Sachverhalt:
A. T._, geboren 1967, liess am 12. Januar 2009 gegen den Einspracheentscheid der GENERALI Allgemeine Versicherungen AG (nachfolgend: Generali) vom 27. November 2008 Beschwerde einreichen und in formell-rechtlicher Hinsicht beantragen, es sei ihm Einsicht in die Akten seit 27. Januar 2007 zu gewähren und eine Frist zur Begründung der Beschwerde anzusetzen. Am 16. Februar 2009 liess er eine Begründung seiner Beschwerde nachreichen. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich trat mit Entscheid vom 31. März 2009 auf die Beschwerde nicht ein.
B. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der kantonale Entscheid aufzuheben und ihm die gesetzlichen Leistungen nach UVG, insbesondere Taggeld und Heilbehandlung, für den Unfall vom 26. Mai 2007 zu erbringen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Aufforderung, auf die Beschwerde einzutreten.
Die Generali enthält sich unter Verweis auf den kantonalen Entscheid einer Stellungnahme. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen den vorinstanzlichen Nichteintretensentscheid. Das Bundesgericht hat daher zu prüfen, ob die Vorinstanz zu Recht auf das bei ihr erhobene Rechtsmittel nicht eingetreten ist. Dagegen kann auf den in der letztinstanzlichen Beschwerde gestellten materiellen Antrag nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 1.1 S. 76 mit Hinweis).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die Rechtsprechung von <ref-ruling>, welcher die Voraussetzungen für die Annahme eines Rechtsmissbrauchs und dem daraus folgenden Verzicht auf die gesetzlich vorgesehene Nachfristansetzung bei ungenügender oder fehlender Begründung des Rechtsbegehrens präzisiert, in E. 1.3 ihres Entscheids zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
2.2 Eine Änderung der Rechtsprechung setzt wichtige Gründe voraus. Sie lässt sich mit der Rechtssicherheit grundsätzlich nur vereinbaren, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der Ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht (<ref-ruling> E. 3.3 S. 76 mit Hinweisen).
3. Nach <ref-law> muss die Beschwerde eine gedrängte Darstellung des Sachverhaltes, ein Rechtsbegehren und eine kurze Begründung enthalten. Genügt sie diesen Anforderungen nicht, so setzt das Versicherungsgericht der Beschwerde führenden Person eine angemessene Frist zur Verbesserung und verbindet damit die Androhung, dass sonst auf die Beschwerde nicht eingetreten wird.
Gemäss <ref-law> hat die Beschwerdeschrift die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat. Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer nach Abs. 2 dieser Bestimmung eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein. Sie hat nach Abs. 3 diese Nachfrist mit der Androhung zu verbinden, nach unbenutztem Fristablauf werde auf Grund der Akten entschieden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, werde auf die Beschwerde nicht eingetreten.
3.1 Die Vorinstanz hält fest, im Rahmen der parlamentarischen Beratungen zum ATSG sei die Unterstellung des Sozialversicherungsverfahrens unter das VwVG in Erwägung gezogen worden (insofern richtig der Verweis auf KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Auflage, 2009, N. 1 zu <ref-law>; vgl. auch DERS., Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts - aus welchen Quellen schöpfte das Parlament?, in: Praktische Anwendungsfragen des ATSG, 2004 S. 159 ff., vor allem S. 172 ff.); sie verschweigt aber, dass sich dieser bundesrätliche Vorschlag nicht durchsetzen konnte (ebenda). Vielmehr stellt <ref-law> - wie fast alle Bestimmungen des ATSG - eine Kodifizierung der bisherigen in den sozialversicherungsrechtlichen Erlassen statuierten Rechtsordnung sowie der dazu ergangenen Praxis dar (vgl. zu den materiellen Bestimmungen des ATSG <ref-ruling>). Dies ergibt sich schon aus dem Vergleich von <ref-law> mit aArt. 85 Abs. 2 lit. b AHVG, welche praktisch wörtlich übereinstimmen und damit unterstreichen, dass aArt. 85 Abs. 2 AHVG (und die dieser Norm nachgebildeten Verfahrensbestimmungen in aArt. 108 Abs. 1 UVG und aArt. 87 KVG bzw. die auf aArt. 85 Abs. 2 AHVG verweisenden aArt. 7 Abs. 2 ELG und aArt. 69 IVG) Grundlage für <ref-law> war. Die höchstrichterliche Praxis hat mehrmals festgehalten, dass die zu aArt. 85 Abs. 2 AVHG ergangene Rechtsprechung unter der Herrschaft des ATSG weiterhin Geltung hat (vgl. zu <ref-law> SVR 2004 EL Nr. 2 S. 5 [P 23/03], zu <ref-law> Urteil I 711/06 vom 8. November 2006, E. 2.1, zu <ref-law> Urteil H 110/03 vom 16. Oktober 2003, zu <ref-law> Urteil C 259/03 vom 13. Februar 2004, zu <ref-law> SVR 2004 AHV Nr. 5 S. 17 [H 106/03], zu <ref-law> SVR 2004 AlV Nr. 8 S. 21 [C 56/03]). Insofern ist auch die Berücksichtigung des Schutzgedankens bei <ref-law> mit derselben Funktion von aArt. 85 Abs. 2 AHVG zu sehen (vgl. KIESER, ATSG-Kommentar, N. 3 zu <ref-law>). Daran ändert auch der Umstand nichts, dass <ref-law> vor Bundesverwaltungsgericht nicht anwendbar ist, da es sich dabei - im Gegensatz zu den kantonalen Versicherungsgerichten - um eine Bundesbehörde handelt und bereits vor Inkrafttreten des ATSG für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren bei versicherten Personen mit Wohnsitz im Ausland eine andere Verfahrensordnung als jene von aArt. 85 Abs. 2 AHVG Anwendung fand (vgl. <ref-ruling> oder Urteil H 276/03 vom 6. Februar 2004, E. 3). Soweit das ATSG beim Rechtspflegeverfahren auf das VwVG verweist, handelt es sich um Bestimmungen über die Eröffnung der Entscheide und den Entzug der aufschiebenden Wirkung (<ref-law>; KIESER, ATSG-Kommentar, N. 18 ff. zu <ref-law>), nicht aber um <ref-law>. Da es bei <ref-ruling> um die Auslegung des ATSG geht, sind davon die sozialrechtlichen, nicht aber die öffentlich-rechtlichen Abteilungen des Bundesgerichts betroffen, so dass letztere nicht im Verfahren von <ref-law> miteinzubeziehen waren. Schliesslich vermag die Vorinstanz auch nicht zu belegen, dass bei Anwendung von <ref-law> von der Rechtsprechung gemäss 134 V 162 abgewichen würde; es sind denn auch keine bundesgerichtlichen Urteile ersichtlich, die eine unterschiedliche Praxis aufzeigen würden. Insofern ist die Kritik an <ref-ruling>, soweit sie sich auf <ref-law> stützt, unbehelflich.
3.2 <ref-law> statuiert nicht bloss Mindestanforderungen, die der Umsetzung im kantonalen Recht bedürfen, damit ihr Gehalt zur Anwendung gelangt. Vielmehr sind die bundesrechtlichen Mindestanforderungen auf das Verfahren vor den kantonalen Versicherungsgerichten direkt anwendbar; nur darüber hinausgehende Fragen (z.B. Ausgestaltung des Gerichts, Verhandlungssprache, Kriterien zur Bemessung der Parteientschädigung oder Unterzeichnung der Entscheide) verbleiben in der Kompetenz der Kantone (vgl. KIESER, ATSG-Kommentar, N. 12 zu <ref-law>). Insofern erlangt § 18 des Gesetzes über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vom 7. März 1993 (GSVGer; LS 212.81) keine eigenständige Bedeutung, da er keinen über <ref-law> hinausgehenden Inhalt aufweist (vgl. Urteil I 711/06 vom 8. November 2006, E. 2.1 mit Hinweisen, sowie KOBEL, in: Gesetz über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, 2. Aufl., 2009, N. 1 zu § 18 GSVGer). Eine von <ref-ruling> abweichende Praxis kann somit nicht mit kantonalrechtlichen Normen begründet werden.
3.3 Auch die weiteren Einwände vermögen nicht zu überzeugen. So nimmt das Bundesgericht in seinem Urteil keinen, auch nicht analogen Bezug auf die Grundsätze zur Fristwiederherstellung. Denn bei <ref-law> handelt es sich nicht um die Wiederherstellung einer verpassten gesetzlichen Frist im Sinne von <ref-law>, sondern um die Ansetzung einer richterlichen Frist, innert welcher eine bestimmte Handlung vorzunehmen ist. Auch eine unterschiedliche Umsetzung dieses Leitentscheids erweist sich bei näherer Betrachtung als unzutreffend, da den angeführten Urteilen nicht vergleichbare Sachverhalte zugrunde liegen.
3.4 Nach dem Gesagten besteht keine Veranlassung, von der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> abzuweichen (vgl. E. 2.2).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer kontaktierte am 8. Januar 2009 erstmals seinen Rechtsanwalt und beauftragte ihn mit der Vertretung seiner Interessen. Dieser ersuchte noch am selben Tag um Akteneinsicht bei der Generali und führte am 9. Januar 2009 mit seinem Mandanten ein Gespräch unter Beizug eines Dolmetschers. Da die Akten bei Ablauf der Rechtsmittelfrist (12. Januar 2009) noch nicht bei ihm eingetroffen waren, erhob er eine unbegründete Beschwerde und ersuchte um Ansetzung einer Nachfrist zur Einreichung einer Begründung nach Erhalt der Akten. Mit Verfügung vom 14. Januar 2009 forderte die Vorinstanz die Generali zur Einreichung der Akten sowie einer Beschwerdeantwort auf; zur beantragten Nachfristansetzung äusserte sie sich nicht. Am 16. Januar 2009 stellte die Generali dem Rechtsvertreter die Akten zu. In ihrer Beschwerdeantwort vom 29. Januar 2009 beantragte sie Nichteintreten mit der Begründung, der Rechtsvertreter habe bewusst eine mangelhafte Beschwerde eingereicht, um eine Verlängerung der Frist zu erreichen; denn der Beschwerdeführer habe bereits früher eine unbegründete Beschwerdeschrift - wenn auch durch einen anderen Rechtsanwalt vertreten - eingereicht. Zudem habe der Rechtsvertreter die Akten nur mit B-Post eingefordert, obwohl auf dem Einspracheentscheid E-mail und Telefon der zuständigen Sachbearbeiterin angegeben seien, so dass es ihm zumutbar gewesen wäre, sich noch innert laufender Beschwerdefrist Akteneinsicht zu verschaffen. Mit Eingabe vom 16. Februar 2009 reichte der Rechtsvertreter eine Begründung nach. Die Vorinstanz stellte ihm am 17. Februar 2009 die Beschwerdeantwort zur Stellungnahme zu. Am 2. März 2009 legte der Rechtsvertreter dar, er sei erst am 8. Januar 2009 mandatiert worden, nachdem sich sein Klient wegen der Weihnachts- und Neujahrstage vergeblich um einen Rechtsbeistand bemüht habe. Anlässlich der Mandatierung habe der Klient nur über den Einspracheentscheid verfügt und seine Deutschkenntnisse seien nicht ausreichend für die Klärung der anstehenden Fragen gewesen.
4.2 Beim Beschwerdeführer handelt es sich um eine Person, die offensichtlich Mühe mit der deutschen Sprache hat und rechtsunkundig ist. So ergibt sich aus den Akten, dass die Unfallmeldung vom 8. April 2008 von einer Nachbarin verfasst wurde und er für seine Korrespondenz mit der Generali auf Hilfe angewiesen war (vgl. Schreiben vom 27. März 2008). Auch ist aus den Akten der Generali ersichtlich, dass es aus sprachlichen Gründen Verständnisprobleme gab und für die Erstellung des Gutachtens des Instituts X._ vom 26. Oktober 2007 der Beizug eines Dolmetschers nötig war. Nach dem Gesagten konnte vom Beschwerdeführer nicht erwartet werden, dass er in der Lage war, seine Interessen selbst zu vertreten. Im Übrigen ist es nachvollziehbar, dass die Weihnachts- und Neujahrsfeiertage und die damit zusammenhängenden Ferienabwesenheiten seine Suche nach einem Rechtsbeistand erschwerten. Zudem hat der beauftragte Rechtsvertreter nach seiner Mandatierung alles unternommen, was von ihm vernünftigerweise in einer solchen Situation erwartet werden konnte (sofortiges Einfordern der Akten; unverzügliches Instruktionsgespräch unter Beizug eines Dolmetschers). Der Vorwurf, der Rechtsvertreter habe die Akten lediglich per B-Post einverlangt, kann nicht belegt werden, da die Generali das entsprechende Couvert nicht zu den Akten genommen hat. Auch die schriftliche Einforderung der Akten kann dem Rechtsvertreter nicht zum Nachteil gereichen, da dies den üblichen Gepflogenheiten entspricht. Schliesslich kann dem Beschwerdeführer und seinem Rechtsvertreter nicht vorgeworfen werden, sie hätten die Begründung nicht innert der üblichen Frist von 10 Tagen nachgereicht, da es Sache der Vorinstanz war, eine entsprechende Frist anzusetzen, welche aber in dieser Hinsicht untätig blieb. Nach konstanter Rechtsprechung schafft erst die von Amtes wegen angesetzte Nachfrist mit entsprechender Androhung die Voraussetzung für ein Nichteintreten, sofern der Fristansetzung nicht nachgelebt wird (vgl. dazu bereits ZAK 1956 S. 479).
4.3 Nach dem Gesagten liegt kein offensichtlicher Rechtsmissbrauch seitens des Beschwerdeführers und seines Rechtsvertreters vor, so dass die Vorinstanz gehalten war, ihm eine Nachfrist zur Begründung seiner Beschwerde einzuräumen resp. nach Vorliegen der nachgereichten Begründung die Beschwerde vom 12. Januar 2009 materiell zu behandeln. Die Sache ist somit unter Aufhebung des Entscheids vom 31. März 2009 an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie diese materiell prüfe und darüber entscheide.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Beschwerdegegnerin hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. März 2009 aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 27. November 2008 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold