Sachverhalt:
A. Am 4. April 2011 reichte die X._ AG (Klägerin und Beschwerdeführerin) beim Kantonsgericht Zug gegen A. und B. Y._ (Beklagte und Beschwerdegegner) eine Forderungsklage über Fr. 65'557.50 zuzüglich Zins ein. Mit Klageantwort vom 24. Juni 2011 beantragten die Beklagten die Abweisung der Klage.
Mit Eingabe vom 1. Juli 2011 stellte die Beschwerdeführerin dem Kantonsgericht folgende Anträge:
"1. Es sei der Beklagten ihre Klageantwortschriften zur Verbesserung zurückzuweisen und diese zu zwingen, auf vorangestellte eigene Ausführungen zu verzichten und die entsprechenden Behauptungen bei den einzelnen Abschnitten der Klage anzubringen.
2. Eventuell sei die Frist zur Einreichung der Replik abzunehmen und zu einer Referentenaudienz vorzuladen und unter den Parteien eine Einigung über die Frage zu erzielen, ob die Beklagten die geltend gemachten Mehrleistungen im arbeitsmässigen und gerichtenmässigen Umfange anerkennen, wenn sie mit ihren grundsätzlichen Einwendungen nicht durchdringen, es seien keine Mehrleistungen zu honorieren.
3. Subeventuell sei der Klägerin Fristerstreckung um einstweilen 30 Tage zu gewähren.
4. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen mit der Hauptsache."
Mit Verfügung vom 4. Juli 2011 gewährte die zuständige Instruktionsrichterin des Kantonsgerichts Zug eine einzige Fristerstreckung bis 8. September 2011 und wies die Anträge der Beschwerdeführerin im Übrigen ab.
B. Gegen diese Verfügung legte die Klägerin beim Obergericht des Kantons Zug Beschwerde gemäss <ref-law> ein mit folgenden Anträgen:
"1. Die Beschwerde sei gutzuheissen, die prozessleitende Verfügung der Instruktionsrichterin der 1. Abteilung des Kantonsgerichts Zug vom 4. Juli 2011 aufzuheben und den Beschwerdegegnern ihre Klageantwortschrift vom 24. Juni 2011 zur Verbesserung zurückzuweisen und diese anzuweisen, auf vorangestellte eigene Ausführungen zu verzichten und die entsprechenden Behauptungen bei den einzelnen Abschnitten der Klage anzubringen.
2. Eventuell sei die Beschwerde gutzuheissen, die prozessleitende Verfügung der Instruktionsrichterin der 1. Abteilung des Kantonsgerichts Zug vom 4. Juli 2011 aufzuheben und die Sache im Sinne nachtstehender Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. Im Hinblick auf eine allfällige Abweisung der Beschwerde sei der Beschwerdeführerin einstweilen Fristerstreckung ab Zustellung von 30 Tagen zu gewähren, um replizieren zu können.
4. Es sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen.
5. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beschwerdegegner."
Mit Beschluss vom 3. November 2011 trat das Obergericht auf die Beschwerde gegen die angefochtene Verfügung nicht ein und verfügte, dass die erstreckte Frist von 30 Tagen für die Einreichung der Replik im erstinstanzlichen Verfahren ab Erhalt des vorliegenden Beschlusses zu laufen beginnt.
Das Obergericht kam zum Schluss, dass es sich bei der angefochtenen Verfügung der erstinstanzlichen Instruktionsrichterin um eine prozessleitende Verfügung handle, die gemäss <ref-law> nur dann mit Beschwerde angefochten werden könne, wenn durch sie ein nicht leicht wiedergutzumachender Nachteil droht. Ein solcher Nachteil liege nicht vor, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten sei.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht folgende Anträge:
"1. Die Beschwerde sei gutzuheissen, der Beschluss der II. Beschwerdeabteilung des Obergerichts des Kantons Zug vom 3.11.2011 aufzuheben, die Sache mit der Anordnung an die Vorinstanz zurückzuweisen, auf die Beschwerde vom 4.8.2011 einzutreten, die prozessleitende Verfügung der Instruktionsrichterin der 1. Abteilung des Kantonsgerichts Zug vom 4.7.2011 aufzuheben, den Beschwerdegegnern ihre Klageantwortschrift vom 24. Juni 2011 zur Verbesserung zurückzuweisen, diese aufzufordern, auf vorangestellte eigene Ausführungen zu verzichten und die entsprechenden Behauptungen bei den einzelnen Abschnitten der Klage anzubringen sowie die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren neu zu verlegen.
2. Eventuell sei die Beschwerde gutzuheissen, der Beschluss der II. Beschwerdeabteilung des Obergerichts des Kantons Zug vom 3.11.2011 aufzuheben, die Sache mit der Anordnung an die Vorinstanz zurückzuweisen, auf die Beschwerde vom 4.8.2011 einzutreten, die prozessleitende Verfügung der Instruktionsrichterin der 1. Abteilung des Kantonsgerichts Zug vom 4. Juli 2011 aufzuheben und der Beschwerdeführerin zur Erstattung der angeordneten schriftlichen Replik nur einstweilen und nicht definitiv Fristerstreckung von 30 Tagen zu gewähren sowie die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren neu zu verlegen.
3. Subeventuell habe im Falle der Abweisung der vorliegenden Beschwerde die erstreckte Frist von 30 Tagen für die Einreichung der angeordneten Replik laut prozessleitender Verfügung der Instruktionsrichterin der 1. Abteilung des Kantonsgerichts Zug vom 4.7.2011 ab Erhalt des vorliegenden Beschwerdeentscheides zu laufen zu beginnen.
4. Es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen und im Sinne einer vorsorglichen Verfahrensmassnahme die Frist laut Ziff. 2 angefochtener Beschluss abzunehmen und auszusetzen.
5. Unter solidarischen Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beschwerdegegner."
Die Beschwerdegegner schliessen in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1, 470 E. 1; <ref-ruling> E. 1).
2.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Nichteintretensentscheid (<ref-law>) über die Anfechtung einer erstinstanzlichen Verfügung. Bei dieser Verfügung der Instruktionsrichterin des Kantonsgerichts Zug handelt es sich in der Terminologie der ZPO um eine prozessleitende Verfügung und nicht um einen Zwischenentscheid (vgl. Art. 237 und Art. 319 lit. b ZPO; <ref-ruling> E. 1.1 S. 381 mit Hinweis auf die Botschaft). Nach BGG handelt es sich dabei aber um einen Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Daran ändert nichts, dass der angefochtene Rechtsmittelentscheid des Obergerichts auf Nichteintreten lautet. Denn er beendet den Streit um die erstinstanzliche Verfügung, nicht aber das Hauptverfahren (<ref-ruling> E. 1.1 S. 382).
2.2 Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law> ist die Beschwerde - von der hier ausser Betracht fallenden alternativen Voraussetzung nach <ref-law> abgesehen - nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>). Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für die Beschwerdeführerin günstigen Entscheid in der Zukunft nicht mehr behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f. mit Hinweisen). Rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung reichen nicht aus (<ref-ruling> E. 1.2.1; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170). Die Beschwerdeführerin hat im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Voraussetzungen nach <ref-law> erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht eingetreten wird (vgl. <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 1.2 S. 429).
2.3 Die Beschwerdeführerin beklagt sich über den Umstand, dass die Klageantwortschrift in zwei Abschnitte mit den Titeln "vorangestellte eigene Ausführungen" und "ad II. Materielle Klageschrift" unterteilt ist. Diese Gestaltung widerspreche Art. 222 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>. Wenn diese Vorschriften nicht im derzeitigen Prozessstadium durchgesetzt würden, könne dies auch in einem späteren Zeitpunkt des Verfahrens nicht mehr nachgeholt werden. Ohne die beantragte Zurückweisung der Klageantwortschrift zur Verbesserung müsse sich die Beschwerdeführerin damit auf das "zweigeteilte Vorgehen der Beschwerdegegnerin in deren Klageantwort replikweise einlassen". Darin sowie in einer angeblichen Gehörsverletzung im Zusammenhang mit der Behandlung des Fristerstreckungsgesuchs sieht die Beschwerdeführerin einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur i.S. von <ref-law>.
2.4 Die Argumentation der Beschwerdeführerin ist nicht nachvollziehbar. Eine unübersichtlich gestaltete oder weitschweifige Rechtsschrift kann zwar zu Mehraufwand für das Gericht und die Gegenpartei und damit zu einer Verfahrensverlängerung bzw. -verteuerung führen, ein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur kann darin jedoch nicht ausgemacht werden. Nicht nachvollziehbar ist sodann auch, inwiefern der Beschwerdeführerin aufgrund einer angeblichen Gehörsverletzung im Zusammenhang mit der Behandlung ihres Fristerstreckungsgesuchs ein Nachteil drohen sollte, der auch durch einen für die Beschwerdeführerin günstigen Entscheid in der Zukunft nicht mehr behoben werden könnte. Einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur vermag die Beschwerdeführerin jedenfalls nicht darzutun und ist auch nicht ersichtlich. Mangels Vorliegens der Voraussetzungen von <ref-law> ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, II. Beschwerdeabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. März 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni