Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich ermittelt gegen X._ und weitere Personen wegen diverser Vermögensdelikte.
Bei einer Hausdurchsuchung am 26. Mai 2010 stellte sie Akten und Daten sicher. Auf Verlangen von X._ wurden drei CD-ROM mit Daten (Pos. 4/21 des Durchsuchungsprotokolls) gesiegelt.
Am 17. Oktober 2011 beantragte die Staatsanwaltschaft beim Obergericht des Kantons Zürich als Zwangsmassnahmengericht die Entsiegelung der Daten. Dieses trat am 18. November 2011 wegen Nichteinhaltung der Frist gemäss <ref-law> auf das Gesuch nicht ein.
B. In der Folge gab die Staatsanwaltschaft die Datenträger frei (ohne sie zurückzugeben) und stellte sie am 25. November 2011 erneut sicher. Mit Schreiben vom 30. November 2011 ersuchte X._ um Siegelung der Datenträger, weil deren erneute Sicherstellung rechtsmissbräuchlich sei.
Am 1. Dezember 2011 verfügte die Staatsanwaltschaft die Durchsuchung der Datenträger, weil X._ keine Gründe i.S.v. <ref-law> angegeben habe, die einer Durchsuchung entgegenstünden.
Mit Verfügung vom 7. Dezember 2011 erteilte der Präsident der Beschwerdekammer der Beschwerde aufschiebende Wirkung.
Dagegen erhob X._ am 5. Dezember 2011 Beschwerde beim Obergericht des Kantons Zürich und beantragte, es sei von einer Durchsuchung der Datenträger abzusehen.
Die Staatsanwaltschaft vertrat die Auffassung, die Verfügung über die erneute Sicherstellung der Datenträger sei unangefochten geblieben; ihre Zulässigkeit könne daher nicht mehr überprüft werden. Eventualiter stellte sie ein Entsiegelungsgesuch.
Am 9. Februar 2012 wies das Obergericht die Beschwerde ab.
C. Dagegen hat X._ am 28. Februar 2012 Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Beschluss des Obergerichts und die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 1. Dezember 2011 seien aufzuheben und es sei von der Durchsuchung der Daten auf den Datenträgern (Pos. 4/21 des Durchsuchungsprotokolls vom 26. Mai 2010) abzusehen. Er ersucht um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
D. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid erging im Rahmen einer Strafuntersuchung und betrifft damit eine Strafsache im Sinne von <ref-law>. Ein kantonales Rechtsmittel steht nicht zur Verfügung.
Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das genannte Strafverfahren nicht abschliesst. Dagegen steht gemäss <ref-law> die Beschwerde ans Bundesgericht offen, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte. Die strafprozessuale Siegelung dient dem vorläufigen Rechtsschutz und mittelbar den Geheimnis- und Parteiinteressen der von der Durchsuchung betroffenen Personen. Wird die Siegelung verweigert, so kann die Staatsanwaltschaft Kenntnis von den sichergestellten Daten nehmen, selbst wenn ihre Durchsuchung und Verwertung unzulässig sein sollte. Dies kann einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil begründen.
Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in Strafsachen einzutreten.
2. Das Obergericht ging davon aus, dass es sich bei der Rückgabe versiegelter Aufzeichnungen oder Gegenstände, für die kein bzw. kein rechtzeitiges Entsiegelungsgesuch gestellt worden sei, um eine verfahrensleitende Anordnung handle, die dem Stand der Untersuchung entsprechend angepasst werden könne und der grundsätzlich keine materielle Rechtskraftwirkung zukomme. Eine erneute Sicherstellung von bereits freigegebenen Datenträgern sei daher zulässig und sogar geboten, wenn - wie im vorliegenden Fall - vermutet werde, dass sich darauf Beweismittel befinden.
Diese Möglichkeit werde allerdings durch das Gebot von Treu und Glauben und das Rechtsmissbrauchsverbot (Art. 3 Abs. 2 lit. a und b StPO) eingeschränkt. Insbesondere dürften die Strafbehörden die Möglichkeit einer erneuten Sicherstellung nicht dazu benutzen, um sich über die gesetzliche Frist von 20 Tagen zur Einreichung des Entsiegelungsgesuchs hinwegzusetzen. Im vorliegenden Fall habe die Staatsanwaltschaft die Frist jedoch nicht absichtlich missachtet. Vielmehr sei die erstmalige Sicherstellung der CD-ROM im Mai 2010 erfolgt, als noch die alte Zürcher StPO in Kraft gestanden habe, die keine Frist für die Einreichung eines Entsiegelungsgesuchs vorgesehen habe. Es sei anzunehmen, dass sich die Behörde der neu, ab 1. Januar 2011, geltenden Frist gemäss <ref-law> nicht bewusst gewesen sei oder diese fälschlicherweise als Ordnungsvorschrift betrachtet habe.
Die erneute Sicherstellung der Datenträger sei daher zulässig gewesen. Da der Beschwerdeführer auch keine Geheimhaltungsinteressen i.S.v. <ref-law> geltend gemacht habe, habe die Staatsanwaltschaft sein Siegelungsgesuch zu Recht abgelehnt.
2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, der Durchsuchung der fraglichen Datenträger stünden zwingend zwei Fakten entgegen: Das Nichteinhalten der gesetzlichen Frist gemäss <ref-law> durch die Staatsanwaltschaft und das Nichtbeachten der Rechtsauffassung des Zwangsmassnahmengerichts vom 18. November 2011. Die Staatsanwaltschaft habe die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts nicht angefochten; dennoch habe es die Datenträger lediglich pro forma freigegeben und gleich wieder neu sichergestellt. Dieses Vorgehen verletze <ref-law>, den Grundsatz von Treu und Glauben und das Rechtsmissbrauchsverbot gemäss Art. 3 Abs. 2 lit. a und b StPO und <ref-law>.
2.2 <ref-law> sieht vor, dass Aufzeichnungen und Gegenstände, die nach Angaben der Inhaberin oder des Inhabers wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht durchsucht oder beschlagnahmt werden dürfen, zu versiegeln sind und von den Strafbehörden weder eingesehen noch verwendet werden dürfen (Abs. 1). Stellt die Strafbehörde nicht innert 20 Tagen ein Entsiegelungsgesuch, so werden die versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände der berechtigten Person zurückgegeben (Abs. 2). Stellt sie ein Entsiegelungsgesuch (Abs. 3), so wird darüber innerhalb eines Monats endgültig vom Zwangsmassnahmengericht (lit. a) oder dem Gericht, bei dem das Verfahren hängig ist (lit. b), entschieden.
2.3 In der Literatur wird einstimmig die Auffassung vertreten, die 20-Tages-Frist zur Stellung eines Entsiegelungsgesuchs gemäss <ref-law> sei keine blosse Ordnungsvorschrift, sondern es handle sich um eine zwingende gesetzliche Frist, die nicht verlängert werden könne (<ref-law>) und deren Nichteinhaltung zur Rückgabe der Gegenstände führe (ANDREAS KELLER, in: Zürcher Kommentar StPO, Zürich 2010, N. 37 zu Art. 248; NIKLAUS SCHMID, Praxiskommentar StPO, St. Gallen/Zürich 2009, N. 8 zu <ref-law>); sie wird z.T. als Verwirkungsfrist bezeichnet (OLIVIER THORMANN/BEAT BRECHBÜHL, in: Basler Kommentar StPO, Basel 2011, N. 18 zu <ref-law>; CATHERINE CHIRAZI, in: Code de procédure pénale suisse, Commentaire Romand, Basel 2011, N. 10 zu <ref-law>). Sie sei eine Reaktion auf die bisherige, zum Teil verfahrensverzögernde Praxis und entspreche dem Beschleunigungsgebot.
Allerdings erlange die Rückgabe keine Rechtskraft, sodass eine erneute Sicherstellung nicht ausgeschlossen sei (THORMANN/BRECHBÜHL, a.a.O., N. 21; SCHMID, Praxiskommentar StPO, N. 10 zu Art. 248 und N. 2 zu Art. 437; FRANZ RIKLIN, Schweizerisches Strafprozessordnung, Kommentar, Zürich 2010, N. 3 zu Vorbem. zu Art. 437-438 StPO). Diese Möglichkeit dürfe jedoch nicht dazu missbraucht werden, die Frist bewusst zu missachten und auf diese Art die vom Gesetzgeber beabsichtigte Beschleunigung zu verhindern; ein solches Vorgehen würde gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossen (THORMANN/BRECHBÜHL, a.a.O., N. 21).
2.4 Grundsätzlich ist davon auszugehen, dass verfahrensleitende Entscheide nicht oder nur beschränkt in Rechtskraft erwachsen, weshalb sie der Entwicklung des Strafverfahrens entsprechend angepasst, geändert oder wiederholt werden können (so schon <ref-ruling> E. 3e S. 299). Dies gilt auch für die Freigabe von Gegenständen, die später - sofern es die Bedürfnisse des Verfahrens rechtfertigen - erneut sichergestellt oder beschlagnahmt werden dürfen (Urteil 1B_350/2011 vom 21. März 2012 E. 4.3.2).
Allerdings würde - wie der Beschwerdeführer zu Recht geltend macht - <ref-law> ausgehebelt werden, wenn die Staatsanwaltschaft trotz Fristversäumnis auf eine Rückgabe der Gegenstände stets verzichten und stattdessen eine neue Sicherstellung anordnen könnte. Ein solches Vorgehen würde dem Zweck der Verfahrensbeschleunigung und der Prozessökonomie widersprechen.
Grundsätzlich kann es auch nicht darauf ankommen, ob die Staatsanwaltschaft die Frist bewusst oder unbewusst hat verstreichen lassen (von besonderen Situationen wie der Vorliegenden abgesehen; vgl. unten E. 2.5): Eine bewusste Fristversäumnis erscheint kaum denkbar und ist für den Betroffenen auch nicht nachweisbar. In der Regel ist daher für die erneute Sicherstellung bereits freigegebener Gegenstände zu verlangen, dass eine Entwicklung des Strafverfahrens stattgefunden hat, d.h. dass sich die rechtlichen oder tatsächlichen Verhältnisse oder auch nur ihre Einschätzung durch die Untersuchungsbehörden seit der letzten Sicherstellung verändert haben.
2.5 Allerdings ist vorliegend zu berücksichtigen, dass es sich um einen übergangsrechtlichen Fall handelte, d.h. die Durchsuchung noch im Jahre 2010, vor Inkrafttreten der neuen StPO angeordnet wurde, als - nach der damals geltenden Zürcher StPO - noch keine Frist für den Entsiegelungsantrag galt. Die 20-Tages-Frist begann daher nicht bereits mit der Siegelung zu laufen, sondern erst ab dem 1. Januar 2011 (<ref-law>; vgl. dazu die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 18. November 2011 E. 2). Sie fiel zudem in eine Zeit, in der die Staatsanwaltschaft durch die Umstellung auf das neue Recht stark in Anspruch genommen wurde. In diesem Kontext erscheint die Fristversäumnis verständlich.
Dem Beschwerdeführer ist dadurch kein Nachteil entstanden. Wie die Staatsanwaltschaft unwidersprochen dargelegt hat, enthalten die sichergestellten CD-ROM Sicherungskopien; die Originaldateien sind stets beim Beschwerdeführer verblieben und konnten somit von diesem weiter genutzt werden. Der Beschwerdeführer hat denn auch (bis zum verspäteten Entsiegelungsgesuch vom 17. Oktober 2011) nie die Rückgabe der Datenträger verlangt. Er macht auch nicht geltend, dass die Dauer des Untersuchungsverfahrens aufgrund des verspäteten Entsiegelungsverfahrens unnötig verlängert worden wäre.
Unter Berücksichtigung dieser Umstände ist mit dem Obergericht davon auszugehen, dass die erneute Sicherstellung nicht rechtsmissbräuchlich war.
3. Fraglich ist allerdings, ob darüber nicht das Zwangsmassnahmengericht im Entsiegelungsverfahren hätte entscheiden müssen.
3.1 Das Obergericht liess die von der Staatsanwaltschaft aufgeworfene Frage, ob die Zulässigkeit der erneuten Sicherstellung im Siegelungsverfahren gerügt werden könne, oder mit Beschwerde gegen die Verfügung vom 25. November 2011 hätte geltend gemacht werden müssen, offen. Immerhin erwog es, dass dem Zwangsmassnahmengericht im Entsiegelungsverfahren umfassende Kognition zukomme und deshalb nicht einzusehen sei, weshalb die Rüge, die Sicherstellung sei rechtsmissbräuchlich, in diesem Verfahren nicht zugelassen werden sollte. Gleichfalls müsse dieses Argument im Beschwerdeverfahren gegen die Ablehnung der Siegelung zulässig sein (E. 2.2 des angefochtenen Entscheids).
3.2 Die Siegelung ist ein besonderes Verfahren des vorläufigen Rechtsschutzes gegen Durchsuchungen, das (in seinem Anwendungsbereich) anderen Rechtshelfen vorgeht bzw. diese ausschliesst. (SCHMID, Praxiskommentar, RN. 6 zu Art. 248; DERSELBE, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, St. Gallen 2009, Fn. 274 S. 475; KELLER, a.a.O. Rz. 12 zu <ref-law>; THORMANN/BRECHBÜHL, a.a.O. RN. 61 zu Art. 248; PATRICK GUIDON, Die Beschwerde gemäss Schweizerischer Strafprozessordnung, St. Gallen 2011, Rz. 138 S. 62). Dementsprechend verweist <ref-law> auf die Vorschriften über die Siegelung, soweit eine berechtigte Person geltend macht, eine Beschlagnahme sei wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht zulässig, d.h. Einwände gemäss <ref-law> erhebt. Im Urteil 1B_354/2010 vom 8. Februar 2011 (E. 1.3) ist das Bundesgericht auf eine Beschwerde gegen eine Editionsverfügung der Staatsanwaltschaft nicht eingetreten, weil der Beschwerdeführer die Möglichkeit habe, die Siegelung der Aufzeichnungen zu verlangen und seine Einwände anschliessend im Entsiegelungsverfahren geltend machen könne.
3.3 Fraglich ist jedoch, was "andere Gründe" i.S.v. <ref-law> und <ref-law> sind. Als solche werden insbesondere Geheimhaltungsinteressen jeder Art anerkannt, z.B. Fabrikations-, Geschäftsgeheimnisse oder schützenswerte Privatgeheimnisse (KELLER, a.a.O., N. 23 ff. zu <ref-law>). Dagegen ist streitig, ob darunter auch allgemeine Einwände gegen die Durchsuchung fallen, wie namentlich das Fehlen eines hinreichenden Tatverdachts oder eines genügenden Konnexes zum Strafverfahren (so THORMANN/BRECHBÜHL a.a.O. N. 61 zu Art. 248) oder ob insoweit Beschwerde erhoben werden muss (so wohl KELLER, a.a.O., Rz. 25 und Rz. 45 zu <ref-law>). Die Botschaft des Bundesrats vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts (BBl 2005 1239 zu Art. 247 E-StPO) ist nicht eindeutig, nennt sie doch als Beispiel den Einwand, die Gegenstände enthielten "Geheimnisse ohne Relevanz für das Verfahren". SCHMID (Praxiskommentar Rz. 6 zu Art. 248; DERSELBE, Handbuch Fn. 274 S. 475) führt aus, dass Beschwerde zu ergreifen sei, wenn die Beschlagnahme aus anderen als Geheimhaltungsgründen angefochten werde; allerdings fasst er die Geheimhaltungsgründe weit, wird doch (in Rz. 1 zu <ref-law>) auch der fehlende Bezug zur Strafsache als Siegelungsgrund erwähnt.
Immerhin ist unstreitig, dass das Zwangsmassnahmengericht im Entsiegelungsentscheid prüfen muss, ob die allgemeinen Voraussetzungen für eine Durchsuchung gegeben sind (CHIRAZI, a.a.O., N. 12 zu <ref-law>; THORMANN/BRECHBÜHL, a.a.O., N. 42 f. zu <ref-law>), namentlich ob ein konkreter Tatverdacht vorliegt (Urteil 1B_354/2010 vom 8. Februar 2010 E. 1.3; insoweit zustimmend auch KELLER, a.a.O., RN. 44 zu <ref-law>). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist es auch verpflichtet, die Untersuchungsrelevanz der zur Beweissicherung beschlagnahmten und versiegelten Dokumente und Dateien zu prüfen; die hierfür notwendige Triage muss vom Richter selbst vorgenommen werden und darf nicht der Untersuchungsbehörde übertragen werden (<ref-ruling> E. 5.1 S. 195 ff. mit Hinweisen). Dann aber muss es dem Berechtigten auch gestattet werden, entsprechende Einwände im Entsiegelungsverfahren zu erheben, und deshalb eine Siegelung der Dokumente und Dateien zu verlangen.
Aus prozessökonomischen Gründen und zur Vermeidung von Doppelspurigkeiten und Abgrenzungsproblemen erscheint es sinnvoll, den Anwendungsbereich des Siegelungsverfahrens weit zu fassen und sämtliche Einwände gegen die Durchsuchung im Entsiegelungsverfahren zu prüfen, sofern es dem Berechtigten im Ergebnis darum geht, die Einsichtnahme der Staatsanwaltschaft in die sichergestellten Unterlagen und deren Verwertung zu verhindern. In allen diesen Fällen gewährleistet das Siegelungsverfahren einen adäquaten Rechtsschutz und eine schnelle Klärung der Rechtslage.
3.4 Vorliegend hat der Beschwerdeführer geltend gemacht, die Staatsanwaltschaft dürfe die Datenträger nicht durchsuchen, weil deren erneute Sicherstellung rechtsmissbräuchlich gewesen sei. Damit hat er sich auf einen "anderen Grund" i.S.v. <ref-law> berufen. Insofern hätte die Staatsanwaltschaft die Siegelung anordnen bzw. das Obergericht die Beschwerde gutheissen müssen; es wäre dann Aufgabe des Zwangsmassnahmengerichts gewesen, im Entsiegelungsverfahren über den Einwand des Rechtsmissbrauchs zu entscheiden.
Allerdings rechtfertigt es sich nicht, im jetzigen Verfahrensstadion noch die Siegelung anzuordnen und die Sache an das Zwangsmassnahmengericht zur Entsiegelung zurückzuweisen. Der Einwand des Rechtsmissbrauchs wurde bereits vom Obergericht im Beschwerdeverfahren und vom Bundesgericht im vorliegenden Verfahren geprüft und verworfen. Der Beschwerdeführer hat dieses Vorgehen nicht beanstandet, sondern selbst eine materielle Prüfung des obergerichtlichen Entscheids beantragt. Unter diesen Umständen liefe die Rückweisung auf einen leeren Formalismus hinaus.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Dem Beschwerdeführer ist ausgangsgemäss keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>). Dagegen rechtfertigt es sich - aufgrund der vor Bundesgericht vorgenommenen Klarstellung zum Anwendungsbereich der Siegelung - auf Gerichtskosten zu verzichten (<ref-law>).
Mit Vorliegen des Hauptsachentscheids wird das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft III und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber