Sachverhalt:
A. Mit Dekret vom 21. August 2007 für die kantonalen Gesamterneuerungswahlen im Jahr 2008 legte der Regierungsrat des Kantons Schwyz die Wahlen für den Kantonsrat und den Regierungsrat auf den 16. März 2008 fest. In Bezug auf die Kantonsratswahl im Einzelnen hielt er fest, dass jede Gemeinde einen Wahlkreis bilde und für die Verteilung der Mandate der Regierungsratsbeschluss vom 13. August 2002 gelte; danach ist die Anzahl von Mandaten pro Gemeinde festgelegt; sie variiert zwischen 11 Mandaten (für Schwyz) und 1 Mandat (für 13 Gemeinden).
B. Am 16. März 2008 fand u.a. die Wiederwahl des Kantonsrates statt. Die Ergebnisse wurden im Amtsblatt vom 20. März 2008 (S. 628 ff.) veröffentlicht, unter Hinweis auf die Beschwerdemöglichkeiten.
Mit Eingabe vom 29. März 2008 erhob Toni Reichmuth Beschwerde gegen die Kantonsratswahl. Am 31. März 2008 reichten Toni Reichmuth, Stefan Scheidegger und weitere Mitbeteiligte Beschwerde ein und verlangten, dass die Ergebnisse der Kantonsratswahl wegen schwerwiegender Verletzung der Wahlrechtsgleichheit für ungültig zu erklären seien.
Die Rechts- und Justizkommission hörte eine Delegation der Beschwerdeführer an. Mit Bericht vom 14. Mai 2008 beantragte sie dem Kantonsrat, auf die Beschwerde nicht einzutreten und die Ergebnisse der Wahlen zu erwahren. Die Kommission führte aus, dass die Beschwerdeführer, soweit sie die Sitzverteilung unter den verschiedenen Gemeinden und die unterschiedlich grossen Mandatszahlen in den Gemeinden in Frage stellen, den Regierungsratsbeschluss vom 13. August 2002 oder aber das Regierungsratsdekret vom 21. August 2007 hätten anfechten müssen. In materieller Hinsicht führte die Kommission im Eventualstandpunkt aus, dass das Schwyzer Wahlverfahren mit einem Gemisch aus Verhältnis- und Mehrheitsverfahren vor der Bundesverfassung standhalte.
Mit Beschluss vom 25. Juni 2008 schloss sich der Kantonsrat der vorberatenden Kommission an, trat auf die gegen die Kantonsratswahl gerichtete Beschwerde nicht ein und erwahrte die Ergebnisse der Kantonsratswahlen.
C. Am 30. August 2008 haben Stefan Scheidegger und die Grünen Schwyz beim Bundesgericht Beschwerde erhoben und die Aufhebung des Nichteintretensentscheides des Kantonsrates und die materielle Behandlung ihrer Wahlbeschwerde verlangt. Sie beanstanden zum einen, dass die Auszählung und Zuordnung von Restmandaten nach der Methode Hagenbach-Bischoff vor der Verfassung nicht standhalte und die kleine Partei der Grünen Schwyz verfassungswidrig benachteilige. Zum andern erachten sie es als verfassungswidrig, dass der Kantonsrat auf ihre Beanstandung der Wahlkreisgeometrie bzw. der Sitzverteilung unter den Gemeinden nicht eingetreten ist. Mit Schreiben vom 9. September 2008 bestätigt Stefan Scheidegger, nunmehr als einziger Beschwerdeführer aufzutreten.
Die Rechts- und Justizkommission des Kantonsrates beantragt mit Vernehmlassung vom 23. Oktober 2008 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Stefan Scheidegger ergänzte seine Beschwerdeschrift am 31. Oktober 2008 und am 20. Januar 2009.
Mit Verfügung vom 23. Dezember 2008 ist das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung abgewiesen worden.

Erwägungen:
1. Die vorliegende Beschwerde stellt eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law> dar. Der Beschwerdeführer ist nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Die Beschwerde erweist sich als zulässig.
2. Der Beschwerdeführer bringt im bundesgerichtlichen Verfahren im Wesentlichen zwei unterschiedliche Aspekte vor, die voneinander getrennt zu behandeln sind. Zum einen beanstandet er unter dem Titel der Zuteilungsmathematik die Art und Weise, wie die Wahlstimmen ausgezählt und wie die Mandate bzw. die Restmandate zugeordnet und verteilt werden; insoweit macht er geltend, diese sei mit dem Grundsatz der Verhältniswahl nicht vereinbar. Zum andern ficht er unter dem Titel Wahlkreisgeometrie das Nichteintreten des Kantonsrates auf seine Beschwerde an.
3. Die Rechts- und Justizkommission legt in ihrer Vernehmlassung dar, dass die Rüge der verfassungswidrigen Auszählung und Mandatszuteilung mit der beim Kantonsrat eingelegten Wahlbeschwerde hätte geltend gemacht werden können, indessen nicht erhoben worden sei. Der Beschwerdeführer bringt demgegenüber vor, diese Rüge sehr wohl erhoben zu haben.
In der Wahlbeschwerde vom 31. März 2008 wird ausschliesslich die Frage behandelt, ob das Wahlsystem im Kanton Schwyz mit den Gemeinden als Wahlkreisen und mit Mandatszahlen zwischen 11 und 1 vor dem von der Kantonsverfassung vorgesehenen Grundsatz der Proporzwahl standhalte. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ändert daran der Umstand nichts, dass zur Illustration der erhobenen Rügen auf die Zählweise und das neuere Mandatszuteilungsverfahren nach Pukelsheim verwiesen wird. Entscheidend ist, dass das im Kanton Schwyz geübte Modell nach Hagenbach-Bischoff als solches nicht als verfassungswidrig gerügt wird. Daraus folgt, dass die Rüge hinsichtlich der Auszählung und Mandatszuteilung vor dem Kantonsrat nicht (hinreichend) vorgebracht worden ist und dieser sich demnach dazu nicht zu äussern hatte. Der Beschwerdeführer hat daher den kantonalen Instanzenzug nicht ausgeschöpft (<ref-law>) und bringt im bundesgerichtlichen Verfahren ein unzulässiges rechtliches Novum vor (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 640). In dieser Hinsicht ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Im Übrigen erwiese sich die Rüge als unbegründet. Das Bundesgericht hat verschiedentlich zum Ausdruck gebracht, dass kein Verfahren der Auszählung und Mandatszuteilung bestimmt werden kann, das als einziges dem Verhältniswahlrecht entspreche und daher allein als zulässig betrachtet werden könne. Es hat daher unter Wahrung des den Kantonen zukommenden Gestaltungsraums verschiedene Auszählmethoden als mit dem Proporzgedanken vereinbar erklärt. Dazu zählt auch die unter den Kantonen weitverbreitete und bei der Nationalratswahl angewendete Methode nach Hagenbach-Bischoff (vgl. Urteil 1P.563/2001 vom 26. Februar 2002 E. 4, in: ZBl 103/2002 S. 537, <ref-ruling> E. 5 S. 206 E. 4 und 5 S. 204; vgl. die Übersicht bei HANGARTNER/KLEY, Die demokratischen Rechte in Bund und Kantonen der Schweizerischen Eidgenossenschaft, Zürich 2000, Rz. 1442 ff.).
4. Der Kantonsrat ist auf die Wahlbeschwerde des Beschwerdeführers und der Mitbeteiligten nicht eingetreten, soweit diese mit Blick auf das von der Kantonsverfassung vorgesehene Proportionalwahlrecht die Sitzverteilung unter den verschiedenen Gemeinden und die unterschiedlich grossen Mandatszahlen in den Gemeinden beanstandeten. Dieses Nichteintreten rügt der Beschwerdeführer sinngemäss als formelle Rechtsverweigerung.
4.1 Die Rechts- und Justizkommission wies in ihrem Antrag an den Kantonsrat auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung hin, wonach Mängel in der Vorbereitung von Wahlen und Abstimmungen sofort und vor Durchführung des Urnenganges zu rügen sind, andernfalls der Stimmberechtigte sein Beschwerderecht verwirkt (vgl. zur bundesgerichtlichen Rechtsprechung Urteil 1C_217/2008 vom 3. Dezember 2008 E. 1.2). Sie hielt fest, der Beschwerdeführer hätte demnach den genannten Regierungsratsbeschluss vom 13. August 2002 oder spätestens das Dekret vom 21. August 2007 anfechten können und müssen und er sei daher mit der im Rahmen der Wahlbeschwerde erhobenen Rüge verspätet. Der Kantonsrat folgte dieser Argumentation im angefochtenen Beschluss vom 25. Juni 2008.
Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, vermag keine formelle Rechtsverweigerung zu begründen. Unerheblich ist, dass der Beschwerdeführer im Jahre 2002 das Stimmrechtsalter noch nicht erreicht hatte und den Regierungsratsbeschluss von 2002 noch nicht hatte anfechten können. Wesentliche Bedeutung kommt dem Dekret von 2007 zu. Es ist nicht ersichtlich, dass die Auswirkungen der beanstandeten Wahlkreisgeometrie in diesem Zeitpunkt nicht hätten erkannt werden können und weshalb eine Beschwerde im Anschluss an den Erlass des Dekrets nicht möglich gewesen wäre. Insoweit kann der Nichteintretensbeschluss des Kantonsgerichts nicht beanstandet werden.
4.2 Mit dieser Argumentation der Rechts- und Justizkommission und des Kantonsrates scheint nun aber die dem Bundesgericht eingereichte Vernehmlassung der Rechts- und Justizkommission in einem gewissen Gegensatz zu stehen. Danach soll ein Rechtsmittel gegen Vorbereitungshandlungen zur Kantonsratswahl nach Art. 53 und 53a des Gesetzes über die Wahlen und Abstimmungen (Gesetzessammlung 120.100) auf kantonaler Ebene grundsätzlich ausgeschlossen sein. Dies heisst indes nicht, dass entsprechende Vorbereitungshandlungen nicht direkt beim Bundesgericht angefochten werden könnten.
Diese Auslegung des Wahl- und Abstimmungsgesetzes erscheint fragwürdig. Nach § 44 Abs. 1 der Kantonsverfassung (Gesetzessammlung 100.000) steht dem Kantonsrat die Prüfung und Anerkennung de Gesetzmässigkeit aller Wahlen der Kantonsbehörden zu. Gemäss § 54 des Wahl- und Abstimmungsgesetzes darf kein Ergebnis einer Wahl anerkannt werden, das den Willen der Urnengänger nicht zuverlässig und unverfälscht wiedergibt; Gründe für die Aufhebung eines Ergebnisses sind u.a. die Beeinflussung der Stimmberechtigten während der Stimmabgabe und jede andere Beeinträchtigung der freien Ausübung des Stimmrechts; aufzuheben ist jedes Ergebnis, das durch rechtswidrige Einwirkung zustandegekommen ist oder bei dem damit gerechnet werden muss, dass durch eine solche Einwirkung zustandegekommen sei. Vor diesem Hintergrund ist fraglich, ob grundsätzlich ausgeschlossen werden kann, dass Vorbereitungshandlungen zur Wahl des Kantonsrates, wie sie vom Regierungsrat oder von untergeordneten und kommunalen Behörden ergehen, in Frage gezogen werden können.
Wie es sich damit verhält, kann indes offen bleiben. Im Lichte der Erwägungen des Kantonsrates und des Antrages der Rechts- und Justizkommission und angesichts des Umstandes, dass der Beschwerdeführer das Dekret vom 21. August 2007 in keiner Weise angefochten hatte, hält das Nichteintreten des Kantonsrates auf die Beschwerde des Beschwerdeführers und der Mitbeteiligten vor der Verfassung stand. Damit erweist sich die Stimmrechtsbeschwerde in diesem Punkte als unbegründet.
5. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Es rechtfertigt sich, von einer Kostenauflage abzusehen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Kantonsrat Schwyz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann