Faits:
A. A.a Par contrat de travail du 10 septembre 2005, Y._ SA, exploitante du café V._ à ..., a engagé X._ en qualité de sommelière pour un salaire mensuel de 3'150 fr. bruts, respectivement de 2'811 fr. nets. Le contrat stipulait un délai de congé d'un mois.
Le 1er janvier 2006, l'exploitation du V._ a été reprise par A._, sans que l'employée n'y fasse opposition. Le 15 du même mois, B._ était engagée par le nouvel exploitant pour le 1er mars suivant, dans le but de remplacer X._. Celle-ci a été licenciée le 24 janvier 2006 pour le 28 février 2006 par Y._ SA, en raison de la remise de l'exploitation du café. Cette société confirmait, par courrier du 14 février 2006, que le contrat de travail ne pouvait être prolongé, l'activité commerciale prenant fin pour des raisons économiques.
A.b Agissant pour le compte de X._, le syndicat Unia a, par lettre du 28 mars 2006, contesté le licenciement qu'il qualifiait de nul; il faisait valoir le fait que l'employée était enceinte au moment du licenciement. Le 3 avril 2006, Y._ SA a répondu au syndicat que la grossesse de l'employée ne lui a jamais été annoncée, tout en faisant valoir son droit au licenciement immédiat pour faute grave.
B. B.a Le 28 juin 2006, X._ a saisi le Tribunal de prud'hommes de l'arrondissement de l'Est vaudois, concluant au paiement par Y._ SA de la somme brute de 19'313 fr.15 relative aux salaires des mois de mars à juin 2006 et au treizième salaire jusqu'au 31 décembre 2006, ainsi qu'à la somme nette de 8'315 fr.30 correspondant au montant versé par l'assurance maternité. A l'appui de sa requête, la demanderesse indiquait être en congé maladie depuis le 10 mai 2006.
Le 3 août 2006, Unia Caisse de chômage a déclaré intervenir dans la procédure.
Le défendeur a conclu au rejet des conclusions de la demanderesse et du tiers intervenant.
En audience du 7 mai 2008, la demanderesse a déclaré ne pas avoir d'autres prétentions que le versement du salaire contractuel jusqu'au terme du contrat de travail, soit le 31 décembre 2006.
B.b Par jugement du 16 mai 2008, le Tribunal des prud'hommes a rejeté les conclusions de la demanderesse. Les premiers juges ont considéré l'annonce de la grossesse, faite le 28 mars 2006, comme étant largement tardive et contraire aux règles de la bonne foi; en taisant sa grossesse, la demanderesse est présumée avoir accepté son congé, qui a valablement pris ses effets au 28 février 2006. Les magistrats ont donc nié toute obligation de l'employeur de verser un salaire à la demanderesse pour la période ultérieure à la fin des rapports de travail.
B.c Statuant par arrêt du 17 septembre 2008, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a confirmé le jugement attaqué.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, la demanderesse invite le Tribunal fédéral à réformer le jugement entrepris en ce sens que les conclusions prises en première instance cantonale, par 19'313 fr.15 bruts, lui soit allouées.
La défenderesse conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un jugement final (<ref-law>), rendu en matière civile (<ref-law>) et en dernière instance cantonale (<ref-law>). Il est formé par une partie qui a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (<ref-law>). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 15'000 fr. prévu en matière de droit du travail (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. a LTF). Introduit en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254), et il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. Aux termes de l'art. 336c al. 1 let. c CO, l'employeur ne peut pas, après le temps d'essai, résilier le contrat pendant la grossesse et au cours des seize semaines qui suivent l'accouchement. Selon l'alinéa 2 de cette disposition, le congé donné pendant une des périodes prévues à l'alinéa précédent est nul.
La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 336c al. 1 let. b (recte: c) CO et d'avoir à tort retenu la commission d'un abus de droit au sens de l'<ref-law> de la part de la recourante. En substance, elle reproche aux magistrats cantonaux d'avoir considéré que l'annonce de la grossesse faite le 28 mars 2006, soit un mois après la fin du délai de résiliation et plus de deux mois après la notification du licenciement, était tardive et qu'elle avait pour conséquence d'entraîner la perte du droit à la protection de l'art. 336c al. 1 let. c CO.
2.1 La protection accordée par la norme précitée se rapporte à l'état de grossesse de l'employée, la période d'interdiction de licencier s'étendant pendant toute la durée de la grossesse et au cours des seize semaines suivant l'accouchement (Message du 9 mai 1984 concernant l'initiative populaire « pour la protection des travailleurs contre les licenciements dans le droit du contrat de travail » et la révision des dispositions sur la résiliation du contrat de travail dans le code des obligations, FF 1984 II 630 s. ch. 620.9). Le texte de la loi ne subordonne pas la protection contre le licenciement à l'annonce de l'état de grossesse. A cet égard, aucune mention n'est faite d'un quelconque délai pour faire valoir le droit à la protection; si cette question a été débattue par les parlementaires fédéraux, ceux-ci ont refusé d'introduire un tel délai dans la loi (Bulletin officiel du Conseil national 1985 p. 1142 ss). Admettre le contraire irait à l'encontre de la volonté du législateur.
La situation est ainsi à distinguer de celle qui prévaut en France et en Allemagne notamment, où le législateur a expressément prévu, en cas de licenciement par l'employeur ignorant la grossesse, un délai dans lequel la travailleuse doit faire l'annonce de son état de grossesse (Art. L-122-25-2 du Code du travail français; cf. CHRISTOPHE RADÉ, Code du travail annoté, 68e éd. 2006, no 11 ad art. L. 122.25.2; art. 9 de la loi sur la protection de la maternité [Mutterschutzgesetz; MuSchG]).
2.2 La question présentement litigieuse n'a pas été abordée par le Tribunal fédéral dans l'arrêt non publié 4C.259/2003 du 2 avril 2004, contrairement à ce qui est indiqué au consid. 4b du jugement entrepris.
Dans cet arrêt, une secrétaire, licenciée le 6 mars 2001 pour la fin mai 2001 et libérée de l'obligation de travailler, s'est trouvée en incapacité de travailler du 20 mai au 23 juin 2001; une dizaine de jours après avoir subi une opération, le 21 mai 2001, elle apprenait qu'elle était enceinte de six semaines environ; l'annonce à l'employeur de cet état de grossesse a eu lieu le 13 septembre 2001, soit deux mois et demi après la fin de l'incapacité de travail et plus de trois mois après la connaissance de la grossesse. La question soumise au Tribunal fédéral était celle de savoir si l'employeur devait s'acquitter du salaire réclamé par l'employée pour la période - antérieure à l'annonce de la grossesse - de juillet à la mi-septembre. Le litige a été tranché sous l'angle de la demeure de l'employeur, qui a été niée, du fait que, durant la période litigieuse, l'employée n'était pas apte à exécuter sa prestation de travail comme convenu. Dans ce contexte bien précis, il a été observé que le grief pouvait être adressé à l'employée de n'avoir pas annoncé rapidement sa grossesse. En effet, si tel avait été le cas, l'employeur aurait pu mettre en oeuvre l'assurance perte de gain. Cela étant, il ne pouvait être reproché à l'employeur de n'avoir pas versé le salaire pour la période en question sur la base de l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral n'a toutefois pas jugé que l'annonce faite plus de trois mois après la connaissance de la grossesse avait pour effet de valider le licenciement, puisqu'il ne s'est pas prononcé sur la question.
2.3 La doctrine est partagée sur le sujet.
La doctrine majoritaire est d'avis que l'employée n'a pas d'obligation d'informer l'employeur de sa grossesse après avoir reçu le licenciement et que la période de protection prévue par l'<ref-law> court même si l'employée tait cet événement à l'employeur (dans ce sens, CHRISTIANE BRUNNER ET AL., Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, n. 9 ad <ref-law>; MARIANNE FAVRE MOREILLON, Droit du travail, 2e éd. 2006, p. 95; ULLIN STREIFF/ADRIAN VON KAENEL, in Arbeitsvertrag, 6e éd. 2006, no 9 ad <ref-law>; ROLF A. TOBLER ET AL., in Arbeitsrecht, 2006, no 1.13 ad <ref-law>; ADRIAN STAEHELIN, in Zürcher Kommentar, 1996, no 17 ad <ref-law>; MANFRED REHBINDER, in Berner Kommentar, 1992, no 6 ad <ref-law>; HANS-PETER EGLI, Der zeitliche Kündigungsschutz, ArbR 1998 p. 128). La thèse majoritaire se fonde sur la volonté du législateur de ne pas introduire un délai pour contester le congé (CHRISTIANE BRUNNER ET AL., op. cit., n. 9 ad <ref-law>; ADRIAN STAEHELIN, op. cit., no 17 ad <ref-law>), ainsi que sur le but social de l'art. 336c al. 1 let. c CO (ROLF A. TOBLER ET AL., op. cit., no 1.13 ad <ref-law>; MANFRED REHBINDER, op. cit., no 4 ad <ref-law>; MARIANNE FAVRE MOREILLON, op. cit., p. 95; cf. ég. FF 1984 II 603 ch. 51; DENIS HUMBERT, Der neue Kündigungsschutz im Arbeitsrecht, 1991, p. 133 s.).
Pour RÉMY WYLER, les règles de la bonne foi imposent à la travailleuse d'informer l'employeur de sa grossesse immédiatement après avoir reçu la notification de la résiliation ou dès la connaissance de la grossesse, si elle intervient postérieurement; à défaut, la travailleuse est présumée avoir renoncé à se prévaloir de la protection et sera forclose dans ses droits. Cet auteur précise toutefois que la notion d'immédiateté doit être appréciée avec mansuétude, car seules des circonstances tout à fait exceptionnelles permettent de retenir l'abus de droit de la travailleuse à se prévaloir de la protection contre le licenciement lié à sa grossesse (RÉMY WYLER, Droit du travail, 2e éd. 2008, no 2.3 p. 573). L'opinion de WYLER est partagée par Gloor, pour qui l'annonce de la grossesse doit se faire dans les meilleurs délais, sous peine de perdre le droit à la protection (WERNER GLOOR, Mutterschaft, Kündigungsschutz, Lohnfortzahlung, ArbR 1992 p. 59 s.). Pour DUC/SUBILIA, le silence de la travailleuse, qui a connaissance de sa grossesse, équivaut à une acceptation du congé; ces auteurs sont d'avis qu'il est contraire à la plus élémentaire bonne foi de taire l'état de grossesse à l'employeur qui userait de son droit de résilier le contrat et de le laisser prendre des mesures pour remplacer la travailleuse, voire engager une nouvelle collaboratrice, pour se prévaloir ensuite de la règle protectrice de l'art. 336c al. 1 let. c CO (JEAN-LOUIS DUC/OLIVIER SUBILIA, Commentaire du contrat individuel de travail, 1998, no 29 ad <ref-law>).
GABRIELA RIEMER-KAFKA est plus nuancée. Elle considère que le comportement de l'employée qui tait sa grossesse au-delà du délai de résiliation peut, au regard des intérêts en présence, être abusif. Elle relève que si l'employée n'a pas d'intérêt à la continuation des rapports contractuels et qu'elle ne fait pas valoir la nullité, son silence équivaut à une acceptation de la résiliation, sous réserve de l'invocation de l'erreur essentielle (GABRIELA RIEMER-KAFKA, Der neurechtliche Kündigungsschutz bei Schwangerschaft und Niederkunft, Schweizerisches Juristen-Zeitung 1989 p. 59).
3. L'opinion des juges cantonaux selon laquelle l'exercice des droits de protection de l'art. 336c al. 1 let. c CO serait soumis à l'annonce immédiate, sinon à brefs délais, de l'état de grossesse ne trouve pas appui dans la loi (cf. supra, consid. 2.1).
Elle ne trouve pas plus appui dans l'application du principe de la bonne foi, ancré à l'<ref-law>, auquel se réfèrent les tenants de la thèse de la validation du congé. En effet, d'après la jurisprudence du Tribunal fédéral, seules des circonstances tout à fait exceptionnelles permettent à l'employeur de se prévaloir d'un abus de droit (<ref-law>) de la part du travailleur, car, à défaut, la protection assurée au travailleur par des dispositions impératives peut se révéler illusoire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 497, 622 consid. 5.2). Les cas typiques d'abus de droit sont l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, la disproportion manifeste des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement ou l'attitude contradictoire (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 497 et les arrêts cités). Dans un arrêt non publié (arrêt 4C.346/2004 du 15 février 2005), le Tribunal fédéral a eu l'occasion de juger, par pesée des intérêts contradictoires en présence, qu'il n'était pas abusif pour un employé, incapable de travailler - et non pas pour une femme enceinte, comme indiqué à tort par l'autorité cantonale (cf. consid. 4b, p. 8, du jugement entrepris) -, de vouloir bénéficier de la protection conférée par l'<ref-law>, après avoir attendu le début avril pour communiquer son incapacité alors qu'il était apte à le faire à la fin février ou au plus tard dans le courant du mois de mars de la même année, le licenciement ayant eu lieu à la mi-janvier.
Dès lors que l'examen de l'abus de droit doit se faire au cas par cas, en tenant compte des circonstances propres à chaque litige, on ne voit pas ce qui pourrait justifier de poser, d'une manière générale, que le défaut d'information immédiate de son état de grossesse par l'employée licenciée serait abusif.
A considérer par ailleurs les circonstances du cas particulier, les conditions de réalisation d'un abus de droit ne paraissent pas réalisées. Il ressort des constatations de fait que la recourante a été licenciée le 24 janvier 2006 pour le 28 février 2006, en raison de la remise de l'exploitation du café dans lequel elle travaillait; le 14 février 2006, la société intimée confirmait à l'employée que le contrat de travail ne pouvait être prolongé, en raison de la fin de l'activité commerciale de la société; le 28 mars 2006, la recourante, agissant par l'intermédiaire du syndicat Unia, contestait le licenciement, en faisant valoir que le congé était nul, car donné alors qu'elle était enceinte. Le 15 janvier 2006, le nouvel exploitant du café a engagé une serveuse pour le 1er mars suivant, dans le but de remplacer la recourante.
Dans la mesure où, avant même d'être licenciée, la recourante avait été remplacée, il ne saurait lui être fait grief d'avoir, en annonçant sa grossesse un mois après la fin du délai de résiliation, laissé l'employeuse - plus précisément le nouvel exploitant du café (cf. <ref-law>) - prendre des mesures pour la remplacer et de l'avoir ainsi privée de la possibilité de la reprendre à son service. Aussi, l'intérêt de la travailleuse à la protection contre le licenciement l'emporte sur celui de l'acquéreur à s'organiser et combler un poste vacant. Au demeurant, tout porte à croire que la recourante, qui a fait valoir ses droits par l'intermédiaire du syndicat Unia, ignorait que le licenciement à elle notifié était nul et que, partant, elle était en droit de poursuivre son travail au-delà de la fin du délai de résiliation. Dès lors qu'aucune circonstance particulière propre à établir l'abus de droit ne découle du jugement entrepris, on ne discerne pas en quoi le comportement de la recourante serait abusif. Par conséquent, celle-ci peut valablement prétendre au droit de protection de l'<ref-law>.
4. 4.1 En cas de transfert des rapports de travail, la responsabilité solidaire entre l'employeur transférant et l'employeur reprenant, instituée par l'<ref-law>, vise toutes les créances du travailleur échues dès avant le transfert jusqu'au moment où les rapports de travail pourraient normalement prendre fin (<ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 45). Ainsi, l'employeur initial reste solidairement responsable, à côté du nouvel employeur, des créances du travailleur qui étaient échues avant le transfert ou qui le deviennent avant la date à laquelle le contrat pouvait normalement prendre fin, ce qui correspond, en l'absence d'opposition, au terme du délai conventionnel ou légal de congé (GABRIEL AUBERT, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2003, no 9 ad <ref-law>).
En l'occurrence, au moment du transfert de l'entreprise, le 1er janvier 2006, la recourante était déjà enceinte. Le contrat ne pouvait donc pas être résilié avant la fin de la période de protection de l'art. 336c al. 1 let. c CO. Cela étant, les créances de salaires de la recourante tombent indéniablement sous le coup de l'<ref-law>. Il n'y a, partant, pas lieu de remettre en cause la légitimation passive de l'ancienne employeuse de la recourante, contre qui celle-ci a décidé de diriger son action en justice.
4.2 Il a été constaté en fait que la recourante a attendu le 28 mars 2006 pour contester le congé à elle notifié. Il ressort par ailleurs expressément de la lettre de contestation du 28 mars 2006 que l'employée se tenait à disposition « pour venir travailler ».
La nullité du licenciement sur la base de l'<ref-law> ne modifie pas les droits et obligations des parties. Le travailleur doit fournir sa prestation de travail alors que l'employeur reste tenu de payer le salaire (art. 319 et 324 CO; arrêt 4C.259/2003 du 2 avril 2004, consid. 2.1; cf. également arrêt 4C.64/1994 du 3 novembre 1994 consid. 5b, non publié in <ref-ruling>). S'il n'exécute pas sa prestation de travail sans être empêché par un motif reconnu, le travailleur est en demeure (<ref-law>) et l'employeur peut alors refuser de payer le salaire (<ref-law>). De même, l'employeur peut être en demeure. S'il empêche par sa faute l'exécution du travail ou se trouve en demeure de l'accepter pour d'autres motifs, l'employeur doit payer le salaire sans que le travailleur doive encore fournir sa prestation (<ref-law>). La demeure de l'employeur suppose en principe que le travailleur ait offert ses services (<ref-ruling> consid. 5a p. 444; plus récemment arrêt 4C.189/2005 du 17 novembre 2005, consid. 3.3, reproduit in JAR 2006 p. 366). Le travailleur ne peut toutefois se voir reprocher de n'avoir pas offert ses services lorsque l'employeur l'a libéré de l'obligation de travailler jusqu'au terme du délai de congé (<ref-ruling> consid. 1a p. 140 et les références; arrêt 4C.66/1994 du 20 juillet 1994, consid. 3b, reproduit in SJ 1995 p. 801) ou lorsqu'il n'aurait de toute manière pas accepté la prestation de travail offerte (arrêt du Tribunal fédéral 4C.346/2005 du 29 novembre 2005, consid. 3.1, reproduit in JAR 2006 p. 377; arrêt du Tribunal fédéral 4C.155/2006 du 23 octobre 2006, consid. 5.2; WOLFGANG PORTMANN, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4e éd. 2007, n. 3 ad <ref-law>).
Il ressort du jugement entrepris que l'employeur n'avait pas connaissance de la grossesse de l'employée le 24 janvier 2006 et que ce n'est pas parce que celle-ci était enceinte que le contrat de travail a été résilié. Sur ce point de fait, les juges cantonaux ont confirmé, par adoption de motifs et sans qu'aucun grief d'arbitraire ne soit soulevé, l'appréciation des premiers juges, qui ont déclaré ne pas être convaincus par le témoignage de C._ - selon lequel tous les collaborateurs du café ainsi que A._ savaient que l'employée était enceinte - et posé que l'état de grossesse de l'employée n'était pas connu avant la fin des rapports de travail. Il apparaît en outre, à la lecture de l'arrêt cantonal, que le nouvel employeur, A._, est l'administrateur avec signature individuelle de la société anonyme intimée et que cette société s'est exprimée par l'intermédiaire du susnommé tant lors du licenciement qu'en cours de procédure prud'hommale.
Au moment du licenciement de la recourante par la société intimée, A._ - en tant qu'employeur reprenant - avait déjà engagé une nouvelle serveuse pour remplacer la recourante, avec effet au 1er mars 2006, et donc nécessairement renoncé à la prestation de travail de l'employée. Il découle toutefois de l'état de fait cantonal qu'il n'avait à ce moment-là, tout comme l'employeuse précédente, pas connaissance de l'état de grossesse de la recourante et donc de la nullité du licenciement. Cela étant, il appartiendra à la cour cantonale de déterminer si, compte tenu des circonstances du cas d'espèce, le nouvel employeur aurait ou non refusé une hypothétique offre de services présentée à la fin février ou au début mars 2006 et si, par conséquent, la recourante était ou non en demeure pour le mois de mars 2006.
5. En conclusion, il y a lieu d'admettre le recours, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer l'affaire à l'autorité cantonale pour qu'elle statue sur le montant à allouer à la recourante au titre du salaire contractuel encore dû, conformément aux dernières conclusions prises par la recourante.
6. L'issue du litige commande de mettre les frais judiciaires, calculés par application de l'art. 65 al. 4 let. c LTF, à la charge de l'intimée et de la condamner à verser à la recourante une indemnité à titre de dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 12 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin