Sachverhalt:
A. Die 1957 geborene M._ war vom 19. Januar 1998 bis 14. Mai 2000 als Direktionsassistentin beim Hotel S._ tätig. Wegen eines Schleudertraumas (Unfall im Mai 2002) sowie eines Fatiguesyndroms (seit 2000) meldete sie sich am 28. November 2003 bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Mit Verfügungen vom 15. September 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 10. Februar 2006, sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich der Versicherten basierend auf einem Invaliditätsgrad von 50 % ab 1. November 2002 eine halbe Invalidenrente zu. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 19. Februar 2007 ab. Mit Urteil vom 10. März 2008 hob das Bundesgericht den Einspracheentscheid und den kantonalen Gerichtsentscheid auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit diese, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
In Nachachtung des Bundesgerichtsurteils nahm die IV-Stelle in Bezug auf das Valideneinkommen der Versicherten ergänzende Abklärungen vor. Sie holte u.a. bei D._, Direktor des Hotels S._, eine schriftliche Auskunft (vom 2. April 2009) ein und führte beim Verband X._, Abklärungen durch. Mit Verfügung vom 7. Januar 2010 sprach sie M._, nach erfolgtem Vorbescheidverfahren, basierend auf einem Invaliditätsgrad von 56 % ab 28. November 2002 eine halbe Invalidenrente zu.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 18. April 2011 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, rückwirkend ab 1. November 2002 eine angemessene Invalidenrente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von jedenfalls über 60 % zuzusprechen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_784/2008 vom 11. September 2009 E. 1.1 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2010 UV Nr. 2 S. 7). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. Streitig ist, ob der Beschwerdeführerin ab dem 1. November 2002 eine höhere als die zugesprochene halbe Invalidenrente zusteht.
Das Invalideneinkommen wurde im Urteil des Bundesgerichts vom 10. März 2008 verbindlich auf Fr. 29'667.50 festgelegt. Zu prüfen ist mithin lediglich die Höhe des Valideneinkommens. Dieses hat die Vorinstanz gestützt auf den Arbeitgeberbericht des Hotels S._ vom 5. November (recte: Dezember) 2003, woraus sich ein Monatslohn von Fr. 5'000.- im Jahre 2000 ergibt, auf Fr. 68'183.90 im Jahr 2002 festgelegt, was die Beschwerdeführerin als bundesrechtswidrig rügt. Sie sieht eine Rechtsverletzung darin, dass trotz Kündigung auf das Einkommen und die Einkommensentwicklung bei der bisherigen Arbeitgeberin abgestellt wurde. Zudem bemängelt sie, dass ihre beruflichen Aufstiegsmöglichkeiten bei der Bemessung des Valideneinkommens zu Unrecht nicht berücksichtigt worden sind und sie hält daran fest, dass sie im Gesundheitsfall jedenfalls in ein Stadthotel und nicht in ein anderes Saisonhotel gewechselt hätte; dies erst recht für den Fall, dass sie den gut vorbereiteten Karriereschritt mit Aufstieg zur Vizedirektorin nicht geschafft hätte.
3. 3.1 Im angefochtenen Entscheid werden die massgebenden Rechtsgrundlagen zur Beurteilung des streitigen Anspruchs zutreffen dargelegt, worauf verwiesen wird. Richtig ist insbesondere, dass sich das Valideneinkommen danach bestimmt, was die versicherte Person im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdient hätte. Dabei wird in der Regel am zuletzt vor Eintritt der Gesundheitsschädigung im angestammten Bereich erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da es empirischer Erfahrung entspricht, dass die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325, 129 V 222 E. 4.3.1 S. 224 je mit Hinweisen).
3.2 Nach <ref-law> in der bis 31. Dezember 2003 gültig gewesenen Fassung bestand bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 66 2/3 Prozent Anspruch auf eine ganze Rente. Bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 Prozent - und nach Abs. 1bis, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2003, in Härtefällen von mindestens 40 Prozent - betrug der Anspruch ein Zweitel und bei einem solchen von mindestens 40 Prozent ein Viertel einer ganzen Rente. Im Rahmen der am 1. Januar 2004 in Kraft getretenen Änderung des IVG gemäss Bundesgesetz vom 21. März 2003 (4. IV-Revision; AS 2003 3837 ff.) ist die Rentenabstufung verfeinert und die Härtefallrente gestrichen worden. Seither bestimmt <ref-law>, dass bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 70 Prozent Anspruch auf eine ganze Rente besteht. Bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 60 Prozent beträgt der Rentenanspruch drei Viertel, von mindestens 50 Prozent ein Zweitel und bei einem solchen von mindestens 40 Prozent ein Viertel einer ganzen Rente.
4. 4.1 Im Urteil vom 10. März 2008 erwog das Bundesgericht, indem die Vorinstanz ohne nähere Abklärungen, insbesondere ohne Rückfrage beim früheren Arbeitgeber, Hotel S._, hinsichtlich einer allfälligen Gehaltsentwicklung vom letzten Lohn (2000) ausgegangen sei, diesen der Teuerung (2001/2002) anpasste und ohne nachvollziehbare Begründung einfach "zu Gunsten der Beschwerdeführerin" auf Fr. 70'000.- also um rund 2,7 % erhöhte, habe sie den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig und mithin rechtsfehlerhaft im Sinne von <ref-law> festgestellt. Es wies die Sache an die Verwaltung zurück, damit diese nach entsprechenden Abklärungen in Bezug auf das Valideneinkommen und unter Berücksichtigung des festgestellten Invalideneinkommens über den Rentenanspruch der Beschwerdeführerin neu befinde. Damit hat das Bundesgericht, entgegen der Vorinstanz, den Abklärungsauftrag zum Valideneinkommen nicht eingeschränkt. Namentlich hat es die zu tätigenden Abklärungen nicht auf die Nachfrage zur mutmasslichen Gehaltsentwicklung beim früheren Arbeitgeber, dem Hotel S._, beschränkt. Zudem lässt sich aus dem Urteil bezüglich allfälliger beruflicher Aufstiegsmöglichkeiten nichts Verbindliches ableiten, hat sich doch das Bundesgericht dazu nicht geäussert.
4.2 Aufgrund der Akten steht fest, dass die Direktion des seinerzeitigen Arbeitgebers, des Hotels S._, per 1. Mai 2000 wechselte und der neue Direktor, D._, das Arbeitsverhältnis mit der Beschwerdeführerin per 31. Mai 2000 auflöste (Kündigungsschreiben vom 14. April 2000). Diese Kündigung stand mit der Gesundheitsbeeinträchtigung in keinem Zusammenhang. Damit ist der Beschwerdeführerin beizupflichten, dass sie im Gesundheitsfall eine neue Stelle hätte suchen müssen und nicht weiterhin in diesem Hotel tätig gewesen wäre, wovon die Vorinstanz zu Unrecht ausgegangen ist. Entgegen den Erwägungen im angefochtenen Entscheid kann mithin für die Bemessung des Valideneinkommens nicht ohne weiteres auf das Einkommen und die Einkommensentwicklung beim Hotel S._ abgestellt werden. Indem die Vorinstanz dieses allein als Ausgangsbasis für die Bemessung des Valideneinkommens nahm, hat sie Bundesrecht verletzt. Das Bundesgericht ist an die diesbezügliche vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht gebunden.
4.3 Ausweislich der Akten hat die Beschwerdeführerin in der Zeit von 1981 bis zum ersten Stellenantritt im Hotel S._ per 20. Januar 1997, also während rund sechzehn Jahren, ausschliesslich in renommierten Stadthotels gearbeitet; ab 1. Januar 1987 in der Funktion als Chef de Réception. Zudem steht aufgrund der Akten fest, dass die Beschwerdeführerin zweimal im Hotel S._ tätig war, zunächst als Chef de Réception vom 20. Januar bis 6. Juli 1997 und später vom 19. Januar 1998 bis 31. Mai 2000 als Direktionsassistentin. Zwischen diesen Arbeitsverhältnissen arbeitete sie vom 27. Juli 1997 bis 1. Januar 1998 erneut in einem Stadthotel, im Hotel C._. Mithin steht fest, dass die Beschwerdeführerin vor ihrem Einsatz als Direktionsassistentin in der Y._ während vieler Jahre ausschliesslich in grösseren Stadthotels gearbeitet hatte, wo sie unbestrittenermassen ein deutlich höheres Einkommen erzielte. Weiter ist unbestritten, dass sie die erhebliche Lohneinbusse, welche mit dem Wechsel vom Stadthotel Hotel E._, zum Saisonhotel S._ verbunden war, aufgrund der Karriereentwicklung hingenommen hatte.
Mit Blick auf diese Ausgangslage ist mit der Beschwerdeführerin davon auszugehen, dass sie ohne Eintritt des Gesundheitsschadens für den Fall, dass sie den beruflichen Aufstieg zur Vizedirektorin nicht geschafft hätte, überwiegend wahrscheinlich wieder eine Stelle in einem Stadthotel im bisherigen Tätigkeitsbereich oder allenfalls als Direktionsassistentin gesucht hätte, wo der Verdienst höher gewesen wäre. Aufgrund des beruflichen Werdegangs und der Qualifikation bestand kein Grund, im Gesundheitsfall erneut eine schlechter bezahlte Stelle in einem Saisonhotel zu suchen. Besondere Gründe beruflicher oder privater Art, die dagegen sprechen könnten, sind den Akten nicht zu entnehmen und werden auch nicht vorgebracht. Dass sie ihren Wohnsitz in der Zwischenzeit nach Z._ verlegt hat, genügt dafür jedenfalls nicht.
4.4 Was den von der Beschwerdeführerin im Gesundheitsfall geltend gemachten beruflichen Aufstieg betrifft, hat die Vorinstanz erwogen, insgesamt seien keine konkreten Anzeichen vorhanden, wonach sie ohne Eintritt des Gesundheitsschadens eine Stelle als Vizedirektorin eines Vier- oder Fünfsternhotels hätte antreten können. Sie möge zwar diesen Wunsch gehabt und im Hinblick auf diesen Karriereschritt auch gewisse Kurse besucht haben, dass sie aber tatsächlich eine solche Stelle bekommen hätte, lasse sich nicht, geschweige denn mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit feststellen. Gemäss geltender Rechtsprechung ist zur Berücksichtigung des beruflichen Aufstiegs zwar nicht erforderlich, dass die Versicherte eine entsprechende Stelle auch tatsächlich bekommen hätte. Gefordert wird vielmehr das Bestehen konkreter Anhaltspunkte für einen beruflichen Aufstieg im Gesundheitsfall. Blosse Absichtserklärungen der versicherten Person genügen nicht, sondern es müssen bereits bei Eintritt des Gesundheitsschadens entsprechend konkrete Schritte wie Kursbesuch, Aufnahme eines Studiums, Ablegung von Prüfungen usw. kundgetan worden sein (Urteil 9C_757/2010 vom 24. November 2010 E. 4.2 mit Hinweis auf SVR 2010 UV Nr. 13 S. 51, 8C_550/2009 E. 4.1 und 4.2). Die theoretisch vorhandenen beruflichen Entwicklungs- oder Aufstiegsmöglichkeiten sind nur dann zu berücksichtigen, wenn sie mit überwiegender Wahrscheinlichkeit eingetreten wären (<ref-ruling>). Dass die Beschwerdeführerin mit dem aufgezeigten Werdegang (vgl. E.4.3 hievor) und der angeführten Weiterbildung (vom 28. Oktober 1995 bis 25. Oktober 1996 absolvierte sie die Kaderschule A._ der Schule I._ mit Diplom und anschliessend den Diplomkurs in der Schule B._ der Schule I._ mit Abschluss per 22. November 1996) den Karriereschritt zur Vizedirektorin eines Vier- bzw. Fünfsternhotels geschafft hätte, ist zwar möglich, nicht aber überwiegend wahrscheinlich (zum Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 360 mit Hinweisen).
4.5 Vor diesem Hintergrund ist bei der Bestimmung des Valideneinkommens vom Lohn auszugehen, den die Beschwerdeführerin entweder im bisherigen Tätigkeitsbereich als Chef de Réception oder allenfalls als Direktionsassistentin in einem Stadthotel hätte erzielen können. In der Zeit vor dem Karriere bedingten Wechsel zum Saisonhotel S._ hatte die Versicherte gemäss IK-Auszug im Hotel E._ 1996 Fr. 70'348.- erzielt, was aufgerechnet auf das Jahr 2002 Fr. 75'343.- ergibt (1997 0,5 %, 1998 0,7 %, 1999 0,3 %, 2000 1,3 %, 2001 2,5 % und 2002 1,8 %). Dies entspricht im Übrigen auch den Angaben der Beschwerdeführerin im ersten Verfahren vor Bundesgericht, wo sie selbst ein Valideneinkommen von Fr. 75'000.- für eine Person mit ihrer Qualifikation und ihrer Berufserfahrung von rund zwei Jahrzehnten als angemessen bezeichnete, worauf sie zu behaften ist. In Gegenüberstellung mit dem Invalideneinkommen von Fr. 29'667.50 resultiert dabei ein Invaliditätsgrad von 60,44 %, gerundet 60 %. Selbst bei Annahme des Einkommens einer Direktionsassistentin eines Viersternstadthotels, basierend auf den eher vagen Lohnangaben (Durchschnittslöhne Vizedirektorin/Direktionsassistentin) von Frau R._, Verband X._ vom 19. November 2008 - worauf sich die Beschwerdeführerin selbst beruft - (Fr. 106'000.- im Jahr 2008 Durchschnitt für Vizedirektor; Direktionsassistentin liege darunter) ist ein Invaliditätsgrad von über 66 2/3 Prozent nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt.
Damit hat die Beschwerdeführerin ab 1. Januar 2004 (<ref-law> in der seit 1. Januar 2004 geltenden Fassung) Anspruch auf eine Dreiviertelsrente. Die Beschwerde wird in diesem Sinne teilweise gutgeheissen.
5. Die Gerichtskosten werden den Parteien entsprechend dem Verfahrensausgang auferlegt (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. April 2011 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 7. Januar 2010 insoweit abgeändert, als die Beschwerdeführerin ab 1. Januar 2004 Anspruch auf eine Dreiviertelrente hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 100.- der Beschwerdegegnerin Fr. 400.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'400.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. September 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Weber Peter