Sachverhalt:
A. X._ ist Eigentümer der in der Landwirtschaftszone gelegenen Grundstücke KTN 781 und 800, Untere Flüelen, Muotathal. Am 10. Dezember 1993 erteilten ihm das damalige Meliorationsamt und am 13. April 1994 der Gemeinderat Muotathal die Bewilligung für einen Anbau an das Gadenhaus, den Umbau des Stallteils, den Abbruch und den Neubau einer Remise sowie Geländeanpassungen. Anlässlich einer Baukontrolle am 13. Juni 2007 wurden verschiedene Abweichungen von der 1994 erteilten Bewilligung festgestellt. X._ reichte daraufhin am 28. August 2007 ein nachträgliches Baugesuch für die bereits ausgeführten Projektänderungen ein. Innert Auflagefrist gingen keine Einsprachen ein.
Das kantonale Amt für Landwirtschaft, Abteilung Strukturverbesserungen, erteilte am 15. Juli 2010 eine Ausnahmebewilligung für gewisse baulichen Arbeiten, etwa für die veränderte Fenstereinteilung im Wohnteil des Gadenhauses, den Anbau eines Windfangs, die Erhöhung des Firsts der 1993 bewilligten Remise, die Änderungen an den Stichwegen ausserhalb des Waldareals und die Rekultivierung der Geländeauffüllung nördlich der Hofzufahrt (Disp.-Ziff. 2). Auch die Ausnahmebewilligung für "die stille Lagernutzung des Ökonomieteils des Gadenhauses (Lagerung von Sanitärmaterial vom stillgelegten Sanitärgeschäft)" wurde unter Vorbehalt später veränderter Verhältnisse erteilt. Hingegen befand das Amt den Anbau des Holzschopfs auf der Südseite des Gadenhauses, den Einbau der Dachflächenfenster im Ökonomieteil, den Anbau eines Abstellraums auf der Westseite der 1993 bewilligten Remise, den Neubau des Hundezwingers und den bereits erstellten Stichweg im Waldareal für nicht bewilligungsfähig (Disp.-Ziff. 4). Auf den Rückbau des Hundezwingers wurde vorläufig verzichtet. Indes wurde der Rückbau des erwähnten Holzschopfs, des Abstellraums sowie der Dachflächenfenster innerhalb von sechs Monaten nach Rechtskraft der Verfügung verlangt (Disp.-Ziff. 7). Hinsichtlich des Stichwegs im Wald entschied das Amt, der Gesuchsteller habe innert drei Monaten ein Gesuch für den fachgerechten Ausbau einzureichen oder die Weganlage innert der gleichen Frist vollständig rückzubauen (Disp.-Ziff. 8). Sollten die erwähnten Disp.-Ziff. 7 und 8 nicht fristgemäss befolgt werden, wurde dem Gesuchsteller eine Anzeige nach <ref-law> und eine entsprechende Busse angedroht, ebenso wie eine Ordnungsbusse für jeden Tag der Nichterfüllung von Fr. 150.-- bis Fr. 250.--. Zudem wurde die Ersatzvornahme auf Kosten der Bauherrschaft in Aussicht gestellt (Disp.-Ziff. 9).
Der Gemeinderat von Muotathal erklärte die kantonale Ausnahmebewilligung mit Beschluss vom 18. August 2010 zum integrierenden Bestandteil der von ihm gleichentags erteilten Bewilligung.
B. Gegen diesen Gemeinderatsbeschluss und die Ausnahmebewilligung des Amts für Landwirtschaft gelangte X._ an den Regierungsrat des Kantons Schwyz. Er berief sich insbesondere darauf, dass sein Betrieb nach wie vor landwirtschaftlich genutzt werde.
Der Regierungsrat hiess die Beschwerde am 19. April 2011 insoweit gut, als er die Sache hinsichtlich des Stichwegs im Waldareal im Sinne der Erwägungen zur ergänzenden Sachverhaltsabklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanzen zurückwies. Im Übrigen wurde das Rechtsmittel abgewiesen.
C. Hierauf erhob X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde. U.a. ersuchte er um Bewilligung für den Anbau des Holzschopfs ans Gadenhaus, den Einbau der Dachflächenfenster und den Anbau des Abstellraums an die Remise.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz wies die Beschwerde am 26. Oktober 2011 ab.
D. In seiner als "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichneten Eingabe vom 4. Dezember 2011 beantragt X._ dem Bundesgericht die Aufhebung von Disp.-Ziff. 1, letzter Satz, und Disp.-Ziff. 2 des Regierungsratsbeschlusses vom 19. April 2011. Zudem seien Disp.-Ziff. 4, 7 und 9 der Ausnahmebewilligung des Amts für Landwirtschaft vom 15. Juli 2010 aufzuheben. Wie schon vor dem Verwaltungsgericht ersucht der Beschwerdeführer um Bewilligung für den Anbau des Schopfs an der Südseite des Gadenhauses, den Einbau der Dachflächenfenster im Ökonomieteil und den Abstellraum an der Westseite der Remise. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
In einer Eingabe vom 27. Dezember 2011 macht der Beschwerdeführer das Bundesgericht auf eine vorgesehene Lockerung des eidgenössischen Raumplanungsgesetzes aufmerksam.
Der Gemeinderat von Muotathal hat sich nicht vernehmen lassen. Das Amt für Landwirtschaft des Kantons Schwyz verzichtet unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid und seine Vernehmlassungen im kantonalen Verfahren auf eine Stellungnahme, während der Regierungsrat auf Abweisung der Beschwerde schliesst, soweit darauf eingetreten werden könne. Das kantonale Verwaltungsgericht beantragt ebenfalls, die Beschwerde sei abzuweisen.
Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) weist in seiner Stellungnahme auf die grundsätzliche Bedeutung hin, die der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands ausserhalb der Bauzonen zukommt.
In seiner weiteren Eingabe vom 2. März 2012 hält der Beschwerdeführer sinngemäss an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251). Die Eingabe des Beschwerdeführers ist darum trotz falscher Bezeichnung als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegen zu nehmen. Der Beschwerdeführer als Grundeigentümer, dem die nachträgliche Baubewilligung für seine diversen Aus- und Anbauten verweigert und Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands gesetzt wurde, ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde - unter Vorbehalt von E. 1.2 und 1.3 hiernach - einzutreten ist.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung; dazu <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.3 Nicht einzutreten ist auf die Anträge des Beschwerdeführers, wonach auch der Regierungsratsbeschluss vom 19. April 2011 und die Ausnahmebewilligung des Amts für Landwirtschaft vom 15. Juli 2010 partiell aufzuheben seien. Als Folge des im Beschwerdeverfahren geltenden Devolutiveffekts hat das Urteil des Verwaltungsgerichts diese Entscheide ersetzt. Sie gelten inhaltlich als mit angefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
2. Das Verwaltungsgericht hat zunächst die Zonenkonformität des zu beurteilenden Betriebs verneint: Er erfülle die Anforderungen an ein landwirtschaftliches Gewerbe im Sinne von Art. 7 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht (BGBB; SR 211.412.11) nicht mehr und sei als Freizeitlandwirtschaft einzustufen.
Der Beschwerdeführer wendet dagegen ein, im Zeitpunkt, als die Bauarbeiten ausgeführt worden seien, sei er noch nicht invalid gewesen, weshalb sein Betrieb damals noch über den erforderlichen Standardarbeitskraft-Wert (SAK-Wert) verfügt habe. Heute seien es noch 0.273 bzw. 0.339 SAK. Damit handle es sich um einen Nebenerwerbsbetrieb. Zudem wolle er, der Beschwerdeführer, den Betrieb für seine Kinder - von denen zwei noch minderjährig sind - in der Substanz erhalten.
2.1 Vorab ist festzuhalten, dass für die Beurteilung der Bewilligungsfähigkeit frühestens auf den Zeitpunkt der Gesuchseinreichung abzustellen ist. Der Beschwerdeführer hat sich selber zuzuschreiben, dass er die Änderungen und Anbauten ohne vorheriges Baugesuch ausgeführt hat. Die kantonalen Behörden haben ihren Entscheiden zu Recht den Sachverhalt und die rechtliche Ausgangslage zu Grunde gelegt, wie sie sich 2007 präsentierten.
2.2 Der Beschwerdeführer wiederholt über weite Teile, was er bereits vor Verwaltungsgericht vorgetragen hat. Damit vermag seine Eingabe den Rügeanforderungen kaum zu genügen, zeigt er doch nicht auf, inwiefern die Vorinstanz Bundes- oder Verfassungsrecht verletzt haben soll. Für die bau- und planungsrechtliche Beurteilung nicht relevant sind die Umstände, die zur Invalidität des Beschwerdeführers geführt haben. Auf diese Ausführungen ist nicht einzutreten.
2.3 Zur Frage, ob es sich beim Betrieb des Beschwerdeführers um einen existenzfähigen Landwirtschaftsbetrieb handelt, zitiert das Verwaltungsgericht zutreffend das Urteil 1A.184/2006 des Bundesgerichts vom 15. Februar 2007. In dessen E. 2.2 hält das Bundesgericht fest, dass die Bewilligung von zonenkonformem Wohnraum nur für landwirtschaftliche Gewerbe im Sinne von <ref-law> in Frage kommt (BUNDESAMT FÜR RAUMENTWICKLUNG, Erläuterungen zur Raumplanungsverordnung, Bern 2005, Ziff. IV 2.3.1 S. 31). Als landwirtschaftliches Gewerbe gilt eine Gesamtheit von landwirtschaftlichen Grundstücken, Bauten und Anlagen, die als Grundlage der landwirtschaftlichen Produktion dient und zu deren Bewirtschaftung, wenn sie landesüblich ist, mindestens drei Viertel einer Standardarbeitskraft nötig sind. Der Bundesrat legt die Faktoren und die Werte für die Berechnung einer Standardarbeitskraft in Abstimmung mit dem Landwirtschaftsrecht fest. Weiter sieht Art. 34 Abs. 4 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) in allgemeiner Weise vor, dass die Bewilligung nur erteilt werden darf, wenn die Baute oder Anlage für die in Frage stehende Bewirtschaftung notwendig ist (lit. a), wenn der Baute oder Anlage am vorgesehenen Standort keine überwiegenden Interessen entgegenstehen (lit. b) und wenn der Betrieb längerfristig bestehen kann (lit. c).
2.4 Wie erwähnt macht der Beschwerdeführer geltend, er sei in der Lage, mit Hilfe seiner Familienangehörigen 0.273 SAK zu leisten. Dazu komme der zum Landwirtschaftsbetrieb gehörende Berg- und Schutzwald von 2.5 ha. Zum Betrieb gehörten zudem zwei Pferde und sechs Ziegen. Dieser befinde sich oberhalb der Limite von 0.25 SAK, weshalb er berechtigt wäre, Direktzahlungen zu beziehen. Wie das Bundesgericht aber im vorzitierten Urteil in Erwägung gezogen hat, stellt die landwirtschaftliche Bewirtschaftung im Sinne des RPG nicht auf die Kriterien der Landwirtschaftlichen Begriffsverordnung vom 7. Dezember 1998 (LBV, SR 910.91) bzw. des Bundesgesetzes über die Landwirtschaft vom 29. April 1998 (LwG; SR 901.1) ab, weshalb Direktzahlungen nicht ein untrügliches Indiz dafür sind, dass ein Betrieb längerfristig bestehen kann. Auch ist der Arbeits- bzw. Zeitaufwand nicht allein ausschlaggebend für die Charakterisierung eines Hofs als landwirtschaftlicher Betrieb, kann doch der zeitliche Aufwand für Freizeitbeschäftigungen durchaus beträchtlich sein (vgl. Urteil 1A_184/2006 vom 15. Februar 2007 E. 2.3 und 2.4). Vorliegend ist aber insbesondere die Betriebsnachfolge nicht gesichert. Die entsprechenden Angaben des Beschwerdeführers bleiben vage, zumal gemäss seinen eigenen Ausführungen zumindest zwei seiner Kinder noch minderjährig sind. Gesicherte Daten, welche das längerfristige Überleben des Betriebs belegen würden, fehlen. Die Rentabilität ist mehr als fraglich, und die neu vorgebrachte allfällige Beitragspflicht an die Bauernvereinigung des Kantons Schwyz hat keinen Einfluss auf die raumplanungsrechtliche Beurteilung. Es ist dem Verwaltungsgericht darum nicht vorzuwerfen, wenn es dem Betrieb des Beschwerdeführers die Eigenschaft als landwirtschaftlicher Betrieb im Sinne des RPG abgesprochen hat. Auf die entsprechenden Erwägungen E. 3.1-3.3 des angefochtenen Entscheids kann verwiesen werden (<ref-law>).
3. Das Verwaltungsgericht hat es nicht dabei bewenden lassen, sondern auch geprüft, ob die vorgenommenen baulichen Arbeiten unter einem anderen Titel bewilligt werden können, insbesondere gemäss Art. 24d RPG i.V.m. <ref-law>. Dazu hatte das ALW bereits befunden, 1993 sei eine wesentlich grössere Nutzflächenerweiterung bewilligt worden, als heute gestützt auf diese Normen bewilligt werden könnte.
3.1 Der Beschwerdeführer macht wie schon vor der Vorinstanz geltend, der Anbau des Abstellraums ("Siloballenraum") sei als Ersatz für das Futter-Hochsilo erstellt worden. Die Versetzung des letzteren sei bewilligt worden. Der Beschwerdeführer sei darauf angewiesen, das Futter in Siloballen zu konservieren, weil angesichts der Schattenlage schon ab August kein Dörrfutter mehr produziert werden könne. Der Holzschopf wiederum stelle den Ersatz für drei zuvor bestehende Holzlager dar, deren Fläche ungefähr derjenigen des Holzschopfs entspreche. Die Holzlager seien durch "höhere Gewalt", nämlich durch Schneelast zerstört worden.
3.2 Auch mit diesen Vorbringen hat sich das Verwaltungsgericht hinlänglich auseinandergesetzt. Es hat die Grundsätze, welche für die Zulässigkeit eines Wiederaufbaus gelten, richtig zitiert. Der Wiederaufbau einer abgebrochenen oder zerstörten Baute ausserhalb der Bauzone kam nach der Rechtsprechung zu Art. 24 Abs. 2 aRPG nur in Betracht, wenn das alte Bauwerk im Zeitpunkt seines Untergangs noch bestimmungsgemäss nutzbar war und an seiner weiteren Nutzung ein ununterbrochenes Interesse bestand (Entscheid des Bundesgerichts vom 7. März 1994 in: ZBl 96/1995 S. 186 E. 3b; vgl. auch <ref-law>). Zudem musste die Ersatzbaute in der Grösse und der Nutzung die wesentlichen Züge des bisherigen Gebäudes wahren. Gleiches gilt auch unter den neuen Bestimmungen von <ref-law>. Das bedeutet, dass eine Erweiterung gegenüber der alten Baute nur in dem Umfang zulässig ist, als die Identität erhalten bleibt und noch von einer teilweisen Änderung gesprochen werden kann (<ref-ruling> E. 3a; vgl. auch Art. 42 Abs. 1-3 RPV). Ausserdem ist die Identität des Ersatzbaus auch in örtlicher Hinsicht zu wahren. Der Standort der neuen Baute darf daher nicht erheblich von demjenigen des untergegangenen Gebäudes abweichen (vgl. <ref-law>). Die Rechtsprechung sieht indessen davon ab, das zulässige Mass der räumlichen Verschiebung des Ersatzbaus generell zu umschreiben, da die verlangte Wahrung der Identität von den konkreten örtlichen Gegebenheiten abhängt (siehe <ref-ruling> E. 3a S. 212 mit Hinweisen).
3.3 Vor diesem Hintergrund hat das Verwaltungsgericht einen zulässigen Wiederaufbau verneint. Einerseits befand es die vorbestehenden Holzlager als nicht stabil genug, um grossen Schneemengen zu widerstehen, andererseits erachtete es auch den Unterhalt als nicht genügend. Da der neue Holzschopf anstelle von drei vorbestehenden errichtet worden sei und zudem einen anderen Standort einnehme, könne es sich schon aus diesem Grunde nicht um einen Wiederaufbau im Rechtssinne handeln. Das Gleiche gelte für den Remiseanbau, der über keine Wesensähnlichkeit mit dem Silo verfüge und auch von seiner Zweckbestimmung her ein Silo nicht ersetzen könne. Es sei daher irrelevant, ob überhaupt einmal rechtmässig ein Silo vorhanden gewesen sei.
3.4 Der Beschwerdeführer bestreitet diese zutreffende und überzeugende Argumentation nicht, sondern wiederholt seine im Vorverfahren gemachten Ausführungen. Ein Blick in die Akten macht deutlich, dass keinesfalls von einem Wiederaufbau im Sinne des Gesetzes die Rede sein kann. Die vorbestehenden Holzunterstände (Beilage 5 zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde) weisen nicht die geringste Ähnlichkeit mit dem neuen Holzschopf auf (Beilage 9 zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde). Es scheint auch nicht erstaunlich, dass sie einer grösseren Schneemenge nicht zu trotzen vermochten, vermitteln doch die Bilder aus den Jahren 1994 und 1995 den Eindruck von recht baufälligen Unterständen. Auch der Remiseanbau lässt sich in keiner Weise mit dem eigentlichen Silo vergleichen (Beilage 8 zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde). Die Würdigung des Verwaltungsgerichts ist zu bestätigen.
3.5 Der Beschwerdeführer beruft sich überdies erneut darauf, er habe beim Leiter der Bauverwaltung Muotathal nachgefragt, ob er den vom Schnee eingedrückten Holzschopf ersetzen dürfe, was bejaht worden sei. Das Verwaltungsgericht hat dazu bereits festgehalten, dass es dem Beschwerdeführer bewusst sein musste, dass der Leiter der Bauverwaltung für eine solche bindende Antwort nicht zuständig war. Überdies habe die Anfrage offenbar nur den Ersatz eines bestehenden Holzschopfs betroffen, nicht aber deren drei. Somit sei die Anfrage nicht hinreichend konkret gewesen. Der Beschwerdeführer könne aus dem Vertrauensschutz nichts zu seinen Gunsten herleiten. Dieser Beurteilung, die in Übereinstimmung mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung steht, ist nichts beizufügen (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 636 ff.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 170; je mit Hinweisen), zumal sich der Beschwerdeführer auch in diesem Punkt nicht weiter mit dem angefochtenen Urteil auseinandersetzt.
3.6 Zu den formell rechtswidrig eingebauten Dachziegeln hat das Verwaltungsgericht in Erwägung gezogen, nachdem auf den im Baubewilligungsgesuch im Jahr 1993 eingereichten Plänen im Ökonomieteil noch keine Dachfenster eingezeichnet seien, sei darauf zu schliessen, diese seien zu diesem Zeitpunkt noch nicht erstellt gewesen. Gemäss der Bewilligung des Meliorationsamts vom 10. Dezember 1993 hätten das ganze Gadenhaus und die Remise "mit Ziegeln oder Eternit" gedeckt werden müssen. Da im Dachstock des Ökonomiegebäudes keine Tiere untergebracht seien, sondern zonenfremd Sanitärmaterial gelagert werde, komme eine nachträgliche Bewilligung für die widerrechtlich erstellten Dachfenster nicht in Frage. Eine zonenkonforme Nutzung des Dachstocks sei schliesslich nach der weitgehenden, invaliditätsbedingten Aufgabe des Landwirtschaftsbetriebs nicht absehbar. Darin ist das Verwaltungsgericht ebenfalls zu schützen, bringt doch der Beschwerdeführer keine Gründe vor, die eine Verfassungs- oder Bundesrechtswidrigkeit erkennen lassen würden. Im Gegenteil, die Befürchtung der kantonalen Instanzen, dass das Dachgeschoss aufgrund der besseren Beleuchtung zu einem Wohnraum umgenutzt werden könnte, ist durchaus nachvollziehbar.
3.7 Soweit sich der Beschwerdeführer auf Änderungen in der Gesetzgebung beruft, ist der Vollständigkeit halber festzuhalten, dass diese bis anhin nicht in Kraft sind. Sie finden denn auch nicht im Sinne einer Vorwirkung Anwendung auf das hier zu beurteilende Verfahren. Ausserdem ist nicht erkennbar, inwiefern die strittigen Bauten von den gesetzlichen Neuerungen profitieren könnten. Auf das Vorbringen ist daher nicht weiter einzugehen.
4. Zusammenfassend gilt es zu beachten, dass die vom Beschwerdeführer vorgenommenen baulichen Massnahmen eines der wichtigsten Prinzipien des Raumplanungsrechts des Bundes empfindlich verletzen, nämlich den Grundsatz der Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet (<ref-ruling> E. 6.4 S. 40; <ref-ruling> E. 6b S. 225). Das Verwaltungsgericht hält dem Beschwerdeführer treffend entgegen, das Amt für Landwirtschaft habe sich mit der Ausnahmebewilligung vom 15. Juli 2010 grosszügig gezeigt. Dass dem Verhältnismässigkeitsprinzip hinreichend Rechnung getragen wurde, zeigt die Vorinstanz in den Erwägungen E. 5.2-5.6 des angefochtenen Urteils in überzeugender Weise auf. Darauf kann wiederum verwiesen werden (<ref-law>). Der diesbezügliche Verweis des Beschwerdeführers auf seine bisherigen Eingaben genügt den gesetzlichen Rügeanforderungen im Übrigen nicht (vgl. E. 1.2 hiervor).
5. Demzufolge ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer für die bundesgerichtlichen Kosten aufzukommen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Muotathal, dem Amt für Landwirtschaft, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. April 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber