Sachverhalt:
A. Am 26. August 2010 erhob X._ Strafanzeige gegen unbekannte Täterschaft wegen übler Nachrede, eventuell Verleumdung. Ihm sei vom Leiter der juristischen Bibliothek der Universität Bern eröffnet worden, dass sich gewisse Bibliotheksbenutzerinnen über ihn beschwert hätten, weil er sie beobachten und verfolgen würde. Diese Vorwürfe seien unwahr und ehrverletzend.
Am 29. April 2011 verfügte die Regionale Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland, das Verfahren werde nicht an die Hand genommen. Dagegen erhob X._ Beschwerde ans Obergericht des Kantons Bern. Mit Beschluss vom 23. Juni 2011 wies das Obergericht das Rechtsmittel ab.
B. Mit (undatierter) Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und es sei ein ordentliches Strafverfahren durchzuführen.
Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem angefochtenen Entscheid wird bestätigt, dass das vom Beschwerdeführer angestrebte Strafverfahren nicht anhand genommen wird. Damit ist das Verfahren abgeschlossen. Es handelt sich um einen Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG).
1.2 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Da der angefochtene Entscheid nach dem 31. Dezember 2010 datiert, beurteilt sich die Frage des rechtlich geschützten Interesses nach der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Fassung von <ref-law> (<ref-law>). In Betracht fällt vorliegend einzig Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG. Danach wird der Privatklägerschaft ein rechtlich geschütztes Interesse zuerkannt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Dies verlangt grundsätzlich vom Privatkläger, dass er bereits adhäsionsweise Zivilforderungen geltend gemacht hat. Ausnahmsweise, bei Nichtanhandnahme oder Einstellung des Strafverfahrens, ist auf dieses Erfordernis zu verzichten, zumal von der Privatklägerschaft in diesen Fällen nicht verlangt werden kann, dass sie bereits adhäsionsweise Zivilforderungen geltend gemacht hat. Immerhin ist jedoch erforderlich, dass im Verfahren vor Bundesgericht dargelegt wird, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderungen auswirken kann (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 199; <ref-ruling> E. 1 S. 141; zur Publ. bestimmtes Urteil 1B_236/2011 vom 15. Juli 2011 E. 1.3.1; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer macht keinerlei Ausführungen zu möglichen Zivilforderungen. Dass solche bestehen, ist auch nicht offensichtlich. Auf die Beschwerde ist insofern nicht einzutreten.
1.3 Obwohl der Beschwerdeführer in der Sache selbst nicht legitimiert ist, kann er vor Bundesgericht geltend machen, im kantonalen Verfahren in seinen Parteirechten verletzt worden zu sein. Allerdings kann auf diesem Weg keine (indirekte) Überprüfung des Entscheids in der Hauptsache erlangt werden. Nicht einzutreten ist daher auf formelle Rügen, deren Beurteilung von der Prüfung in der Sache selbst nicht getrennt werden kann (<ref-ruling> E. 1.4 S. 222 mit Hinweisen).
2. Der Beschwerdeführer behauptet, die Beweisaufnahme sei gänzlich zu seinen Ungunsten durchgeführt worden. Von einem fairen Verfahren gemäss <ref-law> könne keine Rede sein. Es sei auch nicht möglich, präzise Aussagen zu machen, da die Akteure der Gegenseite anonym und die Vorwürfe nur näherungsweise bekannt seien. Die Vorinstanz hätte die Rechts- und Sachverhaltsfragen indessen umfassend abklären müssen. Sie habe dies nicht getan und damit <ref-law> und Art. 6 EMRK verletzt.
Der Beschwerdeführer macht keine Verletzung von Parteirechten geltend, wenn er rügt, dass die Beobachtungen des Bibliotheksleiters als Beweise unverwertbar seien, weil in seine Privatsphäre eingegriffen worden sei und weil derartige Observationen die Polizei vornehmen müsse. Dasselbe gilt für die Rügen, die Sichtweise des Bibliotheksleiters sei mit Vorurteilen behaftet, dieser habe keine unmittelbaren Wahrnehmungen zu den behaupteten Belästigungen gemacht, der Beschwerdeführer sei keiner der in Frage kommenden Bibliotheksbenützerinnen im fraglichen Zeitraum in der Stadt begegnet und es könne ohnehin nicht von einer Verfolgung gesprochen werden. Darauf ist nicht einzutreten.
Dass dem Beschwerdeführer als Strafantragsteller und Privatkläger (vgl. <ref-law>) im Rahmen des Ermittlungsverfahrens die Namen der Personen, die sich über sein Verhalten bei der Bibliotheksleitung beschwert hatten, nicht bekannt gegeben worden waren, stellt keine Verletzung von <ref-law> dar. Eine Verletzung von Parteirechten besteht in dieser Hinsicht nicht. Der Vorwurf, die gegen ihn erhobenen Vorwürfe seien nur näherungsweise bekannt, betrifft direkt die Frage der Rechtmässigkeit der Nichtanhandnahme. Zu dieser Rüge fehlt dem Beschwerdeführer nach dem Gesagten die Legitimation, weshalb darauf nicht einzutreten ist. Nicht einzutreten ist auch auf die Behauptung des Beschwerdeführers, die Beweisaufnahme sei nur zu seinen Ungunsten durchgeführt worden. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, weshalb er zu diesem Schluss kommt. Das gleiche gilt für die Rüge, die Vorinstanz habe keine umfassende Abklärung der Rechts- und Sachverhaltsfragen vorgenommen. Die Beschwerdeschrift bleibt insofern hinter den Erfordernissen von <ref-law> zurück.
3. Der Beschwerdeführer rügt, dass die Vorinstanz die von ihm sinngemäss erhobene Rüge, die Beweise seien nicht verwertbar, nicht thematisiert habe. Darin erblickt er eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer rügte in seiner Replik im vorinstanzlichen Verfahren zwar, dass es nicht Aufgabe eines Bibliothekars sei, strafrechtliche Ermittlungen durchzuführen, machte aber nicht geltend, dass die erhobenen Beweise unverwertbar seien. Das Obergericht verletzte <ref-law> nicht, wenn es sich zu dieser Frage nicht äusserte.
4. Der Beschwerdeführer bringt vor, es könne nicht Sache einer Beschwerdeinstanz sein, Versäumnisse der Staatsanwaltschaft nachzuholen. Die Staatsanwaltschaft habe keinen Gutglaubensbeweis geführt. Es sei im Rechtsmittelverfahren eine Begründung nachgeschoben worden, was eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darstelle. Weiter sei eine Verletzung des Grundsatzes der Gewaltenteilung (zwischen Staatsanwaltschaft und Gericht) zu rügen. Eine unabhängige, unbefangene und unvoreingenommene Behandlung der Sache sei jedenfalls nicht erfolgt.
Die Staatsanwaltschaft hat in ihrer Verfügung vom 29. April 2011 den Wahrheits- und Gutglaubensbeweis von <ref-law> direkt diskutiert. Es kann nicht gesagt werden, dass der Beschwerdeführer keine Gelegenheit gehabt hätte, sich zu diesem Aspekt im Verfahren vor dem Obergericht zu äussern. Die Rüge der Verletzung von <ref-law> ist unbegründet. Die weiteren Rügen, nämlich die Gewaltenteilung sei verletzt und eine unabhängige, unbefangene und unvoreingenommene Behandlung der Sache sei nicht erfolgt, werden in der Beschwerdeschrift nicht weiter begründet. Darauf ist nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG).
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland, der Generalstaatsanwaltschaft sowie dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. November 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold