Sachverhalt:
A. Die 1956 geborene B._ war als Cheflaborantin des Spitals X._ bei den Winterthur Versicherungen (heute: AXA Versicherungen AG; nachfolgend: AXA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 5. Januar 2006 einen Autoauffahrunfall erlitt. Die AXA erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese aber mit Verfügung vom 22. April 2009 und Einspracheentscheid vom 29. Januar 2010 per 30. April 2009 wegen Fehlens eines natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen den über dieses Datum hinaus anhaltend geklagten Beschwerden und dem Unfallereignis ein.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 28. Juli 2010 ab.
C. Mit Beschwerde lässt B._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und über den 30. April 2009 hinaus die Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen beantragen. Ferner wird Kostenersatz für einen Bericht von Dr. med. S._ vom 12. Mai 2009 in der Höhe von Fr. 420.- beantragt.
Die AXA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.).
3. Streitig ist zunächst, ob ein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 5. Januar 2006 und den geklagten Beschwerden besteht. Dabei ist insbesondere zu prüfen, ob aufgrund der medizinischen Unterlagen organisch objektivierbare Unfallfolgen ausgewiesen sind.
3.1 Im interdisziplinären Gutachten des Rehabilitationszentrums Y._ vom 25. April 2008 wurden im Wesentlichen eine leichtgradige HWS-Distorsion, eine leichtgradige LWS-Distorsion und degenerative Veränderungen an HWS und LWS (Chondrosen und Spondylosen HWK3/4 bis HWK7/Th1, betont auf Höhe HWK6/7, enger zervikaler Spinalkanal im Bereich der unteren HWS) diagnostiziert. Die erhobenen Befunde (Zervikalsyndrom, chronische Kopfschmerzen, neurasthenisches Syndrom, vegetatives Syndrom) stünden nach Auffassung der Gutachter überwiegend wahrscheinlich in natürlichem Kausalzusammenhang zum Unfall vom 5. Januar 2006. Zusätzlich seien deutliche degenerative Veränderungen der HWS sowie die Skoliose und degenerative Veränderungen der LWS als relevanter krankhafter Vorzustand zu berücksichtigen. Beschwerden organischer Genese könnten nach der leichtgradigen HWS-Distorsion bekanntermassen nicht bewiesen oder ausgeschlossen werden. Die Arbeitsunfähigkeit als Cheflaborantin betrage 50 %. Die unfallunabhängigen Faktoren würden sich auf die Arbeitsunfähigkeit mit 40 % und der Unfall selber mit 60 % auswirken.
3.2 Gestützt auf das Gutachten des Rehabilitationszentrums Y._ und der übrigen medizinischen Unterlagen ist das Vorliegen organisch objektivierbarer Unfallfolgen zu verneinen (vgl. SVR 2008 UV Nr. 2 S. 3, U 328/06 E. 5). Die Gutachter wiesen zudem auf den in der Regel fehlenden Nachweis organischer Unfallfolgen nach einer HWS-Distorsion hin, was auch vorliegend der Fall sei.
Entgegen dem Einwand der Beschwerdeführerin stellen die geklagten Kopfschmerzen keinen organisch nachweisbaren Unfallschaden dar, selbst wenn sie nach der Internationalen Klassifikation von Kopfschmerzerkrankungen (ICHD II) der International Headache Society klassifiziert werden können (vgl. SVR 2008 UV Nr. 2 S. 3, U 328/06 E. 7). Eine solche Klassifikation durch die Ärzte fand vorliegend im Übrigen nicht statt.
3.3 Wie es sich beim Fehlen organisch objektivierbarer unfallkausaler Befunde mit dem natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 5. Januar 2006 und den geklagten Beschwerden verhält, braucht nicht abschliessend beurteilt zu werden, da es vorliegend an der für die Leistungspflicht im Weiteren vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhanges fehlt (<ref-ruling> E. 5.1 S. 472).
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Adäquanzprüfung sei verfrüht erfolgt, sei doch von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung der Unfallfolgen zu erwarten.
4.2 Die Frage, ob von einer weiteren Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden kann, beurteilt sich namentlich nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit unfallbedingt beeinträchtigt. Dabei verdeutlicht die Verwendung des Begriffes "namhaft" durch den Gesetzgeber, dass die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (<ref-ruling> E. 4.3 S. 115 mit Hinweisen).
4.3 Die Ärzte des Rehabilitationszentrums Y._ führten in ihrem Gutachten vom 25. April 2008 aus, von einer Fortführung der Therapie sei noch eine Besserung der Beschwerden zu erwarten. Es sei jedoch aktuell nicht möglich, zuverlässig zu prognostizieren, in welcher Weise sich dies auf die Arbeitsfähigkeit auswirken werde. Nach spätestens zwölf Monaten sollte eine relevante Beschwerdebesserung objektivierbar sein. In der Folge berichtete der Fachpsychologe lic. phil. G._ am 15. November 2008 allerdings, er habe die Therapie abgeschlossen, da die psychotherapeutischen Mittel nicht zur weiteren Verbesserung geführt hätten. Er gehe weiterhin von einer Arbeitsunfähigkeit von 50 % aus. Eventuelle Verbesserungen dürften längere Zeit brauchen. Die behandelnde Ärztin Dr. med. S._ gab am 26. November 2008 auf Nachfrage der Beschwerdegegnerin an, die Therapien hätten, mit Ausnahme der leichtgradig gebesserten Schlafstörungen, keine Verbesserungen gebracht. Eine Steigerung der Arbeitsfähigkeit sei momentan weiterhin nicht möglich. In der abschliessenden Beurteilung vom 2. April 2009 hielt Dr. med. J._ fest, es sei mit einer weiteren Zunahme der degenerativen Veränderungen im Bereich der HWS und mit einem neurochirurgischen Eingriff in Zukunft zu rechnen. Gestützt auf diese medizinischen Beurteilungen kann zusammenfassend eine weitere namhafte Besserung der Beschwerden überwiegend wahrscheinlich ausgeschlossen werden.
Die behandelnde Ärztin Dr. med. S._ gab am 12. Mai 2009, nach Erlass der Verfügung, mit der die Leistungen eingestellt worden waren, auf Nachfrage des Rechtsvertreters der Beschwerdeführerin zwar noch an, durch eine erneute Intensivierung der Behandlung könne durchaus eine Besserung des Gesundheitszustandes erreicht werden. In Würdigung der übrigen medizinischen Beurteilungen, insbesondere nach Ablauf der von den Gutachtern des Rehabilitationszentrums Y._ angegebenen Frist von zwölf Monaten für eine relevante Besserung, durfte das kantonale Gericht allerdings zu Recht davon ausgehen, dass von einer weiteren Behandlung keine namhafte Besserung von unfallbedingten Beschwerden mit Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit mehr zu erwarten war.
5. 5.1 Bei der Beurteilung der Adäquanz ist vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend.
5.2 Die Vorinstanz beurteilte den Auffahrunfall vom 5. Januar 2006 unbestrittenermassen und zu Recht als mittelschweres Ereignis im Bereich zu den leichten Unfällen. Für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs müssten folglich von den Adäquanzkriterien entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein.
5.2 Die Vorinstanz beurteilte den Auffahrunfall vom 5. Januar 2006 unbestrittenermassen und zu Recht als mittelschweres Ereignis im Bereich zu den leichten Unfällen. Für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs müssten folglich von den Adäquanzkriterien entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein.
5.3 5.3.1 Das kantonale Gericht bejahte eine besondere Art der Verletzung wegen der vorgeschädigten Wirbelsäule, allerdings nicht in ausgeprägter oder auffallender Weise. Die Beschwerdeführerin sieht dieses Kriterium hingegen als besonders ausgeprägt erfüllt.
Eine degenerative Vorschädigung für sich führt nicht bereits zur Bejahung dieses Kriteriums (vgl. Urteil 8C_321/2010 vom 29. Juni 2010 E. 5.2.1). Hingegen ist einer erheblichen Vorschädigung der HWS durch einen früheren Unfall beim Kriterium der besonderen Art der Verletzung grundsätzlich Rechnung zu tragen (vgl. SVR 2007 UV Nr. 1, U 39/04). Im Jahr 1997 und im März 2005 war die Versicherte bereits von Unfällen mit Beteiligung der HWS betroffen. Die Beschwerden nach dem Unfall im Jahr 1997 sind nach relativ kurzer Zeit vollständig abgeklungen. Hinsichtlich der Beschwerden nach dem Unfall von März 2005 finden sich widersprüchliche Aussagen in den medizinischen Akten. Im Dokumentationsbogen für Erstkonsultation nach kranio-zervikalem Beschleunigungstrauma vom 2. Februar 2006 wurden vorbestehende Nackenbeschwerden erwähnt. Gegenüber den Gutachtern des Rehabilitationszentrums Y._ gab die Versicherte hingegen an, es habe nach dem Unfall vom März 2005 keine Arbeitsunfähigkeit bestanden und bis Januar 2006 habe sie eigentlich keine Beschwerden mehr gehabt. Selbst wenn zugunsten der Versicherten noch von vorbestehenden Beschwerden zum Zeitpunkt des Unfallereignisses vom 5. Januar 2006 ausgegangen würde, wäre aufgrund der 100%igen Arbeitsfähigkeit der Versicherten fraglich, ob die Wirbelsäule durch das Unfallereignis vom März 2005 so erheblich vorgeschädigt war, dass die am 5. Januar 2006 erlittene Distorsion als Verletzung besonderer Art qualifiziert werden kann (vgl. die Urteile 8C_542/2008 vom 20. November 2008 E. 5.3, 8C_355/2008 vom 9. September 2008 E. 5.2.2 und 8C_759/2007 vom 14. August 2008 E. 5.3). Diese Frage kann allerdings offengelassen werden. In ausgeprägter Weise ist dieses Kriterium zumindest nicht erfüllt.
5.3.2 Zu Recht verneinte das kantonale Gericht das Adäquanzkriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung, da diese lediglich in Physio- und weiteren ambulanten - teils alternativ medizinischen - Therapien bestand. Diese stellen keine spezifischen und die Versicherte speziell belastenden ärztliche Behandlungen im Sinne dieses Kriteriums dar (vgl. Urteil 8C_724/2008 vom 18. Dezember 2008 E. 4.4.2 mit Hinweis).
5.3.3 Die Vorinstanz verneinte das Vorliegen erheblicher Beschwerden, insbesondere da diese auch auf die wegen der degenerativen Befunde und der Unfälle von 1997 und 2005 vorgeschädigte Wirbelsäule zurückzuführen seien. Nicht auf den Unfall vom 5. Januar 2006 zurückzuführende Beschwerden sind zwar nicht zu berücksichtigen. Eine Differenzierung zwischen unfallfremden und unfallbedingten Beschwerden nahmen die Ärzte allerdings nicht vor. Ob dieses Kriterium tatsächlich verneint werden kann, braucht jedoch nicht abschliessend beurteilt zu werden, da auch eine Bejahung nichts am Ergebnis der Adäquanzprüfung ändern würde.
5.3.4 Gemäss der bundesgerichtlichen Praxis darf aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden nicht schon auf einen schwierigen Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hierzu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81, U 479/05 E. 8.5). Auch die Einnahme vieler Medikamente und die Durchführung verschiedener Therapien genügen nicht zur Bejahung dieses Kriterium. Gleiches gilt für den Umstand, dass trotz regelmässiger Therapien weder eine Beschwerdefreiheit noch eine vollständige Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit erreicht werden konnte (SVR 2009 UV Nr. 13 S. 52, 8C_590/2007 E. 7.6). Besondere Gründe, welche zur Bejahung dieses Kriteriums führen könnten, sind vorliegend nicht gegeben. Soweit unfallfremde degenerative Befunde den Heilungsverlauf beeinflussten, ist dies unbeachtlich.
5.3.5 Die Vorinstanz betrachtete das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dieses sei besonders ausgeprägt zu bejahen.
Der Beschwerdeführerin wurde seit dem Unfalltag eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % attestiert. Ab August 2006 versuchte sie ihr Arbeitspensum vorübergehend auf 70 % zu erhöhen, was ihr nicht gelang. Nach dem Verlust der Arbeitsstelle Ende Oktober 2006 erarbeitete sie mit ihrem von der Beschwerdegegnerin zugeteilten Case-Manager zwar verschiedene Ideen in Bezug auf eine berufliche Neuorientierung. Sie war jedoch nicht bereit, diese umzusetzen. Dem Case-Manager wurde deshalb der Fall wieder entzogen. Damit ist fraglich, ob dieses Kriterium überhaupt erfüllt ist. Besonders ausgeprägt liegt es jedenfalls nicht vor.
5.4 Keines der relevanten Kriterien ist somit in ausgeprägtem Masse erfüllt. Selbst wenn man das Vorliegen der Kriterien der besonderen Art der Verletzung, der erheblicher Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen bejahen würde, wären die Kriterien nicht in auffallender und gehäufter Weise gegeben. Die Adäquanz des Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 5. Januar 2006 und den über den 30. April 2009 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden ist zu verneinen. Die Einstellung der Leistungen war somit rechtens. Die Beschwerde ist demzufolge abzuweisen.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>). Die Kosten für die von der Beschwerdeführerin selber veranlassten medizinischen Abklärung sind unter den gegebenen Umständen nicht zu entschädigen (vgl. RKUV 2004 UV Nr. U 503 S. 186, U 282/00 E. 5.1).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Februar 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner