Sachverhalt:
A. Die Konsorten X._ und Y._ erwarben mit Kaufvertrag vom 14. April 2003 von der Gemeinde Z._ 4719 m2 Land zum Preis von Fr. 520.-- pro m2. Es war beabsichtigt, das Kaufobjekt nach Erwerb, Parzellierung und Überbauungsplanung zu veräussern und durch Dritte überbauen zu lassen. Der Vertrag sah für diejenigen Parzellen bzw. Wohneinheiten, welche bis zur vollständigen Abschaffung der Handänderungssteuer im Kanton Zürich noch nicht weiterveräussert worden sind, eine Nachzahlung von Fr. 30.-- pro m2 vor. Per 1. Januar 2005 wurde die Handänderungssteuer im Kanton Zürich abgeschafft.
Nach Parzellierung, Überbauungsplanung und erteilter Baubewilligung veräusserten die Konsorten in der Zeit vom 26. Februar bis 16. März 2004 mit einer Ausnahme alle Parzellen an Familienmitglieder (Ehefrauen, Kinder). Der Gemeinderat Z._ beurteilte das Verhalten als rechtsmissbräuchlich und bestand auf der Erfüllung der vertraglich vereinbarten Nachzahlung. Diese wurde beglichen.
B. Mit Entscheiden vom 1. Juni 2006 veranlagte der Finanzausschuss der Gemeinde Z._ X._ und Y._ für die Handänderungen vom 26. Februar bis 16. März 2004 zu Grundstückgewinnsteuern von insgesamt Fr. 38'767.50. Der Finanzausschuss qualifizierte die Kaufpreisnachzahlungen als Bestandteil des von den Konsorten seinerzeit geleisteten Erwerbspreises. Die Anlagekosten, bestehend im Wesentlichen aus Erwerbspreis (Fr. 520.--/m2) und Nachzahlung (Fr. 30.--/m2), verlegte er entsprechend den Landflächen anteilmässig auf die einzelnen Handänderungen.
Mit Einsprache verlangten die Steuerpflichtigen, die Veranlagungen seien gemäss den Selbstdeklarationen vorzunehmen. Zudem machten sie geltend, die Kaufpreisnachzahlungen von Fr. 30.--/m2 seien durch die Käufer bezahlt worden.
Aufgrund dieser Äusserung rechnete der Finanzausschuss im Einspracheentscheid vom 15. August 2006 die Kaufpreisnachzahlungen nunmehr zum Kauferlös und nicht mehr zu den Anlagekosten. An der flächenmässigen Ausscheidung des seinerzeitigen Erwerbspreises auf die einzelnen Parzellen hielt der Finanzausschuss der Gemeinde fest. Daraus folgten Grundstückgewinnsteuern im Gesamtbetrag von Fr. 91'140.--.
C. Gegen den Einspracheentscheid vom 15. August 2006 führten X._ und Y._ am 15. September 2006 Rekurs bei der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich. Sie beantragten u.a., es seien die Grundstückgewinnsteuern "unter Zugrundelegung der tatsächlichen Verkaufserlöse" neu festzusetzen. Nach ihrer Ansicht sind für die Verlegung des Erwerbspreises auf die einzelnen Parzellen nicht nur die reinen Landflächen, sondern auch die baulichen Nutzungsmöglichkeiten jeder einzelnen Parzelle zu berücksichtigen. Eventuell sei ein Gutachten einzuholen.
In der Folge ordnete die Steuerrekurskommission ein Gutachten zur Frage der Verlegung des Erwerbspreises auf die einzelnen Parzellen an. Am 25. Februar 2008 fand ein Augenschein statt, an welchem die Expertin das vorläufige Gutachten mündlich erstattete. Auf dieser Basis stellte der Referent den Parteien am 27. Februar 2008 einen Vergleichsvorschlag mit mehreren Varianten zur Stellungnahme zu.
Mit Eingabe vom 28. April 2008 bestritten die Steuerpflichtigen das Gutachten und beantragten, dieses sei unter Berücksichtigung bestimmter Zusatzfragen schriftlich auszufertigen. Zudem machten sie erstmals im Rekursverfahren geltend, dass die Kaufpreisnachzahlungen von Fr. 30.--/m2 entweder beim Aufwand und beim Erlös oder dann weder beim Aufwand noch beim Erlös zu berücksichtigen seien.
Mit Eingabe vom 30. Mai 2008 erklärte der Vertreter der Gemeinde Z._ Anerkennung des Rekurses vom 15. September 2006.
Mit Entscheid vom 8. Juli 2008 hiess die Rekurskommission den Rekurs gut, soweit darauf einzutreten war, und setzte die Grundstückgewinnsteuern neu auf insgesamt Fr. 40'117.50 fest. Auf die Frage, ob die Kaufpreisnachzahlungen beim Kauferlös oder als Anlagekosten zu berücksichtigen seien, trat die Rekurskommission nicht ein. Sie erwog, die Rekurrenten hätten diese Frage erst mit ihrer Stellungnahme vom 28. April 2008 zum Gutachten und damit verspätet aufgeworfen.
D. Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 18. März 2009 ab, soweit darauf einzutreten war.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen X._ und Y._ dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2009 aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sei ferner ein Augenschein durchzuführen.
Die Gemeinde Z._ und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtete auf eine Stellungnahme.
Auf Antrag der Beschwerdeführer wurde ein zweiter Schriftenwechsel durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts betreffend die kommunale Grundstückgewinnsteuer. Gegen solche Entscheide kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 lit. a, 86 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführer sind durch die Steuerauflage beschwert und zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht und der kantonalen verfassungsmässigen Rechte gerügt werden (Art. 95 lit. a, c BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2, 106 Abs. 2 BGG), grundsätzlich nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389 mit Hinweisen).
2. Streitig ist allein noch die grundsteuerliche Behandlung der Kaufpreisnachzahlung von Fr. 30.--/m2. Die kantonale Steuerrekurskommission lehnte es ab, diese Frage zu prüfen, weil der Einwand der Beschwerdeführer (damalige Rekurrenten) erst in deren Stellungnahme vom 28. April 2008 zum Vergleichsvorschlag und damit verspätet vorgebracht worden sei.
Das Verwaltungsgericht als obere kantonale Instanz bestätigte den (partiellen) Nichteintretensentscheid. Vom Bundesgericht ist daher nur zu prüfen, ob der Nichteintretensentscheid der Steuerrekurskommission, bestätigt durch Entscheid der Vorinstanz, auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht.
3. 3.1 Das Bundesgerichtsgesetz schreibt den Kantonen vor, dass die richterliche Vorinstanz des Bundesgerichts oder ein vorgängig zuständiges Gericht den Sachverhalt frei prüft und das Recht von Amtes wegen anwendet (<ref-law>). Daraus folgt, dass der Sachverhalt im gerichtlichen Verfahren zu erstellen ist. In diesem Verfahren müssen von Bundesrechts wegen auch neue Tatsachen und Beweismittel unterbreitet werden können (<ref-ruling> E. 3.3 S. 374). Bis zu welchem Zeitpunkt im Verfahren neue Tatsachen und Beweismittel vorgebracht werden können, regelt das Bundesrecht indessen nicht. Es ist vielmehr Sache des anwendbaren kantonalen Verfahrensrechts, hierüber die erforderlichen Bestimmungen aufzustellen.
3.2 Mit der Steuerbeschwerde an das Verwaltungsgericht in Grundsteuersachen können alle Rechtsverletzungen, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend gemacht werden (§ 153 Abs. 3 in Verbindung mit § 213 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG]). Die Vorinstanz beschränkte sich infolgedessen auf eine reine Rechtskontrolle. Die Beschwerdeführer mussten daher von Bundesrechts wegen die Möglichkeit haben, im Verfahren vor der Rekurskommission Tatsachen und Beweismittel - auch neue - vorzubringen. Dass diese Möglichkeit vorliegend grundsätzlich bestand, ist unbestritten. Fraglich ist einzig, ob die von den Beschwerdeführern erst mit Eingabe vom 28. April 2008 in der Rekursinstanz vorgebrachten Behauptungen zur steuerlichen Behandlung der Kaufpreisnachzahlung zu Recht als verspätet aus dem Recht gewiesen wurden.
Diese Frage beantwortet sich, wie erwähnt, nach kantonalem Recht. Dessen Auslegung und Anwendung überprüft das Bundesgericht nur daraufhin, ob sie im Sinne von <ref-law> willkürlich sind oder in anderer Weise gegen verfassungsmässige Rechte verstossen (Art. 95 lit. a - c BGG); die Verletzung von kantonalem einfachem Recht ist kein selbständiger Beschwerdegrund im Sinne der Art. 95 bis 98 BGG.
4. 4.1 Verfahrensrechtssätze sind wie alle Rechtssätze willkürfrei auszulegen. Dem Verfahrensrecht ist zudem eine Auslegung beizulegen, bei welcher der in <ref-law> enthaltenen Anspruch auf rechtliches Gehör gewahrt wird. Der Anspruch auf rechtliches Gehör räumt den Verfahrensparteien u.a. das Recht ein, sich zu allen streitrelevanten Fragen zu äussern und am Beweisverfahren teilzunehmen (Gerold Steinmann, in: Die Schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, N. 25 f. zu <ref-law>, mit Hinweisen zur Rechtsprechung). Die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör stellt - wie auch der überspitzte Formalismus - eine formelle Rechtsverweigerung dar (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 5 S. 253). Überspitzter Formalismus kennzeichnet sich dadurch, dass er sich durch kein schutzwürdiges Interesse rechtfertigen lässt, zum blossen Selbstzweck wird und damit sowohl die Wahrheitsfindung wie auch die Ausübung der Verteidigungsrechte in unhaltbarer Weise erschwert oder gar verunmöglicht (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 5.4.1 S. 183 f.). Das Verwaltungsverfahrensrecht ist zudem, wie die gesamte Rechtsordnung, vom Grundsatz von Treu und Glauben beherrscht. Sowohl Verwaltung wie auch Bürger haben sich so zu verhalten, wie Treu und Glauben es gebieten. Für die Verwaltung gilt (wie auch für den Bürger) insbesondere das Verbot widersprüchlichen Verhaltens (<ref-ruling> E. 7.1 S. 381, s. auch 131 II 627 E. 6.1 S. 637).
4.2 Wie die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid (E. 3.2.1 - 3.2.3) ausführt, enthielten die Einspracheentscheide ausdrücklich den Hinweis, dass die Kaufpreisnachzahlungen nicht steuermindernd berücksichtigt, sondern "gemäss den Ausführungen der Steuerpflichtigen" als ein zusätzlicher Veräusserungserlös erfasst worden seien. Die damaligen Rekurrenten hätten im Rekurs den Hauptantrag gestellt, "die Grundstückgewinnsteuern [seien] unter Zugrundelegung der tatsächlichen Veräusserungserlöse neu festzusetzen". Dem Rekursantrag lasse sich nicht definitiv schlüssig entnehmen, ob der Rekurs sich gegen den Einbezug der Kaufpreisnachzahlung in den Erlös oder nur gegen die Landwerte richte. Jedoch ergäbe sich aus den Ausführungen in der Rekursschrift unter "Formelles", dass es um die Landwerte gehe. In der Tat wird im Rekurs (S. 6 Ziff. 3) ausgeführt:
"Hinsichtlich der Gesamtsumme der Verkaufserlöse aller hier in Frage stehenden, von den Rekurrenten verkauften Parzellen und der Anlagekosten bestehen zwischen den Parteien keine Differenzen. Umstritten ist lediglich die Aufteilung der Gesamtsumme der Verkaufspreise auf die einzelnen Parzellen."
Weitere Ausführungen zu den Kaufpreisnachzahlungen sind gemäss den Feststellungen der Vorinstanz der Rekurseingabe nicht zu entnehmen. Sie schloss daraus in haltbarer Weise, dass die Kaufpreisnachzahlungen im Rekursverfahren nicht mehr umstritten waren. Diese Feststellungen und der daraus gezogene Schluss werden (zu Recht) nicht als willkürlich gerügt.
4.3 Die Vorinstanz prüfte in der Folge, ob der Antrag der Beschwerdeführer in der Stellungnahme vom 28. April 2008 zum Vergleichsvorschlag, es sei die Kaufpreisnachzahlung entweder sowohl als zusätzlicher Erlös und als zusätzlicher Aufwand oder dann überhaupt nicht zu berücksichtigen, als rechtzeitig erfolgt zu gelten habe. Sie verneinte diese Frage. Die Beschwerdeführer rügen dies als willkürlich und sehen darin überdies eine formelle Rechtsverweigerung.
Das kantonale Verfahrensrecht legt fest, bis zu welchem Zeitpunkt im Prozess die Rechtsmittelbegründung spätestens und abschliessend vorzutragen ist (<ref-ruling> E. 2d S. 38 mit Hinweis auf weitere nicht publizierte Entscheide). Was zur Substantiierung notwendig ist, folgt aus dem materiellen Recht. Was im Streite liegt, der Streitgegenstand, bestimmt sich aufgrund des Anfechtungsobjekts und der gestellten Anträge (<ref-ruling> E. 2 S. 31/32). Gemäss § 147 Abs. 4 StG muss die Rekursschrift Antrag und Begründung enthalten. Damit wird der Streitgegenstand festgelegt. Antrag und Begründung müssen aus der Rekursschrift selbst hervorgehen (Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 39 zu § 147 StG, mit Hinweisen zur Zürcher Praxis). Die Praxis leitet daraus ab, dass die rekurrierende Partei eine substantiierte Sachdarstellung mit Angabe der Beweismittel bereits in der Rekursschrift abgeben muss (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N. 53 zu § 147 StG, mit zahlreichen Hinweisen). Ein zweiter Schriftenwechsel findet nur ausnahmsweise statt (§ 148 Abs. 2 StG). Eine ungenügend substantiierte Sachdarstellung kann weder im Beweisverfahren noch in einer persönlichen Befragung nachgeholt werden (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N. 54 zu § 147 StG).
Wenn daher die Vorinstanz den Antrag in der Eingabe der damaligen Rekurrenten vom 28. April 2008 als verspätet beurteilt hat, kann darin keine willkürliche Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts oder eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör erblickt werden. Ohnehin enthält die Beschwerde diesbezüglich keine Auseinandersetzung mit dem massgebenden kantonalen Verfahrensrecht und keine konkrete Rüge, so dass darauf nicht weiter einzugehen ist (<ref-law>).
4.4 Die Beschwerdeführer berufen sich vielmehr einzig auf § 149 Abs. 2 StG, wonach die Rekurskommission "das Verfahren trotz Rückzug oder Anerkennung des Rekurses (weiterführt), sofern Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass der angefochtene Entscheid oder die übereinstimmenden Anträge dem Gesetz widersprechen, oder eine Gegenpartei einen abweichenden Antrag gestellt hat". Die Beschwerdeführer übersehen dabei, dass die Anwendung auch dieser Vorschrift voraussetzt, dass die materiellen Grundlagen rechtzeitig im Verfahren in den Formen des Prozesses vorgebracht werden. Vorliegend wurde im Verfahren vor der Rekurskommission durch die Beschwerdeführer auch nicht ansatzweise dargelegt, weshalb die Kaufpreisnachzahlungen beim Aufwand zusätzlich hätte berücksichtigt werden müssen oder weshalb die Qualifikation der Schuldübernahme durch die Erwerber als zusätzlicher Erlös zu Unrecht erfolgt sei. Das wäre jedoch nötig gewesen, nachdem die Beschwerdeführer in der Einsprache geltend gemacht hatten, dass die Kaufpreisnachzahlung von den Erwerbern bezahlt worden seien und diese die Kaufpreisnachzahlungen als Aufwendungen zum Abzug geltend machen würden (Einsprache Ziff. 2). Unter diesen Umständen hatte die Rekurskommission offensichtlich keinen Anlass, an der Schuldübernahme durch die Erwerber oder an der Richtigkeit der Qualifikation als zusätzliches Entgelt zu zweifeln. Willkür oder eine formelle Rechtsverweigerung kann darin nicht erblickt werden.
5. Nach dem Gesagten erweist sich auch ein Augenschein nicht als taugliches Mittel zur Beurteilung der vorliegenden Beschwerde. Der diesbezügliche Verfahrensantrag ist abzulehnen.
6. Die Beschwerde ist unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten (Art. 65) den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Z._, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, dem Kantonalen Steueramt Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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