Faits:
A. B._, née en 1961, a été employée par l'entreprise « X._ S.à.r.l. », dès le 2 septembre 1996, en qualité de « barmaid » et gérante de la discothèque le « Y._ ». « X._ S.à.r.l. » a été inscrite au registre du commerce en septembre 1996, avec un capital de 20'000 fr. S._ était associé gérant avec une part de 19'000 fr. (aux côtés de son père, associé avec une part de 1'000 fr.). Lors de sa fondation, la société se consacrait à l'assistance aux entreprises. Dès janvier 1997, le but a été élargi pour englober toutes activités dans le domaine de l'assistance aux petites et moyennes entreprises au niveau national et international.
S._, époux de B._, était aussi associé gérant de deux autres sociétés, « Z._ » (avec sa femme en qualité d'associée) et « A._ S.à.r.l. ». Ces deux sociétés ont pour but les opérations immobilières; la deuxième vise notamment la construction de résidences sécurisées à intégrer dans des structures dites intermédiaires pour des personnes en perte d'autonomie.
Le 15 janvier 2008, l'immeuble abritant la discothèque « Y._ » a été dévasté par un incendie. Le 10 avril 2008, le bailleur a résilié le contrat de bail commercial relatif au bar-dancing. S._ a contesté cette résiliation devant le Tribunal des baux, car il espérait pouvoir reprendre l'exploitation de cet établissement. La licence de la discothèque « Y._ » a cependant été annulée avec effet rétroactif au 16 janvier 2008, par décision de la Police cantonale du commerce du 8 mai 2008. L'exploitation de cet établissement n'a pas repris. Le contrat de travail de B._ a été résilié pour le 31 mai 2008. La prénommée s'est inscrite au chômage le 1er juin 2008.
Par décision du 14 juillet 2008, la Caisse publique cantonale vaudoise de chômage (ci-après: la caisse) a nié le droit de B._ à l'indemnité de chômage, au motif qu'elle continuait, malgré sa perte de travail, à partager le pouvoir décisionnel détenu par son conjoint au sein de l'entreprise qui l'employait.
L'assurée a fait opposition à cette décision en faisant valoir qu'elle avait perdu son travail de gérante de la discothèque à la suite d'un incendie, lequel avait conduit à la résiliation du contrat de bail et à l'annulation de l'autorisation d'exercer qui lui avait été conférée.
Par décision sur opposition du 23 septembre 2008, la caisse a nié derechef le droit de l'assurée à l'indemnité de chômage, au motif, cette fois, que le risque d'abus existait en raison des différentes fonctions dirigeantes exercées par l'assurée et son époux dans les sociétés « Z._ » et « A._ S.à.r.l. », dont les buts sont similaires à celui d' « X._ S.à.r.l. ».
B. Par jugement du 1er décembre 2008, le Tribunal des assurances du canton de Vaud (actuellement: Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois) a rejeté le recours formé par l'assurée contre la décision sur opposition de la caisse.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Elle conclut, à titre principal, à l'octroi de l'indemnité de chômage dès le 2 juin 2008. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision.
La caisse et le Secrétariat d'Etat à l'économie ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 519; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140).
En outre, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans l'établissement de celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte (<ref-law>).
2. Le litige porte sur le droit de la recourante à l'indemnité journalière de chômage, plus précisément sur le point de savoir s'il faut nier ce droit en raison des liens existant entre l'assurée et son dernier employeur.
3. Selon l'art. 31 al. 3 let. c LACI, n'ont pas droit à l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail, les personnes qui fixent les décisions que prend l'employeur - ou peuvent les influencer considérablement - en qualité d'associé, de membre d'un organe dirigeant de l'entreprise ou encore de détenteur d'une participation financière à l'entreprise; il en va de même des conjoints de ces personnes, qui sont occupés dans l'entreprise.
4. Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral des assurances a explicité les motifs fondant l'application analogique de cette règle à l'octroi de l'indemnité de chômage. Il suffit d'y renvoyer. Ainsi, la jurisprudence étend l'exclusion du conjoint du droit à l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail, au droit à l'indemnité de chômage (cf. arrêt C 193/04 du 7 décembre 2004 in DTA 2005 p. 130; voir aussi REGINA JÄGGI, Eingeschränkter Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung bei arbeitgeberähnlicher Stellung durch analoge Anwendung von Art. 31 Abs. 3 lit. c AVIG, RSAS 2004, p. 9 sv.). En effet, les conjoints peuvent exercer une influence sur la perte de travail qu'ils subissent, ce qui rend leur chômage difficilement contrôlable (cf. THOMAS NUSSBAUMER, Arbeitslosenversicherung, in : Schweizeriches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], 2° éd. 2007, p. 2315 n. 461). En outre, aussi longtemps que cette influence subsiste, il existe une possibilité de réengagement. Dans ce cas également, il s'agit de ne pas détourner la réglementation en matière d'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail, par le biais d'une disposition sur l'indemnité de chômage.
5. La recourante fait grief aux premiers juges d'avoir méconnu le droit fédéral en appliquant dans son cas la jurisprudence découlant de l'arrêt 123 V 234. Elle estime que sa situation diffère sur un point essentiel: l'interruption de l'exploitation du « Y._ » n'était pas un calcul entrepreneurial mais le résultat d'un événement de force majeure, soit un incendie.
Ce moyen n'est pas fondé. Il est établi que le mari de la recourante est l'unique associé gérant de la société « X._ S.à.r.l. » inscrit au Registre du commerce. Cette société est toujours en activité. Son but social ne se limite pas à l'exploitation d'une discothèque, puisqu'il englobe toutes activités dans le domaine de l'assistance aux petites et moyennes entreprises au niveau national et international. C'est dire qu'« X._ S.à.r.l. » garde toujours la faculté de poursuivre son but social pour la réalisation duquel la recourante peut être réengagée (pour un cas comparable cf. arrêt C 157/06 du 22 janvier 2007 consid. 3.2.). Dans un tel contexte, la perte de travail n'est pas aisément vérifiable par la caisse, ce qui justifie, au regard de la jurisprudence, de ne pas assimiler l'assurée à une personne qui aurait définitivement quitté l'entreprise qui l'employait. En l'espèce, la perte de travail est d'autant moins vérifiable que le mari de l'assurée est économiquement propriétaire de deux autres entreprises, pour lesquelles celle-ci est susceptible de travailler (cf. arrêt C 65/04 du 29 juin 2004 in DTA 2004 p. 259; cf. également arrêt C 113/03 du 24 mars 2004 in DTA 2004 p. 196). On ajoutera que la recourante est elle-même associée de la société « Z._ », si bien qu'elle peut influencer également par ce biais son engagement en tant qu'employée de cette entreprise.
6. Dans ces conditions, c'est à juste titre que la juridiction cantonale a nié le droit de la recourante à l'indemnité de chômage.
7. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires afférents à la présente procédure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois et au Secrétariat d'Etat à l'économie.
Lucerne, le 8 décembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Ursprung Berset