Sachverhalt:
A. A.a Der 1945 geborene C._ war als Hilfsabwart am Gymnasium X._ tätig und in dieser Eigenschaft bei der Berner Versicherung (heute: Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft; nachfolgend: Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 15. April 1994 stürzte er bei der Arbeit aus ca. 3 m Höhe von einem Gerüst und zog sich dabei Abrissfrakturen der Processi transversi L1 bis L5, Rippenfrakturen 6 beidseits lateral und 10 rechts dorsal sowie eine Beckenkontusion zu. Mit Verfügung vom 3. August 1998 sprach die Unfallversicherung C._ eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 46 % sowie eine Integritätsentschädigung auf der Basis einer 10%igen Integritätseinbusse zu. In der dagegen geführten Einsprache liess C._ primär um Sistierung des Verfahrens ersuchen, bis ein Rechtsmittelverfahren gegen die Verfügung der Invalidenversicherung entschieden sei. Dem wurde von Seiten der Allianz entsprochen.
Nachdem der Allianz zur Kenntnis kam, dass die ursprüngliche Rentenverfügung der Invalidenversicherung am 31. Juli 2001 rechtskräftig geworden war, nahm sie das Einspracheverfahren im Februar 2003 wieder auf und liess C._ durch PD Dr. med. K._, Spezialarzt für Chirurgie FMH, begutachten (Expertise vom 9. Dezember 2004). In der Folge zog die Unfallversicherung mit Verfügung vom 7. März 2005 ihre Rentenverfügung vom 3. August 1998 in Wiedererwägung und stellte die Versicherungsleistungen per 1. März 2005 ein. Eine dagegen geführte Einsprache wies sie mit Entscheid vom 8. September 2005 ab. Dieser Einspracheentscheid wurde von der Allianz in dem dagegen geführten kantonalen Beschwerdeverfahren in Wiedererwägung gezogen und aufgehoben. Sie bot dem Versicherten Gelegenheit, seine ursprüngliche Einsprache zurückzuziehen, da eine reformatio in peius drohe. Davon machte C._ Gebrauch.
A.b Mit Verfügung vom 24. Februar 2006 zog die Allianz ihre nunmehr in Rechtskraft erwachsene Verfügung vom 3. August 1998 in Wiedererwägung und stellte ihre Versicherungsleistungen per 1. März 2005 ein. Daran hielt sie auf erneute Einsprache hin fest (Entscheid vom 7. April 2006).
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies eine dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 6. Juli 2007 ab.
C. C._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Allianz zu verpflichten, ihm auch ab März 2005 eine Invalidenrente von 46 % auszurichten.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Ändert sich der Grad der Invalidität des Rentenbezügers in einer für den Anspruch erheblichen Weise, so wird die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben (<ref-law>).
2.1 Dieser Revisionsordnung geht jedoch der Grundsatz vor, dass die Verwaltung befugt ist, jederzeit von Amtes wegen auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet haben, zurückzukommen, wenn sie zweifellos unrichtig sind und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-law>). Unter diesen Voraussetzungen kann die Verwaltung eine Rentenverfügung auch dann abändern, wenn die Revisionsvoraussetzungen des <ref-law> nicht erfüllt sind.
3. Vorliegend ist streitig, ob die Vorinstanz die Wiedererwägungsvoraussetzungen zu Recht bejaht hat, wonach die Verfügung vom 3. August 1998 zweifellos unrichtig gewesen sei.
3.1 Vorerst ist festzuhalten, dass die Rentenverfügung vom 3. August 1998 mit dem am 31. Januar 2006 erfolgten Rückzug der dagegen erhobenen Einsprache rechtskräftig geworden ist. Sie kann deshalb nur noch abgeändert werden, wenn sich die tatsächlichen Verhältnisse seit dem Verfügungserlass wesentlich verändert haben (Revision gemäss <ref-law>) oder wenn sie bereits damals zu Unrecht gewährt worden ist, sei dies wegen eines Rechtsfehlers (mittels Wiedererwägung gemäss <ref-law>) oder weil inzwischen damals noch nicht bekannte neue Tatsachen oder Beweismittel aufgetaucht sind (prozessuale Revision gemäss <ref-law>).
3.2 Im vorliegenden Fall wird nicht geltend gemacht, es seien neue Tatsachen oder neue Beweismittel aufgetaucht, welche als Grundlage für eine Revision dienen könnten. Die Allianz stellte sich in ihrer Verfügung vom 24. Februar 2006 und im Einspracheentscheid vom 7. April 2006 auf den Standpunkt, die Voraussetzungen für die Ausrichtung von Rentenleistungen der Unfallversicherung seien klar nicht erfüllt gewesen, und einer Berichtigung käme auch eine erhebliche Bedeutung zu (vgl. <ref-ruling> E. 1c mit weiteren Hinweisen).
4. 4.1 Bei gleichem Gesundheitsschaden soll die Invaliditätsbemessung in der Invalidenversicherung, der obligatorischen Unfallversicherung und in der Militärversicherung denselben Invaliditätsgrad ergeben (<ref-ruling> E. 2a S. 291 mit Hinweisen). Die daraus abgeleitete Koordination der Invaliditätsbemessung in diesen Sozialversicherungszweigen verfolgt das Ziel, unterschiedliche Festlegungen des Invaliditätsgrades zu vermeiden, was der Rechtssicherheit dient und damit sowohl im Interesse der Versicherer als auch der betroffenen Bürger liegt (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 123). Diese Zielsetzung wird indessen bereits durch <ref-ruling> selber insofern relativiert, als festgehalten wird, dass die IV-Stellen und die Unfallversicherer die Invaliditätsbemessung in jedem einzelnen Fall selbstständig vorzunehmen haben. Keinesfalls dürfen sie sich ohne weitere eigene Prüfung mit der blossen Übernahme des Invaliditätsgrades des Unfallversicherers oder der IV-Stelle begnügen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 553). Dieser Grundsatz gilt umso mehr, wenn nicht alle bei der Invalidenversicherung berücksichtigten Behinderungen unfallkausal sind.
Bei der Wiedererwägung einer Verfügung wegen ursprünglicher Unrichtigkeit ist einzig auf die Verhältnisse und den Wissensstand zum damaligen Zeitpunkt abzustellen. Führen erst spätere Beweismittel zu dieser Erkenntnis, kommt einzig eine prozessuale Revision zum Tragen.
4.2 Die Verfügung der Unfallversicherung vom 3. August lautet wie folgt: "Die Invalidenrente ergibt sich aus dem Einkommensvergleich Validen/Invalidenlohn. Gemäss Berechnung der IV-Stelle Bern vom 26.1.1998 beträgt der Invaliditätsgrad 46 %. Wir werden die Rente ab 1. August 1998 ausrichten." Damit hatte die Allianz ausdrücklich darauf verzichtet, eine eigene Bemessung des Invaliditätsgrades vorzunehmen. Dieses Vorgehen war insofern problematisch, als aus den gesamten bis im August 1998 vorliegenden Akten hervorgeht, dass erhebliche unfallfremde Faktoren vorlagen. Daher wäre eine eigene Feststellung der Erwerbsunfähigkeit auch dann notwendig gewesen, wenn die Allianz von einer grundsätzlichen Bindungswirkung zwischen Invaliden- und Unfallversicherung ausging.
4.3 Eine zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung ist aber nur gegeben, wenn diese auch materiell zweifellos unrichtig war, das heisst, wenn aufgrund der bis August 1998 ergangenen medizinischen Akten feststeht, dass der unfallbedingte Invaliditätsgrad des Beschwerdeführers erheblich kleiner war, als die von der Unfallversicherung verfügten 46 %.
Vom 14. August bis 3. September 1995 war der Versicherte in der Klinik Y._ hospitalisiert. Im Abschlussbericht vom 5. September 1995 berichten die Ärzte über eine objektiv feststellbare schwer eingeschränkte Beweglichkeit der Wirbelsäule in Rotation, Lateroflexion und Flexion sowie eine deutliche Druckdolenz über den Processi transversi L5 bis S1 rechts. Unfallfremde Faktoren würden dabei keine Rolle spielen. Es wird eine berufliche Umschulung empfohlen und "versuchsweise" eine 50%ige Arbeitsfähigkeit attestiert. Im April 1997 führte Dr. med. M._, Spezialarzt für Orthopädische Chirurgie FMH, im Auftrag der Unfallversicherung eine Begutachtung durch. Er diagnostizierte ein chronifiziertes rechtsbetontes lumbovertebrales Schmerzsyndrom nach Abrissfrakturen der Processi transversi L1 bis L5 rechts und Beckenkontusion rechts und eine lumbosacrale Übergangsanomalie im Sinne einer asymmetrischen Hemilumbalisation von S1 mit Bildung eines Nearthros rechts. Auf die Frage nach der Kausalität fügte der Arzt an, die heutigen Beschwerden seien zumindest als Teilursache des Unfalles anzusehen. Es liege ohne Zweifel eine richtungsweisende Verschlimmerung eines pathologischen Vorzustandes vor. Mit einer Besserung sei kaum mehr zu rechnen. Der Status quo ante werde nicht mehr erreicht werden. Schliesslich wurde der Beschwerdeführer noch an der Klinik und Poliklinik für Orthopädische Chirurgie des Spitals Z._ begutachtet. In der Expertise vom 22. Juni 1998 wird von einer Arbeitsfähigkeit von 30 bis 40 % in einer adaptierten, das heisst leichten bis mittelschweren Tätigkeit ausgegangen. Über die Kausalität zwischen den erhobenen Befunden und dem versicherten Unfall werden keine Aussagen gemacht.
Zusammenfassend ergibt sich, dass angesichts der im angefochtenen Entscheid zitierten Arztberichte und insbesondere des ZMB-Gutachtens vom 13. Januar 1997 einiges für eine mangelnde Kausalität der diagnostizierten Rückenbeschwerden mit dem Unfall spricht, sodass der Rentenanspruch im Ausgangsverfahren allenfalls zu Recht hätte abgelehnt werden können. Hingegen kann mit Blick auf die Aussagen in dem von der Unfallversicherung selbst in Auftrag gegebenen Gutachten des Dr. med. M._ nicht gesagt werden, es sei zweifellos unrichtig, von einer - für die Leistungspflicht grundsätzlich genügenden - Teilkausalität zwischen den objektivierbaren Beschwerden und dem Unfall auszugehen. Lagen divergierende medizinische Meinungsäusserungen vor, kann nicht Jahre später wiedererwägungsweise gesagt werden, es sei zweifellos unrichtig gewesen, auf die eine und nicht auf die andere abzustellen. Damit kann die in Rechtskraft erwachsene Verfügung vom 3. August 1998 nicht in Wiedererwägung gezogen werden.
5. Ausgangsgemäss hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>) zu tragen und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 6. Juli 2007 und der Einspracheentscheid der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft vom 7. April 2006 werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. September 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer