Sachverhalt:
A. Die Kantonale Staatsanwaltschaft Aargau führt ein Strafverfahren gegen A._. Mit Verfügung vom 26. September 2011 ordnete sie die Beschlagnahme eines Personenwagens des Typs Audi RS6 an, weil der Verdacht bestand, dieses Fahrzeug stamme aus deliktischen Handlungen des Beschuldigten. Dieser Verdacht liess sich nicht erhärten, weshalb die Kantonale Staatsanwaltschaft mit Verfügung vom 20. Januar 2012 die Beschlagnahme aufhob (Ziffer 1), das Fahrzeug der X._ SA zusprach (Ziffer 2) und der Y._ AG in Liquidation, vertreten durch das Konkursamt Aargau, eine Frist von 20 Tagen zur Geltendmachung ihrer Ansprüche im Zivilverfahren ansetzte (Ziffer 3); die Aufhebung der Beschlagnahme im Sinne von <ref-law> (SR 312.0) gelte erst nach Eintritt der Rechtskraft bzw. nach Ablauf der Frist zur Anhebung einer Zivilklage (Ziffer 4).
Gegen diese Verfügung erhob die Y._ AG in Liquidation Beschwerde ans Obergericht des Kantons Aargau. Mit Entscheid vom 4. April 2012 hiess das Obergericht die Beschwerde gut und hob die Ziffern 2 und 3 der angefochtenen Verfügung der Kantonalen Staatsanwaltschaft vom 20. Januar 2012 auf, sprach das Fahrzeug der Y._ AG in Liquidation zu und setzte der X._ SA eine Frist von 20 Tagen zur Geltendmachung ihrer Ansprüche im Zivilverfahren an.
B. Gegen diesen Entscheid führt die X._ SA mit Eingabe vom 10. Mai 2012 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht mit den Anträgen, der Entscheid des Obergerichts vom 4. April 2012 sei aufzuheben, und die Sache sei zur neuen Beurteilung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht und die Kantonale Staatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassungen zur Beschwerde. Die Y._ AG in Liquidation beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hält an ihrem Standpunkt fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem angefochtenen Entscheid hat die Vorinstanz die Aufhebung der Beschlagnahme des Fahrzeugs durch die Kantonale Staatsanwaltschaft bestätigt, dieses jedoch in Abweichung des staatsanwaltschaftlichen Entscheids der Beschwerdegegnerin zugesprochen und der Beschwerdeführerin eine Frist von 20 Tagen zur Anhebung einer Zivilklage angesetzt. Es handelt sich dabei um einen Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 BGG).
Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren gegen den Beschuldigten nicht ab und ist für diesen als Zwischenentscheid zu betrachten, welcher gemäss <ref-law> nur anfechtbar ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirken kann (<ref-ruling> E. 4 S. 140 f.). Indessen führt nicht der Beschuldigte, sondern eine einzig vom Beschlagnahmeverfahren erfasste Dritte Beschwerde. Die Beschwerdeführerin wird gegen den Endentscheid im Strafverfahren kein Rechtsmittel ergreifen können. Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren - vorbehalten bleibt das Zivilverfahren - für sie ab, weshalb insoweit ein Teilentscheid im Sinne von <ref-law> vorliegt. Prozessual werden Teilentscheide vom Bundesgerichtsgesetz gleich behandelt wie Endentscheide (vgl. zum Ganzen Urteil 1B_206/2007 vom 7. Januar 2008 E. 3). Die Beschwerdeführerin hat am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen und hat als auf den Zivilweg Verwiesene ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids. Sie ist deshalb zur Beschwerde befugt (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
1.2 Die Beschwerde ans Bundesgericht kann wegen Rechtsverletzungen im Sinne der Art. 95 und 96 BGG geführt werden. Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann gemäss <ref-law> nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht. Die Rüge der offensichtlich unrichtigen, d.h. willkürlichen Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht gemäss <ref-law> nur insoweit, als sie in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet worden ist. In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine bloss appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.8 S. 494).
2. 2.1 Art. 267 Abs. 1 - 6 StPO regeln gemäss Randtitel den Entscheid über die beschlagnahmten Gegenstände und Vermögenswerte. Ist der Grund für die Beschlagnahme weggefallen, so hebt die Staatsanwaltschaft oder das Gericht die Beschlagnahme auf und händigt die Gegenstände oder Vermögenswerte der berechtigten Person aus (Abs. 1). Ist unbestritten, dass ein Gegenstand oder Vermögenswert einer bestimmten Person durch die Straftat unmittelbar entzogen worden ist, so gibt die Strafbehörde ihn der berechtigten Person vor Abschluss des Verfahrens zurück (Abs. 2). Ist die Beschlagnahme eines Gegenstands oder Vermögenswerts nicht vorher aufgehoben worden, so ist über seine Rückgabe an die berechtigte Person, seine Verwendung zur Kostendeckung oder über seine Einziehung im Endentscheid zu befinden (Abs. 3). Erheben mehrere Personen Anspruch auf Gegenstände oder Vermögenswerte, deren Beschlagnahme aufzuheben ist, so kann das Gericht darüber entscheiden (Abs. 4). Die Strafbehörde kann die Gegenstände oder Vermögenswerte einer Person zusprechen und den übrigen Ansprecherinnen oder Ansprechern Frist zur Anhebung von Zivilklagen setzen (Abs. 5). Strittig sind vorliegend die Auslegung und Anwendung von <ref-law>.
2.2 Art. 267 Abs. 4 und 5 StPO bestimmen die Vorgehensweise, wenn mehrere Personen Anspruch auf einen Gegenstand oder Vermögenswert erheben. <ref-law> räumt dem Gericht die Befugnis ein, darüber zu entscheiden. Eine solch endgültige Zuweisung kommt nur bei klarer Rechtslage in Betracht. Andernfalls hat das Gericht nach <ref-law> vorzugehen, d.h. es hat den Gegenstand oder Vermögenswert einer Person zuzuweisen und den andern Ansprecherinnen und Ansprechern Frist zur Erhebung einer Zivilklage anzusetzen. Erst nach unbenutztem Ablauf der Frist darf es den Gegenstand oder Vermögenswert der im Entscheid genannten Person aushändigen. Anders als das Gericht kann die Staatsanwaltschaft bei mehreren Ansprecherinnen und Ansprechern ausschliesslich nach <ref-law> vorgehen (Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1246 f.; vgl. auch Niklaus Schmid, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009, N. 1133 f.). Die Kantonale Staatsanwaltschaft ist damit formell korrekt vorgegangen.
Bei der Entscheidung über die Zusprache des Gegenstands oder Vermögenswerts hat sich die Staatsanwaltschaft von den Regeln des Zivilrechts leiten zu lassen. Vorab kommt dabei der vormalige Besitzer, welcher gemäss <ref-law> die Eigentumsvermutung geniesst, in Betracht; deuten jedoch klare Hinweise auf dessen fehlende sachliche Berechtigung hin, hat die Zusprache an den besser Legitimierten zu erfolgen (vgl. Felix Bommer/Peter Goldschmid, Basler Kommentar StPO, 2011, Art. 267 N. 19). Fraglich ist, welche der beiden Parteien vorliegend als besser legitimiert zu betrachten ist.
3. Für die Beurteilung dieser Frage ist von folgendem, von der Vorinstanz willkürfrei festgestellten Sachverhalt auszugehen:
3.1 Die Beschwerdegegnerin verkaufte den Audi RS6 mit Kaufvertrag vom 10. Februar 2010 der Beschwerdeführerin, welche ihn gleichentags für die Dauer von 36 Monaten seit der Auslieferung an B._ verleaste. Gemäss Ziffer 1 der Kaufvertragsbestimmungen (Kaufbedingungen) sollte die Übergabe des Fahrzeugs von der Verkäuferin direkt an den Leasingnehmer erfolgen. Ziffer 3 regelt die Rücknahmeverpflichtung der Verkäuferin. Demgemäss war die Beschwerdegegnerin verpflichtet, das Auto nach Ablauf der geplanten Dauer des Leasingvertrags zurückzukaufen. Die Rücknahmeverpflichtung der Beschwerdegegnerin vor Ablauf der geplanten Leasingdauer wurde in einem mehrfach modifizierten Vertragswerk zwischen der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin geregelt (Garantie- und Rücknahmevereinbarung vom 17. Januar 2008 mit Anhang I vom 8./9. Juni 2009 sowie Vereinbarung vom 1./8. Juli 2010).
Mit an die Beschwerdegegnerin adressiertem Schreiben vom 28. März 2011 kündigte B._ den Leasingvertrag per Ende April 2011 vorzeitig. Mit Schreiben vom 27. April 2011 teilte er seine Kündigung sowie den auf den 29. April 2011 angesetzten Rückgabetermin bei der Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin mit. Diese hatte somit Kenntnis von der vorzeitigen Vertragsauflösung.
3.2 In Ziffer 1 des Vertrags vom 17. Januar 2008 vereinbarten die Parteien, dass die Beschwerdegegnerin gegenüber der Beschwerdeführerin für sämtliche sich bereits im Portefeuille der Beschwerdeführerin befindlichen wie auch für alle in Zukunft durch die Beschwerdegegnerin vermittelten Leasing- und/oder Finanzierungsverträge die volle Garantie für die Rechtsbeständigkeit und für die Einbringlichkeit der von den betreffenden Leasingnehmern/Finanzierungsschuldnern geschuldeten Leistungen übernimmt. In Ziffer 2 verpflichtete sich die Beschwerdegegnerin, die Gegenstand dieser Verträge bildenden Fahrzeuge von der Beschwerdeführerin sofort zurückzukaufen, wenn ein Leasing- oder Finanzierungsvertrag aus irgendwelchen Gründen, unter anderem aufgrund einer vorzeitigen Kündigung, vorzeitig aufgelöst wird. In Ziffer 3 wurde festgelegt, wie diesfalls der von der Beschwerdegegnerin an die Beschwerdeführerin geschuldete Rückkaufpreis berechnet wird, und bestimmt, dass die Zahlung innert zehn Tagen zu erfolgen hat.
In Anhang 1 vom 8./9. Juni 2009 vereinbarten die Parteien als Zusatz zu Ziffer 2 der Vereinbarung vom 17. Januar 2008, dass die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin sofort zu melden hat, wenn sie ein Fahrzeug frühzeitig zurücknimmt, sodass die Beschwerdeführerin die Schlussabrechnung erstellen kann.
In der Vereinbarung vom 1./8. Juli 2010 betreffend Zahlungskonditionen für die Abwicklung von Rechnungen aus vorzeitigen Saldierungen von Leasing- und Finanzierungsverträgen sowie von Beträgen aus den provisorischen Restwert-Rechnungen bei Ende von Leasingverträgen wurde in Ziffer 1 d) vereinbart, dass die Bestätigungen der erfolgten Einzahlungen bzw. die definitiven Rechnungen zusammen mit dem Löschungsformular "Code 178 Halterwechsel verboten" von der Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin erst nach Bestätigung des entsprechenden Zahlungseingangs zugestellt werden.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat in Bezug auf die Besitzes- und Eigentumsverhältnisse am Audi RS6 erwogen, die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin hätten unter der Bedingung der vorzeitigen Auflösung eines Leasing- oder Finanzierungsvertrags einen Rückkaufvertrag geschlossen. In diesem hätten sie sich über den Kaufgegenstand (verleaste Autos) und den von der Beschwerdegegnerin zu leistenden, bestimmbaren Kaufpreis geeinigt, womit Konsens über die wesentlichen Vertragspunkte bestanden habe und ein gültiger bedingter Vertrag vorliege. Mit der Kündigung des Leasingvertrags durch den Leasingnehmer B._ sei eine der in Ziffer 2 der Garantie- und Rücknahmevereinbarung vom 17. Januar 2008 genannten Bedingungen (vorzeitige Kündigung) eingetreten, wodurch der Rückkaufvertrag seine Wirkung entfaltet habe. Aus Anhang 1 vom 8./9. Juni 2009, wonach die Beschwerdegegnerin keine Fahrzeuge frühzeitig ohne Meldung an die Beschwerdeführerin zurücknehmen dürfe, sei zu schliessen, dass im Fall einer (vorzeitigen) Beendigung eines Leasingvertrags die Rückgabe des Fahrzeugs vom Leasingnehmer direkt an die Beschwerdegegnerin vom Konsens der Parteien erfasst gewesen sei, ansonsten diese Klausel keinen Sinn ergeben würde. Durch die Rückgabe des Audi RS6 von B._ an die Beschwerdegegnerin sei diese folglich mit dem Willen der Beschwerdeführerin in den Besitz des Fahrzeugs gelangt, wodurch dieses gleichzeitig ins Eigentum der Beschwerdegegnerin übergegangen sei. Rechtsgrund für den Eigentumsübergang sei die vom Konsens beider Parteien getragene Rücknahmeverpflichtung der Beschwerdegegnerin. Die Beschwerdeführerin habe im Gegenzug gegenüber der Beschwerdegegnerin einen obligatorischen Anspruch auf Bezahlung des geschuldeten Kaufpreises erworben. Die mutmassliche Verletzung der in Anhang 1 vom 8./9. Juni 2009 statuierten Meldepflicht durch die Beschwerdegegnerin vermöge nichts am zuvor erfolgten Bedingungseintritt und am Eigentumsübergang zu ändern. Dasselbe gelte für die in der Vereinbarung vom 1./8. Juli 2010 enthaltene Klausel, wonach der Beschwerdegegnerin die Zahlungsbestätigung sowie das Löschungsformular "Code 178 Halterwechsel verboten" erst nach Zahlungseingang zugestellt werden sollten.
Die Vorinstanz hat zusammenfassend geschlossen, mit der Rückgabe des Audi RS6 von B._ an die Beschwerdegegnerin am 29. April 2011 sei das Fahrzeug ins Eigentum der Beschwerdegegnerin übergegangen, weshalb diese im Zeitpunkt der Beschlagnahme vom 26. September 2011 die bessere sachenrechtliche Legitimation gehabt habe. In Anwendung von <ref-law> sei der Audi RS6 deshalb der Beschwerdegegnerin zuzusprechen und der Beschwerdeführerin eine Frist von 20 Tagen zur Geltendmachung ihrer Ansprüche im Zivilverfahren anzusetzen.
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt einen Verstoss gegen <ref-law> (Beschwerde S. 8). Sie stellt das zwischen ihr und der Beschwerdegegnerin bestehende Vertragswerk eingehend dar (Beschwerde S. 10 ff.) und macht geltend, der Übergang des Eigentums an die Beschwerdegegnerin sei an verschiedene Bedingungen geknüpft gewesen, insbesondere an die Meldung der Fahrzeugrücknahme, an die erfolgte Rückzahlung und an die Zustellung des Löschungsformulars "Code 178 Halterwechsel verboten" (Beschwerde S. 14 ff.). Weil diese Bedingungen nicht eingetreten seien, sei das Eigentum am Audi RS6 mit der Übergabe des Fahrzeugs von B._ an die Beschwerdegegnerin nicht auf diese übergegangen, sondern bei ihr verblieben (Kaufvertrag vom 10. Februar 2010). Dementsprechend habe die Vorinstanz <ref-law> verletzt, indem sie den Audi RS6 vorläufig der Beschwerdegegnerin zugesprochen und ihr eine Frist von 20 Tagen zur Anhebung einer Zivilklage gesetzt habe.
4.3 Im Verfahren nach <ref-law> erfolgt keine endgültige Zuweisung des Gegenstands oder Vermögenswerts. Es ist deshalb kein ausgedehntes Beweisverfahren durchzuführen, und es ist keine erschöpfende Abklärung der zivilrechtlichen Verhältnisse vorzunehmen. Mit der vorläufigen Zusprache nach <ref-law> werden einzig die Parteirollen in einem nachfolgenden Zivilprozess verteilt, ohne hierdurch dem Entscheid des erkennenden Zivilgerichts vorzugreifen (Bommer/Goldschmid, a.a.O.). Es besteht daher im Verfahren nach <ref-law> auch kein Anspruch auf Abnahme von Beweisen zum Nachweis des eigenen besseren Rechts. Die Fristansetzung verfolgt einzig den Zweck, das Strafgericht vor dem Vorwurf rechtswidriger Aushändigung zu schützen, nicht aber, eine verbindliche Klärung der zivilrechtlichen Verhältnisse herbeizuführen; dies bildet vielmehr Aufgabe des Zivilgerichts (Bommer/Goldschmid, a.a.O., Art. 267 N. 20). Im Verfahren nach <ref-law> ist folglich einzig eine "Prima-facie-Würdigung" der zivilrechtlichen Verhältnisse vorzunehmen.
4.4 Nach dem Gesagten ist deshalb die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe sich nicht mit sämtlichen entscheiderheblichen Gesichtspunkten auseinandergesetzt und hierdurch ihren Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> missachtet (vgl. Beschwerde S. 19 und 21), nicht stichhaltig.
Auch in der Sache hält der angefochtene Entscheid der bundesgerichtlichen Überprüfung stand. Umstritten ist vorliegend insbesondere die Auslegung der "Rückkaufsverpflichtung" gemäss Ziffer 2 der Garantie- und Rücknahmevereinbarung vom 17. Januar 2008 in Verbindung mit der als Zusatz hierzu vereinbarten sofortigen Meldepflicht gemäss Anhang 1 vom 8./9. Juni 2009. Strittig ist weiter die rechtliche Bedeutung des Löschungsformulars "Code 178 Halterwechsel verboten" in der Vereinbarung vom 1./8. Juli 2010.
Die detaillierte Auslegung der verschiedenen Vertragsklauseln ist - auf entsprechende Klage hin - im Rahmen der verbindlichen Klärung der zivilrechtlichen Verhältnisse durch das Zivilgericht vorzunehmen. Dass die Vorinstanz bei ihrem vorläufigen Entscheid über die beschlagnahmten Gegenstände und Vermögenswerte prima facie die Beschwerdegegnerin als die besser legitimierte Partei eingestuft hat, ist nicht zu beanstanden. Wie im angefochtenen Entscheid dargelegt, hat der Leasingnehmer B._ nach seiner vorzeitigen Kündigung des Leasingvertrags am 28. März 2011 den Audi RS6 am 29. April 2011 der Beschwerdegegnerin zurückgegeben, womit diese in den Besitz des Autos gelangt ist. Gestützt auf die Eigentumsvermutung nach <ref-law> und unter Berücksichtigung der zwischen der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin vereinbarten Rückkaufsverpflichtung konnte die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung das Fahrzeug vorläufig der Beschwerdegegnerin zusprechen und der Beschwerdeführerin eine Frist von 20 Tagen zur Anhebung einer Zivilklage ansetzen.
5. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, gegenstandslos. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. <ref-law>). Sie hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Staatsanwaltschaft Aargau und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner