Faits:
A. A.a Par ordonnance du 9 décembre 2009, le Ministère public genevois a ordonné en faveur de l'Etat la confiscation de 4.5 millions de francs enregistrés sur trois comptes bancaires ouverts auprès d'UBS SA et détenus l'un conjointement par feu A._ et B._, un autre par Y._ et le dernier conjointement par feu A._ et X._.
A.b Statuant par jugement du 2 septembre 2010 sur l'opposition formée à l'encontre de cette ordonnance, le Tribunal de police du canton de Genève a confirmé la confiscation en faveur de l'Etat des soldes des comptes précités.
B. Par arrêt du 16 juin 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a rejeté les appels formés par X._ et par Y._. En bref, il ressort les éléments suivants de cet arrêt.
Feu A._ était le maître spirituel d'un mouvement dénommé C._, appelé aussi D._. Ce mouvement, dont le siège était localisé au domicile officiel de feu A._ aux Etats-Unis, était implanté dans de nombreux pays. En Suisse, l'association D._ Suisse romande (D._ SR) avait été fondée par l'un des adjoints de feu A._, F._, en vue d'organiser les séminaires et congrès de Suisse romande. Parallèlement, une association locale avait été créée dans de nombreux cantons, notamment à Genève (D._ Genève) et Lucerne (D._ Lucerne). Fondées sous l'impulsion de feu A._, ces entités satellites étaient autonomes et assumaient leurs propres charges. Toutefois, le cas échéant, elles lui redistribuaient une grande partie des bénéfices. L'association de Genève possédait ses propres locaux à Genève, où y étaient dispensés des cours de C._ et prodigués des traitements par l'énergie universelle. Le mouvement C._ était fondé sur les concepts de l'énergie universelle et des chakras, inspirés du yoga. Jusqu'en 2001, l'enseignement du C._ était dispensé à raison de six niveaux distincts, puis d'une vingtaine à partir de cette date. Il consistait à ouvrir les chakras pour absorber l'énergie universelle afin d'aboutir progressivement à administrer un traitement par un transfert d'énergie, d'abord au moyen d'un contact physique, ensuite à distance. Le sixième niveau d'enseignement devait permettre aux élèves d'atteindre la « quatrième dimension ». Il était enseigné que la méthode de l'énergie universelle était en mesure de soigner, voire de guérir, toutes sortes de maladies, y compris des maladies graves (cancer, sida). Les adeptes du mouvement C._ étaient issus de toutes les couches sociales, leur point commun étant le plus souvent leur état de faiblesse physique ou psychique ou celui de leurs proches, qu'ils espéraient pouvoir guérir au moyen des techniques enseignées.
Les transferts d'énergie universelle, de même que le traitement par l'énergie, se faisaient gratuitement. En revanche, les cours et les séminaires étaient payants. Les tarifs des cours, progressifs, dépendaient du niveau suivi. Si les premiers niveaux étaient gratuits, les derniers pouvaient atteindre jusqu'à 2'000 fr., ce tarif ne comprenant ni les frais de déplacement, ni ceux de transport ou de nourriture. Seuls les cours des niveaux supérieurs étaient dispensés par feu A._, en personne ou par vidéo-conférence. Parallèlement, des séminaires annuels étaient organisés, les frais d'inscription se montant à quelques centaines de francs, dont le plus important avait eu lieu en janvier 1999 à Genève, auquel près de six mille personnes avaient assisté.
L'enquête avait mis en évidence qu'en Suisse, autant qu'en Belgique et en France, deux-tiers au moins des bénéfices issus des cours et des séminaires organisés par les associations locales mais présidés par feu A._ avaient été rétrocédés à ce dernier par le biais des comptes bancaires de ces organisations. Ces montants avaient été versés sur plusieurs relations bancaires ouvertes auprès d'UBS SA par feu A._. Un montant de près de 4'415'000 fr. avait ainsi été crédité entre le 29 décembre 1995 et le 19 janvier 1999.
C. X._ - agissant en son nom et comme exécutrice testamentaire de la succession de feu A._ - et Y._ forment chacun un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Ils concluent, sous suite de dépens, à son annulation et à sa réforme en ce sens qu'aucune confiscation n'est ordonnée.
Invités à se déterminer sur les recours, la Chambre pénale s'est référée à son arrêt, tandis que le Ministère public a conclu au rejet. Dans leurs répliques, Y._ et X._ ont persisté dans leurs conclusions.

Considérant en droit:
1. Les deux recours ont un contenu similaire sur plusieurs points et sont dirigés contre la même décision. Il se justifie de les joindre et de statuer par un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
2. Invoquant les art. 29 Cst. et 6 CEDH, la recourante X._ se plaint d'une violation du principe de célérité pour le motif que l'instruction de la cause s'était achevée en 1999 déjà et que plus rien ne s'était passé jusqu'à l'audition de feu A._ en 2006.
L'art. 29 al. 1 Cst. garantit notamment à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. A l'instar de l'art. 6 par. 1 CEDH qui n'offre à cet égard pas une protection plus étendue, cette disposition consacre le principe de la célérité, en ce sens qu'elle prohibe le retard injustifié à statuer. Viole la garantie ainsi accordée, l'autorité qui ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable. Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard en particulier à la complexité de l'affaire, au comportement du requérant et à celui des autorités compétentes, ainsi qu'à l'enjeu du litige pour l'intéressé (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 277; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 331). Une violation du principe de célérité doit en principe être prise en compte au stade de la fixation de la peine. Le plus souvent, elle conduit à une réduction de la peine, parfois même à l'abandon de la poursuite (<ref-ruling> consid. 2a p. 140 s.).
La Chambre pénale a relevé que de nombreux actes d'instruction avaient été menés, en particulier dans le cadre de commissions rogatoires, qu'en raison des nombreux déplacements de feu A._ entre les Etats-Unis, l'Europe et l'Australie, il n'avait pu être interpellé par la police belge qu'en octobre 2005 et extradé en Suisse le 10 janvier 2006. Il avait été inculpé le même jour par le juge d'instruction genevois (cf. arrêt attaqué p. 16).
Il n'apparaît ainsi pas que l'on puisse reprocher de temps morts à l'autorité d'instruction, le temps écoulé apparaissant essentiellement lié aux difficultés à pouvoir faire déférer feu A._ devant la justice pour l'inculper. A elles seules, les affirmations non étayées de la recourante ne suffisent pas à faire admettre une durée déraisonnable de la procédure. Quoi qu'il en soit, le prévenu étant décédé en août 2007, il n'apparaît pas que la recourante soit habilitée à invoquer dans la présente procédure autonome de confiscation que la procédure initiale contre le prévenu aurait été d'une durée excessive. A la suite du décès, la procédure a été transmise au Ministère public en mai 2008, lequel a rendu une ordonnance de confiscation le 9 décembre 2009. Il est vrai que le temps écoulé entre la transmission au Ministère public et son ordonnance de confiscation est relativement long. S'agissant toutefois d'une procédure autonome de confiscation à la suite du décès du prévenu, la recourante n'établit pas que le Ministère public serait, sans raison suffisante, demeuré inactif durant une longue période, étant précisé que le dossier de cette affaire est volumineux, incluant l'examen de multiples pièces et la discussion de plusieurs problèmes juridiques. Une violation du principe de la célérité n'est dès lors pas démontrée à suffisance de droit.
3. La recourante X._ soutient que le tribunal de police n'était pas impartial, le suspectant d'avoir pré-rédigé son jugement, qui a été rendu dans un délai très rapproché de la date d'audience. Elle relève en outre que le jugement ne tiendrait pas compte des déclarations des témoins entendus à l'audience.
3.1 La garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 Cst. et 6 CEDH permet d'exiger la récusation d'un juge dont la situation ou le comportement est de nature à faire naître un doute sur son impartialité (<ref-ruling> consid. 3a p. 73). Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du juge est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 608; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 21; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 25).
3.2 Saisie du même grief, la Chambre pénale a nié toute prévention des juges du tribunal de police.
3.3 L'audience s'est tenue le 2 septembre 2010. Le procès-verbal ne mentionne pas le début d'audience mais celle-ci a été suspendue une première fois à 9h10. Différents témoins ont été entendus durant la matinée. L'audience a été suspendue entre 12h40 et 14h. D'autres témoins ont été entendus l'après-midi, l'audience étant parfois suspendue entre deux témoignages. Les parties ont plaidé à l'issue de l'administration des preuves. Les débats se sont terminés à 19h50, la cause étant, selon le procès-verbal, gardée à juger, les parties ayant renoncé à la lecture publique du jugement. Le jugement rendu porte la date du 2 septembre 2010, soit le jour des débats. Rien ne laisse supposer que les juges n'auraient pas eu suffisamment de temps après les débats pour délibérer de manière régulière et arrêter leur décision. La recourante n'apporte pas le moindre indice en ce sens. Rien ne permet ainsi de supposer l'existence d'un jugement préalablement rédigé à ce moment. Le jugement a été envoyé le 15 septembre 2010. Le temps écoulé depuis la date d'audience jusqu'à l'envoi, soit plus de dix jours, ne permet pas non plus de suspecter que le jugement ait été rédigé à l'avance. La recourante n'apporte aucun élément susceptible de constituer un indice de prévention du tribunal. L'appréciation des témoins entendus à l'audience n'en constitue pas non plus un, les erreurs d'appréciation éventuellement commises devant être constatées et redressées dans le cadre des procédures de recours prévues par la loi et ne constituant pas un motif de prévention (<ref-ruling> consid. 3a p. 138). Le grief tiré d'une prévention du tribunal de police est dépourvu de fondement.
4. Les recourants se plaignent d'arbitraire dans l'appréciation des preuves. Selon eux, la Chambre pénale a procédé à une analyse tronquée des pièces et des témoignages pour retenir que la méthode de l'énergie universelle avait pour objectif trompeur de traiter voire de guérir les maladies.
4.1 Conformément à l'art. 105 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente. Le recours ne peut critiquer les constatations de celle-ci que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 97 al. 1 LTF). La notion de «manifestement inexacte» de cette disposition correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 314; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 153 et les arrêts cités). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, une décision est entachée d'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur le sens et la portée d'un tel élément, ou encore lorsqu'elle tire des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62 et les arrêts cités).
4.2 La Chambre pénale a relevé qu'il ressortait sans ambiguïté de divers textes (pièces 57 ss et 66 ss) que la pratique du C._ visait à guérir plusieurs maladies, qu'il existait à tout le moins un risque de confusion pour les adhérents, que les mises en scène d'apposition des mains sur un chakra déterminé étaient propres à leur faire penser qu'une technique de guérison était mise en place, que cette situation était renforcée par les faux titres de docteur en philosophie ou en science invoqués par feu A._ ou les responsables locaux. Elle a ajouté que la personne affaiblie ou malade, donc en détresse, à qui l'on faisait miroiter une guérison certaine se trouvait ainsi dans une situation d'infériorité et était trompée. La Chambre pénale a également exclu de pouvoir comparer le mouvement C._ à des cours de Qi-Gong ou de Reiki (cf. arrêt attaqué p. 21/22).
4.3 Comme le mentionnent les recourants, le contenu des pièces 57 ss et 66 ss n'apparaît que partiellement retranscrit dans l'arrêt attaqué. Il ressort effectivement de ces pièces que la technique de l'énergie universelle vise le traitement médical. Mais il y est aussi spécifié ce qui suit: "La technique de l'énergie universelle n'a pas la prétention de se comparer à la médecine officielle. Le cadre de l'énergie universelle vise seulement à apporter un supplément énergétique dans des cas de dysfonctionnement ou de carences énergétiques qui entraînent des maladies. Nous vous montrons simplement que dans telle ou telle maladie, on peut aider le corps en amenant de l'énergie supplémentaire selon les connaissances en énergie universelle. La médecine énergétique n'est nullement une panacée, elle est complémentaire à la médecine officielle. Ne changez en rien vos habitudes de consultation auprès de votre médecin" (pièce 60). Selon le passage d'un autre document, l'enseignement de l'énergie universelle "se combine avec la médecine orientale et la médecine occidentale pour aider l'humanité qui souffre de maladie et pour ramener le bonheur..." (pièce 80). Par ailleurs, plusieurs témoins entendus devant le tribunal de police (I._, J._, K._, L._) ont en substance relevé que l'enseignement n'était pas destiné à remplacer la médecine traditionnelle mais à trouver un équilibre intérieur et un épanouissement personnel.
L'approche de la Chambre pénale ne tient pas compte de tous les éléments de preuve à disposition. Les passages des textes ou les témoignages précités ne vont pas dans le sens de l'appréciation retenue en instance cantonale selon laquelle la méthode C._ visait uniquement à guérir des maladies en trompant les adhérents à cet égard. Sous plusieurs aspects, selon les témoins prénommés, la méthode tendait également à procurer un équilibre intérieur et du bien-être. On ne saurait déduire de leurs déclarations qu'ils auraient été trompés quant à l'objectif de la méthode C._, ni qu'ils se seraient trouvés dans une situation de détresse. La Chambre pénale ne s'exprime pas à cet égard et son appréciation des preuves est ainsi incomplète.
En omettant de prendre en compte et de discuter ces divers moyens de preuve, l'appréciation des preuves de la Chambre pénale est entachée d'arbitraire. Il lui incombera de procéder à une nouvelle appréciation globale dans le cadre du renvoi. Cela devrait amener à distinguer certaines situations, notamment quant aux objectifs que visaient les participants aux cours dès lors qu'il ne paraît pas d'emblée possible de retenir, au vu des témoignages précités, que tous les adhérents se trouvaient dans un état de détresse et avaient pour seul objectif d'obtenir une guérison pour eux-mêmes ou pour des tiers (cf. aussi infra consid. 5.5).
5. Les recourants contestent la confiscation prononcée. Ils nient la réalisation de la qualification d'escroquerie et consécutivement de blanchiment d'argent.
5.1 La Chambre pénale a retenu que l'argent confisqué provenait d'escroqueries (art. 146 CP), qui constituaient également le crime préalable permettant de retenir l'infraction de blanchiment d'argent (art. 305bis CP) (cf. arrêt attaqué p. 23-24). Elle a précisé que les montants confisqués sur les trois comptes auprès d'UBS SA représentaient les bénéfices des cours et enseignements, dont une part importante provenait de D._ SR (cf. arrêt attaqué p. 25).
5.2 Les faits susceptibles de justifier une confiscation étant antérieurs à l'entrée en vigueur de l'art. 70 al. 1 CP, la confiscation litigieuse est par conséquent régie par l'art. 59 ch. 1 al. 1 aCP, le régime prévu à l'art. 70 al. 1 CP n'étant pas plus favorable aux recourants (cf. art. 2 CP). Aux termes de l'art. 59 ch. 1 al. 1 aCP, le juge prononcera la confiscation de valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits.
La confiscation selon l'art. 59 ch. 1 aCP suppose donc, en premier lieu, la réalisation d'une infraction tant du point de vue objectif que subjectif, indépendamment de la punissabilité d'une personne déterminée (<ref-ruling> consid. 4.2.1). En outre, il doit exister un lien de causalité entre l'infraction et les valeurs patrimoniales, l'obtention des valeurs devant apparaître comme la conséquence directe et immédiate de l'infraction. Un tel lien existe en particulier lorsque l'obtention des valeurs patrimoniales constitue un avantage direct découlant de la commission de l'infraction (<ref-ruling> consid. 3c/cc; arrêt 6B_17/2011 du 18 juillet 2011 consid. 2).
5.3 La question à résoudre est de déterminer si les avoirs des comptes bancaires sont issus de la commission d'escroqueries, étant précisé que l'infraction de blanchiment d'argent aussi retenue n'a ici pas de portée propre pour ce qui concerne la confiscation, l'admission de la qualification de blanchiment d'argent dépendant de la réalisation d'un crime préalable, soit en l'occurrence les escroqueries.
5.4 Aux termes de l'art. 146 CP, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais, ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers. L'escroquerie présuppose donc que l'erreur ait déterminé la victime à disposer de son patrimoine ou du patrimoine d'un tiers. Il faut ainsi un acte de disposition effectué par la dupe et un lien de motivation entre cet acte et l'erreur (<ref-ruling> consid. 2e/aa p. 256 s.).
En cas d'escroqueries commises en série, le juge doit se prononcer sur les différentes affaires en cause, mais lorsque celles-ci se présentent de manière analogue du point de vue des circonstances et ne diffèrent guère du point de vue des lésés, un renvoi aux considérations générales sur l'astuce peut suffire (<ref-ruling> consid. 5a).
En cas d'escroqueries commises en série, le juge doit se prononcer sur les différentes affaires en cause, mais lorsque celles-ci se présentent de manière analogue du point de vue des circonstances et ne diffèrent guère du point de vue des lésés, un renvoi aux considérations générales sur l'astuce peut suffire (<ref-ruling> consid. 5a).
5.5 5.5.1 En l'espèce, il se déduit de la solution adoptée par la Chambre pénale que tous les adhérents au mouvement C._ ont été considérés comme lésés par une escroquerie, sans exception. L'arrêt attaqué ne donne aucun détail sur les personnes lésées. Aucune liste n'est établie. Si, comme indiqué ci-dessus (consid. 5.4), une certaine souplesse est admise quant à la motivation en cas d'escroqueries commises en série, cela ne dispense cependant pas le juge d'apporter des précisions. Il ressort notamment des faits retenus qu'un séminaire a été organisé à Genève en 1999 et qu'il a réuni 6'000 participants. On ne peut guère d'emblée admettre, à défaut de tout détail, que tous les participants ont été astucieusement trompés. Si l'on se réfère aux témoignages précités qui n'évoquent pas une guérison comme objectif mais une recherche de bien-être (cf. supra, consid. 4), il est douteux que tous les participants aient été abusés parce qu'ils se seraient trouvés en situation de détresse et attendaient une guérison pour eux ou des tiers. La Chambre pénale s'est contentée de cette seule explication générale (cf. arrêt attaqué p. 22 in fine et 23), qui est insuffisante.
5.5.2 Aucune plainte n'a été déposée en Suisse. Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de relever que l'absence de plainte n'est pas forcément déterminante, l'escroquerie étant poursuivable d'office (arrêt 6S.269/2001 du 7 mai 2001 consid. 2c). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a admis la qualification d'escroquerie à l'égard de lésés qui avaient été trompés sur la réalité d'une opération chirurgicale prétendument pratiquée à main nue. La tromperie portait sur l'absence de caractère réel de la prestation fournie (l'opération). Il ressort en outre de cet arrêt que le cercle des lésés était circonscrit et que les montants obtenus indûment étaient identifiés. De telles précisions font défaut dans le cas d'espèce. Selon les constatations cantonales, une part importante des actifs bancaires confisqués provenait de D._ SR (cf. arrêt attaqué p. 25), soit la section pour la Suisse romande. Il ressort cependant également de l'arrêt cantonal que les comptes bancaires dont la confiscation a été ordonnée disposaient de 4'415'000 fr., dont 1'930'000 fr. versés par D._ SR et 918'000 fr. par des associations de C._ étrangères (cf. arrêt attaqué p. 5 1er §). La part versée par la section en Suisse romande apparaît ainsi représenter moins de la moitié des avoirs bancaires. Comme vu ci-dessus (supra consid. 5.5.1 ), il n'est à ce stade pas établi que les montants obtenus en Suisse romande découleraient dans leur intégralité d'escroqueries. L'arrêt attaqué ne contient pas non plus d'informations sur les montants obtenus à l'étranger. Rien ne permet en l'état de les rattacher à des infractions, condition requise pour pouvoir prononcer une confiscation (supra consid. 5.2 in fine).
5.6 Il résulte de ce qui précède que l'arrêt attaqué ne contient pas les constatations de fait nécessaires pour permettre au Tribunal fédéral de contrôler si le droit fédéral a été correctement appliqué. Il y a donc lieu de renvoyer la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle détermine pour quels cas une escroquerie peut être retenue et indique quels sont les montants en relation avec une telle infraction.
6. Compte tenu de l'issue du litige, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur les considérations du recourant relatives à la prescription du droit de confisquer.
7. Le recours de Y._ est admis alors que celui de X._ l'est partiellement. Vu l'issue de la procédure, il ne sera pas perçu de frais (art. 66 al. 4 LTF) et le canton de Genève versera à chaque recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF), celle allouée à X._ étant réduite pour tenir compte de ce que son recours n'est que partiellement admis.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 6B_549/2011 et 6B_563/2011 sont jointes.
2. Le recours 6B_549/2011 est partiellement admis et le recours 6B_563/2011 est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Une indemnité de 3'000 fr., à verser au recourant Y._ à titre de dépens, et une indemnité de 1'500 fr., à verser à la recourante X._ à titre de dépens, sont mises à la charge du canton de Genève.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 3 avril 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Gehring