Faits:
A. Le jugement prononçant la dissolution par divorce du mariage contracté par B._ et par A._ le 3 avril 1992 a été rendu le 2 mai 2011 et est entré en force le 4 juin suivant. Il prenait acte de l'accord intervenu entre les époux quant au principe du partage - par moitié - des avoirs de prévoyance professionnelle accumulés pendant la durée du mariage et excluait le rapport du versement anticipé de 180'000 fr. prélevés sur les avoirs du mari pour l'achat d'un bien immobilier dès lors que ce bien avait été partagé également entre les époux. La cause a été transmise à la Cour de justice de la République et canton de Genève pour instruction et exécution du partage convenu.
B. Le tribunal cantonal a recueilli des informations auprès des institutions de prévoyance des époux. Sur cette base, il a constaté que les prestations de sortie devant être partagées s'élevaient à 607'532 fr. 90 (comprenant le rapport des 180'000 fr. mentionnés et un montant de 27'254 fr. correspondant à un rachat d'années d'assurance effectué peu après le mariage) pour A._ et 40'951 fr. 75 pour B._, puis a invité la Fondation de prévoyance du Groupe BNP PARIBAS en Suisse à transférer du compte du mari la somme de 283'290 fr. 55, avec intérêts compensatoires, à la Caisse de prévoyance du personnel enseignant de l'instruction publique et des fonctionnaires de l'administration du canton de Genève en faveur de l'épouse (jugement du 27 mars 2012).
C. A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement; il en requiert l'annulation et conclut sous suite de frais et dépens à la détermination de sa prestation de sortie sans qu'il ne soit tenu compte des montants de 180'000 fr. et 27'254 fr. ou au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants.
Les institutions de prévoyance s'en remettent à justice quant à l'issue du recours. B._ conclut au rejet de celui-ci. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Saisi d'un recours en matière de droit public (<ref-law>), le Tribunal fédéral exerce un pouvoir d'examen limité. Il applique le droit d'office (<ref-law>) et statue sur la base des faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut néanmoins rectifier ou compléter d'office l'état de fait du jugement entrepris si des lacunes ou des erreurs manifestes lui apparaissent aussitôt (<ref-law>). Il examine en principe seulement les griefs motivés (<ref-law>) et ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer la constatation des faits importants pour le sort de l'affaire que si ceux-ci ont été établis en violation du droit ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>).
2. 2.1 Le litige porte sur le montant de la prestation de sortie accumulée durant le mariage par A._, singulièrement sur le point de savoir si les premiers juges étaient en droit d'inclure dans leur calcul le versement anticipé de 180'000 fr. pris sur les avoirs du recourant pour lui permettre d'acquérir un logement et les 27'254 fr. correspondant au rachat d'années d'assurance effectué moins de trois mois après le mariage.
2. 2.1 Le litige porte sur le montant de la prestation de sortie accumulée durant le mariage par A._, singulièrement sur le point de savoir si les premiers juges étaient en droit d'inclure dans leur calcul le versement anticipé de 180'000 fr. pris sur les avoirs du recourant pour lui permettre d'acquérir un logement et les 27'254 fr. correspondant au rachat d'années d'assurance effectué moins de trois mois après le mariage.
2.2 2.2.1 Conformément à ce que soutient A._, le tribunal cantonal ne devait pas tenir compte du montant de 180'000 fr. dès lors que, même si un versement anticipé est généralement sujet à rapport (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2c p. 234 in initio et les références) et si les parties n'ont en l'espèce pas contesté un tel rapport devant le tribunal cantonal des assurances, il n'en demeure pas moins que le Tribunal fédéral a expressément réservé les réglementations différentes du juge du divorce (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 444 sv.). Or, celui-ci a en l'occurrence considéré que le montant mentionné n'avait pas à être rapporté dans la mesure où il avait permis d'acquérir un bien immobilier dont le partage avait également profité aux parties. Celles-ci avaient la possibilité de contester civilement ce jugement en cas de désaccord mais ne l'ont pas fait. La juridiction cantonale a donc violé le droit fédéral en ne respectant pas les termes dudit jugement par lesquels elle était liée (cf. <ref-ruling> cité), même si l'exclusion du rapport de 180'000 fr. n'était pas repris dans le dispositif du jugement de divorce. En effet, s'agissant du versement anticipé pour l'encouragement à la propriété du logement au moyen de la prévoyance professionnelle, la question en cas de divorce du rapport dudit montant est toujours étroitement liée à celle de la liquidation du régime matrimonial et au sort réservé dans le partage entre les époux au bien immobilier concerné, si bien que le juge des assurances, à qui le dossier est transmis d'office pour fixer le montant des avoirs de prévoyance acquis pendant le mariage et en effectuer le partage, ne peut faire l'économie de l'examen des considérants du jugement du divorce y relatifs; ce d'autant plus lorsque, comme en l'espèce, le partage du bien immobilier financé partiellement au moyen de la prévoyance professionnelle est mentionné dans le jugement du divorce.
2.2.2 Par ailleurs, l'argument du recourant quant au point de savoir si le tribunal cantonal était en droit de prendre en compte le montant de 27'254 fr. - dont il ne conteste pas qu'il s'agisse d'un rachat d'années d'assurance effectué peu de temps après le mariage ainsi que les premiers juges l'ont constaté - n'est pas fondé. L'<ref-law> implique effectivement la comptabilisation dans la prestation de sortie au moment du divorce des rachats effectués pendant le mariage sauf si ces rachats ont été financés au moyen de biens qui, dans le régime matrimonial de la participation aux acquêts (cf. arrêt 9C_738/2009 du 30 mars 2010 consid. 4 in SVR 2010 BVG n° 43 p. 164), entreraient de par la loi dans les biens propres (cf. également arrêt B 128/05 du 25 juillet 2006 consid. 4.3 in RSAS 2007 p. 381). Peu importe que lesdits rachats ait été payés par l'assuré, son employeur ou l'institution de prévoyance (SCHNEIDER/GEISER/GÄCHTER, Commentaire LPP et LFLP 2010, n° 40 ad <ref-law>). Or, la juridiction cantonale a en l'espèce constaté que le rachat d'années d'assurance n'avait pas été financé par des biens propres, ce que A._ a échoué à contredire valablement en se contentant d'affirmer qu'il n'avait pas pu accumuler le montant en question en moins de trois mois, de sorte que ce dernier devait bel et bien être inclus dans le calcul de la prestation de sortie.
2.2.3 Compte tenu de ce qui précède ainsi que des constatations non contestées du tribunal cantonal, il convient de fixer la prestation de sortie du recourant à 427'532 fr. 90, celle de l'intimée étant toujours de 40'951 fr. 75, et d'inviter la Fondation de prévoyance du Groupe BNP PARIBAS en Suisse à transférer du compte de A._ la somme de 193'290 fr. 55, avec intérêts compensatoires, à la Caisse de prévoyance du personnel enseignant de l'instruction publique et des fonctionnaires de l'administration du canton de Genève en faveur de l'épouse.
3. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont répartis par moitié entre les parties (<ref-law>). Les dépens sont compensés (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Le jugement de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 27 mars 2012 est réformé au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires arrêtés à 500 fr. sont mis à la charge du recourant par 250 fr. et de l'intimée par 250 francs.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Caisse de prévoyance du personnel enseignant de l'instruction publique et des fonctionnaires de l'administration du canton de Genève, à la Fondation de prévoyance du Groupe BNP PARIBAS en Suisse, à la Fondation de prévoyance Cadre-direction du Groupe BNP PARIBAS en Suisse, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 octobre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Cretton