negative Feststellung; Verjährung, hat sich ergeben:
A.- A._ (Beklagter) wurde am 23. April 1986 durch seinen Hausarzt notfallmässig und gegen seinen Willen in das von der X._ AG (Klägerin) betriebene Sanatorium Y._ eingewiesen. Die Klinik Z._ hatte zuvor seine Aufnahme wegen Überbelegung abgelehnt. Am 17. Juni 1986 flüchtete der Beklagte aus dem Sanatorium und wurde am 20. Juni 1986 gegen Revers seines Vaters administrativ entlassen.
Der Beklagte betrieb die Klägerin am 22. April 1996 über einen Betrag von 2 Mio. Franken. Zur Begründung führte er an, die Einweisung in die Klinik und die Rückbehaltung dort sowie die Therapie gegen seinen Willen habe sein Leben auf Jahre hinaus gravierend belastet. Für den dadurch erlittenen materiellen und psychischen Schaden mache er die Klägerin haftbar.
Die Klägerin reichte am 26. August 1999 beim Bezirksgericht Zürich das Begehren ein, es sei festzustellen, dass dem Beklagten aufgrund seiner medizinischen Behandlung in der Zeit vom 23. April 1986 bis 20. Juni 1986 im Sanatorium Y._ keinerlei Ansprüche gegen sie zuständen.
Weiter verlangte sie, das Betreibungsamt sei anzuweisen, die vom Beklagten angehobene Betreibung im Betreibungsregister zu löschen.
Mit Präsidialverfügung vom 9. September 1999 wurde das Verfahren auf die Frage der Verjährung einer allfälligen Forderung des Beklagten beschränkt.
B.-Mit Urteil vom 31. Mai 2000 hielt das Bezirksgericht Zürich fest, dem Beklagten stünden aufgrund seiner medizinischen Behandlung in der Privatklinik Sanatorium Y._ vom 23. April bis 20. Juni 1986 gegenüber der Klägerin keinerlei Ansprüche zu. Das Betreibungsamt wurde angewiesen, die Betreibung Nr. 60345 über Fr. 2'000'000.-- im Betreibungsregisterauszug der Klägerin Dritten nicht mehr zur Kenntnis zu geben.
Das Obergericht des Kantons Zürich hob mit Rückweisungsbeschluss vom 25. April 2001 das Urteil des Bezirksgerichts Zürich auf und wies die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens und zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Das Obergericht kam zum Schluss, für deliktische Ansprüche sei die Verjährung eingetreten.
Allfällige Ansprüche des Beklagten gegenüber der Klägerin aufgrund der medizinischen Behandlung seien jedoch quasi-vertraglicher Natur und dementsprechend noch nicht verjährt.
C.-Die Klägerin führt gegen diesen Rückweisungsbeschluss eidgenössische Berufung und verlangt dessen Aufhebung sowie die Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils.
Der Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung. Eventualiter sei die Sache zur Ergänzung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Ausserdem ersucht der Beklagte um Erteilung des Rechts zur unentgeltlichen Prozessführung und die Beiordnung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Nach Art. 46 OG ist eine Berufung nur in Zivilrechtsstreitigkeiten zulässig. Darunter versteht die Rechtsprechung ein kontradiktorisches Verfahren zwischen zwei oder mehreren natürlichen oder juristischen Personen in ihrer Eigenschaft als Trägerinnen privater Rechte oder zwischen solchen Personen und einer Behörde, die nach Bundesrecht die Stellung einer Partei einnimmt. Entscheidend ist dabei, dass die Parteien nach ihren Rechtsbegehren und Sachvorbringen Ansprüche des Bundeszivilrechts erhoben haben und ebensolche objektiv streitig sind (<ref-ruling> E. 1a; Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. II, N. 2.1.3 zu Titre II). Ob eine Zivil- oder eine öffentlichrechtliche Streitsache vorliegt, ist nach den hierfür entwickelten Abgrenzungskriterien zu beurteilen (<ref-ruling> E. 2c/bb). Als Zivilrechtsstreitigkeit gilt auch die Frage selbst, ob bundesprivatrechtliche Ansprüche streitig seien (<ref-ruling> E. 1).
Die Klägerin ist eine juristische Person des Privatrechts und betreibt eine Klinik. Ihre negative Feststellungsklage bezieht sich auf Ansprüche, welche der Beklagte aus einer angeblich objektiv widerrechtlichen oder vertragswidrigen medizinischen Behandlung gegen sie geltend macht.
Die Klägerin strebt im Wege der Zivilgerichtsbarkeit die Feststellung an, dass sie dem Beklagten aus der während des Klinikaufenthalts vom 23. April 1986 bis 20. Juni 1986 erfolgten Therapie nichts schuldet. Der Beklagte seinerseits erhebt Ansprüche wegen der Folgen einer gegen seinen Willen von der Klägerin durchgeführten medizinischen Behandlung während der Dauer eines fürsorgerischen Freiheitsentzugs.
Dieser ist in Bezug auf den Freiheitsentzug selbst im formellen Bundesrecht geregelt (<ref-law>, vgl. auch <ref-law>), nicht jedoch in Bezug auf die Durchführung einer allenfalls notwendigen Behandlung (<ref-ruling> E. 6 S. 262). Vom Beklagten werden nach den insoweit unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz Forderungen aus unerlaubter Handlung im Sinne von <ref-law> und aus einem Vertrags- oder quasi-vertraglichen Verhältnis erhoben. Die Vorinstanz hat grundsätzlich bejaht, dass privatrechtliche Ansprüche des Beklagten gegenüber der Klägerin bestehen könnten und sie hat dabei ausdrücklich Bundesrecht als solches, nicht als kantonales Recht angewendet (<ref-ruling> E. 5). Damit sind bundesprivatrechtliche Ansprüche objektiv streitig. Ob die Vorinstanz zu Unrecht Bundesrecht angewendet hat, wo kantonales Recht anwendbar gewesen wäre, ist im Verfahren der Berufung auf entsprechende Rüge zu prüfen (<ref-ruling> E. 2).
2.- Die Berufung der Klägerin richtet sich gegen einen Rückweisungsentscheid des Obergerichts. Bei diesem handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das Verfahren nicht im Sinne von Art. 48 OG beendet. Da es sich nicht um einen Zwischenentscheid handelt, der bundesrechtliche Vorschriften über die Zuständigkeit im Sinne von Art. 49 OG betrifft, ist die Berufung nur unter den in Art. 50 OG genannten Voraussetzungen zulässig. Gemäss dieser Bestimmung kann das Bundesgericht angerufen werden, wenn dadurch sofort ein Endentscheid herbeigeführt und ein so bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann, dass dieses Vorgehen gerechtfertigt erscheint (Art. 50 OG). Wird der Eintritt der Verjährung der umstrittenen Ansprüche entgegen dem angefochtenen Urteil bejaht, so kann ein Endentscheid gefällt werden. Die erste Voraussetzung ist insofern erfüllt. Welche Beweismassnahmen erforderlich wären und daher mit dem Eintreten auf das vorliegende Rechtsmittel erspart werden können, ist der Rechtsschrift der Klägerin zwar nicht zu entnehmen und wird auch im angefochtenen Entscheid nicht dargelegt. Die Klägerin beschränkt sich darauf, die Abweisung der Verjährungseinrede als typischen Fall anzuführen, der die gesonderte Anrufung des Bundesgerichts nach Art. 50 OG regelmässig rechtfertigt. Aufgrund der vom Beklagten erhobenen Ansprüche, welche die Klägerin in ihrer negativen Feststellungsklage bestreitet, kann jedoch davon ausgegangen werden, dass die materielle Beurteilung ein weitläufiges Beweisverfahren erfordert. Nach der Natur des Falles ist daher auch die zweite Voraussetzung von Art. 50 OG gegeben (<ref-ruling> E. 1a).
3.- Die Klägerin rügt, die Vorinstanz habe das Behandlungsverhältnis zwischen den Parteien zu Unrecht als quasi-vertragliches des Bundesprivatrechts qualifiziert. Sie bringt vor, es habe sich um ein öffentlichrechtliches (kantonales) Verhältnis gehandelt. Sie rügt damit sinngemäss, die Vorinstanz habe zu Unrecht Bundesrecht statt kantonales Recht angewendet.
a) Nach den Feststellungen der Vorinstanz erfolgte die Einweisung des Beklagten im Jahre 1986 in eine Anstalt im Sinne von <ref-law> durch einen hierzu nach dem massgebenden kantonalen Recht ermächtigten Arzt. Ob die Klägerin mit dem Kanton Zürich im Jahre 1986 eine Vereinbarung über die Aufnahme von Patienten im Rahmen fürsorgerischen Freiheitsentzugs abgeschlossen hatte und wie diese gegebenenfalls ausgestaltet war, liess das Gericht als unerheblich offen. Nicht der behauptete widerrechtliche Freiheitsentzug und damit eine Verletzung im Sinne von <ref-law> stehe in Frage, sondern allein die medizinische Behandlung des Beklagten durch die Klägerin als solche. Das Obergericht ging insofern zutreffend davon aus, dass diese Behandlung von <ref-law> nicht erfasst wird (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 6 S. 262). Da eine bundesrechtliche Gesetzesgrundlage insbesondere für Zwangsbehandlungen fehlt, obliegt nach der Rechtsprechung den Kantonen, eine gesetzliche Grundlage für therapeutische Zwangsmassnahmen im Rahmen eines fürsorgerischen Freiheitsentzugs zu schaffen, solange der Bundesgesetzgeber nicht selber eine Regelung aufstellt (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3b). Dass der Kanton Zürich eine entsprechende Regelung getroffen hat, wird im angefochtenen Urteil nicht erwähnt (vgl. dazu BGE vom 7. Oktober 1992, 1P.218/1991, E. 7 und 8, publ. in ZBl 1993, S. 504, 512 ff.), was jedoch an der kantonalen Zuständigkeit nichts ändert (BGE <ref-ruling> E. 5, vgl. auch Schnyder, Die privatrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 1999, ZBJV Bd. 136, 2000, S. 415).
b) Die Vorinstanz hat aufgrund der massgebenden Sachvorbringen des Beklagten zutreffend geschlossen, dass ein privatrechtlicher Vertrag zwischen den Parteien nicht zustande gekommen ist, nachdem die umstrittene Behandlung des Beklagten wie der Aufenthalt in der Klinik gegen dessen Willen erfolgte. Ebenso hat sie eine Vertretung durch die Eltern des Beklagten verneint bzw. einen durch diese abgeschlossenen Vertrag zugunsten Dritter als nicht hinreichend substanziiert erachtet. Es ist daher davon auszugehen, dass sich die Einweisung des Beklagten in die Klinik der Klägerin allein auf den fürsorgerischen Freiheitsentzug stützte und die medizinische Behandlung dort einer vertraglichen Grundlage entbehrte. Die Vorinstanz hat jedoch für die Verjährung der umstrittenen Ansprüche die zehnjährige Frist von <ref-law> dennoch für anwendbar erklärt mit der Begründung, es sei ein quasi-vertragliches Obhutsverhältnis zwischen der Klinik und dem Patienten zustande gekommen. Auf welche Normen des Bundesprivatrechts sich ein derartiges Verhältnis stützen liesse, ist dem angefochtenen Urteil allerdings nicht zu entnehmen. Die beiläufig erwähnte (echte) Geschäftsführung ohne Auftrag im Sinne der <ref-law> kommt beim Verstoss gegen ein wirksames Einmischungsverbot nicht zustande (Schmid, Zürcher Kommentar, N. 19 zu Vorbemerkungen zu Art. 419-424 OR, vgl. auch <ref-ruling> E. 4).
Die nach den Sachvorbringen des Beklagten zwangsweise, gegen seinen Willen durchgeführte Behandlung schliesst auch aus, weitere quasi-vertragliche Entstehungsgründe in Betracht zu ziehen, wie dies der Beklagte in der Antwort sinngemäss befürwortet.
Derartige quasi-vertragliche Entstehungsgründe setzen zwar keine übereinstimmende Willensäusserung im Sinne der Art. 1 und 18 OR voraus, beruhen aber doch stets auf einem vertrauensmässig zurechenbaren Verhalten einer der Parteien, auf welches sich die andere verlassen darf (dazu Kramer, Berner Kommentar, Allgemeine Einleitung in das schweizerische OR, N. 130 ff.). Davon kann bei einer therapeutisch motivierten Zwangsbehandlung, wie sie der Beklagte behauptet, im Rahmen eines fürsorgerischen Freiheitsentzugs keine Rede sein.
c) Da der Vollzug der fürsorgerischen Massnahme den Kantonen obliegt, richtet sich die Durchführung der Zwangsbehandlung im Rahmen eines fürsorgerischen Freiheitsentzugs grundsätzlich nach kantonalem Recht. Ein allfälliges Obhuts- oder Behandlungsverhältnis zwischen den Parteien zum Vollzug einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung könnte daher im kantonalen Recht begründet sein, was die Vorinstanz allerdings nicht feststellt. Ein besonderes Rechtsverhältnis nach kantonalem Recht vermöchte im Übrigen die Anwendung vertraglicher Normen des Bundesrechts nicht zu begründen. Auch soweit aber mangels (abschliessender) kantonaler Regelung Bundesprivatrecht zur Anwendung kommt, fehlt für das zwangsweise begründete Behandlungsverhältnis eine vertragliche oder quasi-vertragliche Grundlage. Die Vorinstanz hat eine allfällige vertragliche oder quasi-vertragliche Haftung der Klägerin aufgrund der Sachvorbringen des Beklagten zu Unrecht bejaht und daher bundesrechtswidrig die 10-jährige Verjährungsfrist gemäss <ref-law> für anwendbar gehalten.
Nach den Sachvorbringen des Beklagten kommen allein unerlaubte Handlungen in Betracht, für deren Verjährung <ref-law> etwas anderes bestimmt.
4.- Der Beklagte leitet seine Ansprüche gegen die Klägerin aus unerlaubten Handlungen ab. Er macht namentlich geltend, mit der medizinischen Zwangsbehandlung seien die Straftatbestände der schweren Körperverletzung (<ref-law>; Verfolgungsverjährung 10 Jahre), der einfachen Körperverletzung (<ref-law>; Verfolgungsverjährung 5 Jahre), der Nötigung (<ref-law>; Verfolgungsverjährung 5 Jahre), der Freiheitsberaubung (<ref-law>; Verfolgungsverjährung 10 Jahre), des Amtsmissbrauchs (<ref-law>; Verfolgungsverjährung 10 Jahre) und der Amtsanmassung (<ref-law>; Verfolgungsverjährung 5 Jahre) erfüllt worden. Die Vorinstanz hat die Verjährung allfälliger Forderungen des Beklagten aus unerlaubter Handlung als eingetreten erachtet, was der Beklagte in der Antwort beanstandet.
a) Die Regelung der Haftung aus (widerrechtlicher) hoheitlicher Amtsverrichtung kann grundsätzlich auch dann öffentlichrechtlich geregelt werden, wenn die hoheitliche Tätigkeit an Private übertragen ist (Brehm, Berner Kommentar, N. 12 zu <ref-law>; Poudret, a.a.O., N. 2.3.34 zu Titre II). Abgesehen von hier nicht in Betracht fallenden bundesrechtlichen Verantwortlichkeitsregeln finden die Haftpflichtnormen der <ref-law> daher insoweit keine Anwendung, als der Kanton eine Regelung tatsächlich getroffen hat. Die Vorinstanz hat jedoch festgehalten, die Klägerin als juristische Person des Privatrechts unterstehe dem kantonalen Haftungsgesetz nicht. Sie würde daher nach den massgebenden kantonalen öffentlichrechtlichen Bestimmungen für allfällige widerrechtliche Zwangsbehandlungen gegenüber dem Beklagten auch dann nicht haften, wenn sie im Rahmen des ihr vom zuständigen Kanton übertragenen Vollzugs einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung mit der Vornahme therapeutischer Massnahmen betraut worden wäre. Die Klägerin kann daher nach den insoweit verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz ausschliesslich nach den allgemeinen Haftpflichtnormen des Bundesprivatrechts in Anspruch genommen werden und ihre negative Feststellungsklage ist gutzuheissen, sofern allfällige Forderungen des Beklagten aus unerlaubter Handlung verjährt sind, wie die Vorinstanz angenommen hat.
b) Der Anspruch auf Schadenersatz oder Genugtuung verjährt in einem Jahre von dem Tage hinweg, wo der Geschädigte Kenntnis vom Schaden und von der Person des Ersatzpflichtigen erlangt hat, jedenfalls aber mit dem Ablaufe von zehn Jahren, vom Tage der schädigenden Handlung an gerechnet (<ref-law>). Wird jedoch die Klage aus einer strafbaren Handlung hergeleitet, für die das Strafrecht eine längere Verjährung vorschreibt, so gilt diese auch für den Zivilanspruch (<ref-law>). Dass der Beklagte, der am 17. Juni 1986 aus der Klinik der Klägerin geflohen ist und die Klägerin am 22. April 1996 betrieben hat, die Verjährungsfrist von <ref-law> eingehalten hätte, behauptet er nicht. Es kann sich allein fragen, ob die Vorinstanz den Eintritt der Verjährung insoweit zu Recht bejaht hat, als der Beklagte seine Ansprüche aus Straftaten herleitet.
Dabei ist zu Recht nicht bestritten, dass sich der zivil- und der strafrechtliche Tatbestand auf dieselben Handlungen beziehen müssen (<ref-ruling> E. 2c) und dass allfällige längere strafrechtliche Verjährungsfristen vom Tage der (letzten) strafbaren Handlung an zu laufen beginnen (<ref-ruling> E. II/2b S. 189; <ref-ruling> E. 2d S. 441), vorliegend spätestens am 17. Juni 1986. Für die vom Beklagten angeführten Straftatbestände mit einer fünfjährigen Frist gemäss <ref-law> ist daher die Verjährung unbestritten eingetreten.
Von den drei vom Beklagten angeführten Straftatbeständen mit 10-jähriger Verjährungsfrist (Art. 122, Art. 183 und <ref-law>) bezieht sich nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Urteil allein derjenige der schweren Körperverletzung auf die medizinische Behandlung. Fraglich erscheint, ob nach den Sachvorbringen des Beklagten die Tatbestandsmerkmale erfüllt sind. Die Vorinstanz hat insofern jedoch festgehalten, dass die 10-jährige Frist mit der Betreibung vom April 1996 unterbrochen worden ist. Sie hat die Verjährung dennoch als eingetreten erachtet mit der Begründung, die Delikte seien strafrechtlich verjährt, nachdem bis zum 17. Juni 1996 kein Strafverfahren eingeleitet worden sei, weshalb mit der verjährungsunterbrechenden Handlung des Beklagten nurmehr eine einjährige Verjährungsfrist begonnen habe.
c) Die Regel von <ref-law> soll die zivilrechtliche Verjährung mit der strafrechtlichen harmonisieren.
Es wäre stossend, wenn der Täter zwar noch bestraft werden könnte, die Wiedergutmachung des zugefügten Schadens aber nicht mehr verlangt werden dürfte (<ref-ruling> E. 5 mit Hinweisen). Diesem Sinn und Zweck entspräche, die Verjährungseinrede im Zivilrecht dann gelten zu lassen, wenn neben der zivilrechtlichen auch die strafrechtliche Verjährung eingetreten ist. In der Lehre wird daher die Ansicht vertreten, dass <ref-law> nur die absolute Frist verlängere und die Unterbrechung der Verjährung gemäss <ref-law> nur eine der zivilrechtlichen, nicht eine der längeren strafrechtlichen Dauer entsprechende neue Verjährungsfrist in Gang setze (vgl. Spiro, Die Begrenzung privater Rechte durch Verjährungs-, Verwirkungs- und Fatalfristen, Bd. I, Bern 1975, S. 199 ff., S. 206/207; Oftinger/Stark, Schweizerisches Haftpflichtrecht, Bd. II/1, Zürich 1987, S. 115 N. 384). Das Bundesgericht hat diese, dem Sinn und Zweck von <ref-law> wohl am besten entsprechende, mit dem Wortlaut der Bestimmung jedoch nur schwer zu vereinbarende Auslegung von <ref-law> abgelehnt und erkannt, dass durch die Unterbrechung im Sinne von <ref-law> eine neue Verjährungsfrist mit der ursprünglichen, strafrechtlichen Dauer zu laufen beginnt (BGE <ref-ruling> E. 2d S. 441; <ref-ruling> E. 3a; Stark, Ausservertragliches Haftpflichtrecht,
2. Aufl. , Zürich 1988, N. 1121, S. 238). Die im Ergebnis von den beiden Vorinstanzen übernommene Lehrmeinung vermöchte zwar eine vom Gesetzeszweck nicht gedeckte Privilegierung der Geschädigten und eine entsprechende Belastung der durch angebliche strafbare Handlungen belangten Haftpflichtigen zu verhindern, namentlich wenn die strafrechtliche Verjährungsfrist wie im vorliegenden Fall sehr lang ist und daher auch allfällige Beweismittel kaum mehr greifbar sein dürften (vgl. Spiro, a.a.O., S. 201). Da sich die verschiedentlich bestätigte Auslegung von <ref-law> aber jedenfalls im Rahmen vertretbarer Auslegung hält und mit dem Wortlaut besser zu vereinbaren ist, vermögen die beachtlichen Gründe für eine dem Sinn der besonderen Verjährung besser entsprechende Auslegung das Rechtssicherheitsinteresse nicht aufzuwiegen.
d) Es ist daher an der mehrmals bestätigten Auslegung festzuhalten, dass die Unterbrechung der Verjährung im Sinne von <ref-law> eine neue Frist in Höhe der ursprünglichen längeren Dauer auslöst, sofern die Forderung aus einer strafbaren Handlung abgeleitet wird, für die <ref-law> eine längere Verjährungsfrist vorsieht. Dies gilt jedenfalls solange, als die verjährungsunterbrechende Handlung im Sinne von <ref-law> noch vor Eintritt der strafrechtlichen Verfolgungsverjährung erfolgt. In diesem Falle verlängert sich die zivilrechtliche Verjährungsfrist um die volle ursprüngliche Dauer unabhängig davon, ob die strafrechtliche Verfolgungsverjährung während des Laufes der neuen Frist eintritt. Der Schuldner weiss in diesem Fall, dass gegen ihn Ansprüche erhoben werden und kann nicht nur entsprechende Beweise sichern, sondern - wie der vorliegende Fall zeigt - die Rechtslage mit einer negativen Feststellungsklage klären.
Dagegen würde es wohl zu weit führen, erst nach Ablauf der strafrechtlichen Verjährungsfrist vorgenommenen verjährungsunterbrechenden Handlungen dieselbe Wirkung beizumessen.
Ob jedoch Unterbrechungshandlungen im Sinne von <ref-law> nach Eintritt der strafrechtlichen Verjährung eine weitere Frist nur noch gemäss <ref-law> in Gang setzen, braucht im vorliegenden Fall nicht abschliessend erörtert zu werden. Der Beklagte hat mit der Betreibung vom 22. April 1996 die Verjährung für Forderungen aus der Zwangstherapie während seines Klinikaufenthalts vom 23. April bis 17. Juni 1986 unterbrochen. Da er insoweit eine nach <ref-law> erforderliche Handlung vor Eintritt einer allfälligen 10-jährigen strafrechtlichen Verfolgungsverjährung vorgenommen hat, läuft eine weitere 10-jährige Frist bis zum 22. April 2006.
e) Die Vorinstanz hat die Tragweite von <ref-law> verkannt, indem sie die Verjährung auch für etwaige unerlaubte Handlungen als eingetreten ansah, für welche das Strafrecht eine 10-jährige Verfolgungsverjährung vorsieht.
Sie hat allerdings ebenso wenig wie die erste Instanz geprüft, ob nach den Sachvorbringen des Beklagten überhaupt ein Straftatbestand in Betracht fällt, für den die 10-jährige strafrechtliche Verjährungsfrist gilt. Da insoweit die tatsächlichen Feststellungen über die massgebenden prozessualen Sachvorbringen des Beklagten fehlen, kann die negative Feststellungsklage der Klägerin nicht ohne Ergänzung beurteilt werden.
5.-Die Berufung gegen den angefochtenen Rückweisungsbeschluss ist insoweit begründet, als die Klägerin aus quasi-vertraglicher Pflichtverletzung vom Beklagten nach dessen im angefochtenen Entscheid festgestellten Sachvorbringen nicht in Anspruch genommen werden kann. Dagegen hat die Vorinstanz die Bedeutung von Art. 60 Abs. 2 OG verkannt, wenn sie die Verjährung für etwaige unerlaubte Handlungen auch insoweit als eingetreten ansah, als damit gleichzeitig Straftatbestände mit 10-jähriger Strafverfolgungsverjährung erfüllt wären. Die Verjährung ist zivilrechtlich nur insoweit eingetreten, als solche Straftatbestände nach den Sachvorbringen des Beklagten nicht in Betracht fallen. Der angefochtene Entscheid ist in teilweiser Gutheissung der Berufung aufzuheben und die Sache gemäss Art. 64 OG an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dieser Ausgang des Verfahrens rechtfertigt, den Parteien die Gerichtsgebühr je zur Hälfte zu auferlegen und keine Parteientschädigungen zuzusprechen. Der Beklagte hat die unentgeltliche Rechtspflege auch für das bundesgerichtliche Verfahren beantragt. Die Bedürftigkeit kann als ausgewiesen gelten, nachdem der Beklagte seine Ausbildung gerade erst abgeschlossen hat, über kein steuerbares Einkommen verfügt und Studiendarlehen wird zurückbezahlen müssen. Da seine Rechtsbegehren im Übrigen nicht aussichtslos waren und die Komplexität der Sache den Beizug eines Anwalts erforderte, ist auf die Erhebung der Gerichtsgebühr zu verzichten und dem Anwalt des Beklagten ist aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Dem Beklagten wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt Dr. Hubert Zürcher als Rechtsbeistand beigegeben.
2.- Die Berufung wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 16'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt. Der Anteil des Beklagten wird vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.- Es werden keine Parteikosten gesprochen. Rechtsanwalt Dr. Hubert Zürcher wird aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 15'000.-- ausgerichtet.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (II. Zivilkammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 18. September 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: