Sachverhalt:
A. A._ ist Eigentümer des Grundstücks Kat.-Nr. 1436, Bitziberg 14, in Bachenbülach. Mit Schreiben vom 2. September 2008 und 5. Mai 2009 verlangte er vom Gemeinderat Bachenbülach, es sei in Vollzug der Baubewilligung vom 29. Juni 1976 der Eintrag eines Benutzungsrechts für zwei Garagen als Grunddienstbarkeit zulasten des Grundstücks Kat.-Nr. 1437 und zugunsten seines Grundstücks Kat.-Nr. 1436 im Grundbuch durchzusetzen.
Mit Beschluss vom 12. Januar 2010 lehnte der Gemeinderat Bachenbülach dieses Gesuch ab.
B. Hintergrund dieses Verfahrens bilden die folgenden Gegebenheiten:
Der Gemeinderat Bachenbülach erteilte am 8. Januar 1974 der B._ die baurechtliche Bewilligung für ein Einfamilienhaus mit angebautem Garagentrakt auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1437, Bitziberg 12, in Bachenbülach. Der Garagentrakt umfasst sieben Autoeinstellplätze, nämlich zwei Einstellräume für je zwei Autos und einen Einstellraum für drei Autos. Gemäss Absatz 6 der Erwägungen und Disp.-Ziff. 1.8 waren für das Bauvorhaben wenigstens drei Abstellplätze für Motorfahrzeuge bereitzustellen.
Am 2. März 1976 erteilte der Gemeinderat Bachenbülach der C._AG die Baubewilligung für zwei Einfamilienhäuser auf den angrenzenden Grundstücken Kat.-Nr. 1436, Bitziberg 14, und Kat.-Nr. 1435, Bitziberg 16. Gemäss Erwägung b des Baubeschlusses sind für die beiden neuen Häuser bereits früher je zwei Garagen auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1437 erstellt worden. Die Baubewilligung erfolgte unter der Auflage, dass die Benützungsrechte für je zwei Garagen auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1437 vor Baubeginn dem Gemeinderat schriftlich nachgewiesen werden (Disp.-Ziff. 1.6).
Mit Schreiben vom 22. März 1976 teilte die C._AG dem Gemeinderat Bachenbülach mit, die sieben Garagen auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1437 seien aufgrund des schon früher eingereichten Projekts für die Erstellung von drei Einfamilienhäusern erstellt worden. Es liege im Interesse des derzeitigen Eigentümers dieser Liegenschaft, D._, dass die Benützungsrechte von je zwei Garagen zugunsten der Grundstücke Kat.-Nrn. 1436 und 1435 eingeräumt würden. Dem Schreiben war die von D._ unterzeichnete Erklärung beigefügt, dass er sich mit der "Einräumung der Benützungsrechte zG Kat. 1436 und 1435 einverstanden" erkläre.
Mit Beschluss vom 29. Juni 1976 genehmigte der Gemeinderat Bachenbülach die Ausführungspläne für die beiden bewilligten Einfamilienhäuser auf den Grundstücken Kat.-Nr. 1436, Bitziberg 14, und Kat.-Nr. 1435, Bitziberg 16. Gleichzeitig nahm er davon Kenntnis, dass sich der Grundeigentümer von Kat.-Nr. 1437, D._, zur Einräumung der erforderlichen Benützungsrechte für die Autoeinstellplätze bereit erklärt habe, und verpflichtete die Bauherrschaft, "diese Benützungsrechte für die beiden Baugrundstücke dinglich durch einen Eintrag im Grundbuch/Grundregister dauernd sicherzustellen"; er fügte an, dass diese Einträge ohne Zustimmung des Gemeinderats Bachenbülach nicht aufgehoben werden dürften. In der Folge unterblieb ein derartiger Eintrag.
Das Grundstück Kat.-Nr. 1437, Bitziberg 12, wurde am 30. März 1984 von D._ an X.A._ verkauft; heutiger Eigentümer ist X.B._. Das Grundstück Kat.-Nr. 1436, Bitziberg 14, erwarben A._ und dessen Ehegattin im Jahre 2001/2002 von Y._. Das Grundstück Kat.-Nr. 1435, Bitziberg 16, steht heute im Eigentum von Z.A._ und Z.B._.
C. Gegen den ablehnenden Beschluss des Gemeinderates vom 12. Januar 2010 erhob A._ am 22. Februar 2010 beim Bezirksrat Bülach Rekurs. Mit Beschluss vom 8. Dezember 2010 trat dieser im Sinne der Erwägungen auf den Rekurs nicht ein.
Mit Beschwerde vom 3. März 2011 zog A._ den Entscheid des Bezirkrates an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 13. Juli 2011 ab.
D. Gegen diesen verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat A._ am 16. September 2011 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt, es sei das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichtes aufzuheben und der Beschwerdegegner zu verpflichten, "die Eintragung von Dienstbarkeiten (Benützungsrechte für zwei Garagen) zu Lasten Grundstück Kat. Nr. 1437, zu Gunsten Kat.-Nr. 2436, durchzusetzen."
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei; im Übrigen hat es auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Gemeinderat Bachenbülach beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, sie eventuell abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gezogen werden kann. Die Beschwerde ist rechtzeitig erhoben worden. Der Beschwerdeführer ist mit seinem Begehren um Durchsetzung einer baurechtlichen Auflage zugunsten seines Grundstückes nicht durchgedrungen, durch den angefochtenen Entscheid in besonderem Masse berührt und damit ohne Weiteres zur Beschwerde berechtigt (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 89 Abs. 1 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
Nach <ref-law> kann die Verletzung von Bundesrecht, inkl. Bundesverfassungsrecht gerügt werden. Kantonales Recht und dessen Anwendung kann lediglich vor dem Hintergrund des Verfassungsrechts als verletzt gerügt werden.
Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt und aufzeigt, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Eine qualifizierte Rügepflicht gilt nach Art. 106 Abs. 2 BGG in Bezug auf die Verletzung von Grundrechten; dazu zählt auch die Rüge der Willkür hinsichtlich der Anwendung von kantonalem Recht und der Sachverhaltsfeststellung. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene Rügen. Es genügt nicht, wenn der Beschwerdeführer lediglich seine eigene Auffassung jener der Vorinstanz gegenüberstellt. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid wird nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.5 S. 314; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389, je mit Hinweisen). Ob und inwiefern die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen genügt, ist im entsprechenden Sachzusammenhang zu prüfen.
2. 2.1 Baurechtliche Auflagen, in gebotenem Masse die erforderlichen Abstellplätze zu schaffen, stellen Nebenbestimmungen zu einer Baubewilligung dar. Sie bedürfen einer gesetzlichen Grundlage und stützen sich heute auf § 242 ff. des Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 7. September 1975 (PGB/ZH; LS 700.1). Diese Bestimmungen waren zum Zeitpunkt der umstrittenen Baubewilligungen in den Jahren 1974 und 1976 noch nicht anwendbar. Damals galt das Baugesetz für Ortschaften mit städtischen Verhältnissen, das die Herrichtung angemessener Abstellflächen vorsah. Diese Regelung wurde im Wesentlichen ins PBG übernommen. Bei dieser Sachlage stellte das Verwaltungsgericht auf die neurechtlichen Bestimmungen des PBG ab. Der Beschwerdeführer stellt diese Betrachtungsweise nicht in Frage. Demnach ist für die nachfolgende Beurteilung von § 242 ff. PBG auszugehen.
2.2 Das Vorhandensein einer genügenden Anzahl von Autoabstellplätzen gehört zu den Grundanforderungen an Bauten und Anlagen. Diese müssen gemäss § 244 Abs. 1 PGB/ZH auf dem Baugrundstück oder in nützlicher Entfernung davon liegen. Kann die Parkplatzerstellungspflicht nicht realiter erfüllt werden, sind unter den in § 245 Abs. 2 PGB/ZH genannten Voraussetzungen Ersatzlösungen möglich: gemäss § 245 Abs. 2 PBG/ZH in erster Linie die Schaffung oder Beteiligung an Gemeinschaftsanlagen, ferner nach § 246 Abs. 1 PGB/ZH die Leistung einer Ersatzabgabe.
Das Verwaltungsgericht führte aus, es bestehe ein erhebliches öffentliches Interesse daran, dass die Parkplätze ihrer Zweckbestimmung erhalten bleiben. Dies verlange entsprechende rechtliche Sicherungsmassnahmen, wenn Pflichtabstellplätze auf Drittgrundstücken realisiert werden. In Betracht falle eine dingliche Sicherung mittels Eigentumsrechten, Baurechten oder Grunddienstbarkeiten. Nach der Praxis des Verwaltungsgerichts könne die Sicherung auch durch langjährige Mietverträge erfolgen; werden diese gekündigt und werde damit die Abstellplatzpflicht nicht mehr realiter erfüllt, könne die Erhebung einer Ersatzabgabe eingreifen.
Der Beschwerdeführer zieht diese Grundsätze nicht in Frage. Er kritisiert einzig die Praxis des Verwaltungsgerichts, wonach die Parkplatzpflicht auch durch langjährige Mietverträge gesichert werden könne. Diese Kritik ist indes für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde ohne weitere Bedeutung.
2.3 Umstritten ist im vorliegenden Verfahren zum einen die Bedeutung der baurechtlichen Bewilligungen vom 2. März und 29. Juni 1976 für die Grundstücke Kat.-Nrn. 1436 und 1435. Danach waren vor Baubeginn die Benützungsrechte für je zwei Garagen auf dem Grundstück Kat.-Nr. 1437 schriftlich nachzuweisen; die Bauherrschaft hatte die Benützungsrechte für die Autoeinstellplätze und -abstellplätze für die beiden Baugrundstücke dinglich durch einen Eintrag im Grundbuch/ Grundregister dauernd sicherzustellen. Zum andern ist die Tragweite der Erklärung des Grundeigentümers der Kat.-Nr. 1437 vom 22. März 1976 streitig, wonach dieser mit der Einräumung von Benützungsrechten für je zwei Fahrzeuge zugunsten der Liegenschaften Kat.-Nrn. 1436 und 1435 einverstanden sei.
Das Verwaltungsgericht hat ausgeführt, die genannten Auflagen in den gemeinderätlichen Beschlüssen vom 2. März und vom 29. Juni 1976 hätten ausschliesslich die Bauherrschaft als Baubewilligungsadressatin für die Kat.-Nrn. 1436 und 1435 verpflichtet. Dementsprechend seien diese Bewilligungen lediglich an die Bauherrschaft gerichtet worden. Nicht einbezogen wurde demgegenüber der Grundeigentümer der Kat.-Nr. 1437. Ihm wurden die Baubewilligungen mit den entsprechenden Auflagen nicht eröffnet. Es hätte auch an einer gesetzlichen Grundlage gefehlt, diesen zu verpflichten, seine Parkplätze zur Verfügung zu stellen. Eine solche Verpflichtung würde einen schweren Eingriff in dessen Eigentumsrechte darstellen.
Der Beschwerdeführer stimmt darin überein, dass die umstrittenen Auflagen alleine an die Bauherrin, die C._AG, gerichtet war. Eine formelle Eröffnung an den Eigentümer der Kat.-Nr. 1437 sei "(jedenfalls theoretisch) aus rechtlichen Gründen nicht möglich" gewesen. Der Gemeinderat hätte im Zeitpunkt des Erlasses der (ersten) Auflage zu einer Eröffnung an den Grundeigentümer der Kat.-Nr. 1437 auch keine Veranlassung gehabt, weil er von dessen nachbarlicher Sicherstellung noch keine Kenntnis hatte.
2.4 Aus diesen Sachumständen ergibt sich, dass die streitigen Auflagen dem Eigentümer der Kat.-Nr. 1437 nicht eröffnet wurden, ihm nicht hätten eröffnet werden müssen und ihn daher förmlich auch nicht verpflichten konnten. Mit der Baubewilligung als Verfügung wird ein einheitliches Rechtsverhältnis begründet. Die Auflage ist Teil des begründeten Rechtsverhältnisses. Als solche verpflichtet die in der Baubewilligung verankerte Auflage den Baubewilligungsnehmer als Verfügungsadressaten zu einem Tun, Dulden oder Unterlassen (Christian Mäder, Das Baubewilligungsverfahren, 1991, S. 256, N. 484; Mischa Berner, Die Baubewilligung und das Baubewilligungsverfahren, unter besonderer Berücksichtigung des luzernischen Rechts, 2009, S. 48). Aus den Akten ist ersichtlich, dass Verfügungsadressatin der Baubewilligung vom 2. März 1976 sowie der ergänzenden Baubewilligung vom 29. Juni 1976 nur die C._AG als Bauherrin resp. ihr damaliger Vertreter, Architekt M. Mossdorf, ist. Daraus folgt, dass nur die Bauherrin resp. ihr Vertreter, an die rechtskräftig verfügte Auflage gebunden sind (Mäder, a.a.O, S. 257 N. 485). Demnach kann die Behörde nur gegenüber dem Adressaten der Baubewilligung auf Erfüllung der Auflage bestehen (Mäder, a.a.O., S. 257, S. 485).
Nach dem angefochtenen Entscheid hat der Gemeinderat Bachenbülach seinerzeit korrekt in seiner Verfügung vom 29. Juni 1976 alleine die Bauherrschaft, d.h. die C._AG, verpflichtet, die Benützungsrechte dinglich durch einen Ein-trag im Grundbuch/Grundregister sicherzustellen. Verpflichteten aber die erwähnten Baubewilligungen nur die C._AG direkt zur Erfüllung der Auflage, nicht aber D._ als Eigentümer des zu belastenden Grundstücks Kat-Nr. 1437, so war es auch nicht erforderlich, dass ihm die Verfügung eröffnet wurde.
Der Beschwerdeführer legt nicht resp. nicht in rechtsgenüglicher Form dar, inwiefern diese Auffassungen willkürlich sein sollten. Er setzt sich mit den baurechtlichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts nicht auseinander. Es wird nicht dargetan und ist nicht ersichtlich, dass es gegen das Willkürverbot verstossen sollte, eine verpflichtende Wirkung der Parkplatzauflage gegenüber dem Nachbarn zu verneinen. Ebenso ist haltbar, dass eine entsprechende Eröffnung unterblieb. Die Rüge der Willkür oder des überspitzten Formalismus erweist sich insoweit als unbegründet.
2.5 Den Erwägungen des Verwaltungsgerichts hält der Beschwerdeführer zur Hauptsache entgegen, dem Grundeigentümer der Kat.-Nr. 1437 komme aus den Umständen heraus eine Garantenstellung zu. Zum einen habe sich dieser in seiner Erklärung vom 22. März 1976 ausdrücklich mit der Einräumung von Benützungsrechten für je zwei Parkplätze zugunsten der Grundstücke Kat.-Nrn. 1436 und 1435 einverstanden erklärt. Dabei habe sich dieser der damit eingegangenen Verpflichtung bewusst sein und demnach die damit verbundenen "Risiken und Nebenwirkungen" in Kauf nehmen müssen. Zum andern habe der Eigentümer der Parzelle Kat.-Nr. 1437 von den Auflagen zulasten der Parzellen Kat.-Nrn. 1436 und 1435 tatsächlich Kenntnis gehabt, weil die Bauherrschaft und die Bewilligungsadressatin für die begünstigten Liegenschaften Kat.-Nrn. 1435 und 1436 völlig identisch gewesen seien mit der Grundeigentümerin der (belasteten) Liegenschaft Kat.-Nr. 1437. Aus dieser Garantenstellung schliesst der Beschwerdeführer, dass die entsprechende Auflage auch den Eigentümer der Kat.-Nr. 1437 verpflichte.
Diese Betrachtungsweise des Beschwerdeführers wird dem Baubewilligungsverfahren nicht gerecht. Sie ist nicht geeignet, die Auffassung des Verwaltungsgerichts als willkürlich erscheinen zu lassen. Überdies setzt sich der Beschwerdeführer mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid nicht in genügender Weise auseinander.
Aus dem Baubewilligungsverfahren und dem Rechtsverhältnis, das bei Erteilung einer Baubewilligung und der Anordnung von Auflagen entsteht, kann ohne Willkür abgeleitet werden, dass die Parkplatzpflicht einzig den Bewilligungsadressaten verpflichtet und den Nachbarn nicht belastet. Daran vermag auch die Erklärung vom 22. März 1976 nichts zu ändern. Der damalige Grundeigentümer von Kat.-Nr. 1437 wird dadurch nicht direkt gegenüber der Baubehörde zur Realisierung der Pflichtabstellplätze bzw. zu deren rechtlicher Sicherung verpflichtet, mit der Folge, dass die Baubehörde die Eintragung eines dinglichen Benutzungsrechts zulasten des Grundstücks Kat.-Nr. 1437 im Grundbuch hätte anordnen können. Die Erklärung vom 22. März 1976, mit der Einräumung von Benutzungsrechten für Parkplätze einer dieser gegenüber keine Bindungswirkung. Die Erklärung kann keine Wirkung über das hinaus entfalten, was sich aus dem öffentlichen Recht ergibt. Bei dieser Sachlage durfte das Verwaltungsgericht ohne Willkür schliessen, dass die vom Beschwerdeführer vorgebrachte Garantenstellung allenfalls zivilrechtliche Fragen aufwerfe, die indes im verwaltungsgerichtlichen Verfahren nicht zu prüfen seien. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Verweis des Verwaltungsgerichts auf eine allfällige zivilrechtliche Komponente gegen das Willkürverbot verstossen sollte.
Im Lichte des Baurechts ist gleichermassen nicht von Bedeutung, dass der Eigentümer der Kat.-Nr. 1437 von den die Bewilligungsadressaten der Kat.-Nrn. 1436 und 1435 belastenden Auflagen Kenntnis hatte. Diese Kenntnis allein verpflichtete diesen in keiner Weise, von sich aus aktiv zu werden. Daraus kann ohne Willkür geschlossen werden, dass sich die Baubehörde für eine dingliche Durchsetzung der Parkplatzpflicht nicht auf die blosse Kenntnis des Inhabers von Kat.-Nr. 1437 abstützen konnte. Nicht anders verhält es sich mit dem Umstand, dass eine Parkplatzbenützung tatsächlich während längerer Zeit gewährt worden sein soll.
2.6 In Übereinstimmung mit den Auffassungen von Gemeinderat und Bezirksrat hat das Verwaltungsgericht überdies angefügt, dass der vom Beschwerdeführer verlangten Eintragung von Grunddienstbarkeiten als Benützungsrecht an je zwei Garagen in Vollzug der seinerzeitigen Verfügungen von 1976 auch Gründe der Verwirkung entgegenstünden. Nach der bundesgerichtlichen Praxis, insbes. BGE 107 Ia 121, verwirke die Befugnis, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands zu verlangen, nach 30 Jahren. Diese Befristung gelte auch im vorliegenden Fall.
Demgegenüber macht der Beschwerdeführer unter Hinweis auf <ref-ruling> geltend, die Annahme einer grundsätzlich 30-jährigen Verwirkungsfrist sei unzutreffend. Mangels gesetzlichen Angelpunktes sei somit auch diese Annahme der Vorinstanz rechtswidrig und willkürlich.
Wie es sich mit der Verjährung oder Verwirkung der seinerzeitigen Auflagen von 1976 verhält, kann offen bleiben. Gleichwohl kann das Folgende angefügt werden.
Das Institut der Verjährung gilt als allgemeiner Rechtsgrundsatz des schweizerischen Verwaltungsrechts, weshalb öffentlich-rechtliche Ansprüche selbst beim Fehlen einer ausdrücklichen Gesetzesbestimmung der Verjährung und Verwirkung unterliegen (vgl. Häfelin/Müller/ Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Auflage, 2010, Rz. 189, 777 ff. und 795 ff.). Nach der bundesgerichtlichen Praxis verwirkt im Bereich des Baurechts der Anspruch der Behörden, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes zu verlangen, aus Gründen der Rechtssicherheit grundsätzlich nach 30 Jahren; aus Gründen des Vertrauensschutzes können sich auch kürzere Fristen rechtfertigen (<ref-ruling> E. 7 und 8 S. 365; <ref-ruling> E. 6.3 S. 39).
Der Beschwerdeführer bringt dagegen keine den Begründungsanforderung genügenden und stichhaltigen Argumente vor. Der pauschale Verweis auf <ref-ruling> vermag an der Einschätzung des Verwaltungsgerichts nichts zu ändern. Er übersieht ausserdem, dass bei der Frage der Verjährung oder Verwirkung von den heutigen Eigentumsverhältnissen auszugehen ist und der Vertrauensschutz und die Eigentumsrechte des Inhabers der Kat.-Nr. 1437 mitzuberücksichtigen sind.
3. Zusammenfassend zeigt sich, dass die Beschwerde unbegründet und demnach abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gemeinde Bachenbülach, die keinen entsprechenden Antrag gestellt hat, kommt keine Entschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Bachenbülach und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Steinmann