Faits:
A. Le 12 mars 2012, l'Office d'exécution des peines du canton de Vaud (ci-après: OEP) a rejeté la requête de X._ tendant à son transfert dans un autre établissement que celui d'Hindelbank. Le 30 juillet 2012, le Juge d'application des peines vaudois a confirmé cette décision. En outre, il a rejeté la réquisition de X._ tendant à la production des pièces du dossier pénitentiaire de sa s?ur.
B. Par arrêt du 23 août 2012, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par X._ et confirmé la décision de l'autorité précédente.
Cette décision se fonde notamment sur les éléments suivants:
B.a Par jugement du 11 février 2002, le Tribunal criminel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._ à douze ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive, pour assassinat, lésions corporelles graves, voies de fait qualifiées, séquestration qualifiée, violation du devoir d'assistance ou d'éducation et dénonciation calomnieuse. Il a suspendu l'exécution de cette peine au profit d'un internement au sens de l'art. 43 ch. 1 al. 2 aCP. Ce jugement a été confirmé par la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois le 20 septembre 2002 (sauf en ce qui concerne les voies de fait qualifiées) et par la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral le 13 juin 2003.
Cette condamnation reposait, pour l'essentiel, sur les faits suivants: X._ avait trois filles, A._, née en 1987 et décédée à la fin de l'année 1998, B._, née en 1990, et C._, née en 1994. Entre le 24 et le 31 décembre 1998, X._ et sa s?ur, Y._, ont frappé à mort A._. Celle-ci avait provoqué la colère de sa mère pour des futilités. Très en colère, cette dernière a alors commencé à frapper violemment sa fille, sur tout le corps et notamment le visage, au moyen d'un cordon électrique doublé muni d'un noeud à l'une de ses extrémités. Après un certain temps, elle a appelé sa s?ur, Y._, et celle-ci a également commencé à battre sa nièce, avec un autre cordon ou une ceinture. Les deux femmes, qui ont ainsi agi séparément et à tour de rôle pendant une demi-heure en tout cas, ont frappé A._ jusqu'à ce que l'enfant, qui pleurait doucement, cessât ses gémissements et ne bougeât plus. B._ et C._ ont assisté à toute la scène. Après le décès de A._, les deux femmes n'ont plus quitté l'appartement, où elles sont restées terrées, volets fermés, avec les deux fillettes et le cadavre de l'enfant, jusqu'à l'intervention de la police, le soir du 15 janvier 1999. La responsabilité de X._ a été considérée comme fortement diminuée pour tous les actes qui avaient été commis.
B.b X._ a exécuté la mesure d'internement jusqu'au 19 novembre 2007. Lors du réexamen des internements imposé par le droit transitoire des nouvelles dispositions du code pénal, entrées en vigueur le 1er janvier 2007 (art. 2 al. 2 Dispositions finales), le Tribunal correctionnel d'arrondissement de Lausanne a substitué à l'internement la mesure thérapeutique institutionnelle (traitement des troubles mentaux) de l'<ref-law>. A l'appui de cette décision, l'autorité de jugement notait que l'intéressée avait " amorcé une évolution sinon remarquable, du moins remarquée, depuis l'année 2004 " et que s'il y avait eu une période de flottement en 2006, " la thérapie [avait] repris de plus belle en 2007 et, selon son thérapeute, le traitement n'[était] pas inutile ". Le jugement précisait néanmoins que la dangerosité de X._ ne devait pas être mésestimée, dangerosité maintes fois rappelée par la Commission interdisciplinaire consultative (ci-après: CIC), d'où l'application de la précaution sécuritaire de l'alinéa 3 de l'<ref-law>. La Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a confirmé ce jugement par arrêt du 24 janvier 2008.
B.c Il ressort du rapport du Service bernois de psychiatrie légale du 31 octobre 2011 que les entretiens de soutien sans caractère thérapeutique ont été interrompus " en vertu du comportement de Mme X._", qui " s'est conduite de façon très négative à l'égard de l'intervenante ", qu'elle a insultée et agressée verbalement. Les psychothérapeutes en charge du suivi de la condamnée ont en outre indiqué que celle-ci ne participait pas non plus aux séances de thérapie de groupe en raison de difficultés linguistiques et ont préconisé son transfert dans un autre établissement pénitentiaire.
B.d Dans leur expertise du 23 mai 2012, ordonnée dans la procédure d'examen annuel de la libération conditionnelle, les experts ont confirmé le diagnostic de trouble de la personnalité paranoïaque avec une possible limitation intellectuelle. Selon les experts, il est nécessaire de poursuivre un suivi psychiatrique au vu de la gravité des troubles et de leurs répercussions. Il est toutefois difficile de quantifier les chances de succès de la mesure, qui apparaissent globalement faibles. En effet, le trouble grave de la personnalité paranoïaque dont souffre X._ fait partie des maladies psychiatriques chroniques les plus difficiles à soigner. Les personnes présentant un tel trouble ont beaucoup de difficultés à se sentir malade et tendent à projeter leurs difficultés sur les autres, sur l'extérieur, vécu comme malveillant. Leur traitement nécessite une prise en charge psychothérapeutique, sur une longue, voire très longue durée, par un seul et même thérapeute soutenu par une équipe stable. C'est seulement à l'intérieur d'un tel cadre que les rapports à la violence pourraient, le cas échéant, être progressivement abordés et que le traitement serait susceptible d'avoir un impact significatif sur le risque de récidive.
Au sujet de la langue, les experts ont déclaré ce qui suit: " Le fait que le suivi psychothérapeutique ne puisse pas s'effectuer dans sa langue maternelle complique les choses, mais, de notre point de vue, ne constitue pas le problème principal. En effet, une partie non négligeable des difficultés rencontrées dans la thérapie sont liées directement à la pathologie présentée par Madame X._ et sont susceptibles de se retrouver dans n'importe quel type de thérapie et dans n'importe quelle langue. En théorie, plus Madame X._ se trouve dans un environnement capable de la comprendre et où elle se sent comprise, moins elle est susceptible de se retrouver dans des situations " faisant le lit " de l'interprétativité paranoïaque. "
B.e Dans sa prise de position du 12 décembre 2011, la Direction de la Prison de la Tuilière s'est opposée au transfert de X._ en ses murs, expliquant que son arrivée pourrait s'avérer néfaste pour sa s?ur. Elle s'est cependant déclarée disposée à réexaminer la situation, une fois que cette dernière serait autorisée à intégrer une institution non pénitentiaire.
C. Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'elle est transférée dans l'établissement pénitentiaire de la Tuilière et, à titre subsidiaire, à l'annulation dudit arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. En outre, elle sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
D. Par courrier du 4 décembre 2012, l'OEP a transmis au Tribunal fédéral une copie de ses lettres à la recourante et aux Etablissements d'Hindelbank, les informant qu'il était en train d'examiner l'opportunité d'un transfert de la recourante à Lonay, car la s?ur de la recourante serait placée dans un autre établissement.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale est ouvert à l'encontre d'une décision relative à l'exécution des peines (<ref-law>). Il suppose que le recourant fasse valoir qu'il dispose d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>) ; un intérêt général ou de fait est insuffisant (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 230 s.). Le détenu n'a pas, en principe, le droit de choisir le lieu de l'exécution de la sanction. En l'espèce, la recourante fait toutefois valoir que son maintien à la prison d'Hindelbank ne lui permet pas d'exécuter sa mesure thérapeutique institutionnelle dans des conditions acceptables puisqu'elle se trouve dans un environnement linguistique qu'elle ne comprend pas ou très peu. Dans cette mesure, elle a un intérêt juridique à la modification ou à l'annulation de l'arrêt attaqué et, partant, la qualité pour recourir.
2. Dénonçant une violation de son droit d'être entendue, la recourante se plaint du rejet de sa requête tendant à la production du dossier de sa s?ur.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 293; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494).
Le dossier pénitentiaire de la s?ur de la recourante ne fait toutefois pas partie du dossier à consulter. Dans un tel cas, le requérant doit faire valoir un intérêt digne de protection à cette consultation, et ni un intérêt public ni l'intérêt prépondérant d'un tiers ne doivent s'y opposer.
2.2 En l'espèce, la présence de la s?ur à la prison de Lonay constitue certes un des éléments pris en compte dans la décision de refuser le transfert de la recourante à la Tuilière. Cette présence n'est toutefois pas contestée, et les indications sur l'évolution du traitement de sa parente ou son achèvement n'apporteraient pas d'éléments déterminants pour la prise de décision. La cour de céans ne voit dès lors pas quel est l'intérêt de la recourante à consulter le dossier de sa s?ur, consultation qui, en outre, porterait atteinte à la protection de la personnalité de cette dernière. C'est donc à juste titre que la cour cantonale a refusé la production du dossier pénitentiaire de la s?ur.
3. Dénonçant une violation de l'art. 16 al. 2 du Concordat sur l'exécution des peines privatives de liberté et des mesures concernant les adultes et les jeunes adultes dans les cantons latins, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir abusé de son pouvoir d'appréciation en considérant que son transfert à la prison de la Tuilière ne pouvait apporter d'éléments positifs dans l'exécution du traitement psychiatrique institutionnel. Se fondant sur l'expertise du 23 mai 2012, elle fait valoir que les difficultés linguistiques qu'elle rencontre dans l'établissement actuel nuirait à l'évolution de sa thérapie. Elle souligne en outre la rupture de confiance entre elle et ses thérapeutes bernois, qui ont considéré la poursuite du traitement comme inutile.
3.1 Le traitement institutionnel au sens de l'<ref-law> s'effectue dans un établissement fermé lorsqu'il y a lieu de craindre que le condamné ne s'enfuie ou ne commette de nouvelles infractions (<ref-law>). Il peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié.
L'art. 16 du Concordat sur l'exécution des peines privatives de liberté et des mesures concernant les adultes et les jeunes adultes dans les cantons latins prévoit que les autorités compétentes désignées par le canton auxquelles incombe l'exécution du jugement ou de la décision procèdent selon leur libre appréciation au placement de la personne concernée dans l'établissement ou la section d'établissement approprié (al. 1). Elles se fondent sur les indications contenues dans le jugement ou la décision, ainsi que sur les différents éléments qui leur sont fournis ou qu'elles requièrent suivant les cas auprès d'une commission, d'une personne désignée comme expert ou de l'autorité judiciaire (al. 2). Conformément à l'art. 95 let. e LTF, le Tribunal fédéral est habilité à examiner la bonne application du droit concordataire (intercantonal; art. 95 let. e LTF).
3.2 La recourante fonde sa demande de transfert, essentiellement sur des motifs linguistiques. Certes, dans leurs conclusions, les experts ont admis que le suivi psychothérapeutique serait meilleur s'il pouvait s'effectuer dans la langue maternelle (espagnole) de la recourante. Ils ont toutefois ajouté qu'une partie non négligeable des difficultés rencontrées dans la thérapie étaient liées directement à la pathologie de la recourante (expertise p. 15). L'expertise du 23 mai 2012 (p. 5) rappelle du reste que la recourante a notamment été suivie à Hindelbank par une psychologue et un médecin maîtrisant l'espagnol jusqu'au moment où elle a refusé de collaborer avec ceux-ci, ce qui démontre que le fait que ce suivi ne peut pas s'effectuer dans la langue maternelle de l'intéressée ne constitue pas le problème principal.
De toute façon, la recourante est de langue maternelle espagnole et la prison de la Tuilière ne peut pas non plus lui assurer un traitement dans cette langue, comme le recommandent les experts. Dans la mesure où la recourante maîtrise mieux le français que l'allemand, l'établissement d'Hindelbank offre aussi des thérapies individuelles en français. Ainsi, dans sa lettre du 26 avril 2011, le Service bernois de psychiatrie légale a précisé qu'il disposait de collaborateurs avec les compétences linguistiques requises et que la recourante avait également été suivie par une psychologue s'exprimant en français. Il faut au demeurant admettre que les thérapies de groupe nécessitent de relativement bonnes connaissances d'allemand, dans la mesure où les autres participants parlent allemand.
La recourante se plaint en outre de la rupture du lien de confiance d'avec ses thérapeutes bernois, qui ont considéré que la poursuite du traitement était inutile. Dans leurs conclusions, les experts ont certes indiqué que la conviction du thérapeute que le traitement est inefficace peut constituer un frein au traitement envisagé (expertise p. 15, question 7). Toutefois, l'établissement d'Hindelbank est au bénéfice d'une expérience de dix ans avec la recourante, et les changements de thérapeutes peuvent être considérés comme des éléments défavorables d'un point de vue des perspectives thérapeutiques. En outre, comme le relève la cour cantonale, l'absence de collaboration de la recourante est liée à sa pathologie et elle se manifestera aussi bien à Lonay qu'à Hindelbank.
Au vu de ce qui précède, le maintien de la recourante à Hindelbank ne saurait entraver son traitement, même si l'on ne peut nier que la prison de Lonay constituerait un environnement plus favorable à la recourante, en particulier sur le plan linguistique. Un tel transfert s'avère toutefois à l'heure actuelle difficile, puisque la s?ur de la recourante, condamnée dans la même affaire, séjourne actuellement dans l'établissement de la Tuilière. En effet, les différents intervenants considèrent que le transfert de la recourante dans le même établissement que sa s?ur entraînerait des interactions nuisibles sur un plan thérapeutique, tant pour elle que pour sa s?ur (cf. rapport de la CIC du 27 janvier 2012; lettre du 20 février 2012 de l'Office d'exécution des peines du canton de Vaud; cf. aussi lettre du 12 décembre 2011 de la direction de la prison de la Tuilière).
Compte tenu de l'ensemble des éléments du dossier, la cour cantonale n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation en refusant la demande de transfert de la recourante. Elle a mis en balance les avantages (notamment de la langue) et les inconvénients (interactions avec sa s?ur) d'un transfert à la prison de Lonay pour conclure qu'il était préférable de maintenir la recourante à la prison d'Hindelbank. Il incombera à l'autorité d'exécution de réexaminer la cause en cas de nouvelle demande de transfert si ces éléments venaient à changer (et notamment si la s?ur de la recourante devait être déplacée dans un autre établissement).
4. Le recours doit être rejeté.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). La recourante devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 18 décembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Kistler Vianin