Faits:
A. Les époux X._, se sont mariés en 2006 en République de Macédoine.
Par prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale du 8 août 2007, le Président du Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a autorisé les époux à vivre séparés jusqu'au 30 juin 2008 et astreint X._ à verser à son épouse la somme de 2'475 fr. à titre de contribution à son entretien, avec effet au 1er mars 2007. Le montant de cette contribution a été calculé sur la base de la méthode du minimum vital avec répartition de l'excédent par moitié. Le mari ayant fait défaut lors de l'audience de mesures protectrices, le magistrat a estimé son revenu à 5'000 fr. et ses charges à 2'350 fr., le minimum vital de l'épouse étant fixé à 2'300 fr.
Le prononcé a été envoyé à l'époux le 8 août 2007. Celui-ci n'ayant pas retiré le pli à l'échéance du délai de garde postal, une nouvelle notification a été tentée d'office, par la gendarmerie. Cette seconde notification a atteint son destinataire le 28 août 2007.
Le 7 septembre 2007, X._ a interjeté appel au Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois.
Le Tribunal a admis l'appel le 11 juin 2008 et supprimé la contribution d'entretien en faveur de l'épouse.
B. Dame X._ forme un recours en matière civile contre cet arrêt, concluant à son annulation. La recourante affirme que l'appel de son mari était manifestement tardif et, qu'en entrant en matière, le Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois (ci-après le Tribunal d'arrondissement) aurait violé ses droits constitutionnels, plus particulièrement les art. 9 et 29 Cst. La recourante demande également le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invité à répondre, l'intimé ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit:
1. La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (art. 172 ss CC) est une décision rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF). Elle est finale (art. 90 LTF), car elle tranche définitivement, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et ses effets accessoires (<ref-ruling> consid. 4 et les références citées). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), le recours a pour objet une décision rendue dans une affaire pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. La contribution d'entretien mensuelle, d'un montant de 2'475 fr., devrait en effet être versée pendant la durée de la séparation, à savoir du 1er mars 2007 au 30 juin 2008 (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF).
Dans le canton de Vaud, l'art. 369 al. 4 CPC/VD (code de procédure civile vaudoise) prévoit que l'arrêt sur appel en matière de mesures protectrices de l'union conjugale ne peut faire l'objet d'un recours en nullité que pour les motifs prévus par l'art. 444 al. 1 ch. 1 et 2 CPC/VD (cf. également arrêt de la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois du 15 janvier 1998, publié in JdT 1998 III 53). Le recours en nullité peut ainsi être formé lorsque le déclinatoire aurait dû être prononcé d'office (art. 444 al. 1 ch. 1 CPC/VD) et pour absence d'assignation régulière ou violation de l'art. 305 CPC/VD lorsque le jugement a été rendu par défaut (art. 444 al. 1 ch. 2 CPC/VD). Interjeté non pour ces motifs, mais pour arbitraire (art. 9 Cst.), le recours est donc recevable au regard de l'art. 75 al. 1 LTF, le Tribunal d'arrondissement s'étant prononcé en dernière instance cantonale.
2. Pour les griefs de violation des droits constitutionnels, du droit cantonal et du droit intercantonal, les exigences de motivation du recours sont accrues. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, ceux-ci ne peuvent être examinés que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant. Pour de tels griefs, l'exigence de motivation correspond à celle qui résultait de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (cf. <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Il en découle notamment que les griefs mentionnés à l'art. 106 al. 2 LTF sont irrecevables, s'ils ne satisfont pas aux exigences accrues de motivation prévues par cette disposition.
3. 3.1 Le Tribunal d'arrondissement a constaté que le prononcé attaqué n'avait pas été retiré par le mari dans le délai de garde postal, mais qu'une nouvelle notification, effectuée par la gendarmerie, l'avait atteint le 28 août 2008. L'autorité cantonale a ainsi calculé le délai d'appel à compter de cette dernière date, pour en conclure que ce dernier avait été interjeté dans les délais. Une probable omission du mari de donner pour instruction à la Poste de retenir son courrier pendant ses vacances ne pouvait lui être imputée à faute et justifier la fiction de la notification à l'échéance.
3.2 La recourante invoque la violation des art. 9 et 29 al. 2 Cst. Elle estime que l'intimé devait s'attendre à recevoir la communication, et ce, bien qu'il ait fait défaut à l'audience qui s'était déroulée le 12 juin 2007. Elle relève également qu'aucune disposition cantonale de procédure ne règle la question du droit de garde et que, par conséquent, il convient de s'en référer aux principes généraux en la matière. Le délai de garde devait donc en l'espèce s'appliquer. Si l'intimé avait demandé à l'office de garder son courrier, cela n'aurait eu aucune influence sur le calcul du délai. Le principe du délai de garde est clair et le tribunal d'arrondissement a commis l'arbitraire en ne le respectant pas. L'autorité cantonale a par ailleurs violé l'art. 29 al. 2 Cst., car la recourante devait pouvoir compter sur le fait que la décision litigieuse ne pouvait plus être attaquée.
3.3 Contrairement à ce qu'affirme la recourante, il ne s'agit pas ici d'un problème lié au délai de garde; il ne s'agit pas non plus de la faute qu'aurait commise ou non l'intimé en ne donnant pas l'ordre à la poste de garder son courrier pendant ses vacances, comme le croit l'autorité cantonale. La question soulevée est celle de savoir comment les jugements doivent être notifiés.
La notification des actes judiciaires cantonaux est régie par le droit cantonal de procédure. C'est donc cet ordre juridique qui détermine sous quelle forme a lieu la notification (<ref-ruling>; arrêt du Tribunal fédéral 5A_516/2007 du 24 janvier 2008, consid. 2). Il appartenait dès lors à la recourante d'indiquer avec précision quelle disposition cantonale les juges cantonaux auraient appliquée arbitrairement (4A_226/2007 consid. 4.2.2; 5A_336/2008 consid. 3; <ref-ruling> consid. 2.1 in fine) lorsqu'ils ont admis que la première notification infructueuse par la poste pouvait être suivie d'une seconde notification par voie de gendarmerie. Faute de motivation suffisante, le grief de la recourante est par conséquent irrecevable (cf. consid. 2).
4. Au vu de ce qui précède, le recours doit être déclaré irrecevable. Les conclusions de l'intéressée étant dépourvues de toutes chances de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF) et un émolument judiciaire mis à sa charge (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois, Tribunal civil.
Lausanne, le 11 novembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli de Poret