Sachverhalt:
A. A.a X._ leidet an einer kombinierten Persönlichkeitsstörung mit emotional-instabilen dissozialen und narzisstischen Zügen gemäss ICD-10; F61.0 sowie an einer grenzwertig leichten Intelligenzminderung (ICD-10; F70). Er befindet sich deswegen seit 2007 aufgrund fürsorgerischer Freiheitsentziehung in der Psychiatrischen Klinik A._. Ein erstes Entlassungsgesuch wies die Vormundschaftsbehörde A._ am 4. Oktober 2007 bzw. das Gerichtspräsidium B._ mit Verfügung vom 27. November 2007 ab.
A.b Am 10. September 2008 ersuchte X._ erneut um Entlassung aus der Klinik, welchem Begehren die Vormundschaftsbehörde A._ am 29./30. September 2008 nicht entsprach. X._ gelangte in der Folge am 2. Oktober 2008 an das Gerichtspräsidium B._ mit den Begehren um Entlassung und um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung unter Beiordnung eines amtlichen Anwalts.
A.c Am 19. Oktober 2008 beschwerte sich X._ wegen Rechtsverzögerung beim Obergericht des Kantons Thurgau. Die angerufene Instanz stellte im Beschluss AJR.2008.13 vom 17. November 2008 (in den Erwägungen) fest, dass das Gerichtspräsidium zu Beginn des Verfahrens dem Beschleunigungsgebot ungenügend Beachtung geschenkt habe. Es wies die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten sei, und diese nicht gegenstandslos geworden sei. Auf die gegen diesen Beschluss eingereichte Beschwerde in Zivilsachen von X._ trat das Bundesgericht mit Urteil vom 2. März 2009 nicht ein, da der das Begehren um Entlassung abweisende Entscheid des Gerichtspräsidiums B._ am 14. Januar 2009 ergangen war und X._ gegen den ihm am 18. Dezember 2008 mitgeteilten Beschluss vom 17. November 2008 erst am 2. Februar 2009 Beschwerde erhoben hatte (Urteil 5A_87/2009).
B. X._ gelangte gegen den das Entlassungsbegehren abweisenden Entscheid des Gerichtspräsidiums B._ vom 14. Januar 2009 an das Obergericht des Kantons Thurgau, welches den Rekurs mit Beschluss vom 6. März 2009 abwies und die Entschädigung des amtlichen Beistands für das Rekursverfahren auf Fr. 1'000.-- zuzüglich Mehrwertsteuer festsetzte.
C. Mit einer am 14. Mai 2009 der Post übergebenen Eingabe führt X._ Beschwerde in Zivilsachen gegen den Beschluss des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 6. März 2009; er beantragt, den obergerichtlichen Beschluss aufzuheben und ihn unverzüglich aus der Klinik zu entlassen. Ferner sei festzustellen, dass das Verfahren wegen überlanger Verfahrensdauer gegen <ref-law> und Art. 5 Abs. 4 EMRK verstosse; ferner, dass <ref-law> (summarisches Verfahren) mit <ref-law> nicht vereinbar sei, dass die Nichterstellung eines Aktenverzeichnisses und die unterlassene Aufzeichnung der Anhörung im erstinstanzlichen Verfahren Art. 6 Ziff. 1 EMRK verletze, schliesslich dass die monatelange Isolation <ref-law> und Art. 3 EMRK verletzen. Sodann sei er für das erstinstanzliche Verfahren mit Fr. 4'722.-- und für das zweitinstanzliche Verfahren mit Fr. 4'798.-- zu entschädigen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Obergericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verweist auf die Ausführungen im angefochtenen Beschluss. Die Vormundschaftsbehörde hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist zunächst ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (<ref-law>) betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (<ref-law>) ist insoweit einzutreten.
2. 2.1 Da im vorliegenden Fall die Höhe der Entschädigung nicht ausschliesslich, sondern zusammen mit dem Entscheid über die fürsorgerische Freiheitsentziehung angefochten worden ist, erweist sich die Beschwerde in Zivilsachen ungeachtet des mangelnden Streitwertes gemäss <ref-law> auch in dieser Hinsicht als zulässig (Umkehrschluss aus Urteil 5D_88/2008 vom 14. August 2008 E. 1). Allerdings wird der amtlich bestellte Rechtsanwalt für seine Bemühungen direkt vom Staat entschädigt und ist insbesondere nicht befugt, sich von der durch ihn verbeiständeten Partei eine zusätzliche Entschädigung auszahlen zu lassen (<ref-ruling> E. 3b S. 325). Ob der Beschwerdeführer unter den gegebenen Umständen über ein rechtlich geschütztes Interesse zur Anfechtung der Höhe der festgesetzten Entschädigung verfügt (<ref-law>), ist daher fraglich, kann aber hier offen bleiben, zumal er nicht einmal ansatzweise begründet, inwiefern für ihn unter den gegebenen Umständen ein rechtlich geschütztes Interesse bestehen könnte (zur Begründungspflicht bezüglich des rechtlich geschützten Interesses: Urteil 5P.113/1997 vom 13. Juni 1997 E. 5). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2.2 Soweit der Beschwerdeführer die Behandlung in der Anstalt beanstandet und in diesem Zusammenhang eine Verletzung diverser EMRK- und Verfassungsbestimmungen rügt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Gegenstand des Verfahrens ist ausschliesslich die Beurteilung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung (<ref-law>) bzw. das damit zusammenhängende Verfahren.
3.1 3.1.1 Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, seinen Entscheid mehrfach ungenügend begründet zu haben. Zum einen habe er in seiner Eingabe an das Obergericht gerügt, dass das in der Sache anwendbare summarische Verfahren gemäss <ref-law> wegen seiner Beweismittelbeschränkung, der eingeschränkten Beweisstrenge und der Kognitionsbeschränkung den Anforderungen an ein einfaches und rasches Verfahren nach <ref-law> nicht genüge. Das Obergericht habe sich mit diesen Vorbringen nicht auseinandergesetzt, sondern lapidar festgestellt, das Verfahren genüge den beschriebenen Anforderungen. Damit sei es der Begründungspflicht gemäss <ref-law> bzw. 6 Ziff. 1 EMRK nicht nachgekommen. Ferner wirft er dem Obergericht vor, sich mit der Rüge betreffend Erstellung des Aktenverzeichnisses nicht auseinandergesetzt und keine nachvollziehbare Begründung abgegeben zu haben. Sodann habe sich das Obergericht mit seinen Ausführungen und insbesondere mit den vorgebrachten Urteilen des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte nicht auseinandergesetzt, wonach ein 33 Tage dauerndes Verfahren betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung als zu lang erachtet worden sei.
3.1.2 Das Obergericht hat im angefochtenen Entscheid festgehalten, das im Kanton Thurgau auf Verfahren betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehungen zur Anwendung gelangende summarische Verfahren genüge den Anforderungen an ein einfaches und rasches Verfahren im Sinn von <ref-law>. Zum Aktenverzeichnis hat das Obergericht ausgeführt, nach den anwendbaren Richtlinien genüge es, wenn die erste Instanz die eingegangenen Akten zunächst elektronisch registriere und erst dann ein schriftliches Aktenverzeichnis erstelle, wenn die Prozessakten der Rechtsmittelinstanz zugestellt werden müssen. Dieser Verpflichtung sei die erste Instanz nachgekommen. Mit Bezug auf die Dauer des Verfahrens kann dem Urteil entnommen werden, es sei bereits im Entscheid AJR.2008.13 vom 17. November 2008 hinreichend festgestellt worden, dass die erste Instanz dem Gebot des raschen Verfahrens nicht genügend Beachtung geschenkt habe, weshalb es dazu keiner weiteren Erörterungen bedürfe. Die zwischenzeitlich eingetretenen Verzögerungen seien einzig auf den Beschwerdeführer bzw. seinen Rechtsvertreter selbst zurückzuführen, welcher sich für die Stellungnahmen zum ärztlichen Gutachten vom 25. November 2008 trotz der am 28. November 2008 angesetzten zehntägigen Frist erst am 9. Januar 2009 habe vernehmen lassen und gegen die Verfügung vom 14./15. Januar 2009 erst am 11. Februar 2009 Rekurs eingereicht habe, weshalb der Vorwurf der Rechtsverzögerung insgesamt eigenartig anmute.
3.1.3 Die Begründung ist zwar in gewissen Punkten (vor allem betreffend die Frage der Rechtmässigkeit des Verfahrens) äusserst summarisch ausgefallen. Immerhin wird in den verschiedenen Erwägungen auf die aufgeworfenen Fragen eingegangen und es geht aus den verschiedenen Erwägungen zur Genüge hervor, dass das Obergericht den Vorbringen des Beschwerdeführers keine Beachtung geschenkt hat. Der Beschwerdeführer war in der Lage, alle Punkte vor Bundesgericht sachgerecht anzufechten. Schliesslich verleiht das rechtliche Gehör dem Betroffenen keinen Anspruch darauf, dass sich die urteilende Instanz mit allen seinen tatsächlichen und rechtlichen Einwendungen auseinandersetzt. Sie kann sich vielmehr auf das Wesentliche beschränken. Diesen Grundsätzen hat das Obergericht Rechnung getragen. Der Vorwurf der Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK) ist unbegründet (zum Begriff: <ref-ruling> E. 4.3 S. 540; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445).
3.1.3 Die Begründung ist zwar in gewissen Punkten (vor allem betreffend die Frage der Rechtmässigkeit des Verfahrens) äusserst summarisch ausgefallen. Immerhin wird in den verschiedenen Erwägungen auf die aufgeworfenen Fragen eingegangen und es geht aus den verschiedenen Erwägungen zur Genüge hervor, dass das Obergericht den Vorbringen des Beschwerdeführers keine Beachtung geschenkt hat. Der Beschwerdeführer war in der Lage, alle Punkte vor Bundesgericht sachgerecht anzufechten. Schliesslich verleiht das rechtliche Gehör dem Betroffenen keinen Anspruch darauf, dass sich die urteilende Instanz mit allen seinen tatsächlichen und rechtlichen Einwendungen auseinandersetzt. Sie kann sich vielmehr auf das Wesentliche beschränken. Diesen Grundsätzen hat das Obergericht Rechnung getragen. Der Vorwurf der Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK) ist unbegründet (zum Begriff: <ref-ruling> E. 4.3 S. 540; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445).
3.2 3.2.1 Im obergerichtlichen Verfahren hat die Vormundschaftsbehörde am 16. Februar 2009 zum Rekurs des Beschwerdeführers Stellung genommen und diesem Rekurs einen Bericht der Psychiatrischen Dienste Thurgau vom 11. Februar 2009 beigelegt, worin von Tätlichkeiten des Beschwerdeführers gegenüber einem Pflegefachmann die Rede war. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe in seiner Stellungnahme vom 26. Februar 2009 zu den Vernehmlassungen der ersten Instanz und der Vormundschaftsbehörde um eine Frist von 20 Tagen zur Einreichung von Bemerkungen zum Bericht von Dr. Z._ ersucht. Diese Stellungnahme habe er am 18. März 2009 eingereicht. Das Obergericht habe das Urteil am 6. März 2009 vor Einreichung der angekündigten Stellungnahme gefällt, sich demzufolge mit dieser nicht auseinandergesetzt und so den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
3.2.2 Im Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung gilt - wie der Beschwerdeführer selbst immer wieder betont - das Beschleunigungsgebot. Der Beschwerdeführer war daher gehalten, unverzüglich seine Stellungnahme zu den Äusserungen von Dr. Z._ abzugeben und durfte angesichts der bereits verstrichenen Zeit nicht darauf vertrauen, dass ihm nochmals eine Frist angesetzt werde. Im Übrigen hat das Obergericht bei der Beurteilung der Rechtmässigkeit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung den Vorfall mit dem Pflegefachmann nicht in seine Erwägungen miteinbezogen, sondern hat vielmehr dafürgehalten, der Rekurs wäre bereits ohne Vorliegen der angeblichen Gewaltanwendung abzuweisen, so dass nicht abgeklärt zu werden brauche, ob der Pfleger tatsächlich verletzt worden sei und wie sich das damit im Zusammenhang stehende Strafverfahren entwickle; daher sei auf die diesbezügliche Stellungnahme vom 18. März 2009 nicht einzugehen. Hat das Obergericht aber den Vorfall für die Beurteilung des fürsorgerischen Freiheitsentzuges nicht berücksichtigt, kann von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs nicht gesprochen werden.
3.2.2 Im Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung gilt - wie der Beschwerdeführer selbst immer wieder betont - das Beschleunigungsgebot. Der Beschwerdeführer war daher gehalten, unverzüglich seine Stellungnahme zu den Äusserungen von Dr. Z._ abzugeben und durfte angesichts der bereits verstrichenen Zeit nicht darauf vertrauen, dass ihm nochmals eine Frist angesetzt werde. Im Übrigen hat das Obergericht bei der Beurteilung der Rechtmässigkeit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung den Vorfall mit dem Pflegefachmann nicht in seine Erwägungen miteinbezogen, sondern hat vielmehr dafürgehalten, der Rekurs wäre bereits ohne Vorliegen der angeblichen Gewaltanwendung abzuweisen, so dass nicht abgeklärt zu werden brauche, ob der Pfleger tatsächlich verletzt worden sei und wie sich das damit im Zusammenhang stehende Strafverfahren entwickle; daher sei auf die diesbezügliche Stellungnahme vom 18. März 2009 nicht einzugehen. Hat das Obergericht aber den Vorfall für die Beurteilung des fürsorgerischen Freiheitsentzuges nicht berücksichtigt, kann von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs nicht gesprochen werden.
3.3 3.3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe am 10. September 2008 ein Entlassungsgesuch eingereicht, welches am 29./30. September 2008 abgewiesen worden sei. In der Folge habe er am 2. Oktober 2008 beim Gerichtspräsidium B._ die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung verlangt, welches Begehren am 14./15. Januar 2009 abgewiesen worden sei. Die besagte Abweisung sei mit dem am 6. März 2009 gefällten und am 27. März 2009 versandten Entscheid des Obergerichts bestätigt worden. Kein Tag der Verfahrensdauer sei darauf zurückzuführen, dass unnötige Handlungen vorgenommen worden wären. Zudem könne dem Vertreter des Beschwerdeführers gegenüber nicht der Vorwurf erhoben werden, er habe mit der Ausschöpfung einer ihm gewährten Fristverlängerung das bereits über Monate dauernde Verfahren weiter verzögert. Mit diesem Einwand habe sich das Obergericht in seinem Urteil nicht auseinandergesetzt und damit den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
3.3.2 Das Obergericht hat dazu erwogen, im Entscheid AJR.2008.13 vom 17. November 2008 sei hinreichend festgestellt worden, dass dem Beschleunigungsgebot durch die erste Instanz zu Beginn des Verfahrens ungenügend Rechnung getragen worden sei. Einer erneuten Feststellung bedürfe es nicht. Die zwischenzeitlich eingetretenen Verzögerungen seien einzig auf den Beschwerdeführer bzw. dessen Rechtsvertreter zurückzuführen, welcher sich für die Stellungnahmen zum ärztlichen Gutachten vom 25. November 2008 trotz der am 28. November 2008 angesetzten Frist von zehn Tagen erst am 9. Januar 2009 habe vernehmen lassen und gegen die Verfügung vom 14. Januar 2009 erst am 11. Februar 2009 Rekurs eingelegt habe. Unter diesen Umständen mute die erneute Rüge der Rechtsverzögerung zumindest eigenartig an.
3.3.3 Das Obergericht hat damit verständlich und nachvollziehbar eine Verletzung des Beschleunigungsgebots mit Ausnahme der Phase zu Beginn des Verfahrens verneint. Es hat dabei ein Mitverschulden des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers angenommen und hat damit die gegenteilige Auffassung des Beschwerdeführers nicht übernommen. Die Begründung ist klar und hat im Übrigen vom Beschwerdeführer sachgerecht angefochten werden können. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor.
3.3.3 Das Obergericht hat damit verständlich und nachvollziehbar eine Verletzung des Beschleunigungsgebots mit Ausnahme der Phase zu Beginn des Verfahrens verneint. Es hat dabei ein Mitverschulden des Rechtsvertreters des Beschwerdeführers angenommen und hat damit die gegenteilige Auffassung des Beschwerdeführers nicht übernommen. Die Begründung ist klar und hat im Übrigen vom Beschwerdeführer sachgerecht angefochten werden können. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor.
3.4 3.4.1 Unter dem Gesichtswinkel der Verletzung des rechtlichen Gehörs macht der Beschwerdeführer schliesslich geltend, das Obergericht habe sich mit seinen Ausführungen, wonach die fürsorgerische Freiheitsentziehung nicht aufrecht zu erhalten sei, nicht rechtsgenügend auseinandergesetzt.
3.4.2 Das Obergericht hat unter Berufung auf das eingeholte Gerichtsgutachten eine Geistesschwäche des Beschwerdeführers im Sinn von <ref-law> bejaht und hat im Übrigen ausgeführt, aufgrund der festgestellten Geistesschwäche sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer nur unter Anleitung und Kontrolle in verschiedenen lebensrelevanten Bereichen wie Beziehungsgestaltung, Vertrauen, Übernahme von Verantwortung, Finanzen, persönliche Hygiene über längere Zeit und nachhaltig ein menschenwürdiges Level erreichen könne und somit der persönlichen Fürsorge bedürfe, die ihm nur mit einer stationären Behandlung erwiesen werden könne. Der Beschwerdeführer verfüge über keine Wohngelegenheit und die professionelle Nachbetreuung sei nicht sichergestellt. Der Arztbericht zeige deutlich, dass der Beschwerdeführer des Weiteren auf eine stationäre Behandlung angewiesen sei, ansonsten die Verwahrlosung drohe.
3.4.3 Das Obergericht hat damit verständlich und nachvollziehbar begründet, weshalb die fürsorgerische Freiheitsentziehung aufrechterhalten werden muss, und hat dabei nicht die Erörterungen des Beschwerdeführers, sondern die gutachterlichen Ausführungen als entscheidend erachtet. Der Beschwerdeführer war in der Lage, das Urteil anzufechten; wie bereits erwähnt verpflichtet die Begründungspflicht das Gericht nicht, sich mit allen Ausführungen des Betroffenen auseinanderzusetzen; es kann sich vielmehr auf das Wesentliche beschränken, was das Obergericht <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK entsprechend getan hat. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht ferner geltend, die Auffassung des Obergerichts, das in der Sache anwendbare summarische Verfahren genüge den Anforderungen von <ref-law>, treffe nicht zu, werde doch dieses Verfahren (<ref-law>) wegen seiner Beweismittelbeschränkung, der eingeschränkten Beweisstrenge und der Kognitionsbeschränkung den Anforderungen an ein einfaches und rasches Verfahren nach <ref-law> nicht gerecht. Insbesondere könnten keine Zeugen als Beweismittel angerufen werden, und müssten Tatsachen, wie sich dies aus <ref-law> für das Befehlsverfahren ausdrücklich ergebe, nur glaubhaft gemacht werden. Die Ausführungen des Obergerichts verletzten Art. 5 Ziff. 4 EMRK, 31 Abs. 4 BV sowie <ref-law>.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht ferner geltend, die Auffassung des Obergerichts, das in der Sache anwendbare summarische Verfahren genüge den Anforderungen von <ref-law>, treffe nicht zu, werde doch dieses Verfahren (<ref-law>) wegen seiner Beweismittelbeschränkung, der eingeschränkten Beweisstrenge und der Kognitionsbeschränkung den Anforderungen an ein einfaches und rasches Verfahren nach <ref-law> nicht gerecht. Insbesondere könnten keine Zeugen als Beweismittel angerufen werden, und müssten Tatsachen, wie sich dies aus <ref-law> für das Befehlsverfahren ausdrücklich ergebe, nur glaubhaft gemacht werden. Die Ausführungen des Obergerichts verletzten Art. 5 Ziff. 4 EMRK, 31 Abs. 4 BV sowie <ref-law>.
4.2 4.2.1 Nach Art. 5 Ziff. 1 i.V.m. Art. 5 Ziff. 1 lit. e EMRK darf psychisch Kranken, Alkohol- oder Rauschgiftsüchtigen auf die gesetzlich vorgeschriebene Weise die Freiheit entzogen werden. Ferner steht laut Art. 5 Ziff. 4 EMRK jeder Person, welcher die Freiheit entzogen worden ist, das Recht zu, die Rechtmässigkeit des Freiheitsentzugs innerhalb kurzer Frist durch ein Gericht überprüfen zu lassen. Diese Bestimmung der EMRK verweist zudem auf einen Rechtsbehelf des innerstaatlichen Rechts, der ausreichend sicher zur Verfügung stehen, zugänglich und wirksam sein muss (MEYER-LADEWIG, Europäische Menschenrechtskonvention, Handkommentar, 2. Aufl. 2006, N. 39 zu Art. 5 Ziff. 4 EMRK). Mit der Einführung der Art. 397a bis 397f ZGB unter dem Titel "Die Fürsorgerische Freiheitsentziehung" (BG vom 6. Oktober 1978, in Kraft seit 1. Januar 1981) wurden alle fürsorgerischen freiheitsentziehenden Massnahmen in Übereinstimmung mit der EMRK einheitlich für die ganze Schweiz geregelt (Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [Fürsorgerische Freiheitsentziehung] und den Rückzug des Vorbehaltes zu Artikel 5 der Konvention zum Schutze der Menschenrechte und Grundfreiheiten vom 17. August 1977, BBl 1977 III S. 21 15). Artikel 397f Abs. 1 ZGB äussert sich nicht dazu, was unter einem einfachen Verfahren zu verstehen ist. Im Lichte der Forderung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK nach einer wirksamen Beschwerde kommt nur ein Verfahren in Frage, in dem eine freie Tatsachen- und Rechtsprüfung erfolgt, in dem also dem Gericht volle Kognition zusteht (Botschaft, BBl 1977 III S. 42; IMHOF, Der formelle Rechtsschutz, Diss. Bern 1999, S. 210; GEISER, Basler Kommentar, N. 22 zu <ref-law>).
4.2.2 Dieser Anforderung vermag ein Summarverfahren grundsätzlich nicht zu entsprechen, zumal sich dieses einerseits durch eine Beweismittelbeschränkung, anderseits aber auch durch eine gemilderte Beweisstrenge auszeichnet, indem Tatsachen in der Regel nicht zu beweisen, sondern lediglich glaubhaft zu machen sind (VOGEL/SPÜHLER, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8. Aufl. 2006, S. 341 f., § 60 Rz. 149-155). Zudem erfolgt vielfach in rechtlicher Hinsicht nur eine summarische Prüfung (HOHL, Procédure civile, Bd. II 2002, S. 225 Rz 2764). Nun kennt die Prozessrechtsdoktrin aber summarische Verfahren, in denen alle Beweismittel abgenommen werden müssen und blosse Glaubhaftmachung nicht genügt und eine freie Prüfung in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht erfolgt. Das gilt namentlich für die sogenannten "Geschäfte des Zivilgesetzbuches und des Obligationenrechts", die häufig dem Summarverfahren zugewiesen werden (VOGEL/SPÜHLER, a.a.O., S. 343 RZ. 164 und 166).
4.2.3 Ein entsprechendes Verfahren sieht der Kanton Thurgau bei Verfügungen gemäss Bundesprivatrecht (§ 161 Ziffer 3 ZPO/TG), insbesondere für die Beurteilung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung vor (§ 172 Ziff. 16). Dabei hat der Gerichtspräsident den Sachverhalt in der Regel durch Einholen von Urkunden, Amtsberichten oder Gutachten, durch Augenschein oder Befragung abzuklären (<ref-law>). Dass die Zeugenbefragung nicht explizit erwähnt ist, schliesst diese aufgrund der allgemein gehaltenen Formulierung ("in der Regel") nicht aus, wobei im vorliegenden Fall auch gar nicht substanziiert dargelegt worden ist, dass eine Zeugeneinvernahme verlangt und unter Berufung auf das Summarverfahren abgelehnt worden ist. Entscheidend ist ferner für das Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung, dass der Präsident von Amtes wegen oder auf Antrag eine Verhandlung durchführen kann (<ref-law>), womit nicht nur die schriftliche Anhörung des Betroffenen, sondern eine mündliche Einvernahme gewährleistet ist, die denn im konkreten Fall auch durchgeführt worden ist. Ferner ist nur beim Befehlsverfahren vorgesehen, dass die Berechtigung der Partei glaubhaft zu machen ist (<ref-law>). Weder aus den allgemeinen Bestimmungen zum summarischen Verfahren (§ 161-163) noch den speziellen Bestimmungen betreffend die Verfügungen des Bundesprivatrechts (§ 172 ff) ergibt sich, dass der Sachverhalt lediglich glaubhaft zu machen wäre und es gibt im konkreten Fall auch keine Anhaltspunkte dafür und wird auch nicht substanziiert geltend gemacht, dass das Beweismass auf Glaubhaftmachen beschränkt worden wäre. Sodann lässt sich der kantonalen Regelung und ihrer Anwendung im konkreten Fall auch keine Beschränkung der Prüfung in rechtlicher bzw. tatsächlicher Hinsicht entnehmen. Die Rüge, das kantonale Verfahren widerspreche dem Bundesrecht erweist sich damit als unbegründet.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe im kantonalen Rekurs detailliert belegt, dass er am 2. Oktober 2008 dem Bezirksgericht ein Entlassungsgesuch mit allen Beilagen sowohl per Fax (mit Sendebestätigung) als auch per Einschreiben habe zukommen lassen. Das Bezirksgericht habe aber behauptet, keine Beilagen erhalten zu haben. Er habe vor Obergericht die unterlassene Erstellung eines Aktenverzeichnisses gerügt. Die angerufene Instanz habe diesen Einwand im Rekursverfahren gegen den Entscheid des Gerichtspräsidiums vom 14. Januar 2009 als unbegründet abgewiesen, da gemäss § 23 der Verordnung des Obergerichts erst der Berufungsinstanz ein Aktenverzeichnis zu übersenden sei. Die Ablehnung des Antrags auf Erstellung des Aktenverzeichnisses, die konsequente Nichterstellung eines Aktenverzeichnisses im erstinstanzlichen Verfahren, der Verlust zentraler eingereichter Akten wie der Beilagen zum Entlassungsgesuch verletze Art. 6 Ziff. 1 und 5 Ziff. 4 EMRK.
5.2 Die Wahrnehmung des Akteneinsichts- und Beweisführungsrechts durch den von einer Verfügung Betroffenen setzt eine Aktenführungspflicht der Gerichte voraus. Diese haben alles in den Akten festzuhalten, was zur Sache gehört und entscheidwesentlich sein kann (<ref-ruling> E. 3b). Dieser ursprünglich für das Strafverfahren entwickelte Grundsatz gilt als Gehalt von <ref-law> für alle Verfahrensarten (<ref-ruling> E. 4.1 S. 477), insbesondere auch für das Zivilrecht (<ref-ruling> E. 2 b S. 370 f.). Grundlage eines effektiven Akteneinsichtsrechts ist eine geordnete und übersichtliche Aktenführung (GEROLD STEINMANN, in: Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, 2. Aufl. 2008, N. 30 zu <ref-law>). Der verfassungsmässige Anspruch auf geordnete und übersichtliche Aktenführung verpflichtet selbstredend die Behörden und Gerichte, die Vollständigkeit der im Verfahren eingebrachten und erstellten Akten sicherzustellen. Aus der verfassungsmässigen Vorgabe ergibt sich aber keine allgemeine Pflicht der Gerichte zur Erstellung eines Aktenverzeichnisses. Soweit sich aus Art. 6 Ziff. 1 bzw. 5 Ziff. 4 EMRK ein Anspruch auf geordnete und übersichtliche Aktenführung herleiten lässt, geht dieser jedenfalls nicht weiter als jener gemäss <ref-law>. Im vorliegenden Fall wurden die Akten laut den Ausführungen des Obergerichts nach Eingang bei der ersten Instanz elektronisch registriert, was den Anforderungen von <ref-law> bzw. Art. 5 Ziff. 4 und Art. 6 Ziff. 1 EMRK ohne weiteres zu genügen vermag.
5.3 Im vorliegenden Fall hat der Beschwerdeführer in seiner Eingabe an das Bundesgericht nicht belegt, dass er die besagten Beilagen tatsächlich eingereicht hat. Insbesondere wurden die angeblich eingereichten Beilagen bei der ersten Instanz auch nicht mit dem gemäss <ref-law> vorgeschriebenen Aktenverzeichnis eingereicht. Somit lässt sich nicht mehr feststellen, ob die besagten Beilagen aufgrund eines Versehens des Bezirksgerichts nicht registriert worden sind. Schliesslich ist auch nicht ersichtlich, inwiefern diese Beilagen für das Verfahren erheblich waren. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht weiter einzugehen.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht des Weiteren geltend, er habe beim Gerichtspräsidium die Aufzeichnung der Verhandlung vom 24. Oktober 2008 beantragt, was ihm verweigert worden sei. Die Weigerung der ersten Instanz, die Verhandlung aufzunehmen, verletze <ref-law>, Art. 5 Ziff. 4 EMRK und Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
6.2 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu <ref-law> wird der Anspruch auf rechtliches Gehör an einer Gerichtsverhandlung nur dann gewahrt, wenn das Gericht die Ausführungen und Eingaben auch tatsächlich zur Kenntnis nimmt und pflichtgemäss würdigt; dafür besteht nur Gewähr, wenn die Ausführungen und Eingaben der Parteien und allfälliger Dritter (Zeugen, Sachverständige usw.) zu Protokoll genommen werden. Das bedeutet allerdings nicht, dass sämtliche Parteiäusserungen zu protokollieren sind; vielmehr kann sich das Protokoll auf die für die Entscheidfindung im konkreten Fall wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 4 S. 390 f.). Mündliche Äusserungen einer Partei sind nach ihrem wesentlichen Inhalt zu protokollieren (<ref-ruling> E. 4.4 S. 479). Aus der durch die Minimalgarantie von <ref-law> begründeten Pflicht zur Erstellung eines Verhandlungsprotokolls lässt sich indes kein Anspruch der Parteien des Inhalts ableiten, dass Aussagen nicht nur zu protokollieren, sondern zusätzlich auf Tonband, auf Video oder mit anderen geeigneten technischen Hilfsmitteln aufzuzeichnen sind. Der verfassungsmässigen Pflicht zur Erstellung von Akten wird nachgelebt, wenn die für den Entscheid wesentlichen Aussagen und Wahrnehmungen in einem Protokoll festgehalten werden. Soweit sich aus Art. 6 Ziff. 1 EMRK eine Protokollierungspflicht ergibt (vgl. dazu: MÜLLER/SCHEFER, Grundrechte in der Schweiz, 4. Aufl. 2008, S. 877, Fn. 261), geht diese nicht weiter als jene gemäss <ref-law> (zum Ganzen: Urteil 5A_230/2009 vom 28. April 2009 E. 4).
6.3 Ferner wird aus Art. 5 Ziff. 4 EMRK ein Anspruch auf rechtliches Gehör abgeleitet (dazu: <ref-ruling> E. 3b S. 187). Nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte ist unentbehrlich, dass der Betroffene sich am Verfahren beteiligen kann und die Möglichkeit hat, entweder persönlich oder wenn notwendig durch einen Vertreter gehört zu werden (Urteil des EGMR vom 24. Oktober 1979 i.S. Winterwerp gegen die Niederlande, in: EuGRZ 1979 S. 656 Ziff. 60, zitiert in <ref-ruling> E. 3b S. 187). Soweit sich daraus überhaupt ein Anspruch auf mündliche Anhörung des Betroffenen und eine Protokollierungspflicht der Gerichte ableiten lässt, geht diese nicht weiter als jene gemäss <ref-law>.
6.4 Die Pflicht der Behörden, die Verhandlung aufzuzeichnen, ergibt sich schliesslich auch nicht aus <ref-law>. Diese Bestimmung geht zwar insofern weiter als <ref-law>, als sie eine mündliche Anhörung zwingend vorschreibt (<ref-ruling> E. 6c S. 134, Art. 4 aBV betreffend). Aus der Pflicht zur mündlichen Anhörung ergibt sich ein Anspruch auf Protokollierung der Verhandlung, nicht aber auf Aufzeichnung derselben. Es kann diesbezüglich auf die Ausführungen unter E. 6.2 verwiesen werden.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe am 10. September 2008 ein Entlassungsgesuch eingereicht, welches am 29./30. September 2008 abgewiesen worden sei. In der Folge habe er am 2. Oktober 2008 beim Gerichtspräsidium B._ die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung verlangt, welches Begehren am 14./15. Januar 2009 abgewiesen worden sei. Die besagte Abweisung sei mit dem am 6. März 2009 gefällten und am 27. März 2009 versandten Entscheid des Obergerichts bestätigt worden. Kein Tag der Verfahrensdauer sei darauf zurückzuführen, dass unnötige Handlungen vorgenommen worden wären. Zudem könne dem Vertreter des Beschwerdeführers gegenüber nicht der Vorwurf erhoben werden, er habe mit der Ausschöpfung einer ihm gewährten Fristverlängerung das bereits über Monate dauernde Verfahren weiter verzögert. An der Sache vorbei gehe die Argumentation des Obergerichts, welche zwar die überlange Zeit bis zur Anhörung des Beschwerdeführers bemängle, im Übrigen aber den Beschwerdeführer bzw. seinen Anwalt für die überlange Dauer des Verfahrens verantwortlich mache. Es sei festzustellen, dass die Verfahrensdauer Art. 5 Ziff. 4 EMRK und <ref-law> verletze.
7.2 Das Obergericht hat sich mit der vom Beschwerdeführer gerügten Verzögerung des Verfahrens durch den erstinstanzlichen Richter auseinandergesetzt und diesbezüglich in den Erwägungen eine unzulässige Verfahrensverzögerung festgestellt. Der Rekurs wurde aber nicht gutgeheissen. Zudem umfasst das Urteil nicht das ganze Verfahren. Schliesslich ist das Bundesgericht auf eine Beschwerde in Zivilsachen des Beschwerdeführers gegen diesen Entscheid nicht eingetreten (5A_87/2009). Vorliegend beanstandet der Beschwerdeführer die ganze Dauer des Verfahrens als EMRK- und verfassungswidrig. Zu einer entsprechenden Rüge ist er im Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung legitimiert (<ref-ruling>). Auf die Rüge ist demnach einzutreten.
7.3 Welche Verfahrensdauer den zeitlichen Anforderungen von Art. 5 Ziff. 4 EMRK bzw. <ref-law> und <ref-law> zu genügen vermag, lässt sich nicht nach einheitlichen und formalen Kriterien allgemein und abstrakt festlegen. Massgebend sind wie in der Praxis zu Art. 5 Ziff. 4 EMRK die gesamten Umstände des konkreten Einzelfalles (vgl. mit Blick auf die fürsorgerische Freiheitsentziehung das Urteil des Bundesgerichts 1P.793/1991 vom 12. Dezember 1991 E. 4, in: EuGRZ 1991 S. 526, mit Verweisungen auf die Rechtsprechung und Lehre; <ref-ruling> E. 2d S. 31 ff.). Zu berücksichtigen ist, dass sich die Verfahrensdauer nicht für alle Arten der Freiheitsentziehung nach den gleichen Massstäben beurteilt. Das Bundesgericht hat im erwähnten, nicht amtlich publizierten Entscheid unter Hinweis auf die Praxis der Strassburger Organe ausgeführt, dass psychiatrische Einweisungen oft schwierigere Fragen aufwerfen als Fälle der Untersuchungshaft. Verletzungen des Beschleunigungsgebots sind daher nicht schon allein deswegen zu bejahen, weil ein Verfahren längere Zeit (unter Umständen mehrere Monate) in Anspruch genommen hat. Als massgebend muss vielmehr gelten, ob das Verfahren in Anbetracht der auf dem Spiel stehenden Interessen zügig durchgeführt worden ist und die Gerichtsbehörden insbesondere keine unnütze Zeit haben verstreichen lassen (<ref-ruling> E. 3a S. 389).
7.4 Im vorliegenden Fall hat der Beschwerdeführer am 10. September 2008 bei der Vormundschaftsbehörde ein Entlassungsgesuch gestellt, welches die angerufene Instanz am 29/30.September 2008 abwies. Am Dienstag, 2. Oktober 2008 ersuchte der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers um gerichtliche Beurteilung des fürsorgerischen Freiheitsentzugs, worauf der Rechtsvertreter am Mittwoch 3. Oktober 2008 noch telefonisch mit dem Gerichtspräsidenten Kontakt aufnahm. Am Montag 6. Oktober 2008 ersuchte das Präsidium die Vormundschaftsbehörde um Zusendung der Akten. Dabei wurde weder auf die Dringlichkeit des Verfahrens hingewiesen noch der Vormundschaftsbehörde eine Frist zur Einreichung der Akten gesetzt. Die besagten Akten trafen schliesslich erst am Freitag, 17. Oktober 2008 ein, worauf die Anhörung des Beschwerdeführers am Freitag, 24. Oktober 2008 stattfand. Es ist nicht nachvollziehbar, weshalb das Gerichtspräsidium bis zur Anhörung rund 22 Tage verstreichen liess. Die Bedeutung der auf dem Spiele stehenden Interessen des Beschwerdeführers hätten eine zügigere Vorgehensweise des Gerichtspräsidiums erfordert. Das Obergericht hat in seinem Entscheid vom 17. November 2008 insoweit eine Verletzung des Beschleunigungsgebots in den Erwägungen festgestellt, die Beschwerde aber dennoch abgewiesen, soweit sie nicht gegenstandslos geworden sei.
7.5 Am 7. November 2008 wurde Dr. T._ mit der Begutachtung des Beschwerdeführers beauftragt, der seinen Bericht schliesslich am Dienstag, 25. November 2008 einreichte. Dieser Bericht wurde dem Vertreter des Beschwerdeführers am Freitag, 28. November 2008 zur Stellungnahme innert einer Frist von 10 Tagen zugestellt. Die Frist wurde schliesslich mit Verfügung vom 10. Dezember 2008 bis zum 25. Dezember 2008 verlängert. Am 12. Januar 2009 ging die Stellungnahme ein und am 14. Januar 2009 fällte der Gerichtspräsident seinen Entscheid. In dieser zeitlichen Phase fällt auf, dass sich der Gerichtspräsident sehr lange Zeit nahm, um den Arzt mit der Begutachtung zu beauftragen. Auch wenn im Kanton Thurgau offensichtlich nicht genügend fachkundige Gutachter zur Verfügung stehen, darf dies nicht dazu führen, dass eine Begutachtung derart lange hinausgeschoben wird. Der Kanton Thurgau wird dafür zu sorgen haben, dass die erforderlichen Gutachten schneller erhältlich gemacht werden können. Unter Umständen vermag hier ein Konkordat mit einem oder mehreren Nachbarkantonen Remedur zu schaffen. Zu beanstanden ist aber auch der Umstand, dass eine derart lange Fristverlängerung gewährt worden ist. Es ist in der Tat nicht einzusehen, weshalb in solch heiklen Verfahren auf die Bedürfnisse eines Rechtsvertreters derart unverhältnismässig Rücksicht genommen wird. Insgesamt lässt das erstinstanzliche Verfahren eine zu wenig straffe Leitung des Verfahrens durch den verantwortlichen Magistraten erkennen.
7.6 Der erstinstanzliche Entscheid wurde am 15. Januar 2009 versandt und dem Beschwerdeführer schliesslich am 22. Januar 2009 zugestellt. Dieser erhob alsdann am 11. Februar 2009 Rekurs. Im obergerichtlichen Verfahren reichte die Vormundschaftsbehörde ihre Stellungnahme am 16. Februar 2009 zusammen mit einem Bericht von Dr. Z._ von den Psychiatrischen Diensten ein. Der Beschwerdeführer liess dem Obergericht seine Stellungnahme zu den Vernehmlassungen am 26. Februar 2009 zukommen und ersuchte um eine Frist von 20 Tagen zur Einreichung von weiteren Unterlagen im Zusammenhang mir einem angeblich gegen den Beschwerdeführer angehobenen Strafverfahren. Am 6. März 2009 hat das Obergericht in der Sache entschieden. Der Versand des Entscheids erfolgte schliesslich am 27. März 2009.
Der zeitliche Ablauf der Geschehnisse im obergerichtlichen Verfahren zeigt, dass das Obergericht das Verfahren trotz der Stellungnahme der Vorinstanz und der Vormundschaftsbehörde und der weiteren Stellungnahme des Beschwerdeführers zügig vorangetrieben und bis zum Entscheid in der Sache keine unnötige Zeit hat verstreichen lassen. Nicht nachvollziehen lässt sich indes, weshalb rund drei Wochen bis zum Versand des obergerichtlichen Entscheids verstrichen sind, zumal der angefochtene Entscheid lediglich 8 Seiten umfasst und die Begründung summarisch ausgefallen ist. Unter Berücksichtigung des Umstandes, dass das Verfahren bereits derart viel Zeit in Anspruch genommen hat, hätte das Obergericht auf eine beförderliche Redaktion und einen rascheren Versand achten müssen. Insoweit ist dem Obergericht eine ungebührliche Verzögerung vorzuwerfen.
7.7 Zusammenfassend ergibt sich, dass im zu beurteilenden kantonalen Verfahren die ungenügende Verfahrensleitung der ersten Instanz, aber auch der ungebührlich verzögerte Versand im obergerichtlichen Verfahren zu beanstanden sind. Damit wurde in diesem Verfahren das Beschleunigungsgebot von <ref-law>, Art. 5 Ziff. 4 EMRK und <ref-law> verletzt. Ergänzend bleibt aber anzufügen, dass der Vertreter des Beschwerdeführers durch sein Verhalten im erstinstanzlichen Verfahren, insbesondere durch ein Zuwarten mit der Stellungnahme bis zum 9. Januar 2009 nicht zur Verfahrensbeschleunigung beigetragen hat. Demnach ist die Beschwerde in diesem Punkt gutzuheissen und im Dispositiv festzustellen, dass die <ref-law> und Art. 5 Ziff. 4 EMRK verletzt worden sind. Die Zusprechung eines Betrages als Schadenersatz ist nicht verlangt worden. Zudem wäre ein solcher Betrag im Verfahren nach <ref-law> geltend zu machen gewesen. Der Umstand, dass eine Verletzung des Beschleunigungsgebots bejaht worden ist, bedeutet nicht, dass die fürsorgerische Freiheitsentziehung als solche rechtswidrig und der Beschwerdeführer unverzüglich aus der Anstalt zu entlassen wäre (vgl. <ref-ruling> E. d ein Verfahren betreffend Haftentlassung betreffend; vgl. Urteil 1P.437/1989 vom 28. September 1989 E. 4e und 5). Was die Frage der Rechtmässigkeit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung anbelangt, so wird auf die E. 8 hiernach verwiesen.
8. Strittig ist schliesslich die Rechtmässigkeit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung.
8.1 Eine mündige oder entmündigte Person darf wegen Geisteskrankheit, Geistesschwäche, Trunksucht, anderen Suchterkrankungen oder schwerer Verwahrlosung in einer geeigneten Anstalt untergebracht oder zurückbehalten werden, wenn ihr die nötige persönliche Fürsorge nicht anders erwiesen werden kann (<ref-law>). Wie bei der Einweisung in eine Anstalt ist auch bei der Zurückbehaltung des Betroffenen das Prinzip der Verhältnismässigkeit zu beachten. Erforderlich ist, dass der Betroffene infolge der im Gesetz umschriebenen Schwächezustände persönlicher Fürsorge bedarf, die ihm nur in einer Anstalt gewährt werden kann (<ref-ruling> E. 5). Ferner ist die Belastung zu berücksichtigen, welche die Person für ihre Umgebung bedeutet (<ref-law>). Sobald es sein Zustand erlaubt, muss der von der fürsorgerischen Freiheitsentziehung Betroffene entlassen werden (<ref-law>; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 4).
8.2 Nach dem vom Gerichtspräsidium B._ beigezogenen Gutachter leidet der Beschwerdeführer an einer kombinierten Persönlichkeitsstörung mit emotional-instabilen dissozialen und narzisstischen Zügen gemäss ICD-10; F61.0 sowie an einer grenzwertig leichten Intelligenzminderung (ICD-10; F70). Dabei handelt es sich um eine Geistesschwäche im Sinn von <ref-law>.
Beim Beschwerdeführer ist laut Gutachten bereits nach der Einweisung in Klinik im September 2007 ein Stabilisierungsversuch unternommen worden, um ihm möglichst rasch ein betreutes Wohnen zu ermöglichen. Wiederholte Versuche, ihn im "C._" zu platzieren, haben nicht gegriffen und der Beschwerdeführer ist öfters selber in die Klinik zurückgekehrt. Er benötigt den ganzen Tag viel Aufmerksamkeit seitens des Pflegepersonals. Es herrscht eine grosse Diskrepanz zwischen seinen verbalen Äusserungen ("Ich will raus") und seinem manifesten Verhalten, welches von Abhängigkeit und dem Suchen nach Grenzen geprägt ist. Der Beschwerdeführer hat Mühe, sich selbst zu beschäftigen und muss ständig motiviert und kontrolliert werden; zu sozialen Kontakten ist er nur in sehr begrenztem Mass fähig. Eine seiner Hauptschwierigkeiten ist der Umgang mit den eigenen Aggressionen. Nach dem Gutachter ist die Behandlung dieser Persönlichkeitsstörung schwierig. Im Vordergrund der Therapie stehen der Aufbau einer therapeutischen Beziehung sowie eine Verbesserung der psychosozialen Kompetenzen und die Hilfe bei der Strukturierung des psychosozialen Umfelds neben der Bearbeitung dysfunktionaler Verhaltensmuster und Persönlichkeitsstile, der Ressourcenorientierung und schliesslich dem Transfer in den Lebensalltag. Der Gutachter gelangt zum Schluss, der Beschwerdeführer könne nur unter Anleitung und Kontrolle in den verschiedenen lebensrelevanten Bereichen wie Beziehungsgestaltung, Vertrauen, Übernahme von Verantwortung, Finanzen, persönliche Hygiene und Fürsorge über längere Zeit und nachhaltig ein menschenwürdiges Level erreichen. Der Gutachter bejaht schliesslich, dass dem Beschwerdeführer die nötige Fürsorge zur Zeit nur in einer Anstalt gewährt werden kann.
Aus den Darlegungen des gerichtlichen Sachverständigen ergibt sich, dass der Beschwerdeführer zur Zeit nicht in der Lage ist, sein Leben in den relevanten Bereichen auf sich allein gestellt zu meistern, weshalb ihm bei sofortiger Entlassung die Verwahrlosung drohte. Er bedarf somit der Fürsorge in einer Anstalt. Unter diesen Umständen ist die beantragte Entlassung derzeit nicht in Betracht zu ziehen. Die Beschwerde erweist sich daher als unbegründet.
8.3 Was der Beschwerdeführer gegen das angefochtene Urteil vorbringt ist nicht geeignet, eine Verletzung von <ref-law> darzutun:
8.3.1 Soweit der Beschwerdeführer zusammengefasst behauptet, die Anstaltsleitung sei nicht an einer anderweitigen Platzierung des Beschwerdeführers interessiert und habe daher auch keine entsprechenden Schritte unternommen, gilt es darauf hinzuweisen, dass mehrere erfolglose Versuche unternommen worden sind, den Beschwerdeführer in der Einrichtung "C._" unterzubringen.
8.3.2 Soweit der Beschwerdeführer dem Obergericht vorwirft, es habe die Ansicht des Gutachters nicht hinterfragt, wonach nur eine stationäre Behandlung in Frage komme, gilt es darauf hinzuweisen, dass <ref-law> einen Entscheid aufgrund fachärztlicher Begutachtung verlangt. Der Beschwerdeführer bringt nichts Substanzielles vor, was die in sich schlüssigen Darlegungen und Feststellungen des Gutachters in Frage stellen könnte. Im Übrigen ist bereits ausführlich dargelegt worden (E. 8.2), dass von einer stationären Behandlung nicht Umgang genommen werden kann.
8.3.3 Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers (Ziff. 7.3) besteht die akute Selbstgefährdung in der drohenden Verwahrlosung des Beschwerdeführers (E. 8.2).
8.3.4 Soweit der Beschwerdeführer zur Begründung des Entlassungsbegehrens auf Geiser (Basler Kommentar, N. 3 und 5 zu <ref-law>) und Schnyder/Rumo-Jungo (Das schweizerische Zivilgesetzbuch, S. 513) verweist, wonach die Anstaltsunterbringung aufzuheben ist, wenn sie nichts mehr zur Entschärfung der Krise beitragen kann, blendet er die durch das Gutachten erstellten tatsächlichen Grundlagen aus. Der Beschwerdeführer ist zur Zeit auf sich allein gestellt ausserhalb einer Anstalt nicht in der Lage, sein Leben zu meistern. Es kann im Übrigen auf die Ausführungen unter E. 8.2 verwiesen werden.
8.3.5 Der Verweis auf das Urteil 5A_387/2007 geht schon deshalb fehl, weil im vorliegenden Fall ein Bedarf an Fürsorge in Form der Anleitung und Überwachung in den genannten lebensrelevanten Bereichen - und dies in einer Anstalt - bejaht worden ist.
9. Zusammenfassend ergibt sich, dass eine Entlassung des Beschwerdeführers derzeit nicht in Frage kommt. Die übrigen Anträge wurden mehrheitlich als unzulässig erklärt. Immerhin wurde eine Verletzung von <ref-law> und Art. 5 Ziff. 4 EMRK bejaht und wird diese im Dispositiv festgestellt. Damit ist die Beschwerde teilweise (mit Bezug auf die gerügte Verletzung des Beschleunigungsgebots) gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Unter den gegebenen Umständen rechtfertigt es sich, von einer Gerichtsgebühr abzusehen (<ref-law>), zumal dem Gemeinwesen in der Regel ohnehin keine Gerichtskosten auferlegt werden dürfen (<ref-law>). Demgegenüber hat der Kanton Thurgau den Beschwerdeführer dem Verfahrensausgang entsprechend teilweise zu entschädigen (<ref-law>).
10. Die Beschwerde hat sich nicht als von Anfang an aussichtslos erwiesen. Zudem gilt der Beschwerdeführer als bedürftig. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist somit grundsätzlich zu entsprechen und dem Beschwerdeführer ist ein amtlicher Rechtsbeistand zu bestellen. Da im vorliegenden Fall dem Beschleunigungsgebot nicht Rechnung getragen worden ist und der Kanton Thurgau deswegen den Beschwerdeführer teilweise zu entschädigen hat, rechtfertigt es sich, dem Beschwerdeführer lediglich die teilweise unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Dem amtlichen Rechtsbeistand wird insoweit für seine Bemühungen im bundesgerichtlichen Verfahren ein reduziertes Honorar aus der Bundesgerichtskasse entrichtet (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Es wird festgestellt, dass <ref-law> und Art. 5 Ziff. 4 EMRK verletzt worden sind.
1.2 Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird teilweise gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist; dem Beschwerdeführer wird Rechtsanwalt Adriano Marti als Rechtsbeistand bestellt.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. 4.1 Der Kanton Thurgau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 800.-- zu entschädigen.
4.2 Rechtsanwalt Adriano Marti wird für seine Bemühungen im bundesgerichtlichen Verfahren unter Berücksichtigung der dem Beschwerdeführer teilweise gewährten unentgeltlichen Rechtspflege ein reduziertes Honorar von Fr. 800.-- aus der Bundesgerichtskasse entrichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der ärztlichen Leitung der Psychiatrischen Klinik A._ und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
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