Sachverhalt:
A. Auf Betreibung der Z._ AG eröffnete das Bezirksgericht Zürich mit Urteil vom 4. September 2012 über X._ den Konkurs.
Auf Beschwerde von X._ hin gewährte das Obergericht des Kantons Zürich am 14. September 2012 die aufschiebende Wirkung. Mit Urteil vom 25. September 2012 wies es jedoch die Beschwerde ab und eröffnete den Konkurs.
B. Gegen dieses Urteil hat X._ am 28. Oktober 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit dem Begehren um dessen Aufhebung.
In ihrer Vernehmlassung vom 31. Oktober 2012 hat die Beschwerdegegnerin erklärt, sie sei unter der Voraussetzung, dass der von ihr geleistete Vorschuss für die Konkurseröffnung an das Bezirksgericht Hochdorf und der bei der Obergerichtskasse hinterlegte Betrag überwiesen werde, im Sinn von Art. 174 Abs. 3 Ziff. 3 SchKG einverstanden, auf die Durchführung des Konkurses zu verzichten. Sie hat weiter festgehalten, dass die Forderung aus der Betreibung Nr. 173431 durch den Schuldner bereits beglichen und die Betreibung hiermit getilgt sei. Ferner hat sie darauf hingewiesen, dass sämtliche Gerichtskosten vom Schuldner zu begleichen wären und nicht aus ihrem Vorschuss entnommen werden dürften, weil jener die verspätete Zahlung wie auch die entstandenen Kosten durch sein Versäumen selber zu verantworten habe.
Das Obergericht hat mit Stempel vom 31. Oktober 2012 auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Präsidialverfügung vom 8. November 2012 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein obergerichtlicher Entscheid betreffend Weiterziehung eines Konkurses (Art. 174 SchKG), welcher streitwertunabhängig in den Anwendungsbereich der Beschwerde in Zivilsachen fällt (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. d und Art. 75 Abs. 1 BGG).
2. Der Beschwerdeführer hatte am 11. September 2012 den für die Begleichung der betriebenen Forderung inkl. Zinsen und Kosten nötigen Betrag von Fr. 1'480.25 beim Obergericht hinterlegt (Art. 174 Abs. 2 Ziff. 1 SchKG). Sodann hatte er beim Konkursamt Höngg-Zürich am 7. September 2012 einen Betrag von Fr. 1'500.-- zur Deckung der Kosten des Konkursamtes und des Konkursgerichts einbezahlt. Gestützt hierauf erachtete das Obergericht den Konkursaufhebungsgrund im Sinn von Art. 174 Abs. 2 Ziff. 2 SchKG als gegeben.
Mit Bezug auf die zusätzlich glaubhaft zu machende Zahlungsfähigkeit im Sinn von Art. 174 Abs. 2 SchKG führte das Obergericht aus, dass der Betreibungsregisterauszug für die Zeit ab 1. Mai 2011 bis 11. September 2012 insgesamt 44 Betreibungen im Gesamtbetrag von Fr. 52'123.80 ausweise, wovon eine Betreibung über Fr. 1'158.85 durch volle Befriedigung nach Verwertung und sechs Betreibungen über Fr. 3'320.15 durch Zahlung erledigt seien. Abzüglich der Konkursforderung von Fr. 1'279.95 seien noch 36 Betreibungen im Betrag von Fr. 46'355.85 offen. Davon sei in elf Betreibungen (Gesamthöhe Fr. 12'720.20) der Zahlungsbefehl zugestellt, in einer Betreibung (Fr. 1'029.60) Rechtsvorschlag erhoben, in drei Betreibungen (Gesamthöhe Fr. 5'310.25) das Fortsetzungsbegehren gestellt und in sieben Betreibungen (Gesamthöhe Fr. 11'353.25) die Konkursandrohung zugestellt worden; in vierzehn Betreibungen (Gesamthöhe Fr. 15'942.55) laufe bereits eine Einkommenspfändung. Diesen Forderungen stehe gemäss Aussagen des Beschwerdeführers ein monatlicher Gewinn von Fr. 2'100.-- bis Fr. 10'400.-- gegenüber (gemäss Aufstellungen für die Monate April bis Juli Nettoeinnahmen von Fr. 16'092.--, Fr. 20'859.--, Fr. 16'916.-- und Fr. 24'800.-- sowie monatliche Lohnzahlungen von Fr. 5'900.--, Miete von Fr. 5'513.-- und weitere Fr. 2'500.-- bis Fr. 3'000.-- für Coiffeur-Produkte, Telefonanschluss und Versicherungen). Gestützt hierauf erachtete das Obergericht einen gegenwärtigen Umsatz von rund Fr. 18'000.-- und Ausgaben von Fr. 14'000.-- bis Fr. 14'500.-- als glaubhaft. Mit dem resultierenden Gewinn von Fr. 3'500.-- bis Fr. 4'000.-- sei in etwa das auf den Beschwerdeführer entfallende Einkommen gedeckt, denn gemäss dem aktuellen GAV betrage der Basislohn für ausgelernte Coiffeure mindestens Fr. 3'400.-- und habe er zusätzlich Anspruch auf einen Zuschlag von Fr. 300.--, weil er Lehrlinge ausbilde. Die Lebenshaltungskosten des Beschwerdeführers seien erfahrungsgemäss auf wenigstens Fr. 3'000.-- zu schätzen, weshalb ihm zu wenig übrig bleibe, um die Schulden von rund Fr. 45'000.-- innert zweier Jahre zu tilgen.
Der Beschwerdeführer hatte geltend gemacht, dass in seinem Umfeld vier Personen bereit wären, ihm für den Fall der Aufhebung des Konkurses zinslose Darlehen zu gewähren, um die Schulden zu tilgen, und zwar Fr. 20'000.-- von S._, Fr. 20'000.-- von T._ und U._, Fr. 5'000.-- von V._ und Fr. 4'000.-- von W._. Der Beschwerdeführer hatte hierfür vier schriftliche und unterzeichnete Darlehensverträge vorgelegt. Das Obergericht hat hierzu erwogen, mit den Darlehensverträgen werde noch keine Aussage über die finanziellen Verhältnisse der Darlehensgeber gemacht. Es sei nicht ersichtlich, ob sich diese in der Lage befänden, die Darlehensbeträge überhaupt auszuzahlen, weshalb nicht glaubhaft dargelegt sei, dass der Beschwerdeführer tatsächlich über diese verfügen könnte. Folglich sei der Konkurs zu eröffnen.
3. Vor Bundesgericht macht der Beschwerdeführer geltend, trotz Abweisung der kantonalen Beschwerde hätten ihm die vier Darlehensgeber die vereinbarten Beträge ausbezahlt und er habe damit am 10. und 12. Oktober 2012 sämtliche offenen Betreibungen durch Zahlung beim Betreibungsamt beendigen können. Er reicht dazu einen Auszug aus dem Betreibungsregister des Betreibungsamtes Zürich 10 vom 12. Oktober 2012 vor, wonach sämtliche nicht ohnehin schon befriedigten Forderungen per 12. Oktober 2012 bezahlt sind.
Dabei handelt es sich indes um ein echtes Novum, welches im bundesgerichtlichen Verfahren von vornherein nicht berücksichtigt werden kann, weil das Bundesgericht an den von der letzten kantonalen Instanz festgestellten Sachverhalt gebunden ist (Art. 99 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f.). Vor diesem Hintergrund erübrigt es sich, auf die Zulässigkeit der Entgegennahme der Zahlungen durch das Betreibungsamt im betreffenden Verfahrensstadium näher einzugehen.
4. In materieller Hinsicht macht der Beschwerdeführer geltend, indem das Obergericht über die Darlehensverträge hinweggegangen sei bzw. befunden habe, die Solvenz der Darlehensgeber sei nicht nachgewiesen, habe es den obligationenrechtlichen Grundsatz "Geld muss man haben" ausser Acht gelassen; die Darlehensgeber seien aufgrund der abgeschlossenen Verträge zur Auszahlung der Darlehenssummen verpflichtet gewesen.
Mit diesen Ausführungen ist der Begriff der glaubhaft gemachten Zahlungsfähigkeit im Sinn von Art. 174 Abs. 2 SchKG angesprochen. Im Zusammenhang mit der Glaubhaftmachung ist eine vom Bundesgericht frei zu prüfende Rechtsfrage, ob das kantonale Gericht das richtige Beweismass angewandt hat, während die Bewertung der dem Gericht vorgelegten Beweismittel die Beweiswürdigung betrifft, die vom Bundesgericht nur unter dem eingeschränkten Gesichtspunkt der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung gemäss Art. 97 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG geprüft wird (vgl. Urteile 5A_297/2012 vom 10. Juli 2012 E. 2.4; 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 3; 5A_118/2012 vom 20. April 2012 E. 3.2; 5A_328/2011 vom 11. August 2011 E. 3.3). Vom Beweismass her ist eine Tatsache dann glaubhaft gemacht, wenn für deren Vorhandensein gewisse Elemente sprechen, selbst wenn das Gericht noch mit der Möglichkeit rechnet, dass sie sich nicht verwirklicht haben könnte; die Schwelle liegt damit tiefer als beim Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit, die erst dann gegeben ist, wenn für die Richtigkeit der Sachbehauptung nach objektiven Gesichtspunkten derart gewichtige Gründe sprechen, dass andere denkbare Möglichkeiten vernünftigerweise nicht massgeblich in Betracht fallen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 325; <ref-ruling> E. 3.1 S. 720). Im Hinblick auf die Aufhebung der Konkurseröffnung bedeutet die Glaubhaftmachung, dass die Zahlungsfähigkeit des Konkursiten wahrscheinlicher sein muss als seine Zahlungsunfähigkeit; in diesem Bereich dürfen keine zu strengen Anforderungen gestellt werden, insbesondere wenn die wirtschaftliche Lebensfähigkeit des schuldnerischen Unternehmens nicht von vornherein ausgeschlossen werden kann (Urteile 5A_297/2012 vom 10. Juli 2012 E. 2.3; 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 3; 5A_118/2012 vom 20. April 2012 E. 3.1; 5A_328/2011 vom 11. August 2011 E. 2).
Vorliegend geht es um ein Coiffeurgeschäft, bei welchem die erbrachten Leistungen typischerweise sofort bezahlt werden, so dass kein Delcredererisiko besteht. Das Obergericht sah es als glaubhaft an, dass die Einnahmen die laufenden Ausgaben und den Unterhalt des Beschwerdeführers zu decken vermögen. Es ging aber davon aus, dass die laufenden Einnahmen aus dem Geschäft nicht ausreichen würden, um zusätzlich auch die bestehenden Schulden zu tilgen. Diesbezüglich hat der Beschwerdeführer dem Obergericht vier unterzeichnete Darlehensverträge präsentiert, gemäss denen er für den Fall der Konkursaufhebung die vereinbarten Summen bei den Darlehensgebern sofort hätte abholen können. Die Darlehensbeträge hätten die Tilgung aller betriebenen Forderungen erlaubt und es handelte sich um eher kleine Summen (zwischen Fr. 4'000.-- und Fr. 20'000.--), welche nach der allgemeinen Lebenserfahrung in der Regel auch von Privatpersonen aufgebracht werden können, welche einem Schuldner beistehen wollen. Vor diesem Hintergrund hat das Obergericht den Begriff der Glaubhaftmachung überstrapaziert, wenn es die Beibringung von unterzeichneten Darlehensverträgen nicht hat genügen lassen, sondern zusätzlich den Nachweis der Solvenz aller Darlehensgeber als erforderlich ansah. Damit hat es letztlich einen strikten Beweis dafür verlangt, dass dem Beschwerdeführer die zugesicherten Gelder auch tatsächlich zur Verfügung stünden. Einen strikten Beweis verlangt Art. 174 Abs. 2 SchKG aber gerade nicht, und auch nicht eine überwiegende Wahrscheinlichkeit; vielmehr genügt es, wenn die Zahlungsfähigkeit als glaubhaft erscheint. Vorliegend kann sie angesichts der Feststellung, dass die Einnahmen die laufenden Kosten und den persönlichen Bedarf des Schuldners decken, und der vereinbarten Darlehen, die zur Tilgung aller betriebener Schulden ausreichen würden, als glaubhaft erachtet werden. Anders würde es sich dann verhalten, wenn das Obergericht beispielsweise Anhaltspunkte für zahlreiche weitere Verpflichtungen oder Anhaltspunkte dafür angeführt hätte, dass es sich um blosse Gefälligkeitsversprechen handle; hätte es aus solchen oder anderen Gründen die Vorbringen des Beschwerdeführers als unglaubwürdig erachtet, so ginge es um eine Beweiswürdigung, die ohne das Erheben von substanziierten Willkürrügen für das Bundesgericht verbindlich wäre (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Nachdem aber das Obergericht keine Ausführungen zu den konkreten Verhältnissen gemacht, sondern vielmehr im Sinn eines allgemeinen Grundsatzes den Nachweis der Zahlungsfähigkeit auch der Darlehensgeber verlangt hat, damit diejenige des Schuldners als glaubhaft gelten könne, geht es um eine Rechtsfrage, die wie vorstehend ausgeführt zu entscheiden ist.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass aufgrund des obergerichtlich festgestellten Sachverhaltes die Zahlungsfähigkeit des Beschwerdeführers als glaubhaft gemacht anzusehen ist. Die übrigen Voraussetzungen für die oberinstanzliche Aufhebung des Konkurserkenntnisses gemäss Art. 174 Abs. 2 Ziff. 1 und 2 SchKG hat das Obergericht als gegeben erachtet; darauf ist nicht zurückzukommen.
Was die Kostenregelung anbelangt, trifft der Standpunkt der Beschwerdegegnerin zu, dass sie nicht mit Kosten belastet werden darf, sondern der Beschwerdeführer für sämtliche Gerichts- und Betreibungskosten aufzukommen hat. Eine entsprechende Verlegung der bundesgerichtlichen Kosten ist durch Art. 66 Abs. 1 BGG gedeckt und sie können mit dem durch den Beschwerdeführer geleisteten Vorschuss verrechnet werden. Der Kostenvorschuss für das obergerichtliche Verfahren von Fr. 750.-- wurde vom Beschwerdeführer am 11. September 2012 geleistet. Sodann hatte er bereits am 7. Oktober 2012 beim Konkursamt Höngg-Zürich einen Betrag von Fr. 1'500.-- hinterlegt, aus welchem nach den Feststellungen des Obergerichts die erstinstanzlichen Konkurskosten sowie die Kosten des Konkursamtes gedeckt werden können. Damit wird der von der Beschwerdegegnerin beim Bezirksgericht Zürich geleistete Vorschuss über Fr. 1'800.-- nicht gebraucht und kann an diese zurückerstattet werden. Die Konkursforderung selbst (inkl. Zinsen und Kosten) wurde vom Beschwerdeführer durch Zahlung von Fr. 1'480.25 am 11. September 2012 getilgt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde in Zivilsachen wird das Konkurserkenntnis des Obergerichtes Zürich vom 25. September 2012 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit seinem Vorschuss verrechnet.
3. Die Abrechnung der kantonalen Kosten im Sinn der Erwägungen erfolgt durch die involvierten kantonalen Gerichte.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Konkursamt Höngg-Zürich, dem Handelsregisteramt des Kantons Zürich, dem Betreibungsamt Zürich 10, dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, und dem Bezirksgericht Zürich, Konkursgericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Möckli