Faits:
A. X._ a été condamné le 2 mai 2007 par le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne à une peine privative de liberté de trente mois, sous déduction de dix jours de détention préventive, dont dix-huit mois avec sursis pendant cinq ans. Invité par l'Office vaudois d'exécution des peines à opter entre l'exécution de cette peine en détention ordinaire et en semi-détention, X._ a contesté l'impossibilité de solliciter l'exécution sous le régime des arrêts domiciliaires. Par décision du 31 mars 2008, l'Office cantonal a rejeté la requête tendant à l'exécution de la peine sous cette dernière forme.
B. Saisi d'un recours du condamné, le Juge d'application des peines du canton de Vaud l'a rejeté, par arrêt du 20 juin 2008.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision. Il requiert en outre la restitution de l'effet suspensif et l'octroi de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Saisi d'un recours contre une décision de l'Office vaudois d'exécution des peines, le Juge d'application des peines statue en dernière instance cantonale (art. 37 al. 3 de la loi vaudoise sur l'exécution des condamnations pénales; RSV 340.01). Le recours en matière pénale est recevable (art. 80 al. 1 et 78 al. 2 let. b LTF).
Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
2. Le recourant reproche à l'autorité cantonale de lui avoir arbitrairement refusé l'exécution sous forme d'arrêts domiciliaires de la partie de sa peine non couverte par le sursis, soit douze mois.
2.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable voire même préférable (<ref-ruling> consid. 5.4 et les arrêts cités, p. 148, 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
2.2 L'exécution des peines privatives de liberté sous forme d'arrêts domiciliaires (electronic monitoring) a été avalisée dans sept cantons (BS, BL, BE, VD, GE, TI et SO) par le Conseil fédéral, en vertu de l'ancien <ref-law>, qui lui permettait d'autoriser à l'essai, pendant un temps déterminé, des méthodes non prévues par le code en vue d'améliorer le régime d'exécution des peines. Depuis l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du code pénal, cette expérimentation repose sur la délégation de compétence de l'<ref-law>, dont la portée est, sur ce point, identique à l'ancien <ref-law>. Pour le surplus, le Code pénal ne réglemente pas cette institution, si bien que la situation est comparable à celle qui prévalait avant l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du code pénal en matière de semi-détention. La réglementation cantonale édictée dans le cadre des autorisations délivrées en application de l'ancien <ref-law> et prolongées en application de l'<ref-law>, constitue du droit cantonal autonome (cf. en matière de semi-détention: <ref-ruling> consid. 2b p. 108), les cantons autorisés demeurant, dans le cadre des autorisations accordées, libres de délimiter le champ d'application des arrêts domiciliaires en les soumettant à des conditions restrictives, sous la seule réserve de l'arbitraire dans le choix des critères (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 134).
2.3 Sur la base de l'ancien <ref-law>, le canton de Vaud a été autorisé à faire exécuter de courtes peines privatives de liberté de vingt jours à douze mois et des soldes de longues peines privatives de liberté, à la fin ou en lieu et place de la semi-liberté, d'une durée de un à douze mois sous le régime de l'exécution à l'extérieur de l'établissement sous surveillance électronique (v. les communications de l'Office fédéral de la justice des 10 septembre 2002 et 21 décembre 2006, relatives aux décisions du Conseil fédéral de prolonger les autorisations des cantons de Bâle-Campagne, Bâle-Ville, Berne, Genève, Tessin, Vaud et Soleure d'exécuter des peines privatives de liberté à l'extérieur de l'établissement sous surveillance électronique; FF 2002 p. 5503; FF 2007, p. 371; FF 2008, p. 147). En application de ces décisions, le canton de Vaud a édicté un Règlement sur l'exécution des courtes peines privatives de liberté sous forme d'arrêts domiciliaires (Rad1), du 11 juin 2003 (RS/VD 340.01.6). Conformément à l'art. 1 de ce règlement, une peine privative de liberté d'une durée de 20 jours au moins et de 12 mois au plus peut être exécutée sous forme d'arrêts domiciliaires.
2.4 Le recourant soutient, en substance, que le texte clair de cette norme cantonale permettrait l'exécution sous forme d'arrêts domiciliaires non seulement de peines d'une durée totale n'excédant pas douze mois, mais également de celles, de plus longue durée, qui seraient assorties d'un sursis partiel et dont la partie devant être exécutée n'excéderait pas douze mois.
Force est cependant de constater, au contraire, que le texte de la norme (« une peine privative de liberté d'une durée de 20 jours au moins et de 12 mois au plus »), qui est conforme à la décision d'autorisation, pose clairement que la durée de la peine comme telle constitue un critère objectif définissant le champ d'application des arrêts domiciliaires. On peut ainsi, sans arbitraire, déduire de la lettre de ce texte que les peines dont la durée totale excède douze mois ne peuvent être exécutées sous une simple surveillance électronique. A cela s'ajoute que le canton de Vaud a édicté un autre règlement, visant la seconde hypothèse d'application des arrêts domiciliaires objet de l'expérimentation (exécution des soldes de longues peines privatives de liberté, à la fin ou en lieu et place de la semi-liberté, d'une durée de un à douze mois; Règlement du 11 juin 2003 sur l'exécution d'une phase du régime de fin de peine sous forme d'arrêts domiciliaires; RAD2; RS/VD 340.01.7), dont l'art. 1 dispose que « la dernière phase d'une peine privative de liberté, à la fin ou en lieu et place de la semi-liberté, d'une durée de un à douze mois, peut être exécutée sous forme d'arrêts domiciliaires ». On peut en déduire, sans arbitraire, que le législateur vaudois a, à dessein, distingué la durée totale de la peine visée par l'art. 1 RAD1 et l'exécution d'une partie de la peine visée par l'art. 1 RAD2. Une interprétation plus large de la norme cantonale irait d'ailleurs au-delà de l'autorisation délivrée au canton de Vaud par la Confédération et ne reposerait, partant, pas sur une base légale suffisante, ce qui ne plaide pas non plus en faveur de l'interprétation du recourant.
2.5 Le recourant soutient ensuite, d'une part, que dans le canton de Vaud, la durée maximale de la peine compatible avec les arrêts domiciliaires a toujours été calquée sur celle compatible avec la semi-détention et, d'autre part, que la jurisprudence aurait admis que la semi-détention au sens de l'<ref-law> serait applicable lorsque la peine globale infligée au condamné est supérieure à douze mois, mais que la partie à exécuter, en cas de sursis partiel, ne dépasse pas cette limite. Il en déduit, de même, que la cour cantonale aurait arbitrairement interprété l'art. 1 RAD1.
Cette argumentation ne résiste pas à l'examen sous l'angle de l'arbitraire. Il suffit en effet de constater que si la semi-détention constitue désormais, en application du droit fédéral, un mode d'exécution des peines privatives de liberté de six mois à un an, aux conditions définies par l'<ref-law>, les arrêts domiciliaires demeurent un mode d'exécution expérimental, autorisé dans certaines limites par le Conseil fédéral. Il s'ensuit que la pratique relative à l'<ref-law> demeure sans effet sur le champ d'application des arrêts domiciliaires, qui est défini exclusivement par les autorisations délivrées par le Conseil fédéral (v. supra consid. 2.3). Or, le recourant ne tente pas de démontrer que les autorisations délivrées par le Conseil fédéral imposeraient son interprétation de la norme cantonale dont il conteste l'application. Le recourant ne peut, par ailleurs, rien déduire en sa faveur de la jurisprudence à laquelle il se réfère. Dans cet arrêt, il a simplement été jugé, s'agissant de la fixation d'une peine dont la durée totale excédait largement douze mois qu'il n'y avait pas lieu d'examiner si une peine encore compatible avec la semi-détention entrait en considération (arrêt 6B_599/2007 consid. 3.5 in fine et la référence à <ref-ruling>, p. 24 s.). Quant à la décision neuchâteloise invoquée, elle n'a pas trait à des questions d'exécution des peines mais à la fixation de la durée de la sanction et ne tranche donc pas non plus la question. Il en ressort tout au plus, dans un obiter dictum, que selon l'autorité cantonale la partie non conditionnée par le sursis d'une peine pourrait vraisemblablement être exécutée sous forme de semi-détention (RJN 2007 p. 169 ss). On ne peut, en tout cas, déduire de cette décision cantonale isolée que toute autre interprétation serait exclue.
Il s'ensuit que le recourant ne parvient pas à démontrer en quoi les autorités cantonales seraient tombées dans l'arbitraire en lui refusant l'exécution de sa peine sous forme d'arrêts domiciliaires.
3. Le recours est rejeté. Il était d'emblée dénué de chances de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant supporte les frais de la procédure, qui peuvent être réduits pour tenir compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). La requête d'effet suspensif est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge d'application des peines du canton de Vaud.
Lausanne, le 5 novembre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Schneider Vallat