Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zürich fand X._ am 7. März 2007 des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung (Art. 292 StGB) sowie der mehrfachen Verletzung von Verkehrsregeln (Art. 90 Ziff. 1 SVG) schuldig und büsste ihn mit Fr. 2'500.--.
Das Obergericht wies am 9. April 2008 die Gesuche um Bestellung eines amtlichen Verteidigers und Durchführung einer öffentlichen Verhandlung ab. X._ focht diesen Beschluss beim Bundesgericht an, das auf die Beschwerde nicht eintrat (Urteil 1B_128/2008 vom 30. Mai 2008). Das Obergericht bestätigte am 9. Juni 2008 das bezirksgerichtliche Urteil.
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt sinngemäss, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und ihn freizusprechen, eventualiter die Sache zur Ergänzung der Untersuchung und Durchführung einer öffentlichen Verhandlung an das Obergericht zurückzuweisen sowie ihm die unentgeltliche Prozessführung und der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1.4). Vorliegend ist der Entscheid summarisch zu begründen und im Übrigen auf das angefochtene Urteil zu verweisen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
1.1 Das Bezirksgericht Zürich stellte am 1. September 2004 fest, dass der Beschwerdeführer mit einer Mitteilung auf der von ihm betriebenen Website Art. 3 lit. a UWG verletzt hatte, und verpflichtete ihn unter Hinweis auf Art. 292 StGB, innert 20 Tagen ab Eintritt der Rechtskraft das Urteilsdispositiv auf dieser Website für die Dauer von sieben Monaten zu veröffentlichen. Er hätte dies spätestens am 16. März 2005 und bis zum 15. Oktober 2005 vornehmen müssen. Das hat er nicht getan. Aufgrund des Polizeirapports vom 20. Juli 2005 ist erstellt, dass er in diesem Zeitraum Halter des Domain-Namens war und somit das Urteilsdispositiv dort hätte veröffentlichen können. Es ist unerfindlich, weshalb das Polizeiprotokoll nicht als Beweismittel zulässig sein sollte. Das Gehörsrecht wurde dem Beschwerdeführer gewährt. Im Übrigen traf den Beschwerdeführer gemäss Art. 292 StGB eine Handlungspflicht. Hätte er auf dieser Website dem richterlichen Befehl nicht nachkommen können, hätte er mit den Behörden in Kontakt treten und eine andere Lösung suchen müssen.
1.2 Der Beschwerdeführer rügt auch hinsichtlich des Vorwurfs, eine Sperrfläche überfahren zu haben (ND 1), eine Verletzung von Verfahrensrechten und bestreitet die Glaubwürdigkeit des rapportierenden Polizisten. Dass eine Verwechslung, ein Irrtum oder eine bewusste Manipulation vorliegen müsse, sind reine Unterstellungen. Die beiden Polizisten hatten am Tatort mit ihm gesprochen. Eine willkürliche antizipierte Beweiswürdigung hinsichtlich des abgelehnten Zeugen sowie weitere Rechtsverletzungen sind nicht ersichtlich.
1.3 Die Vorinstanz hält zum Vorwurf, der Beschwerdeführer habe innerhalb eines signalisierten Halteverbots parkiert (ND 2) fest, er habe gar nie explizit bestritten, das Fahrzeug im vorgeworfenen Sinn parkiert zu haben, sondern nur eingewendet, dies sei nicht erstellt. Sie geht damit nicht von einem Geständnis aus. Dass er sich auf sein Aussageverweigerungsrecht berufen oder die Möglichkeit ins Spiel bringen kann, nicht gefahren zu sein, hindert nicht, seine Täterschaft anzunehmen (Urteil 6B_987/2008 vom 15. Januar 2009; vgl. zum Schweigerecht den Entscheid des EGMR in Sachen O'Halloran and Francis v. Grossbritannien vom 29. Juni 2007, Nr. 15809/02 und 25624/02, teilweise publ. in: FP 1/2008 S. 2). An der Täterschaft des Beschwerdeführers bestehen keine Zweifel (angefochtenes Urteil S. 17). Die Beschwerde ist unbegründet.
1.4 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Öffentlichkeitsprinzips (Art. 30 Abs. 3 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK). Entgegen seiner Ansicht musste das angefochtene Urteil, das im schriftlichen Verfahren erging, nicht mündlich eröffnet werden. Es muss bloss öffentlich zugänglich sein (<ref-ruling> E. 8.2; STEFAN TRECHSEL, Human Rights in Criminal Proceedings, Oxford 2005, S. 132). Der Beschwerdeführer begründet nicht, dass dies nicht der Fall gewesen wäre (oben E. 1). Ferner besteht grundsätzlich nur der Anspruch, dass mindestens eine Instanz mündlich verhandelt. Das Bezirksgericht hat eine mündliche Verhandlung durchgeführt. Ob im Rechtsmittelverfahren eine weitere mündliche Verhandlung anzuordnen ist, beurteilt sich nach den Umständen (Urteil 6P.95/2006 vom 8. August 2006, E. 2; Urteil 4P.268/2006 vom 5. Dez. 2006, E. 2; TRECHSEL, a.a.O., S. 130 f.; WALTER GOLLWITZER, Menschenrechte und Strafverfahren, Berlin 2005, Art. 6 N 92). Die Vorinstanz konnte ohne Rechtsverletzung das Berufungsverfahren gemäss § 421 Ziff. 1 StPO/ZH schriftlich durchführen, weil nur Übertretungen zu beurteilen waren.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (Art. 64 StGB). Der finanziellen Lage des von der Sozialhilfe lebenden Beschwerdeführers kann mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung getragen werden (Art. 65 Abs. 2 und Art. 66 Abs. 1 BGG). Mit diesem Entscheid ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos geworden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auerlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw