Sachverhalt:
A.
Am 13. Juli 2010 erhielt die A._ AG die Baubewilligung für ein Hochhaus mit 64 Wohnungen und ein Nebengebäude mit Laden, Gastrobetrieb und Tiefgarage auf den Grundstücken Kat.-Nrn. xxx1, xxx2. xxx3. xxx4, xxx5, xxx6, xxx7, xxx8, xxx9, xxx10 und xxx11 (zusammengefasst zu Kat.-Nr. xxx12) an der B.-Strasse yy1 und yy2/C.-Strasse yy3 und yy4 in Zürich. In den Erwägungen (E.c und E.d) wurde festgehalten, an die Maximalzahl zulässiger Parkplätze auf der Bauparzelle würden 13 bestehende Parkfelder der angrenzenden Miteigentumsparzelle Kat.-Nr. xxx20 angerechnet; diese seien grundbuchlich sicherzustellen. In den Bedingungen zum Baubeschluss (III.B.5 i.V.m. III.B.1a) wurde verfügt, auf der Bau- und der Miteigentumsparzelle seien die anzurechnenden Autoabstellplätze vor Baubeginn anzumerken. Ihre rechtliche oder tatsächliche Aufhebung bedürfe der Zustimmung der Baubehörde. Der Baubeschluss ist in Rechtskraft erwachsen.
In der Folge änderte die A._ AG das Bauvorhaben ab und verzichtete namentlich auf den Bau eines Gastrobetriebes. Mit Bauentscheid vom 8. November 2011 bewilligte die Bausektion der Stadt Zürich die Abänderungspläne und passte die zulässige Maximalzahl von Parkfeldern nach unten an. Sie erwog und verfügte, die Auflagen und Bedingungen der Baubewilligung betreffend die Parkfelder auf Parzelle xxx20 gälten sinngemäss für das abgeänderte Vorhaben (E.f und Beschluss Ziff. I.8).
B.
Hiergegen erhob die A._ AG erfolglos Rekurs beim Baurekursgericht und hernach Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit dem Begehren, die Ziffer I.8 des Baubeschlusses vom 8. November 2011 insoweit aufzuheben, als darin die Anrechnung der 13 Parkplätze von Parzelle xxx20 angeordnet werde, eventuell festzustellen, dass die entsprechenden Anordnungen nichtig seien. Mit Urteil vom 11. Juli 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C.
Mit Eingabe vom 16. September 2013 führt die A._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, es sei festzustellen, dass die Anordnung betreffend die Anrechnung von 13 Parkplätzen auf Parzelle xxx20 mit Anmerkungspflicht im Bauentscheid vom 13. Juli 2010 nichtig sei; die Ziffer I.8 des Bauentscheids vom 8. November 2011 sei entsprechend zu korrigieren. Eventualiter sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Bausektion der Stadt Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst ebenfalls auf Abweisung, soweit auf die Beschwerde einzutreten sei.
In abschliessenden Bemerkungen vom 16. Dezember 2013 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Gegen den letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als Eigentümerin der Baugrundstücke und Miteigentümerin von Parzelle Kat.-Nr. xxx20 durch das angefochtene Urteil in schutzwürdigen Interessen berührt und hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen (<ref-law>). Auf die form- und fristgerecht (<ref-law>) erhobene Beschwerde ist daher grundsätzlich (vgl. E. 2 hiernach) einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt die Folgerung der Vorinstanz in Erwägung 3.3 des angefochtenen Entscheids, wonach offen bleiben könne, ob die im Bauentscheid vom 13. Juli 2010 angeordnete Zuweisung von 13 Parkplätzen zur Hochhausüberbauung zu einer Mehrbelastung der Miteigentümerparzelle xxx20 verglichen mit der Quartierplanregelung von 1960 geführt habe, weil der Bauentscheid in Rechtskraft erwachsen sei und vorliegend nicht mehr angefochten werden könne. Diese Frage hätte - so die Beschwerdeführerin - nicht offen bleiben dürfen, da die übrigen Miteigentümer der Parzelle xxx20 nicht am Verfahren beteiligt worden seien. Wenn in der Zuweisung der Parkfelder zum Baugrundstück eine Mehrbelastung liege, sei den übrigen Miteigentümern das rechtliche Gehör in schwerwiegender Weise verweigert und gegen <ref-law> verstossen worden.
Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass sie selber sich zur Anrechnung der Parkplätze und zur Anordnung der grundbuchlichen Sicherung äussern konnte. Ihr Anspruch auf rechtliches Gehör ist somit nicht verletzt worden. Ein schutzwürdiges eigenes Interesse, eine Gehörsverletzung der Baubewilligungsbehörde gegenüber Drittpersonen geltend zu machen, fehlt ihr. Sie ist dazu nicht befugt. Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Im Übrigen ist diesen Drittpersonen (den Miteigentümern der Parzelle xxx20) der Bauentscheid eröffnet worden; sie hätten einen derartigen Verstoss somit selber vorbringen können.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, durch die Anrechnung der 13 Parkplätze an die maximal mögliche Parkplatzzahl des Bauvorhabens mit grundbuchlicher Sicherung werde deren bisher freie Verwendbarkeit eingeschränkt, was eine öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung und eine Mehrbelastung darstelle. Die verfügte Anmerkungspflicht betreffe auch die übrigen Miteigentümer, weshalb diese am Baubewilligungsverfahren hätten beteiligt werden müssen. Die Baubewilligung sei insofern eine mitwirkungspflichtige Verfügung. Weil die Beteiligung der übrigen Miteigentümer unterblieben sei, leide die Nebenbestimmung an einem schweren Verfahrensmangel und müsse als nichtig betrachtet werden. Im Übrigen habe sich bestätigt, dass die Anmerkung mangels eines gültigen Rechtstitels nicht vollzogen werden könne; das Grundbuchamt habe auf der Unterzeichnung der Grundbuchanmeldung durch alle Miteigentümer bestanden, doch hätten die übrigen Miteigentümer ihre Unterschrift verweigert. Die Unmöglichkeit der Vollstreckung unterstreiche die Nichtigkeit der umstrittenen Anordnung. Diese verletze krass die miteigentumsrechtliche Verfügungsberechtigung gemäss <ref-law>. Endlich gebe es offensichtlich keine kantonalrechtliche Grundlage für die nachträgliche Belastung bzw. Verhaftung der Parkplätze auf der Miteigentümerparzelle mit dem Baugrundstück. Diese müsse als willkürlich bezeichnet werden und widerspreche rechtsstaatlichen Regeln, was mit der Nichtigkeitsfolge verbunden sei.
3.2. Fehlerhafte Entscheide sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und wenn zudem die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht (wie z.B. der Umstand, dass der Betroffene keine Gelegenheit hatte, am Verfahren teilzunehmen). Die Nichtigkeit eines Entscheids ist von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden jederzeit von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 503; <ref-ruling> E. 3.1 S. 275; <ref-ruling> E. 3.3 S. 495; je mit Hinweisen auf die Rechtsprechung).
3.3. Es trifft zu, dass der umstrittene Parkplatzrevers mit Anmerkungspflicht die Miteigentümerparzelle belastet. Davon betroffen ist daher nicht nur die Beschwerdeführerin, sondern sind auch die beiden übrigen Miteigentümer. Allerdings ist deren Betroffenheit im Unterschied zu derjenigen der Beschwerdeführerin nur eine mittelbare: Ihnen wurden durch den Bauentscheid keinerlei Verpflichtungen auferlegt und ihre Miteigentümerbefugnisse gemäss <ref-law> werden nur insofern betroffen, als die Beschwerdeführerin als Miteigentümerin mit dem höchsten Anteil nicht mehr frei ist, in gemeinsamer Absprache nach Belieben über ihre Miteigentumsrechte zu verfügen, was sich auch auf die übrigen Miteigentümer auswirkt. Die Verhaftung der Abstellplätze betrifft jedoch umfangmässig nur den zweifelsfrei der Beschwerdeführerin zukommenden Miteigentumsanteil an den gemeinsamen Parkplätzen (die Beschwerdeführerin ist zu 4/6 am Miteigentum berechtigt, die beiden übrigen Miteigentümer zu je 1/6, und der Parkplatzrevers beschlägt nur ca. 2/6 der im Miteigentum stehenden Abstellplätze). Zudem wurde der Bauentscheid den nicht am Baubewilligungsverfahren beteiligten Miteigentümern - wie erwähnt - eröffnet, so dass sie jedenfalls auf dem Rechtsmittelweg hätten Verfahrensrechte ausüben und eigene Interessen wahren können, wenn sie dies gewollt hätten. Im Weiteren betrifft der Parkplatzrevers nur einen Nebenpunkt des Grossbauvorhabens. Das zeigt das prozessuale Verhalten der Beschwerdeführerin selber, schliesst sie doch nicht auf Nichtigkeit des Bauentscheids vom 13. Juli 2010 überhaupt, sondern bloss auf Nichtigkeit der Nebenbestimmung III.B.5/ III.B.1a zur Baubewilligung. Unter diesen Umständen kann in der Nichtbeteiligung der beiden übrigen Miteigentümer von Parzelle xxx20 am Baubewilligungsverfahren kein schwerer, mit der Nichtigkeitsfolge verbundener Verfahrensmangel erblickt werden.
Gewiss mag ebenfalls zutreffen, dass die Anmerkung im Grundbuch ohne Zustimmung der übrigen Miteigentümer bloss auf dem Baugrundstück, nicht aber auf der Miteigentümerparzelle xxx20 eingeschrieben werden kann, weil die übrigen Miteigentümer durch die Nebenbestimmung zur Baubewilligung nicht verpflichtet werden. Die grundbuchliche Vollziehbarkeit des Parkplatzreverses auf der Miteigentümerparzelle ist gewiss nicht nebensächlich, aber auch nicht von entscheidender Bedeutung. Massgebend ist in erster Linie, dass der rechtskräftig verfügte Parkplatzrevers die Beschwerdeführerin als Bauherrin dazu verpflichtet, sich eine bestimmte Anzahl Parkfelder der Miteigentümerparzelle anrechnen zu lassen. Diese Nebenbestimmung beschränkt die Zahl der auf dem Baugrundstück erlaubten Parkplätze. Die Verpflichtung ist öffentlich-rechtlicher Natur und insoweit durchsetzbar, selbst wenn der Anmerkungspflicht im Grundbuch nur unvollkommen nachgekommen wird bzw. werden kann. Die Anmerkung ist nicht konstitutiv, sondern hat bloss orientierende und sichernde Funktion. Die Hinweise der Beschwerdeführerin auf die Folgen fehlender Zustimmung bei mitwirkungsbedürftigen Verfügungen (vgl. TSCHANNEN/ ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl. 2009, § 28 Rz. 72 f.) und auf die Folgen nicht vollstreckbarer Verfügungen (vgl. HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, § 15 Rz. 979) sind im vorliegenden Zusammenhang, in dem es massgeblich auf die gültige und die Beschwerdeführerin und ihre Rechtsnachfolger bindende Verpflichtung ankommt, daher unbehelflich. Die erwähnten Hindernisse bei der Durchsetzbarkeit der Anmerkungspflicht sind somit zu wenig gewichtig, als dass sie die Nichtigkeit der Nebenbestimmung nach sich ziehen könnten.
3.4. Die Beschwerdeführerin beruft sich auch auf schwere inhaltliche Mängel der umstrittenen Nebenbestimmung, weil eine gesetzliche Basis für sie fehle. § 243 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG) sieht indessen die Pflicht zur Erstellung der gebotenen Abstellplätze bei der Neuerstellung von Bauten ausdrücklich vor. Diese müssen nicht auf dem Baugrundstück liegen, wenn sie in nützlicher Entfernung davon bereitgestellt werden (§ 244 Abs. 1 PBG). An leicht zugänglicher Lage ist eine angemessene Anzahl Abstellplätze für Besucher vorzusehen (§ 244 Abs. 3 PBG). § 321 Abs. 2 PBG, auf den der Parkplatzrevers gemäss III.B.5 im Bauentscheid vom 13. Juli 2010 verweist, schreibt ausserdem vor, dass Nebenbestimmungen mit längerer zeitlicher Wirkung vor Baubeginn im Grundbuch anzumerken sind. Es versteht sich von selbst, dass die nötige Anzahl Abstellplätze zu einer Überbauung auf einen längeren Zeitabschnitt sicherzustellen ist. Aus der von der Beschwerdeführerin ins Recht gelegten Grundbuchanmeldung ergibt sich weiter, dass die Miteigentümerparzelle xxx20 mit den umliegenden Baugrundstücken subjektiv-dinglich verbunden und ein diesen dienendes Grundstück ist. Bei dieser Rechts- und Sachlage ist nicht erkennbar, weshalb die umstrittene Nebenbestimmung auf derart mangelnden Rechtsgrundlagen beruhen sollte, dass auf ihre Nichtigkeit geschlossen werden müsste.
Die Beschwerde erweist sich demnach als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Bei diesem Ergebnis hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>; <ref-ruling> E. 7 S. 118 f.).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Bausektion der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Februar 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle