Sachverhalt:
A. X._ fuhr am 27. Juli 2007 mit seinem Personenwagen um ca. 16.20 Uhr in Zürich auf der Toblerstrasse stadtauswärts. Beim Toblerplatz wollte er nach links in die Krähbühlstrasse abbiegen. Dazu überquerte er zunächst die Tramgeleise und bog dann um eine Traminsel herum in den Toblerplatz ein. Dabei übersah er A._ (Jg. 1919), welche auf oder neben dem Fussgängerstreifen die Fahrbahn überquerte. Es kam zur Kollision, bei welcher sich A._ tödliche Verletzungen zuzog.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl verurteilte X._ am 2. Juli 2008 wegen fahrlässiger Tötung im Sinn von <ref-law> zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen à 150 Franken und einer unbedingten Busse von 300 Franken. Der Strafbefehl blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft.
B. Die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich entzog X._ am 4. Dezember 2008 wegen schwerer Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz den Führerausweis für 6 Monate. Mit zugleich als Rekurs bezeichnetem Wiedererwägungsgesuch beantragte X._, ihm den Führerausweis wegen einer mittelschweren Widerhandlung gegen das Strassenverkehrsgesetz für nicht mehr als zwei Monate zu entziehen. Der Regierungsrat des Kantons Zürich behandelte die Eingabe als Rekurs und wies ihn am 11. März 2009 ab.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde von X._, mit welchem er wiederum einen Führerausweisentzug von nicht mehr als zwei Monaten beantragte, am 17. Juni 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlichrechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Führerausweisentzug in Anwendung von <ref-law> auf zwei Monate, eventuell in Anwendung von <ref-law> auf 3 Monate zu reduzieren. Die Kosten der Verfahren vor Regierungsrat, Verwaltungsgericht und Bundesgericht seien auf die Staatskasse zu nehmen, und dem Beschwerdeführer sei eine angemessene Parteientschädigung auszurichten.
Die Sicherheitsdirektion und das Verwaltungsgericht verzichten auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde teilweise gutzuheissen und X._ den Führerausweis drei Monate zu entziehen.
X._ nimmt in seiner Replik mit Genugtuung von der Eingabe des ASTRA Kenntnis und verzichtet auf weitere Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Unzulässig ist der Antrag des Beschwerdeführers, auch den Entscheid des Regierungsrates im Kostenpunkt aufzuheben. Dieser ist durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4.5 S. 144; <ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und die einschlägigen Bestimmungen des SVG unrichtig angewandt. Beides ist zulässig (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Umstritten ist, ob der Beschwerdeführer, der den Unfall schuldhaft verursachte und deswegen rechtskräftig wegen fahrlässiger Tötung verurteilt wurde, eine mittelschwere oder schwere Verkehrsregelverletzung beging.
2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss <ref-law> begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von <ref-law> als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Gemäss <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer schweren Widerhandlung, welche einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> entspricht (<ref-ruling> E. 3 S. 237), wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (Abs. 2 lit. a). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (<ref-law>).
2.2 Die mittelschwere Widerhandlung nach <ref-law> stellt einen Auffangtatbestand dar. Sie liegt vor, wenn nicht alle privilegierenden Elemente einer leichten Widerhandlung nach <ref-law> und nicht alle qualifizierenden Elemente einer schweren Widerhandlung nach <ref-law> gegeben sind (Urteil 6A.16/2006 vom 6. April 2006 E. 2.1.1, in: JdT 2006 I S. 442; Botschaft vom 31. März 1999 zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes, BBl 1999 4487). Die Annahme einer schweren Widerhandlung setzt kumulativ eine qualifizierte objektive Gefährdung und ein qualifiziertes Verschulden voraus. Ist die Gefährdung gering, aber das Verschulden hoch, oder umgekehrt die Gefährdung hoch und das Verschulden gering, liegt eine mittelschwere Widerhandlung vor (Botschaft a.a.O. 4489; Cédric Mizel, Die Grundtatbestände der neuen Warnungsentzüge des SVG und ihre Beziehung zum Strafrecht, in: ZstrR 124/2006, S. 31 ff., insbesondere S. 63 f.).
3. 3.1 Das Verwaltungsgericht geht zu Recht davon aus, dass die Verwaltungsbehörde beim Entscheid über die Massnahme von den tatsächlichen Feststellungen des Strafrichters nur abweichen darf, wenn sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafrichter unbekannt waren, wenn sie zusätzliche Beweise erhebt oder wenn der Strafrichter bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht alle Rechtsfragen abgeklärt, namentlich die Verletzung bestimmter Verkehrsregeln übersehen hat (<ref-ruling> E. 1c/aa mit Hinweis). In der rechtlichen Würdigung des Sachverhalts - namentlich auch des Verschuldens - ist die Verwaltungsbehörde demgegenüber frei, ausser die rechtliche Qualifikation hängt stark von der Würdigung von Tatsachen ab, die der Strafrichter besser kennt, etwa weil er den Beschuldigten persönlich einvernommen hat (<ref-ruling> nicht publ. E. 3a; <ref-ruling> E. 1c/bb).
3.2 Der Beschwerdeführer liess im Strafverfahren der zuständigen Staatsanwältin durch seinen Rechtsvertreter am 13. Juni 2008 mitteilen, er anerkenne den Sachverhalt und verzichte auf eine Einvernahme durch die Staatsanwaltschaft. Diese erliess daraufhin am 2. Juli 2008 den Strafbefehl gegen den Beschwerdeführer, ohne ihn einvernommen zu haben. Bei dieser Sachlage konnte sich die Staatsanwältin begnügen, den dem Beschwerdeführer anzulastenden Sachverhalt im Strafbefehl ohne besondere Detailgenauigkeit in relativ groben Zügen anzuführen. Die für die Beurteilung der Massnahme zuständigen Verwaltungsbehörden und Gerichte sind damit nach der oben in E. 3.1 dargestellten Rechtsprechung befugt, weitere Tatsachen festzustellen. Das Verwaltungsgericht hat dies im angefochtenen Entscheid getan, indem es davon ausgeht, dass das Opfer die Fahrbahn aus Sicht des Beschwerdeführers von rechts nach links überquerte, und dass er vor der Kollision mit einer Geschwindigkeit von rund 30 km/h unterwegs gewesen war. Der Beschwerdeführer rügt, diese beiden tatsächlichen Annahmen seien willkürlich.
3.3 Der Beschwerdeführer hat anlässlich der polizeilichen Einvernahme rund zwei Stunden nach dem Unfall ausgesagt, die Frau sei eineinhalb oder zwei Meter nach dem Fussgängerstreifen von rechts nach links über die Strasse gelaufen; sie habe in Richtung Tramhäuschen geschaut. Diese Gehrichtung ist naheliegend, weil das Opfer kurz vor dem Unfall in einem rechts von der Fahrbahn gelegenen Geschäft einkaufte. Das Spurenbild ergibt in dieser Beziehung nichts Schlüssiges, spricht aber jedenfalls nicht gegen diese Annahme. Das Verwaltungsgericht konnte unter diesen Umständen vorab gestützt auf die plausible Aussage des Beschwerdeführers ohne Willkür davon ausgehen, dass das Opfer im Begriff war, die Fahrbahn von rechts nach links zu überqueren, als es vom Fahrzeug des Beschwerdeführers erfasst wurde.
Der Wissenschaftliche Dienst der Stadtpolizei Zürich ist in seinem Vorbericht aufgrund des Gesamtspurenbilds zum Schluss gekommen, der Beschwerdeführer sei mit einer Geschwindigkeit "im Bereich von ca. 30 km/h" mit der Fussgängerin kollidiert. Abgesehen davon, dass der Beschwerdeführer diesen Wert in der Strafuntersuchung nicht beanstandet hat, bringt er nichts vor, das diese Annahme willkürlich erscheinen liesse. Er legt im Gegenteil selber dar, die Geschwindigkeit habe "maximal 20-30 km/h" (Beschwerde S. 6) betragen, was mit der Einschätzung des Wissenschaftlichen Dienstes vereinbar ist. Die Willkürrüge ist offensichtlich unbegründet.
4. 4.1 Das Verwaltungsgericht hat in zutreffender Weise die Rechtslage dargelegt (E. 4.1 S. 6 f.), wonach ein Automobilist, der sich einem Fussgängerstreifen ohne Verkehrsregelung nähert, seine Geschwindigkeit soweit zu drosseln hat, dass er vor einem Fussgänger, der sich auf oder am Fussgängerstreifen befindet und damit vortrittsberechtigt ist, rechtzeitig bremsen kann (<ref-law>, Art. 6 Abs. 1 VRV). Der Fahrzeugführer hat zudem allgemein sein Fahrzeug ständig so zu beherrschen, dass er seinen Vorsichtspflichten genügt (<ref-law>), was unter anderem voraussetzt, dass er seine Aufmerksamkeit dem Verkehr zuwendet (Art. 3 Abs. 1 VRV). Keiner weiteren Ausführung bedarf, dass das Missachten dieser Regeln bei der Annäherung an einen Fussgängerstreifen eine ernstliche Gefahr für die Fussgänger hervorruft, da diese bei einer Kollision mit einem Automobil auch bei relativ geringer Fahrgeschwindigkeit schwere und schwerste Verletzungen davontragen können.
4.2 Wie das Verwaltungsgericht zu Recht festgestellt hat, erfordert das Befahren des Toblerplatzes, was dem ortskundigen Beschwerdeführer bekannt war, besondere Aufmerksamkeit, weil mehrere Strassen einmünden und sich in dessen Mitte eine Traminsel befindet. Für die von ihm gewählte Route hatte der Beschwerdeführer zunächst die Tramgeleise zu überqueren. Hierauf musste er um die mit Passanten bevölkerte Traminsel herum rechtwinklig nach links abbiegen, um dann die Fahrt zwischen Trottoir und Traminsel über einen Fussgängerstreifen vor und einem nach dem Tramhäuschen in Richtung Krähbühlstrasse fortsetzen zu können. Nach seinen eigenen Angaben war ihm bei der Anfahrt auf die Traminsel wegen der Zeitungsboxen und des Tramhäuschens die Sicht auf den dahinterliegenden Fussgängerstreifen verdeckt. Er habe die Frau erst gesehen, als sie sich unmittelbar vor der Motorhaube befunden habe.
4.3 Das Verwaltungsgericht hat dem Beschwerdeführer zu Recht angelastet, mit seiner Fahrweise den Verkehr objektiv schwer gefährdet zu haben. Er musste angesichts der vielen Leute auf der Traminsel damit rechnen, dass er unmittelbar nach dem Linksabbiegen mit Passanten auf der Fahrbahn konfrontiert sein würde, und es musste ihm auch bewusst sein, dass er diesen Abschnitt der Fahrbahn im Bereich des ersten Fussgängerstreifens vor dem Abbiegen vor allem wegen der auf der Traminsel wartenden Passanten, der Zeitungsboxen und des tiefen Sonnenstands nur schlecht bzw. lückenhaft einsehen konnte. Dementsprechend hätte er sein Abbiegemanöver mit erstellter Bremsbereitschaft und einer Geschwindigkeit durchführen müssen, welche nötigenfalls ein rechtzeitiges Anhalten vor einem die Strasse überquerenden Fussgänger zugelassen hätte. Da der erste Fussgängerstreifen nur rund 2-3 m hinter der Spitze der Traminsel liegt hätte er somit auf diese Distanz anhalten können müssen, was bei einer Geschwindigkeit von rund 30 km/h oder auch etwas darunter ausgeschlossen ist. Seine Geschwindigkeit war daher klarerweise erheblich übersetzt, was sich auch daraus ergibt, dass er das Opfer, das die Strasse bereits mehr als zur Hälfte überquert hatte und sich somit nach der nicht bestrittenen Annahme der Vorinstanz zumindest bereits 2 Sekunden auf der Fahrbahn befunden haben musste, erst unmittelbar vor der Kollision wahrnahm.
4.4 In Bezug auf das Verschulden geht das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid zu Recht davon aus, es genüge für die Annahme einer groben Fahrlässigkeit, dass der Beschwerdeführer in einer momentanen Unachtsamkeit nicht bedachte, mit seiner den Verhältnissen nicht angepassten, ein Anhalten auf Sicht nicht erlaubenden Geschwindigkeit Leib und Leben anderer Verkehrsteilnehmer zu gefährden, namentlich der (vortrittsberechtigten) Passanten, mit denen er auf den Fussgängerstreifen hinter der Traminsel rechnen musste. Dass die Fussgängerin nach seinen eigenen Angaben die Fahrbahn nicht auf, sondern 1-2 m hinter dem Fussgängerstreifen überquerte, vermag ihn nicht zu entlasten, war sie auf diese Weise doch länger in seinem Blickfeld, als wenn sie den Fussgängerstreifen benutzt hätte, weshalb er sie umso eher hätte sehen müssen.
4.5 Das Verwaltungsgericht hat dem Beschwerdeführer somit zu Recht eine schwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln im Sinn von <ref-law> angelastet, was zu einem Führerausweisentzug von mindestens drei Monaten Dauer führt (<ref-law>).
5. Der Beschwerdeführer und das ASTRA machen geltend, die Entzugsdauer sei willkürlich hoch.
5.1 Massgebend für deren Bemessung sind nach <ref-law> die Umstände des Einzelfalles, namentlich die Gefährdung der Verkehrssicherheit, das Verschulden, der automobilistische Leumund sowie die berufliche Notwendigkeit, ein Motorfahrzeug zu führen. Alle Umstände sind dabei gesamthaft zu würdigen, und es ist im Einzelfall die Entzugsdauer so festzusetzen, dass die mit der Massnahme beabsichtigte erzieherische und präventive Wirkung am besten erreicht wird. Den kantonalen Behörden steht bei der Bemessung der Entzugsdauer ein weiter Spielraum des Ermessens zu. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn dieses Ermessen überschritten oder missbraucht wurde. Dies ist namentlich der Fall, wenn die kantonalen Behörden einzelne Umstände zu Unrecht ganz ausser Acht lassen oder in einer unhaltbaren Weise gewichten (<ref-ruling> E. 4b).
5.2 Das ASTRA macht geltend, gemäss Entscheid des Bundesgerichts 6A.87/2002 vom 10. Februar 2003 müsse für die Bemessung der Massnahme von der gesetzlichen Mindestentzugsdauer ausgegangen werden und diese dann nach den in <ref-law> festgelegten Kriterien angepasst werden. Ein solches Vorgehen sei im angefochtenen Entscheid nicht ersichtlich. Vorliegend sei der bei 40-jähriger Fahrpraxis ungetrübt gebliebene automobilistische Leumund nicht berücksichtigt worden, wie ein Vergleich mit dem Entscheid 1C_305/2008 vom 23. Februar 2009 zeige, in welchem das Zürcher Verwaltungsgericht eine sechsmonatige Entzugsdauer unter Hinweis auf den tadellosen automobilistischen Leumund der fehlbaren Lenkerin um zwei Monate gekürzt habe. Das Bundesgericht habe dies geschützt. Im Vergleich mit diesem Entscheid erscheine vorliegend eine Entzugsdauer von drei Monaten als angemessen.
5.2.1 Der Entscheid des Bundesgerichts 6A.87/2002 betraf einen Fahrzeuglenker, der zweimal in angetrunkenem Zustand gefahren war und auf den die kantonalen Behörden einen nach Blutalkoholkonzentration und zeitlichem Ablauf der Trunkenheitsfahrten gestaffelten "Tarif" anwandten. Daraus lässt sich für den vorliegenden, völlig anders gelagerten Fall nichts ableiten. Das Bundesgericht hebt im Übrigen einen Entscheid über die Entzugsdauer nur auf, wenn diese im Ergebnis das der Entzugsbehörde zustehende Ermessen verletzt. Insofern ist es unerheblich, mit welcher Methode sie zu einem bundesrechtskonformen Resultat kommt. Etwas anderes lässt sich dem angeführten Entscheid nicht entnehmen.
5.2.2 Auch aus dem Entscheid des Bundesgerichts 1C_305/2008 lässt sich nichts zugunsten des Beschwerdeführers ableiten. Zum einen führt das den Entzugsbehörden zustehende weite Ermessen dazu, dass die Massnahmen in vergleichbaren Fällen strenger oder weniger streng ausfallen können, ohne dass das Bundesgericht bereits einschreiten würde. Vor allem aber handelt es sich beim angeführten Entscheid um einen altrechtlichen Fall. Mit der Revision des Strassenverkehrsgesetzes vom 14. Dezember 2001, in Kraft seit 1. Januar 2005, wurden die Administrativmassnahmen bei Verkehrsregelverletzungen, die die Verkehrssicherheit gefährden, auch gegenüber Ersttätern bewusst und teilweise massiv verschärft (BBl 1999 4485 f.; <ref-ruling> E. 2.2.3; <ref-ruling> E. 4.3).
5.3 Bei der Festlegung der Entzugsdauer fällt zunächst in Betracht, dass der vorliegend zu beurteilende Fall innerhalb der Kategorie der schweren Widerhandlungen im Sinn von <ref-law> keineswegs zu den "leichten", im Grenzbereich zwischen mittelschweren und schweren Widerhandlungen anzusiedelnden Fällen gehört. Dies zeigt ein Blick auf die Rechtsprechung, wonach beispielsweise das Überschreiten der Höchstgeschwindigkeit auf Autobahnen um 35 km/h auch bei günstigen objektiven und subjektiven Umständen als schwere Widerhandlung gilt (BGE <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3). Der Fall des Beschwerdeführers, der auf einem belebten Platz mit übersetzter Geschwindigkeit auf einen schlecht bzw. jedenfalls bloss auf wenige Meter lückenlos einsehbaren Fussgängerstreifen zufuhr, wiegt angesichts der hohen Gefährdung der Passanten, die sich in der tödlich verlaufenden Kollision auch verwirklichte, weit schwerer. Zu seinen Gunsten zu werten ist, dass der Unfall nicht auf eine generell rücksichtslose Fahrweise, sondern eher auf eine momentane Unachtsamkeit zurückzuführen ist, was sich bereits aus seinem tadellosen automobilistischem Leumund ergibt. Das Verwaltungsgericht hat mit der Festsetzung des Entzugs auf 6 Monate sein Ermessen im Ergebnis keineswegs überschritten.
6. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Störi