Sachverhalt:
A. A._ beabsichtigte im Frühling 1981 die Realisierung einer Überbauung mit einem Bauvolumen von ca. Fr. 15 Mio. Zu diesem Zwecke gründete er die X._ AG (Beschwerdeführerin), in deren Verwaltungsrat er Einsitz nahm. Die Beschwerdeführerin wirkte im Hinblick auf Planung und Bauleitung des Projekts mit der Y._ AG (Beschwerdegegnerin) zusammen. Die Beschwerdegegnerin wurde mit der Bauleitung beauftragt und die Beschwerdeführerin trat als Bauherrin auf. Mit Vertrag vom 16. April 1981 verkaufte A._ eine Beteiligung an der Beschwerdeführerin an B._. Dieser ist heute Alleinaktionär der Beschwerdeführerin. Nachdem das Projekt im Jahr 1989 fertig gestellt und sämtliche Stockwerkeigentumseinheiten verkauft worden waren, legte die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin die provisorische Bauabrechnung zur Genehmigung vor. Bei der Überprüfung der Bauabrechnung hegte B._ den Verdacht, dass es im Laufe ihrer Erstellung zu Unregelmässigkeiten gekommen sei, die Verantwortlichkeitsansprüche begründen könnten, weil die Bauabrechnung gegenüber dem bereinigten Kostenvoranschlag vom 6. Dezember 1986 Mehrkosten von Fr. 890'000.-- aufwies.
B. Da die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin ursprünglich am selben Ort domiziliert waren, wurden die Dokumente im Zusammenhang mit der Überbauung nur einfach ausgefertigt und verblieben nach der räumlichen Trennung der beiden Unternehmungen bei der Beschwerdegegnerin. Auf mehrfaches Verlangen der Beschwerdeführerin, ihr die Akten herauszugeben, liess die Beschwerdegegnerin die Akten kopieren und die Kopien und zum Teil Originalakten in acht Archivschachteln aushändigen, was die Beschwerdeführerin am 12. Februar 1997 quittierte.
C. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, ob und in welchem Ausmass ihr Ansprüche gegen die Beschwerdegegnerin oder A._ zustehen, lasse sich nur anhand der Originalbauakten abschätzen, da keine Gewähr dafür bestehe, dass die ausgehändigten Kopien mit den Originalen übereinstimmten. Dem Versuch, die Herausgabe der Originale in einem Verfahren auf vorzeitige Aktenedition zu erwirken, war indessen kein Erfolg beschieden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4P.46/2004 vom 13. Mai 2004). Nachdem die Beschwerdegegnerin zusammen mit A._ am 21. Januar 2005 Klage erhoben hatte, um feststellen zu lassen, der Beschwerdeführerin stünden keinerlei Ansprüche zu, reichte diese am 18. November 2005 ihrerseits Klage ein mit dem Begehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihr unverzüglich sämtliche Dokumente und Bauabrechnungsunterlagen im Original auszuhändigen, welche die Beschwerdegegnerin im Zusammenhang mit der Überbauung entweder selbst geschaffen habe, oder die ihr bei der Ausführung des Auftrags von Dritten zugekommen seien. Sie stützte den Herausgabeanspruch auf ihre Stellung als Eigentümerin der Akten sowie auf ihren Herausgabeanspruch als Auftraggeberin nach <ref-law>.
D. Das Kantonsgericht des Kantons Nidwalden wies die Klage ab. Dieses Urteil bestätigte das Obergericht des Kantons Nidwalden am 14. Februar 2008. Mit Beschwerde in Zivilsachen hält die Beschwerdeführerin im Wesentlichen an ihren im kantonalen Verfahren gestellten Begehren fest. Ihr Gesuch um aufschiebende Wirkung wies das Bundesgericht am 2. Februar 2009 ab. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf Vernehmlassung verzichtet.
E. Mit Eingabe vom 19. Februar 2009 beantragt die Beschwerdeführerin, es sei ihr vorsorglich zu bewilligen, die für das kantonale Verfahren geschuldete Parteientschädigung auf ein Sperrkonto einzuzahlen. Die Beschwerdegegnerin habe ihre Geschäftstätigkeit aufgegeben, was die Rückforderung des Betrages bei Gutheissung der Beschwerde gefährde. Die Beschwerdeführerin hat sich am 27. Januar 2009 zudem an die Präsidentenkonferenz gewandt, damit diese bei Gutheissung der Beschwerde den Nidwaldner Gerichten eine scharfe Rüge erteile.
F. Die kantonalen Instanzen haben die gegen die Beschwerdeführerin angestrengte negative Feststellungsklage im Wesentlichen geschützt. Mit Urteil vom heutigen Tage hat das Bundesgericht die hiergegen erhobene Beschwerde abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist (Urteil des Bundesgerichts 4A_36/2009 vom 27. Februar 2009).

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin behauptet, die Weigerung, die Originalakten herauszugeben, habe es bisher verunmöglicht, die Bauabrechnung zu überprüfen und abzuklären, ob die Beschwerdeführerin durch das Verhalten ihres damaligen Verwaltungsrates A._ geschädigt worden ist. Nachdem diesbezüglich aber die negative Feststellungsklage rechtskräftig gutgeheissen wurde, steht fest, dass der Beschwerdeführerin weder gegen die Beschwerdegegnerin noch gegen ihren ehemaligen Verwaltungsrat Ansprüche im Zusammenhang mit dem Bauprojekt zustehen. Ob sie unter diesen Umständen überhaupt noch ein Interesse an der Herausgabe der Originale und der Unterlagen hat, ist zweifelhaft. Immerhin ist zu beachten, dass die Beschwerdeführerin nicht lediglich die Edition der Dokumente zur Verwendung im Prozess verlangt, sondern deren Herausgabe, wobei sie sich einerseits auf den dinglichen Herausgabeanspruch des Eigentümers (641 ZGB), andererseits auf den obligatorischen gegenüber dem Beauftragten (<ref-law>) beruft.
1.1 Die Vorinstanz kam zum Ergebnis, die Beschwerdeführerin habe ihren Anspruch auf Herausgabe ihres Eigentums nicht hinreichend substantiiert. Ob ein Anspruch hinreichend substantiiert ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann, bestimmt sich nach Bundesrecht (<ref-ruling> E. 2b S. 339; <ref-ruling> E. 3.3 S. 162 mit Hinweisen). Um eine Rechtsverletzung aufzuzeigen (<ref-law>), müsste die Beschwerdeführerin mit Aktenhinweisen im Einzelnen aufzeigen, wo sie im kantonalen Verfahren Ausführungen gemacht hat, die ihren Anspruch als hinreichend substantiiert erscheinen lassen. Die blosse Behauptung entsprechender Vorbringen ohne exakten Aktenhinweis vermag den Anforderungen an eine Ergänzung des Sachverhalts nicht zu genügen (Art. 97 Abs. 1 und 105 BGG; Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege BBl 2001 4339 Ziff. 4.1.4.3; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 485). Insoweit ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden.
1.2 Was den auf Auftragsrecht gestützten Herausgabeanspruch der Beschwerdeführerin anbelangt, hielt die Vorinstanz fest, die Dokumente seien mit Blick auf das einheitliche Domizil der Gesellschaften nur einfach ausgefertigt worden. Daraus lässt sich ohne Weiteres ableiten, dass nach dem insoweit übereinstimmenden Parteiwillen die Dokumente beiden Gesellschaften zur Verfügung stehen sollten. Demgemäss ist die Beschwerdegegnerin ebenfalls zum Zugriff auf die Akten berechtigt und kann deren Herausgabe an die Beschwerdeführerin nicht zur Erfüllung des Auftrages gehören. Die Beschwerdeführerin könnte allenfalls der gemeinsamen Nutzung entsprechend Zugang zu den Unterlagen verlangen, nicht aber deren Herausgabe unter Ausschluss der Verfügbarkeit für die Beschwerdegegnerin. Die Beschwerdeführerin dringt daher mit ihrem aus <ref-law> abgeleiteten Herausgabeanspruch nicht durch. Die von der Vorinstanz aufgeworfene Frage der Verjährung braucht unter diesen Umständen nicht vertieft abgehandelt zu werden. Sie wäre mit Bezug auf den Herausgabeanspruch und den Anspruch auf Zugang zu den Akten unterschiedlich zu beantworten.
2. Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet, ohne dass auf die weiteren Vorbringen einzugehen ist. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Mit Abweisung der Beschwerde wird das Gesuch um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme gegenstandslos. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak