<ref-law>,hat sich ergeben:
A.- a) Über die A._ AG wurde am 28. August 2000 der Konkurs eröffnet. Am 28. November 2000 wurde das Verfahren mangels Aktiven eingestellt. Im Februar 2001 wurde bezüglich der zwei im Eigentum der A._ AG stehen- den Stockwerkeinheiten A und C eines Geschäftshauses in B._ das Spezialliquidationsverfahren gemäss <ref-law> eingeleitet. Die X._ AG ist Mieterin des grössten Teils der Stockwerkeinheit C und eines Teils der Einheit A.
b) Am 1. Juli 2001 erhob die X._ AG beim Bezirksgericht Zürich als unterer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs Beschwerde, im Wesentlichen mit dem Begehren, das Lastenverzeichnis und der Kollokationsplan, die das Konkursamt S._ in der genannten Spezialliquidation bezüglich der Stockwerkeinheit C aufgenommen hatte, seien neu zu erstellen und aufzulegen (Verfahren CB010109). Gleichzeitig verlangte sie, den für das Liquidationsverfahren zuständigen Konkursbeamten wie auch die von diesem beauftragte Liegenschaftenverwaltung wegen Befangenheit zu ersetzen. Da das angefochtene Lastenverzeichnis und der Kollokationsplan in einem andern Beschwerdeverfahren (CB010112) vom Konkursamt S._ im Sinne von <ref-law> in Wiedererwägung gezogen und unter gleichzeitiger Mitteilung an die Parteien aufgehoben worden waren, schrieb das Bezirksgericht am 10. Juli 2001 das Beschwerdeverfahren CB010109 im Wesentlichen als gegenstandslos ab und beschloss, dass das Ausstandsbegehren gegen den Notar von S._ abgewiesen und im Übrigen auf die Beschwerde und auf das Akteneinsichtsgesuch nicht eingetreten werde.
B.- Mit Schreiben vom 5. Juli 2001 hatte der Gerichtsschreiber des Bezirksgerichts Zürich (untere Aufsichtsbehörde) im Verfahren CB010109 der X._ AG mitgeteilt, er habe in seiner Eigenschaft als Referent am Vortag an der von Notar N._ angeordneten Besichtigung der Liegenschaft mit Vertretern der Gläubigerbank teilgenommen, um sich das Aktenverständnis zu erleichtern und sich ein Bild von den lokalen Gegebenheiten zu machen. Den anschliessend durchgeführten Verhandlungen habe er nicht beigewohnt. Im Sinne einer Vorinformation wies der Gerichtsschreiber ferner darauf hin, dass das Lastenverzeichnis und der Kollokationsplan im separaten Verfahren CB010112 aufgehoben worden seien.
Mit einer als "Beschwerde samt Ausstandsbegehren" bezeichneten Eingabe vom 6. Juli 2001 gelangte die X._ AG an das Obergericht des Kantons Zürich als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde. Sie beantragte, die Verfügung von Gerichtsschreiber G._ vom 5. Juli 2001 aufzuheben, diese Verfügung für nichtig zu erklären und den Ausstand von Gerichtsschreiber G._ sowie von Notar N._ anzuordnen.
Am 30. Juli 2001 beschloss das Obergericht, dass auf die Beschwerde vom 6. Juli 2001 nicht eingetreten werde.
C.- Mit Eingabe vom 6. August 2001 hat die X._ AG gegen diesen Entscheid staatsrechtliche Beschwerde erhoben.
Sie hat die folgenden Anträge gestellt:
"1. Der angefochtene Entscheid des Obergerichts des
Kantons Zürich sei aufzuheben.
2. Es sei der Entscheid von lic. iur. G._
von der unteren kantonalen Aufsichtsbehörde vom 5. Juli 2001 aufzuheben und für nichtig zu erklären.
3. Als Folge davon sei der Entscheid des Bezirksgerichts
Zürich vom 10. Juli 2001 im Verfahren
CB010109 aufzuheben und es seien die kantonalen
Instanzen anzuweisen, vor der Entscheidfällung
einen Augenschein unter Mitwirkung der Beschwerdeführerin
durchzuführen.
4. Es sei lic. iur. G._ von der unteren
kantonalen Aufsichtsbehörde sowie Notar
N._ vom Konkursamt S._ zur Gewährleistung
verfahrensrechtlicher Unabhängigkeit
und Unparteilichkeit sofort jegliche weitere
Tätigkeit in den zwei Spezialliquidationsverfahren
im Konkurs über die A._ AG wegen
Befangenheit zu untersagen und der Ausstand
dieser beiden Personen anzuordnen.
5. Der angefochtene Entscheid sei ausserdem aufzuheben
und zur Behandlung als Beschwerde nach
§§ 108 ff. GVG ZH an das Obergericht des Kantons
Zürich zurückzuweisen.
6. Es sei der Beschwerde sofort die aufschiebende
Wirkung zu erteilen und mit der Erteilung der
aufschiebenden Wirkung der Ausstand gemäss vorstehendem
Antrag 4 anzuordnen.
7. Es seien dem Bundesgericht die sämtlichen Akten
des Verfahrens, d.h. diejenigen der oberen kantonalen
Aufsichtsbehörde, diejenigen der unteren
kantonalen Aufsichtsbehörde und diejenigen des
Konkursamts S._ einzureichen bzw. vom
Bundesgericht beizuziehen.
8. Es sei vom Bundesgericht die Behandlung der vorliegenden
staatsrechtlichen Beschwerde mit der
Behandlung der SchKG-Beschwerde der Beschwerdeführerin
vom 6. August 2001 gegen den gleichen
angefochtenen Obergerichtsentscheid vom 30. Juli
2001 abzustimmen.
9. Die Kosten- und Entschädigungsfolgen seien zugunsten
der Beschwerdeführerin zu regeln.. "
Durch Präsidialverfügung vom 17. August 2001 ist dem Begehren, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen, teilweise entsprochen worden.
Zur Beschwerde selbst sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
D.- Am 13. August 2001 hat die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer des Bundesgerichts erkannt, dass auf die bei ihr eingereichte Beschwerde nicht eingetreten werde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Gegenstand des vorliegenden Beschwerdeverfahrens ist ausschliesslich die formelle Frage, ob das Obergericht auf die gegen das Schreiben des Gerichtsschreibers vom 5. Juli 2001 erhobene Beschwerde vom 6. Juli 2001 nicht habe eintreten, d.h. einen materiellen Entscheid habe verweigern dürfen, ohne verfassungsmässige Rechte der Beschwerdeführerin zu verletzen (dazu <ref-ruling> E. 2a S. 441). Die Beschwerdeführerin hat ein rechtlich geschütztes Interesse an deren Abklärung und ist deshalb zur Beschwerde befugt.
Indessen hat die kassatorische Natur der staatsrechtlichen Beschwerde (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 216 f. mit Hinweis) zur Folge, dass grundsätzlich nur die Aufhebung des angefochtenen kantonalen Entscheids verlangt werden kann. Da vorliegend kein Ausnahmegrund für weitergehende Anträge erfüllt ist (dazu Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl. , Bern 1994, S. 362 und 400 f.), kann auf die Beschwerde nur insoweit eingetreten werden, als die Beschwerdeführerin die Aufhebung des obergerichtlichen Beschlusses vom 30. Juli 2001 verlangt.
2.- Das Obergericht erklärt, als im Sinne von <ref-law> weiterziehungsfähiger Beschwerdeentscheid gelte der Endentscheid der unteren Aufsichtsbehörde, mit welchem eine betreibungsrechtliche Beschwerde erledigt worden sei. Nicht weiterziehbar seien dagegen grundsätzlich die im Verfahrensablauf getroffenen Zwischenentscheide und prozessleitenden Anordnungen. Anfechtbar seien zudem ausschliesslich Massnahmen des Vollstreckungsverfahrens, zu denen blosse Meinungsäusserungen, Mitteilungen der Aufsichtsbehörde über ihre Absichten sowie darüber, wie eine Frage in einem andern Verfahren entschieden worden sei, aber auch Berichte über den Stand des Verfahrens sowie Bestätigungen eines bereits getroffenen Entscheids nicht zählten. Beim Schreiben vom 5. Juli 2001 handle es sich offensichtlich nicht um einen Endentscheid und überdies nicht um eine Massnahme des Vollstreckungsverfahrens.
Ebenso wenig liege eine Verfügung vor, die im Sinne von <ref-law> nichtig zu erklären wäre.
3.- Die Beschwerdeführerin rügt eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs, weil die untere kantonale Aufsichtsbehörde, ohne sie als beschwerdeführende Partei beizuziehen, im Verfahren CB010109 einen Augenschein durchgeführt und dort unzulässige Absprachen mit dem zuständigen Konkursbeamten getroffen habe. Durch diese verfassungswidrigen Vorkehren sei ihr ein nicht wieder gutzumachender Nachteil erwachsen.
Indem das Obergericht als obere Aufsichtsbehörde diesen Nachteil nicht behoben und auf ihre Beschwerde nicht eingetreten sei, habe es eine formelle Rechtsverweigerung begangen.
a) Das Verfahren vor den kantonalen Aufsichtsbehörden wird grundsätzlich durch das kantonale Recht geordnet (Art. 20a Abs. 1 und 2 in Verbindung mit Abs. 3 SchKG).
Insbesondere enthält das Schuldbetreibungs- und Konkursgesetz keine Bestimmung, welche die kantonalen Aufsichtsbehörden verpflichten würde, die Parteien zu Augenscheinen beizuziehen. Eine solche Pflicht kann sich aber aus dem verfassungsrechtlichen Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) ergeben. Verletzungen dieses Anspruchs durch die kantonalen Behörden sind beim Bundesgericht mit staatsrechtlicher Beschwerde wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte zu rügen (dazu <ref-ruling> E. 1 S. 70 f.).
Hingegen kann vor den kantonalen Aufsichtsbehörden mit der betreibungsrechtlichen Beschwerde auch die Verletzung von Bundesverfassungsrecht sowie der EMRK, die diesem zugerechnet wird, gerügt werden (Franco Lorandi, Betreibungsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeit, Basel/Genf/München 2000, N. 100 zu <ref-law>).
b) Die (stillschweigende) Weigerung der unteren Aufsichtsbehörde, die Beschwerdeführerin zu einem Augenschein beizuziehen, wo anschliessend über die Sache gesprochen worden ist, ist kein materieller (End-)Entscheid, der eine Vorkehr im Vollstreckungsverfahren zum Gegenstand hat; es handelt sich um eine prozessleitende Massnahme, die nicht einmal in Verfügungsform ergangen, sondern der Beschwerdeführerin in Briefform mitgeteilt worden ist. Das angefochtene Schreiben als solches konnte beim Obergericht deshalb nicht mit Rekurs gemäss <ref-law> angefochten werden (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 6 mit Hinweis).
Darin, dass die Aufsichtsbehörde eine Partei zu einem Augenschein nicht beizieht und bei dieser Gelegenheit die Sache allein mit dem Vollstreckungsorgan, dessen Verfügung angefochten ist, bespricht, liegt allenfalls eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs. Eine solche kann indessen nur dann selbstständig angefochten werden, wenn sie sich auf die Rechtsstellung der beschwerdeführenden Partei auswirkt und eine Anfechtung des erst nachfolgenden Endentscheids einen für diese nicht wiedergutzumachenden Nachteil zur Folge hätte bzw. wenn das Zuwarten bis zum Endentscheid unzumutbar wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 94). Das Obergericht durfte im Ergebnis (dazu <ref-ruling>, E. 2a S. 41, und 54, E. 2b S. 56; <ref-ruling> E. 3a S. 170) ohne Willkür davon ausgehen, diese Voraussetzung sei hier nicht erfüllt gewesen. Die Annahme, die Beschwerdeführerin habe ohne Nachteil gegen den Endentscheid vom 10. Juli 2001 Beschwerde führen und dort geltend machen können, dieser Entscheid sei in verfassungswidriger Weise zu Stande gekommen, ist haltbar.
c) Hinzu kommt Folgendes: Das Interesse an der Beschwerdeführung muss aktuell sein; die Beschwerde muss einem praktischen Verfahrenszweck dienen (Pierre-Robert Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N. 33 und 34 zu Art. 18; Flavio Cometta, Basler Kommentar, N. 7 zu Art. 17 und N. 11 zu <ref-law>; Jaeger/Walder/Kull/Kottmann, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. , Zürich 1997, N. 22 zu Art. 17). Bei der Beschwerdeführerin, die im Zusammenhang mit den Spezialliquidationen mehrere Verfügungen und Handlungen angefochten hat und immer noch anficht, müssen das aktuelle praktische Interesse und die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sorgfältig geprüft werden, wenn vermieden werden soll, dass die gleichen Fragen immer wieder beurteilt werden und das Verfahren schliesslich lahmgelegt wird.
Nachdem das Bezirksgericht das Beschwerdeverfahren CB010109 am 10. Juli 2001 abgeschlossen hat, ist das aktuelle praktische Interesse der Beschwerdeführerin an der gesonderten Beurteilung einzelner Verfahrensschritte dahingefallen (vgl. Lorandi, a.a.O., N. 5 ff., insbes. 13 und 14 zu <ref-law>): Soweit die untere Aufsichtsbehörde den Begehren der Beschwerdeführerin entsprochen hat, was bezüglich der Aufhebung des Lastenverzeichnisses und des Kollokationsplanes der Fall ist, fehlt ein Interesse an der Beschwerdeführung wegen allfälliger Verfahrensfehler offensichtlich.
Es kann der Beschwerdeführerin gleichgültig sein, ob ihren Begehren in einem in jeder Beziehung korrekten Verfahren stattgegeben worden ist oder nicht. Aber auch soweit die untere Aufsichtsbehörde auf die Beschwerde nicht eingetreten ist, muss die Beschwerdebefugnis mit Bezug auf Zwischenschritte verneint werden. Die Beschwerdeführerin kann den Endentscheid anfechten und geltend machen, er sei in verfassungswidriger Weise zu Stande gekommen. Das Obergericht hat auch aus dieser Sicht keine formelle Rechtsverweigerung begangen, wenn es die Beschwerde gegen das Schreiben vom 5. Juli 2001 nicht materiell beurteilt hat.
4.- Die Beschwerdeführerin vertritt die Meinung, das Obergericht habe ihr das Recht auch deshalb verweigert, weil es im Verfahren gegen das Schreiben vom 5. Juli 2001 den Endentscheid der unteren Aufsichtsbehörde vom 10. Juli 2001 nicht aufgehoben hat. Dieser nachträglich ergangene Entscheid ist selbstständig anfechtbar, so dass nicht ersichtlich ist, inwiefern das Obergericht verfassungswidrig gehandelt haben soll, wenn es ihn nicht aufgehoben hat.
5.- Sodann beanstandet die Beschwerdeführerin, dass die §§ 108 ff. des Zürcher Gerichtsverfassungsgesetzes (GVG) willkürlich übergangen worden seien. Die mit dem Schreiben vom 5. Juli 2001 bestätigten prozessualen Handlungen vom 4. Juli 2001 stellten Amtspflichtverletzungen dar, so dass das Obergericht ihre Eingabe vom 6. Juli 2001 (auch) als Aufsichtsbeschwerde im Sinne der genannten Bestimmungen hätte entgegennehmen müssen.
Die Beschwerdeführerin hat das Obergericht indessen ausdrücklich einzig in seiner Eigenschaft als oberer Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen angerufen und denn auch die genannten Bestimmungen des kantonalen Verfahrensrechts mit keinem Wort erwähnt. Einer kantonalen Behörde kann aber nicht Willkür vorgeworfen werden, wenn sie Aspekte nicht beachtet hat, die ihr nicht vorgetragen worden sind. Im Übrigen ist auch bezüglich der Beschwerde nach § 108 GVG das rechtliche Interesse mit dem Entscheid in der Sache dahingefallen (vgl. § 109 Abs. 1 GVG).
6.- Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine Verletzung ihres Anspruchs auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht: Ihr Ausschluss von der Teilnahme am Augenschein vom 4. Juli 2001, dessen einseitige Durchführung und die dort zwischen lic. iur. G._ und Notar N._ getroffene Absprache über den Rückzug des Lastenverzeichnisses kämen einem verbotenen Berichten gleich und verstiessen gegen <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
Der angefochtene obergerichtliche Entscheid gehe darauf mit keinem Wort ein, was eine weitere formelle Rechtsverweigerung bedeute. Die Beschwerdeführerin beruft sich in diesem Zusammenhang auf Art. 87 Abs. 1 OG, wonach gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über Ausstandsbegehren die staatsrechtliche Beschwerde zulässig ist.
a) In ihrer Beschwerde an die obere kantonale Aufsichtsbehörde hatte die Beschwerdeführerin Gerichtsschreiber lic. iur. G._ als Beschwerdegegnerschaft bezeichnet.
Auch in der Begründung griff sie G._ ausschliesslich als Gerichtsschreiber an und stellte dessen Unparteilichkeit in dieser Eigenschaft infrage. Dies ist auch naheliegend, setzte sich doch die Beschwerdeführerin gegen das Schreiben vom 5. Juli 2001 zur Wehr, das lic. iur. G._ als Gerichtsschreiber der unteren Aufsichtsbehörde verfasst hatte.
Das Obergericht hat ausgeführt, auf das mit der unzulässigen Beschwerde verbundene Ausstandsbegehren sei nicht weiter einzugehen. Dieses sei nicht Gegenstand eines Entscheids der unteren Aufsichtsbehörde gewesen, den die Beschwerdeführerin mit ihrer Beschwerde vom 6. Juli 2001 an die obere Instanz weitergezogen hätte. Über Ausstandsbegehren, die sich gegen einen Gerichtsschreiber richteten, habe vorab das Gericht zu entscheiden, dem der Abgelehnte angehöre.
b) Tatsächlich schreibt § 101 Abs. 3 GVG vor, dass Ausstandsbegehren, die sich gegen einen Kanzleibeamten richten, vom Gericht entschieden werden, dem dieser angehört.
Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass sie ein Ausstandsbegehren gegen Gerichtsschreiber G._ bei der unteren Aufsichtsbehörde angebracht hätte. Derartiges ist auch den Akten nicht zu entnehmen. Bei dieser Sachlage ist aus verfassungsrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden, wenn das Obergericht auf die bei ihm (erstmals) erhobene Befangenheitsrüge gegen die genannte Gerichtsperson nicht eingetreten ist.
7.- Soweit die Beschwerdeführerin auch Notar N._ als befangen bezeichnet, ist festzuhalten, dass dieser als Konkursbeamter der Ausstandsbestimmung von <ref-law> untersteht. Eine Missachtung dieser Vorschrift ist mit betreibungsrechtlicher Beschwerde zu rügen. Die angebliche Befangenheit des Konkursbeamten hatte indessen nicht Gegenstand des angefochtenen Schreibens der unteren Aufsichtsbehörde gebildet, so dass diesbezüglich ohnehin der Instanzenzug nicht ausgeschöpft ist. Sollte die Beschwerdeführerin der Ansicht sein, das Obergericht hätte das gegen Notar N._ gerichtete Ausstandsbegehren im Sinne von <ref-law> an die untere Aufsichtsbehörde zu leiten gehabt, wäre auch dies mit betreibungsrechtlicher Beschwerde geltend zu machen gewesen.
8.- Im vorliegenden Verfahren bringt die Beschwerdeführerin erstmals vor, Gerichtsschreiber G._ sei auch als Ersatzrichter tätig gewesen; die Zusammenlegung der Funktionen von Gerichtsschreiber und Richter bei der 6. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich als unterer kantonaler Aufsichtsbehörde verletze <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Dieses neue Vorbringen ist unzulässig (dazu Kälin, a.a.O. S. 369) und daher nicht zu prüfen.
9.- Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Konkursamt S._ und dem Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 7. September 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: