Sachverhalt:
A.
In einer Liegenschaft in A._ fehlte beim Personenlift die Scheibe eines Türfensters. Am 27. Mai 2009 kletterte ein knapp sechsjähriger Knabe durch die ungesicherte Öffnung. Als sich der Lift nach oben in Bewegung setzte, wurde er zwischen dem Liftboden und der oberen Einfassung des Türfensters eingeklemmt, worauf er erstickte.
X._ wird vorgeworfen, er sei am 25. Mai 2009 über das Fehlen der Scheibe informiert worden und habe es unterlassen, die nötigen Massnahmen zu treffen.
B.
Das Obergericht des Kantons Schaffhausen verurteilte X._ zweitinstanzlich wegen fahrlässiger Tötung zu einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 1'300.--, bei einer Probezeit von zwei Jahren.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben. Er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Das Obergericht sei zu verpflichten, ihn für das Verfahren betreffend Protokollbereinigung mit Fr. 3'932.80 zu entschädigen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law> und seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Es existiere kein von ihm unterzeichnetes Protokoll seiner Befragung vom 14. August 2012 (Beschwerde S. 4-13).
1.2. Die Vorinstanz führt aus, auf dem Protokoll der Befragung des Beschwerdeführers vom 14. August 2012 fehle dessen Unterschrift. Deshalb habe eine Verhandlung zur Protokollbereinigung und Unterschrift stattgefunden. Der Beschwerdeführer habe da aber die Unterschrift verweigert. Die Vorinstanz geht aufgrund eines Screenshots von der Richtigkeit des Protokolls aus. Im Übrigen sei es nur von untergeordneter Bedeutung, da namentlich auf die Aussagen des Beschwerdeführers in den unterschriebenen Protokollen der ergänzenden Befragungen vom 14. und 15. August 2012 abgestellt werde (Urteil S. 5).
1.3. Gemäss <ref-law> werden die Aussagen der Parteien, die mündlichen Entscheide der Behörden sowie alle anderen Verfahrenshandlungen, die nicht schriftlich durchgeführt werden, protokolliert (Abs. 1). Die protokollführende Person, die Verfahrensleitung und die allenfalls zur Übersetzung beigezogene Person bestätigen die Richtigkeit des Protokolls (Abs. 2). Die Verfahrensleitung ist dafür verantwortlich, dass die Verfahrenshandlungen vollständig und richtig protokolliert werden (Abs. 3). Nach <ref-law> werden die Aussagen der Parteien, Zeuginnen, Zeugen, Auskunftspersonen und Sachverständigen laufend protokolliert. Der einvernommenen Person wird das Protokoll nach Abschluss der Einvernahme vorgelesen oder zum Lesen vorgelegt. Sie hat das Protokoll nach Kenntnisnahme zu unterzeichnen und jede Seite zu visieren (<ref-law>). Das Protokoll kann seine Funktionen nur erfüllen, wenn Gewähr für seine inhaltliche Richtigkeit besteht. Deshalb verlangt das Gesetz, dass es nach der Befragung der einvernommenen Person vorgelesen oder zum Lesen vorgelegt und von dieser nach Kenntnisnahme unterzeichnet wird. Darauf kann entsprechend dem zwingenden Charakter der Protokollierungsvorschriften nicht verzichtet werden (Urteil 6B_492/2012 vom 22. Februar 2013 E. 1.3 f. mit Hinweisen). Lehnt die befragte Person es ab, das Protokoll durchzulesen oder zu unterzeichnen, so werden die Weigerung und die dafür angegebenen Gründe im Protokoll vermerkt (<ref-law>).
1.4. An der Berufungsverhandlung vom 14. August 2012 wurden der Beschwerdeführer und die beiden Mitbeschuldigten einvernommen. Von den Befragungen der Mitbeschuldigten liegen Protokolle vor, die von der Protokollführerin und den Einvernommenen unterzeichnet sowie von Letzteren visiert sind (vorinstanzliche Akten, act. 396-405 und act. 406-410). Über diese Befragung des Beschwerdeführers existiert nur ein von der Protokollführerin unterschriebenes Protokoll (vorinstanzliche Akten, act. 389-395, act. 540-546 und act. 561-567). Im Anschluss an das Plädoyer des Verteidigers des Beschwerdeführers wurden diesem und den Mitbeschuldigten weitere Fragen gestellt. Auch davon liegt ein Protokoll vor, das von allen unterzeichnet wurde (vorinstanzliche Akten, act. 437-441).
An der Fortsetzung der Berufungsverhandlung am nächsten Tag wurden zunächst die Protokolle des Vortags bereinigt, nachdem sie den Beschuldigten über Nacht zur Durchsicht abgegeben worden waren (vorinstanzliche Akten, act. 548 und act. 558 f.). Der Beschwerdeführer und einer der Mitbeschuldigten brachten Protokollergänzungen an und es wurden ihnen weitere Fragen gestellt. Davon wurde ebenfalls ein Protokoll erstellt, das vom Beschwerdeführer, dem betreffenden Mitbeschuldigten und der Protokollführerin unterzeichnet wurde (vorinstanzliche Akten, act. 450-454).
Die Vorinstanz eröffnete ihr Urteil am 21. August 2012 (vorinstanzliche Akten, act. 509). Sie stellte dem Beschwerdeführer am 8. Januar 2013 das Protokoll der ersten Befragung vom 14. August 2012 zu und bat ihn, es unterschrieben zurückzuschicken oder mitzuteilen, ob er eine Protokollbereinigung wünsche (vorinstanzliche Akten, act. 538-548). Da der Beschwerdeführer nicht unterzeichnete (vorinstanzliche Akten, act. 550-552), lud die Vorinstanz zu einer Protokollbereinigung vor. Auch da verweigerte der Beschwerdeführer die Unterschrift (vorinstanzliche Akten, act. 556-560).
1.5. Die Vorinstanz befragte den Beschwerdeführer am 14. August 2012 und gab ihm das betreffende Protokoll zur Durchsicht mit. An der Fortsetzung der Verhandlung am nächsten Tag brachte er Ergänzungen an, worauf es geändert wurde, letztmals am 15. August 2012 um 8.53 Uhr (vorinstanzliche Akten, act. 547). Als die Vorinstanz bemerkte, dass dieses ergänzte Protokoll nur von der Protokollführerin unterzeichnet worden war, bat sie den Beschwerdeführer, es nachträglich zu unterschreiben. Weil er dies ablehnte, lud die Vorinstanz zu einer Verhandlung vor. Auch dort verweigerte er die Unterschrift, da er sich nicht mehr an seine Aussagen erinnere und das Protokoll zu belastend für ihn sei (vorinstanzliche Akten, act. 552). Die Vorinstanz protokollierte die Weigerung und die dafür angegebenen Gründe im Sinne von <ref-law> (vorinstanzliche Akten, act. 556-560), was nicht zu beanstanden ist. Die Rügen der Verletzung von <ref-law> und des Anspruchs auf rechtliches Gehör sind unbegründet.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, das Anklageprinzip sei verletzt. In der Anklageschrift sei die Garantenstellung ungenügend umschrieben (Beschwerde S. 15-20). Zudem sei der Knabe gemäss Anklage durch die Öffnung in den Lift geklettert. Es sei jedoch auch möglich, dass er aus dem Lift hinausgestiegen sei (Beschwerde S. 20-22).
2.2. Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten und nunmehr in <ref-law> festgeschriebenen Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe in objektiver und subjektiver Hinsicht genügend konkretisiert sind. Zugleich bezweckt das Anklageprinzip den Schutz der Verteidigungsrechte der angeschuldigten Person und garantiert den Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion; <ref-ruling> E. 6.2 f. mit Hinweisen; Urteil 6B_596/2012 vom 25. April 2013 E. 4.3 mit Hinweis; vgl. <ref-law>).
2.3. Es trifft zu, dass in der Anklageschrift nicht vertieft auf die Garantenstellung des Beschwerdeführers eingegangen wird (vorinstanzliche Akten, act. 149-152). Es wird nur, aber immerhin, seine Stellung als Geschäftsführer des Verwaltungsunternehmens und verantwortliche Person für die betreffende Liegenschaft angezeigt. Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers wurden ihm die Vorwürfe im Schlussvorhalt erläutert (Beschwerde S. 16), wobei ebenfalls auf seine Stellung als Geschäftsführer und verantwortliche Person hingewiesen wurde (vorinstanzliche Akten, act. 48 f.). Wie die Vorinstanz richtig ausführt (Urteil S. 8), musste er somit wissen, dass aus seiner Stellung als Geschäftsführer, Eigentümer und verantwortliche Person für die betreffende Liegenschaft auf eine Garantenstellung geschlossen werden konnte. Weiter erwägt sie zutreffend (Urteil S. 9), dass für eine wirksame Verteidigung unwesentlich ist, ob der Knabe gemäss Anklageschrift in den Lift hinein- oder aus dem Lift hinauskletterte. Entscheidend ist, dass der Beschwerdeführer vom Vorwurf wusste, dass der Knabe durch die Öffnung in der Lifttüre stieg. Das Anklageprinzip ist nicht verletzt.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Er habe erst im Berufungsverfahren Einsicht in die Akten der Mitbeschuldigten nehmen können. Die Vorinstanz nehme zu Unrecht an, der Mangel der unvollständigen Akten im erstinstanzlichen Verfahren sei in ihrem Verfahren geheilt worden. Ihm sei eine Instanz verwehrt worden (Beschwerde S. 22).
3.2. Die Vorinstanz stellt fest, die Untersuchungen gegen den Beschwerdeführer und die Mitbeschuldigten seien getrennt geführt worden. Die Aussagen der Mitbeschuldigten seien dem Beschwerdeführer nicht vorgehalten worden. Es seien kein gemeinsamer Schlussvorhalt und keine gemeinsame Anklageerhebung erfolgt. Folgerichtig habe sich die erste Instanz lediglich auf die Akten des Beschwerdeführers gestützt. Die Vorinstanz hält fest, im Berufungsverfahren habe sie den Beschwerdeführer und die Mitbeschuldigten darauf hingewiesen, dass eine gemeinsame Verhandlung stattfinden werde. Zugleich habe sie ihnen ermöglicht, Einsicht in die jeweiligen Akten zu nehmen. An der Berufungsverhandlung sei der Beschwerdeführer mit den Aussagen der Mitbeschuldigten konfrontiert worden. Er und sein Verteidiger hätten sich zu den Aussagen der Mitbeschuldigten äussern und ihnen Ergänzungsfragen stellen können (Urteil S. 10 f.).
3.3. Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist unbegründet, soweit sie den Begründungsanforderungen überhaupt zu genügen vermag (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Die Vorinstanz nimmt nicht an, ein allfälliger Mangel werde geheilt. Sie geht vielmehr davon aus, die erste Instanz habe dem Beschwerdeführer das rechtliche Gehör nicht verweigert, da diese - im Gegensatz zur Vorinstanz - nicht auf die Aussagen der Mitbeschuldigten abstellt. Überdies verfügt die Vorinstanz im Berufungsverfahren über eine volle Kognition hinsichtlich aller Sach- und Rechtsfragen. Eine allfällige Gehörsverletzung wäre im zweitinstanzlichen Verfahren heilbar gewesen (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 mit Hinweisen). An der Berufungsverhandlung wurde der Beschwerdeführer mit den belastenden Aussagen der Mitbeschuldigten konfrontiert. Er konnte sich dazu äussern und Ergänzungsfragen stellen. Insofern ist weder ersichtlich noch dargelegt, inwiefern ihm eine wirksame Verteidigung nicht möglich gewesen sein soll. Zudem bewirkt die Heilung eines Verfahrensmangels per se keine unzulässige Verkürzung des Instanzenzugs (<ref-ruling> E. 5d mit Hinweis).
4.
4.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verletze <ref-law>. Sie verweigere die Strafbefreiung mit der Begründung, er habe den Normbruch nicht anerkannt. Ein fehlendes Geständnis bedeute nicht, dass das öffentliche Interesse an der Strafverfolgung nicht mehr gering sei. Vielmehr sei am begangenen Unrecht anzuknüpfen. Die angebliche Gefährdung anderer Liftbenützer ziele ins Leere, weil ausser dem Opfer keine weiteren Kinder in der Liegenschaft lebten. Dass eine abstrakte Gefährdung weiterer Personen bestanden haben könnte, bilde keinen Grund für eine Strafverfolgung nach Massgabe der Generalprävention. Die Vorinstanz führe zu Unrecht ein öffentliches Interesse an sicheren Personenaufzügen ins Feld (Beschwerde S. 22-25).
4.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer sei nicht geständig. Wohl bedaure er das Geschehene und habe sich in der Folge entsprechend korrekt verhalten. Allerdings habe er nie eingeräumt, dass er sorgfaltswidrig gehandelt habe. Er habe die Normverletzung nicht anerkannt. Damit sei aber das Interesse der Öffentlichkeit an der Strafverfolgung nicht mehr gering. Hinzu komme, dass weitere Personen gefährdet worden seien. Jeder Benützer des Lifts hätte in die ungesicherte Öffnung geraten können. Es bestehe ein öffentliches Interesse an sicheren Personenaufzügen. Eine Strafbefreiung erscheine daher trotz Desinteresseerklärung der Mutter des verunglückten Knaben und der Möglichkeit der Ausfällung einer bedingten Strafe als unangemessen (Urteil S. 11-14).
4.3. <ref-law> regelt die Strafbefreiung bei Wiedergutmachung: Hat der Täter den Schaden gedeckt oder alle zumutbaren Anstrengungen unternommen, um das von ihm bewirkte Unrecht auszugleichen, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab, wenn die Voraussetzungen für die bedingte Strafe nach <ref-law> erfüllt (lit. a) und das Interesse der Öffentlichkeit und des Geschädigten an der Strafverfolgung gering sind (lit. b).
Selbst wenn sich die Tatschwere im Rahmen von <ref-law> hält und volle Wiedergutmachung geleistet wurde, führt dies nicht zwingend zum Entfallen des öffentlichen Interesses an der Strafverfolgung. Zu beurteilen bleibt, ob die Verhängung einer Strafe unter spezial- oder generalpräventiven Gesichtspunkten notwendig erscheint. Aus Sicht der positiven Generalprävention kann das Vertrauen der Allgemeinheit in das Recht gestärkt werden, wenn festgestellt wird, dass auch der Täter den Normbruch anerkennt und sich bemüht, den Rechtsfrieden wiederherzustellen. Spezialpräventive Überlegungen sind bereits beim Entscheid über den bedingten Strafvollzug zu berücksichtigen. Da die Gewährung des Strafaufschubs eine Voraussetzung der Wiedergutmachung ist, spielen sie bei der Beurteilung des öffentlichen Interesses nach <ref-law> nur eine untergeordnete Rolle. Während die Strafzwecke ganz allgemein zu berücksichtigen sind, ist bei der Beurteilung der öffentlichen Strafverfolgungsinteressen im konkreten Fall insbesondere auch nach den geschützten Rechtsgütern zu unterscheiden. <ref-law> nimmt explizit Bezug auf die Wiedergutmachung des begangenen Unrechts. Worin dieses Unrecht liegt, definieren die einzelnen Tatbestände. Bei Straftaten gegen individuelle Interessen und einem Verletzten, der die Wiedergutmachungsleistung akzeptiert, wird häufig auch das öffentliche Interesse an der Strafverfolgung entfallen. Bei Straftaten gegen öffentliche Interessen ist zu beurteilen, ob es mit der Erbringung der Wiedergutmachung sein Bewenden haben soll oder ob sich unter Gesichtspunkten des Schuldausgleichs und der Prävention weitere strafrechtliche Reaktionen aufdrängen. Der Täter muss jedenfalls die Normverletzung anerkennen und sich bemühen, den öffentlichen Frieden wiederherzustellen (<ref-ruling> E. 3.4.3 und E. 3.5.3; Urteil 6B_152/2007 vom 13. Mai 2008 E. 5.2.3; je mit Hinweisen).
4.4. Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie von einer Strafbefreiung im Sinne von <ref-law> absieht. Insbesondere darf sie darauf abstellen, dass der Beschwerdeführer die Normverletzung nicht anerkannt hat. Sie berücksichtigt zu Recht, dass weitere Benützer des Lifts gefährdet worden sind. Daran ändert nichts, dass neben dem Opfer keine weiteren Kinder in der Liegenschaft wohnen. Die Vorinstanz erwägt zutreffend, dass ein öffentliches Interesse an sicheren Personenaufzügen besteht. Die Rügen des Beschwerdeführers sind unbegründet. Die vorinstanzliche Einschätzung, wonach sein deliktisches Verhalten nicht bloss mit einem Schuldspruch, sondern auch mit einer Strafe geahndet werden muss, ist nicht zu beanstanden.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz spreche ihm für die Verhandlung betreffend Protokollbereinigung keine Parteientschädigung zu. Entgegen ihren willkürlichen Feststellungen habe er einen Entschädigungsantrag gestellt. Indem sie ohne weitere Begründung ausführe, die Voraussetzungen für eine Entschädigung seien nicht erfüllt, verletze sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Beschwerde S. 14).
5.2. Die Vorinstanz erwägt, für das Verfahren betreffend Protokollbereinigung erhebe sie keine Kosten und es werde auch keine Entschädigung ausgerichtet. Der Beschwerdeführer habe keinen Antrag gestellt und die Entschädigungsvoraussetzungen seien nicht gegeben (Urteil S. 36 f.).
5.3. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie nach <ref-law> Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte (lit. a) und die wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind (lit. b). Gemäss <ref-law> prüft die Strafbehörde den Anspruch von Amtes wegen. Sie kann die beschuldigte Person auffordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen. Diese Bestimmungen gelangen auch im Rechtsmittelverfahren zur Anwendung (<ref-law>).
5.4. Die kantonalen Instanzen sprachen den Beschwerdeführer im Sinne der Anklage wegen fahrlässiger Tötung schuldig. Einen Entschädigungsanspruch hat er nicht. Daran ändert nichts, dass er in seiner Berufungserklärung beantragte, er sei für das vorinstanzliche Verfahren zu entschädigen (vorinstanzliche Akten, act. 343 unten). Die Rügen erweisen sich als unbegründet.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer wird ausgangsgemäss kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juli 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini