Ehescheidung, hat sich ergeben:
A.- A._ und B._ (geb. am 10. Oktober 1963 bzw. am 14. September 1973) heirateten 1992 in Jugoslawien und zogen Ende 1995 nach Zürich. Aus ihrer Verbindung stammen die Kinder C._ (geb. 1991) und D._ (geb. 1994).
Im Dezember 1996 wurde A._ in Untersuchungshaft gesetzt; er befindet sich seither in Haft bzw. im vorzeitigen Strafvollzug. Am 27. Juni 1997 reichte B._ die Scheidungsklage ein. Mit Urteil vom 17. November 1997 wies das Bezirksgericht Zürich (8. Abteilung) die Klage erstinstanzlich ab. Es räumte ein, dass die Situation B._ stark belaste, verneinte aber für den damaligen Zeitpunkt eine tiefe und unheilbare Zerrüttung. Im Januar 1998 gebar B._ die Tochter E._, die nach Aussage beider Parteien nicht vom A._ abstammt. Am 11. März 1999 wurde A._ vom Geschworenengericht des Kantons Zürich wegen versuchter vorsätzlicher Tötung zu einer Zuchthausstrafe von 11 Jahren und zu lebenslänglicher Landesverweisung verurteilt. Das Strafurteil ist noch nicht rechtskräftig.
B.- Auf Berufung von B._ hin hiess das Obergericht des Kantons Zürich (I. Zivilkammer) die Scheidungsklage am 2. Dezember 1999 gut und stellte die drei Kinder unter die elterliche Gewalt der Mutter.
C.- Mit Berufung vom 17. Januar 2000 beantragt A._ dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 2. Dezember 1999 aufzuheben und die Scheidungsklage abzuweisen. Im Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Verfahren vor dem Bundesgericht.
Das Obergericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.
Eine Berufungsantwort ist nicht eingeholt worden.
D.-Mit Beschluss vom 21. August 2000 hat das Kassationsgericht des Kantons Zürich eine von A._ gegen das obergerichtliche Urteil eingereichte Nichtigkeitsbeschwerde abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Urteil des Obergerichts stellt einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid im Sinne von Art. 48 Abs. 1 OG dar, der gemäss Art. 44 OG der Berufung unterliegt. Das Rechtsmittel ist rechtzeitig eingelegt worden (Art. 54 Abs. 1 i.V.m. Art. 34 Abs. 1 lit. c OG).
b) Gemäss Art. 7b Abs. 3 SchlTZGB findet vorliegend das Scheidungsrecht in der vor dem 1. Januar 2000 geltenden Fassung des ZGB Anwendung. Dass der Entscheid des Kassationsgerichts nach diesem Stichtag ergangen ist, ändert nichts, weil das Verfahren vor dem Kassationsgericht keine Fortsetzung des kantonalen Verfahrens vor dem Sachrichter darstellt und das Kassationsgericht nur Nichtigkeitsrügen gemäss <ref-law>/ZH zu prüfen hatte (vgl. auch Thomas Geiser, Übersicht zum Übergangsrecht des neuen Scheidungsrechts, in: Heinz Hausheer [Hrsg. ], Vom alten zum neuen Scheidungsrecht, Bern 1999, Rz 6.19).
2.- a) Das Obergericht hat erkannt, die Ehe der Parteien sei tief und unheilbar zerrüttet i.S. von aArt. 142 Abs. 1 ZGB, wobei nicht ersichtlich sei, dass eine Partei die Zerrüttung überwiegend verschuldet habe. Es hat ausgeführt, auch wenn noch nicht feststehe, ob der Beklagte bestraft werde und wie gegebenenfalls das Urteil laute, beeinträchtige schon die gegenwärtige Inhaftierung des Beklagten und die nach dem Urteil des Geschworenengerichts sehr konkrete Möglichkeit einer länger dauernden Freiheitsstrafe und der Landesverweisung das eheliche Verhältnis ganz beträchtlich. Dieses erscheine deswegen aber noch nicht als unheilbar zerrüttet. Auch die Beziehung der Klägerin zu einem anderen Mann und die Geburt eines Kindes aus dieser Beziehung hätten das Verhältnis der Parteien sicher erheblich gestört, aber nicht unheilbar zerrüttet, da der Beklagte beteuert habe, die Klägerin bedeute ihm nach wie vor viel. Den Ausschlag gebe jedoch der neu vorgebrachte (und zugestandene) Umstand, dass der Beklagte HIV-positiv sei. Die Schutzmöglichkeiten vermöchten die Ansteckungsgefahr nicht auszuschliessen, was eine schwer wiegende Störung der Geschlechtsgemeinschaft zur Folge habe. Wohl führe dies nicht in jedem Fall zur Zerrüttung einer Ehe.
Da die Parteien jedoch noch jung seien und ihre persönliche Beziehung nicht besonders stabil bzw. die Ehe nicht sehr tragfähig sei, bewirke die schwere Störung der Geschlechtsgemeinschaft die unheilbare Zerrüttung.
b) Der Beklagte macht geltend, die obergerichtliche Beurteilung der Verhältnisse verstosse gegen aArt. 142 Abs. 1 und Abs. 2 ZGB. Es sei unzulässig, allein aus seiner HIV-Infektion auf eine tiefe Zerrüttung der Ehe zu schliessen.
Die Ehegatten schuldeten sich vor allem in schwierigen Situationen Treue und Beistand, und erst die Wiederaufnahme der Beziehung werde dereinst aufzeigen, ob tatsächlich eine Zerrüttung i.S. von aArt. 142 Abs. 1 ZGB eingetreten sei. Der obergerichtliche Schluss gestützt auf die allgemeine Lebenserfahrung, wonach eine HIV-Infektion mit hoher Wahrscheinlichkeit zum Abbruch der geschlechtlichen Beziehungen und zur Zerrüttung führe, sei falsch, und zwar auch mit Bezug auf junge Paare und die Klägerin im Besonderen. Diese habe sich nie um eine allfällige Ansteckung gekümmert und lasse sich - wie die weiteren Ereignisse gezeigt hätten - trotz der Risiken nicht von ungeschütztem Geschlechtsverkehr abhalten.
Zudem gelte es auch die Möglichkeiten neuer Therapiemethoden zu berücksichtigen. Die ehelichen Schwierigkeiten gingen vorwiegend von der Klägerin aus und nur darauf zurück, dass diese schon kurze Zeit nach seiner Inhaftierung eine ehebrecherische Beziehung aufgenommen habe und schwanger geworden sei. Einzig sie habe mit ihrem Verhalten bewirkt, dass die Ehe nicht sehr tragfähig sei. Sie trage deshalb auch das alleinige Verschulden an der Zerrüttung, weshalb sie keinen Scheidungsanspruch habe.
c) Die Frage, ob eine so tiefe Zerrüttung des ehelichen Verhältnisses eingetreten ist, dass den Ehegatten die Fortsetzung der ehelichen Gemeinschaft nicht zugemutet werden darf (aArt. 142 Abs. 1 ZGB), stellt eine Rechtsfrage dar und ist vom Bundesgericht an sich frei überprüfbar (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 16 f., 98 II 337 E. 2). Dabei ist jedoch zu berücksichtigen, dass die Beurteilung der Zumutbarkeit auf einer Würdigung der Umstände beruht und deshalb in das Ermessen des Sachrichters gestellt ist (<ref-law>; Bühler/Spühler, Ergänzungsband, N. 20 zu <ref-law>; Lüchinger/Geiser, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Solche Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht nur mit grosser Zurückhaltung. Das gilt besonders für Fälle wie den vorliegenden, in denen persönliche Verhältnisse zu würdigen sind, denen der Sachrichter näher steht als das Bundesgericht (<ref-ruling> E. 4a S. 227 f., 125 III 226 E. 4b S. 230; Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Ziff. 75 Fn 21 S. 106).
Welche Ursachen zur Zerrüttung der Ehe geführt haben, ob das Verhalten einer Partei kausal für den entsprechenden Zerrüttungsfaktor gewesen ist, und welche von mehreren Ursachen ausschlaggebend an die Zerrüttung der Ehe beigetragen haben, entscheidet der Sachrichter. An solche tatbeständliche Feststellungen ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (Art. 63 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 3 S. 14 f.). Es kann aber frei überprüfen, ob und in welchem Masse die als kausal festgestellten Zerrüttungsfaktoren der einen oder anderen Partei zum Verschulden angerechnet werden müssen (<ref-ruling> E. 2b S. 367). Ein Ehegatte verliert seinen Scheidungsanspruch, wenn er das Scheitern der Ehe überwiegend verschuldet hat. Überwiegend schuldig i.S. von aArt. 142 Abs. 2 ZGB ist, wessen Zerrüttungsverschulden dasjenige der anderen Partei unter Einschluss der objektiven Zerrüttungsfaktoren überwiegt (<ref-ruling> E. 2a S. 366, 92 II 137 E. 2 S. 140).
d) Die Vorbringen des Beklagten gegen die Schlussfolgerung des Obergerichts, dass die Fortsetzung des ehelichen Verhältnisses für die Klägerin unzumutbar sei, überzeugen nicht. Nachdem feststeht (und im Übrigen auch zugestanden wird), dass die Beziehung zwischen den Ehegatten ohnehin nicht sehr tragfähig war, leuchtet vor dem Hintergrund der HIV-Infektion des Beklagten und der damit verbundenen Beeinträchtigung des für die Klägerin - nach den vorinstanzlichen Feststellungen (Art. 63 Abs. 2 OG) - als wichtig erachteten Geschlechtslebens einerseits und des ergangenen Strafurteils sowie der vom Obergericht als sehr konkret bezeichneten Möglichkeit einer länger dauernden Freiheitsstrafe und Landesverweisung andererseits ein, dass die Vorinstanz die Weiterführung der Ehe als unzumutbar für die Klägerin erachtet hat.
Jedenfalls hat sie das ihr zustehende Ermessen bei der Beurteilung der Verhältnisse weder überschritten noch fehlerhaft ausgeübt. Mit dem allgemeinen Hinweis darauf, dass die Erholung des Immunsystems mit neuen Therapien in den Bereich des Möglichen rücke und das Zeugen weiterer Kinder dementsprechend auch nicht mehr generell auszuschliessen sei, vermag der Beklagte die vorinstanzliche Beurteilung nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Die heute und auf absehbare Zeit bestehenden Schwierigkeiten, eine Geschlechtsgemeinschaft zu leben, und die im Raum stehende Möglichkeit einer langen Freiheitsstrafe und Landesverweisung bedeuten für die Klägerin Beeinträchtigungen, die das Obergericht mit Blick auf die Persönlichkeit der Klägerin und ihre Belastbarkeit und Lebensgestaltung als untragbar bezeichnen durfte.
Die Einwände, dass die Klägerin den Beklagten früher nicht darauf angesprochen habe, ob er HIV-positiv sei, dass sie augenscheinlich auch nach seiner Inhaftierung ungeschützten Geschlechtsverkehr gehabt habe, und dass die Ehegatten früher keine weiteren Kinderwünsche gehabt hätten, sind unbeachtlich.
Im angefochtenen Urteil finden sich keine derartigen Feststellungen, und die Einwände müssen daher schon deswegen als neu und damit unzulässig bezeichnet werden, weil die notwendigen Aktenhinweise als Beleg für das rechtzeitige Geltendmachen dieser Sachvorbringen fehlen (<ref-ruling> E. 5c/aa S. 357, 115 II 484 E. 2a). Selbst wenn sie in Betracht zu ziehen wären, würden sie dem Beklagten jedoch nicht weiterhelfen. Denn es kann der Klägerin nicht schaden, wenn sie auf das Verantwortungsbewusstsein des Beklagten und allenfalls auch ihres neuen Bekannten gezählt hat. Es sind weder Umstände ersichtlich noch vorgebracht worden, die es gestatten würden, ihr ein leichtfertiges Verhalten vorzuwerfen und solches ebenfalls in Zukunft anzunehmen. Ausserdem kann ein Kinderwunsch auch neu entstehen. Mit dem Argument, aufgrund allgemeiner Lebenserfahrung lasse sich aus der HIV-Infektion eines Ehegatten nicht auf eine schwere Beeinträchtigung der Geschlechtsgemeinschaft schliessen bzw. eine allfällige Befangenheit der Klägerin könnte erst nach Wiederaufnahme der Beziehung festgestellt werden, greift der Beklagte schliesslich auf den Einzelfall bezogene Schlüsse gestützt auf die Lebenserfahrung an (<ref-ruling> E. 2b S. 258). Seine Kritik betrifft insofern tatsächliche Feststellungen des Obergerichts, welche im Rahmen einer Berufung jedoch nicht überprüft werden können (Art. 63 Abs. 2 OG).
e) Mit dem Vorbringen, der Grund für die ehelichen Schwierigkeiten liege vorab in der ehebrecherischen Drittbeziehung der Klägerin, will der Beklagte wiederum eine Tatfrage zur Diskussion stellen, was in einer Berufung grundsätzlich unzulässig ist. Das Obergericht hat für das Bundesgericht verbindlich festgestellt (Art. 63 Abs. 2 OG), die Zerrüttung gehe zu einem beträchtlichen Teil auf die mit der Inhaftierung und Verurteilung des Beklagten verbundenen Belastungen und auf die Drittbeziehung der Klägerin und das darin gezeugte Kind zurück. Entscheidend für die unheilbare Zerrüttung seien aber die mit der HIV-Infektion des Beklagten verbundenen Beeinträchtigungen (vgl. auch E. 2a). Von diesen drei Zerrüttungsursachen ist nur diejenige der Aufnahme und Pflege einer ehewidrigen Beziehung der Klägerin vorzuwerfen.
Die anderen beiden Zerrüttungsursachen, insbesondere die ausschlaggebende der HIV-Infektion, sind objektiver Natur oder allenfalls dem Beklagten zuzurechnen. Bei dieser Sachlage kann nicht gesagt werden, die einzige von der Klägerin zu verantwortende Ursache überwiege die übrigen Faktoren.
Zu Recht hat die Vorinstanz daher ein überwiegendes Zerrüttungsverschulden der Klägerin verneint und ihren Scheidungsanspruch bejaht (vgl. E. 2c hiervor). Die Rüge der Bundesrechtsverletzung geht auch in diesem Punkt fehl.
3.- Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ergebnis wird der Beklagte kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Da seine Berufung aber nicht gerade als von vornherein aussichtslos bezeichnet werden muss, seine Bedürftigkeit erstellt ist und die Notwendigkeit der Rechtsverbeiständung vor Bundesgericht bejaht werden kann, ist seinem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege zu entsprechen (Art. 152 OG). Parteikosten sind keine zu sprechen, weil auf eine Berufungsantwort verzichtet worden und dem Beklagten daher kein Parteiaufwand erwachsen ist (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts (I. Zivilkammer) des Kantons Zürich vom 2. Dezember 1999 wird bestätigt.
2.- Das Gesuch des Beklagten um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen; dem Beklagten wird Rechtsanwältin Barbara Laur, Zürich, als Rechtsbeistand beigegeben.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird dem Beklagten auferlegt, einstweilen aber auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.- Rechtsanwältin Barbara Laur, Zürich, wird mit Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (I. Zivilkammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 1. November 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: