Sachverhalt:
A. Über die A._ GmbH & Co. KG mit Sitz in Frankfurt am Main wurde mit Beschluss des dortigen Amtsgerichts vom 19. März 2002 das Insolvenzverfahren eröffnet. X._ wurde zum Insolvenzverwalter bestellt. Am 29. April 2002 eröffnete der Konkursrichter des Bezirksgerichts Bülach den Konkurs über die B._ AG mit Sitz in Wallisellen. X._ meldete in diesem Verfahren eine Forderung der A._ GmbH & Co. KG von ? 639'936.42 an.
Der ausseramtliche Konkursverwalter der B._ AG in Liquidation erliess am 30. April 2007 die Kollokationsverfügung Nr. 12. Er trat auf die Forderungseingabe von X._ nicht ein, eventualiter wies er sie wegen fehlender Aktivlegitimation ab. Die angemeldete Forderung wurde zum Wert der Konkurseröffnung in Fr. 932'771.35 umgerechnet und eventualiter nach Bestand, Höhe und Rang bestritten und daher abgewiesen. Der Kollokationsplan der B._ AG in Liquidation wurde im SHAB vom 4. Mai 2007 publiziert.
B. Mit Verfügung des Konkursrichters des Bezirksgerichts Bülach vom 2. August 2007 wurde der Insolvenzeröffnungsbeschluss über die A._ GmbH & Co. KG mit Sitz in Frankfurt für die ganze Schweiz anerkannt und zugleich über das hier gelegene Vermögen der Konkurs gemäss <ref-law> eröffnet. Die Publikation im SHAB erfolgte am 17. August 2007. Das IPRG-Konkursverfahren wird vom Konkursamt Wallisellen durchgeführt.
C. Das Bezirksgericht Bülach als untere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen wies die von X._ gegen die Kollokationsverfügung Nr. 12 erhobene Beschwerde am 6. November 2007 ab. Der gegen den bezirksgerichtlichen Beschluss von X._ daraufhin erhobene Rekurs wurde vom Obergericht des Kantons Zürich als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen am 18. März 2008 ebenfalls abgewiesen.
D. Über die von der Insolvenzmasse A._ GmbH & Co. KG, Frankfurt am Main, und X._ als Insolvenzverwalter am 23. Mai 2007 beim Bezirksgericht Bülach gegen die B._ AG in Liquidation eingereichte Kollokationsklage ist bisher kein Entscheid ergangen.
E. X._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 9. April 2008 an das Bundesgericht gelangt. Der Beschwerdeführer beantragt, den Beschluss der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde aufzuheben, den Kollokationsplan der B._ AG in Liquidation dahingehend abzuändern, dass auf seine Forderungsanmeldung eingetreten werde, und die angefochtene Kollokationsverfügung Nr. 12 im Übrigen aufzuheben. Der ausseramtliche Konkursverwalter sei zu verpflichten, die Forderungsanmeldung materiell zu prüfen, den Kollokationsplan neu aufzulegen und eine allfällige Abweisung der Forderung zu begründen. Eventualiter sei dem Konkursamt Wallisellen Frist anzusetzen zur Erklärung, ob es in das vorliegende Beschwerdeverfahren eintreten wolle.
Es sind keine Antworten eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den Entscheid einer kantonalen Aufsichtsbehörde über die im Rahmen eines Konkurses ergangene Kollokationsverfügung ist die Beschwerde in Zivilsachen gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. a, 74 Abs. 2 lit. c BGG).
1.2 Als nicht zulässig erweist sich der Eventualantrag des Beschwerdeführers, dem Konkursamt Wallisellen eine Frist anzusetzen zur Erklärung, ob es in das vorliegende Beschwerdeverfahren eintreten wolle. Das Verfahren vor Bundesgericht wird durch das Bundesgerichtsgesetz geregelt, welches einen derartigen Eintritt nicht vorsieht. Ein Parteiwechsel gemäss <ref-law> i.V.m. <ref-law> (vgl. MESSMER/IMBODEN, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Ziff. 41) fällt ausser Betracht.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Anlass der vorliegenden Beschwerde bildet die Frage nach dem Vorgehen, welches im Hinblick auf Anmeldung einer Forderung einer ausländischen Gesellschaft (als Gläubigerin), über die an ihrem Sitz ein Insolvenzverfahren eröffnet worden ist, im Konkursverfahren gegen einen Schuldner in der Schweiz zu wählen ist.
2.1 Die Vorinstanz hat auf die unterschiedlichen Folgen einer direkten (durch den ausländischen Insolvenzverwalter erfolgenden) Forderungsanmeldung im schweizerischen Konkursverfahren und derjenigen einer Forderungsanmeldung durch die (schweizerische) Konkursverwaltung in einem Anschlusskonkurs gemäss Art. 166 ff. IPPG im Hinblick auf eine allfällige Dividende hingewiesen. Die damit verbundenen Fragen seien schwerpunktmässig materiell-rechtlicher Natur und daher ausschliesslich im Rahmen der Kollokationsklage zu beantworten. Nicht strittig sei vorliegend die ausschliesslich im Verfahrensrecht geregelte Rechtsstellung des ausländischen Insolvenzverwalters. Die obere Aufsichtsbehörde hat geschlossen, dass auf die Beschwerde an die Erstinstanz daher nicht einzutreten gewesen wäre.
2.2 Der Beschwerdeführer gesteht zwar "gewisse Bezüge" der Zulässigkeit einer direkten Forderungsanmeldung zum materiellen Recht ein, verneint indes die Zuständigkeit des Kollokationsrichters zu deren Prüfung. Zumindest vorfrageweise hätte die obere Aufsichtsbehörde über diese Frage befinden müssen, zumal der Kollokationsrichter hierüber noch nicht entschieden habe.
2.3 Im vorliegenden Fall wurde der Kollokationsplan der B._ AG in Liquidation von der Gläubigerin sowohl mit einer Kollokationsklage nach <ref-law> als auch mit einer Beschwerde nach <ref-law> angefochten. Angesichts der im Vordergrund stehenden Rechtsfragen materieller Natur sah die Vorinstanz die Kollokationsklage als das einzig zutreffende Vorgehen. Ihre Überlegungen zur Anmeldung einer ausländischen Forderung im schweizerischen Konkurs im Vergleich einer solchen im Anschlusskonkurs (E. 2.1) entsprechen der bundesgerichtlichen Auslegung des Verfahrens nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 9.2.4 S. 377). Zwar hat die Vorinstanz auf die Anerkennung des ausländischen Konkursdekretes und die Eröffnung eines Anschlusskonkurses für das in der Schweiz gelegene Vermögen Bezug genommen. Sie hat darauf hingewiesen, dass jedenfalls ab Eröffnung des Anschlusskonkurses in der Schweiz der ausländische Insolvenzverwalter keine direkte Forderungsanmeldung mehr vornehmen darf. Hingegen ist sie auf die Auswirkungen dieses während des Beschwerdeverfahrens ergangenen Entscheides auf das vor ihrer Instanz hängige Verfahren nicht eingegangen. Die Erstinstanz hatte die Frage aufgeworfen und dann offen gelassen, ob nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens dem Insolvenzverwalter die Prozessführungsbefugnis zustehe und dieser in der Schweiz auch ausserhalb des Anschlusskonkurses selbständig eine Forderung geltend machen könne. Es gehe vorliegend gerade nicht um ein Zivilverfahren, sondern um eine Forderungsanmeldung in einem Konkurs. Der ausländische Konkursverwalter könne im Hinblick auf ein schweizerisches Zwangsvollstreckungsverfahren nur den Antrag auf Anerkennung des ausländischen Konkurses und zur Anordnung sichernder Massnahmen stellen und im Falle eines Anschlusskonkurses eine Anfechtungsklage erheben. Im Übrigen habe er stets ein Verfahren nach <ref-law> einzuleiten, was der ausländischen Insolvenzverwalter nicht getan habe. Daher fehle ihm vorliegend die Legitimation zur Geltendmachung von Forderungen. Die Erstinstanz stützte sich bei ihrer Argumentation auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung und die massgebende Lehre.
2.4 Zu entscheiden ist vorliegend nicht, ob der ausländische Insolvenzverwalter in einem schweizerischen Konkurs eine Forderung anmelden kann oder ob er zuerst einen Anschlusskonkurs erwirken muss. Diese Fragen sind zudem von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bereits geklärt worden. Demnach darf der ausländische Konkursverwalter in der Schweiz keine Betreibungshandlungen vornehmen und keine Forderungsklagen einreichen, sofern er nicht zuerst die Anerkennung des ausländischen Konkursdekretes erwirkt hat (<ref-ruling> E. 9.2.3 und 9.2.5 S. 376 ff. mit Hinweisen). Im konkreten Fall ist das ausländische Konkursdekret in der Schweiz anerkannt und ein Anschlusskonkurs eröffnet worden. Der entsprechende Gerichtsentscheid erging nach Anfechtung der Kollokationsverfügung Nr. 12 durch den Beschwerdeführer. Die schweizerische Konkursverwaltung hat grundsätzlich die Möglichkeit, die Forderung im Konkurs eines Schuldners verspätet einzugeben (<ref-law>). Ob der Beschwerdeführer als ausländischer Insolvenzverwalter zur einstweiligen Beschwerdeführung (und zur Einreichung der Kollokationsklage) dennoch berechtigt war, da ansonsten die Verfügung in Rechtskraft erwachsen wäre, ist an dieser Stelle nicht zu befinden.
2.5 Hingegen ist zu prüfen, ob der ausländische Insolvenzverwalter nach der Anerkennung des ausländischen Konkurses und der Aussprechung des Anschlusskonkurses seine Aufgaben in der Schweiz wahrnehmen kann.
2.5.1 Die Anerkennung eines ausländischen Konkurses zieht, soweit das Gesetz nichts anderes vorsieht, für das in der Schweiz gelegene Vermögen des Schuldners die konkursrechtlichen Folgen des schweizerischen Rechts nach sich (<ref-law>; Berti/Bürgi, Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2. Aufl., Basel 2007, N. 4 zu <ref-law>). Dabei handelt es sich nicht um die unmittelbare Erstreckung des ausländischen Konkurses auf das schweizerische Territorium, sondern um eine Form von Rechtshilfe zu Gunsten eines im Ausland durchgeführten Verfahrens. Die Durchführung des Anschlusskonkurses liegt in der Zuständigkeit des schweizerischen Konkursamtes (Volken, Zürcher Kommentar zum IPRG, 2. Aufl., Zürich 2004, N. 5 ff. zu Art. 172, N. 35 zu <ref-law>). Dieses ist ausschliesslich befugt, die zur ausländischen Konkursmasse gehörenden Rechte auszuüben, soweit es um in der Schweiz gelegenes Vermögen geht (Braconi, La collocation des créances en droit international suisse de la faillite, Diss. Zürich 2005, S. 29 f.; Lorandi, Handlungsspielraum ausländischer Insolvenzmassen in der Schweiz, AJP 2008 S. 562; D. Staehelin, Konkurs im Ausland - Drittschuldner in der Schweiz, Festschrift Spühler, Zürich 2005, S. 407 f.). Damit bleiben für den ausländischen Konkursverwalter in einem Anschlusskonkurs grundsätzlich keine Befugnisse. Er kann höchstens subsidiär Anfechtungsansprüche nach <ref-law> geltend machen, d.h. solche, auf welche das schweizerische Konkursamt und die kollozierten Gläubiger verzichtet haben (Volken, a.a.O., N. 21 zu <ref-law>; Berti, Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2. Aufl., Basel 2007, N. 10 zu <ref-law>).
2.5.2 Im vorliegenden Fall hat das Konkursamt Wallisellen - als Konkursverwaltung der Partikularmasse der A._ GmbH & Co. KG - am 31. Oktober 2007 die Forderung im Konkursverfahren über die B._ AG in Liquidation angemeldet. Dieser Umstand wurde von den kantonalen Instanzen nicht berücksichtigt. Sie hätten sich die Frage stellen müssen, ob an der Weiterführung des Verfahrens durch die Partikularmasse überhaupt ein Interesse besteht, zumal die Weiterführung durch den ausländischen Konkursverwalter - wie dargelegt - ausser Betracht fällt. Das Konkursamt Wallisellen hat mit der Forderungsanmeldung nicht nur die Interessen der Partikularmasse gewahrt, sondern auch zum Ausdruck gebracht, dass es an einer Übernahme des Beschwerdeverfahrens nicht interessiert ist und offensichtlich auf dem Erlass einer an die Partikularmasse gerichteten (und durch diese selbst anfechtbaren) Kollokationsverfügung besteht. Ob die kantonalen Aufsichtsbehörden das Konkursamt Wallisellen nicht "in analoger Anwendung von <ref-law>" zur Stellungnahme über einen allfälligen Verfahrenseintritt auffordern hätten sollen, wie der Beschwerdeführer meint, ist damit nicht zu erörtern.
2.6 War der Beschwerdeführer zur Beschwerde gegen die Kollokationsverfügung Nr. 12 nicht berechtigt, so besteht kein Interesse an der Prüfung seiner weiteren Rügen. Die obere kantonale Aufsichtsbehörde durfte seine Beschwerde im Ergebnis abweisen, ohne Bundesrecht zu verletzen.
3. Nach dem Gesagten ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Bei diesem Verfahrensausgang trägt der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. September 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante