zieht das Bundesgericht in Erwägung:
1.- a) Mit Verfügung vom 5. November 1999 erteilte das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) dem Kanton Zürich als Halter des Flughafens Zürich- Kloten die Baukonzession für ein neues Abfertigungsgebäude, das sog. Dock Midfield, das den Hauptbestandteil der 5. Ausbauetappe bildet. Die Baukonzession wurde mit zahlreichen Auflagen - so auch umweltschutzrechtlicher Natur - verbunden. Im Zusammenhang mit den für die künftige Lärmbelastung gewährten Erleichterungen ordnete das UVEK an, dass mit der Umsetzung des vom Kanton Zürich erarbeiteten Schallschutzkonzepts nach Eintritt der Rechtskraft des Entscheides zu beginnen sei. Das Konzept sei nach der Festsetzung der definitiven Lärmbelastungsgrenzwerte für Landesflughäfen allenfalls noch anzupassen.
Gegen das im Rahmen der Baukonzession Dock Midfield erstellte Schallschutzkonzept haben zahlreiche Anwohner Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben und den Einbezug ihrer Liegenschaften in den Schallschutzperimeter verlangt. Etliche Beschwerdeführer machen geltend, das Schallschutzkonzept müsse auf die Lärmbelastungs-Grenzwerte abgestützt werden, welche von der Eidgenössischen Kommission für die Beurteilung von Lärm-Immissionsgrenzwerten (im Folgenden: Eidgenössische Kommission) festgelegt worden seien. Andere bringen vor, der Schallschutzperimeter sei infolge eines Berechnungsfehlers unrichtig abgegrenzt worden. Vereinzelt wird gerügt, dass im verwendeten Kartensatz nicht alle bestehenden Gebäude eingezeichnet seien.
b) Der Kanton Zürich hat in seiner Beschwerdeantwort vom 29. März 2000 eingeräumt, dass die unrichtige Angabe einer Radarposition zu Fehlern in der Berechnung der Fluglärmbelastung geführt habe (sog. Holberg-Fehler) und dass einzelne Bauten in den Plänen nicht verzeichnet seien. Er stellt daher für verschiedene Liegenschaften Antrag auf definitiven oder provisorischen Einbezug in den Schallschutzperimeter. Im Übrigen seien die Verwaltungsgerichtsbeschwerden vollumfänglich abzuweisen. Das UVEK ersucht um Abweisung aller Beschwerden.
c) Im Laufe des bundesgerichtlichen Verfahrens - am 12. April 2000 - hat der Bundesrat die Belastungsgrenzwerte für den Lärm der zivilen Flugplätze in Anhang 5 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV 814. 41) festgelegt. Die gemäss Lärmschutz-Verordnung für die Landesflughäfen geltenden Immissionsgrenzwerte weichen sowohl von den von der Eidgenössischen Kommission vorgeschlagenen Werten als auch von jenen ab, die für die Erarbeitung des Schallschutzkonzeptes des Flughafens Zürich beigezogen wurden.
2.- Das Bundesgericht hat am 8. Dezember 2000 über eine Reihe von Verwaltungsgerichtsbeschwerden entschieden, die sich gegen die
Baukonzession Dock Midfield selbst und gegen weitere für den Flughafenausbau erteilte Baukonzessionen richteten. In diesem Urteil sind die in der Lärmschutz-Verordnung für die Landesflughäfen festgelegten Lärmbelastungsgrenzwerte als nicht anwendbar erklärt worden, da sie mit den Zielen des Bundesgesetzes über den Umweltschutz (USG, SR 814. 01) nicht vereinbar seien. Anstelle der vom Bundesrat festgesetzten Grenzwerte blieben, wie das Bundesgericht ausgeführt hat, weiterhin die Belastungsgrenzwerte massgebend, die von der Eidgenössischen Kommission für die Beurteilung von Lärm- Immissionsgrenzwerten in ihrem 6. Teilbericht vom September 1997 vorgeschlagen worden seien. Demzufolge müsse das Schallschutzkonzept neu erarbeitet werden. Da das neue Konzept nicht nur auf die Grenzwerte der Eidgenössischen Kommission, sondern auch auf das neue Betriebsreglement abzustützen sei, müsse die Festsetzung der Schallschutzmassnahmen in ein nachlaufendes gesondertes Bewilligungsverfahren verwiesen werden (vgl. zur Publ. bestimmtes Urteil vom 8. Dezember 2000 i.S. Politische Gemeinde Bachs und Mitbeteiligte, E. 46 und 47). Dementsprechend ist Ziffer 2.2.3 des Dispositives der Baukonzession Dock Midfield durch folgende Bestimmung ersetzt worden:
"Die Festsetzung des Schallschutzkonzeptes wird in ein nachlaufendes gesondertes Bewilligungsverfahren verwiesen. Bei der Erarbeitung dieses Konzeptes ist auf die von der Eidgenössischen Kommission für die Beurteilung von Lärm-Immissionsgrenzwerten festgelegten Belastungsgrenzwerte für den Lärm der Landesflughäfen (6. Teilbericht vom September 1997) abzustellen. Die Lärmimmissionen, die vom Betrieb des Militärflugplatzes Dübendorf ausgehen, sind mitzuberücksichtigen. "
Durch diesen bundesgerichtlichen Entscheid sind die vorliegenden Beschwerden gegen das Schallschutzkonzept gegenstandslos geworden. Das überarbeitete Konzept wird unter Wahrung des Rechtsschutzes neu aufgelegt werden müssen. Die hängigen Verwaltungsgerichtsbeschwerden können somit abgeschrieben werden.
3.- Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos, ist mit summarischer Begründung über die Prozesskosten auf Grund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes zu entscheiden (<ref-law> in Verbindung mit Art. 40 OG). Soweit der Kanton Zürich selbst den Einbezug von Liegenschaften in den Schallschutzperimeter beantragt hat, wären die Beschwerden offensichtlich gutzuheissen gewesen. Den Anträgen der Beschwerdeführer hätte auch insofern entsprochen werden müssen, als die Anwendung der von der Eidgenössischen Kommission festgelegten Lärmbelastungs-Grenzwerte verlangt worden ist. Es rechtfertigt sich daher insgesamt, die Gerichtskosten, die niedrig gehalten werden können, dem Kanton Zürich aufzuerlegen. Dabei kann offen bleiben, ob sämtliche Beschwerdeführenden - auch die Mieter und Hausverwaltungen - zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert seien, da die Grosszahl der Beschwerdeführer zweifellos beschwerdeberechtigt ist.
Die Zusprechung von Parteientschädigungen fällt in jenen Verfahren ausser Betracht, in denen kein Rechtsvertreter beigezogen worden ist. Dagegen ist der Kanton Zürich zu verpflichten, der Gallus Investment AG und Wilhelm Moser, die sich durch einen Rechtsanwalt vertreten liessen, für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu bezahlen.

Demnach wird beschlossen:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden als gegenstandslos geworden abgeschrieben.
2.- Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 2'000. -- wird dem Kanton Zürich auferlegt.
3.- Der Kanton Zürich wird verpflichtet, der Gallus Investment AG und Wilhelm Moser eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 2'000. -- für das bundesgerichtliche Verfahren zu bezahlen.
Weitere Parteientschädigungen werden nicht zugesprochen.
4.- Dieser Beschluss wird den Parteien und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (für sich und zuhanden des Bundesamtes für Zivilluftfahrt, des Bundesamtes für Umwelt, Wald und Landschaft und des Bundesamtes für Raumentwicklung) schriftlich mitgeteilt sowie zur Kenntnisnahme dem Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe zugestellt.
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Lausanne, 14. Dezember 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: