Faits :
A.
A.A._ et B.A._ se sont mariés le 11 janvier 2010. De leur union sont nés des triplés, C._, D._ et E._, en 2009.
A.a. Par convention ratifiée pour valoir prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale le 10 mai 2012, les parties sont notamment convenues que la garde des enfants était attribuée à la mère, sous réserve d'un large et libre droit de visite du père, et que celui-ci contribuerait à l'entretien des siens par le versement d'un montant mensuel de xxx fr.
A.b. Par requête de mesures superprovisionnelles du 21 mai 2012, la mère a conclu à la suspension immédiate du droit de visite du père, aux motifs qu'il ne parvenait pas à assurer la sécurité des enfants et prévenir les accidents, et à ce que le Service de protection de la jeunesse (ci-après : SPJ) soit mandaté sans délai.
A.c. Par ordonnance du 23 mai 2012, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a mandaté le SPJ afin qu'il effectue une évaluation des capacités parentales des père et mère, et a rejeté la requête de mesures superprovisionnelles pour le surplus.
A.d. Le 20 octobre 2012, la mère a déposé une plainte pénale contre le père pour actes d'ordre sexuel sur leur fille E._, qui se seraient produits durant le week-end du 5 au 7 octobre 2012.
La procédure pénale contre le père a été classée par ordonnance du 5 février 2014 du Ministère public, confirmée par arrêt du 25 mars 2014 de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal. Un recours de la mère contre ce classement est actuellement pendant devant le Tribunal fédéral.
A.e. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 24 octobre 2012, le Président du Tribunal d'arrondissement a notamment suspendu provisoirement le droit de visite du père tel que prévu dans la convention du 10 mai 2012 et octroyé au père un droit de visite s'exerçant un samedi sur deux de 14h00 à 18h00, au domicile de la mère, en présence de celle-ci ou d'une personne de confiance.
Le SPJ a rendu son rapport le 3 janvier 2013, suggérant l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative.
A.f. Par jugement du 21 janvier 2013, la Présidente du Tribunal d'arrondissement a maintenu l'ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale du 10 mai 2012, institué une mesure de curatelle d'assistance éducative et ordonné une expertise pédopsychiatrique, confiée au Dr F._, avec pour mission de déterminer les capacités éducatives des parents et de faire des propositions concernant l'attribution de l'autorité parentale, de la garde et de l'exercice des relations personnelles.
La Juge déléguée de la Cour d'appel civile a, par arrêt du 14 juin 2013, rejeté l'appel déposé par l'épouse, estimant que, en l'état, des indices concrets et sérieux de mise en danger du bien des enfants faisaient défaut.
A.g. Le Dr F._ a déposé son rapport d'expertise le 8 octobre 2013, qui revient sur les consultations médicales de la fille, à la suite du week-end de visite chez le père du 5 au 7 octobre 2013, lorsque la mère a constaté que sa fille présentait des rougeurs dans la région vulvaire et un hématome dans la région anale. L'expert rapporte que l'enfant a été vue par une spécialiste en gynécologie pédiatrique au CHUV, par un docteur des consultations psychiatriques dans les situations de mauvais traitement et par le Service des urgences de pédiatrie de Genève. Le médecin des consultations psychiatriques se serait montré inquiet du comportement troublant de la mère et a retransmis avoir gardé l'impression que celle-ci cherchait une preuve médicale contre le père. Le Service des urgences de pédiatrie se serait avoué emprunté pour poser un diagnostic. La première doctoresse a quant à elle indiqué que la fillette souffrait d'une déformation congénitale de la vulve et se serait étonnée que la mère - gynécologue de profession - n'ait pas informé le père de cette anomalie. La doctoresse a précisé, lors de son audition par le Ministère public, que l'examen clinique de l'enfant évoquait un lichen scléro-atrophique et non pas, en premier lieu, une lésion traumatique. L'expert a en outre rapporté que la doctoresse avait déclaré que l'examen clinique ne lui permettait ni d'infirmer ni de confirmer les suspicions d'abus sexuels, que les lésions lui évoquaient un problème chronique d'une pathologie cutanée et non traumatique et qu'elle n'avait pas personnellement constaté de comportement post-traumatique chez la fillette. L'expert a en outre analysé le comportement des parents après s'être entretenu avec chacun. Au terme de son rapport, l'expert ne recommandait pas, en l'état, de modification de l'organisation de la garde et du droit de visite et dit qu'il conviendrait de considérer toute nouvelle accusation d'actes d'ordre sexuel qui émanerait unilatéralement de la mère, sans référence à d'autres professionnels, comme une défaillance de protection des enfants. L'expert a en outre recommandé que la situation familiale soit réexaminée par un complément d'expertise dans un délai de six à neuf mois.
B.
Par requête de mesures d'extrême urgence et de mesures protectrices de l'union conjugale du 24 novembre 2013, le père a notamment conclu, à titre de mesures préprovisionnelles, à ce qu'interdiction soit faite à la mère de déplacer le domicile des enfants de X._ à Y._ et de changer le régime de garderie en vigueur, jusqu'au prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale, et, par voie de mesures protectrices de l'union conjugale, à ce que la garde des trois enfants lui soit octroyée, sous réserve d'un libre et large droit de visite de la mère, à ce que celle-ci contribue à l'entretien des enfants par le versement d'un montant à dire de justice, subsidiairement, si la garde restait attribuée à la mère, à ce que le domicile légal des enfants demeure à X._, jusqu'au divorce ou nouvelle décision judiciaire.
La mère a déménagé avec les enfants de X._ à Y._ dans le courant du mois de novembre 2013.
B.a. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 26 novembre 2013, le Président du Tribunal d'arrondissement a notamment interdit à la mère de changer le régime de la garde en vigueur avant le déménagement.
Lors de l'audience de mesures protectrices de l'union conjugale qui s'est tenue le 20 février 2014, les parties ont signé une convention, ratifiée séance tenante par la Présidente du Tribunal d'arrondissement pour valoir prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale, à teneur de laquelle les parties sont convenues que la garde sur leurs enfants resterait en l'état à la mère, sous réserve d'un libre et large droit de visite du père, planifiant les vacances d'été 2014 de chacun des parents avec les enfants, prévoyant que le régime actuel d'exercice du droit de visite du père serait modifié dès que les enfants seraient scolarisés, en août 2014, et autorisant le père à laisser les enfants inscrits à la garderie de X._ et à les y placer lorsqu'il exerce son droit de visite, et la mère à inscrire les enfants dans une garderie à Y._, les jours où elle en assume la garde.
Le Dr F._ a rendu un complément d'expertise le 20 mai 2014. L'expert a jugé que la mère n'avait pas évolué depuis le premier rapport d'expertise, ni dans son attitude, ni dans ses convictions que le père commet des actes d'ordre sexuel sur les enfants, mettant en péril le développement global de ceux-ci, en ce sens que les enfants, par loyauté et en raison de l'influence de leur mère, développent une vision négative de leur père. Estimant que le père démontre incontestablement de bonnes compétences parentales, une plus grande réceptivité à l'intervention du service AEMO et une plus grande ouverture en vue de l'amélioration de la coparentalité, l'expert a préconisé que la garde des enfants devait être confiée au père, sous réserve d'un large droit de visite de la mère.
B.b. Par prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale du 2 juillet 2014, la Présidente du Tribunal d'arrondissement a notamment confié la garde des enfants au père, dit que la mère pourrait avoir ses enfants auprès d'elle un week-end sur deux et chaque semaine du mardi soir au jeudi matin, ainsi que durant la moitié des vacances scolaires, et astreint la mère à contribuer à l'entretien de ses enfants par le versement d'une pension mensuelle de xxxx fr., allocations familiales en sus, dès et y compris le 1 er juillet 2014.
La mère a formé appel contre ce jugement le 14 juillet 2014, concluant à ce qu'elle soit confirmée en tant que parent gardien des trois enfants et à ce que le père soit astreint à contribuer à leur entretien.
B.c. Par arrêt du 6 août 2014, la Juge déléguée de la Cour d'appel civile a rejeté l'appel et confirmé le prononcé du 2 juillet 2014.
C.
Par acte du 9 septembre 2014, A.A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et principalement au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour l'administration de preuves, subsidiairement à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'elle est confirmée en tant que parent gardien des trois enfants et à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité de première instance pour fixer la contribution d'entretien en faveur des enfants due par le père, et plus subsidiairement encore, en cas d'octroi de la garde au père, à ce qu'elle soit astreinte à contribuer à l'entretien des enfants par le versement d'un montant de xxxx fr. par mois. Au préalable, la mère a sollicité l'effet suspensif à son recours.
Invités à se déterminer sur l'octroi de l'effet suspensif, le père s'y est opposé, le SPJ a également conclu au rejet de la requête et l'autorité précédente a renoncé à se déterminer.
D.
Par ordonnance du 3 octobre 2014, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a refusé l'effet suspensif sollicité.
Par courrier du 23 octobre 2014, la mère a à nouveau requis l'octroi de l'effet suspensif, produisant à l'appui de sa demande un courrier du 19 octobre 2014 de la pédopsychiatre des enfants.
E.
Par ordonnance du 24 octobre 2014, le Juge instructeur, a déclaré irrecevable la pièce nouvelle produite et a rejeté la deuxième requête d'effet suspensif.
Des réponses au fond n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
Le présent recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) ainsi que dans la forme légale (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 p. 395 s.) rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire matrimoniale (<ref-law>). Le litige porte sur le droit de garde des trois enfants, et les conséquences, notamment financières, qui en découlent; la cause est ainsi non pécuniaire dans son ensemble (arrêts 5A_483/2011 du 31 octobre 2011 consid. 1.1; 5A_220/2009 du 30 juin 2009 consid. 1). La recourante a en outre pris part à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>) et, ayant succombé dans ses conclusions, a un intérêt à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Le recours en matière civile est en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
Dès lors que la décision attaquée porte sur le prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale (art. 172 à 179 CC), lesquelles sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 p. 396), le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir d'examen limité, seule la violation des droits constitutionnels pouvant être invoquée. Le Tribunal fédéral n'examine les griefs de violation de droits constitutionnels que s'ils ont été invoqués et motivés ("principe d'allégation", <ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Le recourant qui se plaint de la violation d'un droit fondamental ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer ses allégations par une argumentation précise (<ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 400; arrêt 5A_99/2011 du 22 septembre 2011 consid. 2.1).
2.1. Aux termes de l'<ref-law>, les mesures protectrices de l'union conjugale sont ordonnées à la suite d'une procédure sommaire. Bien que les moyens de preuve ne soient pas restreints aux seuls titres, l'administration de ceux-ci doit pouvoir intervenir immédiatement (art. 254 al. 2 let. c et 272 CPC). La décision de mesures protectrices de l'union conjugale est en principe provisoire et revêtue d'une autorité de la chose jugée limitée. La jurisprudence rendue avant l'entrée en vigueur du CPC demeure applicable (en particulier l'<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 478) : la cognition du juge est limitée à la simple vraisemblance des faits et à un examen sommaire du droit.
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>) et se montre réservé en ce qui concerne l'appréciation des preuves et la constatation des faits, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 4b p. 40; <ref-ruling> consid. 1b p. 30 ss). Cette retenue est d'autant plus grande dans le domaine des mesures protectrices de l'union conjugale, ordonnées à la suite d'une procédure sommaire, avec administration restreinte des moyens de preuve et limitation du degré de la preuve à la simple vraisemblance (cf. supra consid. 2.1). Dans le cadre d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte doit démontrer que celles-ci sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst., conformément au principe d'allégation (cf. supra consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252; arrêt 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3.2), en sorte qu'il ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-law>).
3.
Le recours a pour objet l'attribution du droit de garde et l'entretien des enfants, dans le cadre de mesures protectrices de l'union conjugale.
4.
La recourante se plaint, sous le grief de la violation de l'art. 29 Cst., que les mesures d'instruction qu'elle a requises aient toutes été rejetées alors que l'intégralité de celles-ci auraient dû être administrées, selon elle. La mère reproche à la cour cantonale de s'être basée sur la seule expertise du Dr F._. Elle explique avoir requis l'audition de la pédopsychiatre des enfants, qui la suit aussi depuis plusieurs mois et qui craint une manipulation par le père, et estime que l'autorité précédente a versé dans l'arbitraire en refusant ce témoignage au motif qu'elle est la thérapeute d'une seule partie et n'a pas rencontré la partie adverse. La recourante estime que ce faisant la cour cantonale a violé son droit d'être entendue. La mère soutient qu'elle a aussi requis expressément la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise, confiée à un autre expert, qui a été refusée en violation du droit à la preuve. Elle relève que l'expert F._ a effectué une appréciation erronée de la situation, sans tenir compte de ses capacités éducatives meilleures que celles du père. La recourante se plaint aussi de n'avoir pas pu poser des questions écrites à l'expert F._ et d'avoir dû se limiter à poser des questions en audience, ce qui, selon elle, constitue une violation de son droit à la preuve. La recourante exige donc que ces deux moyens de preuves soient ordonnés et qu'une nouvelle décision soit prise une fois ceux-ci administrés.
4.1. La garantie constitutionnelle de l'art. 29 al. 2 Cst. prévoit que toute personne a le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, d'avoir accès au dossier, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision à rendre, de participer à l'administration des preuves valablement offertes, à moins que le fait à prouver ne soit dépourvu de pertinence ou que le moyen de preuve n'apparaisse manifestement inapte à établir le fait allégué, et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 370 s. et les références; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 2c p. 578; <ref-ruling> consid. 2b p. 56).
4.2. Le grief de violation du droit à la preuve garantit par l'art. 29 Cst. tombe à faux. La recourante, qui se contente d'affirmer que son droit d'être entendu a été violé et d'énoncer les moyens de preuves qu'elle a requis sans succès, ne prétend ainsi ni avoir été empêchée de présenter une preuve, ni que la cour cantonale aurait refusé sans motif l'administration d'une preuve offerte, en sorte que l'on peine à comprendre en quoi le refus d'administrer des preuves offertes serait constitutif d'une violation du droit d'être entendu de la recourante. L'autorité cantonale a jugé que le témoignage de la psychiatre de la mère n'était pas pertinent pour le sort du litige, en raison de la partialité de la thérapeute et que le rapport d'expertise du Dr F._ résultait d'un travail sérieux, apportait une réponse claire et motivée et que l'expert avait été entendu à l'audience - en particulier que la recourante avait pu l'interroger -, en sorte que celui-ci avait pu être amené à développer et détailler son analyse. Précisant encore que le tribunal appréciait librement les preuves, la cour cantonale a refusé d'entendre la psychiatre de la mère et d'ordonner une nouvelle expertise. Ce faisant, l'autorité précédente a procédé à une appréciation des preuves. Si la recourante entendait la contester, il lui appartenait de soulever un grief détaillé à cet égard (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3 p. 157; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428), ce qu'elle a d'ailleurs fait en parallèle en invoquant la prohibition de l'arbitraire (art. 9 Cst.; cf. infra consid. 5). L'appréciation des preuves doit donc être examinée sous cet angle.
5.
La recourante dénonce ensuite l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves, ainsi que l'application arbitraire (art. 9 Cst.) du droit relatif à l'attribution de la garde, jugeant que la cour cantonale s'est fondée sur des faits manifestement erronés. Considérant que le droit de garde des enfants lui a été retiré, d'une part, parce qu'elle a accusé le père d'actes d'ordre sexuel sur leurs enfants et, d'autre part, parce qu'il pourrait exister à long terme un syndrome d'aliénation parentale, la mère estime que le premier motif doit être relativisé en tenant compte des motifs l'ayant conduite à dénoncer le père, et le second motif n'est ni prouvé, ni actuel. La recourante soutient en revanche que certains éléments ont été omis par la cour cantonale pour examiner l'attribution du droit de garde, à savoir qu'elle dispose de meilleures capacités éducatives que le père, que les conditions d'accueil des enfants sont meilleures chez elle qu'au domicile du père, qu'elle dispose de plus de temps libre et de plus de flexibilité avec son emploi que le père, que les experts de la santé qui suivent les enfants se trouvent à proximité de son domicile, qu'il est admis que le père aurait besoin de l'aide des unités d'accueil et de la crèche pour prendre en charge les enfants, ce qui n'est pas le " rôle du parent gardien ". La mère soutient qu'il ressort du jugement entrepris et des expertises que le transfert de la garde est mû par une volonté de " punition " à son égard, dans la mesure où elle estime que le classement de la procédure pénale contre le père ne doit pas être suivi.
5.1. Selon l'<ref-law> relatif à l'organisation de la vie séparée, auquel renvoie l'<ref-law>, lorsque les époux ont des enfants mineurs, le juge ordonne les mesures nécessaires, d'après les dispositions sur les effets de la filiation (<ref-law>); il peut notamment attribuer le droit de garde des enfants à un seul des parents. L'appréciation des circonstances de fait pour fixer le droit de garde et celui aux relations personnelles (<ref-law> par renvoi de l'<ref-law>), c'est-à-dire la détermination de leur portée juridique, est une question de droit. Le Tribunal fédéral n'intervient toutefois que si le juge, sans aucun motif, a écarté des critères essentiels pour la décision sur le droit de visite des enfants ou, à l'inverse, s'est fondé sur des éléments dépourvus d'importance au regard du bien des enfants ou contrevenant aux principes du droit fédéral (<ref-ruling> consid. 4a p. 235; arrêt 5C.17/1991 du 19 juin 1991 consid. 2 non publié in <ref-ruling>; arrêts 5A_877/2013 du 10 février 2014 consid. 6.1 et 5A_120/2013 du 23 mai 2013 consid. 2.1.2).
5.2. En l'occurrence, la recourante se méprend lorsqu'elle reproche à la cour cantonale d'avoir tenu compte de ses recours successifs contre le classement de la procédure pénale, dès lors que cet élément n'a pas été pris en considération en tant que tel. En revanche, l'autorité précédente a apprécié son comportement de dépréciation du père face aux enfants - amenant ceux-ci à avoir une représentation de leur père ne correspondant pas à la réalité -, dont sa persévérance à considérer le père comme un " pervers sexuel " faisant subir aux enfants " des actes innommables ", en dépit de l'absence d'expertise et a fortiori de jugement corroborant sa thèse. S'agissant de l'aliénation parentale, la cour cantonale a exposé que, actuellement, la mère ne favorise pas les contacts avec le père, mais cherche à porter le discrédit sur celui-ci en disant qu'il constitue un danger pour les enfants, arguant qu'il n'assure pas leur sécurité, abuse sexuellement de leur fille et s'en prend à l'enfant C._. La cour cantonale a ainsi jugé le risque d'aliénation parentale concert et a jugé qu'il ne fallait pas que " le mal soit fait pour agir dans l'intérêt des enfants ". La critique de la mère portant sur une aliénation parentale future et hypothétique ne correspond donc pas à la motivation de l'arrêt attaqué; la recourante soumet ainsi sa propre interprétation de la situation. Quant à de prétendues meilleures capacités éducatives dont la mère se prévaut, il ne ressort ni de l'expertise, ni des constatations du SPJ, que tel est effectivement le cas. L'autorité précédente a ainsi exposé que les capacités éducatives de la mère étaient correctes, mais s'appréciaient aussi à l'aune de la disposition de celui-ci à favoriser les contacts des enfants avec l'autre parent, et par là à ne pas manipuler les enfants, ce qui était précisément l'objet du présent litige. En tant qu'elle interprète le fait que le père est prêt à accepter l'aide des intervenants sociaux, elle délivre également sur ce point sa propre version, qui diffère de celle de l'expert, reprise par l'autorité précédente, qui en concluent que le père est plus collaborant, alors que les rapports du dossier montrent une très bonne disposition du père à prendre soin des enfants. Pour le surplus, la recourante présente sa propre appréciation, en la substituant à la motivation de l'arrêt entrepris, et ne démontre nullement que ce dernier raisonnement serait insoutenable. Autant qu'il est recevable, le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.) relatif à l'attribution du droit de garde doit être rejeté.
6.
En cas de rejet de son recours s'agissant du droit de garde, la mère conteste également, sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.) la contribution d'entretien de xxxx fr. à laquelle elle a été astreinte pour l'entretien de ses enfants (<ref-law>). La recourante critique la méthode de calcul abstraite (méthode des pourcentages), au vu du large droit de visite dont elle bénéficie, et soutient qu'elle l'a contestée devant l'autorité précédente, assurant que dans le cas d'espèce, le père profite du montant versé. La mère expose que la cour cantonale devait se fonder sur le coût global des enfants, selon les tabelles zurichoises. A tout le moins, la mère considère que l'autorité précédente devait procéder à une pondération du calcul effectué et que l'entretien aurait dû être fixé à un maximum de xxxx fr.
6.1. A teneur de l'<ref-law>, la contribution d'entretien doit correspondre aux besoins de l'enfant ainsi qu'à la situation et aux ressources des père et mère. Les enfants ont le droit de recevoir une éducation et de bénéficier d'un niveau de vie qui corresponde à la situation des parents; leurs besoins doivent également être calculés de manière plus large lorsque les parents bénéficient d'un niveau de vie plus élevé (<ref-ruling> consid. 3a/cc p. 289 s.; arrêts 5A_234/2011 du 21 novembre 2011 consid. 4.4.1 et 5A_220/2010 du 20 août 2010 consid. 2.1). La loi ne prescrit pas toutefois de méthode de calcul particulière pour arrêter la contribution d'entretien (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 414 s.); sa fixation relève de l'appréciation du juge, qui jouit d'un large pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 3a p. 141; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 291; arrêt 5A_507/2007 du 23 avril 2008 consid. 5.1) et applique les règles du droit et de l'équité (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3a p. 141). Il n'y a violation du droit fédéral que si le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation en se référant à des critères dénués de pertinence, ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels, ou encore si, d'après l'expérience de la vie, le montant fixé apparaît manifestement inéquitable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 576; <ref-ruling> consid. 2c/aa p. 162).
6.2. Pour déterminer si la contribution alimentaire était adéquate au regard des ressources de la recourante, qui se prévalait " des particularités du présent cas " et de " ses nombreuses charges ", la juridiction précédente s'est référée à la pratique vaudoise qui part, en principe, d'un pourcentage du revenu mensuel ou de la capacité de gain du débirentier; elle a ainsi considéré que la contribution d'entretien fixée par le premier juge, qui correspondait à 30% du revenu net de la recourante (xxxx fr. par mois), hors allocations familiales, était correct, car si l'on employait la méthode dite "du minimum vital", la contribution d'entretien devrait être fixée à xxxx fr., à savoir un montant supérieur que celui auquel la mère a été astreinte. Selon la jurisprudence, la méthode abstraite dite "des pourcentages", qui consiste, en présence de revenus moyens, à calculer la contribution d'entretien sur la base d'un pourcentage de ce revenu - 30 à 35% pour trois enfants - n'enfreint pas le droit fédéral, pour autant que la pension reste en rapport avec le niveau de vie et la capacité contributive du débiteur (<ref-ruling> consid. 3a p. 112; arrêt 5A_178/2008 du 23 avril 2008 consid. 3.3 et les références). En fixant une proportion dans la fourchette basse des sommes acceptées pour l'entretien de trois enfants - alors même que la débirentière dispose d'un revenu net supérieur à la moyenne - correspondant à un montant moins élevé que ce qui aurait été fixé en application de la méthode du minimum vital élargi avec répartition de l'excédent, les juges cantonaux n'ont à tout le moins pas excédé leur marge d'appréciation. Le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.) doit être rejeté.
7.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, dont les deux requêtes d'effet suspensif ont été rejetées et qui succombe au fond, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Elle versera une indemnité de dépens réduite à l'intimé qui n'a pas été invité à déposer de réponse sur le fond, mais a déposé des observations sur la première requête d'effet suspensif (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de 300 fr., à verser à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Juge déléguée de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 21 novembre 2014
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin