Faits:
A. Y._, représentée par son mari, a confié à l'architecte A._ la direction de travaux concernant des immeubles dont elle est propriétaire. Dans ce cadre, celui-ci a contacté X._ SA pour lui proposer de soumissionner en vue de la pose d'une conduite de gaz, tracé qui était entièrement compris sur la parcelle de Y._. Le 27 novembre 2006, l'architecte a adjugé les travaux de fouille à X._ SA selon une soumission faisant état d'un prix total net de 12'000 fr. hors taxes, arrêté à 12'900 fr. TVA comprise.
En janvier 2007, le contremaître de X._ SA a proposé à A._ un autre tracé afin de raccorder directement l'un des immeubles au réseau public du gaz sur la voie publique adjacente, la distance étant sensiblement plus courte. Le contremaître a invité l'architecte à vérifier que cette variante soit effectivement moins chère; A._ a effectué ce contrôle sur la base des prix mentionnés dans la soumission, complétés par différents éléments dont les taxes liées aux travaux sur la voie publique, estimées à environs 7'000 fr., qui devaient être acquittées avant le début des travaux; l'architecte a évalué le coût des travaux de X._ SA, selon cette variante, à quelque 5'000 fr., soit un coût total de 12'000 fr. légèrement inférieur à celui découlant de la soumission. A._ a alors donné son accord à X._ SA pour procéder selon cette variante; cette modification n'a toutefois pas fait l'objet d'un document écrit; il n'a pas non plus été établi, ni même allégué, que A._ ait fait part oralement à X._ SA de son estimation du nouveau coût des travaux.
Le déroulement des travaux a été compliqué et prolongé en raison du délai d'intervention des Services industriels de Genève, qui devaient eux-mêmes procéder au raccordement du gaz après l'ouverture de la tranchée mais n'avaient pas d'équipe immédiatement disponible; ils n'avaient en effet pas été prévenus de la date de ces travaux. L'allongement de la durée du chantier a eu des répercussions sur son coût car il a fallu faire repartir, puis revenir l'équipe et les machines de X._ SA. Par ailleurs, le choix du tracé de la fouille sur la voie publique a impliqué des prestations en partie différentes de celles prévues initialement.
Le 28 février 2007, X._ SA a adressé à A._, aux noms de Y._ et de son mari, une facture détaillée pour les travaux de terrassement qu'elle avait effectués sur la voie publique à la demande de l'architecte. Cette facture présentait un montant total, TVA comprise, de 20'540 fr. 85. A._ a fait établir, par un collaborateur de X._ SA, le métré des travaux accomplis par cette entreprise. Pour les postes qui figuraient dans le devis initial, il a retenu les prix unitaires de ce devis; les quantités mesurées par X._ SA ont été admises par l'architecte; le montant total accepté par celui-ci s'élevait à 5'499 fr. 45 toutes taxes comprises, arrondi à 5'500 fr. Le 6 mai 2007, Y._ a versé à X._ SA la somme de 5'500 fr. correspondant selon l'architecte à la valeur des travaux effectués.
B. Le 21 mai 2007, X._ SA a requis l'inscription préprovisoire et provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs à concurrence de 20'540 fr. 85 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 mai 2007 sur la parcelle de Y._. L'inscription a été ordonnée comme telle à titre préprovisoire le jour même et pour un montant de 15'040 fr. 85 à titre provisoire le 13 juin 2007.
Le 18 juillet 2007, X._ SA a formé contre Y._ une requête en inscription définitive d'une hypothèque légale, ainsi qu'une demande en paiement. Elle concluait en particulier à la condamnation de son adverse partie à lui verser la somme de 15'040 fr. 85 avec intérêt à 5 % l'an dès le 28 février 2007 et à la validation de la mesure d'inscription provisoire de l'hypothèque légale.
Par jugement du 6 octobre 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné Y._ à payer à X._ SA la somme de 15'040 fr. 85 avec intérêt à 5 % l'an dès le 30 mai 2007 et ordonné que soit inscrite une hypothèque légale d'entrepreneur définitive à due concurrence. En substance, il a considéré que le prix de l'ouvrage réalisé par X._ SA devait être déterminé selon l'<ref-law> - qui dispose que si le prix n'a pas été fixé d'avance, ou s'il ne l'a été qu'approximativement, il doit être déterminé d'après la valeur du travail et les dépenses de l'entrepreneur -; il a estimé que l'architecte avait accepté, sous réserve de deux contestations mineures, tant le métré des travaux que la facture établis par X._ SA; le coût des travaux, supérieur à celui devisé initialement, était justifié par la complexité et la difficulté accrues du chantier qui s'était déroulé en définitive sur une voie publique goudronnée et non pas en pleine terre sur une propriété privée.
Saisie d'un appel de Y._ et statuant par arrêt du 24 avril 2009, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement du 6 octobre 2008 et débouté X._ SA de toutes ses conclusions. En bref, elle a considéré que les parties avaient implicitement renoncé au contrat d'entreprise initial pour en conclure un autre, oral, relatif au nouveau tracé de la fouille, pour lequel aucun accord préalable sur le prix et aucun devis n'avait été requis; la valeur de ce travail devait dès lors être déterminée selon l'<ref-law>; X._ SA n'avait pas démontré, par des preuves susceptibles d'emporter la conviction de la Cour, l'existence et l'étendue des prestations qu'elle avait facturées sur la base d'heures comptées à un tarif de régie, que ce soit pour la main d'oeuvre ou l'utilisation des machines, ces postes se montant à 13'740 fr., alors qu'ils ne figuraient pas dans le devis initial et que, dans la règle, le coût des machines devait être supporté par l'entrepreneur; il en allait de même des matériaux fournis dont les prix unitaires, à l'exception du sable, avaient été facturés à des prix qu'elle avait fixés unilatéralement; ainsi, X._ SA n'avait pas fait signer par la direction des travaux les bons de régie qui auraient démontré le bien-fondé des heures facturées; elle n'avait pas fait entendre le ou les machinistes et ouvriers ayant oeuvré sur ce chantier, lesquels auraient pu confirmer l'utilisation des différents types de machines et le temps nécessaire à l'accomplissement des travaux; enfin, elle n'avait pas sollicité d'expertise, qui lui aurait permis de démontrer, le cas échéant, que le prix facturé correspondait aux prix usuels; l'application de l'<ref-law> commandait ainsi de faire droit à l'appel, X._ SA n'ayant pas prouvé, comme elle en avait le devoir, que la valeur de son travail et de ses dépenses excédait le montant de 5'500 fr. que Y._ lui avait versé pour la rémunérer.
C. X._ SA (la recourante) interjette un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, dans lequel elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 24 avril 2009 et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, avec suite de dépens. Y._ (l'intimée) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu en matière civile (<ref-law>). La valeur litigieuse n'atteint pas le minimum légal de 30'000 fr. du recours ordinaire en matière civile (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). La cause ne correspond en outre à aucun des cas de dispense prévus par la loi (<ref-law>). Partant, elle n'est susceptible que du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>), à l'exclusion du recours ordinaire. Le recours est dirigé contre une décision finale et de dernière instance cantonale (cf. les art. 75 al. 1 et 90 LTF, auxquels renvoient respectivement les art. 114 et 117 LTF). La recourante a pris part à l'instance précédente et elle a succombé dans ses conclusions (<ref-law>). Déposé en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 en liaison avec l'<ref-law>) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours constitutionnel présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable.
1.2 Le recours constitutionnel subsidiaire ne peut être formé que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne se saisit que des griefs soulevés et motivés de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il doit statuer sur la base des faits constatés dans la décision attaquée; il ne peut rectifier ou compléter que les constatations de fait auxquelles l'autorité précédente est parvenue en violation des droits constitutionnels (<ref-law>), pour autant que la partie recourante mette en évidence, dans le détail, les constatations prétendument viciées (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398, 439 consid. 3.2 p. 445).
2. La recourante se plaint d'une "violation de l'arbitraire dans l'application du droit à la preuve"; elle invoque à cet égard un certain nombre de dispositions cantonales de procédure.
2.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
En matière d'application du droit cantonal, arbitraire et violation de la loi ne doivent pas être confondus; une violation de la loi doit être manifeste et reconnaissable d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 18).
2.2 En premier lieu, la recourante soutient que la cour cantonale aurait violé grossièrement l'art. 192 al. 2 de la loi genevoise du 10 avril 1987 de procédure civile (LPC/GE; RSG E 3 05) en faisant un mauvais usage de la liberté d'appréciation que cette norme lui conférait; selon cette disposition, les procédures probatoires portent seulement sur les faits contestés, à moins que la loi ne prescrive au juge de constater lui-même la réalité des faits dont son jugement dépend; la recourante estime que les juges cantonaux lui auraient reproché à tort de ne pas avoir fait signer par la direction des travaux les bons de régie ni fait entendre le ou les machinistes et ouvriers, dans le but de démontrer le bien-fondé des heures effectuées ainsi que des heures facturées; à cet égard, elle expose que le montant des heures n'aurait jamais été contesté par l'intimée et que l'instruction n'avait jamais porté sur cette question.
La recourante se méprend lorsqu'elle prétend que le montant des heures n'a jamais été contesté. En effet, il n'a pas été constaté en fait que l'intimée ou son architecte auraient accepté les heures accomplies et facturées; il a seulement été retenu que celui-ci avait admis les métrés. Dès lors que l'intimée remettait en cause la facture du 28 février 2007, sur laquelle elle estimait ne devoir que 5'500 fr. correspondant selon elle à la valeur des travaux effectués, il incombait à la recourante de prouver les éléments permettant au juge de fixer le prix dû, conformément à l'<ref-law> dont l'application dans le cas d'espèce n'est pas critiquée. Cela étant, la recourante ne prétend pas que l'on se trouverait en l'occurrence dans un cas où le juge était tenu d'établir les faits d'office, et l'on ne voit pas en quoi la cour cantonale aurait arbitrairement méconnu la disposition de procédure invoquée en considérant que la recourante n'avait pas établi la réalité de sa prétention, en l'absence de moyens de preuve propres à la démontrer. Son argument est dénué de pertinence.
2.3 Deuxièmement, la recourante fait grief aux précédents juges d'avoir appliqué l'<ref-law>/GE de manière arbitraire en relevant qu'elle n'avait pas sollicité d'expertise qui lui aurait permis de démontrer le cas échéant que le prix facturé correspondait aux prix usuels; cette norme dispose que pour s'éclairer sur une question de fait qui requiert l'avis d'un spécialiste, le juge peut ordonner qu'il soit procédé à une expertise; la recourante soutient qu'il n'y avait en l'espèce aucune question technique insurmontable à résoudre, ni de question qui méritait l'aide d'un spécialiste.
La cour cantonale a considéré que la recourante avait échoué à prouver que le prix facturé correspondait aux prix usuels, ce qu'il lui appartenait de faire par tous les moyens utiles. En l'occurrence, la recourante n'ayant précisément pas offert la preuve par expertise, la question de savoir si une telle mesure d'instruction aurait été pertinente ne se pose tout simplement pas. Pour le surplus, la recourante ne prétend pas avoir démontré le fait litigieux par un autre biais. Son moyen ne résiste pas à l'examen.
2.4 En troisième et dernier lieu, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir fait un mauvais usage de la liberté d'appréciation que l'<ref-law>/GE lui conférait; cet article dispose que la cour peut ordonner que les procédures probatoires qui ont eu lieu en première instance et qui lui paraissent défectueuses ou insuffisantes, soient refaites devant elle (al. 1) et qu'elle peut aussi ordonner toute autre espèce d'instruction ou de preuve qui n'a pas été ordonnée par les premiers juges (al. 2); la recourante est d'avis que les juges cantonaux auraient erré en considérant qu'elle n'était pas fondée à exiger en appel l'administration de preuves qu'elle n'avait pas sollicitée devant le premier juge en temps utile et selon les formes adéquates; elle plaide que compte tenu du fait qu'elle n'avait pas l'obligation ni le devoir de présenter d'autres moyens de preuve en première instance que ceux qu'elle avait utilisés, puisque les enquêtes n'avaient porté que sur les faits contestés et qu'une expertise n'était pas jugée nécessaire, il ne pouvait lui être reproché de ne pas avoir sollicité lesdits moyens de preuve en appel.
Dans la mesure où il repose sur la prémisse de l'admission des deux premiers griefs, qui ont précisément été écartés - et qu'il appartenait en tout état à la recourante de prouver les faits fondant sa prétention -, ce dernier argument est irrecevable. Au demeurant, l'<ref-law>/GE ne fait que conférer à la cour une faculté (cf. Bertossa/ Gaillard/Guyet/Schmidt, Commentaire de la loi de procédure civile du canton de Genève du 10 avril 1987, vol. II, n° 2 ad <ref-law>/GE), mais ne lui impose pas une obligation, et il n'est en aucun cas conçu pour suppléer les carences des parties.
3. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours, manifestement mal fondé, doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, par un arrêt sommairement motivé (art. 109 al. 2 et 3 LTF en liaison avec l'<ref-law>).
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimée sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er septembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz