Faits:
A. N._, née en 1960, a travaillé en qualité de femme de ménage et de concierge. Le 7 février 2000, elle a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité, sous la forme d'une rente, invoquant souffrir d'une atteinte au poignet. Instruisant la cause, l'office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'OAI) a confié un examen clinique bidisciplinaire à son service médical régional (SMR). Dans leur rapport du 21 février 2002, les médecins du SMR ont posé le diagnostic de séquelles de multiples opérations suite à un traumatisme du poignet droit avec instabilité radio-cubitale distale, probable épicondylite secondaire, pygialgie banale sur probable dysfonction sacro-iliaque D et status après strumectomie totale, hypoparathyroïdisme secondaire probable. Ils ont évalué la capacité résiduelle de travail de l'assurée dans les activités de concierge et de femme de ménage à 50 %, compte tenu de ses limitations fonctionnelles (impossibilité de soulever des charges lourdes, d'exécuter des mouvements fins de la main droite de façon répétitive) qui entraînaient une diminution du rendement. En revanche, dans une activité plus légère, sans port de charges et sans mouvements répétitifs en force avec le poignet ou le coude droit, la capacité de travail pouvait atteindre 70 %.
Il ressort d'un rapport de la division administrative de l'OAI du 21 février 2003 que depuis 1993, l'assurée et son mari travaillaient en qualité de concierge de l'immeuble dans lequel ils habitaient à raison de 43 heures par mois, dont 80 % étaient assumés par N._, soit un taux d'activité de 20 %. L'assurée travaillait le reste du temps en tant que femme de ménage. Avant son incapacité de travail survenue en 1999, l'assurée était active à raison de 70 %. Celle-ci a cependant précisé que si elle était en bonne santé, elle travaillerait à 100 %. Lors de l'établissement du rapport, N._ poursuivait son activité de concierge à raison de huit heures par semaine, soit un taux de 20 %. Cette activité était un peu lourde mais avait l'avantage de pouvoir être effectuée par petites tranches, en fonction de ses possibilités. Elle se faisait aider par ses enfants pour les tâches plus lourdes. N._ désirait à tout prix conserver cette activité car la location de son appartement à un prix avantageux était strictement liée au poste de concierge. La division administrative de l'OAI a retenu qu'outre son activité de concierge exercée au taux de 20 %, l'assurée pouvait mettre en valeur une capacité de travail résiduelle de 50 % dans une activité adaptée. Vu l'absence de qualifications et les limitations fonctionnelles de l'assurée, l'OAI a proposé des activités légères de contrôle et de surveillance en grande surface, lesquelles s'exerçaient au maximum à 50 %, ainsi que des postes de vendeuse en kiosque ou en boulangerie. Dans de telles activités exercées à mi-temps, l'assurée pouvait obtenir un revenu moyen de 19'319 fr. par année, auquel il fallait ajouter le revenu effectif en tant que concierge au taux de 20 %, soit 10'272 fr. Le revenu d'invalide en 2002 était de 29'591 fr. pour un taux d'activité total de 70 %. Quant au revenu sans invalidité, il était difficile à établir, compte tenu des multiples emplois à temps partiel exercés par l'assurée avant la survenance de son atteinte à la santé. Cette dernière ayant toujours travaillé comme femme de ménage, l'OAI proposait de retenir un revenu hypothétique de 41'182 fr. en 2002, soit un salaire horaire de 18 fr. pour 44 heures de travail hebdomadaire, correspondant au salaire du personnel d'entretien sans qualification selon la Convention collective de travail en 2002.
En traitement dès le 27 mai 2003 auprès du docteur D._, de l'unité de chirurgie de la main à l'Hôpital X._, N._ a été opérée par ce dernier du poignet droit le 5 septembre 2003. Le 1er juin 2004, ce médecin a indiqué que les limitations fonctionnelles concernaient toutes activités manuelles exigeant de la dextérité ou de la force, la capacité de travail dans une activité légère ne sollicitant pas le membre supérieur droit ayant toutefois été fixée à 100 %. Le 5 juillet 2004, le docteur D._ a encore précisé qu'il y avait récupération complète de la mobilité du coude et de l'avant-bras, mais que la force de serrage était réduite de moitié à droite.
Par décision du 20 juillet 2004, l'OAI a refusé tout droit à la rente. Il retenait que dans une activité adaptée, sans efforts avec la main droite et sans port de charges, la capacité de travail de l'assurée était de 70 %. Dans une activité de surveillante de magasin ou de vendeuse en kiosque ou en boulangerie exercée à 50 % ainsi que dans l'activité de concierge, l'assurée pouvait prétendre un gain annuel de 29'591 fr. Comparé au revenu sans invalidité retenu par sa division administrative de 41'182 fr., l'OAI a fixé le degré d'invalidité à 28,14 %, lequel n'ouvrait pas droit à une rente. L'assurée a formé opposition contre cette décision, contestant les revenus sans et avec invalidité retenus par l'OAI. Elle a notamment fait valoir que son revenu sans invalidité devait être évalué en additionnant son revenu issu de l'activité de concierge au salaire moyen réalisé par une femme de ménage employée à 80 % et non pas sur la base du salaire d'une femme de ménage occupée à 100 %. L'OAI a ainsi précisé qu'en tenant compte d'un salaire de femme de ménage à 80 % selon la CCT et du salaire effectif de l'assurée en qualité de concierge à 20 %, son revenu sans invalidité s'élèverait à 43'217 fr., lequel, comparé au revenu d'invalide de 29'591 fr., laissait apparaître une perte de gain de 32 %. Par une nouvelle décision du 9 juin 2005, l'OAI a rejeté l'opposition et confirmé son refus d'octroyer une rente d'invalidité.
B. N._ a recouru contre la décision sur opposition du 9 juin 2005 en concluant, principalement, à son annulation ainsi qu'à l'octroi d'une rente entière d'invalidité dès le 18 janvier 1999; subsidiairement, elle a conclu à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité à partir du 18 janvier 1999.
Par jugement du 20 septembre 2006, notifié le 27 novembre suivant, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours.
C. N._ a interjeté un recours de droit administratif contre ce jugement en concluant, sous suite de dépens, à son annulation ainsi qu'à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité dès le 18 janvier 1999.
Le Tribunal fédéral a renoncé à procéder à un échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. La loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 1205, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 395).
2. Le jugement entrepris porte sur des prestations de l'assurance-invalidité, de sorte que le Tribunal fédéral examine uniquement si l'autorité cantonale de recours a violé le droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation, si les faits pertinents ont été constatés de manière manifestement inexacte ou incomplète ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 al. 2 OJ [dans sa teneur selon le ch. III de la loi fédérale du 16 décembre 2005 portant modification de la LAI, en vigueur depuis le 1er juillet 2006], en relation avec les art. 104 let. a et b, ainsi que 105 al. 2 OJ).
3. Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales et les principes jurisprudentiels concernant les notions d'incapacité de gain (<ref-law>) et d'invalidité (<ref-law> et 4 al. 1 LAI), l'évaluation de cette dernière chez les assurés actifs, l'échelonnement des rentes (<ref-law>), la valeur probante des rapports médicaux, la libre appréciation ou l'appréciation anticipée des preuves, les facteurs psychosociaux ou socioculturels et l'obligation générale faite aux assurés d'entreprendre tout ce qui est en leur pouvoir pour diminuer le dommage. Il suffit donc d'y renvoyer.
4. 4.1 Les premiers juges ont retenu, de manière à lier la Cour de céans (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 397), qu'au vu des pièces médicales se trouvant au dossier, la recourante pouvait encore mettre à profit une capacité de travail de 100 % dans une activité adaptée respectant ses limitations fonctionnelles. Ils ont cependant admis que l'OAI fixe cette capacité résiduelle de travail à 70 %, afin de tenir compte de la situation particulière de l'assurée, laquelle exerçait une activité de concierge qu'elle souhaitait conserver à tout prix mais qui ne mettait pas pleinement à profit sa capacité de travail exigible.
Cette motivation est convaincante et il n'y a pas lieu de s'en écarter. Aussi, les griefs de la recourante en ce qui concerne l'appréciation de sa capacité résiduelle de travail dans une activité adaptée se fondent, à tort, sur l'ancien art. 132 let. b OJ, inapplicable au cas d'espèce, et ne font aucunement apparaître que la juridiction cantonale aurait retenu des faits pertinents de manière manifestement inexacte, incomplète ou en violation d'une règle de procédure (cf. consid. 2).
4.2 Examinant ensuite les revenus sans et avec invalidité fixés par l'intimé, les premiers juges ont confirmé le revenu sans invalidité de 43'217 fr., correspondant au salaire d'une femme de ménage employée à 80 % ainsi qu'au salaire de concierge au taux de 20 %. Au titre du revenu d'invalide, la juridiction cantonale s'est fondée sur les données statistiques de l'Enquête suisse sur la structure des salaires (ESS) en 2002. Elle a ainsi pris comme référence le salaire de 3'820 fr., correspondant à celui versé à des femmes pour des activités simples et répétitives dans le secteur privé en 2002 (TA1, ESS 2002), qu'elle a adapté à l'horaire usuel de travail de 41,7 heures, pour obtenir un montant de 3'982 fr. 35 par mois, soit un salaire annuel de 47'788 fr. 20 pour un plein-temps ou de 23'894 fr. 10 pour un taux d'activité de 50 %. Ce montant a encore été réduit de 10 % pour tenir compte du handicap au poignet droit présenté par la recourante et des restrictions fonctionnelles en découlant, ce qui laissait apparaître un revenu de 21'505 fr. 10, auquel il fallait encore ajouter le revenu de concierge de 10'272 fr. en 2002, soit un revenu d'invalide total de 31'777 fr. La comparaison des revenus donnait un taux d'invalidité de 26 % . En ce qui concerne le revenu de concierge, les premiers juges ont indiqué que le dossier faisait tantôt mention d'un montant de 10'272 fr., tantôt de 10'373 fr. mais que cette différence n'avait pas d'incidence décisive sur le résultat de la comparaison des revenus.
La juridiction cantonale a par ailleurs considéré que même en se fondant sur les données de l'ESS 2002 pour le revenu sans invalidité, soit 47'895 fr. 80 comme le demandait la recourante dans son recours, la comparaison avec le revenu d'invalide de 31'777 fr. donnait un degré d'invalidité insuffisant pour ouvrir droit à une rente. Le résultat de la comparaison des revenus n'ouvrait pas non plus droit à une rente si l'on retenait les revenus de l'ESS 1998 adaptés au niveau 2002. Il en allait de même si l'on se fondait, pour calculer le revenu sans invalidité, sur les revenus totaux résultant du compte individuel. Quelles que soient les données sur lesquelles la juridiction cantonale était en droit de se fonder, le résultat de la comparaison des revenus restait inférieur à 40 %.
4.3 Dans la mesure où la recourante conteste le revenu d'invalide déterminé sur la base d'une appréciation concrète des preuves, il s'agit d'une question de fait que le Tribunal fédéral revoit avec un pouvoir d'examen restreint (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 399). Or, là non plus il n'y a pas lieu de remettre en cause le résultat des constatations des faits opéré par l'instance précédente. La recourante ne démontre de toute façon pas en quoi la comparaison des revenus à laquelle ont procédé les premiers juges serait manifestement inexacte ou incomplète. Quoi qu'il en soit, même en tenant compte des données statistiques de l'ESS 2002 tant pour le revenu sans invalidité (47'788.20 x 80 % + 10'373 = 48'603 fr. 60) que pour le revenu d'invalide (47'788.20 x 50 % - 10 % + 10'373 = 31'877 fr. 70), on aboutit à un degré d'invalidité de 34 % (34.41 %), insuffisant pour ouvrir droit à une rente.
Au vu de ce qui précède, le recours s'avère par conséquent mal fondé.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit administratif est rejeté.
2. Les frais de justice, d'un montant de 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 14 novembre 2007
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz