Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird, wie bereits im kantonalen Verfahren, eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör durch die IV-Stelle gerügt. Die Verwaltung sei in ihrer Verfügung nicht auf die im Vorbescheidverfahren erhobene Einwendung eingegangen, wonach das Valideneinkommen gemäss den Angaben der ehemaligen Arbeitgeberin vom 18. Dezember 1997 festzulegen sei. Eine Heilung dieses Mangels habe nicht stattgefunden, zumal ihr das kantonale Gericht nicht Gelegenheit gegeben habe, sich zu den Vorbringen in der Vernehmlassung der IV-Stelle im Rahmen eines zweiten Schriftenwechsels zu äussern. Diese Rüge ist auf Grund ihrer formellen Natur vorweg zu behandeln (<ref-ruling> Erw. 2b, 121 V 152 Erw. 3 mit Hinweisen).
b) Im angefochtenen Entscheid werden die massgebende Bestimmung über die Anhörung im Vorbescheidverfahren (Art. 73bis Abs. 1 IVV) und die dazu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling>, vgl. auch <ref-ruling> Erw. 3) richtig dargelegt. Darauf kann verwiesen werden. Dasselbe gilt für die Erwägungen über die Heilung der Gehörsverletzung (<ref-ruling> Erw. 4a).
c) Die Vorinstanz hat im Wesentlichen erwogen, die IV-Stelle habe den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie in ihrer Verfügung kommentarlos das Valideneinkommen gemäss Vorbescheid übernommen habe, ohne darzutun, weshalb sie die nachträglich eingereichte Lohnberechnung des ehemaligen Arbeitgebers vom 18. Dezember 1997 als unmassgeblich betrachtet habe. Diesen Mangel qualifizierte das kantonale Gericht als nicht besonders schwerwiegend, zumal sich die Verwaltung mit den gegen den ersten Vorbescheid erhobenen Einwendungen eingehend auseinandergesetzt habe. Da ihm als Beschwerdeinstanz volle Kognition zustehe, die Versicherte sich in der Beschwerde materiell geäussert und die IV-Stelle in der Vernehmlassung ihre Verfügung ausführlich begründet habe, hat es im Interesse der Verfahrensökonomie von einer Rückweisung an die Verwaltung abgesehen.
Indessen hat die Vorinstanz entschieden, ohne der Beschwerdeführerin die Vernehmlassung der Verwaltung zur Replik zuzustellen. Sie begründet dies damit, dass im Sinne von Art. 10 Abs. 2 der kantonalen Verordnung über das Verwaltungsgerichtsverfahren ein zweiter Schriftenwechsel immer dann bewilligt werde, wenn eine Partei darlege, dass sich eine weitere Stellungnahme zu einem wesentlichen Punkt aufdränge. Wohl lässt sich gemäss der zu Art. 4 aBV ergangenen Rechtsprechung zum rechtlichen Gehör, welche auch unter der Herrschaft der neuen Bundesverfassung (Art. 29 Abs. 2 BV) nach wie vor massgebend ist (<ref-ruling>), keine generelle Pflicht der Rekursinstanz ableiten, der Beschwerdeführerin die Vernehmlassung jener Behörde zuzustellen, deren Verfügung angefochten ist. Hat diese Behörde jedoch die Verfügung nicht oder nicht hinreichend begründet und erst in der Vernehmlassung die Entscheidgründe ausführlich dargelegt, verletzt die Weigerung der Rekursinstanz, der Beschwerdeführerin die Vernehmlassung zur Replik zuzustellen, deren verfassungsmässigen Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-ruling> Erw. 4b mit Hinweisen auf Rechtsprechung und Doktrin; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 1). Erst die Vernehmlassung der IV-Stelle brachte mit Bezug auf das Valideneinkommen Klarheit über die Entscheidgründe der Verwaltung, weshalb die Vorinstanz sie der Beschwerdeführerin zur Replik hätte zustellen müssen.
Nicht nur die Verwaltung, sondern auch das kantonale Gericht haben somit den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör missachtet. Eine solche Häufung von Rechtsverletzungen stellt nach der Rechtsprechung einen schwerwiegenden Verfahrensmangel dar (<ref-ruling> Erw. 4b).
d) Von einer Rückweisung der Sache zur Gewährung des rechtlichen Gehörs ist im Sinne einer Heilung des Mangels selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs dann abzusehen, wenn und soweit dies zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der Versicherten an einer möglichst beförderlichen Beurteilung ihres Anspruchs nicht zu vereinbaren sind (<ref-ruling> Erw. 3d mit Hinweisen; unveröffentlichte Urteile H. vom 4. Juli 2000 [I 191/00] und F. vom 19. April 2000 [I 30/00]).
Diese Voraussetzung ist vorliegend nicht erfüllt, weil der rechtserhebliche Sachverhalt für die Durchführung des Einkommensvergleichs nicht hinreichend abgeklärt ist, wie nachstehend noch darzutun sein wird (vgl. Erwägungen 4d und 4e).
2.- Das kantonale Gericht hat die massgeblichen Bestimmungen über die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 2 IVG), die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 28 Abs. 2 IVG), bei Nichterwerbstätigen, namentlich im Haushalt tätigen Versicherten, nach der spezifischen Methode (Art. 28 Abs. 3 IVG in Verbindung mit Art. 27 Abs. 1 und 2 IVV) sowie bei teilerwerbstätigen Versicherten nach der gemischten Methode (Art. 27bis Abs. 1 IVV) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden. Beizufügen ist, dass sich aus der Prüfung, was die Person bei im Übrigen unveränderten Umständen täte, wenn keine gesundheitliche Beeinträchtigung bestünde, ergibt, ob eine versicherte Person als ganztägig oder zeitweilig erwerbstätig oder als nichterwerbstätig einzustufen ist, was je zur Anwendung einer andern Methode der Invaliditätsbemessung (Einkommensvergleich, gemischte Methode, Betätigungsvergleich) führt. Diese Frage beurteilt sich praxisgemäss nach den Verhältnissen, wie sie sich bis zum Erlass der Verwaltungsverfügung entwickelt haben, wobei für die hypothetische Annahme einer im Gesundheitsfall ausgeübten (Teil-)Erwerbstätigkeit der im Sozialversicherungsrecht übliche Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erforderlich ist (<ref-ruling> Erw. 2c, 117 V 194 Erw. 3b, je mit Hinweisen).
3.- Die Vorinstanz ging davon aus, dass die Beschwerdeführerin ohne gesundheitliche Beeinträchtigung zu 20 % im Haushalt und zu 80 % als Spitalgehilfin tätig wäre. Sie stützte sich dabei insbesondere auf die Angaben des Arbeitgebers vom 21. Oktober 1994, wonach die Versicherte aus Rücksicht auf den Haushalt nie mehr als 80 % einer Erwerbstätigkeit habe nachgehen wollen und auf die Stellungnahme vom 2. Mai 1997 zum Vorbescheid vom 28. April 1997, in welcher die Anwendung der gemischten Methode ausdrücklich beantragt wurde.
Wenn in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde diese Aufteilung nunmehr mit dem Hinweis darauf, dass der am Unfall vom 2. September 1993 mitbeteiligte Ehemann praktisch kein Einkommen mehr erziele, in Frage gestellt wird, vermag dies nicht zu überzeugen, gab die Versicherte doch im Abklärungsbericht für Hausfrauen vom 25. Juli 1997 selber an, sie würde ohne Behinderung zu 80 % einer Erwerbstätigkeit nachgehen, da sie für ihren Lebensunterhalt selber aufkommen müsse. Angesichts dieser unterschriftlich bestätigten Aussage der Versicherten kann von einer Parteibefragung abgesehen werden.
Unbestritten ist sodann die Ermittlung der Einschränkung im Aufgabenbereich Haushalt von 61 %.
4.- Zu prüfen ist weiter die Invalidität für den Teil der Erwerbstätigkeit.
a) Gemäss Gutachten der MEDAS vom 11. März 1997 ist der Versicherten die angestammte Tätigkeit im Pflegebereich oder als Spitalgehilfin zu 25 % zumutbar, während ihr für eine körperlich leichte, wechselbelastende Tätigkeit ohne repetitives Bücken und Heben schwerer Lasten eine Arbeitsfähigkeit von 50 % attestiert wird. Wie das kantonale Gericht zutreffend ausgeführt hat, kann auf diese umfassende Expertise abgestellt werden. Wie bereits im erstinstanzlichen Verfahren wendet die Beschwerdeführerin ein, ihr Gesundheitszustand habe sich seit den Abklärungen von Ende 1996 bis zum Verfügungserlass verschlechtert, weshalb diesen keine Relevanz mehr zukomme. Indessen bringt sie auch in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht vor, in welcher Hinsicht sich eine Verschlechterung eingestellt hat. Vielmehr verweist sie lediglich auf einen Austrittsbericht der Rehaklinik Rheinfelden vom 6. April 1999. Diesem können für die Zeit von November 1996 bis April 1998 jedoch keine zuverlässigen Angaben über den Gesundheitszustand und die Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit entnommen werden.
b) Das kantonale Gericht hat einen Invaliditätsgrad für den ausserhäuslichen Bereich von 65,4 % ermittelt. Zu diesem Ergebnis gelangte es, indem es bei der Ermittlung des Valideneinkommens auf die Einkommensverhältnisse bei der zuletzt ausgeübten Teilzeittätigkeit als Spitalgehilfin gemäss den Angaben im Fragebogen für den Arbeitgeber vom 21. Oktober 1994 abgestellt und dieses bei einem Arbeitspensum von 80 % für das Jahr 1994 auf Fr. 47'364. - (inkl. Zuschlag für Sonntags- und Nachtdienst) festgesetzt hat. Dem hat es ein Invalideneinkommen im Jahre 1994 von Fr. 16'380. - gegenübergestellt.
c) Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, es seien bei der Ermittlung des Valideneinkommens die ihr von der früheren Arbeitgeberfirma ausgerichteten Familienzulagen hinzuzurechnen, kann dem nicht gefolgt werden. Denn Einkommensbestandteile, welche - wie die (im orts- oder branchenüblichen Rahmen gewährten) Familienzulagen - nicht zum ahv-pflichtigen Erwerbseinkommen gehören, nicht als Bemessungsgrundlage für den Validenlohn im Sinne von Art. 28 Abs. 2 IVG herangezogen werden dürfen (Art. 25 Abs. 1 IVV in Verbindung mit Art. 5 Abs. 1 AHVG und Art. 6 Abs. 2 lit. f AHVV).
d) Zutreffend ist hingegen der Einwand, im Sozialversicherungsprozess sei für den Einkommensvergleich grundsätzlich auf die tatsächlichen Verhältnisse im Zeitpunkt des Erlasses der Verwaltungsverfügung abzustellen (<ref-ruling> Erw. 1a). Zwar hat das Eidgenössische Versicherungsgericht ausnahmsweise auch auf den Zeitpunkt des Rentenanspruchs abgestellt, sofern sich bei einem solchen Vorgehen am Verhältnis zwischen Validen- und Invalideneinkommen und damit am Invaliditätsgrad letztlich nichts änderte, weil sich die Nominallohnentwicklung beider Vergleichseinkommen ungefähr im selben Ausmass auswirkte (unveröffentlichtes Urteil O. vom 27. März 1996 [I 38/96]). Diese Voraussetzungen sind vorliegend jedoch nicht gegeben, da die Einkommensentwicklung beim ehemaligen Arbeitgeber, wie sie dem Fragebogen vom 21. Oktober 1994 entnommen werden kann, nicht parallel zur allgemeinen Nominallohnentwicklung verlief (vgl. Die Volkswirtschaft 1/1998 Anhang S. 28 Tabelle B 10.2).
Wenn die Vorinstanz auf die Lohnangaben 1994 gemäss Fragebogen für den Arbeitgeber abgestellt hat, kann dem somit nicht beigepflichtet werden. Gleiches gilt - entgegen den Darlegungen der IV-Stelle im kantonalen Verfahren - für das Einkommen 1993 von Fr. 45'438. 85, welches sich gemäss den zutreffenden Ausführungen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zudem nicht auf ein ganzes Jahr bezieht. Was schliesslich die von der Beschwerdeführerin eingeholten Lohnangaben 1993 und 1997 betrifft, geht aus den Angaben vom 18. Dezember 1997 nicht schlüssig hervor, ob sich diese auf die mutmasslichen Lohnverhältnisse der Beschwerdeführerin beziehen oder lediglich allgemeine Angaben zur Gehaltsentwicklung in der Lohnklasse 6+4 wiedergeben. Da sich eine zuverlässige Ermittlung des Valideneinkommens im Zeitpunkt des Verfügungserlasses vom 2. April 1998 den Akten nicht entnehmen lässt, wird die IV-Stelle diesbezüglich ergänzende Abklärungen vorzunehmen haben.
e) Da die Versicherte nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine oder jedenfalls keine ihr an sich zumutbare neue Erwerbstätigkeit aufgenommen hat, können zur Festlegung des Invalideneinkommens sogenannte Tabellenlöhne beigezogen werden. Mit Bezug auf die für den Verwendungszweck des Einkommensvergleichs massgebende Tabellengruppe A (standardisierte Bruttolöhne) gilt es ausserdem zu berücksichtigen, dass ihr generell eine Arbeitszeit von 40 Wochenstunden zu Grunde liegt, welche der betriebsüblichen Arbeitszeit anzupassen ist (<ref-ruling> Erw. 3b/bb), wobei der 13. Monatslohn im Bruttolohn enthalten ist (LSE 1998 S. 9; <ref-ruling> Erw. 7a). Sodann gilt es der Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts zu den Abzügen vom Tabellenlohn Rechnung zu tragen, wie sie in <ref-ruling> bereinigt und weiterentwickelt wurde.
Es wird Aufgabe der IV-Stelle sein, das Invalideneinkommen 1998 in diesem Sinne zu ermitteln und zu prüfen, ob Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die Versicherte auf Grund persönlicher und beruflicher Merkmale ihre gesundheitlich bedingte Restarbeitsfähigkeit nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann. Bejahendenfalls wird sie den Abzug - der höchstens 25 % betragen darf - nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft schätzen und kurz begründen, warum sie einen Abzug vom Tabellenlohn gewährt (<ref-ruling> Erw. 5b).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Obwalden vom 14. Juli 1999 und die Verwaltungsverfügung vom 2. April 1998 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle Obwalden zurückgewiesen wird, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Leistungsanspruch neu verfüge.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle Obwalden hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 2. April 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: