Direkte Bundessteuer 1993/94, hat sich ergeben:
A.- Mit Vertrag vom 20. Mai 1992 verpflichteten sich die Anteilsinhaber der X._ AG, sämtliche 218 Namens- aktien zu nominal Fr. 1'000.-- an die Y._ AG zu übertragen.
Aktionäre der X._ AG waren R.A._ und sein Bruder F.A._ mit je 83 Aktien, G.B._ mit 20 Aktien, D.B._ und T.B._ mit je 16 Aktien.
Mit dem gleichen Vertrag erklärten sich F.C._, H.C._ und M.C._ bereit, 7'715 Namensaktien à nominal Fr. 1'000.-- der Z._ AG an die Y._ AG zu übertragen. Dieses Aktienpaket entsprach 38,575 % der Aktien der Z._ AG. Die verbleibenden 61,425 % hielt die X._ AG. Die Aktionäre der X._ AG und der Z._ AG wurden im Vertrag vom 20. Mai 1992 (sowie im Folgenden) als ABC. _-Aktionäre bezeichnet. Als Gegenleistung sah der Vertrag vor, dass die Y._ AG den übertragenden ABC. _-Aktionären insgesamt 482'537 Inhaberaktien à nominal Fr. 100.-- der noch zu gründenden und börsenkotierten V._ AG übertragen würde. Die V._ AG sollte durch die Fusion dreier Tochtergesellschaften der Y._ AG gebildet werden.
Am 8. Juli 1992 übergaben die ABC. _-Aktionäre ihre Beteiligungstitel der X._ AG und der Z._ AG an die Y._ AG. Diese brachte sie als Sacheinlage in die V._ AG ein, verbunden mit einer Kapitalerhöhung von Fr. 42,2 Mio. Für ihre Einlage erhielt die Y._ AG 899'064 V._-Aktien à Fr. 50.--, von denen 55'064 aus Eigenbeständen der V._ AG und die restlichen 844'000 aus der Kapitalerhöhung stammten. Am 1. Oktober 1992 übergab die Y._ AG den ABC. _-Aktionären 965'074 V._-Aktien zu Fr. 50.-- (gleichwertig den vertraglich festgelegten 482'537 Aktien zu Fr. 100.--). Von den übergebenen Aktien entfielen 289'907 auf R.A._, was 10,2 % des V._-Kapitals entsprach, wobei die ABC. _-Aktionäre insgesamt 33,9 % innehatten. Am 29. Oktober 1993 (mit Wirkung per 30. Juni 1993) absorbierte die V._ AG die X._ AG und die Z._ AG, welche am 21. Dezember 1993 im Handelsregister gelöscht wurden.
1995 wurde eine weitere Umstrukturierung durchgeführt, wobei die Geschäftsaktiven der V._ AG (ehemals die Geschäftsaktiven der drei Y._-Tochtergesellschaften sowie der X._ AG und der Z._ AG) in eine Tochtergesellschaft ausgegliedert und die V._ AG durch die Y._ AG absorbiert wurde. Fortan waren die ABC. _-Aktionäre somit Anteilsinhaber der Y._ AG.
B.- R.A._ deklarierte in der Bundessteuererklärung 1993/94 ein steuerbares Einkommen von Fr. 1'288'139.--.
Mit Veranlagungsverfügung vom 31. August 1998 wurde da- gegen ein durchschnittliches steuerbares Einkommen von Fr. 8'497'717.-- festgehalten, insbesondere unter Aufrechnung des Betrages von Fr. 14'412'350.--, der dem Nominalwert der erhaltenen V._-Aktien unter Abzug des Nennwertes der eingebrachten X._-Aktien (289'907 V._-Aktien zu Fr. 50.-- minus 83 X._-Titel zu Fr. 1'000.--) entsprach und der als steuerbarer Vermögensertrag qualifiziert wurde.
Gegen diese Aufrechnung erhob R.A._ erfolglos Einsprache. Seine gegen den Einspracheentscheid vom 10. Februar 1999 gerichtete Beschwerde hiess die Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich am 11. November 1999 gut mit der Begründung, es liege weder eine Transponierung noch eine indirekte Teilliquidation, sondern vielmehr ein fusionsähnlicher Zusammenschluss vor. Ein Nennwertzuwachs im Zuge einer Quasifusion stelle aber grundsätzlich für den privaten aktieneinbringenden Anteilsinhaber keine steuerbare Vermögensumschichtung, sondern eine Realisierung und demzufolge einen steuerfreien Kapitalgewinn dar.
C.- Mit Eingabe vom 23. bzw. 27. März 2000 haben das Kantonale Steueramt Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben, Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen, es sei der Entscheid der Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich aufzuheben und R.A._ für die direkte Bundessteuer 1993/94 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 8'497'700.-- (zum Satz von Fr. 8'501'500.--) zu veranlagen.
R.A._ und die Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der angefochtene Entscheid der Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich ist ein letztinstanzlich kantonales Urteil, gegen welches die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig ist (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. g OG so- wie Art. 146 und 182 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642. 11] bzw. Art. 112 und 132 Abs. 3 Satz 3 des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer [BdBSt]). Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist nach Art. 103 lit. b OG zur Beschwerdeführung legitimiert.
Die Legitimation des Kantonalen Steueramtes ergab sich nach der Rechtsprechung zum Bundesratsbeschluss aus Art. 103 lit. a und c OG in Verbindung mit Art. 107 Abs. 1 und 112 Abs. 1 BdBSt (<ref-ruling> E. 1a S. 228, mit Hinweisen) und ist jetzt im Bundesgesetz ausdrücklich verankert (Art. 146 Satz 2 in Verbindung mit <ref-law>). Auf die rechtzeitig eingereichten und den Formerfordernissen (Art. 108 OG) entsprechenden Beschwerden ist einzutreten.
2.- Die Beschwerden des Kantonalen Steueramtes Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung beschlagen den gleichen Sachverhalt und die gleiche Steuerveranlagung.
Sie sind deshalb miteinander zu vereinigen.
3.- Mit dem am 1. Januar 1995 in Kraft getretenen Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer ist der Bundesratsbeschluss grundsätzlich aufgehoben worden (<ref-law>).
Für die vor dem 1. Januar 1995 geschuldeten Steuern gelten indessen die materiell-rechtlichen Bestimmungen des Bundesratsbeschlusses weiter (Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zürich 1995, N 3 zu <ref-law>). Da sich die tatsächlichen Voraussetzungen im vorliegenden Fall in den Jahren 1992 und 1993 verwirklicht haben, ist in materieller Hinsicht auf den Bundesratsbeschluss und die dazu gehörige Praxis abzustellen.
4.- a) Im Rahmen der 1992/93 vollzogenen Quasifusion mit anschliessender Absorption erzielten die Aktionäre der von der V._ AG übernommenen Gesellschaften X._ AG und Z._ AG einen privaten Nominalwertgewinn, den die Beschwerdeführer als steuerbaren Vermögensertrag im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt einstufen, wogegen der Beschwerdegegner und die Vorinstanz von einem abgabefreien privaten Kapitalgewinn ausgehen.
b) Der direkten Bundessteuer unterliegt nach Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt jedes Einkommen aus beweglichem Vermögen, namentlich Gewinnanteile aus Beteiligungen aller Art; als solche gelten alle durch Zahlung, Überweisung, Gutschrift, Verrechnung oder auf andere Weise bewirkten geldwerten Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte, die keine Rückzahlung der bestehenden Kapitalanteile darstellen. Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt ist eine Norm mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten, die nach der wirtschaftlichen Betrachtungsweise auszulegen ist und bei deren Auslegung nicht strikte von der zivilrechtlichen Gestaltung auszugehen ist, die der Steuerpflichtige gewählt hat. Vielmehr haben die Steuerbehörden den Sachverhalt steuerrechtlich auch entsprechend seinem wirtschaftlichen Gehalt zu würdigen (<ref-ruling> E. 3b S. 241, 249 E. 2b S. 252; vgl. auch ASA 69 642 E. 2a, 68 422 E. 2, 60 537 E. 5a, 59 717 E. 4a; StE 2000 B 24.4 55 E. 2a, 1999 B 24.4 52 E. 3a, 1994 B 24.4 35 E. 4).
Demgegenüber bilden Kapitalgewinne nur dann steuerbares Einkommen, wenn sie im Betrieb eines zur Führung kaufmännischer Bücher verpflichteten Unternehmens bei der Veräusserung oder Verwertung von Vermögensstücken erzielt werden (Art. 21 Abs. 1 lit. d BdBSt) oder aus einer auf den Erwerb gerichteten Tätigkeit stammen (Art. 21 Abs. 1 lit. a BdBSt). Gewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen unterliegen grundsätzlich der direkten Bundessteuer nicht (Art. 21 Abs. 1, lit. d BdBSt e contrario; vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 251, 256 E. 2a S. 258; ASA 60 537 E. 4b, 59 717 E. 3).
5.- a) Die Absorption oder Annexion entspricht gewöhnlich einer vertraglich vereinbarten liquidationslosen Fusion von zwei Unternehmen zu einer einzigen rechtlichen Einheit, wobei die Aktiven und Passiven der übernommenen Gesellschaft auf die Übernehmerin übertragen werden. Diese bleibt bestehen.
Die übernommene Gesellschaft hingegen geht als Rechtssubjekt unter; sie verliert ihre Rechtspersönlichkeit im Zeitpunkt der Eintragung der Fusion im Handelsregister (vgl.
<ref-law>; siehe auch Peter Forstmoser/Arthur Meier-Hayoz/ Peter Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, Rz 3, 12, 14 u. 141 ff. zu § 57, S. 873, 875, 893 f.; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 2. Aufl. , Zürich 1996, Rz 294 ff., S. 178 ff.; Arthur Meier-Hayoz/Peter Forstmoser, Schweizerisches Gesellschsaftsrecht, 8. Aufl. Bern 1998, Rz 9 ff. zu § 24, S. 578 f.; Roland von Büren et al., Aktienrecht, Zürich 2000, Rz 1122, S. 230; Ernst Höhn/Robert Waldburger, Steuerrecht, Band II, 8. Aufl. , Bern usw. 1997, Rz 160 ff. zu § 39, S. 483 ff.; Markus Reich/Marco Duss, Unternehmensumstrukturierungen im Steuerrecht, Basel usw. 1996, S. 247 f.; Urs Behnisch, Die Umstrukturierung von Kapitalgesellschaften, Basel 1996, S. 220 f.).
Die absorbierte Gesellschaft wird zwar aufgelöst, nicht jedoch liquidiert, sondern in die andere übergeführt; ihr Vermögenssubstrat bleibt somit erhalten. Trotz des Subjektwechsels wird die Kontinuität der gesamten vermögensrechtlichen Beziehungen dadurch gewahrt, dass die Aktiven und Passiven, Rechte und Pflichten der übernommenen Gesellschaft als Ganzes auf die Übernehmerin übergehen. Durch diese Gesamtnachfolge gehen alle Rechte und Pflichten unbesehen um Formvorschriften, die bei Einzelübertragungen gelten, auf die übernehmende Gesellschaft über. Darin liegt der wesentliche Unterschied namentlich zur unechten Fusion bzw.
der Geschäftsübernahme gemäss <ref-law>, wo der Übergang der Vermögenswerte im Wege nicht der Universal- sondern der der Singularsukzession vollzogen wird und die übertragende Gesellschaft weiter bestehen bleibt (vgl. Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., Rz 7-10 u. 18 zu § 57, S. 874 ff.; Böckli, a.a.O., Rz 294b u. 295z, S. 180 u. 200; von Büren et al., a.a.O., Rz 1123 u. 1156, S. 230 u. 236).
Nebst der wirtschaftlichen Kontinuität bewahrt die Absorption auch diejenige der Mitgliedschaft: Auf Grund des Fusionsvertrages ist die übernehmende Gesellschaft verpflichtet, die erforderlichen freien Mitgliedsschaftsstellen für die Aufnahme der Aktionäre der untergehenden Gesellschaft bereitzuhalten. Deren Aktionären steht das Recht zu, Titel der übernehmenden Gesellschaft zu erhalten. Diese kann ihrerseits die Herausgabe der Aktientitel der untergehenden Gesellschaft verlangen. Die Anteilsinhaber bleiben Aktionäre, allerdings in einer anderen Gesellschaft (vgl. Forstmoser/ Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., Rz 11 u. 155 ff. zu § 57, S. 875 u. 895 f.; Böckli, a.a.O., Rz 294b, S. 180).
Beim Zusammenschluss werden die Aktionäre der übernommenen Gesellschaft für die Veräusserung der zuvor gehaltenen Aktien nicht mit Barmitteln abgefunden (unter Vorbehalt eines etwaigen Barabfindungsanteils). Üblicherweise nimmt die übernehmende Gesellschaft eine Kapitalerhöhung vor, bei der die neu ausgegebenen Anteile - unter Verzicht auf das Bezugsrecht der bestehenden Aktionäre - durch die Aktionäre der zu übernehmenden Gesellschaft gezeichnet und durch Sacheinlage der Anteile der eingebrachten Gesellschaft liberiert werden (vgl. Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., Rz 86 ff., 112 u. 168 zu § 57, S. 887, 890 u. 897; von Büren et al., a.a.O., Rz 1131, S. 231). Der theoretische Betrag der Kapitalerhöhung entspricht dem Verhältnis der inneren Werte (d.h. des Aktienkapitals sowie der offenen und stillen Reserven) zwischen der übernommenen und der übernehmenden Gesellschaft, multipliziert durch das Aktienkapital der übernehmenden Gesellschaft. Aus der Sicht der Anteilsinhaber der übernommenen Gesellschaft kann sich somit entweder ein Nominalwertverlust oder -gewinn ergeben; ein Nennwertzuwachs besteht dann, wenn der theoretische Betrag der Kapitalerhöhung über dem Nominalkapital der übernommenen Gesellschaft liegt (Böckli, a.a.O., Rz 294o ff.; S. 186 ff.; Höhn/Waldburger, a.a.O., Rz 171 ff. zu § 39, S. 490 ff.).
Steuerrechtlich führt gemäss herrschender Lehre die Abgabe der Anteile der übernommenen Gesellschaft und die Entgegennahme von Aktien der Übernehmerin bei der Absorption nicht zu einer Realisierung, da kein Tauschvorgang, sondern lediglich eine Vermögensumschichtung stattfindet und die Mitgliedschaft in der neuen Gesellschaft fortdauert. Ein Besteuerungsaufschub rechtfertigt sich zwar insoweit, als die Reserven der übernommenen Gesellschaft nicht in Aktienkapital der Übernehmerin umgewandelt und die Einkommens- bzw.
Gewinnsteuerwerte der einbringenden Anteilsinhaber einfach weitergeführt werden. Anders zu beurteilen sind jedoch jene Reserven, die bei der übernehmenden Gesellschaft in Nominalkapital umgewandelt werden. Während ein Nennwertverlust der einbringenden Aktionäre im Privatvermögensbereich als unbeachtlich eingestuft wird, erachtet die Mehrheit der Lehre einen Nominalwertgewinn als steuerbaren Vermögensertrag, da er bei einer wirtschaftlichen Gesamtbetrachtung einer Gratisnennwerterhöhung entspricht (vgl. Reich/Duss, a.a.O., S. 268 f.; Behnisch, a.a.O., S. 221 u. 231; a.M.: Höhn/ Waldburger, a.a.O., Rz 218 f. u. 223, S. 520 ff.; siehe auch Böckli, a.a.O., Rz 295d u. 295e, S. 190 ff.).
b) Im Gegensatz zur Absorption ist der hier zuerst durchgeführte fusionsähnliche Zusammenschluss (Quasifusion) eine bloss wirtschaftliche und beteiligungsmässige Verflechtung von Unternehmen ohne deren rechtliche Verschmelzung:
Entgegen der Annexion löst die übernehmende Gesellschaft die übernommene nicht auf und lässt deren Beteiligungstitel weiter als solche bestehen. Es werden nicht die Aktiven und Passiven, sondern nur die Aktien der übernommenen Gesellschaft übertragen. Diese büsst zwar ihre wirtschaftliche Selbständigkeit ein, bleibt aber in ihrer Geschäftstätigkeit sowie als Rechtsträgerin und Steuersubjekt unverändert bestehen.
Auch hier nimmt die übernehmende Gesellschaft üblicherweise eine Kapitalerhöhung vor, bei der die neu ausgegebenen Anteile - unter Verzicht auf das Bezugsrecht der bestehenden Aktionäre - durch die Aktionäre der zu übernehmenden Gesellschaft gezeichnet und durch Sacheinlage der Anteile der eingebrachten Gesellschaft liberiert werden (vgl.
Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., Rz 19 zu § 57, 876; Meier-Hayoz/Forstmoser, a.a.O., Rz 21 f. zu § 24, S. 580; von Büren et al., a.a.O., Rz 1159 f., S. 237; (vgl. Höhn/ Waldburger, a.a.O., Rz 166 ff. zu § 39, S. 487 ff.; Reich/ Duss, a.a.O., 249 f., 288 f.; Behnisch, a.a.O., S. 214 f.).
Steuerrechtlich wird der mit der Quasifusion verbundene "Aktientausch" allgemein als Realisierungsakt und Veräusserung qualifiziert. Das von den einbringenden Anteilsinhabern Empfangene ist demnach als Entgelt für ihre Aufgabe an den Eigentumsrechten an den Aktien zu verstehen, wobei die erhaltene Gegenleistung (die Aktien der übernehmenden Gesellschaft) von einem unabhängigen Dritten stammt.
Je nach Erwerbspreis führt eine solche Veräusserung im Privatvermögensbereich zu einem einkommenssteuerrechtlich unbeachtlichen privaten Kapitalgewinn oder -verlust. Steuerfrei ist somit auch der Differenzbetrag zwischen dem niedrigeren Nennwert der eingebrachten Aktien und dem höheren der dafür erhaltenen Beteiligungstitel (vgl. Höhn/Waldburger, a.a.O., Rz 254 u. 265 f. zu § 39, S. 545 u. 552; Reich/Duss, a.a.O., S. 288 u. 292 f.; Behnisch, a.a.O., S. 214 ff.).
Werden ein fusionsähnlicher Zusammenschluss und eine nachfolgende Absorption gemäss einer strikt zivilrechtlichen Sichtweise getrennt geprüft, wie die Vorinstanz dies hier getan hat, so bleiben die im Rahmen der Quasifusion erzielten privaten Nominalwertgewinne sogar dann steuerfrei, wenn in einer späteren Phase die übernehmende Gesellschaft die übernommene absorbiert. Dann ist die Übernehmerin nämlich gewöhnlich schon Inhaberin der Beteiligungstitel der übernommenen Gesellschaft; diese löst sie nun auf und konsolidiert deren Aktiven und Passiven mit ihren eigenen. Auf Grund der schon vorher bestehenden Beteiligung bleibt eine solche Absorption ohne steuerliche Folgen für die Aktionäre (vgl. Höhn/Waldburger, a.a.O., Rz 238 zu § 39, S. 535 f.).
6.- Der im Rahmen einer Quasifusion erzielte Nominalwertgewinn kann jedoch nicht steuerfrei bleiben, wenn er auf einer Steuerumgehung beruht, insbesondere dann, wenn die Beteiligten in Wirklichkeit von allem Anfang an eine wirtschaftliche Annexion mit rechtlicher Verschmelzung planen und den Umweg über die Quasifusion mit zeitnah folgender Absorption wählen, um den privaten Nennwertzuwachs der einbringenden Aktionäre den Steuerfolgen der Fusion zu entziehen.
Grundsätzlich haben die Steuerbehörden auf die von den Pflichtigen geschlossenen Verträge abzustellen. Sie dürfen jedoch davon abweichen und einen anderen Sachverhalt unterstellen, wenn die Pflichtigen nur um der Steuerersparnis willen ein ungewöhnliches Vorgehen gewählt haben, d.h.
wenn eine Steuerumgehung vorliegt (vgl. ASA 63 218 E. 4; 64 80 E. 3b; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts,
5. Aufl. 1995, 29). Eine Steuerumgehung wird nach der Rechtsprechung (vgl. ASA 63 218 E. 4) angenommen, wenn:
- eine von den Beteiligten gewählte Rechtsgestaltung
als ungewöhnlich (insolite), sachwidrig oder absonderlich,
jedenfalls den wirtschaftlichen Gegebenheiten
völlig unangemessen erscheint, wenn zudem
- anzunehmen ist, dass die gewählte Rechtsgestaltung
missbräuchlich lediglich deshalb getroffen wurde,
um Steuern einzusparen, die bei sachgemässer Ordnung
der Verhältnisse geschuldet wären, und wenn
- das gewählte Vorgehen tatsächlich zu einer erheblichen
Steuerersparnis führen würde, sofern es von
der Steuerbehörde hingenommen würde.
Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz gegen die Annahme einer Steuerumgehung eingewendet, dass die ABC. _-Aktionäre ihre Anteile in einen weltweit tätigen, börsenkotierten Konzern einbrachten, welcher in jener Zeit aus wirtschaftlichen und nicht aus steuerlichen Motiven mehrfach umstrukturiert wurde. Diese Argumentation mag wohl die in den Jahren 1992/93 durchgeführte Umstrukturierung gesamthaft erklären, nicht aber den gewählten Umweg über die Quasifusion mit zeitnah folgender Absorption, der als ungewöhnliche und unnötig komplizierte Vorgehensweise erschei- nen muss. In der Lehre wird zwar hervorgehoben, dass der fusionsähnliche Zusammenschluss in gewissen Fällen durchaus begründeterweise - und ohne jegliche Steuerumgehungsabsicht - die blosse Vorstufe der rechtlichen Verschmelzung durch Absorption bilden kann, namentlich dann, wenn noch Minderheitsaktionäre ausgeschaltet werden müssen; in anderen Fällen bleibt die übernommene Gesellschaft rechtlich erhalten, weil firmen- oder immaterialgüterrechtliche Gründe einer Absorption entgegenstehen (vgl. Reich/Duss, a.a.O., 288). Hier sind jedoch keinerlei solche Gründe ersichtlich oder dargetan.
Vielmehr ist festzuhalten, dass die ABC. _- Aktionäre im Rahmen des geplanten Beteiligungsübergangs Aktien im Werte von ca. 48 Millionen Franken übertragen und dafür Anteile einer erst noch zu gründenden Gesellschaft erhalten sollten. Angesichts der finanziellen Tragweite und Risiken drängte es sich auf, beim übernehmenden Konzern zumindest Informationen oder sogar Garantien einzuholen, namentlich bezüglich des Wertes der drei Y._-Tochtergesellschaften und betreffend die zukünftige (Dividenden-) Politik der Gesellschaft. Solche Vorsichtsmassnahmen waren hier auf Grund der Beteiligungsverhältnisse zudem durchaus möglich. Da die ABC. _-Aktionäre die zu übernehmenden Gesellschaften beherrschten, waren sie in der Lage, die Wahrung ihrer Interessen in der kommenden Umstrukturierung umfassend und längerfristig zu verfolgen, was vorab die Aushandlung der Übernahmebedingungen und deren Steuerfolgen anbelangte.
Die Frage der Steuerumgehung muss hier indessen nicht abschliessend beantwortet werden.
7.- Der im Rahmen einer Quasifusion erzielte private Nominalwertgewinn kann gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung auch dann nicht steuerfrei bleiben, wenn er das Ergebnis einer Transponierung ist. Eine solche besteht darin, dass der veräussernde Aktionär eine im Privatvermögen gehaltene Beteiligung an einer Gesellschaft, die er beherrscht, in eine ebenfalls von ihm beherrschte (Holding-) Gesellschaft einbringt und dafür entweder Aktien oder einen Forderungstitel gegenüber dieser Gesellschaft erhält, wodurch latente Ausschüttungssteuerlasten beseitigt werden.
Steuerbarer Beteiligungsertrag ist dabei der erzielte Einbringungspreis, soweit er den Nominalwert der übertragenen Aktien übersteigt (vgl. StE, 2000 B 24.4 55, E. 2; ASA 68, 422 E. 2, je mit Hinweisen). Im Zusammenhang mit einer Quasifusion ist eine Transponierung namentlich dann gegeben, wenn der einbringende Aktionär seine Eigentümerbefugnisse beim wirtschaftlichen Zusammenschluss gar nicht aufgibt, weil er die getauschten Beteiligungen über die Beherrschung der übernehmenden Gesellschaft indirekt weiter in seinem Vermögen hält. Wenn er mittelbar bzw. wirtschaftlich Eigentümer seiner hingegebenen Aktien bleibt, nimmt er demzufolge keine Veräusserung, sondern bloss eine Vermögensumschichtung vor, weshalb der gegebenenfalls dabei erzielte Nennwertunterschied aus steuersystematischen Gründen als Vermögensertrag steuerbar wird (vgl. Behnisch, a.a.O., 217).
Übereinstimmend mit diesem Modell beherrschten hier die veräussernden Aktionäre die übernommenen Gesellschaften vollumfänglich. Dagegen hatten sie in der neu gegründeten V._ AG weder einzeln noch gemeinsam eine Mehrheitsstellung inne. Vielmehr waren sie nach dem Zusammenschluss nur noch Minderheitsbeteiligte einer Publikumsgesellschaft, wobei dem Beschwerdeführer 10,2 % der V._-Aktien zukam und den ABC. _-Aktionären insgesamt 33,9 %. Nun hat die Rechtsprechung aber festgehalten, dass der beherrschende Aktionär der übernehmenden (Holding-)Gesellschaft nicht unbedingt Alleinaktionär sein muss (vgl. ASA 55, 206 E. 5, mit Hinweisen). In einem anderen Fall (vgl. ASA 68, 422 E. 2, mit Hinweisen) ist eine Transponierung sogar bei der Übertragung einer Minderheitsbeteiligung angenommen worden, da je nach den Umständen selbst ein Minderheitsaktionär einen entscheidenden Einfluss auf den Geschäftsgang ausüben kann (vgl. auch StE, 1994 B 24.4 35, E. 5b). Vorliegend waren die ABC. _-Aktionäre mit knapp mehr als einem Drittel des V._-Aktienkapitals zwar nicht in der Lage, aktiv den Geschäftsverlauf der Gesellschaft (und insbesondere deren Dividendenpolitik) zu bestimmen. Dagegen bildeten sie eine ernst zu nehmende Sperrminderheit (vgl.
u.a. <ref-law>). Darüber hinaus bestanden selbst nach dem Aktientausch konkrete Indizien dafür, dass die Minderheitsaktionäre immer wieder Einfluss nahmen, um ihre gemeinsamen Interessen weiterhin geltend zu machen; so drängten sie regelmässig darauf, ihre wenig liquiden V._-Titel in jene der Y._ AG umtauschen zu können, was im Rahmen der Umstrukturierung von 1995 auch tatsächlich geschehen sollte.
Insgesamt kann jedoch offen bleiben, ob hier eine Transponierung vorlag und inwiefern die ABC. _-Aktionäre nach dem Beteiligungsübergang in der Lage waren, einen massgeblichen Einfluss auf die (Dividenden-)Politik der Gesellschaft auszuüben.
8.- Der private Nennwertzuwachs aus Quasifusion ist ebenfalls steuerbar, wenn die vorgenommene Umstrukturierung den Tatbestand der indirekten Teilliquidation erfüllt. Eine solche liegt vor, wenn eine Beteiligung, die der veräussernde Aktionär in seinem Privatvermögen hält, bei der Käuferin in das Geschäftsvermögen eingeht und der Verkäufer zusammen mit der Käuferin plant (oder es zumindest hinnimmt), dass der Kaufpreis nicht aus eigenen Mitteln, sondern aus Mitteln der übernommenen Gesellschaft aufgebracht wird, ohne dieser die Mittel wieder zuzuführen. Beteiligungsertrag ist auch hier der erzielte Veräusserungserlös, soweit er nicht eine Rückzahlung der bestehenden Kapitalanteile darstellt (vgl.
ASA 69, 642 E. 2, mit Hinweisen).
Von diesem Modell weicht die vorliegende Strukturumwandlung in mindestens zweifacher Hinsicht ab: Die ABC. _-Anteilsinhaber wurden hier nicht in Geld bezahlt, vielmehr erhielten sie Aktien der übernehmenden Gesellschaft.
Darüber hinaus blieben sie längerfristig in der übernehmenden Gesellschaft beteiligt, statt nach ihrer Auszahlung jegliche Teilnahme in der übernehmenden Gesellschaft aufzugeben. Diese Unterschiede schlossen jedoch eine Mittelentnahme zulasten der übernommenen Gesellschaft keineswegs aus: Durch die Quasifusion erhöhte sich das nominelle Kapital der Übernehmerin, ohne dass die einbringenden Aktionäre die Mittel zur Liberierung dieser Kapitalerhöhung selber hätten aufbringen müssen. Nach der anschliessenden Absorption (bzw. der damit verbundenen Auflösung sowie Übertragung der Aktiven und Passiven) konnte die Übernehmerin über die Reserven der übernommenen Gesellschaft frei verfügen.
Weiter ist die Mitwirkung der veräussernden Anteilsinhaber bei ein solcher Mittelentnahme durch Absorption zu prüfen. Dazu ist hier namentlich hervorzuheben, dass - wie schon dargelegt - die finanzielle Tragweite der geplanten Umstrukturierung und die bestehenden Beteiligungsverhältnisse dafür sprachen, von allem Anfang an einen ganzheitlichen und längerfristigen Interessenausgleich zwischen den ABC. _-Aktionären und der übernehmenden Gesellschaft festzulegen. Dies umfasste nicht nur die Aushandlung der Übernahmebedingungen selbst (Substanzverteilung, Regelung der Steuerfolgen, usw.), sondern schloss auch ihre zukünftige Stellung als Minderheitsaktionäre mit ein.
Indessen können auch diese Fragen offen bleiben.
9.- a) Unabhängig vom Vorliegen einer Steuerumgehung, einer Transponierung oder einer indirekten Teilliquidation kann ein im Rahmen einer Quasifusion mit anschliessender Absorption erzielter privater Nennwertzuwachs zum steuerbaren Vermögensertrag werden, wenn davon auszugehen ist, dass die beiden Umstrukturierungsphasen es ermöglichen, wirtschaftlich das gleiche Ergebnis zu erzielen wie bei einer Annexion mit rechtlichem Zusammenschluss, unter Verschmelzung der Vermögensmassen der beteiligten Gesellschaften.
Insbesondere dann, wenn die beiden Phasen sich in kurzem Zeitabstand folgen, liegt es je nachdem nahe, dass der fusionsähnliche Zusammenschluss lediglich die Vorstufe der rechtlichen Verschmelzung darstellt, nur im Hinblick auf sie erfolgt und daher nur unter Einbezug der nachfolgenden Absorption beurteilt werden kann. In einem solchen Fall sind die gleichen Besteuerungsgrundsätze anzuwenden wie bei einer Fusion (vgl. Höhn/Waldburger, a.a.O., 535 f.; Reich/Duss, a.a.O., 292; Behnisch, a.a.O., 215).
b) Als Bestimmung mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten (vgl. E. 4b oben) ist Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt nicht primär von subjektiven Elementen und Absichten abhängig.
So ist zu prüfen, ob die vorliegende Umstrukturierung im Endergebnis einer Annexion gleichzustellen ist und somit auch dieselben Steuerfolgen nach sich ziehen muss.
Das Kantonale Steueramt beruft sich auf eine Praxis der Steuerbehörden, die in ihren Vorbescheiden die Beteiligten eines fusionsähnlichen Zusammenschlusses regelmässig wissen lassen, dass eine steuerneutrale Umstrukturierung und Reservenübertragung nur unter der Voraussetzung möglich ist, dass während einer fünfjährigen Sperrfrist nach der Quasifusion keine Absorption der übernommenen durch die übernehmende Gesellschaft erfolgt.
Zur Rechtfertigung dieser Praxis wird auf jene Rechtsprechung verwiesen, in der das Bundesgericht eine solche Sperrfrist bei der Umwandlung einer Einzelunternehmung in eine Aktiengesellschaft (vgl. ASA 68, 71 E. 2, mit Hinweisen) wie auch bei der Unternehmensspaltung (vgl. ASA 61, 825 E. 3-5, mit Hinweisen) festgehalten hat. In beiden Fällen rechtfertigt sich ein Besteuerungsaufschub für die Übertragung stiller Reserven nur im Hinblick auf grundsätzlich gleichbleibende Beteiligungsverhältnisse. Dementsprechend besteht die Sperrfrist unabhängig von einer etwaigen Umgehungsabsicht oder davon, ob schon vor der Umwandlung geplant war, die Beteiligung an der Aktiengesellschaft zu realisieren.
Gegen die Anwendung einer solchen objektivierten Sperrfrist auf Gesellschaftszusammenschlüsse wird nament- lich eingewendet, im Umwandlungsfall sei es begriffsnotwendig die gleiche natürliche Person, die weiterhin das Unternehmen beherrsche und es so in der Hand habe, die Weiterführung des Betriebs über die Dauer der Sperrfrist hinaus zu garantieren. Bei einer Quasifusion mit anschliessender Absorption sei es dagegen ebenso zwingend, dass der frühere Aktionär die Unternehmung nachher nicht mehr beherrsche, ansonsten ja eine Transponierung vorläge. Auch im Vorfeld der Übernahme habe der aktieneinbringende Anteilsinhaber keine massgebliche Einflussmöglichkeit, es sei denn, der Tatbestand der indirekten Teilliquidation sei erfüllt.
Es erübrigt sich, hier die notwendige Dauer einer objektivierten Sperrfrist im Zusammenhang mit Unternehmenszusammenschlüssen allgemein und abschliessend zu prüfen. Es genügt festzuhalten, dass die Absorption hier so zeitnah zur vorhergehenden Quasifusion stattfand, dass darin ein weiteres Indiz dafür liegt, dass die beiden Umstrukturierungsphasen wirtschaftlich gesehen einer Annexion gleichzustellen und somit auch denselben Besteuerungsgrundsätzen zu unterwerfen sind. Planung und Durchführung des Beteiligungsübergangs müssen darauf schliessen lassen, dass der Umweg über den fusionsähnlichen Zusammenschluss blosse Vorstufe der nachmaligen rechtlichen Verschmelzung war, im Rahmen eines gesamthaften und längerfristigen Interessenausgleiches zwischen den aktieneinbringenden ABC. _-Anteilsinhabern und der übernehmenden Gesellschaft. Bei der Quasifusion wurde den einbringenden Aktionären ein Nennwertgewinn zugestanden, ohne dass sie aber die Mittel für die Liberierung des zusätzlichen Nominalkapitals selber hätten aufbringen müssen.
Die anschliessende Absorption erlaubte es der Übernehmerin, über die Reserven der übernommenen Gesellschaft frei zu verfügen.
Bei dieser Betrachtungsweise ergibt sich die Steuerbarkeit unabhängig von jeglicher Umgehungsabsicht. Im Unterschied zur Transponierung oder der indirekten Teilliquidation beläuft sich der Vermögensertrag hier auch nicht auf den gesamten Differenzbetrag zwischen dem für die eingebrachten Aktien erzielten Einbringungs- bzw. Veräusserungspreis und dem Nominalwert, sondern nur auf den Nennwertzuwachs.
c) Unbeachtlich ist schliesslich, dass 1995 - also innerhalb der von den Steuerbehörden befürworteten Fünfjahresfrist - eine zweite Umstrukturierung stattfand, bei der die ABC. _-Aktionäre einen Teil des zuvor erzielten Nominalwertgewinnes wieder einbüssten. Unabhängig davon, dass gemäss herrschender Lehre private Nominalwertverluste bei der Fusion unbeachtlich bleiben, drängt sich hier schon aus anderen Gründen eine strikt getrennte Prüfung der beiden Vorkommnisse auf. Die zweite Umstrukturierung hätte nämlich auch im Falle einer Annexion stattgefunden. Überdies entsprang sie anderen wirtschaftlichen Notwendigkeiten.
10.- Nach dem Gesagten sind die beiden Beschwerden gutzuheissen.
Der vorinstanzliche Entscheid ist aufzuheben und der Einspracheentscheid zu bestätigen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der unterliegende Beschwerdegegner kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verfahren 2A.135/2000 und 2A.136/2000 werden vereinigt.
2.- Die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden gutgeheissen; der Entscheid der Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich vom 11. November 1999 wird aufgehoben und der Einspracheentscheid vom 10. Februar 1999 bestätigt.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 20'000.-- wird dem Beschwerdegegner auferlegt.
4.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien und der Bundessteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 9. November 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: