Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Sia l'attrice che i convenuti gestiscono un'azienda agricola di lunga tradizione nel Comune di L._. Quella di G._ - rilevata da C.D._, il quale a sua volta l'aveva ripresa dal padre E.D._ - occupa le zone "X._" e "Y._", mentre quella di A.A._ e di sua figlia B.A._ si trova nella zona "Z._".
2. La presente causa trae origine dai contrasti sorti tra le parti nel 2002 in merito all'estensione e al contenuto dei rispettivi contratti d'affitto.
2.1 Nell'aprile 2002 A.A._ e B.A._ hanno infatti chiesto e ottenuto da G._ la restituzione delle part. aaa, bbb e ccc RFD, di proprietà del Patriziato di L._, ch'essa lavorava nonostante fossero formalmente date in affitto alla famiglia A._.
Dal canto suo, G._ ha preteso, invano, da A.A._ e B.A._ la riconsegna dei fondi ddd e eee RFD, ch'essi occupavano - e continuano a occupare - benché formalmente concessi in affitto da M._ a G._.
2.2 Onde ottenere lo sfratto di A.A._ e B.A._ dalla part. ddd e dalla superficie di 29'152 m2 dalla part. eee, il 23 settembre 2002 G._ si è rivolta alla Pretura del Distretto di Riviera. A sostegno della propria domanda l'attrice ha addotto l'esistenza di un contratto di comodato da lei regolarmente disdetto.
Statuendo il 18 agosto 2003 il Pretore ha dichiarato irricevibile la domanda di G._. Considerato che i fondi di cui essa chiedeva la riconsegna erano stati concessi in uso alla controparte ottenendo in cambio il diritto di sfruttare altri fondi, il giudice ha infatti escluso l'esistenza dell'asserito contratto di comodato a favore di un contratto di affitto, che però, non essendo stato regolarmente disdetto, non poteva dar luogo a uno sfratto.
2.3 Preso atto delle conclusioni pretorili, il 3 settembre 2003 G._ ha messo in mora A.A._ e B.A._ chiedendo di rimetterle a disposizione le part. aaa, bbb e ccc a valere quale controprestazione per l'uso del proprio fondo.
2.4 Constata l'impossibilità di ottenere quanto auspicato, il 16 marzo 2004 essa ha dichiarato di recedere dal contratto d'affitto, dopodiché, il 26 marzo seguente, ha nuovamente adito la Pretura con un'azione dal tenore pressoché identico a quella precedente, ma limitata alla part. eee RFD e fondata sul rapporto di affitto.
A.A._ e B.A._ si sono recisamente opposti alla domanda di sfratto. Asserendo di essere al beneficio di un contratto di affitto con M._, che li autorizzava a sfruttare 16'000 m2 sulla part. eee, essi hanno in primo luogo contestato la legittimazione di G._ a pretendere la loro partenza. Hanno inoltre negato di aver mai stipulato con l'attrice - rispettivamente con i suoi predecessori - un contratto di subaffitto di terreni agricoli e ciò non solo con riferimento alla controversa part. eee ma anche con riferimento alle part. aaa, bbb e ccc.
Con decreto 20 giugno 2005 il Pretore ha parzialmente accolto la richiesta di G._, ordinando ad A.A._ e B.A._ di mettere a libera disposizione dell'attrice la superficie di 13'844 m2 della part. eee RFD che si sviluppa dal confine sud del fondo in direzione nord, fatta eccezione per i primi 2'660 m2. Sulla base delle tavole processuali il giudice è infatti giunto alla conclusione che la part. eee è stata concessa in affitto da M._ a G._, ad eccezione di una porzione di 2'660 m2 nella parte sud del fondo, affittata ai convenuti. La tesi di un contratto d'affitto relativo alla superficie di 16'000 m2, addotta dai convenuti, non ha invece trovato riscontro negli atti di causa. A questo proposito il giudice ha stabilito che nel passato l'uso di tale porzione era sorretta da un accordo tra le famiglie A._ e D._, in virtù del quale quest'ultimi - ai quali è poi subentrata G._ - lavoravano le particelle aaa, bbb e ccc di proprietà del Patriziato e affittati alla famiglia A._, i quali dal canto loro lavoravano la parte sud del fondo eee. Egli ha poi qualificato tale scambio di fondi come contratto di (sub)affitto, disdetto da G._ dopo che i convenuti avevano chiesto e ottenuto la restituzione delle particelle aaa, bbb e ccc.
3. L'impugnativa interposta da A.A._ e B.A._ contro il decreto pretorile è stata respinta il 31 gennaio 2006 dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, la quale ha integralmente confermato le considerazioni del primo giudice.
4. Contro questa sentenza A.A._ e B.A._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale, l'8 marzo 2006, con ricorso per riforma.
Richiamandosi alla violazione degli art. 21 e 47 della legge federale sull'affitto agricolo (LAAgr; RS 221.213.2) e dell'<ref-law> essi postulano l'annullamento e la modifica della sentenza impugnata "nel senso che è accertato che tra le parti non è mai sorto nessun contratto di subaffitto agricolo, né riguardante fondi di proprietà del Patriziato, né riguardante fondi di proprietà di M._ e che, di conseguenza la signora G._ non è legittimata a domandare lo sfratto dei signori A.A._ e B.A._ da 13'844 m2 del fondo eee RFD di proprietà di M._. Il decreto di sfratto 20 giugno 2005 e la sentenza impugnata dovevano pertanto dichiarare irricevibile l'istanza di sfratto, permettendo ai signori A._ di continuare l'utilizzazione della superficie eee RFD come finora goduto."
Con risposta del 5 maggio 2006 G._ ha proposto di dichiarare il ricorso per riforma inammissibile, non essendo raggiunto il valore litigioso minimo per poter proporre tale rimedio. Nella denegata ipotesi in cui il gravame fosse ritenuto ammissibile, essa ne propone la reiezione integrale, previa prestazione da parte dei convenuti di fr. 1'500.-- a titolo di garanzia per le spese ripetibili ex art. 150 OG.
5. Prima di chinarsi sul contenuto del ricorso è opportuno evadere la richiesta dell'attrice tendente al versamento di una garanzia per le spese processuali.
5.1 L'obbligo - previsto dall'art. 150 cpv. 2 OG - di fornire garanzie per le spese ripetibili mira ad evitare che la parte convenuta in giudizio affronti delle spese con il rischio di non vederle poi, se del caso, rimborsate, perché la controparte non ha domicilio in Svizzera o è insolvente. Alla parte che, in simili circostanze, insta per il versamento di una garanzia viene così offerta la possibilità di fare l'economia di tale spese poiché qualora la garanzia richiesta non venisse fornita in tempo utile le domande della controparte verranno dichiarate inammissibili, come prescritto dall'art. 150 cpv. 4 OG.
In altre parole, se intende vederne garantito il rimborso, la parte che chiede il versamento di una cauzione non deve acconsentire a tali spese prima di conoscere l'esito della sua richiesta e, nel caso in cui questa dovesse venire accolta, prima della scadenza del termine assegnato alla controparte per procedere al versamento. Ciò presuppone ch'essa non presenti la propria istanza di cauzione contemporaneamente alla risposta e, se necessario, che domandi l'assegnazione di un nuovo termine per inoltrare la risposta al ricorso (<ref-ruling> consid. 1 non pubblicato; <ref-ruling> consid. 2; 79 II 295 consid. 3 p. 305).
5.2 In concreto, avendo introdotto la richiesta di prestazione di garanzie contestualmente all'allegato di risposta, l'attrice ha implicitamente consentito ad affrontare le spese che chiedeva di garantire.
La sua domanda di garanzie è pertanto divenuta priva di oggetto.
6. Fatta questa premessa, occorre esaminare l'ammissibilità del ricorso per riforma.
7. Come anticipato, secondo l'attrice il gravame dovrebbe venire dichiarato inammissibile a causa del mancato raggiungimento del valore di causa fissato dalla legge per poter inoltrare tale rimedio.
In effetti, giusta l'art. 46 OG, nelle cause civili di carattere pecuniario non contemplate dall'art. 45 OG, il ricorso per riforma è ammissibile solo quando, secondo le conclusioni delle parti, il valore litigioso dinanzi all'ultima giurisdizione cantonale raggiungeva ancora fr. 8'000.--.
7.1 I convenuti ritengono tale requisito adempiuto posto come l'attrice abbia reclamato loro il pagamento di fr. 25'000.-- a titolo di canone di affitto per tre anni. Essi adducono inoltre che, poiché l'attrice "si avvale di un contratto di affitto agricolo, si tratta di una prestazione ricorrente e duratura per decenni".
L'attrice obietta che l'importo di fr. 25'000.-- - da lei preteso negli scritti raccomandati 3 settembre 2003 - esula dalla presente vertenza e farà, semmai, l'oggetto di un'altra separata azione di risarcimento danni. L'attuale causa verte solo sullo sfratto. Dato che per il fondo litigioso essa versa un canone annuale di fr. 800.-- e che la controversia si protrae dal 2002 il valore di causa è a suo modo di vedere ben lungi dal raggiungere l'importo richiesto dalla legge.
Ad analoga conclusione si giungerebbe anche qualora si volesse tenere conto del fatto - addotto dai convenuti - che la vertenza trae origine da un contratto di affitto agricolo e pertanto da una prestazione ricorrente e duratura. Anche volendo considerare che il contratto prevede l'obbligo di pagare anticipatamente cinque annualità, il valore di causa sarebbe al massimo di fr. 4'000.--.
7.2 Ora, trattandosi di una controversia concernente l'esistenza rispettivamente la cessazione di un contratto di affitto, ai fini del calcolo del valore di causa risulta determinante il periodo durante il quale il contratto sussisterebbe necessariamente qualora esso non fosse terminato nel marzo 2004, come preteso dall'attrice. Tale periodo si estende - secondo la giurisprudenza relativa al contratto di locazione, applicabile per analogia a quello d'affitto - sino al momento in cui una nuova (ordinaria) disdetta potrà essere data (<ref-ruling> consid. 1 pag. 148 seg.; <ref-ruling> consid. 1; Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. I, Berna 1990, nota 9.6 ad art. 36 OG, pag. 285).
Per l'affitto agricolo l'<ref-law> prevede, di principio, il rinnovo del contratto di affitto per una durata di sei anni. Dalla sentenza impugnata non è possibile desumere quando l'asserito accordo è stato rinnovato per l'ultima volta, né le parti forniscono alcuna indicazione al riguardo. Va detto che, quand'anche il periodo durante il quale il contratto continuerebbe a sussistere fosse quello massimo di sei anni, il valore di causa non sarebbe comunque raggiunto, dato ch'esso non potrebbe superare fr. 4'800.--, considerato il canone versato dall'attrice per l'affitto dell'intera part. eee, di fr. 800.-- annuali.
Ciò comporta, come rilevato dall'attrice, l'irricevibilità del ricorso per riforma sotto il profilo dell'art. 46 OG.
7.3 Ci si potrebbe invero chiedere se, nel caso concreto, non sarebbe opportuno tenere conto anche dell'interesse che la presente causa riveste per l'attrice, alla quale - stando a quanto da lei stessa dichiarato anche dinanzi al Tribunale federale - la mora dei conduttori ha cagionato un danno ben superiore all'importo di fr. 8'000.--.
Sia come sia, la questione può rimanere irrisolta, dovendo il ricorso venir in ogni caso dichiarato inammissibile a causa della sua motivazione.
8. Il ricorso per riforma è ammissibile per violazione del diritto federale (art. 43 cpv. 1 OG). Nel quadro di tale rimedio non possono, per contro, essere invocate la violazione di un diritto costituzionale (art. 43 cpv. 1 seconda frase OG) o la violazione del diritto cantonale (cfr. art. 55 cpv. 1 lett. c OG).
Giovi inoltre rammentare che nella giurisdizione di riforma, il Tribunale federale fonda il suo giudizio sui fatti così come sono stati accertati dall'ultima autorità cantonale, a meno che non siano state violate disposizioni federali in materia di prove (ad esempio l'<ref-law>), debbano venire rettificati accertamenti di fatto derivanti da una svista manifesta (art. 63 cpv. 2 OG) o si renda necessario un complemento degli stessi a norma dell'art. 64 OG (<ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140), ovverosia mediante fatti allegati da una parte in sede cantonale in modo conforme alle norme sulla procedura, ma ritenuti a torto dall'autorità cantonale come irrilevanti o da essa negletti a causa dell'errata comprensione del diritto federale (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 106; <ref-ruling> consid. 2c con rinvii). Tutte queste critiche e gli atti cui si riferiscono devono essere debitamente specificati (art. 55 cpv. 1 lett. b e d OG).
Fatte salve queste eccezioni, censure contro l'accertamento dei fatti e l'apprezzamento delle prove eseguiti dall'autorità cantonale sono improponibili, così come non si può far riferimento a circostanze non accertate nel giudizio impugnato, trattandosi di fatti nuovi (art. 55 cpv. 1 lett. c OG; DTF citati; <ref-ruling> consid. 3).
Nulla muta, contrariamente a quanto sembrano ritenere i convenuti, l'art. 43 cpv. 4 OG, giusta il quale l'apprezzamento giuridico erroneo di un fatto è parificato alla violazione del diritto. Questo capoverso non concede infatti alla parte che ricorre la facoltà di criticare liberamente la valutazione delle prove eseguita in sede cantonale, l'apprezzamento giuridico di un fatto non essendo altro che la sua qualificazione giuridica (sussunzione; DTF <ref-ruling> consid. 3 pag. 620). In sostanza, dunque, il capoverso 4 non aggiunge nulla a quanto già stabilito all'art. 43 cpv. 1 OG (Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. II, Berna 1990, nota 5 ad art. 43 OG, pag. 178).
L'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti che ne consegue vanno piuttosto criticati con un ricorso di diritto pubblico per violazione del divieto dell'arbitrio (<ref-law>).
In concreto i convenuti disattendono ampiamente questi principi. Come meglio esposto qui di seguito, pur richiamandosi alla violazione del diritto federale essi criticano infatti esclusivamente - e inammissibilmente - l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti.
9. Nella sentenza impugnata è stato stabilito che il contratto d'affitto sottoscritto con M._ legittimava i convenuti ad occupare solamente 2'660 m2 del fondo eee, la rimanenza essendo concessa in affitto all'attrice. D'altro canto è stato stabilito che fino al 2002 l'attrice - e prima di lei la famiglia D._ - ha occupato le part. aaa, bbb e ccc senza essere al beneficio di un contratto con il Patriziato, che le aveva date in affitto ai convenuti.
A mente dei convenuti ciò non basta per ammettere l'esistenza del contratto di subaffitto asserito dall'attrice. Tutelando la decisione di primo grado in questo senso e domandando a loro di provare l'inesistenza di tale contratto, i giudici della massima istanza ticinese avrebbero operato un apprezzamento giuridico erroneo dei fatti (art. 43 cpv. 1 OG) e rovesciato l'onere probatorio, violando l'<ref-law>.
9.1 L'argomentazione ricorsuale può essere così riassunta.
I convenuti spiegano di non aver mai consapevolmente accettato che l'attrice (o il suo predecessore) lavorasse le part. aaa, bbb e ccc. Questa situazione si sarebbe verificata unicamente a causa della confusione in cui essi versavano - in buona fede, vista la scarsa chiarezza della documentazione concernente le modifiche intervenute nella designazione dei fondi nell'ambito della procedura di raggruppamento terreni - in merito all'estensione delle superfici a loro affittate dal Patriziato. Prova ne sia il fatto che, una volta avuta conoscenza, nel 2002, dell'esatta estensione dei fondi oggetto del contratto d'affitto, essi hanno immediatamente preteso la restituzione dei terreni abusivamente occupati dall'attrice.
In altrettanta buona fede - aggiungono i convenuti - essi hanno occupato il fondo eee con la convinzione di esserne i legittimi fittavoli. Convinzione, questa, condivisa anche dai predecessori dell'attrice, come confermato da F.D._, vedova di E.D._, la quale ha dichiarato che la superficie oggetto del litigio non era mai stata lavorata dal marito.
Tenuto conto di quanto appena esposto non sarebbe possibile, secondo i convenuti, ammettere la stipulazione di un contratto di subaffitto avente per oggetto lo scambio dei fondi.
9.2 Gli argomenti dei convenuti potrebbero apparire pertinenti se trovassero conforto nella sentenza impugnata. Ma tale non è il caso.
In particolare, l'affermazione dei convenuti secondo la quale essi avrebbero reagito non appena avuto conoscenza della precisa estensione del loro contratto d'affitto si scontra con gli accertamenti - vincolanti - contenuti nella pronunzia criticata. Vi si legge, infatti, che "le parti erano a conoscenza di tale situazione [vale a dire del reciproco uso di fondi affittati alla controparte], la questione essendo stata nuovamente così definita in occasione di un sopralluogo nel mese di aprile del 2000."
Ciò significa che perlomeno tra l'aprile 2000 e l'aprile 2002 i convenuti hanno consapevolmente tollerato l'occupazione delle part. aaa, bbb e ccc da parte dell'attrice.
Dinanzi al Tribunale federale essi cercano di ridurre l'importanza di questo accertamento citando stralci delle dichiarazioni rese da testimoni presenti al sopralluogo da cui risulterebbe che in tale occasione le parti non avevano concluso alcun accordo in merito allo scambio di fondi. Ma poco importa. A prescindere dal fatto che, così facendo, i convenuti criticano inammissibilmente l'apprezzamento probatorio (cfr. consid. 8), è bene rilevare che la Corte ticinese non ha basato il suo giudizio tanto su queste deposizioni quanto "sull'agire concludente delle parti", così come emerso in sede d'istruttoria.
9.3 Dopo aver constatato che le parti sapevano della reciproca occupazione dei fondi da loro affittati la Corte cantonale ha infatti osservato come, confrontati con la tesi attorea del subaffitto, i convenuti non abbiano spiegato per quale motivo, vista la primordiale importanza che i terreni rivestono per un'azienda agricola, essi avrebbero rinunciato a lavorare una parte del terreno la cui superficie corrisponde a circa 8% della superficie totale della masseria presa in affitto dal patriziato, senza contropartita e continuando a pagarne essi stessi il canone.
Il tentativo dei convenuti di far passare questa considerazione per una violazione dell'<ref-law>, che regola la ripartizione dell'onere probatorio, è destinato all'insuccesso.
Questa norma stabilisce che, ove la legge non disponga altrimenti, chi vuol dedurre il suo diritto da una circostanza di fatto da lui asserita deve fornirne la prova. Ciò significa che la parte attrice deve dimostare il buon fondamento della pretesa che fa valere, mentre l'onere di addurre e provare le circostanze idonee ad invalidarne la fondatezza incombe alla controparte (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 323). L'autorità cantonale infrange questa regola generale in materia di prove, ad esempio, quando considera giusta l'allegazione della parte attrice nonostante le contestazioni della controparte e l'assenza di ogni prova (<ref-ruling> consid. 5.4 pag. 601 seg.).
Nella fattispecie in rassegna i giudici ticinesi non hanno disatteso l'<ref-law>. Essi hanno rilevato come, a sostegno della propria tesi, l'attrice abbia provato, in primo luogo, che beneficia di un contratto di affitto per la part. eee, occupata in larga misura dai convenuti da oltre un ventennio, e che durante questo medesimo periodo le particelle affittate ai convenuti sono state occupate dai suoi predecessori, prima, e da lei, in seguito. L'attrice è pure stata in grado di fornire una spiegazione logica dell'accaduto. Lo scambio permetteva infatti un'attività agricola più razionale, visto che le part. aaa, bbb e ccc sono ubicate ai margini della masseria dell'attrice, ma assai discoste da quella dei convenuti, mentre la parte del fondo eee lavorata da quest'ultimi, è situata lontano dalla masseria dell'attrice ma confina con la loro. Infine, l'attrice è riuscita a dimostrare che, perlomeno dal 2000, i convenuti erano perfettamente a conoscenza della situazione. A fronte di questi accertamenti, favorevoli alla tesi del reciproco subaffitto asserita dall'attrice, i giudici ticinesi hanno evidenziato il silenzio dei convenuti circa i motivi che potrebbero metterne in dubbio la fondatezza.
Da quanto appena esposto discende che, contrariamente a quanto dichiarato dai convenuti, la decisione dei giudici ticinesi non trae origine dall'applicazione dell'<ref-law> bensì dall'apprezzamento delle prove, insindacabile nel quadro del presente rimedio (cfr. quanto esposto al consid. 8). Il richiamo dei convenuti all'<ref-law> è dunque inconferente. L'<ref-law> non trova infatti applicazione quando, come nel caso in esame, l'apprezzamento delle prove convince il giudice dell'esposizione dei fatti e che un fatto è accertato, poiché la questione dell'onere della prova diviene allora senza oggetto (<ref-ruling> consid. 5.4 pag. 601 seg.).
Da quanto appena esposto discende che, contrariamente a quanto dichiarato dai convenuti, la decisione dei giudici ticinesi non trae origine dall'applicazione dell'<ref-law> bensì dall'apprezzamento delle prove, insindacabile nel quadro del presente rimedio (cfr. quanto esposto al consid. 8). Il richiamo dei convenuti all'<ref-law> è dunque inconferente. L'<ref-law> non trova infatti applicazione quando, come nel caso in esame, l'apprezzamento delle prove convince il giudice dell'esposizione dei fatti e che un fatto è accertato, poiché la questione dell'onere della prova diviene allora senza oggetto (<ref-ruling> consid. 5.4 pag. 601 seg.).
10. Per il resto, i convenuti non adducono censure suscettibili di rimettere in discussione l'applicazione del diritto operata in sede cantonale.
Le censure generiche concernenti la violazione dell'<ref-law> (mora dell'affittuario), fondata sulla tesi secondo la quale l'attrice non sarebbe titolare di un contratto di subaffitto, e dell'<ref-law> (principi di procedura), perché i giudici non avrebbero approfondito a sufficienza i fatti - salvo poi rimproverar loro, sempre inammissibilmente, di non aver fatto prova della necessaria semplicità e rapidità previste dalla procedura cantonale in materia di sfratto - si esauriscono infatti in quanto descritto nei considerandi precedenti, ovvero in un'inammissibile critica all'accertamento dei fatti e all'apprezzamento delle prove.
Le censure generiche concernenti la violazione dell'<ref-law> (mora dell'affittuario), fondata sulla tesi secondo la quale l'attrice non sarebbe titolare di un contratto di subaffitto, e dell'<ref-law> (principi di procedura), perché i giudici non avrebbero approfondito a sufficienza i fatti - salvo poi rimproverar loro, sempre inammissibilmente, di non aver fatto prova della necessaria semplicità e rapidità previste dalla procedura cantonale in materia di sfratto - si esauriscono infatti in quanto descritto nei considerandi precedenti, ovvero in un'inammissibile critica all'accertamento dei fatti e all'apprezzamento delle prove.
11. In conclusione, anche prescindendo dalla questione di sapere se il valore di causa richiesto dall'art. 46 OG sia raggiunto o meno, il ricorso per riforma risulta in ogni caso inammissibile.
Gli oneri processuali e le spese ripetibili seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 e 159 cpv. 1 e 2 OG). Essi sono pertanto posti a carico dei convenuti, in solido (cfr. art. 156 cpv. 7 e 159 cpv. 5 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. La domanda di prestazione di garanzie per le spese ripetibili presentata dall'attrice è priva d'oggetto.
2. Il ricorso è inammissibile.
3. La tassa di giustizia di fr. 2'000.-- è posta a carico dei convenuti, che rifonderanno all'attrice fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.