Faits:
A. Par décision du 8 juillet 2008, la Direction générale des douanes (DGD), chargée d'exécuter une demande d'entraide présentée par le Parquet de Rome, a ordonné la remise à cette autorité des documents relatifs au compte bancaire détenu par B._ auprès de la banque Y._.
B. Par arrêt du 3 novembre 2008, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) a rejeté le recours formé par B._. La recourante avait pu consulter, après la décision de clôture, une version de la demande d'entraide trop caviardée pour être compréhensible; l'ordonnance de clôture ne comportait pas non plus d'indications suffisantes, de sorte que le droit d'être entendu de la recourante avait été violé. Cette irrégularité avait néanmoins pu être réparée dans la procédure de recours: la recourante avait obtenu une version moins caviardée et suffisamment compréhensible de la demande; la DGD avait également apporté des indications supplémentaires; la recourante avait encore pu s'exprimer à ce propos à l'occasion d'un nouvel échange d'écritures. Sur le fond, le TPF a considéré que la demande d'entraide faisait état d'une fraude à la TVA de type carrousel, constitutive d'escroquerie, et que le principe de la proportionnalité était respecté.
C. B._ forme un recours en matière de droit public. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et au rejet de la demande d'entraide judiciaire.
Le dossier a été produit, sans observations.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, la cour siège à trois juges lorsqu'elle refuse d'entrer en matière sur un recours soumis à l'exigence de l'<ref-law>.
1.1 Selon cette disposition, le recours est recevable, à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'entraide judiciaire internationale, notamment si celui-ci a pour objet la transmission de renseignements concernant le domaine secret. Il doit toutefois s'agir d'un cas particulièrement important (al. 1). Un cas est particulièrement important "notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves" (al. 2). C'est au recourant qu'il appartient de démontrer que ces conditions sont réunies (<ref-law>).
1.2 En l'occurrence, la décision de clôture porte bien sur la transmission de documents concernant le domaine secret. Compte tenu des faits à l'origine de la demande et de la nature de la transmission envisagée (documents relatifs à un seul compte bancaire), le cas ne revêt pas d'importance particulière; il n'est pas prétendu que la procédure pénale étrangère présenterait des défauts graves au sens de l'<ref-law>, dont il convient de rappeler que le but est de limiter fortement l'accès au Tribunal fédéral dans le domaine de l'entraide judiciaire, en ne permettant de recourir que dans un nombre limité de cas jugés particulièrement importants (<ref-ruling>, 129, 131, 132).
1.3 La recourante estime que le cas serait particulièrement important, car elle s'est vue privée du droit de participer au tri des documents avant le prononcé de l'ordonnance de clôture, de s'opposer à une transmission en bloc et de contester la pertinence des documents transmis. Elle ne nie toutefois pas que la version de la demande d'entraide qui lui a été finalement remise était suffisante pour comprendre les motifs et l'objet de l'entraide requise, ainsi que pour remettre en cause efficacement la pertinence des renseignements transmis. Elle ne conteste pas non plus qu'elle connaissait - ou pouvait connaître - la teneur de la documentation bancaire; il y a donc lieu d'admettre que la procédure de recours a permis de réparer la violation du droit d'être entendu commise par l'autorité d'exécution. La guérison opérée par le TPF est conforme sur ce point à la pratique constante; tout en soulignant l'importance de la procédure de tri à laquelle doit en principe être associée la personne concernée (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 16/17; <ref-ruling>), la jurisprudence reconnaît en effet que les irrégularités commises à ce propos peuvent être réparées en instance de recours dans la mesure où l'intéressé est mis en mesure de faire valoir, de manière concrète et effective, ses objections à la transmission des pièces visées dans la décision de clôture (arrêt 1A.54/2004 du 30 avril 2004). Tel a bien été le cas en l'occurrence. L'intervention d'une seconde instance de recours ne se justifie donc pas non plus de ce point de vue.
2. Le recours doit par conséquent être déclaré irrecevable, aux frais de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des douanes, au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes, et à l'Office fédéral de la justice (B 206 362).
Lausanne, le 28 novembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz