Sachverhalt:
A. X._ ist Mitglied der Bodenverbesserungsgenossenschaft Twann-Ligerz-Tüscherz-Alfermée mit Sitz in Twann. Diese wurde von der Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Bern am 10. Februar 2005 genehmigt und bezweckt die Realisierung einer Rebgüterzusammenlegung sowie den Bau und Unterhalt von gemeinsamen Anlagen. Neben der Neuzuteilung der im Beizugsgebiet gelegenen Grundstücke sind verschiedene ökologische Massnahmen vorgesehen. Dazu zählt die Massnahme Nr. aaa, wonach auf der Parzelle Nr. bbb auf einer Fläche von 1,6 Aren Reben gerodet werden und anschliessend eine Buntbrache als ökologische Ausgleichsfläche angesät wird. Die entsprechende Parzelle ist Teil eines neuen Grundstücks mit der Güterzusammenlegungsnummer ccc, das gemäss Neuzuteilungsplan X._ zugewiesen wird. Die amtlichen Akten des Unternehmens lagen vom 25. Juni 2007 bis zum 24. Juli 2007 öffentlich auf. X._ erhob keine Einsprache. Im Frühling 2011 liess die Bodenverbesserungsgenossenschaft auf der Parzelle Nr. bbb fünf Rebenreihen roden und eine Buntbrache ansäen.
B. Am 11. Mai 2011 reichte X._ bei der Bodenverbesserungskommission des Kantons Bern Beschwerde ein und verlangte unter anderem die Wiederherstellung des ursprünglichen Zustands auf der Parzelle Nr. bbb. Überdies machte er eine Entschädigung für den Ertragsausfall bis zum vierten Jahr nach der Anpflanzung der Jungreben geltend. Am 25. Oktober 2011 wies die Bodenverbesserungskommission die Beschwerde ab, soweit sie darauf eintrat.
C. Mit Urteil vom 13. August 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern eine dagegen gerichtete Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
D. Mit als Beschwerde bezeichneter Eingabe vom 28. August 2012 an das Bundesgericht stellt X._ den sinngemässen Antrag, den ursprünglichen Zustand bis zum Beginn der Vegetationsperiode, spätestens bis zum 1. Mai 2013, wiederherstellen zu lassen und ihm eine Entschädigung für den Ertragsausfall bis zum vierten Jahr nach der Anpflanzung der Jungreben zu bezahlen, wobei der Betrag für die Jahre 2011 und 2012 bereits heute fällig zu erklären sei. Überdies sei eine Verhandlung mit den zuständigen Instanzen zur Regelung der erforderlichen Modalitäten anzusetzen.
E. Die kantonale Bodenverbesserungskommission und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Schätzungskommission der Bodenverbesserungsgenossenschaft Twann-Ligerz-Tüscherz-Alfermée hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Bundesamt für Umwelt schliesst sich, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen, der Argumentation des Verwaltungsgerichts im Wesentlichen an.
F. X._ hat sich am 7. Dezember 2012 nochmals zur Sache geäussert.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, gegen den grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen steht (<ref-law>). Der Beschwerdeführer ist als direkter Adressat des angefochtenen Entscheids zur Beschwerde legitimiert (vgl. <ref-law>).
1.2 Von vornherein unzulässig ist die Beschwerde jedoch, soweit sie über den von den Vorinstanzen behandelten Streitgegenstand hinausreicht. Das trifft insbesondere insofern zu, als der Beschwerdeführer in seiner Beschwerdeeingabe den Rückbau des Rebhauses verlangt. Diese Frage bildete nicht Streitobjekt vor der Vorinstanz und kann daher auch nicht vor Bundesgericht zum Prozessthema gemacht werden.
2. 2.1 Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten (vgl. Art. 95 lit. a-c BGG) sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (vgl. <ref-law>) gerügt werden.
2.2 Gemäss <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Rein appellatorische Kritik ohne Bezug zum angefochtenen Entscheid genügt nicht. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
2.3 Der Beschwerdeführer legt in seiner Beschwerdeschrift nicht dar, inwiefern massgebliche Rechtsnormen verletzt oder der Sachverhalt offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich, erhoben worden sein sollten.
2.3.1 Das Verwaltungsgericht stützte sein Urteil im Wesentlichen darauf, dass nebst den Unterlagen über die Neuzuteilung der Grundstücke auch der Plan der ökologischen Massnahmen vom 25. Juni bis zum 24. Juli 2007 öffentlich aufgelegen sei. Weder der Beschwerdeführer selbst noch seine von ihm bevollmächtigte Tochter hätten während der Auflagefrist Einsprache gegen die strittige ökologische Massnahme Nr. aaa erhoben. Damit sei die Bodenverbesserungskommission zu Recht nicht auf die Beschwerde eingetreten, die sich gegen diese Massnahme gerichtet habe. Es bestünden auch keine Hinweise auf die Nichtigkeit dieser Massnahme, weshalb sie nicht von Amtes wegen und unabhängig von der unterlassenen Anfechtung in Frage zu stellen sei. Bei der Rodung der Reben und dem Ansäen einer Buntbrache handle es sich um Tathandlungen als Vollzugshandlungen. Nach dem bernischen Recht sei eine Anfechtung von solchen Realakten nur dann zulässig, wenn kein hinreichender anderweitiger Rechtsschutz möglich und zumutbar sei. Nachdem der Beschwerdeführer gegen die ökologische Massnahme jedoch hätte Einsprache erheben können, erweise sich die nachträgliche Anfechtung der Vollzugshandlung als unzulässig. Die Arbeiten seien überdies in Übereinstimmung mit den Plänen ausgeführt worden, und der Beschwerdeführer oder, was nicht ganz klar, aber letztlich auch nicht von Bedeutung sei, seine von ihm bevollmächtigte Tochter habe am 25. April 2010 die Zustimmung zur Ausführung der Arbeiten zur Umsetzung der strittigen ökologischen Massnahme erteilt.
2.3.2 Der Beschwerdeführer äussert sich in seiner Beschwerdeschrift nicht zu den verfahrensrechtlichen Gesichtspunkten und setzt sich mit der Begründung des Verwaltungsgerichts nicht auseinander. Er wiederholt einzig seinen Standpunkt zur Sache. Weshalb es massgebliches Recht, insbesondere Bundesrecht, verletzen sollte, von der Verwirkung der Anfechtbarkeit der ökologischen Massnahme auszugehen, weil der Beschwerdeführer dagegen keine Einsprache erhoben hatte, wird nicht dargetan. Ebenfalls wird nicht erläutert, weshalb der Vollzugsakt doch noch selbständig angefochten werden können und inwiefern es einen massgeblichen Rechtsverstoss oder eine offensichtlich unrichtige bzw. willkürliche Feststellung des Sachverhaltes bilden sollte, von seiner Zustimmung zur Ausführung der heute umstrittenen Arbeiten auszugehen. Insbesondere wird mit keinem Wort ausgeführt, weshalb die Begründung der Vorinstanz auf eine willkürliche Auslegung und Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts hinauslaufe.
2.3.3 Die Beschwerdeschrift äussert sich einzig zur inhaltlichen Begründetheit der fraglichen ökologischen Massnahme. Diese hat das Verwaltungsgericht indessen gar nicht geprüft, da es bereits davon ausging, der Beschwerdeführer habe sich nicht rechtzeitig in korrekter Weise dagegen gewandt bzw. sogar seine Zustimmung zu den heute strittigen Arbeiten erteilt. Nachdem entsprechende rechtliche Erwägungen in der Beschwerdeschrift fehlen, kann auf die Beschwerde mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht eingetreten werden. Im Übrigen wird auch in den inhaltlichen Erwägungen der Beschwerdeschrift nicht dargelegt, inwiefern der angefochtene Entscheid massgebliches Recht verletzen sollte.
2.3.4 Ausführungen zur Rechtslage finden sich erst in der nachträglich eingereichten Eingabe vom 7. Dezember 2012. Diese ging aber deutlich nach Ablauf der 30-tägigen Beschwerdefrist gemäss <ref-law> ein, weshalb die darin enthaltene Begründung, die der Beschwerdeführer ohne weiteres schon in der Beschwerdeschrift hätte vorlegen können, verspätet ist und nicht berücksichtigt werden kann. Die Erwägungen beschränken sich zudem im Wesentlichen auf die inhaltliche Begründetheit der strittigen Massnahme, erneut ohne sich zur vorweg massgeblichen verfahrensrechtlichen Beurteilung des Verwaltungsgerichts rechtsgenüglich zu äussern. Die nachträgliche Eingabe ist mithin nicht nur verspätet, sondern auch inhaltlich nicht geeignet, die entscheidenden Gesichtspunkte des angefochtenen Entscheides in Frage zu stellen.
3. Die Beschwerde erweist sich als unzulässig, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bodenverbesserungsgenossenschaft Twann-Ligerz-Tüscherz-Alfermée, der Bodenverbesserungskommission des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax