Sachverhalt:
A. Das Bundesamt für Verkehr hat am 25. Januar 2012 die Plangenehmigung für den Bau einer Kabinenbahn Oberdorf-Nesselboden-Weissenstein erteilt und gleichzeitig den Abbruch der bestehenden Sesselbahn bewilligt. Der Schweizer Heimatschutz hat gegen diesen Entscheid Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht erhoben.
Mit Gesuch vom 14. Juni 2012 beantragte der Beschwerdeführer im bundesverwaltungsgerichtlichen Verfahren unter anderem, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm und von ihm beigezogenen Fachleuten Zugang zur Sesselbahn zu gewähren. Das Bundesverwaltungsgericht entsprach diesem Antrag insoweit, als es dem Beschwerdeführer mit Verfügung vom 23. Juli 2012 den Zugang zu den Anlagen der Sesselbahn Weissenstein AG im Rahmen des gerichtlich durchzuführenden Augenscheins bewilligte. Am 21. August 2012 führte das Bundesverwaltungsgericht einen Augenschein unter Teilnahme der Verfahrensbeteiligten durch, an dem auch vom Beschwerdeführer beauftragte Experten anwesend waren.
Mit Gesuch vom 4. September 2012 beantragte der Beschwerdeführer wiederum unter anderem, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm und den von ihm beigezogenen Fachleuten sei Zugang zur Sesselbahn zu gewähren, und es sei ihnen eine Klemme der bisherigen Bahn zur Durchführung der notwendigen Materialprüfungen auszuleihen. Das Bundesverwaltungsgericht lehnte das Gesuch mit Zwischenverfügung vom 13. September 2012 ab (Ziff. 1).
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. September 2012 beantragt der Schweizer Heimatschutz, Ziff. 1 der Zwischenverfügung vom 13. September 2012 (und mit ihr die Ziff. 3 der Zwischenverfügung vom 23. Juli 2012) aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm und von ihm beigezogenen Fachleuten während drei Arbeitstagen den Zugang zur gesamten Sesselbahn (namentlich Tal-, Mittel- und Bergstation, Lifttrassee inkl. Stützen zu gewähren. Eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Bundesgericht verzichtet auf einen Schriftenwechsel und den Beizug der Vorakten (Art. 102 Abs. 1 und 2 BGG).

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid erging im Rahmen eines Beschwerdeverfahrens über eine Plangenehmigung für eine Seilbahn. Es liegt eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG vor. Ausschlussgründe nach Art. 83 BGG sind nicht gegeben.
1.2 Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (vgl. Art. 92 BGG), ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder - was hier von vornherein ausser Betracht fällt - wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1 S. 59). Dabei obliegt es dem Beschwerdeführer detailliert darzutun, dass die Voraussetzungen von Art. 93 BGG erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist (Art. 42 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4 und 4.2 S. 95 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 429; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 632). Ein Zwischenentscheid, der nach Art. 93 Abs. 1 und 2 BGG nicht angefochten werden kann oder trotz Anfechtungsmöglichkeit nicht beanstandet wurde, ist durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG).
1.2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, Streitgegenstand des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens bildeten insbesondere die Fragen der Sanierbarkeit und des sicheren Betriebs der bestehenden Sesselbahn. Das bei den Verfahrensakten liegende Gutachten Manz vom 2. März 2009 sei nach der Einschätzung des Bundesamts für Verkehr nicht geeignet, die Sanierbarkeit zu beweisen, weshalb der Beschwerdeführer eine Sicherheitsanalyse erstellen und einreichen möchte. Dazu müsse ihm der Zugang zur Anlage gewährt werden. Da in einem allfälligen Beschwerdeverfahren beim Bundesgericht gegen den Endentscheid der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt zugrunde gelegt werde (Art. 105 Abs. 1 BGG) und neue Vorbringen nur sehr beschränkt zulässig seien (Art. 99 Abs. 1 BGG), könne der Beschwerdeführer den Beweis der Sanierbarkeit und des sicheren Betriebs in einem Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht gegen den Endentscheid der Vorinstanz nicht mehr vorbringen. Darin liege der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG.
Auch aus prozessökonomischen Gründen sei es zwingend, dass sich das Bundesgericht bereits jetzt mit der vorliegenden Sache befasse. Eine Sicherheitsanalyse sei nach den Klarstellungen des Bundesamts für Verkehr notwendig. Eine spätere Rückweisung der Sache an das Bundesverwaltungsgericht oder das Bundesamt durch das Bundesgericht in einem Verfahren gegen den Endentscheid würde zu einem grossen Zeitverlust führen, der angesichts des komplexen, bereits drei Jahre dauernden Verfahrens vermieden werden müsse.
Ausserdem drohe ein Beweismittelverlust, da die Sesselbahn Ende 2009 ausser Betrieb genommen worden sei und wegen fehlender Wartung Standschäden zu befürchten seien. Es sei somit denkbar, dass der Beweis der Sanierbarkeit und des sicheren Betriebs (Sicherheitsanalyse) auf der Grundlage der vorhandenen Anlageteile in einem späteren Zeitpunkt zufolge weiter fortgeschrittener Alterung nicht mehr erbracht werden könne.
1.2.2 Die Vorbringen des Beschwerdeführers führen, soweit sich dieser mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid überhaupt hinreichend auseinandersetzt (Art. 42 Abs. 2 BGG), nicht zur Bejahung eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils. Die Vorinstanz legt im angefochtenen Entscheid dar, dass sie mit Verfügung vom 23. Juli 2012 den Zugang zu den Anlagen der Sesselbahn Weissenstein AG im Rahmen des gerichtlich durchzuführenden Augenscheins bewilligte. Der Beschwerdeführer habe davon am Augenschein vom 21. August 2012 keinen Gebrauch gemacht und kein Interesse an einer näheren Betrachtung der Anlage, etwa der Stationen gezeigt. Ebensowenig habe er die Gelegenheit, weitere Fragen an die Vorinstanz zu richten, genutzt oder Einwände gegen den Ablauf des Augenscheins erhoben. Weiter führt die Vorinstanz aus, sie habe sich anlässlich des Augenscheins ein Bild von der Sicherheitssituation der bestehenden Sesselbahn machen können, und es liege bereits ein Gutachten zur Sanierbarkeit der bestehenden Sesselbahn bei den Akten. Das Bundesamt für Verkehr habe sich damit ausführlich auseinandergesetzt, und es könnten dieser Fachbehörde im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels weitere Fragen zur Sicherheit der Sesselbahn gestellt werden.
1.2.3 Das Bundesverwaltungsgericht zeigt mit diesen Erwägungen auf, dass der Beschwerdeführer auch ohne den von ihm beantragten erneuten Zugang zu den Anlagen zur Sesselbahn über Mittel verfügt, sich zur Sanierbarkeit und Sicherheit der bestehenden Sesselbahn zu äussern. Sollten sich trotz der Mitwirkungsmöglichkeiten des Beschwerdeführers gravierende Mängel bei der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ergeben, die für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sind, so könnte dies mit Beschwerde ans Bundesgericht gegen den Endentscheid beanstandet werden (Art. 97 Abs. 1 BGG). Im Übrigen sprechen weder die vom Beschwerdeführer genannten prozessökonomischen Gründe noch die Gefahr von Standschäden für die Bejahung eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils. In einer reinen Verzögerung oder Verteuerung des Verfahrens liegt nach ständiger Rechtsprechung kein nicht wieder gutzumachender Nachteil (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 36 mit Hinweisen). Auch soweit der Beschwerdeführer gestützt auf die in <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 171 wiedergegebene Rechtsprechung das Vorliegen eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils behauptet, kann ihm nicht gefolgt werden, da keine mit der Dauer von enteignungsrechtlichen Verfahren vergleichbare Situation vorliegt (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_43/2012 vom 1. Februar 2012 E. 2.2). Die befürchteten Standschäden können schliesslich auch nicht mit dem blossen Zugang zur Anlage zwecks Erstellung eines Privatgutachtens verhindert werden. Dieser Gesichtspunkt spricht vielmehr dafür, dass die Vorinstanz die Angelegenheit beförderlich behandelt.
2. Es ergibt sich, dass auf die Beschwerde nicht einzutreten ist. Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdegegnerin entstand kein Aufwand, weshalb keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. September 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag