Faits:
A. Par jugement du 21 octobre 2008, le Tribunal de police genevois a reconnu A.X._ coupable de lésions corporelles simples, de violation du devoir d'assistance ou d'éducation, de menaces ainsi que d'injures et l'a condamné à une peine privative de liberté de 18 mois, sous déduction de 2 mois et 14 jours de détention avant jugement, assortie du sursis avec un délai d'épreuve de 5 ans. Il a en outre ordonné certaines règles de conduite et condamné A.X._ à verser, à titre d'indemnité pour tort moral, 2'000 fr. à B.X._ et 1'000 fr. à C.X._, ces deux sommes portant intérêt moratoire dès le 1er janvier 2006.
B. Les faits à l'origine de cette condamnation sont en substance les suivants.
En janvier 2005, C.X._ s'est plainte auprès de l'infirmière scolaire d'être régulièrement confrontée à des violences conjugales que son père, A.X._, infligeait à sa mère, B.X._. Cette situation a été signalée au Service de protection des mineurs (SPMi), qui en a informé le Procureur général en avril 2005. La famille X._ a depuis cette date fait l'objet d'un suivi régulier dont F._, éducatrice spécialisée, était chargée. En octobre 2005, la garde de C.X._ a été retirée à ses parents et l'enfant a été placée en institution.
Dans ce contexte, plusieurs plaintes pénales ont été déposées contre A.X._ par B.X._, F._ et D._, intervenante auprès de l'institution au sein de laquelle avaient lieu, dès décembre 2006, les rencontres entre C.X._ et son père.
B.a B.X._ a dénoncé plusieurs épisodes de violence dont elle avait fait l'objet de la part de son mari ainsi que de nombreuses menaces et injures proférées par celui-ci à la suite de leur séparation, intervenue en novembre 2005.
Lors de sa première audition par la police, le 28 avril 2005, B.X._ a qualifié sa situation conjugale de tendue, minimisant les violences dont elle faisait l'objet. Elle a par la suite expliqué cette attitude par la crainte que lui inspirait son mari et par son souci de sauver son couple.
B.b C.X._ a affirmé que ses parents se disputaient fréquemment et que, sous l'emprise de la colère, son père frappait sa mère, la menaçait, par exemple avec une barre en fer, et jetait des objets à travers l'appartement. Au dire de l'experte chargée de les examiner, ces déclarations sont crédibles. Celle-ci a en outre précisé que la fillette, à propos de laquelle son père tenait parfois des propos très dévalorisants et qui avait été exposée dès son plus jeune âge à des scènes de violence, avait développé un trouble de la personnalité. Par ailleurs, selon un rapport, c'est par crainte de représailles contre sa mère et elle-même qu'elle acceptait de rencontrer son père, dont elle avait peur. Cette angoisse de représailles physiques et psychiques est confirmée par les art-thérapeutes qui ont suivi la jeune fille de 2005 à 2008. Enfin, un certificat médical de janvier 2009 atteste que cette dernière souffre de problèmes psychologiques à l'origine de nombreuses absences scolaires et qui ont nécessité la mise en place d'un suivi psychologique et d'un appui scolaire.
B.c F._ a déposé plainte pénale contre A.X._ en exposant qu'elle avait à deux reprises fait l'objet de menaces de la part de celui-ci, menaces qui l'ont effrayée et fortement affectée.
B.d D._, intervenante-psychologue, a également déposé plainte pénale contre A.X._ pour menaces.
B.e A.X._ a contesté les faits qui lui étaient reprochés en expliquant qu'il était victime d'un coup monté car son épouse, sous l'emprise du SPMi., avait manipulé leur fille dans le but de pouvoir divorcer plus facilement.
A.X._ a toutefois admis avoir, le 20 octobre 2005, asséné un petit coup de poing sur l'épaule de sa femme car il avait été provoqué. Il a également reconnu avoir "bousculé" son épouse à l'épaule droite en 2004 à la suite de la découverte à son domicile de la photographie d'un homme inconnu.
Après avoir dans un premier temps nié s'être rendu, le 9 janvier 2007, dans le restaurant où B.X._ lui reprochait de l'avoir importunée et après avoir traité les témoins de menteurs, il a reconnu s'y être trouvé, affirmant que son attitude à l'égard de son épouse à cette occasion avait été colérique mais pas agressive.
C. Par arrêt du 22 juin 2009, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a notamment annulé le jugement du Tribunal de police en tant qu'il condamnait A.X._ à une peine privative de liberté de 18 mois, peine qu'il a remplacée par une peine privative de liberté de 16 mois et une peine pécuniaire de 60 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 30 fr. et les deux peines étant assorties du sursis avec un délai d'épreuve de 5 ans. Elle a en outre porté à 3'000 fr. avec intérêts moratoires dès le 1er mai 2005 la réparation du tort moral due à C.X._. La cour cantonale a, enfin, statué sur les émoluments de mise au rôle, les indemnités de procédure et les frais de la procédure d'appel.
D. A.X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Invoquant l'interdiction de l'arbitraire, une violation de son droit d'être entendu ainsi que du principe "in dubio pro reo" et soutenant que la peine qui lui a été infligée est excessive, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à son acquittement de tout chef d'inculpation, de toute mesure et de tous dépens, ceux-ci étant mis à la charge de l'Etat de Genève et des parties adverses. Il sollicite en outre l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recourant remet en question sa condamnation pour lésions corporelles, violation du devoir d'assistance ou d'éducation, menaces et injures. Il estime notamment que les faits à l'origine de ces condamnations ont été établis de manière arbitraire. Son argumentation est essentiellement dirigée contre les constatations de fait retenues par l'autorité cantonale.
1.1 Le recourant conteste tout d'abord avoir frappé son épouse, admettant uniquement l'avoir bousculée, une seule fois et sous l'emprise d'une jalousie compréhensible. Il se contente toutefois d'exposer sa propre version des faits et de remettre en question les certificats médicaux constatant la présence de lésions sur le corps de la victime, sans toutefois expliquer pourquoi ceux-ci ne seraient pas probants. Il allègue par ailleurs qu'il était arbitraire de préférer à sa propre version des faits celle présentée par son épouse.
Une décision est arbitraire et donc contraire à l'art. 9 Cst. lorsqu'elle viole clairement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou contredit de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si sa décision apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision soient insoutenables, il faut encore que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités).
A cet égard, il ne suffit pas non plus qu'une solution différente de celle retenue par l'autorité cantonale apparaisse également concevable ou même préférable (<ref-ruling> consid. 5 p. 280; <ref-ruling> consid. 2b p. 56, 60 consid. 5a p. 70; <ref-ruling> consid. 2a p. 88 et les arrêts cités).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, une décision est entachée d'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur le sens et la portée d'un tel élément, ou encore lorsqu'elle tire des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 4a).
Par ailleurs, l'arbitraire allégué doit, sous peine d'irrecevabilité, être démontré conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (voir <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
L'argumentation présentée par le recourant à l'appui de ce grief se limite à une simple contestation des faits, fondée sur une critique de nature appellatoire. Le recourant ne montre pas que les juges cantonaux auraient interprété de manière absolument insoutenable les moyens de preuve sur lesquels ils se sont basés pour conclure à la commission de l'infraction litigieuse et ne produit aucune pièce propre à accréditer sa thèse. On peut donc douter que son mémoire réponde aux exigences de motivation de l'<ref-law>.
Par ailleurs, selon l'arrêt attaqué, les déclarations de la victime sont corroborées par celles de sa fille, qui ont été jugées crédibles par les experts. En outre, la présence de traces de coups sur son corps a été attestée médicalement. Bien que le recourant cherche à jeter le doute sur la valeur des certificats médicaux produits par la victime, affirmant notamment que l'un d'eux ne correspond à rien, il ne fournit aucun élément sérieux propre à étayer cette thèse. De surcroît, il ressort de l'expertise psychiatrique à laquelle le recourant a été soumis que les actes qui lui sont reprochés sont compatibles avec son mode de fonctionnement psychologique.
Le recourant cherche aussi à remettre en question les menaces et les injures retenues à son encontre notamment pour avoir affiché un message insultant sur la porte d'entrée de l'immeuble où résidait son épouse. Sur ces points également, son argumentation consiste en un simple exposé de sa version des faits sans montrer en quoi il serait arbitraire de l'avoir écartée au profit de celle de son épouse.
En outre, c'est en vain que le recourant soutient que son épouse ne serait pas restée si longtemps avec lui et n'aurait pas envisagé de retirer sa plainte si les faits qu'elle lui reproche s'étaient effectivement produits. En effet, cette attitude s'explique aisément, comme l'a indiqué la victime, d'une part par la crainte que lui inspirait son mari et d'autre part par la volonté de faire tout son possible pour sauver son couple. Eu égard à cette dernière préoccupation, le recourant est particulièrement mal venu de tirer argument de cette attitude pour mettre en doute la crédibilité de son épouse.
Dans ces circonstances, on ne saurait considérer comme arbitraire de préférer à celle du recourant la version des faits de son épouse et le grief est de toute évidence mal fondé dans la mesure où il est recevable.
1.2 S'agissant des infractions commises à l'encontre de sa fille, son argumentation est comparable, de sorte que sa recevabilité est aussi douteuse. Au demeurant, dans ce contexte également, on ne voit pas en quoi il serait arbitraire d'avoir préféré à celles de son père les déclarations de l'enfant, qui sont jugées crédibles par l'expert, et expliquent les problèmes rencontrés par la jeune fille et les séquelles dont elle souffre.
C'est également en vain que le recourant tente de faire porter à son épouse une partie de la responsabilité des violations du devoir d'assistance dont il a à répondre. En effet, outre que son argumentation repose sur ce point aussi entièrement sur sa propre version des faits, il y a lieu de rappeler qu'il n'y a pas de compensation des fautes en droit pénal (<ref-ruling> consid. 2 c/bb p. 24), de sorte que cet argument, pour autant qu'il soit recevable, ne lui est d'aucune utilité.
1.3 De même lorsqu'il reproche à l'autorité cantonale d'avoir retenu les menaces à l'encontre de son épouse sur la base d'indices légers, le recourant cherche une nouvelle fois à remettre en question les éléments de preuve et notamment les témoignages sur lesquels s'est fondée l'autorité cantonale sans montrer en quoi il serait véritablement insoutenable de leur accorder foi. Sur ce point également, son recours est donc insuffisamment motivé.
1.4 Concernant les menaces et insultes proférées à l'encontre de F._, le recourant reproche également à l'autorité cantonale d'avoir retenu la version de la plaignante, sans tenir compte du témoignage de G._. Entendu par le Tribunal de police, celui-ci a en effet déclaré avoir assisté à une scène au cours de laquelle un homme, qui se trouvait en compagnie de trois femmes dans le restaurant dans lequel travaillait le témoin, avait injurié le recourant. Certes, ces déclarations divergent totalement de celles de F._ et de ses collègues, qui ont été retenues par l'autorité cantonale. Il ressort de la déposition du témoin G._ que celui-ci connaît le recourant, qui est un client du restaurant dans lequel il travaille, et que le jour en question ils prenaient un café ensemble. Cela indique que leurs relations étaient amicales ou pour le moins allaient au-delà des contacts qu'entretient ordinairement un garçon de café avec ses clients. Il n'appert dès lors pas que la crédibilité de ce témoignage serait supérieure à celle des déclarations de la collègue de F._, que le recourant cherche à mettre en doute précisément en raison des relations personnelles que celle-ci entretient avec la plaignante. On ne saurait à tout le moins considérer qu'il était insoutenable de préférer la version des faits de la plaignante, confirmée par sa collègue, à celle du recourant, étayée par le témoin G._.
1.5 S'agissant des faits dénoncés par D._, le recourant se contente une nouvelle fois de remettre en question la valeur probante des déclarations des témoins, sans montrer que la décision attaquée serait insoutenable, notamment dans son résultat.
On peut, enfin, relever que les différents moyens de preuve que le recourant cherche à mettre en doute isolément concordent entre eux, formant ainsi un faisceau d'indices cohérent et nettement plus convaincant que la thèse soutenue par le recourant, qui semble penser que son épouse, sa fille, les intervenants sociaux et d'autres témoins encore, qui ne sont nullement impliqués dans les relations familiales des parties, se sont ligués pour le faire condamner. Par conséquent, dans la mesure où il est recevable, le recours doit être rejeté sur ce point.
2. Le recourant reproche par ailleurs à l'autorité cantonale de n'avoir pas examiné certaines hypothèses énoncées à propos des souffrances endurées par sa fille. Ainsi, selon le recourant, c'est en violation de son droit d'être entendu que la cour cantonale ne se serait pas penchée sur la question de l'influence de la mère sur sa fille.
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend, de manière générale, le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2 a/aa p. 16). Le refus d'administrer des preuves n'est susceptible de violer le droit d'être entendu que si la réquisition de preuve a été présentée dans le respect des formes et délais prescrits par le droit cantonal (PIQUEREZ, Procédure pénale suisse, 2e éd., 2007, p. 226 n° 316).
En l'espèce, le recourant n'invoque aucun moyen de preuve qu'il aurait sollicité et dont l'administration lui aurait été refusée, de sorte que sur ce point également son argumentation ne répond pas aux exigences de motivation déduites par la jurisprudence de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
3. Le recourant évoque une violation du principe "in dubio pro reo". Il précise toutefois, à juste titre, que cette prétendue violation revient à se plaindre d'arbitraire dans l'établissement des faits, grief qui a déjà été écarté.
4. Le recourant reproche, enfin, à l'autorité cantonale de lui avoir infligé une peine trop lourde. Il fait valoir que la sanction prononcée à son encontre est trop importante eu égard aux actes qu'il reconnaît. Dans cette mesure, son recours est aussi irrecevable car il ne se fonde pas sur les constatations de fait de l'autorité cantonale, seule base sur laquelle le Tribunal fédéral peut statuer (<ref-law>).
Pour le surplus, il se plaint de ce que l'autorité cantonale n'aurait pas tenu compte des deux mois et demi de détention préventive subie. De fait, alors que l'autorité de première instance avait condamné le recourant à une peine privative de liberté de 18 mois, sous déduction de 2 mois et 14 jours de détention avant jugement, peine assortie du sursis, la cour cantonale a annulé ce jugement sur ce point et a remplacé cette peine par une peine privative de liberté de 16 mois à laquelle elle a ajouté une peine pécuniaire de 60 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 30 fr., et les deux peines étant assorties du sursis. Partant, l'arrêt attaqué omet l'imputation de la détention avant jugement subie par le recourant. Or, l'<ref-law> stipule que « le juge impute sur la peine la détention avant jugement subie par l'auteur dans le cadre de l'affaire qui vient d'être jugée ou d'une autre procédure ». Ainsi, en omettant d'ordonner dans le dispositif de l'arrêt attaqué l'imputation de la détention avant jugement subie par le recourant, l'autorité cantonale a violé cette disposition. Le recours doit dès lors être admis sur ce point. En application de l'<ref-law>, la cour de céans ordonnera l'imputation de la détention avant jugement subie par le recourant.
5. Le recourant s'attaque, enfin, aux montants alloués à son épouse et à leur fille à titre de réparation du tort moral. Sur ce point également, son argumentation repose exclusivement sur sa propre version des faits, de sorte qu'elle n'est pas recevable (<ref-law>).
6. Le recourant obtient partiellement gain de cause. Il peut prétendre des dépens réduits à la charge du canton de Genève (<ref-law>). La demande d'assistance judiciaire est sans objet dans cette mesure (<ref-law>). Pour le surplus, le recours était dénué de chances de succès si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée dans cette mesure (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de charger le canton de Genève de frais (<ref-law>), cependant que le recourant supporte des frais réduits à raison de l'issue de la procédure et de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Enfin, il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité aux intimées qui ne sont pas intervenues dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Il est rejeté pour le surplus dans la mesure où il est recevable.
2. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le recourant est condamné à une peine privative de liberté de 16 mois ainsi qu'à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 30 fr., sous déduction de 2 mois et 14 jours de détention avant jugement, peines assorties du sursis avec un délai d'épreuve de 5 ans.
3. La demande d'assistance judiciaire est rejetée dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 1200 fr., sont mis à la charge du recourant.
5. Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 1000 fr. à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 29 octobre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Paquier-Boinay