Faits:
A. A.a B._ SA est une société holding espagnole dont le siège est à Madrid. Cette société est actionnaire majoritaire de la société C._ SA. G._ est l'un des dirigeants de B._ SA.
En 1987, C._ SA a acheté la société D._ SA. Le 26 avril 1988, les membres du conseil d'administration de C._ SA ont décidé de vendre D._ SA à la société E._ Ltd pour le prix de 4,2 milliards de pesetas (environ 25 millions d'euros) et de la revendre en novembre 1988 à F._ SA pour la somme de 11,992 milliards de pesetas (environ 72 millions d'euros), réalisant ainsi un bénéfice de plus de 46 millions d'euros au détriment de C._ SA.
A.b Le 8 juin 1988, E._ Ltd a transféré un montant de 30 millions de dollars américains (US$) sur un compte dont G._ et son épouse étaient titulaires auprès de Z._, à Genève. Le lendemain, un montant de 13 millions US$ a été transféré de ce dernier compte à celui dont A._ - homme d'affaires indépendant et citoyen britannique domicilié à Genève - était titulaire auprès de la même banque.
B. B.a Plusieurs dirigeants de B._ SA, dont G._, ont été impliqués dans une vaste escroquerie réalisée au détriment de B._ SA. Il leur a notamment été reproché d'avoir détourné d'importantes sommes d'argent dans le cadre de la vente de D._ SA. Plainte pénale a été déposée par B._ SA devant les autorités madrilènes le 8 janvier 1993. A._ a été mis en cause dans le cadre de cette procédure dès mai 1999.
Par ordonnance du 4 avril 2000, le Tribunal central d'instruction de Madrid a ordonné l'ouverture de la procédure orale contre B._ SA et C._ SA notamment, en qualité de responsables civils, et contre A._, en qualité de responsable civil à titre lucratif.
Dans le cadre de cette procédure pénale, l'Audiencia Nacional de Madrid (ci-après la Cour nationale), par jugement du 16 mars 2004, a condamné A._, en tant que participant à titre lucratif, à rendre 13 millions US$ au taux de change officiel de cette devise à la date de leur transmission, le 9 juin 1988, sans toutefois préciser à qui ladite somme devait être restituée. Le fait que les charges pénales initialement retenues contre A._ avaient été classées par ordonnance du 12 décembre 1999 n'empêchaient pas en effet que ce dernier puisse être poursuivi civilement. La Cour nationale a par ailleurs jugé que, même si B._ SA, en tant qu'actionnaire majoritaire de C._ SA, était indirectement lésée, elle devait être considérée comme responsable civile subsidiaire envers les actionnaires minoritaires de C._ SA.
Statuant le 26 mars 2004 sur requête en clarification du jugement du 16 mars 2004, la Cour nationale a considéré qu'il n'était pas nécessaire de préciser la personne à qui A._ devait rembourser la somme de 13 millions US$ dans la mesure où il n'y avait qu'une seule victime, à savoir "C._ SA con la composition accionarial que tenia el 8 junio de 1988".
Par décision du 24 juillet 2006, la Chambre pénale du Tribunal suprême de Madrid a rejeté le recours déposé par A._ contre le jugement rendu le 16 mars 2004 par la Cour nationale.
Le 11 septembre 2006, la Cour nationale a requis A._ de restituer, dans le délai d'une semaine, la somme de 13 millions US$. Contre cette décision, A._ a interjeté un recours ainsi qu'une demande de clarification, tous deux rejetés par la Cour nationale. Le 21 novembre 2006, A._ a déposé un nouveau recours en rectification, soutenant que, pour lui, seule C._ SA était lésée et légitimée à être remboursée, à l'exclusion de ses actionnaires. Son recours a été rejeté par décision de la Cour nationale le 12 décembre 2006, celle-ci indiquant que l'argent devait être remboursé non pas à C._ SA, mais à B._ SA.
B.b Se fondant sur le jugement rendu par la Cour nationale le 16 mars 2004, B._ SA a fait notifier à A._, le 11 juillet 2007, un commandement de payer, poursuite n° xxxx, portant sur la somme de 18'665'400 fr. (contre-valeur de 13'000'000 US$ au cours de 1,4358) plus intérêts à 5% dès le 16 mars 2006. A._ y a fait opposition.
B.c Le 19 octobre 2007, B._ SA a obtenu le séquestre des biens de A._ à concurrence de 18'665'400 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 16 mars 2004. Le séquestre, dont le montant a finalement été ramené par la Cour de justice du canton de Genève à 14'648'856 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 16 mars 2004, a été confirmé par le Tribunal de céans le 12 août 2008 (arrêt 5A_364/20).
C. Le 23 juin 2008, B._ SA a déposé, devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, une requête tendant à l'exequatur du jugement rendu le 16 mars 2004 par la Cour nationale et au prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer susmentionné. Le Tribunal de première instance a débouté la requérante des fins de sa requête par jugement du 18 août 2008.
Statuant le 29 janvier 2009 sur appel de B._ SA, la Cour de justice a annulé le jugement rendu en première instance. Elle a notamment déclaré exécutoire le jugement rendu le 16 mars 2004 par la Cour nationale et prononcé la mainlevée définitive de l'opposition faite au commandement de payer à concurrence de 7'874'019 fr. 80.
D. Le 5 mars 2009, A._ interjette un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral contre la décision de la Cour de justice. Le recourant conclut à l'annulation de ce dernier arrêt et, principalement, à ce que l'appel interjeté par B._ SA soit déclaré irrecevable. Subsidiairement, le recourant demande la confirmation du jugement rendu le 18 août 2008 par le Tribunal de première instance. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 1 et 25 ss de la Convention concernant la compétence judiciaire et l'exécution des décisions en matière civile et commerciale (Convention de Lugano, ci-après CL; RS 0.275.11) ainsi que les art. 25, 80 et 81 LP. Il estime enfin que la décision querellée viole l'art. 9 Cst.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre.

Considérant en droit:
1. Interjeté en temps utile (<ref-law>), par la partie qui a succombé dans ses conclusions en instance cantonale (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>), rendue par une autorité de dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF) en matière de poursuite pour dettes et de faillite statuant préjudiciellement sur l'exécution d'un jugement étranger (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral et international (art. 95 let. a et b LTF), violation que le Tribunal fédéral examine librement (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 in fine, 297 consid. 3.1). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.2).
3. Le recourant reproche tout d'abord aux juges cantonaux d'avoir assimilé la condamnation en restitution mise à sa charge à une condamnation de nature civile, entrant dans le champ d'application de la CL et susceptible d'exécution en Suisse, dans le cadre de la procédure de mainlevée.
3.1 Relevant que des décisions émanant de juridictions pénales pouvaient être reconnues comme étant de caractère civil lorsque la prétention déduite en justice était une prétention civile, la Cour de justice a considéré qu'en l'espèce, après avoir statué sur les condamnations pénales des différents accusés, l'autorité madrilène s'était prononcée sur la responsabilité civile des mis en cause et avait condamné l'intimé à ce titre. La condamnation prononcée dans le cadre de la procédure pénale à l'égard de l'intimé était ainsi une condamnation de nature civile, entrant dans le champ d'application de la CL.
3.2 Le recourant affirme que sa condamnation se distinguerait fondamentalement des condamnations visant les personnes reconnues civilement responsables. Elle ne s'inscrirait pas dans un rapport horizontal, entre une personne condamnée et une personne lésée, mais plutôt dans un rapport vertical entre la personne condamnée et l'Etat, agissant en tant qu'autorité publique. Sa condamnation équivaudrait, en réalité, à une mesure de sûreté à caractère réel, à l'instar du régime de la confiscation prévu en droit suisse aux <ref-law>. Relevant de la compétence exclusive de la juridiction pénale, sa condamnation serait ainsi expressément exclue du champ d'application de la CL et ne pourrait dès lors constituer un titre de mainlevée valable dans la poursuite en cours.
3.3 La CL s'applique en matière civile et commerciale, quelle que soit la nature de la juridiction (<ref-law>), c'est-à-dire également à une condamnation civile rendue par une autorité pénale (YVES DONZALLAZ, La Convention de Lugano, 1996, Tome I, p. 344 n° 857 et les références). Dans son jugement du 16 mars 2004, la Cour nationale a expressément déclaré que le recourant devait être considéré comme un responsable civil, à concurrence de la somme reçue sur son compte bancaire en Suisse, précisant que le classement des charges pénales retenues contre lui n'empêchait pas sa poursuite civile. La Cour nationale a par ailleurs indiqué, dans sa clarification du 26 mars 2004, que le bénéficiaire de l'obligation de restitution n'avait pas à être précisé dans la mesure où il n'y avait qu'une seule victime, à savoir "C._ SA con la composition accionarial que tenia el 8 junio de 1988". Elle n'a ainsi aucunement établi que le recourant devait restituer la somme reçue à l'Etat. Le caractère civil de la condamnation a également été confirmé par l'arrêt du Tribunal suprême, statuant le 24 juillet 2006 sur appel du recourant. Le recourant admet d'ailleurs lui-même le caractère civil de sa condamnation lorsqu'il soutient, dans le cadre de sa motivation liée au grief de la violation, par la Cour de justice, de son pouvoir de cognition, que C._ SA est la seule créancière de l'obligation de restitution mise à sa charge. Il convient ainsi implicitement que sa condamnation ne constitue donc pas une mesure de confiscation d'ordre étatique, comme prétendu auparavant, mais une condamnation à caractère civil.
4. La Cour de justice a avant tout examiné si le jugement rendu le 16 mars 2004 par la Cour nationale madrilène remplissait les conditions exigées pour être qualifiée de titre de mainlevée définitive. Elle a alors admis que le dispositif de ce jugement ne précisait pas à qui le recourant était tenu de restituer, en sa qualité de participant à titre lucratif, la somme de 13 millions d'US$. Les juges cantonaux ont néanmoins relevé, que, dans son jugement en clarification du 26 mars 2004, l'autorité madrilène avait indiqué qu'il n'était pas nécessaire de préciser la personne à qui le recourant devait rembourser la somme de 13 millions US$, dans la mesure où il n'y avait qu'une seule victime, à savoir "C._ SA, con la composicion accionarial que tenia el 8 de junio de 1988". Les jugements des 24 juillet et 12 décembre 2006 confirmaient par ailleurs que seuls les actionnaires de C._ SA à la date du 8 juin 1988 étaient les lésés des opérations incriminées et qu'ils étaient les bénéficiaires, en proportion de leur participation dans la société, du montant auquel le recourant avait été condamné en remboursement. En tant qu'actionnaire de C._ SA en date du 8 juin 1988, l'intimée appartenait donc au cercle des bénéficiaires. S'agissant de sa participation dans l'actionnariat de C._ SA, estimée à 60% selon le jugement espagnol, les juges cantonaux ont relevé que cette estimation ne permettait pas de déterminer avec précision le montant auquel l'intimée avait droit. Se référant à une requête en exécution des actionnaires minoritaires datée du 4 avril 2008, et notant que ceux-ci se prévalaient d'une quote-part de l'actionnariat correspondant à 53,62 %, la Cour de justice en a déduit que l'intimée ne pouvait se voir allouer une quote-part des 13 millions US$ qui soit supérieure à ce pourcentage.
Considérant que le jugement espagnol constituait bien un titre de mainlevée définitive au sens de la LP, la cour cantonale a enfin examiné si les conditions posées par la CL pour prononcer son exequatur étaient remplies. Concluant à l'affirmative, elle a ainsi déclaré le jugement espagnol exécutoire et prononcé la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de 7'874'019 fr. 80.
5. Le recourant estime que la cour cantonale s'est livrée à une interprétation des titres de mainlevée allant bien au-delà du pouvoir de cognition dont elle dispose, dans le cadre de la procédure de mainlevée, soumise à la procédure sommaire en vertu de l'<ref-law>. Les titres de mainlevée produits ne lui permettaient pas, avant tout, de retenir l'existence d'une créance de l'intimée à l'encontre du recourant: les dispositifs des décisions de la Cour nationale du 16 mars 2004 et du Tribunal suprême du 24 juillet 2006 ne se prononçaient pas en effet sur l'identité du bénéficiaire final de l'obligation de restitution mise à la charge du recourant. En précisant, le 26 mars 2004, qu'il n'y avait qu'une seule victime, à savoir "C._ SA con la composition accionarial que tenia el 8 de junio de 1988", la Cour nationale démontrait que l'obligation ne pouvait avoir qu'un seul et unique bénéficiaire, à savoir C._ SA, à l'exclusion de l'intimée. La quotité de la créance de l'intimée ne pouvait ensuite être déterminée sur la base des titres de mainlevée produits. Pour l'arrêter, la Cour de justice avait en conséquence dû se référer à des pièces étrangères à ceux-ci, violant ainsi le droit fédéral et parvenant à un résultat totalement insoutenable.
6. 6.1 Lorsque la décision étrangère portant condamnation à payer une somme d'argent ou à constituer des sûretés (<ref-law>) est rendue dans un Etat lié à la Confédération par une convention internationale sur l'exécution réciproque des jugements ou des sentences arbitrales, il appartient au juge de la mainlevée de statuer sur l'exequatur (<ref-law>). Si la décision en cause est soumise à la CL, le créancier dispose alors de deux possibilités. La première permet au créancier d'introduire une procédure d'exequatur indépendante et unilatérale selon les <ref-law>, devant le juge de la mainlevée, qui déclarera exécutoire en Suisse le jugement étranger dans une procédure non contradictoire, sans entendre le débiteur (<ref-law>). La seconde possibilité offerte au créancier consiste à introduire une poursuite (réquisition de poursuite, commandement de payer) et, en cas d'opposition du débiteur, à requérir la mainlevée de l'opposition, procédure au cours de laquelle le juge de la mainlevée se prononcera à titre incident sur la reconnaissance et le caractère exécutoire de la décision étrangère (décision d'exequatur prononcée à titre incident; <ref-law>); en cas de reconnaissance, le magistrat lèvera alors l'opposition au commandement de payer (arrêt 5A_634/2008 du 9 février 2009 consid. 3.3 destiné à la publication).
Dans l'une et l'autre hypothèse, le juge de la mainlevée examine si la décision étrangère doit être reconnue parce qu'elle remplit les conditions de la CL et son examen est libre à cet égard. Contrairement à ce que fait valoir le recourant, les règles de droit cantonal sur la procédure sommaire (<ref-law>) ne sauraient ainsi restreindre le pouvoir d'examen du magistrat.
Par ailleurs, comme le Tribunal de céans l'a rappelé à propos de la mainlevée provisoire, la procédure de mainlevée est une procédure sur pièces (Urkundenprozess), dont le but n'est pas de constater la réalité de la créance en poursuite, mais bien l'existence d'un titre exécutoire. Le juge de la mainlevée provisoire examine la force probante du titre produit par le créancier, sa nature formelle, mais non la validité de la créance (<ref-ruling> consid. 4.1.1).
6.2 La reconnaissance d'une décision rendue dans un Etat partie à la CL ne peut être refusée dans un autre Etat contractant que pour l'un des motifs prévus aux art. 27 et 28 CL. Constituent ainsi des motifs de refus selon l'<ref-law>: l'incompatibilité avec l'ordre public de l'Etat requis (<ref-law>), la violation de l'ordre public procédural (<ref-law>), la méconnaissance du droit international privé de l'Etat requis quant au choix du droit applicable dans le cadre d'une question relative à l'état ou à la capacité des personnes physiques, aux régimes matrimoniaux, aux testaments et aux successions (<ref-law>), le caractère inconciliable de la décision avec une autre rendue entre les mêmes parties dans l'Etat requis (<ref-law>), ainsi que, sous certaines conditions, son éventuelle incompatibilité avec une décision rendue antérieurement dans un Etat non contractant entre les mêmes parties, dans un litige portant sur le même objet et la même cause (<ref-law>). Quant à l'<ref-law>, il concerne des cas de refus fondés sur la compétence qui n'entrent pas en considération en l'espèce.
6.3 Pour déterminer l'identité du créancier de A._, à savoir qui était précisément visé par la désignation "C._ SA con la composition accionarial que tenia el 8 junio de 1988", la Cour de justice s'est fondée sur les motifs de l'arrêt rendu le 16 mars 2004 par la cour nationale madrilène, sur ceux de l'arrêt rendu le 24 juillet 2006 par la chambre pénale du Tribunal suprême de Madrid ainsi que sur les motifs des décisions rendues les 26 mars 2004 et 12 décembre 2006 par la cour nationale. Dans la mesure où, comme indiqué plus haut, son pouvoir d'examen était libre, la référence à ces différentes décisions ne prête pas le flanc à la critique.
Par arrêt du 16 mars 2004, la cour nationale a jugé que les véritables lésés étaient les actionnaires de C._ SA à la date du 8 juin 1988, date de la vente de D._ SA à E._ Ltd. B._ SA devait être considérée comme indirectement lésée du fait qu'elle détenait à l'époque une participation d'environ 60% dans C._ SA. Statuant sur requête en clarification du jugement rendu le 16 mars 2004, la cour nationale a considéré qu'il n'y avait qu'une seule victime, à savoir "C._ SA con la composition accionarial que tenia el 8 junio de 1988". Le 24 mars 2006, le Tribunal suprême de Madrid a rejeté le recours déposé par le recourant contre la décision du 16 mars 2004. Enfin, statuant le 12 décembre 2006 sur le recours en rectification exercé par A._, la cour nationale l'a rejeté en déclarant que la somme à restituer devait l'être à B._ SA et non à C._ SA.
Les raisons de droit matériel espagnol pour lesquelles la cour nationale a rejeté tous les recours et demandes de rectification, puis refusé de répartir les sommes dues aux différents actionnaires lésés, ne sont pas des motifs d'exclusion de la reconnaissance au sens des art. 27 et 28 CL. En outre, il n'appartient pas au juge suisse de la reconnaissance de dire si le jugement espagnol aurait dû répartir les sommes dues aux différents actionnaires à la date du 8 juin 1988, plutôt que de rejeter tous les recours et demandes de rectification interjetés par les parties et de laisser - implicitement - l'actionnaire majoritaire B._ SA encaisser l'entier, à charge pour lui d'indemniser les actionnaires minoritaires envers lesquels il est responsable. C'est donc à raison que la Cour de justice a reconnu et déclaré exécutoire en Suisse le jugement espagnol.
6.4 Dans ces circonstances, le jugement espagnol étant reconnu et exécutoire en Suisse dans le sens rappelé ci-dessus, il n'y a pas lieu d'examiner les griefs relatifs à l'appréciation du pourcentage de participation de B._ SA dans C._ SA. Le Tribunal fédéral étant lié par les conclusions des parties et B._ SA n'ayant pas formé recours contre l'arrêt de la Cour de justice, celui-ci ne peut le modifier au détriment de la partie recourante et autoriser la mainlevée au-delà de la somme de 7'874'019 fr. 80 arrêtée par l'instance cantonale.
7. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté, aux frais de son auteur (<ref-law>). Il n'est pas accordé de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 15 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret