Faits:
A. Par contrat du 4 février 2002 prenant effet le 1er avril 2002, Garage X._ SA a engagé Y._, en qualité de vendeur, pour un salaire mensuel fixe de 5'400 fr., plus diverses commissions en cas de vente. Un horaire de travail de 42,5 heures hebdomadaires, en moyenne annuelle, était convenu, les heures de travail étant fixées par l'employeur.
Le 31 mai 2005, l'employeur a résilié le contrat de travail pour le 31 juillet 2005. Après l'échec d'une proposition faite par l'employeur quant à la signature d'un nouveau contrat, qui prévoyait une diminution du salaire fixe avec effet dès le 1er août 2005, puis d'une contre-proposition de l'employé, la résiliation du contrat est devenue effective au 31 juillet 2005.
B. Le 23 octobre 2006, Y._ a ouvert action contre Garage X._ SA en vue d'obtenir le paiement de 26'869 fr.35, plus intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2005, pour les heures supplémentaires effectuées.
Par jugement du 26 mars 2007, le Tribunal des prud'hommes du district de Neuchâtel a condamné la défenderesse à payer au demandeur le montant de 20'000 fr. bruts, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2005.
Les premiers juges ont retenu en substance que le contrat prévoyait un horaire de travail hebdomadaire de 42,5 heures en moyenne annuelle et que l'employé calquait son horaire sur les heures d'ouverture du show-room, ouvert 44,5 heures par semaine. Ils ont donc considéré que l'employé effectuait 2 heures supplémentaires par semaine par rapport à l'horaire contractuellement convenu, soit un total de 322 heures supplémentaires. Les magistrats ont comptabilisé, en sus, 243 heures effectuées en dehors des heures de bureau et 87 heures le dimanche. Ces heures supplémentaires ont été considérées comme implicitement ordonnées par l'employeur et leur accomplissement a été jugé comme étant nécessaire à la sauvegarde des intérêts légitimes de l'entreprise. Aucune compensation, par du temps libre, n'a été admise.
Le 18 décembre 2007, la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours interjeté par la défenderesse.
C. La défenderesse exerce un recours en matière civile. Elle invite le Tribunal fédéral à admettre le recours, à annuler l'arrêt cantonal et, à titre principal, à renvoyer la cause au Tribunal des Prud'hommes pour qu'il statue à nouveau. Subsidiairement, elle demande le renvoi à la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal.
La demanderesse propose à la Cour de céans de déclarer le présent recours mal fondé.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire concernant le droit du travail dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 francs (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Dans un recours en réforme comme le recours en matière civile, le recourant ne doit pas se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais il doit également prendre des conclusions sur le fond du litige. Il n'est fait exception à cette règle que lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait de toute manière pas en mesure de statuer lui-même sur le fond et devrait renvoyer la cause à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités; Bernard Corboz, Introduction à la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, in: SJ 2006 II 319 ss, p. 329 s.). En l'espèce, les juges cantonaux n'ont pas arrêté dans quelle mesure les heures de travail supplémentaires effectuées avaient été compensées par la recourante, puisqu'ils ont retenu qu'il n'était pas possible de compenser par du temps libre les heures supplémentaires. Cela étant, en cas d'admission du recours, la cause devra être renvoyée à l'instance cantonale pour qu'elle statue sur cette question. Dès lors, les conclusions cassatoires de la recourante sont recevables.
1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 6.2; cf. <ref-ruling> consid. 1.4). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. En premier lieu, la recourante s'en prend à l'appréciation des preuves et aux constatations des faits qui en découlent, qu'elle qualifie d'arbitraires. Elle axe sa critique sur cinq points.
2.1 La recourante reproche tout d'abord aux juges d'appel d'avoir considéré que les heures de travail de l'intimé étaient fixées par l'employeur en fonction de l'ouverture du local d'exposition. Selon la recourante, l'employé pouvait organiser librement son temps de travail et son temps libre et donc exercer de manière spontanée des heures supplémentaires. Elle en veut pour preuve le contenu de la clause 3.2 du contrat, qui prévoit que les heures de travail excédant celles dont il a été convenu doivent être dictées et visées par l'entreprise. Le salaire de l'intimé, quatre fois supérieur à ceux des autres employés, plaiderait également en faveur de cette thèse. Il en irait de même des témoignages de A._ et de B._.
En dépit de ce que soutient la recourante, les moyens de preuve qu'elle invoque à l'appui de son argumentation n'ont pas été occultés par l'autorité cantonale. Celle-ci a en effet relevé que l'employeur ne se prévalait pas de la violation de l'art. 3.2, qui stipule que « les heures de travail excédant celles dont il a été convenu sous le point 2.1 doivent être dictées et visées par l'entreprise ou son remplaçant ». Elle a même précisé, en sus, que la volonté de l'employeur de respecter et de faire respecter cet article ne résultait pas du dossier. Elle a mentionné que le salaire fixe de l'intimé, quatre fois supérieur à celui des autres vendeurs, n'était pas le signe d'un statut spécial accordé à l'employé, l'autorisant à s'absenter plus souvent que les autres vendeurs; il s'agissait plutôt d'une garantie de salaire consentie dans le cadre du lancement d'une « nouvelle » marque de voiture. Elle a en outre expressément fait référence aux témoignages de C._ et de A._, qui ont confirmé que l'horaire de travail des vendeurs était calqué sur celui du show-room et que l'intimé était le seul vendeur de la marque Z._, de sorte qu'il devait quasiment toujours être présent pendant les heures d'ouverture du local d'exposition.
La recourante n'explique pas en quoi l'autorité cantonale aurait fait montre d'arbitraire dans l'appréciation de ces moyens de preuve. Elle se contente de faire référence aux moyens de preuve en question, en reproduisant notamment une partie des déclarations de deux témoins, sans autre explication, ce qui est manifestement insuffisant à démontrer l'arbitraire. Il convient par ailleurs d'observer que la liberté dont pouvait disposer l'employé A._ dans la gestion de son temps de travail n'est d'aucun secours à la recourante, dès lors qu'il n'est pas contesté que l'horaire de travail des vendeurs était calqué sur celui du show-room et que la recourante attendait de l'intimé, qui était le seul vendeur de la marque Z._ du garage, un engagement particulièrement important pour implanter ce constructeur et prendre une part du marché. On ne saurait en outre faire grief à l'autorité cantonale de ne pas avoir pris en compte le témoignage de B._, qui a déclaré que l'activité de vendeur requiert une certaine souplesse à l'égard des heures supplémentaires à effectuer, dès lors qu'il n'apporte aucune précision sur l'organisation du temps de travail de l'intimé.
Cela étant, le grief est infondé, pour autant qu'il soit recevable.
2.2 La recourante revient ensuite sur « la volonté de faire respecter le contrat de travail par l'employeur ».
Après avoir relevé que l'employeur ne se prévalait d'aucune violation de l'art. 3.2, l'autorité cantonale a observé que, par ailleurs, la volonté de l'employeur de respecter et de faire respecter cette clause contractuelle ne résultait pas du dossier.
Dès lors qu'il n'est pas contesté qu'aucune violation de l'art. 3.2 n'a été soulevée devant la cour cantonale, ce qui ressort expressément du jugement entrepris, la recourante ne saurait fonder son grief sur l'appréciation - superfétatoire - de la juridiction cantonale relative à la volonté de l'employeur de faire respecter cette clause.
Au reste, pour répondre aux arguments avancés par la recourante, il y a lieu de relever que s'il a été admis que les heures supplémentaires réalisées par l'intimé ont été implicitement approuvées et visées par l'employeur, ce n'est pas parce que la preuve de la volonté de l'employeur de faire respecter l'art. 3 al. 2 n'a pas été établie, mais parce que les heures effectuées par l'employé correspondaient à celles d'ouverture hebdomadaire du show-room et aux divers salons et expositions et que l'employeur ne pouvait ignorer que l'intimé effectuait de telles heures. Enfin, la recourante ne saurait prendre appui sur le fait que l'intimé récupérait ses heures en les compensant par du temps libre, dès lors qu'il a été retenu que toute compensation des heures supplémentaires était exclue et que, comme on le verra au considérant suivant, cette constatation échappe au grief d'arbitraire.
2.3 La recourante fait grief à l'autorité cantonale d'avoir « considéré que la compensation des heures supplémentaires par l'intimé était exclue en se bornant à constater que l'intimé était le seul vendeur de la marque Z._ du garage et qu'un engagement particulièrement important était attendu de lui dès lors qu'il venait de lancer cette marque ».
A lire la recourante, la juridiction inférieure a procédé à une appréciation arbitraire des preuves, en refusant d'examiner si des heures effectuées avaient été effectivement compensées par l'intimé. Sur ce point, la recourante dénonce également une violation de son droit d'être entendu, qu'elle développe de manière plus détaillée dans un grief subséquent.
La critique est infondée. L'autorité cantonale a indiqué que l'administration des preuves, référence faite aux témoins C._ et A._, a démontré que les vendeurs du garage n'étaient pas en mesure de récupérer les heures supplémentaires accumulées. Elle a ajouté que l'intimé était le seul vendeur de la marque Z._ du garage et que celui-ci venait de lancer cette marque, de sorte que la recourante attendait certainement de l'intimé un engagement particulièrement important pour implanter ce constructeur et prendre une part du marché. Elle a enfin souligné que le salaire fixe de l'intimé n'était pas le signe d'un statut spécial, autorisant l'intimé à s'absenter plus souvent que les autres vendeurs. Dans ces circonstances, il est erroné de prétendre que la cour cantonale n'a pas examiné la question de la compensation des heures supplémentaires. Comme la recourante ne démontre nullement que la cour cantonale se serait livrée à une appréciation arbitraire des preuves, le grief tombe à faux.
Pour les mêmes motifs, le grief de violation du droit d'être entendu doit également être rejeté, sans qu'il n'y ait lieu de l'examiner plus avant.
2.4 Dans un quatrième grief intitulé « constatation arbitraire des faits et appréciation arbitraire des preuves relatives au décompte d'heures supplémentaires fourni par l'intimé », la recourante reproche à la Cour de cassation civile d'avoir pris, comme base de calcul, le décompte d'heures supplémentaires fourni par l'intimé et d'avoir omis de relever que l'intimé a attendu la fin des rapports de travail pour annoncer ces heures - ce en violation de l'art. 3 al. 2 du contrat -, que l'intimé était de mauvaise foi et qu'il existait un conflit entre les parties à la suite de la résiliation du contrat de travail. En tenant compte de ces circonstances, la recourante estime que la cour cantonale ne pouvait que considérer que l'employeur s'était vu priver de la possibilité de contrôler la nécessité et la réalité de ces heures supplémentaires.
Se fondant sur les allégations de l'intimé, ainsi que sur les témoignages recueillis, les premiers juges, confirmés en instance de recours, ont retenu que l'employé calquait son horaire de travail sur les heures d'ouverture du show-room. Comme l'employeur n'avait mis en place aucun système de contrôle, les magistrats ont procédé à une estimation des heures supplémentaires effectuées, par application analogique de l'<ref-law>. Prenant appui sur le fait que le local d'exposition était ouvert 44,5 heures par semaine, la cour cantonale a estimé que l'intimé effectuait, par semaine, 2 heures supplémentaires par rapport à l'horaire contractuellement convenu de 42,5 heures, soit au total 322 heures supplémentaires. S'agissant des heures de travail accomplies en dehors des heures de bureau et des heures accomplies occasionnellement le dimanche, les magistrats se sont fondés sur les décomptes précis fournis par l'intimé, renforcés par diverses pièces produites au dossier et par les témoignages récoltés.
Force est de constater que la recourante ne démontre pas dans quelle mesure les éléments pris en considération pour l'estimation des heures effectuées par l'intimé n'apparaîtraient pas comme étant pertinents. Elle n'allègue en outre pas et, encore moins, n'établit que le décompte fourni par l'intimé serait en contradiction manifeste avec d'autres moyens de preuve figurant au dossier.
Lorsque la recourante fait état de l'existence d'un conflit entre les parties à la suite de la résiliation du contrat de travail à même de mettre en cause la valeur probante du décompte fourni a posteriori, la recourante s'écarte de manière inadmissible des faits de la cause, sans autre motivation. Quant aux autres arguments avancés par la recourante à l'appui de sa critique, ils ne lui sont d'aucun secours. Le seul fait que l'intimé a attendu la fin des rapports de travail pour annoncer ses heures supplémentaires ne permet en aucun cas de démontrer l'arbitraire dans l'établissement des heures supplémentaires. On notera par ailleurs que la cour cantonale a estimé, sans être critiquée sur ce point, que cette manière de faire de l'intimé n'était pas constitutive d'un abus de droit caractérisé.
Enfin, dès lors qu'il a été souverainement retenu par les premiers juges que les heures supplémentaires ont été, au moins implicitement, ordonnées par l'employeur, on ne voit pas en quoi la recourante se serait vu priver de la possibilité de contrôler la nécessité et la réalité des heures supplémentaires effectuées. Les arguments avancés par la recourante ne permettent en tout cas pas de l'établir.
Le grief tombe donc manifestement à faux.
2.5 La recourante revient, enfin, sur le calcul des heures supplémentaires. Elle reproche à la cour cantonale de n'avoir pas procédé à une appréciation équitable dans la détermination du nombre d'heures supplémentaires accomplies. Elle soutient aussi que la solution retenue par la Cour de cassation est contraire à la jurisprudence du Tribunal fédéral relative au fardeau de la preuve.
Le moyen est irrecevable. Lors même que la recourante fait état d'arbitraire dans la constatation des faits et l'appréciation des preuves en lien avec le calcul des heures supplémentaires, elle ne se livre à aucune démonstration allant dans ce sens. Par ailleurs, la recourante s'est manifestement trompée de grief: en lieu et place d'une critique se rapportant aux faits, elle aurait dû invoquer, pour dénoncer valablement ce qu'elle reproche à la cour cantonale, une violation du droit, en particulier une violation de l'<ref-law>.
3. En dernier lieu, la recourante invoque une violation du droit fédéral. Le grief de la violation du droit d'être entendu ayant été préalablement écarté, il convient de s'arrêter sur la seule violation encore pendante, laquelle se rapporte à l'<ref-law>.
La recourante soutient que les magistrats ont violé le droit fédéral, d'une part, en ayant considéré que les heures accomplies spontanément par l'employé devaient être rémunérées et, d'autre part, en n'ayant pas respecté le principe selon lequel des heures non ordonnées ou approuvées ne donnent pas droit aux avantages visés par l'<ref-law>.
Comme il a été retenu en fait que les heures de travail effectuées par l'intimé étaient, au moins implicitement, ordonnées par l'employeur, puisque l'horaire de l'intimé correspondait à celui d'ouverture du show-room et aux divers salons et expositions, et que ces heures pouvaient être considérées comme nécessaires à la sauvegarde des intérêts légitimes de l'entreprise, le grief tombe à faux.
Pour le surplus, la recourante se contente d'indiquer que le fardeau de la preuve a été renversé, en affirmant que le seul décompte produit par l'intimé ne permet pas de prouver les heures supplémentaires alléguées. Or, s'agissant des 2 heures hebdomadaires effectuées en sus de l'horaire contractuellement convenu - seules contestées en instance cantonale -, les juges cantonaux ont fait application de l'<ref-law>, qui n'exige pas la preuve stricte du nombre d'heures supplémentaires. Aucune violation de cette disposition n'est invoquée et il n'apparaît, de surcroît, pas que les juges cantonaux se soient contentés d'une simple vraisemblance (sur le degré de conviction requis, cf. <ref-ruling> consid. 8a).
Le moyen tiré de la violation de l'<ref-law> est dès lors mal fondé, pour autant qu'il soit recevable.
4. Les frais judiciaires, calculés par application de l'art. 65 al. 4 let. c LTF, seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (<ref-law>). Celle-ci versera à l'intimé une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour de cassation civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 30 avril 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Crittin