Faits:
A.
En 2008, A._ détenait 50 % des actions des sociétés B._ SA et C._ SA.
Par décision du 20 octobre 2010 en matière d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2008, l'Administration fiscale cantonale a taxé A._ sur un revenu de 120'190 fr. et une fortune nette de 9'760'118 fr. L'impôt sur le revenu s'élevait à 26'351 fr. 80 et l'impôt sur la fortune à 93'265 fr. 50, soit un total de 119'617 fr. 30. Elle a retenu que la fortune brute de l'intéressé se montait à 11'313'673 fr. compte tenu d'une valeur des actions de B._ SA (anciennement E._ SA) fixée à 76'748 fr. par action (9'593'500 fr. au total) et d'une valeur des actions de C._ SA fixée à 9'278 fr. par action (463'900 fr.- au total). Elle a également retenu que le rendement brut de la fortune privée se montait à 27'162 fr. et après déductions, que le rendement net négatif de la fortune privée était de 22'637 fr. Les autre revenus de l'intéressé s'élevaient à 142'827 fr.
Le 1er novembre 2010, A._ a déposé une réclamation contre la taxation du 20 octobre 2010. Il s'est plaint de ce qu'il subissait une imposition confiscatoire puisque son revenu net, après paiement des impôts, était négatif. La réclamation a été rejetée par décision du 22 septembre 2011. Le 4 octobre 2011, l'intéressé a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance en invoquant le caractère confiscatoire de l'imposition 2008 et demandant que les dispositions sur le bouclier fiscal lui soient appliquées. Le 5 mars 2012, sur demande du Tribunal administratif de première instance, l'Administration fiscale cantonale a produit les bordereaux et avis de taxation d'impôt cantonal et communal des années 2006 et 2007 du contribuable.
Par jugement du 25 juin 2012, notifié le 2 juillet à l'Administration fiscale cantonale et le 6 juillet à A._, le Tribunal administratif de première instance a admis le recours et renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation.
Le 25 juillet 2012, l'Administration fiscale cantonale a interjeté recours auprès de la Cour de justice contre le jugement du 25 juin 2012, en concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 22 septembre 2011. A._ a conclu au rejet du recours. Il a notamment exposé que la situation de son frère, D._, l'autre actionnaire des sociétés en cause, était identique à la sienne mais que l'Administration fiscale cantonale avait décidé le 29 juin 2012 de rectifier la taxation de ce dernier dans le sens de ses conclusions pour les périodes fiscales 2008 et 2009 avant d'obtenir le jugement du Tribunal administratif de première instance du 25 juin 2012.
B.
Par arrêt du 3 septembre 2013, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours et rétabli le la décision sur réclamation du 22 septembre 2011. La fortune du contribuable avait un rendement négatif, lié notamment à l'absence de dividendes versés par les sociétés bénéficiaires, dont il était actionnaire à hauteur de 50 % et dont son frère était actionnaire à 50 %. En outre, le contribuable avait des dettes envers ces sociétés qui l'obligeaient à verser des intérêts, diminuant d'autant ses propres revenus. En conséquence, en raison de l'organisation voulue par le contribuable, même si la charge fiscale dépassait son revenu pour une certaine période, elle ne pouvait être qualifiée de confiscatoire.
C.
Par mémoire du 11 octobre 2013, A._ dépose un recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton de Genève du 3 septembre 2013. Il demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 3 septembre 2013 et de confirmer le jugement du Tribunal administratif de première instance du 25 juin 2012. Il se plaint de déni de justice, de la violation du droit à l'égalité et de l'interdiction de l'imposition confiscatoire.
La Cour de justice s'en tient aux considérants de l'arrêt attaqué. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions a renoncé à déposer des observations. A._ a répliqué.

Considérant en droit:
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. également l'art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Au surplus, déposé en temps utile (<ref-law>) et interjeté par le contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>), le présent recours considéré comme recours en matière de droit public est recevable.
2.
Le recourant se plaint de ce que l'instance précédente n'a jamais statué sur le grief d'égalité de traitement, l'Administration fiscale cantonale ayant corrigé la taxation de son frère, qui se trouvait selon lui dans une situation identique à la sienne.
2.1. Aux termes de l'art. 29 al. 1 Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Il y a déni de justice formel lorsqu'une autorité n'applique pas ou applique d'une façon incorrecte une règle de procédure, de sorte qu'elle ferme l'accès à la justice au particulier qui, normalement, y aurait droit. L'autorité qui se refuse à statuer, ou ne le fait que partiellement alors qu'elle est compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 232), viole l'art. 29 al. 1 Cst. (arrêts 2C_601/2010 du 21 décembre 2010 consid. 2; 5A_578/2010 du 19 novembre 2010; 5A_279/2010 du 24 juin 2010 consid. 3.3 et les arrêts cités). En outre, le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. impose à l'autorité de jugement l'obligation de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Pour satisfaire cette exigence, il suffit que celle-ci mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445 et les arrêts cités).
2.2. Le recourant avait exposé devant l'instance précédente que l'Administration fiscale cantonale avait corrigé la taxation de son frère, qui se trouvait, selon lui, dans une situation identique à la sienne. A l'appui de cet argument, il avait produit le courrier de l'Administration fiscale cantonale adressé à son frère ainsi que les taxations de ce dernier pour les périodes 2008 et 2009 mentionnant les rabais destinés à éviter une imposition confiscatoire.
Or, sous réserve d'un passage relatant le grief du recourant (arrêt attaqué, en fait, ch. 12 p. 5) et d'un autre rappelant que le frère du recourant était aussi actionnaire à 50% des sociétés en cause (arrêt attaqué, consid. 5 p. 7), la Cour de justice n'a examiné que la question de la garantie de la propriété et l'éventuelle imposition confiscatoire pour conclure à l'absence de violation de ces droits fondamentaux. Elle ne s'est en revanche pas prononcée sur la question de l'égalité de traitement. On ignore si ce grief lui a échappé ou si elle l'a considéré comme irrecevable ou manifestement mal fondé.
En omettant de se prononcer sur le grief de l'égalité de traitement entre le recourant et son frère, la Cour de justice a violé l'art. 29 al. 1 Cst. Le recours est admis sur ce point. En l'absence d'éléments de faits suffisants dans l'arrêt attaqué pour examiner la question du droit à l'égalité, le Tribunal fédéral ne peut pas statuer lui-même au sens de l'<ref-law> et doit renvoyer la cause à l'instance précédente.
3.
Le considérant qui précède conduit à l'annulation de l'arrêt rendu le 3 septembre 2013 et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du canton de Genève, qui succombe et qui défend un intérêt patrimonial (art. 66 al. 1 et 4 in fine LTF; cf. <ref-ruling> consid. 8.1.3 p. 40 s.). Ce dernier versera en outre des dépens au recourant, qui a gain de cause avec l'aide d'un représentant (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis. Partant l'arrêt rendu le 3 septembre 2013 par la Cour de justice du canton de Genève est annulé et la cause lui est renvoyée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Un émolument de justice, arrêté à 2'000 fr., est mis à charge de la République et canton de Genève.
3.
Le canton de Genève versera à A._ une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué au représentant du recourant, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 27 mars 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Seiler
Le Greffier: Dubey