A.- Gestützt auf die Ergebnisse einer vom Bundesamt für Industrie, Gewerbe und Arbeit (seit 1. Juli 1999 Staatssekretariat für Wirtschaft, nachfolgend seco) durchgeführten Arbeitgeberkontrolle verpflichtete das Amt für Industrie, Gewerbe und Arbeit des Kantons Thurgau (nunmehr Amt für Wirtschaft und Arbeit, im Folgenden AWA) die Firma B._ AG mit Verfügung vom 21. Mai 1996, bereits ausbezahlte Kurzarbeitsentschädigungen im Betrag von Fr. 34'450. 80 zurückzuerstatten. Eine dagegen erhobene Beschwerde wies die Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung mit Entscheid vom 1. September 1997 rechtskräftig ab und verpflichtete die G._ AG zur Rückerstattung des eingeforderten Betrages.
Ein bereits am 30. Mai 1996 gestelltes Erlassgesuch hiess das AWA mit Verfügung vom 26. Juni 1998 wegen Gutgläubigkeit beim Leistungsbezug gut.
B.- Die hiegegen vom seco erhobene Beschwerde wies die Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung mit Entscheid vom 17. November 1999 ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt das seco, der angefochtene Entscheid sowie die Verfügung vom 26. Juni 1998 seien aufzuheben.
Das AWA schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Die als Mitinteressierte zur Stellungnahme eingeladene Firma G._ AG bringt einzig vor, die Angelegenheit betreffe nicht sie, sondern die Firma B._ AG.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Obwohl die Rückforderungsverfügung vom 21. Mai 1996 noch an die B._ AG adressiert war, welche dagegen Beschwerde erhob und das Erlassgesuch vom 30. Mai 1996 stellte, wurde mit dem in Rechtskraft erwachsenen kantonalen Entscheid vom 1. September 1997 die Firma G._ AG zur Rückerstattung verpflichtet. Folgedessen hat die kantonale Amtstelle in nicht zu beanstandender Weise das von R._, Verwaltungsratspräsident beider Firmen, unterzeichnete Erlassgesuch vom 30. Mai 1996 als für die Firma G._ AG gestellt betrachtet, sodass die Erlassverfügung vom 26. Juni 1998 auch an diese adressiert wurde. Die G._ AG wurde deshalb zu Recht in das Verfahren einbezogen. Weil sie - wie bereits im Verfahren vor der kantonalen Rekurskommission - keine eigenen Prozessanträge gestellt hat, kommt ihr lediglich die Stellung einer Mitbeteiligten, nicht aber jene einer Partei zu (ARV 1998 Nr. 41 S. 236 Erw. 1 mit Hinweisen).
2.- Die Frage der Rückerstattungspflicht hat die Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung mit Entscheid vom 1. September 1997 bereits rechtskräftig entschieden. Streitig und zu prüfen ist einzig, ob die Rückerstattungsschuld zu erlassen ist. Nach ständiger Rechtsprechung geht es somit nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen im Sinne von Art. 132 OG (<ref-ruling> Erw. 2, 112 V 100 Erw. 1b mit Hinweisen; ARV 1992 Nr. 7 S. 102 Erw. 1a). Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat demnach einzig zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
3.- a) Die Vorinstanz hat die massgebliche Gesetzesbestimmung über die Voraussetzungen für den Erlass der Rückerstattung zu Unrecht bezogener Kurzarbeitsentschädigung (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
b) Nach ständiger Rechtsprechung zu <ref-law>, welche auch für die analoge Regelung der Erlassvoraussetzungen in <ref-law> massgebend ist, liegt guter Glaube nicht schon bei Unkenntnis des Rechtsmangels vor. Vielmehr darf sich der Bezüger unrechtmässiger Leistungen nicht nur keiner böswilligen Absicht, sondern auch keiner groben Nachlässigkeit schuldig gemacht haben (<ref-ruling> Erw. 3c mit Hinweis). Daraus erhellt, dass der gute Glaube von vornherein entfällt, wenn die zu Unrecht erfolgte Leistungsausrichtung auf ein arglistiges oder grobfahrlässiges Verhalten zurückzuführen ist. Anderseits kann sich der Rückerstattungspflichtige auf den guten Glauben berufen, wenn seine fehlerhafte Handlung oder Unterlassung nur eine leichte Fahrlässigkeit darstellt (<ref-ruling> Erw. 2c mit Hinweisen; ARV 1992 Nr. 7 S. 103 Erw. 2b). Die Verletzung einer Melde- oder Auskunftspflicht ist dabei die häufigste Form eines schuldhaften Verhaltens. In Betracht fallen kann aber etwa auch die Unterlassung, sich bei der Verwaltung zu erkundigen (ARV 1998 Nr. 41 S. 239 Erw. 4b mit Hinweis).
c) Hinsichtlich des guten Glaubens unterscheidet die Rechtsprechung zwischen dem guten Glauben als fehlendem Unrechtsbewusstsein und der Frage, ob sich jemand unter den gegebenen Umständen auf den guten Glauben berufen kann oder ob er bei zumutbarer Aufmerksamkeit den bestehenden Rechtsmangel hätte erkennen sollen. Die Frage nach dem Unrechtsbewusstsein gehört zum inneren Tatbestand und ist daher Tatfrage, die nach Massgabe von Art. 105 Abs. 2 OG von der Vorinstanz verbindlich beantwortet wird. Demgegenüber gilt die Frage nach der Anwendung der gebotenen Aufmerksamkeit als frei überprüfbare Rechtsfrage, soweit es darum geht, festzustellen, ob sich jemand angesichts der jeweiligen tatsächlichen Verhältnisse auf den guten Glauben berufen kann (<ref-ruling> Erw. 3; ARV 1998 Nr. 41 S. 237 Erw. 3, je mit Hinweisen).
4.- Vorinstanz und AWA erachten die Firma auf Grund der konkreten Gegebenheiten als berechtigt, sich auf den guten Glauben zu berufen. Dieser Auffassung kann nicht beigepflichtet werden.
a) Das für jede Abrechnungsperiode von den von der Kurzarbeit betroffenen Firmen separat einzureichende Formular "Antrag auf Kurzarbeitsentschädigung" führt auf der Vorderseite in Ziffer 2 als "Nicht anspruchsberechtigte Arbeitnehmer" solche auf, deren Arbeitsausfall nicht bestimmbar oder deren Arbeitszeit nicht ausreichend kontrollierbar ist.
Anhand dieses klaren und unmissverständlichen Hinweises hätte die Firma bei Anwendung eines Mindestmasses an Aufmerksamkeit ohne weiteres erkennen können und müssen, dass für ihre Angestellten, für welche überhaupt keine Arbeitszeitkontrolle geführt worden ist, kein Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung bestand. Dies gilt umso mehr, als durch Unterzeichnung des Formulars bestätigt wird, dass die Arbeitnehmer nicht nur über die Einführung der Kurzarbeitszeit, sondern auch die Kontrollpflicht orientiert worden seien (Ziffer 3 des Formulars "Bestätigung durch den Arbeitgeber").
Daran ändert der Umstand, dass sich die Firma vor der Einführung der Kurzarbeitszeit im Jahre 1992 bei der Arbeitslosenkasse über das Abrechnungsprozedere erkundigt hatte, nichts. Dass diese Anfrage (auch) die Frage der Zeiterfassung zum Gegenstand hatte und von der Verwaltung dahin beantwortet worden ist, es bedürfe keiner Arbeitszeitkontrolle, führen weder die Vorinstanz noch das AWA aus. Auch hat die Firma weder im Rückforderungs- noch im Erlassverfahren derartiges jemals geltend gemacht, obwohl dies im Falle einer entsprechenden Erkundigung zu erwarten gewesen wäre.
b) Die Verantwortlichen der Firma haben das Formular offenbar nicht mit der gebotenen Aufmerksamkeit gelesen und die beantragten Gelder schliesslich auch angenommen, ohne die Kasse auf ihren Fehler aufmerksam zu machen. Dies kann unter den gegebenen Umständen nicht als leichte Nachlässigkeit bezeichnet werden und steht der Annahme von Gutgläubigkeit entgegen. Aus welchen Gründen selbst die Verwaltung den offensichtlichen Fehler in Bezug auf die Anspruchsberechtigung nicht sogleich bemerkte, ist unerheblich, vermag doch dieser Umstand die anfänglich nicht vorhandene Gutgläubigkeit angesichts des leicht erkennbaren Rechtsmangels nicht wiederherzustellen (vgl. <ref-ruling> Erw. 2b). Aus demselben Grund ist unbehelflich, dass jene Personen, welche für das seco die Arbeitgeberkontrolle durchgeführt hatten, gegenüber der Firma keine Auskunft darüber zu erteilen vermochten, wie die Zeiterfassung korrekt durchzuführen gewesen wäre.
5.- Das Verfahren ist grundsätzlich kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario; Erw. 2 hievor). Da die Angelegenheit keine Vermögensinteressen des unterliegenden AWA betrifft, ist von einer Auferlegung der Gerichtskosten trotz Unterliegens abzusehen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 2 OG; ARV 1998 Nr. 41 S. 240 Erw. 5). Nachdem die als Mitbeteiligte in das Verfahren einbezogene G._ AG (Erw. 1 hievor) keine eigenen Prozessanträge gestellt hat und das Erlassgesuch aus der Zeit vor dem rechtskräftigen Entscheid über die Rückerstattungspflicht stammt, rechtfertigt es sich ebenso wenig, der Firma die Kosten für das letztinstanzliche Verfahren aufzuerlegen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden der Entscheid der Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung vom 17. November 1999 und die Verfügung des Amtes für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Thurgau vom 26. Juni 1998 aufgehoben.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 3000. - wird dem Beschwerdeführer zurückerstattet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, der Rekurskommission des Kantons Thurgau für die Arbeitslosenversicherung, dem Amt für Wirtschaft und Arbeit, Abteilung Arbeitslosenkasse, Frauenfeld, und der B._ AG zugestellt.
Luzern, 11. September 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: