Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Arbon sprach X._ am 2. September 2008 der Veruntreuung zum Nachteil der Ehegatten A._, B._ und C._, der mehrfachen, in einem Fall groben Verletzung von Verkehrsregeln und des mehrfachen Fahrens trotz Führerausweisentzugs schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 300 Tagessätzen zu Fr. 60.-- und einer Busse von Fr. 1'000.--, teilweise als Zusatz zu den Sanktionen gemäss den Urteilen des Landgerichts Feldkirch vom 27. Februar 2002 und des Amtsgerichts Neu-Ulm vom 14. April 2003 sowie als Zusatz zur Sanktion gemäss Urteil des Kreisgerichts Neutoggenburg-Gossau vom 27. April 2005. Vom Vorwurf des gewerbsmässigen Betrugs sprach es ihn frei. Die Zivilforderungen der Geschädigten A._, B._ und C._ verwies es auf den Zivilweg. Die Untersuchungs- und Gerichtskosten von Fr. 9'590.-- auferlegte es X._.
Gegen dieses Urteil erhoben X._ Berufung und die Staatsanwaltschaft Anschlussberufung. Das Obergericht des Kantons Thurgau bestätigte am 20. August 2009 die erstinstanzlichen Schuldsprüche wegen Veruntreuung zum Nachteil der Ehegatten B._ und C._, wegen mehrfacher, in einem Fall grober Verletzung von Verkehrsregeln und wegen mehrfachen Fahrens trotz Führerausweisentzugs sowie den Freispruch vom Vorwurf des gewerbsmässigen Betrugs. Vom Vorwurf der Veruntreuung zum Nachteil der Ehegatten A._ sprach es X._ in teilweiser Gutheissung der Berufung frei. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von acht Monaten und einer Busse von Fr. 1'000.--. Die Untersuchungs- sowie erst- und zweitinstanzlichen Gerichtskosten auferlegte es vollumfänglich X._.
B. X._ führt am 9. Juni 2010 Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, den Entscheid vom 20. August 2009 aufzuheben und ihn vom Vorwurf der mehrfachen Veruntreuung freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich im Schuldpunkt ausschliesslich gegen die Verurteilung wegen Veruntreuung, welcher folgender Sachverhalt zugrunde liegt:
Der Beschwerdeführer war einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer der Y._ AG, einer Generalunternehmung, welche teils mit eigenen Bauarbeitern und teils mit zugezogenen Unternehmen des Baugewerbes Einfamilienhäuser erstellte. Namens der Y._ AG schloss er am 18. Januar 2003 mit den Ehegatten B._ und C._ je einen Generalunternehmer-Werkvertrag über die Erstellung eines Einfamilienhauses ab. Im vereinbarten Werkpreis inbegriffen waren das Entgelt für Leistungen der Y._ AG, der Werklohn für die Subunternehmer, die Materialkosten sowie die Kosten für die öffentlich-rechtliche Genehmigung der Bauprojekte. Die Y._ AG vereinbarte mit den Bauherren jeweils einen Zahlungsplan, wobei für jede der insgesamt 17 bzw. 19 Abschlagszahlungen die entsprechenden Bauarbeiten aufgeführt waren und vereinbart wurde, dass die Zahlungen erst "nach erbrachter Leistung" abgerufen werden durften. Die Finanzierung der Einfamilienhäuser der Ehegatten B._ und C._ erfolgte über einen Baukredit der Bank D._ in Basel. Die Y._ AG schloss mit der Bank D._ und den betroffenen Bauherren am 5. März 2003 bzw. 4. Februar 2003 je einen Bautreuhandvertrag ab, in welchem sie sich unter Ziff. 3a "der Bank gegenüber" verpflichtete, den Baukredit ausschliesslich für Arbeiten, Lieferungen und Honorare im Zusammenhang mit dem Bau der betreffenden Einfamilienhäuser zu verwenden.
Um Liquiditätsengpässe der Y._ AG, mit welchen diese ständig zu kämpfen hatte, überbrücken zu können, verlangte der Beschwerdeführer von den Ehegatten B._ und C._ entgegen den vorerwähnten Vertragsbestimmungen mehrere Abschlagszahlungen, obschon die betreffenden Arbeiten noch nicht erledigt oder noch gar nicht erst in Angriff genommen worden waren. Dazu machte er gegenüber den Ehegatten jeweils falsche Angaben über den Baufortschritt. Er übte auch Druck auf diese aus, indem er angab, ohne Zahlung würden Bauarbeiten nicht an die Hand genommen bzw. eingestellt. Der Beschwerdeführer liess sich die Abschlagszahlungen auf das allgemeine Zahlungsverkehrskonto der Y._ AG bei der Raiffeisenbank überweisen, bei welchem es sich um das einzige Bankkonto der Y._ AG handelte und welches zum gegebenen Zeitpunkt jeweils einen sehr geringen oder gar einen Minussaldo aufwies. Die auf diese Weise von den Ehegatten B._ und C._ erlangten Zahlungen verwendete er für Privatbezüge oder für anderweitige Verbindlichkeiten der Y._ AG, welche in keinem Zusammenhang mit dem Hausbau der Ehegatten standen.
1.2 In rechtlicher Hinsicht erwägt die Vorinstanz, die Abschlagszahlungen der Ehegatten B._ und C._ seien dem Beschwerdeführer anvertraut gewesen, da er die Gelder mit der Verpflichtung erhalten habe, sie ausschliesslich zur Bezahlung von Kosten im Zusammenhang mit dem Bau des jeweiligen Einfamilienhauses zu verwenden. Dies ergebe sich aus Ziff. 3a der Bautreuhandverträge. Der Beschwerdeführer habe sich darin nicht nur gegenüber der Bank D._, sondern auch gegenüber den Bauherren verpflichtet (angefochtenes Urteil E. 3a/aa S. 9). Mangels Ersatzbereitschaft (E. 3b S. 10) habe er sich der Veruntreuung im Sinne von <ref-law> strafbar gemacht. Den Tatbestand des Betrugs nach <ref-law> erachtet die Vorinstanz demgegenüber nicht als erfüllt. Zur Begründung führt sie insbesondere an, zwar habe der Beschwerdeführer nur aufgrund falscher Angaben über den Baufortschritt erlangt, dass Abschlagszahlungen überwiesen wurden, bevor sie überhaupt geschuldet waren. Darin könne jedoch keine arglistige Täuschung gesehen werden, da es den Bauherren leicht möglich gewesen wäre, diese Angaben zu überprüfen. Arglist sei auch zu verneinen, soweit der Beschwerdeführer die Bauherren über seinen Willen getäuscht habe, die Zahlungen ausschliesslich für das betreffende Einfamilienhaus zu verwenden (angefochtenes Urteil E. 2 S. 7 f.).
Vom Vorwurf der Veruntreuung zum Nachteil der Ehegatten A._, welche mit der Y._ AG ebenfalls einen Generalunternehmer-Werkvertrag über den Bau eines Einfamilienhauses abgeschlossen hatten, sprach es den Beschwerdeführer frei, dies im Wesentlichen mit der Begründung, die Abschlagszahlungen seien ihm in diesem Falle mangels der Errichtung eines Generalunternehmer-Kontos nicht anvertraut gewesen (E. 3a/bb S. 9).
2. 2.1 Den Tatbestand der Veruntreuung nach <ref-law> erfüllt, wer ihm anvertraute Vermögenswerte unrechtmässig in seinem oder eines anderen Nutzen verwendet.
2.2 Die tatbestandsmässige Handlung besteht bei der Veruntreuung von Vermögenswerten in einem Verhalten, durch welches der Täter eindeutig seinen Willen bekundet, den obligatorischen Anspruch des Treugebers zu vereiteln (<ref-ruling> E. 6.1.1; <ref-ruling> E. 1c mit Hinweisen). Als anvertraut gilt, was jemand mit der Verpflichtung empfängt, es in bestimmter Weise im Interesse des Treugebers zu verwenden, insbesondere es zu verwahren, zu verwalten oder einem anderen abzuliefern. Das Anvertrautsein von Vermögenswerten setzt dabei voraus, dass der Treuhänder ohne Mitwirkung des Treugebers über diese verfügen kann, ihm mithin Zugriff auf das fremde Vermögen eingeräumt wurde. Daneben ist erforderlich, dass das Empfangene dem Treuhänder wirtschaftlich fremd ist (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 6.2 mit Hinweisen).
2.3 In subjektiver Hinsicht erfordert der Tatbestand der Veruntreuung Vorsatz und ein Handeln in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht. Nach der Rechtsprechung bereichert sich bei der Veruntreuung von Vermögenswerten unrechtmässig, wer die Vermögenswerte, die er dem Berechtigten jederzeit zur Verfügung zu halten hat, in seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, sie jederzeit sofort zu ersetzen (<ref-ruling> E. 6.1.2).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die vorinstanzliche Auslegung von Ziff. 3a der Bautreuhandverträge sei willkürlich und verstosse gegen Treu und Glauben. Entscheidend für einen Verstoss gegen Ziff. 3a der Bautreuhandverträge könne nicht die Verwendung der Gelder sein, wenn sie bereits an den Beauftragten ausgezahlt worden seien, sondern nur, dass nicht Summen abgerufen würden, die noch gar nicht abgerufen werden dürften. Ansonsten würde aus dem Kontokorrentkonto der Y._ AG faktisch ein Generalunternehmer-Konto. Die Vorinstanz habe ihm die strengen Voraussetzungen für ein Generalunternehmer-Konto auferlegt, ohne dass dies von den Parteien so gewollt gewesen sei und dass die Voraussetzungen hierfür von der Finanzierungsbank auch nur ansatzweise geprüft worden seien (Beschwerde Ziff. 2a/aa S. 4 ff.). Die Vorinstanz stelle zudem willkürlich und ohne nachvollziehbare Begründung fest, die Verpflichtung aus Ziff. 3a der Bautreuhandverträge gelte auch gegenüber den Bauherren, dies obschon er sich nach dem Wortlaut der Bestimmung ausdrücklich nur gegenüber der Bank verpflichtet habe. Die Begründung des Gerichts, die Bauherren würden jeweils im Vertragsrubrum erwähnt, spreche nicht dafür, dass Ziff. 3a dieses Vertrages auch gegenüber den Bauherren direkt Geltung entfalte. Das weitere Argument, die Bauherren hätten selbst ein grosses Interesse daran gehabt, durch eine zweckmässige Verwendung der Gelder das Doppelzahlungsrisiko zu vermeiden, sei eine reine Darstellung der Interessenlage, welche keine Verpflichtung aus dem Bautreuhandvertrag zu begründen vermöge. Dieser habe ausschliesslich der Absicherung der Finanzierungsbank gedient (Beschwerde Ziff. 2a/bb S. 6).
3.2 Die Treuepflicht des Täters im Sinne von <ref-law> kann auf einer ausdrücklichen oder stillschweigenden Abmachung beruhen. Für die Werterhaltungspflicht genügt auch die Begründung eines "faktischen" oder "tatsächlichen" Vertrauensverhältnisses (<ref-ruling> E. 6.2). Eine Werterhaltungspflicht im Sinne eines Anvertrautseins liegt in der Regel vor, wenn die verabredungswidrige Verwendung zu einem Schaden führen kann und mit dem vereinbarten Verwendungszweck daher dem Risiko einer Schädigung entgegengewirkt werden soll (<ref-ruling> E. 2.2.2). Eine Verletzung der Werterhaltungspflicht wird in der Rechtsprechung daher beispielsweise bei der vertragswidrigen Verwendung eines Darlehens im Hinblick auf einen Grundstückkauf (<ref-ruling> E. 2) oder eines Baukredits (<ref-ruling> E. 1) angenommen. Beim Baukredit stellt die Bank dem Kreditnehmer regelmässig hohe Beträge zur Verfügung, die durch den Wert des Grundstücks allein nicht gedeckt sind. Durch die Zweckbindung will die Bank ihre Darlehensforderung sichern. Die Sicherung des Kredits, die mit seiner fortschreitenden Inanspruchnahme jeweils entsprechend erhöht werden muss, wird nur erreicht, wenn die ausbezahlten Gelder in das Bauwerk investiert werden, das damit an Wert gewinnt. Verwendet der Kreditnehmer die Gelder für andere Zwecke, wird die Sicherung des Kredits vereitelt (<ref-ruling> E. 1e).
3.3 Die Zahlungen der Bauherren an die Y._ AG wurden mittels eines für den Hausbau errichteten Baukredits finanziert und erfolgten klarerweise mit der Verpflichtung, die Gelder für die Erstellung der jeweiligen Einfamilienhäuser zu verwenden. Dies ergibt sich bereits aus den mit den Ehegatten B._ und C._ unterzeichneten Generalunternehmer-Werkverträgen, wonach die Abschlagszahlungen jeweils bestimmten Aufwandposten zuzuordnen waren, aber auch aus den von der Y._ AG an die Bauherren adressierten Rechnungen, welche ebenfalls den Zahlungsgrund angaben. Verwendet der Generalunternehmer die Zahlungen der Bauherren entgegen der getroffenen Vereinbarung nicht für die Begleichung der Forderungen der Handwerker und Subunternehmer, sehen sich diese infolge des Bauhandwerkerpfandrechts nach Art. 837 Abs. 1 Ziff. 3 und Art. 839 ff. ZGB dem Risiko einer Doppelzahlung ausgesetzt (vgl. Martin Schubarth, Kommentar zum Schweizerischen Strafrecht, Bes. Teil, 2. Band, 1990, N. 39 zu <ref-law>). Allgemein haben die Bauherren ein Interesse daran, dass die bezahlten Beträge für die Wertvermehrung ihres Grundstücks herangezogen und in das Bauwerk investiert werden. Ihre Zahlungen sind dem Generalunternehmer, mangels gegenteiliger Vereinbarung, daher in dem Umfang anvertraut, als dieser damit Materialkosten und Werklohnforderungen von Subunternehmern zu begleichen hat. Die Interessenlage des Bauherrn unterscheidet sich insofern nicht von jener der Finanzierungsbank. Eine Werterhaltungspflicht ergibt sich entgegen der Auffassung der Vorinstanz folglich nicht nur aus Ziff. 3a der Bautreuhandverträge, sondern auch aus dem zwischen den Bauherren und der Y._ AG vereinbarten Zahlungszweck. Dies muss auch gelten, wenn die Abschlagszahlungen, wie vorliegend, auf das allgemeine Zahlungsverkehrskonto des Generalunternehmers und nicht auf ein separates, für die Abwicklung des Baukredits errichtetes Generalunternehmer-Konto überwiesen wurden.
3.4 Der Kreditnehmer muss sich gegenüber der Bank in der Regel verpflichten, den Baukredit nur für Zahlungen nach Massgabe des Baufortschritts und gemäss eingereichtem Kostenvoranschlag gleichmässig an alle Handwerker, Unternehmer und Lieferanten zu verwenden (HEIDI PFISTER-INEICHEN, Die Baufinanzierung: Wichtige Rechtsfragen und Entwicklungen, Schweizerische Baurechtstagung, 2003, S. 192). Erfolgt die Erstellung des Bauwerks durch einen Generalunternehmer, wird oftmals ein sog. Generalunternehmer-Konto eingerichtet. Der Kreditnehmer (Bauherr) leistet seine Zahlung unter Belastung des Baukredits in Tranchen auf das Generalunternehmer-Konto. Die Benutzung und Abwicklung des Baukredits wird von der Bank überwacht. Der Generalunternehmer muss sich gegenüber der kreditgebenden Bank in der Regel in einer separaten Vereinbarung verpflichten, die Gelder aus dem Baukredit ausschliesslich für die Bezahlung von Baugläubigern der betreffenden Baute entsprechend dem Baufortschritt zu verwenden. Damit will die Bank verhindern, dass Bauhandwerkerpfandrechtforderungen eingetragen werden und die Bauhandwerker damit die Möglichkeit erhalten, das vorgehende Pfandrecht der Bank in Anwendung von <ref-law> anzufechten (Pfister-Ineichen, a.a.O., S. 193 f.). Insbesondere bei grossen Bauvorhaben oder zum Beispiel auch bei Projekten mit unerfahrenen Generalunternehmern wird die Zahlungskontrolle in der Praxis auch an einen (unabhängigen) Bautreuhänder übertragen (vgl. Christoph Thurnherr, Das Bauhandwerkerpfandrecht - eine aktuelle Übersicht, ZBJV 142/2006, S. 928 und 931; Daniel Baumann, Der Baukredit, 2. Aufl. 1997, S. 178 f.; Emch/Renz/Arpagaus, Das Schweizerische Bankgeschäft, 6. Aufl. 2004, N. 896 f. S. 290). Durch diese Vertragsgestaltung will sich die Finanzierungsbank ihrerseits gegen die möglichen Folgen einer nicht bestimmungsgemässen Verwendung des Baukredits durch den Generalunternehmer absichern. Ziff. 3a der Bautreuhandverträge stellt in diesem Sinne eine von der Y._ AG zusätzlich auch gegenüber der Finanzierungsbank eingegangene Verpflichtung zur wertvermehrenden Verwendung des Baukredits dar. Die Bauherren waren als Vertragspartei an den Bautreuhandverträgen beteiligt und hatten ebenfalls ein grosses Interesse an der bestimmungsgemässen Verwendung des Baukredits (supra E. 3.3). Nicht zu beanstanden ist daher die Auffassung der Vorinstanz, die ausdrückliche schriftliche Verpflichtung in Ziff. 3a der Verträge habe auch diesen gegenüber Wirkung entfaltet.
3.5 Die Vorinstanz bejaht eine Veruntreuung einzig bezüglich der an die Y._ AG ausbezahlten Beträge. Nicht ersichtlich ist, weshalb sie dem Beschwerdeführer dadurch, wie von diesem behauptet (Beschwerde Ziff. 2a/cc und dd S. 7 ff.), unzulässigerweise die Überwachungspflichten eines unabhängigen Bautreuhänders auferlegt haben soll. Ebenso wenig sind Gründe für die Annahme eines unmöglichen oder gar sittenwidrigen Vertrages oder für ein missbräuchliches Vorschieben des Bautreuhandvertrages durch die Bank in Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben nach <ref-law> auszumachen (Beschwerde Ziff. 2a/dd S. 8 f.). Dem Beschwerdeführer wird nicht vorgeworfen, er habe die Verwendung des Baukredits durch die Ehegatten B._ und C._ ungenügend überwacht. An der Sache vorbei geht daher sein Einwand, die Bauherren hätten, ohne dass er darüber informiert worden wäre, auch Mehrkosten über das Baukreditkonto abwickeln können und hätten dies auch getan (Beschwerde Ziff. 2a/cc S. 7). Dass die Bank die Auszahlung des Baukredits möglicherweise ungenügend überwachte, vermag den Beschwerdeführer ebenfalls nicht zu entlasten.
3.6 Die Argumentation des Beschwerdeführers, er hätte über die Abschlagszahlungen frei verfügen dürfen, könnte zutreffen, wenn die Y._ AG, wie von den Parteien ursprünglich vereinbart, diese vertragskonform, d.h. erst nach erbrachter Leistung abgerufen hätte. Diesfalls hätte dann keine Zweckbindung mehr bestanden, wenn die im Zusammenhang mit den betreffenden Arbeiten angefallenen Rechnungen von Lieferanten und Subunternehmern von der Y._ AG bezahlt und der Zahlungszweck damit bereits erfüllt worden wäre. Dem war gemäss der unangefochtenen und damit verbindlichen Feststellung der Vorinstanz (<ref-law>) aber nicht so. Vielmehr verlangte der Beschwerdeführer von den Bauherren entgegen der vertraglichen Vereinbarung auch Abschlagszahlungen für noch nicht erledigte oder noch gar nicht erst in Angriff genommene Arbeiten. Der auf Materialkosten und Werklohnforderungen von Subunternehmern entfallende Anteil an den Abschlagszahlungen war dem Beschwerdeführer daher im Sinne von <ref-law> anvertraut. Indem er mit den Abschlagszahlungen anstelle der ausstehenden Materialkosten und Werklohnforderungen private und andere, nicht im Zusammenhang mit dem Bau des jeweiligen Einfamilienhauses entstandene Forderungen beglich, verwendete er diese unrechtmässig.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, er habe nicht vorsätzlich gehandelt. Die Anklage und das erstinstanzliche Gericht hätten auch beim Bauvorhaben A._ eine Veruntreuung gesehen. Die Vorinstanz habe dies mit Verweis auf die fehlende Zweckgebundenheit der Abschlagszahlungen verneint. Schon die Frage der Verwirklichung des objektiven Tatbestands sei folglich im vorliegenden Fall unter juristischen Fachleuten umstritten und hänge nach Ansicht der Vorinstanz alleine vom Abschluss des Bautreuhandvertrages ab. Für ihn habe in der praktischen Abwicklung der Bauvorhaben B._ und C._ einerseits und A._ andererseits kein Unterschied bestanden. Er habe alle Bauvorhaben völlig identisch abgewickelt. Einer Zweckbindung sei er sich nicht bewusst gewesen. Die Vorinstanz hätte jedenfalls das Vorliegen eines Sachverhaltsirrtums nach <ref-law> bejahen müssen (Beschwerde Ziff. 2c S. 11 f.).
4.2 Das für den Vorsatz notwendige Wissen verlangt, soweit es sich auf Tatbestandsmerkmale bezieht, deren Verständnis eine Wertung voraussetzt, nicht die juristisch exakte Erfassung des gesetzlichen Begriffs. Vielmehr genügt es, wenn der Täter den Tatbestand so verstanden hat, wie es der landläufigen Anschauung eines Laien entspricht (sog. Parallelwertung in der Laiensphäre). Versteht der Täter in laienhafter Anschauung die soziale Bedeutung des von ihm verwirklichten Sachverhalts, so handelt er mit Vorsatz, auch wenn er über die genaue rechtliche Qualifikation irrt, was als rechtlich unbeachtlicher Subsumtionsirrtum anzusehen ist (<ref-ruling> E. 3.2.2 mit Hinweisen). Der Vorsatz in Bezug auf das Tatbestandsmerkmal des Anvertrauens ist daher gegeben, wenn der Täter wusste oder zumindest in Kauf nahm, dass er über die ihm übergebenen Vermögenswerte nicht frei verfügen durfte (vgl. Urteil 6B_176/2009 vom 8. Oktober 2009 E. 4.2 und E. 4.4.2). Die Frage nach den diesbezüglichen Vorstellungen des Täters betrifft Tatsachenfeststellungen (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2; <ref-ruling> E. 3c S. 252; je mit Hinweisen), welche vor Bundesgericht nur gerügt werden können, wenn sie willkürlich im Sinne von <ref-law> sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerdeschrift anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und begründet werden, ansonsten darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>).
4.3 Die Zweckbindung der Abschlagszahlungen ergibt sich vorliegend mit aller Deutlichkeit bereits aus Ziff. 3a der Bautreuhandverträge, die für den Beschwerdeführer verbindlich waren. Anhaltspunkte für einen Sachverhaltsirrtum sind nicht auszumachen. Der Beschwerdeführer legt auch nicht dar, weshalb er sich zur irrtümlichen Annahme hätte verleitet sehen können, er dürfe die Abschlagszahlungen trotz der fehlenden Ersatzfähigkeit auch für private und andere, nicht im Zusammenhang mit dem Bau der Einfamilienhäuser stehende Zwecke verwenden. Die Vorinstanz durfte ohne Willkür davon ausgehen, er habe gewusst, dass die Zahlungen der Bauherren zweckgebunden waren und er darüber nicht frei verfügen konnte. Nicht erforderlich ist, dass er die exakte rechtliche Qualifikation seines Handelns kannte. Unbehelflich ist daher der Einwand, die Verwirklichung der objektiven Tatbestandsvoraussetzungen sei bereits unter Juristen umstritten. Abgesehen davon betreffen die vom Beschwerdeführer angesprochenen juristischen Unklarheiten nicht die vorliegend zu beurteilenden Vorwürfe der Veruntreuung im Zusammenhang mit den Bauvorhaben, sondern die Bauherren. Letzterer Anklage liegt ein ähnlicher, gemäss der Vorinstanz jedoch nicht identischer Sachverhalt zugrunde. Der Einwand des Beschwerdeführers ist auch in dieser Hinsicht unbegründet. Die Vorinstanz geht in Bezug auf das Anvertrautsein der Vermögenswerte daher zu Recht von einem vorsätzlichen Handeln des Beschwerdeführers aus.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer wendet weiter ein, er habe immer alle Bauhandwerker bezahlt. Er habe jeweils auch Gelder aus seinem privaten Vermögen auf das Kontokorrentkonto der Y._ AG einbezahlt und so ohne zivilrechtliche Verpflichtungen private Zahlungen an die Y._ AG geleistet. Entgegen der vorinstanzlichen Annahme sei er sehr wohl ersatzbereit gewesen (Beschwerde Ziff. 2d S. 12 ff.).
5.2 Die Y._ AG kündigte am 10. Dezember 2003 die Generalunternehmer-Werkverträge mit den Ehegatten B._ und C._ per sofort. Die Vorinstanz geht mit dem Bezirksgericht davon aus, ein dauerhafter Schaden der Ehegatten B._ und C._ könne nicht nachgewiesen werden (angefochtenes Urteil E. 1c S. 6 f. und E. 6a S. 11; Urteil des Bezirksgerichts E. 5b S. 28 f.). Sie begründet die fehlende Ersatzbereitschaft damit, dass weder die Y._ AG noch der Beschwerdeführer persönlich über ausreichend liquide Mittel verfügt hätten, um auf den Zeitpunkt der Fälligkeit sämtliche Rechnungen der Subunternehmer begleichen zu können. Dass ein Grossteil der Subunternehmer bis zur "Kündigung" der Generalunternehmer-Werkverträge schliesslich doch noch bezahlt worden sei, liege einzig daran, dass der Beschwerdeführer Gelder für das eine Bauprojekt zur Bezahlung fälliger Rechnungen des anderen Bauprojekts verwendet habe, womit er im wahrsten Sinn des Wortes "Löcher gestopft" habe. Dies ändere aber nichts daran, dass er nicht in der Lage gewesen sei, allen seinen finanziellen Verpflichtungen fristgerecht nachzukommen (E. 1b S. 5 und E. 3b S. 10).
5.3 An einer unrechtmässigen Bereicherungsabsicht fehlt es, wenn der Täter Ersatzbereitschaft, d.h. Ersatzwille und Ersatzfähigkeit aufweist (<ref-ruling> E. 6.1.2). Wer anvertrautes Gut dem Berechtigten an einem bestimmten Termin zur Verfügung zu halten hat, bereichert sich unrechtmässig, wenn er es zu seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, es auf den vereinbarten Zeitpunkt hin zu ersetzen (<ref-ruling> E. 3a). Ersatzfähigkeit darf nur bejaht werden, wenn das Geld für den Täter griffbereit ist, nicht aber, wenn er es sich erst bei Dritten, die ihm gegenüber zu keiner Leistung verpflichtet sind, beschaffen muss (<ref-ruling> E. 3b). Da Prognosen über die Zahlungsfähigkeit in der Zukunft naturgemäss unsicher sind, muss dabei genügen, wenn der Täter nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge sicher damit rechnen kann, zum verabredeten Zeitpunkt ersatzfähig zu sein (Urteil 6B_644/2007 vom 25. Januar 2008 E. 1.2). Ersatzfähigkeit läge vorliegend daher nur vor, wenn der Beschwerdeführer sicher damit hätte rechnen können, dass er in der Lage sein wird, die fälligen Forderungen der Subunternehmer und Lieferanten aus den Mitteln der Y._ AG oder persönlich fristgerecht zu begleichen. War er fähig und gewillt, die Forderungen zu einem späteren Zeitpunkt zu bezahlen, und tat er dies auch, liegt eine vorübergehende Bereicherung vor, was zur Bestrafung genügt (vgl. <ref-ruling> E. 3a).
5.4 Unbestritten ist, dass die Y._ AG im Jahre 2003 mit Liquiditätsproblemen zu kämpfen hatte. Die Revisionsstelle stellte bereits per Ende Dezember 2002 eine Unterbilanz fest. Die Gesellschaft wies zudem zahlreiche Betreibungen auf (vgl. angefochtenes Urteil E. 1b S. 5; Urteil Bezirksgericht S. 30). Der Beschwerdeführer konnte daher nicht darauf vertrauen, dass es der Y._ AG möglich sein wird, ihren finanziellen Verpflichtungen gegenüber den Lieferanten und Subunternehmern, trotz Verwendung der hierfür vorgesehenen Zahlungen für andere, teilweise private Zwecke, fristgerecht nachzukommen. Die Vorinstanz verneinte auch dessen persönliche Ersatzfähigkeit. Diesbezüglich bringt der Beschwerdeführer einzig vor, er sei auch mit seinem privaten Vermögen für die Verbindlichkeiten der AG aufgekommen. Die geltend gemachten Zahlungen über sein Privatkonto lassen die Annahme der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe auch persönlich Liquiditätsprobleme gehabt, nicht offensichtlich unhaltbar erscheinen, zumal dieser gemäss der verbindlichen Sachverhaltsfeststellung umgekehrt auch die Mittel der Y._ AG heranzog, um seine persönlichen Schulden begleichen zu können. Die Feststellung, weder die AG noch der Beschwerdeführer hätten über genügend liquide Mittel verfügt, ist daher nicht willkürlich. Dass die Zahlungen immer rechtzeitig erfolgten, wird vom Beschwerdeführer im Übrigen nicht behauptet. Unter diesen Umständen verneinte die Vorinstanz dessen Ersatzfähigkeit zu Recht. Offen bleiben kann, inwieweit er überhaupt willens gewesen wäre, die Schulden der Y._ AG aus seinem persönlichen Vermögen zu begleichen.
Die Verurteilung wegen mehrfacher Veruntreuung verletzt daher kein Bundesrecht.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law> und eine willkürliche Anwendung von § 208 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Thurgau (StPO/TG), da es die Vorinstanz unterlassen habe, das Urteil des Bezirksgerichts umfassend zu prüfen und die notwendigen Beweise zu erheben. Das Gericht sei auf seine Vorbringen, es seien immer alle Handwerkerrechnungen bezahlt worden, nicht eingegangen und habe seine dahingehenden Beweisanträge nicht abgenommen (Beschwerde Ziff. 2d S. 12 ff.).
6.2 § 208 Abs. 1 StPO/TG verpflichtet die Berufungsinstanz, von Amtes wegen oder auf Parteiantrag neue Beweise abzunehmen oder frühere Beweisabnahmen, soweit dies zur Beurteilung notwendig erscheint, zu wiederholen. Ein Anspruch der Parteien, mit ihren Beweisanträgen und Vorbringen gehört zu werden, besteht nur, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind. Ein Verzicht auf die Abnahme von weiteren Beweisen ist zulässig, wenn sich das Gericht aufgrund der bereits erhobenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass die abgelehnten Beweisanträge nichts an seiner Überzeugung zu ändern vermögen (<ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 3).
6.3 Fehlende Ersatzbereitschaft liegt nach der Rechtsprechung auch vor, wenn fällige Forderungen verspätet beglichen werden und wenn der Täter mangels liquider Mittel nicht mit Sicherheit davon ausgehen konnte, dass er zum Zeitpunkt der Fälligkeit der Forderung in der Lage sein wird, seinen Verpflichtungen nachzukommen (supra E. 5.3). Der Einwand des Beschwerdeführers, er habe immer alle Handwerker bezahlt, vermag ihn daher nicht zu entlasten. Er übersieht zudem, dass auch die Vorinstanz davon ausgeht, sämtliche Rechnungen seien bezahlt worden, wenn auch teilweise verspätet und erst nach der Kündigung der Generalunternehmer-Werkverträge durch die Y._ AG. Die Vorinstanz durfte die Beweisanträge des Beschwerdeführers in antizipierter Beweiswürdigung abweisen. Eine willkürliche Anwendung von § 208 Abs. 1 StPO/TG oder eine Verletzung von <ref-law> liegt nicht vor.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, 60 % der Werklohnpauschale pro Einfamilienhaus seien auf Eigenleistungen der Y._ AG entfallen. In diesem Umfang sei eine Veruntreuung gar nicht möglich gewesen. Die Vorinstanz habe dieses Vorbringen in Verletzung des Willkürverbots nach <ref-law> einzig mit der Begründung, er hätte keine Abrechnungen erstellt, als wenig glaubhaft abgetan. Dabei verkenne sie, dass keine Bau- bzw. Generalunternehmung zuhanden des Bauherrn eine Abrechnung erstelle, aus welcher die internen Kosten und Gewinnanteile hervorgehen würden. Die Vorinstanz habe ihn wegen Veruntreuung schuldig gesprochen, ohne festzustellen, welchen Anteil die Eigenleistungen der Y._ AG tatsächlich ausmachen würden (Beschwerde Ziff. 2b S. 9 ff.).
7.2 Das Bezirksgericht erwog (S. 19), der auf die Eigenleistungen der Y._ AG entfallende Anteil an den Abschlagszahlungen sei erst nach Abschluss der entsprechenden Bauetappe geschuldet gewesen. Angesichts dessen spiele es keine Rolle, ob in den Abschlagszahlungen noch ein Gewinnanteil bzw. Eigenleistungen des Beschwerdeführers oder der Y._ AG enthalten gewesen seien. Tatsache sei, dass die abgerufenen Gelder nicht vertragskonform verwendet worden seien. Die Vorinstanz geht in ihren rechtlichen Erwägungen (E. 3a S. 8 f.) demgegenüber grundsätzlich davon aus, die Zahlungen für Eigenleistungen seien dem Generalunternehmer nicht anvertraut. Die Behauptung des Beschwerdeführers, sämtliche von ihm verlangten Abschlagszahlungen hätten nebst den Kosten für Bauhandwerker auch Leistungen und Gewinnanteile der Y._ AG enthalten, hält sie jedoch für widerlegt. Nicht glaubhaft sei, dass 60 % der Werklohnpauschale pro Einfamilienhaus auf Eigenleistungen entfallen seien. Dies insbesondere nicht, weil sich der Beschwerdeführer mit fadenscheinigen Argumenten gewehrt habe, für jedes Haus eine saubere Abrechnung über die erbrachten Leistungen zu erstellen, aus welcher die Kosten und Gewinnanteile der Y._ AG erkennbar gewesen wären (angefochtenes Urteil E. 1b S. 6).
7.3 Unbestritten ist, dass in den Abschlagszahlungen nebst den Materialkosten und den Werklohnforderungen der Subunternehmer auch die Entschädigungen für Eigenleistungen der Y._ AG inbegriffen waren. Nicht anvertraut ist, was jemand für eigene Leistungen erhält (<ref-ruling> E. 2b; Urteile 6B_329/2007 vom 11. Dezember 2007 E. 3.4; 4C.410/2005 vom 1. Juni 2006 E. 7.1). Dies gilt unabhängig von einer allfälligen Vorleistungspflicht des Zahlungsempfängers (Urteil 4C.410/2005 vom 1. Juni 2006 E. 7.2). Die Rechtsprechung bejaht eine Werterhaltungspflicht nur, soweit die Zahlung an den Leistungserbringer unter einer (Suspensiv-)Bedingung erfolgte (Urteil 6B_329/2007 vom 11. Dezember 2007 E. 3.7). Eine Entschädigung für eine Gegenleistung ist auch nicht alleine deshalb anvertraut, weil die Zahlung durch Täuschung erlangt wurde (<ref-ruling> E. 6 und 7). Eine Werterhaltungspflicht der Y._ AG bestand daher nur, soweit sie verpflichtet war, die empfangenen Abschlagszahlungen an Dritte (Lieferanten und Subunternehmer) weiterzuleiten. Nicht anvertraut war der auf ihre Eigenleistungen entfallende Anteil. In diesem Umfang konnte der Beschwerdeführer diese nicht veruntreuen. Da der Beschwerdeführer bezüglich des auf Material- und Subunternehmerkosten entfallenden Anteils an den Abschlagszahlungen den Tatbestand der Veruntreuung erfüllt, kann sich sein Einwand, die Abschlagszahlungen seien auch für Eigenleistungen der Y._ AG erfolgt, höchstens auf das Strafmass niederschlagen, soweit er damit sinngemäss geltend macht, die Vorinstanz sei zu Unrecht von einem zu hohen Deliktsbetrag ausgegangen.
7.4 Bei der Y._ AG handelte es sich nach eigenen Angaben des Beschwerdeführers (Protokoll der Hauptverhandlung S. 6) um ein Kleinunternehmen, welches nebst ihm selbst zwei weitere Angestellte beschäftigte, darunter einen gelernten Zimmermann. Erd- und Roharbeiten habe die Y._ AG selber ausgeführt. Sanitär- sowie Dacharbeiten und Ähnliches seien an Drittunternehmen vergeben worden. Selbst wenn man mit dem Beschwerdeführer davon ausgeht, dieser sei zum Teil auch selber auf den Baustellen tätig gewesen, so ist die Annahme der Vorinstanz, die Eigenleistungen der Y._ AG hätten weniger als die vom Beschwerdeführer behaupteten 60 % betragen, unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden. Im Übrigen ist für die vorliegend zu beurteilende Frage der Veruntreuung nicht entscheidend, welches der Anteil der Eigenleistungen der Y._ AG bezogen auf die gesamte Werklohnpauschale war, sondern ob und in welchem Umfang diese die auf die inkriminierten Abschlagszahlungen entfallenden Arbeiten selbst ausführte bzw. inwieweit mit den konkreten Abschlagszahlungen Forderungen Dritter hätten beglichen werden müssen. Auch die Vorinstanz geht von einer gewissen Eigenleistung der Y._ AG aus. Nicht ersichtlich ist, dass sie diesem Umstand bei der Strafzumessung in Überschreitung des richterlichen Ermessens ungenügend Rechnung getragen hätte. Dies namentlich auch deshalb nicht, weil sie die Höhe des Deliktsbetrages nicht straferhöhend wertet und zugunsten des Beschwerdeführers berücksichtigt, dass das Vermögen der Bauherren B._ und C._ nicht geschädigt, sondern bloss gefährdet wurde. Die Strafzumessung wird vom Beschwerdeführer nicht gerügt. Eine Zurückweisung an die Vorinstanz zur Feststellung, welcher Anteil der Abschlagszahlungen exakt auf Eigenleistungen der Y._ AG entfiel, erübrigt sich daher. Die Beschwerde ist im Ergebnis auch in diesem Punkt unbegründet.
8. 8.1 Der Beschwerdeführer rügt im Kostenpunkt eine willkürliche Anwendung von §§ 57 Abs. 1, 58 Abs. 1 und 60 StPO/TG.
8.2 Nach § 57 Abs. 1 StPO/TG trägt grundsätzlich der Staat die Verfahrenskosten bei Einstellung der Untersuchung und bei Freispruch des Angeklagten. Der Angeschuldigte hat die Verfahrenskosten ganz oder teilweise zu tragen, sofern er einer strafbaren Handlung schuldig erklärt wird oder durch Verletzung gesetzlicher Pflichten Anlass für ein Strafverfahren gegeben oder dessen Durchführung erschwert hat (§ 58 Abs. 1 StPO/TG). In Rechtsmittelverfahren sind die Kosten und Parteientschädigungen der unterliegenden Partei zu belasten, sofern nicht besondere Umstände eine Abweichung rechtfertigen (§ 60 StPO/TG).
Das Bundesgericht prüft die Anwendung der kantonalen Kostenbestimmungen nur auf Willkür (<ref-law>; <ref-law>). Die Rüge der Verletzung kantonalen Rechts unterliegt den qualifizierten Begründungsanforderungen von <ref-law>.
8.3 Die Vorinstanz bestätigt den erstinstanzlichen Kostenspruch, mit der Begründung, das Strafmass sei durch den Freispruch vom Vorwurf der Veruntreuung zum Nachteil der Ehegatten A._ nicht wesentlich reduziert worden. Zudem sei eine Freiheits- anstelle einer Geldstrafe verhängt worden (angefochtenes Urteil E. 8a S. 14). Die Kosten des Berufungsverfahrens auferlegt es ebenfalls vollumfänglich dem Beschwerdeführer, mit Verweis auf dessen bloss geringfügiges Obsiegen (E. 8b S. 14).
8.4 Der Beschwerdeführer wendet dagegen ein, die vom Obergericht ausgesprochene Verurteilung unterscheide sich massiv vom Anklagevorwurf. Die Anklage (und das erstinstanzliche Gericht) habe durch die unvollständige Sachverhaltsaufklärung und die fehlerhafte rechtliche Deutung in beträchtlichem Umfang unnötige Kosten verursacht. Hätte die Anklagebehörde von Anfang an umfassend ermittelt und dementsprechend die Anklage formuliert, wären die Verfahrenskosten erheblich niedriger ausgefallen. Darin müssten "besondere Umstände" im Sinne von § 60 StPO/TG gesehen werden, die eine abweichende Kostenregelung bedingt hätten. Wegen des teilweisen Freispruchs hätte der Staat zudem nach §§ 57 Abs. 1 und 58 Abs. 1 StPO/TG die Verfahrenskosten teilweise tragen müssen (Beschwerde Ziff. 2e S. 16).
8.5 § 60 StPO/TG regelt die Kosten des Berufungsverfahrens. Die vom Beschwerdeführer geltend gemachten "besonderen Umstände" im Sinne von § 60 StPO/TG beziehen sich nicht auf die Kosten des Berufungsverfahrens. § 60 StPO/TG gelangt insoweit daher nicht zur Anwendung.
8.6 Soweit der Beschwerdeführer einwendet, ihm hätten wegen des teilweisen Freispruchs nicht alle Kosten auferlegt werden dürfen, ist die Beschwerde ungenügend begründet. Nach der Praxis des Kantons Thurgau zu § 58 Abs. 1 StPO/TG erfolgt bei teilweisem Freispruch nicht ohne weiteres eine bloss anteilsmässige Auferlegung der Verfahrenskosten. Vielmehr ist zu prüfen, welche Kosten im Zusammenhang mit der tatsächlich erfolgten Verurteilung ohnehin angefallen wären. Der Angeklagte hat in der Regel entsprechend dem Verursacherprinzip sämtliche Untersuchungskosten zu tragen, wenn die ihm zur Last gelegten Handlungen in engem und direktem Zusammenhang stehen und die Untersuchungshandlungen hinsichtlich eines jeden Anklagevorwurfs notwendig waren. Sind Sachverhalte ausgewiesen, welche zu strafrechtlichen Ermittlungen Anlass gaben, kann eine gegenüber der Auffassung der Strafverfolgungsbehörden andere rechtliche Würdigung durch das Gericht nicht zu einer anderen Kostenverlegung führen (THOMAS ZWEIDLER, Die Praxis zur thurgauischen Strafprozessordnung, 2005, N. 7 zu § 58 StPO). Der Angeklagte hat zudem sämtliche Verfahrenskosten zu tragen, wenn er nur in einem Nebendelikt ohne weitere Bedeutung freigesprochen wird (ZWEIDLER, a.a.O., N. 6 zu § 58 StPO). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, weshalb die Vorinstanz in ihrem Entscheid diese Grundsätze verkennt haben soll. Auf seine Rüge ist mangels einer ausreichenden Begründung nicht einzutreten.
9. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Unseld