Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Bülach verurteilte X._ am 27. Mai 2008 wegen Gefährdung des Lebens, Tätlichkeiten, Drohung sowie Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 12 Monaten. Die Kosten des gerichtlichen Verfahrens, einschliesslich derjenigen der amtlichen Verteidigung, auferlegte es X._. Die Untersuchungskosten nahm es auf die Staatskasse.
X._ gelangte gegen die Kostenauflage an das Obergericht des Kantons Zürich, welches den Rekurs mit Beschluss vom 14. April 2009 abwies.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 18. Mai 2009 beantragt X._, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben und das Urteil des Bezirksgerichts im Kostenpunkt dahingehend zu ergänzen, als die Kosten des gerichtlichen Verfahrens, einschliesslich derjenigen der amtlichen Verteidigung, von Seiten des Staates nur geltend gemacht und zwangsweise durchgesetzt werden dürfen, wenn seine wirtschaftlichen Verhältnisse die Bezahlung erlauben. X._ ersucht um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK. Die Vorinstanz habe ihn ungeachtet seiner Bedürftigkeit vorbehaltlos zur Bezahlung der Gerichtskosten und der Kosten der amtlichen Verteidigung verurteilt. Ein Hinweis, wonach die Forderung vom Staat nur geltend gemacht werden darf, wenn er in wirtschaftlich günstige Verhältnisse kommt, sei nicht angebracht worden. Er habe bis Ende März 2009 einen monatlichen Verdienst von brutto Fr. 3'300.-- bis Fr. 3'700.-- erzielt, was netto ca. Fr. 2'800.-- bis Fr. 3'300.-- entspreche. Damit habe er seinen Lebensunterhalt bestritten. Zudem habe er freiwillige Unterhaltsbeiträge für seinen Sohn bezahlt und für die Kosten (Franchise und Selbstbehalt von 10%) von monatlich rund Fr. 200.-- für seine psychiatrische Behandlung aufkommen müssen. Seit Ende März sei er arbeitslos und ohne jedes Einkommen. Da er über keine gültige Aufenthaltsbewilligung mehr verfüge, erhalte er auch keine Arbeitslosentaggelder. Sein Einzelzimmer in einer sozialen Unterkunft für Fr. 400.--/Monat habe er aufgeben müssen. Nun wohne er in einem Doppelzimmer für Fr. 250.--/Monat. Über Vermögen verfüge er nicht.
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK. Die Vorinstanz habe ihn ungeachtet seiner Bedürftigkeit vorbehaltlos zur Bezahlung der Gerichtskosten und der Kosten der amtlichen Verteidigung verurteilt. Ein Hinweis, wonach die Forderung vom Staat nur geltend gemacht werden darf, wenn er in wirtschaftlich günstige Verhältnisse kommt, sei nicht angebracht worden. Er habe bis Ende März 2009 einen monatlichen Verdienst von brutto Fr. 3'300.-- bis Fr. 3'700.-- erzielt, was netto ca. Fr. 2'800.-- bis Fr. 3'300.-- entspreche. Damit habe er seinen Lebensunterhalt bestritten. Zudem habe er freiwillige Unterhaltsbeiträge für seinen Sohn bezahlt und für die Kosten (Franchise und Selbstbehalt von 10%) von monatlich rund Fr. 200.-- für seine psychiatrische Behandlung aufkommen müssen. Seit Ende März sei er arbeitslos und ohne jedes Einkommen. Da er über keine gültige Aufenthaltsbewilligung mehr verfüge, erhalte er auch keine Arbeitslosentaggelder. Sein Einzelzimmer in einer sozialen Unterkunft für Fr. 400.--/Monat habe er aufgeben müssen. Nun wohne er in einem Doppelzimmer für Fr. 250.--/Monat. Über Vermögen verfüge er nicht.
1.2 1.2.1 Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK räumt dem Angeklagten Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand ein, wenn ihm die Mittel dazu fehlen und dies im Interesse der Rechtspflege erforderlich ist.
1.2.2 Der Anspruch auf unentgeltliche Prozessführung schützt primär das Recht auf Zugang zum Gericht. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung verpflichten weder <ref-law> noch Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK den Staat, endgültig auf die Rückerstattung von Kosten zu verzichten, die ihm durch die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung entstanden sind. Aufgrund der Rechtswohltat ausbezahlte Beträge können nach Abschluss des Verfahrens zurückverlangt werden, wenn sich die wirtschaftliche Situation des Begünstigten ausreichend verbessert hat und Bedürftigkeit nicht mehr gegeben ist (<ref-ruling> E. 2.4.2; <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 2c).
1.2.3 Bei der Umsetzung des verfassungsrechtlichen Anspruchs auf unentgeltliche Rechtspflege ist zu berücksichtigen, dass der Begriff der Bedürftigkeit nach <ref-law> mit dem des SchKG nicht deckungsgleich ist. Bei der Ermittlung der prozessualen Bedürftigkeit ist nicht schematisch auf das betreibungsrechtliche Existenzminimum abzustellen, sondern den individuellen Umständen Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 2.4.3; <ref-ruling> E. 2). Das Strafurteil, welches dem Verurteilten die Gerichtskosten und die Kosten der amtlichen Verteidigung auferlegt, stellt einen definitiven Rechtsöffnungstitel dar (<ref-law> und <ref-law>). Der Rechtsöffnungsrichter hat grundsätzlich nur zu prüfen, ob die in Betreibung gesetzte Forderung auf einem rechtskräftigen Urteil beruht und ob der Vollstreckbarkeit allenfalls eine Einwendung gemäss <ref-law> entgegensteht. Hingegen hat er nicht über den materiellen Bestand der Forderung zu befinden (<ref-ruling> E. 5.3.2; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 1b S. 9). Der Verurteilte kann sich im Rechtsöffnungsverfahren nicht darauf berufen, seine finanzielle Situation habe sich nicht verbessert. Wird der Verurteilte, welcher nicht über die das betreibungsrechtliche Existenzminimum hinausgehenden Mittel verfügt, wegen der ihm auferlegten Prozesskosten betrieben, so führt dies in der Regel zur Ausstellung eines Verlustscheins, was für den Schuldner in verschiedener Hinsicht negative Auswirkungen hat. Die Bestimmungen des Schuldbetreibungsrechts zum Schutz des betreibungsrechtlichen Existenzminimums des Schuldners genügen daher nicht zur Sicherstellung der Garantie von <ref-law>. Dem bedürftigen Verurteilten dürfen deshalb die Verfahrenskosten nur auferlegt werden, wenn sich aus dem Gesetz oder dem Entscheid ergibt, dass der Staat seinen Anspruch erst geltend machen darf, wenn die wirtschaftliche Situation des Verurteilten die Bezahlung zulässt (<ref-ruling> E. 2.4.3).
1.3 Der Beschwerdeführer bestellte selber keinen Anwalt, weshalb ihm das Bezirksgericht gestützt auf § 11 Abs. 2 Ziff. 3 und § 12 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH) Rechtsanwältin Karin Meyer als amtliche Verteidigerin beigab. Der amtliche Verteidiger wird gemäss <ref-law>/ZH aus der Staatskasse entschädigt. Über die endgültige Kostenauflage wird bei Abschluss des Verfahrens entschieden (<ref-law>/ZH). Wird der Angeklagte verurteilt, hat er in der Regel die Kosten des Prozesses, einschliesslich derjenigen für seine amtliche Verteidigung und für die Verbeiständung des Geschädigten, zu tragen (<ref-law>/ZH). Bei Bemessung, Auflage und Bezug der Kosten ist den Verhältnissen des Betroffenen Rechnung zu tragen (<ref-law>/ZH).
1.4 Die Vorinstanz erwog im angefochtenen Entscheid, die finanzielle Situation des Beschwerdeführers sei nicht derart prekär, dass er nicht zumindest für einen Teil der Kosten aufkommen könne. Der Beschwerdeführer habe mit seinem Verdienst von Fr. 3'700.-- lediglich einen Einpersonenhaushalt zu finanzieren. Dass er freiwillig Unterhaltsbeiträge für seinen Sohn bezahle, obschon er gemäss Eheschutzentscheid dazu nicht verpflichtet sei, habe bei der Berechnung der Bedürftigkeit unberücksichtigt zu bleiben. Der Entscheid des Bezirksgerichts, die Untersuchungskosten von Fr. 17'582.65 in Anwendung von <ref-law>/ZH auf die Staatskasse zu nehmen und dem Beschwerdeführer nur die Kosten des Gerichtsverfahrens, einschliesslich derjenigen der amtlichen Verteidigung, aufzuerlegen, sei daher nicht zu beanstanden. Auch wenn die Kosten der amtlichen Verteidigung noch nicht feststünden, sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer in der Lage sein werde, dafür in absehbarer Zeit aufzukommen. Er habe daher nicht als bedürftig zu gelten. Sollte sich die finanzielle Situation des Beschwerdeführers verschlechtern, bestehe die Möglichkeit, im Einvernehmen mit der Gerichtskasse, für die auferlegten Kosten in Raten aufzukommen. Einer Veränderung der finanziellen Situation und allfälligen zukünftigen Zahlungsschwierigkeiten könne im Rahmen des Kostenbezugs Rechnung getragen werden.
1.5 Bedürftig ist eine Partei, welche die Leistung der erforderlichen Prozess- und Parteikosten nur erbringen kann, wenn sie die Mittel angreift, die sie zur Deckung des Grundbedarfs für sich und ihre Familie benötigt (<ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 4a, mit Hinweisen). Die prozessuale Bedürftigkeit beurteilt sich nach der gesamten wirtschaftlichen Situation des Rechtsuchenden im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs. Dazu gehören einerseits sämtliche finanziellen Verpflichtungen, andererseits die Einkommens- und Vermögensverhältnisse (BGE <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3a S. 181, mit Hinweisen). Ein allfälliger Überschuss zwischen dem zur Verfügung stehenden Einkommen und dem prozessualen Notbedarf des Gesuchstellers ist mit den für den konkreten Fall zu erwartenden Gerichts- und Anwaltskosten in Beziehung zu setzen. Der Gesuchsteller soll in der Lage sein, mit dem ihm verbleibenden Überschuss die Gerichts- und Anwaltskosten innert absehbarer Zeit zu tilgen (vgl. Urteile des Bundesgerichts 4P.22/2007 vom 18. April 2007 E. 3.2; 5P.295/2005 vom 4. Oktober 2005 E. 2.2, mit Hinweisen).
1.6 Das Bundesgericht stellt für die Frage der Bedürftigkeit im kantonalen Verfahren grundsätzlich auf die von der Vorinstanz festgestellten finanziellen Verhältnisse des Beschwerdeführers ab (vgl. <ref-law>). Seine Prüfungsbefugnis ist diesbezüglich auf Willkür beschränkt (vgl. Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.3). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>). Aus der Beschränkung der Sachverhaltsprüfung auf offensichtlich falsche bzw. willkürliche Feststellungen ergibt sich nach der bundesgerichtlichen Praxis, dass echte tatsächliche Noven, das heisst Tatsachen, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereignet haben, im Verfahren vor dem Bundesgericht nicht berücksichtigt werden können (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 1.2.1, je mit Hinweisen). Der nach dem vorinstanzlichen Entscheid aufgrund der Arbeitslosigkeit eingetretenen Veränderung der finanziellen Verhältnisse des Beschwerdeführers kann daher im Rahmen des bundesgerichtlichen Verfahrens nicht Rechnung getragen werden.
1.7 Das Obergericht hat die prozessuale Bedürftigkeit des Beschwerdeführers im Zeitpunkt des Entscheids nicht abschliessend geprüft. Es durfte aufgrund der Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers und unter Berücksichtigung seiner geringen Auslagen jedoch davon ausgehen, dass es diesem möglich sein wird, für einen Teil der Gerichts- und Anwaltskosten aufzukommen. Dies ist mit der in <ref-ruling> wiedergegebenen bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. supra E. 1.2.3) insofern vereinbar, als sich aus der von der Vorinstanz angerufenen Bestimmung von <ref-law>/ZH ergibt, dass die finanziellen Verhältnisse des Beschwerdeführers auch beim Bezug der auferlegten Kosten zu berücksichtigen sind. Gemäss der zürcherischen Praxis verlangt <ref-law> nicht, dass bereits im Strafentscheid darüber befunden wird, ob der Betroffene von der Tragung der auferlegten Kosten zu befreien ist. <ref-law>/ZH lässt vielmehr ausdrücklich zu, dass erst beim Bezug der Kosten auf die Verhältnisse des Betroffenen Rücksicht genommen wird (Urteil des Kassationsgerichts Nr. AC040061/U vom 30. August 2004 E. 2b/aa, mit Hinweisen; Niklaus Schmid, in: Donatsch/Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1996 ff., N. 9 zu <ref-law>/ZH). Dies drängt sich insbesondere auf, wenn die persönliche und finanzielle Situation des Verurteilten sowie deren Entwicklung schlecht überblickbar sind (Niklaus Schmid, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>/ZH). Eine Ausnahme besteht einzig, wenn bereits im Zeitpunkt der Entscheidfällung feststeht, dass der Betroffene nicht in der Lage ist und auch in absehbarer Zukunft nicht sein wird, die ihm auferlegten Kosten zu bezahlen (Urteil des Kassationsgerichts Nr. AC040061/U vom 30. August 2004 E. 2b/aa).
Der Kanton Zürich verfügt mit <ref-law>/ZH über eine gesetzliche Grundlage und eine entsprechende Praxis, wonach die finanziellen Verhältnisse des Verurteilen auch beim Bezug der auferlegten Kosten zu prüfen sind. Eine verfassungskonforme Auslegung des zürcherischen Strafprozessrechts verpflichtet die Behörden, betreibungsrechtliche Schritte gegen den Beschwerdeführer zu unterlassen, solange dieser nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, und die ihm auferlegten Kosten gänzlich abzuschreiben, sollte er die Mittel für die Bezahlung auch in absehbarer Zeit nicht aufbringen können. Eine Verletzung von <ref-law> ist mit Blick auf die kantonalrechtliche Bestimmung von <ref-law>/ZH nicht auszumachen.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war und die derzeitige Bedürftigkeit des Beschwerdeführers erstellt scheint (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Rechtsanwältin Karin Meyer wird als unentgeltliche Rechtsvertreterin eingesetzt und für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld