Sachverhalt:
A. A.a Mit Anklageschrift vom 9. Oktober 2008 wirft die Schweizerische Bundesanwaltschaft X._ vor, er habe in der Zeit zwischen dem 3. August 2004 und Oktober 2006 als verantwortlicher Direktor und als Alleinhandelnder seiner Firma Y._ AG mit Sitz in S._ und mittels seiner Einzelhandelsfirma X._ mit Sitz in S._ mehrfach Güter von der Schweiz direkt oder über Drittländer in den Iran geliefert, ohne die benötigte Bewilligung beim Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) eingeholt zu haben oder die geplante Ausfuhr von Gütern dem SECO zu melden, obschon er vom SECO mit Verfügung vom 3. August 2004 verpflichtet worden sei, alle geplanten Ausfuhren von Gütern in den Iran, die unter bestimmte Zollkapitel fallen, schriftlich, unter Vorlage der erforderlichen Begleitdokumente, dem SECO zu melden. Im Anklagepunkt I.A wird X._ zur Last gelegt, er habe vorsätzlich gegen Art. 14 Abs. 1 lit. a, eventualiter lit. d und f GKG in Verbindung mit Art. 3 beziehungsweise 4 GKV verstossen, indem er am 22. Februar 2005 bewilligungspflichtige Güter im Sinne von Art. 3 GKV ohne die notwendige Ausfuhrbewilligung des SECO und auch ohne Anmeldung im Sinne von Art. 4 GKV beim SECO von der Schweiz via ein Unternehmen in Kuala Lumpur/Malaysia an die Firma A._ Co., Teheran/Iran, exportiert habe. Im Anklagepunkt I.B wird X._ vorgeworfen, er habe in insgesamt 12 Fällen vorsätzlich Güter, die unter bestimmte Zollkapitel fallen, an Firmen im Iran, die als Beschaffungsfirmen für Rüstungsgüter des Iran bekannt seien, geliefert, ohne die geplante Ausfuhr dem SECO im Sinne von Art. 4 GKV zu melden, obschon er vom SECO mit Verfügung vom 3. August 2004 dazu verpflichtet worden sei. Damit habe er in Verbindung mit Art. 4 GKV gegen Art. 14 Ziff. 1 lit. d und eventualiter lit. f GKG verstossen.
Mit Schreiben vom 19. Januar 2009 wies der Einzelrichter am Bundesstrafgericht die Bundesanwaltschaft darauf hin, es sei fraglich, ob die im Anklagepunkt I.B umschriebenen Verhaltensweisen entsprechend der Auffassung der Anklägerin unter die Straftatbestände von Art. 14 Abs. 1 lit. d und f GKG fallen. Hinsichtlich einer Strafbarkeit nach Art. 15a GKG wäre in der Mehrzahl der Fälle die Verjährung eingetreten. Insoweit fehle es auch an einer Zuweisung des Falles an den Richter nach Art. 21 VStrR in Verbindung mit Art. 18 Abs. 1bis GKG. Der Einzelrichter gab daher der Bundesanwaltschaft die Gelegenheit, die Anklageschrift bis spätestens 2. Februar 2009 zu ändern. Die Bundesanwaltschaft antwortete mit Schreiben vom 29. Januar 2009, dass sie von einer Änderung der Anklageschrift im Anklagepunkt I.B absehe.
A.b Zu Beginn der Hauptverhandlung vom 26. März 2009 vor dem Bundesstrafgericht änderte die Bundesanwaltschaft die Anklageschrift im Anklagepunkt I.A in dem Sinne, dass sie insoweit nur eine Verurteilung in Anwendung von Art. 14 Abs. 1 lit. d und eventuell lit. f GKG, nicht auch in Anwendung von Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG beantragte. Der Einzelrichter am Bundesstrafgericht behielt sich vor, den Anklagepunkt I.A entgegen der Auffassung der Anklägerin nach Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG zu beurteilen.
B. Der Einzelrichter der Strafkammer des Bundesstrafgerichts trat mit Urteil vom 26. März 2009 auf die Anklage im Punkt I.B nicht ein (Dispositiv-Ziffer 1) und sprach X._ im Anklagepunkt I.A der vorsätzlichen Widerhandlung gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Artikel 14 Abs. 1 lit. a GKG schuldig (Dispositiv-Ziffer 2). Er bestrafte ihn mit einer Geldstrafe von 70 Tagessätzen zu Fr. 100.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, und mit einer Busse von Fr. 2'000.--, für welche im Falle der schuldhaften Nichtbezahlung eine Ersatzfreiheitsstrafe von 20 Tagen bestimmt wurde. Zudem ordnete der Einzelrichter die Einziehung eines Geldbetrags von Fr. 26'466.86 ab einem Bankkonto der Firma Y._ AG an. Das Entschädigungsbegehren von X._ wurde abgewiesen (Dispositiv-Ziffern 3-6).
C. X._ erhob Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragte, die Dispositiv-Ziffern 2-6 des Urteils des Einzelrichters am Bundesstrafgericht seien aufzuheben und er sei vom Vorwurf der vorsätzlichen Widerhandlung gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG freizusprechen. Eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Ziffer 1 des Entscheids des Einzelrichters am Bundesstrafgericht vom 26. März 2009, wonach auf die Anklage im Anklagepunkt I.B nicht eingetreten wurde, focht X._ nicht an.
D. Das Bundesgericht hiess mit Entscheid 6B_400/2009 vom 16. Oktober 2009 die Beschwerde gut, hob das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 26. März 2009 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück.
E. Der Einzelrichter am Bundesstrafgericht trat mit Entscheid vom 18. Januar 2010 auf die Anklage nicht ein (Dispositiv-Ziffer 1) und übermittelte die Akten zur allfälligen weiteren Amtshandlung dem Staatssekretariat für Wirtschaft (Dispositiv-Ziffer 2). Der Einzelrichter erkannte zudem, dass die Kosten des Verfahrens beim Bund verbleiben und die Eidgenossenschaft X._ für das Bundesstrafverfahren eine Entschädigung von Fr. 50'364.60 und eine Genugtuung von Fr. 1'500.-- zu zahlen hat. Weiter gehende Entschädigungsbegehren wurden abgewiesen.
F. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheids des Einzelrichters am Bundesstrafgericht vom 18. Januar 2010 sei aufzuheben und er sei vom Vorwurf der Widerhandlung gegen Art. 14 GKG freizusprechen; Dispositiv-Ziffer 2 des Entscheids sei ersatzlos aufzuheben. Eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung im Sinne dieser Anträge an die Vorinstanz zurückzuweisen.
G. Das Bundesstrafgericht und die Bundesanwaltschaft beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Der Angeklagte hat einen Rechtsanspruch darauf, dass eine gegen ihn erhobene Anklage vom zuständigen Gericht materiell beurteilt wird, wenn die formellen Voraussetzungen zur Beurteilung erfüllt sind. Dieser Anspruch ergibt sich unter anderem aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK, wonach jede Person ein Recht darauf hat, dass über eine gegen sie erhobene strafrechtliche Anklage von einem unabhängigen und unparteiischen, auf Gesetz beruhenden Gericht in einem fairen Verfahren, öffentlich und innerhalb angemessener Frist verhandelt wird. Ein solcher Rechtsanspruch ergibt sich für das Verfahren vor dem Bundesstrafgericht auch aus Art. 168 Abs. 2 BStP, wonach das Gericht den Angeklagten freispricht oder verurteilt respektive, wenn sich die Beurteilung aus prozessrechtlichen Gründen als unzulässig erweist, das Verfahren einstellt. Der Beschwerdeführer hat als Angeklagter somit ein rechtlich geschütztes Interesse daran, dass das Bundesstrafgericht die gegen ihn erhobene Anklage der Bundesanwaltschaft im Rahmen seiner Zuständigkeit materiell beurteilt, wenn die Voraussetzungen für die Ausfällung eines Sachurteils erfüllt sind. Der Beschwerdeführer ist daher zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, soweit er darin geltend macht, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie, statt ihn vom Vorwurf der Widerhandlung im Sinne von Art. 14 GKG freizusprechen, auf die Anklage mangels Zuständigkeit nicht eintrat.
2. 2.1 Das Bundesgericht kam in seinem ersten Urteil vom 16. Oktober 2009 in Sachen des Beschwerdeführers zusammenfassend zu den folgenden Schlüssen: Der Beschwerdeführer habe durch das ihm im Anklagepunkt I.A zur Last gelegte Verhalten entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG ohne entsprechende Bewilligung Waren ausgeführt. Er habe nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz entgegen der Meinung der Beschwerdegegnerin die Tatbestandsvarianten von Art. 14 Abs. 1 lit. d beziehungsweise lit. f GKG nicht erfüllt. Der Beschwerdeführer habe im Übrigen auch den Übertretungstatbestand im Sinne von Art. 15 GKG nicht erfüllt. Ob er sich allenfalls einer Ordnungswidrigkeit gemäss Art. 15a GKG schuldig gemacht habe, sei im vorliegenden Verfahren nicht zu prüfen (Urteil 6B_400/2009 vom 16. Oktober 2009 in Sachen des Beschwerdeführers, E. 2.6). Das Bundesgericht hiess daher die Beschwerde gut, hob den Entscheid des Einzelrichters am Bundesstrafgericht vom 26. März 2009 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Entsprechend diesem Ausgang des Verfahrens wurden keine Gerichtskosten erhoben und die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) verpflichtet, dem obsiegenden Beschwerdeführer eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu zahlen (E. 3 sowie Dispositiv-Ziffern 1-3 des Bundesgerichtsurteils vom 16. Oktober 2009).
2.2 Die Vorinstanz hält in ihrem neuen, vorliegend angefochtenen Entscheid zutreffend fest, dass der Beschwerdeführer sich nach den Erkenntnissen im Bundesgerichtsentscheid vom 16. Oktober 2009 im Anklagepunkt I.A nicht eines Vergehens im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. a, d oder f GKG und auch nicht einer Übertretung im Sinne von Art. 15 GKG schuldig gemacht hat. Hingegen habe das Bundesgericht offen gelassen, ob eine Ordnungswidrigkeit gemäss Art. 15a GKG vorliege. Die Vorinstanz erwägt im Anschluss daran, dass Ordnungswidrigkeiten im Sinne von Art. 15a GKG nicht der Bundesstrafgerichtsbarkeit unterstünden, sondern nach Massgabe des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht von der zuständigen beteiligten Verwaltung verfolgt und beurteilt würden, wobei eine gerichtliche Beurteilung nicht möglich sei, da Art. 15a GKG keine Freiheitsstrafe androhe (siehe dazu Art. 18 Abs. 1 und Abs. 1bis GKG, Art. 21 Abs. 1 VStrR). Die Vorinstanz kommt zum Schluss, dass daher die prozessualen Voraussetzungen zur Beurteilung des Anklagepunktes I.A fehlten und deshalb auch auf diesen Teil der Anklage nicht einzutreten sei. Die Vorinstanz erachtet es in einem solchen Fall als angezeigt, die Sache an die zuständige Verwaltungsbehörde, mithin an das Staatssekretariat für Wirtschaft, weiterzuleiten, und sie trifft in Dispositiv-Ziffer 2 ihres Entscheids eine entsprechende Anordnung.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz hätte ihn im neuen Verfahren im Anklagepunkt I.A richtigerweise vom Vorwurf der Widerhandlung im Sinne von Art. 14 GKG freisprechen müssen. Indem sie stattdessen auf die Anklage in diesem Punkt nicht eingetreten sei, habe sie in mehrfacher Hinsicht Bundesrecht verletzt. Die Vorinstanz habe die rechtliche Auffassung des Bundesgerichts in dessen Urteil 6B_400/2009 vom 16. Oktober 2009 nicht befolgt und dadurch gegen Art. 277ter Abs. 2 BStP verstossen. Sie habe die Bindungswirkung der Anklage missachtet und dadurch Art. 169 Abs. 1 BStP verletzt. Sie habe seinen aus Art. 6 EMRK und Art. 168 Abs. 2 BStP resultierenden Anspruch auf Freispruch oder Schuldspruch missachtet. Die Vorinstanz habe sodann gegen das Gebot von Treu und Glauben und damit gegen <ref-law> verstossen, indem sie im angefochtenen Entscheid auf die Anklage im Punkt I.A nicht eingetreten sei, nachdem sie in ihrem ersten Urteil vom 26. März 2009 in diesem Punkt auf die Anklage noch eingetreten sei und ihn der Widerhandlung im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG schuldig gesprochen habe. Durch dieses Vorgehen, welches für ihn nicht vorhersehbar gewesen sei, sei auch sein aus Art. 6 EMRK und <ref-law> resultierender Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden.
3.2 Die Vorinstanz führt in ihrer Vernehmlassung aus, der vom Beschwerdeführer angestrebte Freispruch hätte zur Folge, dass die sachlich zuständige Verwaltungsbehörde den Übertretungstatbestand im Sinne von Art. 15a GKG im Anklagepunkt I.A nicht mehr überprüfen könnte, weil die Maxime "ne bis in idem" die Tat als solche und nicht das Delikt betreffe. Aus diesen Gründen habe der Richter ja auch bei Strafbarkeit des Anklagesachverhalts unter einer anderen Strafnorm als der in der Anklageschrift genannten den Angeklagten nicht freizusprechen, sondern nach der als anwendbar erkannten Strafnorm zu verurteilen.
3.3 Die Beschwerdegegnerin weist in ihrer Vernehmlassung darauf hin, dass das Nichteintreten im Anklagepunkt I.B gemäss dem ersten Urteil des Bundesstrafgerichts vom 26. März 2009 mangels Anfechtung nicht Gegenstand des ersten bundesgerichtlichen Verfahrens gewesen und somit in Rechtskraft erwachsen sei, weshalb es im vorliegenden neuen bundesgerichtlichen Verfahren nicht angefochten werden könne. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens seien einzig die dem Beschwerdeführer im Anklagepunkt I.A zur Last gelegten Handlungen. Dabei handle es sich gemäss dem ersten Bundesgerichtsentscheid 6B_400/2009 vom 16. Oktober 2009 weder um Widerhandlungen im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. a, d oder f GKG noch um Übertretungen im Sinne von Art. 15 GKG. Damit sei im Bereich des Güterkontrollgesetzes keine Bundesgerichtsbarkeit gegeben. Aufgrund dieser mangelnden prozessualen Voraussetzung könne das Bundesstrafgericht nicht über den noch zu beurteilenden Sachverhalt gemäss Anklagepunkt I.A erkennen, da es hiefür nicht zuständig sei. Die Beschwerdegegnerin vertritt in einer Schlussbemerkung die Meinung, dass die ursprünglich angeklagten Sachverhalte mittlerweile absolut verjährt seien. Da eine Widerhandlung gegen das GKG klar belegt sei und aufgrund der Akten auch nicht bestritten werden könne, werde der unrechtmässig erzielte Gewinn dennoch einzuziehen sein. Zuständig dazu sei das SECO. Der Beschwerdeführer versuche mit seiner Beschwerde offensichtlich einen Freispruch durch ein nicht zuständiges Gericht zu erlangen. Damit würde eine Einziehung des unrechtmässig erzielten Gewinns verunmöglicht, was rechtsstaatlich unhaltbar wäre.
4. Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 277ter Abs. 2 BStP rügt, scheint er zu übersehen, dass Art. 268 - 278bis BStP durch das Bundesgerichtsgesetz vom 17. Juni 2005, in Kraft seit 1. Januar 2007, aufgehoben worden sind.
5. 5.1 Gemäss dem Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die dem Beschuldigten zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt damit zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte des Angeklagten und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion). In der Anklage sind namentlich die Umstände aufzuführen, welche zum gesetzlichen Tatbestand gehören. Besondere Fragen stellen sich im Hinblick auf die Gewährung des rechtlichen Gehörs und die Verteidigungsrechte, wenn das Gericht eine andere rechtliche Qualifizierung des Sachverhalts vornimmt oder eine andere Strafnorm zur Anwendung bringt als die Anklage oder wenn eine Rechtsmittelinstanz zu Ungunsten des Beschuldigten zu einer abweichenden Beurteilung gelangt (<ref-ruling> E. 2c; Urteil 1P.461/2002 von 9. Januar 2003, E. 2.1, in Pra 2003 Nr. 82 S. 448, je mit Hinweisen).
Nach Art. 126 Abs. 1 BStP bezeichnet die Anklageschrift unter anderem (1.) den Angeklagten; (2.) das strafbare Verhalten, dessen er beschuldigt wird, nach seinen tatsächlichen und gesetzlichen Merkmalen; (3.) die Bestimmungen des Strafgesetzes, die anzuwenden sind. Die Anklageschrift enthält keine weitere Begründung (Art. 126 Abs. 2 BStP). Gemäss Art. 169 Abs. 1 BStP hat das Gericht nur die Tat zu beurteilen, auf die sich die Anklage bezieht. Es berücksichtigt die während des Vorverfahrens und in der Hauptverhandlung gemachten Feststellungen (Art. 169 Abs. 2 BStP). Findet das Gericht, die Tat stelle ein anderes Vergehen dar oder sie sei schwerer strafbar, als die Anklage angenommen hat, so macht der Präsident den Angeklagten darauf aufmerksam und gibt ihm Gelegenheit, sich dagegen zu verteidigen. Das Gericht setzt die Verhandlung von Amtes wegen oder auf Antrag aus, wenn die Anklage oder die Verteidigung nach seinem Ermessen eine weitere Vorbereitung erfordert (Art. 170 BStP).
5.2 Gegenstand des gerichtlichen Verfahrens ist der in der Anklage umschriebene Sachverhalt. An dessen rechtliche Qualifizierung durch die Anklagebehörde ist das Gericht nicht gebunden. Kommt das Gericht zum Schluss, dass der Anklagesachverhalt zwar nicht den in der Anklageschrift bezeichneten, aber einen anderen Straftatbestand erfüllt, so hat es den Angeklagten - nachdem es ihm vorgängig das rechtliche Gehör gewährt hat - wegen dieses anderen Straftatbestands zu verurteilen und ihn nicht zugleich vom Vorwurf der in der Anklage bezeichneten Straftat freizusprechen. Ein Freispruch kommt grundsätzlich erst in Betracht, wenn der Gegenstand der Anklage bildende Sachverhalt überhaupt keinen Straftatbestand erfüllt. Dies steht aber im vorliegenden Fall zurzeit noch nicht fest. Denn es ist im gegenwärtigen Stadium des Verfahrens nicht auszuschliessen, dass das dem Beschwerdeführer im Anklagepunkt I.A zur Last gelegte Verhalten den Tatbestand einer Ordnungswidrigkeit gemäss Art. 15a GKG erfüllt.
5.3 Die Verfolgung und Beurteilung von Verbrechen, Vergehen und Übertretungen im Sinne des Güterkontrollgesetzes (Art. 14 und Art. 15 GKG) einerseits und von Ordnungswidrigkeiten im Sinne dieses Gesetzes (Art. 15a GKG) andererseits unterstehen zwei verschiedenen Verfahren, nämlich einerseits der Bundesstrafgerichtsbarkeit (Art. 18 Abs. 1 GKG) und andererseits dem Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht (Art. 18 Abs. 1bis GKG). Art. 15a und Art. 18 Abs. 1bis GKG sind durch Bundesgesetz vom 22. Juni 2001 über die Straffung der Bundesgesetzgebung über Waffen, Kriegsmaterial, Sprengstoff sowie zivil und militärisch verwendbare Güter, in Kraft seit 1. März 2002, eingefügt worden. Damit wird gemäss den Ausführungen in der diesbezüglichen Botschaft des Bundesrates bezweckt, dass nicht mehr alle Widerhandlungen gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Bundesstrafgerichtsbarkeit verfolgt und beurteilt werden müssen (BBl 2000 3369 ff., 3377, 3394).
5.4 In der vorliegenden Konstellation ist indessen die Vorinstanz entgegen der von ihr vertretenen Auffassung auch sachlich zuständig zu prüfen, ob der eingeklagte Sachverhalt allenfalls als Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a GKG strafbar ist. Denn zum einen wird gemäss dem Anklageprinzip die sachliche Zuständigkeit des Gerichts in erster Linie durch den dem Beschuldigten in der Anklageschrift vorgeworfenen Straftatbestand bestimmt, und zum andern bleibt nach dem Grundsatz der "perpetuatio fori" die einmal begründete sachliche Zuständigkeit eines Gerichts erhalten. Beurteilt das angerufene Gericht die eingeklagte Tat anders als die Anklagebehörde, kann ein Urteil ergehen, auch wenn das angerufene Gericht für dieses Delikt an sich nicht zuständig wäre, sondern ein Gericht niederer Ordnung. Aus Gründen der Zweckmässigkeit und der Arbeitsökonomie bleibt die Kompetenz des höheren Gerichts bestehen (NIKLAUS SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, N 423; HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, § 34 N 12). Diesem Grundgedanken ist auch Rechnung zu tragen, wenn es um die Abgrenzung der Kompetenzen zwischen dem Bundesstrafgericht und den kantonalen Gerichten geht (<ref-ruling> E. 6.3). Ist die Untersuchung bereits abgeschlossen und Anklage erhoben worden, so wird das Bundesstrafgericht die Bundesgerichtsbarkeit nur ausnahmsweise, aus triftigen Gründen in Frage stellen dürfen (<ref-ruling> E. 7.1). Entsprechendes gilt im vorliegenden Fall für das Verhältnis zwischen der Bundesgerichtsbarkeit und dem Bundesverwaltungsstrafverfahren. Ergibt sich im Verfahren vor dem Bundesstrafgericht, dass der in der Anklage umschriebene Sachverhalt zwar entgegen der Anklage weder eine Tatbestandsvariante von Art. 14 GKG noch den Tatbestand von Art. 15 GKG erfüllt, aber allenfalls eine Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a GKG darstellen könnte, so ist das Bundesstrafgericht nach dem Grundsatz der "perpetuatio fori" aus prozessökonomischen Gründen auch zur Beurteilung der allfälligen Ordnungswidrigkeit zuständig, zumal insbesondere zwischen den Tatbeständen von Art. 15 und Art. 15a GKG ein enger sachlicher Zusammenhang besteht. Es ist unter derartigen Umständen nicht sinnvoll, dass das ohnehin bereits mit dem Fall befasste Bundesstrafgericht die Sache an das SECO zurückweist, damit dieses prüfe, ob der eingeklagte Sachverhalt allenfalls den Tatbestand einer Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a GKG erfüllt. Im Übrigen ist es, wie sich aus Art. 20 Abs. 3 und Art. 21 Abs. 3 VStrR ergibt, nicht aussergewöhnlich, dass das Bundesstrafgericht zur Beurteilung von Widerhandlungen, die, wie etwa Ordnungswidrigkeiten gemäss Art. 15a GKG, unter den Geltungsbereich des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht fallen, sachlich zuständig ist. Sind in einer Strafsache sowohl die Zuständigkeit der beteiligten Verwaltung als auch Bundesgerichtsbarkeit oder kantonale Gerichtsbarkeit gegeben, so kann das Departement, dem die beteiligte Verwaltung angehört, die Vereinigung der Strafverfolgung in der Hand der bereits mit der Sache befassten Strafverfolgungsbehörde anordnen, sofern ein enger Sachzusammenhang besteht und die Strafverfolgungsbehörde der Vereinigung vorgängig zugestimmt hat (Art. 20 Abs. 3 VStrR). Dem Bundesrat steht in allen Fällen die Überweisung der Strafsache an das Bundesstrafgericht frei (Art. 21 Abs. 3 VStrR).
5.5 Die Vorinstanz verletzte somit Bundesrecht, indem sie auf die Anklage nicht eintrat, ohne selber abzuklären, ob der Anklagesachverhalt den Tatbestand von Art. 15a GKG erfüllt und gegebenenfalls die Voraussetzungen für eine Bestrafung des Beschwerdeführers gegeben sind. Die Vorinstanz hätte im Rahmen ihrer aus dem Grundsatz der "perpetuatio fori" resultierenden sachlichen Zuständigkeit prüfen müssen, ob der Beschwerdeführer sich durch das eingeklagte Verhalten einer Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a GKG schuldig gemacht hat und hiefür bestraft werden kann.
5.6 Die Vorinstanz wird daher im neuen Verfahren prüfen, ob eine Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Ordnungswidrigkeiten im Sinne von Art. 15a GKG in Betracht kommt. Sie wird auch prüfen, ob der Beschwerdeführer durch eine allfällige Ordnungswidrigkeit im Sinne von Art. 15a GKG Vermögenswerte erlangt hat und ob diese gegebenenfalls eingezogen werden können.
5.7 Die Beschwerde ist somit, soweit den Anklagepunkt I.A betreffend, teilweise gutzuheissen, das angefochtene Urteil insoweit aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er hätte auch im Anklagepunkt I.B freigesprochen werden müssen.
6.2 Die Vorinstanz trat in ihrem ersten Urteil vom 26. März 2009 in Sachen des Beschwerdeführers auf die Anklage im Anklagepunkt I.B nicht ein. Der Beschwerdeführer focht dies nicht an. Gegenstand des ersten bundesgerichtlichen Verfahrens (6B_400/2009) war allein der Anklagepunkt I.A. Zwar wurde durch das Bundesgerichtsurteil 6B_400/ 2009 vom 16. Oktober 2009 in Gutheissung der Beschwerde "das Urteil des Bundesstrafgerichts (Strafkammer) vom 26. März 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen". Daraus folgt aber entgegen der Meinung des Beschwerdeführers nicht, dass die Vorinstanz auch den Anklagepunkt I.B erneut hätte beurteilen müssen. Aus welchen Bestimmungen sich ergeben soll, dass die Vorinstanz im neuen Verfahren ihren Entscheid betreffend Nichteintreten auf die Anklage im Anklagepunkt I.B von Amtes wegen hätte überprüfen müssen, legt der Beschwerdeführer nicht dar und ist nicht ersichtlich. Die Vorinstanz hat in ihrem ersten Urteil vom 26. März 2009 erkannt, dass die Umschreibung des Sachverhalts in der Anklageschrift im Anklagepunkt I.B - anders als im Anklagepunkt I.A - für eine Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Widerhandlung im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG nicht ausreicht. An dieser Erkenntnis ändert nichts, dass eine Verurteilung wegen Widerhandlung im Sinne von Art. 14 Abs. 1 lit. a GKG im Anklagepunkt I.B - genau so wie gemäss dem Entscheid des Bundesgerichts vom 16. Oktober 2009 im Anklagepunkt I.A - allenfalls auch aus materiellrechtlichen Gründen ausser Betracht gefallen wäre.
Die Vorinstanz hat in ihrem ersten Urteil vom 26. März 2009 das Nichteintreten auf die Anklage im Anklagepunkt I.B allerdings letztlich damit begründet, dass sie zur Beurteilung von Ordnungswidrigkeiten im Sinne von Art. 15a GKG nicht zuständig ist und daher insoweit eine Prozessvoraussetzung fehlt (erstes Urteil der Vorinstanz vom 26. März 2009, S. 18). Die Vorinstanz wird im neuen Verfahren diesen Nichteintretensentscheid betreffend den Anklagepunkt I.B im Lichte der vorstehenden Erwägungen betreffend den Anklagepunkt I.A zwecks Vermeidung von allfälligen Widersprüchen überprüfen.
7. Die Beschwerde ist somit, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutzuheissen, das Urteil des Einzelrichters der Strafkammer am Bundesstrafgericht vom 18. Januar 2010 aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer Gerichtskosten in reduziertem Umfang zu tragen und hat ihm die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) eine reduzierte Entschädigung zu zahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird, soweit darauf eingetreten wird, teilweise gutgeheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts (Strafkammer, Einzelrichter) vom 18. Januar 2010 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat dem Beschwerdeführer eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- zu zahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Oktober 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Näf