Faits:
A. A.a Sur réquisition de X._, l'Office des poursuites et des faillites de Genève a notifié à Y._ un commandement de payer la somme de 200'000 fr. avec intérêts (poursuite n0 xxxx).
Le 6 février 2007, le Tribunal de première instance de Genève a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition formée par le poursuivi. Le 4 avril suivant, celui-ci a déposé devant cette autorité une action en libération de dette assortie d'une requête de restitution de délai et d'une demande reconventionnelle (cause C/6933/2007 12C).
Donnant suite à la requête de la poursuivante, l'office a notifié une commination de faillite au poursuivi; l'acte a été remis à son épouse le 27 avril 2007.
A.b Le 7 mai 2007, le poursuivi a porté plainte à la Commission de surveillance des Offices des poursuites et des faillites du canton de Genève, en requérant l'effet suspensif. Par ordonnance du 9 mai 2007, la Présidente de la Commission de surveillance a accordé l'effet suspensif et suspendu la cause, en l'état, jusqu'à droit jugé par le Tribunal de première instance dans la cause C/6933/2007 12C.
Statuant le 18 septembre 2007 (arrêt 5A_244/2007), le Tribunal fédéral a annulé cette ordonnance pour violation du droit d'être entendu et renvoyé la cause à la Présidente de la Commission de surveillance.
A.c Le 1er novembre 2007, le Tribunal de première instance a déclaré irrecevable l'action en libération de dette pour cause de tardiveté. Le 6 décembre 2007, le poursuivi a fait appel de ce jugement à la Cour de justice.
B. Statuant à nouveau après instruction le 10 décembre 2007, la Présidente de la Commission de surveillance a ordonné la suspension de l'instruction de la cause jusqu'à droit jugé sur l'action en libération de dette avec requête en restitution du délai et demande reconventionnelle.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette ordonnance, concluant à son annulation ainsi qu'au renvoi de la cause à la Commission de surveillance pour instruction et décision sur la plainte.
La Présidente de la juridiction cantonale et l'office des poursuites ont renoncé à répondre; l'intimée conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Dans son précédent arrêt, la Cour de céans a retenu que l'ordonnance entreprise constituait une décision incidente, de nature provisionnelle (<ref-law>), qui était susceptible d'entraîner un préjudice irréparable pour la recourante (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'y revenir (arrêt 5A_244/2007, consid. 1 et 2).
2. 2.1 La Présidente de la Commission de surveillance a constaté que le débiteur poursuivi avait ouvert le 4 avril 2007, certes après le délai de 20 jours de l'<ref-law>, une action en libération de dette, avec requête de restitution de délai et demande reconventionnelle, que le Tribunal de première instance a déclarée irrecevable le 1er novembre 2007; un appel étant pendant devant la Cour de justice, ce jugement n'est donc pas encore passé en force (<ref-law>/GE). La Présidente s'est fondée sur l'art. 13 al. 5 LaLP/GE, qui renvoie à l'art. 14 al. 1 LPA/GE, à teneur duquel, lorsque le sort d'une procédure administrative dépend de la solution d'une question de nature civile, pénale ou administrative relevant de la compétence d'une autre autorité et faisant l'objet d'une procédure pendante devant ladite autorité, la suspension de la procédure administrative peut, le cas échéant, être prononcée jusqu'à droit connu sur ces questions. Elle a considéré que l'introduction de l'action en libération de dette, assortie d'une requête de restitution de délai selon l'<ref-law>, a pour effet d'arrêter le cours de la poursuite, en ce sens que le poursuivant qui a obtenu la mainlevée provisoire ne peut, si la poursuite se continue par voie de faillite, requérir ni la continuation de la poursuite ni la faillite; elle a dès lors admis que le débiteur a un intérêt prépondérant à ce que sa faillite ne soit pas prononcée jusqu'à droit connu sur le fond, en sorte qu'il se justifie de suspendre l'instruction de la cause sur la plainte contre la commination de faillite jusqu'à droit connu sur l'action en libération de dette.
2.2 La recourante soutient qu'il est arbitraire (art. 9 Cst.) de déclarer l'instruction de la cause suspendue, car aucune décision sur les conclusions au fond ne peut ainsi être rendue; elle rappelle d'ailleurs que l'action en libération de dette a été déclarée irrecevable par le Tribunal de première instance, mais que le poursuivi a interjeté appel. Elle estime que le sort de la plainte LP ne dépend nullement de la solution de la question civile qui fait l'objet de l'action en libération de dette, si bien qu'il est arbitraire d'avoir suspendu l'instruction de la cause jusqu'à droit jugé sur cette action. Comme la restitution de délai pour agir en libération de dette ne peut pas révoquer la mainlevée - devenue désormais définitive -, il y aurait aussi application arbitraire de l'<ref-law>. Elle affirme enfin que la Présidente de l'autorité cantonale n'a pas expliqué suffisamment quel intérêt du poursuivi serait prépondérant par rapport à son propre intérêt à pouvoir continuer la poursuite.
L'intimé prétend que les conditions posées par l'art. 14 LPA/GE sont remplies. La Commission de surveillance n'est pas compétente pour prendre position sur la question de la restitution du délai et de la prétention faisant l'objet de l'action en libération de dette, et il existe une connexité certaine entre le droit de fond et la procédure de commination de faillite. Il estime avoir un intérêt prépondérant à ce que sa faillite ne soit pas déclarée et à ne pas être contraint de payer, et d'agir ensuite en répétition de l'indu, pour l'éviter. Il relève qu'une société G._ SA a ouvert une action en libération de dette et appelé en cause la recourante.
3. 3.1 Dès réception de la réquisition de continuer la poursuite, l'office des poursuites adresse sans retard la commination de faillite au débiteur (<ref-law>). A l'expiration du délai de vingt jours de la notification de la commination de faillite, le créancier peut requérir du juge la déclaration de faillite (<ref-law>). Le juge statue sans retard et même en l'absence des parties; il doit prononcer la faillite sauf dans les cas mentionnés aux art. 172 à 173a LP (<ref-law>).
Conformément à ces dispositions, le juge doit, en particulier, rejeter la réquisition de faillite (<ref-law>) lorsque l'autorité de surveillance a annulé la commination de faillite (ch. 1) ou qu'il a été accordé au débiteur la restitution d'un délai en vertu de l'<ref-law> (ch. 2). En revanche, il doit ajourner sa décision lorsque la suspension de la poursuite a été ordonnée par l'autorité de surveillance saisie d'une plainte ou par le juge selon les art. 85 ou 85a al. 2 LP (<ref-law>). Les cas d'ajournement de la faillite ne sont cependant pas exhaustivement énumérés à l'<ref-law> (Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, III, n. 8 ad <ref-law> Cometta, Commentaire romand, Poursuite et faillite, n. 2 ad <ref-law>). Le juge peut notamment prononcer l'ajournement lorsque le poursuivi apporte la preuve du dépôt d'une requête de restitution de délai au sens de l'<ref-law> (Cometta, op. cit., n. 5 ad art. 172 et n. 2 ad <ref-law>; Jaeger/Walder/Kull/Kottmann, SchKG, 4e éd., n. 9 ad <ref-law>).
Selon la jurisprudence, la suspension provisoire selon l'<ref-law>, qui conduit à l'ajournement de la faillite en vertu de l'<ref-law>, ne peut être ordonnée qu'après la notification de la commination de faillite, parce que le juge doit laisser, dans un premier temps, la poursuite suivre son cours jusqu'au moment où le créancier peut requérir un inventaire des biens du débiteur au sens de l'<ref-law> ou des mesures conservatoires fondées sur l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1). Il doit en aller de même lorsqu'une demande de restitution du délai pour ouvrir action en libération de dette est formée. Si, dans ce cas, l'inventaire de l'<ref-law> peut être requis dès que la mainlevée provisoire a été accordée (art. 83 al. 1 in fine LP), la poursuite doit néanmoins suivre son cours jusqu'après la notification de la commination de faillite, comme le prévoit expressément l'<ref-law>, afin que le poursuivant puisse obtenir une garantie pour sa créance par le biais des mesures conservatoires de l'<ref-law>. Le cours de la procédure de poursuite est ainsi réglé par le droit fédéral; le droit cantonal ne saurait y déroger.
3.2 Bien que la recourante ne cite pas explicitement l'art. 49 al. 1 Cst., qui consacre le principe de la primauté du droit fédéral, on voit clairement que, sous couvert d'application arbitraire du droit fédéral, elle se plaint en réalité de ce que l'application de la procédure cantonale entrave l'application du droit fédéral. En effet, la présente suspension de la procédure de plainte en application de l'art. 14 al. 1 LPA/GE interfère dans le cours de la poursuite et viole le droit fédéral. Partant, il y a lieu d'admettre le recours, d'annuler l'ordonnance entreprise et d'inviter la Commission de surveillance à procéder sur la plainte sans attendre la décision de la Cour de justice sur la question de la tardiveté de l'action en libération de dette.
4. Vu le sort du présent recours, les frais judiciaires et les dépens doivent être mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1, 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'ordonnance attaquée est annulée et la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites est invitée à procéder sur la plainte déposée le 7 mai 2007 par Y._.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Genève ainsi qu'à l'Office des poursuites de Genève.
Lausanne, le 26 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Raselli Braconi