Sachverhalt:
A. Auf Begehren der Gläubigerin Y._ eröffnete das Bezirksgericht Bülach mit Urteil vom 25. September 2012 über die X._ AG mit Sitz in A._ den Konkurs.
B. Dagegen erhob die Schuldnerin am 8. Oktober 2012 Beschwerde. Mit Präsidialverfügung vom 10. Oktober 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt. Gleichzeitig wurde die Schuldnerin schriftlich darauf aufmerksam gemacht, dass sie innerhalb der Rechtsmittelfrist die nötigen Unterlagen (Bankkontoauszüge bzw. weitere Unterlagen, die geeignet sind, kurzfristig abrufbare Guthaben oder Vermögenswerte nachzuweisen; unterzeichnete, evtl. durch Urkunden ausgewiesene aktuelle Debitoren- und Kreditorenliste; Jahres- bzw. Zwischenabschlüsse) beizubringen habe, um ihre Zahlungsfähigkeit glaubhaft zu machen. Am 22. Oktober 2012 reichte die Schuldnerin diverse Unterlagen nach. Mit Urteil vom 1. November 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab und eröffnete über die Schuldnerin den Konkurs.
C. Gegen dieses Urteil hat die X._ AG am 7. November 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Verzicht auf die Konkurseröffnung, eventualiter um Rückweisung der Sache an das Obergericht. Mit Präsidialverfügung vom 29. November 2012 wurde der Beschwerde in dem Sinn aufschiebende Wirkung erteilt, dass Vollstreckungsmassnahmen zu unterbleiben haben, mit anderen Worten das Konkursverfahren nicht gefördert werden darf, jedoch allenfalls bereits getroffene Sicherungsmassnahmen aufrecht erhalten bleiben. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein obergerichtlicher Entscheid betreffend Weiterziehung eines Konkurses (<ref-law>), welcher streitwertunabhängig in den Anwendungsbereich der Beschwerde in Zivilsachen fällt (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. d und Art. 75 Abs. 1 BGG).
2. Das Obergericht hat festgestellt, dass die Konkursforderung samt Betreibungskosten beglichen wurde, womit <ref-law> erfüllt sei. Mit Bezug auf die glaubhaft zu machende Zahlungsfähigkeit hat das Obergericht erwogen, dass das erstinstanzliche Konkurserkenntnis der Schuldnerin am 1. Oktober 2012 zur Abholung gemeldet worden und nach sieben Tagen als "nicht abgeholt" ans Gericht zurückgegangen sei, womit es als am 8. Oktober 2012 zugestellt zu gelten habe (<ref-law>). Die zehntägige Beschwerdefrist sei demnach am 18. Oktober 2012 abgelaufen. Die Eingabe vom 22. Oktober 2012 und die dabei eingereichten Dokumente könnten deshalb nicht mehr berücksichtigt werden (Art. 138 Abs. 3 lit. a, Art. 142 Abs. 1 und Art. 321 Abs. 2 ZPO), weil sie erst nach Ablauf der Rechtsmittelfrist der Post übergeben worden seien (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Mithin liege für die Glaubhaftmachung der Zahlungsfähigkeit einzig der am 8. Oktober 2012 eingereichte Betreibungsregisterauszug über die letzten zwei Jahre vor. Diesbezüglich treffe es zwar zu, dass dieser neben der Konkursforderung nur vier weitere Betreibungen im Gesamtbetrag von Fr. 8'124.-- ausweise, die sich alle im Stadium des Rechtsvorschlages befänden. Dies allein genüge jedoch nicht, um die Zahlungsfähigkeit glaubhaft zu machen, worauf die Schuldnerin während der Rechtsmittelfrist mündlich und schriftlich aufmerksam gemacht worden sei.
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, weil das erstinstanzliche Konkurserkenntnis nach sieben Tagen an das Gericht zurückgegangen sei, habe sie den Tag, an welchem ihr das Urteil hätte zugestellt werden sollen, nicht gekannt, und folglich habe sie auch nicht gewusst, wann die Rechtsmittelfrist zu laufen begonnen habe. Bei der Aufforderung vom 10. Oktober 2012 hätte ihr das Obergericht mitteilen können, dass die Rechtsmittelfrist am 18. Oktober 2012 ablaufe; indem das Obergericht einzig darauf hingewiesen habe, dass die nötigen Unterlagen innert der Rechtsmittelfrist einzureichen seien, habe es sich ungenau ausgedrückt. Sie habe die besagte Verfügung am 11. Oktober 2012 in Empfang genommen und somit sei die für sie massgebliche 10-tägige Frist erst am 22. Oktober 2012 ausgelaufen.
Dieses Vorbringen verhält nicht. Bei der Rechtsmittelfrist von <ref-law>, innerhalb derer gemäss <ref-law> auch die Zahlungsfähigkeit glaubhaft zu machen ist, handelt es sich um eine gesetzliche Frist und damit um eine Verwirkungsfrist (GIROUD, in: Basler Kommentar, N. 11 zu <ref-law>). Entgegen früherer Praxis in bestimmten Kantonen (vgl. dazu DIGGELMANN/MÜLLER, in: Kurzkommentar SchKG, N. 16 zu <ref-law>) wäre es deshalb unstatthaft, die Frist zur Beibringung der gehörigen Unterlagen zu verlängern (<ref-ruling> E. 3 S. 295). Vorliegend hat das Obergericht in seiner Verfügung vom 10. Oktober 2012 die Beibringung der Unterlagen aber ohnehin ausdrücklich innerhalb der Rechtsmittelfrist verlangt. Im Übrigen versteht sich von selbst, dass nicht die betreffende Verfügung eine neue Rechtsmittelfrist auslösen konnte. Vielmehr begann diese am siebten Tag nach dem erfolglosen Zustellungsversuch des Konkurserkenntnisses zu laufen (<ref-law>). Dies musste der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin klar sein. Deshalb hätte sie sich, soweit ihr tatsächlich nicht bekannt gewesen sein sollte, wann genau die Rechtsmittelfrist auslaufen würde, beim Obergericht erkundigen können und müssen. Es ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht dargetan, gegen welchen Rechtssatz das Obergericht verstossen haben könnte, wenn es die erst am 22. Oktober 2012 eingereichten Unterlagen als verspätet angesehen hat und als Folge unberücksichtigt liess.
4. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, sie habe nur fünf Eintragungen im Betreibungsregister; ausserdem habe sie die Forderung der betreibenden Gläubigerin, die ja nur Fr. 1'782.94 betragen habe, unverzüglich getilgt, weshalb bei der Beurteilung der Glaubhaftmachung der Zahlungsfähigkeit ein anderer Massstab zur Anwendung gebracht werden müsse, zumal überall Rechtsvorschlag erhoben worden sei und die Betreibungen folglich nichts mit ihrer Zahlungsfähigkeit zu tun hätten.
Das Obergericht hat in seinen Erwägungen den Begriff der Zahlungsfähigkeit und die Voraussetzungen für deren Glaubhaftmachung ausgeführt. Dass dies nicht in rechtskonformer Weise geschehen wäre, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Sie behauptet einzig, für sie müsse ein anderer Massstab gelten und Betreibungen, bei denen Rechtsvorschlag erhoben worden sei, hätten keinen Zusammenhang mit der Zahlungsfähigkeit. Diese Auffassung ist unzutreffend: Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann gerade der Umstand, dass systematisch Rechtsvorschlag erhoben wird und selbst kleinere Beträge nicht bezahlt werden, auf Zahlungsunfähigkeit schliessen lassen (Urteile 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 3; 5A_642/2010 vom 7. Dezember 2010 E. 2.4; 5A_350/2007 vom 19. September 2007 E. 4.3). Im Übrigen ist nach der soeben zitierten Rechtsprechung für die Beurteilung der Zahlungsfähigkeit der aufgrund der Zahlungsgewohnheiten gewonnene Gesamteindruck massgeblich. Diesen konnte das Obergericht wegen der verspätet eingereichten und damit unbeachtlichen Unterlagen nicht prüfen. Entsprechend durfte es zum Schluss kommen, dass die Beschwerdeführerin ihre Zahlungsfähigkeit nicht glaubhaft gemacht habe, ohne dadurch gegen <ref-law> zu verstossen.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann.
Da gemäss Präsidialverfügung vom 29. November 2012 die Anordnung der aufschiebenden Wirkung auf das Verbot beschränkt worden ist, während der Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens Vollstreckungshandlungen vorzunehmen, mithin bloss die Vollstreckbarkeit, nicht aber die Rechtskraft des vom Obergericht ausgesprochenen Konkursdekretes aufgeschoben wurde, erübrigt sich die Festsetzung eines neuen Konkursdatums (Urteile 5A_506/2009 vom 11. Februar 2010 E. 4.2; 5A_3/2009 vom 13. Februar 2009 E. 2.3; 5A_613/2007 vom 29. November 2007 E. 3).
Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>) und mit ihrem Kostenvorschuss zu verrechnen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, dem Konkursamt A._, dem Betreibungsamt B._ und dem Handelsregisteramt des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Möckli