Faits:
A. X._, ressortissant des Etats-Unis, est né en 1946. Il se qualifie d'homme d'affaires et affirme être à la tête de plusieurs sociétés actives dans des domaines variés.
En 1999, B._ a été approché par X._ en vue de la vente de sucre à la Russie. Dès 2000, au cours de diverses transactions, le second a sollicité du premier, qui agissait par le biais de sa société A._ SA, d'importants versements dans le but d'obtenir des garanties bancaires et de couvrir ses frais pour trouver des acheteurs en Russie. En réalité, X._ a utilisé essentiellement ces fonds à des fins personnelles.
B. Par arrêt du 20 mai 2005, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a condamné X._, par défaut, à la peine de 30 mois d'emprisonnement et à 5 ans d'expulsion du territoire suisse, pour abus de confiance portant sur un montant total de plus de 7 millions de dollars.
B.a A l'audience de jugement, avant la clôture des débats, la Présidente de la Cour correctionnelle a informé les parties qu'elle entendait poser, en application de l'art. 299 aCPP/GE, la question complémentaire de l'abus de confiance.
B.b L'avocat de X._ a procédé à une dictée au procès-verbal et conclu qu'il n'y avait pas lieu de poser cette question, celle-ci visant une infraction complètement différente de celle retenue dans l'ordonnance de renvoi, ce qui constituait une violation flagrante du droit d'être entendu, du principe du procès équitable consacré par l'art. 6 CEDH et des dispositions cantonales de procédure.
B.c La Présidente a ensuite prononcé la clôture des débats et ordonné que la question de l'abus de confiance soit posée à chacune des questions principales.
C. Par arrêt du 31 octobre 2008, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi de X._.
D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 29 al. 2, 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 let. a et b CEDH, il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à la Cour de cassation pour qu'elle annule le jugement de première instance et retourne la procédure à la Cour correctionnelle qui devra statuer à nouveau dans le sens des considérants. Il requiert également l'assistance judiciaire.
La Cour de cassation a renoncé à déposer des observations. Le Procureur général et l'intimée ont conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Se plaignant d'une violation du principe d'accusation, de son droit d'être entendu et de son droit à une défense effective, le recourant soutient qu'il n'a pas été informé de la qualification finalement retenue, qu'il n'a pas pu s'exprimer, ni interroger les témoins sur celle-ci, qu'il ne pouvait ni devait s'attendre à être condamné pour abus de confiance et qu'il a ainsi été privé de la possibilité de faire valoir les arguments pertinents à sa défense.
1.1 Le recourant ne prétend pas que le principe accusatoire lui serait garanti plus largement par le droit cantonal que par la Constitution et la CEDH. Il suffit donc d'examiner le grief sous l'angle de celles-ci.
Le principe d'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. et peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique que le prévenu sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense (<ref-ruling> consid. 2a p. 21). Il n'empêche pas l'autorité de jugement de s'écarter de l'état de fait ou de la qualification juridique retenus dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, à condition toutefois que les droits de la défense soient respectés (<ref-ruling> consid. 2a et c p. 21 ss). Si l'accusé est condamné pour une autre infraction que celle visée dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, il faut examiner s'il pouvait, eu égard à l'ensemble des circonstances d'espèce, s'attendre à cette nouvelle qualification juridique des faits, auquel cas il n'y a pas violation de ses droits de défense (<ref-ruling> consid. 2d/bb p. 24).
1.2 La Cour de cassation a tout d'abord admis que l'autorité de première instance n'avait pas violé le droit cantonal de procédure, la re-qualification des faits ayant été portée à la connaissance du recourant par la question complémentaire posée par la Présidente de la Cour correctionnelle immédiatement avant la clôture des débats et la défense ayant alors pu présenter ses conclusions.
Elle a ensuite considéré que l'avocat du recourant n'avait pas pu être surpris par la question complémentaire découlant de l'art. 290 aCPP/GE, puisque la connaissance du droit pénal, qu'il avait d'ailleurs démontrée dans son pourvoi, ne pouvait lui échapper et qu'il savait que cette question pouvait émaner du Ministère public ou de l'autorité de jugement.
La Cour de cassation a enfin examiné si la défense avait eu le temps suffisant pour se préparer à la nouvelle situation. A ce propos, elle a relevé que, dans son pourvoi, le recourant n'indiquait pas quels auraient été les témoins susceptibles de convaincre le jury que les fonds reçus n'avaient jamais été confiés et qu'ils auraient été utilisés dans le but souhaité par leur propriétaire. Elle a constaté que, depuis le dépôt de la plainte de sa victime, qui dénonçait alternativement soit l'escroquerie soit l'abus de confiance, le recourant avait nié les faits qui avaient été finalement retenus et qu'il ne contestait d'ailleurs plus à l'occasion de son pourvoi, de sorte que son raisonnement était constitutif d'un abus de droit. Elle a encore admis que la décision de la Cour correctionnelle de ne pas suspendre l'audience et de ne pas en différer ses arguments dans la perspective qu'un abus de confiance pourrait se substituer à une escroquerie échappait au grief d'arbitraire. Elle a finalement conclu que le recourant échouait à rendre crédible que sa défense « axée uniquement sur l'escroquerie » ne lui permettait pas, à l'issue des débats et sur la base du dossier dont il n'avait pas contesté l'instruction jusque-là, d'imaginer qu'une question complémentaire sur abus de confiance fut posée.
1.3 Selon l'arrêt attaqué, la Présidente de la Cour correctionnelle a indiqué, juste avant la clôture des débats, qu'elle entendait poser une question complémentaire relative à l'abus de confiance. Le recourant s'est opposé, par le biais d'une motivation et de conclusions dictées au procès-verbal, à cette nouvelle qualification de l'infraction, soutenant, en substance, que toute la défense avait été préparée en fonction de l'escroquerie, seule infraction qui lui avait été reprochée dans l'ordonnance de renvoi et durant toute la procédure. La Présidente a ensuite prononcé la clôture des débats et ordonné que la question complémentaire soit posée. L'audience n'a pas été suspendue. Les infractions d'abus de confiance et d'escroquerie peuvent poser certaines difficultés et leurs éléments constitutifs sont différents (cf. art. 138 et 146 CP). Dans ces conditions et au regard du déroulement de la procédure tel qu'exposé ci-dessus, il convient d'admettre que le recourant n'a pas disposé du temps nécessaire pour préparer sa défense.
Par ailleurs, l'argumentation avancée par la Cour de Cassation et les éléments constatés sont insuffisants pour conclure que le recourant pouvait, eu égard à l'ensemble des circonstances, s'attendre à une nouvelle qualification de l'infraction. D'une part, le fait que le mandataire du recourant soit un pénaliste chevronné est sans pertinence; les capacités des mandataires ne sont effectivement pas un critère déterminant, sans quoi on devrait conclure qu'un bon avocat doit systématiquement s'attendre à une re-qualification et être donc prêt à plaider hors du cadre des débats. D'autre part, le fait que le lésé ait déposé sa plainte pour escroquerie ou abus de confiance ne constitue pas à lui seul un élément suffisant permettant de conclure que le recourant pouvait s'attendre à une nouvelle qualification de l'infraction. En outre, le fait que l'intéressé n'ait pas, dans le cadre de son mémoire cantonal, présenté ses éventuels nouveaux moyens de défense, ni indiqué en quoi ceux-ci pourraient avoir une influence sur le résultat du procès ne saurait lui être reproché; en effet, le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de caractère formel, dont la violation doit entraîner l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 3b p. 383; <ref-ruling> consid. 2b p. 138 et les arrêts cités). Enfin, l'autorité ne se prononce pas sur le contenu de l'ordonnance de renvoi et ne relève pas en quoi certains actes de procédure auraient pu permettre au recourant de se douter de la re-qualification de l'infraction. Dans ces conditions, les constatations cantonales sont insuffisantes pour permettre de conclure que le recourant devait s'attendre à la nouvelle qualification juridique des faits, de sorte que le grief de violation du principe accusatoire doit être admis.
2. En conclusion, le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale. L'intimée, qui succombe, supportera les frais et dépens liés à la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF). La Caisse du Tribunal fédéral versera à Me Charles Poncet une indemnité de 3'000 fr. à titre d'honoraires d'avocat d'office en cas d'insolvabilité de l'intimée (<ref-law>). La demande d'assistance judiciaire du recourant est ainsi admise dans la mesure de l'insolvabilité de l'intimée.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant est admise dans la mesure de l'insolvabilité de l'intimée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
4. L'intimée versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens. La Caisse du Tribunal fédéral versera à Me Charles Poncet une indemnité de 3'000 fr. à titre d'honoraires d'avocat d'office en cas d'insolvabilité de l'intimée.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 26 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani