Sachverhalt:
A. Die X._ AG ist Eigentümerin des Grundstücks Kat.-Nr. 10805 in Oberdürnten. Auf dem Grundstück befinden sich ein Hotel-Restaurant sowie ein Nebengebäude. Das Grundstück liegt in der Landwirtschaftszone sowie in der Zone II des Schutzgebiets von Bachtel und Allmen.
B. Die Gemeinde Dürnten stellte im Jahr 2003 fest, dass im Nebengebäude verschiedene bauliche Massnahmen ohne Bewilligung ausgeführt worden waren und dort Veranstaltungen stattfanden. Die X._ AG wurde daher mit Verfügung vom 17. Juli 2003 aufgefordert, den Betrieb jeglicher Veranstaltungen in diesem Gebäude einzustellen und ein nachträgliches Baugesuch einzureichen. Die von der X._ AG gegen diese Verfügung erhobenen Rechtsmittel wurden vom Regierungsrat sowie vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und schliesslich vom Bundesgericht (Urteil 1A.204/2004 vom 14. Dezember 2004) abgewiesen. Das Bundesgericht stellte fest, das Verwaltungsgericht habe davon ausgehen dürfen, dass bauliche Veränderungen vorgenommen worden seien, die zumindest die Einleitung eines baurechtlichen Verfahrens rechtfertigten.
C. In der Folge ersuchte die X._ AG um "Baubewilligung oder Festhaltung der Nichtbewilligungspflicht" für die Renovation des von ihr als Hoteldependance bezeichneten Nebengebäudes sowie für die geplante Errichtung einer WC-Anlage, eines Bistros und eines Weinkellers im gleichen Gebäude. Am 29. November 2005 verfügte die Baudirektion des Kantons Zürich, dass das Baugesuch der X._ AG nicht bewilligt werden könne. Die Gemeinde Dürnten habe die erforderlichen Massnahmen zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands zu verfügen. Mit Entscheid vom 6. Dezember 2005 wies die Baukommission der Gemeinde Dürnten das Baugesuch der X._ AG ab und forderte diese unter Aufzählung der einzelnen vorzunehmenden Massnahmen auf, bis spätestens drei Monate nach Eintritt der Rechtskraft den rechtmässigen Zustand wiederherzustellen. Sowohl die Baudirektion als auch die Baukommission stellten der X._ AG eine Ausnahmebewilligung für eine partielle Umnutzung von Einstellraum, Waschküche und Garage zu einer WC-Anlage in Aussicht, wofür allerdings ein neues Baugesuch einzureichen sei.
D. Die X._ AG gelangte gegen die Entscheide der Baudirektion sowie der Baukommission an den Regierungsrat des Kantons Zürich, welcher den Rekurs mit Beschluss vom 24. Juni 2009 teilweise guthiess. Der Regierungsrat erteilte die Bewilligung für die neu angebrachten Fenster und ein Tor im ersten Obergeschoss. Im Übrigen wies er den Rekurs ab, soweit er nicht gegenstandslos geworden war.
E. Eine von der X._ AG gegen den Entscheid des Regierungsrats erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 5. November 2009 ab, soweit es darauf eintrat. Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass es sich bei den vorgenommenen Massnahmen um einen bewilligungspflichtigen Vorgang handle. Die Verweigerung der raumplanungsrechtlichen Ausnahmebewilligung erweise sich mit Bezug auf die bereits durchgeführten wie auch die geplanten Änderungen als rechtens. Es erscheine zwar nicht ausgeschlossen, dass der derzeitige Betrieb in gewissem Umfang noch erweitert werden dürfe. Ob dies tatsächlich der Fall sei, müsse vorab anhand einer korrekten Flächenanalyse ermittelt werden. Es werde an der Beschwerdeführerin liegen, ein entsprechendes reduziertes Projekt einzureichen, insbesondere für Nutzungen, welche nicht mit einer massiven Erhöhung der Gastplätze einhergingen.
F. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts hat die X._ AG mit Eingaben vom 31. Januar 2010 sowie vom 1. Februar 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, die Entscheide des Verwaltungsgerichts und des Regierungsrats (soweit ihr Rekurs nicht gutgeheissen worden sei) seien aufzuheben. Für die im Jahr 2003 vorgenommenen Renovationen sei die Nichtbewilligungspflicht festzustellen. Das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, die Baubewilligung zu erteilen bzw. anzuordnen. Aufzuheben sei auch der Entscheid der Baudirektion, die Hoteldependance für die Durchführung von Veranstaltungen mit Gästen zu schliessen.
G. Die Vorinstanz und die Gemeinde Dürnten schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Regierungsrat beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Raumentwicklung verzichtet auf eine Stellungnahme.
H. Mit Verfügung vom 30. April 2010 hat das Bundesgericht ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gutgeheissen.
I. Die eingegangenen Stellungnahmen wurden der Beschwerdeführerin zur Kenntnisnahme zugestellt.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als direkt Betroffene zur Beschwerde legitimiert (vgl. <ref-law>).
1.2 Indem die Beschwerdeführerin mitgeteilt hat, dass die endgültige Fassung der Beschwerdeschrift unter Anwesenheit eines von ihr genannten Zeugen am letzten Tag der Beschwerdefrist vor Mitternacht in einen Briefkasten eingeworfen worden ist, hat sie in genügender Weise dargelegt, dass sie die Beschwerde nach Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> rechtzeitig eingereicht hat. Dabei spielt es keine Rolle, dass die Mitteilung der Person, welche beim Einwurf der Beschwerdeschrift anwesend war, erst nach Ablauf der Frist erfolgte, innert welcher das Bundesgericht der Beschwerdeführerin Gelegenheit gab, sich zur Frage der rechtzeitigen Beschwerdeeinreichung zu äussern. Dies weil es sich dabei nicht um eine gesetzlich bestimmte Frist im Sinne von <ref-law> handelte und die Frist nicht mit der Androhung von Säumnisfolgen verbunden war. Auf die Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.3 Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit die Aufhebung der Entscheide des Regierungsrats und der Baudirektion beantragt wird. Diese Entscheide sind durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
1.4 Nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet wie schon vor der Vorinstanz die vom Regierungsrat erteilte Bewilligung für die neu angebrachten, nach aussen erscheinenden Fenster und das Tor im 1. Obergeschoss des Nebengebäudes. Ebenfalls nicht Streitgegenstand bildet das von der Baudirektion ausgesprochene Verbot jeglicher Veranstaltungen im Nebengebäude (vgl. nachfolgend E. 6). Soweit die Beschwerdeführerin sich zu diesen Punkten äussert, ist auf ihre Ausführungen nicht einzutreten.
1.5 Der rechtlich relevante Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten, weshalb der Antrag der Beschwerdeführerin auf die Durchführung eines Augenscheins abzuweisen ist.
2. Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem oder kommunalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung, vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen). Demzufolge genügt es insbesondere auch nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
3. Die Ausführungen auf S. 18-31 der Beschwerdeschrift vom 1. Februar 2010 sind identisch mit den S. 5-17 der Beschwerdebegründung an die Vorinstanz (vervollständigte Fassung der Beschwerde an das Verwaltungsgericht vom 16. September 2009). Die Beschwerdeführerin kritisiert an dieser Stelle das Vorgehen der Gemeinde bzw. der Baubehörde sowie die Entscheide des Regierungsrats und der Baudirektion, setzt sich indessen nicht mit den Erwägungen des Verwaltungsgerichts auseinander und legt nicht - auch nicht in gedrängter Form - dar, inwiefern diese Bundesrecht verletzen sollten. Soweit sich die Beschwerdebegründung mit der schon vor Verwaltungsgericht eingereichten deckt, genügt die Beschwerdeschrift schon den Mindestanforderungen gemäss <ref-law> nicht. Erst recht sind die strengeren Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht erfüllt, soweit Sachverhalts- und Verfassungsrügen erhoben werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 246 f.). Auf die Ausführungen der Beschwerdeführerin, welche mit der schon vor Verwaltungsgericht eingereichten Beschwerdebegründung identisch sind, ist nicht einzutreten.
4. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid festgehalten, auf dem Grundstück der Beschwerdeführerin befinde sich neben dem Hotel-Restaurant ein ursprünglich als Scheune sowie für den Hotelbetrieb benutztes Gebäude. Es stehe fest, "dass die Beschwerdeführerin in einen unausgebauten offenen Scheunenraum im 1. und 2. Obergeschoss und anstelle einzelner Zimmer im 2. Obergeschoss einen zweigeschossigen Mehrzweckraum mit 280 Sitzplätzen, drei Bars, Galerie, neuem Boden, neuer Isolation, breiterer Treppe, neuen Fenstern und Abbruch von Trennwänden samt den entsprechenden Einrichtungen einbaute."
4.1 Die Beschwerdeführerin erachtet es als willkürlich, dass die Vorinstanz von einem "ursprünglich als Scheune sowie für den Hotelbetrieb benutzten Gebäude" statt von einer Hoteldependance spreche, erwähne doch auch die Gebäudeversicherungspolice keine Scheune. Abgesehen davon, dass es sich bei der von der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht eingereichten Gebäudeversicherungspolice um ein unzulässiges, nicht zu beachtendes Novum (vgl. <ref-law>) zu handeln scheint, vermag die Beschwerdeführerin mit ihrem Einwand nicht in genügender Weise darzutun, inwiefern die Sachverhaltsdarstellung der Vorinstanz willkürlich im Sinne von <ref-law> sein sollte. Massgebend für die zu beurteilenden Fragen ist ohnehin nicht die Bezeichnung des Nebengebäudes, sondern der Referenzzustand des Raums vor den vorgenommenen Einbauten, wie er von der Vorinstanz für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich umschrieben worden ist.
4.2 Völlig tatsachenwidrig ist aus Sicht der Beschwerdeführerin die Umschreibung der vorgenommenen Einbauten. Diese sei unzutreffend und müsse korrigiert bzw. auf das tatsächliche Ausmass zurückgebunden werden. Die Beschwerdeführerin legt indessen nicht in genügender Weise dar, inwiefern die Beschreibung der vorgenommenen Einbauten durch die Vorinstanz willkürlich sein sollte. Daran ändern auch ein schlichter Hinweis auf der Gemeinde vorgelegte Pläne und ein sinngemäss gestellter Antrag auf Durchführung eines Augenscheins nichts.
4.3 Weil die Beschwerdeführerin nicht in genügender Weise darlegt, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz offensichtlich unrichtig und damit willkürlich im Sinne von <ref-law> sein soll, ist auf die entsprechenden Rügen nicht einzutreten.
5. Die Beschwerdeführerin rügt verschiedene Verfahrensfehler.
5.1 Mit Verweis auf Art. 6 EMRK macht sie geltend, die Baubehörde der Gemeinde habe ihr nach Einreichen des Baubewilligungsgesuchs keine Gelegenheit mehr gegeben, Unterlagen und Beweismittel einzureichen. Die Gemeinde hätte ihr vor dem Entscheid Gelegenheit geben müssen, zu allfälligen Vorbehalten zum Baugesuch Stellung zu nehmen. Stattdessen habe sie das Baugesuch ohne jegliche Rückfrage kurz und bündig abgelehnt.
Im angefochtenen Entscheid führte die Vorinstanz dazu aus, die Beschwerdeführerin habe mit Einreichen des Baugesuchs ausführlich dargelegt, weshalb sie die bereits ausgeführten baulichen Massnahmen als nicht bewilligungspflichtig erachte, und als Beweis eine Lithografie aus dem Jahr 1920 beigelegt. Aufgrund dieser Eingabe habe die Baubehörde annehmen dürfen, dass die Beschwerdeführerin alle ihr tauglich erscheinenden Angaben gemacht und die dazu vorgefundenen Urkunden eingereicht habe. Es sei nicht ersichtlich, welche zusätzlichen Aufschlüsse eine förmliche Befragung der Organe der Beschwerdeführerin oder ein Augenschein hätten geben können.
Die von der Beschwerdeführerin vorgebrachte Kritik richtet sich einzig gegen das Vorgehen der Baubehörde der Gemeinde, ohne dass sie sich mit den Ausführungen der Vorinstanz in genügender Weise auseinandersetzt und begründet, inwiefern der angefochtene Entscheid in diesem Punkt unrechtmässig bzw. verfassungswidrig sein sollte. Auf die Beschwerde ist auch in diesem Punkt nicht einzutreten.
5.2 Die Beschwerdeführerin bemängelt, die Baubehörde habe für ihren Entscheid Akten aus früheren Bewilligungsverfahren beigezogen, ohne sie zu informieren. Darin kann eine sinngemässe Rüge der Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) erblickt werden.
Abgesehen davon, dass im Falle einer Gehörsverletzung deren Heilung im kantonalen Verfahren wohl noch möglich gewesen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 204 f. mit Hinweisen), ergibt sich aus der Beschwerde an die Vorinstanz indessen keine entsprechende Rüge, auch nicht eine sinngemäss erhobene. Dies obwohl sich der Beizug der genannten Akten durch die Baubehörde bereits aus dem Entscheid des Regierungsrats ergab (vgl. Entscheid des Regierungsrats vom 24. Juni 2009 S. 6). Neue Verfassungs- und Grundrechtsrügen sind aber aufgrund des zur Anwendung gelangenden strengen Rügenprinzips (<ref-law>, vgl. E. 2) sowie des Erfordernisses der Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs (<ref-law>) vor Bundesgericht grundsätzlich unzulässig (<ref-ruling> E. 2), weshalb auf die Beschwerde auch in diesem Punkt nicht einzutreten ist.
5.3 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht keinen zweiten Schriftenwechsel durchgeführt, was ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletze.
Der Anspruch einer Partei, im Rahmen eines Gerichtsverfahrens zu replizieren, bildet einen Teilgehalt des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Die Partei ist vom Gericht nicht nur über den Eingang einer Eingabe zu orientieren, sondern sie muss auch die Möglichkeit zur Replik haben (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 47 mit Hinweisen). Es steht in erster Linie der Partei und nicht dem Richter zu, darüber zu befinden, ob neu beigebrachte Unterlagen es rechtfertigen, dass hierzu Stellung genommen wird. In diesem Sinne besteht aufgrund von <ref-law> ein eigentliches Replikrecht, und zwar in sämtlichen Gerichtsverfahren, d.h. selbst in jenen, die nicht in den Anwendungsbereich von Art. 6 Ziff. 1 EMRK fallen (<ref-ruling> E. 2.1).
Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin gemäss entsprechenden Vermerken in den Akten die eingegangenen Stellungnahmen zugestellt, was von der Beschwerdeführerin nicht bestritten wird. Damit hatte die Beschwerdeführerin Gelegenheit, eine Replik einzureichen. Der Verzicht der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin ausdrücklich zur Stellungnahme aufzufordern bzw. ihr eine Frist dafür anzusetzen, stellt keinen Verstoss des Anspruchs auf rechtliches Gehör dar.
5.4 Die Beschwerdeführerin führt weiter an, die im Entscheid des Regierungsrats erwähnte Akteneinsicht sei von ihrem Vertreter nicht als solche wahrgenommen worden bzw. habe nicht stattgefunden. Auf eine entsprechende Rüge sei die Vorinstanz nicht eingegangen. Soweit darin überhaupt eine genügend begründete Rüge einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) erblickt werden kann, vermag die Beschwerdeführerin auch damit nicht durchzudringen.
Dem Protokoll zum vom Regierungsrat durchgeführten Augenschein ist nämlich zu entnehmen, dass der Vertreter der Beschwerdeführerin anlässlich des Augenscheins Akteneinsicht erhalten habe. Es seien ihm insbesondere sämtliche Pläne vorgelegt worden. Wie schon vor der Vorinstanz erläutert die Beschwerdeführerin nicht näher, inwiefern sie dennoch in ihrem Recht auf Akteneinsicht verletzt worden sein sollte. Sie macht insbesondere gar nicht geltend, sie habe von bestimmten Akten keine Kenntnis gehabt oder im Verfahren vor dem Regierungsrat ausdrücklich Einsicht in bestimmte oder sämtliche Verfahrensakten verlangt. Auch hat die Vorinstanz diesbezüglich ihre Begründungspflicht nicht verletzt, zumal eine Verletzung des Rechts auf Akteneinsicht von der Beschwerdeführerin schon im vorinstanzlichen Verfahren nur sinngemäss gerügt und nicht näher begründet worden ist und die Vorinstanz nicht verpflichtet war, sich zu allen Rechtsvorbringen der Beschwerdeführerin zu äussern, sondern sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken durfte (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 277).
6. Die Vorinstanz ist auf den Antrag der Beschwerdeführerin, das Verbot der Baudirektion zur Durchführung von Veranstaltungen in der Hoteldependance sei aufzuheben, nicht eingetreten. Dies mit der Begründung, dass diese Anordnung, welche in einem mit dem Entscheid des Bundesgerichts vom 14. Dezember 2004 rechtskräftig abgeschlossenen Verfahren ergangen sei, nicht Streitgegenstand bilde.
Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, bei dieser Feststellung der Vorinstanz handle es sich um ein offensichtliches Versehen, was <ref-law> verletze. Das von der Baudirektion ausgesprochene Nutzungsverbot sei nur ein provisorisches für die Dauer des Verfahrens. Würden ihre im vorliegenden Verfahren vertretenen Standpunkte geschützt, stünde der Nutzung des Gebäudes als Mehrzweckraum nichts mehr im Wege.
Der Beschwerdeführerin wurde seinerzeit der Betrieb von jeglichen Veranstaltungen im Nebengebäude zum Hotel-Restaurant untersagt, bis die erforderlichen Bewilligungen vorliegen. Sollte sich nun ergeben, dass gemäss dem Antrag der Beschwerdeführerin eine Bewilligung für die vorgenommenen und die weiteren geplanten Massnahmen nicht notwendig bzw. zu erteilen wäre, entfiele das von der Baudirektion ausgesprochene Nutzungsverbot ohne Weiteres. Bliebe es im umgekehrten Fall in Übereinstimmung mit dem vorinstanzlichen Entscheid bei der Verpflichtung, den ursprünglichen Zustand wiederherzustellen, resultierte daraus ein definitives Nutzungsverbot. Unter diesen Umständen erweist sich die Argumentation der Vorinstanz, wonach das von der Baudirektion seinerzeit ausgesprochene Nutzungsverbot nicht Streitgegenstand bilde, weshalb darauf nicht einzutreten sei, als nachvollziehbar und somit nicht willkürlich im Sinne von <ref-law>.
7. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, dass es sich nicht nur beim geplanten Einbau eines Weinkellers, eines Bistros sowie der WC-Anlagen im Nebengebäude des Hotel-Restaurants, sondern auch bei den bereits vorgenommenen baulichen Massnahmen, nämlich dem Umbau des Gebäudes zu einem zweigeschossigen Mehrzweckraum mit 280 Sitzplätzen, drei Bars, einer Galerie, einem neuen Boden, neuer Isolation, breiterer Treppe, neuen Fenstern sowie dem Abbruch von Trennwänden um bewilligungspflichtige Vorgänge im Sinne von Art. 22 Abs. 1 RPG (SR 700) handle.
Die Beschwerdeführerin bringt vor, die landwirtschaftliche Nutzung ihrer Liegenschaft sei bereits Mitte des 20. Jahrhunderts aufgegeben worden und das Nebengebäude des Hotel-Restaurants werde schon seit längerem als als Multifunktionsraum bzw. als Hoteldependance genutzt, auch wenn es nicht so benannt gewesen sei. Sie will damit offenbar geltend machen, dass bezüglich des Nebengebäudes gar keine bewilligungspflichtige Umnutzung stattgefunden habe.
Unabhängig davon, wie das Nebengebäude vor den im Jahr 2003 vorgenommenen baulichen Massnahmen im Einzelnen genutzt worden ist, sind diese Massnahmen - wie die Vorinstanz zu Recht festhält - zweifelsohne mit so wichtigen räumlichen Folgen verbunden, dass sie gemäss Art. 22 Abs. 1 RPG bewilligungspflichtig sind (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 259; <ref-ruling> E. 3c S. 383 f. mit Hinweisen).
8. Weiter stellte die Vorinstanz fest, dass der von der Beschwerdeführerin unterhaltene Hotel- und Restaurantbetrieb in der Landwirtschaftszone nicht zonenkonform sei, weshalb für die bereits vorgenommenen und die geplanten Änderungen eine Bewilligung nach Art. 16 und 16a RPG von vornherein nicht in Betracht komme. Weiter sah die Vorinstanz auch die Voraussetzungen für die Erteilung einer Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG bzw. einer Bewilligung gemäss Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law> (SR 700.1) nicht erfüllt.
8.1 Die Beschwerdeführerin beruft sich zunächst auf ihre Baufreiheit, welche ein wesentlicher Bestandteil der Eigentumsgarantie sei. In ihrem Fall sei die Eigentumsgarantie unzulässig beschränkt worden.
Die Eigentumsgarantie schützt als Bestandesgarantie allerdings nur die rechtmässige Ausübung des Privateigentums. Sie gewährleistet das Eigentum innerhalb der Schranken, die ihm im öffentlichen Interesse durch die Rechtsordnung gezogen sind. Zu beachten sind namentlich die Anforderungen der Raumplanung (BGE 117 Ib S. 243 E. 3a S. 246 mit Hinweisen). Die Baufreiheit und damit auch das Recht zur Erweiterung oder zum Ersatz einer Baute bestehen daher nur innerhalb der Vorschriften, die der Gesetzgeber über die Nutzung des Grundeigentums erlassen hat (Urteil des Bundesgerichts 1A.289/2004 vom 7. Juni 2005 E. 2.2.1 mit Hinweis). Vorliegend ist zu prüfen, ob der Beschwerdeführerin nach den anwendbaren raumplanungsrechtlichen Bestimmungen die Bewilligung für ihr Gesuch zu Recht verweigert worden ist. Sollte dies der Fall sein, kann sie sich gegen die Verweigerung der Bewilligung nicht mit dem Argument zur Wehr setzen, diese verstosse gegen die Eigentumsgarantie bzw. ihre Baufreiheit.
8.2 Weiter hat die Vorinstanz nach Ansicht der Beschwerdeführerin den Grundsatz der Rechtsgleichheit verletzt, weil ihr eine Nutzung untersagt werde, welche einem Landwirt erlaubt würde.
Gemäss Art. 24b RPG können unter gewissen Voraussetzungen ausserhalb der Bauzonen bauliche Massnahmen für einen nichtlandwirtschaftlichen Nebenbetrieb zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe bewilligt werden. Dagegen ist Art. 24b RPG nicht anwendbar, wenn es sich beim in der Landwirtschaftszone geführten Betrieb wie vorliegend nicht um ein landwirtschaftliches Gewerbe, sondern einen Hotel- und Restaurantbetrieb handelt. Abgesehen davon, dass die Beschwerdeführerin nicht darlegt, inwiefern der Gesetzgeber die Anwendung von Art. 24b RPG damit an ein sachlich nicht gerechtfertigtes Unterscheidungsmerkmal geknüpft haben sollte, ist das RPG als Bundesgesetz für die rechtsanwendenden Behörden nach <ref-law> verbindlich, weshalb die Beschwerdeführerin aus dem Hinweis auf den Grundsatz der Rechtsgleichheit ohnehin nichts zu ihren Gunsten ableiten kann.
8.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, für die Umbauten könne eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG erteilt werden. Die Weiterentwicklung des Betriebs, welche zu dessen Fortbestand unabdingbar sei, könne nur am bestehenden Standort und damit ausserhalb der Bauzone erfolgen. Überwiegende Interessen stünden nicht entgegen.
Nach Art. 24 RPG können ausserhalb der Bauzonen Bewilligungen erteilt werden, Bauten und Anlagen zu errichten oder ihren Zweck zu ändern, wenn der Zweck der Bauten und Anlagen einen Standort ausserhalb der Bauzonen erfordert (lit. a) und keine überwiegenden Interessen entgegenstehen (lit. b). Die Standortgebundenheit im Sinne von Art. 24 lit. a RPG ist nach ständiger bundesgerichtlicher Praxis zu bejahen, wenn eine Anlage aus technischen oder betriebswirtschaftlichen Gründen oder wegen der Bodenbeschaffenheit auf einen Standort ausserhalb der Bauzone angewiesen ist, oder wenn ein Werk aus bestimmten Gründen in einer Bauzone ausgeschlossen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 218 mit Hinweisen).
Das vorliegend zu beurteilende Gebäude ist nicht aus solchen Gründen an den Standort ausserhalb der Bauzone angewiesen, weshalb eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG für den Umbau nicht in Frage kommt. Ein Gebäude mit einem zweigeschossigen Mehrzweckraum mit 280 Sitzplätzen und drei Bars, einem Weinkeller, einem Bistro und mit WC-Anlagen kann nicht deshalb im Sinne von Art. 24 lit. a RPG standortgebunden sein, weil es sich dabei um die Weiterentwicklung eines bestehenden Hotel-Restaurant-Betriebs handelt. Dies zumal die Voraussetzungen, unter welchen eine bestehende zonenwidrige Baute oder Anlage ausserhalb der Bauzone geändert, erweitert oder wiederaufgebaut werden kann, in Art. 24c Abs. 2 RPG separat geregelt sind.
8.4 Die Beschwerdeführerin macht sodann sinngemäss geltend, dass für die bereits vorgenommenen Änderungen eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24a RPG erteilt werden könne. Diese Bestimmung gelangt allerdings von vornherein nur zur Anwendung bei Zweckänderungen einer Baute oder Anlage ausserhalb der Bauzonen ohne bauliche Massnahmen im Sinne von Art. 22 Abs. 1 RPG. Da es sich vorliegend auch bei den bereits vorgenommenen Änderungen um bauliche Massnahmen in diesem Sinne handelt, kommt eine Bewilligung nach Art. 24a RPG, wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat, ebenfalls nicht in Frage.
8.5 Weiter erblickt die Beschwerdeführerin in Art. 24c RPG eine mögliche Grundlage für die Bewilligung ihres Gesuchs. Demnach werden bestimmungsgemäss nutzbare Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen, die nicht mehr zonenkonform sind, in ihrem Bestand grundsätzlich geschützt (Art. 24c Abs. 1 RPG). Art. 24c RPG ist anwendbar auf Bauten und Anlagen, die seinerzeit in Übereinstimmung mit dem materiellen Recht erstellt oder geändert wurden, durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen jedoch zonenwidrig geworden sind (<ref-law>). "Seinerzeit" erstellte Bauten und Anlagen sind in erster Linie solche, die vor dem 1. Juli 1972 erstellt wurden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 398). Solche Bauten und Anlagen können mit Bewilligung der zuständigen Behörde erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden, sofern sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind. In jedem Fall bleibt die Vereinbarkeit mit den wichtigen Anliegen der Raumplanung vorbehalten (Abs. 2). Der Bundesrat hat in <ref-law> die zulässigen Änderungen im Sinne von Art. 24c Abs. 2 RPG konkretisiert. Nach <ref-law> sind Änderungen zulässig, wenn die Identität der Baute oder Anlage einschliesslich ihrer Umgebung in den wesentlichen Zügen gewahrt bleibt. Verbesserungen gestalterischer Art sind zulässig. Ob die Identität der Baute im Wesentlichen gewahrt bleibt, ist gemäss <ref-law> unter Würdigung der gesamten Umstände zu beurteilen. Sie ist jedenfalls dann nicht mehr gewahrt, wenn die zonenwidrig genutzte Fläche um mehr als 30 % erweitert wird, wobei Erweiterungen innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens nur zur Hälfte angerechnet werden (lit. a), oder wenn die zonenwidrig genutzte Fläche innerhalb oder ausserhalb des bestehenden Gebäudevolumens um insgesamt mehr als 100 m2 erweitert wird (lit. b).
Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, das Nebengebäude zum Hotel-Restaurant sei bis zum massgebenden Stichdatum als Nebengebäude zum Hotelbetrieb, als Werkstatt und - was aus den Akten zweifelhaft sei - allenfalls für einzelne Personalzimmer genutzt worden. Wenn nun dieses Gebäude zu einem eigentlichen Restaurationsbetrieb mit insgesamt 322 Sitzplätzen umgenutzt werden soll, komme dies einer vollständigen Zweckänderung gleich, welche nach Art. 24c RPG nicht zulässig sei. Dieser Ansicht ist zu folgen. Mit der Zweckänderung des Nebengebäudes, welche mit den baulichen Massnahmen verbunden wäre, würde die Identität der Baute unter Würdigung der gesamten Umstände nicht in den wesentlichen Zügen gewahrt. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt ist nicht geeignet, etwas an dieser Einschätzung zu ändern. Sie macht zwar geltend, es werde kein eigentlicher Restaurationsbetrieb eingerichtet, sondern ein Mehrzweckraum, in welchem Nutzungen für Seminare, Tagungen, Vereins- und Familienanlässe und einfachere Bankette mit Schöpfgerichten möglich sei. Auch bei diesen Nutzungen handelt es sich jedenfalls um solche, welche sich von der bisherigen Nutzung des Gebäudes völlig unterscheiden, sodass damit mehr als eine nach Art. 24c Abs. 2 RPG i.V.m. <ref-law> zulässige teilweise Änderung des Gebäudes verbunden wäre.
8.6 Schliesslich ist die Beschwerdeführerin der Meinung, für die Umbauten könne eine Ausnahmebewilligung nach Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law> erteilt werden.
8.6.1 Nach Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law> können Zweckänderungen und Erweiterungen von zonenwidrig gewordenen gewerblichen Bauten und Anlagen, die vor dem 1. Januar 1980 erstellt wurden oder seither als Folge von Änderungen der Nutzungspläne zonenwidrig geworden sind, unter gewissen Voraussetzungen bewilligt werden, wobei die zonenwidrig genutzte Fläche nur in einem bestimmten Umfang erweitert werden darf. Voraussetzung für eine solche Bewilligung ist unter anderem, dass aus der Zweckänderung oder Erweiterung keine wesentlichen neuen Auswirkungen auf Raum und Umwelt entstehen (<ref-law>) und höchstens eine geringfügige Erweiterung der bestehenden Erschliessung notwendig ist (<ref-law>). Unter diesen Voraussetzungen lässt Art. 37a RPG - im Gegensatz zu Art. 24c Abs. 2 RPG - zur Erhaltung von Gewerbebetrieben ausserhalb der Bauzone auch eine vollständige Zweckänderung eines solchen Betriebs zu.
8.6.2 Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, die von der Baudirektion vorgenommenen Flächenberechnungen würden verschiedene Fragen aufwerfen. Wie es sich damit im Einzelnen verhalte, könne jedoch offen bleiben, da die geplante Erweiterung zu einer nicht unwesentlichen Mehrbelastung für Raum und Umwelt führe und die bestehenden Erschliessungsstrassen im Hinblick auf die geplante Erweiterung des Hotel-Restaurant-Betriebs ungenügend seien. Die Beschwerdeführerin bringt vor, es werde nicht bezweckt und wäre angesichts der Grösse der Küche auch gar nicht möglich, sämtliche nach dem Umbau vorhandenen 659 Sitzplätze des Betriebs gleichzeitig zu bedienen. Der Multifunktionsraum stehe in Wechselnutzung zur Gartenwirtschaft und anderen Räumen. Bei gutem Wetter hielten sich die Gäste vornehmlich in der grossen Gartenwirtschaft auf, während das Restaurant gemieden werde. Bei gutem Wetter liesse sich deshalb auch der Multifunktionsraum im Nebengebäude nicht belegen. Es gehe lediglich darum, das Gästeaufkommen auch bei schlechter Witterung zu sichern, weil es im Restaurant zu wenige Sitzplätze gebe. Damit sei widerlegt, dass neue Auswirkungen auf Raum und Umwelt entstünden.
8.6.3 Dem Argument der Beschwerdeführerin, es gehe nur darum, das Gästeaufkommen auch bei schlechter Witterung zu sichern, widersprechen ihre Ausführungen, wonach der Umbau Nutzungen für Seminare, Tagungen, Vereins- und Familienanlässe und einfachere Bankette ermöglichen würde und eine Reisegruppe mit 180 Personen im Haupthaus nicht untergebracht werden könnte, weshalb man ihr absagen müsste, wenn der Mehrzweckraum nicht zur Verfügung stünde. Weiter bringt die Beschwerdeführerin an anderer Stelle vor, sie könne den Mehrzweckraum aufgrund des Nutzungsverbots seit 2003 nicht mehr mit Gästen nutzen, obwohl es dafür fast täglich Anfragen gebe. Aber selbst soweit es darüber hinaus tatsächlich darum geht, das Gästeaufkommen bei schlechter Witterung zu sichern, würde dies insgesamt zu einem höheren Gästeaufkommen führen. Die Vorinstanz ist deshalb zu Recht davon ausgegangen, dass der Umbau des Nebengebäudes mit insgesamt 322 neuen Plätzen für Gäste zu wesentlichen neuen Auswirkungen auf Raum und Umwelt im Sinne von <ref-law> führen würde, zumal die Gäste aufgrund der Lage des Gebäudes hauptsächlich mit dem motorisierten Privatverkehr anreisen würden. Dies gilt unabhängig davon, ob schon genügend Parkplätze vorhanden sind oder nicht.
8.6.4 Unter diesen Umständen braucht nicht mehr geprüft werden, ob der Umbau des Nebengebäudes keine Erweiterung der bestehenden Erschliessung im Sinne von <ref-law> notwendig machen würde und die Vorinstanz in dieser Hinsicht in willkürlicher Weise von falschen Tatsachen ausgegangen ist, wie die Beschwerdeführerin (allerdings unsubstanziiert) geltend macht. Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt, wenn sie zum Schluss gekommen ist, es könne für das eingereichte Baugesuch auch keine Bewilligung im Sinne von Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law> erteilt werden.
8.7 Damit steht fest, dass die Feststellungen der Vorinstanz, wonach der in Frage stehende Umbau des Nebengebäudes mit einer zonenwidrigen Umnutzung verbunden sei und eine Ausnahmebewilligung nicht erteilt werden könne, nicht gegen Bundesrecht verstossen.
9. Die Beschwerdeführerin kritisiert schliesslich, dass die Vorinstanz die auf § 341 PBG/ZH gestützte Anordnung der Baukommission der Gemeinde, bestimmte Bauteile zu entfernen, geschützt hat, soweit der Wiederherstellungsbefehl nicht vom Regierungsrat aufgehoben worden ist.
9.1 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz Willkür vor, weil diese entschieden habe, dass die Heizungsanlage des Nebengebäudes abzubrechen sei, derweil das Gebäude seit jeher vom Hauptgebäude aus mittels Zentralheizung geheizt werde. Geheizt worden sei auf diese Weise insbesondere das für Wohnzwecke ausgelegte 2. Obergeschoss sowie eine Werkstätte im 1. Obergeschoss. Willkürlich sei ferner, dass sie verpflichtet worden sei, Lautsprecher, Scheinwerfer und Elektroinstallationen abzubauen, die jeweils zugemietet und nur provisorisch eingerichtet worden seien. Auch die zu beseitigende Bar sei ihr von der Brauerei leihweise überlassen worden und nicht fest installiert. Unklar sei auch die Anordnung, die neu eingebaute Galerie müsse abgebrochen werden, was die Beschwerdeführerin allerdings nicht verpflichte, tragende Bauelemente zu entfernen.
Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid ausgeführt, dass sämtliche Einbauten, welche eine andere als die bisherige Nutzung (Nebenräume im Erdgeschoss, Werkstatt im 1. Obergeschoss sowie Lagernutzung im 1. und 2. Obergeschoss) ermöglichen oder begünstigen, grundsätzlich zu entfernen seien. Zwar lasse sich aufgrund der Akten nicht schlüssig beurteilen, welche festen und nicht bewilligten Bauteile derzeit noch im Gebäude vorhanden seien. Für die Beschwerdeführerin sei aber anhand der Auflistung der einzelnen Einbauten durch die Baukommission erkennbar, welche Bauteile nicht zulässig und gegebenenfalls zu entfernen seien. Soweit die Beschwerdeführerin auch zum Abbruch der neu eingebauten Galerie verpflichtet worden sei, werde sie keineswegs verpflichtet, tragende Gebäudeelemente zu entfernen, sondern nur zur Entfernung der durch den Einbau zusätzlich gewonnenen nutzbaren Fläche im 2. Obergeschoss.
Im Gegensatz zur Ansicht der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz damit ohne in Willkür zu verfallen in genügender und für die Beschwerdeführerin verständlicher Weise festgehalten, welche vorgenommenen Einbauten wieder zu entfernen sind. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht zu überzeugen. Zunächst hat die Vorinstanz nicht die Entfernung der sich offenbar im Hauptgebäude befindenden zentralen Feuerungsanlage angeordnet und in Übereinstimmung mit dem Entscheid des Regierungsrats präzisiert, dass die Heizungs- und Belüftungsinstallationen soweit belassen werden können, als sie für die bisherige Nutzung des Nebengebäudes als Lagerraum benötigt werden können. Ohnehin nichts zu ihren Gunsten ableiten kann die Beschwerdeführerin sodann aus dem Hinweis, dass mit den Heizungsinstallationen im 2. Obergeschoss früher bestehende Wohnräume geheizt worden seien, zumal diese Wohnräume nicht mehr bestehen. Was weiter die angeblich zugemieteten bzw. provisorischen Installationen angeht, ist es irrelevant, wem diese gehören und ob diese fest oder provisorisch installiert sind. Entscheidend für deren Entfernung ist einzig, ob sie der von der Vorinstanz definierten rechtmässigen oder einer anderen, unbewilligten Nutzung dienen. Schliesslich ist auch die Verpflichtung, die neu eingebaute Galerie abzubrechen, was die Beschwerdeführerin allerdings nicht verpflichte, tragende Bauelemente zu entfernen, genügend klar und damit nicht willkürlich im Sinne von <ref-law>.
9.2 Die Beschwerdeführerin bringt unter Hinweis auf <ref-law> weiter vor, es könne nur der Abbruch von Massnahmen verfügt werden, die nicht baubewilligungsfähig seien. Gemäss dem Entscheid der Vorinstanz müsste sie mit erheblichem Aufwand Bauteile abbrechen, welche nach Durchführung eines korrekten Baubewilligungsverfahrens wohl wieder eingebaut werden dürften.
Zu beachten ist diesbezüglich, dass die Vorinstanz offen gelassen hat, ob ein reduziertes Projekt unter Umständen gestützt auf Art. 37a RPG bewilligt werden kann. So hat sie ausdrücklich festgehalten, es sei nicht ausgeschlossen, dass der derzeitige Betrieb der Beschwerdeführerin selbst nach Realisierung der bewilligten Erweiterung und Änderung des Haupthauses gestützt auf Art. 37a RPG in gewissem Umfang noch erweitert werden dürfte, wobei dies anhand einer korrekten Flächenanalyse zu ermitteln sei. Es werde an der Beschwerdeführerin liegen, ein entsprechend reduziertes Projekt einzureichen, insbesondere für Nutzungen, welche nicht mit einer massiven Erhöhung der Gästeplätze verbunden sei.
Die vorbehaltlos angeordnete Wiederherstellung des früheren Zustands erweist sich als unverhältnismässig, solange nicht klar ist, ob die Beschwerdeführerin ein Gesuch um Bewilligung eines reduzierten Projekts einreichen und - gegebenenfalls - ob ein solches bewilligt wird. Der angefochtene Entscheid ist deshalb insoweit aufzuheben, als vorbehaltlos die Entfernung bestimmter Bauelemente verlangt wird. Der Beschwerdeführerin ist stattdessen eine Frist anzusetzen, innert welcher sie entweder ein neues Gesuch um Bewilligung eines reduzierten Projekts stellen oder aber die in Frage stehenden Bauteile und Einrichtungen nach Massgabe des angefochtenen Entscheids zu entfernen haben wird. Für den Fall, dass die Beschwerdeführerin ein Gesuch um Bewilligung eines reduzierten Projekts einreichen, dieses sich aber als nicht bewilligungsfähig erweisen sollte, wäre ihr dannzumal eine neue Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzusetzen. Sollte sich ein reduziertes Projekt als bewilligungsfähig erweisen, wäre mittels eines Vergleichs zwischen dem bewilligten Projekt und dem Referenzzustand erneut festzustellen, welche der ursprünglich verfügten Massnahmen zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands noch erforderlich sein werden.
10.
10.1 Die Beschwerde erweist sich als teilweise begründet und ist im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen. Der Entscheid der Vorinstanz ist aufzuheben, soweit vorbehaltlos die Entfernung bestimmter Bauelemente verlangt wird. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Beschwerdeführerin ist anzuweisen, entweder innert drei Monaten nach Ausfällung dieses Entscheids die in Erwägung 6.1 des angefochtenen Entscheids verlangten Veränderungen auszuführen oder aber ein neues Gesuch um Bewilligung eines reduzierten Projekts einzureichen. Die Vorinstanz wird über die Kosten- und Entschädigungsfolgen im vorinstanzlichen Verfahren neu zu befinden haben (vgl. Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).
10.2 Soweit die Beschwerdeführerin unterliegt, trägt sie eine reduzierte Gerichtsgebühr (<ref-law>). Der nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 5. November 2009 aufgehoben, soweit vorbehaltlos die Entfernung bestimmter Bauelemente verlangt wird.
2. Die Beschwerdeführerin hat innert drei Monaten nach Ausfällung dieses Entscheids entweder die in Erwägung 6.1 des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 5. November 2009 verlangten Veränderungen auszuführen oder aber ein neues Gesuch um Bewilligung eines reduzierten Projekts einzureichen.
3. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Sache geht an die Vorinstanz zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im vorinstanzlichen Verfahren.
5. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
6. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Dürnten, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Oktober 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Mattle