Faits:
A. X._ s'est présentée à la session d'examens d'août/septembre 2010 de la Faculté de droit de l'Université de Genève (en abrégé: la faculté). Pour les six enseignements obligatoires de la première série, elle n'a obtenu que 19,25 points, soit une moyenne générale de 3,21. Après ses deux échecs aux sessions d'examens précédentes, cela signifiait son élimination de la faculté, ainsi que le mentionnait le procès-verbal d'examens du 22 septembre 2010.
Par lettre du 26 octobre 2010, X._ a déclaré faire opposition à l'examen écrit de droit constitutionnel des Professeurs B._ et C._, pour lequel elle avait obtenu la note de 3,25, en demandant « l'annulation du résultat d'examen écrite (sic) du Droit constitutionnel du 23 août 2010 ». Au préalable, elle sollicitait que son travail d'examen soit annoté de manière lisible et claire, en application de l'art. 24 al. 2 règlement relatif à la procédure d'opposition au sein de l'Université de Genève du 16 mars 2009 (cf. art. 35 RIO-UNIGE).
Les deux Professeurs mis en cause se sont déterminés sur l'opposition le 3 décembre 2010, en relevant notamment que la candidate avait rencontré l'assistant de droit constitutionnel, le 22 octobre, et obtenu de sa part des explications détaillées sur sa copie d'examen, puis elle avait encore été reçue, le 26 octobre 2010 par le Professeur B._. Ils concluaient à l'irrecevabilité de l'opposition qui ne répondait pas aux exigences de forme de l'art. 19 RIO-UNIGE. X._ a produit ses observations le 22 décembre 2010, puis le dossier a été transmis à la Commission des oppositions de la faculté (en abrégé: la commission), le 20 janvier 2011.
B. Par décision du 11 février 2011, le Collège des professeurs a déclaré irrecevable l'opposition du 26 octobre 2010. Il a retenu en particulier qu'au vu des entretiens précités, la candidate disposait de tous les éléments nécessaires pour motiver valablement son opposition.
X._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, qui a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité, par arrêt du 11 octobre 2011.
C. X._ forme auprès du Tribunal fédéral un recours constitutionnel subsidiaire et conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 11 octobre 2011; elle demande aussi au Tribunal fédéral de déclarer recevable « l'opposition contre l'examen de droit constitutionnel ».
La Cour de justice se réfère aux considérants et au dispositif de son arrêt. Au terme de sa réponse, la Faculté de droit conclut au rejet du recours avec suite de frais.
Les déterminations de la recourante sur ces écritures du 29 mars 2012 ont été transmises aux intimées pour information.

Considérant en droit:
1. La décision querellée confirme l'irrecevabilité de l'opposition de la recourante à sa note d'examen de droit constitutionnel pour défaut de motivation. Elle est donc liée à l'évaluation des capacités de l'intéressée dans cette branche, de sorte que la voie du recours en matière de droit public n'est pas ouverte (art. 83 let. t LTF; <ref-ruling> consid. 1 p. 231; arrêts 2D_11/2011 du 2 novembre 2011 consid. 1.1; 2D_14/2011 du 29 août 2011 consid.1.1 et les arrêts cités). C'est donc à juste titre que la recourante a déclaré déposer un recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
1.1 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral examine toutefois la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, seulement lorsque ce grief a été invoqué et motivé de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il statue sur la base des faits constatés dans la décision attaquée et ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si les faits ont été établis en violation des droits constitutionnels (<ref-law>). A cela s'ajoute qu'en matière d'examen, le Tribunal fédéral revoit l'application des dispositions cantonales régissant la procédure d'examen - pour autant que les griefs soulevés satisfassent aux exigences rappelées ci-dessus - sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 473 et les références; arrêts 2D_2/2012 du 19 avril 2012 consid. 3.1 2D_14/2011 du 29 août 2011 consid. 1.3). Seuls les griefs de la recourante répondant à ces exigences seront examinés.
1.2 L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 117 et 90 LTF) rendue en dernière instance par un tribunal supérieur (art. 114, 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Le recours ne peut porter que sur cet arrêt. Il n'est ainsi pas recevable, dans la mesure où il contient des faits nouveaux ou des conclusions nouvelles qui s'écartent du jugement entrepris (art. 117 et 99 LTF). Tel est le cas de la violation alléguée de l'art. 29 Cst. pour retard injustifié en relation avec la durée de traitement de l'opposition, ainsi que des griefs que la recourante soulève dans son écriture du 29 mars 2012 à propos d'autres affaires qui ne concernent pas la présente procédure ou qui ont trait à la présence de professeurs ayant participé aux délibérations du Collège des professeurs du 11 février 2011, pour lesquels elle invoque les art. 30 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH.
1.3 Sous ces réserves, il y a lieu d'entrer en matière sur le recours, déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF), par la recourante qui a un intérêt juridique à l'annulation ou la modification de la décision attaquée, celle-ci ayant pour conséquence de l'éliminer de la Faculté de droit (<ref-law>).
2. Invoquant l'art. 29 Cst., la recourante se plaint d'une violation du droit d'être entendu, parce qu'elle n'aurait pas disposé des éléments nécessaires pour former son opposition, du moment que les professeurs chargés de corriger son épreuve de droit constitutionnel ont annoté son travail de façon illisible et ne lui ont remis ni grille d'évaluation, ni corrigé-type, pour lui permettre de comprendre les modalités de fixation de sa note.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 293; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494). En matière d'examens, la jurisprudence admet que la non-remise de documents internes, comme les grilles de corrections, l'échelle des notes ou les notes personnelles des examinateurs lors des examens oraux, ne viole pas le droit d'être entendu des candidats, à condition qu'ils aient été en mesure de comprendre l'évaluation faite de leur travail (arrêts 2D_55/2010 du 1er mars 2011, consid. 4; 2D_2009 du 26 avril 2010, consid. 2.2 et 1P.742/1999 du 15 février 2000 consid. 4).
3. En l'espèce, la Cour de justice a retenu que la recourante avait été en possession de son épreuve de droit constitutionnel annotée sommairement et qu'elle avait ensuite obtenu toutes les explications verbales au sujet de ces annotations et de la fixation de sa note par l'assistant de droit constitutionnel, puis par l'un des professeurs concernés. Elle en a déduit à juste titre que l'intéressée était suffisamment renseignée pour motiver son opposition. La recourante ne prétend pas sérieusement le contraire et n'indique nullement ce qui l'aurait empêchée de se baser sur les explications orales qui lui ont été fournies lors de ces entretiens des 22 et 26 octobre 2010. Il a en effet été établi que les annotations de son épreuve lui ont été largement expliquées et qu'elle a pu se rendre compte sur quels critères avait été faite l'évaluation de son travail. Elle se plaint ainsi en vain d'une violation des art. 18 al. 4 et 24 al. 2 RIO-UNIGE permettant de suspendre le délai d'opposition jusqu'à l'annotation d'un travail d'examen qui n'était pas annoté. En réalité, force est de constater qu'elle cherche, par ce biais, à trouver une excuse à l'absence de motivation de sa propre opposition. Quant à son grief relatif à l'impossibilité d'appliquer la loi en l'absence d'indications écrites sur son épreuve, il est sans fondement, dès lors que le Collège des professeurs n'a pas eu à se prononcer sur le fond du litige, mais a déclaré l'opposition irrecevable pour défaut de motivation.
Dans la mesure où il est recevable, le grief de violation du droit d'être entendu doit donc être rejeté.
4. Selon l'art. 19 al. 2 let b RIO-UNIGE, l'opposition doit contenir la désignation de la décision litigieuse, l'exposé des faits motivant l'opposition et les griefs invoqués. A défaut de ces prescriptions, l'opposition sera déclarée irrecevable. Cette exigence de motivation est également mentionnée à l'art. 19 al. 1 du règlement d'études de la Faculté de droit du 15 octobre 2004.
Il est en l'espèce constant que l'opposition de la recourante du 25 octobre 2010 ne contient que des conclusions en annulation du résultat écrit de l'examen de droit constitutionnel, mais ne formule aucun grief, ni même l'esquisse d'une motivation. Dans ces circonstances, les autorités cantonales pouvaient retenir sans arbitraire que son opposition devait être déclarée irrecevable. Contrairement à ce que soutient l'intéressée, elles n'avaient pas à lui impartir un nouveau délai pour satisfaire aux exigences de motivation de l'art. 19 al. 2 let. b RIO-UNIGE, ainsi que le prévoit l'art. 65 al. 2 et 3 de la loi genevoise sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA; RSGE E 5 10). Cette loi n'est en effet applicable qu'à titre supplétif (cf. art. 35 RIO-UNIGE), de sorte que la disposition précitée ne saurait servir de référence dans la procédure d'opposition, dont les règles démontrent que l'absence de motivation doit être sanctionnée d'emblée par une décision d'irrecevabilité, sans que la commission des oppositions ait encore à instruire l'affaire en application de l'art. 28 RIO-UNIGE. A cet égard, la Cour de justice a d'ailleurs relevé que ce n'était qu'à la demande du recourant dont l'acte contenait déjà un exposé des motifs qu'un délai supplémentaire pouvait lui être accordé pour compléter son recours en application de l'art. 65 al. 2 et 3 LPA. Pour le reste, la recourante prétend en vain que les autorités cantonales auraient dû examiner d'office son opposition, sur la base du courrier qu'elle a adressé au doyen de la Faculté de droit, le 26 octobre 2012.
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, avec suite de frais à la charge de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, à la Faculté de droit de l'Université de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème Section.
Lausanne, le 11 juin 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Rochat