Fatti:
A.
A._ SA, azienda attiva nel ramo della lavorazione degli inerti e della produzione di calcestruzzo, è proprietaria del fondo xxx di X._, ubicato fuori della zona edificabile. Senza chiedere alcun permesso, durante il 1998 l'azienda aveva consolidato il muro di sostegno di una pista utilizzata da autocarri, sopraelevandolo inoltre di 1.30 m. Sollecitata dal Municipio, il 15 maggio 1999 aveva chiesto di rilasciarle un permesso in sanatoria. Respinte alcune opposizioni, il Municipio l'aveva rilasciato il 28 luglio seguente. Il 14 gennaio 2000, il Consiglio di Stato, accogliendo i ricorsi proposti da opponenti, aveva ritenuto che il Municipio era vincolato dal preavviso negativo espresso dal Dipartimento del territorio. Aveva quindi accertato la nullità della licenza e rinviato gli atti al Municipio, affinché negasse il permesso; decisione confermata il 9 maggio 2000 dal Tribunale cantonale amministrativo.
B.
Il 17 maggio 2000 il Municipio ha quindi respinto la domanda di costruzione in sanatoria. Adito dall'azienda, il Consiglio di Stato, dopo aver ordinato una perizia e preso atto che l'insorgente aveva ritirato il ricorso in seguito a un accordo concluso con il Municipio, che prevedeva l'irrogazione di una sanzione pecuniaria in caso di ritiro del ricorso, lo ha stralciato dai ruoli. Il 28 gennaio 2002 il Municipio ha inflitto all'interessata una sanzione pecuniaria di fr. 3'000.--.
C.
Per quanto qui interessa, contro questo provvedimento municipale, il 10 aprile 2014 B._, C.C._ e D.C._ sono insorti dinanzi al Governo. Con decisione del 9 settembre 2014, l'Esecutivo cantonale si è pronunciato contro la postulata nullità dell'impugnato provvedimento municipale. Mediante giudizio del 15 giugno 2015, il Tribunale cantonale amministrativo ha annullato la risoluzione governativa e accertato la nullità della decisione municipale.
D.
Avverso questa sentenza A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla, subordinatamente di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio, dopo l'esperimento di un sopralluogo.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio e pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>), è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 309). Per di più, quando la ricorrente, come in concreto, invoca la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito e principio della buona fede), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 2.2).
2.
2.1. La ricorrente critica il rifiuto da parte dei giudici cantonali di esperire un sopralluogo. A torto. Essi, come ancora si vedrà, hanno infatti ritenuto a ragione che nel caso in esame non si tratta di esaminare questioni di fatto, ma soltanto giuridiche, per cui sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 64; <ref-ruling> consid. 6.3.1 pag. 299), per nulla arbitrario, potevano rinunciare ad assumere detto mezzo di prova.
2.2. Neppure l'accenno ricorsuale a una pretesa motivazione insufficiente della decisione impugnata regge, ritenuto ch'essa si esprime su tutti i punti rilevanti per il giudizio (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5.1 pag. 237).
3.
3.1. La ricorrente si diffonde sul fatto che le opere di consolidamento e di manutenzione realizzate a suo tempo sarebbero state necessarie per garantire la sicurezza del muro di sostegno, realizzato fuori della zona edificabile senza disporre di alcuna autorizzazione edilizia. Richiama al riguardo la perizia del 2001 e critica che nel giudizio impugnato i giudici cantonali non hanno proceduto a una valutazione dei contrapposti interessi in gioco. Sostiene che per siffatti interventi non sarebbe stato necessario inoltrare una domanda di costruzione, neppure in sanatoria, visto ch'essi, eseguiti quasi venti anni orsono, avrebbero costituito semplici lavori di manutenzione e riparazione. Ne deduce che alla contestata nullità della decisione municipale del 2002 osterebbero i principi della proporzionalità, della buona fede e della sicurezza del diritto.
3.2. Le critiche sono manifestamente prive di fondamento. La ricorrente parrebbe infatti disconoscere che, come rettamente ritenuto dalla Corte cantonale, la violazione materiale del diritto applicabile e pertanto l'illegalità delle citate opere è stata defintivamente accertata con decisioni cresciute in giudicato, motivo per cui nulla osta all'adozione di un provvedimento di ripristino. Come visto, il 17 maggio 2000 il Municipio aveva respinto la domanda in sanatoria presentata dalla ricorrente, diniego da essa impugnato dinanzi al Consiglio di Stato. Dopo aver poi concordato, in modo singolare, con il Comune l'irrogazione di una sanzione pecuniaria, essa aveva ritirato il ricorso pendente davanti al Governo.
3.3. Al riguardo, la Corte cantonale ha ritenuto che l'istituto cantonale sussidiario della sanzione pecuniaria (art. 44 della legge edilizia cantonale del 13 marzo 1991, secondo cui, ove la misura del ripristino risulti impossibile o sproporzionata, il Municipio la sostituisce con una sanzione pecuniaria) trova applicazione soltanto nel caso di abusi perpetrati all'interno della zona edificabile. Ha stabilito che fuori di quest'ultima, in virtù del principio della forza derogatoria del diritto federale che disciplina in maniera esaustiva gli interventi fuori dal perimetro edificabile e non la prevede, l'adozione di una siffatta misura non può entrare in considerazione. Ne ha concluso che il citato accordo non poteva scardinare una materia regolata in maniera cogente ed esaustiva dal diritto federale, motivo per cui lo stesso è nullo, poiché l'illegittimità di tale agire era evidente e chiara e la violazione del diritto formale e sostanziale macroscopica.
La ricorrente neppure tenta di dimostrare che questa conclusione, decisiva e peraltro corretta (cfr. sentenza 1A.77/2005 del 6 giugno 2005 consid. 2.1, in: RtiD II-2005 n. 418 pag. 107), violerebbe il diritto. In effetti, quale motivo di nullità, che dev'essere osservata in ogni momento e d'ufficio, entrano innanzitutto in considerazione gravi errori di procedura e l'incompetenza funzionale e materiale dell'autorità (<ref-ruling> consid. 11.2 pag. 260; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 503). Del resto, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121), ciò che la ricorrente, non confrontandosi con la motivazione principale della sentenza impugnata, omette di fare. Ciò premesso, le censure di violazione del principio della proporzionalità, della buona fede e della sicurezza del diritto potevano semmai essere proposte nell'ambito del ricorso, poi ritirato.
4.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione ai rappresentanti delle parti, al Municipio di X._, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.