Vu:
l'arrêt rendu le 23 janvier 2008 par la Cour de droit public du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel, rejetant au sens des considérants un recours formé par la société A._ contre une décision du Département cantonal de la gestion du territoire prise le 16 juillet 2007, lui refusant une autorisation pour un élevage de truites dans le lac de Neuchâtel au large de Gorgier, et lui imposant une remise en état des lieux;
le recours en matière de droit public formé par A._ contre cet arrêt;
la convention des 5/8/9/11 juin 2008 signée par A._, le Département cantonal et divers partenaires, convention qui contient une déclaration de retrait par A._ de son recours au Tribunal fédéral (article 10) ainsi qu'un engagement de ladite société de prendre en charge les frais de la procédure devant le Tribunal fédéral tout en renonçant à l'allocation de dépens (article 11);

considérant:
qu'en vertu de l'<ref-law>, le juge instructeur statue comme juge unique sur la radiation du rôle des procédures achevées par un retrait;
que les frais judiciaires, réduits, doivent être mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 et 2 LTF);
qu'il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (<ref-law>);

par ces motifs, le Juge unique ordonne:
1. La cause est rayée du rôle par suite de retrait du recours.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante A._.
3. La présente ordonnance est communiquée au mandataire de la recourante, au Département de la gestion du territoire et au Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 16 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge unique: Le Greffier:
Féraud Jomini