Faits:
A. Par jugement du 12 mars 2007, la faillite de la société E._ Sàrl a été prononcée avec effet le même jour à 16 heures.
Le 11 avril 2007, la première assemblée des créanciers a désigné une administration spéciale, composée de Maître X._, avocat à F._, et prévu la constitution d'une commission de surveillance au sens de l'<ref-law>, composée des syndicats, de la caisse de chômage et de Maître Y._.
Le délai d'ordre pour liquider la faillite de E._ Sàrl a été prolongé à trois reprises, la dernière fois le 31 mai 2010.
B. B.a Le 15 juillet 2011, les sociétés A._ AG, B._ AG, C._ et D._, ont adressé une plainte au Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice, autorité inférieure en matière de plainte LP, doublée d'une requête de mesures superprovisionnelles. Invoquant de nombreuses irrégularités commises par l'administrateur spécial de la faillite ainsi que des retards injustifiés, elles ont notamment pris les conclusions suivantes au fond:
"1. Herr X._, ausseramtlicher Konkursverwalter der E._ Sàrl im Konkurs, ist im Sinne von Art. 14 Abs. 2 Ziff. 4 SchKG seines Amtes zu entheben.
2. Das Bezirksgericht Martigny setzt sofort, nach vorheriger Anhörung des Gläubigerausschusses, ein neuen Konkursverwalter ein.
...".
B.b Le 20 juillet 2011, le juge III du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice a rejeté la requête de mesures superprovisionnelles et, s'agissant des conclusions au fond, a invité les plaignantes à se déterminer sur la compétence de l'autorité judiciaire saisie pour connaître de l'écriture du 15 juillet 2011.

Par courrier du 5 août 2011, celles-ci ont requis, à supposer que le tribunal saisi se considère compétent selon l'art. 24 de la loi valaisanne d'application de la LP (LALP, RSV 281.1) uniquement pour rattraper les omissions de l'administration spéciale mais non pour révoquer le mandat de l'administrateur spécial, qu'un court délai leur soit imparti conformément à l'art. 23 LALP pour rectifier leurs conclusions et que le dossier soit transmis à l'autorité compétente sur la seule question de la révocation.
Par décision du 16 août 2011, le juge III du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice a déclaré irrecevable l'écriture des plaignantes du 15 juillet 2011 et l'a transmise à l'autorité de surveillance au sens de l'<ref-law> et 3a LALP, à savoir au délégué aux poursuites et faillites du canton du Valais, comme objet éventuel de sa compétence.
B.c Statuant sur recours des plaignantes, le Tribunal cantonal du canton du Valais, autorité supérieure de surveillance en matière de LP, l'a rejeté par arrêt du 12 décembre 2011.
C. Le 11 janvier 2012, les sociétés plaignantes exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elles concluent à son annulation et se plaignent de violation des art. 13, 14 et 17 LP d'un déni de justice formel, de violation de la garantie à l'accès au juge, ainsi que d'arbitraire dans l'application de l'art. 23 LALP.
Invitées à se déterminer sur le recours, l'intimée conclut à son rejet et la cour cantonale renvoie aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté dans le délai légal (art. 46 al. 1 let. c, 100 al. 2 let. a LTF) par les plaignantes qui ont succombé dans leurs conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>) par une autorité cantonale de surveillance de dernière instance (<ref-law>), le recours est en principe recevable, ce indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF).
1.2 Le recours en matière civile des <ref-law> étant une voie de réforme (<ref-law>), le recourant ne peut se borner à demander l'annulation de la décision attaquée; il doit également, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3.1). En l'espèce, les conclusions des recourantes se limitent à exiger l'annulation de l'arrêt rendu par le tribunal cantonal, de sorte qu'elles sont a priori insuffisantes au regard des exigences posées par la jurisprudence. Il convient néanmoins de les interpréter au regard de la motivation contenue dans le mémoire de recours (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5A_643/2011 du 22 novembre 2011 consid. 2), dont il ressort clairement que les recourantes demandent que les autorités cantonales entrent en matière sur leur plainte. Il y a donc lieu d'entrer en matière sur le recours.
2. 2.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il ne connaît cependant de la violation des droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit ainsi satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione), en indiquant précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et en démontrant, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
2.2 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
3. 3.1 La cour cantonale a tout d'abord jugé, reprenant la motivation de l'autorité inférieure en matière de plainte LP, que les recourantes n'avaient pas d'intérêt actuel à ce que soient constatées les transgressions de règles par l'administrateur spécial dès lors qu'elles ne voulaient pas obtenir une injonction tendant à ce qu'il entreprenne les opérations omises en vue d'un prompt avancement de la procédure de liquidation de la faillite mais réclamaient la destitution de l'administrateur. Elle a ensuite jugé conforme au droit fédéral la législation valaisanne, approuvée par le Département fédéral de justice et police le 18 mai 2007, qui a non seulement fait usage de la faculté conférée par l'<ref-law>, à savoir instituer une autorité inférieure (le Juge de district, art. 20 LALP) et une autorité supérieure (le Tribunal cantonal, art. 19 al. 1 LALP) en matière de plainte, mais a également opté pour un fractionnement des compétences entre autorités de plainte et autorité de surveillance, à savoir le Conseil d'Etat qui dispose d'un délégué aux poursuites et faillites (art. 3a LALP). Par ailleurs, elle a considéré que la révocation de l'administrateur spécial ne pouvait être ordonnée ni sur la base de l'art. 24 al. 4 LALP, qui se rapporte à l'instruction de la plainte, ni sur celle de l'<ref-law> puisque les recourantes se sont expressément fondées sur l'<ref-law> et ne réclament pas que les opérations, auxquelles le fonctionnaire se refuserait indûment de procéder, soient ordonnées. Enfin, elle a estimé que c'est à juste titre qu'un délai supplémentaire n'a pas été accordé aux recourantes pour préciser leurs conclusions dès lors que celles-ci ne manquaient pas de clarté et qu'elles ont été confirmées malgré l'avis concernant leur éventuelle irrecevabilité.
3.2 En substance, les recourantes font valoir qu'elles ont un intérêt digne de protection à former une plainte aux fins de faire révoquer l'administrateur spécial de la faillite, qui est, selon elles, incapable d'exécuter son office, retarde la procédure de manière inadmissible et leur cause un préjudice. Leur intérêt est pratique puisqu'elles visent à accélérer la procédure et à s'assurer qu'elle soit conduite correctement; il est actuel dès lors que les agissements de l'administrateur sont susceptibles de se reproduire. Elles invoquent ensuite que la révocation de l'administrateur spécial peut être requise et ordonnée dans le cadre d'une plainte pour déni de justice ou retard injustifié selon l'<ref-law> si, comme en l'espèce, une injonction tendant à ce que celui-ci entreprenne les opérations omises se révélerait de toute façon inutile; à ce défaut, les créanciers, qui seraient alors contraints d'agir comme simples dénonciateurs dans la procédure disciplinaire, seraient privés d'une véritable voie de droit en cas d'inaction de l'administrateur. Elles prétendent également que la structure de surveillance mise en place par le canton du Valais, qui dispose d'une autorité de surveillance au sens de l'<ref-law> distincte de l'autorité de plainte de l'<ref-law>, serait contraire à la loi. À cet égard, elles font valoir qu'il y a une collusion d'intérêts et un manque d'indépendance, en tant que le délégué aux poursuites et faillites statue sur la question des manquements de l'administrateur, lesquels constituent le fondement de l'action en responsabilité intentée par elles contre le canton du Valais. Elles se plaignent en particulier de ce que la cour cantonale n'a présenté aucun argument sur ce point. En outre, elles invoquent que, même à supposer que la distinction opérée par le législateur valaisan entre autorités de plainte et de surveillance serait conforme au droit, la compétence pour juger si, dans un cas concret et en relation avec des actes précis du déroulement de la poursuite, il y a eu des manquements justifiant une révocation, doit impérativement ressortir à la compétence de l'autorité de plainte. Elles avancent enfin que, conformément à l'art. 23 LALP, un délai supplémentaire aurait dû leur être accordé en vue de remédier aux irrégularités de leurs écritures.
3.3 L'intimée fait valoir que l'autorité saisie d'une plainte n'ayant pas d'objet procédural ne peut, si elle l'admet, qu'ordonner à l'autorité de poursuite ou à l'organe de l'exécution forcée, qui a tardé, de procéder à l'acte de poursuite requis ou auquel il aurait dû procéder d'office, de sorte que la plainte visant la destitution de l'administrateur spécial est irrecevable. Elle juge également que l'autorité de plainte n'était pas compétente pour statuer sur la mesure disciplinaire sollicitée par les recourantes. Elle prétend enfin que la LP autorise le fractionnement des compétences de surveillance entre autorités administrative et judiciaire.
4. Les recourantes font tout d'abord valoir que l'autorité de plainte est compétente pour se prononcer sur leur demande de révocation de l'administrateur spécial.
4.1 En vertu de l'<ref-law>, chaque canton désigne une autorité de surveillance pour les offices des poursuites et les offices des faillites (al. 1); ils peuvent en outre instituer des autorités inférieures de surveillance pour un ou plusieurs arrondissements (al. 2). Sur le plan organisationnel, les compétences de l'autorité de surveillance peuvent être attribuées par le droit cantonal à des autorités de l'ordre judiciaire, à des autorités de l'ordre administratif ou à des autorités mixtes (GILLIÉRON, Commentaire de la LP, 1999, n° 21 ad <ref-law>; DALLÈVES, Commentaire romand, n° 2 ad <ref-law>; EMMEL, Basler Kommentar, n° 15 ad <ref-law>; LEVANTE, in: Hunkeler, Kurzkommentar SchKG, 2009, n° 11 ad <ref-law>). La LP ne permet cependant pas aux cantons de séparer les diverses fonctions attribuées à l'autorité de surveillance et de les répartir, suivant leur nature, entre des autorités différentes (Rapport de gestion du Conseil fédéral pour 1896, FF 1897 I 274, cf. également Circ. du 17 février 1891 du Département fédéral de justice et police à tous les gouvernements cantonaux au sujet des projets de lois cantonales concernant la mise en ?uvre de la LP, observation n° 1, FF 1891 I 374; JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1997, n° 4 ad <ref-law>; LEVANTE, op. cit., n° 9 ad <ref-law>; cf. également arrêt 7B.140/1999 du 12 juillet 1999 consid. 2). Ils ont néanmoins la faculté d'instituer, pour certaines affaires, une autorité inférieure et une autorité supérieure de surveillance et, pour d'autres affaires, une autorité de surveillance unique (ATF 27 I 380 consid. 1; GILLIÉRON, op. cit., n° 21 s. ad <ref-law>). Selon Philippin, les cantons ne peuvent attribuer la surveillance administrative et la surveillance judiciaire à des autorités différentes, relevant respectivement du pouvoir exécutif et du pouvoir judiciaire, l'art. 13 imposant une autorité de surveillance qui exerce à la fois une fonction administrative et une fonction juridictionnelle (PHILIPPIN, La nouvelle loi sur le Tribunal fédéral, Effets sur le droit des poursuites, in JdT 2007 II 130, spéc. p. 136).
4.2 L'administration spéciale est soumise au contrôle des autorités de surveillance (<ref-law>), qui peuvent être saisies par la voie de la plainte de l'<ref-law>, mais qui peuvent aussi, en vertu de leur pouvoir général de surveillance, intervenir sans être saisies d'une plainte ou d'un recours et donner des directives à l'administration de la faillite quand cela se révèle nécessaire; elles peuvent en particulier relever de ses fonctions une administration spéciale ou, selon les cas, annuler sa désignation, s'il y a un doute quant à son indépendance, à son impartialité ou à ses capacités (<ref-ruling> consid. 4b; JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, op. cit., n° 6 ad <ref-law>; BÜRGI in: Hunkeler, Kurzkommentar SchKG, 2009, n° 12 ad <ref-law>; FRITZSCHE/WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, Vol. II, 1993, p. 267 s.). Il s'agit alors d'une révocation administrative (GILLIÉRON, op. cit., n° 13 ad <ref-law>; JEANDIN/FISCHER, Commentaire romand, n° 7 ad <ref-law>). Il faut toutefois des motifs impératifs pour révoquer une administration spéciale avec un effet ex tunc, sa désignation fût-elle viciée, surtout si elle a été confirmée dans ses fonctions par la deuxième assemblée des créanciers (<ref-ruling> consid. 1). En outre, l'administration spéciale est soumise au pouvoir disciplinaire des autorités de surveillance (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 2b; GILLIÉRON, op. cit., n° 15 ad <ref-law>). Une révocation de l'administration spéciale peut ainsi être prononcée par l'autorité cantonale de surveillance, sur plainte ou d'office, soit à titre de mesure administrative dans le cadre de son pouvoir de surveillance, soit à titre de mesure disciplinaire de l'<ref-law> (arrêt 7B.52/2004 du 12 août 2004 consid. 1.2).
4.3 En vertu de l'<ref-law>, il peut être porté plainte à l'autorité de surveillance en tout temps pour déni de justice ou retard non justifié. Ne constitue un déni de justice au sens de l'<ref-law> que le déni de justice formel, soit le refus de l'office ou de l'autorité de surveillance de procéder à une opération dûment requise ou qu'ils devaient exécuter d'office; il ne saurait être question d'un déni de justice lorsqu'une mesure ou une décision, susceptible d'être attaquée dans les dix jours, a été prise, fût-elle illégale ou irrégulière (<ref-ruling> consid. 5a; arrêt 7B.39/2005 du 9 mai 2005 consid. 2.2 publié in: Pra 2005, p. 1012). Le retard injustifié suppose, quant à lui, qu'un acte défini par la loi n'est pas accompli dans le délai légal ou dans le délai indiqué par les circonstances, sans qu'une faute ne soit nécessaire (<ref-ruling> consid. 1c). Les procédures de faillite qui ne sont pas diligentées sans retards inutiles sont représentatives d'un retard injustifié (<ref-ruling>, 107 III 3). En pareils cas, l'autorité de surveillance ne saurait se borner à ordonner l'accomplissement des procédés dont l'accomplissement a été indûment retardé; elle doit prendre en considération l'ensemble de la situation et les causes du retard, puis veiller à ce qu'il y soit remédié (<ref-ruling> consid. 3). Dans certaines situations, le retard apporté à l'exécution d'une mesure de poursuite peut entraîner, sur plainte, son annulation (<ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 3b).
4.4 Le législateur valaisan a choisi de faire usage de la faculté conférée par l'<ref-law>, à savoir d'instituer une autorité inférieure et une autorité supérieure de plainte; il a également opté pour un fractionnement des compétences entre les autorités de plainte et l'autorité de surveillance. Le juge de district est l'autorité inférieure en matière de plainte (art. 20 LALP) et le Tribunal cantonal l'autorité supérieure (art. 19 al. 1 LALP), alors que le Conseil d'Etat constitue l'autorité de surveillance au sens des art. 13 et 14 LP (art. 3a LALP), compétence pour laquelle il dispose d'un délégué aux poursuites et faillites (art. 3a al. 3 LALP). Cette organisation de la surveillance en matière de LP n'est pas très claire. Il convient cependant de l'interpréter de manière conforme au droit fédéral, lequel exige que l'autorité saisie d'une plainte de l'<ref-law> puisse et soit même tenue, indépendamment de la recevabilité de celle-ci, d'annuler la désignation d'une administration spéciale en vertu de son devoir de surveillance si celle-ci paraît inopportune ou si les personnes désignées comme membres de l'administration spéciale ne sont pas qualifiées (cf. consid. 4.2 et les références citées, en particulier <ref-ruling> consid. 1). Il s'ensuit que l'autorité cantonale saisie par les recourantes est en principe compétente pour prononcer la révocation requise.
4.5 En l'espèce, les recourantes requièrent, par la voie de la plainte de l'<ref-law>, la révocation de l'administrateur pour inactivité et incompétence dans l'administration spéciale de la faillite de la société dont elles sont créancières. En conséquence, même si dans leurs écritures, elles mentionnent l'<ref-law>, repris ensuite par les instances cantonales, ce n'est pas une destitution rendue au titre de mesure disciplinaire, qu'elles réclament, mais bien une révocation administrative, qui ressortit à la compétence de l'autorité saisie d'une plainte au sens de l'<ref-law> (cf. supra consid. 4.2 et 4.4). En qualité de créancières de la société en faillite, les recourantes ont un intérêt à pouvoir contester la désignation de l'administration spéciale par la voie de la plainte (ATF 48 III 77, p. 79; GILLIÉRON, op. cit., n° 13 ad <ref-law>).
Le délai pour se plaindre de la désignation est toutefois échu depuis longtemps en l'espèce. Nonobstant, les recourantes invoquent à l'appui de leur plainte l'inaction de l'administration spéciale et se fondent sur l'art. 17 al. 3, à savoir une voie de droit qui n'est soumise à aucun délai (cf. supra consid. 4.3). Il reste ainsi à examiner si un créancier peut requérir la révocation de l'administrateur spécial dans le cadre d'une plainte pour déni de justice ou retard injustifié au sens de l'<ref-law>. Les autorités cantonales ont dénié aux recourantes la qualité pour former une telle plainte pour le motif que celles-ci n'avaient pas requis le prononcé d'une injonction tendant à ce que l'administrateur en cause entreprenne les opérations omises en vue d'un prompt avancement de la procédure de liquidation de la faillite; elles ont ainsi jugé que la révocation ne pouvait pas être requise dans le cadre d'une plainte au sens de l'<ref-law>. Dès lors que l'autorité saisie d'une plainte de l'<ref-law> doit, lorsque les procédures de faillite ne sont pas diligentées sans retards inutiles, veiller à remédier aux causes de retard et qu'elle peut, dans certains cas, annuler une mesure dont l'exécution a été retardée (cf. supra consid. 4.3), il y a lieu d'admettre que les créanciers sont habilités à requérir, par la voie de la plainte, la révocation de l'administrateur spécial pour le motif que celui-ci reste inactif et n'exécute pas les tâches pour lesquelles il a été nommé. Il suit de là que les autorités valaisannes compétentes en matière de plainte auraient dû se saisir des écritures déposées par les recourantes et que la cour cantonale a violé l'<ref-law> en leur déniant un intérêt à la plainte.
Ce motif suffit à l'annulation de l'arrêt querellé de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner plus avant les autres griefs soulevés par les recourantes.
En conséquence, il convient d'admettre le recours et d'annuler l'arrêt querellé. Comme la cour du Tribunal cantonal ne s'est exprimée que sur la question de la recevabilité, il est expédient de renvoyer la cause au juge III du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice pour qu'il examine la plainte formée par les recourantes, en particulier la question de savoir si l'administrateur spécial a procédé avec des retards injustifiés dans l'administration de la faillite en cause (art. 107 al. 2 2e phr. LTF).
5. En définitive, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée au juge III du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Me X._, qui succombe, supportera les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr. (<ref-law>) et versera aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de dépens à hauteur de 2'000 fr. (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée au juge III du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de Me X._.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer, à titre de dépens, aux recourantes, créancières solidaires, est mise à la charge de Me X._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au juge III du Tribunal des districts de Martigny et St-Maurice et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Autorité supérieure de surveillance en matière de LP.
Lausanne, le 4 juin 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Richard