Sachverhalt:
A. R._, geboren 1964, bezog seit dem 1. März 2002 eine halbe Invalidenrente zufolge eines Rückenleidens (Verfügungen vom 1. Oktober und vom 13. November 2003). Am 13. Mai 2011 hob die IV-Stelle des Kantons St. Gallen die Rentenzusprache wiedererwägungsweise auf.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 12. Juli 2012 gut und hob die Verfügung vom 13. Mai 2011 auf.
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ihrer Beschwerde.
R._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen haben sich nicht vernehmen lassen.
D. Mit Verfügung vom 31. Oktober 2012 hat die Instruktionsrichterin dem Antrag der IV-Stelle betreffend aufschiebende Wirkung stattgegeben, nachdem sich der Versicherte nicht dazu geäussert hat.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 67 f., 134 V 250 E. 1.2 S. 252, je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung der Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 315, 65 E. 1.3 S. 67 f., je mit Hinweisen).
2. Nach <ref-law> kann der Versicherungsträger auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist. Diese Bestimmung wurde in Anlehnung an die bis zum Inkrafttreten des ATSG von der Rechtsprechung entwickelten Kriterien (<ref-ruling> E. 2c S. 469 mit Hinweisen) erlassen. Die Wiedererwägung dient der Korrektur einer anfänglich unrichtigen Rechtsanwendung, unter Einschluss unrichtiger Feststellung im Sinne der Würdigung des Sachverhalts (<ref-ruling> E. 2c S. 17).
Eine voraussetzungslose Neubeurteilung der invaliditätsmässigen Voraussetzungen genügt nach ständiger Rechtsprechung nicht, um eine Invalidenrente auf dem Wege der Wiedererwägung herabzusetzen oder gar aufzuheben. Eine Reduktion der Rente unter dem Titel "Wiedererwägung" kann nur bei Unvertretbarkeit der ursprünglichen Rentenzusprache erfolgen, drohte die Wiedererwägung in einer Vielzahl langjähriger Rentenbezugsverhältnisse ansonsten doch zum Instrument einer solchen voraussetzungslosen Neuprüfung zu werden, was sich mit dem Wesen der Rechtsbeständigkeit formell zugesprochener Dauerleistungen nicht vertrüge. Zurückhaltung bei der Annahme zweifelloser Unrichtigkeit ist stets dann geboten, wenn der Wiedererwägungsgrund eine materielle Anspruchsvoraussetzung (wie beispielsweise die Invalidität) betrifft, deren Beurteilung massgeblich auf Schätzungen oder Beweiswürdigungen und damit auf Elementen beruht, die notwendigerweise Ermessenszüge aufweisen. Eine vor dem Hintergrund der seinerzeitigen Rechtspraxis vertretbare Beurteilung der invaliditätsmässigen Anspruchsvoraussetzungen kann nicht zweifellos unrichtig sein (SZS 2012 S. 68, 8C_962/2010 E. 3.1; SVR 2012 IV Nr. 18 S. 81, 9C_418/2010 E. 3.2 in fine).
3. Die IV-Stelle macht geltend, dass die den Rentenverfügungen vom 1. Oktober und vom 13. November 2003 zugrunde liegenden Abklärungen ungenügend gewesen seien.
Das kantonale Gericht hat sich zu den zum Zeitpunkt der Rentenzusprache vorliegenden Unterlagen eingehend geäussert. Es handelte sich dabei im Wesentlichen um den Austrittsbericht der Klinik V._ vom 28. November 2001 über den stationären Aufenthalt vom 8. Oktober bis zum 3. November 2001 sowie deren Stellungnahme an die IV-Stelle vom 7. Februar 2002 und den Schlussbericht der Beruflichen Abklärungsstelle BEFAS, vom 18. Februar 2003. Die Ärzte der Klinik V._ hatten am 28. November 2001 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als Bodenleger attestiert, in einer leichten, wechselbelastenden Tätigkeit indessen eine 100%ige Arbeitsfähigkeit als zumutbar erachtet, mit der Empfehlung einer Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit. Am 7. Februar 2002 ergänzten sie, dass der Versicherte aufgrund der Beobachtungen während des stationären Aufenthalts zumindest eine 50%ige Arbeitsfähigkeit erreichen könne. Die Abklärung durch die BEFAS war nach einer Woche vorzeitig abgebrochen worden. Unter ärztlicher Mitwirkung gelangten die Berufsberater zum Schluss, dass dem Versicherten eine 70%ige Arbeitsfähigkeit zuzumuten sei. Der zuständige Berufsberater der IV-Stelle erachtete weitere berufliche Massnahmen gestützt auf den BEFAS-Bericht wegen mangelnder Leistungsbereitschaft und Selbstlimitierung des Versicherten als nicht erfolgsversprechend, ermittelte das Validen- sowie das Invalideneinkommen basierend auf einer 70%igen Arbeitsfähigkeit (aus deren Vergleich ein Invaliditätsgrad von 54% resultiert) und liess offen, ob diese Einschränkung medizinisch hinreichend ausgewiesen sei. Die IV-Stelle verzichtete in der Folge jedoch auf eine Validierung und verfügte entsprechend dem Einkommensvergleich ihres Berufsberaters.
Nach Auffassung der Vorinstanz war die Annahme einer 70%igen Arbeitsfähigkeit mit Blick auf die dargestellten Einschätzungen vertretbar und die Rentenzusprechung daher nicht offensichtlich unrichtig. Unter Berücksichtigung der gebotenen Zurückhaltung hinsichtlich der massgeblichen damaligen, mit einem gewissen Ermessen verbundenen Einschätzung der Arbeitsfähigkeit wie auch der Kognition des Bundesgerichts ist diese Beurteilung nicht zu beanstanden. Dass sich die IV-Stelle heute auf Diskrepanzen zwischen den erwähnten Berichten beziehungsweise eine fragliche Zuverlässigkeit der beruflichen Abklärung zufolge mangelhafter Leistungsbereitschaft des Versicherten beruft und ihr weitere Abklärungen nunmehr als unabdingbar erscheinen, vermochte ein Rückkommen auf ihre Rentenverfügungen vom 1. Oktober und vom 13. November 2003 nicht zu rechtfertigen. Es kann auf die eingehenden und zutreffenden Erwägungen des kantonalen Gerichts verwiesen werden.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerde führenden IV-Stelle auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Februar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo