Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht V Burgdorf-Frauenbrunnen bestrafte X._ am 19. Januar 2005 wegen sexueller Handlungen mit Kindern, sexueller Belästigung und Pornographie mit einer bedingten Gefängnisstrafe von zwölf Monaten und erteilte ihm die Weisung, die begonnene Gesprächstherapie fortzusetzen.
Am 22. Mai 2008 sprach das Kreisgericht V Burgdorf-Fraubunnen X._ der mehrfachen, teils versuchten sexueller Handlungen mit Kindern und Pornographie schuldig. Die sexuellen Übergriffe erfolgten zum Nachteil zahlreicher Mädchen zwischen 8 und 15 Jahren. Nach Widerruf des bedingten Vollzugs für die vorerwähnte zwölfmonatige Gefängnisstrafe verurteilte es ihn zu einer Gesamtfreiheitsstrafe von 4 1⁄2 Jahren, welche es zu Gunsten einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von Art. 59 StGB aufschob.
X._ trat die stationäre Massnahme am 28. August 2007 vorzeitig in der geschlossenen Abteilung des Massnahmezentrums St. Johannsen an. Am 6. März 2008 wechselte er in die offene Abteilung. Am 17. Oktober 2008 ergriff er während eines begleiteten Beziehungsurlaubs die Flucht. Am 28. Januar 2010 konnte er aufgrund der internationalen Ausschreibung in Barcelona verhaftet werden. Die Überstellung in die Schweiz erfolgte am 16. September 2010. Am 2. November 2010 wurde X._ für den weiteren Vollzug der Massnahme in die Anstalten Thorberg eingewiesen.
Die Konkordatliche Fachkommission zur Beurteilung der Gemeingefährlichkeit von Straftätern (KoFako) erachtete X._ am 21. September 2011 als gemeingefährlich und eine Versetzung ins offene Massnahmezentrum St. Johannsen als verfrüht.
B. Die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug (ASMV) wies das Gesuch von X._ um bedingte Entlassung aus der Massnahme und um Versetzung in das Massnahmezentrum St. Johannsen oder in eine andere Massnahmeeinrichtung am 10. Februar 2012 ab. Eine Beschwerde gegen diesen Entscheid wies die Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern (POM) am 15. Juni 2012 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ wies das Obergericht des Kantons Bern am 30. August 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, er sei bedingt aus der Strafanstalt zu entlassen. Eventuell sei er ins Massnahmezentrum St. Johannsen oder in ein anderes, ähnliches Massnahmezentrum einzuweisen.

Erwägungen:
1. Anfechtungsobjekt ist ausschliesslich der vorinstanzliche Beschluss vom 30. August 2012. Soweit sich die Kritik des Beschwerdeführers auch gegen die unterinstanzlichen Verfügungen der POM und der ASMV richtet, ist auf die Beschwerde (S. 5, 7, 8) nicht einzutreten.
Ebenfalls nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit der Beschwerdeführer zur Begründung auf frühere Rechtsschriften und Eingaben im kantonalen Verfahren verweist (Beschwerde, S. 4, 5, 6, 8, 9). Die massgeblichen Ausführungen müssen in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein (vgl. <ref-ruling> E. 3.2).
Für Verfassungsverletzungen (einschliesslich Willkür bei der Beweiswürdigung und Sachverhaltsfeststellung) gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise erhoben und begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGG 133 II 249 E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.4). Der Beschwerdeführer erneuert vor Bundesgericht lediglich seine bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachte Kritik u.a. zur angeblichen Mangelhaftigkeit des Berichts der Fachkommission (Beschwerde, S. 5 und S. 9), ohne sich mit den Erwägungen der Vorinstanz, die seine Vorbringen mit vertretbaren Argumenten verwirft, zu befassen (Entscheid, S. 15 ff.). Darauf ist nicht einzutreten.
Soweit im Folgenden auf die Ausführungen in der Beschwerde nicht eingegangen wird, genügt sie den Begründungsanforderungen im Sinne von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG nicht.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs. Er sei von der KoFako nicht persönlich angehört worden (Beschwerde, S. 8 f.).
2.2 Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Der Betroffene hat das Recht, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern. Dazu gehört insbesondere das Recht, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn es geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen).
2.3 Dem Beschwerdeführer wurde die Stellungnahme der KoFako anlässlich der Standortbestimmung der ASMV persönlich ausgehändigt und erläutert (vgl. kantonale Akten, act. 539 f.). Ausserdem wurde ihm vor der Ausfällung des erstinstanzlichen Entscheids mit Schreiben vom 17. Januar 2012 das rechtliche Gehör in Bezug auf die beabsichtigte Weiterführung der Massnahme in den Anstalten Thorberg gewährt. Im Verfahren vor den kantonalen Rechtsmittelinstanzen hatte der Beschwerdeführer die Gelegenheit, seine Einwände u.a. auch gegen die Stellungnahme der KoFako anzubringen, was er denn auch tat. Bereits vor diesem Hintergrund erweist sich die Gehörsrüge des Beschwerdeführers als nicht stichhaltig. Zudem gibt die KoFako lediglich Empfehlungen ab. Die Entscheidkompetenz für Vollzugslockerungen bzw. die bedingte Entlassung verbleibt bei der Vollzugsbehörde (siehe auch Urteile 6B_27/2011 vom 5. August 2011 E. 3 und 6B_606/2010 vom 28. September 2010 E. 3).
2.4 Hinzu kommt, dass die KoFako ihre Stellungnahme vom 21. September 2011 in Form eines Aktengutachtens auf die Therapieverlaufsberichte des Forensisch Psychiatrischen Dienstes (FPD) der Universität Bern und - zur Hauptsache - auf das psychiatrische Gutachten vom 7. Mai 2007 stützt. Die Stellungnahme der KoFako geht in Bezug auf die Diagnose und die Gefährlichkeitsbeurteilung des Beschwerdeführers nicht über das psychiatrische Gutachten hinaus, welchem seinerseits eine persönliche Exploration des Beschwerdeführers zugrunde liegt. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Aktengutachten unter anderem ausnahmsweise möglich, wenn über den zu begutachtenden Täter bereits ein oder mehrere Gutachten erstattet wurden, die jüngeren Datums sind, und sich die Grundlagen der Begutachtung nicht wesentlich geändert haben (<ref-ruling> E. 2f S. 58). Diese Voraussetzungen sind hier gegeben. Auch vor diesem Hintergrund hatte die KoFako keinen Anlass, den Beschwerdeführer persönlich anzuhören. Die Gehörsrüge ist unbegründet.
2.5 Der Beschwerdeführer verlangt, er sei bedingt aus der stationären Massnahme zu entlassen bzw. zumindest in das Massnahmezentrum St. Johannsen zu versetzen. Die Vorinstanz stufe ihn zu Unrecht als gemeingefährlich ein (Beschwerde, S. 6 ff., S. 9).
2.6 Der Täter wird gemäss Art. 62 Abs. 1 StGB aus dem stationären Vollzug einer Massnahme bedingt entlassen, sobald sein Zustand es rechtfertigt, dass ihm Gelegenheit gegeben wird, sich in der Freiheit zu bewähren. Voraussetzung für die bedingte Entlassung ist eine günstige Prognose. Die Prognose ist günstig, wenn zu erwarten ist, dass der Betroffene keine weiteren Straftaten begehen wird, die mit der behandelten Störung in Zusammenhang stehen. Eine Heilung im medizinischen Sinn ist nicht erforderlich. Es genügt, dass der Betroffene gelernt hat, mit seinen Defiziten umzugehen. Entscheidend ist, dass die mit der schweren psychischen Störung zusammenhängende Rückfallgefahr durch die Behandlung ausreichend vermindert werden konnte (<ref-ruling> E. 1.2; Urteil 6B_714/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2 mit Hinweisen).
Gemäss Art. 59 Abs. 3 StGB wird der Täter in einer geschlossenen Einrichtung behandelt, solange die Gefahr besteht, dass er flieht oder weitere Straftaten begeht. Er kann auch in einer Strafanstalt nach Art. 76 Abs. 2 StGB behandelt werden, sofern die nötige therapeutische Behandlung durch Fachpersonal gewährleistet ist.
Nach Art. 75a Abs. 3 StGB ist Gemeingefährlichkeit anzunehmen, wenn die Gefahr besteht, dass der Gefangene flieht und eine weitere Straftat begeht, durch die er die physische, psychische oder sexuelle Integrität einer anderen Person schwer beeinträchtigt.
Nach Art. 75a Abs. 3 StGB ist Gemeingefährlichkeit anzunehmen, wenn die Gefahr besteht, dass der Gefangene flieht und eine weitere Straftat begeht, durch die er die physische, psychische oder sexuelle Integrität einer anderen Person schwer beeinträchtigt.
2.7 2.7.1 Die Vorinstanz stützt sich für die Beurteilung der vom Beschwerdeführer ausgehenden Rückfallgefahr in erster Linie auf das psychiatrische Gutachten vom 7. Mai 2007, die Führungsberichte der Anstalten Thorberg vom 13. Januar und 23. Mai 2012 und die Therapieverlaufsberichte des FPD der Universität Bern vom 13. Juli 2011 und 10. Mai 2012 (Entscheid, S. 14 f.). Ergänzend zieht sie den Aktenbericht der KoFako heran (Entscheid, S. 15 f.). Die Vorinstanz würdigt die in sich stimmigen und nachvollziehbaren Beurteilungsgrundlagen ohne Willkür. Der Beschwerdeführer, welcher u.a. wegen sexueller Handlungen mit Kindern verurteilt wurde, leidet an einer Störung der sexuellen Präferenz mit eindeutig pädosexuellen Zügen vor dem Hintergrund akzentuierter Persönlichkeitszüge. Die ihm zur Last gelegten Straftaten, welche u.a. Oral- und (ungeschützten) Geschlechtsverkehr mit Kindern umfassen, wiegen sehr schwer. Sie bilden nach richtiger Auffassung der Vorinstanz Anlasstaten im Sinne von Art. 64 StGB. Sowohl die Gutachter als auch die KoFako schätzen die Rückfallgefahr als hoch bzw. die Gefahr weiterer Straftaten in der Art und Weise der Anlasstaten als in hohem Masse wahrscheinlich ein. Nach den Therapieverlaufsberichten vom 13. Juli 2011 und 10. Mai 2012 und dem Aktenbericht der KoFako steht der Beschwerdeführer trotz gewisser Behandlungsfortschritte noch mitten im Therapieprozess und ist keine grundlegende Besserung der deliktfördernden psychiatrischen Symptomatik erkennbar, welche ihn davon abhalten würde, erneut zu delinquieren. Ausgehend hievon folgert die Vorinstanz ohne Rechtsverletzung, die therapeutische Behandlung des Beschwerdeführers sei noch nicht derart fortgeschritten, dass von einer vertieften Einsicht in die Störungsproblematik und von einer umfassenden Deliktsaufarbeitung gesprochen werden könne. Die Rückfallgefahr weiterer schwerer Straftaten gegen die sexuelle Integrität von Kindern könne unter diesen Umständen (noch) nicht als ausreichend vermindert bezeichnet und dem Beschwerdeführer keine günstige Prognose gestellt werden (Entscheid, S. 14 ff., S. 15).
2.7.2 Nicht zu beanstanden ist auch die Annahme von Fluchtgefahr. Die Vorinstanz zieht für deren Beurteilung ausschliesslich zulässige Elemente heran. Sie würdigt die konkreten Verhältnisse des Beschwerdeführers umfassend und im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 3d S. 36; vgl. auch Urteil 6B_742/2010 vom 30. September 2010 E. 2.1). Nachvollziehbar weist sie darauf hin, dass die grundsätzlich gegen eine Fluchtgefahr sprechenden Aspekte (stabile Arbeitsverhältnisse, intaktes familiäres Verhältnis, soziale Einbindung, Lebensmittelpunkt Schweiz, Schweizerbürger) bereits 2008 bestanden und den Beschwerdeführer nicht davon abzuhalten vermochten, anlässlich eines Beziehungsurlaubs zu fliehen, sich ins Ausland abzusetzen und sich nach seiner Verhaftung gegen die Auslieferung an die Schweiz zu wehren. Inwiefern sich die Verhältnisse verändert und dieselben Aspekte den Beschwerdeführer nunmehr von einer Flucht abhalten könnten, ist nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz nicht ersichtlich, umso weniger als der Beschwerdeführer noch mitten im Therapieprozess steht und die erzielten therapeutischen Fortschritte sowie die Einsicht in die Störungsproblematik noch (zu) wenig gefestigt erscheinen.
2.7.3 Ist willkür- und rechtsfehlerfrei von Rückfall- und Fluchtgefahr auszugehen, ist die Einschätzung des Beschwerdeführers als gemeingefährlicher Täter im Sinne von Art. 75a Abs. 3 StGB nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz stellt dabei zutreffend die Gefährlichkeit des Beschwerdeführers, die sich aus einer Gesamtwürdigung von Tat und Täter ergibt, ins Zentrum ihrer Überlegungen. Sie berücksichtigt namentlich die dem Beschwerdeführer zur Last gelegte schwere Sexualdelinquenz zum Nachteil von Kindern, welche über Jahre hinweg andauerte, und den Umstand, dass von ihm weiterhin eine hohe Gefahr von Straftaten Dass diese Delikte geeignet sind, insbesondere die psychische und sexuelle Integrität der Opfer schwer zu beeinträchtigen, ist evident und bedarf keiner weiteren Ausführungen.
3. Der angefochtene Entscheid verletzt kein Bundesrecht. Die Vorinstanz würdigt alle für die Frage der bedingten Entlassung bzw. einer Versetzung in das Massnahmezentrum St. Johannsen wesentlichen Gesichtspunkte, ohne das ihr zustehende Ermessen zu verletzen. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit einer herabgesetzten Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 und Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill