Fatti:
A. Il mattino del 26 novembre 2006, mentre si trovavano al loro domicilio, C._ e sua figlia A._, nata il 16 marzo 2000, hanno notato quattro cavalli pascolare nel prato circostante la casa. Constatato che gli animali erano verosimilmente fuggiti da un recinto situato nelle vicinanze, li hanno adescati con del pane e, precedendoli, li hanno ricondotti nella recinzione da cui provenivano. Giunti all'interno del recinto, costituito da paletti in plastica alti circa un metro e collegati da nastri elettrici, C._ e A._ sono stati sorpassati dai cavalli: uno di essi ha allora scalciato colpendo la bambina al viso con uno zoccolo, procurandole gravi ferite alla testa, con fratture del cranio e lesioni all'occhio sinistro.
B. Il 14 dicembre 2006 la madre della vittima sporgeva querela per le lesioni personali subite dalla figlia A._. Con decreto dell'11 gennaio 2007, la Procura pubblica dei Grigioni ha aperto un procedimento penale, abbandonato con successivo decreto del 4 settembre 2007. Il magistrato inquirente ha in particolare ritenuto che non potevano essere rimproverati ad B._, proprietario dei cavalli, omissioni penalmente rilevanti nella loro custodia. Con sentenza del 16 gennaio 2008, la Camera di gravame del Tribunale cantonale dei Grigioni ha accolto un'impugnativa presentata da A._ contro il decreto d'abbandono, annullandolo e rinviando la causa alla Procura pubblica perché completasse l'istruttoria. Il 18 febbraio 2008 il procuratore pubblico ha riaperto il procedimento penale contro B._ per il reato di lesioni colpose gravi. Dopo ulteriori atti d'inchiesta, segnatamente l'interrogatorio delle parti nonché l'esperimento di un sopralluogo da parte del giudice istruttore, il 14 luglio 2008 la Procura pubblica ha nuovamente decretato l'abbandono del procedimento penale.
C. Adita dalla vittima, la Camera di gravame del Tribunale cantonale dei Grigioni, con sentenza del 24 settembre 2008 comunicata il 15 dicembre 2008, ha respinto l'impugnativa. La Corte cantonale ha accertato che B._ aveva disatteso il proprio dovere di diligenza erigendo una recinzione non conforme alle raccomandazioni del Servizio per la prevenzione degli infortuni nell'agricoltura (SPIA) e rilevato che se l'impianto fosse stato costruito correttamente, con ogni probabilità la bambina non sarebbe stata ferita. Ha nondimeno ritenuto che il nesso causale era stato interrotto dal comportamento gravemente imprudente del padre della vittima, che aveva preceduto i cavalli invece di seguirli.
D. A._ impugna la sentenza della Camera di gravame con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre l'annullamento del decreto di abbandono e il rinvio degli atti alla Procura pubblica per il proseguimento del procedimento penale. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 11, 12, 125 e 237 CP e degli art. 9 e 30 cpv. 1 Cost..
E. La Corte cantonale chiede di respingere il ricorso, rinunciando tuttavia a formulare una risposta al ricorso. Pure la Procura pubblica comunica di rinunciare a presentare osservazioni. B._ postula la reiezione del gravame.

Diritto:
1. Secondo l'<ref-law>, il procedimento si svolge di regola nella lingua ufficiale della decisione impugnata, che nella fattispecie è quella italiana. Non vi sono motivi per scostarsi da questa regola. Nonostante il gravame sia steso in tedesco, questo giudizio è quindi redatto in italiano.
2. 2.1 Secondo l'<ref-law> ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b; <ref-ruling> consid. 1.1).
Giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF, la vittima è legittimata a ricorrere se la decisione impugnata può influire sul giudizio delle sue pretese civili. Quale vittima ai sensi della legge federale concernente l'aiuto alle vittime di reati (LAV; RS 312.5) è definita ogni persona la cui integrità fisica, psichica o sessuale è stata direttamente lesa a causa di un reato, indipendentemente dal fatto che l'autore sia stato rintracciato, si sia comportato in modo colpevole o abbia agito intenzionalmente o per negligenza (cfr. art. 1 LAV del 23 marzo 2007, in vigore dal 1° gennaio 2009; art. 2 cpv. 1 vLAV; <ref-ruling> consid. 2.3). Se il ricorso è interposto contro un decreto di abbandono o un giudizio assolutorio, basta che entri in considerazione un reato suscettibile di fondare la qualità di vittima (<ref-ruling> consid. 1.1.2 e rinvio).
2.2 A causa delle ferite riportate, la ricorrente è stata lesa direttamente nella sua integrità fisica ed ha quindi la qualità di vittima. Ha partecipato alla procedura cantonale e la decisione della Camera di gravame, che ha respinto l'impugnativa contro il decreto d'abbandono, può influire sulla sua pretesa di risarcimento del danno (<ref-law>). La sua legittimazione a ricorrere è pertanto data.
2.3 Il ricorso, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF) e diretto contro una decisione finale (<ref-law>), resa in materia penale (<ref-law>) da un'autorità cantonale di ultima istanza (<ref-law>), è di massima ammissibile.
3. 3.1 La Corte cantonale ha rilevato che il comportamento di B._ avrebbe di per sé adempiuto gli estremi del reato di lesioni colpose (<ref-law>), commesso per omissione (<ref-law>). Ha ravvisato nella mancata recinzione del pascolo in modo conforme alle raccomandazioni SPIA una negligenza del proprietario dei cavalli. Ha inoltre ritenuto che se il recinto fosse stato costruito correttamente, con alta probabilità i cavalli non sarebbero fuggiti e la bambina non sarebbe stata ferita. La precedente istanza ha nondimeno concluso che tale omissione era relegata in secondo piano per il fatto che il padre della vittima aveva commesso una grave imprudenza precedendo i cavalli nel ricondurli nel recinto, tanto più che aveva con sé la figlia.
3.2 La ricorrente contesta l'interruzione del nesso di causalità rilevata dalla Corte cantonale. Sostiene che il comportamento del padre non sarebbe stato oggettivamente imprevedibile, né costituirebbe, in un contesto rurale, una circostanza straordinaria il fatto ch'egli sia stato accompagnato dalla figlia. Richiama al riguardo un rapporto del 9 gennaio 2008 dell'Istituto nazionale svizzero di allevamento equino di Avenches, secondo cui, in mancanza della possibilità di un intervento a breve termine da parte del detentore dei cavalli, della polizia o di eventuali persone pratiche in materia, sarebbe ragionevole attendersi da una persona responsabile che in una situazione simile intervenga
in modo autonomo. Che il comportamento effettivamente adottato dal genitore non sia stato opportuno e professionale, non rappresenterebbe poi una circostanza eccezionale, non essendo egli esperto di cavalli ed avendo agito al fine di prestare aiuto. La ricorrente rimprovera infine alla precedente istanza di avere in particolare manifestamente disatteso l'art. 82 della legge sulla giustizia penale del Cantone dei Grigioni, dell'8 giugno 1958 (LGP), confermando una sospensione del procedimento non giustificata da motivi oggettivi: una valutazione complessiva delle prove permetterebbe infatti di nutrire quanto meno dubbi tali da non potere escludere una condanna del proprietario dei cavalli.
4. L'apertura di un procedimento penale implica che l'interessato abbia commesso un atto punibile. Se, dopo lo svolgimento dell'istruttoria, viene a mancare un sufficiente sospetto di reato, rispettivamente se il reato non è sufficientemente dimostrato (cfr. art. 82 LGP), così da non potere contare su una condanna al dibattimento, il giudice istruttore può prescindere di dare ulteriormente seguito alla denuncia e sospendere il procedimento. La valutazione del probabile esito del procedimento rientra nel corretto apprezzamento dell'autorità di istruzione. In questo contesto, vale il principio secondo cui in caso di dubbio va promossa l'accusa. Quale criterio di giudizio può essere ammesso che l'accusa vada promossa quando una condanna appaia più probabile di un proscioglimento. Ciò si fonda sull'argomento che quando la situazione probatoria non è chiara, il giudizio sugli addebiti mossi all'interessato non deve essere preso dalle autorità di accusa o di istruzione, bensì dai tribunali competenti per l'esame di merito. Nell'ambito della promozione dell'accusa, il principio "in dubio pro reo", riferito alla valutazione giudiziaria delle prove, non trova quindi applicazione. Il criterio secondo cui in caso di dubbio il procedimento non va sospeso, deve essere osservato anche nell'ambito della verifica giudiziaria di una decisione di sospensione (<ref-ruling> pag. 110 seg.; sentenza 6B_915/2008 del 6 aprile 2009 consid. 3.1 e rinvio).
5. 5.1 L'<ref-law> punisce il comportamento di chi, per negligenza, cagiona un danno al corpo o alla salute di una persona. Commette per negligenza un reato colui che, per un'imprevidenza colpevole, non ha scorto le conseguenze del suo comportamento o non ne ha tenuto conto. L'imprevidenza è colpevole se l'autore non ha usato le precauzioni alle quali era tenuto secondo le circostanze e le sue condizioni personali (<ref-law>; cfr. art. 18 cpv. 3 vCP). Perché sia realizzato il reato di lesioni colpose, occorre quindi che l'agente abbia violato un dovere di prudenza, che questa violazione sia stata colpevole e che sia inoltre causale delle lesioni subite dalla vittima.
Le lesioni personali per negligenza costituiscono un reato di evento, che presuppone in generale un'azione, ma che può anche essere realizzato per omissione nella misura in cui l'agente aveva un obbligo giuridico di agire derivante da una posizione di garante (<ref-ruling> consid. 4.2.1, 117 IV 130 consid. 2a). Se è un'omissione ad essere rimproverata all'agente, occorre chiedersi se questi si trovava in una situazione di garante e, dandosene il caso, quale era la portata dei suoi obblighi di diligenza che ne derivavano e quali atti concreti era giuridicamente tenuto a compiere; quando l'agente ha omesso di eseguire un tale atto, occorre ancora chiedersi se quest'omissione fosse colpevole e in relazione causale con il risultato che si è verificato (<ref-ruling> consid. 2a). Nel caso di omissione, la questione della causalità non si presenta allo stesso modo del caso di commissione (<ref-ruling> consid. 4.4.1). L'omissione di un atto è infatti in relazione di causalità naturale con il risultato del presunto reato se il compimento dell'atto omesso avrebbe impedito il verificarsi dell'evento con una verosimiglianza vicina alla certezza o perlomeno con alta verosimiglianza (<ref-ruling> consid. 2a; cfr. inoltre <ref-ruling> consid. 4c, 118 IV 130 consid. 6a); essa è poi in relazione di causalità adeguata con il risultato se il compimento dell'atto omesso avrebbe, secondo l'andamento ordinario delle cose e l'esperienza generale della vita, permesso di evitare la sopravvenienza di questo risultato (<ref-ruling> consid. 4.4.1, 117 IV 130 consid. 2a).
5.2 In questa sede il litigio concerne essenzialmente il quesito della causalità adeguata (e della sua pretesa interruzione) tra l'eventuale negligenza rimproverata all'opponente per avere omesso di installare una recinzione adeguata e il ferimento della vittima. Si tratta di una questione di diritto, che questa Corte esamina liberamente (<ref-ruling> consid. 4.4.2 e rinvii).
La precedente istanza ha tuttavia ravvisato un'interruzione del nesso causale facendo in sostanza riferimento alla causalità naturale e rilevando, a torto, che la questione del carattere adeguato della causalità non si porrebbe nel caso di un reato omissivo improprio. Come visto, pur dovendosi procedere in questo genere di reati per ipotesi, l'aspetto della causalità adeguata è rilevante e rientra in quest'ambito anche il quesito di una sua eventuale interruzione (cfr. <ref-ruling> consid. 4.4).
La Corte cantonale ha rimproverato all'opponente un comportamento negligente per non avere provveduto a posare una recinzione secondo i criteri SPIA. Ha poi stabilito che una corretta recinzione - con pali in legno stabili, alti almeno 150 cm, dotata di tre o quattro nastri ben visibili, dalla quale fosse escluso il sentiero escursionistico - avrebbe con un alto grado di probabilità impedito la fuga dei cavalli e conseguentemente il ferimento della bambina. In tali circostanze, essa ha quindi riconosciuto una causalità naturale tra l'omissione e l'evento. L'esistenza di un rapporto di causalità naturale concerne l'accertamento dei fatti e come tale può essere riesaminata in questa sede solo entro i limiti dell'<ref-law>. In questo contesto, il Tribunale federale esamina liberamente solo se l'autorità cantonale ha misconosciuto il concetto stesso di causalità naturale (cfr. sentenza 6B_377/2008 del 1° luglio 2008 consid. 5). In concreto, le parti non censurano, tantomeno con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, l'accertamento arbitrario dei fatti, né fanno valere che la precedente istanza si sarebbe fondata su una nozione di causalità naturale contraria al diritto federale (cfr., sulle esigenze di motivazione, <ref-ruling> consid. 2.1-2.2, 133 II 249 consid. 1.4). Non v'è quindi motivo di rivenire sulla constatazione secondo cui una recinzione conforme ai criteri SPIA avrebbe con alta verosimiglianza evitato l'incidente.
Ammessa la causalità naturale, nelle esposte circostanze la precedente istanza avrebbe anche dovuto riconoscere quella adeguata. Una corretta recinzione persegue infatti lo scopo principale di impedire la fuga dei cavalli, segnalando nel contempo verso l'esterno che si tratta di terreno loro riservato e che l'ingresso può essere pericoloso per le persone (<ref-ruling> consid. 2.3). Secondo l'andamento ordinario delle cose e l'esperienza generale della vita, la posa di un recinto adeguato avrebbe quindi impedito ai cavalli di uscire dal pascolo e dissuaso eventuali persone estranee dall'entrarvi, consentendo di evitare un incidente come quello realizzatosi nella fattispecie.
Nella misura in cui l'omissione rimproverata all'opponente dovesse essere ritenuta colpevole, essa starebbe pertanto in un rapporto di causalità adeguata con il ferimento della vittima.
Nella misura in cui l'omissione rimproverata all'opponente dovesse essere ritenuta colpevole, essa starebbe pertanto in un rapporto di causalità adeguata con il ferimento della vittima.
5.3 5.3.1 La causalità adeguata viene meno, il concatenamento dei fatti perdendo in tal modo la sua rilevanza giuridica, allorché un'altra causa concomitante, quale ad esempio una forza naturale, l'atteggiamento della vittima o quello di un terzo, costituisca una circostanza del tutto eccezionale o appaia così straordinaria che non poteva essere prevista. L'imprevedibilità dell'atto concomitante non è però sufficiente per interrompere il nesso di causalità adeguata: occorre ancora che questo atto rivesta un'importanza tale da imporsi come la causa più probabile ed immediata dell'evento considerato, relegando in secondo piano tutti gli altri fattori che hanno contribuito a provocarlo, segnatamente il comportamento dell'agente (<ref-ruling> consid. 4.4.2, 133 IV 158 consid. 6.1, 131 IV 145 consid. 5.2 e rinvio).
5.3.2 La Corte cantonale ha ritenuto che le modalità con cui il padre della ricorrente aveva ricondotto nel recinto i cavalli, precedendoli e facendosi accompagnare in questa operazione dalla figlia piccola, costituissero un'imprudenza talmente grave da risultare la causa più probabile ed immediata del ferimento e tale da relegare in secondo piano l'omissione dell'opponente. Con questo comportamento, il genitore non avrebbe mantenuto una sufficiente distanza dalle zampe posteriori dei cavalli che, ancorché docili, potevano scalciare. Premesso che secondo i giudici cantonali i cavalli andrebbero condotti con la cavezza o con la briglia, posizionandosi all'altezza delle loro teste, nella fattispecie, sempre a loro giudizio, sarebbe piuttosto occorso seguirli alla dovuta distanza. Nella sentenza impugnata, non è tuttavia spiegato su quali accertamenti si fondano le considerazioni riguardanti il comportamento corretto da tenere nel condurre i cavalli: in particolare non sono esplicitamente ritenute le raccomandazioni SPIA (cfr. pubblicazione n. 10 "L'allevamento", pag. 1018 seg.) o il rapporto del 9 gennaio 2008 dell'Istituto nazionale svizzero di allevamento equino, sulla cui portata i giudici cantonali peraltro nemmeno si esprimono. Né, contrariamente a quanto sembra ritenere la Corte cantonale, una valutazione circa l'eventuale prevedibilità o meno del comportamento del padre della ricorrente poteva essere considerata irrilevante.
Tale comportamento può certo essere stato inadeguato ed imprudente, ma non appare così eccezionale da non essere prevedibile, come peraltro sembra lasciare intendere il rapporto del 9 gennaio 2008 (risposta 3 lett. b e c in fine, pag. 5). La circostanza che dei cavalli fuggiti dal loro recinto si trovino a pascolare in una zona abitata può infatti suscitare una certa attrattiva su adulti e bambini e comportare quindi anche la possibilità che gli animali possano essere avvicinati in modo inappropriato e con comportamenti errati da parte di queste persone, suscettibili di provocare una loro reazione improvvisa (cfr. NICOLE PAYLLIER, Die sorgfältige Weidehaltung von Pferden gemäss Art. 56 Abs. 1 OR, in: Jusletter 11 luglio 2005, n. 14). È noto che il cavallo è un animale sensibile, dotato di sensi molto sviluppati, che reagisce immediatamente, sovente fuggendo, in presenza di sconosciuti, di movimenti, oggetti o rumori che lo spaventano. Quale animale da branco si lascia inoltre influenzare dal comportamento degli altri membri del gruppo (cfr. <ref-ruling> consid. 2e; pubblicazione SPIA citata, pag. 1018). Che in presenza di cavalli incustoditi sulla proprietà altrui e nelle immediate vicinanze delle abitazioni, una persona avrebbe anche potuto reagire in modo non del tutto adeguato, non è dunque talmente eccezionale da non potere essere preso in considerazione da un contadino con esperienza nel ramo, come è il caso per l'opponente. Tanto più che comportamenti errati con questo tipo di animali non sembrerebbero rari nemmeno da parte di conoscitori (cfr. pubblicazione SPIA citata, pag. 1018). Premesso che nel diritto penale non è data una compensazione della colpa (<ref-ruling> consid. 2c/bb pag. 24), il comportamento del padre della vittima, per quanto dovesse essere ritenuto colpevole, non relega quindi in secondo piano quello dell'opponente. Nello svolgimento degli eventi, la situazione di pericolo provocata dall'eventuale omissione colpevole di quest'ultimo è stata sminuita a torto dalla Corte cantonale che, ravvisando un'interruzione del rapporto di causalità, ha pertanto violato il diritto federale.
6. 6.1 Poiché il giudizio impugnato deve essere annullato già per gli esposti motivi, è superfluo esaminare se, come sostiene la ricorrente, esso sia stato emanato anche applicando l'art. 82 LGP in modo contrario alla Costituzione. Laddove accenna inoltre agli art. 17 e 18 LGP, la ricorrente si limita a richiamare tali disposizioni, ma non sostiene con una motivazione conforme alle citate esigenze, ch'esse sarebbero state violate nella fattispecie.
6.2 La ricorrente rimprovera infine all'autorità cantonale di non avere esaminato la fattispecie sotto il profilo di un possibile perturbamento della circolazione pubblica, disciplinato dall'<ref-law>. Sostiene che un'eventuale condanna dell'opponente anche per questo reato non potrebbe essere d'acchito esclusa, ritenuto ch'egli avrebbe sbarrato una via pedonale pubblica.
Nel gravame dinanzi alla precedente istanza, la ricorrente aveva accennato a una possibile infrazione commessa dal proprietario dei cavalli dipendente dal preteso sbarramento del sentiero pedonale, senza invero esplicitamente invocare specifiche disposizioni disciplinanti la fattispecie. Su questo aspetto, i giudici cantonali non hanno addotto alcunché nel giudizio impugnato, né hanno in particolare esposto per quali ragioni la questione non avrebbe dovuto essere esaminata. L'autorità cantonale si dovrà quindi pronunciare sull'argomento nell'ambito della nuova decisione che sarà chiamata a rendere a seguito dell'accoglimento del ricorso in esame. In tali circostanze, non si giustifica di approfondire in questa sede se essa, omettendo di esprimersi sull'accennata censura, abbia disatteso il diritto di essere sentita della ricorrente.
7. 7.1 Ne segue che il ricorso deve essere accolto nella misura della sua ammissibilità. La ricorrente chiede, oltre all'annullamento della sentenza impugnata, anche quello del decreto d'abbandono, postulando il rinvio degli atti alla Procura pubblica per la continuazione del procedimento penale. L'incombenza può tuttavia essere lasciata alla Corte cantonale, cui la causa viene rinviata per una nuova decisione (art. 68 cpv. 5 e art. 107 cpv. 2 LTF).
7.2 Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dell'opponente (<ref-law>), che rifonderà alla ricorrente un'indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è accolto. La sentenza impugnata è annullata e la causa è rinviata alla Camera di gravame del Tribunale cantonale dei Grigioni per una nuova decisione.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico di B._, che rifonderà alla ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, alla Procura pubblica dei Grigioni e al Tribunale cantonale dei Grigioni, Camera di gravame.