A.- Par décisions du 30 septembre 1999, l'Institution commune LAMal a réclamé à la Caisse Vaudoise, assurance maladie et accidents, à la SUPRA, caisse-maladie, et à ASSURA, assurance maladie et accident, des intérêts rémunératoires pour la compensation des risques de l'année 1997. Pour chacune de ces caisses, les montants réclamés à ce titre s'élevaient respectivement à 1'619'835 francs, 861'681 francs et 2'011'260 francs.
B.- Par décisions des 28 août et 30 août 2000, le Département fédéral de l'intérieur (DFI) a rejeté les recours formés contre ces décisions par ces trois caisses-maladie.
C.- Par des mémoires séparés et agissant par le même avocat, la Caisse Vaudoise, la SUPRA et ASSURA interjettent recours de droit administratif en concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation des décisions du DFI les concernant et en demandant au Tribunal fédéral des assurances de dire qu'elles ne sont pas débitrices envers l'Institution commune LAMal des montants qui leur sont réclamés au titre d'intérêts rémunératoires pour l'exercice 1997.
L'Institution commune LAMal et le DFI concluent au rejet de ces trois recours, la première avec suite de dépens.

Considérant en droit :
1.- Les trois recours reposent sur un même état de faits et soulèvent des griefs identiques. Il se justifie dès lors de joindre les causes et de les liquider en un seul arrêt (cf. <ref-ruling> consid. 1, 120 V 466 consid. 1 et les références; Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. I, p. 343 sv.).
2.- Selon l'<ref-law>, les assureurs dont les effectifs de femmes et de personnes âgées assurées sont inférieurs à la moyenne de l'ensemble des assureurs doivent verser une contribution à l'institution commune (<ref-law>) en faveur des assureurs dont les effectifs de femmes et de personnes âgées assurées dépassent cette moyenne; cette contribution est destinée à compenser entièrement les différences moyennes des frais entre les groupes de risques déterminants. La comparaison s'effectue, par canton et pour chaque assureur, sur la base de l'effectif des assurés (<ref-law>). Selon l'art. 105 al. 4, deuxième phrase, LAMal, le Conseil fédéral édicte les dispositions relatives à la compensation des risques de telle sorte que les assureurs soient incités à gérer l'assurance de façon économique.
Se fondant sur cette délégation de compétence, le Conseil fédéral a adopté, le 12 avril 1995, l'ordonnance sur la compensation des risques dans l'assurance-maladie (OCoR; RS 832. 112.1), qui est entrée en vigueur le 1er janvier 1996 et qui a abrogé l'Ordonnance IX du 31 août 1992 sur l'assurance-maladie concernant la compensation des risques entre les caisses-maladie (Ordonnance IX; art. 17 al. 1 et 4 OCoR). Cette ordonnance, sur laquelle se fondent les décisions litigieuses, prévoit, dans le cadre du calcul provisoire par rapport au calcul définitif de la compensation des risques, la perception d'un intérêt sur les montants perçus en trop ou en moins (intérêts rémunératoires).
Dans sa version initiale (RO 1995 1371), l'<ref-law> disposait à ce propos ce qu'il suit :
Dans le cadre du calcul provisoire par rapport au calcul définitif, un intérêt est perçu sur les montants payés en trop ou en moins. Les intérêts sont calculés en fonction des délais de versement et de réception des montants pour la compensation des risques provisoire et définitive et en fonction des montants effectivement versés ou perçus.
L'institution commune fixe le taux d'intérêt d'après les taux usuels du marché. Elle verse et elle reçoit les intérêts jusqu'au 31 décembre de l'année qui suit l'année de compensation.
L'<ref-law> a été modifié par la novelle du 15 juin 1998 (RO 1998 1841). En particulier, le contenu de l'alinéa 5 précité a été transféré à l'alinéa 7 de la même disposition.
Bien que les deux dispositions soient de même contenu, c'est, formellement, l'art. 12 al. 5 aOCoR qu'il convient d'appliquer en l'occurrence, s'agissant de la compensation des risques pour l'année 1997 (voir la disposition transitoire de la modification du 15 juin 1998, selon laquelle la compensation des risques 1997 et la compensation des risques 1998 s'effectuent selon le droit antérieur [chiffre II]).
3.- C'est en vain, tout d'abord, que les recourantes contestent la légalité de l'art. 12 al. 5 aOCoR, dans la mesure où il prévoit le paiement d'un intérêt perçu sur les montants payés en trop ou en moins. En effet, dans un arrêt de principe du 16 octobre 2000 (arrêt X Krankenkasse et consorts [K 52/00]), le Tribunal fédéral des assurances a statué que la perception d'un tel intérêt n'était pas contraire à la loi. Il ne s'agit pas d'un intérêt moratoire pour la perception duquel la cour de céans a jugé, dans un arrêt du 31 juillet 1997 (RAMA 1997 no KV 13 p. 303), que l'<ref-law> ne constituait pas une base légale suffisante (cf. l'art. 12 al. 4 aOCoR). L'obligation de verser des intérêts entre le moment de la compensation provisoire et celui de la compensation définitive des risques n'est donc pas une sanction en raison du non-respect des délais de paiement prévus à l'art. 12 al. 1 et 2 aOCoR. Cette obligation tient compte des effets du système de la compensation des risques en deux étapes (compensation provisoire et compensation définitive), dont la légalité n'a jamais été remise en cause par la jurisprudence (SVR 1997 KV no 99 p. 327) : un tel système de compensation en deux étapes - savoir une compensation provisoire (établie à partir de données de l'année civile antérieure de deux ans à l'année de compensation) et une compensation définitive (calculée en fonction des données de l'année civile pour laquelle la compensation des risques a lieu [année de compensation], art. 6 al. 1 et 2 aOCoR) - conduit inévitablement à des différences de montants qui doivent être compensées pour tenir compte de l'exigence légale d'une pleine compensation des risques (<ref-law>). La perception d'un intérêt répond à cette exigence; elle permet de placer les assureurs, de la manière la plus exacte qui soit, dans la situation dans laquelle ils se seraient trouvés s'ils avaient dû, dès le début déjà, verser les montants mis à leur charge au titre de la compensation définitive des risques.
Il n'y a pas de raison, en l'espèce, de se départir de cette jurisprudence. Le fait que l'<ref-law> a été complété par l'adjonction d'un alinéa 5 (introduit par le ch. I de la loi du 24 mars 2000, en vigueur depuis le 1er janvier 2001 [RO 2000 2305]), selon lequel le Conseil fédéral règle la perception d'intérêts moratoires et le versement des intérêts rémunératoires, n'y saurait rien changer. Par l'adoption de cette disposition légale, il s'est agi avant tout pour le législateur de créer une base légale pour la perception d'intérêts moratoires, dont le Tribunal fédéral des assurances, on l'a vu, a jugé qu'elle faisait défaut dans l'arrêt susmentionné du 31 juillet 1997 (message du Conseil fédéral concernant l'arrêté fédéral sur les subsides fédéraux dans l'assurance-maladie et la révision partielle de la loi fédérale sur l'assurance-maladie, FF 1999 756 et 777; voir aussi Hanspeter Kuhn, Première révision partielle de la LAMal : aperçu des changements, in: Bulletin des médecins suisses, 6/2001 p. 260). On ne saurait déduire a posteriori de cette modification législative que, jusqu'alors, l'obligation de verser des intérêts sur la différence des montants compensatoires ne reposait pas non plus sur une base légale suffisante.
4.- Les recourantes reprochent au DFI d'avoir mal appliqué l'art. 12 al. 5, dernière phrase aOCoR, selon lequel l'institution commune verse et reçoit les intérêts jusqu'au 31 décembre "de l'année qui suit l'année de compensation".
Selon les recourantes, il ne s'agit pas d'un délai d'ordre, mais d'un délai de prescription. En l'espèce, les montants mis à leur charge au titre des intérêts pour la compensation des risques de l'année 1997 ne pouvaient dès lors être facturés que jusqu'au 31 décembre 1998 au plus tard. Aussi bien, en notifiant ses décisions le 30 septembre 1999, l'institution commune aurait-elle agi tardivement.
Il convient tout d'abord de constater à ce propos qu'il existe une divergence de textes entre la version française de cette disposition, d'une part, et, d'autre part, les versions allemande et italienne, puisque ces dernières font référence à l'année suivant la compensation des risques et non à l'année de compensation ("... bis zum 31. Dezember des Jahres, welches dem Risikoausgleich folgt" et "... entro il 31 dicembre dell'anno successivo alla compensazione del rischio"). Les textes légaux sont d'égale valeur dans ces trois langues officielles (cf. art. 70 Cst. ; art. 9 al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 1986 sur les recueils de lois et la Feuille fédérale [RS 170. 512]).
Lorsqu'ils présentent entre eux des divergences, il convient de déterminer celui qui, d'après les méthodes usuelles d'interprétation, rend le plus exactement le sens de la règle et peut être considéré comme juste (<ref-ruling> consid. 3a, 117 V 291 consid. 3b; cf. aussi Bernhard Schnyder, Die Dreisprachigkeit des ZGB : Last oder Hilfe? in: Mélanges en l'honneur de Henri-Robert Schüpbach, Bâle 2000, spéc. p. 39 ss.).
Comme l'expose justement l'intimée, le texte français ne saurait correspondre au but et au sens véritable de l'ordonnance, car son application rendrait particulièrement difficile, voire impraticable, le calcul des intérêts.
Ceux-ci ne peuvent en effet pas être calculés sur la base d'estimations ou de données provisoires ou incomplètes. Si l'on prenait en considération l'année de compensation (en l'occurrence 1997), conformément à la lettre de la version française de l'ordonnance, certains assureurs pourraient se soustraire à l'obligation de verser des intérêts en tardant à fournir les données nécessaires pour l'établissement de la compensation des risques. Aussi bien convient-il en l'occurrence de se fonder sur les versions allemande et italienne de l'art. 12 al. 5 in fine aOCoR. Plus précisément, l'année qui suit la compensation des risques, selon ces deux versions concordantes, doit être considérée comme l'année qui suit l'année durant laquelle la compensation des risques a été établie de manière définitive.
Dans le cas particulier, l'intimée a envoyé aux assureurs-maladie les décomptes relatifs à la compensation définitive des risques pour 1997 en date du 24 juin 1998 (cf. art. 6 al. 3 aOCoR). Par conséquent, conformément à l'art. 12 al. 5 in fine aOCoR, elle devait percevoir ou verser les intérêts jusqu'au 31 décembre 1999 au plus tard.
Le 30 septembre 1999, l'Institution commune a envoyé aux assureurs-maladie des décomptes relatifs aux intérêts pour la compensation des risques de l'année 1997. Selon ces décomptes, les intérêts rémunératoires devaient être payés avant le 29 octobre 1999 (versements en faveur de la compensation des risques) et avant le 30 novembre 1999 (versements en provenance de la compensation des risques). On doit ainsi admettre que l'intimée a respecté le délai fixé par l'ordonnance.
Il n'y pas lieu, dans ces conditions, d'examiner plus avant la nature du délai en question (délai d'ordre, de prescription ou encore de péremption).
5.- a) Selon l'art. 12 al. 1 aOCoR, les paiements des assureurs en faveur de la compensation des risques qui résultent du calcul provisoire selon l'art. 6 al. 2 aOCoR doivent être effectués, pour moitié chaque fois, jusqu'aux 15 février et 15 août de l'année de compensation; les paiements en provenance de la compensation des risques en faveur des assureurs doivent être effectués, pour moitié chaque fois, jusqu'au 28 ou 29 février et jusqu'au 31 août de l'année de compensation.
En outre, aux termes de l'art. 12 al. 2 aOCoR, les paiements des assureurs résultant du calcul définitif selon l'art. 6 al. 3 aOCoR, doivent être effectués jusqu'au 15 novembre de l'année qui suit l'année de compensation; les paiements en provenance de la compensation des risques en faveur des assureurs doivent être effectués jusqu'au 30 novembre de l'année qui suit l'année de compensation.
Conformément à ces dispositions, les intérêts de la compensation des risques de l'année 1997 ont été calculés sur la base des éléments suivants :
- Les intérêts pour le montant payé ou reçu en trop ou en
moins dans la première tranche de la compensation provisoire
des risques 1997 courent du 28 février 1997
(paiement de la première tranche aux assureurs) au
15 novembre 1998 (paiement de la compensation définitive
des assureurs), soit une période de 625 jours.
- Les intérêts pour le montant payé ou reçu en trop ou en
moins dans la deuxième tranche de la compensation provisoire
des risques courent du 31 août 1997 (paiement de la
deuxième tranche provisoire aux assureurs) au 15 novembre
1998 (441 jours).
Quant au taux des intérêts sur le montant payé en trop ou en moins pour la compensation provisoire des risques, il a été fixé à 2,9967 pour cent pour la première tranche (625 jours) et à 2,9480 pour cent pour la deuxième tranche (441 jours).
b) Par une argumentation subsidiaire, les recourantes contestent le dies a quo des intérêts. Selon elles, c'est une vue de l'esprit que de considérer que dès le 28 février (respectivement le 31 août) 1997 elles disposaient déjà de la moitié (respectivement de l'entier) du solde en capital qu'elles devraient verser l'année suivante, une fois le décompte définitif établi. L'institution commune facturerait en conséquence aux recourantes un intérêt rémunératoire sur de l'argent qu'elles n'auraient pas. Il apparaîtrait plus équitable de créditer jusqu'au 31 décembre de l'exercice concerné par la compensation, en faveur de la caisse ayant effectué l'avance, un intérêt calculé sur les deux versements effectués à titre provisoire. En revanche, à partir du 1er janvier de l'année suivant l'échéance de l'exercice concerné, un intérêt rémunératoire débiteur pourrait être calculé au motif que ce n'est qu'à l'échéance de l'année de compensation que la caisse disposerait réellement du capital réclamé à titre de solde définitif. De même, un intérêt rémunératoire débiteur pourrait être calculé à compter du 1er janvier de l'année suivante pour les montants complémentaires que l'Institution commune pourrait être appelée à verser.
Les recourantes, par ailleurs, contestent le taux de l'intérêt pratiqué par l'Institution commune, qui devrait selon elles être fixé sur la base des taux applicables aux avoirs à vue auprès des banques, voire des taux à court terme.
c) Comme le relève toutefois l'intimée, il ne s'agit pas de savoir, en l'espèce, si l'Institution commune prélève ou non des intérêts sur des capitaux que les assureurs ne possèdent pas. Les intérêts sur les différences de montants ont pour but de garantir que les contributions payées en trop ou en moins soient compensées. S'il apparaît, au moment de la compensation définitive des risques, qu'un assureur a, lors de la compensation provisoire, payé plus que ce qu'il devait effectivement pour l'année de compensation, il a droit à des intérêts sur le montant payé en trop puisqu'il a dû financer ces paiements. A l'inverse, l'assureur verse des intérêts quand il n'a pas eu de frais de financement, parce qu'il a payé provisoirement moins que ce qu'il devait en définitive. Les dates retenues pour le début des intérêts sont conformes à l'art. 12 al. 5 aOCoR, selon lequel les intérêts sont calculés en fonction des délais de versement et de réception des montants pour la compensation des risques provisoire et définitive et en fonction des montants effectivement versés ou perçus. On ne voit pas, en outre, en quoi cette réglementation serait contraire à la loi. Du reste, le Tribunal fédéral des assurances en a admis tacitement la légalité dans l'arrêt, déjà mentionné, X Krankenkasse et consorts.
En ce qui concerne par ailleurs le taux de l'intérêt pratiqué par l'intimée, on relèvera que l'art. 12 al. 5 aOCoR prévoit que les intérêts rémunératoires seront fixés d'après les taux usuels du marché. Or, les taux d'intérêts pratiqués en l'occurrence correspondent au rendement moyen d'obligations de débiteurs publics en Suisse pour une durée allant jusqu'à sept ans, selon les tabelles publiées dans le Bulletin mensuel de statistiques économiques 1/1999 de la Banque nationale suisse. On doit donc admettre qu'il s'agit de taux usuels au sens de l'art. 12 al. 5 aOCoR.
Contrairement à l'opinion des recourantes, on ne peut pas établir de comparaison avec le taux - plus faible - de l'intérêt qui est servi en application de l'art. 13 al. 1 aOCoR. Selon cette disposition, les intérêts qui s'accumulent en raison de l'écart des délais prévus entre le versement et la perception des paiements de la compensation des risques provisoire et définitive sont remboursés aux assureurs par l'institution commune. Dans ce cas, l'intérêt couru porte sur des intervalles très brefs, soit du 15 au 28 février 1997 et du 15 au 31 août 1997, pour les tranches de la compensation provisoire, et du 15 au 30 novembre 1998 pour la compensation définitive (voir supra consid. 5a).
6.- Dans le cadre de leur argumentation subsidiaire, les recourantes critiquent aussi la formule de calcul utilisée par l'Institution commune. Ainsi, pour calculer l'intérêt pour la première tranche de la compensation provisoire, l'intimée a utilisé la formule suivante :
[(C/2)-A] X 2.9967 X 625 jours
100 X 360 jours
C/2 : 1/2 solde de la compensation définitive 1997A : Paiement de la première tranche de compensation
provisoire 1997(C/2)-A : Différence de la première tranche de la
compensation provisoire 1997
Dans cette formule, la durée des intérêts figurant au numérateur est exprimée par le nombre exact de jours, tandis que pour une année civile, il est indiqué 360 jours au dénominateur. Les recourantes y voient, à tort, une "approximation" inadmissible dans le calcul des intérêts.
En effet, la formule critiquée, dite "365/360", correspond aux usages bancaires internationaux (Emilio Albisetti et al., Handbuch des Geld-, Bank- und Börsenwesens der Schweiz, 4ème édition, 1987, p. 718). Le Tribunal fédéral des assurances n'a dès lors pas de motif de la remettre en cause en l'espèce (voir <ref-ruling> consid. 3a).
7.- Il s'ensuit que les recours de droit administratif sont mal fondés.
Vu la nature du litige, la procédure n'est pas gratuite (art. 134 OJ a contrario). Succombant, les recourantes en supporteront les frais (art. 156 al. 1 OJ).
Bien qu'elle obtienne gain de cause et qu'elle soit représentée par un avocat, l'institution commune n'a pas droit à des dépens (<ref-ruling> consid. 6, 118 V 169 consid. 7).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Les causes K 163/00, K 164/00 et K 165/00 sont jointes.
II. Les recours sont rejetés.
III. Les frais de la cause, d'un montant de 52 000 fr., sont mis à la charge des recourantes et sont compensés avec les avances de frais qu'elles ont versées.
IV. Il n'est pas alloué de dépens.
V. Le présent arrêt sera communiqué aux parties et au
Département fédéral de l'intérieur.
Lucerne, le 15 mars 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la Ière Chambre :
Le Greffier :