Sachverhalt:
A. Am 16. Dezember 2010 stellte der ausserordentliche Staatsanwalt des Kantons Basel-Stadt Dr. Lienhard Meyer das von X._ gegen den Strafgerichtspräsidenten Dr. Lukas Faesch angeregte Strafverfahren ein.
Am 17. Juni 2011 wies die Präsidentin der Rekurskammer des Strafgerichts Basel-Stadt den von X._ gegen die Verfahrenseinstellung eingereichten Rekurs ab.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, diesen Rekursentscheid "in den substantiierten Sachpunkten" aufzuheben. Er verlangt den Ausstand der Bundesrichter Favre, Mathys und Jacquemoud-Rossari sowie die Aufhebung des Bundesgerichtsentscheids 6B_167/2011 vom 24. März 2011.
C. Der ausserordentliche Staatsanwalt und die Präsidentin der Rekurskammer verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer verlangt den Ausstand verschiedener Bundesrichter. Das Begehren ist gegenstandslos, weil die abgelehnten Richter nicht zum Spruchkörper gehören. Da es völlig unsubstantiiert ist, könnte darauf im Übrigen ohnehin nicht eingetreten werden.
1.2 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Rekursentscheid, welcher die Einstellung eines Strafverfahrens bestätigt. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer wäre befugt sie zu erheben, sofern sich der angefochtene Entscheid auf seine Zivilansprüche auswirken könnte (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Er legt dies indessen unter Verletzung der Begründungspflicht von <ref-law> mit keinem Wort dar, und es ist auch aufgrund der Anschuldigungen - Amtsmissbrauch, Rechtsverzögerung, "diverse Unkorrektheiten meiner Person gegenüber" - nicht ersichtlich, das dies der Fall sein könnte. Auf die Beschwerde ist mangels Legitimation nicht einzutreten.
1.3 Der Beschwerdeführer verlangt zudem die Aufhebung des Urteils 6B_167/2011 vom 24. März 2011 bzw. die Wiederaufnahme dieses Verfahrens. Rechtskräftige Urteile des Bundesgerichts können wegen inhaltlicher Mängel - "Rechtsstaatsverbrechen" - indessen einzig mit Revision im Sinne der <ref-law> angefochten werden. Der Beschwerdeführer macht keine Revisionsgründe geltend, sodass auf seine Eingabe auch als Revisionsbegehren nicht eingetreten werden könnte.
2. Auf die offensichtlich unbegründete Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem ausserordentlichen Staatsanwalt und dem Strafgericht Basel-Stadt, Präsidentin der Rekurskammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi