Sachverhalt:
A. Die Focus Magazin Verlag GmbH, München (Beklagte, Beschwerdegegnerin) ist Inhaberin der internationalen Marke (IR) Nr. 663 349 FOCUS für Waren der Klasse 3 (savons; parfumerie, huiles essentielles, savons, fards, cosmétiques, lotions pour les cheveux, produits de soins corporels et de beauté, eaux et crèmes de rasage, désodorisants à usage personnel; produits de toilette tels que produits de nettoyage et dentifrices) und der Klasse 5 (produits pharmaceutiques et hygiéniques; substances diététiques à base de vitamines, d'albumine et/ou à base d'hydrates de carbone en tant que denrées alimentaires pour l'alimentation fortifiante, ou substances diététiques réduites en substance nutritives, à valeur calorifique contrôlée, aliments fortifiants pour le sport, préparations fortifiantes contenant des vitamines, des minéraux ainsi que des oligoéléments et des préparations stimulantes, ou similaires; les produits précités à usage médical). Gegen die am 23. Mai 1996 registrierte deutsche Basismarke wurden in Deutschland verschiedene Widersprüche eingereicht.
Die Lancôme Parfums et Beauté & Cie, Paris (Klägerin, Beschwerdeführerin) gelangte am 11. August 2006 an das Handelsgericht des Kantons Bern mit dem Begehren, der schweizerische Teil der IR-Marke Nr. 663 349 FOCUS der Beschwerdegegnerin sei nichtig zu erklären. Ausserdem beantragte sie, das rechtskräftige Urteil sei dem Institut für geistiges Eigentum (IGE) mitzuteilen. Die Beschwerdeführerin begründete ihr Begehren im Wesentlichen mit dem Nichtgebrauch der Marke durch die Beschwerdegegnerin während der Frist von Art. 12 MSchG (SR 232.11).
B. Das Handelsgericht des Kantons Bern wies die Klage auf Nichtigerklärung des schweizerischen Teils der internationalen Registrierung Nr. 663 349 FOCUS für die Waren in den Klassen 3 und 5 mit Urteil vom 6. November 2007 ab. Das Gericht kam zum Schluss, die fünfjährige Benutzungsschonfrist sei bis zum 8. Oktober 2003 stillgestanden bzw. habe erst ab diesem Zeitpunkt zu laufen begonnen, da bis dahin ein wichtiger Grund für den Nichtgebrauch vorgelegen habe, denn im deutschen Widerspruchsverfahren habe noch die Möglichkeit eines "Zentralangriffs" bestanden, und es liege auch kein Rechtsmissbrauch vor.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beschwerdeführerin die Anträge, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 6. November 2007 sei aufzuheben, es sei der schweizerische Teil der internationalen Registrierung Nr. 663 349 FOCUS für Waren in der Klasse 3 und 5 nichtig zu erklären und das rechtskräftige Urteil sei dem IGE mitzuteilen. Sie rügt die Verletzung von Art. 12 Abs. 1 MSchG und von Art. 2 Abs. 2 ZGB sowie von Art. 6 Abs. 3 des Madrider Abkommens über die internationale Registrierung von Marken (MMA; SR 0.232.112.3; revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967).
D. Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Antwort die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.

Erwägungen:
1. Das Handelsgericht hat im angefochtenen Entscheid die Klage abgewiesen und damit einen Endentscheid gefällt, gegen den die Beschwerde zulässig ist (Art. 90 BGG). Die Streitsache betrifft eine Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG); das Handelsgericht des Kantons Bern hat über die Klage als einzige Instanz gestützt auf Art. 58 MSchG entschieden und die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen im kantonalen Verfahren unterlegen (Art. 76 BGG). Auf die fristgerecht (Art. 100 in Verbindung mit Art. 44 ff. BGG) eingereichte Beschwerde ist einzutreten, soweit zulässige Rügen (Art. 95 BGG) erhoben und rechtsgenügend begründet (Art. 42 und 106 BGG) sind.
2. Nach Art. 12 Abs. 1 MSchG kann der Inhaber der Marke sein Markenrecht nicht mehr geltend machen, wenn er diese während eines ununterbrochenen Zeitraums von fünf Jahren nach unbenütztem Ablauf der Widerspruchsfrist oder nach Abschluss des Widerspruchverfahrens nicht gebraucht hat, ausser wenn wichtige Gründe für den Nichtgebrauch vorliegen. Im vorliegenden Fall ist nicht mehr umstritten, dass ein wichtiger Grund für den Nichtgebrauch darin zu sehen ist, dass gegen die Basismarke in Deutschland ein Widerspruchsverfahren hängig war und dass die Benutzungsschonfrist grundsätzlich während dieses Verfahrens unterbrochen war (<ref-ruling>; vgl. dazu DAVID, Bemerkungen zu <ref-ruling>, in: AJP 2004, S. 1267). Umstritten ist jedoch, wann der wichtige Grund für den Nichtgebrauch entfallen ist. Die Vorinstanz ist im angefochtenen Urteil zum Schluss gelangt, der Beschwerdegegnerin sei bis zum 8. Oktober 2003 nicht zuzumuten gewesen, den Gebrauch der Marke aufzunehmen, da bis zu diesem Zeitpunkt im Verfahren vor dem deutschen Bundespatentgericht die Möglichkeit bestanden habe, die Basismarke FOCUS mit einer Anschlussbeschwerde anzugreifen. Die Beschwerdeführerin hält dagegen, die in der Schweiz eingetragene internationale Marke FOCUS sei am 23. Mai 2001 - fünf Jahre nach ihrer Registrierung - unabhängig geworden, weil keine Klage gegen die Basismarke eingereicht worden sei. Die Vorinstanz habe insoweit Art. 6 Abs. 3 MMA verletzt.
2.1 Das MMA begründet für die Vertragsstaaten einen besonderen Verband für die internationale Registrierung von Marken (Art. 1 Abs. 1 MMA). Die Angehörigen eines jeden Vertragsstaates können sich in allen übrigen Vertragsländern den Schutz ihrer im Ursprungsland für Waren oder Dienstleistungen eingetragenen Marken dadurch sichern, dass sie diese Marken durch Vermittlung der Behörde des Ursprungslandes bei dem im Übereinkommen zur Errichtung der WIPO vorgesehenen Internationalen Büro für geistiges Eigentum hinterlegen (Art. 1 Abs. 2 MMA). Das Internationale Büro trägt die hinterlegte Marke sogleich in ein Register ein (Art. 3 Abs. 4 MMA). Vom Zeitpunkt der im Internationalen Büro vollzogenen Registrierung an ist die Marke in jedem der beteiligten Vertragsländer ebenso geschützt, wie wenn sie dort unmittelbar hinterlegt worden wäre und geniesst das Prioritätsrecht gemäss Art. 4 der Pariser Übereinkunft zum Schutz des gewerblichen Eigentums, revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967 (PVÜ; SR 0.232.04; vgl. Art. 4 MMA). Sowohl Deutschland wie die Schweiz sind Vertragsstaaten des MMA, revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967. Beide Staaten sind auch dem Protokoll vom 27. Juni 1989 zum Madrider Abkommen über die internationale Registrierung von Marken (MMP; SR 0.232.112.4) beigetreten. Art. 9sexies Abs. 1 MMP sieht vor, dass dieses Protokoll keine Wirkung im Hoheitsgebiet eines Staates hat, der sowohl Vertragspartei des MMA (Stockholmer Fassung) wie des MMP ist, wenn die Ursprungsbehörde einer bestimmten internationalen Registrierung ebenfalls einer Vertragspartei sowohl des MMP wie des MMA (Stockholmer Fassung) angehört. Diese Klausel wird aufgehoben und durch eine neue Fassung ersetzt, die am 1. September 2008 in Kraft tritt (vgl. http://www.wipo.int/edocs/ notdocs/en/madridp-gp/treaty_madridp_gp_178.html). Danach sind für Staaten, die sowohl an das MMA als auch an das MMP gebunden sind, nur noch die Bestimmungen des MMP anwendbar; der Vorrang des MMA wird durch den Vorrang des MMP ersetzt. Im vorliegenden Fall stellen die Parteien zu Recht nicht in Frage, dass noch das MMA anwendbar ist.
2.2 Art. 6 MMA regelt die Dauer der Gültigkeit einer internationalen Registrierung, die Unabhängigkeit der internationalen Registrierung und die Folgen des Erlöschens des Schutzes im Ursprungsland. Nach Art. 6 Abs. 2 MMA wird die internationale Registrierung unter Vorbehalt der nachfolgenden Bestimmungen mit dem Ablauf einer Frist von fünf Jahren von der vorher im Ursprungsland eingetragenen nationalen Marke unabhängig. Art. 6 Abs. 3 MMA bestimmt: "Der durch die internationale Registrierung erlangte Schutz ... kann ... nicht mehr in Anspruch genommen werden, wenn innerhalb von fünf Jahren vom Zeitpunkt der internationalen Registrierung an die vorher im Ursprungsland im Sinn des Artikels 1 eingetragene nationale Marke in diesem Land den gesetzlichen Schutz ganz oder teilweise nicht mehr geniesst. Das gleiche gilt, wenn dieser gesetzliche Schutz später infolge einer vor Ablauf der Frist von fünf Jahren erhobenen Klage erlischt." Die Vorinstanz hat das verwaltungsrechtliche Widerspruchsverfahren insofern einer zivilrechtlichen Klage gleichgesetzt und angenommen, dass ein vor Ablauf der Frist von fünf Jahren eingeleitetes Widerspruchsverfahren gegen die im Ursprungsland eingetragene nationale Marke bei Gutheissung des Widerspruchs auch nach Ablauf der Frist von fünf Jahren zum Dahinfallen des Schutzes der internationalen Registrierung führt.
2.3 Das Bundesgericht hat im die Parteien betreffenden Urteil vom 20. Februar 2004 in der - in <ref-ruling> nicht publizierten - Erwägung 1.4 obiter dictu bemerkt, dass ein Widerspruchsverfahren wohl nicht als Klage im Sinne von Art. 6 Abs. 3 MMA qualifiziert werden könne. Diese Auffassung ist kritisiert worden (vgl. DAVID, a.a.O., S. 1269) und die Vorinstanz hat insbesondere gestützt darauf an ihrer Ansicht festgehalten, dass eine internationale Registrierung nach Ablauf der Frist von fünf Jahren ihren Schutz auch dann in Abhängigkeit von der Eintragung im Ursprungsland verliert, wenn die Basismarke im Widerspruchsverfahren ganz oder teilweise gelöscht wird.
2.3.1 Das Widerspruchsverfahren wird als Grund für eine über die fünfjährige Frist hinausreichende Abhängigkeit der internationalen Registrierung von der Basis ausdrücklich erwähnt in Art. 6 Abs. 3 MMP; dieses Abkommen ist zwar in hohem Masse am MMA orientiert und soll die Mitglieder zu einer speziellen Madrider Union für die Markenregistrierung verbinden (vgl. DIRK CHRISTIAN SCHLEI, Das Protokoll betreffend das Madrider Abkommen über die internationale Registrierung von Marken, Bern 1993, S. 35 mit Hinweis auf die Entstehungsgeschichte). Es unterscheidet sich jedoch - trotz der Gemeinsamen Ausführungsordnung (Gemeinsame Ausführungsordnung vom 18. Januar 1996 zum Madrider Abkommen über die internationale Registrierung von Marken und zum Protokoll zu diesem Abkommen; SR 0.232.112.21) - in gewissen Fragen, um den Vorbehalten insbesondere von Staaten angelsächsischer Tradition Rechnung zu tragen (vgl. GERD F. KUNZE, Die neueren Entwicklungen auf dem Gebiet des internationalen Markenschutzes, insbesondere: Das Protokoll betreffend das Madrider Markenabkommen für die internationale Eintragung von Marken vom 27. Juni 1989, in: Marke und Marketing, Bern 1990, S. 393; SCHLEI, a.a.O., S. 31 f.; MARBACH, Markenrecht, in: Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht [SIWR], Bd. III, Basel 1996, S. 9; vgl. auch COTTIER/GERMANN, Bedeutung und Wirkung der Staatsverträge im Immaterialgüterrecht, in: SIWR, Bd. I/1, 2. Aufl., Basel 2002, S. 106).
2.3.2 Die Abhängigkeit der internationalen Registrierung von der nationalen oder regionalen Basismarke während fünf Jahren ist in Art. 6 Abs. 3 MMP grundsätzlich parallel zu Art. 6 Abs. 3 MMA formuliert. Allerdings bildete der Vorbehalt gegen den sogenannten Zentralangriff gerade einen der Gründe für den fehlenden Erfolg des MMA bzw. für die abweichende Regelung der internationalen Registrierung durch das MMP (vgl. KUNZE, a.a.O., S. 393). So sieht Art. 9quinquies MMP im Gegensatz zum MMA für den Fall der Löschung der internationalen Registrierung wegen der Löschung oder fehlenden Registrierung der Basismarke vor, dass die internationale Registrierung in nationale oder regionale Gesuche umgewandelt werden kann, wobei die Priorität gewahrt bleibt (vgl. dazu SCHLEI, a.a.O., S. 45; KUNZE, a.a.O., S. 398 f.). Im Verhältnis unter Vertragsstaaten des MMA gilt diese Regelung nach Art. 9sexies MMP aber gerade nicht. Vielmehr hat hier der erfolgreiche "Zentralangriff" auf die Basismarke nach Art. 6 Abs. 3 MMA den ersatzlosen Verlust der internationalen Registrierung zur Folge.
2.3.3 Als nationale oder regionale Basis der internationalen Registrierung kommt nach dem MMA nur eine im Ursprungsland bereits registrierte Marke in Betracht, während nach dem MMP die Anmeldung genügt (vgl. SCHLEI, a.a.O., S. 73 f.). Die Abhängigkeit der internationalen Registrierung von der Basis (Marke oder Anmeldung) ist dementsprechend in Art. 6 MMP eingehender geregelt, um insbesondere Missbräuchen vorzubeugen. So soll etwa ausgeschlossen werden, dass eine Zurückweisung der Registrierung im Ursprungsland mit Rechtsmitteln angefochten werden kann, um mit Ablauf der Fünfjahresfrist die Unabhängigkeit der internationalen Registrierung zu erreichen; die zeitliche Abhängigkeit wird daher ausgedehnt auf Rechtsmittelverfahren im Eintragungsverfahren und entsprechend auf verwaltungsrechtliche Widerspruchsverfahren (vgl. dazu KUNZE, a.a.O., S. 400 f.). Die Fünfjahresfrist wird allerdings nach dem MMP nicht verlängert, wenn das Amt des Ursprungslandes das Prüfungsverfahren über die Basisanmeldung in dieser Zeit nicht abgeschlossen hat (vgl. KUNZE, a.a.O., S. 401).
2.4 Nach dem Wortlaut von Art. 6 Abs. 3 MMA entfällt der Schutz der internationalen Registrierung, wenn der gesetzliche Schutz der Basismarke später infolge einer vor Ablauf der Frist von fünf Jahren erhobenen Klage erlischt. Der massgebende französische Text lautet: "Il en sera de même lorsque cette protection légale aura cessé ultérieurement par suite d'une action introduite avant l'expiration du délai de cinq ans". Unter "action" ist eine zivilrechtliche Klage, nicht aber ein verwaltungsrechtlicher Einspruch bzw. die Beteiligung an einem Verwaltungsverfahren zu verstehen; nach Art. 6 Abs. 4 MMA handelt es sich ausdrücklich um eine "action judiciaire". Dem Wortlaut der Bestimmung entsprechend haben die Vertragsstaaten darunter keine Beteiligung an einem Verwaltungsverfahren gemeint; das wird in der Kritik an der beiläufigen Bemerkung im Urteil vom 20. Februar 2004 nicht in Frage gestellt, wenn angeführt wird, dass der Widerspruch den Vertragsstaaten mit Ausnahme Deutschlands bis in die 90er Jahre unbekannt war (DAVID, a.a.O., S. 1269). Da die Abhängigkeit der internationalen Registrierung von der Basismarke nach der ausdrücklichen Bestimmung von Art. 6 Abs. 2 MMA im Grundsatz gerade auf fünf Jahre begrenzt ist, bedürfte es gewichtiger Gründe, um den im Staatsvertrag verwendeten, eindeutigen Begriff der (zivilrechtlichen) Klage auf das verwaltungsrechtliche Institut des Widerspruchs auszudehnen (vgl. zur Auslegung von Staatsverträgen <ref-ruling> E. 4c S. 238).
2.5 Die Gemeinsame Ausführungsordnung schreibt in Regel 22 der Ursprungsbehörde vor, das Internationale Büro zu benachrichtigen, wenn die Artikel 6 Absätze 3 und 4 des Abkommens (MMA) und/oder Artikel 6 Absätze 3 und 4 des Protokolls (MMP) Anwendung finden. Insbesondere schreibt Regel 22 Abs. 1 lit. b der Gemeinsamen Ausführungsordnung die Benachrichtigung vor, wenn "ein in Artikel 6 Absatz 4 des Abkommens genanntes gerichtliches Verfahren oder ein in Artikel 6 Absatz 3 Ziffer i, ii oder iii des Protokolls genanntes Verfahren vor Ablauf der Frist von fünf Jahren begonnen, ... aber vor Ablauf dieser Frist nicht zu dem in Artikel 6 Absatz 4 des Abkommens genannten rechtskräftigen Urteil oder zu der in Artikel 6 Absatz 3 Satz 2 des Protokolls genannten rechtskräftigen Entscheidung oder zu der Rücknahme oder dem Verzicht nach Artikel 6 Absatz 3 Satz 3 des Protokolls geführt" hat. Die Gemeinsame Ausführungsordnung behandelt damit zwar die Pflicht zur Information des Internationalen Büros durch die Ursprungsbehörden für die in Art. 6 MMA und Art. 6 MMP vorgesehenen Verfahren gleich, unterscheidet jedoch deutlich und ausdrücklich zwischen den in Art. 6 Abs. 4 MMA genannten rechtskräftigen Urteilen und den in Art. 6 Abs. 3 Satz 3 MMP erwähnten rechtskräftigen Entscheiden. Es verpflichtet weder die Ursprungsbehörden, im Rahmen von Art. 6 Abs. 3 MMA allfällige Widerspruchsverfahren zu melden, noch das Internationale Büro, einem Antrag auf Löschung unter dieser Voraussetzung stattzugeben (Regel 22 Abs. 2 der Gemeinsamen Ausführungsordnung). Aus der Gemeinsamen Ausführungsordnung ergibt sich daher nur die Bestätigung, dass vor Ablauf der Fünfjahresfrist eingereichte gerichtliche Klagen zur Verlängerung der Abhängigkeit der internationalen Registrierung nach MMA führen. Es ergibt sich daraus nichts für eine Gleichstellung der in Art. 6 Abs. 3 MMA erwähnten gerichtlichen Klage mit dem verwaltungsrechtlichen Widerspruch.
2.6 Das Widerspruchsverfahren ist ein Verwaltungsverfahren, das unmittelbar an das Verfahren der Eintragung der Marke anschliesst. Nach dem schweizerischen Recht ist der Widerspruch innerhalb von drei Monaten nach Veröffentlichung der Eintragung einzureichen (Art. 31 Abs. 2 MSchG), der erfolgreiche Widerspruch führt zum Widerruf der Eintragung (Art. 33 MSchG). Entsprechend kann nach § 42 des deutschen Markengesetzes innerhalb einer Frist von drei Monaten nach dem Tage der Veröffentlichung der Eintragung der Marke gemäss § 41 vom Inhaber einer Marke mit älterem Zeitrang gegen die Eintragung der Marke Widerspruch erhoben werden. Der erfolgreiche Widerspruch führt zur Löschung der Eintragung (§ 43 Abs. 2 Markengesetz; vgl. dazu etwa Ströbele, in: Ströbele/Hacker, Markengesetz, 8. Aufl., Köln/Berlin/München 2006, N. 57 zu § 43 DMarkenG). Auch wenn das Widerspruchsverfahren - fristgebunden - erst im Anschluss an die Eintragung der Marke eingeleitet werden kann, bildet es eigentlich Teil der Registrierung, indem es besser berechtigten Markeninhabern ermöglicht, ihre Interessen schon im Rahmen des verwaltungsrechtlichen Verfahrens der Registrierung einzubringen. Die Gutheissung des Widerspruchs führt zwar zur Löschung der Marke durch die Registerbehörde; die Abweisung des Widerspruchs schliesst indes die zivilrechtliche Nichtigkeitsklage nicht aus. Nach § 44 des deutschen Markengesetzes kann der Inhaber der Marke überdies im Wege der Klage gegen den Widersprechenden geltend machen, dass ihm trotz der Löschung der Eintragung nach § 43 ein Anspruch auf Eintragung zusteht. Damit soll verhindert werden, dass eine Marke gelöscht wird, obwohl dies der materiellen Rechtslage nicht entspricht (vgl. Hacker, in: Ströbele/Hacker, a.a.O., N. 2 zu § 44 DMarkenG; vgl. schon FEZER, Markenrecht, 3. Aufl., München 2001, N. 1 zu § 44 DMarkenG).
2.7 Es ist nachvollziehbar, dass besser berechtigte Markeninhaber ein Interesse daran haben können, die Löschung internationaler Registrierungen durch einen verwaltungsrechtlichen Widerspruch gegen die Basismarke auch nach Ablauf von fünf Jahren unbesehen davon zu erreichen, ob die Registrierung nach MMA oder nach MMP erfolgt ist. Für eine Gleichstellung des verwaltungsrechtlichen Widerspruchs mit der gerichtlichen Klage mag auch angeführt werden, dass das Widerspruchsverfahren als Streit zwischen den privaten Beteiligten verstanden werden kann und dass diesen das hängige Verfahren auch nach Ablauf der fünfjährigen Frist bekannt sein muss. Eine Verlängerung der Fünfjahresfrist nach Art. 6 Abs. 3 MMA nicht nur für Klagen, sondern auch für den Fall des Widerspruchs über den Wortlaut dieser Bestimmung hinaus erscheint jedoch ausgeschlossen. Die Rechtswirkungen einer zivilrechtlichen Klage unterscheiden sich von denjenigen des Widerspruchs, der letztlich Teil der verwaltungsrechtlichen Registrierung bildet und materiell keine Rechtskraftwirkung entfaltet. Dies gilt erst recht für das Verfahren in Deutschland, wo auch der im Widerspruchsverfahren unterlegene Markeninhaber nach der Löschung die gerichtliche Eintragung erwirken kann; würde eine solche Klage nach Ablauf der Fünfjahresfrist gemäss Art. 6 Abs. 3 MMA eingereicht und gutgeheissen, so würde die "Basismarke" unter Wahrung der ursprünglichen Priorität zwar im Ursprungsland wieder eingetragen, aber die internationale Registrierung wäre endgültig gelöscht, da für eine neue Registrierung mit Wahrung der Priorität keine staatsvertragliche Grundlage ersichtlich ist. Schliesslich ist auch zu beachten, dass sich die Rechtswirkungen der Löschung der internationalen Registrierung nach MMA einerseits und MMP anderseits unterscheiden; während die Löschung der internationalen Registrierung nach MMP die Priorität der Anmeldung in den betreffenden Staaten nicht notwendigerweise zerstört, weil nach Art. 9quinquies MMP unter Wahrung dieser Priorität eine Umwandlung in eine nationale Anmeldung möglich ist, führt die Löschung der Basismarke nach MMA zum Verlust der durch die internationale Registrierung erlangten Priorität in den Verbandsstaaten, da ein Ersatz durch eine nationale Anmeldung im Unterschied zum MMP gerade nicht vorgesehen ist. Es erscheint daher nicht angebracht, die ausdrückliche Verlängerung der Abhängigkeit durch das Widerspruchsverfahren im MMP sinngemäss auf Art. 6 Abs. 3 MMA anzuwenden.
2.8 Der Vorinstanz kann aus diesen Gründen nicht beigepflichtet werden, wenn sie annimmt, die Abhängigkeit der internationalen Registrierung Nr. 663 349 FOCUS der Beschwerdegegnerin sei wegen des im Ursprungsland Deutschland hängigen Widerspruchsverfahrens über die Fünfjahresfrist hinaus verlängert worden. Die Abhängigkeit ist vielmehr am 23. Mai 2001 - fünf Jahre nach der Registrierung - entfallen, wie die Beschwerdeführerin zu Recht vorbringt. Da die Markenregistrierung in der Schweiz seit diesem Zeitpunkt nicht mehr von der Basismarke in Deutschland abhängig ist, besteht seither kein wichtiger Grund mehr für die Beschwerdegegnerin, die Marke für die beanspruchten Waren der Klassen 3 und 5 hier nicht zu gebrauchen. Sie hat ihre Marke nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz für diese Waren in der Schweiz nie in Gebrauch genommen. Da seit dem Wegfall des wichtigen Grundes mehr als fünf Jahre vergangen sind, kann die Beschwerdegegnerin den Schutz nach Art. 12 MSchG dafür nicht mehr beanspruchen.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen, weil die Beschwerdegegnerin ihre IR-Marke Nr. 663 349 FOCUS für Waren der Klassen 3 und 5 in der Schweiz während einer ununterbrochenen Frist von fünf Jahren nicht gebraucht hat, obwohl ein wichtiger Grund dafür seit dem 23. Mai 2001 nicht mehr besteht. Es kann daher offen bleiben, ob die Vorinstanz bei weiterbestehender Abhängigkeit von der Basismarke die Erfolgsaussichten des Widerspruchs im Ursprungsland hätte prüfen müssen und ob gewichtige Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die Beschwerdegegnerin gar nicht beabsichtigt, ihre Marke für diese Waren zu gebrauchen, wie die Beschwerdeführerin ebenfalls vorbringt. Immerhin sei beiläufig bemerkt, dass zwar der blosse Zeitablauf innerhalb der Schonfrist von Art. 12 MSchG regelmässig allein als Hinweis auf eine Defensivmarke nicht genügen dürfte, dass aber nach allgemeiner Lebenserfahrung davon ausgegangen werden darf, dass ein Markeninhaber sofort nach Wegfall eines Hindernisses Anstalten trifft, um den Gebrauch mindestens vorzubereiten, wenn er daran ernsthaft interessiert ist.
4. Das Urteil des Handelsgerichts ist in Gutheissung der Beschwerde aufzuheben. Da die Sache spruchreif ist (Art. 107 Abs. 2 BGG) ist der schweizerische Teil der IR-Marke 663 349 FOCUS für die in Klassen 3 und 5 beanspruchten Waren antragsgemäss nichtig zu erklären, wobei die Mitteilung dieses Entscheides auch an das IGE geht. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 6. November 2007 wird aufgehoben. Der schweizerische Teil der internationalen Registrierung Nr. 663 349 FOCUS für die Waren in der Klasse 3 (savons; parfumerie, huiles essentielles, savons, fards, cosmétiques, lotions pour les cheveux, produits de soins corporels et de beauté, eaux et crèmes de rasage, désodorisants à usage personnel; produits de toilette tels que produits de nettoyage et dentifrices) und der Klasse 5 (produits pharmaceutiques et hygiéniques; substances diététiques à base de vitamines, d'albumine et/ou à base d'hydrates de carbone en tant que denrées alimentaires pour l'alimentation fortifiante, ou substances diététiques réduites en substance nutritives, à valeur calorifique contrôlée, aliments fortifiants pour le sport, préparations fortifiantes contenant des vitamines, des minéraux ainsi que des oligoéléments et des préparations stimulantes, ou similaires; les produits précités à usage médical) wird nichtig erklärt.
2. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons Bern sowie dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Feldmann