Sachverhalt:
A. B._, geboren 1955, war seit dem 1. Oktober 1971 in der Firma C._ beschäftigt, zuletzt als Geschäftsführer Administration/Finanzen, und bei der Branchen Versicherung Schweiz (vormals Metzger Versicherungen) für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert. Am 10. Oktober 2006 erlitt er einen Autounfall. Es kam morgens um 05.30 Uhr auf einer Kreuzung zu einer Kollision mit einem anderen, nicht vortrittsberechtigten Verkehrsteilnehmer, welcher, wie sich aus den Strafakten ergibt, mit übersetzter Geschwindigkeit ungebremst über die Verzweigung gefahren war. B._ nahm seine Arbeit nach dem Unfall zunächst wieder auf, litt jedoch unter Kniebeschwerden, vorbestehende Schwindelbeschwerden beziehungsweise Gleichgewichtsstörungen mit Gangunsicherheit wurden verstärkt und es traten psychische Beschwerden auf, die seine Leistungsfähigkeit einschränkten. Es kam zu wiederholten, ärztlich attestierten Arbeitsunfähigkeiten. Per 31. Dezember 2007 wurde ihm seine Arbeitsstelle gekündigt.
Die Branchen Versicherung Schweiz anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach. Mit Verfügung vom 13. August 2007 stellte sie ihre Versicherungsleistungen indessen für die psychischen Unfallfolgen per 11. Juni 2007 ein mit der Begründung, dass es an der adäquaten Kausalität fehle, während sie für die somatischen Beschwerden weiterhin Versicherungsschutz gewährte; mit Einspracheentscheid vom 27. September 2007 stellte sie fest, dass eine unfallbedingte Arbeitsfähigkeit nicht mehr bestehe, weshalb einzig noch Heilbehandlung für die unfallkausale Fusshebeparese erbracht werde.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 22. Oktober 2009 teilweise gut. Dem Beschwerdeführer wurden ab dem 12. Juni 2007 weiterhin Leistungen der Unfallversicherung (Heilbehandlung und Taggeld) zugesprochen und die Sache wurde an die Branchen Versicherung Schweiz zurückgewiesen zur Vornahme des Fallabschlusses im richtigen Zeitpunkt. Das Gericht holte bei der Gutachterstelle Y._, welche B._ im Auftrag der Invalidenversicherung untersucht hatte (Gutachten vom 17. Juni 2008), ein Ergänzungsgutachten vom 2. Juni 2009 ein und kam gestützt darauf zum Schluss, dass der Beschwerdeführer zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung zufolge somatischer Beschwerden noch in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt und eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mit überwiegender Wahrscheinlichkeit noch möglich gewesen sei. Erst zu gegebener Zeit werde die Beschwerdegegnerin den Fall abzuschliessen und die adäquate Kausalität der psychischen beziehungsweise organisch nicht objektivierbaren Beschwerden zu prüfen haben.
C. Die Branchen Versicherung Schweiz führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Bestätigung des Einspracheentscheides vom 27. September 2007 sei festzustellen, dass der Versicherte ab dem 12. Juni 2007 keinen Anspruch auf Versicherungsleistungen mehr hat.
Während B._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheides zum Abschluss der Heilbehandlung und Prüfung der weiteren Leistungspflicht an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen. Damit hat sie einen Zwischenentscheid im Sinne der <ref-law> gefällt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481). Da der selbstständig eröffnete Entscheid weder die Zuständigkeit noch ein Ausstandsbegehren betrifft, ist eine Beschwerde nur zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>); dies gilt auch für den Fall, dass damit über materielle Teilaspekte entschieden wird, da diese zusammen mit dem Endentscheid anfechtbar sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 und 4.3 S. 481 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 790; <ref-ruling> E. 3.2 S. 316). Da der angefochtene Entscheid den Unfallversicherer zu seines Erachtens rechtswidrigen Leistungen zwingt, bewirkt er für ihn einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law>, was offensichtlich ist. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen (<ref-ruling>) und bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140; vgl. auch <ref-ruling> E. 6.1 S. 116; <ref-ruling> E. 2a S. 99), zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01 E. 4b/cc) und zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Mit der Beschwerde wird geltend gemacht, dass die Vorinstanz den Einspracheentscheid vom 27. September 2007 zu Unrecht als Fallabschluss interpretiert habe. Dem Versicherten sei damals auch weiterhin Heilbehandlung für die organischen Gesundheitsstörungen zugesprochen, indessen ein diesbezüglicher Taggeldanspruch mangels Arbeitsunfähigkeit verneint worden; eine weitere Leistungspflicht für die psychischen Beschwerden sei mangels adäquater Kausalität abgelehnt worden. Gemäss Gutachten der Gutachterstelle Y._ werde dem Versicherten aus rheumatologischer Sicht für die bisherige Tätigkeit keine signifikante Belastbarkeitseinbusse attestiert und bestehe auch neurologisch keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Indessen sei eine Beeinträchtigung aus neuropsychologischer und aus psychiatrischer Sicht festgestellt worden. Dabei handle es sich jedoch um organisch nicht objektivierbare Unfallfolgen, deren Adäquanz zum Unfallereignis vom Versicherer verneint worden sei.
5. Aus den der Beschwerdeführerin zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung vorgelegenen medizinischen Akten ergibt sich was folgt: Gemäss Bericht des Spitals R._ vom 10. Oktober 2006 wurde nach dem gleichentags erlittenen Autounfall eine Distorsion der Lendenwirbelsäule diagnostiziert. Am 29. Januar 2007 wurde in der Klinik I._ eine Magnetresonanztomographie (MRT) des Neurocraniums durchgeführt wegen Schwankschwindels, der seit dem Unfall vom 10. Oktober 2006 aufgetreten war; am 15. Februar 2007 erfolgte in der gleichen Klinik eine weitere MRT-Untersuchung der Hals-, Brust- und Lendenwirbelsäule wegen einer progredienten Stand- und Gangataxie sowie Fussheberschwäche rechts. Frau Dr. med. S._, Neurologie FMH, diagnostizierte am 15. Februar 2007 eine Peroneus-Parese rechts, wahrscheinlich posttraumatisch nach Autounfall am 20. Oktober 2006, eine fortgeschrittene bilaterale periphere vestibuläre Funktionsstörung noch ungeklärter Ätiologie mit Zunahme der Stand- und Gangataxie durch posttraumatische Peroneusparese rechts sowie ein psychophysisches Erschöpfungssyndrom durch beruflichen Stress und Unfallereignis vom 10. Oktober 2006 mit Leistungsabfall und Durchschlafstörungen. Der Hausarzt Dr. med. L._, Allgemeinmedizin FMH, Sportmedizin SGSM, berichtete am 23. Februar 2007, dass er wegen des Unfalls erstmals am 21. Oktober 2006 konsultiert worden sei. Er stellte die vorläufigen Diagnosen einer LWS-Distorsion mit leichter Fusshebeparese rechts und Hypästhesien, einer HWS-Distorsion mit verstärkt aufgetretenem Schwankschwindel (vorbestehend seit ca. 20 Jahren bei Status nach Trauma an der Schläfe), ohne Nachweis einer intracraniellen Läsion. Es habe eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit bestanden vom 23. bis zum 28. Januar 2007. Anlässlich einer Untersuchung im Spital X._, Neurologische Klinik und Poliklinik, vom 13. März 2007 wurde eine peripher-vestibuläre Unterfunktion beidseits festgestellt. Am 30. April 2007 stellte Dr. med. L._ die Diagnosen einer HWS-Distorsion, einer Peroneus-Parese rechts, wahrscheinlich posttraumatisch, einer fortgeschrittenen bilateralen vestibulären Funktionsstörung noch ungeklärter Ätiologie, einer Stand- und Gangataxie, Zunahme durch posttraumatische Peroneusparese, sowie eines psychophysischen Erschöpfungssyndroms. Er attestierte eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit vom 5. März 2007 bis zum 18. April 2007, ging jedoch davon aus, dass die Behandlung voraussichtlich Ende Mai 2007 abgeschlossen werden könne. Am 12. Juni 2007 attestierte Dr. med. F._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit für voraussichtlich drei Monate. Der Versicherte leide an einem massiven Übererregungssyndrom (Bericht vom 28. Juni 2007). Am 3. Juli 2007 wurde eine Untersuchung im Spital X._, Herzkreislaufzentrum, Nuklearkardiologie, durchgeführt. Dr. med. L._ äusserte sich am 8. August 2007 noch einmal zu den persistierenden Beschwerden. Weitere Abklärungen hat die Beschwerdeführerin nicht veranlasst.
6. Im vorinstanzlichen Verfahren hat der Versicherte das von der Invalidenversicherung in Auftrag gegebene Gutachten der Gutachterstelle Y._ vom 17. Juni 2008 eingereicht. Daraus ergibt sich, dass damals aus rheumatologischer Sicht im bisherigen Beruf und in verwandten, körperlich leichten bis mittelschweren Tätigkeiten ohne monotone Körperhaltungen und ohne Heben, Stossen oder Ziehen von Lasten von mehr als 5 bis 7,5 kg, keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit mehr bestand. Lediglich Arbeiten auf Leitern oder Gerüsten oder solche mit Sturzgefahr waren nach Einschätzung der Gutachter nicht möglich. Auch aus neurologischer Sicht war der Versicherte am 17. Juni 2008 trotz der Peroneus-Läsion rechts, der multifaktoriell bedingten Gangstörung (im Rahmen der Diagnosen der linksbetonten bilateralen vestibulären Funktionsstörung und der posttraumatischen Peroneus-Läsion rechts) sowie der vestibulären Funktionsstörung unklarer Ätiologie nur insofern beeinträchtigt, als die Gutachter Tätigkeiten mit möglichem Sturzrisiko als ungeeignet erachteten. Es bestand indessen für den angestammten Beruf als auch eine andere, dem körperlichen Leiden angepasste Beschäftigung eine reduzierte Arbeitsfähigkeit von 60 % aus psychiatrischen und neuropsychologischen Gründen.
7. Gestützt darauf hat die Vorinstanz erwogen, dass dem Versicherten zum Gutachtenszeitpunkt am 17. Juni 2008 die angestammte Tätigkeit im Büro aus rein somatischer Sicht zu 100 % zumutbar gewesen sei. Zur zuverlässigen Beurteilung der Entwicklung des Gesundheitszustands erachtete sie indessen die Einholung eines Ergänzungsberichts zu Recht als angezeigt. Dieser wurde am 2. Juni 2009 erstattet. Es geht daraus hervor, dass der Versicherte zum Zeitpunkt der Einstellung der Taggeldleistungen aus muskuloskelettaler Sicht zufolge der elektroneurographisch bestätigten, posttraumatischen Peroneus-Läsion und der dadurch bedingten lumbovertebralen Schmerzsymptomatik beeinträchtigt gewesen und erst später, etwa drei Monate vor dem Gutachtenszeitpunkt, eine diesbezügliche Besserung eingetreten sei. Nach Einschätzung der Ärzte der Gutachterstelle Y._ bestand zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung per 11. Juni 2007 noch eine signifikante Arbeitsunfähigkeit.
8. Das kantonale Gericht hat die medizinischen Akten einlässlich und sorgfältig gewürdigt und insbesondere auch den vom Unfallversicherer eingereichten Bericht des Spitals X._, Neurologische Klinik und Poliklinik, vom 2. Juni 2008, sowie das ebenfalls von der Beschwerdeführerin ins Recht gelegte, vom Haftpflichtversicherer veranlasste Aktengutachten des Dr. med. M._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, und des Prof. Dr. med. A._, Neurologie FMH, Institut K._, vom 15. März 2009, berücksichtigt. Es kam zum Schluss, dass der Versicherte zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung per 11. Juni 2007 aus somatischen Gründen in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt und eine namhafte Besserung noch möglich gewesen sei.
Unter diesen Umständen habe der Unfallversicherer den Fall noch nicht abschliessen dürfen, sondern er sei auch über den 11. Juni 2007 hinaus leistungspflichtig. Erst zu gegebener Zeit habe er den Fallabschluss vorzunehmen und dannzumal auch die adäquate Kausalität der psychischen beziehungsweise organisch nicht objektivierbaren Beschwerden (wie insbesondere rasche Ermüdbarkeit, subjektive Leistungsunfähigkeit mit Konzentrations- und Gedächtnisstörungen), welche die Arbeitsfähigkeit gemäss Gutachten der Gutachterstelle Y._ am 17. Juni 2008 noch um 40 % eingeschränkt haben, zu prüfen.
9. Dem in E. 8 Gesagten ist in allen Teilen beizupflichten.
9.1 Gestützt auf <ref-law> hat der Unfallversicherer den Fall (unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen [Heilbehandlung, Taggeld] und Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung) abzuschliessen, wenn von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes der versicherten Person mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind (<ref-ruling> E. 4.1 S. 113 f. mit Hinweisen; Urteil U 291/06 vom 4. März 2008 E. 4.1). Was unter einer namhaften Besserung des Gesundheitszustandes im genannten Sinne zu verstehen ist, bestimmt sich namentlich nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit unfallbedingt beeinträchtigt, wobei die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (<ref-ruling> E. 4.3 S. 115 mit Hinweisen; Urteil U 291/06 vom 4. März 2008 E. 4.2). Die bei der Adäquanzprüfung psychischer Unfallfolgen einzig zu berücksichtigenden physischen Komponenten lassen sich im Zeitpunkt, in welchem von einer Fortsetzung der auf die somatischen Leiden gerichteten ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung mehr erwartet werden kann, zuverlässig beurteilen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116 mit Hinweisen; Urteile 8C_76/2008 vom 15. Januar 2009 E. 7 in fine und U 98/06 vom 5. April 2007 E. 3.1, in: SVR 2007 UV Nr. 29 S. 99).
9.2 Die Rechtmässigkeit des Fallabschlusses beurteilt sich vorliegend - da Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung, zumindest eine Umschulung, offenbar nicht zur Diskussion stehen - danach, ob von einer Fortsetzung der spezifischen ärztlichen Behandlung der genannten unfallbedingten rheumatologischen und neurologischen Beschwerden (Bein- und Rückenschmerzen, Gleichgewichtsstörungen/Schwindel mit Gangunsicherheit) über den 11. Juni 2007 hinaus noch eine namhafte Besserung des somatischen Gesundheitszustandes erwartet werden konnte, was von der Vorinstanz zu Recht bejaht wird. Zu erwähnen ist in diesem Zusammenhang, dass die prospektive Festsetzung der Arbeitsfähigkeit rechtsprechungsgemäss zwar zulässig, jedoch einer Überprüfung ex post zugänglich ist, wobei im Einsprache- und Beschwerdeverfahren insbesondere geltend gemacht werden kann, die Prognose habe sich aufgrund der tatsächlichen Entwicklung als falsch erwiesen (RKUV 2005 Nr. U 560 S. 398, U 3/04 E. 2.2).
9.3 Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich lediglich geltend, es sei nicht ersichtlich, inwiefern der Versicherte durch diese Beschwerden am 11. Juni 2007 noch in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt gewesen sei, und beruft sich auf das Gutachten der Gutachterstelle Y._ vom 17. Juni 2008, wonach die Beeinträchtigung neuropsychologisch und psychiatrisch begründet ist. Das kantonale Gericht hat sich indessen, nach entsprechenden Abklärungen, einlässlich auch zur gesundheitlichen Entwicklung geäussert, womit sich die Beschwerdeführerin nicht auseinandersetzt. Danach bestand zum Zeitpunkt der von der Beschwerdeführerin vorgenommenen Leistungseinstellung noch eine Arbeitsunfähigkeit, die nicht vollumfänglich auf das psychische Beschwerdebild, sondern in signifikantem Ausmass auf die somatischen Störungen zurückzuführen war, und durfte diesbezüglich noch eine namhafte Verbesserung im Sinne einer wesentlichen Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit erwartet werden.
9.4 Dem kantonalen Gericht ist daher beizupflichten, dass der Unfallversicherer zufolge der noch bestehenden beträchtlichen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit aus somatischen Gründen mit Aussicht auf namhafte Besserung auch über den 11. Juni 2007 hinaus leistungspflichtig ist und unter den gegebenen Umständen auch bezüglich der psychischen Beschwerden ein Fallabschluss noch nicht zulässig war.
10. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend dem Beschwerde führenden Unfallversicherer auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat er dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo