Fatti:
A. Con decreto legislativo del 25 settembre 1990, il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha stanziato un sussidio di fr. 500'000.-- a favore di B._ per la realizzazione di un'azienda agricola nel Comune di Bosco Gurin, del costo preventivato di fr. 1'314'000.--. Per la medesima opera, il 3 gennaio 1991 l'Ufficio federale delle bonifiche fondiarie ha concesso un sussidio federale di fr. 412'500.--. A garanzia del buon uso dei contributi, il 15 dicembre 1994 B._ e sua moglie A._ hanno sottoscritto una convenzione con la Sezione cantonale delle bonifiche fondiarie e del catasto. L'atto prevedeva in particolare l'obbligo di destinazione esclusiva ad uso agricolo degli stabili e dei fondi per vent'anni a far tempo dal versamento dei sussidi cantonali e federali, pena la restituzione integrale degli stessi.
B. Con scritto del 29 marzo 2005 B._ ha segnalato alla Sezione dell'agricoltura del Cantone Ticino di aver affittato ad un terzo l'azienda agricola ed i terreni annessi. Il 12 settembre 2005 l'autorità l'ha informato che non era necessaria l'approvazione del canone d'affitto, in quanto il contratto, datato 2 aprile 2005 e concluso per il periodo dal 1° giugno 2004 al 10 novembre 2012, riguardava singoli fondi non costituenti un'azienda agricola. Con decisione del 6 dicembre 2005 la Sezione dell'agricoltura ha però preso atto che A._ e B._ avevano dato in affitto la stalla, ma continuavano ad usare l'abitazione, ed ha quindi intimato loro di ripristinare la destinazione agricola per tutte le opere sussidiate oppure di restituire fr. 149'265.--. Annullata dalla Divisione cantonale dell'economia, la decisione della Sezione dell'agricoltura è stata riformulata l'8 febbraio 2006. Questa seconda decisione è stata impugnata dagli interessati dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che ha tuttavia giudicato il ricorso irricevibile ed ha trasmesso gli atti al Consiglio di Stato affinché statuisse nel merito.
C. Dopo aver dichiarato nulla per difetto di competenza la decisione emanata il 6 dicembre 2005 dalla Sezione dell'agricoltura, con risoluzione del 17 ottobre 2006 il Consiglio di Stato ha assegnato ad A._ e B._ un termine di trenta giorni per ripristinare la destinazione agricola, in ossequio alla convenzione del 15 dicembre 1994. In caso di inadempimento, ha ordinato il rimborso parziale dei sussidi, per complessivi fr. 194'702.--. Gli interessati si sono nuovamente aggravati dinanzi al Tribunale amministrativo, rilevando in particolare che la cessazione dell'attività agricola era dovuta ad un problema di salute del marito e che l'affitto a terzi costituiva una soluzione transitoria fino alla ripresa dell'azienda da parte di uno dei tre figli. Con sentenza del 24 aprile 2007, la Corte cantonale ha tuttavia respinto il ricorso.
D. Il 1° giugno 2007 A._ e B._ hanno adito il Tribunale federale mediante un ricorso in materia di diritto pubblico ed un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Dando seguito ad un decreto del Presidente della II Corte di diritto pubblico, l'11 giugno seguente i due gravami sono stati riuniti in un unico allegato, con cui i ricorrenti chiedono di annullare sia la decisione del Tribunale amministrativo sia quella del Consiglio di Stato. Con il ricorso in materia costituzionale essi lamentano la violazione del diritto di essere sentiti e del diritto alla protezione della buona fede, mentre con il ricorso in materia di diritto pubblico sollevano altre critiche, riferite indistintamente alla restituzione dei sussidi federali e di quelli cantonali.
Chiamati ad esprimersi, il Consiglio di Stato chiede la reiezione dei gravami, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si riconferma nelle motivazioni e nelle conclusioni della sentenza impugnata. Alla stessa si allinea anche l'Ufficio federale dell'agricoltura.
E. Con decreto presidenziale del 4 luglio 2007 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo presentata assieme ai gravami.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere di cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.1 Contro decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico (<ref-law>) che, come in concreto, emanano da un'autorità cantonale di ultima istanza e non sono impugnabili al Tribunale amministrativo federale (cfr. art. 86 cpv. 1 lett. d LTF e art. 166 cpv. 2 della legge federale sull'agricoltura, del 29 aprile 1998 [LAgr; RS 910.1]), è di massima esperibile il ricorso ordinario in materia di diritto pubblico, a meno che la fattispecie ricada sotto una delle eccezioni previste dagli art. 83-85 LTF. Tra queste, l'art. 83 lett. k LTF esclude il rimedio ordinario contro le decisioni concernenti sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto.
Una clausola d'esclusione sostanzialmente identica era prevista già dall'art. 99 cpv. 1 lett. h della pregressa legge federale del 16 dicembre 1943 sull'organizzazione giudiziaria (OG; cfr. RU 1969 pag. 784 segg.) in relazione al ricorso di diritto amministrativo. Tuttavia laddove la controversia concerneva non il rilascio o il diniego, ma la restituzione di sussidi già percepiti, il rimedio ordinario era ammissibile indipendentemente dall'esistenza di un diritto all'ottenimento del contributo. L'art. 101 lett. d OG ammetteva infatti il ricorso contro la revoca di decisioni attributive di vantaggi ai sensi, tra l'altro, dell'art. 99 cpv. 1 lett. h OG (cfr. sentenza 2A.567/2002 del 25 aprile 2003, consid. 1.2 [non pubbl. in <ref-ruling>]). La nuova legge non prevede in maniera esplicita una norma analoga all'art. 101 lett. d OG, per cui v'è da chiedersi se tale omissione non comporti l'irricevibilità del gravame.
Il problema si è già posto nel diritto degli stranieri, dove le condizioni per l'ammissibilità del ricorso di diritto amministrativo erano simili (cfr. art. 100 cpv. 1 lett. b n. 3 e art. 101 lett. d OG) e dove simili rimangono pure i presupposti per il ricorso in materia di diritto pubblico (cfr. art. 83 lett. c n. 2 LTF). Orbene, in tale ambito il Tribunale federale ha ritenuto che nei casi in cui, se non fossero revocati, i permessi continuerebbero a produrre effetti giuridici, le decisioni di revoca rimangono impugnabili mediante il rimedio ordinario, malgrado l'assenza di una norma paragonabile all'art. 101 lett. d OG (sentenza 2C_21/2007 del 16 aprile 2007, consid. 1.2; sentenza 2C_37/2007 del 21 giugno 2007, consid. 1.1).
Tale principio va applicato anche in materia di sussidi. In effetti pure nel caso di un ordine di restituzione l'ammissibilità del ricorso si fonda sul legittimo affidamento riposto nel fatto che, una volta concesso, il contributo rimane di principio acquisito, ammesso che vengano adempiute le condizioni stipulate all'atto della concessione, senza alcuna ingerenza ulteriore nella posizione giuridica conferita. Inoltre anche in tal caso l'adozione del provvedimento di revoca non è lasciata al libero apprezzamento delle autorità, ma soggiace ai presupposti fissati dalla legge (cfr. sentenza 2C_21/2007 del 16 aprile 2007, consid. 1.2). La via del ricorso in materia di diritto pubblico non è pertanto preclusa dall'art. 83 lett. k LTF (cfr. Thomas Häberli, in: Niggli/Uebersax/ Wiprächtiger [a cura di], Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, Basilea/Ginevra/Monaco 2008, n. 205 ad art. 83).
1.2 Con i ricorsi ordinari può tra l'altro venir censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>), nozione che comprende anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3). La presunta violazione di garanzie costituzionali non va dunque sistematicamente fatta valere con un ricorso in materia costituzionale (cfr. già <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3). Salvo eccezioni (cfr. art. 95 lett. c e d LTF), con i ricorsi ordinari non può per contro venir contestata direttamente l'applicazione del diritto cantonale e comunale. Eventuali censure riferite a tali ordinamenti vanno comunque sollevate nell'ambito dei rimedi ordinari. Esse costituiscono tuttavia un motivo di ricorso ammissibile soltanto se hanno per conseguenza una violazione del diritto federale ai sensi dell'<ref-law>, ossia, in sostanza, se comportano una lesione della Costituzione, in particolare del divieto d'arbitrio (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.1).
Nel caso di specie, il ricorso in materia di diritto pubblico è pertanto esperibile sia in riferimento ad entrambe le categorie di sussidi percepiti, anche se laddove riguarda i contributi cantonali il giudizio contestato è fondato sul diritto cantonale autonomo (cfr. sentenza 2A.553/2002 del 22 agosto 2003, consid. 1.1), sia per tutte le censure sollevate, comprese quelle di ordine costituzionale. Di riflesso il ricorso in materia costituzionale, sussidiario, è irricevibile (<ref-law>). Le argomentazioni addotte in tale mezzo di impugnazione vanno comunque trattate nell'ambito del rimedio ordinario, nella misura in cui l'allegato ricorsuale adempie le esigenze formali di questo tipo di ricorso (<ref-ruling> consid. 1.2; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2.1).
1.3 In virtù dell'effetto devolutivo della procedura ricorsuale, oggetto dell'impugnativa può di principio essere soltanto il giudizio dell'ultima istanza cantonale (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF; sentenza 2C_135/2007 del 26 giugno 2007, consid. 3; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1c). Laddove chiede l'annullamento non solo della sentenza del Tribunale amministrativo, ma anche della precedente decisione emanata dal Consiglio di Stato, l'atto ricorsuale è dunque inammissibile.
1.4 Nell'ambito dei rimedi ordinari, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>) e non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel gravame né dai considerandi sviluppati dall'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 1.4.1; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2.5; <ref-ruling> consid. 1.4). L'atto ricorsuale deve comunque essere motivato e spiegare in modo conciso perché la decisione impugnata viola il diritto (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF). Tenuto conto di queste esigenze, il Tribunale federale esamina di principio solo le censure addotte, a meno che i vizi giuridici appaiano del tutto manifesti. Esso non è tenuto a trattare, come un giudice di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che la fattispecie potrebbe porre, se queste non sono (più) controverse (<ref-ruling> consid. 1.4.1).
In relazione alla violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale o intercantonale, le esigenze di motivazione sono più rigorose. Secondo l'<ref-law>, il Tribunale federale esamina infatti simili censure soltanto se il ricorrente le ha sollevate e motivate. Laddove si applica questa regola, valgono in pratica le esigenze che la prassi aveva dedotto dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG per il ricorso di diritto pubblico. Occorre quindi che le censure siano esposte in modo chiaro, supportate da un'esauriente motivazione giuridica e, per quanto possibile, documentate (<ref-ruling> consid. 1.4.2; <ref-ruling> consid. 1.4; cfr. anche 130 I 258 consid. 1.3, 26 consid. 2.1).
È assai dubbio che l'impugnativa adempia pienamente questi requisiti di motivazione. In effetti l'atto di ricorso permette certo di capire che i ricorrenti si oppongono alla restituzione dei contributi percepiti, ma si limita in gran parte ad illustrare la loro situazione personale e a criticare la mancanza di consulenza da parte della Sezione dell'agricoltura, senza confrontarsi realmente con le argomentazioni giuridiche addotte nel giudizio impugnato e spiegare per quali motivi il medesimo sarebbe contrario al diritto. Ciò vale in particolare in relazione ai sussidi cantonali, per i quali, come visto, valgono esigenze accresciute, considerato che sono fondati sul diritto cantonale. In effetti i ricorrenti non formulano considerazioni distinte da quelle proposte per i contributi federali, non fanno nemmeno riferimento alla relativa norma legale e quindi tanto meno espongono perché sarebbe stata interpretata o applicata in modo non solo errato, ma addirittura manifestamente insostenibile e quindi arbitrario (sulla nozione di arbitrio, cfr. <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 1.2, 13 consid. 5.1). Ad ogni modo, la questione dell'ammissibilità del gravame sotto il profilo delle esigenze di motivazione può in definitiva rimanere aperta.
2. Preliminarmente, nell'ambito del preteso ricorso in materia costituzionale, i ricorrenti lamentano la violazione del loro diritto di essere sentiti (<ref-law>). Al riguardo, essi sostengono che la Sezione dell'agricoltura avrebbe istruito in modo carente la pratica, non coinvolgendoli in maniera adeguata.
La critica appare priva di pertinenza già perché riguarda la procedura che ha condotto alla decisione di prima istanza. In questa sede decisivi non sono tuttavia i fatti su cui si è fondata l'autorità di prime cure, bensì quelli ritenuti dall'autorità giudiziaria precedente, i quali possono essere censurati, rettificati o completati solo se il relativo accertamento è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF), ad esempio a seguito del rifiuto di amministrare prove rilevanti offerte dai ricorrenti (cfr. <ref-ruling> consid. 2a/aa).
In ogni caso non è dato di vedere su quali punti la situazione fattuale non sarebbe stata sufficientemente chiarita già prima della decisione adottata dal Consiglio di Stato il 17 ottobre 2006. A questo proposito va peraltro tenuto presente che anche nei casi in cui vige la massima inquisitoria, le parti sono tenute a collaborare all'accertamento dei fatti, in particolare laddove si tratta di circostanze che, per forza di cose, esse conoscono meglio dell'autorità e che quest'ultima non potrebbe appurare senza il loro concorso (<ref-ruling> consid. 6.6.1; <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 2b). Di conseguenza, incombeva semmai ai ricorrenti fornire eventuali precisazioni sull'evocata futura ripresa dell'azienda da parte di uno dei figli o sulla ripartizione tra le infrastrutture e gli edifici dati in affitto e quelli ancora utilizzati da loro.
Per il resto, laddove l'atto ricorsuale lamenta la mancanza di consulenza da parte della Sezione dell'agricoltura quando quest'ultima è stata interpellata dal fittavolo e quando le è stato trasmesso il contratto di affitto, la pretesa violazione del diritto di essere sentito consiste in realtà in una critica di merito, che verrà dunque esaminata nel seguito, segnatamente in relazione con il principio della buona fede.
3. 3.1 Per quanto concerne i sussidi federali, l'art. 102 della legge sull'agricoltura stabilisce, al primo capoverso, che la destinazione agricola di fondi, opere, impianti ed edifici agricoli oggetto di migliorie realizzate con contributi federali non può essere modificata durante vent'anni a contare dall'ultimo versamento del contributo; inoltre il terreno di un raggruppamento non può essere frazionato. Secondo l'art. 35 dell'ordinanza sui miglioramenti strutturali nell'agricoltura, del 7 dicembre 1998 (OMSt; RS 913.1), una modifica della destinazione va tra l'altro ravvisata nell'edificazione o l'utilizzazione di terreno coltivo e di edifici agricoli per scopi non agricoli così come nella cessazione dell'utilizzazione agricola di edifici sussidiati (cpv. 1 lett. a e b).
L'<ref-law> prevede la possibilità per i cantoni di autorizzare deroghe al divieto di modificare la destinazione e di frazionare i terreni; tali deroghe sono però ammesse solo se gravi motivi lo giustificano (art. 102 cpv. 3, prima frase, LAgr). L'<ref-law> elenca quali gravi motivi in particolare l'assegnazione a zone edificabili, protette o comunque non agricole (lett. a), il rilascio di autorizzazioni edilizie ai sensi dell'art. 24 della legge federale del 22 giugno 1979 sulla pianificazione del territorio (LPT; RS 700) (lett. b), l'assenza di fabbisogno agricolo per il ripristino di edifici e impianti distrutti da incendi o da avvenimenti naturali (lett. c) e il fabbisogno in costruzioni della Confederazione, per le ferrovie o le strade nazionali (lett. d).
L'<ref-law> dispone infine che chiunque contravviene al divieto di modificare la destinazione o di frazionare i terreni deve rimborsare i contributi ricevuti dalla Confederazione e risarcire tutti i danni cagionati (cfr. anche l'<ref-law>). In base all'<ref-law>, se la modifica della destinazione o il frazionamento avvengono senza autorizzazione preliminare del cantone, i contributi devono essere interamente restituiti. Se invece tali operazioni sono autorizzate dal cantone, quest'ultimo decide contemporaneamente se i contributi versati devono essere rimborsati integralmente o solo in parte oppure se rinuncia al rimborso (art. 102 cpv. 3 seconda frase LAgr; <ref-law>).
3.2 Per i sussidi cantonali, l'art. 41 della legge cantonale sull'agricoltura, del 3 dicembre 2002 (LCAgr), dispone che il Consiglio di Stato revoca le prestazioni concesse in virtù della legge, tra cui figurano gli aiuti agli investimenti per miglioramenti strutturali all'agricoltura (art. 6-8 LCAgr), tra l'altro quando per motivi ingiustificati, si verifica un cambiamento di destinazione delle opere sussidiate (cpv. 1 lett. d). L'obbligo di restituzione si estingue dopo un periodo di vent'anni per le costruzioni rurali e dopo dieci anni per le attrezzature (cpv. 2).
4. Di per sé i ricorrenti non contestano, o perlomeno non in modo sufficientemente puntuale, l'adempimento dei presupposti per applicare al caso di specie le norme testé richiamate.
4.1 D'altronde è manifesto che l'abitazione ha perso lo scopo per cui, meno di vent'anni or sono, erano stati erogati i sussidi per la sua costruzione, ovvero soddisfare i bisogni abitativi dei gestori dell'azienda agricola. Gli insorgenti continuano infatti ad utilizzarla in proprio, nonostante abbiano completamente abbandonato l'attività agricola. L'immobile è per di più abitato con una certa regolarità solo da A._, segretaria comunale a Bosco Gurin, mentre il marito ed i figli vi soggiornano, se del caso, unicamente durante i week-end e le vacanze. Nel corso della settimana essi risiedono infatti a Tenero affinché i figli possano raggiungere più facilmente le scuole che frequentano e B._ la Scuola agraria cantonale di Mezzana, dove insegna.
4.2 A ragione i giudici cantonali hanno inoltre ritenuto che il cambiamento di destinazione è avvenuto senza autorizzazione preliminare del Cantone. Agli atti non v'è infatti traccia di istanze in tal senso inoltrate prima di cedere in affitto le restanti infrastrutture ed i terreni dell'azienda. Del resto, nemmeno i ricorrenti pretendono il contrario. In virtù dell'<ref-law>, i contributi federali dovrebbero quindi essere interamente restituiti. Non è tuttavia necessario stabilire se, come paventato dall'autorità precedente, questa regola dovrebbe comportare conseguenze finanziarie più gravose di quelle confermate nel giudizio impugnato, in particolare il rimborso di fr. 285'612.-- (contributo complessivo per la casa, ossia il 31,3 % di fr. 912'500.--) anziché di fr. 194'702.-- (contributo pro rata temporis; cfr. consid. 7; cfr. anche Yves Donzallaz, Traité de droit agraire suisse: droit public et droit privé, tomo 1, Berna 2004, n. 1490). In effetti, a differenza del pregesso regime in materia di contribuzioni pubbliche (cfr. art. 114 cpv. 2 OG), la legge sul Tribunale federale non prevede comunque più la possibilità di una reformatio in peius (sentenza 2A.736/2006 del 18 settembre 2007, consid. 5.5; Ulrich Meyer, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [a cura di], op. cit., n. 4 seg. ad art. 107; Nicolas von Werdt, in: Seiler/von Werdt/Güngerich [a cura di], Bundesgerichtsgesetz [BGG], Berna 2007, n. 3 ad art. 107).
4.3 Infine non appare contrario al diritto federale negare l'esistenza di gravi motivi che avrebbero potuto giustificare la concessione di una deroga all'interdizione di modificare la destinazione. Significativo è già di per sé il fatto che i motivi elencati all'<ref-law> si riferiscono sostanzialmente a mutamenti relativi ai fondi in quanto tali e alla loro qualifica giuridica e non a circostanze riconducibili alla situazione dei loro proprietari o dei loro fruitori. Certo, l'enumerazione di cui all'<ref-law> è solo indicativa ed è vero che l'abbandono dell'attività agricola da parte del ricorrente è dovuta a ragioni di salute, indipendenti dalla sua volontà (cfr., analogamente, sentenza 2A.553/2002 del 22 agosto 2003, consid. 3). Tuttavia va considerato che, lasciata l'attività agricola, non era indispensabile mantenere l'uso dell'abitazione e privarne così l'azienda, per la quale era comunque stato trovato un nuovo gestore. Poco importa che, non avendo famiglia, quest'ultimo non necessitasse di una dimora costruita per accogliere cinque persone. Decisiva appare piuttosto, indipendentemente dall'esistenza di altre possibilità di alloggio a Bosco Gurin per una famiglia con tre figli, l'assenza di bisogno oggettivo per i ricorrenti, per i quali non è imprescindibile disporre di un'abitazione spaziosa in tale località. In effetti, come già rilevato, solo la moglie vi dimora costantemente. Inoltre i legami sociali ed affettivi possono essere mantenuti anche risiedendo altrove.
4.4 In virtù di quanto precede, non solo non sono ravvisabili gravi motivi per ammettere una deroga ai sensi degli <ref-law> e 36 OMSt, ma ovviamente nemmeno è arbitrario ritenere che si sia verificato un cambiamento di destinazione per motivi ingiustificati, giusta l'art. 41 cpv. 1 lett. d LCAgr. Dal profilo delle norme sin qui esaminate risulta quindi fondato pretendere che, se intendono continuare ad usufruire dell'abitazione in modo indipendente dall'azienda agricola, ammesso che ciò sia lecito dal profilo pianificatorio, i ricorrenti devono restituire in misura di principio integrale i contributi federali e cantonali ricevuti per la sua realizzazione.
5. Gli interessati si appellano tuttavia all'<ref-law>, secondo cui in caso di affitto temporaneo in vista della cessione dell'azienda ad un successore gli aiuti agli investimenti possono essere concessi anche ai proprietari che non gestiscono personalmente l'azienda. Essi rilevano infatti che la cessione in affitto, tra l'altro limitato a nove anni, è una soluzione transitoria adottata per non provocare una perdita di valore dell'azienda nell'attesa che uno dei figli la riprenda.
Ora, come statuito nel giudizio impugnato e ribadito anche dall'Ufficio federale dell'agricoltura, la norma invocata regolamenta la concessione di sussidi in quanto tale e non situazioni come quella in esame, dove controversa è la restituzione di contributi già accordati, poiché sono venute meno le condizioni per la loro attribuzione. A prescindere da questo aspetto, i ricorrenti vorrebbero in pratica che i requisiti a suo tempo previsti vengano adattati alla nuova situazione ed i sussidi mantenuti in quanto, in virtù dell'<ref-law>, essi ne potrebbero beneficiare pure come proprietari che non gestiscono personalmente l'azienda. Sennonché, anche se si trattasse di una concessione di contributi ex novo, non potrebbero venir erogati sussidi per l'abitazione. In effetti l'<ref-law> permette sì l'affitto temporaneo a terzi, ma presuppone in ogni caso che le strutture sussidiate siano utilizzate a fini agricoli. In altri termini, per beneficiare di sovvenzioni, un edificio a scopo residenziale deve comunque essere asservito all'azienda, ciò che in concreto non è il caso.
Per di più, i ricorrenti hanno semplicemente evocato l'eventualità della ripresa da parte di uno dei figli, nati rispettivamente nel 1987, nel 1990 e nel 1993, senza però sostanziare in maniera sufficientemente concreta tale ipotesi, ad esempio allegando che uno dei figli maggiori sta seguendo una formazione in campo agricolo. Anche per questo motivo l'<ref-law> non può trovare applicazione nel caso concreto.
Di conseguenza, è superfluo esprimersi sulla tempestività del richiamo a tale disposizione. Le precisazioni formulate al riguardo dagli insorgenti sono comunque prive di pertinenza. Essenziale è semmai il fatto che la possibilità di applicare detta norma non sia stata evocata preventivamente, ma soltanto quando il contratto limitato all'affitto della stalla e dei terreni era già stato sottoscritto da tempo.
6. I ricorrenti ravvisano pure la violazione del principio della buona fede. Sostengono che la Sezione dell'agricoltura avrebbe dovuto prospettare loro le conseguenze di un affitto solo parziale dell'azienda, in quanto la prestazione di consulenza agli agricoltori rientra tra i suoi compiti istituzionali ed essa non poteva ignorare la situazione che si sarebbe creata, visto che il futuro fittavolo l'aveva interpellata a più riprese.
6.1 Derivante dall'<ref-law> e valido per l'insieme dell'attività statale, il principio della buona fede tutela il cittadino nell'affidamento legittimo che ripone nelle assicurazioni ricevute da un'autorità o in un determinato comportamento suscettibile di fondare precise aspettative (<ref-ruling> consid. 3.2.2; <ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 4.1). Affinché in virtù di tale principio il cittadino possa pretendere di ottenere un vantaggio contrario alla regolamentazione di per sé applicabile, occorre tra l'altro che l'attitudine dell'autorità si riferisca ad una situazione concreta che lo concerne direttamente (<ref-ruling> consid. 3.2.2; <ref-ruling> consid. 8.1) e che egli non abbia potuto rendersi immediatamente conto dell'inesattezza dell'informazione ricevuta o dell'irregolarità del comportamento a cui si appella (DTF <ref-ruling> consid. 6.1; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5a ed., Zurigo/Basilea/Ginevra 2006, n. 657).
6.2 Nel caso specifico, è incontestabile che i ricorrenti non hanno mai ricevuto assicurazioni scritte o verbali circa la possibilità di modificare la destinazione dell'abitazione senza alcuna conseguenza sui sussidi ricevuti. La conclusione pretesa dagli insorgenti non può comunque venir tratta nemmeno dall'attitudine dell'autorità, che avrebbe omesso di prevenirli. In effetti, dagli atti non risulta che essi abbiano chiesto ragguagli alla Sezione dell'agricoltura prima di sottoscrivere il contratto d'affitto né che, quand'anche fosse tenuta ad offrire consulenza spontanea, quest'ultima abbia avuto conoscenza in altro modo della questione. In particolare, non vi sono prove che nell'ambito della consulenza prestata al potenziale affittuario la menzionata autorità era stata messa al corrente degli esatti beni su cui vertevano le trattative in vista dell'affitto. Emerge invece che essa è stata informata solo con la trasmissione del contratto di affitto, avvenuta dopo la sua conclusione, il 2 aprile 2005. Siccome fino a quel momento l'istanza interessata non era a conoscenza dell'abbandono della destinazione agricola per l'abitazione, la sua attitudine non può evidentemente fondare legittime aspettative quanto alla conferma e al mantenimento dei sussidi. Il comportamento successivo, peraltro non contraddittorio, è poi irrilevante, nella misura in cui i ricorrenti erano comunque già vincolati dal contratto di affitto stipulato ed avevano già deciso di riservarsi l'uso della casa.
6.3 D'altra parte, la possibilità di cogliere l'irregolarità di un'assicurazione o di un comportamento va valutata in funzione delle capacità e delle conoscenze individuali della persona che si prevale del principio della buona fede (<ref-ruling> consid. 6.2.2; <ref-ruling> consid. 7.2; Häfelin/Müller/Uhlmann, loc. cit.). Ora, la convenzione sottoscritta nel 1994 rendeva i ricorrenti esplicitamente attenti all'obbligo di destinazione agricola degli stabili e dei fondi sussidiati e alle relative ripercussioni in caso di disattenzione. Se a ciò si aggiunge, come ribadito ancora in questa sede dal Consiglio di Stato, la carica dirigenziale ricoperta dall'insorgente in seno all'Unione contadini ticinesi, non è fuori luogo ritenere che egli dovesse essere sufficientemente cognito delle regole legali applicabili da potersi rendere conto dell'inammissibilità del cambiamento di destinazione a prescindere da qualsivoglia attitudine delle autorità. Pure sotto questo profilo il richiamo al principio della buona fede si avvera pertanto infondato.
7. Da ultimo i ricorrenti criticano il calcolo dell'importo da restituire, il quale non terrebbe conto che alcune parti della casa di abitazione sono utilizzate dall'azienda.
La censura è limitata a questo accenno e non precisa quindi quali locali sarebbero stati computati a torto tra i vani oggetto del cambiamento di destinazione né spiega in che misura tale presunto errore imporrebbe una correzione del calcolo effettuato dal Consiglio di Stato e confermato dal Tribunale amministrativo. In assenza di qualsiasi indicazione su tali aspetti e di osservazioni minimamente rapportate alle considerazioni sviluppate in proposito dalla Corte cantonale, su questo punto il gravame risulta insufficientemente motivato. In tali circostanze, non tocca al Tribunale federale verificare di propria iniziativa l'esatta ripartizione tra i beni affittati e quelli sottratti all'utilizzazione agricola né la correttezza dell'importo di cui è chiesta la restituzione (cfr. consid. 1.4).
Ad ogni modo il calcolo è fondato sull'applicazione, all'ammontare dei sussidi ricevuti, della percentuale di spesa prevista a suo tempo per l'abitazione. Il valore risultante è poi stato ponderato in funzione della durata di utilizzazione effettiva a scopo agricolo rispetto a quella minima legalmente prevista. Il conteggio sembra quindi rispettare i criteri stabiliti dall'art. 37 cpv. 5 e 6 OMSt e non prestare il fianco a particolari critiche, perlomeno non a vantaggio dei ricorrenti (cfr. consid. 4.2).
8. Ne segue che il ricorso in materia costituzionale è inammissibile, mentre quello in materia di diritto pubblico, nella misura in cui è ammissibile, deve essere respinto.
Secondo soccombenza, le spese giudiziarie vanno poste a carico dei ricorrenti, con responsabilità solidale (art. 65 e 66 cpv. 1 e 5 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti intervenute in causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia di diritto pubblico è respinto.
2. Il ricorso in materia costituzionale è inammissibile.
3. Le spese giudiziarie complessive di fr. 3'500.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido.
4. Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché all'Ufficio federale dell'agricoltura.