Sachverhalt:
A. A.a Die C._ Inc. mit Sitz in den USA (Klägerin und Beschwerdeführerin) befasst sich mit Ladendiebstahl-Sicherungssystemen. Sie ist Inhaberin des Europäischen Patents EP 1._ (Resonanzetikette) und besitzt die Rechte am Schweizer Patent CH 2._.
Die S._ AG (Beklagte und Beschwerdegegnerin 1) ist eine Tochtergesellschaft der US-amerikanischen E._ Ltd., die ebenfalls im Bereich der Ladensicherheitssysteme tätig ist. Sie vertreibt unter anderem Sicherheitssysteme und Erkennungsetiketten auf der Basis der Radiofrequenztechnologie.
Die T._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin 2) arbeitet in Teilbereichen mit der Beschwerdegegnerin 1 zusammen. Sie stellt Resonanzetiketten her, die mit den Sicherheitssystemen der Beschwerdeführerin kompatibel sind, und vertreibt diese.
A.b Am 21. April 1998 gelangte die Beschwerdeführerin an das Kantonsgericht Zug unter anderem mit den Begehren, es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerinnen ihre Patente verletzten, es sei ihnen die Verletzung zu verbieten, es sei die Beschlagnahme der patentverletzenden Etiketten anzuordnen, die Beschwerdegegnerinnen seien zur Auskunfterteilung zu verpflichten und sie seien solidarisch zu verurteilen, nach Wahl der Beschwerdeführerin den Schaden zu ersetzen oder den Gewinn herauszugeben.
A.c Mit Teilurteil vom 29. November 2001 stellte das Kantonsgericht des Kantons Zug fest, dass die Beschwerdegegnerinnen durch Herstellung, Anpreisung, Feilbieten, Verkauf und Inverkehrbringen sowie durch die gewerbliche Benutzung der Etiketten gemäss Anlage I das europäische Patent EP 1._ und das Schweizer Patent CH 2._ der Beschwerdeführerin verletzten. Das Gericht sprach das beantragte Verbot aus und verpflichtete die Beschwerdegegnerinnen, dem Kantonsgericht innert 30 Tagen nach Rechtskraft des Teilurteils Auskunft zu erteilen über Gestehungskosten, Einkaufspreise, Umsatz und erzielte Erlöse im Zusammenhang mit Etiketten gemäss Anlage I durch Herausgabe der Buchhaltung und aller Belege über den Verkauf oder anderweitiges Inverkehrbringen von resonanzfähigen Etiketten.
Das Bundesgericht wies die Berufung der Beschwerdegegnerinnen gegen dieses Teilurteil am 11. April 2002 ab (Verfahren 4C.26/2002).
B. Mit Urteil vom 21. Juni 2007 verpflichtete das Kantonsgericht des Kantons Zug die Beschwerdegegnerin 1, der Beschwerdeführerin Fr. 28'550.-- zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 14'275.-- vom 1. Januar bis 31. Dezember 2002 und auf Fr. 28'550.-- seit 1. Januar 2003 zu bezahlen; im Übrigen wies es die Klage ab (Dispositiv Ziffer 1). Die Klageabweisung betrifft die Forderung der Beschwerdeführerin auf Ersatz vorprozessualer Umtriebskosten und ihren Antrag auf Publikation des Urteils sowie die Forderung auf Herausgabe des Gewinns der Beschwerdegegnerin 2 von insgesamt Fr. 1'299'378.-- mit Zins zu unterschiedlichen Fälligkeiten. Das Gericht holte eine Expertise zum Gewinn ein, den die Beschwerdegegnerinnen mit den in Verletzung des Patents der Beschwerdeführerin hergestellten Etiketten erzielt hatten. Gestützt darauf wurde die Beschwerdegegnerin 1 verpflichtet, den Nettoerlös für die Jahre 1996 bis 2002 in Höhe von insgesamt Fr. 28'550.-- herauszugeben. Dagegen folgte das Gericht der Beschwerdeführerin nicht, soweit diese den massgebenden Gewinn der Beschwerdegegnerin 2 für die Zeit vom 1. April 1992 bis 31. März 1996 aus den umstrittenen Etiketten mit Fr. 1'229'378.-- bezifferte. Vom Bruttoerlös, der nach der Expertise Fr. 4'619'570.-- beträgt, brachte das Gericht dabei nicht nur, wie von der Beschwerdeführerin befürwortet, die Materialkosten von Fr. 3'320'192.--, sondern auch sämtliche Fertigungskosten von Fr. 2'426'516.-- in Abzug, so dass ein Verlust von Fr. 1'127'138.-- resultierte. Die solidarische Haftung der Beschwerdegegnerinnen für die Gewinnherausgabe verneinte das Gericht.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. August 2007 stellt die Beschwerdeführerin die folgenden Rechtsbegehren:
"1. Dispositiv Ziffer 1 2. Satz des Urteils des Kantonsgerichts des Kantons Zug vom 21. Juni 2007 sei aufzuheben und die Beschwerdegegnerin 2 sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin die folgenden Beträge zu bezahlen:
CHF 64'969 nebst 5 % Zins ab 1. April 1993
CHF 337'838 nebst 5 % Zins ab 1. April 1994
CHF 532'745 nebst 5 % Zins ab 1. April 1995
CHF 363'826 nebst 5 % Zins ab 1. April 1996.
Eventualiter sei Dispositiv Ziffer 1 2. Satz des Urteils des Kantonsgerichts des Kantons Zug vom 21. Juni 2007 aufzuheben und die Sache sei zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
1. Dispositiv Ziffern 2 und 3 des Urteils des Kantonsgerichts des Kantons Zug seien aufzuheben, soweit dadurch der Beschwerdeführerin eine Kosten- oder Entschädigungspflicht auferlegt wird, und die Kosten- und Entschädigungsfolgen seien durch das Bundesgericht neu zu regeln.
Eventualiter seien Dispositiv Ziffern 2 und 3 des Urteils des Kantonsgerichts des Kantons Zug vom 21. Juni 2007 aufzuheben und die Sache sei zur erneuten Entscheidung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen. ..."
D. Die Beschwerdeführerin kritisiert die Methode der Gewinnberechnung und rügt in diesem Zusammenhang die Verletzung von Art. 9 und Art. 29 BV sowie von Art. 423 OR, Art. 8 ZGB und Art. 42 Abs. 2 OR. Aus der Begründung ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin die Neuverlegung der Kosten nur für den Fall der Gutheissung der Beschwerde verlangt.
E. Die Beschwerdegegnerinnen stellen in der Antwort den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Kantonsgericht Zug verzichtet auf eine Vernehmlassung.
F. Mit Verfügung vom 26. September 2007 wurde die Beschwerdeführerin zur Sicherstellung der Parteikosten der Beschwerdegegnerinnen verpflichtet; der Betrag von Fr. 17'000.-- wurde fristgerecht geleistet.
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wurde mit Verfügung vom 20. November 2007 abgewiesen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid ist in einer Zivilsache ergangen, so dass grundsätzlich die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (Art. 72 BGG). Sie ist ohne Rücksicht auf den Streitwert zulässig gegen den Entscheid des Kantonsgerichts des Kantons Zug, das als einzige Instanz im Sinne von Art. 76 PatG entschieden hat (Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG). Die Beschwerdeführerin, die im vorinstanzlichen Verfahren mit ihren Begehren teilweise unterlegen ist (Art. 76 Abs. 1 BGG), hat die Beschwerde fristgerecht eingereicht (Art. 100 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 46 BGG).
2. Die Beschwerdeführerin stellt die Abweisung ihrer Begehren durch die Vorinstanz insoweit nicht in Frage, als die eingeklagten vorprozessualen Kosten und der Antrag auf Urteilspublikation abgewiesen wurden. Sie macht auch nicht mehr geltend, dass die Beschwerdegegnerinnen für die beantragte Herausgabe des Gewinns solidarisch hafteten. Sie rügt einerseits, die Vorinstanz habe Grundrechte verletzt, indem sie in aktenwidriger Weise davon ausgegangen sei, dass die Beschwerdeführerin keine Nachkalkulation beantragt habe, bzw. indem sie von ihr verlangt habe, einen aussichtslosen Antrag zu stellen, womit sie Art. 9 und Art. 29 Abs. 1 BV verletzt habe. Darüber hinaus habe sie gegen Art. 29 Abs. 2 BV verstossen, indem sie die Frage der Abzugsfähigkeit von Fixkosten offen gelassen habe. Ausserdem rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe ihrem Entscheid einen falschen Gewinnbegriff zugrunde gelegt und damit Art. 423 OR verletzt, ihr zu Unrecht die Beweislast für die Gewinnungskosten auferlegt und damit gegen Art. 8 ZGB verstossen sowie die Voraussetzungen für eine Schätzung der abziehbaren Aufwendungen zu Unrecht bejaht und damit Art. 42 Abs. 2 OR falsch angewendet.
2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden. Eine qualifizierte Rügepflicht gilt jedoch hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung ist die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG weiterzuführen (<ref-ruling> E. 1.4.1 und E. 1.4.2 S. 254 mit Verweisen).
2.2 Nach Art. 105 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in Art. 106 Abs. 2 BGG genannten Rügen (vgl. dazu E. 2.1 hiervor). Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
3. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst als Verstoss gegen Art. 9 BV, im angefochtenen Entscheid werde aktenwidrig festgestellt, dass sie keine Nachkalkulation verlangt habe, die eine Ausscheidung der in der Betriebsabrechnung enthaltenen variablen und fixen Kosten ermöglicht hätte, und dass eine solche Ausscheidung nach Erklärung des Experten hätte erstellt werden können.
3.1 Die Vorinstanz stellt im angefochtenen Urteil fest, der Experte habe die Herstellungskosten der Beschwerdegegnerin 2 als Produktionsbetrieb in Materialkosten und Fertigungskosten aufgeschlüsselt. Während die Beschwerdeführerin gegen den Abzug der Materialkosten keine Einwendungen erhoben habe, habe sie sich gegen den Abzug der Fertigungskosten mit der Begründung gewehrt, Fixkosten könnten im Rahmen einer Gewinnherausgabe nicht vom Bruttoerlös abgezogen werden. Das Kantonsgericht liess die in der Lehre umstrittene Frage offen, ob Fixkosten im Rahmen der Gewinnabschöpfung regelmässig abzugsfähig seien oder nicht. Da jedenfalls Herstellungskosten vom Bruttoerlös abgezogen werden könnten und darunter nicht nur die Materialkosten, sondern auch die Fertigungskosten wie Personalaufwand, Kosten für Maschinen und Immobilien fielen, bestehe kein Anlass, die Fertigungskosten nicht zum Abzug zuzulassen, zumal die vom Experten berechneten Herstellungskosten eher tief veranschlagt worden seien. Der Experte habe darauf hingewiesen, dass die Fertigungskosten sowohl variable wie auch fixe Kosten enthielten und dass für eine Ausscheidung in variable und fixe Kosten eine Betriebsrechnung und eine Nachkalkulation erstellt werden müssten, was von der Beschwerdeführerin jedoch nicht verlangt worden sei.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt unter konkretem Hinweis auf die Akten des kantonalen Verfahrens vor, sie habe nach Eingang des Gutachtens vom 28. November 2005 am 31. Januar 2006 den Antrag gestellt, es sei der Sachverständige zu beauftragen, das Gutachten in Bezug auf Ziffer 7.2.2 zu ergänzen und insbesondere den jeweiligen Anteil der Material- und Fertigungskosten an den Herstellungskosten sowie den jeweiligen Anteil der Einzelposten innerhalb der Fertigungskosten zu bestimmen. Diesen Antrag habe sie damit begründet, dass die Fertigungskosten Fixkosten enthielten, die bei der Berechnung des Gewinnherausgabeanspruchs nicht abzugsfähig seien. Der Experte habe denn auch in seinem Ergänzungsgutachten vom 28. April 2006 ausgeführt, für die von ihr gewünschte Ermittlung der variablen und fixen Kosten müsste eine Betriebsabrechnung und eine Nachkalkulation erstellt werden. Da aber, wie bereits im Gutachten erwähnt, die Buchhaltungs- und Geschäftsunterlagen der Beschwerdegegnerin 2 unvollständig seien, fehlten die zur Erstellung einer Betriebsabrechnung und Nachkalkulation notwendigen Daten der Finanz- und Lohnbuchhaltung sowie der Produktion.
3.3 Die Rüge der Beschwerdeführerin ist begründet. Im Ergänzungsgutachten führt der Experte aus, variable Kosten seien Kosten, die sich mit dem Beschäftigungsgrad veränderten, während die fixen Kosten bei gleicher Betriebskapazität vom Beschäftigungsgrad unberührt blieben. Er beanstandet die Aussage der Beschwerdeführerin als nicht korrekt, wonach sich "die Fertigungskosten (...) aus Fixkosten zusammen[setzten]", denn die Fertigungskosten enthielten variable und fixe Kosten. Anschliessend fügt er die von der Beschwerdeführerin zitierte Bemerkung an, wonach die zur Erstellung einer Betriebskalkulation notwendigen Daten der Finanz- und Lohnbuchhaltung sowie der Produktion fehlten. Die Feststellung der Vorinstanz, dass die Beschwerdeführerin eine Nachkalkulation mit dem Ziel der Ausscheidung der fixen Kosten nicht verlangt habe, lässt sich mit den von der Beschwerdeführerin zitierten Aktenstellen schlechterdings nicht in Einklang bringen, zumal die Beschwerdeführerin sich nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil gegen den Abzug der Fertigungskosten ausdrücklich mit der Begründung gewehrt hatte, Fixkosten könnten im Rahmen einer Gewinnherausgabe nicht vom Bruttoerlös abgezogen werden. Soweit die Vorinstanz die sogenannten Fixkosten zur Ermittlung des Nettogewinns mit der Begründung zum Abzug zugelassen hat, die Beschwerdeführerin habe keine entsprechenden Beweisanträge zur Ausscheidung der nicht abzugsfähigen Kosten gestellt, steht dieser Schluss mit der Aktenlage in klarem Widerspruch. Der Erklärung des Experten kann die Aussage offensichtlich nicht entnommen werden, dass eine entsprechende Nachkalkulation zur Ausscheidung der Fixkosten möglich wäre, und die Beschwerdeführerin hat hinreichend deutlich verlangt, dass die Fixkosten nicht zum Abzug zuzulassen seien. Die Beschwerdeführerin ist daher mit ihrem Begehren aus prozessualen Gründen nicht ausgeschlossen. Vielmehr ist die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene Rechtsfrage zu prüfen, ob "Fixkosten" für die Berechnung des herauszugebenden Gewinns vom Bruttoerlös abzuziehen sind.
4. 4.1 Feststellungen zu Bestand und Umfang eines Gewinns sind tatsächlicher Natur und daher grundsätzlich vom kantonalen Gericht abschliessend zu beurteilen (Art. 97 BGG); dagegen sind die Definition des Gewinns und die Art der Gewinnberechnung als Rechtsfragen vom Bundesgericht frei zu prüfen (vgl. entsprechend zum Schaden <ref-ruling> E. 6.2 S. 167; <ref-ruling> E. 2e S. 26; <ref-ruling> E. 3c S. 75, je mit Hinweisen).
4.1.1 Der Gewinn besteht in der Differenz zwischen dem tatsächlichen Vermögen des Verletzers und dem Wert, den es ohne die Patentverletzung aufweisen würde. Er kann in einer Zunahme der Aktiven oder in einer Abnahme der Passiven bzw. einer Verlustverminderung bestehen (vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 165; <ref-ruling> E. 4.7 S. 212 f., analog für die Bereicherung). Massgebend ist der Nettogewinn; vom Erlös, der mit patentverletzenden Produkten erzielt worden ist, sind die Kosten abzuziehen, die dem Verletzer für die Erzielung dieses Ertrages erwachsen (vgl. Schmid, Zürcher Kommentar, N. 114 zu Art. 423 OR; Weber, Basler Kommentar 4. Aufl. 2007, N. 14 f. zu Art. 423 OR; Héritier Lachat, Commentaire Romand, N. 19 zu Art. 423 OR, je mit Hinweisen; Hofstetter, Der Auftrag und die Geschäftsführung ohne Auftrag, SPR Bd. VII/6, S. 276; Reto M. Jenny, Die Eingriffskondiktion bei Immaterialgüterverletzungen, Diss. Zürich 2005, S. 149; Markus Nietlispach, Zur Gewinnherausgabe im schweizerischen Privatrecht, Diss. Zürich 1994, S. 123 f.; Beat Widmer, Vermögensrechtliche Ansprüche des Inhabers und des Lizenznehmers bei der Verletzung von Immaterialgüterrechten, Diss. Basel 1985, S. 94).
4.1.2 Stützt sich der Anspruch auf Herausgabe des aus der Patentverletzung erzielten Gewinnes auf Art. 423 OR (<ref-ruling> E. 3a S. 177 f.), so ist der Geschäftsherr berechtigt, die sich aus der Führung seiner Geschäfte entspringenden Vorteile anzueignen (Abs. 1). Zur Ersatzleistung an den Geschäftsführer ist dagegen der Geschäftsherr nur so weit verpflichtet, als er bereichert ist (Abs. 2). Daraus ergibt sich, dass der Geschäftsherr die Beweislast für den durch die Führung des fremden Geschäfts erzielten Bruttoerlös (plus Zinsen) trägt, während der Geschäftsführer seine dafür erbrachten Aufwendungen zu beweisen hat (vgl. Héritier Lachat, a.a.O., N. 19 zu Art. 423 OR; Chappuis, La restitution des profits illégitimes, Diss. Genf 1991, S. 50 f.; Schmid, a.a.O., N. 127 zu Art. 423 OR; Jenny, a.a.O., S. 148; vgl. auch Hubert Stöckli, Ansprüche aus Wettbewerbsbehinderung, Diss. Freiburg 1999, S. 269, Rz. 1185). Eine Schätzung des Gewinnes ist in analoger Anwendung von Art. 42 Abs. 2 OR zulässig (<ref-ruling> E. 3.3 S. 162). Die Voraussetzungen für die Schätzung müssen aber auch hier erfüllt sein. Die beweisbelastete Partei, die sich auf diese Erleichterung beruft, muss alle Umstände, die für die Erzielung eines Gewinnes oder für dessen Verminderung sprechen, soweit möglich und zumutbar behaupten und beweisen (<ref-ruling> E. 3a S. 221). Der Schädiger, der die Höhe seiner Gewinne bestreitet, muss dies spezifiziert unter Vorlage von Detailzahlen tun und kann sich nicht mit pauschaler Bestreitung begnügen (David, Der Rechtsschutz im Immaterialgüterrecht, SIWR Bd. I/2, 2. Aufl. 1998, S. 121).
4.1.3 Inwieweit Gestehungskosten vom Verkaufserlös in Abzug gebracht werden können, wenn die verkauften Waren in Verletzung eines Patentes im eigenen Betrieb hergestellt worden sind, ist in der Lehre umstritten. So wird zum Teil die Auffassung vertreten, die Aufwendungen könnten pauschal in dem Umfang in Abzug gebracht werden, in dem sie üblicherweise anfallen (vgl. Héritier Lachat, a.a.O., N. 26 zu Art. 423 OR), während nach anderer Ansicht allein als richtig erscheint, dem Eigengeschäftsführer die konkreten Aufwendungen zu ersetzen (Hofstetter, a.a.O., S. 276), teilweise begrenzt auf die üblichen Unkosten als Höchstgrenze (Schmid, a.a.O., N. 119 zu Art. 423 OR). Eine Vergütung wird dem Geschäftsführer teilweise für seine Arbeit zum Ersatz zugestanden, sofern und soweit eine solche üblich ist (vgl. Chappuis, a.a.O., S. 55 ff. mit Verweis auf BGE 34 II 694 E. 4 S. 700 und 35 II 643 E. 11 S. 660; Héritier Lachat, a.a.O., N. 27 zu Art. 423 OR; dagegen Schmid, a.a.O., N. 118 zu Art. 423 OR). Nach einem Teil der Lehre sind sodann die allgemeinen Geschäftsunkosten nicht, auch nicht anteilsmässig abzugsfähig (Alois Troller, Immaterialgüterrecht, Band II, 3. Aufl. 1985, S. 995, und ihm folgend das Urteil des Obergerichts Solothurn vom 1. Januar 1988, bestätigt vom Bundesgericht am 22. November 1988, publ. in SMI 1989, S. 105/108; Schmid, a.a.O., N. 118 zu Art. 423 OR; Weber, a.a.O., N. 18 zu Art. 423 OR; Jenny, a.a.O., S. 154 f.; vgl. zum deutschen Recht der Schadensberechnung nach dem Verletzergewinn auch die Urteile des BGH vom 2. November 2000 in GRUR 2001, S. 329/331, und vom 21. September 2006 in GRUR 2007, S. 431/433 f. mit Literaturhinweisen), während nach anderer Ansicht ein angemessener Teil der betrieblichen Gemeinkosten zur Ermittlung des Reinerlöses immerhin so weit zu berücksichtigen ist, als sich diese wegen der Aufnahme der verletzenden Tätigkeit erhöht haben (vgl. David, a.a.O., S. 120; Fritz Blumer, Patentverletzungsprozess, in Bertschinger/Münch/Geiser [Hrsg.], Schweizerisches und europäisches Patentrecht, S. 830 f.; zu den unterschiedlichen Lehrmeinungen vgl. auch Alexander Christoph Bürgi-Wyss, Der unrechtmässig erworbene Vorteil im schweizerischen Privatrecht, Diss. Zürich 2005, S. 228 ff.).
4.1.4 Der erzielte Gewinn, den der Geschäftsherr nach Art. 423 OR aus der Eigengeschäftsführung beanspruchen kann, ist konkret festzustellen. Da es ausschliesslich darum geht, die Wertdifferenz im Vermögen des Geschäftsführers abzuschöpfen, die kausal auf die Geschäftsanmassung zurückzuführen ist, kann nicht erheblich sein, welche Unkosten dem Geschäftsherrn selber angefallen wären oder welche Kosten durchschnittlich anfallen. Zur Ermittlung des Nettogewinns sind vielmehr die konkret dem Geschäftsführer erwachsenen Unkosten festzustellen, während allfällige branchenübliche Kosten allenfalls für eine Schätzung nach Art. 42 Abs. 2 OR berücksichtigt werden können, wenn die Voraussetzungen dafür erfüllt sind. Die Abgrenzung der abzugsfähigen Aufwendungen erfolgt grundsätzlich danach, ob sie vom Geschäftsführer besonders für den gewinnbringenden Umsatz getätigt wurden und dafür auch objektiv erforderlich waren oder ob sie ebenfalls anderen Zwecken dienen konnten. Nur soweit feststeht, dass Kosten ausschliesslich für die Herstellung der patentverletzenden Produkte angefallen sind, besteht der erforderliche Zusammenhang zum erzielten Bruttogewinn. Eine "Quersubventionierung" anderer Betriebszweige hat für die Berechnung des massgebenden Nettogewinns jedenfalls ausser Betracht zu bleiben.
4.1.5 Es gibt grundsätzlich keine Kosten, welche ihrer Art nach nicht zum Abzug zugelassen werden können, sofern sie zur Erzielung des Gewinnes aus der Geschäftsanmassung tatsächlich anfallen und dafür auch erforderlich sind. Grundsätzlich ist auch nicht entscheidend, ob die verwendeten und erforderlichen Produktionsmittel vor der Aufnahme der Produktion schon zur Verfügung stehen oder eigens angeschafft bzw. hergestellt werden, um die patentverletzenden Waren zu produzieren. Fixkosten bzw. die nicht konkret zurechenbaren Gemeinkosten bei der Verwendung von Infrastruktur für die Herstellung verschiedener Güter fallen immerhin dann ausser Betracht, wenn vorhandene Produktionsmittel ohne die patentverletzende Produktion nicht ausgelastet wären oder nicht verwendet werden könnten und somit durch die Patentverletzung Verluste vermieden oder vermindert werden. Da diese Kosten dem Geschäftsführer ohnehin anfallen würden, sind sie zur Ermittlung des massgebenden Nettogewinns vom Bruttoerlös jedenfalls für die Zeit nicht in Abzug zu bringen, welche für eine Liquidation oder Verkleinerung der entsprechenden betrieblichen Infrastruktur erforderlich wäre. Soweit die strengen Voraussetzungen für eine Schätzung fehlen, trägt der Geschäftsführer die Beweislast für die Ersatzfähigkeit seiner Kosten, auch soweit sich die Ausscheidung der spezifisch für die patentverletzenden Produkte verwendeten Produktionsmittel als schwierig erweist.
4.2 Der Beschwerdeführerin kann grundsätzlich nicht gefolgt werden, wenn sie die Ansicht vertritt, mit Ausnahme der Materialkosten seien sämtliche für die Herstellung der patentverletzenden Produkte erbrachten Aufwendungen als fixe Kosten oder Gemeinkosten zu qualifizieren, die vom massgebenden Gewinn nicht in Abzug gebracht werden könnten. Soweit die Kosten der für die Produktion erforderlichen Maschinen, Gebäude, Personen etc. ebenso wie das verwendete Material zur Herstellung der patentverletzenden Erzeugnisse angefallen sind, können sie grundsätzlich vom erzielten Verkaufserlös in Abzug gebracht werden. Allerdings trägt die Beschwerdegegnerin 2 die Beweislast dafür, dass die entsprechenden Kosten konkret für die Herstellung der in Verletzung des Patents der Beschwerdeführerin produzierten Etiketten angefallen sind. Dass dafür keine Infrastruktur verwendet wurde, die andernfalls hätte liquidiert oder verkleinert werden müssen, muss sie dabei nur beweisen, wenn die Beschwerdeführerin die Abzugsfähigkeit der Kosten mit dieser Begründung bestritten hat. Soweit sie diesen Beweis nicht zu erbringen vermag, kann sie die entsprechenden Kosten nicht vom Gewinn abziehen. Eine Schätzung kommt nach Art. 42 Abs. 2 OR nur so weit in Betracht, als ein Beweis nicht möglich oder nicht zumutbar ist, was für Tatsachen grundsätzlich nicht zutrifft, die ein buchführungspflichtiger Betrieb mit einer gehörigen Buchhaltung erbringen kann.
4.3 Im vorliegenden Fall sind die Voraussetzungen für eine Schätzung der von der Beschwerdegegnerin 2 zum Ersatz beanspruchten Aufwendungen für die in Verletzung des Patents der Beschwerdeführerin produzierten Etiketten insoweit nicht gegeben, als aufgrund einer gehörig geführten Buchhaltung eine eindeutige oder mindestens eine verlässlichere Zuordnung der Infrastrukturkosten der Beschwerdegegnerin 2 zur betrieblichen Tätigkeit möglich wäre. Entgegen der Annahme der Vorinstanz kann eine Schätzung der zur Erzielung des Bruttoverkaufserlöses getätigten und erforderlichen Kosten nicht damit begründet werden, dass die buchführungspflichtige Beschwerdegegnerin 2 ihre Bücher nicht länger als 10 Jahre aufbewahren muss und diese Frist im Zeitpunkt der Erstellung der Expertise abgelaufen war. Die vorliegende Klage wurde im Jahre 1998 eingereicht und seither musste die Beschwerdegegnerin 2 damit rechnen, allenfalls Auskunft über die von ihr erzielten Gewinne für die Jahre 1992 bis 1996 erteilen zu müssen. Mit dem gestützt auf die pauschale Schätzung des Experten gezogenen Schluss, die Beschwerdegegnerin 2 habe über die rund vier Jahre ihrer Tätigkeit die in Verletzung des Patents hergestellten Etiketten für gut 5 Rappen pro Stück verkauft, aber für gut 6 Rappen produziert und damit einen Verlust erwirtschaftet, hat die Vorinstanz zu Unrecht angenommen, die Voraussetzungen für eine Schätzung der Kosten seien erfüllt, die die Beschwerdegegnerin 2 gemäss Art. 423 Abs. 2 OR zum Abzug beansprucht.
4.4 Im angefochtenen Entscheid wird verkannt, dass die Beschwerdegegnerin 2 gemäss Art. 423 Abs. 2 OR die Beweislast für ihre zum Abzug vom Gewinn beanspruchten Gestehungskosten trägt. Mit der pauschalen Schätzung des Nettogewinns bzw. eines entsprechenden Verlustes hat die Vorinstanz auch zu Unrecht bejaht, dass die Voraussetzungen einer Schätzung in analoger Anwendung von Art. 42 Abs. 2 OR erfüllt seien. Der Beschwerdegegnerin 2 als Eigengeschäftsführerin wäre möglich und zumutbar gewesen, den Beweis der ihr für die Erzielung des Verkaufserlöses erwachsenen Gestehungskosten mit geeigneten Mitteln, insbesondere mit einer gehörigen Buchhaltung zu erbringen. Die Beschwerde der Beschwerdeführerin ist insoweit begründet.
5. Im angefochtenen Entscheid fehlen die tatsächlichen Feststellungen, die einen Entscheid in der Sache erlauben würden. Soweit die Feststellungen der Vorinstanz mit den Akten vereinbar sind, ergibt sich daraus nicht, dass der Beschwerdegegnerin 2 der Beweis ihrer abzugsfähigen Herstellungskosten objektiv nicht wenigstens teilweise möglich wäre oder dass sie keine entsprechenden Beweise prozesskonform angeboten hätte. Ausserdem sind nach der Behauptung der Beschwerdegegnerin 2 in der Antwort weitere Voraussetzungen der Gewinnherausgabe umstritten. Im Sinne des Eventualantrags der Beschwerdeführerin ist daher der angefochtene Entscheid gemäss Art. 107 Abs. 2 BGG insoweit aufzuheben, als das Begehren auf Gewinnherausgabe gegen die Beschwerdegegnerin 2 abgewiesen wird, und die Sache ist zur Neubeurteilung dieser Forderung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ein anderer Entscheid über dieses Begehren der Beschwerdeführerin wird zu einer entsprechenden Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens führen.
Da der Ausgang des Verfahrens ungewiss bleibt, sind praxisgemäss die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und es sind keine Parteikosten zu sprechen. Der von der Beschwerdeführerin zur Sicherstellung der Parteikosten der Beschwerdegegnerinnen bezahlte Betrag ist ihr zurück zu erstatten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben, soweit die Forderung der Beschwerdeführerin gegen die Beschwerdegegnerin 2 von insgesamt Fr. 1'229'378.-- nebst Zins abgewiesen wird. Die Sache wird zu neuer Beurteilung dieses Begehrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen. Die von der Beschwerdeführerin als Sicherstellung geleisteten Fr. 17'000.-- werden ihr von der Bundesgerichtskasse zurückerstattet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Zug, 3. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. März 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Hürlimann