Faits:
A. A._ et B._ sont copropriétaires de la parcelle n° 300 du cadastre de la commune de Montana, sise en zone de l'ordre dispersé/densité 0,60 (zone 4) selon le règlement intercommunal sur les constructions (RIC) approuvé par le Conseil d'Etat pour la Commune de Montana le 21 septembre 1994. Cette parcelle sur laquelle est érigé un chalet jouxte à l'est le périmètre du plan de quartier Cécil (ci-après: PQ Cécil) adopté en 1983 par le Conseil communal de Montana et approuvé par le Conseil d'Etat du canton du Valais les 6 janvier et 22 février 1984. Ce plan englobe six parcelles qui accueillent, entre autres constructions, la résidence "C._" et l'hôtel "D._", tous deux exploités par Y._. Le chemin du Béthania séparait le PQ Cécil de la zone de constructions et d'installations publiques (zone 12), comprenant les parcelles adjacentes n° 137 et 180 accueillant respectivement l'immeuble Cécil - abritant des bureaux de l'administration communale de Montana - et le centre scolaire intercommunal.
Dans le but de valoriser les infrastructures hôtelières réalisées dans le PQ Cécil, d'aménager l'environnement du complexe hôtelier ainsi que d'améliorer et sécuriser l'accès du Béthania sur toute sa longueur, le Conseil communal a mis à l'enquête publique une modification du plan d'affectation des zones et du PQ Cécil ainsi qu'un avenant au règlement du PQ Cécil. Cet avenant prévoit l'extension du périmètre constructible à la parcelle n° 137 afin d'y ériger un nouvel immeuble Cécil (art. 5) et diverses mesures d'aménagement et d'équipement (art. 7 et 8). Ces propositions ont été adoptées en assemblée primaire les 26 septembre 2004 et 7 avril 2006, puis approuvées par le Conseil d'Etat le 5 décembre 2007. Les recours déposés par A._ et B._ contre la modification du PQ Cécil avaient été rejetés le 5 décembre 2007 par arrêt du Conseil d'Etat qui a été confirmé sur recours le 4 avril 2008 par le Tribunal cantonal valaisan, puis le 28 juillet 2008 par le Tribunal fédéral (1C_215/2008).
Lors d'enchères publiques tenues le 26 mai 2009, Y._ a acquis de la Commune de Montana la parcelle n° 137 et 44/69e du droit de superficie distinct et permanent (138) constitué sur cette parcelle de base jusqu'en 2041. Les conditions de la vente rappelait la réglementation du PQ Cécil.
B. Le 3 mars 2010, Y._ a requis l'autorisation de démolir l'immeuble actuel de l'administration communale et de construire à sa place l'immeuble résidentiel du Cécil. Le projet comporte le réaménagement du niveau du garage avec accès à l'ouest, l'édification de quatre niveaux destinés à dix appartements, sur la dalle existante sur les parcelles n° 137 et (138), ainsi que le déplacement de l'accès en parallèle de la nouvelle façade nord. Soumis à l'enquête publique du 23 avril 2010, le projet, couplé avec une demande de modification du chemin du Béthania, a suscité l'opposition de A._ et B._. Une conciliation devant l'autorité communale a échoué. Le 24 juin 2010, le Conseil communal a préavisé favorablement le projet et a transmis la cause à la Commission cantonale des constructions (ci-après: la CCC), compétente en la matière en vertu de l'art. 2 al. 2 de la loi sur les constructions du 8 février 1996 (LC, RS/VS 705.1).
C. Après consultation des différents services spécialisés qui avaient admis la conformité du projet aux prescriptions pertinentes, la CCC a, par décision du 3 février 2011, levé les oppositions et délivré les autorisations de démolition et construction sollicitées par Y._. Le projet respectait les prescriptions du PQ Cécil sur le gabarit d'immeuble, les distances aux limites, le calcul de la densité, l'entrée du parking et la modification du chemin du Béthania. Cette décision a fait l'objet d'un recours au Conseil d'Etat qui l'a confirmée le 19 octobre 2011.
D. Statuant par arrêt du 9 mars 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours déposé par A._ et B._ dans la mesure de sa recevabilité. Les griefs dirigés contre l'acte d'achat de la parcelle n° 137 et le déplacement du chemin du Béthania sortaient du cadre du présent litige et étaient dès lors irrecevables. Enfin, les critiques relatives à l'implantation de la résidence, à la hauteur de l'immeuble et aux places de parc nécessaires dans le secteur du PQ Cécil élargi devaient être écartées.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ concluent à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal et au rejet de la demande d'autorisation de démolir et de construire déposée par l'intimé.
La Commune de Montana et le Conseil d'Etat concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. L'intimé propose également de le rejeter. Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations.
F. Par ordonnance présidentielle du 23 mai 2012, l'effet suspensif a été accordé au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 La décision attaquée a été rendue, en dernière instance cantonale, dans une cause de droit public relevant du droit de l'aménagement du territoire, au sens de l'<ref-law>. Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est ouverte (<ref-law>).
Les recourantes, qui ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal, sont copropriétaires d'un bien-fonds bâti situé le long de la même route à moins de 100 m. de la construction autorisée sur la parcelle n° 137. Elles font en outre notamment valoir que le nouveau bâtiment Cécil - qui serait visible depuis leur parcelle - contreviendrait aux règles concernant la hauteur maximale des bâtiments. Les recourantes disposent ainsi de la qualité pour recourir en vertu de l'<ref-law>. Celle-ci avait d'ailleurs déjà été admise par le Tribunal de céans dans le cadre de la procédure 1C_215/2008 ayant eu pour objet le changement d'affectation de la parcelle n° 137 et la modification du PQ Cécil.
Les autres conditions de recevabilité étant par ailleurs remplies, il convient d'entrer en matière.
1.2 Conformément à l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision attaquée. Les diverses pièces produites comme preuves par les parties et qui ne figuraient pas au dossier du Tribunal cantonal doivent, à ce titre, être écartées.
2. Dans leur écriture, les recourantes présentent de manière confuse divers arguments de fait (infra consid. 2.2) et de droit (infra consid. 2.3 et 2.4)
2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). En revanche, il n'apprécie la violation des droits fondamentaux ou des dispositions de droit cantonal que si ce grief a été invoqué et motivé conformément au principe d'allégation (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88 et les arrêts cités).
Par ailleurs, le Tribunal fédéral fonde en principe son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid 5.2.2 p. 322 s.). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
2.2 Dans un premier moyen consacré à une critique des faits établis, les recourantes exposent toute une série d'éléments de fait que les autorités précédentes auraient constatés de façon inexacte ou incomplète. Ainsi, elles précisent tout d'abord que le centre scolaire serait la propriété de cinq communes (Chermignon, Lens, Icogne, Randgogne et Montana) et relatent les différentes étapes de la construction de ce bâtiment avant de préciser que la parcelle n° 137 aurait été achetée par la commune de Montana en 1971 pour le développement du centre scolaire (point 1). Elles expliquent ensuite que, par arrêt 1C_215/2008, le Tribunal fédéral a confirmé la décision de modification de l'affectation de la parcelle n° 137 dont elles font une description (point 2). Enfin, elles précisent que les 44/69e du droit de superficie distinct et permanent (138) acquis par l'intimé concerneraient les 44 places de parc couvertes du parking Cécil - lequel serait hors sol dans toute sa dimension - et ajoutent que la parcelle n° 137 était dévolue à une cour de récréation pour le centre scolaire (point 3). Sous l'angle de la critique des faits, les recourantes se contentent en l'occurrence de présenter leur propre exposé des faits sans entreprendre aucune démonstration du caractère arbitraire des constatations de fait retenus par le Tribunal cantonal. Par conséquent, faute de satisfaire aux exigences accrues de motivation (cf. consid. 2.1 supra), le grief tiré de l'établissement manifestement inexact et arbitraire des faits est irrecevable. Au demeurant, les prétendues inexactitudes de l'état de fait n'apparaissent pas évidentes et on ne voit pas d'emblée en quoi les faits allégués de manière confuse par les recourantes seraient de nature à remettre en cause la solution de l'instance précédente. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de s'écarter des faits retenus dans la décision attaquée.
2.3 Dans une argumentation parfois difficilement compréhensible, les recourantes soulèvent pêle-mêle différents moyens de droit. Elles s'en prennent tout d'abord à la légalité de la vente de la servitude (138) à l'intimé au motif qu'elle aurait été vendue sans l'avis des cinq communes soi-disant propriétaires. Il n'y a pas lieu de traiter ce grief dans la mesure où il ne se rapporte pas à l'objet du présent litige qui se limite à l'examen de la conformité du projet litigieux aux prescriptions de droit public en matière de construction et d'aménagement du territoire, comme l'a exposé pertinemment le Tribunal cantonal dans le cadre d'autres griefs soulevés contre la vente aux enchères publiques réalisée. Par conséquent, le moyen des recourantes, dont la motivation est de surcroît fondée sur des éléments de fait nouveaux, est irrecevable. Au demeurant, un droit de superficie distinct et permanent peut, sauf convention contraire, être cédé sans le consentement du propriétaire du bien-fonds grevé (cf. <ref-law>; cf. également <ref-ruling> consid. 4.4 p. 111)
Ensuite, les recourantes contestent en substance l'intégration de la parcelle n° 137 dans le périmètre du PQ Cécil. Elles estiment abusif de parler d'aménagement d'un plan de quartier pour le PQ Cécil de 2005 puisqu'il ne concernerait que la seule parcelle n° 137. Le Tribunal fédéral s'est déjà prononcé sur la question du changement d'affectation de la parcelle n° 137 dans son arrêt 1C_215/2008, auquel les recourantes peuvent être renvoyées. En substance, il a exposé que les conditions posées à l'art. 21 al. 2 LAT pour procéder à un changement d'affectation de la parcelle n° 137 et une extension du PQ Cécil étaient réunies; de plus, quoi qu'en disent les recourantes, le Tribunal fédéral a estimé que l'extension choisie répondait à un intérêt public. Les critiques soulevées par les recourantes en lien avec le changement d'affectation de la parcelle n° 137 - ayant fait l'objet de l'arrêt 1C_215/2008 précité - sont dès lors irrecevables dans le cadre du présent recours.
Les intéressées soutiennent de manière péremptoire que la réglementation du PQ Cécil ne peut pas se substituer au RIC, en particulier aux règles ordinaires concernant la zone 4. Selon elles, le projet litigieux ne tiendrait pas compte de la réglementation du RIC concernant la hauteur des bâtiments et les distances aux limites. Les recourantes développent en particulier une longue argumentation concernant le calcul de la hauteur du bâtiment à partir du niveau du terrain naturel qu'elles fixent à la hauteur de la cour devant l'annexe du centre scolaire. Elles ne font cependant aucune référence à une disposition précise de droit cantonal ou communal, hormis l'art. 11 LC, se bornant à affirmer une violation des principes de l'interdiction de l'arbitraire, de la légalité et de la bonne foi. Formulée de manière exclusivement appellatoire, leur argumentation est irrecevable. Elles ne critiquent en effet pas le raisonnement du Tribunal cantonal qui a estimé que le secteur était régi par ses propres normes régulièrement adoptées en assemblée primaire, puis approuvées par le Conseil d'Etat et que, par conséquent, les dispositions ordinaires concernant le calcul de la hauteur ne s'appliquaient pas à l'objet approuvé. En outre, les recourantes ne soutiennent pas, ni ne démontrent, que le droit cantonal ne permettrait pas qu'un plan de quartier déroge aux prescriptions du plan d'affectation des zones et de son règlement s'agissant notamment de la mesure de l'utilisation du sol (distance aux limites, dimension des constructions,...). Pour le reste, les recourantes ne prétendent pas que le projet litigieux contreviendrait aux prescriptions du PQ Cécil et de son avenant; sur ce point, il peut être renvoyé à l'arrêt cantonal (<ref-law>).
Les recourantes estiment encore que le projet ne prévoirait pas suffisamment de places de parc. Elles se contentent à cet égard de soutenir de manière purement appellatoire qu'il faut tenir compte de l'ensemble des besoins du secteur PQ Cécil, en particulier de ceux du complexe C.D._. Elles n'invoquent toutefois aucune disposition de droit cantonal ou communal à l'appui de leur position et ne cherchent pas à démontrer que la réglementation communale appliquée in casu par les instances précédentes pour le calcul des places de parc exigées pour le projet autorisé ne serait pas applicable (cf. art. 21.7 let. b RIC auquel renvoi l'art. 7 al. 3 PQ Cécil). Ce grief doit également être écarté.
Pour le surplus, elles critiquent le nouveau tracé de la route du Béthania qui va, selon elles, entraver la circulation et augmenter les dangers liés au trafic. En l'occurrence, la modification du chemin du Béthania fait l'objet d'une procédure séparée prévue dans la loi cantonale sur les routes (art. 39 ss LC, RS/VS 725.1), comme l'a relevé le Tribunal cantonal. Par conséquent, les objections des recourantes sur ce point n'ont pas à être traitées dans le cadre du présent litige.
Enfin, les différentes critiques que les recourantes formulent, pour peu qu'elles soient compréhensibles, apparaissent exclusivement appellatoires et sont, à ce titre, irrecevables. Il en va ainsi notamment de leur brève critique concernant l'aspect esthétique du cumul d'étage de la résidence et de "l'abandon des dépens de Fr. 150.-" attribués à l'intimé par l'instance précédente pour la procédure cantonale.
2.4 Dans un ultime moyen, les recourantes se plaignent d'une violation de l'art. 75b Cst. qui limite la part des résidences secondaires à 20% du parc des logements et de la surface brute au sol habitable de chaque commune (al. 1). Cette disposition, acceptée en votation populaire du 11 mars 2012 est entrée en vigueur le même jour (RO 2012 3627 s.).
En l'espèce, la CCC a octroyé l'autorisation de construire litigieuse par décision du 3 février 2011, laquelle a été confirmée sur recours le 19 octobre 2011 par le Conseil d'Etat, puis le 9 mars 2012 par le Tribunal cantonal. Ces décisions ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la disposition constitutionnelle invoquée par les recourantes.
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (en l'absence de disposition transitoire expresse), la légalité d'une décision d'autorisation de construire doit en principe être examinée selon le droit applicable au moment où elle a été prise. Il est fait exception à ce principe lorsqu'une application immédiate du nouveau droit s'impose pour des motifs impératifs (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 390; <ref-ruling> consid. 5e/aa p. 598; <ref-ruling> consid. 3 p. 362 s. et les arrêts cités; arrêts 1C_36/2011 du 8 février 2012 consid. 5.2 et 1C_505/2011 du 1er février 2012 consid. 3.1 et les réf.). Dans le cas d'espèce, aucun motif impératif ne commande une application immédiate et pour la première fois durant la procédure pendante devant le Tribunal fédéral de cette nouvelle disposition constitutionnelle. Le projet de construction litigieux a été mis à l'enquête publique longtemps avant l'introduction de l'art. 75b Cst. et apparaît conforme au droit en vigueur au moment où les instances précédentes ont statué. L'arrêt de l'autorité cantonale de dernière instance a été rendu le 9 mars 2012, soit avant l'acceptation de l'art. 75b Cst. par le peuple et les cantons. Il n'apparaît dès lors pas justifié d'appliquer, pour la première fois durant la présente procédure devant le Tribunal fédéral, l'art. 75b Cst. non encore en vigueur au moment de l'arrêt entrepris. Mal fondé, le grief des recourantes doit être rejeté.
3. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais des recourantes qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il ne se justifie pas d'allouer à l'intimé, qui n'est pas représenté par un avocat, une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 446; <ref-ruling> consid. 5b p. 519).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commune de Montana, au Conseil d'Etat et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 14 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn