(Patentrecht; vorsorgliche Massnahmen), hat sich ergeben:
A.- Die Ortho-Mc Neil Pharmaceutical Inc. mit Sitz in Raritan, New Jersey (USA), die Cilag AG International mit Sitz in Zug, die Janssen Pharmaceutical N.V. mit Sitz in Beerse (Belgien), die Cilag AG mit Sitz in Schaffhausen sowie die Janssen-Cilag AG mit Sitz in Baar und die Tavolek AG mit Sitz in Schaffhausen gehören zum Johnson & Johnson-Konzern. Am 29. Oktober 1999 reichten die Genetics Institute Inc. mit Sitz in Cambridge, Massachusetts (USA), und die Roche Diagnostics GmbH mit Sitz in Mannheim (Deutschland) gegen die erwähnten Gesellschaften beim Handelsgericht des Kantons Aargau ein Gesuch um Erlass von vorsorglichen Massnahmen ein. Die Gesuchstellerinnen verlangten, den Gesuchsgegnerinnen zu verbieten, auf bestimmte Art hergestelltes Erythropoietin (sog. EPO) - insbesondere die mit den Marken "EPREX" sowie "ERYPO" versehenen Präparate - in die Schweiz einzuführen und in der Schweiz oder von der Schweiz aus anzupreisen, feilzuhalten, zu verkaufen, auszuführen oder sonstwie in Verkehr zu bringen, beziehungsweise bei entsprechenden Handlungen Dritter in irgendeiner Weise mitzuwirken.
Die Gesuchstellerinnen machten geltend, durch die vorsorglich zu verbietenden Handlungen werde das der Genetics Institute Inc. gehörende Europäische Patent Nr. 0 411 678 verletzt. Die Roche Diagnostics GmbH sei als ausschliessliche Lizenznehmerin ebenfalls zur Stellung des Gesuchs legitimiert.
Mit "vorläufiger Gesuchsantwort" vom 10. Mai 2000 stellten die Gesuchsgegnerinnen folgende Anträge:
"1. Das Verfahren sei zunächst im Sinne von § 191
Abs. 3 ZPO auf die Prüfung der Passivlegitimation
der Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 zu beschränken und
sei im übrigen bis zum Vorliegen eines Entscheides
über diese Vorfrage auszusetzen.
2. Das Gesuch sei bezüglich der Gesuchsgegnerin 1
und 3 wegen fehlender Passivlegitimation abzuwei- sen.
3. Das Verfahren sei nach Vorliegen des Entscheides
über Antrag Ziff. 2 neu aufzunehmen und dann zunächst
auf die Prüfung der Frage zur prozessualen
Zulässigkeit des Gesuches zu beschränken.
4. Eventualiter sei den Gesuchsgegnerinnen Gelegenheit
zu geben, sich nach Wiederaufnahme des Verfahrens
nochmalszur Frage der örtlichen Zuständigkeit
zu äussern.
5. Auf das Gesuch sei - soweit es nicht schon wegen
fehlender Passivlegitimation der Gesuchsgegnerinnen
1 und 3 abgewiesen wird - mangels örtlicher Zuständigkeit
nicht einzutreten.
6. Unter solidarischer Kosten- und Entschädigungsfolge
zulasten der Gesuchstellerinnen.. "
Darauf verfügte der Instruktionsrichter des Handelsgerichts am 11. Mai 2000, das Verfahren werde vorläufig auf die Frage der Passivlegitimation der Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 beschränkt. Er wies sodann mit Verfügung vom 29. Juni 2000 ein Wiedererwägungsgesuch der Gesuchstellerinnen ab und hielt fest, das weitere Verfahren werde auf die Frage der Passivlegitimation der Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 sowie der örtlichen Zuständigkeit für die gegenüber den Gesuchsgegnerinnen 2, 4, 5 und 6 erhobenen Rechtsbegehren beschränkt. Mit Eingabe vom 4. September 2000 stellten die Gesuchsgegnerinnen erneut die Anträge, das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen sei bezüglich der Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 wegen fehlender Passivlegitimation abzuweisen und auf das Gesuch sei - soweit es nicht wegen fehlender Passivlegitimation abgewiesen werde - mangels örtlicher Zuständigkeit nicht einzutreten.
Mit Eingabe vom 9. Oktober 2000 erklärte die F. Hoffmann-La Roche AG mit Sitz in Basel, sie trete anstelle der Genetics Institute Inc. in das Verfahren ein. Zur Begründung machte sie geltend, ihr sei mit Vertrag vom 16. August/
1. September 2000 der schweizerische Teil des Europäischen Patents Nr. 0 411 678 abgetreten worden. Die Genetics Institute Inc. gab mit Eingabe vom 9. Oktober 2000 ihrerseits die Erklärung ab, sie trete dem Verfahren zur Unterstützung der Gesuchstellerinnen als Streithelferin bei.
B.- Am 18. Dezember 2000 erliess der Instruktionsrichter des Handelsgerichts eine Verfügung mit folgendem Inhalt:
"1. Es wird festgestellt, dass die F. Hoffmann-La
Roche AG, Basel, neue Gesuchstellerin 1 im vorliegenden
Verfahren ist.
2. Es wird festgestellt, dass die Genetics Insti- tute Inc. , Cambridge, USA, Streithelferin der Ge- suchstellerinnen im vorliegenden Verfahren ist.
3. Es wird festgestellt, dass der Instruktionsrichter
desaargauischen Handelsgerichts sowohl für die
Verfahren der Gesuchstellerin 1 als auch für dieje- nigen der Gesuchstellerin 2 jeweils gegenüber sämtlichen
Gesuchsgegnerinnen örtlich zuständig ist.
4. Es wird festgestellt, dass die Gesuchsgegnerinnen
1 und 3 im vorliegenden Verfahren passivlegitimiert
sind.
5. Die mit den Verfügungen des Instruktionsrichters
vom 11. Mai 2000 und vom 29. Juni 2000 verfügten
Verfahrensbeschränkungen werden aufgehoben.
6. Den Gesuchsgegnerinnen wird eine Frist von 20
Tagen seit Zustellung der vorliegenden Verfügung
angesetzt zur Erstattung einer einlässlichen Gesuchsantwort.
(7. und 8.: Gerichts- und Parteikosten; 9.:
Mitteilungen.)."
Gegen diese Verfügung haben die Gesuchsgegnerinnen staatsrechtliche Beschwerde eingelegt mit den Anträgen, deren Ziffern 3 - 8 aufzuheben. Ihrem Gesuch um Gewährung aufschiebender Wirkung für die Beschwerde ist mit Präsidialverfügung vom 20. Februar 2001 stattgegeben worden.
Die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit auf sie einzutreten sei. Der Instruktionsrichter des Handelsgerichts hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Dispositivziffern 1 und 2 der Verfügung vom 18. Dezember 2000 werden mit der Beschwerde nicht angefochten.
Es sind deshalb im Rubrum dieses Urteils auf der Seite der Gesuchstellerinnen bzw. Beschwerdegegnerinnen die F. Hoffmann-La Roche AG und die Roche Diagnostics GmbH sowie die Genetics Institute Inc. als Streithelferin aufzuführen.
2.- Gemäss Art. 87 Abs. 1 OG in der mit Bundesgesetz vom 8. Oktober 1999 revidierten und seit 1. März 2000 in Kraft stehenden Fassung ist gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit die staatsrechtliche Beschwerde zulässig, wobei diese Entscheide später nicht mehr angefochten werden können. Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die staatsrechtliche Beschwerde nur zulässig, wenn sie einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 87 Abs. 2 OG). Ist die staatsrechtliche Beschwerde nach Absatz 2 von Art. 87 OG nicht zulässig oder wurde von ihr nicht Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar (Art. 87 Abs. 3 OG).
Aus den zitierten Bestimmungen ergibt sich, dass die Verfügung des Instruktionsrichters vom 18. Dezember 2000 mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden kann, soweit sie die Frage der örtlichen Zuständigkeit zum Gegenstand hat.
Dagegen ist die Beschwerde nicht zulässig, soweit mit der Verfügung die Passivlegitimation der Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 festgestellt worden ist, denn insofern fehlt die Voraussetzung des nicht wiedergutzumachenden Nachteils im Sinne von Art. 87 Abs. 2 OG. Nach der Rechtsprechung zu Art. 87 aOG, die grundsätzlich in gleicher Weise auch bei der Anwendung des neuen Art. 87 Abs. 2 OG Geltung beanspruchen kann, muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch mit einem späteren günstigen Entscheid nicht gänzlich behoben werden kann (<ref-ruling> E. 2 S. 210 mit Hinweisen). Ein solcher Nachteil ist nicht gegeben, da neben der Passivlegitimation noch andere Voraussetzungen tatsächlicher oder rechtlicher Natur vorhanden sein müssen, damit der Instruktionsrichter das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen gegenüber den Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 gutheissen kann. Es besteht damit für die Beschwerdeführerinnen die Möglichkeit, die Frage der Passivlegitimation der Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 auch noch in einer allfällig gegen den Endentscheid des Instruktionsrichters eingelegten staatsrechtlichen Beschwerde aufzuwerfen. In der Folge ist deshalb die Beschwerde nur insoweit zu behandeln, als sie sich gegen die Bejahung der örtlichen Zuständigkeit durch den Instruktionsrichter wendet.
3.- Im - hier vorliegenden - Fall, dass der Entscheid über die örtliche Zuständigkeit als selbständiger Vorentscheid ergeht, gilt nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts der Grundsatz, dass auf den von der klagenden Partei geltend gemachten Anspruch und dessen Begründung abgestellt werden kann und die Einwände der Gegenpartei einstweilen nicht zu prüfen sind. In <ref-ruling> ff. ist allerdings darauf hingewiesen worden, dass der Grundsatz nur anwendbar ist, wenn der Gerichtsstand von der Natur des eingeklagten Anspruchs abhängt, das heisst wenn es um doppelrelevante Tatsachen geht, die sowohl für die Zulässigkeit der Klage als auch für deren Begründetheit erheblich sind (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 252). Ist eine von der Klägerpartei behauptete Tatsache dagegen nur für die Zuständigkeit des Gerichts, nicht aber für die materielle Begründetheit der Klage von Bedeutung, muss darüber - falls sie von der Gegenpartei bestritten wird - Beweis geführt werden (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 252 f.).
Diese Regeln gelten auch in den Verfahren vor den aargauischen Gerichtsinstanzen (Bühler/Edelmann/Killer, Kommentar zur aargauischen Zivilprozessordnung, N. 10 Vorbem.
§§ 23-39 und N. 3 zu § 39).
a) Im Gesuch um vorsorgliche Massnahmen vom 29. Oktober 1999 gaben die Gesuchstellerinnen folgende Darstellung des massgebenden Sachverhalts: Die Cilag AG International beziehe das Rohprodukt zur Herstellung von "EPREX" bzw. "ERYPO" von der in den USA domizilierten Ortho Pharmaceutical Corporation und lasse es von der Janssen Pharmaceutica N.V. und der Cilag AG zum gebrauchsfertigen Produkt weiter verarbeiten.
Die Cilag AG International sei dann wieder für den Vertrieb und den Export der Fertigprodukte an Vertriebsgesellschaften in der Schweiz und im Ausland verantwortlich. Für den Betrieb von "EPREX" in der Schweiz sei die Janssen-Cilag AG zuständig. Die Tavolek AG sei, soweit ersichtlich, im Markt nicht aktiv tätig. Da sie aber gemäss Arzneimittelregister der IKS als Vertriebsfirma für "ERYPO" aufgeführt sei, sei sie ebenfalls passivlegitimiert.
Im Gesuch wurde sodann in materiellrechtlicher Hinsicht ausgeführt, dieses stütze sich auf Art. 8 Abs. 1 und 2 in Verbindung mit Art. 66 lit. a und b PatG; die örtliche Zuständigkeit ergebe sich aus <ref-law> und <ref-law>, weil das patentverletzende Präparat unter anderem auch im Kanton Aargau angeboten und in Verkehr gebracht werde.
b) Gemäss <ref-law> verschafft das Patent seinem Inhaber das ausschliessliche Recht, die Erfindung gewerbsmässig zu benutzen (Abs. 1). Als Benützung gelten neben dem Gebrauch und der Ausführung insbesondere auch das Feilhalten, der Verkauf, das Inverkehrbringen sowie die Einfuhr zu diesen Zwecken (Abs. 2). In <ref-law> (Marginalie: "Haftungstatbestände") wird bestimmt, zivil- und strafrechtlich könne zur Verantwortung gezogen werden, wer die patentierte Erfindung widerrechtlich benützt, wobei als Benützung auch die Nachahmung gilt (lit. a), und wer sich weigert, der zuständigen Behörde die Herkunft der in seinem Besitz befindlichen widerrechtlich hergestellten Erzeugnisse anzugeben (lit. b).
Nach dem LugÜ (Übereinkommen über die gerichtliche Zuständigkeit und die Vollstreckung gerichtlicher Entscheidungen in Zivil- und Handelssachen vom 16. September 1988; SR 0.275. 11) kann eine Person, die ihren Wohnsitz in dem Hoheitsgebiet eines Vertragsstaats hat, in einem anderen Vertragsstaat verklagt werden, wenn eine unerlaubte Handlung oder Ansprüche aus einer solchen Handlung den Gegenstand des Verfahrens bilden, vor dem Gericht des Ortes, an dem das schädigende Ereignis eingetreten ist (Art. 5 Ziff. 3). <ref-law> (Bundesgesetz über das Internationale Privatrecht vom 18. Dezember 1987; SR 291) bestimmt sodann, dass für Verletzungsklagen betreffend Immaterialgüterrechte die schweizerischen Gerichte am Ort zuständig sind, wo der Schutz beansprucht wird, falls die beklagte Partei keinen Wohnsitz in der Schweiz hat. Schliesslich kann gemäss <ref-law> im Fall, dass gegen mehrere Parteien gestützt auf im Wesentlichen gleiche Tatsachen und Rechtsgründe vorgegangen wird, bei jedem zuständigen Gericht gegen alle geklagt werden, sofern für alle Beklagten ein schweizerischer Gerichtsstand gegeben ist.
c) Die Gesuchstellerinnen behaupten gemäss ihrer Darstellung im Gesuch vom 29. Oktober 1999, dass die Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 an der Herstellung, der Einfuhr und dem Vertrieb in der Schweiz der angeblich patentverletzenden Präparate zusammen mit den übrigen Gesuchsgegnerinnen beteiligt sind, wobei bestimmte Verletzungshandlungen auch im Kanton Aargau stattfänden oder stattgefunden hätten. Dabei handelt es sich um die Behauptung doppelrelevanter Tatsachen, da sie sowohl bezüglich der Begründetheit des Gesuchs (Glaubhaftmachen der Voraussetzungen von <ref-law>) wie auch der örtlichen und internationalen Zuständigkeit (gemäss <ref-law> und Art. 109 Abs. 1 und 2 IPRG) von Bedeutung sind. Ob die Darstellung der Gesuchstellerinnen richtig oder jedenfalls glaubhaft ist, brauchte für die Fällung des selbständigen Vorentscheids über die örtliche Zuständigkeit grundsätzlich nicht geprüft zu werden. Die Bestreitungen und abweichenden Darstellungen der Gesuchsgegnerinnen sind zwar nicht völlig unbeachtlich. Sie dienen indessen in diesem Zusammenhang lediglich als Anhaltspunkte dafür, in welcher Hinsicht die Darstellung der Gesuchstellerinnen bestritten wird, und erlauben damit auch die Beurteilung, ob auf die Behauptungen der Gesuchstellerinnen wegen Rechtsmissbrauchs nicht abgestellt werden darf (vgl. <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
Anzeichen für einen solchen Rechtsmissbrauch von der Seite der Gesuchstellerinnen sind jedoch nicht ersichtlich. Wird aber auf ihre Behauptungen abgestellt, ergibt sich aufgrund der bisherigen Erwägungen die örtliche und internationale Zuständigkeit in Bezug auf die Gesuchsgegnerinnen 1 und 3 sowie die örtliche Zuständigkeit in Bezug auf die übrigen Gesuchsgegnerinnen. Im Ergebnis ist die angefochtene Verfügung demnach nicht willkürlich, soweit sie in diesem Verfahren überprüft werden kann, womit eine Verletzung von <ref-law> nach ständiger Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen) ausscheidet. Der ebenfalls erhobenen Rüge einer Verletzung von <ref-law> kommt in diesem Zusammenhang keine selbständige Bedeutung zu.
4.- Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend ist die Gerichtsgebühr den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG). Die Beschwerdeführerinnen haben die Beschwerdegegnerinnen - ebenfalls unter solidarischer Haftbarkeit - für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1, 2 und 5 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführerinnen haben die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftung mit insgesamt Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Instruktionsrichter des Handelsgerichts des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 18. April 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: