Fatti:
A. A.a Con contratto 1° settembre 1999, che annulla quello precedente stipulato dalla locatrice con C._ il 26 ottobre 1995, la A._SA ha locato alla B._SA diverse parti di uno stabile a Lugano adibite a centro fitness e wellness, fissando l'inizio della locazione retroattivamente al 1° gennaio 1998. Il contratto prevede per i primi due anni una pigione annua di fr. 350'000.--, da pagare in rate mensili anticipate, poi indicizzata una volta l'anno per il 1° gennaio sulla base dell'indice nazionale dei prezzi al consumo del 1° gennaio 1998.
A.b Con modulo ufficiale 3 agosto 2005 la locatrice ha comunicato alla conduttrice un aumento del canone di locazione a fr. 30'868.25 mensili dal 1° gennaio 2006, motivato con la clausola di indicizzazione contenuta nel contratto. Il 20 ottobre 2005 il competente Ufficio di conciliazione, presso il quale la conduttrice aveva contestato l'aumento, ha dichiarato non conciliata la vertenza.
A.c Il 18 novembre 2005 la A._SA ha chiesto al Pretore del distretto di Lugano l'aumento del canone di locazione come indicato nel modulo 3 agosto 2005, mentre con istanza 21 novembre 2005 la B._SA ha domandato la riduzione della pigione a fr. 210'000.-- annui dal 1° gennaio 2000 e la condanna della locatrice a restituirle fr. 770'000.-- pagati in eccesso. Con sentenza 7 dicembre 2010 il giudice di prime cure ha respinto l'istanza di riduzione della pigione, mentre ha accolto la domanda della locatrice limitatamente a fr. 370'300.--, pari a fr. 30'858.25 mensili.
B. In parziale accoglimento di un appello della B._SA la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha, con sentenza 15 novembre 2011, ridotto la pigione di fr. 350'000.-- annui come segue: del 5 % per spifferi provenienti dalla vetrata della piscina dal 15 settembre 2003 fino all'eliminazione del difetto, del 5 % per assenza di pulizia nel piazzale antistante l'ente locato dal 9 novembre 2000 fino all'eliminazione del difetto e del 10 % per infiltrazioni d'acqua dal tetto nella grande sala di aerobica dal 18 marzo 2005 fino all'eliminazione del difetto. La locatrice è pure stata condannata a versare alla conduttrice fr. 210'667.--, importo corrispondente alle pigioni pagate in eccesso, a causa dei menzionati difetti, fino al mese di giugno 2005. La sentenza pretorile è per contro rimasta immutata per quanto attiene alla determinazione della pigione annua a partire dal 1° gennaio 2006.
C. Con ricorso in materia civile del 16 gennaio 2012 la B._SA chiede, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la riforma della sentenza di appello nel senso che la domanda di indicizzazione dal 1° gennaio 2006 sia respinta, che sia accertato che la pigione è ridotta a fr. 210'000.-- annui dal 1° gennaio 2000 e che la locatrice sia condannata a restituirle fr. 770'000.-- per pigioni pagate in eccesso. La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di non aver ridotto il canone di locazione anche per una serie di altri difetti da lei fatti valere e sostiene che il corrispettivo da indicizzare non sia quello indicato nel contratto, ma quello di fr. 210'000.-- risultante dalle deduzioni da lei effettuate per i lamentati difetti.
La Presidente della Corte adita ha, con decreto del 16 febbraio 2012, conferito effetto sospensivo al gravame.
Con osservazioni 27 febbraio 2012 la A._SA propone la reiezione del ricorso.

Diritto:
1. Il tempestivo (<ref-law> combinato con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF) ricorso in materia civile è diretto contro una decisione finale emanata su ricorso dal Tribunale di ultima istanza del Cantone Ticino in una controversia in materia di diritto di locazione con un valore di lite manifestamente superiore a fr. 15'000.-- e si rivela ammissibile dal profilo degli art. 72 cpv. 1, 74 cpv. 1 lett. a e 75 LTF.
2. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>), considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 1.1). L'<ref-law> esige che il ricorrente si confronti almeno concisamente con i considerandi del giudizio impugnato (<ref-ruling> consid. 2.1). Le esigenze sono più severe quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali: in questo caso l'<ref-law> esige una motivazione puntuale e precisa (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2). Qualora la decisione impugnata si fondi su due motivazioni alternative e indipendenti, occorre confrontarsi con entrambe, sotto pena d'inammissibilità, e il ricorso può essere accolto soltanto se risultano fondate le critiche volte contro le due motivazioni (<ref-ruling> consid. 6.3 e rif.).
3. 3.1 La ricorrente si prevale di una violazione dell'<ref-law> e afferma che la Corte cantonale ha omesso di pronunciarsi sulla censura formulata nel punto 8.4 del suo appello, concernente il rifiuto del Pretore di concedere una riduzione della pigione in seguito alla pretesa privazione dell'area di posteggio vicino alla piscina.
3.2 Dal diritto di essere sentito garantito dall'<ref-law> discende pure l'obbligo dell'autorità di esaminare seriamente le allegazioni di una parte e di considerarle in maniera adeguata nella sua decisione (<ref-ruling> consid. 2.2.1).
Ora, nella pronunzia d'appello si cerca invano una motivazione riferita alla lamentata impossibilità di utilizzare la menzionata area di parcheggio. La sentenza impugnata si occupa unicamente della rimostranza attinente alla privazione di un'altra area di parcheggio, di cui si dirà al consid. 7 di questa sentenza. Trattandosi di due - pretesi - motivi di riduzione della pigione distinti, che in base alle allegazioni ricorsuali poggiano su fattispecie diverse, la Corte cantonale non poteva esimersi dal considerarli - o spiegare perché non venivano considerati - entrambi nel suo giudizio. La censura concernente una violazione della menzionata garanzia costituzionale risulta pertanto fondata. Contrariamente a quanto ritiene la ricorrente il Tribunale federale non può però procedere all'accertamento dei fatti su cui essa basa la domanda di diminuzione della pigione, che deve invece aver esaurito il corso delle istanze cantonali, e decidere esso stesso in questa sentenza la fondatezza della richiesta riduzione. Per tale ragione l'incarto va rinviato alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
4. 4.1 Con riferimento all'umidità negli spogliatoi, all'isolazione insufficiente nello spogliatoio delle donne e alla ventilazione inadeguata nel locale solarium, i Giudici cantonali hanno ritenuto che la conduttrice non ha preteso che tali difetti si siano inaspriti rispetto al 1999, quando questa si era fatta controfirmare una lettera che li concerne. Essi hanno poi indicato che il 28 settembre 2000 innanzi all'Ufficio di conciliazione in materia di locazione la qui ricorrente ha rinunciato, al punto 5 dell'accordo riportato nel relativo verbale, "integralmente ad ogni e qualsiasi richiesta di riduzione del canone di locazione per difetti, rispettivamente di risarcimento danni (escluse eventuali pendenze relative al punto 4 di cui qui sopra e al vetro fitness)" e che il punto 4 concerne un difetto diverso da quelli summenzionati. La Corte cantonale ha infine considerato che nemmeno l'impegno - riportato al punto 6 dell'accordo - di discutere in separata sede diverse pendenze fra cui "l'impianto di deumidificazione e la ventilazione del solarium e degli spogliatoi insufficiente" inficia la rinuncia della conduttrice ad ogni richiesta di riduzione del canone di locazione.
4.2 Secondo la ricorrente l'interpretazione data dalla Corte cantonale a tale accordo viola l'<ref-law>, perché la procedura di conciliazione concerneva unicamente altre pretese (riparazione dei bagni turchi il cui tetto era crollato), motivo per cui la rinuncia poteva solo riferirsi a tale difetto. Ciò verrebbe anche confermato - soggiunge la ricorrente - dal fatto che nel punto 6 del verbale, e quindi dopo la citata rinuncia, le parti hanno convenuto di discutere in altra sede le altre pendenze fra cui si annoverano anche i summenzionati difetti.
4.3 Dichiarazioni contrattuali devono - quando come nella fattispecie non esistono accertamenti di fatto sulla reale concordanza della volontà delle parti - essere interpretate, secondo il principio dell'affidamento, come il destinatario poteva e doveva in buona fede capirle nella situazione concreta (<ref-ruling> consid. 5.2). Il senso di un testo, apparentemente chiaro, non è necessariamente determinante, motivo per cui un'interpretazione meramente letterale è proibita. Anche se il tenore di una clausola contrattuale appare a prima vista limpido, può risultare da altre condizioni contrattuali, dallo scopo previsto dalle parti o da altre circostanze che la lettera di tale clausola non restituisca esattamente il senso dell'accordo. Non ci si allontana invece dal senso letterale del testo adottato dagli interessati se non vi è alcuna ragione seria per ritenere che esso non corrisponda alla loro volontà. L'interpretazione del contratto giusta il principio dell'affidamento è una questione concernente l'applicazione del diritto, che può essere esaminata liberamente dal Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 3.2.1, con rinvii).
La valutazione delle manifestazioni di volontà delle parti alla luce dei principi appena enunciati porta alla conclusione indicata nella sentenza impugnata. Ciò risulta in particolare dal fatto che nell'accordo vengono pure menzionati i difetti in discussione, senza includerli nella riserva esplicitamente fatta all'integrale rinuncia "ad ogni e qualsiasi richiesta di riduzione del canone di locazione per difetti". Vista la citata rinuncia a chiedere una riduzione della pigione, le argomentazioni ricorsuali con cui la ricorrente tenta di dimostrare che le menzionate carenze costituiscano dei difetti nel senso dell'<ref-law> risultano irrilevanti ai fini del presente giudizio.
5. Giusta l'<ref-law> il locatore deve consegnare la cosa in uno stato idoneo all'uso cui è destinata e mantenerla tale per la durata della locazione. Il conduttore può esigere dal locatore una riduzione proporzionale del corrispettivo (<ref-law>), se sopravvengono difetti della cosa che non gli sono imputabili né sono a suo carico, oppure se è turbato nell'uso pattuito della cosa. Per ottenere una riduzione proporzionale della pigione dal momento in cui il locatore ha avuto conoscenza del difetto fino all'eliminazione del medesimo, occorre che questo pregiudichi o diminuisca l'idoneità della cosa all'uso cui è destinata (<ref-law>). La nozione di difetto - che attiene al diritto federale - si riferisce allo stato appropriato all'uso per cui la cosa è stata locata e presuppone un paragone fra lo stato reale della cosa e quello che era stato pattuito. Vi è quindi un difetto se la cosa non presenta una qualità che il locatore aveva promesso o se essa non ha una caratteristica su cui il conduttore poteva legittimamente contare considerando lo stato appropriato all'uso pattuito (<ref-ruling> consid. 3.2). Un difetto è di importanza media, e raggiunge quindi la soglia minima che permette di ottenere una riduzione della pigione (sentenza 4C.97/2003 del 28 ottobre 2003 consid. 3), quando limita l'uso per cui la cosa è stata locata, senza però escluderlo né ostacolarlo considerevolmente, e il conduttore subisce di principio unicamente un decremento del comfort. È inoltre necessario che il difetto causi una diminuzione qualitativa che può essere quantificata in denaro (sentenza 4C.387/2004 del 17 marzo 2005 consid. 2.1). Per giustificare una riduzione della pigione, l'uso della cosa dev'essere in linea di principio ridotto di almeno il 5 %, percentuale che può scendere al 2 % quando si tratta di una limitazione permanente (<ref-ruling> consid. 3.2). Non essendo il predetto calcolo proporzionale sempre di agevole applicazione, la giurisprudenza ammette che un giudizio secondo equità, che si riferisce all'esperienza generale della vita, al buon senso e alla casistica non è contrario al diritto federale (<ref-ruling> consid. 4.1). Ogni volta che un'autorità procede secondo l'equità (<ref-law>) il Tribunale federale non sostituisce il proprio apprezzamento a quello dell'autorità inferiore: esso interviene unicamente se questa ha abusato del suo potere di apprezzamento, vale a dire se si è basata su criteri inappropriati, se la decisione porta a un risultato manifestamente ingiusto o a un'iniquità scioccante (<ref-ruling> consid. 2.2.1, con rinvii).
6. 6.1 La Corte cantonale ha indicato che il soffitto dello spogliatoio riservato alle donne ha subito una flessione di circa 4-5 cm in corrispondenza degli armadietti posti a destra e probabilmente appoggia sugli stessi, ma ha ritenuto che ciò non assurge a un difetto che giustifica una riduzione della pigione in virtù dell'<ref-law>. Questo perché dall'istruttoria non è risultato che l'abbassamento abbia pregiudicato o diminuito l'idoneità all'uso del locale o avuto ripercussioni sulla sua estetica.
6.2 Secondo la ricorrente si tratta di un cedimento che costituisce - come riconosciuto dalla stessa Corte cantonale - un difetto, motivo per cui andrebbe accordata una riduzione della pigione.
6.3 Nella fattispecie la ricorrente pare dimenticare che, per giustificare una riduzione della pigione, un difetto deve raggiungere una soglia minima. Dagli - incontestati - accertamenti di fatto della sentenza impugnata non emerge che la Corte cantonale abbia violato il diritto federale, negando che la flessione in questione sia già un difetto di gravità media. La censura si rivela pertanto infondata.
7. 7.1 Con riferimento alla lamentata privazione del posteggio sopra la grande sala di aerobica lato "E._", la Corte cantonale ha ritenuto l'appello irricevibile perché insufficientemente motivato (art. 309 cpv. 2 lett. f CPC/TI), l'appellante limitandosi a ricopiare l'allegato conclusionale presentato al Pretore. I Giudici cantonali hanno inoltre aggiunto che in ogni caso il rimedio sarebbe pure infondato nel merito.
7.2 La ricorrente reputa ingiustificato il rimprovero mossole di non essersi confrontata con le motivazioni pretorili e afferma di aver "messo in luce" sia la - pretesa - contraddittorietà del giudizio di primo grado con un'altra decisione emanata dal medesimo giudice in una causa parallela fra le medesime parti sia le prove ritenute idonee a dimostrare l'impossibilità di posteggiare. Essa afferma inoltre che la Corte cantonale sarebbe pure caduta nell'arbitrio e avrebbe violato il diritto federale, negando una riduzione della pigione per l'asserito difetto.
7.3 In concreto la ricorrente non contesta che i requisiti che il suo appello doveva adempiere sono disciplinati dal Codice di procedura civile ticinese. Essa omette però di allegare con un'argomentazione che soddisfa le esigenze di motivazione dell'<ref-law> che tale diritto - nemmeno menzionato nel ricorso - sarebbe stato applicato in maniera arbitraria, ragione per cui la censura diretta contro la prima delle due motivazioni indipendenti della sentenza impugnata risulta inammissibile. In queste circostanze non occorre esaminare le censure riferite all'altra argomentazione della Corte d'appello concernente l'infondatezza del rimedio cantonale, perché in ogni caso tali critiche, anche qualora dovessero rivelarsi fondate, non potrebbero modificare l'esito del presente ricorso (sopra, consid. 2; <ref-ruling> consid. 6.3, con rinvii).
8. 8.1 I Giudici cantonali hanno infine ritenuto che il Pretore ha rettamente adeguato la pigione sulla scorta delle tabelle edite dall'Ufficio federale di statistica. Hanno considerato infondata l'argomentazione della conduttrice secondo cui la pigione da indicizzare non sarebbe quella indicata nel contratto, ma quella di fr. 210'000.-- risultante dalle deduzioni da lei effettuate per i difetti dell'ente locato.
8.2 La ricorrente afferma che il formulario ufficiale deve indicare l'ammontare attuale della pigione e sostiene che il diritto del conduttore alla riduzione della pigione per difetti è un diritto potestativo esercitabile con una semplice manifestazione di volontà che lei ha espresso in un'altra causa prima che la locatrice le inviasse il modulo ufficiale.
8.3 Nella fattispecie occorre osservare che giusta l'<ref-law>, fatta salva la contestazione della pigione iniziale, nel caso di una pigione indicizzata ciascuna delle parti può unicamente contestare che l'aumento o la riduzione della pigione domandato dalla controparte sia fondato su una variazione dell'indice o corrisponda a tale variazione. Ora, la ricorrente, affermando che la pigione da indicizzare non è quella indicata nel contratto, ma quella da lei ritenuta giustificata in seguito ai lamentati difetti, non si prevale di uno dei due predetti motivi. Essa pare inoltre disconoscere che, nel caso in cui viene fatta valere una riduzione della pigione indicizzata in seguito a difetti, occorre dapprima stabilire l'ammontare della pigione, adeguando quella menzionata nel contratto all'indice (primo passo), e poi determinare la - percentuale di - riduzione (secondo passo). Giova infine rilevare che nel caso di specie, in cui le parti hanno convenuto che il canone di locazione può essere indicizzato solo una volta l'anno per il 1° gennaio, l'applicazione della tesi ricorsuale avrebbe per conseguenza che il corrispettivo ridotto a causa dei difetti continuerebbe a sussistere anche dopo l'eliminazione di questi fino alla prossima possibilità di adeguamento della pigione, ipotesi manifestamente in contraddizione con il tenore dell'<ref-law>. Ne segue che pure questa censura si appalesa infondata.
9. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela unicamente fondato per quanto riguarda la censura di violazione del diritto di essere sentita della ricorrente con riferimento ad una sua allegazione ricorsuale (consid. 3) e dev'essere accolto in tale ridotta misura. Nel nuovo giudizio la Corte cantonale dovrà esaminare l'appello con riferimento alla lamentata privazione dell'area di posteggio vicino alla piscina e decidere se tale argomentazione giustifica un'ulteriore riduzione della pigione. In caso affermativo dovrà pure essere adeguato l'importo che la locatrice deve restituire alla conduttrice per le pigioni pagate in eccesso. Atteso che il ricorso in materia civile è stato accolto in maniera minima, si giustifica porre 9/10 delle spese giudiziarie a carico della ricorrente e mettere la rimanenza a carico dell'opponente (<ref-law>) nonché ripartire le ripetibili nello stesso modo (68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto e la sentenza impugnata è annullata nella misura in cui non riconosce una riduzione della pigione in seguito all'asserita privazione dell'area di posteggio vicino alla piscina e con riferimento agli oneri processuali e alle ripetibili della sede cantonale. La causa è rinviata all'autorità inferiore affinché decida tale richiesta di riduzione e a seconda dell'esito proceda ad una nuova ripartizione delle spese processuali e delle ripetibili. Per il resto, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 20'000.-- sono poste in ragione di fr. 18'000.-- a carico della ricorrente e di fr. 2'000.-- a carico dell'opponente. La ricorrente rifonderà all'opponente fr. 17'600.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.