfähigkeit während eines Jahres, nicht erfüllt (<ref-law> in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung; nunmehr Art. 28 Abs. 1 lit. b und c IVG). Aber auch wenn zugunsten des Beschwerdeführers für den Zeitraum vom 2. März bis 31. Dezember 2006 von einer vollen Arbeitsunfähigkeit ausgegangen würde, bestehe kein Rentenanspruch, da im März 2007 keine Einschränkung von mindestens 40 % und damit auch keine rentenbegründende Invalidität (Art. 28 Abs. 1 in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung des IVG) mehr bestanden habe.
4.2 Der Beschwerdeführer rügt insbesondere eine rechtsfehlerhafte Beweiswürdigung. Das kantonale Gericht habe die verschiedenen medizinischen Akten nicht frei gewürdigt, sondern den Attesten der behandelnden Ärzte weniger Gewicht zuerkannt als dem Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._. Weiter wird eine wirtschaftliche Abhängigkeit der MEDAS-Gutachterstellen - wie dem medizinischen Begutachtungsinstitut X._ - gegenüber den IV-Stellen angeführt und geltend gemacht, eine Vergütung im Rahmen einer Pauschale von Fr. 9'000.- ermögliche keine seriöse polydisziplinäre Begutachtung. Es rechtfertige sich nicht, unter solchen Bedingungen erstellte Gutachten beweismässig höher zu würdigen als Zeugnisse und Berichte der behandelnden Ärzte.
5. Die anhand der medizinischen Unterlagen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit stellt eine Entscheidung über eine Tatfrage dar. Dazu gehört auch die Frage, in welchem Umfang das funktionelle Leistungsvermögen sowie vorhandene und verfügbare psychische Ressourcen eine (Rest-)Arbeitsfähigkeit begründen, weil es der versicherten Person zumutbar ist, eine entsprechend profilierte Tätigkeit auszuüben.
5.1 Die Tatsachenfeststellungen des kantonalen Gerichts, namentlich jene, dass der Beschwerdeführer nicht während eines Jahres durchschnittlich zu 40 % arbeitsunfähig war, dass seine Arbeits- und Leistungsfähigkeit seit März 2003 für eine leichte bis mittelschwere Tätigkeit 70 % betrage und dies auch für die zuletzt ausgeübte selbstständige Erwerbstätigkeit gelte und dass daher auch ab dem 2. März 2007 keine Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit von mindestens 40 % bestanden hatte, sind für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich. Die Vorinstanz hat sich dabei zu Recht auf die Erkenntnisse der Gutachter des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ gestützt. Sie hat die einzelnen Teilgutachten und die vom Beschwerdeführer dagegen vorgebrachten Einwände geprüft und ausgeführt, weshalb letztere nicht stichhaltig sind. Entgegen der Darstellung in der Beschwerde werden im angefochtenen Entscheid auch die Berichte und Stellungnahmen der behandelnden Ärzten gewürdigt. Die Sachverhaltsfeststellung des kantonalen Gerichts erfolgte rechtskonform. Insbesondere wird im angefochtenen Entscheid überzeugend dargelegt, dass die Arbeitsunfähigkeitsatteste für das Jahr 2009 der Dres. med. V._ und K._ auf dem Unfallschein keinen Anlass dafür boten, die Ergebnisse der Begutachtung nachträglich in Zweifel zu ziehen. Diese sind zum einen mit keinem Wort begründet. Zum andern wurde der Unfallschein der Unfallversicherung gar nicht eingereicht und von dieser daher auch nicht geprüft oder gar akzeptiert, weil diese Versicherung ihre Leistungen bereits rechtskräftig auf Ende des Jahres 2006 eingestellt hatte. Auch die vorinstanzliche Würdigung, wonach diesen Attesten keine Relevanz zukomme, stellt daher keine Rechtsverletzung dar.
5.2 In der Beschwerde wird insbesondere vorgebracht, das medizinische Begutachtungsinstitut X._ habe sich - wie andere MEDAS-Institute - mit der Aushandlung von Fallpauschalen mit dem Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) in eine gewisse wirtschaftliche Abhängigkeit begeben. Der Betrag von Fr. 9'000.-, welcher für eine polydisziplinäre Begutachtung entrichtet werde, zwinge zu einer Kostenorientierung des Begutachtungsablaufs, welche der Qualität abträglich sei. Die Gutachter könnten sich nicht mehr die nötige Zeit für eine umfassende Untersuchung nehmen. Das habe sich auch konkret im Ablauf seiner bloss eintägigen Begutachtung gezeigt.
5.2.1 Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung stellt eine ausgedehnte Gutachtertätigkeit für die Sozialversicherungsträger keinen Befangenheitsgrund dar. Daran hat das Bundesgericht unlängst trotz gelegentlich in Rechtsschriften und in der Literatur vorgebrachter Kritik, wer dem Versicherungsträger wirtschaftlich nahe stehe, könne nicht unparteiisch sein, festgehalten (SVR 2009 UV Nr. 32 S. 111, 8C_509/2008 mit Hinweis auf SVR 2008 IV Nr. 22 S. 69, 9C_67/2007). In <ref-ruling> hat das damalige Eidgenössische Versicherungsgericht überdies erkannt, bei den MEDAS handle es sich um eine spezialisierte Abklärungsstelle, die weder den Durchführungsorganen noch der Aufsichtsbehörde in irgendeiner Art weisungspflichtig oder sonst wie untergeordnet sei, sondern auf tarifvertraglicher Grundlage medizinische Abklärungen vornehme, die einzig und allein nach bestem ärztlichem Wissen und Gewissen zu erstatten seien.
5.2.2 Auch die vom Beschwerdeführer bezüglich der Fallpauschalen vorgebrachte Kritik vermag nicht von vornherein Zweifel am Beweiswert des Gutachtens zu rechtfertigen. Die Vorbringen des Versicherten erschöpfen sich in pauschalen, vom konkreten Gutachten losgelösten Ausführungen. Soweit er geltend macht, die seriöse Begutachtung eines komplexen Beschwerdebildes durch mehrere Spezialisten sei zum Preis von Fr. 9'000.- "einfach undenkbar", und daher die Qualität solcher Gutachten anzweifelt, verkennt der Beschwerdeführer, dass für den Aussagegehalt eines Gutachtens nicht der dafür vereinbarte Preis massgebend ist. Wie rechtsprechungsgemäss bereits im Zusammenhang mit der Dauer der Untersuchung festgehalten wurde (vgl. Urteil I 1094/06 vom 14. November 2007 E. 3.1.1 mit Hinweisen, in: SZS 2008 S. 393), ist vielmehr entscheidend, ob das Gutachten den Beweisanforderungen entspricht, inhaltlich vollständig und im Ergebnis schlüssig ist (vgl. MEYER-BLASER, Rechtliche Vorgaben an die medizinische Begutachtung, in: Schaffhauser/Schlauri [Hrsg.], Rechtsfragen der medizinischen Begutachtung in der Sozialversicherung, St. Gallen 1997, S. 23 f.). Konkrete Hinweise, die aus den vorgebrachten Gründen gegen die Zuverlässigkeit des Gutachtens des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 11. November 2008 sprechen, werden nicht geltend gemacht und sind nicht ersichtlich. Vielmehr hat die Vorinstanz dargelegt, eine "unangebrachte Arbeitsweise" der Fachärzte des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ könne nicht festgestellt werden. Dem ist nichts beizufügen. Der Beschwerdeführer kann somit auch aus dem Umstand, dass die Vergütung für die Begutachtung auf Grund einer Pauschale erfolgte, keine Rechtsverletzung ableiten.
5.2.3
5.3 Zusammenfassend wird in der Beschwerde trotz umfangreicher Kritik nichts vorgebracht, was auf eine offensichtlich unrichtige oder auf einer Bundesrechtsverletzung beruhende Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts im Sinne von Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> schliessen liesse. Es ist demnach davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer in der angestammten und jeder anderen, körperlich leichten bis intermittierend mittelschweren Tätigkeit trotz der geklagten Beschwerden zumutbarerweise in einem Rahmen von 70 % arbeitsfähig ist. Der Sachverhalt muss nicht weiter abgeklärt werden. Die mit angefochtenem Entscheid bestätigte Verneinung eines Anspruchs auf Leistungen der Invalidenversicherung ist bundesrechtskonform.
6. Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer