Sachverhalt:
A. Der 1947 geborene L._ arbeitete als Versicherungsberater zunächst bei den Versicherungen X._ und seit September 1994 bei der Versicherung Y._. Am 5. März 1993 zog er sich anlässlich eines Sturzes beim Skifahren eine Rotatorenmanschettenläsion an der linken Schulter zu, welche mehrere operative Eingriffe zur Folge hatte.
L._ informierte mit einer Bagatellunfall-Meldung vom 19. März 1998 die Helsana Versicherungen AG (nachfolgend Helsana), bei welcher er zu jenem Zeitpunkt gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert war, darüber, dass er sich am 20. November 1997 beim Ballspiel erneut an der linken Schulter verletzt habe. Am 2. April 1998 unterzog er sich einer Arthroskopie am linken Schultergelenk. Die Helsana erbrachte Versicherungsleistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeld. Da der Versicherte weiterhin an starken Schulterschmerzen litt, erfolgten weitere operative Eingriffe und Behandlungen in Form von Physiotherapie und der Einnahme von verschiedenen Schmerzmitteln. Er nahm seine Arbeit nach dem Eingriff vom 2. April 1998 nicht wieder auf. Am 13. März 2002 stürzte L._ wiederum beim Skifahren und zog sich dabei eine Unterschenkeltrümmerfraktur links zu. Diese Verletzung heilte komplikationslos aus. Die Helsana liess den Versicherten durch Dr. med. S._, Spezialarzt FMH für orthopädische Chirurgie (Expertise vom 4. Februar 2003), und durch das Zentrum Z._ (Zentrum Z._; Expertise vom 7. September 2004) begutachten. Im weiteren zog sie Ermittlungsberichte und eine DVD-Dokumentationen über eine im Auftrag der Basler Versicherungen in den Jahren 2005 und 2006 durchgeführte Überwachung des Versicherten bei. Mit Verfügung vom 20. November 2006 verneinte die Helsana einen über den 31. Oktober 2006 hinausgehenden Anspruch auf Taggeld, auf eine Invalidenrente sowie - mit Ausnahme verschiedener Medikamente - auf Heilbehandlung. Hingegen richtete sie L._ mit separater Verfügung vom 27. November 2006 eine Integritätsentschädiung entsprechend einer Integritätseinbusse von 10% aus. Die gegen beide Verfügungen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 19. November 2007 ab.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die dagegen geführte Beschwerde, mit welcher beantragt wurde, es sei ein Zusatzgutachten einzuholen, es seien weiterhin Heilbehandlung und Taggeldleistungen zu erbringen, eventuell eine Rente zuzusprechen und eine Integritätsentschädigung von mindestens 20% zu leisten, in dem Sinne teilweise gut, als es die Helsana in Aufhebung des Einspracheentscheides verpflichtete, dem Versicherten ab 1. November 2006 eine Invalidenrente von 65% auszurichten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
C. Die Helsana führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und stellt den Antrag, der Einspracheentscheid vom 19. November 2007 sei in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides zu bestätigen.
L._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.
Mit unaufgefordert eingereichter Eingabe vom 16. Februar 2010 nimmt die Helsana zur Vernehmlassung des Beschwerdegegners Stellung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
1.2 Die nach Ablauf der Rechtsmittelfrist (<ref-law>) unaufgefordert eingereichte Eingabe der Beschwerdeführerin vom 16. Februar 2010 bleibt unberücksichtigt, da sie nicht im Rahmen eines zweiten Rechtsschriftenwechsels einging und keine revisionsrechtlich erheblichen Tatsachen im Sinne von <ref-law> enthält (Urteil 9C_436/2007 vom 6. Dezember 2007 E. 6.1.1 i.f. u.a. mit Hinweis auf die zu Art. 137 lit. b OG ergangene, unter der Herrschaft des BGG weiterhin gültige Rechtsprechung; <ref-ruling> E. 5b S. 358).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdegegner auf Grund des Ereignisses vom 20. November 1997 einen Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung hat.
Die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache sind im angefochtenen Entscheid, auf den diesbezüglich verwiesen wird, richtig dargelegt. Hervorzuheben ist, dass die Leistungspflicht des Unfallversicherers nebst anderem einen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden voraussetzt. Liegt eine Gesundheitsschädigung mit einem klaren organischen Substrat vor, kann der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel ohne weiteres zusammen mit dem natürlichen Kausalzusammenhang bejaht werden. Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier lässt sich die Adäquanzfrage nicht ohne eine besondere Prüfung beantworten. Dabei ist vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (<ref-ruling>).
3. Das kantonale Gericht hat erwogen, dass grundsätzlich auf die Erkenntnisse gemäss Gutachten des Zentrums Z._ vom 7. September 2004 abzustellen sei. Demnach sei dem Beschwerdegegner aus rheumatologisch/orthopädischer Sicht eine ganztägige Arbeit in seinem früheren Beruf als Versicherungsvertreter oder in einer anderen körperlich leichten Tätigkeit ohne Über-Kopf-Arbeiten und repetitive Bewegungen des linken Armes zumutbar, soweit er die Möglichkeit für zusätzliche Pausen von insgesamt einer Stunde habe. Unter Berücksichtigung der psychischen Erkrankung, wie sie im Teilgutachten des Dr. med. et phil. B._ vom 15. August 2004 beschrieben sei, sei insgesamt von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit auszugehen. Weder die seit der Begutachtung beim Zentrum Z._ durchgeführten weiteren medizinischen Untersuchungen und Abklärungen, noch die seither erfolgten Observationen rechtfertigten eine grundsätzlich neue oder andere Beurteilung der Arbeitsfähigkeit, womit es bei jener gemäss Gutachten des Zentrums Z._ bleibe. Die Vorinstanz bejahte sodann den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den psychischen Beschwerden und dem Ereignis vom 20. November 1997 und ermittelte - gestützt auf einen Entscheid in Sachen Versicherter gegen Invalidenversicherung vom 26. Juni 2006, welcher vom Bundesgericht mit Urteil vom 18. Mai 2007 geschützt wurde - einen Invaliditätsgrad von 65%.
4.1 4.1.1 Hinsichtlich der organischen Unfallfolgen besteht zwischen der Beschwerde führenden Helsana und dem kantonalen Gericht Einigkeit darüber, dass der Versicherte unter Berücksichtigung des organisch bedingten, objektivierbaren Gesundheitsschadens eine leichte, die linke Schulter nicht belastende Tätigkeit zumutbarerweise ganztags ausüben könnte. Diese Einschätzung deckt sich denn auch mit jenen des Dr. med. S._, orthopädische Chirurgie FMH, in seinem Gutachten vom 4. Februar 2003, des Dr. med. T._, orthopädische Chirurgie FMH, Oberarzt an der Rehaklinik E._, in seinem orthopädischen Konsilium vom 30. Mai 2003 und der Ärzte der Klinik C._ in ihrem Bericht vom 2. Juni 2004. Davon ist auch im Folgenden auszugehen.
4.1.2 An dieser Einschätzung können auch die vom Beschwerdegegner vor Bundesgericht neu aufgelegten Arztberichte nichts ändern, weil neue Tatsachen und Beweismittel letztinstanzlich nur so weit vorgebracht werden dürfen, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Das gilt auch im Verfahren um Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- und Unfallversicherung (<ref-ruling> E. 2 und 3 S. 196). Der Versicherte legt nicht dar, inwiefern dies für die von ihm neu aufgelegten Aktenstücke der Fall sein soll, weshalb sie keine Berücksichtigung finden können. Zudem beziehen sich die neu eingereichten medizinischen Untersuchungsergebnisse zum Teil auf einen Gesundheitszustand ausserhalb des für die Beurteilung zeitlich massgebenden Sachverhalts (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1b S. 366; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 S. 243). Die erst nach Erlass des in zeitlicher Hinsicht regelmässig die Grenze der gerichtlichen Beurteilung bildenden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 446 mit Hinweisen) Einspracheentscheides (hier: 19. November 2007) erstellten Unterlagen bleiben daher grundsätzlich unberücksichtigt. Die davor ergangenen Berichte hätten der Unfallversicherung beziehungsweise dem kantonalen Gericht bereits vor Erlass des angefochtenen Entscheides eingereicht werden können.
4.2 Der Versicherte leidet gemäss den verschiedenen ärztlichen Stellungnahmen - nachdem keine organische Ursache für die geltend gemachten massiven Schmerzen eruiert werden konnte - insbesondere an psychischen Beschwerden. Dr. med. et phil. B._, welcher im Rahmen der Begutachtung des Zentrums Z._ die konsiliarpsychiatrische Exploration durchgeführt hat, stellt die Diagnosen einer prolongierten gemischten Anpassungsstörung mit Störung der Gefühle und des Sozialverhaltens (ICD-10: F43.25) und einer depressiv-asthenisch-dysthymen Wesensveränderung im Rahmen einer beginnenden Persönlichkeitsveränderung nach psychischer Erkrankung (F62.1). Differentialdiagnostisch liege eine anhaltend somatoforme Schmerzverarbeitungsstörung vor. Diese Gesundheitsstörung ist gemäss Gutachten des Zentrums Z._, auf welches das kantonale Gericht zu Recht abgestellt hat, hauptsächlich dafür verantwortlich, dass die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdegegners um 50% eingeschränkt sei. Mit der Vorinstanz ist daher zu prüfen, ob sie in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis vom 20. November 1997 steht.
4.2.1 Gemäss der in <ref-ruling> begründeten und seither bestätigten Rechtsprechung wird bei der Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhanges zwischen psychischen Beschwerden und einem versicherten Unfall an das objektiv erfassbare Unfallereignis angeknüpft. Dabei werden die Unfälle ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf in drei Gruppen eingeteilt, nämlich in banale bzw. leichte Unfälle einerseits, schwere Unfälle anderseits und schliesslich den dazwischenliegenden mittleren Bereich (<ref-ruling> E. 6 S. 139). Bei banalen Unfällen wie zum Beispiel bei geringfügigem Anschlagen des Kopfes oder Übertreten des Fusses und bei leichten Unfällen wie zum Beispiel einem gewöhnlichen Sturz oder Ausrutschen kann der adäquate Kausalzusammenhang zwischen Unfall und psychischen Gesundheitsstörungen in der Regel ohne weiteres verneint werden, da aufgrund der allgemeinen Lebenserfahrung, aber auch unter Einbezug unfallmedizinischer Erkenntnisse davon ausgegangen werden kann, dass ein banaler bzw. leichter Unfall nicht geeignet ist, einen invalidisierenden psychischen Gesundheitsschaden zu verursachen (<ref-ruling> E. 6a S. 139). Bei schweren Unfällen dagegen ist der adäquate Kausalzusammenhang zwischen Unfall und psychisch bedingter Erwerbsunfähigkeit in der Regel zu bejahen, im mittleren Bereich ist für die Beantwortung der Frage, ob zwischen einem Unfall und psychisch bedingter Erwerbsunfähigkeit ein adäquater Kausalzusammenhang besteht auf weitere unfallbezogene Beurteilungskriterien abzustellen (<ref-ruling> E. 6b und 6c/aa S. 140).
4.2.2 Das Ereignis vom 20. November 1997, welches zur Schulterverletzung des Versicherten führte, wird in der Bagatellunfall-Meldung vom 19. März 1998 wie folgt beschrieben: "beim Turnen (Männerriege) bei Ballspiel." Der behandelnde Arzt, Dr. med G._, orthopädische Chirurgie FMH schildert es als "nach heftiger Wurf-Bewegung einschiessender Schmerz in der linken Schulter, seither persistierender Bewegungs- und Ruhe-Schmerz". Dr. med. S._ führt in der Anamnese seines Gutachtens vom 4. Februar 2003 eine "überrissene" Armbewegung beim Ballspiel mit einem akuten Schmerzschub in der linken Schulter an. Aus diesen Beschreibungen ist ersichtlich, dass das Ereignis vom 20. November 1997 als banal oder höchstens leicht im Sinne der angeführten Rechtsprechung zu qualifizieren und folglich als nicht geeignet zu betrachten ist, eine psychische Gesundheitsschädigung nach sich zu ziehen. Damit bedarf es - entgegen der Ansicht der Vorinstanz - keiner weiteren Prüfung von Zusatzkriterien. Es besteht kein adäquater Kausalzusammenhang zwischen dem "heftigen Ballwurf" und den diagnostizierten psychischen Beschwerden, weshalb diese bei der Festsetzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit ausser Betracht fallen.
5. Zu prüfen bleibt, in welchem Ausmass der Beschwerdegegner durch seine objektiv nachweisbare organische Gesundheitsschädigung an der linken Schulter in seiner Erwerbsfähigkeit eingeschränkt ist.
5.1 Die Beschwerdeführerin hat weder in der Verfügung vom 20. November 2006 noch im Einspracheentscheid vom 19. November 2007 einen Einkommensvergleich durchgeführt. Auf entsprechende Einwände in der Einsprache hin wird im Entscheid vom 19. November 2007 ausgeführt, der Beschwerdegegner sei bei genügender Willensanstrengung als Versicherungsberater zu 100% arbeits- und erwerbsfähig. Es bestehe daher kein Rentenanspruch.
5.2 Dem kann nicht ohne weiteres gefolgt werden. Der Beschwerdegegner hat seine Arbeitsstelle als Versicherungsberater im Jahre 1999 verloren. Daher kann im Jahre 2006 auf einen Einkommensvergleich zur Ermittlung des Invaliditätsgrades nicht mit dem blossen Hinweis auf eine volle Arbeitsfähigkeit in der ursprünglichen Tätigkeit verzichtet werden. Immerhin hat auch die Beschwerdeführerin selbst einen erheblichen dauernden Gesundheitsschaden anerkannt, indem sie dem Versicherten eine Integritätsentschädigung ausrichtete. Zudem benötigt es gemäss Gutachten des Zentrums Z._ vom 7. September 2004 zusätzliche Pausen von insgesamt einer Stunde. Die Sache ist demnach an die Beschwerdeführerin zurückzuweisen, damit sie feststellt, was der Beschwerdegegner auf dem ihm offenstehenden Arbeitsmarkt noch zu verdienen vermag. Sie wird sich dabei nach der Zumutbarkeitsbeurteilung gemäss orthopädisch/rheumatologischem Teil des Gutachtens des Zentrums Z._ vom 7. September 2004 richten. Alsdann wird sie über den Rentenanspruch des Versicherten neu zu verfügen haben.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten den Parteien anteilsmässig aufzuerlegen (<ref-law>). Die Helsana hat dem Beschwerdegegner eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. August 2009 und der Einspracheentscheid vom 19. November 2007 aufgehoben werden. Die Sache wird an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen, damit sie den Anspruch des Beschwerdegegners auf eine Invalidenrente im Sinne der Erwägungen erneut prüfe.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 250.- und dem Beschwerdegegner Fr. 500.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1000.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer