Erwägungen:
1. Mit Entscheid vom 7. Oktober 2009 hat die 1. Kammer der 1. Abteilung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich eine von der X._ AG in Liquidation und der Y._ AG in Liquidation erhobene Beschwerde abgewiesen, soweit sie darauf eingetreten ist.
2. Hiergegen führen die X._ AG in Liquidation und die Y._ AG in Liquidation der Sache nach Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) ans Bundesgericht.
Das Bundesgericht hat davon abgesehen, Vernehmlassungen einzuholen.
3. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offenstehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. in diesem Zusammenhang auch <ref-ruling> E. 2 S. 315 sowie 134 II 349 E. 3 S. 351 f.; <ref-ruling> insb. E. 1.4 S. 254). Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Die Beschwerdeführerinnen machen auf ganz allgemeine Weise zahlreiche Rechtsverletzungen geltend, die sie über den angefochtenen Entscheid hinaus einer Vielzahl von Behördemitgliedern namentlich der Kantone Zürich und Schwyz zur Last legen. Sie führen jedoch nicht im Einzelnen aus, inwiefern die dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegende Begründung bzw. dieser im Ergebnis im Sinn der oben erwähnten Bestimmungen rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Schon mangels einer hinreichenden Begründung ist daher auf die Beschwerde nicht weiter einzutreten. Mit dem vorliegenden Urteil wird das Gesuch, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung beizulegen, gegenstandslos.
Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
Ergibt sich das Nichteintreten bereits aus dem genannten Grunde, sind die von den Beschwerdeführerinnen nebst dem (sinngemässen) Hauptbegehren um Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids vom 7. Oktober 2009 gestellten Zusatzbegehren nicht weiter zu erörtern.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (<ref-law>). Der privaten Beschwerdegegnerin ist durch das vorliegende Verfahren kein Aufwand entstanden, weshalb ihr keine Parteientschädigung zusteht.

Demnach wird erkannt:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Bausektion der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Bopp