Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene J._ meldete sich am 30. November / 23. Dezember 2004 bei der Arbeitslosenversicherung zum Leistungsbezug an, nachdem er vom 1. November 2003 bis 30. November 2004 bei der Firma L._ GmbH angestellt gewesen war. In den Anmeldeformularen gab er an, bei dieser Firma keine leitende Funktion ausgeübt zu haben bzw. auszuüben. Im Arbeitsvertrag vom 30. Oktober 2003 wurden seine Aufgaben mit projektbezogener technischer IT und betriebswirtschaftlicher Management Beratung umschrieben. Bereits zuvor war er gemäss der Gründerurkunde der GmbH vom 14. August 2001 bis Ende 2001 als Geschäftsführer mit Einzelunterschrift tätig gewesen. Im Handelsregister blieb er in dieser Funktion bis am 18. Mai 2004 eingetragen, danach noch bis am 4. Juli 2007 als einzelzeichnungsberechtigte Person. Als Adresse der Firma war ebenfalls bis am 4. Juli 2007 die Privatadresse von J._ eingetragen. Stammanteile waren auf seinen Namen keine aufgeführt. Bis am 1. November 2003 war er zeitweilig auch für andere Firmen tätig.
Ab 1. Dezember 2004 bezog J._ Arbeitslosenentschädigung.
Nach Kenntnisnahme des Berichts des seco über eine bei der Firma am 14. Juni 2006 durchgeführte Arbeitgeberrevision verneinte die Unia Arbeitslosenkasse mit Verfügung vom 21. Juli 2006 rückwirkend einen Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung wegen arbeitgeberähnlicher Stellung und forderte zu Unrecht bezogene Taggeldleistungen in der Höhe von Fr. 74'291.05 zurück. Daran hielt sie auf Einsprache hin mit Entscheid vom 26. September 2006 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Februar 2008 teilweise gut und änderte den Einspracheentscheid insoweit ab, als es die Rückerstattungsschuld auf Fr. 43'234.65 reduzierte. Zur Begründung wurde angeführt, zurückgefordert werden könnten infolge Verwirkung lediglich noch die innerhalb des letzten Jahres vor Erlass der Rückforderungsverfügung ausbezahlten Gelder.
C. Das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben.
Während J._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet die Kasse auf eine Stellungnahme.
Am 13. November 2008 verstirbt J._, worauf das Verfahren bis zur Mitteilung der Erben und deren Antritt der Erbschaft ruht. Die entsprechende Mitteilung ist am 19. Juni 2009 beim Gericht eingegangen.

Erwägungen:
1. Nachdem der Sistierungsgrund dahingefallen ist, wird das Verfahren fortgesetzt.
2. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Vorschriften zur Rückforderung von zu Unrecht erbrachten Leistungen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zur Verjährung (<ref-law>) und zum Ausschluss arbeitgeberähnlicher Personen vom Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zur analogen Anwendung dieser Bestimmung auf arbeitgeberähnliche Personen, die Arbeitslosenentschädigung verlangen (<ref-ruling> E. 7 S. 236 ff.), richtig dargelegt.
3. Unbestritten ist, dass der Beschwerdegegner die vom Dezember 2004 bis Mai 2006 ausgerichteten Taggelder in der Höhe von insgesamt Fr. 74'291.05 zweifellos zu Unrecht bezogen hat und gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> grundsätzlich zurückzuerstatten hat.
Fraglich ist indessen, ob - so Vorinstanz und Beschwerdegegner - der Rückforderungsanspruch insoweit verwirkt ist, als er über ein Jahr vor dem Erlass der Rückforderungsverfügung vom 21. Juli 2006 ausbezahlte Taggelder mit umfasst, womit sich die Forderung auf Fr. 43'234.65 reduzieren würde, oder ob - so der Beschwerdeführer - die in <ref-law> statuierte einjährige Verwirkungsfrist mit der Kenntnisnahme des Revisionsberichts des seco vom 7. Juli 2006 zu laufen begonnen hat, womit sämtliche seit Dezember 2004 bis Mai 2006 ausbezahlten Taggelder der Rückerstattung unterliegen würden.
4. Die Vorinstanz stützte sich bei ihrem Entscheid massgeblich auf die formellrechtliche Wirkung des Handelsregisters gemäss Art. 932 f. OR, wonach das darin Eingetragene ab Bekanntmachung im Schweizerischen Handelsamtsblatt als jedermann bekannt vorausgesetzt wird, so auch der Verwaltung. Daraus folgerte sie unter Verweis auf <ref-ruling> E. 5b/aa S. 275 auf Grund der Publizitätswirkung des Handelsregisters, aus welchem die Einzelzeichnungsberechtigung sowie die der Wohnadresse des Beschwerdegegners entsprechende Anschrift der Firma ersichtlich waren, müsse sich die Kasse die den Entschädigungsanspruch ausschliessende arbeitgeberähnliche Stellung von Anfang an entgegenhalten lassen.
4.1 Tatsächlich hat das Bundesgericht (vormals: Eidgenössisches Versicherungsgericht) im von der Vorinstanz angesprochenen Urteil bereits klar zur Frage der Auswirkungen der Publizitätswirkung des Handelsregisters auf die einjährige relative Verwirkungsfrist im Sinne von <ref-law> Stellung bezogen und später dann auch wiederholt bestätigt (etwa: Urteile 8C_527/2007 vom 5. März 2008 und C 267/01 vom 17. Juli 2002). Danach ist es auch der Verwaltung verwehrt einzuwenden, eine Dritten gegenüber wirksam gewordene Eintragung im Handelsregister nicht gekannt zu haben. Ist der Eintrag allein bereits hinreichend klar bezüglich der einen Entschädigungsanspruch ausschliessenden Eigenschaft des Leistungsansprechers, beginnt die Verwirkungsfrist von Anfang an, d.h. mit der ersten Auszahlung der Taggelder, zu laufen. Eines zweiten Anlasses für den Beginn der einjährigen relativen Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> bedarf es diesfalls nicht (BGE a.a.O.). Gibt der Eintrag hingegen erst - aber immerhin - Anhaltspunkte, die einer weiteren Abklärung bedürfen, so zum Beispiel allenfalls beim Geschäftsführer einer GmbH ohne Gesellschaftereigenschaft (dazu siehe Urteil 8C_84/2008 vom 3. März 2009, publiziert in: ARV 2009 S. 177), so ist der Beginn der Verwirkungsfrist bei Säumnis auf den Zeitpunkt festzusetzen, in welchem die Verwaltung mit zumutbarem Einsatz ihre unvollständige Kenntnis so zu ergänzen im Stande gewesen wäre, dass der Rückforderungsanspruch hätte geltend gemacht werden können (Urteil K 70/06 vom 30. Juli 2007 E. 5.1 mit Hinweisen, nicht publiziert in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2008 KV Nr. 4 S. 11; Urteil C 17/03 vom 2. September 2003, publiziert in: SVR 2004 AlV Nr. 5 S. 13).
4.2 Diese Rechtsprechung zur Publizitätswirkung des Handelsregisters wird vom seco nicht in Frage gestellt. Es argumentiert indessen, der Beschwerdegegner habe beim Ausfüllen des Antrags auf Arbeitslosenentschädigung in Verletzung der Mitwirkungspflichten gemäss <ref-law> die Frage nach einer leitenden Funktion bei der Firma wahrheitswidrig mit Nein beantwortet. Mangels gegenteiliger Indizien habe die Verwaltung auf eine wahrheitsgemässe Auskunft vertrauen dürfen und sei daher nicht zuletzt aus verwaltungsökonomischen Gründen nicht gehalten gewesen, das Handelsregister effektiv zu konsultieren; die einjährige relative Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> dürfe in solchen Fällen daher erst als ab konkreter Kenntnisnahme vom rückforderungsbegründenden Sachverhalt ausgelöst betrachtet werden.
Der Beschwerdeführer will mit anderen Worten die Nachlässigkeit der Kasse mit der allfälligen Auskunfts- oder Meldepflichtverletzung des Beschwerdegegners aufwiegen. Anhaltspunkte für eine solche Interpretation erblickt er dabei in einigen Urteilen des Bundesgerichts (vormals: Eidgenössisches Versicherungsgericht), worin zwar stets die Publizitätswirkung des Handelsregistereintrags als massgeblich für die Fristauslösung erklärt, indessen darüber hinaus auch mit den der Kasse konkret zur Verfügung gestandenen Unterlagen argumentiert worden sei.
4.3 Richtig ist, dass die Verwaltung bei der Abklärung der Anspruchsvoraussetzungen sich auf die Mitwirkung der Antrag stellenden Person stützen darf, was sie im konkreten Fall auch tat, indem sie den Beschwerdegegner beim Ausfüllen des Antragsformulars die Frage beantworten liess, ob er am Betrieb, d.h. an der Firma L._ GmbH als letzter Arbeitgeberin, beteiligt oder bei dieser in leitender Funktion (z.B. Aktionär, Verwaltungsrat in einer AG oder Gesellschafter, Geschäftsführer in einer GmbH, etc.) ist bzw. war, was seitens des Versicherten verneint wurde.
4.4 Auch muss davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdegegner das Formular bewusst falsch ausgefüllt hat oder die Falschauskunft bei gebotener Sorgfalt zumindest hätte erkennen müssen. Denn die Frage war unmissverständlich und insbesondere auch auf die Vergangenheit ausgerichtet. Sodann wurde als Beispiel ausdrücklich die Geschäftsführertätigkeit einer GmbH erwähnt. Falls bei ihm dennoch Unklarheiten ob der mit Ja oder Nein zu beantwortenden Frage bestanden hätten, insbesondere weil er etwa die Frage als möglicherweise auf den Zeitraum des letzten Arbeitsverhältnisses beschränkt interpretierte, hätte es an ihm gelegen, entweder an entsprechender Stelle ein Fragezeichen auf dem Antragsformular mit dem Verweis auf die formal am 18. Mai 2004 beendete Geschäftsführertätigkeit anzubringen, oder aber die Kasse unter Hinweis auf diese Begebenheit vor der definitiven Antwort auf dem Anmeldeformular zu konsultieren. Gesagtes gilt auch, falls beim Beschwerdegegner Unsicherheiten darüber bestanden hätten, welche Art von Geschäftsführertätigkeit von der Frage wirklich erfasst wurde, wie von ihm letztinstanzlich sinngemäss vorgetragen.
4.5 Ebenso ist es nachvollziehbar, dass die Verwaltung je nach Antwort auf dem Fragebogen bei Fehlen anderer Anhaltspunkte aus Praktikabilitätsgründen auf weitere Abklärungen zur Funktion des Antragstellers, namentlich auf eine Konsultation des Handelsregisters, verzichtet. Indessen kann nicht gesagt werden, dessen Beizug sei deswegen unzumutbar (Urteile C 267/01 vom 17. Juli 2002; C 71/01 vom 30. August 2001).
4.6 Letztlich ändert all dies aber nichts an der vom Gesetzgeber vorgegebenen Publizitätswirkung des Handelsregisters, welche besagt, dass jedermann dessen Inhalt kennt, was in concreto bedeutet, dass die Verwaltung - im Übrigen genauso wie der Beschwerdegegner (dazu siehe weiter unten) - von Gesetzes wegen bereits zum Zeitpunkt der Anmeldung zum Leistungsbezug über die nach wie vor vorhandene Einzelzeichnungsberechtigung wie auch über die der Wohnadresse des Beschwerdegegners angegliederte Adresse der Firma Bescheid wissen musste. Bereits dies hätte zumindest Anlass für weitere Abklärungen zur arbeitgeberähnlichen Stellung sein müssen. Eines weiteren Anhaltspunktes bedurfte es demnach nicht, insbesondere nicht eines weiteren Hinweises dazu im Anmeldeformular (in diesem Sinne bereits: <ref-ruling> E. 5b/aa S. 275; Urteile 8C_855/2008 vom 27. März 2009; 8C_527/2007 vom 5. März 2008; C 267/01 vom 17. Juli 2002).
4.6.1 Dies mag im Einzelfall aus Sicht der Verwaltung zu einem unbefriedigenden Ergebnis führen. Indessen darf nicht unbeachtet bleiben, dass die vom Gesetzgeber vorgegebene formellrechtliche Wirkung gegenüber jedermann gilt, mithin auch dem Leistungsansprecher.
So hielt die Vorinstanz dem Einwand des Beschwerdegegners, er sei davon ausgegangen, die in der eingereichten Gründungsurkunde der Gesellschaft vorgesehenen Befristung seiner (interimistisch) ausgeübten Geschäftsführertätigkeit bis 31. Dezember 2001 hätte automatisch das Erlöschen seiner Funktion als Geschäftsführer und Einzelzeichnungsberechtigter nach sich gezogen, ebenfalls den effektiven Handelsregistereintrag entgegen; danach bestand nach wie vor eine Einzelzeichnungsberechtigung.
4.6.2 Eine Korrektur des aus der Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>, sich ergebenden Fristenlaufs wäre höchstens bei Verletzung des sowohl für Behörden als auch Private allgemein geltenden Rechtsgrundsatzes des Rechtsmissbrauchsverbots denkbar (<ref-ruling> E. 3). Es bedürfte einer qualifizierten Falschauskunft mit der Absicht des Erschleichens von Leistungen mit Wissen um die Verwaltungspraxis. Hierfür fehlt es aber vorliegend an hinreichend klaren Anhaltspunkten. Allein verwaltungsökonomische Überlegungen können dagegen nicht zur Aufhebung der vom Gesetzgeber vorgegebenen formellrechtlichen Wirkung des Handelsregistereintrags führen.
4.6.3 Nichts anderes ist den vom seco angerufenen Urteilen 8C_527/2007 vom 5. März 2008, C 267/01 vom 17. Juli 2002 und C 71/01 vom 30. August 2001 (sodann: Urteil 8C_855/2008 vom 27. März 2009) zu entnehmen.
Darin zeigte das Bundesgericht (vormals: Eidgenössisches Versicherungsgericht) im Sinne einer erweiterten Begründung lediglich auf, dass die Verwaltung die Unrechtmässigkeit der Leistungserbringung in concreto bereits allein auf Grund von ausserhalb des Handelsregistereintrags liegenden Umständen hätte frühzeitig erkennen müssen, insoweit der Fristenlauf auch ohne die Publizitätswirkung des Handelsregistereintrags ausgelöst worden ist, sodass die Kasse eine doppelte Nachlässigkeit traf.
Soweit sodann das Urteil C 141/05 vom 27. März 2006 angerufen wird, kann daraus in Bezug auf die vorliegend interessierende Frage der Wirkung eines Handelsregistereintrags auf den Fristenlauf nichts gewonnen werden.
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat das Beschwerde führende seco dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu leisten (<ref-law>). Gerichtskosten sind dagegen keine zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Diese Verfügung wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Grünvogel