Faits:
A. A._ et B._ se sont mariés à Montréal, le 20 mars 1993. Trois enfants sont issus de cette union, nés en 1993, 1996 et 2000. Les époux sont séparés de fait depuis le 1er mars 2004.
Selon la convention de séparation conclue entre les époux le 7 mars 2005, tous deux exercent conjointement l'autorité parentale sur leurs trois enfants. Leur garde est organisée de manière alternée entre les parents, les enfants passant la même durée chez chacun d'eux. A._ s'engage à verser mensuellement à son épouse 2'300 fr. à titre de contribution d'entretien pour celle-ci, montant auquel s'ajoute la prise en charge des intérêts et de l'amortissement de la dette hypothécaire grevant la maison familiale de C._, sise sur la commune de D._, ainsi que les diverse taxes relatives à cette maison. A._ verse également à son épouse une contribution d'entretien pour les enfants de 2'700 fr. par mois, allocations familiales comprises. Il est enfin prévu que chaque parent s'acquitte des frais ordinaires d'entretien lorsque les enfants sont avec lui, les frais relatifs aux activités parascolaires et scolaires étant partagés par moitié entre les deux parents.
Dans sa déclaration d'impôts pour l'année 2004, A._ a fait valoir la déduction pour enfants à charge de 14'310 fr., la déduction des contributions d'entretien versées à son épouse, pour elle-même et leurs enfants, soit un montant de 50'000 fr., ainsi qu'une somme de 2'400 fr. à titre de prime et cotisations d'assurances.
La Commission d'impôt de district pour la commune de E._ n'a pas admis la déduction pour enfants à charge et a ramené la déduction pour cotisations d'assurances à 1'020 fr. (personne seule). Elle a également refusé l'abattement pour personne seule avec enfant à charge prévu par la loi cantonale, celui-ci étant accordé uniquement au parent qui perçoit les contributions d'entretien. Le revenu imposable a ainsi été fixé à 44'169 fr. pour les impôts cantonal et communal, et à 43'998 fr. pour l'impôt fédéral direct. Ce prononcé a été confirmé après réclamation, par décision du 23 mai 2006.
B. Saisie d'un recours de A._ contre cette décision, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) l'a rejeté par jugement du 25 avril 2007, notifié le 20 novembre 2007. L'argumentation était la même, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal, dès lors que les dispositions fédérales et cantonales applicables contiennent une réglementation semblable au sujet des époux séparés ou divorcés ayant la garde conjointe des enfants.
C. A._ forme un recours auprès du Tribunal fédéral contre la décision de la Commission cantonale de recours du 25 avril 2007, dont il demande l'annulation, sous suite de frais et dépens, le dossier étant renvoyé à l'administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il admet que seuls sont contestés la déduction sociale pour enfant à charge et le taux d'imposition, au sujet duquel il demande que lui soit appliqué celui valant pour les contribuables séparés faisant ménage commun avec un ou des enfants dont il assume l'entretien. Le recourant déclare aussi transmettre " la présente écriture de recours de droit public " au Tribunal cantonal, en particulier pour qu'il examine la suspension de la procédure cantonale jusqu'à droit connu sur son recours auprès du Tribunal fédéral.
La Commission cantonale de recours conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais. De son côté, le Service cantonal des contributions propose de rejeter le recours avec suite de frais, en relevant que la décision attaquée, comme celle de première instance, respectent les principes développés dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 4 septembre 2007 (2A.107/2007).
L'Administration fédérale des contributions propose de rejeter le recours avec suite de frais.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 251, 400 consid. 2 p. 403).
1.1 Le recourant n'a pas indiqué par quelle voie de droit il entendait agir devant le Tribunal fédéral. Cette imprécision ne saurait toutefois lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 296; <ref-ruling> consid. 1b p. 509).
1.2 Le litige porte sur la possibilité, pour le recourant, d'opérer la déduction sociale pour enfant à charge et de bénéficier du barème, plus favorable, applicable notamment aux contribuables séparés qui vivent en ménage commun avec des enfants. Il concerne tant les impôts cantonal et communal que l'impôt fédéral direct. Dans les deux cas, le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>), par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale cantonale du 10 mars 1976, en vigueur depuis le 1er juillet 2007 et arrêt 2A.128/2007 du 14 mars 2008, consid. 2.1, non publié). Déposé en temps utile (<ref-law>), par le destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (<ref-law>), le présent recours est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public contre ces deux catégories d'impôts (voir art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) et arrêt 2C_637/2007 du 4 avril 2008, consid. 1.3, destiné à la publication).
1.3 Selon l'<ref-law>, les mémoires de recours doivent notamment indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuves. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 1ère phrase LTF). Il découle de ces exigences générales de motivation que le recours doit, sous peine d'irrecevabilité, indiquer, ne serait-ce que sommairement, quels sont les principes juridiques dont la violation est invoquée et en quoi celle-ci consiste.
En l'espèce, le recourant ne motive son recours que par rapport au droit fédéral et ne se plaint d'aucune violation du droit cantonal. Son recours ne comporte ainsi aucune argumentation au sujet des impôts cantonal et communal, alors que la décision attaquée distingue clairement ces impôts de l'impôt fédéral direct, même si elle se borne à relever que les dispositions cantonales (art. 31 al. 1 let. b et 32 al. 3 de la loi fiscale du 10 mars 1976) sont semblables aux dispositions fédérales et renvoie aux considérations émises à propos de l'impôt fédéral direct.
Il s'ensuit que le présent recours doit être déclaré irrecevable en ce qui concerne les impôts cantonal et communal. Il y a lieu, en revanche d'entrer en matière sur le recours en tant qu'il porte sur l'impôt fédéral direct.
2. 2.1 Dans le système de l'impôt fédéral direct, la pension alimentaire versée au conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait, ainsi que les contributions d'entretien allouées à l'un des parents pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale, sont déduites du revenu brut (art. 33 al. 1 let. c de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990: LIFD; RS 642.11). Cette déduction représente une exception et doit respecter le principe de la concordance, c'est-à-dire que la prestation est déductible chez le débiteur, parce qu'elle est imposable chez son bénéficiaire (art. 23 let. f LIFD; Christine Jacques, Commentaire LIFD, n. 23 et 25 ad art. 33 p. 532). Parallèlement, l'<ref-law> permet de déduire du revenu net, pour chaque enfant mineur, ou faisant un apprentissage ou des études, dont le contribuable assure l'entretien, un montant de 4'700 fr. (montant indexé à 5'600 fr. selon l'art. 7 let. a de l'ordonnance sur la progression à froid du 4 mars 1996: OPFr; RO 1996 p. 1122, puis à 6'100 fr. depuis la modification du 27 avril 2005, en vigueur dès le 1er janvier 2006: RS 642.119.2). Quant à l'<ref-law>, il prévoit un barème plus favorable que le barème ordinaire fixé par l'<ref-law>, pour les époux vivant en ménage commun, ainsi que pour les contribuables veufs, séparés, divorcés et célibataires qui vivent en ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses dont ils assument pour l'essentiel l'entretien (ci-après: le barème pour couples).
2.2 La Commission cantonale de recours, comme l'autorité inférieure, s'est fondée sur la circulaire no 7 de l'Administration fédérale des contributions du 20 janvier 2000 relative à l'imposition de la famille selon la LIFD, à l'attribution de l'autorité parentale conjointement à des parents non mariés et au maintien de l'exercice en commun de l'autorité parentale par des père et mère séparés ou divorcés (en abrégé: la circulaire du 20 janvier 2000, publiée in Archives 68, p. 574 ss). Selon le chiffre 3 let. c de cette circulaire, l'attribution de l'autorité parentale conjointe ne doit pas entraîner une application multiple du barème pour couples aux contribuables veufs, séparés, divorcés et célibataires qui vivent en ménage commun avec des enfants (<ref-law>, respectivement <ref-law>) et ne doit pas non plus conduire à l'octroi de plusieurs déductions de nature identique pour le même enfant (<ref-law>, respectivement <ref-law>). L'interdiction du cumul des déductions est d'ailleurs conforme au système légal, comme l'a rappelé récemment la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 6.8 p. 312/313).
Au sujet des parents séparés, divorcés ou célibataires vivant dans deux ménages distincts, (Archives 68, p. 577, ch. II), la circulaire du 20 janvier 2000 prévoit qu'en cas de garde alternée de l'enfant par les deux parents, et à défaut du versement par l'un à l'autre d'une contribution pour l'entretien de l'enfant ou en cas d'égalité des contributions de l'un et de l'autre, le critère déterminant sera l'importance de la garde exercée par chacun des parents. La déduction sociale pour enfant (<ref-law>) et le barème de l'<ref-law> sont par conséquent accordés à celui des parents qui assume la garde de fait la plus importante ou, en cas de garde de même importance, à celui des parents qui a le revenu le plus élevé. A défaut de solution préférable, le Tribunal fédéral a jugé les critères retenus par l'Administration fédérale conformes aux art. 212 al. 1 et 213 al. 1 LIFD (déduction sociale pour enfant et déduction pour assurances accordées au contribuable qui en assure l'entretien; <ref-ruling>, consid. 8.5 p. 317).
La solution est toutefois différente lorsque, comme en l'espèce, l'un des parents, parallèlement à la garde alternée, verse une pension alimentaire à l'autre: dans ce cas, il y a un déplacement des ressources, de sorte que le parent qui reçoit cette pension aux fins d'entretien de l'enfant est désigné comme le contribuable qui assure l'entretien de l'enfant et il est imposable sur les montants en cause. Sur ce point, le Tribunal fédéral a estimé que la situation créée par la garde alternée n'était pas sensiblement différente de celle qui existait précédemment lorsque le parent débiteur de la pension exerçait un droit de visite élargi, parfois jusqu'à un mi-temps, pendant lequel il subvenait à l'entretien de l'enfant sans avoir droit à une déduction supplémentaire. Il en a conclu que, lors de la garde alternée, les dépenses d'entretien direct consenties par le parent débiteur de la pension alimentaire - au demeurant déductibles par celui-ci - n'avaient pas à faire l'objet d'abattements sociaux particuliers. Ainsi, le statut créé par l'existence d'une pension alimentaire l'emportait, sans égard au fait que la garde alternée ait été, ou non, d'égale importance (<ref-ruling> consid. 8.4 p. 317).
2.3 Le recourant relève qu'en vertu de la convention passée avec son épouse, le fait qu'il verse une pension alimentaire pour ses trois enfants ne le libère pas de la charge d'entretien qu'il assume en raison de la garde alternée et d'une responsabilité parentale partagée. Dès lors que les enfants ne vivent que la moitié du temps chez leur mère, celle-ci n'a pas la garde prépondérante, et n'a donc pas à être favorisée fiscalement par rapport au père. Selon lui, la décision attaquée, qui se fonde sur une circulaire administrative, serait non seulement contraire à l'esprit de la loi, mais aussi à la Constitution qui pose le principe de l'égalité des droits.
2.4 Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de répondre à ces critiques dans son arrêt 2A.107/2007 du 4 septembre 2007 publié aux <ref-ruling> ss, en particulier par rapport à la proposition de la doctrine d'accorder à chaque parent séparé ou divorcé la moitié de la déduction pour enfant. Il a constaté que le système mis en place par la loi (<ref-law>), implique que les enfants soient rattachés à un couple ou à un parent unique qui constitue une unité économique, laquelle détermine le droit aux déductions sociales pour enfants et au barème pour couples. En outre, si les déductions sociales devaient être divisées, il n'y aurait aucune raison de s'en tenir à une répartition par moitié et d'écarter une répartition selon d'autres proportions, en fonction de la part d'entretien assurée par chaque parent, ce qui ne manquerait pas d'entraîner des difficultés d'ordre pratique. S'agissant de l'impôt fédéral direct, une telle solution devrait en tout état de cause être instaurée par le législateur (<ref-ruling> consid. 8.6 p. 318). Seul ce dernier est en effet habilité à corriger d'éventuelles inégalités de traitement en la matière (art. 190 Cst.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 310). En attendant, les parents taxés séparément ont la possibilité d'aménager leur nouvelle situation et les obligations financières qui en découlent en fonction de leurs conséquences fiscales, de manière à tenir compte au mieux, dans le cadre de l'autorité parentale conjointe et de la garde alternée, des capacités économiques de chacun d'eux (<ref-ruling> consid. 9.2 p. 320).
2.5 Il n'y a, en l'état, aucun motif de revenir sur cette jurisprudence récente, de sorte que la décision de la Commission cantonale de recours, refusant d'accorder au recourant la déduction sociale pour enfant et de le mettre au bénéfice du barème pour couple, est conforme au droit fédéral.
Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de donner suite aux mesures probatoires requises par le recourant, en particulier son audition, du moment que, pour son imposition, il n'est pas pertinent que les époux assument les mêmes charges financières concernant les enfants ou que la mère n'ait pas la garde prépondérante sur ces derniers.
3. Au vu de ce qui précède, le recours doit, en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, être rejeté, avec suite de frais à la charge du recourant, qui succombe entièrement (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct. Il est irrecevable en matière d'impôts cantonal et communal.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 18 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Rochat