Sachverhalt:
A. E.A._ verstarb am 3. März 1999. Er hinterliess als seine gesetzlichen Erben die Ehefrau F.A._ sowie seine drei Söhne C._, D._ und B._.
Die Ehegatten A._ schlossen keinen Ehevertrag ab, am 23. September 1994 jedoch einen Erbvertrag (mit Nachtrag/Ergänzung vom 31. März 1995), mittels welchem C._ auf den Pflichtteil gesetzt und diverse Teilungsvorschriften vereinbart wurden.
B. Mit Klage vom 7. September 2000 gegen seine Miterben beantragte C._ die Ungültigerklärung des Erbvertrages mit Nachtrag/ Ergänzung sowie die Feststellung und Teilung des Nachlasses von E.A._. Insbesondere verlangte er, B._ sei zu verpflichten, erhaltene Erbvorbezüge zur Ausgleichung zu bringen.
C. Mit Urteil vom 5. März 2004 erkannte das Bezirksgericht Frauenfeld auf Gültigkeit des Erbvertrages inkl. Nachtrag, stellte das eheliche Nettovermögen, die ausgleichungspflichtigen Vorempfänge sowie den Nettonachlass betragsmässig fest und führte die Erbteilung durch.
Gegen dieses Urteil erhob B._ Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau. Mit Urteil vom 12. Januar 2006 hiess das Obergericht diese teilweise gut, stellte die entsprechenden erbrechtlich relevanten Werte betragsmässig neu fest und teilte den Nachlass.
D. B._ (fortan: Beklagter) führt eidgenössische Berufung an das Bundesgericht. Im Wesentlichen beantragt er die Feststellung des erblasserischen Vermögens sowie eine Herabsetzung des Betrages, welchen er zur Ausgleichung bringen muss. C._ sowie D._ und F.A._ haben je ein Gesuch um Sicherstellung ihrer Parteikosten gestellt. Es sind keine Berufungsantworten eingeholt worden.
Eine gegen den nämlichen obergerichtlichen Entscheid eingereichte staatsrechtliche Beschwerde hat das Bundesgericht mit Urteil vom heutigen Tage abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist (Verfahren 5P.258/2006).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Der angefochtene Beschluss ist am 12. Januar 2006 ergangen, womit auf das vorliegende Verfahren noch die Bestimmungen des Bundesrechtspflegegesetzes (OG) anwendbar sind, ungeachtet des Inkrafttretens des Bundesgesetzes über das Bundesgericht (BGG) am 1. Januar 2007 (vgl. <ref-law>).
1.2 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen, ob und inwieweit auf eine Berufung eingetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2.1 S. 415).
1.3 Im vorliegenden Fall handelt es sich um eine vermögensrechtliche Zivilrechtsstreitigkeit im Sinne von Art. 46 OG. Der Streitwert bei einer Erbteilung, bei der wie im vorliegenden Fall nicht die Teilung an sich streitig ist, bemisst sich nach dem Erbanteil des am Gesamtnachlass berechtigten Beklagten. Die Höhe dieses Erbanteils überschreitet die geforderte Streitwertgrenze im Berufungsverfahren bei Weitem (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 398). Die Berufung ist rechtzeitig erhoben worden und richtet sich gegen einen Endentscheid eines oberen kantonalen Gerichts, der nicht mehr durch ein ordentliches kantonales Rechtsmittel angefochten werden kann (Art. 54 Abs. 1 und Art. 48 Abs. 1 OG). Die Berufung erweist sich in dieser Hinsicht als zulässig.
1.4 Mit Berufung kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht (Art. 43 Abs. 1 OG). Grundsätzlich unzulässig sind dagegen Vorbringen zum Sachverhalt. Insoweit steht grundsätzlich nur die staatsrechtliche Beschwerde offen, mit der Willkür in der Beweiswürdigung und Verletzung des rechtlichen Gehörs gerügt werden können. Der Beklagte hat die Sachverhaltsfeststellungen des Obergerichts erfolglos mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten. Als Berufungsinstanz ist das Bundesgericht damit an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden, sofern sie nicht unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen sind, offensichtlich auf Versehen beruhen (Art. 63 Abs. 2 OG) oder im Hinblick auf die Anwendung des Bundesrechts der Ergänzung bedürfen (Art. 64 OG). Im Sachurteilsverfahren selbst kann das Bundesgericht eine Rückweisung nach Art. 64 Abs. 1 OG anordnen, wenn rechtserhebliche Tatsachen nicht festgestellt worden sind, deren Abnahme im vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform und erfolglos verlangt worden ist oder die für die Überprüfung von Bundesrecht erforderlich sind und ohne die ein Berufungsurteil nicht gefällt werden kann (<ref-ruling> E. 4.2 S. 267; <ref-ruling> E. 5c/aa S. 357). Die tatsächlichen Feststellungen des Obergerichts erlauben dem Bundesgericht im vorliegenden Fall eine korrekte Rechtsanwendung, weshalb der Beklagte mit seinen diesbezüglichen Vorbringen nicht zu hören ist. Will eine Partei den Sachverhalt gestützt auf die Ausnahmevorschrift von Art. 64 Abs. 1 OG berichtigt oder ergänzt wissen, so hat sie darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art 55 Abs. 1 lit. d OG). Insoweit der Beklagte die Rückweisung an das Obergericht verlangt, ohne darüber genauere Angaben zu machen, ist ihm daher ohnehin nicht zu folgen. Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist; andernfalls gelten die Vorbringen als neu und damit als unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2a S. 485 mit Hinweisen). Seine Ausführungen sind deshalb unzulässig, soweit der Beklagte nicht substanzierte Sachverhaltsrügen im Sinne von Art. 64 OG erhebt. Der rechtlichen Beurteilung der Streitsache ist somit der vom Obergericht festgestellte Sachverhalt zugrunde zu legen. Insoweit der Beklagte mit seiner - der konnexen Beschwerdeschrift ähnlichen - Berufungsschrift den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt kritisiert oder diesen ergänzt, ohne eine der obigen Ausnahmen dargetan zu haben, kann auf die Berufung nicht eingetreten werden.
1.5 Nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist unter anderem das Vorbringen neuer Tatsachen und Beweismittel unzulässig (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 77). Auf die neuen Sachverhaltsvorbringen bezüglich des vom Erblasser dem Beklagten gewährten Darlehens wird somit nicht eingetreten. Nicht zu beachten sind ferner die vom Beklagten vor Bundesgericht beantragten Beweisabnahmen bezüglich des ehelichen Vermögens per Todestag des Erblassers, der güterrechtlichen Zuordnung der Parzelle Nr. cc und der Amortisation des Darlehens.
1.6 Gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. b OG muss die Berufungsschrift die genaue Angabe enthalten, welche Punkte des Entscheides angefochten und welche Abänderungen beantragt werden. Der Beklagte begehrt im Wesentlichen die Feststellung des Nachlasses sowie die Teilung unter Berücksichtigung bestimmter Grundlagen. Dieses Begehren ist zulässig, da aus der Begründung hervorgeht, in welchen Punkten die angefochtene Teilung abzuändern sei (BGE 75 II 256 E. 1 S. 257; <ref-ruling> E. 4c S. 45). Soweit der Beklagte in seinem Berufungsantrag Ziffer 1.1 die Feststellungen der Gültigkeit des Erbvertrages sowie der Pflichtteilssetzung eines Miterben begehrt, so ist er diesbezüglich nicht beschwert. In diesem Punkte ist daher auf die Berufung nicht einzutreten. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen grundsätzlich ebenso wenig und führen zur Unzulässigkeit der Berufung. Da der Beklagte aber bereits einen materiellen Hauptantrag gestellt hat, ist sein Eventualantrag 2 auf Aufhebung und Rückweisung grundsätzlich zulässig, jedoch überflüssig (<ref-ruling> E. 1 S. 216). In diesem Umfang kann im Lichte von Art. 55 Abs. 1 lit. b OG auf die Berufung eingetreten werden.
2. 2.1 Der Beklagte hat die beweisrechtlichen Feststellungen der Vorinstanz erfolglos mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten. Im Berufungsverfahren rügt er nun bei fast allen Themenbereichen (vgl. unten E. 3 bis 6) eine Verletzung von <ref-law>. Diese Bestimmung regelt im Bereich des Bundesprivatrechts zunächst die Verteilung der Beweislast und die Folgen der Beweislosigkeit und verleiht darüber hinaus der beweisbelasteten Partei das Recht, zu dem ihr obliegenden Beweis zugelassen zu werden. Allerdings besteht dieser Beweisanspruch nur in Bezug auf rechtserhebliche Tatsachenbehauptungen und setzt voraus, dass die beweisbelastete Partei im kantonalen Verfahren rechtzeitig und formgerecht entsprechende Beweisanträge gestellt hat. Der Beweisführungsanspruch ist insbesondere dann verletzt, wenn der kantonale Richter über rechtserhebliche Tatsachen überhaupt nicht Beweis führen lässt. Diese Norm bestimmt indessen nicht, mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären ist und wie der Richter das Ergebnis der Abklärungen zu würdigen hat. <ref-law> steht namentlich einer bloss beschränkten Beweisabnahme nicht entgegen, wenn der Richter schon nach deren Ergebnis von der Sachdarstellung einer Partei überzeugt ist oder dafür hält, die zusätzlich beantragten Beweise vermöchten zur Klärung des Sachverhaltes nichts beizutragen (<ref-ruling> E. 2 S. 290; <ref-ruling> E. 2a S. 522; <ref-ruling> E. 2.6 S. 24; vgl. auch das konnexe Beschwerdeurteil 5P.258/2006 E. 3.3.2). Dem Sachgericht bleibt es vielmehr unbenommen, von beantragten Beweiserhebungen abzusehen, weil es sie für untauglich hält, die behaupteten Tatsachen zu beweisen, oder weil es seine Überzeugung bereits aus anderen Beweisen gewonnen hat und mit Gewissheit davon ausgeht, weitere Beweisabnahmen vermöchten diese Überzeugung nicht zu erschüttern (<ref-ruling> E. 3 S. 157 und 122 III 219 E. 3c S. 223 je mit Hinweisen).
2.2 Soweit der Beklagte vorbringt, das Obergericht habe die von ihm offerierten Beweismittel nicht abgenommen, richten sich seine Rügen gegen dessen - antizipierte - Beweiswürdigung, wofür die Berufung nicht offen steht. Auf die entsprechenden Rügen im Zusammenhang mit dem Umfang des Nachlasses (E. 3), dem Grundstück Nr. cc (E. 4), der Amortisation des Darlehens (E. 5) und der Bewertung der vorbezogenen Parzelle Nr. ee (E. 6) ist somit insgesamt nicht einzutreten.
2.3 <ref-law> hat ausschliesslich den Begriff und die Folgen der Beweislosigkeit zum Gegenstand. Danach darf das Sachgericht nicht von Beweislosigkeit ausgehen, solange noch taugliche und prozesskonform angebotene Beweise anstehen und es darf umgekehrt nicht ohne Beweisführung eine Sachbehauptung als richtig annehmen, solange sie rechtsgenüglich bestritten ist (<ref-ruling> E. 2a S. 290). Das Obergericht hat entgegen der Auffassung des Beklagten keine Beweislosigkeit zu dessen Nachteil als beweisbelasteter Partei angenommen, sondern vielmehr nach - wenn auch teilweise vorweggenommener - Würdigung aller im Recht liegenden Beweismittel seinen Entscheid gefällt. Wieweit dagegen der kantonale Richter tatsächliche Behauptungen und Bestreitungen der Parteien zu beachten hat oder von Amtes wegen nicht behauptete Tatsachen berücksichtigen oder unbestrittene Behauptungen überprüfen darf, ergibt sich nicht aus <ref-law>, sondern aus der Verhandlungsmaxime, die - soweit hier von Interesse - dem kantonalen Recht angehört, dessen Verletzung mit Berufung nicht gerügt werden kann (Art. 43 Abs. 1 und 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2d S. 217; <ref-ruling> E. 3b S. 207). Nach dem Gesagten ist in Bezug auf die genannten Themen <ref-law> nicht verletzt, weshalb auf die diesbezüglichen Rügen des Beklagten nicht mehr zurückgekommen wird.
3. Strittig ist zunächst, ob die beklagte und überlebende Ehegattin ihrer erbrechtlichen Auskunftspflicht nachgekommen sei. Das Obergericht ist zum Schluss gelangt, dass der erblasserische Nachlass betragsmässig feststehe, indem es auf die von der Mutter und dem Bruder des Beklagten eingereichten Steuerunterlagen abgestellt hat.
3.1 Dagegen bringt der Beklagte vor, das Obergericht habe mit diesem Vorgehen <ref-law> verletzt, weil es zu Unrecht davon ausgegangen sei, die Beklagte sei ihrer erbrechtlichen Informationspflicht nachgekommen. Vielmehr hätte das Obergericht auf einer umfassenden Auskunft über die Vermögensverhältnisse des Erblassers zum Todeszeitpunkt beharren müssen.
3.2 Gemäss Art. 607 Abs. 3 (i.V.m. <ref-law>) haben die Erben einander jede Auskunft zu erteilen, die für die korrekte Teilung des Nachlasses nach Gesetz oder letztwilliger Verfügung erforderlich ist. Gemeint sind damit alle Angaben, die bei einer objektiven Betrachtungsweise möglicherweise geeignet erscheinen, die Teilung in irgendeiner Weise zu beeinflussen. Dem steht auch der Grundsatz nicht entgegen, wonach vor der eigentlichen Erbteilung die güterrechtliche Auseinandersetzung durchzuführen ist. Die um Auskunftserteilung angegangene Witwe kann sich daher nicht unter Berufung auf die güterrechtlichen Verhältnisse ihrer Informationspflicht entziehen (<ref-ruling> E. 3 S. 401 mit Hinweisen). Die Form der Informationserteilung (mündlich/schriftlich) ist dabei aus deren Zweck abzuleiten. Der Zweck ist die Kenntnis und nicht der Beweis der Information, für welchen das prozessuale Beweisrecht massgebend ist (vgl. Druey, Der Anspruch des Erben auf Information, in: BJM 1988, S. 118).
3.3 Das Obergericht ist zum Schluss gelangt, dass der Nachlass betragsmässig feststehe und die Mutter ihrer erbrechtlichen Informationspflicht nachgekommen sei. An diese tatsächlichen Feststellungen ist das Bundesgericht gebunden (Art. 63 Abs. 2 OG). Dagegen bleibt zu prüfen, ob der Zeitpunkt, auf den sich die eingereichten Informationen (Steuererklärungen und -veranlagung) beziehen, den bundesrechtlichen Anforderungen genügt.
Der Beklagte übersieht, dass im Veranlagungsentscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999 des Gemeindesteueramts G._ (act. 72) der eheliche Vermögensstand des Erblassers per 3. März 1999 (Todestag) ausgewiesen worden ist. Eine Steuerveranlagungsverfügung ist ein durchaus geeigneter Nachweis sämtlicher Vermögenswerte eines Steuerpflichtigen. Das Obergericht hat seiner Entscheidfindung diese - von der Ehefrau des Erblassers verfasste und den genauen Erbgangszeitpunkt betreffende - Vermögenszusammenstellung zugrunde gelegt, weshalb sich die Rüge des Beklagten als unbegründet erweist.
Die Modalitäten der Informationserteilung sind unter Berufung auf den Zweck der Mitteilung und unter Abwägung der Interessen der Beteiligten zu konkretisieren (vgl. in diesem Sinne auch: Andreas Schröder, Informationspflichten im Erbrecht, Diss. Basel 2000, S. 19 ff. und S. 44 ff. und Adriano Oswald, Die Auskunftspflicht im Erbgang, Diss. Zürich 1976, S. 15 ff.). Aus dem Zweck der erbrechtlichen Informationspflichten kann gefolgert werden, dass sich die relevanten Informationen auf einen Zeitpunkt zu beziehen haben, der relativ nahe am Erbgangszeitpunkt (Todestag des Erblassers) liegt. So käme man durch die Einreichung von zwei den Todestag des Erblassers zeitlich einmittenden Steuererklärungen der erbrechtlichen Auskunftspflicht grundsätzlich nach; dies namentlich, wenn keine Anhaltspunkte bestünden, die Vermögenswerte hätten sich nach der letzten steuerlichen Erfassung bis zum Todeszeitpunkt verändert. Ergänzende Parteierklärungen, Zusammenstellungen von Aktiven und Passiven per Todestag des Erblassers würden so keine weiteren Erkenntnisse mit sich bringen. Die Steuererklärungen sind geeignet, sämtliche Aktiven und Passiven des erblasserischen Vermögens einander gegenüberzustellen, denn grundsätzlich kann niemand über sein Vermögen besser Auskunft geben als der Steuerpflichtige selbst.
4. Bezüglich der güterrechtlichen Auseinandersetzung zwischen dem Erblasser und der Beschwerdegegnerin als dessen (überlebender) Ehefrau hat das Obergericht die Liegenschaften Nrn. aa, bb und cc des Erblassers als zu dessen Errungenschaft gehörig betrachtet.
4. Bezüglich der güterrechtlichen Auseinandersetzung zwischen dem Erblasser und der Beschwerdegegnerin als dessen (überlebender) Ehefrau hat das Obergericht die Liegenschaften Nrn. aa, bb und cc des Erblassers als zu dessen Errungenschaft gehörig betrachtet.
4.1 4.1.1 In Bezug auf die Parzellen Nrn. aa und bb hat das Obergericht festgehalten, dass der Erblasser diese Parzellen durch Abtretungsvertrag vom 15. September 1956 von seinem Vater übernommen habe. Der Übernahmepreis habe Fr. 20'000.-- betragen. Überdies habe der Erblasser seinen Eltern zusätzlich je ein lebenslängliches und unentgeltliches Wohnrecht eingeräumt. Des Weiteren hätten ein Gewinnbeteiligungsanspruch der Erben im Falle eines Verkaufs innerhalb von 15 Jahren sowie eine bedingte Verpflichtung zur unentgeltlichen Abtretung eines Teils des Landes zu Gunsten des Bruders des Erblassers bestanden. Aufgrund des - nach damaligem Recht - landwirtschaftlichen Charakters dieser Grundstücke und des damit zusammenhängenden relevanten Ertragswertes könne demnach nicht von einer unentgeltlichen Zuwendung im Sinne von <ref-law> gesprochen werden.
4.1.2 Der Beklagte rügt eine Verletzung von <ref-law>. Dem Erblasser seien die Parzellen unentgeltlich zugefallen, da es sich um eine gemischte Schenkung gehandelt habe. Dies begründet er einerseits mit dem Missverhältnis zwischen der Entschädigung von Fr. 20'000.-- und dem Versicherungswert des Landes von Fr. 37'000.-- und andererseits damit, dass Zuwendungen von landwirtschaftlichen Grundstücken zum Ertragswert generell ins Eigengut fielen. Des Weiteren bringt er vor, das Obergericht habe altrechtliche Bestimmungen zum Ausgleichungs- und zum bäuerlichen Bodenrecht angewandt, obschon diese gar nicht anwendbar gewesen wären.
4.1.3 Als unentgeltlich im Sinne von <ref-law> gilt nicht nur der Erbgang, sondern jeder Erwerb, dem eine wirtschaftliche Gegenleistung fehlt (Hausheer/Reusser/Geiser, Berner Kommentar, N. 30 zu <ref-law>). In der Lehre wird die Meinung vertreten, dass neben der Schenkung auch Aneignung, Fund, Ersitzung etc. unter den Begriff des unentgeltlichen Erwerbs zu subsumieren seien (vgl. Hausheer/ Reusser/Geiser, a.a.O, N. 43 ff. zu <ref-law>; Elisabeth Lüthe, Eigengut und Errungenschaft im neuen ordentlichen Güterstand, Diss. Fribourg 1981, S. 92 ff.). Das Obergericht hat bei der güterrechtlichen Zuordnung der beiden Parzellen deren landwirtschaftlichen Charakter gemäss damaligem Recht sowie die Belastung des erworbenen Eigentums mit zwei Wohnrechten berücksichtigt. Inwiefern die Bestimmungen des alten bäuerlichen Bodenrechts (Bundesgesetz über die Erhaltung des bäuerlichen Grundbesitzes vom 12. Juni 1951; EGG) nicht zur Anwendung gelangen sollten, ist nicht ersichtlich und wird vom Beklagten auch nicht näher begründet (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
4.1.4 Auf die güterrechtliche Auseinandersetzung zwischen dem Erblasser und seiner Ehefrau ist gemäss <ref-law> geltendes Recht anwendbar. Entgegen der Auffassung des Beklagten ist bei der güterrechtlichen Zuordnung der beiden landwirtschaftlichen Parzellen danach zu unterscheiden, ob es sich um einen unentgeltlichen oder entgeltlichen Erwerb gehandelt hat. Vor allem die Einräumung der lebenslänglichen und unentgeltlichen Wohnrechte zu Gunsten des Vaters und der Mutter des Erblassers erhöht in Anbetracht des Ausmasses dieser Belastung den vom Erblasser erbrachten Gegenwert über den hier relevanten Ertragswert. Damit ist von einem entgeltlichen Erwerb des Erblassers auszugehen, bei welchem schliesslich zu unterscheiden ist, aus welcher Gütermasse der Kaufpreis finanziert worden ist (Geiser, Die bäuerliche Familie: Scheidung und Scheidungsfolgen, in: Blätter für Agrarrecht 2000, S. 223 ff.). Da der Beklagte nicht vorbringt, aus welcher Gütermasse der Erblasser die Fr. 12'000.-- aufgebracht hat, ist vermutungsweise von Errungenschaft auszugehen (vgl. dazu Steck, FamKomm Scheidung, 2005, N. 1 und N. 17 zu <ref-law>). Der Erblasser hat 40% des Kaufpreises (Fr. 8'000.--) durch Schuldübernahme getilgt. Ein solch teilweiser Kreditkauf ist nach geltendem Recht als ein Erwerb zu Gunsten der Errungenschaft anzusehen (Geiser, a.a.O., S. 225).
4.1.5 Die beiden Parzellen Nrn. aa und bb sind nach dem Dargelegten vom Obergericht zu Recht der Errungenschaft des Erblassers zugeordnet worden.
4.1.5 Die beiden Parzellen Nrn. aa und bb sind nach dem Dargelegten vom Obergericht zu Recht der Errungenschaft des Erblassers zugeordnet worden.
4.2 4.2.1 Das Obergericht hat in Bezug auf die Parzelle Nr. cc festgestellt, dass der Erblasser diese im Eigentum seines Bruders stehende Parzelle am 26. Oktober 1960 im Rahmen eines Nachlassverfahrens mit Vermögensabtretung erworben habe. Damit sei der Bruder des Erblassers lediglich formell Verkäufer des Grundstücks gewesen und habe somit keinen Einfluss auf die Veräusserung gehabt. Die sich durch diese Zwangsvollstreckung ergebende günstige Kaufgelegenheit begründe keine (teilweise) unentgeltliche Zuwendung, weshalb die so erworbene Parzelle der Errungenschaft des Erblassers zuzurechnen sei.
4.2.2 Der Beklagte bringt dagegen vor, der Erblasser habe den (niedrigen) Kaufpreis des Grundstückes durch Aufstockung der Hypotheken auf seinen Eigengutsliegenschaften finanziert. Somit handle es sich um Ersatzanschaffungen für Eigengut gemäss <ref-law>, die zum Eigengut zu rechnen seien. Mithin habe das Obergericht <ref-law> nicht angewandt.
4.2.3 In Bezug auf die Parzelle Nr. cc ist dem Bundesgericht eine Rechtskontrolle verwehrt, da im angefochtenen Entscheid tatbeständliche Grundlagen dahingehend fehlen, dass die vom Erblasser erworbene Parzelle mit Mitteln seines Eigengutes finanziert worden sei. Insofern der Beklagte in diesem Zusammenhang eine ungenügende Sachverhaltsabklärung rügt, ist er daran zu erinnern, dass Zivilprozesse nicht vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht werden (vgl. Steck, a.a.O., N. 1g f. der Vorbemerkungen zu Art. 196 - 220 ZGB).
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Im Übrigen bliebe in diesem Zusammenhang für die Anwendung von <ref-law> kein Platz, da es sich bei einem reinen Kreditkauf um Errungenschaft handelt (Hausheer/Reusser/Geiser, a.a.O., N. 55 zu <ref-law>; Hausheer/Aebi-Müller, Basler Kommentar, N. 27 zu <ref-law>). Die auf erblasserisches Eigengut neu aufgenommene Hypothek belastete dieses Eigengut (vgl. <ref-law>), während die erworbene Parzelle Nr. cc in die Errungenschaft fiele.
Im Übrigen bliebe in diesem Zusammenhang für die Anwendung von <ref-law> kein Platz, da es sich bei einem reinen Kreditkauf um Errungenschaft handelt (Hausheer/Reusser/Geiser, a.a.O., N. 55 zu <ref-law>; Hausheer/Aebi-Müller, Basler Kommentar, N. 27 zu <ref-law>). Die auf erblasserisches Eigengut neu aufgenommene Hypothek belastete dieses Eigengut (vgl. <ref-law>), während die erworbene Parzelle Nr. cc in die Errungenschaft fiele.
4.3 4.3.1 Schliesslich wendet der Beklagte ein, das Obergericht habe die güterrechtliche Zuordnung der Parzellen fälschlicherweise nach erbrechtlichen Grundsätzen vorgenommen, anstatt diese nach den güterrechtlichen Bestimmungen vorzunehmen, stehe doch vorliegend mit der Zurechnung von Vermögenswerten im Güterrecht ein eherechtliches Institut zur Frage.
4.3.2 Das Obergericht hat bezüglich der drei Parzellen geprüft, ob sie dem Erblasser (teilweise) unentgeltlich zugekommen seien oder nicht. Zur Beantwortung dieser für die güterrechtliche Zuordnung der drei Parzellen unabdingbaren Frage musste es Faktoren wie den landwirtschaftlichen Charakter der Grundstücke und die Belastung mit beschränkt dinglichen Rechten in Betracht ziehen. Denn nur so konnte es beurteilen, ob der vom Erblasser entrichtete Kaufpreis zum massgebenden Ertragswert in einem Missverhältnis stand oder nicht, mithin feststellen, ob es sich um eine (teilweise) Schenkung gehandelt hat oder nicht. Dass güterrechtliche Zuordnungen nicht losgelöst von erbrechtlichen Vorschriften gefunden werden können, zeigt auch <ref-law>, der das dem Erbrecht schon immer vertraut gewesene Ertragswertprinzip ins Ehegüterrecht übernimmt (vgl. Hausheer/Aebi-Müller, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>). Abs. 3 dieser Bestimmung lässt die erbrechtlichen Bestimmungen über die Bewertung von landwirtschaftlichen Liegenschaften im Güterrecht sinngemäss gelten. Der obergerichtliche Hinweis auf die - zum alten Recht ergangene - entsprechende bundesgerichtliche Rechtsprechung findet somit auf die güterrechtliche Auseinandersetzung zwischen dem Erblasser und seiner Ehefrau ohne weiteres Anwendung (BGE 54 II 93 und 100 sowie 84 II 338).
5. Der Erblasser gewährte dem Beklagten zu Lebzeiten ein Darlehen in der Höhe von Fr. 750'000.--. Das Obergericht ist in Bezug auf dieses Darlehen zum Schluss gelangt, dass es im Umfang von Fr. 16'000.-- amortisiert worden ist und daher ein Schuldsaldo von Fr. 734'000.-- besteht. Diese Erkenntnis ist für das Bundesgericht im Berufungsverfahren verbindlich (vgl. Art. 63 Abs. 2 OG und Beschwerdeurteil 5P.258/2006 E. 5.3).
Die Vorbringen des Beklagten zu diesem Punkt richten sich entweder gegen die tatbeständlichen Feststellungen des Obergerichts (vgl. oben E. 1.5) oder erweisen sich als - unter dem Deckmantel von <ref-law> vorgetragene - Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung, weshalb sie allesamt unzulässig sind. In diesem Punkt kann daher auf die Berufung nicht eingetreten werden (vgl. oben E. 1.4).
6. Auf Anrechnung an seinen Erbteil hat der am 3. März 1999 verstorbene Erblasser dem Beklagten als seinem Sohn im Jahre 1994 die unüberbaute Parzelle Nr. ee abgetreten. Einen Anrechnungswert haben die Vertragsparteien damals nicht vereinbart. Der Beklagte hat das Grundstück parzelliert, die Teilgrundstücke anschliessend überbaut und in den Jahren 1997 und 1998 verkauft. Streitig war im kantonalen Verfahren der Ausgleichungswert dieses Erbvorbezugs.
6.1 Das Obergericht hat den Anrechnungswert auf Fr. 1'542'990.-- bestimmt und ausgeführt, der vom Beklagten im kantonalen Berufungsverfahren eingereichten (rekonstruierten) Bauabrechnung lasse sich keine genauere Angabe zum "eingesetzten" Wert für das Grundstück in der Höhe von Fr. 918'720.-- entnehmen, vielmehr werde darin nachträglich und damit willkürlich ein Landwert festgesetzt. Das Obergericht hat daher den Ausgleichungswert des Grundstücks im Sinne von <ref-law> durch eine Schätzung des Verkehrswertes der Liegenschaft vor der Überbauung ermittelt, welche sich einerseits auf den Amtsbericht des Grundbuchamtes Y._ (nachfolgend: GBA) und andererseits auf die vor Erstinstanz im Recht gelegene Expertise abstützte. An diese tatsächliche Wertfestsetzung des Grundstücks ist das Bundesgericht im vorliegenden Berufungsverfahren gebunden (Art. 63 Abs. 2 OG; vgl. konnexes Beschwerdeurteil 5P.258/2006 E. 6.1). Zu prüfen sind somit die Fragen, ob die baulichen Investitionen durch den Empfänger des Vorbezugs bei der Berechnung des Ausgleichungswertes zu berücksichtigen sind und nach welcher Methode der Erbvorbezug zu bewerten ist, insbesondere ob eine zulässige und nachvollziehbare Bewertungsmethode herangezogen und richtig angewendet worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 173; Martina Fierz, Der Verkehrswert von Liegenschaften aus rechtlicher Sicht, Diss. Zürich 2001, S. 37).
6.2 Der Beklagte bringt im Wesentlichen vor, das Obergericht habe durch sein Vorgehen zur Wertbestimmung des auszugleichenden Erbvorbezuges Art. 630 Abs. 1 und 2 ZGB verletzt. Das Obergericht habe entgegen dem Gesetzeswortlaut den Verkehrswert der unüberbauten Liegenschaft und nicht den tatsächlich erzielten Erlös zur Berechnung des Ausgleichungswertes beigezogen. Der vorempfangende Erbe müsse sich ein allfälliges Unternehmerrisiko nicht anrechnen lassen, denn ein solches träfe den Erblasser und damit den Nachlass ebenfalls, wenn die Sache nicht durch Erbvorbezug übereignet worden wäre. Dementsprechend seien ihm für das Grundstück höchstens Fr. 927'960.-- (inklusive der abparzellierten und unüberbauten Spielplatzparzelle Nr. ff) anzurechnen. Insofern der Beklagte eine Rückweisung der Streitsache an das Obergericht zur Vervollständigung des Sachverhalts (Art. 64 Abs. 1 OG) verlangt, ist anzumerken, dass das Bundesgericht von dieser Möglichkeit nicht schon deshalb Gebrauch machen kann, weil der Beklagte mit dem Beweisergebnis nicht einverstanden ist oder gar der Ansicht ist, die Verantwortung für die Sachverhaltsermittlung liege bei den gerichtlichen Instanzen (vgl. E. 2.2). Zu prüfen ist demnach einzig, ob die Anrechnungsgrundsätze korrekt angewendet worden sind.
6.2 Der Beklagte bringt im Wesentlichen vor, das Obergericht habe durch sein Vorgehen zur Wertbestimmung des auszugleichenden Erbvorbezuges Art. 630 Abs. 1 und 2 ZGB verletzt. Das Obergericht habe entgegen dem Gesetzeswortlaut den Verkehrswert der unüberbauten Liegenschaft und nicht den tatsächlich erzielten Erlös zur Berechnung des Ausgleichungswertes beigezogen. Der vorempfangende Erbe müsse sich ein allfälliges Unternehmerrisiko nicht anrechnen lassen, denn ein solches träfe den Erblasser und damit den Nachlass ebenfalls, wenn die Sache nicht durch Erbvorbezug übereignet worden wäre. Dementsprechend seien ihm für das Grundstück höchstens Fr. 927'960.-- (inklusive der abparzellierten und unüberbauten Spielplatzparzelle Nr. ff) anzurechnen. Insofern der Beklagte eine Rückweisung der Streitsache an das Obergericht zur Vervollständigung des Sachverhalts (Art. 64 Abs. 1 OG) verlangt, ist anzumerken, dass das Bundesgericht von dieser Möglichkeit nicht schon deshalb Gebrauch machen kann, weil der Beklagte mit dem Beweisergebnis nicht einverstanden ist oder gar der Ansicht ist, die Verantwortung für die Sachverhaltsermittlung liege bei den gerichtlichen Instanzen (vgl. E. 2.2). Zu prüfen ist demnach einzig, ob die Anrechnungsgrundsätze korrekt angewendet worden sind.
6.3 6.3.1 Das Grundstück ist von Seiten des Erblassers an den Beklagten auf Anrechnung an dessen Erbteil abgetreten worden und deshalb zur Ausgleichung zu bringen (vgl. <ref-law>). Dabei erfolgt gemäss <ref-law> die Ausgleichung - mangels gegenteiliger erblasserischer Anordnung - nach dem (Verkehrs-) Wert der Zuwendung zur Zeit des Erbganges oder, wenn die (zugewendete) Sache vorher veräussert worden ist, nach dem dafür erzielten Erlös. Gegenstand der Zuwendung war eine unüberbaute Parzelle. Da es sich bei dieser um ein nichtlandwirtschaftliches Grundstück handelte, gilt das Verkehrswertprinzip (Eitel, Berner Kommentar, N. 18 ff. zu <ref-law>; Forni/Piatti, Basler Kommentar, N. 2 zu <ref-law>; Lionel Seeberger, Die richterliche Erbteilung, Diss. Fribourg 1992, S. 295). Massgebend ist der Verkehrswert zur Zeit des Erbgangs, ausser die Sache sei zuvor veräussert worden. Für diesen Fall sieht das Gesetz - in Übereinstimmung mit anderen Bestimmungen (z. B. <ref-law>) - vor, dass für die Bewertung der Zeitpunkt der Veräusserung massgebend ist und der Ausgleichungswert dem "erzielten Erlös" entspricht. Bei einer vorzeitigen Veräusserung wird dabei vom Gesetzgeber idealerweise angenommen, der Erlös stimme mit dem damaligen Verkehrswert überein. Wird die Sache jedoch unter diesem Wert veräussert, so ist ihr der objektive (Schätzungs-) Wert anzurechnen, den die Sache im Veräusserungszeitpunkt hatte (vgl. dazu Forni/Piatti, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>; Eitel, a.a.O., N. 33 ff. zu <ref-law>; Escher/Escher, Zürcher Kommentar, N. 10 zu <ref-law>; Seeberger, a.a.O., S. 300 f.; Heinz Vonrufs, Der massgebende Zeitpunkt für die Bewertung der Erbschaftsgegenstände bei Pflichtteilsberechnung, Ausgleichung und Teilung, Diss. Zürich 1952, S. 51).
6.3.2 Anhand der - im kantonalen Berufungsverfahren eingereichten - (rekonstruierten) Abrechnung über die Überbauung und den Verkauf der Liegenschaft hat der Beklagte einen tatsächlich erzielten Erlös von Fr. 918'720.-- für die unüberbaute Parzelle Nr. ee behauptet. Dieser in der Bauabrechnung "eingesetzte Grundstückswert" hat der Beklagte mittels einer Rückrechnung aus der Differenz zwischen dem Erlös aus den Verkäufen der überbauten Parzellen und den gesamten Aufwendungen inklusive eines Unternehmensgewinns von Fr. 277'563.-- ermittelt. Das Obergericht hat ausführlich dargelegt, dass und weshalb auf die Bauabrechnung des Beklagten und seines Partners H._ beweismässig nicht abgestellt werden könne. Seine Schlüsse beruhen auf Beweiswürdigung (vgl. E. 6 des konnexen Beschwerdeurteils 5P.258/2006), die im Rahmen der Berufung nicht überprüft werden kann. Die darauf bezogenen Vorbringen des Beklagten sind nicht zu hören (vgl. <ref-ruling> E. 6a S. 81; <ref-ruling> E. 3 S. 84).
6.3.3 Der Beklagte kritisiert die obergerichtliche Methode der Verkehrswertschätzung. In diesem Zusammenhang ist noch einmal auf den Unterschied zwischen Tat- und Rechtsfrage bei Bewertungsfragen hinzuweisen. Das Bundesrecht bestimmt hierbei, nach welchen Rechtsgrundsätzen (Methode, Massstab) die Bewertung vorzunehmen ist, wogegen die nach diesen Grundsätzen vorzunehmende Wertermittlung grundsätzlich eine vom kantonalen Gericht abschliessend zu beurteilende Tatfrage darstellt (vgl. konnexes Beschwerdeurteil 5P.258/2006 E. 6.1). Im Folgenden wird daher geprüft, ob das Obergericht eine zulässige und nachvollziehbare Bewertungsmethode herangezogen und diese auch richtig angewandt hat. Der Amtsbericht des GBA fusst auf der von Lehre und Praxis anerkannten - und vom Bundesgericht primär angewandten - Vergleichswert- oder statistischen Methode (auch Preisvergleichsmethode genannt; vgl. zum Ganzen: Das Schweizerische Schätzerhandbuch, Bewertung von Immobilien, Stand 2005, Hrsg. Schweizerische Vereinigung kantonaler Grundstückbewertungsexperten SVK und Schweizerische Schätzungsexpertenkammer/Schweizerischer Verband der Immobilien-Treuhänder SEK/SVIT, S. 50 und S. 99 ff.), die primär auf die tatsächlich bezahlten Preise abstellt (vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 295). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung führt diese zulässige Methode dann zu richtigen Resultaten, wenn Vergleichspreise in genügender Anzahl für Objekte ähnlicher Beschaffenheit zur Verfügung stehen. Diesem Erfordernis ist das Obergericht durch das Abstellen auf den Amtsbericht, der seiner Schätzung neun Vergleichspreise aus Landverkäufen in einem Umkreis von 500 Metern in vergleichbarer Lage und Zone zugrunde gelegt hat, bundesrechtskonform nachgekommen. Aufgrund der besseren Kenntnis der örtlichen Verhältnisse im Rahmen der Auswahl von Schätzungsmethode und Vergleichsgrundstücken verfügt die kantonale Instanz über ein gewisses Ermessen. In diesen Beurteilungsspielraum greift das auf eine reine Rechtskontrolle beschränkte Bundesgericht nur mit Zurückhaltung dann ein, wenn die Auffassung der Vorinstanz als unvertretbar erscheint (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 197; <ref-ruling> E. 4a S. 227). Dafür aber sind Anhaltspunkte weder ersichtlich noch dargetan.
6.3.4 Der Beklagte beruft sich mehrfach unter Hinweis auf <ref-law> auf sein Unternehmerrisiko infolge Überbauung der zugewendeten Liegenschaft. Seine Darlegungen sind schwer nachvollziehbar. Gemäss <ref-law> erfolgt die Ausgleichung nach dem Wert des für die Zuwendung erzielten Erlöses. Gemäss Abs. 2 dieser Bestimmung sind Verwendungen unter den Erben nach den Besitzesregeln (Art. 938 bis 940 ZGB) in Anschlag zu bringen. Dies gilt sowohl für notwendige als auch für nützliche Verwendungen des gutgläubigen Besitzers.
Verwendungen sind Leistungen aus freien Stücken im Interesse einer (fremden) Sache (vgl. Stark, Basler Kommentar, N. 2 zu <ref-law>). In der Literatur wird vorwiegend die Meinung vertreten, dass es sich bei den Verwendungen im Sinne des Ausgleichungs- und des Besitzesrechts um Ausbesserungs- sowie Sicherungsarbeiten etc. handelt, mithin um Handlungen zur (passiven) Erhaltung einer Sache im Sinne einer Werterhaltung und -steigerung (vgl. Stark, a. a. O., N. 2 zu <ref-law>; Eitel, a.a.O., N. 50 zu <ref-law>; auch ein bereits existierender Betrieb kann werterhaltenden Massnahmen zugänglich sein, vgl. dazu <ref-ruling>).
<ref-law> liesse sich zwar auch für den vorliegenden Fall eine Antwort entnehmen, jedoch widerspricht diese Sinn und Zweck des Ausgleichungsrechts. Denn im vorliegenden Fall hat der ausgleichungspflichtige Beklagte unter Verwendung des Zuwendungsobjektes (unüberbautes Grundstück) mit der Abparzellierung und der anschliessenden Überbauung und dem Verkauf der einzelnen Objekte ein eigentliches Unternehmen betrieben. Das Konzept und die systematische Einordnung von <ref-law> lässt jedoch den Schluss zu, dass der Gesetzgeber nicht an solche Fälle gedacht hat, diese mithin nicht unter diesen Ausgleichungstatbestand subsumiert werden können. Denn erzielte der ausgleichungspflichtige Erbe durch die unternehmerische Tätigkeit einen grossen Gewinn, so wäre es unbillig, müsste er diesen Gewinn mit den Miterben teilen. Umgekehrt wäre es auch für die ausgleichungsberechtigten Miterben unbillig, müssten sie unternehmerische Verluste - auf deren Entstehung sie keinerlei Einfluss ausüben konnten - mittragen, wenn der erzielte Erlös die Verwendungen nur knapp überstiege oder jener gar unter diesen läge.
Nach dem Gesagten widerspricht eine Beteiligung am Unternehmerrisiko - d. h. an Gewinn oder Verlust - dem Grundgedanken der Ausgleichung. Sobald der Ausgleichungsschuldner - wie hier - mit dem Zuwendungsobjekt einer unternehmerischen Tätigkeit nachgeht, können demnach solche Handlungen nicht mehr als Verwendungen im Sinne von <ref-law> angesehen werden. Zum selben Ergebnis gelangt man auch, wenn man vom Zweck der einzelnen Handlungen in Bezug auf das Zuwendungsobjekt ausgeht. So ist der primäre Zweck der Verwendungen derjenige der Werterhaltung im Hinblick auf die zukünftige Erbteilung, währenddem mit der unternehmerischen Tätigkeit einzig die Gewinnerzielung angestrebt wird. Für den vorliegenden Fall bleibt somit kein Raum für eine andere Lösung als - abweichend vom Konzept des <ref-law> - diejenige, dass auf das ursprüngliche und unveränderte Zuwendungsobjekt (unüberbautes Grundstück) abzustellen und dessen Verkehrswert im Zeitpunkt der vorzeitigen Veräusserung zu bestimmen ist. Im Ergebnis hat das Obergericht demnach kein Bundesrecht verletzt.
7. Als offensichtliches Versehen (Art. 55 Abs. 1 lit. d i.V.m. Art. 63 Abs. 2 OG) rügt der Beklagte schliesslich die obergerichtliche Nichtberücksichtigung der von ihm bezahlten Fr. 79'000.-- als Nachlasspassivum.
Ein offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG liegt nur vor, wenn die Vorinstanz eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig, d.h. nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht mit ihrem wirklichen Wortlaut wahrgenommen hat (<ref-ruling> E. 2b S. 162). Diese Voraussetzungen sind vorliegend nicht erfüllt. Aus der Aktenstelle, auf welche der Beklagte verweist, ergibt sich keineswegs unzweifelhaft, dass die Annahme der Vorinstanz unzutreffend ist. In Wirklichkeit übt der Beklagte auch hier unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung.
Er übersieht dabei, dass sich ein solches Versehen ausschliesslich auf den Sachverhalt (Art. 63 Abs. 2 Satz 2 OG) und nie auf die Rechtsfolge beziehen kann, nämlich die Berücksichtigung der strittigen Position im Rahmen der Erbteilung. Entscheidend ist hierbei, dass die Erstinstanz die strittige Position in ihren Entscheid aufgenommen hat, weshalb das Obergericht sie nicht noch einmal berücksichtigen musste (vgl. E. 7 des konnexen Beschwerdeurteils 5P.258/2006 und erstinstanzliches Urteil S. 99 lit. g).
8. Nach dem Gesagten ist der Berufung kein Erfolg beschieden. Damit wird der Beklagte auch kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Da keine Berufungsantworten eingeholt worden und dem Kläger sowie den Beklagten 1 und 2 somit keine Kosten erwachsen sind, entfällt praxisgemäss die Zusprechung von Parteientschädigungen (Art. 159 Abs. 2 OG). Ihre Gesuche um Sicherstellung der Parteikosten werden damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird dem Beklagten 3 auferlegt.
3. Die Gesuche um Sicherstellung der Parteientschädigung des Klägers und der Beklagten 1 und 2 werden als gegenstandslos abgeschrieben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. März 2007
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: