Sachverhalt:
A. Am 2. Juni 2010 nahm die Polizei aufgrund der Meldung eines Raubüberfalls in Oberburg (Coop Tankstellenshop) Y._ und X._ fest. Nach der Anklage waren sie übereingekommen, die Tankstelle zu überfallen. Y._ habe maskiert und mit vorgehaltener, ungeladener Pistole die Verkäuferin aufgefordert, ihm das Geld aus der Kasse zu geben. Dann sei er zu dem wartenden X._ gerannt, und sie seien davongefahren. Die Anklage warf ihnen zudem vor, sie seien am 26./27. Mai 2010 in das Restaurant der Badeanstalt Koppingen eingedrungen, hätten dort Sachen im Wert von Fr. 1'710.-- entwendet und einen Schaden von Fr. 1'000.-- angerichtet. Ferner seien sie am 31. Mai 2010 in das Verkaufsgeschäft Blackout in Murgenthal eingebrochen, hätten einen Schaden von Fr. 8'000.-- verursacht und das Geschäft ohne Beute verlassen.
B. Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte im Berufungsverfahren am 24. April 2012 X._ wegen gemeinsam mit Y._ begangenen Raubes in Oberburg, Diebstahls, Sachbeschädigung und Hausfriedensbruchs in Koppingen sowie versuchten Diebstahls, Sachbeschädigung und Hausfriedensbruchs in Murgenthal zu einer Freiheitsstrafe von 47 Monaten (unter Einbezug einer Reststrafe von 949 Tagen gemäss Verfügung des Departements des Inneren des Kantons Solothurn vom 11. Mai 2009).
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das obergerichtliche Urteil aufzuheben, ihn freizusprechen und ihn gemäss Art. 429 StPO mit mindestens Fr. 140'000.-- zu entschädigen. Es seien ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen. Erhöhte Anforderungen gelten bei Grundrechts- und Willkürrügen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2). Auf appellatorische Kritik am Urteil ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 5).
2. Bei Verurteilung zu einer unbedingten Freiheitsstrafe hat die Beschwerde im Umfang der Begehren aufschiebende Wirkung (Art. 103 Abs. 2 lit. b BGG). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, dass Vollzugsmassnahmen angeordnet wurden oder vorgesehen sind. Auf den Verfahrensantrag ist nicht einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer rügt Verletzungen des Gehörsrechts.
3.1 Die Vorinstanz nimmt Erwägungen der Erstinstanz in ihr Urteil auf. Sie verletzt damit weder das rechtliche Gehör noch ihre Begründungspflicht (vgl. <ref-ruling> E. 5.2).
3.2 Die Vorinstanz wies in antizipierter Würdigung (vgl. <ref-ruling> E. 5.3) einen Teil der Beweisanträge ab (Urteil S. 5; act. 746 ff.). Weshalb die behaupteten Entlastungszeugen hätten befragt und Akten aus anderen Strafverfahren gegen Y._ hätten beigezogen werden müssen, legt der Beschwerdeführer nicht dar (Beschwerde S. 6). Er verzichtete in der vorinstanzlichen Befragung auf weitere Beweisanträge (act. 784). Willkür ist nicht ersichtlich.
3.3 Eine Gehörsverletzung liegt auch nicht im Verzicht auf Einvernahme eines Polizisten. Y._ erklärte, dass er und der Beschwerdeführer bei einer Verkehrskontrolle "nervös gewesen seien", und nannte den Namen des kontrollierenden Polizisten (Urteil S. 24). Die Vorinstanz nimmt an, diese Namensnennung spreche für die Glaubhaftigkeit der Aussage. Nach dem Beschwerdeführer sind Existenz und Identität des Polizisten zweifelhaft und hätten abgeklärt werden müssen (Beschwerde S. 10 f.). Er trägt keine Anhaltspunkte für den geltend gemachten Zweifel vor. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
3.4 Der Beschwerdeführer wendet ein, die entlastenden Fakten seien ausgeblendet und die Untersuchungsmaxime verletzt worden (Beschwerde S. 6 und 11). Die Sache wurde umfassend geprüft. Der Einwand ist unbegründet.
4. Der Beschwerdeführer berief sich auf sein Aussageverweigerungsrecht und äusserte sich erst bei der vorinstanzlichen Befragung (act. 781 ff.). Er bringt vor, die Vorinstanz schiebe ihm die Beweislast zu und verletze die Unschuldsvermutung, wenn sie annehme, das Schweigen dürfe in Konstellationen mitberücksichtigt werden, die nach einer Erklärung riefen (Beschwerde S. 5 und 12).
Die Vorinstanz nimmt an, das Schweigen dürfe in gewissen Situationen beachtet werden (Urteil S. 7 f.), und hält fest, es leuchte ihr nicht ein, weshalb der Beschwerdeführer seine entlastende Darstellung erst in der Hauptverhandlung präsentierte (Urteil S. 18). Offenkundig stützt die Vorinstanz den Schuldspruch nicht auf das Schweigen des Beschwerdeführers. Seine Aussagen in der vorinstanzlichen Befragung würdigt sie willkürfrei (Urteil 11 ff. und 16 ff., ferner S. 21 ff. und 23 ff.).
Entgegen der Beschwerde (S. 13) verkennt die Vorinstanz nicht, dass keine Auskunftspflichten bestanden. Für eine Verletzung der Unschuldsvermutung oder des Grundsatzes in dubio pro reo sind auch unter diesem Gesichtspunkt keine Anhaltspunkte ersichtlich.
5. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Schuldsprüche in den drei Anklagepunkten beruhten einzig auf den Aussagen von Y._ (sowie den "Wahrnehmungen" einer Zeugin zum Raubüberfall in Oberburg). Y._ sei ein "zig-facher Lügner" (Beschwerde S. 9). Die Vorinstanz stelle willkürlich auf dessen Angaben ab.
Die Beweiswürdigung ist willkürlich, wenn sie unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (<ref-ruling> E. 1.3).
Die Vorinstanz setzt sich mit den Aussagen von Y._, jenen des Beschwerdeführers und Dritter (Urteil S. 13 ff. betreffend den Raubüberfall) sowie mit zahlreichen Indizien auseinander. Es ist weder plausibel noch ersichtlich, weshalb Y._ den Beschwerdeführer zu Unrecht hätte belasten sollen. Das Beweisergebnis, nämlich die gemeinsame Tatbegehung, ist offenkundig nicht unhaltbar.
6. Der Beschwerdeführer verweist für die Entschädigung von mindestens Fr. 140'000.-- auf Art. 429 StPO. Die Bestimmung regelt Ansprüche des Beschuldigten bei Freisprüchen und ist bei diesem Ausgang des Verfahrens nicht anwendbar.
7. Die Beschwerde erweist sich als appellatorisch. Sie ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (Art. 64 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist praxisgemäss mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 und Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Mai 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Schneider
Der Gerichtsschreiber: Briw