Sachverhalt:
A. Z._ (Ehemann) (1954) und X._ (Ehefrau) (1959) heirateten im Jahr 1988. Sie haben die gemeinsamen Kinder S._ (1987), T._ (1991) und U._ (1993). Seit Beginn des Jahres 2002 leben die Ehegatten getrennt.
B. Gestützt auf die Klage des Ehemannes vom 3. Mai 2004 schied das Bezirksgericht Arlesheim die Ehe am 21. August 2007. In finanzieller Hinsicht verpflichtete es den Ehemann u.a. zu einer güterrechtlichen Zahlung von Fr. 327'574.45. Von einer Teilung der Vorsorgeguthaben sah es ab.
Mit Appellation vom 30. August bzw. 26. November 2007 verlangte die Ehefrau die Überweisung einer Freizügigkeitsleistung von Fr. 176'161.60 und eine güterrechtliche Zahlung von Fr. 690'414.45, evtl. Fr. 566'099.90.
Mit Urteil vom 9. Dezember 2008 verpflichtete das Kantonsgericht Basel-Landschaft den Ehemann zu einer güterrechtlichen Zahlung von Fr. 397'479.90 und wies das Begehren um Überweisung einer Freizügigkeitsleistung ab.
C. Mit Bezug auf beide Streitpunkte sowie die Kostenregelung hat die Ehefrau am 2. Februar 2009 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um Aufhebung des kantonsgerichtlichen Urteils und um Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung im Sinn der Erwägungen an das Kantonsgericht. In ihren Vernehmlassungen vom 16. bzw. 20. März 2009 verlangen sowohl das Kantonsgericht als auch der Ehemann die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Angefochten sind Fr. 30'000.-- übersteigende vermögensrechtliche Nebenfolgen eines kantonal letztinstanzlichen Ehescheidungsurteils; die Beschwerde in Zivilsachen ist somit gegeben (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
Die Rechtsanwendung überprüft das Bundesgericht im Rahmen rechtsgenüglicher Vorbringen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) grundsätzlich mit freier Kognition (Art. 106 Abs. 1 BGG). Demgegenüber ist das Bundesgericht an die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (Art. 97 Abs. 1 BGG), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Diesbezüglich gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2. Zwischen den Parteien ist vorab streitig, ob die Vorsorgeguthaben zwischen den Parteien gestützt auf Art. 122 Abs. 2 ZGB hälftig zu teilen sind oder ob dies offensichtlich unbillig im Sinn von Art. 123 Abs. 2 ZGB wäre, wie dies beide kantonalen Instanzen befunden haben.
2.1 Die während der Ehe geäufneten Vorsorgeguthaben sind im Scheidungsfall grundsätzlich hälftig zu teilen (Art. 122 ZGB; <ref-ruling> E. 4.2 S. 578; <ref-ruling> E. 4 S. 498; <ref-ruling> E. 6.1 S. 154). Der Teilungsanspruch bezweckt einen Ausgleich für die vorsorgerechtlichen Nachteile der während der Ehe erfolgten Aufgabenteilung und dient der wirtschaftlichen Selbständigkeit jedes Ehegatten nach der Scheidung. Er ist Ausdruck der mit der Ehe verbundenen Schicksalsgemeinschaft. Widmet sich ein Ehegatte während der Ehe der Haushaltsführung und der Kinderbetreuung und verzichtet er deshalb ganz oder teilweise auf eine Erwerbstätigkeit, soll er bei der Scheidung von der Einrichtung der beruflichen Vorsorge seines Partners einen Teil der von diesem während der Ehe aufgebauten Vorsorge erhalten (Botschaft zum neuen Scheidungsrecht, BBl 1991 I 100; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 578). In einem neueren Entscheid hat das Bundesgericht sodann klargestellt, dass die Formulierung nicht in dem Sinn verstanden werden darf, dass ein Anspruch auf Vorsorgeausgleich nur besteht, wo aufgrund der Aufgabenteilung während der Ehe ein vorsorgerechtlicher Nachteil entstanden ist. Vielmehr ist der Teilungsanspruch als Folge der Schicksalsgemeinschaft nicht davon abhängig, wie sich die Ehegatten während der Ehe die Aufgaben geteilt haben; der Ausgleich findet mit anderen Worten - wie dies auch bei der hälftigen Teilung der Errungenschaft der Fall ist - voraussetzungslos statt (Urteil 5A_623/2007, E. 5.2)
Der Grundsatz der hälftigen Teilung gilt freilich nicht schrankenlos. Gemäss Art. 123 Abs. 2 ZGB - der jedoch restriktiv auszulegen ist (BGE <ref-ruling> E. 6.1 S. 155) - kann das Gericht von einer Teilung ganz oder teilweise absehen, wenn sie aufgrund der güterrechtlichen Auseinandersetzung oder der wirtschaftlichen Verhältnisse nach der Scheidung offensichtlich unbillig wäre. Dies könnte etwa der Fall sein, wenn die Frau als Verkäuferin und der Ehemann als selbständig erwerbender Anwalt oder Arzt tätig ist (vgl. SUTTER/FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, Zürich 1999, N. 14 zu Art. 123 ZGB). Als weitere Fallbeispiele sind anzuführen, dass die Ehefrau bereits arbeitstätig ist und dem Ehemann ein Studium finanziert, das ihm später ein hohes Einkommen und den Aufbau einer besseren Vorsorge ermöglichen wird (BBl 1996 I 105) oder dass der eine Teil bereits rentenberechtigt ist und der andere, kurz vor dem Rentenalter stehende Teil voraussichtlich eine kleinere Rente erhalten wird (BGE <ref-ruling> E. 4.5 S. 502 unten, mit Verweis auf Urteil 5C.176/2006, E. 3.2; vgl. auch die Fallkonstellation in BGE <ref-ruling> E. 6.2.3 S. 157).
Demgegenüber bildet ein hohes Vermögen für sich genommen noch keinen Verweigerungsgrund im Sinn von Art. 123 Abs. 2 ZGB (BGE <ref-ruling> E. 4.5 S. 503 oben, mit Hinweis auf Urteil 5C.49/2006, E. 3.1), weil der Vorsorgeausgleich ein vom Güterrecht unabhängiges Institut ist (BBl 1996 I 99 f.) und es deshalb für die Annahme einer offensichtlichen Unbilligkeit nicht genügt, wenn die Zukunft des teilungsberechtigten Ehegatten finanziell gesichert ist. Dem letztgenannten Urteil lag übrigens ein Sachverhalt zugrunde, bei welchem der Ehemann über ein etwas tieferes und die Ehefrau über ein etwas höheres Vermögen als im vorliegenden Fall verfügte.
2.2 Vorliegend beträgt das Vermögen der Ehefrau nach Vollzug der güterrechtlichen Auseinandersetzung rund Fr. 2,73 Mio. - ihr Vorbringen, infolge der Finanzkrise sei es kleiner, ist vom Ausmass her unbelegt und würde ohnehin ein unzulässiges Novum darstellen (Art. 99 Abs. 1 BGG) - und dasjenige des Ehemannes rund Fr. 625'000.--. Das heisst, dass grundsätzlich beide Parteien relativ wohlhabend sind. Das Vermögen der Ehefrau ist zwar deutlich grösser, aber die Vermögensdiskrepanz ist wesentlich darauf zurückzuführen, dass die Ehefrau geerbt hat (am 9. Januar 2006 ein Vermögen von rund Fr. 1,65 Mio.).
Was das Vorsorgeguthaben anbelangt, gilt es einerseits zu berücksichtigen, dass die Parteien eine langjährige Ehe mit klassischer Rollenteilung führten, d.h. dass die Ehefrau zugunsten der Erziehung der drei gemeinsamen Kinder weitgehend auf eine eigene Erwerbstätigkeit und damit einhergehend auf die Äufnung eines eigenen Vorsorgekapitals verzichtete. Ausgehend von den kantonalen Sachverhaltsfeststellungen ist sodann festzuhalten, dass der Ehemann, auch wenn er älter ist, in den verbleibenden Jahren bis zur Pensionierung noch ein deutlich grösseres Vorsorgeguthaben wird ansparen können als die teilzeitbeschäftigte Ehefrau.
Vor diesem Hintergrund lässt sich nicht von einer offensichtlichen Unbilligkeit (inéquitabilité manifeste) sprechen, die ein Abweichen vom Grundsatz der hälftigen Teilung der während der Ehe geäufneten Vorsorgeguthaben rechtfertigen würde, zumal sich der Ehemann mit seinem Nettovermögen von rund Fr. 625'000.-- jedenfalls rechnerisch wieder für den zu überweisenden Betrag von rund Fr. 176'000.-- bei seiner Pensionskasse einkaufen und damit auf eine volle Rente kommen könnte.
2.3 Die Differenz der während der Ehe (d.h. vom 26. Mai 1988 bis 21. August 2007) geäufneten Vorsorgeguthaben ist nach dem Gesagten hälftig zu teilen. Indes kann das Bundesgericht nur diesen Teilungsgrundsatz festhalten (Art. 142 Abs. 1 ZGB), während der Vollzug der Teilung dem gemäss FZG zuständigen kantonalen Gericht obliegt (Art. 142 Abs. 2 ZGB). Die Angelegenheit ist somit zur weiteren Behandlung bzw. Überweisung im Sinn von Art. 142 Abs. 2 ZGB dem Kantonsgericht zurückzusenden.
3. In güterrechtlicher Hinsicht ist einzig noch die Massenzuordnung eines gemäss der Steuererklärung 2003 Fr. 235'890.-- betragenden Wertschriften-, Guthaben-, Bargeld- und Edelmetall-Vermögens der Ehefrau umstritten.
3.1 Das Kantonsgericht hat diesbezüglich ausgeführt, der Ehemann habe von der Ehefrau in der Klagebegründung gestützt auf Art. 170 ZGB Auskunft über die Entstehung und genaue Höhe und Zusammensetzung der versteuerten Vermögen gemäss Steuerveranlagung 2004 verlangt. Die Ehefrau habe dazu in der Klageantwort keine Stellung genommen. Das Bezirksgericht habe sinngemäss erwogen, dass das Vermögen der Ehefrau gemäss Steuerveranlagung 2003 Fr. 235'890.-- betrage und dessen Charakter als Eigengut nicht nachgewiesen sei, weshalb es gemäss Art. 200 Abs. 3 ZGB als Miteigentum (gemeint wohl: Errungenschaft) zu betrachten sei. Der Ehemann habe in der Appellation die vollumfängliche Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils verlangt. Die Ehefrau lege auch mit der Appellationsantwort keine Beweismittel vor, welche die Herkunft des strittigen Vermögens aufzeige, weshalb es gemäss Art. 200 Abs. 3 ZGB der Errungenschaft zuzurechnen sei.
3.2 Die Ehefrau bringt diesbezüglich vor, der Ehemann habe aus seinen Ausführungen keine Ansprüche für die güterrechtliche Auseinandersetzung abgeleitet, zumal ihm klar gewesen sei, dass ihr gesamtes Vermögen (ererbtes) Eigengut darstelle. Dies gehe denn auch aus der Steuererklärung 2001 hervor, welche der Ehemann mit seiner Eingabe vom 16. Juli 2002 eingereicht habe. Dem Bezirksgericht sei deshalb die Herkunft der Mittel bekannt gewesen.
3.3 Die tatsächliche Mittelherkunft ist eine Sachverhaltsfrage. Die Ehefrau legt indes nicht dar, welches verfassungsmässige Recht und inwiefern das Kantonsgericht dieses bei der grundsätzlich verbindlichen Sachverhaltsfeststellung verletzt haben soll. Insbesondere ruft sie keine Verletzung des Willkürverbots an, so dass ihre Vorbringen unsubstanziiert bleiben (dazu E. 1). Ohnehin liesse sich mit ihren Ausführungen keine Willkür dartun, wäre doch die (von der Ehefrau nicht näher bezeichnete) Eingabe vom 16. Juli 2002 lange vor dem erst am 3. Mai 2004 anhängig gemachten Scheidungsverfahren eingereicht worden und ist die Steuererklärung 2001 nie zu den Scheidungsakten gegeben worden. Entsprechend bleibt die Behauptung, gemäss Steuererklärung 2001 stelle der Betrag von Fr. 235'890.-- ererbtes Eigengut dar, im Scheidungsverfahren unbewiesen und greift demzufolge die Errungenschaftsvermutung von Art. 200 Abs. 3 ZGB. Diese Gesetzeslage musste der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin im Übrigen bekannt sein, so dass sie entgegen ihrer Behauptung, sie habe nicht mit entsprechend lautenden kantonalen Urteilen rechnen müssen, sehr wohl Anlass gehabt hätte, die von ihr als Beweismittel angerufene - und nunmehr im bundesgerichtlichen Verfahren als unzulässiges Novum (Art. 99 Abs. 1 BGG) eingereichte - Steuererklärung 2001 im kantonalen Verfahren zu den Scheidungsakten zu geben und gestützt darauf Eigengut zu behaupten.
4. Weil das Kantonsgericht infolge des geänderten Ausgangs des Verfahrens ohnehin neu über die kantonalen Kosten zu befinden hat (Art. 68 Abs. 5 BGG), wird die Rüge, diese seien falsch verteilt worden, gegenstandslos.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass in teilweiser Gutheissung der Beschwerde die während der Ehe geäufneten Vorsorgeguthaben zwischen den Parteien hälftig zu teilen sind, dass auf die Beschwerde im Güterrechtspunkt mangels Substanziierung nicht einzutreten ist und dass das Kantonsgericht die Teilung der Vorsorgeguthaben zu vollziehen bzw. die Angelegenheit diesbezüglich im Sinn von Art. 142 Abs. 2 ZGB kantonsintern zu überweisen und im Übrigen über die Festsetzung und Verteilung der Kosten für die kantonalen Verfahren neu zu befinden hat.
6. Das Obsiegen bzw. Unterliegen der Parteien vor Bundesgericht hält sich in etwa die Waage, weshalb ihnen die Gerichtskosten je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen sind (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 bzw. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden die während der Ehe geäufneten Vorsorgeguthaben zwischen den Parteien hälftig geteilt.
Im Übrigen wird auf die Beschwerde nicht eingetreten bzw. ist sie gegenstandslos.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Die Sache wird zur weiteren Behandlung im Sinn der Erwägungen an das Kantonsgericht Basel-Landschaft zurückgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli