Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Der Güterbahnhof in Zürich-Aussersihl, bestehend aus dem Güterexpeditionsgebäude, der Güterempfangs- und der Güterversandhalle, ist als potentielles Schutzobjekt im Inventar der kunst- und kulturhistorischen Schutzobjekte von kommunaler Bedeutung der Stadt Zürich aufgenommen. Eine formelle Unterschutzstellung wurde nie angeordnet.
Am 30. November 2003 nahm das Stimmvolk des Kantons Zürich das neue Gesetz vom 7. Juli 2003 für ein Polizei- und Justizzentrum (PJZG) an. Damit wurde die Grundlage für den Bau eines Polizei- und Justizzentrums (PJZ) in Zürich-Aussersihl geschaffen, in welchem zentrale Abteilungen der Kantonspolizei und der Strafverfolgungsbehörden, Ausbildungseinrichtungen der Polizei sowie das Polizeigefängnis und ein weiteres Bezirksgefängnis des Bezirks Zürich zusammengeführt werden sollen (vgl. § 1 PJZG). Zur Realisierung des Zentrums erwirbt der Kanton das Areal Güterbahnhof in Zürich Aussersihl von den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB).
Der Kaufvertrag wurde bereits am 25. Oktober 2002 abgeschlossen. Der Besitzesübergang erfolgt in zwei Etappen, und zwar für einen ersten Grundstücksteil von 54'276 m2 nach Vorliegen aller erforderlichen Bau- und Abbruchbewilligungen (frühestens ab 1. Juli 2007) und für einen zweiten Grundstücksteil im Halte von 9'322 m2 nach dessen Freistellung durch die SBB (spätestens per 1. Januar 2020). Der Eigentumsübergang für das gesamte Kaufsobjekt erfolgt mit dem Besitzesantritt für die erste Etappe, also bei Vorliegen der rechtskräftigen Bau- und Abbruchbewilligungen.
Für den Entscheid über die Entlassung der sich auf dem Areal befindenden schützenswerten Bauten aus dem kommunalen Denkmalschutzinventar ist gemäss § 3 PJZG die Baudirektion zuständig.
Für den Entscheid über die Entlassung der sich auf dem Areal befindenden schützenswerten Bauten aus dem kommunalen Denkmalschutzinventar ist gemäss § 3 PJZG die Baudirektion zuständig.
B. Am 4. Mai 2005 entschied die Baudirektion des Kantons Zürich, den Güterbahnhof in Zürich-Aussersihl (bestehend aus dem Güterexpeditionsgebäude Vers.-Nr. 2623 und den zwei Güterhallen Vers.-Nrn. 2643 und 2644) nicht unter Denkmalschutz zu stellen und aus dem Inventar der kunst- und kulturhistorischen Schutzobjekte von kommunaler Bedeutung zu entlassen, sobald gestützt auf eine rechtskräftige Baubewilligung die Baufreigabe für das PJZ erteilt worden sei.
Gegen diese Verfügung gelangte der Schweizerische Heimatschutz für sich und namens des Zürcher Heimatschutzes am 11. Juni 2005 an den Regierungsrat mit dem Antrag, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und die drei Gebäude seien unter Denkmalschutz zu stellen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht verlangten die Rekurrenten, zur Abklärung der Bedeutung des Güterbahnhofs sei ein Gutachten der Eidgenössischen Kommission für Denkmalpflege (EDK) einzuholen. Im Sinne eines Eventualantrages ersuchten sie darum, die Baudirektion anzuweisen, aufgrund des Gutachtens der EDK sowie einer ernsthaften Prüfung von Teilerhaltungslösungen eine neue Interessenabwägung vorzunehmen.
Der Regierungsrat trat am 2. November 2005 nicht auf den Rekurs ein, da die angefochtene Verfügung das formell erlassene PJZG vollziehe und ihr daher nur deklaratorische Bedeutung zukomme. Selbst wenn das PJZG Raum für eine Interessenabwägung lassen würde, wäre die Verfügung materiell zu bestätigen. Auf die Auferlegung von Rekurskosten verzichtete der Regierungsrat, da die angefochtene Verfügung zu Unrecht eine Rechtsmittelbelehrung enthalten habe.
Der Regierungsrat trat am 2. November 2005 nicht auf den Rekurs ein, da die angefochtene Verfügung das formell erlassene PJZG vollziehe und ihr daher nur deklaratorische Bedeutung zukomme. Selbst wenn das PJZG Raum für eine Interessenabwägung lassen würde, wäre die Verfügung materiell zu bestätigen. Auf die Auferlegung von Rekurskosten verzichtete der Regierungsrat, da die angefochtene Verfügung zu Unrecht eine Rechtsmittelbelehrung enthalten habe.
C. Daraufhin reichten der Schweizerische und der Zürcher Heimatschutz am 8. Dezember 2005 Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht ein und erneuerten ihre im Rekursverfahren gestellten Anträge. Subeventuell verlangten sie zusätzlich, die Inventarentlassung an das Vorliegen eines rechtskräftigen Gestaltungsplans bzw. einer rechtskräftigen Baubewilligung zu knüpfen. Gleichzeitig erhoben die beiden Beschwerdeführenden Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht (Verfahren 1A.317/2005). Das Verfahren vor Bundesgericht wurde bis zum Vorliegen des Urteils des Verwaltungsgerichts sistiert.
Mit Urteil vom 23. März 2006 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab.
Am 6. Juni 2006 zogen die Beschwerdeführer die am 8. Dezember 2005 gegen den regierungsrätlichen Entscheid erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde vor Bundesgericht zurück, woraufhin das Verfahren 1A.317/2005 am 8. Juni 2006 als erledigt abgeschrieben wurde.
Am 6. Juni 2006 zogen die Beschwerdeführer die am 8. Dezember 2005 gegen den regierungsrätlichen Entscheid erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde vor Bundesgericht zurück, woraufhin das Verfahren 1A.317/2005 am 8. Juni 2006 als erledigt abgeschrieben wurde.
D. Mit Eingabe vom 24. Mai 2006 erheben der Schweizer und der Zürcher Heimatschutz Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Sie verlangen die Aufhebung der Verfügung der Baudirektion vom 4. Mai 2005, des Regierungsratsentscheides vom 2. November 2005 sowie des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 23. März 2006. Weiter ersuchen sie wie bereits im kantonalen Verfahren um Einholung eines Gutachtens der EDK zur Abklärung der Bedeutung des Güterbahnhofs. Eventualiter seien die Vorinstanzen anzuweisen, eine neue Interessenabwägung aufgrund eines EDK-Gutachtens sowie einer ernsthaften Prüfung von (Teil-)Erhaltungslösungen vorzunehmen.
Der Regierungsrat des Kantons Zürich und die Stadt Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Baudirektion des Kantons Zürich und die SBB stellen Antrag auf Nichteintreten der Beschwerde. Eventualiter sei sie abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm eingereichten Beschwerden von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 93; <ref-ruling> E. 2 S. 201; <ref-ruling> E. 2a S. 42, je mit Hinweisen).
1.1 Als unzulässig erweist sich der Antrag der Beschwerdeführer, auch die Verfügung der Baudirektion vom 4. Mai 2005 und den Entscheid des Regierungsrats vom 2. November 2005 aufzuheben. Diese sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als mit angefochten; ihre selbständige Beanstandung ist ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
1.2 Nicht einzutreten ist sodann auf die Beschwerde des Zürcher Heimatschutzes als Beschwerdeführer 2, da dieser die in Art. 12 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz vom 1. Juli 1966 (NHG; SR 451) genannten Voraussetzungen nicht erfüllt. Er stellt keine gesamtschweizerische Organisation dar, weshalb er nicht zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert ist.
1.3 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist unter Vorbehalt der Ausnahmen gemäss Art. 99 - 102 OG zulässig gegen kantonal letztinstanzliche Verfügungen, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen oder hätten stützen sollen (Art. 97 OG in Verbindung mit <ref-law>). Zu dem im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde überprüfbaren Bundesrecht gehört auch das Bundesverfassungsrecht, soweit die Rüge eine Angelegenheit betrifft, die in die Sachzuständigkeit der eidgenössischen Verwaltungsrechtspflegeinstanz fällt. Sodann sind im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde auf unselbständiges kantonales Ausführungsrecht zum Bundesrecht gestützte Anordnungen zu überprüfen sowie auf übrigem kantonalen Recht beruhende Anordnungen, die einen hinreichend engen Sachzusammenhang mit der im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu beurteilenden Frage des Bundesverwaltungsrechts aufweisen. Soweit hingegen dem angefochtenen Entscheid selbständiges kantonales Recht ohne den genannten Sachzusammenhang zum Bundesrecht zu Grunde liegt, steht ausschliesslich die staatsrechtliche Beschwerde zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 262; <ref-ruling> E. 1a S. 173; <ref-ruling> E. 1c S. 291, je mit Hinweisen). Eine mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbare Verfügung liegt nicht schon vor, wenn bei der Anwendung selbständigen kantonalen Rechts eine Bundesnorm zu beachten oder mit anzuwenden ist, sondern nur dann, wenn öffentliches Recht des Bundes die oder eine Grundlage der angefochtenen Verfügung bildet (<ref-ruling> E. 1.2 S. 262; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 3 f. mit Hinweis).
Zu prüfen ist vorab, ob im vorliegenden Fall eine Verfügung vorliegt, welche die zitierten Bedingungen erfüllt.
1.4 Gemäss <ref-law> sind für den Natur- und Heimatschutz die Kantone zuständig. Der Bund nimmt bei der Erfüllung seiner Aufgaben Rücksicht auf die Anliegen des Natur- und Heimatschutzes. Er schont Landschaften, Ortsbilder, geschichtliche Stätten sowie Natur- und Kunstdenkmäler; er erhält sie ungeschmälert, wenn das öffentliche Interesse es gebietet (<ref-law>). Was unter der Erfüllung einer Bundesaufgabe im Sinne von <ref-law> zu verstehen ist, führt Art. 2 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz vom 1. Juli 1966 (NHG; SR 451) in nicht abschliessender Weise aus: Dazu gehören insbesondere die Planung, Errichtung und Veränderung von Werken und Anlagen durch den Bund, seine Anstalten und Betriebe, wie Bauten und Anlagen der Bundesverwaltung, Nationalstrassen, Bauten und Anlagen der Schweizerischen Bundesbahnen (<ref-law>). Der Bund, seine Anstalten und Betriebe sowie die Kantone sorgen bei der Erfüllung der Bundesaufgaben dafür, dass das heimatliche Landschafts- und Ortsbild, geschichtliche Stätten sowie Natur- und Kulturdenkmäler geschont werden und, wo das allgemeine Interesse an ihnen überwiegt, ungeschmälert erhalten bleiben (<ref-law>). Wie die genannten Körperschaften dieser Pflicht im Einzelnen nachkommen, zeigt <ref-law> auf.
Der Beschwerdeführer 1 vertritt sinngemäss die Auffassung, die kantonalen Instanzen hätten <ref-law> verletzt.
1.5 Wäre im vorliegenden Verfahren die Abbruchbewilligung der genannten SBB-Gebäulichkeiten streitig, so läge in der Tat eine Verfügung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> vor, welche im Rahmen eines Rechtsmittelverfahrens letztinstanzlich vom Bundesgericht zu überprüfen wäre. Im Streit liegt indessen die Verfügung der Baudirektion vom 4. Mai 2005, mit welcher der Güterbahnhof nicht unter kantonalrechtlichen Denkmalschutz gestellt und aus dem Inventar der kunst- und kulturhistorischen Schutzobjekte von kommunaler Bedeutung der Stadt Zürich entlassen wurde. Voraussetzung dafür ist, dass gestützt auf eine rechtskräftige Baubewilligung die Baufreigabe für das PJZ erteilt wird (Ziff. 1 des Dispositivs der Verfügung vom 4. Mai 2005). Streitgegenstand ist somit der verfügte Verzicht auf kantonale Schutzmassnahmen und die Entlassung des Güterbahnhofs aus dem kommunalen Inventar. Diese Massnahme stellt einen ersten Schritt dar bei der Realisierung des PJZ. Bau und Betrieb des geplanten Zentrums dienen der Erfüllung einer kantonalen, nicht einer Bundesaufgabe (siehe dazu die Beispiele aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bei Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 4. Auflage, Bern 2002, S. 389 ff.). Der Entscheid der Baudirektion ist denn auch in Anwendung des neuen PJZG i.V.m. §§ 203 ff. des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) ergangen, mithin vollumfänglich gestützt auf kantonales Recht. Daran ändert nichts, dass die SBB noch immer Eigentümerinnen des Grundstückes sind und dieses deshalb grundsätzlich nach wie vor unter die Bestimmungen des NHG fällt.
1.5 Wäre im vorliegenden Verfahren die Abbruchbewilligung der genannten SBB-Gebäulichkeiten streitig, so läge in der Tat eine Verfügung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> vor, welche im Rahmen eines Rechtsmittelverfahrens letztinstanzlich vom Bundesgericht zu überprüfen wäre. Im Streit liegt indessen die Verfügung der Baudirektion vom 4. Mai 2005, mit welcher der Güterbahnhof nicht unter kantonalrechtlichen Denkmalschutz gestellt und aus dem Inventar der kunst- und kulturhistorischen Schutzobjekte von kommunaler Bedeutung der Stadt Zürich entlassen wurde. Voraussetzung dafür ist, dass gestützt auf eine rechtskräftige Baubewilligung die Baufreigabe für das PJZ erteilt wird (Ziff. 1 des Dispositivs der Verfügung vom 4. Mai 2005). Streitgegenstand ist somit der verfügte Verzicht auf kantonale Schutzmassnahmen und die Entlassung des Güterbahnhofs aus dem kommunalen Inventar. Diese Massnahme stellt einen ersten Schritt dar bei der Realisierung des PJZ. Bau und Betrieb des geplanten Zentrums dienen der Erfüllung einer kantonalen, nicht einer Bundesaufgabe (siehe dazu die Beispiele aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bei Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 4. Auflage, Bern 2002, S. 389 ff.). Der Entscheid der Baudirektion ist denn auch in Anwendung des neuen PJZG i.V.m. §§ 203 ff. des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) ergangen, mithin vollumfänglich gestützt auf kantonales Recht. Daran ändert nichts, dass die SBB noch immer Eigentümerinnen des Grundstückes sind und dieses deshalb grundsätzlich nach wie vor unter die Bestimmungen des NHG fällt.
2. Demzufolge ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten. Praxisgemäss werden gesamtschweizerischen ideellen Organisationen im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten auferlegt. Es rechtfertigt sich, auch den Beschwerdeführer 2 von einer Kostentragung zu befreien. Indes haben die Beschwerdeführer die SBB als private Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nicht eingetreten.
1. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführer haben die privaten Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
3. Die Beschwerdeführer haben die privaten Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Stadt Zürich, der Baudirektion, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2006
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: