Fatti:
A. A.a V._, nata nel 1977, impiegata quale cameriera al 50% presso la X._ SA, società gerente del Bar Y._, a far tempo dal 1° marzo 2002 e come tale, assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Swica Assicurazioni SA (in seguito Swica), in data 1° settembre 2002 è caduta dalla bicicletta riportando un trauma cranico con ematoma sottodurale acuto fronto-temporale-parietale destro, ematoma temporale emicranico sinistro, frattura della rocca petrosa sinistra, lussazione della catena ossiculare dell'orecchio sinistro, frattura del terzo medio della clavicola sinistra, nonché frattura del corpo della scapola sinistra. Il caso è stato assunto dall'assicuratore infortuni, che ha corrisposto le prestazioni previste dalla LAINF, segnatamente assegnato indennità giornaliere e assunto le spese per le cure mediche.
A.b Con effetto dal 1° settembre 2003 l'Ufficio assicurazione invalidità del Cantone Ticino (UAI) ha erogato all'assicurata una rendita intera di invalidità.
A.c Con decisione del 14 luglio 2004, la Swica ha stabilito che l'indennità giornaliera sarebbe stata fissata in base al salario effettivamente conseguito da V._ presso la X._ SA.
Con un ulteriore provvedimento formale del 28 luglio 2006 l'assicuratore infortuni ha dichiarato estinto il diritto a prestazioni di corta durata dal 1° agosto 2006 (eccezion fatta per i controlli relativi ai disturbi temporomandibolari) e posto l'assicurata al beneficio di una rendita di invalidità del 100%, tenuto conto di un guadagno annuo di fr. 19'200.-, nonché di un'indennità per menomazione dell'integrità del 75%.
Tramite decisione formale del 18 settembre 2006 l'amministrazione ha respinto entrambe le opposizioni interposte dall'assicurata, tramite l'avv. Sciuchetti.
Con giudizio del 3 settembre 2007, confermato dal Tribunale federale, nella misura in cui il ricorso della Swica era ammissibile, con sentenza dell'8 maggio 2008 (sentenza 8C_625/2007), il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto ai sensi dei considerandi, per quanto ricevibile, il gravame presentato da V._, confermato la decisione su opposizione per quanto riguardava il guadagno assicurato determinante per il calcolo dell'indennità giornaliera, condannato la Swica a calcolare la rendita intera di invalidità in base al salario che l'insorgente aveva effettivamente realizzato durante il periodo dal 1° settembre 2001 al 31 agosto 2002 e rinviato la causa all'assicuratore infortuni affinché si esprimesse sul grado dell'indennità per menomazione dell'integrità dopo aver proceduto ad un complemento istruttorio.
A.d Con un'ulteriore decisione del 18 agosto 2008, confermata in data 18 marzo 2009 in seguito all'opposizione presentata dall'assicurata, ancora patrocinata dall'avv. Sciuchetti, con cui ha riesaminato la precedente decisione del 30 gennaio 2007, relativa all'ammontare del sovrindennizzo, la Swica ha stabilito che, per il periodo dal 1° settembre 2002 al 31 gennaio 2007, le prestazioni delle assicurazioni sociali erogate avevano superato di fr. 52'230.- il guadagno presumibilmente perso nello stesso periodo.
B. Con tempestivo ricorso al Tribunale cantonale delle assicurazioni l'assicurata, tramite l'avv. Sciuchetti, ha contestato il guadagno presumibilmente perso considerato dalla Swica (pari al reddito conseguito per l'attività svolta al 50% presso la X._ SA) ai fini del calcolo di un eventuale sovrindennizzo.

Con giudizio del 29 luglio 2009 il Presidente del Tribunale adito ha accolto il ricorso, annullato la decisione impugnata per quanto riguardava il calcolo del sovrindennizzo e rinviato gli atti alla Swica per procedere conformemente a quanto disposto al considerando 2.5 in fine e per meglio stabilire l'eventuale sovrassicurazione per il periodo dal 4 settembre 2002 al 31 luglio 2006 in base al salario statistico relativo ad un'attività svolta al 100%.
C. La Swica, rappresentata dall'avv. Notari, interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendone l'accoglimento, con conseguente annullamento del giudizio impugnato e conferma della decisione su opposizione del 18 marzo 2009. Delle motivazioni si dirà, se necessario, in seguito.
Chiamata a pronunciarsi sul gravame, l'intimata ne propone la reiezione con assegnazione di ripetibili accresciute, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Oggetto del contendere è l'ammontare del guadagno presumibilmente perso dall'assicurata ai fini di stabilire un eventuale sovrindennizzo, segnatamente il rinvio degli atti alla Swica ai sensi del considerando 2.5 in fine, da un lato per correggere il periodo di computo ai sensi del considerando 2.4 e dall'altro per determinare il guadagno presumibilmente perso in base ai salari statistici relativi al settore della ristorazione.
1.1 Secondo l'<ref-law> il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Eccettuati i casi disciplinati dall'<ref-law>, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se possono causare un danno irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF).
1.2 Le decisioni di rinvio costituiscono di regola provvedimenti incidentali. Il giudizio può pertanto essere impugnato con ricorso al Tribunale federale solo alle condizioni poste dall'<ref-law> (cfr. <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 481; sentenza 1C_109/2007 del 30 agosto 2007 consid. 2.5.2; Messaggio del Consiglio federale concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria, del 28 febbraio 2001, FF 2001 pag. 3889).
Dette decisioni non comportano di regola alcun pregiudizio irreparabile per gli interessati secondo l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 316; <ref-ruling> consid. 1a/bb pag. 42; il concetto può essere interpretato alla luce della prassi emanata in virtù dell'art. 87 cpv. 2 vOG, sentenza 4A_85/2007 dell'11 giugno 2007 consid. 3.1). Un'eccezione è data tuttavia laddove la decisione di rinvio, alla luce delle indicazioni materiali ivi contenute, non lascia alcuna latitudine di giudizio all'autorità inferiore (sentenze 9C_146/2007 del 20 luglio 2007, 2C_279/2007 del 18 giugno 2007; v. anche <ref-ruling> consid 3.2 pag. 317).
1.3 Poiché quest'ultima ipotesi si verifica nel caso concreto avendo la Corte cantonale indicato dettagliatamente in base a quali criteri (segnatamente periodo di computo, attività lavorativa al 100%, dati statistici) va fissato il guadagno presumibilmente perso ai fini del calcolo della sovrassicurazione (sentenza 8C_417/2008 del 28 ottobre 2008 consid. 3 e 4), il ricorso è ammissibile.
2. 2.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è presentato contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>).
2.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Esso non è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte ricorrente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella ritenuta nel giudizio impugnato. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254; sentenza 1B_222/2007 del 29 novembre 2007 consid. 1.3).
3. 3.1 Nel proprio ricorso la Swica adduce da un lato che l'assicurata aveva rinunciato a guadagni più cospicui per scelta personale e meglio per dedicarsi al ciclismo professionista, e che, quindi, il guadagno presumibilmente perso da porre alla base del calcolo di un eventuale sovrindennizzo doveva tener conto di una percentuale lavorativa pari al 50%. A sostegno della propria tesi l'assicuratore infortuni ha precisato che la madre di V._ era deceduta ancor prima della scadenza dell'usuale termine di disdetta relativo al precedente rapporto di lavoro presso la L._ SA e che V._ non si era mai iscritta all'assicurazione disoccupazione.
Secondo l'assicuratore infortuni pure il periodo di computo fissato dal Tribunale cantonale per stabilire un eventuale sovrindennizzo risulta errato, in quanto è stata erogata una rendita provvisoria dell'assicurazione infortuni dal 1° agosto 2006 al 31 gennaio 2007.
3.2 Il Tribunale di prime cure dal canto suo ritiene che il fatto che V._ volesse dedicarsi al ciclismo professionista non è provato con il grado della verosimiglianza preponderante valido nelle assicurazioni sociali e quindi si deve ritenere che l'assicurata avrebbe lavorato al 100%, circostanza che emerge del resto dalla testimonianza del datore di lavoro. In ordine al periodo di computo la Corte adita ha indicato che indennità giornaliere LAINF e rendita AI concorrono solo fino al 31 luglio 2006, essendo in seguito stata erogata una rendita LAINF.
4. 4.1 Per l'art. 40 prima frase LAINF, abrogato il 31 dicembre 2002 (RS 830.1), se non è applicabile alcuna regola di coordinamento prevista dalla presente legge le prestazioni in contanti, esclusi gli assegni per grandi invalidi, concorrenti con quelle di altre assicurazioni sociali sono ridotte di quanto, sommate a queste altre, superano il guadagno di cui l'assicurato è presumibilmente privato.
Per l'<ref-law> il guadagno di cui l'assicurato è presumibilmente privato corrisponde a quello che potrebbe conseguire se non avesse subito il danno. Si prende in considerazione il reddito effettivamente realizzato.
Queste disposizioni concernono in particolare i casi in cui un assicurato ha diritto sia a indennità giornaliere dell'assicurazione infortuni obbligatoria che a una rendita di invalidità (SVR 2009 UV no. 7 pag. 26 consid. 3.1, U 53/07; <ref-ruling> consid. 3 pag. 28). Se una rendita AI viene assegnata con effetto retroattivo per un periodo durante il quale l'assicurazione infortuni ha versato indennità giornaliere della LAINF, l'assicurazione infortuni può chiederne la restituzione a concorrenza di un eventuale sovrindennizzo e domandare che il suo credito venga compensato con le rate arretrate della rendita AI (art. 20 cpv. 2 lett. c LAVS in relazione con l'<ref-law>). Per stabilire un eventuale sovrindennizzo va preso in considerazione tutto il periodo dell'incapacità lavorativa fino al momento del passaggio alla rendita LAINF: il calcolo non si esegue quindi solo per il periodo a partire dal quale l'assicurato ha diritto ad una rendita dell'assicurazione invalidità (SVR 2009 UV no. 7 pag. 26 consid. 3.1, U 53/07; <ref-ruling> consid. 3 pag. 28).
Di massima è lecito constatare già prima dell'esaurimento del diritto alle indennità giornaliere la realizzazione di un sovraindennizzo e chiedere la restituzione delle prestazioni fino ad allora pagate in eccesso. Dopodiché devono essere versate indennità giornaliere dell'assicurazione contro gli infortuni ammontanti al massimo alla differenza, calcolata per giorno civile, tra il reddito di cui presumibilmente l'interessato è privato e le rendite dell'assicurazione per l'invalidità. Qualora modifiche delle basi di calcolo conducano a un'indennità giornaliera di maggiore importo, essa deve essere aumentata di conseguenza. Alla scadenza del periodo d'indennizzo, si deve procedere a un calcolo globale (complessivo) del sovraindennizzo che consideri tutto il periodo in cui sono state versate indennità giornaliere (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 29).
4.2 Come detto, il succitato <ref-law> è stato abrogato in data 1° gennaio 2003 con l'entrata in vigore della LPGA.
Per l'<ref-law> salvo sovraindennizzo, le indennità giornaliere sono cumulabili con le rendite di altre assicurazioni sociali.
Secondo l'<ref-law> il concorso di prestazioni delle varie assicurazioni sociali non deve provocare un sovraindennizzo dell'avente diritto. Per il calcolo del sovraindennizzo sono considerate soltanto le prestazioni di medesima natura e destinazione fornite all'avente diritto in base all'evento dannoso (cpv. 1). Vi è sovraindennizzo se le prestazioni sociali legalmente dovute superano il guadagno di cui l'assicurato è stato presumibilmente privato in seguito all'evento assicurato, incluse le spese supplementari provocate dallo stesso evento ed eventuali diminuzioni di reddito subite da congiunti (cpv. 2). Le prestazioni pecuniarie sono ridotte dell'importo del sovraindennizzo. Sono esenti da riduzioni le rendite dell'assicurazione per la vecchiaia e per i superstiti e dell'assicurazione per l'invalidità nonché gli assegni per grandi invalidi e per menomazione dell'integrità. Per le prestazioni in capitale è tenuto conto del valore della corrispondente rendita (cpv. 3).
In base a queste disposizioni l'assicurazione infortuni dispone quindi, di principio, del diritto di ridurre l'ammontare delle indennità giornaliere LAINF se, cumulate ad una rendita AI, superano il guadagno presumibilmente perso dall'assicurato, i costi supplementari e l'eventuale diminuzione del reddito subito dai parenti (SVR 2009 UV no. 7 pag. 26 consid. 3.2 e dottrina citata, U 53/07).
4.3 Per l'<ref-law> inoltre le rendite e le indennità in capitale delle varie assicurazioni sociali sono cumulabili, salvo nei casi di sovraindennizzo. Le rendite e le indennità in capitale sono fornite secondo le disposizioni della singola legge interessata e nel seguente ordine (cpv. 2):
a dall'assicurazione per la vecchiaia e per i superstiti o dall'assicurazione per l'invalidità;
b dall'assicurazione militare o dall'assicurazione contro gli infortuni;
c dalla previdenza professionale per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità secondo la legge federale del 25 giugno 1982 sulla previdenza professionale per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità (LPP).
Per l'<ref-law> all'assicurato che ha diritto a una rendita AI o a una rendita dell'assicurazione per la vecchiaia e i superstiti (AVS) è assegnata una rendita complementare; questa corrisponde, in deroga all'articolo 69 LPGA, alla differenza tra il 90 per cento del guadagno assicurato e la rendita AI o AVS, ma al massimo all'importo previsto per l'invalidità totale o parziale. La rendita complementare è fissata quando dette rendite concorrono per la prima volta e adeguata solo in caso di eventuale modifica delle parti di rendita AI o AVS destinate ai familiari.
4.4 In caso di modifica della legislazione, il diritto applicabile è di principio quello in vigore al momento della realizzazione dello stato di fatto che dev'essere valutato giuridicamente o che esplica delle conseguenze giuridiche, con riserva di disposizioni particolari di diritto transitorio (<ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 446). In presenza di uno stato di fatto duraturo, non ancora risolto al momento del cambiamento della legge, si applica di regola il nuovo diritto, salvo disposizione transitoria contraria oppure violazione di diritti acquisiti (<ref-ruling> consid. 1a pag. 100). Questo principio vale anche in caso di cambiamento delle disposizioni relative al calcolo del sovrindennizzo, quando i fatti si sono svolti, come in concreto, prima e dopo l'entrata in vigore del nuovo diritto (SVR 2009 UV no. 7 pag. 26 consid. 3.3, U 53/07).
5. 5.1 Alla luce di quanto suesposto, in casu si applicano le disposizioni sul sovrindennizzo previste dalla LPGA, malgrado le indennità giornaliere LAINF decorrano dal settembre 2002. La prassi, succitata, precedentemente in vigore resta tuttavia attuale. In effetti, secondo la giurisprudenza, la compensazione di una rendita AI assegnata con effetto retroattivo e di un credito di restituzione di indennità giornaliere LAINF ridotte a causa del sovrindennizzo è possibile anche dopo l'entrata in vigore della LPGA (SVR 2009 UV no. 7 pag. 26 consid. 3.2, U 53/07). Lo stesso vale per la regolamentazione relativa al periodo da considerare per stabilire l'eventuale sovrindennizzo (consid. 4.1, SVR 2009 UV no. 7 pag. 26 consid. 3.2 e dottrina citata, U 53/07).
5.2 In relazione al periodo di computo per stabilire un'eventuale sovrassicurazione, nel caso di erogazione di indennità giornaliere LAINF e di una rendita AI, alla luce delle disposizioni della LPGA suesposte e della relativa giurisprudenza, si deve concludere che esso coincide con quello indicato dal Tribunale di prime cure e meglio decorre dal 4 settembre 2002 e termina il 31 luglio 2006. Il periodo successivo fino al 31 gennaio 2007 non può per contro essere considerato in quanto dal 1° agosto 2006 concorrono due rendite di invalidità (LAINF e AI, consid. 4.3); va quindi stabilito in altra sede l'ammontare di un'eventuale rendita complementare LAINF. Su questo punto il ricorso è perciò infondato e deve essere respinto.
6. 6.1 Secondo costante giurisprudenza il guadagno presumibilmente perso consiste nel guadagno che la persona assicurata avrebbe presumibilmente conseguito se non fosse intervenuto l'evento assicurato (cfr. <ref-law>; SVR 2009 UV no. 17 pag. 65 consid. 5.2, 8C_330/2008; <ref-ruling> consid. 4a pag. 471). Vi è in particolare un rapporto diretto con il reddito da valido, non tuttavia con il guadagno assicurato (se non del tutto casuale), il cui concetto giuridico è differente (SVR 2009 UV no. 17 pag. 65 consid. 5.2, 8C_330/2008; Kieser, ATSG-Kommentar, 2a ed., art. 69 n. 16).
6.2 Alla luce della documentazione agli atti questa Corte non ritiene di poter condividere la tesi della Swica, secondo cui l'assicurata, se non fosse intervenuto l'infortunio, avrebbe continuato a lavorare a tempo parziale, non risultando provata con il grado della verosimiglianza preponderante valido nelle assicurazioni sociali. In effetti agli atti vi è un solo documento nel quale l'assicurata si esprime in tal senso e meglio l'articolo "A._" pubblicato nella rivista "M._" del .... e prodotto in sede cantonale dalla Swica.
Per contro verosimile risulta, come indicato dal Tribunale cantonale, che l'assicurata era intenzionata a lavorare nuovamente a tempo pieno in quanto la riduzione del tempo di lavoro a partire dal 1° marzo 2002, così come la disdetta, senza rispetto dei termini, del precedente rapporto di lavoro a metà febbraio 2002, era presumibilmente riconducibile ad una circostanza rivelatasi transitoria e meglio alla grave malattia di cui soffriva la madre, poi deceduta il 29 marzo 2002, e alle difficoltà insorte in ordine alla somministrazione delle cure da parte del padre, che in quel momento non poteva accudire la moglie. Al riguardo si rileva infatti che l'8 febbraio 2002 era apparso un articolo sul "Z._", da cui emergeva che V._ si era vista costretta ad occuparsi della madre, che non veniva correttamente assistita dai servizi sociali, in seguito alla malattia del padre e che per questo motivo aveva perso il lavoro. Agli atti è inoltre stata versata la lettera di disdetta del 18 febbraio 2002 con effetto dal medesimo giorno inviata da V._ alla L._, secondo cui la cessazione dell'attività era motivata da problemi famigliari che la costringevano a trasferirsi in P._ per un periodo che non poteva ancora determinare.
L'intenzione di riprendere l'attività al 100% dopo il decesso della madre emerge inoltre chiaramente dal tenore delle numerose dichiarazioni dell'amministratore della X._ SA, società gerente del Bar Y._, ed in particolare da quanto dichiarato al giudice di prime cure durante l'interrogatorio. Egli, oltre ad aver confermato la volontà di V._ di lavorare al 100%, ha dichiarato che seppur il passaggio ad un'attività a tempo pieno non era ancora stato concordato formalmente, poiché dipendeva da diversi fattori, tra cui l'andamento del bar e il futuro impegno scolastico dello stesso gerente, in caso di necessità V._, che era particolarmente apprezzata, sarebbe stata assunta in tale misura. Infine pure il fatto che l'assicurata, già nel marzo 2002, non lavorasse soltanto per il Bar Y._, bensì anche a ore per il F._ si esprime a favore dell'intenzione di lavorare oltre il metà tempo.
In simili circostanze è corretto concludere che, se non fosse intervenuto l'evento assicurato, V._ avrebbe nuovamente lavorato al 100%, la riduzione del tempo di lavoro precedentemente all'infortunio essendo riconducibile a circostanze transitorie, non più attuali. Ne consegue che il guadagno presumibilmente perso dall'assicurata deve tener conto di un'attività lavorativa a tempo pieno, come indicato dalla Corte cantonale. Anche da questo punto di vista il ricorso in materia di diritto pubblico, in quanto infondato, va pertanto respinto.
7. Le spese seguono la soccombenza e vanno quindi integralmente poste a carico dell'assicuratore ricorrente (<ref-law>). V._, vincente in lite e patrocinata da un legale, ha diritto a ripetibili che saranno poste a carico della Swica (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico della Swica.
3. La Swica verserà a V._ la somma di fr. 1500.- a titolo di indennità di parte per la procedura federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.