Faits:
A. S._ a travaillé jusqu'au 30 juin 2005 en qualité de travailleur social et d'animateur socio-culturel à 70 % pour le compte de la Fondation X._. Il a ensuite touché des indemnités de l'assurance-chômage jusqu'au 30 juin 2007.
Le 9 mai 2008, il a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité tendant à un reclassement dans une nouvelle profession. L'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'office AI) a recueilli les renseignements médicaux usuels auprès des docteurs R._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie (rapport du 7 mai 2008), et G._, spécialiste en médecine interne générale (rapport du 17 mai 2008). Il ressortait de ces documents que l'assuré souffrait depuis de nombreuses années d'un syndrome anxio-dépressif et d'un trouble déficitaire de l'attention avec hyperactivité (TDA-H).
Constatant que les troubles susmentionnés n'avaient pas eu dans le passé de répercussions sur sa capacité de travail, l'office AI a, par décision du 24 octobre 2008, rejeté la demande de mesures d'ordre professionnel déposée par l'assuré.
B. S._ a déféré cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève (aujourd'hui: la Cour de Justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales). Après avoir entendu en audience la doctoresse R._, la juridiction cantonale a confié la réalisation d'une expertise au docteur A._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie. Dans son rapport du 23 juin 2010, ce médecin a retenu les diagnostics de perturbation de l'activité et de l'attention (depuis l'enfance) et de trouble mixte de la personnalité (depuis l'adolescence). L'expert a expliqué que la capacité de travail de l'assuré était nulle dans l'activé d'animateur socioculturel ou de travailleur social en raison de son impulsivité, de son impatience, de son irritabilité, de son faible contrôle de soi et de ses pulsions agressives; la capacité de travail était en revanche totale dans une activité appropriée. L'assuré disposait des compétences requises pour entreprendre et réussir une réadaptation professionnelle, pour autant que celle-ci se déroule dans un milieu professionnel tolérant et lui donne de l'indépendance et des responsabilités dans l'accomplissement de son travail. Après avoir requis quelques compléments d'information auprès du docteur A._ (courrier du 30 mai 2011), la juridiction cantonale a, par jugement du 13 septembre 2011, admis le recours, annulé la décision du 24 octobre 2008, renvoyé la cause à l'office AI pour mise en oeuvre d'un stage d'observation et nouvelle décision au sens des considérants, et dit que l'assuré avait droit à des indemnités journalières d'attente dès le 26 juin 2010.
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à ce que le dossier lui soit renvoyé pour qu'il procède à une instruction complémentaire.
S._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Bien que le dispositif de l'acte entrepris renvoie la cause à l'office recourant, il ne s'agit pas d'une décision incidente au sens de l'art. 93 LTF, dès lors que la juridiction cantonale a statué définitivement sur les points contestés, le renvoi de la cause ne visant qu'à contraindre l'administration à mettre en oeuvre une mesure d'observation professionnelle, tout en réservant la suite de la procédure. Le recours est par conséquent recevable, puisqu'il est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF; arrêt 9C_684/2007 du 27 septembre 2007 consid. 1.1, in SVR 2008 IV n° 39 p. 131).
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3. 3.1 La juridiction cantonale a constaté que l'intimé présentait une capacité de travail nulle dans son activité habituelle depuis le 1er juin 2005. Si le docteur A._ avait admis une capacité de travail complète dans une activité adaptée, il avait néanmoins préconisé une évaluation de l'aptitude du recourant à suivre des mesures de réadaptation. C'est pourquoi il convenait de mettre en oeuvre, dans un premier temps, un stage d'observation afin de déterminer les activités adaptées et les possibilités de reclassement de l'intimé. A l'issue de cette mesure qui devait permettre de cerner les possibilités effectives de réadaptation, il incomberait à l'office recourant de déterminer son taux d'invalidité, lequel conditionnerait son droit à un reclassement professionnel et, le cas échéant, à une rente d'invalidité. Compte tenu de l'incapacité de travail totale dans l'activité adaptée, l'intimé pouvait prétendre à des indemnités journalières d'attente à compter de la date où les résultats de l'expertise sur l'incapacité de travail et l'aptitude du recourant à suivre des mesures de réadaptation avaient été connus.
3.2 L'office recourant reproche à la juridiction cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire en jugeant que l'art. 15 LAI (orientation professionnelle) trouvait application, alors que tous les intervenants étaient unanimes à dire qu'une formation d'ébéniste était totalement indiquée et parfaitement adaptée tant aux limitations fonctionnelles décrites médicalement qu'aux aspirations personnelles de l'assuré. Le choix d'un nouveau métier n'était par conséquent absolument pas en cause. Si par impossible une mesure d'orientation professionnelle devait néanmoins être ordonnée, elle ne pouvait donner lieu à l'octroi d'indemnités journalières d'attente, dès lors que le droit à un éventuel reclassement professionnel n'avait pas encore été déterminé.
4. En tant que l'office recourant critique le bien-fondé de l'octroi d'une mesure d'observation professionnelle, il ne parvient pas à démontrer le caractère insoutenable des considérations de l'autorité cantonale. L'office recourant ne présente aucune argumentation précise et circonstanciée à l'appui de son grief qui remettrait en cause les conclusions auxquelles est parvenu le docteur A._ au terme de son expertise. Il se contente en l'espèce d'opposer sa propre thèse, fondée sur les points de vue d'autres intervenants à la procédure, ce qui n'est pas suffisant pour démontrer que l'autorité précédente aurait arbitrairement retenu la nécessité de procéder à une mesure d'observation professionnelle. Le grief du recourant sur ce point doit par conséquent être rejeté.
5. Cela étant admis, les premiers juges ont violé le droit fédéral en allouant à l'intimé des indemnités journalières d'attente.
5.1 Selon la jurisprudence constante (<ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 1a p. 140 et les arrêts cités), l'indemnité journalière de l'assurance-invalidité est une prestation accessoire à certaines mesures de réadaptation. Elle ne peut être versée en principe que si et tant que des mesures de réadaptation de l'assurance-invalidité sont exécutées. Conformément à ce principe, il n'existe, en règle générale, aucun droit à une indemnité journalière pendant les périodes où aucune mesure de réadaptation n'est exécutée. Toutefois, le législateur a prévu une exception notamment durant le délai d'attente avant la mise en oeuvre de mesures de réadaptation, et a chargé le Conseil fédéral de fixer les conditions de ce droit (art. 22 al. 6 LAI), ce que celui-ci a fait en édictant l'art. 18 al. 1 RAI. Le droit aux indemnités journalières en vertu de cette disposition réglementaire suppose, par définition, que l'assuré doive attendre le début de mesures de réadaptation et non pas simplement des mesures d'instruction destinées à réunir les données nécessaires sur son état de santé, son activité, sa capacité de travail, son aptitude à être réadapté ou encore sur l'indication de mesures de réadaptation (<ref-ruling> consid. 3b p. 91). Il faut, en outre, que les mesures de réadaptation apparaissent indiquées, tant objectivement que subjectivement. Point n'est besoin, en revanche, que l'administration ait rendu une décision à leur sujet; il suffit que de telles mesures entrent sérieusement en ligne de compte dans le cas concret (<ref-ruling> consid. 2a p. 277).
5.2 Dans la mesure où les premiers juges ont reconnu, sur la base des indications fournies par l'expertise réalisée par le docteur A._, qu'il était nécessaire de cerner au préalable les possibilités effectives de réadaptation de l'intimé par le biais d'une mesure d'observation professionnelle avant d'ordonner une mesure de reclassement, ils ont admis que l'ensemble des données utiles à l'examen de l'aptitude - objective et subjective - à la réadaptation n'étaient pas réunies à ce stade de la procédure. Dès lors que l'indication à une mesure de réadaptation n'était pas encore donnée, l'intimé ne pouvait pas prétendre à l'octroi d'indemnités journalières dans l'attente de la mise en oeuvre de la mesure d'observation professionnelle.
6. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis. Les frais judiciaires seront mis proportionnellement à la charge de l'office recourant et de l'intimé (art. 66 al. 1 LTF). L'intimé a droit à une indemnité de dépens réduite pour l'instance fédérale à la charge de l'office recourant (art. 68 al. 1 LTF). Il a par ailleurs déposé une demande d'assistance judiciaire visant à la dispense des frais judiciaires et à la désignation d'un avocat d'office. Vu qu'il émarge à l'aide sociale, il en remplit les conditions (art. 64 al. 1 LTF), si bien qu'il sera dispensé de sa part des frais judiciaires et les honoraires de son avocat seront pris en charge partiellement par la caisse du Tribunal fédéral. Il est toutefois rendu attentif au fait qu'il devra rembourser la caisse du Tribunal, s'il retrouve ultérieurement une situation financière lui permettant de le faire (art. 64 al. 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Le jugement de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 13 septembre 2011 est annulé en tant qu'il dit que S._ a droit à des indemnités journalières d'attente dès le 26 juin 2010. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. L'assistance judiciaire est accordée à l'intimé.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis pour 250 fr. à la charge du recourant et pour 250 fr. à la charge de l'intimé. La part de frais mise à la charge de l'intimé est toutefois supportée provisoirement par la caisse du Tribunal.
4. Le recourant versera à l'intimé la somme de 600 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
5. Maître Michael Anders est désigné en tant qu'avocat d'office de l'intimé et une indemnité de 600 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, supportée par la caisse du Tribunal.
6. La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
7. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Piguet