Sachverhalt:
A. A. X._ führt seit vielen Jahren eine Apotheke in A._, Kanton Aargau, als Einzelfirma. Er beschäftigt in seinem Betrieb rund 15 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, darunter auch seine Ehefrau, B. X._. Sie ist zuständig für die Personalführung, das Bestellwesen, die Abrechnungen mit den Krankenkassen und führt die Buchhaltung. Erstmals im Jahre 2002 wurde ihr dafür ein Bruttolohn von Fr. 100'000.-- gutgeschrieben.
Bis und mit dem Jahre 2001 gehörte A. X._ keiner beruflichen Vorsorgeeinrichtung der zweiten Säule an. Seinen Vorsorgebedarf deckte er über Einzahlungen in die Säule 3a. Im Jahre 2002 schloss er sich zusammen mit seiner Ehefrau der bereits für das Personal bestehenden BVG-Sammelstiftung der Rentenanstalt an, mit welcher der Lohn im obligatorischen Bereich versichert ist. Den überobligatorischen Teil versicherte er mit Anschlussvertrag vom 9. Juli 2003 rückwirkend per 1. Januar 2002 bei der Patria Prisma Sammelstiftung für Personalvorsorge (nachfolgend auch Kaderversicherung genannt). Daran angeschlossen sind gemäss Reglement der Firmeninhaber und alle bei ihm tätigen Arbeitnehmer, deren voraussichtliches AHV-beitragspflichtiges Jahresgehalt den dreifachen Betrag der maximalen einfachen AHV-Altersrente (Stand 1.1.2003: Fr. 75'960.--) übersteigt. Ausser A. und B. X._ erreicht keine der anderen Mitarbeiterinnen ein Einkommen in dieser Höhe.
B. Bei der Veranlagung von A. und B. X._ für die Steuerperiode 2002 anerkannte die Veranlagungsbehörde die für die überobligatorische Vorsorge (Kaderversicherung) bezahlte Einkaufsumme (Fr. xxx) und die ordentlichen Beiträge (Fr. yyy) nicht als Geschäftsaufwand. Zudem rechnete sie das Vorsorgeguthaben bei der Kaderversicherung zum steuerbaren Vermögen hinzu. Sie erachtete die Grundsätze der Kollektivität und Solidarität mit dem Anschlussvertrag vom 9. Juli 2003 bei der Patria Prisma Sammelstiftung für Personalvorsorge nicht als erfüllt. Mit Einspracheentscheid vom 21. Juli 2005 bestätigte sie diese Veranlagung mit einer (angekündigten) reformatio in peius hinsichtlich der dem Geschäftsaufwand effektiv belasteten Beiträge an die Sammelstiftung.
Einen Rekurs der Steuerpflichtigen hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 27. April 2002 hinsichtlich der Berufsunkostenpauschale teilweise gut. Im Übrigen wies es den Rekurs ab.
C. Die Steuerpflichtigen gelangten mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses bestätigte mit Urteil vom 29. März 2007 die Veranlagung, berichtigte ein Kanzleiversehen im Urteil des Steuerrekursgerichts und wies im Übrigen die Beschwerde ab.
D. Mit Beschwerde beantragen die Steuerpflichtigen dem Bundesgericht, die Prämien im Umfang von Fr. zzz und der Einkauf des Beschwerdeführers von Fr. aaa in die Kaderversicherung seien vom satzbestimmenden Einkommen im Steuerjahr 2002 in Abzug zu bringen und dieses sei auf Fr. bbb festzusetzen. Die Einzahlungen an die Kaderversicherung von Fr. ccc seien bei der Berechnung des satzbestimmenden Vermögens nicht zu berücksichtigen und dieses sei für das Steuerjahr 2002 auf Fr. ddd festzulegen. Eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonale Steueramt Aargau und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtete auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde gegen den die Kantons- und Gemeindesteuern betreffenden Entscheid des kantonalen Steuergerichts ist gemäss Art. 82 ff. des Bundesgesetzes über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) und Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG; SR 642.14) zulässig. Die Beschwerde wurde rechtzeitig eingereicht und genügt den weiteren Formerfordernissen. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Gemäss Art. 9 StHG werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge abgerechnet (Absatz 1). Zu den allgemeinen Abzügen gehören nach Absatz 2 lit. d: "die gemäss Gesetz, Statut oder Reglement geleisteten Einlagen, Prämien und Beiträge an die Alters- Hinterlassenen- und Invalidenversicherung und an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge". Für den Bereich der selbständigen Erwerbstätigkeit bestimmt Art. 10 Abs. 1 StHG entsprechend: "Als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten werden namentlich abgezogen: ... d. die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist". Praktisch gleichlautende Bestimmungen enthält das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (vgl. § 36 Abs. 2 lit. d, § 40 lit. d). Diese Bestimmungen übernehmen und konkretisieren die Vorschriften des Art. 81 Abs. 1 und 2 BVG, wonach die Beiträge der Arbeitgeber an Vorsorgeeinrichtung sowie die von Arbeitnehmern und Selbständigerwerbenden an Vorsorgeeinrichtungen nach Gesetz oder reglementarischen Bestimmungen geleisteten Beiträge auf Stufe Bund, Kantone und Gemeinden von den direkten Steuern ausgenommen sind.
Diese Abzugsfähigkeit gilt für die periodischen Beiträge genauso wie grundsätzlich auch für die einmaligen Einkaufsbeiträge. Sie findet Anwendung sowohl im obligatorischen wie auch im überobligatorischen Bereich der Säule 2 (Urteil 2A.408/2002 vom 13. Februar 2004, ASA 75 159 E. 2.1 mit Hinweisen; Urteil 2A.554/2006 vom 7. März 2007 E. 4.1). Wenn allerdings die Beiträge nicht solche an eine Einrichtung der beruflichen Vorsorge darstellen, sondern an eine andere Versicherungseinrichtung, können sie nicht unter diesem Titel als Abzüge bzw. geschäftsmässig begründete Kosten anerkannt werden. Sie gelten als Kosten der privaten Lebenshaltung und dürfen der Erfolgsrechnung nicht belastet werden (Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, N 63 zu Art. 33 DBG).
3. 3.1 Die berufliche Vorsorge gemäss BVG umfasst die wirtschaftliche Sicherung der Arbeitnehmer bei Alter, Tod und Invalidität. Die mit der beruflichen Vorsorge verfolgten Ziele können wie gesagt nur auf gesetzlichem Weg erreicht werden. Sowohl die Finanzierung als auch die Durchführung der Vorsorge im obligatorischen und überobligatorischen Bereich müssen in Statuten und Reglementen im Voraus nach schematischen und objektiven Kriterien festgelegt werden. Die berufliche Vorsorge muss den Grundsätzen der Angemessenheit, der Kollektivität, der Gleichbehandlung, der Planmässigkeit sowie dem Versicherungsprinzip genügen (Art. 1 Abs. 3 BVG; vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 603, 120 Ib 199 E. 3c S. 202 f.). Die Grundsätze werden in der Verordnung über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 18. April 1984 (BVV 2; SR 831.441.1) näher umschrieben (vgl. Art. 1 ff. BVV 2 in der Fassung vom 10. Juni 2005). Insofern können bei einer Vorsorgeeinrichtung auch Firmeninhaber oder mitarbeitende Aktionäre (Aktionärsdirektoren) versichert sein, aber nur, wenn zugunsten des übrigen Personals analoge Vorsorgemassnahmen getroffen werden (<ref-ruling> E. 3d).
3.2 Gemäss Art. 44 Abs. 1 BVG können sich Selbständigerwerbende der Vorsorgeeinrichtung ihres Berufes oder ihrer Arbeitnehmer anschliessen. Wer sich nicht bei einer Vorsorgeeinrichtung versichern lassen kann, ist gemäss Absatz 2 berechtigt, sich bei der Auffangeinrichtung versichern zu lassen.
Der Selbständigerwerbende kann somit wahlweise der Vorsorgeeinrichtung seines Personals oder seines Berufsverbandes beitreten oder, wenn ihm das nicht möglich ist, sich der Auffangeinrichtung anschliessen. Er kann auch auf jeglichen Anschluss in der Säule 2 verzichten und sich eine Säule 3 bilden. Falls sich der Selbständigerwerbende der Sammelstiftung seines Personals anschliesst, muss dieser Anschluss nach dem gleichen Vorsorgeplan wie für das Personal erfolgen. Es geht darum zu verhindern, dass das Kader im Vergleich zum übrigen Personal übermässig privilegiert wird (Prinzip der relativen Gleichwertigkeit, s. auch Kreisschreiben des Vorstandes der Schweizerischen Steuerkonferenz vom 11. September 1986, in: Schweizerische Steuerkonferenz, Vorsorge und Steuern, Muri/Bern, Stand 2006). Nach den Empfehlungen, wie sie von der Schweizerischen Steuerkonferenz durch die "Arbeitsgruppe Vorsorge" (ehemalige "Kommission BVG") erarbeitet worden sind, kann das Reglement unter Beachtung des Prinzips der gleichwertigen Relativität einen speziellen Vorsorgeplan für das Kader vorsehen, auch wenn dieses nur aus dem Selbständigerwerbenden und einem Kadermitarbeiter besteht. Der Vorsorgeplan und das Reglement dürfen jedoch nicht so ausgestaltet sein, dass sie die Aufnahme weiterer Kadermitarbeiter verhindern (Schweizerische Steuerkonferenz, a.a.O., Anwendungsbeispiel A.2.1.1). Hingegen ist es nach den Empfehlungen nicht möglich, dass sich der Selbständigerwerbende allein in einem Kaderplan versichert, sofern das Unternehmen kein Kader hat (ebenda).
Diese von Fachleuten erarbeiteten Empfehlungen können als Ausdruck einer gesamtschweizerisch wünschbaren, einheitlichen Praxis im Bereich der beruflichen und individuellen Vorsorge (Säulen 2 und 3) betrachtet werden. Es steht daher nichts entgegen, sie auch im vorliegenden Fall als Praxisrichtlinie heranzuziehen.
4. 4.1 Die Prinzipien, denen die berufliche Vorsorge zu genügen hat, sind vorliegend nicht umstritten. Es wird auch nicht behauptet, dass die Vorsorgeeinrichtung, welcher sich die Beschwerdeführer für ihre berufliche überobligatorische Vorsorge angeschlossen haben, die Kriterien nicht erfüllt. Fraglich ist einzig, ob die konkrete Durchführung im Betrieb des Beschwerdeführers den Vorsorgegrundsätzen genügt. In Frage stehen das Prinzip der Kollektivität und der Solidarität. Weil die selbständige (alleinige) Versicherung des Beschwerdeführers in der Kaderversicherung der Patria im Rahmen der Säule 2b nicht zulässig ist, trat auch dessen Ehefrau, die Beschwerdeführerin, der Kaderversicherung bei. Ob diese die Voraussetzungen für die Aufnahme in die Kaderversicherung erfüllt, ist umstritten.
4.2 Die Beschwerdeführerin bezog im Jahre 2002 einen Bruttolohn von Fr. 100'000.--. Die Vorinstanz betrachtete diesen Lohn als geschäftsmässig nicht begründet, vor allem weil das übrige Personal deutlich weniger verdiene und dieser Lohn aufgrund der Ausbildung und beruflichen Erfahrungen der Beschwerdeführerin als zu hoch erscheine. Angemessen sei ein Lohn von maximal Fr. 75'000.--. Damit bleibe der Lohn der Beschwerdeführerin unter dem gemäss Reglement der Kaderversicherung erforderlichen dreifachen Betrag der maximalen einfachen AHV-Altersrente von Fr. 75'960.-- (Stand 1.1.2003) und seien die gesetzlichen Kriterien für den Anschluss an die Kaderversicherung nicht erfüllt.
Die Beschwerdeführer wenden demgegenüber ein, die maximale einfache AHV-Altersrente habe für das Jahr 2002 Fr. 24'720.-- betragen. Der gemäss Reglement der Patria Sammelstiftung erforderliche dreifache Betrag der einfachen AHV-Altersrente belaufe sich somit auf Fr. 74'160.--. Der durch die Vorinstanz als geschäftsmässig erachtete Lohn von Fr. 75'000.-- erreiche die reglementarische Beitrittsschwelle der Kaderversicherung. Die implizite Begründung der Vorinstanz, dass ein Jahressalär von Fr. 75'000.-- die reglementarische Beitrittsschwelle der Kaderversicherung nicht erreiche sei mathematisch falsch, logisch unhaltbar und damit rein willkürlich. Die Vorinstanz sei in diesem Punkt auch ihrer Begründungspflicht nicht nachgekommen (Verletzung von Art. 9 und 29 Abs. 2 BV).
4.3 Bei der Berechnung des geschäftsmässig begründeten Lohnes der Beschwerdeführerin handelt es sich um eine Schätzung. Diese wurde nötig, weil der Lohn, welcher der Beschwerdeführerin für das Jahr 2002 gutgeschrieben wurde, sich als offensichtlich übersetzt erwies. Dass der Lohn daraufhin zu prüfen war, ob er geschäftsmässig begründet ist, geht schon daraus hervor, dass vom übrigen Personal im Betrieb niemand die Beitrittsschwelle erreichte und der höchste ausbezahlte Lohn lediglich Fr. 48'100.-- betrug. In den Vorjahren liess sich die Beschwerdeführerin keinen Lohn gutschreiben. Es ist offensichtlich, dass die Lohnauszahlungen bzw. -gutschriften des Jahres 2002 einzig im Hinblick auf den Beitritt der Beschwerdeführerin zur Kaderversicherung erfolgten. Ein anderer Grund wird nicht geltend gemacht und ist nicht ersichtlich. Was hinsichtlich dieser Schätzung verlangt werden kann, ist nur, dass die Behörden bei der Bemessung des geschäftsmässig begründeten Lohnes von den richtigen Kriterien ausgehen und diese in nachvollziehbarer Weise richtig anwenden. Das Schätzungsergebnis muss der Wirklichkeit möglichst nahe kommen. Damit ist auch gesagt, dass die Schätzung naturgemäss mit einem Rest von Unsicherheit behaftet ist. Es verhält sich bei der Schätzung des geschäftsmässig begründeten Lohnes im vorliegenden Fall nicht grundsätzlich anders als bei der Schätzung von Einkommen etwa im Rahmen einer Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen. Auch eine solche kann nur auf offensichtliche Unrichtigkeit hin überprüft werden (vgl. Art. 48 Abs. 2 StHG; Urteil 2A.39/2004 vom 29. März 2005, ASA 75 329 E. 5).
4.4 Die Vorinstanz zog zur Bestimmung des geschäftsmässig mutmasslich begründeten Lohnes der Beschwerdeführerin verschiedene Kriterien heran. Sie erwog, die Beschwerdeführerin weise eine kaufmännische Ausbildung auf. Die Zuordnung der Tätigkeit der Beschwerdeführerin zum Pharma- oder kaufmännischen Bereich könne jedoch nicht eindeutig vorgenommen werden. Ihr angestammtes Praxiswissen aus jahrelanger Tätigkeit in der Apotheke rücke sie in die Nähe einer Pharma-Assistentin. Im Laufe der Jahre habe die Beschwerdeführerin praktisches Wissen erworben, jedoch fehle ihr das theoretische Wissen. Ihre Tätigkeit in der Apotheke stehe derjenigen einer Pharma-Assistentin näher als derjenigen einer kaufmännischen Angestellten. Die geltend gemachte Stellvertreter-Funktion könne nicht anerkannt werden, da die Beschwerdeführerin nicht Apothekerin sei. Angesichts des Mindestlohnes einer Pharma-Assistentin ab dem 12. Praxisjahr von Fr. 64'532.-- erscheine ein Lohn von maximal Fr. 75'000.-- vertretbar. Gemäss Gehaltsstatistik des kaufmännischen Verbandes habe im Jahre 2002 der mittlere Jahreslohn einer 57jährigen kaufmännischen Angestellten Fr. 75'279.-- betragen.
Diese Schätzung ist nicht offensichtlich unrichtig. Sie liegt nur unwesentlich über bzw. unter dem dreifachen Betrag der einfachen AHV-Altersrente, je nachdem, ob auf den Stand der einfachen Rente am 1. Januar 2002 oder am 1. Januar 2003 abgestellte wird. Wenn daher die Vorinstanz gestützt auf die AHV-Altersrente des falschen Jahres zum Schluss kam, dass die Beschwerdeführerin die nach Reglement notwendige Lohnschwelle nicht erreicht habe, mag das diskutabel sein. Willkürlich ist es jedoch klarerweise nicht. Es ist zu beachten, dass bereits die Lohnschätzung mit einer gewissen Unsicherheit behaftet ist. Die Vorinstanz weist zudem darauf hin, dass von einem geschäftsmässig begründeten Lohn "von maximal Fr. 75'000.--" ausgegangen werden dürfe (Urteil S. 8 E. 3.2.4.). Der geschäftsmässig begründete Lohn liegt somit nach Ansicht der Vorinstanz irgendwo zwischen dem Mindestlohn einer Pharma-Betriebsassistentin mit mindestens 12 Jahren praktischer Erfahrung (Fr. 64'523.--) als untere Grenze und dem mittleren Jahressalär einer 57-jährigen kaufmännischen Angestellten (Fr. 75'279.--) als obere Grenze. Der Schluss der Vorinstanz, dass die Beschwerdeführerin den massgeblichen Lohn des dreifachen Betrags der einfachen AHV-Altersrente nicht erreiche, erscheint unter diesen Umständen im Ergebnis nicht als willkürlich, und zwar auch dann nicht, wenn dem Vergleich das Dreifache der einfachen AHV-Altersrente des Jahres 2002 zugrunde gelegt wird.
5. Die Beschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet und ist abzuweisen. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Ein Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Dezember 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann