Faits :
A.
A.a. Le 1 er septembre 2011, la société de droit public X._ (ci-après: X._) a déposé devant le Tribunal de première instance de Genève une requête de faillite sans poursuite préalable contre A._, inscrit au registre du commerce en qualité de titulaire de l'entreprise individuelle B._. Elle a allégué qu'elle était titulaire d'une créance de xxxx fr. fondée sur un contrat de bail résilié avec effet au 31 juillet 2010 en raison de non-paiement de loyers, résiliation suite à laquelle l'expulsion des locaux avait été ordonnée, et que le débiteur était en cessation de paiement.
Par ordonnance du 3 novembre 2011, le juge de première instance a cité les parties à comparaître à une audience fixée au 21 novembre 2011. Cette citation mentionnait les <ref-law> et le fait que les parties étaient invitées à apporter toutes pièces dont elles entendaient faire état afin qu'il soit statué par voie de procédure sommaire. Les parties ont comparu. Lors de cette audience, A._ a requis de déposer des observations écrites, ce que le juge a refusé. Par jugement du 12 mars 2012, la faillite de A._ a été prononcée avec effet ce même jour à 14h35.
A.b. Le 3 avril 2012, le failli a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice du canton de Genève et a produit des pièces, dont sa détermination refusée par le premier juge (pièce n° 5). Il a également requis l'effet suspensif.
Après que la procédure a été suspendue, sur requête des parties, durant neuf mois, la Cour de justice a, par arrêt du 26 avril 2013, rejeté le recours de A._ et déclaré la requête d'effet suspensif sans objet, considérant au préalable irrecevable la pièce n° 5 du failli.
Par arrêt 5A_423/2013 du 17 septembre 2013, le Tribunal fédéral a annulé cet arrêt pour violation du droit d'être entendu, au motif que le recourant n'avait pas pu s'exprimer sur le nouvel extrait du registre des poursuites du 22 mars 2013 que la cour cantonale avait requis d'office. Il a retourné la cause à cette juridiction pour nouvelle décision.
La demande d'interprétation de cet arrêt déposée par le failli a été rejetée par le Tribunal fédéral (arrêt 5G_1/2014 du 14 mars 2014).
A.c. Suite à ce renvoi, la Cour de justice a fixé au failli un délai pour se déterminer sur le nouvel extrait de ses poursuites. Ne s'étant pas prononcé dans le délai qui lui avait été imparti, le failli a requis une restitution de délai le 23 octobre 2013 et a sollicité la suspension de la procédure de faillite dans l'attente de la décision sur sa requête de radiation de son entreprise individuelle au registre du commerce. Par ordonnance d'instruction du 19 novembre 2013, la Cour de justice a fixé au failli un nouveau délai pour se déterminer sur l'extrait du registre des poursuites et indiqué qu'elle statuerait dans sa décision au fond sur la requête de suspension de la procédure.
Par arrêt 5A_930/2013 du 30 janvier 2014, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours du prénommé contre ladite ordonnance, les conditions de l'<ref-law> n'étant pas réunies.
Par arrêt du 14 mars 2014, la Cour de justice a statué sur la requête de suspension, qu'elle a rejetée, et derechef sur le recours contre le jugement de faillite du 12 mars 2012, qu'elle a également rejeté, la requête d'effet suspensif ayant été déclarée au préalable sans objet.
Cet arrêt fait l'objet de la présente procédure.
A.d. Dans l'intervalle, le 30 septembre 2013, soit après le prononcé de l'arrêt du 17 septembre 2013 du Tribunal fédéral dans la procédure de faillite, A._ a déposé auprès du registre du commerce une requête en radiation de son inscription et de celle de sa raison individuelle, pour cause de cessation de l'exploitation de B._.
Le préposé au registre du commerce a fait part à A._ du fait qu'" il ne serait possible de prendre en considération cette requête qu'au moment d'une éventuelle annulation du jugement de faillite de sonentreprise ".
Par arrêt du 20 décembre 2013, la Chambre de surveillance de la Cour de justice genevoise, a rejeté le recours de A._ contre l'absence de décision du registre du commerce.
Par arrêt 4A_23/2014 du 8 juillet 2014, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevables le recours en matière civile et le recours constitutionnel subsidiaire exercés par A._ contre cette décision. Il a jugé tout d'abord qu'à la date du 25 avril 2013, soit celle où la cause avait été replacée suite à l'annulation, par l'arrêt 5A_423/2013 du 17 septembre 2013, de la décision cantonale du 26 avril 2013 pour violation du droit d'être entendu, le prononcé de faillite était en force de chose jugée, avec effet au 12 mars 2012 à 14h35, aucun effet suspensif n'ayant été accordé. Ensuite, puisque le 30 septembre 2013, date où le recourant avait requis la radiation de son inscription au registre du commerce, il était déjà en faillite (depuis le 12 mars 2012 à 14h35), il n'avait pas la faculté de procéder pour former une telle réquisition. Enfin, dès lors que la radiation de son entreprise aurait eu pour conséquence de soustraire ses actifs à la mainmise générale de ses créanciers, il n'avait pas la capacité pour procéder à la réquisition de cet acte.
B.
Par acte posté le 12 mai 2014, A._ exerce un recours en matière civile contre l'arrêt du 14 mars 2014 confirmant sa faillite. Il conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la requête de faillite sans poursuite préalable soit rejetée et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il invoque la constatation manifestement inexacte des faits, sans citer la violation d'une norme légale ou constitutionnelle, ainsi que la violation des art. 29 al. 2 Cst. en lien avec l'<ref-law>, 9 Cst. dans l'application de l'<ref-law>, 8 CC et 253 CPC.
Il requiert également d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2), prise en dernière instance cantonale et par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>) sur renvoi du Tribunal fédéral, confirmant l'ouverture de la faillite du recourant (<ref-law>). Recevable indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. d LTF), il a de plus été interjeté en temps utile (<ref-law>). Le recourant, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>). Il y a donc lieu, en principe, d'entrer en matière sur le recours.
2.
2.1.
2.1.1. Dans les limites dictées par le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi (<ref-ruling> consid. 2; arrêt 5A_561/2011 du 19 mars 2012 consid. 2.1 et les autres références, non publié in <ref-ruling>, mais publié in FamPra.ch 2012 p. 765 et Pra 2012 (119) p. 850), le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.1). L'<ref-law> exige par ailleurs que le recourant discute les motifs de la décision entreprise et indique précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il suffit néanmoins qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 2). Si une question est discutée conformément à l'obligation de motivation précitée, le Tribunal fédéral n'est lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2). Il ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant ("principe d'allégation"; <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
2.1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation conformément au principe d'allégation précité (cf. supra consid. 2.1).
2.2. En l'espèce, les griefs d'arbitraire dans l'établissement des faits, de la violation du droit d'être entendu et de la violation de l'<ref-law> se confondent, pour autant qu'on les comprenne, avec celui de la violation de l'<ref-law> que le recourant avait en outre déjà soulevé dans son recours en matière civile dirigé contre l'arrêt du 26 avril 2013. Ils doivent donc être rejetés, pour autant que recevables.
Quant au grief d'arbitraire dans l'application de l'<ref-law>, il est en grande partie incompréhensible, partant irrecevable. Pour autant que le recourant entende, en soulevant ce grief, critiquer le rejet de sa requête en suspension, il est dans tous les cas sans objet au vu de l'arrêt 4A_23/2014.
3.
Le seul grief recevable est celui de la violation de l'<ref-law>, en tant que le premier juge a refusé la détermination écrite que le recourant entendait déposer devant lui lors de l'audience du 21 novembre 2011.
Sur ce point, l'autorité cantonale a jugé que la citation à comparaître à l'audience mentionnait les <ref-law> et le fait que les parties étaient invitées à apporter toutes pièces dont elles entendaient faire état afin qu'il soit statué par voie de procédure sommaire. Le recourant, assisté d'un avocat, pouvait raisonnablement inférer de cette citation, au vu de la teneur de l'<ref-law>, que le premier juge avait opté pour la procédure orale, de sorte que celui-ci n'avait pas violé le CPC en refusant d'accepter les écritures du recourant. Dans la mesure où ce magistrat avait en outre donné l'occasion au recourant de s'exprimer oralement durant l'audience et de déposer des pièces, il n'avait pas violé son droit d'être entendu.
4.
La question qui se pose est de savoir si l'<ref-law> impose au juge de la faillite, qui donne à la partie adverse l'occasion de se déterminer oralement lors des débats, d'accepter également les déterminations écrites que celle-ci entend présenter en audience.
4.1. La procédure sommaire s'applique aux affaires de faillite (cf. <ref-law>).
Sous le chapitre 2 (" Procédure et décision ") du titre dédié à cette procédure, l'<ref-law> (" Réponse ") dispose que lorsque la requête ne paraît pas manifestement irrecevable ou infondée, le tribunal donne à la partie adverse l'occasion de se déterminer oralement ou par écrit. L'<ref-law> (" Décision ") prévoit quant à lui que le tribunal peut renoncer aux débats et statuer sur pièces, à moins que la loi n'en dispose autrement. Dans la procédure de faillite, les art. 168 et 190 al. 2 LP consacrent cette exception en imposant au juge de citer les parties à une audience (cf. not. Giroud, in Basler Kommentar, SchKG II, Art. 159-352 SchKG, 2ème éd., 2010, n° 3 ad <ref-law>; Vock/Müller, SchKG-Klagen nach der Schweizerischen ZPO, 2012, p. 227).
Selon le Message du Conseil fédéral, la procédure sommaire se caractérise par sa souplesse dans sa forme, car elle peut être orale ou écrite. Le tribunal donne à la partie adverse l'occasion de se prononcer. Le caractère écrit ou oral de la procédure est laissé à sa libre appréciation, ce qui permet de tenir compte du cas d'espèce (Message relatif au code de procédure civile suisse (CPC), du 28 juin 2006, FF 2006 p. 6841 ss [ch. 5.17, 6956 ss]).
Le Tribunal fédéral n'a pas encore eu à trancher la question de savoir si le juge qui donne l'occasion au défendeur de se déterminer par oral doit accepter une détermination écrite de sa part. S'agissant du droit de se déterminer des parties, il a par contre jugé que, en raison de la nature de la procédure sommaire en principe plus rapide, il se justifie de se montrer restrictif pour admettre un second échange d'écritures en première instance, celui-ci devant être exceptionnel (<ref-ruling> consid. 2.1). Il a également jugé que, selon l'<ref-law>, le juge dispose en principe d'un pouvoir d'appréciation pour décider s'il entend conduire la procédure purement par écrit ou rendre sa décision après la tenue de débats. C'est ainsi que, en première instance, les parties ne peuvent compter ni sur un second échange d'écritures, ni sur la tenue de débats (arrêt 4A_273/2012 du 30 octobre 2012 consid. 3.2, non publié in <ref-ruling>; cf. aussi, sur le pouvoir d'appréciation en la matière: arrêt 5D_192/2013 du 30 avril 2014 consid. 4.2.1).
La doctrine est nuancée sur la question. S'agissant des procédures auxquelles s'applique uniquement le CPC, la majorité des auteurs soutient, en se référant au Message ainsi qu'au rapport d'experts et en se basant sur le principe de la célérité qui prédomine en procédure sommaire, qu'il appartient au juge, faisant usage de son pouvoir d'appréciation, et non aux parties, de décider, en fonction des particularités du cas concret, s'il entend fixer un délai au défendeur afin qu'il se détermine par écrit ou citer les parties à une audience où celui-ci pourra prendre position oralement ( CHEVALIER, in Zürcher Kommentar zur ZPO, 2ème éd., 2013, n° 1 ad <ref-law>; GASSER/RICKLI, Kurzkommentar zur ZPO, 2 ème éd., 2014, n° 1 ad <ref-law>; GÜNGERICH, in Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Band II, Art. 150-352/400-406 ZPO, 2012, n° 7 ad <ref-law>; HOFMANN/LÜSCHER, Le Code de procédure civile, 2009, p. 162; KAUFMANN, in Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, Brunner et alii [éd.], 2011, n° 13 ad <ref-law> et n° 4 ad <ref-law>; JENT-S ø RENSEN, in KuKo ZPO, 2 ème éd., 2014, n° 1 et 4 ad <ref-law>; LAZOPOULOS, in ZPO Kommentar, Gehri/Kramer [éd.], 2010, n° 2 ad <ref-law>; LEUENBERGER/UFFER-TOBLER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, n° 11.172; MAZAN, in Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2 ème éd., 2013, n° 11 et 13 s., 17 ss ad <ref-law> et n° 2 s. ad <ref-law>, qui semble même exclure que le juge puisse ordonner au défendeur, préalablement aux débats imposés par la loi, de se déterminer par écrit; MEIER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, p. 357 s. § 50; Rubin, in Schweizerische Zivilprozessordnung, Baker & McKenzie [éd.], 2010, n° 6 ad <ref-law>; SPÜHLER/DOLGE/GEHRI, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 9 ème éd., 2010, n° 252; STAEHELIN/STAEHELIN/GROLIMUND, Zivilprozessrecht, 2 ème éd., 2013, n° 42 § 21, lesquels admettent également que le juge puisse donner le choix au défendeur de répondre par écrit ou de requérir des débats; SUTTER-SOMM, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2 ème éd., 2012, n° 1179). Conformément à l'<ref-law>, si le juge demande des observations écrites, il décide ensuite, toujours dans le cadre de son pouvoir d'appréciation à moins que la loi ne l'oblige à tenir des débats, de citer les parties à une audience ou de statuer sur pièces uniquement ( GASSER/RICKLI, op. cit., n° 1 ad <ref-law>; GÜNGERICH, op. cit., n° 14 ad <ref-law>, n° 1 ad <ref-law>; HOFMANN/LÜSCHER, op. cit., p. 162; JENT-S ø RENSEN, op. cit., n° 4 ad <ref-law>; KAUFMANN, op. cit., n° 4 ad <ref-law>; MEIER, op. cit., p. 357 s. § 50). Seul un auteur soutient que le défendeur peut répondre soit par écrit, soit par oral à l'audience. Le juge ne pourrait en aucun cas refuser le dépôt d'une réponse écrite avant ou jusqu'à l'audience ( BOHNET, in Code de procédure civile commenté, Bohnet et alii [éd.], 2011, n° 2 ad <ref-law>).
S'agissant plus particulièrement de la procédure de faillite, où la loi impose la tenue d'une audience (cf. art. 168 et 190 al. 2 LP), plusieurs auteurs sont d'avis, étant toutefois précisé que la plupart se sont exprimés avant l'entrée en vigueur du CPC, que les parties sont en droit de se déterminer par écrit au lieu de se présenter à l'audience de faillite (Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkurs, 9 ème éd., 2013, n° 33 § 36; COMETTA, in Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, n° 1 ad <ref-law>; GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Art. 159-270 LP, 2001, n° 14 ad <ref-law>; WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4 ème éd., Band II, Art. 159-292 LP, 1997/99, n° 4 ad <ref-law>; moins clair: BRUNNER/BOLLER, in Basler Kommentar, SchKG II, Art. 159-352 SchKG, 2 ème éd., 2010, n° 27 ad <ref-law>: ces auteurs semblent uniquement permettre au juge, malgré l'injonction de l'<ref-law>, de décider d'une procédure écrite). Ils avancent comme motif que les parties sont libres de comparaître à l'audience et que le juge statue séance tenante nonobstant leur absence (cf. art. 171 1 ère phr. LP).
4.2.
4.2.1. Pour les raisons qui suivent (cf. infra consid. 4.2.2), la question de savoir si le juge de la faillite doit accepter les déterminations écrites du failli que celui-ci présenterait avant l'audience en lieu et place de sa comparution n'a pas à être tranchée. Il suffit de retenir que l'avis isolé selon lequel le juge doit accepter toute écriture des parties présentée même lors de l'audience ne peut être suivi. Il va à l'encontre de la grande liberté de manoeuvre que le législateur a entendu donner au juge dans la procédure sommaire en vue de réaliser la souplesse et la rapidité qui caractérisent celle-ci. Il va également à l'encontre de la jurisprudence, rejoignant sur ce point la doctrine majoritaire, qui reconnaît au juge, et non aux parties, un pouvoir d'appréciation dans la manière de diriger la procédure.
4.2.2. En l'espèce, le recourant n'a pas produit son écriture avant l'audience, en précisant qu'il entendrait renoncer à comparaître à l'audience. Il a, au contraire, voulu la produire seulement en audience, lors de laquelle il a pu plaider et dupliquer, ainsi que présenter ses offres de preuves à l'appui de ses allégués de fait (cf. procès-verbal d'audience du 21 novembre 2011). Dans le présent recours, le recourant n'expose pas qu'il aurait été privé de la possibilité de présenter un de ses arguments juridiques; du reste, il a parfaitement été en mesure de le faire ensuite dans son recours cantonal, étant précisé que l'autorité cantonale applique le droit d'office et examine avec une pleine cognition toute violation du droit (cf. <ref-law>). Son argument apparaît chicanier et viser à prolonger encore une procédure de faillite qui n'a que trop duré.
Au vu de ce qui précède, le grief de la violation de l'<ref-law> doit être rejeté, pour autant que recevable.
5.
En conclusion, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable. Les conclusions étant dénuées de toute chance de succès, la requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée (<ref-law>). Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à sa charge (<ref-law>). Des dépens ne sont pas dus.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 19 août 2014
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : La Greffière :
von Werdt Achtari