Faits:
A. B._, né en 1940, est assuré auprès de la caisse-maladie Universa (ci-après: Universa) pour l'assurance obligatoire des soins, une assurance combinée d'hospitalisation et une assurance de soins complémentaires. Présentant un état d'obésité morbide (indice de masse corporelle [IMC] de 41,5), il a consulté le docteur R._, chirurgien, qui a préconisé la pose d'un anneau gastrique. Le 2 juillet 2007, le docteur R._ a informé le médecin-conseil de Universa, que son patient, dont l'obésité s'était compliquée d'un diabète de type II et d'une hypertension artérielle associée à des lombalgies, des gonalgies et une dyspnée d'effort marquée, envisageait de se soumettre à la mesure de chirurgie bariatrique. Selon le docteur R._, dont l'avis était partagé par son confrère C._, la pose d'un anneau constituait le meilleur geste thérapeutique et aurait des effets bénéfiques sur les autres atteintes à la santé, alors que le risque de complications était limité. En réponse, la caisse-maladie a informé son assuré qu'elle refusait de prendre en charge l'intervention envisagée, dès lors qu'il dépassait l'âge de 60 ans prévu pour bénéficier d'une prise en charge par l'assurance-maladie obligatoire.
Du 19 au 23 septembre 2007, B._ a séjourné à la Clinique X._, où il a subi l'opération prévue; les frais du traitement se sont élevés à 24'955 fr. au total. Par décision du 12 mars 2008, Universa en a refusé la prise en charge au titre de l'assurance obligatoire des soins. Par courrier séparé du même jour, elle a informé l'intéressé qu'elle refusait également le remboursement des frais par le biais de l'assurance combinée d'hospitalisation. L'assuré ayant contesté le prononcé du 12 mars 2008, la caisse-maladie a confirmé sa position par décision sur opposition du 21 mai suivant.
B. Le 23 juin 2008, B._ a simultanément formé recours contre la décision sur opposition devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et déposé une demande en paiement; il a conclu à la prise en charge par sa caisse-maladie du traitement chirurgical en cause, par le biais de l'assurance obligatoire des soins, et à ce que Universa soit condamnée à lui rembourser un montant total de 24'955 fr. plus intérêts au titre de l'assurance privée d'hospitalisation. Statuant le 18 décembre 2008, le Tribunal cantonal genevois des assurances a admis le recours et la demande. Annulant la décision sur opposition du 21 mai 2008, il a statué que l'assuré avait "droit au remboursement des frais litigieux sur la base de l'assurance obligatoire des soins comme sur celles de l'assurance complémentaire" (ch. 2 et 3 du dispositif).
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Universa conclut à l'annulation du jugement cantonal et à la confirmation de la décision sur opposition du 21 mai 2008.
B._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) en propose l'admission.

Considérant en droit:
1. Compte tenu des conclusions et des motifs du recours, le litige porte essentiellement, en instance fédérale, sur le point de savoir si la recourante doit verser à l'intimé des prestations pour le traitement chirurgical de l'adiposité pratiqué en septembre 2007 au titre de l'assurance obligatoire des soins selon la LAMal.
Relevant du droit public, un tel litige peut être porté devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière de droit public (<ref-law>). Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140).
2. 2.1 L'assurance obligatoire des soins prend en charge les coûts des prestations définies aux art. 25 à 31 en tenant compte des conditions des art. 32 à 34 (<ref-law>). A ce titre, les assureurs ne peuvent pas prendre en charge d'autres coûts que ceux des prestations prévues aux art. 25 à 33 (<ref-law>).
2.2 Selon l'<ref-law>, le Conseil fédéral peut désigner les prestations fournies par un médecin ou un chiropraticien, dont les coûts ne sont pas pris en charge par l'assurance obligatoire des soins ou le sont à certaines conditions. D'après l'<ref-law>, le Conseil fédéral détermine également dans quelle mesure l'assurance obligatoire des soins prend en charge les coûts d'une prestation nouvelle ou controversée, dont l'efficacité, l'adéquation ou le caractère économique sont en cours d'évaluation. Le Département fédéral de l'intérieur (DFI), auquel le Conseil fédéral a délégué à son tour les compétences susmentionnées (<ref-law> en relation avec l'art. 33 let. a et c OAMal), a promulgué l'ordonnance sur les prestations dans l'assurance obligatoire des soins en cas de maladie du 29 septembre 1995 (OPAS; RS 832.112.31). Conformément à l'<ref-law>, l'annexe 1 à cette ordonnance énumère les prestations visées par l'art. 33 let. a et c OAMal - dispositions qui reprennent textuellement les règles posées aux al. 1 et 3 de l'<ref-law> -, qui ont été examinées par la Commission des prestations générales de l'assurance-maladie et dont l'assurance obligatoire des soins prend en charge les coûts, avec ou sans condition, ou ne les prend pas en charge.
2.3 Selon le ch. 1.1 de l'annexe 1 à l'OPAS (dans sa version en vigueur jusqu'au 30 juin 2009, applicable en l'espèce [infra consid. 4.1]), le traitement chirurgical de l'adiposité (pontage gastrique par Roux-en-Y, anneau gastrique, gastroplastie verticale) est obligatoirement à la charge de l'assurance pour autant que les conditions prévues aux let. a à g soient réalisées. En particulier, la let. b prévoit que "Le patient ne doit pas avoir plus de 60 ans".
3. Il est constant que les conditions prévues aux let. a et c à g de la disposition mentionnée étaient réalisées en l'occurrence, alors que celle de la let. b ne l'était pas: l'intimé avait dépassé l'âge de 60 ans, puisqu'il avait 66 ans au moment de l'intervention chirurgicale en question.
3.1 Selon la juridiction cantonale, la chirurgie bariatrique subie par l'intimé constituait une mesure efficace, appropriée et économique au sens de l'<ref-law>. La condition de l'âge maximum de 60 ans correspondait à une condition créant une nouvelle obligation qui n'était pas prévue par la loi et qui découlait d'une interprétation trop restrictive du caractère efficace, approprié et économique voulu par le législateur. Cette exigence était par ailleurs de nature à créer une inégalité de traitement entre assurés, puisqu'une personne de 60 ans dont l'état de santé était meilleur que celui d'une personne de 61 ans pouvait se faire soigner aux frais de l'assurance obligatoire des soins, alors que cette dernière se voyait refuser le remboursement du traitement chirurgical bariatrique, de nature à lui permettre de diminuer sensiblement tous les risques liés aux maladies qui étaient les conséquences de son obésité morbide. Les premiers juges ont dès lors admis qu'il se justifiait de s'écarter de la limite d'âge prévue au ch. 1.1 de l'annexe 1 à l'OPAS et d'accorder au recourant le droit au remboursement des frais liés à l'opération bariatrique du 20 septembre 2007 sur la base de l'assurance obligatoire des soins.
3.2 La recourante reproche à l'autorité judiciaire de première instance de s'être écartée de l'appréciation du DFI selon laquelle la limite d'âge de 60 ans pour le traitement en cause s'imposait. Cette exigence était fondée sur l'avis de spécialistes selon lesquels le risque opératoire augmentait nettement chez les personnes âgées de plus de 60 ans et la surmortalité induite par l'obésité avait tendance à diminuer dès 60 ans pour disparaître après 70 ans. Il n'appartenait pas, toujours selon la recourante, à un tribunal d'interpréter une disposition claire et précise édictée par le Conseil fédéral par l'intermédiaire du DFI.
3.3 De son côté, l'intimé se rallie entièrement à l'argumentation des premiers juges, en soutenant que la limite d'âge viole le principe de l'égalité garanti par l'art. 8 al. 1 Cst.
A l'inverse, l'OFSP fait valoir qu'une limite d'âge est nécessaire pour le traitement chirurgical de l'adiposité. La Commission fédérale des prestations était arrivée à la conclusion, fondée sur le consensus des milieux scientifiques, qu'au-delà de l'âge de 60 ans, le risque à attendre du traitement, calculé statistiquement, était si important que l'utilité en était très faible d'après les statistiques. L'efficacité n'était donc plus avérée à partir de 60 ans pour un traitement qui avait pour objet non pas à proprement parler une maladie, mais un état lié à une augmentation des risques entraînant des maladies secondaires (notamment cardio-vasculaires) ainsi qu'à des effets sur d'autres systèmes organiques (en particulier le système musculo-squelettique).
4. 4.1 Initialement fixée à 50 ans sous l'empire de la LAMA ("contre-indications: patients âgés de moins de 18 ans ou de plus de 50 ans", décision du 21 avril 1983, in RJAM 1983 p. 168 sv.), la limite d'âge supérieure prévue pour la prise en charge d'un traitement chirurgical de l'obésité par l'assurance obligatoire des soins a d'abord été assouplie: l'autorité compétente a prévu qu'elle pouvait exceptionnellement être dépassée avec l'accord du médecin-conseil (décision du 22 août 1985 de la Commission compétente, in RAMA 1986 p. 68 ss, 73; ch. 1.1 de l'annexe 1 à l'OPAS dans sa version initiale, entrée en vigueur le 1er janvier 1996 [RO 1995 4964, p. 4985 sv.]). A partir du 1er janvier 2000 (modification du 29 juin 1999), cette limite a été modifiée et élevée à 60 ans ("Le patient ne doit pas avoir plus de 60 ans"). En même temps, la possibilité de la dépasser exceptionnellement a été abolie, tandis que la limite d'âge minimal a été supprimée (RO 1999 2517, p. 2521). Récemment, le ch. 1.1 de l'annexe 1 à l'OPAS a à nouveau été changé en rapport avec l'âge et la limite a été fixée à 65 ans avec effet au 1er juillet 2009 (RO 2009 2821, p. 2830).
Le présent litige doit cependant être tranché à la lumière de la réglementation en vigueur au moment de la survenance des faits juridiquement déterminants (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 447). Par conséquent, la modification de la limite d'âge entrée en vigueur le 1er juillet 2009 n'est pas applicable en l'espèce, seule la limite de 60 ans étant pertinente.
4.2 Dans le cadre du contrôle de la légalité et de la constitutionnalité des ordonnances du Conseil fédéral ou du DFI, le Tribunal fédéral est en principe habilité à examiner le contenu d'une liste de maladies à prendre en considération ou de prestations. Néanmoins, il s'impose une grande retenue dans cet examen. D'une part, il ne dispose pas des connaissances nécessaires pour se faire une opinion sur la question sans recourir à l'avis d'experts. D'autre part, l'ordonnance, souvent révisée, peut être corrigée à bref délai par le DFI. En revanche, le tribunal revoit librement une disposition de l'ordonnance lorsqu'il apparaît que les commissions des spécialistes - dont les avis sont à la base d'une décision du DFI - se fondent non sur des considérations médicales, mais sur des appréciations générales ou de nature juridique (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 343 et les arrêts cités).
5. 5.1 La limitation de l'âge du patient à 60 ans à l'origine du présent litige repose sur les conclusions de la "Conférence de consensus sur le traitement chirurgical de l'obésité en Suisse". Elaborées par un groupe d'experts et approuvées par le Morbid Obesity Study Group et l'Association suisse sur l'étude du métabolisme et de l'obésité (ASEMO), ces conclusions ont été reprises dans l'ensemble par la Commission fédérale des prestations générales et des principes qui en a formé des recommandations concernant les prestations obligatoires dans le domaine du traitement chirurgical de l'obésité (sur le rôle de la Commission, cf. <ref-law> en corrélation avec l'<ref-law>). En ce qui concerne les indications en matière de chirurgie de l'obésité, les experts ont conclu que le risque opératoire - pour une population présentant déjà, en raison de son obésité, un risque opératoire aggravé - est nettement augmenté à partir de 60 ans, tandis que la surmortalité induite par l'obésité a tendance à diminuer à partir de cet âge et à disparaître à partir de 70 ans. L'âge recommandé pour l'intervention chirurgicale est de 18 à 60 ans (Consensus sur le traitement de l'obésité en Suisse 1999, Journal suisse de médecine, Supplément 114 au SMW n° 49 du 11 décembre 1999, p. 18 S).
Les recommandations des experts en matière de traitement de l'obésité ont été mises à jour en novembre 2006 (Consensus sur le traitement de l'obésité en Suisse II, version courte [sans références], «http://www.asemo.ch» sous Publications [consulté le 28 octobre 2009]). Par rapport à la condition de l'âge en relation avec les indications de la chirurgie de l'obésité, les experts ont maintenu la recommandation de l'âge situé entre 18 à 60 ans. Ils ont toutefois ajouté que chez les patients de plus de 60 ans, une intervention chirurgicale bariatrique peut aussi être réalisée lorsqu'il existe un bénéfice pour la santé en terme d'intégrité physique et de réduction de risques cardiovasculaires, chez un patient bien motivé (Consensus II, p. 31). Ces recommandations ont conduit le DFI à modifier le ch. 1.1 de l'annexe 1 à l'OPAS et à augmenter la limite de l'âge à 65 ans (cf. aussi la détermination de l'OFSP du 27 mai 2009). Cette modification, qui n'est pas applicable en l'espèce (supra consid. 4.1), n'est du reste d'aucun secours à l'intimé, puisqu'il avait plus de 65 ans au moment de l'intervention chirurgicale en cause.
5.2 Au regard de ce qui précède, il apparaît que la limite d'âge prévue au ch. 1.1 de l'annexe 1 à l'OPAS est justifiée sur le plan de la science médicale, les experts s'accordant à recommander pour cette catégorie spécifique de patients un âge situé entre 18 et 60 ans en raison de deux facteurs distincts intervenant à partir de l'âge de 60 ans (augmentation du risque opératoire et diminution du risque fatal lié à l'obésité). Par conséquent, en prévoyant un âge limite pour le remboursement du traitement chirurgical de l'obésité, on ne saurait reprocher au DFI d'avoir opéré une distinction entre deux catégories de patients qui ne serait pas fondée sur des motifs sérieux et objectifs. Même si elle peut paraître surprenante (selon l'expression utilisée par GABRIELLE STEFFEN, Droit aux soins et rationnement, 2002, ch. 5.6.3.5 p. 167), cette limitation, qui reste très exceptionnelle dans le domaine de l'assurance obligatoire des soins (cf. BRIGITTE SANTOS-EGGIMANN, Evaluation économique et rationnement: l'âge est-il un critère adéquat?, Revue médicale de la Suisse romande 2001, p. 831 ss) repose sur des considérations médicales approuvées par les spécialistes en matière d'obésité morbide. Elle constitue donc une différence de traitement qui repose sur une justification objective et raisonnable et ne contrevient pas au principe de l'égalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.), respectivement à l'interdiction de toute discrimination fondée sur l'âge (art. 8 al. 2 Cst.). A ce sujet, on précisera que le principe de non-discrimination ne prohibe pas toute distinction basée sur l'un des critères énumérés à l'art. 8 al. 2 Cst., mais fonde plutôt le soupçon d'une différenciation inadmissible. Les inégalités qui résultent d'une telle distinction doivent dès lors faire l'objet d'une justification particulière (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 58; <ref-ruling> consid. 3 p. 169; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 223; <ref-ruling> consid. 6a p. 392; ETIENNE GRISEL, Egalité, Les garanties de la Constitution fédérale du 18 avril 1999, Berne 2009, ch. 148 ss p. 88 sv.; ANDREAS AUER/GIORGIO MALINVERNI/MICHEL HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, Les droits fondamentaux, vol. II, 2ème éd. 2006, n° 1088, p. 509; voir aussi BERNHARD WALDMANN, Altersgrenzen im Recht, in L'homme et l'Etat, Mélanges Fleiner, 2003, p. 472). La distinction relative à l'âge de 60 ans à l'origine du litige est précisément fondée sur un motif d'ordre médical convaincant qui constitue une justification objective et raisonnable.
5.3 Contrairement à ce qu'a retenu la juridiction cantonale en considérant que la limite d'âge relevait d'une interprétation trop restrictive du caractère efficace, approprié et économique de la prestation en cause, l'exigence d'un âge maximal - prévue dans le cadre de l'<ref-law> - s'inscrit, par ailleurs, dans le prolongement de ces critères. Dans la mesure où les experts recommandent une limite d'âge de 60 ans parce qu'à partir de cet âge, le risque opératoire augmente sensiblement, alors que la surmortalité induite par l'obésité tend à diminuer, tant l'efficacité que l'adéquation du traitement chirurgical bariatrique sont niées dans l'abstrait par la science médicale. A partir de l'âge limite, l'indication médicale n'est plus donnée, dès lors que les risques liés à l'intervention chirurgicale apparaissent trop importants par rapport au bénéfice thérapeutique à en attendre, indépendamment du cas concret. En posant l'exigence d'un âge limite inférieur à 60 ans dans une règle de droit, l'ordonnance concrétise simplement dans le texte légal pertinent les critères légaux du caractère efficace, approprié et économique de la prestation en cause. Par conséquent, et compte tenu de la grande retenue qui s'impose au Tribunal fédéral dans le contrôle de la légalité et de la constitutionnalité des ordonnances du Conseil fédéral (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 173 in fine, 124 V 185 consid. 6 p. 195), il n'y a pas lieu de s'écarter de l'appréciation du DFI. Il convient dès lors, en application dans le cas d'espèce du ch. 1.1 (dans sa version valable jusqu'au 30 juin 2009) de l'annexe 1 à l'OPAS, de nier la prise en charge par l'assurance obligatoire des soins de l'intervention chirurgicale bariatrique subie par l'intimé en septembre 2007.
Le recours se révèle dès lors bien fondé, ce qui conduit à l'annulation du jugement entrepris dans la mesure où il porte sur la prise en charge du traitement litigieux par l'assurance-maladie obligatoire.
6. Vu l'issue de la procédure, l'intimé doit supporter les frais de justice y afférents, sans pouvoir prétendre une indemnité à titre de dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Les ch. 1 et 2 du dispositif du jugement du Tribunal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 18 décembre 2008 sont annulés en tant que le recours est admis, la décision sur opposition du 21 mai 2008 annulée et le droit de B._ au remboursement des frais litigieux sur la base de l'assurance obligatoire des soins reconnu.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure antérieure.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 19 mars 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Moser-Szeless