Faits:
A. A._, ressortissant guinéen, a été arrêté le 11 janvier 2013 et placé en détention provisoire par décision du 13 janvier 2013 du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève (ci-après: le Tmc). Il est reproché au prénommé de séjourner illégalement en Suisse (art. 115 al. 1 let. b LEtr; RS 142.20). Il aurait par ailleurs, les 12 août et 31 octobre 2012, refusé d'obtempérer à un contrôle d'identité et aurait pris la fuite en courant avant d'être appréhendé par des policiers; dans les deux cas, il se serait fortement débattu pour empêcher son arrestation, commettant ainsi le délit de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires (<ref-law>). Lors de ces interventions et de celle du 11 janvier 2013, la police aurait saisi quelques grammes de marijuana en possession du prévenu (<ref-law>, RS 812.121).
A._ a déjà fait l'objet de plusieurs condamnations. Il a ainsi notamment été condamné le 17 août 2010 pour délit et contravention à la LStup, séjour illégal et opposition aux actes de l'autorité (peine privative de liberté de 14 mois, dont 7 avec sursis), le 8 février 2011 pour délit et contravention à la LStup, séjour illégal et violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires (peine privative de liberté de 3 mois), le 8 octobre 2011 pour délit à la LStup et violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires (peine privative de liberté de 120 jours) et, enfin, le 12 octobre 2011 pour délit à la LStup et séjour illégal (peine privative de liberté de 10 jours).
Par arrêt du 6 février 2013, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a confirmé sur recours l'ordonnance de mise en détention provisoire du 13 janvier 2013. Relevant qu'il existait des charges suffisantes à l'encontre de A._, l'instance précédente a considéré que le maintien en détention était justifié en raison des risques de fuite et de réitération; le principe de proportionnalité demeurait en outre respecté.
Le 5 mars 2013, le Ministère public a dressé l'acte d'accusation renvoyant l'intéressé devant le Tribunal de police pour les actes répréhensibles précités.
B. Par acte du 11 mars 2013, A._ a formé un recours en matière pénale par lequel il demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt entrepris et d'ordonner sa mise en liberté provisoire. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
Le Ministère public conclut au rejet du recours. La cour cantonale se réfère aux considérants de sa décision. Le recourant a répliqué.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions rendues en matière pénale, dont font partie les décisions relatives à la détention provisoire ou pour des motifs de sûreté au sens des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 p. 23). Selon l'art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 1 LTF, l'accusé a qualité pour agir. Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'<ref-law>.
2. Le recourant soutient que les conditions posées à la détention ne sont pas remplies, en particulier l'existence de charges suffisantes à son encontre.
2.1 Une mesure de détention préventive n'est compatible avec la liberté personnelle garantie aux art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et art. 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'<ref-law>. Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, par un risque de fuite ou par un danger de collusion ou de réitération (art. 221 al. 1 let. a, b et c CPP).
Préalablement à ces conditions, il doit exister des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité, à l'égard de l'intéressé (<ref-law>; art. 5 par. 1 let. c CEDH), c'est-à-dire des raisons plausibles de le soupçonner d'avoir commis une infraction. Il n'appartient cependant pas au juge de la détention de procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge et d'apprécier la crédibilité des personnes qui mettent en cause le prévenu. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justifiant une telle mesure. L'intensité des charges propres à motiver un maintien en détention préventive n'est pas la même aux divers stades de l'instruction pénale; si des soupçons, même encore peu précis, peuvent être suffisants dans les premiers temps de l'enquête, la perspective d'une condamnation doit apparaître vraisemblable après l'accomplissement des actes d'instruction envisageables (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 126 s.).
2.2 La Cour de justice a constaté qu'il existait des soupçons suffisants d'infractions à la LEtr et à LStup ainsi que de violence ou menaces contre les autorités et les fonctionnaires.
Le recourant s'emploie à démontrer que les éléments constitutifs de l'infraction à la LEtr ne seraient pas réalisés, invoquant notamment l'absence de volonté délictueuse de sa part et son prétendu statut d'apatride. L'intéressé perd cependant de vue qu'il n'appartient pas au juge de la détention d'établir la culpabilité du prévenu, des indices étant suffisants à ce stade de la procédure. Or, le fait qu'il ne dispose d'aucun titre de séjour valable en Suisse et qu'il a déjà fait l'objet de plusieurs condamnations pour séjour illégal, constituent de tels indices. Au demeurant, le maintien en détention repose sur plusieurs autres chefs d'accusation que le recourant ne conteste pas; en particulier, les accusations de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires sont étayées par les déclarations de plusieurs policiers. Il y a donc lieu d'admettre qu'il existe des charges suffisantes à son encontre. Le grief du recourant doit dès lors être rejeté.
2.3 Dans sa réplique, le recourant critique l'existence du risque de fuite. Dans la mesure où ce grief aurait déjà pu figurer dans l'acte de recours, il est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.4 p. 47 et les réf. cit.). A supposer recevable, il aurait de toute manière dû être rejeté. En effet, le recourant, requérant d'asile débouté, sans domicile fixe, sans famille ni ressources, n'a aucun lien avec la Suisse. Rien ne pouvait dès lors le dissuader de se soustraire à la justice en prenant la fuite à l'étranger ou en disparaissant dans la clandestinité (cf. sur la notion de risque de fuite: <ref-ruling> consid. 3a p. 62, 117 Ia 69 consid. 4a p. 70).
3. Le recourant se plaint ensuite d'une violation du principe de la proportionnalité au motif que la durée de la détention provisoire serait excessive au regard de la peine qu'il encourt. Il relève notamment que la peine menace prévue par l'art. 15 LEtr est d'une année de prison et que la détention d'une quantité minime de stupéfiant pour sa propre consommation est sanctionnée par une simple contravention.
3.1 En vertu des art. 31 al. 3 Cst. et 5 par. 3 CEDH, toute personne qui est mise en détention préventive a le droit d'être jugée dans un délai raisonnable ou d'être libérée pendant la procédure pénale. Une durée excessive de la détention constitue une limitation disproportionnée de ce droit fondamental, qui est notamment violé lorsque la durée de la détention préventive dépasse la durée probable de la peine privative de liberté à laquelle il faut s'attendre. L'<ref-law> prévoit ainsi que la détention provisoire ou pour des motifs de sûreté ne doit pas durer plus longtemps que la peine privative de liberté prévisible. Le juge peut dès lors maintenir la détention préventive aussi longtemps qu'elle n'est pas très proche de la durée de la peine privative de liberté à laquelle il faut s'attendre concrètement en cas de condamnation (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 170; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 27; <ref-ruling> consid. 2 et 3 p. 257 ss et les références). Il convient d'accorder une attention particulière à cette limite, car le juge pourrait être enclin à prendre en considération dans la fixation de la peine la durée de la détention préventive à imputer selon l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 170 et les arrêts cités).
3.2 En l'espèce, le recourant est notamment prévenu de séjour illégal (art. 115 al. 1 LEtr) et de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires (<ref-law>). Ces infractions sont passibles d'une peine privative de liberté d'un an au plus, respectivement de trois ans au plus. Pour ces délits, le Ministère public a d'ailleurs renvoyé le recourant devant le Tribunal de police et a requis une peine de prison ferme de 12 mois. Dans ces circonstances, la détention subie par l'intéressé au jour de la décision entreprise (moins d'un mois) n'était manifestement pas excessive au regard de la peine encourue concrètement en cas de condamnation, en particulier en présence de plusieurs antécédents. Mal fondée, sa critique doit être écartée.
4. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Il n'y a pas lieu d'accorder l'assistance judiciaire, dès lors que les conclusions du recours apparaissaient d'emblée vouées à l'échec (<ref-law>). Le recourant étant dans le besoin, il se justifie néanmoins de statuer sans frais (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 3 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn