Sachverhalt:
A.
Die A._ ist Mehrheitseigentümerin der Liegenschaften U._ und V._ (Parzellen Nr. xxxx und Nr. xxxx) in Sins. Für die Installation von zwei Luft-Wasser-Wärmepumpen im Aussenbereich reichte sie ein Baugesuch (Nr. 32/2013) ein, wogegen Einwendungen erhoben wurden. Daneben plante sie den Aus- bzw. Einbau von vier Lichtschächten und eine damit verbundene teilweise Öffnung der Kellermauer.
Als am 16. September 2013 Bauarbeiten auf den Parzellen festgestellt wurden, verfügte der Gemeinderat gegenüber der A._ gleichentags die sofortige Einstellung der Arbeiten und ordnete die Einreichung eines Baubeschriebs und eines neuen Baugesuchs an. Da die Bauarbeiten weitergeführt wurden, erliess der Gemeinderat am 18. September 2013 auch gegenüber der B._ als bauführendes Unternehmen eine Baueinstellungsverfügung.
B.
Gegen beide Verfügungen erhob die A._ Verwaltungsbeschwerde beim Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau. Dieses präzisierte mit Entscheid vom 5. Dezember 2013, dass die Einstellung der Bauarbeiten sowie die Verpflichtung zur Einreichung eines entsprechenden Baugesuchs sich nur auf die bewilligungspflichtigen Arbeiten zum Einbau von Lichtschächten und zur teilweisen Durchbrechung der Aussenmauer bezögen, nicht jedoch auf die bewilligungsfreien Bauarbeiten im Kellerinnern.
Die dagegen von der A._ eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau am 24. November 2014 ab. Streitgegenstand bildete dabei nur die mit den Lichtschächten verbundenen baulichen Massnahmen, nicht jedoch das Baugesuch zur Installation der Luft-Wasser-Wärmepumpen.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. Januar 2014 gelangt die A._ an das Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 24. November 2014 sowie der Verfügungen vom 16. und 18. September 2013 des Gemeinderats Sins betreffend die Einstellung von Bauarbeiten. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Gemeinderat Sins schliesst auf Beschwerdeabweisung, soweit darauf einzutreten sei. Das BVU und das Verwaltungsgericht verzichten auf eine Vernehmlassung.
Die Beschwerdeführerin hält in der Replik sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil stellt einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die Einstellung von Bauarbeiten auf den Liegenschaften der Beschwerdeführerin und eine damit verbundene Verpflichtung zur Einreichung eines neuen Baugesuchs dar (<ref-law>). Dieser weist den Charakter eines Endentscheids nach <ref-law> auf, da der Baustopp weder im Rahmen eines laufenden Verfahrens angeordnet noch im Zusammenhang mit einem künftigen Baubewilligungsverfahren steht; er entfaltet vielmehr selbstständige Wirkung (Urteil 1P.500/1995 vom 23. November 1995 E. 1a). Ein Ausschlussgrund im Sinne von <ref-law> ist nicht gegeben. Die Beschwerdeführerin ist als direkt betroffene Bauherrin, die am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat, zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Dieses wendet das Bundesgericht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem und kommunalem Recht - wird vom Bundesgericht aber nur insoweit geprüft, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Hierzu gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>, begründet diese in der Beschwerdeschrift jedoch nicht näher. Soweit damit ein Verstoss gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör geltend gemacht wird, erfolgt das Vorbringen nicht in rechtsgenügender Weise.
Die Begründung der übrigen Rügen zur Verletzung des Willkürverbots wird nachfolgend einzeln geprüft. Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür nur vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; je mit Hinweisen).
2.
Gemäss den eigenen Angaben der Beschwerdeführerin sollen die Lichtschächte am Gebäude U._ die Ausmasse 140 x 80 x 40 cm sowie 120 x 80 x 115 cm, jene am Gebäude V._ 140 x 80 x 80 cm und 120 x 80 x 115 cm aufweisen (jeweils Länge x Breite x Tiefe). Als Zugang zu den Lichtschächten seien Öffnungen der Aussenmauer von rund 120 x 90 cm bzw. 120 x 120 cm geplant (jeweils Länge x Breite). Die Lichtschächte dienten der besseren Durchlüftung und der indirekten Belichtung der Kellerräume.
Die Beschwerdeführerin macht in erster Linie geltend, die Bauarbeiten unterlägen als Kleinvorhaben nicht der Bewilligungspflicht nach Art. 22 Abs. 1 RPG (SR 700), da die geplanten Lichtschächte keine Auswirkungen auf die Nachbarschaft und die öffentliche Ordnung hätten. Zudem habe der Kanton Aargau vom Vorbehalt zu Gunsten des kantonalen Rechts in Art. 22 Abs. 3 RPG und Art. 23 RPG Gebrauch gemacht und mit § 49 der Bauverordnung vom 1. September 2009 (BauV; SAR 713.121) den Begriff der bewilligungsfreien Kleinstbauten geschaffen, welcher das vorliegende Bauvorhaben erfasse (Abs. 2 lit. d BauV). Die Vorinstanz gehe willkürlich davon aus, dass von den Lichtschächten Immissionen ausgingen. Weil dies nicht zutreffe und die Lichtschächte von aussen nicht wahrnehmbar seien, bestünden weder öffentliche noch nachbarliche Interessen an einer vorgängigen Kontrolle des Bauvorhabens.
3.
Nach Art. 22 Abs. 1 RPG dürfen Bauten und Anlagen nur mit behördlicher Bewilligung errichtet oder geändert werden. Bauten und Anlagen im Sinne dieser Bestimmung sind künstlich geschaffene und auf Dauer angelegte Einrichtungen, die in fester Beziehung zum Erdboden stehen und geeignet sind, die Vorstellung über die Nutzungsordnung zu beeinflussen, sei es, dass sie den Raum äusserlich erheblich verändern, die Erschliessung belasten oder die Umwelt beeinträchtigen (<ref-ruling> E. 2b S. 315 f.). Die Baubewilligungspflicht soll es der Behörde ermöglichen, das Bauprojekt in Bezug auf die räumlichen Folgen vor der Ausführung auf die Übereinstimmung mit der raumplanerischen Nutzungsordnung und der übrigen einschlägigen Gesetzgebung zu überprüfen. Massstab dafür ist die Frage, ob mit der Realisierung des Vorhabens im Allgemeinen, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, so wichtige räumliche Folgen verbunden sind, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle besteht (<ref-ruling> E. 5.2 S. 139 f.).
Der bundesrechtliche Begriff der bewilligungspflichtigen Bauten und Anlagen kann von den Kantonen konkretisiert und erweitert, nicht aber enger gefasst werden. Die Kantone können nicht von der Bewilligungspflicht ausnehmen, was nach Art. 22 RPG einer Bewilligung bedarf (Urteil 1C_509/2010 vom 16. Februar 2010 E. 2.3.1 mit Hinweisen).
3.1. Gemäss § 59 Abs. 1 des Gesetzes über Raumentwicklung und Bauwesen des Kantons Aargau vom 19. Januar 1993 (BauG; SAR 713.100) bedürfen alle Bauten und Anlagen und ihre im Hinblick auf die Anliegen der Raumentwicklung, des Umweltschutzes oder der Baupolizei wesentliche Umgestaltung, Erweiterung oder Zweckänderung sowie die Beseitigung von Gebäuden der Bewilligung durch den Gemeinderat. In § 49 BauV werden die Bauvorhaben aufgezählt, welche keine Baubewilligung benötigen. Dazu gehören insbesondere Kleinstbauten mit einer Grundfläche bis 5 m 2 und einer Gesamthöhe bis 2.50 m, wenn allfällige Immissionen nur minim sind, wie bei Gerätehäuschen und Fahrradunterständen (Abs. 2 lit. d BauV).
3.2. Vorliegend soll ein Schacht erweitert und drei neue Lichtschächte eingebaut werden. Als Anschluss dazu soll die Kellermauer an zwei Stellen durchbrochen und zu den dahinterliegenden Räumen hin geöffnet werden. Das Verwaltungsgericht qualifizierte dieses Bauvorhaben als Umbau und nicht als Kleinbaute, weil die baulichen Massnahmen mit bestehenden Bauten verbunden seien. Anders zu entscheiden bedeute, dass sämtliche Bauvorhaben an bestehenden Gebäuden, welche die Masse von Kleinbauten einhielten - wie Kamine, Balkone, Vordächer, Wandklimageräte etc. - von der Bewilligungspflicht auszunehmen seien, unbesehen von deren Auswirkungen auf die Öffentlichkeit oder die Nachbarschaft. Zudem sprächen vertretbare Gründe für die Annahme, dass das dokumentierte Bauvorhaben bewilligungspflichtig sei. Es berief sich dabei auf die Praxis, wonach das Baubewilligungsverfahren auch dazu dienen könne, die Bewilligungspflicht genauer zu prüfen. Demnach sei ein solches schon dann durchzuführen, wenn gute Gründe für das Vorliegen eines baurechtlich relevanten Tatbestands bestünden.
Diese Erwägungen lassen keine Willkür erkennen:
3.3. Der Wortlaut von § 49 Abs. 2 lit. b BauV spricht von Kleinstbauten. Dieser Begriff erfasst in erster Linie die Errichtung solcher Vorhaben oder allenfalls deren Anbau an eine andere Baute, nicht aber die Änderung bestehender Gebäude. Dies wird nur schon durch die genannten Beispiele verdeutlicht: Gerätehäuschen und Fahrradunterstände stellen typischerweise freistehende oder an ein anderes Gebäude angebaute Kleinvorhaben dar. Bei den geplanten und teilweise bereits begonnen Bauarbeiten handelt es sich aber weder um selbstständige Bauten noch um Anbauten. Durch den Ein- bzw. Ausbau von Lichtschächten und der teilweisen Durchbrechung der Gebäudehülle werden die Wohnhäuser vielmehr bautechnisch umgestaltet. Die baulichen Massnahmen sind untrennbar mit ihnen verbunden, bilden Bestandteile davon und können nur schwerlich isoliert vom Rest betrachtet werden. Es ist daher vertretbar, das Bauvorhaben als Umbau und nicht als Kleinstbaute zu betrachten.
Damit konnte die Vorinstanz auch willkürfrei annehmen, dass genügende Anhaltspunkte für die Annahme einer Bewilligungspflicht vorliegen. Wie von ihr ausgeführt, besteht beim Bauvorhaben nicht nur Klärungsbedarf hinsichtlich der künftigen Nutzung der Kellerräume, der Lage der Mauerdurchbrüche oder der feuerpolizeilichen und energierechtlichen Aspekte. Denkbar wäre auch, dass das Untergeschoss aufgrund der wirksameren Durchlüftung und der Belichtung mit natürlichem Tageslicht bei der Berechnung der Ausnützungsziffer mitzuberücksichtigen wäre. Zudem könnte die teilweise Durchbrechung der Fassade Auswirkungen auf die Statik des Gebäudes haben und im nachbarlichen Verhältnis neue Einsichtmöglichkeiten auftun. Somit bestehen beachtenswerte öffentliche und nachbarliche Interessen an der Einhaltung der gesetzlichen Nutzungs- und Bauvorschriften, weshalb sich eine vorgängige Überprüfung des Bauvorhabens rechtfertigt. Dass das Baubewilligungsverfahren vorliegend dazu dienen soll, um die Bewilligungspflicht endgültig abzuklären, ist nicht offensichtlich unhaltbar, denn die konkrete Ausgestaltung des Bauvorhabens steht noch gar nicht fest. Erst die Einreichung detaillierter Unterlagen und Pläne durch die Bauherrschaft ermöglicht eine abschliessende Beurteilung der Bewilligungspflicht. Eingaben der Beschwerdeführerin, welche die Einhaltung der bau- und nutzungsrechtlich relevanten Anforderungen belegen, sind daher im Baubewilligungsverfahren vorzubringen. Darüber hinaus ist die Einreichung eines Baugesuchs das mildere Mittel im Vergleich zum Rückbau bereits vollendeter rechtswidriger Bauten.
3.4. Im Übrigen sind die Erwägungen der Vorinstanz auch nicht bundesrechtswidrig: Die Gebäude U._ und V._ stellen unbestrittenermassen Bauten im Sinne von Art. 22 Abs. 1 RPG dar, da sie auf Dauer angelegt sind, in fester Beziehung zum Erdboden stehen und geeignet sind, den Raum äusserlich zu beeinflussen. Sie weisen eine erhebliche Aussenwirkung auf und sind klarerweise bewilligungspflichtig. Damit einher geht, dass ein Umbau dieser Wohnhäuser grundsätzlich ebenfalls einer Baubewilligung bedarf, stellt er doch eine Änderung von Bauten gemäss Art. 22 Abs. 1 RPG dar. Zu verneinen wäre dies allenfalls, wenn es sich um unbedeutende Arbeiten handeln würde. Bereits aus den Angaben der Beschwerdeführerin zum Bauvorhaben geht jedoch hervor, dass der geplante und teilweise schon begonnene Umbau von beachtlichem Ausmass ist. Es werden nicht nur Lichtschächte ein- bzw. ausgebaut; vor allem werden auch die Kellermauern durchbrochen und somit neue Fassadenöffnungen eingefügt und die von aussen wahrnehmbare Gebäudestruktur verändert. Wären diese Änderungen bereits beim Bau der beiden Wohnhäuser vorgenommen worden, hätten hierfür revidierte Baupläne eingereicht werden müssen. Unter diesen Umständen wäre die Baubewilligungspflicht bereits von Bundesrechts wegen zu bejahen.
3.5. Insgesamt sprechen vorliegend somit vertretbare Gründe für die Durchführung des Baubewilligungsverfahrens. Die neben Art. 22 Abs. 1 RPG von der Beschwerdeführerin erwähnten bundesrechtlichen Bestimmungen sind jedoch nicht einschlägig, legen sie doch fest, dass die Baubewilligungsvoraussetzungen des RPG ergänzt bzw. im kantonalen Recht Ausnahmen zum Grundsatz der Zonenkonformität innerhalb von Bauzonen formuliert werden können ( WALDMANN/HÄNNI, Handkommentar zum Raumplanungsgesetz, 2006, N. 64 ff. zu Art. 22 RPG und N. 1 zu Art. 23 RPG). Ebenso wenig kann die Beschwerdeführerin aus der Aussage, andere Liegenschaften würden vergleichbare Lichtschächte aufweisen, etwas zu ihren Gunsten ableiten, denn sie belegt nicht, dass diese ohne Baubewilligung erstellt werden durften. Sodann ist auf die erhobenen Sachverhaltsrügen nicht einzutreten, da sie entweder nicht in rechtsgenüglicher Weise erhoben wurden (Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law>) oder für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend sind (<ref-law>).
4.
§ 159 Abs. 1 BauG sieht vor, dass die Einstellung der Arbeiten angeordnet werden kann, wenn durch die Errichtung von Bauten oder Anlagen ohne Bewilligung, unter Verletzung einer solchen oder auf andere Weise ein unrechtmässiger Zustand geschaffen wird. Ist nach dem Gesagten für das Vorhaben ein Baubewilligungsverfahren durchzuführen, wurden die Bauarbeiten aber eigenmächtig und ohne Einhaltung des formellen Baurechts bereits begonnen, kann willkürfrei davon ausgegangen werden, dass die Baueinstellung rechtmässig war. Ebenso vertretbar ist es, die bedeutenden öffentlichen Interessen an der konsequenten Durchsetzung des Bewilligungsverfahrens und an der Vermeidung von allfälligen Anordnungen auf Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands stärker zu gewichten als die privaten Interessen an einer raschen Realisierung des Bauvorhabens, womit der Baustopp verhältnismässig erscheint.
5.
Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das Gerichtsverfahren kostenpflichtig (<ref-law>) und ihr steht keine Parteientschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Sins, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt, Rechtsabteilung, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. April 2015
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Pedretti