Fatti:
A. Le Ferrovie federali svizzere (FFS) sono proprietarie di un terreno situato a cavallo dei Comuni di Manno (fondo part. n. 433) e di Bioggio (fondo part. n. 425), all'interno di un comprensorio che funge da scalo merci delle ferrovie sul piano del Vedeggio. Il fondo part. n. 433 è ubicato nella "zona dello scalo merci" del piano regolatore del Comune di Manno e vi sorge attualmente un capannone servito da binari che si allacciano alla linea ferroviaria.
B. Il 20 luglio 2009 le FFS hanno presentato al Municipio di Manno una domanda di costruzione per edificare sulla particella n. 433, in luogo del capannone esistente, un nuovo stabile di tre piani dalle dimensioni di 30 x 100 m e alto 21 m. Secondo la domanda, lo stabile sarà adibito a deposito per l'attività logistica della ditta B._, consistente nell'immagazzinamento di merci provenienti dalla ferrovia in attesa di essere distribuite per il Cargo Domicilio. In particolare, è previsto di destinare il piano inferiore (seminterrato) ad autorimessa (78 posteggi, che si aggiungono ad altri 15 esterni), nonché ad alcuni locali FFS (cantina e radio, spogliatoio e locale pausa, per complessivi 158,5 m2), archivi ed altri locali tecnici. Il piano terreno, integrato da un'area con binario (officina di circa 256 m2) e circondato da otto rampe di carico-scarico, è principalmente destinato allo smistamento e al deposito delle merci (per oltre 2'000 m2) e, per una superficie di molto inferiore, ad uffici. Il piano ammezzato superiore ospita alcuni uffici ed archivi, oltre a un'area per i pezzi di ricambio, mentre il primo ed il secondo piano sono adibiti ad ulteriori depositi, a una sala riunioni e a tre piccoli archivi. Il terzo piano è essenzialmente destinato ad uffici e prevede pure un locale ristoro, nonché l'appartamento del custode, oltre a due terrazze e ad un cortile interno. Secondo la relazione tecnica, le superfici amministrative e per uffici saranno occupate dalla ditta B._ e parzialmente dalle FFS.
C. La A._ si è opposta alla domanda. Con decisione del 9 ottobre 2009 il Municipio di Manno ha negato la licenza edilizia. Questa decisione è stata confermata il 21 aprile 2010 dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino, su ricorso dell'istante.
D. Con sentenza del 9 settembre 2010 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso delle FFS contro la risoluzione governativa. La Corte cantonale ha ritenuto che la costruzione progettata costituiva un impianto ferroviario ed era quindi soggetta alla procedura federale di approvazione dei piani.
E. Le FFS impugnano questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di riformarlo nel senso di annullare sia la decisione governativa sia quella municipale e di rinviare gli atti al Municipio di Manno perché rilasci la licenza edilizia richiesta. Le ricorrenti fanno valere la violazione del diritto federale, adducendo che a torto la Corte cantonale non avrebbe riconosciuto nell'edificio progettato un impianto accessorio soggetto alla procedura cantonale.
F. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza, ribadendone i motivi essenziali. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Municipio di Manno e l'opponente chiedono di respingere il ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale che ha confermato il diniego della licenza edilizia, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 cpv. 1 LTF. Nonostante le ricorrenti abbiano ancora la possibilità di avviare una procedura (federale) di approvazione dei piani giusta gli art. 18 segg. della legge federale sulle ferrovie, del 20 dicembre 1957 (Lferr; RS 742.101), la decisione impugnata è di natura finale ai sensi dell'<ref-law>, poiché conclude la procedura edilizia di diritto cantonale, negando in modo definitivo il rilascio dell'autorizzazione richiesta.
1.2 Le ricorrenti hanno partecipato al procedimento in sede cantonale e, quali proprietarie del fondo dedotto in edificazione ed istanti nella procedura edilizia, sono particolarmente toccate dalla decisione impugnata ed hanno un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica. Esse sono pertanto legittimate a ricorrere secondo l'<ref-law>.
2. 2.1 Le ricorrenti rimproverano alla Corte cantonale di avere violato gli art. 18 e 18m Lferr qualificando l'edificio litigioso quale impianto ferroviario e, in quanto tale, soggetto alla procedura di approvazione dei piani. A loro dire, si tratterebbe invece di un impianto accessorio, non destinato prevalentemente all'esercizio ferroviario, e sottoposto quindi al diritto cantonale. Sostengono che soltanto l'area per lo smistamento e il deposito della merce prevista al piano terreno rientrerebbe nella nozione di impianto ferroviario, mentre gli altri spazi sarebbero di carattere prevalentemente accessorio sia sotto il profilo quantitativo sia sotto quello qualitativo. In particolare, il locale pausa, il locale ristoro, i diversi uffici, l'appartamento del custode, l'autorimessa, lo spogliatoio, i vari archivi e la sala riunioni non sarebbero destinati prevalentemente all'esercizio ferroviario, siccome rivolti principalmente al personale o ad un'utilizzazione amministrativa. Gli ulteriori depositi, il locale cantina e radio, nonché l'area per i pezzi di ricambio, costituirebbero fondamentalmente un magazzino, che di regola non realizzerebbe gli estremi di un impianto ferroviario.
2.2 Le costruzioni o le modificazioni di edifici e impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione o all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) soggiacciono alla procedura (federale) di approvazione dei piani (cfr. <ref-law>); di massima, non è necessaria alcuna autorizzazione del diritto cantonale (cfr. <ref-law>). La questione di sapere se una costruzione serva esclusivamente o prevalentemente all'esercizio ferroviario deve essere esaminata in ogni singolo caso sulla base della situazione concreta (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 5a). Tale condizione è in genere realizzata quando la costruzione presenta, dal profilo oggettivo e dello spazio, una connessione stretta e necessaria con l'esercizio della ferrovia (<ref-ruling> consid. 4 pag. 234). L'edificazione e la modifica di costruzioni e di impianti non destinati totalmente o prevalentemente all'esercizio ferroviario (impianti accessori) sono invece sottoposte al diritto cantonale (<ref-law>).
Nel caso di cosiddetti impianti misti, vale a dire che presentano delle parti destinate all'esercizio ferroviario e delle parti ad esso estranee, occorre esaminare se prevalgono le finalità dell'esercizio ferroviario oppure altri scopi. Qualora l'opera costituisca un'unità sotto il profilo costruttivo e funzionale e sia prevalentemente destinata all'esercizio della ferrovia, essa è assoggettata alla procedura federale di approvazione dei piani (<ref-ruling> consid. 4a-c).
Il Tribunale federale ha già avuto modo di precisare che un magazzino può essere considerato quale impianto ferroviario se serve da deposito intermedio per merci ferroviarie destinate ad essere trasportate direttamente per treno od avviate ulteriormente dopo il loro trasporto; occorre altresì che gli imperativi dell'esercizio ferroviario impongano la sua costruzione in prossimità di una stazione o di binari ferroviari (<ref-ruling> consid. 6a-c).
2.3 La Corte cantonale ha esposto le caratteristiche dell'edificio e le destinazioni previste nei vari spazi ed ha rilevato ch'esso sorgerebbe su un terreno delle FFS situato in un comprensorio che funge da anni da scalo merci delle ferrovie sul piano del Vedeggio. Lo stabile sarebbe adibito a deposito per l'attività logistica della ditta B._, consistente nell'immagazzinamento di merci provenienti dalla ferrovia in attesa di essere distribuite per il Cargo Domicilio, un sistema di trasporto in piccole partite, offerto in passato dalle FFS e ceduto in seguito ad imprese di trasporto private, che si caratterizza per il trasporto ferroviario sui tratti più lunghi. L'edificio litigioso fungerebbe in sostanza da nodo intermodale per il traffico combinato delle merci (strada-ferrovia). Si tratterebbe quindi di una sorta di piazza intermedia per le merci che sono movimentate su rotaia e sono destinate ad essere avviate ulteriormente su strada entro un breve lasso di tempo. La Corte cantonale ha inoltre accertato conformemente agli atti che gli 11'767 m2 di superficie complessiva prevista sono prevalentemente destinati (per 8'727 m2) allo smistamento e al deposito delle merci.
Le ricorrenti non contestano gli esposti accertamenti, ma sostengono che, sulla base degli stessi, la Corte cantonale avrebbe dovuto riconoscere che l'opera sarebbe sì legata all'attività ferroviaria, tuttavia soltanto a livello accessorio. A loro dire, un carattere ferroviario potrebbe essere ammesso soltanto per gli spazi destinati allo smistamento e al deposito della merce previsti al piano terreno, mentre il resto dello stabile assolverebbe ad altre funzioni. Premesso che le ricorrenti si limitano in sostanza ad addurre, con una motivazione generica, che la costruzione litigiosa costituirebbe un impianto accessorio, non è oggettivamente dato di vedere per quali ragioni, se la destinazione prevalentemente legata all'esercizio ferroviario è ammessa per il deposito al piano terreno, la soluzione opposta dovrebbe invece essere adottata per gli analoghi depositi previsti al primo e al secondo piano dello stabile. Ciò, ove solo si consideri che anche questi magazzini, ubicati ai livelli superiori, presentano caratteristiche del tutto simili ed occupano pressoché l'intera superficie dei rispettivi piani per oltre 5'200 m2 complessivi. Quanto agli ulteriori vani, segnatamente all'abitazione del custode e agli uffici, se anche si volesse ritenerli sovradimensionati per rapporto alle esigenze del deposito o destinati in parte anche ad altri scopi estranei all'esercizio ferroviario, ciò non basterebbe a negare il carattere prevalentemente ferroviario della costruzione litigiosa nel suo complesso. In effetti, l'opera nel suo insieme costituisce un'unità sotto il profilo costruttivo e funzionale e rappresenterebbe un impianto misto in cui le finalità dell'esercizio ferroviario sono comunque preponderanti. Ubicato nel comprensorio dello scalo merci e collegato alla rete ferroviaria, l'edificio serve prioritariamente ed essenzialmente quale deposito per lo stoccaggio intermedio delle merci trasportate su ferrovia e destinate ad essere dislocate ulteriormente. In tali circostanze, esso è strettamente legato con l'esercizio della ferrovia e riveste quindi una funzione ferroviaria prevalente. Qualificandolo come impianto ferroviario, la Corte cantonale ha quindi applicato correttamente l'<ref-law>.
3. 3.1 Il Municipio e l'opponente sostengono che il deposito servirebbe unicamente al trasporto delle merci via strada, siccome sarebbe collegato alla rete ferroviaria in modo insufficiente, tramite un unico binario previsto peraltro solo per raggiungere l'officina. Come visto, la Corte cantonale ha tuttavia accertato che le merci provengono dalla ferrovia e vengono immagazzinate e smistate nel deposito in vista del loro trasporto mediante il Cargo Domicilio; ha quindi sostanzialmente rilevato che l'impianto costituisce un deposito intermedio per il trasporto combinato delle merci strada-ferrovia. Questi accertamenti non sono censurati d'arbitrio dalle ricorrenti e sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>). Le questioni di sapere se l'allacciamento alla rete ferroviaria è adatto all'utilizzazione prevista e se il progetto è conforme alle prescrizioni ferroviarie devono essere esaminate nella procedura di approvazione dei piani.
3.2 Laddove il Municipio ritiene che il progetto non sarebbe conforme alle disposizioni del piano regolatore comunale, va infine rammentato che in quanto sottoposto alla specifica procedura (federale) di approvazione dei piani, di principio la costruzione dell'impianto in oggetto non necessita di autorizzazioni o piani del diritto cantonale. Nondimeno, l'autorità competente deve tenere conto del diritto cantonale nella misura in cui non limiti in modo sproporzionato l'adempimento dei compiti dell'impresa ferroviaria (cfr. <ref-law>).
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto. Le FFS, che fanno parte delle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico, avevano in concreto un interesse pecuniario nella causa. Soccombenti, esse sono quindi tenute al pagamento delle spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF). Non si assegnano ripetibili della sede federale né al Municipio di Manno, che ha presentato la risposta nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 7), né all'opponente, che non ha fatto capo al patrocinio di un avvocato.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.