Faits:
A. T._ a travaillé dès le 1er janvier 1984 pour la Fondation X._, exploitante de Y._, en dernier lieu en tant que concierge. Celle-ci est affiliée en tant qu'employeur auprès de la Caisse interprofessionnelle AVS de la fédération des entreprises romandes (ci-après: FER CIAM). Le 2 septembre 2004, l'intéressé a été victime d'un accident qui a entraîné une incapacité totale de travail. Par communication d'un extrait de son compte individuel AVS du 24 janvier 2008, valant décision formelle, la FER CIAM a considéré qu'aucune prestation en nature ne devait être prise en considération dans son compte individuel, bien que, sur le marché genevois du logement, le loyer annuel de T._, établi à 13'056 fr., était inférieur d'environ 50 % à la valeur estimée de l'appartement occupé par l'assuré dès 1984 et jusqu'au 30 octobre 2005. LA FER CIAM a confirmé son point de vue en rejetant l'opposition de l'assuré par décision du 17 mars 2008.
B. Saisi d'un recours contre cette dernière décision, dans lequel l'assuré a conclu, principalement, à la correction de l'extrait de son compte individuel AVS par l'inclusion d'une somme annuelle supplémentaire de 16'708 fr. depuis 1984 dans son revenu déterminant AVS, subsidiairement, à la mise en oeuvre d'une expertise sur la valeur locative réelle sur le marché dudit appartement, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève l'a partiellement admis par jugement du 30 juin 2008, annulé les décisions des 24 janvier et 17 mars 2008 et renvoyé la cause à l'intimée pour nouvelle décision au sens des considérants. En particulier, la juridiction cantonale a jugé que la FER CIAM devait rectifier les décisions de cotisations pour les années 2003 à 2005 ainsi que le compte individuel du recourant pour ces années, en tenant compte de prestations en nature à raison de 5'328 fr. pour les années 2003 et 2004 ainsi que de 4'440 fr. pour l'année 2005.
C. T._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Il conclut, sous suite de dépens, principalement à la condamnation de la FER CIAM à inclure dans son revenu déterminant AVS une somme annuelle supplémentaire de 5'328 fr. pour les années 1984 à 2002 comprise, et à corriger l'extrait de son compte individuel AVS en conséquence. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause au Tribunal cantonal, respectivement à l'intimée, pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La FER CIAM et l'Office fédéral des assurances sociales (ci-après: OFAS) concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2. Le recourant invoque une violation du droit fédéral, dans la mesure où l'autorité judiciaire cantonale a limité la rectification de son compte individuel à la période postérieure au 31 décembre 2002. Le litige porte donc sur l'étendue temporelle de cette rectification. Dans le jugement entrepris, le Tribunal cantonal a déjà exposé les dispositions légales et réglementaires ainsi que les principes de jurisprudence applicables en l'espèce, de sorte qu'il suffit d'y renvoyer.
3. 3.1 Le Tribunal cantonal a rappelé, dans le jugement entrepris, qu'aux termes de l'<ref-law>, les cotisations dont le montant n'a pas été fixé par décision notifiée dans un délai de cinq ans à compter de la fin de l'année civile pour laquelle elles sont dues, ne peuvent plus être exigées ni payées (al. 1 première phrase). La créance de cotisations, fixée par décision notifiée conformément à l'al. 1 s'éteint cinq ans après la fin de l'année civile au cours de laquelle la décision est passée en force (al. 2 première phrase). Une décision de cotisations rendue dans les délais exclut une fois pour toutes la péremption; cependant l'assurance ne peut exiger des cotisations plus élevées que celles qui ont été demandées par décision dans les délais légaux. Les premiers juges ont en outre relevé que l'<ref-law> ne donne pas à la caisse le pouvoir de trancher des questions de droit que l'assuré aurait pu soumettre au juge dans un recours, mais uniquement le pouvoir de corriger d'éventuelles erreurs d'écriture. Ils ont conclu que, en l'espèce, le droit de réclamer des cotisations échues s'éteignant cinq ans à compter de la fin de l'année civile pour laquelle la cotisation est due, la caisse ne pouvait réclamer des compléments de cotisations pour tenir compte des prestations en nature accordées par l'employeur que dès l'année 2003. Par conséquent, le droit de réclamer un complément de cotisations était éteint pour les années 1984 à 2002, le compte individuel AVS du recourant ne pouvant être rectifié que du 1er janvier 2003 au 30 octobre 2005.
3.2 Le recourant conteste l'opinion des premiers juges, selon laquelle son compte individuel AVS ne peut être rectifié que du 1er janvier 2003 au 30 octobre 2005. Il estime que le droit de réclamer des cotisations échues ne s'éteint pas par cinq ans, en rappelant que selon l'<ref-law> les revenus de l'activité lucrative obtenus par un salarié et sur lesquels l'employeur a retenu les cotisations légales sont inscrits au compte individuel de l'intéressé même si l'employeur n'a pas versé les cotisations en question à la caisse de compensation. A son avis, cette disposition distingue clairement la question de la tenue du compte individuel de l'assuré (<ref-law>) de celle de la perception des cotisations auprès de l'employeur (<ref-law>). Il précise que, selon la jurisprudence, la rectification s'étend à toute la durée de cotisations de l'assuré et qu'elle porte également sur les années pour lesquelles des cotisations ne peuvent plus être payées selon l'<ref-law>).
3.3 Dans son préavis du 18 novembre 2008, l'OFAS relève qu'en vertu de l'<ref-law>, sont en principe inscrits dans le compte individuel les revenus sur lesquels des cotisations ont été versées à la caisse de compensation. Ce principe connaît une dérogation partielle, puisque, selon les <ref-law> et 138 al. 1 et 3 RAVS, des revenus pour lesquels les charges sociales n'ont pas été versées peuvent être inscrits au compte individuel à condition que l'employeur ait prélevé les cotisations du salaire. La rétention des cotisations sur le salaire de l'employé est ici l'élément déterminant pour permettre la prise en compte de ces montants. Selon l'<ref-law>, ni la caisse de compensation ne peut exiger le versement des cotisations prescrites, ni l'assuré ne peut les payer. Ainsi, l'inscription au compte individuel des revenus pour lesquels les cotisations sont prescrites est impossible. L'<ref-law> autorise la correction de simples erreurs d'écriture du compte individuel au moment de la réalisation de l'événement assuré et cela y compris lorsque le délai de prescription est écoulé. En revanche, il n'est pas possible, dans une procédure de rectification engagée lors de la réalisation du risque assuré, de trancher des questions de droit que l'assuré aurait pu auparavant faire juger par voie de recours.
L'OFAS a ensuite considéré que, dans le cas d'espèce, les cotisations relatives aux revenus antérieurs au 1er janvier 2003 n'ont ni été versées à la caisse de compensation ni été retenues du salaire par l'employeur, si bien que les conditions légales posées par l'<ref-law> n'étaient pas remplies; ces montants ne pouvaient donc pas être inscrits au compte individuel du recourant. En effet, l'inscription au compte individuel de ces revenus reviendrait à considérer, dans les faits, ces cotisations comme étant payées. La prescription selon l'art. 16 al. 1 première phrase LAVS n'aurait donc aucune portée pour l'assuré, contrairement à ce que prévoit la loi. L'OFAS a aussi exposé que l'<ref-law>, contrairement à ce que prétend le recourant, ne permet pas de contourner l'institution de la prescription. Car, d'une part, un article du RAVS ne peut pas déroger à un article de la LAVS et, d'autre part, cette disposition du règlement permet uniquement d'adapter le compte individuel à la réalité en corrigeant des erreurs d'écriture. En l'occurrence, aucune cotisation n'avait été versée ou prélevée. Cela étant, le compte individuel du recourant est, sans l'inscription des montants litigieux, conforme à la réalité et ne doit pas être modifié. De plus, l'événement assuré s'est en l'espèce réalisé. Le recourant aurait pu, avant la réalisation de celui-ci, demander la correction de son compte individuel, ce qu'il n'a pourtant pas fait. D'autre part, l'<ref-law>, qui règle la rectification des inscriptions au compte individuel lors de la réalisation du risque assuré, n'est pas applicable en l'occurrence, compte tenu de ce qui vient d'être exposé.
Enfin, l'OFAS a souligné que, dans le cas d'espèce, l'inscription des revenus demandée par le recourant permettrait en effet de lui octroyer des prestations supérieures à celles auxquelles il aurait droit en fonction des cotisations réellement acquittées. Afin de respecter l'égalité de traitement avec les autres personnes assurées, une telle situation doit être évitée. Car en réalité, le versement de prestations qui n'ont pas été financées par l'assuré reviendrait à déplacer cette charge financière à l'ensemble des assurés. Or, aucune cotisation ne pouvant être prélevée sur les revenus antérieurs à 2003, les dits revenus ne peuvent pas être inscrits dans le compte individuel du recourant, puisque l'<ref-law> n'autorise pas cette inscription, laquelle viderait de son sens l'<ref-law>.
3.4 L'opinion exposée ci-dessus est correcte. La juridiction cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral et a admis à juste titre que le droit de réclamer un complément de cotisations, respectivement celui de procéder à leur inscription, est éteint pour les années 1984 à 2002, de sorte que le compte individuel AVS du recourant ne peut être rectifié que du 1er janvier 2003 au 30 octobre 2005.
4. Le recourant qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 première phrase LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, d'un montant de 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 21 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Scartazzini