Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Im Jahre 2000 hatte die Y._ AG (Klägerin) für die X._ AG (Beklagte) verschiedene Einzelaufträge zur Entwicklung eines Verfahrens für die Herstellung des pharmazeutischen Wirkstoffes SPP100 (Blutdrucksenkungspräparat) ausgeführt. Im Frühjahr 2001 unterzeichneten die Parteien ein nicht datiertes "Collaborative Research and Development Agreement" (im Folgenden: CRD-Vertrag). Dabei handelte es sich um einen Rahmenvertrag für die von der Klägerin ab 1. Januar bis 31. Dezember 2001 in zehn Unterprojekten (Project Plans) zu leistende Entwicklungs-, Forschungs- und Produktionstätigkeit.
In Ziff. 3.1 des CRD-Vertrages wurde die Vergütung für die von der Klägerin zu leistende Tätigkeit wie folgt geregelt:
"X._ AG will pay to Y._ AG all costs associated with the Project Plans at the annual rate of two hundred and ninetythousand Swiss Francs (CHF 290,000.-) plus any and all VAT or other similar tax per full time equivalent ("FTE"), based on 1750 hours as described in Exhibit A. Y._'s AG annual FTE rate shall remain unchanged until December 31st, 2001 [...]."
Im Anhang A des CRD-Vertrages wurde in Bezug auf die FTE-Vergütung Folgendes festgehalten:
"Number of FTEs:
The distribution of FTEs for the work to be performed at Y._ AG shall be as follows:
2001: X._ AG will commit to support a minimum of 10 FTEs at Y._ AG [...].
Definition FTE:
An FTE is a calculation unit based on hours of human resources (employees) in an GMP environment.
This environment includes:
- all necessary technical infrastructure und equipment (qualified productions plants, labs, ventilation, nitrogen supply, vacuum etc.)
- organization (project coordination, QA, logistics etc.)."
Im Rahmen der Vertragsabwicklung erstattete die Klägerin der Beklagten monatlich Bericht in Form von sogenannten "Tracking Tools". Mit E-Mails vom 5. Oktober und 8. November 2001 teilte die Klägerin der Beklagten mit, dass die vereinbarten zehn FTE-Einheiten aufgebraucht und bereits zusätzliche Arbeiten für Fr. 179'705.-- geleistet worden seien. In der Folge stellte die Klägerin der Beklagten für die durch die Zahlung von zehn FTE-Einheiten in der Höhe von Fr. 2,9 Mio. nicht gedeckten Arbeitsleistungen sowie für noch nicht bezahlte Materialkosten insgesamt Fr. 565'842.60 in Rechnung. Die Beklagte weigerte sich, den geforderten Betrag zu bezahlen.
Im Rahmen der Vertragsabwicklung erstattete die Klägerin der Beklagten monatlich Bericht in Form von sogenannten "Tracking Tools". Mit E-Mails vom 5. Oktober und 8. November 2001 teilte die Klägerin der Beklagten mit, dass die vereinbarten zehn FTE-Einheiten aufgebraucht und bereits zusätzliche Arbeiten für Fr. 179'705.-- geleistet worden seien. In der Folge stellte die Klägerin der Beklagten für die durch die Zahlung von zehn FTE-Einheiten in der Höhe von Fr. 2,9 Mio. nicht gedeckten Arbeitsleistungen sowie für noch nicht bezahlte Materialkosten insgesamt Fr. 565'842.60 in Rechnung. Die Beklagte weigerte sich, den geforderten Betrag zu bezahlen.
B. Am 15. Mai 2002 beantragte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Aargau, die Beklagte sei zu verpflichten, Fr. 565'842.60 zuzüglich Zins zu bezahlen. Mit Klageantwort und Widerklage vom 11. September 2002 beantragte die Beklagte, die Klage sei abzuweisen, und die Klägerin sei zu verpflichten, Fr. 2'219'494.85 zurückzuerstatten. Im weiteren Verlauf des Verfahrens reduzierte die Klägerin die eingeklagte Forderung auf Fr. 502'471.76 und die Beklagte den widerklageweise geltend gemachten Anspruch auf Fr. 1'813'636.80.
Mit Urteil vom 1. Juli 2004 hiess das Handelsgericht des Kantons Aargau die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagte, der Klägerin Fr. 451'532.75 zuzüglich Zins zu bezahlen; die Widerklage wurde abgewiesen.
Mit Urteil vom 1. Juli 2004 hiess das Handelsgericht des Kantons Aargau die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagte, der Klägerin Fr. 451'532.75 zuzüglich Zins zu bezahlen; die Widerklage wurde abgewiesen.
C. Mit Berufung vom 7. September 2004 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 1. Juli 2004 sei aufzuheben, die Klage sei abzuweisen, und die Klägerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 1'475'424.05 zuzüglich Zins zu bezahlen.
Die Klägerin beantragt, die Berufung sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Klägerin beantragt, die Berufung sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Mit Urteil vom heutigen Tag wurde die gleichzeitig erhobene staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Zunächst ist das Vertragsverhältnis zwischen den Parteien zu qualifizieren.
1.1 Die Vorinstanz hat ausgeführt, der zwischen den Parteien abgeschlossene CRD-Vertrag sei ein gemischter Vertrag mit werkvertraglichen und auftragsrechtlichen Elementen. Typisch werkvertraglich sei, dass die Parteien im Anhang B des CRD-Vertrages die Herstellung des Wirkstoffes SPP100 in einer Quantität von 2 x 5 kg sowie je 1 x 20 kg und 30 kg als Vertragsziel vereinbart hätten. Ferner sei die von der Beklagten vertragsgemäss geschuldete Gegenleistung von Fr. 2,9 Mio. als Geldleistung im Sinne eines ungefähren Kostenansatzes gemäss <ref-law> und damit als werkvertragliche Regelung zu verstehen. Im Gegensatz zur gesetzlichen Regelung des Werkvertragsrechts (<ref-law>) habe die Klägerin aber keine Erfolgshaftung für die vereinbarte Zielmenge übernommen (Ziff. 2.2.2 Abs. 2). Für den Verlust von "any substantial amount of material (>twenty percent (20%) of quantity of starting materials supplied)" sei ebenfalls im Unterschied zum Werkvertragsrecht eine auf Fahrlässigkeit (negligence) beschränkte und quantitativ limitierte Haftung vereinbart worden (Ziff. 2.2.2 Abs. 3). Die von den Parteien vereinbarte Haftungsordnung sei also im Gegensatz zu den von den Parteien geschuldeten Hauptleistungen - Herstellung eines Werks und Leistung einer Vergütung - auftragsrechtlicher Natur. Die Beklagte hält die Qualifikation des CRD-Vertrages als gemischten Vertrag mit werkvertraglichen und auftragsrechtlichen Elementen für unzutreffend. Vielmehr sei der zwischen den Parteien abgeschlossene Vertrag als Innominatkontrakt sui generis zu begreifen.
1.2 Innominatkontrakte sind Verträge, welche vom Gesetz nicht besonders geregelt werden. Nach geläufiger Einteilung zerfallen sie in "gemischte Verträge" und "Verträge sui generis". Gemischte Verträge sind dadurch gekennzeichnet, dass sie die Merkmale verschiedener gesetzlicher Vertragstypen zu einem Ganzen kombinieren (vgl. z.B. <ref-ruling> E. 1a S. 144 [gemischter Kauf-/Werkvertrag über ein Grundstück mit noch in Bau befindlichem Wohnhaus]). Alle anderen Innominatkontrakte sind dagegen Verträge sui generis. Sie enthalten nur - oder zumindest auch - solche Elemente, die in keinem gesetzlichen Vertragstyp vorkommen (anstatt vieler: Gauch/Schluep/Schmid/ Rey, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band I, 8. Aufl., Zürich 2003, Rz. 252 m.w.H.).
1.2.1 Ein Werkvertrag liegt vor, wenn sich der Unternehmer zur Herstellung eines Werkes und der Besteller zur Leistung einer Vergütung verpflichtet (<ref-law>). Typisch für den Werkvertrag ist, dass der Unternehmer nicht nur Arbeit, sondern einen Arbeitserfolg in Form eines Werkes schuldet (<ref-ruling> E. 2 S. 329 m.w.H.). Im vorliegenden Fall hat sich die Klägerin unter anderem zur Herstellung eines Wirkstoffes (SPP100) verpflichtet, wobei die herzustellende Menge nicht genau definiert, sondern nur als sog. Zielmenge ("target quantity") angegeben wurde. Die Beklagte hat sich verpflichtet, als Vergütung mindestens zehn sog. FTE-Einheiten im Betrag von je Fr. 290'000.--, insgesamt also Fr. 2,9 Mio. zu bezahlen. Beide Vertragsleistungen wurden von der Vorinstanz zu Recht als typische Merkmale eines Werkvertrages qualifiziert. Mit der Verpflichtung, den Wirkstoff SPP100 herzustellen, hat die Klägerin die Haftung für die Eigenschaften dieses Wirkstoffes übernommen und schuldet insofern einen Arbeitserfolg. Daran ändert insbesondere der Umstand nichts, dass die vertraglich herzustellende Menge nur als Zielmenge ("target quantity") vereinbart wurde. Wie beide Parteien übereinstimmend ausführen, war im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses nicht bekannt, welche exakte Menge des herzustellenden Wirkstoffes resultieren würde. Es lag daher nahe, nur eine Zielmenge zu formulieren, ohne dass dies dagegen sprechen würde, die Herstellungspflicht der Klägerin als werkvertraglich zu qualifizieren. Zutreffend hat die Vorinstanz auch festgehalten, dass die von der Beklagten vertragsgemäss geschuldete Vergütung von mindestens zehn FTE-Einheiten bzw. Fr. 2,9 Mio. als Geldleistung im Sinn eines ungefähren Kostenansatzes und damit ebenfalls als werkvertragstypisch zu qualifizieren ist (Art. 374 und 375 OR).
1.2.2 Nebst den werkvertraglichen Elementen (Herstellung des Wirkstoffs SPP100 gegen Leistung einer Vergütung) weist der von den Parteien abgeschlossene Vertrag auch Merkmale eines Auftrages im Sinne von <ref-law> auf. Zunächst hat sich die Klägerin im Rahmen des CRD-Vertrages (Collaborative Research and Development Agreement) zur Leistung von Forschungs- und Entwicklungsarbeiten verpflichtet. Diesbezüglich liegt insofern ein auftragsrechtlicher Vertragsbestandteil vor, als die Klägerin nur ein Tätigwerden im Interesse der Beklagten, nicht aber einen Arbeitserfolg schuldet (<ref-ruling> E. 2a S. 329 m.w.H.). Aber auch in Bezug auf die Verpflichtung zur Herstellung des Wirkstoffes SPP100, welche hinsichtlich der geschuldeten Eigenschaften des Wirkstoffes als werkvertragliche Verpflichtung zu qualifizieren ist (vgl. E. 1.2.1), sind auftragsrechtliche Charakteristiken feststellbar. Einerseits wurde im Gegensatz zur gesetzlichen Regelung des Werkvertrages keine Erfolgshaftung für die vereinbarte Zielmenge übernommen (<ref-law>), sondern im Gegenteil vertraglich ausgeschlossen (Ziff. 2.2.2 Abs. 2, insbesondere "In the case of a Below Target Quantity, Y._ AG shall, subject to the following paragraph, have no obligation to deliver the difference between the target quantity and the Below Target Quantity"). Andrerseits übernahm die Klägerin für den Fall eines wesentlichen Materialverlusts nur eine Haftung für Fahrlässigkeit (Ziff. 2.2.2 Abs. 3, insbesondere "If due to any proven negligence of Y._ AG any substantial amount of material (>twenty percent (20%) of quantity of starting materials supplied) is lost in the performance of the Research an Development Program, Y._ AG shall, at its own cost and expense ... replace such material"). Insofern hat die Klägerin lediglich eine Verpflichtung zum sorgfältigen Tätigwerden für die Beklagte übernommen, so dass auch diesbezüglich von einem auftragsrechtlichen Element auszugehen ist.
1.3 Aus diesen Gründen ist die Vorinstanz zu Recht von einem gemischten Vertrag ausgegangen, der sowohl auftrags- als auch werkvertragliche Merkmale aufweist.
1.3 Aus diesen Gründen ist die Vorinstanz zu Recht von einem gemischten Vertrag ausgegangen, der sowohl auftrags- als auch werkvertragliche Merkmale aufweist.
2. Nachdem feststeht, dass es sich beim CRD-Vertrag um einen gemischten Vertrag aus werkvertraglichen und auftragsrechtlichen Elementen handelt, ist zunächst zu prüfen, ob die von der Klägerin geltend gemachte und von der Vorinstanz weitgehend geschützte Forderung für geleistete Arbeit geschuldet ist.
2.1 Wie bereits erwähnt, haben die Parteien im CRD-Vertrag vereinbart, dass die Vergütung in Form von sog. FTE (full time equivalent)-Einheiten zu erbringen sei. Umstritten ist die Berechnungsweise der FTE-Einheiten. Die Klägerin hat die FTE-Einheiten so berechnet, dass sie die von den direkt in die Projekte involvierten wissenschaftlichen Mitarbeitern (Chemikern) geleisteten Arbeitsstunden (sog. "direct resources"), genau erfasst und die von ihren zentralen Diensten und ihrem Management erbrachten Unterstützungsleistungen (sog. "shared resources") mit einem Faktor von 1,48 im Jahre 2001 bzw. einem Faktor von 1,38 im Jahre 2002 auf die Chemikerstunden aufgerechnet hat. Die Beklagte ist demgegenüber der Auffassung, der Klägerin stehe ausschliesslich für die geleisteten Chemikerstunden (sog. "direct resources"), nicht aber für die mittels Aufrechnungsfaktor verrechneten Aufwendungen (sog. "shared resources") ein Vergütungsanspruch zu.
2.2 Der Inhalt eines Vertrages bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Wenn wie im vorliegenden Fall feststeht, dass die Parteien keine tatsächliche Willensübereinstimmung erzielt haben, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 2.4 S. 707, 125 III 263 E. 4a S. 266, 121 III 118 E. 4b/aa S. 123, je mit Hinweisen). Dabei hat der Erklärungsempfänger für ihn erkennbare branchenspezifische Fachausdrücke oder Bezeichnungen in der Regel so zu verstehen, wie sie in der jeweiligen Branche üblicherweise verstanden werden. Wenn beide Vertragsparteien in derselben Branche tätig und fachkundig sind, obliegt es nach Treu und Glauben jeder Partei selbst, sich über die Tragweite von Fachausdrücken in den unterzeichneten Vertragsbestimmungen kundig zu machen (<ref-ruling> f. E. 4b/bb).
2.3 Das Handelsgericht hat unangefochten festgehalten, dass FTE-Verträge in der pharmazeutischen und chemischen Industrie zur Auslagerung und Übertragung von Forschungs- und Entwicklungsarbeiten an darauf spezialisierte Unternehmen abgeschlossen würden. Das beauftragte Unternehmen verpflichte sich mit dem FTE-Vertrag, dem Vertragspartner ein ganzes Team von wissenschaftlichen Mitarbeitern für ein bestimmtes Forschungs- oder Entwicklungsprogramm zur Verfügung zu stellen. Die Vereinbarung von FTE-Vergütungseinheiten habe zum Zweck, das finanzielle "Management", d.h. die Vergütung der geleisteten Forschungs- oder Entwicklungsarbeiten, einfach und kostensparend zu gestalten, indem der Auftraggeber die Leistungen des Forschungs- und Entwicklungsunternehmens nach Bedarf abrufen könne und in FTE-Einheiten bezahle, ohne laufend neue Aufträge zu erteilen und deren Kosten mit dem beauftragten Unternehmer jedes Mal neu aushandeln zu müssen.
2.4 In Ziff. 3.1. des CRD-Vertrages verpflichtete sich die Beklagte, der Klägerin für eine FTE-Einheit "based on 1'750 hours as described in Exhibit A" den Betrag von Fr. 290'000.-- zuzüglich MWST zu bezahlen. In der vertraglichen Definition einer "FTE-Einheit" wird festgehalten, dass darunter eine "calculation unit based on hours of human resources (employees)" zu verstehen sei. Zutreffend wird im angefochtenen Urteil ausgeführt, dass unter "hours of human resources" in der chemisch-pharmazeutischen Branche nach Treu und Glauben nicht nur die Arbeit von Chemikern als wissenschaftliche Mitarbeiter (sog. "direct resources"), sondern auch der Aufwand der zentralen Dienste und des "overhead" (sog. "shared resources") zu verstehen sei. Auch die Mitarbeiter, die in den zentralen Diensten und im "overhead" tägig sind, zählen zu den "human resources". Entgegen der Auffassung der Beklagten kann daher nicht nur der Zeitaufwand der Chemiker, sondern auch derjenige der weiteren für die Projekte tätigen Mitarbeiter im Rahmen der FTE-Einheiten verrechnet werden, wie dies offenbar in der betreffenden Branche üblich ist. Ein kalkulatorischer Zuschlag zum Zeitaufwand der Chemiker ist daher nicht zu beanstanden.
2.5 An diesem Auslegungsergebnis ändern auch die Einwände der Beklagten nichts.
2.5.1 Soweit die Klägerin einwendet, der Vertragstext sei klar und es bestehe deshalb gar kein Raum für eine Auslegung, kann ihr aus zwei Gründen nicht gefolgt werden. Einerseits geht die neuere Rechtsprechung davon aus, dass sich die Vertragsauslegung nicht auf eine reine Wortauslegung beschränken darf, auch wenn der Wortlaut auf den ersten Blick klar erscheint (<ref-ruling> E. 2.4.1 S. 707, 129 III118 E. 2.5 S. 122, je mit Hinweisen). Und andrerseits wäre hier ohnehin kein Fall eines klaren Wortlautes gegeben, zumal selbst das urteilende Gericht in diesem Punkt nicht zu einer einheitlichen Auffassung gelangte, sondern einen Mehrheitsentscheid fällte.
2.5.2 Nicht überzeugend ist auch der Hinweis der Beklagten, die Vorinstanz hätte bei ihrer Auslegung nicht auf die "Branchenüblichkeit" abstellen dürfen, weil die Klägerin entsprechende Branchengebräuche gar nie behauptet - geschweige denn ihren Inhalt bewiesen - habe. Dabei scheint die Beklagte zu übersehen, dass die Klägerin in ihrer Replik und Widerklageantwort (Rz. 38 ff.) entsprechende Branchengebräuche behauptet hatte. Das Handelsgericht, dem zumindest ein branchenkundiger Fachrichter angehörte, durfte somit ohne weiteres auf branchenspezifische Usanzen abstellen.
2.5.3 Desgleichen ist auch die Auffassung der Beklagten unbegründet, die Klägerin habe weder ihre Abrechnungspflicht erfüllt noch seien die zur Anwendung gebrachten Abrechnungsfaktoren vereinbart worden. Soweit sich die Beklagte auf die auftragsrechtliche Abrechnungspflicht beruft (<ref-law>), übersieht sie, dass die Berechnung der Vergütung dem Werkvertragsrecht untersteht (Art. 374 und 375 OR; vgl. E. 1.2.1). In Bezug auf den Abrechnungsfaktor von 1,48 bzw. 1,38 ist der Beklagten zwar insoweit beizupflichten, als ein solcher Faktor nicht ausdrücklich vereinbart wurde. Allerdings ist ihr entgegenzuhalten, dass ein teilweise aus Fachrichtern zusammengesetztes Gremium diese Faktoren - zumindest mehrheitlich - für branchenüblich und damit für vertraglich vereinbart hält. Unter diesen Umständen besteht für das Bundesgericht kein Anlass, gegenteilig zu entscheiden. Damit muss auch nicht geprüft werden, ob die von der Klägerin geltend gemachten Abrechnungen durch Stillschweigen genehmigt worden seien (<ref-law>). Wie ausgeführt, hat die von der Klägerin angewendete Abrechnungsweise aufgrund einer Auslegung nach Treu und Glauben als vertraglich vereinbart zu gelten.
2.5.4 Nicht einzutreten ist schliesslich auf die Rüge der Beklagten, die Vorinstanz habe auf jeden Fall übersehen, dass entgegen der vertraglichen Vereinbarung die Herstellung der 30 kg-Charge mit einem geschätzten Wert von ca. Fr. 1'000'000.-- ausgelagert und durch das Unterprojekt SPP0020 im geschätzten Umfang von lediglich ca. Fr. 200'000.-- ersetzt worden sei, weshalb der Beklagten ein Rückerstattungsanspruch wegen übermässigem Überschreiten des Kostenansatzes von ca. Fr. 500'000.-- zustehe (<ref-law>). Richtig ist zwar, dass die Vorinstanz ausgeführt hat, die Herstellung der 30 kg-Charge sei ausgelagert und durch das Unterprojekt SPP0020 ersetzt worden. Entgegen der Darstellung der Beklagten kann dem angefochtenen Urteil indessen kein Hinweis dafür entnommen werden, dass die ausgelagerte Herstellung einen Wert von ca. Fr. 1 Mio. und das neue eingefügte Unterprojekt einen solchen von ca. Fr. 200'000.-- gehabt habe. Mit diesen ergänzenden Sachdarstellungen ist die Beklagte nicht zu hören (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
2.6 Insgesamt kann somit festgehalten werden, dass die von der Vorinstanz geschützte Forderung für geleistete Arbeit nicht zu beanstanden ist.
2.6 Insgesamt kann somit festgehalten werden, dass die von der Vorinstanz geschützte Forderung für geleistete Arbeit nicht zu beanstanden ist.
3. Im Zusammenhang mit der soeben erörterten FTE-Vergütung ist insbesondere auch die Frage umstritten, ob der Zusatzaufwand der Klägerin für eine Produktion im vereinbarten "GMP-environment" (good manufacturing practice) der Beklagten in Rechnung gestellt werden kann.
3.1 Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, beim sog. "GMP-environment" handle es sich um ein international harmonisiertes, meist arzneimittelgesetzlich vorgeschriebenes System zur Sicherung des Qualitätsstandards bei der Erzeugung von pharmazeutischen Produkten. Das GMP-Umfeld betreffe die Produktionsbedingungen und -voraussetzungen, nicht aber die Vergütung des Produktions- und Entwicklungsaufwandes für Arzneimittel. Im branchenspezifischen Verständnis einer GMP-Betriebsorganisation sei die Abgeltung der betrieblichen Leistungen eines Arzneimittelherstellers nicht enthalten. Die Auffassung der Beklagten, der Aufwand für "Management", "Cleaning", "Literature", "Meetings" und "Versand" im Umfang von mindestens 2'780 Arbeitsstunden seien nicht zu berücksichtigen, sei daher unzutreffend.
3.2 Die Parteien haben im CRD-Vertrag vereinbart, dass die von der Klägerin zu leistenden Stunden in einem GMP-Umfeld zu erbringen seien. In Anhang A wurde sodann ausgeführt, was zum sog. "GMP-Umfeld" gehört. Genau gleich wie der Begriff "FTE-Einheit" ist auch die Wendung, dass in einem "GMP-Umfeld" zu produzieren sei, nach Vertrauensprinzip auszulegen. Dabei hat die Vorinstanz unangefochten festgehalten, dass es sich beim "GMP-environment" um ein international harmonisiertes System zur Sicherung des Qualitätsstandards bei der Erzeugung von pharmazeutischen Produkten handle und dass der Begriff nichts aussage zur Frage der Vergütung des Produktions- und Entwicklungsaufwandes.
3.3 Angesichts dieser Umschreibung des Begriffs "GMP-Umfeld" in seiner branchenspezifischen Bedeutung ist die Auslegung der Vorinstanz entgegen der Auffassung der Beklagten auch in diesem Punkt nicht zu beanstanden. Die Vereinbarung, dass die von der Klägerin zu leistenden Stunden in einem GMP-Umfeld zu erbringen seien, spricht nicht gegen eine separate Verrechnung des Zeitaufwandes für "Management", "Cleaning", "Literatur", "Meetings" und "Versand". Auch in diesem Punkt erweist sich die Berufung somit als unbegründet.
3.3 Angesichts dieser Umschreibung des Begriffs "GMP-Umfeld" in seiner branchenspezifischen Bedeutung ist die Auslegung der Vorinstanz entgegen der Auffassung der Beklagten auch in diesem Punkt nicht zu beanstanden. Die Vereinbarung, dass die von der Klägerin zu leistenden Stunden in einem GMP-Umfeld zu erbringen seien, spricht nicht gegen eine separate Verrechnung des Zeitaufwandes für "Management", "Cleaning", "Literatur", "Meetings" und "Versand". Auch in diesem Punkt erweist sich die Berufung somit als unbegründet.
4. Weiter ist umstritten, ob und inwieweit die Klägerin berechtigt war, der Beklagten die Kosten für die Anschaffung von Material - und dabei insbesondere die Kosten von Fr. 35'203.-- für 49 HPLC Säulen sowie 6 GC Säulen - zu verrechnen.
4.1 Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Parteien hätten in Ziff. 2.2.2 Abs. 4 und Ziff. 3.1 des CRD-Vertrages eine Vergütung des tatsächlichen Materialaufwandes zuzüglich eines Zuschlags von 10 % vereinbart. Bei den umstrittenen Säulen handle es sich um Bestandteile der analytischen Infrastruktur, die für sehr viele analytische Tests verwendet werden könnten. Die Klägerin habe nicht dargetan, dass die für das vorliegende Projekt angeschafften Säulen bis zur Projektbeendigung allesamt unbrauchbar geworden seien. Nach richterlichem Ermessen könnten ungefähr die Hälfte der angeschafften Säulen nach Projektbeendigung weiterverwendet werden. Der Klägerin sei daher lediglich die Hälfte der Säulen-Beschaffungskosten von Fr. 35'203.--, also Fr. 17'601.50 zuzusprechen.
4.2 Dagegen wendet die Beklagte ein, dass die fraglichen Säulen der Labor-Grundausstattung zuzurechnen seien. Die "Säulen [seien] Bestandteil der analytischen Infrastruktur" der Klägerin. Sie seien daher als "Einrichtung und Ausrüstung", deren Kosten von der Klägerin zu tragen sei, und nicht als "Verbrauchsmaterial", dessen Kosten die Beklagte zu tragen habe, zu verstehen.
4.3 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz sind die fraglichen Säulen im Rahmen des für die Beklagte durchgeführten Projekts angeschafft worden. Dies spricht dafür, dass es sich um Verbrauchsmaterial handelt, das gestützt auf Ziff. 2.2.2 Ziff. 4 des CRD-Vertrages grundsätzlich der Beklagten verrechnet werden kann. Im Übrigen wird die Auffassung der Vorinstanz nicht bestritten, wonach dieses Verbrauchsmaterial nach Projektbeendigung aufgrund richterlichem Ermessen zur Hälfte weiterverwendet und nur zur anderen Hälfte - d.h. im Umfang von Fr. 17'601.50 - der Beklagten verrechnet werden kann. Auch insofern erweist sich die Berufung als unbegründet.
4.3 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz sind die fraglichen Säulen im Rahmen des für die Beklagte durchgeführten Projekts angeschafft worden. Dies spricht dafür, dass es sich um Verbrauchsmaterial handelt, das gestützt auf Ziff. 2.2.2 Ziff. 4 des CRD-Vertrages grundsätzlich der Beklagten verrechnet werden kann. Im Übrigen wird die Auffassung der Vorinstanz nicht bestritten, wonach dieses Verbrauchsmaterial nach Projektbeendigung aufgrund richterlichem Ermessen zur Hälfte weiterverwendet und nur zur anderen Hälfte - d.h. im Umfang von Fr. 17'601.50 - der Beklagten verrechnet werden kann. Auch insofern erweist sich die Berufung als unbegründet.
5. Schliesslich ist umstritten, ob der Beklagten Schadenersatzansprüche zustehen, weil im Unterprojekt SPP0104 ein Verlust von 2,07 kg des Wirkstoffes SPP100 und im Unterprojekt SPP0105 ein Verlust von 5,6 kg des Wirkstoffes SPP100 eintrat.
5.1 In Bezug auf die vertragliche Haftungsregelung für Materialverlust hat die Vorinstanz ausgeführt, dass die Parteien in Ziff. 2.2.2 Abs. 2 des CRD-Vertrages vereinbart hätten, dass sich die Klägerin von jeder Erfolgshaftung für das Erreichen der Zielmenge ("target quantity") des Wirkstoffes SPP100 freigezeichnet habe. Von dieser Freizeichnung ausgenommen sei in Ziff. 2.2.2 Abs. 3 des CRD-Vertrages nur der Verlust von mehr als 20 % der gelieferten Ausgangsmaterialien ("starting materials supplied") im Rahmen der Ausführung des Forschungs- und Entwicklungsprogramms, und auch dies nur für den Fall einer nachgewiesenen Fahrlässigkeit ("if due to any proven negligence").
5.2 In Bezug auf den Materialverlust von 2,07 kg des Wirkstoffes SPP100 im Unterprojekt SPP0104 hat die Vorinstanz ausgeführt, dass der beanstandete Wirkstoffverlust in der Woche 20/2001 (14.-18. Mai 2001) aufgetreten sei. Die Beklagte habe die Klägerin im betreffenden Wochenrapport über die Probleme in Kenntnis gesetzt. Die Klägerin habe der Beklagten ein Protokoll "of the internal Y._ AG meeting" zugestellt, worauf die aufgetretenen Probleme am 17. Mai 2001 im Rahmen einer Telefonkonferenz u.a. mit den sachverständigen Vertretern bzw. Organen beider Parteien besprochen worden seien. Eine ungenügende Information über die möglichen Ursachen des eingetretenen Materialverlusts habe die Beklagte nicht geltend gemacht. Auch nach Abschluss des Unterprojektes SPP0104 und der Zustellung des "Updated Projekt Report" vom 18. Dezember 2001 habe die Beklagte keinerlei Sorgfaltspflichtverletzungen gerügt. Erst im vorliegenden Prozess habe sie erstmals behauptet, der Versuch der Klägerin, "das im Filter hängen gebliebene Material mittels eines Lösungsmittels (Aceton) wieder herauszulösen" habe zu einer chemischen Reaktion und "zur unwiderruflichen Zerstörung des Materials" geführt. Einen Beweis für diese Behauptung habe die Beklagte aber weder angetreten noch angeboten. Ebenso wenig habe sie substanziiert, dass und weshalb die von der Klägerin im ausführlichen Projektbericht evaluierten Gründe für den Materialverlust ausser Betracht fielen. Aufgrund dieser Sach- und Verfahrenslage fehle es sowohl an einer rechtsgenüglichen Substanziierung als auch am Beweisangebot dafür, dass eine Sorgfaltspflichtverletzung der Klägerin, namentlich die Verwendung von Aceton bei der fraglichen Filtrierung, natürlich kausal für den eingetretenen Materialverlust gewesen sei.
Dagegen wendet die Beklagte ein, sie habe mehrmals dargetan, der Materialverlust sei darauf zurückzuführen gewesen, dass das im Filter hängen gebliebene Material mit Aceton ausgespült worden sei. Demgegenüber wird nicht in Abrede gestellt, dass nicht substanziiert dargetan worden sei, "dass und weshalb die von der Klägerin im ausführlichen Projektbericht evaluierten Gründe für den Materialverlust ausser Betracht" fielen. Unter diesen Umständen ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz eine rechtsgegenügliche Substanziierung verneint hatte. Wenn es aber an den erforderlichen prozesskonformen Behauptungen bzw. Bestreitungen fehlt, kann im Zusammenhang mit der zwar beantragten, aber nicht eingeholten Expertise von einer Verletzung des Rechts auf Beweis (<ref-law>) keine Rede sein. Unter diesen Umständen ist die Auffassung der Vorinstanz, eine Haftung der Klägerin falle mangels bewiesener Fahrlässigkeit ("if due to any proven negligence") ausser Betracht, nicht zu beanstanden. Im Übrigen ist nur der Vollständigkeit halber nochmals festzuhalten, dass eine Erfolgshaftung der Klägerin für das Erreichen der vertraglich definierten Zielmenge ("target quantity") ausdrücklich ausgeschlossen wurde (vgl. E. 1.2.1 und 1.2.2).
5.3 Weiter ist umstritten, ob die Klägerin für den Verlust von 5,6 kg der Zielmenge von 18 kg des Wirkstoffes SPP100 im Zusammenhang mit dem Unterprojekt SPP0105 schadenersatzpflichtig wird. Dazu hat das Handelsgericht ausgeführt, dass die Klägerin in diesem Zusammenhang die Z._ GmbH befugterweise und im Interesse der Beklagten als Substitutin beigezogen habe. Der Beizug der Z._ GmbH sei deshalb im Interesse der Beklagten gelegen, weil diese der Einhaltung ihrer Zeitvorgabe für die Ablieferung des Wirkstoffes "oberste Priorität" beigemessen habe. Eine Haftung für den zulässigerweise beigezogenen Substituten sei zu verneinen, weil der Klägerin im Zusammenhang mit der Auswahl der Z._ GmbH keine Sorgfaltspflichtverletzungen vorgeworfen werden könnten und weil die Fehlleistungen der Z._ GmbH nicht auf mangelhafte Instruktion durch die Klägerin zurückzuführen gewesen sei.
Umstritten ist diesbezüglich einzig die Frage, ob im Zusammenhang mit dem Beizug der Z._ GmbH von einer befugten Substitution auszugehen ist. Wie erwähnt, untersteht der von den Parteien abgeschlossene CRD-Vertrag als gemischter Vertrag, was das Erreichen der Zielmenge anbelangt, dem Auftragsrecht (vgl. E. 1.2.2). Der Beauftragte hat das ihm übertragene Geschäft in der Regel persönlich auszuführen und für das Verhalten eines beigezogenen Dritten voll einzustehen, wenn er sich nicht auf eine gesetzliche Ausnahme berufen kann (Art. 398 und 399 Abs. 1 OR); bei erlaubter Substitution haftet er dagegen bloss für gehörige Sorgfalt in Auswahl und Instruktion (<ref-law>). Die Regelung des Auftragsrechts unterscheidet sich dadurch von der Vorschrift des <ref-law>, welche die volle Haftung für Hilfspersonen auch bei befugtem Beizug vorsieht. Die Haftungsbeschränkung von <ref-law> ist freilich auf den Fall beschränkt, dass der Beauftragte den Dritten im Interesse des Auftraggebers (z.B. bei Spezialwissen des Substituten) beizieht. Erfolgt der Beizug eines Dritten hingegen im Interesse des Beauftragten (z.B. zur Vergrösserung seiner Kapazitäten) oder liegt er im Interesse beider Vertragsparteien, rechtfertigt sich nach der Rechtsprechung keine Haftungsbeschränkung des Beauftragten (<ref-ruling> E. 2a und b S. 353 f. m.w.H.). Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz verbindlich festgehalten, dass die Trocknung des im Unterprojekt SPP0105 hergestellten Wirkstoffes im Interesse der Beklagten an die Firma Z._ GmbH substituiert worden sei, weil die Beklagte der Einhaltung ihrer Zeitvorgabe für die Ablieferung des Wirkstoffes "oberste Priorität" beigemessen habe. Soweit die Klägerin dagegen einwendet, die Z._ GmbH sei ausschliesslich im Interesse der Klägerin beigezogen worden, weil diese nicht über die erforderlichen Maschinen verfügte, um ihre Vertragspflicht rechtzeitig erfüllen zu können, ist auf die Berufung nicht einzutreten. Eine entsprechende Feststellung kann dem angefochtenen Urteil nicht entnommen werden, so dass die Beklagte mit ihren ergänzenden Sachdarstellungen nicht zu hören ist (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Im Übrigen wird die Auffassung der Vorinstanz nicht beanstandet, dass der Klägerin bei der Auswahl und Instruktion der als Substitutin beigezogenen Z._ GmbH keine Sorgfaltspflichtverletzungen vorgeworfen werden können.
5.4 Insgesamt kann somit festgehalten werden, dass die Vorinstanz eine Haftung der Klägerin für den in den Unterprojekten SPP0104 und SPP0105 eingetretenen Materialverlust zu Recht verneint hat.
5.4 Insgesamt kann somit festgehalten werden, dass die Vorinstanz eine Haftung der Klägerin für den in den Unterprojekten SPP0104 und SPP0105 eingetretenen Materialverlust zu Recht verneint hat.
6. Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3. Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
3. Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Januar 2005
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: