Sachverhalt:
A. Am 18. Oktober 2006 reichte X._ Strafanzeige gegen A._ u.a. wegen schwerer Körperverletzung, Betrug und Urkundenfälschung ein. Gleichzeitig stellte sie vorsorglich Strafantrag, falls das Körperverletzungsdelikt als einfache Körperverletzung qualifiziert werden sollte.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich leitete ein Untersuchungsverfahren ein, erliess am 14. August 2008 jedoch eine Einstellungsverfügung, weil sich keinerlei strafrechtlich relevantes Verhalten nachweisen liesse.
Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 24. Oktober 2008 Rekurs beim Obergericht des Kantons Zürich, welches diesen am 5. Januar 2009 abwies.
B. Das von X._ hiergegen angerufene Bundesgericht hob am 13. August 2009 im Verfahren 6B_115/2009 den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. Januar 2009 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück.
Das Obergericht des Kantons Zürich wies mit Beschluss vom 18. September 2009 die Sache zur Durchführung weiterer Untersuchungen an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich zurück. Diese stellte am 11. Februar 2010 die Strafuntersuchung gegen A._ erneut ein.
X._ erhob gegen diesen Einstellungsbeschluss Rekurs an das Obergericht des Kantons Zürich. Dieses wies den Rekurs am 26. Oktober 2010 ab.
X._ erhob hiergegen Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht trat am 7. April 2011 im Verfahren 6B_1003/2010 nicht auf die Beschwerde ein, weil sich der angefochtene Entscheid nicht auf ihre Zivilansprüche auswirke und ihr daher ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids abgehe.
C. X._ verlangt mit Revisionsgesuch vom 14. April 2011 (sowie einem Nachtrag zum Revisionsgesuch vom 24. Juni 2011) die Revision des bundesgerichtlichen Urteils vom 7. April 2011. Sie beantragt, das Urteil sei aufzuheben, und auf ihre Beschwerde sei einzutreten.

Erwägungen:
1. Die Gesuchstellerin rügt, das Bundesgericht sei aktenwidrig davon ausgegangen, die Verfahrensbeteiligten hätten sich zivilrechtlich auseinandergesetzt, und die Anfechtung der Vergleichsvereinbarung sei seit Juli 2006 nicht mehr möglich. Richtig sei, dass sie spätestens mit Schreiben vom 26. April 2006 (act. 36/3/3 der Vorakten) den im Jahre 2003 abgeschlossenen Vergleich im Sinne von <ref-law> angefochten habe. Indem das Bundesgericht offensichtlich übersehen habe, dass die Unverbindlichkeitserklärungen rechtsgültig abgegeben wurden, liege ein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> vor (Gesuch, S. 3 f.).
Zudem verlange <ref-law> nicht, wovon das Bundesgericht zu Unrecht ausgehe, dass innert Jahresfrist ab Entdeckung des Irrtums eine gerichtliche Klage anzuheben sei. Es genüge, wenn die Unverbindlichkeit des Vertrages durch eine (formlose) Erklärung erfolge. Es dränge sich daher eventualiter auch eine Wiedererwägung des Entscheides auf (Gesuch, S. 4).
2. 2.1 Gemäss <ref-law> kann die Revision eines Entscheids wegen Verletzung einzelner besonderer Verfahrensvorschriften verlangt werden, so etwa wenn das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat (lit. d).
2.2 Das Vorbringen der Gesuchstellerin geht fehl. In E. 2.2 des angefochtenen Urteils führt das Bundesgericht aus, dass die Gesuchstellerin bzw. ihre Rechtsvertreter ab Juli 2005 bis Juli 2006 verschiedentlich schriftlich und telefonisch eine neue Entschädigungsvereinbarung wegen angeblicher Willensmängel und neuer Erkenntnisse bezüglich Schadenhöhe verlangt hätten (mit Verweis auf act. 36/3/1-29 der Vorakten). Die von ihr erwähnten Dokumente flossen somit sehr wohl in die bundesgerichtliche Entscheidfindung ein. Es trifft demnach nicht zu, dass das Bundesgericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat. Ein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> liegt daher nicht vor.
2.3 Die zwischen den Parteien strittig gebliebene Rechtsfrage, ob eine allfällige Anfechtung des am 6. Oktober 2003 abgeschlossenen Vergleichsvertrags zulässig und gültig ist, bildet nicht Gegenstand eines Revisionsverfahrens. Selbst wenn das Bundesgericht unter Berücksichtigung der vorhandenen Akten zu Unrecht angenommen hätte, die Parteien seien zivilrechtlich auseinandergesetzt, bildete dies keinen Revisionsgrund.
Es erscheint allerdings bereits fraglich, ob der geltend gemachte Irrtum tatsächlich erst im Jahre 2005 eingetreten ist und die Anfechtungsfrist von einem Jahr ab Entdeckung dieses Irrtums oder der Täuschung im Frühjahr 2006 nicht schon abgelaufen war. Die Gesuchstellerin räumt denn auch ein, seit der Operation im Jahre 2003 grosse Schmerzen im Gesicht zu haben sowie starke Medikamente einnehmen und die Haut permanent salben zu müssen. Schliesslich betont die Gesuchstellerin, es gehe ihr nicht um pekuniäre Interessen (Nachtrag zum Revisionsgesuch, S. 1 f.). Wie das Bundesgericht im angefochtenen Entscheid gefolgert hat, fehlt der Gesuchstellerin ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des vorinstanzlichen Einstellungsentscheides. Dies gilt weiterhin. Auf die Beschwerde in Strafsachen war nicht einzutreten.
3. Das Revisionsgesuch ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten der Gesuchstellerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Gesuchstellerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juli 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Wiprächtiger Keller