Sachverhalt:
A.
Die Schweizerische Bundesbahnen spezialgesetzliche Aktiengesellschaft (im Folgenden: SBB) reichte am 29. April 2011 beim Bundesamt für Verkehr (BAV) Offerten für die Linien des regionalen Personenverkehrs (RPV) betreffend das Fahrplanjahr 2012 ein. Per 30. April 2012 erfolgte die Offertstellung für das Fahrplanjahr 2013. In den Offerten machte die SBB unter anderem Kosten für die Sanierung ihrer Pensionskasse von 4,5 Mio. Franken pro Fahrplanjahr geltend. Es handelte sich dabei um eine anteilmässige Belastung des Arbeitgeberbeitrags von 938 Mio. Franken, den die SBB im ersten Halbjahr 2010 an die Sanierung ihrer Pensionskasse geleistet hatte.
Am 30. Mai 2012 verfügte das BAV wie folgt:
"1. Die Weiterbelastung der Amortisationsanteile für die PK-Sanierung an den RPV ist aus den SBB-Offerten 2012 zu entfernen. Die Offerten sind dahingehend zu überarbeiten und den Bestellern erneut vorzulegen damit die Angebotsvereinbarungen abgeschlossen werden können.
2. In den Offerten 2013 ist die Weiterbelastung der Amortisationsanteile für die PK-Sanierung an den RPV ebenfalls zu entfernen. Die Offerten sind dahingehend zu überarbeiten. Dies gilt auch für die Offerten für die Folgejahre.
3. Der Abzug der Amortisationsanteile für die PK-Sanierung von der vierten Jahrestranche 2012 bleibt vorbehalten.
4. Die Amortisationsanteile dürfen auch nicht der Ist-Rechnung belastet werden.
5. Einer allfälligen Beschwerde wird die aufschiebende Wirkung entzogen."
B.
Am 2. Juli 2012 erhob die SBB gegen die Verfügung des BAV Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht und stellte folgende Anträge: Die Verfügung des BAV vom 30. Mai 2012 sei aufzuheben (Ziff. 1). Es sei festzustellen, dass die Weiterbelastung der Arbeitgeberbeiträge zu Recht in ihren RPV-Offerten für die Fahrplanjahre 2012 und 2013 enthalten sei (Ziff. 2 und 3). Es sei festzustellen, dass sie die Weiterbelastung der Arbeitgeberbeiträge in die RPV-Offerten für sämtliche Folgejahre mit einschliessen könne, bis die Anteile an der ursprünglichen Zahlung von 938 Mio. Franken gemäss den jeweiligen versicherten Lohnsummen vollständig auf die Divisionen überwälzt worden seien (Ziff. 4). Es sei festzustellen, dass in ihren Ist-Rechnungen die Berücksichtigung der Arbeitgeberbeiträge statthaft sei und insbesondere in der Ist-Rechnung 2012 keine aus der Rechnungsperiode 2011 resultierende Korrektur (nachträgliche Gutschrift im Umfang der der Jahresrechnung angelasteten "Amortisationsanteile") zu erfolgen habe (Ziff. 5). Eventualiter sei in teilweiser Aufhebung der Verfügung vom 30. Mai 2012 festzustellen, dass die Arbeitgeberbeiträge zumindest aufgrund des Vertrauensschutzes als Element der abgeltungsberechtigten Kosten in den Offerten 2012 belassen werden können und in ihrer Ist-Rechnung 2012 zumindest aufgrund des Vertrauensschutzes keine aus der Rechnungsperiode 2011 resultierende Korrektur (nachträgliche Gutschrift im Umfang der der Jahresrechnung 2011 angelasteten "Amortisationsanteile") zu erfolgen habe (Eventualanträge Bst. a und b). Sodann beantragte die SBB Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung und vorsorgliche Massnahmen.
Das Bundesverwaltungsgericht stellte mit Zwischenverfügung vom 7. August 2012 die aufschiebende Wirkung wieder her, verbunden mit der Auflage, dass in den Angebotsvereinbarungen des RPV die strittigen Amortisationszahlungen durch die Beschwerdeführerin auszuweisen seien.
Am 17. Oktober 2012 lud das Bundesverwaltungsgericht die 22 beteiligten Kantone zum Verfahren bei.
Mit Eingabe vom 9. Oktober 2013 führte das BAV aus, es halte nicht mehr an Ziff. 4 der Verfügung vom 30. Mai 2012 fest und stimme in diesem Punkt den Anträgen der Beschwerdeführerin zu.
Mit Urteil vom 24. Juni 2014 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und hob Ziff. 2 letzter Satz sowie Ziff. 4 der Verfügung vom 30. Mai 2012 auf. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war (Ziff. 1). Die Kosten auferlegte es im Umfang von Fr. 12'000.-- der SBB und im Umfang von Fr. 3'000.-- den Beigeladenen (Ziff. 2). Es sprach den Beigeladenen zudem eine Parteientschädigung von Fr. 27'600.-- zu Lasten der SBB zu (Ziff. 3).
C.
Die SBB erhebt mit Eingabe vom 27. August 2014 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei insoweit aufzuheben, als es die Beschwerde abweise; die Verfügung des BAG vom 30. Mai 2012 sei bezüglich Ziff. 1, 2 und 4 aufzuheben.
Das Bundesverwaltungsgericht und das UVEK verzichten auf Vernehmlassung. Das BAV beantragt Abweisung der Beschwerde. Die Kantone Zürich, Bern, Luzern, Uri, Schwyz, Glarus, Zug, Freiburg, Solothurn, Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Schaffhausen, St. Gallen, Graubünden, Aargau, Thurgau, Tessin, Waadt, Wallis, Neuenburg, Genf und Jura beantragen mit gemeinsamer Eingabe, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sie abzuweisen.
Die SBB repliziert.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den angefochtenen Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts ist grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG).
1.2. Allerdings ist die Beschwerde gemäss <ref-law> nicht zulässig gegen Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht.
1.2.1. Der Begriff der Subvention umfasst sowohl Finanzhilfen als auch Abgeltungen (vgl. Art. 3 des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen [Subventionsgesetz, SuG, SR 616.1]). Bei den hier streitigen Leistungen nach Art. 28 des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über die Personenbeförderung (Personenbeförderungsgesetz, PBG; SR 745.1) handelt es sich um Abgeltungen im Sinne von Art. 3 Abs. 2 SuG (vgl. 2. Kapitel der Verordnung vom 11. November 2009 über die Abgeltung des regionalen Personalverkehrs [ARPV; SR 745.16]) und damit um eine Subvention im Sinne von <ref-law>. Umstritten und zu prüfen ist, ob darauf ein Rechtsanspruch besteht.
1.2.2. Ein Anspruch auf eine Subvention ist nach der Rechtsprechung anzunehmen, wenn das einschlägige Recht die Bedingungen umschreibt, unter welchen ein Beitrag zu gewähren ist, ohne dass es im Ermessen der rechtsanwendenden Behörde läge, ob sie einen Beitrag gewähren will oder nicht; dabei spielt es keine Rolle, ob der anspruchsbegründende Erlass ein Gesetz oder eine Verordnung ist oder ob die Berechtigung sich aus mehreren Erlassen ergibt (<ref-ruling> E. 2a S. 227; <ref-ruling> E. 1b S. 312; <ref-ruling> E. 1b S. 152; Urteile 2C_762/2008 vom 8. Mai 2009 E. 1.1; 2C_461/2011 vom 9. November 2011 E. 1, ZBl 113/2012 S. 617). Der anspruchsbegründende Charakter einer Subvention wird nicht dadurch ausgeschlossen, dass das Gesetz die Höhe oder jedenfalls die Mindesthöhe der Beiträge nicht festlegt, so dass der Verwaltung hinsichtlich einzelner Beitragsvoraussetzungen ein gewisser Beurteilungsspielraum verbleibt und sie innerhalb bestimmter Grenzen den Subventionssatz festsetzen kann. Das Bundesgericht hat einen bundesrechtlichen Anspruch auf Leistungen wiederholt auch dann bejaht, wenn die betreffende Rechtsnorm als Kann-Vorschrift formuliert ist (<ref-ruling> E. 3a S. 19; <ref-ruling> E. 1c S. 319 f.). Ein Rechtsanspruch auf eine Finanzhilfe kann unter Umständen selbst dann bestehen, wenn diese gemäss der einschlägigen Gesetzgebung lediglich im Rahmen der bewilligten Kredite gewährt wird (vgl. Art. 13 SuG; zit. Urteil 2C_461/2011 E. 1), doch ist eine solche Formulierung ein gewichtiges Indiz gegen einen Rechtsanspruch (Urteil 2A.95/2004 vom 18. Februar 2004 E. 2.5), weil in diesem Fall die Subventionsgewährung unter dem Vorbehalt der Budgethoheit des Parlaments steht.
Auch wenn kein Anspruch auf die Erteilung der Subvention besteht, ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über die Rückforderung oder den Widerruf zugesprochener Subventionen, weil in diesem Fall in die Rechtsstellung des Empfängers eingegriffen wird (Urteile 2C_152/2010 vom 24. August 2010 E. 1.1; 2C_631/2009 vom 22. Februar 2010 E. 1.2; 2C_266/2007 vom 21. Januar 2008 E. 1.1, RTiD 2008 II S. 303). Dasselbe gilt, wenn ein Beitrag zugesichert wurde und es nur noch um die Tragweite der Beitragszusicherung geht (Urteil 2A.529/2005 vom 20. April 2006 E. 1).
1.2.3. Streitthema ist die Höhe der ungedeckten Kosten, welche die Besteller (Bund und Kantone) den Transportunternehmen abgelten. Nach Art. 28 Abs. 1 PBG (hier und im Folgenden immer zitiert nach der hier noch massgebenden Fassung vom 20. März 2009) gelten Bund und Kantone den Unternehmen die laut Planrechnung ungedeckten Kosten des von ihnen gemeinsam bestellten Angebots ab. Die Abgeltungen werden aufgrund von Planrechnungen der Unternehmen im Voraus vom Bund sowie von den beteiligten Kantonen und Unternehmen in einer schriftlichen Vereinbarung verbindlich festgelegt (Art. 30 Abs. 1 Satz 1 PBG). Bei der Festlegung des Verkehrsangebotes und der Abgeltung wird in erster Linie die Nachfrage berücksichtigt. Daneben werden weitere Anliegen in Betracht gezogen, nämlich eine angemessene Grunderschliessung, Anliegen der Regionalpolitik, insbesondere die Bedürfnisse der wirtschaftlichen Entwicklung benachteiligter Landesgegenden, Anliegen der Raumordnungspolitik, des Umweltschutzes und der Behinderten (Art. 30 Abs. 2 PBG). Mit dem Abschluss der Vereinbarung entsteht für die beteiligten Unternehmen gegenüber jedem Besteller ein selbstständiger Rechtsanspruch (Art. 30 Abs. 4 PBG). Können sich Bundesbehörden, Kantone und Unternehmen bei der Aushandlung oder Anwendung einer Vereinbarung nicht einigen, so legt das BAV das Verkehrsangebot und die Abgeltung unter Berücksichtigung der Grundsätze von Abs. 2 fest (Art. 30 Abs. 5 PBG).
1.2.4. Nach dieser gesetzlichen Regelung besteht ein grosser Ermessensbereich der Besteller und (im Streitfall) des BAV, ob bestimmte Angebote bestellt werden; die Transportunternehmen haben keinen Rechtsanspruch auf eine Bestellung (<ref-law>). Ist eine Bestellung jedoch erfolgt, so hat das Transportunternehmen Anspruch auf Abgeltung der laut Planrechnung ungedeckten Kosten, wobei diese Abgeltungen in der ARPV näher geregelt werden (<ref-law>). Zudem enthält das Gesetz Grundsätze über das Rechnungswesen (Art. 35 PBG), die auf Verordnungsstufe konkretisiert werden (<ref-law>; Verordnung des UVEK über das Rechnungswesen der konzessionierten Unternehmen [RKV; SR 742.221]), namentlich auch in Bezug auf die Erstellung von Planrechnungen (Art. 14 f. RKV). Zwar geht das Gesetz auch bezüglich der Abgeltung grundsätzlich von einer Vereinbarungslösung zwischen Bestellern und Transportunternehmen aus. Die Abgeltung ähnelt insoweit einem vertraglich ausgehandelten Preis. Zugleich sieht das Gesetz aber nicht eine rein vertragliche Lösung vor, sondern legt fest, dass bei fehlender Einigung das BAV das Verkehrsangebot und die Abgeltung festlegt (Art. 30 Abs. 5 PBG). Eine solche behördliche Festlegung ist vorliegend umstritten; es handelt sich dabei gerade nicht um ein vertragliches Element, sondern um eine hoheitliche Verfügung.
1.2.5. Das Bestellverfahren wurde mit der am 24. März 1995 erfolgten Revision des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG; SR 742.101) eingeführt (AS 1995 3680). In der damaligen Fassung von <ref-law> war für den Fall fehlender Einigung eine Entscheidkompetenz des EVED mit Weiterzugsmöglichkeit an den Bundesrat (und nicht an das Bundesgericht) vorgesehen. Dementsprechend wurde gleichzeitig mit Art. 100 Abs. 1 lit. r Ziff. 4 OG die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht ausgeschlossen. Auch nach der nachträglich erfolgten Aufhebung von Art. 100 Abs. 1 lit. r OG (mit dem Bundesgesetz vom 18. Juni 1999 über die Koordination und Vereinfachung von Entscheidverfahren [AS 1999 3071; vgl. dazu BBl 1998 2591, 2615]) hielten Bundesrat und Bundesgericht angesichts des erheblichen Ermessensspielraums an der Zuständigkeit des Bundesrates fest (Entscheid des Bundesrates vom 16. Januar 2002, VPB 66.46 E. 1.1, nach Meinungsaustausch mit dem Bundesgericht; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 2P.315/2004 vom 26. April 2005 E. 2.2/2.3). Mit dem PBG von 2009 wurden die Bestimmungen der bisherigen Art. 49-51 EBG über die Abgeltung des Personenverkehrsangebots mit wenigen inhaltlichen Änderungen in die Art. 28-30 PBG übernommen, während im EBG nur noch die Abgeltung der Bahninfrastruktur verblieb (rev. <ref-law>), wobei das mit der EBG-Revision eingeführte Bestellverfahren nicht grundlegend geändert werden sollte (Botschaft zur Bahnreform 2 vom 23. Februar 2005, BBl 2005 2415, 2473, 2489, 2503; Zusatzbotschaft zur Bahnreform 2 vom 9. März 2007, BBl 2007 2705, 2722, 2735, 2741). In Anpassung an die inzwischen erfolgte Justizreform wurde jedoch das Rechtsmittelverfahren anders geregelt: Das Differenzbereinigungsverfahren vor dem UVEK (bisheriger <ref-law>) wurde ersetzt durch eine Verfügungskompetenz des BAV mit anschliessender Beschwerdemöglichkeit an das Bundesverwaltungsgericht und Weiterzug ans Bundesgericht, sofern möglich, das heisst soweit es sich nicht um subventionsrechtliche Tatbestände ohne Anspruch im Sinne von <ref-law> handelt (BBl 2007 2705, 2722 f., 2727 f.). Zwar blieb es dabei, dass nach dem Bestellprinzip Bund und Kantone die Angebote der Transportunternehmen zu einem aufgrund einer Planrechnung im Voraus vereinbarten Preis bestellen (BBl 2005 2426; BBl 2007 2687). Vorliegend ist jedoch eine solche Vereinbarung nicht zustande gekommen und deshalb eine Verfügung des BAV ergangen, mit welcher in Anwendung gesetzlicher Regeln (Art. 28 PBG und die diesen konkretisierenden Bestimmungen in der ARPV und der RKV) hoheitlich festgelegt wird, welche Beträge berücksichtigt werden können. Zudem sind inzwischen die Verkehrsangebote, um deren Finanzierung es geht, in einem vertragslosen Zustand trotzdem erbracht worden. Unter diesen Umständen haben die Transportunternehmen einen Anspruch auf die Vergütung der von ihnen erbrachten Leistungen (Art. 30 Abs. 4 PBG analog). Der Ausschlussgrund von <ref-law> kommt nicht zum Tragen, so dass die Beschwerde grundsätzlich zulässig ist.
1.3. Zu prüfen bleibt, ob ein aktuelles und praktisches Rechtsschutzinteresse besteht (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 23 f.) : Der Streit betrifft die Abgeltungen für die Fahrplanjahre 2012 und 2013, die inzwischen abgelaufen sind. Das BAV hatte in seiner Verfügung vom 30. Mai 2012 einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entzogen. Das Bundesverwaltungsgericht hat diese jedoch mit Zwischenverfügung vom 7. August 2012 wieder hergestellt, verbunden mit der Auflage, dass in den Angebotsvereinbarungen die strittigen Beiträge durch die Beschwerdeführerin auszuweisen seien. Gemäss unbestrittener Darstellung der Beschwerdeführerin wurde in der Folge zwischen den Verfahrensbeteiligten vereinbart, dass die umstrittenen Beiträge in die Planrechnungen aufgenommen werden, und dass, falls es aufgrund eines rechtskräftigen Entscheids zu einer Reduktion des Abgeltungsbetrags kommen sollte, dies im Rahmen einer späteren Abrechnung verrechnet wird. Es besteht damit nach wie vor ein aktuelles und praktisches Rechtsschutzinteresse an der Behandlung der streitigen Frage. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung im Sinne der Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft jedoch die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf entsprechende Rüge hin berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.3. Die Begründung und gegebenenfalls die Rügen im Sinne von <ref-law> müssen innert der gesetzlichen Beschwerdefrist (<ref-law>) erhoben werden (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Die auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK oder <ref-law> gestützte Möglichkeit, zu Stellungnahmen der Gegenpartei eine Replik einzureichen, dient nur dazu, auf Vorbringen der Gegenpartei zu reagieren, kann aber nicht dazu dienen, Rügen zu erheben, die bereits in der Beschwerdefrist hätten erhoben werden können (Urteil 2C_485/2010 vom 3. Juli 2012 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 2C_586/2010 vom 24. März 2011 E. 2).
3.
Streitig ist, ob im Rahmen der Abgeltungen für die Linien des regionalen Personenverkehrs der Beschwerdeführerin in den Fahrplanjahren 2012 und 2013 je ein Betrag von 4,5 Mio. Franken für die Sanierung der Pensionskasse der SBB berücksichtigt werden kann.
3.1. Die Finanzierung des dem PBG unterstellten Personenverkehrs erfolgt nach dem Bestellprinzip: Der Bund (für den Verkehr von nationaler Bedeutung) bzw. Bund und Kantone gemeinsam (für den regionalen Personenverkehr) bestellen bei den Transportunternehmen aufgrund von Offerten bestimmte Verkehrsangebote (Art. 28 ff. PBG). Sie gelten "die laut Planrechnungen ungedeckten Kosten" ("les coûts non couverts selon les comptes planifiés"; "i costi non coperti, pianificati in quanto tali") des bestellten Angebots ab (Art. 28 Abs. 1 bzw. 3 PBG). Das Verkehrsangebot und die Abgeltung werden im Voraus in Vereinbarungen zwischen Bund, Kantonen und Unternehmen festgelegt (Art. 30 Abs. 1 PBG). Das Bestellverfahren wird jeweils für eine Fahrplanperiode, in der Regel für zwei Jahre, durchgeführt (<ref-law>). Die Offerten sind spätestens Ende April des letzten Jahres der Vorperiode einzureichen (<ref-law>) und müssen je eine verbindliche Planrechnung für die einzelnen Fahrplanjahre enthalten (<ref-law>). In der Planrechnung sind das Leistungs- und das Verursacherprinzip sowie das Prinzip der Vollkostenrechnung einzuhalten (Art. 14 Abs. 1 RKV). Die ungedeckten Kosten sind je nach Sparte einzeln nachzuweisen, wobei mindestens der regionale Personenverkehr als eigene Sparte zu führen ist (Art. 29 Abs. 1 lit. b und c PBG). Soweit ein Unternehmen die Gesamtaufwendungen einer Verkehrssparte mit den Erträgen und den von Bund und Kantonen erbrachten finanziellen Leistungen nicht decken kann, verantwortet es den Fehlbetrag selbst. Es trägt diesen auf die neue Rechnung vor (Art. 36 Abs. 1 PBG). Übersteigen die Erträge und die von Bund und Kantonen erbrachten finanziellen Leistungen die Gesamtaufwendungen einer abgeltungsberechtigten Verkehrssparte, so weist das Unternehmen mindestens zwei Drittel dieses Überschusses der Spezialreserve zur Deckung künftiger Fehlbeträge abgeltungsberechtigter Verkehrssparten zu. Erreicht die Spezialreserve der Verkehrssparten 25 Prozent des Jahresumsatzes der abgeltungsberechtigten Verkehrssparten oder beträgt sie 12 Millionen Franken, so steht der Gewinn dem Unternehmen zur freien Verfügung (Art. 36 Abs. 2 PBG).
3.2. Dem vorliegenden Streit liegt folgende Ausgangslage zugrunde (vgl. dazu Botschaft vom 5. März 2010 zur Änderung des Bundesgesetzes über die Schweizerischen Bundesbahnen [Sanierung der Pensionskasse der SBB], BBl 2010 2523, 2527 ff.) : Per 1. Januar 1999 wurden im Rahmen der ersten Bahnreform die SBB neu organisiert und von einem bundeseigenen Betrieb in eine öffentlich-rechtliche Aktiengesellschaft umgewandelt (vgl. Art. 2 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Schweizerischen Bundesbahnen vom 20. März 1998 [SBBG, SR 742.31]). Gemäss <ref-law> führen die SBB eine eigene Pensionskasse. Gestützt darauf nahm am 1. Januar 1999 die privatrechtliche Stiftung PK SBB ihre Tätigkeit auf. Deren Vorgängerin, die ehemalige Pensions- und Hilfskasse der SBB, war eine öffentlich-rechtliche, unselbstständige PK mit Fehlbetrag und Leistungsgarantie des Bundes, die nicht als geschlossene Kasse geführt wurde. Als die PK SBB verselbstständigt bzw. neu gegründet wurde, wurde sie daher durch den Bund ausfinanziert. Der Deckungsgrad der neu gegründeten Kasse betrug im Gründungszeitpunkt 100 %. Seit 2001 befand sich die PK SBB erneut in Unterdeckung. Per Anfang 2007 wurden Sanierungsmassnahmen umgesetzt, die zwar zu einer Verbesserung der Situation führten; trotzdem blieb eine Unterdeckung bestehen (vgl. BBl 2010 2542). Mit Eingaben vom 16. Mai 2008 beantragten die SBB und die PK SBB eine weitere Ausfinanzierung durch den Bund und forderten zu diesem Zweck einen Bundesbeitrag von 2715,5 bzw. 3276,8 Mio. Franken. Sie beabsichtigten, gegen den Bund ein entsprechendes Staatshaftungsbegehren einzureichen (BBl 2010 2549 f.). Der Bundesrat lehnte eine solche Rechtspflicht zwar ab, suchte aber eine politische Diskussion und Entscheidung, um einen Rechtsstreit zu vermeiden. Die SBB und die PK SBB waren damit einverstanden und erklärten, auf sämtliche Forderungen im Zusammenhang mit der PHK-Zeit definitiv zu verzichten, falls das Parlament einer Bundeshilfe im Umfang von 1148 Millionen zustimme (BBl 2010 2553). Die SBB und die PK SBB beschlossen zugleich weitere Sanierungsmassnahmen, u.a. Sanierungsbeiträge des Arbeitgebers und der Arbeitnehmer von je 2,0 bis 2,5 % bis zur Erreichung eines Deckungsgrads von 100 % sowie einen weiteren Arbeitgeberbeitrag der SBB an die PK SBB in der Höhe von 938 Mio. Franken (BBl 2010 2555 f.; sog. Einmalsanierungsbeitrag). Diesen Beitrag leistete die SBB an die PK SBB im Jahre 2010.
Die Bundesversammlung beschloss in der Folge am 18. März 2011 eine Änderung des SBBG mit folgender Übergangsbestimmung (AS 2011 5031) :
1 Der Bund refinanziert die SBB einmalig mit einem Betrag von 1148 Millionen Franken als Beitrag zur Sanierung ihrer Pensionskasse.
2 Die SBB leisten als Arbeitgeber im Rahmen eines Sanierungskonzepts an ihre Pensionskasse eine Sanierungseinlage in der Höhe von 1148 Millionen Franken und zusätzlich namhafte Sanierungsbeiträge im Sinne von Artikel 65d Absatz 3 Buchstabe a des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge.
3 Die SBB und die Pensionskasse der SBB verzichten auf allfällige Nachforderungen gegenüber dem Bund als Träger und Leistungsgarant der ehemaligen Pensions- und Hilfskasse der SBB. Die Pensionskasse der SBB verzichtet auf solche Forderungen auch gegenüber den SBB.
4 Der Refinanzierungsbetrag des Bundes wird an die SBB überwiesen, wenn dem Eidgenössischen Finanzdepartement folgende Dokumente vorliegen:
a.eine Bestätigung der Kontrollstelle der Pensionskasse der SBB, dass sich die SBB gestützt auf ein Sanierungskonzept gegenüber ihrer Pensionskasse zu einer Sanierungseinlage von 1148 Millionen Franken verpflichtet haben;
b.eine Bestätigung der Expertin oder des Experten für berufliche Vorsorge der Pensionskasse der SBB, dass gestützt auf das Sanierungskonzept die weiteren erforderlichen Sanierungsmassnahmen, einschliesslich namhafter Sanierungsbeiträge der Arbeitgeber sowie der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer, ergriffen sind; und
c. die Verzichtserklärungen der SBB und der Pensionskasse der SBB nach Absatz 3.
Die SBB finanzierte den Einmalsanierungsbeitrag von 938 Mio. Franken auf Konzernebene im Umfang von 138 Mio. Franken mit bestehender, am Bankenmarkt refinanzierter Liquidität und im Umfang von 800 Mio. Franken mittels eines Kredits der PK SBB an die SBB über 25 Jahre zu einem Zins von 4 %.
3.3. Bei den hier streitigen 4,5 Mio. Franken pro Jahr handelt es sich um den der Sparte regionaler Personenverkehr belasteten Anteil an der auf 25 Jahre gestaffelten Rückzahlung des Darlehens von 938 Mio. Franken.
3.3.1. Das BAV hat die Anrechenbarkeit mit folgender Begründung verneint: Mit der Einmalsanierung gemäss Übergangsbestimmung zur Änderung des SBBG habe der Gesetzgeber abschliessend und letztmals einen Beitrag an die Sanierung der SBB-Pensionskasse geleistet. Die Verzichtserklärung der SBB gemäss Abs. 3 und Abs. 4 lit. c der Übergangsbestimmung zur Änderung des SBBG beziehe sich auch auf die Ansprüche der SBB als Subventionsempfängerin. Der Gesetzgeber habe neben dem Bundesanteil von 1148 Mio. Franken keine weiteren Kostenübernahmen durch den Bund mehr gewollt und auch nicht den Abgeltungsbedarf erhöhen wollen. Darauf würde es aber hinauslaufen, wenn die Rückzahlung des Darlehens wieder in die Abgeltungen einfliessen könnte.
3.3.2. In der Beschwerde vor der Vorinstanz hatte die Beschwerdeführerin als fehlerhafte Sachverhaltsfeststellung gerügt, dass das BAV von Darlehensamortisationen ausgegangen sei; in Wirklichkeit handle es sich um Arbeitgeberbeiträge. Das Bundesverwaltungsgericht führte dazu aus, massgebend könne nicht die Bezeichnung der Kosten sein, sondern einzig deren rechtliche Qualifikation (E. 5 des angefochtenen Entscheids). Es erwog sodann, die Verzichtserklärung beziehe sich nur auf die Ansprüche gegen den Bund als Träger und Leistungsgaranten der ehemaligen Pensions- und Hilfskasse der SBB; andere Forderungen, namentlich die Ansprüche auf Abgeltungen gemäss PBG, würden davon nicht erfasst. Hingegen seien gemäss Art. 28 Abs. 1 PBG nur "Kosten" abgeltungsberechtigt, was im Sinne des betriebswirtschaftlichen Kostenbegriffs zu verstehen sei. Die Rückzahlung des Darlehens sei aber erfolgsneutral und stelle daher keine Kosten dar; die Kosten von 938 Mio. Franken seien im Jahre 2010 angefallen. Der auf den regionalen Personenverkehr entfallende Anteil (rund 100 Mio. Franken) hätte spätestens in die Planrechnungen bzw. Offerten des Fahrplanjahres 2010 aufgenommen werden müssen. Eine Aufnahme in die Kosten der Jahre 2012/2013 sei ausgeschlossen; dies würde auf eine nachträgliche Defizitdeckung hinauslaufen, was mit dem Bestellverfahren unvereinbar wäre. Etwas anderes ergebe sich auch nicht aus dem Vertrauensschutz, da das Mail vom 16. August 2011, auf welches sich die Beschwerdeführerin berufe, keine taugliche Vertrauensgrundlage geschaffen habe.
3.3.3.
Die Beschwerdeführerin beruft sich vor Bundesgericht nicht mehr auf den verfassungsmässigen Vertrauensschutz. Da diesbezüglich das Rügeprinzip gilt (vorne E. 2.1), ist auf diese Frage nicht mehr einzugehen.
In Bezug auf den Sachverhalt verweist die Beschwerdeführerin auf die Akten und das Urteil der Vorinstanz. Sie legt sodann eine eigene Schilderung des Sachverhalts dar, erhebt jedoch keine Rügen gegen den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt. Von diesem ist demnach auszugehen (vorne E. 2.2), namentlich davon, dass es sich bei den 4,5 Mio. Franken um jenen Anteil des Einmalsanierungsbeitrags von 938 Mio. Franken handelt, den die Beschwerdeführerin der Sparte regionaler Personenverkehr gemäss der versicherten Lohnsumme - und analog zur Amortisation des Darlehens von 800 Mio. Franken zeitlich gestaffelt über 25 Jahre - überbinden möchte (E. 6.5 des angefochtenen Entscheids). In der Replik führt die Beschwerdeführerin aus, die Vorinstanz habe den Sachverhalt verbindlich dahingehend beurteilt, dass es sich bei den geltend gemachten Beiträgen nicht um Amortisationszahlungen handle, sondern um Arbeitgeberbeiträge. Entgegen dieser Darstellung ist die Vorinstanz zutreffend davon ausgegangen, dass es sich bei der Frage, ob es eine Darlehensamortisation oder ein Arbeitgeberbeitrag sei, nicht um eine Sachverhaltsfrage gehe, sondern um die rechtliche Qualifikation (vorne E. 3.3.2).
In rechtlicher Hinsicht teilt die Beschwerdeführerin die Auffassung des Bundesverwaltungsgerichts, wonach die Verzichtserklärung gemäss Übergangsbestimmung der Änderung des SBBG auf die Ansprüche auf Abgeltung nicht anwendbar sei. Sie ist aber der Auffassung, dass die streitigen Beiträge zu den nach Art. 28 Abs. 1 PBG anrechenbaren Kosten gehörten. Es handle sich um Arbeitgeberbeiträge an die Pensionskasse; diese gehörten zum Personalaufwand und seien anrechenbar. Die Einmalzahlung sei auf Stufe Konzern vorfinanziert worden, welche diese in wirtschaftlich verkraftbaren Portionen auf die Divisionen bzw. Sparten weiterbelastet habe. Es gehe dabei nicht um eine mit dem Bestellprinzip unvereinbare nachträgliche Deckung von Defiziten, die durch unternehmerische Fehleinschätzungen entstanden seien, sondern um eine absehbare und geplante Weiterbelastung von Anteilen an der Einmalzahlung an die Sparten. Zwar sei die Zahlung auf Stufe Konzern im Jahre 2010 erfolgt, die Kosten bei den Divisionen und Sparten würden jedoch erst mit der Weiterbelastung durch den Konzern entstehen und seien jeweils im Jahr anrechenbar, in dem sie weiterbelastet wurden. Die Zulässigkeit dieses Vorgehens ergebe sich daraus, dass das Gesetz separate Spartenrechnungen vorschreibe.
Ferner macht die Beschwerdeführerin geltend, die Nichtanrechnung stünde auch im Widerspruch zum Prinzip der Vollkostenrechnung. Die Aufnahme des ganzen Betrags von 100 Mio. Franken in die Abgeltungen für das Jahr 2010 wäre zudem für die Besteller wirtschaftlich untragbar und politisch nicht akzeptabel gewesen. Wenn - wie die Vorinstanz anerkenne - die Kosten grundsätzlich abgeltungsberechtigt seien, dann müsse es auch zulässig sein, sie zwecks wirtschaftlicher Tragbarkeit für die Besteller gestaffelt geltend zu machen.
4.
4.1. Es ist unbestritten und zutreffend, dass zu den "Kosten" im Sinne von Art. 28 Abs. 1 PBG auch die Personalkosten und dabei namentlich auch die Arbeitgeberbeiträge an die Pensionskasse gehören, ebenso gegebenenfalls auch die Sanierungsbeiträge, welche der Arbeitgeber zur Behebung von Unterdeckungen an die Pensionskasse leistet (Art. 65d Abs. 3 lit. a BVG). Dies wird auch vom BAV anerkannt: Es hat denn auch die ordentlichen (jährlichen) Arbeitgeber-Sanierungsbeiträge sowie die Zinskosten für die Einmalzahlungen als (anteilmässige) abgeltungsberechtigte Kosten anerkannt. Verweigert hat es nur die Anerkennung der gestaffelten Rückzahlung des Darlehens.
4.2. Es ist nichts ersichtlich, was dagegen sprechen würde, den Begriff der Kosten im Sinne von Art. 28 Abs. 1 PBG im normalen betriebswirtschaftlichen Sinne zu verstehen, also als erfolgswirksamen Aufwand. Wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, ist die Rückzahlung eines Darlehens (im Unterschied z.B. zu den Zinszahlungen und zu Abschreibungen auf Investitionsgütern) nicht erfolgswirksam und gehört daher nicht zu den Kosten. Daran ändert auch der gesetzlich vorgeschriebene Grundsatz der Spartenrechnung nichts: Dieser besagt nur, dass alle Finanzoperationen (also auch z.B. der Schuldendienst) auf die einzelnen Sparten umzulegen sind. Die Beschwerdeführerin muss die Darlehen, die sie zur Finanzierung der Einmalsanierungsbeitrags aufgenommen hat, innert 25 Jahren zurückbezahlen. Sie überwälzt mit dem hier streitigen Betrag diese Rückzahlungen anteilmässig auf die Spartenrechnungen. Diese tragen damit die Darlehensrückzahlung.
4.3. Die Überlegung der Beschwerdeführerin, es wäre für die Besteller wirtschaftlich nicht tragbar gewesen, wenn der gesamte Betrag von 938 Mio. Franken im Jahr 2010 den abzugeltenden Kosten zugeschlagen worden wäre, ist an sich nachvollziehbar. Indessen trifft es nicht zu, dass der gesamte Betrag im Jahre 2010 hätte einkalkuliert werden müssen: Aus dem Vollkostenprinzip (Art. 14 Abs. 1 RKV) in Verbindung mit dem Periodizitätsprinzip (<ref-law>) ergibt sich, dass die Planrechnung diejenigen Kosten enthalten muss, die dem betreffenden Fahrplanjahr zugerechnet werden können. Dazu gehören z.B. die periodengerechten Abschreibungen auf Investitionsgütern, die zu diesem Zweck in der Verordnung festgelegt werden (Art. 11 und Anhang RKV). Hingegen können nicht durch willkürliche konzerninterne Umbuchungen den abgeltungsberechtigten Sparten für ein Fahrplanjahr Kosten überwälzt werden, die richtigerweise einem anderen Fahrplanjahr zugerechnet werden müssen. Wie das BAV zutreffend bemerkt, muss der Arbeitgeber bereits bei absehbarer Unterdeckung der Pensionskasse Rückstellungen für allfällige Arbeitgeber-Sanierungsbeiträge bilden. Rückstellungen sind in dem Jahre erfolgswirksam, in dem sie gebildet werden. Wie die Beschwerdeführerin selber ausführt, hat sie bereits seit dem Jahre 2000 Rückstellungen für die Sanierung der Pensionskasse gebildet, dies korrekterweise, weil sich bereits damals Unterdeckungen der Pensionskassen abzeichneten (vorne E. 3.2). Die Einmalzahlung von 938 Mio. Franken im Jahre 2010 erfolgte unter gleichzeitiger Auflösung entsprechender Rückstellungen und war im Jahre 2010 erfolgsneutral (Beschwerde Rz. 25 und 35; Beilage 9 zur Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht, S. 4). Daher wären auch im Jahre 2010 keine abgeltungsberechtigten Kosten angefallen und erst recht nicht in einem für die Besteller nicht tragbaren Umfang von 938 Mio. Franken. Erfolgswirksam war diese Belastung in den Jahren vor 2010, in denen die Rückstellungen gebildet wurden. Dass die Rückstellungen nur auf Konzernebene und nicht auf der Stufe der Divisionen oder Sparten vorhanden waren, ändert daran nichts; dies bedeutet bloss, dass die Rückstellungen im Zeitpunkt ihrer Bildung möglicherweise zu Unrecht nicht den Spartenrechnungen belastet wurden, kann aber nicht zur Folge haben, dass sie in späteren Fahrplanperioden bei den Sparten periodenfremd als abgeltungsberechtigte Kosten anerkannt werden. Aus dem angefochtenen Entscheid und den Rechtsschriften ist nicht genau ersichtlich, wie diese Belastungen seinerzeit verbucht wurden. Fraglich scheint auch die Argumentation des BAV, wonach es generell technisch unmöglich sei, Rückstellungen für Deckungslücken in den Planrechnungen für die Angebotsvereinbarungen aufzunehmen; denn möglicherweise könnte durchaus bereits im Voraus der Rückstellungsbedarf erkennbar sein und in den Offerten berücksichtigt werden. Aber jedenfalls geht es nicht an, in die abgeltungsberechtigten Kosten für die Fahrplanjahre 2012/2013 Kosten einzubeziehen, die der Zeit vor 2010 zuzurechnen sind. Dies würde in der Tat auf eine mit dem Bestellprinzip unvereinbare nachträgliche Defizitdeckung hinauslaufen, was sich entgegen der zu engen Interpretation der Beschwerdeführerin nicht nur auf eigentliche unternehmerische Fehleinschätzungen bezieht, sondern auf alle in den Angebotsvereinbarungen nicht berücksichtigten Kosten (abgesehen von Vorbehalten und Nachkalkulationen, Art. 22 f. ARPV).
4.4. In diesem Zusammenhang ist zudem auch die Übergangsbestimmung zur Änderung des SBBG entgegen der Auffassung der Vorinstanz durchaus beachtlich:
4.4.1. Zwar trifft zu, dass sich die Verzichtserklärung der SBB gemäss Abs. 3 der Übergangsbestimmung nach ihrem Wortlaut nur auf Forderungen gegenüber dem Bund als Träger und Leistungsgarant der ehemaligen Pensions- und Hilfskasse der SBB bezieht und dass das SBBG nicht die abgeltungsberechtigten Kosten regelt. Doch ist die Übergangsbestimmung in ihrem Kontext zu sehen: Sie stellt eine Art Vergleichslösung dar auf der Grundlage des Sanierungskonzepts, welches die SBB, die PK SBB und der Bund gemeinsam ausgehandelt hatten (vorne E. 3.2). Dieses enthielt insbesondere den Einmalsanierungsbeitrag der SBB als Arbeitgeberin in der Höhe von 938 Mio. Franken und den Bundesbeitrag von 1148 Mio. Franken. Diese Bundesleistung erfolgte unter der Voraussetzung, dass alle Beteiligten - Arbeitgeber, Versicherte und Bund - je einen angemessenen Beitrag leisten (BBl 2010 2555 f., 2564 f.). Die Bundesleistung wurde denn auch ausdrücklich an die Voraussetzung geknüpft, dass eine Bestätigung des Experten für berufliche Vorsorge vorliegt, wonach die Sanierungsbeiträge des Arbeitgebers erfolgt sind (Abs. 4 lit. b der Übergangsbestimmung).
4.4.2. In der Botschaft wurde erläutert, dass Sanierungsbeiträge des Arbeitgebers als abgeltungsberechtigte Kosten anerkannt werden und dass dazu auch der Zinsaufwand, nicht aber die Rückzahlung von Darlehen gehören, weil es sich dabei nicht um über die Erfolgsrechnung zu verbuchenden Aufwand, sondern um eine Bilanztransaktion handle. Die Anerkennung der Amortisation der Darlehen als abgeltungsberechtigte Kosten würde den jährlichen Abgeltungsbedarf in hoher zweistelliger Millionenhöhe ansteigen lassen und dazu führen, dass die öffentliche Hand den Sanierungsbeitrag der Unternehmen in den abgeltungsberechtigten Bereichen vollständig übernehme. Eine direkte Finanzierung (d.h. ein Sonderbeitrag) wäre entsprechend der konsequentere und für die öffentliche Hand auch kostengünstigere Weg (BBl 2010 2556 Fussnote 15). Unter ausdrücklicher Bezugnahme auf die Darlehen von 938 Mio. Franken wurde darauf hingewiesen, dass nur die Zinsen als abgeltungsberechtigte Kosten anerkannt werden (a.a.O., Fussnote 17).
4.4.3. Das Argument der Vorinstanz, diese Erläuterungen stünden nur in den Fussnoten und nicht im Fliesstext und bildeten deshalb nicht Bestandteil der Gesetzesvorlage, sondern würden nur die bestehende Rechtslage wiedergeben, ist überspitzt formalistisch. Die beiden Fussnoten legen dar, dass nach bisheriger Praxis und Auffassung des Bundesrates die Rückzahlung der besagten Darlehen nicht zu den abgeltungsberechtigten Kosten zählen. Dies gehört zu den Grundlagen, auf denen die Bundesleistung beschlossen wurde. Würden nun nachträglich die im Jahre 2010 geleisteten und den Vorjahren zuzurechnenden Arbeitgeber-Sanierungsbeiträge später wieder über die Abgeltungen dem Bund und den Kantonen auferlegt, würde die Grundlage entfallen, auf welcher der Gesetzgeber den Bundesbeitrag beschlossen hat.
5.
In ihrer Replik macht die Beschwerdeführerin geltend, bei zwei anderen Bahnunternehmen habe das BAV anders als in der hier streitigen Verfügung eine Amortisation von Darlehen als abgeltungsberechtigte Kosten anerkannt. Selbst wenn dies zutreffen sollte und als Begehren um Gleichbehandlung im Unrecht interpretiert werden müsste (was die Beschwerdeführerin nicht ausdrücklich geltend macht), wäre dieses Vorbringen verspätet: Eine solche Rüge wäre in der Beschwerdeschrift zu erheben und nicht erst in der Replik (vorne E. 2.3).
6.
Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Die unterliegende Beschwerdeführerin, um deren Vermögensinteresse es geht, trägt die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). BAV und Kantone haben keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein