Fatti:
A. In data 2 luglio 2005, F._, nato nel 1958, all'epoca dei fatti alle dipendenze della T._ SA in qualità di autista, e in quanto tale assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), è stato vittima di un'aggressione durante il servizio da parte di un ragazzo, a seguito della quale ha riportato una frattura lussazione dell'articolazione interfalangea prossimale del quarto dito della mano destra. L'INSAI ha assunto il caso e corrisposto le prestazioni di legge.
Con decisione del 23 marzo 2006, l'assicuratore infortuni ha dichiarato F._ totalmente abile al lavoro a partire dall'8 novembre 2005 e ha negato, eccezion fatta per le spese delle cure ergoterapiche in corso, la corresponsione di ogni ulteriore prestazione. In merito ai disturbi di natura psichica lamentati dall'interessato in seguito all'infortunio, l'INSAI ha in particolare respinto un suo obbligo prestativo per difetto del necessario nesso di causalità con l'evento in esame. Tale posizione è stata sostanzialmente confermata il 30 maggio 2006 anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessato.
B. F._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, disposti i propri accertamenti, tra i quali l'allestimento di una perizia medica giudiziaria affidata alla dott.ssa V._, e accertata la piena incapacità dell'assicurato a riprendere l'esercizio della professione di autista di bus di linea, per pronuncia del 21 maggio 2008 ha accolto il gravame, annullato il provvedimento su opposizione querelato e rinviato gli atti all'INSAI per nuova decisione in merito alle prestazioni spettanti all'interessato a contare dall'8 novembre 2005.
C. Contestando il contenuto e l'attendibilità del referto peritale giudiziario, che non risponderebbe ai requisiti posti dalla giurisprudenza in materia, e allegando nuova documentazione medica, l'INSAI ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede, in accoglimento del gravame, l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione su opposizione impugnata.
F._, patrocinato dal Sindacato del personale dei trasporti, propone la reiezione del ricorso.

Diritto:
1. Pur essendo la querelata pronuncia una decisione di rinvio, che di regola ha carattere incidentale, essa può in concreto essere impugnata immediatamente dall'assicuratore infortuni davanti al Tribunale federale (cfr. <ref-ruling> consid. 5 pag. 482 segg.).
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, come in concreto, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>). Per il resto, di regola il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezione di cui al cpv. 2) e non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore. Tenuto conto dell'esigenza di motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, sotto pena d'inammissibilità (<ref-law>), esso esamina in linea di massima solo le censure sollevate, non essendo per contro tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono sollevate in sede federale.
3. 3.1 Giusta l'<ref-law>, possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. La memoria ricorsuale deve esporre le ragioni per cui questa condizione risulterebbe adempiuta (<ref-ruling> consid. 3 pag. 395). Le prove documentali devono inoltre essere prodotte entro la scadenza del termine di ricorso o del termine eventualmente assegnato per la presentazione di un atto di replica (art. 42 cpv. 3 e 102 cpv. 3 LTF; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1 pag. 408). È comunque esclusa l'allegazione di fatti accaduti dopo la pronuncia del giudizio impugnato così come di prove non ancora esistenti a tale momento (cosiddetti veri nova; cfr. <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 343 seg.; <ref-ruling> consid. 2 pag. 497; <ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 150). In una recente sentenza 8C_934/2008 del 17 marzo 2009, non ancora pubblicata nella Raccolta ufficiale, il Tribunale federale ha avuto modo di affermare che nuovi fatti e nuovi mezzi di prova trasmessi per la prima volta in ultima istanza, senza che la decisione dell'autorità inferiore ne dia motivo, vanno considerati inammissibili anche nelle procedure rette dalla cognizione lata secondo l'<ref-law> (sentenza citata, consid. 3.3). In virtù di tale principio, qualora una parte non ottemperi l'obbligo di collaborare durante la procedura in corso davanti le istanze precedenti, essa non è più legittimata ad addurre in sede federale nuovi elementi.
3.2 Con il gravame l'Istituto ricorrente produce nuova documentazione, più precisamente due apprezzamenti medici del 17 e del 18 giugno 2008, rispettivamente del dott. C._ e del dott. O._. Allestite e versate agli atti dopo la data della decisione dell'autorità inferiore, senza peraltro indicare perché la loro presentazione sarebbe stata indotta solo dalla pronuncia impugnata, le osservazioni mediche in questione non vanno quindi prese in considerazione ai fini del giudizio. L'assicuratore avrebbe infatti con ogni verosimiglianza potuto (e dovuto) allegare i mezzi di prova invocati già in sede cantonale.
4. Oggetto del contendere è unicamente l'incapacità lavorativa totale attestata dai primi giudici a F._ nella sua precedente attività quale autista di bus di linea.
5. 5.1 L'autorità giudiziaria cantonale ha già esposto le norme legali e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare le condizioni alle quali è subordinata l'assegnazione di indennità giornaliere (<ref-law>), la nozione d'incapacità al lavoro (<ref-law>), nonché i compiti del medico ai fini della valutazione del grado di limitazione della capacità lavorativa e il valore probatorio generalmente riconosciuto ai referti medici fatti allestire da un tribunale conformemente alle regole di procedura applicabili (<ref-ruling> consid. 4 pag. 261, 353 consid. 3b/ee; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3c pag. 314; <ref-ruling> consid. 1 pag. 158).
5.2 A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione, non senza ribadire che secondo l'<ref-law> è considerata incapacità al lavoro qualsiasi incapacità, totale o parziale, derivante da un danno alla salute fisica, mentale o psichica, di compiere un lavoro ragionevolmente esigibile nella professione o nel campo d'attività abituale. In caso d'incapacità al lavoro di lunga durata possono essere prese in considerazione anche le mansioni esigibili in un'altra professione o campo d'attività. Al riguardo, va inoltre aggiunto che la giurisprudenza precedentemente in vigore, applicabile anche al nuovo <ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1.1 pag. 345), aveva precisato che configura incapacità lavorativa anche l'ipotesi in cui, tramite l'esercizio dell'attività in questione, vi è il rischio di aggravare lo stato di salute (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 345; <ref-ruling> consid. 2 pag. 404; cfr. pure SVR 2008 BVG no. 34 pag. 143 consid. 3.3 [9C_127/2008]).
6. 6.1 Nel giudizio impugnato la Corte cantonale, fondandosi sulle conclusioni della perizia giudiziaria, ha ritenuto che a causa delle sequele dell'evento infortunistico del 2 luglio 2005, l'intimato non è più in grado di svolgere la sua abituale professione di autista di bus di linea.
6.2 L'INSAI dal canto suo critica la perizia allestita dalla dott.ssa V._. A suo avviso il referto giudiziario risulta lacunoso e sommario. In particolare, l'amministrazione ricorrente ritiene che la perita non abbia sufficientemente indicato in che modo e per quali ragioni essa abbia dedotto un'incapacità lavorativa totale dell'interessato nella guida di bus di linea. Inoltre, l'affermazione dell'esperta secondo cui F._ è in grado di guidare un veicolo utilitario sarebbe contraddittoria e insostenibile.
7. 7.1 Per quanto concerne la valenza probatoria di un rapporto medico, determinante, secondo la giurisprudenza, è che i punti litigiosi importanti siano stati oggetto di uno studio approfondito, che il rapporto si fondi su esami completi, che consideri parimenti le censure espresse, che sia stato approntato in piena conoscenza dell'incarto (anamnesi), che la descrizione del contesto medico sia chiara e che le conclusioni del perito siano ben motivate. Determinante quindi per stabilire se un rapporto medico ha valore di prova non è tanto l'origine del mezzo di prova, né la denominazione, ad esempio, quale perizia o rapporto (<ref-ruling> consid. 3a pag. 352; <ref-ruling> consid. 1c pag. 160; Hans-Jakob Mosimann, Zum Stellenwert ärztlicher Beurteilungen, in: Aktuelles im Sozialversicherungsrecht, Zurigo 2001, pag. 266). Nella sentenza I 128/98 del 24 gennaio 2000, pubblicata in VSI 2001 pag. 106 segg., il Tribunale federale delle assicurazioni ha però ritenuto conforme al principio del libero apprezzamento delle prove definire delle direttive in relazione alla valutazione di determinate forme di rapporti e perizie. Così, in particolare, i referti affidati dagli organi dell'amministrazione a medici esterni oppure ad un servizio specializzato indipendente che fondano le proprie conclusioni su esami e osservazioni approfondite, dopo aver preso conoscenza dell'incarto, e che giungono a risultati concludenti, dispongono di forza probatoria piena, a meno che non vi siano indizi concreti a mettere in discussione la loro attendibilità (VSI 2001 pag. 109 consid. 3b/bb e pag. 110 consid. 3c). Se infine vi sono dei rapporti medici contraddittori il giudice non può evadere la vertenza senza valutare l'intero materiale e indicare i motivi per cui egli si fonda su un rapporto piuttosto che su un altro (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 673/00 dell'8 ottobre 2002 consid. 3.3). Non si può tuttavia pretendere dal giudice che raffronti i diversi pareri medici e parimenti esponga correttamente da un punto di vista medico, come farebbe un perito, i punti in cui si evidenziano delle carenze precisando qual è l'opinione più adeguata (SVR 2000 UV no. 10 pag. 35 consid. 4b).
7.2 Secondo la costante giurisprudenza, di principio, il giudice non si scosta, senza ragioni imperative, dalle risultanze di una perizia medico-giudiziaria, compito del perito essendo infatti quello di mettere a disposizione della giustizia le sue specifiche conoscenze allo scopo di chiarire gli aspetti sanitari di una determinata fattispecie. Ragioni che possono indurre a non fondarsi su un tale referto sono ad esempio la presenza di affermazioni contraddittorie, il contenuto di una superperizia o altri rapporti contenenti validi motivi per farlo (<ref-ruling> consid. 3b/aa pag. 352 e sentenze ivi citate).
8. 8.1 In concreto, la perita giudiziaria incaricata, la quale, tra l'altro e contrariamente ai dottori O._ e C._, è specialista in chirurgia della mano, dopo avere visitato l'assicurato e avere esaminato gli atti medici all'inserto, ha posto la diagnosi di chiusura incompleta del pugno in stato dopo lussazione/frattura dell'articolazione interfalangea prossimale del IV dito a destra, lieve artrosi a questo stesso livello, morbo di Dupuytren di stadio I al IV e V raggio a destra, nonché tendovaginite stenosante A1 del legamento anulare Dig III a destra. L'esperta ha pure precisato che F._ presenta una flessione massima del dito anulare destro che non supera i 45°, una distanza dito-palmo della mano di 2 cm, nonché una perdita della forza del 30%. Sulla base dei risultati dei test di simulazione tramite il BTE-Worksimulator (Baltimore Therapeutic Equipment), la dott.ssa V._ ha giudicato il peritando completamente inabile al lavoro nella professione di autista di bus di linea, mentre, sempre secondo la stessa, un'attività presso una panetteria/pasticceria si rivelerebbe più conforme al suo stato di salute. Il rapporto evidenzia infatti le difficoltà della mano destra dell'assicurato nel mantenere un controllo adeguato sul volante, nelle situazioni in cui la mano sinistra non si trova su quest'ultimo ed è occupata in altre operazioni (ad esempio l'accensione delle frecce). In tali ipotesi, l'interessato correrebbe il rischio di perdere il controllo del veicolo, mettendo in pericolo non solo la sua persona ma anche i 50 o 100 passeggeri a bordo. Della stessa opinione il dott. U._, a sua volta specialista in chirurgia della mano e medico curante dell'intimato, il quale si era già espresso in termini molto simili quasi un anno prima.
8.2 Dopo attento esame della documentazione medica all'inserto, questa Corte non può che concordare con il Tribunale cantonale. La dott.ssa V._ ha già abbondantemente esposto le ragioni per le quali F._ non dovrebbe riprendere l'attività precedente all'infortunio e spiegato, rispondendo ai quesiti postele dall'Istituto ricorrente e dall'intimato, in che misura le limitazioni fisiche della mano gli impediscono di svolgere la propria professione. Orbene, guidare un bus di linea con un deficit di flessione alla mano costituisce effettivamente un rischio grave non solo per la salute dell'assicurato, ma di tutti i passeggeri a bordo. Al riguardo, va pure evidenziato che chiunque fa domanda di una licenza di condurre deve soddisfare dei requisiti medici minimi, tra i quali il funzionamento completamente normale delle membra (cfr. art. 7 cpv. 1 dell'Ordinanza sull'ammissione alla circolazione di persone e veicoli [OAC] e allegato 1). A giusta ragione, infine, la Corte cantonale ha ritenuto priva di rilievo ai fini del giudizio la questione di sapere se F._ sia abile alla guida di un veicolo privato o meno. Il fatto che la dott.ssa V._ abbia preso posizione in merito non costituisce una contraddizione atta a inficiare le conclusioni motivate e convincenti alle quali è pervenuta nel suo rapporto medico. Infatti, per legge, nell'ambito della valutazione del grado d'incapacità lavorativa di un assicurato, il giudice o l'amministrazione devono esprimersi prendendo unicamente in considerazione la professione svolta fino al giorno dell'infortunio o il campo d'attività abituale, categoria, quest'ultima, che comprende quelle occupazioni che, pur se di rilevanza economica, non forniscono un guadagno immediato, come ad esempio il lavoro domestico o l'educazione dei figli (cfr. Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, Zurigo 2003, n. 4 e 5 all'art. 6).
8.3 Ne discende che, contrariamente a quanto preteso dall'Istituto ricorrente, il referto giudiziario non evidenzia contraddizioni. Né si può affermare che esso sia incompleto, si fondi su accertamenti di fatto errati o giunga a conclusioni non motivate o non convincenti.
9. Alla luce di quanto sopra esposto, in considerazione specialemente delle risultanze peritali, l'operato cantonale non è censurabile. In tali condizioni, il giudizio impugnato merita di essere confermato e il ricorso respinto in quanto infondato. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della parte ricorrente (<ref-law>). L'Istituto ricorrente dovrà inoltre corrispondere all'opponente, rappresentato da un'organizzazione sindacale, un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Il ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 800.- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.