Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 6 agosto 2002 le parti hanno stipulato un contratto di locazione avente per oggetto l'esercizio pubblico Z._, giunto a scadenza il 31 agosto 2005.
Litigiosa è la questione di sapere se la conduttrice X._ Sagl può beneficiare di una protrazione della locazione.
1.1 Il 29 agosto 2005 l'Ufficio di conciliazione competente ha accolto la richiesta formulata in tal senso dalla conduttrice e concesso la protrazione della locazione sino al 31 agosto 2007.
Adito dalla locatrice Y._ SA, con sentenza del 20 novembre 2006 il Pretore del Distretto di Bellinzona ha invece escluso ogni protrazione. Questa decisione è poi stata confermata - perlomeno nel risultato - dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.
Con decreto del 7 settembre 2007 il Tribunale federale ha dichiarato il ricorso interposto dalla conduttrice contro la sentenza cantonale privo d'oggetto, avendo essa di fatto beneficiato della protrazione della locazione auspicata. La causa è stata pertanto stralciata dai ruoli conformemente a quanto previsto dall'art. 32 cpv. 2 LTF e le spese giudiziarie sono state poste a carico della locatrice (giusta l'art. 72 PC, applicabile in virtù del rinvio di cui all'art. 71 LTF), poiché da un esame sommario del ricorso è emerso ch'esso sarebbe stato accolto.
1.2 Nel frattempo, il 26 giugno 2007 X._ Sagl ha presentato all'Ufficio di conciliazione una richiesta di seconda protrazione della locazione.
1.3 Dal canto suo, il 4 luglio 2007 Y._ SA ha inoltrato un'istanza di sfratto alla Pretura del Distretto di Bellinzona, che la Segretaria assessore ha accolto il 25 settembre 2007. Visto il rifiuto della protrazione pronunciato dal Tribunale d'appello il 21 giugno 2007, la giudice ha infatti ritenuto che il contratto è definitivamente giunto a scadenza il 31 agosto 2005.
1.4 Il giudizio di primo grado è stato riformato il 16 gennaio 2008 dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, che ha respinto l'istanza di sfratto siccome intempestiva.
Le spese della procedura di appello, di complessivi fr. 200.-- sono state poste a carico di Y._ SA, con l'obbligo di rifondere alla controparte fr. 1'000.-- per ripetibili d'appello.
2. Prevalendosi della violazione del divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost) nell'applicazione del diritto cantonale, segnatamente dell'art. 8 CPC/TI - che regola il valore litigioso nelle cause in materia di locazione - nonché del Regolamento cantonale sulla tariffa per la fissazione delle ripetibili del 19 dicembre 2007 - giusta il quale le ripetibili vanno fissate tenendo conto della natura e del valore della lite e delle prestazioni indispensabili del patrocinatore -, il 18 febbraio 2008 X._ Sagl è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso sussidiario in materia costituzionale, volto a ottenere la modifica del giudizio impugnato quo all'indennità per ripetibili assegnatale in sede cantonale, che vuole vedere aumentata ad almeno fr. 2'000.--.
2.1 La Corte cantonale avrebbe misconosciuto l'importanza e la difficoltà del caso, che solo per la stesura dell'atto d'appello ha comportato un dispendio di 8 ore, ciò che giustificherebbe - tenuto conto di un onorario di fr. 400.-- all'ora - un'indennità per ripetibili di fr. 3'200.--. La ricorrente si duole pure di un calcolo arbitrario del valore litigioso, che supera ampiamente i fr. 20'000.-- ritenuti dall'autorità Ticinese. A titolo esemplificativo la ricorrente osserva che l'importo assegnatole nella decisione impugnata sarebbe pure eccessivamente inferiore a quanto ammesso dalla Tariffa dell'Ordine degli Avvocati del Cantone Ticino, nel frattempo abrogata per incompatibilità con il diritto dei cartelli.
2.2 Con scritto del 22 aprile 2008 Y._ SA ha proposto la reiezione del gravame, a suo modo di vedere inteso unicamente a ritardare ulteriormente la procedura. Nega che una differenza di fr. 1'000.-- fra l'indennità riconosciuta e quella auspicata possa essere arbitraria e rileva come nell'atto di appello la controparte abbia ripreso quasi testualmente i fatti e gli argomenti già espressi in precedenza.
2.3 Il Tribunale d'appello ha invece rinunciato a pronunciarsi.
3. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (art. 29 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
3.1 Dato che il litigio verte sul diritto della ricorrente di continuare ad occupare i locali commerciali oggetto del contratto di locazione concluso nel 2002, si è in presenza di un ricorso rivolto contro una decisione pronunciata in materia civile (art. 72 cpv. 1 LTF).
3.1.1 Il giudizio impugnato è stato emanato dall'autorità cantonale di ultima istanza (art. 75 LTF) e pone fine alla procedura di sfratto nei confronti della ricorrente (art. 90 LTF). In quanto parte vincente essa non è legittimata a contestare il merito della pronunzia cantonale, mentre le può venir riconosciuto un interesse giuridicamente protetto alla modifica del giudizio sulle ripetibili (art. 76 LTF).
3.1.2 La ricorrente misconosce tuttavia la regolamentazione dei rimedi di diritto secondo la LTF allorquando, pur riconoscendo che il valore di causa supera l'importo di fr. 15'000.-- (art. 74 cpv. 1 lett. a combinato con l'art. 51 LTF), afferma che nel quadro dell'attuale procedura ricorsuale il valore litigioso minimo non sarebbe raggiunto perché il gravame concerne unicamente l'indennità per ripetibili di fr. 1'000.--. Giusta l'art. 51 cpv. 1 lett. a LTF in caso di ricorso contro una decisione finale, il valore litigioso è infatti determinato dalle conclusioni rimaste controverse dinanzi all'autorità inferiore.
3.1.3 Contrariamente a quanto asserito dalla ricorrente, il ricorso in materia civile è quindi ammissibile, ciò che comporta automaticamente l'inammissibilità del ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 LTF).
3.2 L'errata indicazione del rimedio di diritto non nuoce tuttavia alla ricorrente, giacché anche nell'ambito del ricorso in materia civile è possibile prevalersi della violazione del divieto dell'arbitrio, sancito dall'art. 9 Cost., nell'applicazione del diritto cantonale (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 466).
3.2.1 Giusta l'art. 106 cpv. 2 LTF la violazione di diritti fondamentali può tuttavia essere esaminata soltanto se la censura è stata debitamente sollevata e motivata; il campo di applicazione di questa norma corrisponde a quello del precedente ricorso di diritto pubblico per violazione dei diritti costituzionali e valgono i medesimi requisiti di motivazione (<ref-ruling> consid. 1.4.2; <ref-ruling> consid. 2).
Di conseguenza, qualora, come nel caso concerto, venga sollevata la censura di arbitrio, la parte ricorrente non può limitarsi a contrapporre il proprio parere a quello dell'autorità cantonale, come se il Tribunale federale fosse una superiore giurisdizione di appello a cui compete di rivedere liberamente il fatto e il diritto e di ricercare la corretta applicazione delle norme invocate (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 261 seg.). Per giurisprudenza invalsa, infatti, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2.1 con rinvii). Tocca alla parte ricorrente esporre in maniera chiara e dettagliata le ragioni per le quali la sentenza cantonale risulta arbitraria.
3.2.2 L'allegato sottoposto al vaglio del Tribunale federale non soddisfa le esigenze di motivazione appena esposte.
Senza nemmeno indicare esplicitamente la norma del diritto cantonale che disciplina la fissazione delle ripetibili - ma facendo anzi riferimento a una normativa (la TOA) che non è più in vigore - la ricorrente si limita infatti ad asseverare genericamente che per la stesura dell'atto d'appello sarebbero state necessarie otto ore, senza tuttavia sostanziare adeguatamente le ragioni per le quali un simile dispendio orario si è reso necessario, visto che - come osservato dall'opponente - la pratica era ben nota al suo patrocinatore e nell'appello sono stati verosimilmente ripresi argomenti già addotti in prima istanza.
3.3 Il ricorso deve pertanto venir dichiarato inammissibile poiché non motivato conformemente alle esigenze poste dall'art. 106 cpv. 2 LTF.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 600.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.