Sachverhalt:
A. Die Y._ AG (nachfolgend: die Gesellschaft), deren einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsrat A._ (Beschwerdeführer) seit März 2003 war, mietete Geschäftsräumlichkeiten von der X._ AG (Beschwerdegegnerin). Sie anerkannte mit Vergleich vom 22. Oktober 2003 Mietzinsausstände von Fr. 100'000.--. Am 8. Juni 2004 trat sie, vertreten durch den Beschwerdeführer, vier Debitorenguthaben im Gesamtbetrag von Fr. 48'440.-- zahlungshalber (<ref-law>) an die Beschwerdegegnerin ab. Diese verzichtete vorläufig auf die Notifikation der Abtretung gegenüber den Debitoren. Am gleichen Tag schloss die Beschwerdegegnerin einen "Garantievertrag gemäss <ref-law> [recte: OR]" mit dem Beschwerdeführer, in welchem sich dieser verpflichtete, für die erwähnten Debitorenguthaben "persönlich einzuzahlen". Die Gesellschaft überwies der Beschwerdegegnerin am 28. Juni 2004 eine der vier Debitorenzahlungen, leitete aber die übrigen von der Abtretung betroffenen Zahlungen, welche bis zum 29. Juni 2004 ebenfalls eingegangen waren, nicht (oder nach den Behauptungen des Beschwerdeführers vor Bundesgericht nur teilweise) an die Beschwerdegegnerin weiter. Die Gesellschaft fiel am 25. Januar 2005 in Konkurs.
B. Die Beschwerdegegnerin gelangte daraufhin an das Bezirksgericht Dielsdorf. Sie verlangte vom Beschwerdeführer Fr. 40'622.15 nebst Zins und die Beseitigung des Rechtsvorschlages in der von ihr angehobenen Betreibung. Das Bezirksgericht wies die Klage ab. Auf Berufung der Beschwerdegegnerin hiess das Obergericht des Kantons Zürich die Klage gut. Es war zwar der Auffassung, die Beschwerdegegnerin könne aus dem "Garantievertrag" nichts ableiten, da die vom Beschwerdeführer übernommene Verpflichtung akzessorisch sei und eine mangels Einhaltung der Formvorschriften ungültige Bürgschaft vorliege. Das Obergericht qualifizierte aber die fehlende Ablieferung als Veruntreuung (<ref-law>), billigte der Beschwerdegegnerin einen Schadenersatzanspruch zu und hiess die Klage gut.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen, eventuell die Forderung auf Fr. 9'197.50 zu reduzieren. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht am 25. November 2008 ab. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen).
1.1 Der Beschwerdeführer hat die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht nicht ergriffen. Das Bundesgericht kann mithin den angefochtenen Entscheid in tatsächlicher Hinsicht nicht überprüfen, da die Rüge der aktenwidrigen oder willkürlichen Feststellung des Sachverhalts (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG) dem Kassationsgericht hätte unterbreitet werden können (vgl. § 281 Ziff. 2 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976, ZPO/ZH, LS 271).
1.2 Der Beschwerdeführer weist an sich zu Recht darauf hin, dass die Rüge der Verletzung von <ref-law> vorbehalten bleibt, da die Nichtigkeitsbeschwerde insoweit nicht gegeben ist. Wenn aber die Vorinstanz in Würdigung der Beweise zum Ergebnis gelangt, eine Behauptung sei erwiesen oder widerlegt, liegt Beweiswürdigung vor und fällt eine Verletzung von <ref-law>, der an die Beweislosigkeit anknüpft, ausser Betracht (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f.). Wer eine Verletzung seines Beweisführungsanspruches geltend machen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, welche Beweismittel er im kantonalen Verfahren prozesskonform für welche prozessrelevanten Tatsachen angeboten hat. Denn ein Anspruch auf Beweisführung besteht nur, sofern der Beweisantrag rechtserhebliche Tatsachen betrifft und nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Prozessrechts entspricht (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299).
1.3 Wenn der Beschwerdeführer in seinen Ausführungen unter dem Titel "Zum Sachverhalt" von den tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Entscheides abweicht, bleibt dies unbeachtet. Auch soweit er verschiedene Zahlungen der Gesellschaft an die Beschwerdegegnerin von deren Forderung in Abzug gebracht wissen will, setzt er sich zur tatsächlichen Feststellung, es sei unbestritten geblieben, dass nur eine der vier Debitorenzahlungen weitergeleitet wurde, und der weiteren Beweiswürdigung der Vorinstanz in Widerspruch. Damit ist er nicht zu hören.
1.4 Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, mehrere objektive und subjektive Voraussetzungen für die Annahme einer Veruntreuung im Sinne von <ref-law> seien nicht gegeben. Die Vorinstanz habe nicht alle relevanten Tatbestandselemente geprüft und überdies <ref-law> verletzt, indem sie zu massgeblichen Punkten kein Beweisverfahren durchgeführt habe. Der Beschwerdeführer verkennt, dass kein gesondertes Beweisverfahren notwendig ist, wenn das Gericht bereits aus den Vorbringen der Parteien in tatsächlicher Hinsicht Schlüsse ziehen und so zu einem positiven Beweisergebnis kommen kann. Zudem zeigt der Beschwerdeführer nicht im Einzelnen auf, welche Beweismittel er im kantonalen Verfahren prozesskonform angeboten haben will. Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht dargetan.
2. Der objektive Tatbestand von <ref-law> ist erfüllt, wenn der Täter ihm anvertraute Vermögenswerte unrechtmässig in seinem oder eines anderen Nutzen verwendet. Subjektiv ist Vorsatz erforderlich. Zusätzlich wird verlangt, dass der Täter handelt, um sich oder einen anderen unrechtmässig zu bereichern, auch wenn <ref-law> dies nicht ausdrücklich erwähnt (<ref-ruling> E. 2a S. 34).
2.1 Der Beschwerdeführer bestreitet, dass der Vermögenswert der Gesellschaft anvertraut worden sei und dass eine stillschweigende Inkassovereinbarung bestanden habe. Er macht mit Aktenhinweisen geltend, dass er dies immer bestritten habe und rügt eine Verletzung von <ref-law>. Zum Ergebnis, die Gesellschaft habe sich zumindest stillschweigend zur Weiterleitung der ihr zugehenden Debitorenzahlungen an die Beschwerdegegnerin verpflichtet und damit als Hilfsperson für das Inkasso gehandelt, kam die Vorinstanz indessen offensichtlich gestützt auf die Vorbringen der Parteien, diese hätten vereinbart, den Debitoren die Abtretung vorerst nicht zu notifizieren. Da ein positives Beweisergebnis vorliegt, scheidet eine Verletzung von <ref-law> aus (vgl. E. 1.2 hiervor).
2.2 Dass mit der Gesellschaft vereinbart war, die Notifikation an die Debitoren hätte nur unter ganz speziellen Voraussetzungen erfolgen dürfen, ist nicht festgestellt. Damit ist unerheblich, ob in diesem Fall eine bedingte Zession vorläge, wie der Beschwerdeführer unter Hinweis auf die Literatur behauptet. Seine Ausführungen, mangels Übergangs der Forderungen auf die Beschwerdegegnerin habe keine Veruntreuung stattgefunden, stützen sich auf nicht festgestellte Tatsachen und sind daher nicht zu hören.
2.3 Der Beschwerdeführer bestreitet, vorsätzlich gehandelt zu haben. Aus seinen eigenen Ausführungen geht indessen hervor, dass er in voller Absicht aus den Zahlungen der zedierten Forderungen andere Schulden der Gesellschaft beglichen hat und sich der Abtretung an die Beschwerdegegnerin bewusst war. Damit handelte er vorsätzlich.
2.4 Der Beschwerdeführer macht sodann geltend, es habe keine Absicht ungerechtfertigter Bereicherung bestanden. Die Gesellschaft sei nicht bereichert gewesen, weil sie mit dem eingegangenen Geld fällige Lohnforderungen befriedigt habe. Dadurch seien weder die Gesellschaft noch die Zahlungsempfänger bereichert gewesen. Zudem habe Ersatzbereitschaft bestanden, was den Tatbestand der Veruntreuung ausschliesse.
2.4.1 Bezüglich der Ersatzbereitschaft hält die Vorinstanz fest, der Beschwerdeführer habe selbst nicht geltend gemacht, er habe immer die Absicht und die Möglichkeit gehabt, den Betrag der abgetretenen Forderungen zu bezahlen. Die gegenteiligen Vorbringen vor Bundesgericht sind nicht zu hören.
2.4.2 Die Annahme des Beschwerdeführers, wer bei zwei fälligen Schulden zunächst die eine und danach die andere tilge, handle nicht mit Bereicherungsabsicht, trifft nicht zu (vgl. <ref-ruling>). Auch in der Tilgung einer Schuld kann eine Bereicherung liegen. Dass sich ein Täter allenfalls nur vorübergehend bereichern will, entlastet ihn nicht (<ref-ruling> E. 3a S. 30). Die unrechtmässige Verwendung des empfangenen Geldes durch den Inkassovertreter zu seinem oder eines Dritten Nutzen bildet einen klassischen Fall der Veruntreuung (vgl. schon HAFTER, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil, Bd. I, Berlin 1937, S. 241; <ref-ruling> E. 2a S. 33).
3. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die Zession sei ungültig, weil die Gesellschaft im Zeitpunkt der Abtretung erkennbar bereits überschuldet gewesen sei. Auf dieses Argument sei die Vorinstanz nicht eingegangen und habe dadurch Art. 285 und Art. 287 SchKG verletzt.
3.1 Die Vorinstanz äusserte sich zu Art. 285 und Art. 287 SchKG im Rahmen ihrer Erwägungen zum Garantievertrag, den sie schliesslich für ungültig erachtete. Sie hielt fest, die Argumentation des Beschwerdeführers ziele an der Sache vorbei, da auch bei einer Gläubigerbevorzugung die Zession nicht nichtig, sondern lediglich anfechtbar gewesen wäre. An einer Anfechtung fehle es aber. Diese könne überdies nur Wirkung mit Bezug auf ein bestimmtes Vollstreckungsverfahren entfalten.
3.2 Die Anfechtung nach SchKG ist ein vollstreckungsrechtliches Institut. Eine Gutheissung der Anfechtungsklage hätte einzig zur Folge, dass der bevorzugte Gläubiger die Vermögenswerte zur Verwertung in die Masse einbringen müsste. Sie ändert aber nichts an der zivilrechtlichen Gültigkeit des angefochtenen Rechtsgeschäfts; dessen zivilrechtliche Wirkungen sind lediglich betreibungsrechtlich unbeachtlich, so dass die Gläubiger den Vermögenswert pfänden und verwerten lassen können (<ref-ruling> E. 1.3.3 S. 57 mit Hinweisen). Die Anfechtbarkeit nach <ref-law> kann mithin keinesfalls die Ungültigkeit der Zession bewirken.
3.3 Allerdings würde sich der Schaden der Beschwerdegegnerin reduzieren, soweit der Nachweis gelänge, dass eine Anfechtung nicht nur theoretisch möglich, sondern bei vereinbarungsgemässer Weiterleitung der Zahlungen auch tatsächlich erfolgt wäre. Entsprechendes ist aber nicht festgestellt, und der Beschwerdeführer nennt auch keine Beweismittel, mit welchen er hätte beweisen wollen, dass tatsächlich eine Anfechtung erfolgt wäre. Damit scheidet eine Ergänzung des Sachverhalts aus und bleibt es beim der Beschwerdegegnerin entstandenen Schaden. Da die Anfechtungsklage mit Zeitablauf verwirkt (<ref-law>) und der bevorzugte Gläubiger ohne Anfechtung auch bei Bösgläubigkeit in seinem Erwerb geschützt wird, kann der Beschwerdeführer die Frage, ob tatsächlich eine Anfechtung erfolgt wäre, nicht einfach ausblenden, soweit er aus der Anfechtbarkeit der Zessionen etwas zu seinen Gunsten ableiten will.
4. Damit ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis nicht zu beanstanden und die Beschwerde abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak