Löschung einer Baurechtsdienstbarkeit im Grundbuch, hat sich ergeben:
A.- Die Einwohnergemeinde X._ ist als Eigentümerin des Grundstückes Nr. ..., gelegen auf ihrem Gemeindegebiet, im Grundbuch Y._ eingetragen. Zu dessen Lasten begründete sie die Baurechtsdienstbarkeiten a, b, d und c, welche sie als Grundstücke Nrn. ..., ..., ... und ... ins Grundbuch aufnehmen liess. Das Baurecht c dient der Erstellung und Beibehaltung einer Erschliessungsstrasse. Die jeweiligen Baurechtsberechtigten a, b und d sind zu 1/3 als Berechtigte von Nr. ... angemerkt.
Die Z._ AG ist Berechtigte des Baurechtsgrundstückes Nr. ... und ebenso Mitberechtigte von Nr. ....
B.-Mit Verfügung vom 19. Dezember 2000 wies der Amtsschreiber-Stellvertreter von Y._ das Begehren der Z._ AG um Löschung ihres Baurechts Nr. ... infolge Verzichts ab.
Einer hiergegen eingereichten Beschwerde der Z._ AG gab das Obergericht des Kantons Solothurn am 3. Mai 2001 nicht statt.
C.- Die Z._ AG gelangt mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Sie beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Solothurn vom 3. Mai 2001 aufzuheben und die Amtsschreiberei Y._ anzuweisen, dem Löschungsgesuch zu entsprechen.
Amtsschreiberei und Obergericht verzichten auf Gegenbemerkungen.
Das Bundesamt für Justiz, Hauptabteilung Privatrecht, schliesst dahin, die Beschwerde abzuweisen, sofern ausschliesslich die erläuterten zivilrechtlichen Fragen entscheidrelevant seien.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid betreffend Abweisung einer Grundbuchanmeldung ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht gegeben (Art. 103 Abs. 4 der Verordnung vom 22. Februar 1910 betreffend das Grundbuch (SR 211. 432.1; GBV).
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, nicht aber Unangemessenheit gerügt werden (Art. 104 OG). Nachdem als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden hat, ist das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhaltes gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften zustande gekommen ist (Art. 105 Abs. 2 OG). Die Behauptungen der Beschwerdeführerin lassen den Sachverhalt nicht als lückenhaft erscheinen.
Das Obergericht gab ihr auch Kenntnis von der Stellungnahme des Amtsschreiberei-Inspektorats vom 26. März 2001, ohne ihr allerdings eine Frist zur Stellungnahme anzusetzen. Die Beschwerdeführerin erblickt darin eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Sie macht indes nicht geltend, dass ihr aufgrund des kantonalen Verfahrensrechts ein Anspruch auf schriftliche Äusserung zugestanden wäre. Dass sie keine Gelegenheit zur Stellungnahme gehabt habe, trifft nicht zu. Das Obergericht hat das angefochtene Urteil nicht umgehend gefällt, sondern gut einen Monat nach Zustellung des Amtsberichts. Damit konnte die Beschwerdeführerin rechnen, verlangte es doch mit der Verfügung vom 29. März 2001 zugleich vom Grundbuchamt Y._ noch zwei Belege. Bei sorgfältiger Prozessführung hätte die Beschwerdeführerin einen weitern Schriftenwechsel verlangen oder unaufgefordert eine Eingabe machen können. Wenn auch das Vorgehen des Obergerichts nicht zweckmässig erscheint, kann doch von einer Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften keine Rede sein (<ref-ruling> E. 2 S. 170; vgl. dazu auch nicht veröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 17. Dezember 1998 i.S. N., E. 3).
c) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gegen das Urteil des Obergerichts vom 3. Mai 2001. Da jenes vom 30. August 2000 nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sein kann, sind auch die diesbezüglichen Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht zu berücksichtigen.
2.- a) Das Obergericht hat sinngemäss erwogen, am Baurechtsgrundstück Nr. ... bestehe unselbständiges bzw. subjektiv-dingliches Miteigentum. Die einzelnen Anteile stünden nicht individuell bestimmten Berechtigten, sondern den Eigentümern der jeweiligen Grundstücke zu. Im Gegensatz zum selbständigen Miteigentum sei eine freie Verfügung nicht möglich.
Bei dauernder Zweckbindung eines Grundstückes bestehe auch kein gesetzlicher Aufhebungsanspruch im Sinne von <ref-law>. Eine Auflösung der subjektiv-dinglichen Verknüpfung des Baurechtsgrundstückes Nr. ... mit demjenigen der Beschwerdeführerin komme demzufolge nur mit Zustimmung aller Miteigentümer in Frage.
b) Die Beschwerdeführerin wendet demgegenüber ein, der Verzicht auf das ihr zustehende Baurecht sei zulässig.
Sie scheide damit aus der Gemeinschaft der Miteigentümer aus, ohne dass die subjektiv-dingliche Verknüpfung aufgehoben oder die Zweckbestimmung des Baurechtsgrundstückes Nr. ... berührt werde. Dies führe nicht zu einer Anwachsung, sondern aufgrund der bilateralen Beziehung zur Baurechtsgeberin entweder zu einem Teilheimfall oder zu einer Eigentümerdienstbarkeit. Das in <ref-law> statuierte Aufhebungsverbot betreffe ohnehin nur Sachen und nicht Rechte.
3.- Grundbuchliche Verfügungen, wie Eintragung, Änderung und Löschung, dürfen nur gestützt auf einen Ausweis über das Verfügungsrecht und den Rechtsgrund vorgenommen werden. Jede Anmeldung muss belegen, dass sie vom Berechtigten gemäss Grundbuch oder seinem Vertreter ausgeht (Art. 963 und 964 ZGB). Sie muss zudem nachweisen, dass die für den jeweiligen Rechtsgrund erforderliche Form erfüllt ist (<ref-law>).
Der Grundbuchverwalter prüft demnach die einzelnen Formerfordernisse einer Anmeldung (Art. 13a GBV). Hingegen hat er sich grundsätzlich nicht um den materiellen Bestand des vorgebrachten Rechtsgrundes zu kümmern. Eine Abweisung kommt nur bei Vorliegen eines offensichtlich nichtigen Rechtstitels in Betracht (<ref-ruling> E. 2b S. 344).
Vorliegend geht es einzig um die Frage, ob die Abweisungsverfügung der Amtsschreiberei vom 19. Dezember 2000 zu Recht erfolgt ist. Soweit die Beschwerdeführerin sich zur Begründung bzw. zu Inhalt und Abwicklung des Baurechtsvertrages äussert, kann auf ihre Vorbringen nicht eingetreten werden.
Denn dabei handelt es sich nach dem Gesagten durchwegs um materiellrechtliche Aspekte, die der Zivilrichter zu prüfen hat. Dies gilt ebenso für die Frage, ob die Beschwerdeführerin ohne Zustimmung der andern Berechtigten auf das ihr zustehende Baurecht verzichten kann. Zwar ergibt sich ihr Verfügungsrecht aus der Anmerkung im Grundbuch. Damit ist freilich noch nicht erstellt, unter welchen Voraussetzungen sie auf ihr Recht verzichten kann und ob sie allein verfügungsberechtigt ist. Sind die tatsächlichen Verhältnisse und die Rechtslage mit Bezug auf die verfügungsberechtige Person und den Rechtsgrund nicht liquid, so ist der Grundbuchbeamte im Rahmen seiner begrenzten Kognition gehalten, eine Anmeldung abzuweisen. Insoweit ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis nicht zu beanstanden.
4.- In diesem Sinne ist der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kein Erfolg beschieden. Bei einem solchen Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Solothurn, Zivilkammer, sowie dem Bundesamt für Justiz, Hauptabteilung Privatrecht, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 29. Januar 2002
Im Namen der II. Zivilabteilung des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: