Faits:
A. Par décision du 7 septembre 2010, le Procureur général de la République et Canton de Genève a classé en opportunité la plainte déposée par X._ le 26 juin 2010 à l'encontre de son époux, Y._, pour lésions corporelles simples. Il a invoqué à l'appui de sa décision les versions contradictoires des parties et le temps écoulé entre les faits allégués et la plainte.
B. La Chambre d'accusation de la République et Canton de Genève a rejeté, par ordonnance du 13 octobre 2010, le recours dont l'avait saisie X._ et confirmé la décision entreprise.
L'autorité cantonale a retenu que X._ avait subi une perforation du tympan et un traumatisme crânien le 16 juin 2007, attestés par un certificat médical, et que son époux lui avait causé, le 9 février 2010, un hématome de 2 centimètres de diamètre en repoussant violemment la porte de la salle de bain sur son visage. Elle avait ainsi subi des violences conjugales ayant entraîné des atteintes à son intégrité corporelle et il existait donc une prévention pénale suffisante de lésions corporelles simples. Il se justifiait toutefois de classer en opportunité la plainte pour des motifs d'apaisement, les faits nouveaux ou circonstances nouvelles étant toutefois réservés. En effet, les époux étaient séparés de fait et Y._ n'avait plus accès au domicile conjugal. Des mesures protectrices de l'union conjugale avaient par ailleurs été requises par l'épouse. Enfin, il apparaissait que celle-ci n'avait déposé plainte pénale que pour rectifier les déclarations de son mari devant le Tribunal de première instance.
C. X._ forme un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Invoquant diverses violations du droit fédéral, notamment de ses droits constitutionnels, ainsi que du droit cantonal de procédure, elle conclut à l'annulation de l'ordonnance attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée a été rendue le 13 octobre 2010 et le recours a été déposé le 15 novembre 2010 devant le Tribunal fédéral. La qualité pour recourir de l'intéressée s'examine par conséquent au regard de l'<ref-law> selon sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010 (Niklaus Schmid, Übergangsrecht der Schweizerischen Strafprozessordnung, Zurich 2010, p. 98, ch. 352).
1.1 L'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 aLTF confère la qualité pour recourir à celui qui est victime au sens défini par la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5), à la condition que la décision attaquée puisse avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles.
1.1.1 Est une victime au sens de la LAVI, toute personne qui a subi, du fait d'une infraction, une atteinte directe à son intégrité physique, psychique ou sexuelle (<ref-law>). L'atteinte doit revêtir une certaine gravité. Il ne suffit pas que la victime ait subi des désagréments, qu'elle ait eu peur ou qu'elle ait eu quelque mal. La notion de victime ne dépend toutefois pas de la qualification de l'infraction, mais exclusivement de ses effets sur le lésé. Des voies de fait peuvent ainsi suffire à fonder la qualité de victime si elles causent une atteinte notable à l'intégrité psychique du lésé, mais il est aussi possible que des lésions corporelles simples n'entraînent, au contraire, qu'une altération insignifiante de l'intégrité physique et psychique. En définitive, il faut déterminer si, au regard des conséquences de l'infraction en cause, le lésé pouvait légitimement invoquer le besoin de la protection prévue par la loi fédérale (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 218).
La recourante a eu un tympan perforé et un traumatisme crânien le 16 juin 2007, ainsi qu'un hématome de 2 centimètres de diamètre le 9 février 2010. Il ne ressort pas des constatations cantonales, qui ne sont pas critiquées sur ce point par la recourante, qu'à la suite des faits dénoncés, elle a dû être hospitalisée, qu'elle a subi une intervention chirurgicale, qu'elle a dû suivre des traitements médicaux longs ou douloureux, qu'elle a été mise en arrêt de travail ou qu'elle conserve des séquelles physiques ou psychiques. Ainsi, si les violences qu'elle a subies ne doivent pas être minimisées, sa qualité de victime au sens de l'<ref-law> est cependant douteuse.
1.1.2 Constituent des prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 ch. 5 aLTF des prétentions en réparation du dommage et en tort moral au sens des <ref-law>. Si la victime n'a pas pris de conclusions civiles parce que la procédure n'est pas parvenue à un stade lui permettant de le faire, il lui incombe alors d'expliquer quelles prétentions elle entend faire valoir et dans quelle mesure le classement ou le non-lieu attaqué a une incidence sur leur jugement. Elle ne peut s'en dispenser que dans les cas évidents (cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 187 et les arrêts cités). Comme il n'appartient pas à la victime de se substituer au Ministère public ou d'assouvir sa soif de vengeance, les exigences quant à cette obligation de motivation sont spécialement élevées (<ref-ruling> consid. 1a p. 187; <ref-ruling> consid. 8 p. 57/58). Dès lors que la décision attaquée ne contient rien qui puisse être opposé sur le plan civil à la victime, il y a lieu d'admettre que la sentence n'a pas d'effet sur le jugement de ses prétentions civiles (<ref-ruling> consid. 1a p. 188).
La procédure n'ayant pas été menée jusqu'à un stade qui aurait permis à la recourante de prendre des conclusions civiles, il ne peut lui être reproché de ne pas l'avoir fait. Il lui appartient néanmoins d'expliquer devant le Tribunal fédéral quelles prétentions elle entend faire valoir et dans quelle mesure le classement attaqué a une incidence sur le jugement de celles-ci.
Elle indique à ce propos, de manière très incidente, que la plainte qu'elle a déposée avait pour but d'obtenir une réparation morale. Les lésions corporelles, qui englobent tant les atteintes physiques que psychiques, doivent toutefois en principe impliquer une importante douleur physique ou morale ou avoir causé une atteinte durable à la santé pour donner droit à une indemnité équitable à titre de réparation morale. Parmi les circonstances qui peuvent, selon les cas, justifier l'application de l'<ref-law>, figurent une longue période de souffrance et d'incapacité de travail, de même que les préjudices psychiques importants (arrêt 4A_373/2007 du 8 janvier 2008 consid. 3.2, non publié in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 119; <ref-ruling> consid. 2a p. 216). Pour les mêmes motifs qui rendent douteuse la qualité de victime de la recourante (cf. consid. 1.1.1), les faits dénoncés n'entraînent pas de manière évidente une atteinte suffisamment grave pour justifier une réparation morale et la recourante ne donne aucune précision à ce propos. Elle n'établit dès lors pas avoir des prétentions civiles à faire valoir.
En outre, elle n'explique pas en quoi le classement attaqué aurait une incidence sur le jugement desdites prétentions civiles. Celui-ci admet l'existence d'une prévention suffisante de lésions corporelles simples et repose uniquement sur des motifs d'opportunité. N'étant pas fondé sur des motifs liés à l'illicéité du comportement de son époux, le classement ne contient rien qui pourrait être opposé à la recourante sur le plan civil. Même s'il fallait admettre que le classement litigieux ne se justifiait pas en l'espèce, celle-ci ne pourrait donc rien en déduire quant aux prétentions qu'elle pourrait faire valoir (cf. arrêt 6B_386/2009 du 25 juin 2009 consid. 1.2).
1.2 La recourante ne remplit ainsi pas les conditions de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 aLTF et elle n'a donc pas qualité pour recourir sur la base de cette disposition.
2. Reste à examiner si la recourante réalise les conditions auxquelles un simple lésé est habilité à recourir.
2.1 Selon la jurisprudence, le simple lésé n'a d'intérêt juridique à obtenir l'annulation d'une décision relative à la conduite de l'action pénale que si cette décision porte atteinte aux droits procéduraux qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou qui découlent directement du droit constitutionnel, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel. Il n'est donc habilité à recourir que pour se plaindre de la violation de tels droits et peut faire valoir à ce titre, notamment, que l'autorité inférieure a refusé à tort d'entrer en matière sur le recours dont il l'avait saisie ou, encore, qu'elle ne lui a pas donné l'occasion de s'exprimer, de formuler des réquisitions tendant à l'administration de preuves ou de consulter le dossier. Il ne peut en revanche remettre en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond, par exemple contester l'application de la loi matérielle, arguer d'une motivation insuffisante de la décision attaquée, contester l'appréciation des preuves ou le rejet d'une réquisition de preuve motivé par l'appréciation anticipée de celle-ci ou par le défaut de pertinence juridique du fait à établir (<ref-ruling> consid. 1 p. 30 ss; <ref-ruling> consid. 2 p. 229 ss).
2.1 Selon la jurisprudence, le simple lésé n'a d'intérêt juridique à obtenir l'annulation d'une décision relative à la conduite de l'action pénale que si cette décision porte atteinte aux droits procéduraux qui lui sont reconnus par le droit cantonal ou qui découlent directement du droit constitutionnel, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel. Il n'est donc habilité à recourir que pour se plaindre de la violation de tels droits et peut faire valoir à ce titre, notamment, que l'autorité inférieure a refusé à tort d'entrer en matière sur le recours dont il l'avait saisie ou, encore, qu'elle ne lui a pas donné l'occasion de s'exprimer, de formuler des réquisitions tendant à l'administration de preuves ou de consulter le dossier. Il ne peut en revanche remettre en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond, par exemple contester l'application de la loi matérielle, arguer d'une motivation insuffisante de la décision attaquée, contester l'appréciation des preuves ou le rejet d'une réquisition de preuve motivé par l'appréciation anticipée de celle-ci ou par le défaut de pertinence juridique du fait à établir (<ref-ruling> consid. 1 p. 30 ss; <ref-ruling> consid. 2 p. 229 ss).
2.2 2.2.1 La recourante fait valoir, en premier lieu, une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Elle avait requis diverses mesures d'instruction, auxquelles la Chambre d'accusation n'avait pas donné suite sans motiver sa décision, se limitant à affirmer que son recours était mal fondé. Elle admet ainsi avoir eu la possibilité de formuler des réquisitions tendant à l'administration de preuves. Elle ne peut cependant se plaindre du rejet de celles-ci, implicitement motivé par une appréciation anticipée des preuves par l'autorité cantonale. Au vu des principes rappelés ci-dessus, elle ne peut pas davantage se plaindre d'une prétendue insuffisance de la motivation de la décision attaquée à ce sujet. Son recours est donc irrecevable de ce point de vue.
2.2.2 La recourante soutient ensuite que le classement de sa plainte la prive d'obtenir un procès juste et équitable qui statue sur la culpabilité de son époux et sur ses prétentions civiles. Elle invoque à l'appui de son grief une violation des art. 30 al. 1 Cst. (droit d'être jugé par un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial), ainsi que 9 Cst. (protection contre l'arbitraire). Elle fait également valoir, dans ce cadre, que le classement en opportunité dont sa plainte a fait l'objet crée une inégalité de traitement (cf. art. 8 al. 1 Cst.) puisque le Ministère public genevois a rendu une ordonnance de condamnation dans une autre procédure relative à des faits similaires.
En se bornant à affirmer que le classement en opportunité empêche que sa cause soit portée devant un tribunal, en violation des droits constitutionnels précités, la recourante ne se conforme pas aux exigences de motivations de l'<ref-law> qui impose que le recourant démontre par une argumentation claire et détaillée en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287; <ref-ruling> consid. 6 p. 397; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254). Elle n'explique notamment d'aucune manière en quoi l'indépendance ou l'impartialité des juges, garantie par l'art. 30 al. 1 Cst., serait compromise en l'espèce et lui aurait barré l'accès à la justice. En tout état, en tant qu'elle entendait invoquer l'art. 29a Cst. (garantie de l'accès au juge), la recourante n'était pas habilitée à se plaindre d'une éventuelle violation de cette disposition, n'étant pas titulaire de l'action pénale (arrêt 6B_64/2009 du 17 mars 2009 consid. 4). De plus, la simple mention de la condamnation par le Ministère public d'un mari violent pour injure, menaces et lésions corporelles simples, alors que les parties étaient séparées et que des mesures protectrices de l'union conjugale avaient été requises, ne répond pas davantage aux exigences de motivation de l'<ref-law> pour démontrer une inégalité de traitement, les infractions retenues n'étant déjà pas les mêmes. Les griefs soulevés sont dès lors irrecevables.
2.2.3 La recourante se plaint également d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves au sens de l'art. 9 Cst. Elle fait également valoir que la décision entreprise viole l'<ref-law>. Par de tels griefs, elle critique toutefois la décision sur le fond de la cause, ce qu'elle n'est pas recevable à faire en tant que simple lésée.
2.2.4 La recourante fait enfin valoir que le classement en opportunité n'est pas prévu par le code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (CPP; RS 312.0), dont elle réclame implicitement l'application. Elle critique en outre les motifs d'opportunité qui auraient amené l'autorité cantonale à classer sa plainte en violation des art. 115, 116 et 193B de l'ancien code de procédure pénale genevois (CPP/GE [RS/GE E 4 20 ], en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010).
L'ordonnance attaquée a été rendue le 13 octobre 2010, soit avant l'entrée en vigueur du code de procédure pénale fédérale le 1er janvier 2011. La Chambre d'accusation ne pouvait ainsi pas appliquer ce code, n'ayant pas la compétence de suppléer le Conseil fédéral et de décider qu'une nouvelle loi fédérale, adoptée mais formellement pas mise en vigueur, sera appliquée tandis que l'ancienne loi, formellement encore en vigueur, ne le sera plus (arrêt 6B_907/2009 du 3 novembre 2010 consid. 2.3 et la référence à Martin Schubarth Legisvakanz und Verfassung, in PJA 2005 p. 1043). L'art. 453 al. 1 CPP dispose en outre que les recours formés contre les décisions rendues avant l'entrée en vigueur dudit code sont traités selon l'ancien droit par les autorités compétentes sous l'empire de ce droit. Le droit cantonal de procédure genevois est dès lors seul applicable en l'espèce.
La recourante n'est par ailleurs pas habilitée à discuter devant la cour de céans les considérations d'opportunité qui ont fondé le classement. En effet, un classement en opportunité viole le droit fédéral lorsqu'il en résulte que l'autorité compétente se refuse par principe à appliquer une disposition du droit pénal, qu'elle en modifie le contenu, notamment en ajoutant des éléments constitutifs de l'infraction, qu'elle l'applique ou l'interprète faussement ou encore que son refus ne repose sur aucun motif raisonnable, de telle sorte qu'il équivaut à un refus d'appliquer le droit fédéral (<ref-ruling> consid. 3 p. 42; 107 consid. 2c p. 111; <ref-ruling> consid. 3b p. 101). De tels griefs remettent donc en cause l'application du droit matériel fédéral, ce qui exclut la recevabilité du recours du lésé sur ce point (arrêt 6B_555/2010 du 25 octobre 2010 consid. 1.2; 6B_22/2009 du 2 février 2009 consid. 1). En tout état, il a déjà été jugé que le classement en opportunité, pour des motifs d'apaisement, d'une infraction de lésions corporelles simples dans le cadre de violences conjugales ne viole pas le droit fédéral (cf. arrêt 6P.141/2002 du 2 décembre 2002 consid. 5.3).
2.3 Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Comme ses conclusions étaient manifestement dénuées de chance de succès, la recourante doit être déboutée de sa demande d'assistance judiciaire (<ref-law> a contrario) et supporter les frais de justice, (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire de la recourante est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 23 mai 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Mathys Rieben