Sachverhalt:
A. Die seit 1997 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragene X._ AG mit Sitz in F._/GR (im Folgenden: Steuerpflichtige) befasst sich gemäss ihren eigenen Angaben zur Hauptsache mit der Vermietung ihrer Kühlhausanlage in G._/VS. Die Steuerpflichtige reichte für die Steuerperioden 1997 bis 2. Quartal 2000 die Abrechnungsformulare ein und beglich die ausgewiesenen Mehrwertsteuerbeträge vorbehaltlos. Auch für das 3. und 4. Quartal 2000 deklarierte sie die Mehrwertsteuern, unterliess es jedoch, die in den Abrechnungen ausgewiesenen Steuerbetreffnisse zu überweisen. Für das 1. und 2. Quartal 2001 reichte sie keine Abrechnungen mehr ein. Da die Steuerpflichtige die von ihr ausgewiesene Steuerschuld für das 3. und 4. Quartal 2000 von insgesamt Fr. 36'791.40 sowie die für das 1. und 2. Quartal 2001 von der Eidgenössischen Steuerverwaltung ermessensweise festgesetzte und mit Ergänzungsabrechnung vom 9. Oktober 2001 nachgeforderte Steuer von Fr. 22'000.-- nicht bezahlte, leitete die Eidgenössische Steuerverwaltung die Betreibungsverfahren ein. Mit Entscheiden vom 24. April 2002 und 13. Februar 2002 bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung ihre Forderungen und hob die Rechtsvorschläge der Steuerpflichtigen gegen die Zahlungsbefehle auf.
Die dagegen von der Steuerpflichtigen am 11. März bzw. 9. Mai 2002 erhobenen Einsprachen wurden am 5. April 2006 abgewiesen.
Gegen die Einspracheentscheide gelangte die Steuerpflichtige an die Eidgenössische Steuerrekurskommission. Das Bundesverwaltungsgericht vereinigte die beiden Verfahren nach deren Übernahme und wies die Beschwerden am 9. Juni 2008 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Steuerpflichtige dem Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Juni 2008 sowie alle Entscheide der unteren Instanzen aufzuheben.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
C. Mit Verfügung vom 23. Juli 2008 hat das präsidierende Mitglied der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2001 sind das Mehrwertsteuergesetz (MWSTG; SR 641.20) und die zugehörige Verordnung (MWSTGV; SR 641.201) in Kraft getreten. Sie sind für die ab dem Jahr 2001 geschuldeten Mehrwertsteuern massgebend; für das Steuerjahr 2000 ist dagegen noch die Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV) anwendbar (Art. 93 und 94 MWSTG).
1.2 Soweit die Beschwerdeführerin die Aufhebung der Entscheide aller unteren Instanzen verlangt, ist auf ihre Begehren nicht einzutreten (vgl. <ref-law>).
2. Streitgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens bildete die Frage, ob die durch die Beschwerdeführerin mit der Vermietung von Kühlräumen erzielten Umsätze der Mehrwertsteuer unterliegen.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (<ref-law>). Diese erblickt sie darin, dass die Vorinstanz - in Verletzung von Art. 8 (Verbot rechtsungleicher Behandlung) und 9 BV (Willkürverbot) - ausser Acht gelassen habe, dass sich aus den eingereichten Gebäudeplänen eine Aufteilung in einzelne Kühlräume mit je eigenem Zugang ergebe. Zudem werde jeder einzelne Kühlraum nur von einem Kunden benutzt.
3.2 Nach den Feststellungen der Vorinstanz betreibt die Beschwerdeführerin ein Kühlhaus und vermietet dabei - ohne schriftliche Mietverträge - Kühlräume ("gekühlte Räumlichkeiten" bzw. "gekühlte Lagerräume") an verschiedene Kunden. Ein Ganzjahresangestellter der Beschwerdeführerin beschäftigt sich mit den Gesamträumlichkeiten der Liegenschaft, d.h. mit der Ein- und Auslagerung des Lagergutes, der Inbetriebsetzung der Kühlanlage soweit notwendig und der Bewirtschaftung (Unterhalt usw.).
3.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet diese sich aus ihren eigenen aktenkundigen Erklärungen ergebenden Tatsachen zu Recht nicht; sie anerkennt auch, dass sie "gekühlte Lagerräume" (Einsprache), "gekühlte Räumlichkeiten" (Beschwerde an die Vorinstanz) bzw. "entrepôts frigorifiques" (Mehrwertsteueranmeldung) vermietet. Aus ihren Unterlagen geht zudem hervor, dass sie im Jahr 2001 ihre Lagerräume an zwölf Kunden vermietet hat. Da nach ihren eigenen Angaben keine schriftlichen Mietverträge vorliegen, ist nicht belegt, in welchem Umfang und mit welcher Ausschliesslichkeit die einzelnen Kühl- bzw. Lagerräume von den einzelnen Mietern genutzt worden sind. Wie es sich damit verhält, ist im Übrigen ohnehin nicht erheblich (vgl. E. 5). Die Vorinstanz durfte jedenfalls ohne Willkür feststellen, die Beschwerdeführerin vermiete den verschiedenen Kunden zwar gekühlte Lagerräumlichkeiten des Kühlhauses, nicht jedoch das ganze Gebäude oder ganze Teile davon zusammen mit der Kühlanlage.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, ihre auf <ref-law> bzw. <ref-law> gestützte Besteuerung verletze Art. 8 (Rechtsgleichheit) und 127 BV (Grundsätze der Besteuerung).
4.2 Gemäss Art. 41ter aBV und Art. 8 Abs. 1 ÜbBest.aBV konnte der Bund bis zum Inkrafttreten der Bundesgesetzgebung eine Umsatzsteuer (Mehrwertsteuer) erheben, wobei der Bundesrat die Ausführungsbestimmungen zu erlassen hatte. Die Steuer sollte auf den Lieferungen von Gegenständen und auf Dienstleistungen sowie auf Einfuhren erhoben werden; dies als allgemeine Verbrauchssteuer nach dem System der Besteuerung auf jeder Wirtschaftsstufe mit dem Recht auf Vorsteuerabzug (sog. Netto-Allphasen-Umsatzsteuer; <ref-ruling> E. 6 S. 203); für die Ausführungsbestimmungen galten die in Art. 8 Abs. 2 ÜbBest.aBV enthaltenen Grundsätze (Urteil 2A.558/1997 vom 3. März 1999 E. 3a, publ. in: ASA 69 S. 658).
Artikel 8 Abs. 2 lit. b Ziff. 8 ÜbBest. aBV sah namentlich vor:
"b. Von der Steuer sind, ohne Anspruch auf Vorsteuerabzug, ausgenommen:
"b. Von der Steuer sind, ohne Anspruch auf Vorsteuerabzug, ausgenommen:
... 8. die Lieferung, die Vermietung auf Dauer sowie die Verpachtung von Grundstücken;
... ."
Dieser Grundsatz wurde in der mit der neuen Bundesverfassung am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen Übergangsbestimmung (zu <ref-law>) von Art. 196 Ziff. 14 Abs. 1 lit. b Ziff. 8 BV (AS 1999 S. 2606) übernommen, wobei einzig der Ausdruck "Lieferung" durch "Übertragung" ersetzt wurde.
4.3 Nach den gestützt auf diese verfassungsrechtlichen Grundlagen erlassenen Ausführungserlassen unterliegen der Mehrwertsteuer u.a. die im Inland gegen Entgelt erbrachten Dienstleistungen und Lieferungen von Gegenständen, sofern sie nicht ausdrücklich von der Besteuerung ausgenommen oder befreit sind (Art. 4, 14 und 15 MWSTV; Art. 5, 18 und 19 MWSTG). Eine Lieferung liegt u.a. vor, wenn ein Gegenstand zum Gebrauch oder zur Nutzung (z.B. Vermietung und Verpachtung nach <ref-law>) überlassen wird (<ref-law>; <ref-law>).
Die aus der Überlassung von Grundstücken und Grundstücksteilen zum Gebrauch oder zur Nutzung erzielten Umsätze sind grundsätzlich von der Steuer ausgenommen (<ref-law>; <ref-law>). Diese Bestimmungen erfassen die Vermietung oder Verpachtung von Liegenschaften und Gebäuden oder Teilen davon (Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartementes zur Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994, Art. 14 Ziff. 17).
Die erwähnten Steuerausnahmen gelten jedoch nicht für die Vermietung und Verpachtung von fest eingebauten Vorrichtungen und Maschinen, die zu einer Betriebsanlage gehören (<ref-law>; <ref-law>); der Begriff der "Betriebsanlage" wird nicht näher bestimmt. Nach der Rechtsprechung der Vorinstanz ist darunter die Gesamtheit aller örtlich gebundenen Einrichtungen (Vorrichtungen, Maschinen) eines Gebäudes bzw. Gebäudeteils zu verstehen, welche dem Zweck eines Betriebes dienen (vgl. VPB 66.41 E. 5b und c). Auf diese Weise soll eine Gleichbehandlung mit den grundsätzlich steuerbaren Umsätzen aus der Vermietung und Verpachtung von nicht fest eingebauten Einrichtungen, Vorrichtungen oder Maschinen, die zu einer Betriebsanlage gehören, erreicht werden, deren Steuerbarkeit bereits auf Grund von <ref-law> bzw. <ref-law> gegeben ist (vgl. RUDOLF SCHUMACHER, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2000, N. 70 zu Art. 18 Ziff. 20 f., und ALOIS CAMENZIND UND ANDERE, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2. Aufl., 2003, N. 867).
4.4 Nach den Erläuterungen der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu diesen Bestimmungen sind die Vermietung und Verpachtung von Liegenschaften, Gebäuden oder Gebäudeteilen, sei es für gewerbliche (z.B. Produktionsstätten, Lagerhallen, Geschäftsräume, land- oder forstwirtschaftliche Grundstücke) oder andere Zwecke (z.B. Wohnen, Freizeitbeschäftigung, Einlagern von Möbeln), von der Mehrwertsteuer ausgenommen (Wegleitung der Eidgenössischen Steuerverwaltung 2001 zur Mehrwertsteuer Rz. 668 und Wegleitung der Eidgenössischen Steuerverwaltung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige Rz. 657 [nachfolgend: Wegleitung 1997 bzw. 2001]).
Eine Vermietung eines Gebäudes oder Gebäudeteils - in Abgrenzung zum Nutzungsrecht - nimmt die Eidgenössische Steuerverwaltung an, wenn die betreffenden Räumlichkeiten zur alleinigen und ausschliesslichen Benutzung durch den Mieter für eine bestimmte oder unbestimmte Zeit klar ausgeschieden werden. Dazu verlangt sie neben einer klaren räumlichen Trennung zu den anderen Benutzern, dass der uneingeschränkte Zutritt durch den Mieter jederzeit gewährleistet ist (Branchenbroschüre der Eidgenössischen Steuerverwaltung Nr. 16, Liegenschaftsverwaltung/Immobilien 2001, Ziff. 5.8 [nachfolgend: Branchenbroschüre Nr. 16]).
Werden zu einer Betriebsanlage gehörige, fest eingebaute Vorrichtungen und Maschinen vermietet, kommt die Steuerausnahme gemäss <ref-law> bzw. <ref-law> nur dann zur Anwendung, wenn die Vermietung zusammen mit dem Gebäude oder einem Gebäudeteil als Ganzes erfolgt (Branchenbroschüre Nr. 13 für Liegenschaftsverwaltung/Immobilien 1996, Ziff. 5.7; Branchenbroschüre Nr. 16 Ziff. 5.4). Der Vermieter und der Mieter des Gebäudes einerseits und der fest eingebauten Vorrichtungen und Maschinen andererseits müssen diesfalls die je gleichen Rechtspersonen sein (Branchenbroschüre Nr. 16 Ziff. 5.4 mit Verweis auf Ziff. 5.8).
Als Beispiele für eine steuerbare Leistung erwähnen die Wegleitungen u.a. die Vermietung von Tiefkühlanlagen (vgl. Wegleitung 2001 Rz. 672; Wegleitung 1997 Rz. 661) und die Branchenbroschüre Nr. 16 die Vermietung von Kühlfächern und -zellen in Kühlhäusern (vgl. Ziff. 5.4).
Gestützt auf diese Grundlagen hat die Vorinstanz erkannt, die Vermietung "gekühlter Lagerräumlichkeiten" stelle eine Vermietung von "fest eingebauten Vorrichtungen und Maschinen, die zu einer Betriebsanlage gehören" dar.
4.5 Die Beschwerdeführerin beanstandet in diesem Zusammenhang, die Erläuterungen der Eidgenössischen Steuerverwaltung bildeten keine gesetzliche Grundlage für eine Besteuerung der in Frage stehenden Umsätze.
4.5.1 Die Erhebung der Inlandumsatzsteuer erfolgt durch die Eidgenössische Steuerverwaltung. Diese hat hierfür alle erforderlichen Weisungen und Entscheide zu treffen, deren Erlass nicht ausdrücklich einer anderen Behörde vorbehalten ist (<ref-law>, <ref-law>). Die gestützt auf diese Befugnis erlassene Wegleitung für Mehrwertsteuerpflichtige bildet für die Steuerpflichtigen die wesentliche Grundlage, die ihnen die Erfüllung ihrer Pflichten bzw. die Wahrnehmung ihrer Rechte erleichtern soll. Daneben sind aber auch die Branchenbroschüren, Merkblätter usw. der Eidgenössischen Steuerverwaltung von Bedeutung. Sie enthalten die wichtigsten Weisungen zum Vollzug dieser Steuer und dokumentieren die damit verbundene Verwaltungspraxis. Sie haben den Charakter von Verwaltungsverordnungen, welche der einheitlichen Anwendung der Verwaltungspraxis dienen. Damit geben sie die Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung wieder und können der Auslegung von einzelnen Gesetzesbestimmungen dienen, auch wenn sie das Bundesgericht nicht binden (vgl. <ref-ruling> E. 7). Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist zum Erlass von solchen Weisungen verpflichtet, damit Unklarheiten über die Anwendung des Gesetzes unterbleiben (Urteil 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 4.2.1, publ in: ASA 74 S. 666 ff.).
Nichts anderes hat die Eidgenössische Steuerverwaltung getan, wenn sie in ihren Verwaltungsanweisungen den unbestimmten Rechtsbegriff der Überlassung von Grundstücken und Grundstückteilen näher definiert hat und dabei zum Schluss gekommen ist, dass die Vermietung von Tiefkühlanlagen unter die ausdrücklich steuerbare Vermietung von fest eingebauten Vorrichtungen und Maschinen fällt, die zu einer Betriebsanlage gehören.
4.5.1 Auf eine nähere Prüfung der Wegleitungen und Branchenbroschüren auf ihre Verfassungs- bzw. Gesetzeskonformität kann indessen verzichtet werden. Denn die Vorinstanz bejaht die Steuerpflicht der Beschwerdeführerin nicht allein auf Grund der darin enthaltenen Weisungen, sondern gestützt auf die Auslegung von <ref-law> und <ref-law>. Inwiefern die Bestimmungen der Verordnung über die Mehrwertsteuer selber nicht den Verfassungsgrundlagen entsprechen sollen, legt die Beschwerdeführerin nicht in einer den Begründungsanforderungen genügenden Weise (<ref-law>) dar; das Mehrwertsteuergesetz ist für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>).
5. 5.1 Ausnahmen von der Mehrwertsteuer als grundsätzlich umfassender Verbrauchssteuer sind einschränkend auszulegen (<ref-ruling> E. 5e S. 202 und E. 8a S. 211; <ref-ruling> E. 6a S. 377). Dies insbesondere deshalb, weil es sich um unechte Steuerbefreiungen handelt, die im Wunsch des Gesetzgebers nach der Begünstigung des Bezuges gewisser Leistungen - an den Endverbraucher (<ref-ruling> E. 4e S. 202) - aus sozial-, kultur- oder wirtschaftspolitischen Motiven gründen (STEPHAN KUHN/PETER SPINNLER, Mehrwertsteuer, 1994, S. 56). So sollte denn auch durch die Ausnahme der Besteuerung einer Vermietung oder Verpachtung von Grundstücken und Teilen davon in erster Linie eine Verteuerung der Wohnungsmieten durch die Mehrwertsteuer vermieden werden (Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartementes zur Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994, Art. 14 Ziff. 17).
Nach der demzufolge gebotenen restriktiven Auslegung fallen unter die Steuerausnahme nur die Vermietung von ganzen Liegenschaften oder Teilen davon. Schon der Normwortlaut legt nahe, darunter bezüglich der Überlassung von Gebäuden und Teilen davon nur Vermietungen zu verstehen, bei welchen deren blosse Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung als solche Hauptgegenstand des Mietverhältnisses bildet. Die Überlassung der Mietsache wird charakterisiert durch das Verschaffen des Besitzes bzw. das Einräumen der tatsächlichen Verfügungsmacht; der Mieter kann sich damit auch gegen unzulässige Einwirkungen von Dritten wehren (vgl. <ref-law> und Art. 919 und 922 ZGB; PETER HIGI, Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 1994, N. 12 und N. 18 ff. Vorbemerkungen zu Art. 253-274g OR).
Von Überlassen eines Gebäudes bzw. Gebäudeteils an den Mieter kann demnach nur die Rede sein, wenn der Vermieter damit von der weiteren Verfügung über das Mietobjekt ausgeschlossen wird, indem der Mieter autonom über die konkrete Benützung der gemieteten Fläche bestimmen kann.
5.2 Dass diese Voraussetzung im Falle der Beschwerdeführerin gegeben wäre, hat diese im Verfahren vor der Vorinstanz nicht dargelegt. Abgesehen davon, dass keine schriftlichen Mietverträge bestehen, hat die Beschwerdeführerin auch keine anderen Belege über die konkrete Benützung der gekühlten Räume durch die einzelnen Mieter beigebracht. Aus den eingereichten Plänen ergeben sich keine Anhaltspunkte für die Miete des ganzen Gebäudes oder von Gebäudeteilen durch einzelne Mieter. Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz ohne Willkür davon ausgehen, dass die gekühlten Räume und Lagerflächen an verschiedene Benützer vermietet werden.
5.3 Werden bei einer Gesamtbetrachtung aller Umstände neben der reinen Überlassung (Mietkomponente) dem Mieter zugleich eigentliche Dienstleistungen erbracht, so liegt insgesamt eine steuerbare Dienstleistung vor (vgl. Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartementes zur Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994, Art. 14 Ziff. 17). Tritt daher die Grundstücksüberlassung gegenüber anderen wesentlichen Leistungen zurück, liegt ein Umsatz besonderer Art vor, der als Ganzes nicht von der Steuer ausgenommen ist.
So wird denn auch in der Lehre - auf welche die Vorinstanz mit Recht verweist - der Vertrag über die Vermietung von gekühlten Lagerräumlichkeiten als Vertrag besonderer Art qualifiziert, bei dem das Element der Gebrauchsüberlassung gegenüber den anderen wesentlichen Leistungen - die Obhut für das Kühlgut und die Lieferung von Kälte - stark in den Hintergrund tritt, wobei kein von der Besteuerung ausgenommenes Entgelt ausgeschieden werden kann (Alois Camenzind und andere, a.a.O., N. 853). Die Lieferung von Kälte ist bereits nach <ref-law> sowie <ref-law> steuerbar. Die Steuerbarkeit der übrigen Leistungen ergibt sich aus <ref-law> bzw. <ref-law>.
5.4 Da das schweizerische Mehrwertsteuerrecht - entsprechend dem Willen des Verfassungsgebers - in weiten Teilen mit dem Umsatzsteuerrecht der Europäischen Union übereinstimmt, können auch Gesetzgebung, Lehre und Rechtsprechung in der EU zur Beurteilung herangezogen werden, wobei die Schweiz als Nicht-Mitglied nicht an die Rechtsordnung der Europäischen Union gebunden ist. Die Umsatzsteuerrechte der Europäischen Gemeinschaft und ihrer Mitgliedstaaten stellen demnach eine nicht zu vernachlässigende Erkenntnisquelle und Interpretationshilfe dar, soweit der schweizerische Gesetzgeber nicht ausdrücklich und bewusst von der EU-Regelung abweicht (<ref-ruling> E. 6a S. 203 f.).
Gemäss der Sechsten Richtlinie des Rates vom 17. Mai 1977 zur Harmonisierung der Rechtsvorschriften der Mitgliedstaaten über die Umsatzsteuer [77/388/EWG], ABl EG 1977 Nr. L 145 S. 1; nachfolgend: 6.USt-RL6) ist die Vermietung und Verpachtung von Grundstücken mit Ausnahme u.a. der Vermietung von auf Dauer eingebauten Vorrichtungen und Maschinen steuerfrei (Art. 13 Teil B lit. b 6.USt-RL). Diese Bestimmung wird durch den Europäischen Gerichtshof ebenfalls eng ausgelegt (Wolfram Birkenfeld, Das grosse Umsatzsteuer-Handbuch, § 97 Rz. 62): Wenn die Leistung bei einer Gesamtbetrachtung aller Umstände aus der Sicht des Leistungsempfängers nicht auf die (passive) Überlassung des Grundstücks, sondern auf die Nutzung der in einem Gebäude vorhandenen Geräte oder Anlagen oder auf andere Leistungen (Aufsicht oder Bewachung, Pflege, Verwaltung und ständiger Unterhalt sowie das Zurverfügungstellen anderer Anlagen) als die Nutzung des Grundstücks gerichtet ist, liegt keine nach der Art. 13 Teil B lit. b 6.USt-RL befreite Dienstleistung vor, sondern ein steuerpflichtiger Umsatz besonderer Art; dies ist namentlich der Fall bei der Vermietung von Lager- und Kühlräumen, wenn die Obhut für die gelagerten Gegenstände und die Lieferung von Kälte im Vordergrund stehen (Wolfram Birkenfeld, a.a.O., RZ. 101 f., RZ. 381 ff., insb. RZ. 411 und 416). Dieser überzeugenden Argumentation kann ohne weiteres gefolgt werden.
5.5 Nach den eigenen Angaben der Beschwerdeführerin bestehen zwischen ihr und den Mietern der gekühlten Räumlichkeiten bzw. der Lagerräume mit "atmosphère contrôlée" oder mit "froid normal" seit längerer Zeit keine schriftlichen Mietverträge; das Kühlhaus wird durch eine Treuhandgesellschaft verwaltet. Ein Ganzjahresangestellter der Beschwerdeführerin beschäftigt sich mit den Gesamträumlichkeiten der Liegenschaft, d.h. mit der Ein- und Auslagerung des Lagergutes, der Inbetriebsetzung der Kühlanlage soweit notwendig und der Bewirtschaftung (Unterhalt usw.). In ihrer Beschwerde streicht sie auch die Bewachung bzw. Verwahrung ("custode") des Lager- und Kühlgutes heraus.
5.6 Diese neben der reinen Miete erbrachten Dienstleistungen gehen weit über das blosse passive Überlassen eines Gebäudes oder eines Gebäudeteils zum Gebrauch oder zur Nutzung hinaus und machen das Wesentliche der von der Beschwerdeführerin erbrachten Leistung aus. Die Beschwerdeführerin vermag insbesondere keine sozialpolitischen Motive zu nennen, die eine Befreiung der kommerziellen Vermietung von Lager- und Kühlräumen rechtfertigen könnten.
Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht die Vermietung von gekühlten Räumen durch die Beschwerdeführerin als nicht unter die Steuerausnahmen von <ref-law> bzw. Art. 18 Ziff. 21 fallende, sondern der Mehrwertsteuer unterliegende steuerbare Leistung qualifizieren. Dass deren Steuerbarkeit nach dem Ausgeführten bereits auf Grund von <ref-law> bzw. <ref-law> sowie <ref-law> bzw. <ref-law> gegeben ist, ändert nichts daran; die Gegenausnahme von lit. d der beiden Ausnahmebestimmungen bestätigt lediglich diese Auslegung ausdrücklich.
5.7 Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) bzw. des in dieser mitgarantierten Grundsatzes der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1) rügt, legt sie nicht dar, inwiefern sie gegenüber direkten Konkurrenten, d.h. anderen Betreibern von Kühlhäusern, die dieselben Dienstleistungen anbieten, rechtsungleich behandelt worden wäre. Auf die Rüge ist daher mangels einer den gesetzlichen Anforderungen genügenden Begründung (<ref-law>) nicht einzutreten.
6. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng