Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Der Architekt A._ (Mitgesellschafter) und X._ (Beklagter), die sich zum "Baukonsortium B._" zusammengeschlossen hatten, beauftragten die Generalunternehmerin Y._ AG (Klägerin) in zwei Etappen die Überbauung "B._" an der Strasse C._ in D._ zu erstellen. Grundlage des Bauvorhabens bildeten zwei Generalunternehmerverträge vom 22. Juli 1986. Gemäss diesen Verträgen verpflichtete sich die Klägerin zur schlüsselfertigen Erstellung
- der Mehrfamilienhäuser 1, 2A, 2B und 2C (erste Etappe) samt Tiefgarage zum festen Preis von Fr. 16'092'000.-- und
- der Mehrfamilienhäuser 3, 4 und 5 (zweite Etappe) zum festen Preis von Fr. 11'262'000.--.
Die Klägerin realisierte die Bauten in den Jahren 1986-1989 (erste Etappe) und 1989-1992 (zweite Etappe). Ausgeführt wurde ein gegenüber dem ursprünglichen Vorhaben mehrfach abgeändertes Projekt.
Die erste Etappe rechnete die Klägerin am 29. Oktober 1990 zu Fr. 19'810'925.-- ab (Fr. 16'092'000.-- vertraglicher Werkpreis zuzüglich Fr. 4'068'925.-- Mehrkosten abzüglich pauschal Fr. 350'000.-- Minderkosten).
Ihre Abrechnung vom 28. Oktober 1992 für die zweite Etappe ergab einen Werkpreis von Fr. 21'138'380.-- (Fr. 11'262'000.-- gemäss Vertrag zuzüglich Fr. 1'084'530.-- Teuerung und Fr. 8'791'850.-- Mehrkosten).
Zwischen den Beteiligten kam es zu einem Streit über den geschuldeten Werkpreis. Offen blieb gemäss Kontoauszug der Klägerin vom 28. Oktober 1992 ein Betrag von insgesamt Fr. 5'407'305.-- (Fr. 18'925.-- aus der ersten und Fr. 5'388'380.-- aus der zweiten Etappe).
Zwischen den Beteiligten kam es zu einem Streit über den geschuldeten Werkpreis. Offen blieb gemäss Kontoauszug der Klägerin vom 28. Oktober 1992 ein Betrag von insgesamt Fr. 5'407'305.-- (Fr. 18'925.-- aus der ersten und Fr. 5'388'380.-- aus der zweiten Etappe).
B. B.a Am 15. April 1993 belangte die Klägerin den Beklagten, den Mitgesellschafter und E._ (gegen den die Klage später zurückgezogen wurde) beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen auf Bezahlung von Fr. 5'407'305.-- nebst Zins. Der Handelsgerichtspräsident überwies die Sache an das zuständige Bezirksgericht St. Gallen.
In der Folge schlossen die Parteien eine Prozessvereinbarung, wonach über die Streitfrage, ob für die zweite Bauetappe ein revidierter Pauschalpreis oder ein neuer Abrechnungsmodus vereinbart worden sei, ein Teilurteil gefällt werden solle. Das Bezirksgericht St. Gallen stellte am 9. Februar 1996 fest, dass sich die Parteien für die zweite Bauetappe auf einen revidierten Generalunternehmerpreis von Fr. 17'142'000.-- geeinigt haben, ausgehend von den im Nachtrag zum Generalunternehmervertrag vom 19. November 1991 festgelegten Grundlagen. Bei diesen Grundlagen handelte es sich gemäss Ziffer 1.2 des Nachtrags um die einzeln mit Titel, Plannummer und Datum aufgeführten Pläne des Architekten F._, den Baubeschrieb "datiert Juni 1991" und die Vorschriften sämtlicher für die Realisierung erforderlichen Bewilligungen der zuständigen Behörden und Ämter. Die von der Klägerin gegen das Teilurteil des Bezirksgerichts erhobenen Rechtsmittel wurden vom Kantonsgericht St. Gallen und daraufhin vom Kassationsgericht des Kantons St. Gallen abgewiesen.
Daraufhin wurde das Verfahren vor dem Bezirksgericht St. Gallen fortgesetzt. An der Schlussverhandlung reduzierte die Klägerin die eingeklagte Forderung auf Fr. 2'323'632.--. Nach mehreren Beratungen wies das Bezirksgericht die Klage mit Entscheid vom 9. März 2000 ab.
B.b Die Klägerin erhob gegen diesen Entscheid Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen und beantragte, der Beklagte und der Mitgesellschafter seien solidarisch zu verpflichten, der Klägerin Fr. 2'226'982.-- nebst Zins zu bezahlen. Mit Entscheid vom 1. Juli 2004 schützte das Kantonsgericht die Klage im Betrag von Fr. 479'126.-- nebst Zins. Dabei beurteilte es u.a. eine Zessionsforderung des Beklagten und des Mitgesellschafters von Fr. 155'616.-- (Architektenhonorar F._) im Umfang von Fr. 77'170.-- als begründet und liess sie zur Verrechnung zu.
In teilweiser Gutheissung der je vom Beklagten und vom Mitgesellschafter erhobenen Nichtigkeitsbeschwerden hob das Kassationsgericht am 27. April 2005 den Entscheid des Kantonsgerichts auf und wies die Streitsache zurück, "und zwar ausschliesslich zur fachkundigen Überprüfung der Höhe des von den Beklagten verrechnungsweise geltend gemachten, unter veränderten Umständen geschuldeten Architektenhonorars von F._".
Der Beklagte hatte gegen den Entscheid des Kantonsgerichts vom 1. Juli 2004 auch eidgenössische Berufung eingelegt. Mit Blick auf die Aufhebung des angefochtenen Entscheids durch das Kassationsgericht schrieb das Bundesgericht die Berufung mit Beschluss vom 19. Juli 2005 als gegenstandslos ab.
B.c Am 15. August/16. September 2005 vereinbarten die Parteien auf Vorschlag des Präsidenten der III. Zivilkammer des Kantonsgerichts, dass auf eine Expertise im Zusammenhang mit der Zessionsforderung "Architektenhonorar F._" verzichtet werde, die Forderung des Beklagten und des Mitgesellschafters im Umfang von Fr. 77'170.-- zur Verrechnung gestellt und von der Klägerin in diesem Umfang anerkannt werde. Damit wurde der Streit betreffend diese Forderung gegenstandslos. Im Übrigen fällte das Kantonsgericht am 20. November 2005 ein mit dem aufgehobenen Entscheid vom 1. Juli 2004 identisches Urteil und verwies zur Begründung auf die entsprechenden Erwägungen jenes Entscheids.
B.c Am 15. August/16. September 2005 vereinbarten die Parteien auf Vorschlag des Präsidenten der III. Zivilkammer des Kantonsgerichts, dass auf eine Expertise im Zusammenhang mit der Zessionsforderung "Architektenhonorar F._" verzichtet werde, die Forderung des Beklagten und des Mitgesellschafters im Umfang von Fr. 77'170.-- zur Verrechnung gestellt und von der Klägerin in diesem Umfang anerkannt werde. Damit wurde der Streit betreffend diese Forderung gegenstandslos. Im Übrigen fällte das Kantonsgericht am 20. November 2005 ein mit dem aufgehobenen Entscheid vom 1. Juli 2004 identisches Urteil und verwies zur Begründung auf die entsprechenden Erwägungen jenes Entscheids.
C. Der Beklagte beantragt mit eidgenössischer Berufung, das Urteil des Kantonsgerichts vom 20. November 2005 vollumfänglich aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventuell sei die Streitsache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Der Mitgesellschafter hat keine Berufung eingelegt.
Die Klägerin beantragt, die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Klägerin beantragt, die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Am 11. Juli 2006 hiess das Kassationsgericht die Nichtigkeitsbeschwerden des Beklagten und des Mitgesellschafters gegen den Entscheid des Kantonsgerichts vom 20. November 2005 teilweise gut und verlegte die Parteikosten anders, in Aufhebung der diesbezüglichen Ziffern 4 und 5 des Entscheids des Kantonsgerichts. Im Übrigen wies es die Beschwerden ab.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die teilweise Gutheissung der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerden des Beklagten sowie des Mitgesellschafters und die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Urteils vom 20. November 2005 durch den Entscheid des Kassationsgerichts vom 11. Juli 2006 beschränkten sich auf den - ausschliesslich nach kantonalem Recht geregelten - Kostenpunkt. Demnach ist das Urteil des Kantonsgerichts davon nicht betroffen, soweit es Anfechtungsobjekt der vorliegenden Berufung bildet, und ist das Berufungsverfahren vollumfänglich aufzunehmen.
1. Die teilweise Gutheissung der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerden des Beklagten sowie des Mitgesellschafters und die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Urteils vom 20. November 2005 durch den Entscheid des Kassationsgerichts vom 11. Juli 2006 beschränkten sich auf den - ausschliesslich nach kantonalem Recht geregelten - Kostenpunkt. Demnach ist das Urteil des Kantonsgerichts davon nicht betroffen, soweit es Anfechtungsobjekt der vorliegenden Berufung bildet, und ist das Berufungsverfahren vollumfänglich aufzunehmen.
2. 2.1 Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, diese beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das kantonale Gericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm die entscheidwesentlichen Behauptungen und Beweisanträge frist- und formgerecht unterbreitet wurden (vgl. Art. 63 und 64 OG). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt haben will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106; <ref-ruling> E. 2c S. 252; <ref-ruling> E. 2a, je mit Hinweisen).
2.2 Die Berufungsanträge sind zu begründen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). In der Berufungsschrift ist anzugeben, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt sind. Die Gesetzesartikel brauchen allerdings nicht ausdrücklich genannt zu werden, falls aus den Vorbringen hervorgeht, gegen welche Regeln des Bundesprivatrechts die Vorinstanz verstossen haben soll (<ref-ruling> E. 2a S. 400). Unerlässlich ist aber, dass die Berufung auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen zeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt (<ref-ruling> E. 3 S. 749). Der Berufungskläger soll in der Berufungsschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (Peter Münch, in: Geiser/Münch (Hrsg.), Prozessieren vor Bundesgericht, 2. Aufl., Basel/Frankfurt a.M. 1998, S. 154 f. N. 4.91). Auf nicht oder ungenügend begründete Begehren tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 6 S. 316).
2.2 Die Berufungsanträge sind zu begründen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). In der Berufungsschrift ist anzugeben, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt sind. Die Gesetzesartikel brauchen allerdings nicht ausdrücklich genannt zu werden, falls aus den Vorbringen hervorgeht, gegen welche Regeln des Bundesprivatrechts die Vorinstanz verstossen haben soll (<ref-ruling> E. 2a S. 400). Unerlässlich ist aber, dass die Berufung auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen zeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt (<ref-ruling> E. 3 S. 749). Der Berufungskläger soll in der Berufungsschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (Peter Münch, in: Geiser/Münch (Hrsg.), Prozessieren vor Bundesgericht, 2. Aufl., Basel/Frankfurt a.M. 1998, S. 154 f. N. 4.91). Auf nicht oder ungenügend begründete Begehren tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 6 S. 316).
3. Zunächst rügt der Beklagte als Verletzung von <ref-law>, dass die Vorinstanz von einem Konsens über einen Werkvertrag für die zweite Bauetappe ausgegangen ist. Die Klägerin habe einen solchen bestritten. Die Vorinstanz hätte ihr nach Art. 56 Abs. 1 und 2 ZPO/SG weder mehr noch anderes zusprechen dürfen, als sie verlangt habe. Die Klägerin wäre mithin auf einen rein bereicherungsrechtlichen Anspruch im Sinne von <ref-law> zu verweisen gewesen.
Diese Rüge ist in mehrfacher Hinsicht abwegig bzw. es kann auf sie nicht eingetreten werden. Das Bezirksgericht St. Gallen hat mit - im Rechtsmittelverfahren bestätigtem - Teilurteil vom 9. Februar 1996 entschieden, dass sich die Parteien für die zweite Bauetappe auf einen revidierten Generalunternehmerpreis von Fr. 17'142'000.-- geeinigt haben, ausgehend von den im Nachtrag zum Generalunternehmervertrag vom 19. November 1991 festgelegten Grundlagen. Damit ist der beklagtische Standpunkt durchgedrungen, womit dem Beklagten das Rechtsschutzinteresse an der Anfechtung dieses Punktes abgeht. Sodann kann mit Berufung nicht die Verletzung kantonalen Rechts gerügt werden. Soweit sich der Beklagte auf Art. 56 Abs. 1 und 2 ZPO/SG beruft, ist er demnach nicht zu hören. Im Übrigen hat die Klägerin ihre Klage stets auf eine vertragliche Grundlage gestützt; umstritten war lediglich, welche massgebend sei, ob diejenige des ursprünglichen Vertrags vom 22. Juli 1986 oder diejenige des Nachtrags zum Vertrag vom 19. November 1991. Es kann somit auch keine Rede davon sein, die Vorinstanz hätte die Klägerin auf einen rein bereicherungsrechtlichen Anspruch verweisen müssen.
Diese Rüge ist in mehrfacher Hinsicht abwegig bzw. es kann auf sie nicht eingetreten werden. Das Bezirksgericht St. Gallen hat mit - im Rechtsmittelverfahren bestätigtem - Teilurteil vom 9. Februar 1996 entschieden, dass sich die Parteien für die zweite Bauetappe auf einen revidierten Generalunternehmerpreis von Fr. 17'142'000.-- geeinigt haben, ausgehend von den im Nachtrag zum Generalunternehmervertrag vom 19. November 1991 festgelegten Grundlagen. Damit ist der beklagtische Standpunkt durchgedrungen, womit dem Beklagten das Rechtsschutzinteresse an der Anfechtung dieses Punktes abgeht. Sodann kann mit Berufung nicht die Verletzung kantonalen Rechts gerügt werden. Soweit sich der Beklagte auf Art. 56 Abs. 1 und 2 ZPO/SG beruft, ist er demnach nicht zu hören. Im Übrigen hat die Klägerin ihre Klage stets auf eine vertragliche Grundlage gestützt; umstritten war lediglich, welche massgebend sei, ob diejenige des ursprünglichen Vertrags vom 22. Juli 1986 oder diejenige des Nachtrags zum Vertrag vom 19. November 1991. Es kann somit auch keine Rede davon sein, die Vorinstanz hätte die Klägerin auf einen rein bereicherungsrechtlichen Anspruch verweisen müssen.
4. Weiter macht der Beklagte geltend, weil die Klägerin den Nachtrag zum Vertrag vom 19. November 1991 als Vertragsgrundlage für die zweite Etappe bestritten habe, hätte sie gar nicht zum Beweis zugelassen werden dürfen, welche Leistungen zu dem dort vorgesehenen Preis zu erbringen waren und was darüber hinausgehender Mehraufwand sei. Die Vorinstanz habe <ref-law> und <ref-law> verletzt.
Die Klägerin hat zunächst - erfolglos - versucht, ihre Klage auf die für sie günstigere Vertragsgrundlage vom 22. Juli 1986 zu stützen. Nachdem dann aber entschieden wurde, Ausgangspunkt für die zweite Bauetappe bilde der Generalunternehmerpreis von Fr. 17'142'000.-- gemäss den im Nachtrag zum Vertrag vom 19. November 1991 festgelegten Grundlagen, war es ihr nicht verwehrt, den hierauf bezogenen Mehraufwand zu beweisen. Die Vorinstanz hat bei korrekter Beweislastverteilung geprüft, inwiefern dies der Klägerin gelungen war. Eine Bundesrechtsverletzung ist nicht ersichtlich.
Die Klägerin hat zunächst - erfolglos - versucht, ihre Klage auf die für sie günstigere Vertragsgrundlage vom 22. Juli 1986 zu stützen. Nachdem dann aber entschieden wurde, Ausgangspunkt für die zweite Bauetappe bilde der Generalunternehmerpreis von Fr. 17'142'000.-- gemäss den im Nachtrag zum Vertrag vom 19. November 1991 festgelegten Grundlagen, war es ihr nicht verwehrt, den hierauf bezogenen Mehraufwand zu beweisen. Die Vorinstanz hat bei korrekter Beweislastverteilung geprüft, inwiefern dies der Klägerin gelungen war. Eine Bundesrechtsverletzung ist nicht ersichtlich.
5. Ein weiterer Rügenkomplex des Beklagten bezieht sich auf eine Zahlung des Beklagten und des Mitgesellschafters über Fr. 250'000.--.
5.1 Nach dem angefochtenen Urteil hat E._ am 20. Juli 1989 am Schalter der UBS AG in Heerbrugg zulasten des Kontos Nr. xxx (Baukonto des Beklagten und des Mitgesellschafters) Fr. 250'000.-- abgehoben und diesen Betrag gleichentags dem Verwaltungsratspräsidenten der Klägerin ausgehändigt, der schriftlich bestätigte, den Betrag als "Akontozahlung für die Überbauung B._ 1. Etappe" erhalten zu haben.
Die Klägerin hatte geltend gemacht, es habe sich um eine "inoffizielle" Teilzahlung gehandelt, die auf Wunsch des Beklagten und des Mitgesellschafters zwei Monate später in der Zwischenabrechnung per 20. September 1989 mit dem Vermerk "abzüglich Minderkosten-Pauschale" berücksichtigt worden sei. Gleich sei man mit der WIR-Zahlung des Beklagten und des Mitgesellschafters vom 9. Oktober 1990 über Fr. 100'000.-- verfahren. Dies habe dazu geführt, dass in der Schlussabrechnung vom 29. Oktober 1990 die Position "abzüglich Minderkosten-Pauschale" um Fr. 100'000.-- auf Fr. 350'000.-- erhöht worden sei. Die effektiv entstandenen Minderkosten seien bei der Abrechnung der Mehrkosten berücksichtigt worden.
Der Beklagte und der Mitgesellschafter stellten sich demgegenüber auf den Standpunkt, die Zahlung von Fr. 250'000.-- sei ganz offiziell als Teilzahlung quittiert worden und deshalb als solche zu behandeln. Sie wollten mithin, dass zusätzlich ein Betrag von Fr. 250'000.-- in Abzug gebracht werde.
Die Vorinstanz lehnte dies ab und folgte der Klägerin. Ein erstes Indiz für die Richtigkeit der klägerischen Behauptung sah sie im zeitlichen Ablauf und in der betragsmässigen Übereinstimmung von Zahlung und Abzug: Die Zahlung der Fr. 250'000.-- sei am 20. Juli 1989 erfolgt, worauf in der ersten Zwischenabrechnung danach am 20. September 1989 erstmals eine Minderkosten-Pauschale von Fr. 250'000.-- abgezogen worden sei; ebenso sei kurze Zeit nach der Ausstellung des WIR-Checks vom 9. Oktober 1990 in der Schlussabrechnung vom 29. Oktober 1990 die Minderkosten-Pauschale um Fr. 100'000.-- erhöht worden. Hinzu komme, dass kein sachlicher Grund bestanden habe, für Minderkosten einen pauschalen Abzug von Fr. 250'000.-- zu gewähren. Der Zwischenabrechnung vom 20. September 1989 hätten nämlich detaillierte Zusammenstellungen der Mehrkosten für jedes Haus beigelegen, in denen die - wenigen - Minderkosten bereits abgezogen gewesen seien. Dass diese Minderkosten später (die Häuser seien 1989 vollendet worden) noch angestiegen seien, werde von keiner Seite behauptet, und in den Akten fänden sich - soweit ersichtlich - keine Hinweise dafür. Für eine verdeckte Zahlung spreche auch die eigenartige Zahlungsweise: Während sonst die Akontozahlungen durch Zahlungsauftrag an die Bank ausgelöst und im Giroverkehr von Bank zu Bank gutgeschrieben worden seien, habe E._ die Fr. 250'000.-- am Schalter der Bank abgehoben und denselben Geldbetrag dem Verwaltungsratspräsidenten der Klägerin gleichentags in bar übergeben. Auffallend sei auch, dass der Beklagte und der Mitgesellschafter seit dem Jahr 1989 bis zur Einreichung der Klageantwort im Jahr 1993 die Zahlungen nie reklamiert hätten, obwohl sie in den verschiedenen Abrechnungen stets gefehlt hätten. Dass sie von dem Beklagten und dem Mitgesellschafter schlicht vergessen worden seien, wie sie behaupteten, sei völlig unglaubhaft, nachdem die Parteien während Jahren im Zusammenhang mit Mehr- und Minderkosten über viel kleinere Beträge diskutiert und verhandelt hätten. Für die These des Beklagten und des Mitgesellschafters, bei der Minderkosten-Pauschale handle es sich letztlich um einen Rabatt oder Preisnachlass, fänden sich in den Akten nicht die geringsten Hinweise. Die Vorinstanz gelangte deshalb zum Schluss, dass mit dem am 20. September 1989 vorgenommenen Pauschalabzug von Fr. 250'000.-- keine Minderkosten abgerechnet, sondern dem Beklagten und dem Mitgesellschafter die Zahlung der Fr. 250'000.-- vom 20. Juli 1989 gutgeschrieben worden sei. Diese Zahlung könne daher nicht nochmals in Abzug gebracht werden.
5.2 Der Beklagte rügt in diesem Zusammenhang zunächst eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz seinen Beweisantrag zur Edition der klägerischen Buchhaltung nicht abgenommen habe. Damit habe er beweisen wollen, dass die Klägerin in ihrer eigenen Buchhaltung für die erste Etappe lediglich einen Werklohn von Fr. 19'802'384.10 (also ohne die Fr. 250'000.--) verbucht habe.
<ref-law> regelt für das Bundeszivilrecht einerseits die Verteilung der Beweislast und gibt anderseits der beweispflichtigen Partei einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden. <ref-law> ist daher insbesondere verletzt, wenn das kantonale Sachgericht unbewiesene Behauptungen einer Partei unbekümmert darum, dass sie von der Gegenpartei bestritten worden sind, als richtig hinnimmt, oder über rechtserhebliche Tatsachen überhaupt nicht Beweis führen lässt. Wo der Richter allerdings in Würdigung von Beweisen zur Überzeugung gelangt, eine Tatsachenbehauptung sei bewiesen oder widerlegt, ist die Beweislastverteilung gegenstandslos. Diesfalls liegt freie Beweiswürdigung vor, die bundesrechtlich nicht geregelt ist, auch nicht durch <ref-law>. Eine beschränkte Beweisabnahme verletzt <ref-law> daher nicht, wenn der Richter schon nach deren Ergebnis von der Sachdarstellung einer Partei überzeugt ist, gegenteilige Behauptungen also für unbewiesen hält (<ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f. mit Hinweisen).
Die Vorinstanz gelangte in Würdigung der Beweise und Umstände zum Ergebnis, dass die Zahlung des Beklagten und des Mitgesellschafters vom 20. Juli 1989 über Fr. 250'000.-- mit dem "Minderkosten-Abzug" vom 20. September 1989 berücksichtigt worden sei, mithin dass die klägerische Darstellung richtig sei. Implizit verzichtete sie auf weitere Beweiserhebungen, wie die Edition der klägerischen Buchhaltung, wozu sie im Hinblick auf ihre bereits gewonnene Überzeugung auch nicht verpflichtet war. Eine antizipierte Beweiswürdigung ist durch <ref-law> nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 3c S. 223 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 291). Beweisthema bildete ohnehin die Frage, wie die "Minderkosten-Pauschale" zu erklären sei, und nicht, welchen Werkpreis die Klägerin verbucht hatte. Dass aus einer Verbuchung eines Werklohnes von Fr. 19'802'384.10 (also ohne die Fr. 250'000.--) zwingend hätte folgen müssen, dass die Fr. 250'000.-- dem Beklagten und dem Mitgesellschafter nochmals anzurechnen seien, wie der Beklagte behauptet, ist nicht nachvollziehbar.
5.3 Der Beklagte ist sodann der Ansicht, er sei in Verletzung von <ref-law> zu Unrecht nicht zum Beweis darüber zugelassen worden, dass der Klägerin im Zusammenhang mit dieser Zahlung diverse Rechtswidrigkeiten unterlaufen seien. Eine Berücksichtigung dieser Zahlung würde bei deren Nichtverbuchung in den Jahresrechnungen der Klägerin einen Verstoss gegen <ref-law> bedeuten, sodann eine Falschbeurkundung, eventuell einen Betrug und/oder eine ungetreue Geschäftsbesorgung, eine steuerlich nicht erfasste verdeckte Gewinnausschüttung an den Verwaltungsratspräsidenten der Klägerin, unversteuerte Einnahmen bei diesem, eine unkorrekte WUST-Abrechnung etc. Das sollte zu strafrechtlichen Konsequenzen und nicht zu einem zivilrechtlichen Schutz eines solchen Vorganges führen. Die Vorinstanz habe zu Unrecht <ref-law> nicht angewendet.
Mit diesem Einwand verlässt der Beklagte das Prozessthema des vorliegenden Verfahrens und es kann der Vorinstanz daher auch in diesem Zusammenhang keine Verletzung von <ref-law> vorgeworfen werden, wenn sie die Buchhaltung der Klägerin nicht edieren liess. Auf den nicht weiter untermauerten Vorwurf, die Vorinstanz habe <ref-law> zu Unrecht nicht angewendet, kann nicht eingetreten werden. Diesbezüglich fehlt es an einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; Erwägung 2.2).
5.4 Der Beklagte macht sodann geltend, der Vorinstanz sei bei der Sachverhaltsfeststellung ein offensichtliches Versehen unterlaufen. Sie habe übersehen, dass die Klägerin in ihrer Replik (an das Bezirksgericht) vom 13. Juni 1994 auf Seite 27 Folgendes ausgeführt habe: "Bei der Schlussabrechnung der 1. Bauetappe stand der Bauherrschaft ein Betrag von Fr. 350'000.-- zu und zwar unter dem Titel Minderkosten. ... Mit dieser Gutschrift ... ."
Ein offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG liegt nach der Rechtsprechung nur vor, wenn die Vorinstanz eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig, d.h. nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht mit ihrem wirklichen Wortlaut, wahrgenommen hat (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 3b S. 74). Ein Versehen ist nicht schon dadurch belegt, dass sich das Aktenstück bei der Beweiswürdigung nicht erwähnt findet, sondern es muss klar sein, dass es bei der Bildung der richterlichen Überzeugung auch implizit nicht einbezogen, also in den Akten unentdeckt geblieben oder vergessen worden ist. Erforderlich ist weiter, dass ein solches Versehen den Entscheid beeinflusst hat (<ref-ruling> E. 1 S. 222; Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. II, Bern 1990, N. 1.6.3 zu Art. 55 OG S. 445, N. 5.1 zu Art. 63 OG).
Diese Voraussetzungen zeigt der Beklagte vorliegend nicht auf. Er greift eine Ausführung der Klägerin in einer erstinstanzlichen Rechtsschrift vom Zusammenhang losgelöst heraus und will daraus eine Anerkennung der Klägerin ableiten, dass die besagte Zahlung als Akontozahlung zu behandeln sei. Damit vermag er kein offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG darzutun. Dass die Vorinstanz die Frage, wie die Zahlung von Fr. 250'000.-- zu berücksichtigen sei, unter Einbezug aller Vorbringen der Parteien zu diesem Thema prüfte und schliesslich im Sinne der Klägerin entschied, stellt im Ergebnis Beweiswürdigung dar, die zu kritisieren im Berufungsverfahren - auch unter dem Titel einer weiter gerügten Verletzung von <ref-law> - unzulässig ist (<ref-ruling> E. 6a; <ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3, je mit Hinweisen).
5.5 Aus dem gleichen Grund kann auf die Ausführungen des Beklagten zur Würdigung der WIR-Zahlung nicht eingetreten werden. Nicht belegt ist sodann das angebliche Übersehen eines Zugeständnisses der Klägerin. Diese bestreitet, eine Zusammenstellung der Akontozahlungen mit dem handschriftlichen Hinweis des Beklagten "WIR 9.10.90" erhalten, geschweige denn eine solche anerkannt zu haben. Aus dem vom Beklagten für seine Behauptung angegebenen Plädoyer des klägerischen Rechtsvertreters vom 9. Februar 2000 S. 18 unten geht nur hervor, dass sich dieser auf jene Zusammenstellung berief, nicht aber, dass diese den handschriftlichen Vermerk des Beklagten "WIR 9.10.90" trug. Ein offensichtliches Versehen der Vorinstanz scheidet daher auch in diesem Zusammenhang von vornherein aus.
5.6 Demnach erweisen sich die Rügen des Beklagten betreffend die Zahlung des Beklagten und des Mitgesellschafters über Fr. 250'000.-- als unbegründet, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
5.6 Demnach erweisen sich die Rügen des Beklagten betreffend die Zahlung des Beklagten und des Mitgesellschafters über Fr. 250'000.-- als unbegründet, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
6. Der Beklagte bestreitet die Berechtigung von Mehrforderungen überhaupt mit der Begründung, dass die Klägerin bei der Vereinbarung des neuen Pauschalpreises am 19. November 1991 nicht darauf aufmerksam gemacht habe, dass noch mit Mehrkosten zu rechnen sei, und dies obwohl zu jenem Zeitpunkt die Gebäude schon weitgehend fertiggestellt gewesen seien.
6.1 Die Vorinstanz erwog hierzu, es gehe weder um die Pflicht des Unternehmers zur Abmahnung nach <ref-law> noch um dessen Anzeigepflicht nach <ref-law> oder <ref-law>, sondern um die Frage, ob die Klägerin gehalten gewesen sei, bei den Vertragsverhandlungen über die Erhöhung des Festpreises den Beklagten und den Mitgesellschafter darauf hinzuweisen, dass trotz höherem Festpreis mit Mehrkosten zu rechnen sei, und bei Bestellungsänderungen eine Mehrforderung anzukündigen. Diese Frage verneinte sie. Der Mitgesellschafter sei selber ein erfahrener Architekt. Er habe sich häufig auf der Baustelle aufgehalten und an den Bausitzungen teilgenommen. Die Bestellungsänderungen seien von ihm veranlasst worden, genauso wie auch die Baupläne auf seine Veranlassung hin angepasst worden seien. Der Beklagte und der Mitgesellschafter seien somit durchaus in der Lage gewesen, sich selbst ein Bild davon zu machen, was die Klägerin für den revidierten Festpreis zu erbringen gehabt habe, und hätten sich darüber Rechenschaft geben können, dass Abweichungen davon Mehrkosten auslösen könnten. Im Übrigen setze der Anspruch auf Mehrvergütung infolge Bestellungsänderung keineswegs voraus, dass der Unternehmer die Mehrforderung ankündige. Sein Schweigen könne nach den konkreten Umständen bestenfalls als Verzichtserklärung aufgefasst werden, was hier aber nicht zutreffe und vom Beklagten und seinem Mitgesellschafter nicht einmal behauptet worden sei.
6.2 Der Beklagte wirft der Vorinstanz zunächst ein offensichtliches Versehen vor, weil sie feststellte, eine Verzichtserklärung der Klägerin sei vom Beklagten und seinem Mitgesellschafter nicht einmal behauptet worden. Vor der Vorinstanz habe er vorgebracht, die Klägerin hätte die Mehrkosten anzeigen müssen resp. die Klägerin hätte die Mehrkosten "zur Vermeidung des Vorwurfes der Täuschung durch Verschweigen mindestens im Zeitpunkt der Vereinbarung des neuen GU-Preises anzuzeigen gehabt, soweit sie damals bereits erkennbar waren". Er verweist dazu auf seine der Vorinstanz eingereichten Rechtsschriften und macht geltend, mit dieser Rüge habe er nichts anderes behauptet, als dass die Klägerin durch ihr Schweigen auf Mehrkostenforderungen überhaupt verzichtet habe.
Damit vermag der Beklagte indessen kein offensichtliches Versehen im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. Erwägung 5.4 hiervor) aufzuzeigen, sondern legt er bloss dar, wie nach seiner Meinung jene von ihm erhobene Rüge zu interpretieren sei.
6.3 Der Beklagte rügt sodann eine Verletzung von <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>. Wenn der Generalunternehmer am 19. November 1991 einen revidierten Pauschalpreis mit detaillierten Unterlagen dazu offeriere, so dürfe der Bauherr nach Treu und Glauben davon ausgehen, es seien alle bis zu diesem Datum bekannten Mehrkosten von diesem Pauschalangebot erfasst. Andernfalls hätte der Generalunternehmer seine Abmahnungspflicht bezüglich der Mehrkosten verletzt. Dies müsse umso mehr gelten, wenn der Generalunternehmer für die Offerte des neuen Preises "neu kalkuliert" habe und wenn sich die tatsächliche Bauausführung gemäss Feststellung des Experten schon vor Juni 1991 nach "diesen Plänen" gerichtet habe. Indem die Vorinstanz dies nicht beachtete, habe sie die genannten Bestimmungen verletzt.
Diese Rüge ist kaum rechtsgenüglich begründet (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; Erwägung 2.2) und erschöpft sich im Wesentlichen in einer pauschalen Anrufung einer Reihe von Bestimmungen, die teilweise - wie die Vorinstanz richtig bemerkte - vorliegend gar nicht berührt sind. So geht es nicht um die Anzeigepflicht des Unternehmers bei Ausführungsproblemen (<ref-law>), ebenso wenig um die Abmahnungspflicht des Unternehmers hinsichtlich sachwidriger Weisungen des Bestellers (<ref-law>) und auch nicht um die richterliche Erhöhung des Preises oder um die Vertragsauflösung bei übermässig erschwerter oder gar verunmöglichter Vertragserfüllung durch den Unternehmer infolge ausserordentlicher Umstände (<ref-law>). Vielmehr war zu entscheiden, ob ein auf Bestellungsänderungen beruhender Mehraufwand zu vergüten sei. Diesbezüglich hielt die Vorinstanz richtig fest, dass der Anspruch auf Mehrvergütung infolge Bestellungsänderung nicht voraussetzt, dass der Unternehmer die Mehrforderung ankündigt (Gauch, Der Werkvertrag, 4. Aufl., Zürich 1996, N. 785). Doch kann nach den konkreten Umständen des Einzelfalles sein nach dem Vertrauensprinzip ausgelegtes "Schweigen" als Verzichtserklärung aufgefasst werden (Gauch, a.a.O., N. 789). Dazu hielt die Vorinstanz fest, Letzteres treffe hier nicht zu und sei vom Beklagten und seinem Mitgesellschafter nicht einmal behauptet worden. In der Tat sind keine Umstände festgestellt oder ersichtlich, die nach Treu und Glauben auf eine solche Verzichtserklärung schliessen oder annehmen lassen müssten, der mit dem Nachtrag vom 19. November 1991 geänderte Werkpreis enthalte sämtliche bis zu diesem Datum angefallene Mehrkosten. Vielmehr gelangte die Vorinstanz gerade umgekehrt zur Erkenntnis, dass der revidierte Preis nicht einen bestimmten Kostenstand wiedergebe, mithin nicht alle bis zum 19. November 1991 entstandenen oder aufgrund des konkreten Baufortschrittes sich abzeichnenden Mehr- und Minderkosten erfasse. Der Beklagte hält dem lediglich seinen eigenen Standpunkt entgegen, womit er keine Bundesrechtsverletzung darzutun vermag. Für eine nach Treu und Glauben anzunehmende Verzichtserklärung der Klägerin auf eine Vergütung von Mehrkosten fehlt es mithin an jeglicher Grundlage. Ohnehin hat der Beklagte auch nicht aufgezeigt, dass es sich bei den von der Vorinstanz der Klägerin zugesprochenen Mehrkosten um solche handle, die vor dem 19. November 1991 entstanden wären.
Diese Rüge ist kaum rechtsgenüglich begründet (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; Erwägung 2.2) und erschöpft sich im Wesentlichen in einer pauschalen Anrufung einer Reihe von Bestimmungen, die teilweise - wie die Vorinstanz richtig bemerkte - vorliegend gar nicht berührt sind. So geht es nicht um die Anzeigepflicht des Unternehmers bei Ausführungsproblemen (<ref-law>), ebenso wenig um die Abmahnungspflicht des Unternehmers hinsichtlich sachwidriger Weisungen des Bestellers (<ref-law>) und auch nicht um die richterliche Erhöhung des Preises oder um die Vertragsauflösung bei übermässig erschwerter oder gar verunmöglichter Vertragserfüllung durch den Unternehmer infolge ausserordentlicher Umstände (<ref-law>). Vielmehr war zu entscheiden, ob ein auf Bestellungsänderungen beruhender Mehraufwand zu vergüten sei. Diesbezüglich hielt die Vorinstanz richtig fest, dass der Anspruch auf Mehrvergütung infolge Bestellungsänderung nicht voraussetzt, dass der Unternehmer die Mehrforderung ankündigt (Gauch, Der Werkvertrag, 4. Aufl., Zürich 1996, N. 785). Doch kann nach den konkreten Umständen des Einzelfalles sein nach dem Vertrauensprinzip ausgelegtes "Schweigen" als Verzichtserklärung aufgefasst werden (Gauch, a.a.O., N. 789). Dazu hielt die Vorinstanz fest, Letzteres treffe hier nicht zu und sei vom Beklagten und seinem Mitgesellschafter nicht einmal behauptet worden. In der Tat sind keine Umstände festgestellt oder ersichtlich, die nach Treu und Glauben auf eine solche Verzichtserklärung schliessen oder annehmen lassen müssten, der mit dem Nachtrag vom 19. November 1991 geänderte Werkpreis enthalte sämtliche bis zu diesem Datum angefallene Mehrkosten. Vielmehr gelangte die Vorinstanz gerade umgekehrt zur Erkenntnis, dass der revidierte Preis nicht einen bestimmten Kostenstand wiedergebe, mithin nicht alle bis zum 19. November 1991 entstandenen oder aufgrund des konkreten Baufortschrittes sich abzeichnenden Mehr- und Minderkosten erfasse. Der Beklagte hält dem lediglich seinen eigenen Standpunkt entgegen, womit er keine Bundesrechtsverletzung darzutun vermag. Für eine nach Treu und Glauben anzunehmende Verzichtserklärung der Klägerin auf eine Vergütung von Mehrkosten fehlt es mithin an jeglicher Grundlage. Ohnehin hat der Beklagte auch nicht aufgezeigt, dass es sich bei den von der Vorinstanz der Klägerin zugesprochenen Mehrkosten um solche handle, die vor dem 19. November 1991 entstanden wären.
7. Der Beklagte bestreitet die Vertretungsbefugnis des Mitgesellschafters betreffend die Bestellungsänderungen. Er wirft der Vorinstanz vor, in Verletzung von <ref-law> nicht geprüft zu haben, wie weit der Mitgesellschafter für die Gesellschaft und nicht in eigenem Namen gehandelt habe. Der Beklagte sei nie in die Bauausführung und Bauabwicklung involviert gewesen. Stets habe der Mitgesellschafter für das Baukonsortium gehandelt. Die Mehrkosten seien vom Mitgesellschafter veranlasst worden. Die Vermutung von <ref-law> greife nicht für Handlungen, die über den Rahmen der ordentlichen Geschäftsführung respektive über den gewöhnlichen Betrieb der gemeinschaftlichen Geschäfte hinausgingen. Der Mitgesellschafter habe bei angenommener einfacher Gesellschaft die Abwicklung der vertraglich vereinbarten Bauarbeiten sowie den Baufortschritt überwachen und dazu auch gewisse alltäglich übliche Weisungen erteilen, jedoch nicht den Beklagten betreffend Vertragsänderungen (Mehrleistungen) rechtsgültig verpflichten können. Die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie die massgebenden Bestimmungen, <ref-law> und 543 Abs. 3 OR, nicht angewendet habe.
7.1 Die Vorinstanz bejahte die Haftung des Beklagten für Mehrkosten infolge Bestellungsänderungen. Der Beklagte bilde zusammen mit dem Mitgesellschafter eine einfache Gesellschaft und habe diesem während des Bauens die Geschäftsführung überlassen. Er müsse sich daher dessen Wissen anrechnen lassen, soweit dieser für die Gesellschaft gehandelt habe.
7.2 Bei der einfachen Gesellschaft bestimmt sich das Verhältnis der Gesellschafter gegenüber Dritten nach Art. 543 f. OR. Haben die Gesellschafter gemeinschaftlich oder durch Stellvertretung einem Dritten gegenüber Verpflichtungen eingegangen, so haften sie ihm solidarisch, unter Vorbehalt anderer Vereinbarung (<ref-law>). Eine Ermächtigung des einzelnen Gesellschafters, die Gesellschaft oder sämtliche Gesellschafter Dritten gegenüber zu vertreten, wird vermutet, sobald ihm die Geschäftsführung überlassen ist (<ref-law>). Die gegenüber gutgläubigen Dritten unwiderlegbare Vermutung von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4) erfasst nur gewöhnliche, im Rahmen der ordentlichen Geschäftsführung erfolgende Rechtsgeschäfte. Was als aussergewöhnliches Rechtsgeschäft zu gelten hat, bestimmt sich nach den Umständen im Einzelfall. Als Kriterien sind dabei namentlich Art und Ausmass des Rechtsgeschäftes massgebend. Der Art nach aussergewöhnlich ist ein Rechtsgeschäft etwa, wenn dadurch der normale Gesellschaftszweck überschritten wird, dem Ausmass nach aussergewöhnlich ist es, wenn es zu den der Gesellschaft zur Verfügung stehenden Mitteln in einem Missverhältnis steht (Urteil 4C.191/2003 vom 15. Juni 2004, E. 2.2 mit Hinweisen, publ. in: Pra 94/2005 Nr. 65 S. 497 ff.).
7.3 Der Mitgesellschafter und der Beklagte schlossen sich zum "Baukonsortium B._" zusammen zwecks Erstellung der Überbauung "B._" an der Strasse C._ in zwei Etappen. Sie bildeten mithin eine einfache Gesellschaft. Der Mitgesellschafter hatte die Geschäftsführung inne. Demnach greift gegenüber der Klägerin - deren guter Glaube nicht zur Diskussion steht - die Vermutung nach <ref-law>. Entgegen dem Vorbringen des Beklagten sind Bestellungsänderungen nicht generell als aussergewöhnliche Rechtsgeschäfte zu betrachten. Vielmehr sind Bestellungsänderungen der Art nach vom Gesellschaftszweck gedeckt. Dass sie in quantitativer Hinsicht Mehrkosten generiert hätten, die zu den der Gesellschaft zur Verfügung stehenden Mitteln in einem Missverhältnis stünden, macht der Beklagte nicht geltend. Unter diesen Umständen ist eine Verletzung von <ref-law> oder <ref-law> und <ref-law> nicht ersichtlich.
7.3 Der Mitgesellschafter und der Beklagte schlossen sich zum "Baukonsortium B._" zusammen zwecks Erstellung der Überbauung "B._" an der Strasse C._ in zwei Etappen. Sie bildeten mithin eine einfache Gesellschaft. Der Mitgesellschafter hatte die Geschäftsführung inne. Demnach greift gegenüber der Klägerin - deren guter Glaube nicht zur Diskussion steht - die Vermutung nach <ref-law>. Entgegen dem Vorbringen des Beklagten sind Bestellungsänderungen nicht generell als aussergewöhnliche Rechtsgeschäfte zu betrachten. Vielmehr sind Bestellungsänderungen der Art nach vom Gesellschaftszweck gedeckt. Dass sie in quantitativer Hinsicht Mehrkosten generiert hätten, die zu den der Gesellschaft zur Verfügung stehenden Mitteln in einem Missverhältnis stünden, macht der Beklagte nicht geltend. Unter diesen Umständen ist eine Verletzung von <ref-law> oder <ref-law> und <ref-law> nicht ersichtlich.
8. In einem letzten Punkt wendet sich der Beklagte gegen die Zusprechung einer Honorarforderung an die Klägerin von Fr. 10'000.-- für Direktzahlungen (bzw. Direktaufträge).
8.1 Die Vorinstanz verwarf die Behauptung des Beklagten, dass die Klägerin auf ein solches Honorar verzichtet habe. Ein solcher Verzicht ergebe sich weder aus den vom Beklagten erwähnten klägerischen Akten 54 und 55 noch aus anderen Unterlagen.
Der Beklagte rügt in diesem Zusammenhang ein weiteres offensichtliches Versehen der Vorinstanz. Er habe nicht auf die klägerischen, sondern auf die beklagtischen Akten 54 und 55 und auf die drei Beilagen 2-4 zu seinem erstinstanzlichen Plädoyer verwiesen.
Wie es sich damit verhält, kann dahin gestellt bleiben. Zum einen stützte sich die Vorinstanz nicht allein auf die klägerischen Akten 54 und 55, sondern auch auf die anderen Unterlagen. Zum andern gesteht der Beklagte selber zu, dass das gerügte Versehen ohne Einfluss auf den Entscheid bleiben würde.
8.2 Die Vorbringen des Beklagten gegen den Schluss der Vorinstanz, aus den Unterlagen ergebe sich kein genereller Verzicht der Klägerin auf ein Honorar für Direktaufträge, stellen unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz dar, mit welcher der Beklagte im Berufungsverfahren nicht zu hören ist.
8.3 Der Beklagte erblickt sodann in der Feststellung der Vorinstanz, wonach auch die auf Direktaufträgen der Bauherrschaft beruhenden Arbeiten Teil des ganzen Bauprozesses bildeten und deshalb der Klägerin Aufwand im Rahmen der ihr gemäss Vertrag obliegenden Bauleitung verursacht hätten, ein offensichtliches Versehen, weil sie "bar jeder Lebenserfahrung und schlechterdings unhaltbar" sei. Mit dieser wertenden Kritik der besagten Feststellung ist kein offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG dargetan (vgl. Erwägung 5.4).
Ebenso zeigt der Beklagte kein offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG auf, wenn er zur weiteren Begründung auf diverse Akten verweist, aus denen sich ergeben soll, dass die Klägerin von den betreffenden Arbeiten nicht einmal Kenntnis gehabt bzw. dass sie zugestanden habe, diese Arbeiten hätten ausserhalb des Bauprozesses gelegen. Damit unterbreitet er lediglich seine eigene Interpretation der angeführten Akten.
8.4 Auf den Einwand des Beklagten einer falschen Auslegung von Ziff. 2.4 des GU-Vertrages ist nicht weiter einzugehen. Er lässt insoweit eine rechtsgenügliche Begründung einer Bundesrechtsverletzung vermissen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; Erwägung 2.2).
8.4 Auf den Einwand des Beklagten einer falschen Auslegung von Ziff. 2.4 des GU-Vertrages ist nicht weiter einzugehen. Er lässt insoweit eine rechtsgenügliche Begründung einer Bundesrechtsverletzung vermissen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; Erwägung 2.2).
9. Die Berufung ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend ist die Gerichtsgebühr dem Beklagten aufzuerlegen, der zudem die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen hat (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
3. Der Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
3. Der Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: