Faits:
A. Le 27 février 2001, à Paris, M._, née en 1955, a subi un grave accident de la circulation alors qu'elle traversait un passage piéton. Elle était assurée auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA).
Dans une décision du 12 juillet 2004, la CNA a reconnu le droit de l'assurée à une rente complémentaire LAA, basée sur une incapacité de gain de 100%, dès le 1er mars 2004, ainsi qu'à une indemnité pour atteinte à l'intégrité (IPAI) d'un taux de 70%. Le montant de la rente était fixé à 0 fr. pour cause de surindemnisation dès lors que l'assurance-invalidité servait des prestations dépassant le 90% du gain assuré. Quant au montant de l'IPAI, il faisait l'objet du décompte suivant :
Indemnité pour atteinte à l'intégrité 74'760 fr.
Compensation
Avance -27'026 fr.
Créance de recours -47'734 fr. -74'760 fr.
Solde à verser 0 fr.
Cette décision n'a pas été attaquée.
En septembre 2006, M._ s'est adressée à la CNA pour s'enquérir du versement du montant de 74'760 fr. L'assureur-accidents lui a répondu qu'elle avait déjà perçu une avance de 27'026 fr.; au solde restant (de 47'734 fr.), il avait soustrait les provisions qu'elle avait reçues dans le cadre de la procédure devant les tribunaux français (à savoir 305 euros, 18'294 euros et 12'000 euros alloués respectivement par l'assureur Equité en octobre 2001, par décision judiciaire du 21 février 2002 et par ordonnance de référé du 7 juillet 2003), tout en précisant encore que ces sommes avaient été "imputées du montant de l'IPAI en raison de leur nature identique pour éviter une surindemnisation". L'assurée s'est déclarée en désaccord avec ce point de vue et a demandé à la CNA qu'elle rende une décision formelle au sujet du solde non payé de l'indemnité en cause, ce que celle-ci a refusé de faire (lettre du 12 décembre 2008).
B. Par acte du 9 février 2009, M._ a saisi le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales d'un recours pour déni de justice.
Statuant le 17 mars 2009, le tribunal a admis le recours de la prénommée et invité la CNA à rendre une décision au sens des considérants.
C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement cantonal, en concluant à son annulation.
Le Tribunal fédéral n'a pas ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions finales, soit celles qui mettent fin à la procédure (<ref-law>). Hormis les situations - non pertinentes en l'espèce - visées à l'<ref-law>, il n'est recevable contre les décisions incidentes que si celles-ci peuvent causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure : en tant que cour suprême, le Tribunal fédéral ne devrait en principe connaître qu'une seule fois de la même affaire, à la fin de la procédure (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 45; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 631).
2. Considérant que la décision du 12 juillet 2004 était particulièrement peu claire et insuffisamment motivée en ce qui concernait le montant de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité à laquelle l'assurée avait droit, la juridiction cantonale a constaté un déni de justice et invité l'assureur-accidents à rendre une décision y relative. Dans la mesure où la CNA doit statuer sur l'objet du litige - l'IPAI -, le jugement attaqué ne met pas fin à la procédure et entre dans la catégorie des décisions incidentes au sens de l'<ref-law>.
3. 3.1 Selon la jurisprudence, un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un dommage de nature juridique qui ne peut pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 647 et les références). En revanche, un dommage de pur fait, comme la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme irréparable (<ref-ruling> consid. 1 p. 59 et les arrêts cités). C'est pourquoi un jugement de renvoi pour instruction complémentaire et nouvelle décision ne cause en principe pas de dommage irréparable à l'administration. Il n'en va différemment que s'il comporte des instructions sur la manière dont cette dernière devra trancher certains aspects du rapport juridique litigieux, restreignant ainsi de manière importante sa latitude de jugement (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 483).
3.2 Il appartient au recourant, sous peine d'irrecevabilité, non seulement d'alléguer, mais aussi d'établir la possibilité que la décision incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne ressorte clairement du dossier. Cela vaut en tout cas lorsque le recourant est représenté par un avocat ou lorsque la partie recourante est un assureur, comme c'est le cas en l'espèce (voir HANSJÖRG SEILER, Rückweisungsentscheide in der neueren Sozialversicherungspraxis des Bundesgerichts, in: Schaffhauser/Schlauri [éd.], Sozialversicherungsrechtstagung 2008, 2009, p. 20 sv.).
3.3 En l'espèce, la recourante ne fait valoir aucun argument sur la question de l'existence d'un préjudice irréparable et on ne voit pas d'emblée en quoi tel serait le cas. Elle doit rendre une nouvelle décision. Toutefois, le jugement attaqué ne la contraint pas à rendre une décision différente de la précédente quant au résultat. Si elle reprend la même décision sur la question litigieuse, M._ pourra recourir devant le tribunal cantonal. Au cas où la prénommée obtiendrait gain de cause sur le montant de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité, la CNA peut saisir le Tribunal fédéral et faire encore valoir l'autorité de chose jugée de sa première décision. La condition du préjudice irréparable fait donc défaut.
4. Quant à lettre b de l'<ref-law>, elle n'entre pas en ligne de compte dès lors que le renvoi des premiers juges n'est manifestement pas de nature à entraîner une procédure probatoire longue et coûteuse (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 430 et les arrêts cités).
5. Le recours est par conséquent irrecevable.
La recourante, qui succombe, doit supporter les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 30 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Ursprung von Zwehl