Sachverhalt:
A. Am 29. Juni 2005 ist es auf der Kantonsstrasse von Y._ in Richtung Z._ zu einem folgeschweren Verkehrsunfall gekommen, bei welchem der Motorradlenker F. X._ von einem aus der Felswand herabstürzenden Stein am Kopf getroffen wurde und noch auf der Unfallstelle an seinen schweren Kopfverletzungen verstarb.
Mit Verfügung vom 23. November 2006 stellte die Staatsanwaltschaft Nidwalden die in der Folge gegen verschiedene Funktionäre des Kantons Nidwalden eingeleitete Strafuntersuchung ein.
B. B.a Am 30. Juni 2009 reichten die Ehefrau des Verstorbenen A. X._, seine Söhne B. und C. X._sowie seine Eltern D. und E. X._ (Kläger, Beschwerdeführer) beim Kantonsgericht Nidwalden Klage gegen den Kanton Nidwalden (Beklagter, Beschwerdegegner) ein und stellten folgende Rechtsbegehren:
"1.1 Der Beklagte habe
1.1.1. als Schadenersatz insgesamt CHF 20'000.00 an die Kläger A. X._, D. X._ und E. X._ sowie
1.1.2. als Genugtuung
1.1.2.1. CHF 30'000.00 an A. X._;
1.1.2.2. CHF 20'000.00 an B. X._;
1.1.2.3. CHF 20'000.00 an C. X._;
1.1.2.4. CHF 20'000.00 an D. X._;
1.1.2.5. CHF 20'000.00 an E. X._
zu bezahlen, je zuzüglich Verzugszins zu 5 % p.a. seit 29. Juni 2005 (Tag des Unfalls);
1.2 unter Kosten- und Entschädigungsfolge zulasten des Beklagten."
Mit Urteil vom 22. Juni 2011 wies das Kantonsgericht Nidwalden die Klage ab.
B.b Gegen dieses Urteil erhoben die Kläger Berufung an das Obergericht des Kantons Nidwalden. Dieses wies die Berufung mit Urteil vom 24. Mai 2012 ab und bestätigte das Urteil des Kantonsgericht Nidwalden vom 22. Juni 2011.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 24. Mai 2012 sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beklagte beantragt die Abweisung der Beschwerde; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D. Mit Präsidialverfügung vom 15. Oktober 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
1.1 Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), dürfen sich die Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Urteils zu beantragen, sondern müssen einen Antrag in der Sache stellen. Die Beschwerdeführer müssten demnach angeben, welche Punkte des angefochtenen Entscheids bestritten und welche Abänderungen des Dispositivs beantragt werden. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur neuen Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.).
1.2 Die Beschwerdeführer stellen keinen materiellen Antrag, sondern begehren lediglich die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. In der Sache rügen die Beschwerdeführer im Wesentlichen eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs, eine falsche Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung von <ref-law>. Sinngemäss machen die Beschwerdeführer geltend, dass ein Werkmangel vorliege und demnach der Beschwerdegegner dafür hafte; daraus geht - wenn auch nur implizit - hervor, dass die Beschwerdeführer die Gutheissung ihrer Klage wollen. Ob die Beschwerdeführer damit den hievor dargelegten gesetzlichen Anforderungen genügen, kann offen gelassen werden, da sich erweisen wird, dass die Beschwerde ohnehin unbegründet ist.
1.3 Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 130'000.--, womit der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert erreicht ist (<ref-law>). Die Beschwerdeführer, die mit ihren Anträgen vor der Vorinstanz unterlegen sind (<ref-law>), haben die Beschwerde rechtzeitig eingereicht (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist insoweit - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) - einzutreten.
2. In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheids als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
3. 3.1 Die Beschwerdeführer machen als erstes geltend, sie hätten im vorinstanzlichen Verfahren genügend dargelegt, dass die Behauptung des erstinstanzlichen Gerichts, wonach "bis zum Unfallereignis vom 29. Juni 2005 an der betroffenen Stelle kein Steinschlag stattgefunden" habe, nicht den Tatsachen entspreche. Indem die Vorinstanz diese Darlegung schlichtweg negiere und vorbringe, die diesbezüglichen Rügen der Beschwerdeführer seien völlig unsubstanziiert und deshalb unzulässig, verstosse sie gegen prozessrechtliche Grundsätze.
3.2 Die Beschwerdeführer verkennen, dass die Vorinstanz die Beweise bezüglich der Steinschlaggefahr des Strassenabschnittes bei der Unfallstelle gewürdigt hat. Die Vorinstanz hat unter Würdigung der Zeugenaussagen sämtlicher mit der Situation vor Ort vertrauten Personen sowie eines unabhängigen Geologen festgestellt, dass bis zum Unfallereignis vom 29. Juni 2005 an der Unfallstelle kein Steinschlag stattgefunden habe. Dass sich die Vorinstanz nicht mit den Vorbringen der Beschwerdeführer bezüglich der Steinschlaggefahr des Strassenabschnittes im Bereich der Unfallstelle auseinandergesetzt hätte, kann demnach nicht gesagt werden.
3.3 Gestützt auf die Zeugenaussagen hat die Vorinstanz sodann festgehalten, dass im Bereich der Unfallstelle nie ein Steinschlag beobachtet wurde. Zwar seien vereinzelt Steine auf der Fahrbahn vorgefunden worden, dies stelle jedoch in einer Berglandschaft weder einen Mangel dar noch sei es ein Nachweis dafür, dass Sicherheitsvorkehrungen notwendig seien. Der damalige Kantonsingenieur habe zu Recht zwischen "fliegenden" und "rollenden" Steinen unterschieden: "rollende" Steine würden sich aus der Felswand lösen, an dieser herunter rollen und meist am Fuss der Bergwand liegen bleiben, wobei "fliegende" Steine sich von weiter oben an der Felswand lösen und herunterfliegen würden. Solche "fliegende" Steine seien nach Aussagen des Experten am Unfallort vor dem Unfall jedoch nie vorgefunden worden, weshalb der Beschwerdegegner mit solchen "fliegenden" Steinen mangels Vorhersehbarkeit auch nicht habe rechnen müssen.
3.4 Die Beschwerdeführer bringen demgegenüber vor, die Feststellung, wonach bis zum Unfallereignis vom 29. Juni 2005 kein Steinschlag an der Unfallstelle stattgefunden habe, sei falsch. Allein aus dem Umstand, dass keiner der befragten Zeugen aus eigener Wahrnehmung einen Steinschlag an der fraglichen Stelle beobachtet habe, dürfe nach menschlicher Logik nicht der Schluss gezogen werden, dass es in diesem Bereich noch nie einen Steinschlag gegeben habe. Die Vorinstanz führe denn auch selber aus, dass in diesem Strassenbereich Einschlagspuren von Steinen festgestellt worden seien.
3.5 Es trifft zu, dass die Vorinstanz ebenfalls festgestellt hat, dass auf der Fahrbahn einzelne ("rollende") Steine vorgefunden wurden. Dies führt jedoch nicht zwingend zum Schluss, dass die Strasse auf Höhe der Unfallstelle steinschlaggefährdet ist bzw. dass an der betreffenden Stelle bereits Steinschläge niedergegangen sind. Die Vorinstanz hat gestützt auf die Aussagen des Experten zu Recht zwischen "rollenden" und "fliegenden" Steinen unterschieden, wobei sie festgestellt hat, dass auf der Fahrbahn bis zum Unfallereignis vom 29. Juni 2005 keine Gefahr von "fliegenden" Steinen bestanden habe, resp. dass solche Steine nie beobachtet wurden. Demnach durfte die Vorinstanz ohne in Willkür zu verfallen davon ausgehen, dass im Bereich der Unfallstelle nicht mit "fliegenden" Steinen zu rechnen war, womit sie willkürfrei festgestellt hat, dass die betreffende Stelle nicht als steinschlaggefährdet angesehen werden kann.
Die Rügen der Beschwerdeführer betreffend falscher Sachverhaltsfeststellung und Verletzung prozessrechtlicher Grundsätze erweisen sich als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Die Beschwerdeführer bringen sodann vor, sie hätten in ihrer Berufungsschrift ein Gutachten bzw. die Bezeichnung eines Sachverständigen durch das Gericht beantragt bezüglich der Thematik der Gefährlichkeit von kleinen Steinen bei entsprechender Fallhöhe. Dieser Beweisantrag sei von der Vorinstanz jedoch unbeachtet geblieben. Ebenso unbeachtet geblieben sei ihr Vorbringen bezüglich der Erkenntnis, wonach sich aus der allgemeinen Lebenserfahrung ergebe, dass die Gefährlichkeit von herabfallenden Steinen mit deren Energie zunehme; je länger ein Stein falle bzw. je höher ein Stein ins Fallen gerate, desto mehr Energie entwickle sich.
4.1 <ref-law> gibt der beweispflichtigen Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 226; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601), wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (<ref-ruling> E. 2.6 S. 24 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 290; je mit Hinweisen). <ref-law> schliesst eine vorweggenommene Beweiswürdigung aber nicht aus, verbietet dem Gericht also nicht, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder Tauglichkeit abzusprechen oder auf die Abnahme von Beweisen zu verzichten, wenn das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (BGE <ref-ruling> E. 5.4 S. 602; <ref-ruling> E. 2.6 S. 24 f.).
4.2 Wie die Beschwerdeführer zu Recht in ihrer Beschwerdeschrift vorbringen, ist es allgemein bekannt, dass Steine mit grösser werdender Fallhöhe an Geschwindigkeit zunehmen. Die Beschwerdeführer tun nicht dar, weshalb die Einholung eines Gutachtens über diese notorische Tatsache zwingend geboten gewesen wäre oder was die Einholung dieses Gutachtens für das Verfahren bewirkt hätte. Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass auf der Fahrbahn im Unfallbereich nicht mit "fliegenden" Steinen zu rechnen war, womit ein Gutachten über die Wirkung fliegender Steine von vornherein unerheblich war; die Vorinstanz durfte demnach ohne in Willkür zu verfallen, von der Einholung eines solchen Gutachtens absehen. Daran können die Beschwerdeführer auch mit ihrem Vorbringen, die Vorinstanz habe diese allgemein bekannte Tatsache, wonach die Energie fallender Steine je nach Höhe unterschiedlich sei, mit keinem Wort erwähnt, nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die Rüge erweist sich als unbegründet.
5. Die Beschwerdeführer rügen schliesslich eine Verletzung von <ref-law>.
5.1 Sie bringen vor, sie hätten im vorinstanzlichen Verfahren wiederholt vorgebracht, dass der Beschwerdegegner das Gefährdungspotential an der Unfallstelle nie systematisch und umfassend analysiert habe. Je nach Fallhöhe könnten auch kleinere als faustdicke Steine zu einer erheblichen Gefahr der Strassenbenützer führen. Im Rahmen des Meldewesens des Beschwerdegegners seien jedoch nur faustdicke und grössere Steine gemeldet worden. Gegen jegliche Vorsicht habe es der Beschwerdegegner unterlassen, im Rahmen einer systematischen und umfassenden Gefahrenanalyse im Bereich der Unfallstelle abzuklären, aus welcher Höhe und somit mit welcher Energie Steine auf die Strasse fallen können. Der Beschwerdegegner habe somit nicht alles Zumutbare unternommen, um die Steinschlaggefahr im Bereich der Unfallstelle zu bannen, indem er das entsprechende Risiko nicht sorgfältig und umfassend analysiert habe.
5.2 In Erwägung, dass die Strecke im Bereich der Unfallstelle nicht steinschlaggefährdet sei, hat die Vorinstanz erwogen, dass die vom Beschwerdegegner getroffenen Sicherheitsvorkehrungen genügend gewesen seien. Der Beschwerdegegner habe aus zeitlicher, technischer und finanzieller Hinsicht alle möglichen Massnahmen zum Schutz des betroffenen Strassenabschnittes ergriffen und in regelmässigen zeitlichen Abständen für die entsprechenden Kontrollen gesorgt; so sei die Strasse unter anderem wöchentlich auf herabfallende Steine kontrolliert worden, und grössere als faustdicke Steine seien schriftlich gemeldet worden. Von einem ungenügenden Meldewesen könne unter diesen Gegebenheiten keine Rede sein; der Beschwerdegegner habe alle zumutbaren Schutzmassnahmen vorgenommen.
5.3 Nach <ref-law> haftet der Werkeigentümer für den Schaden, der durch fehlerhafte Anlage oder Herstellung oder durch mangelhaften Unterhalt des Werks verursacht wird. Ob ein Werk fehlerhaft angelegt oder mangelhaft unterhalten ist, hängt vom Zweck ab, den es zu erfüllen hat. Ein Werkmangel liegt vor, wenn das Werk beim bestimmungsgemässen Gebrauch keine genügende Sicherheit bietet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 741 f.; <ref-ruling> E. 2a/cc S. 116; <ref-ruling> E. 3b/aa S. 310 f.; je mit Hinweisen). Die Frage, ob ein Werk mängelfrei ist, bestimmt sich nach objektiven Gesichtspunkten unter Berücksichtigung dessen, was sich nach der Lebenserfahrung am fraglichen Ort zutragen kann (<ref-ruling> E. 5a/bb S. 235).
5.4 Eine Schranke der Sicherungspflicht bildet die Zumutbarkeit. Zu berücksichtigen ist, ob die Beseitigung allfälliger Mängel oder das Anbringen von Sicherheitsvorrichtungen technisch möglich ist und die entsprechenden Kosten in einem vernünftigen Verhältnis zum Schutzinteresse der Benützer und dem Zweck des Werks stehen. Dem Werkeigentümer sind Aufwendungen nicht zuzumuten, die in keinem Verhältnis zur Zweckbestimmung des Werkes stehen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 742 mit Hinweisen).
5.5 Strassen müssen wie alle anderen Werke so angelegt und unterhalten sein, dass sie den Benützern hinreichende Sicherheit bieten. Im Vergleich zu anderen Werken dürfen bezüglich Anlage und Unterhalt von Strassen aber nicht allzu strenge Anforderungen gestellt werden. Das Strassennetz kann nicht in gleichem Mass unterhalten werden wie zum Beispiel ein einzelnes Gebäude (<ref-ruling> E. 1.4 S. 742 f. mit Hinweisen).
5.6 Die Vorinstanz erkannte bundesrechtskonform, dass die vom Beschwerdegegner getroffenen Sicherheitsvorkehrungen genügend und weitergehende Sicherheitsmassnahmen nicht erforderlich waren. Der Beschwerdegegner hat die Felswand seitlich der Kantonsstrasse wöchentlich kontrolliert und Steine eines gewissen Ausmasses an die zuständige Stelle weitergeleitet. Damit hat er der Exponiertheit der Strasse neben der Felswand genügend Rechnung getragen. Weshalb er darüber hinaus auch kleinere Steine hätte melden sollen, ist nicht ersichtlich. Eine solche Vorkehr wäre unverhältnismässig und dem Beschwerdegegner nicht zumutbar, zumal die Stelle als nicht steinschlaggefährdet galt. Die Rüge erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens werden die Beschwerdeführer dafür unter solidarischer Haftbarkeit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG, Art. 68 Abs. 1 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Dezember 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze