zieht das Bundesgericht in Erwägung:
1.- Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) erteilte dem Kanton Zürich mit Verfügung vom 5. November 1999 eine Baukonzession für das sog. Dock Midfield, das im Rahmen der 5. Bauetappe erstellt werden soll. Gegen diese Baukonzession haben neben anderen die Sektionen Zürich und Aargau des Verkehrs-Clubs der Schweiz (VCS) je eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht, wobei die Sektion Zürich die gesamtschweizerische Vereinigung vertritt und die Sektion Aargau in eigenem Namen handelt. Die Sektion Aargau führt zu ihrer Beschwerdelegitimation aus, sie sei als Sektion des VCS Schweiz im Sinne der Umweltschutzgesetzgebung ein beschwerdeberechtigter Umweltschutzverband.
2.- Nach Art. 55 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814. 01) steht das Recht zur Anfechtung von Verfügungen über die Planung, Errichtung oder Änderung von ortsfesten Anlagen, für die eine Umweltverträglichkeitsprüfung nach <ref-law> erforderlich ist, auch den gesamtschweizerischen Umweltschutzorganisationen zu, sofern sie mindestens zehn Jahre vor Einreichung der Beschwerde gegründet wurden. <ref-law> behält somit - gleich wie Art. 12 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) - die Beschwerdeberechtigung den gesamtschweizerischen Organisationen vor. Wohl dürfen sich diese auch im bundesgerichtlichen Verfahren durch eine Sektion vertreten lassen, wofür es allerdings einer für das konkrete Verfahren ausgestellten ausdrücklichen Vollmacht bedarf (vgl. <ref-ruling> E. 1e/bb und cc, 125 II 50 E. 2a und b, je mit Hinweisen). Dagegen können die einzelnen Sektionen nicht in eigenem Namen das Bundesgericht anrufen. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Sektion Aargau des VCS, die in eigenem Namen Beschwerde führen will, kann daher nicht eingetreten werden.
3.- Auf eine Kostenauflage ist zu verzichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1.- Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kanton Zürich sowie dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 12. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: