Aufenthaltsbewilligung, hat sich ergeben:
A.- Der aus der Bundesrepublik Jugoslawien (Kosovo) stammende B._, geboren 1970, reiste im Dezember 1990 erstmals illegal in die Schweiz ein und wurde Ende Mai 1991 wieder in sein Heimatland ausgeschafft.
Am 8. Dezember 1991 betrat er erneut illegal die Schweiz und stellte ein Asylgesuch, das am 2. Juni 1992 abgewiesen wurde. Am 5. Juni 1992 heiratete er die Schweizerin W._, worauf er im Kanton Bern die Aufenthaltsbewilligung erhielt, die in den folgenden Jahren jeweils verlängert wurde.
B.- Am 4. Juni 1997 verweigerte die Fremdenpolizei des Kantons Bern B._ die weitere Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, da er wegen verschiedener Delikte zu einer (bedingten) Gefängnisstrafe von sechs Monaten verurteilt worden war, und verfügte gleichzeitig die Wegweisung aus dem Kanton Bern. In der Folge lehnte es das Bundesamt für Ausländerfragen jedoch ab, die inzwischen rechtskräftige Wegweisung auf das Gebiet der ganzen Schweiz auszudehnen, da es diese Massnahme aufgrund der damaligen Aktenlage als unverhältnismässig erachtete.
C.- Am 10. September 1998 suchte B._ bei der Fremdenpolizei des Kantons Luzern um eine Aufenthaltsbewilligung im Rahmen des Familiennachzugs nach. Mit Verfügung vom 6. Januar 1999 verweigerte ihm diese die Zuzugsbewilligung und setzte ihm Frist zum Verlassen des Kantons. Die Fremdenpolizei begründete ihren Entscheid damit, dass B._ keinen gesetzlichen Anspruch auf Kantonswechsel geltend machen könne, zumal seine Ehefrau und das gemeinsame Kind weiterhin im Kanton Bern wohnhaft seien, und im Übrigen sein Verhalten zu schweren und wiederholten Klagen Anlass gegeben habe. Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern trat auf eine gegen diese Verfügung erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 18. August 1999 nicht ein.
D.- Mit Eingabe vom 22. September 1999 hat B._ beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht. Er beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 18. August 1999 sei aufzuheben und das Gericht sei anzuweisen, auf die (kantonale) Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten. Sodann ersucht er für die Dauer des Verfahrens um Erteilung einer provisorischen Aufenthaltsbewilligung im Kanton Luzern.
Mit Formularverfügung vom 24. September 1999 hat der Abteilungspräsident superprovisorisch alle Vollziehungsvorkehrungen untersagt.
Mit Eingabe vom 7. Oktober 1999 ersucht B._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie das Bundesamt für Ausländerfragen (im Auftrag des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements) schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Art. 100 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 OG schliesst die Verwaltungsgerichtsbeschwerde auf dem Gebiete der Fremdenpolizei aus gegen die Erteilung oder Verweigerung von Bewilligungen, auf die das Bundesrecht keinen Anspruch einräumt. Gemäss Art. 4 des Bundesgesetzes vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; SR 142. 20) entscheiden die zuständigen Behörden, im Rahmen der gesetzlichen Vorschriften und der Verträge mit dem Ausland, nach freiem Ermessen über die Bewilligung von Aufenthalt und Niederlassung. Es besteht damit grundsätzlich kein Anspruch auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung, es sei denn, der Ausländer könne sich auf eine Sondernorm des Bundesrechts oder eines Staatsvertrages berufen (<ref-ruling> E. 2a S. 291, 361 E. 1a S. 364; <ref-ruling> E. 1b S. 147, je mit Hinweisen).
aa) Nach Art. 7 Abs. 1 ANAG (in der Fassung vom 23. März 1990) hat der ausländische Ehegatte eines Schweizer Bürgers Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung; der Anspruch erlischt, wenn ein Ausweisungsgrund vorliegt. Für die Eintretensfrage ist im Zusammenhang mit Art. 7 ANAG einzig darauf abzustellen, ob formell eine eheliche Beziehung besteht; anders als bei Art. 8 der Konvention vom 4. November 1950 zum Schutze der Menschenrechte und Grundfreiheiten (Europäische Menschenrechtskonvention, EMRK; SR 0.101) ist nicht erforderlich, dass die Ehe intakt ist und tatsächlich gelebt wird (<ref-ruling> E. 1b S. 292; <ref-ruling> E. 2 S. 100; <ref-ruling> E. 2b S. 18).
bb) Im vorliegenden Fall lebt der Beschwerdeführer gerichtlich getrennt von seiner schweizerischen Ehefrau. Die Ehe besteht aber formell weiterhin; ein Scheidungsverfahren ist - soweit ersichtlich - bisher nicht eingeleitet worden. Der Beschwerdeführer besitzt somit grundsätzlich einen Rechtsanspruch auf die Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung gemäss Art. 7 Abs. 1 Satz 1 ANAG, weshalb das Rechtsmittel der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts, welches diesen Rechtsanspruch aufgrund der konkreten Umstände verneinte, zulässig ist. Die Frage, ob die Bewilligung zu verweigern sei, weil einer der in Art. 7 ANAG vorgesehenen Ausnahmetatbestände oder ein Verstoss gegen das Rechtsmissbrauchsverbot gegeben ist, betrifft nicht das Eintreten, sondern bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 2b S. 291; <ref-ruling> E. 1d S. 294; <ref-ruling> E. 2b S. 18; <ref-ruling> E. 2d S. 419; <ref-ruling> E. 3d S. 151).
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann vorliegend die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 104 lit. a und b OG), nicht jedoch die Unangemessenheit des angefochtenen Entscheids (vgl. Art. 104 lit. c OG) gerügt werden. Hat - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden, ist das Bundesgericht an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, sofern diese nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensgarantien erfolgt ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
c) Das Bundesgericht wendet im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren das Bundesrecht von Amtes wegen an; es ist gemäss Art. 114 Abs. 1 OG an die von den Parteien vorgebrachten Begründungen nicht gebunden und kann die Beschwerde auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (<ref-ruling> E. 4a S. 117, mit Hinweis).
2.- a) Der vorliegende Fall ist dadurch gekennzeichnet, dass der ausländische Ehegatte in einem anderen Kanton als in jenem, in dem der schweizerische Ehegatte wohnt, um eine Aufenthaltsbewilligung nachsucht. Die Vorinstanz vertritt die Auffassung, der Aufenthaltszweck, die Ermöglichung des dauerhaften Zusammenlebens der Ehepartner, müsse durch die Erteilung der Aufenthaltsbewilligung erfüllbar werden bzw. bleiben, was hier jedenfalls solange nicht der Fall sei, als die Ehefrau des Beschwerdeführers ihren Wohnsitz im Kanton Bern beibehalte; Art. 7 Abs. 1 ANAG müsse dahingehend verstanden werden, dass der Ausländer bloss Anspruch auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung gegenüber dem Wohnsitzkanton des schweizerischen Ehegatten, nicht aber gegenüber einem beliebigen Drittkanton besitze.
b) Durch seinen Wegzug aus dem Kanton Bern und die Wohnsitznahme im Kanton Luzern hat der Beschwerdeführer den Mittelpunkt seiner Lebensverhältnisse verlegt, weshalb er einer (neuen) Aufenthaltsbewilligung im Kanton Luzern bedarf (vgl. Art. 8 Abs. 1 und 3 ANAG in Verbindung mit Art. 14 Abs. 3 der Vollziehungsverordnung vom 1. März 1949 zum Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer [ANAV; SR 142. 201]). Die Erteilung dieser Bewilligung steht grundsätzlich im freien Ermessen der Behörde (Art. 4 ANAG; BGE <ref-ruling> E. 2a S. 148 f.); selbst wenn der Beschwerdeführer noch im Besitz einer Aufenthaltsbewilligung des Kantons Bern wäre, würde ihm diese als solche noch keinen Anspruch auf Kantonswechsel verschaffen (vgl. Art. 14 Abs. 4 ANAV e contrario sowie <ref-ruling> E. 1c S. 4). Ein Anspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung kann sich aber dann ergeben, wenn die Voraussetzungen von Art. 7 ANAG (auch) im Kanton Luzern erfüllt wären.
c) Das Bundesgericht hatte sich verschiedentlich mit Fällen zu befassen, in denen der ausländische Ehegatte um Aufenthalt in der Schweiz ersuchte, während sein schweizerischer Ehepartner nicht (mehr) im Land lebte. Dabei hielt es fest, der Gesetzeszweck von Art. 7 ANAG liege darin, die Aufnahme des Familienlebens in der Schweiz zu ermöglichen und rechtlich abzusichern; auch wenn der Wortlaut des Gesetzes die Erteilung der Aufenthaltsbewilligung an den ausländischen Ehegatten nicht ausdrücklich von einem Wohnsitz des schweizerischen Partners in der Schweiz abhängig mache, würde es keinen Sinn machen, dem ausländischen Ehegatten nach der Heirat die Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, wenn gar nicht beabsichtigt ist, die Ehe in diesem Land zu leben (unveröffentlichte Urteile vom 8. April 1997 i.S. Ertas, E. 3b, vom 26. März 1998 i.S. Mayerova, E. 5b, sowie vom 7. September 1998 i.S. Läuffer, E. 3b). Diese Überlegungen gelten sinngemäss auch im interkantonalen Verhältnis: Soll die Regelung von Art. 7 ANAG das Zusammenleben der Ehegatten ermöglichen, so ist in aller Regel die Aufenthaltsbewilligung im gleichen Kanton zu erteilen, in dem der schweizerische Partner Wohnsitz hat. Indessen ist es aber nicht ausgeschlossen, dass zum Beispiel aus beruflichen Zwängen oder wegen (vorübergehender) Aufgabe des ehelichen Zusammenlebens der Aufenthalt in verschiedenen Kantonen sachlich begründet ist und insoweit der ausländische Partner nach Massgabe von Art. 7 ANAG auch in einem anderen Kanton einen Anspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung haben kann. Ob dies vorliegend der Fall ist, braucht jedoch nicht näher geprüft zu werden, da der Beschwerdeführer aus einem anderen Grund gestützt auf Art. 7 ANAG vom Kanton Luzern keine Aufenthaltsbewilligung verlangen kann.
3.- a) Die Erteilung der Aufenthaltsbewilligung kann nach der Rechtsprechung dem ausländischen Ehegatten eines Schweizer Bürgers dann verweigert werden, wenn er sich rechtsmissbräuchlich auf die Ehe beruft (BGE <ref-ruling> E. 4a S. 103). Rechtsmissbrauch darf allerdings nicht leichtfertig angenommen werden; namentlich nicht schon deshalb, weil die Ehegatten nicht mehr zusammenleben, wollte doch der Gesetzgeber den ausländischen Ehegatten gerade vor der Willkür seines Schweizer Partners schützen. Dass die Ehe, insbesondere auf Veranlassung des schweizerischen Gatten, faktisch oder richterlich getrennt wird, kann somit für die Annahme von Rechtsmissbrauch nicht genügen, zumal in einem solchen Fall Aussicht auf Wiedervereinigung bestehen kann (unveröffentlichtes Urteil vom 31. Januar 2000 i.S. Sertdemir, E. 3b). Es ist auch zu beachten, dass es ausländischen Ehepartnern von Schweizer Bürgern nicht verunmöglicht werden darf, aus Furcht vor einer fremdenpolizeilichen Entfernungsmassnahme selbst Eheschutzmassnahmen, namentlich eine richterliche Trennung, zu beantragen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3c S. 150). Ebenso wenig begründet der alleinige Umstand, dass ein Scheidungsverfahren hängig ist, einen Rechtsmissbrauch, soll doch auch diesfalls der Ausländer nicht in seinen Rechten und Möglichkeiten beeinträchtigt werden (unveröffentlichtes Urteil vom 25. Mai 1998 i.S. Khwaiss, E. 3a und c). Rechtsmissbrauch liegt indessen dann vor, wenn der Ausländer sich im fremdenpolizeilichen Verfahren auf eine Ehe beruft, welche nur noch formell besteht oder aufrechterhalten wird mit dem alleinigen Ziel, dem Ausländer eine Anwesenheitsbewilligung zu ermöglichen; dieses Ziel wird von Art. 7 ANAG nicht geschützt (<ref-ruling> E. 4 und 5 S. 50 ff.; <ref-ruling> E. 2 und 4 S. 100 f. bzw. 103 ff.).
b) Das Ehepaar B.-W._ ist gerichtlich getrennt. Obwohl der Beschwerdeführer seit der rechtskräftigen Wegweisung nicht mehr berechtigt ist, sich im Kanton Bern aufzuhalten, war seine Ehefrau nicht bereit, ihm in den Kanton Luzern zu folgen, sondern hat ihren Wohnsitz in Ostermundigen bewusst beibehalten. Unter diesen Umständen ist ein Familienleben - wie die Ehefrau des Beschwerdeführers mit Schreiben vom 25. März 1999 an die Fremdenpolizei des Kantons Bern im Übrigen selber einräumt - nicht möglich. Mit Recht weist das Bundesamt für Ausländerfragen in seiner Vernehmlassung darauf hin, dass bei einer intakten Ehe regelmässige Kontakte auch über die Kantonsgrenze hinweg aufrechterhalten werden könnten, was vorliegend nicht der Fall ist. Eine Fortsetzung oder ein Wiederaufleben der Beziehung zwischen den Ehegatten ist damit zum Vornherein nicht mehr zu erwarten. Es sind somit keine durch den Zweck von Art. 7 ANAG gedeckten Gründe ersichtlich, aus denen der Kanton Luzern gehalten wäre, dem Beschwerdeführer eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen. Besteht die Ehe des Beschwerdeführers mit seiner im Kanton Bern wohnhaften Ehefrau nach dem Gesagten nur noch auf dem Papier, erscheint eine Berufung hierauf als rechtsmissbräuchlich. Diese Würdigung wird erhärtet durch ein an das Bundesamt für Flüchtlinge adressiertes - nachträglich zu den Akten gegebenes und daher an sich unbeachtliches (vgl. Art. 105 Abs. 2 OG) - Schreiben von N._ vom 15. Juli 1999, in dem sich diese als neue Lebenspartnerin des Beschwerdeführers zu erkennen gibt. In der vom zuständigen Instruktionsrichter der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts - zur Gewährung des rechtlichen Gehörs hinsichtlich des erwähnten Dokuments - eingeholten Stellungnahme vom 7. Januar 2000 bestätigte der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers nach Rücksprache mit seinem Mandanten, dass sich dieser an seiner Adresse in Emmenbrücke zusammen mit einer neuen Freundin aufhalte und mit seiner Ehefrau zur Zeit kein Familienleben führe.
4.- Nichts zu seinen Gunsten könnte der Beschwerdeführer ferner aus dem in Art. 8 EMRK garantierten Anspruch auf Achtung des Privat- und Familienlebens ableiten. Zwar könnte er sich im Hinblick auf die Beziehung zu seinem bei seiner Ehefrau lebenden gemeinsamen Kind, welches als Schweizer Bürger über ein gefestigtes Anwesenheitsrecht im Land verfügt, grundsätzlich auf den Schutz des Familienlebens berufen (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 292 f.). Voraussetzung wäre indessen, dass die familiäre Beziehung zum in der Schweiz weilenden Familienangehörigen tatsächlich gelebt wird und intakt ist (<ref-ruling> E. 1b S. 364, mit Hinweisen), was vorliegend nicht der Fall ist, finden doch keine regelmässigen Besuche des Kindes statt, wie sich dem Schreiben der Ehefrau vom 25. März 1999 an die Fremdenpolizei des Kantons Bern entnehmen lässt. Schliesslich wäre auch die Berufung auf den Anspruch auf Achtung des Privatlebens nicht geeignet, dem Beschwerdeführer ein Anwesenheitsrecht zu vermitteln, bedürfte es hiezu gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung besonders intensiver privater Beziehungen (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 22), die vorliegend nicht ersichtlich sind.
5.- a) Nach dem Gesagten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde als unbegründet abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Mit dem Entscheid in der Sache selber wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
b) Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Seinem Gesuch um unentgeltliche Prozessführung kann nicht entsprochen werden, weil die gestellten Rechtsbegehren zum Vornherein aussichtslos waren (Art. 152 Abs. 1 OG). Die Frage der Bedürftigkeit kann deshalb dahingestellt bleiben. Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000. -- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Fremdenpolizei und dem Verwaltungsgericht (Verwaltungsrechtliche Abteilung) des Kantons Luzern sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 11. Mai 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: