Fatti:
A. Il 6 agosto 2002 le parti hanno stipulato un contratto di locazione avente per oggetto l'esercizio pubblico Z._, giunto a scadenza il 31 agosto 2005.
Litigiosa è la questione di sapere se la conduttrice X._ Sagl può beneficiare di una protrazione della locazione.
B. Il 29 agosto 2005 l'Ufficio di conciliazione competente ha accolto la richiesta formulata in tal senso dalla conduttrice e concesso la protrazione della locazione sino al 31 agosto 2007.
Adito dalla locatrice Y._ SA, con sentenza del 20 novembre 2006 il Pretore del Distretto di Bellinzona ha invece escluso ogni protrazione. Questa decisione è poi stata confermata - ma con una diversa motivazione - dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.
Con decreto del 7 settembre 2007 il Tribunale federale ha dichiarato il ricorso interposto dalla conduttrice contro la sentenza cantonale privo d'oggetto, avendo essa di fatto beneficiato della protrazione della locazione auspicata. La causa è stata pertanto stralciata dai ruoli conformemente a quanto previsto dall'<ref-law> e le spese giudiziarie sono state poste a carico della locatrice (giusta l'<ref-law>, applicabile in virtù del rinvio di cui all'<ref-law>), poiché da un esame sommario del ricorso è emerso ch'esso sarebbe stato accolto e, di conseguenza, l'incarto sarebbe stato rinviato all'autorità cantonale per nuovo giudizio.
C. Nel frattempo, il 26 giugno 2007 X._ Sagl ha presentato all'Ufficio di conciliazione una richiesta di seconda protrazione della locazione.
D. Dal canto suo, il 4 luglio 2007 Y._ SA ha inoltrato alla Pretura del Distretto di Bellinzona un'istanza di sfratto, che è stata accolta il 25 settembre 2007. Visto il rifiuto della protrazione pronunciato dal Tribunale d'appello il 21 giugno 2007, la giudice ha infatti ritenuto che il contratto è definitivamente giunto a scadenza il 31 agosto 2005.
E. Il giudizio di primo grado è stato riformato il 16 gennaio 2008 dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, che ha respinto l'istanza di sfratto siccome prematura. La massima istanza ticinese ha ricordato che l'art. 27 della Legge cantonale di applicazione delle norme federali in materia di locazione di locali d'abitazione e commerciali e di affitto (di seguito: Legge cantonale di applicazione in materia di locazione) prescrive che le contestazioni della disdetta e la richiesta di protrazione del rapporto di locazione sospendono gli effetti della disdetta. La giudice dello sfratto avrebbe dunque dovuto prendere atto della domanda di seconda protrazione e respingere l'istanza di sfratto in limine litis, mentre non le incombeva assolutamente di pronunciarsi sulla situazione giuridica e sulle conseguenze di una protrazione di fatto, in particolare sulla possibilità formale di inoltrare una domanda di seconda proroga, questione di competenza dell'Ufficio di conciliazione, rispettivamente al Pretore.
F. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione dell'<ref-law>, Y._ SA postula l'annullamento della predetta sentenza e il rinvio della causa all'autorità cantonale per nuovo giudizio ai sensi dei considerandi.
In primo luogo essa rimprovera all'autorità cantonale di essere incorsa nell'arbitrio trattando allo stesso modo due situazioni completamente diverse, ovvero una protrazione di fatto e una prima protrazione fondata sull'art. 272 segg. CO. In concreto l'opponente non ha beneficiato di una prima protrazione; permettendo alla sua domanda di seconda protrazione d'inibire la procedura di sfratto si favorisce quindi un abuso di diritto.
Secondo la ricorrente l'autorità ticinese ha trascurato che il rifiuto di protrazione pronunciato dal Pretore il 20 novembre 2006 ha acquisito forza di cosa giudicata al più tardi il 7 settembre 2007, quando la procedura pendente dinanzi al Tribunale federale è stata stralciata. Ma anche prima, poiché nel decreto emanato il 6 agosto 2007 dal Tribunale federale era stata solo vietata l'adozione di misure di esecuzione del giudizio impugnato, senza concessione dell'effetto sospensivo. Sia come sia, - aggiunge la ricorrente - la decisione di sfratto del 25 settembre 2007 è successiva al decreto di stralcio della procedura ricorsuale dinanzi al Tribunale federale.
Essa ravvede un'ulteriore violazione dell'<ref-law> e del divieto dell'arbitrio nell'affermazione della Corte cantonale secondo cui non toccava al giudice dello sfratto pronunciarsi sugli effetti giuridici della protrazione della locazione di cui la conduttrice ha di fatto beneficiato. Dato che, come già detto, al ricorso al Tribunale federale della conduttrice non era stato concesso l'effetto sospensivo, con il decreto di stralcio del 7 settembre 2007 il rifiuto della protrazione pronunciato il 20 novembre 2006 è passato in giudicato. In queste circostanze, tenuto conto del divieto del formalismo eccessivo e dell'abuso di diritto, il giudice dello sfratto poteva senz'altro accertare che la conduttrice occupa i locali senza alcuna base legale. Sarebbe infatti contrario al principio dell'economia processuale pretendere dal pretore, che ha già respinto una volta la domanda di protrazione, che si chini una seconda volta su questo medesimo tema. A maggior ragione se, come nella fattispecie in esame, l'unico intento della conduttrice è quello di prolungare il più possibile la procedura, intento che trova conferma nel ricorso da lei interposto contro il giudizio cantonale in merito all'indennità per ripetibili (cfr. 4D_26/2008), chiaramente inteso ad ostacolare la continuazione della procedura dinanzi all'ufficio di conciliazione in merito alla seconda protrazione.
G. Con risposta del 21 aprile 2008 l'opponente ha proposto di respingere il gravame, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
1.1 Dato che il litigio verte sul diritto della ricorrente di continuare ad occupare i locali commerciali oggetto del contratto di locazione concluso nel 2002, si è in presenza di un ricorso è rivolto contro una decisione pronunciata in materia civile (<ref-law>).
1.2 Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>), che pone fine a una procedura di sfratto (<ref-law>) con un valore litigioso superiore a fr. 15'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. a LTF), il ricorso risulta ricevibile.
1.3 Con il ricorso in materia civile può essere fatta valere la violazione del diritto svizzero (<ref-law>), che il Tribunale federale applica d'ufficio (<ref-law>) se le esigenze di motivazione poste dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF sono ossequiate.
Qualora il gravame venga inoltrato contro una decisione in materia di misure cautelari, la parte ricorrente può tuttavia prevalersi soltanto della violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Ora, sotto l'egida dell'OG la decisione sullo sfratto veniva qualificata quale temporanea esecuzione della decisione principale sulla fine del contratto di locazione, se il diritto cantonale le concedeva solo un carattere provvisorio (cfr. <ref-ruling> consid. 2b pag. 94 e consid. 2e pag. 96). La questione di sapere se, secondo la LTF, la decisione di sfratto debba essere trattata quale misura cautelare a dipendenza della normativa cantonale può rimanere irrisolta, poiché in ogni caso il diritto ticinese attribuisce alla decisione di sfratto carattere definitivo (<ref-ruling> consid. 4.1.1).
1.4 Il ricorso in materia civile è un rimedio giuridico con effetto riformatorio (cfr. <ref-law>). La ricorrente non può quindi limitarsi a postulare l'annullamento della decisione criticata bensì deve indicare quali punti vengono contestati e quali sono le modifiche auspicate. Una domanda di rinvio degli atti all'autorità inferiore risulta ammissibile - eccezionalmente - solo quando in caso di accoglimento dell'impugnativa il Tribunale federale non potrebbe decidere nel merito della causa, mancando gli accertamenti di fatto necessari (<ref-ruling> consid. 3.1).
In concreto, nella misura in cui chiede il rinvio della causa all'autorità cantonale la ricorrente sembra voler sostenere che le condizioni per pronunciare lo sfratto sono ancora controverse. Non è necessario in questa sede determinare se tale sia effettivamente il caso, ciò che renderebbe ammissibile la domanda di rinvio, dato che il ricorso si avvera in ogni caso infondato.
2. Come già esposto, il Tribunale d'appello ha respinto la domanda di sfratto per il motivo che dinanzi all'ufficio di conciliazione in materia di locazione è pendente una domanda di seconda protrazione; sintanto che questa istanza non verrà decisa, il giudice dello sfratto, non può statuire, visto il tenore dell'art. 27 della Legge cantonale di applicazione in materia di locazione.
A mente della ricorrente, questa decisione è lesiva dell'<ref-law>, dell'<ref-law> così come del divieto dell'arbitrio sancito dall'<ref-law>
2.1 Ora, giusta l'<ref-law> il conduttore può, a determinate condizioni, esigere la protrazione di rapporto di locazione di durata determinata o indeterminata. La protrazione è esclusa, precisa l'<ref-law>, quando la disdetta è stata data per uno dei motivi (straordinari) ivi elencati. L'<ref-law> riconosce poi al giudice dello sfratto la competenza di statuire anche sulla validità della disdetta quando il conduttore contesta una disdetta straordinaria; e se il locatore ha disdetto anticipatamente il contratto per motivi gravi (<ref-law>), l'autorità competente in materia di sfratto esamina anche la protrazione del rapporto di locazione (<ref-law>). Solo in questi casi l'autorità di conciliazione è tenuta a trasmettere le richieste del conduttore all'autorità competente qualora sia pendente una domanda di sfratto, in virtù dell'art. 274a cpv. 1 lett. d CO (<ref-ruling> consid. 2). Contrariamente a quanto sembra voler sostenere la ricorrente, dalla <ref-ruling> non si può desumere che lo stesso vale per una domanda di protrazione successiva a una fine ordinaria del rapporto di locazione .
In concreto, è stato accertato che il rapporto di locazione fra le parti non è stato disdetto anticipatamente, per motivi straordinari. Ne discende che il giudice dello sfratto non è competente a statuire sulla validità della disdetta né sulla protrazione (cfr. <ref-ruling>). La censura concernente la violazione di norme federali sulla competenza è quindi infondata.
2.2 La locazione di locali commerciali può essere protratta per sei anni (<ref-law>). La procedura di contestazione della disdetta e protrazione della locazione è disciplinata dall'<ref-law>; questa norma stabilisce che la seconda protrazione dev'essere richiesta all'autorità di conciliazione al più tardi 60 giorni prima della scadenza della protrazione iniziale (<ref-law>).
Secondo la ricorrente, l'autorità cantonale avrebbe violato il divieto dell'arbitrio trattando la protrazione di fatto - di cui ha beneficiato la conduttrice a causa della durata della procedura giudiziaria - alla stessa stregua della protrazione iniziale menzionata nella citata norma. Precisa poi che la decisione pretorile del 20 novembre 2006, con la quale è stata respinta la domanda di protrazione, è passata in giudicato e che comunque durante la procedura di sfratto non vi erano elementi inibitori, dato che il Tribunale federale non aveva concesso effetto sospensivo al ricorso della conduttrice.
2.2.1 Ora, dal tenore dell'<ref-law> si evince che una prima domanda di protrazione costituisce il presupposto per una seconda. La dottrina maggioritaria reputa inoltre necessario inoltrare una nuova domanda all'autorità di conciliazione entro il termine legale anche qualora la procedura concernente la prima domanda di protrazione sia ancora pendente (Higi in: Zürcher Kommentar, n. 107 ad art. 273 combinato con n. 41 ad <ref-law>; Weber in: Basler Kommentar, n. 3d ad <ref-law>; Lachat in: Commentaire romand, n. 9 ad <ref-law>). Nello stesso senso il Tribunale federale, che in una sentenza riferita all'art. 267a vCO, ha stabilito che il termine per depositare la seconda richiesta di protrazione deve essere osservato anche se la decisione sulla prima richiesta non è ancora stata emanata (<ref-ruling> consid. 3 pag. 89).
2.2.2 La domanda tendente a una seconda protrazione può dunque senz'altro venir validamente presentata all'autorità di conciliazione entro il termine previsto dalla legge, quando è già stata introdotta una (prima) domanda per una determinata durata - inferiore a quella massima prevista dall<ref-law> - che al momento della scadenza del termine legale posto dall'<ref-law> non è ancora stata decisa. In una simile evenienza, il successivo giudizio che esclude in maniera assoluta la prima protrazione rende il secondo procedimento privo d'oggetto (<ref-ruling> consid. 3 pag. 89). Ma è anche possibile stralciare dai ruoli il procedimento concernente la prima protrazione, una volta trascorso il periodo per il quale essa era stata richiesta, così che rimane pendente solo quello relativo alla seconda protrazione (<ref-ruling>, in particolare pag. 254). Anche se questa eventualità dovrebbe rimanere l'eccezione, per evitare un eccessivo ritardo nella procedura, essa non è esclusa.
2.2.3 Nella fattispecie in esame, si rammenta che con il decreto del 7 settembre 2007 il ricorso della conduttrice è stato stralciato dai ruoli siccome divenuto privo d'oggetto, perché la proroga richiesta era giunta a scadenza il 30 agosto 2007, senza che vi fosse alcuna indicazione in merito a una domanda di seconda protrazione.
Di per sé la ricorrente ha ragione quando afferma che, di principio, lo stralcio di un rimedio giuridico - a differenza dello stralcio di un intero procedimento - comporta la crescita in giudicato della decisione contestata con il rimedio divenuto privo d'oggetto. Nella fattispecie in esame questa eventualità non si è tuttavia realizzata. Dalla motivazione del decreto del 7 settembre 2007 si evince infatti che il Tribunale federale non ha inteso stralciare solo la procedura ricorsuale contro la decisione cantonale bensì il procedimento concernente la protrazione, giacché ha precisato che se non fosse divenuto privo d'oggetto il ricorso sarebbe stato accolto, con conseguente rinvio dell'incarto all'autorità cantonale per nuovo giudizio.
2.2.4 La ricorrente non può dunque essere seguita laddove sostiene che la decisione emanata il 20 novembre 2006 dal Pretore, con la quale la domanda di (prima) protrazione era stata respinta nel merito, avrebbe acquisito forza di cosa giudicata materiale (sulla nozione di forza di cosa giudicata formale e materiale cfr. Fabienne Hohl, Procédure civile, vol. I, n. 1269 segg. e 1289 segg.).
L'opponente ha infatti validamente impugnato la pronunzia pretorile dinanzi al Tribunale d'appello, che nella sentenza del 21 giugno 2007 ha confermato la decisione di respingere la domanda di protrazione ma per ragioni diverse da quelle addotte dalla prima istanza. Questa sentenza è stata a sua volta impugnata dinanzi al Tribunale federale con l'esito conosciuto, ciò che ha (nuovamente) impedito alla pronunzia pretorile sulla protrazione di acquisire forza di cosa giudicata materiale.
Contrariamente a quanto ritenuto dalla ricorrente, la questione di sapere se a tale rimedio fosse stato concesso effetto sospensivo oppure no non è decisiva ai fini della valutazione sulla forza di cosa giudicata. Il fatto che a un rimedio venga concesso l'effetto sospensivo o che la decisione impugnata possa essere posta immediatamente in esecuzione non influisce sulla forza di cosa giudicata materiale (cfr. Berger/Güngerich, Zivilprozessrecht. Berna 2008, n. 1035 a pag. 293; Fabienne Hohl, op. cit., n. 1282 segg.).
2.2.5 L'art. 27 della Legge cantonale di applicazione in materia di locazione stabilisce che lo sfratto non può essere pronunciato sintanto che è pendente un procedimento di protrazione e che il giudice dello sfratto non può giudicare la protrazione a titolo pregiudiziale. Questa norma - la cui applicazione non è comunque stata censurata conformemente alle esigenze di legge (cfr. <ref-law>) - appare giustificata dalla considerazione che prima di poter eseguire lo sfratto dev'essere fatta chiarezza sul diritto controverso. Tale disciplina procedurale non configura un formalismo eccessivo. Nulla muta il fatto che questo tipo di procedimento può durare a lungo e ch'esso può essere utilizzato in maniera abusiva. Non v'è comunque motivo di ritenere che in concreto l'opponente abbia formulato la seconda domanda di protrazione in maniera abusiva. Come da lei osservato nella risposta al ricorso, né il Tribunale d'appello né il Tribunale federale si sono espressi sulla questione di sapere se i motivi che hanno indotto il Pretore a rifiutare la (prima) protrazione potevano essere condivisi. La ricorrente nemmeno spiega, d'altro canto, per quale motivo l'inoltro di una domanda di seconda protrazione da parte dell'opponente dovrebbe essere ritenuto abusivo. Contrariamente a quanto da lei asserito, una simile conclusione non può essere tratta dall'impugnativa inoltrata dall'opponente contro il giudizio sull'ammontare delle ripetibili concesse in sede cantonale.
3. Tenuto conto di tutto quanto esposto, il ricorso deve essere respinto nella misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).
Il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 5'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.