Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Beschwerdeführer beantragt die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente. In der Begründung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde verweist er auf die vorinstanzliche Replik, in der die ganze Rente ausdrücklich nur noch für die Zeit ab 1. Oktober 1995 verlangt wird. Die Ausführungen zur erwerblichen Seite beziehen sich denn auch nur auf die Verhältnisse im Jahre 1995, so dass einzig zu prüfen ist, welcher Rentenanspruch dem Beschwerdeführers ab 1. Oktober 1995 zusteht.
2.- Die Vorinstanz hat den Sachverhalt und die massgebenden Bestimmungen über die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 1bis IVG), die Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) und die bei rückwirkender Zusprechung einer abgestuften oder befristeten IV-Rente die für die Rentenrevision geltenden Bestimmungen (<ref-law>, <ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.- a) Verwaltung und Vorinstanz stützen sich im Wesentlichen auf die Ergebnisse einer polydisziplinären Abklärung im Zentrum für Medizinische Begutachtungen (ZMB), .
Im Gutachten vom 20. Februar 1989 wurden ein Lumbovertebralsyndrom bei Status nach Nukleotomie wegen Diskushernie L5/S1 links sowie eine abnorme psychische Verarbeitung eines Verhebetraumas mit Neigung zu hysterischer Reaktion diagnostiziert. Die Gutachter hielten dafür, dass die Tätigkeit eines Hilfsgärtners oder einer anderen Beschäftigung als Hilfsarbeiter mit schwerer Arbeit unzumutbar sei.
Somatisch sei aber eine leichtere Hilfsarbeit in wechselnder Körperposition und unter Vermeiden von Lasten durchaus zumutbar. Auch sei bei der abnormen Verarbeitung und dem hysterischen Charakter eine eigene Anstrengung zumutbar, um den Zustand zu überwinden. Die medizinisch-theoretische Arbeitsfähigkeit betrage ungefähr 80 %. Die abnorme psychische Verarbeitung liege weit im Vordergrund, die somatisch objektiven medizinischen Befunde vermöchten das ganze Beschwerdebild nicht zu erklären.
In der Folge veranlasste die IV-Stelle eine spezielle psychiatrische Beurteilung. Dr. N. J._, Spezialarzt FMH Psychiatrie und Psychotherapie, kommt im Gutachten vom 7. Februar 1990 zum Schluss, dass eine psychische Überlagerung bestehe, die Krankheitswert habe. Sie sei aber nur in Kombination mit der vorhandenen mässigen körperlichen Behinderung teilinvalidisierend. Bei einer Gesamtarbeitsunfähigkeit von 40 % wäre eine berufliche Tätigkeit grundsätzlich zumutbar, doch seien die Chancen angesichts der konkreten Situation (ungelernter, entwurzelter Gastarbeiter, ohne auch rudimentäre Deutschkenntnisse, aus fremder Kultur stammend) für eine Verwertbarkeit nicht allzu gross.
Der Vollständigkeit halber ist festzuhalten, dass gemäss einem weiteren Gutachten des ZMB vom 15. Juni 1998 sich seit 1989 keine Änderung der somatischen und psychiatrischen Befunde ergeben habe. Die psychische Schmerzfehlverarbeitung sei mittlerweile unlösbar fixiert und chronifiziert und könne therapeutisch nicht beeinflusst werden.
Der Versicherte sei im angestammten Tätigkeitsgebiet als Gärtnereiarbeiter zu 30 %, in einer körperlich adaptierten Tätigkeit ohne repetitives Lastenheben und körperliche Zwangshaltungen zu 70 % arbeitsfähig. Die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit ergebe sich aus den somatischen und den psychiatrischen Befunden. Die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit für eine rückenadaptierte Tätigkeit ergebe sich aus dem psychiatrischen Befund.
b) Die Ergebnisse der medizinischen Abklärung des ZMB sind schlüssig. Die Fachärzte erachten aus medizinischer Sicht bei einer angepassten Tätigkeit eine 60 %ige Arbeitsfähigkeit als gegeben. Die Einwendungen in der Verwaltungsgerichsbeschwerde vermögen die überzeugenden Darlegungen des Gutachtens nicht zu entkräften. Namentlich trifft es nicht zu, dass die Abklärungen in psychiatrischer Hinsicht mangelhaft seien. Diesbezüglich wird auf die korrekten Erwägungen der Vorinstanz verwiesen. Ergänzend ist festzuhalten, dass Dr. J._, der etwa ein Jahr später (am
7. Februar 1990) ein rein psychiatrisches Gutachten erstattete, festhielt, der Beschwerdeführer habe "sich in kroatischer Sprache ziemlich gut ausdrücken" können. Die zweite fachspezifische Untersuchung erfolgte demnach durch einen Arzt, mit dem sich der Versicherte in einer ihm vertrauten Sprache verständigen konnte. Überdies bestätigte der Gutachter ausdrücklich die Beurteilungen des ZMB. Es besteht auch unter diesem Gesichtspunkt keine Veranlassung, weitere Untersuchungen anzuordnen. Im Übrigen wird auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz verwiesen.
c) Wird die Erhöhung einer Rente verlangt, so sind für die Bemessung der Invalidität die erwerblichen Verhältnisse massgeblich, die im fraglichen Zeitpunkt bestanden (AHI 2000 S. 305 Erw. 2c). Davon geht auch die Vorinstanz aus.
Da sich seit Beginn der Rente (1987) bis zum Erlass der streitigen Verfügungen in erwerblicher Hinsicht nichts geändert habe, ändere eine Aufrechnung des möglichen Validen- und des zumutbaren Invalideneinkommens mit dem Nominallohnindex bis 1997 nichts am ermittelten Invaliditätsgrad. Dem kann nur beigepflichtet werden, soweit sich die Löhne während der gesamten Zeit gleich oder doch sehr ähnlich entwickelt haben. Anstelle aufwändiger Aufrechnungen ist hier der vorinstanzliche Einkommensvergleich anhand der Lohn- und Gehaltserhebungen (LSE) des Bundesamtes für Statistik für das Jahr 1994 und der Lohnentwicklung bis 1995 auf seine Stichhaltigkeit zu prüfen.
aa) Beim Valideneinkommen ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer wie bei Eintritt des Gesundheitsschadens als Hilfsgärtner tätig wäre. Da er lediglich zwei Monate in der Schweiz gearbeitet hat, kann ein beruflicher Aufstieg oder der Wechsel zu einer besser bezahlten Arbeit nicht angenommen werden. Im Bereich Gartenbau belief sich laut Tabelle A 1.1.1. der LSE 1994 (S. 53) der Zentralwert für die mit einfachen und repetitiven Aufgaben (Anforderungsniveau 4) beschäftigten Männer auf Fr. 3380.-, was auf der Basis einer betriebsüblichen durchschnittlichen Arbeitszeit von 41,9 Stunden (vgl. LSE S. 42) und in Berücksichtigung der Nominallohnerhöhung von 1,7 % (Die Volkswirtschaft, 1998 Heft 12, Anhang S. 27 f., Tabelle B 10.2 [Gartenbau]) im Jahre 1995 ein Gehalt von monatlich Fr. 3601.- (einschliesslich 13. Monatslohn [LSE S. 43]) ergibt.
bb) Da der Beschwerdeführer seit dem Unfall keine Erwerbstätigkeit mehr aufgenommen hat, ist das hypothetische Invalideneinkommen ebenfalls anhand der Tabellenlöhne zu bestimmen. Auch diesbezüglich wird auf die zutreffenden Ausführungen im vorinstanzlichen Entscheid verwiesen. Dieses Vorgehen wird vom Beschwerdeführer grundsätzlich anerkannt, doch macht er geltend, dass vom Tabellenlohn ein leidensbedingter Abzug von 25 % vorzunehmen sei.
Laut Tabelle A 1.1.1. der LSE 1994 (S. 53) belief sich der Zentralwert für die mit einfachen und repetitiven Aufgaben (Anforderungsniveau 4) beschäftigten Männer im privaten Sektor auf Fr. 4127.-, was auf der Basis einer betriebsüblichen durchschnittlichen Arbeitszeit von 41,9 Stunden und in Berücksichtigung der Nominallohnerhöhung von 1,3 % (Die Volkswirtschaft, 1998 Heft 12, Anhang S. 27 f., Tabelle B 10.2 [Nominal Total]) im Jahre 1995 ein Gehalt von monatlich Fr. 4379.- (einschliesslich 13. Monatslohn) ergibt.
Ob im vorliegenden Fall zu einem 10 % (gemäss vorinstanzlichem Entscheid) übersteigenden Abzug überhaupt Anlass besteht, braucht nicht abschliessend geprüft und entschieden zu werden, denn sogar bei einem Abzug von 25 %, wie er nach der Rechtsprechung höchstens in Betracht fiele, der Invaliditätsgrad 45,29 % betrüge (Tabellenlohn:
Fr. 4379.-, abzüglich 25 % [Fr. 1095.-] = 3284.-, davon 60 % = Fr. 1970.-; Einbusse: Fr. 1631.-). Auch nach <ref-law> (in der seit 1. Januar 1988 geltenden Fassung) bestünde somit nur Anspruch auf eine Viertelsrente oder allenfalls, bei Bejahung eines Härtefalls, auf eine halbe Rente. Bezüglich der Besitzstandsgarantie für Renten bei einem Invaliditätsgrad von weniger als 40 %, die am 1.
Januar 1988 bereits ausgerichtet wurden, wird auf die zutreffenden Ausführungen im vorinstanzlichen Entscheid verwiesen.
Es muss daher bei der Feststellung bleiben, dass die streitigen Wiedererwägungsverfügungen vom 14. Oktober 1997, welche vom angefochtenen Entscheid bestätigt wurden, zu Recht bestehen.
4.- Die unentgeltliche Verbeiständung kann gewährt werden (Art. 152 in Verbindung mit Art. 135 OG), da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung geboten war (<ref-ruling> Erw. 4a und 372 Erw. 5b, je mit Hinweisen). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwalt Beat Gsell, Zürich, für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht aus
der Gerichtskasse eine Entschädigung (einschliesslich
Mehrwertsteuer) von Fr. 2500.- ausgerichtet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 13. Dezember 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: