Faits:
A. X._ AG, société anonyme de siège social à Z._ (ZH) a notamment comme but social l'encaissement de créances en Suisse et à l'étranger.
B. Mandatée par G._, X._ AG a, le 12 février 2008, adressé à l'Office des poursuites de Genève une réquisition de poursuite contre Y._ SA pour un montant de 16'987 fr. 55 plus intérêts.
L'office a refusé de donner suite à la réquisition au motif que X._ AG n'a pas qualité pour représenter un créancier devant les offices des poursuites et faillites genevois.
C. X._ AG a formé une plainte auprès de la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève; elle faisait valoir que l'autorisation faite aux seuls mandataires énumérés dans la loi cantonale genevoise réglementant la profession d'agent d'affaires (ci-après : LPAA/GE; RSG E 6.20) est contraire à la loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le marché intérieur (ci-après : LMI; RS 943.02).
Statuant le 8 mai 2008, l'autorité de surveillance a rejeté la plainte.
D. X._ AG forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de la décision cantonale, à l'annulation de la directive de l'autorité de surveillance du 11 décembre 2001 sur la représentation des parties devant les offices et au renvoi de la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'autorité cantonale s'est référée aux considérants de sa décision. L'Office des poursuites de Genève et Y._ SA ne se sont pas déterminés.

Considérant en droit:
1. Aux termes de l'<ref-law> - dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2007 (RO 2006 1205, 1246) -, le recours au Tribunal fédéral est régi par la LTF, qui ouvre le recours en matière civile contre les décisions en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>), en particulier contre celles qui sont rendues sur plainte par les autorités cantonales de surveillance (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4105 ch. 4.1.3.1). De telles décisions sont finales au sens de l'<ref-law> dès lors qu'elles ne peuvent plus être remises en discussion dans la procédure de poursuite en cours (<ref-ruling> consid. 1.2). Le recours en matière civile n'étant ouvert que contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance (<ref-law>), la conclusion tendant à l'annulation de la directive du 11 décembre 2001 est irrecevable.
Interjeté dans le délai de 10 jours (<ref-law>) par la poursuivante (<ref-law>) contre la décision prise en dernière instance par l'autorité de surveillance du canton de Genève (<ref-law>), le présent recours est recevable.
2. Invoquant la force dérogatoire du droit fédéral, la recourante estime que la Commission de surveillance, en considérant que les conditions prescrites par la LPAA/GE pour représenter les parties dans les procédures d'exécution forcée n'étaient pas remplies, a donné au droit cantonal une interprétation incompatible avec les art. 2 et 3 de la LMI.
2.1 Selon l'art. 49 al. 1 Cst., qui a remplacé la règle déduite de l'art. 2 Disp. trans. aCst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Ce principe constitutionnel de la primauté du droit fédéral fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (<ref-ruling> consid. 5a, 295 consid. 3b; <ref-ruling> consid. 4a et les arrêts cités).
2.2 La LMI vise à éliminer les restrictions à l'accès au marché mises en place par les cantons et les communes. Elle est conçue comme une loi-cadre qui n'entend pas harmoniser les différents domaines, mais se limite à fixer les principes élémentaires nécessaires au bon fonctionnement du marché intérieur (Message du 24 novembre 2004 relatif à la révision de la LMI in : FF 2005, p. 421ss, p. 426; PIERRE TERCIER, Commentaire romand, Droit de la concurrence, 2002 [ci-après cité : CR Concurrence], n. 43 ad Introduction à la LMI). A l'intérieur du cadre imposé, les cantons demeurent libres d'exercer leurs compétences (Manuel Bianchi della Porta, CR Concurrence, n. 58 ad <ref-law>). Cette loi garantit à toute personne ayant son siège ou son établissement en Suisse l'accès libre et non discriminatoire au marché afin qu'elle puisse exercer une activité lucrative sur tout le territoire suisse (<ref-law>). Par activité lucrative au sens de ladite loi, on entend toute activité ayant pour but un gain et bénéficiant de la protection de la liberté du commerce et de l'industrie (<ref-law>), ce qui est le cas des agents d'affaires (<ref-ruling>; <ref-ruling>). Ainsi, selon l'<ref-law>, toute personne a le droit d'offrir des marchandises, des services et des prestations de travail sur tout le territoire suisse pour autant que l'exercice de l'activité lucrative en question soit licite dans le canton ou la commune où elle a son siège ou son établissement. Parallèlement, les certificats de capacité cantonaux ou reconnus au niveau cantonal permettant d'exercer une activité lucrative sont valables sur tout le territoire suisse (<ref-law>).
Des restrictions à ce principe ne sont licites que si elles remplissent les conditions cumulatives de l'<ref-law>. D'après cette disposition, la liberté d'accès au marché d'offreurs externes ne peut être restreinte en fonction des prescriptions applicables au lieu de destination que si ces restrictions s'appliquent de la même façon aux offreurs locaux (lettre a), sont indispensables à la préservation d'intérêts publics prépondérants (lettre b) et répondent au principe de la proportionnalité (lettre c).
2.3 En matière d'exécution forcée, le législateur fédéral a adopté à l'<ref-law> une disposition qui règle la représentation professionnelle des intéressés à la procédure d'exécution forcée. Les cantons peuvent réglementer cette question, mais dans les limites prescrites par cette disposition. Ils peuvent ainsi prévoir que les personnes qui entendent exercer cette activité fassent la preuve de leurs aptitudes professionnelles et de leur moralité (al. 1 ch. 1). L'exigence de la preuve des aptitudes professionnelles étant une restriction cantonale à la liberté économique (art. 27 Cst.), elle doit avoir sa base dans une loi; elle doit également être justifiée par l'intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (<ref-ruling> consid. 4). Quiconque a été autorisé dans un canton à exercer la représentation professionnelle peut demander l'autorisation d'exercer cette activité dans tout autre canton, pour autant que ses aptitudes professionnelles et sa moralité aient été vérifiées de manière appropriée (<ref-law>). Cette disposition a précisément pour but d'accorder le libre passage aux professionnels tels que les agents d'affaires ayant été autorisés à exercer cette activité dans un canton (<ref-ruling> consid. 4a/aa; Message concernant la révision de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite du 8 mai 1991 in : FF 1991 III 1, p. 47-48).
2.4 Le législateur genevois a fait usage de la faculté prévue à l'<ref-law> en adoptant, le 2 novembre 1927, la loi réglementant la profession d'agent d'affaires.
Aux termes de l'art. 1 LPAA/GE, seuls sont admis en qualité de mandataires des parties auprès des Offices des poursuites et faillites de Genève, les avocats et les avocats-stagiaires rattachés au barreau de Genève ou à celui d'autre canton (let. a), les notaires et les huissiers judiciaires nommés par le Conseil d'Etat (let. b), les agents d'affaires autorisés par le Conseil d'Etat à exercer cette profession à Genève (let. c), et les mandataires autorisés par le Conseil d'Etat en application de l'<ref-law> (let. d). L'art. 3A LPAA/GE précise que sont toutefois dispensés de l'obligation de solliciter l'autorisation prévue à l'art. 1 let. c ceux qui, sans en faire profession, agissent exceptionnellement en qualité de mandataires des parties auprès des offices (let. a), ceux qui, étant domiciliés dans un autre canton, y exercent la profession d'agent d'affaires (let. b), et ceux qui sont chargés de la gérance d'un immeuble, mais seulement pour les actes de poursuite qui en sont la suite et pour autant qu'ils en justifient suffisamment par la production d'une procuration (let. c).
2.5 L'<ref-law>, modifié par la loi fédérale du 16 décembre 1994, est entré en vigueur le 1er janvier 1997. Quant à la LMI, elle a été adoptée postérieurement, soit le 6 octobre 1995, mais est entrée en vigueur le 1er juillet 1996. Dans ces conditions, la question de savoir laquelle de ces réglementations l'emporte ne peut être résolue par le critère de l'antériorité mais doit l'être par l'interprétation (<ref-ruling> consid. 8.4; <ref-ruling> consid. 2c-d et les réf. citées). Il ressort de la comparaison de l'<ref-law> et la LMI que ces dispositions poursuivent le même objectif qui est d'assurer aux personnes exerçant une activité lucrative l'accès libre et non discriminatoire au marché couvrant tout le territoire suisse. L'<ref-law> vise toutefois précisément les représentants professionnels de tous les intéressés à la procédure d'exécution forcée. Les deux réglementations prévoient un cadre tout en imposant aux cantons le respect de certaines limites lorsqu'ils apportent des restrictions à la liberté économique; l'<ref-law> et la jurisprudence qui en a découlé (ex. <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4) fixent des limites plus précises en ce sens notamment que les cantons sont autorisés à exiger des personnes qui entendent exercer la représentation professionnelle dans les procédures d'exécution forcée qu'elles fassent la preuve de leurs aptitudes professionnelles et de leur moralité, l'al. 2 garantissant le libre passage des professionnels entre les différents cantons. Dans ces conditions, on doit admettre que l'<ref-law> représente une disposition spéciale qui l'emporte sur la législation en matière de marché intérieur (cf. Message concernant la loi fédérale sur le marché intérieur du 23 novembre 1994 in : FF 1995 p. 1193ss, 1244). Cette interprétation est d'ailleurs conforme à la volonté du législateur qui a conçu la LMI comme une loi subsidiaire qui ne s'applique que si les conditions d'accès à un marché donné ne sont pas harmonisées (Manuel Bianchi della Porta, op. cit., n. 61 ad <ref-law>).
2.6 C'est par conséquent au regard de l'<ref-law> que doit être examiné le grief pris de la force dérogatoire du droit fédéral.
La recourante fait valoir qu'elle est considérée dans le canton de Zurich où elle a son siège social comme un agent d'affaires autorisé à représenter professionnellement les parties dans les procédures d'exécution forcée. Elle se prévaut ainsi de la reconnaissance intercantonale réglée par l'al. 2 de l'<ref-law>.
Il lui appartenait par conséquent de démontrer qu'elle avait obtenu une autorisation d'exercer l'activité de représentant professionnel en matière d'exécution forcée dans un autre canton, après un examen suffisant de ses aptitudes (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4a/bb), ce qu'elle ne fait pas. Au contraire du canton de Genève (cf. art. 4 LPAA/GE), la loi cantonale zurichoise sur les agents d'affaires, les courtiers immobiliers et les détectives privés du 16 mai 1943 (cf. ATF 71 I consid. 3) ne soumet en effet pas à autorisation la représentation professionnelle à la procédure d'exécution forcée, telle qu'elle résulte de l'<ref-law>. Dans un tel cas, l'<ref-law> ne s'applique pas (<ref-ruling> consid. 4a/aa); ce sont les conditions ordinaires du canton d'accueil qui déterminent l'octroi de l'autorisation (PAULINE ERARD, Commentaire romand de la LP, n. 20 ad <ref-law>; FRANCO LORANDI, Betreibungsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeit, n. 26 ad <ref-law>). Or, la recourante ne prétend pas davantage qu'elle répond aux exigences ordinaires posées par le droit cantonal genevois (cf. art. 4 LPAA/GE) pour représenter les intéressés devant les autorités de poursuite. C'est dire qu'en l'espèce, le refus de lui reconnaître la qualité pour représenter la créancière est conforme au droit fédéral applicable.
Au vu de ce qui précède, il n'apparaît pas que la décision cantonale aboutit à un résultat qui viole l'art. 49 al. 1 Cst. Autre est la question de savoir si l'autorité précédente a appliqué correctement le droit cantonal, en particulier l'art. 3A let. b LPAA/GE - étant précisé que le Tribunal fédéral ne peut examiner l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3) -. Il n'y a toutefois pas lieu de traiter cette question, le recours se limitant à invoquer la force dérogatoire du droit fédéral.
3. En conclusion, le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires seront supportés par la recourante qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'accorder de dépens à l'office des poursuites (<ref-law>) ni à l'intimée, qui ne s'est pas déterminée (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève.
Lausanne, le 15 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Rey-Mermet