Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im Zusammenhang mit einer familiären Auseinandersetzung nach dem Tod seines Vaters und bei einem Entmündigungsverfahren gegen die Mutter beschuldigte X._ in mehreren amtlichen Eingaben unter Aufführung angeblicher Beispiele einen Gemeindeschreiber, dieser habe sich des Amtsmissbrauchs und weiterer strafbarer Handlungen schuldig gemacht.
Am 10. September 2007 sprach der Präsident I des Bezirksgerichts Zofingen X._ der mehrfachen üblen Nachrede schuldig und bestrafte ihn mit 20 Tagessätzen Geldstrafe zu je Fr. 130.-- bzw. einer Ersatzfreiheitsstrafe von 20 Tagen. Mit Urteil vom 15. April 2009 wies das Obergericht des Kantons Aargau eine dagegen gerichtete Berufung ab.
X._ wendet sich mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht und beantragt, das Urteil vom 15. April 2009 sei aufzuheben. Sinngemäss strebt er einen Freispruch vom Vorwurf der üblen Nachrede an.
2. Der Beschwerdeführer bemängelt zunächst eine angeblich offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz (Beschwerde S. 1/2).
Es ist unklar, auf welche Stelle im angefochtenen Entscheid sich der Beschwerdeführer bezieht, und schon aus diesem Grund ist es fraglich, ob in diesem Punkt auf die Beschwerde einzutreten ist.
Die Vorinstanz stellt zum Hintergrund des vorliegenden Strafverfahrens fest, nach dem Tod des Vaters sei es zu Streitigkeiten zwischen dem Beschwerdeführer und seinen Geschwistern gekommen. Der Beschwerdeführer habe die Auffassung vertreten, die Mutter sei Eigentümerin des gesamten hinterlassenen Vermögens geworden, weil der Vater kein Eigengut besessen habe und die Eltern mit Ehevertrag vereinbart hätten, dass nach dem Ableben des einen Ehegatten die Gesamtsumme des Vorschlags beider Ehegatten ganz dem überlebenden Ehegatten zufallen solle. Es liege deshalb lediglich ein Ehevertrags-, aber kein Erbfall vor. Der Beschwerdeführer habe in der Folge das gesamte Vermögen ungeachtet der Erbfolgen verwaltet und sich geweigert, dem Gerichtspräsidium die ihm für seine Mutter zugestellte Erbgangsurkunde weiterzuleiten. Der Bruder des Beschwerdeführers habe in der Folge in Absprache mit der Schwester ein Gesuch um Entmündigung der offensichtlich dementen Mutter eingeleitet (angefochtener Entscheid S. 5 E. 1.1.).
Die Rüge des Beschwerdeführers bezieht sich am ehesten auf diese Stelle im angefochtenen Entscheid. Was daran offensichtlich unrichtig sein soll, ergibt sich aus der Beschwerde indessen nicht. Der Beschwerdeführer bekräftigt nur seine Position, allein massgeblich sei der Ehevertrag gewesen, welche Urkunde der Gemeindeschreiber indessen unterdrückt habe, weil er aus der Angelegenheit einen Erbfall habe machen wollen. Mit dieser Darstellung lässt sich nicht darlegen, dass die Vorinstanz mit ihren Erwägungen von einem Zusammenhang ausgegangen wäre, "den es gar nicht gibt", und lediglich einen "Nebenkriegsschauplatz" dargestellt habe. Soweit die Beschwerde in diesem Punkt überhaupt verständlich ist, beschränkt sie sich auf unzulässige appellatorische Kritik. Darauf ist nicht einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer rügt, die Beurteilung des Falles sei nicht innert angemessener Frist erfolgt, da zwischen seiner Berufung vom 11. Februar 2008 und dem Urteil der Vorinstanz vom 15. April 2009 "rund 1 1/4 Jahre" verstrichen seien (Beschwerde S. 2).
Den Akten ist nichts zu entnehmen, was die recht lange Dauer des Berufungsverfahrens erklären könnte. Grundsätzlich kommt es indessen ohnehin auf die Dauer des gesamten Verfahrens an. Von der Einreichung des Strafantrags am 28. Juli 2006 bis zum letzten Entscheid in der Sache am 15. April 2009 vergingen 2 Jahre und 81⁄2 Monate. Es geht indessen auch um eine recht aufwändige Strafuntersuchung, was sich einerseits aus dem Umfang der Akten und anderseits aus dem Umstand ergibt, dass der Beschwerdeführer sich in der vorliegenden Angelegenheit nicht weniger als viermal ans Bundesgericht gewandt hat (Urteile 1B_175/2007 betreffend Ablehnung vom 20. August 2007, 1B_189/2007 betreffend Ablehnung vom 29. Februar 2008, 1F_14/2007 betreffend Revision vom 29. Februar 2008 und 1B_227/2007 betreffend Ablehnung vom 28. Juli 2008). Unter diesen Umständen ist die Dauer des Verfahrens bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
4. Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör und des Willkürverbots geltend (Beschwerde S. 2/3). Er sagt indessen nicht, welcher entlastende Beweis vom Obergericht "ignoriert" worden sein soll. Sein Hinweis auf die der Beschwerde beigelegte Verfügung vom 11. Juli 2007 dringt ebenfalls nicht durch, denn aus einer "Aktenvorlage ... nach Einsprache" durch das Bezirksamt an die Staatsanwaltschaft ergibt sich nicht, dass die beiden Behörden gegen den Beschwerdeführer konspiriert hätten. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
5. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer in Bezug auf den erstinstanzlichen Gerichtspräsidenten eine angebliche Verletzung des Wahlrechts (Beschwerde S. 3). Es kann offen bleiben, ob diese Rüge im vorliegenden Verfahren überhaupt gehört werden kann. Jedenfalls ergibt sich aus der Beschwerde nicht, inwieweit eine stille Wahl willkürlich im Sinne von <ref-law> oder sonst verfassungswidrig gewesen sein sollte. Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
6. Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos geworden.
Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Bescherdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>). Da der Beschwerdeführer unterliegt, hat er keinen Anspruch auf eine Entschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Monn