(Willkürliche Beweiswürdigung; in dubio pro reo), hat sich ergeben:
A.- S.R._ wurde von der zweiten Abteilung des Bezirksgerichts Baden am 18. Dezember 1997 der mehrfachen sexuellen Nötigung, der Vergewaltigung, der Drohung sowie des mehrfachen Führens eines Personenwagens trotz Führerausweisentzugs schuldig gesprochen und mit 3 1/4 Jahren Zuchthaus abzüglich zwei Tagen Untersuchungshaft, einer Busse von Fr. 500. -- sowie mit 10 Jahren Landesverweisung, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von 5 Jahren, bestraft; gleichzeitig wurde der mit Strafbefehl des Bezirksamts Zurzach vom 22. Januar 1993 gewährte bedingte Strafvollzug für eine Gefängnisstrafe von 30 Tagen widerrufen und eine vollzugsbegleitende ambulante psychotherapeutische Behandlung angeordnet.
Gegen dieses Urteil erhob S.R._ Berufung beim aargauischen Obergericht und beantragte den Freispruch von den Anklagepunkten der mehrfachen sexuellen Nötigung und der Vergewaltigung sowie eine mildere Strafzumessung. Nach Durchführung einer Verhandlung mit Befragung von S.R._ wies die 1. Strafkammer des Obergerichts am 6. Mai 1999 die Berufung ab.
B.- S.R._ ist mit staatsrechtlicher Beschwerde ans Bundesgericht gelangt und beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils hinsichtlich der Anklagepunkte der mehrfachen sexuellen Nötigung, der Vergewaltigung, der mehrfachen Drohung sowie der einfachen Körperverletzung. Zur Begründung beruft er sich auf Art. 4 der Bundesverfassung vom 29.Mai1874(aBV)undrügt, dieBeweiswürdigungseiwillkürlicherfolgt. InprozessualerHinsichtersuchterumGewährungderunentgeltlichenRechtspflege. Das Obergericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf eine Stellungnahme stillschweigend verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und wieweit es auf eine Beschwerde eintreten kann (<ref-ruling> E. 1a S. 299 mit Hinweisen).
b) Die staatsrechtliche Beschwerde ist, von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen, rein kassatorischer Natur (<ref-ruling> E. 5a S. 96 mit Hinweisen). Soweit der Beschwerdeführer mehr verlangt als die Aufhebung des angefochtenen Urteils, kann darauf nicht eingetreten werden. Dies betrifft die Anträge bezüglich der Anklagepunkte der mehrfachen Drohung und der einfachen Körperverletzung: Der bezirksgerichtliche Schuldspruch wegen Drohung ist vor Obergericht unangefochten geblieben und daher in Rechtskraft erwachsen; hinsichtlich des Vorwurfs der einfachen Körperverletzung wurde das Verfahren zufolge Rückzugs des Strafantrags bereits vor Bezirksgericht eingestellt. Das rechtlich geschützte Interesse des Beschwerdeführers an der Aufhebung des angefochtenen, letztinstanzlichen Urteils kann sich daher allein auf die Vorwürfe der sexuellen Nötigung und der Vergewaltigung beziehen.
Die Beschwerde enthält über weite Strecken rein appellatorische Kritik am Urteil des Obergerichts, was im Lichte von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG unzulässig ist. Soweit im Folgenden auf Ausführungen in der Beschwerdeschrift nicht eingegangen wird, geschieht dies deswegen, weil die Beschwerde im erwähnten Sinn den gesetzlichen Anforderungen nicht genügt. Der Beschwerdeführer ist zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde wegen willkürlicher Beweiswürdigung legitimiert (Art. 86 f. OG). Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist im dargelegten Umfang auf die Beschwerde einzutreten.
2.- a) In Bezug auf die beiden in Frage stehenden Vorfälle enthält die Anklageschrift vom 24. Oktober 1996 folgende Angaben:
"Die in Polen lebende Geschädigte L._ hielt sich seit dem 09.02.96 als Gast bei der Familie R._ in 5424 Unterehrendingen auf. Sie war in die Schweiz eingereist, um einen Bekannten, W._, der sich in der Strafanstalt Lenzburg befindet, zu besuchen. Da S.R._ den in Lenzburg Einsitzenden kennt, gewährte er L._ Kost und Logis. Die Geschädigte hat keinerlei Verwandte oder Bezugspersonen in der Schweiz.
Die Geschädigte erstattete am 16.03.96 Anzeige gegen den Beschuldigten S.R._ wegen (Mord-)Drohung und Handlungen gegen die sexuelle Integrität.
[...]
- Am 18.02.96 begab sich der Beschuldigte um 02.30 Uhr ins Arbeitszimmer in der Wohnung in Unterehrendingen. Er weckte die dort schlafende Geschädigte und verlangte von ihr Sex. Nachdem sie ihm gesagt hatte, dass sie die Menstruation habe, zwang er sie, ihn oral zu befriedigen, indem er sie heftig an den Haaren riss. Die Geschädigte musste sich aufgrund des oralen Verkehrs übergeben und begab sich hierzu in die Toilette. Danach zwang sie der Beschuldigte wieder ins Arbeitszimmer. Dort wollte der Beschuldigte mit der Geschädigten anal verkehren, was ihm aber aufgrund des alkoholisierten Zustands nicht gelang. Schliesslich führte er stattdessen seinen Finger in den Anus der Geschädigten.
Ausserdem verlangte er von der Geschädigten, dass sie ihn weiter oral befriedige und versuchte auch selbst, sich mit der Hand zu befriedigen, wobei er die Geschädigte aufforderte, es ihm gleich zu tun. Die Geschädigte bemerkte schliesslich, dass das Bett, auf dem sie lag, quietschte und es gelang ihr aufgrund dieses Umstands, genügend Lärm zu machen, um die Ehefrau des Beschuldigten zu wecken. Die wachgewordene Ehefrau des Beschuldigten kam schliesslich ins Arbeitszimmer, wo sich die Geschädigte und der Beschuldigte aufhielten. Daraufhin verliess der Beschuldigte das Arbeitszimmer und legte sich im Wohnzimmer schlafen. Die Geschädigte gibt an, sie habe grosse Angst vor Schlägen des Beschuldigten gehabt, denn sie habe ja gesehen, dass der Beschuldigte auch mit seinen Familienangehörigen unberechenbar und gewalttätig sei. Aus diesem Grund habe sie auch nicht gewagt, sich zu wehren.
Die Ehefrau des Beschuldigten, M.R._, gibt an, sie habe, als sie ins Arbeitszimmer trat, ihren Mann und die Geschädigte auf dem Bett liegend und nur mit einem T-Shirt bekleidet vorgefunden. Die Geschädigte habe geweint und ihr, nachdem der Beschuldigte das Zimmer verlassen hatte, die ganze Geschichte in der oben beschriebenen Form erzählt. Da sie den Aussagen der Geschädigten Glauben geschenkt habe, habe sie daraufhin die Geschädigte zum Schlafen in ihr Zimmer genommen. Später habe die Geschädigte dem Beschuldigten ins Gesicht gesagt, dass er sie vergewaltigt habe. Dieser habe daraufhin die Geschädigte niedergeschlagen.
- Am 07.03.96 hielten sich nur die Geschädigte und der Beschuldigte, sowie die zwei kleinen Kinder des Beschuldigten in der Wohnung in Unterehrendingen auf. Der Beschuldigte rief die Geschädigte um ca. 19.00 bis 20.00 Uhr zu sich ins Schlafzimmer und schloss die Türe ab. Dann zwang er sie mit Gewalt zu ungeschütztem oralem sowie zu Geschlechtsverkehr, wobei der Beschuldigte beide Male einen Samenerguss hatte. Die Geschädigte hatte Angst, insbesondere fürchtete sie auch, dass die zwei schlafenden Kinder etwas mitbekommen könnten. Daher verhielt sie sich ruhig. Da die Beschuldigte bemerkte, dass M.R._ schon genug Probleme bezüglich der Familie hatte, erzählte sie diesen Vorfall vorerst nicht. Erst nachdem am 14.03.96 die Situation eskalierte, erzählte die Geschädigte von diesem Vorfall.
[...] Der Beschuldigte bestreitet sämtliche Vorwürfe. Es soll in keiner Weise zu Vorkommnissen in der geschilderten Form gekommen sein. Der Beschuldigte gibt an, impotent zu sein, weshalb er die genannten Handlungen gar nicht habe vornehmen können. Die Vorwürfe hat die Geschädigte laut Aussage des Beschuldigten erfunden, um sich zu rächen. Er vermutet, sie habe sich rächen wollen, weil er sie aus dem Haus werfen wollte. Die Ehefrau des Beschuldigten gab zu Protokoll, dass der Beschuldigte nur teilweise impotent sei bzw. es ihm ab und zu durchaus möglich sei, einen Samenerguss zu haben. [...]"
b) Das Obergericht führte im angefochtenen Entscheid im Wesentlichen aus, die Sachverhaltsdarstellung gemäss der Anzeige vom 16. März 1996 stimme mit den Aussagen, die L._ am 21. und 22. März 1996 vor den Untersuchungsbehörden abgegeben habe, überein. Obwohl die familiären Verhältnisse Mitte März 1996 derart eskaliert seien, dass der Beschwerdeführer in die Psychiatrische Klinik Königsfelden habe eingeliefert werden müssen, bestehe kein Anlass zur Annahme, dass diese Situation das Aussageverhalten von L._ beeinflusst habe. Diese sei zudem während der Schilderung des Erlebten emotional bewegt gewesen, was ebenfalls darauf schliessen lasse, dass sie den Beschwerdeführer nicht habe falsch belasten wollen. Ihre Aussagen wiesen zudem einen hohen Detaillierungsgrad mit zahlreichen Verankerungen in der konkreten Lebenssituation auf, weshalb sie glaubhaft erschienen. So habe L._ neben den zur Anzeige gebrachten Geschehnissen auf weitere Belästigungen seitens des Beschwerdeführers hingewiesen und die genauen Umstände der fraglichen Vorfälle lebensnah beschrieben. Beispielsweise habe sie bezüglich des Ereignisses vom 18. Februar 1996 ausgeführt, wie sie, bevor es zu dem erzwungenen oralen Sexualverkehr gekommen sei, den Beschwerdeführer trotz ihrer inneren Ablehnung zu einem Besuch begleitet habe, weil sie von seiner damaligen Ehefrau beschwichtigt worden sei; diese habe in der Folge beide abholen müssen, weil der Beschwerdeführer in einem Lokal in Ennetbaden übermässig Alkohol konsumiert habe. Was den Vorfall an sich betreffe, so spreche sowohl die Beschreibung der von L._ empfundenen Ekelgefühle sowie die Schilderung der Erektionsunfähigkeit des Beschwerdeführers für die Wahrheit der Aussagen, zumal die Geschädigte nur kurze Zeit bei der Familie gewesen sei und von den Potenzschwierigkeiten des Beschwerdeführers kaum anderweitig Kenntnis erlangt habe. Ihre Darstellung stimme auch mit dem Bericht von Dr. med. M. Horvath, Wettingen, vom 2. Februar 1998 überein, wonach sich der Beschwerdeführer bis zum 15. Dezember 1995 wegen Diabetes mellitus Typ II bei ihr in Behandlung befunden und unter anderem über Potenzschwierigkeiten geklagt habe. In diesem Bericht habe die Ärztin die Möglichkeit einer erektilen Impotenz erwähnt, was aber nicht bedeute, dass die Ejakulationsfähigkeit ausgeschlossen wäre. Die Aussage von L._ stimme zudem mit derjenigen der ehemaligen Frau des Beschwerdeführers überein, wonach es diesem, wenn er nicht angetrunken sei, von Zeit zu Zeit möglich wäre, den Geschlechtsverkehr zu vollziehen. Demgegenüber stelle sich das Aussageverhalten des Beschwerdeführers vollkommen widersprüchlich und unglaubwürdig dar. Nachdem er vor den Untersuchungsbehörden generell bestritten habe, dass es zu irgendwelchen Vorfällen gekommen sei, habe er vor Bezirks- und vor Obergericht die Vorfälle als sexuelle Belästigungen seitens der Geschädigten dargestellt. Dies sei schon deshalb nicht glaubwürdig, weil der Beschwerdeführer jederzeit die Möglichkeit gehabt hätte, die Geschädigte aus seiner Wohnung zu weisen. Das Obergericht erachtet es zudem nicht als ausgeschlossen, dass der Beschwerdeführer die Geschädigte derart unter Druck zu setzen und einzuschüchtern vermochte, dass sie - selbst dann, wenn sich seine damalige Ehefrau und die Kinder in der Wohnung aufhielten - nicht um Hilfe zu rufen wagte. Schliesslich habe die Geschädigte auch plausibel erklärt, weshalb es am 7. März 1996 erneut zu einer Missbrauchshandlung habe kommen können: An diesem Tag habe sie die damalige Ehefrau des Beschwerdeführers nicht begleiten können, weil diese mit einem ihrer Kinder zwecks eines Bewerbungsgesprächs für eine Lehrstelle nach Aarau gefahren sei. Glaubhaft sei auch, dass sie sich in das Schlafzimmer des Beschwerdeführers begeben habe, in der Hoffnung, ihn mit einem Gespräch hinhalten zu können, und dass sie deshalb nicht geschrien habe, weil sie die noch nicht schlafenden Kinder nicht habe auf die Sache aufmerksam machen wollen.
c) Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht eine willkürliche Beweiswürdigung vor, weil es den Sachverhalt krass fehlerhaft festgestellt und gewürdigt habe. Hinsichtlich der Anklagepunkte der mehrfachen sexuellen Nötigung und der Vergewaltigung habe das Obergericht seine Aussagen, wonach er impotent und damit gar nicht in der Lage sei, den Geschlechtsverkehr auszuführen, unberücksichtigt gelassen; dies, obwohl seine Ärztin in ihrem Schreiben vom 2. Februar 1998 ausgeführt habe, dass er sich zwischen Oktober und Dezember 1995 wegen Zuckerkrankheit bei ihr in Behandlung befunden habe, und dass es bekannt sei, dass diese Krankheit bei den männlichen Patienten zu einer erektilen Impotenz führen könne, über welche sich der Beschwerdeführer denn auch beklagt habe. Folglich hätte das Obergericht den Aussagen von L._, wonach es - trotz der Potenzstörungen - am 7. März 1996 zum Geschlechtsverkehr gekommen sei, keinen Glauben schenken dürfen, zumal davon ausgegangen werden müsse, dass diese auf die Potenzstörungen nur hindeutete, weil sie anlässlich der Verfassung der Anzeige von seiner damaligen Ehefrau darüber informiert worden sei. Die Angaben der angeblich Geschädigten seien aber auch deshalb nicht glaubwürdig, weil sie nicht von ihr selbst in polnischer, sondern vom damaligen Nachbar I._ in deutscher Sprache verfasst worden seien, wobei dieser während der Anhörung der beiden je anderssprachigen Frauen auch noch von seiner Freundin juristisch beraten worden sei; aufgrund dieser verschiedenen persönlichen Einflussnahmen und der Verwendung juristischer Begriffe gebe der Bericht die wahren Gegebenheiten nicht unverfälscht wieder. Aus den Akten gehe zudem hervor, dass seine damalige Ehefrau, die mit ihm zu jenem Zeitpunkt stark zerstritten gewesen sei, zwei Tage vor der Anzeigeerstattung ein Eheschutzbegehren verfasst habe, wobei sie von I._ unterstützt worden sei. Was schliesslich die Details betreffe, die nach Auffassung des Obergerichts die Aussagen als glaubwürdig erscheinen liessen, so seien etliche davon überhaupt nicht zutreffend. Beispielsweise könne die hinsichtlich des Vorfalls vom 18. Februar 1996 von L._ gemachte Angabe, wonach das Bett gequietscht habe, schon deshalb nicht richtig sein, weil sich im fraglichen Raum kein Bett, sondern vielmehr eine gepolsterte Couch befinde, die überhaupt keinen Krach verursache. Widersprüchlich sei auch die Beschreibung seiner Kleider; dass seine Hose verschmutzt gewesen sei, habe L._ jedenfalls erstmals der Polizei gegenüber erwähnt. Im Übrigen hätte L._ unter den von ihr geschilderten Umständen bestimmt keine Zeit gehabt, seine Hose nach Schmutzspuren hin zu untersuchen. Unerklärlich sei in diesem Zusammenhang auch, wie es ihm als einbeinigem, sich auf zwei Krücken vorwärts bewegendem Mann hätte möglich sein sollen, in das Zimmer von L._ einzudringen, seine Hose auszuziehen und diese sexuell zu bedrängen. Auch in Bezug auf den Vorfall vom 7. März 1996 seien die Erzählungen unglaubwürdig: Wenn L._ tatsächlich einen Grund gehabt hätte, sich wegen sexueller Übergriffe vor ihm zu fürchten, so wäre sie am besagten Abend, als seine damalige Ehefrau abwesend war, kaum allein mit ihm und seinen beiden jüngern Kinder in der Wohnung geblieben. Ein Widerspruch bestehe zudem zwischen dem Bericht von I._ vom 16. März 1996 und der Anklageschrift: Gemäss dem Ersteren habe sich L._ während der Vergewaltigung ruhig verhalten, um die beiden jüngeren Kinder, die ebenfalls in der Wohnung gewesen und noch nicht geschlafen hätten, nicht auf sich aufmerksam zu machen; demgegenüber habe sie laut der Anklageschrift deshalb keinen Lärm gemacht, weil die beiden Kinder bereits geschlafen hätten und sie diese nicht habe aufwecken wollen. Dass L._ die Kinder nicht um Hilfe gerufen hätte, sei im Übrigen ebenfalls unglaubwürdig. Eine Nötigungshandlung sei auch deshalb nicht dargetan, weil L._ freiwillig in sein Schlafzimmer gegangen sei. Weiter könne nicht ernsthaft angenommen werden, dass er trotz seiner körperlichen Behinderung in der Lage gewesen wäre, diese junge, gesunde Frau im Schlafzimmer einzuschliessen. Willkürlich sei auch die Vermutung, dass er L._ klare Befehle habe erteilen können, da sie jeweils polnisch und er serbisch gesprochen hätte und sie sich nicht gut miteinander hätten verständigen können. Die Unhaltbarkeit der Beweiswürdigung ergebe sich auch daraus, dass das Obergericht in der zusammenfassenden Erwägung seines Urteils unter dem Datum vom 7. März 1996 die angeblichen Geschehnisse vom 18. Februar 1996 beschrieben und damit den Sachverhalt der beiden Vorfälle vermischt habe. Das Obergericht hätte zudem zwingend den Umstand in die Beurteilung miteinbeziehen müssen, dass L._ den von I._ verfassten Bericht unterschrieben habe, bevor er ihr von einer Dolmetscherin übersetzt worden sei. Auch hätte berücksichtigt werden müssen, dass seine damalige Ehefrau bei dessen Erstellung mitgewirkt habe; entsprechend stimmten die vor den Untersuchungsbehörden gemachten Aussagen von L._ mit den Angaben im Bericht von I._ nicht überein. Willkürlich nicht in die Beurteilung miteinbezogen worden sei auch die Tatsache, dass sich zufolge der Abreise von L._ kein Gericht einen unmittelbaren Eindruck von ihr - und damit von der Glaubwürdigkeit ihrer Aussagen - habe verschaffen können. Gleiches gelte für den Umstand, dass L._ eine falsche Adresse angegeben und weder von der Opferhilfestelle noch von ihrer Anwältin Hilfe angenommen habe. Unhaltbar sei schliesslich, dass das Obergericht für die Glaubwürdigkeit von L._ auf ihre Attraktivität abgestellt habe, die sich aus den Fotos ergebe.
3.- a) Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, die Beweise willkürlich gewürdigt und gegen den Grundsatz "in dubio pro reo" verstossen zu haben. Im Bereich dieser formellrechtlichen Rügen hat die am 1. Januar 2000 in Kraft getretene neue Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV;
SR 101; siehe AS 1999 S. 2556 ff.) an der Rechtslage zwar nichts geändert. Dennoch rechtfertigt es sich, den Bezug zu den neuen Verfassungsbestimmungen herzustellen.
b) In der Funktion als Beweiswürdigungsregel geht der Schutz der aus der Unschuldsvermutung (<ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK) abgeleiteten Rechtsregel "in dubio pro reo" nicht über das Willkürverbot von <ref-law> hinaus. Gemäss dem Prinzip "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis seiner Schuld zu vermuten, dass der wegen einer strafbaren Handlung Angeklagte unschuldig ist. Als Beweiswürdigungsregel besagt die Maxime, dass sich der Strafrichter nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Die Beweiswürdigungsregel ist verletzt, wenn der Strafrichter an der Schuld des Angeklagten hätte zweifeln müssen. Dabei sind bloss abstrakte und theoretische Zweifel nicht massgebend, weil solche immer möglich sind und absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann. Entscheidend ist, ob die Zweifel erheblich und nicht zu unterdrücken sind, d.h. sich nach der objektiven Sachlage aufdrängen (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2c S. 37, zu Art. 4 aBV).
Bei der Beurteilung von Fragen der Beweiswürdigung beschränkt sich das Bundesgericht auf eine Willkürprüfung. Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon vor, wenn eine andere Lösung in Betracht zu ziehen oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Behörde nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtssatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5b S. 134 und 10 E. 3a mit Hinweisen, zu Art. 4 aBV). Demnach kann das Bundesgericht nur eingreifen, wenn der Sachrichter den Angeklagten verurteilte, obgleich bei objektiver Würdigung des ganzen Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an dessen Schuld fortbestanden (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2d S. 38, zu Art. 4 aBV). Der Sachrichter verfällt nicht in Willkür, wenn seine Schlussfolgerungen nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen (<ref-ruling> E. 2b, zu Art. 4 aBV) und jedenfalls im Ergebnis haltbar sind. Eine einseitige Berücksichtigung der Beweismittel verstösst indessen gegen das Willkürverbot.
c) Die vom Beschwerdeführer erhobenen Einwände lassen die Beweiswürdigung des Obergerichts nicht als willkürlich erscheinen. Auch wenn gestützt auf die Akten davon auszugehen ist, dass der Beschwerdeführer während des fraglichen Zeitraums an Potenzstörungen litt, so lassen diese weder eine Vergewaltigung noch andere sexuelle Nötigungshandlungen als unmöglich erscheinen. Anlässlich der polizeilichen Einvernahme vom 21. März 1996 gab L._ bezüglich des Vorfalls vom 7. März 1996 zu Protokoll, der Beschwerdeführer sei in ihre Vagina eingedrungen, obwohl sein Penis nicht sehr erregt gewesen sei. Diese Aussage deckt sich mit den Angaben, welche die damalige Ehefrau des Beschwerdeführers an der Hauptverhandlung vor dem Bezirksgericht machte und wonach der Beschwerdeführer trotz seiner Zuckerkrankheit nicht völlig impotent gewesen sein soll. Wie das Obergericht in haltbarer Weise erwogen hat, sind die von L._ abgegebenen Beschreibungen des Tathergangs zudem derart detailliert und auf die konkrete Lebenssituation des Beschwerdeführers zugeschnitten, dass anzunehmen ist, dass sie der Wahrheit entsprechen. Für die Glaubwürdigkeit der Schilderungen von L._ spricht auch die Zeugenaussage von I._, wonach diese emotional aufgewühlt gewesen sei, als sie ihm am 16. März 1996 von den Vorfällen erzählte.
Daran ändert nichts, dass sie der deutschen Sprache nicht mächtig ist. Selbst unter Berücksichtigung der Beziehungsprobleme zwischen dem Beschwerdeführer und seiner damaligen Ehefrau ist es haltbar, dass das Obergericht den Aussagen der beiden Frauen Glauben schenkte, zumal nicht einzusehen ist, welchen praktischen Vorteil sich dieselben - abgesehen von ihrem persönlichen Schutz - von der Festnahme des Beschwerdeführers hätten versprechen können. Ebenfalls vertretbar ist die Erwägung des Obergerichts, wonach die vor den Behörden gemachten Aussagen der beiden Frauen mit dem von I._ verfassten Bericht übereinstimmten; die angeblichen Widersprüche in den Aussagen, auf die der Beschwerdeführer hinweist, sind von derart untergeordneter Bedeutung, dass sie die vom Obergericht vorgenommene Beweiswürdigung im Ergebnis nicht umzustossen vermögen: Dass hinsichtlich des Vorfalls vom 18. Februar 1996 im Bericht von I._ von einem "Bett" anstelle einer "Couch" die Rede ist, lässt die Belastungen noch nicht als unglaubwürdig erscheinen, zumal der Beschwerdeführer am 19. März 1996 gegenüber der Polizei selber aussagte, L._ habe in seinem Büro geschlafen, wo ihr ein "provisorisches Bett" zur Verfügung gestanden sei. Dasselbe gilt mit Bezug auf den Vorfall vom 7. März 1996 für die Aussage von L._, sie habe sich deshalb nicht laut gegen die Vergewaltigung gewehrt, weil sie die beiden noch nicht schlafenden Kinder nicht habe auf sich aufmerksam machen wollen: Da keine Aktenstelle ersichtlich ist, wonach sich L._ diesbezüglich widersprochen hätte, dürfte es sich ohnehin um ein Versehen seitens der Staatsanwaltschaft handeln, dass sie in der Anklageschrift ausführte, die beiden jüngeren Kinder hätten zur Tatzeit geschlafen. Im Übrigen ist es nachvollziehbar, dass L._ die beiden Kinder, die damals zehn bzw. fünfzehn Jahre alt waren, nicht in die Angelegenheit hätte miteinbeziehen wollen. Hingegen erweckt die Tatsache, dass L._ trotz des Vorfalls vom 18. Februar 1996 ihre Gastfamilie nicht augenblicklich verliess, tatsächlich gewisse Zweifel an der Glaubwürdigkeit ihrer Aussagen. Indessen ist dieses Verhalten erklärbar, wenn man berücksichtigt, dass sie in der Schweiz keine andere Unterkunftsmöglichkeit hatte und mit ihrem Freund, der kurz vor der Entlassung aus der Strafanstalt Lenzburg stand, ohnehin bald die Schweiz - und damit auch die Gastfamilie - verlassen wollte. Ebenfalls haltbar ist die Annahme, der Beschwerdeführer hätte L._ sowohl körperlich als auch psychisch derart unter Druck zu setzen vermocht, dass sie sich gegen die fraglichen Handlungen nicht habe zur Wehr setzen können. Dass der Beschwerdeführer nur noch über ein Bein verfügt, schliesst seine diesbezügliche Überlegenheit jedenfalls nicht aus, zumal er - was aktenkundig und unbestritten ist - dazu tendierte, seine Familienangehörigen zu kontrollieren und zu dominieren, wobei er ab und zu Gewalt einsetzte. Nicht zutreffend ist entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers schliesslich, dass das Obergericht bei der Beurteilung der beiden fraglichen Vorfälle gewisse Sachverhaltselemente vertauscht hat.
4.- Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege im Sinn von Art. 152 Abs. 1 und 2 OG kann entsprochen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.- Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben;
b) Rechtsanwältin Hana Wüthrich, Baden, wird als amtliche Anwältin des Beschwerdeführers bezeichnet und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500. -- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht (1. Strafkammer) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 20. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: