Sachverhalt:
A. Die X._ GmbH (vormals Y._ GmbH; Beschwerdeführerin) betrieb einen Nachtclub, in dem einerseits Bardamen arbeiteten und anderseits auch so genannte "Tänzerinnen" als Prostituierte beschäftigt wurden. Die Beschwerdeführerin stellte A._ (Beschwerdegegnerin) als Bardame (nicht als Prostituierte) ein. Die Parteien unterzeichneten zwei Arbeitsverträge. Der eine datiert vom 7. Juli 2004 und sieht als Arbeitsbeginn den 1. August 2004 vor. Der andere ist undatiert und hält als Vertragsbeginn den 9. Juli 2004 fest. Abgesehen vom Arbeitsbeginn stimmen die Verträge inhaltlich überein und sehen eine Probezeit von drei Monaten und eine Kündigungsfrist von drei Tagen vor. Im Juli 2004 nahm die Beschwerdegegnerin ihre Arbeit im Nachtclub auf. Die Beschwerdeführerin kündigte das Arbeitsverhältnis während der Probezeit mit Schreiben vom 9. August 2004, das sie am 10. August 2004 als Einschreiben der Post übergab. Die Kündigung wurde der Beschwerdegegnerin am 12. August 2004 auch mündlich eröffnet. Mit Schreiben vom 18. August 2004 erhob die Beschwerdegegnerin Einsprache und machte geltend, die Kündigung sei erfolgt, weil sie sich geweigert habe, sich im Betrieb der Beschwerdeführerin prostituieren zu lassen und nicht bereit gewesen sei, mit dem Geschäftsführer den Geschlechtsverkehr zu vollziehen. Damit sei die Kündigung missbräuchlich. Zwischen den Parteien ist streitig, ob diese Vorwürfe zutreffen und ob die Einsprache rechtzeitig erfolgte.
B. Ende März 2005 reichte die Beschwerdegegnerin beim Bezirksgericht Hinwil Klage ein und forderte von der Beschwerdeführerin Fr. 28'373.85 nebst Zins als Entschädigung für die missbräuchliche Kündigung, für ausstehenden Lohn und Überstundenentschädigung. Das Bezirksgericht wies die Klage am 18. Dezember 2006 ab. Mit Beschluss vom 3. Dezember 2007 hiess das Obergericht des Kantons Zürich die dagegen erhobene Berufung teilweise gut und verpflichtete die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin Fr. 15'000.-- nebst Zins als Entschädigung für die missbräuchliche Kündigung (Dispositiv-Ziffer 2a) sowie Fr. 333.05 brutto bzw. Fr. 283.05 netto nebst Zins für geleistete Überstunden (Dispositiv-Ziffer 2b) zu bezahlen. Mit Zirkulationsbeschluss vom 24. Juli 2008 hiess das Kassationsgericht des Kantons Zürich die von der Beschwerdeführerin erhobene Nichtigkeitsbeschwerde teilweise gut, hob die Dispositiv-Ziffer 2a des Beschlusses des Obergerichts auf und wies die Sache zur Neubeurteilung zurück.
Daraufhin verpflichtete das Obergericht die Beschwerdeführerin mit Beschluss vom 3. September 2008, der Beschwerdegegnerin neben den nicht mehr streitigen Fr. 333.05 brutto bzw. Fr. 283.05 netto (Dispositiv-Ziffer 2b des Beschlusses des Obergerichts vom 3. Dezember 2007) Fr. 13'800.-- nebst Zins zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 1a) und wies die Klage im Mehrbetrag ab. Die Kosten für das zweitinstanzliche Verfahren wurden zu einem Drittel der Beschwerdegegnerin auferlegt und zu zwei Dritteln auf die Gerichtskasse genommen (Dispositiv-Ziffer 3). Die Prozessentschädigungen für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren wurden wettgeschlagen (Dispositiv-Ziffer 4). Gegen diesen Beschluss erhob die Beschwerdeführerin wiederum Nichtigkeitsbeschwerde und beantragte in erster Linie, dessen Dispositiv-Ziffern 1a und 4 aufzuheben. Das Kassationsgericht wies die Beschwerde am 29. Mai 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, die Dispositiv-Ziffern 1a und 4 des Beschlusses des Obergerichts vom 3. September 2008 aufzuheben, "die von der Beschwerdegegnerin geltend gemachte Strafzahlung" abzuweisen und die Beschwerdeführerin für das erst- und zweitinstanzliche Gerichtsverfahren angemessen zu entschädigen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Sie beantragt zudem, die Dispositiv-Ziffer 1a des Beschlusses des Obergerichts vom 3. September 2008 auf Fr. 15'000.-- abzuändern und dessen Dispositiv-Ziffer 3 aufzuheben, indem festzustellen sei, dass die Beschwerdegegnerin keine Gerichtskosten zu bezahlen habe. Die Vernehmlassung wurde vom ehemaligen Ehemann der Beschwerdegegnerin unterzeichnet, der gemäss <ref-law> nicht zu ihrer Vertretung berechtigt ist. Innert der vom Bundesgericht in Anwendung von <ref-law> angesetzten Frist unterschrieb die Beschwerdegegnerin die Vernehmlassung selbst.
Sowohl das Kassationsgericht als auch das Obergericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Verfügung vom 14. September 2009 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung ab. Am 14. Oktober 2009 stellte die Beschwerdegegnerin den Antrag, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, dem Bundesgericht ihre Geschäftsbücher zu öffnen und bei Überschuldung eine allfällige Parteientschädigung sicherzustellen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdegegnerin reichte das Begehren um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung gemäss <ref-law> erst nach Einreichung ihrer Vernehmlassung ein, mithin zu einem Zeitpunkt, als sämtliche Parteikosten bereits entstanden waren. Ihr Gesuch ist daher als gegenstandslos abzuschreiben (<ref-ruling> E. 2 S. 88; 79 II 295 E. 3 S. 305).
1.2 Auf die von der Beschwerdegegnerin in ihrer Vernehmlassung gestellten Anträge, die über die Abweisung der Beschwerde hinausgehen, kann nicht eingetreten werden, weil das BGG im Gegensatz zum OG die Anschlussbeschwerde nicht kennt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 335), und die Beschwerdefrist von <ref-law> für eine selbständige Beschwerde abgelaufen ist. Daher ist die Beschwerdegegnerin mit dem Begehren um Feststellung der rechtswidrigen Verzögerung des kantonalen Verfahrens nicht zu hören. Dasselbe gilt für die Rüge, die Vorinstanz habe gegen <ref-law> verstossen, indem sie ihr einen Drittel der Gerichtskosten auferlegt habe, obwohl eine mutwillige Prozessführung nicht angeführt worden sei. Bei dieser Rüge verkennt die Beschwerdegegnerin überdies, dass das Obergericht auf Erwägung 7 seines Beschlusses vom 3. Dezember 2007 verwies, worin es den Antrag der Beschwerdegegnerin, es sei ihr der Durchgriff auf die Gesellschafter der Beschwerdeführerin zu gewähren, als mutwillig im Sinne von <ref-law> erachtete.
2. Eine Kündigung kann grundsätzlich auch während der Probezeit missbräuchlich sein. Dabei ist allerdings zu beachten, dass die Missbrauchsbestimmungen mit Blick auf den Zweck der Probezeit gegenüber einem Arbeitsverhältnis mit ordentlicher Kündigungsfrist nur einschränkend zur Anwendung gelangen (<ref-ruling> E. 7.1 S. 110 mit Hinweisen). Ist die Kündigung eines Arbeitsverhältnisses missbräuchlich (<ref-law>), hat diejenige Partei, welche die Kündigung ausgesprochen hat, der anderen Partei eine Entschädigung auszurichten (<ref-law>). Wer eine solche Entschädigung geltend machen will, muss gegen die Kündigung längstens bis zum Ende der Kündigungsfrist beim Kündigenden schriftlich Einsprache erheben (<ref-law>). An die Formulierung der Einsprache werden keine allzu hohen Anforderungen gestellt. Es genügt, wenn die betroffene Partei gegenüber der kündigenden Person schriftlich zum Ausdruck bringt, mit der Kündigung nicht einverstanden zu sein (<ref-ruling> E. 4c S. 253). Ist die Einsprache gültig erfolgt und einigen sich die Parteien nicht über die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses, kann die Partei, der gekündigt worden ist, ihren Anspruch auf Entschädigung geltend machen. Wird nicht innert 180 Tagen nach Beendigung des Arbeitsverhältnisses eine Klage anhängig gemacht, ist der Anspruch verwirkt (<ref-law>).
2.1 <ref-law> wurde per 1. Januar 1989 ins Gesetz aufgenommen. Diese Bestimmung fehlte im Entwurf des Bundesrats zu dieser Gesetzesrevision. Sie wurde vom Parlament in Anlehnung an Art. 336g aOR ins Gesetz eingefügt (vgl. Richard Barbey, La procédure relative aux résiliations abusives du contrat de travail, in: Les nouvelles dispositions du Code des obligations en matière de résiliation du contrat de travail, 1990, S. 105) mit der Absicht, die Vertragsparteien nach erfolgter Kündigung zu einer gütlichen Einigung über die Fortführung des Arbeitsverhältnisses zu bewegen und ihnen nach dem Scheitern entsprechender Verhandlungen möglichst schnell Klarheit über die geltend gemachten Ansprüche zu verschaffen. Der Gesetzgeber war sich bewusst, dass Rechtsuchende, die über diese speziellen Fristen nicht orientiert sind, Opfer der Fristen werden könnten, nahm dies aber mit Blick auf die Rechtssicherheit in Kauf (AB 1985 N 1137 f.; AB 1987 S 347).
2.2 Ob das Ziel, eine gütliche Einigung zu fördern, erreicht wird, wird zwar bezweifelt (vgl. Adrian Staehelin, in: Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 1996, N. 1 zu <ref-law> mit Hinweisen). Nach einhelliger Lehre ist die form- und fristgerechte Einsprache gegen die missbräuchliche Kündigung aber unabdingbar. Sie entfällt auch nicht, weil Einigungsverhandlungen angesichts der Haltung der Gegenpartei keinen Sinn ergeben. Wird die Einsprache nicht gültig erhoben, stimmt die Partei, der gekündigt worden ist, der Kündigung im Sinne einer unwiderlegbaren Vermutung zu. Dem Gekündigten steht nur eine Klage auf Feststellung der Rechtswidrigkeit der Kündigung zu (Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6. Aufl. 2006, N. 3 zu <ref-law>; Manfred Rehbinder, Berner Kommentar, 1992, N. 2 zu <ref-law>; Rémy Wyler, Droit du travail, 2. Aufl. 2008, S. 553 ff.; Staehelin, a.a.O., N. 2 zu <ref-law> mit weiteren Hinweisen).
2.3 Massgebend für die Einhaltung der Frist gemäss <ref-law> ist nach herrschender Lehre der Zeitpunkt des Zugangs der Einsprache. Diese hat daher als empfangsbedürftige Willenserklärung bis zum Ablauf der Kündigungsfrist zu erfolgen (Staehelin, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; Rehbinder, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; Streiff/von Kaenel, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; Wyler, a.a.O., S. 555; Roland Bersier, La résiliation abusive du contrat du travail [art. 336 à 336b CO], in: SJZ 89 [1993] S. 321; Denis Humbert, Der neue Kündigungsschutz im Arbeitsrecht, 1991, S. 112). Ein Teil der Lehre lässt die Postaufgabe am letzten Tag der Kündigungsfrist genügen (Barbey, a.a.O., S. 114; Christiane Brunner und andere, Kommentar zum Arbeitsvertragsrecht, 3. Aufl. 2005, N. 2 zu <ref-law>). <ref-law> ist als absolut zwingende Bestimmung ausgestaltet (<ref-law>).
3. Die für die Probezeit gesetzlich vorgesehene Kündigungsfrist von sieben Tagen (<ref-law>) kann - entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin - durch schriftliche Abrede, Normalarbeitsvertrag oder Gesamtarbeitsvertrag anders bestimmt (<ref-law>) oder ganz wegbedungen werden. Bei der so genannten "entfristeten" Kündigung endet das Arbeitsverhältnis mit dem Zugang der Kündigung (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N. 8 zu <ref-law> mit Hinweisen). Gemäss beiden Arbeitsverträgen vereinbarten die Parteien eine verkürzte Kündigungsfrist von drei Tagen.
3.1 Nach den Erwägungen des Obergerichts ergibt sich bei der Geltendmachung einer Entschädigung im Sinne von <ref-law> eine Schwierigkeit, wenn während der Probezeit die Kündigungsfrist gegenüber der gesetzlichen Vorgabe von sieben Tagen (<ref-law>) deutlich gekürzt oder "entfristet" wird. Nach <ref-law> müsse die erforderliche Einsprache nämlich "längstens bis zum Ende der Kündigungsfrist" erfolgen und zwar dergestalt, dass sie binnen dieser Frist bei der Gegenpartei eintreffe. Dies sei aber bei einer "entfristeten Kündigungsfrist" schon theoretisch, bei einer verkürzten Kündigungsfrist praktisch unmöglich, da einige Tage verstreichen könnten, bis die Kündigung im Herrschaftsbereich der betroffenen Vertragspartei eintreffe. Der Gesetzgeber habe an diese Fälle schlicht nicht gedacht, weshalb von einer Gesetzeslücke auszugehen sei, die mangels Gewohnheitsrecht gemäss <ref-law> nach derjenigen Regel zu entscheiden sei, welche das Obergericht als Gesetzgeber aufstellen würde. Die Einsprachefrist müsse während der Probezeit bei verkürzten oder aufgehobenen Kündigungsfristen mindestens sieben Tage entsprechend der dispositiven Kündigungsfrist während der Probezeit (<ref-law>) betragen. Damit werde gewährleistet, dass die betroffene Vertragspartei ihre Ansprüche gemäss <ref-law> wahren könne.
3.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Annahme, es bestehe eine zu füllende Gesetzeslücke, verstosse gegen <ref-law>. Das Obergericht habe Bundesrecht (<ref-law>) verletzt, indem es von einer rechtzeitigen Einsprache ausgegangen sei. Überdies sei die Einsprache selbst dann verspätet, wenn man von einer siebentägigen Einsprachefrist ausgehe.
3.3 Eine echte Gesetzeslücke liegt nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts dann vor, wenn der Gesetzgeber etwas zu regeln unterlassen hat, was er hätte regeln sollen, und dem Gesetz diesbezüglich weder nach seinem Wortlaut noch nach dem durch Auslegung zu ermittelnden Inhalt eine Vorschrift entnommen werden kann (<ref-ruling> E. 3b S. 42; <ref-ruling> E. 1d/aa S. 225; je mit Hinweisen). Von einer unechten oder rechtspolitischen Lücke ist demgegenüber die Rede, wenn dem Gesetz zwar eine Antwort, aber keine befriedigende zu entnehmen ist (Arthur Meier-Hayoz, in: Berner Kommentar, 1962, N. 271 ff. zu <ref-law>; Henri Deschenaux, Le Titre préliminaire du Code civil, in: Schweizerisches Privatrecht, Band II/1, 1969, S. 89 ff.). Echte Lücken zu füllen, ist dem Richter aufgegeben, unechte zu korrigieren, ist ihm nach traditioneller Auffassung grundsätzlich verwehrt, es sei denn, die Berufung auf den als massgeblich erachteten Wortsinn der Norm stelle einen Rechtsmissbrauch dar (Meier-Hayoz, a.a.O., N. 295 ff. zu <ref-law>).
3.4 Wird die Kündigungsfrist während der Probezeit gekürzt oder wegbedungen, verkürzt sich die Dauer der Einsprachefrist entsprechend. Besteht keine Kündigungsfrist und wird die Kündigung umgehend wirksam, ist es in der Tat unmöglich, eine schriftliche Einsprache zu erheben, die bis zum Ablauf der Kündigungsfrist beim Kündigenden eintrifft. Die Vorinstanz ist grundsätzlich zutreffend davon ausgegangen, dass die für die Einsprache aufgestellten Formvorschriften (<ref-law>) den Anspruch auf Entschädigung bei missbräuchlicher Kündigung (<ref-law>) nicht vereiteln dürfen. Eine schematische Anwendung einer siebentätigen Einsprachefrist bei gegenüber dem dispositiven Gesetzesrecht verkürzten Kündigungsfristen würde auch Fälle erfassen, in denen es dem Arbeitnehmer möglich und zumutbar ist, innert der verkürzten Kündigungsfrist Einsprache zu erheben. Dies scheint mit Blick auf den vom Gesetz verfolgten Zweck der Rechtssicherheit und der Förderung einer gütlichen Einigung (vgl. E. 2.1) nicht gerechtfertigt. Darf vom Arbeitnehmer nach Treu und Glauben erwartet werden, innerhalb der verkürzten Frist zu reagieren, rechtfertigt es sich nicht, eine Lücke anzunehmen und vom klaren Wortlaut des Gesetzes abzuweichen. Eine Lücke besteht somit nur, wenn die Kündigungsfrist derart verkürzt oder gänzlich wegbedungen ist, dass es dem Arbeitnehmer nicht möglich oder nicht zumutbar ist, fristgerecht Einsprache zu erheben. Die Parteien vereinbarten eine Kündigungsfrist von drei Tagen. Zu prüfen bleibt daher, ob es der Beschwerdegegnerin anhand der gesamten Umstände möglich und zumutbar war, rechtzeitig Einsprache zu erheben.
4. 4.1 Gemäss den Feststellungen des Obergerichts wurde der Beschwerdegegnerin die Kündigung am 12. August 2004 mündlich eröffnet. Das Arbeitsverhältnis endete mithin nach Ablauf der dreitägigen Kündigungsfrist am 15. August 2004. Da die Kündigung formfrei gültig ist, wenn vertraglich nicht etwas anderes vereinbart wurde (Streiff/von Kaenel, a.a.O., N. 8 zu Art. 335), kommt es entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin nicht darauf an, wann sie die schriftliche Kündigung entgegengenommen hat. Die Beschwerdegegnerin hat die Einsprache unbestrittenermassen am 18. August 2004 der Post übergeben. Somit erfolgte die Einsprache nicht rechtzeitig. Ohne Belang ist daher, ob das Arbeitsverhältnis - wie die Beschwerdegegnerin unter Hinweis auf die Arbeitsbestätigung und die Lohnabrechnung behauptet - bis zum 16. August 2004 dauerte. Aus demselben Grund kann offen bleiben, ob die Postaufgabe am letzten Tag der Kündigungsfrist für die Wahrung der Frist nach <ref-law> ausreicht oder ob die Tatsache, dass der 15. August 2004 ein Sonntag bzw. ein allfälliger Ruhetag war, etwas am Fristablauf ändern würde. Inwiefern und weshalb es der Beschwerdegegnerin objektiv nicht möglich gewesen sein soll, innert der Kündigungsfrist von drei Tagen Einsprache zu erheben, legt sie nicht dar und ist nicht ersichtlich. Im Übrigen ist die Beschwerdegegnerin mit ihren Vorbringen nicht zu hören, soweit sie vom für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhalt (<ref-law>) abweicht, ohne eine rechtsgenügende Sachverhaltsrüge zu erheben. Damit genügt sie den Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.), die auch für die Beschwerdeantwort gelten.
4.2 Die Beschwerdegegnerin wendet allerdings ein, einer der Geschäftsführer habe ihr am 16. August 2004 versprochen, sich für die Weiterführung des Arbeitsverhältnisses einzusetzen. An diesem sowie am folgenden Tag hätten die Parteien Gespräche geführt, um die Kündigung zurückzuziehen. Erst am 17. August 2004 sei klar gewesen, dass die Gespräche erfolglos blieben und das Arbeitsverhältnis nicht weitergeführt werde. Unter diesen Umständen sei die Einsprache rasch möglichst, am 18. August 2004, erfolgt. Das Bundesgericht hat in der Tat ein rechtsmissbräuchliches Verhalten bejaht, als ein Arbeitgeber den Arbeitnehmer dazu veranlasste, von einer schriftlichen Einsprache gegen eine missbräuchliche Kündigung abzusehen und sich im Prozess auf die Verwirkung berief (Urteil 4C.104/1995 vom 5. Dezember 1995 E. 2, in: SJ 1996 S. 330). Die Umstände, auf die sich die Beschwerdegegnerin beruft, gehen jedoch aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor. Sie legt zudem nicht dar, diese prozesskonform ins Verfahren eingebracht zu haben, weshalb sie damit nicht zu hören ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226; <ref-ruling> E. 3 S. 395).
4.3 Auch die übrigen Vorbringen der Beschwerdegegnerin zur Rechtfertigung der verspäteten Einsprache verfangen nicht.
4.3.1 Die Beschwerdegegnerin behauptet, sie habe ihre Tätigkeit bei der Beschwerdeführerin vor dem vertraglich vereinbarten Arbeitsbeginn aufgenommen, weshalb gemäss Art. 5 des Landes-Gesamtarbeitsvertrags des Gastgewerbes (L-GAV) mangels anderslautender Abrede eine Probezeit von 14 Tagen gelte. Die Beschwerdegegnerin übersieht dabei, dass die vereinbarten Vertragsbedingungen auch bei einer vorzeitigen Arbeitsaufnahme gelten. Unzutreffend ist sodann die Ansicht der Beschwerdegegnerin, der L-GAV sehe bei längeren Probezeiten zwingend eine längere Kündigungsfrist vor (vgl. Kommentar zum L-GAV, Stand Januar 2009, zum seit dem massgeblichen Zeitpunkt unverändert gebliebenen Art. 5, S. 13; http://www.l-gav.ch/deutsch/L-GAV+Kommentar09.pdf). Auch aus Art. 14 Abs. 3 L-GAV, wonach dem Mitarbeiter am letzten Arbeitstag sämtliche Lohnguthaben, die Schlussabrechnung und das Zeugnis auszuhändigen sind, kann die Beschwerdegegnerin nichts zu ihren Gunsten ableiten, da die Verletzung dieser Pflicht nicht zur Verlängerung des Arbeitsverhältnisses führt.
4.3.2 Ebenfalls nicht nachvollziehbar ist die Annahme der Beschwerdegegnerin, die Beschwerdeführerin habe mit Blick auf <ref-law> ihre Rechte erst geltend machen können, nachdem sie ihre Leistungspflichten vollständig erfüllt habe, d.h. am 20. August 2004. Massgebend ist einzig, ob die Beschwerdegegnerin die Einsprache bis zum Ablauf der Kündigungsfrist erhoben hat. <ref-law> spielt dabei keine Rolle.
4.4 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass das Obergericht Bundesrecht verletzt hat, indem es die Frist für die Einsprache auf die in <ref-law> vorgesehene siebentägige Frist verlängerte, obwohl es der Beschwerdegegnerin möglich und zumutbar gewesen wäre, innert der gemäss <ref-law> vertraglich verkürzten Kündigungsfrist Einsprache zu erheben. Die Einsprache der Beschwerdegegnerin ist daher nicht rechtzeitig erfolgt. Entsprechend steht ihr keine Entschädigungsforderung nach <ref-law> zu. Angesichts dieses Ergebnisses kann offen bleiben, ob die Einsprache auch bei der Annahme einer siebentägigen Einsprachefrist verspätet erfolgte und ob die Kündigung missbräuchlich war.
5. Die Beschwerde ist gutzuheissen, die Dispositiv-Ziffer 1a des Beschlusses des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. September 2008 aufzuheben und die Klage abzuweisen, soweit sie den Betrag von Fr. 333.05 brutto bzw. Fr. 283.05 netto übersteigt. Die Sache ist zur Neubeurteilung der Entschädigungen des kantonalen Verfahrens an das Obergericht zurückzuweisen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG). Liegt der Streitwert wie im vorliegenden Fall unter Fr. 30'000.--, sind nur reduzierte Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Hingegen hat die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-ruling> E. 5c S. 42 mit Hinweis). Auf das Begehren der Beschwerdegegnerin, es sei ihr der aufgrund der Gewährung der aufschiebenden Wirkung im kantonalen Verfahren entstandene Gesamtschaden von Fr. 5'320.-- als weitere Parteientschädigung zuzusprechen, ist von vornherein nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die Parteientschädigung nach <ref-law> den Aufwand im bundesgerichtlichen Verfahren decken soll und sie selbst Beschwerde gegen das kantonale Urteil hätte einreichen müssen (vgl. E. 1.2).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Sicherstellungsgesuch der Beschwerdegegnerin wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Die Beschwerde wird gutgeheissen, Ziffer 1a des Dispositivs des Beschlusses des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. September 2008 aufgehoben und die Klage abgewiesen, soweit sie den Betrag von Fr. 333.05 brutto bzw. Fr. 283.05 netto übersteigt.
3. Die Sache wird zur Neubeurteilung der Entschädigungen des kantonalen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
5. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann