Faits:
A. Le 30 août 2005, le Gouvernement de la République et Canton du Jura a adopté l'arrêté fixant la répartition des charges découlant du paiement des allocations familiales aux personnes sans activité lucrative pour 2004 (ci-après: l'arrêté du 30 août 2005), publié au Journal officiel de la République et Canton du Jura du 7 septembre 2005 et entré immédiatement en vigueur. Selon l'art. 1er de cet arrêté, le coût des allocations familiales versées aux personnes sans activité lucrative s'élève pour 2004 à 1'994'655 fr.; cette somme est répartie entre la Caisse cantonale d'allocations familiales et les caisses privées reconnues d'allocations familiales selon une clef de répartition basée sur les salaires déterminants conformément au tableau annexé à l'arrêté. D'après ce tableau, la Caisse de compensation pour allocations familiales de l'Union patronale interprofessionnelle (ci-après: la Caisse d'allocations familiales interprofessionnelle) doit s'acquitter, d'un montant de 315'554 fr. 40.
B. Serge Riat SA est une entreprise de peinture membre de la Caisse d'allocations familiales interprofessionnelle. A ce titre, elle est tenue de lui verser des contributions qui couvrent également les allocations familiales en cause.
C. Agissant par la voie du recours de droit public pour violation de l'art. 8 Cst., la Caisse d'allocations familiales interprofessionnelle (ci-après: la recourante n° 1) et Serge Riat SA (ci-après: la recourante n° 2) demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement d'annuler l'arrêté du 30 août 2005, subsidiairement de l'annuler dans la mesure où il met à charge de la Caisse un montant de 315'554 fr. 40.
Le Gouvernement de la République et Canton du Jura conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, subsidiairement au prononcé d'une décision l'incitant à adopter une loi conforme à la Constitution.
Lors d'un second échange d'écritures, les recourantes ont confirmé leurs conclusions et proposé le rejet de la conclusion subsidiaire du Gouvernement jurassien. Ce dernier a confirmé ses conclusions.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 60).
1.1 L'art. 84 al. 2 OJ prévoit que le recours de droit public n'est recevable que si la prétendue violation ne peut pas être soumise par une action ou par un autre moyen de droit quelconque au Tribunal fédéral ou à une autre autorité fédérale. Comme la Confédération n'a usé de sa compétence législative en matière d'allocations familiales (art. 116 Cst.) que pour les salariés agricoles et les petits paysans (cf. la loi fédérale du 20 juin 1952 sur les allocations familiales dans l'agriculture [LFA; RS 836.1]), le présent recours doit être tranché exclusivement au regard du droit cantonal, de sorte que la voie du recours de droit public est en principe ouverte.
1.2 Le recours de droit public n'est recevable, sauf exceptions non réalisées en l'espèce (cf. art. 86 al. 2 OJ), qu'à l'encontre d'une décision de dernière instance cantonale. Tel est bien le cas de l'arrêté attaqué. Émanant du Gouvernement, il ne pouvait pas faire l'objet d'un recours auprès de la Cour administrative du Tribunal cantonal (cf. art. 160 lettre d de la loi jurassienne du 30 novembre 1978 de procédure et de juridiction administrative et constitutionnelle [Code de procédure administrative ou Cpa; RSJU 175.1]; Gabriel Boinay, La procédure administrative et constitutionnelle du canton du Jura, Porrentruy 1993, n° 5 ad art. 160 Cpa, p. 297). En outre, malgré son intitulé, comme il ne contient pas de règles matérielles propres à lui conférer un caractère législatif mais qu'il vise une ou plusieurs personnes déterminées ou déterminables, il ne pouvait pas non plus faire l'objet d'un recours auprès de la Cour constitutionnelle jurassienne (cf. art. 104 Cst/JU et art. 177 et 190 Cpa; Jean Moritz, La juridiction constitutionnelle dans la canton du Jura, Porrentruy 1993, p. 26 ss, p. 35 s. n° 59 ainsi qu'André Grisel, Traité de droit administratif, tome I, Neuchâtel 1983, p. 403).
2. Selon l'art. 88 OJ, ont qualité pour recourir les particuliers ou les collectivités lésés par des arrêtés ou décisions qui les concernent personnellement ou qui sont d'une portée générale.
2.1 Le recours de droit public a fondamentalement pour fonction de protéger les titulaires des droits constitutionnels contre les abus du pouvoir étatique. De tels droits ne sont reconnus en principe qu'aux citoyens, à l'exclusion des collectivités publiques qui, en tant que détentrices de la puissance publique, n'en sont pas titulaires et ne peuvent donc pas attaquer, par ce moyen de droit, une décision qui les traite comme autorités.
La jurisprudence admet toutefois qu'il y a lieu de faire une exception notamment pour les corporations organisées selon le droit privé, chargées de tâches de droit public par le droit cantonal et agissant vis-à-vis des particuliers qui en dépendent comme détentrices de la puissance publique. Elles peuvent invoquer les droits constitutionnels individuels par la voie du recours de droit public dans les litiges contre l'Etat concernant les moyens financiers dont elles disposent dans l'accomplissement des tâches pour lesquelles elles sont investies de prérogatives de puissance publique, lorsqu'elles poursuivent des buts lucratifs, exploitent une entreprise commerciale ou, pour le moins, qu'elles supportent elles-même un risque financier. Tel n'est pas le cas si le risque financier repose complètement sur la collectivité publique et que l'organisme de droit privé intermédiaire existe sans que les personnes qui en sont membres ne supportent un quelconque risque (arrêts 2P.428/1993 du 13 novembre 1995, non publié; 2P.167/1993 du 10 mai 1994 in ZBl 95/1994 p. 531 consid. 1).
Une association peut également agir par la voie du recours de droit public en vue de sauvegarder les intérêts de ses membres, quand bien même elle n'est pas elle-même touchée par l'acte entrepris. Il faut notamment qu'elle ait la personnalité juridique et que la défense des intérêts de ceux-ci figure parmi ses buts statutaires. En outre, ses membres doivent être personnellement touchés par l'acte litigieux, du moins en majorité ou en grand nombre (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 30, 82 consid. 1.3 p. 85; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 119; <ref-ruling> consid. 1a p. 372; <ref-ruling> consid. 1c p. 149; <ref-ruling> consid. I/2 p. 224-225 et les références citées).
2.2 En l'espèce, la recourante n° 1 est une association de droit privé chargée de verser des allocations familiales aux travailleurs employés par ses membres. Au titre de caisse reconnue, elle doit participer également au financement des allocations familiales versées aux personnes sans activité lucrative dans le canton du Jura en application de la loi du 20 avril 1989 sur les allocations familiales (Lall/JU; RSJU 836.1) sans qu'aucun moyen en relation avec ces allocations ne lui soit accordé. Il ne ressort pas du dossier si la recourante n° 1 peut à cet effet puiser dans ses réserves ou si elle doit augmenter les cotisations de ses membres. Cette question peut rester ouverte puisque, d'une manière ou d'une autre, elle supporte le risque financier lié à l'exécution de cette tâche, soit le paiement de la part des allocations versées aux personnes sans activité lucrative qui lui est facturée par la Caisse cantonale d'allocations familiales, qu'elle reporte ou non tout ou partie du coût sur ses membres. Elle a donc qualité pour recourir contre l'arrêté litigieux.
Dans la mesure toutefois où la recourante conclut à l'annulation complète de l'arrêté du 30 août 2005, dont elle n'est pas la seule destinataire, son recours est irrecevable.
2.3 En tant que membre de la recourante n° 1, la recourante n° 2 n'est pas (encore) directement touchée par l'arrêté attaqué. N'ayant pas qualité pour recourir, son recours est irrecevable.
3. La recourante n° 1 se plaint de la violation du principe de la généralité de l'impôt et du droit à l'égalité de l'art. 8 Cst. Elle conteste devoir le montant mis à sa charge par l'arrêté litigieux et fait valoir que les art. 22 al. 3 et 4 Lall/JU et 26 de son ordonnance d'exécution du 6 juin 1989 (Oall/JU; RSJU 836.11) sont contraires à ces principes. Elle demande au Tribunal fédéral de procéder à un contrôle de leur conformité à la Constitution.
Le délai permettant de requérir le contrôle abstrait des normes critiquées étant échu (cf. art. 89 al. 1 OJ), leur constitutionnalité ne peut être examinée qu'à titre préjudiciel, dans le cadre d'un contrôle concret de l'arrêté du 30 août 2005 (sur les deux types de contrôles, cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 261). Si elles s'avéraient inconstitutionnelles, le Tribunal fédéral n'aurait pas la possibilité d'annuler les normes mais pourrait uniquement casser la décision qui les applique (<ref-ruling> consid. 4 p. 103/104).
3.1 En matière fiscale, le principe de l'égalité de traitement est concrétisé par les principes de la généralité et de l'égalité de l'imposition, ainsi que par le principe de la proportionnalité de la charge fiscale fondée sur la capacité économique. Le principe de la généralité de l'imposition interdit que certaines personnes ou groupes de personnes soient exonérés sans motif objectif car les charges financières de la collectivité qui résultent de ses tâches publiques générales doivent être supportées par l'ensemble des citoyens. En vertu des principes de l'égalité d'imposition et de l'imposition selon la capacité contributive, les contribuables qui sont dans la même situation économique doivent supporter une charge fiscale semblable; lorsqu'ils sont dans des situations de fait différentes qui ont des effets sur leur capacité économique, leur charge fiscale doit en tenir compte et y être adaptée (<ref-ruling> consid. 2b p. 103; <ref-ruling> consid. 3a p. 3; <ref-ruling> consid. 3b p. 323 et les références citées). Lors de l'aménagement du système fiscal, le législateur dispose toutefois, sous réserve des principes mentionnés ci-dessus, d'un pouvoir d'appréciation étendu (ATF <ref-ruling> consid. 3b p. 323/324). Il peut ainsi notamment opter, selon le type de dépenses à financer, entre un impôt général, un impôt d'affectation ou une charge de préférence. Il ne saurait cependant mettre à la charge d'un groupe restreint de citoyens des dépenses concernant l'ensemble de la population si ce groupe n'en retire pas un avantage économique particulier ou s'il n'existe pas de motifs objectifs et raisonnables de les mettre à leur charge (<ref-ruling> consid. 6a p. 313 s. et les références citées).
3.2 Dans un arrêt du 4 juillet 2003 (2P.329/2001, résumé in PJA 2004 p. 97), le Tribunal fédéral a jugé que la loi genevoise du 1er mars 1996 sur les allocations familiales poursuivait un but social en consacrant le principe de l'universalité des allocations familiales, celles-ci étant versées à des bénéficiaires indépendamment de toute relation professionnelle. Les cotisations prélevées auprès du cercle restreint des seuls employeurs, indépendants et salariés d'un employeur exempté de l'AVS en vue de subvenir à ces versements constituaient des contributions publiques entrant dans la catégorie des impôts spéciaux d'affectation liés à certains coûts particuliers. Aucun motif objectif et raisonnable ne justifiait que le financement des allocations familiales, notamment en faveur de bénéficiaires hors de toute relation professionnelle, incombât entièrement aux seuls employeurs, indépendants et salariés d'un employeur exempté de l'AVS. En l'absence de lien suffisant entre les contribuables et le but de la contribution, le principe de la généralité de l'impôt était par conséquent violé (arrêt 2P.329/2001 précité).
4. 4.1 La loi sur les allocations familiales dans le canton du Jura définit deux catégories d'ayants droit: (1) "tout salarié qui doit subvenir à l'entretien d'un ou de plusieurs enfants et qui travaille au service d'un employeur soumis à la loi" (art. 1 al. 1 Lall/JU) et (2) "la personne qui, en raison de sa situation personnelle, ne peut exercer d'activité lucrative, ou ne peut en exercer une qu'à temps partiel" (art. 1 al. 6 Lall/JU). La catégorie des personnes sans activité lucrative comprend les personnes considérées comme non actives par la loi fédérale sur l'assurance-vieillesse et survivants, les jeunes non encore soumis à l'obligation de cotiser à l'assurance-vieillesse et survivants en tant que non actifs et les personnes au bénéfice d'indemnités journalières de l'AI (art. 1 al. 1 Oall/JU), ainsi que les personnes exerçant une activité lucrative à temps partiel, mais qui, à cause de la charge d'un ou de plusieurs enfants, ne peuvent exercer une activité lucrative à plein temps (art. 2 Oall/JU).
Tous les employeurs qui ont leur domicile, le siège de leur entreprise, une succursale, un établissement ou un chantier dans le canton et qui occupent des salariés en Suisse à la condition que ces derniers ne soient pas au bénéfice d'allocations au moins égales, versées en vertu d'une autre loi cantonale, sont soumis à la loi (art. 3 Lall/JU) et sont tenus de verser des cotisations, y compris des frais de gestion, à la caisse d'allocations familiales dont ils sont membres, en vue de l'octroi des allocations familiales et, le cas échéant, de la constitution d'un fonds de réserve (art. 17 al. 1 et 19 al. 2 Lall/JU).
La Caisse cantonale d'allocations familiales verse aux personnes sans activité lucrative les allocations prévues par la loi (art. 21 al. 2 Lall/JU). Ces allocations sont à la charge des caisses reconnues, en fonction d'une clef de répartition entre elles définie par l'art. 26 Oall/JU, selon lequel la répartition est fixée au prorata du montant annuel total des salaires soumis à cotisation pour chaque caisse reconnue dans le régime.
4.2 Il résulte de ce qui précède que la loi sur les allocations familiales du canton du Jura consacre, à l'instar de celles d'autres cantons (Fribourg, Valais, Schaffhouse et Genève), le principe de l'universalité des allocations familiales, puisque celles-ci sont octroyées également aux personnes sans activité lucrative (arrêt 2P.329/2001 du 4 juillet 2003, consid. 4.3, résumé in PJA 2004 p. 97). Dans ces conditions, même si le cercle des personnes sans activité lucrative, qui comprend également des bénéficiaires exerçant une activité lucrative à temps partiel, n'est pas exactement le même que dans le canton de Genève, les principes exposés dans l'arrêt du 4 juillet 2003 restent néanmoins valables et trouvent application, quoiqu'en dise le Gouvernement intimé. Le système jurassien constitue bien une aide sociale, car le versement d'allocations familiales aux personnes sans activité lucrative ne constitue pas un complément de salaire qui soit en rapport avec une relation contractuelle de travail avec un employeur. Il n'appartient par conséquent pas aux employeurs de supporter seuls le financement de ce système par l'intermédiaire notamment de la recourante qui n'a en principe pas d'autre financement que les cotisations patronales.
Par conséquent, en mettant à charge de la recourante n° 1 un montant de 315'554 fr. 40, l'arrêté du 30 août 2005 du Gouvernement intimé viole l'art. 8 Cst.
5. En conséquence, en tant qu'il est déposé par la recourante n° 1, le recours doit être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêté du 30 août 2005 annulé dans la mesure où il met à la charge de celle-ci un montant de 315'554 fr. 40. Le recours est irrecevable en tant qu'il est déposé par la recourante n° 2.
L'émolument judiciaire doit être réparti entre la recourante n° 1 qui n'a obtenu gain de cause que dans ses conclusions subsidiaires, le canton du Jura qui succombe et dont l'intérêt pécuniaire est en cause et la recourante n° 2 dont le recours est irrecevable (art. 156 al. 3, 153 et 153a OJ). La recourante n° 1 qui a obtenu gain de cause dans la mesure où son recours n'est pas irrecevable a droit à une indemnité de partie réduite (art. 159 al. 1 et 3 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable.
2. L'arrêté du 30 août 2005 du Gouvernement du canton du Jura est annulé dans la mesure où il met à la charge de la Caisse de compensation pour allocations familiales de l'Union patronale interprofessionnelle un montant de 315'554 fr. 40.
3. L'émolument judiciaire est réparti entre les parties à raison de 1'500 fr. à charge de la Caisse de compensation pour allocations familiales de l'Union patronale interprofessionnelle et de Serge Riat SA solidairement entre elles et de 3'500 fr. à charge du canton du Jura.
4. Le canton du Jura versera une indemnité de partie de 2'000 fr. à la Caisse de compensation pour allocations familiales de l'Union patronale interprofessionnelle.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourantes et au Gouvernement de la République et Canton du Jura.
Lausanne, le 4 avril 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: