Sachverhalt:
A. M._ (geboren 18. Juni 1948) war als Mitarbeiterin der Firma A._ bei der PUBLICA im Rahmen der beruflichen Vorsorge versichert. Am 24. Januar 2008 beantragte sie den Bezug von Altersleistungen per 1. Juli 2008. Auf dieses Datum hin trat das revidierte Bundesgesetz über die Pensionskasse des Bundes vom 20. Dezember 2006 (PUBLICA-Gesetz) in Kraft, mit welchem ein Wechsel vom Leistungs- zum Beitragsprimat verbunden war. Die PUBLICA stellte sich in der Folge gegenüber M._ auf den Standpunkt, die Altersrente sei nach der neuen Rechtslage zu berechnen. Zwar habe sie am 18. Juni 2008 das 60. Altersjahr vollendet, der Rentenanspruch sei aber erst am 1. Juli 2008 unter der Herrschaft des Beitragsprimats entstanden. Mit Rentenbescheid vom 27. Juni 2008 setzte die PUBLICA die Altersrente auf monatlich Fr. 3'749.- fest.
B. Mit Klage vom 14. Juli 2008 verlangte M._ die Berechnung ihrer Altersrente aufgrund des Leistungsprimats nach der bis Ende Juni 2008 gültig gewesenen Rechtslage. Mit Entscheid vom 13. August 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Klage ab.
C. M._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die PUBLICA zu verpflichten, ihr eine Altersrente nach dem Leistungsprimat auszurichten.
Die PUBLICA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Nach Art. 33 Abs. 1 der bis Ende Juni 2008 in Kraft gewesenen Verordnung über die Versicherung im Kernplan der Pensionskasse des Bundes (PKBV1) vom 25. April 2001 (SR 172.222.034.1) beginnt der Anspruch auf eine Altersrente frühestens am Monatsersten nach vollendetem 60. Altersjahr der versicherten Person und spätestens am Monatsersten nach vollendetem 65. Altersjahr. Der Betrag der jährlichen Altersrente entspricht dem Betrag der erworbenen Altersrente im Zeitpunkt der Pensionierung. Vorbehalten bleibt Abs. 4 (Abs. 3). Bei Pensionierung vor dem vollendeten 62. Altersjahr wird die gemäss Abs. 3 berechnete Altersrente um 0,2 % pro Monat vor Alter 62 gekürzt (Abs. 4). Gemäss Art. 32 PKBV1 entspricht der Jahresbetrag der erworbenen Altersrente 1,5 % des versicherten Verdienstes für jedes Versicherungsjahr, in keinem Fall aber mehr als 60 % des versicherten Verdienstes. Zwischenwerte werden anteilsmässig angerechnet.
2.2 Nach Art. 37 Abs. 1 des Vorsorgereglementes für die Angestellten und die Rentenbeziehenden des Vorsorgewerks Bund (VRAB) vom 15. Juni 2007, welches am 1. Juli 2008 in Kraft getreten ist und die PKBV 1 abgelöst hat, beginnt der Anspruch auf eine Altersleistung frühestens am Monatsersten nach vollendetem 60. Altersjahr der versicherten Person mit der Beendigung des Arbeitsverhältnisses und spätestens am Monatsersten nach vollendetem 70. Altersjahr. Nach <ref-law> bestimmt sich der Betrag der jährlichen Altersrente nach dem im Zeitpunkt der Pensionierung vorhandenen Altersguthaben nach Art. 36, erhöht um ein allfälliges Guthaben aus freiwilligen Sparbeiträgen (Art. 25), multipliziert mit dem für das Pensionierungsalter massgebenden Umwandlungssatz im Zeitpunkt der Pensionierung gemäss Anhang 3 (d.h. 5,84 % für das Alter 60).
2.3 Unter der Überschrift "Garantie der Altersrenten für die Übergangsgeneration" bestimmt Art. 25 PUBLICA-Gesetz Folgendes:
Alle aktiven Versicherten, die im Zeitpunkt des Inkrafttretens dieses Gesetzes das 55., aber noch nicht das 65. Altersjahr vollendet haben, haben Anspruch auf eine statische Besitzstandsgarantie im Umfang von 95 % der nach bisherigem Recht im Alter von 62 Jahren erreichbaren Altersrente, mindestens aber auf die Altersleistungen nach diesem Gesetz. Erfolgt die freiwillige vorzeitige Pensionierung vor dem vollendeten 62. Altersjahr, so wird der garantierte Anspruch versicherungsmathematisch gekürzt. Die aus der Besitzstandsgarantie resultierenden Kosten trägt PUBLICA.
Laut <ref-law> werden alle unter bisherigem Recht entstandenen Renten, festen Zuschläge, Überbrückungsrenten und IV-Ersatzrenten betragsmässig überführt.
3. 3.1 Das kantonale Gericht erwog, die Beschwerdeführerin habe ihr 60. Altersjahr am 18. Juni 2008 vollendet. Nach dem an diesem Tag noch anwendbaren Art. 33 Abs. 1 PKBV1 habe der Anspruch auf eine Altersrente frühestens am 1. Juli 2008 beginnen (am Monatsersten nach vollendetem 60. Altersjahr) können, weshalb der Rentenanspruch im Zeitpunkt des Inkrafttretens des neuen Reglements noch nicht entstanden war und damit weder die Überführungsregelung von <ref-law> noch eine andere übergangsrechtliche Besitzstandsregelung zur Anwendung gelange. Nach dieser intertemporalrechtlichen Regelung habe die PUBLICA die Leistungsansprüche der Beschwerdeführerin zu Recht nach der VRAB beurteilt. Es liege ein Anwendungsfall von Art. 13 Abs. 2 BVG vor, wonach der Anspruch auf Altersleistung "mit der Beendigung der Erwerbstätigkeit" entstehe. In Frage stehe daher nicht eine Pensionierung zufolge Erreichens des Rentenalters nach den Bestimmungen des AHVG oder nach Art. 13 Abs. 1 lit. b BVG. Der Anspruch auf Altersleistungen bei der vorzeitigen Pensionierung entstehe nicht mit dem Erreichen des statutarischen oder reglementarischen Alters, sondern mit der Beendigung der Erwerbstätigkeit oder des Arbeitsverhältnisses (Hinweis auf das Urteil des Bundesgerichts 2C_179/2007 vom 23. Januar 2008), mithin im vorliegenden Fall am 1. Juli 2008, weshalb die Bestimmung von Art. 33 Abs. 1 PKBV1 auch nicht dem zwingendem Recht von Art. 13 Abs. 2 BVG widersprochen habe.
3.2 Die Auffassung des kantonalen Gerichts zur intertemporalrechtlichen Frage verletzt weder Bundesrecht noch die reglementarischen Bestimmungen der PUBLICA. Sowohl nach Art. 33 Abs. 1 PKBV1 wie auch nach <ref-law> entsteht der Anspruch auf Altersleistungen frühestens am Monatsersten nach vollendetem 60. Altersjahr der versicherten Person, das heisst am 1. Juli 2008. Zu diesem Zeitpunkt ist das durch das PUBLICA-Gesetz vorgegebene neue Leistungssystem mit dem Beitragsprimat und das entsprechende Reglement VRAB in Kraft getreten. Nach der Rechtsprechung richtet sich der Leistungsanspruch nach jenen Reglementsbestimmungen, welche im Zeitpunkt der Entstehung des Leistungsanspruchs - hier 1. Juli 2008 - gelten, es sei denn, die Übergangsbestimmungen enthalten hievon abweichende Bestimmungen (<ref-ruling>; Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 10. Oktober 2002 [B 31/02], E. 1.1). Die von der Beschwerdeführerin angerufenen Entscheidungen sind nicht präjudiziell: Das Urteil I 672/06 vom 16. Oktober 2007 betrifft die Invalidenversicherung, wo Entstehung und Beginn des Anspruches auf die Invalidenrente speziell geregelt sind (Art. 29 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit Abs. 2 erster Satz IVG [in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung] und insoweit gleich Art. 28 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit <ref-law> [in der Fassung der 5. IV-Revision, in Kraft seit 1. Januar 2008]: Ausrichtung der Invalidenrente mit Beginn des Monats, in dem der Anspruch entstanden, somit die einjährige Wartezeit durchschnittlicher Arbeitsunfähigkeit von mindestens 40 % abgelaufen ist bei weiterem Andauern einer Erwerbsunfähigkeit dieser Höhe). Das Urteil H 237/03 vom 16. Juni 2004 sodann beschlägt die Frage, ob eine am 24. Mai 2002 das 63. Altersjahr vollendende und damit ab 1. Juni 2002 altersrentenberechtigte Versicherte (<ref-law> in Verbindung mit lit. d Ziff. I der Schlussbestimmungen der 10. AHV-Revision) im Hinblick auf das Inkrafttreten des Freizügigkeitsabkommens am 1. Juni 2002 statt der Altersrente noch die vom italienisch-schweizerischen Staatsvertrag über soziale Sicherheit vorgesehene Pauschalabfindung (Kapitalabfindung, Rentenauskauf) beanspruchen konnte. Einschlägig ist vielmehr die Rechtsprechung, welche zwischen der Erfüllung des leistungsbegründenden Sachverhaltes einerseits und dem Versicherungsfall, verstanden als dem Eintritt des versicherten Risikos in der gesetzlich normierten Weise (<ref-ruling> E. 3.2 S. 30 unten f. zur beruflichen Vorsorge; <ref-ruling> E. 1 S. 109 zur AHV) andererseits, unterscheidet. Im Falle der Beschwerdeführerin hat sich zwar mit der Aufgabe der Erwerbstätigkeit auf den 30. Juni 2008 der leistungsbegründende Sachverhalt noch unter dem alten Recht verwirklicht; der Versicherungsfall jedoch, die vorzeitige Pensionierung mit dem Beginn des daran geknüpften Rentenanspruches, ist fraglos erst am 1. Juli 2008 eingetreten. Daraus folgt, dass die Altersrente der Beschwerdeführerin sich nach dem neuen Reglement VRAB unter Wahrung der statischen Besitzstandsgarantie nach Art. 25 PUBLICA-Gesetz richtet.
4. 4.1 Das kantonale Gericht ist in E. 3.1 seines Entscheids zu Unrecht davon ausgegangen, dass keine übergangsrechtliche Besitzstandsregelung zur Anwendung gelangt. In der vorinstanzlichen Vernehmlassung hat die PUBLICA darauf hingewiesen, dass die Beschwerdeführerin der Übergangsgeneration angehört, welche von der in Art. 25 PUBLICA-Gesetz enthaltenen Garantie profitiert. Danach besteht eine statische Besitzstandsgarantie im Umfang von 95 % der nach bisherigem Recht im Alter von 62 Jahren erreichbaren Altersrente, wobei bei einer freiwilligen vorzeitigen Pensionierung vor dem vollendeten 62. Altersjahr der garantierte Anspruch versicherungsmathematisch gekürzt wird (E. 2.3 hievor). Die PUBLICA errechnete als Besitzstandsgarantie eine monatliche Rente von Fr. 3'749.-. Wie sie diesen Betrag ermittelt hat, lässt sich den erstinstanzlichen Akten nicht entnehmen. Erst aus der Vernehmlassung im letztinstanzlichen Verfahren ergeben sich nähere Anhaltspunkte. Danach verfügte die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der Pensionierung am 1. Juli 2008 über ein Vorsorgeguthaben von Fr. 705'255.35. Bei einem Umwandlungssatz von 5.84 % für das Alter 60 (Anhang 3 VRAB) beträgt die jährliche Altersrente Fr. 41'186.90, die monatliche Fr. 3'432.25. Im Rahmen der Garantie nach Art. 25 PUBLICA-Gesetz wurde der Beschwerdeführerin ein zusätzliches Guthaben von Fr. 65'093.- gutgeschrieben, so dass sie am 1. Juli 2008 über ein Vorsorgeguthaben von Fr. 770'348.35 (Fr. 705'255.35 und Fr. 65'093.-) verfügte. Bei Anwendung des Umwandlungssatzes von 5.84 % resultiert eine Altersrente von Fr. 44'988.35 im Jahr oder Fr. 3'749.- im Monat. Dieser Betrag wird der Beschwerdeführerin seit 1. Juli 2008 als Altersrente ausgerichtet.
4.2 Aufgrund dieser Berechnungsweise bestehen gewichtige Anhaltspunkte dafür, dass die Beschwerdegegnerin die statische Besitzstandsgarantie aufgrund der neuen Berechnungsgrundlagen des Beitragsprimats errechnet hat. Nach Art. 25 PUBLICA-Gesetz bestimmt sich die garantierte Leistung nach der nach bisherigem Recht im Alter von 62 Jahren erreichbaren Altersrente, wobei bei freiwilliger vorzeitiger Pensionierung eine versicherungsmathematische Kürzung erfolgt. Gemäss Botschaft des Bundesrates über die Pensionskasse des Bundes (PUBLICA-Gesetz und Änderung des PKB-Gesetzes) vom 23. September 2005 zu Art. 26 (der zum heutigen Art. 25 wurde) wird der Besitzstand auf dem letzten vor dem Inkrafttreten dieses Gesetzes geltenden Lohn ermittelt und betragsmässig garantiert. Die Übergangsgeneration der 55-, aber noch nicht 65-jährigen Versicherten soll "noch von den geltenden günstigeren Modalitäten des vorzeitigen Altersrücktritts einschliesslich der Überbrückungsrente Gebrauch machen können" (BBl 2005 5879; Urteil 9C_869/2009 vom 28. Januar 2010 zum versicherten Verdienst). Es stellt sich daher die Frage, ob sich die statische Besitzstandsgarantie im Falle der vorzeitigen freiwilligen Pensionierung vor dem Alter 62 nicht auch für die versicherungsmathematische Kürzung nach dem bisherigen Recht, d.h. nach dem Leistungsprimat richtet. Aus einer Rentensimulation vom 23. Mai 2007 geht hervor, dass die Altersleistung der Beschwerdeführerin unter dem Leistungsprimat beim Rücktritt im Alter 60 per 1. Juli 2008 54.264 % des versicherten Verdienstes von Fr. 93'806.-, somit Fr. 50'902.80 im Jahr oder Fr. 4'241.90 im Monat betragen hätte. Würde diese Leistungshöhe der statischen Besitzstandsgarantie zugrunde gelegt, ergäbe sich ein monatlicher Rentenbetrag von Fr. 4'029.80 (95 % von Fr. 4'241.90). Da die Akten nicht spruchreif sind und das kantonale Gericht die statisch garantierte Rente betragsmässig nicht überprüft hat, obwohl die Beschwerdeführerin die Überprüfung der Rentenhöhe in der vorinstanzlichen Beschwerde beantragt hatte, geht die Sache an das kantonale Gericht zurück, damit es die anwendbaren Berechnungsgrundlagen der statisch garantierten Rente feststelle und die Höhe der Rente prüfe.
5. Bei diesem Verfahrensausgang ist die Beschwerdegegnerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der vorinstanzliche Entscheid vom 13. August 2009 aufgehoben und die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen wird, damit dieses im Sinne der Erwägungen über die Klage vom 14. Juli 2008 neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, dem Amt für Sozialversicherung und der Stiftungsaufsicht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. April 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer