Sachverhalt:
A. L._, geboren im März 1945, war selbstständiger Handwerker. Infolge chronischer Rückenschmerzen gab er diese Tätigkeit auf. Ab Juli 2002 arbeitete er als Betriebsmitarbeiter/Magaziner in einer Niederlassung der L._ der Genossenschaft F._. Seit dem 17. April 2007 blieb er krankheitsbedingt der Arbeit fern. Aus gesundheitlichen Gründen kündigte er die Stelle auf Ende Dezember 2007. Am 17. März 2009 meldete er sich unter Hinweis auf chronische Rückenbeschwerden bei Morbus Bechterew bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Bern führte erwerbliche Abklärungen durch und holte Berichte des behandelnden Arztes Dr. med. B._, Innere Medizin FMH, vom 30. März 2009 und der ehemaligen Arbeitgeberin vom 20. März 2009 ein. Am 18. Mai/6. August 2009 verfügte sie, berufliche Eingliederungsmassnahmen seien nicht angezeigt, da L._ im Jahr 2010 das AHV-Alter erreiche. Mit Verfügung vom 6. August 2009 verneinte sie bei einem festgestellten Invaliditätsgrad von 26 % auch den Anspruch auf eine Rente.
B. Die gegen die Verfügung vom 6. August 2009 erhobene Beschwerde, hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 19. Oktober 2009 gut und sprach L._ ab 1. September 2009 bis Ende März 2010 eine ganze Invalidenrente zu.
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
2. Im vorinstanzlichen Entscheid werden die gesetzlichen Bestimmungen und die Rechtsprechung zur Invalidität erwerbstätiger Versicherter (<ref-law>), zum Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>), zur Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zum Zeitpunkt des Rentenbeginns (<ref-law> in der seit 1. Januar 2008 gültigen Fassung), zur Aufgabe von Ärztinnen und Ärzten bei der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261) sowie zum Beweiswert medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a-c S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Es ist unbestritten, dass dem Versicherten leichte, gut angepasste Arbeiten, welche kein Heben schwerer Lasten bedingen und einen Wechsel zwischen Sitzen, Stehen und Gehen erlauben, aus medizinischer Sicht noch zumutbar waren; umstritten ist, ob die verbliebene Resterwerbsfähigkeit angesichts des fortgeschrittenen Alters wirtschaftlich noch verwertbar war.
3.1 Das trotz der gesundheitlichen Beeinträchtigung zumutbarerweise erzielbare Einkommen ist bezogen auf einen ausgeglichenen Arbeitsmarkt zu ermitteln, wobei an die Konkretisierung von Arbeitsgelegenheiten und Verdienstaussichten keine übermässigen Anforderungen zu stellen sind (im Einzelnen: Urteil 9C_830/2007 vom 29. Juli 2008 E. 5.1, publiziert in: SVR 2008 IV Nr. 62 S. 203). Das fortgeschrittene Alter wird, obgleich an sich ein invaliditätsfremder Faktor, in der Rechtsprechung als Kriterium anerkannt, welches zusammen mit weiteren persönlichen und beruflichen Gegebenheiten dazu führen kann, dass die einer versicherten Person verbliebene Resterwerbsfähigkeit auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt realistischerweise nicht mehr nachgefragt wird, und dass ihr deren Verwertung auch gestützt auf die Selbsteingliederungspflicht nicht mehr zumutbar ist (Urteil I 831/05 vom 21. August 2006 E. 4.1.1 mit Hinweisen). Der Einfluss des Lebensalters auf die Möglichkeit, das verbliebene Leistungsvermögen auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt zu verwerten, lässt sich nicht nach einer allgemeinen Regel bemessen, sondern hängt ab von den Umständen, die mit Blick auf die Anforderungen der Verweisungstätigkeiten massgebend sind (beispielsweise Art und Beschaffenheit des Gesundheitsschadens und seiner Folgen; absehbarer Umstellungs- und Einarbeitungsaufwand und in diesem Zusammenhang auch Persönlichkeitsstruktur, vorhandene Begabungen und Fertigkeiten, Ausbildung, beruflicher Werdegang oder Anwendbarkeit von Berufserfahrung aus dem angestammten Bereich; vgl. das bereits angeführte Urteil I 831/05 a.a.O.; Kasuistik siehe Urteile 9C_918/2008 vom 28. Mai 2009 E. 4.2, 9C_437/2008 vom 19. März 2009 E. 4, I 304/06 vom 22. Januar 2007 E. 4.1 und 4.2, I 376/05 vom 5. August 2005 E. 4.2, I 392/02 vom 23. Oktober 2003 E. 3.2 und 3.3 und I 401/01 vom 4. April 2002 E. 4c und d).
4. Die Vorinstanz erwog, obwohl dem Beschwerdegegner leichte, in Wechselpositionen ausführbare Verweisungstätigkeiten ohne Heben schwerer Lasten noch zumutbar seien, falle für ihn ein wesentlicher Teil davon ausser Betracht, weil er für feinmotorische Tätigkeiten über keine Fertigkeiten und keinerlei berufliche Erfahrung verfüge. Er müsse für die ihm effektiv noch möglichen Arbeiten erneut einen Berufswechsel vollziehen, was von einem potenziellen Arbeitgeber einen sehr grossen Aufwand und vom Versicherten ein hohes Mass an Anpassungsfähigkeit verlange. Stelle man die persönlichen und beruflichen Gegebenheiten den objektiven Anforderungen eines ausgeglichenen Arbeitsmarktes gegenüber, sei zum Schluss zu kommen, dass mit überwiegender Wahrscheinlichkeit kein Arbeitgeber den Beschwerdegegner mehr für eine solche Verweisungstätigkeit anstellen würde. Dabei spiele namentlich der Umstand eine Rolle, dass der Versicherte im massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses (<ref-ruling> E. 1.2 S. 4) nur sieben Monate vor der Pensionierung gestanden sei. Dies hätte einen durchschnittlichen Arbeitgeber davon abgehalten, die mit der Einstellung verbundenen Risiken und Nachteile noch einzugehen, zumal behindertengerechte Arbeitsplätze auch von Jüngeren stark nachgefragt würden. In Berücksichtigung der gesamten objektiven und subjektiven Umstände sei erstellt, dass die dem Beschwerdegegner verbliebene Restarbeitsfähigkeit auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt realistischerweise nicht mehr nachgefragt werde, weshalb ihm deren Verwertung auch gestützt auf die Selbsteingliederungspflicht nicht mehr zugemutet werden könne; demnach sei vom Vorliegen einer vollständigen Erwerbsunfähigkeit auszugehen.
5. Die Vorinstanz hat mit Recht entschieden, dass dem im Verfügungszeitpunkt rund 641⁄2-jährigen Beschwerdegegner ein iv-rechtlich erheblicher Zugang zum Arbeitsmarkt objektiv gesehen nicht mehr offen stand. Auch bei noch intakter subjektiver Bereitschaft zur Wiedereingliederung waren die Neuanstellungschancen auf dem als ausgeglichen unterstellten Arbeitsmarkt mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nicht mehr gegeben. Daran ändert nichts, dass sich die Aussicht auf eine berufliche Wiedereingliederung bei nicht verspäteter Anmeldung möglicherweise anders präsentiert hätte, wie die Beschwerdeführerin rügt. Eine verspätete Anmeldung führt lediglich zu einem späteren Entstehen des Leistungsanspruches und zur Verwirkung hypothetisch aufgelaufener Leistungen. Darüber hinaus könnte ein Zuwarten mit der Anmeldung allenfalls dann relevant sein, wenn die Anmeldung rechtsmissbräuchlich verzögert wurde, um die objektiven Anstellungschancen zu verringern. Dafür finden sich hier keine Indizien. Vielmehr ist davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner es unterliess, sich früher bei der Invalidenversicherung anzumelden, da er zunächst die Leistungen der kollektiven Krankentaggeldversicherung des früheren Arbeitgebers und des während der Zeit der beruflichen Selbstständigkeit privat aufgebauten Versicherungsschutzes beanspruchte, bevor er sich um IV-Leistungen bemühte. Vor dem Systemwechsel auf den 1. Januar 2008 wäre es im vorliegenden Kontext gar nicht zur Verspätung gekommen, da in <ref-law> geregelt war, dass IV-Taggeld- und -Rentenleistungen für die zwölf der Anmeldung vorangehenden Monate ausgerichtet werden, wenn sich ein Versicherter mehr als zwölf Monate nach Entstehen des Anspruchs anmeldet. Erst nach der neuen Regelung in <ref-law> entsteht der Rentenanspruch wie hier entschieden (frühestens) nach Ablauf von sechs Monaten nach Geltendmachung des Leistungsanspruchs, worunter nach <ref-law> die formgültige Anmeldung beim zuständigen Versicherungsträger zu verstehen ist.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Februar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz