Sachverhalt:
A. Mit Verfügungen vom 2., 3. sowie 8. April 2008 veranlagte die Eidgenössische Zollverwaltung, Oberzolldirektion, die Nutzfahrzeuge der Y._ SA für die leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (LSVA) der Periode 1. Januar 2008 bis 31. Januar 2008 und setzte diese auf Fr. 1'333.55, Fr. 259'821.85 und Fr. 894.45 fest. Dabei wandte sie den per 1. Januar 2008 erhöhten Abgabetarif an, wie er vom Bundesrat mit Änderung vom 12. September 2007 in der Schwerverkehrsabgabeverordnung festgelegt worden war.
Mit Entscheid vom 26. Juni 2008 wies die Eidgenössische Zollverwaltung die seitens der Abgabepflichtigen hiegegen erhobene Einsprache ab.
B. Mit Urteil vom 28. Oktober 2009 hiess das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, eine von der Y._ SA eingereichte Beschwerde gut, soweit es darauf eintrat, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zur Festsetzung der Abgabe im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Zur Begründung führte das Gericht an, die vom Bundesrat mit Änderung der Schwerverkehrsabgabeverordnung vom 12. September 2007 erlassenen Tarife verletzten das Kostendeckungsprinzip nach der massgeblichen Bestimmung des Schwerverkehrsabgabegesetzes, weshalb sie nicht zur Anwendung gebracht werden dürften.
C. Mit Eingabe vom 2. Dezember 2009 erhebt die Eidgenössische Zollverwaltung, Oberzolldirektion, beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 28. Oktober 2009 aufzuheben und den Einspracheentscheid vom 26. Juni 2008 zu bestätigen, eventuell das Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Beschwerdeführerin (erste Instanz) zurückzuweisen, subeventuell das Urteil insoweit aufzuheben, als es die Verordnungsänderung vom 12. September 2007 nach Abzug der Stauzeitkosten für nicht anwendbar erklärt.
D. Die Y._ SA beantragt, die Beschwerde abzuweisen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vollumfänglich zu bestätigen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet ausdrücklich auf eine Vernehmlassung.
E. Mit Verfügung vom 12. Januar 2010 entsprach der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung dem Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung, indem er diese für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens von einer Rückerstattung der vom Januar 2008 bis zur Eröffnung des angefochtenen Urteils zu viel bezogenen Abgaben entband.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG).
1.2 Gemäss Art. 5 lit. a Ziff. 2, Art. 22 ff. und 45 ff. der Verordnung vom 6. März 2000 über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (Schwerverkehrsabgabeverordnung, SVAV; SR 641.811) ist die Eidgenössische Zollverwaltung mit der Veranlagung und dem Bezug der leistungsabhängigen Schwerverkehrsabgabe betraut. Als im Rahmen ihrer Zuständigkeit zur Beschwerde an das Bundesgericht ermächtigte Verwaltungseinheit (Art. 5 in Verbindung mit Art. 19 Abs. 2 lit. b der Organisationsverordnung vom 11. Dezember 2000 für das Eidgenössische Finanzdepartement [OV-EFD; AS 2001 267] bzw. Art. 4 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 14 Abs. 2 lit. c der OV-EFD vom 17. Februar 2010 [SR 172.215.1; in Kraft seit 1. März 2010]) ist die Zollverwaltung im vorliegenden Zusammenhang nach <ref-law> zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert.
1.3 Nach <ref-law> steht die Beschwerde an das Bundesgericht offen gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide). Der angefochtene Entscheid weist die Sache in Gutheissung der Beschwerde an die Oberzolldirektion zurück zur Festsetzung der von der Beschwerdegegnerin für die Periode Januar 2008 geschuldeten Abgabe "im Sinne der Erwägungen". Diesen zufolge ist die streitige Abgabe, nachdem das Gericht den im Einspracheentscheid zur Anwendung gebrachten Tarif gemäss Änderung vom 12. September 2007 der Schwerverkehrsabgabeverordnung als gesetzwidrig erkannt hatte, nach Massgabe der bisherigen Ansätze gemäss der seit 1. Januar 2005 gültigen Fassung von Art. 14 SVAV (AS 2004 4525) festzusetzen (E. 10.1 des angefochtenen Urteils). Die Vorinstanz hat damit das Ergebnis der Korrektur vorgegeben; die Arbeit der Oberzolldirektion erschöpft sich nur noch in einer Detailberechnung. Verbleibt ihr somit kein Entscheidungsspielraum und dient die Rückweisung nur der rechnerischen Umsetzung des vom Bundesverwaltungsgericht Angeordneten, ist der Rückweisungsentscheid, bei welchem es sich grundsätzlich um einen Zwischenentscheid handeln würde, einem Endentscheid im Sinne von <ref-law> gleichzusetzen (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen; Urteil 2C_258/2008 vom 27. März 2009 E. 3.3).
Abgesehen davon wäre nach <ref-law> ausnahmsweise die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liegt ein solcher Nachteil unter anderem dann vor, wenn die beschwerdeführende Behörde einen neuen Entscheid fällen muss, den sie in der Folge nicht weiterziehen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 128 mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 2C_275/2008 vom 19. Juni 2008 E. 1.2). Auch diese Voraussetzung wäre vorliegend erfüllt.
1.4 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. 2.1 Mit Art. 36quater der alten Bundesverfassung (aBV), angenommen in der Volksabstimmung vom 20. Februar 1994 (AS 1994 1096), hat der Verfassungsgeber die Kompetenz geschaffen, um auf dem Schwerverkehr eine leistungs- oder verbrauchsabhängige Abgabe (LSVA) zu erheben. Diese ersetzt die bisherige pauschale Schwerverkehrsabgabe gemäss dem vormaligen Art. 17 UeB aBV (AS 1984 486, später Art. 21 UeB aBV und alsdann <ref-law>), welche bis zum Inkrafttreten eines gestützt auf Art. 36quater aBV erlassenen Bundesgesetzes weiterhin (unmittelbar auf der Grundlage der erwähnten, befristeten verfassungsrechtlichen Übergangsordnung, ergänzt durch Ausführungsbestimmungen auf Verordnungsstufe) erhoben werden sollte (vgl. zum Ganzen: Klaus A. Vallender, in: Kommentar aBV, Entstehungsgeschichte/Materialien und Rz. 1 zu Art. 36quater aBV bzw. Höhn/Vallender, ebenda, Entstehungsgeschichte/Materialien sowie Rz. 14 und 25 zu Art. 21 UeB aBV; Alain Griffel, Verkehrsverfassungsrecht, in: Georg Müller [Hrsg.], Verkehrsrecht, SBVR Bd. IV, Basel 2008, S. 29 f.). Art. 36quater aBV wurde im Rahmen der Totalrevision der Bundesverfassung materiell unverändert in <ref-law> überführt (vgl. Vallender/Hettich, in: St. Galler Kommentar zur BV, 2. Aufl. 2008, Rz. 1 zu Art. 85). Gleiches gilt für die mit Volksabstimmung vom 29. November 1998 (sog. "FinöV"-Vorlage, AS 1999 741) beschlossene Ermächtigung, vorübergehend bis zu zwei Drittel des - gemäss Art. 36quater Abs. 2 aBV/<ref-law> zweckgebundenen - Ertrages aus der LSVA für die Finanzierung der Eisenbahngrossprojekte zu verwenden (Art. 24 Abs. 2 lit. b UeB aBV, nunmehr Art. 196 Ziff. 3 Abs. 2 lit. b BV; vgl. Vallender/Hettich, a.a.O., Rz. 2 und 15 zu Art. 85). Inhaltlich sieht die Kompetenznorm von <ref-law> - in welcher eine generelle Ausnahme vom verfassungsrechtlichen Grundsatz der gebührenfreien Benützung öffentlicher Strassen (<ref-law>, vormals Art. 37 Abs. 2 aBV) erblickt werden kann - in Abs. 1 vor, dass die LSVA erhoben werden kann, "soweit der Schwerverkehr der Allgemeinheit Kosten verursacht, die nicht bereits durch andere Leistungen oder Abgaben gedeckt sind".
2.2 Gestützt auf den genannten Art. 36quater aBV (<ref-law>) mitsamt der erwähnten Übergangsbestimmung sowie auf Art. 24septies aBV (<ref-law>, Schutz des Menschen und seiner natürlichen Umwelt) und Art. 36sexies aBV (<ref-law>, Schutz des Alpengebiets vor den negativen Auswirkungen des Transitverkehrs [sog. "Alpen-Initiative"]) hat die Bundesversammlung am 19. Dezember 1997 das Bundesgesetz über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (Schwerverkehrsabgabegesetz, SVAG; SR 641.81) erlassen, welches vom Volk am 27. September 1998 angenommen (AS 2000 98 105) und vom Bundesrat auf den 1. Januar 2001 in Kraft gesetzt wurde (AS 2000 1169).
Nach Art. 1 SVAG bezweckt die LSVA, dass der Schwerverkehr die ihm zurechenbaren Wegekosten und Kosten zulasten der Allgemeinheit langfristig deckt, soweit er für diese nicht bereits durch andere Leistungen oder Abgaben aufkommt (Abs. 1); zudem soll die Abgabe einen Beitrag dazu leisten, dass die Rahmenbedingungen der Schiene im Transportmarkt verbessert und die Güter vermehrt mit der Bahn befördert werden (Abs. 2). Abgabeobjekt ist die Benützung der öffentlichen Strassen durch die in- und ausländischen schweren Motorfahrzeuge und Anhänger für den Güter- und Personentransport (vgl. Art. 2 und 3 SVAG). Die Abgabe bemisst sich grundsätzlich nach dem höchstzulässigen Gesamtgewicht des Fahrzeuges und den gefahrenen Kilometern, wobei sie zusätzlich emissions- oder verbrauchsabhängig erhoben werden kann (Art. 6 Abs. 1 und 3 SVAG). Sodann bestimmen die im Abschnitt "Bemessungsgrundlage der Abgabe" enthaltenen Art. 7 und 8 SVAG:
Art. 7 Kostendeckung
1 Der Ertrag der Abgabe darf die ungedeckten Wegekosten und die Kosten zulasten der Allgemeinheit nicht übersteigen.
2 Die Kosten zulasten der Allgemeinheit umfassen den Saldo der externen Kosten und Nutzen von gemeinwirtschaftlichen Leistungen des Schwerverkehrs.
3 Die Berechnung der externen Kosten und Nutzen des Schwerverkehrs wird periodisch nachgeführt. Sie muss dem jeweiligen Stand der wissenschaftlichen Erkenntnisse entsprechen.
Art. 8 Tarif
1 Der Bundesrat legt den Tarif der Abgabe wie folgt fest:
a. Der Tarif muss mindestens 0,6 Rappen und darf höchstens 2,5 Rappen pro gefahrenen Kilometer und Tonne höchstzulässigem Gesamtgewicht betragen.
b. Bei einer generellen Erhöhung des höchstzulässigen Gesamtgewichtes auf 40 Tonnen beträgt der Tarif höchstens 3 Rappen. Der Bundesrat kann diesen Tarif für Fahrzeuge mit einem höchstzulässigen Gesamtgewicht bis 28 Tonnen um höchstens einen Fünftel reduzieren.
c. Bei emissionsabhängiger Ausgestaltung im Sinne von Artikel 6 Absatz 3 gilt der jeweilige Tarif als Durchschnitt; er wird bei Fahrzeugen mit überdurchschnittlichen Emissionen höher, bei Fahrzeugen mit unterdurchschnittlichen Emissionen tiefer angesetzt.
2 Der Bundesrat kann den Tarif gestaffelt einführen und nach Fahrzeugkategorien differenzieren. Er kann den höchstzulässigen Abgabesatz nach Absatz 1 ab 1. Januar 2005 an die Teuerung anpassen.
3 Bei der Einführung der Abgabe und den Erhöhungen des Tarifs berücksichtigt der Bundesrat:
a. die Berechnungen über die ungedeckten Wegekosten sowie die externen Kosten und Nutzen des Schwerverkehrs;
b. die Belastung der Volkswirtschaft;
c. die raumordnungspolitischen Effekte und die Auswirkungen auf die Güterversorgung in von der Bahn nicht oder nur unzureichend erschlossenen Gegenden;
d. die Zielsetzung, die Wettbewerbsfähigkeit der Bahn zu fördern;
e. die Auswirkungen der Abgabe auf den allfälligen Umwegverkehr über benachbarte ausländische Strassen.
2.3 Gestützt auf das Schwerverkehrsabgabegesetz sowie das Verkehrsverlagerungsgesetz vom 8. Oktober 1999 (AS 2000 2864; seit 1. Januar 2010 Güterverkehrsverlagerungsgesetz vom 19. Dezember 2008 [GVVG; SR 740.1]) erliess der Bundesrat die Verordnung vom 6. März 2000 über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (Schwerverkehrsabgabeverordnung [SVAV; SR 641.811]). Diese legt in Art. 14 den Tarif der Abgabe pro gefahrenen Kilometer und Tonne massgebliches Gewicht fest.
Mit Änderung vom 12. September 2007 (AS 2007 4695) erhöhte der Bundesrat die betreffenden Ansätze, wobei der Tarif (im Vergleich zur bisherigen, seit dem 1. Januar 2005 geltenden Fassung vom 15. September 2004 [AS 2004 4525]) mit Wirkung ab dem 1. Januar 2008 in Art. 14 Abs. 1 SVAV wie folgt ausgestaltet ist:
a. 3,07 Rappen pro Tonnenkilometer (bisher 2,88 Rp./tkm) für Fahrzeuge der Abgabekategorie 1;
b. 2,66 Rappen pro Tonnenkilometer (bisher 2,52 Rp./tkm) für Fahrzeuge der Abgabekategorie 2;
c. 2,26 Rappen pro Tonnenkilometer (bisher 2,15 Rp./tkm) für Fahrzeuge der Abgabekategorie 3.
Gleichzeitig wurden die im Anhang 1 der SVAV festgelegten Abgabekategorien (Art. 14 Abs. 2 SVAV) in der Weise angepasst, dass jene schweren Motorwagen, welche die Abgasvorschriften der EURO-2-Norm erfüllen, von der Abgabekategorie 2 in die Abgabekategorie 1 und die der EURO-3-Norm zuzuordnenden Fahrzeuge - nach einer Übergangsfrist bis 31. Dezember 2008 (Art. 62a SVAV) - von der Abgabekategorie 3 in die Abgabekategorie 2 zurückgestuft wurden.
3. 3.1 Streitgegenstand im vorliegenden Verfahren bildet im Wesentlichen die Frage, ob der vom Bundesrat am 12. September 2007 beschlossene und auf den 1. Januar 2008 in Kraft gesetzte erhöhte Tarif der LSVA, auf welchen sich die angefochtenen Veranlagungsverfügungen stützen, vor höherrangigem Recht standhält. Im Vordergrund steht dabei die Vereinbarkeit der erhöhten Ansätze in Art. 14 SVAV mit der Vorgabe von Art. 7 SVAG zur Kostendeckung, wonach der Ertrag der Abgabe die ungedeckten Wegekosten und die Kosten zulasten der Allgemeinheit, verstanden als Saldo der externen Kosten und Nutzen des Schwerverkehrs, nicht übersteigen darf.
3.2 In ihrem Einspracheentscheid vom 26. Juni 2008 kam die Eidgenössische Zollverwaltung zum Ergebnis, die vom Bundesrat beschlossene Tariferhöhung sei nicht zu beanstanden, da auch mit den erhöhten Ansätzen gemäss Schätzungen für die Jahre 2008 und 2009 im Ergebnis eine Unterdeckung resultiere. Die Berechnung der Zollverwaltung stellt den (mutmasslichen) Ertrag aus der LSVA den Kosten des Schwerverkehrs gegenüber, welche ihrerseits unterteilt werden in die Wegekosten (dem Schwerverkehr zurechenbarer Anteil an den Kosten für die Erstellung, den Unterhalt und Betrieb der öffentlichen Strassen abzüglich anrechenbare Einnahmen gemäss Strassenrechnung mit Ausnahme des LSVA-Anteils selbst) und den von der Allgemeinheit zu tragenden sog. externen Kosten; letztere werden im Rahmen der Aufstellung weiter aufgeschlüsselt (Unfall, Lärm, etc.). Dabei ging die Zollverwaltung im Einspracheentscheid von den folgenden Positionen und Zahlen aus:
Kostenunterdeckung Schwerverkehr (2008 und 2009) in Millionen Franken
Jahr
2008
2009
Ertrag LSVA
1409
1460
- Anrechenbare Einnahmen gem. Strassenrechnung
1343
1343
- Abzügl. zurechenbare Wegekosten gem. Strassenrechnung
-898
-898
- Abzügl. gutgeschriebener Anteil LSVA
-370
-370
Wegekosten (Unter- bzw. Überdeckung)
75
75
- Unfälle
65
65
- Lärm
246
246
- Gesundheitskosten durch Luftverschmutzung
551
551
- Gebäudeschäden durch Luftverschmutzung
91
91
- Klimakosten
153
153
- Natur und Landschaft
59
59
- Staukosten
204
204
- weitere Bereiche (Boden, Ernteausfälle etc.)
185
185
Externe Kosten
1554
1554
Total Kosten Unterdeckung Schwerverkehr
-70
-19
Gemäss den Erläuterungen im Einspracheentscheid würden unter den Staukosten nur die Kosten des mit dem Stau einhergehenden Zeitverlusts ausgewiesen (sog. Stauzeitkosten), während die staubedingten Umwelt- und Unfallkosten bereits in den betreffenden übrigen Positionen mitberücksichtigt worden seien. Die im Ergebnis resultierende Unterdeckung würde - so die Zollverwaltung - in Wirklichkeit noch deutlich höher ausfallen, wären der betreffenden Berechnung nicht zurückhaltende Annahmen zugrunde gelegt worden (konservative Schätzung der externen Kosten, Ausblendung von externen Kosten in einzelnen Teilbereichen, Abzug auch von nicht zweckgebundenen Erträgen aus anderen Abgaben von den Wegekosten, Annahme eines im internationalen Vergleich niedrigen Anteils des Schwerverkehrs an den gesamten Wegekosten).
3.3 Das Bundesverwaltungsgericht kommt im angefochtenen Urteil im Rahmen einer Auslegung des Schwerverkehrsabgabegesetzes zum Ergebnis, dass Art. 7 SVAG die maximale Höhe der Abgabe im Sinne einer Obergrenze vorschreibe, welche es zusätzlich bzw. unabhängig vom gesetzlichen Abgaberahmen von Art. 8 Abs. 1 SVAG und der dort vorgesehenen Obergrenze von 3 Rappen pro Tonnenkilometer vom Verordnungsgeber bei der Festsetzung des Tarifs zu beachten gelte. Es dürften keine Gebührensätze festgelegt werden, welche aufgrund des verfügbaren und der Tarifierung zugrunde gelegten Datenmaterials zu einer Überdeckung führen würden. Die Erträge der Schwerverkehrsabgabe dürften die ungedeckten Wegekosten und die Kosten zulasten der Allgemeinheit - definiert als Saldo externer Kosten und Nutzen - nicht übersteigen.
Diese Vorgabe hat der Bundesrat nach Meinung des Bundesverwaltungsgerichts bei der Erhöhung des Tarifs in Art. 14 SVAV gemäss Fassung vom 12. September 2007 missachtet, da mit den Stauzeitkosten eine Position neu in die Berechnung einbezogen worden sei, welche nicht als externe Kosten betrachtet werden könne. Gemäss dem von den Bundesämtern für Raumentwicklung (ARE) und für Umwelt (BAFU) im Jahr 2008 erstatteten Bericht betreffend Externe Kosten des Verkehrs in der Schweiz, Aktualisierung für das Jahr 2005 mit Bandbreiten (http://www.are.admin.ch/themen/verkehr/00252/004 72/00479/index.html?lang=de), auf welchen sich die im Einspracheentscheid verwendeten Zahlen abstützten (entnommen aus der Tabelle auf S. 289, unter Zusammenrechnung der Anteile der Kategorien Car, Lastwagen und Sattelschlepper), sei für die Abgrenzung zwischen internen und externen Kosten die Sicht des Verkehrsträgers und nicht jene des einzelnen Verkehrsteilnehmenden massgeblich (S. 284 des Berichts). Die Stauzeitkosten, welche auf den Ergebnissen einer Studie des ARE aus dem Jahr 2007 betreffend Staukosten des Strassenverkehrs in der Schweiz, Aktualisierung 2000/2005 (http://www.are. admin.ch/dokumentation/publikationen/00015/index.html?lang=de), beruhten (vgl. dort die Tabelle auf S. 80), seien - wie in der Studie selber vermerkt (S. 27) - nur aus Sicht des einzelnen Verkehrsteilnehmers als externe Kosten zu betrachten; aus der Sicht des Verkehrsträgers stellten sie hingegen interne Kosten dar, da sie nur bei den Verkehrsteilnehmern selber und nicht bei der Allgemeinheit anfielen. Sachliche Gründe, welche es rechtfertigten, die Stauzeitkosten - abweichend von der Betrachtungsweise bei allen übrigen Kategorien von externen Kosten - nicht aus Sicht des Verkehrsträgers, sondern des einzelnen Verkehrsteilnehmers zu beurteilen, seien weder geltend gemacht worden noch ersichtlich. Die Stauzeitkosten seien demzufolge als interne Kosten zu qualifizieren; es verstosse gegen die Vorgaben von Art. 7 und Art. 8 Abs. 3 SVAG, wenn die betreffende Kostenposition bei der Festsetzung des Tarifs in Art. 14 SVAV miteinbezogen werde. Blieben die Stauzeitkosten von 204 Mio. Franken bei der Kostendeckungsrechnung des Schwerverkehrs (oben E. 3.2) ausgeklammert, resultiere ein Ertragsüberschuss in der Höhe von 134 Mio. Franken (2008) bzw. 185 Mio. Franken (2009), womit der erhöhte Tarif als übersetzt erscheine und gegen das Kostendeckungsprinzip nach Ausprägung von Art. 7 SVAG verstosse, was zur Nichtanwendung dieses Tarifs führe.
3.4 In ihrer Beschwerde ans Bundesgericht macht die Eidgenössische Zollverwaltung zum einen geltend, das angefochtene Urteil lege Art. 7 und 8 SVAG falsch aus. Ein Gericht dürfe nicht den vom Bundesrat festgesetzten Tarif mit der Begründung aufheben, er widerspreche Art. 7 SVAG, wenn dieser die Obergrenzen nach Art. 8 Abs. 1 SVAG, welcher die Grundlage für Art. 14 SVAV bilde, einhalte. Zum anderen bringt die Beschwerdeführerin vor, selbst wenn dieser Auffassung nicht gefolgt werden könnte, verletze es Art. 7 und 8 SVAG, wenn die Stauzeitkosten nicht als externe Kosten anerkannt würden. Auf die Vorbringen im Einzelnen ist, soweit erforderlich, weiter unten einzugehen.
4. 4.1 Vorweg ist in Übereinstimmung mit dem Urteil der Vorinstanz festzuhalten, dass die vom Bundesrat am 12. September 2007 beschlossene Tariferhöhung der LSVA nicht im Widerspruch zu den Bestimmungen über die Gebührenregelungen im Strassenverkehr gemäss den Art. 37 ff. des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft über den Güter- und Personenverkehr auf Schiene und Strasse (Landverkehrsabkommen; SR 0.740.72) steht. Wohl wird der Handlungsspielraum der Schweiz hinsichtlich der Frage der Tarifierung bezüglich der maximalen Höhe der Abgabesätze durch Art. 40 dieses Abkommens eingeschränkt (vgl. Astrid Epiney/Reto Gruber, Das Landverkehrsabkommen Schweiz - EU, in: URP 1999 S. 621 f.; Kaspar Sollberger/Astrid Epiney, Verkehrspolitische Gestaltungsspielräume der Schweiz auf der Grundlage des Landverkehrsabkommens, Bern/Zürich 2001, S. 36 ff.). Der streitigen Tariferhöhung ging indessen ein Beschluss des Gemischten Landverkehrsausschusses Gemeinschaft/Schweiz voraus (Beschluss Nr. 1/2007 vom 22. Juni 2007 über die ab dem 1. Januar 2008 in der Schweiz geltende Gebührenregelung für Kraftfahrzeuge; SR 0.740.723), mit welchem die Höchstsätze der LSVA für die drei Abgabekategorien (Art. 2) und die Zuteilung der EURO-Normen zu diesen Kategorien (Art. 3) im Rahmen der Vorgaben von Art. 40 des Abkommens entsprechend einer aktualisierten Gewichtung der in der Schweiz verkehrenden Fahrzeuge angepasst wurden (vgl. Art. 40 Abs. 6 des Abkommens). Der Bundesrat hat mit der Novelle vom 12. September 2007 lediglich den genannten Beschluss des Gemischten Ausschusses auf Stufe der Schwerverkehrsabgabeverordnung nachvollzogen, indem er die betreffenden Höchsttarife der drei Abgabekategorien auf Tonnenkilometer umrechnete, was zum streitigen Tarif in Art. 14 Abs. 1 SVAV führte, und die Fahrzeuge der EURO-Normen 2 und 3 im Anhang 1 zurückstufte. Mit dem Bundesverwaltungsgericht ist jedoch davon auszugehen, dass die vom Landverkehrsabkommen vorgesehenen bzw. vom Gemischten Ausschuss konkretisierten Tarifansätze lediglich Abgabenmaxima darstellen, und die Schweiz keine staatsvertragliche Verpflichtung eingegangen ist, die Abgabe tatsächlich in jener Höhe festzusetzen. Die LSVA ist vielmehr im Landesrecht (in nichtdiskriminierender Weise) zu normieren und konkretisieren. Dabei sind namentlich die verfassungsrechtlichen Grundsätze des Legalitätsprinzips im Abgaberecht sowie die Voraussetzungen an die Delegation von Rechtsetzungsbefugnissen vom Gesetz- an den Verordnungsgeber zu beachten. Materielle Schranken für die Festlegung des Tarifs auf Verordnungsstufe ergeben sich dabei hauptsächlich aus dem Grunderlass, dem Schwerverkehrsabgabegesetz, und dort im Wesentlichen aus den Bestimmungen zur Bemessungsgrundlage der Abgabe in Art. 7 und 8, auf deren Tragweite vorweg einzugehen ist.
4.2 In welchem Verhältnis das (spezialgesetzliche) Kostendeckungsprinzip von Art. 7 SVAG und die als eigentliche gesetzliche Grundlage der LSVA bzw. als Delegationsnorm und Rahmen für den vom Bundesrat zu erlassenden Tarif vorgesehene Bestimmung von Art. 8 SVAG im Einzelnen stehen, hängt - abgesehen von der Entstehungsgeschichte dieser Vorschriften - nicht zuletzt davon ab, welche der mit dieser Abgabe verfolgten verschiedenen Zielsetzungen als vorherrschend betrachtet wird. Von ihrem verfassungsrechtlichen Konzept her, wie es in der diesbezüglichen Kernbestimmung von <ref-law> zum Ausdruck kommt, liegt der Hauptakzent der LSVA bei der Schaffung von Kostenwahrheit im Verkehr durch eine umfassende Anwendung des Verursacherprinzips beim Schwerverkehr (vgl. Botschaft zum SVAG, in: BBl 1996 V S. 524 f.); der Abgabe wäre aus dieser Sicht in erster Linie eine kostenanlastende und nicht primär lenkende Funktion zuzusprechen (vgl. Thomas Kappeler, Verfassungsrechtliche Rahmenbedingungen umweltpolitisch motivierter Lenkungsabgaben, Diss. Zürich 2000, S. 66), womit der begrenzenden Vorgabe von Art. 7 (bzw. Art. 1 Abs. 1) SVAG bei der Bestimmung des Abgabetarifs eine zentrale und im Verhältnis zu Art. 8 SVAG eigenständige Bedeutung zukäme. Wird demgegenüber die verkehrsverlagernde oder ökologische Zielsetzung, welche in der verfassungsrechtlichen (Mit-)Verankerung des Schwerverkehrsabgabegesetzes in Art. 84 und 74 BV anklingt und im gesetzlichen Zweck der Verbesserung der Rahmenbedingungen der Schiene als Transportmittel für Güter (Art. 1 Abs. 2 sowie Art. 8 Abs. 3 lit. d SVAG) und der Möglichkeit zur emissionsabhängigen Ausgestaltung des Tarifs (Art. 6 Abs. 3 und Art. 8 Abs. 1 lit. c SVAG) zum Ausdruck gebracht wird, in den Vordergrund gerückt (vgl. Michael Beusch, Lenkungsabgaben im Strassenverkehr, Diss. Zürich 1999, S. 217), erschiene eine strikte Begrenzung der Abgabe auf eine reine Kosteninternalisierung unter Umständen als wenig zielführend oder gar ungenügend. Es müsste aus dieser Sicht dem Verordnungsgeber offenstehen, den Tarif - unbesehen dieser Grenze - innerhalb des gesetzlichen Rahmens von Art. 8 Abs. 1 SVAG (bei entsprechender Auslegung von Art. 7 SVAG in diesem Lichte) bis zur Maximalhöhe zu erhöhen, um die beabsichtigte Lenkungswirkung (besser) erzielen zu können (gegebenenfalls auch um durch höhere Erträge der Finanzierungsfunktion gemäss Art. 196 Ziff. 3 Abs. 2 lit. b BV besser gerecht zu werden). Grammatikalisch fände eine solche Auslegung allenfalls darin eine gewisse Stütze, dass es sich bei der Berechnung über die ungedeckten Wegekosten sowie die externen Kosten und Nutzen des Schwerverkehrs gemäss Art. 8 Abs. 3 SVAG lediglich um eines von mehreren vom Bundesrat bei der Tariffestsetzung zu berücksichtigenden Elementen handelt. Ergänzend wäre ausserdem zu prüfen, inwieweit sich aus der Verzahnung der Schwerverkehrsabgabe mit dem Verkehrsverlagerungsrecht (vgl. Art. 2 des vormaligen Verkehrsverlagerungsgesetzes vom 8. Oktober 1999, auf welches sich die Schwerverkehrsabgabeverordnung ebenfalls stützt, bzw. die neuen Instrumente, namentlich Art. 5, des Güterverkehrsverlagerungsgesetzes vom 19. Dezember 2008) für den Bundesrat ein erweiterter Regelungsspielraum bei der Tariffestlegung über eine blosse Internalisierung der externen Kosten hinaus ergäbe. Wie es sich damit im Einzelnen verhält, braucht jedoch vorliegend (wie zuvor im Urteil 2A.71/2003 vom 6. Februar 2004, publ. in URP 2004 S. 257 ff., aus dessen E. 8 sich diesbezüglich nichts ableiten lässt) nicht vertieft ausgeleuchtet zu werden, wenn sich ergibt, dass sich der Einbezug der Stauzeitkosten als externe Kosten in die der Tariffestsetzung zugrunde liegende Berechnung - entgegen der Meinung der Vorinstanz - auch mit den Vorgaben von Art. 7 SVAG vereinbaren lässt.
5. 5.1 Aus dem verfassungsrechtlichen Legalitätsprinzip folgt, dass Abgaben in rechtssatzmässiger Form festgelegt sein müssen, so dass den rechtsanwendenden Behörden kein übermässiger Spielraum verbleibt und die möglichen Abgabepflichten voraussehbar und rechtsgleich sind (vgl. Art. 164 Abs. 1 lit. d und Art. 127 Abs. 1 BV; <ref-ruling> E. 3.2 S. 739 mit Hinweisen). Delegiert das Gesetz die Kompetenz zur rechtssatzmässigen Festlegung einer Abgabe an den Verordnungsgeber, so muss es zumindest den Kreis der Abgabepflichtigen, den Gegenstand und die Bemessungsgrundlagen selbst festlegen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 374; <ref-ruling> E. 3.2 S. 739; BGE 2C_123/2009 vom 1. Oktober 2009 E. 5.1).
Das Bundesgericht kann Verordnungen des Bundesrates vorfrageweise auf ihre Gesetz- und Verfassungsmässigkeit prüfen. Bei unselbständigen Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation stützen, prüft es, ob sich der Bundesrat an die Grenzen der ihm im Gesetz eingeräumten Befugnisse gehalten hat. Soweit das Gesetz den Bundesrat nicht ermächtigt, von der Verfassung abzuweichen, befindet das Gericht auch über die Verfassungsmässigkeit der unselbständigen Verordnung. Wird dem Bundesrat durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Ermessensspielraum für die Regelung auf Verordnungsstufe eingeräumt, so ist dieser Spielraum nach <ref-law> (Fassung gemäss Justizreform, vormals <ref-law>) für das Bundesgericht verbindlich; es darf in diesem Falle bei der Überprüfung der Verordnung nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen, sondern es beschränkt sich auf die Prüfung, ob die Verordnung den Rahmen der dem Bundesrat im Gesetz delegierten Kompetenzen offensichtlich sprengt oder aus anderen Gründen gesetz- oder verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 6.1 S. 25 f., 162 E. 2.3 S. 166 f., 271 E. 4 S. 275 f., 735 E. 4.1 S. 740; <ref-ruling> E. 2.3 S. 164, 249 E. 5.4 S. 263; je mit Hinweisen). Es kann dabei namentlich prüfen, ob sich eine Verordnungsbestimmung auf ernsthafte Gründe stützen lässt oder ob sie <ref-law> widerspricht, weil sie sinn- und zwecklos ist, rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den tatsächlichen Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder Unterscheidungen unterlässt, die richtigerweise hätten getroffen werden müssen. Für die Zweckmässigkeit der angeordneten Massnahme trägt der Bundesrat die Verantwortung; es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, sich zu deren wirtschaftlichen oder politischen Sachgerechtigkeit zu äussern (<ref-ruling> E. 5.1 S. 571; <ref-ruling> E. 4 S. 276; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 32; <ref-ruling> E. 2.3 S. 164; <ref-ruling> E. 3b S. 41).
Diese Grundsätze gelten allgemein bei der vorfrageweisen Überprüfung von bundesrätlichen Verordnungen durch gerichtliche Verwaltungsrechtspflegeinstanzen und damit auch für das Beschwerdeverfahren vor Bundesverwaltungsgericht.
5.2 Art. 7 SVAG stellt den Ertrag der Schwerverkehrsabgabe den ungedeckten Wegekosten und den Kosten zulasten der Allgemeinheit gegenüber (Abs. 1). Letztere umfassen den Saldo von externen Kosten und externen Nutzen des Schwerverkehrs (Abs. 2), deren Berechnung periodisch nachzuführen ist und dem jeweiligen Stand der wissenschaftlichen Erkenntnisse entsprechen muss (Abs. 3). Vorliegend streitig ist, ob es sich bei der als "Staukosten" bezeichneten Position in der Berechnung der Eidgenössischen Zollverwaltung (oben E. 3.2) tatsächlich um Kosten zulasten der Allgemeinheit bzw. um externe Kosten im Sinne der genannten Bestimmung handelt. Die Verfahrensbeteiligten gehen dabei übereinstimmend davon aus, dass die erwähnte Kostenposition lediglich eine Unterkategorie der Staukosten erfasst, die sog. Stauzeitkosten, wogegen die staubedingten Umwelt- und Unfallkosten bereits in den betreffenden spezifischen Kostenkategorien mitberücksichtigt worden sind, wobei deren Qualifizierung als externe Kosten nicht weiter beanstandet wird. Bei den Stauzeitkosten handelt es sich um jene Kosten, welche den Verkehrsteilnehmern aufgrund der staubedingten Verspätungen entstehen. Als Grundlage für deren Erfassung dienten der Eidgenössischen Zollverwaltung die Erhebungen im Rahmen der Studie des Bundesamtes für Raumentwicklung (ARE) betreffend Staukosten des Strassenverkehrs in der Schweiz, Aktualisierung 2000/2005, Bern September 2007 (im Folgenden auch: Studie Staukosten).
5.3 Das Schwerverkehrsabgabegesetz enthält keine Definition des Begriffes der externen Kosten. Gemäss Botschaft sind darunter jene Kosten zu verstehen, welche nicht von den Verursachern bezahlt werden, sondern von der Allgemeinheit getragen werden müssen. Dabei seien unter "Allgemeinheit" ("collectivité", "collettività") insbesondere die öffentliche Hand und die Betroffenen zu verstehen; dazu zählten nebst Bund, Kantonen und Gemeinden etwa die Krankenkassen-Prämienzahler, die Hausbesitzer und die lärmexponierte Bevölkerung (Botschaft vom 11. September 1996 zu einem Bundesgesetz über die leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe, in: BBl 1996 V 521, Ziff. 223, S. 530). Im Einzelnen erfasste die Botschaft bei den externen Kosten die Gesundheitskosten, die Unfallkosten, die Kosten von Gebäudeschäden und die Lärmkosten (a.a.O., S. 524, 530 sowie Anhang 1, S. 557); mangels vertiefter Studien einstweilen (noch) nicht einbezogen wurden damals die Kosten von Ernte-, Wald- und Klimaschäden (a.a.O., S. 531 oben). Von den Stau(zeit)kosten war in jenem Zusammenhang nicht die Rede (vgl. immerhin S. 524 unten). Indessen kann daraus nicht der Schluss gezogen werden, ein Einbezug weiterer Kostenpositionen in die periodisch zu aktualisierende Berechnung der externen Kosten sei damit ausgeschlossen. Vielmehr betont die Botschaft, dass die Bezifferung der externen Kosten umfangreiche Untersuchungen erfordern würde, welche im damaligen Zeitpunkt nur zum Teil vorlagen, und die bisher errechneten externen Kosten machten nur einen Teilbereich der gesamten externen Kosten aus (a.a.O., S. 530 f.). Als massgebliche Kriterien für die Abgrenzung der näher zu erfassenden Kostenbereiche und deren Einbezug in die Berechnung wurden angegeben (a.a.O., S. 530):
Die ausgewählten Kostenbereiche müssen von ihrer Grössenordnung her eine wichtige wirtschaftliche und soziale Bedeutung haben;
Die Ursachen der Schäden müssen in einem nachweisbaren Verhältnis zu einzelnen Transportaktivitäten stehen;
Zuverlässige Methoden zur Bestimmung der Höhe und der Verteilung der Kosten sowie periodisch nachführbare Grundlagendaten müssen verfügbar sein.
Dabei wird mehrfach betont, dass die (nach dem jeweiligen wissenschaftlichen Stand zu ermittelnden) Zahlengrundlagen auch Gegenstand einer politischen Würdigung bilden müssten (a.a.O., S. 529, 530 sowie S. 547 zu Art. 7).
Dass grundsätzlich auch weitere als die in der Botschaft genannten Kostenkategorien als externe Kosten im Sinne von Art. 7 SVAG in die Berechnung miteinbezogen werden können, ergibt sich bereits aus der grundlegenden Zielsetzung der LSVA, durch Anwendung des Verursacherprinzips auf den Schwerverkehr bzw. eine umfassendere Kostenanlastung einen Beitrag zur Verwirklichung der Kostenwahrheit im Verkehr zu leisten, insbesondere mit Blick auf das Verhältnis Strasse - Schiene (vgl. Botschaft, a.a.O., Ziff. 12 und 131 S. 524 f.; zu letzterem Aspekt auch Art. 1 Abs. 2 SVAG). Diesen Zweck kann die LSVA nur dann erfüllen, wenn bei der Tarifierung alle aktuell wesentlichen Kostenfaktoren, welche zurechenbar und (bislang) vom Schwerverkehr ungedeckt sind, miteinbezogen werden können. Dafür lässt Art. 7 SVAG dem Verordnungsgeber Raum, indem er auf eine Auflistung der externen Kostenkategorien verzichtet und eine Nachführung der Berechnung nach dem jeweiligen Stand der wissenschaftlichen Erkenntnisse verlangt (Abs. 3). Bei den durch die LSVA beim Schwerverkehr zu internalisierenden ungedeckten Kosten zulasten der Allgemeinheit fallen jedoch nicht die externen Kosten des Verkehrs insgesamt in Betracht, sondern nur die dem Schwerverkehr anzulastenden Kostenanteile hievon. Dies ergibt sich als Konsequenz aus der Anwendung des Verursacherprinzips, welches nur (aber immerhin) eine Inpflichtnahme nach Massgabe der jeweiligen verursachenden Handlungsbeiträge der Verantwortlichen verlangt, und muss demzufolge grundsätzlich auch für die Handhabung der Obergrenze der LSVA in Anwendung von Art. 7 SVAG beachtet werden.
5.4 Nach der vorgenannten Studie des ARE zu den Staukosten des Strassenverkehrs in der Schweiz haben die Staus in den letzten rund zehn Jahren insbesondere auf Autobahnen zugenommen, wobei bei anhaltendem Verkehrswachstum in Zukunft mit einer Verschärfung dieser Problematik zu rechnen sei (S. 89). Entsprechend wurde in jüngerer Zeit vermehrt auf die volkswirtschaftlichen Kosten von Staus hingewiesen (vgl. etwa Botschaft vom 15. Mai 2002 zur Volksinitiative "Avanti - für sichere und leistungsfähige Autobahnen", in: BBl 2002 S. 4501, Ziff. 2.7.1 S. 4519; Botschaft vom 2. Dezember 2005 zum Infrastrukturfonds für den Agglomerationsverkehr und das Nationalstrassennetz, in: BBl 2006 S. 763, Ziff. 1.2.1 S. 769 sowie Ziff. 4.2 S. 811 f.; Botschaft vom 8. Juni 2007 zur Güterverkehrsvorlage, in: BBl 2007 S. 4377, Ziff. 1.5.1 S. 4432; Botschaft vom 11. November 2009 zum Programm zur Beseitigung von Engpässen im Nationalstrassennetz und zur Freigabe von Mitteln, in: BBl 2009 S. 8387, Ziff. 3.3 und 3.4 S. 8440 f.). Im Jahr 2005 betrugen die Staukosten insgesamt rund 1,5 Mrd. Franken, wovon 1,2 Mrd. Franken (knapp 85 %) auf Zeitkosten entfielen (vgl. S. 8 und 85 der Studie Staukosten). Ausgehend von der Prämisse, dass Staus primär durch Überlast, d.h. einer über der Kapazität liegenden Nachfrage auf einer Verkehrsanlage, ausgelöst werden (S. 23 der Studie Staukosten), tragen sämtliche involvierte Verkehrsteilnehmer, worunter auch der Schwerverkehr, ursächlich zur Entstehung von Stauzeitkosten bei (wenn auch nicht alle Fahrzeugkategorien notwendigerweise im selben Umfang). Gleichzeitig fallen diese Stauzeitkosten überwiegend bei den Verkehrsteilnehmern selber an. Sie sind mithin zugleich Verursacher als auch Träger von Stauzeitkosten. Dies führt zum Ergebnis, dass die Stauzeitkosten zwar aus der individuellen Sicht des einzelnen Verkehrsteilnehmers als (von den anderen Verkehrsteilnehmern aufgezwungene) externe Kosten erscheinen, wogegen sie aus der Optik des gesamten Verkehrssystems grundsätzlich interne Kosten bilden (vgl. S. 27 der Studie Staukosten).
5.5 Im angefochtenen Urteil geht das Bundesverwaltungsgericht davon aus, dass im Rahmen der der streitigen LSVA-Erhöhung zugrunde liegenden Kostendeckungsrechnung (oben E. 3.2) die externen Kosten in allen Kategorien mit Ausnahme der Stau(zeit)kosten anhand der Sichtweise des Verkehrsträgers quantifiziert worden seien. Bei dieser Sichtweise gelten nur jene Kosten als extern, welche von der Allgemeinheit ausserhalb des Strassenverkehrs getragen werden; diejenigen Kosten, welche bei (anderen) Verkehrsteilnehmern anfallen (so z.B. ein vom Unfallverursacher nicht gedeckter Schaden des unschuldigen Unfallopfers) werden demgegenüber als intern betrachtet, was zu tieferen Werten führt als bei einer auf den einzelnen Verkehrsteilnehmer ausgerichteten Betrachtungsweise (vgl. Bericht der Bundesämter für Raumentwicklung [ARE] und für Umwelt [BAFU] betreffend Externe Kosten des Verkehrs in der Schweiz, Aktualisierung für das Jahr 2005 mit Bandbreiten, Bern Juli 2008, S. 11, 90 f. und 284; im Folgenden auch Bericht externe Kosten). Abgesehen davon, dass die Unterscheidung der beiden Sichtweisen (bei den klassischen externen Kosten) ohnehin nur bei der Kategorie der Unfallkosten relevant ist (S. 284 des Berichts externe Kosten), ist nicht verständlich, weshalb Art. 7 SVAG die Internalisierung der externen Kosten nur in diesem (begrenzten) Umfang erlauben sollte. Allein die Tatsache, dass die Unfallkosten (in Fortführung einer diesbezüglichen bisherigen Praxis) aufgrund der Sicht des Verkehrsträgers veranschlagt wurden, verpflichtet jedenfalls noch nicht dazu, auch die Stauzeitkosten als neue und andersartige Kostenkategorie nach derselben Methode zu beurteilen. Bezüglich der Abgrenzung von externen und internen Kosten mögen zwar theoretisch verschiedene Ansätze denkbar sein; massgebend kann im vorliegenden Zusammenhang aber einzig die Sichtweise sein, welche dem Gesetz zugrunde liegt. Mit der Schwerverkehrsabgabe sollen dem Schwerverkehr die (nicht bereits anderweitig gedeckten) Kosten auferlegt werden, welche dieser der Allgemeinheit verursacht (vgl. Art. 1 Abs. 1 SVAG). Unter Kosten zulasten der Allgemeinheit versteht das Gesetz dabei die externen Kosten des Schwerverkehrs vermindert um den Nutzen von gemeinwirtschaftlichen Leistungen des Schwerverkehrs (Art. 7 Abs. 2 SVAG). Entscheidend kann bei der Beurteilung, ob interne oder externe Kosten vorliegen, mithin nicht der Blickwinkel des Strassenverkehrs als Ganzes (jene des Verkehrssystems oder Verkehrsträgers) sein, sondern allein jener des Schwerverkehrs bzw. des Kollektivs der von der Schwerverkehrsabgabe erfassten Fahrzeugkategorien. Als extern erscheinen nach der gesetzlichen Konzeption der LSVA demzufolge sämtliche vom Schwerverkehr verursachten und nicht gedeckten Kosten, die ausserhalb des Schwerverkehrs anfallen. Insofern stellen die vom Schwerverkehr bei allen übrigen Verkehrsteilnehmern, insbesondere beim gesamten Verkehr mit Personenwagen, verursachten Stauzeitkosten externe Kosten dar. Einzig im (beschränkten) Umfang der vom Transportgewerbe sich selber gegenüber zugefügten (und damit auch bereits von ihm selber getragenen) Zeitkosten liegen interne Kosten vor. Dass damit allein dem Schwerverkehr (im Rahmen seines Verursacheranteils) Stauzeitkosten angelastet werden und nicht auch den übrigen Fahrzeugkategorien, welche - wie die Beschwerdegegnerin zu Recht einwendet - selber ebenfalls zur Entstehung von Staus und entsprechenden Folgekosten (u.a. auch zulasten des Schwerverkehrs) beitragen, erscheint als Konsequenz des geltenden Verkehrsrechts, welches eine umfassende Kostenanlastung (unter Einbezug der externen Kosten) einseitig nur beim Schwerverkehr vorsieht. Über eine Internalisierung der vom privaten Fahrzeugverkehr verursachten Kosten müsste der Gesetzgeber befinden. Entgegen der Meinung der Beschwerdegegnerin sind unter Kosten zulasten der Allgemeinheit (Art. 1 Abs. 1 und Art. 7 Abs. 1 und 2 SVAG) nicht allein Kosten zulasten der Gemeinwesen Bund, Kantone und Gemeinden zu verstehen, sondern auch solche, welche - wie die Stauzeitkosten - unmittelbar den betroffenen Privaten erwachsen, wie sich bereits mit Blick auf die übrigen Kategorien von externen Kosten zeigt (vgl. etwa die Gebäudeschäden durch Luftverschmutzung [Bericht externe Kosten, S. 173 ff.], welche vorwiegend bei den privaten Grundeigentümern anfallen, oder die Gesundheitskosten, wo von Aufwendungen und [Nutzen-]Verlusten für die Betroffenen und die öffentliche Hand ausgegangen wird [vgl. Bericht externe Kosten, S. 150]).
5.6 Nach dem Gesagten ergibt sich somit, dass das Bundesverwaltungsgericht dem Verordnungsgeber die Mitberücksichtigung der - auf 204 Mio. Franken veranschlagten und ihrer Höhe nach nie substantiiert bestrittenen - Stauzeitkosten als Kostenfaktor bei den externen Kosten des Schwerverkehrs zu Unrecht verwehrt hat. Dadurch hat die Vorinstanz die Tragweite von Art. 7 SVAG verkannt und in unzulässiger Weise in den vom Gesetzgeber dem Bundesrat bei der Tarifierung der LSVA eingeräumten weiten Regelungsspielraum eingegriffen. Die Beschwerde der Eidgenössischen Zollverwaltung erweist sich somit als begründet, weshalb sie gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben ist.
6. 6.1 Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat (<ref-law>).
Vorliegend erscheint es angezeigt, von einer Rückweisung an das Bundesverwaltungsgericht zur Behandlung der weiteren im vorinstanzlichen Verfahren erhobenen Rügen der damaligen Beschwerdeführerin (und heutigen Beschwerdegegnerin), welche im angefochtenen Urteil nicht mehr geprüft wurden (vgl. dort E. 10.1), abzusehen und in der Sache selber zu entscheiden, da sich der Streitfall auch in dieser Hinsicht als spruchreif erweist.
6.2 Soweit sich die Vorbringen darin erschöpften, den Berechnungsgrundlagen der Eidgenössischen Zollverwaltung eigenes, im Rahmen eines Privatgutachtens (der Firma A._ AG) ermitteltes Zahlenmaterial gegenüberzustellen, ist darauf nicht näher einzugehen, da in den weitschweifigen Erörterungen des abweichenden Parteistandpunktes über weite Strecken nicht im Einzelnen dargelegt wird und ebenso wenig ersichtlich ist, inwiefern die von den Behörden der Kostenrechnung (oben E. 3.2) zugrunde gelegten Werte und Berechnungsmethoden bundesrechtswidrig sein sollen. Der Umstand, dass die vom Bundesamt für Statistik zusammen mit dem ARE erstellte (umfassende) Transportkostenrechnung aus dem Jahr 2003 (TRAKOS 2003) angeblich nicht mehr nachgeführt worden ist, lässt die von der Eidgenössischen Zollverwaltung erstellte Kostendeckungsrechnung für die Jahre 2008 und 2009 noch nicht als mangelhaft oder korrekturbedürftig bzw. im Widerspruch zu den Vorgaben von Art. 7 Abs. 3 SVAG stehend erscheinen, zumal sich diese auf Datengrundlagen stützt, die aktuelleren Berichten und Studien entnommen wurden (vgl. unter anderem die weiter oben in E. 3.3 und E. 5.5 genannten Quellen sowie weitere im Einspracheentscheid zitierte Dokumente). Insofern erübrigen sich auch weitere Sachverhaltsabklärungen und das Einholen zusätzlicher (Ober-)Gutachten. Dass bei der Berechnung einer Über- oder Unterdeckung auch die von Cars und privaten Bussen verursachten Kostenanteile miteinbezogen wurden, erscheint insofern nicht unhaltbar, als diese Fahrzeugkategorien ebenfalls der Schwerverkehrsabgabe unterworfen sind, wenn nicht in leistungsabhängiger, so doch in pauschaler Form (vgl. Art. 4 Abs. 2 SVAG). Das Schwerverkehrsabgabegesetz verlangt für die Frage der Kostendeckung (Art. 7) denn auch keine getrennte Berechnung nach Massgabe der Art der Abgabenerhebung, sondern behandelt den Schwerverkehr als Einheit.
6.3 Was die kritisierte Erhöhung des Kostensatzes pro Tonne CO2 im Rahmen der Klimakosten von Fr. 57.50 (gemäss TRAKOS 2003) auf Fr. 90.-- (gemäss Bericht externe Kosten, S. 12 und S. 195) anbetrifft, wird von der damaligen Beschwerdeführerin selber eingeräumt, dass in der Wissenschaft eine enorme Bandbreite in Bezug auf die Bestimmung des korrekten Kostensatzes besteht (S. 31 der Beschwerde an die Vorinstanz). Wird mit der überwiegenden Mehrheit der Wissenschaft von einer Relevanz der anthropogenen CO2-Emissionen auf die Klimaerwärmung ausgegangen, ist der Einbezug der Klimakosten als externe Kosten des Schwerverkehrs im Grundsatz nicht zu beanstanden. Auch erfolgte die Festsetzung des Kostensatzes auf Fr. 90.--, bei welchem es sich um einen Mittelwert zwischen einer kurz- und einer langfristigen Betrachtungsweise der Klimafolgen handelt, auf der Basis von aktuellen wissenschaftlichen Studien vor einem sich auf internationaler wie nationaler (politischer) Ebene dynamisch entwickelnden Umfeld (UNO-Klimakonferenzen von Kyoto, Bali und Kopenhagen, Klimaziele der EU, CO2-Reduktionsziele des Bundes, etc.). Der gewählte Kostensatz bzw. dessen Erhöhung kann unter diesen Umständen - selbst unter Berücksichtigung einer bei der LSVA im Allgemeinen zur Anwendung gebrachten konservativen Betrachtungsweise ("at least-Ansatz") - jedenfalls nicht als geradezu sachfremd oder willkürlich hoch angesetzt betrachtet werden. Lassen sich externe Kostenfaktoren - wie bei den Klimakosten - naturgemäss nur annäherungsweise bestimmen und werden in der Wissenschaft zudem unterschiedliche oder gar stark divergierende Ansätze in Bezug auf deren Monetarisierung propagiert, kann sich auch aus der Kostendeckungsregelung von Art. 7 SVAG keine exakte Obergrenze für die betreffende Tarifierung ergeben, sondern höchstens eine gewisse Bandbreite, innerhalb derer sich eine Internalisierung als statthaft erweist, und welche vorliegend beim gewählten Kostensatz nicht missachtet wurde.
6.4 Es trifft zu, dass aufgrund der Kausalhaftung des Motorfahrzeughalters und dessen Pflicht zum Abschluss einer Haftpflichtversicherung, welche für die von ihm verursachten Personen- und Sachschäden im Rahmen der vertraglichen Versicherungsdeckung aufkommt, Unfallkosten weitgehend internalisiert sind. Diesem Umstand wurde indessen bereits dadurch Rechnung getragen, dass von den gesamten sozialen Unfallkosten nur ein geringer Prozentsatz (vorliegend ca. 12 %) als externe Kosten in die Berechnung aufgenommen wurde (vgl. Bericht externe Kosten, S. 90 ff., insbesondere S. 95 f.). Zu diesen wurden einmal die medizinischen Heilungskosten von Unfallopfern gezählt, für welche aufgrund eines (teilweisen) Selbstverschuldens die Unfall- oder Krankenversicherung des Opfers und damit die Allgemeinheit aufzukommen hat. Sodann wurden der Nettoproduktionsausfall und die Wiederbesetzungskosten (bei Abwesenheit vom Arbeitsplatz) berücksichtigt, welche nicht über die Haftpflichtversicherung eingefordert werden können. Als externe Kosten einbezogen wurden im Weiteren die immateriellen Kosten (Kosten für Schmerzen und Leid) insbesondere bei selbstverschuldeten Unfällen, welche teilweise über AHV- und IV-Renten (Leistungen an Hinterlassene bzw. Invalide) auf die Allgemeinheit abgewälzt werden. Schliesslich wurden die mit dem Unfall zusammenhängenden Polizei- und Rechtsfolgekosten veranschlagt, welche zu einem Grossteil nicht von den Unfallverursachern getragen werden. Die Einordnung der genannten Kostenpositionen bei den externen Kosten erscheint sachgerecht. Von einer Internalisierung von Unfallkosten durch den Schwerverkehr kann dann nicht mehr gesprochen werden, wenn die betreffenden, von ihm verursachten Schadenspositionen weder von der vom Fahrzeughalter abgeschlossenen Haftpflichtversicherung gedeckt noch von ihm selber getragen werden. Muss die Allgemeinheit, d.h. der Steuer- oder Prämienzahler im Kranken- oder Unfallversicherungsbereich, für Schäden aufkommen oder bleiben Schäden von Privaten (des Unfallopfers selber oder der Angehörigen, des Arbeitgebers, etc.) ungedeckt, liegt keine umfassende Spezialfinanzierung durch den Schwerverkehr vor bzw. entstehen ungedeckte externe Kosten. Die Überlegung, dass diese Kosten nicht dem Schwerverkehr zugerechnet werden dürften, soweit ein schweres Motorfahrzeug haftpflichtrechtlich nicht als Unfallverursacher ins Recht gefasst werden könne, greift zu kurz. Es ist gerade ein Wesensmerkmal der externen Kosten, dass eine Überwälzung auf den Verursacher (sei es aufgrund von fehlenden Haftungsnormen, in Ermangelung eines stringenten adäquaten Kausalzusammenhangs im haftpflichtrechtlichen Sinne bezüglich bloss mittelbarer Schäden oder aufgrund einer Beschränkung der Haftpflicht auf direkten Schaden unter Ausklammerung von Reflexschäden) nicht stattfindet oder nicht stattfinden kann, weshalb sie ungedeckt bleiben bzw. von der Allgemeinheit oder dem Geschädigten selber zu tragen sind. Insofern sind die vorliegend als externe Unfallkosten berücksichtigten Kostenpositionen nicht zu beanstanden.
6.5 Im Weiteren wird gerügt, dass im Rahmen der Berechnung der Eidgenössischen Zollverwaltung den externen Kosten des Schwerverkehrs kein externer Nutzen gegenübergestellt wird, womit die Vorgabe von Art. 7 Abs. 2 SVAG missachtet worden sei. Dem hält die Zollverwaltung unter Hinweis auf entsprechende Studien entgegen, dass dem Schwerverkehr tatsächlich kein ins Gewicht fallender externer Nutzen angerechnet werden könne. Dies deckt sich mit der Einschätzung in der Botschaft zum SVAG, was damit erklärt wird, dass Marktteilnehmer im freien Wettbewerb bestrebt seien, sämtliche externen Nutzen zugunsten der Allgemeinheit, bei denen es sich um Verdienstmöglichkeiten handle, für sich selber zu beanspruchen (zu internalisieren). Für den Fall, dass dem Schwerverkehr aber "aus politischen Gründen" dennoch ein gewisser externer Nutzen angerechnet werden solle, sei Art. 7 SVAG offen formuliert (vgl. Botschaft SVAG, in: BBl 1996 V 521, Ziff. 224 S. 531 f.). Vom - unbestreitbar vorhandenen - volkswirtschaftlichen Nutzen des Schwerverkehrs ist der externe Nutzen zu unterscheiden, verstanden als Leistungen des Schwerverkehrs für die Allgemeinheit, die diesem nicht abgegolten werden (Art. 7 Abs. 2 SVAG spricht vom "Nutzen von gemeinwirtschaftlichen Leistungen"). So betrachtet, stellt zwar die rasche Versorgung der Landregionen mit Gütern durch den Schwerverkehr durchaus einen volkswirtschaftlichen - nicht jedoch einen externen Nutzen dar, da der Nutzen der betreffenden Transportdienstleistung primär dem Transportgewerbe bzw. dessen Kundschaft selber zugute kommt und der damit einhergehende Aufwand zudem (bereits) durch das vertragliche Entgelt gedeckt wird. Ähnlich verhält es sich mit anderen Beispielen von vermeintlich externem Nutzen. Anders liegen die Dinge im von der Zollverwaltung erwähnten Fall des Notfalltransports eines Verkehrsopfers, welche Konstellation jedoch - im vorliegenden Zusammenhang - als irrelevant ausser Betracht gelassen werden durfte. Es erscheint insofern nicht bundesrechtswidrig, wenn die Deckungskostenrechnung den externen Kosten des Schwerverkehrs keinen externen Nutzen gegenüberstellt. Inwieweit dieses Vorgehen auch politisch opportun erscheint, entzieht sich einer gerichtlichen Überprüfung (oben E. 5.1).
6.6 Nach dem Gesagten vermögen die Vorbringen der Beschwerdegegnerin (bzw. damaligen Beschwerdeführerin) im vorinstanzlichen Verfahren den (erhöhten) Tarif der LSVA, wie er vom Bundesrat mit Änderung vom 12. September 2007 in der Schwerverkehrsabgabeverordnung festgelegt wurde, nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen, da der sich daraus ergebende Ertrag die ungedeckten Wegekosten und die Kosten zulasten der Allgemeinheit - wie die Eidgenössische Zollverwaltung in ihrer nicht zu beanstandenden Berechnung im Einspracheentscheid dargelegt hat - nicht übersteigt, womit die Kostendeckungsvorgabe von Art. 7 SVAG - unabhängig von ihrer konkreten Tragweite (oben E. 4.2) - eingehalten ist. Inwieweit einzelne Kostenkategorien in der erwähnten Berechnung allenfalls sogar zu tief veranschlagt sein könnten, wie dies von der Zollverwaltung behauptet und von der Beschwerdegegnerin bestritten wird, und ob das Ausserachtlassen dieses bereits mit Vernehmlassung vor Bundesverwaltungsgericht erhobenen Einwandes im angefochtenen Urteil eine Verletzung von Verfahrensgarantien darstellt, braucht bei diesem Ergebnis nicht näher ausgeleuchtet zu werden.
Wäre die Beschwerde der Abgabepflichtigen vom Bundesverwaltungsgericht demzufolge richtigerweise als unbegründet abzuweisen gewesen (soweit darauf einzutreten war), erübrigt sich eine Rückweisung der Sache an die Vorinstanz oder an die verfügende Behörde. Vielmehr ist das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 28. Oktober 2009 in Gutheissung der dagegen erhobenen Beschwerde aufzuheben und der Einspracheentscheid der Eidgenössischen Zollverwaltung vom 26. Juni 2008 zu bestätigen. Die Sache ist einzig zu neuem Entscheid über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen (<ref-law>).
7. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 28. Oktober 2009 aufgehoben und der Einspracheentscheid der Eidgenössischen Zollverwaltung vom 26. Juni 2008 bestätigt.
2. Die Sache wird zu neuem Entscheid über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Moser