Sachverhalt:
A. Die Gemeindeversammlung der Einwohnergemeinde Wahlern stimmte am 22. Mai 2006 der Anordnung von fünf Tempo-30-Zonen (I, II, IIIa, IIIb und IIIc) zu. Mit Verfügung vom 5. September 2006 erteilte das Tiefbauamt des Kantons Bern seine Zustimmung.
Gegen die Verkehrsmassnahme erhoben A und B X._ Beschwerde. Die Regierungsstatthalterin von Schwarzenburg hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 21. Juni 2007 gut. Die Einwohnergemeinde Wahlern erhob in der Folge gegen diesen Entscheid Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses stellte fest, dass die Legitimation von A und B X._ nur bezüglich der Tempo-30-Zone IIIb, in welcher die beiden wohnten, gegeben sei und dass die Regierungsstatthalterin bezüglich der übrigen vier Zonen auf die Beschwerde nicht hätte eintreten dürfen. Es hob den Entscheid der Regierungsstatthalterin daher insoweit auf. Für die Anordnung der Tempo-30-Zone IIIb sah das Verwaltungsgericht die Voraussetzungen als erfüllt an und hiess die Beschwerde der Gemeinde mit Urteil vom 31. März 2008 gut.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. April 2008 beantragen A und B X._ im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern sei aufzuheben.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Einwohnergemeinde Wahlern beantragt, auf die Beschwerde betreffend die Tempo-30-Zonen I, II, IIIa und IIIc sei nicht einzutreten. Im Übrigen sei die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. In ihrer Stellungnahme zu den beiden Vernehmlassungen halten die Beschwerdeführer an ihren Rechtsauffassungen und Anträgen fest. Die Regierungsstatthalterin von Schwarzenburg liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Es liegt keine Ausnahme gemäss <ref-law> vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist deshalb grundsätzlich gegeben.
Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, wer zudem durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (<ref-law>). Die Beschwerdeführer wohnen in der geplanten Tempo-30-Zone IIIb. Die Einwohnergemeinde Wahlern macht geltend, dass sich die Legitimation der Beschwerdeführer auf diese Zone beschränke, während die Beschwerdeführer die Legitimation auch für die übrigen Zonen beanspruchen. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben, da die Beschwerde aus den nachfolgenden Erwägungen auch betreffend die Tempo-30-Zonen I, II, IIIa und IIIc abzuweisen wäre.
2. 2.1 Bei der geplanten Verkehrsmassnahme, der Einführung von Tempo-30-Zonen gemäss Art. 2a und 22a der Signalisationsverordnung vom 5. September 1979 (SSV; SR 741.21) sowie der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und die Begegnungszonen vom 28. September 2001 (SR 741.213.3), handelt es sich im Grundsatz um sogenannte funktionelle Verkehrsanordnungen im Sinne von <ref-law> (Urteil 2A.90/2006 vom 26. Juni 2006, E. 1.1 mit Hinweisen). Als Geschwindigkeitsbeschränkung ist sie nur zulässig, wenn eine der Voraussetzungen von Art. 108 Abs. 2 SSV erfüllt ist (Urteil 2A.38/2006 vom 13. Juli 2006, publ. in: ZBl 108/2007 S. 611 ff., E. 3; vgl. auch <ref-law> und Art. 4a der Verkehrsregelnverordnung vom 13. November 1962 [VRV; SR 741.11]). Die Gründe, welche eine Herabsetzung der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit erforderlich machen können, werden in Art. 108 Abs. 2 SSV abschliessend aufgezählt: Eine Gefahr ist nur schwer oder nicht rechtzeitig erkennbar und anders nicht zu beheben (lit. a); bestimmte Strassenbenützer bedürfen eines besonderen, nicht anders zu erreichenden Schutzes (lit. b); es kann auf Strecken mit grosser Verkehrsbelastung der Verkehrsablauf verbessert (lit. c) oder es kann eine im Sinne der Umweltschutzgesetzgebung übermässige Umweltbelastung (Lärm, Schadstoffe) vermindert werden (lit. d). In Art. 108 Abs. 5 SSV werden für jede Strassenkategorie die zulässigen abweichenden Höchstgeschwindigkeiten genannt. Innerorts sind unter anderem Tempo-30-Zonen zulässig (Art. 108 Abs. 5 lit. e SSV). Einzelheiten zu den Anforderungen an Tempo-30-Zonen hat das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) in der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und die Begegnungszonen geregelt.
2.2 Zulässig ist die Anordnung von abweichenden Höchstgeschwindigkeiten nur gestützt auf ein vorgängig zu erstellendes Gutachten, welches belegt, dass diese Massnahme nötig, zweck- und verhältnismässig ist und keine anderen Massnahmen vorzuziehen sind (<ref-law> i.V.m. Art. 108 Abs. 4 SSV). Art. 3 der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und die Begegnungszonen umschreibt den Inhalt des zu erstellenden Gutachtens näher. Danach handelt es sich um einen Kurzbericht, der namentlich folgende Punkte umfasst:
"a. die Umschreibung der Ziele, die mit der Anordnung der Zone erreicht wer den sollen;
b. einen Übersichtsplan mit der auf Grund des Raumplanungsrechts festge legten Hierarchie der Strassen einer Ortschaft oder von Teilen einer Ort schaft;
c. eine Beurteilung bestehender und absehbarer Sicherheitsdefizite sowie Vorschläge für Massnahmen zu deren Behebung;
d. Angaben zum vorhandenen Geschwindigkeitsniveau (50-Prozent-Ge schwindigkeit V50 und 85-Prozent-Geschwindigkeit V85);
e. Angaben zur bestehenden und angestrebten Qualität als Wohn-, Lebens- und Wirtschaftsraum, einschliesslich der Nutzungsansprüche;
f. Überlegungen zu möglichen Auswirkungen der geplanten Massnahme auf die ganze Ortschaft oder auf Teile der Ortschaft sowie Vorschläge zur Vermeidung allfälliger negativer Folgen;
g. eine Aufzählung und Umschreibung der Massnahmen, die erforderlich sind, um die angestrebten Ziele zu erreichen."
Der früher in diesem Bereich zur Rechtsprechung zuständige Bundesrat hielt in Bezug auf Art. 108 Abs. 4 SSV fest, dass Inhalt und Umfang des Gutachtens vom Zweck der Geschwindigkeitsbeschränkung und von den örtlichen Gegebenheiten abhingen (vgl. zum Rechtsmittel <ref-law> in der Fassung vom 19. Dezember 1958 [AS 1959 S. 680] und in der revidierten Fassung vom 14. Dezember 2001 [AS 2002 S. 2767]). Die Anforderungen an das Gutachten seien deshalb von Fall zu Fall unterschiedlich. Es sei wesentlich, dass die zuständige Behörde über die nötigen Informationen für den Entscheid verfüge (VPB 62/1998 Nr. 26 E. 9 mit Hinweisen). Diese Rechtsprechung gilt im Grundsatz seit dem Inkrafttreten der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und die Begegnungszonen weiter. Eine Erschwerung der Einführung von Tempo-30-Zonen war nicht beabsichtigt. Im Gegenteil sollte die Verordnung die Einrichtung von Tempo-30-Zonen erleichtern (Erläuterungsbericht des UVEK zur Teilrevision der Signalisationsverordnung, zur Teilrevision der Verkehrsregelnverordnung und zum Entwurf der Departementsverordnung zur Anordnung von Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen, Allgemeiner Teil, Ziff. 2 und Besonderer Teil, Ziff. 3.1).
Die Anforderungen, welche Art. 3 der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und die Begegnungszonen an das Gutachten stellt, sind somit vor dem Hintergrund des Zwecks der Geschwindigkeitsbeschränkung zu sehen. So hat beispielsweise die Beurteilung bestehender und absehbarer Sicherheitsdefizite (lit. c der genannten Bestimmung) eine andere Bedeutung, je nachdem, ob mit der Herabsetzung der allgemeinen Höchstgeschwindigkeit einer Gefahr begegnet oder der Verkehrsablauf verbessert werden soll (Art. 108 Abs. 2 lit. a und c SSV). Sodann sind, wie erwähnt, die örtlichen Gegebenheiten von Bedeutung. Umfangreiche Untersuchungen können beispielsweise bei Nationalstrassen oder verkehrsreichen Kantonsstrassen nötig sein. Dagegen genügt bei wenig befahrenen Quartierstrassen unter Umständen eine Beschreibung der Örtlichkeiten (vgl. VPB 62/1998 Nr. 26 E. 9 mit Hinweisen).
Das geforderte Gutachten ist zudem nicht isoliert zu betrachten. Zur Ergänzung und Konkretisierung der im Gutachten enthaltenen Informationen kann auch auf andere Erhebungen zurückgegriffen werden. Entscheidend ist, dass die zuständige Behörde die erforderlichen Informationen besitzt um zu beurteilen, ob eine der Voraussetzungen von Art. 108 Abs. 2 SSV erfüllt ist und ob die Massnahme im Hinblick auf das betreffende Ziel nötig, zweck- und verhältnismässig ist (Art. 108 Abs. 4 SSV). Insofern spielt auch die Vorgeschichte des Projektes eine Rolle.
2.3 Ob die Anordnung einer Tempo-30-Zone zulässig ist, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition. Es übt jedoch Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die zuständigen Behörden besser kennen als das Bundesgericht. Verkehrsbeschränkungen der hier in Frage stehenden Art sind zudem regelmässig mit komplexen Interessenabwägungen verbunden. Die zuständigen Behörden besitzen dabei einen erheblichen Gestaltungsspielraum (vgl. Urteil 2A.194/2006 vom 3.November 2006, E. 3 mit Hinweisen).
2.4 Vorliegend soll eine Tempo-30-Zone eingerichtet werden, weil nach Ansicht der Einwohnergemeinde bestimmte Strassenbenützer eines besonderen, nicht anders zu erreichenden Schutzes bedürfen (Art. 108 Abs. 2 lit. b SSV). Es ist im Folgenden zu prüfen, ob das Gutachten und die weiteren Erhebungen der Einwohnergemeinde im Hinblick auf diesen Zweck den Anforderungen genügen.
2.4.1 Im Gutachten werden als Ziele, die mit der Anordnung der Zone erreicht werden sollen, die Verkehrssicherheit und Wohnqualität genannt (vgl. Art. 3 lit. a der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen). Aus den weiteren Ausführungen des Gutachtens geht hervor, dass die Verkehrssicherheit deutlich im Vordergrund steht.
2.4.2 Dem Gutachten liegt ein Übersichtsplan mit der auf Grund des Raumplanungsrechts festgelegten Strassenhierarchie bei (vgl. Art. 3 lit. b der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen). Dies wird von den Beschwerdeführern nicht bestritten.
2.4.3 Weiter sind eine Beurteilung bestehender und absehbarer Sicherheitsdefizite sowie Vorschläge für Massnahmen zu deren Behebung erforderlich (Art. 3 lit. c der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen). Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer bedeutet dies nicht, dass statistisch signifikante Unfallzahlen nachzuweisen wären. Im Rahmen der Vorarbeiten zum Verkehrssicherheitskonzept hat die Einwohnergemeinde die Gefahrenstellen eruiert und analysiert. Auf einem Ortsplan wurden unter anderem jene Stellen markiert, wo kein oder nur einseitig ein Trottoir besteht und wo gefährliche Querungen oder unübersichtliche Kurven zu finden sind. Zur Veranschaulichung wurde der Plan mit einem Fotodossier ergänzt. Die erkannten Sicherheitsdefizite sollen mit der Anordnung von Tempo-30-Zonen und mit begleitenden Massnahmen behoben bzw. reduziert werden. Dazu gehören nebst der Signalisation der Einfahrt in die Tempo-30-Zone Schachbrettraster auf grösseren Kreuzungen und spezielle Farbelemente im Bereich von Schulhäusern. Versetzte Parkplätze, Pollern und Bäume sollen zur Reduktion der Fahrgeschwindigkeit beitragen. Wo welche Massnahmen geplant sind, zeigt ein dem Gutachten beigelegter Übersichtsplan.
2.4.4 Angaben zum vorhandenen Geschwindigkeitsniveau beziehen sich auf Messungen, welche lediglich auf einer Strasse, jedoch in beiden Richtungen und an zwei verschiedenen Standorten vorgenommen wurden (vgl. Art. 3 lit. d der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen). Die Beschwerdeführer argumentieren, dass die Feststellung der Geschwindigkeit bezüglich aller Strassen notwendig sei. Dies trifft im Grundsatz insoweit zu, als gemäss dem Mitbericht des Tiefbauamts des Kantons Bern vom 20. März 2007 vorliegend eine Verallgemeinerung der Geschwindigkeitsmessung für das gesamte von den geplanten Tempo-30-Zonen erfasste Gebiet nicht möglich ist. Indessen sind die Angaben zum Geschwindigkeitsniveau nicht allein massgebend für die Beurteilung der Verkehrssicherheit. Ihre Bedeutung liegt insbesondere darin, dass sie eine Beurteilung erlauben, ob eine Tempo-30-Zone notwendig ist und ob diese mit oder ohne zusätzliche bauliche und verkehrsrechtliche Massnahmen eingeführt werden kann (vgl. HP. Lindenmann/J. Thoma, Zonensignalisation in Wohngebieten: Tempo 30, Zürich/Bern 1991, S. 4). Im Vordergrund steht die Ermittlung des Geschwindigkeitsniveaus auf jenen Strassen der Zone, auf welchen mit den höchsten Geschwindigkeiten zu rechnen ist. Im vorliegenden Fall wurde das Geschwindigkeitsniveau laut dem in diesem Punkt unwidersprochenen Gutachten auf der Strasse mit den vermutungsweise höchsten Geschwindigkeiten gemessen. Zudem sind verschiedene Begleitmassnahmen vorgesehen. Das Tiefbauamt des Kantons Bern kam deshalb in seinem Mitbericht vom 20. März 2007 trotz der knappen Angaben zum Geschwindigkeitsniveau zum Schluss, das Gutachten vermöge aufzuzeigen, dass die Voraussetzungen der Anordnung einer Tempo-30-Zone erfüllt seien. In diesem Zusammenhang ist darauf hinzuweisen, dass sich der vorliegende Fall von jenem in VPB 62/1998 Nr. 26 unterscheidet. Dort hob der Bundesrat eine Tempo-30-Zone auf, weil gar keine Geschwindigkeitsmessungen vorgenommen und auch die notwendigen Begleitmassnahmen nicht getroffen worden waren (E. 9c). Insofern die Beschwerdeführer ihre Beschwerde in diesem Punkt auf den genannten Entscheid abstützen, ist ihnen nicht zu folgen.
2.4.5 Art. 3 lit. e der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen verlangt Angaben zur bestehenden und angestrebten Qualität als Wohn-, Lebens- und Wirtschaftsraum, einschliesslich der Nutzungsansprüche. Laut Gutachten befinden sich sämtliche Zonen in weitgehend reinen Wohngebieten mit vereinzelt gewerblicher Nutzung. Als Ziel der Einführung von Tempo 30 wird die Verbesserung der Wohnqualität genannt. Auf die spezifischen Mobilitätsbedürfnisse von Landwirtschaft und Gewerbe sei angemessen Rücksicht zu nehmen. Diese Angaben geben einen gewissen Aufschluss über die bestehende und angestrebte Qualität als Wohn-, Lebens- und Wirtschaftsraum. Im Übrigen kann davon ausgegangen werden, dass die bestehende Nutzung beibehalten werden soll.
2.4.6 Überlegungen zu möglichen Auswirkungen der geplanten Massnahme auf die ganze Ortschaft oder auf Teile davon sowie Vorschläge zur Vermeidung allfälliger negativer Folgen fehlen im Gutachten (vgl. Art. 3 lit. f der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen). Jedoch hat die Gemeinde im Rahmen der Vorarbeiten die Bevölkerung informiert, verschiedene Interessengruppen miteinbezogen und das Projekt den geltend gemachten Bedürfnissen angepasst.
2.4.7 Schliesslich verlangt Art. 3 lit. f der Verordnung über die Tempo-30-Zonen und Begegnungszonen eine Aufzählung und Umschreibung der Massnahmen, die erforderlich sind, um die angestrebten Ziele zu erreichen. Neben der Anordnung der Tempo-30-Zonen an sich sieht die Gemeinde die bereits beschriebenen begleitenden Massnahmen vor (siehe E. 2.4.3).
2.5 Auch wenn das Gutachten kurz ausgefallen ist, so belegt es zusammen mit den weiteren Erhebungen der Gemeinde, dass vorliegend bestimmte Strassenbenützer eines besonderen, nicht anders zu erreichenden Schutzes bedürfen (Art. 108 Abs. 2 lit. b SSV). Die Vorinstanz gelangte ohne Bundesrechtsverletzung zum Ergebnis, dass die Massnahme im Hinblick auf diesen Schutz nötig, zweck- und verhältnismässig ist (Art. 108 Abs. 4 SSV). Aus der kartografierten Analyse der Gefahrenstellen und dem Fotodossier geht hervor, dass in allen vorgesehenen Tempo-30-Zonen gefährliche Stellen bestehen. Vielerorts ist kein oder nur einseitig ein Trottoir vorhanden und es finden sich gefährliche Querungen und unübersichtliche Kurven. Das Tiefbauamt des Kantons Bern als Fachbehörde ging in seinem Mitbericht vom 20. März 2007 davon aus, dass es angesichts dieser örtlichen Gegebenheiten keine besseren Massnahmen gebe, um einen umfassenden Schutz der Fussgänger und insbesondere der Schulkinder zu erreichen. Zwar sei auch eine Verkehrstrennung denkbar, doch solle auf siedlungsorientierten Strassen eine gemeinsame Benutzung gefördert werden. Die Lebens- und Wohnqualität der Bevölkerung werde erhöht, wenn der Strassenraum in den betroffenen Quartieren allen Verkehrsteilnehmenden offen gehalten werde. Die Vorinstanz verletzte kein Bundesrecht, wenn sie diesen Feststellungen folgend davon ausging, dass die Voraussetzungen für die Anordnung von Tempo 30 in der Zone IIIb erfüllt sind.
3. Da die Vorinstanz die Legitimation der Beschwerdeführer bezüglich der Tempo-30-Zonen I, II, IIIa und IIIc verneinte, prüfte sie für diese Gebiete die gesetzlichen Voraussetzungen nicht. Nach dem Gesagten wurden jedoch auch diese Tempo-30-Zonen rechtmässig angeordnet. Die weiteren von den Beschwerdeführern vorgebrachten Argumente vermögen daran nichts zu ändern. Zusammenfassend ergibt sich deshalb, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Sie haben keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Einwohnergemeinde Wahlern, dem Regierungsstatthalteramt Schwarzenburg und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Oktober 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold