Sachverhalt:
A. X._ lenkte am 2. Februar 2006 um ca. 07.40 Uhr auf der Schaffhauserstrasse in Beringen einen Personenwagen. Anlässlich einer polizeilichen Kontrolle wurde festgestellt, dass die Frontscheibe des Wagens komplett von Eis überzogen und lediglich auf Augenhöhe ein Guckloch von etwa 15 mal 25 cm Grösse freigekratzt war. Die Seitenscheiben waren vollständig mit Eis überdeckt, so dass eine ungehinderte Sicht auf Fahrbahn und Verkehrsgeschehen nicht möglich war.
B. Der Einzelrichter des Kantonsgerichts Schaffhausen sprach X._ mit Urteil vom 12. September 2006 des Führens eines nicht betriebssicheren Fahrzeugs schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 300.--. Die von der Staatsanwaltschaft dagegen erhobene Berufung hiess das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Urteil vom 11. Juli 2008 gut. Es sprach X._ der groben Verletzung von Verkehrsregeln schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 100.-- sowie zu einer Busse von Fr. 400.--.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen sei aufzuheben, und er sei vom Vorwurf der groben Verkehrsregelverletzung freizusprechen. Er sei der einfachen Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> schuldig zu sprechen und mit einer Busse von Fr. 300.-- zu bestrafen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen die Qualifizierung des unbestrittenen Tatgeschehens als grobe Verletzung von Verkehrsregeln (<ref-law>) sowie gegen den Vorrang dieser Bestimmung gegenüber <ref-law>.
1.1 Nach <ref-law> wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer durch grobe Verletzung der Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt. Der Tatbestand ist nach der Rechtsprechung objektiv erfüllt, wenn der Täter eine wichtige Verkehrsvorschrift in objektiv schwerer Weise missachtet und die Verkehrssicherheit ernstlich gefährdet. Eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer ist nicht erst bei einer konkreten, sondern bereits bei einer erhöhten abstrakten Gefährdung gegeben. Ob eine konkrete, eine erhöhte abstrakte oder nur eine abstrakte Gefahr geschaffen wird, hängt von der Situation ab, in welcher die Verkehrsregelverletzung begangen wird. Wesentliches Kriterium für die Annahme einer erhöhten abstrakten Gefahr ist die Nähe der Verwirklichung. Die allgemeine Möglichkeit der Verwirklichung einer Gefahr genügt demnach nur zur Erfüllung des Tatbestands von <ref-law>, wenn in Anbetracht der Umstände der Eintritt einer konkreten Gefährdung oder gar einer Verletzung nahe liegt. Subjektiv erfordert der Tatbestand von <ref-law> nach der Rechtsprechung ein rücksichtsloses oder sonst schwerwiegend verkehrswidriges Verhalten, d.h. ein schweres Verschulden, bei fahrlässigem Handeln mindestens grobe Fahrlässigkeit (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136 mit Hinweisen).
1.2 Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer habe mit dem Führen eines Fahrzeuges, bei welchem die Frontscheibe bis auf ein freigekratztes Guckloch und die Seitenscheiben ganz vereist waren, ein nicht betriebssicheres Fahrzeug geführt und damit <ref-law> i.V.m. Art. 57 Abs. 2 der Verkehrsregelnverordnung vom 13. November 1962 (VRV; SR 741.11) verletzt. Umstritten sei, ob diese Verkehrsregelverletzung den Tatbestand von <ref-law> oder von <ref-law> erfülle. Der Beschwerdeführer habe <ref-law> als grundlegende Vorschrift im Sinne von <ref-law> verletzt, sei doch ein betriebssicheres Fahrzeug für die Verkehrssicherheit elementar. Durch die vereiste Frontscheibe sei die Sicht auf die Fahrbahn stark behindert gewesen. Zudem sei es zum Tatzeitpunkt noch dunkel gewesen. Der Beschwerdeführer sei deshalb weder nach vorne noch auf die Seite hin in der Lage gewesen, den Verkehrs- und Strassenverhältnissen die erforderliche Aufmerksamkeit zu schenken. Die abstrakte Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer sei umso schwerer einzustufen, als auf der Schaffhauserstrasse als Haupt- und Durchgangsstrasse der Gemeinde frühmorgendlicher Berufsverkehr herrschte und auch Fussgänger unterwegs waren. Die Strasse stelle in diesem Bereich mit vielen Einfahrtsstrassen und einer Haarnadelkurve erhöhte Anforderungen an die Aufmerksamkeit der Fahrzeugführer. Der Beschwerdeführer habe mit dem Führen eines nicht betriebssicheren Fahrzeuges eine erhöhte abstrakte Gefährdung im Sinne von <ref-law> geschaffen. Er habe aufgrund der vereisten Front- und Seitenscheiben um die mangelnde Sicht auf die Fahrbahn gewusst und damit auch den subjektiven Tatbestand erfüllt. <ref-law> gehe als Sonderbestimmung <ref-law> vor, wenn das Unrecht lediglich darin bestehe, ein nicht den Vorschriften entsprechendes Fahrzeug zu lenken. Habe der Täter aber durch den Gebrauch eines nicht betriebssicheren Fahrzeuges in grobfahrlässiger Weise eine erhöhte abstrakte Gefahr für andere Verkehrsteilnehmer geschaffen, gehe <ref-law> vor (angefochtenes Urteil E. 3b und c S. 5 ff.).
1.3 Der Beschwerdeführer bringt zur Konkurrenz zwischen <ref-law> und <ref-law> vor, falls eine besondere Strafbestimmung für die Verletzung einer bestimmten Verkehrsregel bestehe, gelange diese als lex specialis zur Anwendung. Idealkonkurrenz zwischen <ref-law> und <ref-law> sei nur möglich, wenn durch den Gebrauch eines nicht betriebssicheren Fahrzeugs ein Verstoss gegen andere Verkehrsregeln begangen werde. Dies gebe sich auch aus der Systematik des SVG. <ref-law> befinde sich unter dem 3. Titel "Verkehrsregeln", <ref-law> sei unter dem 5. Titel "Verletzung der Verkehrsregeln" aufgeführt. Hätte der Gesetzgeber den (ausschliesslichen) Verstoss gegen <ref-law> nach <ref-law> sanktionieren wollen, hätte er nicht speziell die Sonderbestimmung von <ref-law> vorsehen müssen.
1.4 Wer ein nicht betriebssicheres Fahrzeug (<ref-law>) führt, wird nach <ref-law> bestraft, welche Bestimmung als lex specialis <ref-law> vorgeht (vgl. <ref-ruling> E. I. S. 144). Innerhalb von <ref-law> hat Ziffer 2 als qualifizierte Bestimmung gegenüber Ziffer 1 Vorrang. <ref-law> geht deshalb auch <ref-law> vor, wenn der Täter durch den Gebrauch eines nicht den Vorschriften entsprechenden Fahrzeugs in grobfahrlässiger Weise eine erhöht abstrakte Gefahr für andere Verkehrsteilnehmer geschaffen hat (vgl. Hans Maurer, in: Kommentar Schweizerisches Strafgesetzbuch, 17. Aufl. 2006, <ref-law> S. 465). Andernfalls würde es sich trotz Vorliegens einer erhöht abstrakten Gefährdung um eine Übertretung anstelle eines Vergehens handeln. Dies wäre unter dem Gesichtspunkt der "Sperrwirkung des milderen Gesetzes" problematisch (vgl. <ref-ruling> E. 8.3 S. 95 f.). Dennoch bejaht die Literatur mehrheitlich den Vorrang von <ref-law>, ohne jedoch dabei zwischen Art. 90 Ziff. 1 und 2 SVG zu unterscheiden (Hans Giger, Kommentar Strassenverkehrsgesetz, 7. Aufl. 2008, N. 14 zu Art. 93; Yvan Jeanneret, Les dispositions pénales de la Loi sur la circulation routière, 2007, N. 103 zu Art. 93; Bussy/Rusconi, Code Suisse de la circulation routière, 3. Aufl. 1996, Art. 93). Auch <ref-ruling> (E. I.) bezieht sich nur auf die Konkurrenz zu <ref-law>.
Idealkonkurrenz zwischen <ref-law> einerseits und <ref-law> andererseits ist nur möglich, wenn durch den Gebrauch eines nicht betriebssicheren Fahrzeugs ein Verstoss gegen andere Verkehrsregeln begangen wird (Hans Giger, Kommentar Strassenverkehrsgesetz, 7. Aufl. 2008, N. 15 zu Art. 93, mit Hinweis). Die Verkehrsregeln sind im 3. Titel des SVG normiert.
Vorliegend hat der Beschwerdeführer lediglich gegen <ref-law> verstossen, weshalb es sich um einen Anwendungsfall der unechten Konkurrenz handelt. Für die Frage, welche Bestimmung vorgeht, ist somit entscheidend, ob die Vorinstanz zu Recht <ref-law> bejaht hat.
1.5 Der Beschwerdeführer macht zur Qualifizierung als grobe Verkehrsregelverletzung geltend, das Bundesgericht habe in zwei jüngeren Urteilen, welche ebenfalls "Gucklochfahrer" betrafen, auf eine mittelschwere Verkehrsregelverletzung bzw. <ref-law> erkannt und je einen einmonatigen Führerausweisentzug bestätigt. Es sei nicht einzusehen, wieso er bei praktisch identischem Sachverhalt eine grobe Verkehrsregelverletzung begangen haben soll. Auch in subjektiver Hinsicht sei sein Verschulden keinesfalls schwerer als das der beiden anderen Lenker, welche ebenfalls um die mangelnde Sicht auf die Fahrbahn gewusst hätten.
Der Vergleich des Beschwerdeführers mit früheren Urteilen des Bundesgerichts (6A.16/2006 vom 6. April 2006 sowie 6A.58/2006 vom 9. Oktober 2006) ist unbehelflich, da jene den durch die Verwaltungsbehörde ausgesprochenen Warnungsentzug betrafen. An diese Erkenntnisse ist die Strafbehörde grundsätzlich nicht gebunden (vgl. <ref-ruling> E. 2c/bb S. 162 mit Hinweis). Im Übrigen hält das vom Beschwerdeführer genannte Urteil ausdrücklich fest, der Fahrzeuglenker habe durch sein Verhalten - das Führen eines Fahrzeuges mit vereisten Front- und Seitenscheiben - eine abstrakt erhöhte Gefahr für die anderen Verkehrsteilnehmer geschaffen (6A.16/2006 E. 2.2.1). Die Vorinstanz hat ausführlich begründet, wieso eine solche Gefahr auch im vorliegenden Fall gegeben ist. Sie hat zu Recht <ref-law> angewandt, welcher <ref-law> vorgeht.
2. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer, das Dispositiv der Vorinstanz sei fehlerhaft, weil unvollständig. Im Schuldspruch zu <ref-law> werde nicht aufgeführt, welche Verkehrsregel er missachtet haben soll. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern die Vorinstanz dadurch Bundesrecht verletzt (<ref-law>). Auf die mangelhaft begründete Rüge ist nicht einzutreten.
3. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz