Faits:
A. X._, ressortissant du Kosovo, né à Z._ (FR), le ***1989, est titulaire d'une autorisation d'établissement, de même que son frère et ses parents qui vivent à A._. Il a été condamné à trois reprises par la Chambre pénale des mineurs du canton de Fribourg, à savoir:
- le 23 octobre 2000, pour vol, à une demi-journée de travail;
- le 15 juin 2005, à une peine de 45 jours de détention avec sursis pendant trois ans, pour agression, vol, vol d'importance mineure, dommages à la propriété, recel, injure, menaces, violation de domicile, contrainte sexuelle, désagrément causé par la confrontation à un acte d'ordre sexuel, contraventions à la loi cantonale sur les établissements publics et à la loi cantonale d'application du code pénal, cette condamnation étant assortie d'un patronage;
- le 30 août 2007, à 10 mois de privation de liberté, dont 6 mois fermes, le solde étant assorti d'un sursis de deux ans, pour lésions corporelles simples, agression, vol, violation de domicile, actes d'ordre sexuel commis en commun sur une personne incapable de discernement ou de résistance et contraventions à la loi fédérale sur les stupéfiants (achat et consommation de stupéfiants). Le patronage, confié à B._, assistant social au Service de l'enfance et de la jeunesse, a été maintenu.
X._ a commencé l'exécution de sa peine le 3 décembre 2007. Par décision du 20 février 2008, le Président de la Chambre pénale des mineurs ne lui a pas accordé la libération conditionnelle, principalement parce qu'il n'avait pas été en mesure de présenter un contrat de travail valable et fiable.
X._ a fini d'accomplir sa peine le 19 avril 2008 et a décidé de réorienter sa formation pour commencer un apprentissage, le 1er août 2008.
B. Sur le plan de la police des étrangers, le Service cantonal de la population et des migrants avait, le 26 août 2005, soit à la suite de la deuxième condamnation, adressé un avertissement à X._, en l'informant que, si son comportement devait faire l'objet d'une nouvelle plainte fondée, sa situation en matière de séjour serait réexaminée. Le 24 octobre 2007, soit après la troisième condamnation pénale, ledit service a invité l'intéressé à se déterminer sur la décision de révocation de l'autorisation d'établissement et de renvoi de Suisse qu'il avait l'intention de prendre.
Par décision du 14 mai 2008, rendue peu après la libération de X._, le Service cantonal de la population et des migrants a prononcé la révocation de l'autorisation d'établissement et a imparti à l'intéressé un délai de 30 jours pour quitter la Suisse.
C. Saisi d'un recours contre cette décision, le Tribunal cantonal du canton de Fribourg l'a rejeté, par arrêt du 23 décembre 2008. Examinant le cas de X._ dans le cadre de l'art. 63 al. 1 let. b de la loi fédérale sur les étrangers, il a retenu en substance que l'intéressé avait démontré que la dangerosité de son comportement présentait un risque concret pour la collectivité. En outre, bien qu'étant né en Suisse, le recourant n'y était pas intégré et, malgré les difficultés que présenteraient son renvoi au Kosovo, les conditions de son intégration à terme dans la société kosovare étaient manifestement remplies.
D. X._ forme auprès du Tribunal fédéral un recours en matière de droit public et conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du 23 décembre 2008 et de la décision du Service cantonal de la population et des migrants du 14 mai 2008, son autorisation d'établissement n'étant pas révoquée. A titre subsidiaire, il demande que le dossier soit renvoyé aux autorités cantonales fribourgeoises pour nouvelles décisions. Le recourant présente aussi une demande d'assistance judiciaire complète pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et conclut au rejet du recours. Il en va de même du Service cantonal de la population et des migrants, qui a renoncé à déposer des observations.
L'Office fédéral des migrations propose le rejet du recours.
E. Par ordonnance du 13 février 2009, la demande d'effet suspensif présentée par le recourant a été admise.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence et la recevabilité des recours qui lui sont soumis (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 p. 24; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 3).
Titulaire d'une autorisation d'établissement qui, sans la révocation, déploierait toujours ses effets, le recourant a un droit à cette autorisation, de sorte que son recours échappe au motif d'irrecevabilité prévu à l'art. 83 let. c ch. 2 LTF. Dirigé contre une décision finale prise en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur, ce recours est donc en principe recevable au regard des <ref-law>.
1.2 En raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (<ref-ruling>, consid. 1 p. 441 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 2a p. 302/303), la conclusion qui tend à l'annulation de la décision du Service de la population du 14 mai 2008 est toutefois irrecevable.
1.3 Aucun fait nouveau ni aucune preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Le rapport du Service de l'enfance et de la jeunesse du 30 janvier 2009, ainsi que d'autres pièces nouvelles produites avec le recours, ne sont donc pas recevables.
1.4 Selon l'art. 126 al. 1 de la loi fédérale sur les étrangers du 16 décembre 2005 (LEtr; RS 142.20), les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de cette loi, le 1er janvier 2008, sont régies par l'ancien droit.
En l'espèce, le litige porte sur la révocation de l'autorisation d'établissement et le renvoi de Suisse du recourant, procédure ouverte par le Service cantonal de la population et des migrants, le 24 octobre 2007, alors que X._ n'avait pas encore commencé l'exécution de sa peine. Contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal administratif, il n'y a pas lieu de se fonder sur la date de la décision de l'autorité inférieure pour déterminer le droit applicable, mais sur celle de l'ouverture de la procédure qui est intervenue avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la LEtr. Dans son arrêt 2C_745/2008 du 24 février 2009 consid. 1.2.3, le Tribunal fédéral a en effet confirmé que l'ancien droit était applicable à toutes les procédures initiées en première instance avant l'entrée en vigueur de la LEtr, indépendamment du fait qu'elles aient été ouvertes d'office ou sur demande de l'étranger. Le cas demeure donc régi par l'ancien droit, à savoir la loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; RS 1 113).
2. Le recourant reproche à l'instance cantonale d'avoir constaté les faits de manière manifestement inexacte et incomplète, au sens de l'<ref-law>, en tenant pour établis des faits non avérés et en rendant son jugement sans prendre en considération l'évolution de sa situation personnelle. Il fait en particulier valoir que son apprentissage l'occupe pleinement et qu'il ne se trouve plus dans l'état de désoeuvrement qui était le sien pendant ses études à l'Ecole secondaire de Y._, puis à l'Ecole de commerce. S'il vit certes toujours à A._ avec ses parents et son frère, il a cessé de consommer des stupéfiants et ne fréquente plus le milieu qui l'avait entraîné à commettre des infractions.
2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). La notion de "manifestement inexacte" de l'<ref-law> correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398). D'une manière générale, la correction du vice doit être susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 i.f. LTF). Ainsi, en matière de police des étrangers, le recourant doit rendre vraisemblable que l'issue de la procédure aurait été différente, si les faits avaient été établis correctement (Zünd/Arquint, Beendigung der Anwesenheit, Entfernung und Fernhaltung, in Ausländerrecht, 2ème éd., Bâle 2009, n. 8.105 p. 367). Si les faits constatés ne permettent toutefois pas de vérifier l'application correcte du droit fédéral, l'affaire doit être renvoyée à l'autorité précédente ou à l'autorité qui a statué en première instance, conformément à l'<ref-law>.
Il y a lieu d'examiner, en l'espèce, si les constatations de fait du Tribunal cantonal sont suffisantes pour confirmer la révocation de l'autorisation d'établissement et prononcer le renvoi de Suisse du recourant, au regard des dispositions légales applicables et de la jurisprudence.
2.2 Les premiers juges ont appliqué le nouveau droit, soit l'art. 63 al. 2 LEtr prévoyant, par renvoi aux autres dispositions, que l'autorisation d'établissement ne peut être révoquée que si l'étranger attente de manière très grave à la sécurité et à l'ordre publics en Suisse ou à l'étranger, les met en danger ou représente une menace pour la sécurité intérieure ou extérieure de la Suisse (art. 63 al. 1 let. b LEtr) , ou encore si l'étranger a été condamné à une peine privative de liberté de longue durée ou a fait l'objet d'une mesure pénale prévue aux art. 64 ou 61 CP (art. 62 let. b LEtr). Ils ont estimé que la condamnation à une peine de 10 mois de privation de liberté, dont 6 mois fermes sur un maximum possible d'un an prévu pour les mineurs (<ref-law> et 25 al. 1 de la loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs du 20 juin 2003: DPMin; RS 311.1), devait être considérée comme une sanction très lourde qui dénotait une dangerosité particulière. Ils ont cependant jugé l'art. 63 al. 1 let. a LEtr inapplicable en tant qu'il se rapportait à l'art. 62 al. 1 let. b LEtr, dès lors qu'une privation de liberté de moins d'un an ne pouvait être considérée comme une peine de longue durée. Le Tribunal cantonal a donc apprécié le comportement du recourant uniquement sous l'angle de l'art. 63 al. 1 let. b LEtr. Contrairement à l'expulsion des personnes établies selon l'art. 10 LSEE, applicable au cas du recourant (supra consid. 1.4), la révocation de l'autorisation d'établissement ne comprend ni le renvoi (art. 66 LEtr), ni l'interdiction d'entrée (art. 67 LEtr), ni l'expulsion (art. 68 LEtr) qui doivent être prononcés en plus. On peut cependant déduire de l'arrêt attaqué qu'en rejetant le recours, les premiers juges ont, outre la révocation de l'autorisation d'établissement, confirmé le renvoi prononcé par l'autorité administrative qui impartissait au recourant un délai de trente jours dès la notification de la décision du 14 mai 2008 pour quitter la Suisse; ils ont d'ailleurs expressément admis que les conditions d'un renvoi du recourant au Kosovo étaient remplies. Dès lors, si le Tribunal fédéral devait admettre que les conditions pour prononcer l'expulsion au sens de l'art. 10 LSEE sont remplies, cela permettrait de confirmer l'arrêt attaqué puisque les effets de la révocation de l'autorisation d'établissement vont moins loin que ceux de l'expulsion.
2.3 L'art. 10 al. 1 let. a LSEE prévoit qu'un étranger peut être expulsé de Suisse ou d'un canton s'il a été condamné par une autorité judiciaire pour crime ou délit. L'expulsion ne sera cependant prononcée que si elle paraît appropriée à l'ensemble des circonstances (art. 11 al. 3 LSEE) et qu'elle respecte le principe de la proportionnalité; pour apprécier ce qui est équitable, l'autorité tiendra notamment compte de la gravité de la faute commise par l'étranger, de la durée de son séjour en Suisse et du préjudice qu'il aurait à subir avec sa famille du fait de l'expulsion; si une expulsion paraît fondée en droit selon l'art. 10 al. 1 let. a LSEE, mais qu'en raison des circonstances elle ne soit pas opportune, l'étranger sera menacé d'expulsion (art. 16 al. 3 du règlement d'exécution du 1er mars 1949 de la LSEE [RSEE; RS 142.201]).
L'expulsion suppose une pesée des intérêts en présence, ainsi que l'examen de la proportionnalité de la mesure (<ref-ruling> consid. 3.3.4 p. 182). Lorsque le motif d'expulsion consiste dans la commission d'un délit ou d'un crime, la peine infligée par le juge pénal est le premier critère servant à évaluer la gravité de la faute et à peser les intérêts. Le risque de récidive est un facteur important permettant d'apprécier le danger que présente un étranger pour l'ordre public (<ref-ruling> consid. 4c p. 14/15). La durée de présence en Suisse d'un étranger constitue un autre critère très important. Plus cette durée est longue, plus les conditions pour prononcer l'expulsion administrative doivent être appréciées restrictivement (<ref-ruling> consid. 2b p. 523). En ce sens, l'expulsion d'un étranger né et élevé en Suisse (soit d'un étranger dit de la deuxième génération) n'est pas a priori exclue, mais n'entre en ligne de compte que si l'intéressé a commis des infractions très graves, en particulier en cas de violence, de délits sexuels et de graves infractions à la loi fédérale sur les stupéfiants, ou en cas de récidive (arrêts précités; voir aussi arrêt 2C_625/2007 du 2 avril 2008, consid. 7.1). On tiendra alors particulièrement compte de l'intensité des liens de l'étranger avec la Suisse et des difficultés de réintégration dans son pays d'origine (<ref-ruling> consid. 2c p. 436). Les garanties découlant de la CEDH entrent également en considération.
2.4 La présente cause a ceci de particulier que le recourant est né en Suisse et qu'il a commis les infractions très graves à l'origine de la décision attaquée alors qu'il était encore mineur. Dans un tel cas, le risque de récidive joue un rôle plus important que pour apprécier les actes commis à l'âge adulte, même s'il doit aussi être évalué de manière rigoureuse lorsque les faits reprochés sont graves (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 24). Il y a lieu cependant de tenir compte de ces particularités dans la pesée des intérêts en présence. Ainsi que la Cour européenne des droits de l'homme, l'a relevé dans son arrêt Emre c. Suisse du 22 août 2008 no 42034/04, § 74, « l'expérience montre que la délinquance juvénile tend à disparaître chez la plupart des individus avec le passage à l'âge adulte ». Par ailleurs, dans son arrêt Maslov c. Autriche du 23 juin 2008, no 1638/03 § 75) la Cour a considéré que, s'agissant d'un immigré de longue durée qui avait passé légalement la majeure partie, sinon l'intégralité, de son enfance dans le pays d'accueil, il y avait lieu d'avancer de solides raisons pour justifier l'expulsion, surtout lorsque la personne concernée avait commis les infractions à l'origine de la mesure d'expulsion pendant son adolescence. Elle a ainsi précisé les critères à prendre en considération lorsque les requérants étaient nés dans le pays hôte ou y étaient arrivés à un jeune âge, à savoir:
- la nature et la gravité de l'infraction commise par le requérant;
- la durée du séjour de l'intéressé dans le pays dont il doit être expulsé;
- le laps de temps qui s'est écoulé depuis l'infraction et la conduite du requérant pendant cette période;
- la solidité des liens sociaux, culturels et familiaux avec le pays hôte et avec le pays de destination (arrêt Maslov précité § 71). Enfin, la Cour a estimé que l'obligation de tenir compte de l'intérêt supérieur de l'enfant, consacrée à l'art. 3 de la Convention des Nations unies relative aux droits de l'enfant du 20 novembre 1989 (entrée en vigueur pour la Suisse le 26 mars 1997; RS 0.107) s'applique également lorsque l'expulsion est motivée par les infractions que l'intéressé a commises alors qu'il était encore mineur (arrêt Maslov précité § 82 i.f. et 83).
2.5 Dans le cas particulier, les juges cantonaux ont retenu à juste titre que le recourant avait été condamné pour des actes d'ordre sexuel très graves sur une personne incapable de discernement ou de résistance. A cela s'ajoutait une série de petits délits qui dénotaient une absence totale d'intégration dans la société. En revanche, lors de l'examen de la mesure d'expulsion sous l'angle du principe de la proportionnalité, le Tribunal cantonal s'est fondé uniquement sur la décision du Président de la Chambre des mineurs du 20 février 2008 et en a déduit que, même si le refus de libération conditionnelle s'appuyait sur le manque de sérieux du contrat de travail proposé par l'intéressé, il ressortait du dossier que le pronostic relatif au comportement futur du recourant n'était pas favorable. Il a considéré également que, malgré son apprentissage commencé au mois d'août 2008, l'encadrement dont bénéficiait le recourant avant son incarcération n'avait pas fondamentalement changé et l'accompagnement par le Service de l'enfance et de la jeunesse n'était pas suffisant pour pallier au manque de soutien familial. Les premiers juges ont enfin estimé qu'en continuant à habiter A._, le recourant ne parviendrait pas à éviter les personnes qu'il fréquentait avant son incarcération.
2.6 Au vu des actes très graves pour lesquels le recourant a été condamné à une peine de 10 mois de privation de liberté, dont 6 mois fermes au mois d'août 2007, son expulsion n'apparaissait pas d'emblée inadmissible, bien qu'il s'agisse d'un étranger de la seconde génération. Il appartenait cependant au Tribunal cantonal, lors de l'évaluation du risque de récidive en relation avec la menace pour l'ordre public, d'examiner concrètement la situation personnelle de l'intéressé depuis l'accomplissement de sa peine, le 19 avril 2008, jusqu'au jugement attaqué, rendu le 23 décembre 2008. Il faut en effet rappeler que cette menace doit être actuelle, tout particulièrement lorsqu'il s'agit de délinquants mineurs. Or, le Tribunal cantonal n'a fait que des suppositions sur les possibilités de réinsertion du recourant dans la société, sans entendre l'intéressé ou les personnes en contact avec lui, notamment l'assistant social chargé de son accompagnement, alors que le rapport du Service de l'enfance et de la jeunesse dont il disposait datait du 28 janvier 2008, soit d'une période où le recourant était encore en détention. Dans ce rapport, B._, qui assume le patronage jusqu'à la fin du délai d'épreuve de deux ans (<ref-law>), déclarait déjà que le recourant « paraît avoir entamé un début de cheminement par rapport aux actes posés. Le regard porté sur ses actes paraît plus responsabilisé et plus mature ». Non seulement la juridiction cantonale n'a pas fait mention de ce rapport, mais elle n'a pas non plus vérifié si l'évolution du comportement du recourant s'était poursuivie durant la deuxième partie de sa détention effectuée au Centre communal pour adolescents de Valmont, à Lausanne, puis surtout plus tard en cours d'apprentissage. Elle ne pouvait en effet se fonder uniquement sur la décision du Président de la Chambre pénale des mineurs du 20 février 2008, qui n'accordait pas la libération conditionnelle essentiellement parce que l'intéressé ne disposait pas d'un contrat de travail. Les premiers juges n'ont ainsi procédé à aucune mesure d'instruction et se sont uniquement demandés si l'autorité inférieure avait violé son pouvoir d'appréciation au moment où elle avait rendu sa décision, en mai 2008. S'agissant d'un mineur qui sortait le soir en bande et avait commis ses délits sous l'emprise de l'alcool et de stupéfiants, il était nécessaire d'examiner l'évolution du recourant depuis sa libération. Les faits les plus graves ayant abouti à la condamnation du 30 août 2007 remontent en effet à l'été 2006, alors que le recourant était âgé de 17 ans. Comme on l'a vu (supra consid. 2.4), le renvoi d'un étranger dit de la deuxième génération et qui, de surcroît, a commis les infractions à l'origine de son renvoi alors qu'il était mineur, ne doit intervenir que si la présence en Suisse du jeune adulte représente une menace actuelle pour l'ordre public. Sous l'angle de la proportionnalité, il appartient aussi aux juges cantonaux de tenir compte du fait que la localité dont le recourant est originaire (Letovica) ne fait actuellement pas partie du Kosovo, mais est officiellement classée parmi les villages de Serbie et qu'il ne connaît que l'albanais oral.
En résumé, le Tribunal cantonal n'a pas examiné la situation concrète et actuelle du recourant au moment où il a statué, en particulier s'agissant du risque de récidive et de la proportionnalité de la mesure. Il n'a fait que des hypothèses non vérifiées sur le maintien des fréquentations du recourant à A._, sans tenir compte du fait que le recourant avait lui-même déclaré à plusieurs reprises avoir cessé de consommer des stupéfiants et modifié son comportement.
2.7 Au vu de ce qui précède, les faits établis par la juridiction cantonale ne permettent pas de retenir que le recourant constitue une menace réelle et actuelle suffisamment grave pour l'ordre public, qui l'emporterait sur l'intérêt privé de l'intéressé à pouvoir demeurer en Suisse. L'arrêt attaqué ne comporte donc pas les éléments suffisants pour en conclure que les conditions permettant de prononcer, sous l'ancien droit, une expulsion, sont réalisées. Partant, il y a lieu d'admettre le recours dans la mesure de sa recevabilité. L'arrêt attaqué doit dès lors être annulé et l'affaire renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle instruction et nouveau jugement dans le sens des considérants (<ref-law>).
3. Compte tenu de l'issue du recours, le présent arrêt doit être rendu sans frais (<ref-law>). Il appartiendra en revanche au canton de Fribourg de verser au mandataire du recourant une indemnité à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
Dans ces conditions, la demande d'assistance judiciaire présentée par le recourant devient sans objet.

Le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé, l'affaire étant renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle instruction et nouveau jugement dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Fribourg versera au mandataire du recourant une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la population et des migrants et à la Ie Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 10 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat