Sachverhalt:
A. A.a In der von X._ gegen Y._ angehobenen Betreibung Nr. ... erstellte das Betreibungsamt Kaisten-Ittenthal am 25. Oktober 2011 das Lastenverzeichnis und die Steigerungsbedingungen für die auf den 2. Dezember 2011 angesetzte Versteigerung der gepfändeten Grundstücke.
A.b X._ erhob am 3. November 2011 Beschwerde beim Gerichtspräsidium Laufenburg als unterer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde. Er verlangte die Anpassung verschiedener Punkte der Steigerungsbedingungen sowie die Streichung der Positionen 4 und 6 im Lastenverzeichnis. Der Präsident des Bezirksgerichts Laufenburg wies das Betreibungsamt am 11. November 2011 an, die Versteigerung abzusetzen. Am 15. Dezember 2011 wies er die Beschwerde ab.
B. In der Folge gelangte X._ an das Obergericht des Kantons Aargau, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission als oberer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde, und erneuerte einzig seinen Antrag, die Positionen 4 und 6 des Lastenverzeichnisses zu streichen. Die Steigerungsbedingungen bleiben hingegen unangefochten. Mit Entscheid vom 26. März 2012 wies das Obergericht die Beschwerde ab und korrigierte den erstinstanzlichen Entscheid von Amtes wegen dahingehend, dass die Beschwerde abzuweisen gewesen sei, soweit darauf einzutreten war.
C. X._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. April 2012 an das Bundesgericht gelangt. Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung des Entscheides der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde und die Streichung der Positionen 4 und 6 im Lastenverzeichnis.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Entscheide kantonaler Aufsichtsbehörden über Verfügungen der Vollstreckungsorgane gemäss <ref-law> unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Sie ist unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze gegeben (<ref-law>). Gegen die Erstellung des Lastenverzeichnisses (vgl. AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, § 28 Rz. 39) ist daher die Beschwerde in Zivilsachen gegeben.
1.2 Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten geltend gemacht werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich - ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels überdies für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>). Ansonsten ist der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen gemäss <ref-law> nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt; nach dem Entscheid der Vorinstanz eingetretene Tatsachen (wie vom Beschwerdeführer mitgeteilten Massnahmen des Betreibungsamtes) werden von dieser Bestimmung nicht erfasst.
1.3 Die Beschwerde ist zu begründen (<ref-law>). Es ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzt. Ansonsten kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (<ref-law>), wobei das Rügeprinzip gilt. Wird die Verletzung des Willkürverbotes geltend gemacht, so ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.).
2. Anlass der vorliegenden Beschwerde bildet die Erstellung des Lastenverzeichnisses im Hinblick auf die Verwertung der gepfändeten Grundstücke.
2.1 Das Lastenverzeichnis gibt Auskunft über die auf dem Grundstück lastenden dinglichen und realobligatorischen Rechte. Der Erwerber soll erfahren, mit welchen Belastungen er das Grundstück übernimmt, und die beteiligten Pfandgläubiger sollen im Hinblick auf die Verteilung wissen, in welchem Verhältnis ihr Anspruch zu andern Rechten steht. Die Wirkungen des Lastenverzeichnisses beschränken sich allerdings auf das jeweilige Betreibungsverfahren (<ref-ruling> E. 3.1 S. 249). Das Betreibungsamt ermittelt die auf dem Grundstück ruhenden Lasten (Dienstbarkeiten, Grundlasten, Grundpfandrechte und vorgemerkte dingliche Rechte) anhand der Eingaben der Berechtigten und eines Auszugs aus dem Grundbuch (<ref-law>). Die im Grundbuch eingetragenen Lasten werden von Amtes wegen aufgenommen (<ref-law>). Dabei ist der Betreibungsbeamte nicht befugt, die Aufnahme der sich aus dem Grundbuch ergebenden Lasten in das Verzeichnis abzulehnen, diese abzuändern, zu bestreiten oder die Einreichung von Beweismitteln zu verlangen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 26). Ebenso wenig darf oder muss er Lasten aufnehmen, die weder innert Frist angemeldet sind noch sich aus dem Grundbuch ergeben (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2 S. 38, sowie KUHN, in: Kurzkommentar zur VZG, 2011, N. 5 zu Art. 34, mit Hinw. auf die Lehre). Die Mitteilung des Lastenverzeichnisses erfolgt mit der Anzeige, dass derjenige, der einen Anspruch nach Bestand, Umfang, Rang oder Fälligkeit bestreiten will, dies innert zehn Tagen beim Betreibungsamt zu erklären hat (<ref-law>, <ref-law>). Ist dies der Fall, so erfolgt die Bereinigung nach den Grundsätzen des Widerspruchsverfahrens gemäss Art. 106-109 SchKG (Art. 140 Abs. 2 zweiter Satz SchKG, vgl. <ref-law>). Die Lastenbereinigungsklage dient einzig der gerichtlichen Klärung des strittigen Rechts (<ref-ruling> E. 4 S. 30). Im Fall von formellen Mängeln des Lastenverzeichnisses ist dieses mit Beschwerde an die Aufsichtsbehörde anzufechten (BERNHEIM/KÄNZIG, in: Kurzkommentar SchKG, 2009, N. 10 zu Art. 140; GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4. Aufl. 2005, S. 251 Rz. 1310).
2.2 Im vorliegenden Fall verlangte der Beschwerdeführer von der Aufsichtsbehörde die Streichung zweier Positionen des Lastenverzeichnisses. Bei der Position 4 handelt es sich um die Vormerkung des Pfandrechts für den Gewinnanspruch des Verkäufers und bei Position 6 um die einer Verfügungsbeschränkung im Sinne von <ref-law> (vgl. dazu GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Bd. II, 2000, N. 77, 81 ff. zu Art. 140). Die Vorinstanz stellte fest, dass die sich aus dem Grundbuch ergeben und daher zu Recht in das Lastenverzeichnis aufgenommen worden sind. Mit der Beschwerde seien denn auch keine formellen Mängel des Lastenverzeichnisses geltend gemacht worden. Gegen den Bestand der beiden Lasten stehe dem Beschwerdeführer die Bestreitung samt anschliessendem Klageverfahren offen. Insoweit hätte die Erstinstanz auf die Beschwerde gar nicht erst eintreten dürfen.
2.3 Bereits im kantonalen Verfahren machte der Beschwerdeführer allgemeine Ausführungen zum Zwangsvollstreckungsrecht und hier insbesondere zur Verwertung von Grundstücken; er warf eine Reihe von Fragen auf, denen eindeutig materiell-rechtlicher Charakter zukommt. Soweit er der Vorinstanz nun vorwirft, auf seine diesbezüglichen Vorbringen nicht eingegangen zu sein, macht er zumindest sinngemäss die Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) geltend. Dabei übergeht er allerdings, dass sich die angerufene Behörde nicht mit allen Parteistandpunkten auseinander setzen muss. Sie darf sich darauf beschränken, auf die entscheidwesentlichen Argumente einzugehen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88). Dies war hier der Fall, da sich die Vorinstanz ausschliesslich mit einer Beschwerde gegen das Lastenverzeichnis zu befassen hatte. Welches der Gegenstand einer solchen Beschwerde sein kann, hat sie in genügender Dichte begründet. Inwiefern die Verfahrensgarantie verletzt sein soll, wird in der Beschwerde nicht dargelegt.
2.4 Der Beschwerdeführer setzt sich mit der vorinstanzlichen Begründung und insbesondere der Abgrenzung von Beschwerde und Klage in Zusammenhang mit einem Lastenverzeichnis nicht ansatzweise auseinander. Stattdessen wiederholt er seine bereits im kantonalen Verfahren gemachten allgemeinen Ausführungen und bringt etwelche Noven vor. Zudem erörtert er materielle Aspekte der beiden strittigen Positionen, welche seiner Ansicht nach nicht ins Lastenverzeichnis hätten aufgenommen werden dürfen. Damit blendet der Beschwerdeführer vor allem die Pflicht des Betreibungsamtes aus, die sich aus dem Grundbuch ergebenden Lasten ins Lastenverzeichnis aufzunehmen (E. 2.1). Dass die beiden strittigen Positionen sich aus dem Grundbuch ergeben, wird nicht in Frage gestellt. Angesichts der mangelhaften Begründung kann auf die Beschwerde insgesamt nicht eingetreten werden (E. 1.3).
3. Nach dem Dargelegten ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Aargau, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission, als oberer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juni 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante