Faits:
A. Le 15 mai 2007, A.X._, ressortissante macédonienne née en 1982, a épousé en Turquie B.X._, ressortissant turc titulaire d'une autorisation d'établissement en Suisse. Arrivée en Suisse le 22 octobre 2007 au bénéfice d'une autorisation d'entrée, elle s'est vu délivrer une autorisation de séjour par regroupement familial, qui a été régulièrement prolongée jusqu'au 21 octobre 2010. A.X._ a subi une interruption de grossesse le 17 mars 2008.
Le 7 août 2008, B.X._ a requis du Tribunal d'arrondissement de Lausanne des mesures protectrices de l'union conjugale en raison de l'échec de son mariage; son épouse et lui vivaient séparés. Revenue de Macédoine aux environs de mars 2009, où elle s'était rendue le 22 octobre 2008 (d'après les indications sur son passeport, il s'agirait des mois de juillet 2008 et février 2009), A.X._ a pris résidence au Centre d'accueil C._ (ci-après: le Centre d'accueil) à partir du 17 mars 2009, ses frais de pension et frais annexes étant, en raison de son indigence, assumés par le Service de prévoyance et d'aide sociales du canton de Vaud. Selon une attestation établie par le Centre d'accueil le 10 juillet 2009, A.X._ aurait été renvoyée de force dans son pays d'origine et désinscrite du contrôle des habitants par son mari; après un séjour chez sa mère en Macédoine, elle serait revenue en Suisse par ses propres moyens, mais son époux aurait refusé de l'accueillir au domicile conjugal. Par jugement du 25 juin 2009, faisant remonter leur séparation au 3 novembre 2008, le Tribunal d'arrondissement de Lausanne a autorisé les époux X._ à vivre séparés.
Le 10 juillet 2009, A.X._ a sollicité un permis de séjour avec activité lucrative pour un emploi de nettoyeuse. Le 30 novembre 2009, A.X._ a signé un contrat de travail à 100% avec l'Auberge D._ en qualité de plongeuse pour un salaire de 3'000 fr. dès le 1er décembre 2009. Elle a signé un contrat de travail en qualité de nettoyeuse à 100% dès le 15 mars 2010.
B. B.a Le 19 août 2009, le Service de la population du canton de Vaud (ci-après: le Service cantonal) a informé l'intéressée qu'il envisageait de révoquer son autorisation de séjour. Entendue à ce sujet, A.X._ a affirmé s'être séparée de son mari en raison des violences conjugales qu'il lui aurait fait subir depuis le début de leur union (il l'aurait notamment obligée à avorter et l'aurait frappée de manière soutenue et répétée) et ne pas pouvoir retourner en Macédoine en tant que femme abandonnée, dont les parents seraient très malades. B.X._ a pour sa part indiqué, certificats médicaux à l'appui, avoir développé des symptômes anxio-dépressifs à la suite des pressions et menaces subies pour maintenir le mariage en dépit de l'échec de celui-ci; il avait déposé une demande de divorce en Turquie.
B.b Par décision du 14 décembre 2009, le Service cantonal a révoqué l'autorisation de séjour de A.X._. Cette dernière a recouru contre cette décision par acte du 26 janvier 2010 déposé auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). A l'appui de son recours, elle a notamment produit un certificat médical établi par "E._", posant les diagnostics d'état de stress post-traumatique consécutif aux violences conjugales et d'épisode dépressif sévère, sans syndromes psychotiques.
B.c Par plainte pénale du 25 janvier 2010, A.X._ a dénoncé les violences et l'avortement que son époux l'aurait contrainte à subir. B.X._ a, quant à lui, déposé plainte contre son épouse le 3 juin 2010 pour menaces. Par ordonnance du 27 avril 2012, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a classé les deux plaintes pénales, au motif que les éléments étaient insuffisants pour admettre la réalisation des infractions dénoncées. L'ordonnance de classement a été déférée à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois.
Le divorce des époux X._ a été prononcé le 9 mai 2012 et est devenu définitif et exécutoire le 12 juin 2012.
B.d Par arrêt du 10 septembre 2012, le Tribunal cantonal a rejeté le recours interjeté par A.X._ contre la décision du Service cantonal du 14 décembre 2009 révoquant son permis de séjour et a confirmé celle-ci.
C. A l'encontre de l'arrêt du 10 septembre 2012, A.X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Outre l'assistance judiciaire, elle requiert en substance, principalement et sous suite de dépens, la prolongation de son autorisation de séjour, subsidiairement, le renvoi de la cause à l'autorité intimée pour instruction complémentaire sur les violences subies et nouvelle décision. Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral des migrations ont conclu au rejet du recours alors que le Service cantonal a renoncé à se déterminer.
Dans un message du 12 octobre 2012 à l'attention du Tribunal fédéral, le Service cantonal a transmis à titre d'information un arrêt de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois du 7 septembre 2012 rejetant le recours de A.X._ formé contre l'ordonnance de classement précitée et confirmant cette dernière décision. Cet arrêt n'a pas fait l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral et est partant entré en force.
La demande d'octroi de l'effet suspensif présentée par la recourante a été admise par ordonnance présidentielle du 3 décembre 2012.

Considérant en droit:
1. 1.1 D'après l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit. En l'espèce, la vie conjugale de la recourante avec un ressortissant étranger titulaire d'un permis d'établissement ayant cessé un peu plus d'un an après le début de leur vie commune en Suisse (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 117 s.), celle-ci ne peut pas déduire un droit à une autorisation de séjour de l'art. 43 al. 1 LEtr, ni de l'art. 49 LEtr ou de l'art. 50 al. 1 let. a LEtr. Reste l'art. 50 al. 1 let. b LEtr. Dans la mesure où la recourante reproche de manière défendable à l'autorité cantonale de ne pas avoir retenu de circonstances propres à lui conférer un droit de demeurer en Suisse au sens de cette disposition, il convient d'admettre un droit, sous l'angle de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, lui permettant de former un recours en matière de droit public. Le point de savoir si les conditions posées par la loi sont effectivement réunies relève en effet de l'examen au fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 179; arrêt 2C_821/2011 du 22 juin 2012 consid. 1, non publié in <ref-ruling>).
1.2 Pour le surplus, l'arrêt attaqué est une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>) par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>, le recours en matière de droit public est par conséquent recevable.
1.3 Selon l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
En tant qu'elles ne ressortent pas déjà du dossier cantonal, les pièces que la recourante a jointes à son recours ne sont pas recevables. En revanche, la décision judiciaire produite par le Service cantonal peut être prise en compte, dès lors que l'arrêt attaqué a constaté que, par ordonnance du 27 avril 2012, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne avait classé, pour défaut d'indices suffisants, les plaintes pénales déposées par les ex-époux X._, et que l'arrêt du 7 septembre 2012 confirme cette décision de classement (cf. arrêts 2C_265/2011 du 27 septembre 2011 consid. 2.2; 5P.301/2006 du 27 juillet 2006 consid. 2.1 in fine).
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Aux termes de cet alinéa, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. En outre, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322; arrêt 2C_682/2012 du 7 février 2013 consid. 2).
3. A titre liminaire, la recourante se plaint d'une appréciation arbitraire des preuves. Elle reproche au Tribunal cantonal d'avoir nié l'existence de violences conjugales et d'un cas personnel majeur, en contradiction flagrante avec les pièces versées au dossier, à savoir le certificat médical du 21 janvier 2010 attestant d'un "stress post-traumatique consécutif à des violences conjugales", ainsi que la déclaration établie par le Centre d'accueil en date du 10 juillet 2009, qui est spécialisé en matière de violences familiales. S'agissant de l'avortement que son mari lui aurait fait subir, la recourante reproche au Tribunal cantonal de ne pas avoir pris en compte le caractère non définitif de l'ordonnance de classement de la plainte déposée contre son mari, à l'encontre de laquelle elle avait interjeté recours auprès de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois.
3.1 L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables, ce qu'il appartient au recourant de démontrer (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.).
3.2 L'étranger qui se prétend victime de violences conjugales sous l'angle de l'art. 50 al. 1 let. b et al. 2 LEtr est soumis à un devoir de coopération accru (cf. art. 90 LEtr; <ref-ruling> consid. 3.2.3 p. 235). Lorsque des contraintes psychiques sont invoquées, il incombe à la personne d'illustrer de façon concrète et objective ainsi que d'établir par preuves le caractère systématique de la maltraitance, respectivement sa durée, ainsi que les pressions subjectives qui en résultent. Les mêmes devoirs s'appliquent à la personne qui se prévaut, en lien avec l'oppression domestique alléguée, de difficultés de réintégration sociale insurmontables dans son Etat d'origine. Des affirmations d'ordre général ou des indices faisant état de tensions ponctuelles sont insuffisants (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.3 p. 235; voir aussi les arrêts 2C_155/2011 du 7 juillet 2011 consid. 4; 2C_803/2010 du 14 juin 2011 consid. 2.3.2).
3.3 Se fondant sur l'ordonnance de classement pénale du 27 avril 2012, rendue pour défaut de soupçons suffisants, les juges cantonaux ont retenu qu'en dépit de relations conjugales "tumultueuses", les violences domestiques alléguées par la recourante n'étaient pas établies.
A ce titre, le Tribunal cantonal a tout d'abord mis en doute le caractère probant de l'attestation du Centre d'accueil, dès lors qu'elle datait du 10 juillet 2009, soit plusieurs mois après la séparation du couple, et qu'elle ne faisait pas état de violences physiques ou psychiques à proprement parler, mais du refus de l'époux d'accueillir sa femme au domicile conjugal à son retour de Macédoine.
S'agissant ensuite du certificat médical du 21 janvier 2010 dont se prévaut également la recourante, la précédente instance s'en est écartée en l'absence au dossier de tout certificat médical "établi au moment des faits ou même peu après et attestant de violences physiques ou psychologiques du mari envers son épouse" (arrêt, p. 7). Pour le surplus, les juges cantonaux ont estimé que les souffrances psychiques constatées devaient s'expliquer par la précarité de la situation de la recourante sur le plan de son droit de séjour, étant précisé que "les troubles dépressifs réactionnels liés à la perspective du retour dans leur pays d'origine sont couramment observés chez les personnes dont la demande d'asile ou d'autorisation de séjour a été rejetée", sans que ces symptomes ne constituent en règle générale un obstacle sérieux à l'exécution du renvoi (arrêt, p. 8).
Pour ce qui est enfin de l'accusation d'avortement que la recourante a proférée à l'encontre de son ex-époux, le Tribunal cantonal a considéré, toujours en relation avec l'ordonnance de classement pénale, qu'aucune contrainte de la part du mari de l'intéressée n'avait pu être établie.
3.4 Les griefs de la recourante quant à ces constatations sont infondés.
Quoi que prétende la recourante, le fait pour elle d'avoir attendu plusieurs mois après la séparation d'avec son époux - en l'occurrence, jusqu'à la date du dépôt d'une demande de permis de séjour avec activité lucrative, le 10 juillet 2009 - pour faire établir une attestation par le Centre d'accueil, pouvait sans arbitraire conduire les précédents juges à nier une valeur probante déterminante à un tel document pour ce qui a trait aux violences domestiques invoquées. En outre, c'est à juste titre qu'en l'absence d'autres éléments particuliers au dossier, le Tribunal cantonal a refusé de qualifier de violence conjugale le prétendu refus par l'époux de la recourante de la laisser réintégrer le domicile conjugal à son retour en Suisse aux alentours de mars 2009 (comp., à cet égard, arrêt 2C_155/2011 du 7 juillet 2011 consid. 4.6), alors que le couple vivait séparé depuis le 3 novembre 2008 déjà. Du reste, on comprend mal pourquoi, à son retour de Macédoine, la recourante serait revenue auprès de son mari, alors qu'elle dit avoir été victime de violences conjugales traumatisantes. Quant à l'objection de la recourante, selon laquelle le recours tardif aux services du Centre d'accueil serait dû à la difficulté émotionnelle qu'éprouverait toute victime de violences à requérir un soutien institutionnel, elle est d'ordre général et n'établit pas un tel phénomène en la personne de l'intéressée, de sorte qu'il sied de l'écarter.
En outre, la relativisation du certificat médical par le Tribunal cantonal n'apparaît point comme choquante. Selon le cours ordinaire des choses, l'établissement a posteriori, en l'occurrence plusieurs mois après la séparation des époux, d'un tel document censé attester de violences conjugales tant physiques que psychiques, rend ardue, si ce n'est impossible la démonstration fiable de leur existence. Le médecin ne pourra souvent qu'examiner si les symptômes (psychologiques) présents chez sa patiente sont susceptibles de coïncider avec ses affirmations. Il ne peut ainsi pas être reproché aux premiers juges d'avoir attribué, de manière insoutenable, les souffrances psychiques diagnostiquées auprès de la recourante à la précarité de son statut en Suisse.
De surcroît, le reproche adressé par la recourante aux juges cantonaux de s'être fiés à une ordonnance de classement pénale non encore entrée en force pour nier l'avortement forcé qu'elle dit avoir subi, tombe à faux. En effet, cette ordonnance a été confirmée par arrêt du 7 septembre 2012, qui est définitif (cf. consid. 1.3). Il résulte notamment de cet arrêt que le classement des plaintes n'était intervenu qu'à la suite d'enquêtes pénales approfondies impliquant l'audition de nombreux témoins, et que, du constat des autorités, la décision, libre et éclairée, d'interrompre la grossesse était venue des deux époux, qui avaient estimé prématurée l'arrivée d'un enfant au stade alors instable de leur relation de couple.
3.5 Compte tenu de ce qui précède, le Tribunal cantonal n'a pas versé dans l'arbitraire en retenant pour non avérées, en dépit des pièces que la recourante avait versées au dossier et dont les précédents juges ont dûment apprécié la portée dans l'arrêt querellé, les violences conjugales invoquées. Le grief tiré de l'interdiction de l'arbitraire est donc écarté.
4. Le litige revient à se demander si, en regard des faits retenus, le Tribunal cantonal a nié à juste titre le droit pour la recourante de séjourner en Suisse sur la base de l'art. 50 al. 1 let. b et al. 2 LEtr.
4.1 Selon l'art. 50 al. 1 let. b LEtr, après dissolution de la famille, le droit du conjoint et des enfants à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité en vertu des art. 42 et 43 LEtr subsiste si la poursuite du séjour en Suisse s'impose pour des raisons personnelles majeures. L'art. 50 al. 1 let. b et al. 2 LEtr vise à régler les situations qui échappent aux dispositions de l'art. 50 al. 1 let. a LEtr, alors que - eu égard à l'ensemble des circonstances - l'étranger se trouve dans un cas de rigueur après la dissolution de la famille (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 395 et les références). L'admission d'un cas de rigueur personnel survenant après la dissolution de la communauté conjugale suppose que, sur la base des circonstances d'espèce, les conséquences pour la vie privée et familiale de la personne étrangère liées à ses conditions de vie après la perte du droit de séjour découlant de la communauté conjugale (art. 42 al. 1 et 43 al. 1 LEtr) soient d'une intensité considérable (<ref-ruling>; arrêt 2C_993/2011 du 10 juillet 2012 consid. 3.1). Le Tribunal fédéral a mis en lumière un certain nombre de situations dans lesquelles la pour-suite du séjour en Suisse peut s'imposer. Celles-ci ne sont pas exhaustives (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 3 s.). Parmi celles-ci figurent notamment les violences conjugales (art. 50 al. 2 LEtr et 77 al. 2 de l'ordonnance fédérale du 24 octobre 2007 relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative [OASA; RS 142.201]), qui doivent revêtir une certaine intensité (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 4), la réintégration fortement compromise dans le pays d'origine et le cas dans lequel le conjoint duquel dépend le droit de séjour de l'étranger décède (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 349; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 4).
4.2 En l'espèce, l'existence de violences conjugales ayant été, sans arbitraire, niée par le Tribunal cantonal (consid. 3 supra), seules les difficultés de réintégration de la recourante dans son pays d'origine pourraient justifier l'octroi d'une autorisation de séjour pour raisons personnelles majeures.
A ce titre, c'est à bon droit que la réintégration sociale de la recourante dans son pays d'origine ne pouvait être considérée comme fortement compromise. Comme l'a pertinemment retenu le Tribunal cantonal, la situation personnelle et économique moins favorable dans laquelle l'intéressée se retrouverait à son retour en Macédoine ne permet pas, en l'absence d'éléments particuliers dûment étayés, de retenir qu'elle serait exposée à un état de détresse. Au demeurant, la recourante étant arrivée en Suisse à l'âge de vingt-cinq ans, elle a donc passé toute son enfance et sa vie de jeune adulte hors de notre pays. Elle n'y a séjourné qu'environ cinq ans, avec des interruptions liées à ses séjours en Macédoine. Elle est aujourd'hui âgée de trente ans et n'a que récemment commencé une activité professionnelle. Selon les faits retenus par le Tribunal cantonal, qu'elle n'a du reste pas contestés devant la Cour de céans, elle n'a par ailleurs aucune attache particulière en Suisse, pas même avec les quelques membres de sa famille (notamment un oncle à Renens [VD]) vivant dans notre pays. En revanche, ses parents, avec lesquels elle maintient des contacts et auxquels elle a rendu visite lors de ses séjours en Macédoine, y compris après la fin de l'union conjugale le 3 novembre 2008, résident encore dans ledit pays. Par ailleurs, la recourante invoque essentiellement les violences conjugales et n'expose pas en quoi sa réintégration dans son pays d'origine serait fortement compromise.
4.3 Dans ces circonstances, en jugeant que la recourante ne pouvait se prévaloir de l'art. 50 al. 1 let. b et al. 2 LEtr pour obtenir une prolongation de son autorisation de séjour, le Tribunal cantonal a respecté le droit fédéral.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Le recours était dénué de chances de succès, de sorte que la requête d'assistance judiciaire formée par la recourante doit être rejetée (cf. art. 64 al. 1 et 2 LTF a contrario). Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 al. 2 et 3 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, au Service de la population du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 22 mars 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton