Sachverhalt:
A. Der Kantonsgerichtsausschuss von Graubünden erklärte X._ mit Urteil vom 26. Juni 2008 in zweiter Instanz der Bevorzugung eines Gläubigers gemäss <ref-law> sowie der ordnungswidrigen Führung der Geschäftsbücher gemäss <ref-law> schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu je Fr. 40.-- sowie zu Bussen in der Höhe von Fr. 550.-- und Fr. 80.--, im Falle der schuldhaften Nichtbezahlung umwandelbar in Ersatzfreiheitsstrafen von 13 bzw. 2 Tagen. Den Vollzug der Geldstrafe schob er unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren bedingt auf.
B. Gegen diesen Entscheid führt X._ Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht, mit der er sinngemäss die Aufhebung des angefochtenen Urteils beantragt.
C. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die angefochtene Entscheidung ist nach dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz [BGG], SR 173.110) ergangen. Die gegen diese geführte Beschwerde untersteht daher entgegen der fehlerhaften Rechtsmittelbelehrung im vorinstanzlichen Dispositiv dem neuen Verfahrensrecht (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer war nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz einziger Verwaltungsrat und einzelzeichnungsberechtigter Vertreter der Y._ AG. Im angefochtenen Urteil wird ihm im Wesentlichen vorgeworfen, er habe den Kassabestand, das DVD-Lager und das Anlagevermögen der Y._ AG, nachdem die Zwischenbilanz der Gesellschaft vom 31. März 2005 bereits erstellt, die prekäre Lage der Gesellschaft bekannt und der Konkurs unausweichlich gewesen sei, in Kenntnis der einzelnen gegen die Gesellschaft bestehenden Forderungen verschiedener Gläubiger in die Z._ GmbH überführt und mit Forderungen derselben gegen die Y._ AG verrechnet. Damit habe er den Tatbestand der Bevorzugung eines Gläubigers im Sinne von <ref-law> erfüllt (angefochtenes Urteil S. 10 ff.).
3. Hiegegen erhebt der Beschwerdeführer verschiedene Einwände.
3.1 Er macht zunächst geltend, die Erstklassforderungen (Lohnforderungen seiner Ehefrau und seiner selbst sowie Versicherungsbeiträge an die berufliche Vorsorge) seien grösser als die im freien Verkauf zu erzielenden Erlöse aus den Aktiven gewesen. Wie die Vorinstanz indessen zu Recht annimmt, hindert dieser Umstand einen Schuldspruch wegen Gläubigerbevorzugung nicht. Denn dem Beschwerdeführer war nach den Ausführungen im angefochtenen Urteil bekannt, dass die noch verbliebenen Aktiven der Y._ AG nicht ausreichen würden, um die vorhandenen Erstklassforderungen, geschweige denn sämtliche angemeldeten Forderungen zu befriedigen. Er musste sich mithin darüber im Klaren sein, dass andere Gläubiger zu Schaden kommen würden, wenn er die Aktiven der Gesellschaft durch den Verkauf der DVDs und des Zubehörs etc. an die Z._ GmbH in erheblichem Umfang verringerte, da die Verteilquote im Konkurs unter diesen Umständen offensichtlich geringer ausfallen würde (angefochtenes Urteil S. 14).
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt, soweit sich der Beschwerdeführer überhaupt hinreichend mit dem angefochtenen Urteil auseinandersetzt und insofern auf die Beschwerde eingetreten werden kann (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1), als unbegründet.
3.2 Im Weiteren bringt der Beschwerdeführer vor, die Z._ GmbH habe während der Sanierungsphase finanzielle Vorleistungen erbracht, indem sie offene Kreditoren bezahlt habe, um die Warenlieferungen sicherzustellen. Daher könne von einer Gläubigerbevorzugung nicht die Rede sein.
Zu diesem Einwand hat die Vorinstanz ausführlich Stellung genommen. Sie hat unter anderem ausgeführt, unbesehen der Frage, wann genau die Sanierungsphase beendet worden sei, könne der Verkauf eines grossen Teils der Aktiven der Y._ AG an die Z._ GmbH nicht zu den Sanierungsbemühungen gezählt werden. Mit dem Verkauf seien der Y._ AG nämlich nicht nur bedeutende Aktiven entzogen, sondern es sei insbesondere auch ihr Tagesgeschäft ganz massiv eingeschränkt worden. Dieser Entzug von Aktiven und die damit verbundene erhebliche Einschränkung der Möglichkeit, überhaupt einen Erlös zu erwirtschaften, habe nicht zu einer Sanierung der Y._ AG beitragen können, auch wenn die Passiven der Gesellschaft in geringem Umfang verringert worden seien (angefochtenes Urteil S. 14 f.).
Zu diesen Erwägungen äussert sich der Beschwerdeführer nicht, so dass in diesem Punkt auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
3.3 Schliesslich kritisiert der Beschwerdeführer den Umstand, dass ein Konkursbeamter den grössten Aktivposten der Y._ AG von ca. Fr. 30'000.-- im freien Verkauf für Fr. 1'500.-- verschleudert habe, während im Gegenzug eine marktgerechte Vergütung von gebrauchten DVDs der Z._ GmbH angeprangert werde.
Diese Rüge hat der Beschwerdeführer schon im Untersuchungsverfahren vorgebracht (vgl. etwa Schreiben vom 28. Juli 2005 an die Kantonspolizei Graubünden). Er macht aber selber nicht geltend, dass er eine Verfügung des Konkursamtes oder gar den Konkursentscheid des Bezirksgerichtspräsidiums B._ vom 29. April 2005 gerichtlich angefochten hätte. Auf dieses Vorbringen kann somit ebenfalls nicht eingetreten werden.
4. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Seinen eingeschränkten finanziellen Verhältnissen kann mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung getragen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, Kantonsgerichtsausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog