Sicherungsentzug des Führerausweises, (Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen das Urteil des Kantonsgerichtsausschusses von Graubünden vom 9. November 1999), hat sich ergeben:
A.- X._, geboren 1944, besitzt den Führerausweis der Kategorie B seit 1963.
Am 21. Mai 1999, um 01.20 Uhr, wurde X._ als Lenker seines Personenwagens wegen seiner unsicheren Fahrweise von der Polizei kontrolliert. Da Anzeichen von Angetrunkenheit bestanden, wurde eine Blutentnahme angeordnet.
Diese ergab einen Blutalkoholgehalt von mindestens 2,73 und höchstens 3,31 Gewichtspromille.
B.- Mit Verfügung vom 13. Juli 1999 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden X._ den Führerausweis gestützt auf Art. 16 Abs. 3 lit. b i.V. mit <ref-law> für die Dauer von 9 Monaten.
Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Justiz-, Polizei- und Sanitätsdepartement des Kantons Graubünden am 13. September 1999 ab.
In teilweiser Gutheissung der von X._ dagegen eingereichten Berufung setzte das Kantonsgericht von Graubünden (Ausschuss) am 9. November 1999 die Dauer des Entzuges auf 7 Monate fest.
C.- Das Bundesamt für Strassen führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Kantonsgerichtes aufzuheben; die Sache sei an das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden zurückzuweisen zur medizinischen Abklärung der Eignung von X._ zum Führen von Motorfahrzeugen im Sinne von <ref-law>; bis zum Vorliegen der Untersuchungsergebnisse sei X._ der Führerausweis sofort vorsorglich zu entziehen; sollte die medizinische Abklärung ergeben, dass bei X._ kein Eignungsmangel vorliegt, sei das Strassenverkehrsamt anzuweisen, gegenüber X._ einen Warnungsentzug gemäss der Verfügung vom 13. Juli 1999 anzuordnen.
D.- Das Kantonsgericht und X._ (sinngemäss) beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der Beschwerdeführer bringt vor, nach den im Schrifttum geäusserten Auffassungen sei bei Personen, die mit höheren Blutalkoholkonzentrationen am Strassenverkehr teilnehmen, von einer gewissen Suchtproblematik auszugehen. Das treffe in der Regel selbst bei Alkohol-Ersttätern zu. Eine Blutalkoholkonzentration von 2,5 Promille oder mehr weise auf eine hohe Alkoholtoleranz hin, die ihrerseits eine Alkoholabhängigkeit vermuten lasse. Die Vorinstanz begründe eingehend die Herabsetzung der Entzugsdauer von 9 auf 7 Monate. Sie gehe jedoch in keiner Weise ein auf eine beim Beschwerdegegner möglicherweise vorhandene Alkoholproblematik, obwohl ihr der ärztliche Bericht des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich-Irchel (IRMZ) vom 31. Mai 1999 zur Verfügung gestanden sei. Darin halte das IRMZ fest, es bestehe der medizinisch begründete Verdacht auf einen chronischen Alkoholmissbrauch und eine amtsärztliche Untersuchung sei angezeigt. Damit dränge sich eine Abklärung einer möglichen Alkoholabhängigkeit des Beschwerdegegners auf. Indem die Vorinstanz eine dahin gehende Anordnung unterlassen und lediglich einen Warnungsentzug von 7 Monaten verfügt habe, habe sie Bundesrecht verletzt.
b) Die Vorinstanz räumt in ihrer Vernehmlassung ein, dass der festgestellte Alkoholgehalt von mindestens 2,73 Gewichtspromille für sich allein betrachtet ein gewichtiges Indiz für eine Alkoholproblematik darstelle.
Ob ein solcher Verdacht begründet sei, bestimme sich jedoch aufgrund der gesamten Umstände. Der Beschwerdegegner sei seit 1963 im Besitz des Führerausweises.
Bekannt sei nur ein Vorfall aus dem Jahre 1990 (Warnungsentzug von 5 Monaten wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand) und der jetzige Fall. Aus dem Leumundsbericht ergebe sich nichts Negatives, auch nicht in Bezug auf Alkoholmissbrauch. Sinngemäss legt die Vorinstanz dar, dass es sich hier um einen einmaligen Trinkexzess gehandelt habe.
c) Der Beschwerdegegner selbst hält sich weder dem Trunke noch anderen Süchten ergeben. Er fahre seit 30 Jahren unfallfrei.
2.- a) Gemäss <ref-law> darf der Führerausweis nicht erteilt werden, wenn der Bewerber dem Trunke oder anderen die Fahrfähigkeit herabsetzenden Süchten ergeben ist. Wird nachträglich festgestellt, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen, ist der Führerausweis nach <ref-law> zu entziehen. Ein solcher Sicherungsentzug dient gemäss Art. 30 Abs. 1 der Verordnung über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr (VZV; SR 741. 51) der Sicherung des Verkehrs vor Führern, die aus medizinischen oder charakterlichen Gründen, wegen Trunksucht oder anderen Süchten oder wegen einer anderen Unfähigkeit zum Führen von Motorfahrzeugen nicht geeignet sind. In solchen Fällen wird der Führerausweis gemäss <ref-law> auf unbestimmte Zeit entzogen.
Voraussetzung für den Sicherungsentzug gemäss Art. 14 Abs. 2 lit. c i.V.m. <ref-law> ist das Vorliegen einer Sucht. Trunksucht ist nach der Rechtsprechung gegeben, wenn der Betreffende regelmässig so viel Alkohol konsumiert, dass seine Fahrfähigkeit vermindert wird und er diese Neigung zum übermässigen Alkoholgenuss durch den eigenen Willen nicht zu überwinden vermag (<ref-ruling> E. 3a, S. 48). Der Sicherungsentzug wegen Trunksucht oder anderer Suchtkrankheiten wird gemäss <ref-law> auf unbestimmte Zeit angeordnet und mit einer Probezeit von mindestens einem Jahr verbunden. Nach Ablauf der Probezeit kann der Ausweis bedingt und unter angemessenen Auflagen wieder erteilt werden; in der Regel wird hierfür der Nachweis der Heilung durch eine mindestens einjährige kontrollierte Abstinenz verlangt. Der Sicherungsentzug greift damit tief in den Persönlichkeitsbereich des Betroffenen ein. Nach der Rechtsprechung ist daher eine genaue Abklärung der persönlichen Verhältnisse und insbesondere der Trinkgewohnheiten des Betroffenen in jedem Fall und von Amtes wegen vorzunehmen. Das Ausmass der notwendigen behördlichen Nachforschungen, namentlich die Frage, ob ein medizinisches Gutachten eingeholt werden soll, richtet sich nach den Umständen des Einzelfalles und liegt im pflichtgemässen Ermessen der Entzugsbehörde (<ref-ruling> E. 3a, S. 48). Bei Drogensucht ist die Entzugsbehörde in aller Regel verpflichtet, ein gerichtsmedizinisches Gutachten einzuholen; der Verzicht auf eine spezialärztliche Begutachtung wird nur ausnahmsweise, etwa in Fällen offensichtlicher, schwerer Drogenabhängigkeit, gerechtfertigt sein (<ref-ruling> E. 4b; vgl. auch Karl Hartmann, Der Sicherungsentzug in der neuen bundesgerichtlichen Rechtsprechung, Collezione Assista, Genf 1998, S. 259).
b) In <ref-ruling> hatte das Bundesgericht einen Lenker zu beurteilen, der im Jahre 1998 mit einem Blutalkoholgehalt von 3,31 Gewichtspromille gefahren war. Die kantonale Behörde liess es bei einem neuerlichen Warnungsentzug bewenden, obwohl gegen den Betroffenen bereits 1988 und 1994 wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand je ein Warnungsentzug verfügt worden war und bei diesen früheren Vorfällen Blutalkoholgehalte von 3,45 bzw. 2,95 Promille gegeben waren. Überdies war nach dem Polizeirapport der Betroffene dafür bekannt, regelmässig Alkohol im Übermass zu konsumieren. Wie das Bundesgericht entschied, hätte in Anbetracht dieser Umstände die kantonale Behörde ernsthafte Zweifel an der Fähigkeit des Betroffenen haben müssen, vor dem Fahren auf alkoholische Getränke zu verzichten. Die Behörde hätte einen Sicherungsentzug ins Auge fassen und im Hinblick darauf ein ärztliches Gutachten zur Frage einer allfälligen Trunksucht einholen müssen (E. 2).
c) Im Schrifttum wird ausgeführt, es könne davon ausgegangen werden, dass bei Personen, die im Strassenverkehr mit 1,6 Promille und mehr auffällig werden, eine Missbrauchstoleranz oder auch robuste Alkoholgewöhnung vorliege, die nur durch chronischen, die Persönlichkeit, die soziale Umwelt und die Gesundheit belastenden Alkoholmissbrauch erworben werden könne (Egon Stephan, Trunkenheitsdelikte im Verkehr: Welche Massnahmen sind erforderlich?, AJP 1994, S. 453; vgl. auch derselbe, Trunkenheitsdelikte im Verkehr und Alkoholmissbrauch, Blutalkohol 1988, S. 203).
René Schaffhauser (Zur Entwicklung von Recht und Praxis des Sicherungsentzugs von Führerausweisen, AJP 1992, S. 34 f.) führt aus, die Richtlinien für die Prüfung der körperlichen und geistigen Eignung von Fahrerlaubnisbewerbern und -inhabern (Eignungsrichtlinien) vom 1. Dezember 1982 der Bundesrepublik Deutschland hätten bereits vorgesehen, dass die Anordnung einer medizinisch-psychologischen Eignungsuntersuchung auch bei erstmals alkoholauffälligen Fahrzeugführern mit einer Blutalkoholkonzentration von 2 Promille oder mehr in Frage komme, wenn sonstige Umstände des Einzelfalles den Verdacht auf überdurchschnittliche Alkoholgewöhnung nahelegten. Diese Zahl sei mit einer Änderung der Richtlinien vom 30. September 1989 auf 1,6 Promille herabgesetzt worden; bei einer Blutalkoholkonzentration von 2 Promille oder mehr komme auch ohne das Vorliegen solcher Umstände regelmässig eine medizinisch-psychologische Untersuchung in Betracht. Es stehe fest, und unter Medizinern und Psychologen sei heute grundsätzlich unangefochten, dass ein höherer BAK-Wert selbst beim Alkoholersttäter in aller Regel ein Indiz für gewisse Suchtprobleme darstelle. Diese (nicht ganz neue) Erkenntnis scheine unseren Verwaltungen und Gerichten noch nicht ausreichend bekannt zu sein. Betrachte man die Entscheide zu den Sicherungsentzügen wegen Trunksucht, gewinne man (überspitzt formuliert) oft den Eindruck, es werde nach dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit zunächst einmal wiederholt ein Warnungsentzug ausgesprochen, ohne sich vorerst die Frage nach der Trunksucht überhaupt zu stellen. Erst wenn man zur Erkenntnis komme, dass auch lange Warnungs-Entzugsdauern keine Wirkung hätten, werde die Frage nach <ref-law> ernsthaft aufgeworfen. Die Frage, ob ein Warnungs- oder ein Sicherungsentzug auszusprechen sei, sei nicht aufgrund von Erwägungen zur Verhältnismässigkeit, sondern in Beantwortung der Rechtsfrage zu klären, ob Ungeeignetheit - hier: Trunksucht im strassenverkehrsrechtlichen Sinne - vorliege.
R. Seeger (Fahreignung und Alkohol, in: Probleme der Verkehrsmedizin, hrsg. vom Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich, 1999, S. 7) legt dar, mit einem FIAZ-Ereignis habe die betreffende Person mindestens einmal bewiesen, dass sie Trinken und Fahren nicht trennen könne. Nicht selten liege dem ein chronisches Alkoholproblem zugrunde. Ein konkreter und erheblicher Verdacht auf das Vorliegen einer verkehrsmedizinisch relevanten Alkoholproblematik ergebe sich unter anderem bei einer Blutalkoholkonzentration von 2,5 oder mehr Promille. Derart hohe Blutalkoholwerte, die in der Regel erst ab einem Konsum von 3,5 Liter Bier oder 1,5 Liter Wein erreicht würden, zeigten eine sehr hohe Alkoholtoleranz an, die ihrerseits in der Regel auf eine Alkoholabhängigkeit hinweise.
d) Der Beschwerdegegner hat sein Fahrzeug am 21. Mai 1999 mit einer Blutalkoholkonzentration von mindestens 2,73 und höchstens 3,31 Gewichtspromille gelenkt. Im Lichte der angeführten Äusserungen im Schrifttum stellt diese hohe Blutalkoholkonzentration ein erhebliches Indiz für eine Trunksucht im Sinne des Strassenverkehrsgesetzes dar. In Anbetracht dessen hätte die Vorinstanz - dem Hinweis des IRMZ in seinem Bericht vom 31. Mai 1999 folgend - eine entsprechende medizinische Abklärung anordnen müssen. Dies war allein aufgrund der sehr hohen Blutalkoholkonzentration geboten. Da Alkohol nebst übersetzter Geschwindigkeit eine der Hauptursachen für schwere Unfälle im Strassenverkehr darstellt, ist der mit der medizinischen Abklärung verbundene Eingriff gegenüber dem Fahrzeuglenker verhältnismässig.
Im Übrigen liegt es auch im Interesse des Lenkers selbst, wenn in einer Konstellation wie hier geklärt wird, ob er an einer Sucht leidet oder nicht.
Der Beschwerdegegner hat bereits im Jahre 1990 sein Fahrzeug mit einer Blutalkoholkonzentration von 1,96 Promille geführt, wofür ihm die Behörden des Kantons Genf den Führerausweis für die Dauer von 5 Monaten entzogen haben. Der Beschwerdegegner war also schon damals erheblich alkoholisiert. Die Vorinstanz hätte damit umso mehr Anlass zur Anordnung einer medizinischen Untersuchung gehabt.
Die Vorinstanz hat Bundesrecht verletzt, wenn sie von einer medizinischen Abklärung der Fahreignung abgesehen hat. Die Beschwerde wird insoweit gutgeheissen.
Die Sache wird an das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden zur Durchführung der entsprechenden Abklärung zurückgewiesen.
e) Im Interesse der Klarheit und der einheitlichen Anwendung des Bundesrechts ist <ref-law> wie folgt zu konkretisieren: Personen, die während der letzten fünf Jahre vor der aktuellen Trunkenheitsfahrt keine einschlägige Widerhandlung begangen haben, sind einer Fahreignungsuntersuchung zu unterziehen, wenn die Blutalkoholkonzentration 2,5 und mehr Promille beträgt. Personen mit einer so hohen Blutalkoholkonzentration verfügen über eine sehr hohe Alkoholtoleranz, die in aller Regel auf eine Alkoholabhängigkeit hinweist.
f) Der Beschwerdeführer beantragt, bis zum Vorliegen der Untersuchungsergebnisse sei der Führerausweis sofort vorsorglich zu entziehen, d.h. also zunächst im Sinne einer vorsorglichen Massnahme durch das Bundesgericht selbst.
Grundsätzlich liegt es in der Verantwortung der kantonalen Behörde, gegebenenfalls vorsorglich einen Entzug anzuordnen. Darüber wird deshalb das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden zu entscheiden haben.
Dabei wird es zu berücksichtigen haben, wieweit die 7 Monate Führerausweisentzug, die bereits vollzogen sind, ihre Wirkung getan haben.
g) Der Beschwerdeführer beantragt, falls die medizinische Untersuchung ergebe, dass beim Beschwerdegegner kein Eignungsmangel vorliege, sei das Strassenverkehrsamt anzuweisen, einen Warnungsentzug gemäss der Verfügung vom 13. Juli 1999 anzuordnen. Da mit dieser Verfügung 9 Monate Entzug angeordnet worden sind, die Vorinstanz jedoch nur 7 Monate verfügt hat, beantragt der Beschwerdeführer damit sinngemäss eventualiter, die Dauer des Warnungsentzuges um 2 Monate zu erhöhen. Der Beschwerdeführer begründet diesen Antrag jedoch nicht näher und es ist auch nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz mit der Reduktion der Entzugsdauer um 2 Monate ihr Ermessen überschritten hätte. Auf den Antrag ist deshalb nicht weiter einzutreten.
3.- Der Beschwerdegegner unterliegt zur Hauptsache.
Er trägt eine reduzierte Gerichtsgebühr (Art. 156 Abs. 1 OG). Diese wird auf Fr. 1'000.-- festgesetzt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass die Sache an das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden zur medizinischen Abklärung der Eignung zum Führen von Motorfahrzeugen von X._ im Sinne von <ref-law> zurückgewiesen wird mit der Auflage, dass das Strassenverkehrsamt von Amtes wegen auch die Notwendigkeit einer vorsorglichen Massnahme prüft. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden, dem Justiz-, Polizei- und Sanitätsdepartement Graubünden sowie dem Kantonsgericht von Graubünden schriftlich mitgeteilt.
-------- Lausanne, 27. März 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: