Faits:
A. Par jugement du 2 mai 2006, le Tribunal correctionnel du district du Locle a condamné X._ pour tentatives d'escroquerie, faux dans les titres, induction de la justice en erreur et infractions aux <ref-law> et 112 LAA, à une peine de douze mois d'emprisonnement, peine complémentaire à celle prononcée le 6 mai 2000, avec sursis pendant trois ans. Il a révoqué les sursis accordés par le Tribunal de police du même district les 6 octobre 1997 et 6 mars 2000 et ordonné la restitution des objets séquestrés.
En bref, cette condamnation reposait sur les faits suivants:
X._ était le propriétaire du cabaret « C._ ». Ayant été victime d'un sinistre dans la nuit du 25 au 26 décembre 1998, il a présenté à son assurance une comptabilité laissant apparaître une situation plus favorable que la situation réelle afin d'obtenir une indemnité pour la perte d'exploitation subie.
Dans la nuit du 9 au 10 janvier 2000, X._ a saccagé son fonds de commerce du bar « R._ ». Il a déguisé l'acte en cambriolage, puis a alerté la police en prétendant avoir été victime d'une infraction. Son but était de percevoir des prestations de son assurance.
Enfin, alors qu'il exploitait le cabaret « C._ », puis le restaurant « R._ », X._ n'a pas versé aux institutions concernées les montants prélevés sur le salaire de ses employés.
B. Saisie d'un pourvoi du condamné, la Cour de cassation neuchâteloise l'a partiellement admis par arrêt du 15 février 2007. Elle a annulé le jugement qui lui était déféré en tant qu'il condamnait X._ pour tentative d'escroquerie en relation avec les faits survenus dans la nuit du 9 au 10 janvier 2000 et renvoyé la cause au Tribunal correctionnel pour nouveau jugement.
Un recours de X._ au Tribunal fédéral contre cet arrêt de renvoi a été déclaré irrecevable.
C. Par jugement du 23 octobre 2007, le Tribunal correctionnel du district du Locle a acquitté X._ des chefs d'accusation de tentative d'escroquerie en relation avec les faits survenus dans la nuit du 9 au 10 janvier 2000 (arrêt de renvoi) et d'induction de la justice en erreur (en raison de la prescription). Il a réduit en conséquence la peine privative de liberté à huit mois, avec sursis pendant deux ans. Pour le surplus, il a renoncé à révoquer les sursis octroyés les 6 octobre 1997 et 6 mars 2000.
Par arrêt du 15 décembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le pourvoi formé par X._.
D. Contre ce dernier arrêt, X._ forme un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant dénonce une violation du principe de la célérité. Il relève qu'il n'a pas été informé de l'état de son dossier pendant plus de quatre ans. Placé en détention préventive le 10 janvier 2000 et libéré le 7 avril 2000, il a reçu une convocation seulement à fin décembre 2004 pour une audience agendée en janvier 2005. Par ailleurs, l'affaire n'était pas d'une complexité telle qu'une instruction de plus de cinq ans (du 10 janvier 2000 au 22 juillet 2005, date de l'ordonnance de renvoi) s'avérait justifiée. Il soutient que la cour cantonale aurait du reste admis la violation du principe de la célérité, mais aurait considéré à tort que celle-ci était compensée par la prescription d'un certain nombre d'infractions.
Si la cour cantonale a effectivement admis la violation du principe de la célérité, elle a toutefois considéré que celle-ci avait déjà été prise en considération par les premiers juges. En effet, dans le jugement du 2 mai 2006 (p. 20), les juges de première instance ont retenu, à propos de la fixation de la peine, qu'il fallait tenir compte du temps anormalement long qui s'était écoulé entre l'ouverture de l'instruction et la tenue de l'audience de jugement. Dans le jugement du 23 octobre 2007, rendu à la suite de l'arrêt de renvoi, ils ont constaté que la peine de douze mois infligée dans le jugement du 2 mai 2006 tenait déjà compte de la violation du principe de la célérité et ont réduit celle-ci de quatre mois en raison de l'abandon des infractions de tentative d'escroquerie et d'induction de la justice en erreur en relation avec le restaurant « R._ ». Par ailleurs, s'ils ont constaté que, de par l'écoulement du temps, le prévenu avait bénéficié de la prescription d'une partie importante des faits reprochés, ils n'ont pas - comme le soutient le recourant - compensé la violation du principe de la célérité avec la prescription (jugement du 23 octobre 2007, p. 5). Comme la juridiction cantonale a admis la violation du principe de la célérité et l'a prise en considération en fixant la peine, le grief soulevé doit être rejeté.
2. Condamné pour tentative d'escroquerie et faux dans les titres à raison d'infractions commises en mars 1999, le recourant soutient qu'elles sont prescrites au regard des anciennes dispositions légales.
2.1 Les dispositions en matière de prescription ont été modifiées par la loi du 5 octobre 2001, entrée en vigueur le 1er octobre 2002 (RO 2002 2993 2996). Avec la révision de la partie générale du code pénal, en vigueur depuis le 1er janvier 2007 (RO 2006 3459), les dispositions sur la prescription figurent désormais, sans nouvelle modification, aux <ref-law>.
Selon l'art. 337 aCP (qui correspond à l'<ref-law>), les dispositions du nouveau droit concernant la prescription de l'action pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur du nouveau droit si elles sont plus favorables à l'auteur que celles de la loi ancienne (principe de la lex mitior). Si, au contraire, la loi nouvelle fixe un délai de prescription plus long, on appliquera la loi ancienne à une infraction commise sous son empire (ATF 77 IV 206; principe de la non-rétroactivité).
2.2 Sous l'ancien droit, l'action pénale se prescrivait par dix ans si l'infraction était passible - comme en l'espèce - de l'emprisonnement pour plus de trois ans ou de la réclusion (prescription relative; art. 71 aCP). Ce délai était toutefois interrompu par tout acte d'instruction d'une autorité chargée de la poursuite ou par toute décision du juge dirigée contre l'auteur (art. 72 ch. 2 al. 1 aCP). A chaque interruption, un nouveau délai commençait à courir. Néanmoins, l'action pénale était en tout cas prescrite lorsque le délai ordinaire était dépassé de moitié, soit au bout de quinze ans (prescription absolue; art. 72 ch. 2 al. 2 aCP) et non - comme le prétend à tort le recourant - au bout de sept ans et demi.
En l'espèce, la prescription relative de 10 ans a été interrompue à multiples reprises (actes d'enquête et jugements). La prescription absolue n'est pas non plus acquise, puisque les infractions concernées ont été commises en 1999. Le cas de l'induction de la justice en erreur où la prescription a été retenue est différent. Il s'agissait en effet d'un délit punissable de l'emprisonnement ou de l'amende, de sorte que la prescription relative était de cinq ans et la prescription absolue, de sept ans et demi.
2.3 Les nouvelles dispositions sur la prescription, entrées en vigueur le 1er octobre 2002, ont supprimé la suspension et l'interruption de la prescription et, en contrepartie, allongé les délais de prescription. Pour l'escroquerie et le faux dans les titres, punissables d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire, le nouveau délai de prescription est de quinze ans. Dans ce cas, la prescription n'est manifestement pas acquise.
2.4 Ainsi, que ce soit sous l'ancien ou le nouveau droit, les infractions retenues - tentative d'escroquerie et faux dans les titres - ne sont pas prescrites. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
3. Se fondant sur l'<ref-law>, le recourant reproche à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire en le condamnant à une peine privative de huit mois. En réalité, il ne s'en prend pas à l'établissement des faits, mais dénonce une violation de l'<ref-law>. Il soutient que la peine qui lui a été infligée est excessive au vu de la gravité des infractions restantes, à savoir des infractions aux art. 76 al. 2 et 3 LPP et 112 al. 2 LAA. Il fait également valoir qu'il a exécuté 52 heures de travail d'intérêt général en raison de la révocation des deux sursis par le premier jugement du 6 mai 2006, révocation à laquelle le tribunal a ensuite renoncé dans son jugement du 23 octobre 2007.
3.1 Selon l'<ref-law>, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
Les critères, énumérés de manière non exhaustive par cette disposition, correspondent à ceux fixés par l'art. 63 aCP et la jurisprudence élaborée en application de cette disposition (<ref-ruling> consid. 2.1). Cette jurisprudence conserve toute sa valeur, de sorte que l'on peut continuer à s'y référer (voir <ref-ruling> consid. 6.1 p. 21; <ref-ruling> consid. 2a p. 103; <ref-ruling> consid. 1, 116 IV 288 consid. 2a et les références citées). L'<ref-law> confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'<ref-law>, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 6.1 et les références citées).
3.2 Contrairement à ce qu'il soutient, le recourant a été condamné, en plus des infractions à la LPP et à la LAA, pour tentative d'escroquerie et faux dans les titres, infractions qui constituent des crimes, passibles d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Toutes ces infractions entrent en outre en concours. A charge, l'autorité cantonale a pris en considération le fait que le recourant n'a manifesté aucun repentir et qu'il a agi par goût du lucre. Elle a relevé ses antécédents judiciaires mitigés, puisqu'il a été condamné à deux reprises, à savoir le 6 octobre 1997 pour lésions corporelles simples et violation grave des règles de la circulation routière et le 6 mars 2000 pour ivresse au volant et usure. Une diminution légère de la responsabilité a été prise en compte, comme la violation du principe de la célérité. Au vu de l'ensemble de ces circonstances, la peine privative de liberté de huit mois n'apparaît pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. Le grief tiré de la violation de l'<ref-law> doit être rejeté.
Quant au grief relatif à l'exécution alléguée de 52 jours de travail d'intérêt général, il ne concerne pas la mesure de la peine et ne fait pas partie de l'objet du litige. Il incombera au recourant de s'en prévaloir vis-à-vis de l'autorité d'exécution.
4. Le recours doit ainsi être rejeté.
Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF), réduits à 800 fr. compte tenu de sa situation financière actuelle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Un émolument judiciaire de 800 fr. est mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 12 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin