Faits:
A.
Par jugement du 11 novembre 2011, le Tribunal de première instance de la République et Canton du Jura (ci-après : Tribunal de première instance) a condamné X._ pour divers chefs d'infractions (infractions à la LCR - notamment vol d'usage, conduite sans permis de conduire et conduite en état d'ébriété -, incendie intentionnel, vol et infraction à la LStup) à une peine privative de liberté d'ensemble de quinze mois, dont il a suspendu l'exécution au profit d'un traitement ambulatoire d'une durée de quatre ans auprès d'un psychologue portant essentiellement sur une addiction à l'alcool voire au cannabis. Il a également ordonné une assistance de probation durant le délai d'épreuve et lui a fixé les règles de conduite suivantes : observer scrupuleusement les directives de l'Office de probation ; se soumettre, afin d'assurer son abstinence à l'alcool et aux produits stupéfiants, à une prise de sang ou à tous autres tests que le psychologue chargé du suivi du traitement ambulatoire mettra en oeuvre, respectivement veillera à la mise en oeuvre, et dont il déterminera la fréquence en fonction de ses observations médicales, mais au minimum à raison d'une fois par mois ; finalement poursuivre son préapprentissage et un apprentissage d'au moins trois ans, respectivement qu'il s'applique scrupuleusement à poursuivre une formation professionnelle jusqu'à son achèvement.
B.
Le 28 mars 2012, le Tribunal de première instance a révoqué la suspension de l'exécution de la peine privative de liberté de quinze mois prononcée par jugement du 11 novembre 2011 et en a ordonné la mise à exécution au motif que X._ ne s'était pas conformé aux exigences imposées.
C.
Saisie d'un recours formé par X._, la Chambre pénale des recours du Tribunal cantonal de la République et Canton du Jura (ci-après : Chambre pénale des recours) l'a rejeté par décision du 22 mars 2013. Elle s'est fondée en substance sur les faits suivants.
La Chambre pénale des recours a constaté que le recourant ne donnait pas suite aux convocations de l'assistant social de l'Office de probation, sous différents prétextes, sans toutefois le contacter en vue de fixer un autre rendez-vous ou le tenir informé de ses démarches. Depuis l'audience de jugement du 28 mars 2012, le recourant n'avait pas amélioré sa conduite en continuant à manquer de nombreux rendez-vous à l'Office de probation.
Le recourant ne respectait pas davantage les règles de conduite relatives au suivi de son traitement et de ses prises de sang et d'urine afin de s'assurer de son abstinence à l'alcool, en ne répondant pas régulièrement aux convocations du Centre médico-psychologique (ci-après : CMP). Une première rencontre avait été fixée près de quatre mois après le jugement de novembre 2011 alors que le suivi pour s'assurer de son abstinence devait être au minimum mensuel. Depuis juin 2012, il n'avait subi que quatre prises de sang pour le contrôle de l'alcool qui s'étaient révélées négatives alors que, lorsqu'il avait été contrôlé par la police en juillet 2012 avec un taux d'alcoolémie de 1,66o/oo, il ne s'était pas rendu à ses rendez-vous au CMP. Il n'avait jamais vraiment cessé sa consommation d'alcool, lui-même précisant dans son recours qu'il ne s'adonnait plus de manière exagérée et démesurée à la consommation de boissons alcooliques.
De plus, en dépit des règles de conduite lui enjoignant de continuer une formation, le recourant avait mis un terme à son préapprentissage après une longue période d'absence arguant que le travail était inintéressant. Il s'était inscrit au chômage en avril 2012. Aucune évolution n'était à noter sur le plan professionnel. Ce n'était pas la première fois que le recourant abandonnait rapidement une mesure d'insertion. De l'avis de l'expert, le recourant manifestait une propension à se lasser de toute situation qui perdait de sa nouveauté. Cette affirmation se démontrait aussi en pratique puisque quatre mesures d'insertion débutées depuis mars 2009 avaient été suspendues en raison de ses nombreuses absences non justifiées. Le recourant avait entrepris une dernière mesure en août 2012, il ne s'était toutefois pas présenté le 27 août 2012 pour la commencer. Une chance lui avait été donnée pour débuter le 2 septembre. Après dix jours, il avait été changé de secteur après s'être plaint à son assistant social de probation qu'il trouvait le travail ennuyeux et répétitif. Cela n'avait toutefois pas empêché de nombreuses absences et un taux de présence de 35% au mois d'octobre et de 50% au mois de novembre, ce qui avait engendré l'interruption de la mesure le 30 novembre 2012.
A cela s'ajoutait que, depuis le jugement du 28 mars 2012, deux procédures avaient été ouvertes contre le recourant qui était à nouveau accusé d'avoir circulé sans être titulaire du permis de conduire, ainsi qu'en état d'ivresse qualifiée (1.66o/oo), n'hésitant pas à dire à la police qu'il avait dû rendre son permis à l'Office des véhicules alors qu'il n'avait jamais passé son permis de conduire.
D.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre la décision du 22 mars 2013. Il conclut principalement, sous suite de frais et dépens, à son annulation. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la Chambre pénale des recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite, en outre, le bénéfice de l'assistance judiciaire et qu'il lui soit désigné un avocat d'office en la personne du mandataire choisi.

Considérant en droit:
1.
1.1. Le recourant soulève l'incompétence de la Chambre pénale des recours. Il considère qu'il incombera à l'autorité de jugement en charge de deux nouvelles procédures pénales ouvertes à son encontre pour des infractions à la LCR, perpétrées les 14 juillet 2012 et 19 août 2012, pour notamment, conduite en état d'ivresse qualifiée et sans permis de conduire, de décider de la révocation du sursis, conformément à l'<ref-law> octroyé par jugement du 11 novembre 2011.
1.2. Le juge du Tribunal de première instance a révoqué la suspension de l'exécution de la peine de quinze mois qu'il avait prononcée par jugement du 11 novembre 2011 en application de l'<ref-law>. Il s'agit d'une décision judiciaire ultérieure indépendante au sens de l'<ref-law> (cf. CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER [éd.], 2010, <ref-law> n° 2; MICHEL PERRIN, Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, <ref-law> n° 10). A teneur de cette norme, le tribunal qui a rendu le jugement en première instance est compétent pour prendre les décisions judiciaires ultérieures indépendantes, pour autant que la Confédération ou les cantons n'en disposent pas autrement. Une telle décision est susceptible au plan cantonal d'un recours au sens de l'<ref-law> (6B_293/2012 du 21 février 2013 consid. 2). La survenance, en cours de procédure de recours contre la révocation de la suspension de l'exécution de la peine, de deux poursuites pénales pour de nouvelles infractions diligentées contre le recourant est sans incidence sur la compétence de l'autorité cantonale. Le grief du recourant est infondé. Au demeurant, il se méprend sur le prononcé du jugement du 11 novembre 2011 lorsqu'il fait valoir qu'il y a lieu d'examiner la révocation du sursis à la peine de quinze mois en application de l'<ref-law>, alors qu'il a été condamné à une peine privative de liberté ferme, suspendue en application de l'<ref-law>.
2.
Le recourant conteste ensuite à plusieurs égards la réintégration dans l'exécution de la peine. En substance, il soutient que les conditions pour ordonner la réintégration ne sont pas remplies.
2.1. Selon l'<ref-law>, applicable par renvoi de l'<ref-law>, si le condamné se soustrait à l'assistance de probation, s'il viole les règles de conduite ou si l'assistance de probation ou les règles de conduite ne peuvent plus être exécutées ou ne sont plus nécessaires, l'autorité compétente présente un rapport au juge ou à l'autorité d'exécution. Dans les cas prévus à l'al. 3, le juge ou l'autorité d'exécution peut prolonger le délai d'épreuve jusqu'à concurrence de la moitié de sa durée, lever l'assistance de probation ou en ordonner une nouvelle, ou encore modifier les règles de conduite, les révoquer ou en imposer de nouvelles (art. 95 al. 4 let. a à c CP). Le juge peut aussi révoquer le sursis ou ordonner la réintégration dans l'exécution de la peine ou de la mesure s'il est sérieusement à craindre que le condamné ne commette de nouvelles infractions (<ref-law>).
Le comportement adopté qui consiste à se soustraire à l'assistance de probation ou à violer les règles de conduite doit être de nature à remettre en question le pronostic favorable posé au moment du prononcé de la mesure d'accompagnement. Il convient dès lors d'examiner d'une part les agissements de l'intéressé d'un point de vue objectif et d'autre part d'en mesurer la portée à la lumière de la finalité de la mesure ambulatoire d'accompagnement. Au plan des faits, l'inobservation peut être retenue en présence d'un refus répété de rencontrer l'agent de probation, d'une rupture inexpliquée et unilatérale d'un suivi thérapeutique, de l'abandon sans raison d'un emploi sans recherche d'un nouveau travail, d'un mépris affiché des avertissements de l'autorité d'application de la mesure, de la violation à réitérées reprises d'une règle de conduite malgré des rappels à l'ordre. Tout écart de conduite ne s'analyse cependant pas comme une insoumission. Il convient de considérer l'attitude du condamné consécutive à son manquement : l'analyse sera différente selon qu'il reconnaît sa faute ou en tire des enseignements, ou qu'il nie ou minimise les faits. A lui seul le comportement du condamné ne suffit cependant pas à conclure à une insoumission. Encore faut-il que la finalité de la mesure ambulatoire d'accompagnement apparaisse compromise, par exemple parce que le risque de récidive persiste ou s'aggrave ( MICHEL PERRIN, Commentaire romand, Code pénal I, 2009, <ref-law> n° 16, ci-après CR-CP).
En cas d'échec de la mesure, le principe de proportionnalité commande d'envisager prioritairement son réaménagement au sens de l'<ref-law> et seulement subsidiairement la révocation du sursis, respectivement la réintégration dans l'exécution de la peine ou de la mesure selon l'<ref-law> qui subordonne son application à la réalisation d'un risque sérieux de récidive (cf. MICHEL PERRIN, CR-CP, <ref-law> nos 18-20). Le juge doit faire preuve de retenue dans le prononcé de la réintégration. L'insoumission constitue, au plus, un indice de récidive. En se fondant sur le rapport social (<ref-law>), le juge doit d'office instruire la question de savoir si, au delà d'une insoumission à une mesure ambulatoire d'accompagnement, l'intéressé se trouve dans une situation dont on doit inférer qu'elle le conduira, très vraisemblablement, à retomber dans la délinquance (cf. MICHEL PERRIN, CR-CP, <ref-law> n° 21 ; TRECHSEL/AEBERSOLD, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2013, <ref-law> n° 10; ANDREA BAECHTOLD, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2007, <ref-law> nos 8-9). De l'avis du Conseil fédéral cette ultima ratio ne se conçoit qu'en dernière extrémité lorsque, pour une raison quelconque, la situation du condamné s'est détériorée au point que seule l'exécution de la peine semble, selon toute probabilité, la sanction la plus efficace (Message, FF 1999 1938).
2.2. Il ressort des constatations cantonales (consid. C), qui lient la cour de céans (<ref-law>), que le recourant n'a respecté aucune des règles de conduite imposées par le jugement du 11 novembre 2011 procédant de manière réitérée et systématique et cela, même après le prononcé du jugement de première instance ordonnant sa réintégration. En particulier, il n'a pas répondu régulièrement aux convocations de l'Office de probation, ni à celle du CMP, échappant par ce moyen à tout contrôle systématique de son évolution. Il n'a pas poursuivi son préapprentissage, ni entamé une formation professionnelle suivie et régulière, mettant à néant toute tentative d'insertion, la dernière en date remontant à novembre 2012, marquant clairement par cette attitude un refus de s'engager sérieusement dans la vie professionnelle. Il ne saurait prétendre que l'abandon de son apprentissage était lié exclusivement à des problèmes de dos, ses absences étant parfois excusées médicalement, parfois pas. A cela s'ajoute que l'élément prépondérant dans les différents abandons des mesures d'insertion résulte de sa démotivation au motif qu'il considère les emplois ennuyeux et trop répétitifs. Aussi, comme le relève la cour cantonale, le fait d'avoir débuté une nouvelle activité en mars 2013, ne permet pas d'aboutir à une autre appréciation, vu sa propension à se lasser de toute situation qui perd de sa nouveauté. Le recourant ne critique pas cette appréciation qui repose du reste sur le constat de l'expert. Enfin, le recourant n'a pas davantage respecté un suivi régulier dans le traitement thérapeutique mis en place et celui de ses tests de sang et d'urine pour permettre le contrôle de son abstinence à l'alcool. Il ne discute pas, du reste, la constatation cantonale selon laquelle il n'a pas véritablement cessé sa consommation d'alcool au vu en particulier de ses propres déclarations dans son mémoire de recours et de son interpellation en juillet 2012 par la police au volant d'un véhicule avec un taux d'alcoolémie de 1,66o/oo. Il en résulte qu'il s'est soustrait à l'assistance de probation et aux règles de conduite quelles qu'elles soient, n'agissant que selon son bon vouloir alors que leur respect était aisément réalisable. Il a agi de la sorte sans aucun motif digne de considération, révélant par son comportement désinvolte un manque manifeste de volonté de collaboration et de changement. L'ensemble de ces éléments qui a pour conséquence que le recourant reste livré à lui-même, sans cadre professionnel, sans suivi thérapeutique régulier et sans le soutien de l'Office de probation, ajouté aux circonstances de ses deux interpellations en 2012 au volant d'un véhicule sans permis de conduire et en état d'ébriété, dont le recourant ne conteste pas la matérialité des faits, ne pouvait que conduire l'autorité cantonale à considérer que seul un pronostic défavorable quant à son comportement futur devait être posé, car il y avait un risque sérieux de croire qu'il allait commettre de nouvelles infractions.
Le recourant procède à une lecture erronée de l'arrêt attaqué lorsqu'il soutient que l'autorité cantonale n'a pas examiné si une mesure moins incisive pouvait être ordonnée, par exemple, sous la forme d'une curatelle générale au sens de l'<ref-law> assortie d'un traitement thérapeutique et d'un contrôle de l'abstinence à l'alcool et aux produits stupéfiants comme évoqué dans le rapport de l'Office de probation du 17 janvier 2013. La Chambre des recours a jugé que cette mesure était insuffisante au vu du comportement général du recourant et des échecs répétés des mesures précédentes, au demeurant pratiquement identiques à celles préconisées par le recourant. Cette approche n'est pas critiquable. Le rapport du 17 janvier 2013 auquel renvoie le recourant envisage cette mesure pour défendre les intérêts du recourant, mais ne prétend pas qu'elle sera susceptible de l'amener à changer de comportement. Au contraire, l'Office de probation émet la considération selon laquelle, d'un point de vue éducatif, une incarcération dans un pénitencier où le recourant aurait un horaire régulier, du travail et un cadre précis et régulier lui serait peut-être bénéfique pour se structurer un peu (pièce 32 dossier cantonal). La cour cantonale a établi ainsi à satisfaction de droit qu'aucune autre mesure n'était envisageable. A l'évidence le recourant ne témoigne pour le moment d'aucune volonté de se soumettre à une mesure quelle qu'elle soit et de s'en sortir. On ne voit pas en quoi un curateur, faute de toute collaboration de l'intéressé, aurait plus d'impact que l'assistance de probation. En dépit des mesures mises en place, la situation du recourant ne s'est pas améliorée de sorte que seule la réintégration dans l'exécution de la peine constitue la sanction la plus efficace, à l'exclusion de toute autre mesure moins incisive. C'est enfin en vain que le recourant soutient qu'il aurait fallu lui accorder un sursis partiel (<ref-law>), cette disposition n'étant pas applicable dans le cas d'espèce.
La cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral dans l'application de l'<ref-law>.
3.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant a requis le bénéfice de l'assistance judiciaire. Comme ses conclusions étaient dépourvues de chance de succès, celle-ci ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois arrêté en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Chambre pénale des recours.
Lausanne, le 31 juillet 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Vallat