Sachverhalt:
A. A.a Die Y._ GmbH mit Sitz in Deutschland (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist ein deutsches Ingenieurunternehmen, das auf medizinische Geräte spezialisiert ist.
Die X._ Ltd mit Sitz in Singapur (Beklagte, Beschwerdeführerin) wurde 1997 gegründet. Im Jahre 2003 nahm sie die Produktion sogenannter Dialysatoren auf. Später gab sie diesen Bereich wieder auf und unterhält heute - abgesehen von gewissen Immobiliengeschäften - keine nennenswerte Geschäftstätigkeit mehr.
A.b Am 5. Mai 2004 schlossen die Parteien eine mit "Contract No. rrr._" bezeichnete Vereinbarung ab über den Verkauf und die Lieferung einer Anlage zur Herstellung von Dialysatoren an die Beklagte gegen einen Kaufpreis von EUR 7 Mio. Hinsichtlich der Zahlungsbedingungen sah die Vereinbarung vor, dass die Beklagte (neben zwei Anzahlungen im Jahre 2004 von je EUR 500'000.--) bis zum 7. Dezember 2004 ein Bankakkreditiv ("letter of credit") über EUR 2.5 Mio. zu eröffnen hatte. Nach Erhalt des Bankakkreditivs wäre die Anlage von der Klägerin zu liefern gewesen. Die Restsumme von EUR 3.5 Mio. hätte die Beklagte in sieben Raten von je EUR 500'000.-- leisten sollen.
Die Beklagte leistete die beiden Anzahlungen am 29. Juni und 15. September 2004. Trotz entsprechender Aufforderung durch die Klägerin eröffnete sie demgegenüber das Bankakkreditiv nicht. Die Klägerin lieferte in der Folge die vereinbarte Anlage nicht an die Beklagte aus. Verschiedene Versuche der Parteien, eine neue Vereinbarung abzuschliessen, scheiterten.
Am 18. Juni 2007 unterzeichneten die Parteien und die Z._ LTD, eine Schwestergesellschaft der Beklagten, ein als "Novation and Supplemental Deed" bezeichnetes Dokument. In der Folge blieb zwischen den Parteien strittig, ob es sich dabei um eine rechtsverbindliche Vereinbarung oder bloss um einen unverbindlichen Entwurf handelte.
A.c Am 25. August 2009 setzte die Klägerin der Beklagten eine letzte Zahlungsfrist an, verbunden mit der Androhung, bei Ausbleiben der Zahlung werde die vereinbarte Anlage weiterverkauft. Am 7. September 2009 schloss die Klägerin einen entsprechenden Kaufvertrag mit der Q._ GmbH in Deutschland ab. Mit Schreiben vom 12. Oktober 2009 erklärte die Klägerin die Aufhebung der Vereinbarung vom 5. Mai 2004 wegen Vertragsverletzung. Die fragliche Anlage lieferte sie am 9. November 2009 an die Q._ GmbH.
B. B.a Am 27. Juni 2008 leitete die Klägerin ein Schiedsverfahren nach den Bestimmungen der Internationalen Handelskammer (ICC) gegen die Beklagte ein. Sie stellte die (im Laufe des Schiedsverfahrens abgeänderten) Rechtsbegehren, die Beklagte sei zur Zahlung von EUR 4'946'556.94 zu verpflichten, zuzüglich Zins zu einem Satz von 8 % über dem Basiszinssatz der Europäischen Zentralbank (EZB) seit 1. Januar 2006.
Die Beklagte beantragte die Abweisung der Schiedsklage und verlangte für den Fall, dass ihre Passivlegitimation bejaht werden sollte, widerklageweise die Zahlung von EUR 1 Mio., zuzüglich Zins zu 5 % auf EUR 500'000.-- seit 29. Juni 2004 und auf EUR 500'000.-- seit 15. September 2004, sowie die Zahlung von Schadenersatz im Betrag von EUR 122'000.--, zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. August 2005.
Am 14. und 15. September 2010 fand in Zürich die mündliche Verhandlung statt.
B.b Mit Schiedsentscheid vom 22. Dezember 2011 verpflichtete das ICC Schiedsgericht mit Sitz in Basel die Beklagte zur Zahlung von EUR 978'680.71, zuzüglich Zins zu 5 % auf EUR 679'294.-- seit 10. November 2009, auf EUR 543'907.-- seit 10. November 2009 und auf EUR 28'394.-- seit 27. Juni 2008. Im Übrigen wies es die Schiedsklage ab. Die Widerklage der Beklagten wies das Schiedsgericht ebenfalls ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das Schiedsurteil vom 22. Dezember 2011 aufzuheben und es sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Schiedsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Schiedsgericht hat dem Bundesgericht am 29. Mai 2012 eine Vernehmlassung eingereicht, in der es sinngemäss die Abweisung der Beschwerde beantragt.
Die Beschwerdeführerin reichte dem Bundesgericht am 15. Juni 2012 eine Replik, die Beschwerdegegnerin am 26. Juli 2012 eine Duplik ein.
D. Mit Verfügung vom 22. Februar 2012 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab.
Mit Verfügung vom 15. März 2012 hiess das Bundesgericht das Sicherstellungsbegehren der Beschwerdegegnerin gut und forderte die Beschwerdeführerin auf, als Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerin den Betrag von Fr. 14'000.-- zu hinterlegen. Der Betrag ging in der Folge bei der Bundesgerichtskasse ein.
Mit Verfügung vom 18. Juli 2012 wies das Bundesgericht die Verfahrensanträge der Beschwerdegegnerin ab, es sei ihr Einsicht in die "Beilage" zur Eingabe der Beschwerdeführerin vom 24. April 2012 zu gewähren bzw. es sei ihr Name, Adresse und Bankverbindung der Person und/oder Gesellschaft bekannt zu geben, die die Parteikostensicherstellung an die Bundesgerichtskasse bezahlt hat.

Erwägungen:
1. Nach <ref-law> ergeht der Entscheid des Bundesgerichts in einer Amtssprache, in der Regel in jener des angefochtenen Entscheids. Wurde dieser in einer anderen Sprache redigiert, verwendet das Bundesgericht die von den Parteien gewählte Amtssprache. Der angefochtene Entscheid ist in englischer Sprache abgefasst. Da es sich dabei nicht um eine Amtssprache handelt und sich die Parteien vor Bundesgericht der deutschen Sprache bedienen, ergeht der Entscheid des Bundesgerichts auf Deutsch.
2. Im Bereich der internationalen Schiedsgerichtsbarkeit ist die Beschwerde in Zivilsachen unter den Voraussetzungen der Art. 190-192 IPRG (SR 291) zulässig (<ref-law>).
2.1 Der Sitz des Schiedsgerichts befindet sich vorliegend in Basel. Weder die Beschwerdeführerin noch die Beschwerdegegnerin hatten im massgebenden Zeitpunkt ihren Sitz in der Schweiz. Da die Parteien die Bestimmungen des 12. Kapitels des IPRG nicht schriftlich ausgeschlossen haben, gelangen diese zur Anwendung (Art. 176 Abs. 1 und 2 IPRG).
2.2 Zulässig sind allein die Rügen, die in <ref-law> abschliessend aufgezählt sind (<ref-ruling> E. 5 S. 187; <ref-ruling> E. 1a S. 53; <ref-ruling> E. 1a S. 282). Nach <ref-law> prüft das Bundesgericht nur die Rügen, die in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden sind; dies entspricht der in <ref-law> für die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht vorgesehenen Rügepflicht (<ref-ruling> E. 5 S. 187 mit Hinweis). Appellatorische Kritik ist unzulässig (<ref-ruling> E. 3.1 S. 567; <ref-ruling> E. 3b S. 382).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den das Schiedsgericht festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung des Schiedsgerichts weder berichtigen noch ergänzen, selbst wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (vgl. <ref-law>, der die Anwendbarkeit von <ref-law> sowie <ref-law> ausschliesst). Allerdings kann das Bundesgericht die tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Schiedsentscheids überprüfen, wenn gegenüber diesen Sachverhaltsfeststellungen zulässige Rügen im Sinne von <ref-law> vorgebracht oder ausnahmsweise Noven berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 34; <ref-ruling> E. 3.1 S. 567; <ref-ruling> E. 5 S. 141; je mit Hinweisen). Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform aufgestellt worden sind (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 486; <ref-ruling> E. 1c S. 473; je mit Hinweisen).
3. Die Beschwerdeführerin rügt in verschiedener Hinsicht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>).
3.1 <ref-law> lässt die Anfechtung allein wegen der zwingenden Verfahrensregeln gemäss <ref-law> zu. Danach muss das Schiedsgericht insbesondere den Anspruch der Parteien auf rechtliches Gehör wahren. Dieser entspricht - mit Ausnahme des Anspruchs auf Begründung - dem in <ref-law> gewährleisteten Verfassungsrecht (<ref-ruling> E. 5 S. 37 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 243; <ref-ruling> E. 2c S. 578 f.). Die Rechtsprechung leitet daraus insbesondere das Recht der Parteien ab, sich über alle für das Urteil wesentlichen Tatsachen zu äussern, ihren Rechtsstandpunkt zu vertreten, ihre entscheidwesentlichen Sachvorbringen mit tauglichen sowie rechtzeitig und formrichtig offerierten Mitteln zu beweisen, sich an den Verhandlungen zu beteiligen und in die Akten Einsicht zu nehmen (<ref-ruling> E. 5 S. 38; <ref-ruling> E. 2c S. 578 f.; je mit Hinweisen).
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Schiedsgericht habe verschiedene ihrer substantiierten und entscheidrelevanten Vorbringen im Zusammenhang mit der vertragsgemässen Konstruktion der fraglichen Anlage, dem Treffen der Parteien im September 2005, der unterbliebenen Eröffnung des Bankakkreditivs sowie hinsichtlich des Schadenseintritts bzw. der Schadensberechnung unberücksichtigt gelassen. Dabei übt sie jedoch mehrheitlich lediglich appellatorische Kritik am angefochtenen Schiedsentscheid, indem sie vor Bundesgericht unter Hinweis auf ihre Vorbringen im Rahmen des Schiedsverfahrens sowie verschiedenste Aktenstücke ihren Rechtsstandpunkt zu mehreren Prozessthemen wiederholt und vom angefochtenen Entscheid abweichende Schlüsse zieht.
So behauptet sie etwa, die Anlage habe den vertraglichen Anforderungen nicht entsprochen, da die Beschwerdegegnerin verpflichtet gewesen sei, die Anlage so zu konstruieren, dass drei Arten von Dialysatoren unter Verwendung von drei unterschiedlichen Gehäusegrössen hergestellt werden könnten. Das Schiedsgericht hat die verschiedenen von der Beschwerdeführerin ins Feld geführten Argumente hinsichtlich der angeblich vertraglich vorgesehenen Gehäusegrössen berücksichtigt; es ist jedoch ihrem Standpunkt nicht gefolgt, sondern hat nach Würdigung der vorgebrachten Beweise erwogen, dass sich der Vereinbarung vom 5. Mai 2004 keine Regelung bezüglich einer bestimmten Grösse der Dialysegehäuse entnehmen lasse. Die Beschwerdeführerin zeigt keine Gehörsverletzung (<ref-law>) auf, indem sie Gegenteiliges behauptet; damit übt sie vielmehr lediglich unzulässige Kritik am angefochtenen Entscheid. Entsprechendes gilt für ihre Ausführungen zu dem nach der Vertragsvereinbarung angeblich hauptsächlich zu produzierenden Gut, mit denen sie lediglich ihre Vorbringen im Rahmen des Schiedsverfahrens hinsichtlich der Eignung der Anlage für die Herstellung von Dialysatoren mit einer Grösse von 1.6 m2 auflistet, um damit zu schliessen, das Schiedsgericht wäre "zum richtigen Schluss gekommen", dass die Anlage nicht vertragskonform konstruiert gewesen sei, hätte es ihre Vorbringen berücksichtigt.
Auch ihre Darlegungen hinsichtlich des Treffens der Parteien im September 2005 sowie der unterbliebenen Eröffnung des Bankakkreditivs erschöpfen sich in unzulässiger Kritik am angefochtenen Entscheid. Die Beschwerdeführerin verkennt allgemein, dass sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs im Sinne von <ref-law> kein Anspruch auf Begründung des Schiedsspruchs ergibt (<ref-ruling> E. 6 S. 187 f. mit Hinweisen). Mit der angeblich unzureichenden Begründung des angefochtenen Entscheids zeigt sie keinen in <ref-law> vorgesehenen Beschwerdegrund auf (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 187; <ref-ruling> E. 2b S. 577 f.; je mit Hinweisen).
Im Übrigen trifft es nicht zu, dass das Schiedsgericht das Argument der Beschwerdeführerin unberücksichtigt gelassen hätte, dass der Beschwerdegegnerin aufgrund der Preisdifferenz zwischen dem ursprünglichen Vertrag zwischen den Parteien vom 5. Mai 2004 und dem am 7. September 2009 zwischen der Beschwerdegegnerin und der Q._ GmbH abgeschlossenen Vertrag kein Schaden entstanden sei. Das Schiedsgericht hat die Frage der massgebenden Preisdifferenz eingehend geprüft. Es ist dabei der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht gefolgt, wonach die Parteien mit Vereinbarung vom 28. November 2006 den Kaufpreis der Anlage von EUR 7 Mio. auf EUR 5'095'000.-- reduziert hätten, sondern erachtete vielmehr eine vereinbarte Bedingung für die Preisreduktion als nicht erfüllt, weshalb es bei der Berechnung der Preisdifferenz auf den ursprünglichen Kaufpreis von EUR 7 Mio. und nicht auf den von der Beschwerdegegnerin als massgebend erachteten (reduzierten) Kaufpreis von EUR 5'095'000.-- abstellte. Ob das Schiedsgericht zu Recht auf die Differenz zwischen dem ursprünglich vereinbarten Kaufpreis von EUR 7 Mio. und dem tatsächlich erzielten Wiederverkaufspreis von EUR 5'880'000.-- abgestellt hat, kann das Bundesgericht im Beschwerdeverfahren nicht überprüfen.
Auch hinsichtlich des Zinsschadens, der Reparaturkosten sowie der Kosten für Versicherung und Lagerung der Anlage hat das Schiedsgericht die tatsächlichen und rechtlichen Voraussetzungen des geltend gemachten Schadenersatzanspruchs geprüft und die in der Beschwerde erwähnten Vorbringen ausdrücklich oder zumindest implizit verworfen. Die Beschwerdeführerin kritisiert den angefochtenen Entscheid einmal mehr in unzulässiger Weise, ohne einen in <ref-law> vorgesehenen Rügegrund aufzuzeigen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist nicht dargetan.
3.3 Die Beschwerdeführerin begründet eine weitere Gehörsrüge damit, das Schiedsgericht habe der Beschwerdegegnerin mit Verfügung vom 10. Januar 2011 - und damit nach erfolgtem Haupt- und Beweisverfahren - erlaubt, den geltend gemachten Schaden zu substantiieren und die entsprechende Berechnung einzureichen, was diese mit Eingabe vom 2. Februar 2011 auch getan und dem Schiedsgericht eine Vielzahl neuer Behauptungen und neuer Urkunden eingereicht habe. Sie selbst habe dazu am 14. März 2011 Stellung genommen, wobei sie unter anderem die erneute Einvernahme von Zeugen beantragt habe. Indem das Schiedsgericht die von ihr angebotenen Zeugenbeweise nicht abgenommen habe, sei ihr Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden.
Das Schiedsgericht erachtete eine zusätzliche Zeugenbefragung als nicht erforderlich, nachdem sich die Beschwerdegegnerin bereits vor den erfolgten Zeugeneinvernahmen auf die Preisdifferenz von EUR 1'120'000.-- berufen hatte und mögliche Abzüge von diesem Betrag in den schriftlichen Zeugenaussagen von A._ und B._ thematisiert worden waren; die Beschwerdeführerin habe anlässlich der mündlichen Verhandlung vom 14. und 15. September 2010 die Gelegenheit gehabt, die Zeugen zu diesen Punkten zu befragen. Der Beschwerdeführerin wurde in Wahrung ihres rechtlichen Gehörs Gelegenheit geboten, sich zur Eingabe der Beschwerdegegnerin vom 2. Februar 2011 zu äussern, wovon sie in ihrer schriftlichen Stellungnahme vom 14. März 2011 ausführlich Gebrauch machte. Sie zeigt vor Bundesgericht nicht auf, welche konkreten von der Beschwerdegegnerin eingereichten Unterlagen eine erneute Zeugenbefragung erforderlich gemacht hätten. Vielmehr behauptet sie lediglich in pauschaler Weise, die Beschwerdegegnerin habe in ihrer Eingabe vom 2. Februar 2011 im Zusammenhang mit der Schadensberechnung eine Vielzahl neuer Behauptungen erhoben sowie neue Urkunden eingereicht, die im Zeitpunkt der ersten Zeugeneinvernahmen vom 14. und 15. September 2010 noch gar nicht vorgelegen hätten. Sie legt jedoch nicht dar, welche konkreten Vorbringen bzw. Unterlagen neu gewesen wären und daher anlässlich der ersten Zeugenbefragung nicht hätten angesprochen werden können. Ebenso wenig zeigt sie mit Aktenhinweisen auf, welche ihrer Vorbringen im Schiedsverfahren durch Zeugenbefragung hätten bewiesen werden sollen, sondern lässt es bei der allgemeinen Behauptung bewenden, eine erneute Zeugenbefragung hätte ihr den Nachweis erlaubt, dass der von der Beschwerdegegnerin geltend gemachte Schaden nicht zutreffe. Eine Verletzung des Grundsatzes des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) ist damit nicht dargetan.
3.4 Die Beschwerdeführerin listet im Weiteren verschiedene Feststellungen des angefochtenen Entscheids auf und behauptet, diese seien aktenwidrig. Damit verkennt sie, dass nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts eine offensichtlich falsche oder aktenwidrige Feststellung für sich allein nicht ausreicht, um einen internationalen Schiedsentscheid aufzuheben. Der Anspruch auf rechtliches Gehör enthält keinen Anspruch auf einen materiell richtigen Entscheid (BGE <ref-ruling> E. 2b S. 577 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 333). Dass ihr durch ein offensichtliches Versehen des Schiedsgerichts verunmöglicht worden wäre, ihren Standpunkt in den Prozess einzubringen und zu beweisen, macht sie hingegen nicht geltend (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 248 f.; <ref-ruling> E. 2b-f S. 577 ff.).
4. Die Beschwerdeführerin wirft dem Schiedsgericht eine Verletzung des Ordre public (<ref-law>) vor.
4.1 Die materiellrechtliche Überprüfung eines internationalen Schiedsentscheids durch das Bundesgericht ist auf die Frage beschränkt, ob der Schiedsspruch mit dem Ordre public vereinbar ist (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 333). Gegen den Ordre public verstösst die materielle Beurteilung eines streitigen Anspruchs nur, wenn sie fundamentale Rechtsgrundsätze verkennt und daher mit der wesentlichen, weitgehend anerkannten Wertordnung schlechthin unvereinbar ist, die nach in der Schweiz herrschender Auffassung Grundlage jeder Rechtsordnung bilden sollte. Zu diesen Grundsätzen gehören die Vertragstreue (pacta sunt servanda), das Rechtsmissbrauchsverbot, der Grundsatz von Treu und Glauben, das Verbot der entschädigungslosen Enteignung, das Diskriminierungsverbot, der Schutz von Handlungsunfähigen und das Verbot übermässiger Bindung (vgl. <ref-law>), wenn diese eine offensichtliche und schwerwiegende Persönlichkeitsverletzung darstellt. Zur Aufhebung des angefochtenen Schiedsentscheids kommt es nur, wenn dieser nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis dem Ordre public widerspricht (<ref-ruling> E. 4.1 sowie E. 4.3.1/4.3.2; <ref-ruling> E. 2.2 S. 392 ff.; je mit Hinweisen).
4.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Schiedsgericht habe den Grundsatz der Vertragstreue (pacta sunt servanda) verletzt, indem es die am 28. November 2006 vereinbarte Preisreduktion von EUR 7 Mio. auf EUR 5'095'000.-- unberücksichtigt gelassen habe.
Sie verkennt mit ihren Vorbringen die Tragweite des Grundsatzes der Vertragstreue im Rahmen des Beschwerdegrunds von <ref-law>. Der erwähnte Grundsatz ist nur verletzt, wenn das Schiedsgericht zwar die Existenz eines Vertrags bejaht, die daraus sich ergebenden Konsequenzen jedoch missachtet, oder - umgekehrt - die Existenz eines Vertrags verneint, jedoch trotzdem eine vertragliche Verpflichtung bejaht (Urteile 4A_14/2012 vom 2. Mai 2012 E. 5.2.1, nicht publ. in <ref-ruling>; 4A_46/2011 vom 16. Mai 2011 E. 4.2.1; 4A_43/2010 vom 29. Juli 2010 E. 5.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 6c/cc S. 171; <ref-ruling> E 4b S. 638). Davon kann vorliegend keine Rede sein. Vielmehr hat das Schiedsgericht eine vertragliche Bedingung für die Preisreduktion gemäss der Vereinbarung vom 28. November 2006 als nicht erfüllt erachtet und damit folgerichtig nicht auf den reduzierten Kaufpreis abgestellt. Indem die Beschwerdeführerin dies in Frage stellt und dem Bundesgericht ihre abweichende Rechtsauffassung unterbreitet, kritisiert sie lediglich in unzulässiger Weise die schiedsgerichtliche Vertragsauslegung. Eine Verletzung des Ordre public (<ref-law>) zeigt sie damit nicht auf.
4.3 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, das Schiedsgericht habe der Beschwerdegegnerin mit Verfügung vom 10. Januar 2011 ermöglicht, ihre unsubstantiiert eingereichte Klage nach erfolgtem Haupt- und Beweisverfahren nachzubessern und damit die Dispositionsmaxime verletzt; richtigerweise hätte das Schiedsgericht die Klage abweisen müssen.
Damit zeigt die Beschwerdeführerin keine Verletzung des Ordre public auf, sondern übt einmal mehr unzulässige Kritik am angefochtenen Schiedsentscheid. Entsprechendes gilt für ihr Vorbringen, das Schiedsgericht sei bezüglich der Transportkosten "faktisch" von einer Umkehr der Beweislast ausgegangen, was nicht gerechtfertigt sei.
5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen. Diese Entschädigung wird aus der an die Bundesgerichtskasse bezahlten Sicherheitsleistung ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem ICC Schiedsgericht mit Sitz in Basel schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann