Faits:
A. A.X._, ressortissante macédonienne, née en 1977, s'est mariée dans son pays d'origine, le 22 mars 2006, avec un ressortissant italien, B.X._, titulaire d'un permis d'établissement en Suisse et domicilié à Fribourg.
Par décision du 22 août 2007, le Service de la population et des migrants du canton de Fribourg (ci-après: le Service cantonal de la population) a rejeté la demande d'autorisation d'entrée et de séjour en Suisse présentée par A.X._, en retenant que celle-ci avait conclu un mariage de complaisance. Cette décision est entrée en force.
Le 20 juin 2008, A.X._ a présenté une nouvelle requête d'autorisation de séjour fondée sur l'art. 3 Annexe I de l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses États membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ci-après: l'Accord ou ALCP; RS 0.142.112.681).
Par prononcé du 2 septembre 2008, le Service cantonal de la population a refusé d'entrer en matière sur cette requête, traitée comme une demande de reconsidération de sa décision du 22 août 2007, et a mis les frais, par 250 fr., à la charge de B.X._.
B. A.X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (Ière Cour administrative) qui, par arrêt du 2 décembre 2008, a rejeté le recours "dans la mesure du recevable". Il a retenu en bref que l'intéressée ne présentait aucun élément nouveau permettant de procéder à une reconsidération ou à une révision au sens des art. 104 al. 2 et 105 al. 1 du code fribourgeois de procédure et de juridiction administrative (CPJA; RS/FR 150.1). Il a en outre déclaré irrecevable la conclusion tendant à l'annulation de l'émolument de 250 fr., la recourante ne disposant pas du pouvoir de représenter les intérêts de B.X._.
C. A.X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal cantonal du 2 décembre 2008, l'affaire étant renvoyée au Service cantonal de la population pour nouvelle décision.
Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt, en soulignant que la recourante persiste à demander le regroupement familial, alors qu'il a déjà été jugé que son mariage est une union de complaisance. Le Service cantonal de la population se réfère également à l'arrêt attaqué.
L'Office fédéral des migrations propose de rejeter le recours dans la mesure où il est recevable.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence et la recevabilité des recours qui lui sont soumis (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 p. 24; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 3).
1.1 Aux termes de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions relatives à une autorisation de droit des étrangers à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit.
1.2 En l'espèce, la recourante, de nationalité macédonienne, peut en principe se prévaloir d'un droit à pouvoir vivre en Suisse avec son époux italien, titulaire d'un permis d'établissement. Indépendamment de l'applicabilité de l'<ref-law>, l'<ref-law> impose en effet que le droit au regroupement familial soit au moins reconnu aux mêmes conditions que celles prévues pour les ressortissants suisses mariés avec des étrangers (cf. <ref-ruling> consid. 3.6 p. 21 ss). L'existence formelle d'un mariage suffit dès lors pour fonder la recevabilité du recours en matière de droit public sous l'angle de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF (cf. arrêt 2C_587/2008 du 4 décembre 2008, consid. 2.1 et arrêt 2C_64/2007, consid. 2,1, in Pra 96/2007 no 134 p. 920 ss).
1.3 Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire supérieure (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), le présent recours a été déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (<ref-law>). En tant que destinataire de l'arrêt attaqué qui confirme le refus d'entrer en matière sur sa demande, la recourante a en outre qualité pour agir (<ref-law>).
La conclusion de la recourante, qui tend exclusivement au renvoi de la cause au Service de la population sans autre conclusion sur le fond, est admissible (cf. <ref-ruling> consid. 1.4), dès lors que cette autorité a refusé d'entrer en matière sur la demande d'autorisation de séjour formée le 20 juin 2008 et que l'admission éventuelle du recours devrait en principe conduire à lui renvoyer la cause pour examen au fond (cf. <ref-law>; arrêt 2C_370/2008 du 9 septembre 2008, consid. 1.3).
2. 2.1 Il est en l'espèce constant que la décision du Service cantonal de la population du 22 août 2007, qui rejetait la demande d'autorisation de séjour présentée par la recourante, au motif que celle-ci avait conclu un mariage de complaisance, est entrée en force. L'intéressée prétend toutefois qu'elle serait habilitée à présenter une nouvelle demande de regroupement familial fondée non pas, comme précédemment, sur la loi fédérale sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE) ou la nouvelle loi fédérale sur les étrangers (LEtr; RS 142.20), entrée en vigueur le 1er janvier 2008, mais sur l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral a toutefois déjà jugé que cette disposition internationale n'accorde pas de droits plus étendus que les dispositions de droit interne (art. 7 LSEE, actuellement art. 43 et 51 al. 2 let. a LEtr), lorsqu'il s'agit, comme en l'espèce, d'examiner la question d'un mariage de complaisance (<ref-ruling> consid. 9 p. 129 ss et arrêt précité 2C_587/2008 du 4 décembre 2008, consid. 2.1). Il s'ensuit que, contrairement à ce que soutient la recourante, les autorités cantonales pouvaient considérer la nouvelle demande de regroupement familial de l'intéressée comme une demande de reconsidération ou de révision de la demande pour regroupement familial, traitée sous l'angle de l'art. 7 LSEE par le Service cantonal de la population (voir décision du 22 août 2007). La recourante ne peut donc être suivie lorsqu'elle s'en prend au refus d'entrer en matière sur sa nouvelle requête en invoquant l'<ref-law>.
2.2 Sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c et d LTF) non réalisées en l'espèce, le Tribunal fédéral ne contrôle pas l'application du droit cantonal en tant que tel, mais examine uniquement si celle-ci viole le droit fédéral au sens de l'<ref-law>, qui comprend les droits constitutionnels des citoyens. Le Tribunal fédéral n'examine pas le droit d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de façon suffisante par le recourant (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397).
2.3 Basant toute sa motivation sur l'application de l'<ref-law>, la recourante perd de vue que le Tribunal cantonal a confirmé le refus d'entrer en matière sur la demande d'autorisation de séjour en application des dispositions de procédure cantonale. Or, elle n'invoque la violation d'aucun droit constitutionnel et n'explique nullement en quoi la juridiction cantonale aurait appliqué arbitrairement les art. 104 al. 2 et 105 al. 1 CPJA, qu'elle ne cite du reste même pas.
Au demeurant, la juridiction cantonale pouvait, comme on l'a vu (supra consid. 2.1), traiter la seconde requête de regroupement familial comme une demande de reconsidération, dès lors qu'elle portait sur le même objet. Par conséquent, toute l'argumentation de la recourante, qui part de la prémisse que sa seconde requête est une demande indépendante de la première, tombe à faux et ne peut qu'être rejetée dans la mesure de sa recevabilité.
2.4 Il en va de même du grief de violation du droit d'être entendu que la recourante soulève par rapport à l'application de l'<ref-law>. L'audition de son avocat italien, chargé d'obtenir pour elle un permis de séjour durable en Italie, n'était pas de nature à modifier l'appréciation de la juridiction cantonale sur la recevabilité de la nouvelle requête de regroupement familial. En effet, le rejet de la première requête, entré en force, se fondait sur un mariage de complaisance. Or, en cette matière, l'<ref-law> ne confère pas à la recourante des droits plus étendus (<ref-ruling> consid. 9.3 à 9.5 p. 132 ss; cf. supra consid. 2.1). Cette audition pouvait donc être considérée comme une preuve non pertinente, à laquelle il ne se justifiait pas de donner suite (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277 et les arrêts cités).
2.5 Dans une argumentation subsidiaire, la recourante soutient que, même s'il fallait qualifier sa seconde requête de demande de reconsidération, le Tribunal cantonal aurait dû tenir compte du fait que les relations entre les époux avaient évolué et qu'il ne s'agissait plus d'un mariage fictif, ce qu'elle avait d'ailleurs toujours nié. La recourante ne présente cependant aucun élément tangible en ce sens, dont les autorités inférieures auraient arbitrairement omis de prendre en considération. Dès lors, sa motivation ne permet manifestement pas de retenir qu'il y aurait eu un changement des circonstances de nature à entrer en matière sur la demande de reconsidération et que l'on pourrait reprocher aux juges de n'en avoir arbitrairement pas tenu compte au regard de l'art. 104 al. 2 CPJA.
3. La recourante reproche enfin au Tribunal cantonal d'avoir déclaré son recours irrecevable sur sa conclusion en annulation des frais mis à la charge de B.X._ par le Service cantonal de la population et prétend que cette erreur formelle aurait dû être constatée d'office. Là non plus, elle ne cite aucune disposition de droit cantonal qui aurait été appliquée arbitrairement par la juridiction inférieure, de sorte que son grief ne répond pas aux exigences de motivation de l'<ref-law>.
4. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais à la charge de la recourante (<ref-law>).

Le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service de la population et des migrants et à la Ie Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 29 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat