Sachverhalt:
A. F._ und T._ waren Mitglieder des Stiftungsrates der Fürsorgestiftung für das Personal der Firma X._ & Co. AG (seit 13. Juli 2006: Fürsorgestiftung für das Personal der Firma X._ & Co. AG in Liquidation; nachfolgend: Fürsorgestiftung) sowie des Personalfürsorgefonds der Firma X._ & Co. AG (nachfolgend: Personalfürsorgefonds), dessen Aktiven und Passiven infolge Universalsukzession per 31. Dezember 1998 auf die Fürsorgestiftung übertragen wurden.
Der Personalfürsorgefonds beschloss am 12. Dezember 1997, der X._ & Co. AG (seit 12. September 2001: X._ & Co. AG in Nachlassliquidation; nachfolgend: X._) - deren Verwaltungsrat resp. Geschäftsleitung u.a. F._ und T._ angehörten - ein Darlehen von Fr. 200'000.- zu gewähren. Die Fürsorgestiftung beschloss gleichentags ebenfalls eine Darlehensgewährung und veranlasste am 15. Dezember 1997 die Überweisung des Betrages von Fr. 2'300'000.- an die X._. Beide Darlehensverträge wurden am 5. resp. 10. Juni 1998 schriftlich bestätigt. Vor Rückzahlung der Darlehen fiel die X._ in Nachlassliquidation (Beschluss des Obergerichts des Kantons Basel-Landschaft vom 20. August 2001).
B. Die Fürsorgestiftung erhob am 15. Dezember 2006 Klage, welche das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheid vom 12. August 2009 guthiess. Es verpflichtete F._ und T._ in solidarischer Haftung, der Fürsorgestiftung Fr. 2'500'000.- nebst Zins zu 4,5 % vom 1. Januar bis 27. November 2000 zu bezahlen, wobei die Zahlung Zug um Zug gegen die Abtretung der auf die Darlehen entfallenden, anteiligen Liquidationsdividenden aus dem Nachlassverfahren der X._ zu erfolgen habe.
C. F._ und T._ erheben Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragen, den Entscheid vom 12. August 2009 aufzuheben, eventualiter die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Die Fürsorgestiftung und (sinngemäss) das kantonale Gericht beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Nach Art. 52 BVG (SR 831.40) sind alle mit der Verwaltung, Geschäftsführung oder Kontrolle der Vorsorgeeinrichtung betrauten Personen für den Schaden verantwortlich, den sie ihr absichtlich oder fahrlässig zufügen. Diese Haftungsnorm, deren Anwendungsbereich sich auch auf die weitergehende Vorsorge erstreckt (Art. 49 Abs. 2 BVG; <ref-law>), kommt unabhängig von der Rechtsform der Vorsorgeeinrichtung (vgl. Art. 48 Abs. 2 BVG) zum Tragen. Sie räumt der geschädigten Vorsorgeeinrichtung einen direkten Anspruch gegenüber dem näher umschriebenen Kreis der haftpflichtigen Personen ein. Neben der Zugehörigkeit zum Kreis der in Art. 52 BVG erwähnten Personen setzt die vermögensrechtliche Verantwortlichkeit als weitere kumulative Erfordernisse den Eintritt eines Schadens, Widerrechtlichkeit, Verschulden und einen Kausalzusammenhang voraus (<ref-ruling> E. 4a S. 127 f. mit Hinweisen).
Das haftungsbegründende Verhalten im Rahmen von Art. 52 BVG hat das Bundesgericht ungeachtet der Bezeichnung als Widerrechtlichkeit oder Pflichtwidrigkeit danach beurteilt, ob die einschlägigen berufsvorsorgerechtlichen Vorschriften missachtet wurden (<ref-ruling> E. 4d S. 129; TrEx 2006 S. 298, B 99/05 E. 4.3; Urteil 9C_579/2007 vom 18. März 2008 E. 4). Demnach ist sowohl unter dem Aspekt einer deliktsrechtlichen Widerrechtlichkeit als auch einer vertragsrechtlichen Pflichtverletzung gleichermassen ausschlaggebend, ob die grundsätzlich haftpflichtige Person die ihr gesetzlich obliegenden Aufgaben korrekt wahrgenommen hat (SVR 2010 BVG Nr. 5 S. 17, 9C_421/2009 E. 5.1 und 5.2). Letztes ist namentlich bei einem Verstoss gegen die Anlagevorschriften nach Art. 49 ff. der Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVV 2; SR 831.441.1) nicht der Fall (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 57 f.).
2. Die Vorinstanz hat den Schaden in Höhe der Darlehensforderung, abzüglich der darauf entfallenden Dividende aus dem die X._ betreffenden Nachlassliquidationsverfahren, für ausgewiesen gehalten. Das haftungsbegründende Verhalten hat sie darin erblickt, dass die Vorsorgeeinrichtungen unter Mitwirkung der Beschwerdeführer am 12. resp. 15. Dezember 1997 der X._ - als Arbeitgeberin im Sinne des BVG (SR 831.40) - ungesicherte Darlehen von insgesamt Fr. 2'500'000.- gewährten, obwohl grosse finanzielle Schwierigkeiten der X._ und vor allem der mit dieser eng verflochtenen Y._ AG (nachfolgend: Y._) bekannt gewesen seien. Dadurch seien die in Art. 71 BVG und Art. 50 BVV 2 statuierten Sorgfaltspflichten verletzt worden, ebenso wie die im Reglement der Stiftung enthaltenen Anlagevorschriften, welche eine Anlage nur bei erstklassigen Schuldnern erlaube, was die X._ nicht gewesen sei. Selbst wenn die Darlehensgewährung anfänglich noch als sicher hätte betrachtet werden können, hätten spätestens mit Abschluss des von der X._ mit den Banken am 24. August 1998 vereinbarten Stillhalteabkommens oder mit Vorliegen des Berichts der X._-Revisionsstelle vom 9. September 1998 zur Jahresrechnung 1997 erhebliche Zweifel an der Bonität der Darlehensnehmerin auftauchen und entsprechende Sicherheitsmassnahmen ergriffen werden müssen. Zudem hätte damals die Aufsichtsbehörde kontaktiert werden müssen. Weiter hat die Vorinstanz die Anlageentscheide vom Dezember 1997 und deren Bestätigung vom 5. resp. 10. Juni 1998 für kausal hinsichtlich des eingetretenen Schadens gehalten. Das Verhalten der Beschwerdeführer hat sie als fahrlässig beurteilt, da bereits im Zeitpunkt der Darlehensgewährung deutliche und erkennbare Hinweise auf ein erhöhtes Risiko in Bezug auf die Einbringlichkeit der Rückforderung bestanden hätten. Überdies hätten die Beschwerdeführer einzig auf die Einhaltung von Art. 57 BVV 2 geachtet, ohne die aktuelle finanzielle Situation der X._-Gruppe ausgiebig zu prüfen.
3. Der Sachverhalt ist grundsätzlich unbestritten. Insbesondere wird nicht in Abrede gestellt, dass die Beschwerdeführer zum Kreis der nach Art. 52 BVG potenziell Haftpflichtigen gehören. Soweit die Beschwerdeführer bestimmte Sachverhaltselemente anders gewichten als die Vorinstanz, hängt dies im Wesentlichen mit den unterschiedlichen Rechtsauffassungen zusammen.
4. Die Rechtmässigkeit ist nach der Rechtslage zu beurteilen, die im Zeitpunkt der als schädigend betrachteten Handlung in Kraft stand. Die Darlehen wurden am 12. Dezember 1997 beschlossen und die Zahlung an die X._ am 15. Dezember 1997 veranlasst. Den Beschwerdeführern ist beizupflichten, dass in erster Linie die in diesem Zeitpunkt bestehenden Verhältnisse und nicht jene bei der späteren schriftlichen Bestätigung (am 5. resp. 10. Juni 1998) der bereits vorher erfolgten Darlehensgewährung massgebend sind. Ausschlaggebend ist daher vorerst, ob die Darlehen im Zeitpunkt ihrer Gewährung als sicher genug betrachtet werden konnten. Ist das zu verneinen, ist damit zugleich die Kausalität zwischen der Darlehensgewährung und dem eingetretenen Schaden gegeben. Wenn hinsichtlich der Darlehenshingabe die Sorgfaltspflicht eingehalten wäre, müsste in Bezug auf die späteren Überprüfungspflichten zusätzlich untersucht werden, ob im Zeitpunkt, in welchem die ungenügende Bonität hätte erkannt werden müssen, die Darlehensschuldnerin überhaupt noch in der Lage gewesen wäre, die Darlehen zurückzubezahlen oder Sicherheiten zu leisten. Träfe dies nicht zu, mangelte es an der Kausalität zwischen dem fehlbaren Verhalten und dem Schaden. Zunächst ist deshalb die Darlehensgewährung zu beurteilen.
5. Es ist unbestritten, dass die Grenzwerte für Anlagen beim Arbeitgeber nach Art. 57 BVV 2 (in der bis 31. März 2004 geltenden Fassung) eingehalten waren. Diese Grenzen wurden gerade deswegen eingeführt resp. verschärft, weil Anlagen beim Arbeitgeber grundsätzlich ein Risiko darstellen (MARTIN TH. MARIA EISENRING, Die Verantwortlichkeit für Vermögensanlagen von Vorsorgeeinrichtungen, 1999, S. 161; MARTIN ANDERSON, Devoir de diligence et placements des institutions de prévoyance: aspects juridiques, in: Institutions de prévoyance: devoirs et responsabilité civile, 2006, S. 63 f.). Nach Lehre, Aufsichtspraxis und Rechtsprechung müssen aber auch bei Einhaltung dieser Grenzwerte die allgemeinen Sicherheitsanforderungen von Art. 71 BVG beachtet werden, d.h. es wird die Bonität der Firma verlangt (Handbuch der Personalvorsorge-Aufsicht des Amtes für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich, 1991, S. 5/15; BRUNO LANG, Anlagen beim Arbeitgeber, SZS 1987 S. 72; EISENRING, a.a.O., S. 162; THOMAS GEISER, Haftung für Schäden der Pensionskassen: Überblick über die Haftungsregeln bei der 2. Säule, in: Mélanges en l'honneur de Jean-Louis Duc, 2001, S. 90; HELBLING/WYLER-SCHMELZER, Zur Verantwortlichkeit des Stiftungsrates, Der Schweizer Treuhänder 2002, Heft 1-2, S. 13; ANDERSON, a.a.O., S. 68 f.). Das Bundesgericht hat die Missachtung der speziellen Anlagevorschriften von Art. 53 ff. BVV 2 als "jedenfalls" widerrechtlich beurteilt (<ref-ruling> E. 4d/aa S. 130), aber darüber hinaus auch die Einhaltung allgemeiner Sorgfaltspflichten verlangt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 147; in <ref-ruling> E. 2c S. 283 wurde mit der Gewährung ungesicherter Darlehen ein Vermögensschaden im Sinne von aArt. 159 StGB bejaht, "und zwar unabhängig von der Nichtbeachtung der Grenze von 20 Prozent"; in SZS 2009 S. 473, 9C_579/2007 E. 4.2.1 wurde einerseits eine Verletzung von Art. 57 Abs. 2 BVV 2 und zugleich in E. 4.3.3 ein Verstoss gegen die allgemeinen Sorgfaltspflichten festgestellt). Danach darf das Stiftungsvermögen nur dann und so lange beim Arbeitgeber angelegt werden, als es dadurch nicht gefährdet ist. Andernfalls haben die Organträger der Vorsorgeeinrichtung - unabhängig von allfälligen vertraglichen Kündigungsfristen - sofortige Sicherstellung oder Rückzahlung zu verlangen, selbst wenn dadurch die finanzielle Lage der Stifterfirma verschärft wird (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 282; <ref-ruling> E. 3b S. 269; RIEMER/RIEMER-KAFKA, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl., 2006, § 2 Rz. 102 S. 64; Hans Michael Riemer, Berner Kommentar, 1981, N. 27 zu <ref-law>; EISENRING, a.a.O., S. 162; MARCO LANTER, Die Verantwortlichkeit von Stiftungsorganen, 1984, S. 103). Eine Gefährdung der Vermögensanlage beim Arbeitgeber ist dann anzunehmen, wenn die Bonität der Stifterfirma nicht mehr gegeben ist. Die Organträger der Vorsorgeeinrichtung haben daher die wirtschaftliche Situation der Arbeitgeberfirma periodisch zu überprüfen und sich die dafür notwendigen Informationen - regelmässig die Bilanz und Jahresrechnung der Stifterfirma - zu beschaffen (LANTER, a.a.O., S. 103; SZS 2009 S. 473, 9C_579/2007 E. 4.3.1).
6. Die Beschwerdeführer stellen die Rechtsprechung, wonach neben den besonderen Anlagevorschriften auch die allgemeine Sorgfaltspflicht einzuhalten ist, nicht grundsätzlich in Frage. Sie werfen der Vorinstanz aber vor, den Sorgfaltsmassstab und die Anforderungen an die Bonität des Darlehensschuldners überspannt zu haben.
6.1 Streitig ist die Bonität der X._ im Zeitpunkt der Darlehensgewährung (E. 4). Im Rahmen der allgemeinen Sorgfaltspflicht ist nicht ein formeller Bonitätsausweis erforderlich, wie er in Art. 59 Abs. 3 BVV 2 (in der bis 31. Dezember 2008 geltenden Fassung) für den Fall der Abweichung von der Grenze nach Art. 57 Abs. 2 BVV 2 verlangt wird.
6.2 In Bezug auf die Verhältnisse bis Dezember 1997 hat die Vorinstanz folgende, nicht offensichtlich unrichtige und daher für das Bundesgericht verbindliche (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) Feststellungen getroffen: Die finanzielle Lage der X._ habe von derjenigen der Y._ abgehangen. Die X._ habe ab 1996, die Y._ ab 1992 Bilanzverluste verzeichnet. Zudem sei die Y._ 1997 überschuldet gewesen. Mitte 1997 sei den Beschwerdeführern bekannt gewesen, dass die X._ gegenüber der Fürsorgestiftung und dem Personalfürsorgefonds beträchtliche Ausstände verzeichnete, dass Sanierungsmassnahmen erforderlich waren und dass erfolglose Sanierungsmassnahmen bei der Y._ zum Konkurs der X._ führen würden. Niemand habe an der Fertigstellung der entscheidenden Projekte gezweifelt. Trotzdem hätten grosse Unsicherheiten über die finanzielle Lage der Y._ und der X._ bestanden. Den Beschwerdeführern sei bewusst gewesen, dass der Erfolg der Projekte von der Fertigstellung und Funktionstüchtigkeit der Anlagen abhängig gewesen sei. Bei umfassender Prüfung der Kreditwürdigkeit hätten sie erkennen müssen, dass aufgrund der Sanierungsbedürftigkeit der Y._ der Konkurs der X._in Frage gestanden habe, zumal deren Eigenkapitaldecke Ende 1996 sehr dünn gewesen sei und die Y._ zu diesem Zeitpunkt über "praktisch" kein Eigenkapital mehr verfügt habe. Die Realisierung der entscheidenden Projekte sei mit einem hohen finanziellen Risiko verbunden gewesen.
6.3 In rechtlicher Hinsicht ist die Formulierung der Vorinstanz, die Gewährleistung der Darlehensrückzahlung dürfe nicht von zukünftigen Entwicklungen abhängig gemacht werden, in dieser Form zu absolut, wie die Beschwerdeführer mit Recht geltend machen. Eine Risikobeurteilung ist zwangsläufig in die Zukunft gerichtet. Die Bonität eines Schuldners und damit die Sicherheit eines Darlehens wie diejenige jeder Vermögensanlage hängt immer und unweigerlich von zukünftigen Entwicklungen ab. Dürften diese nicht in die Beurteilung einbezogen werden, könnte eine Pensionskasse überhaupt nie ihr Vermögen anlegen. Im Ergebnis hat aber die Vorinstanz den richtigen Beurteilungsmassstab angewendet. Denn sie hat darauf abgestellt, ob das Darlehen unter sonst gleichen Umständen auch gewährt worden wäre, wenn es sich bei der Darlehensnehmerin nicht um die Stifterfirma resp. eine Arbeitgeberin gehandelt hätte.
6.4 Das kantonale Gericht hat diese Frage mit Blick auf die damals bestehenden finanziellen Risiken verneint. Die Beschwerdeführer stellen mit Recht nicht in Abrede, dass die Situation der X._-Gruppe Mitte 1997 schwierig war. Die Revisionsstelle der X._ wies im Bericht vom 8. Juli 1997 zur Jahresrechnung 1996 darauf hin, dass die Fortführung der Y._ von der Realisierung der vorgesehenen Sanierung abhänge; sollte diese nicht gelingen, müssten die bilanzierten Forderungen gegenüber der Y._ wertberichtigt werden, was zu einer Überschuldung der X._ führen würde. Sie empfahl aber trotzdem die Genehmigung der Rechnung, weil "begründete Aussicht" bestehe, dass die Sanierungsmassnahmen der Y._ durchgeführt werden könnten.
6.5 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Bonität der X._ sei Ende 1997 einwandfrei gewesen. Sie werfen der Vorinstanz vor, auf die wirtschaftliche Lage der Y._ abgestellt zu haben, bevor diese die Zusammenarbeit mit der M._ AG aufgenommen habe. Im Zeitpunkt der Darlehensgewährung seien aufgrund der inzwischen eingegangenen Partnerschaft mit dieser Gesellschaft allfällige Liquiditätsschwierigkeiten bereinigt gewesen. Das kantonale Gericht hat diesbezüglich erwogen, der im September 1997 mit der M._ AG vereinbarte Lizenzvertrag und die damit verbundene Einstandszahlung von 5 Millionen DM hätten nichts an der Unsicherheit der Einbringlichkeit der Darlehen geändert.
6.6 In der Tat betrug das Eigenkapital der X._ gemäss der Jahresabschluss-Bilanz am 31. Dezember 1997 nur Fr. 1'925'449.-. Die Aktiven im Umfang von Fr. 64'727'875.- bestanden zu über 56 % aus Forderungen gegenüber der Y._. Die Revisionsstelle brachte im Bericht vom 9. September 1998 zur Jahresrechnung 1997 analoge Vorbehalte an wie ein Jahr zuvor (E. 6.4). Dass dieser Bericht erst im September 1998 erstellt wurde, ist nicht ausschlaggebend: Die Beschwerdeführer mussten als Mitglieder des Verwaltungsrates der X._ auch vor Erhalt des Revisionsstellenberichts über deren finanzielle Lage im Bild sein.
6.7 Dass in Bezug auf die Bonität des Darlehens eine quantitative Risikoanalyse vorgenommen worden wäre, ist nicht erkennbar. Deshalb kann auch nicht nach einem quantitativen Massstab beurteilt werden, ob die eingegangenen Risiken angemessen oder zu hoch waren. Bei einer qualitativen Beurteilung ist aber immerhin davon auszugehen, dass die Darlehensnehmerin in einer angespannten finanziellen Situation war, deren Überwindung von der erfolgreichen Realisierung von zwei Projekten mit Innovationscharakter abhing. Die Liquiditätsprobleme der Y._ wurden denn auch von den Beschwerdeführern nicht in Abrede gestellt. Die gewährten Darlehen sollten der Behebung dieser Liquiditätsprobleme dienen. Es mag zwar zutreffen, dass die wirtschaftlichen Schwierigkeiten, welche im Jahre 1998 über die X._-Gruppe hereinbrachen, im Dezember 1997 noch nicht absehbar waren. Die Beschwerdeführer bringen aber nichts vor gegen die vorinstanzliche Beurteilung, dass bei einem Fehlschlag der Y._ der Konkurs auch der X._ gedroht habe.
6.8 Die Einschätzung des kantonalen Gerichts, wonach die Darlehen unter den gegebenen Umständen einem Dritten nicht gewährt worden wären, stellt eine fallbezogene Feststellung über einen hypothetischen Sachverhalt und mithin eine Tatfrage dar und ist jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig (vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Im Übrigen war bei der Darlehensgewährung die Wahrscheinlichkeit eines Konkurses der X._ überdurchschnittlich hoch. Bei diesem verbindlichen Sachverhalt ist auch der von der Vorinstanz gezogene rechtliche Schluss, dass die Bonität der X._ nicht rechtsgenüglich feststand und mithin durch die Darlehenshingabe die Sorgfaltspflicht verletzt wurde, bundesrechtskonform.
6.9 Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe dem Kerngedanken der Anlagevorschriften nicht genügend Rechnung getragen, welcher darin bestehe, die "Sicherheit der Erfüllung des Vorsorgezwecks" zu gewährleisten. Diese sei nie bedroht gewesen: Die Fürsorgestiftung habe einen Deckungsgrad von 119 % aufgewiesen, risikoreichere und ertragsstärkere Anlagen seien empfohlen worden, die fraglichen Darlehen hätten nur knapp 6 % der Anlagen ausgemacht, und schliesslich sei die Deckung der Freizügigkeitsleistungen und Renten stets gegeben gewesen. Weil in erster Linie die Ansprüche der Versicherten gedeckt werden sollen, sieht Art. 57 Abs. 1 BVV 2 (in der bis 31. März 2004 geltenden Fassung) vor, dass das Vermögen, soweit es zur Deckung der Freizügigkeitsleistungen und laufenden Renten gebunden ist, nicht ungesichert beim Arbeitgeber angelegt werden darf. Das heisst aber nur, dass zwar über den Deckungsgrad von 100 % hinaus ungesicherte Anlagen beim Arbeitgeber grundsätzlich zulässig sind; es wird indessen nicht gesagt, dass dabei von der allgemeinen Sorgfaltspflicht nach Art. 71 BVG Abstand genommen werden könnte. Im Übrigen trifft wohl zu, dass bei hohem Deckungsgrad bis zu einem gewissen Mass auch risikoreichere Anlagen zulässig sind. Das erhöhte Risiko ist in der Regel durch einen höheren Ertrag abzugelten. Vorliegend war jedoch der vereinbarte Zins von 4,5 % nicht ausgesprochen hoch, betrug doch etwa der durchschnittliche Zinssatz der Kantonalbanken für neue Ersthypotheken 1998 4,07 % und 1997 gar 4,47 % (Statistisches Lexikon der Schweiz des Bundesamtes für Statistik). Der Stiftungsrat der Fürsorgestiftung ging im Juni 1997 davon aus, mit einer Neuausrichtung der Anlagestrategie eine Rendite von über 6,5 % erzielen zu können. Laut Gutachten über den finanziellen Stand der Fürsorgestiftung vom 10. Juli 1997 wurde 1996 aus dem Stiftungsvermögen eine Rendite von 5,4 % erzielt. Die Beschwerdeführer selber machten geltend, seit 1982 durchschnittlich eine jährliche Rendite von 5,6 % realisiert zu haben. Die für die Darlehen festgelegten Konditionen entsprachen daher nicht jenen für risikoreiche Anlagen.
7. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Darlehen seien im Hinblick auf die erfolgreiche Fertigstellung der beiden Grossprojekte erfolgt und hätten dadurch der Erhaltung von Arbeitsplätzen gedient. Damit sei der Einsatz von Stiftungsmitteln gerechtfertigt.
7.1 Nach Lehre und Rechtsprechung ist es unter gewissen Umständen zulässig, zwecks Rettung von Arbeitsplätzen der Stifterfirma resp. Arbeitgeberin Geld zur Verfügung zu stellen, auch ohne dass die üblichen Anforderungen an die Sicherheit gewährleistet sind. Dafür bedarf es zunächst der Einschätzung eines unabhängigen Experten, welcher der Arbeitgeberin eine realistische Chance auf Weiterexistenz einräumt; weiter ist eine Interessenabwägung zwischen Arbeitsplatz- und Vorsorgesicherung vorzunehmen; die Destinatäre der Vorsorgeeinrichtung sind über den Konflikt richtig und vollständig zu informieren; das Darlehen darf nur aus freien Mitteln stammen und hat dem Grundsatz der Angemessenheit zu genügen; schliesslich ist zumindest empfohlen, die Aufsichtsbehörde zu konsultieren (Handbuch der Personalvorsorge-Aufsicht des Amtes für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich, 1991, S. 5/19; LANG, a.a.O., S. 75; HELBLING/WYLER-SCHMELZER, a.a.O., S. 14).
7.2 Die Beschwerdeführer haben bisher jeweils die genügende Bonität der X._ betont und in der Duplik vom 30. April 2008 gar ausdrücklich bestritten, "Arbeitsplätze als Druckmittel für die Anlage bei der X._" verwendet zu haben. Insofern erscheint die Argumentation mit der Arbeitsplatzerhaltung widersprüchlich. Ohnehin sind die genannten Voraussetzungen (E. 7.1) für die ausnahmsweise Zulässigkeit der Gewährung eines gefährdeten Darlehens nicht erfüllt.
8. Die Beschwerdeführer bestreiten schliesslich die weiteren Haftungsvoraussetzungen, insbesondere das Vorliegen eines Schadens.
8.1 Als Schaden im Sinne von Art. 52 BVG gilt jede Verminderung des Stiftungsvermögens, welche nicht zur satzungskonformen Zweckverwirklichung erfolgt. Sie kann in einer Verminderung der Aktiven, einer Vermehrung der Passiven oder in entgangenem Gewinn bestehen und entspricht der Differenz zwischen dem gegenwärtigen Stand des Vermögens und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (SVR 2010 BVG Nr. 7 S. 2, 9C_238/2009 E. 3.1; vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 128 f.). Massgebend ist der Vermögensstand resp. der Schaden der Vorsorgeeinrichtung, nicht der Destinatäre (EISENRING, a.a.O., S. 186); dass diese - weil die gebundenen Mittel immer vorhanden waren - nicht zu Schaden kamen und die Beschwerdegegnerin mit der Klage "nur" zusätzliche freie Mittel zu erhalten versuchte, ändert nichts an der Vermögensverminderung, die aus der (teilweisen) Uneinbringlichkeit der Darlehensrückforderungen resultiert.
8.2 Auch die in Bezug auf die Schadenssubstanziierung vorgebrachte Rüge der Beschwerdeführer ist unbegründet: Die Klage auf Leistung der gesamten Darlehensbeträge gegen Abtretung der darauf entfallenden Liquidationsdividenden ist korrekt (<ref-ruling> E. 1b S. 167). Es liegt in der Natur der Sache, dass die Höhe der Liquidationsdividende vom Verlauf und Ergebnis des Liquidationsverfahrens abhängt; der Zessionar des Anspruchs auf Liquidationsdividende tritt in die Rechte des abtretenden Gläubigers ein, welche auch eine allfällige Kollokationsklage betreffen. Damit liegt kein Grund vor, die Schadenersatzklage nicht zuzulassen, zumal die Berechtigung der übrigen im Nachlassverfahren kollozierten Forderungen der amtlichen Prüfung durch die Liquidatoren (Art. 321 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>) und der privaten Kontrolle durch die übrigen Gläubiger unterliegt.
8.3 Nach dem zu der Darlehensgewährung Gesagten (E. 6) steht deren Kausalität für den Schaden fest (E. 4). Nichts anderes gilt hinsichtlich des Verschuldens, zumal für dessen Bejahung bereits leichte Fahrlässigkeit genügt (<ref-ruling> E. 4e S. 132).
9. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Diese haben der Beschwerdegegnerin überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>), da im Haftungsprozess nach Art. 52 BVG - abweichend vom in <ref-law> enthaltenen Grundsatz - ein Anspruch der obsiegenden Vorsorgeeinrichtung auf Ersatz der Parteikosten bejaht wird (<ref-ruling> E. 5 S. 133 f.; THOMAS GEISER, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 21 zu <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 22'000.- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 12'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Sozialversicherungsrecht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Mai 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Dormann