Sachverhalt:
A. A._ fuhr am 28. Oktober 1999 als Chauffeur eines Sattelschleppers im Schlafwagen des Zuges Nr. 111._ von Freiburg (D) herkommend Richtung Gotthard und wollte nach Mailand. Am 29. Oktober 1999, 00.30 Uhr, meldete B._, Fahrdienstleiter des Bahnhofs Arth-Goldau, der Kantonspolizei Schwyz telefonisch, dass ein Lokomotivführer auf der Strecke Brunnen-Sisikon, im Fronalptunnel, eine "Bahnleiche" bemerkt hätte. Die Kantonspolizei Schwyz fand gleichentags um 01.35 Uhr den schwer verletzten A._ im Fronalptunnel. Die polizeilichen Ermittlungen ergaben, dass A._ am 28. Oktober 1999 gegen 23.49 Uhr aus dem Zug gefallen sein muss. Da er nach Alkohol roch, wurde eine Blutentnahme angeordnet. Der ermittelte Blutalkoholgehalt zur Zeit der Blutentnahme um 03.30 Uhr betrug 1,18-1,31 Gewichtspromille. A._ erlitt durch den Unfall schwerste Verletzungen: ein schweres offenes Schädel-Hirn-Trauma, Hämatopneumothoraces beidseits, offene laterale Malleolarfraktur links, Metatarsale III-V-Köpfchenfrakturen links, Metatarsale V-Trümmerfraktur rechts sowie eine Scapulablattfraktur rechts.
Nachdem A._ bis am 25. November 1999 im Universitätsspital Zürich auf der Intensivstation behandelt worden war, wurde er in die Unfallklinik M._ (D) verlegt und hat sich dort bis am 11. Juli 2001 in stationärer Behandlung befunden. Bis dahin konnte er im Rollstuhl mobilisiert und eine sprachliche Kommunikationsfähigkeit durch Ein- bis Dreiwortsätze erreicht werden. Wegen der ausgeprägten Schluckstörung musste A._ mit einer Sonde ernährt werden. Das nervenärztliche Gutachten der Unfallklinik M._ kommt bereits am 19. Dezember 2001 zum Schluss, dass eine deutliche Besserung der Unfallfolgen in Zukunft nicht zu erwarten sei. Ein erneutes Gutachten vom 19. November 2003 hielt denn auch fest, dass gegenüber dem Vorgutachten vom 19. Dezember 2001 keine wesentliche Änderung eingetreten sei. Durch ein erneutes stationäres Heilverfahren könne keine nennenswerte Besserung des Unfallfolgezustandes erreicht werden. Um eine Verschlechterung zu verhindern, sollten die bisherigen Behandlungsmassnahmen wie krankengymnastische Übungsbehandlung, Ergotherapie und Pflege durch die Ehefrau weitergeführt werden. Bis zum 19. Januar 2004 war eine Besserung lediglich insoweit eingetreten, als A._ wieder selbständig schlucken konnte. Der Grad der Erwerbsunfähigkeit lag weiterhin bei 100 %. Im November 2005 konnte gleichwohl eine Befundverbesserung festgestellt werden. Im Bericht der Praxisklinik N._ vom 3. November 2005 wird ausgeführt, dass eine verbale Kontaktaufnahme mit A._ nun möglich sei. Er habe auch wieder gelernt zu essen und könne gestützt stehen.
B. Die Berufsgenossenschaft Z._ erhob am 13. September 2006 vor dem Bezirksgericht Schwyz Klage mit den Rechtsbegehren, die Schweizerischen Bundesbahnen SBB (Beschwerdeführerin 1) zu verpflichten, ihr Fr. 3'834'249.60 zu zahlen, nebst Zins zu 5 % von Fr. 1'225'781.10 entsprechend EUR 770'931.56 ab dem 29. Dezember 2002 sowie Zins zu 5 % von Fr. 20'033.90 ab dem 16. Juni 2006 und Zins zu 5 % von Fr. 2'588'434.60 entsprechend EUR 1'627'946.29 ab dem 16. Juni 2006.
Auf Antrag der Beschwerdeführerin 1 und mit Zustimmung der Beschwerdegegnerin beschränkte der Vizegerichtspräsident des Bezirks Schwyz mit Verfügung vom 4. Oktober 2006 das Prozessthema einstweilen auf die Frage der Haftung.
Am 4. Dezember 2006 verkündete die Beschwerdeführerin 1 der Y._ SA den Streit. Am 5. März 2007 trat diese dem Prozess als Nebenintervenientin bei.
Mit Urteil vom 17. Oktober 2008 stellte das Bezirksgericht Schwyz fest, dass die Beschwerdeführerin 1 aus dem Bahnunfall von A._ vom 29. (recte 28.) Oktober 1999 hafte.
Gegen dieses Urteil erklärten die Beschwerdeführerin 1 und die Nebenintervenientin Berufung an das Kantonsgericht Schwyz mit den Rechtsbegehren, das angefochtene Urteil des Bezirksgerichts Schwyz vom 17. Oktober 2008 aufzuheben. Es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin 1 aus dem Bahnunfall von A._ vom 29. (recte 28.) Oktober 1999 nicht hafte. Mit Urteil vom 25. August 2009 wies das Kantonsgericht die Berufungen ab und bestätigte das Urteil des Bezirksgerichts.
C. Die Beschwerdeführerin 1 beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und die Klage vom 13. September 2006 abzuweisen. Zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Nebenintervenientin (Beschwerdeführerin 2) erhob ebenfalls Beschwerde in Zivilsachen. Sie beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts vom 25. August 2009 und dasjenige des Bezirksgerichts vom 18. Oktober 2008 aufzuheben, die Klage abzuweisen und die fehlende Haftung der Beschwerdeführerin 1 für den Unfall vom 29. (recte 28.) Oktober 1999 festzustellen. Die Sache sei zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens an diese zurückzuweisen. Eventualiter sei die Sache umfassend der Vorinstanz zur erneuten Beurteilung zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in zwei separaten Antworten, die Beschwerden abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerden, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Die Beschwerden in den Verfahren 4A_220/2010 und 4A_222/2010 richten sich gegen das gleiche Urteil des Obergerichts des Kantons Schwyz vom 25. August 2009. Die beiden Beschwerdeführerinnen stellen zudem im Wesentlichen die gleichen Anträge und erheben weitgehend die selben Rügen. Teilweise decken sich ihre Beschwerdebegründungen wörtlich. Es rechtfertigt sich demnach, die Verfahren 4A_220/2010 und 4A_222/2010 zu vereinigen und die beiden Beschwerden in einem einzigen Entscheid zu beurteilen (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>).
2. Anfechtbar sind einzig Entscheide letzter kantonaler Instanzen (<ref-law>). Auf die Beschwerde der Beschwerdeführerin 2 kann deshalb nicht eingetreten werden, soweit sie die Aufhebung des Urteils des Bezirksgerichts beantragt.
3. Mit dem angefochtenen Urteil bejahte die Vorinstanz die Haftung der Beschwerdeführerin 1 dem Grundsatz nach. Dieser Entscheid über eine Vorfrage schliesst das Verfahren nicht ab, sondern stellt einen Zwischenentscheid dar (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.3 S. 127; Urteil 4A_48/2010 vom 9. Juli 2010 E. 1.3).
Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde nur beim Vorliegen einer der folgenden alternativen Voraussetzungen zulässig: wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>).
Vorliegend ist die erste Voraussetzung von <ref-law> erfüllt. Sollte das Bundesgericht die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerinnen teilen und demnach die Haftung verneinen, würde es die Klage abweisen und damit einen verfahrensabschliessenden Endentscheid fällen. Die Beschwerdeführerinnen legen überdies substanziiert dar, dass mit einem Endentscheid ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte, da namentlich umfangreiche medizinische Abklärungen getätigt bzw. aktualisiert werden müssten. Sie sehen es zudem für unumgänglich an, dass im internationalen Verhältnis (Regressforderung eines ausländischen Unfallversicherers) die rechtliche Qualifikation einzelner Schadenspositionen, die im schweizerischen Recht nicht anerkannt seien, mittels eines rechtsvergleichenden Gutachtens, das erhebliche Kosten auslösen würde, geklärt werden müsste.
Bei dieser Sachlage sind die Voraussetzungen von <ref-law> als gegeben zu betrachten, so dass der angefochtene Zwischenentscheid selbständig der Beschwerde unterliegt. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerden - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40 mit Hinweisen).
5. Mit Blick auf die formelle Natur des Gehörsanspruchs nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.2 S. 190) ist vorab die Gehörsrüge der Beschwerdeführerinnen zu prüfen. Sie erblicken eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darin, dass die Vorinstanz die beantragte Zeugeneinvernahme von C._, einem der letzten Fachexperten über den Wagentyp Y. 222._, abgelehnt habe. Sie hätten mit dieser Zeugeneinvernahme aufzeigen können, wie der Türschliessungsmechanismus der fraglichen Y._-Wagen funktionierte.
Die Vorinstanz verneinte eine Verletzung des rechtlichen Gehörs durch das Bezirksgericht. Zum einen habe die Beschwerdeführerin 1 nur unsubstanziiert vorgetragen, C._ verfüge über besondere Kenntnisse. Zum andern habe sie die beantragte Befragung von C._ damit begründet, dass dieser die Fragen beantworten könne, ob und mit welchem Kraftaufwand die Wagontüren hätten geöffnet werden können, wenn sie mit oder ohne Sicherheitsverschluss geschlossen gewesen wären, und ob im Zeitpunkt des Unfalls eine Türe nur hätte angelehnt sein können. Diese Fragen seien aber mit der Stellungnahme des Bundesamts für Verkehr (BAV) vom 25. März 2008 geklärt worden, insoweit sie von Relevanz seien. Die Beschwerdeführerin 1 lege nicht dar, inwiefern C._ zur Sachverhaltsfrage noch mehr hätte beitragen können, als bereits aufgrund der Stellungnahme des BAV vom 25. März 2008 bekannt gewesen sei, zumal sie diese als vollständig und schlüssig bezeichnet habe. Im Übrigen sei C._ Angestellter der Nebenintervenientin, weshalb seine Aussagen von vornherein mit Vorsicht zu würdigen wären.
Der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessende Anspruch auf Abnahme und Würdigung rechtzeitig und formrichtig angebotener Beweismittel (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 242; <ref-ruling> E. 4a mit Hinweisen) schliesst eine vorweggenommene Beweiswürdigung nicht aus, verbietet dem Gericht also nicht, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder Tauglichkeit abzusprechen oder auf die Abnahme von Beweisen zu verzichten, wenn das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429).
Die Beschwerdeführerin 1 stellt zunächst richtig, dass C._ ihr Angestellter und nicht derjenige der Nebenintervenientin war. Das ändert nichts daran, dass seine Zeugenaussagen wegen der Verbundenheit zu einer der Beschwerdeführerinnen mit Zurückhaltung zu würdigen gewesen wären. Die Beschwerdeführerinnen vermögen auch die Erwägung der Vorinstanz nicht als unzutreffend auszuweisen, wonach die an C._ zu stellenden Fragen bereits durch die Stellungnahme des BAV vom 25. März 2008 geklärt wurden. Sie bringen lediglich vor, C._ habe im Gegensatz zu D._ vom BAV über konkrete Erfahrung und bessere Kenntnisse betreffend den streitbetroffenen Türschliessungsmechanismus verfügt. Damit kritisieren sie im Grunde die Fachkompetenz des beigezogenen BAV-Experten, womit sie in der Phase des bundesgerichtlichen Verfahrens zu spät und daher nicht mehr zu hören sind. Nach den Feststellungen der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin 1 nur unsubstanziiert vorgetragen, C._ verfüge über besondere Kenntnisse. Diese Feststellung widerlegen die Beschwerdeführerinnen nicht und geben keine Aktenstellen an, wo sie konkrete Behauptungen zur Fachkompetenz von C._ substanziiert hätten. Es ist daher keine Willkür erkennbar, wenn die Vorinstanz in antizipierter Beweiswürdigung davon ausging, die aufgeworfenen Fragen seien schon durch die Stellungnahme des BAV vom 25. März 2008 geklärt worden, weshalb auf eine Befragung von C._ verzichtet werden könne. Die Rüge einer Verletzung des rechtlichen Gehörs ist demzufolge unbegründet.
6. Per 1. Januar 2010 wurde das Bundesgesetz vom 28. März 1905 über die Haftpflicht der Eisenbahn- und Dampfschifffahrtsunternehmungen und der Schweizerischen Post (EHG) aufgehoben und sind die Art. 40b ff. des Eisenbahngesetzes (EBG; SR 742.101) in Kraft getreten. Da sich der Bahnunfall am 28. Oktober 1999 und somit vor dem Inkrafttreten der neuen Bestimmungen von <ref-law> ereignete, gelangen vorliegend indessen noch die Bestimmungen des EHG zur Anwendung.
Wird beim Bau oder Betrieb einer Eisenbahn oder bei Hilfsarbeiten, mit denen die besondere Gefahr des Eisenbahnbetriebes verbunden ist, ein Mensch getötet oder körperlich verletzt, so haftet der Inhaber der Eisenbahnunternehmung für den daraus entstandenen Schaden, sofern er nicht beweist, dass der Unfall durch höhere Gewalt, durch Verschulden Dritter oder durch Verschulden des Getöteten oder Verletzten verursacht ist (Art. 1 Abs. 1 EHG).
Bei der Haftung nach dem EHG für Personenschäden handelt es sich um eine Kausalhaftung, die als Gefährdungshaftung bzw. scharfe Kausalhaftung ausgestaltet ist (Oftinger/Stark, Schweizerisches Haftpflichtrecht, Besonderer Teil, Bd. II/3, 4. Aufl., Zürich 1991, § 27 Rz. 2; Keller, Haftpflicht im Privatrecht, Bd. 1, 6. Aufl., Bern 2002, S. 245).
Das Selbstverschulden des Geschädigten oder das Verschulden eines Dritten vermag die Bahnunternehmung dann zu entlasten, wenn es die einzige Unfallursache darstellt oder gegenüber anderen Faktoren, namentlich der Betriebsgefahr der Bahn, an ursächlicher Bedeutung so sehr überwiegt, dass diese als adäquate Mitursache des Unfalls ausscheiden. Haben neben der mit dem Bahnbetrieb normalerweise verbundenen Betriebsgefahr und dem Selbst- oder Drittverschulden noch weitere, von der Bahn zu vertretende Umstände, wie insbesondere das Verschulden von Angestellten der Bahn oder eine über das normale Mass hinausgehende erhöhte Betriebsgefahr den Unfall mitverursacht, so reicht in der Regel auch ein grobes Selbst- oder Drittverschulden nicht aus, die Bahn vollständig von ihrer Haftpflicht zu befreien (<ref-ruling> E. 3 S. 365 ff.; <ref-ruling> E. 2 S. 306 f.; Urteil 4A_453/2008 vom 22. Dezember 2008 E. 3.2; je mit Hinweisen; Oftinger/Stark, a.a.O., § 27 Rz. 137 ff.; Keller, a.a.O., S. 259).
7. 7.1 Die Vorinstanz nahm mit der Erstinstanz an, dass A._ beim Unfall vom 28. Oktober 1999 schwerste Körperverletzungen erlitten hatte. Es liege damit unbestrittenermassen ein Personenschaden im Sinne von Art. 1 Abs. 1 EHG vor. Dieser Schaden sei durch einen Unfall verursacht worden, der auf den Betrieb einer Eisenbahn zurückzuführen sei. A._ habe sich als Reisender im Zug Richtung Mailand befunden. Er sei aus dem fahrenden Zug gestürzt und habe (auch) infolge Fortbewegung des Zuges schwerste Verletzungen erlitten. Er sei damit - egal wie sich der Unfall genau zugetragen habe - im Rahmen eines Betriebsvorganges verletzt worden, womit die Gefährdungshaftung nach Art. 1 Abs. 1 EHG zum Tragen komme.
Diese Ausgangslage wird von den Beschwerdeführerinnen nicht bestritten. Somit sind die Haftungsvoraussetzungen des Personenschadens und des Verursachens desselben beim Betrieb einer Eisenbahn als gegeben zu betrachten.
7.2 Die Bahnunternehmung kann sich insbesondere dadurch entlasten, dass sie ein den Kausalzusammenhang unterbrechendes Selbstverschulden des Geschädigten beweist (vgl. Erwägung 6). Vorliegend besteht dabei die Besonderheit, dass nach den Feststellungen der Vorinstanz im Rahmen des Beweisverfahrens nicht schlüssig geklärt werden konnte, weshalb A._ im Tunnel aus dem Bahnwagen fiel. Er selber konnte wegen seiner schweren Verletzungen nicht befragt werden. Der Unfallhergang und namentlich das Verhalten des Geschädigten konnte nicht festgestellt werden. In einer solchen Situation geht es im Rahmen des Entlastungsbeweises eines Selbstverschuldens des Geschädigten vorerst noch nicht darum, ein festgestelltes Verhalten des Geschädigten unter dem Aspekt der Vorwerfbarkeit als Selbstverschulden zu würdigen und zu gewichten. Vielmehr ist in einem ersten Schritt aufzuzeigen, wie sich der Unfall zugetragen und welche Rolle der Geschädigte dabei gespielt hat.
8. 8.1 Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Missachtung der Regel von <ref-law> über die Beweislastverteilung. Sie sind der Meinung, die Beschwerdegegnerin müsse beweisen, wie A._ aus dem Zug gefallen sei. Die Beschwerdegegnerin trage die Beweislast für den Unfallhergang und die Beschwerdeführerin 1 für den Entlastungsbeweis des Selbstverschuldens.
Nach <ref-law> hat, wo es das Gesetz nicht anders bestimmt, jene Partei das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, die aus ihr Rechte ableitet. Vorliegend hat demnach die Beschwerdegegnerin die Haftungsvoraussetzungen zu beweisen und die Beschwerdeführerin 1 den Entlastungsbeweis des behaupteten Selbstverschuldens zu führen. Das heisst aber nicht, dass die Beschwerdegegnerin beweisen müsste, wie A._ aus dem Zug gefallen ist. Für eine Haftung nach Art. 1 Abs. 1 EHG genügt der Nachweis, dass ein Personenschaden vorliegt, der beim Betrieb der Eisenbahn verursacht wurde. Diese Haftungsvoraussetzungen hat die Beschwerdegegnerin dargetan (vgl. Erwägung 7.1). Wenn die unmittelbare Unfallursache, hier der unmittelbare Anlass für das Herausfallen aus dem Zug, unbekannt ist, wirkt sich das grundsätzlich zum Nachteil der Bahnunternehmung aus (<ref-ruling> E. 5 S. 356; Oftinger/Stark, a.a.O., § 27 Rz. 143). Der Vorwurf einer unzulässigen Beweislastumkehr ist unbegründet.
8.2 Weiter stellt sich die Frage, welches Beweismass für den Entlastungsbeweis gilt.
8.2.1 Nach dem bundesrechtlichen Regelbeweismass gilt ein Beweis als erbracht, wenn das Gericht nach objektiven Gesichtspunkten von der Richtigkeit einer Sachbehauptung überzeugt ist und ihm allfällige Zweifel als unerheblich erscheinen. Ausnahmen von diesem Regelbeweismass der vollen Überzeugung ergeben sich einerseits aus dem Gesetz und sind anderseits durch Rechtsprechung und Lehre herausgearbeitet worden. Danach wird insbesondere eine überwiegende Wahrscheinlichkeit als ausreichend betrachtet, wo ein strikter Beweis nicht nur im Einzelfall, sondern der Natur der Sache nach nicht möglich oder nicht zumutbar ist und insofern eine "Beweisnot" besteht (<ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 3.2 S. 324 mit Hinweisen). Im Bereich des Haftpflichtrechts gilt das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nach ständiger Rechtsprechung namentlich für den Nachweis des natürlichen bzw. hypothetischen Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 3.3 S. 162; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 276; je mit Hinweisen). Nach dem Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit gilt ein Beweis als erbracht, wenn für die Richtigkeit der Sachbehauptung nach objektiven Gesichtspunkten derart gewichtige Gründe sprechen, dass andere denkbare Möglichkeiten vernünftigerweise nicht massgeblich in Betracht fallen (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 89; <ref-ruling> E. 3.1. S. 720; <ref-ruling> E. 3.3 S. 325).
8.2.2 Wie alle Befreiungsgründe, ist auch das Selbstverschulden des Geschädigten von der Bahnunternehmung zu beweisen. Dabei besteht weder nach Gesetz noch nach Massgabe der vorstehend wiedergegebenen Rechtsprechung Veranlassung, für den Nachweis des Selbstverschuldens vom Regelbeweismass im Sinne einer Beweiserleichterung abzugehen. So lässt sich nicht sagen, dass ein strikter Nachweis von Umständen und Tatsachen, aus denen auf ein bestimmtes Verhalten des Geschädigten geschlossen werden kann, der Natur der Sache nach generell nicht möglich oder zumutbar wäre.
8.2.3 Die Beschwerdeführerinnen opponieren grundsätzlich nicht dagegen. Sie sind jedoch der Meinung, das Selbstverschulden des Geschädigten müsse ohne strikten Beweis als vorhanden angenommen werden, wenn nicht genau rekonstruierbare Tatbestände vorliegen würden, bei denen vernünftigerweise keine andere Erklärung des Unfalls als durch das Zurückführen auf das Verschulden des Geschädigten denkbar sei. Diese Auffassung stützt sich auf Oftinger/Stark, die ausführen, das Selbstverschulden sei auch ohne strikten Beweis anzunehmen, wenn Tatbestände auftreten, wo vernünftigerweise eine andere Erklärung des Unfalls als durch Zurückführen auf Selbstverschulden nicht denkbar sei (sogenannter prima-facie-Beweis oder Anscheinsbeweis). Beweist aber der Geschädigte andere ernsthafte Möglichkeiten des Unfallhergangs, ist der Annahme des Selbstverschuldens des Geschädigten die Grundlage entzogen und die Haftung der Bahn gemäss Art. 1 Abs. 1 EHG wird wirksam (Oftinger/Stark, a.a.O., § 27 Rz. 143-145).
Auch wenn man einen solchen prima-facie-Beweis genügen liesse, müsste vorliegend die Beschwerdeführerin 1 Umstände beweisen, bei deren Vorliegen vernünftigerweise nur auf den von ihr behaupteten Unfallhergang, nämlich auf das willentliche Öffnen der Ausgangstür des Y._-Begleitwagens durch A._, geschlossen werden könnte und ein anderer Unfallablauf nicht mehr ernsthaft in Betracht fällt. Dass ihr dieser Beweis gelungen wäre, hat die Vorinstanz verneint.
9. Die Vorinstanz hielt es vielmehr in Würdigung sämtlicher Umstände als überwiegend wahrscheinlich, dass A._, als der Zug den Fronalptunnel befuhr, wegen des allgemein bekannten, immer wieder vorkommenden "Rüttelns" des Zuges, namentlich auf dem Teil der befahrenen Strecke ab Brunnen, das Gleichgewicht verlor. In der Folge sei er entweder gegen die nicht korrekt geschlossene Türe gestossen und ohne Betätigung der Türfalle aus dem Zug gefallen oder er habe einen Sturz durch unbewusstes Festhalten bei der nach unten gekippten Türfalle verhindern wollen, da er den oberhalb befindlichen Haltegriff "verpasst" habe und dabei aus der zuvor zwar geschlossenen, aber ungesicherten Wagentüre gefallen sei. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin 1 könne sich bei dieser Beweislage nicht auf den prima-facie-Beweis berufen, sondern habe das Gericht von dem von ihr behaupteten Unfallhergang zu überzeugen.
Nach dem von den Beschwerdeführerinnen behaupteten Unfallablauf hatte sich A._ wegen seines hohen Bierkonsums gegen 23.40 Uhr auf die Toilette begeben, wobei er berauscht durch den starken Alkoholkonsum die Sandalen verkehrt herum angezogen habe. Anschliessend habe A._ die WC-Türe gesucht, habe diese mit der Ausstiegstüre verwechselt und sei beim willentlichen Öffnen der Türe "A", die sich gegen den Fahrtwind öffnen lasse, aus dem Zug gefallen. Die Vorinstanz begründete einlässlich, weshalb sie diesen Unfallhergang als weniger wahrscheinlich als jenen, den die Beschwerdegegnerin vorgetragen hatte, betrachtete.
10. Die Beschwerdeführerinnen unterbreiten dem Bundesgericht eingehende Ausführungen zur Sachverhaltsfeststellung und zur Beweiswürdigung der Vorinstanz. Die zahlreichen Rügen offensichtlich unrichtiger Sachverhaltsfeststellungen und willkürlicher Beweiswürdigung verfehlen aber teilweise die strengen Begründungsanforderungen an solche Rügen (vgl. Erwägung 4). So erschöpft sich die Kritik der Beschwerdeführerinnen teilweise darin, ihre eigene Sicht der Dinge unter Ergänzung des vorinstanzlichen Sachverhalts darzustellen und die davon abweichende Würdigung der Vorinstanz als willkürlich zu bezeichnen. Dabei diskutieren sie die einzelnen Themen, ohne stets aufzuzeigen, inwiefern ihre Beurteilung für das Gesamtergebnis wesentlich sein soll. Auf solchermassen unzulässige appellatorische Kritik wird nicht eingetreten. Soweit hinlänglich begründete Sachverhalts- bzw. Willkürrügen vorgetragen werden, ist dazu Folgendes auszuführen:
10.1 Die von der Vorinstanz als überwiegend wahrscheinlich erachtete Unfallversion setzt als erstes Element voraus, dass der Y._-Begleitwagen vor dem Unfall mit einer nicht korrekt geschlossenen oder zwar geschlossenen, aber nicht gesicherten Ausstiegstüre fuhr. Die Beschwerdeführerinnen rügen die dahingehende Annahme der Vorinstanz wegen einseitiger Beweiswürdigung zugunsten der Beschwerdegegnerin als offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich.
Dieser Vorwurf geht fehl. Zunächst ist festzuhalten, dass es angesichts der Beweislastverteilung nur darum ging zu ermitteln, ob die von der Beschwerdegegnerin behauptete Unfallversion ernsthaft in Betracht kommt. Es muss also nicht positiv bewiesen sein, dass eine Ausstiegstüre effektiv nicht richtig geschlossen oder gesichert war. Es genügt, wenn dies aufgrund der Beweislage ernsthaft in Betracht fällt.
Die Vorinstanz bejahte Letzteres. Für diesen Schluss stützte sie sich einerseits auf die Aussagen mehrerer Zeugen, die jahrelang in denselben Y._-Wagen die betreffende Strecke gefahren sind und aussagten, dass die Türen der Y._-Wagen über keine automatische Schliesstechnik verfügten, immer wieder offen gestanden bzw. nicht korrekt verschlossen gewesen und von den LKW-Fahrern während der Fahrt oder bei einem Halt jeweils zugezogen worden seien. Als weiteres Indiz zog sie die "Petition E._" heran, die nach einem ähnlichen Vorfall verfasst worden war. Damals fiel E._ ebenfalls aus dem Zug, wurde aber nur leicht verletzt. Die Petition war an die Nebenintervenientin gerichtet und wies auf die Mängel der Liegewagen hin. Im dritten von acht Punkten wurde ausgeführt, jedem Benutzer der "rollenden Landstrasse" sei bekannt, dass die Wagontüren nicht oder teilweise nicht richtig verschlossen seien. Trotz Personenbeförderung sei keine automatische Verriegelung vorhanden. Die Vorinstanz erblickte in dieser Petition einen weiteren Hinweis darauf, dass die Wagentüren offenbar nicht selten nicht oder teilweise nicht richtig verschlossen waren. Schliesslich zog sie den Bericht des BAV vom 25. März 2008 heran, in dem der BAV-Experte D._ die Möglichkeit bejahte, dass der Zug am 28. Oktober 1999 zeitweise mit offener Y._-Wagentür unterwegs gewesen sei, da damals eine offene Türe nicht im Führerstand angezeigt werden konnte.
Die Beschwerdeführerinnen rügen eine einseitige Beweiswürdigung, weil die Vorinstanz folgende Argumente und Beweise der Beschwerdeführerinnen unberücksichtigt gelassen bzw. in der Beweiswürdigung willkürlich nicht berücksichtigt habe:
10.1.1 F._ habe als Mitfahrer im Y._-Zug Nr. 111._ gegenüber der Untersuchungsbehörde des Kantons Schwyz bestätigt, dass die Türen - als A._ zu Bett ging - geschlossen gewesen seien.
F._ belegte am 28. Oktober 1999 zusammen mit A._ ein Schlafwagenabteil. Er wurde am 11. November 1999 auf schriftlichem Weg durch die Kantonspolizei Schwyz ohne Zeugenbelehrung angeschrieben. Die Vorinstanz hat demnach dem Auskunftsschreiben von F._ vom 21. November 1999 zu Recht nicht einmal den Beweiswert einer gerichtlich eingeholten Auskunft beigemessen. Trotzdem hat die Vorinstanz die schriftliche Auskunft von F._ aber durchaus berücksichtigt. Dieser hatte auf die Frage, ob die Schlafwagentüren in der Nacht und am nächsten Morgen geschlossen und verriegelt gewesen seien, geantwortet "geschlossen" (chiuse). Die Vorinstanz erwog, daraus gehe - auch mangels entsprechender Fragestellung - nicht hervor, ob die Türe komplett oder nur unvollständig verschlossen gewesen sei. In der Tat beantwortete F._ die Frage nur teilweise, indem er nur von "geschlossen" sprach, sich aber nicht dazu äusserte, ob die Türen "verriegelt" gewesen seien. Zudem hatte er sich um 22.30 Uhr schlafen gelegt und konnte somit nicht beobachtet haben, ob die Türen auch danach stets korrekt geschlossen blieben. Der Vorinstanz kann daher keine Willkür vorgeworfen werden, wenn sie in der schriftlichen Auskunft von F._ keinen Beweis für die Darstellung der Beschwerdeführerinnen erblicken konnte, dass die Türen in der Unfallnacht stets richtig bzw. vollständig geschlossen waren.
10.1.2 Als weiteren angeblich nicht oder in willkürlicher Weise berücksichtigten Punkt führen die Beschwerdeführerinnen an, kein anderer LKW-Fahrer im Y._-Zug Nr. 111._ habe bemerkt, dass eine Türe offen gewesen sei, obwohl mit grosser Wahrscheinlichkeit mehrere der 17 mitfahrenden Kollegen das WC aufgesucht hätten.
Die Vorinstanz stellte demgegenüber fest, aus den Akten gehe nicht hervor, ob ein anderer der 17 Mitfahrer am 28. Oktober 1999 eine offene Wagontüre bemerkt habe. Vielmehr hätten die anderen Mitfahrer bereits im polizeilichen Ermittlungsverfahren nicht ausfindig gemacht werden können. Auch sei es bloss eine Vermutung, dass mehrere Fahrer die Toilette in der Nähe der Türe, aus welcher A._ gefallen sei, aufgesucht hätten, umso mehr als es noch eine zweite Toilette gegeben habe. Da mangels Auffindbarkeit der anderen Mitfahrer nicht feststeht, dass keiner eine offene Türe bemerkt hat, kann der Vorinstanz auch nicht vorgeworfen werden, dies nicht zugunsten der Version der Beschwerdeführerinnen berücksichtigt zu haben.
10.1.3 Entgegen dem Vorwurf der Beschwerdeführerinnen hat sich die Vorinstanz auch mit dem Argument auseinandergesetzt, wonach das Bahnpersonal in den Bahnhöfen von Arth-Goldau und Erstfeld, wo der Zug einen Halt gemacht habe, hätte sehen müssen, dass der Zug eine offene Türe hatte. Die Vorinstanz erachtete dieses Argument als nicht stichhaltig, weil nicht erstellt sei, dass der Zug auf einem Hauptperron angehalten habe. Ohnehin seien in der Zeit kurz vor Mitternacht auf Lokalbahnhöfen nicht mehr viele Bahnkunden oder Bahnangestellte anzutreffen, die eine offene Türe hätten bemerken können. Überhaupt werde nicht behauptet, A._ sei durch eine offene Türe gefallen, sondern durch eine nicht richtig verschlossene. Das hätte aber von auf dem Bahnhofperron stehenden Personen nicht ohne Weiteres festgestellt werden können.
Ebenso ging die Vorinstanz auf die Argumente der Beschwerdeführerinnen ein, wonach die Lokomotivführer beim Lokomotivführerwechsel in Erstfeld mit Sicherheit eine offene Türe hätten sehen müssen und eine offene Türe zusätzlichen Lärm sowie einen bemerkbaren "Sog" verursacht hätte, was die Mitreisenden hätten bemerken müssen. Die Vorinstanz führte dazu aus, es erscheine zwar als möglich, dass der Lokomotivführer spätestens beim Lokomotivführerwechsel in Erstfeld eine offene Türe des Y._-Wagens erblickt hätte. Dies gelte aber kaum für den Fall, dass die Türe nicht richtig verschlossen gewesen sei. Die Vorinstanz gestand auch zu, dass es wahrscheinlich sei, dass eine offene oder auch bloss eine nicht richtig verschlossene Türe insbesondere wegen der erhöhten Lärmverursachung und des Windzuges von den Mitreisenden nicht unbemerkt geblieben wäre. Eine geöffnete Wagentüre hätte sich aber während der Fahrt von selbst schliessen können. Auch sei es durchaus möglich, wie die Zeugenaussagen zeigten, dass im Wagen später im Verlauf der Fahrt wieder nicht richtig verschlossene Türen anzutreffen gewesen seien.
Die Beschwerdeführerinnen zeigen nicht auf, inwiefern diese Würdigung ihrer Argumente willkürlich sein soll. Die von ihnen vorgebrachten Argumente zwingen keineswegs zum Schluss, dass die von der Vorinstanz als am wahrscheinlichsten beurteilte Unfallversion sich realistischerweise gar nicht hätte zutragen können. So ist mangels Befragung nicht erstellt, dass Personen auf dem Bahnsteig oder die Mitreisenden effektiv keine offene oder nicht richtig geschlossene Türe bemerkt haben. Die Argumente der Beschwerdeführerinnen basieren ihrerseits auf der blossen Vermutung, dass nichts Derartiges bemerkt wurde. Sie folgern daraus, dass keine Türe offen war, weil dies hätte bemerkt werden müssen. Dadurch, dass die Vorinstanz einer solchen unbelegten Argumentation nicht folgte, handelte sie nicht willkürlich. Ohnehin ging sie davon aus, dass A._ aus einer nicht richtig geschlossenen Türe fiel. Die Beschwerdeführerinnen zeigen nicht auf, weshalb es unhaltbar wäre anzunehmen, dass die Lokomotivführer beim Wechsel eine nicht richtig geschlossene Türe nicht bemerken mussten, zumal es Nacht war. Daran ändert nichts, dass die Türen weiss gemalt waren. Denn der ganze Wagen war weiss, weshalb sich die Türen farblich nicht abhoben. Auch wird nicht widerlegt, dass sich die Türe nach dem Sturz von A._ während der Fahrt wieder von selbst geschlossen haben könnte, wie dies aus der Stellungnahme des BAV vom 25. März 2008 hervorgeht. Der BAV-Experte D._ führte in Ziff. 14b auf Seite 4 der Stellungnahme des BAV aus, dass sich eine geöffnete Türe je nach Strömungsverhältnissen und je nach Fahrrichtung wieder schliessen könne. Dies sei insbesondere bei Türe "A" der Fall. Sei Türe "B" voll geöffnet und der Zug in Fahrt, bleibe diese aufgrund der Strömungsverhältnisse mit grösster Wahrscheinlichkeit offen. Es seien jedoch auch Szenarien denkbar, bei welchen sich die Türe "B" während der Fahrt ebenfalls schliesse (z.B. beim Befahren von Weichen in ablenkender Stellung und durch die damit verbundenen Bewegungen des Wagenkastens). Die Beschwerdeführerinnen wenden ein, aufgrund der "fadengeraden" Streckenführung von Brunnen bis Erstfeld ohne Weichenkreuzungen seien keine Erschütterungen vorstellbar, in deren Folge sich die Türe "B" gegen den Fahrtwind geschlossen hätte. Sie belegen nicht mit Aktenstellen, dass sie diese Behauptungen im kantonalen Verfahren vorgetragen hätten, sondern verweisen lediglich auf die Belege Nr. 16 und Nr. 19. Der Beleg Nr. 16 gibt eine graphische Ausgabe der Fahrt betreffend die gefahrenen Geschwindigkeiten wieder und Seite 2 des Beleges Nr. 19 ist eine Kopie der Landkarten "Muotathal" und "Beckenried". Daraus lässt sich die Streckenführung und namentlich die behauptete Abwesenheit von Weichenkreuzungen in den passierten Bahnhöfen nicht im Einzelnen ersehen. Ohnehin müssten die Beschwerdeführerinnen nicht bloss auf Belege verweisen, sondern die Aktenstellen nennen, an denen sie entsprechende Behauptungen aufgestellt hätten, die von der Vorinstanz in willkürlicher Weise nicht berücksichtigt worden wären. Da sie dies nicht tun, können ihre als neu zu betrachtenden Behauptungen nicht gehört werden (<ref-law>). Diese sind deshalb von vornherein nicht geeignet, die Annahme der Vorinstanz, auch die Türe "B" hätte sich bei entsprechenden Szenarien während der Fahrt schliessen können, als geradezu willkürlich auszuweisen. Ohnehin wäre auch denkbar, dass ein mitreisender LKW-Fahrer die nach dem Sturz von A._ offene Türe wieder geschlossen hätte, gaben doch die Zeugen teilweise an, dass sie jeweils offene Türen geschlossen hätten.
10.1.4 Die Beschwerdeführerinnen rügen, dass die Vorinstanz auf die Aussagen der Zeugen G._, H._, I._ und J._ abgestellt habe. Es sei unzulässig, aus deren allgemeinen Wahrnehmungen von Y._-Wagen aus früheren Fahrten darauf zu schliessen, der Wagen sei in der Unfallnacht mit nicht richtig geschlossenen Türen gefahren. Dafür könnten diese Zeugen, die sich in der Unfallnacht nicht im Y._-Zug befunden hätten, keinen Beweis erbringen. Darüber hinaus wähle die Vorinstanz einseitig die Argumente aus den Aussagen der Zeugen aus, um ihre eigene Sachverhaltsvariante abzustützen, lasse aber andere wichtige Aussagen aus den gleichen Einvernahmen, die auf geschlossene Wagentüren hindeuten würden, ausser Acht. Nach den Aussagen von H._, wonach das Personal der SBB die Türen bei Fahrten in Richtung Süden geschlossen habe, wäre davon auszugehen gewesen, dass dies auch am Unfallwagen geschehen sei. Zudem würde sich aus den Aussagen von H._, J._, G._ und I._ ergeben, dass bei späterer Türöffnung die Türen nachträglich von LKW-Chauffeuren geschlossen worden wären.
Die Vorinstanz hat durchaus erkannt, dass die Aussagen der genannten Zeugen keinen direkten Beweis dafür darstellen, dass die Türe, aus der A._ am 28. Oktober 1999 aus dem Wagen fiel, auch am Unfalltag bzw. unmittelbar vor dem Unfall nicht richtig geschlossen war. Sie zog diese Aussagen bloss als Indizien für jenen Umstand heran. Dabei überging sie nicht, dass zwei der vier Zeugen - H._ und I._ - sich lediglich daran erinnern konnten, dass das Problem der offenen bzw. nicht richtig geschlossenen Türen nur auf dem Weg von Süden in Richtung Norden aufgetreten sei. Sie betrachtete es daher als möglich, dass die Wagentüren jeweils bei der Abfahrt in Freiburg Richtung Süden richtig geschlossen waren. Sie hielt es jedoch für denkbar, dass sie später doch nicht mehr richtig verschlossen gewesen seien, weil zwischenzeitlich Personen die Türen geöffnet hätten, z.B. um frische Luft zu schnappen, und nachher die Türen nicht wieder richtig geschlossen worden seien. Dass die Vorinstanz diese Möglichkeit in Betracht zog, ist nicht willkürlich, zumal sie sich dabei auf die Aussagen von J._ und G._ stützen konnte. So sagte J._ aus, sie habe während der Fahrt zu verschiedenen Zeitpunkten nicht richtig geschlossene Türen festgestellt. Auch der Zeuge G._ gab an, er habe in jeder Phase der Fahrt festgestellt, dass Türen nicht ganz richtig im Schloss eingerastet gewesen seien. Daraus lässt sich ableiten, dass trotz korrekt geschlossener Türen bei Abfahrt in Freiburg nachträglich nicht richtig geschlossene Türen auftreten konnten. Auch wenn die Zeugen teilweise (H._, I._, J._) angaben, sie hätten nicht richtig geschlossene Türen zugezogen (H._: wenn der Zug langsam gefahren sei; I._: beim nächsten Halt), muss nicht zwingend davon ausgegangen werden, dass eine nicht richtig geschlossene Türe im Unfallwagen sofort durch einen LKW-Fahrer zugezogen worden wäre und nicht eine gewisse Zeit, zumindest bis der Mangel bemerkt wurde, im nicht richtig geschlossenen Zustand verblieben wäre. Auch diese Aussagen der genannten Zeugen stehen somit der Annahme nicht entgegen, dass im Unfallwagen unmittelbar vor dem Unfall eine Wagentüre nicht richtig geschlossen war. Die Beschwerdeführerinnen vermögen keine Willkür im Zusammenhang mit der vorinstanzlichen Würdigung der Zeugenaussagen G._, H._, I._ und J._ darzutun.
10.1.5 Die Beschwerdeführerinnen bringen weiter vor, dass die Vorinstanz ihr Argument der hohen Frequenz der Y._-Transporte und der wenigen Unfälle mit keinem Wort erwähne. In der Berufungsschrift sei ausgeführt worden, dass es in sechs Jahren bei über 19'000 Transporten und rund 350'000 Beförderungen von LKW-Fahrern in Y._-Begleitwagen lediglich zwei Unfälle gegeben habe, wobei bei beiden übermässiger Alkoholkonsum der Geschädigten im Spiel gewesen sei. Demgegenüber erwähnten die vier Zeugen einige Vorfälle mit den Ausstiegstüren, die erstens zu keinen Unfällen geführt hätten und zweitens anzahlmässig in der Gegenüberstellung zu den 19'000 Transporten und rund 350'000 Beförderungen von LKW-Fahrern eine kaum statistisch relevante Grösse begründeten. Selbst nach den Angaben des Zeugen I._ ergebe sich, dass er auf rund 1600 Fahrten drei oder vier Mal, d.h. äusserst selten, eine nicht korrekt geschlossene Türe richtig verriegeln musste. Trotzdem habe die Vorinstanz die Version der Türe, die nicht richtig geschlossen sei, als überwiegend wahrscheinlich erachtet.
Aus dem Umstand, dass sich während sechs Jahren nur zwei Unfälle ereignet haben, muss nicht geschlossen werden, dass der hier streitige Unfall nicht anders als durch den Alkoholkonsum von A._ erklärt werden kann. Auch wenn sich die Betriebsgefahr der nicht richtig geschlossenen Türen offenbar sehr selten manifestierte, ändert dies nichts daran, dass sie eine Haftung auslösen kann, wenn sie sich, wie im vorliegenden Fall, doch einmal verwirklicht.
10.1.6 Die Beschwerdeführerinnen rügen schliesslich, dass ihre Argumente in Bezug auf die "Petition E._" nicht in die Beweiswürdigung eingeflossen seien. Diese Petition habe beweisrechtlich keine Aussagekraft und sei für die Abklärung des zu beurteilenden Falles irrelevant. Sie belege einzig, dass die Lastwagenfahrer mit dem Komfort des Y._-Schlafwagens nicht zufrieden gewesen seien. Hätte die Sicherheit tatsächlich im Vordergrund gestanden, wäre die Position "Türe" an erster Stelle gewesen. Die Lastwagenfahrer hätten ihr Tür-Anliegen nicht mit einer Petition vorgebracht, sondern wirkungsvollere Mittel, wie Einschalten der Aufsichtsbehörde eingesetzt. Die Petition datiere von 1995 und sei wirkungslos geblieben. Sie zeige, dass der ganze Wirbel um die "Petition E._" von den Lastwagenfahrern selber nicht so ernst genommen worden sei. Die Vorinstanz widme ihre Aufmerksamkeit dennoch der "Petition E._", aber nicht dem mit einer polizeilichen Aussage dokumentierten "Fall E._". E._, der im Zeitpunkt des Unfalls einen Alkoholblutwert von 1,6 Gewichtspromille aufgewiesen habe, habe gemäss seinen ersten Aussagen gegenüber dem Lokomotivführer die WC-Türe mit der Ausstiegstüre verwechselt.
Ob sich der Unfall von E._ entsprechend zugetragen hat, ist nicht erstellt. Die Beschwerdeführerinnen sind zwar der Ansicht, es bestehe keine Veranlassung, daran zu zweifeln. Sie gestehen aber selber zu, dass der Unfallhergang nie richtig rekonstruiert werden konnte. Bei dieser Sachlage kann der Vorinstanz von vornherein nicht vorgeworfen werden, dass sie ihre Aufmerksamkeit nicht dem "Fall E._" sondern der "Petition E._" widmete. Sie hat diese im Übrigen nicht als direkten Beweis für eine nicht richtig geschlossene Türe im Unfallwagen herangezogen, sondern als weiteres Indiz dafür, dass in den Y._-Begleitwagen nicht richtig geschlossene Türen vorkamen und es also auch möglich gewesen sein kann, dass im Unfallwagen vor dem Sturz von A._ eine Türe nicht richtig geschlossen war. In diesem Sinne durfte die Vorinstanz die "Petition E._" berücksichtigen, manifestiert doch die dort als Punkt drei aufgeführte Beanstandung, wonach jedem Benutzer der "rollenden Landstrasse" bekannt sei, dass die Wagontüren nicht oder teilweise nicht richtig verschlossen und trotz Personenbeförderung keine automatische Verriegelungen vorhanden seien, ein Problem mit nicht richtig geschlossenen Türen.
10.1.7 Zusammenfassend trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz mit ihrer Annahme, A._ könnte durch eine nicht korrekt geschlossene oder zwar geschlossene aber nicht gesicherte Ausstiegstüre gefallen sein, eine offensichtlich unrichtige Feststellung getroffen hätte oder wegen einseitiger Beweiswürdigung in Willkür verfallen wäre. Sie hat die Argumente der Beschwerdeführerinnen durchaus einbezogen, konnte aber aufgrund der vorhandenen Indizien, die für die von ihr angenommene Version sprachen, willkürfrei schliessen, dass es ernsthaft in Betracht kommt, dass A._ aus einer zuvor nicht korrekt geschlossenen oder zwar geschlossenen, aber nicht gesicherten Ausstiegstüre gefallen war.
10.2 Das zweite Element im von der Vorinstanz als überwiegend wahrscheinlich angenommenen Unfallhergang ist der Umstand, dass A._, "als der Zug den Fronalptunnel befahren hat, wegen des allgemein bekannten, immer wieder vorkommenden Rüttelns des Zuges, namentlich im Teil der befahrenen Strecke ab Brunnen, das Gleichgewicht verlor."
Die Beschwerdeführerinnen bestreiten, dass es in einem Tunnel mehr rüttle als ausserhalb. Auf der fraglichen Strecke (Brunnen-Sisikon) sei die Trassenführung gerade, einspurig und deshalb ohne Weichen. Der Gleichgewichtsverlust habe nichts mit dem vorgebrachten und nicht bewiesenen Rütteln des Zuges im Tunnel zu tun, sondern vielmehr mit der aethylischen Ausgangslage bei A._.
In diesem Punkt ist den Beschwerdeführerinnen recht zu geben, dass die vorinstanzliche These des Gleichgewichtsverlusts wegen erfahrungsgemässen Rüttelns im Tunnel unfundiert ist. Es gibt keinen Erfahrungssatz, der besagen würde, dass es beim Befahren eines Tunnels regelmässig derart rütteln würde, dass mit Gleichgewichtsverlust zu rechnen wäre. Die Vorinstanz hat auch nicht mit konkreten Angaben zur Streckenführung auf dem Teil der befahrenen Strecke ab Brunnen belegt, dass es beim Einfahren in den Fronalptunnel zu einem derart starken Rütteln gekommen sein muss. Selbst wenn davon auszugehen wäre, es komme beim Befahren von Tunnels zu einem gewissen Rütteln, so würde dieses normalerweise nicht eine solche Heftigkeit erreichen, dass allein deswegen ohne weitere Ursache ein Gleichgewichtsverlust die Folge wäre.
Die Erklärung der Beschwerdeführerinnen für den Gleichgewichtsverlust von A._ liegt demgegenüber näher. Die Vorinstanz stellte fest, dass A._ im Zeitpunkt des Unfalls einen Blutalkoholmindestwert von 1,55 Gewichtspromille aufwies. Wie sie weiter ausführte, bewirken leichte Rauschzustände (0,5-1,5 Gewichtspromille) insbesondere eine Beeinträchtigung der Gang- und Standsicherheit und das Auftreten von Störungen komplexer motorischer Funktionen, der Koordination sowie der Augenfolgebewegung. Bei einem mittelgradigen Rausch (ungefähr 1,5-2,5 Gewichtspromille) verstärken sich die erwähnten Symptome. Es ist daher anzunehmen, dass die Alkoholisierung von A._ zum Gleichgewichtsverlust und der anschliessenden ungeschickten Art sich aufzufangen zumindest als Mitursache beitrug. Dieses Selbstverschulden ist aber nicht als derart gravierend zu qualifizieren, dass es den Kausalzusammenhang zu unterbrechen vermöchte. Es kann hingegen bei der Bemessung des Schadenersatzes berücksichtigt werden (vgl. Art. 5 EHG; Keller, a.a.O., S. 264 f.). Diese Frage war und ist aber zufolge Beschränkung des Prozessthemas auf die Haftungsfrage nicht zu behandeln. Vorliegend genügt es festzuhalten, dass die Annahme der Vorinstanz, A._ habe das Gleichgewicht verloren und sei in der Folge gegen die Ausstiegstüre gestürzt, durchaus möglich ist und ernsthaft in Betracht fällt.
10.3 Das dritte Element in der vorinstanzlich vertretenen Version des Unfallhergangs ist der Sturz von A._: Entweder sei A._ gegen die nicht korrekt geschlossene Ausstiegstüre gestürzt, die sich durch den Aufprall von A._ ohne Betätigung der Türfalle öffnete, worauf dieser hinausfiel; oder A._ habe den Sturz durch unbewusstes Festhalten bei der nach unten gekippten Türfalle verhindern wollen, da er den oberhalb befindlichen Haltegriff "verpasst" habe, worauf er aus der zuvor zwar geschlossenen, aber ungesicherten Wagontüre (Sicherheitsverschluss nicht oben) gefallen sei.
10.3.1 Die Beschwerdeführerinnen bringen im Zusammenhang mit dem Türschliessungssystem vor, es sei willkürlich, wenn die Vorinstanz aus der Tatsache, dass die Türschliesseinrichtung wegen der Verschrottung der Y._-Wagons in den Jahren 2002 und 2003 nicht mehr geprüft werden könne, auf die Möglichkeit schliesse, die Türschliesseinrichtung könnte allenfalls fehlerhaft eingestellt oder abgenutzt gewesen sein.
Der Umstand, dass die Wagons im Jahre 2002 und 2003 verschrottet worden sind, wurde zwar den Beschwerdeführerinnen angelastet, bleibt letztlich aber ohne Relevanz, da auch eine nachträgliche Prüfung der Wagons in späteren Jahren nicht den Beweis dafür hätte erbringen können, dass die Türschliesseinrichtung am Tag des Unfalls weder fehlerhaft eingestellt noch abgenützt war. Dafür erbrachte auch der Bericht des KTD (Kriminaltechnischer Dienst Schwyz) keinen Beweis, da die Türen nicht unmittelbar nach dem Unfall polizeilich untersucht worden waren. Da somit nicht positiv festgestellt wurde, dass die Türschliesseinrichtungen am Tag des Unfalls einwandfrei waren, ist es nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz eine fehlerhafte Einstellung oder Abnutzung nicht ausschloss. Im Übrigen ging die Vorinstanz ohnehin nicht von einer fehlerhaft eingestellten oder abgenutzten Türschliesseinrichtung aus, sondern von einer nicht korrekt geschlossenen Türe. Auch für diese Variante schloss der BAV-Experte D._ in seinem Bericht vom 25. März 2008 in Ziffer 16c auf Seite 5 nicht aus, dass sich die Türe von selbst, z.B. infolge eines Sturzes eines erwachsenen Mannes, öffnen könnte.
10.3.2 Als offensichtlich unrichtig und willkürlich kritisieren die Beschwerdeführerinnen im Weiteren die vorinstanzliche Feststellung, wonach die Türfalle des Unfallwagens im Unfallzeitpunkt nach unten gekippt und die Wagontüre nicht gesichert gewesen sei. Sie wenden ein, die Türfalle sei bei (auch nur "in der ersten Raste") geschlossener Türe waagrecht. Es treffe nicht zu, dass die Türfalle eine unterschiedliche Position einnehme, je nachdem, ob sie mit Sicherheitsverschluss oder nur "in der ersten Raste" geschlossen sei. Selbst wenn die Türe nur "in der ersten Raste" geschlossen gewesen wäre, wären alle drei Bolzen im Schloss gewesen. Die Vorinstanz habe in keiner Weise darlegen können, wie es rein physikalisch möglich gewesen sein soll, dass ein menschlicher Körper durch Hinfallen diese Verriegelung hätte lösen können.
Mit diesen Vorbringen zeigen die Beschwerdeführerinnen keine offensichtlich unrichtige oder willkürliche Sachverhaltsfeststellung auf. Die Nebenintervenientin wurde mit ihrer Behauptung, mit einer "nicht richtig" verschlossenen Türe sei ein korrekter Verschluss, aber ohne zusätzlichen Sicherheitsverschluss gemeint, bereits vor der Vorinstanz wegen Verletzung des Novenverbots ausgeschlossen. Die Beschwerdeführerinnen können damit auch im Verfahren vor Bundesgericht nicht gehört werden. Neu und daher unzulässig (<ref-law>) ist zudem ihre Darlegung, dass bei einer nur "in der ersten Raste" verschlossenen Türe alle drei Bolzen im Schloss gewesen seien. Sie geben auch nicht an, an welcher Stelle sie im kantonalen Verfahren Ausführungen zum Stand der Türfalle gemacht hätten. Nachdem die Zeugen von Türen sprachen, die nicht richtig im Schloss eingerastet, nicht richtig verschlossen bzw. nicht richtig verriegelt oder bloss in der ersten Verriegelung eingerastet gewesen seien, und der BAV-Experte D._ in seinem Bericht vom 25. März 2008 nicht ausschloss, dass sich eine nur scheinbar geschlossene Türe von selbst, z.B. infolge eines Sturzes eines erwachsenen Mannes, öffnen könnte, ist es nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz die Variante für möglich hielt, dass A._ durch einen Sturz gegen eine nicht richtig geschlossene Türe, die sich infolge des Sturzes öffnete, aus dem Zug fiel. Auch erscheint es durchaus nachvollziehbar und nicht geradezu willkürlich, wenn die Vorinstanz gestützt auf die Fotodokumentation, die einerseits den Griff nach unten und andererseits den Griff nach oben zeigt, auch die Version für wahrscheinlich hielt, dass A._ bei einer zwar geschlossenen, aber ungesicherten Türe (Sicherheitsverschluss nicht oben) einen Sturz durch unbewusstes Festhalten der nach unten gekippten Türfalle verhindern wollte, weil er den oberhalb befindlichen Haltegriff "verpasst" hatte.
10.3.3 Die Vorinstanz hielt dafür, A._ könnte ebenso gut aus der Türe "B" gefallen sein, die in Richtung Fahrtwind geöffnet wird. Diese These werde auch durch den KTD (Kriminaltechnischer Dienst Schwyz) vertreten. Nach dessen Ansicht sei A._ mit grosser Wahrscheinlichkeit aus dem vorderen Endeinstieg (Türe "B") hinausgefallen. Für diese Annahme spreche der Umstand, dass A._ das Schlafwagenabteil Nr. 8 (zweitvorderstes Abteil in Fahrtrichtung) belegte, das sich in der Nähe des vorderen Endeinstiegs befinde. Falls A._ vor dem Unfall tatsächlich die Toilette hätte aufsuchen wollen, erscheine es wahrscheinlicher, dass er jene hätte benutzen wollen, die sich in unmittelbarer Nähe zu seinem Schlafwagenabteil befand, also die vordere Toilette in Fahrtrichtung.
Die Beschwerdeführerinnen werfen der Vorinstanz auch in diesem Zusammenhang einseitiges oder widersprüchliches Argumentieren vor: Einerseits verneine die Vorinstanz, dass A._ die Toilette habe aufsuchen wollen. Andererseits sei dies aber eine Begründung dafür, dass A._ aus der Türe "B" gefallen sei, da das WC neben der Türe "B" näher beim Schlafabteil von A._ lag. Folge man aber der Vermutung der Vorinstanz, dass sich A._ auch einfach habe die Beine vertreten wollen, sei es plausibler, dass er hierfür eine weitere Wegstrecke im Schlafwagen zurückgelegt habe, und somit aus der Türe "A" gefallen sei. Einseitig sei die Würdigung der Vorinstanz auch in Bezug auf die Erhebungen des KTD. Im Zusammenhang mit der Version der Verwechslung der WC-Türe gehe die Vorinstanz davon aus, dass es sich um eine blosse Vermutung des KTD handle. In Bezug auf die Frage, ob A._ aus der Türe "A" oder "B" gefallen sei, folge die Vorinstanz hingegen unkritisch der Meinung des KTD.
Die Fragen, ob A._ aus der Türe "A" oder aus der Türe "B" gefallen ist und ob er in den Gangbereich gelangte, weil er die Toilette aufsuchen oder weil er sich die Beine vertreten wollte, sind nicht entscheidwesentlich. Die Beschwerdeführerinnen legen jedenfalls nicht dar, inwiefern sie es sein sollten. Die Möglichkeit, dass eine nicht korrekt geschlossene Türe sich von selbst öffnet, z.B. infolge eines Sturzes eines erwachsenen Mannes, schloss der BAV-Experte D._ in seinem Bericht vom 25. März 2008 generell, also sowohl für die Türe "A" als auch für die Türe "B", nicht aus. Somit kommt die erste der von der Vorinstanz vertretenen Varianten bei beiden Türen in Betracht. Dies gilt auch für die zweite Variante. BAV-Experte D._ bejahte für beide Türen die Möglichkeit, die Türe mit nicht allzu grosser Kraftanwendung öffnen zu können, da dieser Wagen nicht über eine Türblockierung während der Fahrt verfügte. Bei Türe "B" erfolge, nach einem gewissen Öffnungsweg, eine zusätzliche Unterstützung durch den Fahrtwind auf das sich öffnende Türblatt (BAV-Bericht vom 25. März 2008, S. 4 Ziff. 14.d). Die Variante, dass A._ den Sturz durch versehentliches Festhalten am Türgriff verhindern wollte, wäre somit bei beiden Türen möglich gewesen, da sich beide mit nicht allzu grosser Kraftanwendung während der Fahrt öffnen liessen.
Sodann wäre selbst bei der Annahme, dass A._ vor dem Unfall das WC habe aufsuchen wollen, nicht zwingend auf die These der Beschwerdeführerinnen abzustellen, wonach A._ die WC-Türe mit der Ausstiegstüre verwechselte und zufolge willentlicher Öffnung derselben aus dem Zug fiel. Die Vorinstanz legte in durchaus nachvollziehbarer Weise im Einzelnen dar, dass die beiden Türen von ihrer Stellung und Ausstattung her zahlreiche wesentliche Unterschiede aufwiesen. Ihre Verwechslung hätte eine Verkettung verschiedener Fehlleistungen seitens A._ bedurft, welche die Vorinstanz auch bei der A._ im Unfallzeitpunkt zugerechneten Blutalkoholkonzentration von 1,55 Gewichtspromille mit hoher Wahrscheinlichkeit ausschloss. Mit diesen Erwägungen setzen sich die Beschwerdeführerinnen nicht auseinander. Sie legen namentlich nicht in rechtsgenüglicher Weise dar, inwiefern diese willkürlich sein sollen.
10.3.4 Somit hat die Vorinstanz auch das dritte Element der von ihr vertretenen Version des Unfallhergangs willkürfrei angenommen.
10.4 Zusammenfassend erweist sich die Beweiswürdigung der Vorinstanz zum Unfallhergang unter dem Blickwinkel der Willkür als vertretbar. Den Beschwerdeführerinnen ist der Entlastungsbeweis in dem Sinn, dass der Unfall nur durch Rückschluss auf ein Selbstverschulden des Verunfallten erklärbar wäre, nicht gelungen.
11. In einer Eventualbegründung erwog die Vorinstanz, dass selbst bei einem Unfallhergang nach der Version der Beschwerdeführerinnen (Herausfallen wegen der Verwechslung der WC-Türe mit der Ausstiegstüre) keine Unterbrechung des Kausalzusammenhangs anzunehmen wäre. Das Selbstverschulden (irrtümliches Öffnen der Ausstiegstüre "B" [die Beschwerdeführerinnen gingen allerdings vom willentlichen Öffnen der Türe "A" aus] in schlaftrunkenem Zustand und bei einer Alkoholisierung von 1,55 Gewichtspromille) wäre nicht derart intensiv, dass damit die Betriebsgefahr der Eisenbahn als Unfallursache völlig in den Hintergrund gedrängt würde.
Die Beschwerdeführerinnen rügen auch diese Begründung als willkürlich. Zudem berücksichtige die Vorinstanz die Rechtsprechung des Bundesgerichts nicht, konkret das Urteil 4A_453/2008 vom 22. Dezember 2008, in dem das Bundesgericht ein den Kausalzusammenhang unterbrechendes Selbstverschulden der Verunfallten bejaht hatte. Die Vorinstanz lasse das Argument unberücksichtigt, wonach in der Gegenüberstellung der Betriebsgefahr der Bahn und dem Verschulden des Opfers erschwerend beim Verschulden von A._ zu berücksichtigen sei, dass er als professioneller LKW-Fahrer mit den Verhältnissen im Y._-Begleitwagen vertraut war und deshalb besondere Vorsicht hätte walten lassen müssen. Ohne das Selbstverschulden von A._, das darin bestehe, die Türe bei fahrendem Zug in schlaftrunkenem und alkoholisiertem Zustand zu öffnen, wäre der Unfall nicht passiert. Bei dieser Variante bestehe die einzige Unfallursache darin, dass der Passagier während der Fahrt die Ausstiegstüre öffnet und dabei herausfällt oder gar aussteigt. Das Selbstverschulden unterbreche somit den Kausalzusammenhang.
Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen, wenn auch subsidiären Begründungen, muss der Beschwerdeführer dartun, dass jede von ihnen Recht verletzt; andernfalls kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-ruling>). Die Anfechtung der Eventualbegründung durch die Beschwerdeführerinnen ist somit nötig, damit das Bundesgericht auf die Beschwerden eintreten kann. Indessen erübrigt sich eine Beurteilung derselben, da bereits die vorinstanzliche Hauptbegründung, die das angefochtene Urteil selbständig stützt, der bundesgerichtlichen Überprüfung standzuhalten vermochte. Immerhin ist anzumerken, dass es äusserst fraglich erscheint, ob auch die Eventualbegründung einer bundesgerichtlichen Überprüfung standzuhalten vermocht hätte.
12. Die beiden Beschwerden sind abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführerinnen kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Bei der Bemessung der Parteientschädigungen, welche die Beschwerdeführerinnen der Beschwerdegegnerin zu bezahlen haben, ist zu berücksichtigen, dass zwar zwei Beschwerden zu beantworten waren, sich deren Thematik jedoch über weiteste Strecken deckte, weshalb der Aufwand für die Beschwerdeantworten geringer ausfiel als bei zwei thematisch völlig unterschiedlichen Beschwerdeschriften.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 4A_220/2010 und 4A_222/2010 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden der SBB und der Y._ SA werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- (Verfahren 4A_222/2010) werden der Beschwerdeführerin 1, die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- (Verfahren 4A_220/2010) der Beschwerdeführerin 2 auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin 1 und die Beschwerdeführerin 2 haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren je mit einem Betrag von Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Oktober 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer