Fatti:
A. A seguito della denuncia presentata da A._ nei confronti di B._ per titolo di falsa perizia, il 25 ottobre 2008 il Sostituto Procuratore pubblico ha decretato il non luogo a procedere, non ritenendo dati gli elementi costitutivi del reato ipotizzato.
Con sentenza del 4 dicembre 2008 la Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ha dichiarato irricevibile l'istanza di promozione dell'accusa presentata da A._ contro il suddetto decreto di non luogo a procedere.
B. A._ si aggrava al Tribunale federale contro la sentenza dell'ultima istanza cantonale. Dichiara di reiterare la sua denuncia nei confronti di B._, postulando la sua condanna penale nonché la sua condanna al pagamento di fr. 7'000.-- a favore della di lui figlia. Chiede inoltre un normale, dignitoso e umano diritto alle relazioni personali con sua figlia.
Invitato a fornire l'anticipo delle spese giudiziarie, con scritto inviato il 29 gennaio 2009 A._ formula domanda di assistenza giudiziaria. A seguito della richiesta del Tribunale federale di documentare il suo stato di bisogno, con lettera del 3 febbraio 2009 A._ ha fornito le indicazioni richieste.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame.

Diritto:
1. 1.1 Il ricorso in materia penale al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni delle autorità cantonali di ultima istanza (<ref-law>) e può essere presentato per violazione del diritto svizzero ai sensi dell'<ref-law>. Giusta l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso deve contenere le conclusioni e i motivi in cui occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Tenuto conto di questa esigenza di motivazione, il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate e debitamente motivate.
1.2 La legittimazione a proporre ricorso in materia penale è disciplinata all'<ref-law>. La via del ricorso in materia penale è preclusa al semplice danneggiato, ossia a colui che non è né accusatore privato, né vittima LAV, né querelante giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 4-6 LTF (<ref-ruling>). Infatti, la pretesa punitiva spettando unicamente allo Stato, il danneggiato, come pure il denunciante o la parte lesa, non possono prevalersi di un interesse giuridico ai sensi dell'<ref-law>. Le citate persone non sono legittimate a impugnare nel merito decisioni con cui è stato pronunciato l'abbandono di un procedimento penale o è stata respinta la loro istanza di promozione dell'accusa. Malgrado l'assenza di una legittimazione ricorsuale nel merito, esse possono presentare ricorso per diniego di giustizia formale, ossia per violazione di norme di procedura che accordano loro determinati diritti di parte. Il diritto di invocare le garanzie procedurali non permette tuttavia al ricorrente di rimettere in discussione, nemmeno indirettamente, il giudizio di merito; il ricorso in materia penale non può quindi riguardare questioni strettamente connesse con il merito della vertenza, quali in particolare il rifiuto di assumere una prova in base alla sua irrilevanza o al suo apprezzamento anticipato o l'obbligo dell'autorità di motivare sufficientemente la decisione (v. <ref-ruling> consid. 1, 119 Ib 305 consid. 3, 117 Ia 90 consid. 4a). Il giudizio su tali quesiti non può infatti essere distinto da quello sul merito che tuttavia il leso o denunciante non è legittimato a impugnare (v. <ref-ruling> consid. 2a/bb e rinvii).
2. Nella fattispecie, il ricorrente, che non lamenta alcuna violazione dei suoi diritti di parte, chiede la condanna di B._ per titolo di falsa perizia. Si tratta di un'infrazione contro l'amministrazione della giustizia che non fonda la qualità di vittima LAV. Egli è pertanto un semplice denunciante sprovvisto di un interesse giuridico ai sensi dell'<ref-law> e non è quindi legittimato a impugnare nel merito la decisione della CRP. Peraltro, l'insorgente non si duole di alcuna violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law>. Per quanto attiene alla sua conclusione circa la condanna di B._ al pagamento di fr. 7'000.-- sul conto della figlia dell'insorgente, il ricorso si palesa inammissibile in quanto privo di qualsiasi motivazione al riguardo. Infine, anche la sua ulteriore conclusione volta a ottenere un diritto di visita a sua figlia più esteso si rivela inammissibile in questa sede perché, oltre a non essere supportata da alcuna motivazione conforme all'<ref-law>, concerne una decisione cantonale distinta da quella oggetto di ricorso in materia penale.
3. Da quanto precede discende che il ricorso dev'essere dichiarato manifestamente inammissibile e può pertanto essere evaso mediante la procedura semplificata dell'<ref-law>.
La domanda di assistenza giudiziaria non può essere accolta dal momento che il gravame appariva sin dall'inizio privo di probabilità di successo (<ref-law>). Le spese giudiziarie dovrebbero di conseguenza essere poste a carico del ricorrente soccombente; tuttavia, considerata la sua precaria situazione finanziaria, il Tribunale federale rinuncia ad addossargli le spese giudiziarie (<ref-law>).

Per questi motivi, il presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. Comunicazione alle parti e alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.