Sachverhalt:
A.
Der 1957 geborene M._ arbeitete als Mechanikermeister bei der Firma S._ und war bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 17. November 2004 wurde er als Velofahrer von einem Auto angefahren. Er erlitt ein schweres Schädelhirntrauma mit Oberrandfraktur der Orbita links und Fraktur der Kieferhöhlenwand links, eine AC-Gelenksdistorsion links und eine Prellung der linken Thoraxseite (Bericht der Klinik X._ vom 25. November 2004). Die SUVA erbrachte Versicherungsleistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeld. Sie zog diverse Arztberichte und das für die IV-Stelle des Kantons Basel-Landschaft erstattete polydisziplinäre Gutachten des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 bei. Mit Verfügung vom 7. Dezember 2009 stellte die SUVA die Versicherungsleistungen auf den 31. Dezember 2009 ein. Auf Einsprache des Versicherten hin konsultierte sie weitere Arztberichte und ein für die IV-Stelle erstelltes polydisziplinäres Verlaufsgutachten des Instituts Y._ vom 16. Mai 2011. Mit Entscheid vom 22. September 2011 wies sie die Einsprache ab; sie führte aus, die noch geklagten gesundheitlichen Beschwerden seien organisch nicht hinreichend nachweisbar; deren adäquate Unfallkausalität sei zu verneinen.
B.
In Gutheissung der Beschwerde des Versicherten stellte das Kantonsgericht Basel-Landschaft fest, er habe ab 1. Januar 2010 Anspruch auf eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von 54 %; im Übrigen wies es die Sache zur Prüfung der Integritätsentschädigung an die SUVA zurück (Entscheid vom 26. November 2012).
C.
Mit Beschwerde beantragt die SUVA die Aufhebung des kantonalen Entscheides, eventuell die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz.
Der Versicherte schliesst auf Abweisung der Beschwerde; er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Trotzdem prüft es - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2.
Die Vorinstanz hat die Grundlagen über den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.) sowie bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling>) und Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) oder äquivalenter Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle im Besonderen (<ref-ruling>) richtig dargelegt. Gleiches gilt zum Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5. S. 125), zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232) und zur Invaliditätsbemessung nach dem Einkommensvergleich (Art. 16 ATSG). Darauf wird verwiesen.
3.
Die Vorinstanz stellte auf das Gutachten des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 ab und erwog, beim Verlaufsgutachten des Instituts Y._ vom 16. Mai 2011 handle es sich um eine unzulässige "second opinion" (hierzu vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 158). Gleicher Auffassung ist der Versicherte. Die SUVA wendet ein, das erste Gutachten des Instituts Y._ sei widersprüchlich und unvollständig gewesen, weshalb es sich beim Verlaufsgutachten des Instituts Y._ nicht um eine unzulässige "second opinion" gehandelt habe. Diese Frage kann offen bleiben. Denn selbst bei Nichtabstellen auf das Verlaufsgutachten des Instituts Y._ vom 16. Mai 2011 ist die Beschwerde gutzuheissen, wie die folgenden Erwägungen zeigen (vgl. auch Urteil 8C_34/2012 vom 30. April 2012 E. 4).
4.
Unbestritten ist, dass der Fallabschluss auf den 31. Dezember 2009 unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung rechtmässig war, da von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung überwiegend wahrscheinlich keine namhafte, ins Gewicht fallende Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten war (Art. 19 Abs. 1 UVG; <ref-ruling> E. 4.3 und E. 6.1 S. 115 f.).
5.
5.1. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen - bei denen die Unfalladäquanz praktisch keine Rolle spielt - kann erst gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/ bildgebenden Abklärungen bestätigt werden und die angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 251). Dies gilt auch für neuropsychologische Defizite (Urteil 8C_948/2012 vom 7. März 2013 E. 2).
5.2.
5.2.1. Streitig und zu prüfen ist, ob bei Fallabschluss per 31. De-zember 2009 organisch objektiv ausgewiesene Folgen des vom Versicherten am 17. November 2004 erlittenen Kopf- bzw. Schädel-Hirntraumas vorlagen. Die Vorinstanz und der Versicherte bejahen dies; sie machen im Wesentlichen geltend, es bestünden neuropsychologische Hirnfunktionsstörungen, eine posttraumatische Hypersomnie und ein organisches Psychosyndrom. Die Vorinstanz geht von einer Organizität dieser Beschwerden aus. Die SUVA macht geltend, es bestünden unauffällige radiologische Befunde.
5.2.2. Nach dem Unfall vom 17. November 2004 war der Versicherte bis 25. November 2004 in der Klinik X._ hospitali-siert, wo er konservativ behandelt wurde. Aufgrund der Computertomografie (CT) des Schädels und des Mittelgesichts wurde Folgendes festgehalten: Frakturlinie am linken Orbitadach ohne Dislokation. Kein Frakturhinweis am Orbitaboden. Keine freie Luft intrakraniell, geringes Hygrom li.-frontal, Frakturlinie caudaler Rezessus der Kieferhöhle links mit Einblutung (Spiegel) nachweisbar. Ebenso Fissurlinie ventrale paramediane Kieferhöhlenwand ohne Dislokation. Keine intracerebralen Blutungen (Bericht der Klinik X._ vom 25. November 2004). Gemäss dem Bericht des Dr. med. B._ vom 13. Dezember 2004 habe die CT vom 9. Dezember 2004 ein regelrechtes Nativ-CT ergeben; die Traumafolgen hätten sich zurückgebildet. Im Bericht vom 2. Mai 2005 legte Dr. med. B._ dar, die Schädel-CT vom 9. Dezember 2004 habe keinen pathologischen intracerebralen Befund ergeben. Die Elektroenzephalografie (EEG) vom Alphatyp zeige einzelne temporo-basale Unregelmässigkeiten ohne Herdbefund oder Krampfpotenziale; Normalbefund. Für eine traumatisch erklärbare cerebrale Durchblutungsstörung ergebe sich nach diesen Untersuchungen kein Hinweis. Dr. med. C._, Zentrum Z._, führte gestützt auf eine Magnetresonanztomografie (MRT) der HWS und des Hinterhauptes vom 3. Januar 2006 aus, es liege ein Normalbefund vor; es gebe keine Erklärung für die Beschwerden (Bericht vom 9. Januar 2006). PD Dr. med. G._ vom letztgenannten Zentrum ging nach einer MRT des Kopfes vom 9. Februar 2006 von einem altersentsprechenden Normalbefund aus; er stellte keine bildmorphologisch zu fassenden Residuen bei Zustand nach SAT fest (Bericht vom 10. Februar 2006). Im Lichte dieser Arztberichte ist davon auszugehen, dass bei Fallabschluss per 31. Dezember 2009 überwiegend wahrscheinlich keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen mehr vorlagen.
5.2.3. Im Gutachten des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 wurde ausgeführt, in einer wissenschaftlichen Arbeit über 96 Patienten mit chronischem Status nach traumatischer Hirnschädigung sei im Jahre 2008 mit hochauflösenden Kernspintomografien (KST) des Kopfes eine Hirnvolumenverminderung nachgewiesen worden (The Toronto Traumatic Brain Injury Study. Neurology 2008: 790: 771-8). Diese Befunde könnten mit der herkömmlich verfügbaren Diagnostik nicht erhoben werden. Eine Hirnvolumenverminderung, dürfte auch beim Versicherten vorliegen; die bei traumatischer Hirnverletzung betroffenen Hirnregionen stünden exakt mit den bei ihm in der neuropsychologischen Testung der Klinik A._ auffälligen Defiziten in Übereinstimmung, da diese auf frontotemporale Einschränkungen hinwiesen. Hieraus kann der Versicherte jedoch nichts zu seinen Gunsten ableiten. Die KST ist die synonyme Bezeichnung für die MRT (vgl. Pschyrembel, Klinisches Wörterbuch, 263. Aufl., Berlin 2012, S. 1067 und 1354). Die MRT des Kopfes des Versicherten vom 9. Februar 2006 zeigte einen altersentsprechenden Normalbefund (E. 5.2.2 hievor). Dagegen wurden im Rahmen der Begutachtung des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 keine bildgebenden/apparativen Abklärungen des Kopfes durchgeführt. Die vom Institut Y._ bloss vermutete Hirnvolumenverminderung ist somit nicht belegt.
Ergänzend sei angefügt, dass selbst der funktionellen Magnetresonanztomografie (fMRT) - einer neueren Form der KST - für die Beurteilung der Unfallkausalität von Beschwerden nach Schleudertraumen der HWS und äquivalenten Unfallmechanismen nach dem aktuellen Stand der Wissenschaft kein Beweiswert zukäme; insbesondere könnte aus den damit erhobenen Befunden nicht geschlossen werden, dass bestehende Beschwerden auf organisch (hinreichend) nachweisbare Unfallfolgen zurückzuführen seien (<ref-ruling>; SVR 2012 UV Nr. 5 S. 17 E. 4.2 [8C_310/2011]). Somit sind von weiteren Abklärungen keine neuen entscheidwesentlichen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb darauf zu verzichten ist (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236).
5.3. Dass bei Fallabschluss anderweitig organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolgen vorgelegen hätten, wird nicht geltend gemacht und ist aufgrund der Akten auch nicht anzunehmen. Nichts anderes ergibt sich aus dem Gutachten des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008. Im Rahmen dieser Begutachtung wurde röntgenologisch einzig noch die Brustwirbelsäule untersucht, was mässig degenerative Veränderungen, aber keine posttraumatischen Läsionen, keine Destruktion und keine entzündlichen Prozesse zeigte.
6.
Nach dem Gesagten ist eine gesonderte Adäquanzprüfung erforderlich (<ref-ruling> E. 4 S. 251). Im strittigen Einspracheentscheid verneinte die SUVA die Adäquanz nach der Schleudertrauma-Praxis, bei der nicht zwischen physischen und psychischen Komponenten des Gesundheitsschadens differenziert wird (<ref-ruling>). Die Vorinstanz bejahte die Adäquanz nach dieser Praxis, dem auch der Versicherte beipflichtet. Letztinstanzlich verlangt die SUVA die Anwendung der Praxis zu den psychischen Unfallfolgen unter Ausklammerung der psychischen Komponenten des Gesundheitsschadens (<ref-ruling>; SVR 2012 UV Nr. 5 S. 17 E. 3 [8C_310/2011]); gestützt hierauf sei die Adäquanz nicht gegeben; dieses Ergebnis resultiere auch bei Heranziehung der Schleudertrauma-Praxis. Die Rechtsfrage nach der anwendbaren Adäquanz-Praxis (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 117) kann letztlich offen bleiben. Denn selbst bei Anwendung der Schleudertrauma-Praxis ist die Adäquanz - wie nachfolgend gezeigt wird - zu verneinen.
7.
7.1. Die Unfallschwere ist aufgrund einer objektivierten Betrachtungsweise nach dem augenfälligen Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen. Irrelevant sind die bei der Adäquanzprüfung bei mittelschweren Unfällen zu beachtenden Kriterien (E. 8 hienach; SVR 2013 UV Nr. 3 S. 7 E. 5.2 Ingress [8C_398/2012]; Urteil 8C_729/2012 vom 4. April 2013 E. 7.2).
7.2. Die SUVA macht geltend, sie sehe sich nach Art. 99 Abs. 1 BGG veranlasst, den gesamten Polizeirapport der Polizeidirektion D._ vom ........ mit Vernehmungen der Zeugin vom ........ und des Versicherten vom ........ aufzulegen. Hierzu ist festzuhalten, dass diese Akten - soweit sie hier von Relevanz sind und nachfolgend zitiert werden - bereits vorinstanzlich vom Versicherten aufgelegt wurden, weshalb sie nicht unter das Novenverbot fallen. Im Übrigen sind sie unbeachtlich (<ref-ruling>; nicht publ. E. 2.3 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2009 BVG Nr. 30 S. 109 [9C_920/2008]).
7.3. In der Unfallbeschreibung der Polizeidirektion D._ vom ........ wurde festgehalten, der Automobilist habe die Untere Kanalstrasse in Richtung Friedrichstrasse befahren und dort nach links abbiegen wollen. Der Versicherte sei als Velofahrer auf der Oberen Kanalstrasse in Richtung Friedrichstrasse gefahren mit der Absicht, diese in Richtung Untere Kanalstrasse zu überqueren. An beiden Einmündungen befänden sich Stopp-Zeichen. Der Autofahrer habe beim Stopp angehalten und sei dann in die Kreuzung eingefahren. Vermutlich zeitgleich habe dies der Versicherte getan, ohne zuvor an der Stopp-Stelle angehalten zu haben. Der Autofahrer habe ihn übersehen, worauf es in der Kreuzungsmitte zum Zusammenstoss gekommen sei. Die Zeugin gab der Polizeidirektion D._ am ........ an, das Auto sei mit seiner linken vorderen Seite gegen den Versicherten gestossen. Das Auto sei ihrer Ansicht nach relativ langsam gefahren. Der Versicherte sei lediglich vorne links gegen das Fahrzeug geflogen und anschliessend mit einer Kopfverletzung seitlich auf der Strasse gelegen. Am 11. Januar 2005 berichtete dieser der SUVA, er habe ein normales Tempo gehabt, habe es dann stark verlangsamt und sei dann ohne eigentlichen Halt geradeaus weitergefahren. Der Automobilist habe ihm den Weg abgeschnitten, worauf es zur Kollision gekommen und er offenbar linksseitig zu Boden gefallen sei. Einen Helm habe er nicht getragen.
Die Vorinstanz qualifizierte diesen Unfall als mittelschwer im mittleren Bereich, wovon auch der Versicherte ausgeht. Die SUVA geht letztinstanzlich von einem mittelschweren Unfall an der Grenze zu den leichten Ereignissen aus. Unfälle, bei denen Velofahrer von einem Auto angefahren wurden, gelten häufig als mittelschwere Ereignisse im Grenzbereich zu den leichten Unfällen (siehe Urteile 8C_1045/2010 vom 16. März 2011 Sachverhalt lit. A und E. 5.1, 8C_322/2007 vom 1. Juli 2008 E. 5.1 und 8C_530/2007 vom 10. Juni 2008 E. 5.2.2 mit Hinweisen). Es besteht jedoch kein Anlass, den hier in Frage stehenden Unfall anders als die Vorinstanz zu taxieren, zumal die Beschwerdeführerin ursprünglich auch von einem mittelschweren Unfall im mittleren Bereich ausging. Demnach kann die Adäquanz nur bejaht werden, wenn mindestens drei der sieben Adäquanzkriterien erfüllt sind oder eines besonders ausgeprägt vorliegt (SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100 E. 4.5 [8C_897/2009]).
8.
Die Vorinstanz bejahte die drei Kriterien der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls, der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen bis zum Fallabschluss. Der Versicherte beruft sich auf weitere Kriterien. Die SUVA verneint sämtliche Kriterien.
8.1. Ob besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls vorliegen (<ref-ruling> E. 10.2.1 S. 127), beurteilt sich objektiv und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens bzw. Angstgefühls der versicherten Person. Jedem mindestens mittelschweren Unfall ist eine gewisse Eindrücklichkeit eigen, was somit noch nicht für eine Bejahung des Kriteriums ausreichen kann (nicht publ. E. 3.5.1 des Urteils <ref-ruling>; SVR 2013 UV Nr. 3 S. 7 E. 6.1). Es wird nur das Unfallgeschehen an sich betrachtet; die dabei erlittene Verletzung und der nachfolgende Heilungsprozess werden nicht einbezogen (Urteil 8C_15/2013 vom 24. Mai 2013 E. 7.1). Von einer besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls vom 17. November 2004 kann nicht gesprochen werden. Das Kriterium ist nicht erfüllt (vgl. auch Urteile 8C_1045/2010 E. 5.2, 8C_322/2007 E. 5.3 und 8C_530/2007 E. 5.2.3).
8.2. Das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127) ist zu verneinen. Unbehelflich ist die Berufung des Versicherten auf die Schädelfrakturen; hierzu führte die Vorinstanz richtig aus, dass sie ohne operative Eingriffe folgenlos ausheilten.
8.3. Zu prüfen ist weiter das Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung bis zum Fallabschluss auf den 31. Dezember 2009 (<ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128). Dieses Kriterium bedingt, gesamthaft betrachtet, eine kontinuierliche, mit einer gewissen Planmässigkeit auf die Verbesserung des Gesundheitszustandes gerichtete ärztliche Behandlung von ungewöhnlich langer Dauer. Blosse ärztliche Verlaufskontrollen und Abklärungsmassnahmen sowie manualtherapeutische und medikamentöse Behandlungen vermögen das Kriterium nicht zu erfüllen (Urteil 8C_686/2012 vom 28. Mai 2013 E. 7.3). Operativen Eingriffen musste sich der Versicherte nicht unterziehen. Unmittelbar nach dem Unfall war er vom 17. bis 25. November 2004 in der Klinik X._ hospitalisiert. Vom 27. Juni bis 7. September 2005 hielt er sich stationär in der Klinik A._ auf, wo Physiotherapie, Hirnleistungstraining, Ergotherapie und physikalische Massnahmen durchgeführt wurden. Vom 16. Oktober bis 4. November 2006 war der Versicherte in der Reha E._ hospitalisiert; dort fanden Physiotherapie, klinisch-psychologische Betreuung, Ergotherapie und Tanztraining statt. Vom 3. bis 5. Mai und 3. bis 4. Juli 2006 sowie vom 29. Januar bis 1. Februar 2007 weilte er im Schlaflabor der Klinik F._. Im Übrigen nahm er im Wesentlichen Medikamente ein und unterzog sich ambulanten ärztlichen, neuropsychologischen sowie physio- bzw. manual-, psycho- und ergotherapeutischen Behandlungen. Insgesamt dauerte die ärztliche Behandlung lange, weshalb das Kriterium als erfüllt angesehen werden kann. Im Lichte der durchgeführten Therapien ist es aber nicht besonders ausgeprägt.
8.4. Adäquanzrelevant können nur in der Zeit zwischen dem Unfall und dem Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Am 15. Februar 2005 gab der Versicherte dem Case Manager an, als Hobby sei er im bäuerlichen Familienbetrieb (Vieh und Obst) tätig. Gemäss den Berichten des ihn behandelnden Psychologen lic. phil. R._ vom 25. November 2005 und 9. September 2006 war er in der Lage, nach der Arbeit (hierzu E. 8.7 hienach) selber mit dem Auto nach Hause zu fahren. Bei der kreisärztlichen Untersuchung vom 7. Mai 2007 führte der Versicherte aus, normalerweise stehe er um 06.30 Uhr auf, gehe nach dem Frühstück hinaus, auch weil ihm die frische Luft gut tue. Dann gehe er auf die Viehweide, um zu kontrollieren, ob alles in Ordnung sei. Er kontrolliere dann zum Beispiel den Traktor (Ölstand, Batterie etc.). Er habe einen Stuhl in den Hof gestellt, auf dem er die meiste Zeit sitze, weil sein Antrieb nur für allergeringste Tätigkeiten reiche. Etwas mehr möge er machen an Tagen, wo er ohne Kopfschmerzen aufwache (im 2007 sei das vielleicht an 25 - 30 % der Tage gewesen). Nach dem Mittagessen müsse er regelmässig schlafen, an einem guten Tag vielleicht 45 Min., an einem schlechten Tag bis 16.00 allenfalls bis 17.00 Uhr. Wegen Konzentrationsproblemen könne er praktisch überhaupt nicht mehr lesen; die Obergrenze seien für ihn die Bibelverse auf dem Abreisskalender. TV schaue er jetzt mehr, vor allem am Abend; einen durchschnittlichen Spielfilm könne er sich ansehen, wenn er nicht allein schaue. Seine Frau sei zeitweise überfordert; früher hätten sie viel zusammengearbeitet in der Landwirtschaft, heute habe sie fast alle Verantwortung allein, auch in der Kindererziehung. Er sei noch reizbar und ungeduldig mit den Kindern. Im Rahmen der Begutachtung des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 legte der Versicherte dar, ein normaler Tag sehe so aus, dass er gegen 06.30 Uhr aufstehe, frühstücke und meistens seine Frau in den Stall begleite, wo er an der frischen Luft sei. Oft gehe er dann mit dem Fahrrad (5 km-Strecke) zur Physiotherapie, an gewissen Tagen dann weiter mit dem Zug nach H._ ins Thermalbad, aus welchem er dann erst gegen Abend wieder zurückkehre. Den Abend verbringe er meist zu Hause und gehe zwischen 21.00 und 23.00 Uhr ins Bett. Insgesamt ist das Kriterium nicht besonders ausgeprägt erfüllt.
8.5. Der Versicherte macht geltend, im Verlaufsgutachten des Instituts Y._ vom 16. Mai 2011 werde behauptet, seine Beschwerden hätten sich in ein rein psychiatrisches Geschehen gekehrt; würde dieser Ansicht gefolgt, müsste eine ärztliche Fehlbehandlung angenommen werden. Aus den Akten kann nicht auf eine Fehlbehandlung geschlossen werden, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat (<ref-ruling> E. 10.2.5 S. 129). Der Versicherte führt denn auch keinen Arztbericht an, in dem dies in Betracht gezogen wird (vgl. Urteil 8C_15/2013 vom 24. Mai 2013 E. 9).
8.6. Auf einen schwierigen Heilungsverlauf und erhebliche Komplika-tionen (<ref-ruling> E. 10.2.6 S. 129) darf nicht schon aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden geschlossen werden. Es bedarf besonderer Gründe, welche die Genesung bis zum Fallabschluss beeinträchtigt oder verzögert haben (SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81 E. 8.5 [U 479/05]). Der Umstand, dass trotz verschiedener Therapien keine Beschwerdefreiheit erreicht werden konnte, reicht allein nicht aus (Urteil 8C_686/2012 E. 7.5). Besondere Gründe für die Bejahung des Kriteriums bestehen hier nicht und werden auch nicht substanziiert geltend gemacht.
8.7. Das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen bis zum Fallabschluss (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.) bezieht sich nicht nur auf den angestammten Beruf, sondern auch auf alternative leidensangepasste Arbeiten (Urteil 8C_686/2012 E. 7.6). Im von der Vorinstanz und vom Versicherten ins Feld geführten Gutachten des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 wurde unter anderem ausgeführt, im angestammten Beruf sei er vollständig arbeitsunfähig. In einer Tätigkeit mit primären Anforderungen an das planerische, strategische, konzeptuelle und logisch-schlussfolgernde Denken, bei der die Merkfähigkeit neuer Inhalte per se von sekundärer Bedeutung sei, bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 80 % (ganztags verwertbar). Auf Grund der verminderten Belastbarkeit und der Aufmerksamkeitsdefizite gelte es der Arbeitsdauer, den Pausen, dem Arbeitstakt und der Verantwortlichkeit besondere Beachtung zu schenken, was praktisch evaluiert werden müsse. Die Arbeit sollte auch körperlich wenig belastend sein für Nacken- und Schultergürtel. Diese zumutbare Arbeitsfähigkeit gelte ab einer etwa fünfmonatigen vollständigen Arbeitsunfähigkeit nach dem Unfall vom 17. November 2004. Am 15. Februar 2005 gab der Versicherte dem Case Manager an, seit 17. Januar 2005 sei er wieder halbtags am Arbeitsplatz und erbringe eine knapp vollwertige Leistung. Am 12. Mai 2005 teilte der Arbeitgeber dem Case Manager mit, er wisse nie so recht, wann der Versicherte eigentlich da sei; die Situation sei für einen geordneten Betrieb alles andere als gut. Am 17. Oktober 2005 notierte der Case Manager, seit 19. September 2005 arbeite der Versicherte wieder halbtags und erbringe dabei eine hälftige Leistung, womit der Attest einer 25%igen Arbeitsfähigkeit realistisch sei. Gemäss Angaben des Arbeitgebers vom 15. Mai 2006 arbeitete der Versicherte weiterhin vormittags bei Erbringung einer vielleicht hälftigen Leistung. Am 7. Mai 2007 gab der Versicherte dem Kreisarzt an, seit Mitte Oktober sei er zu 100 % arbeitsunfähig geschrieben. Im Rahmen der Begutachtung des Instituts Y._ vom 12. Dezember 2008 legte er dar, seit zwei Jahren habe er nicht mehr gearbeitet. Vom 2. bis 23. Juni 2009 absolvierte der Versicherte im Auftrag der IV-Stelle Basel-Landschaft im Spital I._ eine berufliche Abklärung; diese Massnahme wurde abgebrochen, weil er nicht in der Lage gewesen sei, einer Erwerbstätigkeit nachzugehen. Insgesamt ist das Kriterium mangels ausgewiesener Anstrengungen, im Rahmen des gemäss Gutachten des Instituts Y._ Zumutbaren einer Erwerbstätigkeit nachzugehen, nicht erfüllt.
8.8. Da nur zwei Kriterien erfüllt sind, aber nicht besonders ausgeprägt, ist die adäquate Unfallkausalität des Gesundheitsschadens und damit die Leistungspflicht der SUVA ab 1. Januar 2010 zu verneinen. Auf weitere Abklärungen ist in antizipierter Beweiswürdigung auch diesbezüglich zu verzichten (E. 5.2.3 hievor).
9.
Der unterliegende Versicherte trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden; er hat der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 1, 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 26. November 2012 wird aufgehoben.
2.
Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Advokat Jürg Tschopp wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdegegners wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. September 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Jancar