Sachverhalt:
A.
Die seit dem 5. September 1996 im Handelsregister eingetragene "X._ GmbH" (nachfolgend: die Gesellschaft) verfügt seit November 1997 über ein Stammkapital von Fr. 100'000.--. Gesellschafter sind der Geschäftsführer A.X._ mit 98% und seine Ehefrau B.X._ mit 2% Anteil am Stammkapital. Die Gesellschaft ist aus der Privatisierung der Y._-Werkstatt des Bundesamtes für Bevölkerungsschutz und Sport hervorgegangen. Der seinerzeitige Leiter der Werkstatt, A.X._ (Bruttolohn 1995: Fr. 88'899.-- und 1996: Fr. 93'758.--), hat diesen ehemaligen Bundesbetrieb übernommen und in die erwähnte Gesellschaft eingebracht, deren Zweck wie folgt umschrieben ist: "Bearbeitung und Handel mit Leder- und Textilartikeln sowie Beratung und Erbringen von Dienstleistungen auf dem Gebiet der Textiltechnologie; kann sich an anderen Unternehmen beteiligen und Grundstücke erwerben, belasten und veräussern". Die Hauptaufgabe des Geschäftsführers A.X._ bestand anfänglich darin, die bisher von Armeeaufträgen abhängige Gesellschaft auf private Auftraggeber auszurichten. Dieses Ziel gelang ihm, und er konnte die Mitarbeiterzahl von vier (1996) auf vierzehn (2002) erhöhen und die Schuldenlast des Unternehmens erheblich abbauen. Die finanzielle Situation der Gesellschaft präsentiert sich ab ihrer Gründung wie folgt:
Geschäftsjahr Umsatz Fr. Reingewinn Fr. Salär A.X._ Fr. 1997 (16 Monate) 1'724'949.-- 487'124.-- 113'580.-- 1998 1'698'745.-- 198'116.-- 128'984.-- 1999 1'563'389.-- - 126'407.-- 157'650.-- 2000 1'809'499.-- 43'704.-- 290'010.-- 2001 (prov.) 1'474'781.-- - 4'771.-- 204'790.-- 2002 (prov.) 37'946.-- 175'336.--
B.
Für das Geschäftsjahr 2000 deklarierte die Gesellschaft einen Gewinn von Fr. 43'704.-- und einen Verlustvortrag von Fr. 171'606.--. Abweichend hiervon wurde sie von der Steuerverwaltung des Kantons Bern, Kreis Oberland, auf einen Ertrag von Fr. 107'904.--, einen Verlustvortrag von Fr. 126'407.-- und damit auf einen bei der direkten Bundessteuer massgebenden Verlust von Fr. 18'503.-- veranlagt. Anders als in der Selbstschatzung anerkannte die Steuerbehörde insbesondere die Salärbezüge von A.X._ im Ausmass von Fr. 69'000.-- (recte: Fr. 65'000.--) nicht als geschäftsmässig begründet und nahm eine entsprechende Aufrechnung vor. Daran hielt sie auch im Einspracheverfahren mit Entscheid vom 3. März 2003 fest. Eine Beschwerde der Gesellschaft hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern mit Entscheid vom 9. Dezember 2003 teilweise gut und setzte den steuerbaren Gewinn pro 2000 nach Anrechnung des Verlustvortrages mit Fr. null sowie den verrechenbaren Verlustvortrag per 1. Januar 2001 auf Fr. 12'503.-- (bzw. aufgrund einer Berichtigung vom 22. Januar 2004 auf Fr. 87'503.--) fest, indem sie die für das Jahr 2000 erhaltenen Bezüge von A.X._ in vollem Umfang als geschäftsmässig begründet anerkannte. Das für die direkte Bundessteuer massgebende Eigenkapital wurde mit Fr. 653'672.-- bestätigt.
C.
Hiergegen hat die Steuerverwaltung des Kantons Bern mit Eingabe vom 3. Februar 2004 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und ihre Einspracheverfügung zu bestätigen.
D.
Die Gesellschaft und die Steuerrekurskommission beantragen die Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) auf deren Gutheissung schliesst.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.
Die hier massgebliche Steuerperiode liegt vor Ablauf der für die Anpassung der kantonalen Gesetzgebung an die Vorschriften des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) vorgesehenen Frist. Somit ist der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 9. Dezember 2003 betreffend die direkte Bundessteuer kantonal letztinstanzlich. Gegen den auf öffentliches Recht des Bundes gestützten Entscheid steht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen (Art. 98 lit. f des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1943 über die Bundesrechtspflege [OG; SR 173.110] sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]). Die kantonale Steuerverwaltung als kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer (Art. 2 und Art. 4 Abs. 1 lit. e der bernischen Verordnung über den Vollzug der direkten Bundessteuer vom 18. Oktober 2000, BStV) ist zu deren Erhebung legitimiert (Art. 103 lit. c in Verbindung mit <ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2.
Der steuerbare Reingewinn einer juristischen Person setzt sich gemäss <ref-law> zusammen aus dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres (lit. a), aller vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden (lit. b) sowie den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne (lit. c). Die steuerliche Gewinnermittlung beruht mithin grundsätzlich auf dem handelsrechtlichen Erfolgsausweis (sog. Massgeblichkeitsgrundsatz), wenn dieser nicht gegen zwingende Bestimmungen des Handelsrechts verstösst und sofern nicht spezielle steuerrechtliche Vorschriften für die Gewinnermittlung zu beachten sind (vgl. StE 2002 B 72.13.1 Nr. 3 E. 2b, mit Hinweisen).
Zu den geschäftsmässig nicht begründeten Aufwendungen gehören insbesondere auch offene und verdeckte Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte. Solche geldwerte Leistungen sind nach der Rechtsprechung immer dann anzunehmen, wenn (a) die Gesellschaft keine oder keine gleichwertige Gegenleistung erhält, (b) der Aktionär direkt oder indirekt (z.B. über eine ihm nahe stehende Person oder Unternehmung) einen Vorteil erhält, der einem Dritten unter gleichen Bedingungen nicht zugebilligt worden wäre, die Leistung also insofern ungewöhnlich ist, und (c) der Charakter dieser Leistung für die Gesellschaftsorgane erkennbar war (vgl. StE 2004 B 72.13.22 Nr. 42 E. 2.1, mit Hinweisen). Dabei muss im Einzelfall unter Würdigung aller Umstände bestimmt werden, ob ein steuerlich abzugsfähiger Aufwand vorliegt. Es ist aber den Steuerbehörden untersagt, ihr eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen des Geschäftsführers zu setzen (vgl. StE 2003 B 72.14.2 Nr. 31 E. 3.2). Wie das Bundesgericht wiederholt festgehalten hat, ist das Unternehmen bei der Festsetzung von Vergütungen für Arbeitsleistungen grundsätzlich frei bzw. kommt ihm bei der Beurteilung dessen, was angemessene Arbeitsvergütung ist, ein erheblicher Ermessensspielraum zu, in den der Richter nur mit Zurückhaltung eingreifen darf. Als Unkosten müssen aber von den Steuerbehörden offensichtlich übersetzte Beträge nicht anerkannt werden, wenn sich das Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung geschäftsmässig nicht begründen lässt.
Der geschäftsmässig begründete Wert der Arbeitsleistung entspricht dabei dem Betrag, den das Unternehmen einem unabhängigen Dritten für die gleiche Leistung unter den gleichen Verhältnissen vergüten müsste (vgl. ASA 49 143 E. 4 mit weiteren Hinweisen). Massgebend ist der sog. Drittvergleich. Dabei sind alle objektiven und subjektiven Faktoren zu berücksichtigen, die bei der Entlöhnung beachtet werden, insbesondere die allgemeine Salärpolitik und die Salarierung von rang- und funktionsmässig ähnlichgestellten Mitarbeitern und ihrer Stellvertreter; speziell sind die Stellung des Salärempfängers im Unternehmen und seine Aufgaben zu würdigen, wobei zu beachten ist, wie der Salärempfänger seine Aufgaben erfüllt, was von seiner Ausbildung, seinen Spezialkenntnissen, Begabungen, Erfahrungen und Beziehungen abhängt. Mitbestimmend sind ferner Grösse, Umsatz sowie Kapital- und Gewinnverhältnisse des Unternehmens. Ergänzend zu den innerbetrieblichen sind schliesslich die Verhältnisse in vergleichbaren Unternehmen in die Gesamtbeurteilung einzubeziehen (vgl. PETER LOCHER, Kommentar DBG, II. Teil, Basel/Therwil 2004, Rz 118 zu <ref-law>).
3.
Vorliegend ist nur noch streitig, ob die von der Gesellschaft für das Jahr 2000 an ihren Geschäftsführer ausgerichtete Lohnzahlung von Fr. 290'010.-- vollumfänglich als geschäftsmässig begründet anerkannt werden kann, wie die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz annehmen. Die kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung vertreten dagegen den Standpunkt, die Zuwendung sei nur in der Höhe von Fr. 150'000.-- (Lohn) plus Fr. 75'000.-- (Bonus) zulässig, der Rest sei beim steuerbaren Gewinn aufzurechnen.
3.1. Die Vorinstanz hat erwogen, die Veranlagungsbehörde habe grundsätzlich den Nachweis eines Missverhältnisses zwischen Leistung und Gegenleistung erbracht. Diese Beurteilung beruht namentlich auf den zwei folgenden Umständen: Einerseits konnten der Geschäftsführer und seine Ehefrau als einzige Gesellschafter die Ausschüttungs- sowie die Lohnpolitik des Unternehmens frei bestimmen. Andererseits betrug das hier streitige Jahressalär 2000 ungefähr das Doppelte des im Vorjahr bezogenen Lohnes und sogar das Dreifache der vor 1997 als Leiter der Bundeswerkstatt erhaltenen Bezüge. Gemäss der Steuerrekurskommission rechtfertigt sich eine solche Verdreifachung trotz eines stark gewandelten Aufgabenbereichs an sich nicht. Die Vermutung eines Missverhältnisses zwischen Leistung und Gegenleistung sei somit begründet.
3.2. Die Vorinstanz kommt dennoch zum Schluss, es sei der Beschwerdegegnerin gelungen, diese Vermutung eines offensichtlichen Missverhältnisses stichhaltig zu entkräften und den Nachweis für die geschäftsmässige Begründetheit der ganzen Lohnzahlung zu erbringen. Das führt sie auf die ausserordentlichen Verdienste des Geschäftsführers zurück: Ihm gelang es in kurzer Zeit, einen mit Umsatzeinbussen und Personalabbau konfrontierten Bundesbetrieb erfolgreich auf private Auftraggeber auszurichten. In der krisengeschüttelten Region Z._ vermochte er zwischen 1997 und 2002 zehn neue Arbeitsplätze zu schaffen, das Gesellschaftskapital von Fr. 20'000.-- auf Fr. 100'000.-- zu erhöhen und die Schuldenlast zu verringern.
3.3. Die besonderen Verdienste des Geschäftsführers sind hier unbestritten. Sie rechtfertigen auch nach der Auffassung der kantonalen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung einen Bonus für das Jahr 2000. Strittig ist somit einzig dessen Ausmass, bzw. der Umfang der Lohnerhöhung gegenüber den Salärzahlungen der Vorjahre.
3.3.1. Vergleichszahlen innerhalb des Unternehmens fehlen im vorliegenden Fall, da alle Angestellten direkt dem Geschäftsführer unterstellt waren. Auf die von der Steuerverwaltung herangezogenen ausserbetrieblichen Daten wird noch näher einzugehen sein (vgl. E. 3.4 unten). Besondere Bedeutung kommt daneben der wirtschaftlichen Lage der Gesellschaft zu, namentlich ihrer Umsatz- und Gewinnentwicklung: Die anfänglichen zwei Geschäftsperioden waren zwar erfolgreich (mit einem Umsatz von Fr. 1'724'949.-- für die sechzehn Monate bis Ende 1997 und Fr. 1'698'745.-- für 1998 sowie einem Gewinn von Fr. 487'124.-- bzw. Fr. 198'116.--). In beiden Perioden lag das Salär des Geschäftsführers (Fr. 113'580.-- bzw. Fr. 128'984.--) noch nicht markant über seinen früheren Bezügen als Leiter des Bundesbetriebs und wurde keine Dividende ausgeschüttet. Im Jahr 1999 erfolgte aber eine Umsatzeinbusse auf Fr. 1'563'389.-- und ein Verlust von Fr. 126'407.--. Das Geschäftsjahr 1999 hätte das Unternehmen vielleicht sogar nahe an den Konkurs geführt, wenn die Gewinne der beiden ersten Perioden nicht zum grossen Teil in der Gesellschaft behalten worden wären (durch Verzicht des Geschäftsführers auf einen höheren Lohn sowie durch Nichtausschüttung einer Dividende). Dieser Verzicht bekräftigt die schon hervorgehobenen Verdienste. Gleichzeitig zeigt er eine Rücksichtnahme auf die langfristige Entwicklung der Gesellschaft, wie sie von einem aussenstehenden Dritten nicht unbedingt erwartet werden kann.
Das gleiche Bild ergibt sich aus den nachfolgenden Geschäftsjahren: Das Jahr 2000 war zwar wieder durch eine Umsatzzunahme (auf Fr. 1'809'499.--) gekennzeichnet und konnte mit einem kleinen Gewinn (von Fr. 43'704.--) abgeschlossen werden. Vor diesem Hintergrund erfolgte die hier streitige Lohnerhöhung. Deren aussergewöhnlicher Umfang wird vor Bundesgericht - soweit ersichtlich - nicht mehr damit gerechtfertigt, sie stelle eine gerechtfertigte Kompensation für die (zu) bescheidenen Lohnzahlungen 1997 und 1998 dar; somit ist auch nicht mehr zu prüfen, ob eine solche Kompensation gegen das Massgeblichkeits- und das Periodizitätsprinzip verstösst, wie die Beschwerdeführerin hervorhebt. Für sich allein vermag das Geschäftsergebnis des Jahres 2000 aber eine derart massive und völlig aus dem Rahmen fallende Lohnerhöhung nicht zu rechtfertigen. Zudem ergeben sich schon aus den Zahlen des Nachfolgejahres 2001 erneut eine markante Umsatzeinbusse (auf Fr. 1'474'781.--) sowie ein Verlust (von Fr. 4'771.--). Das verstärkt den Eindruck einer weiterhin nicht völlig gefestigten wirtschaftlichen Lage, in der einem am Kapital nicht beteiligten Geschäftsführer ein derart stark erhöhtes Jahressalär nicht ausgerichtet worden wäre.
3.3.2. Das hat umso mehr zu gelten, als die Gesellschaft in all den Jahren seit ihrer Gründung keinerlei Dividenden ausgeschüttet hat. Im Sinne des hier wesentlichen Drittvergleichs erscheint aber als geradezu undenkbar, dass die Anteilsinhaber und Geldgeber der Gesellschaft einem am Kapital nicht beteiligten Geschäftsführer - zudem bei weiterhin ungewisser wirtschaftlicher Lage - eine dermassen aussergewöhnliche Lohnerhöhung zugestanden hätten, ohne sich selbst - und zwar mehrere Jahre lang - die geringste finanzielle Entlöhnung für ihre Investitionen und Risiken zu gewähren.
3.3.3. Gesamthaft ist festzuhalten, dass die im Jahr 2000 ausgerichtete Lohn- und Bonuszahlung nicht vollumfänglich als geschäftsmässig begründet anerkannt werden kann. Ein gegenüber dem Vorjahr beinahe verdoppeltes und im Vergleich mit den Bezügen als Werkstattleiter verdreifachtes Jahressalär hält einem Drittvergleich nicht stand. Trotz der unbestrittenen Verdienste des Geschäftsführers ist die Vermutung eines offensichtlichen Missverhältnisses zwischen Leistung und Gegenleistung nicht entkräftet worden.
3.4. Fraglich ist noch das Ausmass der vorzunehmenden Aufrechnung. Gegen die Berechnungen der Veranlagungsbehörde wendet die Beschwerdegegnerin namentlich ein, sie beruhten auf einem starren Salärmodell (insbesondere auf schematischen statistischen Vergleichen mit vermeintlich gleichartigen Unternehmen), das den Besonderheiten des Einzelfalls nicht gerecht werde. Indem die Steuerverwaltung den zulässigen Lohn auf Fr. 150'000.-- und den Bonus auf Fr. 75'000.-- beschränkt habe, habe sie unstatthaft in die Salärpolitik und den notwendigen Ermessensspielraum der Gesellschaft eingegriffen.
Diese Argumentation vermag indessen nicht zu überzeugen: Die Berechnungen und die statistischen Grundlagen der Steuerverwaltung sind hier nicht allgemein oder für andere Geschäftsjahre zu prüfen. Es genügt festzuhalten, dass ihre Anwendung auf das streitige Jahressalär 2000 zu einem vertretbaren Ergebnis führt und namentlich der wirtschaftlichen Lage des Unternehmens angemessen Rechnung trägt. Die Veranlagungsbehörde hat zwischen 1999 und 2000 immerhin eine Lohnerhöhung von Fr. 157'650.-- auf insgesamt Fr. 225'000.-- als zulässig erklärt und somit nur eine Aufrechnung von Fr. 65'000.-- vorgesehen. Auch hat die Steuerverwaltung eine darüber hinausgehende Auszahlung an den Geschäftsführer keineswegs ausgeschlossen, sondern sie bloss an die Bedingung geknüpft, dass sie in Form einer Dividendenausschüttung zu geschehen habe, unter Beachtung der vom Gesetzgeber für Fälle wie den vorliegenden gewollten wirtschaftlichen Doppelbelastung. In betraglicher Hinsicht ist die vorgenommene Aufrechnung somit ebenfalls nicht bundesrechtswidrig. Eine Neuveranlagung erübrigt sich.
4.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als begründet. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und der Einspracheentscheid zu bestätigen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die unterliegende Beschwerdegegnerin kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern vom 9. Dezember 2003 wird aufgehoben und der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 3. März 2003 bestätigt.
2.
Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Februar 2005
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: