Sachverhalt:
A. Die 1965 geborene S._ meldete sich am 20. August 2001 wegen Rückenbeschwerden zum Bezug einer Invalidenrente an. Am 14. Februar 2002 unterzog sie sich einer transpedikulären dorsolateralen Spondylodese L5/S1 nach Moss Miami. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, nahm medizinische Abklärungen vor und ermittelte einen Invaliditätsgrad von 100 %. Mit Verfügung vom 24. Juni 2003 sprach sie der Versicherten ab 1. März 2002 eine ganz Rente zu, welche im Februar 2006 revisionsweise bestätigt wurde.
Im Rahmen einer weiteren Revision von Amtes wegen liess die IV-Stelle S._ am Zentrum X._ interdisziplinär abklären. Gemäss Gutachten vom 27. Oktober 2009 sind aus orthopädischer Sicht weder der Umfang noch die Intensität der geklagten Rückenschmerzen hinreichend nachvollziehbar. Aus rein orthopädisch-morphologischer Sicht sei die Versicherte in der Lage, rückenadaptierte leichte bis mittelschwere Tätigkeiten - wie sie sie vor Eintritt der Gesundheitsschädigung als Zimmermädchen und Reinigungskraft ausgeübt hatte - uneingeschränkt zu verrichten. Auch auf neurologischem Gebiet wurde keine Diagnose mit Relevanz gestellt. Von psychiatrischer Seite wurden die Diagnosen einer rezidivierenden depressiven Störung, gegenwärtig leichte depressive Episode (ICD-10: F33.0) und einer anhaltend somatoformen Schmerzstörung (ICD-10: F45.4) gestellt. Diese würden die Leistungsfähigkeit in einer vollschichtig ausgeübten rückenadaptierten Tätigkeit um 20 % reduzieren. Nachdem die IV-Stelle die Aufhebung des Rentenanspruchs in Aussicht gestellt hatte, gab die Versicherte Berichte der Psychiatrie A._ vom 11. April 2011, der dipl. Ergotherapeutin T._ vom 21. April 2011 und der Dr. med. H._, Fachärztin für Allgemeinmedizin FMH, CAS psychosomatische und psychosoziale Medizin, vom 3. Mai 2011 zu den Akten. Nach Einholung einer ergänzenden Stellungnahme des Zentrums X._ vom 27. Mai 2011 hob die IV-Stelle die ganze Invalidenrente mit Verfügung vom 6. Juni 2011 und der Begründung auf, die ursprüngliche Rentenzusprache sei ohne rechtsgenügliche medizinische Grundlagen erfolgt, weshalb sie wiedererwägungsweise aufzuheben sei. Darüber hinaus hätten die erneuten medizinischen Abklärungen eine relevante Verbesserung des Gesundheitszustandes seit dem Jahre 2006 ergeben, was zu einer erhöhten Leistungsfähigkeit geführt habe.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. August 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt S._ beantragen, es sei ihr in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides weiterhin eine ganze Invalidenrente auszurichten.
Die kantonalen Akten wurden eingeholt. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Seinem Urteil legt es den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz, auf Rüge hin oder von Amtes wegen, berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig (dazu E. 1.2) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>). Das Vorliegen dieser Voraussetzungen hat die Beschwerde führende Person genau darzulegen. Dazu genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern (<ref-ruling> E. 5.1 S. 356; SVR 2012 BVG Nr. 11 S. 44, 9C_779/2010 E. 1.1.2 [nicht publiziert in <ref-ruling>]).
Die gesetzliche Kognitionsbeschränkung gilt namentlich für die Einschätzung der gesundheitlichen und leistungsmässigen Verhältnisse (<ref-law>), wie sie sich bei der revisionsweisen Anpassung einer Invalidenrente nach <ref-law> wegen Tatsachenänderungen (Gesundheitszustand, Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit usw.) im revisionsrechtlich massgeblichen Vergleichszeitraum (<ref-ruling>; Urteil 9C_228/2010 vom 26. April 2011 E. 2.1) entwickelt haben.
1.2 Dem kantonalen Versicherungsgericht steht als Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweis).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Versicherte ab 1. August 2011 weiterhin Anspruch auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung hat.
Die hierfür massgeblichen Rechtsgrundlagen, insbesondere die Bestimmungen und Grundsätze zur Rentenrevision (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 132 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.; <ref-ruling> E. 3b S. 199), zur Bedeutung ärztlicher Auskünfte im Rahmen der Invaliditätsschätzung (<ref-ruling> E. 4 S. 99 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 261) sowie zu den Anforderungen an beweiskräftige medizinische Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis), wurden im angefochtenen Entscheid zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Gemäss Feststellung des kantonalen Gerichts leuchtet das Gutachten des Zentrums X._ vom 27. Oktober 2009 in der Darlegung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation ein, sind die darin gezogenen Schlussfolgerungen begründet und erfüllt dieses die rechtsprechungsgemässen Kriterien für eine beweiskräftige ärztliche Stellungnahme, weshalb es eine zuverlässige Beurteilungsgrundlage darstelle. Gestützt darauf nahm die Vorinstanz eine Verbesserung des Gesundheitszustands und damit einen Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> an. Sodann stellte sie eine 80 %ige Leistungsfähigkeit der Beschwerdeführerin in ihrem angestammten Berufsfeld als Zimmermädchen beziehungsweise Raumpflegerin sowie in einer anderen behinderungsangepassten Tätigkeit fest. Aufgrund der subjektiven Krankheitsüberzeugung seien im Zeitpunkt der angefochtenen Verfügung berufliche Eingliederungsmassnahmen nicht angezeigt gewesen.
3.2 Die Beschwerdeführerin verneint sowohl das Vorliegen eines Wiedererwägungsgrundes der ursprünglichen Rentenverfügung als auch eine revisionsrechtlich relevante erhebliche Verbesserung des Gesundheitszustandes im massgebenden Vergleichszeitraum.
Die der strittigen Verfügung vom 6. Juni 2011 zugrunde liegenden Verhältnisse messen sich an denjenigen zur Zeit der letzten umfassenden Rentenprüfung, somit Juni 2003 (<ref-ruling> E. 5.4 S. 114). Entgegen der Darstellung in der Beschwerde kann die im Jahre 2006 erfolgte revisionsweise Überprüfung des Anspruchs nicht als Vergleich herangezogen werden, weil damals keine umfassende materielle Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung und Beweiswürdigung stattgefunden hatte.
4. Die Beschwerdeführerin argumentiert zunächst, es liege kein Wiedererwägungsgrund nach <ref-law> vor.
Da der Rentenanspruch auf "Ende des folgenden Monats" und damit ex nunc et pro futuro aufgehoben worden ist, würde sich die Frage nach den Voraussetzungen für eine Wiedererwägung der ursprünglichen Verfügung nur stellen, wenn diejenigen einer Anpassung im Sinne einer Rentenrevision nach <ref-law> nicht gegeben wären. Verwaltung und Vorinstanz haben jedoch insbesondere eine Verbesserung der gesundheitlichen Verhältnisse und deren Auswirkung auf die zumutbare Arbeitsfähigkeit geprüft und bejaht.
5. 5.1 Es stellt sich daher primär die Frage, ob zwischen der rentenzusprechenden Verfügung vom 24. Juni 2003 und der streitigen Rentenaufhebungsverfügung vom 6. Juni 2011 eine erhebliche Verbesserung des Gesundheitszustandes und der Arbeitsfähigkeit eintrat. Die unterschiedliche Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts ist im revisionsrechtlichen Kontext unbeachtlich (nicht publ. E. 3.2 des Urteils <ref-ruling>, veröffentlicht in SVR 2011 IV Nr. 1 S. 1 E. 3.2 [8C_972/2009]). Die auf der Würdigung der ärztlichen Befunde beruhende vorinstanzliche Feststellung, ob seit der ursprünglichen Rentenzusprechung eine Veränderung der gesundheitlichen Verhältnisse bzw. der Arbeitsfähigkeit eingetreten ist, bindet das Bundesgericht grundsätzlich (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Insoweit hat die Frage, ob im Einzelfall eine substanzielle Veränderung der Faktenlage oder aber eine abweichende Beurteilung vorliegt, tatsächlichen Charakter.
5.2 Die Beschwerdeführerin lässt vorbringen, das kantonale Gericht habe es unterlassen, das Gutachten des Zentrums X._ gänzlich zu prüfen. Die geltend gemachte "Verbesserung" bestehe in einer anderen Beurteilung der Arbeitsfähigkeit bei gleich gebliebenem Gesundheitszustand, was jedoch keinen Revisionsgrund darstelle.
5.2.1 Vorweg ist festzuhalten, dass die beschwerdeführerischen Vorbringen, soweit sie sich in einer appellatorischen Kritik erschöpfen, im Rahmen der geltenden Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) nicht genügen. Dem Rechtsmittel muss vielmehr gestützt auf Art. 42 Abs. 2 zweiter Satz BGG entnommen werden können, inwiefern die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen im Sinne von <ref-law> offensichtlich unrichtig (unhaltbar, willkürlich, vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 356) und die darauf beruhenden Erwägungen rechtsfehlerhaft sein sollen. Soweit die Rechtsvertreterin als Rechtsverletzungen bezeichnete Tatsachenkritik vorbringt, ist sie im bundesgerichtlichen Verfahren ausserhalb von Art. 97 Abs. 2/<ref-law> nicht zu hören (<ref-ruling> E. 3.2 S. 400; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262).
Wie das kantonale Gericht für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat, ergaben sich bis zum Erlass der Verfügung vom 24. Juni 2003 lumbale Beschwerden mit deutlicher Bewegungseinschränkung und Endphasenschmerzen für praktisch jede Bewegungsrichtung sowie eine lokale Schmerzsymptomatik mit Ausstrahlung über das linke Bein bis in den Fuss. Damals beklagte die Versicherte eine vollständige Gefühllosigkeit des linken Beines. Gemäss "Feststellungsblatt für den Beschluss" über einen Rentenanspruch wurde dieser aufgrund einer Arbeitsunfähigkeit wegen eines Status nach transpedikulärer dorsolateraler Spondylodese L5/S1 vom 14. Februar 2002 und darauf basierenden invalidisierenden lumbalen Beschwerden mit deutlicher Bewegungseinschränkung und mit Endphasenschmerzen für praktisch jede Bewegungsrichtung bejaht. Eine psychische Erkrankung wurde nicht erwähnt.
Anlässlich der (Revisions-)Begutachtung am Zentrum X._ konnte objektiv eine uneingeschränkte Beweglichkeit in allen Gelenken der oberen Extremitäten und auch der Hüft-, Knie- sowie Fussgelenke festgestellt werden. Aus neurologischer Sicht bestanden an den Beinen keine Sensibilitätsstörungen mehr. Organisch-neurologisch und orthopädisch wurden keine objektivierbaren Befunde mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit erhoben. Der Gesundheitszustand hat sich demgemäss deutlich verbessert.
5.2.2 Die Beschwerdeführerin beruft sich primär auf psychiatrische Diagnosen, welche im Zeitpunkt der Rentenzusprechung noch nicht gestellt worden waren. In dieser Hinsicht diagnostizierten die Gutachter des Zentrums X._ am 27. Oktober 2009 eine rezidivierende depressive Störung, gegenwärtig leichte depressive Episode und eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung. Im Austrittsbericht der Psychiatrie A._ vom 11. April 2011 - auf welche sich die Beschwerdeführerin beruft - wurde dagegen die Diagnose einer schweren depressiven Episode bei Schmerzverarbeitungsstörung und anhaltender belastender psychosozialer Situation gestellt. Die Hospitalisierung war eingeleitet worden, nachdem die Beschwerdeführerin auf den Vorbescheid der IV-Stelle, ihre Rente werde revisionsweise aufgehoben, mit latenter Suizidalität reagierte. Das kantonale Gericht hat diesbezüglich zu Recht festgestellt, die depressive Störung sei invaliditätsfremd, soweit sie auf psychosoziale Ursachen zurückzuführen sei. Zudem hatte die stationäre Behandlung offenbar Erfolg, sodass bei Austritt ein deutlich aufgehelltes Stimmungsbild beschrieben wurde. Die Vorinstanz hat daher ihr Ermessen nicht überschritten, wenn sie auf den Sachverhalt abstellte, wie er sich aus dem Gutachten des Zentrums X._ vom 27. Oktober 2009 ergibt. In Anbetracht der hohen Anforderungen der Rechtsprechung an die invalidisierende Wirkung von Schmerzverarbeitungsstörungen (<ref-ruling> E. 4.3 S. 69 mit Hinweis) ist es nicht zu beanstanden, wenn Verwaltung und Vorinstanz insgesamt von verbesserten gesundheitlichen Verhältnissen und einer 80 %igen Arbeitsfähigkeit in jeglicher rückenadaptierten leichten bis mittleren Tätigkeit ausgehen.
5.3 Die Beschwerdeführerin bringt in medizinischer Hinsicht nichts vor, was die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit als offensichtlich unrichtig oder als Ergebnis willkürlicher Beweiswürdigung oder als rechtsfehlerhaft im Sinne von <ref-law> erscheinen lässt. Verwaltung und Vorinstanz haben mit der erforderlichen Sorgfalt dargelegt, dass eine erhebliche Verbesserung des Gesundheitszustandes und nicht bloss eine revisionsrechtlich unbeachtliche abweichende ärztliche Einschätzung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitszustands vorliegt. Die Beschwerde erweist sich daher als unbegründet.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. März 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer