considerando:
che, quando il ricorso è ritirato, il Presidente della Corte adita (art. 32 cpv. 1 e 2 LTF) dichiara il processo terminato nonché statuisce sulle spese giudiziarie e sull'assegnazione e l'ammontare delle ripetibili (art. 5 cpv. 2 e 73 cpv. 1 PC combinati con l'<ref-law>);
che, in caso di desistenza, le spese giudiziarie devono essere poste, in linea di principio, a carico della parte ricorrente con l'applicazione di una tassa di giustizia ridotta (<ref-law>) e che, nella fattispecie, non v'è motivo per scostarsi da questo principio;
che non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>);

per questi motivi, il Presidente decreta
1. La causa 2C_413/2009 è stralciata dai ruoli a seguito del ritiro dei ricorsi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori della ricorrente, alla Divisione dell'ambiente del Dipartimento del territorio per il Consiglio di Stato e al Vicepresidente del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.